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T C 1134.85 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0901;QD=58.953;RBI=0.0686052;REFB=0;REVB=0.00884143;RO=0;SAF=47;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00738296;OID=.;OPOS=901023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:77:0:0:73:77:1:26:47:0:0:26:51:0:0 chr1 909238 . G C 519.97 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.404;QD=59.4247;RBI=0.0321896;REFB=0;REVB=0.0196161;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116766;OID=.;OPOS=909238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr1 909309 . T C 594.64 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.646;QD=60.9888;RBI=0.0496927;REFB=0;REVB=0.0435197;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102465;OID=.;OPOS=909309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:20:19:0:0 chr1 909363 . A C 482.03 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.626;QD=58.4282;RBI=0.0251485;REFB=0;REVB=0.00605248;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01278e-05;OID=.;OPOS=909363;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:20:12:0:0:20:13:0:0 chr1 909768 . A G 3102.09 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00503086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.889;QD=63.6325;RBI=0.0113017;REFB=0;REVB=-0.0101202;RO=0;SAF=74;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010204;OID=.;OPOS=909768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:195:0:0:194:195:1:120:74:0:0:121:74:0:0 chr1 911595 . A G 2314.44 PASS AF=1;AO=145;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.697;QD=62.9781;RBI=0.0825935;REFB=0;REVB=-0.0261306;RO=1;SAF=58;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812853;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.6244e-05;OID=.;OPOS=911595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:1:0:145:147:1:87:58:1:0:87:60:0:0 chr1 914333 . C G 765.99 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0270968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.258;QD=51.9313;RBI=0.0348983;REFB=0.143647;REVB=0.0219921;RO=1;SAF=7;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626876;STB=0.5575;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.000846243;OID=.;OPOS=914333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:57:59:1:3:56:56:0.949153:49:7:1:0:49:7:2:1 chr1 914852 . G C 205.91 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0221297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8613;QD=16.8087;RBI=0.0246577;REFB=0.0267481;REVB=-0.0108756;RO=28;SAF=15;SAR=6;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122532;STB=0.5704;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.018878;OID=.;OPOS=914852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:6:15:17:11:6:15:17:11 chr1 914876 . T C 1264.73 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00131774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.606;QD=61.6942;RBI=0.0168814;REFB=0;REVB=0.0168299;RO=0;SAF=57;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78679e-06;OID=.;OPOS=914876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:24:57:0:0:24:58:0:0 chr1 914940 . T C 182.21 PASS AF=0.233333;AO=27;DP=119;FAO=28;FDP=120;FR=.;FRO=92;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.055783;FXX=0.097737;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.683;QD=6.07366;RBI=0.063261;REFB=-0.0180398;REVB=-0.0298364;RO=91;SAF=4;SAR=23;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474707;STB=0.766459;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0709084;OID=.;OPOS=914940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:91:92:27:28:0.233333:23:4:44:47:23:5:45:47 chr1 915227 . A G 375.58 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00173356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.919;QD=55.6418;RBI=0.0225112;REFB=0;REVB=0.0224443;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111626;OID=.;OPOS=915227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr1 915264 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0406176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.461;QD=13.6609;RBI=0.0463775;REFB=-0.00700893;REVB=0.0223849;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19746;STB=0.602361;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00729167;OID=.;OPOS=915264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:5:9:9:11:5:9:10:11 chr1 915830 . CA AC,CC 44.02 PASS AF=0,0.152174;AO=2,5;DP=46;FAO=0,7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=0,6;FSAR=0,1;FSRF=7;FSRR=32;FWDB=-0.00498477,0.0115352;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=45.8886,218.229;QD=3.82813;RBI=0.0888818,0.0233398;REFB=-0.0498591,-0.00261143;REVB=-0.0887419,-0.02029;RO=36;SAF=2,4;SAR=0,1;SRF=7;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.626604,0.627375;STB=0.5,0.937613;STBP=1,0.114;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0139103;OID=.,.;OPOS=915830,915831;OREF=CA,A;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:43:46:46:36:39:2,5:0,7:0,0.152174:0,1:2,4:7:29:0,1:0,6:7:32 chr1 915862 . T G 180.5 PASS AF=0.465116;AO=9;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.042722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.5322;QD=16.7907;RBI=0.180613;REFB=-0.010969;REVB=0.175487;RO=21;SAF=1;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.504172;STB=0.891183;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.103686;OID=.;OPOS=915862;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:23:9:20:0.465116:8:1:10:11:19:1:12:11 chr1 916549 . A G 1770.13 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0558894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5924;QD=60.0046;RBI=0.0582995;REFB=-0.0507536;REVB=-0.0165894;RO=1;SAF=37;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012661;STB=0.506666;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000687387;OID=.;OPOS=916549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:116:117:0.991525:79:37:1:0:80:37:1:0 chr1 935222 . C A 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=290.736;QD=32.8247;RBI=0.00304757;REFB=-0.112572;REVB=0.00304757;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624506;OID=.;OPOS=935222;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:0:1:9:9:0.9:9:0:0:0:9:0:0:1 chr1 948921 . T C 532.51 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3382;QD=57.5686;RBI=0.0261393;REFB=-0.102832;REVB=-0.0152151;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00982426;OID=.;OPOS=948921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:37:0:0:37:37:1:9:28:0:0:9:28:0:0 chr1 949654 . A G 972.79 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.872;QD=58.9571;RBI=0.0315527;REFB=0;REVB=0.0222914;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.99061e-08;OID=.;OPOS=949654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr1 980552 . G A 185.1 PASS AF=0.369231;AO=23;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00843301;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.44;QD=11.3905;RBI=0.00938985;REFB=-0.0139191;REVB=-0.0041296;RO=40;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444829;STB=0.518646;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.020005;OID=.;OPOS=980552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:41:23:24:0.369231:13:10:19:21:13:11:20:21 chr1 981931 . A G 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0673;QD=61.3323;RBI=0.0419993;REFB=0;REVB=-0.0337615;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135876;OID=.;OPOS=981931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr1 982994 . T C 728.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0782805;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.0948;QD=57.1729;RBI=0.110548;REFB=0;REVB=-0.0780575;RO=0;SAF=12;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00208801;OID=.;OPOS=982994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:39:12:0:0:39:12:0:0 chr1 984302 . T C 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.959;QD=62.0083;RBI=0.0654762;REFB=0;REVB=0.0264677;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70949e-05;OID=.;OPOS=984302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:50:34:0:0:50:34:0:0 chr1 986443 . C T 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.204;QD=46.845;RBI=0.0340531;REFB=0;REVB=0.00557702;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000477447;OID=.;OPOS=986443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr1 987200 . C T 1574.21 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400702;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.913;QD=64.2537;RBI=0.0444869;REFB=0;REVB=0.0193253;RO=0;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6473e-06;OID=.;OPOS=987200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:98:0:0:98:98:1:56:42:0:0:56:42:0:0 chr1 988881 . C T 1012.44 PASS AF=0.35905;AO=121;DP=338;FAO=121;FDP=337;FR=.;FRO=216;FSAF=45;FSAR=76;FSRF=84;FSRR=132;FWDB=-0.0162392;FXX=0.00295849;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.888;QD=12.0171;RBI=0.0162546;REFB=-0.0149875;REVB=-0.000706039;RO=212;SAF=45;SAR=76;SRF=83;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234302;STB=0.511582;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0217076;OID=.;OPOS=988881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:337:212:216:121:121:0.35905:76:45:83:129:76:45:84:132 chr1 990280 . C T 944.64 PASS AF=1;AO=62;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.087104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5796;QD=55.5668;RBI=0.0872605;REFB=0;REVB=0.00522408;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00318298;OID=.;OPOS=990280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:62:68:1:32:30:0:0:34:34:0:0 chr1 990806 . G A 676.85 PASS AF=0.978723;AO=44;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0322065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.515;QD=57.6043;RBI=0.0791435;REFB=-0.183011;REVB=0.0722941;RO=2;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493711;STB=0.51219;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00177641;OID=.;OPOS=990806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:47:47:2:1:44:46:0.978723:18:26:0:2:20:26:0:1 chr1 990816 . G A 228.62 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0176267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.92;QD=16.0431;RBI=0.0186825;REFB=-0.0310107;REVB=0.00619182;RO=30;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508765;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0312438;OID=.;OPOS=990816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:31:26:26:0.45614:13:13:15:15:13:13:16:15 chr1 1007203 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00964502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.088;QD=33.4285;RBI=0.0199378;REFB=0;REVB=0.0174497;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.52758e-05;OID=.;OPOS=1007203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr1 1021346 . A G 398.97 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0271843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.449;QD=20.9986;RBI=0.0292609;REFB=-0.025701;REVB=0.0108266;RO=36;SAF=9;SAR=31;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300538;STB=0.667601;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0176038;OID=.;OPOS=1021346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:31:9:19:17:31:9:19:17 chr1 1026707 . C A 1361.82 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00022659;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.241;QD=61.2056;RBI=0.0214423;REFB=-0.0725118;REVB=0.0214411;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.505049;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=1.53296e-05;OID=.;OPOS=1026707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:87:88:0.988764:48:39:0:0:49:39:0:1 chr1 1140775 . G A 167.02 PASS AF=0.280488;AO=23;DP=83;FAO=23;FDP=82;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.00698854;FXX=0.0120467;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.717;QD=8.14718;RBI=0.0329987;REFB=-0.0102053;REVB=-0.0322502;RO=59;SAF=11;SAR=12;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159594;STB=0.509546;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0282934;OID=.;OPOS=1140775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:59:59:23:23:0.280488:12:11:29:30:12:11:29:30 chr1 1147422 . C T 577.94 PASS AF=1;AO=31;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.702;QD=60.836;RBI=0.0707795;REFB=0;REVB=0.0656629;RO=0;SAF=25;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100219;OID=.;OPOS=1147422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:31:38:1:6:25:0:0:9:29:0:0 chr1 1156131 . T C 693.03 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045145;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.621;QD=63.0028;RBI=0.0130285;REFB=0;REVB=0.0122214;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79064e-05;OID=.;OPOS=1156131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr1 1158631 . A G 1415.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.733;QD=62.9075;RBI=0.0304168;REFB=0;REVB=-0.00205267;RO=0;SAF=53;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53e-05;OID=.;OPOS=1158631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:37:53:0:0:37:53:0:0 chr1 1170153 . C T 284.46 PASS AF=0.276596;AO=39;DP=141;FAO=39;FDP=141;FR=.;FRO=102;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=-0.0171832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.12;QD=8.06979;RBI=0.0360083;REFB=-0.0206505;REVB=-0.0316439;RO=102;SAF=29;SAR=10;SRF=47;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357;STB=0.712553;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0350746;OID=.;OPOS=1170153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:102:102:39:39:0.276596:10:29:47:55:10:29:47:55 chr1 1196863 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.299;QD=33.4285;RBI=0.0922394;REFB=0;REVB=-0.0904229;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00307868;OID=.;OPOS=1196863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr1 1220954 . G A 988.51 PASS AF=0.421456;AO=110;DP=261;FAO=110;FDP=261;FR=.;FRO=151;FSAF=63;FSAR=47;FSRF=80;FSRR=71;FWDB=0.00275449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0719;QD=15.1495;RBI=0.0952308;REFB=-0.0125111;REVB=0.0951909;RO=147;SAF=63;SAR=47;SRF=76;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578944;STB=0.525181;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0249667;OID=.;OPOS=1220954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:147:151:110:110:0.421456:47:63:76:71:47:63:80:71 chr1 1222267 . G C 289.42 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=-0.0600208;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.845;QD=14.4711;RBI=0.0600851;REFB=-0.00557805;REVB=-0.00277844;RO=46;SAF=1;SAR=32;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.639108;STB=0.871261;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00474353;OID=.;OPOS=1222267;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:47:33:33:0.4125:32:1:14:32:32:1:13:34 chr1 1223385 . G C 305.87 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.004645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.716;QD=15.2935;RBI=0.0240959;REFB=-0.0182908;REVB=-0.023644;RO=44;SAF=16;SAR=18;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00670544;STB=0.504422;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0234551;OID=.;OPOS=1223385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:46:34:34:0.425:18:16:21:23:18:16:22:24 chr1 1226292 . G A 337.17 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00465554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.34;QD=24.9756;RBI=0.0437522;REFB=-0.0274906;REVB=0.0435039;RO=21;SAF=19;SAR=14;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315508;STB=0.517311;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0193477;OID=.;OPOS=1226292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:14:19:13:8:14:19:13:8 chr1 1226348 . C G 191.45 PASS AF=0.692308;AO=19;DP=27;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0172553;FXX=0.0370233;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.668;QD=29.4537;RBI=0.0383178;REFB=-0.0498465;REVB=0.0342126;RO=8;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254457;STB=0.521715;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.013946;OID=.;OPOS=1226348;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:27:26:8:8:19:18:0.692308:8:11:5:3:8:10:5:3 chr1 1242468 . G A 171.15 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0188343;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.606;QD=16.6973;RBI=0.0264444;REFB=-0.00488415;REVB=0.0185628;RO=22;SAF=13;SAR=5;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470828;STB=0.518252;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00675856;OID=.;OPOS=1242468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:23:18:18:0.439024:5:13:15:7:5:13:16:7 chr1 1242707 . A G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00717856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3077;QD=9.75968;RBI=0.0795906;REFB=0.0197768;REVB=0.0792662;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233803;STB=0.644727;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.0337543;OID=.;OPOS=1242707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:6:6:5:2:6:6 chr1 1246004 . A G 1286.25 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.418;QD=60.5294;RBI=0.0260665;REFB=0;REVB=0.0181224;RO=0;SAF=60;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00853216;OID=.;OPOS=1246004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:85:0:0:81:85:1:21:60:0:0:21:64:0:0 chr1 1249187 . G A 865.73 PASS AF=0.49162;AO=84;DP=175;FAO=88;FDP=179;FR=.;FRO=91;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=-0.00896544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.598;QD=19.3459;RBI=0.0268093;REFB=0.00156513;REVB=0.0252658;RO=85;SAF=47;SAR=37;SRF=51;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377143;STB=0.519116;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00165483;OID=.;OPOS=1249187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:179:85:91:84:88:0.49162:37:47:51:34:41:47:52:39 chr1 1254335 . G A 90.13 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00112734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.692;QD=7.67023;RBI=0.00261212;REFB=-0.00191373;REVB=-0.00235633;RO=34;SAF=2;SAR=10;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414382;STB=0.755824;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00848363;OID=.;OPOS=1254335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:47:34:35:12:12:0.255319:10:2:16:18:10:2:16:19 chr1 1254436 . A G 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.066;QD=63.4762;RBI=0.0289078;REFB=0;REVB=0.011629;RO=0;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1775e-05;OID=.;OPOS=1254436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:40:54:0:0:40:54:0:0 chr1 1254443 . G A,C 1398.42 PASS AF=0.892473,0.0645161;AO=82,7;DP=94;FAO=83,6;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51,0;FSAR=32,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780787,0.0303632;FXX=0.0106372;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=160.563,11.0536;QD=60.1473;RBI=0.0282032,0.0735051;REFB=0,0;REVB=0.0271009,-0.0669409;RO=0;SAF=50,0;SAR=32,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000364409,0.0959892;OID=.,.;OPOS=1254443,1254443;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:94:93:0:0:82,7:83,6:0.892473,0.0645161:32,7:50,0:0:0:32,6:51,0:0:0 chr1 1254841 . C G 175.55 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.113497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9823;QD=46.8137;RBI=0.115428;REFB=0;REVB=0.021026;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00358644;OID=.;OPOS=1254841;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr1 1262966 . C T 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0876318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.6;QD=55.0958;RBI=0.0881585;REFB=0;REVB=0.00962246;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131913;OID=.;OPOS=1262966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr1 1263144 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151479;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.556;QD=60.9779;RBI=0.048569;REFB=0;REVB=0.0461464;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104431;OID=.;OPOS=1263144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr1 1269554 . T C 769.9 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.611;QD=57.0293;RBI=0.0631859;REFB=0;REVB=0.0568696;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251006;OID=.;OPOS=1269554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:30:23:0:0:31:23:0:0 chr1 1273116 . A G 2285.18 PASS AF=1;AO=149;DP=152;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048053;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.643;QD=60.9382;RBI=0.0628881;REFB=0;REVB=-0.0405687;RO=0;SAF=61;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.92755e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317134;OID=.;OPOS=1273116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:150:0:0:149:150:1:88:61:0:0:89:61:0:0 chr1 1273474 . GCCAG GCAG,GCCA 57.99 PASS AF=0,0.6;AO=2,4;DP=15;FAO=0,9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=0,6;FSAR=0,3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.540976,-0.0616146;FXX=0;HRUN=2,5;LEN=1,1;MLLD=11.2703,16.7499;QD=15.4634;RBI=0.570707,0.079892;REFB=0.0127918,-0.0550229;REVB=-0.181803,0.0508564;RO=3;SAF=1,1;SAR=1,3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0.280618,0;SSEP=0,0;SSSB=0.142842,-0.0725463;STB=0.5,0.571265;STBP=1,0.539;TYPE=del,del;VARB=0,0.0518794;OID=.,.;OPOS=1273475,1273478;OREF=C,G;OALT=-,-;OMAPALT=GCAG,GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.6:2,4:15:0,9:15:6:0,6:0,3:3:3:31:3:1,1:1,3:1:2 chr1 1273917 . C T 92.08 PASS AF=0.211268;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=71;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=16;FWDB=-0.00191905;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5531;QD=5.18786;RBI=0.00618005;REFB=-0.0087534;REVB=0.00587454;RO=56;SAF=12;SAR=3;SRF=40;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145089;STB=0.593614;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0485317;OID=.;OPOS=1273917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:71:71:56:56:15:15:0.211268:3:12:40:16:3:12:40:16 chr1 1274713 . C T 258.75 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=-0.0197158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.235;QD=11.7615;RBI=0.0329233;REFB=-0.0199816;REVB=-0.0263672;RO=57;SAF=7;SAR=24;SRF=16;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828761;STB=0.54813;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0323065;OID=.;OPOS=1274713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:57:31:31:0.352273:24:7:16:41:24:7:16:41 chr1 1277179 . C T 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0104003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.798;QD=26.6016;RBI=0.0183212;REFB=-0.00733716;REVB=-0.0150831;RO=2;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218484;STB=0.624686;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0055859;OID=.;OPOS=1277179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:3:5:0:2:3:5:0:2 chr1 1277533 . T C 1416.06 PASS AF=0.968421;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0576529;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.5149;QD=59.6235;RBI=0.0582687;REFB=-0.111561;REVB=-0.008449;RO=2;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02311;STB=0.518068;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0018385;OID=.;OPOS=1277533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:95:2:3:92:92:0.968421:40:52:0:2:40:52:0:3 chr1 1290109 . CG C 53.35 PASS AF=0.607143;AO=12;DP=26;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.136448;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.71823;QD=7.62185;RBI=0.136498;REFB=-0.0380041;REVB=-0.00368931;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107737;STB=0.506322;STBP=0.955;TYPE=del;VARB=0.0408814;OID=.;OPOS=1290110;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.607143:12:26:17:28:11:9:8:6:5:36:11:5:7:6:5 chr1 1310074 . C G 775.11 PASS AF=1;AO=41;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.642;QD=57.4157;RBI=0.0916521;REFB=0;REVB=0.0685901;RO=0;SAF=33;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8059e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030049;OID=.;OPOS=1310074;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:41:54:1:8:33:0:0:20:34:0:0 chr1 1361544 . G A 192.0 PASS AF=0.369231;AO=23;DP=63;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0083726;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=176.889;QD=11.8154;RBI=0.0154438;REFB=-0.0221719;REVB=-0.0129773;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812293;STB=0.560673;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0305068;OID=.;OPOS=1361544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:29:41:23:24:0.369231:13:10:15:14:14:10:21:20 chr1 1361633 . G A 395.43 PASS AF=0.9375;AO=29;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0586831;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.1867;QD=49.4291;RBI=0.061863;REFB=-0.107688;REVB=0.0195785;RO=2;SAF=11;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153102;STB=0.508923;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00324859;OID=.;OPOS=1361633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:32:32:2:2:29:30:0.9375:18:11:1:1:19:11:1:1 chr1 1361641 . C T 381.92 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0267475;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.309;QD=47.7399;RBI=0.0320044;REFB=-0.00689532;REVB=0.0175743;RO=3;SAF=11;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00851881;STB=0.504584;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=3.37751e-06;OID=.;OPOS=1361641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:32:32:3:3:29:29:0.90625:18:11:1:2:18:11:1:2 chr1 1375810 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.988;QD=35.5759;RBI=0.0541129;REFB=0;REVB=0.0541129;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048783;OID=.;OPOS=1375810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr1 1376214 . C G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.486;QD=62.3509;RBI=0.0703854;REFB=0;REVB=0.0685943;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160074;OID=.;OPOS=1376214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr1 1376567 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.744;QD=60.6102;RBI=0.0490891;REFB=0;REVB=0.0410207;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116912;OID=.;OPOS=1376567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr1 1378173 . G A 435.98 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0438538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.743;QD=54.4969;RBI=0.0471896;REFB=-0.0514149;REVB=-0.017427;RO=1;SAF=5;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844684;STB=0.545423;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000239314;OID=.;OPOS=1378173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:26:5:1:0:26:5:1:0 chr1 1396238 . G T 752.6 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0489665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6493;QD=61.4366;RBI=0.111247;REFB=-0.120758;REVB=0.0998911;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.513508;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00396247;OID=.;OPOS=1396238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:18:30:0:0:18:30:0:1 chr1 1417648 . G A 35.96 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0153607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.965;QD=6.25462;RBI=0.019567;REFB=-0.0405428;REVB=-0.0121209;RO=17;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122428;STB=0.581099;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0628137;OID=.;OPOS=1417648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:5:1:4:13:5:1:4:13 chr1 1418004 . T C 1116.35 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00610156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4251;QD=58.7551;RBI=0.0392038;REFB=-0.0799574;REVB=-0.0387261;RO=1;SAF=40;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011681;STB=0.506022;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000470746;OID=.;OPOS=1418004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:1:1:74:75:0.986842:34:40:1:0:34:41:1:0 chr1 1421531 . C A 837.09 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463936;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3193;QD=57.7301;RBI=0.0467937;REFB=0;REVB=0.00610614;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061659;OID=.;OPOS=1421531;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr1 1421991 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.588;QD=40.7629;RBI=0.041196;REFB=0;REVB=0.00136958;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299415;OID=.;OPOS=1421991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr1 1423267 . A G 864.54 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8647;QD=56.6909;RBI=0.0237375;REFB=0;REVB=0.0190062;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012959;OID=.;OPOS=1423267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:61:0:0:57:61:1:21:36:0:0:25:36:0:0 chr1 1425700 . T C 1434.41 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.626;QD=63.0512;RBI=0.0391083;REFB=0;REVB=0.0134253;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.76152e-05;OID=.;OPOS=1425700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:51:40:0:0:51:40:0:0 chr1 1426003 . G A 305.89 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0159539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.106;QD=20.3927;RBI=0.0188703;REFB=-0.0306791;REVB=0.0100778;RO=27;SAF=12;SAR=20;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708253;STB=0.545427;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0269626;OID=.;OPOS=1426003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:28:32:32:0.533333:20:12:8:19:20:12:8:20 chr1 1451380 . T C 1000.05 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00832669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8849;QD=56.3409;RBI=0.0665555;REFB=0.063651;REVB=-0.0660326;RO=2;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219783;STB=0.511625;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.0194392;OID=.;OPOS=1451380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:2:2:69:69:0.971831:42:27:0:2:42:27:0:2 chr1 1452551 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7902;QD=35.5758;RBI=0.037033;REFB=0;REVB=-0.00842769;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264228;OID=.;OPOS=1452551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr1 1452566 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0874357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.804;QD=35.5759;RBI=0.0924584;REFB=0;REVB=0.030059;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175304;OID=.;OPOS=1452566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr1 1452592 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.529;QD=33.4277;RBI=0.0253706;REFB=0;REVB=-0.00189517;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000642583;OID=.;OPOS=1452592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 1458255 . T G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0562126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5121;QD=53.2757;RBI=0.0720163;REFB=0;REVB=-0.0450165;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00286351;OID=.;OPOS=1458255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr1 1458954 . C G,T 555.94 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=2,35;DP=37;FAO=2,36;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=2,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300655,0.0295707;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=148.265,189.773;QD=58.5194;RBI=0.0386871,0.0311915;REFB=0,0;REVB=-0.0243465,-0.00992384;RO=0;SAF=0,20;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.192675,-0.00112545;OID=.,.;OPOS=1458954,1458954;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:37:38:0:0:2,35:2,36:0.0526316,0.947368:2,15:0,20:0:0:2,16:0,20:0:0 chr1 1479333 . A G 836.03 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165215;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4347;QD=57.6571;RBI=0.0463014;REFB=0;REVB=0.0432535;RO=0;SAF=40;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158966;OID=.;OPOS=1479333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:0:0:54:58:1:14:40:0:0:18:40:0:0 chr1 1510801 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.996;QD=59.8391;RBI=0.0520767;REFB=0;REVB=0.0457452;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012832;OID=.;OPOS=1510801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr1 1511104 . G C 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7138;QD=62.3486;RBI=0.0564055;REFB=0;REVB=-0.0503318;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117374;OID=.;OPOS=1511104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr1 1551927 . T C 118.32 PASS AF=0.378378;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0200938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.414;QD=12.7914;RBI=0.0382692;REFB=-0.00857987;REVB=-0.0325695;RO=20;SAF=12;SAR=1;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370619;STB=0.781423;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0148961;OID=.;OPOS=1551927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:23:13:14:0.378378:1:12:15:5:1:13:16:7 chr1 1558792 . T C 93.22 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00447797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5485;QD=9.81287;RBI=0.0201198;REFB=-0.0377536;REVB=-0.0196152;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693119;STB=0.509787;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0331545;OID=.;OPOS=1558792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:23:26:12:12:0.315789:8:4:9:14:8:4:9:17 chr1 1562080 . C T 1245.13 PASS AF=0.519313;AO=121;DP=233;FAO=121;FDP=233;FR=.;FRO=112;FSAF=39;FSAR=82;FSRF=63;FSRR=49;FWDB=-0.00183745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4988;QD=21.3757;RBI=0.00530423;REFB=-0.00440818;REVB=-0.0049758;RO=111;SAF=39;SAR=82;SRF=62;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216036;STB=0.620777;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0054468;OID=.;OPOS=1562080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:111:112:121:121:0.519313:82:39:62:49:82:39:63:49 chr1 1588670 . G A 184.36 PASS AF=0.166667;AO=36;DP=221;FAO=36;FDP=216;FR=.;FRO=180;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=95;FSRR=85;FWDB=-0.0254404;FXX=0.0313887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.476;QD=3.41407;RBI=0.0393231;REFB=-0.00712756;REVB=-0.0299848;RO=175;SAF=23;SAR=13;SRF=92;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148778;STB=0.594983;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0342636;OID=.;OPOS=1588670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:216:175:180:36:36:0.166667:13:23:92:83:13:23:95:85 chr1 1588717 . G A 284.46 PASS AF=0.192453;AO=51;DP=264;FAO=51;FDP=265;FR=.;FRO=214;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=104;FSRR=110;FWDB=-0.00464685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.502;QD=4.29376;RBI=0.00725518;REFB=-0.00205906;REVB=-0.00557176;RO=213;SAF=32;SAR=19;SRF=104;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180628;STB=0.614972;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00817098;OID=.;OPOS=1588717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:265:213:214:51:51:0.192453:19:32:104:109:19:32:104:110 chr1 1588737 . C T 223.01 PASS AF=0.172131;AO=42;DP=244;FAO=42;FDP=244;FR=.;FRO=202;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=96;FSRR=106;FWDB=0.0140757;FXX=0.00408147;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.134;QD=3.65584;RBI=0.0160548;REFB=-0.0045469;REVB=-0.00772218;RO=201;SAF=26;SAR=16;SRF=96;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182578;STB=0.618991;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00892531;OID=.;OPOS=1588737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:201:202:42:42:0.172131:16:26:96:105:16:26:96:106 chr1 1588743 . A T 214.68 PASS AF=0.170124;AO=41;DP=241;FAO=41;FDP=241;FR=.;FRO=200;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=94;FSRR=106;FWDB=-0.00415419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.742;QD=3.56315;RBI=0.0130021;REFB=-0.00465034;REVB=-0.0123206;RO=200;SAF=25;SAR=16;SRF=94;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179831;STB=0.615608;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0239073;OID=.;OPOS=1588743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:200:200:41:41:0.170124:16:25:94:106:16:25:94:106 chr1 1588744 . AGCG A 211.34 PASS AF=0.175439;AO=40;DP=231;FAO=40;FDP=228;FR=.;FRO=188;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=89;FSRR=99;FWDB=-0.00916434;FXX=0.00869527;HRUN=1;LEN=3;MLLD=306.928;QD=3.70774;RBI=0.00956042;REFB=-0.000580756;REVB=0.00272334;RO=186;SAF=24;SAR=16;SRF=87;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169975;STB=0.604151;STBP=0.146;TYPE=del;VARB=0.00485641;OID=.;OPOS=1588745;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175439:40:231:40:228:188:24:16:89:99:99:186:24:16:87:99 chr1 1599888 . A G 63.83 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0195462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8952;QD=4.11786;RBI=0.0278421;REFB=0.00433;REVB=0.0198275;RO=50;SAF=7;SAR=4;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476084;STB=0.541719;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.0117585;OID=.;OPOS=1599888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:50:51:11:11:0.177419:4:7:30:20:4:7:30:21 chr1 1604499 . G A 228.37 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00582039;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5778;QD=13.6343;RBI=0.0154115;REFB=0.0014073;REVB=-0.0142702;RO=40;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019362;STB=0.511054;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00242863;OID=.;OPOS=1604499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:14:13:20:20:14:13:20:20 chr1 1635004 . T C 2239.1 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00816676;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.791;QD=62.6321;RBI=0.0152393;REFB=-0.0495999;REVB=0.0128663;RO=1;SAF=83;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00799104;STB=0.504201;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=8.61503e-06;OID=.;OPOS=1635004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:143:1:1:142:142:0.993007:59:83:0:1:59:83:0:1 chr1 1635749 . C A 754.71 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0195733;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=173.354;QD=54.8878;RBI=0.0476204;REFB=0.0222819;REVB=0.0434119;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-3.3919e-05;OID=.;OPOS=1635749;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:25:29:0:0:25:29:0:1 chr1 1636044 . G A 851.82 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.598;QD=57.7507;RBI=0.0213442;REFB=0;REVB=0.0156612;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08791e-05;OID=.;OPOS=1636044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:34:24:0:0:34:25:0:0 chr1 1636274 . C T 1268.67 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216477;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.532;QD=60.4127;RBI=0.0237099;REFB=0.106749;REVB=0.0096713;RO=1;SAF=40;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116936;STB=0.506171;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.000146305;OID=.;OPOS=1636274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:43:40:1:0:43:40:1:0 chr1 1647814 . T C 1205.8 PASS AF=0.399408;AO=135;DP=338;FAO=135;FDP=338;FR=.;FRO=203;FSAF=85;FSAR=50;FSRF=115;FSRR=88;FWDB=0.0111687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.501;QD=14.2698;RBI=0.0115477;REFB=-0.00407266;REVB=0.00293429;RO=201;SAF=85;SAR=50;SRF=114;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700215;STB=0.539801;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00679246;OID=.;OPOS=1647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:338:201:203:135:135:0.399408:50:85:114:87:50:85:115:88 chr1 1647871 . T C 1073.92 PASS AF=0.398058;AO=123;DP=309;FAO=123;FDP=309;FR=.;FRO=186;FSAF=70;FSAR=53;FSRF=103;FSRR=83;FWDB=0.0128531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5988;QD=13.9019;RBI=0.0175051;REFB=-0.0193481;REVB=0.0118838;RO=185;SAF=70;SAR=53;SRF=102;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193419;STB=0.509389;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0291403;OID=.;OPOS=1647871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:309:185:186:123:123:0.398058:53:70:102:83:53:70:103:83 chr1 1647893 . C CTTTCTT 642.21 PASS AF=0.337302;AO=63;DP=260;FAO=85;FDP=252;FR=.;FRO=167;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=94;FSRR=73;FWDB=-0.00173551;FXX=0.00787371;HRUN=3;LEN=6;MLLD=176.354;QD=10.1938;RBI=0.0430575;REFB=-0.017365;REVB=-0.0430225;RO=160;SAF=32;SAR=31;SRF=91;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745596;STB=0.522306;STBP=0.613;TYPE=ins;VARB=0.0300676;OID=.;OPOS=1647894;OREF=-;OALT=TTTCTT;OMAPALT=CTTTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.337302:63:260:85:252:167:45:40:94:73:99:160:32:31:91:69 chr1 1650787 . T C 388.84 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00042279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.406;QD=21.3063;RBI=0.0272931;REFB=-0.00273699;REVB=0.0272898;RO=33;SAF=24;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085828;STB=0.555286;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00173132;OID=.;OPOS=1650787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:34:39:39:0.534247:15:24:17:16:15:24:17:17 chr1 1650797 . A G 461.87 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0160975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.723;QD=21.4825;RBI=0.0218089;REFB=-0.00955579;REVB=-0.014714;RO=39;SAF=29;SAR=16;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15918;STB=0.589264;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00334199;OID=.;OPOS=1650797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:41:45:45:0.523256:16:29:18:21:16:29:19:22 chr1 1650801 . T C 449.73 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0120775;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=282.241;QD=18.936;RBI=0.0133046;REFB=-0.0142503;REVB=-0.0055808;RO=49;SAF=32;SAR=13;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278619;STB=0.661018;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0108756;OID=.;OPOS=1650801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:50:45:45:0.473684:13:32:21:28:13:32:21:29 chr1 1650807 . T C 401.21 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0201564;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.5974;QD=15.5811;RBI=0.022937;REFB=-0.0177384;REVB=0.0109465;RO=54;SAF=23;SAR=22;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116275;STB=0.542369;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.028229;OID=.;OPOS=1650807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:58:45:45:0.436893:22:23:34:20:22:23:34:24 chr1 1650832 . A G 702.65 PASS AF=0.544;AO=67;DP=125;FAO=68;FDP=125;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.00515311;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.106;QD=22.4849;RBI=0.0135687;REFB=-0.00401858;REVB=0.0125521;RO=54;SAF=38;SAR=29;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100412;STB=0.562746;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0037127;OID=.;OPOS=1650832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:54:57:67:68:0.544:29:38:24:30:30:38:24:33 chr1 1650845 . G A 556.78 PASS AF=0.416667;AO=60;DP=145;FAO=60;FDP=144;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=0.0199151;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.974;QD=15.4662;RBI=0.0207414;REFB=-0.00457555;REVB=-0.00579605;RO=80;SAF=26;SAR=34;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169029;STB=0.580232;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0016928;OID=.;OPOS=1650845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:80:84:60:60:0.416667:34:26:48:32:34:26:48:36 chr1 1654038 . G A 126.57 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00586011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.033;QD=29.7808;RBI=0.00765127;REFB=-0.00674261;REVB=0.00491946;RO=4;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609767;STB=0.533929;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00396168;OID=.;OPOS=1654038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:8:5:1:3:8:5:1:3 chr1 1654058 . C T 222.73 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0131181;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.823;QD=40.4968;RBI=0.0355601;REFB=-0.11672;REVB=0.033052;RO=3;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144485;STB=0.578864;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00298151;OID=.;OPOS=1654058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:23:22:3:3:19:19:0.863636:8:11:0:3:8:11:0:3 chr1 1654064 . A T 196.35 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.025924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.068;QD=34.1473;RBI=0.0259283;REFB=-0.032988;REVB=-0.000476956;RO=5;SAF=10;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617306;STB=0.533943;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0116534;OID=.;OPOS=1654064;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:5:5:18:18:0.782609:8:10:2:3:8:10:2:3 chr1 1654065 . AGCG A,AGTA 224.97 PASS AF=0.75,0.0833333;AO=18,2;DP=24;FAO=18,2;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=10,2;FSAR=8,0;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0140896,-0.00783248;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=251.818,87.1576;QD=37.4944;RBI=0.014335,0.0279597;REFB=-0.0273593,-0.00829144;REVB=-0.00264061,-0.0268402;RO=4;SAF=10,2;SAR=8,0;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.101197,0.687939;STB=0.555494,0.995001;STBP=0.326,0.159;TYPE=del,mnp;VARB=0.014283,0.054531;OID=.,.;OPOS=1654066,1654067;OREF=GCG,CG;OALT=-,TA;OMAPALT=A,AGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75,0.0833333:18,2:24:18,2:24:4:10,2:8,0:1:3:21:4:10,2:8,0:1:3 chr1 1669798 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0234406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.205;QD=15.8821;RBI=0.0242214;REFB=-0.00784695;REVB=0.00610011;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266665;STB=0.655927;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0071992;OID=.;OPOS=1669798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:3:7:4:6:3:7:4:6 chr1 1683565 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.89;QD=57.8847;RBI=0.016875;REFB=0;REVB=-0.000565487;RO=0;SAF=46;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.59306e-05;OID=.;OPOS=1683565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:14:46:0:0:14:46:0:0 chr1 1685545 . C T 43.82 PASS AF=0.166667;AO=4;DP=43;FAO=7;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00640334;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3051;QD=4.17313;RBI=0.00992291;REFB=-0.000238409;REVB=-0.00758033;RO=26;SAF=2;SAR=2;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132074;STB=0.555391;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.000248203;OID=.;OPOS=1685545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:43:42:26:35:4:7:0.166667:2:2:10:16:5:2:12:23 chr1 1686040 . G T 990.43 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.131;QD=59.13;RBI=0.0166797;REFB=0;REVB=0.00471645;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27356e-05;OID=.;OPOS=1686040;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr1 1736002 . G A 219.01 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0125369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1967;QD=11.6804;RBI=0.0141264;REFB=-0.0162673;REVB=0.00650999;RO=47;SAF=13;SAR=14;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147717;STB=0.51484;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0421995;OID=.;OPOS=1736002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:48:27:27:0.36:14:13:22:25:14:13:22:26 chr1 1823922 . A G 410.69 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.643;QD=56.6461;RBI=0.0387767;REFB=0;REVB=0.0164944;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370926;OID=.;OPOS=1823922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr1 1847979 . T C 268.76 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.029962;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7137;QD=27.5653;RBI=0.0331016;REFB=-0.00898683;REVB=-0.0140711;RO=15;SAF=5;SAR=19;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32266;STB=0.680141;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00495865;OID=.;OPOS=1847979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:19:5:9:6:19:5:9:6 chr1 1849530 . T C 247.53 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0100486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.616;QD=11.5129;RBI=0.0145194;REFB=0.000495419;REVB=0.0104804;RO=55;SAF=10;SAR=20;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037554;STB=0.529894;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00184117;OID=.;OPOS=1849530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:56:30:30:0.348837:20:10:20:35:20:10:21:35 chr1 1849744 . G A 148.13 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0720946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.712;QD=17.955;RBI=0.0745331;REFB=-0.0110798;REVB=0.0189092;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349675;STB=0.519975;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0188808;OID=.;OPOS=1849744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:10:6:7:10:10:6:7:10 chr1 1854109 . A G 285.25 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.000785594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.334;QD=21.9421;RBI=0.02429;REFB=-0.00802245;REVB=-0.0242772;RO=23;SAF=16;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588168;STB=0.532601;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00453829;OID=.;OPOS=1854109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:13:16:11:12:13:16:11:12 chr1 1854546 . C T 171.07 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0709378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1206;QD=17.5455;RBI=0.0709892;REFB=0.000694041;REVB=-0.00269866;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673869;STB=0.538419;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00170534;OID=.;OPOS=1854546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:9:9:12:9:9:9:12:9 chr1 1855319 . C T 203.26 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0313893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3287;QD=14.2635;RBI=0.0321251;REFB=-0.0102935;REVB=0.00683643;RO=33;SAF=10;SAR=14;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220274;STB=0.625258;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0146904;OID=.;OPOS=1855319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:14:10:21:12:14:10:21:12 chr1 1858161 . C T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.000722276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.055;QD=12.1823;RBI=0.0224585;REFB=-0.0219256;REVB=0.0224468;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714454;STB=0.54229;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0370962;OID=.;OPOS=1858161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:10:5:4:6:10:5 chr1 1859131 . C T 585.02 PASS AF=0.495868;AO=60;DP=120;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.00153623;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.54;QD=19.3395;RBI=0.0202922;REFB=-0.0279667;REVB=-0.0202339;RO=59;SAF=22;SAR=38;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383244;STB=0.523132;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0211389;OID=.;OPOS=1859131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:59:61:60:60:0.495868:38:22:24:35:38:22:25:36 chr1 1859176 . T C 443.32 PASS AF=0.5;AO=43;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.081485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.161;QD=20.1508;RBI=0.0848029;REFB=0.0360734;REVB=0.0234891;RO=44;SAF=16;SAR=27;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765086;STB=0.537569;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.0297811;OID=.;OPOS=1859176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:43:44:0.5:27:16:13:31:28:16:13:31 chr1 1873514 . A G 118.31 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.115172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5344;QD=12.7907;RBI=0.124236;REFB=-0.0169076;REVB=-0.046583;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188687;STB=0.610532;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0196217;OID=.;OPOS=1873514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:8:6:14:9:8:6:14:9 chr1 1873525 . T C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.062163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8995;QD=11.1971;RBI=0.0642783;REFB=-0.0036186;REVB=-0.0163543;RO=22;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279135;STB=0.666389;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00710078;OID=.;OPOS=1873525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:8:4:13:9:8:4:13:9 chr1 1878477 . G A 520.31 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=85;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00300106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.43;QD=22.6221;RBI=0.0816455;REFB=-0.0150737;REVB=-0.0815903;RO=33;SAF=25;SAR=25;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166008;STB=0.532596;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0202586;OID=.;OPOS=1878477;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:92:33:42:50:50:0.543478:25:25:24:9:25:25:24:18 chr1 1896440 . G A 187.56 PASS AF=0.347826;AO=23;DP=67;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0320222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9318;QD=10.873;RBI=0.0323973;REFB=-0.0148831;REVB=0.00491529;RO=44;SAF=15;SAR=8;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125947;STB=0.591758;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0317475;OID=.;OPOS=1896440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:44:45:23:24:0.347826:8:15:24:20:8:16:24:21 chr1 1900106 . T C,TCTC 509.24 PASS AF=0.0306748,0.355828;AO=6,57;DP=164;FAO=5,58;FDP=163;FR=.;FRO=100;FSAF=2,33;FSAR=3,25;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=-0.0366996,-0.0102841;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=57.5555,239.213;QD=12.4966;RBI=0.0725527,0.0299527;REFB=0.000687166,-0.0142601;REVB=-0.0625862,-0.0281319;RO=101;SAF=3,32;SAR=3,25;SRF=41;SRR=60;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0926669,0.173005;STB=0.509842,0.599706;STBP=0.993,0.06;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0903826,0.0235271;OID=.,.;OPOS=1900106,1900107;OREF=T,-;OALT=C,CTC;OMAPALT=C,TCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:164:163:101:100:6,57:5,58:0.0306748,0.355828:3,25:3,32:41:60:3,25:2,33:41:59 chr1 1900186 . T C 576.21 PASS AF=0.472441;AO=59;DP=128;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0212748;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.834;QD=18.1483;RBI=0.0215783;REFB=-0.0171244;REVB=0.00360611;RO=66;SAF=29;SAR=30;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656778;STB=0.52755;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0267754;OID=.;OPOS=1900186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:66:67:59:60:0.472441:30:29:37:29:30:30:37:30 chr1 1900232 . T C 545.26 PASS AF=0.588235;AO=50;DP=85;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00121992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.849;QD=25.6594;RBI=0.0292374;REFB=-0.0240509;REVB=0.0292119;RO=34;SAF=22;SAR=28;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021292;STB=0.504778;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0140004;OID=.;OPOS=1900232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:34:35:50:50:0.588235:28:22:14:20:28:22:15:20 chr1 1905565 . C T 333.26 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.0195232;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.949;QD=16.0609;RBI=0.0225361;REFB=-0.0182981;REVB=0.0112569;RO=47;SAF=8;SAR=28;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102224;STB=0.557937;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0210684;OID=.;OPOS=1905565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:47:47:36:36:0.433735:28:8:14:33:28:8:14:33 chr1 1916890 . C T 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0169761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.692;QD=13.9955;RBI=0.0283188;REFB=-0.0129728;REVB=0.0226663;RO=42;SAF=13;SAR=16;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103054;STB=0.55864;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0172039;OID=.;OPOS=1916890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:16:13:23:19:16:13:23:19 chr1 1957037 . T C 294.5 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0540569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.341;QD=28.0478;RBI=0.0546688;REFB=0.00111398;REVB=0.00815603;RO=16;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533716;STB=0.52939;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.000680838;OID=.;OPOS=1957037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:10:16:11:5:10:16:11:5 chr1 1960674 . C T 207.69 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0314277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9559;QD=15.1046;RBI=0.0403262;REFB=-0.00594615;REVB=0.0252686;RO=31;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023736;STB=0.513502;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.011729;OID=.;OPOS=1960674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:16:8:11:20:16:8:11:20 chr1 1961466 . C T 287.1 PASS AF=0.492308;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0279564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.059;QD=17.6676;RBI=0.0393459;REFB=-0.0377932;REVB=0.0276864;RO=34;SAF=12;SAR=19;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124775;STB=0.556928;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0331614;OID=.;OPOS=1961466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:33:31:32:0.492308:19:12:9:25:20:12:9:24 chr1 1987993 . T C 669.99 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00592487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.912;QD=62.3242;RBI=0.00608472;REFB=0;REVB=-0.00138551;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04724e-05;OID=.;OPOS=1987993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr1 2005740 . T C 393.17 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.347;QD=56.1677;RBI=0.0438034;REFB=0;REVB=0.0297041;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722358;OID=.;OPOS=2005740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr1 2080297 . C T 117.14 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0730193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2155;QD=12.0141;RBI=0.0731632;REFB=-0.0289243;REVB=0.00458596;RO=25;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150854;STB=0.606587;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0521639;OID=.;OPOS=2080297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:25:25:13:14:0.358974:5:8:12:13:5:9:12:13 chr1 2117558 . C T 741.43 PASS AF=0.569106;AO=69;DP=124;FAO=70;FDP=123;FR=.;FRO=53;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00907775;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.487;QD=24.1115;RBI=0.00923089;REFB=-0.026257;REVB=0.00167444;RO=53;SAF=40;SAR=29;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056768;STB=0.533466;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0175665;OID=.;OPOS=2117558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:53:53:69:70:0.569106:29:40:27:26:29:41:27:26 chr1 2125133 . C G 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0317663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.675;QD=18.6415;RBI=0.0324654;REFB=-0.0255834;REVB=0.00670099;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771839;STB=0.529384;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0305014;OID=.;OPOS=2125133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:24:21:21:0.466667:12:9:8:15:12:9:9:15 chr1 2125172 . G A 88.77 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0598638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4125;QD=14.7957;RBI=0.0604204;REFB=-0.00461581;REVB=0.00818216;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195771;STB=0.615163;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00898223;OID=.;OPOS=2125172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:3:8:7:6:3:8:7:6 chr1 2144788 . A G 81.69 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00488197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0311;QD=8.37852;RBI=0.0342479;REFB=0.0116685;REVB=-0.0338982;RO=28;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201571;STB=0.624186;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0222307;OID=.;OPOS=2144788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:4:7:13:15:4:7:13:15 chr1 2144982 . G T 820.61 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643128;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.598;QD=57.5869;RBI=0.106633;REFB=0;REVB=0.0850551;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659662;OID=.;OPOS=2144982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr1 2145281 . A G 30.73 PASS AF=0.384615;AO=5;DP=13;FAO=5;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00371237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.977;QD=9.45643;RBI=0.0152027;REFB=-0.0260151;REVB=0.0147425;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179553;STB=0.59963;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0369394;OID=.;OPOS=2145281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:8:5:5:0.384615:2:3:4:1:2:3:6:2 chr1 2145524 . G A 272.93 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0203982;FXX=0.0508388;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.89;QD=19.4949;RBI=0.0243084;REFB=-0.00659315;REVB=-0.0132217;RO=25;SAF=8;SAR=21;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00430105;STB=0.512187;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00606081;OID=.;OPOS=2145524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:27:29:29:0.517857:21:8:7:18:21:8:8:19 chr1 2337194 . C T 98.94 PASS AF=0.216216;AO=16;DP=74;FAO=16;FDP=74;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=14;FWDB=-0.016471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.421;QD=5.348;RBI=0.0179169;REFB=-0.0167385;REVB=0.0070513;RO=39;SAF=6;SAR=10;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333138;STB=0.776119;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0390911;OID=.;OPOS=2337194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:74:74:39:58:16:16:0.216216:10:6:26:13:10:6:44:14 chr1 2340200 . T C 194.77 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0702266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4057;QD=17.3133;RBI=0.102462;REFB=-0.0177941;REVB=-0.07461;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584098;STB=0.5333;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0216974;OID=.;OPOS=2340200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:10:10:14:11:10:10:14:11 chr1 2399119 . A G 1453.44 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00309841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.242;QD=63.1932;RBI=0.00427109;REFB=0;REVB=0.00293975;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72108e-06;OID=.;OPOS=2399119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:51:41:0:0:51:41:0:0 chr1 2411240 . C T 281.05 PASS AF=0.265306;AO=39;DP=147;FAO=39;FDP=147;FR=.;FRO=108;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=-0.0208994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.147;QD=7.64772;RBI=0.0233595;REFB=-0.0112709;REVB=-0.0104347;RO=108;SAF=7;SAR=32;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445675;STB=0.769141;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0277434;OID=.;OPOS=2411240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:108:108:39:39:0.265306:32:7:55:53:32:7:55:53 chr1 2418625 . C T 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0448714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1356;QD=22.1883;RBI=0.063943;REFB=-0.00915934;REVB=0.045555;RO=22;SAF=17;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194607;STB=0.609466;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00994537;OID=.;OPOS=2418625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:7:17:11:11:7:17:11:11 chr1 2426356 . G A 195.62 PASS AF=0.292135;AO=25;DP=90;FAO=26;FDP=89;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.0141282;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.752;QD=8.79182;RBI=0.0205538;REFB=-0.0131966;REVB=-0.0149283;RO=63;SAF=13;SAR=12;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224308;STB=0.606663;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0565909;OID=.;OPOS=2426356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:63:63:25:26:0.292135:12:13:21:42:13:13:22:41 chr1 2430055 . C T 53.42 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0613542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.693;QD=7.63106;RBI=0.0613568;REFB=-0.00702771;REVB=0.000558233;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944694;STB=0.558683;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0284785;OID=.;OPOS=2430055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:5:3:6:14:5:3:6:14 chr1 2430617 . C T 475.68 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0097684;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.865;QD=24.0851;RBI=0.026495;REFB=-0.0231195;REVB=-0.0246285;RO=34;SAF=22;SAR=23;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871474;STB=0.504781;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0114174;OID=.;OPOS=2430617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:34:34:45:45:0.56962:23:22:17:17:23:22:17:17 chr1 2433672 . G A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00401145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.8;QD=21.8413;RBI=0.108175;REFB=-0.0362306;REVB=0.1081;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772509;STB=0.545299;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0146016;OID=.;OPOS=2433672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:2:4:1:1:2:4:1:1 chr1 2433900 . C T 101.57 PASS AF=0.5;AO=10;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0187073;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=126.145;QD=16.929;RBI=0.0538076;REFB=0.00150148;REVB=-0.0504509;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185184;STB=0.542183;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00284176;OID=.;OPOS=2433900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:10:12:10:12:0.5:3:7:5:5:5:7:6:6 chr1 2441358 . T C 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0200075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.123;QD=11.6672;RBI=0.0200242;REFB=-0.0245277;REVB=-0.000817138;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142004;STB=0.571327;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0400971;OID=.;OPOS=2441358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:26:14:14:0.35:6:8:11:14:6:8:12:14 chr1 2441364 . G A 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0064731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.87;QD=11.0159;RBI=0.00663448;REFB=-0.0175301;REVB=-0.00145441;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0343896;OID=.;OPOS=2441364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:7:7:14:14:7:7:14:14 chr1 2449946 . G A 41.36 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0278535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.588;QD=3.93872;RBI=0.0645591;REFB=-0.00752039;REVB=-0.0582414;RO=35;SAF=4;SAR=3;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354128;STB=0.524406;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.049663;OID=.;OPOS=2449946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:3:4:21:14:3:4:21:14 chr1 2452244 . G T 266.35 PASS AF=0.278195;AO=37;DP=132;FAO=37;FDP=133;FR=.;FRO=96;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=56;FSRR=40;FWDB=-0.0092028;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.134;QD=8.01042;RBI=0.00926727;REFB=-0.00190955;REVB=0.00109125;RO=95;SAF=18;SAR=19;SRF=55;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112311;STB=0.569655;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00639893;OID=.;OPOS=2452244;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:95:96:37:37:0.278195:19:18:55:40:19:18:56:40 chr1 2452569 . T C 2170.97 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2789;QD=62.9265;RBI=0.0220146;REFB=0;REVB=-0.0192542;RO=0;SAF=64;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.41791e-05;OID=.;OPOS=2452569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:137:138:1:73:64:0:0:73:65:0:0 chr1 2488153 . A G 1774.96 PASS AF=0.475066;AO=180;DP=380;FAO=181;FDP=381;FR=.;FRO=200;FSAF=87;FSAR=94;FSRF=106;FSRR=94;FWDB=-0.0137592;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.567;QD=18.6347;RBI=0.0143615;REFB=-0.00553978;REVB=-0.00411521;RO=198;SAF=86;SAR=94;SRF=106;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054799;STB=0.525883;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0053303;OID=.;OPOS=2488153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:381:198:200:180:181:0.475066:94:86:106:92:94:87:106:94 chr1 2490898 . C A 52.86 PASS AF=0.307692;AO=7;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00495228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.824;QD=8.13162;RBI=0.00689737;REFB=-0.00995798;REVB=-0.0048009;RO=17;SAF=7;SAR=0;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.715097;STB=0.719924;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0240673;OID=.;OPOS=2490898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:26:26:17:18:7:8:0.307692:0:7:11:6:1:7:12:6 chr1 2490942 . C A 141.17 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0101138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4629;QD=14.8605;RBI=0.126054;REFB=-0.00980703;REVB=0.125648;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570906;STB=0.562422;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0207079;OID=.;OPOS=2490942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:22:15:16:0.421053:8:7:12:11:9:7:12:10 chr1 2491205 . C T 667.84 PASS AF=0.52381;AO=66;DP=126;FAO=66;FDP=126;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00374039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.428;QD=21.2011;RBI=0.00410238;REFB=-0.0192918;REVB=-0.00168493;RO=60;SAF=38;SAR=28;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519261;STB=0.528542;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0212496;OID=.;OPOS=2491205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:60:60:66:66:0.52381:28:38:31:29:28:38:31:29 chr1 2526746 . A G 78.8 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0430268;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.911;QD=13.1326;RBI=0.0735764;REFB=-0.0135687;REVB=-0.059684;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119127;STB=0.571275;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0197127;OID=.;OPOS=2526746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:24:14:14:10:10:0.416667:2:8:10:4:2:8:10:4 chr1 2535613 . C A 282.65 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0128758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.249;QD=17.3939;RBI=0.0680329;REFB=-0.0252289;REVB=0.0668034;RO=34;SAF=20;SAR=11;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277566;STB=0.515565;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0197335;OID=.;OPOS=2535613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:11:20:21:13:11:20:21:13 chr1 2541269 . A G 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=31;FWDB=0.0407444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3224;QD=13.7264;RBI=0.0618622;REFB=0.000686454;REVB=-0.0465492;RO=36;SAF=6;SAR=19;SRF=5;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158682;STB=0.589328;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.00132472;OID=.;OPOS=2541269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:19:6:5:31:19:6:5:31 chr1 2560882 . G A 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00796721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.786;QD=25.4981;RBI=0.0148289;REFB=-0.0360201;REVB=0.0125068;RO=16;SAF=15;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219302;STB=0.512184;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0259329;OID=.;OPOS=2560882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:8:15:10:6:8:15:10:6 chr1 2560903 . T G 239.47 PASS AF=0.547619;AO=19;DP=38;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0223751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.236;QD=22.8062;RBI=0.0244687;REFB=-0.0293973;REVB=0.00990308;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205733;STB=0.514027;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0189718;OID=.;OPOS=2560903;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:42:18:19:19:23:0.547619:8:11:10:8:9:14:11:8 chr1 2573199 . A G 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.941;QD=58.6003;RBI=0.0367527;REFB=0;REVB=0.00286412;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.61323e-05;OID=.;OPOS=2573199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr1 2704116 . TG GT,T 30.65 PASS AF=0.0217391,0.173913;AO=2,15;DP=45;FAO=1,8;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=0,1;FSAR=1,7;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0590655,-0.0517643;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=120.158,13.8735;QD=2.66526;RBI=0.0877273,0.104474;REFB=-0.00944513,-0.121832;REVB=-0.064864,-0.0907488;RO=26;SAF=0,3;SAR=2,12;SRF=20;SRR=6;SSEN=0,0.306122;SSEP=0,0;SSSB=-0.630761,-0.5787;STB=0.992726,0.896531;STBP=0.227,0.028;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0910829,0.151574;OID=.,.;OPOS=2704116,2704117;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:27:45:46:26:37:2,15:1,8:0.0217391,0.173913:2,12:0,3:20:6:1,7:0,1:24:13 chr1 2938265 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0022923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.242;QD=11.9536;RBI=0.0200885;REFB=-5.37613e-05;REVB=-0.0199573;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424693;STB=0.762848;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00019977;OID=.;OPOS=2938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:1:7:6:5:1:7:6:5 chr1 2938697 . T G 268.54 PASS AF=0.402597;AO=30;DP=76;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.018108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.942;QD=13.9502;RBI=0.0184032;REFB=-0.0219746;REVB=-0.00328298;RO=45;SAF=16;SAR=14;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235345;STB=0.516362;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0305875;OID=.;OPOS=2938697;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:45:46:30:31:0.402597:14:16:25:20:15:16:25:21 chr1 2939409 . G T 108.59 PASS AF=0.296296;AO=14;DP=50;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0216273;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=49.9967;QD=8.04392;RBI=0.0411197;REFB=-0.0312472;REVB=0.0349727;RO=36;SAF=9;SAR=5;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310161;STB=0.504944;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0552552;OID=.;OPOS=2939409;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:54:36:38:14:16:0.296296:5:9:24:12:6:10:24:14 chr1 2980793 . T C 409.53 PASS AF=0.387097;AO=48;DP=124;FAO=48;FDP=124;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.0373738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.185;QD=13.2106;RBI=0.0373807;REFB=0.00293176;REVB=-0.000717494;RO=76;SAF=22;SAR=26;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843535;STB=0.547729;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.0174666;OID=.;OPOS=2980793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:76:76:48:48:0.387097:26:22:29:47:26:22:29:47 chr1 2980834 . G A 274.14 PASS AF=0.347368;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.00102441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.727;QD=11.5426;RBI=0.00989909;REFB=-0.000798837;REVB=0.00984594;RO=60;SAF=11;SAR=22;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208008;STB=0.517735;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00198993;OID=.;OPOS=2980834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:60:62:33:33:0.347368:22:11:21:39:21:12:21:41 chr1 2984087 . C A 224.61 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0240812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.188;QD=17.6166;RBI=0.0250378;REFB=-0.0330007;REVB=-0.00685494;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032853;STB=0.52725;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0227184;OID=.;OPOS=2984087;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:11:13:15:11:11:13:16:11 chr1 2985885 . C G 509.21 PASS AF=1;AO=30;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.224601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1121;QD=56.579;RBI=0.227784;REFB=0;REVB=-0.0379476;RO=1;SAF=12;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372625;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0107531;OID=.;OPOS=2985885;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:36:1:0:30:36:1:18:12:1:0:18:18:0:0 chr1 3301721 . C T 330.62 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0166631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.76;QD=23.6155;RBI=0.0217215;REFB=-0.0130516;REVB=0.0139343;RO=23;SAF=22;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181112;STB=0.599938;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0105366;OID=.;OPOS=3301721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:11:22:10:13:11:22:10:13 chr1 3312914 . T G 126.28 PASS AF=0.326087;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0118914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.534;QD=10.9806;RBI=0.0252939;REFB=-0.009841;REVB=0.0223244;RO=31;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268019;STB=0.51019;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0170393;OID=.;OPOS=3312914;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:31:31:14:15:0.326087:8:6:14:17:8:7:14:17 chr1 3328358 . T C 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00519712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.356;QD=57.1987;RBI=0.0233262;REFB=0;REVB=-0.0227399;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158835;OID=.;OPOS=3328358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr1 3331193 . G A 543.55 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0401728;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3793;QD=22.1859;RBI=0.0517547;REFB=0.00797355;REVB=0.0326296;RO=43;SAF=23;SAR=28;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312983;STB=0.538878;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.00660914;OID=.;OPOS=3331193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:43:47:51:51:0.520408:28:23:21:22:28:23:25:22 chr1 3353157 . C T 126.98 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=46;FAO=15;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.121921;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.079;QD=11.2869;RBI=0.122502;REFB=0.000488281;REVB=0.0119175;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142661;STB=0.522225;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.00157327;OID=.;OPOS=3353157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:22:30:14:15:0.333333:7:7:8:14:7:8:15:15 chr1 3353890 . A G 1614.98 PASS AF=1;AO=107;DP=110;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415813;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.226;QD=60.3732;RBI=0.0422601;REFB=0;REVB=-0.00754427;RO=0;SAF=42;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88327e-06;OID=.;OPOS=3353890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:107:0:0:107:107:1:65:42:0:0:65:42:0:0 chr1 3353949 . A G 1558.07 PASS AF=0.990566;AO=103;DP=104;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0330812;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.851;QD=58.795;RBI=0.0333534;REFB=-0.126822;REVB=-0.00425302;RO=0;SAF=44;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03381e-08;STB=0.504201;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000387139;OID=.;OPOS=3353949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:106:0:1:103:105:0.990566:59:44:0:0:59:46:0:1 chr1 3354595 . T C 1388.63 PASS AF=0.84;AO=105;DP=125;FAO=105;FDP=125;FR=.;FRO=20;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0183616;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.9935;QD=44.4361;RBI=0.0187397;REFB=-0.0394835;REVB=0.00374521;RO=6;SAF=57;SAR=48;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386655;STB=0.546816;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0031413;OID=.;OPOS=3354595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:125:125:6:20:105:105:0.84:48:57:1:5:48:57:5:15 chr1 3354615 . T C 2020.89 PASS AF=0.977778;AO=132;DP=135;FAO=132;FDP=135;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00393484;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.146;QD=59.8782;RBI=0.00403012;REFB=-0.0436153;REVB=0.000871147;RO=1;SAF=65;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704144;STB=0.510947;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.000384722;OID=.;OPOS=3354615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:135:135:1:3:132:132:0.977778:67:65:0:1:67:65:0:3 chr1 3380057 . G A 973.72 PASS AF=0.492308;AO=96;DP=195;FAO=96;FDP=195;FR=.;FRO=99;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=-0.00397998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3648;QD=19.9738;RBI=0.0202914;REFB=-0.0042599;REVB=-0.0198973;RO=99;SAF=48;SAR=48;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051257;STB=0.528199;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0050076;OID=.;OPOS=3380057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:99:99:96:96:0.492308:48:48:44:55:48:48:44:55 chr1 3383898 . A G 1434.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.405;QD=63.0517;RBI=0.0297052;REFB=0;REVB=-0.008658;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15938e-05;OID=.;OPOS=3383898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:50:41:0:0:50:41:0:0 chr1 3389727 . C T 278.92 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0150689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.184;QD=13.9458;RBI=0.0271307;REFB=-0.00665327;REVB=0.022561;RO=47;SAF=20;SAR=12;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166542;STB=0.589116;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0096441;OID=.;OPOS=3389727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:48:32:32:0.4:12:20:22:25:12:20:23:25 chr1 3394456 . T C 1491.0 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00413472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.736;QD=63.4469;RBI=0.00421126;REFB=0;REVB=0.000799256;RO=0;SAF=70;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.84587e-06;OID=.;OPOS=3394456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:24:70:0:0:24:70:0:0 chr1 3394511 . CT C,TC 350.4 PASS AF=0.604839,0.016129;AO=70,6;DP=125;FAO=75,2;FDP=124;FR=.;FRO=47;FSAF=60,0;FSAR=15,2;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.1074,-0.0321745;FXX=0.00799936;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=8.8962,123.724;QD=11.3031;RBI=0.124486,0.072432;REFB=-0.212519,-0.0112511;REVB=-0.0629432,-0.0648938;RO=39;SAF=57,0;SAR=13,6;SRF=13;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.383705,-0.597675;STB=0.692856,0.993744;STBP=0,0.214;TYPE=del,mnp;VARB=0.153808,-0.0469919;OID=.,.;OPOS=3394512,3394511;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:39:47:70,6:75,2:0.604839,0.016129:13,6:57,0:13:26:15,2:60,0:18:29 chr1 3395039 . G A 252.78 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00350378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.879;QD=21.0648;RBI=0.00844035;REFB=-0.0116431;REVB=0.00767874;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943123;STB=0.562449;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0122812;OID=.;OPOS=3395039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:24:23:24:0.5:12:11:9:15:12:12:9:15 chr1 3413868 . C G 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0189504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8152;QD=21.8421;RBI=0.0199021;REFB=-0.0363227;REVB=-0.00608079;RO=2;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209294;STB=0.624528;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0153314;OID=.;OPOS=3413868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:5:1:1:1:5:1:1:1 chr1 3414105 . C T 293.21 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.0284943;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.5142;QD=22.1287;RBI=0.0466545;REFB=0.00135569;REVB=-0.036942;RO=23;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27931;STB=0.653371;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00120584;OID=.;OPOS=3414105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:23:23:30:30:0.566038:16:14:19:4:16:14:19:4 chr1 3416449 . C A 252.76 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0303852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0693;QD=21.0635;RBI=0.0381013;REFB=-0.0238535;REVB=0.022988;RO=23;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228617;STB=0.521565;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0165907;OID=.;OPOS=3416449;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:10:14:14:9:10:14:15:9 chr1 3418427 . GGCCCCCCC GCCCCCC,GGCCCCACG,GGCCCCCC,GGGCCCCCC 488.1 PASS AF=0,0.19,0.81,0;AO=18,7,19,18;DP=124;FAO=0,19,81,0;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19,22,0;FSAR=0,0,59,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.84182,-0.142208,-0.628054,0.201603;FXX=0.0196059;HRUN=5,7,7,7;LEN=2,3,1,1;MLLD=7.15843,153.954,4.87718,3.21506;QD=19.5239;RBI=0.865059,0.145056,0.630054,0.322046;REFB=0.0988933,0.0165539,-0.0426275,-0.155602;REVB=-0.199162,-0.0286039,0.0501593,0.251137;RO=11;SAF=4,7,0,0;SAR=14,0,19,18;SRF=2;SRR=9;SSEN=0.375,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0408272,0.816908,-0.826071,-0.821802;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,mnp,del,snp;VARB=0,0.193859,-0.211516,0;OID=.,.,.,.;OPOS=3418428,3418433,3418429,3418429;OREF=GC,CCC,C,C;OALT=-,ACG,-,G;OMAPALT=GCCCCCC,GGCCCCACG,GGCCCCCC,GGGCCCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.19,0.81,0:18,7,19,18:124:0,19,81,0:100:0:0,19,22,0:0,0,59,0:0:0:99:11:4,7,0,0:14,0,19,18:2:9 chr1 3428160 . T G 397.43 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0229141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7404;QD=20.6458;RBI=0.0383956;REFB=0.000924234;REVB=-0.0308085;RO=37;SAF=23;SAR=17;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909236;STB=0.550211;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00109403;OID=.;OPOS=3428160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:17:23:25:12:17:23:25:12 chr1 3428608 . G A 349.46 PASS AF=0.395833;AO=28;DP=99;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=-0.0351485;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.119;QD=14.5606;RBI=0.0632221;REFB=-0.0278841;REVB=0.052551;RO=46;SAF=22;SAR=6;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709545;STB=0.53196;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0535898;OID=.;OPOS=3428608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:96:46:58:28:38:0.395833:6:22:34:12:15:23:38:20 chr1 3496479 . T C 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00358957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.084;QD=22.1888;RBI=0.00436487;REFB=-0.0251628;REVB=0.00248336;RO=22;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151156;STB=0.584463;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0217977;OID=.;OPOS=3496479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:11:13:8:14:11:13:8:14 chr1 3511934 . A G 358.09 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0158121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.322;QD=31.1382;RBI=0.0448573;REFB=-0.0267772;REVB=-0.041978;RO=15;SAF=21;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114405;STB=0.577616;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0103241;OID=.;OPOS=3511934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:16:30:30:0.652174:9:21:8:7:9:21:8:8 chr1 3545612 . A G 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0136572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.129;QD=16.0289;RBI=0.0214532;REFB=0.00169798;REVB=-0.0165445;RO=30;SAF=17;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214684;STB=0.621851;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00267006;OID=.;OPOS=3545612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:8:17:14:16:8:17:14:16 chr1 3548136 . T C 885.33 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.595;QD=58.0544;RBI=0.0396359;REFB=0;REVB=-0.00596123;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010001;OID=.;OPOS=3548136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr1 3551792 . G A 283.68 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0548281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0703;QD=23.1574;RBI=0.0625383;REFB=0.0152245;REVB=-0.030082;RO=23;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798965;STB=0.544653;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0187371;OID=.;OPOS=3551792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:17:9:10:13:17:9:10:13 chr1 3607520 . G A 1074.36 PASS AF=0.45122;AO=111;DP=247;FAO=111;FDP=246;FR=.;FRO=135;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=65;FSRR=70;FWDB=-0.0112138;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.018;QD=17.4693;RBI=0.0235128;REFB=-0.00845752;REVB=0.0206664;RO=133;SAF=52;SAR=59;SRF=65;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199897;STB=0.507162;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0101739;OID=.;OPOS=3607520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:246:133:135:111:111:0.45122:59:52:65:68:59:52:65:70 chr1 3638674 . C T 941.54 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0533215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.409;QD=57.0629;RBI=0.0613543;REFB=-0.10925;REVB=0.0303507;RO=1;SAF=32;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145314;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000428249;OID=.;OPOS=3638674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:64:65:0.984848:32:32:1:0:32:33:1:0 chr1 3703710 . G A 528.07 PASS AF=0.5;AO=53;DP=109;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0400626;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3626;QD=19.2025;RBI=0.0534718;REFB=-0.0191525;REVB=0.0354149;RO=55;SAF=23;SAR=30;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861699;STB=0.545649;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.018156;OID=.;OPOS=3703710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:55:55:53:55:0.5:30:23:29:26:31:24:29:26 chr1 3743319 . G A 1208.2 PASS AF=1;AO=67;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.812;QD=61.1749;RBI=0.0376625;REFB=0;REVB=0.0218077;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356964;OID=.;OPOS=3743319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:67:79:1:28:39:0:0:32:47:0:0 chr1 3745924 . G A 1888.8 PASS AF=1;AO=120;DP=125;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00426158;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1393;QD=61.9278;RBI=0.00539329;REFB=0;REVB=-0.00330553;RO=0;SAF=54;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.14238e-05;OID=.;OPOS=3745924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:122:0:0:120:122:1:66:54:0:0:66:56:0:0 chr1 3759874 . C T 172.0 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00250811;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.59;QD=9.2971;RBI=0.00496936;REFB=-0.00553265;REVB=0.00428999;RO=50;SAF=15;SAR=8;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891332;STB=0.561043;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0148795;OID=.;OPOS=3759874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:50:51:23:23:0.310811:8:15:29:21:8:15:29:22 chr1 3759889 . TAAAAAAAAAAAAAA TAAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAGAAG 117.37 PASS AF=0.117647,0.676471,0.147059,0.0294118;AO=11,5,3,2;DP=36;FAO=4,23,5,1;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=0,5,2,1;FSAR=4,18,3,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.953155,-0.589892,-0.283598,-0.188674;FXX=0.0555401;HRUN=15,15,15,15;LEN=1,2,1,4;MLLD=3.6703,5.49446,138.767,210.77;QD=13.8082;RBI=0.968282,0.59645,0.283641,0.189375;REFB=-0.213228,-0.215501,0.0101409,0.000905553;REVB=0.170485,0.0882027,0.00494712,0.0162712;RO=3;SAF=0,1,0,2;SAR=11,4,3,0;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0.23409,0,0.74993;STB=0.995941,0.545413,0.599598,0.5;STBP=0.078,0.153,0.517,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=-0.196712,0.047629,-0.0107598,0.124585;OID=.,.,.,.;OPOS=3759890,3759890,3759903,3759900;OREF=A,AA,A,AAAA;OALT=-,-,G,GAAG;OMAPALT=TAAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAGAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.117647,0.676471,0.147059,0.0294118:11,5,3,2:36:4,23,5,1:34:1:0,5,2,1:4,18,3,0:1:0:33:3:0,1,0,2:11,4,3,0:0:3 chr1 4772716 . C T 208.79 PASS AF=0.284314;AO=29;DP=103;FAO=29;FDP=102;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.00860137;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.823;QD=8.18776;RBI=0.0203704;REFB=0.000307953;REVB=-0.0184654;RO=70;SAF=14;SAR=15;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09971;STB=0.561481;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.000890582;OID=.;OPOS=4772716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:70:73:29:29:0.284314:15:14:28:42:15:14:29:44 chr1 4842981 . G A 978.0 PASS AF=0.5;AO=95;DP=193;FAO=96;FDP=192;FR=.;FRO=96;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=-0.00533003;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.75;QD=20.375;RBI=0.0494192;REFB=-0.00898447;REVB=0.049131;RO=96;SAF=48;SAR=47;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238451;STB=0.510414;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00970644;OID=.;OPOS=4842981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:96:96:95:96:0.5:47:48:46:50:48:48:46:50 chr1 5937168 . G A 2051.63 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285273;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5494;QD=61.7032;RBI=0.041302;REFB=0.033144;REVB=0.0298673;RO=1;SAF=89;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109243;STB=0.505746;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-9.66395e-05;OID=.;OPOS=5937168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:133:1:1:132:132:0.992481:43:89:0:1:43:89:0:1 chr1 5937218 . G A 308.15 PASS AF=0.261628;AO=27;DP=174;FAO=45;FDP=172;FR=.;FRO=127;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=81;FSRR=46;FWDB=-0.00707353;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.588;QD=7.16632;RBI=0.0179734;REFB=-0.0138298;REVB=-0.0165229;RO=127;SAF=3;SAR=24;SRF=81;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.639763;STB=0.624756;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0360809;OID=.;OPOS=5937218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:172:127:127:27:45:0.261628:24:3:81:46:24:21:81:46 chr1 5948677 . G A 807.41 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0324926;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.451;QD=55.6836;RBI=0.0325055;REFB=0.0466332;REVB=-0.00091682;RO=1;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132859;STB=0.50704;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00106971;OID=.;OPOS=5948677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:1:1:57:57:0.982759:35:22:0:1:35:22:0:1 chr1 6162054 . T C 214.0 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0777805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7488;QD=37.2173;RBI=0.0807358;REFB=0.0167778;REVB=0.0216441;RO=4;SAF=7;SAR=12;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409274;STB=0.522365;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0262195;OID=.;OPOS=6162054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:4:4:19:19:0.826087:12:7:1:3:12:7:1:3 chr1 6162355 . A T 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.203;QD=58.5991;RBI=0.0415641;REFB=0;REVB=0.00132795;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010564;OID=.;OPOS=6162355;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr1 6162407 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.425;QD=61.3363;RBI=0.0296359;REFB=0;REVB=0.0133315;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52003e-05;OID=.;OPOS=6162407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr1 6163065 . G A,C 1293.06 PASS AF=0.952941,0.0470588;AO=81,4;DP=85;FAO=81,4;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33,2;FSAR=48,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0616143,-0.0190559;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=114.846,162.427;QD=60.8499;RBI=0.0628493,0.023324;REFB=0,0;REVB=0.0123983,-0.0134491;RO=0;SAF=33,2;SAR=48,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.28649e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00156592,0.187918;OID=.,.;OPOS=6163065,6163065;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:85:85:0:0:81,4:81,4:0.952941,0.0470588:48,2:33,2:0:0:48,2:33,2:0:0 chr1 6165419 . C T 792.4 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.782;QD=63.3923;RBI=0.0307742;REFB=0;REVB=0.00541313;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69801e-05;OID=.;OPOS=6165419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:29:20:0:0:30:20:0:0 chr1 6184092 . A G 771.66 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238849;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.353;QD=57.1603;RBI=0.0509996;REFB=0;REVB=-0.0450607;RO=0;SAF=41;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000393668;OID=.;OPOS=6184092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:13:41:0:0:13:41:0:0 chr1 6190315 . C T 1917.89 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0252234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.973;QD=60.8855;RBI=0.0379939;REFB=-0.0943733;REVB=0.0284133;RO=1;SAF=66;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714507;STB=0.503759;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000155792;OID=.;OPOS=6190315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:59:66:1:0:59:66:1:0 chr1 6196869 . A G 923.68 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0931286;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4079;QD=58.6464;RBI=0.0977995;REFB=0;REVB=-0.029863;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000698239;OID=.;OPOS=6196869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr1 6202245 . G A 1921.27 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00219507;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.983;QD=61.9763;RBI=0.00736035;REFB=0;REVB=0.00702541;RO=0;SAF=64;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72477e-06;OID=.;OPOS=6202245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:124:0:0:124:124:1:60:64:0:0:60:64:0:0 chr1 6209363 . T C 239.41 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0471465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1179;QD=50.4027;RBI=0.0507959;REFB=0;REVB=0.0189058;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000940346;OID=.;OPOS=6209363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:11:8:0:0 chr1 6211183 . G A 1080.59 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3434;QD=60.033;RBI=0.0816924;REFB=0;REVB=0.0673589;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720015;OID=.;OPOS=6211183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:34:37:0:0:35:37:0:0 chr1 6313938 . C T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00250246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.711;QD=57.2372;RBI=0.0190778;REFB=0;REVB=0.0189129;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23882e-05;OID=.;OPOS=6313938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr1 6314822 . T C 1571.82 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035396;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.731;QD=64.1558;RBI=0.0475994;REFB=0;REVB=0.0318249;RO=0;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206674;OID=.;OPOS=6314822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:54:44:0:0:54:44:0:0 chr1 6473294 . A G 415.09 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0159281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9426;QD=19.3066;RBI=0.0641609;REFB=-0.0417407;REVB=-0.0621523;RO=44;SAF=17;SAR=25;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176348;STB=0.509799;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0427243;OID=.;OPOS=6473294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:25:17:17:27:25:17:17:27 chr1 6501044 . C G 373.15 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00591176;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.977;QD=22.963;RBI=0.0247471;REFB=-0.0159452;REVB=0.0240306;RO=29;SAF=27;SAR=10;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395968;STB=0.508364;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00837886;OID=.;OPOS=6501044;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:29:28:37:37:0.569231:10:27:20:9:10:27:20:8 chr1 6528464 . C T 297.19 PASS AF=0.359223;AO=37;DP=103;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0474121;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7222;QD=11.5412;RBI=0.0491552;REFB=-0.0240203;REVB=0.0129739;RO=66;SAF=22;SAR=15;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123487;STB=0.570936;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0501788;OID=.;OPOS=6528464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:66:66:37:37:0.359223:15:22:32:34:15:22:32:34 chr1 6592031 . A T 257.61 PASS AF=0.320755;AO=34;DP=106;FAO=34;FDP=106;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0119713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.321;QD=9.72115;RBI=0.0356605;REFB=-0.00267157;REVB=-0.0335911;RO=71;SAF=24;SAR=10;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30376;STB=0.673435;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00668963;OID=.;OPOS=6592031;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:71:72:34:34:0.320755:10:24:32:39:10:24:33:39 chr1 6592630 . A G 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0709098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.304;QD=17.064;RBI=0.0709131;REFB=-0.00372183;REVB=0.000682987;RO=31;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150743;STB=0.508469;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00532533;OID=.;OPOS=6592630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:14:14:16:15:14:14:16:15 chr1 6614535 . G A 276.5 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041677;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0202;QD=52.666;RBI=0.149901;REFB=0;REVB=0.143991;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194732;OID=.;OPOS=6614535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr1 6635231 . A G 303.56 PASS AF=0.96;AO=22;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0344549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9163;QD=48.5702;RBI=0.0429686;REFB=-0.0382444;REVB=-0.0256741;RO=3;SAF=5;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12707;STB=0.538428;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0308941;OID=.;OPOS=6635231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:25:25:3:1:22:24:0.96:17:5:2:1:18:6:1:0 chr1 6635306 . G A 506.46 PASS AF=0.647887;AO=46;DP=71;FAO=46;FDP=71;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0153492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.823;QD=28.5331;RBI=0.020748;REFB=0.00802967;REVB=-0.01396;RO=25;SAF=22;SAR=24;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786994;STB=0.542769;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00448986;OID=.;OPOS=6635306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:25:25:46:46:0.647887:24:22:15:10:24:22:15:10 chr1 6637033 . C T 410.81 PASS AF=0.337748;AO=51;DP=151;FAO=51;FDP=151;FR=.;FRO=100;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=-0.028034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9199;QD=10.8824;RBI=0.0671755;REFB=-0.0122213;REVB=-0.0610463;RO=99;SAF=27;SAR=24;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395949;STB=0.5261;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0248179;OID=.;OPOS=6637033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:99:100:51:51:0.337748:24:27:49:50:24:27:49:51 chr1 6646959 . GCCTGCCTTC G 113.49 PASS AF=0.338462;AO=21;DP=64;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0146437;FXX=0.0298463;HRUN=2;LEN=9;MLLD=285.62;QD=6.98397;RBI=0.0179982;REFB=-0.0135388;REVB=0.0104641;RO=39;SAF=15;SAR=6;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125513;STB=0.576976;STBP=0.416;TYPE=del;VARB=0.025759;OID=.;OPOS=6646960;OREF=CCTGCCTTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.338462:21:64:22:65:43:16:6:27:16:99:39:15:6:24:15 chr1 6648248 . G A 109.15 PASS AF=0.311111;AO=13;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.00153565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.313;QD=9.70211;RBI=0.00691055;REFB=-0.00840928;REVB=0.00673777;RO=31;SAF=9;SAR=4;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702339;STB=0.577514;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0524927;OID=.;OPOS=6648248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:13:14:0.311111:4:9:23:8:5:9:23:8 chr1 6659505 . G A 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.000226678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.845;QD=26.3387;RBI=0.00118175;REFB=-0.00611485;REVB=0.00115981;RO=15;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554829;STB=0.530779;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00352991;OID=.;OPOS=6659505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:14:9:7:8:14:9:7:8 chr1 6679922 . C T 417.36 PASS AF=0.280952;AO=59;DP=210;FAO=59;FDP=210;FR=.;FRO=151;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=86;FSRR=65;FWDB=0.0103647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.862;QD=7.94975;RBI=0.0188802;REFB=-0.0180826;REVB=-0.0157809;RO=150;SAF=31;SAR=28;SRF=85;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507204;STB=0.531894;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0417194;OID=.;OPOS=6679922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:150:151:59:59:0.280952:28:31:85:65:28:31:86:65 chr1 6693097 . A G 191.56 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0271688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.296;QD=15.6374;RBI=0.0311889;REFB=-0.00580091;REVB=-0.0153168;RO=27;SAF=16;SAR=4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366637;STB=0.733691;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0269799;OID=.;OPOS=6693097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:29:20:20:0.408163:4:16:13:14:4:16:13:16 chr1 6695244 . A G 75.6 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0475167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3526;QD=11.6302;RBI=0.0475328;REFB=-0.0129354;REVB=-0.00123746;RO=16;SAF=8;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294572;STB=0.678847;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0168968;OID=.;OPOS=6695244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:2:8:9:7:2:8:9:7 chr1 6704635 . A G 258.21 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0178363;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7273;QD=16.1379;RBI=0.0348541;REFB=-0.0142781;REVB=0.0299445;RO=35;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00286888;STB=0.501617;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0252778;OID=.;OPOS=6704635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:35:35:29:29:0.453125:14:15:18:17:14:15:18:17 chr1 6711146 . T C 191.51 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0378512;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.086;QD=13.439;RBI=0.0398029;REFB=-0.0124924;REVB=-0.0123109;RO=33;SAF=18;SAR=5;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316776;STB=0.693337;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0269092;OID=.;OPOS=6711146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:33:34:23:23:0.403509:5:18:17:16:5:18:17:17 chr1 7723534 . G A 180.42 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0239204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.369;QD=16.0377;RBI=0.0367048;REFB=-0.0161633;REVB=-0.0278398;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973853;STB=0.556037;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0477148;OID=.;OPOS=7723534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:12:7:12:14:12:7:12:14 chr1 7797503 . C G 228.31 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00305033;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.701;QD=21.7441;RBI=0.00611288;REFB=-0.00894384;REVB=0.00529742;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367314;STB=0.545413;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0065649;OID=.;OPOS=7797503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:18:20:22:22:0.52381:12:10:9:9:12:10:11:9 chr1 7811014 . G A 367.86 PASS AF=0.416667;AO=37;DP=95;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0197639;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.163;QD=15.3275;RBI=0.020131;REFB=-0.0140715;REVB=0.00382683;RO=58;SAF=22;SAR=15;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210609;STB=0.644259;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0175378;OID=.;OPOS=7811014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:58:56:37:40:0.416667:15:22:23:35:15:25:21:35 chr1 7870048 . T C 288.9 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0105818;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5781;QD=16.0498;RBI=0.0121477;REFB=-0.00821395;REVB=-0.00596594;RO=40;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684289;STB=0.538505;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0107229;OID=.;OPOS=7870048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:40:40:32:32:0.444444:17:15:16:24:17:15:16:24 chr1 7887248 . G A 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.978;QD=58.0587;RBI=0.0268159;REFB=0;REVB=0.0089922;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98919e-05;OID=.;OPOS=7887248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr1 7887493 . T C 1012.73 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00609966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3847;QD=57.87;RBI=0.0853226;REFB=-0.0548305;REVB=0.0851042;RO=1;SAF=28;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165801;STB=0.508472;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0012182;OID=.;OPOS=7887493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:68:69:0.985714:40:28:1:0:40:29:1:0 chr1 7887605 . G A 126.82 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.000154948;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.163;QD=16.9096;RBI=0.0179796;REFB=0.0121972;REVB=0.0179789;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361915;STB=0.672656;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00574394;OID=.;OPOS=7887605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:14:16:14:14:0.466667:9:5:11:3:9:5:11:5 chr1 7889941 . C T 360.87 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.0195294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.151;QD=14.2918;RBI=0.0400138;REFB=-0.00282705;REVB=0.0349243;RO=60;SAF=20;SAR=21;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135163;STB=0.576275;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00512954;OID=.;OPOS=7889941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:60:41:41:0.405941:21:20:37:23:21:20:37:23 chr1 7890053 . G A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00482552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1159;QD=12.7301;RBI=0.0451432;REFB=-0.0655441;REVB=0.0448845;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138405;STB=0.583135;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0633106;OID=.;OPOS=7890053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:7:2:4:8:7:2:4:8 chr1 7890055 . T A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0288337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8728;QD=12.0516;RBI=0.034469;REFB=-0.0134086;REVB=-0.0188872;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111869;STB=0.567408;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0179357;OID=.;OPOS=7890055;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:7:2:4:9:7:2:4:9 chr1 7906476 . G T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.615;QD=60.6099;RBI=0.0298485;REFB=0;REVB=0.0229238;RO=0;SAF=29;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449109;OID=.;OPOS=7906476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:9:29:0:0:9:29:0:0 chr1 7909737 . C T 261.21 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=-0.0281236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0898;QD=12.2921;RBI=0.0390452;REFB=-0.030613;REVB=-0.0270849;RO=53;SAF=17;SAR=14;SRF=13;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328393;STB=0.67889;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0227045;OID=.;OPOS=7909737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:53:54:31:31:0.364706:14:17:13:40:14:17:14:40 chr1 7913430 . G A 446.06 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00137667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.544;QD=23.4771;RBI=0.0626159;REFB=0.0109367;REVB=-0.0626008;RO=33;SAF=23;SAR=20;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634763;STB=0.534867;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00729843;OID=.;OPOS=7913430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:20:23:15:18:20:23:15:18 chr1 7990367 . G A 84.35 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0299647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8711;QD=10.544;RBI=0.0312303;REFB=-0.0321568;REVB=0.00880043;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226644;STB=0.636116;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0619083;OID=.;OPOS=7990367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:4:7:9:12:4:7:9:12 chr1 8031054 . G A 502.76 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=0.0209621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9373;QD=17.4872;RBI=0.0490734;REFB=-0.0173555;REVB=0.044371;RO=60;SAF=25;SAR=29;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191582;STB=0.601239;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0145595;OID=.;OPOS=8031054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:60:61:54:54:0.469565:29:25:40:20:29:25:40:21 chr1 8042970 . G T 243.15 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00753159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.359;QD=25.5946;RBI=0.0405459;REFB=-0.0153202;REVB=0.0398402;RO=14;SAF=15;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158992;STB=0.602745;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0071657;OID=.;OPOS=8042970;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:15:23:23:0.605263:8:15:6:8:8:15:6:9 chr1 8390495 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.253;QD=33.4268;RBI=0.0335412;REFB=0;REVB=-0.00742797;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000471282;OID=.;OPOS=8390495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr1 8390888 . G A 359.21 PASS AF=0.387387;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.00741541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.675;QD=12.9443;RBI=0.010373;REFB=-0.0110015;REVB=-0.00725328;RO=68;SAF=27;SAR=16;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156766;STB=0.589175;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0149801;OID=.;OPOS=8390888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:68:68:43:43:0.387387:16:27:33:35:16:27:33:35 chr1 8412935 . C T 522.83 PASS AF=0.509259;AO=50;DP=103;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00154499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.233;QD=19.364;RBI=0.00480073;REFB=-0.0153961;REVB=0.00454534;RO=49;SAF=17;SAR=33;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159655;STB=0.592367;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0157078;OID=.;OPOS=8412935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:108:49:53:50:55:0.509259:33:17:25:24:35:20:29:24 chr1 8412989 . A G 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.268;QD=61.8526;RBI=0.00646929;REFB=0;REVB=0.00118192;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07073e-05;OID=.;OPOS=8412989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:47:36:0:0:47:36:0:0 chr1 8414446 . T C 42.46 PASS AF=0.113636;AO=6;DP=88;FAO=10;FDP=88;FR=.;FRO=78;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=27;FWDB=-0.0562398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.7487;QD=1.92987;RBI=0.0563788;REFB=-0.0091265;REVB=-0.00395704;RO=75;SAF=1;SAR=5;SRF=50;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.494911;STB=0.927848;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0584845;OID=.;OPOS=8414446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:88:88:75:78:6:10:0.113636:5:1:50:25:9:1:51:27 chr1 8418644 . C A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00173447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.088;QD=14.9788;RBI=0.0272156;REFB=-0.0506527;REVB=0.0271603;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131181;STB=0.576768;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0357503;OID=.;OPOS=8418644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:6:5:6:4:6:5 chr1 8418650 . T C 96.87 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.026906;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.617;QD=18.4506;RBI=0.0386747;REFB=-0.0135459;REVB=-0.0277813;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160306;STB=0.567442;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0240022;OID=.;OPOS=8418650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:23:21:11:10:11:11:0.52381:7:4:6:5:7:4:5:5 chr1 8419861 . C T 120.02 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0296044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.695;QD=9.41317;RBI=0.0359473;REFB=-0.029483;REVB=-0.020391;RO=36;SAF=6;SAR=9;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365316;STB=0.716161;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.109099;OID=.;OPOS=8419861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:9:6:26:10:9:6:26:10 chr1 8419947 . C A 36.99 PASS AF=0.1;AO=9;DP=90;FAO=9;FDP=90;FR=.;FRO=81;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=53;FWDB=0.00631901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.067;QD=1.64398;RBI=0.016086;REFB=-0.00866839;REVB=-0.0147929;RO=81;SAF=3;SAR=6;SRF=28;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160086;STB=0.512369;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0750225;OID=.;OPOS=8419947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:90:90:81:81:9:9:0.1:6:3:28:53:6:3:28:53 chr1 8421935 . T G 254.19 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0099881;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.119;QD=15.1755;RBI=0.0187082;REFB=-0.0107732;REVB=-0.0158188;RO=37;SAF=9;SAR=20;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104701;STB=0.569426;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0163726;OID=.;OPOS=8421935;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:38:29:29:0.432836:20:9:15:22:20:9:16:22 chr1 8555174 . G A 122.37 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0340013;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.581;QD=8.43947;RBI=0.0371564;REFB=-0.0104387;REVB=-0.0149836;RO=40;SAF=1;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.662294;STB=0.912582;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0287321;OID=.;OPOS=8555174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:40:41:17:17:0.293103:16:1:21:19:16:1:22:19 chr1 8928125 . G T 731.26 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0202342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.369;QD=53.1827;RBI=0.030313;REFB=0.0229977;REVB=0.0225712;RO=2;SAF=25;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362056;STB=0.50943;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000129746;OID=.;OPOS=8928125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:55:55:2:1:53:54:0.981818:28:25:2:0:28:26:1:0 chr1 9011586 . T G 1300.98 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.031;QD=61.9515;RBI=0.0550714;REFB=0;REVB=0.0527463;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74625e-05;OID=.;OPOS=9011586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:81:84:1:34:47:0:0:37:47:0:0 chr1 9011722 . G T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.718;QD=60.2306;RBI=0.0202616;REFB=0;REVB=0.00536287;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27833e-05;OID=.;OPOS=9011722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr1 9017204 . A G 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0208174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.03;QD=23.3818;RBI=0.0292533;REFB=-0.0281726;REVB=-0.0205523;RO=14;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481957;STB=0.526998;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0158247;OID=.;OPOS=9017204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:7:12:8:6:7:12:8:6 chr1 9030964 . C T 169.2 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0328496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.005;QD=13.015;RBI=0.0329761;REFB=-0.0143631;REVB=0.00288539;RO=32;SAF=6;SAR=14;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125866;STB=0.5732;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.020378;OID=.;OPOS=9030964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:14:6:13:19:14:6:13:19 chr1 9034421 . G A 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00613847;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=229.265;QD=11.1855;RBI=0.0107491;REFB=-0.0100133;REVB=-0.00882395;RO=33;SAF=8;SAR=11;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231116;STB=0.632049;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0151519;OID=.;OPOS=9034421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:35:19:19:0.351852:11:8:21:12:11:8:22:13 chr1 9039704 . G A 49.24 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00709997;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.299;QD=10.3672;RBI=0.0345039;REFB=-0.00187605;REVB=0.0337655;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37647;STB=0.773931;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00479362;OID=.;OPOS=9039704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:21:19:14:12:7:7:0.368421:5:2:9:5:5:2:9:3 chr1 9099643 . C T 136.11 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00194066;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.01;QD=10.4702;RBI=0.00624772;REFB=-0.00477972;REVB=-0.00593867;RO=34;SAF=7;SAR=10;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260553;STB=0.642853;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.022288;OID=.;OPOS=9099643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:35:17:17:0.326923:10:7:22:12:10:7:22:13 chr1 9307033 . G A 240.36 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0544501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.179;QD=21.365;RBI=0.0576418;REFB=-0.00975948;REVB=0.0189148;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25554;STB=0.642332;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00772275;OID=.;OPOS=9307033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:11:12:5:17:11:12:5:17 chr1 9307138 . T C 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00111136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.535;QD=17.3781;RBI=0.0191779;REFB=-0.00956584;REVB=0.0191457;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376028;STB=0.521699;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0122697;OID=.;OPOS=9307138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:5:5:6:5:5:5 chr1 9416286 . C T 141.85 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00763925;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.204;QD=10.7055;RBI=0.0320205;REFB=-0.00358724;REVB=0.0310959;RO=33;SAF=8;SAR=10;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209572;STB=0.619706;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.014938;OID=.;OPOS=9416286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:33:35:18:18:0.339623:10:8:21:12:10:8:22:13 chr1 9427842 . A G 384.13 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.000775826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.38;QD=17.6613;RBI=0.0140621;REFB=-0.00559121;REVB=-0.0140406;RO=47;SAF=21;SAR=19;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958211;STB=0.553555;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00736025;OID=.;OPOS=9427842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:19:21:20:27:19:21:20:27 chr1 9427869 . G A 342.53 PASS AF=0.486486;AO=37;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.111917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.192;QD=18.5151;RBI=0.111937;REFB=-0.00814604;REVB=0.00211269;RO=37;SAF=20;SAR=17;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192773;STB=0.594584;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00998104;OID=.;OPOS=9427869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:38:37:36:0.486486:17:20:12:25:17:19:13:25 chr1 9616292 . T C 91.45 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0304144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.7855;QD=8.50722;RBI=0.0335685;REFB=0.0023283;REVB=-0.0142059;RO=31;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154069;STB=0.594438;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.0117894;OID=.;OPOS=9616292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:5:7:14:17:5:7:14:17 chr1 9670834 . C T 468.13 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0369338;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.303;QD=18.0051;RBI=0.0371697;REFB=-0.0113224;REVB=-0.00418048;RO=52;SAF=22;SAR=28;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037828;STB=0.531358;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00878772;OID=.;OPOS=9670834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:52:54:50:50:0.480769:28:22:25:27:28:22:27:27 chr1 9784423 . C T 240.73 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00248477;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.056;QD=12.0367;RBI=0.00641188;REFB=-0.0107055;REVB=0.00591085;RO=51;SAF=21;SAR=8;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213735;STB=0.624071;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0157704;OID=.;OPOS=9784423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:51:51:29:29:0.3625:8:21:28:23:8:21:28:23 chr1 9804693 . C T 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0444196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.522;QD=23.3816;RBI=0.0455022;REFB=-0.0267891;REVB=0.00986668;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861439;STB=0.533945;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0161446;OID=.;OPOS=9804693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:14:19:19:0.575758:8:11:6:7:8:11:7:7 chr1 9811541 . A G 293.07 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00141445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.857;QD=14.8391;RBI=0.0362108;REFB=-0.00590992;REVB=-0.0361832;RO=46;SAF=16;SAR=17;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601961;STB=0.534079;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00947019;OID=.;OPOS=9811541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:17:16:25:21:17:16:25:21 chr1 9888202 . C T 537.92 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.122;QD=59.7693;RBI=0.014825;REFB=0;REVB=-0.00218604;RO=0;SAF=27;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81339e-05;OID=.;OPOS=9888202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:7:27:0:0:8:28:0:0 chr1 10221220 . G A 204.97 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0266359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.413;QD=10.6476;RBI=0.0267594;REFB=-0.0129062;REVB=-0.0025673;RO=50;SAF=14;SAR=12;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209516;STB=0.519023;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0189788;OID=.;OPOS=10221220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:51:26:26:0.337662:12:14:26:24:12:14:26:25 chr1 10318652 . C G 421.85 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0297627;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.884;QD=15.919;RBI=0.0311901;REFB=-0.0224016;REVB=-0.00932775;RO=59;SAF=21;SAR=26;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278207;STB=0.515574;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0287385;OID=.;OPOS=10318652;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:59:59:47:47:0.443396:26:21:28:31:26:21:28:31 chr1 10339209 . CAT C 223.57 PASS AF=0.329412;AO=27;DP=87;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00670383;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=2;MLLD=288.69;QD=10.5209;RBI=0.0114159;REFB=-0.00950295;REVB=-0.00924023;RO=56;SAF=18;SAR=9;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218348;STB=0.615301;STBP=0.14;TYPE=del;VARB=0.0200993;OID=.;OPOS=10339210;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.329412:27:87:28:85:57:18:10:27:30:99:56:18:9:27:29 chr1 10366692 . C G 277.77 PASS AF=0.362637;AO=31;DP=89;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00183649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.034;QD=12.2095;RBI=0.0122512;REFB=-0.0155914;REVB=0.0121128;RO=55;SAF=13;SAR=18;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159659;STB=0.60074;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0304285;OID=.;OPOS=10366692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:55:58:31:33:0.362637:18:13:31:24:20:13:32:26 chr1 10435324 . C A 405.95 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0175761;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.642;QD=17.0924;RBI=0.0180562;REFB=-0.00230899;REVB=-0.0041359;RO=51;SAF=19;SAR=23;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563957;STB=0.53191;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00305646;OID=.;OPOS=10435324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:51:53:42:42:0.442105:23:19:26:25:23:19:27:26 chr1 10460485 . T C 175.26 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.00607673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.891;QD=10.015;RBI=0.0191049;REFB=-0.0182886;REVB=0.0181127;RO=46;SAF=16;SAR=7;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47939e-08;STB=0.511618;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.034681;OID=.;OPOS=10460485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:47:23:23:0.328571:7:16:32:14:7:16:32:15 chr1 10473196 . C T 146.61 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0135199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.367;QD=10.4719;RBI=0.0260397;REFB=-0.00696441;REVB=-0.0222548;RO=36;SAF=10;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641151;STB=0.527382;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0123628;OID=.;OPOS=10473196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:37:19:19:0.339286:9:10:21:15:9:10:21:16 chr1 10477546 . AG A 113.82 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.113713;FXX=0.0294074;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.991;QD=6.89807;RBI=0.122092;REFB=0.0377857;REVB=0.0444505;RO=40;SAF=16;SAR=9;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0.315927;SSSB=0.127663;STB=0.582116;STBP=0.294;TYPE=del;VARB=-0.0835241;OID=.;OPOS=10477547;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.378788:25:68:25:66:41:16:9:21:20:99:40:16:9:21:19 chr1 10511544 . C T 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0390836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.268;QD=54.883;RBI=0.0457061;REFB=-0.00549262;REVB=0.0236964;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165343;STB=0.508769;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=9.79152e-05;OID=.;OPOS=10511544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:28:26:0:1:28:26:0:1 chr1 10511589 . T C 731.47 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105015;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.949;QD=63.6056;RBI=0.0189932;REFB=0;REVB=0.015826;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86316e-06;OID=.;OPOS=10511589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr1 10689886 . G T 95.6 PASS AF=0.230769;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.0152868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2805;QD=5.88336;RBI=0.0185036;REFB=-0.00459296;REVB=0.0104259;RO=50;SAF=6;SAR=9;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133963;STB=0.582678;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.022395;OID=.;OPOS=10689886;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:65:65:50:50:15:15:0.230769:9:6:15:35:9:6:15:35 chr1 10689924 . C T 146.34 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0228902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.988;QD=16.7245;RBI=0.0278348;REFB=-0.030042;REVB=-0.0158372;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380381;STB=0.531876;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.046563;OID=.;OPOS=10689924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:11:5:5:13:11:5:5:14 chr1 10708142 . A G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0684771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5255;QD=11.9535;RBI=0.105971;REFB=0.0283333;REVB=-0.0808744;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117224;STB=0.507025;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.0562596;OID=.;OPOS=10708142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:4:7:5:3:4:7 chr1 10709441 . C T 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0184645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.501;QD=9.19977;RBI=0.0198507;REFB=-0.025779;REVB=0.00728778;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275446;STB=0.671134;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0486055;OID=.;OPOS=10709441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:2:5:6:7:2:5:6:7 chr1 10720316 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0178566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.885;QD=10.0339;RBI=0.0182695;REFB=-0.00272084;REVB=0.00386227;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112423;STB=0.571121;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00987287;OID=.;OPOS=10720316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:2:5:4:1:2:5 chr1 10725498 . G A 179.58 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0469662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.848;QD=13.8137;RBI=0.0502069;REFB=-0.0158489;REVB=-0.0177455;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255701;STB=0.514692;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0171745;OID=.;OPOS=10725498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:11:10:14:17:11:10:14:17 chr1 11008497 . G C 499.58 PASS AF=0.410959;AO=49;DP=134;FAO=60;FDP=146;FR=.;FRO=86;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=0.0393789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.978;QD=13.6872;RBI=0.0404095;REFB=-0.0359112;REVB=0.00906786;RO=84;SAF=13;SAR=36;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316933;STB=0.580084;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0607699;OID=.;OPOS=11008497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:146:84:86:49:60:0.410959:36:13:45:39:36:24:46:40 chr1 11008662 . G A 114.88 PASS AF=0.225;AO=18;DP=79;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0126555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.246;QD=5.74407;RBI=0.0129309;REFB=-0.0141839;REVB=-0.00265462;RO=61;SAF=10;SAR=8;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386779;STB=0.530692;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0786617;OID=.;OPOS=11008662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:61:62:18:18:0.225:8:10:32:29:8:10:32:30 chr1 11008695 . T C 367.87 PASS AF=0.552239;AO=36;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00032791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.978;QD=21.9624;RBI=0.0139803;REFB=-0.0257138;REVB=-0.0139764;RO=30;SAF=23;SAR=13;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251229;STB=0.641738;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0207527;OID=.;OPOS=11008695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:36:37:0.552239:13:23:10:20:13:24:10:20 chr1 11014118 . C T 270.74 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0504821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3718;QD=16.9214;RBI=0.0594649;REFB=-0.0349199;REVB=0.0314265;RO=34;SAF=19;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211078;STB=0.618618;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0280109;OID=.;OPOS=11014118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:11:19:14:20:11:19:14:20 chr1 11015165 . A G 421.71 PASS AF=0.35461;AO=50;DP=142;FAO=50;FDP=141;FR=.;FRO=91;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.00700899;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.572;QD=11.9634;RBI=0.00903292;REFB=-0.00480638;REVB=-0.00569804;RO=90;SAF=23;SAR=27;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200757;STB=0.515232;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00973387;OID=.;OPOS=11015165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:90:91:50:50:0.35461:27:23:43:47:27:23:44:47 chr1 11087524 . G A 398.97 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0420282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.724;QD=20.9984;RBI=0.045886;REFB=-0.0149599;REVB=0.0184161;RO=36;SAF=25;SAR=15;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18056;STB=0.599949;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0177224;OID=.;OPOS=11087524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:15:25:15:21:15:25:15:21 chr1 11090916 . C A 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0226302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.698;QD=14.8163;RBI=0.0264941;REFB=-0.0179865;REVB=-0.0137773;RO=39;SAF=6;SAR=23;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399078;STB=0.728336;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0482197;OID=.;OPOS=11090916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:23:6:22:17:23:6:22:17 chr1 11105545 . T C 168.87 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.121737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.395;QD=24.1244;RBI=0.122755;REFB=-0.0267394;REVB=-0.0157711;RO=11;SAF=4;SAR=13;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539613;STB=0.530086;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0137194;OID=.;OPOS=11105545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:13:4:2:9:13:4:2:9 chr1 11106616 . C T 79.71 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0189601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.337;QD=7.08563;RBI=0.0202466;REFB=-0.00168852;REVB=-0.00710187;RO=34;SAF=8;SAR=3;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731395;STB=0.546254;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00629046;OID=.;OPOS=11106616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:3:8:23:11:3:8:23:11 chr1 11137661 . A G 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0296798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.77;QD=10.2403;RBI=0.0302202;REFB=-0.0138241;REVB=-0.00568932;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321602;STB=0.68933;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0144801;OID=.;OPOS=11137661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:4:15:5:5:4:15 chr1 11140618 . A C 39.73 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00775466;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=86.8637;QD=12.2252;RBI=0.0289907;REFB=-0.00225785;REVB=-0.0279343;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229845;STB=0.69176;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.000816362;OID=.;OPOS=11140618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:5:7:6:6:0.461538:3:3:4:1:3:3:6:1 chr1 11140620 . A C 40.38 PASS AF=0.538462;AO=6;DP=11;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0249106;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=101.113;QD=12.426;RBI=0.0268211;REFB=-0.0304411;REVB=0.0099414;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392076;STB=0.726508;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0246155;OID=.;OPOS=11140620;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:11:13:5:6:6:7:0.538462:1:5:2:3:1:6:3:3 chr1 11141187 . C G 102.45 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0178981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.523;QD=17.818;RBI=0.0191731;REFB=-0.00990107;REVB=0.00687507;RO=10;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217336;STB=0.605879;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0101387;OID=.;OPOS=11141187;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:4:8:4:6:4:8:5:6 chr1 11150682 . C T 230.6 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0311382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.184;QD=14.4126;RBI=0.0624041;REFB=-0.00823169;REVB=-0.0540804;RO=37;SAF=20;SAR=7;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307135;STB=0.675707;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0224269;OID=.;OPOS=11150682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:7:20:17:20:7:20:17:20 chr1 11159823 . T C 668.38 PASS AF=0.52381;AO=66;DP=126;FAO=66;FDP=126;FR=.;FRO=60;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0111132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.592;QD=21.2184;RBI=0.0112866;REFB=-0.0122373;REVB=-0.00197085;RO=60;SAF=43;SAR=23;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108454;STB=0.559706;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0104082;OID=.;OPOS=11159823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:60:60:66:66:0.52381:23:43:32:28:23:43:32:28 chr1 11166713 . T C 488.69 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.050399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4463;QD=21.9637;RBI=0.0563447;REFB=-0.00113494;REVB=-0.0251926;RO=41;SAF=22;SAR=25;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579042;STB=0.526305;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-2.67674e-05;OID=.;OPOS=11166713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:42:47:47:0.52809:25:22:22:19:25:22:22:20 chr1 11167146 . G A 721.59 PASS AF=0.486301;AO=71;DP=148;FAO=71;FDP=146;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.00423861;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3218;QD=19.7697;RBI=0.00468955;REFB=-0.0225112;REVB=0.00200653;RO=74;SAF=25;SAR=46;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660992;STB=0.540941;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0256022;OID=.;OPOS=11167146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:146:74:75:71:71:0.486301:46:25:31:43:46:25:32:43 chr1 11171226 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0470981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.7653;QD=12.7814;RBI=0.082536;REFB=-0.0393528;REVB=-0.0677787;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170018;STB=0.5998;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0437095;OID=.;OPOS=11171226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:22:24:12:14:10:10:0.416667:4:6:5:7:4:6:6:8 chr1 11181327 . C T 287.93 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0202758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3167;QD=18.5762;RBI=0.0214373;REFB=0.00920207;REVB=-0.0069607;RO=29;SAF=14;SAR=17;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868824;STB=0.548356;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.0241131;OID=.;OPOS=11181327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:31:31:31:0.5:17:14:16:13:17:14:17:14 chr1 11190646 . G A 669.3 PASS AF=0.570175;AO=65;DP=114;FAO=65;FDP=114;FR=.;FRO=49;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=36;FWDB=0.0834394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1632;QD=23.4843;RBI=0.0892592;REFB=-0.0364831;REVB=0.0317028;RO=49;SAF=41;SAR=24;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284125;STB=0.654905;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0212456;OID=.;OPOS=11190646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:49:49:65:65:0.570175:24:41:13:36:24:41:13:36 chr1 11212458 . A G 318.46 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00225821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.214;QD=23.161;RBI=0.0113521;REFB=-0.0103747;REVB=-0.0111252;RO=23;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824742;STB=0.545426;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00773292;OID=.;OPOS=11212458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:16:16:14:9:16:16:14:9 chr1 11255008 . T C 476.08 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.014991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.453;QD=24.4144;RBI=0.0180307;REFB=-0.0337445;REVB=-0.0100187;RO=32;SAF=28;SAR=17;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475258;STB=0.533954;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0199204;OID=.;OPOS=11255008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:33:45:45:0.576923:17:28:18:14:17:28:18:15 chr1 11288758 . G A 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.008022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.982;QD=20.8995;RBI=0.00941967;REFB=0.0135676;REVB=-0.00493737;RO=24;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598704;STB=0.533309;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.0124116;OID=.;OPOS=11288758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:16:12:12:12:16:12:12:12 chr1 11301714 . A G 445.37 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00335196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.261;QD=18.1784;RBI=0.036323;REFB=-0.0200117;REVB=-0.036168;RO=53;SAF=24;SAR=21;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132211;STB=0.573716;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0250835;OID=.;OPOS=11301714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:21:24:21:32:21:24:21:32 chr1 11561593 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.892;QD=40.7629;RBI=0.0590327;REFB=0;REVB=0.0102093;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118396;OID=.;OPOS=11561593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr1 11579470 . G A 1226.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.813;QD=61.3257;RBI=0.0428745;REFB=0;REVB=0.0270835;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106288;OID=.;OPOS=11579470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:45:35:0:0:45:35:0:0 chr1 11710561 . T G 127.98 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0392898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.136;QD=13.1263;RBI=0.0594808;REFB=-0.0148882;REVB=-0.0446574;RO=24;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139165;STB=0.581706;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0243783;OID=.;OPOS=11710561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:10:5:11:13:10:5:11:13 chr1 11734879 . G A 127.72 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0810511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.051;QD=11.8805;RBI=0.0823558;REFB=-0.0231577;REVB=-0.0146014;RO=28;SAF=6;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149984;STB=0.588666;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0388627;OID=.;OPOS=11734879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:9:6:15:13:9:6:15:13 chr1 11735750 . C T 152.5 PASS AF=0.2;AO=26;DP=130;FAO=26;FDP=130;FR=.;FRO=104;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=72;FSRR=32;FWDB=-0.00478935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3901;QD=4.69239;RBI=0.00484502;REFB=-0.0057209;REVB=0.000732411;RO=104;SAF=14;SAR=12;SRF=72;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203977;STB=0.626125;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0192903;OID=.;OPOS=11735750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:104:104:26:26:0.2:12:14:72:32:12:14:72:32 chr1 11737551 . C T 88.98 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.000562455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.424;QD=7.11847;RBI=0.00253437;REFB=-0.000322371;REVB=-0.00247117;RO=32;SAF=8;SAR=4;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716395;STB=0.515127;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00104851;OID=.;OPOS=11737551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:32:38:12:12:0.24:4:8:23:9:4:8:26:12 chr1 11771988 . A G 280.65 PASS AF=0.557692;AO=22;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0227991;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.157;QD=21.5884;RBI=0.0320832;REFB=-0.110755;REVB=-0.0225729;RO=15;SAF=7;SAR=15;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234483;STB=0.540585;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0521351;OID=.;OPOS=11771988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:15:23:22:29:0.557692:15:7:1:14:15:14:9:14 chr1 11810674 . G A 321.24 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0359753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.362;QD=16.265;RBI=0.0445659;REFB=-0.0203719;REVB=0.026304;RO=43;SAF=19;SAR=16;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848637;STB=0.539963;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0212283;OID=.;OPOS=11810674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:44:35:35:0.443038:16:19:27:16:16:19:27:17 chr1 11810691 . C T 324.31 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0343382;FXX=0.0361402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.5713;QD=16.2157;RBI=0.0393219;REFB=0.00286138;REVB=-0.0191598;RO=41;SAF=14;SAR=21;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178291;STB=0.623693;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0038615;OID=.;OPOS=11810691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:80:41:45:35:35:0.4375:21:14:24:17:21:14:28:17 chr1 11810765 . T A 1647.65 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299953;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.48;QD=60.4642;RBI=0.0379419;REFB=0;REVB=0.0232351;RO=0;SAF=58;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118663;OID=.;OPOS=11810765;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:109:0:0:109:109:1:51:58:0:0:51:58:0:0 chr1 11810844 . A G 448.48 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0403951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.712;QD=18.6867;RBI=0.0404795;REFB=-0.0050389;REVB=0.00261228;RO=50;SAF=21;SAR=24;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253652;STB=0.518873;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00637482;OID=.;OPOS=11810844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:51:45:45:0.46875:24:21:22:28:24:21:22:29 chr1 11826630 . C T 279.62 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0082916;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=275.309;QD=48.6291;RBI=0.00889843;REFB=-0.057595;REVB=0.00322978;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.515138;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.000214447;OID=.;OPOS=11826630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:22:22:0.956522:16:6:0:0:16:6:0:1 chr1 11827304 . A G 88.17 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2937;QD=39.1868;RBI=0.0240576;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000855157;OID=.;OPOS=11827304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr1 11828238 . G A 496.4 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.732;QD=58.3996;RBI=0.0306626;REFB=0;REVB=0.0250741;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112853;OID=.;OPOS=11828238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:22:10:0:0:22:12:0:0 chr1 11828319 . G A 715.56 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0351354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.331;QD=60.899;RBI=0.0367398;REFB=-0.0256766;REVB=0.0107384;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.508193;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-2.34032e-05;OID=.;OPOS=11828319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:0:1:46:46:0.978723:30:16:0:0:30:16:0:1 chr1 11831615 . C T 784.78 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.459;QD=57.0747;RBI=0.0476186;REFB=0;REVB=0.0318923;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87636e-05;OID=.;OPOS=11831615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:18:36:0:0:19:36:0:0 chr1 11832311 . G C 716.74 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0389557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9754;QD=51.196;RBI=0.0875886;REFB=-0.154888;REVB=0.0784487;RO=2;SAF=30;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303767;STB=0.505492;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00508141;OID=.;OPOS=11832311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:56:56:2:3:53:53:0.946429:23:30:2:0:23:30:2:1 chr1 11836628 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.711;QD=63.8719;RBI=0.0232262;REFB=0;REVB=0.00409941;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58481e-05;OID=.;OPOS=11836628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr1 11836682 . C T 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6847;QD=59.8329;RBI=0.070596;REFB=0;REVB=-0.0101097;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000832454;OID=.;OPOS=11836682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr1 11838848 . G T 1613.28 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430195;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.449;QD=60.3096;RBI=0.0458265;REFB=0;REVB=0.0157923;RO=0;SAF=63;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437178;OID=.;OPOS=11838848;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:107:0:0:107:107:1:44:63:0:0:44:63:0:0 chr1 11839966 . G A 766.35 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.039;QD=63.8623;RBI=0.0610639;REFB=0;REVB=0.0289819;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476425;OID=.;OPOS=11839966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr1 11839998 . T C 598.23 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0086339;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.698;QD=61.3568;RBI=0.0223544;REFB=0;REVB=0.0206198;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.8835e-05;OID=.;OPOS=11839998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr1 11844330 . C T 1792.46 PASS AF=0.975806;AO=119;DP=125;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00308032;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.082;QD=57.8212;RBI=0.00793715;REFB=-0.166098;REVB=0.00731505;RO=2;SAF=52;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139663;STB=0.505609;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.000251133;OID=.;OPOS=11844330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:125:124:2:3:119:121:0.975806:67:52:0:2:68:53:2:1 chr1 11849447 . A G 780.63 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0093451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.294;QD=56.7729;RBI=0.0376593;REFB=0;REVB=0.0364814;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10028e-05;OID=.;OPOS=11849447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:28:25:0:0:30:25:0:0 chr1 11854457 . G A 805.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.83;QD=64.411;RBI=0.0385471;REFB=0;REVB=-0.0323223;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146654;OID=.;OPOS=11854457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr1 11856378 . G A 603.52 PASS AF=0.516949;AO=60;DP=117;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0089482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.302;QD=20.4582;RBI=0.0222309;REFB=0.010128;REVB=-0.0203505;RO=57;SAF=26;SAR=34;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204601;STB=0.514701;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.00686078;OID=.;OPOS=11856378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:57:57:60:61:0.516949:34:26:26:31:35:26:26:31 chr1 11880460 . C A 391.79 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0343632;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.371;QD=19.1119;RBI=0.0344812;REFB=0.00300792;REVB=0.00285017;RO=41;SAF=17;SAR=23;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556563;STB=0.535922;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.00208478;OID=.;OPOS=11880460;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:41:42:40:40:0.487805:23:17:15:26:23:17:15:27 chr1 11884554 . GA G,GG 637.03 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=5,37;DP=42;FAO=2,40;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=2,20;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132892,-0.0125322;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=263.155,278.236;QD=60.6697;RBI=0.0531193,0.0456929;REFB=0,0;REVB=0.0514301,0.0439407;RO=0;SAF=3,19;SAR=2,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.68991e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0116401,0.000253876;OID=.,.;OPOS=11884555,11884555;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.047619,0.952381:5,37:42:2,40:42:0:2,20:0,20:0:0:8:0:3,19:2,18:0:0 chr1 11894592 . G A 156.82 PASS AF=0.23;AO=23;DP=100;FAO=23;FDP=100;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0180124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.921;QD=6.27277;RBI=0.023663;REFB=-0.00605973;REVB=0.0153458;RO=77;SAF=15;SAR=8;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170268;STB=0.605288;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0221089;OID=.;OPOS=11894592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:77:77:23:23:0.23:8:15:40:37:8:15:40:37 chr1 11896072 . G A 477.79 PASS AF=0.270916;AO=68;DP=253;FAO=68;FDP=251;FR=.;FRO=183;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=60;FSRR=123;FWDB=-0.043972;FXX=0.00790483;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2897;QD=7.61417;RBI=0.0472824;REFB=-0.0147065;REVB=-0.0173806;RO=177;SAF=28;SAR=40;SRF=60;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945542;STB=0.564554;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0382308;OID=.;OPOS=11896072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:251:177:183:68:68:0.270916:40:28:60:117:40:28:60:123 chr1 11968216 . G A 167.37 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0456891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.242;QD=11.7453;RBI=0.045767;REFB=-0.00984898;REVB=-0.00266969;RO=35;SAF=6;SAR=15;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231971;STB=0.645017;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0206849;OID=.;OPOS=11968216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:35:36:21:21:0.368421:15:6:17:18:15:6:18:18 chr1 11968235 . T C 161.52 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0130249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.123;QD=10.5912;RBI=0.0482116;REFB=-0.00200195;REVB=0.0464189;RO=39;SAF=6;SAR=15;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2125;STB=0.618438;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00917449;OID=.;OPOS=11968235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:40:21:21:0.344262:15:6:18:21:15:6:18:22 chr1 11968273 . A G 219.96 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0244257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6185;QD=11.8897;RBI=0.0394281;REFB=-0.000983293;REVB=0.030951;RO=47;SAF=9;SAR=18;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15613;STB=0.590407;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0014121;OID=.;OPOS=11968273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:18:9:22:25:18:9:22:25 chr1 11969917 . A G 193.91 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0383525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9831;QD=16.8616;RBI=0.043353;REFB=-0.0203734;REVB=0.020213;RO=25;SAF=6;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227108;STB=0.621369;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0365157;OID=.;OPOS=11969917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:14:6:13:12:14:6:13:13 chr1 12009956 . G A 1012.08 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0147363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7756;QD=57.8329;RBI=0.0847598;REFB=-0.0332578;REVB=0.0834689;RO=1;SAF=33;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141097;STB=0.507461;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00293127;OID=.;OPOS=12009956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:36:33:1:0:36:33:1:0 chr1 12010469 . G T 540.98 PASS AF=0.412587;AO=58;DP=144;FAO=59;FDP=143;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=53;FSRR=31;FWDB=0.0101383;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.086;QD=15.1324;RBI=0.025397;REFB=-0.0066747;REVB=0.0232857;RO=83;SAF=31;SAR=27;SRF=53;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110701;STB=0.552861;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0100605;OID=.;OPOS=12010469;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:83:84:58:59:0.412587:27:31:53:30:27:32:53:31 chr1 12017919 . C T 137.19 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0268055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.988;QD=11.4328;RBI=0.0268159;REFB=-0.000876982;REVB=-0.000746443;RO=24;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304406;STB=0.624844;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00276383;OID=.;OPOS=12017919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:32:15:16:0.333333:5:10:9:15:6:10:14:18 chr1 12024235 . C T 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0115982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3869;QD=23.9647;RBI=0.0364591;REFB=0.0293412;REVB=0.0345651;RO=18;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25697;STB=0.642884;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0236346;OID=.;OPOS=12024235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:14:9:13:5:14:9:13:5 chr1 12081851 . TGGGGC TGGGC,TGGGCG 63.59 PASS AF=0.26087,0;AO=6,3;DP=46;FAO=12,0;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=8,0;FSAR=4,0;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0712691,-0.0726633;FXX=0.0212721;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=16.5499,36.0204;QD=5.52918;RBI=0.0735702,0.0855658;REFB=0.0112705,0.00861463;REVB=0.0182562,-0.0451835;RO=32;SAF=5,2;SAR=1,1;SRF=12;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0.34058,0;SSSB=0.519865,0.291889;STB=0.703897,0.5;STBP=0.121,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00586989,0;OID=.,.;OPOS=12081852,12081855;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGC,TGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087,0:6,3:46:12,0:46:34:8,0:4,0:13:21:63:32:5,2:1,1:12:20 chr1 12082290 . C T 375.88 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0368441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.246;QD=18.3357;RBI=0.0389454;REFB=0.00308428;REVB=-0.0126196;RO=42;SAF=18;SAR=21;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00857393;STB=0.510392;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.00716696;OID=.;OPOS=12082290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:43:39:39:0.47561:21:18:19:23:21:18:19:24 chr1 12164437 . C T 638.97 PASS AF=0.575758;AO=57;DP=99;FAO=57;FDP=99;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0209767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.192;QD=25.8168;RBI=0.025405;REFB=-0.0197367;REVB=0.0143315;RO=42;SAF=31;SAR=26;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710601;STB=0.53883;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0114267;OID=.;OPOS=12164437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:42:42:57:57:0.575758:26:31:19:23:26:31:19:23 chr1 12164485 . C T 315.49 PASS AF=0.344828;AO=40;DP=116;FAO=40;FDP=116;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=-0.00107232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.406;QD=10.879;RBI=0.00312961;REFB=-0.0123733;REVB=0.00294017;RO=76;SAF=22;SAR=18;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795011;STB=0.545672;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0244791;OID=.;OPOS=12164485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:76:76:40:40:0.344828:18:22:47:29:18:22:47:29 chr1 12175729 . C T 897.97 PASS AF=0.891892;AO=66;DP=74;FAO=66;FDP=74;FR=.;FRO=8;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0330529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.346;QD=48.5391;RBI=0.0361607;REFB=-0.174998;REVB=-0.0146663;RO=1;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133089;STB=0.503286;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00269449;OID=.;OPOS=12175729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:74:74:1:8:66:66:0.891892:35:31:0:1:35:31:4:4 chr1 12186058 . A G 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00489472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.525;QD=16.2363;RBI=0.0257564;REFB=-0.026644;REVB=-0.025287;RO=36;SAF=18;SAR=12;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684277;STB=0.538436;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0348992;OID=.;OPOS=12186058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:12:18:24:12:12:18:24:12 chr1 12198297 . T C 1042.46 PASS AF=0.394737;AO=120;DP=307;FAO=120;FDP=304;FR=.;FRO=184;FSAF=48;FSAR=72;FSRF=88;FSRR=96;FWDB=-0.037778;FXX=0.0129866;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.968;QD=13.7166;RBI=0.0499346;REFB=-0.0477611;REVB=-0.0326541;RO=183;SAF=48;SAR=72;SRF=88;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888183;STB=0.548379;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0641045;OID=.;OPOS=12198297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:304:183:184:120:120:0.394737:72:48:88:95:72:48:88:96 chr1 12198362 . C A 1266.44 PASS AF=0.545045;AO=120;DP=222;FAO=121;FDP=222;FR=.;FRO=101;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=0.0352217;FXX=0.00892817;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2807;QD=22.8188;RBI=0.0378349;REFB=-0.0131533;REVB=0.0138169;RO=102;SAF=59;SAR=61;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152776;STB=0.504132;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0109455;OID=.;OPOS=12198362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:102:101:120:121:0.545045:61:59:52:50:61:60:51:50 chr1 12251808 . T G 64.79 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0143739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.972;QD=10.3663;RBI=0.0149244;REFB=-0.0240456;REVB=-0.00401613;RO=12;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347481;STB=0.666221;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0475882;OID=.;OPOS=12251808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:12:16:9:9:0.36:8:1:4:8:8:1:4:12 chr1 12326968 . G A 514.24 PASS AF=0.289256;AO=67;DP=238;FAO=70;FDP=242;FR=.;FRO=172;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=96;FSRR=76;FWDB=0.00726371;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2575;QD=8.49982;RBI=0.0243166;REFB=-0.00827199;REVB=0.0232064;RO=171;SAF=38;SAR=29;SRF=96;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00717313;STB=0.500718;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.026952;OID=.;OPOS=12326968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:242:171:172:67:70:0.289256:29:38:96:75:31:39:96:76 chr1 12353625 . G A 118.95 PASS AF=0.246575;AO=18;DP=73;FAO=18;FDP=73;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.00995652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7695;QD=6.5179;RBI=0.0271578;REFB=-0.00168641;REVB=0.0252668;RO=55;SAF=13;SAR=5;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38936;STB=0.738156;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00601298;OID=.;OPOS=12353625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:55:55:18:18:0.246575:5:13:22:33:5:13:22:33 chr1 12401868 . A C 934.87 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.945;QD=57.5304;RBI=0.0591866;REFB=0;REVB=0.0191754;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117954;OID=.;OPOS=12401868;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:65:0:0:59:65:1:22:37:0:0:22:43:0:0 chr1 12638964 . T C 291.58 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0542528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9337;QD=19.4385;RBI=0.0602098;REFB=0.00482914;REVB=-0.0261124;RO=28;SAF=17;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414814;STB=0.515142;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.00592773;OID=.;OPOS=12638964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:29:31:31:0.516667:14:17:14:14:14:17:15:14 chr1 12776344 . A T 523.42 PASS AF=0.491071;AO=54;DP=111;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.00226227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.933;QD=18.6936;RBI=0.0261424;REFB=-0.0304132;REVB=-0.0260443;RO=57;SAF=26;SAR=28;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154898;STB=0.589133;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0289856;OID=.;OPOS=12776344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:57:57:54:55:0.491071:28:26:37:20:29:26:37:20 chr1 12779560 . T C 1499.85 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153498;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.9;QD=59.9939;RBI=0.042964;REFB=0;REVB=0.0401284;RO=0;SAF=39;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90457e-05;OID=.;OPOS=12779560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:61:39:0:0:61:39:0:0 chr1 12779618 . T C 1727.05 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.051;QD=60.5982;RBI=0.0408857;REFB=0;REVB=0.00971503;RO=0;SAF=40;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73583e-05;OID=.;OPOS=12779618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:114:0:0:108:114:1:68:40:0:0:68:46:0:0 chr1 12785493 . TG T,TT 598.74 PASS AF=0.825,0.175;AO=25,13;DP=39;FAO=33,7;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13,3;FSAR=20,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152361,-0.0152688;FXX=0.0243843;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=175.238,172.51;QD=59.874;RBI=0.0192082,0.0161807;REFB=0,0;REVB=0.0116969,0.00535529;RO=0;SAF=11,5;SAR=14,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.99383e-08,-3.60098e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00456752,0.0065993;OID=.,.;OPOS=12785494,12785494;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.825,0.175:25,13:39:33,7:40:0:13,3:20,4:0:0:19:0:11,5:14,8:0:0 chr1 12799736 . C T 1558.25 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314943;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.584;QD=59.9327;RBI=0.0320079;REFB=0;REVB=-0.00571068;RO=0;SAF=42;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63495e-05;OID=.;OPOS=12799736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:62:42:0:0:62:42:0:0 chr1 12820870 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.015;QD=58.5875;RBI=0.0391093;REFB=0;REVB=0.0257996;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140677;OID=.;OPOS=12820870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr1 12835868 . T C 1807.32 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151953;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.631;QD=61.2652;RBI=0.0383965;REFB=0;REVB=0.0352618;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80119e-05;OID=.;OPOS=12835868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:61:56:0:0:62:56:0:0 chr1 12837464 . G A 283.87 PASS AF=0.330357;AO=37;DP=112;FAO=37;FDP=112;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.00473909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.874;QD=10.138;RBI=0.00930811;REFB=-0.00241399;REVB=-0.00801136;RO=75;SAF=24;SAR=13;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138655;STB=0.580601;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0031046;OID=.;OPOS=12837464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:75:75:37:37:0.330357:13:24:40:35:13:24:40:35 chr1 12837634 . T A 2072.09 PASS AF=0.985294;AO=133;DP=136;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-5.7639e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6319;QD=60.9438;RBI=0.0589113;REFB=0.078124;REVB=-0.0589113;RO=3;SAF=67;SAR=66;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020804;STB=0.507245;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00356052;OID=.;OPOS=12837634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:136:3:2:133:134:0.985294:66:67:3:0:66:68:2:0 chr1 12853403 . A C 102.55 PASS AF=0.258621;AO=14;DP=57;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00725648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.959;QD=7.07227;RBI=0.00777689;REFB=-0.00728336;REVB=0.00279704;RO=42;SAF=6;SAR=8;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581869;STB=0.549229;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0496674;OID=.;OPOS=12853403;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:42:43:14:15:0.258621:8:6:20:22:9:6:20:23 chr1 12854428 . C T 221.81 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.00479994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.217;QD=10.198;RBI=0.0153017;REFB=-0.00358786;REVB=0.0145293;RO=59;SAF=13;SAR=15;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087602;STB=0.551086;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00821379;OID=.;OPOS=12854428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:59:59:28:28:0.321839:15:13:23:36:15:13:23:36 chr1 12854530 . C G 529.36 PASS AF=0.631579;AO=45;DP=74;FAO=48;FDP=76;FR=.;FRO=28;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=28;FWDB=-0.00234508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2935;QD=27.861;RBI=0.0309713;REFB=0.004139;REVB=0.0308823;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.733243;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00132841;OID=.;OPOS=12854530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:0:28:45:48:0.631579:13:32:0:0:16:32:0:28 chr1 12854544 . T C 55.73 PASS AF=0.144737;AO=11;DP=76;FAO=11;FDP=76;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0657268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.433;QD=2.93314;RBI=0.0662381;REFB=-0.00226864;REVB=0.00821393;RO=65;SAF=5;SAR=6;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029713;STB=0.520544;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.013915;OID=.;OPOS=12854544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:76:76:65:65:11:11:0.144737:6:5:28:37:6:5:28:37 chr1 12855835 . C G 275.46 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.231839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.6659;QD=50.083;RBI=0.254744;REFB=0;REVB=-0.105569;RO=1;SAF=3;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13066;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00547575;OID=.;OPOS=12855835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:1:0:20:22:1:17:3:1:0:17:5:0:0 chr1 12855845 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00333749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.421;QD=52.6132;RBI=0.0047299;REFB=0;REVB=-0.00335159;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53946e-07;OID=.;OPOS=12855845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr1 12856010 . C G 34.66 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.0144907;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2897;QD=6.02721;RBI=0.0520152;REFB=-0.00806855;REVB=-0.049956;RO=17;SAF=5;SAR=1;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112482;STB=0.571215;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00603997;OID=.;OPOS=12856010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:23:23:17:17:6:6:0.26087:1:5:15:2:1:5:15:2 chr1 12887549 . T C 1549.17 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0460869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8648;QD=63.8832;RBI=0.064172;REFB=0;REVB=-0.0446547;RO=0;SAF=59;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000616279;OID=.;OPOS=12887549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:37:59:0:0:37:60:0:0 chr1 12888601 . G GC 182.7 PASS AF=0.96;AO=15;DP=26;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.254297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.8565;QD=29.2318;RBI=0.275879;REFB=-0.0945136;REVB=-0.10697;RO=10;SAF=3;SAR=12;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.507743;STB=0.519983;STBP=0.51;TYPE=ins;VARB=0.0229382;OID=.;OPOS=12888602;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.96:15:26:24:25:1:12:12:0:1:3:10:3:12:9:1 chr1 12907282 . G C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0910032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0109;QD=10.3799;RBI=0.0910681;REFB=-0.0503518;REVB=-0.00343742;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553985;STB=0.533262;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0326255;OID=.;OPOS=12907282;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:2:7:13:3:2:7:13:3 chr1 12907284 . TG CC 55.97 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00542231;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=2;MLLD=243.704;QD=9.3281;RBI=0.00690645;REFB=-0.0108177;REVB=-0.00427757;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967128;STB=0.558686;STBP=0.801;TYPE=mnp;VARB=0.0234266;OID=.;OPOS=12907284;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:25:24:16:16:8:8:0.333333:2:6:13:3:2:6:13:3 chr1 12907379 . T C 192.33 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0143147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.214;QD=16.0278;RBI=0.0196583;REFB=0.00120237;REVB=0.0134737;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219375;STB=0.624883;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00159896;OID=.;OPOS=12907379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:10:10:20:8:10:10:20:8 chr1 12907777 . T C 81.71 PASS AF=0.118343;AO=20;DP=169;FAO=20;FDP=169;FR=.;FRO=149;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=78;FSRR=71;FWDB=-0.0170157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2584;QD=1.93395;RBI=0.0423759;REFB=0.00951922;REVB=0.0388096;RO=146;SAF=8;SAR=12;SRF=76;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149277;STB=0.608383;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.0720948;OID=.;OPOS=12907777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:169:169:146:149:20:20:0.118343:12:8:76:70:12:8:78:71 chr1 12907781 . T C 88.27 PASS AF=0.123529;AO=21;DP=171;FAO=21;FDP=170;FR=.;FRO=149;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=78;FSRR=71;FWDB=0.00502227;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.55;QD=2.07705;RBI=0.0287389;REFB=-0.00523524;REVB=-0.0282967;RO=150;SAF=8;SAR=13;SRF=78;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172954;STB=0.624463;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0209123;OID=.;OPOS=12907781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:171:170:150:149:21:21:0.123529:13:8:78:72:13:8:78:71 chr1 12907798 . A C 110.37 PASS AF=0.141176;AO=24;DP=167;FAO=24;FDP=170;FR=.;FRO=146;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=81;FSRR=65;FWDB=-0.0324223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.505;QD=2.59702;RBI=0.0326448;REFB=-0.00414099;REVB=0.00380551;RO=143;SAF=10;SAR=14;SRF=79;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171005;STB=0.617152;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0368638;OID=.;OPOS=12907798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:170:143:146:24:24:0.141176:14:10:79:64:14:10:81:65 chr1 12907802 . CC TT 124.13 PASS AF=0.15528;AO=25;DP=160;FAO=25;FDP=161;FR=.;FRO=136;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=75;FSRR=61;FWDB=-0.0357454;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=177.166;QD=3.08394;RBI=0.0364551;REFB=-0.00319294;REVB=0.00715807;RO=134;SAF=11;SAR=14;SRF=73;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133031;STB=0.593322;STBP=0.328;TYPE=mnp;VARB=0.0152429;OID=.;OPOS=12907802;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:134:136:25:25:0.15528:14:11:73:61:14:11:75:61 chr1 12907837 . C T 267.79 PASS AF=0.245509;AO=41;DP=167;FAO=41;FDP=167;FR=.;FRO=126;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=74;FSRR=52;FWDB=-0.0104006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.592;QD=6.41413;RBI=0.0268711;REFB=-0.00346105;REVB=-0.0247766;RO=126;SAF=21;SAR=20;SRF=74;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946159;STB=0.556831;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0162766;OID=.;OPOS=12907837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:126:126:41:41:0.245509:20:21:74:52:20:21:74:52 chr1 12907885 . T C 1003.18 PASS AF=0.609272;AO=92;DP=151;FAO=92;FDP=151;FR=.;FRO=59;FSAF=59;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0145205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0773;QD=26.5742;RBI=0.0155511;REFB=-0.0155742;REVB=0.00556694;RO=59;SAF=59;SAR=33;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125461;STB=0.568061;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00769371;OID=.;OPOS=12907885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:59:59:92:92:0.609272:33:59:28:31:33:59:28:31 chr1 12918963 . G T 561.04 PASS AF=0.464567;AO=58;DP=127;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.025927;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.52;QD=17.6707;RBI=0.0262402;REFB=-0.0190667;REVB=-0.00404199;RO=68;SAF=26;SAR=32;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929627;STB=0.555418;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0214623;OID=.;OPOS=12918963;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:68:68:58:59:0.464567:32:26:37:31:33:26:37:31 chr1 12919064 . T G 505.78 PASS AF=0.477876;AO=51;DP=112;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0541765;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.798;QD=17.9036;RBI=0.0543926;REFB=-0.0139252;REVB=0.00484446;RO=60;SAF=19;SAR=32;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127173;STB=0.54471;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0141746;OID=.;OPOS=12919064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:60:59:51:54:0.477876:32:19:30:30:32:22:29:30 chr1 12919079 . C G 494.42 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.021562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.566;QD=18.835;RBI=0.0294767;REFB=-0.0171731;REVB=-0.0200986;RO=53;SAF=22;SAR=30;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965845;STB=0.553485;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0164079;OID=.;OPOS=12919079;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:53:52:52:0.495238:30:22:28:25:30:22:28:25 chr1 12919928 . A G 589.95 PASS AF=0.480315;AO=61;DP=127;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0214522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7183;QD=18.5812;RBI=0.0409956;REFB=0.0171445;REVB=-0.0349349;RO=65;SAF=29;SAR=32;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157695;STB=0.51279;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.0143573;OID=.;OPOS=12919928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:65:66:61:61:0.480315:32:29:32:33:32:29:33:33 chr1 12919934 . A G 562.45 PASS AF=0.472;AO=59;DP=125;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0795232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4239;QD=17.9984;RBI=0.0799039;REFB=-0.00461484;REVB=0.0077913;RO=65;SAF=28;SAR=31;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00222333;STB=0.505433;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00759039;OID=.;OPOS=12919934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:65:66:59:59:0.472:31:28:31:34:31:28:32:34 chr1 12919963 . T G 542.91 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0222711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3932;QD=18.4036;RBI=0.0526319;REFB=-0.00608383;REVB=0.0476876;RO=60;SAF=32;SAR=25;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087984;STB=0.544625;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00522591;OID=.;OPOS=12919963;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:60:61:57:57:0.483051:25:32:28:32:25:32:29:32 chr1 12920067 . C G 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0170268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.242;QD=19.941;RBI=0.0294163;REFB=0.00449098;REVB=-0.0239876;RO=29;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390947;STB=0.521725;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.00416352;OID=.;OPOS=12920067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:18:14:14:15:18:14:14:15 chr1 12921110 . A G 67.17 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0183092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.804;QD=5.26788;RBI=0.0184639;REFB=-0.00252177;REVB=-0.00238537;RO=41;SAF=4;SAR=6;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310153;STB=0.698884;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0266357;OID=.;OPOS=12921110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:41:41:10:10:0.196078:6:4:27:14:6:4:27:14 chr1 12921127 . A G 95.02 PASS AF=0.227273;AO=14;DP=65;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=0.00586702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.248;QD=5.75859;RBI=0.0213646;REFB=0.000352967;REVB=0.0205433;RO=51;SAF=5;SAR=9;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413075;STB=0.723876;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.000862707;OID=.;OPOS=12921127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:65:66:51:51:14:15:0.227273:9:5:36:15:9:6:36:15 chr1 12921132 . A G 93.45 PASS AF=0.220588;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=-0.0051961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=348.419;QD=5.497;RBI=0.00933654;REFB=-0.00359091;REVB=0.00775703;RO=53;SAF=6;SAR=9;SRF=38;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38124;STB=0.733065;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0139205;OID=.;OPOS=12921132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:68:68:53:53:15:15:0.220588:9:6:38:15:9:6:38:15 chr1 12921332 . TG CA,CG 319.97 PASS AF=0.47541,0.0819672;AO=29,5;DP=61;FAO=29,5;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=7,2;FSAR=22,3;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0233683,-0.0313141;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=149.675,76.2382;QD=20.9813;RBI=0.0234698,0.043969;REFB=-0.0256582,-0.0177938;REVB=0.00218035,-0.0308659;RO=26;SAF=7,2;SAR=22,3;SRF=15;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.315414,-0.204219;STB=0.670234,0.629121;STBP=0.022,0.626;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0270348,0.00818623;OID=.,.;OPOS=12921332,12921332;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:27:29,5:29,5:0.47541,0.0819672:22,3:7,2:15:11:22,3:7,2:15:12 chr1 13001312 . C G 516.82 PASS AF=0.811321;AO=43;DP=53;FAO=43;FDP=53;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0192687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.534;QD=39.0049;RBI=0.0241366;REFB=0.0175479;REVB=-0.0145359;RO=10;SAF=19;SAR=24;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558869;STB=0.530021;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00509349;OID=.;OPOS=13001312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:10:10:43:43:0.811321:24:19:6:4:24:19:6:4 chr1 13052789 . G A 441.7 PASS AF=0.352564;AO=55;DP=156;FAO=55;FDP=156;FR=.;FRO=101;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=68;FSRR=33;FWDB=-0.0343714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2584;QD=11.3257;RBI=0.0457235;REFB=-0.0240609;REVB=-0.0301537;RO=97;SAF=41;SAR=14;SRF=66;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905422;STB=0.558043;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.025128;OID=.;OPOS=13052789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:97:101:55:55:0.352564:14:41:66:31:14:41:68:33 chr1 13052871 . C T 813.2 PASS AF=0.374517;AO=96;DP=258;FAO=97;FDP=259;FR=.;FRO=162;FSAF=61;FSAR=36;FSRF=97;FSRR=65;FWDB=0.00131031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.915;QD=12.559;RBI=0.0195175;REFB=-0.0103753;REVB=-0.0194735;RO=162;SAF=60;SAR=36;SRF=97;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307822;STB=0.519955;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0179656;OID=.;OPOS=13052871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:259:162:162:96:97:0.374517:36:60:97:65:36:61:97:65 chr1 13052907 . T C 1787.2 PASS AF=0.626016;AO=153;DP=246;FAO=154;FDP=246;FR=.;FRO=92;FSAF=92;FSAR=62;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=0.00311943;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.828;QD=29.0602;RBI=0.00504274;REFB=-0.0177087;REVB=-0.00396213;RO=90;SAF=91;SAR=62;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356092;STB=0.52079;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0146104;OID=.;OPOS=13052907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:90:92:153:154:0.626016:62:91:49:41:62:92:50:42 chr1 13183243 . T C 48.13 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=-0.0185628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.45;QD=3.63275;RBI=0.0243867;REFB=-0.0199082;REVB=-0.0158155;RO=44;SAF=6;SAR=2;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691142;STB=0.54206;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0285456;OID=.;OPOS=13183243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:52:53:44:45:8:8:0.150943:2:6:31:13:2:6:32:13 chr1 13183248 . TC AA 55.05 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0168767;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=231.804;QD=4.07768;RBI=0.0367574;REFB=-0.00288804;REVB=0.032654;RO=45;SAF=7;SAR=2;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167405;STB=0.616299;STBP=0.516;TYPE=mnp;VARB=0.014205;OID=.;OPOS=13183248;OREF=TC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:54:45:45:9:9:0.166667:2:7:30:15:2:7:30:15 chr1 13183416 . A C 37.48 PASS AF=0.0760234;AO=13;DP=171;FAO=13;FDP=171;FR=.;FRO=158;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=67;FSRR=91;FWDB=0.00732618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.356;QD=0.876723;RBI=0.0164196;REFB=-0.00280592;REVB=0.0146946;RO=157;SAF=3;SAR=10;SRF=67;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234782;STB=0.697581;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0376735;OID=.;OPOS=13183416;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:171:171:157:158:13:13:0.0760234:10:3:67:90:10:3:67:91 chr1 13183439 . T C 2088.53 PASS AF=0.785;AO=157;DP=200;FAO=157;FDP=200;FR=.;FRO=43;FSAF=71;FSAR=86;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0117124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.494;QD=41.7705;RBI=0.013685;REFB=-0.00903547;REVB=0.00707805;RO=43;SAF=71;SAR=86;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525742;STB=0.502794;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0023531;OID=.;OPOS=13183439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:43:43:157:157:0.785:86:71:20:23:86:71:20:23 chr1 13183511 . T C 558.72 PASS AF=0.348958;AO=67;DP=192;FAO=67;FDP=192;FR=.;FRO=125;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=70;FSRR=55;FWDB=0.0157882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.501;QD=11.6399;RBI=0.0224821;REFB=-0.0106952;REVB=-0.0160055;RO=124;SAF=39;SAR=28;SRF=69;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297788;STB=0.514704;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0183393;OID=.;OPOS=13183511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:124:125:67:67:0.348958:28:39:69:55:28:39:70:55 chr1 13183528 . A C 376.58 PASS AF=0.293785;AO=51;DP=177;FAO=52;FDP=177;FR=.;FRO=125;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=71;FSRR=54;FWDB=-0.0152147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.834;QD=8.5102;RBI=0.0176136;REFB=-0.0104938;REVB=-0.00887413;RO=125;SAF=28;SAR=23;SRF=71;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232833;STB=0.507387;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0268675;OID=.;OPOS=13183528;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:125:125:51:52:0.293785:23:28:71:54:23:29:71:54 chr1 13183532 . CC TT 389.43 PASS AF=0.305882;AO=52;DP=172;FAO=52;FDP=170;FR=.;FRO=118;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=65;FSRR=53;FWDB=-0.0172261;FXX=0.0116272;HRUN=2;LEN=2;MLLD=182.076;QD=9.16311;RBI=0.0177855;REFB=-0.00532208;REVB=0.00442558;RO=118;SAF=29;SAR=23;SRF=65;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826095;STB=0.504808;STBP=0.939;TYPE=mnp;VARB=0.0135362;OID=.;OPOS=13183532;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:170:118:118:52:52:0.305882:23:29:65:53:23:29:65:53 chr1 13183567 . C T 261.05 PASS AF=0.260563;AO=37;DP=142;FAO=37;FDP=142;FR=.;FRO=105;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=65;FSRR=40;FWDB=-0.0398268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.247;QD=7.35356;RBI=0.0412346;REFB=-0.0172772;REVB=-0.0106826;RO=104;SAF=21;SAR=16;SRF=64;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608502;STB=0.539164;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0355994;OID=.;OPOS=13183567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:104:105:37:37:0.260563:16:21:64:40:16:21:65:40 chr1 13183573 . G T 203.69 PASS AF=0.235294;AO=31;DP=136;FAO=32;FDP=136;FR=.;FRO=104;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=65;FSRR=39;FWDB=-0.00392572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.2;QD=5.99092;RBI=0.00668254;REFB=-0.00468235;REVB=-0.00540786;RO=103;SAF=16;SAR=15;SRF=64;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133902;STB=0.572582;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0109225;OID=.;OPOS=13183573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:103:104:31:32:0.235294:15:16:64:39:15:17:65:39 chr1 13219048 . T G 89.84 PASS AF=0.44;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0134215;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.987;QD=14.3739;RBI=0.0161567;REFB=-0.0216323;REVB=-0.00899454;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208455;STB=0.538391;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0226106;OID=.;OPOS=13219048;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:25:13:14:11:11:0.44:7:4:5:8:7:4:6:8 chr1 13448283 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00556383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.749;QD=51.1846;RBI=0.0401334;REFB=0;REVB=0.0397459;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248638;OID=.;OPOS=13448283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr1 13448351 . T C 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1076;QD=46.8452;RBI=0.0589209;REFB=0;REVB=0.0369186;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0026293;OID=.;OPOS=13448351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr1 13695787 . C G 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00658148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.481;QD=51.5087;RBI=0.00747566;REFB=0.0240356;REVB=-0.00354537;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343929;STB=0.518504;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000387251;OID=.;OPOS=13695787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:13:13:0:1:13:13:0:1 chr1 13695816 . G A 671.71 PASS AF=1;AO=35;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.758;QD=62.4847;RBI=0.0353563;REFB=0;REVB=0.0338809;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485268;OID=.;OPOS=13695816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:35:43:1:13:22:0:0:21:22:0:0 chr1 13802325 . T C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0717139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.132;QD=61.6952;RBI=0.0721161;REFB=0;REVB=0.00760599;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113296;OID=.;OPOS=13802325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:40:42:0:0:40:42:0:0 chr1 13802437 . G A 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00328789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.061;QD=15.1533;RBI=0.00372331;REFB=-0.00984325;REVB=0.00174724;RO=43;SAF=22;SAR=10;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257088;STB=0.645848;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0211284;OID=.;OPOS=13802437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:10:22:19:24:10:22:19:24 chr1 13910417 . C T 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=0.0125185;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=214.731;QD=19.3861;RBI=0.0144788;REFB=-0.00892131;REVB=-0.00727493;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313611;STB=0.67377;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.010024;OID=.;OPOS=13910417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:12:8:2:19:12:8:2:19 chr1 13940864 . C G 2157.63 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00606945;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.633;QD=62.9964;RBI=0.0092297;REFB=0;REVB=-0.00695335;RO=0;SAF=77;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.82588e-07;OID=.;OPOS=13940864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:136:137:1:59:77:0:0:60:77:0:0 chr1 13944236 . C CTT,T 764.72 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=41,5;DP=48;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00399208,-0.0267358;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=43.5008,186.045;QD=62.4258;RBI=0.0202961,0.0269516;REFB=0,0;REVB=0.0198996,0.00340342;RO=0;SAF=22,3;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00370049,0.00671286;OID=.,.;OPOS=13944237,13944236;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:48:49:0:0:41,5:47,2:0.959184,0.0408163:19,2:22,3:0:0:20,2:27,0:0:0 chr1 14068507 . ACCCA ACC,ACCA 32.25 PASS AF=0.216216,0;AO=8,6;DP=38;FAO=8,0;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=6,0;FSAR=2,0;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.104789,-0.167187;FXX=0.0263089;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=26.9546,13.6865;QD=3.48671;RBI=0.119265,0.198099;REFB=-0.0713537,-0.0839307;REVB=-0.0569508,-0.106261;RO=20;SAF=6,5;SAR=2,1;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.302804,0.42192;STB=0.645763,0.5;STBP=0.374,1;TYPE=del,del;VARB=0.193999,0;OID=.,.;OPOS=14068510,14068508;OREF=CA,C;OALT=-,-;OMAPALT=ACC,ACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.216216,0:8,6:38:8,0:37:29:6,0:2,0:17:12:31:20:6,5:2,1:10:10 chr1 14105049 . C T 224.6 PASS AF=0.228188;AO=34;DP=149;FAO=34;FDP=149;FR=.;FRO=115;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=59;FSRR=56;FWDB=-0.00275203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.715;QD=6.02944;RBI=0.00825079;REFB=-0.0163734;REVB=0.00777829;RO=115;SAF=13;SAR=21;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16603;STB=0.601611;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0632579;OID=.;OPOS=14105049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:115:115:34:34:0.228188:21:13:59:56:21:13:59:56 chr1 14106394 . A ACTC 108.52 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0168955;FXX=0.220302;HRUN=1;LEN=3;MLLD=189.62;QD=9.43645;RBI=0.0186989;REFB=-0.00686467;REVB=-0.00801195;RO=30;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072975;STB=0.515901;STBP=0.88;TYPE=ins;VARB=0.0160459;OID=.;OPOS=14106395;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=ACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348:14:60:14:46:32:6:8:13:19:99:30:6:8:11:19 chr1 14143003 . A G 1618.29 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.149;QD=59.9367;RBI=0.0113634;REFB=0;REVB=0.00947048;RO=0;SAF=52;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46444e-05;OID=.;OPOS=14143003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:55:52:0:0:55:53:0:0 chr1 14149622 . T C 1168.51 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0308234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.901;QD=59.1648;RBI=0.042643;REFB=-0.00758209;REVB=0.0294677;RO=1;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114041;STB=0.506023;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000240193;OID=.;OPOS=14149622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:1:1:77:78:0.987342:41:36:0:1:41:37:0:1 chr1 14150709 . C T 2320.74 PASS AF=0.981013;AO=155;DP=158;FAO=155;FDP=158;FR=.;FRO=3;FSAF=81;FSAR=74;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00933251;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.708;QD=58.753;RBI=0.0380179;REFB=-0.0129817;REVB=0.0368546;RO=3;SAF=81;SAR=74;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172906;STB=0.50909;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.000101779;OID=.;OPOS=14150709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:158:158:3:3:155:155:0.981013:74:81:3:0:74:81:3:0 chr1 14150714 . G A 2014.61 PASS AF=0.92;AO=138;DP=150;FAO=138;FDP=150;FR=.;FRO=12;FSAF=78;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0614403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0377;QD=53.7229;RBI=0.0876958;REFB=-0.115722;REVB=0.0625751;RO=5;SAF=78;SAR=60;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379793;STB=0.532159;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0233718;OID=.;OPOS=14150714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:150:150:5:12:138:138:0.92:60:78:0:5:60:78:2:10 chr1 14150740 . G T 2064.74 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.694;QD=62.5678;RBI=0.0296601;REFB=0;REVB=0.0243089;RO=0;SAF=69;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02296e-06;OID=.;OPOS=14150740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:63:69:0:0:63:69:0:0 chr1 14150992 . T C 2170.23 PASS AF=1;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157398;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.048;QD=63.3644;RBI=0.0426655;REFB=0;REVB=0.0426365;RO=0;SAF=89;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92872e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4653e-05;OID=.;OPOS=14150992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:137:0:0:137:137:1:48:89:0:0:48:89:0:0 chr1 14450771 . G A 1187.86 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0335268;FXX=0.0240935;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.775;QD=58.6599;RBI=0.0335887;REFB=-0.150086;REVB=0.00203777;RO=2;SAF=28;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00741412;STB=0.503917;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0009711;OID=.;OPOS=14450771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:2:2:79:79:0.975309:51:28:1:1:51:28:1:1 chr1 15438990 . G A 1103.18 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0511941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1152;QD=58.8365;RBI=0.0846026;REFB=-0.0567052;REVB=0.0673554;RO=1;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119765;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000915397;OID=.;OPOS=15438990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:75:75:1:0:74:75:1:39:35:0:1:40:35:0:0 chr1 15490865 . T A 502.48 PASS AF=0.394366;AO=55;DP=142;FAO=56;FDP=142;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.00924158;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.166;QD=14.1542;RBI=0.0147721;REFB=-0.0156137;REVB=0.0115242;RO=85;SAF=23;SAR=32;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201506;STB=0.502339;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0229128;OID=.;OPOS=15490865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:85:86:55:56:0.394366:32:23:34:51:33:23:35:51 chr1 15497727 . T C 813.56 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000354677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.761;QD=55.1563;RBI=0.0259748;REFB=-0.00120613;REVB=0.0259724;RO=1;SAF=30;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154619;STB=0.508194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00091456;OID=.;OPOS=15497727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:27:30:1:0:28:30:1:0 chr1 15541607 . T C 481.99 PASS AF=0.554217;AO=45;DP=82;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00390564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.482;QD=23.2284;RBI=0.00713053;REFB=-0.0336998;REVB=0.00596577;RO=36;SAF=25;SAR=20;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451998;STB=0.525475;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0294948;OID=.;OPOS=15541607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:36:37:45:46:0.554217:20:25:18:18:21:25:18:19 chr1 15599021 . C T 260.49 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00420161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4443;QD=18.9446;RBI=0.0131813;REFB=-0.0253258;REVB=-0.0124937;RO=27;SAF=10;SAR=18;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125944;STB=0.507037;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0221704;OID=.;OPOS=15599021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:18:10:10:17:18:10:10:17 chr1 15599025 . G A 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00393887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.771;QD=19.1095;RBI=0.0137241;REFB=-0.0117414;REVB=0.0131467;RO=26;SAF=10;SAR=17;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600872;STB=0.533512;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00840837;OID=.;OPOS=15599025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:17:10:8:18:17:10:8:18 chr1 15623214 . A G 362.23 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00887811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.813;QD=23.3696;RBI=0.0102217;REFB=-0.016113;REVB=0.00506575;RO=26;SAF=17;SAR=19;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796659;STB=0.543804;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.018235;OID=.;OPOS=15623214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:19:17:15:11:19:17:15:11 chr1 15627776 . G A 197.79 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0832154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.506;QD=14.6512;RBI=0.0881691;REFB=-0.000137631;REVB=-0.0291375;RO=31;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214236;STB=0.51223;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.00131385;OID=.;OPOS=15627776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:16:7:10:21:16:7:10:21 chr1 15708540 . A G 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0065832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.723;QD=18.1184;RBI=0.0107248;REFB=-0.00838178;REVB=-0.00846652;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0132608;OID=.;OPOS=15708540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:9:9:10:10:9:9:10:10 chr1 15710411 . G C 196.92 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0538774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7782;QD=12.9131;RBI=0.0598351;REFB=-0.0272553;REVB=-0.0260283;RO=37;SAF=15;SAR=9;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257713;STB=0.647652;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0343838;OID=.;OPOS=15710411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:9:15:14:23:9:15:14:23 chr1 15714831 . C T 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00330608;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.2857;QD=26.0257;RBI=0.0530236;REFB=0.0615907;REVB=0.0529204;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.0101255;OID=.;OPOS=15714831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:0:1:6:6:0.857143:3:3:0:0:3:3:0:1 chr1 15714842 . G C 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0777887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7893;QD=22.5856;RBI=0.0777887;REFB=-0.0390611;REVB=-6.97995e-05;RO=6;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204503;STB=0.511607;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0176728;OID=.;OPOS=15714842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:4:7:4:2:4:7:4:2 chr1 15723811 . T A 348.79 PASS AF=0.396226;AO=41;DP=106;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0114442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.34;QD=13.1617;RBI=0.0372847;REFB=-0.00276635;REVB=-0.0354849;RO=56;SAF=24;SAR=17;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160345;STB=0.607949;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00303021;OID=.;OPOS=15723811;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:64:41:42:0.396226:17:24:24:32:18:24:25:39 chr1 15754484 . T C 1258.1 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0109521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.969;QD=59.2048;RBI=0.0255379;REFB=-0.0250516;REVB=0.0230702;RO=2;SAF=40;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000806099;STB=0.500426;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.000434826;OID=.;OPOS=15754484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:85:85:2:2:83:83:0.976471:43:40:1:1:43:40:1:1 chr1 15755222 . G A 55.07 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0101404;FXX=0.121175;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.358;QD=7.59577;RBI=0.0105187;REFB=-0.0156811;REVB=-0.00279592;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613202;STB=0.535979;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0255579;OID=.;OPOS=15755222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:33:29:16:21:7:7:0.241379:3:4:10:6:3:4:11:10 chr1 15788269 . A C 1320.84 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4805;QD=62.1574;RBI=0.0176561;REFB=0;REVB=-0.00766485;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131129;OID=.;OPOS=15788269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:46:39:0:0:46:39:0:0 chr1 15792586 . G A 291.37 PASS AF=0.354167;AO=34;DP=96;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.0428978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5734;QD=12.1402;RBI=0.0892648;REFB=-0.00539039;REVB=0.0782814;RO=62;SAF=15;SAR=19;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208366;STB=0.619497;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0134435;OID=.;OPOS=15792586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:62:62:34:34:0.354167:19:15:39:23:19:15:39:23 chr1 15807637 . C T 139.37 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00812677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5964;QD=9.13909;RBI=0.0118776;REFB=-0.00867585;REVB=0.00866217;RO=42;SAF=8;SAR=11;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173215;STB=0.602633;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0211803;OID=.;OPOS=15807637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:42:19:19:0.311475:11:8:24:18:11:8:24:18 chr1 15808198 . C T 1549.2 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.668;QD=63.8843;RBI=0.0725642;REFB=0;REVB=-0.0448226;RO=0;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99812e-05;OID=.;OPOS=15808198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:45:52:0:0:45:52:0:0 chr1 15808767 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00540967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.176;QD=59.8394;RBI=0.03157;REFB=0;REVB=0.0311031;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110623;OID=.;OPOS=15808767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:14:21:0:0:15:21:0:0 chr1 15808872 . G A 1396.42 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00110502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.942;QD=62.7603;RBI=0.0123251;REFB=0;REVB=0.0122754;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32012e-05;OID=.;OPOS=15808872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:39:50:0:0:39:50:0:0 chr1 15809876 . G A 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.22;QD=60.9768;RBI=0.0444142;REFB=0;REVB=0.0280983;RO=0;SAF=7;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147307;OID=.;OPOS=15809876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:32:7:0:0:32:7:0:0 chr1 15812432 . A G 1568.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.322;QD=64.021;RBI=0.0268817;REFB=0;REVB=0.0108897;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84319e-05;OID=.;OPOS=15812432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:49:49:0:0:49:49:0:0 chr1 15832543 . T C 1713.19 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2523;QD=60.6438;RBI=0.0340014;REFB=0;REVB=0.0138484;RO=0;SAF=59;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04354e-05;OID=.;OPOS=15832543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:54:59:0:0:54:59:0:0 chr1 15844615 . A G 1551.19 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132789;FXX=0.0370336;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.678;QD=59.6613;RBI=0.0405834;REFB=0;REVB=0.0383494;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723408;OID=.;OPOS=15844615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:100:104:1:48:52:0:0:49:55:0:0 chr1 15850613 . G A 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00434804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.575;QD=55.0974;RBI=0.0210912;REFB=0;REVB=0.0206381;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173102;OID=.;OPOS=15850613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr1 15909850 . C G 208.39 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.000920364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.997;QD=11.4184;RBI=0.00527648;REFB=0.00349797;REVB=0.00519559;RO=47;SAF=16;SAR=10;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271227;STB=0.515683;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00611348;OID=.;OPOS=15909850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:10:16:30:17:10:16:30:17 chr1 15911349 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0862168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.305;QD=33.4285;RBI=0.0902596;REFB=0;REVB=0.0267108;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119294;OID=.;OPOS=15911349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr1 15953261 . A G 442.72 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0203714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.653;QD=22.7037;RBI=0.0305613;REFB=-0.00401334;REVB=0.0227816;RO=35;SAF=22;SAR=21;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137373;STB=0.575471;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00351481;OID=.;OPOS=15953261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:21:22:12:23:21:22:12:23 chr1 16069071 . C T 725.48 PASS AF=0.466667;AO=76;DP=164;FAO=77;FDP=165;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=0.0227133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6398;QD=17.5875;RBI=0.0254844;REFB=-0.0160176;REVB=-0.0115568;RO=88;SAF=31;SAR=45;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216765;STB=0.509029;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0183719;OID=.;OPOS=16069071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:88:88:76:77:0.466667:45:31:34:54:46:31:34:54 chr1 16096934 . C T 116.0 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0849765;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.6566;QD=16.5712;RBI=0.0854341;REFB=-0.0758953;REVB=0.0088304;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0762914;OID=.;OPOS=16096934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:28:13:14:13:14:0.5:5:8:8:5:6:8:8:6 chr1 16272307 . C T 52.57 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0390738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.635;QD=6.78289;RBI=0.0466902;REFB=-0.0181217;REVB=-0.0255581;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122879;STB=0.578313;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.035748;OID=.;OPOS=16272307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:5:3:11:12:5:3:11:12 chr1 16341649 . C T 1731.3 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.139;QD=60.7473;RBI=0.07562;REFB=0;REVB=0.0739973;RO=0;SAF=82;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25323e-05;OID=.;OPOS=16341649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:32:82:0:0:32:82:0:0 chr1 16341733 . T C 1536.72 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.335;QD=63.37;RBI=0.03274;REFB=0;REVB=0.000931667;RO=0;SAF=57;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99769e-05;OID=.;OPOS=16341733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:38:57:0:0:38:59:0:0 chr1 16342237 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.787;QD=59.8394;RBI=0.0216052;REFB=0;REVB=0.0185021;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132756;OID=.;OPOS=16342237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr1 16344360 . A G 2604.22 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.465;QD=62.0052;RBI=0.0677617;REFB=0;REVB=0.0660784;RO=0;SAF=80;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06912e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05516e-05;OID=.;OPOS=16344360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:168:0:0:166:168:1:86:80:0:0:87:81:0:0 chr1 16344402 . G A 3078.33 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108928;FXX=0.00515437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4046;QD=63.7997;RBI=0.111417;REFB=0;REVB=0.0234186;RO=0;SAF=75;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456295;OID=.;OPOS=16344402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:193:0:0:191:193:1:116:75:0:0:118:75:0:0 chr1 16344494 . G A 1053.81 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0567103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0773;QD=56.9625;RBI=0.125242;REFB=-0.160837;REVB=0.111667;RO=2;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197;STB=0.510414;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00410517;OID=.;OPOS=16344494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:47:25:0:2:47:25:0:2 chr1 16344625 . C G 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.392;QD=62.008;RBI=0.0133984;REFB=0;REVB=-0.000957588;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.95002e-05;OID=.;OPOS=16344625;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr1 16344664 . G A 1479.65 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249033;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.269;QD=63.6408;RBI=0.0500823;REFB=0;REVB=0.0434518;RO=0;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223381;OID=.;OPOS=16344664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:93:93:1:43:50:0:0:43:50:0:0 chr1 16351275 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.506;QD=58.6004;RBI=0.0462441;REFB=0;REVB=0.0347842;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00043e-06;OID=.;OPOS=16351275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:25:39:0:0:25:39:0:0 chr1 16356501 . G A 1175.11 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127178;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3668;QD=61.0448;RBI=0.13625;REFB=0;REVB=0.048885;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015439;OID=.;OPOS=16356501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:30:47:0:0:30:47:0:0 chr1 16358932 . T C 576.35 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.138;QD=60.6684;RBI=0.0382805;REFB=0;REVB=0.0355149;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51304e-05;OID=.;OPOS=16358932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:25:12:0:0:25:13:0:0 chr1 16361916 . G A 137.64 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0142445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.428;QD=39.3253;RBI=0.063137;REFB=-0.120057;REVB=-0.0615092;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599828;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000990921;OID=.;OPOS=16361916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:2:11:0:0:2:11:0:1 chr1 16371067 . G T 427.48 PASS AF=0.518072;AO=42;DP=82;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0604249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.317;QD=20.6015;RBI=0.0604265;REFB=-0.0239622;REVB=0.000434021;RO=40;SAF=18;SAR=24;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118124;STB=0.570407;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0248713;OID=.;OPOS=16371067;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:40:40:42:43:0.518072:24:18:12:28:24:19:12:28 chr1 16373124 . A G 896.26 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.363;QD=57.823;RBI=0.0745014;REFB=0;REVB=0.033959;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130543;OID=.;OPOS=16373124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:62:0:0:57:62:1:32:25:0:0:33:29:0:0 chr1 16374533 . G C 1114.41 PASS AF=0.843137;AO=85;DP=102;FAO=86;FDP=102;FR=.;FRO=16;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=0.0167826;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.315;QD=43.7022;RBI=0.0186023;REFB=-0.0116058;REVB=-0.00802423;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.581376;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000267413;OID=.;OPOS=16374533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:102:102:0:16:85:86:0.843137:49:36:0:0:50:36:15:1 chr1 16374994 . C T 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0061173;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.261;QD=57.8244;RBI=0.0218373;REFB=0.102431;REVB=0.0209629;RO=1;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302093;STB=0.51612;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000876522;OID=.;OPOS=16374994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:15:23:0:1:15:23:0:1 chr1 16375063 . CA GC 260.92 PASS AF=0.956522;AO=19;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.24401;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=131.278;QD=45.3778;RBI=0.261449;REFB=-0.146874;REVB=0.093887;RO=1;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317459;STB=0.516115;STBP=0.615;TYPE=mnp;VARB=0.00567795;OID=.;OPOS=16375063;OREF=CA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:19:22:0.956522:14:5:0:1:15:7:0:1 chr1 16376191 . C T 700.98 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00404337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2479;QD=62.3096;RBI=0.0903214;REFB=0;REVB=0.0902308;RO=0;SAF=42;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442446;OID=.;OPOS=16376191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:2:42:0:0:3:42:0:0 chr1 16376319 . T C 1513.8 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202423;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1604;QD=63.7391;RBI=0.0211292;REFB=0;REVB=0.00605752;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.45691e-05;OID=.;OPOS=16376319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:47:48:0:0:47:48:0:0 chr1 16380196 . T C 1377.38 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.843;QD=62.6081;RBI=0.0204055;REFB=0;REVB=0.0167213;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11091e-05;OID=.;OPOS=16380196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:45:43:0:0:45:43:0:0 chr1 16380243 . A G 1120.28 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00593786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.494;QD=58.9622;RBI=0.0417245;REFB=0.0478857;REVB=-0.0412999;RO=1;SAF=35;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133266;STB=0.50704;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.000206064;OID=.;OPOS=16380243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:40:35:1:0:40:35:1:0 chr1 16380252 . C T 1028.95 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0847609;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.6305;QD=57.1638;RBI=0.100572;REFB=-0.176084;REVB=-0.054132;RO=2;SAF=32;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00226602;STB=0.506492;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00448113;OID=.;OPOS=16380252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:2:1:70:71:0.986111:38:32:1:1:38:33:0:1 chr1 16383682 . G C 441.4 PASS AF=0.420168;AO=50;DP=119;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0169307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5729;QD=14.8368;RBI=0.0281228;REFB=-0.0199079;REVB=0.0224554;RO=69;SAF=19;SAR=31;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134;STB=0.575425;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0221667;OID=.;OPOS=16383682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:69:69:50:50:0.420168:31:19:35:34:31:19:35:34 chr1 16383742 . C G 911.43 PASS AF=0.497268;AO=91;DP=182;FAO=91;FDP=183;FR=.;FRO=92;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=57;FWDB=-0.0109744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3698;QD=19.922;RBI=0.0354937;REFB=-0.0215903;REVB=-0.0337545;RO=91;SAF=47;SAR=44;SRF=35;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119643;STB=0.568148;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0273594;OID=.;OPOS=16383742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:91:92:91:91:0.497268:44:47:35:56:44:47:35:57 chr1 16384986 . G T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0135283;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.493;QD=18.7668;RBI=0.0542417;REFB=-0.0310403;REVB=0.0525276;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0107687;OID=.;OPOS=16384986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:1:2:3:3:1:2 chr1 16384998 . GG CA 38.39 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0141334;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=347.554;QD=17.0615;RBI=0.0167476;REFB=-0.000376781;REVB=0.00898495;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.555372;STBP=0.707;TYPE=mnp;VARB=-0.000910272;OID=.;OPOS=16384998;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:9:9:3:3:5:6:0.666667:2:3:1:2:3:3:1:2 chr1 16385175 . G A 358.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00569835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.12;QD=55.0925;RBI=0.0255516;REFB=0;REVB=-0.0249081;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.72421e-05;OID=.;OPOS=16385175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr1 16385184 . G A 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00985392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.418;QD=12.869;RBI=0.0107674;REFB=-0.0122449;REVB=0.00434024;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379619;STB=0.546014;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0200505;OID=.;OPOS=16385184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:15:16:11:11:0.407407:4:7:9:6:4:7:9:7 chr1 16386008 . T C 330.62 PASS AF=1;AO=19;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.0084;QD=52.8993;RBI=0.189474;REFB=0;REVB=0.189259;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00832714;OID=.;OPOS=16386008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:19:25:1:10:9:0:0:14:11:0:0 chr1 16386416 . G A 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.365;QD=55.6513;RBI=0.0595655;REFB=0;REVB=0.0264621;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191739;OID=.;OPOS=16386416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr1 16386447 . G C 331.61 PASS AF=0.961538;AO=20;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.10869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9057;QD=51.017;RBI=0.148082;REFB=-0.122262;REVB=0.100573;RO=1;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541413;STB=0.52379;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.011967;OID=.;OPOS=16386447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:20:25:0.961538:8:12:0:1:10:15:0:1 chr1 16386495 . C T 272.33 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0989899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.225;QD=49.5149;RBI=0.0990367;REFB=0;REVB=0.00304516;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161061;OID=.;OPOS=16386495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:22:0:0:19:22:1:11:8:0:0:11:11:0:0 chr1 16388646 . T C 1512.5 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00593751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.105;QD=59.9011;RBI=0.0341551;REFB=0;REVB=0.0336351;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01824e-05;OID=.;OPOS=16388646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:46:55:0:0:46:55:0:0 chr1 16464673 . G A 109.84 PASS AF=0.416667;AO=8;DP=38;FAO=15;FDP=36;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.107759;FXX=0.0526177;HRUN=6;LEN=1;MLLD=23.6611;QD=12.2044;RBI=0.131457;REFB=-0.0295864;REVB=0.0752923;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224141;STB=0.517218;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0220148;OID=.;OPOS=16464673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:11:21:8:15:0.416667:6:2:5:6:6:9:12:9 chr1 16533022 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2062;QD=39.2036;RBI=0.00927495;REFB=0;REVB=-0.00927495;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000593821;OID=.;OPOS=16533022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr1 16578146 . A G 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0235345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.56;QD=18.2489;RBI=0.0251939;REFB=0.00317631;REVB=0.0089923;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101817;STB=0.558527;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00290073;OID=.;OPOS=16578146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:9:4:5:7:9:4:5:7 chr1 16641899 . C T 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0366092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.779;QD=58.2431;RBI=0.0367566;REFB=-0.0560066;REVB=0.00328823;RO=1;SAF=14;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323034;STB=0.517232;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000476358;OID=.;OPOS=16641899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:25:14:1:0:25:14:1:0 chr1 16723084 . G A,C 1113.92 PASS AF=0.96,0.04;AO=72,3;DP=75;FAO=72,3;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=56,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242389,-0.0880862;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.8605,189.76;QD=59.4089;RBI=0.0260822,0.0907596;REFB=0,0;REVB=-0.00963116,-0.021866;RO=0;SAF=16,0;SAR=56,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000566278,0.0778035;OID=.,.;OPOS=16723084,16723084;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:75:75:0:0:72,3:72,3:0.96,0.04:56,3:16,0:0:0:56,3:16,0:0:0 chr1 16725941 . C T 112.46 PASS AF=0.285714;AO=13;DP=48;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00407338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.64;QD=9.18014;RBI=0.0347501;REFB=-0.0111914;REVB=-0.0345105;RO=35;SAF=9;SAR=4;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476853;STB=0.511166;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.025175;OID=.;OPOS=16725941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:35:35:13:14:0.285714:4:9:23:12:5:9:23:12 chr1 16802404 . C T 48.91 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0606435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5675;QD=13.9741;RBI=0.060693;REFB=-0.00294254;REVB=0.00244887;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52454;STB=0.817189;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00626339;OID=.;OPOS=16802404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:1:6:2:5:1:6:2:5 chr1 16840730 . C T 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0129892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.977;QD=13.5518;RBI=0.0130953;REFB=-0.00860286;REVB=0.00166343;RO=35;SAF=16;SAR=8;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110481;STB=0.506324;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00846617;OID=.;OPOS=16840730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:8:16:23:12:8:16:23:12 chr1 16858909 . G C 1973.69 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00454386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.725;QD=61.1997;RBI=0.0369138;REFB=0.0712044;REVB=-0.0366331;RO=1;SAF=69;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683767;STB=0.503597;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.000194515;OID=.;OPOS=16858909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:1:1:128:128:0.992248:59:69:1:0:59:69:1:0 chr1 16860633 . G A 31.87 PASS AF=0.0701754;AO=12;DP=171;FAO=12;FDP=171;FR=.;FRO=159;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=79;FSRR=80;FWDB=0.00418925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0941;QD=0.745599;RBI=0.0678127;REFB=-0.00753838;REVB=-0.0676832;RO=159;SAF=5;SAR=7;SRF=79;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870673;STB=0.574655;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0934937;OID=.;OPOS=16860633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:171:171:159:159:12:12:0.0701754:7:5:79:80:7:5:79:80 chr1 16860652 . A C 93.62 PASS AF=0.126437;AO=22;DP=174;FAO=22;FDP=174;FR=.;FRO=152;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=75;FSRR=77;FWDB=0.0285381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9085;QD=2.15226;RBI=0.0305435;REFB=-0.00599679;REVB=0.0108849;RO=152;SAF=11;SAR=11;SRF=75;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00823002;STB=0.505742;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.028782;OID=.;OPOS=16860652;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:174:174:152:152:22:22:0.126437:11:11:75:77:11:11:75:77 chr1 16861772 . A G 157.06 PASS AF=0.227273;AO=25;DP=110;FAO=25;FDP=110;FR=.;FRO=85;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=58;FSRR=27;FWDB=-0.00423833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.579;QD=5.7113;RBI=0.0277632;REFB=0.00294649;REVB=-0.0274378;RO=85;SAF=14;SAR=11;SRF=58;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161173;STB=0.598114;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.01186;OID=.;OPOS=16861772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:85:85:25:25:0.227273:11:14:58:27:11:14:58:27 chr1 16861804 . G A 224.85 PASS AF=0.280702;AO=32;DP=114;FAO=32;FDP=114;FR=.;FRO=82;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=-0.02995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.575;QD=7.88947;RBI=0.0300589;REFB=-0.0152085;REVB=0.0025558;RO=82;SAF=17;SAR=15;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362799;STB=0.52151;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.043344;OID=.;OPOS=16861804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:82:82:32:32:0.280702:15:17:46:36:15:17:46:36 chr1 16862282 . G A 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0341014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.211;QD=16.8246;RBI=0.0448591;REFB=-0.0117609;REVB=-0.029145;RO=28;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225019;STB=0.628505;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0174017;OID=.;OPOS=16862282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:8:13:11:17:8:13:11:17 chr1 16862394 . G A 33.44 PASS AF=0.0710059;AO=12;DP=170;FAO=12;FDP=169;FR=.;FRO=157;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=71;FSRR=86;FWDB=-0.0207912;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7496;QD=0.791514;RBI=0.0741088;REFB=0.000187161;REVB=0.0711325;RO=158;SAF=9;SAR=3;SRF=71;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321342;STB=0.769017;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00980183;OID=.;OPOS=16862394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:170:169:158:157:12:12:0.0710059:3:9:71:87:3:9:71:86 chr1 16862454 . T G 1333.4 PASS AF=0.597087;AO=121;DP=206;FAO=123;FDP=206;FR=.;FRO=83;FSAF=58;FSAR=65;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=0.00171785;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.834;QD=25.8912;RBI=0.0367827;REFB=-0.00790747;REVB=0.0367425;RO=80;SAF=56;SAR=65;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732976;STB=0.538116;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0152252;OID=.;OPOS=16862454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:80:83:121:123:0.597087:65:56:45:35:65:58:47:36 chr1 16862461 . T A 1647.96 PASS AF=0.655814;AO=141;DP=206;FAO=141;FDP=215;FR=.;FRO=74;FSAF=70;FSAR=71;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=0.00897549;FXX=0.0528611;HRUN=6;LEN=1;MLLD=212.823;QD=30.6596;RBI=0.0134119;REFB=-0.00357756;REVB=-0.00996594;RO=64;SAF=70;SAR=71;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748701;STB=0.543051;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00126583;OID=.;OPOS=16862461;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:215:64:74:141:141:0.655814:71:70:40:24:71:70:46:28 chr1 16862472 . G C 88.64 PASS AF=0.0971223;AO=27;DP=279;FAO=27;FDP=278;FR=.;FRO=251;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=118;FSRR=133;FWDB=-0.00535626;FXX=0.0035841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1613;QD=1.27543;RBI=0.0245505;REFB=-0.00470558;REVB=-0.023959;RO=251;SAF=15;SAR=12;SRF=118;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102694;STB=0.576714;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0352309;OID=.;OPOS=16862472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:279:278:251:251:27:27:0.0971223:12:15:118:133:12:15:118:133 chr1 16862502 . A G 3088.7 PASS AF=0.689008;AO=255;DP=371;FAO=257;FDP=373;FR=.;FRO=116;FSAF=132;FSAR=125;FSRF=72;FSRR=44;FWDB=0.0021861;FXX=0.00267373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.579;QD=33.1228;RBI=0.0481941;REFB=0.00356537;REVB=-0.0481445;RO=116;SAF=132;SAR=123;SRF=72;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604952;STB=0.533381;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00178992;OID=.;OPOS=16862502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:371:373:116:116:255:257:0.689008:123:132:72:44:125:132:72:44 chr1 16862522 . C T 56.09 PASS AF=0.0635965;AO=29;DP=456;FAO=29;FDP=456;FR=.;FRO=427;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=218;FSRR=209;FWDB=-0.0309767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6678;QD=0.491977;RBI=0.0311306;REFB=-0.000629096;REVB=0.00309161;RO=425;SAF=24;SAR=5;SRF=217;SRR=208;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349783;STB=0.809107;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00652873;OID=.;OPOS=16862522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:456:456:425:427:29:29:0.0635965:5:24:217:208:5:24:218:209 chr1 16862566 . G A 52.77 PASS AF=0.0611814;AO=29;DP=474;FAO=29;FDP=474;FR=.;FRO=445;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=237;FSRR=208;FWDB=-0.0105457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.197;QD=0.445277;RBI=0.0451187;REFB=-0.00412026;REVB=-0.0438689;RO=444;SAF=12;SAR=17;SRF=236;SRR=208;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124436;STB=0.610483;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0543528;OID=.;OPOS=16862566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:474:474:444:445:29:29:0.0611814:17:12:236:208:17:12:237:208 chr1 16863308 . G T 35.02 PASS AF=0.0797101;AO=11;DP=138;FAO=11;FDP=138;FR=.;FRO=127;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=54;FSRR=73;FWDB=-0.0120545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.749;QD=1.01513;RBI=0.0147116;REFB=-0.00290158;REVB=0.00843329;RO=126;SAF=4;SAR=7;SRF=53;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665072;STB=0.559119;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0200204;OID=.;OPOS=16863308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:138:138:126:127:11:11:0.0797101:7:4:53:73:7:4:54:73 chr1 16863314 . A G 46.42 PASS AF=0.0935252;AO=13;DP=139;FAO=13;FDP=139;FR=.;FRO=126;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=54;FSRR=72;FWDB=0.00020022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.078;QD=1.33582;RBI=0.00872368;REFB=-0.000775809;REVB=0.00872138;RO=126;SAF=4;SAR=9;SRF=54;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14907;STB=0.616835;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00772925;OID=.;OPOS=16863314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:139:139:126:126:13:13:0.0935252:9:4:54:72:9:4:54:72 chr1 16863328 . T G 52.74 PASS AF=0.100719;AO=14;DP=139;FAO=14;FDP=139;FR=.;FRO=125;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=74;FWDB=-0.0411551;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.057;QD=1.51768;RBI=0.0416527;REFB=-0.00249412;REVB=-0.00641934;RO=124;SAF=4;SAR=10;SRF=50;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152013;STB=0.620587;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0420793;OID=.;OPOS=16863328;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:139:139:124:125:14:14:0.100719:10:4:50:74:10:4:51:74 chr1 16863352 . C T 60.3 PASS AF=0.110294;AO=15;DP=137;FAO=15;FDP=136;FR=.;FRO=121;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=75;FWDB=-0.0237781;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4657;QD=1.77339;RBI=0.0291598;REFB=-0.00484763;REVB=-0.0168788;RO=120;SAF=5;SAR=10;SRF=45;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550375;STB=0.545393;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0281818;OID=.;OPOS=16863352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:137:136:120:121:15:15:0.110294:10:5:45:75:10:5:46:75 chr1 16874206 . A C 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2556;QD=57.1997;RBI=0.0226552;REFB=0;REVB=0.0062421;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000643644;OID=.;OPOS=16874206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr1 16874245 . A C 104.17 PASS AF=0.433333;AO=9;DP=26;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0242119;FXX=0.0322477;HRUN=6;LEN=1;MLLD=53.7305;QD=13.8886;RBI=0.101871;REFB=-0.0715643;REVB=0.0989521;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312786;STB=0.662901;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0411912;OID=.;OPOS=16874245;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:30:10:17:9:13:0.433333:5:4:8:2:9:4:10:7 chr1 16890598 . T A 787.19 PASS AF=0.339161;AO=97;DP=286;FAO=97;FDP=286;FR=.;FRO=189;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=89;FSRR=100;FWDB=-0.00210581;FXX=0.0034842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.525;QD=11.0097;RBI=0.00356957;REFB=-0.00207883;REVB=-0.00288226;RO=185;SAF=52;SAR=45;SRF=87;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756384;STB=0.543023;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00559558;OID=.;OPOS=16890598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:185:189:97:97:0.339161:45:52:87:98:45:52:89:100 chr1 16890599 . A G 62.77 PASS AF=0.0801394;AO=23;DP=286;FAO=23;FDP=287;FR=.;FRO=264;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=128;FSRR=136;FWDB=-0.0263893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.979;QD=0.874853;RBI=0.0275392;REFB=-0.00154403;REVB=-0.00787483;RO=262;SAF=12;SAR=11;SRF=127;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042534;STB=0.533869;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0290706;OID=.;OPOS=16890599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:286:287:262:264:23:23:0.0801394:11:12:127:135:11:12:128:136 chr1 16890639 . C T 898.33 PASS AF=0.465686;AO=95;DP=204;FAO=95;FDP=204;FR=.;FRO=109;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=54;FSRR=55;FWDB=-0.0144598;FXX=0.0144921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.624;QD=17.6143;RBI=0.0262899;REFB=-0.00965003;REVB=-0.0219561;RO=106;SAF=52;SAR=43;SRF=53;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454047;STB=0.527858;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.011723;OID=.;OPOS=16890639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:106:109:95:95:0.465686:43:52:53:53:43:52:54:55 chr1 16890671 . TG CA 640.64 PASS AF=0.474453;AO=65;DP=138;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.000174591;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=2;MLLD=252.62;QD=18.7048;RBI=0.000800662;REFB=-0.00718687;REVB=0.000781395;RO=71;SAF=30;SAR=35;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069447;STB=0.542075;STBP=0.38;TYPE=mnp;VARB=0.00827364;OID=.;OPOS=16890671;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:71:72:65:65:0.474453:35:30:38:33:35:30:39:33 chr1 16893701 . G A 113.31 PASS AF=0.0915663;AO=38;DP=415;FAO=38;FDP=415;FR=.;FRO=377;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=209;FSRR=168;FWDB=-0.00698606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.094;QD=1.09211;RBI=0.0105702;REFB=-0.00218949;REVB=-0.00793242;RO=376;SAF=15;SAR=23;SRF=209;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191192;STB=0.642561;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.017352;OID=.;OPOS=16893701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:415:415:376:377:38:38:0.0915663:23:15:209:167:23:15:209:168 chr1 16901668 . T C 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.050523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.7312;QD=22.7236;RBI=0.0919489;REFB=0.0152359;REVB=-0.0768246;RO=16;SAF=11;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138107;STB=0.577271;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0132166;OID=.;OPOS=16901668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:9:11:6:10:9:11:6:10 chr1 16901714 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0281834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8064;QD=11.0919;RBI=0.0398467;REFB=0.00408672;REVB=0.0281683;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231195;STB=0.639509;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00295635;OID=.;OPOS=16901714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:1:5:3:2:1:5 chr1 16907303 . C T 371.74 PASS AF=0.12341;AO=97;DP=786;FAO=97;FDP=786;FR=.;FRO=689;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=369;FSRR=320;FWDB=-0.0280042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.56;QD=1.89181;RBI=0.0328188;REFB=0.000480058;REVB=-0.0171125;RO=688;SAF=50;SAR=47;SRF=369;SRR=319;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026657;STB=0.517647;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00400245;OID=.;OPOS=16907303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:786:786:688:689:97:97:0.12341:47:50:369:319:47:50:369:320 chr1 16907328 . G T 3899.16 PASS AF=0.622061;AO=344;DP=552;FAO=344;FDP=553;FR=.;FRO=209;FSAF=177;FSAR=167;FSRF=104;FSRR=105;FWDB=-3.30678e-05;FXX=0.00180502;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.377;QD=28.2037;RBI=0.00742482;REFB=-0.00901109;REVB=-0.00742475;RO=207;SAF=177;SAR=167;SRF=103;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118505;STB=0.5064;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00455425;OID=.;OPOS=16907328;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:552:553:207:209:344:344:0.622061:167:177:103:104:167:177:104:105 chr1 16909052 . C T 2632.26 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.74;QD=61.9355;RBI=0.0280661;REFB=0;REVB=0.0138912;RO=0;SAF=94;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84007e-06;OID=.;OPOS=16909052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:170:0:0:161:170:1:67:94:0:0:67:103:0:0 chr1 16909100 . G C 78.87 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0215137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.275;QD=6.57212;RBI=0.0224451;REFB=-0.010549;REVB=0.00639888;RO=37;SAF=3;SAR=8;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357701;STB=0.72686;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0280056;OID=.;OPOS=16909100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:8:3:21:16:8:3:21:16 chr1 16913584 . A C 122.52 PASS AF=0.135;AO=27;DP=200;FAO=27;FDP=200;FR=.;FRO=173;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=85;FSRR=88;FWDB=0.00331304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4324;QD=2.45033;RBI=0.0288977;REFB=0.00116043;REVB=0.0287071;RO=172;SAF=13;SAR=14;SRF=85;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160926;STB=0.508519;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.00839678;OID=.;OPOS=16913584;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:172:173:27:27:0.135:14:13:85:87:14:13:85:88 chr1 16913612 . G A 98.07 PASS AF=0.111588;AO=26;DP=233;FAO=26;FDP=233;FR=.;FRO=207;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=104;FSRR=103;FWDB=0.0253467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9729;QD=1.68359;RBI=0.0265491;REFB=0.00206247;REVB=0.00789928;RO=207;SAF=13;SAR=13;SRF=104;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00298285;STB=0.502144;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.0185025;OID=.;OPOS=16913612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:233:233:207:207:26:26:0.111588:13:13:104:103:13:13:104:103 chr1 16913633 . G T 38.46 PASS AF=0.0700935;AO=15;DP=214;FAO=15;FDP=214;FR=.;FRO=199;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=97;FSRR=102;FWDB=-0.0130879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.874;QD=0.718827;RBI=0.0150832;REFB=-1.20911e-05;REVB=-0.00749724;RO=199;SAF=8;SAR=7;SRF=97;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500894;STB=0.542569;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.0094842;OID=.;OPOS=16913633;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:214:214:199:199:15:15:0.0700935:7:8:97:102:7:8:97:102 chr1 16915357 . C T 101.59 PASS AF=0.254237;AO=13;DP=57;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.00220969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.722;QD=6.88766;RBI=0.00990285;REFB=-0.0113469;REVB=0.00965318;RO=44;SAF=10;SAR=3;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683804;STB=0.576813;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0277172;OID=.;OPOS=16915357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:44:44:13:15:0.254237:3:10:32:12:3:12:32:12 chr1 16918424 . G C 829.19 PASS AF=0.215071;AO=136;DP=642;FAO=137;FDP=637;FR=.;FRO=500;FSAF=90;FSAR=47;FSRF=224;FSRR=276;FWDB=0.000564452;FXX=0.0108694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.513;QD=5.20682;RBI=0.00787553;REFB=-0.0061015;REVB=-0.00785528;RO=491;SAF=89;SAR=47;SRF=223;SRR=268;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25767;STB=0.663251;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0228832;OID=.;OPOS=16918424;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:642:637:491:500:136:137:0.215071:47:89:223:268:47:90:224:276 chr1 16918498 . G A 156.23 PASS AF=0.125;AO=38;DP=304;FAO=38;FDP=304;FR=.;FRO=266;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=141;FSRR=125;FWDB=-0.0360262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.398;QD=2.05559;RBI=0.0360302;REFB=-0.00535615;REVB=-0.000535575;RO=266;SAF=14;SAR=24;SRF=141;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203478;STB=0.640643;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.028562;OID=.;OPOS=16918498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:266:266:38:38:0.125:24:14:141:125:24:14:141:125 chr1 16918502 . A G 940.75 PASS AF=0.395604;AO=96;DP=261;FAO=108;FDP=273;FR=.;FRO=165;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=84;FSRR=81;FWDB=0.00253392;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.336;QD=13.7838;RBI=0.0291613;REFB=-0.0118697;REVB=0.029051;RO=165;SAF=53;SAR=43;SRF=84;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482492;STB=0.511088;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0160501;OID=.;OPOS=16918502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:273:165:165:96:108:0.395604:43:53:84:81:55:53:84:81 chr1 17004785 . A C 285.99 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0467416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6158;QD=20.4279;RBI=0.0700792;REFB=-0.00788813;REVB=-0.0522142;RO=24;SAF=9;SAR=21;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488794;STB=0.539448;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00503404;OID=.;OPOS=17004785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:26:30:30:0.535714:21:9:6:18:21:9:6:20 chr1 17017717 . C T 290.85 PASS AF=0.327586;AO=37;DP=115;FAO=38;FDP=116;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=0.00850379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.142;QD=10.0291;RBI=0.0106702;REFB=-0.00682782;REVB=-0.00644511;RO=77;SAF=20;SAR=17;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144533;STB=0.577577;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0142586;OID=.;OPOS=17017717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:77:78:37:38:0.327586:17:20:32:45:18:20:32:46 chr1 17017734 . C T 293.49 PASS AF=0.333333;AO=38;DP=114;FAO=38;FDP=114;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.0084726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.377;QD=10.2978;RBI=0.0137091;REFB=-0.0129824;REVB=-0.0107775;RO=76;SAF=20;SAR=18;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135933;STB=0.578472;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0358858;OID=.;OPOS=17017734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:76:76:38:38:0.333333:18:20:31:45:18:20:31:45 chr1 17022952 . C A 1091.21 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0364193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.79;QD=57.4321;RBI=0.0692402;REFB=-0.0835237;REVB=0.0588884;RO=1;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116794;STB=0.501438;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00116669;OID=.;OPOS=17022952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:76:1:2:73:74:0.973684:40:33:0:1:41:33:1:1 chr1 17023110 . G A 382.11 PASS AF=0.324503;AO=49;DP=150;FAO=49;FDP=151;FR=.;FRO=102;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=56;FSRR=46;FWDB=-0.0143639;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1053;QD=10.1222;RBI=0.0209178;REFB=-0.0101979;REVB=0.0152064;RO=101;SAF=19;SAR=30;SRF=55;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18317;STB=0.609051;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0261887;OID=.;OPOS=17023110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:101:102:49:49:0.324503:30:19:55:46:30:19:56:46 chr1 17023143 . C T 483.84 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=5.76798e-05;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.571;QD=16.1279;RBI=0.000309186;REFB=-0.0165269;REVB=-0.000303759;RO=67;SAF=15;SAR=38;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324269;STB=0.681822;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0170844;OID=.;OPOS=17023143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:67:67:53:53:0.441667:38:15:40:27:38:15:40:27 chr1 17023182 . C G 315.73 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0311826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7516;QD=15.0347;RBI=0.0425413;REFB=-0.0160358;REVB=-0.0289381;RO=49;SAF=12;SAR=23;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238748;STB=0.635281;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.026079;OID=.;OPOS=17023182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:23:12:28:21:23:12:28:21 chr1 17023376 . C T 944.5 PASS AF=0.487047;AO=94;DP=193;FAO=94;FDP=193;FR=.;FRO=99;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=59;FWDB=-0.0216076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.479;QD=19.5751;RBI=0.0453967;REFB=-0.024088;REVB=0.0399246;RO=97;SAF=53;SAR=41;SRF=39;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148613;STB=0.581569;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0325401;OID=.;OPOS=17023376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:97:99:94:94:0.487047:41:53:39:58:41:53:40:59 chr1 17023403 . G A 661.27 PASS AF=0.429412;AO=71;DP=170;FAO=73;FDP=170;FR=.;FRO=97;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=58;FWDB=-0.0322262;FXX=0.01734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9793;QD=15.5592;RBI=0.032235;REFB=-0.00721433;REVB=0.0007529;RO=96;SAF=36;SAR=35;SRF=39;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103591;STB=0.552044;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0124665;OID=.;OPOS=17023403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:96:97:71:73:0.429412:35:36:39:57:37:36:39:58 chr1 17026043 . G A 147.57 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00471157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.56;QD=36.8927;RBI=0.00471157;REFB=-0.00362248;REVB=0;RO=2;SAF=14;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299322;OID=.;OPOS=17026043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:0:14:2:0:0:14:2:0 chr1 17026087 . G A 300.45 PASS AF=0.507937;AO=29;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0219863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.578;QD=19.0763;RBI=0.0629629;REFB=-0.0236766;REVB=0.0589994;RO=25;SAF=22;SAR=7;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484853;STB=0.505744;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0115627;OID=.;OPOS=17026087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:31:29:32:0.507937:7:22:20:5:10:22:21:10 chr1 17029462 . A G 266.85 PASS AF=0.216749;AO=45;DP=194;FAO=44;FDP=203;FR=.;FRO=159;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=77;FSRR=82;FWDB=-0.0734677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6781;QD=5.25819;RBI=0.116929;REFB=-0.00199173;REVB=-0.090967;RO=149;SAF=22;SAR=23;SRF=74;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00981377;STB=0.51231;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00416292;OID=.;OPOS=17029462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:203:149:159:45:44:0.216749:23:22:74:75:22:22:77:82 chr1 17030504 . T A 779.31 PASS AF=0.234165;AO=122;DP=525;FAO=122;FDP=521;FR=.;FRO=399;FSAF=67;FSAR=55;FSRF=206;FSRR=193;FWDB=-0.0167476;FXX=0.0076189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1781;QD=5.98314;RBI=0.0172579;REFB=-0.0125515;REVB=-0.00416599;RO=395;SAF=67;SAR=55;SRF=205;SRR=190;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386501;STB=0.525303;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.024423;OID=.;OPOS=17030504;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:525:521:395:399:122:122:0.234165:55:67:205:190:55:67:206:193 chr1 17030515 . G A 741.58 PASS AF=0.228407;AO=119;DP=521;FAO=119;FDP=521;FR=.;FRO=402;FSAF=70;FSAR=49;FSRF=206;FSRR=196;FWDB=-0.00973183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5214;QD=5.69348;RBI=0.00980071;REFB=-0.00661921;REVB=-0.00115992;RO=399;SAF=70;SAR=49;SRF=205;SRR=194;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961317;STB=0.559095;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0351566;OID=.;OPOS=17030515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:521:521:399:402:119:119:0.228407:49:70:205:194:49:70:206:196 chr1 17030518 . CT TG 692.61 PASS AF=0.224449;AO=113;DP=509;FAO=112;FDP=499;FR=.;FRO=387;FSAF=69;FSAR=43;FSRF=205;FSRR=182;FWDB=-0.0643163;FXX=0.0234829;HRUN=1;LEN=2;MLLD=89.3468;QD=5.55194;RBI=0.0757961;REFB=-0.00508963;REVB=-0.0401056;RO=374;SAF=70;SAR=43;SRF=199;SRR=175;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114135;STB=0.568523;STBP=0.078;TYPE=mnp;VARB=0.0163534;OID=.;OPOS=17030518;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:509:499:374:387:113:112:0.224449:43:70:199:175:43:69:205:182 chr1 17030590 . G A 752.36 PASS AF=0.281501;AO=105;DP=374;FAO=105;FDP=373;FR=.;FRO=268;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=119;FSRR=149;FWDB=0.0283656;FXX=0.00267373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1343;QD=8.06823;RBI=0.0322465;REFB=-0.00288585;REVB=0.0153372;RO=265;SAF=51;SAR=54;SRF=117;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544009;STB=0.53002;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00849876;OID=.;OPOS=17030590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:373:265:268:105:105:0.281501:54:51:117:148:54:51:119:149 chr1 17033805 . C T 815.27 PASS AF=0.401747;AO=92;DP=230;FAO=92;FDP=229;FR=.;FRO=137;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=73;FSRR=64;FWDB=-0.00808791;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.429;QD=14.2406;RBI=0.0119837;REFB=-0.0134782;REVB=-0.0088428;RO=130;SAF=40;SAR=52;SRF=66;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767563;STB=0.558755;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0286673;OID=.;OPOS=17033805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:229:130:137:92:92:0.401747:52:40:66:64:52:40:73:64 chr1 17033854 . C T 1376.21 PASS AF=0.680233;AO=117;DP=172;FAO=117;FDP=172;FR=.;FRO=55;FSAF=47;FSAR=70;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0379763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.351;QD=32.005;RBI=0.0388845;REFB=-0.0332528;REVB=-0.00835477;RO=54;SAF=47;SAR=70;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593679;STB=0.529323;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00975057;OID=.;OPOS=17033854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:54:55:117:117:0.680233:70:47:27:27:70:47:27:28 chr1 17033900 . C T 63.31 PASS AF=0.132653;AO=13;DP=98;FAO=13;FDP=98;FR=.;FRO=85;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.00577044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.06;QD=2.58404;RBI=0.0217272;REFB=-0.00228075;REVB=-0.0209469;RO=85;SAF=5;SAR=8;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136169;STB=0.595731;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0132437;OID=.;OPOS=17033900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:98:98:85:85:13:13:0.132653:8:5:42:43:8:5:42:43 chr1 17034125 . C CAGCT 53.12 PASS AF=0.583333;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0039714;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=4;MLLD=252.565;QD=17.706;RBI=0.02468;REFB=-0.0176739;REVB=0.0243584;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280783;STB=0.599732;STBP=0.505;TYPE=ins;VARB=0.0117797;OID=.;OPOS=17034126;OREF=-;OALT=AGCT;OMAPALT=CAGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333:6:13:7:12:5:4:3:4:1:31:6:3:3:5:1 chr1 17034455 . CGCGCGCGT C 304.27 PASS AF=0.37;AO=35;DP=103;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.00728527;FXX=0.0476145;HRUN=1;LEN=8;MLLD=290.716;QD=12.171;RBI=0.0315737;REFB=-0.0126238;REVB=0.0307217;RO=62;SAF=21;SAR=14;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1304;STB=0.575122;STBP=0.258;TYPE=del;VARB=0.0206448;OID=.;OPOS=17034456;OREF=GCGCGCGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37:35:103:37:100:63:22:15:30:33:99:62:21:14:30:32 chr1 17046456 . T C 1232.3 PASS AF=0.567961;AO=117;DP=206;FAO=117;FDP=206;FR=.;FRO=89;FSAF=47;FSAR=70;FSRF=58;FSRR=31;FWDB=0.0106639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.003;QD=23.9282;RBI=0.0527796;REFB=-0.0162593;REVB=-0.0516911;RO=89;SAF=47;SAR=70;SRF=58;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198015;STB=0.60757;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0149746;OID=.;OPOS=17046456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:89:89:117:117:0.567961:70:47:58:31:70:47:58:31 chr1 17052116 . CG GC 85.68 PASS AF=0.0612009;AO=52;DP=869;FAO=53;FDP=866;FR=.;FRO=813;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=475;FSRR=338;FWDB=0.00350965;FXX=0.00459765;HRUN=1;LEN=2;MLLD=236.16;QD=0.39577;RBI=0.0364248;REFB=-0.00158948;REVB=-0.0362553;RO=805;SAF=30;SAR=22;SRF=472;SRR=333;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103039;STB=0.517481;STBP=0.777;TYPE=mnp;VARB=0.0245466;OID=.;OPOS=17052116;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:869:866:805:813:52:53:0.0612009:22:30:472:333:23:30:475:338 chr1 17052136 . GTTTTTT GTTTTT,GTTTTTG,TGTTTTT 117.73 PASS AF=0.0640466,0.0480349,0.0203785;AO=106,37,64;DP=748;FAO=44,33,14;FDP=687;FR=.;FRO=596;FSAF=9,0,0;FSAR=35,33,14;FSRF=398;FSRR=198;FWDB=0.0476577,-0.00726848,-0.00165521;FXX=0.0936663;HRUN=6,6,2;LEN=1,1,2;MLLD=11.179,26.9218,239.289;QD=0.685472;RBI=0.10608,0.0600824,0.0481381;REFB=-0.0982898,-0.0540518,-0.00400881;REVB=-0.0947718,-0.0596412,-0.0481096;RO=466;SAF=30,0,0;SAR=76,37,64;SRF=355;SRR=111;SSEN=0,0,0;SSEP=0.454545,0,0;SSSB=-0.568204,-0.726357,-0.795495;STB=0.871546,0.999778,0.999505;STBP=0,0,0;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.057657,0.154236,0.0659439;OID=.,.,.;OPOS=17052137,17052142,17052136;OREF=T,T,GT;OALT=-,G,TG;OMAPALT=GTTTTT,GTTTTTG,TGTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:748:687:466:596:106,37,64:44,33,14:0.0640466,0.0480349,0.0203785:76,37,64:30,0,0:355:111:35,33,14:9,0,0:398:198 chr1 17053766 . G A 1260.56 PASS AF=0.537778;AO=121;DP=225;FAO=121;FDP=225;FR=.;FRO=104;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=62;FSRR=42;FWDB=-0.00490323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.579;QD=22.41;RBI=0.00892588;REFB=-0.0280017;REVB=0.00745853;RO=103;SAF=55;SAR=66;SRF=62;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123814;STB=0.565207;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0173375;OID=.;OPOS=17053766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:103:104:121:121:0.537778:66:55:62:41:66:55:62:42 chr1 17053770 . G T 55.19 PASS AF=0.0822511;AO=19;DP=232;FAO=19;FDP=231;FR=.;FRO=212;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=108;FSRR=104;FWDB=-0.0391113;FXX=0.00431016;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4146;QD=0.955745;RBI=0.0399521;REFB=-0.00688359;REVB=-0.008153;RO=212;SAF=9;SAR=10;SRF=108;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411048;STB=0.532752;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0593973;OID=.;OPOS=17053770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:232:231:212:212:19:19:0.0822511:10:9:108:104:10:9:108:104 chr1 17053782 . C A,G 2435.17 PASS AF=0.358333,0.445833;AO=86,107;DP=241;FAO=86,107;FDP=240;FR=.;FRO=47;FSAF=51,52;FSAR=35,55;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0187771,-0.0311199;FXX=0.00414921;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=139.651,74.4054;QD=40.5862;RBI=0.0226793,0.0469109;REFB=-0.0129338,-0.00732215;REVB=-0.0127189,-0.0351025;RO=46;SAF=51,52;SAR=35,55;SRF=15;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.172386,0.0900217;STB=0.589368,0.544561;STBP=0.005,0.092;TYPE=snp,snp;VARB=0.00369257,0.0229953;OID=.,.;OPOS=17053782,17053782;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:241:240:46:47:86,107:86,107:0.358333,0.445833:35,55:51,52:15:31:35,55:51,52:16:31 chr1 17053809 . C T 541.91 PASS AF=0.293878;AO=72;DP=245;FAO=72;FDP=245;FR=.;FRO=173;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=73;FSRR=100;FWDB=-0.0288079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.218;QD=8.8475;RBI=0.0427923;REFB=-0.0240793;REVB=-0.0316432;RO=172;SAF=42;SAR=30;SRF=72;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197542;STB=0.612764;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0502226;OID=.;OPOS=17053809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:172:173:72:72:0.293878:30:42:72:100:30:42:73:100 chr1 17053818 . T C 35.72 PASS AF=0.0654206;AO=14;DP=216;FAO=14;FDP=214;FR=.,HEALED;FRO=200;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=81;FSRR=119;FWDB=-0.0526217;FXX=0.00925883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8817;QD=0.66765;RBI=0.0595614;REFB=-0.000458217;REVB=-0.027902;RO=100;SAF=6;SAR=8;SRF=72;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359361;STB=0.522602;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.032082;OID=.;OPOS=17053818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:216:214:100:200:14:14:0.0654206:8:6:72:28:8:6:81:119 chr1 17053826 . C T 422.7 PASS AF=0.277778;AO=60;DP=216;FAO=60;FDP=216;FR=.;FRO=156;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=63;FSRR=93;FWDB=-0.0116758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.183;QD=7.8277;RBI=0.0288674;REFB=-0.0122108;REVB=-0.0264007;RO=155;SAF=17;SAR=43;SRF=63;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168403;STB=0.598019;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0272207;OID=.;OPOS=17053826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:155:156:60:60:0.277778:43:17:63:92:43:17:63:93 chr1 17053829 . G C 55.22 PASS AF=0.0849057;AO=18;DP=212;FAO=18;FDP=212;FR=.;FRO=194;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=68;FSRR=126;FWDB=-0.00899767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.405;QD=1.04181;RBI=0.0206696;REFB=-0.00352766;REVB=-0.0186084;RO=194;SAF=7;SAR=11;SRF=68;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478995;STB=0.537515;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0323523;OID=.;OPOS=17053829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:212:212:194:194:18:18:0.0849057:11:7:68:126:11:7:68:126 chr1 17053834 . A AC 364.63 PASS AF=0.355;AO=67;DP=208;FAO=71;FDP=200;FR=.;FRO=129;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=47;FSRR=82;FWDB=-0.00402841;FXX=0.0147776;HRUN=0;LEN=1;MLLD=300.501;QD=7.29254;RBI=0.00414345;REFB=-0.00569933;REVB=-0.00096956;RO=138;SAF=19;SAR=48;SRF=52;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125019;STB=0.539826;STBP=0.45;TYPE=ins;VARB=0.00795963;OID=.;OPOS=17053835;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.355:67:208:71:200:129:22:49:47:82:99:138:19:48:52:86 chr1 17053856 . T G 163.21 PASS AF=0.171271;AO=31;DP=181;FAO=31;FDP=181;FR=.;FRO=150;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=47;FSRR=103;FWDB=-0.0259416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.568;QD=3.60683;RBI=0.0389155;REFB=0.0017559;REVB=0.0290077;RO=150;SAF=12;SAR=19;SRF=47;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1038;STB=0.566303;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.0125997;OID=.;OPOS=17053856;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:150:150:31:31:0.171271:19:12:47:103:19:12:47:103 chr1 17053861 . C T 991.39 PASS AF=0.554913;AO=83;DP=164;FAO=96;FDP=173;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=63;FSRF=24;FSRR=53;FWDB=0.00855398;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.101;QD=22.9222;RBI=0.021956;REFB=-0.0041678;REVB=0.0202211;RO=79;SAF=27;SAR=56;SRF=26;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00384942;STB=0.515969;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00430647;OID=.;OPOS=17053861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:173:79:77:83:96:0.554913:56:27:26:53:63:33:24:53 chr1 17083776 . C A 80.75 PASS AF=0.154639;AO=15;DP=99;FAO=15;FDP=97;FR=.;FRO=82;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=51;FSRR=31;FWDB=-0.0451964;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.204;QD=3.32977;RBI=0.0452543;REFB=-0.00787741;REVB=-0.00228893;RO=82;SAF=13;SAR=2;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383768;STB=0.769775;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0548451;OID=.;OPOS=17083776;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:99:97:82:82:15:15:0.154639:2:13:51:31:2:13:51:31 chr1 17084152 . C T 91.44 PASS AF=0.101961;AO=26;DP=254;FAO=26;FDP=255;FR=.;FRO=229;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=119;FSRR=110;FWDB=-0.00321927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.843;QD=1.43431;RBI=0.0350866;REFB=-0.00223575;REVB=-0.0349386;RO=228;SAF=13;SAR=13;SRF=119;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266938;STB=0.517633;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.019796;OID=.;OPOS=17084152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:254:255:228:229:26:26:0.101961:13:13:119:109:13:13:119:110 chr1 17084510 . G A 589.42 PASS AF=0.309524;AO=78;DP=253;FAO=78;FDP=252;FR=.;FRO=174;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=97;FSRR=77;FWDB=0.0424032;FXX=0.00787371;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5641;QD=9.35593;RBI=0.0701985;REFB=0.00766124;REVB=0.0559446;RO=173;SAF=40;SAR=38;SRF=96;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503008;STB=0.530892;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0174587;OID=.;OPOS=17084510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:252:173:174:78:78:0.309524:38:40:96:77:38:40:97:77 chr1 17084536 . TGGAACA T 176.13 PASS AF=0.258824;AO=44;DP=173;FAO=44;FDP=170;FR=.;FRO=126;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=62;FSRR=64;FWDB=-0.0087613;FXX=0.0116272;HRUN=2;LEN=6;MLLD=330.812;QD=4.14427;RBI=0.0088078;REFB=-0.00645109;REVB=-0.000903864;RO=125;SAF=17;SAR=27;SRF=62;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0.20438;SSSB=-0.137729;STB=0.579583;STBP=0.22;TYPE=del;VARB=0.0179585;OID=.;OPOS=17084537;OREF=GGAACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258824:44:173:44:170:126:17:27:62:64:99:125:17:27:62:63 chr1 17084968 . G C 483.93 PASS AF=0.380645;AO=49;DP=146;FAO=59;FDP=155;FR=.;FRO=96;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=0.00216942;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.382;QD=12.4884;RBI=0.0125727;REFB=-0.0225577;REVB=-0.0123841;RO=96;SAF=26;SAR=23;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232765;STB=0.563107;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0408602;OID=.;OPOS=17084968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:155:96:96:49:59:0.380645:23:26:49:47:23:36:49:47 chr1 17085006 . C T 79.23 PASS AF=0.107143;AO=21;DP=196;FAO=21;FDP=196;FR=.;FRO=175;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=98;FSRR=77;FWDB=-0.00817201;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.915;QD=1.61684;RBI=0.00914631;REFB=-0.00408776;REVB=-0.0041077;RO=173;SAF=14;SAR=7;SRF=98;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127969;STB=0.599902;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0510448;OID=.;OPOS=17085006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:196:196:173:175:21:21:0.107143:7:14:98:75:7:14:98:77 chr1 17085046 . C G 66.63 PASS AF=0.107595;AO=17;DP=159;FAO=17;FDP=158;FR=.;FRO=141;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=88;FSRR=53;FWDB=0.000559055;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.189;QD=1.68689;RBI=0.00110138;REFB=-0.00383715;REVB=0.00094894;RO=141;SAF=15;SAR=2;SRF=88;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385768;STB=0.799777;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0330854;OID=.;OPOS=17085046;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:159:158:141:141:17:17:0.107595:2:15:88:53:2:15:88:53 chr1 17085412 . C T 99.96 PASS AF=0.102837;AO=29;DP=282;FAO=29;FDP=282;FR=.;FRO=253;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=88;FSRR=165;FWDB=0.0140428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.248;QD=1.41787;RBI=0.0173178;REFB=-0.0050533;REVB=-0.0101343;RO=252;SAF=13;SAR=16;SRF=87;SRR=165;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132007;STB=0.592784;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.049067;OID=.;OPOS=17085412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:252:253:29:29:0.102837:16:13:87:165:16:13:88:165 chr1 17085427 . T C 117.8 PASS AF=0.110345;AO=32;DP=290;FAO=32;FDP=290;FR=.;FRO=258;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=91;FSRR=167;FWDB=0.0133908;FXX=0.00684908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3524;QD=1.62487;RBI=0.0135941;REFB=-0.0052812;REVB=-0.00234264;RO=256;SAF=14;SAR=18;SRF=90;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111803;STB=0.578078;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0380731;OID=.;OPOS=17085427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:256:258:32:32:0.110345:18:14:90:166:18:14:91:167 chr1 17085502 . T C 1621.38 PASS AF=0.862319;AO=114;DP=132;FAO=119;FDP=138;FR=.;FRO=19;FSAF=49;FSAR=70;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0115433;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.961;QD=46.9966;RBI=0.0167455;REFB=-0.0273445;REVB=0.0121312;RO=17;SAF=45;SAR=69;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193568;STB=0.50877;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00424024;OID=.;OPOS=17085502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:132:138:17:19:114:119:0.862319:69:45:8:9:70:49:9:10 chr1 17085834 . G T 787.43 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.465;QD=55.258;RBI=0.0451751;REFB=-0.132481;REVB=0.0381439;RO=1;SAF=27;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171391;STB=0.509088;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000659359;OID=.;OPOS=17085834;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:1:1:55:56:0.982456:28:27:1:0:29:27:1:0 chr1 17086941 . C T 80.81 PASS AF=0.116959;AO=20;DP=171;FAO=20;FDP=171;FR=.;FRO=151;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=67;FSRR=84;FWDB=0.00294634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.012;QD=1.89018;RBI=0.0346308;REFB=-0.00176647;REVB=-0.0345052;RO=150;SAF=10;SAR=10;SRF=66;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744361;STB=0.549658;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0118072;OID=.;OPOS=17086941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:171:171:150:151:20:20:0.116959:10:10:66:84:10:10:67:84 chr1 17087244 . AC A 80.58 PASS AF=0.252427;AO=24;DP=103;FAO=26;FDP=103;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=59;FWDB=-0.102224;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.7785;QD=3.12914;RBI=0.137455;REFB=-0.0057391;REVB=0.0918928;RO=71;SAF=6;SAR=18;SRF=17;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0.366667;SSSB=0.0175641;STB=0.534744;STBP=0.749;TYPE=del;VARB=0.0301517;OID=.;OPOS=17087245;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.252427:24:103:26:103:77:7:19:18:59:80:71:6:18:17:54 chr1 17087262 . C T 209.6 PASS AF=0.260504;AO=31;DP=119;FAO=31;FDP=119;FR=.;FRO=88;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=67;FWDB=0.0699997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3143;QD=7.04532;RBI=0.0914003;REFB=-0.0023085;REVB=0.0587713;RO=88;SAF=11;SAR=20;SRF=21;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167887;STB=0.59919;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00887252;OID=.;OPOS=17087262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:88:88:31:31:0.260504:20:11:21:67:20:11:21:67 chr1 17087365 . C G 911.26 PASS AF=0.725664;AO=72;DP=103;FAO=82;FDP=113;FR=.;FRO=31;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00162359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.62;QD=32.2571;RBI=0.00774539;REFB=-0.0565946;REVB=0.00757331;RO=31;SAF=39;SAR=33;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122089;STB=0.542245;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0250875;OID=.;OPOS=17087365;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:113:31:31:72:82:0.725664:33:39:10:21:43:39:10:21 chr1 17087465 . G A 347.23 PASS AF=0.292683;AO=48;DP=164;FAO=48;FDP=164;FR=.;FRO=116;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=57;FSRR=59;FWDB=-0.0115899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.374;QD=8.46892;RBI=0.014283;REFB=-0.0153347;REVB=-0.00834733;RO=116;SAF=25;SAR=23;SRF=57;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355417;STB=0.520825;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.035067;OID=.;OPOS=17087465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:116:116:48:48:0.292683:23:25:57:59:23:25:57:59 chr1 17087521 . G A 40.42 PASS AF=0.0769231;AO=14;DP=175;FAO=14;FDP=182;FR=.;FRO=168;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=90;FSRR=78;FWDB=-0.045471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.5875;QD=0.88826;RBI=0.0640121;REFB=-0.00364757;REVB=-0.0450548;RO=161;SAF=4;SAR=10;SRF=89;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297642;STB=0.727234;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0646782;OID=.;OPOS=17087521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:175:182:161:168:14:14:0.0769231:10:4:89:72:10:4:90:78 chr1 17087541 . GGTGCT G 91.35 PASS AF=0.181319;AO=31;DP=181;FAO=33;FDP=182;FR=.;FRO=149;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=68;FSRR=81;FWDB=0.00311548;FXX=0.010869;HRUN=2;LEN=5;MLLD=253.765;QD=2.00773;RBI=0.0147234;REFB=-0.00401671;REVB=-0.01439;RO=145;SAF=14;SAR=17;SRF=67;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135132;STB=0.50151;STBP=0.986;TYPE=del;VARB=0.0158356;OID=.;OPOS=17087542;OREF=GTGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181319:31:181:33:182:149:15:18:68:81:91:145:14:17:67:78 chr1 17087582 . G A 287.55 PASS AF=0.254438;AO=43;DP=169;FAO=43;FDP=169;FR=.;FRO=126;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=58;FSRR=68;FWDB=0.0129881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.148;QD=6.80592;RBI=0.0141803;REFB=-0.00418817;REVB=0.00569117;RO=124;SAF=14;SAR=29;SRF=57;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174844;STB=0.605869;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00987052;OID=.;OPOS=17087582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:124:126:43:43:0.254438:29:14:57:67:29:14:58:68 chr1 17090944 . G A 93.46 PASS AF=0.163636;AO=19;DP=110;FAO=18;FDP=110;FR=.;FRO=92;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.046018;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.1364;QD=3.39852;RBI=0.0536861;REFB=-0.00564974;REVB=0.0276504;RO=91;SAF=9;SAR=10;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264005;STB=0.546507;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0286351;OID=.;OPOS=17090944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:110:110:91:92:19:18:0.163636:10:9:45:46:10:8:46:46 chr1 17186680 . T G 136.7 PASS AF=0.153005;AO=29;DP=187;FAO=28;FDP=183;FR=.;FRO=155;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=83;FSRR=72;FWDB=-0.00937139;FXX=0.0213892;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.0711;QD=2.98791;RBI=0.0121518;REFB=0.00135484;REVB=-0.00773577;RO=157;SAF=21;SAR=8;SRF=81;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276038;STB=0.659947;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00718285;OID=.;OPOS=17186680;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:183:157:155:29:28:0.153005:8:21:81:76:8:20:83:72 chr1 17186685 . T C 528.94 PASS AF=0.331633;AO=65;DP=196;FAO=65;FDP=196;FR=.;FRO=131;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=75;FSRR=56;FWDB=0.023216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2806;QD=10.7947;RBI=0.0364957;REFB=-0.00414777;REVB=0.0281594;RO=131;SAF=37;SAR=28;SRF=75;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00390089;STB=0.502241;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00815203;OID=.;OPOS=17186685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:131:131:65:65:0.331633:28:37:75:56:28:37:75:56 chr1 17186719 . T G 995.96 PASS AF=0.427419;AO=106;DP=248;FAO=106;FDP=248;FR=.;FRO=142;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=82;FSRR=60;FWDB=-0.00482341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4641;QD=16.0639;RBI=0.0441141;REFB=-0.00316303;REVB=0.0438496;RO=142;SAF=56;SAR=50;SRF=82;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508925;STB=0.528325;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0044993;OID=.;OPOS=17186719;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:142:142:106:106:0.427419:50:56:82:60:50:56:82:60 chr1 17186742 . C T 412.33 PASS AF=0.244;AO=62;DP=250;FAO=61;FDP=250;FR=.;FRO=189;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=103;FSRR=86;FWDB=0.000501942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.071;QD=6.59731;RBI=0.0080878;REFB=-0.0014284;REVB=-0.00807221;RO=185;SAF=35;SAR=27;SRF=101;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023589;STB=0.522102;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00436929;OID=.;OPOS=17186742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:185:189:62:61:0.244:27:35:101:84:26:35:103:86 chr1 17197563 . G T 329.89 PASS AF=0.330709;AO=42;DP=127;FAO=42;FDP=127;FR=.;FRO=85;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=53;FSRR=32;FWDB=-0.0192358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6551;QD=10.3903;RBI=0.0358014;REFB=-0.0288674;REVB=-0.0301948;RO=85;SAF=33;SAR=9;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23227;STB=0.636036;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0577231;OID=.;OPOS=17197563;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:85:85:42:42:0.330709:9:33:53:32:9:33:53:32 chr1 17197571 . G A 210.3 PASS AF=0.237037;AO=32;DP=135;FAO=32;FDP=135;FR=.;FRO=103;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=64;FSRR=39;FWDB=-0.0235198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.01;QD=6.23103;RBI=0.0312848;REFB=-0.00335264;REVB=0.0206291;RO=102;SAF=25;SAR=7;SRF=63;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244588;STB=0.648517;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0267455;OID=.;OPOS=17197571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:102:103:32:32:0.237037:7:25:63:39:7:25:64:39 chr1 17197595 . A C 251.95 PASS AF=0.246753;AO=38;DP=155;FAO=38;FDP=154;FR=.;FRO=116;FSAF=31;FSAR=7;FSRF=68;FSRR=48;FWDB=-0.00393422;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.74;QD=6.54423;RBI=0.036899;REFB=-0.00496081;REVB=-0.0366887;RO=117;SAF=31;SAR=7;SRF=68;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348662;STB=0.710885;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.014952;OID=.;OPOS=17197595;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:117:116:38:38:0.246753:7:31:68:49:7:31:68:48 chr1 17197609 . T C 234.63 PASS AF=0.222222;AO=38;DP=172;FAO=38;FDP=171;FR=.;FRO=133;FSAF=31;FSAR=7;FSRF=77;FSRR=56;FWDB=0.00386902;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.869;QD=5.48847;RBI=0.011677;REFB=-0.00149235;REVB=0.0110174;RO=130;SAF=31;SAR=7;SRF=74;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363176;STB=0.720801;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00581764;OID=.;OPOS=17197609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:130:133:38:38:0.222222:7:31:74:56:7:31:77:56 chr1 17197615 . C A 284.49 PASS AF=0.248555;AO=43;DP=173;FAO=43;FDP=173;FR=.;FRO=130;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=74;FSRR=56;FWDB=0.00510016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.164;QD=6.57769;RBI=0.00587836;REFB=-0.00973287;REVB=-0.00292293;RO=129;SAF=33;SAR=10;SRF=74;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274696;STB=0.670481;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.020813;OID=.;OPOS=17197615;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:129:130:43:43:0.248555:10:33:74:55:10:33:74:56 chr1 17197619 . A G 283.26 PASS AF=0.245714;AO=43;DP=175;FAO=43;FDP=175;FR=.;FRO=132;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=77;FSRR=55;FWDB=0.00260743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.11;QD=6.47447;RBI=0.00403663;REFB=-0.00961701;REVB=-0.00308151;RO=130;SAF=33;SAR=10;SRF=75;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271023;STB=0.660936;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.022153;OID=.;OPOS=17197619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:130:132:43:43:0.245714:10:33:75:55:10:33:77:55 chr1 17199074 . T C 339.48 PASS AF=0.604167;AO=30;DP=50;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0114811;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2752;QD=28.2902;RBI=0.0191087;REFB=-0.0214135;REVB=0.015275;RO=19;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234772;STB=0.640018;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0286968;OID=.;OPOS=17199074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:19:19:30:29:0.604167:18:12:14:5:18:11:14:5 chr1 17199076 . T A 323.72 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00656933;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.877;QD=26.9767;RBI=0.0168019;REFB=-0.0186552;REVB=0.0154644;RO=19;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248769;STB=0.646097;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0202923;OID=.;OPOS=17199076;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:19:20:28:28:0.583333:17:11:14:5:17:11:15:5 chr1 17199123 . G C 59.86 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0833955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0283;QD=5.56812;RBI=0.0844778;REFB=-0.00987979;REVB=0.0134787;RO=31;SAF=8;SAR=1;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.602994;STB=0.901118;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0334052;OID=.;OPOS=17199123;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:31:34:9:9:0.209302:1:8:12:19:1:8:12:22 chr1 17199142 . C T 44.56 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=0.0127169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.6;QD=2.58315;RBI=0.0535331;REFB=-0.00604178;REVB=-0.0520007;RO=60;SAF=3;SAR=6;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02301;STB=0.516447;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0341876;OID=.;OPOS=17199142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:60:60:9:9:0.130435:6:3:19:41:6:3:19:41 chr1 17200227 . C A 119.41 PASS AF=0.0957179;AO=38;DP=397;FAO=38;FDP=397;FR=.;FRO=359;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=197;FSRR=162;FWDB=-0.012884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4159;QD=1.20311;RBI=0.0133848;REFB=0.00307072;REVB=0.00362733;RO=358;SAF=17;SAR=21;SRF=196;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120643;STB=0.59088;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.0362536;OID=.;OPOS=17200227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:397:397:358:359:38:38:0.0957179:21:17:196:162:21:17:197:162 chr1 17200270 . T G 3775.44 PASS AF=0.575207;AO=347;DP=607;FAO=348;FDP=605;FR=.;FRO=257;FSAF=174;FSAR=174;FSRF=156;FSRR=101;FWDB=0.00581668;FXX=0.00329484;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3601;QD=24.9616;RBI=0.0578705;REFB=-0.029616;REVB=0.0575774;RO=256;SAF=174;SAR=173;SRF=155;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817538;STB=0.545452;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0224822;OID=.;OPOS=17200270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:607:605:256:257:347:348:0.575207:173:174:155:101:174:174:156:101 chr1 17200289 . C T 4323.24 PASS AF=0.594761;AO=365;DP=626;FAO=386;FDP=649;FR=.;FRO=263;FSAF=195;FSAR=191;FSRF=155;FSRR=108;FWDB=-0.0235699;FXX=0.00153844;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2421;QD=26.6455;RBI=0.121252;REFB=-0.0501918;REVB=0.118939;RO=261;SAF=196;SAR=169;SRF=153;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383352;STB=0.534136;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0343813;OID=.;OPOS=17200289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:626:649:261:263:365:386:0.594761:169:196:153:108:191:195:155:108 chr1 17216233 . C A 312.5 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.0235501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.095;QD=12.1358;RBI=0.029748;REFB=-0.0128446;REVB=-0.0181751;RO=65;SAF=17;SAR=21;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707016;STB=0.540365;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0183508;OID=.;OPOS=17216233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:65:65:38:38:0.368932:21:17:25:40:21:17:25:40 chr1 17222514 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0104203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.007;QD=13.2053;RBI=0.0222197;REFB=0.000412866;REVB=0.0196247;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145035;STB=0.587932;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=7.12538e-06;OID=.;OPOS=17222514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:3:3:4:2:3:3 chr1 17250836 . A G 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0147615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.891;QD=9.93223;RBI=0.0382954;REFB=-0.0113055;REVB=-0.035336;RO=35;SAF=10;SAR=5;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838656;STB=0.550655;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0253329;OID=.;OPOS=17250836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:5:10:21:14:5:10:21:14 chr1 17264920 . C T 125.64 PASS AF=0.2;AO=20;DP=100;FAO=20;FDP=100;FR=.;FRO=80;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.0394908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5226;QD=5.02562;RBI=0.0396335;REFB=-0.00813661;REVB=-0.00336077;RO=80;SAF=12;SAR=8;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157746;STB=0.5999;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0132556;OID=.;OPOS=17264920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:80:80:20:20:0.2:8:12:38:42:8:12:38:42 chr1 17264939 . T C 107.28 PASS AF=0.185567;AO=18;DP=97;FAO=18;FDP=97;FR=.;FRO=79;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0218264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.96;QD=4.42397;RBI=0.0398102;REFB=-0.0110478;REVB=-0.0332935;RO=78;SAF=10;SAR=8;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102308;STB=0.560573;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0482284;OID=.;OPOS=17264939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:78:79:18:18:0.185567:8:10:37:41:8:10:38:41 chr1 17273396 . A G 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0823005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.905;QD=10.1404;RBI=0.0839332;REFB=-0.0192279;REVB=-0.0164748;RO=28;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00313347;STB=0.501884;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0572765;OID=.;OPOS=17273396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:7:6:13:15:7:6:13:15 chr1 17273444 . G A 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0318196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.715;QD=8.23029;RBI=0.0320251;REFB=-0.0240423;REVB=-0.00362146;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162206;STB=0.586034;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.05802;OID=.;OPOS=17273444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:24:25:10:10:0.285714:4:6:11:13:4:6:12:13 chr1 17292566 . A AG 67.95 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.00979425;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=54.2203;QD=4.8537;RBI=0.0775065;REFB=-0.0175972;REVB=-0.0768851;RO=42;SAF=14;SAR=2;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.647117;STB=0.948472;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.187379;OID=.;OPOS=17292567;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:16:58:16:56:40:15:1:10:30:67:42:14:2:13:29 chr1 17295679 . T C 719.57 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.365;QD=62.5713;RBI=0.0324622;REFB=0;REVB=0.0312617;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.003047;OID=.;OPOS=17295679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:44:46:1:24:20:0:0:26:20:0:0 chr1 17298001 . G A 84.8 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0807462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.133;QD=10.9426;RBI=0.0810339;REFB=-0.0198278;REVB=0.006822;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202063;STB=0.621079;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.026604;OID=.;OPOS=17298001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:7:4:11:9:7:4:11:9 chr1 17301780 . A G 382.72 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.255;QD=52.7893;RBI=0.104476;REFB=-0.122375;REVB=-0.103066;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.521723;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00054169;OID=.;OPOS=17301780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:11:17:0:0:11:17:0:1 chr1 17312743 . C T 288.35 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.279844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0578;QD=50.1486;RBI=0.282673;REFB=0;REVB=0.0398912;RO=1;SAF=6;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709088;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00500473;OID=.;OPOS=17312743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:23:23:1:0:22:23:1:16:6:1:0:16:7:0:0 chr1 17313343 . G A 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0598231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2905;QD=59.4327;RBI=0.0719758;REFB=0;REVB=0.0400214;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000306447;OID=.;OPOS=17313343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr1 17313654 . C T 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.987;QD=49.5959;RBI=0.0449647;REFB=0;REVB=0.0320964;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573981;OID=.;OPOS=17313654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr1 17314897 . C T 278.9 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0253258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.258;QD=13.9451;RBI=0.0266813;REFB=-0.0118901;REVB=-0.00839629;RO=46;SAF=14;SAR=18;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13224;STB=0.586903;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0193063;OID=.;OPOS=17314897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:48:32:32:0.4:18:14:26:20:18:14:28:20 chr1 17314942 . G A 801.23 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4697;QD=57.231;RBI=0.0327936;REFB=0;REVB=0.0318161;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365407;OID=.;OPOS=17314942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr1 17319011 . G A 272.93 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0366699;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.796;QD=45.489;RBI=0.0367092;REFB=-0.131303;REVB=0.00169835;RO=1;SAF=15;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298327;STB=0.531222;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00134117;OID=.;OPOS=17319011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:1:2:22:22:0.916667:7:15:1:0:7:15:2:0 chr1 17380497 . G T 1665.15 PASS AF=0.965812;AO=113;DP=119;FAO=113;FDP=117;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0344834;FXX=0.0168053;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.306;QD=56.9281;RBI=0.0348629;REFB=-0.0549638;REVB=0.0051301;RO=4;SAF=42;SAR=71;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259974;STB=0.513696;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00194741;OID=.;OPOS=17380497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:119:117:4:4:113:113:0.965812:71:42:0:4:71:42:0:4 chr1 17394613 . T C 1017.1 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00100443;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.327;QD=58.9624;RBI=0.0341476;REFB=0;REVB=0.0341328;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259281;OID=.;OPOS=17394613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:67:69:1:33:34:0:0:35:34:0:0 chr1 17394623 . C T 1026.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.591;QD=59.5003;RBI=0.0545067;REFB=0;REVB=-0.0144663;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164115;OID=.;OPOS=17394623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr1 17395480 . G A 945.07 PASS AF=0.943662;AO=66;DP=71;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00673059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.642;QD=53.2434;RBI=0.0551359;REFB=-0.0453955;REVB=0.0547235;RO=1;SAF=35;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133089;STB=0.516233;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000582855;OID=.;OPOS=17395480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:71:71:1:4:66:67:0.943662:31:35:1:0:31:36:1:3 chr1 17395521 . G A 1464.87 PASS AF=0.959596;AO=95;DP=100;FAO=95;FDP=99;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0198392;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.872;QD=59.1867;RBI=0.100514;REFB=-0.146848;REVB=0.0985366;RO=0;SAF=54;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523251;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.000773562;OID=.;OPOS=17395521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:100:99:0:4:95:95:0.959596:41:54:0:0:41:54:0:4 chr1 17396703 . T C 698.61 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.016576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.864;QD=54.7933;RBI=0.0167863;REFB=-0.0240461;REVB=0.00264896;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.512815;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=6.99764e-05;OID=.;OPOS=17396703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:51:0:1:49:50:0.980392:30:19:0:0:31:19:1:0 chr1 17402255 . C T 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0752317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.693;QD=63.8708;RBI=0.0787739;REFB=0;REVB=0.0233564;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232695;OID=.;OPOS=17402255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr1 17405809 . G A 920.03 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.667;QD=58.4148;RBI=0.0567656;REFB=0;REVB=0.0510132;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127344;OID=.;OPOS=17405809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr1 17609448 . G T 1264.7 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6852;QD=61.6927;RBI=0.0302557;REFB=0;REVB=0.0225388;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209684;OID=.;OPOS=17609448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:48:34:0:0:48:34:0:0 chr1 17657534 . G A 141.32 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.0313861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9279;QD=7.96194;RBI=0.0338683;REFB=-0.00587581;REVB=-0.0127268;RO=50;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761261;STB=0.550849;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.010342;OID=.;OPOS=17657534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:50:51:20:20:0.28169:12:8:17:33:12:8:17:34 chr1 17657616 . T C 244.28 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.015645;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.869;QD=12.6898;RBI=0.0158466;REFB=-0.00806883;REVB=0.00251966;RO=48;SAF=11;SAR=18;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029252;STB=0.516767;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.017794;OID=.;OPOS=17657616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:48:48:29:29:0.376623:18:11:17:31:18:11:17:31 chr1 17660499 . G C 59.17 PASS AF=0.15942;AO=11;DP=69;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.0593928;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.873;QD=3.42995;RBI=0.0598619;REFB=-0.00171282;REVB=-0.00747941;RO=58;SAF=1;SAR=10;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449194;STB=0.823243;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00901485;OID=.;OPOS=17660499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:69:69:58:58:11:11:0.15942:10:1:21:37:10:1:21:37 chr1 17661127 . TA CC,TC 333.66 PASS AF=0.08,0.92;AO=2,23;DP=25;FAO=2,23;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=2,7;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00985604,0.0640837;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=211.558,55.533;QD=53.386;RBI=0.00987898,0.135236;REFB=0,0;REVB=-0.000672795,0.119088;RO=0;SAF=2,7;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0497131,0.00225111;OID=.,.;OPOS=17661127,17661128;OREF=TA,A;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:25:25:0:0:2,23:2,23:0.08,0.92:0,16:2,7:0:0:0,16:2,7:0:0 chr1 17662639 . T C 239.33 PASS AF=0.5;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0052907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6541;QD=20.8112;RBI=0.0349608;REFB=0.00431617;REVB=-0.0345581;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985473;STB=0.543689;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.00712771;OID=.;OPOS=17662639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:22:23:0.5:11:11:9:14:12:11:9:14 chr1 17662662 . T C 777.94 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=62;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0220735;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7198;QD=51.0126;RBI=0.0533695;REFB=-0.0195003;REVB=-0.0485907;RO=5;SAF=21;SAR=36;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037319;STB=0.509222;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00608659;OID=.;OPOS=17662662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:62:61:5:4:57:57:0.934426:36:21:3:2:36:21:2:2 chr1 17674537 . C A 381.42 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=36;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.00698656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4596;QD=22.4363;RBI=0.011237;REFB=-0.00355959;REVB=-0.00880101;RO=30;SAF=36;SAR=2;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484665;STB=0.77627;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0040151;OID=.;OPOS=17674537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:2:36:21:9:2:36:21:9 chr1 17707601 . T C 1323.14 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307569;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.419;QD=62.2655;RBI=0.0577389;REFB=0;REVB=0.0488651;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106825;OID=.;OPOS=17707601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:83:85:1:41:42:0:0:43:42:0:0 chr1 17718671 . AG A 895.19 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.6755;QD=47.7435;RBI=0.156774;REFB=0;REVB=0.109537;RO=1;SAF=41;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.445205;SSEP=0;SSSB=-0.0113981;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0037459;OID=.;OPOS=17718672;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:73:75:75:75:0:43:32:0:0:15:1:41:32:1:0 chr1 17733267 . ATGT A 2118.71 PASS AF=1;AO=128;DP=155;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00534573;FXX=0.0709632;HRUN=1;LEN=3;MLLD=189.264;QD=58.853;RBI=0.0140203;REFB=0;REVB=0.0129611;RO=0;SAF=67;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14595e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000623653;OID=.;OPOS=17733268;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:128:155:144:144:0:71:73:0:0:12:0:67:61:0:0 chr1 17733996 . G A 323.38 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9814;QD=53.8959;RBI=0.0256387;REFB=0;REVB=-0.022793;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248139;OID=.;OPOS=17733996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:6:18:0:0:6:18:0:0 chr1 17991052 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.147;QD=49.5979;RBI=0.0314027;REFB=0;REVB=0.0232822;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225029;OID=.;OPOS=17991052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:10:8:0:0 chr1 18021406 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.985;QD=37.4885;RBI=0.0414322;REFB=0;REVB=0.0300481;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74758e-05;OID=.;OPOS=18021406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr1 18023365 . C T 605.68 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.836;QD=60.5675;RBI=0.0492301;REFB=0;REVB=0.0395073;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141875;OID=.;OPOS=18023365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:12:27:0:0:13:27:0:0 chr1 18023509 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00922371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.583;QD=62.3509;RBI=0.0166274;REFB=0;REVB=0.0138345;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130199;OID=.;OPOS=18023509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr1 18023567 . C T 50.64 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0199828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9752;QD=5.06428;RBI=0.019999;REFB=-0.0112762;REVB=-0.000805487;RO=32;SAF=4;SAR=4;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231349;STB=0.649659;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0372505;OID=.;OPOS=18023567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:8:8:0.2:4:4:22:10:4:4:22:10 chr1 18023690 . A G 650.47 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.111;QD=60.5088;RBI=0.0609993;REFB=0;REVB=0.0124492;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446424;OID=.;OPOS=18023690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:39:43:1:24:15:0:0:24:19:0:0 chr1 18149510 . G T 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0148335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.484;QD=10.5422;RBI=0.0149919;REFB=-0.0167569;REVB=-0.00217384;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819168;STB=0.549045;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0323457;OID=.;OPOS=18149510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:6:5:8:13:6:5:8:13 chr1 18149566 . C A 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0115038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.646;QD=16.4438;RBI=0.0115039;REFB=0.000945961;REVB=5.47225e-05;RO=27;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184848;STB=0.510578;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.00117445;OID=.;OPOS=18149566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:13:7:9:18:13:7:9:18 chr1 18807897 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00932536;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.857;QD=45.8068;RBI=0.012947;REFB=0;REVB=0.00898117;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7056e-06;OID=.;OPOS=18807897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr1 18807938 . C A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00526336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.41;QD=51.1841;RBI=0.0378121;REFB=0;REVB=0.0374439;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22553e-05;OID=.;OPOS=18807938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr1 18808292 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000242625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.798;QD=51.9167;RBI=0.0114352;REFB=0;REVB=0.0114326;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53692e-05;OID=.;OPOS=18808292;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:10:11:0:0 chr1 18808465 . T A 919.96 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.598;QD=58.41;RBI=0.0261413;REFB=0;REVB=0.0219317;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21921e-05;OID=.;OPOS=18808465;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:24:39:0:0:24:39:0:0 chr1 18808526 . A C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.009;QD=58.2396;RBI=0.0309774;REFB=0;REVB=-0.0209179;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37405e-06;OID=.;OPOS=18808526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr1 18808711 . G C 464.83 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00178864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.513;QD=58.1043;RBI=0.00845048;REFB=0;REVB=0.00825901;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73983e-05;OID=.;OPOS=18808711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:9:23:0:0:9:23:0:0 chr1 18809896 . A T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00779723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.974;QD=55.6559;RBI=0.00859488;REFB=0;REVB=0.00361596;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47978e-05;OID=.;OPOS=18809896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr1 18810344 . G T 725.0 PASS AF=0.959184;AO=46;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0347952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.423;QD=59.1838;RBI=0.0483054;REFB=-0.182431;REVB=0.0335068;RO=2;SAF=23;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500434;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00237269;OID=.;OPOS=18810344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:49:2:2:46:47:0.959184:23:23:1:1:23:24:1:1 chr1 18810484 . G A 987.81 PASS AF=1;AO=61;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566722;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.948;QD=58.9736;RBI=0.0572796;REFB=0;REVB=0.00831931;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197593;OID=.;OPOS=18810484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:61:67:1:33:28:0:0:37:30:0:0 chr1 18810486 . A C 976.1 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00709966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.357;QD=57.4174;RBI=0.00734581;REFB=-0.0842849;REVB=-0.00188566;RO=1;SAF=30;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154913;STB=0.508194;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-1.35174e-05;OID=.;OPOS=18810486;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:37:30:1:0:37:30:1:0 chr1 18811668 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.826;QD=43.4862;RBI=0.0686958;REFB=0;REVB=0.0507217;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687788;OID=.;OPOS=18811668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr1 19018405 . G A 557.01 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=110;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0163505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1672;QD=20.255;RBI=0.0609877;REFB=0.00220433;REVB=0.0587551;RO=53;SAF=21;SAR=36;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259111;STB=0.514281;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00166813;OID=.;OPOS=19018405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:53:53:57:57:0.518182:36:21:21:32:36:21:21:32 chr1 19018432 . A C 328.67 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00610642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.012;QD=18.0092;RBI=0.0149542;REFB=-0.0102142;REVB=-0.0136507;RO=38;SAF=12;SAR=23;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103794;STB=0.558125;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0091906;OID=.;OPOS=19018432;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:23:12:17:21:23:12:17:21 chr1 19027239 . A G 156.93 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.0347291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0803;QD=16.0949;RBI=0.0350623;REFB=0.00565594;REVB=-0.00482217;RO=22;SAF=1;SAR=15;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232122;STB=0.524446;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00849518;OID=.;OPOS=19027239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:22:16:17:0.435897:15:1:3:19:15:2:3:19 chr1 19181082 . A C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0382631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.687;QD=10.3792;RBI=0.0393725;REFB=0.00158285;REVB=-0.00928083;RO=16;SAF=1;SAR=8;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.689456;STB=0.909746;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00342548;OID=.;OPOS=19181082;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:8:1:13:3:8:1:13:3 chr1 19181393 . T C 256.81 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=68;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0104833;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.023;QD=14.8875;RBI=0.0271829;REFB=-0.0304972;REVB=0.0250801;RO=39;SAF=16;SAR=13;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012674;STB=0.517498;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0340381;OID=.;OPOS=19181393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:39:39:29:30:0.434783:13:16:22:17:14:16:22:17 chr1 19184077 . A G 144.04 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0658053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.275;QD=15.1624;RBI=0.0791652;REFB=-0.00626959;REVB=-0.0440091;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172385;STB=0.615235;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00798217;OID=.;OPOS=19184077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:22:16:16:0.421053:11:5:10:11:11:5:11:11 chr1 19186129 . G C 1375.97 PASS AF=0.942308;AO=97;DP=103;FAO=98;FDP=104;FR=.;FRO=6;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0424358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5127;QD=52.9219;RBI=0.0477226;REFB=-0.149065;REVB=-0.0218323;RO=0;SAF=41;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55487e-08;STB=0.534084;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0030288;OID=.;OPOS=19186129;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:103:104:0:6:97:98:0.942308:56:41:0:0:57:41:6:0 chr1 19201956 . A G 1249.96 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151295;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.775;QD=61.7264;RBI=0.0161907;REFB=0;REVB=-0.00576506;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70794e-05;OID=.;OPOS=19201956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr1 19202896 . G A 1139.08 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0392855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=335.563;QD=59.1731;RBI=0.0397394;REFB=-0.0171564;REVB=0.00598903;RO=1;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119781;STB=0.506171;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000274846;OID=.;OPOS=19202896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:1:1:75:76:0.987013:39:36:0:1:40:36:0:1 chr1 19202917 . T C 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0590809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.75;QD=59.1402;RBI=0.0597682;REFB=0;REVB=0.00903763;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010005;OID=.;OPOS=19202917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr1 19202926 . T C 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.484;QD=57.2366;RBI=0.0315675;REFB=0;REVB=-0.000259262;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111804;OID=.;OPOS=19202926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr1 19203997 . C G 1002.89 PASS AF=0.606897;AO=88;DP=145;FAO=88;FDP=145;FR=.;FRO=57;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.00737764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.576;QD=27.6659;RBI=0.0333489;REFB=-0.0184113;REVB=0.0325226;RO=57;SAF=53;SAR=35;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222991;STB=0.51208;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0120373;OID=.;OPOS=19203997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:57:57:88:88:0.606897:35:53:36:21:35:53:36:21 chr1 19212028 . G A 294.33 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.0154125;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.84;QD=14.7163;RBI=0.0217741;REFB=-0.00755857;REVB=0.0153808;RO=47;SAF=14;SAR=19;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240131;STB=0.635608;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0155208;OID=.;OPOS=19212028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:47:47:33:33:0.4125:19:14:31:16:19:14:31:16 chr1 19235138 . C T 310.69 PASS AF=0.425;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=9;FWDB=-0.00935028;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.248;QD=15.5344;RBI=0.0158885;REFB=-0.0190455;REVB=0.0128459;RO=45;SAF=20;SAR=14;SRF=36;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233525;STB=0.63427;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0141085;OID=.;OPOS=19235138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:45:46:34:34:0.425:14:20:36:9:14:20:37:9 chr1 19408294 . G C,GC 154.21 PASS AF=0,0.478261;AO=2,16;DP=47;FAO=0,22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=0,7;FSAR=0,15;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.10881,0.0569517;FXX=0;HRUN=2,4;LEN=1,1;MLLD=26.3489,16.6089;QD=13.4092;RBI=0.11558,0.0573971;REFB=-0.0151377,-0.058056;REVB=-0.0389765,0.0071367;RO=29;SAF=2,4;SAR=0,12;SRF=6;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.63893,0.0657515;STB=0.5,0.569319;STBP=1,0.453;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0675239;OID=.,.;OPOS=19408294,19408295;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:47:46:29:24:2,16:0,22:0,0.478261:0,12:2,4:6:23:0,15:0,7:5:19 chr1 19411129 . A G 427.33 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.00339703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5438;QD=16.9238;RBI=0.0483061;REFB=0.0192241;REVB=-0.0481865;RO=55;SAF=25;SAR=21;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121681;STB=0.567909;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.015166;OID=.;OPOS=19411129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:21:25:23:32:21:25:23:32 chr1 19413261 . T A 438.6 PASS AF=0.409836;AO=50;DP=122;FAO=50;FDP=122;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0137392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.077;QD=14.3803;RBI=0.014066;REFB=-0.0130063;REVB=-0.00301431;RO=72;SAF=21;SAR=29;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141945;STB=0.579968;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0214828;OID=.;OPOS=19413261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:72:72:50:50:0.409836:29:21:40:32:29:21:40:32 chr1 19415304 . C T 482.85 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.012992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1397;QD=23.2698;RBI=0.0195042;REFB=-0.030213;REVB=0.0145473;RO=37;SAF=22;SAR=24;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723161;STB=0.539732;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0219591;OID=.;OPOS=19415304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:24:22:21:16:24:22:21:16 chr1 19422060 . G A 244.29 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00716481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.629;QD=13.0291;RBI=0.00762961;REFB=-0.0034453;REVB=-0.00262231;RO=46;SAF=15;SAR=14;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750712;STB=0.542907;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00533579;OID=.;OPOS=19422060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:14:15:27:19:14:15:27:19 chr1 19433449 . A G 487.79 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00341827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0173;QD=21.6796;RBI=0.0202137;REFB=0.000558241;REVB=-0.0199226;RO=40;SAF=17;SAR=30;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241403;STB=0.61747;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.000457174;OID=.;OPOS=19433449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:40:43:47:47:0.522222:30:17:26:14:30:17:26:17 chr1 19443744 . G A 451.87 PASS AF=0.283784;AO=63;DP=222;FAO=63;FDP=222;FR=.;FRO=159;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=97;FSRR=62;FWDB=0.0159756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3406;QD=8.14185;RBI=0.0163968;REFB=-0.00614615;REVB=0.00369256;RO=159;SAF=30;SAR=33;SRF=97;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163002;STB=0.595199;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0127691;OID=.;OPOS=19443744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:159:159:63:63:0.283784:33:30:97:62:33:30:97:62 chr1 19447843 . C G 275.59 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.116705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3069;QD=18.0714;RBI=0.119034;REFB=-0.00753635;REVB=-0.0234298;RO=31;SAF=19;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196683;STB=0.610114;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00454175;OID=.;OPOS=19447843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:11:19:13:18:11:19:13:18 chr1 19471388 . A G 541.7 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0497846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4606;QD=22.338;RBI=0.0501783;REFB=-0.010078;REVB=-0.00627332;RO=46;SAF=21;SAR=30;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00113532;STB=0.500626;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00803975;OID=.;OPOS=19471388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:46:51:51:0.525773:30:21:19:27:30:21:19:27 chr1 19493520 . T G 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00997919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.503;QD=13.7268;RBI=0.0165353;REFB=9.42272e-05;REVB=-0.0131846;RO=36;SAF=6;SAR=19;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244493;STB=0.640983;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.000498317;OID=.;OPOS=19493520;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:19:6:16:20:19:6:16:20 chr1 19510394 . A G 378.53 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.00533514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.275;QD=16.458;RBI=0.0134562;REFB=0.000344425;REVB=-0.0123533;RO=52;SAF=14;SAR=26;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230783;STB=0.62989;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.000459147;OID=.;OPOS=19510394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:26:14:30:22:26:14:30:22 chr1 19511615 . G A 104.04 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0181058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.294;QD=7.30091;RBI=0.018682;REFB=0.00134045;REVB=0.00460439;RO=41;SAF=8;SAR=7;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153744;STB=0.599874;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.00498963;OID=.;OPOS=19511615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:42:15:15:0.263158:7:8:27:14:7:8:28:14 chr1 19524298 . C T 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0300182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.963;QD=5.69652;RBI=0.0360233;REFB=-0.000314159;REVB=0.0199145;RO=33;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289624;STB=0.687091;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00302639;OID=.;OPOS=19524298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:3:6:14:19:3:6:14:19 chr1 19547288 . C T 161.85 PASS AF=0.245455;AO=24;DP=107;FAO=27;FDP=110;FR=.;FRO=83;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=0.00344263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0535;QD=5.88551;RBI=0.00427158;REFB=-0.0205361;REVB=-0.00252877;RO=72;SAF=19;SAR=5;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250699;STB=0.621724;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0816443;OID=.;OPOS=19547288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:72:83:24:27:0.245455:5:19:45:27:8:19:46:37 chr1 19565344 . C G 189.79 PASS AF=0.425926;AO=22;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0371219;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3892;QD=14.0582;RBI=0.0598347;REFB=-0.0270219;REVB=0.0469271;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123128;STB=0.503223;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0522255;OID=.;OPOS=19565344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:31:22:23:0.425926:10:12:16:14:11:12:16:15 chr1 19595137 . C T 919.25 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0189;QD=58.3651;RBI=0.0447743;REFB=0;REVB=0.0188477;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488032;OID=.;OPOS=19595137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr1 19596124 . C T 1644.85 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000370821;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4147;QD=60.3615;RBI=0.0121947;REFB=0;REVB=0.0121891;RO=0;SAF=62;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476402;OID=.;OPOS=19596124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:47:62:0:0:47:62:0:0 chr1 19596156 . G T 1526.43 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3604;QD=59.8601;RBI=0.0612925;REFB=0;REVB=0.0490393;RO=0;SAF=57;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542314;OID=.;OPOS=19596156;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:102:0:0:99:102:1:42:57:0:0:43:59:0:0 chr1 19597420 . G T 101.57 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00415366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.135;QD=16.9284;RBI=0.0241924;REFB=-0.0122105;REVB=0.0238332;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906088;STB=0.55254;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0152871;OID=.;OPOS=19597420;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:9:3:4:8:9:3:4:8 chr1 19609254 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.733;QD=57.2376;RBI=0.0725599;REFB=0;REVB=0.0716318;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86776e-05;OID=.;OPOS=19609254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr1 19611241 . T C 747.78 PASS AF=0.918033;AO=56;DP=61;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00585609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2427;QD=49.0347;RBI=0.036911;REFB=0.00519498;REVB=-0.0364435;RO=3;SAF=27;SAR=29;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176765;STB=0.526029;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.00221404;OID=.;OPOS=19611241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:61:61:3:5:56:56:0.918033:29:27:2:1:29:27:4:1 chr1 19612409 . G A 180.1 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.028721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5582;QD=11.0831;RBI=0.0291627;REFB=-0.0147487;REVB=-0.00505636;RO=42;SAF=11;SAR=12;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505675;STB=0.529386;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0285621;OID=.;OPOS=19612409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:12:11:22:20:12:11:22:20 chr1 19612477 . C T 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5397;QD=57.235;RBI=0.0713025;REFB=0;REVB=0.0494759;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000963429;OID=.;OPOS=19612477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr1 19630776 . A G 72.75 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00372769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.603;QD=4.77051;RBI=0.00404109;REFB=-0.00294046;REVB=-0.00156036;RO=49;SAF=6;SAR=6;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886805;STB=0.557283;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00996168;OID=.;OPOS=19630776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:49:49:12:12:0.196721:6:6:21:28:6:6:21:28 chr1 19638384 . C T 185.84 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0333349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.289;QD=19.06;RBI=0.0350063;REFB=-0.0202739;REVB=-0.0106875;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679889;STB=0.538422;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0246325;OID=.;OPOS=19638384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:12:7:6:14:12:7:6:14 chr1 19750917 . G A 1268.44 PASS AF=0.944444;AO=85;DP=92;FAO=85;FDP=90;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0172102;FXX=0.0217368;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.89;QD=56.3753;RBI=0.0261163;REFB=-0.0837052;REVB=0.0196435;RO=5;SAF=34;SAR=51;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.000791534;OID=.;OPOS=19750917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:92:90:5:5:85:85:0.944444:51:34:2:3:51:34:2:3 chr1 19951918 . G A 452.47 PASS AF=0.594595;AO=42;DP=73;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00303295;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.95;QD=24.4576;RBI=0.0140358;REFB=-0.0135343;REVB=-0.0137041;RO=25;SAF=32;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283439;STB=0.634262;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0044109;OID=.;OPOS=19951918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:25:30:42:44:0.594595:10:32:10:15:10:34:15:15 chr1 19953118 . G T 1434.37 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00873978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6603;QD=63.0494;RBI=0.023243;REFB=0;REVB=-0.0215373;RO=0;SAF=54;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167981;OID=.;OPOS=19953118;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:37:54:0:0:37:54:0:0 chr1 20020993 . A G 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0137294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.871;QD=12.4664;RBI=0.0140332;REFB=-0.0138578;REVB=-0.00290436;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613024;STB=0.535474;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0160301;OID=.;OPOS=20020993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:9:11:20:13:9:11:20:13 chr1 20097941 . G T 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0268417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.575;QD=26.4134;RBI=0.0279354;REFB=-0.0442218;REVB=0.00774014;RO=16;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086665;STB=0.536369;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.027848;OID=.;OPOS=20097941;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:17:25:25:0.595238:11:14:7:9:11:14:8:9 chr1 20141528 . C T 751.37 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00775841;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.863;QD=63.9461;RBI=0.0244096;REFB=0;REVB=0.0231438;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168818;OID=.;OPOS=20141528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr1 20141605 . G C 97.26 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00285238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3725;QD=12.9686;RBI=0.0829395;REFB=-0.00771977;REVB=-0.0828904;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.013553;OID=.;OPOS=20141605;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:8:4:6:12:8:4:6:12 chr1 20246876 . C T 1124.44 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262243;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.686;QD=60.7804;RBI=0.0300113;REFB=0;REVB=0.0145932;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25531e-05;OID=.;OPOS=20246876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr1 20411332 . C T 678.05 PASS AF=0.459119;AO=73;DP=158;FAO=73;FDP=159;FR=.;FRO=86;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=-0.0158259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.859;QD=17.0579;RBI=0.0160542;REFB=-0.0138388;REVB=0.00269781;RO=85;SAF=32;SAR=41;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262893;STB=0.517303;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.019054;OID=.;OPOS=20411332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:85:86:73:73:0.459119:41:32:35:50:41:32:35:51 chr1 20440641 . C T 117.84 PASS AF=0.193878;AO=19;DP=101;FAO=19;FDP=98;FR=.;FRO=79;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=0.0034184;FXX=0.0297;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.212;QD=4.80963;RBI=0.0152248;REFB=-0.00412963;REVB=-0.0148361;RO=78;SAF=13;SAR=6;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296225;STB=0.692762;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0207568;OID=.;OPOS=20440641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:98:78:79:19:19:0.193878:6:13:35:43:6:13:35:44 chr1 20442054 . T C 367.13 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.00534382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.991;QD=14.3971;RBI=0.0105845;REFB=-0.00519172;REVB=0.00913645;RO=59;SAF=21;SAR=21;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00877263;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00772137;OID=.;OPOS=20442054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:60:42:42:0.411765:21:21:29:30:21:21:30:30 chr1 20518226 . G A 1575.99 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00290416;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.713;QD=58.9154;RBI=0.00600682;REFB=0.0655568;REVB=0.00525811;RO=1;SAF=50;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939754;STB=0.50495;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000560454;OID=.;OPOS=20518226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:1:1:106:106:0.990654:56:50:1:0:56:50:1:0 chr1 20649920 . C T 153.44 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0103437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.004;QD=13.9489;RBI=0.0131095;REFB=-0.00722583;REVB=0.00805405;RO=27;SAF=12;SAR=5;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00276109;STB=0.501606;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0106205;OID=.;OPOS=20649920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:5:12:19:8:5:12:19:8 chr1 20656824 . A G 783.04 PASS AF=0.517241;AO=75;DP=145;FAO=75;FDP=145;FR=.;FRO=70;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.0171173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.2;QD=21.6011;RBI=0.0290425;REFB=-0.00546126;REVB=0.023462;RO=70;SAF=40;SAR=35;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591436;STB=0.532459;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00422439;OID=.;OPOS=20656824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:70:70:75:75:0.517241:35:40:42:28:35:40:42:28 chr1 20662938 . A G 333.13 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=36;FWDB=-0.0211819;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.597;QD=16.4511;RBI=0.0224694;REFB=-0.00900231;REVB=0.00749689;RO=45;SAF=5;SAR=31;SRF=9;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113403;STB=0.564331;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0101221;OID=.;OPOS=20662938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:31:5:9:36:31:5:9:36 chr1 20671961 . G A 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00493273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.331;QD=15.6537;RBI=0.0147743;REFB=-0.00365934;REVB=0.0139265;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143575;STB=0.508124;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00290597;OID=.;OPOS=20671961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:11:15:18:14:11:15:18:14 chr1 20972048 . G A 1415.0 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00787828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5036;QD=62.8887;RBI=0.0120331;REFB=0;REVB=0.00909549;RO=0;SAF=56;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11147e-06;OID=.;OPOS=20972048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:34:56:0:0:34:56:0:0 chr1 20972111 . G A 386.13 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0186541;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.402;QD=17.3544;RBI=0.0355789;REFB=-0.00253775;REVB=-0.0302966;RO=44;SAF=25;SAR=15;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283711;STB=0.640599;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00263563;OID=.;OPOS=20972111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:89:44:49:40:40:0.449438:15:25:14:30:15:25:18:31 chr1 20977000 . A C 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0206178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.883;QD=13.9482;RBI=0.0366468;REFB=-0.0226851;REVB=0.0302968;RO=27;SAF=3;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475931;STB=0.779704;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0238724;OID=.;OPOS=20977000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:14:3:16:11:14:3:16:11 chr1 20987873 . G C 1283.34 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.61;QD=61.8479;RBI=0.0487176;REFB=0;REVB=0.00869091;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147294;OID=.;OPOS=20987873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:46:37:0:0:46:37:0:0 chr1 20992819 . G C 363.2 PASS AF=0.475;AO=37;DP=79;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00329616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6119;QD=18.1602;RBI=0.0924981;REFB=-0.00769579;REVB=0.0924394;RO=42;SAF=24;SAR=13;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545801;STB=0.520269;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.01179;OID=.;OPOS=20992819;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:42:42:37:38:0.475:13:24:25:17:14:24:25:17 chr1 21011346 . A G 556.84 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00859682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.411;QD=60.1993;RBI=0.0172535;REFB=0;REVB=-0.0149592;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.78735e-05;OID=.;OPOS=21011346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr1 21011622 . C A,CGACA,CGACCA 291.04 PASS AF=0.0740741,0.814815,0;AO=2,19,3;DP=27;FAO=2,22,0;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=2,6,0;FSAR=0,16,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0634359,0.0134473,-0.00569749;FXX=0;HRUN=4,1,1;LEN=1,4,5;MLLD=73.0353,243.277,228.955;QD=43.1172;RBI=0.0636065,0.0145263,0.00953515;REFB=0.0114465,0.0217637,0.0195262;REVB=-0.00465589,-0.00549398,-0.00764576;RO=3;SAF=2,3,3;SAR=0,16,0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.666583,-0.0771946,0.712642;STB=0.993997,0.509083,0.5;STBP=0.153,0.88,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.00867431,-0.00236988,0.0265012;OID=.,.,.;OPOS=21011622,21011623,21011623;OREF=C,-,-;OALT=A,GACA,GACCA;OMAPALT=A,CGACA,CGACCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:15:27:27:3:3:2,19,3:2,22,0:0.0740741,0.814815,0:0,16,0:2,3,3:1:2:0,16,0:2,6,0:1:2 chr1 21024901 . C T 789.26 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00311163;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.67;QD=64.4294;RBI=0.0155507;REFB=0;REVB=0.0152362;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52942e-05;OID=.;OPOS=21024901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr1 21031046 . C T 2178.7 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00752156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.886;QD=63.1508;RBI=0.00826392;REFB=0;REVB=0.00342323;RO=0;SAF=71;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.99515e-06;OID=.;OPOS=21031046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:67:71:0:0:67:71:0:0 chr1 21042094 . G A 2336.16 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.19;QD=61.0762;RBI=0.0283609;REFB=0;REVB=0.0122524;RO=0;SAF=71;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52786e-05;OID=.;OPOS=21042094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:153:0:0:152:153:1:81:71:0:0:81:72:0:0 chr1 21046205 . A G 175.79 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.000895115;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.256;QD=11.9182;RBI=0.0152207;REFB=-0.00313298;REVB=0.0151943;RO=37;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439122;STB=0.525401;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00463693;OID=.;OPOS=21046205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:11:11:20:17:11:11:20:17 chr1 21050958 . C T 1008.11 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.446;QD=59.3006;RBI=0.0690445;REFB=0;REVB=0.0674518;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156421;OID=.;OPOS=21050958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:31:36:0:0:31:37:0:0 chr1 21083674 . A AC,G 47.8 PASS AF=0.155556,0.0444444;AO=8,2;DP=46;FAO=7,2;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=6,0;FSAR=1,2;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0136861,0.00255945;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=48.1446,54.5972;QD=4.24927;RBI=0.116932,0.0171076;REFB=-0.0129386,0.00243816;REVB=-0.116128,-0.016915;RO=36;SAF=6,0;SAR=2,2;SRF=23;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.15745,-0.501714;STB=0.742551,0.996077;STBP=0.228,0.057;TYPE=ins,snp;VARB=0.129107,0.0735418;OID=.,.;OPOS=21083675,21083674;OREF=-,A;OALT=C,G;OMAPALT=AC,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:46:45:36:36:8,2:7,2:0.155556,0.0444444:2,2:6,0:23:13:1,2:6,0:23:13 chr1 21167404 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.669;QD=58.4196;RBI=0.0198313;REFB=0;REVB=0.00835173;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07743e-05;OID=.;OPOS=21167404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr1 21205830 . G A 99.53 PASS AF=0.219178;AO=16;DP=73;FAO=16;FDP=73;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.057667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0225;QD=5.45391;RBI=0.0576758;REFB=-0.0110352;REVB=-0.00100973;RO=57;SAF=8;SAR=8;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983259;STB=0.561568;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0294681;OID=.;OPOS=21205830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:57:57:16:16:0.219178:8:8:33:24:8:8:33:24 chr1 21307703 . T C 216.37 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.00120636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.786;QD=11.0961;RBI=0.00233412;REFB=-0.00360992;REVB=-0.00199821;RO=51;SAF=13;SAR=14;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230631;STB=0.632676;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00788955;OID=.;OPOS=21307703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:51:27:27:0.346154:14:13:35:16:14:13:35:16 chr1 21795388 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00810759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.214;QD=60.0303;RBI=0.0150993;REFB=0;REVB=0.012738;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58125e-06;OID=.;OPOS=21795388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:38:33:0:0:38:34:0:0 chr1 21806619 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106087;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.6733;QD=33.4284;RBI=0.106214;REFB=0;REVB=0.00520233;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0103405;OID=.;OPOS=21806619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 21806621 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014037;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.447;QD=33.4285;RBI=0.014318;REFB=0;REVB=-0.00282263;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101031;OID=.;OPOS=21806621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 21806624 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=365.109;QD=33.4285;RBI=0.0444522;REFB=0;REVB=0.00116831;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413193;OID=.;OPOS=21806624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 21808159 . G A 53.12 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=1;FWDB=-0.00181304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3985;QD=7.3264;RBI=0.0551803;REFB=-0.0144452;REVB=-0.0551505;RO=21;SAF=6;SAR=2;SRF=20;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418332;STB=0.742482;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0298935;OID=.;OPOS=21808159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:2:6:20:1:2:6:20:1 chr1 21809750 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.904;QD=42.1826;RBI=0.0393148;REFB=0;REVB=0.0155799;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000531635;OID=.;OPOS=21809750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr1 21889635 . T C 834.34 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.727;QD=57.5409;RBI=0.0315568;REFB=0;REVB=-0.0215437;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212912;OID=.;OPOS=21889635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:38:20:0:0:38:20:0:0 chr1 21904267 . A G 579.88 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=134;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=26;FWDB=0.000690844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.037;QD=17.1817;RBI=0.0234812;REFB=0.00821734;REVB=-0.0234711;RO=73;SAF=32;SAR=29;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131752;STB=0.568606;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00963539;OID=.;OPOS=21904267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:73:74:61:61:0.451852:29:32:48:25:29:32:48:26 chr1 21935433 . G T 222.01 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00985172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.754;QD=14.558;RBI=0.0140785;REFB=-0.00329525;REVB=-0.0100572;RO=35;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539552;STB=0.530616;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00440717;OID=.;OPOS=21935433;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:15:11:13:22:15:11:13:22 chr1 21940555 . C T 182.1 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0145979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0099;QD=16.9396;RBI=0.0202546;REFB=-0.0023089;REVB=-0.014041;RO=24;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914146;STB=0.552373;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0033044;OID=.;OPOS=21940555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:7:12:13:11:7:12:13:11 chr1 21943820 . G A 512.46 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00390442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.993;QD=20.2954;RBI=0.010749;REFB=-0.0196635;REVB=0.0100148;RO=49;SAF=29;SAR=23;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956554;STB=0.552782;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.013727;OID=.;OPOS=21943820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:49:52:52:0.514851:23:29:22:27:23:29:22:27 chr1 22005665 . C T 116.21 PASS AF=0.565217;AO=10;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.83;QD=20.2097;RBI=0.0261776;REFB=0.00806519;REVB=-0.0261776;RO=8;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00230934;OID=.;OPOS=22005665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:8:10:10:13:0.565217:10:0:0:8:13:0:0:10 chr1 22050649 . C A 187.83 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00315024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.58;QD=20.3064;RBI=0.00908569;REFB=-0.0145735;REVB=0.00852208;RO=18;SAF=4;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237804;STB=0.642691;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0127475;OID=.;OPOS=22050649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:18:18:19:0.513514:14:4:8:10:15:4:8:10 chr1 22109370 . G A 349.27 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0136063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.748;QD=25.4016;RBI=0.0160016;REFB=0.0061684;REVB=-0.0084214;RO=21;SAF=9;SAR=25;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185873;STB=0.510198;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00511386;OID=.;OPOS=22109370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:25:9:6:15:25:9:6:15 chr1 22141030 . C T 192.39 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0541431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6188;QD=23.3197;RBI=0.0580005;REFB=-0.0456127;REVB=-0.0207985;RO=14;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606299;STB=0.533945;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0755341;OID=.;OPOS=22141030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:11:8:7:7:11:8:7:7 chr1 22149935 . T C 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.000815535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.375;QD=11.7419;RBI=0.0133739;REFB=-0.00646612;REVB=-0.013349;RO=36;SAF=8;SAR=13;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358798;STB=0.70589;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0084391;OID=.;OPOS=22149935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:13:8:26:10:13:8:26:10 chr1 22163295 . C T 120.19 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0388145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.415;QD=14.1395;RBI=0.0429183;REFB=-0.00635941;REVB=-0.0183143;RO=19;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390222;STB=0.713979;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0111375;OID=.;OPOS=22163295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:4:10:6:13:4:10:7:13 chr1 22178407 . G A 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0873516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.916;QD=8.50772;RBI=0.0875057;REFB=-0.00918247;REVB=-0.00519184;RO=31;SAF=5;SAR=7;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190754;STB=0.616667;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.022912;OID=.;OPOS=22178407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:7:5:18:13:7:5:18:13 chr1 22191454 . G A 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.592;QD=57.6792;RBI=0.0833747;REFB=0;REVB=0.0645115;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000835012;OID=.;OPOS=22191454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr1 22199539 . TG T 145.76 PASS AF=0.307229;AO=46;DP=164;FAO=51;FDP=166;FR=.;FRO=115;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=71;FSRR=44;FWDB=0.0449491;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.099;QD=3.51232;RBI=0.123014;REFB=0.0337423;REVB=0.114508;RO=105;SAF=26;SAR=20;SRF=67;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898714;STB=0.534746;STBP=0.575;TYPE=del;VARB=-0.087171;OID=.;OPOS=22199540;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307229:46:164:51:166:115:29:22:71:44:99:105:26:20:67:38 chr1 22206649 . T C 586.05 PASS AF=0.975;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000210381;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5091;QD=58.6047;RBI=0.032616;REFB=-0.0977236;REVB=-0.0326153;RO=1;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267753;STB=0.514278;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00201882;OID=.;OPOS=22206649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:40:1:1:39:39:0.975:17:22:0:1:17:22:0:1 chr1 22206942 . G A 1403.07 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221949;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.159;QD=63.0593;RBI=0.0487061;REFB=0;REVB=0.0433552;RO=0;SAF=54;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34797e-06;OID=.;OPOS=22206942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:89:0:0:89:89:1:35:54:0:0:35:54:0:0 chr1 22207235 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.454;QD=58.2395;RBI=0.0285055;REFB=0;REVB=0.010522;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.43352e-05;OID=.;OPOS=22207235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr1 22214127 . A G 1733.41 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.388;QD=59.7729;RBI=0.0896434;REFB=-0.0547459;REVB=-0.0873795;RO=1;SAF=51;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00922029;STB=0.504854;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00292406;OID=.;OPOS=22214127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:64:51:1:0:64:51:1:0 chr1 22217108 . G A 1263.26 PASS AF=0.988095;AO=84;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0192125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8143;QD=60.1553;RBI=0.0263629;REFB=0.0482353;REVB=0.0180522;RO=0;SAF=27;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38583e-08;STB=0.509432;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.000672965;OID=.;OPOS=22217108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:84:83:0.988095:57:27:0:0:57:26:1:0 chr1 22307340 . C T 123.21 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0146274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1731;QD=37.9106;RBI=0.0623359;REFB=-0.108193;REVB=0.0605954;RO=1;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475628;STB=0.526273;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0136093;OID=.;OPOS=22307340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:9:3:0:1:9:3:0:1 chr1 22307358 . C G 239.37 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1055;QD=50.394;RBI=0.0340793;REFB=0;REVB=0.0320386;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408986;OID=.;OPOS=22307358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr1 22307538 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.747;QD=57.7123;RBI=0.0213883;REFB=0;REVB=-0.00378215;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38092e-05;OID=.;OPOS=22307538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr1 22310262 . G C 887.86 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0887918;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9821;QD=58.2206;RBI=0.131897;REFB=0;REVB=-0.0975336;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00211714;OID=.;OPOS=22310262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:23:38:0:0:23:38:0:0 chr1 22310725 . G C 1169.84 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0530647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0082;QD=59.9916;RBI=0.0804053;REFB=0;REVB=0.0604082;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366737;OID=.;OPOS=22310725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:38:37:0:0:40:38:0:0 chr1 22310824 . T C 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.324;QD=60.3747;RBI=0.0262372;REFB=0;REVB=0.00618148;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.46479e-05;OID=.;OPOS=22310824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr1 22313161 . T C 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6806;QD=58.1385;RBI=0.0379146;REFB=0;REVB=0.0177035;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205522;OID=.;OPOS=22313161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr1 22314015 . GA G,GG 823.47 PASS AF=1,0;AO=46,10;DP=56;FAO=58,0;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332219,-0.0408555;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=241.888,232.893;QD=56.7911;RBI=0.0453206,0.0477578;REFB=0,0;REVB=0.0308263,0.0247312;RO=0;SAF=19,7;SAR=27,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0013129,0.0207855;OID=.,.;OPOS=22314016,22314016;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:46,10:56:58,0:58:0:26,0:32,0:0:0:4:0:19,7:27,3:0:0 chr1 22314240 . A C,T 273.97 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=2,20;DP=22;FAO=1,21;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=1,7;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101975,0.0202197;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.3492,59.4486;QD=49.8135;RBI=0.101996,0.022177;REFB=0,0;REVB=-0.00209487,0.0091094;RO=0;SAF=2,6;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.5931e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0917629,0.0020519;OID=.,.;OPOS=22314240,22314240;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:22:22:0:0:2,20:1,21:0.0454545,0.954545:0,14:2,6:0:0:0,14:1,7:0:0 chr1 22315738 . C T 384.78 PASS AF=0.810811;AO=29;DP=37;FAO=30;FDP=37;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0219875;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=201.569;QD=41.5979;RBI=0.0679617;REFB=-0.0436837;REVB=0.0643066;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599935;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00699204;OID=.;OPOS=22315738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:37:37:0:7:29:30:0.810811:16:13:0:0:16:14:7:0 chr1 22324705 . T C 801.27 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.416;QD=57.2336;RBI=0.0379718;REFB=0;REVB=0.0213421;RO=0;SAF=40;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.32694e-05;OID=.;OPOS=22324705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:16:40:0:0:16:40:0:0 chr1 22329041 . GC G 117.23 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0908184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.4999;QD=10.6573;RBI=0.103696;REFB=-0.0452976;REVB=-0.0500486;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668713;STB=0.509425;STBP=0.923;TYPE=del;VARB=0.0633197;OID=.;OPOS=22329042;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:19:44:20:44:24:12:8:14:10:99:23:12:7:13:10 chr1 22329062 . CC GT 351.09 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0107097;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=2;MLLD=229.989;QD=20.353;RBI=0.0356173;REFB=-0.0140023;REVB=0.033969;RO=33;SAF=18;SAR=18;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144049;STB=0.579667;STBP=0.191;TYPE=mnp;VARB=0.0156653;OID=.;OPOS=22329062;OREF=CC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:33:33:36:36:0.521739:18:18:22:11:18:18:22:11 chr1 22332008 . T C 31.03 PASS AF=0.1;AO=7;DP=70;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0241523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.943;QD=1.77304;RBI=0.0270757;REFB=0.000666058;REVB=0.0122376;RO=63;SAF=4;SAR=3;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21763;STB=0.666223;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.00674778;OID=.;OPOS=22332008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:70:70:63:63:7:7:0.1:3:4:24:39:3:4:24:39 chr1 22336277 . C G 789.18 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0919665;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6063;QD=64.4229;RBI=0.0958059;REFB=0;REVB=-0.0268503;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00152864;OID=.;OPOS=22336277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr1 22336305 . C T 565.29 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0094467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.763;QD=53.8374;RBI=0.0147161;REFB=-0.0523452;REVB=0.0112838;RO=3;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550731;STB=0.529397;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00306196;OID=.;OPOS=22336305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:3:3:39:39:0.928571:24:15:0:3:24:15:0:3 chr1 22336308 . G A 559.08 PASS AF=0.906977;AO=38;DP=42;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0176163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.945;QD=52.0073;RBI=0.0299526;REFB=-0.0365354;REVB=0.0242245;RO=4;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719402;STB=0.538442;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00308497;OID=.;OPOS=22336308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:43:4:4:38:39:0.906977:24:14:0:4:24:15:0:4 chr1 22835677 . A G 2302.31 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0205598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.817;QD=60.191;RBI=0.0410664;REFB=-0.0951972;REVB=0.0355491;RO=0;SAF=89;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502793;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000163219;OID=.;OPOS=22835677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:153:153:0:1:152:152:0.993464:63:89:0:0:63:89:1:0 chr1 22846709 . G A 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.563;QD=62.6691;RBI=0.0311448;REFB=0;REVB=0.0190885;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144324;OID=.;OPOS=22846709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr1 22965438 . A G 621.34 PASS AF=0.385417;AO=68;DP=194;FAO=74;FDP=192;FR=.;FRO=118;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=62;FSRR=56;FWDB=-0.0134722;FXX=0.0204071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.226;QD=12.9446;RBI=0.0134722;REFB=-0.0184582;REVB=-3.89304e-05;RO=121;SAF=28;SAR=40;SRF=61;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104883;STB=0.557297;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.026134;OID=.;OPOS=22965438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:192:121:118:68:74:0.385417:40:28:61:60:42:32:62:56 chr1 22970642 . C T 809.24 PASS AF=0.491124;AO=83;DP=168;FAO=83;FDP=169;FR=.;FRO=86;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=53;FSRR=33;FWDB=-0.00396105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.441;QD=19.1537;RBI=0.0123145;REFB=-0.0205145;REVB=-0.0116601;RO=82;SAF=46;SAR=37;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624493;STB=0.532173;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0214199;OID=.;OPOS=22970642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:82:86:83:83:0.491124:37:46:51:31:37:46:53:33 chr1 22973858 . A AC 39.54 PASS AF=0.175;AO=14;DP=80;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=-0.0781043;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=59.9381;QD=1.97689;RBI=0.0957826;REFB=-0.0101704;REVB=-0.0554439;RO=66;SAF=14;SAR=0;SRF=20;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.787499;STB=0.945651;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.134209;OID=.;OPOS=22973859;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175:14:80:14:80:66:13:1:21:45:39:66:14:0:20:46 chr1 23101688 . T G 1305.41 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398671;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5683;QD=62.1622;RBI=0.0683129;REFB=0;REVB=0.0554731;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501789;OID=.;OPOS=23101688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr1 23110947 . C T 139.62 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=0.00259043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.439;QD=7.65021;RBI=0.00259429;REFB=-0.000235987;REVB=0.000141474;RO=53;SAF=13;SAR=7;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393456;STB=0.523641;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.000713482;OID=.;OPOS=23110947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:53:53:20:20:0.273973:7:13:36:17:7:13:36:17 chr1 23111354 . G A 296.78 PASS AF=0.357895;AO=28;DP=98;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0270452;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.981;QD=12.4958;RBI=0.0291923;REFB=-0.0115962;REVB=-0.0109885;RO=53;SAF=8;SAR=20;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323696;STB=0.651763;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0152737;OID=.;OPOS=23111354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:95:53:61:28:34:0.357895:20:8:30:23:22:12:36:25 chr1 23208925 . G A 258.3 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0113377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.791;QD=13.962;RBI=0.0115481;REFB=0.000753532;REVB=0.00219436;RO=44;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127259;STB=0.507242;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.00127411;OID=.;OPOS=23208925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:16:14:20:24:16:14:20:24 chr1 23219493 . T C 726.54 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0621546;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.559;QD=56.9837;RBI=0.0707318;REFB=0;REVB=0.0337609;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61486e-05;OID=.;OPOS=23219493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr1 23241601 . C T 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.024269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.317;QD=18.3452;RBI=0.0314233;REFB=-0.0122876;REVB=0.0199609;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274772;STB=0.655563;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0176446;OID=.;OPOS=23241601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:10:7:13:5:10:7:13:5 chr1 23280424 . G T 133.21 PASS AF=0.296875;AO=18;DP=63;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00861474;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.737;QD=8.3257;RBI=0.0284243;REFB=-0.0113228;REVB=0.0270874;RO=43;SAF=10;SAR=8;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059052;STB=0.536386;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0275271;OID=.;OPOS=23280424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:43:45:18:19:0.296875:8:10:26:17:9:10:26:19 chr1 23357010 . G T 174.08 PASS AF=0.272727;AO=22;DP=86;FAO=24;FDP=88;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00914044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.506;QD=7.91277;RBI=0.0153887;REFB=-0.0208287;REVB=0.01238;RO=64;SAF=9;SAR=13;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356843;STB=0.515491;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0523109;OID=.;OPOS=23357010;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:64:64:22:24:0.272727:13:9:28:36:14:10:28:36 chr1 23413027 . T C 324.98 PASS AF=0.568966;AO=32;DP=57;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00732211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.843;QD=22.4127;RBI=0.00805569;REFB=-0.0102945;REVB=-0.00335871;RO=25;SAF=13;SAR=19;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514371;STB=0.502731;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00847718;OID=.;OPOS=23413027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:25:25:32:33:0.568966:19:13:10:15:20:13:10:15 chr1 23418153 . C T 518.68 PASS AF=0.504673;AO=55;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0260147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0843;QD=19.3897;RBI=0.0434187;REFB=0.00457757;REVB=-0.0347623;RO=52;SAF=37;SAR=18;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922452;STB=0.544201;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00442561;OID=.;OPOS=23418153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:52:53:55:54:0.504673:18:37:30:22:18:36:31:22 chr1 23419261 . G A 192.3 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0210803;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3153;QD=21.9776;RBI=0.0297123;REFB=0.00933464;REVB=0.020939;RO=15;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127839;STB=0.582196;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.0157859;OID=.;OPOS=23419261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:15:16:19:19:0.542857:11:8:4:11:11:8:4:12 chr1 23419374 . G T 581.36 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0160649;FXX=0.0206164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0148;QD=24.4781;RBI=0.0374558;REFB=0.0242468;REVB=0.0338357;RO=44;SAF=30;SAR=23;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110987;STB=0.571175;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0190749;OID=.;OPOS=23419374;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:44:42:53:53:0.557895:23:30:19:25:23:30:17:25 chr1 23419383 . C T 562.96 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00649711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5753;QD=23.9559;RBI=0.0333108;REFB=0.00701543;REVB=-0.0326711;RO=42;SAF=30;SAR=22;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15906;STB=0.587242;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00491711;OID=.;OPOS=23419383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:42:42:52:52:0.553191:22:30:16:26:22:30:16:26 chr1 23419855 . T C 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0472778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3204;QD=16.5272;RBI=0.0495954;REFB=-0.00848639;REVB=0.0149836;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737094;STB=0.541633;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0190104;OID=.;OPOS=23419855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:11:14:14:15:11:14:14:15 chr1 23519633 . A G 344.8 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00687805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.463;QD=21.892;RBI=0.00699738;REFB=-0.00405589;REVB=0.00128675;RO=28;SAF=21;SAR=14;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981593;STB=0.554024;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00388996;OID=.;OPOS=23519633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:14:21:20:8:14:21:20:8 chr1 23687827 . T C 224.73 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0240339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.142;QD=10.8306;RBI=0.0360347;REFB=-0.00350887;REVB=-0.0268489;RO=54;SAF=13;SAR=15;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144755;STB=0.589177;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00532724;OID=.;OPOS=23687827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:54:55:28:28:0.337349:15:13:32:22:15:13:33:22 chr1 23688933 . A G 163.08 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00635699;FXX=0.0526177;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.576;QD=18.1203;RBI=0.00937424;REFB=-0.000573378;REVB=0.00688949;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339396;STB=0.691617;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.000409793;OID=.;OPOS=23688933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:15:4:10:7:15:4 chr1 23689083 . G A 242.78 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0165264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3713;QD=22.5842;RBI=0.0738829;REFB=-0.00131824;REVB=0.0720108;RO=19;SAF=15;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107913;STB=0.550711;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00298829;OID=.;OPOS=23689083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:20:23:23:0.534884:8:15:10:9:8:15:11:9 chr1 23696152 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.892;QD=63.8714;RBI=0.00883027;REFB=0;REVB=0.000716763;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97449e-05;OID=.;OPOS=23696152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr1 23697617 . T C 207.78 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0180941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6248;QD=17.6833;RBI=0.0249715;REFB=0.00500965;REVB=-0.0172098;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324837;STB=0.518501;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.00692894;OID=.;OPOS=23697617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:9:12:14:12:9:12:14:12 chr1 23698120 . C G 225.58 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0108717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.574;QD=15.2933;RBI=0.0179612;REFB=-0.0153771;REVB=-0.0142973;RO=33;SAF=9;SAR=17;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201407;STB=0.614368;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.019048;OID=.;OPOS=23698120;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:17:9:18:15:17:9:18:15 chr1 23710805 . A G 710.28 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0311585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.954;QD=54.6367;RBI=0.0324186;REFB=-0.0860063;REVB=0.00895033;RO=1;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177622;STB=0.50943;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00100907;OID=.;OPOS=23710805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:50:51:0.980769:26:24:0:1:26:25:0:1 chr1 23710912 . TGA T 66.92 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.000321223;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=147.155;QD=12.7469;RBI=0.0270863;REFB=-0.033693;REVB=0.0270844;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202897;STB=0.644834;STBP=0.266;TYPE=del;VARB=0.0297007;OID=.;OPOS=23710913;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:9:21:9:21:12:3:6:7:5:66:11:3:6:6:5 chr1 23833599 . A AT,ATT 141.51 PASS AF=0.192308,0.211538;AO=18,19;DP=106;FAO=20,22;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=17,16;FSAR=3,6;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0975477,-0.0479166;FXX=0.0188661;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.11829,11.9032;QD=5.44281;RBI=0.279023,0.149139;REFB=-0.0536212,-0.0264829;REVB=0.261416,0.141232;RO=59;SAF=16,13;SAR=2,6;SRF=32;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.514155,0.183868;STB=0.792047,0.666508;STBP=0.008,0.081;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0796649,-0.0205066;OID=.,.;OPOS=23833600,23833600;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.192308,0.211538:18,19:106:20,22:104:62:17,16:3,6:32:30:52:59:16,13:2,6:32:27 chr1 23833611 . G T 495.39 PASS AF=0.473214;AO=54;DP=113;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00127263;FXX=0.00884877;HRUN=6;LEN=1;MLLD=223.764;QD=17.6924;RBI=0.00269188;REFB=-0.00196018;REVB=-0.00237205;RO=59;SAF=38;SAR=16;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214975;STB=0.629783;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00278858;OID=.;OPOS=23833611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:59:59:54:53:0.473214:16:38:29:30:15:38:29:30 chr1 23835794 . A G 302.61 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0111488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.717;QD=31.8539;RBI=0.0114522;REFB=0.00455049;REVB=-0.00261871;RO=12;SAF=13;SAR=13;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479995;STB=0.526296;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00229126;OID=.;OPOS=23835794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:12:12:26:26:0.684211:13:13:5:7:13:13:5:7 chr1 23836364 . A G 109.91 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00171763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7393;QD=14.6549;RBI=0.0083572;REFB=-0.0101428;REVB=-0.00817878;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122807;STB=0.57132;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0164072;OID=.;OPOS=23836364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:7:10:6:7:7:10 chr1 23847464 . C A 435.32 PASS AF=0.677966;AO=40;DP=59;FAO=40;FDP=59;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0174833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.276;QD=29.513;RBI=0.0185155;REFB=-0.00527316;REVB=0.00609577;RO=19;SAF=20;SAR=20;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155917;STB=0.50847;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00313633;OID=.;OPOS=23847464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:19:19:40:40:0.677966:20:20:10:9:20:20:10:9 chr1 23848418 . G A 54.76 PASS AF=0.139241;AO=11;DP=79;FAO=11;FDP=79;FR=.;FRO=68;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0133965;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.946;QD=2.77269;RBI=0.0136844;REFB=-0.00355235;REVB=-0.00279254;RO=68;SAF=6;SAR=5;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145783;STB=0.601187;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0165676;OID=.;OPOS=23848418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:79:79:68:68:11:11:0.139241:5:6:29:39:5:6:29:39 chr1 23885498 . T C 2307.11 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00263819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.616;QD=61.1156;RBI=0.0168263;REFB=0;REVB=0.0166182;RO=0;SAF=81;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55695e-05;OID=.;OPOS=23885498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:70:81:0:0:70:81:0:0 chr1 23965704 . A C 2034.48 PASS AF=0.985075;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00730337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.013;QD=60.7309;RBI=0.00732406;REFB=-0.00888397;REVB=0.000550083;RO=2;SAF=53;SAR=79;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00290467;STB=0.501528;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=4.32231e-05;OID=.;OPOS=23965704;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:134:2:2:132:132:0.985075:79:53:1:1:79:53:1:1 chr1 23966894 . T TAAG 471.14 PASS AF=0.894737;AO=34;DP=40;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0174082;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=3;MLLD=197.903;QD=49.5937;RBI=0.0221052;REFB=0.00458439;REVB=-0.0136232;RO=6;SAF=21;SAR=13;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343796;STB=0.514843;STBP=0.639;TYPE=ins;VARB=-0.000453578;OID=.;OPOS=23966895;OREF=-;OALT=AAG;OMAPALT=TAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.894737:34:40:34:38:4:21:13:3:1:19:6:21:13:3:3 chr1 24018277 . C G 1784.89 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0034919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0106;QD=61.0218;RBI=0.00405409;REFB=0;REVB=0.00205967;RO=0;SAF=69;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.45941e-06;OID=.;OPOS=24018277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:48:69:0:0:48:69:0:0 chr1 24077451 . C T 171.76 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.000630531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.834;QD=11.0815;RBI=0.0147103;REFB=-0.0100036;REVB=0.0146968;RO=40;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742444;STB=0.543244;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0183466;OID=.;OPOS=24077451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:9:13:21:19:9:13:21:19 chr1 24121015 . G A 60.91 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00315135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.278;QD=9.02298;RBI=0.00494869;REFB=-0.0192658;REVB=-0.00381556;RO=18;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298001;STB=0.615122;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0373325;OID=.;OPOS=24121015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:26:27:18:18:8:9:0.333333:2:6:9:9:3:6:9:9 chr1 24121601 . C T 164.06 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.018859;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=176.974;QD=19.886;RBI=0.0210533;REFB=-0.00877155;REVB=0.00935832;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106731;STB=0.518497;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00518613;OID=.;OPOS=24121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:14:16:17:17:0.515152:10:7:4:10:10:7:6:10 chr1 24130962 . G A 176.06 PASS AF=0.25;AO=26;DP=104;FAO=26;FDP=104;FR=.;FRO=78;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.0359766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.816;QD=6.77164;RBI=0.0361959;REFB=-0.00478393;REVB=-0.00397825;RO=77;SAF=10;SAR=16;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136281;STB=0.587638;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0172914;OID=.;OPOS=24130962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:77:78:26:26:0.25:16:10:38:39:16:10:39:39 chr1 24201094 . G C 215.17 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0196781;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3876;QD=12.4736;RBI=0.0243996;REFB=-0.0147006;REVB=0.0144262;RO=43;SAF=3;SAR=23;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.53202;STB=0.813013;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0251185;OID=.;OPOS=24201094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:23:3:22:21:23:3:22:21 chr1 24201109 . C T 235.43 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0101522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.2;QD=13.2637;RBI=0.0109278;REFB=-0.00208609;REVB=-0.00404354;RO=39;SAF=4;SAR=24;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486117;STB=0.786175;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00170606;OID=.;OPOS=24201109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:43:28:28:0.394366:24:4:21:18:24:4:23:20 chr1 24201162 . G A 393.36 PASS AF=0.557143;AO=37;DP=68;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.068501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7094;QD=22.4774;RBI=0.0685716;REFB=-0.0460751;REVB=0.00311076;RO=31;SAF=18;SAR=19;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823327;STB=0.54443;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0248484;OID=.;OPOS=24201162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:31:31:37:39:0.557143:19:18:12:19:20:19:12:19 chr1 24201262 . A G 203.8 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.029717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0549;QD=15.6766;RBI=0.0578974;REFB=0.00513543;REVB=-0.0496891;RO=29;SAF=16;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22109;STB=0.62622;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00670915;OID=.;OPOS=24201262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:7:16:14:15:7:16:14:15 chr1 24201357 . A G 169.69 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00796578;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.108;QD=23.405;RBI=0.0101374;REFB=-0.00419012;REVB=-0.00627;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399905;STB=0.522423;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00372064;OID=.;OPOS=24201357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:12:17:17:0.586207:8:9:7:5:8:9:7:5 chr1 24201448 . C T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.000135108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.903;QD=22.341;RBI=0.00377702;REFB=-0.0132812;REVB=-0.0037746;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988308;STB=0.555494;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0149613;OID=.;OPOS=24201448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:8:10:6:8:8:10:6:8 chr1 24201643 . G A 242.43 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0259203;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.935;QD=21.5496;RBI=0.0452713;REFB=-0.025085;REVB=0.0371164;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968126;STB=0.554407;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0125415;OID=.;OPOS=24201643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:22:22:23:23:0.511111:9:14:11:11:9:14:11:11 chr1 24201919 . TT CC 192.83 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0190116;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=105.026;QD=14.8333;RBI=0.0203884;REFB=0.000463346;REVB=-0.00736508;RO=29;SAF=18;SAR=4;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363231;STB=0.704139;STBP=0.016;TYPE=mnp;VARB=-0.000819959;OID=.;OPOS=24201919;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:30:22:22:0.423077:4:18:15:14:4:18:16:14 chr1 24288432 . C T 1875.77 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5978;QD=61.5007;RBI=0.0173486;REFB=0;REVB=0.011355;RO=0;SAF=61;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.83776e-06;OID=.;OPOS=24288432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:60:61:0:0:61:61:0:0 chr1 24392600 . G A 1037.79 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180447;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.729;QD=58.4668;RBI=0.0372824;REFB=-0.084816;REVB=0.0326245;RO=1;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129528;STB=0.506847;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000667026;OID=.;OPOS=24392600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:71:1:1:70:70:0.985915:36:34:0:1:36:34:0:1 chr1 24392671 . T C 768.34 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0900055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7539;QD=56.9138;RBI=0.108765;REFB=0;REVB=0.0610648;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178826;OID=.;OPOS=24392671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:32:21:0:0:33:21:0:0 chr1 24393563 . C T 2477.64 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352446;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.145;QD=61.5563;RBI=0.0353218;REFB=0;REVB=0.002334;RO=0;SAF=82;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16771e-05;OID=.;OPOS=24393563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:161:0:0:161:161:1:79:82:0:0:79:82:0:0 chr1 24394811 . A G 603.84 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.713;QD=60.3842;RBI=0.0634194;REFB=0;REVB=0.0211575;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136522;OID=.;OPOS=24394811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:40:0:0:36:40:1:20:16:0:0:20:20:0:0 chr1 24409165 . C T 2140.16 PASS AF=0.993056;AO=121;DP=139;FAO=143;FDP=144;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=60;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7848;QD=59.4489;RBI=0.0547298;REFB=0;REVB=-0.0102523;RO=0;SAF=38;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00748104;OID=.;OPOS=24409165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:139:144:0:0:121:143:0.993056:83:38:0:0:83:60:0:0 chr1 24416058 . GT GC,GG 1086.29 PASS AF=0.670886,0.291139;AO=49,15;DP=80;FAO=53,23;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38,1;FSAR=15,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523484,-0.0350696;FXX=0.0124984;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=37.2438,23.9633;QD=55.0021;RBI=0.0874188,0.0847687;REFB=0,0;REVB=0.0700121,0.0771743;RO=0;SAF=34,0;SAR=15,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.01675e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00216141,0.0481181;OID=.,.;OPOS=24416059,24416059;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.670886,0.291139:49,15:80:53,23:79:0:38,1:15,22:0:0:99:0:34,0:15,15:0:0 chr1 24416133 . C T 494.31 PASS AF=0.473214;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=42;FWDB=0.00662024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.551;QD=17.654;RBI=0.0108168;REFB=-0.0139407;REVB=-0.00855433;RO=58;SAF=27;SAR=26;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203726;STB=0.616066;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0181061;OID=.;OPOS=24416133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:58:59:53:53:0.473214:26:27:17:41:26:27:17:42 chr1 24419496 . A G 500.71 PASS AF=0.521739;AO=47;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0177516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.368;QD=21.7699;RBI=0.0181978;REFB=-0.00100092;REVB=0.00400503;RO=44;SAF=23;SAR=24;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110522;STB=0.565191;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00113262;OID=.;OPOS=24419496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:47:48:0.521739:24:23:16:28:24:24:16:28 chr1 24421950 . C G 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00869456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9507;QD=13.4057;RBI=0.00886473;REFB=0.000190957;REVB=-0.00172859;RO=34;SAF=16;SAR=7;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273005;STB=0.657048;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.000594941;OID=.;OPOS=24421950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:7:16:15:19:7:16:15:19 chr1 24433607 . G A 69.18 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0636875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.868;QD=6.14946;RBI=0.0637774;REFB=-0.00516555;REVB=-0.00338537;RO=35;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739197;STB=0.547078;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.015056;OID=.;OPOS=24433607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:6:4:12:23:6:4:12:23 chr1 24447468 . G C 1603.77 PASS AF=0.982143;AO=109;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.017651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3552;QD=57.2775;RBI=0.0785052;REFB=-0.204764;REVB=0.0764951;RO=3;SAF=50;SAR=59;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106301;STB=0.509802;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00383991;OID=.;OPOS=24447468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:3:2:109:110:0.982143:59:50:2:1:60:50:2:0 chr1 24460797 . T G 364.02 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00896001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8993;QD=18.4313;RBI=0.0380193;REFB=0.0121007;REVB=-0.0369484;RO=40;SAF=16;SAR=22;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119101;STB=0.56029;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.0131242;OID=.;OPOS=24460797;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:41:38:38:0.481013:22:16:22:18:22:16:22:19 chr1 24465113 . C T 529.9 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=128;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0244741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.19;QD=16.5593;RBI=0.0246555;REFB=-0.020401;REVB=-0.00298505;RO=71;SAF=33;SAR=24;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100134;STB=0.555904;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0311304;OID=.;OPOS=24465113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:71:71:57:57:0.445312:24:33:34:37:24:33:34:37 chr1 24480905 . C T 287.95 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00694138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.841;QD=25.0387;RBI=0.00705056;REFB=-0.0248409;REVB=0.001236;RO=20;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126735;STB=0.507037;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0180761;OID=.;OPOS=24480905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:16:10:8:12:16:10:8:12 chr1 24658063 . C G 524.49 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=-0.0385845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.504;QD=17.3385;RBI=0.0385872;REFB=-0.0168248;REVB=0.000463757;RO=65;SAF=20;SAR=36;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290863;STB=0.661553;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0127745;OID=.;OPOS=24658063;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:65:56:56:0.46281:36:20:43:22:36:20:43:22 chr1 24674000 . C T 321.9 PASS AF=0.336066;AO=41;DP=122;FAO=41;FDP=122;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=-0.0288153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.719;QD=10.5542;RBI=0.0353498;REFB=-0.0118058;REVB=-0.0204765;RO=81;SAF=26;SAR=15;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108574;STB=0.562833;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0190825;OID=.;OPOS=24674000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:81:81:41:41:0.336066:15:26:44:37:15:26:44:37 chr1 24680915 . C T 240.3 PASS AF=0.367089;AO=28;DP=78;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.023716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0386;QD=12.167;RBI=0.0351465;REFB=0.0120159;REVB=0.0259389;RO=48;SAF=14;SAR=14;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091492;STB=0.53985;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.0203847;OID=.;OPOS=24680915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:48:50:28:29:0.367089:14:14:28:20:14:15:29:21 chr1 24690764 . T A 369.63 PASS AF=0.425532;AO=39;DP=95;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00414505;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.573;QD=15.7287;RBI=0.00425446;REFB=-0.00820918;REVB=0.00095867;RO=53;SAF=22;SAR=17;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175357;STB=0.511383;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0115491;OID=.;OPOS=24690764;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:53:54:39:40:0.425532:17:22:29:24:17:23:30:24 chr1 24706113 . G A 718.02 PASS AF=0.486301;AO=72;DP=146;FAO=71;FDP=146;FR=.;FRO=75;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0409552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6581;QD=19.6717;RBI=0.0767559;REFB=-0.017572;REVB=-0.0649165;RO=74;SAF=44;SAR=28;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15346;STB=0.593522;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0199574;OID=.;OPOS=24706113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:74:75:72:71:0.486301:28:44:33:41:27:44:33:42 chr1 24706269 . A G 543.21 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.000964161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.892;QD=18.4138;RBI=0.00650256;REFB=-0.0237266;REVB=0.00643068;RO=61;SAF=23;SAR=34;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00612167;STB=0.503392;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0244511;OID=.;OPOS=24706269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:61:57:57:0.483051:34:23:25:36:34:23:25:36 chr1 24706292 . T C 462.19 PASS AF=0.469388;AO=45;DP=97;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.021553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.823;QD=18.8649;RBI=0.021555;REFB=-0.00612538;REVB=0.000298149;RO=52;SAF=17;SAR=28;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00697182;STB=0.50373;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00743387;OID=.;OPOS=24706292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:52:52:45:46:0.469388:28:17:20:32:28:18:20:32 chr1 24718075 . T C 279.06 PASS AF=0.336449;AO=36;DP=107;FAO=36;FDP=107;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0200854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2537;QD=10.432;RBI=0.0201313;REFB=-1.4737e-05;REVB=-0.00135758;RO=71;SAF=23;SAR=13;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170902;STB=0.599093;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000287184;OID=.;OPOS=24718075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:71:71:36:36:0.336449:13:23:35:36:13:23:35:36 chr1 24785393 . C T 287.1 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00756258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7599;QD=13.6712;RBI=0.0420534;REFB=-0.0145786;REVB=0.0413678;RO=51;SAF=18;SAR=15;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589642;STB=0.533602;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0241312;OID=.;OPOS=24785393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:15:18:25:26:15:18:25:26 chr1 24859617 . G A 224.87 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0219021;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5053;QD=13.838;RBI=0.025152;REFB=-0.0113341;REVB=0.012366;RO=36;SAF=18;SAR=9;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280817;STB=0.659675;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0231263;OID=.;OPOS=24859617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:36:38:27:27:0.415385:9:18:14:22:9:18:15:23 chr1 24859665 . G A 450.95 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.000978622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.456;QD=19.1894;RBI=0.00560876;REFB=-0.00334944;REVB=0.00552272;RO=49;SAF=21;SAR=24;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113883;STB=0.563191;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0035422;OID=.;OPOS=24859665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:24:21:17:32:24:21:17:32 chr1 24861704 . G A 213.34 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00586681;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.228;QD=19.3944;RBI=0.0294139;REFB=-0.0109724;REVB=-0.0288229;RO=23;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464258;STB=0.526291;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0119978;OID=.;OPOS=24861704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:9:12:12:11:9:12:12:11 chr1 24981462 . G A 196.91 PASS AF=0.243902;AO=30;DP=124;FAO=30;FDP=123;FR=.;FRO=93;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=62;FSRR=31;FWDB=-0.0350417;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.928;QD=6.40355;RBI=0.0366136;REFB=0.00223208;REVB=0.0106129;RO=92;SAF=16;SAR=14;SRF=61;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165798;STB=0.602584;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00765961;OID=.;OPOS=24981462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:92:93:30:30:0.243902:14:16:61:31:14:16:62:31 chr1 25167528 . G A 184.28 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0108118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.211;QD=18.9004;RBI=0.0175491;REFB=-0.0214195;REVB=-0.013823;RO=19;SAF=15;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355875;STB=0.703049;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.019731;OID=.;OPOS=25167528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:19:20:18:19:0.487179:3:15:10:9:3:16:11:9 chr1 25291010 . A T 1377.21 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5629;QD=62.6006;RBI=0.0159091;REFB=0;REVB=0.00946164;RO=0;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05728e-05;OID=.;OPOS=25291010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:54:34:0:0:54:34:0:0 chr1 25634143 . T C 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=-0.00139067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.643;QD=13.0315;RBI=0.055675;REFB=-0.023225;REVB=0.0556577;RO=42;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203365;STB=0.615306;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0299219;OID=.;OPOS=25634143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:15:12:11:31:15:12:11:31 chr1 25775374 . CT C,CTT,TT 32.14 PASS AF=0.326531,0,0;AO=17,5,2;DP=49;FAO=16,0,0;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=6,0,0;FSAR=10,0,0;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.247606,0.265836,-0.0186233;FXX=0;HRUN=8,8,1;LEN=1,1,1;MLLD=7.17086,7.00698,102.573;QD=2.62329;RBI=0.296746,0.312905,0.137147;REFB=0.00621367,-0.0211665,-0.00219644;REVB=0.163553,-0.165048,-0.135877;RO=22;SAF=6,0,0;SAR=11,5,2;SRF=7;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.037855,-0.627713,-0.431599;STB=0.553009,0.5,0.5;STBP=0.653,1,1;TYPE=del,ins,snp;VARB=0.112271,0.209863,0;OID=.,.,.;OPOS=25775375,25775375,25775374;OREF=T,-,C;OALT=-,T,T;OMAPALT=C,CTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:49:49:22:33:17,5,2:16,0,0:0.326531,0,0:11,5,2:6,0,0:7:15:10,0,0:6,0,0:10:23 chr1 25890189 . A G 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0394369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3557;QD=17.5416;RBI=0.0478336;REFB=-0.0247326;REVB=-0.0270699;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861724;STB=0.549291;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0414856;OID=.;OPOS=25890189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:7:8:7:9:7:8:7:9 chr1 26131654 . G A 513.69 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.022837;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.942;QD=24.1738;RBI=0.0568097;REFB=-0.00530207;REVB=0.0520174;RO=37;SAF=32;SAR=16;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395762;STB=0.52173;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00235545;OID=.;OPOS=26131654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:37:48:48:0.564706:16:32:23:14:16:32:23:14 chr1 26138262 . T C 166.09 PASS AF=0.423077;AO=14;DP=53;FAO=22;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0305905;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.0642;QD=12.7764;RBI=0.0353639;REFB=-0.0759753;REVB=-0.0177432;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206544;STB=0.538427;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.136838;OID=.;OPOS=26138262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:24:30:14:22:0.423077:9:5:9:15:11:11:13:17 chr1 26140573 . C A 242.13 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0887817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9682;QD=16.9915;RBI=0.088857;REFB=0.00332391;REVB=0.00365781;RO=30;SAF=22;SAR=5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328565;STB=0.687344;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00972233;OID=.;OPOS=26140573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:5:22:16:14:5:22:16:14 chr1 26142081 . G A 375.92 PASS AF=0.46988;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0244805;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5527;QD=18.1165;RBI=0.0248215;REFB=0.00234376;REVB=-0.0041004;RO=44;SAF=24;SAR=14;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151569;STB=0.589501;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0027035;OID=.;OPOS=26142081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:38:39:0.46988:14:24:21:23:14:25:21:23 chr1 26142253 . G T 84.58 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0245361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.502;QD=10.573;RBI=0.0245428;REFB=-0.00034159;REVB=-0.000576965;RO=18;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666957;STB=0.557411;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.000658853;OID=.;OPOS=26142253;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:18:21:11:11:0.34375:9:2:4:14:9:2:5:16 chr1 26142855 . A G 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0245937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4498;QD=20.9025;RBI=0.0248692;REFB=0.00130389;REVB=-0.00369162;RO=28;SAF=22;SAR=11;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451957;STB=0.524985;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.00266253;OID=.;OPOS=26142855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:11:22:20:8:11:22:20:8 chr1 26146826 . C T 52.94 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0135437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.013;QD=7.30203;RBI=0.0139088;REFB=-0.02697;REVB=-0.00316581;RO=15;SAF=7;SAR=1;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253064;STB=0.645725;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.070254;OID=.;OPOS=26146826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:15:21:8:8:0.275862:1:7:11:4:1:7:16:5 chr1 26146884 . C G 75.05 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.346;QD=37.5242;RBI=0.115745;REFB=0;REVB=0.0428554;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00605992;OID=.;OPOS=26146884;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:1:6:0:0:1:7:0:0 chr1 26158962 . A G 740.31 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.068;QD=56.9467;RBI=0.0531968;REFB=0;REVB=0.0493818;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217295;OID=.;OPOS=26158962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr1 26212261 . G A 458.83 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0252813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6486;QD=23.8352;RBI=0.0537038;REFB=-0.0304371;REVB=0.0473809;RO=33;SAF=23;SAR=21;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532027;STB=0.52919;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0323626;OID=.;OPOS=26212261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:21:23:15:18:21:23:15:18 chr1 26290745 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.503;QD=53.9112;RBI=0.025517;REFB=0;REVB=0.0245371;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89232e-05;OID=.;OPOS=26290745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr1 26357656 . C A 1481.23 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0013214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.753;QD=63.0311;RBI=0.019408;REFB=0;REVB=0.019363;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122068;OID=.;OPOS=26357656;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:39:54:0:0:40:54:0:0 chr1 26378002 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.398;QD=51.9165;RBI=0.0112671;REFB=0;REVB=-0.0039776;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9328e-05;OID=.;OPOS=26378002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr1 26449335 . CAA C 121.28 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00378993;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=2;MLLD=165.134;QD=9.90025;RBI=0.00472689;REFB=-0.00522374;REVB=0.00282487;RO=29;SAF=6;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219646;STB=0.636222;STBP=0.13;TYPE=del;VARB=0.00867555;OID=.;OPOS=26449336;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408163:19:48:20:49:29:6:14:15:14:99:29:6:13:15:14 chr1 26487940 . A G 347.13 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2991;QD=53.4052;RBI=0.0646124;REFB=0;REVB=0.033215;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000611426;OID=.;OPOS=26487940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:16:8:0:0:17:9:0:0 chr1 26510563 . C T 141.57 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00246856;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.934;QD=12.8696;RBI=0.0255747;REFB=-0.014284;REVB=-0.0254552;RO=28;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547586;STB=0.532217;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0240215;OID=.;OPOS=26510563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:11:5:10:18:11:5:10:18 chr1 26510925 . TCCCCCC TCCCCC,TCCCCCG 50.38 PASS AF=0.409091,0.0909091;AO=9,2;DP=22;FAO=9,2;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=1,0;FSAR=8,2;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0755351,0.040895;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=11.863,19.9493;QD=9.16062;RBI=0.115621,0.0585751;REFB=-0.0375555,-0.0470889;REVB=0.0875369,0.0419362;RO=10;SAF=2,0;SAR=7,2;SRF=1;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=1,0;SSSB=0.17981,-0.463326;STB=0.585152,0.991584;STBP=0.72,0.423;TYPE=del,snp;VARB=0.0184891,-0.054653;OID=.,.;OPOS=26510926,26510931;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=TCCCCC,TCCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091,0.0909091:9,2:22:9,2:22:11:1,0:8,2:2:9:38:10:2,0:7,2:1:9 chr1 26582091 . G A 1061.85 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.503;QD=59.8223;RBI=0.0286206;REFB=0;REVB=0.00528705;RO=0;SAF=48;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77389e-05;OID=.;OPOS=26582091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:22:48:0:0:22:49:0:0 chr1 26608782 . C T 295.37 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.1574;QD=51.3679;RBI=0.0312167;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=22;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00741106;OID=.;OPOS=26608782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:0:22:0:0:0:23:0:0 chr1 26608814 . A G 295.48 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149016;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.497;QD=53.7243;RBI=0.0149016;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=22;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.44485e-05;OID=.;OPOS=26608814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:22:0:0:22:22:1:0:22:0:0:0:22:0:0 chr1 26608828 . G A 179.83 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=0;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0355778;FXX=0.0740466;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.013;QD=28.7731;RBI=0.0355778;REFB=-0.110057;REVB=0;RO=6;SAF=17;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00715802;OID=.;OPOS=26608828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:25:25:6:8:17:17:0.68:0:17:6:0:0:17:8:0 chr1 26608829 . G A 37.28 PASS AF=0.230769;AO=5;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=20;FSRR=0;FWDB=-0.0570636;FXX=0.0714031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.967;QD=5.73502;RBI=0.0570636;REFB=-0.00802813;REVB=0;RO=20;SAF=5;SAR=0;SRF=20;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0551109;OID=.;OPOS=26608829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:26:26:20:20:5:6:0.230769:0:5:20:0:0:6:20:0 chr1 26608831 . C T 53.93 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=22;FSRR=0;FWDB=-0.0228603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9061;QD=7.19039;RBI=0.0228603;REFB=-0.105529;REVB=0;RO=18;SAF=8;SAR=0;SRF=18;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0195768;OID=.;OPOS=26608831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:30:18:22:8:8:0.266667:0:8:18:0:0:8:22:0 chr1 26608835 . A T 55.67 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=21;FSRR=0;FWDB=0.0284759;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5914;QD=7.67923;RBI=0.0284759;REFB=-0.0214508;REVB=0;RO=19;SAF=8;SAR=0;SRF=19;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0453399;OID=.;OPOS=26608835;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:29:29:19:21:8:8:0.275862:0:8:19:0:0:8:21:0 chr1 26608843 . C A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=19;FSRR=0;FWDB=0.00684756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.695;QD=14.6498;RBI=0.00684756;REFB=-0.000742894;REVB=0;RO=18;SAF=14;SAR=0;SRF=18;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295809;OID=.;OPOS=26608843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:0:14:18:0:0:14:19:0 chr1 26608852 . G A 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=0.00830914;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.927;QD=15.1969;RBI=0.00830914;REFB=-0.0250804;REVB=0;RO=18;SAF=14;SAR=0;SRF=18;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0171371;OID=.;OPOS=26608852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:0:14:18:0:0:14:18:0 chr1 26609259 . C T 293.15 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350137;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5401;QD=53.2996;RBI=0.0358502;REFB=0;REVB=-0.00769931;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00132673;OID=.;OPOS=26609259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:10:12:0:0 chr1 26610891 . A C 850.5 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.651;QD=57.661;RBI=0.0373186;REFB=0;REVB=-0.00204925;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46881e-05;OID=.;OPOS=26610891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:26:32:0:0:26:33:0:0 chr1 26611903 . C A 259.79 PASS AF=0.4;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0129205;FXX=0.0259707;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.675;QD=13.8554;RBI=0.0160832;REFB=0.00157261;REVB=-0.00957747;RO=42;SAF=18;SAR=12;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12846;STB=0.59352;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00361229;OID=.;OPOS=26611903;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:42:45:30:30:0.4:12:18:20:22:12:18:20:25 chr1 26627478 . T C 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.624;QD=48.7318;RBI=0.0679368;REFB=0;REVB=-0.00329316;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374781;OID=.;OPOS=26627478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr1 26629342 . G A 234.41 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00251803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.631;QD=13.0229;RBI=0.00338316;REFB=-0.00472241;REVB=-0.00225949;RO=43;SAF=9;SAR=19;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278986;STB=0.653734;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00487645;OID=.;OPOS=26629342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:44:28:28:0.388889:19:9:25:18:19:9:25:19 chr1 26646726 . A G 871.22 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335774;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2416;QD=58.0815;RBI=0.0628481;REFB=0;REVB=0.0531267;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589778;OID=.;OPOS=26646726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr1 26646730 . A G 920.01 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.817;QD=58.4131;RBI=0.0255846;REFB=0;REVB=0.01927;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17002e-05;OID=.;OPOS=26646730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr1 26648551 . G C 865.24 PASS AF=0.954545;AO=62;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00993333;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.869;QD=52.4385;RBI=0.0191526;REFB=-0.112384;REVB=0.0163753;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521732;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.000394722;OID=.;OPOS=26648551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:0:3:62:63:0.954545:33:29:0:0:33:30:0:3 chr1 26665795 . G A 146.37 PASS AF=0.265823;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00319559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.61;QD=7.41135;RBI=0.036024;REFB=-0.00710048;REVB=0.035882;RO=58;SAF=9;SAR=12;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871306;STB=0.552677;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0177348;OID=.;OPOS=26665795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:58:58:21:21:0.265823:12:9:29:29:12:9:29:29 chr1 26670392 . C G 459.84 PASS AF=0.439655;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0382708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6885;QD=15.8566;RBI=0.0387962;REFB=-0.00340213;REVB=-0.00636286;RO=60;SAF=17;SAR=34;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1698;STB=0.602368;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00660187;OID=.;OPOS=26670392;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:65:51:51:0.439655:34:17:30:30:34:17:33:32 chr1 26670444 . G T 1587.77 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.448;QD=64.1522;RBI=0.024702;REFB=0;REVB=0.0212008;RO=0;SAF=40;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23396e-05;OID=.;OPOS=26670444;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:59:40:0:0:59:40:0:0 chr1 26670609 . C T 340.23 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.196;QD=54.4365;RBI=0.164676;REFB=0;REVB=0.0364373;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116824;OID=.;OPOS=26670609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr1 26671658 . G A 60.2 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0132651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3476;QD=17.1986;RBI=0.0730468;REFB=-0.0272683;REVB=-0.0718323;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175135;STB=0.519183;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0243297;OID=.;OPOS=26671658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:5:6:8:8:0.571429:5:3:2:3:5:3:2:4 chr1 26691174 . C A 731.57 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226294;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.891;QD=63.6146;RBI=0.0485054;REFB=0;REVB=0.0429032;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140328;OID=.;OPOS=26691174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:21:24:0:0:21:25:0:0 chr1 26700795 . T C 739.06 PASS AF=1;AO=48;DP=55;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389554;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.061;QD=56.8507;RBI=0.0413536;REFB=0;REVB=0.0138777;RO=0;SAF=10;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308896;OID=.;OPOS=26700795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:52:0:0:48:52:1:38:10:0:0:38:14:0:0 chr1 26755919 . A G 554.45 PASS AF=0.926829;AO=40;DP=43;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00768408;FXX=0.0465008;HRUN=5;LEN=1;MLLD=329.576;QD=54.0928;RBI=0.0107934;REFB=-0.065519;REVB=0.0075797;RO=3;SAF=35;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385326;STB=0.521728;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00153743;OID=.;OPOS=26755919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:43:41:3:3:40:38:0.926829:5:35:3:0:5:33:3:0 chr1 26786627 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.046941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.391;QD=16.9413;RBI=0.0471237;REFB=-0.0041505;REVB=-0.00414548;RO=24;SAF=1;SAR=18;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.507492;STB=0.804026;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00542091;OID=.;OPOS=26786627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:18:1:7:17:18:1:7:17 chr1 26879920 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.954;QD=61.684;RBI=0.0171586;REFB=0;REVB=0.0111026;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63504e-05;OID=.;OPOS=26879920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr1 26883511 . A C 277.0 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00514452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.555;QD=13.5124;RBI=0.0120759;REFB=-0.00863345;REVB=0.0109252;RO=50;SAF=14;SAR=18;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00271149;STB=0.501547;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00932895;OID=.;OPOS=26883511;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:18:14:22:28:18:14:22:28 chr1 26887592 . T C 250.32 PASS AF=0.48;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00512156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.6;QD=20.0252;RBI=0.00804723;REFB=0.00315022;REVB=-0.00620705;RO=25;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216524;STB=0.52379;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.00272529;OID=.;OPOS=26887592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:26:24:24:0.48:10:14:14:11:10:14:14:12 chr1 26900735 . C G 327.91 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.012043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2576;QD=20.4944;RBI=0.0304235;REFB=-0.010674;REVB=0.0279384;RO=30;SAF=15;SAR=19;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217798;STB=0.512075;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0093161;OID=.;OPOS=26900735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:19:15:14:16:19:15:14:16 chr1 26901319 . G A 345.93 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0623771;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4345;QD=15.9047;RBI=0.0623914;REFB=-0.0131553;REVB=0.0013335;RO=50;SAF=20;SAR=17;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142396;STB=0.580204;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.012714;OID=.;OPOS=26901319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:50:50:37:37:0.425287:17:20:20:30:17:20:20:30 chr1 27105930 . TG T,TGG,TGGG 41.53 PASS AF=0.588235,0,0.117647;AO=6,2,2;DP=18;FAO=10,0,2;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=8,0,2;FSAR=2,0,0;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.147729,-0.149911,-0.079801;FXX=0.0555247;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=7.79928,7.09049,12.9409;QD=9.77085;RBI=0.152193,0.154398,0.0837816;REFB=-0.00469057,0.00292332,0.00191009;REVB=-0.0365886,0.0369531,0.0255176;RO=5;SAF=5,2,2;SAR=1,0,0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0435573,0.544828,0.544828;STB=0.5,0.5,0.99138;STBP=1,1,0.427;TYPE=del,ins,ins;VARB=0.0668404,-0.0843438,-0.0198262;OID=.,.,.;OPOS=27105931,27105931,27105931;OREF=G,-,-;OALT=-,G,GG;OMAPALT=T,TGG,TGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235,0,0.117647:6,2,2:18:10,0,2:17:5:8,0,2:2,0,0:4:1:17:5:5,2,2:1,0,0:4:1 chr1 27210721 . TG CA,CG 642.56 PASS AF=0.372093,0.627907;AO=15,26;DP=42;FAO=16,27;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=8,9;FSAR=8,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277665,0.0276055;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=211.938,223.06;QD=59.7729;RBI=0.0384264,0.0399515;REFB=0,0;REVB=0.0265634,0.0288801;RO=0;SAF=7,8;SAR=8,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.28381e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00560605,0.00255221;OID=.,.;OPOS=27210721,27210721;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:42:43:0:0:15,26:16,27:0.372093,0.627907:8,18:7,8:0:0:8,18:8,9:0:0 chr1 27276637 . G A 406.82 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0151739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.269;QD=17.4975;RBI=0.0345871;REFB=-0.0256532;REVB=-0.0310809;RO=50;SAF=22;SAR=20;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619356;STB=0.539858;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0275808;OID=.;OPOS=27276637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:51:42:42:0.451613:20:22:23:27:20:22:23:28 chr1 27426796 . T C 704.96 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0233804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7944;QD=58.7471;RBI=0.0290743;REFB=0.0279669;REVB=-0.0172822;RO=1;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268486;STB=0.505811;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00783899;OID=.;OPOS=27426796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:1:2:46:46:0.958333:17:29:0:1:17:29:1:1 chr1 27427041 . T C 526.72 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0665874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3634;QD=56.9421;RBI=0.0849485;REFB=0.113545;REVB=-0.0527482;RO=1;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183585;STB=0.509799;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.0436106;OID=.;OPOS=27427041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:25:11:0:1:25:11:0:1 chr1 27632973 . CTTTTTTTTCA CTTTTTTTCA,CTTTTTTTCAT 60.58 PASS AF=0.37931,0;AO=20,3;DP=58;FAO=22,0;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=7,0;FSAR=15,0;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.181492,-0.197162;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,3;MLLD=8.04282,17.1358;QD=4.1781;RBI=0.193613,0.197289;REFB=-0.0194749,-0.0348237;REVB=-0.0674284,0.00706368;RO=21;SAF=8,0;SAR=12,3;SRF=4;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.208991,-0.4919;STB=0.509083,0.5;STBP=0.937,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0293554,0;OID=.,.;OPOS=27632974,27632981;OREF=T,TCA;OALT=-,CAT;OMAPALT=CTTTTTTTCA,CTTTTTTTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931,0:20,3:58:22,0:58:36:7,0:15,0:11:25:62:21:8,0:12,3:4:17 chr1 27680286 . G A 56.17 PASS AF=0.146667;AO=11;DP=75;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0408324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0024;QD=2.99594;RBI=0.0478948;REFB=-0.00392774;REVB=-0.0250325;RO=62;SAF=6;SAR=5;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163982;STB=0.525501;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0314328;OID=.;OPOS=27680286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:75:75:62:64:11:11:0.146667:5:6:33:29:5:6:33:31 chr1 27688633 . G A 391.68 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0111598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.99;QD=22.0663;RBI=0.0113474;REFB=-0.0240943;REVB=0.00205464;RO=31;SAF=23;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112073;STB=0.555202;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.01654;OID=.;OPOS=27688633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:32:39:39:0.549296:16:23:14:17:16:23:15:17 chr1 27875778 . G A 129.09 PASS AF=0.56;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0475433;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=61.7704;QD=20.6548;RBI=0.0479358;REFB=-0.0140413;REVB=-0.00612121;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884995;STB=0.55165;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.041204;OID=.;OPOS=27875778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:23:25:9:11:14:14:0.56:6:8:4:5:6:8:5:6 chr1 27875824 . C T 191.17 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5201;QD=47.7917;RBI=0.0665401;REFB=0;REVB=-0.0644487;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00184595;OID=.;OPOS=27875824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr1 27876482 . C A 1035.64 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011671;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.7794;QD=58.3461;RBI=0.0147272;REFB=-0.0668805;REVB=0.0089822;RO=1;SAF=16;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286275;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000930745;OID=.;OPOS=27876482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:72:71:1:0:70:71:1:54:16:1:0:54:17:0:0 chr1 27877019 . G A 184.19 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0350707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9821;QD=17.9694;RBI=0.0710485;REFB=-0.0227736;REVB=0.0617894;RO=21;SAF=13;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244222;STB=0.628892;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0134616;OID=.;OPOS=27877019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:22:19:19:0.463415:6:13:9:12:6:13:10:12 chr1 27878623 . G A 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0506083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2988;QD=20.2087;RBI=0.0635471;REFB=-0.00701254;REVB=0.0384322;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696635;STB=0.539509;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0102176;OID=.;OPOS=27878623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:8:5:3:7:8:5:3:7 chr1 28020307 . G C 140.12 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0371212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6192;QD=12.7384;RBI=0.0402545;REFB=-0.0211288;REVB=-0.0155706;RO=27;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269091;STB=0.666465;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0249219;OID=.;OPOS=28020307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:27:28:16:16:0.363636:10:6:17:10:10:6:18:10 chr1 28060574 . A G 334.53 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0493091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.843;QD=27.3083;RBI=0.0499782;REFB=-0.0209004;REVB=0.00815086;RO=20;SAF=14;SAR=15;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136318;STB=0.57502;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0195546;OID=.;OPOS=28060574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:15:14:6:14:15:14:6:14 chr1 28148853 . G A 282.74 PASS AF=0.265306;AO=39;DP=149;FAO=39;FDP=147;FR=.;FRO=108;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=-0.0177262;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.568;QD=7.69351;RBI=0.0359584;REFB=-0.00629291;REVB=-0.0312855;RO=107;SAF=8;SAR=31;SRF=54;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399912;STB=0.738531;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0259663;OID=.;OPOS=28148853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:107:108:39:39:0.265306:31:8:54:53:31:8:54:54 chr1 28208932 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0202593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.866;QD=13.455;RBI=0.0230434;REFB=0.000851095;REVB=0.0109801;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200253;STB=0.599815;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.000793886;OID=.;OPOS=28208932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:4:7:6:8:4:7:7:8 chr1 28209305 . A G 210.7 PASS AF=0.416667;AO=24;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00839088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.912;QD=14.047;RBI=0.0141923;REFB=-0.0179977;REVB=-0.0114462;RO=34;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102812;STB=0.553149;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0245016;OID=.;OPOS=28209305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:35:24:25:0.416667:11:13:15:19:12:13:15:20 chr1 28209362 . T C 175.63 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0678643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0712;QD=13.7753;RBI=0.0875671;REFB=0.019607;REVB=-0.0553392;RO=31;SAF=6;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139019;STB=0.580702;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.0360205;OID=.;OPOS=28209362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:14:6:13:18:14:6:13:18 chr1 28209366 . A G 190.94 PASS AF=0.4;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.123444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1874;QD=15.2748;RBI=0.180176;REFB=-0.0434117;REVB=-0.131244;RO=28;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144286;STB=0.567497;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0482145;OID=.;OPOS=28209366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:28:30:20:20:0.4:14:6:12:16:14:6:12:18 chr1 28268835 . A C 1047.59 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00977562;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.303;QD=59.0192;RBI=0.0618881;REFB=0;REVB=-0.0611112;RO=0;SAF=22;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75566e-05;OID=.;OPOS=28268835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:49:22:0:0:49:22:0:0 chr1 28282206 . C T 531.54 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=115;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0234836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.53;QD=18.3291;RBI=0.0339178;REFB=0.00463808;REVB=-0.0244732;RO=59;SAF=26;SAR=30;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103448;STB=0.552807;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00484739;OID=.;OPOS=28282206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:59:60:56:56:0.482759:30:26:34:25:30:26:34:26 chr1 28285073 . C T 254.54 PASS AF=0.235294;AO=40;DP=170;FAO=40;FDP=170;FR=.;FRO=130;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=77;FWDB=0.0686163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7462;QD=5.98919;RBI=0.0724594;REFB=-0.00725976;REVB=-0.0232845;RO=128;SAF=22;SAR=18;SRF=53;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16984;STB=0.607506;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0402944;OID=.;OPOS=28285073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:128:130:40:40:0.235294:18:22:53:75:18:22:53:77 chr1 28422847 . C T 695.27 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0488873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6677;QD=52.4735;RBI=0.108061;REFB=-0.0223227;REVB=0.0963703;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52499;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00279655;OID=.;OPOS=28422847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:53:0:2:51:51:0.962264:30:21:0:0:32:19:2:0 chr1 28555507 . C T 105.7 PASS AF=0.21519;AO=17;DP=79;FAO=17;FDP=79;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0318952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.935;QD=5.35204;RBI=0.0318954;REFB=0.00303203;REVB=0.000112634;RO=62;SAF=7;SAR=10;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00974367;STB=0.506128;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00797578;OID=.;OPOS=28555507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:62:62:17:17:0.21519:10:7:26:36:10:7:26:36 chr1 28638859 . A T 1808.86 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122006;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.49;QD=61.3171;RBI=0.0135892;REFB=0;REVB=0.00598431;RO=0;SAF=46;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61243e-05;OID=.;OPOS=28638859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:116:118:1:70:46:0:0:72:46:0:0 chr1 29185590 . G A 131.24 PASS AF=0.271429;AO=19;DP=70;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.0192646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.518;QD=7.49952;RBI=0.0217231;REFB=-0.0173391;REVB=0.0100383;RO=51;SAF=5;SAR=14;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466178;STB=0.778612;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0636354;OID=.;OPOS=29185590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:51:51:19:19:0.271429:14:5:34:17:14:5:34:17 chr1 29189483 . C T 260.86 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.0436264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4234;QD=17.1058;RBI=0.0858258;REFB=-0.00786021;REVB=-0.0739108;RO=27;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728466;STB=0.573428;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0118623;OID=.;OPOS=29189483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:32:29:29:0.47541:12:17:18:9:12:17:23:9 chr1 29189597 . C T 937.51 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00802948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.217;QD=58.594;RBI=0.00866281;REFB=0;REVB=0.00325142;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33638e-05;OID=.;OPOS=29189597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr1 29213667 . G A 283.46 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0424994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7187;QD=19.8916;RBI=0.101949;REFB=-0.00691265;REVB=0.0926687;RO=27;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138086;STB=0.576694;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00596736;OID=.;OPOS=29213667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:14:16:10:17:14:16:10:17 chr1 29446811 . A G 255.31 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0697703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.807;QD=15.7113;RBI=0.0702636;REFB=0.00991774;REVB=0.00831196;RO=35;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427383;STB=0.530366;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.0125609;OID=.;OPOS=29446811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:12:17:22:13:12:17:23:13 chr1 29475648 . T G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121584;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.124;QD=55.6561;RBI=0.038716;REFB=0;REVB=0.0367573;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02255e-05;OID=.;OPOS=29475648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr1 29475721 . C T 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0250139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.102;QD=7.32191;RBI=0.027855;REFB=-0.0177626;REVB=0.0122558;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11111;STB=0.571184;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0390786;OID=.;OPOS=29475721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:6:8:4:2:6:8 chr1 29522674 . C T 484.77 PASS AF=0.716667;AO=43;DP=60;FAO=43;FDP=60;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00513979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.718;QD=32.3177;RBI=0.0616768;REFB=-0.00696459;REVB=-0.0614622;RO=17;SAF=18;SAR=25;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180358;STB=0.597488;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00436986;OID=.;OPOS=29522674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:17:17:43:43:0.716667:25:18:13:4:25:18:13:4 chr1 29529699 . T C 754.35 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000646377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4779;QD=56.932;RBI=0.0134493;REFB=0;REVB=0.0134338;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103831;OID=.;OPOS=29529699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr1 29542637 . A G 1609.33 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014388;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.241;QD=60.1618;RBI=0.0216959;REFB=0;REVB=-0.0162388;RO=0;SAF=40;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252829;OID=.;OPOS=29542637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:106:107:1:66:40:0:0:66:41:0:0 chr1 29602050 . C T 163.04 PASS AF=0.258427;AO=22;DP=89;FAO=23;FDP=89;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=47;FWDB=0.00759799;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.682;QD=7.32765;RBI=0.0439796;REFB=-0.0139514;REVB=0.0433183;RO=66;SAF=14;SAR=8;SRF=19;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41058;STB=0.751858;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0308972;OID=.;OPOS=29602050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:66:66:22:23:0.258427:8:14:19:47:8:15:19:47 chr1 29606108 . GGC G,GCC 49.75 PASS AF=0.222222,0;AO=9,3;DP=40;FAO=8,0;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=5,0;FSAR=3,0;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0702792,-0.0235977;FXX=0.0526177;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=36.4659,30.8973;QD=5.52751;RBI=0.174009,0.0276625;REFB=-0.0327955,0.0171054;REVB=-0.159185,0.0144346;RO=28;SAF=4,2;SAR=5,1;SRF=13;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0237657,0.210119;STB=0.624688,0.5;STBP=0.463,1;TYPE=del,snp;VARB=0.102632,0;OID=.,.;OPOS=29606109,29606109;OREF=GC,G;OALT=-,C;OMAPALT=G,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222,0:9,3:40:8,0:36:28:5,0:3,0:13:15:50:28:4,2:5,1:13:15 chr1 29609278 . C T 34.44 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.127963;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6772;QD=3.723;RBI=0.154943;REFB=0.012721;REVB=0.0873666;RO=26;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1572;STB=0.701105;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0388866;OID=.;OPOS=29609278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:39:37:26:31:6:6:0.162162:4:2:12:14:4:2:18:13 chr1 29630421 . C T 67.01 PASS AF=0.173913;AO=12;DP=69;FAO=12;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.000555562;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.18;QD=3.8844;RBI=0.00330516;REFB=-0.00248266;REVB=-0.00325813;RO=55;SAF=4;SAR=8;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241989;STB=0.67279;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0098401;OID=.;OPOS=29630421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:69:69:55:57:12:12:0.173913:8:4:29:26:8:4:31:26 chr1 31188089 . C T 420.92 PASS AF=0.447619;AO=45;DP=103;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0185295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.368;QD=16.0352;RBI=0.0186081;REFB=-0.0259445;REVB=0.00170781;RO=58;SAF=29;SAR=16;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183874;STB=0.610853;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0189851;OID=.;OPOS=31188089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:58:58:45:47:0.447619:16:29:27:31:16:31:27:31 chr1 31188901 . A G 604.24 PASS AF=0.574257;AO=58;DP=101;FAO=58;FDP=101;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00672526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.115;QD=23.9303;RBI=0.00675185;REFB=-0.00499496;REVB=-0.000598537;RO=43;SAF=31;SAR=27;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540657;STB=0.529542;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00355192;OID=.;OPOS=31188901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:43:43:58:58:0.574257:27:31:20:23:27:31:20:23 chr1 31215364 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00623085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.83;QD=56.7066;RBI=0.00689687;REFB=0;REVB=0.00295691;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92788e-05;OID=.;OPOS=31215364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:7:22:0:0:7:22:0:0 chr1 31346057 . A G 300.51 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00706153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.898;QD=23.1165;RBI=0.0409815;REFB=-0.00465718;REVB=-0.0403685;RO=22;SAF=17;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515385;STB=0.528478;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00368977;OID=.;OPOS=31346057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:13:17:11:11:13:17:11:11 chr1 31347187 . C A 115.37 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=-0.00918831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.112;QD=8.24053;RBI=0.0249155;REFB=-0.0102712;REVB=0.0231594;RO=40;SAF=9;SAR=7;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27174;STB=0.660204;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.026446;OID=.;OPOS=31347187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:7:9:31:9:7:9:31:9 chr1 31347320 . G A 493.46 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0129404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5782;QD=20.3489;RBI=0.0536628;REFB=-0.0288686;REVB=0.0520791;RO=49;SAF=18;SAR=30;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19899;STB=0.610343;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0582384;OID=.;OPOS=31347320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:49:48:48:0.494845:30:18:29:20:30:18:29:20 chr1 31349675 . G A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0106016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.98;QD=11.2564;RBI=0.0340551;REFB=-0.000531476;REVB=0.0323629;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359997;STB=0.713795;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00528948;OID=.;OPOS=31349675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:9:3:5:3:9:3 chr1 31426815 . A G 173.57 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.033204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.317;QD=9.64291;RBI=0.033219;REFB=-0.0086099;REVB=-0.000996526;RO=48;SAF=12;SAR=11;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728469;STB=0.535554;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0173271;OID=.;OPOS=31426815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:49:23:23:0.319444:11:12:22:26:11:12:23:26 chr1 31445932 . C A,G 1991.93 PASS AF=0.0230769,0.976923;AO=6,123;DP=129;FAO=3,127;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=1,58;FSAR=2,69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148773,-0.00412498;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=106.667,84.6924;QD=61.2903;RBI=0.0152767,0.0185933;REFB=0,0;REVB=0.0034704,0.01813;RO=0;SAF=1,58;SAR=5,65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00795326,0.00298555;OID=.,.;OPOS=31445932,31445932;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:129:130:0:0:6,123:3,127:0.0230769,0.976923:5,65:1,58:0:0:2,69:1,58:0:0 chr1 31732892 . G A 264.73 PASS AF=0.457143;AO=28;DP=64;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.101385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.382;QD=15.1274;RBI=0.104022;REFB=-0.0434218;REVB=-0.0232755;RO=25;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142941;STB=0.576465;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0397645;OID=.;OPOS=31732892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:70:25:38:28:32:0.457143:18:10:13:12:18:14:22:16 chr1 31733926 . A G 775.56 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.402;QD=63.3111;RBI=0.017673;REFB=0;REVB=0.0144736;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125198;OID=.;OPOS=31733926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:33:15:0:0:34:15:0:0 chr1 31769560 . C G 652.19 PASS AF=0.556522;AO=64;DP=115;FAO=64;FDP=115;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00442148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.838;QD=22.6847;RBI=0.0112786;REFB=-0.0161488;REVB=0.0103758;RO=49;SAF=32;SAR=32;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00809692;STB=0.504346;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.012354;OID=.;OPOS=31769560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:49:51:64:64:0.556522:32:32:25:24:32:32:26:25 chr1 31837174 . C G 804.85 PASS AF=0.482558;AO=83;DP=172;FAO=83;FDP=172;FR=.;FRO=89;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=0.00233015;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.059;QD=18.7174;RBI=0.0145162;REFB=0.000167468;REVB=0.0143279;RO=88;SAF=49;SAR=34;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961284;STB=0.556172;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.000180701;OID=.;OPOS=31837174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:88:89:83:83:0.482558:34:49:43:45:34:49:43:46 chr1 31883295 . T C 1474.86 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0167005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4499;QD=57.276;RBI=0.0178218;REFB=-0.0253759;REVB=0.00622184;RO=2;SAF=35;SAR=66;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00622699;STB=0.503283;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00255185;OID=.;OPOS=31883295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:2:2:101:101:0.980583:66:35:1:1:66:35:1:1 chr1 31897643 . G A 801.36 PASS AF=0.375494;AO=95;DP=253;FAO=95;FDP=253;FR=.;FRO=158;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=79;FSRR=79;FWDB=-0.0114785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.305;QD=12.6697;RBI=0.0173952;REFB=-0.0123058;REVB=0.0130704;RO=156;SAF=44;SAR=51;SRF=77;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335969;STB=0.52305;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0187798;OID=.;OPOS=31897643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:156:158:95:95:0.375494:51:44:77:79:51:44:79:79 chr1 31907457 . A G 1402.57 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2711;QD=62.3366;RBI=0.0166323;REFB=0;REVB=0.0111208;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178295;OID=.;OPOS=31907457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:45:44:0:0:46:44:0:0 chr1 32086654 . C T 89.46 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00690158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6208;QD=7.3028;RBI=0.0254479;REFB=0.00542698;REVB=0.0244942;RO=37;SAF=9;SAR=3;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213044;STB=0.635053;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0249316;OID=.;OPOS=32086654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:3:9:22:15:3:9:22:15 chr1 32101126 . G A 244.08 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0260673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.24;QD=18.7754;RBI=0.0286159;REFB=-0.0196336;REVB=0.0118053;RO=26;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373425;STB=0.520951;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0161829;OID=.;OPOS=32101126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:17:9:10:16:17:9:10:16 chr1 32127953 . G A 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00326072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.056;QD=57.1754;RBI=0.0174564;REFB=0;REVB=0.0171492;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23289e-05;OID=.;OPOS=32127953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr1 32148571 . A G 651.27 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0025063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.152;QD=62.0258;RBI=0.0230265;REFB=0;REVB=0.0228897;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92232e-05;OID=.;OPOS=32148571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:29:12:0:0:30:12:0:0 chr1 32149569 . TG T 59.7 PASS AF=0.294118;AO=19;DP=69;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0946231;FXX=0.0285673;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.3849;QD=3.51178;RBI=0.133098;REFB=0.00651781;REVB=0.0936025;RO=44;SAF=9;SAR=10;SRF=19;SRR=25;SSEN=0.305263;SSEP=0;SSSB=0.0493596;STB=0.529382;STBP=0.762;TYPE=del;VARB=-0.0408703;OID=.;OPOS=32149570;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118:19:69:20:68:48:10:10:22:26:59:44:9:10:19:25 chr1 32158374 . T C 239.01 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0012114;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.523;QD=17.0724;RBI=0.00491682;REFB=-0.0121613;REVB=-0.00476525;RO=24;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357815;STB=0.518505;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00623163;OID=.;OPOS=32158374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:24:29:26:27:0.482143:13:13:11:13:14:13:15:14 chr1 32164206 . T G 272.86 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.048368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7695;QD=14.9513;RBI=0.103682;REFB=-0.000384958;REVB=-0.0917085;RO=41;SAF=12;SAR=19;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175994;STB=0.59316;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00258161;OID=.;OPOS=32164206;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:41:42:31:31:0.424658:19:12:23:18:19:12:23:19 chr1 32165495 . G T 468.68 PASS AF=0.424;AO=51;DP=123;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.101289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6046;QD=14.9977;RBI=0.106106;REFB=-0.00374354;REVB=0.0316055;RO=69;SAF=18;SAR=33;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423514;STB=0.527292;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00629581;OID=.;OPOS=32165495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:69:72:51:53:0.424:33:18:27:42:34:19:29:43 chr1 32193647 . T C 127.35 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.011962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.465;QD=9.26195;RBI=0.0464483;REFB=-0.0125091;REVB=-0.0448815;RO=38;SAF=8;SAR=9;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125;STB=0.574382;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0433264;OID=.;OPOS=32193647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:9:8:22:16:9:8:22:16 chr1 32196647 . C G 174.86 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.070241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1934;QD=19.9837;RBI=0.074097;REFB=-0.0280211;REVB=-0.0235914;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122757;STB=0.569501;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00634628;OID=.;OPOS=32196647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:11:7:9:8:11:7:9:8 chr1 32230280 . C T 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0266054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.195;QD=12.8732;RBI=0.0271457;REFB=-0.01341;REVB=0.00538927;RO=32;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00533629;STB=0.503102;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0197058;OID=.;OPOS=32230280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:9:10:17:15:9:10:17:15 chr1 32256590 . G A 299.28 PASS AF=0.441558;AO=32;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0131534;FXX=0.0128189;HRUN=6;LEN=1;MLLD=55.7529;QD=15.5472;RBI=0.0289932;REFB=0.0255689;REVB=0.0258378;RO=40;SAF=21;SAR=11;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277171;STB=0.682023;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0193971;OID=.;OPOS=32256590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:43:32:34:0.441558:11:21:15:25:11:23:15:28 chr1 32279764 . G A 620.81 PASS AF=0.387978;AO=71;DP=167;FAO=71;FDP=183;FR=.;FRO=112;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=58;FSRR=54;FWDB=-0.0075204;FXX=0.00543449;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.969;QD=13.5697;RBI=0.0293037;REFB=-0.026892;REVB=-0.0283222;RO=95;SAF=38;SAR=33;SRF=56;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561356;STB=0.510655;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.03547;OID=.;OPOS=32279764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:183:95:112:71:71:0.387978:33:38:56:39:33:38:58:54 chr1 32280369 . G A 347.46 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00597637;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=290.415;QD=17.1587;RBI=0.00835321;REFB=-0.0250966;REVB=-0.00583601;RO=42;SAF=25;SAR=12;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598222;STB=0.537414;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0289388;OID=.;OPOS=32280369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:44:37:37:0.45679:12:25:26:16:12:25:27:17 chr1 32280610 . T C 683.1 PASS AF=0.473684;AO=72;DP=152;FAO=72;FDP=152;FR=.;FRO=80;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=-0.0389636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.444;QD=17.9763;RBI=0.0532125;REFB=-0.013853;REVB=-0.0362409;RO=80;SAF=36;SAR=36;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832483;STB=0.54604;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0178664;OID=.;OPOS=32280610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:80:80:72:72:0.473684:36:36:47:33:36:36:47:33 chr1 32373842 . T G 32.38 PASS AF=0.0941176;AO=8;DP=79;FAO=8;FDP=85;FR=.;FRO=77;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=50;FSRR=27;FWDB=-0.00197256;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=191.089;QD=1.52359;RBI=0.0136562;REFB=0.000390187;REVB=-0.013513;RO=70;SAF=5;SAR=3;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224082;STB=0.523751;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00236722;OID=.;OPOS=32373842;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:79:85:70:77:8:8:0.0941176:3:5:45:25:3:5:50:27 chr1 32374004 . TC TA,T 53.46 PASS AF=0.0746269,0.208955;AO=5,16;DP=64;FAO=5,14;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=0,8;FSAR=5,6;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0283465,-0.147358;FXX=0.0147037;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=59.6323,9.5155;QD=3.1918;RBI=0.0473175,0.148079;REFB=-0.0343721,-0.182852;REVB=-0.037887,0.0145977;RO=37;SAF=0,11;SAR=5,5;SRF=7;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0.402062;SSSB=-0.526194,0.535128;STB=0.997219,0.678337;STBP=0.069,0.16;TYPE=snp,del;VARB=0.108661,0.19906;OID=.,.;OPOS=32374005,32374005;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0746269,0.208955:5,16:64:5,14:67:48:0,8:5,6:16:32:37:37:0,11:5,5:7:30 chr1 32560451 . G A 130.29 PASS AF=0.296875;AO=18;DP=63;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0190776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.377;QD=8.14319;RBI=0.0490343;REFB=-0.00746436;REVB=0.0451708;RO=45;SAF=9;SAR=9;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131872;STB=0.526288;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0245097;OID=.;OPOS=32560451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:45:45:18:19:0.296875:9:9:23:22:10:9:23:22 chr1 32627616 . G A 138.43 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00485276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.177;QD=11.7809;RBI=0.0174828;REFB=-0.00471884;REVB=-0.0167958;RO=31;SAF=5;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268581;STB=0.659197;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.015076;OID=.;OPOS=32627616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:11:5:17:14:11:5:17:14 chr1 32672932 . G A 119.4 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00165898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2574;QD=8.84451;RBI=0.0251124;REFB=-0.00659812;REVB=0.0250575;RO=38;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042687;STB=0.525669;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0157421;OID=.;OPOS=32672932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:7:9:20:18:7:9:20:18 chr1 33065947 . G C 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.033;QD=60.9746;RBI=0.0232468;REFB=0;REVB=-0.00333259;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158347;OID=.;OPOS=33065947;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr1 33133968 . T C 994.23 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00296234;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.745;QD=57.6364;RBI=0.00840778;REFB=-0.0256629;REVB=0.00786863;RO=1;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171824;STB=0.509088;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=6.04783e-05;OID=.;OPOS=33133968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:27:41:0:1:27:41:0:1 chr1 33160543 . G A 71.36 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0270608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.199;QD=7.71474;RBI=0.0271093;REFB=-0.00767495;REVB=-0.00162088;RO=27;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181305;STB=0.612679;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0276552;OID=.;OPOS=33160543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:4:6:12:15:4:6:12:15 chr1 33160878 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00623866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.912;QD=62.022;RBI=0.0281166;REFB=0;REVB=0.0274157;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19718e-05;OID=.;OPOS=33160878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr1 33161212 . T C 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00577111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.277;QD=57.7104;RBI=0.0489221;REFB=0;REVB=0.0485805;RO=0;SAF=39;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169539;OID=.;OPOS=33161212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:20:39:0:0:20:39:0:0 chr1 33235626 . G A 140.71 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.000264247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.167;QD=13.0895;RBI=0.0101131;REFB=-0.00631771;REVB=0.0101096;RO=24;SAF=13;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253676;STB=0.698646;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0148095;OID=.;OPOS=33235626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:27:16:16:0.372093:3:13:15:9:3:13:15:12 chr1 33237661 . C T 241.24 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.0102617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.33;QD=12.3713;RBI=0.0211211;REFB=-0.00599905;REVB=0.0184607;RO=49;SAF=20;SAR=9;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456578;STB=0.526297;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00601123;OID=.;OPOS=33237661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:9:20:32:17:9:20:32:17 chr1 33324245 . T C 418.19 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.017146;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.479;QD=19.6794;RBI=0.0221041;REFB=0.00786691;REVB=0.0139501;RO=42;SAF=29;SAR=13;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07276;STB=0.548872;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00269401;OID=.;OPOS=33324245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:43:42:42:0.494118:13:29:26:16:13:29:26:17 chr1 33327889 . T C 293.44 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0079838;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=85.2629;QD=15.048;RBI=0.015333;REFB=-0.00253094;REVB=0.0130905;RO=43;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15695;STB=0.600556;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00667486;OID=.;OPOS=33327889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:45:33:33:0.423077:14:19:18:25:14:19:18:27 chr1 33328165 . G A 2308.85 PASS AF=0.974843;AO=155;DP=159;FAO=155;FDP=159;FR=.;FRO=4;FSAF=77;FSAR=78;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00257417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.576;QD=58.0842;RBI=0.00912009;REFB=-0.156347;REVB=0.00874926;RO=3;SAF=77;SAR=78;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613502;STB=0.506369;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-7.66188e-05;OID=.;OPOS=33328165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:159:159:3:4:155:155:0.974843:78:77:2:1:78:77:3:1 chr1 33409693 . G A 279.34 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0289192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2897;QD=18.9384;RBI=0.0412561;REFB=-0.0338604;REVB=-0.0294236;RO=29;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104935;STB=0.558581;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0285462;OID=.;OPOS=33409693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:18:12:15:14:18:12:15:14 chr1 33475721 . G C 58.7 PASS AF=0.136364;AO=12;DP=88;FAO=12;FDP=88;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.020906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6259;QD=2.66814;RBI=0.0332648;REFB=-0.0117476;REVB=-0.0258744;RO=76;SAF=6;SAR=6;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131034;STB=0.590763;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0731087;OID=.;OPOS=33475721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:88:88:76:76:12:12:0.136364:6:6:30:46:6:6:30:46 chr1 33475750 . A G 88.16 PASS AF=0.161616;AO=16;DP=99;FAO=16;FDP=99;FR=.;FRO=83;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=-0.00247084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.386;QD=3.56208;RBI=0.0193205;REFB=-0.00136303;REVB=-0.0191619;RO=83;SAF=10;SAR=6;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266374;STB=0.675465;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00209081;OID=.;OPOS=33475750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:99:99:83:83:16:16:0.161616:6:10:34:49:6:10:34:49 chr1 33475767 . G A 87.34 PASS AF=0.158416;AO=16;DP=101;FAO=16;FDP=101;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=0.0181038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.763;QD=3.45917;RBI=0.0190711;REFB=-0.0025035;REVB=-0.00599684;RO=85;SAF=10;SAR=6;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277597;STB=0.683235;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0176397;OID=.;OPOS=33475767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:101:101:85:85:16:16:0.158416:6:10:34:51:6:10:34:51 chr1 33631069 . C A 1681.32 PASS AF=0.974359;AO=113;DP=117;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0151061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.438;QD=57.4809;RBI=0.0204485;REFB=-0.0164191;REVB=0.0137821;RO=2;SAF=65;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143844;STB=0.511109;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=7.34414e-05;OID=.;OPOS=33631069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:117:117:2:3:113:114:0.974359:48:65:2:0:48:66:3:0 chr1 33789588 . T C 322.48 PASS AF=0.568966;AO=32;DP=57;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00588075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.647;QD=22.2401;RBI=0.0168869;REFB=-0.0440514;REVB=0.0158298;RO=25;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129633;STB=0.564848;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0304021;OID=.;OPOS=33789588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:25:25:32:33:0.568966:14:18:18:7:14:19:18:7 chr1 33789670 . G A 230.14 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.000585228;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.909;QD=16.1502;RBI=0.0240641;REFB=-0.0238295;REVB=0.024057;RO=28;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200658;STB=0.635661;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0306047;OID=.;OPOS=33789670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:31:26:26:0.45614:15:11:18:10:15:11:21:10 chr1 33790346 . C T 184.31 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0368708;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.422;QD=10.0991;RBI=0.0449311;REFB=-0.00810036;REVB=0.0256778;RO=48;SAF=7;SAR=17;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157953;STB=0.601681;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0168979;OID=.;OPOS=33790346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:48:49:24:24:0.328767:17:7:20:28:17:7:21:28 chr1 33790496 . G A 289.68 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0146337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.081;QD=18.9954;RBI=0.0147085;REFB=-0.00042278;REVB=0.00148118;RO=30;SAF=21;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755844;STB=0.542226;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.000464995;OID=.;OPOS=33790496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:10:21:18:12:10:21:18:12 chr1 33820134 . C T 168.71 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.111874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.87;QD=24.1018;RBI=0.113789;REFB=-0.0104519;REVB=-0.0207859;RO=11;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035106;STB=0.519628;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00858339;OID=.;OPOS=33820134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:10:7:4:7:10:7:4:7 chr1 33832865 . A G 392.43 PASS AF=0.451613;AO=34;DP=85;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00346779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.498;QD=16.8786;RBI=0.00348408;REFB=-0.0178736;REVB=0.000336539;RO=49;SAF=20;SAR=14;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145172;STB=0.576651;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0224564;OID=.;OPOS=33832865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:93:49:51:34:42:0.451613:14:20:22:27:18:24:22:29 chr1 33957152 . T G 1146.86 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00466277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.703;QD=59.5772;RBI=0.078215;REFB=0;REVB=0.0780759;RO=1;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015007;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187082;OID=.;OPOS=33957152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:77:1:0:70:77:1:31:39:0:1:37:40:0:0 chr1 33960062 . A G 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00065448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.114;QD=16.7311;RBI=0.0179955;REFB=-0.0193657;REVB=-0.0179836;RO=36;SAF=12;SAR=19;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550153;STB=0.530845;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0243752;OID=.;OPOS=33960062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:19:12:12:24:19:12:12:24 chr1 33961722 . C T 238.23 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00428355;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.5918;QD=20.2752;RBI=0.0075245;REFB=0.0283877;REVB=0.00618621;RO=22;SAF=15;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138651;STB=0.581323;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.0334093;OID=.;OPOS=33961722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:22:24:23:23:0.489362:8:15:11:11:8:15:12:12 chr1 33998798 . C T 251.52 PASS AF=0.309091;AO=34;DP=110;FAO=34;FDP=110;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.000129827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.467;QD=9.14623;RBI=0.00627884;REFB=-0.00458412;REVB=-0.00627749;RO=75;SAF=21;SAR=13;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861342;STB=0.555645;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0120177;OID=.;OPOS=33998798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:75:76:34:34:0.309091:13:21:41:34:13:21:41:35 chr1 34071525 . C T 365.11 PASS AF=0.569231;AO=33;DP=61;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0124406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.309;QD=22.4684;RBI=0.0225343;REFB=-0.00158381;REVB=0.018789;RO=28;SAF=15;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673239;STB=0.556931;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00172226;OID=.;OPOS=34071525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:28:28:33:37:0.569231:18:15:15:13:22:15:15:13 chr1 34090679 . T C 482.88 PASS AF=0.359756;AO=59;DP=165;FAO=59;FDP=164;FR=.;FRO=105;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=81;FSRR=24;FWDB=-0.0226523;FXX=0.017963;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.551;QD=11.7776;RBI=0.0227226;REFB=-0.0194257;REVB=0.00178629;RO=98;SAF=43;SAR=16;SRF=74;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373816;STB=0.535626;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0273209;OID=.;OPOS=34090679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:98:105:59:59:0.359756:16:43:74:24:16:43:81:24 chr1 34190962 . G A 830.52 PASS AF=0.518519;AO=83;DP=162;FAO=84;FDP=162;FR=.;FRO=78;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=55;FSRR=23;FWDB=0.00676073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.355;QD=20.5067;RBI=0.0376438;REFB=-0.019041;REVB=0.0370317;RO=77;SAF=50;SAR=33;SRF=54;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926558;STB=0.550508;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0176473;OID=.;OPOS=34190962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:77:78:83:84:0.518519:33:50:54:23:33:51:55:23 chr1 34270498 . G A 1517.68 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200332;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.997;QD=63.9023;RBI=0.0206655;REFB=0;REVB=0.00507268;RO=0;SAF=58;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382863;OID=.;OPOS=34270498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:94:95:1:36:58:0:0:37:58:0:0 chr1 34285342 . G A 528.72 PASS AF=0.526316;AO=49;DP=94;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0625615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8509;QD=22.2618;RBI=0.0637915;REFB=0.0261434;REVB=0.0124661;RO=45;SAF=26;SAR=23;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607135;STB=0.538056;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0220667;OID=.;OPOS=34285342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:45:45:49:50:0.526316:23:26:27:18:24:26:27:18 chr1 34285381 . C T 482.14 PASS AF=0.5;AO=51;DP=104;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0260136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.346;QD=18.1939;RBI=0.0276915;REFB=-0.014264;REVB=-0.00949282;RO=50;SAF=25;SAR=26;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116116;STB=0.547253;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0209121;OID=.;OPOS=34285381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:50:53:51:53:0.5:26:25:31:19:26:27:32:21 chr1 34329897 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00115578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.124;QD=56.9383;RBI=0.0153289;REFB=0;REVB=0.0152853;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58967e-05;OID=.;OPOS=34329897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr1 34330067 . A C 649.46 PASS AF=0.924528;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0313595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.978;QD=49.0159;RBI=0.0374232;REFB=-0.0669752;REVB=0.0204225;RO=2;SAF=37;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247629;STB=0.525631;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00731266;OID=.;OPOS=34330067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:53:53:2:4:49:49:0.924528:12:37:2:0:12:37:4:0 chr1 34578613 . A G 250.18 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.009758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.032;QD=21.7549;RBI=0.0169655;REFB=-0.0432319;REVB=-0.0138784;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465365;STB=0.521721;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0331396;OID=.;OPOS=34578613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:19:22:23:24:0.521739:12:11:8:11:12:12:10:12 chr1 34663208 . C G 380.81 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=0.00126215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.265;QD=19.5285;RBI=0.00543779;REFB=-0.00811405;REVB=0.00528928;RO=39;SAF=31;SAR=8;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673257;STB=0.537552;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00724381;OID=.;OPOS=34663208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:8:31:29:10:8:31:29:10 chr1 35184033 . C T 857.34 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0175276;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.635;QD=56.2188;RBI=0.0175278;REFB=-0.105996;REVB=-9.09043e-05;RO=1;SAF=31;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014981;STB=0.507934;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00232187;OID=.;OPOS=35184033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:1:1:60:60:0.983607:29:31:1:0:29:31:1:0 chr1 35223913 . A C 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0146069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.859;QD=25.5728;RBI=0.0225374;REFB=-0.0183616;REVB=-0.0171631;RO=17;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154786;STB=0.586133;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00906979;OID=.;OPOS=35223913;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:16:8:9:8:16:8:9:8 chr1 35251229 . G A 506.34 PASS AF=0.647887;AO=46;DP=71;FAO=46;FDP=71;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0039531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1952;QD=28.5259;RBI=0.034032;REFB=-0.0299011;REVB=0.0338016;RO=25;SAF=26;SAR=20;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814978;STB=0.544316;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0172208;OID=.;OPOS=35251229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:25:25:46:46:0.647887:20:26:11:14:20:26:11:14 chr1 35259946 . G A 397.21 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0148035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.079;QD=14.1862;RBI=0.0177561;REFB=-0.0138727;REVB=0.009805;RO=66;SAF=26;SAR=20;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437222;STB=0.524632;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0172668;OID=.;OPOS=35259946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:66:46:46:0.410714:20:26:40:26:20:26:40:26 chr1 35259961 . A G 413.7 PASS AF=0.427273;AO=46;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.0322211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.896;QD=15.0435;RBI=0.0329998;REFB=-0.00411433;REVB=-0.00712669;RO=62;SAF=26;SAR=20;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499562;STB=0.526305;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0176484;OID=.;OPOS=35259961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:63:46:47:0.427273:20:26:38:24:20:27:39:24 chr1 35260769 . C T 335.0 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00793676;FXX=0.0161264;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.654;QD=21.967;RBI=0.00970638;REFB=0.000766324;REVB=0.00558763;RO=27;SAF=18;SAR=16;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509841;STB=0.528139;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.000566038;OID=.;OPOS=35260769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:27:27:34:34:0.557377:16:18:16:11:16:18:16:11 chr1 35260929 . G A 599.06 PASS AF=0.630952;AO=53;DP=84;FAO=53;FDP=84;FR=.;FRO=31;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0108704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.851;QD=28.5267;RBI=0.0109547;REFB=-0.00936176;REVB=-0.00135653;RO=30;SAF=33;SAR=20;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107137;STB=0.553052;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00541703;OID=.;OPOS=35260929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:30:31:53:53:0.630952:20:33:14:16:20:33:15:16 chr1 35261166 . G A 151.55 PASS AF=0.361702;AO=16;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00390084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9221;QD=12.8974;RBI=0.0050478;REFB=-0.013793;REVB=0.00320371;RO=30;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106637;STB=0.576178;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0171713;OID=.;OPOS=35261166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:16:17:0.361702:11:5:12:18:12:5:12:18 chr1 35370688 . G A 515.37 PASS AF=0.972973;AO=33;DP=34;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00274948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.383;QD=55.7159;RBI=0.0132254;REFB=0.0479513;REVB=0.0129364;RO=1;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217319;STB=0.510198;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.000194713;OID=.;OPOS=35370688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:37:1:1:33:36:0.972973:21:12:0:1:24:12:0:1 chr1 35442168 . A C 499.11 PASS AF=0.423077;AO=55;DP=129;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.00460171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.042;QD=15.3573;RBI=0.0317922;REFB=-0.033893;REVB=-0.0314574;RO=74;SAF=28;SAR=27;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10602;STB=0.562792;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0473117;OID=.;OPOS=35442168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:74:75:55:55:0.423077:27:28:30:44:27:28:30:45 chr1 35578630 . C T 138.8 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0194161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.848;QD=12.0698;RBI=0.0371888;REFB=-0.0139877;REVB=-0.0317178;RO=30;SAF=12;SAR=4;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265821;STB=0.658325;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0221812;OID=.;OPOS=35578630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:4:12:16:14:4:12:16:14 chr1 35757843 . A T 802.35 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.024539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8817;QD=55.3343;RBI=0.0431808;REFB=-0.000831145;REVB=0.0355305;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159856;STB=0.508472;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000163221;OID=.;OPOS=35757843;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:29:28:0:1:29:28:0:1 chr1 35824720 . G A 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0068925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0041;QD=17.5009;RBI=0.034322;REFB=0.0194331;REVB=-0.0336228;RO=28;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658746;STB=0.537009;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.0243947;OID=.;OPOS=35824720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:13:13:12:16:13:13:12:16 chr1 35900615 . A G 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.252;QD=63.6146;RBI=0.0732839;REFB=0;REVB=0.0207537;RO=0;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259033;OID=.;OPOS=35900615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:50:45:0:0:50:45:0:0 chr1 35919979 . A G 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00196755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.562;QD=17.6171;RBI=0.00215336;REFB=0.00619071;REVB=-0.00087506;RO=27;SAF=21;SAR=3;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316759;STB=0.682745;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00807649;OID=.;OPOS=35919979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:3:21:18:9:3:21:18:9 chr1 35921764 . G C 914.01 PASS AF=0.564103;AO=88;DP=156;FAO=88;FDP=156;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=58;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0127664;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=266.435;QD=23.4362;RBI=0.0162968;REFB=-0.0151103;REVB=-0.0101293;RO=66;SAF=30;SAR=58;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156533;STB=0.592718;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0122458;OID=.;OPOS=35921764;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:66:68:88:88:0.564103:58:30:35:31:58:30:37:31 chr1 36031342 . T A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0431907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.468;QD=42.1825;RBI=0.049673;REFB=0;REVB=0.0245352;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.61718e-05;OID=.;OPOS=36031342;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr1 36225948 . T C 553.11 PASS AF=0.508929;AO=57;DP=112;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0020902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6679;QD=19.7539;RBI=0.0228135;REFB=0.0252767;REVB=0.0227175;RO=55;SAF=35;SAR=22;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467167;STB=0.525791;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.0130218;OID=.;OPOS=36225948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:55:55:57:57:0.508929:22:35:31:24:22:35:31:24 chr1 36229910 . A AT 58.21 PASS AF=0.419355;AO=11;DP=33;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0371505;FXX=0.0312402;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.5426;QD=7.51086;RBI=0.0386244;REFB=0.0108753;REVB=0.0105681;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177334;STB=0.509985;STBP=0.952;TYPE=ins;VARB=-0.028065;OID=.;OPOS=36229911;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:11:33:13:31:18:7:6:10:8:58:21:7:4:10:11 chr1 36297695 . A G 65.8 PASS AF=0.144444;AO=13;DP=90;FAO=13;FDP=90;FR=.;FRO=77;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=-0.0224792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.431;QD=2.92451;RBI=0.0430388;REFB=-0.00656167;REVB=-0.0367019;RO=76;SAF=3;SAR=10;SRF=48;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473994;STB=0.819746;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.027041;OID=.;OPOS=36297695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:90:90:76:77:13:13:0.144444:10:3:48:28:10:3:49:28 chr1 36316571 . A C 508.21 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0158645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.789;QD=20.7433;RBI=0.0196354;REFB=-0.010437;REVB=0.0115701;RO=49;SAF=15;SAR=34;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284739;STB=0.657998;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00623178;OID=.;OPOS=36316571;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:34:15:30:19:34:15:30:19 chr1 36320134 . T TGTA 91.35 PASS AF=0.25;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0160312;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=3;MLLD=254.98;QD=7.61241;RBI=0.0202526;REFB=-0.00561169;REVB=-0.0123761;RO=37;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337876;STB=0.6997;STBP=0.156;TYPE=ins;VARB=0.0132927;OID=.;OPOS=36320135;OREF=-;OALT=GTA;OMAPALT=TGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:12:49:12:48:36:7:5:11:25:91:37:7:5:11:26 chr1 36359669 . A G 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00968015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.603;QD=17.5646;RBI=0.0286632;REFB=-0.0122861;REVB=-0.0269792;RO=35;SAF=12;SAR=20;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106653;STB=0.559808;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0152844;OID=.;OPOS=36359669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:20:12:17:18:20:12:17:18 chr1 36437700 . C T 319.26 PASS AF=0.313433;AO=41;DP=133;FAO=42;FDP=134;FR=.;FRO=92;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.00394955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.018;QD=9.53018;RBI=0.00894597;REFB=-0.0109193;REVB=0.00802692;RO=91;SAF=28;SAR=13;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21854;STB=0.618499;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0170829;OID=.;OPOS=36437700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:91:92:41:42:0.313433:13:28:46:45:14:28:46:46 chr1 36550658 . C T 182.39 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0227653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9173;QD=15.86;RBI=0.0427341;REFB=-0.0294887;REVB=0.0361655;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0021328;STB=0.501227;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0267934;OID=.;OPOS=36550658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:7:12:17:10:7:12:17:10 chr1 36553673 . A G 901.84 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.851;QD=58.183;RBI=0.0532513;REFB=0;REVB=-0.0132063;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127732;OID=.;OPOS=36553673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr1 36556867 . C T 83.88 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00515069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.779;QD=10.1678;RBI=0.00712649;REFB=-0.00500711;REVB=-0.00492516;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149752;STB=0.590003;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00866859;OID=.;OPOS=36556867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:5:6:9:13:5:6:9:13 chr1 36563777 . G A,C,GC 166.56 PASS AF=0.555556,0.222222,0.111111;AO=10,4,2;DP=18;FAO=10,4,2;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=8,0,0;FSAR=2,4,2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00457027,-0.00508574,-0.0294263;FXX=0;HRUN=1,1,0;LEN=1,1,1;MLLD=119.82,170.715,71.9717;QD=37.0126;RBI=0.0451256,0.00511805,0.0551218;REFB=-0.00299025,-0.00017924,-0.0385487;REVB=0.0448936,0.000574136,0.0466101;RO=2;SAF=8,0,0;SAR=2,4,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.125826,-0.725637,-0.639851;STB=0.571275,0.995773,0.992443;STBP=0.367,0.167,0.326;TYPE=snp,snp,ins;VARB=0.00575253,0.0469262,-0.0107735;OID=.,.,.;OPOS=36563777,36563777,36563778;OREF=G,G,-;OALT=A,C,C;OMAPALT=A,C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:18:18:2:2:10,4,2:10,4,2:0.555556,0.222222,0.111111:2,4,2:8,0,0:1:1:2,4,2:8,0,0:1:1 chr1 36563795 . C CT 137.51 PASS AF=0.789474;AO=2;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0594986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.4463;QD=28.9491;RBI=0.0594986;REFB=0.0452654;REVB=-2.39355e-05;RO=17;SAF=1;SAR=1;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291305;STB=0.574368;STBP=0.22;TYPE=ins;VARB=-0.00935097;OID=.;OPOS=36563796;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.789474:2:19:15:19:4:9:6:1:3:20:17:1:1:9:8 chr1 36563797 . C T 103.59 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0218969;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.867;QD=20.7182;RBI=0.0283837;REFB=-0.0582786;REVB=-0.0180598;RO=7;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251319;STB=0.666389;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0696549;OID=.;OPOS=36563797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:20:20:7:8:12:12:0.6:4:8:2:5:4:8:2:6 chr1 36642420 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.099;QD=60.6093;RBI=0.030803;REFB=0;REVB=-0.00600541;RO=0;SAF=6;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29107e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94643e-05;OID=.;OPOS=36642420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:32:6:0:0:32:6:0:0 chr1 36752433 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.483;QD=48.7373;RBI=0.0396415;REFB=0;REVB=0.0346229;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248726;OID=.;OPOS=36752433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr1 36773405 . T G 2390.86 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.354;QD=60.9136;RBI=0.0678563;REFB=0;REVB=0.059043;RO=0;SAF=73;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83845e-05;OID=.;OPOS=36773405;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:157:0:0:154:157:1:81:73:0:0:84:73:0:0 chr1 36785296 . G A 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0350559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.96;QD=7.83599;RBI=0.0386129;REFB=-0.012054;REVB=-0.0161876;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248764;STB=0.657425;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0422937;OID=.;OPOS=36785296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:2:5:8:8:2:5:8:8 chr1 36786588 . C T 278.99 PASS AF=0.407407;AO=31;DP=80;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=0.032498;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8853;QD=13.7771;RBI=0.045122;REFB=-0.0226984;REVB=0.031303;RO=44;SAF=15;SAR=16;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204271;STB=0.635683;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.058902;OID=.;OPOS=36786588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:44:48:31:33:0.407407:16:15:30:14:18:15:33:15 chr1 36786716 . G A 31.33 PASS AF=0.0763359;AO=10;DP=131;FAO=10;FDP=131;FR=.;FRO=121;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=83;FSRR=38;FWDB=-0.0223825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.736;QD=0.956523;RBI=0.0364563;REFB=-0.00423394;REVB=-0.0287765;RO=121;SAF=6;SAR=4;SRF=83;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104592;STB=0.585366;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0452652;OID=.;OPOS=36786716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:131:131:121:121:10:10:0.0763359:4:6:83:38:4:6:83:38 chr1 36788100 . G C 142.36 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0246658;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.0458;QD=22.7782;RBI=0.0381488;REFB=0.0205029;REVB=-0.029102;RO=10;SAF=11;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189223;STB=0.60721;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0149359;OID=.;OPOS=36788100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:4:11:5:5:4:11:5:5 chr1 36788585 . G A 264.9 PASS AF=0.274074;AO=37;DP=135;FAO=37;FDP=135;FR=.;FRO=98;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=0.00193014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.199;QD=7.84877;RBI=0.00270786;REFB=-0.0168772;REVB=0.00189922;RO=97;SAF=17;SAR=20;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933054;STB=0.551531;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0473982;OID=.;OPOS=36788585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:97:98:37:37:0.274074:20:17:52:45:20:17:52:46 chr1 36794192 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4243;QD=42.1825;RBI=0.051615;REFB=0;REVB=0.0411509;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00062055;OID=.;OPOS=36794192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr1 36807481 . C T 231.88 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0275956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0829;QD=14.2692;RBI=0.0288091;REFB=-0.0174367;REVB=0.00827324;RO=37;SAF=18;SAR=9;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216808;STB=0.616932;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0237331;OID=.;OPOS=36807481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:38:27:27:0.415385:9:18:17:20:9:18:18:20 chr1 36820891 . G A 376.91 PASS AF=0.317568;AO=47;DP=148;FAO=47;FDP=148;FR=.;FRO=101;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=0.00620314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.036;QD=10.1867;RBI=0.0122171;REFB=-0.00309368;REVB=0.0105252;RO=101;SAF=26;SAR=21;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00150391;STB=0.500872;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00572989;OID=.;OPOS=36820891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:101:101:47:47:0.317568:21:26:56:45:21:26:56:45 chr1 36888462 . A G 354.2 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0278334;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2484;QD=15.9192;RBI=0.0291785;REFB=0.0179939;REVB=0.00875723;RO=51;SAF=25;SAR=13;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339077;STB=0.519133;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.0218571;OID=.;OPOS=36888462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:51:51:38:38:0.426966:13:25:32:19:13:25:32:19 chr1 36889005 . G A 425.71 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0133333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.596;QD=15.341;RBI=0.0137158;REFB=-0.0115118;REVB=0.00321686;RO=63;SAF=18;SAR=30;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230374;STB=0.62916;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0113164;OID=.;OPOS=36889005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:63:48:48:0.432432:30:18:38:25:30:18:38:25 chr1 36893968 . A G 197.31 PASS AF=0.362319;AO=24;DP=68;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00435362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.989;QD=11.438;RBI=0.0285787;REFB=-0.00995866;REVB=0.0282452;RO=44;SAF=17;SAR=7;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197057;STB=0.622973;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0123067;OID=.;OPOS=36893968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:44:44:24:25:0.362319:7:17:24:20:7:18:24:20 chr1 36926853 . G A 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=22;FWDB=0.0169128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.821;QD=10.4723;RBI=0.0230845;REFB=-0.0106957;REVB=-0.0157115;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302141;STB=0.673695;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.023389;OID=.;OPOS=36926853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:9:3:2:22:9:3:2:22 chr1 36927733 . G A 1065.53 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0228222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9393;QD=58.385;RBI=0.0620065;REFB=-0.177594;REVB=0.0576537;RO=1;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116761;STB=0.506022;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00300876;OID=.;OPOS=36927733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:73:1:1:71:72:0.986301:40:31:0:1:41:31:0:1 chr1 38005965 . C T 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.010867;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.457;QD=7.52764;RBI=0.0197635;REFB=-0.00504831;REVB=-0.0165077;RO=43;SAF=5;SAR=11;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245068;STB=0.649699;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0139452;OID=.;OPOS=38005965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:11:5:22:21:11:5:22:21 chr1 38006359 . A G 735.42 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141977;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.278;QD=62.5886;RBI=0.0161838;REFB=0;REVB=-0.00776789;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220244;OID=.;OPOS=38006359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:16:30:0:0:17:30:0:0 chr1 38023316 . C T 905.64 PASS AF=1;AO=61;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276339;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.766;QD=57.5012;RBI=0.0301011;REFB=0;REVB=-0.0119351;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395868;OID=.;OPOS=38023316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:61:63:1:41:20:0:0:42:21:0:0 chr1 38033889 . ATCT A 82.08 PASS AF=0.194444;AO=14;DP=72;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0238348;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=193.075;QD=4.55986;RBI=0.0373821;REFB=-0.00499279;REVB=0.0287979;RO=56;SAF=5;SAR=9;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180325;STB=0.603508;STBP=0.423;TYPE=del;VARB=0.0294599;OID=.;OPOS=38033890;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.194444:14:72:14:72:58:5:9:28:30:82:56:5:9:28:28 chr1 38077401 . T A 40.66 PASS AF=0.75;AO=8;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00974137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=378.521;QD=20.328;RBI=0.00974137;REFB=-0.0275858;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0164484;OID=.;OPOS=38077401;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:0:2:8:6:0.75:0:8:0:0:0:6:2:0 chr1 38077404 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=387.513;QD=39.2068;RBI=0.0118742;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.41367e-05;OID=.;OPOS=38077404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr1 38077411 . CG TT 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00372263;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=125.529;QD=50.4135;RBI=0.00372263;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=19;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.41095e-05;OID=.;OPOS=38077411;OREF=CG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:0:19:0:0:0:19:0:0 chr1 38077415 . CGC TAG 313.7 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00468813;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=3;MLLD=303.621;QD=54.5569;RBI=0.00468813;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=23;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.78688e-05;OID=.;OPOS=38077415;OREF=CGC;OALT=TAG;OMAPALT=TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:0:23:0:0:0:23:0:0 chr1 38077420 . A C 357.48 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0747057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6457;QD=49.308;RBI=0.0747057;REFB=-0.0426963;REVB=0;RO=0;SAF=27;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200675;OID=.;OPOS=38077420;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:0:2:27:27:0.931034:0:27:0:0:0:27:2:0 chr1 38078564 . G A 112.92 PASS AF=0.25;AO=16;DP=67;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=-0.0220484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.078;QD=6.64238;RBI=0.0383768;REFB=-0.0083188;REVB=0.0314109;RO=51;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559754;STB=0.51795;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0254761;OID=.;OPOS=38078564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:51:51:16:17:0.25:11:5:14:37:12:5:14:37 chr1 38148765 . A G 2091.4 PASS AF=0.992593;AO=132;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0388488;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3367;QD=61.9673;RBI=0.0389822;REFB=-0.0496187;REVB=0.0032229;RO=1;SAF=50;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00941074;STB=0.504761;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00292072;OID=.;OPOS=38148765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:1:1:132:134:0.992593:82:50:1:0:82:52:1:0 chr1 38173982 . TTTTC T,TT,TTT 837.79 PASS AF=0.185714,0.814286,0;AO=17,43,8;DP=68;FAO=13,57,0;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=3,17,0;FSAR=10,40,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488513,0.0137527,0.018706;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=4,3,2;MLLD=225.437,228.781,221.84;QD=47.874;RBI=0.0150635,0.0241559,0.0291416;REFB=0,0,0;REVB=-0.0142493,-0.0198588,-0.0223454;RO=0;SAF=6,12,1;SAR=11,31,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.41862e-08,-4.78849e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.00374168,0.00183062,-0.0058613;OID=.,.,.;OPOS=38173983,38173984,38173985;OREF=TTTC,TTC,TC;OALT=-,-,-;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.185714,0.814286,0:17,43,8:68:13,57,0:70:0:3,17,0:10,40,0:0:0:26:0:6,12,1:11,31,7:0:0 chr1 38185169 . G A 1255.89 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.138;QD=57.742;RBI=0.0670196;REFB=-0.0495791;REVB=0.0248806;RO=1;SAF=40;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116869;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187503;OID=.;OPOS=38185169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:87:1:0:78:87:1:38:40:1:0:38:49:0:0 chr1 38197170 . C T 714.84 PASS AF=0.47973;AO=70;DP=147;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.00488057;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.178;QD=19.3201;RBI=0.00663563;REFB=-0.00352909;REVB=0.00449573;RO=77;SAF=31;SAR=39;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121411;STB=0.562625;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00336838;OID=.;OPOS=38197170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:77:77:70:71:0.47973:39:31:44:33:39:32:44:33 chr1 38203661 . T TG 244.67 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.6645;QD=44.4859;RBI=0.0660158;REFB=0;REVB=0.0298446;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00511999;OID=.;OPOS=38203662;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:22:22:22:0:14:8:0:0:5:0:14:8:0:0 chr1 38227086 . A T 206.27 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0101205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6887;QD=24.2668;RBI=0.0137495;REFB=0.0143941;REVB=-0.00930725;RO=14;SAF=1;SAR=19;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761687;STB=0.54281;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.02005;OID=.;OPOS=38227086;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:19:1:1:13:19:1:1:13 chr1 38288085 . G A 160.68 PASS AF=0.297297;AO=22;DP=74;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.014795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.597;QD=8.6853;RBI=0.0236552;REFB=-0.0101544;REVB=-0.0184575;RO=52;SAF=10;SAR=12;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00832212;STB=0.504946;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.017785;OID=.;OPOS=38288085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:52:52:22:22:0.297297:12:10:24:28:12:10:24:28 chr1 38288197 . G A 210.07 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0203064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.223;QD=11.8349;RBI=0.0211004;REFB=-0.0058943;REVB=0.00573406;RO=45;SAF=12;SAR=14;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102908;STB=0.55935;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0145348;OID=.;OPOS=38288197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:14:12:25:20:14:12:25:20 chr1 38423853 . G C 1566.2 PASS AF=1;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391957;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.703;QD=59.6649;RBI=0.0417039;REFB=0;REVB=-0.0142449;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.05711e-05;OID=.;OPOS=38423853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:105:0:0:104:105:1:52:52:0:0:52:53:0:0 chr1 38442547 . G A 613.26 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2348;QD=61.3264;RBI=0.0697533;REFB=0;REVB=-0.0619151;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000375335;OID=.;OPOS=38442547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr1 38449910 . T C 254.39 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0278935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2443;QD=15.4176;RBI=0.0384777;REFB=0.00161338;REVB=-0.0265045;RO=37;SAF=10;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146908;STB=0.583274;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.0048261;OID=.;OPOS=38449910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:19:10:18:19:19:10:18:19 chr1 38450367 . A G 689.39 PASS AF=0.944444;AO=47;DP=52;FAO=51;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.115856;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9852;QD=51.0659;RBI=0.136519;REFB=-0.0574769;REVB=0.0722143;RO=2;SAF=31;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135605;STB=0.508109;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0156027;OID=.;OPOS=38450367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:52:54:2:2:47:51:0.944444:16:31:1:1:16:35:1:1 chr1 38462898 . T A 168.87 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000640989;FXX=0.062461;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.455;QD=45.0325;RBI=0.000648061;REFB=0;REVB=9.54741e-05;RO=0;SAF=14;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146604;OID=.;OPOS=38462898;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:16:15:0:0:14:15:1:0:14:0:0:0:15:0:0 chr1 38462905 . C G 182.84 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0616317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1169;QD=43.0217;RBI=0.083272;REFB=-0.0175401;REVB=-0.0559978;RO=1;SAF=15;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295327;STB=0.516109;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00321574;OID=.;OPOS=38462905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:1:15:1:0:1:15:1:0 chr1 38463504 . C T 1048.55 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000536495;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4396;QD=59.917;RBI=0.0301049;REFB=0;REVB=0.0301002;RO=0;SAF=52;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325735;OID=.;OPOS=38463504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:18:52:0:0:18:52:0:0 chr1 38463725 . G C 372.98 PASS AF=0.421569;AO=42;DP=103;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.00763324;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.628;QD=14.6268;RBI=0.0159769;REFB=0.00363142;REVB=-0.0140355;RO=60;SAF=21;SAR=21;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868775;STB=0.550728;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00455994;OID=.;OPOS=38463725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:60:59:42:43:0.421569:21:21:25:35:21:22:25:34 chr1 38484774 . A AG 61.01 PASS AF=0.213592;AO=17;DP=101;FAO=22;FDP=103;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.011715;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.8647;QD=2.36927;RBI=0.0117543;REFB=0.0285243;REVB=-0.000960613;RO=83;SAF=12;SAR=5;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299797;STB=0.586128;STBP=0.37;TYPE=ins;VARB=-0.108095;OID=.;OPOS=38484775;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.213592:17:101:22:103:81:13:9:39:42:61:83:12:5:39:44 chr1 38862336 . T A 628.03 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0565149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9262;QD=57.0936;RBI=0.0984942;REFB=-0.0295134;REVB=-0.080667;RO=2;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360825;STB=0.519222;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000867027;OID=.;OPOS=38862336;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:25:17:0:2:25:17:0:2 chr1 39329700 . G T 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0185754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8321;QD=19.8493;RBI=0.0254484;REFB=-0.00683965;REVB=0.0173947;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183258;STB=0.603639;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00445498;OID=.;OPOS=39329700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:9:4:8:7:9:4 chr1 39339449 . C T 420.48 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0131726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.729;QD=16.4894;RBI=0.0278698;REFB=-0.0250799;REVB=-0.0245603;RO=55;SAF=23;SAR=23;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115385;STB=0.568598;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0269111;OID=.;OPOS=39339449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:56:46:46:0.45098:23:23:21:34:23:23:21:35 chr1 39340282 . C T 774.7 PASS AF=0.561538;AO=73;DP=130;FAO=73;FDP=130;FR=.;FRO=57;FSAF=50;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0561726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8662;QD=23.8368;RBI=0.0600337;REFB=-0.00866615;REVB=-0.0211822;RO=57;SAF=50;SAR=23;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181493;STB=0.599384;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00854816;OID=.;OPOS=39340282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:57:57:73:73:0.561538:23:50:27:30:23:50:27:30 chr1 39340607 . A G 266.08 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00991759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.639;QD=21.2863;RBI=0.0245102;REFB=0.0100429;REVB=-0.022414;RO=25;SAF=17;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00854761;OID=.;OPOS=39340607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:8:17:17:8:8:17:17:8 chr1 39352083 . T G 503.99 PASS AF=0.514563;AO=52;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=11;FWDB=0.027194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.179;QD=19.5723;RBI=0.0272213;REFB=-0.00978013;REVB=0.00121874;RO=50;SAF=34;SAR=18;SRF=38;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108373;STB=0.576209;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00815877;OID=.;OPOS=39352083;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:52:53:0.514563:18:34:38:12:19:34:39:11 chr1 39352271 . G T 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0184261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.508;QD=20.9185;RBI=0.0201738;REFB=-0.0252916;REVB=0.00821326;RO=26;SAF=22;SAR=9;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171794;STB=0.509531;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0200412;OID=.;OPOS=39352271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:9:22:18:8:9:22:18:8 chr1 39748921 . G A 345.31 PASS AF=0.4;AO=37;DP=94;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0352257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7688;QD=14.5393;RBI=0.0353097;REFB=-0.00956369;REVB=0.00243336;RO=57;SAF=14;SAR=23;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21386;STB=0.610224;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0168404;OID=.;OPOS=39748921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:57:57:37:38:0.4:23:14:33:24:23:15:33:24 chr1 39797055 . A G 201.58 PASS AF=0.320988;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=39;FWDB=-0.0266249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.924;QD=9.95474;RBI=0.0291235;REFB=-0.00993629;REVB=-0.0118021;RO=55;SAF=5;SAR=21;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160101;STB=0.595062;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0184332;OID=.;OPOS=39797055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:55:55:26:26:0.320988:21:5:16:39:21:5:16:39 chr1 39801815 . A C 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0653083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.4101;QD=20.7534;RBI=0.0915242;REFB=-0.00455005;REVB=0.064121;RO=12;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222175;STB=0.627263;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0090321;OID=.;OPOS=39801815;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:12:3:5:7:12:3:5:7 chr1 39806610 . C T 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0262629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.72;QD=20.156;RBI=0.0262952;REFB=-0.00687574;REVB=-0.00130162;RO=25;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00985787;STB=0.505491;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00542923;OID=.;OPOS=39806610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:12:16:14:11:12:16:14:11 chr1 39812822 . C A 235.17 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0263316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4234;QD=13.2489;RBI=0.0273674;REFB=-0.01339;REVB=-0.00745805;RO=43;SAF=16;SAR=12;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639168;STB=0.536559;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0140447;OID=.;OPOS=39812822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:12:16:22:21:12:16:22:21 chr1 39835817 . A G 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.050727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.254;QD=14.7348;RBI=0.0508117;REFB=-0.0011938;REVB=0.00293204;RO=36;SAF=10;SAR=17;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779232;STB=0.544302;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00201439;OID=.;OPOS=39835817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:17:10:16:20:17:10:16:20 chr1 39881040 . G C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.00264979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.327;QD=11.1041;RBI=0.0261512;REFB=-0.0151097;REVB=-0.0260166;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.666558;STB=0.894549;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0185117;OID=.;OPOS=39881040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:1:6:1:9:1:6:1:9 chr1 39881323 . G A 204.3 PASS AF=0.244094;AO=31;DP=127;FAO=31;FDP=127;FR=.;FRO=96;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.0275549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.787;QD=6.43471;RBI=0.0344756;REFB=-0.00722627;REVB=0.0207194;RO=95;SAF=12;SAR=19;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198985;STB=0.623973;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0307034;OID=.;OPOS=39881323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:95:96:31:31:0.244094:19:12:52:43:19:12:53:43 chr1 39881468 . T A 988.02 PASS AF=0.47032;AO=103;DP=220;FAO=103;FDP=219;FR=.;FRO=116;FSAF=39;FSAR=64;FSRF=58;FSRR=58;FWDB=-0.00463137;FXX=0.00454525;HRUN=3;LEN=1;MLLD=335.435;QD=18.046;RBI=0.0062923;REFB=-0.0180301;REVB=-0.00425951;RO=115;SAF=39;SAR=64;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123239;STB=0.5661;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0183272;OID=.;OPOS=39881468;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:115:116:103:103:0.47032:64:39:58:57:64:39:58:58 chr1 39908506 . G A 399.29 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0162181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.646;QD=15.3573;RBI=0.0163602;REFB=-0.0174852;REVB=0.00215143;RO=59;SAF=19;SAR=26;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878708;STB=0.549353;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0235181;OID=.;OPOS=39908506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:59:45:45:0.432692:26:19:30:29:26:19:30:29 chr1 39914363 . G C 402.81 PASS AF=0.398305;AO=47;DP=118;FAO=47;FDP=118;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.0106166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6158;QD=13.6544;RBI=0.0144019;REFB=-0.00456658;REVB=-0.00973154;RO=71;SAF=25;SAR=22;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862218;STB=0.548738;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0135919;OID=.;OPOS=39914363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:71:71:47:47:0.398305:22:25:32:39:22:25:32:39 chr1 39988084 . G A 57.42 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0232848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2124;QD=4.50367;RBI=0.104407;REFB=-0.00811394;REVB=0.101778;RO=42;SAF=5;SAR=4;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197391;STB=0.513245;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0462443;OID=.;OPOS=39988084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:42:42:9:9:0.176471:4:5:24:18:4:5:24:18 chr1 39988771 . C T 112.82 PASS AF=0.291667;AO=13;DP=47;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0113393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7716;QD=9.40158;RBI=0.0152912;REFB=-0.0112696;REVB=-0.0102587;RO=34;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267305;STB=0.678749;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0359896;OID=.;OPOS=39988771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:34:34:13:14:0.291667:4:9:16:18:4:10:16:18 chr1 40098328 . T C 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.312;QD=56.9995;RBI=0.00200296;REFB=0;REVB=-0.000574151;RO=0;SAF=10;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98915e-06;OID=.;OPOS=40098328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:44:10:0:0:44:10:0:0 chr1 40129066 . G A 312.72 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0170101;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7169;QD=19.2445;RBI=0.0177247;REFB=0.0136821;REVB=-0.00498236;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953079;STB=0.553041;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.0161023;OID=.;OPOS=40129066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:32:32:33:33:0.507692:18:15:18:14:18:15:18:14 chr1 40145297 . C T 351.65 PASS AF=0.513889;AO=36;DP=71;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.0174972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9682;QD=19.5363;RBI=0.0182897;REFB=-0.0175557;REVB=-0.00532555;RO=34;SAF=14;SAR=22;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296558;STB=0.659756;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0111336;OID=.;OPOS=40145297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:34:35:36:37:0.513889:22:14:25:9:22:15:26:9 chr1 40147817 . C A 280.59 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0216926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2635;QD=14.3894;RBI=0.0241816;REFB=0.00878946;REVB=-0.0106854;RO=46;SAF=13;SAR=19;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761502;STB=0.543273;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.0131993;OID=.;OPOS=40147817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:19:13:22:24:19:13:22:24 chr1 40149642 . G T 2275.06 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.882;QD=63.6379;RBI=0.0446512;REFB=0;REVB=0.0430719;RO=0;SAF=65;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32058e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87615e-05;OID=.;OPOS=40149642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:143:0:0:140:143:1:75:65:0:0:78:65:0:0 chr1 40150156 . G A 418.29 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0105041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0165;QD=17.4286;RBI=0.083962;REFB=-0.0243537;REVB=0.0833023;RO=52;SAF=22;SAR=21;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829906;STB=0.540535;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0351213;OID=.;OPOS=40150156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:53:43:43:0.447917:21:22:31:21:21:22:31:22 chr1 40229368 . A G 45.17 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0429064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3211;QD=3.22615;RBI=0.0487963;REFB=-2.29331e-05;REVB=0.0232404;RO=48;SAF=3;SAR=5;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319622;STB=0.719841;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00143801;OID=.;OPOS=40229368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:48:48:8:8:0.142857:5:3:31:17:5:3:31:17 chr1 40230336 . C G 48.08 PASS AF=0.307692;AO=7;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0118985;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.868;QD=7.39659;RBI=0.0277796;REFB=-0.013124;REVB=-0.0251024;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139608;STB=0.613332;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0245971;OID=.;OPOS=40230336;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:26:26:15:18:7:8:0.307692:2:5:9:6:2:6:11:7 chr1 40349131 . G A 131.4 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0333447;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.023;QD=13.4769;RBI=0.0333797;REFB=-0.0127943;REVB=-0.00152716;RO=23;SAF=5;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285453;STB=0.654964;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0156759;OID=.;OPOS=40349131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:23:24:15:15:0.384615:10:5:14:9:10:5:14:10 chr1 40363054 . G C 1043.92 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9928;QD=59.6528;RBI=0.0735239;REFB=0;REVB=0.0221072;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000829535;OID=.;OPOS=40363054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:31:38:0:0:31:39:0:0 chr1 40432307 . T C 279.34 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0428634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.785;QD=18.9383;RBI=0.0430878;REFB=-0.0165675;REVB=-0.00439149;RO=29;SAF=14;SAR=16;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445914;STB=0.52487;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.016328;OID=.;OPOS=40432307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:16:14:15:14:16:14:15:14 chr1 40533266 . T G 410.67 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.609;QD=56.6447;RBI=0.0121839;REFB=0;REVB=0.00676572;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8215e-05;OID=.;OPOS=40533266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:20:8:0:0:21:8:0:0 chr1 40533287 . T G 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.677;QD=52.6093;RBI=0.0234746;REFB=0;REVB=-0.0223311;RO=0;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.905e-05;OID=.;OPOS=40533287;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:20:2:0:0:20:2:0:0 chr1 40533315 . T G 191.14 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.131905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.612;QD=47.7849;RBI=0.134243;REFB=0;REVB=-0.0249431;RO=0;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00208609;OID=.;OPOS=40533315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:15:1:0:0:15:1:0:0 chr1 40533320 . T G 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.544;QD=47.817;RBI=0.0247649;REFB=0;REVB=0.0187452;RO=0;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482378;OID=.;OPOS=40533320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:15:1:0:0:15:1:0:0 chr1 40533326 . T G 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8588;QD=48.7334;RBI=0.0606388;REFB=0;REVB=-0.0444346;RO=0;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00298937;OID=.;OPOS=40533326;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:16:1:0:0:16:1:0:0 chr1 40533347 . T G 149.79 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00187013;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.316;QD=46.0893;RBI=0.0370403;REFB=0;REVB=0.0369931;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00142156;OID=.;OPOS=40533347;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr1 40539851 . C T 92.07 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0140374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0142;QD=5.26086;RBI=0.0339504;REFB=-0.0100487;REVB=-0.0309125;RO=54;SAF=8;SAR=7;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642244;STB=0.547465;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0362717;OID=.;OPOS=40539851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:54:55:15:15:0.214286:7:8:26:28:7:8:26:29 chr1 40557033 . A G 310.64 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0114911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.356;QD=16.3497;RBI=0.0164438;REFB=-0.00169276;REVB=0.0117624;RO=42;SAF=16;SAR=18;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415469;STB=0.523351;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00178993;OID=.;OPOS=40557033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:18:16:18:24:18:16:18:24 chr1 40559686 . G A 1010.47 PASS AF=0.593333;AO=89;DP=150;FAO=89;FDP=150;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=59;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=0.00223818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.228;QD=26.9459;RBI=0.0333942;REFB=-0.0151353;REVB=-0.0333191;RO=61;SAF=30;SAR=59;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00774116;STB=0.504201;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0126435;OID=.;OPOS=40559686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:61:61:89:89:0.593333:59:30:20:41:59:30:20:41 chr1 40699478 . T C 196.11 PASS AF=0.444444;AO=18;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0543763;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.999;QD=17.4319;RBI=0.0586279;REFB=-0.00746999;REVB=-0.0219191;RO=26;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575692;STB=0.523341;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0102808;OID=.;OPOS=40699478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:25:18:20:0.444444:12:6:10:16:12:8:9:16 chr1 40737589 . T C 417.65 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0339112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8423;QD=22.5756;RBI=0.0803729;REFB=-0.00895982;REVB=0.0728685;RO=33;SAF=15;SAR=26;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243523;STB=0.634081;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0090377;OID=.;OPOS=40737589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:26:15:22:11:26:15:22:11 chr1 40766965 . GC G 69.83 PASS AF=0.20339;AO=21;DP=119;FAO=24;FDP=118;FR=.;FRO=94;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=-0.0494948;FXX=0.0247913;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.5089;QD=2.36712;RBI=0.129563;REFB=-0.00726028;REVB=-0.119736;RO=92;SAF=16;SAR=5;SRF=49;SRR=43;SSEN=0.343927;SSEP=0;SSSB=0.311631;STB=0.656625;STBP=0.088;TYPE=del;VARB=0.0131015;OID=.;OPOS=40766966;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.20339:21:119:24:118:94:17:7:49:45:69:92:16:5:49:43 chr1 40773123 . G C 282.71 PASS AF=0.327434;AO=37;DP=113;FAO=37;FDP=113;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.0209408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.683;QD=10.0075;RBI=0.0216432;REFB=0.0048415;REVB=-0.00546903;RO=76;SAF=21;SAR=16;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134649;STB=0.507808;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.0166424;OID=.;OPOS=40773123;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:76:76:37:37:0.327434:16:21:44:32:16:21:44:32 chr1 40776752 . C A 211.26 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0562776;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.365;QD=25.6071;RBI=0.05882;REFB=-0.0269861;REVB=0.0171061;RO=12;SAF=2;SAR=18;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489583;STB=0.796094;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0333875;OID=.;OPOS=40776752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:12:13:20:20:0.606061:18:2:7:5:18:2:8:5 chr1 40777800 . T G 260.58 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0329261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3101;QD=24.8174;RBI=0.0733429;REFB=0.0347933;REVB=-0.0655367;RO=18;SAF=5;SAR=19;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428928;STB=0.740046;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0277571;OID=.;OPOS=40777800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:19:5:13:5:19:5:13:5 chr1 40881041 . C G 1961.15 PASS AF=0.917808;AO=134;DP=146;FAO=134;FDP=146;FR=.;FRO=12;FSAF=60;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0704025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6063;QD=53.7302;RBI=0.0994985;REFB=-0.0687933;REVB=0.0703096;RO=11;SAF=60;SAR=74;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521955;STB=0.530472;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.030812;OID=.;OPOS=40881041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:146:146:11:12:134:134:0.917808:74:60:1:10:74:60:1:11 chr1 40980731 . G T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00978675;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.298;QD=10.8848;RBI=0.0138246;REFB=-0.0207956;REVB=0.00976419;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807627;STB=0.548284;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.033722;OID=.;OPOS=40980731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:3:6:11:4:3:6:11:4 chr1 41013015 . C T 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0273685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.182;QD=12.0244;RBI=0.036918;REFB=-0.00973246;REVB=-0.0247772;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035838;STB=0.521241;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0143649;OID=.;OPOS=41013015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:5:7:11:9:5:7:11:9 chr1 41087734 . C T 323.84 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0809479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4001;QD=51.814;RBI=0.108469;REFB=0;REVB=0.0722002;RO=0;SAF=19;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0147358;OID=.;OPOS=41087734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:22:25:1:3:19:0:0:3:22:0:0 chr1 41285087 . T C 915.76 PASS AF=0.425532;AO=99;DP=235;FAO=100;FDP=235;FR=.;FRO=135;FSAF=67;FSAR=33;FSRF=87;FSRR=48;FWDB=-0.00542734;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.863;QD=15.5874;RBI=0.00771266;REFB=-0.017807;REVB=0.00547988;RO=136;SAF=66;SAR=33;SRF=88;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226627;STB=0.516411;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0214351;OID=.;OPOS=41285087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:136:135:99:100:0.425532:33:66:88:48:33:67:87:48 chr1 41296828 . T G 708.42 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.989;QD=62.9704;RBI=0.0188309;REFB=0;REVB=-0.00950997;RO=0;SAF=33;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97845e-05;OID=.;OPOS=41296828;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:12:33:0:0:12:33:0:0 chr1 41483510 . TGAG T 430.63 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00361159;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=3;MLLD=248.785;QD=19.5741;RBI=0.00808463;REFB=-0.0227369;REVB=0.0072331;RO=45;SAF=27;SAR=16;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486026;STB=0.527037;STBP=0.658;TYPE=del;VARB=0.0237354;OID=.;OPOS=41483511;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488636:43:90:43:88:45:27:16:26:19:99:45:27:16:26:19 chr1 41483578 . C T 205.17 PASS AF=0.267857;AO=30;DP=112;FAO=30;FDP=112;FR=.;FRO=82;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=57;FSRR=25;FWDB=-0.00697215;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.6537;QD=7.32741;RBI=0.0257878;REFB=-0.00455554;REVB=0.0248274;RO=81;SAF=15;SAR=15;SRF=56;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236666;STB=0.64277;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0174727;OID=.;OPOS=41483578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:81:82:30:30:0.267857:15:15:56:25:15:15:57:25 chr1 41486071 . G A 33.48 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0447524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7607;QD=3.61913;RBI=0.0449254;REFB=-0.0104982;REVB=0.00393862;RO=31;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182544;STB=0.629189;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0770437;OID=.;OPOS=41486071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:2:4:16:15:2:4:16:15 chr1 41976017 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00998732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.735;QD=57.1059;RBI=0.0278713;REFB=0;REVB=0.0260204;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72193e-05;OID=.;OPOS=41976017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr1 41978566 . T G 1900.3 PASS AF=1;AO=115;DP=118;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0773103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.6102;QD=60.3269;RBI=0.0844307;REFB=0;REVB=0.033936;RO=0;SAF=67;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436709;OID=.;OPOS=41978566;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:126:0:0:115:126:1:48:67:0:0:52:74:0:0 chr1 41978825 . C G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.986;QD=60.8835;RBI=0.0416261;REFB=0;REVB=0.0263717;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21717e-05;OID=.;OPOS=41978825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:32:45:0:0:32:45:0:0 chr1 41979156 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.451;QD=35.5759;RBI=0.02811;REFB=0;REVB=0.0236914;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015099;OID=.;OPOS=41979156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr1 42048745 . T C,G 853.57 PASS AF=0.935484,0.0483871;AO=58,4;DP=62;FAO=58,3;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=23,0;FSAR=35,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0375093,-0.0133694;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=103.927,156.326;QD=55.0692;RBI=0.0384157,0.0178717;REFB=0.00740574,-0.0261947;REVB=0.00829566,-0.0118598;RO=0;SAF=23,1;SAR=35,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.510635,0.994936;STBP=0.276,0.121;TYPE=snp,snp;VARB=0.000326542,0.135707;OID=.,.;OPOS=42048745,42048745;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:62:62:0:1:58,4:58,3:0.935484,0.0483871:35,3:23,1:0:0:35,3:23,0:1:0 chr1 42049032 . G A 3244.31 PASS AF=1;AO=209;DP=212;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474997;FXX=0.0140838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.082;QD=61.7965;RBI=0.0557627;REFB=-0.0572678;REVB=0.0292106;RO=1;SAF=113;SAR=96;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00419722;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224036;OID=.;OPOS=42049032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:212:210:1:0:209:210:1:96:113:1:0:97:113:0:0 chr1 42049140 . C G 2034.03 PASS AF=0.985075;AO=131;DP=134;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0578586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.124;QD=60.7172;RBI=0.0640306;REFB=-0.167242;REVB=0.027428;RO=2;SAF=67;SAR=64;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139745;STB=0.507352;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.000328789;OID=.;OPOS=42049140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:134:2:2:131:132:0.985075:64:67:2:0:65:67:2:0 chr1 42049448 . A G 46.62 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0992025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.624;QD=3.45335;RBI=0.105647;REFB=-0.015688;REVB=-0.0363345;RO=34;SAF=2;SAR=8;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360178;STB=0.868928;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.232344;OID=.;OPOS=42049448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:55:54:34:44:10:10:0.185185:8:2:16:18:9:1:22:22 chr1 42050366 . C T 141.05 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0212535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.845;QD=7.94647;RBI=0.0608485;REFB=-0.0121184;REVB=-0.0570161;RO=51;SAF=10;SAR=10;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117213;STB=0.507035;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0379234;OID=.;OPOS=42050366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:51:51:20:20:0.28169:10:10:25:26:10:10:25:26 chr1 42619139 . A G 525.98 PASS AF=0.438462;AO=56;DP=130;FAO=57;FDP=130;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.0303438;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.313;QD=16.1838;RBI=0.0336956;REFB=-0.0161733;REVB=0.014651;RO=67;SAF=23;SAR=33;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195481;STB=0.589032;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0251489;OID=.;OPOS=42619139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:67:73:56:57:0.438462:33:23:41:26:34:23:41:32 chr1 42619152 . C A 789.62 PASS AF=0.564885;AO=73;DP=129;FAO=74;FDP=131;FR=.;FRO=57;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0165763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.454;QD=24.1105;RBI=0.0397639;REFB=-0.0338124;REVB=0.0361441;RO=56;SAF=41;SAR=32;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133915;STB=0.572818;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00970907;OID=.;OPOS=42619152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:56:57:73:74:0.564885:32:41:22:34:33:41:22:35 chr1 42693597 . A G 544.59 PASS AF=0.495652;AO=56;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00647248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.208;QD=18.9421;RBI=0.0139483;REFB=-0.0185005;REVB=-0.0123556;RO=58;SAF=32;SAR=24;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097802;STB=0.548498;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0165756;OID=.;OPOS=42693597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:58:56:57:0.495652:24:32:27:31:25:32:27:31 chr1 42865112 . G A 94.03 PASS AF=0.183908;AO=16;DP=88;FAO=16;FDP=87;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=48;FSRR=23;FWDB=-0.0223205;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.401;QD=4.32335;RBI=0.0234403;REFB=-0.00541573;REVB=0.00715855;RO=70;SAF=14;SAR=2;SRF=48;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340136;STB=0.738038;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0269401;OID=.;OPOS=42865112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:88:87:70:71:16:16:0.183908:2:14:48:22:2:14:48:23 chr1 42898843 . A G 287.96 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=0.00210836;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.361;QD=25.0398;RBI=0.00454147;REFB=-0.00930623;REVB=-0.00402241;RO=19;SAF=22;SAR=4;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755823;STB=0.547911;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00461856;OID=.;OPOS=42898843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:20:26:26:0.565217:4:22:17:2:4:22:18:2 chr1 42915727 . C G 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00124504;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.924;QD=6.01601;RBI=0.0179026;REFB=-0.0100543;REVB=-0.0178593;RO=22;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158836;STB=0.604083;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0288487;OID=.;OPOS=42915727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:5:2:9:13:5:2:9:13 chr1 42925688 . T G 424.22 PASS AF=0.494253;AO=42;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0611753;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6877;QD=19.5044;RBI=0.0614176;REFB=-0.0159051;REVB=-0.00544981;RO=43;SAF=18;SAR=24;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310493;STB=0.528628;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0189564;OID=.;OPOS=42925688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:44:42:43:0.494253:24:18:17:26:24:19:17:27 chr1 43034740 . T C 429.45 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7971;QD=57.2602;RBI=0.0765923;REFB=0;REVB=0.0658981;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202325;OID=.;OPOS=43034740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:18:11:0:0:18:12:0:0 chr1 43042703 . C T 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.508;QD=61.3348;RBI=0.0147444;REFB=0;REVB=-0.011289;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.26128e-06;OID=.;OPOS=43042703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr1 43047057 . A G 815.66 PASS AF=0.952381;AO=59;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0187043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.764;QD=51.788;RBI=0.0252993;REFB=-0.171006;REVB=0.0170354;RO=4;SAF=29;SAR=30;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00101348;STB=0.508732;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00150647;OID=.;OPOS=43047057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:63:63:4:3:59:60:0.952381:30:29:2:2:31:29:2:1 chr1 43108188 . G A 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00212326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.609;QD=13.4057;RBI=0.0027743;REFB=-0.00346296;REVB=-0.00178564;RO=34;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695922;STB=0.539843;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00411584;OID=.;OPOS=43108188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:11:12:20:14:11:12:20:14 chr1 43119661 . C A 198.12 PASS AF=0.425926;AO=22;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.00198577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.526;QD=14.6751;RBI=0.0187007;REFB=-0.0154364;REVB=-0.018595;RO=31;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129544;STB=0.586193;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0210126;OID=.;OPOS=43119661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:31:22:23:0.425926:13:9:9:22:13:10:9:22 chr1 43119855 . A C 326.74 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.000824527;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.661;QD=15.0224;RBI=0.0137105;REFB=-0.00827321;REVB=0.0136857;RO=50;SAF=19;SAR=17;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491178;STB=0.533485;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0111452;OID=.;OPOS=43119855;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:51:36:36:0.413793:17:19:24:26:17:19:24:27 chr1 43131653 . G A 513.25 PASS AF=0.430769;AO=56;DP=130;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0126456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4739;QD=15.7922;RBI=0.0552803;REFB=-0.00114549;REVB=-0.0538145;RO=74;SAF=38;SAR=18;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164304;STB=0.592319;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000933888;OID=.;OPOS=43131653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:74:74:56:56:0.430769:18:38:39:35:18:38:39:35 chr1 43201534 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0204541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.905;QD=11.4398;RBI=0.0588555;REFB=-0.0147443;REVB=0.0551869;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103585;STB=0.562357;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0253513;OID=.;OPOS=43201534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:8:6:3:6:8:6 chr1 43201614 . C T 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00836064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.096;QD=14.1389;RBI=0.0197721;REFB=-0.0096024;REVB=0.0179174;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067199;STB=0.526988;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0131512;OID=.;OPOS=43201614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:5:9:11:8:5:9:12:8 chr1 43212111 . C T 108.6 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00209564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.79;QD=13.575;RBI=0.00230814;REFB=-0.0113448;REVB=-0.000967368;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254806;STB=0.664765;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0105103;OID=.;OPOS=43212111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:18:19:13:13:0.40625:4:9:8:10:4:9:8:11 chr1 43212424 . C CG 625.17 PASS AF=0.984375;AO=32;DP=192;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0472012;FXX=0.288873;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.4954;QD=19.5367;RBI=0.132746;REFB=0.00602143;REVB=0.124071;RO=151;SAF=29;SAR=3;SRF=110;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372879;STB=0.517854;STBP=0.019;TYPE=ins;VARB=-0.041153;OID=.;OPOS=43212425;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.984375:32:192:126:128:2:99:27:0:2:5:151:29:3:110:41 chr1 43212431 . A G 2735.89 PASS AF=0.994536;AO=144;DP=185;FAO=182;FDP=183;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=134;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264888;FXX=0.0161282;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7756;QD=59.8009;RBI=0.0280103;REFB=0;REVB=0.00910602;RO=0;SAF=111;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0083346;OID=.;OPOS=43212431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:185:183:0:0:144:182:0.994536:33:111:0:0:48:134:0:0 chr1 43212926 . G A 310.61 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00769432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.65;QD=23.4425;RBI=0.0117689;REFB=-0.0117832;REVB=-0.00890532;RO=22;SAF=15;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909561;STB=0.55009;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00585259;OID=.;OPOS=43212926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:16:15:8:14:16:15:8:14 chr1 43215571 . A G 1543.08 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.06;QD=62.3467;RBI=0.0798121;REFB=0;REVB=0.0793251;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240273;OID=.;OPOS=43215571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:99:0:0:95:99:1:46:49:0:0:50:49:0:0 chr1 43223489 . C T 181.91 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0628264;FXX=0.152757;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.685;QD=11.9284;RBI=0.0628571;REFB=-0.0209508;REVB=-0.00196198;RO=28;SAF=5;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272014;STB=0.72951;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.020719;OID=.;OPOS=43223489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:61:28:39:22:22:0.360656:17:5:13:15:17:5:22:17 chr1 43232504 . C A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00994885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.602;QD=11.9535;RBI=0.0110356;REFB=-0.0293289;REVB=-0.00477541;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131886;STB=0.578755;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0274359;OID=.;OPOS=43232504;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:7:4:4:4:7:4 chr1 43296118 . G A 135.95 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0156909;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.675;QD=16.4787;RBI=0.0181251;REFB=-0.0142525;REVB=0.00907272;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188518;STB=0.624829;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0152491;OID=.;OPOS=43296118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:10:5:9:8:10:5:10:8 chr1 43305753 . G A 432.41 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.00392992;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.82;QD=14.9108;RBI=0.0248454;REFB=-0.0032728;REVB=0.0245327;RO=66;SAF=27;SAR=22;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831667;STB=0.551;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00389711;OID=.;OPOS=43305753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:66:67:49:49:0.422414:22:27:31:35:22:27:31:36 chr1 43309842 . G C 1135.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000447338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.563;QD=60.5836;RBI=0.0133229;REFB=0;REVB=0.0133154;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91421e-05;OID=.;OPOS=43309842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:30:44:0:0:30:45:0:0 chr1 43394612 . T C 236.13 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.073995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7116;QD=19.2758;RBI=0.0750923;REFB=0.00760516;REVB=0.01279;RO=24;SAF=6;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278088;STB=0.679835;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00839307;OID=.;OPOS=43394612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:24:26:23:23:0.469388:17:6:13:11:17:6:15:11 chr1 43408966 . G A 295.15 PASS AF=0.352381;AO=37;DP=107;FAO=37;FDP=105;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0273526;FXX=0.0186898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.664;QD=11.2436;RBI=0.0274668;REFB=-0.0243894;REVB=-0.00250193;RO=68;SAF=20;SAR=17;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375272;STB=0.521569;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0400339;OID=.;OPOS=43408966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:68:68:37:37:0.352381:17:20:39:29:17:20:39:29 chr1 43457170 . T C 429.39 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.512;QD=57.2522;RBI=0.0476328;REFB=0;REVB=0.0144326;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180559;OID=.;OPOS=43457170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:17:12:0:0:17:13:0:0 chr1 43675467 . G A 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0052025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1202;QD=59.5;RBI=0.111124;REFB=0;REVB=0.111002;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101387;OID=.;OPOS=43675467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr1 43675778 . A T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0125205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.995;QD=12.0154;RBI=0.0158422;REFB=-0.0103483;REVB=-0.00970627;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191087;STB=0.61502;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0102241;OID=.;OPOS=43675778;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:5:2:3:3:5:2 chr1 43771016 . TA T 406.55 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0814991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.2313;QD=47.8293;RBI=0.101676;REFB=0;REVB=-0.060794;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0052575;OID=.;OPOS=43771017;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:34:34:34:0:12:22:0:0:7:0:12:22:0:0 chr1 43779564 . T C 1896.31 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.509;QD=61.6685;RBI=0.0337231;REFB=0;REVB=0.0295075;RO=0;SAF=56;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.60146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34809e-05;OID=.;OPOS=43779564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:67:56:0:0:67:56:0:0 chr1 43783682 . G A 90.77 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0254533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.752;QD=8.06817;RBI=0.0285055;REFB=-0.00819722;REVB=0.0128333;RO=31;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190754;STB=0.59394;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0237197;OID=.;OPOS=43783682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:31:33:12:12:0.266667:5:7:13:18:5:7:15:18 chr1 43805240 . A G 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.000658434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5285;QD=16.1191;RBI=0.0191771;REFB=0.035714;REVB=0.0191658;RO=13;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356077;STB=0.696748;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.038908;OID=.;OPOS=43805240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:10:2:0:13:10:2:0:13 chr1 43898053 . T G 335.87 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.079177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.926;QD=19.471;RBI=0.0798927;REFB=-0.000879619;REVB=0.0106703;RO=33;SAF=22;SAR=13;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036036;STB=0.525592;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.000208335;OID=.;OPOS=43898053;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:33:34:35:35:0.507246:13:22:22:11:13:22:23:11 chr1 43917601 . C T 266.22 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0393688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0967;QD=18.3601;RBI=0.0412318;REFB=-0.0119407;REVB=0.0122537;RO=29;SAF=17;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154141;STB=0.586147;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0101269;OID=.;OPOS=43917601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:12:17:12:17:12:17:12:17 chr1 44044624 . C T 379.65 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.018126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.657;QD=22.0087;RBI=0.0726381;REFB=-0.0109019;REVB=0.0703402;RO=31;SAF=19;SAR=19;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393992;STB=0.521728;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00957045;OID=.;OPOS=44044624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:19:19:14:17:19:19:14:17 chr1 44058265 . C A 1052.5 PASS AF=0.948052;AO=73;DP=77;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0124492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.255;QD=54.6755;RBI=0.0346928;REFB=-0.160835;REVB=0.0323822;RO=4;SAF=36;SAR=37;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238689;STB=0.512635;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00292237;OID=.;OPOS=44058265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:77:77:4:4:73:73:0.948052:37:36:1:3:37:36:1:3 chr1 44071221 . G A 355.08 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0219301;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.845;QD=21.52;RBI=0.0390361;REFB=0.00555133;REVB=0.0322938;RO=29;SAF=24;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157035;STB=0.59569;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00218178;OID=.;OPOS=44071221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:30:36:36:0.545455:12:24:14:15:12:24:14:16 chr1 44072018 . C T 539.13 PASS AF=0.43609;AO=58;DP=133;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.0266108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6474;QD=16.2146;RBI=0.0443178;REFB=0.000360653;REVB=-0.0354392;RO=73;SAF=33;SAR=25;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00743953;STB=0.505145;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.00097341;OID=.;OPOS=44072018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:73:75:58:58:0.43609:25:33:41:32:25:33:42:33 chr1 44072066 . C T 389.18 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.025334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.774;QD=15.1139;RBI=0.0258292;REFB=-0.00621094;REVB=0.00503344;RO=59;SAF=23;SAR=21;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834224;STB=0.546874;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0086513;OID=.;OPOS=44072066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:59:44:44:0.427184:21:23:26:33:21:23:26:33 chr1 44083507 . T C 359.68 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0278074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.092;QD=19.9821;RBI=0.027861;REFB=-0.0107742;REVB=0.0017274;RO=35;SAF=24;SAR=13;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244596;STB=0.635808;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0236678;OID=.;OPOS=44083507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:13:24:13:22:13:24:13:22 chr1 44083519 . G A 341.39 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0431108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2141;QD=18.4533;RBI=0.0453589;REFB=-0.0171095;REVB=0.0141028;RO=38;SAF=23;SAR=13;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24894;STB=0.638812;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.020851;OID=.;OPOS=44083519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:13:23:14:24:13:23:14:24 chr1 44084739 . C T 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0210249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6374;QD=8.81168;RBI=0.0311004;REFB=-0.0344169;REVB=-0.022917;RO=23;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741239;STB=0.545364;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0499367;OID=.;OPOS=44084739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:5:5:10:13:5:5:10:13 chr1 44086831 . C T 175.61 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0211653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.261;QD=13.7736;RBI=0.10522;REFB=-0.0137422;REVB=-0.103069;RO=31;SAF=11;SAR=9;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174422;STB=0.599906;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0267379;OID=.;OPOS=44086831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:9:11:22:9:9:11:22:9 chr1 44121272 . CA C 111.04 PASS AF=0.300971;AO=34;DP=102;FAO=31;FDP=103;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.0980294;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.0258;QD=4.31239;RBI=0.112527;REFB=-0.0125906;REVB=-0.05525;RO=65;SAF=18;SAR=16;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988981;STB=0.522007;STBP=0.805;TYPE=del;VARB=0.0104775;OID=.;OPOS=44121273;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.300971:34:102:31:103:72:18:13:44:28:99:65:18:16:40:25 chr1 44133622 . C T 246.7 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.017443;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.392;QD=15.6632;RBI=0.0254729;REFB=-0.0209049;REVB=-0.0185637;RO=35;SAF=7;SAR=21;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113139;STB=0.564308;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0461293;OID=.;OPOS=44133622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:35:35:28:28:0.444444:21:7:12:23:21:7:12:23 chr1 44137257 . C A,G 805.42 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=55,2;DP=57;FAO=55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=25,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010278,-0.062684;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=151.228,99.4358;QD=56.5206;RBI=0.0121642,0.0630059;REFB=0,0;REVB=0.00650623,0.00636044;RO=0;SAF=30,0;SAR=25,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000239847,-0.0032144;OID=.,.;OPOS=44137257,44137257;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:57:0:0:55,2:55,2:0.964912,0.0350877:25,2:30,0:0:0:25,2:30,0:0:0 chr1 44344990 . CT C 94.43 PASS AF=0.416;AO=47;DP=125;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=0.256766;FXX=0.00793588;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.79995;QD=3.02162;RBI=0.269928;REFB=-0.0667652;REVB=-0.0832607;RO=59;SAF=22;SAR=25;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10724;STB=0.581876;STBP=0.143;TYPE=del;VARB=0.0605576;OID=.;OPOS=44344991;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416:47:125:52:125:73:24:28:44:29:94:59:22:25:34:25 chr1 44395786 . C T 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.798;QD=58.4188;RBI=0.0509803;REFB=0;REVB=0.0498103;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154869;OID=.;OPOS=44395786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr1 44401384 . A G 632.52 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.668;QD=61.7089;RBI=0.0880895;REFB=0;REVB=0.0765742;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505506;OID=.;OPOS=44401384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:13:27:0:0:14:27:0:0 chr1 44415415 . C T 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00945032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.929;QD=57.8843;RBI=0.0299971;REFB=0;REVB=0.0284695;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91422e-05;OID=.;OPOS=44415415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr1 44457305 . G A 1270.19 PASS AF=0.976744;AO=81;DP=84;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0184541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.018;QD=59.0787;RBI=0.0203523;REFB=-0.0938476;REVB=0.00858279;RO=2;SAF=50;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0056528;STB=0.502608;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0022295;OID=.;OPOS=44457305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:86:2:2:81:84:0.976744:31:50:1:1:33:51:1:1 chr1 44462231 . C T 317.51 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.0338959;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.067;QD=12.9594;RBI=0.0364875;REFB=-0.0180102;REVB=-0.0135059;RO=61;SAF=21;SAR=16;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436221;STB=0.524874;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0285486;OID=.;OPOS=44462231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:61:61:37:37:0.377551:16:21:37:24:16:21:37:24 chr1 44595113 . G C 1127.09 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0571;QD=60.1113;RBI=0.0520733;REFB=0;REVB=0.0476036;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266031;OID=.;OPOS=44595113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:75:0:0:72:75:1:31:41:0:0:33:42:0:0 chr1 44595410 . A G 276.53 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0517169;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.495;QD=46.0879;RBI=0.0581111;REFB=-0.0491804;REVB=0.0265002;RO=2;SAF=18;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486632;STB=0.526293;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00534091;OID=.;OPOS=44595410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:25:24:2:2:22:22:0.916667:4:18:2:0:4:18:2:0 chr1 44595426 . G A 563.77 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.682;QD=57.8229;RBI=0.0192739;REFB=0.0435869;REVB=0.0157037;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217908;STB=0.511622;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000324496;OID=.;OPOS=44595426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:17:21:1:0:17:21:1:0 chr1 44788398 . A T 349.18 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.997;QD=53.7202;RBI=0.0690486;REFB=0;REVB=-0.0651561;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147116;OID=.;OPOS=44788398;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:13:13:0:0 chr1 45269307 . G A 63.77 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00417165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.22;QD=4.72364;RBI=0.0211634;REFB=-0.0018166;REVB=-0.0207481;RO=44;SAF=9;SAR=1;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456359;STB=0.817411;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00726992;OID=.;OPOS=45269307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:1:9:27:17:1:9:27:17 chr1 45270116 . G A 199.84 PASS AF=0.22963;AO=30;DP=134;FAO=31;FDP=135;FR=.;FRO=104;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=58;FWDB=-0.00392897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.527;QD=5.92124;RBI=0.0491302;REFB=0.00275451;REVB=0.0489728;RO=103;SAF=23;SAR=7;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410272;STB=0.733181;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00584857;OID=.;OPOS=45270116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:103:104:30:31:0.22963:7:23:46:57:8:23:46:58 chr1 45270156 . C T 513.27 PASS AF=0.430769;AO=56;DP=130;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=0.0094586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.689;QD=15.793;RBI=0.0105743;REFB=-0.00904537;REVB=-0.00472757;RO=74;SAF=29;SAR=27;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10038;STB=0.556145;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.011757;OID=.;OPOS=45270156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:74:74:56:56:0.430769:27:29:31:43:27:29:31:43 chr1 45285664 . G A 608.36 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0209;QD=60.8359;RBI=0.0324924;REFB=0;REVB=0.00157118;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313707;OID=.;OPOS=45285664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:25:14:0:0:26:14:0:0 chr1 45472409 . C T 266.74 PASS AF=0.340426;AO=32;DP=94;FAO=32;FDP=94;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-9.43461e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.223;QD=11.3505;RBI=0.00522994;REFB=-0.0285686;REVB=-0.00522909;RO=60;SAF=20;SAR=12;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029799;STB=0.519651;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0355536;OID=.;OPOS=45472409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:60:62:32:32:0.340426:12:20:36:24:12:20:37:25 chr1 45504720 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2417;QD=47.8223;RBI=0.0534255;REFB=0;REVB=-0.0534255;RO=0;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00201154;OID=.;OPOS=45504720;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:16:0:0:0:16:0:0:0 chr1 45553697 . C T 353.57 PASS AF=0.289941;AO=48;DP=167;FAO=49;FDP=169;FR=.;FRO=120;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=51;FSRR=69;FWDB=0.00497743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.109;QD=8.36858;RBI=0.0127188;REFB=-0.00153493;REVB=-0.0117044;RO=118;SAF=20;SAR=28;SRF=50;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00877755;STB=0.50259;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00375129;OID=.;OPOS=45553697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:169:118:120:48:49:0.289941:28:20:50:68:28:21:51:69 chr1 45793371 . TGGGC TGG,TGGC 1409.33 PASS AF=0,1;AO=49,79;DP=144;FAO=0,151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=0,106;FSAR=0,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480665,-0.125748;FXX=0.013071;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=139.279,15.113;QD=37.3331;RBI=0.0837586,0.177237;REFB=0.00857408,-0.0356286;REVB=0.0685938,0.124902;RO=9;SAF=43,57;SAR=6,22;SRF=1;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0.336364,0.336364;SSSB=0.359949,0.136641;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.0229742;OID=.,.;OPOS=45793374,45793372;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGG,TGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:49,79:144:0,151:151:0:0,106:0,45:0:0:23:9:43,57:6,22:1:8 chr1 45797138 . C T 67.16 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00735104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.821;QD=5.26782;RBI=0.0241594;REFB=0.00282447;REVB=-0.0230139;RO=41;SAF=6;SAR=4;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442617;STB=0.528869;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.0245121;OID=.;OPOS=45797138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:41:41:10:10:0.196078:4:6:26:15:4:6:26:15 chr1 45797505 . C G 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.821;QD=60.7149;RBI=0.0434957;REFB=0;REVB=0.0074167;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105423;OID=.;OPOS=45797505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:31:45:0:0:31:45:0:0 chr1 45797891 . G A 80.31 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0237276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5746;QD=7.471;RBI=0.0407842;REFB=0.00280497;REVB=0.0331716;RO=32;SAF=5;SAR=6;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201677;STB=0.624782;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.0124005;OID=.;OPOS=45797891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:6:5:20:12:6:5:20:12 chr1 45805566 . G C 866.5 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.705;QD=57.7666;RBI=0.0716341;REFB=0;REVB=0.0202685;RO=0;SAF=7;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59853e-05;OID=.;OPOS=45805566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:60:0:0:53:60:1:46:7:0:0:50:10:0:0 chr1 45808520 . G A 75.09 PASS AF=0.136752;AO=16;DP=115;FAO=16;FDP=117;FR=.;FRO=101;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=55;FSRR=46;FWDB=-0.0102256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.075;QD=2.56727;RBI=0.0365444;REFB=-0.00770706;REVB=-0.0350846;RO=99;SAF=12;SAR=4;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282994;STB=0.690992;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0317149;OID=.;OPOS=45808520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:115:117:99:101:16:16:0.136752:4:12:53:46:4:12:55:46 chr1 45810091 . A G 502.23 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.952;QD=59.0855;RBI=0.0258551;REFB=0;REVB=-0.00254731;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07835e-05;OID=.;OPOS=45810091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:14:19:0:0:14:20:0:0 chr1 45864695 . C A 88.14 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.149361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5308;QD=39.1715;RBI=0.151182;REFB=0;REVB=0.0233897;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00382849;OID=.;OPOS=45864695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr1 46088486 . C T 123.25 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0499357;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.146;QD=15.406;RBI=0.0544345;REFB=-0.0179413;REVB=0.0216689;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32973;STB=0.68727;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00922011;OID=.;OPOS=46088486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:18:18:14:14:0.4375:7:7:3:15:7:7:3:15 chr1 46094027 . A G 1230.33 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0318557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5397;QD=60.0161;RBI=0.103836;REFB=0.0114462;REVB=-0.0988292;RO=1;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119868;STB=0.506328;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000498027;OID=.;OPOS=46094027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:39:42:0:1:39:42:0:1 chr1 46095272 . T C 726.53 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0207112;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.7097;QD=54.8323;RBI=0.0227139;REFB=-0.106254;REVB=-0.00932582;RO=1;SAF=28;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016526;STB=0.508769;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0033193;OID=.;OPOS=46095272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:24:28:1:0:24:28:1:0 chr1 46195375 . T C 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000993926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.701;QD=57.4361;RBI=0.0139571;REFB=-0.105437;REVB=0.0139216;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145389;STB=0.50769;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00133599;OID=.;OPOS=46195375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:35:32:1:0:35:32:1:0 chr1 46379518 . A G 1641.86 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.341;QD=60.2519;RBI=0.0528823;REFB=0;REVB=-0.0435839;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.07248e-05;OID=.;OPOS=46379518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:57:52:0:0:57:52:0:0 chr1 46476587 . T G 614.79 PASS AF=1;AO=39;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00749017;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7969;QD=59.9793;RBI=0.0451694;REFB=0;REVB=0.044544;RO=2;SAF=5;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267872;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236173;OID=.;OPOS=46476587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:2:0:39:41:1:34:5:0:2:36:5:0:0 chr1 46496839 . G A 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.000422095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.055;QD=12.6195;RBI=0.0186265;REFB=-0.0127544;REVB=-0.0186217;RO=37;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142685;STB=0.516116;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0212772;OID=.;OPOS=46496839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:38:24:24:0.387097:12:12:18:19:12:12:18:20 chr1 46496942 . G A 127.36 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00791755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.674;QD=9.26226;RBI=0.0123828;REFB=-0.0158071;REVB=-0.00952089;RO=38;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085066;STB=0.550504;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0409936;OID=.;OPOS=46496942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:10:7:13:25:10:7:13:25 chr1 46512266 . G A 140.91 PASS AF=0.277778;AO=19;DP=71;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.0444512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8848;QD=7.82842;RBI=0.0471041;REFB=-0.01445;REVB=-0.0155847;RO=50;SAF=9;SAR=10;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223327;STB=0.657462;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0312604;OID=.;OPOS=46512266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:50:52:19:20:0.277778:10:9:33:17:11:9:35:17 chr1 46654583 . G A 183.98 PASS AF=0.274725;AO=25;DP=92;FAO=25;FDP=91;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.017571;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.595;QD=8.08706;RBI=0.0196974;REFB=-0.00257129;REVB=0.00890204;RO=63;SAF=7;SAR=18;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196523;STB=0.627192;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00513233;OID=.;OPOS=46654583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:63:66:25:25:0.274725:18:7:27:36:18:7:29:37 chr1 46655158 . T C 1080.54 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.785;QD=60.0299;RBI=0.0246645;REFB=0;REVB=0.0167641;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23348e-06;OID=.;OPOS=46655158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:31:40:0:0:31:41:0:0 chr1 46657986 . C T 223.33 PASS AF=0.325581;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.00110651;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.856;QD=10.3874;RBI=0.00209343;REFB=-0.00314652;REVB=-0.0017771;RO=58;SAF=14;SAR=14;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200585;STB=0.616201;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00771877;OID=.;OPOS=46657986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:58:58:28:28:0.325581:14:14:39:19:14:14:39:19 chr1 46807660 . T C 92.66 PASS AF=0.245614;AO=13;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0105777;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.803;QD=6.50225;RBI=0.0159891;REFB=-0.00703512;REVB=-0.0119901;RO=38;SAF=4;SAR=9;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178762;STB=0.644944;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0266981;OID=.;OPOS=46807660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:57:57:38:43:13:14:0.245614:9:4:17:21:10:4:20:23 chr1 46810530 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0697346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2619;QD=60.2297;RBI=0.071681;REFB=0;REVB=0.0165906;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000909518;OID=.;OPOS=46810530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr1 46827249 . C T 463.3 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00312288;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.79;QD=24.3844;RBI=0.0428938;REFB=-0.00668433;REVB=-0.0427799;RO=32;SAF=28;SAR=16;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093967;STB=0.505152;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00131871;OID=.;OPOS=46827249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:32:44:44:0.578947:16:28:20:12:16:28:20:12 chr1 46871986 . T C 1138.56 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397908;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9191;QD=60.7233;RBI=0.0456306;REFB=0;REVB=0.0223347;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518398;OID=.;OPOS=46871986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr1 46972694 . C T 1432.87 PASS AF=1;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135643;FXX=0.052626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.727;QD=63.683;RBI=0.0162914;REFB=0;REVB=0.00902317;RO=0;SAF=67;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60445e-05;OID=.;OPOS=46972694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:93:90:0:0:90:90:1:23:67:0:0:23:67:0:0 chr1 47059934 . T C 1541.92 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00572985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.125;QD=57.642;RBI=0.0278021;REFB=-0.0215881;REVB=0.0272053;RO=2;SAF=51;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182444;STB=0.509614;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000842928;OID=.;OPOS=47059934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:2:2:105:105:0.981308:54:51:2:0:54:51:2:0 chr1 47075756 . G A 147.03 PASS AF=0.216216;AO=24;DP=111;FAO=24;FDP=111;FR=.;FRO=87;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=0.0158538;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6986;QD=5.2982;RBI=0.0285791;REFB=-0.0085369;REVB=-0.0237786;RO=84;SAF=12;SAR=12;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899345;STB=0.567512;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0412556;OID=.;OPOS=47075756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:84:87:24:24:0.216216:12:12:36:48:12:12:36:51 chr1 47078637 . T C 1870.66 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.881;QD=60.8345;RBI=0.074474;REFB=0;REVB=0.0110827;RO=1;SAF=70;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0067388;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178111;OID=.;OPOS=47078637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:123:123:1:0:122:123:1:52:70:1:0:52:71:0:0 chr1 47080665 . C T 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0125187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.309;QD=19.0582;RBI=0.0132822;REFB=-0.0113562;REVB=0.00443841;RO=20;SAF=5;SAR=14;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954929;STB=0.554396;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0145723;OID=.;OPOS=47080665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:14:5:7:13:14:5:7:13 chr1 47080679 . G A 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7731;QD=61.6771;RBI=0.0460042;REFB=0;REVB=-0.0459673;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000441953;OID=.;OPOS=47080679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr1 47080741 . C T 253.93 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00164908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.956;QD=21.6113;RBI=0.00165395;REFB=-0.00304758;REVB=0.000126887;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131254;STB=0.573708;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00210302;OID=.;OPOS=47080741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:15:9:12:11:15:9:12:11 chr1 47101015 . C A 442.03 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0171038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.918;QD=19.8664;RBI=0.018606;REFB=-0.00332064;REVB=-0.00732405;RO=45;SAF=21;SAR=23;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105951;STB=0.50588;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00409311;OID=.;OPOS=47101015;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:23:21:22:23:23:21:22:23 chr1 47131319 . A T 411.64 PASS AF=0.396694;AO=46;DP=119;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=26;FWDB=0.0161235;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.876;QD=13.6078;RBI=0.0168166;REFB=-0.0102726;REVB=-0.00477821;RO=72;SAF=29;SAR=17;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00979131;STB=0.501316;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.018834;OID=.;OPOS=47131319;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:72:73:46:48:0.396694:17:29:46:26:17:31:47:26 chr1 47138819 . T G 403.46 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.2437;QD=55.6495;RBI=0.0137351;REFB=0;REVB=0.00507741;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00290926;OID=.;OPOS=47138819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:15:14:0:0 chr1 47139103 . C T 104.38 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.010481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.319;QD=10.438;RBI=0.019684;REFB=0.00356434;REVB=-0.0166616;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108855;STB=0.564758;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00677386;OID=.;OPOS=47139103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:8:5:8:19:8:5:8:19 chr1 47395973 . G A 1549.23 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8866;QD=63.8857;RBI=0.0112129;REFB=0;REVB=0.0105893;RO=0;SAF=41;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33512e-05;OID=.;OPOS=47395973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:56:41:0:0:56:41:0:0 chr1 47400701 . C T 32.76 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0087807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7705;QD=2.01611;RBI=0.045909;REFB=-0.0111549;REVB=-0.0450615;RO=57;SAF=2;SAR=5;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31578;STB=0.744009;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0798196;OID=.;OPOS=47400701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:65:65:57:58:7:7:0.107692:5:2:32:25:5:2:33:25 chr1 47498961 . G A 114.88 PASS AF=0.225;AO=18;DP=80;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.0202438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.608;QD=5.74378;RBI=0.0611322;REFB=0.00300071;REVB=-0.0576831;RO=62;SAF=13;SAR=5;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153202;STB=0.596406;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.0132924;OID=.;OPOS=47498961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:62:62:18:18:0.225:5:13:38:24:5:13:38:24 chr1 47571902 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.532;QD=56.7066;RBI=0.0328979;REFB=0;REVB=-0.0305016;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98575e-05;OID=.;OPOS=47571902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:7:22:0:0:7:22:0:0 chr1 47571905 . C T 411.01 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0193;QD=56.6904;RBI=0.0648646;REFB=0;REVB=-0.0645092;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00150946;OID=.;OPOS=47571905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:7:22:0:0:7:22:0:0 chr1 47607281 . C T 427.34 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0142184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.857;QD=16.9245;RBI=0.0217699;REFB=0.00583196;REVB=-0.0164853;RO=55;SAF=12;SAR=34;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15973;STB=0.589755;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00598298;OID=.;OPOS=47607281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:34:12:22:33:34:12:22:33 chr1 47607785 . G A 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00208368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.926;QD=23.2361;RBI=0.0298141;REFB=-0.0309823;REVB=0.0297412;RO=13;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114146;STB=0.56403;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0268052;OID=.;OPOS=47607785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:7:11:6:7:7:11:6:7 chr1 47607851 . A T 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.72;QD=64.4141;RBI=0.0237228;REFB=0;REVB=0.0145083;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76667e-05;OID=.;OPOS=47607851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr1 47608983 . G T 169.18 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0650019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6935;QD=13.0141;RBI=0.0679004;REFB=-0.0013213;REVB=-0.0196268;RO=32;SAF=4;SAR=16;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365131;STB=0.71405;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.000751428;OID=.;OPOS=47608983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:16:4:16:16:16:4:16:16 chr1 47609489 . T C 1720.08 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.716;QD=60.3536;RBI=0.0382088;REFB=0;REVB=-0.0255354;RO=0;SAF=51;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98495e-06;OID=.;OPOS=47609489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:112:114:1:61:51:0:0:61:53:0:0 chr1 47610293 . C T 199.88 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0171441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.033;QD=13.5513;RBI=0.0175084;REFB=0.0136452;REVB=0.00355347;RO=35;SAF=15;SAR=9;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058125;STB=0.533305;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.018544;OID=.;OPOS=47610293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:9:15:20:15:9:15:20:15 chr1 47610590 . A C 203.38 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0227301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.505;QD=10.2977;RBI=0.0228343;REFB=-0.00699019;REVB=-0.0021799;RO=53;SAF=9;SAR=17;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619;STB=0.536249;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0124859;OID=.;OPOS=47610590;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:53:53:26:26:0.329114:17:9:21:32:17:9:21:32 chr1 47611598 . T C 695.55 PASS AF=0.50365;AO=68;DP=137;FAO=69;FDP=137;FR=.;FRO=68;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.00215623;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7552;QD=20.308;RBI=0.00506689;REFB=-0.0113742;REVB=-0.0045852;RO=66;SAF=46;SAR=22;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154394;STB=0.581552;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.017113;OID=.;OPOS=47611598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:66:68:68:69:0.50365:22:46:34:32:22:47:36:32 chr1 47685455 . T C 563.41 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0198577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.062;QD=57.7856;RBI=0.0389173;REFB=0.00822147;REVB=-0.0334699;RO=1;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253186;STB=0.513506;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.000157527;OID=.;OPOS=47685455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:18:20:0:1:18:20:0:1 chr1 47717189 . A G 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=-0.00442414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.048;QD=18.0355;RBI=0.00994983;REFB=-0.00401261;REVB=-0.00891213;RO=27;SAF=10;SAR=12;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379925;STB=0.712066;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00558433;OID=.;OPOS=47717189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:12:10:23:4:12:10:23:4 chr1 47746678 . G C 439.46 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=-0.00503191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.955;QD=15.8364;RBI=0.0176373;REFB=-0.0110642;REVB=-0.0169042;RO=62;SAF=25;SAR=24;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187284;STB=0.604355;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00820767;OID=.;OPOS=47746678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:62:62:49:49:0.441441:24:25:20:42:24:25:20:42 chr1 47767914 . G A 386.71 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00670577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.707;QD=20.9033;RBI=0.0174817;REFB=-0.0153181;REVB=0.0161444;RO=35;SAF=21;SAR=18;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053182;STB=0.529397;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0111527;OID=.;OPOS=47767914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:18:21:21:14:18:21:21:14 chr1 47799639 . G C 217.61 PASS AF=0.488889;AO=20;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.047439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.0874;QD=19.3433;RBI=0.0611841;REFB=-0.0893342;REVB=-0.0386398;RO=24;SAF=14;SAR=6;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110526;STB=0.53681;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0925782;OID=.;OPOS=47799639;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:23:20:22:0.488889:6:14:19:5:6:16:18:5 chr1 47842431 . G A 1162.54 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9516;QD=60.3916;RBI=0.0542981;REFB=0;REVB=-0.0438838;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.02225e-05;OID=.;OPOS=47842431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:34:41:0:0:36:41:0:0 chr1 47842665 . TAAAA TAAA,TAAAT,TTAAA 1045.54 PASS AF=0.012987,0,0.987013;AO=17,7,48;DP=76;FAO=1,0,76;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,39;FSAR=1,0,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.17324,-0.197975,0.137953;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=16.7883,6.40787,22.925;QD=54.3139;RBI=0.212522,0.207925,0.141251;REFB=0,0,0;REVB=-0.1231,-0.0635508,-0.0303437;RO=0;SAF=13,7,16;SAR=4,0,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.325513,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.172153,0.117752,0.0303935;OID=.,.,.;OPOS=47842666,47842669,47842666;OREF=A,A,A;OALT=-,T,T;OMAPALT=TAAA,TAAAT,TTAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.012987,0,0.987013:17,7,48:76:1,0,76:77:0:0,0,39:1,0,37:0:0:4:0:13,7,16:4,0,32:0:0 chr1 47883024 . AC CG,GC 369.13 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=2,21;DP=27;FAO=1,26;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317065,0.0436261;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=86.8417,62.1464;QD=54.6866;RBI=0.0331036,0.0695226;REFB=0,0;REVB=-0.00951554,0.0541309;RO=0;SAF=0,1;SAR=2,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.78928e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.130945,0.00557333;OID=.,.;OPOS=47883024,47883024;OREF=AC,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:27:27:0:0:2,21:1,26:0.037037,0.962963:2,20:0,1:0:0:1,22:0,4:0:0 chr1 47906338 . G A 2285.15 PASS AF=0.993421;AO=150;DP=151;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.016911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.989;QD=60.1355;RBI=0.0188004;REFB=-0.0352515;REVB=0.00821413;RO=1;SAF=73;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613742;STB=0.503225;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=6.16743e-05;OID=.;OPOS=47906338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:152:1:1:150:151:0.993421:77:73:0:1:77:74:0:1 chr1 48241061 . G A 68.94 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.016266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.977;QD=15.3204;RBI=0.016296;REFB=0.000961116;REVB=0.000987858;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319819;STB=0.689682;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00161032;OID=.;OPOS=48241061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:18:18:9:9:9:9:0.5:2:7:4:5:2:7:4:5 chr1 48694594 . G A 302.25 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00446455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.542;QD=19.5001;RBI=0.0187711;REFB=-0.0110597;REVB=0.0182325;RO=30;SAF=19;SAR=13;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667443;STB=0.537054;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.010913;OID=.;OPOS=48694594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:13:19:20:10:13:19:20:10 chr1 48697226 . T C 444.67 PASS AF=0.42735;AO=49;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=0.0130323;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.372;QD=15.2025;RBI=0.0146143;REFB=-0.0190057;REVB=0.00661337;RO=67;SAF=22;SAR=27;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181297;STB=0.605773;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0236641;OID=.;OPOS=48697226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:67:49:50:0.42735:27:22:42:25:28:22:42:25 chr1 48697733 . T G 1465.98 PASS AF=1;AO=93;DP=96;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104244;FXX=0.0208312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.43;QD=62.3823;RBI=0.0168456;REFB=-0.098929;REVB=0.0132327;RO=1;SAF=56;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126406;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48861e-05;OID=.;OPOS=48697733;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:94:1:0:93:94:1:37:56:0:1:38:56:0:0 chr1 48697781 . C T 282.4 PASS AF=0.402439;AO=25;DP=75;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=0.0230901;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.436;QD=13.7754;RBI=0.0231529;REFB=-0.0220605;REVB=0.00170509;RO=48;SAF=9;SAR=16;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378701;STB=0.70854;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0161397;OID=.;OPOS=48697781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:82:48:49:25:33:0.402439:16:9:34:14:22:11:34:15 chr1 48713100 . C A 819.31 PASS AF=0.509202;AO=83;DP=163;FAO=83;FDP=163;FR=.;FRO=80;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=-0.00166269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.397;QD=20.1058;RBI=0.0066477;REFB=-0.0234561;REVB=-0.00643641;RO=80;SAF=47;SAR=36;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538659;STB=0.529565;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0230198;OID=.;OPOS=48713100;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:80:80:83:83:0.509202:36:47:50:30:36:47:50:30 chr1 48713394 . C T 257.03 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00277998;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.827;QD=15.817;RBI=0.0140303;REFB=-0.0219222;REVB=0.0137521;RO=36;SAF=13;SAR=16;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211933;STB=0.619167;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0272653;OID=.;OPOS=48713394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:36:36:29:29:0.446154:16:13:24:12:16:13:24:12 chr1 48764419 . C T 380.85 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.00425153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.854;QD=19.5306;RBI=0.00766967;REFB=-0.00615962;REVB=-0.00638344;RO=39;SAF=18;SAR=21;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117496;STB=0.565098;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00447562;OID=.;OPOS=48764419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:21:18:13:26:21:18:13:26 chr1 48865130 . G A 238.85 PASS AF=0.246479;AO=35;DP=142;FAO=35;FDP=142;FR=.;FRO=107;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=65;FSRR=42;FWDB=-0.0112541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.514;QD=6.72802;RBI=0.0119847;REFB=-0.00985846;REVB=0.00412049;RO=107;SAF=19;SAR=16;SRF=65;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821759;STB=0.549441;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0174984;OID=.;OPOS=48865130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:107:107:35:35:0.246479:16:19:65:42:16:19:65:42 chr1 48869529 . G C 490.3 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00531623;FXX=0.0517197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4109;QD=17.829;RBI=0.00575805;REFB=-0.0132839;REVB=0.00221198;RO=54;SAF=28;SAR=24;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0013172;STB=0.50704;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0121995;OID=.;OPOS=48869529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:110:54:58:52:52:0.472727:24:28:29:25:24:28:32:26 chr1 48937691 . A T 67.42 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00773515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9885;QD=13.4841;RBI=0.0406982;REFB=-0.00462296;REVB=-0.0399563;RO=11;SAF=8;SAR=1;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370366;STB=0.726652;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0235285;OID=.;OPOS=48937691;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:1:8:7:4:1:8:7:4 chr1 49113319 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.915;QD=53.2765;RBI=0.0152317;REFB=0;REVB=0.00147445;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13861e-05;OID=.;OPOS=49113319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr1 49224584 . G T 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0263806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.376;QD=18.2489;RBI=0.0331756;REFB=-0.0212574;REVB=-0.0201168;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101714;STB=0.558193;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0166163;OID=.;OPOS=49224584;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:6:7:5:7:6:7:5:7 chr1 49511424 . A G 234.78 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0285853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4889;QD=15.3957;RBI=0.0285914;REFB=0.000561044;REVB=-0.000587239;RO=34;SAF=18;SAR=9;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109075;STB=0.506168;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-9.42535e-05;OID=.;OPOS=49511424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:9:18:23:11:9:18:23:11 chr1 50661411 . C T 671.38 PASS AF=0.910714;AO=51;DP=56;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0329386;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=89.5556;QD=47.9557;RBI=0.0373733;REFB=-0.125057;REVB=0.0176581;RO=5;SAF=15;SAR=36;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975051;STB=0.552037;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00282944;OID=.;OPOS=50661411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:56:56:5:5:51:51:0.910714:36:15:4:1:36:15:4:1 chr1 50666515 . C T 1596.3 PASS AF=0.964912;AO=109;DP=113;FAO=110;FDP=114;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.043977;FXX=0.0086949;HRUN=6;LEN=1;MLLD=48.8308;QD=56.0107;RBI=0.083969;REFB=-0.124388;REVB=0.0715319;RO=4;SAF=55;SAR=54;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332742;STB=0.517541;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00453743;OID=.;OPOS=50666515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:113:114:4:4:109:110:0.964912:54:55:4:0:55:55:4:0 chr1 51702476 . T A 176.59 PASS AF=0.4;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0304469;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1005;QD=14.1274;RBI=0.0322543;REFB=-0.0169781;REVB=0.0106454;RO=30;SAF=3;SAR=17;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240641;STB=0.641347;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0496105;OID=.;OPOS=51702476;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:30:30:20:20:0.4:17:3:9:21:17:3:9:21 chr1 51873951 . G A 1595.79 PASS AF=0.990741;AO=105;DP=109;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0225175;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.981;QD=59.1035;RBI=0.0243015;REFB=-0.0738514;REVB=0.00913923;RO=0;SAF=44;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=7.05925e-05;OID=.;OPOS=51873951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:108:0:1:105:107:0.990741:61:44:0:0:62:45:0:1 chr1 52266242 . G A 770.6 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0049686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.269;QD=55.0431;RBI=0.00937134;REFB=-0.107402;REVB=-0.00794575;RO=1;SAF=15;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303841;STB=0.516123;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00039375;OID=.;OPOS=52266242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:40:15:1:0:40:15:1:0 chr1 52289452 . G T 165.04 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00164413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.119;QD=14.0461;RBI=0.00528596;REFB=-0.0264362;REVB=0.00502377;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182975;STB=0.510626;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0384116;OID=.;OPOS=52289452;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:9:9:15:14:9:9:15:14 chr1 52290984 . T G 1435.94 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605383;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5561;QD=61.7606;RBI=0.0756908;REFB=0;REVB=0.0454335;RO=1;SAF=32;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145728;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196488;OID=.;OPOS=52290984;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:93:1:0:85:93:1:53:32:1:0:53:40:0:0 chr1 52306063 . ATCT ATCA,A 188.76 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=2,12;DP=17;FAO=1,15;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1,6;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0476307,0.0685209;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=118.183,158.824;QD=47.19;RBI=0.0535398,0.0685244;REFB=0,0;REVB=-0.0244507,-0.000691821;RO=0;SAF=1,6;SAR=1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.016315,-0.0016467;OID=.,.;OPOS=52306066,52306064;OREF=T,TCT;OALT=A,-;OMAPALT=ATCA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0625,0.9375:2,12:17:1,15:16:0:1,6:0,9:0:0:7:0:1,6:1,6:0:0 chr1 52344004 . A AC 47.17 PASS AF=0.103896;AO=25;DP=161;FAO=16;FDP=154;FR=.;FRO=138;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=87;FSRR=51;FWDB=0.00386487;FXX=0.0191071;HRUN=0;LEN=1;MLLD=116.814;QD=1.22517;RBI=0.0312744;REFB=-0.00138264;REVB=-0.0310347;RO=133;SAF=4;SAR=21;SRF=86;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.581667;STB=0.858637;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.089892;OID=.;OPOS=52344005;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.103896:25:161:16:154:138:3:13:87:51:47:133:4:21:86:47 chr1 52439128 . G GT 1988.66 PASS AF=1;AO=125;DP=130;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366065;FXX=0.0153834;HRUN=0;LEN=1;MLLD=205.505;QD=62.1455;RBI=0.0366111;REFB=0;REVB=0.000575997;RO=3;SAF=80;SAR=45;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147444;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.45209e-05;OID=.;OPOS=52439129;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:125:130:128:128:0:83:45:0:0:11:3:80:45:1:2 chr1 52896955 . G A 199.07 PASS AF=0.305882;AO=26;DP=85;FAO=26;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=12;FWDB=0.00532277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.217;QD=9.36802;RBI=0.0182917;REFB=-0.00272408;REVB=-0.0175002;RO=59;SAF=19;SAR=7;SRF=47;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105112;STB=0.561317;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00576352;OID=.;OPOS=52896955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:59:59:26:26:0.305882:7:19:47:12:7:19:47:12 chr1 52903935 . CA AT 123.14 PASS AF=0.144578;AO=15;DP=84;FAO=12;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=43;FWDB=-0.140882;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=192.247;QD=5.93421;RBI=0.141877;REFB=0.00143861;REVB=-0.0167675;RO=57;SAF=14;SAR=1;SRF=17;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.724961;STB=0.942866;STBP=0.006;TYPE=mnp;VARB=-0.0464629;OID=.;OPOS=52903935;OREF=CA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:84:83:57:61:15:12:0.144578:1:14:17:40:1:11:18:43 chr1 52991638 . C T 955.05 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.134919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.392;QD=58.7721;RBI=0.135245;REFB=0;REVB=0.00939179;RO=0;SAF=15;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303052;OID=.;OPOS=52991638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:50:15:0:0:50:15:0:0 chr1 53072454 . T C 1406.41 PASS AF=0.978495;AO=89;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.02006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.468;QD=60.4909;RBI=0.0209397;REFB=-0.181135;REVB=0.00600591;RO=1;SAF=43;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108942;STB=0.500118;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000228501;OID=.;OPOS=53072454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:93:1:2:89:91:0.978495:46:43:1:0:46:45:1:1 chr1 53250650 . G A 1309.42 PASS AF=0.977778;AO=86;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0503442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5287;QD=58.1963;RBI=0.0970477;REFB=-0.183277;REVB=0.0829682;RO=3;SAF=32;SAR=54;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255931;STB=0.503267;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00809385;OID=.;OPOS=53250650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:90:90:3:2:86:88:0.977778:54:32:0:3:56:32:1:1 chr1 53320274 . G T 667.55 PASS AF=0.489051;AO=67;DP=137;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0499997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.366;QD=19.4904;RBI=0.0502875;REFB=0.00369049;REVB=-0.00537286;RO=70;SAF=39;SAR=28;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076872;STB=0.542491;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00398718;OID=.;OPOS=53320274;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:70:70:67:67:0.489051:28:39:35:35:28:39:35:35 chr1 53333392 . C T 258.37 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00730515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.957;QD=13.9657;RBI=0.0199973;REFB=-0.00663407;REVB=0.0186152;RO=44;SAF=14;SAR=16;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348601;STB=0.519842;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0076774;OID=.;OPOS=53333392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:16:14:22:22:16:14:22:22 chr1 53380922 . T G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00927211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.629;QD=12.8687;RBI=0.0449397;REFB=-0.00720895;REVB=0.0439727;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813502;STB=0.54786;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0162115;OID=.;OPOS=53380922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:6:10:6:5:6:10 chr1 53535478 . G A 335.86 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0809074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.313;QD=53.7369;RBI=0.0812218;REFB=0;REVB=0.00713983;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000865769;OID=.;OPOS=53535478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:13:12:0:0 chr1 53537266 . G A 1264.08 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.51;QD=61.6626;RBI=0.0516201;REFB=0;REVB=0.0198003;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301768;OID=.;OPOS=53537266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:44:38:0:0:44:38:0:0 chr1 53544439 . G A 369.3 PASS AF=0.552239;AO=27;DP=68;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00726372;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.567;QD=22.0477;RBI=0.0434553;REFB=-0.0407749;REVB=0.042844;RO=27;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165267;STB=0.538814;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0310839;OID=.;OPOS=53544439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:27:30:27:37:0.552239:16:11:16:11:18:19:18:12 chr1 53544513 . C T 219.17 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00458365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0103;QD=13.9153;RBI=0.0491036;REFB=-0.0168788;REVB=0.0488892;RO=35;SAF=16;SAR=10;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450998;STB=0.538029;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0253233;OID=.;OPOS=53544513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:37:26:26:0.412698:10:16:23:12:10:16:25:12 chr1 53544597 . T C 295.56 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00543689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.553;QD=15.3536;RBI=0.00738782;REFB=-0.0196793;REVB=-0.00500201;RO=44;SAF=19;SAR=14;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00782669;STB=0.504422;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0299511;OID=.;OPOS=53544597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:14:19:25:19:14:19:25:19 chr1 53547800 . A G 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=0;FWDB=-0.0822038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9234;QD=6.78765;RBI=0.0934271;REFB=-0.0091575;REVB=-0.0443976;RO=23;SAF=6;SAR=2;SRF=23;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.588275;STB=0.828216;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0115445;OID=.;OPOS=53547800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:2:6:23:0:2:6:23:0 chr1 53553702 . A G 1377.46 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00411425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.96;QD=62.6118;RBI=0.0119064;REFB=0;REVB=0.011173;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95684e-05;OID=.;OPOS=53553702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:46:41:0:0:46:42:0:0 chr1 53553754 . T C 396.56 PASS AF=0.445652;AO=37;DP=90;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0192306;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.265;QD=17.2418;RBI=0.0381114;REFB=-0.0302971;REVB=0.0329038;RO=51;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097284;STB=0.539927;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0354273;OID=.;OPOS=53553754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:51:51:37:41:0.445652:19:18:20:31:22:19:20:31 chr1 53555783 . A C 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0145291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.877;QD=22.5809;RBI=0.0328445;REFB=-0.0190557;REVB=-0.0294562;RO=7;SAF=9;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303269;STB=0.517212;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00976289;OID=.;OPOS=53555783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:3:9:5:2:3:9:5:2 chr1 53558270 . A G 1033.73 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7195;QD=59.0704;RBI=0.130354;REFB=0;REVB=0.124787;RO=1;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178329;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000788753;OID=.;OPOS=53558270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:1:0:69:70:1:26:43:0:1:27:43:0:0 chr1 53676448 . G A 369.88 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0238763;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.687;QD=19.2144;RBI=0.0336178;REFB=-0.0151755;REVB=-0.023666;RO=39;SAF=22;SAR=16;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175869;STB=0.597775;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0143692;OID=.;OPOS=53676448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:16:22:15:24:16:22:15:24 chr1 53679878 . T C 805.1 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1694;QD=64.4082;RBI=0.0844951;REFB=0;REVB=-0.0825997;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000839423;OID=.;OPOS=53679878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr1 53684524 . GC G,GG 585.56 PASS AF=0.0512821,0.948718;AO=14,25;DP=39;FAO=2,37;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582318,0.0549528;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=246.359,254.816;QD=60.0576;RBI=0.0658743,0.0619098;REFB=0,0;REVB=0.0307974,0.0285135;RO=0;SAF=10,13;SAR=4,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.63386e-08,3.94263e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00936008,0.00150136;OID=.,.;OPOS=53684525,53684525;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0512821,0.948718:14,25:39:2,37:39:0:0,23:2,14:0:0:10:0:10,13:4,12:0:0 chr1 53716416 . G A 1946.71 PASS AF=0.977099;AO=128;DP=131;FAO=128;FDP=131;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00205083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.465;QD=59.4416;RBI=0.0529274;REFB=-0.0282106;REVB=0.0528876;RO=3;SAF=75;SAR=53;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186264;STB=0.509802;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000469154;OID=.;OPOS=53716416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:131:131:3:3:128:128:0.977099:53:75:3:0:53:75:3:0 chr1 53732315 . G T 1569.59 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.86;QD=59.7938;RBI=0.0276569;REFB=0;REVB=0.0215564;RO=0;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45338e-05;OID=.;OPOS=53732315;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:103:105:1:54:49:0:0:56:49:0:0 chr1 53737011 . G A 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0230883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6527;QD=9.41544;RBI=0.0281966;REFB=0.0219624;REVB=0.0161856;RO=39;SAF=11;SAR=7;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00518461;STB=0.503077;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.0434062;OID=.;OPOS=53737011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:7:11:24:15:7:11:24:15 chr1 53792651 . A C 402.82 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0298465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.284;QD=19.1821;RBI=0.0375889;REFB=-0.00239833;REVB=-0.0228498;RO=43;SAF=21;SAR=20;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646541;STB=0.535945;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00663975;OID=.;OPOS=53792651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:20:21:19:24:20:21:19:24 chr1 53995515 . G A 522.85 PASS AF=0.512195;AO=35;DP=83;FAO=42;FDP=82;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=26;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.062236;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.7576;QD=25.5047;RBI=0.0768627;REFB=0.0134493;REVB=0.0451059;RO=11;SAF=22;SAR=13;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138424;STB=0.56329;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0557676;OID=.;OPOS=53995515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:11:26:35:42:0.512195:13:22:10:1:18:24:19:7 chr1 54060016 . G C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0102087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.461;QD=10.034;RBI=0.0116782;REFB=-0.0142503;REVB=0.00567126;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260267;STB=0.665925;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0129556;OID=.;OPOS=54060016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:4:3:1:4:4:3 chr1 54060248 . T C 330.47 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00670374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.229;QD=13.4885;RBI=0.0179854;REFB=-0.000312986;REVB=-0.0166893;RO=60;SAF=20;SAR=17;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800328;STB=0.550633;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.000389634;OID=.;OPOS=54060248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:60:61:37:37:0.377551:17:20:28:32:17:20:28:33 chr1 54354658 . T G 112.43 PASS AF=0.52;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0153737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.663;QD=17.9895;RBI=0.0654451;REFB=-0.0068796;REVB=0.0636138;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171635;STB=0.610503;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0114572;OID=.;OPOS=54354658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:12:12:12:13:0.52:9:3:5:7:10:3:5:7 chr1 54562444 . A G 1339.63 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.847;QD=62.3082;RBI=0.0382643;REFB=0;REVB=0.011665;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106389;OID=.;OPOS=54562444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:37:49:0:0:37:49:0:0 chr1 54564485 . G A 735.52 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.372;QD=62.5972;RBI=0.0500426;REFB=0;REVB=0.0461515;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116583;OID=.;OPOS=54564485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:28:18:0:0:29:18:0:0 chr1 54571318 . CG GT,TG 451.34 PASS AF=0.272727,0.727273;AO=2,30;DP=32;FAO=9,24;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=8,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141924,0.0649862;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=129.062,85.9412;QD=54.708;RBI=0.0216779,0.0649866;REFB=0,0;REVB=0.0163862,-0.000239819;RO=0;SAF=1,15;SAR=1,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00115728,0.0143683;OID=.,.;OPOS=54571318,54571318;OREF=CG,C;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:64:32:33:0:0:2,30:9,24:0.272727,0.727273:1,15:1,15:0:0:8,8:1,16:0:0 chr1 54605319 . G GC 249.5 PASS AF=0.659574;AO=25;DP=51;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=-0.00337938;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.516;QD=21.2339;RBI=0.04615;REFB=-0.00232816;REVB=-0.0460261;RO=25;SAF=23;SAR=2;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490195;STB=0.587047;STBP=0.213;TYPE=ins;VARB=0.00104539;OID=.;OPOS=54605320;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.659574:25:51:31:47:16:24:7:15:1:86:25:23:2:15:10 chr1 54606804 . C T 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.065;QD=59.8394;RBI=0.0316122;REFB=0;REVB=0.0154533;RO=0;SAF=28;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135204;OID=.;OPOS=54606804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:8:28:0:0:8:28:0:0 chr1 54607051 . A G 501.41 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00300462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.271;QD=58.9889;RBI=0.0139298;REFB=0;REVB=0.0136019;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18376e-05;OID=.;OPOS=54607051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:18:15:0:0:18:16:0:0 chr1 54637167 . T C,G 444.03 PASS AF=0.909091,0.0606061;AO=30,2;DP=33;FAO=30,2;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18,0;FSAR=12,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0347851,-0.0897886;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=89.8774,21.8617;QD=53.8215;RBI=0.0351122,0.113073;REFB=-0.175856,0.0755158;REVB=0.00478104,-0.0687279;RO=1;SAF=18,0;SAR=12,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0251989,-0.697199;STB=0.513505,0.993266;STBP=0.54,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=0.00370296,0.133175;OID=.,.;OPOS=54637167,54637167;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:33:1:1:30,2:30,2:0.909091,0.0606061:12,2:18,0:1:0:12,2:18,0:1:0 chr1 54637417 . G A 1717.19 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00760793;FXX=0.00877116;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.831;QD=60.7856;RBI=0.0260497;REFB=0;REVB=0.024914;RO=0;SAF=71;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.03664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25516e-05;OID=.;OPOS=54637417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:42:71:0:0:42:71:0:0 chr1 54637697 . A G 976.42 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00535825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.658;QD=57.4362;RBI=0.0229339;REFB=0.00906925;REVB=0.0222992;RO=1;SAF=27;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171796;STB=0.509088;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=4.874e-05;OID=.;OPOS=54637697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:40:27:1:0:40:27:1:0 chr1 54637915 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.628;QD=37.4884;RBI=0.0510154;REFB=0;REVB=0.00273467;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166098;OID=.;OPOS=54637915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr1 54661108 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0341656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.215;QD=18.8853;RBI=0.0413855;REFB=-0.0459544;REVB=-0.0233554;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396203;STB=0.726763;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0409403;OID=.;OPOS=54661108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:0:5:3:5:0:5 chr1 54683856 . C G 2033.05 PASS AF=0.992537;AO=127;DP=128;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0592827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5462;QD=60.688;RBI=0.0880957;REFB=-0.117203;REVB=0.0651646;RO=1;SAF=79;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00597757;STB=0.503144;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00191043;OID=.;OPOS=54683856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:134:1:1:127:133:0.992537:48:79:1:0:54:79:1:0 chr1 54683925 . G A 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00855314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.059;QD=62.008;RBI=0.0466764;REFB=0;REVB=0.045886;RO=0;SAF=54;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208562;OID=.;OPOS=54683925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:30:54:0:0:30:54:0:0 chr1 54686374 . T C 1440.28 PASS AF=0.959184;AO=93;DP=98;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=59;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0208192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3837;QD=58.787;RBI=0.0212168;REFB=0.0450345;REVB=-0.00408838;RO=5;SAF=59;SAR=34;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647742;STB=0.527021;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0134915;OID=.;OPOS=54686374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:98:5:4:93:94:0.959184:34:59:0:5:35:59:0:4 chr1 54686464 . C T 1227.48 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9637;QD=61.3738;RBI=0.0506663;REFB=0;REVB=0.00426654;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428844;OID=.;OPOS=54686464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr1 54690867 . G A 1291.47 PASS AF=0.977273;AO=84;DP=86;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.012411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.077;QD=58.7033;RBI=0.0127798;REFB=0.025959;REVB=-0.00304806;RO=2;SAF=52;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0055495;STB=0.503105;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-8.43484e-06;OID=.;OPOS=54690867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:88:2:2:84:86:0.977273:32:52:1:1:32:54:1:1 chr1 54692174 . C A 234.83 PASS AF=0.303922;AO=31;DP=102;FAO=31;FDP=102;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0042218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.879;QD=9.20911;RBI=0.013235;REFB=-0.00256641;REVB=-0.0125436;RO=69;SAF=20;SAR=11;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133173;STB=0.579658;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00645804;OID=.;OPOS=54692174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:69:71:31:31:0.303922:11:20:37:32:11:20:38:33 chr1 54704563 . G A 41.13 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0520689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.6934;QD=16.451;RBI=0.0648574;REFB=-0.0478095;REVB=0.0386693;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119263;STB=0.571183;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0160203;OID=.;OPOS=54704563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:2:4:2:2:2:4:2:2 chr1 54704567 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.007;QD=40.761;RBI=0.0627186;REFB=0;REVB=-0.0476445;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.83664e-05;OID=.;OPOS=54704567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr1 54704629 . C T 724.11 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00590241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.694;QD=54.6498;RBI=0.024123;REFB=-0.0795337;REVB=-0.0233897;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.511623;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000263549;OID=.;OPOS=54704629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:31:21:0:0:31:21:1:0 chr1 55060251 . C T 638.72 PASS AF=0.512;AO=64;DP=125;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.000395518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.997;QD=20.4391;RBI=0.0197655;REFB=-0.0365725;REVB=0.0197615;RO=60;SAF=30;SAR=34;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713657;STB=0.535221;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0338624;OID=.;OPOS=55060251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:60:61:64:64:0.512:34:30:33:27:34:30:33:28 chr1 55064980 . G A 629.77 PASS AF=0.54386;AO=62;DP=115;FAO=62;FDP=114;FR=.;FRO=52;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00478977;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.213;QD=22.0971;RBI=0.0335427;REFB=-0.0435226;REVB=-0.0331989;RO=51;SAF=39;SAR=23;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134291;STB=0.578508;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0223325;OID=.;OPOS=55064980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:51:52:62:62:0.54386:23:39:24:27:23:39:24:28 chr1 55064992 . C T 188.9 PASS AF=0.243697;AO=29;DP=119;FAO=29;FDP=119;FR=.;FRO=90;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=-0.00372903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.4;QD=6.34972;RBI=0.0965102;REFB=-0.00832035;REVB=-0.0964382;RO=90;SAF=14;SAR=15;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07674;STB=0.546527;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0379753;OID=.;OPOS=55064992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:90:90:29:29:0.243697:15:14:49:41:15:14:49:41 chr1 55075062 . C T 268.22 PASS AF=0.518519;AO=25;DP=57;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0022981;FXX=0.0526223;HRUN=5;LEN=1;MLLD=91.7126;QD=19.8681;RBI=0.0028122;REFB=-0.00915131;REVB=-0.00162087;RO=23;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00149175;STB=0.518505;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0120079;OID=.;OPOS=55075062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:54:23:26:25:28:0.518519:13:12:11:12:14:14:12:14 chr1 55075122 . C G 348.93 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0326088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3879;QD=15.0077;RBI=0.0514542;REFB=0.0184332;REVB=-0.0398019;RO=55;SAF=19;SAR=19;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665022;STB=0.537615;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.0274221;OID=.;OPOS=55075122;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:55:38:38:0.408602:19:19:31:24:19:19:31:24 chr1 55080524 . G A 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.00982208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.101;QD=15.9154;RBI=0.0102852;REFB=-0.00266329;REVB=-0.00305169;RO=33;SAF=2;SAR=26;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4129;STB=0.736892;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00161936;OID=.;OPOS=55080524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:28:28:0.451613:26:2:9:24:26:2:9:25 chr1 55118566 . C G 1037.85 PASS AF=0.985714;AO=62;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.731;QD=59.3058;RBI=0.0652585;REFB=0;REVB=0.0522761;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000663486;OID=.;OPOS=55118566;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:0:0:62:69:0.985714:31:31:0:0:34:35:0:0 chr1 55119144 . A G 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.847;QD=59.8552;RBI=0.0440105;REFB=0;REVB=0.0361018;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145461;OID=.;OPOS=55119144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr1 55119289 . G C 576.32 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00707778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1196;QD=60.6649;RBI=0.0285149;REFB=0;REVB=0.0276225;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195174;OID=.;OPOS=55119289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:11:26:0:0:12:26:0:0 chr1 55119546 . A G 1433.46 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0960027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.57;QD=62.3242;RBI=0.0975266;REFB=0;REVB=0.0171731;RO=0;SAF=14;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14199e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330791;OID=.;OPOS=55119546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:75:92:0:0:73:92:1:59:14:0:0:62:30:0:0 chr1 55130865 . C T 66.89 PASS AF=0.149425;AO=13;DP=87;FAO=13;FDP=87;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=27;FWDB=0.0146397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.269;QD=3.07551;RBI=0.0265496;REFB=-0.00228601;REVB=-0.0221487;RO=74;SAF=8;SAR=5;SRF=47;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026252;STB=0.517864;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00955148;OID=.;OPOS=55130865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:87:87:74:74:13:13:0.149425:5:8:47:27:5:8:47:27 chr1 55139741 . A G 2201.42 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00579602;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.02;QD=63.3503;RBI=0.0269095;REFB=0;REVB=0.0262779;RO=0;SAF=82;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7091e-05;OID=.;OPOS=55139741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:138:139:1:56:82:0:0:56:83:0:0 chr1 55167773 . T A 2812.79 PASS AF=1;AO=176;DP=179;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100703;FXX=0.0163925;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2763;QD=62.5065;RBI=0.0606235;REFB=0;REVB=0.0597813;RO=0;SAF=81;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30158e-05;OID=.;OPOS=55167773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:180:0:0:176:180:1:95:81:0:0:99:81:0:0 chr1 55182300 . T A 1767.36 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4319;QD=60.9436;RBI=0.0108115;REFB=0;REVB=-0.0018967;RO=0;SAF=64;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08372e-05;OID=.;OPOS=55182300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:52:64:0:0:52:64:0:0 chr1 55224799 . G A 431.92 PASS AF=0.56;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0120384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.709;QD=23.0357;RBI=0.0145036;REFB=-0.0136155;REVB=-0.00808894;RO=32;SAF=17;SAR=25;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265661;STB=0.50886;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.017382;OID=.;OPOS=55224799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:32:33:42:42:0.56:25:17:14:18:25:17:14:19 chr1 55251689 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.287;QD=58.7817;RBI=0.0568593;REFB=0;REVB=0.0555358;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.6005e-05;OID=.;OPOS=55251689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr1 55273580 . G T 658.46 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000268079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.499;QD=56.0387;RBI=0.0045127;REFB=-0.0621266;REVB=-0.00450473;RO=3;SAF=24;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025533;STB=0.513613;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.000855629;OID=.;OPOS=55273580;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:3:3:44:44:0.93617:20:24:1:2:20:24:1:2 chr1 55277599 . T C 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0497115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7885;QD=63.2832;RBI=0.0509532;REFB=0;REVB=-0.0111802;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000331906;OID=.;OPOS=55277599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr1 55319902 . A G 1139.04 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0232159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.547;QD=59.1708;RBI=0.0262584;REFB=-0.0579784;REVB=0.0122688;RO=1;SAF=37;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012618;STB=0.506665;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000796122;OID=.;OPOS=55319902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:39:37:1:0:39:37:1:0 chr1 55352309 . C T 100.21 PASS AF=0.428571;AO=13;DP=29;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0263597;FXX=0.0344709;HRUN=5;LEN=1;MLLD=166.024;QD=14.3155;RBI=0.0263614;REFB=-0.0388311;REVB=0.00029542;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194659;STB=0.599828;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0273597;OID=.;OPOS=55352309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:16:16:13:12:0.428571:4:9:8:8:4:8:8:8 chr1 55446697 . G A 191.68 PASS AF=0.403509;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.00237607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.197;QD=13.4513;RBI=0.0227488;REFB=-0.0349634;REVB=0.0226244;RO=33;SAF=13;SAR=9;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188909;STB=0.601925;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0442063;OID=.;OPOS=55446697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:33:34:22:23:0.403509:9:13:25:8:9:14:26:8 chr1 55457710 . G A 403.77 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0107703;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.463;QD=21.8252;RBI=0.012196;REFB=-0.020705;REVB=-0.00572224;RO=33;SAF=18;SAR=22;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149775;STB=0.587458;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0148375;OID=.;OPOS=55457710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:34:40:40:0.540541:22:18:9:24:22:18:9:25 chr1 55464986 . G A 282.65 PASS AF=0.641026;AO=24;DP=38;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.619;QD=28.9893;RBI=0.103999;REFB=-0.0271725;REVB=0.020293;RO=14;SAF=14;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150852;STB=0.587558;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0133165;OID=.;OPOS=55464986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:14:14:24:25:0.641026:10:14:5:9:10:15:5:9 chr1 55474196 . G T 48.92 PASS AF=0.114583;AO=11;DP=95;FAO=11;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=57;FSRR=28;FWDB=-0.0048461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.312;QD=2.03844;RBI=0.0241931;REFB=-0.000942175;REVB=-0.0237028;RO=83;SAF=10;SAR=1;SRF=55;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40259;STB=0.811617;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0145205;OID=.;OPOS=55474196;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:95:96:83:85:11:11:0.114583:1:10:55:28:1:10:57:28 chr1 55518467 . A G 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00328203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.109;QD=17.1001;RBI=0.0268771;REFB=-0.0226367;REVB=-0.0266759;RO=15;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212445;STB=0.512178;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0236634;OID=.;OPOS=55518467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:10:4:4:11:10:4:4:11 chr1 55523033 . A G 2584.4 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3096;QD=61.9017;RBI=0.0365356;REFB=0;REVB=-0.0339544;RO=0;SAF=89;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169713;OID=.;OPOS=55523033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:78:89:0:0:78:89:0:0 chr1 55524197 . A G 941.17 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00342064;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.525;QD=58.8233;RBI=0.0506603;REFB=0;REVB=-0.0505447;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05837e-05;OID=.;OPOS=55524197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr1 55524237 . G A 1518.42 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.365;QD=63.2674;RBI=0.0418919;REFB=0;REVB=0.0381372;RO=0;SAF=56;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102666;OID=.;OPOS=55524237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:39:56:0:0:39:57:0:0 chr1 55529187 . G A 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326164;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.493;QD=62.9081;RBI=0.0335633;REFB=0;REVB=0.00791597;RO=0;SAF=54;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62597e-05;OID=.;OPOS=55529187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:36:54:0:0:36:54:0:0 chr1 55541174 . A G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.471;QD=59.3228;RBI=0.042085;REFB=0;REVB=0.0388937;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182775;OID=.;OPOS=55541174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr1 55547069 . C T 330.4 PASS AF=0.289308;AO=46;DP=159;FAO=46;FDP=159;FR=.;FRO=113;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=67;FSRR=46;FWDB=-0.0242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.834;QD=8.31192;RBI=0.0251091;REFB=0.00494931;REVB=-0.00669528;RO=112;SAF=23;SAR=23;SRF=67;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118956;STB=0.56601;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00885672;OID=.;OPOS=55547069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:112:113:46:46:0.289308:23:23:67:45:23:23:67:46 chr1 55638075 . G A 1484.4 PASS AF=1;AO=98;DP=101;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257459;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.196;QD=59.9758;RBI=0.0349384;REFB=0;REVB=-0.0236188;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.16878e-05;OID=.;OPOS=55638075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:99:0:0:98:99:1:50:48:0:0:50:49:0:0 chr1 55839117 . G T 294.51 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.000550382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.347;QD=15.1033;RBI=0.00451576;REFB=-0.00405413;REVB=0.00448209;RO=45;SAF=12;SAR=21;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154336;STB=0.587476;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00468351;OID=.;OPOS=55839117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:21:12:23:22:21:12:23:22 chr1 55842312 . G C 333.08 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00851346;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.446;QD=16.4481;RBI=0.037691;REFB=0.0106534;REVB=0.0367169;RO=45;SAF=18;SAR=18;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989249;STB=0.555525;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.0147234;OID=.;OPOS=55842312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:18:18:27:18:18:18:27:18 chr1 55864258 . C T 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000761778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3216;QD=61.2129;RBI=0.0134369;REFB=0;REVB=-0.0134153;RO=0;SAF=28;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103087;OID=.;OPOS=55864258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:51:28:0:0:51:28:0:0 chr1 56714810 . A G 510.49 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0213574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9068;QD=18.3961;RBI=0.0801645;REFB=0.017846;REVB=0.0772671;RO=57;SAF=33;SAR=21;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161325;STB=0.589451;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0147129;OID=.;OPOS=56714810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:57:54:54:0.486486:21:33:25:32:21:33:25:32 chr1 56961756 . A G 338.03 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0487095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.0224;QD=22.9176;RBI=0.0511718;REFB=-0.030616;REVB=-0.0156825;RO=25;SAF=19;SAR=15;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12187;STB=0.567125;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0313126;OID=.;OPOS=56961756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:15:19:10:15:15:19:10:15 chr1 56962340 . G A 206.63 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00498583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.416;QD=11.0202;RBI=0.00841972;REFB=-0.00923095;REVB=-0.00678478;RO=48;SAF=10;SAR=16;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264717;STB=0.646354;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0104999;OID=.;OPOS=56962340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:49:26:26:0.346667:16:10:30:18:16:10:30:19 chr1 57180867 . A G 913.86 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.448;QD=57.1165;RBI=0.028798;REFB=0;REVB=0.00533592;RO=1;SAF=34;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199656;OID=.;OPOS=57180867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:64:1:0:63:64:1:29:34:1:0:29:35:0:0 chr1 57221558 . A G 273.07 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=62;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0128316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.146;QD=17.338;RBI=0.0172138;REFB=0.00288187;REVB=-0.0114746;RO=32;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398906;STB=0.522373;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.00597242;OID=.;OPOS=57221558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:32:33:29:30:0.47619:16:13:13:19:16:14:14:19 chr1 57422484 . C T 1380.84 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103283;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.942;QD=62.7657;RBI=0.0233093;REFB=0;REVB=0.0208962;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84023e-07;OID=.;OPOS=57422484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:45:43:0:0:45:43:0:0 chr1 58939634 . G A 1110.73 PASS AF=0.537313;AO=108;DP=201;FAO=108;FDP=201;FR=.;FRO=93;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.00345726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.033;QD=22.1042;RBI=0.0123012;REFB=-0.00671453;REVB=0.0118054;RO=92;SAF=56;SAR=52;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00645263;STB=0.501107;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00565505;OID=.;OPOS=58939634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:92:93:108:108:0.537313:52:56:47:45:52:56:48:45 chr1 59002221 . T C 434.91 PASS AF=0.518072;AO=42;DP=82;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00402825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.324;QD=20.9594;RBI=0.0135589;REFB=0.0105135;REVB=0.0129466;RO=40;SAF=23;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640804;STB=0.540218;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00940188;OID=.;OPOS=59002221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:40:40:42:43:0.518072:19:23:19:21:19:24:19:21 chr1 59002282 . A C 536.06 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0179901;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.976;QD=20.2287;RBI=0.0230085;REFB=-0.0140826;REVB=0.0143438;RO=51;SAF=36;SAR=19;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150132;STB=0.582913;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0149449;OID=.;OPOS=59002282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:51:55:55:0.518868:19:36:25:26:19:36:25:26 chr1 59004617 . G A 270.75 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.035115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.1384;QD=16.9216;RBI=0.0367395;REFB=0.0228984;REVB=-0.010804;RO=34;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115537;STB=0.506489;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.0323314;OID=.;OPOS=59004617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:18:12:14:20:18:12:14:20 chr1 59042181 . G T 77.19 PASS AF=0.323529;AO=10;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0983448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5306;QD=9.08064;RBI=0.103119;REFB=0.00604686;REVB=0.0310145;RO=24;SAF=9;SAR=1;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.625394;STB=0.898117;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00388871;OID=.;OPOS=59042181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:34:34:24:23:10:11:0.323529:1:9:9:15:1:10:8:15 chr1 59142713 . T C 1857.1 PASS AF=0.962121;AO=124;DP=131;FAO=127;FDP=132;FR=.;FRO=5;FSAF=71;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00745656;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.4314;QD=56.2758;RBI=0.00783526;REFB=-0.0496725;REVB=0.00240643;RO=2;SAF=71;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175884;STB=0.521364;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000558924;OID=.;OPOS=59142713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:131:132:2:5:124:127:0.962121:53:71:0:2:56:71:0:5 chr1 59147926 . T C 1395.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3255;QD=62.7175;RBI=0.0702431;REFB=0;REVB=0.068999;RO=0;SAF=60;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99908e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299612;OID=.;OPOS=59147926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:29:60:0:0:29:60:0:0 chr1 59248813 . G C 131.0 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231067;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.125;QD=43.6662;RBI=0.05082;REFB=0;REVB=0.0452631;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413606;OID=.;OPOS=59248813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:13:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr1 59249031 . T G 2854.87 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.118;QD=62.7444;RBI=0.0611;REFB=0;REVB=0.0485201;RO=0;SAF=83;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21209e-05;OID=.;OPOS=59249031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:182:0:0:175:182:1:92:83:0:0:97:85:0:0 chr1 59249347 . G C 3441.91 PASS AF=1;AO=221;DP=222;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034139;FXX=0.0045043;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.257;QD=62.297;RBI=0.0341413;REFB=-0.0723583;REVB=0.00039654;RO=1;SAF=122;SAR=99;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0038897;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23629e-05;OID=.;OPOS=59249347;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:222:221:1:0:221:221:1:99:122:1:0:99:122:0:0 chr1 59364918 . G A 195.58 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0424002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1072;QD=12.6182;RBI=0.0431643;REFB=-0.0115612;REVB=0.00808554;RO=36;SAF=4;SAR=20;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48456;STB=0.782875;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0296907;OID=.;OPOS=59364918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:38:24:24:0.387097:20:4:21:15:20:4:22:16 chr1 59787350 . T G 585.46 PASS AF=0.531532;AO=59;DP=110;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.324;QD=21.0975;RBI=0.0123642;REFB=-0.00403482;REVB=-0.0122189;RO=51;SAF=31;SAR=28;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112167;STB=0.556754;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00337576;OID=.;OPOS=59787350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:51:52:59:59:0.531532:28:31:20:31:28:31:21:31 chr1 59844471 . G A 657.92 PASS AF=0.395722;AO=74;DP=188;FAO=74;FDP=187;FR=.;FRO=113;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=58;FSRR=55;FWDB=-0.00101652;FXX=0.00531887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.851;QD=14.0732;RBI=0.00356402;REFB=-0.0063419;REVB=-0.00341598;RO=113;SAF=30;SAR=44;SRF=58;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116987;STB=0.565898;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00799917;OID=.;OPOS=59844471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:113:113:74:74:0.395722:44:30:58:55:44:30:58:55 chr1 60340462 . AT A 76.15 PASS AF=0.30303;AO=41;DP=133;FAO=40;FDP=132;FR=.;FRO=92;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=0.119863;FXX=0.00751823;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.6503;QD=2.30766;RBI=0.122601;REFB=-0.0297904;REVB=-0.025764;RO=82;SAF=21;SAR=20;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0.34252;SSSB=-0.0281724;STB=0.505316;STBP=0.944;TYPE=del;VARB=0.00990804;OID=.;OPOS=60340463;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30303:41:133:40:132:92:21:19:49:43:76:82:21:20:44:38 chr1 60505783 . G C 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0131625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2254;QD=15.1564;RBI=0.0340347;REFB=-0.0110513;REVB=-0.0313864;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903871;STB=0.551295;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0222438;OID=.;OPOS=60505783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:14:11:17:15:14:11:17:15 chr1 60506744 . G A 485.1 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.00691346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.887;QD=18.8389;RBI=0.0484182;REFB=-0.0401273;REVB=-0.0479221;RO=50;SAF=36;SAR=15;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285756;STB=0.668179;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0397929;OID=.;OPOS=60506744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:50:52:51:51:0.495146:15:36:20:30:15:36:20:32 chr1 61869783 . G A 1043.2 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8015;QD=59.6117;RBI=0.0339559;REFB=0;REVB=0.0265092;RO=0;SAF=45;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56812e-05;OID=.;OPOS=61869783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:25:45:0:0:25:45:0:0 chr1 61869820 . C T 274.38 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.00882695;FXX=0.0263123;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.584;QD=14.8313;RBI=0.0420314;REFB=-0.00821902;REVB=0.041094;RO=42;SAF=19;SAR=12;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085117;STB=0.553118;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0122436;OID=.;OPOS=61869820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:42:43:31:31:0.418919:12:19:29:13:12:19:30:13 chr1 62232031 . C T 2595.0 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.194;QD=61.7857;RBI=0.0419421;REFB=0;REVB=0.0235489;RO=0;SAF=88;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48685e-05;OID=.;OPOS=62232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:168:0:0:166:168:1:78:88:0:0:79:89:0:0 chr1 62253483 . G A 434.92 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=37;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00599022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.887;QD=20.9598;RBI=0.0126698;REFB=0.00228242;REVB=0.0111643;RO=40;SAF=37;SAR=6;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33731;STB=0.689726;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00209567;OID=.;OPOS=62253483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:6:37:24:16:6:37:24:16 chr1 62261168 . A G 813.93 PASS AF=0.522013;AO=83;DP=159;FAO=83;FDP=159;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.00763067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4212;QD=20.4761;RBI=0.0353975;REFB=-0.0110428;REVB=0.0345653;RO=72;SAF=32;SAR=51;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879794;STB=0.556234;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0118044;OID=.;OPOS=62261168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:72:76:83:83:0.522013:51:32:35:37:51:32:38:38 chr1 62318192 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0746766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.343;QD=52.6132;RBI=0.0767444;REFB=0;REVB=-0.0176949;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000891114;OID=.;OPOS=62318192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr1 62330080 . T G 943.04 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158785;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.743;QD=58.9402;RBI=0.0333443;REFB=0;REVB=0.0293209;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178832;OID=.;OPOS=62330080;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:41:23:0:0:41:23:0:0 chr1 62380270 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.876;QD=61.3356;RBI=0.0483319;REFB=0;REVB=-0.00490483;RO=0;SAF=7;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48559e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255262;OID=.;OPOS=62380270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:33:7:0:0:33:7:0:0 chr1 62380298 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.743;QD=59.8394;RBI=0.0146991;REFB=0;REVB=0.00626958;RO=0;SAF=7;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02706e-05;OID=.;OPOS=62380298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:29:7:0:0:29:7:0:0 chr1 62393497 . C T 219.84 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0328033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.819;QD=11.8833;RBI=0.0328033;REFB=-0.00299679;REVB=1.2113e-05;RO=47;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935756;STB=0.553807;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00714684;OID=.;OPOS=62393497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:15:12:17:30:15:12:17:30 chr1 62456014 . G A 245.17 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.000609055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.895;QD=17.8306;RBI=0.0275251;REFB=-0.0214176;REVB=-0.0275184;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494418;STB=0.545421;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.022612;OID=.;OPOS=62456014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:28:26:27:0.490909:15:11:10:17:15:12:10:18 chr1 62516683 . G C 395.8 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.00208454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.78;QD=14.0106;RBI=0.0135177;REFB=-0.0064279;REVB=-0.013356;RO=67;SAF=26;SAR=20;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767254;STB=0.543325;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0109029;OID=.;OPOS=62516683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:67:67:46:46:0.40708:20:26:33:34:20:26:33:34 chr1 62579823 . G A 1306.08 PASS AF=0.988372;AO=79;DP=80;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0230941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3977;QD=60.7481;RBI=0.157211;REFB=0.0529038;REVB=0.155506;RO=1;SAF=47;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996677;STB=0.505262;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000671249;OID=.;OPOS=62579823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:86:1:1:79:85:0.988372:32:47:1:0:38:47:1:0 chr1 62579907 . C T 1171.96 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0430857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.079;QD=60.8809;RBI=0.0457371;REFB=0;REVB=0.0153461;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.54127e-05;OID=.;OPOS=62579907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:45:31:0:0:46:31:0:0 chr1 62603421 . C T 2403.9 PASS AF=0.993711;AO=158;DP=159;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.247;QD=60.4755;RBI=0.0195032;REFB=-0.0614174;REVB=-0.0114297;RO=1;SAF=91;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704817;STB=0.503703;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000435289;OID=.;OPOS=62603421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:159:1:1:158:158:0.993711:67:91:0:1:67:91:0:1 chr1 62603544 . C T 1175.19 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0560471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5032;QD=59.5035;RBI=0.0564023;REFB=-0.111412;REVB=0.00631953;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.505262;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00254492;OID=.;OPOS=62603544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:0:1:77:78:0.987342:31:46:0:0:31:47:1:0 chr1 62644118 . A G 764.39 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8576;QD=63.6989;RBI=0.0240336;REFB=0;REVB=0.0233956;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122265;OID=.;OPOS=62644118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:25:23:0:0 chr1 62672546 . G A 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00912329;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=313.817;QD=47.8146;RBI=0.0161052;REFB=0.0587856;REVB=0.0132719;RO=1;SAF=4;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102024;STB=0.555499;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.000135411;OID=.;OPOS=62672546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:17:4:1:0:17:4:1:0 chr1 62713224 . C G 2873.8 PASS AF=0.989247;AO=185;DP=187;FAO=184;FDP=186;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=95;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0041572;FXX=0.00534731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.273;QD=61.8021;RBI=0.00980791;REFB=-0.0474294;REVB=0.00888328;RO=2;SAF=90;SAR=95;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104619;STB=0.505555;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.000580344;OID=.;OPOS=62713224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:187:186:2:2:185:184:0.989247:95:90:2:0:95:89:2:0 chr1 62728784 . A G 1462.48 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00926807;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9378;QD=63.586;RBI=0.0503421;REFB=0;REVB=-0.0494816;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317869;OID=.;OPOS=62728784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:92:0:0:92:92:1:43:49:0:0:43:49:0:0 chr1 62728838 . T C 2314.88 PASS AF=1;AO=145;DP=147;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331304;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6837;QD=63.8587;RBI=0.0427317;REFB=0;REVB=0.0269885;RO=0;SAF=69;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110263;OID=.;OPOS=62728838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:145:0:0:145:145:1:76:69:0:0:76:69:0:0 chr1 62728861 . T C 2272.35 PASS AF=0.993377;AO=149;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0100676;FXX=0.00657851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.392;QD=60.1947;RBI=0.0332165;REFB=-0.0642927;REVB=-0.0316541;RO=1;SAF=69;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590857;STB=0.503105;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000569731;OID=.;OPOS=62728861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:1:1:149:150:0.993377:80:69:0:1:80:70:0:1 chr1 62728918 . G A 1970.6 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153472;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.756;QD=62.0662;RBI=0.0252514;REFB=0;REVB=0.0200524;RO=0;SAF=56;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51659e-05;OID=.;OPOS=62728918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:71:56:0:0:71:56:0:0 chr1 62732421 . T C 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.928;QD=59.4335;RBI=0.060569;REFB=0;REVB=0.021194;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557858;OID=.;OPOS=62732421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr1 62738904 . T C 1933.53 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.924;QD=61.8728;RBI=0.055985;REFB=0;REVB=0.0554959;RO=0;SAF=64;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25817e-05;OID=.;OPOS=62738904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:61:64:0:0:61:64:0:0 chr1 62740446 . T C 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2308;QD=57.1758;RBI=0.0229664;REFB=0;REVB=0.0188372;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228326;OID=.;OPOS=62740446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr1 62740449 . T C 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00344237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.585;QD=64.1512;RBI=0.013942;REFB=0;REVB=-0.0135103;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.10191e-05;OID=.;OPOS=62740449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr1 63069711 . T C 688.42 PASS AF=0.438596;AO=75;DP=170;FAO=75;FDP=171;FR=.;FRO=96;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=-0.0121358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.604;QD=16.1034;RBI=0.0154863;REFB=-0.0286359;REVB=-0.00962018;RO=95;SAF=32;SAR=43;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795024;STB=0.541551;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0376385;OID=.;OPOS=63069711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:95:96:75:75:0.438596:43:32:48:47:43:32:48:48 chr1 63090968 . G A 220.97 PASS AF=0.268908;AO=32;DP=120;FAO=32;FDP=119;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=-0.0383694;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1719;QD=7.42763;RBI=0.0517503;REFB=0.0100744;REVB=0.0347258;RO=86;SAF=21;SAR=11;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140205;STB=0.571938;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.0341453;OID=.;OPOS=63090968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:86:87:32:32:0.268908:11:21:47:39:11:21:49:38 chr1 63881552 . C T 709.04 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00395321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.095;QD=63.0256;RBI=0.00572485;REFB=0;REVB=0.00414077;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47559e-07;OID=.;OPOS=63881552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:14:30:0:0:14:31:0:0 chr1 63991267 . T C 346.47 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.000489226;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.143;QD=16.6972;RBI=0.00207969;REFB=-0.0116952;REVB=-0.00202133;RO=46;SAF=19;SAR=18;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116071;STB=0.565041;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00998736;OID=.;OPOS=63991267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:46:46:37:37:0.445783:18:19:29:17:18:19:29:17 chr1 63997598 . GA G 161.52 PASS AF=0.376238;AO=35;DP=101;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.059271;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.577;QD=6.39698;RBI=0.119365;REFB=-0.0217294;REVB=-0.10361;RO=60;SAF=10;SAR=25;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216661;STB=0.626416;STBP=0.055;TYPE=del;VARB=0.0298779;OID=.;OPOS=63997599;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.376238:35:101:38:101:63:11:27:30:33:99:60:10:25:28:32 chr1 64015217 . G A 229.39 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0186981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5722;QD=14.1163;RBI=0.0234755;REFB=-0.0099924;REVB=-0.0141943;RO=38;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136675;STB=0.57741;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0170653;OID=.;OPOS=64015217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:15:12:12:26:15:12:12:26 chr1 64097432 . C T 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.869;QD=63.6149;RBI=0.0513243;REFB=0;REVB=-0.0141465;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19156e-05;OID=.;OPOS=64097432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:49:46:0:0:49:46:0:0 chr1 64114301 . T C 223.25 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0313983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.872;QD=10.5058;RBI=0.0314649;REFB=-0.0094654;REVB=-0.0020462;RO=57;SAF=8;SAR=20;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152097;STB=0.589287;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0180214;OID=.;OPOS=64114301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:57:57:28:28:0.329412:20:8:23:34:20:8:23:34 chr1 64121441 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.426;QD=51.9167;RBI=0.0710294;REFB=0;REVB=0.0610418;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168251;OID=.;OPOS=64121441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr1 64121569 . A C,T 641.84 PASS AF=0.674419,0.325581;AO=29,14;DP=43;FAO=29,14;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=11,4;FSAR=18,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678524,0.0526813;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.459,23.7751;QD=59.7056;RBI=0.0679015,0.0528266;REFB=0,0;REVB=0.00258345,0.00391487;RO=0;SAF=11,4;SAR=18,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.63386e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00546077,-0.0200326;OID=.,.;OPOS=64121569,64121569;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:43:43:0:0:29,14:29,14:0.674419,0.325581:18,10:11,4:0:0:18,10:11,4:0:0 chr1 64121684 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00624696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.828;QD=52.6132;RBI=0.00777069;REFB=0;REVB=0.0046216;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92748e-05;OID=.;OPOS=64121684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr1 64515379 . C T 966.67 PASS AF=1;AO=66;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240559;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.365;QD=56.8626;RBI=0.0974096;REFB=0;REVB=0.0943925;RO=2;SAF=49;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523874;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674577;OID=.;OPOS=64515379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:69:68:2:0:66:68:1:17:49:0:2:19:49:0:0 chr1 64608329 . G T 519.98 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.186;QD=59.4263;RBI=0.0392232;REFB=0;REVB=0.00975972;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156646;OID=.;OPOS=64608329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr1 65016349 . A T 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00997536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.989;QD=59.8346;RBI=0.0297731;REFB=0;REVB=0.0280523;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037116;OID=.;OPOS=65016349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr1 65113568 . T C 3115.95 PASS AF=1;AO=200;DP=203;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660632;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.254;QD=61.398;RBI=0.0288437;REFB=0;REVB=0.0280769;RO=0;SAF=95;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677146;OID=.;OPOS=65113568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:203:0:0:200:203:1:105:95:0:0:107:96:0:0 chr1 65147002 . C T 623.54 PASS AF=0.496063;AO=63;DP=128;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0239788;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.845;QD=19.639;RBI=0.0259706;REFB=-0.00754358;REVB=-0.00997447;RO=64;SAF=32;SAR=31;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035746;STB=0.519734;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00742176;OID=.;OPOS=65147002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:64:64:63:63:0.496063:31:32:30:34:31:32:30:34 chr1 65158006 . G A 224.0 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.035469;FXX=0.0499937;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.673;QD=11.7897;RBI=0.0355045;REFB=-0.00508417;REVB=-0.00158741;RO=48;SAF=19;SAR=8;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362223;STB=0.703553;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0120488;OID=.;OPOS=65158006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:76:48:49:27:27:0.355263:8:19:18:30:8:19:19:30 chr1 65158724 . C T 1419.39 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00103299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.835;QD=61.7127;RBI=0.00105866;REFB=-0.0114568;REVB=-0.00023169;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.505262;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=1.18955e-06;OID=.;OPOS=65158724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:44:47:0:0:44:47:1:0 chr1 65303647 . G A 257.86 PASS AF=0.25;AO=37;DP=148;FAO=37;FDP=148;FR=.;FRO=111;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=56;FWDB=-0.00222237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.081;QD=6.96915;RBI=0.0167744;REFB=-0.00381178;REVB=0.0166265;RO=111;SAF=25;SAR=12;SRF=55;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230202;STB=0.639021;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0118718;OID=.;OPOS=65303647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:111:111:37:37:0.25:12:25:55:56:12:25:55:56 chr1 65305349 . C T 353.42 PASS AF=0.301887;AO=48;DP=160;FAO=48;FDP=159;FR=.;FRO=111;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=58;FSRR=53;FWDB=-0.0175817;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.633;QD=8.89099;RBI=0.017808;REFB=-0.0019631;REVB=-0.00283017;RO=109;SAF=17;SAR=31;SRF=57;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204054;STB=0.619454;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00425569;OID=.;OPOS=65305349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:109:111:48:48:0.301887:31:17:57:52:31:17:58:53 chr1 65311262 . G A 728.6 PASS AF=0.48;AO=72;DP=150;FAO=72;FDP=150;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=29;FWDB=0.00377536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.67;QD=19.4293;RBI=0.00526845;REFB=-0.014062;REVB=0.00367467;RO=78;SAF=32;SAR=40;SRF=49;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171516;STB=0.594688;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0106211;OID=.;OPOS=65311262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:78:78:72:72:0.48:40:32:49:29:40:32:49:29 chr1 65311270 . G A 303.0 PASS AF=0.273333;AO=41;DP=150;FAO=41;FDP=150;FR=.;FRO=109;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=52;FSRR=57;FWDB=0.000359757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.521;QD=8.07993;RBI=0.0188555;REFB=-0.00239047;REVB=-0.018852;RO=108;SAF=29;SAR=12;SRF=52;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285299;STB=0.672971;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00746264;OID=.;OPOS=65311270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:108:109:41:41:0.273333:12:29:52:56:12:29:52:57 chr1 65591719 . GC G 62.79 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00440444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.9928;QD=7.17613;RBI=0.170031;REFB=0.00253644;REVB=-0.169974;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0.374101;SSSB=0.147588;STB=0.601612;STBP=0.389;TYPE=del;VARB=-0.0309985;OID=.;OPOS=65591720;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371429:13:35:13:35:22:8:5:10:12:62:21:8:5:10:11 chr1 65614154 . T A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.229;QD=54.5177;RBI=0.0279133;REFB=0;REVB=-0.0174698;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41771e-05;OID=.;OPOS=65614154;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr1 65690461 . G A 1562.93 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.084;QD=59.5403;RBI=0.0138958;REFB=0;REVB=0.00868361;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156215;OID=.;OPOS=65690461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:52:52:0:0:52:53:0:0 chr1 65858151 . C T 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00556846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.445;QD=62.4653;RBI=0.00588148;REFB=0;REVB=0.00189316;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.90871e-06;OID=.;OPOS=65858151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:50:37:0:0:50:37:0:0 chr1 65860660 . T C 1734.36 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00796379;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.297;QD=60.8547;RBI=0.0229215;REFB=0;REVB=-0.0214936;RO=0;SAF=44;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.89851e-05;OID=.;OPOS=65860660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:115:114:1:71:44:0:0:70:44:0:0 chr1 65860687 . A C 1551.26 PASS AF=0.963964;AO=107;DP=111;FAO=107;FDP=111;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.023311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.977;QD=55.9011;RBI=0.0257086;REFB=0.0228879;REVB=0.010841;RO=4;SAF=42;SAR=65;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102355;STB=0.505396;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.00998273;OID=.;OPOS=65860687;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:111:111:4:4:107:107:0.963964:65:42:1:3:65:42:1:3 chr1 65867519 . G A 1782.46 PASS AF=1;AO=103;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484719;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.37;QD=60.9388;RBI=0.0485124;REFB=0;REVB=0.00198184;RO=0;SAF=24;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477617;OID=.;OPOS=65867519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:103:117:1:79:24:0:0:81:36:0:0 chr1 65879252 . A G 724.06 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.024188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0444;QD=59.1071;RBI=0.0548838;REFB=-0.0133088;REVB=0.0492664;RO=2;SAF=22;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408476;STB=0.52173;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00158611;OID=.;OPOS=65879252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:25:22:2:0:25:22:2:0 chr1 65886398 . T C 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00145454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.604;QD=56.9361;RBI=0.0392856;REFB=0;REVB=0.0392587;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05495e-05;OID=.;OPOS=65886398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr1 65886448 . T C 1309.96 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00376234;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.995;QD=60.9286;RBI=0.0907109;REFB=0.0698078;REVB=-0.0906328;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.505493;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000629485;OID=.;OPOS=65886448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:86:0:1:85:85:0.988372:40:45:0:0:40:45:1:0 chr1 66036441 . A G 272.74 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.100854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4958;QD=24.2435;RBI=0.103476;REFB=-0.00546853;REVB=-0.0231479;RO=19;SAF=5;SAR=20;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225237;STB=0.643551;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00211265;OID=.;OPOS=66036441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:25:25:0.555556:20:5:8:11:20:5:9:11 chr1 66058513 . A G 1305.53 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013899;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.843;QD=62.1679;RBI=0.0148601;REFB=0;REVB=-0.00525745;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09917e-06;OID=.;OPOS=66058513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:39:45:0:0:39:45:0:0 chr1 66102257 . G A 816.47 PASS AF=1;AO=55;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00222584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0939;QD=55.3538;RBI=0.010186;REFB=-0.145732;REVB=0.00993987;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00756112;OID=.;OPOS=66102257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:59:0:0:55:59:1:32:23:0:0:32:27:0:0 chr1 66226961 . T C 253.07 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.00461555;FXX=0.0576812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.224;QD=20.6591;RBI=0.00504783;REFB=-0.00147574;REVB=0.00204384;RO=26;SAF=21;SAR=5;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518504;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00138241;OID=.;OPOS=66226961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:49:26:23:26:26:0.530612:5:21:21:5:5:21:18:5 chr1 67094171 . G A 291.43 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0314114;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6342;QD=16.6534;RBI=0.0436708;REFB=0.00962345;REVB=-0.0303391;RO=38;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302201;STB=0.516984;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.0124734;OID=.;OPOS=67094171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:38:38:32:32:0.457143:15:17:19:19:15:17:19:19 chr1 67099768 . GA G 35.38 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=39;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.190908;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.90642;QD=3.36927;RBI=0.28662;REFB=-0.111367;REVB=-0.213788;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668581;STB=0.524103;STBP=0.839;TYPE=del;VARB=0.0680185;OID=.;OPOS=67099769;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:15:39:14:42:28:8:6:15:13:35:17:9:6:9:8 chr1 67109335 . A G 420.23 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00432271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0154;QD=23.346;RBI=0.0635866;REFB=0.00899039;REVB=0.0634395;RO=31;SAF=16;SAR=25;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238051;STB=0.513086;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00562975;OID=.;OPOS=67109335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:25:16:13:18:25:16:13:18 chr1 67266756 . T A 1274.0 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024185;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4857;QD=62.1465;RBI=0.0248924;REFB=0;REVB=0.00589209;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11661e-05;OID=.;OPOS=67266756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:39:43:0:0:39:43:0:0 chr1 67288045 . C T 1124.62 PASS AF=0.869565;AO=80;DP=92;FAO=80;FDP=92;FR=.;FRO=12;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.00643696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.69;QD=48.8966;RBI=0.0105628;REFB=-0.113047;REVB=0.00837486;RO=3;SAF=40;SAR=40;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341892;STB=0.565201;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00172304;OID=.;OPOS=67288045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:92:92:3:12:80:80:0.869565:40:40:3:0:40:40:12:0 chr1 67313249 . G A 541.13 PASS AF=0.5;AO=55;DP=114;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=42;FWDB=0.0126265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.095;QD=18.987;RBI=0.0227479;REFB=-0.0316901;REVB=-0.0189218;RO=57;SAF=27;SAR=28;SRF=15;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211495;STB=0.614491;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0214831;OID=.;OPOS=67313249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:57:57:55:57:0.5:28:27:15:42:29:28:15:42 chr1 67390424 . CCTTTTTTT CCTTTTTT,CCTTTTTTG,CTCCTTTTT,CTTTTTT 423.95 PASS AF=0.744681,0.0212766,0.234043,0;AO=12,2,4,9;DP=50;FAO=35,1,11,0;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=34,1,0,0;FSAR=1,0,11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.314313,0.213352,0.00708598,0.0210558;FXX=0.040808;HRUN=7,7,4,4;LEN=1,1,3,2;MLLD=10.3144,9.99876,223.53,13.395;QD=36.0809;RBI=0.500781,0.260199,0.131887,0.192657;REFB=0,0,0,0;REVB=0.389858,0.148946,0.131696,0.191503;RO=13;SAF=12,1,0,9;SAR=0,1,4,0;SRF=12;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0.441176;SSSB=0.766191,-0.552216,-0.817362,0.727727;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,mnp,del;VARB=0.0341379,-0.00778144,0.0129845,0;OID=.,.,.,.;OPOS=67390426,67390432,67390425,67390425;OREF=T,T,CTT,CT;OALT=-,G,TCC,-;OMAPALT=CCTTTTTT,CCTTTTTTG,CTCCTTTTT,CTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.744681,0.0212766,0.234043,0:12,2,4,9:50:35,1,11,0:47:0:34,1,0,0:1,0,11,0:0:0:87:13:12,1,0,9:0,1,4,0:12:1 chr1 67442275 . C T 937.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000892527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.716;QD=58.5974;RBI=0.0156284;REFB=0;REVB=0.0156029;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49013e-05;OID=.;OPOS=67442275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr1 67452322 . G A 726.85 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326175;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.813;QD=57.0082;RBI=0.0327631;REFB=0;REVB=0.00308593;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.96095e-05;OID=.;OPOS=67452322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr1 67486115 . G A 43.65 PASS AF=0.126761;AO=9;DP=71;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0664413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4021;QD=2.45938;RBI=0.0721291;REFB=-0.0101523;REVB=-0.0280742;RO=62;SAF=4;SAR=5;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477306;STB=0.534514;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0551681;OID=.;OPOS=67486115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:71:71:62:62:9:9:0.126761:5:4:30:32:5:4:30:32 chr1 67558739 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6995;QD=53.91;RBI=0.0501596;REFB=0;REVB=0.0132493;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000705504;OID=.;OPOS=67558739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr1 67558756 . C T 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00720747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.264;QD=10.543;RBI=0.0614625;REFB=-0.00607182;REVB=-0.0610385;RO=21;SAF=8;SAR=3;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176537;STB=0.510619;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.018733;OID=.;OPOS=67558756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:3:8:15:6:3:8:15:6 chr1 67558763 . A G 154.8 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0100238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.238;QD=14.7424;RBI=0.0151145;REFB=-0.00336315;REVB=0.0113125;RO=24;SAF=12;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466278;STB=0.518251;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00527415;OID=.;OPOS=67558763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:5:12:16:8:5:12:17:8 chr1 67560956 . C T 2492.03 PASS AF=0.993902;AO=162;DP=163;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0891279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.83;QD=60.7812;RBI=0.0899782;REFB=0.0564147;REVB=-0.0123411;RO=1;SAF=81;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583849;STB=0.503067;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.000160149;OID=.;OPOS=67560956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:164:1:1:162:163:0.993902:81:81:1:0:82:81:1:0 chr1 67561090 . T C 476.82 PASS AF=0.45614;AO=51;DP=114;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=-0.00137634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.821;QD=16.7306;RBI=0.00335126;REFB=-0.00868665;REVB=0.00305559;RO=61;SAF=28;SAR=23;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123397;STB=0.566989;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.014892;OID=.;OPOS=67561090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:62:51:52:0.45614:23:28:41:20:23:29:42:20 chr1 67568351 . C T 323.58 PASS AF=0.454545;AO=38;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.021357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.267;QD=16.8091;RBI=0.0246998;REFB=-0.0150168;REVB=0.0124081;RO=39;SAF=19;SAR=19;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24683;STB=0.595693;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.024099;OID=.;OPOS=67568351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:42:38:35:0.454545:19:19:9:30:19:16:12:30 chr1 67579386 . A G 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.836;QD=63.8693;RBI=0.0201596;REFB=0;REVB=0.0189092;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192326;OID=.;OPOS=67579386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr1 67579395 . C T 178.21 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0116937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.339;QD=14.8512;RBI=0.0135659;REFB=-0.0122795;REVB=-0.00687685;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174078;STB=0.5999;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0197144;OID=.;OPOS=67579395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:9:10:20:9:9:10:20:9 chr1 67633812 . G T 187.92 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00630641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.41;QD=10.8937;RBI=0.00707307;REFB=-0.00577565;REVB=-0.00320274;RO=45;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591926;STB=0.534433;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00906403;OID=.;OPOS=67633812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:13:11:23:22:13:11:23:22 chr1 67685387 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.587;QD=62.3499;RBI=0.0308167;REFB=0;REVB=0.0280574;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91711e-05;OID=.;OPOS=67685387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:21:22:0:0 chr1 67733321 . G A 756.07 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0056834;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.819;QD=64.3464;RBI=0.0101945;REFB=0;REVB=0.0084633;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442791;OID=.;OPOS=67733321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr1 67733346 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.882;QD=57.0003;RBI=0.0213401;REFB=0;REVB=-0.0166925;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.8687e-06;OID=.;OPOS=67733346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:36:18:0:0:36:18:0:0 chr1 67795319 . T C 1736.91 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.82;QD=59.8935;RBI=0.0292076;REFB=-0.0443513;REVB=0.0262368;RO=1;SAF=56;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840417;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129604;OID=.;OPOS=67795319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:115:116:1:0:114:116:1:58:56:1:0:59:57:0:0 chr1 67852335 . G A 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.256;QD=62.3483;RBI=0.0224727;REFB=0;REVB=0.0185049;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110301;OID=.;OPOS=67852335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr1 67861520 . C A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.063257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.24;QD=42.1825;RBI=0.064277;REFB=0;REVB=0.0114051;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00054112;OID=.;OPOS=67861520;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr1 68006815 . T C 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0335916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.039;QD=53.932;RBI=0.0383056;REFB=0.00726459;REVB=0.01841;RO=1;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489889;STB=0.526298;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.000601343;OID=.;OPOS=68006815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:9:21:0:1:9:21:0:1 chr1 68171150 . GT G,GTT,TG 88.94 PASS AF=0.236364,0.00909091,0.00454545;AO=58,31,11;DP=221;FAO=52,2,1;FDP=220;FR=.;FRO=165;FSAF=25,2,1;FSAR=27,0,0;FSRF=87;FSRR=78;FWDB=0.019877,-0.0232991,0.00569396;FXX=0.0134523;HRUN=7,7,1;LEN=1,1,2;MLLD=8.32049,8.13604,77.4701;QD=1.61704;RBI=0.0855276,0.0960664,0.00938467;REFB=-0.0146365,0.0088854,-0.00103132;REVB=0.0831858,-0.0931983,-0.00745995;RO=112;SAF=24,14,11;SAR=34,17,0;SRF=62;SRR=50;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.160248,-0.128679,0.5913;STB=0.535302,0.994727,0.989618;STBP=0.538,0.174,0.478;TYPE=del,ins,mnp;VARB=0.0404029,-0.103263,0.0594359;OID=.,.,.;OPOS=68171151,68171151,68171150;OREF=T,-,GT;OALT=-,T,TG;OMAPALT=G,GTT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:221:220:112:165:58,31,11:52,2,1:0.236364,0.00909091,0.00454545:34,17,0:24,14,11:62:50:27,0,0:25,2,1:87:78 chr1 68462247 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00994399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.053;QD=60.2304;RBI=0.0138502;REFB=0;REVB=0.00964084;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.69431e-07;OID=.;OPOS=68462247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr1 68591253 . C T 932.15 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00429057;FXX=0.0298463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.356;QD=57.3633;RBI=0.00528057;REFB=-0.0547894;REVB=0.00307823;RO=1;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160078;STB=0.508472;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00026972;OID=.;OPOS=68591253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:65:1:1:64:64:0.984615:29:35:0:1:29:35:0:1 chr1 68624878 . C T 1522.79 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0246489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.501;QD=58.5687;RBI=0.0370423;REFB=-0.089482;REVB=0.0276508;RO=1;SAF=56;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839826;STB=0.504424;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.000840685;OID=.;OPOS=68624878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:47:56:1:0:47:56:1:0 chr1 68903942 . C T 557.43 PASS AF=0.483607;AO=58;DP=122;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00761198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3405;QD=18.2764;RBI=0.00957521;REFB=0.0337318;REVB=-0.00580881;RO=64;SAF=31;SAR=27;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178891;STB=0.500835;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.0170386;OID=.;OPOS=68903942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:64:63:58:59:0.483607:27:31:33:31:28:31:33:30 chr1 68940883 . T TTA 1179.13 PASS AF=0.513274;AO=113;DP=246;FAO=116;FDP=226;FR=.;FRO=110;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=58;FSRR=52;FWDB=-0.00217821;FXX=0.025861;HRUN=3;LEN=2;MLLD=234.584;QD=20.8696;RBI=0.0136812;REFB=-0.00547269;REVB=-0.0135067;RO=128;SAF=60;SAR=53;SRF=67;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0072736;STB=0.511998;STBP=0.721;TYPE=ins;VARB=0.0055671;OID=.;OPOS=68940884;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.513274:113:246:116:226:110:64:52:58:52:99:128:60:53:67:61 chr1 68940982 . T C 1369.33 PASS AF=0.513208;AO=136;DP=265;FAO=136;FDP=265;FR=.;FRO=129;FSAF=75;FSAR=61;FSRF=73;FSRR=56;FWDB=0.00868789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.407;QD=20.6692;RBI=0.00869481;REFB=-0.0115435;REVB=-0.000346969;RO=128;SAF=75;SAR=61;SRF=73;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169111;STB=0.507105;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0105965;OID=.;OPOS=68940982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:128:129:136:136:0.513208:61:75:73:55:61:75:73:56 chr1 68948280 . A C 238.08 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.0105825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.082;QD=11.6135;RBI=0.0125117;REFB=0.00650111;REVB=-0.0066748;RO=52;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211521;STB=0.625961;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00545481;OID=.;OPOS=68948280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:53:29:29:0.353659:14:15:17:35:14:15:17:36 chr1 68952604 . C T 32.99 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0226369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.1479;QD=7.33051;RBI=0.115592;REFB=-0.0245845;REVB=-0.113354;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403885;STB=0.759899;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0440127;OID=.;OPOS=68952604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:18:18:12:12:6:6:0.333333:1:5:6:6:1:5:6:6 chr1 68960349 . T C 207.64 PASS AF=0.436364;AO=23;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00150039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.25;QD=15.1008;RBI=0.0128019;REFB=-0.0140906;REVB=0.0127137;RO=31;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821832;STB=0.532598;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.016198;OID=.;OPOS=68960349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:23:24:0.436364:13:10:16:15:13:11:16:15 chr1 70034372 . G A 510.25 PASS AF=0.791667;AO=38;DP=48;FAO=38;FDP=48;FR=.;FRO=10;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0546792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.392;QD=42.5207;RBI=0.0547316;REFB=0.00221949;REVB=-0.00239417;RO=10;SAF=22;SAR=16;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14642;STB=0.578906;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.000269925;OID=.;OPOS=70034372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:10:10:38:38:0.791667:16:22:2:8:16:22:2:8 chr1 70225923 . G A 426.47 PASS AF=0.396825;AO=49;DP=126;FAO=50;FDP=126;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=50;FWDB=-0.00726199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.249;QD=13.5387;RBI=0.0232639;REFB=-0.0115276;REVB=0.0221014;RO=75;SAF=17;SAR=32;SRF=26;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000320974;STB=0.501413;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0161203;OID=.;OPOS=70225923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:75:76:49:50:0.396825:32:17:26:49:33:17:26:50 chr1 70345344 . A G 390.74 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0129542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2706;QD=32.5618;RBI=0.0217469;REFB=-0.00991522;REVB=-0.0174675;RO=16;SAF=19;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058511;STB=0.53198;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00341613;OID=.;OPOS=70345344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:16:32:32:0.666667:13:19:8:8:13:19:8:8 chr1 70502170 . T A 258.09 PASS AF=0.32;AO=31;DP=99;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.00317407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.308;QD=10.3236;RBI=0.00632223;REFB=-0.00785719;REVB=0.0054677;RO=66;SAF=13;SAR=18;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146661;STB=0.593691;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0168487;OID=.;OPOS=70502170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:66:68:31:32:0.32:18:13:36:30:19:13:37:31 chr1 70504033 . G A 88.65 PASS AF=0.197368;AO=15;DP=76;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0165961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8642;QD=4.66603;RBI=0.0248221;REFB=0.00843075;REVB=-0.0184583;RO=59;SAF=9;SAR=6;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305569;STB=0.535088;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0331505;OID=.;OPOS=70504033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:76:76:59:61:15:15:0.197368:6:9:34:25:6:9:34:27 chr1 70611347 . A G 969.67 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00262693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.642;QD=58.7678;RBI=0.0311728;REFB=0;REVB=0.0310619;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70927e-05;OID=.;OPOS=70611347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:30:33:0:0:33:33:0:0 chr1 70611560 . G A 209.67 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=-0.0119845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.233;QD=9.63978;RBI=0.0148653;REFB=-0.00379791;REVB=-0.00879474;RO=60;SAF=11;SAR=16;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2788;STB=0.662686;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00888489;OID=.;OPOS=70611560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:60:60:27:27:0.310345:16:11:39:21:16:11:39:21 chr1 70831841 . C T 425.4 PASS AF=0.545455;AO=39;DP=75;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0129272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.432;QD=22.0988;RBI=0.0182673;REFB=-0.0174575;REVB=-0.0129067;RO=35;SAF=23;SAR=16;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138348;STB=0.587897;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0155057;OID=.;OPOS=70831841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:35:35:39:42:0.545455:16:23:15:20:16:26:15:20 chr1 71331498 . A G 533.57 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.851;QD=59.2857;RBI=0.0366667;REFB=0;REVB=0.0188534;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149936;OID=.;OPOS=71331498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:11:24:0:0:12:24:0:0 chr1 71419499 . C T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00237145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.316;QD=62.6703;RBI=0.00860518;REFB=0;REVB=0.00827196;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36142e-05;OID=.;OPOS=71419499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr1 71437463 . ATTTTTTTTA ATTTTTTTA,ATTTTTTTTT 31.75 PASS AF=0.212329,0;AO=40,10;DP=158;FAO=31,0;FDP=146;FR=.;FRO=115;FSAF=18,0;FSAR=13,0;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=-0.259553,0.12;FXX=0.0201329;HRUN=8,3;LEN=1,1;MLLD=6.90921,24.262;QD=0.869779;RBI=0.272071,0.123805;REFB=-0.0679951,0.0378145;REVB=0.0815768,-0.0304569;RO=83;SAF=22,0;SAR=18,10;SRF=37;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.120841,-0.622388;STB=0.593868,0.5;STBP=0.256,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0787053,0;OID=.,.;OPOS=71437464,71437472;OREF=T,A;OALT=-,T;OMAPALT=ATTTTTTTA,ATTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.212329,0:40,10:158:31,0:146:115:18,0:13,0:53:62:33:83:22,0:18,10:37:46 chr1 72058552 . G A 693.56 PASS AF=0.589286;AO=66;DP=112;FAO=66;FDP=112;FR=.;FRO=46;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=6;FWDB=0.00940671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4794;QD=24.7699;RBI=0.0790081;REFB=-0.00947051;REVB=-0.0784461;RO=46;SAF=37;SAR=29;SRF=40;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246056;STB=0.6329;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00599363;OID=.;OPOS=72058552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:46:46:66:66:0.589286:29:37:40:6:29:37:40:6 chr1 74507450 . G C 562.21 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0243497;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0599;QD=19.2209;RBI=0.0371177;REFB=-0.0255848;REVB=0.0280145;RO=58;SAF=25;SAR=33;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785468;STB=0.539362;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0249514;OID=.;OPOS=74507450;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:58:59:58:58:0.495726:33:25:30:28:33:25:30:29 chr1 74575182 . C T 1589.88 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236253;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.27;QD=64.2377;RBI=0.024584;REFB=0;REVB=0.00679822;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34499e-05;OID=.;OPOS=74575182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:49:49:0:0:50:49:0:0 chr1 74665493 . G A 227.63 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0236755;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.248;QD=15.6983;RBI=0.0245142;REFB=-0.00188546;REVB=0.00635746;RO=32;SAF=9;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808274;STB=0.530363;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00232417;OID=.;OPOS=74665493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:32:25:26:0.448276:16:9:14:18:16:10:14:18 chr1 74670172 . A G 512.64 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=1.17788e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.156;QD=20.3026;RBI=0.0195122;REFB=-0.0231962;REVB=0.0195122;RO=47;SAF=21;SAR=31;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567322;STB=0.542574;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0261661;OID=.;OPOS=74670172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:47:49:52:52:0.514851:31:21:22:25:31:21:24:25 chr1 74671519 . A G 196.94 PASS AF=0.393443;AO=23;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00080743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.14;QD=12.9141;RBI=0.0131107;REFB=-0.00355623;REVB=0.0130858;RO=37;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124087;STB=0.582022;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00542941;OID=.;OPOS=74671519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:23:24:0.393443:11:12:15:22:11:13:15:22 chr1 74941210 . C T 302.47 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0271038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.976;QD=14.4035;RBI=0.0360321;REFB=-0.00932882;REVB=-0.0237424;RO=50;SAF=14;SAR=20;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515858;STB=0.52931;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0129292;OID=.;OPOS=74941210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:20:14:23:27:20:14:23:27 chr1 74941293 . G A 93.37 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0195109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.497;QD=9.82893;RBI=0.0201724;REFB=-0.00204254;REVB=-0.00512363;RO=26;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137779;STB=0.583194;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0140173;OID=.;OPOS=74941293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:5:7:12:14:5:7:12:14 chr1 74946445 . G C 385.35 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0316116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7612;QD=17.9231;RBI=0.0365197;REFB=0.00620883;REVB=0.0182864;RO=46;SAF=18;SAR=22;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687936;STB=0.538442;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00601478;OID=.;OPOS=74946445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:22:18:24:22:22:18:24:22 chr1 75036812 . C T 1662.55 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00368947;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.94;QD=60.4565;RBI=0.0483608;REFB=0;REVB=0.0482199;RO=0;SAF=65;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52008e-05;OID=.;OPOS=75036812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:110:110:1:45:65:0:0:45:65:0:0 chr1 75037640 . C T 305.48 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00102757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.059;QD=17.7091;RBI=0.00436274;REFB=-0.0512125;REVB=-0.00424;RO=36;SAF=13;SAR=20;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177032;STB=0.599059;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0418608;OID=.;OPOS=75037640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:20:13:21:15:20:13:21:15 chr1 75037857 . CCCT C 64.59 PASS AF=0.37931;AO=9;DP=27;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0122236;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=292.434;QD=8.90911;RBI=0.014543;REFB=-0.0210886;REVB=-0.00787915;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350904;STB=0.552534;STBP=0.679;TYPE=del;VARB=0.0325017;OID=.;OPOS=75037858;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:9:27:11:29:18:4:7:8:10:64:15:2:7:8:7 chr1 75055419 . T C 357.22 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00263938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.976;QD=16.8101;RBI=0.00323895;REFB=-0.0152846;REVB=0.00187736;RO=47;SAF=14;SAR=24;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592799;STB=0.533316;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0191695;OID=.;OPOS=75055419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:24:14:20:27:24:14:20:27 chr1 75107138 . C T 359.2 PASS AF=0.402062;AO=38;DP=96;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0062854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.701;QD=14.8125;RBI=0.0170477;REFB=-0.0135603;REVB=-0.0158467;RO=58;SAF=24;SAR=14;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107155;STB=0.566576;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0184788;OID=.;OPOS=75107138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:58:58:38:39:0.402062:14:24:31:27:14:25:31:27 chr1 75175886 . T C 292.78 PASS AF=0.44;AO=31;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0182163;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.505;QD=15.6151;RBI=0.0182207;REFB=-0.0120559;REVB=0.000403417;RO=42;SAF=14;SAR=17;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145092;STB=0.595123;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0118577;OID=.;OPOS=75175886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:31:33:0.44:17:14:25:17:19:14:25:17 chr1 75190452 . C T 199.94 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0193103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.34;QD=11.5907;RBI=0.0613601;REFB=-0.0107341;REVB=-0.0582424;RO=44;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189562;STB=0.609307;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0282484;OID=.;OPOS=75190452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:11:14:17:27:11:14:17:27 chr1 75214441 . A G 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00823446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.707;QD=16.8839;RBI=0.0180137;REFB=-0.000485475;REVB=0.0160215;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165929;STB=0.594918;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00133378;OID=.;OPOS=75214441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:7:8:6:11:7:8:6:11 chr1 75622616 . C T 857.68 PASS AF=0.564286;AO=78;DP=138;FAO=79;FDP=140;FR=.;FRO=61;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.0133852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.44;QD=24.505;RBI=0.0196205;REFB=0.000862791;REVB=-0.0143458;RO=60;SAF=46;SAR=32;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361831;STB=0.520222;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.000710751;OID=.;OPOS=75622616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:60:61:78:79:0.564286:32:46:38:22:32:47:39:22 chr1 75672376 . A G 2869.42 PASS AF=1;AO=178;DP=181;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642617;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.835;QD=63.0642;RBI=0.0642936;REFB=0;REVB=-0.00202256;RO=0;SAF=78;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9485e-05;OID=.;OPOS=75672376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:182:0:0:178:182:1:100:78:0:0:103:79:0:0 chr1 75681511 . T C 1539.54 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0475931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.51;QD=58.6492;RBI=0.0496594;REFB=-0.0584207;REVB=0.0141758;RO=1;SAF=43;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0077163;STB=0.504064;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.000460731;OID=.;OPOS=75681511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:61:43:0:1:61:43:0:1 chr1 75684176 . G A 163.01 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00512128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.367;QD=9.18356;RBI=0.00776687;REFB=-0.00124817;REVB=0.00583925;RO=49;SAF=12;SAR=10;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306724;STB=0.518118;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00271652;OID=.;OPOS=75684176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:49:22:22:0.309859:10:12:28:21:10:12:28:21 chr1 75716925 . C T 2295.93 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147381;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2883;QD=60.4193;RBI=0.147433;REFB=0;REVB=0.00390231;RO=0;SAF=99;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01932e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247971;OID=.;OPOS=75716925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:152:0:0:152:152:1:53:99:0:0:53:99:0:0 chr1 76257892 . A T 1287.17 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00476757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.304;QD=60.5728;RBI=0.0320382;REFB=0.0590098;REVB=-0.0316815;RO=1;SAF=53;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150334;STB=0.507935;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00138942;OID=.;OPOS=76257892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:31:53:0:1:31:53:0:1 chr1 76344705 . T C 592.31 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.271;QD=60.7496;RBI=0.0593218;REFB=0;REVB=0.00202018;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129399;OID=.;OPOS=76344705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr1 76344711 . A T 661.42 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.819;QD=61.5272;RBI=0.0511046;REFB=0;REVB=-0.0119488;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218198;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511292;OID=.;OPOS=76344711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:1:0:41:43:1:21:20:0:1:22:21:0:0 chr1 76397972 . C T 102.04 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.253;QD=40.8163;RBI=0.123929;REFB=0;REVB=-0.0377373;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122346;OID=.;OPOS=76397972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:7:2:0:0:7:3:0:0 chr1 77093180 . C A,T 773.62 PASS AF=0.963636,0.0363636;AO=53,2;DP=55;FAO=53,2;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00786894,-0.0363697;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=105.391,19.8683;QD=56.2635;RBI=0.0207962,0.0400435;REFB=0,0;REVB=-0.0192499,-0.016755;RO=0;SAF=24,0;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00200793,0.212863;OID=.,.;OPOS=77093180,77093180;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:55:55:0:0:53,2:53,2:0.963636,0.0363636:29,2:24,0:0:0:29,2:24,0:0:0 chr1 77555481 . C T 938.66 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.854;QD=57.7637;RBI=0.0540253;REFB=0;REVB=0.0295651;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145023;OID=.;OPOS=77555481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:65:0:0:61:65:1:27:34:0:0:29:36:0:0 chr1 77558057 . G C 637.53 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0367;QD=60.7172;RBI=0.0461902;REFB=0;REVB=0.0430658;RO=0;SAF=31;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434109;OID=.;OPOS=77558057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:10:31:0:0:11:31:0:0 chr1 77634948 . G A 1120.31 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252592;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.87;QD=60.5575;RBI=0.036587;REFB=0;REVB=-0.0264686;RO=0;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183511;OID=.;OPOS=77634948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:27:47:0:0:27:47:0:0 chr1 77763542 . G A 1586.78 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.023;QD=59.8785;RBI=0.0302646;REFB=0;REVB=0.018235;RO=0;SAF=50;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34069e-05;OID=.;OPOS=77763542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:102:106:1:52:50:0:0:55:51:0:0 chr1 78024284 . T C 739.06 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.014437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.862;QD=54.7452;RBI=0.0160982;REFB=0.00594238;REVB=0.00712223;RO=1;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285241;STB=0.515146;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=3.84217e-05;OID=.;OPOS=78024284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:52:53:0.981481:16:36:0:1:16:37:0:1 chr1 78024345 . C CTAT 759.33 PASS AF=0.842857;AO=58;DP=71;FAO=59;FDP=70;FR=.;FRO=11;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.00218742;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=3;MLLD=278.655;QD=43.3905;RBI=0.00379184;REFB=-0.0314641;REVB=0.0030973;RO=11;SAF=32;SAR=26;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109323;STB=0.556477;STBP=0.043;TYPE=ins;VARB=0.00945908;OID=.;OPOS=78024346;OREF=-;OALT=TAT;OMAPALT=CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.842857:58:71:59:70:11:33:26:10:1:58:11:32:26:10:1 chr1 78111153 . A G 340.21 PASS AF=0.474359;AO=36;DP=77;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0194742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.91;QD=17.4467;RBI=0.0331944;REFB=-0.0047645;REVB=-0.0268816;RO=39;SAF=16;SAR=20;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568586;STB=0.535975;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00426048;OID=.;OPOS=78111153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:39:41:36:37:0.474359:20:16:15:24:21:16:15:26 chr1 78201745 . G T 370.13 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0185457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0851;QD=14.1003;RBI=0.0418723;REFB=0.00569036;REVB=-0.0375413;RO=61;SAF=28;SAR=15;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103214;STB=0.55443;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.00971279;OID=.;OPOS=78201745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:61:62:43:43:0.409524:15:28:34:27:15:28:35:27 chr1 78245673 . G A 102.04 PASS AF=0.263158;AO=13;DP=54;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0173881;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.035;QD=7.16105;RBI=0.0195502;REFB=-0.0145677;REVB=0.0089366;RO=41;SAF=4;SAR=9;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199073;STB=0.609606;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.102797;OID=.;OPOS=78245673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:41:42:13:15:0.263158:9:4:19:22:10:5:20:22 chr1 78383885 . G A 57.96 PASS AF=0.15493;AO=11;DP=71;FAO=11;FDP=71;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0177911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.653;QD=3.26546;RBI=0.0447477;REFB=0.00167;REVB=0.0410589;RO=56;SAF=5;SAR=6;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342936;STB=0.510291;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.00993539;OID=.;OPOS=78383885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:71:71:56:60:11:11:0.15493:6:5:27:29:6:5:28:32 chr1 78420930 . T C 551.71 PASS AF=0.433824;AO=59;DP=136;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=0.00360358;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.813;QD=16.2268;RBI=0.0299843;REFB=-0.0053117;REVB=0.029767;RO=75;SAF=39;SAR=20;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664545;STB=0.546909;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00606242;OID=.;OPOS=78420930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:75:77:59:59:0.433824:20:39:45:30:20:39:45:32 chr1 78560583 . G A 526.93 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0352424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.989;QD=20.2664;RBI=0.0367454;REFB=-0.0283477;REVB=0.0104019;RO=50;SAF=31;SAR=23;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478157;STB=0.526363;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0305048;OID=.;OPOS=78560583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:50:54:54:0.519231:23:31:26:24:23:31:26:24 chr1 78585086 . T C 177.34 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.000793938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.953;QD=12.2302;RBI=0.0146852;REFB=-0.0177116;REVB=0.0146637;RO=36;SAF=9;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388998;STB=0.522487;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0186223;OID=.;OPOS=78585086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:13:9:16:20:13:9:16:20 chr1 79093818 . A G 540.31 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.011425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.148;QD=22.0534;RBI=0.0171955;REFB=-0.00298113;REVB=-0.0128512;RO=47;SAF=26;SAR=25;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362592;STB=0.519992;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00266126;OID=.;OPOS=79093818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:25:26:22:25:25:26:22:25 chr1 79094081 . T A 87.15 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0221705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.243;QD=6.22522;RBI=0.0280938;REFB=-0.00633215;REVB=-0.0172549;RO=42;SAF=3;SAR=10;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41824;STB=0.768817;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0252164;OID=.;OPOS=79094081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:42:43:13:13:0.232143:10:3:24:18:10:3:25:18 chr1 79095526 . G A 313.44 PASS AF=0.30597;AO=41;DP=135;FAO=41;FDP=134;FR=.;FRO=93;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=-0.00490864;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.955;QD=9.35629;RBI=0.00667452;REFB=-0.0146275;REVB=-0.00452266;RO=91;SAF=26;SAR=15;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104102;STB=0.554428;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0263159;OID=.;OPOS=79095526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:91:93:41:41:0.30597:15:26:50:41:15:26:52:41 chr1 79102726 . C T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0098749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.799;QD=17.8403;RBI=0.0110451;REFB=-0.00888664;REVB=-0.00494783;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644073;STB=0.53679;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0102553;OID=.;OPOS=79102726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:9:5:6:8:9:5 chr1 79126286 . A G 457.79 PASS AF=0.300971;AO=62;DP=208;FAO=62;FDP=206;FR=.;FRO=144;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=89;FSRR=55;FWDB=0.0194409;FXX=0.00961492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.057;QD=8.88919;RBI=0.0312629;REFB=0.00354007;REVB=0.0244831;RO=143;SAF=34;SAR=28;SRF=88;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820502;STB=0.549617;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.0157288;OID=.;OPOS=79126286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:206:143:144:62:62:0.300971:28:34:88:55:28:34:89:55 chr1 79392756 . C A 799.96 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.001;QD=57.1399;RBI=0.00872375;REFB=0;REVB=-0.00262687;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0241e-05;OID=.;OPOS=79392756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:53:56:1:29:24:0:0:31:25:0:0 chr1 79403500 . G A 67.3 PASS AF=0.132075;AO=14;DP=106;FAO=14;FDP=106;FR=.;FRO=92;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=-0.0260534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9167;QD=2.53945;RBI=0.0276799;REFB=0.00135665;REVB=-0.00934888;RO=90;SAF=7;SAR=7;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137803;STB=0.509421;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.0166177;OID=.;OPOS=79403500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:106:106:90:92:14:14:0.132075:7:7:46:44:7:7:47:45 chr1 82421596 . C T 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0392569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.821;QD=59.4254;RBI=0.0511545;REFB=0.0639765;REVB=0.0327976;RO=1;SAF=29;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015915;STB=0.508471;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.000136743;OID=.;OPOS=82421596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:13:29:1:0:13:29:1:0 chr1 82456185 . C CA 46.6 PASS AF=0.188889;AO=17;DP=91;FAO=17;FDP=90;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.0993875;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.0317;QD=2.07123;RBI=0.104758;REFB=0.0125468;REVB=-0.0331116;RO=71;SAF=8;SAR=9;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13411;STB=0.562427;STBP=0.6;TYPE=ins;VARB=-0.0734704;OID=.;OPOS=82456186;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.188889:17:91:17:90:73:8:9:40:33:46:71:8:9:41:30 chr1 82457662 . G A 1641.17 PASS AF=0.965517;AO=112;DP=116;FAO=112;FDP=116;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00745661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.42;QD=56.5922;RBI=0.0134478;REFB=0.00647883;REVB=-0.0111912;RO=4;SAF=63;SAR=49;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00415071;STB=0.502188;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-2.53755e-05;OID=.;OPOS=82457662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:116:116:4:4:112:112:0.965517:49:63:2:2:49:63:2:2 chr1 84335412 . C T 434.48 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.000926867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.478;QD=18.2939;RBI=0.00617316;REFB=-0.00723269;REVB=-0.00610318;RO=51;SAF=25;SAR=19;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754975;STB=0.542149;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00747213;OID=.;OPOS=84335412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:19:25:25:26:19:25:25:26 chr1 84356068 . G A 296.72 PASS AF=0.355769;AO=37;DP=104;FAO=37;FDP=104;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.0112019;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.071;QD=11.4124;RBI=0.012032;REFB=-0.00511868;REVB=-0.00439173;RO=67;SAF=15;SAR=22;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13196;STB=0.575875;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00944882;OID=.;OPOS=84356068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:67:67:37:37:0.355769:22:15:35:32:22:15:35:32 chr1 84399430 . A G 207.6 PASS AF=0.272727;AO=30;DP=110;FAO=30;FDP=110;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.00534216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.433;QD=7.54898;RBI=0.0154341;REFB=0.00139068;REVB=-0.0144801;RO=78;SAF=20;SAR=10;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162849;STB=0.607521;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.0030671;OID=.;OPOS=84399430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:78:80:30:30:0.272727:10:20:42:36:10:20:42:38 chr1 84640691 . T G 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00546097;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.634;QD=17.6896;RBI=0.00721054;REFB=-0.00995108;REVB=-0.00470848;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231369;STB=0.513172;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0130222;OID=.;OPOS=84640691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:11:10:13:13:11:10:13:13 chr1 84810815 . A G 306.58 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0114368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.073;QD=27.2512;RBI=0.0118989;REFB=-0.00553571;REVB=-0.0032837;RO=18;SAF=13;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268812;STB=0.51484;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00487507;OID=.;OPOS=84810815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:14:13:8:10:14:13:8:10 chr1 84853957 . A T 1381.17 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0148444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1025;QD=61.3851;RBI=0.0778595;REFB=-0.00611113;REVB=0.0764313;RO=1;SAF=53;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885884;STB=0.504672;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000618041;OID=.;OPOS=84853957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:36:53:1:0:36:53:1:0 chr1 84944989 . A G 569.2 PASS AF=0.542857;AO=57;DP=105;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0171554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.53;QD=21.6838;RBI=0.0197204;REFB=-0.00649613;REVB=0.00972554;RO=48;SAF=34;SAR=23;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644915;STB=0.535421;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00531528;OID=.;OPOS=84944989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:48:48:57:57:0.542857:23:34:25:23:23:34:25:23 chr1 85009894 . A G 416.69 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00321637;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.544;QD=19.6088;RBI=0.00580908;REFB=-0.00381895;REVB=0.00483739;RO=43;SAF=24;SAR=18;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012325;STB=0.506846;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00403686;OID=.;OPOS=85009894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:18:24:24:19:18:24:24:19 chr1 85016177 . A G 539.42 PASS AF=0.378698;AO=64;DP=168;FAO=64;FDP=169;FR=.;FRO=105;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=67;FSRR=38;FWDB=0.0135168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.981;QD=12.7674;RBI=0.0164738;REFB=-0.00250062;REVB=-0.00941705;RO=104;SAF=37;SAR=27;SRF=66;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064166;STB=0.538642;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00404548;OID=.;OPOS=85016177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:104:105:64:64:0.378698:27:37:66:38:27:37:67:38 chr1 85031630 . G A 1064.89 PASS AF=0.434457;AO=116;DP=267;FAO=116;FDP=267;FR=.;FRO=151;FSAF=69;FSAR=47;FSRF=81;FSRR=70;FWDB=-0.00208823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.901;QD=15.9534;RBI=0.0107252;REFB=-0.0141724;REVB=-0.01052;RO=151;SAF=69;SAR=47;SRF=81;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607974;STB=0.533817;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0160959;OID=.;OPOS=85031630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:151:151:116:116:0.434457:47:69:81:70:47:69:81:70 chr1 85039893 . G A 727.23 PASS AF=0.484076;AO=74;DP=156;FAO=76;FDP=157;FR=.;FRO=81;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=0.0198419;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.834;QD=18.5281;RBI=0.0200112;REFB=-0.026092;REVB=0.00259781;RO=81;SAF=40;SAR=34;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558791;STB=0.536298;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0263384;OID=.;OPOS=85039893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:81:81:74:76:0.484076:34:40:39:42:35:41:38:43 chr1 85039955 . G A 253.22 PASS AF=0.434783;AO=26;DP=67;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0187652;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.359;QD=14.6796;RBI=0.0223878;REFB=-0.0139756;REVB=0.0122098;RO=41;SAF=16;SAR=10;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26226;STB=0.597638;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0178223;OID=.;OPOS=85039955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:41:39:26:30:0.434783:10:16:15:26:14:16:14:25 chr1 85113203 . T C 582.83 PASS AF=0.458647;AO=61;DP=133;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0150223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3419;QD=17.5287;RBI=0.0173064;REFB=-0.0131921;REVB=-0.00859321;RO=72;SAF=35;SAR=26;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112692;STB=0.56268;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0207124;OID=.;OPOS=85113203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:72:72:61:61:0.458647:26:35:33:39:26:35:33:39 chr1 85113229 . A G 478.95 PASS AF=0.430894;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.0177793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.491;QD=15.5756;RBI=0.0345711;REFB=-0.00978487;REVB=0.029649;RO=69;SAF=37;SAR=16;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275837;STB=0.658971;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00958581;OID=.;OPOS=85113229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:69:70:53:53:0.430894:16:37:30:39:16:37:30:40 chr1 85121255 . A G 709.48 PASS AF=0.496454;AO=69;DP=140;FAO=70;FDP=141;FR=.;FRO=71;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.0466054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.538;QD=20.127;RBI=0.0466243;REFB=-0.0143109;REVB=-0.00132548;RO=71;SAF=42;SAR=27;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956588;STB=0.555516;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0155179;OID=.;OPOS=85121255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:71:71:69:70:0.496454:27:42:36:35:27:43:36:35 chr1 85422244 . G A 538.54 PASS AF=0.43609;AO=58;DP=133;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.00780433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.812;QD=16.1968;RBI=0.00822987;REFB=-0.000249052;REVB=-0.00261211;RO=75;SAF=25;SAR=33;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156257;STB=0.58728;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.000269215;OID=.;OPOS=85422244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:75:75:58:58:0.43609:33:25:44:31:33:25:44:31 chr1 85488030 . G A 958.55 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0736022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8603;QD=57.2269;RBI=0.0762568;REFB=-0.0101601;REVB=-0.0199455;RO=1;SAF=26;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178244;STB=0.509431;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000335043;OID=.;OPOS=85488030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:40:26:1:0:40:26:1:0 chr1 85510867 . T G 167.93 PASS AF=0.220472;AO=27;DP=123;FAO=28;FDP=127;FR=.;FRO=99;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=67;FSRR=32;FWDB=0.0495997;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.4383;QD=5.28909;RBI=0.0593973;REFB=-0.00929835;REVB=-0.032679;RO=95;SAF=20;SAR=7;SRF=65;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871974;STB=0.534734;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0292186;OID=.;OPOS=85510867;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:127:95:99:27:28:0.220472:7:20:65:30:8:20:67:32 chr1 85537706 . T C 450.22 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0375363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.669;QD=15.9371;RBI=0.037962;REFB=-0.0142585;REVB=-0.00566968;RO=63;SAF=19;SAR=31;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114658;STB=0.564226;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.018048;OID=.;OPOS=85537706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:63:50:50:0.442478:31:19:31:32:31:19:31:32 chr1 85559452 . A G 489.65 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.0111767;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1827;QD=16.8846;RBI=0.0201582;REFB=-0.0174707;REVB=0.016776;RO=63;SAF=25;SAR=28;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507731;STB=0.528291;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0291023;OID=.;OPOS=85559452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:63:63:53:53:0.456897:28:25:33:30:28:25:33:30 chr1 85589842 . A G 879.96 PASS AF=0.612403;AO=78;DP=130;FAO=79;FDP=129;FR=.;FRO=50;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0116512;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.223;QD=27.2856;RBI=0.0178699;REFB=-0.0202999;REVB=0.0135493;RO=50;SAF=49;SAR=29;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051761;STB=0.529917;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0143618;OID=.;OPOS=85589842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:50:50:78:79:0.612403:29:49:28:22:29:50:28:22 chr1 85594392 . T C 207.33 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0067743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.8;QD=18.848;RBI=0.028511;REFB=-0.00906523;REVB=0.0276945;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238541;STB=0.501084;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0104202;OID=.;OPOS=85594392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:23:20:21:0.477273:11:9:10:11:11:10:11:12 chr1 85594466 . G A 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00689825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.836;QD=16.5358;RBI=0.0903885;REFB=0.0166618;REVB=-0.0901249;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713554;STB=0.536545;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.0227011;OID=.;OPOS=85594466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:23:18:18:0.439024:9:9:11:8:9:9:13:10 chr1 85598679 . T TA 43.17 PASS AF=0.361111;AO=10;DP=55;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.136299;FXX=0.0526177;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.47698;QD=4.79658;RBI=0.155359;REFB=-0.00586921;REVB=-0.0745582;RO=41;SAF=7;SAR=3;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237875;STB=0.536029;STBP=0.744;TYPE=ins;VARB=-0.00172003;OID=.;OPOS=85598680;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111:10:55:13:36:23:9:4:17:6:43:41:7:3:21:20 chr1 85599563 . A C 224.91 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0909966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3626;QD=19.9919;RBI=0.0912409;REFB=0.00466068;REVB=-0.00667238;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180079;STB=0.601518;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00100696;OID=.;OPOS=85599563;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:13:9:14:9:13:9:14:9 chr1 85624549 . C T 1607.03 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0057613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.977;QD=64.2813;RBI=0.0062409;REFB=0;REVB=0.00239922;RO=0;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.04838e-06;OID=.;OPOS=85624549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:43:57:0:0:43:57:0:0 chr1 85624864 . G A 972.87 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00313447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.091;QD=58.9617;RBI=0.0115565;REFB=0;REVB=0.0111233;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9815e-05;OID=.;OPOS=85624864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:30:35:0:0:31:35:0:0 chr1 85648620 . C T 1190.98 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00227864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.663;QD=61.076;RBI=0.00613967;REFB=0;REVB=0.00570117;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78441e-05;OID=.;OPOS=85648620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:37:40:0:0:38:40:0:0 chr1 85655916 . G A 380.18 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.0126485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.891;QD=14.9089;RBI=0.027145;REFB=-0.0167099;REVB=-0.024018;RO=59;SAF=22;SAR=21;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101683;STB=0.557156;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0241307;OID=.;OPOS=85655916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:59:43:43:0.421569:21:22:36:23:21:22:36:23 chr1 85666156 . T G 231.32 PASS AF=0.318681;AO=29;DP=91;FAO=29;FDP=91;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00581594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.782;QD=10.168;RBI=0.0174154;REFB=0.005336;REVB=-0.0164156;RO=62;SAF=13;SAR=16;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603964;STB=0.535337;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00993085;OID=.;OPOS=85666156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:62:62:29:29:0.318681:16:13:31:31:16:13:31:31 chr1 85724328 . C T 750.52 PASS AF=0.568;AO=71;DP=125;FAO=71;FDP=125;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0380052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5633;QD=24.0167;RBI=0.0606152;REFB=-0.0206434;REVB=-0.0472208;RO=53;SAF=33;SAR=38;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00942537;STB=0.500793;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.014757;OID=.;OPOS=85724328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:53:54:71:71:0.568:38:33:24:29:38:33:25:29 chr1 85729987 . A G 453.46 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0168061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4905;QD=19.7158;RBI=0.0527395;REFB=-0.0109401;REVB=0.0499901;RO=47;SAF=29;SAR=16;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128442;STB=0.571468;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.014394;OID=.;OPOS=85729987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:45:45:0.48913:16:29:24:23:16:29:24:23 chr1 85733374 . C T 316.25 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0527112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7809;QD=12.9081;RBI=0.0533432;REFB=-0.00921015;REVB=0.00818719;RO=60;SAF=15;SAR=21;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371803;STB=0.532854;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0153704;OID=.;OPOS=85733374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:60:62:36:36:0.367347:21:15:27:33:21:15:29:33 chr1 86202016 . C T 1802.58 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.431;QD=60.5908;RBI=0.00899507;REFB=0;REVB=0.00366559;RO=0;SAF=65;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66356e-05;OID=.;OPOS=86202016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:118:119:1:53:65:0:0:53:66:0:0 chr1 86202102 . C A 479.38 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0026282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.701;QD=22.5591;RBI=0.00342396;REFB=-0.0385966;REVB=-0.00219455;RO=39;SAF=15;SAR=31;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207054;STB=0.614303;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0171899;OID=.;OPOS=86202102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:46:46:0.541176:31:15:22:17:31:15:22:17 chr1 86249206 . T C 356.97 PASS AF=0.4;AO=41;DP=103;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=0.016502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.324;QD=13.5988;RBI=0.0182845;REFB=-0.00941787;REVB=-0.00787425;RO=61;SAF=15;SAR=26;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300686;STB=0.66718;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00763604;OID=.;OPOS=86249206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:61:63:41:42:0.4:26:15:40:21:26:16:42:21 chr1 86375654 . C G 364.18 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00476887;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.253;QD=20.8104;RBI=0.00477619;REFB=-0.0129609;REVB=0.000264341;RO=34;SAF=22;SAR=15;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031808;STB=0.523797;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00867311;OID=.;OPOS=86375654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:34:33:37:37:0.528571:15:22:19:15:15:22:18:15 chr1 86487981 . G A 1472.0 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.669;QD=63.3117;RBI=0.0342337;REFB=0;REVB=0.0134231;RO=0;SAF=27;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55173e-05;OID=.;OPOS=86487981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:66:27:0:0:66:27:0:0 chr1 86487992 . A AACAG 847.8 PASS AF=0.833333;AO=64;DP=83;FAO=65;FDP=78;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=52;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00944852;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=266.879;QD=43.4767;RBI=0.00970978;REFB=-0.0347008;REVB=-0.00223725;RO=18;SAF=12;SAR=52;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237571;STB=0.625808;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.00568757;OID=.;OPOS=86487993;OREF=-;OALT=ACAG;OMAPALT=AACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:64:83:65:78:13:13:52:10:3:70:18:12:52:11:7 chr1 86488232 . G A 212.19 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0183764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9662;QD=12.3009;RBI=0.0284494;REFB=0.0049465;REVB=-0.0217181;RO=42;SAF=9;SAR=17;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290918;STB=0.673136;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0113887;OID=.;OPOS=86488232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:43:26:26:0.376812:17:9:26:16:17:9:27:16 chr1 86488564 . CA C 143.33 PASS AF=0.342541;AO=63;DP=182;FAO=62;FDP=181;FR=.;FRO=119;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=66;FSRR=53;FWDB=0.115838;FXX=0.0054942;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.79904;QD=3.16746;RBI=0.134887;REFB=-0.0307971;REVB=-0.0691093;RO=95;SAF=34;SAR=29;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255938;STB=0.514788;STBP=0.786;TYPE=del;VARB=0.0279483;OID=.;OPOS=86488565;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342541:63:182:62:181:119:33:29:66:53:99:95:34:29:49:46 chr1 86512536 . C T 80.22 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00579402;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.974;QD=13.3707;RBI=0.00587766;REFB=-0.0241004;REVB=0.000988017;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121367;STB=0.571292;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0226765;OID=.;OPOS=86512536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:4:10:6:4:4:10 chr1 86557967 . G A 338.52 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00675378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.656;QD=26.5504;RBI=0.0206318;REFB=0.00908847;REVB=-0.0194951;RO=19;SAF=16;SAR=16;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05362;STB=0.529393;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00426614;OID=.;OPOS=86557967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:16:16:11:8:16:16:11:8 chr1 86590915 . G A 885.42 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00688848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.339;QD=58.0605;RBI=0.0069015;REFB=0;REVB=0.000423713;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.21365e-06;OID=.;OPOS=86590915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:35:25:0:0:36:25:0:0 chr1 86591837 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00653119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.545;QD=51.9166;RBI=0.0294074;REFB=0;REVB=0.028673;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279756;OID=.;OPOS=86591837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr1 86818572 . T C 773.13 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0422658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.416;QD=61.8504;RBI=0.0637897;REFB=-0.0606867;REVB=0.0477779;RO=1;SAF=27;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171068;STB=0.508768;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000405522;OID=.;OPOS=86818572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:21:27:1:0:21:28:1:0 chr1 86820267 . C T 2854.0 PASS AF=1;AO=180;DP=182;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230708;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.006;QD=63.0718;RBI=0.0339914;REFB=0;REVB=-0.024963;RO=0;SAF=88;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22177e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.02495e-05;OID=.;OPOS=86820267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:181:0:0:180:181:1:92:88:0:0:92:89:0:0 chr1 86834369 . T C 362.2 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.0325594;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.284;QD=15.5786;RBI=0.0337235;REFB=-0.0225622;REVB=0.00878377;RO=54;SAF=20;SAR=19;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184531;STB=0.603681;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0411938;OID=.;OPOS=86834369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:54:54:39:39:0.419355:19:20:18:36:19:20:18:36 chr1 86838158 . C T 5928.69 PASS AF=1;AO=372;DP=375;FAO=374;FDP=374;FR=.;FRO=0;FSAF=239;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345421;FXX=0.00795735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.592;QD=63.4085;RBI=0.0240826;REFB=0;REVB=-0.0238336;RO=0;SAF=238;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.48725e-06;OID=.;OPOS=86838158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:375:374:0:0:372:374:1:134:238:0:0:135:239:0:0 chr1 86847955 . G A 664.71 PASS AF=0.431953;AO=73;DP=168;FAO=73;FDP=169;FR=.;FRO=96;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=58;FSRR=38;FWDB=0.000117898;FXX=0.0116952;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.128;QD=15.7327;RBI=0.0121031;REFB=-0.01304;REVB=-0.0121026;RO=95;SAF=37;SAR=36;SRF=58;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105441;STB=0.55536;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0160796;OID=.;OPOS=86847955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:95:96:73:73:0.431953:36:37:58:37:36:37:58:38 chr1 86848019 . C T 877.44 PASS AF=0.494382;AO=71;DP=180;FAO=88;FDP=178;FR=.;FRO=90;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=-0.01231;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2944;QD=19.7177;RBI=0.0128137;REFB=0.00635556;REVB=-0.00355725;RO=84;SAF=35;SAR=36;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163701;STB=0.54072;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00780607;OID=.;OPOS=86848019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:178:84:90:71:88:0.494382:36:35:40:44:37:51:45:45 chr1 86904631 . G A 102.78 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0117528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.912;QD=6.04598;RBI=0.0230805;REFB=-0.00706558;REVB=-0.019864;RO=52;SAF=8;SAR=8;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118766;STB=0.573439;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0247443;OID=.;OPOS=86904631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:52:52:16:16:0.235294:8:8:21:31:8:8:21:31 chr1 86939130 . C T 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000127218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.386;QD=61.8526;RBI=0.0304835;REFB=0;REVB=0.0304832;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20363e-05;OID=.;OPOS=86939130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:49:34:0:0:49:34:0:0 chr1 86952324 . A G 1881.62 PASS AF=0.934307;AO=128;DP=137;FAO=128;FDP=137;FR=.;FRO=9;FSAF=67;FSAR=61;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0244854;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.5878;QD=54.9377;RBI=0.0727395;REFB=-0.179375;REVB=0.0684945;RO=1;SAF=67;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704024;STB=0.509437;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0124201;OID=.;OPOS=86952324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:137:137:1:9:128:128:0.934307:61:67:1:0:61:67:6:3 chr1 86959173 . T C 3519.76 PASS AF=1;AO=224;DP=225;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00527548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.794;QD=62.2967;RBI=0.016215;REFB=-0.0690249;REVB=-0.0153328;RO=1;SAF=99;SAR=125;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00478878;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35236e-06;OID=.;OPOS=86959173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:225:226:1:0:224:226:1:125:99:1:0:125:101:0:0 chr1 86965419 . T C 460.38 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00953718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.642;QD=21.167;RBI=0.00954596;REFB=-0.0233089;REVB=0.000409418;RO=41;SAF=29;SAR=16;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18185;STB=0.595533;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0175365;OID=.;OPOS=86965419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:41:42:45:45:0.517241:16:29:18:23:16:29:19:23 chr1 87045895 . ATCCTACACCTAC A 50.0 PASS AO=37;DP=75;LEN=12;RO=38;SAF=31;SAR=17;SRF=16;SRR=11;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=87045896;OREF=TCCTACACCTAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:75:38:37:17:31:16:11 chr1 87045896 . TCCTACA T,TCCTACT 772.09 PASS AF=0.854545,0.145455;AO=42,11;DP=55;FAO=47,8;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34,6;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146413,-0.0112344;FXX=0.017854;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=241.907,197.411;QD=56.1521;RBI=0.0399037,0.0112913;REFB=0,0;REVB=0.0371206,-0.00113199;RO=0;SAF=29,9;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.36943e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00557483,0.00332155;OID=.,.;OPOS=87045897,87045902;OREF=CCTACA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TCCTACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.854545,0.145455:42,11:55:47,8:55:0:34,6:13,2:0:0:61:0:29,9:13,2:0:0 chr1 87599697 . G A 825.66 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6203;QD=56.9419;RBI=0.0287695;REFB=0;REVB=0.0240052;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27529e-05;OID=.;OPOS=87599697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:28:29:0:0:29:29:0:0 chr1 89225976 . T C 1291.56 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3819;QD=61.503;RBI=0.0658255;REFB=0;REVB=0.0501012;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02156e-05;OID=.;OPOS=89225976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:50:34:0:0:50:34:0:0 chr1 89271574 . T C 520.29 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.011704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.211;QD=20.4036;RBI=0.0226071;REFB=-0.0317242;REVB=0.0193416;RO=48;SAF=22;SAR=31;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547376;STB=0.523801;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0291637;OID=.;OPOS=89271574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:49:53:53:0.519608:31:22:17:31:31:22:18:31 chr1 89301123 . C T 1931.93 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.295;QD=61.8216;RBI=0.0733899;REFB=0;REVB=-0.056949;RO=0;SAF=55;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000398014;OID=.;OPOS=89301123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:70:55:0:0:70:55:0:0 chr1 89322982 . G A 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0512227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.36;QD=62.3483;RBI=0.051252;REFB=0;REVB=0.00173403;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184645;OID=.;OPOS=89322982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr1 89426902 . G A 477.67 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0171944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.47;QD=22.2171;RBI=0.0283642;REFB=-0.0190785;REVB=-0.0225584;RO=39;SAF=29;SAR=17;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226768;STB=0.630378;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.019614;OID=.;OPOS=89426902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:40:46:46:0.534884:17:29:14:25:17:29:14:26 chr1 89449278 . C T 45.77 PASS AF=0.0660377;AO=20;DP=317;FAO=21;FDP=318;FR=.;FRO=297;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=157;FSRR=140;FWDB=-0.0109617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.584;QD=0.575737;RBI=0.0110055;REFB=-0.0011224;REVB=-0.000980445;RO=292;SAF=12;SAR=8;SRF=156;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711283;STB=0.540306;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0129992;OID=.;OPOS=89449278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:317:318:292:297:20:21:0.0660377:8:12:156:136:9:12:157:140 chr1 89449298 . C G 64.7 PASS AF=0.0792079;AO=24;DP=303;FAO=24;FDP=303;FR=.;FRO=279;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=146;FSRR=133;FWDB=-0.00267924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.383;QD=0.854117;RBI=0.0121987;REFB=-0.00377577;REVB=-0.0119009;RO=279;SAF=12;SAR=12;SRF=146;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266989;STB=0.521434;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0348517;OID=.;OPOS=89449298;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:303:303:279:279:24:24:0.0792079:12:12:146:133:12:12:146:133 chr1 89449390 . T C 204.55 PASS AF=0.163265;AO=40;DP=246;FAO=40;FDP=245;FR=.;FRO=205;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=117;FSRR=88;FWDB=0.0343455;FXX=0.00406488;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.7849;QD=3.33965;RBI=0.0379133;REFB=0.00272863;REVB=0.0160563;RO=203;SAF=24;SAR=16;SRF=115;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044359;STB=0.52524;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.0148684;OID=.;OPOS=89449390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:245:203:205:40:40:0.163265:16:24:115:88:16:24:117:88 chr1 89449399 . T C 215.09 PASS AF=0.170833;AO=41;DP=240;FAO=41;FDP=240;FR=.;FRO=199;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=111;FSRR=88;FWDB=-0.0122562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.586;QD=3.58485;RBI=0.0132261;REFB=-0.00998544;REVB=-0.00497146;RO=197;SAF=26;SAR=15;SRF=110;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101179;STB=0.565782;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0367252;OID=.;OPOS=89449399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:197:199:41:41:0.170833:15:26:110:87:15:26:111:88 chr1 89449434 . T C 230.15 PASS AF=0.213483;AO=37;DP=175;FAO=38;FDP=178;FR=.;FRO=140;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=83;FSRR=57;FWDB=0.00801228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.271;QD=5.17188;RBI=0.0180689;REFB=-0.0014396;REVB=-0.0161953;RO=138;SAF=22;SAR=15;SRF=82;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000517809;STB=0.510161;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0057604;OID=.;OPOS=89449434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:178:138:140:37:38:0.213483:15:22:82:56:15:23:83:57 chr1 89449483 . C G 151.59 PASS AF=0.177632;AO=26;DP=152;FAO=27;FDP=152;FR=.;FRO=125;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=69;FSRR=56;FWDB=0.0091737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.189;QD=3.98914;RBI=0.00919742;REFB=-0.00396636;REVB=0.000660094;RO=121;SAF=17;SAR=9;SRF=68;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122633;STB=0.566045;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0159983;OID=.;OPOS=89449483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:121:125:26:27:0.177632:9:17:68:53:10:17:69:56 chr1 89449531 . G A 48.73 PASS AF=0.105263;AO=11;DP=114;FAO=12;FDP=114;FR=.;FRO=102;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=-0.0256279;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.002;QD=1.70976;RBI=0.0261903;REFB=-0.00536542;REVB=-0.00539846;RO=101;SAF=6;SAR=5;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08226;STB=0.526272;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0432575;OID=.;OPOS=89449531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:114:114:101:102:11:12:0.105263:5:6:48:53:6:6:48:54 chr1 89449543 . G A 52.08 PASS AF=0.11215;AO=12;DP=107;FAO=12;FDP=107;FR=.;FRO=95;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=-0.0172773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.984;QD=1.9471;RBI=0.0212033;REFB=-0.000538286;REVB=-0.0122913;RO=95;SAF=6;SAR=6;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190387;STB=0.513995;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00449036;OID=.;OPOS=89449543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:107:107:95:95:12:12:0.11215:6:6:46:49:6:6:46:49 chr1 89449551 . A G 39.73 PASS AF=0.0961538;AO=10;DP=103;FAO=10;FDP=104;FR=.;FRO=94;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=-0.0014876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.883;QD=1.52792;RBI=0.011048;REFB=-0.00444452;REVB=0.0109473;RO=93;SAF=5;SAR=5;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313569;STB=0.519192;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0436867;OID=.;OPOS=89449551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:103:104:93:94:10:10:0.0961538:5:5:44:49:5:5:45:49 chr1 89449561 . A G 49.15 PASS AF=0.115789;AO=10;DP=90;FAO=11;FDP=95;FR=.;FRO=84;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.0865009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9733;QD=2.0695;RBI=0.0896198;REFB=-0.0222527;REVB=-0.0234372;RO=80;SAF=5;SAR=5;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748702;STB=0.51255;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0670747;OID=.;OPOS=89449561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:90:95:80:84:10:11:0.115789:5:5:35:45:6:5:37:47 chr1 89449572 . C T 34.01 PASS AF=0.101266;AO=8;DP=79;FAO=8;FDP=79;FR=.;FRO=71;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.0111125;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.232;QD=1.72217;RBI=0.028755;REFB=-0.00364279;REVB=-0.026521;RO=71;SAF=3;SAR=5;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736247;STB=0.557232;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.013486;OID=.;OPOS=89449572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:79:79:71:71:8:8:0.101266:5:3:31:40:5:3:31:40 chr1 89478868 . G A 502.14 PASS AF=0.389262;AO=58;DP=151;FAO=58;FDP=149;FR=.;FRO=91;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=-0.0124826;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.884;QD=13.4802;RBI=0.0138395;REFB=-0.00676821;REVB=0.00597636;RO=93;SAF=33;SAR=25;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127548;STB=0.565648;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00658935;OID=.;OPOS=89478868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:93:91:58:58:0.389262:25:33:42:51:25:33:42:49 chr1 89479063 . G A 2351.14 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00375108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.883;QD=63.9766;RBI=0.0108217;REFB=0;REVB=0.0101508;RO=0;SAF=64;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48623e-06;OID=.;OPOS=89479063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:83:64:0:0:83:64:0:0 chr1 89479074 . C T 1991.09 PASS AF=1;AO=126;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302638;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.042;QD=61.2644;RBI=0.0401258;REFB=-0.104754;REVB=0.0263472;RO=1;SAF=60;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078537;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049249;OID=.;OPOS=89479074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:130:130:1:0:126:130:1:66:60:1:0:69:61:0:0 chr1 89479758 . T C 1368.61 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0194109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.544;QD=60.1588;RBI=0.0439817;REFB=-0.0764514;REVB=0.0394665;RO=0;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513155;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00127516;OID=.;OPOS=89479758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:91:0:2:89:89:0.978022:37:52:0:0:37:52:0:2 chr1 89486037 . C T 461.53 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0491988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7253;QD=52.7457;RBI=0.0682592;REFB=-0.133581;REVB=-0.0473159;RO=2;SAF=15;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582943;STB=0.531231;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00726262;OID=.;OPOS=89486037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:18:15:2:0:18:15:2:0 chr1 89518623 . C T 1659.59 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.831;QD=60.3488;RBI=0.010597;REFB=0;REVB=-0.00750198;RO=0;SAF=52;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04257e-08;OID=.;OPOS=89518623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:58:52:0:0:58:52:0:0 chr1 89521766 . C T 563.84 PASS AF=0.385965;AO=66;DP=171;FAO=66;FDP=171;FR=.;FRO=105;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=68;FSRR=37;FWDB=-0.00133769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.104;QD=13.1893;RBI=0.00589039;REFB=0.00240323;REVB=0.00573649;RO=105;SAF=35;SAR=31;SRF=68;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129526;STB=0.572919;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00410858;OID=.;OPOS=89521766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:105:105:66:66:0.385965:31:35:68:37:31:35:68:37 chr1 89522646 . G C 2179.56 PASS AF=0.979021;AO=140;DP=145;FAO=140;FDP=143;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0164112;FXX=0.0137922;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.757;QD=60.9669;RBI=0.0193571;REFB=-0.0720089;REVB=0.010265;RO=3;SAF=72;SAR=68;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00721956;STB=0.503798;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=1.18321e-05;OID=.;OPOS=89522646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:145:143:3:3:140:140:0.979021:68:72:1:2:68:72:1:2 chr1 89579941 . T C 1614.21 PASS AF=0.990909;AO=107;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0274355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.508;QD=58.6984;RBI=0.0290332;REFB=-0.145213;REVB=-0.00949838;RO=1;SAF=56;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921579;STB=0.504761;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=1.74474e-05;OID=.;OPOS=89579941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:107:109:0.990909:51:56:0:1:52:57:0:1 chr1 89582690 . G C 1880.36 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00139709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.276;QD=60.6569;RBI=0.0118462;REFB=-0.00486944;REVB=0.0117635;RO=1;SAF=63;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748166;STB=0.503936;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=4.21452e-05;OID=.;OPOS=89582690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:60:63:1:0:60:63:1:0 chr1 89599037 . A G 74.04 PASS AF=0.132231;AO=14;DP=119;FAO=16;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=105;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=-0.0784127;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.377;QD=2.44777;RBI=0.0794645;REFB=-0.00542861;REVB=-0.0128864;RO=80;SAF=2;SAR=12;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372421;STB=0.793832;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0345496;OID=.;OPOS=89599037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:119:121:80:105:14:16:0.132231:12:2:31:49:13:3:54:51 chr1 89599070 . T C 44.0 PASS AF=0.1;AO=11;DP=109;FAO=11;FDP=110;FR=.;FRO=99;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=59;FSRR=40;FWDB=0.00485225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.587;QD=1.60004;RBI=0.00778426;REFB=-0.00381143;REVB=-0.0060869;RO=98;SAF=2;SAR=9;SRF=58;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465692;STB=0.847947;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0691708;OID=.;OPOS=89599070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:109:110:98:99:11:11:0.1:9:2:58:40:9:2:59:40 chr1 89637578 . G A 1988.99 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.021;QD=62.156;RBI=0.036772;REFB=0;REVB=0.0289944;RO=0;SAF=56;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53581e-05;OID=.;OPOS=89637578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:126:128:1:70:56:0:0:71:57:0:0 chr1 89652071 . TC CT 871.92 PASS AF=0.987654;AO=78;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.13606;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.135;QD=43.058;RBI=0.141707;REFB=-0.0567941;REVB=0.0396072;RO=1;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114055;STB=0.505881;STBP=0.518;TYPE=mnp;VARB=0.00220561;OID=.;OPOS=89652071;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:81:81:1:1:78:80:0.987654:41:37:0:1:42:38:0:1 chr1 89652078 . A T 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000488845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.621;QD=62.4646;RBI=0.0235488;REFB=0;REVB=-0.0235437;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.34495e-05;OID=.;OPOS=89652078;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:46:41:0:0:46:41:0:0 chr1 89652087 . CC TG 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013806;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=115.058;QD=61.8526;RBI=0.0140563;REFB=0;REVB=-0.00264073;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.64608e-05;OID=.;OPOS=89652087;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:45:38:0:0:45:38:0:0 chr1 89652090 . T G 1283.41 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.7614;QD=61.8512;RBI=0.0540642;REFB=0;REVB=0.0237676;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244158;OID=.;OPOS=89652090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:45:37:0:0:45:38:0:0 chr1 89652094 . G A 1194.33 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.001694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.922;QD=59.7165;RBI=0.0175608;REFB=-0.0485841;REVB=0.017479;RO=1;SAF=37;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126228;STB=0.506665;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00040655;OID=.;OPOS=89652094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:42:37:1:0:42:37:1:0 chr1 89652097 . C T 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.187;QD=61.6952;RBI=0.0232969;REFB=0;REVB=0.0205806;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99479e-05;OID=.;OPOS=89652097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:42:40:0:0:42:40:0:0 chr1 89652102 . A T 1411.19 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.908;QD=62.7195;RBI=0.0226341;REFB=0;REVB=0.0225661;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01306e-05;OID=.;OPOS=89652102;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:90:0:0:87:90:1:47:40:0:0:49:41:0:0 chr1 89732237 . G A 200.92 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0094398;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.34;QD=11.8185;RBI=0.0185188;REFB=-0.00054907;REVB=-0.0159322;RO=43;SAF=12;SAR=13;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161488;STB=0.59291;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000933369;OID=.;OPOS=89732237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:13:12:27:16:13:12:27:16 chr1 89844035 . T C 647.03 PASS AF=0.456954;AO=67;DP=150;FAO=69;FDP=151;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.0198958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.409;QD=17.14;RBI=0.0232679;REFB=0.00992027;REVB=0.0120644;RO=82;SAF=31;SAR=36;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369785;STB=0.519717;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.0170388;OID=.;OPOS=89844035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:82:82:67:69:0.456954:36:31:41:41:37:32:41:41 chr1 89847372 . G T 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.542;QD=59.1402;RBI=0.0310593;REFB=0;REVB=-0.00445446;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20605e-05;OID=.;OPOS=89847372;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr1 89847410 . GC G,GT 712.45 PASS AF=0.106383,0.893617;AO=5,44;DP=50;FAO=5,42;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=4,18;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201293,0.0416819;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=41.6166,56.3521;QD=60.6343;RBI=0.0356229,0.0487945;REFB=0,0;REVB=-0.0293905,0.0253676;RO=0;SAF=4,16;SAR=1,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0250981,-0.00153053;OID=.,.;OPOS=89847411,89847411;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.106383,0.893617:5,44:50:5,42:47:0:4,18:1,24:0:0:21:0:4,16:1,28:0:0 chr1 89847444 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1944;QD=60.2289;RBI=0.0450004;REFB=0;REVB=-0.0382627;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180599;OID=.;OPOS=89847444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr1 89849268 . T C 241.04 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00880777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7472;QD=14.6082;RBI=0.0524332;REFB=0.0139437;REVB=0.0516882;RO=38;SAF=16;SAR=12;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730011;STB=0.541455;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.0208653;OID=.;OPOS=89849268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:12:16:19:19:12:16:19:19 chr1 89849742 . A T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.161;QD=56.1916;RBI=0.0150473;REFB=0;REVB=0.00741701;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42088e-05;OID=.;OPOS=89849742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr1 90049040 . A G 582.39 PASS AF=0.458647;AO=61;DP=133;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.0205112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.102;QD=17.5155;RBI=0.0227831;REFB=-0.0125315;REVB=0.00991764;RO=72;SAF=37;SAR=24;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210944;STB=0.617234;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0046287;OID=.;OPOS=90049040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:72:72:61:61:0.458647:24:37:28:44:24:37:28:44 chr1 90171835 . C T 955.04 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00122723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2557;QD=58.7714;RBI=0.0706044;REFB=0;REVB=-0.0705937;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000437916;OID=.;OPOS=90171835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:25:39:0:0:26:39:0:0 chr1 90178743 . A G 689.27 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0274;QD=62.6613;RBI=0.0570371;REFB=0;REVB=-0.0347066;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123428;OID=.;OPOS=90178743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr1 90486412 . T G 1609.59 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207778;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.37;QD=60.1716;RBI=0.0252579;REFB=0;REVB=0.0143613;RO=0;SAF=61;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23478e-05;OID=.;OPOS=90486412;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:46:61:0:0:46:61:0:0 chr1 90493026 . G A 382.58 PASS AF=0.965517;AO=29;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0290077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3412;QD=52.7697;RBI=0.0640085;REFB=-0.095834;REVB=-0.0570583;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.518505;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00375601;OID=.;OPOS=90493026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:29:28:0.965517:14:15:0:0:13:15:0:1 chr1 91403912 . G A 387.62 PASS AF=0.428571;AO=43;DP=104;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0105761;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.746;QD=14.7666;RBI=0.0165364;REFB=-0.00131064;REVB=0.0127122;RO=59;SAF=19;SAR=24;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137476;STB=0.578912;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00190227;OID=.;OPOS=91403912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:59:60:43:45:0.428571:24:19:34:25:25:20:35:25 chr1 91728053 . G A 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.621;QD=61.2132;RBI=0.0120051;REFB=0;REVB=0.0100169;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63985e-05;OID=.;OPOS=91728053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr1 91781413 . T G 1628.21 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.318;QD=59.2077;RBI=0.0899886;REFB=-0.0810952;REVB=0.0196809;RO=1;SAF=42;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111676;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000654466;OID=.;OPOS=91781413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:110:110:1:0:109:110:1:67:42:1:0:67:43:0:0 chr1 91782011 . G T 259.94 PASS AF=0.256944;AO=37;DP=144;FAO=37;FDP=144;FR=.;FRO=107;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=52;FSRR=55;FWDB=-0.024476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4323;QD=7.22053;RBI=0.0323678;REFB=-0.00549998;REVB=-0.0211802;RO=107;SAF=16;SAR=21;SRF=52;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668264;STB=0.540069;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0243739;OID=.;OPOS=91782011;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:107:107:37:37:0.256944:21:16:52:55:21:16:52:55 chr1 91851253 . T C 866.85 PASS AF=0.926471;AO=63;DP=68;FAO=63;FDP=68;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0152096;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.704;QD=50.9913;RBI=0.0238901;REFB=0.000138094;REVB=0.018423;RO=4;SAF=33;SAR=30;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255461;STB=0.505616;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=2.08081e-05;OID=.;OPOS=91851253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:68:68:4:5:63:63:0.926471:30:33:3:1:30:33:3:2 chr1 91853111 . A C 5355.44 PASS AF=0.985549;AO=335;DP=346;FAO=341;FDP=346;FR=.;FRO=5;FSAF=198;FSAR=143;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.090061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.824;QD=61.9126;RBI=0.0913742;REFB=0.115535;REVB=0.0154359;RO=4;SAF=192;SAR=143;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00168167;STB=0.500287;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00286112;OID=.;OPOS=91853111;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:346:346:4:5:335:341:0.985549:143:192:2:2:143:198:3:2 chr1 91859795 . T C 1577.39 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748929;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7823;QD=60.0911;RBI=0.07739;REFB=0;REVB=0.0195005;RO=0;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385273;OID=.;OPOS=91859795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:105:0:0:105:105:1:57:48:0:0:57:48:0:0 chr1 91870410 . G C 768.71 PASS AF=0.421569;AO=86;DP=204;FAO=86;FDP=204;FR=.;FRO=118;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=58;FSRR=60;FWDB=-0.0735695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.998;QD=15.0727;RBI=0.0736313;REFB=-0.0206919;REVB=0.00301513;RO=116;SAF=32;SAR=54;SRF=56;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11753;STB=0.57121;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0258646;OID=.;OPOS=91870410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:116:118:86:86:0.421569:54:32:56:60:54:32:58:60 chr1 91980447 . A G 1477.8 PASS AF=0.980769;AO=100;DP=102;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00203758;FXX=0.0095229;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.954;QD=56.8387;RBI=0.0124628;REFB=-0.119683;REVB=-0.0122951;RO=2;SAF=74;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115264;STB=0.505416;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000627254;OID=.;OPOS=91980447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:104:2:2:100:102:0.980769:26:74:1:1:28:74:1:1 chr1 92107937 . C T 1497.87 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000871638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6747;QD=59.3216;RBI=0.00916494;REFB=0;REVB=0.00912339;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82393e-05;OID=.;OPOS=92107937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:47:53:0:0:47:54:0:0 chr1 92108119 . A G 613.0 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0756917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.589;QD=61.2999;RBI=0.0763744;REFB=0;REVB=0.0101888;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395914;OID=.;OPOS=92108119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr1 92108899 . C T 920.53 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00631777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.327;QD=58.4461;RBI=0.0120882;REFB=0;REVB=-0.0103058;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.93233e-06;OID=.;OPOS=92108899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:30:32:0:0:30:33:0:0 chr1 92174260 . A G 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.004;QD=59.9373;RBI=0.016353;REFB=0;REVB=-0.00257767;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41543e-06;OID=.;OPOS=92174260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:46:55:0:0:46:55:0:0 chr1 92184907 . G A 145.91 PASS AF=0.258065;AO=17;DP=100;FAO=24;FDP=93;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.00839372;FXX=0.0882266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.01;QD=6.27556;RBI=0.0121546;REFB=-0.0185146;REVB=-0.00879093;RO=62;SAF=4;SAR=13;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428374;STB=0.599741;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0606564;OID=.;OPOS=92184907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:93:62:69:17:24:0.258065:13:4:36:26:13:11:41:28 chr1 92185657 . C T 355.08 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00761558;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.653;QD=18.6886;RBI=0.00857729;REFB=0.00748179;REVB=-0.00394624;RO=39;SAF=28;SAR=9;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15938;STB=0.589422;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00994172;OID=.;OPOS=92185657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:9:28:24:15:9:28:24:15 chr1 92200382 . T C 827.25 PASS AF=0.480226;AO=84;DP=176;FAO=85;FDP=177;FR=.;FRO=92;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=55;FSRR=37;FWDB=0.0108879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.377;QD=18.695;RBI=0.0111196;REFB=-0.0148918;REVB=0.00225802;RO=91;SAF=45;SAR=39;SRF=55;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654049;STB=0.535826;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.01682;OID=.;OPOS=92200382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:91:92:84:85:0.480226:39:45:55:36:40:45:55:37 chr1 92262874 . T C 1695.12 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.245;QD=60.5399;RBI=0.0317736;REFB=0;REVB=0.0247762;RO=0;SAF=59;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37539e-05;OID=.;OPOS=92262874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:52:59:0:0:53:59:0:0 chr1 92295565 . C T 734.22 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0392525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.805;QD=61.1854;RBI=0.0416565;REFB=-0.0118096;REVB=0.0139465;RO=1;SAF=21;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218674;STB=0.511623;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00015823;OID=.;OPOS=92295565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:26:21:1:0:26:21:1:0 chr1 92327045 . G A 748.23 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0219785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2394;QD=61.0801;RBI=0.0219861;REFB=-0.0358764;REVB=-0.000576828;RO=1;SAF=22;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209034;STB=0.511106;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.000739226;OID=.;OPOS=92327045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:26:22:1:0:26:22:1:0 chr1 92442695 . A C 2170.07 PASS AF=0.985915;AO=112;DP=143;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=88;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0161836;FXX=0.00699252;HRUN=5;LEN=1;MLLD=145.091;QD=61.1287;RBI=0.0179826;REFB=-0.0453953;REVB=0.00783988;RO=0;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509433;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=7.62655e-05;OID=.;OPOS=92442695;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:143:142:0:2:112:140:0.985915:62:50:0:0:88:52:2:0 chr1 92646020 . AG A,AA 659.23 PASS AF=0.0465116,0.953488;AO=5,37;DP=42;FAO=2,41;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462909,0.0410477;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=289.878,299.065;QD=61.3234;RBI=0.0466957,0.0418623;REFB=0,0;REVB=-0.0061353,-0.00821788;RO=0;SAF=5,19;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.68991e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.026093,0.00081131;OID=.,.;OPOS=92646021,92646021;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0465116,0.953488:5,37:42:2,41:43:0:2,23:0,18:0:0:7:0:5,19:0,18:0:0 chr1 92647223 . A G 619.95 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.392;QD=59.0423;RBI=0.0520368;REFB=-0.0636359;REVB=0.0408188;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208513;STB=0.511106;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000391158;OID=.;OPOS=92647223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:19:22:1:0:19:22:1:0 chr1 92647532 . C A 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00280881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.048;QD=63.5811;RBI=0.0116508;REFB=0;REVB=-0.0113072;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.77111e-05;OID=.;OPOS=92647532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr1 92769569 . C T 134.68 PASS AF=0.201754;AO=23;DP=114;FAO=23;FDP=114;FR=.;FRO=91;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.0358459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.747;QD=4.72573;RBI=0.0401655;REFB=-0.00141629;REVB=-0.0181201;RO=89;SAF=12;SAR=11;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487796;STB=0.539189;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00549237;OID=.;OPOS=92769569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:89:91:23:23:0.201754:11:12:43:46:11:12:43:48 chr1 92889408 . C T 707.72 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0789128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4141;QD=62.9088;RBI=0.0811733;REFB=0;REVB=-0.0190232;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334869;OID=.;OPOS=92889408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr1 92946479 . G A 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.102;QD=53.9083;RBI=0.119817;REFB=0;REVB=0.119029;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00307917;OID=.;OPOS=92946479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr1 92974595 . G A 1733.09 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.696;QD=59.7617;RBI=0.0114803;REFB=-0.071772;REVB=0.00435214;RO=1;SAF=52;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0074785;STB=0.503936;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000129199;OID=.;OPOS=92974595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:63:52:0:1:63:52:0:1 chr1 92979124 . G A 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0567335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9;QD=40.7602;RBI=0.0567335;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00311262;OID=.;OPOS=92979124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:0:10:0:0:0:10:0:0 chr1 92979354 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.952;QD=56.9373;RBI=0.0334273;REFB=0;REVB=-0.017333;RO=0;SAF=11;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47645e-05;OID=.;OPOS=92979354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:42:11:0:0:42:11:0:0 chr1 93089823 . T C 1385.13 PASS AF=0.978261;AO=87;DP=91;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0329031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9192;QD=60.223;RBI=0.0453494;REFB=-0.0170889;REVB=0.0312083;RO=4;SAF=51;SAR=36;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00738015;STB=0.513155;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.000924916;OID=.;OPOS=93089823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:92:4:2:87:90:0.978261:36:51:2:2:37:53:0:2 chr1 93160902 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.112;QD=57.2025;RBI=0.0252417;REFB=0;REVB=0.0224517;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218271;OID=.;OPOS=93160902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr1 93306317 . G A 1558.46 PASS AF=0.990654;AO=101;DP=102;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0107602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2987;QD=58.2603;RBI=0.0693599;REFB=-0.00364725;REVB=0.0685202;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0014968;OID=.;OPOS=93306317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:107:0:1:101:106:0.990654:58:43:0:0:63:43:1:0 chr1 93307908 . T A 1244.09 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00351671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.3;QD=57.8649;RBI=0.0232373;REFB=-0.0162583;REVB=0.0229697;RO=3;SAF=36;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015616;STB=0.508251;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.000155212;OID=.;OPOS=93307908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:86:3:3:83:83:0.965116:47:36:2:1:47:36:2:1 chr1 93311708 . G A 1555.59 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7655;QD=59.8303;RBI=0.0463244;REFB=0;REVB=-0.0427517;RO=0;SAF=45;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242587;OID=.;OPOS=93311708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:59:45:0:0:59:45:0:0 chr1 93440474 . T C 668.94 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.484;QD=62.2269;RBI=0.0564491;REFB=0;REVB=0.0395593;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126216;OID=.;OPOS=93440474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:14:27:0:0:14:29:0:0 chr1 93580581 . G C 1419.82 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00403778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.344;QD=61.7315;RBI=0.0606963;REFB=0.0213271;REVB=0.0605619;RO=0;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24868e-08;STB=0.504853;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=3.82236e-05;OID=.;OPOS=93580581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:92:0:1:90:91:0.98913:39:51:0:0:40:51:1:0 chr1 93581024 . T C 665.48 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.968;QD=60.4978;RBI=0.0219308;REFB=0;REVB=-0.00873251;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50875e-05;OID=.;OPOS=93581024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:42:44:1:17:25:0:0:19:25:0:0 chr1 93603183 . C CAT,T 1141.28 PASS AF=0.805195,0.194805;AO=62,15;DP=81;FAO=62,15;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38,7;FSAR=24,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177998,-0.0390547;FXX=0.0493766;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=129.25,45.2426;QD=59.2871;RBI=0.0208453,0.104156;REFB=0,0;REVB=0.0108487,-0.0965569;RO=4;SAF=38,7;SAR=24,8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0135404,-0.0127122;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00801477,0.00387432;OID=.,.;OPOS=93603184,93603183;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:89:81:77:4:0:62,15:62,15:0.805195,0.194805:24,8:38,7:2:2:24,8:38,7:0:0 chr1 93617546 . T C 1176.35 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4137;QD=60.3257;RBI=0.0884998;REFB=0;REVB=0.0505102;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103248;OID=.;OPOS=93617546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:41:36:0:0:42:36:0:0 chr1 93620393 . G A 339.68 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.139;QD=54.3483;RBI=0.0185156;REFB=0;REVB=0.0111159;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103935;OID=.;OPOS=93620393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:14:11:0:0 chr1 93646207 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.946;QD=37.4882;RBI=0.0501671;REFB=0;REVB=-0.0484677;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00281298;OID=.;OPOS=93646207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr1 93672723 . A C 1404.47 PASS AF=0.980198;AO=96;DP=100;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0319933;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=84.191;QD=55.6226;RBI=0.0502381;REFB=-0.137754;REVB=0.0387336;RO=3;SAF=57;SAR=39;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154506;STB=0.508473;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000810721;OID=.;OPOS=93672723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:100:101:3:2:96:99:0.980198:39:57:1:2:41:58:2:0 chr1 93736073 . G A 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0020815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.845;QD=9.14867;RBI=0.0440851;REFB=0.000755225;REVB=-0.0440359;RO=40;SAF=14;SAR=4;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399575;STB=0.739558;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00246397;OID=.;OPOS=93736073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:4:14:18:22:4:14:18:22 chr1 93851295 . T C 899.8 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.012779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.127;QD=53.7196;RBI=0.0256747;REFB=-0.069232;REVB=0.0222686;RO=2;SAF=27;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337022;STB=0.511192;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00380984;OID=.;OPOS=93851295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:2:3:64:64:0.955224:37:27:2:0:37:27:2:1 chr1 94337718 . AT A 63.36 PASS AF=0.263736;AO=24;DP=93;FAO=24;FDP=91;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.0369222;FXX=0.0215031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.1819;QD=2.78521;RBI=0.0482434;REFB=-0.0248661;REVB=-0.0310512;RO=64;SAF=12;SAR=12;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152304;STB=0.593331;STBP=0.332;TYPE=del;VARB=0.0570113;OID=.;OPOS=94337719;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263736:24:93:24:91:67:12:12:25:42:63:64:12:12:24:40 chr1 94341267 . A G 351.97 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.0109621;FXX=0.0124984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.238;QD=17.8215;RBI=0.0209187;REFB=-0.0190216;REVB=-0.0178164;RO=39;SAF=15;SAR=22;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12127;STB=0.567651;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0134717;OID=.;OPOS=94341267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:39:42:37:37:0.468354:22:15:11:28:22:15:12:30 chr1 94342564 . C A 187.66 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0163812;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.135;QD=12.7228;RBI=0.0171099;REFB=-0.0235241;REVB=0.0049401;RO=35;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217736;STB=0.616639;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0386361;OID=.;OPOS=94342564;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:36:23:23:0.389831:9:14:14:21:9:14:15:21 chr1 94343023 . A G 431.13 PASS AF=0.444444;AO=46;DP=105;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=-0.00148403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.11;QD=15.9678;RBI=0.0171937;REFB=-0.00982072;REVB=0.0171296;RO=59;SAF=20;SAR=26;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256584;STB=0.644957;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0138645;OID=.;OPOS=94343023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:59:60:46:48:0.444444:26:20:41:18:28:20:41:19 chr1 94343233 . T C 395.81 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00950633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.805;QD=14.0108;RBI=0.0179006;REFB=-0.0157396;REVB=-0.0151678;RO=67;SAF=18;SAR=28;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928217;STB=0.552463;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0218741;OID=.;OPOS=94343233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:67:67:46:46:0.40708:28:18:32:35:28:18:32:35 chr1 94344716 . C T 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.000138472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.389;QD=18.6423;RBI=0.0208403;REFB=-0.0338438;REVB=0.0208398;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518891;STB=0.529384;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0343063;OID=.;OPOS=94344716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:9:12:15:9:9:12:15:9 chr1 94354178 . AT A 36.22 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0891672;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.7229;QD=3.01863;RBI=0.185695;REFB=-0.0323953;REVB=-0.162886;RO=25;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205907;STB=0.611123;STBP=0.27;TYPE=del;VARB=-0.0092619;OID=.;OPOS=94354179;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354167:17:46:17:48:31:12:5:17:14:36:25:12:5:13:12 chr1 94471075 . A G 1102.39 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000999886;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6735;QD=60.4048;RBI=0.0369318;REFB=0;REVB=0.0369183;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000701344;OID=.;OPOS=94471075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr1 94473845 . T C 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0505604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.513;QD=10.6683;RBI=0.0553136;REFB=-0.0255283;REVB=0.0224331;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106424;STB=0.564382;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0375168;OID=.;OPOS=94473845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:7:3:7:11:7:3:7:11 chr1 94473864 . C T 57.87 PASS AF=0.4;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00167337;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.565;QD=11.5747;RBI=0.00697105;REFB=-0.0214114;REVB=-0.00676723;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192383;STB=0.617332;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0240545;OID=.;OPOS=94473864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:20:12:12:8:8:0.4:6:2:5:7:6:2:5:7 chr1 94474328 . T C 198.04 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.00839259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.571;QD=11.1571;RBI=0.00894718;REFB=-0.0125691;REVB=-0.00310107;RO=46;SAF=12;SAR=13;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191791;STB=0.610653;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0211745;OID=.;OPOS=94474328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:13:12:30:16:13:12:30:16 chr1 94476203 . CT C 550.16 PASS AF=0.458015;AO=60;DP=132;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.00581392;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8241;QD=16.7988;RBI=0.0328871;REFB=-0.0105569;REVB=-0.0323691;RO=71;SAF=29;SAR=31;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118894;STB=0.566045;STBP=0.205;TYPE=del;VARB=0.0103299;OID=.;OPOS=94476204;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458015:60:132:60:131:71:29:31:43:28:99:71:29:31:43:28 chr1 94476388 . C G 211.95 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.00181831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.857;QD=16.6236;RBI=0.00365673;REFB=-0.0152519;REVB=-0.00317261;RO=28;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225602;STB=0.626841;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0250476;OID=.;OPOS=94476388;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:12:11:7:21:12:11:7:21 chr1 94502298 . G A 103.09 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0239785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8925;QD=9.81785;RBI=0.0277787;REFB=-0.0130029;REVB=-0.0140245;RO=28;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777142;STB=0.529367;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0279648;OID=.;OPOS=94502298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:29:13:13:0.309524:8:5:9:19:8:5:10:19 chr1 94578548 . T C 836.14 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126748;FXX=0.0645057;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.317;QD=57.6646;RBI=0.131267;REFB=0;REVB=0.034147;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160504;OID=.;OPOS=94578548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:39:18:0:0:39:19:0:0 chr1 94639337 . A G 327.99 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173303;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.202;QD=54.6642;RBI=0.0191813;REFB=0;REVB=-0.00822081;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84476e-05;OID=.;OPOS=94639337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr1 94639447 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.907;QD=51.1846;RBI=0.087081;REFB=0;REVB=-0.0870664;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000673963;OID=.;OPOS=94639447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr1 94670726 . G A 181.92 PASS AF=0.254902;AO=26;DP=102;FAO=26;FDP=102;FR=.;FRO=76;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.0281802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6275;QD=7.13425;RBI=0.0283445;REFB=0.0030191;REVB=-0.00304702;RO=74;SAF=11;SAR=15;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285714;STB=0.528309;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00812336;OID=.;OPOS=94670726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:74:76:26:26:0.254902:15:11:33:41:15:11:35:41 chr1 94930345 . G A 1481.24 PASS AF=1;AO=84;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0908647;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.1198;QD=58.088;RBI=0.101293;REFB=0;REVB=0.0447649;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150171;OID=.;OPOS=94930345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:84:102:1:41:43:0:0:50:52:0:0 chr1 95001600 . A C 1208.63 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.129;QD=61.1964;RBI=0.029171;REFB=0;REVB=0.0223923;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15085e-05;OID=.;OPOS=95001600;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:45:32:0:0:46:33:0:0 chr1 95294089 . T C 597.02 PASS AF=0.428571;AO=63;DP=148;FAO=63;FDP=147;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.00802376;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.451;QD=16.2456;RBI=0.00808623;REFB=-0.00511171;REVB=-0.0010032;RO=83;SAF=31;SAR=32;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141939;STB=0.504534;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00489141;OID=.;OPOS=95294089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:83:84:63:63:0.428571:32:31:42:41:32:31:42:42 chr1 95305553 . G A 393.16 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=14;FWDB=-0.0191201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.732;QD=17.0937;RBI=0.0271625;REFB=-0.00280026;REVB=-0.0192931;RO=51;SAF=23;SAR=18;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169929;STB=0.59467;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00226385;OID=.;OPOS=95305553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:18:23:37:14:18:23:37:14 chr1 95330372 . G A 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00164199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.725;QD=61.8526;RBI=0.00206427;REFB=0;REVB=0.00125103;RO=0;SAF=54;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.05291e-07;OID=.;OPOS=95330372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:29:54:0:0:29:54:0:0 chr1 95709821 . T C 766.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1177;QD=63.866;RBI=0.0620603;REFB=0;REVB=0.0284667;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000887648;OID=.;OPOS=95709821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr1 95709939 . T G 486.62 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0189113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.657;QD=18.898;RBI=0.0211715;REFB=-0.0188524;REVB=-0.00951813;RO=49;SAF=31;SAR=20;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070551;STB=0.526243;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0222814;OID=.;OPOS=95709939;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:49:52:51:51:0.495146:20:31:26:23:20:31:29:23 chr1 97770920 . C T 266.95 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0108362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.794;QD=20.1472;RBI=0.0109339;REFB=-0.00224083;REVB=0.00145909;RO=25;SAF=19;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243367;STB=0.635884;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00164422;OID=.;OPOS=97770920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:9:19:10:15:9:19:10:15 chr1 98348885 . G A 1737.55 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00493331;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.057;QD=60.9666;RBI=0.0161372;REFB=0;REVB=0.0153646;RO=0;SAF=49;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62557e-05;OID=.;OPOS=98348885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:65:49:0:0:65:49:0:0 chr1 99127392 . T C 306.25 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2699;QD=53.2612;RBI=0.0636758;REFB=0;REVB=0.0482015;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174675;OID=.;OPOS=99127392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr1 99156634 . T A 1109.58 PASS AF=0.562162;AO=102;DP=185;FAO=104;FDP=185;FR=.;FRO=81;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=0.0128292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.667;QD=23.9909;RBI=0.0184715;REFB=1.45143e-06;REVB=0.0132894;RO=80;SAF=51;SAR=51;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706624;STB=0.535128;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000802531;OID=.;OPOS=99156634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:80:81:102:104:0.562162:51:51:47:33:52:52:47:34 chr1 99225627 . G A 540.81 PASS AF=0.442748;AO=58;DP=130;FAO=58;FDP=131;FR=.;FRO=73;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0170954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.502;QD=16.5133;RBI=0.0237758;REFB=0.00392026;REVB=-0.0165238;RO=72;SAF=41;SAR=17;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234573;STB=0.628395;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00756849;OID=.;OPOS=99225627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:72:73:58:58:0.442748:17:41:35:37:17:41:36:37 chr1 99418626 . G A 230.8 PASS AF=0.3;AO=29;DP=98;FAO=30;FDP=100;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.00196909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.794;QD=9.23195;RBI=0.124131;REFB=-0.00920887;REVB=-0.124115;RO=67;SAF=21;SAR=8;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132993;STB=0.607286;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0183354;OID=.;OPOS=99418626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:67:70:29:30:0.3:8:21:42:25:8:22:42:28 chr1 99470041 . C T 291.47 PASS AF=0.268456;AO=40;DP=149;FAO=40;FDP=149;FR=.;FRO=109;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=64;FSRR=45;FWDB=0.00862459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.699;QD=7.8247;RBI=0.00862459;REFB=-0.00584795;REVB=-4.52202e-06;RO=107;SAF=31;SAR=9;SRF=63;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265911;STB=0.661834;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0156468;OID=.;OPOS=99470041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:107:109:40:40:0.268456:9:31:63:44:9:31:64:45 chr1 99753631 . G A 832.87 PASS AF=0.449495;AO=89;DP=201;FAO=89;FDP=198;FR=.;FRO=109;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=66;FSRR=43;FWDB=0.00367877;FXX=0.0149246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.2;QD=16.8256;RBI=0.00638655;REFB=-0.00305004;REVB=0.0052206;RO=109;SAF=48;SAR=41;SRF=66;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664888;STB=0.536863;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00291513;OID=.;OPOS=99753631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:198:109:109:89:89:0.449495:41:48:66:43:41:48:66:43 chr1 99762420 . G A 331.88 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0231906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.136;QD=13.6858;RBI=0.0325941;REFB=-0.0130885;REVB=0.0229035;RO=60;SAF=21;SAR=16;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193363;STB=0.51103;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0198917;OID=.;OPOS=99762420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:60:37:37:0.381443:16:21:33:27:16:21:33:27 chr1 100127911 . C T 369.53 PASS AF=0.328571;AO=46;DP=140;FAO=46;FDP=140;FR=.;FRO=94;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=54;FWDB=-0.00234882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8847;QD=10.5579;RBI=0.0491185;REFB=-0.00841824;REVB=-0.0490623;RO=94;SAF=25;SAR=21;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136364;STB=0.57867;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0287151;OID=.;OPOS=100127911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:94:94:46:46:0.328571:21:25:40:54:21:25:40:54 chr1 100336361 . C T 1554.82 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.501;QD=59.8008;RBI=0.0122836;REFB=0;REVB=0.000968311;RO=0;SAF=51;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16742e-06;OID=.;OPOS=100336361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:52:51:0:0:52:52:0:0 chr1 100340787 . G A 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0387967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5118;QD=16.9799;RBI=0.0546673;REFB=-0.00271443;REVB=-0.038514;RO=28;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658746;STB=0.54542;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00139053;OID=.;OPOS=100340787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:29:26:26:0.472727:13:13:16:12:13:13:17:12 chr1 100547994 . T C 1512.48 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.813;QD=59.9004;RBI=0.0295466;REFB=0;REVB=0.00477111;RO=0;SAF=59;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06501e-05;OID=.;OPOS=100547994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:42:59:0:0:42:59:0:0 chr1 100575933 . G A 2088.82 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812279;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2875;QD=62.8216;RBI=0.0133994;REFB=0;REVB=0.0106567;RO=0;SAF=78;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.10465e-05;OID=.;OPOS=100575933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:133:133:1:55:78:0:0:55:78:0:0 chr1 100584686 . G GT,T 199.66 PASS AF=0.397959,0;AO=31,6;DP=102;FAO=39,0;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=35,0;FSAR=4,0;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.056167,-0.0419908;FXX=0.0297;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=44.9174,201.553;QD=8.1493;RBI=0.0561677,0.0434635;REFB=-0.00518699,-0.00315697;REVB=-0.000270513,0.0112182;RO=61;SAF=31,3;SAR=0,3;SRF=31;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.821656,-0.00909228;STB=0.816059,0.5;STBP=0,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0898881,0;OID=.,.;OPOS=100584687,100584686;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:98:61:59:31,6:39,0:0.397959,0:0,3:31,3:31:30:4,0:35,0:30:29 chr1 100598866 . GC AT 855.31 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0076426;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=2;MLLD=273.982;QD=57.9871;RBI=0.0303851;REFB=0;REVB=0.0294083;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.4587e-05;OID=.;OPOS=100598866;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr1 100671865 . TTAAAA TA,T,TTAA,TTA 285.15 PASS AF=0.558824,0.147059,0.205882,0.0882353;AO=5,6,6,6;DP=41;FAO=19,5,7,3;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=5,3,5,1;FSAR=14,2,2,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109825,0.089801,0.144626,0.112534;FXX=0.149963;HRUN=6,6,13,13;LEN=4,5,2,3;MLLD=18.0934,18.9871,7.91162,11.2388;QD=33.547;RBI=0.110923,0.0907668,0.14572,0.112747;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0155661,-0.0132059,-0.0178205,-0.00692815;RO=1;SAF=2,2,2,1;SAR=3,4,4,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0.431373,0.431373,0,0;SSSB=0.121807,0.0962265,0.0962265,0.0789211;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=-0.0362252,0.0622201,0.0448303,0.109326;OID=.,.,.,.;OPOS=100671866,100671866,100671867,100671867;OREF=TAAA,TAAAA,AA,AAA;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=TA,T,TTAA,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.558824,0.147059,0.205882,0.0882353:5,6,6,6:41:19,5,7,3:34:0:5,3,5,1:14,2,2,2:0:0:17:1:2,2,2,1:3,4,4,5:0:1 chr1 100672060 . T C 2335.09 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154113;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.229;QD=63.975;RBI=0.0284314;REFB=0;REVB=0.0238922;RO=0;SAF=66;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.04189e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37797e-05;OID=.;OPOS=100672060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:145:146:1:79:66:0:0:80:66:0:0 chr1 100680427 . T C 117.09 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00421035;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.069;QD=9.1836;RBI=0.0047304;REFB=-0.00373736;REVB=-0.00215631;RO=34;SAF=6;SAR=9;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182819;STB=0.60923;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00891136;OID=.;OPOS=100680427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:34:36:15:15:0.294118:9:6:19:15:9:6:20:16 chr1 100889836 . AC A 71.53 PASS AF=0.375;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0828015;FXX=0.0136968;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.13084;QD=3.97362;RBI=0.168974;REFB=-0.0897452;REVB=0.147296;RO=39;SAF=17;SAR=10;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301012;STB=0.655059;STBP=0.047;TYPE=del;VARB=0.0828475;OID=.;OPOS=100889837;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:27:73:27:72:45:17:10:17:28:71:39:17:10:13:26 chr1 101005855 . T C 1284.5 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.01328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.172;QD=60.4469;RBI=0.0160275;REFB=0.0117758;REVB=0.00897336;RO=1;SAF=45;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104093;STB=0.505375;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000169885;OID=.;OPOS=101005855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:83:84:0.988235:38:45:1:0:38:46:1:0 chr1 101006577 . A G 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3558;QD=58.2388;RBI=0.0371963;REFB=0;REVB=-0.00613061;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213785;OID=.;OPOS=101006577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr1 101007055 . C T 1011.75 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192072;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1636;QD=59.5146;RBI=0.00196448;REFB=0;REVB=-0.000412354;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.98992e-05;OID=.;OPOS=101007055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr1 101203827 . G A 490.23 PASS AF=0.5;AO=47;DP=95;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0117249;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.436;QD=20.4262;RBI=0.0152031;REFB=-0.0255491;REVB=0.00967788;RO=48;SAF=24;SAR=23;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092952;STB=0.510412;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0246387;OID=.;OPOS=101203827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:48:48:47:48:0.5:23:24:25:23:24:24:25:23 chr1 101440878 . TTA T,TT,TTT 113.3 PASS AF=0.240741,0.185185,0;AO=11,12,13;DP=78;FAO=13,10,0;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=1,1,0;FSAR=12,9,0;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.107939,0.293166,0.190401;FXX=0.181791;HRUN=8,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=13.3456,8.09309,8.51313;QD=8.39232;RBI=0.14047,0.302656,0.190406;REFB=-0.0617611,-0.0996918,-0.0480133;REVB=0.0898934,0.0751962,-0.00138901;RO=29;SAF=1,0,1;SAR=10,12,12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.479599,-0.755409,-0.517458;STB=0.77866,0.743192,0.5;STBP=0.069,0.178,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0803369,0.0946975,0.0454948;OID=.,.,.;OPOS=101440879,101440880,101440880;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.240741,0.185185,0:11,12,13:78:13,10,0:54:31:1,1,0:12,9,0:9:22:58:29:1,0,1:10,12,12:11:18 chr1 103352451 . A G 944.33 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0369722;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6693;QD=57.2322;RBI=0.0402049;REFB=-0.0470509;REVB=-0.0157952;RO=1;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014995;STB=0.507934;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000655391;OID=.;OPOS=103352451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:66:1:1:65:65:0.984848:31:34:0:1:31:34:0:1 chr1 103354138 . A G 1873.51 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00387171;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.172;QD=61.9342;RBI=0.0145583;REFB=0;REVB=0.014034;RO=0;SAF=56;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97084e-05;OID=.;OPOS=103354138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:121:0:0:121:121:1:65:56:0:0:65:56:0:0 chr1 103354297 . C CT 61.17 PASS AF=0.205882;AO=23;DP=108;FAO=21;FDP=102;FR=.;FRO=81;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.100347;FXX=0.0192289;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.2067;QD=2.39881;RBI=0.107745;REFB=-0.0164462;REVB=-0.0392347;RO=82;SAF=12;SAR=11;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495978;STB=0.562732;STBP=0.529;TYPE=ins;VARB=0.052304;OID=.;OPOS=103354298;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205882:23:108:21:102:81:10:11:45:36:61:82:12:11:46:36 chr1 103354428 . A G 1194.14 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00605474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.32;QD=59.707;RBI=0.0111305;REFB=0.00693616;REVB=0.00933964;RO=1;SAF=38;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122951;STB=0.506492;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-8.90285e-07;OID=.;OPOS=103354428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:41:38:1:0:41:38:1:0 chr1 103379918 . G A 1264.14 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0567557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7139;QD=61.6656;RBI=0.0598788;REFB=0;REVB=0.0190856;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000295364;OID=.;OPOS=103379918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:42:40:0:0:42:40:0:0 chr1 103381186 . C T 517.71 PASS AF=0.316279;AO=68;DP=216;FAO=68;FDP=215;FR=.;FRO=147;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=74;FSRR=73;FWDB=-0.000978687;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.705;QD=9.63189;RBI=0.0155967;REFB=-0.00154261;REVB=-0.015566;RO=147;SAF=39;SAR=29;SRF=74;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083545;STB=0.548297;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00297366;OID=.;OPOS=103381186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:147:147:68:68:0.316279:29:39:74:73:29:39:74:73 chr1 103444679 . T G 1349.6 PASS AF=0.95;AO=95;DP=101;FAO=95;FDP=100;FR=.;FRO=5;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0301859;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.156;QD=53.9841;RBI=0.0323685;REFB=-0.0690997;REVB=0.0116847;RO=5;SAF=57;SAR=38;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584063;STB=0.530858;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00100309;OID=.;OPOS=103444679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:101:100:5:5:95:95:0.95:38:57:0:5:38:57:0:5 chr1 103471456 . CCAT C 1426.65 PASS AF=0.690377;AO=183;DP=332;FAO=165;FDP=239;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=160;FSRF=9;FSRR=65;FWDB=-0.0152127;FXX=0.453079;HRUN=2;LEN=3;MLLD=224.291;QD=23.8769;RBI=0.0152382;REFB=-0.023076;REVB=-0.000881358;RO=6;SAF=83;SAR=100;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331745;STB=0.66565;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0141852;OID=.;OPOS=103471457;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.690377:183:332:165:239:74:5:160:9:65:99:6:83:100:6:0 chr1 107691370 . C T 146.59 PASS AF=0.216216;AO=24;DP=111;FAO=24;FDP=111;FR=.;FRO=87;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=-0.00417413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.276;QD=5.28257;RBI=0.018499;REFB=-0.00196434;REVB=0.0180219;RO=87;SAF=12;SAR=12;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109011;STB=0.567512;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00629828;OID=.;OPOS=107691370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:87:87:24:24:0.216216:12:12:36:51:12:12:36:51 chr1 107979396 . A C 2999.76 PASS AF=0.980296;AO=199;DP=203;FAO=199;FDP=203;FR=.;FRO=4;FSAF=110;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00174851;FXX=0.00490172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.231;QD=59.1086;RBI=0.0308992;REFB=0.0664941;REVB=0.0308497;RO=4;SAF=110;SAR=89;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114708;STB=0.506025;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.000217978;OID=.;OPOS=107979396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:203:203:4:4:199:199:0.980296:89:110:1:3:89:110:1:3 chr1 107998239 . A G 67.47 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0160384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6506;QD=4.65332;RBI=0.0206386;REFB=0.0066339;REVB=0.0129894;RO=47;SAF=9;SAR=2;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447776;STB=0.79616;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0427127;OID=.;OPOS=107998239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:47:47:11:11:0.189655:2:9:22:25:2:9:22:25 chr1 108023589 . A C 340.41 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.027728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.684;QD=23.4767;RBI=0.0435024;REFB=-0.0369393;REVB=0.0335203;RO=19;SAF=21;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622649;STB=0.503224;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0255241;OID=.;OPOS=108023589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:19:24:34:34:0.586207:13:21:10:9:13:21:15:9 chr1 108113526 . C G 191.22 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9491;QD=47.8056;RBI=0.0763461;REFB=0;REVB=0.0603617;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277323;OID=.;OPOS=108113526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr1 108113547 . TG CA 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0335315;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.742;QD=12.0157;RBI=0.0354548;REFB=-0.011794;REVB=0.0115188;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413635;STB=0.756614;STBP=0.15;TYPE=mnp;VARB=0.0219865;OID=.;OPOS=108113547;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:4:3:5:1:4:3 chr1 108113856 . G A 512.39 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.035821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.529;QD=21.5742;RBI=0.0567976;REFB=-0.0215718;REVB=-0.0440776;RO=45;SAF=29;SAR=20;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12879;STB=0.57646;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0132855;OID=.;OPOS=108113856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:45:46:49:49:0.515789:20:29:20:25:20:29:20:26 chr1 108113865 . G A 499.46 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00832057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.696;QD=21.7156;RBI=0.0170715;REFB=-0.0109872;REVB=-0.0149065;RO=44;SAF=29;SAR=19;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150587;STB=0.583146;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00701323;OID=.;OPOS=108113865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:19:29:19:25:19:29:19:25 chr1 108115145 . T C 1435.88 PASS AF=0.990196;AO=92;DP=95;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0266724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6913;QD=56.309;RBI=0.0589876;REFB=-0.0599008;REVB=0.052613;RO=1;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886129;STB=0.504064;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00755215;OID=.;OPOS=108115145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:102:1:1:92:101:0.990196:53:39:0:1:61:40:0:1 chr1 108307727 . T A 1826.07 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057643;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.952;QD=61.3806;RBI=0.00961554;REFB=0;REVB=-0.0076962;RO=0;SAF=60;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.05069e-05;OID=.;OPOS=108307727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:59:60:0:0:59:60:0:0 chr1 108313258 . C T 1151.43 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0578268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.367;QD=56.8607;RBI=0.0578985;REFB=0.0279969;REVB=-0.00288043;RO=3;SAF=38;SAR=40;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107862;STB=0.505702;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.00819003;OID=.;OPOS=108313258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:81:3:3:78:78:0.962963:40:38:1:2:40:38:1:2 chr1 108677854 . ATTTTTA ATTTT,ATTTTA,ATTTTAA 45.93 PASS AF=0.470588,0,0;AO=6,4,2;DP=21;FAO=8,0,0;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6,0,0;FSAR=2,0,0;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0448056,-0.189936,-0.16402;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=24.9133,13.1256,17.6884;QD=10.8065;RBI=0.0842354,0.208342,0.165301;REFB=-0.130517,-0.140296,-0.0205499;REVB=-0.0713306,-0.0856208,-0.0205395;RO=8;SAF=4,4,2;SAR=2,0,0;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.162008,0.703678,0.590874;STB=0.676948,0.5,0.5;STBP=0.247,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.158707,0,0;OID=.,.,.;OPOS=108677859,108677855,108677859;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTT,ATTTTA,ATTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588,0,0:6,4,2:21:8,0,0:17:9:6,0,0:2,0,0:4:5:44:8:4,4,2:2,0,0:4:4 chr1 108766385 . GAA GA,G 175.91 PASS AF=0.578947,0.0789474;AO=28,13;DP=77;FAO=44,6;FDP=76;FR=.;FRO=26;FSAF=33,4;FSAR=11,2;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0922462,0.047569;FXX=0.0379699;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=7.50391,12.1263;QD=9.25843;RBI=0.133054,0.0690221;REFB=-0.0330779,-0.0145214;REVB=0.0958853,0.0500125;RO=29;SAF=18,12;SAR=10,1;SRF=15;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.119123,0.590514;STB=0.624939,0.666112;STBP=0.014,0.416;TYPE=del,del;VARB=0.0092979,0.0684589;OID=.,.;OPOS=108766386,108766386;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=GA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.578947,0.0789474:28,13:77:44,6:76:26:33,4:11,2:12:14:42:29:18,12:10,1:15:14 chr1 109010230 . G A 204.63 PASS AF=0.310345;AO=26;DP=85;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.00688141;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.601;QD=9.40828;RBI=0.0391075;REFB=-0.00710432;REVB=-0.0384973;RO=59;SAF=13;SAR=13;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498885;STB=0.52176;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0122852;OID=.;OPOS=109010230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:59:60:26:27:0.310345:13:13:27:32:14:13:27:33 chr1 109265029 . G T 450.54 PASS AF=0.428571;AO=49;DP=116;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0156339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.7462;QD=15.1443;RBI=0.0444534;REFB=0.000694245;REVB=-0.0416135;RO=67;SAF=29;SAR=20;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726754;STB=0.542697;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00149864;OID=.;OPOS=109265029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:67:68:49:51:0.428571:20:29:35:32:21:30:35:33 chr1 109268573 . T C 707.2 PASS AF=0.526718;AO=69;DP=131;FAO=69;FDP=131;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0314364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5161;QD=21.594;RBI=0.0372015;REFB=-0.0121743;REVB=0.0198923;RO=61;SAF=37;SAR=32;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323638;STB=0.51348;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0209284;OID=.;OPOS=109268573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:61:62:69:69:0.526718:32:37:35:26:32:37:35:27 chr1 109351501 . A G 716.01 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00721244;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.43;QD=57.2808;RBI=0.0309319;REFB=0;REVB=0.0300793;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92814e-05;OID=.;OPOS=109351501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr1 109363232 . T C 951.43 PASS AF=0.970588;AO=64;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0399118;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.672;QD=55.9662;RBI=0.0475768;REFB=-0.166314;REVB=0.0258959;RO=2;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230303;STB=0.512191;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00273606;OID=.;OPOS=109363232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:68:2:2:64:66:0.970588:40:24:0:2:40:26:0:2 chr1 109395105 . C T 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.302;QD=64.1529;RBI=0.0567618;REFB=0;REVB=0.0394036;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276685;OID=.;OPOS=109395105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr1 109656946 . T C 521.74 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0297402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.884;QD=18.4686;RBI=0.0303097;REFB=-0.0186707;REVB=0.00584792;RO=56;SAF=24;SAR=31;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108459;STB=0.548327;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0165069;OID=.;OPOS=109656946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:58:55:55:0.486726:31:24:18:38:31:24:20:38 chr1 109704618 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.856;QD=45.8068;RBI=0.0194952;REFB=0;REVB=-0.0158423;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53969e-05;OID=.;OPOS=109704618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr1 109735298 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00314735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.271;QD=59.8558;RBI=0.0116172;REFB=0;REVB=0.0111827;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64867e-05;OID=.;OPOS=109735298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr1 109735416 . A C 913.04 PASS AF=1;AO=55;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.696;QD=57.9711;RBI=0.0429721;REFB=0;REVB=0.0157306;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137739;OID=.;OPOS=109735416;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:55:63:1:27:28:0:0:32:31:0:0 chr1 109737063 . C T 508.44 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00615279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.846;QD=56.4934;RBI=0.043544;REFB=-0.117059;REVB=0.0431071;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252795;STB=0.513506;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00108463;OID=.;OPOS=109737063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:18:17:0:1:18:17:0:1 chr1 109737090 . G A 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00238298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.286;QD=61.6827;RBI=0.0134612;REFB=0;REVB=0.0132486;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04572e-05;OID=.;OPOS=109737090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr1 109737132 . T C 772.67 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00774919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2804;QD=61.8135;RBI=0.037361;REFB=0.146527;REVB=0.0365485;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171119;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00177049;OID=.;OPOS=109737132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:27:22:0:1:27:22:0:1 chr1 109737172 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.412;QD=62.3503;RBI=0.0158089;REFB=0;REVB=0.00966202;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.58397e-06;OID=.;OPOS=109737172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr1 109742485 . G A 871.31 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00352997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.667;QD=56.2136;RBI=0.0283721;REFB=-0.0660474;REVB=0.0281516;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165597;STB=0.508769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000401082;OID=.;OPOS=109742485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:33:28:1:0:33:28:1:0 chr1 109745618 . T C 1590.53 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456066;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.25;QD=64.2639;RBI=0.0467565;REFB=0;REVB=-0.0103054;RO=0;SAF=37;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70746e-05;OID=.;OPOS=109745618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:62:37:0:0:62:37:0:0 chr1 109771063 . T C 1599.69 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.18;QD=58.7043;RBI=0.120204;REFB=-0.0493264;REVB=0.119984;RO=2;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158158;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347781;OID=.;OPOS=109771063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:109:109:2:0:107:109:1:59:48:0:2:61:48:0:0 chr1 109778022 . G A 148.13 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0550598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.781;QD=9.40496;RBI=0.0550606;REFB=0.00583931;REVB=0.000293061;RO=41;SAF=6;SAR=14;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172181;STB=0.58938;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.0128434;OID=.;OPOS=109778022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:41:43:20:20:0.31746:14:6:18:23:14:6:18:25 chr1 109792735 . A ACGC 49.94 PASS AF=1;AO=5;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458401;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=237.6;QD=33.2953;RBI=0.0458401;REFB=0;REVB=0;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000938279;OID=.;OPOS=109792736;OREF=-;OALT=CGC;OMAPALT=ACGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:7:6:6:0:6:0:0:0:4:1:5:0:1:0 chr1 109794252 . T C 1343.16 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00156505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3554;QD=61.0527;RBI=0.00675298;REFB=-0.0723482;REVB=0.00656913;RO=1;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997538;STB=0.505262;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000762186;OID=.;OPOS=109794252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:47:40:0:1:47:40:0:1 chr1 109795608 . T C 305.64 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0989199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9338;QD=53.1555;RBI=0.103845;REFB=0;REVB=-0.0316017;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.003363;OID=.;OPOS=109795608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr1 109806726 . C T 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0314801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.609;QD=7.27142;RBI=0.0373717;REFB=-3.18505e-05;REVB=0.0201407;RO=25;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27261;STB=0.668445;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0016579;OID=.;OPOS=109806726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:5:4:17:8:5:4:17:8 chr1 109807173 . C T 546.12 PASS AF=0.427536;AO=59;DP=138;FAO=59;FDP=138;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.0269331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3745;QD=15.8297;RBI=0.0682247;REFB=-0.0221352;REVB=0.0626835;RO=77;SAF=28;SAR=31;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978175;STB=0.547043;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0249494;OID=.;OPOS=109807173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:77:79:59:59:0.427536:31:28:44:33:31:28:44:35 chr1 109815866 . C T 2858.8 PASS AF=0.974874;AO=189;DP=199;FAO=194;FDP=199;FR=.;FRO=5;FSAF=117;FSAR=77;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0343157;FXX=0.0245086;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.319;QD=57.4634;RBI=0.0452783;REFB=-0.0746562;REVB=0.029539;RO=5;SAF=117;SAR=72;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00943161;STB=0.505178;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.000389902;OID=.;OPOS=109815866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:199:199:5:5:189:194:0.974874:72:117:4:1:77:117:4:1 chr1 109816176 . A C 259.92 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103891;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.611;QD=51.9848;RBI=0.104728;REFB=0;REVB=0.0132138;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351843;OID=.;OPOS=109816176;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr1 109818263 . G A 2923.03 PASS AF=1;AO=185;DP=185;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00849102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.749;QD=63.2007;RBI=0.0121656;REFB=0;REVB=0.00871229;RO=0;SAF=94;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79107e-06;OID=.;OPOS=109818263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:185:0:0:185:185:1:91:94:0:0:91:94:0:0 chr1 109824250 . G A 497.6 PASS AF=0.410448;AO=55;DP=135;FAO=55;FDP=134;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=-0.0681477;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2779;QD=14.8538;RBI=0.0810737;REFB=-0.0132893;REVB=0.0439185;RO=79;SAF=28;SAR=27;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635571;STB=0.53573;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0152057;OID=.;OPOS=109824250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:79:79:55:55:0.410448:27:28:45:34:27:28:45:34 chr1 109825360 . C T 676.77 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00297745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.321;QD=60.1571;RBI=0.0122231;REFB=-0.0665864;REVB=0.0118549;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=4.87421e-05;OID=.;OPOS=109825360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:0:1:43:44:0.977778:21:22:0:0:21:23:0:1 chr1 109836842 . C G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.592;QD=59.8391;RBI=0.0738964;REFB=0;REVB=-0.0738864;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00032969;OID=.;OPOS=109836842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr1 109838918 . C T 1532.25 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993462;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4259;QD=63.8436;RBI=0.0451405;REFB=0;REVB=0.0440337;RO=0;SAF=61;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.19147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292192;OID=.;OPOS=109838918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:94:96:1:33:61:0:0:35:61:0:0 chr1 109839433 . A G 2370.05 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00282731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.061;QD=64.0553;RBI=0.0075314;REFB=0;REVB=0.00698057;RO=0;SAF=68;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87518e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2461e-06;OID=.;OPOS=109839433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:80:68:0:0:80:68:0:0 chr1 109856306 . G A 2297.11 PASS AF=0.993151;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000598151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4131;QD=62.9346;RBI=0.00483676;REFB=-0.132431;REVB=0.00479963;RO=1;SAF=65;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00726022;STB=0.503816;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000815659;OID=.;OPOS=109856306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:146:1:1:145:145:0.993151:80:65:1:0:80:65:1:0 chr1 109856384 . CAA C 1148.26 PASS AF=1;AO=83;DP=91;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0625588;FXX=0.0101;HRUN=6;LEN=2;MLLD=25.0601;QD=46.8678;RBI=0.0627722;REFB=0;REVB=0.00517091;RO=0;SAF=29;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.70973e-05;OID=.;OPOS=109856385;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:83:91:98:98:0:38:60:0:0:21:0:29:54:0:0 chr1 109856444 . A G 531.18 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0278927;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.6429;QD=22.8465;RBI=0.0385085;REFB=-0.0104301;REVB=0.02655;RO=41;SAF=18;SAR=32;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1496;STB=0.583596;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0153204;OID=.;OPOS=109856444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:43:50:50:0.537634:32:18:22:19:32:18:23:20 chr1 109884775 . T G 2197.2 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4812;QD=63.2288;RBI=0.0418079;REFB=0;REVB=0.030849;RO=0;SAF=66;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2122e-05;OID=.;OPOS=109884775;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:73:66:0:0:73:66:0:0 chr1 109897103 . A G 2043.81 PASS AF=0.985075;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00767338;FXX=0.0147048;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.256;QD=61.0093;RBI=0.053029;REFB=-0.0468495;REVB=0.0524709;RO=2;SAF=76;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00219861;STB=0.501157;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=5.53159e-05;OID=.;OPOS=109897103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:134:2:2:132:132:0.985075:56:76:1:1:56:76:1:1 chr1 110031002 . C T 317.09 PASS AF=0.367925;AO=39;DP=106;FAO=39;FDP=106;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.0108836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.719;QD=11.9656;RBI=0.0187738;REFB=-0.00855441;REVB=0.0152971;RO=67;SAF=16;SAR=23;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140778;STB=0.580541;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0224642;OID=.;OPOS=110031002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:67:67:39:39:0.367925:23:16:36:31:23:16:36:31 chr1 110038456 . C T 75.81 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0140053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.901;QD=5.83116;RBI=0.0168541;REFB=-0.00623668;REVB=0.00937616;RO=39;SAF=6;SAR=5;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549466;STB=0.551509;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0472575;OID=.;OPOS=110038456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:39:41:11:11:0.211538:5:6:23:16:5:6:25:16 chr1 110136458 . A G 1492.47 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.096;QD=58.5282;RBI=0.0250596;REFB=-0.0734282;REVB=0.0220527;RO=1;SAF=58;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811007;STB=0.504273;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.000116403;OID=.;OPOS=110136458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:43:58:1:0:43:58:1:0 chr1 110148974 . C T 1788.08 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0207467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.452;QD=60.1037;RBI=0.0260309;REFB=-0.0367208;REVB=-0.015722;RO=1;SAF=55;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855746;STB=0.504504;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000491344;OID=.;OPOS=110148974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:63:55:1:0:63:55:1:0 chr1 110163751 . G A 54.21 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00874658;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.951;QD=7.47667;RBI=0.00889943;REFB=-0.0151946;REVB=0.00164229;RO=21;SAF=1;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394428;STB=0.758262;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0285721;OID=.;OPOS=110163751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:30:29:21:21:8:8:0.275862:7:1:8:13:7:1:8:13 chr1 110170896 . T C 1813.16 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=122;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00981321;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8954;QD=60.4388;RBI=0.0408792;REFB=-0.109878;REVB=0.0396839;RO=1;SAF=60;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798283;STB=0.504201;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000327064;OID=.;OPOS=110170896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:120:1:1:119:119:0.991667:59:60:0:1:59:60:0:1 chr1 110201699 . T C 1834.67 PASS AF=0.976;AO=122;DP=125;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0515502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4642;QD=58.7094;RBI=0.0922179;REFB=0.0783382;REVB=-0.0764638;RO=3;SAF=67;SAR=55;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00540976;STB=0.502848;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.00202889;OID=.;OPOS=110201699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:125:125:3:3:122:122:0.976:55:67:2:1:55:67:2:1 chr1 110201809 . G T 1803.98 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.445;QD=61.1517;RBI=0.0243104;REFB=0;REVB=-0.022875;RO=0;SAF=46;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.7677e-05;OID=.;OPOS=110201809;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:71:46:0:0:71:47:0:0 chr1 110201812 . A G 1755.87 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0432626;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.24;QD=60.0299;RBI=0.051515;REFB=-0.0228995;REVB=0.0279668;RO=1;SAF=47;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683355;STB=0.503597;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000163625;OID=.;OPOS=110201812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:117:1:1:116:116:0.991453:69:47:0:1:69:47:0:1 chr1 110210780 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.102;QD=46.848;RBI=0.0445843;REFB=0;REVB=0.0185907;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455551;OID=.;OPOS=110210780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr1 110233147 . C T 1118.98 PASS AF=0.939024;AO=77;DP=82;FAO=77;FDP=82;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0127896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.704;QD=54.5842;RBI=0.0130544;REFB=-0.0370533;REVB=0.00261573;RO=4;SAF=38;SAR=39;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472498;STB=0.530856;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00409451;OID=.;OPOS=110233147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:82:82:4:5:77:77:0.939024:39:38:4:0:39:38:5:0 chr1 110279701 . C T 132.43 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00105086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.161;QD=15.1349;RBI=0.0169984;REFB=-0.0222816;REVB=-0.0169659;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131025;STB=0.575658;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0339292;OID=.;OPOS=110279701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:12:8:8:7:12:8 chr1 110282972 . G T 217.58 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0529983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.474;QD=11.3027;RBI=0.0530856;REFB=0.00371941;REVB=-0.00304327;RO=47;SAF=10;SAR=17;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111163;STB=0.586142;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.00777538;OID=.;OPOS=110282972;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:50:27:27:0.350649:17:10:22:25:17:10:25:25 chr1 110295772 . T C 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00594578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.691;QD=23.0939;RBI=0.0385336;REFB=-0.0206854;REVB=0.0380721;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143851;STB=0.580552;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.012478;OID=.;OPOS=110295772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:9:8:8:4:9:8:8:4 chr1 110300441 . G A 558.44 PASS AF=0.586207;AO=51;DP=87;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.000957306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.488;QD=25.6756;RBI=0.0106215;REFB=-0.0095202;REVB=-0.0105783;RO=34;SAF=31;SAR=20;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534819;STB=0.513547;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00639485;OID=.;OPOS=110300441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:34:36:51:51:0.586207:20:31:23:11:20:31:23:13 chr1 110300504 . A G 1380.25 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.044113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0198;QD=61.3446;RBI=0.0450398;REFB=-0.0983456;REVB=-0.00909012;RO=1;SAF=62;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00758374;STB=0.503999;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.000674455;OID=.;OPOS=110300504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:27:62:1:0:27:62:1:0 chr1 110304314 . C T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0173608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.317;QD=8.69163;RBI=0.0299993;REFB=-0.0266493;REVB=-0.0244655;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291729;STB=0.666222;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0473529;OID=.;OPOS=110304314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:16:17:8:8:0.32:2:6:8:8:2:6:9:8 chr1 110466338 . C A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.149;QD=52.6132;RBI=0.0160337;REFB=0;REVB=0.00035047;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.53436e-05;OID=.;OPOS=110466338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr1 110466709 . T C 4133.16 PASS AF=0.985294;AO=268;DP=272;FAO=268;FDP=272;FR=.;FRO=4;FSAF=124;FSAR=144;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0373612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6227;QD=60.7818;RBI=0.0442446;REFB=-0.0583525;REVB=-0.0237008;RO=3;SAF=124;SAR=144;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00982788;STB=0.503146;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0050351;OID=.;OPOS=110466709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:272:272:3:4:268:268:0.985294:144:124:0:3:144:124:1:3 chr1 110467745 . A G 1247.98 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00762725;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.879;QD=61.6285;RBI=0.00962852;REFB=0;REVB=-0.00587652;RO=0;SAF=51;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28897e-05;OID=.;OPOS=110467745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:29:51:0:0:29:52:0:0 chr1 110561253 . G A 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.00446827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.201;QD=2.21225;RBI=0.0154271;REFB=-0.00796071;REVB=0.0147658;RO=49;SAF=5;SAR=1;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4551;STB=0.84684;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0442785;OID=.;OPOS=110561253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:49:49:6:6:0.109091:1:5:21:28:1:5:21:28 chr1 110656067 . A C 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0572022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0838;QD=16.6157;RBI=0.0736525;REFB=0.0032437;REVB=0.0463961;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05124;STB=0.529377;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.00463119;OID=.;OPOS=110656067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:9:8:11:10:9:8:11:10 chr1 110709719 . TG CA 1542.68 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152069;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=110.687;QD=59.334;RBI=0.0459553;REFB=0;REVB=0.0433663;RO=0;SAF=35;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53132e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000240132;OID=.;OPOS=110709719;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:101:104:1:66:35:0:0:69:35:0:0 chr1 110738296 . G A 752.47 PASS AF=0.506944;AO=73;DP=144;FAO=73;FDP=144;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.00572369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.442;QD=20.902;RBI=0.0116971;REFB=-0.022586;REVB=0.0102011;RO=71;SAF=28;SAR=45;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100804;STB=0.55554;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0256132;OID=.;OPOS=110738296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:71:71:73:73:0.506944:45:28:35:36:45:28:35:36 chr1 110742085 . T C 494.28 PASS AF=0.398551;AO=57;DP=140;FAO=55;FDP=138;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=0.0062715;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.639;QD=14.327;RBI=0.00864408;REFB=0.000112233;REVB=0.00594882;RO=83;SAF=28;SAR=29;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104349;STB=0.570392;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-8.56856e-05;OID=.;OPOS=110742085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:83:83:57:55:0.398551:29:28:49:34:29:26:49:34 chr1 110765630 . C G 344.75 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00578244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.755;QD=21.889;RBI=0.0348367;REFB=-0.0142268;REVB=0.0343534;RO=27;SAF=14;SAR=21;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659594;STB=0.529395;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0113349;OID=.;OPOS=110765630;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:28:35:35:0.555556:21:14:13:14:21:14:13:15 chr1 110882444 . A G 62.64 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00879727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.561;QD=20.8787;RBI=0.0171965;REFB=-0.0611103;REVB=0.0147759;RO=4;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467971;STB=0.776952;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0256441;OID=.;OPOS=110882444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:7:1:3:1:7:1:3:1 chr1 110882870 . G A 90.1 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.000244866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3902;QD=7.66776;RBI=0.00766001;REFB=-0.00198868;REVB=0.0076561;RO=34;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23651;STB=0.656879;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.01571;OID=.;OPOS=110882870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:34:35:12:12:0.255319:4:8:16:18:4:8:16:19 chr1 110883569 . A T 291.59 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.010088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2958;QD=19.4395;RBI=0.0155846;REFB=-0.00448843;REVB=0.0118791;RO=29;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610569;STB=0.533959;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00585411;OID=.;OPOS=110883569;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:16:15:12:17:16:15:12:17 chr1 110924353 . G A 278.66 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=-0.0100646;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.694;QD=22.7476;RBI=0.0268042;REFB=-0.00546186;REVB=0.0248429;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=20;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383994;STB=0.701219;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0107741;OID=.;OPOS=110924353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:23:25:26:0.530612:14:11:20:2:15:11:20:3 chr1 110998854 . G A 479.31 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00561721;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.414;QD=22.0373;RBI=0.00621904;REFB=-0.00490825;REVB=-0.00266898;RO=40;SAF=21;SAR=25;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368247;STB=0.51481;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00537957;OID=.;OPOS=110998854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:40:41:46:46:0.528736:25:21:20:20:25:21:20:21 chr1 111060729 . G A 383.77 PASS AF=0.534247;AO=38;DP=74;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00438114;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.73;QD=21.0283;RBI=0.00477112;REFB=-0.0564762;REVB=0.00188924;RO=34;SAF=16;SAR=22;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175438;STB=0.514794;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0417812;OID=.;OPOS=111060729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:34:34:38:39:0.534247:22:16:15:19:23:16:15:19 chr1 111144661 . A G 503.92 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0105839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.806;QD=17.5278;RBI=0.0312704;REFB=-0.010434;REVB=-0.0294248;RO=61;SAF=34;SAR=20;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398659;STB=0.522176;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0118095;OID=.;OPOS=111144661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:61:54:54:0.469565:20:34:36:25:20:34:36:25 chr1 111217025 . C T 180.29 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0990699;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.655;QD=10.9269;RBI=0.0992943;REFB=-0.0181924;REVB=0.00667173;RO=42;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505675;STB=0.52172;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0475152;OID=.;OPOS=111217025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:42:43:23:23:0.348485:11:12:20:22:11:12:21:22 chr1 111441829 . C T 519.55 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=-0.049805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0386;QD=18.2297;RBI=0.127664;REFB=0.029232;REVB=-0.117548;RO=59;SAF=32;SAR=23;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111017;STB=0.561329;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0344088;OID=.;OPOS=111441829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:59:59:55:55:0.482456:23:32:41:18:23:32:41:18 chr1 111726869 . G A 1527.86 PASS AF=0.98;AO=95;DP=98;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0452193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3616;QD=61.1143;RBI=0.0786547;REFB=-0.0809516;REVB=0.0643566;RO=2;SAF=57;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242997;STB=0.511902;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00401192;OID=.;OPOS=111726869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:100:2:2:95:98:0.98:38:57:0:2:41:57:0:2 chr1 111773568 . G C 924.16 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9598;QD=57.7598;RBI=0.0217541;REFB=0;REVB=-0.0068477;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021419;OID=.;OPOS=111773568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:39:24:0:0:39:25:0:0 chr1 111783982 . C A 659.45 PASS AF=0.458904;AO=67;DP=148;FAO=67;FDP=146;FR=.;FRO=79;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=-0.0108925;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.433;QD=18.067;RBI=0.0454828;REFB=-0.0176671;REVB=-0.0441592;RO=78;SAF=43;SAR=24;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538272;STB=0.527137;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0187855;OID=.;OPOS=111783982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:146:78:79:67:67:0.458904:24:43:46:32:24:43:47:32 chr1 111783996 . A G 2287.77 PASS AF=0.987013;AO=152;DP=156;FAO=152;FDP=154;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00350478;FXX=0.0128197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.167;QD=59.4227;RBI=0.012755;REFB=-0.000933505;REVB=0.012264;RO=2;SAF=96;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166822;STB=0.508771;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-1.69539e-05;OID=.;OPOS=111783996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:156:154:2:2:152:152:0.987013:56:96:0:2:56:96:0:2 chr1 111833488 . C CCT 2975.83 PASS AF=0.97449;AO=189;DP=202;FAO=191;FDP=196;FR=.;FRO=5;FSAF=77;FSAR=114;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00949182;FXX=0.019999;HRUN=2;LEN=2;MLLD=287.385;QD=60.7313;RBI=0.0231512;REFB=-0.109092;REVB=0.0211159;RO=8;SAF=76;SAR=113;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376676;STB=0.515722;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=5.41586e-05;OID=.;OPOS=111833489;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.97449:189:202:191:196:5:77:114:5:0:4:8:76:113:7:1 chr1 111833517 . G A 3201.67 PASS AF=1;AO=207;DP=207;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00479042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.033;QD=61.8681;RBI=0.0218416;REFB=0;REVB=0.0213098;RO=0;SAF=83;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20962e-05;OID=.;OPOS=111833517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:207:0:0:207:207:1:124:83:0:0:124:83:0:0 chr1 111858051 . G C 444.96 PASS AF=0.5;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.000948538;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.415;QD=20.2255;RBI=0.000960131;REFB=-0.0179307;REVB=-0.000148753;RO=44;SAF=31;SAR=13;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240047;STB=0.633638;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0123793;OID=.;OPOS=111858051;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:44:44:44:44:0.5:13:31:20:24:13:31:20:24 chr1 111957097 . C G 1281.25 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.802;QD=61.7468;RBI=0.0640776;REFB=0;REVB=0.0610861;RO=0;SAF=56;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405639;OID=.;OPOS=111957097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:26:56:0:0:27:56:0:0 chr1 111957245 . G A 545.14 PASS AF=0.508929;AO=56;DP=111;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0201776;FXX=0.00884877;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.8446;QD=19.4691;RBI=0.0231014;REFB=-0.0265138;REVB=-0.011249;RO=55;SAF=22;SAR=34;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0067049;STB=0.50179;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0202852;OID=.;OPOS=111957245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:55:55:56:57:0.508929:34:22:22:33:34:23:22:33 chr1 111957311 . G C 925.42 PASS AF=0.984615;AO=40;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0163611;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.712;QD=56.9492;RBI=0.0283262;REFB=-0.0580453;REVB=0.0231233;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.505881;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.000622345;OID=.;OPOS=111957311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:65:0:1:40:64:0.984615:19:21:0:0:42:22:0:1 chr1 111957517 . T C 135.68 PASS AF=0.298507;AO=18;DP=63;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00751286;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.281;QD=8.10018;RBI=0.0132417;REFB=-0.0147505;REVB=-0.0109041;RO=45;SAF=16;SAR=2;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462347;STB=0.814432;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0323324;OID=.;OPOS=111957517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:67:45:47:18:20:0.298507:2:16:27:18:2:18:27:20 chr1 111957688 . T C 322.36 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00495082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.482;QD=16.5313;RBI=0.00495339;REFB=-0.0159597;REVB=-0.000159608;RO=43;SAF=20;SAR=15;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127055;STB=0.571388;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0257722;OID=.;OPOS=111957688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:15:20:19:24:15:20:19:24 chr1 111957693 . A G 1227.1 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00023177;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.029;QD=60.5977;RBI=0.00198519;REFB=0;REVB=0.00197162;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.95715e-07;OID=.;OPOS=111957693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:78:81:1:38:40:0:0:38:43:0:0 chr1 111968121 . C T 901.92 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.005;QD=58.1883;RBI=0.0222748;REFB=0;REVB=-0.00331531;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31784e-05;OID=.;OPOS=111968121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr1 111969215 . C T 402.64 PASS AF=0.296703;AO=54;DP=182;FAO=54;FDP=182;FR=.;FRO=128;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=59;FSRR=69;FWDB=-0.00966013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.64;QD=8.84921;RBI=0.0346169;REFB=-0.0028605;REVB=-0.0332417;RO=127;SAF=27;SAR=27;SRF=58;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520816;STB=0.527462;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00597206;OID=.;OPOS=111969215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:127:128:54:54:0.296703:27:27:58:69:27:27:59:69 chr1 111969294 . A G 1395.11 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0178081;FXX=0.0105252;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.51;QD=59.3662;RBI=0.0190086;REFB=-0.0897589;REVB=-0.00664824;RO=3;SAF=42;SAR=49;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00780168;STB=0.504118;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.000391826;OID=.;OPOS=111969294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:3:3:91:91:0.968085:49:42:1:2:49:42:1:2 chr1 111969432 . C G 60.65 PASS AF=0.571429;AO=6;DP=15;FAO=8;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0469445;FXX=0.0666222;HRUN=5;LEN=1;MLLD=34.2297;QD=17.3284;RBI=0.0563412;REFB=-0.087225;REVB=0.0311537;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474419;STB=0.749463;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.059456;OID=.;OPOS=111969432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:14:5:6:6:8:0.571429:4:2:5:0:5:3:6:0 chr1 111969719 . A G 632.88 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.815;QD=61.7448;RBI=0.0612526;REFB=0;REVB=0.0396904;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013396;OID=.;OPOS=111969719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:21:20:0:0 chr1 111991845 . C A 2091.34 PASS AF=0.985401;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.013529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.538;QD=61.0611;RBI=0.0411358;REFB=-0.143014;REVB=0.0388474;RO=2;SAF=92;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00578669;STB=0.503044;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.000449377;OID=.;OPOS=111991845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:137:2:2:135:135:0.985401:43:92:1:1:43:92:1:1 chr1 111992095 . C T 2517.48 PASS AF=0.988166;AO=164;DP=167;FAO=167;FDP=169;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=101;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0361788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4191;QD=59.5854;RBI=0.0371945;REFB=4.84945e-05;REVB=0.00863275;RO=3;SAF=65;SAR=99;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00963234;STB=0.507462;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0001427;OID=.;OPOS=111992095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:167:169:3:2:164:167:0.988166:99:65:2:1:101:66:2:0 chr1 111992516 . C T 282.11 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=0.0283305;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0649;QD=12.2657;RBI=0.038119;REFB=-0.00149485;REVB=0.0255038;RO=60;SAF=14;SAR=19;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106551;STB=0.568439;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0043324;OID=.;OPOS=111992516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:60:59:33:33:0.358696:19:14:20:40:19:14:19:40 chr1 112029193 . A G 1088.79 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0150346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.808;QD=57.3048;RBI=0.0164609;REFB=-0.067987;REVB=0.00670226;RO=2;SAF=24;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377907;STB=0.519226;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000938856;OID=.;OPOS=112029193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:76:2:2:73:74:0.973684:49:24:2:0:49:25:2:0 chr1 112042632 . A G 1608.66 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000774672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7552;QD=59.0334;RBI=0.0669779;REFB=-0.100465;REVB=0.0669734;RO=0;SAF=49;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00118006;OID=.;OPOS=112042632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:109:0:1:107:108:0.990826:58:49:0:0:58:50:0:1 chr1 112269872 . G A 651.14 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.516;QD=62.0136;RBI=0.0990807;REFB=0;REVB=0.0943813;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265169;OID=.;OPOS=112269872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr1 112298373 . ATTTTTTG ATTTTTGT 400.35 PASS AF=1;AO=18;DP=33;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452536;FXX=0.0605877;HRUN=6;LEN=2;MLLD=23.147;QD=51.6581;RBI=0.0452536;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=18;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00186162;OID=.;OPOS=112298379;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=ATTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:33:31:31:0:31:0:0:0:3:0:18:0:0:0 chr1 112533649 . C G 188.82 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0379496;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.1098;QD=14.2502;RBI=0.0566705;REFB=0.0114656;REVB=-0.0420877;RO=31;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794843;STB=0.535683;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.01992;OID=.;OPOS=112533649;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:31:31:21:22:0.415094:15:6:7:24:16:6:7:24 chr1 112533728 . G A 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.030792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.159;QD=10.1695;RBI=0.0308053;REFB=-0.0204479;REVB=-0.00090503;RO=22;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174704;STB=0.603603;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.036008;OID=.;OPOS=112533728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:7:4:5:17:7:4:5:17 chr1 112539061 . A G 232.96 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00953057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.376;QD=17.5819;RBI=0.0199569;REFB=-0.0142196;REVB=0.0175341;RO=27;SAF=15;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234609;STB=0.502616;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0236423;OID=.;OPOS=112539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:27:27:23:24:0.45283:8:15:17:10:9:15:17:10 chr1 112999227 . G A 778.08 PASS AF=0.965517;AO=57;DP=59;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0594055;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8485;QD=53.6609;RBI=0.0970101;REFB=0.0103081;REVB=-0.0766939;RO=1;SAF=27;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017147;STB=0.518512;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00227772;OID=.;OPOS=112999227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:58:1:2:57:56:0.965517:30:27:1:0:30:26:2:0 chr1 113000565 . A G 1012.12 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0544878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.384;QD=57.8357;RBI=0.0546593;REFB=-0.111552;REVB=0.00432733;RO=1;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150047;STB=0.507934;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000489557;OID=.;OPOS=113000565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:31:38:0:1:31:38:0:1 chr1 113000946 . GGTCA G 524.14 PASS AF=0.828125;AO=54;DP=55;FAO=53;FDP=64;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0331531;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=294.374;QD=32.7588;RBI=0.0331792;REFB=-0.0167546;REVB=0.00131426;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.514013;STBP=0.629;TYPE=del;VARB=0.00276006;OID=.;OPOS=113000947;OREF=GTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.828125:54:55:53:64:11:20:33:5:6:35:0:19:35:0:0 chr1 113063125 . A G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.923;QD=60.8836;RBI=0.0217768;REFB=0;REVB=0.00160073;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12238e-05;OID=.;OPOS=113063125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:30:47:0:0:30:47:0:0 chr1 113083434 . G GT 133.27 PASS AF=1;AO=4;DP=33;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016396;FXX=0.272645;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.3675;QD=22.2112;RBI=0.192654;REFB=-0.0210473;REVB=-0.191955;RO=28;SAF=1;SAR=3;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320687;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0014131;OID=.;OPOS=113083435;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:4:33:24:24:0:7:17:0:0:3:28:1:3:15:13 chr1 113083439 . C T 453.78 PASS AF=1;AO=27;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523135;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3277;QD=56.7229;RBI=0.05257;REFB=0;REVB=-0.00518674;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181761;OID=.;OPOS=113083439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:27:32:1:15:12:0:0:16:16:0:0 chr1 113236681 . C T 1641.86 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00931718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.985;QD=59.1663;RBI=0.0221396;REFB=-0.0929699;REVB=0.0200836;RO=0;SAF=72;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-4.75982e-05;OID=.;OPOS=113236681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:111:0:1:109:110:0.990991:37:72:0:0:38:72:0:1 chr1 113237171 . A G 551.7 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00938318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.571;QD=59.6433;RBI=0.0216621;REFB=0;REVB=0.0195244;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030629;OID=.;OPOS=113237171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:35:37:1:26:9:0:0:28:9:0:0 chr1 113239382 . G A 1492.89 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0384358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.478;QD=58.5448;RBI=0.0411805;REFB=-0.0183994;REVB=0.0147826;RO=1;SAF=50;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939351;STB=0.504853;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.000223458;OID=.;OPOS=113239382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:102:1:1:100:101:0.990196:50:50:1:0:50:51:1:0 chr1 113240681 . C T 173.02 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00440838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.281;QD=11.3457;RBI=0.0441248;REFB=-0.00926104;REVB=0.0439041;RO=38;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783409;STB=0.537279;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0156517;OID=.;OPOS=113240681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:39:22:22:0.360656:10:12:18:20:10:12:19:20 chr1 113241052 . T C 1119.67 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00872139;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.975;QD=60.5225;RBI=0.0154655;REFB=0;REVB=0.0127719;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321214;OID=.;OPOS=113241052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:74:0:0:71:74:1:25:46:0:0:27:47:0:0 chr1 113243048 . C T 1268.02 PASS AF=0.988095;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0792076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.052;QD=60.382;RBI=0.0851757;REFB=0.0220109;REVB=0.0313216;RO=1;SAF=57;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00823609;STB=0.504201;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.000163227;OID=.;OPOS=113243048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:84:1:1:81:83:0.988095:24:57:1:0:24:59:1:0 chr1 113255389 . C T 820.56 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00515197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.021;QD=55.6314;RBI=0.00792434;REFB=0;REVB=-0.00602099;RO=1;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165496;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14861e-05;OID=.;OPOS=113255389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:59:1:0:58:59:1:28:30:0:1:29:30:0:0 chr1 113266696 . T C 362.24 PASS AF=0.306748;AO=48;DP=165;FAO=50;FDP=163;FR=.;FRO=113;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=-0.013975;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.515;QD=8.88942;RBI=0.016241;REFB=-0.00636937;REVB=0.00827478;RO=107;SAF=22;SAR=26;SRF=52;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329155;STB=0.51693;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0136717;OID=.;OPOS=113266696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:163:107:113:48:50:0.306748:26:22:52:55:26:24:57:56 chr1 113456546 . A T 810.82 PASS AF=0.437811;AO=88;DP=200;FAO=88;FDP=201;FR=.;FRO=113;FSAF=61;FSAR=27;FSRF=66;FSRR=47;FWDB=-0.00987633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.343;QD=16.1358;RBI=0.024424;REFB=-0.0209727;REVB=-0.0223381;RO=109;SAF=61;SAR=27;SRF=66;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980062;STB=0.568283;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0295371;OID=.;OPOS=113456546;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:109:113:88:88:0.437811:27:61:66:43:27:61:66:47 chr1 113657092 . A C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.009;QD=56.7066;RBI=0.024038;REFB=0;REVB=0.0187077;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101993;OID=.;OPOS=113657092;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr1 114301335 . C T 3095.25 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.171;QD=63.8197;RBI=0.0483517;REFB=0;REVB=0.0301226;RO=0;SAF=115;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77121e-05;OID=.;OPOS=114301335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:194:0:0:194:194:1:79:115:0:0:79:115:0:0 chr1 114377568 . A G 575.69 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.367;QD=60.5994;RBI=0.0551554;REFB=0;REVB=0.0502;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276078;OID=.;OPOS=114377568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr1 114424601 . C T 575.09 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0095967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9527;QD=60.5355;RBI=0.0164449;REFB=0;REVB=-0.0133544;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.74659e-05;OID=.;OPOS=114424601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr1 114448389 . C T 2596.78 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000352192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.584;QD=61.8282;RBI=0.019714;REFB=0;REVB=0.0197109;RO=0;SAF=92;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6939e-05;OID=.;OPOS=114448389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:168:0:0:167:168:1:75:92:0:0:76:92:0:0 chr1 114449662 . T C 2178.66 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.86;QD=63.1497;RBI=0.0168017;REFB=0;REVB=0.00977873;RO=0;SAF=56;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86191e-05;OID=.;OPOS=114449662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:82:56:0:0:82:56:0:0 chr1 114454679 . G T 98.42 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0010935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.682;QD=7.71925;RBI=0.0255863;REFB=-0.00359562;REVB=-0.0255629;RO=38;SAF=8;SAR=5;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109263;STB=0.567795;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0133911;OID=.;OPOS=114454679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:38:38:13:13:0.254902:5:8:20:18:5:8:20:18 chr1 114483020 . G A 239.01 PASS AF=0.306122;AO=30;DP=98;FAO=30;FDP=98;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.00170218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.481;QD=9.75561;RBI=0.0118656;REFB=-0.00306486;REVB=-0.0117428;RO=67;SAF=14;SAR=16;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304995;STB=0.523145;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00745914;OID=.;OPOS=114483020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:67:68:30:30:0.306122:16:14:33:34:16:14:34:34 chr1 114484071 . C T 159.26 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0256204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6057;QD=8.38186;RBI=0.0286061;REFB=-0.00377666;REVB=-0.0127241;RO=54;SAF=13;SAR=9;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130807;STB=0.578054;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0107288;OID=.;OPOS=114484071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:54:54:22:22:0.289474:9:13:26:28:9:13:26:28 chr1 114515717 . G A 63.63 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0298656;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7615;QD=16.9689;RBI=0.0305457;REFB=-0.0141506;REVB=0.0064099;RO=5;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453777;STB=0.521684;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0288952;OID=.;OPOS=114515717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:16:15:5:7:8:8:0.533333:2:6:4:1:2:6:5:2 chr1 114948281 . A G 500.7 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.014188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.849;QD=21.7696;RBI=0.026912;REFB=-0.0129134;REVB=-0.0228682;RO=43;SAF=20;SAR=28;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14137;STB=0.572697;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0140271;OID=.;OPOS=114948281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:44:48:48:0.521739:28:20:25:18:28:20:25:19 chr1 115119392 . T C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00416379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.391;QD=17.4275;RBI=0.018959;REFB=-0.0105183;REVB=-0.0184961;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876044;STB=0.549948;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0121735;OID=.;OPOS=115119392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:9:10:10:13:9:10:10:13 chr1 115142892 . GAC G 118.0 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0274826;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=2;MLLD=199.692;QD=7.61265;RBI=0.0285851;REFB=-0.0304219;REVB=-0.00786226;RO=41;SAF=9;SAR=8;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373751;STB=0.519062;STBP=0.858;TYPE=del;VARB=0.0690513;OID=.;OPOS=115142893;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.274194:17:62:17:62:45:9:8:25:20:99:41:9:8:23:18 chr1 115220086 . C T 109.09 PASS AF=0.232877;AO=17;DP=73;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.00705183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.016;QD=5.97733;RBI=0.0131063;REFB=-0.00039926;REVB=0.0110475;RO=56;SAF=8;SAR=9;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190224;STB=0.617093;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0012278;OID=.;OPOS=115220086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:56:56:17:17:0.232877:9:8:35:21:9:8:35:21 chr1 115260850 . GAA GAAA,GA,GAG 122.68 PASS AF=0,0.818182,0.0909091;AO=4,18,3;DP=33;FAO=0,27,3;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=0,11,0;FSAR=0,16,3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0357083,-0.0239592,-0.00935847;FXX=0;HRUN=10,10,10;LEN=1,1,1;MLLD=5.5195,6.30213,299.223;QD=14.8699;RBI=0.177652,0.154166,0.0108244;REFB=-0.15349,0.141851,0.0119207;REVB=-0.174026,0.152293,0.00543932;RO=3;SAF=1,5,0;SAR=3,13,3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.281139,0.0948955,0;STB=0.5,0.542826,0.5;STBP=1,0.201,1;TYPE=ins,del,snp;VARB=0.133937,0.0711075,-0.00673579;OID=.,.,.;OPOS=115260851,115260851,115260852;OREF=-,A,A;OALT=A,-,G;OMAPALT=GAAA,GA,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.818182,0.0909091:4,18,3:33:0,27,3:33:3:0,11,0:0,16,3:0:3:15:3:1,5,0:3,13,3:0:3 chr1 115419439 . AAAAAACC AAAAACTA,TAAAAACC,TTAAAACC 237.3 PASS AF=0,0.345865,0;AO=5,34,9;DP=131;FAO=0,46,0;FDP=133;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=0,2,0;FSAR=0,44,0;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=-0.113387,-0.0140424,-0.00748886;FXX=0.0362293;HRUN=6,6,6;LEN=3,1,2;MLLD=163.923,12.5136,26.1548;QD=7.13693;RBI=0.129698,0.0625941,0.046789;REFB=-0.0112923,-0.0821477,-0.0823391;REVB=-0.0629668,-0.0609986,-0.0461858;RO=25;SAF=5,0,0;SAR=0,34,9;SRF=5;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.777772,-0.842066,-0.693653;STB=0.5,0.869468,0.5;STBP=1,0,1;TYPE=mnp,snp,mnp;VARB=-0.0493045,0.183969,0;OID=.,.,.;OPOS=115419444,115419439,115419439;OREF=ACC,A,AA;OALT=CTA,T,TT;OMAPALT=AAAAACTA,TAAAAACC,TTAAAACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:131:133:25:70:5,34,9:0,46,0:0,0.345865,0:0,34,9:5,0,0:5:20:0,44,0:0,2,0:25:45 chr1 115537933 . A G 245.2 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.01724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7178;QD=15.5684;RBI=0.0629568;REFB=0.00268259;REVB=0.0605503;RO=35;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211215;STB=0.511937;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00129733;OID=.;OPOS=115537933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:13:15:18:17:13:15:18:17 chr1 115576023 . A G 1548.54 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8469;QD=63.8572;RBI=0.0246709;REFB=0;REVB=-0.0205946;RO=0;SAF=59;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.3814e-05;OID=.;OPOS=115576023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:38:59:0:0:38:59:0:0 chr1 115576790 . T C 381.15 PASS AF=0.290503;AO=52;DP=179;FAO=52;FDP=179;FR=.;FRO=127;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=59;FSRR=68;FWDB=-0.0120275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.469;QD=8.51727;RBI=0.0164455;REFB=-0.00582906;REVB=-0.0112158;RO=125;SAF=25;SAR=27;SRF=59;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106039;STB=0.511518;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0141489;OID=.;OPOS=115576790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:125:127:52:52:0.290503:27:25:59:66:27:25:59:68 chr1 115590998 . T C 1176.71 PASS AF=0.480315;AO=122;DP=254;FAO=122;FDP=254;FR=.;FRO=132;FSAF=64;FSAR=58;FSRF=74;FSRR=58;FWDB=0.0399746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2954;QD=18.5308;RBI=0.041581;REFB=-0.0126876;REVB=0.0114461;RO=132;SAF=64;SAR=58;SRF=74;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341444;STB=0.518794;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0132599;OID=.;OPOS=115590998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:132:132:122:122:0.480315:58:64:74:58:58:64:74:58 chr1 115591058 . T C 1213.78 PASS AF=0.447917;AO=127;DP=287;FAO=129;FDP=288;FR=.;FRO=159;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=67;FSRR=92;FWDB=-0.0028455;FXX=0.0103089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.189;QD=16.8581;RBI=0.0161141;REFB=-0.00470237;REVB=0.0158608;RO=158;SAF=61;SAR=66;SRF=67;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565413;STB=0.532831;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00495087;OID=.;OPOS=115591058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:288:158:159:127:129:0.447917:66:61:67:91:67:62:67:92 chr1 115604798 . C T 379.59 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00836448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.597;QD=22.0051;RBI=0.0347707;REFB=-0.0101085;REVB=0.0337496;RO=31;SAF=26;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935816;STB=0.551755;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00706471;OID=.;OPOS=115604798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:12:26:18:13:12:26:18:13 chr1 115829176 . G A 80.04 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00110927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.005;QD=7.27621;RBI=0.0106159;REFB=-0.0056201;REVB=0.0105578;RO=33;SAF=7;SAR=4;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760116;STB=0.547738;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0229825;OID=.;OPOS=115829176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:4:7:19:14:4:7:19:14 chr1 116149152 . G A 2888.66 PASS AF=0.994595;AO=184;DP=185;FAO=184;FDP=185;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00944274;FXX=0.00537606;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.167;QD=62.4575;RBI=0.0310171;REFB=-0.0535656;REVB=0.0295448;RO=0;SAF=73;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502242;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=6.98404e-05;OID=.;OPOS=116149152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:185:185:0:1:184:184:0.994595:111:73:0:0:111:73:0:1 chr1 116164595 . G A 655.86 PASS AF=0.524194;AO=65;DP=124;FAO=65;FDP=124;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.00350253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.81;QD=21.1569;RBI=0.00616788;REFB=-0.00239551;REVB=0.00507691;RO=59;SAF=29;SAR=36;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346447;STB=0.519026;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00202557;OID=.;OPOS=116164595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:59:59:65:65:0.524194:36:29:24:35:36:29:24:35 chr1 116202293 . C T 261.17 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00852864;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.418;QD=12.2904;RBI=0.00994959;REFB=-0.00249517;REVB=-0.00512412;RO=53;SAF=16;SAR=15;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341743;STB=0.525098;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0045165;OID=.;OPOS=116202293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:54:31:31:0.364706:15:16:29:24:15:16:30:24 chr1 116206423 . G A 450.72 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0430422;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1993;QD=18.9777;RBI=0.0440524;REFB=-0.0114728;REVB=-0.00937996;RO=49;SAF=20;SAR=25;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808918;STB=0.550329;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00582012;OID=.;OPOS=116206423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:50:45:45:0.473684:25:20:26:23:25:20:27:23 chr1 116234313 . A G 343.23 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0193542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.409;QD=18.8073;RBI=0.0194483;REFB=-0.00992548;REVB=-0.00191069;RO=37;SAF=14;SAR=22;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411998;STB=0.522967;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00819104;OID=.;OPOS=116234313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:22:14:16:21:22:14:16:21 chr1 116234505 . A G 425.46 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0193587;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.715;QD=18.498;RBI=0.0209471;REFB=-0.0319016;REVB=-0.00800147;RO=48;SAF=27;SAR=16;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201402;STB=0.617637;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0308414;OID=.;OPOS=116234505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:48:49:43:43:0.467391:16:27:20:28:16:27:20:29 chr1 116235053 . C T 143.46 PASS AF=0.25;AO=21;DP=84;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=0.0404757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.016;QD=6.83125;RBI=0.0460576;REFB=-0.00725589;REVB=-0.0219777;RO=63;SAF=10;SAR=11;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179656;STB=0.608398;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0298132;OID=.;OPOS=116235053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:63:63:21:21:0.25:11:10:21:42:11:10:21:42 chr1 116236145 . T G 157.66 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00999592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.05;QD=16.5957;RBI=0.015172;REFB=-0.018948;REVB=0.0114137;RO=21;SAF=14;SAR=3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313244;STB=0.682682;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0178317;OID=.;OPOS=116236145;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:3:14:12:9:3:14:12:9 chr1 116239633 . T G 863.52 PASS AF=0.52439;AO=85;DP=163;FAO=86;FDP=164;FR=.;FRO=78;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=52;FWDB=0.00870523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4395;QD=21.0616;RBI=0.044601;REFB=-0.0289391;REVB=0.0437432;RO=77;SAF=51;SAR=34;SRF=26;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225505;STB=0.622098;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0172292;OID=.;OPOS=116239633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:77:78:85:86:0.52439:34:51:26:51:35:51:26:52 chr1 116260532 . A T 465.08 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00735377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.103;QD=19.3784;RBI=0.00739914;REFB=-0.00712737;REVB=-0.000818085;RO=49;SAF=16;SAR=30;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119036;STB=0.561932;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.008541;OID=.;OPOS=116260532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:50:46:46:0.479167:30:16:23:26:30:16:23:27 chr1 116310967 . T C 293.21 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=94;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.00224354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.738;QD=12.4772;RBI=0.0216221;REFB=0.00390272;REVB=0.0215054;RO=60;SAF=16;SAR=18;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124783;STB=0.571565;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00698651;OID=.;OPOS=116310967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:60:60:34:34:0.361702:18:16:35:25:18:16:35:25 chr1 116381290 . G A 262.53 PASS AF=0.188;AO=47;DP=250;FAO=47;FDP=250;FR=.;FRO=203;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=107;FSRR=96;FWDB=-0.0208502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.2886;QD=4.20041;RBI=0.0282443;REFB=-0.00758398;REVB=-0.0190528;RO=201;SAF=29;SAR=18;SRF=107;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111397;STB=0.574525;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0278758;OID=.;OPOS=116381290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:201:203:47:47:0.188:18:29:107:94:18:29:107:96 chr1 116382318 . A G 1396.23 PASS AF=1;AO=77;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4305;QD=62.7521;RBI=0.0740296;REFB=0;REVB=-0.052397;RO=0;SAF=26;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6913e-07;OID=.;OPOS=116382318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:77:89:1:51:26:0:0:51:38:0:0 chr1 116382511 . A T 896.52 PASS AF=0.984375;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0556877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6198;QD=56.0322;RBI=0.0570804;REFB=-0.090078;REVB=0.0125321;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00262405;OID=.;OPOS=116382511;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:0:1:61:63:0.984375:37:24:0:0:37:26:0:1 chr1 116382778 . T C 1396.41 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.354;QD=62.7599;RBI=0.0605637;REFB=0;REVB=0.0366866;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359725;OID=.;OPOS=116382778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:46:43:0:0:46:43:0:0 chr1 116383055 . TA T,TT 269.61 PASS AF=0.394737,0;AO=46,8;DP=152;FAO=60,0;FDP=152;FR=.;FRO=92;FSAF=32,0;FSAR=28,0;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=0.191616,0.0778697;FXX=0.0129862;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=11.429,15.0645;QD=7.09506;RBI=0.191669,0.0860484;REFB=0.0204933,0.0186576;REVB=-0.00451178,-0.0366146;RO=77;SAF=30,1;SAR=16,7;SRF=44;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.094338,-0.497371;STB=0.532733,0.5;STBP=0.539,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0157551,0.071204;OID=.,.;OPOS=116383056,116383056;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394737,0:46,8:152:60,0:152:92:32,0:28,0:54:38:99:77:30,1:16,7:44:33 chr1 116383300 . T C 375.34 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104034;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.0452;QD=55.6051;RBI=0.0404191;REFB=0;REVB=-0.0390574;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00131399;OID=.;OPOS=116383300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr1 116383333 . C A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0557743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.584;QD=20.8379;RBI=0.0559295;REFB=-0.015563;REVB=0.00416293;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455969;STB=0.526256;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00359107;OID=.;OPOS=116383333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:6:3:2:3:6:3:2:3 chr1 116384090 . G A 1600.14 PASS AF=1;AO=87;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.872;QD=59.8184;RBI=0.0452915;REFB=0;REVB=0.00581553;RO=0;SAF=34;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264965;OID=.;OPOS=116384090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:87:107:1:53:34:0:0:55:52:0:0 chr1 116384580 . C T 356.92 PASS AF=0.394495;AO=40;DP=108;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=48;FWDB=0.0273645;FXX=0.0267833;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2864;QD=13.0978;RBI=0.0312098;REFB=-0.0225555;REVB=0.0150078;RO=67;SAF=15;SAR=25;SRF=19;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110943;STB=0.580223;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0347608;OID=.;OPOS=116384580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:67:66:40:43:0.394495:25:15:19:48:26:17:18:48 chr1 116384773 . A G 206.87 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00287313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.541;QD=13.3465;RBI=0.00855962;REFB=-0.00578239;REVB=0.00806301;RO=36;SAF=19;SAR=6;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27233;STB=0.651136;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00642579;OID=.;OPOS=116384773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:36:37:25:25:0.403226:6:19:19:17:6:19:20:17 chr1 116385122 . T C 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0174262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.27;QD=7.46506;RBI=0.0179732;REFB=0.00352327;REVB=-0.00440036;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236049;STB=0.645204;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.0205707;OID=.;OPOS=116385122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:4:3:4:13:4:3:4:13 chr1 116385171 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00460968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.845;QD=15.2586;RBI=0.0275032;REFB=-0.0393509;REVB=0.0271142;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329175;STB=0.6871;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0040857;OID=.;OPOS=116385171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:0:6:5:2:0:6 chr1 116385288 . C T 167.19 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00186832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.698;QD=23.0605;RBI=0.0306276;REFB=-0.0313121;REVB=0.0305706;RO=12;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195298;STB=0.608578;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0268589;OID=.;OPOS=116385288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:7:10:10:2:7:10:10:2 chr1 116385309 . C A 131.3 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0253737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9767;QD=14.1949;RBI=0.0282315;REFB=-0.02058;REVB=0.012377;RO=22;SAF=13;SAR=2;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390258;STB=0.732963;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0257849;OID=.;OPOS=116385309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:2:13:13:9:2:13:13:9 chr1 116385467 . A G 257.17 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00533944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.09;QD=16.0731;RBI=0.0468602;REFB=-0.0178207;REVB=-0.046555;RO=34;SAF=25;SAR=4;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471305;STB=0.765803;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0127198;OID=.;OPOS=116385467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:35:29:29:0.453125:4:25:16:18:4:25:17:18 chr1 116386105 . G A 730.12 PASS AF=0.496689;AO=75;DP=151;FAO=75;FDP=151;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.0273194;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5569;QD=19.3408;RBI=0.0528116;REFB=0.00754648;REVB=-0.0451964;RO=76;SAF=32;SAR=43;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796343;STB=0.543904;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.0062819;OID=.;OPOS=116386105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:76:76:75:75:0.496689:43:32:39:37:43:32:39:37 chr1 116386139 . G A 2718.45 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7242;QD=62.1359;RBI=0.0522703;REFB=0;REVB=0.028245;RO=1;SAF=80;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00591132;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130913;OID=.;OPOS=116386139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:165:175:1:0:164:175:1:84:80:1:0:92:83:0:0 chr1 116386243 . C T 1288.27 PASS AF=0.539474;AO=123;DP=229;FAO=123;FDP=228;FR=.;FRO=105;FSAF=52;FSAR=71;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=-0.00543428;FXX=0.00869527;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.532;QD=22.6013;RBI=0.025885;REFB=0.00381701;REVB=-0.0253081;RO=101;SAF=52;SAR=71;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606414;STB=0.542603;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.025634;OID=.;OPOS=116386243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:228:101:105:123:123:0.539474:71:52:50:51:71:52:54:51 chr1 116386244 . C T 960.34 PASS AF=0.447368;AO=102;DP=230;FAO=102;FDP=228;FR=.;FRO=126;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=54;FSRR=72;FWDB=-0.0110538;FXX=0.00869527;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.504;QD=16.8481;RBI=0.0112793;REFB=-0.0154784;REVB=0.00224407;RO=125;SAF=51;SAR=51;SRF=53;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755125;STB=0.539466;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00585917;OID=.;OPOS=116386244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:228:125:126:102:102:0.447368:51:51:53:72:51:51:54:72 chr1 116569530 . G C 2587.1 PASS AF=1;AO=166;DP=168;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133611;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8245;QD=61.9664;RBI=0.0421602;REFB=0;REVB=0.039987;RO=0;SAF=85;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69379e-05;OID=.;OPOS=116569530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:167:0:0:166:167:1:81:85:0:0:82:85:0:0 chr1 116610388 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.926;QD=62.3508;RBI=0.0146101;REFB=0;REVB=-0.00811119;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85622e-05;OID=.;OPOS=116610388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr1 116663614 . A G 95.28 PASS AF=0.166667;AO=17;DP=102;FAO=17;FDP=102;FR=.;FRO=85;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.01542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4175;QD=3.73638;RBI=0.0312089;REFB=-0.00295096;REVB=0.0271334;RO=82;SAF=8;SAR=9;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245958;STB=0.509838;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.015975;OID=.;OPOS=116663614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:102:102:82:85:17:17:0.166667:9:8:37:45:9:8:39:46 chr1 116666810 . C T 262.07 PASS AF=0.264286;AO=37;DP=140;FAO=37;FDP=140;FR=.;FRO=103;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=0.0159212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.657;QD=7.48767;RBI=0.0276146;REFB=-0.00384874;REVB=0.0225628;RO=103;SAF=22;SAR=15;SRF=47;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170029;STB=0.601409;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00673582;OID=.;OPOS=116666810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:103:103:37:37:0.264286:15:22:47:56:15:22:47:56 chr1 116666900 . G T 66.76 PASS AF=0.116788;AO=16;DP=137;FAO=16;FDP=137;FR=.;FRO=121;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=56;FSRR=65;FWDB=0.00531597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.005;QD=1.94934;RBI=0.0184076;REFB=0.00130976;REVB=0.0176233;RO=121;SAF=12;SAR=4;SRF=56;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351362;STB=0.752413;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00990723;OID=.;OPOS=116666900;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:137:137:121:121:16:16:0.116788:4:12:56:65:4:12:56:65 chr1 116931628 . C A 466.33 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0189549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5741;QD=22.4737;RBI=0.0192032;REFB=-0.0173639;REVB=-0.00307787;RO=38;SAF=25;SAR=20;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682966;STB=0.537618;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0168059;OID=.;OPOS=116931628;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:20:25:18:20:20:25:18:20 chr1 116946585 . C T 347.61 PASS AF=0.321168;AO=44;DP=137;FAO=44;FDP=137;FR=.;FRO=93;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=0.0382474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1145;QD=10.1491;RBI=0.0515955;REFB=-0.0174645;REVB=-0.0346299;RO=92;SAF=22;SAR=22;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762099;STB=0.540128;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0197093;OID=.;OPOS=116946585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:92:93:44:44:0.321168:22:22:40:52:22:22:41:52 chr1 116947051 . G A 1074.1 PASS AF=0.4625;AO=107;DP=236;FAO=111;FDP=240;FR=.;FRO=129;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=67;FSRR=62;FWDB=0.0133294;FXX=0.00826412;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3334;QD=17.9017;RBI=0.0179479;REFB=-0.00547689;REVB=-0.0120189;RO=129;SAF=56;SAR=51;SRF=68;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00372626;STB=0.503155;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00678194;OID=.;OPOS=116947051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:240:129:129:107:111:0.4625:51:56:68:61:54:57:67:62 chr1 116952787 . C T 791.84 PASS AF=0.50625;AO=81;DP=161;FAO=81;FDP=160;FR=.;FRO=79;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=-0.0595186;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0246;QD=19.796;RBI=0.0612064;REFB=0.000792956;REVB=-0.0142744;RO=78;SAF=37;SAR=44;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770878;STB=0.538573;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00117305;OID=.;OPOS=116952787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:78:79:81:81:0.50625:44:37:29:49:44:37:30:49 chr1 116995178 . C T 195.8 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00817327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.789;QD=17.8004;RBI=0.0149546;REFB=0.000914644;REVB=-0.0125235;RO=24;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263231;STB=0.64985;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.000612915;OID=.;OPOS=116995178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:7:13:9:15:7:13:9:15 chr1 116995182 . A T 194.01 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.044859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5976;QD=17.2451;RBI=0.0548197;REFB=0.0018564;REVB=0.0315098;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229424;STB=0.63968;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.000370991;OID=.;OPOS=116995182;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:25:19:20:0.444444:7:12:10:15:7:13:10:15 chr1 117122288 . G C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0141655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2589;QD=14.6652;RBI=0.0311549;REFB=-0.0172035;REVB=-0.0277482;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172185;STB=0.599867;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0430503;OID=.;OPOS=117122288;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:12:9:9:6:12:9 chr1 117142613 . C T 51.19 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0121373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4556;QD=2.9249;RBI=0.0126941;REFB=0.000266162;REVB=-0.00371803;RO=60;SAF=6;SAR=4;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142986;STB=0.5998;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00333777;OID=.;OPOS=117142613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:70:60:60:10:10:0.142857:4:6:29:31:4:6:29:31 chr1 117142641 . G A 112.86 PASS AF=0.214286;AO=18;DP=84;FAO=18;FDP=84;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00425207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.345;QD=5.37425;RBI=0.0295099;REFB=-0.00243579;REVB=-0.029202;RO=66;SAF=10;SAR=8;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696034;STB=0.543718;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0118443;OID=.;OPOS=117142641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:66:66:18:18:0.214286:8:10:33:33:8:10:33:33 chr1 117142700 . C A 163.9 PASS AF=0.212598;AO=27;DP=127;FAO=27;FDP=127;FR=.;FRO=100;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=-0.0219236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.084;QD=5.16206;RBI=0.0285212;REFB=-0.000463129;REVB=0.0182432;RO=98;SAF=17;SAR=10;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178281;STB=0.618456;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00196046;OID=.;OPOS=117142700;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:98:100:27:27:0.212598:10:17:48:50:10:17:48:52 chr1 117142736 . A G 185.38 PASS AF=0.212766;AO=30;DP=140;FAO=30;FDP=141;FR=.;FRO=111;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=61;FWDB=-0.00366323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.911;QD=5.25892;RBI=0.00711413;REFB=-0.00125175;REVB=-0.00609849;RO=110;SAF=20;SAR=10;SRF=49;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27943;STB=0.669698;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00272703;OID=.;OPOS=117142736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:110:111:30:30:0.212766:10:20:49:61:10:20:50:61 chr1 117142855 . C T 270.26 PASS AF=0.336538;AO=35;DP=104;FAO=35;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.080628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8182;QD=10.3946;RBI=0.0817016;REFB=-0.0330868;REVB=-0.0132015;RO=47;SAF=12;SAR=23;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102711;STB=0.603132;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0796201;OID=.;OPOS=117142855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:47:69:35:35:0.336538:23:12:12:35:23:12:34:35 chr1 117142868 . CA CT,TG 285.2 PASS AF=0.05,0.31;AO=5,31;DP=101;FAO=5,31;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=1,11;FSAR=4,20;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0214633,0.00166078;FXX=0.00990001;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=135.139,160.955;QD=11.4081;RBI=0.0234582,0.0120386;REFB=-0.0135949,-0.0144406;REVB=0.00946652,0.0119235;RO=63;SAF=1,11;SAR=4,20;SRF=33;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.337235,-0.197847;STB=0.803394,0.620611;STBP=0.21,0.107;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0401562,0.0207204;OID=.,.;OPOS=117142869,117142868;OREF=A,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=CT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:101:100:63:64:5,31:5,31:0.05,0.31:4,20:1,11:33:30:4,20:1,11:34:30 chr1 117146279 . G A 130.51 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.0223572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1178;QD=7.35273;RBI=0.0440077;REFB=-0.00753542;REVB=0.0379056;RO=52;SAF=10;SAR=9;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181722;STB=0.608914;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0285877;OID=.;OPOS=117146279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:52:19:19:0.267606:9:10:35:17:9:10:35:17 chr1 117150928 . C T 540.26 PASS AF=0.549451;AO=49;DP=90;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0444883;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.547;QD=23.7476;RBI=0.0469231;REFB=-0.0367414;REVB=0.0149188;RO=39;SAF=19;SAR=30;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404816;STB=0.508768;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0258623;OID=.;OPOS=117150928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:39:41:49:50:0.549451:30:19:17:22:29:21:18:23 chr1 117150933 . G A 534.16 PASS AF=0.555556;AO=49;DP=88;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0218754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.621;QD=23.7406;RBI=0.0219948;REFB=-0.0311521;REVB=-0.00228865;RO=39;SAF=20;SAR=29;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230507;STB=0.513618;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0101187;OID=.;OPOS=117150933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:39:40:49:50:0.555556:29:20:17:22:29:21:18:22 chr1 117156459 . C T 344.15 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0485043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8796;QD=14.0469;RBI=0.0493742;REFB=0.00618077;REVB=0.00922744;RO=60;SAF=19;SAR=19;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717553;STB=0.540795;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0084061;OID=.;OPOS=117156459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:60:38:38:0.387755:19:19:34:26:19:19:34:26 chr1 117156490 . T C 281.45 PASS AF=0.336449;AO=36;DP=103;FAO=36;FDP=107;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=0.00351717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9604;QD=10.5217;RBI=0.0491233;REFB=-0.00813305;REVB=-0.0489972;RO=66;SAF=16;SAR=20;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196812;STB=0.614692;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0346007;OID=.;OPOS=117156490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:107:66:71:36:36:0.336449:20:16:41:25:20:16:44:27 chr1 117156584 . TG CA 92.06 PASS AF=0.161905;AO=17;DP=105;FAO=17;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=88;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=59;FSRR=29;FWDB=-0.026317;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=213.507;QD=3.50689;RBI=0.0637847;REFB=-0.0114952;REVB=-0.0581026;RO=70;SAF=6;SAR=11;SRF=57;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.54758;STB=0.748433;STBP=0.028;TYPE=mnp;VARB=0.0571454;OID=.;OPOS=117156584;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:105:105:70:88:17:17:0.161905:11:6:57:13:11:6:59:29 chr1 117487710 . AT GA 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00624452;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.863;QD=9.11039;RBI=0.0075513;REFB=-0.0238564;REVB=0.00424595;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0410407;OID=.;OPOS=117487710;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:6:10:5:3:6:10 chr1 117503940 . G A 452.91 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.000113174;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.025;QD=16.1752;RBI=0.00892566;REFB=0.00125311;REVB=-0.00892494;RO=60;SAF=36;SAR=14;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169371;STB=0.606697;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00152619;OID=.;OPOS=117503940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:62:50:50:0.446429:14:36:34:26:14:36:34:28 chr1 117529458 . G A 759.52 PASS AF=0.484663;AO=76;DP=162;FAO=79;FDP=163;FR=.;FRO=84;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.0158155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.323;QD=18.6386;RBI=0.0212007;REFB=-0.0123563;REVB=-0.0141187;RO=83;SAF=49;SAR=27;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125025;STB=0.573384;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0172417;OID=.;OPOS=117529458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:83:84:76:79:0.484663:27:49:43:40:27:52:44:40 chr1 117529499 . C T 871.91 PASS AF=0.527273;AO=86;DP=164;FAO=87;FDP=165;FR=.;FRO=78;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=51;FSRR=27;FWDB=-0.00164722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.042;QD=21.1371;RBI=0.00394718;REFB=-0.014427;REVB=0.00358704;RO=76;SAF=47;SAR=39;SRF=49;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857609;STB=0.554522;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0107477;OID=.;OPOS=117529499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:76:78:86:87:0.527273:39:47:49:27:40:47:51:27 chr1 117530273 . A G 237.6 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0223866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3108;QD=18.6349;RBI=0.0229175;REFB=-0.00953634;REVB=0.0049042;RO=26;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515236;STB=0.528903;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0168053;OID=.;OPOS=117530273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:15:10:9:17:15:10:9:17 chr1 117552780 . G A 96.79 PASS AF=0.234375;AO=14;DP=63;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.0173535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.499;QD=6.04932;RBI=0.0173578;REFB=-0.00676015;REVB=0.000385293;RO=49;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217115;STB=0.609205;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0234751;OID=.;OPOS=117552780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:63:64:49:49:14:15:0.234375:7:7:16:33:8:7:16:33 chr1 117559726 . A G 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00138996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.787;QD=15.1011;RBI=0.011592;REFB=-0.00450179;REVB=0.0115083;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120773;STB=0.568571;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00443157;OID=.;OPOS=117559726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:11:13:13:18:11:13:13:18 chr1 117560818 . A G 398.92 PASS AF=0.633333;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=32;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0232143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.556;QD=26.5948;RBI=0.0471224;REFB=0.0123548;REVB=0.0410076;RO=22;SAF=32;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322072;STB=0.678196;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0035435;OID=.;OPOS=117560818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:22:38:38:0.633333:6:32:11:11:6:32:11:11 chr1 117602960 . C A 1456.65 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492135;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3857;QD=63.3325;RBI=0.0505739;REFB=0;REVB=0.0116511;RO=0;SAF=35;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381431;OID=.;OPOS=117602960;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:57:35:0:0:57:35:0:0 chr1 117617705 . A G 739.04 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00930512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7118;QD=54.7435;RBI=0.051312;REFB=-0.127388;REVB=0.0504612;RO=1;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154473;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00345654;OID=.;OPOS=117617705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:30:23:0:1:30:23:0:1 chr1 117618067 . C T 245.31 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000104328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.315;QD=46.7255;RBI=0.0197096;REFB=-0.11238;REVB=-0.0197093;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51998;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00270064;OID=.;OPOS=117618067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:8:12:0:0:8:12:1:0 chr1 117624556 . G A 226.18 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0216182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0052;QD=11.1693;RBI=0.0410404;REFB=-0.00225496;REVB=-0.0348851;RO=52;SAF=20;SAR=8;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214286;STB=0.620065;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00514143;OID=.;OPOS=117624556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:53:28:28:0.345679:8:20:28:24:8:20:29:24 chr1 117654858 . G A 472.55 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0105964;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.48;QD=23.6276;RBI=0.0107607;REFB=-7.47475e-05;REVB=-0.0018735;RO=29;SAF=26;SAR=19;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441465;STB=0.565503;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=1.1246e-05;OID=.;OPOS=117654858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:29:35:45:45:0.5625:19:26:15:14:19:26:15:20 chr1 117656088 . A G 173.56 PASS AF=0.319444;AO=22;DP=71;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=12;FWDB=-0.0113554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.826;QD=9.64192;RBI=0.0124125;REFB=-0.0103979;REVB=0.00501251;RO=49;SAF=9;SAR=13;SRF=37;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391129;STB=0.733308;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0227465;OID=.;OPOS=117656088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:49:49:22:23:0.319444:13:9:37:12:14:9:37:12 chr1 117656103 . G A 96.47 PASS AF=0.234375;AO=15;DP=64;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=-0.0411347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4893;QD=6.02931;RBI=0.0430429;REFB=-0.0295704;REVB=0.0126738;RO=49;SAF=4;SAR=11;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.531371;STB=0.820536;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.032493;OID=.;OPOS=117656103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:64:64:49:49:15:15:0.234375:11:4:36:13:11:4:36:13 chr1 117715026 . C T 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.021553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.293;QD=12.8369;RBI=0.0242987;REFB=-0.0171055;REVB=-0.0112203;RO=39;SAF=20;SAR=5;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353811;STB=0.705701;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0302044;OID=.;OPOS=117715026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:5:20:20:19:5:20:20:19 chr1 117715817 . C A 621.92 PASS AF=0.565657;AO=55;DP=98;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=8.25124e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.385;QD=25.1279;RBI=0.0151489;REFB=-0.0233309;REVB=0.0151487;RO=43;SAF=19;SAR=36;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632875;STB=0.537481;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0144593;OID=.;OPOS=117715817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:43:43:55:56:0.565657:36:19:18:25:37:19:18:25 chr1 117785931 . G A,T 611.49 PASS AF=0.975,0.025;AO=36,4;DP=40;FAO=39,1;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00736205,0.0153585;FXX=0.0243843;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.756,54.8749;QD=61.1493;RBI=0.0779236,0.0603951;REFB=0,0;REVB=0.0775751,-0.0584096;RO=0;SAF=22,1;SAR=14,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000517818,0.0533988;OID=.,.;OPOS=117785931,117785931;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:40:40:0:0:36,4:39,1:0.975,0.025:14,3:22,1:0:0:17,0:22,1:0:0 chr1 117785979 . T C 593.48 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3996;QD=60.8692;RBI=0.0393542;REFB=0;REVB=0.0284445;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53274e-05;OID=.;OPOS=117785979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr1 118065841 . A G 586.42 PASS AF=0.363158;AO=69;DP=190;FAO=69;FDP=190;FR=.;FRO=121;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=63;FSRR=58;FWDB=-0.0150861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.63;QD=12.3456;RBI=0.0212567;REFB=-0.0129128;REVB=-0.0149753;RO=120;SAF=34;SAR=35;SRF=63;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360247;STB=0.517762;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0231842;OID=.;OPOS=118065841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:120:121:69:69:0.363158:35:34:63:57:35:34:63:58 chr1 118166853 . C A 91.09 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0054419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.536;QD=8.28128;RBI=0.0226271;REFB=0.000102815;REVB=-0.0219629;RO=29;SAF=3;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254795;STB=0.631344;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00159105;OID=.;OPOS=118166853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:44:29:32:12:12:0.272727:9:3:13:16:9:3:13:19 chr1 118166877 . C T 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00470529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.802;QD=16.6185;RBI=0.0222703;REFB=-0.0182097;REVB=-0.0217676;RO=28;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726467;STB=0.541264;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0139884;OID=.;OPOS=118166877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:14:9:13:15:14:9:13:15 chr1 118167199 . A G 754.17 PASS AF=0.577236;AO=71;DP=123;FAO=71;FDP=123;FR=.;FRO=52;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0170634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.326;QD=24.5259;RBI=0.0321086;REFB=-0.00381701;REVB=0.0271993;RO=52;SAF=39;SAR=32;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112562;STB=0.561326;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00349588;OID=.;OPOS=118167199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:52:52:71:71:0.577236:32:39:21:31:32:39:21:31 chr1 118167653 . C T 337.92 PASS AF=0.576271;AO=33;DP=58;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0230633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.097;QD=22.9097;RBI=0.0309507;REFB=0.00149169;REVB=-0.0206405;RO=23;SAF=19;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734704;STB=0.563343;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00252545;OID=.;OPOS=118167653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:23:25:33:34:0.576271:14:19:11:12:14:20:11:14 chr1 118169970 . G A 97.85 PASS AF=0.210526;AO=16;DP=76;FAO=16;FDP=76;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0179522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.309;QD=5.15007;RBI=0.0182243;REFB=-0.011422;REVB=0.00313738;RO=60;SAF=8;SAR=8;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104283;STB=0.565709;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0339119;OID=.;OPOS=118169970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:76:76:60:60:16:16:0.210526:8:8:35:25:8:8:35:25 chr1 118477187 . C T 470.34 PASS AF=0.310881;AO=61;DP=193;FAO=60;FDP=193;FR=.;FRO=133;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=96;FSRR=37;FWDB=-0.0462318;FXX=0.0102559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8563;QD=9.74795;RBI=0.0692092;REFB=-0.0170946;REVB=-0.0515028;RO=130;SAF=19;SAR=42;SRF=97;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481257;STB=0.760774;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0311959;OID=.;OPOS=118477187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:130:133:61:60:0.310881:42:19:97:33:41:19:96:37 chr1 118530796 . C T 319.01 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00632047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.084;QD=15.7536;RBI=0.00687246;REFB=-0.00269483;REVB=-0.00269858;RO=46;SAF=13;SAR=22;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217579;STB=0.622718;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00397946;OID=.;OPOS=118530796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:22:13:27:19:22:13:27:19 chr1 118537074 . A G 989.66 PASS AF=0.521739;AO=90;DP=178;FAO=96;FDP=184;FR=.;FRO=88;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=0.00269189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.018;QD=21.5144;RBI=0.0026919;REFB=-0.00745052;REVB=-7.85032e-06;RO=86;SAF=36;SAR=54;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131807;STB=0.583201;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00675596;OID=.;OPOS=118537074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:184:86:88:90:96:0.521739:54:36:47:39:59:37:49:39 chr1 118624123 . C T 321.24 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0321408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.351;QD=16.2652;RBI=0.0326835;REFB=-0.00389085;REVB=-0.00593119;RO=44;SAF=17;SAR=18;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103954;STB=0.558408;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00485303;OID=.;OPOS=118624123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:18:17:26:18:18:17:26:18 chr1 118629599 . G A 305.28 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0025859;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.713;QD=14.8915;RBI=0.0105132;REFB=-0.00264271;REVB=0.0101902;RO=48;SAF=20;SAR=14;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491209;STB=0.527843;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00318289;OID=.;OPOS=118629599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:14:20:26:22:14:20:26:22 chr1 118644430 . A G 460.3 PASS AF=0.489362;AO=45;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0277953;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5045;QD=19.5871;RBI=0.0339264;REFB=-0.0190531;REVB=-0.0194531;RO=46;SAF=22;SAR=23;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149365;STB=0.58507;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0143738;OID=.;OPOS=118644430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:48:45:46:0.489362:23:22:15:31:23:23:16:32 chr1 118657952 . C T 676.55 PASS AF=0.475524;AO=68;DP=143;FAO=68;FDP=143;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.00880628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.417;QD=18.9245;RBI=0.0121145;REFB=-0.00333619;REVB=-0.00831923;RO=75;SAF=28;SAR=40;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910458;STB=0.550444;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00356109;OID=.;OPOS=118657952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:75:75:68:68:0.475524:40:28:38:37:40:28:38:37 chr1 118693217 . T C 278.21 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00351477;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.441;QD=13.5713;RBI=0.00667006;REFB=-0.00712463;REVB=0.00566887;RO=50;SAF=20;SAR=12;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115448;STB=0.565996;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0108293;OID=.;OPOS=118693217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:50:50:32:32:0.390244:12:20:26:24:12:20:26:24 chr1 118807059 . T C 995.15 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112253;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.211;QD=59.4119;RBI=0.0225081;REFB=0;REVB=0.0195092;RO=0;SAF=47;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120317;OID=.;OPOS=118807059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:20:47:0:0:20:47:0:0 chr1 119874055 . A C 553.04 PASS AF=0.566667;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00385272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.672;QD=24.5797;RBI=0.00741414;REFB=-0.00284196;REVB=0.00633451;RO=38;SAF=29;SAR=22;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504512;STB=0.52076;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00237391;OID=.;OPOS=119874055;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:38:39:51:51:0.566667:22:29:24:14:22:29:24:15 chr1 120057055 . C T 216.0 PASS AF=0.232394;AO=32;DP=141;FAO=33;FDP=142;FR=.;FRO=109;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=68;FWDB=0.0707432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8382;QD=6.08441;RBI=0.0824782;REFB=0.0100711;REVB=0.0424035;RO=109;SAF=12;SAR=20;SRF=41;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00154203;STB=0.51438;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.0309558;OID=.;OPOS=120057055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:109:109:32:33:0.232394:20:12:41:68:20:13:41:68 chr1 120057158 . C T 1201.31 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.79;QD=60.8261;RBI=0.0170995;REFB=0;REVB=-0.00696286;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565616;OID=.;OPOS=120057158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:76:79:1:44:32:0:0:44:35:0:0 chr1 120057246 . C A 815.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3798;QD=57.216;RBI=0.0668695;REFB=0;REVB=-0.0660668;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000904108;OID=.;OPOS=120057246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:36:20:0:0:36:21:0:0 chr1 120164738 . C T 1363.8 PASS AF=0.960784;AO=96;DP=102;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0130881;FXX=0.0097078;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.3345;QD=53.4822;RBI=0.0448619;REFB=-0.10233;REVB=0.0429103;RO=6;SAF=56;SAR=40;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284775;STB=0.513301;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0236988;OID=.;OPOS=120164738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:102:102:6:4:96:98:0.960784:40:56:2:4:41:57:1:3 chr1 120166681 . G A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.373;QD=57.2019;RBI=0.0313088;REFB=0;REVB=0.0240822;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254546;OID=.;OPOS=120166681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr1 120267544 . C T 354.35 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00525802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3154;QD=21.4759;RBI=0.0195887;REFB=-0.00844789;REVB=-0.0188698;RO=30;SAF=18;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274092;STB=0.515143;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0117185;OID=.;OPOS=120267544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:18:18:14:16:18:18:14:16 chr1 120267597 . GC G 113.66 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.222441;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.4395;QD=12.2877;RBI=0.230648;REFB=0.0388032;REVB=-0.0609804;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0.298411;SSEP=0;SSSB=0.0482681;STB=0.542807;STBP=0.625;TYPE=del;VARB=-0.0638928;OID=.;OPOS=120267598;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.459459:16:38:17:37:20:9:8:9:11:99:20:8:8:9:11 chr1 120285546 . G A 1251.92 PASS AF=0.59893;AO=112;DP=187;FAO=112;FDP=187;FR=.;FRO=75;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.0182934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.165;QD=26.7791;RBI=0.0182936;REFB=-0.00763021;REVB=0.00010203;RO=74;SAF=51;SAR=61;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00697655;STB=0.500818;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00667383;OID=.;OPOS=120285546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:74:75:112:112:0.59893:61:51:33:41:61:51:34:41 chr1 120291724 . G A 174.23 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-8.40274e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.49;QD=11.6153;RBI=0.020519;REFB=-0.012857;REVB=0.0205188;RO=37;SAF=11;SAR=11;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13211;STB=0.566607;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0264984;OID=.;OPOS=120291724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:38:22:22:0.366667:11:11:23:14:11:11:23:15 chr1 120295250 . G A 342.34 PASS AF=0.330769;AO=43;DP=131;FAO=43;FDP=130;FR=.;FRO=87;FSAF=37;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=-0.000149327;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.83;QD=10.5336;RBI=0.0429732;REFB=0.0101539;REVB=-0.0429729;RO=81;SAF=37;SAR=6;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.570001;STB=0.823366;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0173413;OID=.;OPOS=120295250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:81:87:43:43:0.330769:6:37:32:49:6:37:37:50 chr1 120378678 . C T 1283.26 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0779;QD=61.8438;RBI=0.0150909;REFB=0;REVB=0.00949578;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89793e-05;OID=.;OPOS=120378678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:48:35:0:0:48:35:0:0 chr1 120384205 . A G 1358.56 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5809;QD=62.4624;RBI=0.0173321;REFB=0;REVB=-0.0136488;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12638e-05;OID=.;OPOS=120384205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:46:41:0:0:46:41:0:0 chr1 120387120 . G A 2359.99 PASS AF=0.993631;AO=152;DP=155;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.108374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1977;QD=60.1271;RBI=0.108461;REFB=-0.0833629;REVB=-0.00433939;RO=2;SAF=61;SAR=91;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00253526;STB=0.503999;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00145108;OID=.;OPOS=120387120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:155:157:2:1:152:156:0.993631:91:61:1:1:94:62:1:0 chr1 120437750 . T G 31.5 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00996978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.531;QD=2.42285;RBI=0.0165172;REFB=-0.000155884;REVB=-0.0131689;RO=46;SAF=2;SAR=4;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194836;STB=0.648848;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000922564;OID=.;OPOS=120437750;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:46:46:6:6:0.115385:4:2:23:23:4:2:23:23 chr1 120539331 . C T 1352.58 PASS AF=0.540084;AO=128;DP=237;FAO=128;FDP=237;FR=.;FRO=109;FSAF=58;FSAR=70;FSRF=66;FSRR=43;FWDB=-0.01684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.331;QD=22.8283;RBI=0.0206453;REFB=-0.0118072;REVB=0.0119433;RO=108;SAF=58;SAR=70;SRF=65;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124424;STB=0.569767;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0108169;OID=.;OPOS=120539331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:108:109:128:128:0.540084:70:58:65:43:70:58:66:43 chr1 120611554 . TT CG 34.94 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00556189;FXX=0.0512689;HRUN=2;LEN=2;MLLD=273.376;QD=3.77702;RBI=0.039418;REFB=-0.00456146;REVB=-0.0390236;RO=30;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528044;STB=0.853588;STBP=0.091;TYPE=mnp;VARB=0.0198506;OID=.;OPOS=120611554;OREF=TT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:38:37:30:31:6:6:0.162162:1:5:11:19:1:5:12:19 chr1 121116688 . A G 1006.02 PASS AF=0.754545;AO=83;DP=110;FAO=83;FDP=110;FR=.;FRO=27;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=0.0125988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4098;QD=36.5827;RBI=0.0587917;REFB=-0.0382306;REVB=0.0574259;RO=26;SAF=42;SAR=41;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152321;STB=0.575926;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0140893;OID=.;OPOS=121116688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:26:27:83:83:0.754545:41:42:22:4:41:42:22:5 chr1 121116733 . A G 111.28 PASS AF=0.151724;AO=22;DP=147;FAO=22;FDP=145;FR=.;FRO=123;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=57;FSRR=66;FWDB=0.00571567;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.085;QD=3.06982;RBI=0.010226;REFB=-0.0013611;REVB=-0.00847958;RO=125;SAF=18;SAR=4;SRF=57;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463928;STB=0.807407;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0201809;OID=.;OPOS=121116733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:145:125:123:22:22:0.151724:4:18:57:68:4:18:57:66 chr1 142667306 . C T 73.15 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00698457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.383;QD=20.8996;RBI=0.00924032;REFB=-0.0175948;REVB=-0.00604974;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028019;STB=0.516093;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00522493;OID=.;OPOS=142667306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:2:3:5:4:2:3 chr1 143879823 . T G 65.29 PASS AF=0.0954774;AO=19;DP=199;FAO=19;FDP=199;FR=.;FRO=180;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=98;FSRR=82;FWDB=-0.0145501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.591;QD=1.31246;RBI=0.0171747;REFB=-0.0010408;REVB=-0.00912496;RO=177;SAF=5;SAR=14;SRF=95;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324751;STB=0.750002;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0192296;OID=.;OPOS=143879823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:199:199:177:180:19:19:0.0954774:14:5:95:82:14:5:98:82 chr1 143879873 . G A 76.84 PASS AF=0.102941;AO=21;DP=204;FAO=21;FDP=204;FR=.;FRO=183;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=94;FSRR=89;FWDB=-0.0235599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.334;QD=1.50668;RBI=0.0235653;REFB=0.00350665;REVB=0.000506144;RO=183;SAF=5;SAR=16;SRF=94;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337532;STB=0.750824;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0295234;OID=.;OPOS=143879873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:204:204:183:183:21:21:0.102941:16:5:94:89:16:5:94:89 chr1 143879895 . G A 45.45 PASS AF=0.0853659;AO=14;DP=164;FAO=14;FDP=164;FR=.;FRO=150;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=78;FSRR=72;FWDB=-0.0192728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.966;QD=1.10846;RBI=0.0340479;REFB=-0.00393661;REVB=-0.0280681;RO=149;SAF=5;SAR=9;SRF=78;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19095;STB=0.648227;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0360424;OID=.;OPOS=143879895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:164:164:149:150:14:14:0.0853659:9:5:78:71:9:5:78:72 chr1 144014051 . G A 568.69 PASS AF=0.348718;AO=68;DP=195;FAO=68;FDP=195;FR=.;FRO=127;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=59;FSRR=68;FWDB=0.0348023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7061;QD=11.6653;RBI=0.0351412;REFB=-0.00465853;REVB=0.00486875;RO=126;SAF=33;SAR=35;SRF=59;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194193;STB=0.513518;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00914587;OID=.;OPOS=144014051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:126:127:68:68:0.348718:35:33:59:67:35:33:59:68 chr1 144014068 . T C 1030.43 PASS AF=0.608974;AO=95;DP=157;FAO=95;FDP=156;FR=.;FRO=61;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0196672;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.312;QD=26.4214;RBI=0.0246665;REFB=-0.0198231;REVB=0.0148875;RO=61;SAF=45;SAR=50;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225192;STB=0.512193;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0145003;OID=.;OPOS=144014068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:61:61:95:95:0.608974:50:45:27:34:50:45:27:34 chr1 144534038 . A G 376.76 PASS AF=0.223443;AO=61;DP=273;FAO=61;FDP=273;FR=.;FRO=212;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=121;FSRR=91;FWDB=-0.0107122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.638;QD=5.52022;RBI=0.0146983;REFB=-0.00557469;REVB=-0.0100642;RO=211;SAF=26;SAR=35;SRF=121;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186216;STB=0.610937;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0202773;OID=.;OPOS=144534038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:211:212:61:61:0.223443:35:26:121:90:35:26:121:91 chr1 144534045 . T C 2486.0 PASS AF=0.688136;AO=203;DP=297;FAO=203;FDP=295;FR=.;FRO=92;FSAF=122;FSAR=81;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.0090782;FXX=0.00673378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.828;QD=33.7085;RBI=0.033506;REFB=-0.0372725;REVB=0.0322527;RO=92;SAF=122;SAR=81;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733441;STB=0.539264;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0121453;OID=.;OPOS=144534045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:295:92:92:203:203:0.688136:81:122:44:48:81:122:44:48 chr1 144534076 . G A 571.64 PASS AF=0.229064;AO=91;DP=412;FAO=93;FDP=406;FR=.;FRO=313;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=178;FSRR=135;FWDB=0.00207385;FXX=0.0145628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.757;QD=5.63191;RBI=0.00262695;REFB=-0.000475476;REVB=0.00161246;RO=302;SAF=44;SAR=47;SRF=178;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134922;STB=0.573295;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0015391;OID=.;OPOS=144534076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:412:406:302:313:91:93:0.229064:47:44:178:124:49:44:178:135 chr1 144534082 . TC CT,TT 5111.64 PASS AF=0.217918,0.692494;AO=90,273;DP=424;FAO=90,286;FDP=413;FR=.;FRO=37;FSAF=61,149;FSAR=29,137;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00207258,-0.0167128;FXX=0.0259428;HRUN=4,2;LEN=2,1;MLLD=211.471,53.951;QD=49.5074;RBI=0.025254,0.0173659;REFB=0.0101744,0.00978125;REVB=-0.0251688,-0.00471798;RO=36;SAF=61,148;SAR=29,125;SRF=12;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.194028,0.0462725;STB=0.601018,0.519432;STBP=0,0.052;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00552101,-0.00858561;OID=.,.;OPOS=144534082,144534083;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:424:413:36:37:90,273:90,286:0.217918,0.692494:29,125:61,148:12:24:29,137:61,149:13:24 chr1 144534084 . C G 78.01 PASS AF=0.0765766;AO=28;DP=450;FAO=34;FDP=444;FR=.;FRO=410;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=226;FSRR=184;FWDB=-0.003895;FXX=0.0220259;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.42;QD=0.702766;RBI=0.0323662;REFB=-0.000588667;REVB=-0.032131;RO=404;SAF=8;SAR=20;SRF=221;SRR=183;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278678;STB=0.679191;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0525863;OID=.;OPOS=144534084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:450:444:404:410:28:34:0.0765766:20:8:221:183:22:12:226:184 chr1 144534092 . G A 4338.42 PASS AF=0.704225;AO=350;DP=498;FAO=350;FDP=497;FR=.;FRO=147;FSAF=189;FSAR=161;FSRF=66;FSRR=81;FWDB=0.0116517;FXX=0.00200799;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.402;QD=34.9168;RBI=0.011783;REFB=-0.00874689;REVB=0.00175436;RO=120;SAF=189;SAR=161;SRF=59;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233108;STB=0.526976;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00626804;OID=.;OPOS=144534092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:498:497:120:147:350:350:0.704225:161:189:59:61:161:189:66:81 chr1 144534096 . T C 4237.32 PASS AF=0.6875;AO=353;DP=514;FAO=352;FDP=512;FR=.;FRO=160;FSAF=194;FSAR=158;FSRF=66;FSRR=94;FWDB=-0.000920997;FXX=0.00582513;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.516;QD=33.1041;RBI=0.00138182;REFB=-0.00828135;REVB=-0.00103015;RO=151;SAF=193;SAR=160;SRF=62;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076521;STB=0.543391;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00492937;OID=.;OPOS=144534096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:514:512:151:160:353:352:0.6875:160:193:62:89:158:194:66:94 chr1 144534186 . TCG T 527.47 PASS AF=0.164157;AO=103;DP=674;FAO=109;FDP=664;FR=.;FRO=555;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=251;FSRR=304;FWDB=-0.00867001;FXX=0.0162961;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.21;QD=3.1775;RBI=0.0172528;REFB=-0.00385642;REVB=-0.0149161;RO=516;SAF=52;SAR=51;SRF=244;SRR=272;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416277;STB=0.543704;STBP=0.307;TYPE=del;VARB=0.0219958;OID=.;OPOS=144534187;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.164157:103:674:109:664:555:55:54:251:304:99:516:52:51:244:272 chr1 144534195 . C T 232.62 PASS AF=0.104874;AO=68;DP=674;FAO=71;FDP=677;FR=.;FRO=606;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=274;FSRR=332;FWDB=-0.00352156;FXX=0.0014749;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.157;QD=1.37442;RBI=0.00860775;REFB=-0.000379497;REVB=-0.00785443;RO=599;SAF=33;SAR=35;SRF=272;SRR=327;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385956;STB=0.52401;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0033228;OID=.;OPOS=144534195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:674:677:599:606:68:71:0.104874:35:33:272:327:37:34:274:332 chr1 144617251 . A G 225.42 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0201264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.181;QD=10.9959;RBI=0.0778686;REFB=-0.0114395;REVB=-0.0752226;RO=53;SAF=15;SAR=13;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509574;STB=0.523543;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0188487;OID=.;OPOS=144617251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:54:28:28:0.341463:13:15:26:27:13:15:27:27 chr1 144618123 . C T 103.36 PASS AF=0.147887;AO=21;DP=142;FAO=21;FDP=142;FR=.;FRO=121;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=72;FWDB=0.00653331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.391;QD=2.91157;RBI=0.0259574;REFB=-0.00658061;REVB=-0.0251218;RO=121;SAF=9;SAR=12;SRF=49;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307551;STB=0.520642;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0374938;OID=.;OPOS=144618123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:121:121:21:21:0.147887:12:9:49:72:12:9:49:72 chr1 144618144 . A G 1355.12 PASS AF=0.988764;AO=86;DP=87;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0207763;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.116;QD=60.9042;RBI=0.025211;REFB=0.0824235;REVB=-0.0142808;RO=1;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997443;STB=0.505375;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.000283121;OID=.;OPOS=144618144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:89:1:1:86:88:0.988764:47:39:0:1:46:42:0:1 chr1 144618157 . T A 175.78 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0305745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.221;QD=10.1903;RBI=0.0320935;REFB=-0.00683729;REVB=0.00975662;RO=45;SAF=13;SAR=10;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061674;STB=0.529236;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00857933;OID=.;OPOS=144618157;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:46:23:23:0.333333:10:13:23:22:10:13:24:22 chr1 144619346 . G A 248.45 PASS AF=0.251613;AO=29;DP=145;FAO=39;FDP=155;FR=.;FRO=116;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=62;FWDB=-0.00843375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.91;QD=6.41149;RBI=0.00843568;REFB=-0.0120208;REVB=0.000180554;RO=108;SAF=18;SAR=11;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166069;STB=0.554428;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0372608;OID=.;OPOS=144619346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:155:108:116:29:39:0.251613:11:18:53:55:18:21:54:62 chr1 144619354 . C T 312.57 PASS AF=0.272727;AO=45;DP=165;FAO=45;FDP=165;FR=.;FRO=120;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=55;FSRR=65;FWDB=-0.0167155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.165;QD=7.57756;RBI=0.0308606;REFB=-0.0301189;REVB=-0.0259417;RO=115;SAF=27;SAR=18;SRF=55;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148979;STB=0.60286;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0392541;OID=.;OPOS=144619354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:115:120:45:45:0.272727:18:27:55:60:18:27:55:65 chr1 144811823 . A C 63.72 PASS AF=0.263158;AO=9;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0306603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.106;QD=6.70718;RBI=0.073456;REFB=0.00816516;REVB=0.0667513;RO=29;SAF=8;SAR=1;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.539131;STB=0.74366;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0154194;OID=.;OPOS=144811823;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:38:38:29:28:9:10:0.263158:1:8:14:15:2:8:14:14 chr1 144811827 . G A 70.24 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00879439;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9958;QD=6.38535;RBI=0.0107512;REFB=-0.0116038;REVB=-0.00618441;RO=35;SAF=9;SAR=1;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.559089;STB=0.860884;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.016763;OID=.;OPOS=144811827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:45:44:35:34:10:10:0.227273:1:9:17:18:1:9:17:17 chr1 144811836 . G A 667.6 PASS AF=0.910714;AO=51;DP=56;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0262789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.077;QD=47.6857;RBI=0.0502316;REFB=-0.00908018;REVB=0.0428093;RO=5;SAF=30;SAR=21;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722727;STB=0.538447;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00261136;OID=.;OPOS=144811836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:56:56:5:5:51:51:0.910714:21:30:5:0:21:30:5:0 chr1 144811924 . T G 2974.48 PASS AF=1;AO=185;DP=187;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00459771;FXX=0.0105258;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2876;QD=63.2868;RBI=0.0147713;REFB=0;REVB=0.0140376;RO=0;SAF=104;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40974e-05;OID=.;OPOS=144811924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:188:0:0:185:188:1:81:104:0:0:81:107:0:0 chr1 144811926 . C T 33.06 PASS AF=0.0677083;AO=13;DP=192;FAO=13;FDP=192;FR=.;FRO=179;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=100;FSRR=79;FWDB=0.00111122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.371;QD=0.688719;RBI=0.0175483;REFB=0.000415016;REVB=-0.0175131;RO=179;SAF=8;SAR=5;SRF=100;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624381;STB=0.554371;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00840391;OID=.;OPOS=144811926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:192:192:179:179:13:13:0.0677083:5:8:100:79:5:8:100:79 chr1 144828752 . G T 506.82 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0201397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8297;QD=23.037;RBI=0.0677981;REFB=-0.00527014;REVB=0.0647378;RO=40;SAF=25;SAR=23;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996288;STB=0.554746;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00602176;OID=.;OPOS=144828752;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:23:25:16:24:23:25:16:24 chr1 144828784 . A G 33.08 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.0110055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8043;QD=1.61364;RBI=0.0459609;REFB=-0.000379389;REVB=0.0446238;RO=73;SAF=3;SAR=5;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909815;STB=0.577927;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00720961;OID=.;OPOS=144828784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:73:74:8:8:0.097561:5:3:33:40:5:3:34:40 chr1 144852390 . C T 102.35 PASS AF=0.197674;AO=17;DP=86;FAO=17;FDP=86;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.00513811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.3;QD=4.76035;RBI=0.00689717;REFB=0.00156794;REVB=-0.00460117;RO=69;SAF=12;SAR=5;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206932;STB=0.633267;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00721636;OID=.;OPOS=144852390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:69:69:17:17:0.197674:5:12:38:31:5:12:38:31 chr1 144852450 . G A 133.19 PASS AF=0.227273;AO=19;DP=91;FAO=20;FDP=88;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.0026509;FXX=0.0434735;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2171;QD=6.05384;RBI=0.0939116;REFB=0.00101962;REVB=0.0938742;RO=72;SAF=11;SAR=8;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122011;STB=0.504583;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.000273755;OID=.;OPOS=144852450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:88:72:68:19:20:0.227273:8:11:41:31:9:11:37:31 chr1 144852476 . TG CA,CG 334.76 PASS AF=0.256757,0.243243;AO=19,18;DP=74;FAO=19,18;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=10,5;FSAR=9,13;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00170695,-0.00911987;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=143.244,102.847;QD=18.0954;RBI=0.0357389,0.0275309;REFB=-0.0117395,-0.0177416;REVB=-0.0356981,-0.0259765;RO=37;SAF=10,5;SAR=9,13;SRF=23;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.108467,-0.388319;STB=0.563502,0.729206;STBP=0.52,0.022;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0218526,0.00363331;OID=.,.;OPOS=144852476,144852476;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:19,18:19,18:0.256757,0.243243:9,13:10,5:23:14:9,13:10,5:23:14 chr1 144852508 . AAACAT A,AAAAAT 139.5 PASS AF=0.267857,0.0714286;AO=13,4;DP=56;FAO=15,4;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=8,2;FSAR=7,2;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0100303,0.0164347;FXX=0.0175408;HRUN=3,1;LEN=5,1;MLLD=217.213,167.562;QD=9.96439;RBI=0.0101928,0.0177318;REFB=0.0096183,0.00920815;REVB=0.00181246,-0.00665717;RO=32;SAF=8,2;SAR=5,2;SRF=15;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.171896,0.0346376;STB=0.533289,0.512134;STBP=0.772,0.893;TYPE=del,snp;VARB=-0.0234558,0.0204992;OID=.,.;OPOS=144852509,144852511;OREF=AACAT,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.267857,0.0714286:13,4:56:15,4:56:37:8,2:7,2:18:19:99:32:8,2:5,2:15:17 chr1 144852518 . C T 126.73 PASS AF=0.309091;AO=15;DP=53;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00971213;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7193;QD=9.21646;RBI=0.0196837;REFB=0.000943848;REVB=-0.0171208;RO=36;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713617;STB=0.502143;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.00301019;OID=.;OPOS=144852518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:36:38:15:17:0.309091:7:8:17:19:9:8:18:20 chr1 144852522 . C T 138.64 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=53;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00429061;FXX=0.0357079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.889;QD=10.2697;RBI=0.0273482;REFB=-0.00363368;REVB=-0.0270095;RO=36;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653002;STB=0.518498;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0060183;OID=.;OPOS=144852522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:36:36:17:18:0.333333:8:9:17:19:9:9:17:19 chr1 144854180 . T C 695.36 PASS AF=0.25964;AO=98;DP=389;FAO=101;FDP=389;FR=.;FRO=288;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=130;FSRR=158;FWDB=-0.00905778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.424;QD=7.15022;RBI=0.0092016;REFB=-0.0128955;REVB=-0.00162049;RO=285;SAF=46;SAR=52;SRF=128;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255829;STB=0.525049;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0291069;OID=.;OPOS=144854180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:389:389:285:288:98:101:0.25964:52:46:128:157:52:49:130:158 chr1 144854528 . A G 229.78 PASS AF=0.192488;AO=41;DP=213;FAO=41;FDP=213;FR=.;FRO=172;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=88;FSRR=84;FWDB=-0.000191616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.176;QD=4.3151;RBI=0.0248978;REFB=-0.00467784;REVB=0.0248971;RO=172;SAF=21;SAR=20;SRF=88;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000729711;STB=0.500458;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0197969;OID=.;OPOS=144854528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:172:172:41:41:0.192488:20:21:88:84:20:21:88:84 chr1 144854537 . T C 233.8 PASS AF=0.179916;AO=43;DP=238;FAO=43;FDP=239;FR=.;FRO=196;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=98;FSRR=98;FWDB=-0.00519927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.711;QD=3.91301;RBI=0.0339676;REFB=-0.0040261;REVB=-0.0335673;RO=193;SAF=20;SAR=23;SRF=96;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416783;STB=0.528619;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0202732;OID=.;OPOS=144854537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:239:193:196:43:43:0.179916:23:20:96:97:23:20:98:98 chr1 144854581 . T C 288.69 PASS AF=0.170659;AO=56;DP=333;FAO=57;FDP=334;FR=.;FRO=277;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=127;FSRR=150;FWDB=0.045984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1518;QD=3.45737;RBI=0.0462267;REFB=-0.00970034;REVB=-0.00473086;RO=277;SAF=26;SAR=30;SRF=127;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00755689;STB=0.512654;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0501184;OID=.;OPOS=144854581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:334:277:277:56:57:0.170659:30:26:127:150:30:27:127:150 chr1 144854594 . G T 355.24 PASS AF=0.186047;AO=64;DP=347;FAO=64;FDP=344;FR=.;FRO=280;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=128;FSRR=152;FWDB=-0.022718;FXX=0.00864528;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.26;QD=4.13065;RBI=0.0401034;REFB=-0.0184254;REVB=-0.0330481;RO=278;SAF=29;SAR=35;SRF=128;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00953078;STB=0.503296;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0628478;OID=.;OPOS=144854594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:344:278:280:64:64:0.186047:35:29:128:150:35:29:128:152 chr1 144854597 . TC CC,CT 722.53 PASS AF=0.363296,0;AO=63,111;DP=344;FAO=97,0;FDP=267;FR=.;FRO=170;FSAF=48,0;FSAR=49,0;FSRF=80;FSRR=90;FWDB=-0.00595019,-0.0355926;FXX=0.230541;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=118.126,137.706;QD=10.8244;RBI=0.00608075,0.0442222;REFB=-0.0371836,-0.0118625;REVB=-0.0012533,-0.0262443;RO=165;SAF=29,47;SAR=34,64;SRF=75;SRR=90;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00714527,-0.0337963;STB=0.515448,0.5;STBP=0.716,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0704777,0;OID=.,.;OPOS=144854597,144854597;OREF=T,TC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:267:165:170:63,111:97,0:0.363296,0:34,64:29,47:75:90:49,0:48,0:80:90 chr1 144855812 . T C 39.75 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.00566396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.806;QD=1.9631;RBI=0.00716863;REFB=-0.00243554;REVB=0.00439418;RO=71;SAF=5;SAR=4;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124125;STB=0.585643;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0412989;OID=.;OPOS=144855812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:81:71:72:9:9:0.111111:4:5:32:39:4:5:33:39 chr1 144855866 . A G 36.18 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.0111293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.64;QD=1.98268;RBI=0.0349263;REFB=0.000494901;REVB=-0.0331057;RO=64;SAF=4;SAR=4;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925913;STB=0.575159;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.00657678;OID=.;OPOS=144855866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:73:73:64:65:8:8:0.109589:4:4:27:37:4:4:27:38 chr1 144864162 . C T 189.1 PASS AF=0.203947;AO=31;DP=151;FAO=31;FDP=152;FR=.;FRO=121;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=57;FSRR=64;FWDB=0.00952719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.415;QD=4.97631;RBI=0.0301124;REFB=0.00109158;REVB=-0.0285655;RO=119;SAF=15;SAR=16;SRF=56;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169434;STB=0.510198;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.00384261;OID=.;OPOS=144864162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:119:121:31:31:0.203947:16:15:56:63:16:15:57:64 chr1 144865850 . G T 1141.03 PASS AF=0.427083;AO=122;DP=287;FAO=123;FDP=288;FR=.;FRO=165;FSAF=65;FSAR=58;FSRF=81;FSRR=84;FWDB=-0.00843547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.676;QD=15.8477;RBI=0.00897409;REFB=-0.00209262;REVB=0.00306223;RO=164;SAF=64;SAR=58;SRF=80;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379062;STB=0.521524;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00331785;OID=.;OPOS=144865850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:288:164:165:122:123:0.427083:58:64:80:84:58:65:81:84 chr1 144866643 . G A 532.38 PASS AF=0.452381;AO=57;DP=126;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.00521577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.883;QD=16.9008;RBI=0.0171346;REFB=-0.00730043;REVB=0.0163214;RO=69;SAF=30;SAR=27;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816587;STB=0.545439;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00428544;OID=.;OPOS=144866643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:69:69:57:57:0.452381:27:30:42:27:27:30:42:27 chr1 144866662 . T C 499.6 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.000648629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.73;QD=16.9357;RBI=0.0170225;REFB=-0.0310336;REVB=-0.0170102;RO=64;SAF=29;SAR=25;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403713;STB=0.522474;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0221664;OID=.;OPOS=144866662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:64:64:54:54:0.457627:25:29:37:27:25:29:37:27 chr1 144868170 . C T 419.46 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.00397142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.094;QD=17.6613;RBI=0.00787572;REFB=-0.00293498;REVB=0.00680109;RO=52;SAF=13;SAR=30;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00620259;STB=0.503471;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00419032;OID=.;OPOS=144868170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:52:43:43:0.452632:30:13:16:36:30:13:16:36 chr1 144871738 . C A 457.85 PASS AF=0.4;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=130;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.0259766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.244;QD=14.0876;RBI=0.0263809;REFB=-0.018431;REVB=-0.0046012;RO=77;SAF=28;SAR=24;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749984;STB=0.538447;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0325192;OID=.;OPOS=144871738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:77:78:52:52:0.4:24:28:36:41:24:28:37:41 chr1 144871755 . A T 175.0 PASS AF=0.260417;AO=24;DP=96;FAO=25;FDP=96;FR=.;FRO=71;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.00417797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2001;QD=7.2915;RBI=0.0086319;REFB=-0.00621139;REVB=-0.00755343;RO=70;SAF=1;SAR=23;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.66562;STB=0.862783;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0203144;OID=.;OPOS=144871755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:70:71:24:25:0.260417:23:1:31:39:23:2:32:39 chr1 144871782 . A G 156.0 PASS AF=0.271605;AO=22;DP=81;FAO=22;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0378959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.034;QD=7.70363;RBI=0.0433908;REFB=-0.0157094;REVB=-0.0211345;RO=55;SAF=1;SAR=21;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.6125;STB=0.897916;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0447594;OID=.;OPOS=144871782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:55:59:22:22:0.271605:21:1:20:35:21:1:23:36 chr1 144871837 . C A 193.93 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=34;FWDB=0.00850431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.062;QD=12.3133;RBI=0.0143732;REFB=-0.0124567;REVB=-0.0115873;RO=38;SAF=3;SAR=21;SRF=5;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157703;STB=0.504501;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0287955;OID=.;OPOS=144871837;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:38:39:24:24:0.380952:21:3:5:33:21:3:5:34 chr1 144873887 . C T 1132.55 PASS AF=0.42807;AO=122;DP=287;FAO=122;FDP=285;FR=.;FRO=163;FSAF=78;FSAR=44;FSRF=124;FSRR=39;FWDB=0.00096402;FXX=0.0069684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1869;QD=15.8955;RBI=0.0217841;REFB=-0.0120682;REVB=0.0217628;RO=162;SAF=78;SAR=44;SRF=124;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147581;STB=0.578558;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0143272;OID=.;OPOS=144873887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:285:162:163:122:122:0.42807:44:78:124:38:44:78:124:39 chr1 144873894 . G A 481.79 PASS AF=0.244898;AO=71;DP=293;FAO=72;FDP=294;FR=.;FRO=222;FSAF=55;FSAR=17;FSRF=150;FSRR=72;FWDB=0.0110125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.983;QD=6.555;RBI=0.0352897;REFB=0.00155303;REVB=-0.0335274;RO=217;SAF=54;SAR=17;SRF=149;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117325;STB=0.584104;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00405689;OID=.;OPOS=144873894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:294:217:222:71:72:0.244898:17:54:149:68:17:55:150:72 chr1 144874760 . T C 825.83 PASS AF=0.497041;AO=84;DP=169;FAO=84;FDP=169;FR=.;FRO=85;FSAF=65;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.0123913;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.351;QD=19.5462;RBI=0.0272907;REFB=-0.0142532;REVB=-0.0243154;RO=84;SAF=65;SAR=19;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330815;STB=0.681295;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0199321;OID=.;OPOS=144874760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:84:85:84:84:0.497041:19:65:38:46:19:65:39:46 chr1 144874815 . T C 296.49 PASS AF=0.27972;AO=40;DP=144;FAO=40;FDP=143;FR=.;FRO=103;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=59;FSRR=44;FWDB=-0.0185984;FXX=0.0205465;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.414;QD=8.29331;RBI=0.0220515;REFB=-0.0130655;REVB=-0.0118477;RO=97;SAF=25;SAR=15;SRF=57;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472513;STB=0.539285;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0387123;OID=.;OPOS=144874815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:97:103:40:40:0.27972:15:25:57:40:15:25:59:44 chr1 144874857 . T G 82.42 PASS AF=0.134328;AO=18;DP=134;FAO=18;FDP=134;FR=.;FRO=116;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=52;FSRR=64;FWDB=-0.0294427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.28;QD=2.46028;RBI=0.0324546;REFB=-0.00280296;REVB=-0.0136538;RO=113;SAF=11;SAR=7;SRF=51;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198759;STB=0.638964;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0161825;OID=.;OPOS=144874857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:134:134:113:116:18:18:0.134328:7:11:51:62:7:11:52:64 chr1 144875979 . G C 291.43 PASS AF=0.24581;AO=44;DP=179;FAO=44;FDP=179;FR=.;FRO=135;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=83;FSRR=52;FWDB=-0.00803242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.896;QD=6.51242;RBI=0.0191971;REFB=-0.00314899;REVB=-0.0174358;RO=135;SAF=22;SAR=22;SRF=83;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144633;STB=0.586554;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00861461;OID=.;OPOS=144875979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:135:135:44:44:0.24581:22:22:83:52:22:22:83:52 chr1 144877176 . C T 507.04 PASS AF=0.329843;AO=63;DP=191;FAO=63;FDP=191;FR=.;FRO=128;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=77;FWDB=-0.000399897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.055;QD=10.6186;RBI=0.0336602;REFB=-0.00187171;REVB=-0.0336578;RO=128;SAF=34;SAR=29;SRF=51;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163524;STB=0.593808;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00330293;OID=.;OPOS=144877176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:128:128:63:63:0.329843:29:34:51:77:29:34:51:77 chr1 144879264 . A G 2072.15 PASS AF=0.75;AO=150;DP=211;FAO=168;FDP=224;FR=.;FRO=56;FSAF=83;FSAR=85;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0155653;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.02;QD=37.0027;RBI=0.0363876;REFB=-0.0345957;REVB=0.0328905;RO=54;SAF=72;SAR=78;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558106;STB=0.523797;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0125215;OID=.;OPOS=144879264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:224:54:56:150:168:0.75:78:72:32:22:85:83:33:23 chr1 144879375 . T C 421.5 PASS AF=0.335404;AO=54;DP=161;FAO=54;FDP=161;FR=.;FRO=107;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=59;FSRR=48;FWDB=-0.0909046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6511;QD=10.4721;RBI=0.0917236;REFB=0.00286127;REVB=0.0122301;RO=106;SAF=23;SAR=31;SRF=58;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139495;STB=0.583131;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00668427;OID=.;OPOS=144879375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:106:107:54:54:0.335404:31:23:58:48:31:23:59:48 chr1 144882581 . A G 920.99 PASS AF=0.441964;AO=99;DP=224;FAO=99;FDP=224;FR=.;FRO=125;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=58;FSRR=67;FWDB=0.00633533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.857;QD=16.4462;RBI=0.0108276;REFB=-0.019631;REVB=-0.00878073;RO=125;SAF=53;SAR=46;SRF=58;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716309;STB=0.539785;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0223751;OID=.;OPOS=144882581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:125:125:99:99:0.441964:46:53:58:67:46:53:58:67 chr1 144882823 . C T 929.74 PASS AF=0.47;AO=91;DP=197;FAO=94;FDP=200;FR=.;FRO=106;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=30;FSRR=76;FWDB=-0.00178069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.3;QD=18.5947;RBI=0.00593864;REFB=-0.021832;REVB=-0.00566539;RO=105;SAF=43;SAR=48;SRF=29;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193917;STB=0.609901;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0208358;OID=.;OPOS=144882823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:200:105:106:91:94:0.47:48:43:29:76:48:46:30:76 chr1 144886197 . A T 683.62 PASS AF=0.464968;AO=73;DP=157;FAO=73;FDP=157;FR=.;FRO=84;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.0321683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.714;QD=17.4171;RBI=0.0322388;REFB=-0.0155684;REVB=0.00213188;RO=83;SAF=36;SAR=37;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123597;STB=0.51003;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0160762;OID=.;OPOS=144886197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:83:84:73:73:0.464968:37:36:42:41:37:36:43:41 chr1 144892089 . G T 318.97 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00389697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4164;QD=15.7517;RBI=0.0606887;REFB=-0.0049046;REVB=-0.0605635;RO=45;SAF=20;SAR=15;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170096;STB=0.601341;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00487363;OID=.;OPOS=144892089;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:46:35:35:0.432099:15:20:18:27:15:20:18:28 chr1 144892149 . G A 280.02 PASS AF=0.340206;AO=33;DP=98;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.00155283;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.06;QD=11.5471;RBI=0.0339907;REFB=-0.00973931;REVB=-0.0339552;RO=63;SAF=18;SAR=15;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606796;STB=0.530057;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0264483;OID=.;OPOS=144892149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:63:64:33:33:0.340206:15:18:31:32:15:18:32:32 chr1 144909956 . G A 180.33 PASS AF=0.255102;AO=25;DP=97;FAO=25;FDP=98;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.08728;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7719;QD=7.36025;RBI=0.0953577;REFB=-0.00519386;REVB=-0.0384095;RO=70;SAF=10;SAR=15;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182918;STB=0.502126;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0121076;OID=.;OPOS=144909956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:70:73:25:25:0.255102:15:10:27:43:15:10:29:44 chr1 144912153 . A G 3177.77 PASS AF=1;AO=202;DP=203;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468286;FXX=0.0190467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.187;QD=61.7042;RBI=0.0313644;REFB=0;REVB=0.0310129;RO=0;SAF=92;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204593;OID=.;OPOS=144912153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:203:206:0:0:202:206:1:110:92:0:0:114:92:0:0 chr1 144912161 . G A 305.56 PASS AF=0.227907;AO=49;DP=215;FAO=49;FDP=215;FR=.;FRO=166;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=59;FSRR=107;FWDB=0.00913257;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.312;QD=5.68483;RBI=0.0391775;REFB=-0.00613529;REVB=-0.0380982;RO=166;SAF=32;SAR=17;SRF=59;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365332;STB=0.719409;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0165502;OID=.;OPOS=144912161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:166:166:49:49:0.227907:17:32:59:107:17:32:59:107 chr1 144912233 . C T 871.87 PASS AF=0.468421;AO=89;DP=190;FAO=89;FDP=190;FR=.;FRO=101;FSAF=25;FSAR=64;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=-0.0146682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.149;QD=18.3552;RBI=0.0154385;REFB=0.00599889;REVB=-0.00481566;RO=101;SAF=25;SAR=64;SRF=42;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148231;STB=0.582352;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00625155;OID=.;OPOS=144912233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:101:101:89:89:0.468421:64:25:42:59:64:25:42:59 chr1 144915561 . G A 1379.71 PASS AF=0.477663;AO=139;DP=292;FAO=139;FDP=291;FR=.;FRO=152;FSAF=68;FSAR=71;FSRF=88;FSRR=64;FWDB=-0.0103924;FXX=0.00342454;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.013;QD=18.9651;RBI=0.0106279;REFB=-0.0125531;REVB=-0.00222494;RO=150;SAF=68;SAR=71;SRF=88;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918455;STB=0.546794;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.014381;OID=.;OPOS=144915561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:291:150:152:139:139:0.477663:71:68:88:62:71:68:88:64 chr1 144915623 . AG A,AA 902.67 PASS AF=0.26,0.225;AO=50,45;DP=199;FAO=52,45;FDP=200;FR=.;FRO=103;FSAF=24,21;FSAR=28,24;FSRF=59;FSRR=44;FWDB=-0.0148462,0.00355512;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.124,142.395;QD=18.0533;RBI=0.0160475,0.0035932;REFB=-0.00699085,-0.00621469;REVB=-0.00609199,0.000521754;RO=103;SAF=23,21;SAR=27,24;SRF=59;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.130902,-0.126071;STB=0.573516,0.573444;STBP=0.195,0.23;TYPE=del,snp;VARB=0.00318361,0.00829902;OID=.,.;OPOS=144915624,144915624;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26,0.225:50,45:199:52,45:200:103:24,21:28,24:59:44:99:103:23,21:27,24:59:44 chr1 144916676 . C T 226.99 PASS AF=0.158076;AO=47;DP=291;FAO=46;FDP=291;FR=.;FRO=245;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=146;FSRR=99;FWDB=-0.0500658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.064;QD=3.1201;RBI=0.0623181;REFB=-0.00579343;REVB=-0.0371074;RO=243;SAF=29;SAR=18;SRF=144;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329719;STB=0.511231;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0322956;OID=.;OPOS=144916676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:243:245:47:46:0.158076:18:29:144:99:18:28:146:99 chr1 144916748 . C G 670.3 PASS AF=0.447853;AO=72;DP=162;FAO=73;FDP=163;FR=.;FRO=90;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=54;FSRR=36;FWDB=0.0145423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7308;QD=16.449;RBI=0.0186858;REFB=-0.0209466;REVB=0.0117338;RO=90;SAF=35;SAR=37;SRF=54;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113465;STB=0.566292;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0269961;OID=.;OPOS=144916748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:90:90:72:73:0.447853:37:35:54:36:38:35:54:36 chr1 144917546 . A G 774.15 PASS AF=0.445652;AO=82;DP=184;FAO=82;FDP=184;FR=.;FRO=102;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=-0.00212045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7631;QD=16.8293;RBI=0.0193641;REFB=-0.000493638;REVB=-0.0192476;RO=100;SAF=36;SAR=46;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209982;STB=0.512205;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.000325997;OID=.;OPOS=144917546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:100:102:82:82:0.445652:46:36:46:54:46:36:47:55 chr1 144917827 . CA C 135.75 PASS AF=0.243243;AO=37;DP=148;FAO=36;FDP=148;FR=.;FRO=112;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=64;FSRR=48;FWDB=-0.0243723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.1156;QD=3.66902;RBI=0.0247646;REFB=0.00835941;REVB=-0.00439056;RO=111;SAF=21;SAR=16;SRF=64;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011459;STB=0.509233;STBP=0.91;TYPE=del;VARB=-0.0270263;OID=.;OPOS=144917828;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243243:37:148:36:148:112:21:15:64:48:99:111:21:16:64:47 chr1 144917841 . T C 614.68 PASS AF=0.423313;AO=69;DP=163;FAO=69;FDP=163;FR=.;FRO=94;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=57;FSRR=37;FWDB=0.0239484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.927;QD=15.0842;RBI=0.0241003;REFB=-0.0185095;REVB=0.00270157;RO=94;SAF=38;SAR=31;SRF=57;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584042;STB=0.532637;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0239917;OID=.;OPOS=144917841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:94:94:69:69:0.423313:31:38:57:37:31:38:57:37 chr1 144918957 . T A 461.08 PASS AF=0.443478;AO=51;DP=115;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=-0.0132708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.122;QD=16.0375;RBI=0.0140114;REFB=-0.00287879;REVB=0.00449499;RO=64;SAF=17;SAR=34;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116065;STB=0.506491;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00307847;OID=.;OPOS=144918957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:64:64:51:51:0.443478:34:17:22:42:34:17:22:42 chr1 144921924 . G A 367.45 PASS AF=0.221014;AO=60;DP=276;FAO=61;FDP=276;FR=.;FRO=215;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=119;FSRR=96;FWDB=-0.00997899;FXX=0.00360998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1878;QD=5.32535;RBI=0.0156632;REFB=-0.00726086;REVB=0.0120729;RO=210;SAF=24;SAR=36;SRF=116;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193447;STB=0.623678;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0296395;OID=.;OPOS=144921924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:210:215:60:61:0.221014:36:24:116:94:37:24:119:96 chr1 144922523 . C T 167.55 PASS AF=0.166667;AO=32;DP=193;FAO=32;FDP=192;FR=.;FRO=160;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=90;FSRR=70;FWDB=-0.00258251;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.956;QD=3.49059;RBI=0.0231073;REFB=-0.00217969;REVB=-0.0229625;RO=158;SAF=16;SAR=16;SRF=88;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732794;STB=0.552051;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00716528;OID=.;OPOS=144922523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:158:160:32:32:0.166667:16:16:88:70:16:16:90:70 chr1 144922583 . G A 889.14 PASS AF=0.47619;AO=90;DP=188;FAO=90;FDP=189;FR=.;FRO=99;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=0.0131725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7167;QD=18.8177;RBI=0.0209871;REFB=-0.0174279;REVB=-0.0163383;RO=96;SAF=51;SAR=39;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101651;STB=0.548376;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.018177;OID=.;OPOS=144922583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:96:99:90:90:0.47619:39:51:44:52:39:51:47:52 chr1 144923728 . GT G 246.73 PASS AF=0.234756;AO=79;DP=332;FAO=77;FDP=328;FR=.;FRO=251;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=139;FSRR=112;FWDB=0.0462864;FXX=0.0120478;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.6405;QD=3.00887;RBI=0.0729236;REFB=0.00418719;REVB=-0.0563508;RO=242;SAF=40;SAR=39;SRF=134;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599118;STB=0.516413;STBP=0.733;TYPE=del;VARB=-0.0082561;OID=.;OPOS=144923729;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.234756:79:332:77:328:251:41:36:139:112:99:242:40:39:134:108 chr1 144923823 . TAGGAAGAAACGGCA T 1147.89 PASS AF=1;AO=73;DP=171;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489751;FXX=0.366636;HRUN=1;LEN=14;MLLD=304.706;QD=60.4152;RBI=0.0491536;REFB=0;REVB=0.00418518;RO=71;SAF=31;SAR=42;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185986;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000177151;OID=.;OPOS=144923824;OREF=AGGAAGAAACGGCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:73:171:76:76:0:33:43:0:0:6:71:31:42:45:26 chr1 144930596 . C A 815.78 PASS AF=0.477273;AO=84;DP=177;FAO=84;FDP=176;FR=.;FRO=92;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=57;FSRR=35;FWDB=-0.0046832;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.232;QD=18.5403;RBI=0.0125645;REFB=-0.0169464;REVB=-0.0116591;RO=79;SAF=53;SAR=31;SRF=56;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756388;STB=0.506368;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0135489;OID=.;OPOS=144930596;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:79:92:84:84:0.477273:31:53:56:23:31:53:57:35 chr1 144930940 . T C 448.9 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0260878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2328;QD=17.1009;RBI=0.0261035;REFB=0.00876932;REVB=0.000904616;RO=55;SAF=27;SAR=22;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473248;STB=0.530423;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.0100124;OID=.;OPOS=144930940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:56:49:49:0.466667:22:27:33:22:22:27:34:22 chr1 144931330 . C T 618.32 PASS AF=0.441558;AO=68;DP=154;FAO=68;FDP=154;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=54;FSRR=32;FWDB=0.00491344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.325;QD=16.0603;RBI=0.00810292;REFB=-0.0129937;REVB=0.00644325;RO=85;SAF=33;SAR=35;SRF=54;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14932;STB=0.579315;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0184132;OID=.;OPOS=144931330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:85:86:68:68:0.441558:35:33:54:31:35:33:54:32 chr1 144931392 . G A 529.52 PASS AF=0.394904;AO=62;DP=157;FAO=62;FDP=157;FR=.;FRO=95;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=60;FSRR=35;FWDB=-0.00563283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9644;QD=13.491;RBI=0.0096761;REFB=-0.00791675;REVB=-0.00786754;RO=95;SAF=32;SAR=30;SRF=60;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124865;STB=0.570226;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0129642;OID=.;OPOS=144931392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:95:95:62:62:0.394904:30:32:60:35:30:32:60:35 chr1 144944655 . T G 163.97 PASS AF=0.230088;AO=26;DP=114;FAO=26;FDP=113;FR=.;FRO=87;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=-0.00817975;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.88;QD=5.8041;RBI=0.00926716;REFB=0.00387042;REVB=0.00435569;RO=86;SAF=8;SAR=18;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338831;STB=0.710684;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0229725;OID=.;OPOS=144944655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:86:87:26:26:0.230088:18:8:50:36:18:8:51:36 chr1 144952220 . C T 186.08 PASS AF=0.287356;AO=25;DP=87;FAO=25;FDP=87;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=13;FWDB=-0.0131772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.888;QD=8.5555;RBI=0.0194214;REFB=-0.00850084;REVB=-0.0142672;RO=62;SAF=14;SAR=11;SRF=49;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298846;STB=0.673352;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0220442;OID=.;OPOS=144952220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:62:62:25:25:0.287356:11:14:49:13:11:14:49:13 chr1 144994658 . C A 979.97 PASS AF=0.545977;AO=94;DP=174;FAO=95;FDP=174;FR=.;FRO=79;FSAF=69;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.0148951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.436;QD=22.528;RBI=0.0175724;REFB=-0.0239559;REVB=0.00932331;RO=79;SAF=69;SAR=25;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257294;STB=0.629939;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0305699;OID=.;OPOS=144994658;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:79:79:94:95:0.545977:25:69:36:43:26:69:37:42 chr1 145014103 . G C 297.78 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00785116;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.922;QD=15.6728;RBI=0.0317612;REFB=-0.011501;REVB=0.0307755;RO=43;SAF=20;SAR=13;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257079;STB=0.514514;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0158439;OID=.;OPOS=145014103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:43:43:33:33:0.434211:13:20:25:18:13:20:25:18 chr1 145014210 . G A 138.08 PASS AF=0.264368;AO=18;DP=89;FAO=23;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0270833;FXX=0.0224694;HRUN=5;LEN=1;MLLD=29.6489;QD=6.34862;RBI=0.0766936;REFB=-0.0133794;REVB=-0.0717524;RO=42;SAF=9;SAR=9;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278738;STB=0.52523;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0326588;OID=.;OPOS=145014210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:42:64:18:23:0.264368:9:9:22:20:13:10:30:34 chr1 145014263 . C T 574.12 PASS AF=0.495868;AO=58;DP=119;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00600846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4024;QD=18.979;RBI=0.0406988;REFB=-0.0227188;REVB=0.0402528;RO=59;SAF=18;SAR=40;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162412;STB=0.605369;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0193443;OID=.;OPOS=145014263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:59:61:58:60:0.495868:40:18:28:31:42:18:30:31 chr1 145018023 . G T 365.3 PASS AF=0.428571;AO=41;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00309732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7974;QD=16.057;RBI=0.0830413;REFB=-0.0229421;REVB=0.0829835;RO=50;SAF=18;SAR=23;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601716;STB=0.562859;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0302385;OID=.;OPOS=145018023;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:52:41:39:0.428571:23:18:25:25:23:16:27:25 chr1 145021150 . T C 110.76 PASS AF=0.118143;AO=28;DP=238;FAO=28;FDP=237;FR=.;FRO=209;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=99;FSRR=110;FWDB=-0.00317689;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.847;QD=1.8693;RBI=0.00503726;REFB=-0.00280854;REVB=-0.00390914;RO=207;SAF=11;SAR=17;SRF=97;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959429;STB=0.572338;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0212446;OID=.;OPOS=145021150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:237:207:209:28:28:0.118143:17:11:97:110:17:11:99:110 chr1 145021183 . C A 85.12 PASS AF=0.103448;AO=24;DP=233;FAO=24;FDP=232;FR=.;FRO=208;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=94;FSRR=114;FWDB=-0.0340508;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.026;QD=1.46761;RBI=0.0364739;REFB=-0.00308129;REVB=-0.0130724;RO=207;SAF=8;SAR=16;SRF=94;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15176;STB=0.610684;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0278158;OID=.;OPOS=145021183;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:233:232:207:208:24:24:0.103448:16:8:94:113:16:8:94:114 chr1 145038952 . C T 599.74 PASS AF=0.394286;AO=68;DP=174;FAO=69;FDP=175;FR=.;FRO=106;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=-0.000289151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.977;QD=13.7082;RBI=0.00373809;REFB=-0.00899114;REVB=0.00372689;RO=106;SAF=26;SAR=42;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119575;STB=0.570776;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0164713;OID=.;OPOS=145038952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:106:106:68:69:0.394286:42:26:52:54:43:26:52:54 chr1 145039562 . C T 362.27 PASS AF=0.394495;AO=42;DP=109;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0355305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.016;QD=13.2943;RBI=0.0357364;REFB=-0.0212705;REVB=-0.00383049;RO=66;SAF=14;SAR=28;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202477;STB=0.619711;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0275599;OID=.;OPOS=145039562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:66:66:42:43:0.394495:28:14:34:32:29:14:34:32 chr1 145075683 . C T 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00210911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.418;QD=22.6;RBI=0.00211428;REFB=-0.0425098;REVB=0.000147777;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318822;STB=0.530586;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0353882;OID=.;OPOS=145075683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:20:23:23:0.534884:13:10:9:10:13:10:10:10 chr1 145075854 . G C 141.32 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0276327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.741;QD=13.1461;RBI=0.0292674;REFB=-0.0195062;REVB=-0.00964459;RO=27;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740772;STB=0.54323;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0250815;OID=.;OPOS=145075854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:7:9:17:10:7:9:17:10 chr1 145103928 . G A 87.84 PASS AF=0.107143;AO=24;DP=224;FAO=24;FDP=224;FR=.;FRO=200;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=119;FSRR=81;FWDB=-0.0397257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.48;QD=1.56849;RBI=0.050417;REFB=0.000813788;REVB=-0.0310443;RO=200;SAF=13;SAR=11;SRF=119;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666512;STB=0.548299;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.00961433;OID=.;OPOS=145103928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:224:224:200:200:24:24:0.107143:11:13:119:81:11:13:119:81 chr1 145103947 . T C 466.28 PASS AF=0.276596;AO=65;DP=236;FAO=65;FDP=235;FR=.;FRO=170;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=96;FSRR=74;FWDB=-0.0192004;FXX=0.00843846;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.867;QD=7.93668;RBI=0.0208855;REFB=-0.00854963;REVB=-0.0082187;RO=167;SAF=37;SAR=28;SRF=95;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000460405;STB=0.503333;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.021792;OID=.;OPOS=145103947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:235:167:170:65:65:0.276596:28:37:95:72:28:37:96:74 chr1 145109549 . G T 690.32 PASS AF=0.191358;AO=124;DP=650;FAO=124;FDP=648;FR=.;FRO=524;FSAF=70;FSAR=54;FSRF=265;FSRR=259;FWDB=-0.00683091;FXX=0.00613488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.355;QD=4.26124;RBI=0.0089284;REFB=0.00116946;REVB=0.00574934;RO=520;SAF=70;SAR=54;SRF=263;SRR=257;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766307;STB=0.547742;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00660662;OID=.;OPOS=145109549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:650:648:520:524:124:124:0.191358:54:70:263:257:54:70:265:259 chr1 145109583 . C A 2816.85 PASS AF=0.435093;AO=301;DP=702;FAO=305;FDP=701;FR=.;FRO=396;FSAF=155;FSAR=150;FSRF=180;FSRR=216;FWDB=-0.00468937;FXX=0.00567368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0034;QD=16.0733;RBI=0.0614222;REFB=-0.00136913;REVB=0.0612429;RO=391;SAF=152;SAR=149;SRF=180;SRR=211;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455357;STB=0.530284;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00132178;OID=.;OPOS=145109583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:702:701:391:396:301:305:0.435093:149:152:180:211:150:155:180:216 chr1 145109661 . G A 632.08 PASS AF=0.212121;AO=105;DP=494;FAO=105;FDP=495;FR=.;FRO=390;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=141;FSRR=249;FWDB=-0.0114791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.17;QD=5.10775;RBI=0.0117109;REFB=-0.0039667;REVB=0.00231827;RO=388;SAF=52;SAR=53;SRF=139;SRR=249;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178515;STB=0.605541;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0180383;OID=.;OPOS=145109661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:494:495:388:390:105:105:0.212121:53:52:139:249:53:52:141:249 chr1 145112414 . T C 123.72 PASS AF=0.137755;AO=27;DP=196;FAO=27;FDP=196;FR=.;FRO=169;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=85;FSRR=84;FWDB=0.0326062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.075;QD=2.52499;RBI=0.0327254;REFB=-0.0048503;REVB=0.00279013;RO=168;SAF=12;SAR=15;SRF=84;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705523;STB=0.550473;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0297385;OID=.;OPOS=145112414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:168:169:27:27:0.137755:15:12:84:84:15:12:85:84 chr1 145112420 . C T 333.8 PASS AF=0.253886;AO=48;DP=192;FAO=49;FDP=193;FR=.;FRO=144;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=63;FSRR=81;FWDB=0.0387175;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3214;QD=6.91817;RBI=0.0388573;REFB=-0.0100915;REVB=-0.0032926;RO=142;SAF=29;SAR=19;SRF=61;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216138;STB=0.629274;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0353272;OID=.;OPOS=145112420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:142:144:48:49:0.253886:19:29:61:81:19:30:63:81 chr1 145112428 . C T 137.7 PASS AF=0.143564;AO=29;DP=200;FAO=29;FDP=202;FR=.;FRO=173;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=84;FSRR=89;FWDB=-0.0277474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.669;QD=2.72671;RBI=0.0298426;REFB=-0.000756295;REVB=-0.0109845;RO=171;SAF=14;SAR=15;SRF=83;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00334441;STB=0.502391;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00521388;OID=.;OPOS=145112428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:202:171:173:29:29:0.143564:15:14:83:88:15:14:84:89 chr1 145112485 . C T 148.79 PASS AF=0.171598;AO=28;DP=168;FAO=29;FDP=169;FR=.;FRO=140;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=66;FSRR=74;FWDB=-0.0161585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8923;QD=3.52153;RBI=0.0227357;REFB=-0.00238276;REVB=0.0159941;RO=136;SAF=9;SAR=19;SRF=65;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206382;STB=0.639287;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0136277;OID=.;OPOS=145112485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:136:140:28:29:0.171598:19:9:65:71:20:9:66:74 chr1 145115810 . A G 2087.11 PASS AF=0.51269;AO=202;DP=394;FAO=202;FDP=394;FR=.;FRO=192;FSAF=102;FSAR=100;FSRF=102;FSRR=90;FWDB=0.00549452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.333;QD=21.189;RBI=0.00567692;REFB=-0.00440126;REVB=-0.00142746;RO=191;SAF=102;SAR=100;SRF=102;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258856;STB=0.512819;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0036674;OID=.;OPOS=145115810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:394:394:191:192:202:202:0.51269:100:102:102:89:100:102:102:90 chr1 145115820 . T C 690.12 PASS AF=0.263158;AO=100;DP=381;FAO=100;FDP=380;FR=.;FRO=280;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=154;FSRR=126;FWDB=-0.00837765;FXX=0.0026246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.286;QD=7.26442;RBI=0.0240814;REFB=0.000486918;REVB=0.0225772;RO=279;SAF=42;SAR=58;SRF=153;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159515;STB=0.595289;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00332428;OID=.;OPOS=145115820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:381:380:279:280:100:100:0.263158:58:42:153:126:58:42:154:126 chr1 145115883 . G T 83.34 PASS AF=0.0965251;AO=25;DP=259;FAO=25;FDP=259;FR=.;FRO=234;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=117;FSRR=117;FWDB=-0.0457459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.132;QD=1.28703;RBI=0.0471534;REFB=-0.000233022;REVB=-0.0114348;RO=232;SAF=11;SAR=14;SRF=115;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671384;STB=0.55424;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00218637;OID=.;OPOS=145115883;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:259:259:232:234:25:25:0.0965251:14:11:115:117:14:11:117:117 chr1 145116147 . T TA 107.23 PASS AF=0.192118;AO=34;DP=211;FAO=39;FDP=203;FR=.;FRO=164;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=109;FSRR=55;FWDB=0.039922;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.3956;QD=2.11281;RBI=0.0912282;REFB=-0.00264974;REVB=-0.0820294;RO=172;SAF=19;SAR=15;SRF=116;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156424;STB=0.56392;STBP=0.373;TYPE=ins;VARB=0.0104007;OID=.;OPOS=145116148;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.192118:34:211:39:203:164:23:16:109:55:99:172:19:15:116:56 chr1 145116311 . G T 439.79 PASS AF=0.613333;AO=15;DP=47;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0294066;FXX=0.0963739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.155;QD=23.4554;RBI=0.0480429;REFB=-0.0342544;REVB=0.0379918;RO=30;SAF=14;SAR=1;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.56284;STB=0.505298;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0310165;OID=.;OPOS=145116311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:75:30:29:15:46:0.613333:1:14:18:12:20:26:16:13 chr1 145116319 . G T 358.03 PASS AF=0.65;AO=3;DP=29;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0232564;FXX=0.0769112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.034;QD=23.8688;RBI=0.0652474;REFB=-0.0338462;REVB=0.060962;RO=23;SAF=1;SAR=2;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245189;STB=0.588189;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0558495;OID=.;OPOS=145116319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:60:23:21:3:39:0.65:2:1:13:10:26:13:12:9 chr1 145116326 . TG GT,TT 726.57 PASS AF=0,0.820513;AO=2,31;DP=48;FAO=0,64;FDP=78;FR=.;FRO=14;FSAF=0,30;FSAR=0,34;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0104701,0.0417409;FXX=0.0370325;HRUN=7,1;LEN=2,1;MLLD=32.3187,120.138;QD=37.2598;RBI=0.0134792,0.0453418;REFB=0.00915358,0.0190496;REVB=-0.00848916,-0.017708;RO=10;SAF=2,14;SAR=0,17;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.612877,0.0234735;STB=0.5,0.507244;STBP=1,0.795;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0664683,0.0738169;OID=.,.;OPOS=145116326,145116327;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:66:48:78:10:14:2,31:0,64:0,0.820513:0,17:2,14:4:6:0,34:0,30:6:8 chr1 145116336 . G T 34.78 PASS AF=0.075;AO=14;DP=159;FAO=12;FDP=160;FR=.;FRO=148;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=106;FWDB=0.00939776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.257;QD=0.869561;RBI=0.00952781;REFB=-1.58052e-05;REVB=-0.0015688;RO=142;SAF=4;SAR=10;SRF=39;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160045;STB=0.654469;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=5.26096e-05;OID=.;OPOS=145116336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:159:160:142:148:14:12:0.075:10:4:39:103:10:2:42:106 chr1 145273345 . T C 579.94 PASS AF=0.330357;AO=73;DP=225;FAO=74;FDP=224;FR=.;FRO=150;FSAF=4;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=148;FWDB=0.0373991;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8276;QD=10.3561;RBI=0.0412486;REFB=0.00598948;REVB=0.0173999;RO=152;SAF=3;SAR=70;SRF=2;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277277;STB=0.674891;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00566115;OID=.;OPOS=145273345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:152:150:73:74:0.330357:70:3:2:150:70:4:2:148 chr1 145277376 . A G 31.53 PASS AF=0.0681818;AO=12;DP=176;FAO=12;FDP=176;FR=.;FRO=164;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=75;FSRR=89;FWDB=-0.0161593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.089;QD=0.716503;RBI=0.0192223;REFB=-0.00140142;REVB=0.0104102;RO=163;SAF=11;SAR=1;SRF=75;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487347;STB=0.919389;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0148203;OID=.;OPOS=145277376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:176:176:163:164:12:12:0.0681818:1:11:75:88:1:11:75:89 chr1 145277384 . T C 35.15 PASS AF=0.0714286;AO=13;DP=181;FAO=13;FDP=182;FR=.;FRO=169;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=79;FSRR=90;FWDB=-0.0148855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.998;QD=0.77263;RBI=0.0177517;REFB=-0.00111491;REVB=-0.00967173;RO=168;SAF=12;SAR=1;SRF=78;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500851;STB=0.922427;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0176372;OID=.;OPOS=145277384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:181:182:168:169:13:13:0.0714286:1:12:78:90:1:12:79:90 chr1 145277398 . A G 50.66 PASS AF=0.0903614;AO=15;DP=166;FAO=15;FDP=166;FR=.;FRO=151;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=70;FSRR=81;FWDB=-0.0012862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.615;QD=1.22078;RBI=0.0012883;REFB=-4.44729e-07;REVB=7.357e-05;RO=151;SAF=14;SAR=1;SRF=70;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552433;STB=0.931237;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00128986;OID=.;OPOS=145277398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:166:166:151:151:15:15:0.0903614:1:14:70:81:1:14:70:81 chr1 145277402 . A G 63.92 PASS AF=0.103659;AO=17;DP=155;FAO=17;FDP=164;FR=.;FRO=147;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=69;FSRR=78;FWDB=-0.0260082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.84;QD=1.55899;RBI=0.0336232;REFB=-0.00675804;REVB=-0.0213094;RO=136;SAF=15;SAR=2;SRF=58;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543506;STB=0.876742;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0351477;OID=.;OPOS=145277402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:155:164:136:147:17:17:0.103659:2:15:58:78:2:15:69:78 chr1 145277411 . G A 73.59 PASS AF=0.113924;AO=18;DP=158;FAO=18;FDP=158;FR=.;FRO=140;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=65;FSRR=75;FWDB=0.000425845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.587;QD=1.86304;RBI=0.00149953;REFB=0.000544027;REVB=-0.00143779;RO=139;SAF=17;SAR=1;SRF=65;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.602496;STB=0.939815;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.010119;OID=.;OPOS=145277411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:158:158:139:140:18:18:0.113924:1:17:65:74:1:17:65:75 chr1 145277430 . T C 93.63 PASS AF=0.136054;AO=20;DP=147;FAO=20;FDP=147;FR=.;FRO=127;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=63;FSRR=64;FWDB=-0.0175538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.722;QD=2.54786;RBI=0.0223404;REFB=-0.00158623;REVB=0.0138187;RO=126;SAF=19;SAR=1;SRF=62;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.622602;STB=0.937256;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.018199;OID=.;OPOS=145277430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:147:147:126:127:20:20:0.136054:1:19:62:64:1:19:63:64 chr1 145281408 . C T 343.03 PASS AF=0.207885;AO=58;DP=279;FAO=58;FDP=279;FR=.;FRO=221;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=108;FSRR=113;FWDB=-0.024218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.968;QD=4.91793;RBI=0.0252603;REFB=-0.00687558;REVB=-0.00718111;RO=221;SAF=30;SAR=28;SRF=108;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366827;STB=0.522602;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0256853;OID=.;OPOS=145281408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:221:221:58:58:0.207885:28:30:108:113:28:30:108:113 chr1 145281543 . C T 126.91 PASS AF=0.134259;AO=29;DP=215;FAO=29;FDP=216;FR=.;FRO=187;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=101;FSRR=86;FWDB=-0.0219638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.611;QD=2.35024;RBI=0.0273031;REFB=-0.00417237;REVB=-0.0162189;RO=186;SAF=19;SAR=10;SRF=100;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153154;STB=0.603102;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0240345;OID=.;OPOS=145281543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:216:186:187:29:29:0.134259:10:19:100:86:10:19:101:86 chr1 145281613 . C A 192.14 PASS AF=0.206452;AO=32;DP=155;FAO=32;FDP=155;FR=.;FRO=123;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=66;FSRR=57;FWDB=0.0011463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1469;QD=4.95845;RBI=0.010157;REFB=0.0127161;REVB=0.0100921;RO=123;SAF=21;SAR=11;SRF=66;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15778;STB=0.598679;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0290691;OID=.;OPOS=145281613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:123:123:32:32:0.206452:11:21:66:57:11:21:66:57 chr1 145281633 . C A 183.59 PASS AF=0.197531;AO=32;DP=162;FAO=32;FDP=162;FR=.;FRO=130;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=73;FSRR=57;FWDB=-0.0292185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.495;QD=4.533;RBI=0.0328343;REFB=-0.00786014;REVB=-0.0149789;RO=128;SAF=20;SAR=12;SRF=71;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926952;STB=0.552851;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0347854;OID=.;OPOS=145281633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:128:130:32:32:0.197531:12:20:71:57:12:20:73:57 chr1 145281656 . A T 118.37 PASS AF=0.155405;AO=23;DP=147;FAO=23;FDP=148;FR=.;FRO=125;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=69;FSRR=56;FWDB=-0.0364464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6059;QD=3.19911;RBI=0.0441147;REFB=-0.0119062;REVB=-0.024855;RO=124;SAF=12;SAR=11;SRF=68;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340684;STB=0.525642;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0532534;OID=.;OPOS=145281656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:124:125:23:23:0.155405:11:12:68:56:11:12:69:56 chr1 145284124 . ATGTGTGTGTGTG A 67.33 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=21;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0.499792;HRUN=1;LEN=12;MLLD=264.143;QD=22.4439;RBI=0.00752748;REFB=-0.0280475;REVB=0.00752748;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.61088;STBP=0.688;TYPE=del;VARB=0.0179561;OID=.;OPOS=145284125;OREF=TGTGTGTGTGTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:6:21:8:12:4:1:7:0:4:37:0:1:5:0:0 chr1 145290409 . G A 89.62 PASS AF=0.104803;AO=24;DP=231;FAO=24;FDP=229;FR=.;FRO=205;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=99;FSRR=106;FWDB=-0.0085772;FXX=0.00865763;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.568;QD=1.56537;RBI=0.0104245;REFB=0.00226649;REVB=-0.0059246;RO=201;SAF=16;SAR=8;SRF=96;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231075;STB=0.664586;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0233857;OID=.;OPOS=145290409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:231:229:201:205:24:24:0.104803:8:16:96:105:8:16:99:106 chr1 145290498 . T G 90.5 PASS AF=0.120879;AO=22;DP=182;FAO=22;FDP=182;FR=.;FRO=160;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=75;FSRR=85;FWDB=0.0335335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.992;QD=1.98903;RBI=0.0336359;REFB=-0.00635889;REVB=0.002622;RO=160;SAF=15;SAR=7;SRF=75;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264347;STB=0.686398;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0399073;OID=.;OPOS=145290498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:182:182:160:160:22:22:0.120879:7:15:75:85:7:15:75:85 chr1 145293425 . C A 320.64 PASS AF=0.197183;AO=56;DP=284;FAO=56;FDP=284;FR=.;FRO=228;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=131;FSRR=97;FWDB=-0.000143392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.746;QD=4.51607;RBI=0.000796165;REFB=-0.00227548;REVB=-0.000783146;RO=225;SAF=30;SAR=26;SRF=130;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548475;STB=0.531477;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0105968;OID=.;OPOS=145293425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:225:228:56:56:0.197183:26:30:130:95:26:30:131:97 chr1 145293469 . G C 439.32 PASS AF=0.157804;AO=92;DP=582;FAO=92;FDP=583;FR=.;FRO=491;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=257;FSRR=234;FWDB=-0.00848263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.881;QD=3.01419;RBI=0.0212212;REFB=-0.00167625;REVB=-0.0194521;RO=486;SAF=53;SAR=39;SRF=254;SRR=232;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700129;STB=0.544777;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0109506;OID=.;OPOS=145293469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:582:583:486:491:92:92:0.157804:39:53:254:232:39:53:257:234 chr1 145293490 . G C 373.94 PASS AF=0.135135;AO=90;DP=666;FAO=90;FDP=666;FR=.;FRO=576;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=300;FSRR=276;FWDB=-0.0252633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4159;QD=2.24591;RBI=0.0335242;REFB=-0.00435983;REVB=-0.0220373;RO=573;SAF=53;SAR=37;SRF=299;SRR=274;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870601;STB=0.559481;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0290157;OID=.;OPOS=145293490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:666:666:573:576:90:90:0.135135:37:53:299:274:37:53:300:276 chr1 145293498 . G C 393.4 PASS AF=0.138973;AO=92;DP=664;FAO=92;FDP=662;FR=.;FRO=570;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=298;FSRR=272;FWDB=-0.00802551;FXX=0.00451121;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.161;QD=2.37705;RBI=0.0252608;REFB=-0.00390031;REVB=0.023952;RO=555;SAF=53;SAR=39;SRF=288;SRR=267;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743338;STB=0.546291;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0232776;OID=.;OPOS=145293498;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:664:662:555:570:92:92:0.138973:39:53:288:267:39:53:298:272 chr1 145293510 . C G 379.37 PASS AF=0.136778;AO=90;DP=658;FAO=90;FDP=658;FR=.;FRO=568;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=296;FSRR=272;FWDB=-0.0240424;FXX=0.00151743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9937;QD=2.30619;RBI=0.0240461;REFB=-0.00897112;REVB=-0.000423143;RO=564;SAF=53;SAR=37;SRF=293;SRR=271;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901169;STB=0.55912;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0645073;OID=.;OPOS=145293510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:658:658:564:568:90:90:0.136778:37:53:293:271:37:53:296:272 chr1 145293515 . A G 1136.09 PASS AF=0.257764;AO=166;DP=645;FAO=166;FDP=644;FR=.;FRO=478;FSAF=99;FSAR=67;FSRF=244;FSRR=234;FWDB=0.000212042;FXX=0.00155036;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.864;QD=7.05646;RBI=0.00533755;REFB=-0.0116412;REVB=-0.00533334;RO=474;SAF=99;SAR=67;SRF=242;SRR=232;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108971;STB=0.564581;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0328334;OID=.;OPOS=145293515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:645:644:474:478:166:166:0.257764:67:99:242:232:67:99:244:234 chr1 145293566 . G A 1000.34 PASS AF=0.269303;AO=144;DP=531;FAO=143;FDP=531;FR=.;FRO=388;FSAF=64;FSAR=79;FSRF=227;FSRR=161;FWDB=-0.00578731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.467;QD=7.53551;RBI=0.00691257;REFB=-0.00169833;REVB=0.0037803;RO=387;SAF=65;SAR=79;SRF=226;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163637;STB=0.599454;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00561366;OID=.;OPOS=145293566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:531:531:387:388:144:143:0.269303:79:65:226:161:79:64:227:161 chr1 145296372 . A G 396.11 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275866;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.708;QD=54.6356;RBI=0.0282026;REFB=0;REVB=0.00586206;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247662;OID=.;OPOS=145296372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:27:29:1:10:17:0:0:12:17:0:0 chr1 145311083 . A C 3387.36 PASS AF=0.62395;AO=271;DP=451;FAO=297;FDP=476;FR=.;FRO=179;FSAF=193;FSAR=104;FSRF=97;FSRR=82;FWDB=0.0115579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.51;QD=28.4652;RBI=0.0295192;REFB=-0.0296274;REVB=0.0271625;RO=174;SAF=193;SAR=78;SRF=97;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128461;STB=0.543429;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0175081;OID=.;OPOS=145311083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:451:476:174:179:271:297:0.62395:78:193:97:77:104:193:97:82 chr1 145311110 . G C 940.35 PASS AF=0.27907;AO=132;DP=472;FAO=132;FDP=473;FR=.;FRO=341;FSAF=87;FSAR=45;FSRF=200;FSRR=141;FWDB=0.000840351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.179;QD=7.95223;RBI=0.0011287;REFB=-0.00905548;REVB=-0.000753504;RO=336;SAF=87;SAR=45;SRF=195;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103238;STB=0.556131;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0157159;OID=.;OPOS=145311110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:472:473:336:341:132:132:0.27907:45:87:195:141:45:87:200:141 chr1 145311828 . C G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.25;QD=61.684;RBI=0.0209568;REFB=0;REVB=-0.0171805;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116348;OID=.;OPOS=145311828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr1 145368461 . A C 916.3 PASS AF=0.505556;AO=91;DP=180;FAO=91;FDP=180;FR=.;FRO=89;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.00947597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.05;QD=20.3621;RBI=0.00954616;REFB=-0.0166675;REVB=0.00115551;RO=87;SAF=45;SAR=46;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411958;STB=0.516732;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0158358;OID=.;OPOS=145368461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:87:89:91:91:0.505556:46:45:39:48:46:45:41:48 chr1 145368518 . C T 60.34 PASS AF=0.0820312;AO=21;DP=257;FAO=21;FDP=256;FR=.;FRO=235;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=101;FSRR=134;FWDB=-0.030031;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4004;QD=0.942813;RBI=0.0402094;REFB=-0.000154945;REVB=-0.0267383;RO=232;SAF=10;SAR=11;SRF=100;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527321;STB=0.542827;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.000942267;OID=.;OPOS=145368518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:257:256:232:235:21:21:0.0820312:11:10:100:132:11:10:101:134 chr1 145379324 . C A 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0461966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.537;QD=13.2126;RBI=0.0477395;REFB=0.0117545;REVB=-0.0120391;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12178;STB=0.571326;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.020194;OID=.;OPOS=145379324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:8:6:12:10:8:6:12:10 chr1 145379371 . TCACCATTA T 50.0 PASS AO=68;DP=302;LEN=8;RO=234;SAF=36;SAR=36;SRF=137;SRR=93;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=145379372;OREF=CACCATTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:302:234:68:36:36:137:93 chr1 145395530 . G A 629.91 PASS AF=0.48855;AO=64;DP=131;FAO=64;FDP=131;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-7.6627e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.833;QD=19.2338;RBI=0.00384569;REFB=-0.0166015;REVB=0.00384492;RO=67;SAF=27;SAR=37;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103728;STB=0.505734;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0139854;OID=.;OPOS=145395530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:67:67:64:64:0.48855:37:27:29:38:37:27:29:38 chr1 145397942 . A T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.641;QD=57.2026;RBI=0.0294031;REFB=0;REVB=-0.000354492;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122079;OID=.;OPOS=145397942;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr1 145397947 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9435;QD=56.7057;RBI=0.0796969;REFB=0;REVB=0.0689246;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00214822;OID=.;OPOS=145397947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr1 145399229 . C T 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.164;QD=57.1048;RBI=0.0392621;REFB=0;REVB=0.0280117;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104304;OID=.;OPOS=145399229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr1 145441177 . CT C 163.44 PASS AF=0.354839;AO=32;DP=96;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0365343;FXX=0.0312467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.1385;QD=7.02953;RBI=0.109583;REFB=0.0124247;REVB=0.103313;RO=56;SAF=20;SAR=12;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179642;STB=0.611116;STBP=0.119;TYPE=del;VARB=-0.00683489;OID=.;OPOS=145441178;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354839:32:96:33:93:60:20:13:26:34:99:56:20:12:26:30 chr1 145442254 . G C 1141.28 PASS AF=1;AO=65;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.451;QD=59.2875;RBI=0.076593;REFB=0;REVB=-0.0547496;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0551384;OID=.;OPOS=145442254;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:65:77:1:37:28:0:0:37:40:0:0 chr1 145492260 . G A 92.17 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0149025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.731;QD=6.24867;RBI=0.0155514;REFB=-0.00756028;REVB=0.00444533;RO=45;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122717;STB=0.576165;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.027081;OID=.;OPOS=145492260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:45:45:14:14:0.237288:7:7:18:27:7:7:18:27 chr1 145532549 . T C 1431.64 PASS AF=0.949495;AO=94;DP=99;FAO=94;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0104829;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.212;QD=57.8439;RBI=0.0104859;REFB=-0.0839265;REVB=-0.000251645;RO=5;SAF=47;SAR=47;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286838;STB=0.515148;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.000471346;OID=.;OPOS=145532549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:99:99:5:5:94:94:0.949495:47:47:4:1:47:47:4:1 chr1 145561594 . C T 112.19 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.00735764;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.767;QD=16.6211;RBI=0.0364349;REFB=-0.0120871;REVB=0.0356843;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248928;STB=0.640838;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0274258;OID=.;OPOS=145561594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:12:2:5:8:12:2 chr1 145562293 . G C 218.72 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0303385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.969;QD=19.4422;RBI=0.0577052;REFB=-0.0025971;REVB=-0.0490863;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420279;STB=0.511101;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00512497;OID=.;OPOS=145562293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:23:21:22:0.488889:11:10:12:11:11:11:12:11 chr1 145562881 . T C 623.64 PASS AF=0.564815;AO=61;DP=108;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0190723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4287;QD=23.0979;RBI=0.0262725;REFB=-0.000772404;REVB=0.0180691;RO=47;SAF=37;SAR=24;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439984;STB=0.524071;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.000492376;OID=.;OPOS=145562881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:47:47:61:61:0.564815:24:37:26:21:24:37:26:21 chr1 145586309 . C T 2623.89 PASS AF=0.994152;AO=170;DP=171;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=102;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00437295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.56;QD=61.3776;RBI=0.028387;REFB=-0.122531;REVB=0.0280482;RO=0;SAF=102;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.09061e-08;STB=0.502439;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000226813;OID=.;OPOS=145586309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:171:0:1:170:170:0.994152:68:102:0:0:68:102:1:0 chr1 145586403 . G T 2791.09 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00292831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.433;QD=62.7211;RBI=0.0122338;REFB=0;REVB=0.0118782;RO=0;SAF=92;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48327e-06;OID=.;OPOS=145586403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:178:0:0:176:178:1:84:92:0:0:86:92:0:0 chr1 145588905 . G A 218.6 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0513413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.761;QD=23.6322;RBI=0.0899404;REFB=-0.0220772;REVB=0.0738468;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704467;STB=0.503933;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0199414;OID=.;OPOS=145588905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:9:12:9:7:9:12:9:7 chr1 146057292 . T C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.020789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.216;QD=17.3212;RBI=0.056764;REFB=-0.0132366;REVB=-0.0528202;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234065;STB=0.634442;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00477727;OID=.;OPOS=146057292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:5:11:8:10:5:11:8:10 chr1 146215223 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1273;QD=35.5759;RBI=0.0237151;REFB=0;REVB=-0.00249735;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00217581;OID=.;OPOS=146215223;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr1 146215232 . A C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00438432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=339.019;QD=35.5759;RBI=0.0119951;REFB=0;REVB=0.0111651;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0732e-05;OID=.;OPOS=146215232;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr1 146215276 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00950128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.332;QD=35.5759;RBI=0.00952829;REFB=0;REVB=0.000717008;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004308;OID=.;OPOS=146215276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr1 146246193 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0387198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.754;QD=14.6577;RBI=0.0388048;REFB=0.00430416;REVB=-0.00256772;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379309;STB=0.719671;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00398267;OID=.;OPOS=146246193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:4:9:5:12:4:9:5:12 chr1 146395447 . A G 593.04 PASS AF=0.446043;AO=62;DP=139;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=45;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=0.00692676;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.722;QD=17.0659;RBI=0.00788009;REFB=-0.0188593;REVB=-0.0037571;RO=77;SAF=45;SAR=17;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161187;STB=0.590331;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0224966;OID=.;OPOS=146395447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:77:77:62:62:0.446043:17:45:45:32:17:45:45:32 chr1 146494510 . TG CA 57.98 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0153465;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=211.473;QD=4.63865;RBI=0.0202027;REFB=-0.0103785;REVB=-0.0131391;RO=40;SAF=6;SAR=3;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318597;STB=0.700866;STBP=0.205;TYPE=mnp;VARB=0.085273;OID=.;OPOS=146494510;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:40:41:9:9:0.18:3:6:16:24:3:6:17:24 chr1 146495752 . C T 71.83 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0229071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.142;QD=4.63432;RBI=0.0268259;REFB=-0.00380183;REVB=0.0139605;RO=50;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320631;STB=0.703305;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0190512;OID=.;OPOS=146495752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:50:50:12:12:0.193548:5:7:16:34:5:7:16:34 chr1 146496389 . C T 257.34 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0509646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.229;QD=13.7246;RBI=0.0719638;REFB=-0.0146892;REVB=-0.0508074;RO=44;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176172;STB=0.605566;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0263689;OID=.;OPOS=146496389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:45:30:30:0.4:14:16:16:28:14:16:16:29 chr1 146672906 . C T 1734.69 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00487707;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.037;QD=60.8662;RBI=0.0210545;REFB=0;REVB=-0.0204819;RO=0;SAF=61;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6151e-05;OID=.;OPOS=146672906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:113:114:1:52:61:0:0:52:62:0:0 chr1 146714392 . G C 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.013329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.953;QD=25.2766;RBI=0.0212901;REFB=-0.0233377;REVB=0.0166014;RO=12;SAF=7;SAR=12;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158635;STB=0.5877;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0148543;OID=.;OPOS=146714392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:12:7:2:10:12:7:2:10 chr1 146728162 . T TA 890.19 PASS AF=1;AO=70;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.6772;QD=48.7776;RBI=0.134369;REFB=0;REVB=-0.133409;RO=2;SAF=45;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205497;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00245213;OID=.;OPOS=146728163;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:74:73:73:0:46:27:0:0:16:2:45:25:2:0 chr1 146751782 . A C 1893.83 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00731783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.297;QD=61.5879;RBI=0.0355878;REFB=0;REVB=0.0348273;RO=0;SAF=47;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45481e-05;OID=.;OPOS=146751782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:123:0:0:121:123:1:74:47:0:0:76:47:0:0 chr1 146767149 . G T 2125.34 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127298;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.472;QD=62.9731;RBI=0.0160502;REFB=0;REVB=-0.00977544;RO=0;SAF=70;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108383;OID=.;OPOS=146767149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:135:0:0:135:135:1:65:70:0:0:65:70:0:0 chr1 147119273 . G A 1029.9 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184956;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.035;QD=59.7042;RBI=0.0185092;REFB=0;REVB=0.000709909;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107354;OID=.;OPOS=147119273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr1 147121977 . C T 1510.67 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00990679;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.056;QD=63.607;RBI=0.0478682;REFB=0;REVB=0.0468318;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76116e-05;OID=.;OPOS=147121977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:49:46:0:0:49:46:0:0 chr1 147124310 . T G 1523.05 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00887906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.355;QD=58.5787;RBI=0.0231066;REFB=0.0514243;REVB=0.0213325;RO=1;SAF=60;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784321;STB=0.504131;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00332476;OID=.;OPOS=147124310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:43:60:1:0:43:60:1:0 chr1 147229299 . G A 400.09 PASS AF=0.966667;AO=30;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0177168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9964;QD=53.3452;RBI=0.0655815;REFB=0.0296994;REVB=-0.0631431;RO=0;SAF=24;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545421;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0102101;OID=.;OPOS=147229299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:30:29:0.966667:6:24:0:0:5:24:0:1 chr1 147380280 . C T 381.8 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0299997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.481;QD=17.1596;RBI=0.0318819;REFB=0.00198716;REVB=0.0107923;RO=49;SAF=20;SAR=20;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902774;STB=0.550537;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.00243515;OID=.;OPOS=147380280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:20:20:29:20:20:20:29:20 chr1 147735828 . C T 769.44 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0822402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.066;QD=56.9958;RBI=0.0836009;REFB=0;REVB=-0.0150223;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113358;OID=.;OPOS=147735828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr1 147781062 . A G 324.84 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0163974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.964;QD=12.6151;RBI=0.0175875;REFB=-0.00520254;REVB=-0.00635967;RO=64;SAF=16;SAR=23;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988687;STB=0.556422;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0070228;OID=.;OPOS=147781062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:64:39:39:0.378641:23:16:32:32:23:16:32:32 chr1 147806874 . G C 505.27 PASS AF=0.473684;AO=53;DP=113;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00161338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.94;QD=17.7288;RBI=0.00643395;REFB=-0.0142595;REVB=-0.00622838;RO=60;SAF=33;SAR=20;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884032;STB=0.542238;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0149182;OID=.;OPOS=147806874;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:60:60:53:54:0.473684:20:33:32:28:21:33:32:28 chr1 147806880 . T C 1713.06 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.713;QD=60.6393;RBI=0.0279553;REFB=0;REVB=0.0259875;RO=0;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77474e-05;OID=.;OPOS=147806880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:112:113:1:50:62:0:0:50:63:0:0 chr1 147825732 . C G 199.57 PASS AF=0.384615;AO=23;DP=63;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.000231134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.224;QD=12.2811;RBI=0.00274168;REFB=-0.0150755;REVB=0.00273192;RO=39;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653644;STB=0.552362;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0246162;OID=.;OPOS=147825732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:39:40:23:25:0.384615:11:12:18:21:11:14:19:21 chr1 147825763 . G A 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0476845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.463;QD=7.52763;RBI=0.0485824;REFB=-0.0136975;REVB=-0.00929733;RO=42;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205785;STB=0.616874;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0305198;OID=.;OPOS=147825763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:43:16:16:0.271186:6:10:19:23:6:10:20:23 chr1 147825765 . G A 101.4 PASS AF=0.254237;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00335128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9578;QD=6.87441;RBI=0.032851;REFB=-0.00262416;REVB=0.0326796;RO=44;SAF=9;SAR=6;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148969;STB=0.591714;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00922906;OID=.;OPOS=147825765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:44:44:15:15:0.254237:6:9:21:23:6:9:21:23 chr1 148009349 . A G 93.75 PASS AF=0.220588;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0318987;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2057;QD=5.51469;RBI=0.0319889;REFB=0.0055696;REVB=0.00239962;RO=53;SAF=12;SAR=3;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369651;STB=0.7365;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0255038;OID=.;OPOS=148009349;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:69:68:53:53:15:15:0.220588:3:12:28:25:3:12:28:25 chr1 148009367 . A G 65.86 PASS AF=0.144444;AO=13;DP=90;FAO=13;FDP=90;FR=.;FRO=77;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=0.0199188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.903;QD=2.92729;RBI=0.0277186;REFB=-0.00418943;REVB=-0.019276;RO=77;SAF=4;SAR=9;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350316;STB=0.737359;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0161574;OID=.;OPOS=148009367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:90:90:77:77:13:13:0.144444:9:4:46:31:9:4:46:31 chr1 148009510 . G A 74.44 PASS AF=0.111765;AO=19;DP=171;FAO=19;FDP=170;FR=.;FRO=151;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=81;FSRR=70;FWDB=-0.0492588;FXX=0.01734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.565;QD=1.75152;RBI=0.0508434;REFB=-0.00174331;REVB=-0.0125946;RO=150;SAF=8;SAR=11;SRF=81;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145172;STB=0.601615;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0123656;OID=.;OPOS=148009510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:171:170:150:151:19:19:0.111765:11:8:81:69:11:8:81:70 chr1 148342488 . T C 43.59 PASS AF=0.0747664;AO=16;DP=215;FAO=16;FDP=214;FR=.;FRO=198;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=107;FSRR=91;FWDB=0.00671929;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.698;QD=0.814852;RBI=0.00847531;REFB=-0.000224861;REVB=0.00516547;RO=199;SAF=5;SAR=11;SRF=108;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253749;STB=0.706979;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00158373;OID=.;OPOS=148342488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:215:214:199:198:16:16:0.0747664:11:5:108:91:11:5:107:91 chr1 149155848 . C T 312.88 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0439324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3581;QD=14.3853;RBI=0.0450434;REFB=-0.0229771;REVB=0.00994205;RO=52;SAF=15;SAR=20;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555264;STB=0.531543;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0251432;OID=.;OPOS=149155848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:52:35:35:0.402299:20:15:25:27:20:15:25:27 chr1 149211947 . C G 44.4 PASS AF=0.100917;AO=11;DP=109;FAO=11;FDP=109;FR=.;FRO=98;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=0.0559836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4835;QD=1.62935;RBI=0.0740561;REFB=0.00688343;REVB=-0.0484783;RO=98;SAF=3;SAR=8;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261444;STB=0.700656;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0597625;OID=.;OPOS=149211947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:109:109:98:98:11:11:0.100917:8:3:48:50:8:3:48:50 chr1 149211962 . T C 91.37 PASS AF=0.145038;AO=19;DP=131;FAO=19;FDP=131;FR=.;FRO=112;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=53;FSRR=59;FWDB=-0.0201197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.63;QD=2.78991;RBI=0.0259092;REFB=-0.00979294;REVB=-0.0163243;RO=112;SAF=9;SAR=10;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000594179;STB=0.500402;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0442528;OID=.;OPOS=149211962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:131:131:112:112:19:19:0.145038:10:9:53:59:10:9:53:59 chr1 149211967 . G A 127.3 PASS AF=0.163265;AO=24;DP=147;FAO=24;FDP=147;FR=.;FRO=123;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=61;FSRR=62;FWDB=-0.017527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.226;QD=3.46404;RBI=0.020023;REFB=-0.00216195;REVB=-0.00968117;RO=119;SAF=13;SAR=11;SRF=59;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585325;STB=0.538255;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0119133;OID=.;OPOS=149211967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:119:123:24:24:0.163265:11:13:59:60:11:13:61:62 chr1 149211975 . C A 180.79 PASS AF=0.193939;AO=32;DP=165;FAO=32;FDP=165;FR=.;FRO=133;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=62;FSRR=71;FWDB=-0.00679109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5785;QD=4.38271;RBI=0.0183267;REFB=-0.00738833;REVB=0.017022;RO=133;SAF=20;SAR=12;SRF=62;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202993;STB=0.627757;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0282639;OID=.;OPOS=149211975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:133:133:32:32:0.193939:12:20:62:71:12:20:62:71 chr1 149211992 . G A 308.41 PASS AF=0.245989;AO=45;DP=185;FAO=46;FDP=187;FR=.;FRO=141;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=65;FSRR=76;FWDB=-0.0233472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.012;QD=6.59703;RBI=0.024435;REFB=-0.00480109;REVB=-0.00720961;RO=139;SAF=31;SAR=14;SRF=65;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281579;STB=0.66198;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.011728;OID=.;OPOS=149211992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:187:139:141:45:46:0.245989:14:31:65:74:15:31:65:76 chr1 149211998 . T G 315.59 PASS AF=0.242268;AO=47;DP=194;FAO=47;FDP=194;FR=.;FRO=147;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=67;FSRR=80;FWDB=-0.0290309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.437;QD=6.50704;RBI=0.0292081;REFB=-0.0033955;REVB=0.00321235;RO=145;SAF=32;SAR=15;SRF=65;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292905;STB=0.67175;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0106694;OID=.;OPOS=149211998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:145:147:47:47:0.242268:15:32:65:80:15:32:67:80 chr1 149215180 . T C 309.14 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.00257551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.708;QD=13.5883;RBI=0.00932049;REFB=-0.0157692;REVB=-0.00895759;RO=56;SAF=18;SAR=17;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139905;STB=0.579501;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0269839;OID=.;OPOS=149215180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:56:35:35:0.384615:17:18:36:20:17:18:36:20 chr1 149215189 . A G 321.88 PASS AF=0.391304;AO=35;DP=91;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0011585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6241;QD=13.9949;RBI=0.00392271;REFB=-0.00977212;REVB=-0.00374774;RO=55;SAF=19;SAR=16;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821728;STB=0.532002;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.035111;OID=.;OPOS=149215189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:55:56:35:36:0.391304:16:19:34:21:16:20:34:22 chr1 149224130 . G A 125.6 PASS AF=0.152047;AO=26;DP=172;FAO=26;FDP=171;FR=.;FRO=145;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=72;FSRR=73;FWDB=-0.0231608;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3804;QD=2.93803;RBI=0.0658898;REFB=-0.00796347;REVB=0.0616851;RO=137;SAF=13;SAR=13;SRF=65;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326374;STB=0.502922;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0614409;OID=.;OPOS=149224130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:137:145:26:26:0.152047:13:13:65:72:13:13:72:73 chr1 149286406 . T C 48.94 PASS AF=0.105263;AO=12;DP=128;FAO=14;FDP=133;FR=.;FRO=119;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=75;FWDB=-0.10538;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.7573;QD=1.47183;RBI=0.114966;REFB=-0.00783729;REVB=-0.0459596;RO=116;SAF=2;SAR=10;SRF=41;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265628;STB=0.666835;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0534578;OID=.;OPOS=149286406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:128:133:116:119:12:14:0.105263:10:2:41:75:11:3:44:75 chr1 149286469 . C G 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=25;FWDB=-0.0347418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.811;QD=7.71671;RBI=0.0347537;REFB=-0.00517258;REVB=-0.000910489;RO=27;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938126;STB=0.557273;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0108936;OID=.;OPOS=149286469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:9:1:2:25:9:1:2:25 chr1 149287392 . T G 639.97 PASS AF=0.368421;AO=77;DP=212;FAO=77;FDP=209;FR=.;FRO=132;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=73;FSRR=59;FWDB=-0.0203948;FXX=0.0141503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.826;QD=12.2482;RBI=0.023287;REFB=-0.00703422;REVB=-0.0112399;RO=130;SAF=27;SAR=50;SRF=72;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22796;STB=0.629451;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0124985;OID=.;OPOS=149287392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:209:130:132:77:77:0.368421:50:27:72:58:50:27:73:59 chr1 149294658 . G A 998.03 PASS AF=0.626761;AO=74;DP=128;FAO=89;FDP=142;FR=.;FRO=53;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0377721;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.913;QD=28.1136;RBI=0.0382677;REFB=-0.0140165;REVB=0.0061389;RO=54;SAF=29;SAR=45;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085955;STB=0.522516;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00820859;OID=.;OPOS=149294658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:142:54:53:74:89:0.626761:45:29:27:27:49:40:27:26 chr1 149294693 . G C 1023.03 PASS AF=0.618056;AO=89;DP=144;FAO=89;FDP=144;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0195046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.214;QD=28.4174;RBI=0.0209174;REFB=-0.0214382;REVB=-0.00755699;RO=52;SAF=35;SAR=54;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749153;STB=0.552418;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0125493;OID=.;OPOS=149294693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:52:55:89:89:0.618056:54:35:26:26:54:35:29:26 chr1 149294742 . C T 81.38 PASS AF=0.142857;AO=17;DP=119;FAO=17;FDP=119;FR=.;FRO=102;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=65;FWDB=-0.0102516;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.527;QD=2.73539;RBI=0.0102669;REFB=-0.00152714;REVB=0.000560122;RO=102;SAF=7;SAR=10;SRF=37;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648782;STB=0.543991;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0100039;OID=.;OPOS=149294742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:119:119:102:102:17:17:0.142857:10:7:37:65:10:7:37:65 chr1 149294744 . C T 81.38 PASS AF=0.142857;AO=17;DP=119;FAO=17;FDP=119;FR=.;FRO=102;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=65;FWDB=0.000241414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.614;QD=2.73547;RBI=0.00335699;REFB=-0.0029955;REVB=0.0033483;RO=102;SAF=8;SAR=9;SRF=37;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139004;STB=0.593676;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0202496;OID=.;OPOS=149294744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:119:119:102:102:17:17:0.142857:9:8:37:65:9:8:37:65 chr1 149298542 . CAAA AAAC,C 60.46 PASS AF=0.210526,0.210526;AO=2,4;DP=21;FAO=4,4;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3,2;FSAR=1,2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00886245,0.0657123;FXX=0.239904;HRUN=1,8;LEN=4,3;MLLD=58.3321,34.7245;QD=12.728;RBI=0.0222619,0.066389;REFB=0.020125,0.0154942;REVB=-0.0204218,0.00945489;RO=10;SAF=2,2;SAR=0,2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.655147,0.217427;STB=0.772874,0.59952;STBP=0.26,0.666;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0425474,-0.0241462;OID=.,.;OPOS=149298542,149298543;OREF=CAAA,AAA;OALT=AAAC,-;OMAPALT=AAAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:29:21:19:10:11:2,4:4,4:0.210526,0.210526:0,2:2,2:3:7:1,2:3,2:4:7 chr1 149298554 . C A 148.13 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0349478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9467;QD=17.9552;RBI=0.041734;REFB=0.00803624;REVB=0.0228119;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796379;STB=0.545398;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00851168;OID=.;OPOS=149298554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:8:8:10:7:8:8:10:7 chr1 149298562 . GC AT 131.44 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.000681843;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=2;MLLD=259.021;QD=13.4809;RBI=0.038032;REFB=-0.00708731;REVB=-0.0380259;RO=24;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304406;STB=0.677731;STBP=0.099;TYPE=mnp;VARB=0.00780774;OID=.;OPOS=149298562;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:24:24:15:15:0.384615:5:10:9:15:5:10:9:15 chr1 149298603 . G A 182.4 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0256986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.529;QD=11.5807;RBI=0.0268137;REFB=-0.0126314;REVB=-0.00765238;RO=40;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378892;STB=0.716367;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0132599;OID=.;OPOS=149298603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:9:14:10:30:9:14:10:30 chr1 149334311 . G A 316.11 PASS AF=0.15367;AO=67;DP=436;FAO=67;FDP=436;FR=.;FRO=369;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=149;FSRR=220;FWDB=0.00199577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.154;QD=2.90008;RBI=0.0116107;REFB=-0.00369026;REVB=0.0114379;RO=365;SAF=35;SAR=32;SRF=146;SRR=219;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158526;STB=0.599645;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0153398;OID=.;OPOS=149334311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:436:436:365:369:67:67:0.15367:32:35:146:219:32:35:149:220 chr1 149334339 . G C 1183.45 PASS AF=0.331126;AO=150;DP=453;FAO=150;FDP=453;FR=.;FRO=303;FSAF=58;FSAR=92;FSRF=121;FSRR=182;FWDB=0.0102955;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.284;QD=10.4499;RBI=0.0102958;REFB=-0.00489968;REVB=-7.66631e-05;RO=302;SAF=58;SAR=92;SRF=120;SRR=182;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131238;STB=0.508899;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00993176;OID=.;OPOS=149334339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:453:453:302:303:150:150:0.331126:92:58:120:182:92:58:121:182 chr1 149664423 . A G 672.38 PASS AF=0.464516;AO=72;DP=155;FAO=72;FDP=155;FR=.;FRO=83;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=0.0251715;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.993;QD=17.3517;RBI=0.032747;REFB=-0.0080074;REVB=-0.0209466;RO=80;SAF=43;SAR=29;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187056;STB=0.606469;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00947503;OID=.;OPOS=149664423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:80:83:72:72:0.464516:29:43:32:48:29:43:33:50 chr1 149676401 . A G 225.83 PASS AF=0.397059;AO=26;DP=67;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0245297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.163;QD=13.2843;RBI=0.0273969;REFB=-0.00852109;REVB=-0.0122018;RO=41;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390109;STB=0.510909;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0102845;OID=.;OPOS=149676401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:41:41:26:27:0.397059:13:13:19:22:14:13:19:22 chr1 149680227 . A G 946.5 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00666744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.461;QD=57.3639;RBI=0.0202056;REFB=0;REVB=-0.0190739;RO=1;SAF=34;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136897;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28762e-05;OID=.;OPOS=149680227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:1:0:64:66:1:30:34:1:0:30:36:0:0 chr1 149684085 . T C 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0195773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6413;QD=5.78792;RBI=0.0554743;REFB=0.00644781;REVB=-0.051905;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588231;STB=0.538351;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.0342686;OID=.;OPOS=149684085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:3:4:12:11:3:4:12:11 chr1 149684119 . TA T,TT 882.94 PASS AF=0.983871,0.016129;AO=58,4;DP=62;FAO=61,1;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31,1;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181333,0.0166942;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=228.011,209.257;QD=56.9639;RBI=0.0181873,0.016719;REFB=0,0;REVB=0.00140058,-0.000909048;RO=0;SAF=30,2;SAR=28,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000159724,-0.0677697;OID=.,.;OPOS=149684120,149684120;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.983871,0.016129:58,4:62:61,1:62:0:31,1:30,0:0:0:3:0:30,2:28,2:0:0 chr1 149684166 . G A 85.11 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00833722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6114;QD=5.08142;RBI=0.0777288;REFB=-0.0172728;REVB=-0.0772804;RO=53;SAF=8;SAR=6;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100511;STB=0.564011;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0566388;OID=.;OPOS=149684166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:67:67:53:53:14:14:0.208955:6:8:26:27:6:8:26:27 chr1 149684169 . G A 85.14 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0424751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.318;QD=5.0832;RBI=0.0509368;REFB=-0.000442359;REVB=-0.0281146;RO=53;SAF=8;SAR=6;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100511;STB=0.564011;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00163738;OID=.;OPOS=149684169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:67:67:53:53:14:14:0.208955:6:8:26:27:6:8:26:27 chr1 149684171 . A T 85.14 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00146751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.697;QD=5.08321;RBI=0.0274818;REFB=-0.00959423;REVB=-0.0274426;RO=53;SAF=8;SAR=6;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100511;STB=0.564011;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0263028;OID=.;OPOS=149684171;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:67:67:53:53:14:14:0.208955:6:8:26:27:6:8:26:27 chr1 149711815 . G A 43.44 PASS AF=0.10989;AO=10;DP=92;FAO=10;FDP=91;FR=.;FRO=81;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=52;FSRR=29;FWDB=-0.00317173;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.5;QD=1.90946;RBI=0.0043666;REFB=-0.000847837;REVB=0.00300122;RO=75;SAF=5;SAR=5;SRF=50;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20613;STB=0.626137;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00847329;OID=.;OPOS=149711815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:92:91:75:81:10:10:0.10989:5:5:50:25:5:5:52:29 chr1 149859179 . CTTG C 246.51 PASS AF=0.366667;AO=42;DP=118;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.0073698;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=264.644;QD=8.21703;RBI=0.0110744;REFB=0.00350166;REVB=0.00826608;RO=74;SAF=14;SAR=28;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192861;STB=0.588744;STBP=0.152;TYPE=del;VARB=-0.0050499;OID=.;OPOS=149859180;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366667:42:118:44:120:76:16:28:38:38:99:74:14:28:37:37 chr1 149895759 . CGGGGGGGC CGGGGGGC,CGGGGGGCG 113.67 PASS AF=0.896552,0;AO=14,2;DP=30;FAO=26,0;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=13,0;FSAR=13,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.153008,-0.106155;FXX=0.0333222;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=6.95463,79.4791;QD=15.6782;RBI=0.295536,0.106332;REFB=-0.205585,-0.0266444;REVB=0.252843,0.00614532;RO=11;SAF=7,2;SAR=7,0;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0352117,0.585255;STB=0.517228,0.5;STBP=0.699,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.169044,0;OID=.,.;OPOS=149895760,149895766;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=CGGGGGGC,CGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.896552,0:14,2:30:26,0:29:3:13,0:13,0:2:1:9:11:7,2:7,0:5:6 chr1 149895842 . G T 137.9 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0313108;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.405;QD=19.0203;RBI=0.0332489;REFB=-0.0139988;REVB=-0.0111859;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058655;STB=0.516107;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0107884;OID=.;OPOS=149895842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:14:15:15:0.517241:8:7:7:6:8:7:7:7 chr1 149908108 . A G 982.52 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.03853e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9312;QD=56.9576;RBI=0.0380045;REFB=0;REVB=0.0380045;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0092625;OID=.;OPOS=149908108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:69:0:0:63:69:1:24:39:0:0:27:42:0:0 chr1 149914680 . AGGG AGG,AGGA 247.41 PASS AF=0.05,0.95;AO=3,14;DP=20;FAO=1,19;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1,6;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533163,0.000288866;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=24.6899,32.1471;QD=49.4827;RBI=0.0575468,0.0735758;REFB=0,0;REVB=0.0216566,-0.0735753;RO=0;SAF=3,3;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.460204,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00640879,0.00319965;OID=.,.;OPOS=149914681,149914683;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=AGG,AGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.05,0.95:3,14:20:1,19:20:0:1,6:0,13:0:0:7:0:3,3:0,11:0:0 chr1 149936238 . C T 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0241984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.797;QD=19.9752;RBI=0.02484;REFB=0.00703849;REVB=0.00560916;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183706;STB=0.602996;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.00893065;OID=.;OPOS=149936238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:11:9:5:15:11:9:5:15 chr1 150123132 . C G 931.49 PASS AF=0.513966;AO=92;DP=179;FAO=92;FDP=179;FR=.;FRO=87;FSAF=63;FSAR=29;FSRF=67;FSRR=20;FWDB=-0.00111495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.375;QD=20.8154;RBI=0.0300311;REFB=-0.010951;REVB=-0.0300104;RO=86;SAF=63;SAR=29;SRF=67;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100558;STB=0.549793;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00868507;OID=.;OPOS=150123132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:86:87:92:92:0.513966:29:63:67:19:29:63:67:20 chr1 150199039 . CTCCTCTTCCTCT CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC 322.69 PASS AF=0.459016,0.114754;AO=27,7;DP=62;FAO=28,7;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=22,7;FSAR=6,0;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0459976,-0.0103658;FXX=0.0161264;HRUN=2,2;LEN=6,1;MLLD=170.257,50.5498;QD=21.1601;RBI=0.0461568,0.0339303;REFB=-0.0798344,-0.0237214;REVB=0.00383027,-0.0323081;RO=26;SAF=21,7;SAR=6,0;SRF=14;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.252909,0.706637;STB=0.646943,0.998185;STBP=0.05,0.006;TYPE=del,snp;VARB=0.0528925,-0.00227328;OID=.,.;OPOS=150199040,150199051;OREF=TCCTCT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.459016,0.114754:27,7:62:28,7:61:26:22,7:6,0:14:12:99:26:21,7:6,0:14:12 chr1 150199123 . G T 154.98 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0583235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7362;QD=20.664;RBI=0.0634239;REFB=-0.0540065;REVB=-0.0249192;RO=12;SAF=12;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340217;STB=0.677206;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0568599;OID=.;OPOS=150199123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:13:17:17:0.566667:5:12:3:9:5:12:4:9 chr1 150278741 . G GTC 538.28 PASS AF=0.95;AO=34;DP=41;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0153217;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=2;MLLD=298.679;QD=53.8275;RBI=0.0176625;REFB=-0.0499776;REVB=-0.008787;RO=3;SAF=21;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00786187;STB=0.508716;STBP=0.769;TYPE=ins;VARB=0.00138945;OID=.;OPOS=150278742;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.95:34:41:38:40:2:25:13:1:1:9:3:21:13:2:1 chr1 150443734 . AC A 109.51 PASS AF=0.369048;AO=29;DP=86;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0324602;FXX=0.0232531;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.2024;QD=5.21471;RBI=0.0627432;REFB=0.0168592;REVB=-0.0536941;RO=45;SAF=13;SAR=16;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113804;STB=0.516119;STBP=0.829;TYPE=del;VARB=-0.0431815;OID=.;OPOS=150443735;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369048:29:86:31:84:53:15:16:27:26:99:45:13:16:25:20 chr1 150526044 . G C 188.92 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.000453961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7741;QD=13.0286;RBI=0.0376517;REFB=0.0288468;REVB=-0.037649;RO=35;SAF=11;SAR=12;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217327;STB=0.623969;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.0439908;OID=.;OPOS=150526044;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:12:11:24:11:12:11:24:11 chr1 150526406 . C T 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0538286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.365;QD=7.96549;RBI=0.0573664;REFB=-0.0156901;REVB=-0.019834;RO=26;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48297;STB=0.7994;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0448994;OID=.;OPOS=150526406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:2:8:10:16:2:8:10:16 chr1 150531008 . T C 710.26 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0272233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.065;QD=54.6357;RBI=0.0357489;REFB=-0.0704493;REVB=0.0231705;RO=1;SAF=21;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218935;STB=0.511623;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-7.88646e-05;OID=.;OPOS=150531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:30:21:1:0:30:21:1:0 chr1 150531050 . G A 709.36 PASS AF=1;AO=35;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436671;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.633;QD=56.7487;RBI=0.0771608;REFB=0;REVB=0.0636159;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270495;OID=.;OPOS=150531050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:35:50:1:16:19:0:0:25:25:0:0 chr1 150531170 . C T 690.53 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000161486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.279;QD=60.0459;RBI=0.00249712;REFB=-0.0203579;REVB=-0.0024919;RO=1;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199884;STB=0.5102;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000219372;OID=.;OPOS=150531170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:44:45:0.978261:23:21:0:1:24:21:0:1 chr1 150547747 . G A 99.15 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0338536;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5813;QD=13.6759;RBI=0.039548;REFB=-0.0432802;REVB=-0.0204444;RO=17;SAF=10;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374704;STB=0.724211;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0637677;OID=.;OPOS=150547747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:17:17:12:12:0.413793:2:10:9:8:2:10:9:8 chr1 150548887 . C CCTAT,T 188.26 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=10,5;DP=16;FAO=15,1;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7,1;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072638,-0.0158668;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=316.306,136.119;QD=47.0658;RBI=0.0108744,0.017971;REFB=0,0;REVB=0.00809254,-0.00843819;RO=0;SAF=5,2;SAR=5,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000283293,0.026625;OID=.,.;OPOS=150548888,150548887;OREF=-,C;OALT=CTAT,T;OMAPALT=CCTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:16:16:0:0:10,5:15,1:0.9375,0.0625:5,3:5,2:0:0:8,0:7,1:0:0 chr1 150597890 . G A 238.57 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0159458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.005;QD=27.2645;RBI=0.022347;REFB=-0.0154634;REVB=-0.0156564;RO=13;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563967;STB=0.531222;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0073539;OID=.;OPOS=150597890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:12:10:7:6:12:10:7:6 chr1 150679033 . G A 526.65 PASS AF=0.623377;AO=48;DP=77;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0102246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.665;QD=27.3585;RBI=0.0114596;REFB=-0.0187736;REVB=-0.00517488;RO=29;SAF=35;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117304;STB=0.564124;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0119128;OID=.;OPOS=150679033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:29:29:48:48:0.623377:13:35:17:12:13:35:17:12 chr1 150727539 . G A 281.27 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0126038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5769;QD=21.2278;RBI=0.0205283;REFB=0.0004697;REVB=-0.0162036;RO=24;SAF=18;SAR=11;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402918;STB=0.522331;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.000698088;OID=.;OPOS=150727539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:11:18:16:8:11:18:16:8 chr1 150771703 . T C 1092.02 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.754;QD=59.8366;RBI=0.0265571;REFB=0;REVB=-0.000254669;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213837;OID=.;OPOS=150771703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:34:38:0:0:35:38:0:0 chr1 150779755 . C T 2368.51 PASS AF=0.993631;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0098247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9909;QD=60.3442;RBI=0.019746;REFB=0.0528967;REVB=-0.0171283;RO=1;SAF=70;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674795;STB=0.503546;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000351332;OID=.;OPOS=150779755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:1:1:156:156:0.993631:86:70:1:0:86:70:1:0 chr1 150782797 . C T 298.73 PASS AF=0.5;AO=31;DP=63;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0318852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2069;QD=18.6706;RBI=0.0323656;REFB=-0.0528553;REVB=0.00555564;RO=31;SAF=11;SAR=20;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516796;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0431483;OID=.;OPOS=150782797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:32:31:32:0.5:20:11:11:20:20:12:11:21 chr1 150789961 . A T 54.99 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=24;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0833915;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=14.8615;QD=8.14739;RBI=0.113589;REFB=-0.0902882;REVB=0.077125;RO=16;SAF=0;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.731005;STB=0.713831;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.110635;OID=.;OPOS=150789961;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:27:16:15:8:12:0.444444:8:0:5:11:11:1:4:11 chr1 150808889 . C G 311.86 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00970761;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.762;QD=16.4136;RBI=0.0123897;REFB=-0.0117232;REVB=0.00769844;RO=42;SAF=19;SAR=15;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150531;STB=0.584566;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0153859;OID=.;OPOS=150808889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:42:42:34:34:0.447368:15:19:17:25:15:19:17:25 chr1 150933332 . C T 129.76 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00168821;FXX=0.0434688;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.08;QD=11.7963;RBI=0.004965;REFB=0.00644718;REVB=0.00466917;RO=28;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422976;STB=0.535122;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.0106618;OID=.;OPOS=150933332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:28:29:15:15:0.340909:7:8:16:12:7:8:17:12 chr1 150937766 . ATTTTTA ATTTT,ATTTTA,ATTTTAA 2812.15 PASS AF=0,0.808696,0.191304;AO=39,89,77;DP=237;FAO=0,186,44;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=0,106,24;FSAR=0,80,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.209749,0.0697668,-0.126346;FXX=0.012875;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=12.7299,17.1375,14.8511;QD=48.9069;RBI=0.233479,0.0773855,0.184168;REFB=0,0,0;REVB=-0.102556,0.0334831,0.133995;RO=4;SAF=10,52,52;SAR=29,37,25;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0538596,0.00705191,0.0185208;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.126705,-0.0207181,0.0391776;OID=.,.,.;OPOS=150937771,150937767,150937771;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTT,ATTTTA,ATTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.808696,0.191304:39,89,77:237:0,186,44:230:0:0,106,24:0,80,20:0:0:48:4:10,52,52:29,37,25:2:2 chr1 150940357 . GC TT 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0102624;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=141.181;QD=24.0303;RBI=0.016549;REFB=-0.000185932;REVB=0.0129828;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325687;STB=0.679796;STBP=0.042;TYPE=mnp;VARB=0.000297207;OID=.;OPOS=150940357;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:8:7:0:9:8:7:0:9 chr1 150960350 . A C 327.35 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0267188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.817;QD=17.6943;RBI=0.0268306;REFB=-0.0258055;REVB=-0.00244682;RO=38;SAF=26;SAR=9;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975999;STB=0.54997;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0287259;OID=.;OPOS=150960350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:35:35:0.472973:9:26:25:13:9:26:26:13 chr1 150969567 . A G 1011.48 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00968191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.424;QD=57.7988;RBI=0.0161557;REFB=-0.165129;REVB=0.0129332;RO=1;SAF=24;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192871;STB=0.510201;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000380711;OID=.;OPOS=150969567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:45:24:1:0:45:24:1:0 chr1 150969992 . T C 279.6 PASS AF=0.956522;AO=23;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.452;QD=48.626;RBI=0.0426863;REFB=-0.0123814;REVB=0.0343802;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.529385;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00118455;OID=.;OPOS=150969992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:23:22:0.956522:9:14:0:0:8:14:0:1 chr1 150970577 . G T 861.37 PASS AF=1;AO=52;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.876;QD=57.4249;RBI=0.153598;REFB=0;REVB=0.132022;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253916;OID=.;OPOS=150970577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:52:60:1:18:34:0:0:19:41:0:0 chr1 150975108 . T C 676.94 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00199444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6389;QD=61.5402;RBI=0.00438055;REFB=0;REVB=0.00390018;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561118;OID=.;OPOS=150975108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:30:13:0:0:31:13:0:0 chr1 150995236 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00326392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.886;QD=43.4862;RBI=0.0270975;REFB=0;REVB=0.0269002;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7606e-05;OID=.;OPOS=150995236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr1 151006537 . G A 57.33 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0250476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.98;QD=12.739;RBI=0.0258652;REFB=-0.0292204;REVB=-0.00645189;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245631;STB=0.514669;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0258975;OID=.;OPOS=151006537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:6:4:3:5:6:4 chr1 151006539 . C A 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00848616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9713;QD=49.5961;RBI=0.133528;REFB=0;REVB=0.133258;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00395078;OID=.;OPOS=151006539;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr1 151019180 . A G 728.35 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216207;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.1778;QD=57.1256;RBI=0.0280752;REFB=0;REVB=0.0179099;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561103;OID=.;OPOS=151019180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:18:33:0:0:18:33:0:0 chr1 151040435 . G A 1157.55 PASS AF=0.975;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00498579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.787;QD=57.8774;RBI=0.0379192;REFB=-0.202708;REVB=0.03759;RO=1;SAF=41;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114041;STB=0.511902;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00159386;OID=.;OPOS=151040435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:80:1:2:77:78:0.975:36:41:1:0:37:41:2:0 chr1 151070470 . C T 109.24 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00844903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.577;QD=8.56749;RBI=0.0154033;REFB=-0.000548648;REVB=-0.0128792;RO=37;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608618;STB=0.537259;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00187924;OID=.;OPOS=151070470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:9:5:15:22:9:5:15:22 chr1 151104950 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00289614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.592;QD=53.9093;RBI=0.090257;REFB=0;REVB=0.0902105;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337277;OID=.;OPOS=151104950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr1 151108132 . T TG 528.15 PASS AF=0.981132;AO=6;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.160446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.1313;QD=39.8602;RBI=0.172535;REFB=-0.00987829;REVB=-0.0634469;RO=48;SAF=4;SAR=2;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238341;STB=0.509087;STBP=0.499;TYPE=ins;VARB=-0.00446772;OID=.;OPOS=151108133;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.981132:6:54:52:53:1:25:27:0:1:7:48:4:2:22:26 chr1 151108137 . T G 745.81 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8433;QD=56.2877;RBI=0.0335633;REFB=0;REVB=0.0171774;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143781;OID=.;OPOS=151108137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:27:25:0:0:28:25:0:0 chr1 151149436 . C T 150.34 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0189248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9923;QD=12.2728;RBI=0.0189561;REFB=0.00391707;REVB=0.00108889;RO=32;SAF=12;SAR=5;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102053;STB=0.560366;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00687475;OID=.;OPOS=151149436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:5:12:20:12:5:12:20:12 chr1 151209063 . C T 342.87 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00187025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.563;QD=21.4295;RBI=0.0571022;REFB=-0.00895056;REVB=-0.0570716;RO=29;SAF=21;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408025;STB=0.522568;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0069659;OID=.;OPOS=151209063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:14:21:16:13:14:21:16:13 chr1 151239051 . T C 201.53 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0143745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.026;QD=13.8986;RBI=0.0182865;REFB=-0.0197037;REVB=0.0113036;RO=33;SAF=17;SAR=7;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270085;STB=0.647738;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0280241;OID=.;OPOS=151239051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:34:24:24:0.413793:7:17:15:18:7:17:16:18 chr1 151254041 . T C 225.23 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0188288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.138;QD=15.27;RBI=0.0211791;REFB=-0.00996438;REVB=0.00969705;RO=33;SAF=5;SAR=21;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318197;STB=0.682769;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0120488;OID=.;OPOS=151254041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:21:5:15:18:21:5:15:18 chr1 151288172 . G A 200.08 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=0.0200035;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.301;QD=15.1006;RBI=0.0300342;REFB=-0.0140988;REVB=0.0224035;RO=30;SAF=8;SAR=15;SRF=4;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260764;STB=0.645563;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0225478;OID=.;OPOS=151288172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:30:30:23:23:0.433962:15:8:4:26:15:8:4:26 chr1 151288391 . A G 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.932;QD=56.9365;RBI=0.0322255;REFB=0;REVB=0.0255777;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165038;OID=.;OPOS=151288391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:17:36:0:0:17:36:0:0 chr1 151314934 . CCT C 32.4 PASS AF=0.3;AO=5;DP=29;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.140147;FXX=0.0475964;HRUN=5;LEN=2;MLLD=27.088;QD=6.48029;RBI=0.159543;REFB=-0.118159;REVB=0.0762406;RO=22;SAF=1;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36794;STB=0.728298;STBP=0.259;TYPE=del;VARB=0.199515;OID=.;OPOS=151314935;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:5:29:6:20:14:1:5:6:8:32:22:1:4:11:11 chr1 151316161 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.25;QD=46.848;RBI=0.0494425;REFB=0;REVB=0.0445639;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185594;OID=.;OPOS=151316161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr1 151372138 . G A 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.00309626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.454;QD=18.9664;RBI=0.00999034;REFB=-0.00464813;REVB=0.00949842;RO=25;SAF=16;SAR=6;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396124;STB=0.522368;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00701275;OID=.;OPOS=151372138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:6:16:19:6:6:16:19:6 chr1 151376067 . A G 259.96 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0271062;FXX=0.0379699;HRUN=6;LEN=1;MLLD=87.4766;QD=13.6822;RBI=0.0277642;REFB=0.00377362;REVB=0.00600908;RO=42;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394404;STB=0.519422;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.0194113;OID=.;OPOS=151376067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:76:42:46:30:30:0.394737:16:14:18:24:16:14:20:26 chr1 151376075 . T C 246.04 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0368075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3809;QD=13.4813;RBI=0.0478375;REFB=-0.00498903;REVB=-0.0305554;RO=42;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127451;STB=0.571917;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00895878;OID=.;OPOS=151376075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:44:29:29:0.39726:13:16:18:24:13:16:19:25 chr1 151377407 . A C 491.04 PASS AF=0.395683;AO=55;DP=140;FAO=55;FDP=139;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.00345319;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.61;QD=14.1306;RBI=0.00546665;REFB=-0.0123052;REVB=0.00423789;RO=84;SAF=25;SAR=30;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741464;STB=0.54187;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0211161;OID=.;OPOS=151377407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:84:84:55:55:0.395683:30:25:44:40:30:25:44:40 chr1 151497202 . G A 232.56 PASS AF=0.325843;AO=29;DP=89;FAO=29;FDP=89;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0559274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.429;QD=10.4523;RBI=0.0559376;REFB=-0.0151479;REVB=-0.001069;RO=60;SAF=11;SAR=18;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844517;STB=0.549363;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0425857;OID=.;OPOS=151497202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:60:60:29:29:0.325843:18:11:27:33:18:11:27:33 chr1 151552160 . C T 112.22 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00610556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.889;QD=16.6252;RBI=0.0853636;REFB=-0.0240351;REVB=-0.085145;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967639;STB=0.555473;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0309072;OID=.;OPOS=151552160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:10:4:5:8:10:4 chr1 151601802 . G A 62.58 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00039636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.377;QD=4.55109;RBI=0.0332344;REFB=0.000216244;REVB=-0.0332321;RO=44;SAF=3;SAR=7;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251876;STB=0.660048;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00329714;OID=.;OPOS=151601802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:44:45:10:10:0.181818:7:3:22:22:7:3:22:23 chr1 151666826 . CTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTC 298.37 PASS AF=0.175439,0.649123,0.175439;AO=21,15,8;DP=61;FAO=10,37,10;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=3,17,3;FSAR=7,20,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102494,-0.208203,-0.0856118;FXX=0.065563;HRUN=11,11,11;LEN=2,1,1;MLLD=9.07292,5.99725,15.9702;QD=20.938;RBI=0.149773,0.323471,0.131163;REFB=0.0379301,0.0287832,0.0347828;REVB=-0.109211,-0.247558,-0.0993695;RO=5;SAF=11,5,2;SAR=10,10,6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0435648,-0.0332961,-0.121731;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0529674,-0.0859214,-0.0278449;OID=.,.,.;OPOS=151666827,151666827,151666837;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.175439,0.649123,0.175439:21,15,8:61:10,37,10:57:0:3,17,3:7,20,7:0:0:54:5:11,5,2:10,10,6:2:3 chr1 151670590 . CAG CA,C 458.03 PASS AF=0,0.479167;AO=10,41;DP=96;FAO=0,46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=0,24;FSAR=0,22;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.106943,-0.0129468;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,2;MLLD=8.36307,238.12;QD=19.0846;RBI=0.174498,0.0237315;REFB=-0.107334,-0.0254391;REVB=0.137887,0.0198888;RO=39;SAF=5,23;SAR=5,18;SRF=11;SRR=28;SSEN=0.672727,0;SSEP=0.648649,0;SSSB=0.274039,0.241895;STB=0.5,0.604273;STBP=1,0.056;TYPE=del,del;VARB=0.0202287,0.0175395;OID=.,.;OPOS=151670592,151670591;OREF=G,AG;OALT=-,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.479167:10,41:96:0,46:96:50:0,24:0,22:16:34:99:39:5,23:5,18:11:28 chr1 151675414 . A G 592.53 PASS AF=0.911111;AO=41;DP=45;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0195758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1257;QD=52.6696;RBI=0.0209038;REFB=-0.0384662;REVB=-0.00733178;RO=4;SAF=30;SAR=11;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968401;STB=0.551879;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0256649;OID=.;OPOS=151675414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:45:45:4:4:41:41:0.911111:11:30:1:3:11:30:1:3 chr1 151686983 . T A 1111.26 PASS AF=0.975;AO=69;DP=75;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0457275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2125;QD=55.5631;RBI=0.0464362;REFB=-0.101066;REVB=-0.00808219;RO=3;SAF=33;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410516;STB=0.512192;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0157238;OID=.;OPOS=151686983;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:80:3:2:69:78:0.975:36:33:3:0:38:40:2:0 chr1 151735545 . A G 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0108252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.032;QD=17.5685;RBI=0.0398164;REFB=0.00271041;REVB=-0.0383166;RO=31;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027027;STB=0.515141;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.0032177;OID=.;OPOS=151735545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:16:13:13:18:16:13:13:18 chr1 151740666 . T C 1444.05 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0648906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6493;QD=60.8021;RBI=0.0650467;REFB=-0.085478;REVB=-0.00450422;RO=1;SAF=48;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977519;STB=0.50034;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0135582;OID=.;OPOS=151740666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:1:2:93:93:0.978947:45:48:1:0:45:48:1:1 chr1 151746235 . C T 630.24 PASS AF=0.553571;AO=62;DP=112;FAO=62;FDP=112;FR=.;FRO=50;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00605621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7142;QD=22.5086;RBI=0.0219695;REFB=0.00333778;REVB=0.0211183;RO=50;SAF=43;SAR=19;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187755;STB=0.603145;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00336607;OID=.;OPOS=151746235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:50:50:62:62:0.553571:19:43:24:26:19:43:24:26 chr1 151773851 . T A 95.74 PASS AF=0.3;AO=11;DP=42;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=-0.0356722;FXX=0.0697512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9426;QD=9.57375;RBI=0.0608971;REFB=-0.00331322;REVB=-0.0493554;RO=26;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522373;STB=0.823129;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00432785;OID=.;OPOS=151773851;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:42:40:26:28:11:12:0.3:4:7:4:22:4:8:4:24 chr1 151786075 . G A 283.14 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.044102;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9156;QD=12.7254;RBI=0.0441143;REFB=-0.0189192;REVB=-0.00104252;RO=55;SAF=13;SAR=20;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260374;STB=0.642916;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0236037;OID=.;OPOS=151786075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:55:56:33:33:0.370787:20:13:35:20:20:13:35:21 chr1 151787735 . G A 194.68 PASS AF=0.257426;AO=22;DP=102;FAO=26;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.00387881;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.352;QD=7.71003;RBI=0.0111277;REFB=-0.020171;REVB=-0.0104298;RO=41;SAF=10;SAR=12;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359997;STB=0.551242;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0614631;OID=.;OPOS=151787735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:41:73:22:26:0.257426:12:10:32:9:16:10:33:40 chr1 151814234 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.476;QD=57.1768;RBI=0.045314;REFB=0;REVB=0.0247102;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.42995e-05;OID=.;OPOS=151814234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr1 151820298 . G C,T 805.44 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=55,2;DP=57;FAO=55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36,2;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00432094,-0.00233133;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.2447,23.6217;QD=56.5222;RBI=0.0121605,0.0116521;REFB=0,0;REVB=0.0113669,0.0114164;RO=0;SAF=36,2;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.75811e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00621239,-0.0134421;OID=.,.;OPOS=151820298,151820298;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:57:0:0:55,2:55,2:0.964912,0.0350877:19,0:36,2:0:0:19,0:36,2:0:0 chr1 151820324 . T C 802.26 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.3;QD=56.299;RBI=0.0477863;REFB=0;REVB=0.0413608;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220438;OID=.;OPOS=151820324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:57:0:0:54:57:1:18:36:0:0:20:37:0:0 chr1 151825991 . G T 766.0 PASS AF=0.965517;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00272496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.738;QD=52.8275;RBI=0.0427743;REFB=-0.0761331;REVB=0.0426874;RO=2;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285525;STB=0.514701;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000388889;OID=.;OPOS=151825991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:55:56:0.965517:32:23:0:2:33:23:0:2 chr1 151845569 . A G 1396.44 PASS AF=1;AO=64;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00769615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.756;QD=62.7612;RBI=0.0350748;REFB=0;REVB=0.0342201;RO=0;SAF=64;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65122e-05;OID=.;OPOS=151845569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:64:89:1:0:64:0:0:24:65:0:0 chr1 151845650 . G C 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.459;QD=57.677;RBI=0.0445147;REFB=0;REVB=0.0396273;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000816572;OID=.;OPOS=151845650;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr1 151862661 . G A 289.05 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8451;QD=52.5541;RBI=0.0585092;REFB=0;REVB=-0.0155423;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122587;OID=.;OPOS=151862661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr1 151867560 . G A 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.897;QD=60.7156;RBI=0.0185656;REFB=0;REVB=0.00378332;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.69663e-05;OID=.;OPOS=151867560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr1 152079989 . T G 334.28 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.00210178;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.574;QD=16.7138;RBI=0.00881915;REFB=-0.0112414;REVB=-0.00856504;RO=44;SAF=23;SAR=13;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308481;STB=0.672696;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0128346;OID=.;OPOS=152079989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:13:23:14:30:13:23:14:30 chr1 152080007 . G A 121.78 PASS AF=0.22093;AO=19;DP=85;FAO=19;FDP=86;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0154678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.52;QD=5.66439;RBI=0.0154734;REFB=-0.00954954;REVB=-0.000414604;RO=66;SAF=12;SAR=7;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255426;STB=0.663293;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0378844;OID=.;OPOS=152080007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:66:67:19:19:0.22093:7:12:28:38:7:12:28:39 chr1 152080754 . C G 89.5 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00794546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1757;QD=15.5653;RBI=0.00794695;REFB=-0.00131759;REVB=-0.000154214;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343697;STB=0.519964;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00214891;OID=.;OPOS=152080754;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:7:5:5:6:7:5 chr1 152081921 . G C 376.73 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00835844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.781;QD=18.6041;RBI=0.0165316;REFB=-0.00804279;REVB=-0.0142629;RO=41;SAF=26;SAR=13;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104853;STB=0.553543;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0201791;OID=.;OPOS=152081921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:41:42:39:39:0.481481:13:26:23:18:13:26:24:18 chr1 152085505 . A C 1231.02 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0271505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.795;QD=60.0496;RBI=0.0805339;REFB=-0.117964;REVB=0.0758192;RO=1;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111412;STB=0.505881;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00361508;OID=.;OPOS=152085505;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:42:39:0:1:42:39:0:1 chr1 152129087 . T C 304.05 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00943474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.659;QD=14.8318;RBI=0.0116888;REFB=-0.0453441;REVB=0.00690034;RO=48;SAF=11;SAR=23;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272577;STB=0.654652;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0604221;OID=.;OPOS=152129087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:23:11:28:20:23:11:28:20 chr1 152129094 . A G 248.57 PASS AF=0.42029;AO=22;DP=62;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0397921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.138;QD=14.4096;RBI=0.0582502;REFB=-0.0391148;REVB=0.0425403;RO=40;SAF=7;SAR=15;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262283;STB=0.694846;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0518673;OID=.;OPOS=152129094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:69:40:40:22:29:0.42029:15:7:22:18:22:7:22:18 chr1 152129098 . ACCA ACTG 104.95 PASS AF=0.266667;AO=13;DP=60;FAO=16;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0634065;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=165.068;QD=6.99693;RBI=0.0685147;REFB=-0.0453633;REVB=-0.0259591;RO=33;SAF=1;SAR=12;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.646042;STB=0.896139;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=0.116025;OID=.;OPOS=152129100;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=ACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667:13:60:16:60:44:1:15:21:23:99:33:1:12:19:14 chr1 152185750 . G A 1572.92 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0968071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7836;QD=59.9208;RBI=0.0968942;REFB=0;REVB=0.00410694;RO=0;SAF=74;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56671e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414325;OID=.;OPOS=152185750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:31:74:0:0:31:74:0:0 chr1 152188413 . C T 589.76 PASS AF=0.55102;AO=53;DP=97;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0151972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.413;QD=24.0719;RBI=0.0187297;REFB=-0.0171874;REVB=0.0109475;RO=44;SAF=34;SAR=19;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159244;STB=0.580715;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0106907;OID=.;OPOS=152188413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:44:44:53:54:0.55102:19:34:20:24:20:34:20:24 chr1 152190835 . G A 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00633607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.636;QD=58.1387;RBI=0.0191099;REFB=0;REVB=-0.0180289;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111238;OID=.;OPOS=152190835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr1 152190945 . C T 2189.6 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.019;QD=63.0101;RBI=0.0329643;REFB=0;REVB=0.0234622;RO=0;SAF=68;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140912;OID=.;OPOS=152190945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:139:0:0:136:139:1:68:68:0:0:68:71:0:0 chr1 152190948 . G A 330.83 PASS AF=0.300699;AO=43;DP=143;FAO=43;FDP=143;FR=.;FRO=100;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=0.00444141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.036;QD=9.25403;RBI=0.019594;REFB=-0.00155972;REVB=-0.019084;RO=100;SAF=18;SAR=25;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133275;STB=0.577951;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00315697;OID=.;OPOS=152190948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:100:100:43:43:0.300699:25:18:53:47:25:18:53:47 chr1 152192555 . T C 892.01 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.624;QD=57.5493;RBI=0.0507892;REFB=0;REVB=0.0483031;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700116;OID=.;OPOS=152192555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:35:26:0:0:36:26:0:0 chr1 152192687 . T C 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.573;QD=61.2132;RBI=0.0402439;REFB=0;REVB=0.0398419;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32474e-05;OID=.;OPOS=152192687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:43:36:0:0:43:36:0:0 chr1 152192978 . T C 1820.92 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.391;QD=61.2074;RBI=0.044559;REFB=0;REVB=-0.0378019;RO=0;SAF=62;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21947e-05;OID=.;OPOS=152192978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:57:62:0:0:57:62:0:0 chr1 152193052 . A G 1494.96 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015065;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1433;QD=63.6155;RBI=0.0245849;REFB=0;REVB=-0.0194284;RO=0;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.0419e-05;OID=.;OPOS=152193052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:46:48:0:0:46:48:0:0 chr1 152193547 . G A 1607.37 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00509524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.899;QD=64.2947;RBI=0.0263279;REFB=0;REVB=0.0258302;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68093e-05;OID=.;OPOS=152193547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:50:49:0:0:51:49:0:0 chr1 152276055 . T C 98.42 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0358394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.661;QD=7.7192;RBI=0.0361511;REFB=-0.00828116;REVB=-0.00473692;RO=37;SAF=3;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330832;STB=0.716259;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0202838;OID=.;OPOS=152276055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:37:38:13:13:0.254902:10:3:18:19:10:3:19:19 chr1 152276067 . C G 77.11 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0102902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.159;QD=4.67359;RBI=0.0342064;REFB=-0.00375627;REVB=-0.032622;RO=53;SAF=3;SAR=10;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41656;STB=0.768817;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0584083;OID=.;OPOS=152276067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:66:66:53:53:13:13:0.19697:10:3:30:23:10:3:30:23 chr1 152276149 . C T 2126.75 PASS AF=0.992754;AO=135;DP=141;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00988553;FXX=0.0612203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.028;QD=61.6448;RBI=0.0291093;REFB=-0.0304664;REVB=0.0273793;RO=2;SAF=70;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133866;STB=0.503496;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00100765;OID=.;OPOS=152276149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:141:138:2:1:135:137:0.992754:65:70:2:0:66:71:1:0 chr1 152276659 . TG CC 339.92 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.01104;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=239.628;QD=31.6206;RBI=0.0197925;REFB=-0.0305173;REVB=0.0164275;RO=14;SAF=16;SAR=13;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157255;STB=0.585929;STBP=0.115;TYPE=mnp;VARB=0.0157718;OID=.;OPOS=152276659;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:13:16:4:10:13:16:4:10 chr1 152276671 . C T 481.95 PASS AF=0.75;AO=42;DP=56;FAO=42;FDP=56;FR=.;FRO=14;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00720463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.087;QD=34.425;RBI=0.0101125;REFB=-0.0132598;REVB=-0.00709614;RO=14;SAF=23;SAR=19;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12092;STB=0.565223;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00577938;OID=.;OPOS=152276671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:56:56:14:14:42:42:0.75:19:23:4:10:19:23:4:10 chr1 152276699 . A G 47.5 PASS AF=0.11;AO=11;DP=100;FAO=11;FDP=100;FR=.;FRO=89;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.036054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9359;QD=1.90013;RBI=0.0621365;REFB=-0.00578768;REVB=-0.0506069;RO=88;SAF=3;SAR=8;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216001;STB=0.65852;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0552663;OID=.;OPOS=152276699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:100:100:88:89:11:11:0.11:8:3:39:49:8:3:39:50 chr1 152276772 . C A 2173.81 PASS AF=0.980132;AO=147;DP=152;FAO=148;FDP=151;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0172261;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.883;QD=57.5844;RBI=0.0839688;REFB=-0.123412;REVB=0.0821828;RO=3;SAF=73;SAR=74;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646685;STB=0.503445;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00136052;OID=.;OPOS=152276772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:152:151:3:3:147:148:0.980132:74:73:2:1:75:73:2:1 chr1 152276871 . A G 1994.9 PASS AF=1;AO=125;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0535951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.476;QD=61.8575;RBI=0.0541902;REFB=0;REVB=-0.00800885;RO=0;SAF=63;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.18252e-05;OID=.;OPOS=152276871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:125:129:1:62:63:0:0:63:66:0:0 chr1 152276889 . A G 1876.86 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.596;QD=61.5363;RBI=0.0148088;REFB=0;REVB=0.00200117;RO=0;SAF=68;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.82975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.84262e-05;OID=.;OPOS=152276889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:53:68:0:0:53:69:0:0 chr1 152277055 . C G 1152.61 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0361066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.552;QD=56.9192;RBI=0.0402116;REFB=0.0184271;REVB=0.0177001;RO=3;SAF=33;SAR=45;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00644535;STB=0.503407;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.000529358;OID=.;OPOS=152277055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:81:3:3:78:78:0.962963:45:33:1:2:45:33:1:2 chr1 152277168 . A G 2023.52 PASS AF=1;AO=125;DP=127;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.218;QD=62.2622;RBI=0.0557219;REFB=0;REVB=0.0522121;RO=0;SAF=57;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28145e-05;OID=.;OPOS=152277168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:130:0:0:125:130:1:68:57:0:0:69:61:0:0 chr1 152277345 . C T 1378.92 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0633715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2836;QD=59.3084;RBI=0.079755;REFB=-0.118581;REVB=0.0484243;RO=2;SAF=45;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205972;STB=0.516125;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0148843;OID=.;OPOS=152277345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:2:3:90:90:0.967742:45:45:2:0:45:45:3:0 chr1 152277396 . T C 1031.82 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6333;QD=58.1308;RBI=0.0209179;REFB=-0.133006;REVB=0.0154517;RO=1;SAF=36;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129528;STB=0.506847;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00355331;OID=.;OPOS=152277396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:34:36:1:0:34:36:1:0 chr1 152277717 . C A 1250.31 PASS AF=1;AO=64;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.382;QD=61.7437;RBI=0.0835392;REFB=0;REVB=0.0597119;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307976;OID=.;OPOS=152277717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:64:81:1:23:41:0:0:24:57:0:0 chr1 152278555 . T C 104.01 PASS AF=0.209877;AO=17;DP=81;FAO=17;FDP=81;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0574814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3238;QD=5.13625;RBI=0.0585162;REFB=-0.0212557;REVB=-0.0109561;RO=64;SAF=12;SAR=5;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229331;STB=0.645975;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0791614;OID=.;OPOS=152278555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:64:64:17:17:0.209877:5:12:34:30:5:12:34:30 chr1 152278560 . T G 270.11 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.0075937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.625;QD=12.0048;RBI=0.0233132;REFB=-0.0116842;REVB=-0.0220418;RO=58;SAF=18;SAR=14;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668432;STB=0.538438;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0218841;OID=.;OPOS=152278560;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:58:32:32:0.355556:14:18:36:22:14:18:36:22 chr1 152278689 . C A 5269.9 PASS AF=1;AO=306;DP=307;FAO=332;FDP=332;FR=.;FRO=0;FSAF=185;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494799;FXX=0.00300291;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.907;QD=63.4928;RBI=0.0620137;REFB=0;REVB=0.0373823;RO=0;SAF=163;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95636e-05;OID=.;OPOS=152278689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:307:332:0:0:306:332:1:143:163:0:0:147:185:0:0 chr1 152278814 . C T 89.75 PASS AF=0.0920635;AO=29;DP=316;FAO=29;FDP=315;FR=.;FRO=286;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=175;FSRR=111;FWDB=-0.063573;FXX=0.00316446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.29;QD=1.13962;RBI=0.0635767;REFB=-0.0035812;REVB=0.000680468;RO=282;SAF=15;SAR=14;SRF=171;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108555;STB=0.586491;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0342015;OID=.;OPOS=152278814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:316:315:282:286:29:29:0.0920635:14:15:171:111:14:15:175:111 chr1 152278856 . T G 641.37 PASS AF=0.386243;AO=72;DP=187;FAO=73;FDP=189;FR=.;FRO=116;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=75;FSRR=41;FWDB=-0.000634976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.626;QD=13.574;RBI=0.0129541;REFB=-0.0208415;REVB=0.0129385;RO=112;SAF=47;SAR=25;SRF=71;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222571;STB=0.507446;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0319672;OID=.;OPOS=152278856;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:189:112:116:72:73:0.386243:25:47:71:41:25:48:75:41 chr1 152278966 . C A 87.73 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00737786;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.459;QD=6.88081;RBI=0.011749;REFB=0.00590811;REVB=-0.00914359;RO=39;SAF=9;SAR=3;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278099;STB=0.677105;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.0146821;OID=.;OPOS=152278966;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:3:9:21:18:3:9:21:18 chr1 152279019 . G A 202.06 PASS AF=0.293478;AO=25;DP=91;FAO=27;FDP=92;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00891448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.413;QD=8.78505;RBI=0.00997678;REFB=-0.00548697;REVB=0.00447976;RO=65;SAF=15;SAR=10;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167218;STB=0.619344;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0144986;OID=.;OPOS=152279019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:65:65:25:27:0.293478:10:15:30:35:10:17:30:35 chr1 152279729 . C T 2495.82 PASS AF=0.97076;AO=166;DP=171;FAO=166;FDP=171;FR=.;FRO=5;FSAF=91;FSAR=75;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0560443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.879;QD=58.3819;RBI=0.0562259;REFB=-0.13382;REVB=-0.00451446;RO=1;SAF=91;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520119;STB=0.513367;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00178178;OID=.;OPOS=152279729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:171:171:1:5:166:166:0.97076:75:91:1:0:75:91:5:0 chr1 152279841 . G C 1322.59 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00466218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.368;QD=60.8086;RBI=0.0929043;REFB=-0.00955652;REVB=0.0927873;RO=1;SAF=61;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.007704;STB=0.504064;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000180735;OID=.;OPOS=152279841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:1:1:85:86:0.988506:24:61:1:0:25:61:1:0 chr1 152279920 . A G 1425.45 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0386503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.166;QD=60.6576;RBI=0.0448178;REFB=-0.0596517;REVB=-0.022689;RO=2;SAF=41;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225604;STB=0.511902;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000398722;OID=.;OPOS=152279920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:94:2:2:92:92:0.978723:51:41:2:0:51:41:2:0 chr1 152280032 . T C 2940.03 PASS AF=0.984293;AO=187;DP=192;FAO=188;FDP=191;FR=.;FRO=3;FSAF=102;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0194332;FXX=0.00520806;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8616;QD=61.5712;RBI=0.0572212;REFB=0.00774967;REVB=0.0538203;RO=3;SAF=101;SAR=86;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00625224;STB=0.503308;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000419265;OID=.;OPOS=152280032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:192:191:3:3:187:188:0.984293:86:101:1:2:86:102:1:2 chr1 152280170 . C G 1729.63 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0579129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3616;QD=59.6423;RBI=0.0592807;REFB=0.024622;REVB=-0.0126608;RO=1;SAF=46;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693243;STB=0.503649;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00064616;OID=.;OPOS=152280170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:116:1:1:114:115:0.991379:68:46:0:1:68:47:0:1 chr1 152280471 . C G 48.58 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0350593;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3952;QD=3.13433;RBI=0.063884;REFB=-0.00200647;REVB=-0.0534042;RO=53;SAF=5;SAR=4;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012974;STB=0.509071;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00636851;OID=.;OPOS=152280471;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:53:53:9:9:0.145161:4:5:30:23:4:5:30:23 chr1 152280736 . T C 156.41 PASS AF=0.150685;AO=33;DP=219;FAO=33;FDP=219;FR=.;FRO=186;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=91;FSRR=95;FWDB=-0.0101872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.004;QD=2.85677;RBI=0.0297944;REFB=-0.0059868;REVB=-0.0279987;RO=184;SAF=17;SAR=16;SRF=89;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402825;STB=0.521978;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0266291;OID=.;OPOS=152280736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:184:186:33:33:0.150685:16:17:89:95:16:17:91:95 chr1 152280759 . A G 268.02 PASS AF=0.229508;AO=42;DP=183;FAO=42;FDP=183;FR=.;FRO=141;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=71;FSRR=70;FWDB=-0.00281763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.08;QD=5.85838;RBI=0.00907853;REFB=-0.00364791;REVB=-0.00863022;RO=139;SAF=26;SAR=16;SRF=70;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147755;STB=0.590242;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0126117;OID=.;OPOS=152280759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:139:141:42:42:0.229508:16:26:70:69:16:26:71:70 chr1 152280782 . A G 2293.94 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237919;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2731;QD=63.7206;RBI=0.0319973;REFB=0;REVB=-0.0213957;RO=0;SAF=79;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.29576e-05;OID=.;OPOS=152280782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:0:0:143:144:1:64:79:0:0:64:80:0:0 chr1 152280788 . T G 317.79 PASS AF=0.322835;AO=41;DP=127;FAO=41;FDP=127;FR=.;FRO=86;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=-0.0227888;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.275;QD=10.0092;RBI=0.0248529;REFB=-0.00670571;REVB=-0.00991642;RO=86;SAF=27;SAR=14;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15092;STB=0.587859;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0203534;OID=.;OPOS=152280788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:86:86:41:41:0.322835:14:27:46:40:14:27:46:40 chr1 152280864 . A G 1325.8 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.021;QD=61.665;RBI=0.0175222;REFB=0;REVB=0.0149988;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635535;OID=.;OPOS=152280864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:83:86:1:45:38:0:0:47:39:0:0 chr1 152280900 . T G 766.8 PASS AF=0.606838;AO=71;DP=117;FAO=71;FDP=117;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00129601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3381;QD=26.2154;RBI=0.00596829;REFB=-0.0244347;REVB=-0.00582587;RO=46;SAF=35;SAR=36;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208302;STB=0.511311;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00911461;OID=.;OPOS=152280900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:46:46:71:71:0.606838:36:35:24:22:36:35:24:22 chr1 152281007 . AA GG 1550.44 PASS AF=0.517007;AO=148;DP=290;FAO=152;FDP=294;FR=.;FRO=142;FSAF=73;FSAR=79;FSRF=77;FSRR=65;FWDB=-0.0033835;FXX=0.00338972;HRUN=2;LEN=2;MLLD=100.254;QD=21.0945;RBI=0.019796;REFB=-0.0153683;REVB=-0.0195048;RO=138;SAF=73;SAR=75;SRF=76;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050715;STB=0.529913;STBP=0.261;TYPE=mnp;VARB=0.0157953;OID=.;OPOS=152281007;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:294:138:142:148:152:0.517007:75:73:76:62:79:73:77:65 chr1 152281039 . G A 1613.04 PASS AF=0.512821;AO=159;DP=312;FAO=160;FDP=312;FR=.;FRO=152;FSAF=77;FSAR=83;FSRF=81;FSRR=71;FWDB=0.00120499;FXX=0.00319479;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.948;QD=20.68;RBI=0.0615019;REFB=-0.0177879;REVB=0.0614901;RO=151;SAF=76;SAR=83;SRF=81;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520207;STB=0.525145;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0193867;OID=.;OPOS=152281039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:312:151:152:159:160:0.512821:83:76:81:70:83:77:81:71 chr1 152281228 . C G 684.98 PASS AF=0.402116;AO=76;DP=190;FAO=76;FDP=189;FR=.;FRO=113;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=64;FSRR=49;FWDB=0.0649119;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7373;QD=14.4969;RBI=0.0649378;REFB=-0.0251766;REVB=0.0018363;RO=109;SAF=33;SAR=43;SRF=60;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122076;STB=0.578722;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0368013;OID=.;OPOS=152281228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:109:113:76:76:0.402116:43:33:60:49:43:33:64:49 chr1 152281290 . A G 259.62 PASS AF=0.32381;AO=34;DP=105;FAO=34;FDP=105;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.00202556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.296;QD=9.8903;RBI=0.0179825;REFB=-0.0129178;REVB=-0.0178681;RO=70;SAF=17;SAR=17;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827898;STB=0.542832;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0293508;OID=.;OPOS=152281290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:70:71:34:34:0.32381:17:17:40:30:17:17:40:31 chr1 152281304 . A C 288.55 PASS AF=0.34;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0436004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.697;QD=11.542;RBI=0.0439494;REFB=-0.0262858;REVB=0.00552786;RO=64;SAF=20;SAR=14;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248208;STB=0.512188;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0422787;OID=.;OPOS=152281304;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:64:66:34:34:0.34:14:20:39:25:14:20:40:26 chr1 152281479 . G T 3913.73 PASS AF=1;AO=245;DP=246;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696334;FXX=0.00806419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6078;QD=63.6378;RBI=0.0370974;REFB=-0.0806461;REVB=0.036438;RO=0;SAF=133;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214087;OID=.;OPOS=152281479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:246:246:0:0:245:246:1:112:133:0:0:112:134:0:0 chr1 152281523 . A C 720.41 PASS AF=0.318493;AO=87;DP=281;FAO=93;FDP=292;FR=.;FRO=199;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=106;FSRR=93;FWDB=-0.0235303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7698;QD=9.86862;RBI=0.0290846;REFB=-0.0040625;REVB=-0.0170951;RO=194;SAF=50;SAR=37;SRF=104;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467709;STB=0.540785;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00895205;OID=.;OPOS=152281523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:292:194:199:87:93:0.318493:37:50:104:90:38:55:106:93 chr1 152281534 . A T 692.35 PASS AF=0.305085;AO=90;DP=296;FAO=90;FDP=295;FR=.;FRO=205;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=112;FSRR=93;FWDB=-0.00115632;FXX=0.00337826;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.498;QD=9.38782;RBI=0.00896686;REFB=0.000900316;REVB=-0.00889199;RO=203;SAF=54;SAR=36;SRF=111;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652769;STB=0.538239;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.00289635;OID=.;OPOS=152281534;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:295:203:205:90:90:0.305085:36:54:111:92:36:54:112:93 chr1 152281644 . TGA CTC 688.12 PASS AF=0.350211;AO=80;DP=247;FAO=83;FDP=237;FR=.;FRO=154;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=75;FSRR=79;FWDB=0.0183577;FXX=0.0404842;HRUN=1;LEN=3;MLLD=166.842;QD=11.6138;RBI=0.0277986;REFB=-0.00772243;REVB=-0.0208748;RO=153;SAF=40;SAR=40;SRF=74;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187815;STB=0.520174;STBP=0.66;TYPE=mnp;VARB=0.0172803;OID=.;OPOS=152281644;OREF=TGA;OALT=CTC;OMAPALT=CTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:237:153:154:80:83:0.350211:40:40:74:79:40:43:75:79 chr1 152281690 . C T 3274.06 PASS AF=0.964602;AO=216;DP=225;FAO=218;FDP=226;FR=.;FRO=8;FSAF=118;FSAR=100;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0239749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.931;QD=57.948;RBI=0.0246473;REFB=0.00442088;REVB=-0.00571812;RO=8;SAF=116;SAR=100;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195856;STB=0.510363;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-8.29761e-05;OID=.;OPOS=152281690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:225:226:8:8:216:218:0.964602:100:116:2:6:100:118:2:6 chr1 152281948 . G A 2264.75 PASS AF=0.9625;AO=153;DP=160;FAO=154;FDP=160;FR=.;FRO=6;FSAF=91;FSAR=63;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0234657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.067;QD=56.6188;RBI=0.0459602;REFB=-0.000783629;REVB=0.0395183;RO=6;SAF=91;SAR=62;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178092;STB=0.509433;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=5.43786e-05;OID=.;OPOS=152281948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:160:160:6:6:153:154:0.9625:62:91:5:1:63:91:5:1 chr1 152282267 . G A 1208.43 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320375;FXX=0.0588166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.79;QD=60.4214;RBI=0.044289;REFB=-0.0955525;REVB=0.0305796;RO=1;SAF=28;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166031;STB=0.508472;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00132357;OID=.;OPOS=152282267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:1:1:78:79:0.9875:50:28:1:0:50:29:1:0 chr1 152282311 . C T 828.76 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220181;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.214;QD=58.1582;RBI=0.0392387;REFB=0;REVB=-0.0324789;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00355811;OID=.;OPOS=152282311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr1 152282523 . C T 122.7 PASS AF=0.22619;AO=19;DP=84;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0282307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.779;QD=5.8427;RBI=0.0495356;REFB=-0.0197146;REVB=-0.0407038;RO=64;SAF=11;SAR=8;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405028;STB=0.519775;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0449442;OID=.;OPOS=152282523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:64:65:19:19:0.22619:8:11:35:29:8:11:36:29 chr1 152282917 . G T 2284.3 PASS AF=0.987013;AO=151;DP=153;FAO=152;FDP=154;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0203469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.239;QD=59.3324;RBI=0.0219864;REFB=-0.156286;REVB=0.00833099;RO=0;SAF=89;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505494;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000439168;OID=.;OPOS=152282917;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:153:154:0:2:151:152:0.987013:62:89:0:0:62:90:2:0 chr1 152283236 . T C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.76;QD=58.4191;RBI=0.0869158;REFB=0;REVB=0.0746634;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366861;OID=.;OPOS=152283236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr1 152283283 . C T 1008.15 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.497;QD=59.3029;RBI=0.0183586;REFB=0;REVB=0.0074602;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14226e-05;OID=.;OPOS=152283283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr1 152283662 . C A 330.3 PASS AF=0.289308;AO=46;DP=159;FAO=46;FDP=159;FR=.;FRO=113;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=77;FSRR=36;FWDB=-0.0476322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.95;QD=8.30937;RBI=0.0493006;REFB=-0.00790896;REVB=-0.012717;RO=113;SAF=15;SAR=31;SRF=77;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412211;STB=0.739339;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0273536;OID=.;OPOS=152283662;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:113:113:46:46:0.289308:31:15:77:36:31:15:77:36 chr1 152283862 . G C 1463.7 PASS AF=0.979167;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0129517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.313;QD=60.9875;RBI=0.0395739;REFB=0.0530995;REVB=0.0373945;RO=2;SAF=44;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210599;STB=0.511109;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.000713734;OID=.;OPOS=152283862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:96:2:2:93:94:0.979167:49:44:2:0:50:44:2:0 chr1 152283975 . A G 2008.15 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.23;QD=62.2683;RBI=0.0763254;REFB=0;REVB=0.0577485;RO=0;SAF=63;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67969e-05;OID=.;OPOS=152283975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:66:63:0:0:66:63:0:0 chr1 152284854 . A G 3193.4 PASS AF=1;AO=202;DP=204;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00709918;FXX=0.0143534;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.761;QD=62.0077;RBI=0.0198551;REFB=0;REVB=0.0185425;RO=0;SAF=104;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15355e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99789e-05;OID=.;OPOS=152284854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:204:206:0:0:202:206:1:98:104:0:0:99:107:0:0 chr1 152285099 . C T 1194.71 PASS AF=0.9875;AO=72;DP=73;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.741;QD=59.7355;RBI=0.0260731;REFB=-0.0270538;REVB=0.0195042;RO=1;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116777;STB=0.505881;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=5.39439e-05;OID=.;OPOS=152285099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:80:1:1:72:79:0.9875:40:32:0:1:42:37:0:1 chr1 152285930 . G A 2976.98 PASS AF=0.979487;AO=189;DP=194;FAO=191;FDP=195;FR=.;FRO=4;FSAF=114;FSAR=77;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00241058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.494;QD=61.0663;RBI=0.0126321;REFB=0.00761457;REVB=-0.0124;RO=4;SAF=113;SAR=76;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165544;STB=0.50862;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-2.07576e-05;OID=.;OPOS=152285930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:194:195:4:4:189:191:0.979487:76:113:4:0:77:114:4:0 chr1 152286002 . T C 2275.04 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030393;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9095;QD=63.6374;RBI=0.0430628;REFB=0;REVB=0.0305068;RO=0;SAF=95;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022904;OID=.;OPOS=152286002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:48:95:0:0:48:95:0:0 chr1 152286032 . C T 2549.47 PASS AF=0.994012;AO=166;DP=167;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0271982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.683;QD=61.0653;RBI=0.0292915;REFB=-0.00212524;REVB=-0.0108743;RO=0;SAF=76;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08707e-08;STB=0.502762;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=9.95178e-06;OID=.;OPOS=152286032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:167:0:1:166:166:0.994012:90:76:0:0:90:76:0:1 chr1 152286367 . C A 1228.01 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.757;QD=61.4005;RBI=0.0207991;REFB=0;REVB=0.0147406;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96596e-05;OID=.;OPOS=152286367;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:38:41:0:0:39:41:0:0 chr1 152287084 . T A 372.55 PASS AF=0.493671;AO=36;DP=77;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0588897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8969;QD=18.8635;RBI=0.0740676;REFB=-0.0230089;REVB=0.0449223;RO=41;SAF=17;SAR=19;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149992;STB=0.570262;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0398448;OID=.;OPOS=152287084;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:41:40:36:39:0.493671:19:17:13:28:21:18:13:27 chr1 152287809 . G A 351.91 PASS AF=0.367521;AO=44;DP=117;FAO=43;FDP=117;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.003549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7366;QD=12.031;RBI=0.00550117;REFB=0.00600223;REVB=-0.00420327;RO=73;SAF=26;SAR=18;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166854;STB=0.60868;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00873096;OID=.;OPOS=152287809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:73:74:44:43:0.367521:18:26:32:41:17:26:32:42 chr1 152323132 . G T 551.08 PASS AF=0.464567;AO=58;DP=126;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.00753047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.581;QD=17.3569;RBI=0.00758428;REFB=-0.0124793;REVB=-0.000901823;RO=67;SAF=29;SAR=29;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791979;STB=0.54384;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0130004;OID=.;OPOS=152323132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:67:68:58:59:0.464567:29:29:39:28:30:29:39:29 chr1 152324897 . T C 165.77 PASS AF=0.194444;AO=28;DP=145;FAO=28;FDP=144;FR=.;FRO=116;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=54;FSRR=62;FWDB=-0.00454775;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7823;QD=4.60466;RBI=0.00617888;REFB=-0.00906719;REVB=-0.00418289;RO=112;SAF=13;SAR=15;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011415;STB=0.500996;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0397785;OID=.;OPOS=152324897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:112:116:28:28:0.194444:15:13:53:59:15:13:54:62 chr1 152325732 . G A 605.01 PASS AF=0.5;AO=61;DP=124;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.000769671;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.094;QD=19.5165;RBI=0.00503436;REFB=-0.00188857;REVB=0.00497518;RO=62;SAF=39;SAR=22;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101653;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207766;OID=.;OPOS=152325732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:62:62:61:62:0.5:22:39:39:23:23:39:39:23 chr1 152326843 . C T 381.91 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0186939;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.667;QD=16.7873;RBI=0.0230434;REFB=-0.00292013;REVB=-0.0134736;RO=50;SAF=14;SAR=26;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24895;STB=0.634782;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00500632;OID=.;OPOS=152326843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:50:51:40:40:0.43956:26:14:30:20:26:14:30:21 chr1 152327469 . C T 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00118979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.81;QD=14.4197;RBI=0.0225421;REFB=-0.0190317;REVB=-0.0225107;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224411;STB=0.512752;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0256297;OID=.;OPOS=152327469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:14:13:17:20:14:13:17:20 chr1 152327502 . A G 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0122404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.38;QD=9.85695;RBI=0.0259295;REFB=-0.00554565;REVB=-0.0228585;RO=41;SAF=11;SAR=9;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015421;STB=0.509082;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.012568;OID=.;OPOS=152327502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:9:11:22:19:9:11:22:19 chr1 152327526 . T C 48.58 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0110261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.244;QD=3.13441;RBI=0.0262228;REFB=-0.00453436;REVB=-0.0237921;RO=52;SAF=4;SAR=5;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231113;STB=0.648811;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0428132;OID=.;OPOS=152327526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:52:53:9:9:0.145161:5:4:33:19:5:4:33:20 chr1 152327535 . A G 43.19 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.00992397;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.734;QD=2.92836;RBI=0.00992794;REFB=0.000276268;REVB=-0.000280548;RO=50;SAF=3;SAR=5;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312292;STB=0.72239;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00101183;OID=.;OPOS=152327535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:59:50:51:8:8:0.135593:5:3:32:18:5:3:33:18 chr1 152327652 . G T 38.3 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0109055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=347.035;QD=2.25287;RBI=0.013128;REFB=-0.00217014;REVB=-0.00730849;RO=60;SAF=6;SAR=2;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319724;STB=0.738201;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0095251;OID=.;OPOS=152327652;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:68:60:60:8:8:0.117647:2:6:29:31:2:6:29:31 chr1 152327656 . G A 39.2 PASS AF=0.119403;AO=7;DP=66;FAO=8;FDP=67;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.00351341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.532;QD=2.34046;RBI=0.00361129;REFB=-0.000239771;REVB=-0.000835096;RO=59;SAF=5;SAR=2;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277667;STB=0.743746;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00197962;OID=.;OPOS=152327656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:67:59:59:7:8:0.119403:2:5:28:31:2:6:28:31 chr1 152327658 . T A 39.75 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0113168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.885;QD=2.4462;RBI=0.0477305;REFB=0.00141579;REVB=0.0463695;RO=56;SAF=6;SAR=2;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341508;STB=0.755092;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00675286;OID=.;OPOS=152327658;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:64:65:56:57:8:8:0.123077:2:6:26:30:2:6:26:31 chr1 152327667 . C T 54.65 PASS AF=0.15625;AO=10;DP=64;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0261514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.178;QD=3.41551;RBI=0.0263218;REFB=-0.0056261;REVB=-0.00298951;RO=54;SAF=6;SAR=4;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211825;STB=0.643891;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0344899;OID=.;OPOS=152327667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:64:64:54:54:10:10:0.15625:4:6:23:31:4:6:23:31 chr1 152328411 . A G 91.06 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0150481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.739;QD=6.07081;RBI=0.015821;REFB=-0.0099576;REVB=-0.00488466;RO=46;SAF=6;SAR=8;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269841;STB=0.666444;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0298115;OID=.;OPOS=152328411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:46:46:14:14:0.233333:8:6:30:16:8:6:30:16 chr1 152329435 . C T 213.12 PASS AF=0.376812;AO=25;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00189638;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.407;QD=12.3547;RBI=0.0336202;REFB=-0.000528354;REVB=-0.0335667;RO=44;SAF=15;SAR=10;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361746;STB=0.537008;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.000492455;OID=.;OPOS=152329435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:43:25:26:0.376812:10:15:25:19:10:16:24:19 chr1 152331240 . G A 487.04 PASS AF=0.5;AO=48;DP=98;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00928208;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.634;QD=19.4817;RBI=0.0185623;REFB=-0.0138209;REVB=-0.0160749;RO=49;SAF=23;SAR=25;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282928;STB=0.510004;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0135841;OID=.;OPOS=152331240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:49:50:48:50:0.5:25:23:25:24:26:24:25:25 chr1 152382120 . C T 692.7 PASS AF=0.898305;AO=53;DP=59;FAO=53;FDP=59;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0472638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.792;QD=46.963;RBI=0.0499129;REFB=-0.103988;REVB=0.0160447;RO=5;SAF=35;SAR=18;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462124;STB=0.536198;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0312388;OID=.;OPOS=152382120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:59:59:5:6:53:53:0.898305:18:35:2:3:18:35:2:4 chr1 152484129 . G A 317.06 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=43;FWDB=0.00618138;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.503;QD=15.098;RBI=0.0116612;REFB=-0.00334451;REVB=0.00988805;RO=49;SAF=2;SAR=33;SRF=6;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231892;STB=0.634521;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.005025;OID=.;OPOS=152484129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:49:49:35:35:0.416667:33:2:6:43:33:2:6:43 chr1 152487979 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00606318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.202;QD=14.3343;RBI=0.0248278;REFB=-0.0217859;REVB=-0.0240761;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195767;STB=0.642535;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0448572;OID=.;OPOS=152487979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:10:9:9:0.473684:3:6:4:5:3:6:4:6 chr1 152488063 . C T 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0659728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0201;QD=18.8286;RBI=0.0871709;REFB=-0.00357282;REVB=0.0569768;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352803;STB=0.51998;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0065914;OID=.;OPOS=152488063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:8:12:14:8:8:12:14:8 chr1 152488146 . G A 160.58 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0241715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.995;QD=18.3514;RBI=0.0380827;REFB=-0.0418001;REVB=0.0294284;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517331;STB=0.515134;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.032171;OID=.;OPOS=152488146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:8:9:8:9:8:9:9:9 chr1 152488428 . T C 464.51 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0104172;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3158;QD=21.8591;RBI=0.0455911;REFB=-0.00433895;REVB=0.044385;RO=39;SAF=20;SAR=25;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513714;STB=0.533319;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00394954;OID=.;OPOS=152488428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:40:45:45:0.529412:25:20:15:24:25:20:15:25 chr1 152552285 . C A 370.01 PASS AF=0.714286;AO=30;DP=43;FAO=30;FDP=42;FR=.;FRO=12;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0162769;FXX=0.0232504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.4115;QD=35.2386;RBI=0.0250775;REFB=0.0085825;REVB=0.0190773;RO=12;SAF=25;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14012;STB=0.576867;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00354782;OID=.;OPOS=152552285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:43:42:12:12:30:30:0.714286:5:25:8:4:5:25:8:4 chr1 152659471 . T G 244.19 PASS AF=0.5;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0141151;FXX=0.0714158;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.78;QD=18.7836;RBI=0.0169073;REFB=-0.0157411;REVB=-0.00930693;RO=25;SAF=11;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941937;STB=0.56014;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0146593;OID=.;OPOS=152659471;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:52:25:26:26:26:0.5:15:11:8:17:15:11:8:18 chr1 152671913 . C G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0945434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8653;QD=15.8812;RBI=0.0962617;REFB=0.00630774;REVB=0.018107;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858363;STB=0.549901;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.0159498;OID=.;OPOS=152671913;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:4:6:5:5:4:6 chr1 152692512 . G A 322.2 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0121404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.042;QD=28.0171;RBI=0.0297431;REFB=0.0253308;REVB=0.0271526;RO=18;SAF=25;SAR=3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30176;STB=0.669496;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00865388;OID=.;OPOS=152692512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:3:25:12:6:3:25:12:6 chr1 152732174 . T C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.000283411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.962;QD=16.4079;RBI=0.0282839;REFB=-0.00484336;REVB=-0.0282825;RO=29;SAF=15;SAR=6;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300316;STB=0.517225;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00485456;OID=.;OPOS=152732174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:6:15:20:9:6:15:20:9 chr1 152732436 . G C 158.12 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00252406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.057;QD=9.8823;RBI=0.0170955;REFB=-0.0328976;REVB=-0.0169081;RO=43;SAF=7;SAR=14;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209427;STB=0.623535;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0511594;OID=.;OPOS=152732436;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:14:7:22:21:14:7:22:21 chr1 152732567 . G A 205.48 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0392542;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.139;QD=12.4532;RBI=0.0505581;REFB=-0.00671831;REVB=0.0318627;RO=39;SAF=7;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184604;STB=0.61049;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.011735;OID=.;OPOS=152732567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:66:39:41:25:25:0.378788:18:7:17:22:18:7:18:23 chr1 152733301 . T A 110.64 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00770384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.845;QD=15.2601;RBI=0.0617589;REFB=0.00632334;REVB=-0.0612765;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141401;STB=0.581278;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.00976252;OID=.;OPOS=152733301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:5:8:12:4:5:8:12:4 chr1 152734390 . C T 621.01 PASS AF=0.554545;AO=59;DP=109;FAO=61;FDP=110;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00433339;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.034;QD=22.5822;RBI=0.011349;REFB=-0.0170417;REVB=-0.0104891;RO=49;SAF=24;SAR=35;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700696;STB=0.544103;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0120254;OID=.;OPOS=152734390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:49:49:59:61:0.554545:35:24:24:25:37:24:24:25 chr1 152759950 . A G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0530382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.73;QD=8.81138;RBI=0.0655431;REFB=-0.00563603;REVB=-0.0385077;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730921;STB=0.545308;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0110527;OID=.;OPOS=152759950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:3:8:4:2:3:8 chr1 152760352 . T A 237.38 PASS AF=0.292035;AO=33;DP=114;FAO=33;FDP=113;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.0337761;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.303;QD=8.40293;RBI=0.0351625;REFB=-0.0151413;REVB=0.00977632;RO=78;SAF=19;SAR=14;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180868;STB=0.605675;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.035421;OID=.;OPOS=152760352;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:78:80:33:33:0.292035:14:19:33:45:14:19:34:46 chr1 152760543 . G GT 103.91 PASS AF=0.377778;AO=47;DP=146;FAO=51;FDP=135;FR=.;FRO=84;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=0.0502204;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.20946;QD=3.07865;RBI=0.112264;REFB=-0.0716229;REVB=-0.100405;RO=88;SAF=22;SAR=25;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545887;STB=0.533788;STBP=0.569;TYPE=ins;VARB=0.057334;OID=.;OPOS=152760544;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.377778:47:146:51:135:84:24:27:35:49:99:88:22:25:37:51 chr1 152760628 . T C 249.14 PASS AF=0.357143;AO=29;DP=83;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00951381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=332.257;QD=11.8638;RBI=0.0125746;REFB=-0.00673804;REVB=-0.00822233;RO=53;SAF=13;SAR=16;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514253;STB=0.51928;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0109794;OID=.;OPOS=152760628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:53:54:29:30:0.357143:16:13:24:29:17:13:25:29 chr1 152760642 . C T 197.14 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0118545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.934;QD=10.9519;RBI=0.0143463;REFB=0.00620144;REVB=-0.00807997;RO=47;SAF=9;SAR=16;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149455;STB=0.587085;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00800639;OID=.;OPOS=152760642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:16:9:23:24:16:9:23:24 chr1 152760644 . C T 210.25 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00186304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.991;QD=11.8451;RBI=0.0128829;REFB=-0.00428541;REVB=-0.0127475;RO=45;SAF=9;SAR=17;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162471;STB=0.594063;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00490642;OID=.;OPOS=152760644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:17:9:22:23:17:9:22:23 chr1 152760647 . C A 197.13 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00363542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.983;QD=10.9518;RBI=0.0137287;REFB=0.0198044;REVB=0.0132386;RO=47;SAF=9;SAR=16;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149455;STB=0.587085;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.0097248;OID=.;OPOS=152760647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:16:9:23:24:16:9:23:24 chr1 152760651 . C T 210.22 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0142978;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9822;QD=11.6787;RBI=0.0144925;REFB=-0.00220604;REVB=0.0023674;RO=47;SAF=10;SAR=16;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142087;STB=0.575105;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00226492;OID=.;OPOS=152760651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:47:46:26:26:0.361111:16:10:24:23:16:10:23:23 chr1 152770521 . G A 99.63 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.000503389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.859;QD=26.5692;RBI=0.0782316;REFB=-0.00308183;REVB=0.07823;RO=4;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136379;STB=0.507678;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00296782;OID=.;OPOS=152770521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:3:8:3:1:3:8:3:1 chr1 152770533 . G A 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0458488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.088;QD=24.8029;RBI=0.0554398;REFB=-0.00647187;REVB=0.0311682;RO=4;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198514;STB=0.610916;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00156219;OID=.;OPOS=152770533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:3:7:4:0:3:7:4:0 chr1 152770589 . A G 226.01 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.0304688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.94;QD=20.5461;RBI=0.0305521;REFB=-0.0193837;REVB=0.00225365;RO=22;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203748;STB=0.622667;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0108967;OID=.;OPOS=152770589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:22:21:22:0.5:8:13:18:4:9:13:18:4 chr1 152771207 . C A 135.1 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.129905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5727;QD=16.8874;RBI=0.135677;REFB=-0.0286173;REVB=0.0391537;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058016;STB=0.533289;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0173736;OID=.;OPOS=152771207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:9:8:8:7:9:8 chr1 152771293 . A G 205.09 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00189435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.239;QD=16.4069;RBI=0.00575179;REFB=-0.0330248;REVB=0.00543088;RO=29;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174312;STB=0.599904;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0593941;OID=.;OPOS=152771293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:8:13:13:16:8:13:13:16 chr1 152771360 . A T 256.1 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0213502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4642;QD=13.6588;RBI=0.0507805;REFB=-0.0198608;REVB=-0.0460742;RO=45;SAF=19;SAR=11;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178232;STB=0.601741;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0195868;OID=.;OPOS=152771360;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:11:19:21:24:11:19:21:24 chr1 152777908 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.00425375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.361;QD=12.8607;RBI=0.00425375;REFB=-0.0226603;REVB=0;RO=8;SAF=7;SAR=0;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00532866;OID=.;OPOS=152777908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:0:7:8:0:0:7:8:0 chr1 152882610 . A G 289.69 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00512587;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.41;QD=26.3354;RBI=0.0168204;REFB=-0.0225969;REVB=0.0160204;RO=18;SAF=11;SAR=15;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161208;STB=0.508922;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0081583;OID=.;OPOS=152882610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:15:11:8:10:15:11:8:10 chr1 152883076 . A AG 54.18 PASS AF=0.631579;AO=5;DP=20;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0392671;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=24.7798;QD=11.4064;RBI=0.0667442;REFB=-0.0593995;REVB=0.0539711;RO=15;SAF=4;SAR=1;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.57323;STB=0.620528;STBP=0.703;TYPE=ins;VARB=0.284459;OID=.;OPOS=152883077;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.631579:5:20:12:19:7:11:1:7:0:32:15:4:1:15:0 chr1 152884111 . G A 317.74 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0201024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2234;QD=15.6906;RBI=0.0292028;REFB=-0.0200847;REVB=-0.0211826;RO=43;SAF=16;SAR=19;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132112;STB=0.550509;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.029755;OID=.;OPOS=152884111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:46:35:35:0.432099:19:16:14:29:19:16:17:29 chr1 152884246 . GA TG 104.31 PASS AF=0.6;AO=11;DP=19;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0474005;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=253.954;QD=20.8616;RBI=0.0474213;REFB=-0.018163;REVB=0.00140445;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253752;STB=0.649772;STBP=0.136;TYPE=mnp;VARB=0.014436;OID=.;OPOS=152884246;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:20:8:8:11:12:0.6:6:5:1:7:6:6:1:7 chr1 152944594 . C T 425.64 PASS AF=0.44898;AO=43;DP=97;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00491763;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8072;QD=17.373;RBI=0.0367631;REFB=-0.0265562;REVB=0.0364327;RO=54;SAF=28;SAR=15;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137799;STB=0.567536;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.035087;OID=.;OPOS=152944594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:54:54:43:44:0.44898:15:28:28:26:16:28:28:26 chr1 152944835 . A G 89.78 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.0266484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.598;QD=4.85279;RBI=0.0369723;REFB=-0.00111769;REVB=-0.0256284;RO=59;SAF=11;SAR=4;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129706;STB=0.583746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00377976;OID=.;OPOS=152944835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:74:74:59:59:15:15:0.202703:4:11:38:21:4:11:38:21 chr1 152957832 . C A 90.33 PASS AF=0.5;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0549026;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.4696;QD=16.4244;RBI=0.0703848;REFB=-0.0358328;REVB=0.0440423;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320029;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0402209;OID=.;OPOS=152957832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:21:22:10:11:11:11:0.5:4:7:6:4:4:7:7:4 chr1 152957887 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0338787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.515;QD=12.329;RBI=0.0342303;REFB=-0.0200983;REVB=0.00489371;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286528;STB=0.596829;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0203986;OID=.;OPOS=152957887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:10:17:11:11:0.392857:8:3:6:4:8:3:7:10 chr1 152958238 . A G 635.38 PASS AF=0.59375;AO=55;DP=96;FAO=57;FDP=96;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0151407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6793;QD=26.4742;RBI=0.0229034;REFB=-0.0356767;REVB=-0.0171851;RO=40;SAF=17;SAR=38;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120306;STB=0.554183;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0310167;OID=.;OPOS=152958238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:40:39:55:57:0.59375:38:17:18:22:39:18:17:22 chr1 152958267 . T C 482.78 PASS AF=0.608108;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0243138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6362;QD=26.0964;RBI=0.0573911;REFB=0.00563435;REVB=-0.0519863;RO=29;SAF=14;SAR=31;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160493;STB=0.587925;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0048504;OID=.;OPOS=152958267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:29:45:45:0.608108:31:14:15:14:31:14:15:14 chr1 152975495 . G A 168.08 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0199371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1137;QD=15.6357;RBI=0.0403725;REFB=-8.27046e-05;REVB=0.0351063;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297347;STB=0.502615;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00131153;OID=.;OPOS=152975495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:17:18:0.418605:7:10:14:11:8:10:14:11 chr1 152975715 . C T 30.92 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00195768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.52;QD=12.3697;RBI=0.00282602;REFB=-0.0148587;REVB=0.0020381;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363118;STB=0.726279;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.017071;OID=.;OPOS=152975715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:3:2:4:1:3:2 chr1 152975941 . C G 139.95 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00763614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.951;QD=12.7228;RBI=0.00765685;REFB=0.00214802;REVB=-0.0005627;RO=28;SAF=8;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774906;STB=0.545398;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00289149;OID=.;OPOS=152975941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:8:8:16:12:8:8:16:12 chr1 152976108 . C T 426.7 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00209072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.697;QD=19.1776;RBI=0.00371508;REFB=-0.011831;REVB=0.00307095;RO=45;SAF=23;SAR=20;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423705;STB=0.529275;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00987876;OID=.;OPOS=152976108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:46:43:43:0.483146:20:23:22:23:20:23:22:24 chr1 152976114 . G C 477.7 PASS AF=0.528736;AO=47;DP=88;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00641883;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9917;QD=21.9632;RBI=0.0459992;REFB=-0.0221067;REVB=-0.0455491;RO=39;SAF=25;SAR=22;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790378;STB=0.538905;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00660702;OID=.;OPOS=152976114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:39:41:47:46:0.528736:22:25:17:22:22:24:18:23 chr1 152976306 . T G 329.83 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00757661;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.77;QD=14.9921;RBI=0.034808;REFB=-0.0161744;REVB=0.0339734;RO=50;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540805;STB=0.54069;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0283032;OID=.;OPOS=152976306;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:50:52:36:36:0.409091:19:17:21:29:19:17:21:31 chr1 153005156 . C T 122.99 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0145322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8671;QD=16.3992;RBI=0.0154832;REFB=-0.004684;REVB=-0.00534288;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413564;STB=0.545388;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00657969;OID=.;OPOS=153005156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:14:14:0.466667:9:5:6:9:9:5:7:9 chr1 153066072 . T C 399.35 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=0.0295204;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.968;QD=15.9738;RBI=0.0301635;REFB=-0.0066547;REVB=0.00619556;RO=57;SAF=26;SAR=16;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921913;STB=0.544309;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00783894;OID=.;OPOS=153066072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:58:42:42:0.42:16:26:40:17:16:26:40:18 chr1 153085029 . G T 938.11 PASS AF=0.478049;AO=98;DP=205;FAO=98;FDP=205;FR=.;FRO=107;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=75;FSRR=32;FWDB=0.00896652;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.711;QD=18.3047;RBI=0.0182922;REFB=-0.020085;REVB=-0.0159439;RO=107;SAF=59;SAR=39;SRF=75;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100136;STB=0.555061;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0207063;OID=.;OPOS=153085029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:107:107:98:98:0.478049:39:59:75:32:39:59:75:32 chr1 153113139 . G A 196.5 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0939928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7496;QD=19.1708;RBI=0.138717;REFB=-0.0184928;REVB=0.102019;RO=21;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138833;STB=0.588147;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0280821;OID=.;OPOS=153113139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:21:19:20:0.487805:8:11:9:12:8:12:9:12 chr1 153177308 . G A 74.06 PASS AF=0.183099;AO=13;DP=71;FAO=13;FDP=71;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00665988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0048;QD=4.1724;RBI=0.0179108;REFB=-0.0161811;REVB=-0.0166266;RO=57;SAF=12;SAR=1;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.574246;STB=0.891618;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0297857;OID=.;OPOS=153177308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:71:71:57:58:13:13:0.183099:1:12:30:27:1:12:30:28 chr1 153277423 . C T 1471.93 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0034955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1172;QD=63.3089;RBI=0.023504;REFB=0;REVB=0.0232427;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171646;OID=.;OPOS=153277423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:39:54:0:0:39:54:0:0 chr1 153314153 . C A 1307.14 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00510939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.504;QD=60.7974;RBI=0.0100042;REFB=-0.118815;REVB=0.00860105;RO=1;SAF=50;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938023;STB=0.504853;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-3.13573e-05;OID=.;OPOS=153314153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:86:1:1:84:85:0.988372:34:50:1:0:34:51:1:0 chr1 153315579 . A G 1339.71 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.82;QD=62.3123;RBI=0.0053899;REFB=0;REVB=0.00445436;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83086e-06;OID=.;OPOS=153315579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:40:46:0:0:40:46:0:0 chr1 153320334 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00438585;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=297.042;QD=59.0187;RBI=0.00804857;REFB=0;REVB=0.00674861;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28715e-05;OID=.;OPOS=153320334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr1 153320372 . T G 517.06 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9956;QD=59.0925;RBI=0.0226177;REFB=0;REVB=-0.021041;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168259;OID=.;OPOS=153320372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:17:18:0:0 chr1 153410822 . C A 370.83 PASS AF=0.448276;AO=38;DP=86;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0408378;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.725;QD=17.0498;RBI=0.0412196;REFB=-0.0106718;REVB=-0.00559764;RO=48;SAF=20;SAR=18;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880218;STB=0.555527;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0152841;OID=.;OPOS=153410822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:48:48:38:39:0.448276:18:20:21:27:18:21:21:27 chr1 153412392 . T G 227.04 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00804427;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.697;QD=13.3551;RBI=0.0114503;REFB=-0.0199955;REVB=-0.00814859;RO=40;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149664;STB=0.591483;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0272669;OID=.;OPOS=153412392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:41:27:27:0.397059:13:14:15:25:13:14:15:26 chr1 153431406 . C G 1595.4 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315515;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.589;QD=60.2038;RBI=0.0446328;REFB=0;REVB=-0.0315689;RO=0;SAF=45;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.24678e-05;OID=.;OPOS=153431406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:106:0:0:107:106:1:62:45:0:0:62:44:0:0 chr1 153588279 . G A 1552.14 PASS AF=1;AO=85;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00297102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.969;QD=63.3525;RBI=0.0409095;REFB=0;REVB=0.0408015;RO=0;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210523;OID=.;OPOS=153588279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:85:98:1:50:35:0:0:59:39:0:0 chr1 153604027 . ACC AC,ACT 653.24 PASS AF=0.215686,0.784314;AO=10,38;DP=51;FAO=11,40;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=10,22;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0501978,0.0168463;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.3761,33.9461;QD=51.2344;RBI=0.0661235,0.0419193;REFB=0,0;REVB=0.0430407,0.0383853;RO=0;SAF=9,20;SAR=1,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.8593e-08,-3.51048e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0906637,-0.00912197;OID=.,.;OPOS=153604028,153604029;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=AC,ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.215686,0.784314:10,38:51:11,40:51:0:10,22:1,18:0:0:38:0:9,20:1,18:0:0 chr1 153643803 . G GT 312.97 PASS AF=0.984615;AO=39;DP=69;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0744745;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.03538;QD=19.2598;RBI=0.146339;REFB=-0.0616582;REVB=0.125971;RO=23;SAF=23;SAR=16;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106368;STB=0.507934;STBP=0.335;TYPE=ins;VARB=0.0249985;OID=.;OPOS=153643804;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.984615:39:69:64:65:1:31:33:1:0:4:23:23:16:10:13 chr1 153676713 . C A 1589.88 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00506772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.474;QD=59.9955;RBI=0.0239671;REFB=0;REVB=0.0234252;RO=0;SAF=54;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84135e-05;OID=.;OPOS=153676713;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:52:54:0:0:52:54:0:0 chr1 153743234 . T C 674.96 PASS AF=0.644444;AO=58;DP=90;FAO=58;FDP=90;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0217186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.846;QD=29.9984;RBI=0.021877;REFB=-0.0313553;REVB=0.00262798;RO=32;SAF=15;SAR=43;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206688;STB=0.612603;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0138028;OID=.;OPOS=153743234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:32:32:58:58:0.644444:43:15:17:15:43:15:17:15 chr1 153905717 . G A 99.22 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00889442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0793;QD=6.50629;RBI=0.0155958;REFB=-0.0102659;REVB=-0.0128109;RO=46;SAF=10;SAR=5;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182612;STB=0.613481;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0329568;OID=.;OPOS=153905717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:46:46:15:15:0.245902:5:10:24:22:5:10:24:22 chr1 153907278 . CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT CCTGCTGCTGCTGCTGCTGT,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGCTGCTGC 86.48 PASS AF=0.444444,0.166667;AO=7,3;DP=19;FAO=8,3;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=2,2;FSAR=6,1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0510347,-0.0179412;FXX=0.0526039;HRUN=1,1;LEN=9,10;MLLD=238.663,238.493;QD=19.2188;RBI=0.0514972,0.0604365;REFB=-0.015038,-0.0348764;REVB=0.006886,-0.0577121;RO=6;SAF=2,2;SAR=5,1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0441607,0.317885;STB=0.599733,0.665556;STBP=0.516,0.642;TYPE=del,mnp;VARB=0.00667189,0.0683389;OID=.,.;OPOS=153907279,153907297;OREF=CTGCTGCTG,CTGCTGCTGT;OALT=-,TTGCTGCTGC;OMAPALT=CCTGCTGCTGCTGCTGCTGT,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGCTGCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444,0.166667:7,3:19:8,3:18:7:2,2:6,1:3:4:54:6:2,2:5,1:2:4 chr1 153909069 . G C 223.84 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0270907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9416;QD=19.4644;RBI=0.0370959;REFB=-0.00473015;REVB=0.0253417;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19783;STB=0.611664;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00451493;OID=.;OPOS=153909069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:13:9:15:9:13:9:15:9 chr1 153913699 . T G 462.37 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00531974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.446;QD=24.3354;RBI=0.00535313;REFB=-0.0130408;REVB=-0.000596955;RO=31;SAF=23;SAR=21;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293292;STB=0.522717;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00858348;OID=.;OPOS=153913699;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:31:32:44:44:0.578947:21:23:15:16:21:23:15:17 chr1 153913770 . A G 1356.79 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0301463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5063;QD=60.9792;RBI=0.0563214;REFB=0.00527065;REVB=0.0475742;RO=1;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126337;STB=0.506492;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0005302;OID=.;OPOS=153913770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:87:88:0.988764:37:50:0:1:38:50:0:1 chr1 153916846 . G A 67.03 PASS AF=0.184615;AO=11;DP=65;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0270009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1129;QD=4.12523;RBI=0.0271011;REFB=-0.0092685;REVB=0.00232823;RO=52;SAF=4;SAR=7;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282329;STB=0.648885;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0628072;OID=.;OPOS=153916846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:65:65:52:53:11:12:0.184615:7:4:31:21:7:5:32:21 chr1 153926078 . T C 239.96 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0331738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.503;QD=21.3301;RBI=0.0383467;REFB=-0.0116192;REVB=0.0192345;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123993;STB=0.558832;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0159395;OID=.;OPOS=153926078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:22:23:0.511111:12:10:7:15:13:10:7:15 chr1 153932212 . G C 279.29 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00620446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.541;QD=18.935;RBI=0.0250222;REFB=-0.0255147;REVB=-0.0242408;RO=29;SAF=19;SAR=11;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224654;STB=0.625342;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0194972;OID=.;OPOS=153932212;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:11:19:11:18:11:19:11:18 chr1 153941514 . C T 69.95 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00612243;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.824;QD=6.66156;RBI=0.0282831;REFB=-0.0140474;REVB=0.0276124;RO=32;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0424891;OID=.;OPOS=153941514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:5:5:16:16:5:5:16:16 chr1 153994647 . C T 420.1 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0111364;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.513;QD=17.5041;RBI=0.0187086;REFB=-0.0115865;REVB=-0.015033;RO=51;SAF=20;SAR=23;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11905;STB=0.55553;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0123093;OID=.;OPOS=153994647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:53:43:43:0.447917:23:20:30:21:23:20:30:23 chr1 154089438 . T C 382.68 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.010963;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0209;QD=15.1557;RBI=0.0274424;REFB=0.00995283;REVB=0.0251574;RO=58;SAF=28;SAR=15;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089284;STB=0.550345;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.0132556;OID=.;OPOS=154089438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:43:43:0.425743:15:28:33:25:15:28:33:25 chr1 154108387 . G A 1388.12 PASS AF=1;AO=86;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381745;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.715;QD=62.3876;RBI=0.0410568;REFB=0;REVB=-0.015112;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82501e-05;OID=.;OPOS=154108387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:86:89:1:47:39:0:0:48:41:0:0 chr1 154144673 . GAAAAAAAA GAAAAAAA,GAAAAAA,GAAAAAAAT 219.34 PASS AF=0.185185,0.111111,0.62963;AO=3,3,14;DP=29;FAO=5,3,17;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=4,1,4;FSAR=1,2,13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.275819,0.142671,-0.00735828;FXX=0.0689417;HRUN=11,11,11;LEN=1,2,1;MLLD=5.13462,9.39469,291.016;QD=32.4947;RBI=0.325395,0.166466,0.0161497;REFB=-0.223597,-0.174954,-0.045168;REVB=-0.172644,-0.0857672,-0.0143759;RO=4;SAF=2,1,3;SAR=1,2,11;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0848588,-0.348651,-0.261891;STB=0.614874,0.570936,0.537145;STBP=0.589,0.906,0.535;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0811958,0.121316,0.0114216;OID=.,.,.;OPOS=154144674,154144674,154144681;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=GAAAAAAA,GAAAAAA,GAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.185185,0.111111,0.62963:3,3,14:29:5,3,17:27:2:4,1,4:1,2,13:1:1:18:4:2,1,3:1,2,11:3:1 chr1 154178727 . GCCC GCC,GCCT 449.18 PASS AF=0.875,0.125;AO=9,3;DP=49;FAO=42,6;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=12,6;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139181,0.0170192;FXX=0.039992;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=11.5579,175.262;QD=37.4317;RBI=0.947958,0.142485;REFB=0,0;REVB=0.937685,0.141465;RO=31;SAF=9,3;SAR=0,0;SRF=3;SRR=28;SSEN=0.300429,0;SSEP=0,0;SSSB=0.851849,0.784854;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0018675,0.0795622;OID=.,.;OPOS=154178728,154178730;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=GCC,GCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.875,0.125:9,3:49:42,6:48:0:12,6:30,0:0:0:31:31:9,3:0,0:3:28 chr1 154243245 . TG GT,TT 83.58 PASS AF=0,0.521739;AO=2,9;DP=21;FAO=0,12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=0,9;FSAR=0,3;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.0259652,0.00170361;FXX=0;HRUN=10,1;LEN=2,1;MLLD=16.366,203.007;QD=14.5348;RBI=0.131482,0.0256938;REFB=-0.0779128,0.00612271;REVB=0.128893,-0.0256373;RO=9;SAF=2,7;SAR=0,2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.476258,-0.152945;STB=0.5,0.689426;STBP=1,0.164;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.00165845;OID=.,.;OPOS=154243245,154243246;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:80:21:23:9:11:2,9:0,12:0,0.521739:0,2:2,7:8:1:0,3:0,9:11:0 chr1 154243250 . T G 35.84 PASS AF=0.206897;AO=7;DP=28;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=-0.00458785;FXX=0.0333222;HRUN=16;LEN=1;MLLD=165.287;QD=4.94341;RBI=0.0398885;REFB=0.00358871;REVB=-0.0396238;RO=21;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3842;STB=0.70538;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.00594274;OID=.;OPOS=154243250;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:29:21:23:7:6:0.206897:3:4:18:3:2:4:20:3 chr1 154310048 . C G 1524.06 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.426;QD=63.5027;RBI=0.0442293;REFB=0;REVB=-0.015741;RO=0;SAF=34;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13927e-05;OID=.;OPOS=154310048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:61:34:0:0:62:34:0:0 chr1 154317153 . C T 976.42 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0388079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.032;QD=57.4367;RBI=0.0390266;REFB=-0.0268464;REVB=0.00412566;RO=1;SAF=31;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149999;STB=0.507934;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000226288;OID=.;OPOS=154317153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:36:31:1:0:36:31:1:0 chr1 154426970 . A C 264.78 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00618953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.05;QD=20.7673;RBI=0.01329;REFB=-0.0211474;REVB=-0.0117607;RO=22;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143066;STB=0.584354;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0211454;OID=.;OPOS=154426970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:22:24:26:27:0.529412:14:12:14:8:15:12:15:9 chr1 154437896 . T C 1051.81 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198108;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.625;QD=59.2569;RBI=0.0203125;REFB=0;REVB=0.00448667;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223484;OID=.;OPOS=154437896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:68:71:1:32:36:0:0:33:38:0:0 chr1 154438880 . T C 1480.68 PASS AF=0.96;AO=96;DP=100;FAO=96;FDP=100;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0349981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4274;QD=59.2271;RBI=0.0513422;REFB=-0.155028;REVB=0.0375653;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.51084;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00350991;OID=.;OPOS=154438880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:100:100:0:4:96:96:0.96:46:50:0:0:46:50:1:3 chr1 154474131 . C G 297.03 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.155;QD=49.5048;RBI=0.0141332;REFB=-0.209637;REVB=-0.00239363;RO=1;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298695;STB=0.516115;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00105086;OID=.;OPOS=154474131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:15:8:0:1:15:8:0:1 chr1 154516571 . T C 884.82 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.623;QD=58.0208;RBI=0.0325206;REFB=0;REVB=0.000613355;RO=0;SAF=8;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6198e-05;OID=.;OPOS=154516571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:52:8:0:0:53:8:0:0 chr1 154542752 . C T 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0144795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3815;QD=6.80707;RBI=0.0302908;REFB=0.00260656;REVB=0.0266059;RO=27;SAF=4;SAR=5;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173848;STB=0.609518;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00408177;OID=.;OPOS=154542752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:5:4:16:11:5:4:16:11 chr1 154556663 . G A 322.4 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0337003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.799;QD=16.5331;RBI=0.0412247;REFB=-0.0186138;REVB=0.0237437;RO=43;SAF=10;SAR=25;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281404;STB=0.65882;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0240808;OID=.;OPOS=154556663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:25:10:24:19:25:10:24:19 chr1 154557515 . G A 75.23 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=0.00590461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.008;QD=4.36107;RBI=0.00625919;REFB=-0.0130474;REVB=-0.00207676;RO=56;SAF=9;SAR=4;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438625;STB=0.777402;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0370108;OID=.;OPOS=154557515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:69:69:56:56:13:13:0.188406:4:9:18:38:4:9:18:38 chr1 154560712 . C T 443.09 PASS AF=0.356164;AO=52;DP=146;FAO=52;FDP=146;FR=.;FRO=94;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=0.0391462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.768;QD=12.1394;RBI=0.0391534;REFB=-0.00387693;REVB=0.000753512;RO=94;SAF=14;SAR=38;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210582;STB=0.621235;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0037523;OID=.;OPOS=154560712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:94:94:52:52:0.356164:38:14:41:53:38:14:41:53 chr1 154561925 . C T 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.013761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.397;QD=15.1972;RBI=0.0208683;REFB=0.019025;REVB=-0.0156883;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331196;STB=0.519203;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.0242202;OID=.;OPOS=154561925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:9:5:7:11:9:5:7:11 chr1 154573967 . T C 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00756494;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.176;QD=19.9928;RBI=0.0137995;REFB=-0.0163988;REVB=-0.0115411;RO=23;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108138;STB=0.561125;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0193311;OID=.;OPOS=154573967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:8:14:12:11:8:14:12:11 chr1 154574820 . T C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.381;QD=60.2046;RBI=0.0170217;REFB=0;REVB=-0.0169246;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45927e-05;OID=.;OPOS=154574820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr1 154575040 . C T 1141.09 PASS AF=0.870968;AO=79;DP=92;FAO=81;FDP=93;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=61;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0112444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.143;QD=49.0791;RBI=0.0191227;REFB=-0.222531;REVB=0.0154675;RO=6;SAF=19;SAR=60;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744073;STB=0.592209;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0164898;OID=.;OPOS=154575040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:92:93:6:12:79:81:0.870968:60:19:4:2:61:20:10:2 chr1 154600372 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.934;QD=45.8067;RBI=0.0737839;REFB=0;REVB=-0.0282031;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039005;OID=.;OPOS=154600372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr1 154686000 . G A 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0166515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5025;QD=14.8163;RBI=0.0344511;REFB=-0.00923999;REVB=-0.0301596;RO=39;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306167;STB=0.517338;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.010618;OID=.;OPOS=154686000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:17:12:15:24:17:12:15:24 chr1 154744807 . C G 286.11 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0597701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.224;QD=20.4361;RBI=0.0632199;REFB=-0.03101;REVB=-0.0205983;RO=26;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642943;STB=0.535691;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0278319;OID=.;OPOS=154744807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:15:15:11:15:15:15:11:15 chr1 154744852 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.367;QD=51.9166;RBI=0.0426954;REFB=0;REVB=-0.0027034;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467839;OID=.;OPOS=154744852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr1 154917314 . G A 2005.04 PASS AF=0.992366;AO=129;DP=132;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00697046;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.657;QD=61.2227;RBI=0.0156857;REFB=-0.0741228;REVB=0.0140518;RO=1;SAF=64;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725543;STB=0.503759;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000408553;OID=.;OPOS=154917314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:131:1:1:129:130:0.992366:65:64:0:1:66:64:0:1 chr1 154919080 . C T 1189.03 PASS AF=0.97561;AO=77;DP=79;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0108427;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=116.728;QD=58.0016;RBI=0.0405586;REFB=-0.0778284;REVB=0.0390825;RO=2;SAF=39;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236502;STB=0.511902;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000515474;OID=.;OPOS=154919080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:82:2:2:77:80:0.97561:38:39:2:0:39:41:2:0 chr1 154942529 . G A 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00548002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.462;QD=23.2629;RBI=0.0126738;REFB=-0.0146595;REVB=0.0114278;RO=19;SAF=16;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595207;STB=0.533304;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00893845;OID=.;OPOS=154942529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:7:16:12:7:7:16:12:7 chr1 154987526 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0245578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.0506;QD=21.0138;RBI=0.0775851;REFB=0.00481406;REVB=0.073596;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795615;STB=0.545372;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00201451;OID=.;OPOS=154987526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:5:6:3:4:5:6:3:4 chr1 154987987 . ATC AT,CAT 184.79 PASS AF=0.448276,0;AO=24,3;DP=59;FAO=26,0;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=20,0;FSAR=6,0;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0718106,-0.00117525;FXX=0.0169463;HRUN=5,1;LEN=1,3;MLLD=17.6741,55.657;QD=12.7442;RBI=0.122045,0.0979859;REFB=-0.0371321,-0.00540262;REVB=-0.098683,-0.0979788;RO=31;SAF=20,0;SAR=4,3;SRF=13;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.467289,-0.510357;STB=0.716156,0.5;STBP=0.008,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0392886,0.0231512;OID=.,.;OPOS=154987989,154987987;OREF=C,ATC;OALT=-,CAT;OMAPALT=AT,CAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:31:32:24,3:26,0:0.448276,0:4,3:20,0:13:18:6,0:20,0:13:19 chr1 154988957 . A G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=-0.0172911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.42;QD=18.8287;RBI=0.0182757;REFB=0.00700665;REVB=0.00591759;RO=21;SAF=2;SAR=18;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121089;STB=0.5135;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.008515;OID=.;OPOS=154988957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:18:2:2:19:18:2:2:20 chr1 155004158 . G A 84.47 PASS AF=0.205882;AO=14;DP=68;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0467124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.279;QD=4.96869;RBI=0.046723;REFB=-0.00619616;REVB=0.000996706;RO=54;SAF=9;SAR=5;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661048;STB=0.542349;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0221436;OID=.;OPOS=155004158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:68:68:54:54:14:14:0.205882:5:9:32:22:5:9:32:22 chr1 155006091 . A G 252.28 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00827792;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.879;QD=17.1035;RBI=0.0182488;REFB=-0.0126366;REVB=-0.0162633;RO=28;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127887;STB=0.593156;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0219321;OID=.;OPOS=155006091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:31:28:28:0.474576:14:14:10:18:14:14:10:21 chr1 155006999 . C T 278.22 PASS AF=0.537037;AO=27;DP=52;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0120464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1686;QD=20.6087;RBI=0.0782644;REFB=-0.00893312;REVB=0.0773318;RO=25;SAF=15;SAR=12;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743954;STB=0.557086;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0204577;OID=.;OPOS=155006999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:25:25:27:29:0.537037:12:15:16:9:14:15:16:9 chr1 155014012 . C T 178.64 PASS AF=0.413043;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0375519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.974;QD=15.5339;RBI=0.0465356;REFB=-0.00943018;REVB=-0.0274848;RO=27;SAF=14;SAR=4;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23268;STB=0.644531;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0265295;OID=.;OPOS=155014012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:27:27:18:19:0.413043:4:14:16:11:4:15:16:11 chr1 155015918 . C G 526.54 PASS AF=0.569767;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0147417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7304;QD=24.49;RBI=0.0861985;REFB=-0.0270221;REVB=-0.0849286;RO=37;SAF=22;SAR=27;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296438;STB=0.516246;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0226178;OID=.;OPOS=155015918;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:37:37:49:49:0.569767:27:22:18:19:27:22:18:19 chr1 155019710 . A C 361.1 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.016718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.817;QD=15.2042;RBI=0.0251831;REFB=-0.00199856;REVB=-0.0188335;RO=56;SAF=18;SAR=21;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034676;STB=0.519598;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00323113;OID=.;OPOS=155019710;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:21:18:24:32:21:18:24:32 chr1 155026854 . G C 401.68 PASS AF=0.644068;AO=38;DP=59;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00162282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.933;QD=27.2326;RBI=0.0232032;REFB=-0.0255585;REVB=-0.0231464;RO=21;SAF=21;SAR=17;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810322;STB=0.544213;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00894858;OID=.;OPOS=155026854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:21:21:38:38:0.644068:17:21:9:12:17:21:9:12 chr1 155026942 . A C 371.0 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0978376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.047;QD=53.0001;RBI=0.0996539;REFB=-0.0835174;REVB=0.0189394;RO=1;SAF=11;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040394;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00321441;OID=.;OPOS=155026942;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:28:1:0:27:28:1:16:11:1:0:16:12:0:0 chr1 155033317 . T C 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.00856902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.514;QD=16.5359;RBI=0.0128912;REFB=0.00140203;REVB=0.00963096;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366627;STB=0.706607;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.000890648;OID=.;OPOS=155033317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:8:10:4:19:8:10:4:19 chr1 155039323 . G T 228.64 PASS AF=0.305263;AO=29;DP=95;FAO=29;FDP=95;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=15;FWDB=-0.0331563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0424;QD=9.62686;RBI=0.0331717;REFB=-0.0047426;REVB=-0.00101154;RO=66;SAF=17;SAR=12;SRF=51;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242321;STB=0.639915;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0121404;OID=.;OPOS=155039323;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:66:66:29:29:0.305263:12:17:51:15:12:17:51:15 chr1 155059851 . A G 767.4 PASS AF=0.921875;AO=57;DP=64;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0374863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.047;QD=47.9624;RBI=0.042379;REFB=-0.198212;REVB=0.0197676;RO=6;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10835;STB=0.545439;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00228585;OID=.;OPOS=155059851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:64:64:6:5:57:59:0.921875:23:34:0:6:25:34:0:5 chr1 155106697 . G A 689.01 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.2;QD=62.6372;RBI=0.0212164;REFB=0;REVB=0.0037316;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94098e-05;OID=.;OPOS=155106697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr1 155110692 . C T 100.28 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0106712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.728;QD=6.68537;RBI=0.0491543;REFB=0.00100624;REVB=0.0479819;RO=45;SAF=12;SAR=3;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264248;STB=0.66642;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00215061;OID=.;OPOS=155110692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:45:45:15:15:0.25:3:12:28:17:3:12:28:17 chr1 155149718 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.358;QD=60.2305;RBI=0.0279306;REFB=0;REVB=0.0165647;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72882e-05;OID=.;OPOS=155149718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr1 155160868 . T G 253.14 PASS AF=0.378049;AO=30;DP=81;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.00595292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7331;QD=12.3485;RBI=0.0470461;REFB=-0.0207983;REVB=-0.0466679;RO=50;SAF=7;SAR=23;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12108;STB=0.571971;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0491737;OID=.;OPOS=155160868;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:50:51:30:31:0.378049:23:7:16:34:24:7:16:35 chr1 155162067 . C T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.246;QD=55.0971;RBI=0.0460953;REFB=0;REVB=0.0450664;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280121;OID=.;OPOS=155162067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr1 155178782 . A T 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9465;QD=59.8366;RBI=0.0545581;REFB=0;REVB=0.0512954;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000866175;OID=.;OPOS=155178782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr1 155182491 . C T 64.62 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00526338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.605;QD=4.23758;RBI=0.021911;REFB=-0.00773721;REVB=-0.0212694;RO=50;SAF=3;SAR=8;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374074;STB=0.745919;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0310126;OID=.;OPOS=155182491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:50:50:11:11:0.180328:8:3:29:21:8:3:29:21 chr1 155186729 . T C 3344.48 PASS AF=1;AO=213;DP=214;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0579905;FXX=0.00458695;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3125;QD=61.6495;RBI=0.0580173;REFB=-0.0731738;REVB=-0.00176331;RO=0;SAF=94;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000698639;OID=.;OPOS=155186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:214:217:0:0:213:217:1:119:94:0:0:121:96:0:0 chr1 155186742 . G A 3116.33 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0003863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.516;QD=61.7095;RBI=0.0964074;REFB=0;REVB=0.0964066;RO=0;SAF=90;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97108e-05;OID=.;OPOS=155186742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:202:0:0:200:202:1:110:90:0:0:112:90:0:0 chr1 155217436 . GGA ATT,GTT,TTG 745.66 PASS AF=0.9375,0.0416667,0.0208333;AO=44,2,2;DP=50;FAO=45,2,1;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0,1;FSAR=22,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371768,-0.00145712,0.026096;FXX=0.039992;HRUN=2,2,2;LEN=3,2,3;MLLD=153.355,78.1603,116.444;QD=62.1379;RBI=0.0565204,0.0611213,0.0489785;REFB=0,0,0;REVB=0.0425729,0.061104,0.0414474;RO=0;SAF=22,0,2;SAR=22,2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,mnp;VARB=0.00109907,0.03889,0.0473056;OID=.,.,.;OPOS=155217436,155217437,155217436;OREF=GGA,GA,GGA;OALT=ATT,TT,TTG;OMAPALT=ATT,GTT,TTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:50:48:0:0:44,2,2:45,2,1:0.9375,0.0416667,0.0208333:22,2,0:22,0,2:0:0:22,2,0:23,0,1:0:0 chr1 155217593 . TGCCCCCG CTGCCCCG,TGCCCC,TGCCCCG 85.9 PASS AF=0,0,0.730769;AO=3,4,5;DP=29;FAO=0,0,19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=0,0,6;FSAR=0,0,13;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.125971,0.0119394,0.277124;FXX=0.133289;HRUN=1,5,5;LEN=3,2,1;MLLD=16.8906,147.39,9.67602;QD=13.216;RBI=0.170411,0.0130058,0.297083;REFB=-0.0911857,-0.0216773,-0.133833;REVB=0.114765,-0.00515769,0.107055;RO=11;SAF=0,0,3;SAR=3,4,2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.657411,-0.701405,0.059321;STB=0.5,0.5,0.61361;STBP=1,1,0.065;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0,0.171855;OID=.,.,.;OPOS=155217593,155217599,155217595;OREF=TGC,CG,C;OALT=CTG,-,-;OMAPALT=CTGCCCCG,TGCCCC,TGCCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:31:29:26:11:7:3,4,5:0,0,19:0,0,0.730769:3,4,2:0,0,3:6:5:0,0,13:0,0,6:5:2 chr1 155230131 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722171;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=239.074;QD=57.6807;RBI=0.0106136;REFB=0;REVB=0.0077779;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53265e-05;OID=.;OPOS=155230131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr1 155238548 . G A 231.43 PASS AF=0.300971;AO=31;DP=103;FAO=31;FDP=103;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.000909504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0999;QD=8.98772;RBI=0.00204161;REFB=-0.00397002;REVB=0.00182783;RO=72;SAF=8;SAR=23;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335617;STB=0.698677;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00704839;OID=.;OPOS=155238548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:72:72:31:31:0.300971:23:8:38:34:23:8:38:34 chr1 155247518 . G A 132.5 PASS AF=0.441176;AO=13;DP=32;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0247252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8976;QD=15.5878;RBI=0.103212;REFB=-0.0169888;REVB=0.100206;RO=19;SAF=10;SAR=3;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112636;STB=0.618909;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0285972;OID=.;OPOS=155247518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:19:19:13:15:0.441176:3:10:16:3:5:10:16:3 chr1 155258752 . G A 1304.44 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298483;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.7;QD=62.1163;RBI=0.0386896;REFB=0;REVB=0.0246164;RO=0;SAF=51;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014623;OID=.;OPOS=155258752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:33:51:0:0:33:51:0:0 chr1 155258756 . C T 1302.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.627;QD=62.0066;RBI=0.0173927;REFB=0;REVB=0.0115452;RO=0;SAF=52;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03455e-05;OID=.;OPOS=155258756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:32:52:0:0:32:52:0:0 chr1 155259439 . G A 299.88 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0102029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.006;QD=16.4319;RBI=0.0144471;REFB=0.0099897;REVB=-0.0102283;RO=39;SAF=22;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204806;STB=0.622565;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0129541;OID=.;OPOS=155259439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:40:33:33:0.452055:11:22:18:21:11:22:18:22 chr1 155260383 . G T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.933;QD=62.0214;RBI=0.0367024;REFB=0;REVB=0.0041;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78551e-05;OID=.;OPOS=155260383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr1 155265501 . G A 125.7 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0253288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.093;QD=10.6983;RBI=0.0323713;REFB=-0.00111476;REVB=0.0201581;RO=32;SAF=5;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2949;STB=0.675823;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0024005;OID=.;OPOS=155265501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:10:5:19:13:10:5:19:13 chr1 155294274 . A G 180.14 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.177918;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.192;QD=48.0372;RBI=0.181772;REFB=0;REVB=0.0372297;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00133573;OID=.;OPOS=155294274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr1 155306142 . G A 211.82 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0485197;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4501;QD=28.2424;RBI=0.0521623;REFB=-0.159881;REVB=0.0191506;RO=9;SAF=13;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571198;STB=0.518098;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0778577;OID=.;OPOS=155306142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:31:30:9:10:20:20:0.666667:7:13:5:4:7:13:6:4 chr1 155408558 . C T 374.5 PASS AF=0.481481;AO=38;DP=80;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00160564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.604;QD=18.4937;RBI=0.00828687;REFB=-0.0106366;REVB=0.00812983;RO=42;SAF=21;SAR=17;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273033;STB=0.521116;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0107346;OID=.;OPOS=155408558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:42:42:38:39:0.481481:17:21:22:20:17:22:22:20 chr1 155408635 . T C 1153.41 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7071;QD=60.7059;RBI=0.117647;REFB=0;REVB=0.105284;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137825;OID=.;OPOS=155408635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr1 155533274 . A T 212.23 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00228419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.565;QD=12.303;RBI=0.00526086;REFB=-0.00777925;REVB=0.00473911;RO=43;SAF=15;SAR=11;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1459;STB=0.583918;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0128561;OID=.;OPOS=155533274;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:11:15:19:24:11:15:19:24 chr1 155581311 . T C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.00261468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.365;QD=12.7389;RBI=0.0096141;REFB=-0.00440244;REVB=-0.00925172;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.547459;STB=0.811934;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00225164;OID=.;OPOS=155581311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:0:10:3:5:0:10 chr1 155658085 . T C 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0205819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.871;QD=8.89998;RBI=0.0264204;REFB=-0.00428268;REVB=-0.0165657;RO=26;SAF=2;SAR=9;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.562865;STB=0.840536;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0148608;OID=.;OPOS=155658085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:9:2:18:8:9:2:18:8 chr1 155735012 . T C 301.47 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0240741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.839;QD=16.7484;RBI=0.0243766;REFB=0.00199186;REVB=-0.00382855;RO=39;SAF=16;SAR=17;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100986;STB=0.556641;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00374181;OID=.;OPOS=155735012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:17:16:23:16:17:16:23:16 chr1 155755097 . G A 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4332;QD=59.6776;RBI=0.0191612;REFB=0;REVB=0.00404427;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0866e-05;OID=.;OPOS=155755097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr1 155837865 . G C 871.29 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068504;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.488;QD=58.0859;RBI=0.0685114;REFB=0;REVB=-0.00100946;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665342;OID=.;OPOS=155837865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr1 155838267 . T C,G 767.28 PASS AF=0.98,0.02;AO=46,2;DP=48;FAO=49,1;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=26,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646145,-0.00393582;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.077,52.9825;QD=61.3827;RBI=0.0695152,0.0137655;REFB=0,0;REVB=0.0256386,0.0131909;RO=0;SAF=21,0;SAR=25,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.85991e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000486427,0.163238;OID=.,.;OPOS=155838267,155838267;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:48:50:0:0:46,2:49,1:0.98,0.02:25,2:21,0:0:0:26,1:23,0:0:0 chr1 155870301 . G A 283.7 PASS AF=0.342593;AO=36;DP=110;FAO=37;FDP=108;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=17;FWDB=-0.000124948;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.927;QD=10.5074;RBI=0.00927997;REFB=0.000282744;REVB=-0.00927913;RO=70;SAF=31;SAR=5;SRF=54;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178566;STB=0.620737;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00083278;OID=.;OPOS=155870301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:70:71:36:37:0.342593:5:31:54:16:5:32:54:17 chr1 155880573 . C G 1141.28 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171819;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.762;QD=60.8681;RBI=0.0554322;REFB=0;REVB=0.0527021;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33134e-05;OID=.;OPOS=155880573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr1 155904177 . T C 1377.36 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00797584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.775;QD=62.6074;RBI=0.0131841;REFB=0;REVB=-0.0104979;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.13238e-06;OID=.;OPOS=155904177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:47:40:0:0:48:40:0:0 chr1 155912486 . T C 708.07 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7899;QD=62.9392;RBI=0.0318488;REFB=0;REVB=-0.00767743;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258915;OID=.;OPOS=155912486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:13:32:0:0:13:32:0:0 chr1 156011444 . T C 222.21 PASS AF=0.468085;AO=20;DP=48;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0483178;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0924;QD=18.9114;RBI=0.048377;REFB=-0.0375713;REVB=0.00239242;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194604;STB=0.531886;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0362713;OID=.;OPOS=156011444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:25:25:20:22:0.468085:10:10:12:13:11:11:11:14 chr1 156012579 . C T 157.56 PASS AF=0.349206;AO=18;DP=60;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0094358;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4458;QD=10.0035;RBI=0.0679314;REFB=-0.00728773;REVB=0.0672729;RO=38;SAF=8;SAR=10;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936946;STB=0.61393;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0651727;OID=.;OPOS=156012579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:38:41:18:22:0.349206:10:8:20:18:14:8:22:19 chr1 156096376 . G A 638.0 PASS AF=0.376289;AO=73;DP=195;FAO=73;FDP=194;FR=.;FRO=121;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=75;FSRR=46;FWDB=-0.00248399;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.322;QD=13.1545;RBI=0.0219446;REFB=-0.0136583;REVB=0.0218035;RO=120;SAF=38;SAR=35;SRF=74;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106586;STB=0.562332;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0254201;OID=.;OPOS=156096376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:120:121:73:73:0.376289:35:38:74:46:35:38:75:46 chr1 156096417 . T G 650.12 PASS AF=0.381443;AO=74;DP=194;FAO=74;FDP=194;FR=.;FRO=120;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=73;FSRR=47;FWDB=0.00639787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.768;QD=13.4044;RBI=0.00865768;REFB=-0.0123776;REVB=0.0058329;RO=119;SAF=36;SAR=38;SRF=72;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129265;STB=0.575098;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0201639;OID=.;OPOS=156096417;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:119:120:74:74:0.381443:38:36:72:47:38:36:73:47 chr1 156099669 . T G 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-6.27755e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.714;QD=17.4901;RBI=0.0483412;REFB=-0.00652581;REVB=-0.0483412;RO=30;SAF=11;SAR=17;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126215;STB=0.570431;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00389102;OID=.;OPOS=156099669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:17:11:8:22:17:11:8:22 chr1 156105028 . T C 239.49 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.015199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2368;QD=14.738;RBI=0.0163149;REFB=-0.0111682;REVB=-0.00593009;RO=36;SAF=11;SAR=17;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333549;STB=0.525011;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0160309;OID=.;OPOS=156105028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:17:11:13:23:17:11:13:24 chr1 156106185 . T C 210.2 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00313151;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.231;QD=17.8892;RBI=0.00830803;REFB=-0.043695;REVB=0.00769526;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097583;STB=0.555503;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0474433;OID=.;OPOS=156106185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:26:26:21:21:0.446809:11:10:15:11:11:10:15:11 chr1 156180109 . C A 181.26 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.0174922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.289;QD=9.41609;RBI=0.0206263;REFB=-0.00176732;REVB=0.0109301;RO=53;SAF=8;SAR=16;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351108;STB=0.705717;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00254147;OID=.;OPOS=156180109;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:53:24:24:0.311688:16:8:34:19:16:8:34:19 chr1 156202173 . A G 820.06 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.037831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.073;QD=55.5974;RBI=0.0434611;REFB=0.0585824;REVB=0.0213936;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016546;STB=0.508769;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000208493;OID=.;OPOS=156202173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:29:28:1:0:30:28:1:0 chr1 156206121 . G A 374.62 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00944249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.671;QD=20.8121;RBI=0.00956605;REFB=-0.00475895;REVB=-0.00153259;RO=34;SAF=20;SAR=18;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475298;STB=0.526302;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00643128;OID=.;OPOS=156206121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:18:20:16:18:18:20:16:18 chr1 156206205 . C T 206.86 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00106648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.796;QD=13.1338;RBI=0.00224189;REFB=-0.0161063;REVB=0.00197198;RO=37;SAF=16;SAR=9;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191341;STB=0.617665;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0287471;OID=.;OPOS=156206205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:38:25:25:0.396825:9:16:17:20:9:16:17:21 chr1 156215899 . G A 892.33 PASS AF=0.526946;AO=90;DP=169;FAO=88;FDP=167;FR=.;FRO=79;FSAF=62;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=0.00562059;FXX=0.0118336;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3903;QD=21.3731;RBI=0.0085188;REFB=-0.012635;REVB=0.00640148;RO=78;SAF=64;SAR=26;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129802;STB=0.565713;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0064757;OID=.;OPOS=156215899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:167:78:79:90:88:0.526946:26:64:45:33:26:62:46:33 chr1 156220056 . T C 320.24 PASS AF=0.595745;AO=27;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0055116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1071;QD=27.2544;RBI=0.10268;REFB=-0.00488259;REVB=-0.102532;RO=19;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100382;STB=0.546249;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00120022;OID=.;OPOS=156220056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:27:28:0.595745:15:12:11:8:15:13:11:8 chr1 156230303 . C T 110.87 PASS AF=0.22093;AO=15;DP=81;FAO=19;FDP=86;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.000427174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.779;QD=5.15662;RBI=0.000773208;REFB=-0.0169081;REVB=0.000644493;RO=63;SAF=9;SAR=6;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966747;STB=0.526288;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0959513;OID=.;OPOS=156230303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:86:63:67:15:19:0.22093:6:9:33:30:10:9:34:33 chr1 156233189 . C T 178.73 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00951402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.646;QD=15.211;RBI=0.00953714;REFB=-0.0231949;REVB=0.000663708;RO=27;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999497;STB=0.547461;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.034467;OID=.;OPOS=156233189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:28:19:19:0.404255:8:11:13:14:8:11:14:14 chr1 156255456 . G A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0143408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.111;QD=7.76134;RBI=0.0257586;REFB=-0.00769301;REVB=0.0213974;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603259;STB=0.538331;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0171236;OID=.;OPOS=156255456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:5:8:4:2:5:8 chr1 156263940 . T C 543.69 PASS AF=0.581395;AO=49;DP=85;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00662295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6882;QD=25.2877;RBI=0.0067697;REFB=0.0090882;REVB=0.00140193;RO=36;SAF=26;SAR=23;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17304;STB=0.597197;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00502239;OID=.;OPOS=156263940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:36:36:49:50:0.581395:23:26:11:25:23:27:11:25 chr1 156264000 . G A 284.66 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0111757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.48;QD=29.9643;RBI=0.0128834;REFB=-0.00931534;REVB=-0.00640977;RO=13;SAF=14;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155991;STB=0.585706;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00446871;OID=.;OPOS=156264000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:11:14:4:9:11:14:4:9 chr1 156280969 . G A 79.4 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0585041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6652;QD=15.8805;RBI=0.0612614;REFB=-0.01337;REVB=0.0181724;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121211;STB=0.571275;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0181766;OID=.;OPOS=156280969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:8:2:3:7:8:2:3:7 chr1 156280971 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.079737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.444;QD=15.8815;RBI=0.0798294;REFB=-0.0124743;REVB=-0.00383976;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121211;STB=0.571275;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0512699;OID=.;OPOS=156280971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:8:2:3:7:8:2:3:7 chr1 156306918 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0246339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.852;QD=15.2588;RBI=0.0246921;REFB=-0.000304669;REVB=-0.00169383;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372308;STB=0.726508;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=3.80698e-06;OID=.;OPOS=156306918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:6:1:3:3:6:1:3:3 chr1 156347131 . G A 306.68 PASS AF=0.478261;AO=34;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0361436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6784;QD=17.7786;RBI=0.0372644;REFB=-0.00337559;REVB=0.00907048;RO=35;SAF=20;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068398;STB=0.556518;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00118104;OID=.;OPOS=156347131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:36:34:33:0.478261:14:20:18:17:13:20:18:18 chr1 156347834 . T A 807.94 PASS AF=0.479769;AO=83;DP=175;FAO=83;FDP=173;FR=.;FRO=90;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=0.032914;FXX=0.0170445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0902;QD=18.6806;RBI=0.0992435;REFB=-0.0214855;REVB=0.0936265;RO=88;SAF=41;SAR=42;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374065;STB=0.514688;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.027927;OID=.;OPOS=156347834;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:173:88:90:83:83:0.479769:42:41:47:41:42:41:47:43 chr1 156348108 . G A 398.54 PASS AF=0.287234;AO=54;DP=188;FAO=54;FDP=188;FR=.;FRO=134;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=65;FSRR=69;FWDB=-0.0138431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.307;QD=8.47947;RBI=0.0412237;REFB=-0.0113576;REVB=0.0388299;RO=134;SAF=28;SAR=26;SRF=65;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406169;STB=0.523819;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0241485;OID=.;OPOS=156348108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:134:134:54:54:0.287234:26:28:65:69:26:28:65:69 chr1 156351699 . G A 771.43 PASS AF=0.521127;AO=74;DP=141;FAO=74;FDP=142;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.00317411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.81;QD=21.7305;RBI=0.0220346;REFB=-0.0375452;REVB=0.0218047;RO=65;SAF=32;SAR=42;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103848;STB=0.567549;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0279584;OID=.;OPOS=156351699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:65:68:74:74:0.521127:42:32:36:29:42:32:39:29 chr1 156354293 . A G 660.5 PASS AF=0.565217;AO=63;DP=116;FAO=65;FDP=115;FR=.;FRO=50;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.012309;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.115;QD=22.9738;RBI=0.013586;REFB=-0.0206289;REVB=0.00575034;RO=50;SAF=38;SAR=25;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0026794;STB=0.5069;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0165906;OID=.;OPOS=156354293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:50:50:63:65:0.565217:25:38:30:20:27:38:30:20 chr1 156354367 . A G 927.31 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0832473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1679;QD=57.957;RBI=0.0841891;REFB=0;REVB=0.0125573;RO=0;SAF=16;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170577;OID=.;OPOS=156354367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:47:16:0:0:47:17:0:0 chr1 156450719 . G A 365.34 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0392582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.726;QD=52.1908;RBI=0.100314;REFB=-0.0911824;REVB=0.092313;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526296;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00147505;OID=.;OPOS=156450719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:18:9:0:0:18:9:1:0 chr1 156496297 . T C 387.8 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00752696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3271;QD=15.9918;RBI=0.0151289;REFB=-0.00089686;REVB=0.0131236;RO=56;SAF=10;SAR=31;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292636;STB=0.666203;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00163021;OID=.;OPOS=156496297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:56:41:41:0.42268:31:10:28:28:31:10:28:28 chr1 156526387 . C G 2030.25 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186526;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7694;QD=62.4691;RBI=0.0483446;REFB=0;REVB=-0.0446013;RO=0;SAF=65;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000394388;OID=.;OPOS=156526387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:130:130:1:65:65:0:0:65:65:0:0 chr1 156526444 . T C 1539.31 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.547;QD=59.7789;RBI=0.0397555;REFB=0;REVB=0.0370345;RO=0;SAF=47;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42434e-05;OID=.;OPOS=156526444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:55:47:0:0:55:48:0:0 chr1 156532977 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2525;QD=56.7059;RBI=0.0252191;REFB=0;REVB=0.0113404;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158322;OID=.;OPOS=156532977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr1 156536221 . G C 1230.96 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00420839;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.122;QD=61.5481;RBI=0.0190547;REFB=0;REVB=-0.0185842;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.70456e-05;OID=.;OPOS=156536221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:33:47:0:0:33:47:0:0 chr1 156536251 . T C 1478.29 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00695224;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.195;QD=62.906;RBI=0.0119414;REFB=-0.0454673;REVB=0.00970897;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11527e-05;OID=.;OPOS=156536251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:94:94:0:0:93:94:1:39:54:0:0:39:55:0:0 chr1 156551504 . C T 116.25 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00085369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.937;QD=11.3413;RBI=0.0676653;REFB=-0.0348105;REVB=-0.0676599;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993992;STB=0.583215;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.035766;OID=.;OPOS=156551504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:25:27:14:14:0.341463:6:8:12:13:6:8:12:15 chr1 156556321 . G A 746.9 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00361612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.872;QD=63.5662;RBI=0.00462182;REFB=0;REVB=0.00287835;RO=0;SAF=36;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93969e-05;OID=.;OPOS=156556321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:11:36:0:0:11:36:0:0 chr1 156563275 . G C 385.33 PASS AF=0.627119;AO=36;DP=58;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00769001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.018;QD=26.1243;RBI=0.00835762;REFB=0.0232845;REVB=-0.00327315;RO=21;SAF=26;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118759;STB=0.561849;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00972243;OID=.;OPOS=156563275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:21:22:36:37:0.627119:10:26:12:9:10:27:13:9 chr1 156563375 . G A 676.92 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262851;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=317.789;QD=60.1706;RBI=0.0502792;REFB=-0.0614895;REVB=0.0428612;RO=1;SAF=38;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122067;STB=0.506491;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.000136423;OID=.;OPOS=156563375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:6:38:1:0:6:38:1:0 chr1 156563726 . A C 2011.18 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0177265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6473;QD=61.41;RBI=0.0203673;REFB=-0.0413272;REVB=-0.0100299;RO=1;SAF=67;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748422;STB=0.503936;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-7.92867e-05;OID=.;OPOS=156563726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:130:130:0.992366:63:67:0:1:63:67:0:1 chr1 156563813 . G A 1566.08 PASS AF=1;AO=89;DP=102;FAO=98;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731454;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.39;QD=63.9216;RBI=0.074514;REFB=0;REVB=0.0142157;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185185;OID=.;OPOS=156563813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:98:0:0:89:98:1:47:42:0:0:44:54:0:0 chr1 156563852 . C T 1358.6 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00717788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.261;QD=62.4644;RBI=0.00818461;REFB=0;REVB=-0.00393267;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09417e-05;OID=.;OPOS=156563852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:42:45:0:0:42:45:0:0 chr1 156564922 . C T 563.84 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.058592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.433;QD=57.8297;RBI=0.0619423;REFB=-0.0945136;REVB=-0.0200957;RO=1;SAF=14;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322882;STB=0.517232;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000570976;OID=.;OPOS=156564922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:24:14:1:0:24:14:1:0 chr1 156565049 . A AAC,AC 359.75 PASS AF=1,0;AO=22,4;DP=30;FAO=26,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124041,-0.00121888;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=256.527,237.317;QD=55.3459;RBI=0.0442701,0.0424953;REFB=0,0;REVB=0.0424968,0.0424778;RO=4;SAF=14,3;SAR=8,1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.113787,0.397043;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.000235285,0;OID=.,.;OPOS=156565050,156565050;OREF=-,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AAC,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:22,4:30:26,0:26:0:17,0:9,0:0:0:4:4:14,3:8,1:1:3 chr1 156595447 . G A 869.79 PASS AF=0.901408;AO=64;DP=71;FAO=64;FDP=71;FR=.;FRO=7;FSAF=55;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=8.34893e-05;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=236.567;QD=49.0021;RBI=0.0464563;REFB=-0.0312055;REVB=0.0464563;RO=6;SAF=55;SAR=9;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00863292;STB=0.500455;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232184;OID=.;OPOS=156595447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:71:6:7:64:64:0.901408:9:55:5:1:9:55:6:1 chr1 156622252 . G A 176.64 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0939736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5114;QD=14.1309;RBI=0.0961034;REFB=-0.00563711;REVB=-0.0201207;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925911;STB=0.553434;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0148552;OID=.;OPOS=156622252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:12:7:9:22:12:7:9:22 chr1 156627996 . T C 452.96 PASS AF=0.421488;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.0146782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.018;QD=14.9737;RBI=0.0178187;REFB=-0.0206547;REVB=-0.0101024;RO=68;SAF=32;SAR=19;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730791;STB=0.534046;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0341735;OID=.;OPOS=156627996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:68:70:51:51:0.421488:19:32:38:30:19:32:40:30 chr1 156639636 . G A 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0251278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.499;QD=21.6129;RBI=0.0256659;REFB=-0.0155527;REVB=0.00522808;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546921;STB=0.5307;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0170989;OID=.;OPOS=156639636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:15:9:10:13:15:9:10:13 chr1 156639753 . G A 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0192121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.872;QD=23.5284;RBI=0.0207784;REFB=0.000488007;REVB=-0.00791426;RO=15;SAF=11;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164855;STB=0.591977;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.000271286;OID=.;OPOS=156639753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:9:11:5:10:9:11:5:10 chr1 156640156 . G A 67.44 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00411859;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.889;QD=13.4876;RBI=0.00485346;REFB=-0.00294827;REVB=0.00256774;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119999;STB=0.571265;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00221448;OID=.;OPOS=156640156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:5:6:6:3:5:6 chr1 156640222 . GCCCTCCCCT GCCCTCCCCCT,GCCCTCCCCTC,GCCTCCCCT,GCCTCCCCTC 32.34 PASS AF=0,0.175,0,0;AO=5,4,5,2;DP=40;FAO=0,7,0,0;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=0,6,0,0;FSAR=0,1,0,0;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.205046,-0.0319983,-0.510055,-0.287691;FXX=0;HRUN=4,0,3,3;LEN=1,1,1,7;MLLD=11.5606,20.9702,15.003,32.3291;QD=3.23396;RBI=0.295311,0.203975,0.519973,0.320245;REFB=-0.00651417,-0.0116193,-0.0207488,-0.0148514;REVB=-0.21252,-0.201449,-0.101071,-0.140681;RO=18;SAF=0,3,5,2;SAR=5,1,0,0;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0,0.366849,0;SSEP=0,0,0.492308,0;SSSB=-0.66487,0.398544,0.72567,0.571416;STB=0.5,0.829763,0.5,0.5;STBP=1,0.089,1,1;TYPE=ins,ins,del,mnp;VARB=0,0.0348385,0.0147373,0.0393331;OID=.,.,.,.;OPOS=156640227,156640232,156640223,156640225;OREF=-,-,C,CTCCCCT;OALT=C,C,-,TCCCCTC;OMAPALT=GCCCTCCCCCT,GCCCTCCCCTC,GCCTCCCCT,GCCTCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.175,0,0:5,4,5,2:40:0,7,0,0:40:33:0,6,0,0:0,1,0,0:16:17:29:18:0,3,5,2:5,1,0,0:7:11 chr1 156640308 . C T 158.96 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0112788;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.105;QD=11.3542;RBI=0.0695616;REFB=-0.00816484;REVB=-0.0686411;RO=35;SAF=8;SAR=12;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156563;STB=0.582651;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0194627;OID=.;OPOS=156640308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:35:36:20:20:0.357143:12:8:19:16:12:8:19:17 chr1 156640503 . C T 577.62 PASS AF=0.422819;AO=60;DP=147;FAO=63;FDP=149;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=0.127666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9506;QD=15.5065;RBI=0.133706;REFB=-0.00770297;REVB=0.039732;RO=87;SAF=30;SAR=30;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00604707;STB=0.520454;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0140262;OID=.;OPOS=156640503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:87:86:60:63:0.422819:30:30:43:44:30:33:42:44 chr1 156641537 . C T 258.46 PASS AF=0.518519;AO=27;DP=53;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00689449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.538;QD=19.1449;RBI=0.0348191;REFB=-0.0269328;REVB=0.0341297;RO=26;SAF=11;SAR=16;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278005;STB=0.64239;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0225902;OID=.;OPOS=156641537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:26:27:28:0.518519:16:11:19:7:16:12:19:7 chr1 156642219 . T C 57.6 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=72;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0131571;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.46;QD=3.19978;RBI=0.0194009;REFB=-0.00316185;REVB=-0.0142578;RO=61;SAF=7;SAR=4;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140761;STB=0.59672;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0162022;OID=.;OPOS=156642219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:72:72:61:61:11:11:0.152778:4:7:32:29:4:7:32:29 chr1 156705593 . G C 1566.08 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.161;QD=59.6604;RBI=0.0540257;REFB=0;REVB=0.0160582;RO=0;SAF=49;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236572;OID=.;OPOS=156705593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:55:49:0:0:56:49:0:0 chr1 156713512 . C T 1041.18 PASS AF=0.972603;AO=73;DP=74;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0685715;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6712;QD=57.0509;RBI=0.0906062;REFB=-0.116241;REVB=0.0592236;RO=0;SAF=53;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509613;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00455866;OID=.;OPOS=156713512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:73:0:2:73:71:0.972603:20:53:0:0:20:51:2:0 chr1 156737969 . C T 235.59 PASS AF=0.45;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0769578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.5037;QD=15.706;RBI=0.114047;REFB=-0.000126366;REVB=0.0841677;RO=32;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484598;STB=0.507687;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.000887616;OID=.;OPOS=156737969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:32:33:26:27:0.45:15:11:12:20:16:11:13:20 chr1 156752048 . C G 769.3 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00434728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8;QD=56.9849;RBI=0.0112063;REFB=0;REVB=-0.0103287;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166485;OID=.;OPOS=156752048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr1 156760887 . C A 501.81 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=0.0378797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.629;QD=18.5855;RBI=0.0397829;REFB=-0.0197662;REVB=0.0121575;RO=55;SAF=17;SAR=36;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323559;STB=0.679178;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0127777;OID=.;OPOS=156760887;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:36:17:37:18:36:17:37:18 chr1 156784982 . T C 733.47 PASS AF=0.982456;AO=53;DP=54;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.101867;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.238;QD=51.4717;RBI=0.104647;REFB=-0.00288429;REVB=0.0239614;RO=1;SAF=15;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303689;STB=0.512816;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00169554;OID=.;OPOS=156784982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:57:1:1:53:56:0.982456:38:15:1:0:37:19:1:0 chr1 156785617 . G A 844.12 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.053;QD=55.3518;RBI=0.0673018;REFB=-0.104186;REVB=0.00675992;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415456;OID=.;OPOS=156785617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:61:0:0:59:61:1:29:30:0:0:31:30:0:0 chr1 156815904 . C A 151.29 PASS AF=0.227723;AO=23;DP=103;FAO=23;FDP=101;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0122396;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.785;QD=5.99163;RBI=0.0214136;REFB=-0.0116721;REVB=-0.0175709;RO=75;SAF=9;SAR=14;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957753;STB=0.565351;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0355469;OID=.;OPOS=156815904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:75:78:23:23:0.227723:14:9:35:40:14:9:37:41 chr1 156846233 . G A 317.11 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0156989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.072;QD=20.4586;RBI=0.0199414;REFB=-0.0148187;REVB=-0.0122964;RO=29;SAF=20;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473876;STB=0.5263;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0125707;OID=.;OPOS=156846233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:13:20:16:13:13:20:16:13 chr1 156849946 . G A 244.7 PASS AF=0.32967;AO=30;DP=92;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0179538;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.117;QD=10.7561;RBI=0.0179695;REFB=-0.00216403;REVB=0.000750798;RO=61;SAF=16;SAR=14;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469608;STB=0.527308;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00393421;OID=.;OPOS=156849946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:61:61:30:30:0.32967:14:16:35:26:14:16:35:26 chr1 156873727 . G A 442.87 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.00408266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1773;QD=16.2522;RBI=0.0342848;REFB=-0.0247342;REVB=0.0340408;RO=60;SAF=26;SAR=23;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690034;STB=0.538504;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0242114;OID=.;OPOS=156873727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:60:49:49:0.449541:23:26:36:24:23:26:36:24 chr1 156877457 . T C 1133.99 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0286993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1896;QD=56.6996;RBI=0.0330168;REFB=0.0310163;REVB=-0.0163236;RO=3;SAF=44;SAR=33;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311779;STB=0.516479;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00429114;OID=.;OPOS=156877457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:3:3:77:77:0.9625:33:44:3:0:33:44:3:0 chr1 156877797 . C A 112.99 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.054648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.812;QD=9.41613;RBI=0.0556871;REFB=-0.00655508;REVB=0.0107078;RO=34;SAF=4;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323906;STB=0.696684;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.01254;OID=.;OPOS=156877797;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:10:4:19:15:10:4:19:15 chr1 156878531 . T C 125.45 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0254907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4814;QD=8.96057;RBI=0.0563911;REFB=-0.00328384;REVB=-0.0503009;RO=38;SAF=11;SAR=6;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480076;STB=0.515064;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0078273;OID=.;OPOS=156878531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:39:17:17:0.303571:6:11:26:12:6:11:26:13 chr1 156878737 . T C 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0208854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.005;QD=13.6609;RBI=0.0356381;REFB=-0.00747651;REVB=-0.0288768;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221397;STB=0.629443;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00919272;OID=.;OPOS=156878737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:9:5:12:9:9:5:12:9 chr1 156879580 . C T 229.09 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0185119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.559;QD=16.0768;RBI=0.0185171;REFB=-0.00789247;REVB=0.000437746;RO=31;SAF=6;SAR=20;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310124;STB=0.676776;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00878506;OID=.;OPOS=156879580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:20:6:16:15:20:6:16:15 chr1 156882996 . G C 384.55 PASS AF=0.64;AO=31;DP=49;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0277233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2325;QD=30.7639;RBI=0.0321183;REFB=-0.0675375;REVB=0.0162174;RO=18;SAF=15;SAR=16;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264482;STB=0.508788;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0252374;OID=.;OPOS=156882996;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:18:18:31:32:0.64:16:15:8:10:17:15:8:10 chr1 156883215 . C A 495.76 PASS AF=0.521277;AO=45;DP=90;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.0746887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.5339;QD=21.0961;RBI=0.108223;REFB=-0.0596782;REVB=0.0783187;RO=45;SAF=30;SAR=15;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459402;STB=0.541272;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0586591;OID=.;OPOS=156883215;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:94:45:45:45:49:0.521277:15:30:32:13:18:31:32:13 chr1 156883493 . G A 158.36 PASS AF=0.278481;AO=22;DP=81;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0133118;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.448;QD=8.01795;RBI=0.0314956;REFB=-0.0135673;REVB=-0.0285442;RO=57;SAF=15;SAR=7;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274624;STB=0.664959;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0288241;OID=.;OPOS=156883493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:57:57:22:22:0.278481:7:15:26:31:7:15:26:31 chr1 156883546 . A G 227.07 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00793317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.761;QD=11.3537;RBI=0.00793597;REFB=0.00842793;REVB=-0.000210633;RO=52;SAF=18;SAR=10;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26653;STB=0.654146;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00557405;OID=.;OPOS=156883546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:28:28:0.35:10:18:21:31:10:18:21:31 chr1 156884584 . C T 332.9 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0374746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.763;QD=19.023;RBI=0.0398833;REFB=-0.00644017;REVB=0.0136501;RO=35;SAF=15;SAR=20;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106843;STB=0.559289;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00782565;OID=.;OPOS=156884584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:20:15:11:24:20:15:11:24 chr1 156890672 . T C 582.41 PASS AF=0.352657;AO=72;DP=207;FAO=73;FDP=207;FR=.;FRO=134;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=68;FSRR=66;FWDB=0.0103665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.49;QD=11.2544;RBI=0.0630751;REFB=-0.000275207;REVB=-0.0622174;RO=134;SAF=33;SAR=39;SRF=68;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560785;STB=0.535941;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0010165;OID=.;OPOS=156890672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:134:134:72:73:0.352657:39:33:68:66:40:33:68:66 chr1 156902222 . G A 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0333427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.805;QD=9.14906;RBI=0.0353818;REFB=-0.0153215;REVB=-0.011838;RO=39;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997991;STB=0.503872;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0222874;OID=.;OPOS=156902222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:40:18:18:0.310345:10:8:17:22:10:8:18:22 chr1 156902259 . G A 905.94 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0383149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.464;QD=56.6215;RBI=0.0383169;REFB=-0.0260231;REVB=-0.000389455;RO=1;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119558;STB=0.506327;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000800222;OID=.;OPOS=156902259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:39:24:0:1:39:24:0:1 chr1 156902281 . T G 221.66 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00982602;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.321;QD=14.3009;RBI=0.0100979;REFB=-0.0155295;REVB=0.00232724;RO=36;SAF=9;SAR=17;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134806;STB=0.576963;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0252307;OID=.;OPOS=156902281;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:17:9:17:19:17:9:17:19 chr1 156904644 . A G 282.94 PASS AF=0.342857;AO=36;DP=105;FAO=36;FDP=105;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0313487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.584;QD=10.7785;RBI=0.0313619;REFB=0.000773198;REVB=0.000907559;RO=69;SAF=17;SAR=19;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595644;STB=0.534344;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00129401;OID=.;OPOS=156904644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:69:69:36:36:0.342857:19:17:29:40:19:17:29:40 chr1 156904818 . G A 434.89 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0120084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.297;QD=16.411;RBI=0.0413381;REFB=-0.00753846;REVB=0.0395555;RO=58;SAF=29;SAR=19;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183029;STB=0.510225;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00985003;OID=.;OPOS=156904818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:58:48:48:0.45283:19:29:34:24:19:29:34:24 chr1 156907081 . T C,G 403.25 PASS AF=0.965517,0.0344828;AO=27,2;DP=29;FAO=28,1;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173799,-0.0291856;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=210.468,103.035;QD=55.621;RBI=0.0505075,0.0292643;REFB=0,0;REVB=0.0474231,0.00214451;RO=0;SAF=14,1;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.39874e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00144196,0.0720897;OID=.,.;OPOS=156907081,156907081;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:29:29:0:0:27,2:28,1:0.965517,0.0344828:13,1:14,1:0:0:13,1:15,0:0:0 chr1 156907115 . T C 248.29 PASS AF=0.55814;AO=21;DP=40;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0223503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6423;QD=23.097;RBI=0.0946129;REFB=-0.041829;REVB=0.0919351;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918802;STB=0.576045;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0393019;OID=.;OPOS=156907115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:19:19:21:24:0.55814:10:11:12:7:13:11:12:7 chr1 156909695 . G A 530.05 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.00719455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.186;QD=18.1213;RBI=0.00859882;REFB=-0.0106484;REVB=0.00470936;RO=58;SAF=30;SAR=26;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11159;STB=0.554712;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0121763;OID=.;OPOS=156909695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:61:56:56:0.478632:26:30:38:20:26:30:39:22 chr1 156939067 . G A 363.77 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00398002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8721;QD=21.0878;RBI=0.0114015;REFB=-0.00147164;REVB=-0.0106843;RO=32;SAF=24;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15654;STB=0.586749;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0010936;OID=.;OPOS=156939067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:13:24:15:17:13:24:15:17 chr1 156948022 . G A 224.82 PASS AF=0.280702;AO=32;DP=114;FAO=32;FDP=114;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=63;FSRR=19;FWDB=0.0431277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5069;QD=7.88826;RBI=0.0482224;REFB=-0.000723711;REVB=0.021573;RO=80;SAF=22;SAR=10;SRF=62;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131457;STB=0.571195;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00249971;OID=.;OPOS=156948022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:80:82:32:32:0.280702:10:22:62:18:10:22:63:19 chr1 157062739 . C G 415.45 PASS AF=0.65;AO=31;DP=60;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0222633;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.072;QD=27.6969;RBI=0.0222916;REFB=-0.00779018;REVB=0.00112348;RO=19;SAF=17;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12403;STB=0.573479;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00359671;OID=.;OPOS=157062739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:19:21:31:39:0.65:14:17:7:12:16:23:8:13 chr1 157095409 . G A 352.73 PASS AF=0.363636;AO=26;DP=83;FAO=28;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.0132068;FXX=0.0609682;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.413;QD=18.3234;RBI=0.0164456;REFB=0.000198892;REVB=-0.00979992;RO=41;SAF=7;SAR=19;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070219;STB=0.530366;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0125265;OID=.;OPOS=157095409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:77:41:37:26:28:0.363636:19:7:9:32:20:8:9:28 chr1 157095470 . A G 316.35 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=41;FWDB=0.0117934;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.536;QD=14.7138;RBI=0.0438445;REFB=-0.0257736;REVB=-0.0422286;RO=46;SAF=16;SAR=19;SRF=10;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251869;STB=0.660168;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0161277;OID=.;OPOS=157095470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:86:46:51:35:35:0.406977:19:16:10:36:19:16:10:41 chr1 157488487 . C T 633.63 PASS AF=0.464286;AO=65;DP=140;FAO=65;FDP=140;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.00788399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.425;QD=18.1036;RBI=0.0103573;REFB=-0.00500794;REVB=-0.00671681;RO=75;SAF=30;SAR=35;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0049751;STB=0.502762;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00568598;OID=.;OPOS=157488487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:75:75:65:65:0.464286:35:30:35:40:35:30:35:40 chr1 157489535 . G A 279.11 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0145214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.56;QD=16.4183;RBI=0.0228137;REFB=-0.00976532;REVB=0.0175953;RO=36;SAF=18;SAR=13;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283676;STB=0.664107;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00747685;OID=.;OPOS=157489535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:36:37:31:31:0.455882:13:18:10:26:13:18:10:27 chr1 157494106 . C T 229.53 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0941081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7959;QD=22.3933;RBI=0.0996939;REFB=0.0124934;REVB=0.0329021;RO=19;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152826;STB=0.58529;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.0079471;OID=.;OPOS=157494106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:11:11:13:6:11:11:13:6 chr1 157504143 . G A 271.66 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0136087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.933;QD=14.6842;RBI=0.0431535;REFB=-0.0250751;REVB=-0.0409516;RO=43;SAF=7;SAR=24;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132941;STB=0.575948;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0367974;OID=.;OPOS=157504143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:24:7:14:29:24:7:14:29 chr1 157504422 . C T 178.54 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0111222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.5;QD=15.1944;RBI=0.0170617;REFB=-0.00518765;REVB=-0.0129383;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226;STB=0.629823;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0061959;OID=.;OPOS=157504422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:8:11:10:18:8:11:10:18 chr1 157504433 . C G 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00784791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.021;QD=12.0148;RBI=0.0165432;REFB=-0.0150657;REVB=-0.0145632;RO=33;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188011;STB=0.61753;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0295408;OID=.;OPOS=157504433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:34:20:20:0.37037:8:12:14:19:8:12:14:20 chr1 157508882 . C T 327.97 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00402488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5481;QD=30.5086;RBI=0.0634643;REFB=-0.0153354;REVB=0.0633366;RO=15;SAF=12;SAR=16;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246051;STB=0.513504;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0174381;OID=.;OPOS=157508882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:16:12:7:8:16:12:7:8 chr1 157509025 . C T 1066.18 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00892967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.646;QD=58.421;RBI=0.0306278;REFB=0.0313222;REVB=-0.0292971;RO=1;SAF=41;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113966;STB=0.506022;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000378142;OID=.;OPOS=157509025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:31:41:1:0:31:41:1:0 chr1 157514091 . C T 484.29 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0257896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6271;QD=23.6239;RBI=0.0786517;REFB=0.0119789;REVB=-0.0743034;RO=36;SAF=21;SAR=25;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101163;STB=0.555531;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0153236;OID=.;OPOS=157514091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:36:46:46:0.560976:25:21:21:15:25:21:21:15 chr1 157514097 . A G 554.81 PASS AF=0.573034;AO=51;DP=89;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0192397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.554;QD=24.9352;RBI=0.0269366;REFB=-0.0137717;REVB=0.0188525;RO=38;SAF=26;SAR=25;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334356;STB=0.518299;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.011562;OID=.;OPOS=157514097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:38:38:51:51:0.573034:25:26:21:17:25:26:21:17 chr1 157517127 . C T 320.82 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.011949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.021;QD=21.3877;RBI=0.012697;REFB=-0.00975921;REVB=-0.00429359;RO=27;SAF=18;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111944;STB=0.561896;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00868467;OID=.;OPOS=157517127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:15:18:11:16:15:18:11:16 chr1 157548259 . C T 222.3 PASS AF=0.318182;AO=28;DP=88;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00150646;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.989;QD=10.1044;RBI=0.0103004;REFB=-0.00508385;REVB=-0.0101896;RO=59;SAF=19;SAR=9;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127996;STB=0.582251;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0129244;OID=.;OPOS=157548259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:59:60:28:28:0.318182:9:19:34:25:9:19:34:26 chr1 157557701 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.000898046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.198;QD=15.5714;RBI=0.0260198;REFB=-0.0215192;REVB=-0.0260043;RO=12;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232635;STB=0.513489;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.024294;OID=.;OPOS=157557701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:9:2:2:10:9:2:2:10 chr1 157567751 . A G 191.53 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3671;QD=47.8815;RBI=0.112614;REFB=0;REVB=0.104159;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000740867;OID=.;OPOS=157567751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:9:6:0:0:10:6:0:0 chr1 157660199 . G A 211.49 PASS AF=0.317647;AO=26;DP=84;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.00577327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.164;QD=9.95258;RBI=0.00634131;REFB=0.00183519;REVB=-0.00262326;RO=51;SAF=9;SAR=17;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314467;STB=0.698102;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00478124;OID=.;OPOS=157660199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:51:58:26:27:0.317647:17:9:32:19:17:10:39:19 chr1 157668390 . T C 362.61 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0444801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0611;QD=20.7208;RBI=0.0460885;REFB=-0.0112176;REVB=0.0120693;RO=33;SAF=18;SAR=19;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758999;STB=0.541997;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00848818;OID=.;OPOS=157668390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:19:18:19:14:19:18:19:14 chr1 157670290 . C G 404.12 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.0217856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7393;QD=19.4756;RBI=0.0221235;REFB=-0.0107209;REVB=-0.00385216;RO=42;SAF=18;SAR=23;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226016;STB=0.625158;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00910198;OID=.;OPOS=157670290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:23:18:29:13:23:18:29:13 chr1 157738239 . G T 198.01 PASS AF=0.342466;AO=23;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0442725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7499;QD=10.8496;RBI=0.129815;REFB=-0.0455911;REVB=-0.122032;RO=35;SAF=10;SAR=13;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317182;STB=0.593332;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0755362;OID=.;OPOS=157738239;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:48:23:25:0.342466:13:10:26:9:15:10:26:22 chr1 157771880 . C T 228.16 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0216277;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.001;QD=20.2809;RBI=0.0272462;REFB=-0.0143185;REVB=-0.016571;RO=23;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139686;STB=0.578444;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0187584;OID=.;OPOS=157771880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:12:10:7:16:12:10:7:16 chr1 157802979 . C T 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.53;QD=57.8842;RBI=0.0142842;REFB=0;REVB=0.0121391;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28072e-05;OID=.;OPOS=157802979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:38:22:0:0:38:22:0:0 chr1 157803128 . C T 232.79 PASS AF=0.325843;AO=29;DP=89;FAO=29;FDP=89;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0190689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.104;QD=10.4626;RBI=0.0227923;REFB=-0.00929542;REVB=-0.0124846;RO=59;SAF=8;SAR=21;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246979;STB=0.65119;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0155698;OID=.;OPOS=157803128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:59:60:29:29:0.325843:21:8:28:31:21:8:29:31 chr1 158045980 . C T 65.79 PASS AF=0.123967;AO=15;DP=122;FAO=15;FDP=121;FR=.;FRO=106;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=52;FWDB=-0.0354699;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.664;QD=2.17484;RBI=0.0381088;REFB=-0.0072582;REVB=-0.0139343;RO=107;SAF=9;SAR=6;SRF=54;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118007;STB=0.579893;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0531829;OID=.;OPOS=158045980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:122:121:107:106:15:15:0.123967:6:9:54:53:6:9:54:52 chr1 158061343 . C T 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0687572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5133;QD=14.2608;RBI=0.0770201;REFB=-0.0229744;REVB=-0.0347065;RO=24;SAF=2;SAR=14;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334544;STB=0.6997;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0324393;OID=.;OPOS=158061343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:14:2:8:16:14:2:8:16 chr1 158066834 . A G 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2241;QD=64.1527;RBI=0.0399846;REFB=0;REVB=0.00677905;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571347;OID=.;OPOS=158066834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr1 158151332 . TG T 65.93 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0783314;FXX=0.0163908;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.1277;QD=4.39523;RBI=0.143037;REFB=0.00517626;REVB=0.119681;RO=34;SAF=18;SAR=3;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510203;STB=0.778569;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=-0.00723844;OID=.;OPOS=158151333;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:21:60:20:60:40:17:3:20:20:65:34:18:3:15:19 chr1 158224904 . C T 224.75 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0309147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8718;QD=10.8312;RBI=0.032568;REFB=0.00281014;REVB=0.0102446;RO=55;SAF=20;SAR=8;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376996;STB=0.719022;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00215351;OID=.;OPOS=158224904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:55:55:28:28:0.337349:8:20:21:34:8:20:21:34 chr1 158225019 . C G 565.51 PASS AF=0.504348;AO=58;DP=111;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.00172523;FXX=0.00861995;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.9212;QD=19.6698;RBI=0.0150271;REFB=0.0219563;REVB=0.0149277;RO=53;SAF=27;SAR=31;SRF=14;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178697;STB=0.575317;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0228444;OID=.;OPOS=158225019;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:115:53:57:58:58:0.504348:31:27:14:39:31:27:18:39 chr1 158324425 . A G 342.51 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0262877;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.464;QD=18.267;RBI=0.0262908;REFB=-0.00903813;REVB=0.000404169;RO=39;SAF=20;SAR=16;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111253;STB=0.562096;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0101211;OID=.;OPOS=158324425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:16:20:17:22:16:20:17:22 chr1 158435927 . C A 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00857418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.428;QD=16.1557;RBI=0.0154009;REFB=-0.0367036;REVB=0.0127933;RO=32;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235683;STB=0.513298;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0462516;OID=.;OPOS=158435927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:15:12:15:17:15:12:15:17 chr1 158436299 . T C 217.77 PASS AF=0.301075;AO=28;DP=93;FAO=28;FDP=93;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.00767839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.169;QD=9.36637;RBI=0.0916243;REFB=-0.00391894;REVB=0.091302;RO=65;SAF=19;SAR=9;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629743;STB=0.537248;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00913383;OID=.;OPOS=158436299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:65:65:28:28:0.301075:9:19:41:24:9:19:41:24 chr1 158450142 . C T 308.5 PASS AF=0.455696;AO=32;DP=75;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00730214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.564;QD=15.62;RBI=0.0122998;REFB=-0.0281542;REVB=-0.0098977;RO=43;SAF=22;SAR=10;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189752;STB=0.555524;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0258592;OID=.;OPOS=158450142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:79:43:43:32:36:0.455696:10:22:22:21:14:22:22:21 chr1 158450314 . A G 96.72 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0011082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3384;QD=12.4806;RBI=0.0264622;REFB=0.00185735;REVB=-0.026439;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600117;STB=0.535459;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.00425058;OID=.;OPOS=158450314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:5:7:10:9:5:7:10:9 chr1 158450382 . C T 171.12 PASS AF=0.422222;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0169118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.86;QD=15.2108;RBI=0.0208551;REFB=-0.0195443;REVB=-0.0122035;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282363;STB=0.632049;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0298188;OID=.;OPOS=158450382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:26:18:19:0.422222:7:11:9:18:8:11:9:17 chr1 158517142 . C T 441.46 PASS AF=0.650794;AO=41;DP=61;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00143257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.243;QD=28.0293;RBI=0.00917201;REFB=-0.0279048;REVB=-0.00905945;RO=19;SAF=26;SAR=15;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978135;STB=0.580965;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0125637;OID=.;OPOS=158517142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:19:22:41:41:0.650794:15:26:9:10:15:26:9:13 chr1 158517353 . G A 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00848507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.559;QD=16.728;RBI=0.0161188;REFB=-0.0115206;REVB=-0.0137048;RO=19;SAF=3;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376132;STB=0.718844;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0170963;OID=.;OPOS=158517353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:13:3:10:9:13:3:10:9 chr1 158533140 . A G 317.05 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0108529;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6366;QD=18.1172;RBI=0.0752797;REFB=-0.0011972;REVB=-0.0744933;RO=35;SAF=22;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152179;STB=0.592988;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.000196302;OID=.;OPOS=158533140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:36:34:34:0.485714:12:22:17:18:12:22:17:19 chr1 158533224 . A G 263.57 PASS AF=0.441176;AO=29;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.058317;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1282;QD=15.5042;RBI=0.058432;REFB=0.000883606;REVB=-0.00366485;RO=39;SAF=20;SAR=9;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13879;STB=0.590846;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.000365083;OID=.;OPOS=158533224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:38:29:30:0.441176:9:20:22:17:9:21:21:17 chr1 158549264 . G A 213.06 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00411122;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.492;QD=19.8191;RBI=0.0176345;REFB=-0.0133189;REVB=-0.0171486;RO=23;SAF=15;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113971;STB=0.580923;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0145382;OID=.;OPOS=158549264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:22:20:21:0.488372:5:15:15:8:5:16:14:8 chr1 158549420 . C T 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0100944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8181;QD=18.6756;RBI=0.0408771;REFB=-0.00384296;REVB=-0.0396111;RO=26;SAF=22;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995555;STB=0.616107;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00527674;OID=.;OPOS=158549420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:32:32:32:0.5:10:22:15:11:10:22:15:17 chr1 158549492 . C T 237.61 PASS AF=0.4;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00327894;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.546;QD=13.5774;RBI=0.00530995;REFB=-0.00594427;REVB=0.00417661;RO=42;SAF=12;SAR=16;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506086;STB=0.528905;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0097836;OID=.;OPOS=158549492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:42:42:28:28:0.4:16:12:20:22:16:12:20:22 chr1 158549511 . A G 192.88 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0150587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.044;QD=12.055;RBI=0.0174752;REFB=-0.00989864;REVB=-0.00886665;RO=40;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640906;STB=0.537006;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0123055;OID=.;OPOS=158549511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:14:10:19:21:14:10:19:21 chr1 158577109 . A C 344.22 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0363507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.051;QD=14.0499;RBI=0.0571828;REFB=-0.0180717;REVB=-0.0441418;RO=60;SAF=18;SAR=20;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799709;STB=0.545431;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.035426;OID=.;OPOS=158577109;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:60:38:38:0.387755:20:18:24:36:20:18:24:36 chr1 158582646 . T C 310.09 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0085122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.056;QD=13.7818;RBI=0.0261151;REFB=-0.0170291;REVB=-0.0246889;RO=53;SAF=16;SAR=19;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554755;STB=0.542833;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0253497;OID=.;OPOS=158582646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:55:35:35:0.388889:19:16:27:26:19:16:29:26 chr1 158584091 . A G 237.64 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0261136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.481;QD=13.7762;RBI=0.0265227;REFB=-0.00614954;REVB=-0.0046406;RO=40;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200835;STB=0.606482;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00795291;OID=.;OPOS=158584091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:40:41:28:28:0.405797:12:16:15:25:12:16:16:25 chr1 158587390 . C T 276.33 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00133574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.261;QD=15.7902;RBI=0.0288882;REFB=-0.0118097;REVB=-0.0288573;RO=39;SAF=15;SAR=16;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104359;STB=0.558786;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0178537;OID=.;OPOS=158587390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:16:15:23:16:16:15:23:16 chr1 158607935 . T G 298.26 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0817074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8729;QD=13.5572;RBI=0.0826;REFB=0.00269679;REVB=-0.0121102;RO=53;SAF=18;SAR=16;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598113;STB=0.527575;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.00275067;OID=.;OPOS=158607935;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:53:54:34:34:0.386364:16:18:31:22:16:18:31:23 chr1 158612236 . A G 1422.09 PASS AF=0.466877;AO=148;DP=319;FAO=148;FDP=317;FR=.;FRO=169;FSAF=88;FSAR=60;FSRF=82;FSRR=87;FWDB=0.000642715;FXX=0.0062694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.013;QD=17.9443;RBI=0.00637766;REFB=-0.020315;REVB=0.00634519;RO=169;SAF=88;SAR=60;SRF=82;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107137;STB=0.559121;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0191533;OID=.;OPOS=158612236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:317:169:169:148:148:0.466877:60:88:82:87:60:88:82:87 chr1 158619728 . A C 2008.91 PASS AF=1;AO=88;DP=131;FAO=129;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=59;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125064;FXX=0.015266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.08;QD=62.2918;RBI=0.043768;REFB=0;REVB=0.0437501;RO=0;SAF=54;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220932;OID=.;OPOS=158619728;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:129:0:0:88:129:1:34:54:0:0:70:59:0:0 chr1 158626378 . C T 444.76 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0152839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.751;QD=20.4487;RBI=0.0247409;REFB=-0.0029707;REVB=-0.0194554;RO=43;SAF=16;SAR=28;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156899;STB=0.587056;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00245026;OID=.;OPOS=158626378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:28:16:23:20:28:16:23:20 chr1 158631171 . A C 689.85 PASS AF=0.511278;AO=67;DP=132;FAO=68;FDP=133;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0222189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.806;QD=20.7472;RBI=0.0246148;REFB=-0.0266111;REVB=-0.0105928;RO=65;SAF=25;SAR=42;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164499;STB=0.585143;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0239705;OID=.;OPOS=158631171;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:65:65:67:68:0.511278:42:25:36:29:42:26:36:29 chr1 158644161 . G A 136.99 PASS AF=0.25974;AO=20;DP=77;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00116326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.673;QD=7.11636;RBI=0.036304;REFB=0.000946352;REVB=0.0362853;RO=57;SAF=11;SAR=9;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716725;STB=0.543519;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.00275791;OID=.;OPOS=158644161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:57:57:20:20:0.25974:9:11:28:29:9:11:28:29 chr1 158647495 . A T 837.82 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00418221;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.212;QD=57.7804;RBI=0.0142987;REFB=0;REVB=-0.0136734;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70981e-05;OID=.;OPOS=158647495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr1 158655036 . G A 1470.04 PASS AF=0.979592;AO=90;DP=92;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0947301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.866;QD=60.0017;RBI=0.0953901;REFB=-0.158497;REVB=-0.0112012;RO=0;SAF=30;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508195;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00178465;OID=.;OPOS=158655036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:98:0:2:90:96:0.979592:60:30:0:0:60:36:0:2 chr1 158656281 . T C 1806.64 PASS AF=0.991667;AO=118;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0137782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.195;QD=60.2212;RBI=0.0223194;REFB=-0.114858;REVB=0.017559;RO=0;SAF=80;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000150634;OID=.;OPOS=158656281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:0:1:118:119:0.991667:38:80:0:0:39:80:0:1 chr1 158669630 . C A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0126145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.893;QD=13.7531;RBI=0.0135315;REFB=-0.00804813;REVB=0.00489647;RO=23;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196948;STB=0.615836;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0116523;OID=.;OPOS=158669630;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:11:4:10:13:11:4:10:13 chr1 158687555 . G A 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.000378217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.532;QD=13.3417;RBI=0.0271395;REFB=-0.0119224;REVB=-0.0271368;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298004;STB=0.670006;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.021658;OID=.;OPOS=158687555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:9:12:9:23:9:12:9:23 chr1 158725495 . G A 217.48 PASS AF=0.294737;AO=28;DP=94;FAO=28;FDP=95;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.0362993;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.048;QD=9.15688;RBI=0.0377637;REFB=-0.00559892;REVB=0.0104144;RO=64;SAF=11;SAR=17;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269268;STB=0.660931;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0142186;OID=.;OPOS=158725495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:64:67:28:28:0.294737:17:11:40:24:17:11:42:25 chr1 158736215 . G A 242.11 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.04513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5208;QD=16.9901;RBI=0.0468016;REFB=-0.0214736;REVB=-0.0123964;RO=30;SAF=8;SAR=19;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348579;STB=0.696189;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0158575;OID=.;OPOS=158736215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:19:8:20:10:19:8:20:10 chr1 158813819 . A G 1434.43 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.567;QD=63.052;RBI=0.0203609;REFB=0;REVB=0.00314457;RO=0;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08152e-05;OID=.;OPOS=158813819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:88:91:1:36:52:0:0:37:54:0:0 chr1 158986477 . G C 152.38 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0730883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3016;QD=8.58476;RBI=0.0750526;REFB=-0.0112705;REVB=-0.0170589;RO=48;SAF=3;SAR=18;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344123;STB=0.729025;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0206658;OID=.;OPOS=158986477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:48:50:21:21:0.295775:18:3:17:31:18:3:19:31 chr1 158990247 . A G 375.99 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.0125019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.707;QD=14.6015;RBI=0.0145432;REFB=-0.0094388;REVB=0.0074302;RO=58;SAF=15;SAR=28;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240831;STB=0.500745;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0138163;OID=.;OPOS=158990247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:60:43:43:0.417476:28:15:19:39:28:15:21:39 chr1 159002377 . C A 291.41 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0261603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4343;QD=20.815;RBI=0.0265942;REFB=-0.0194328;REVB=0.00478433;RO=25;SAF=19;SAR=12;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933626;STB=0.551521;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0135593;OID=.;OPOS=159002377;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:12:19:18:7:12:19:18:7 chr1 159002389 . T A 390.99 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00221381;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.531;QD=24.4371;RBI=0.00230947;REFB=-0.0218696;REVB=0.000657803;RO=27;SAF=25;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235253;STB=0.501824;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0131304;OID=.;OPOS=159002389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:27:26:38:38:0.59375:13:25:17:10:13:25:17:9 chr1 159032486 . GTTTTTTTTTT GTTTTTTTT,GTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTG,TGTTTTTTTTT 284.05 PASS AF=0.0649351,0.831169,0.0779221,0.012987;AO=12,30,3,4;DP=77;FAO=5,64,6,1;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=2,42,5,1;FSAR=3,22,1,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0367868,0.0706218,0.108234,0.0553573;FXX=0;HRUN=10,10,10,1;LEN=2,1,1,2;MLLD=8.38677,5.46224,19.7427,24.3998;QD=14.756;RBI=0.249472,0.443317,0.264047,0.204104;REFB=-0.0510071,-0.0884485,-0.0533343,-0.00322738;REVB=0.246745,0.437656,0.240845,0.196454;RO=21;SAF=10,22,3,1;SAR=2,8,0,3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.396195,0.180183,0.580372,-0.315945;STB=0.599598,0.505881,0.54531,0.5;STBP=0.517,0.557,0.659,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=0.0219784,0.0475396,0.0855258,-0.0371525;OID=.,.,.,.;OPOS=159032487,159032487,159032496,159032486;OREF=TT,T,T,GT;OALT=-,-,G,TG;OMAPALT=GTTTTTTTT,GTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTG,TGTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:19:77:77:21:1:12,30,3,4:5,64,6,1:0.0649351,0.831169,0.0779221,0.012987:2,8,0,3:10,22,3,1:11:10:3,22,1,0:2,42,5,1:1:0 chr1 159169641 . T C 671.66 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0171537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7154;QD=52.6793;RBI=0.0210716;REFB=0.0423387;REVB=0.0122377;RO=2;SAF=28;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0064371;STB=0.503721;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00392539;OID=.;OPOS=159169641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:51:2:2:48:49:0.960784:20:28:1:1:20:29:1:1 chr1 159175354 . G A 364.05 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.0135444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.157;QD=13.4835;RBI=0.018143;REFB=-0.00344782;REVB=-0.0120713;RO=64;SAF=27;SAR=16;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722861;STB=0.537053;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00455874;OID=.;OPOS=159175354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:65:43:43:0.398148:16:27:36:28:16:27:37:28 chr1 159273943 . G A 405.73 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0145569;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.478;QD=19.3207;RBI=0.047386;REFB=-0.0230802;REVB=-0.0450947;RO=42;SAF=19;SAR=22;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765938;STB=0.536568;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.016694;OID=.;OPOS=159273943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:42:43:41:41:0.488095:22:19:23:19:22:19:23:20 chr1 159283494 . T C 340.53 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0155533;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8274;QD=17.9225;RBI=0.0917487;REFB=-0.00399646;REVB=-0.0904208;RO=41;SAF=25;SAR=11;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128271;STB=0.503452;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00319506;OID=.;OPOS=159283494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:41:40:36:36:0.473684:11:25:28:13:11:25:28:12 chr1 159283746 . T C 789.22 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.237;QD=57.3975;RBI=0.0302523;REFB=0;REVB=0.0178842;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02013e-05;OID=.;OPOS=159283746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:24:31:0:0 chr1 159409734 . G T 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1822;QD=60.2039;RBI=0.0735102;REFB=0;REVB=-0.0597108;RO=0;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000911546;OID=.;OPOS=159409734;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:27:46:0:0:27:46:0:0 chr1 159409757 . T C 405.42 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0126082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.412;QD=25.3385;RBI=0.0194536;REFB=-0.0197542;REVB=0.0148147;RO=25;SAF=27;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135551;STB=0.574428;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.012458;OID=.;OPOS=159409757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:39:39:0.609375:12:27:13:12:12:27:13:12 chr1 159409864 . G A 69.81 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00661111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7264;QD=4.98639;RBI=0.0104501;REFB=0.00238942;REVB=-0.00809308;RO=45;SAF=5;SAR=6;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150298;STB=0.509786;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.0139734;OID=.;OPOS=159409864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:45:45:11:11:0.196429:6:5:21:24:6:5:21:24 chr1 159558258 . A G 785.57 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.88;QD=64.1278;RBI=0.0288392;REFB=0;REVB=-0.00191181;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138661;OID=.;OPOS=159558258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:15:34:0:0:15:34:0:0 chr1 159778983 . T C 423.06 PASS AF=0.451923;AO=42;DP=99;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0192135;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.561;QD=16.2713;RBI=0.0192275;REFB=-0.0223376;REVB=0.000733102;RO=55;SAF=19;SAR=23;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111937;STB=0.586411;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0211662;OID=.;OPOS=159778983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:104:55:57:42:47:0.451923:23:19:31:24:28:19:32:25 chr1 159779971 . C T 282.93 PASS AF=0.342857;AO=36;DP=105;FAO=36;FDP=105;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0091579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.075;QD=10.7783;RBI=0.0270567;REFB=-0.0136196;REVB=-0.0254598;RO=69;SAF=18;SAR=18;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412361;STB=0.523796;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0222326;OID=.;OPOS=159779971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:69:69:36:36:0.342857:18:18:32:37:18:18:32:37 chr1 159785370 . T C 450.02 PASS AF=0.41129;AO=51;DP=124;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.020921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2119;QD=14.5168;RBI=0.0214961;REFB=-0.0143461;REVB=-0.00493927;RO=73;SAF=21;SAR=30;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142702;STB=0.580368;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0230614;OID=.;OPOS=159785370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:73:73:51:51:0.41129:30:21:40:33:30:21:40:33 chr1 159785425 . A G 445.09 PASS AF=0.454545;AO=44;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00937063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.163;QD=17.9835;RBI=0.00988502;REFB=-0.0201576;REVB=0.00314721;RO=54;SAF=18;SAR=26;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907444;STB=0.542877;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0156188;OID=.;OPOS=159785425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:44:45:0.454545:26:18:27:27:26:19:27:27 chr1 159824967 . G C 1102.63 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014101;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.744;QD=60.4182;RBI=0.0157389;REFB=0;REVB=0.00699104;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118157;OID=.;OPOS=159824967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:44:29:0:0:44:29:0:0 chr1 159850364 . C T 170.37 PASS AF=0.302632;AO=23;DP=75;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0449116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6739;QD=8.96664;RBI=0.0459282;REFB=-0.0175997;REVB=0.00960976;RO=52;SAF=12;SAR=11;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423344;STB=0.531008;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0447942;OID=.;OPOS=159850364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:52:53:23:23:0.302632:11:12:29:23:11:12:30:23 chr1 159850401 . C G 341.45 PASS AF=0.486486;AO=34;DP=72;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0121625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.19;QD=18.4569;RBI=0.0123703;REFB=-0.0265908;REVB=0.00225764;RO=37;SAF=21;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149684;STB=0.585059;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.023849;OID=.;OPOS=159850401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:37:38:34:36:0.486486:13:21:17:20:14:22:17:21 chr1 159897559 . G T 903.55 PASS AF=0.5;AO=90;DP=182;FAO=90;FDP=180;FR=.;FRO=90;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.00643752;FXX=0.0109884;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.762;QD=20.079;RBI=0.00663505;REFB=-0.026322;REVB=0.00160695;RO=90;SAF=42;SAR=48;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505396;STB=0.527792;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0260118;OID=.;OPOS=159897559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:180:90:90:90:90:0.5:48:42:47:43:48:42:47:43 chr1 159898100 . A G 716.41 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00100131;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.801;QD=57.3131;RBI=0.00103102;REFB=0;REVB=-0.000245738;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153896;OID=.;OPOS=159898100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr1 159912899 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0360295;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.487;QD=21.1692;RBI=0.0361211;REFB=-0.0274404;REVB=0.0025705;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21311;STB=0.624624;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0137543;OID=.;OPOS=159912899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:5:2:2:1:5:2:2:1 chr1 159923111 . T G 806.28 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00711727;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.102;QD=55.6057;RBI=0.0446202;REFB=-0.0812249;REVB=0.0440489;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00114841;OID=.;OPOS=159923111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:0:1:57:57:0.982759:29:28:0:0:29:28:1:0 chr1 159997713 . G T 481.08 PASS AF=0.369128;AO=55;DP=149;FAO=55;FDP=149;FR=.;FRO=94;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=-0.0293585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2246;QD=12.9149;RBI=0.038199;REFB=-0.00452021;REVB=-0.0244385;RO=94;SAF=22;SAR=33;SRF=38;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00490857;STB=0.502792;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00743734;OID=.;OPOS=159997713;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:94:94:55:55:0.369128:33:22:38:56:33:22:38:56 chr1 160062340 . G A 331.56 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.011906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.558;QD=21.3908;RBI=0.0155977;REFB=-0.0263992;REVB=-0.0100765;RO=28;SAF=16;SAR=18;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936416;STB=0.551694;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0238579;OID=.;OPOS=160062340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:18:16:10:18:18:16:10:18 chr1 160112116 . G A 118.65 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0452263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.304;QD=7.78037;RBI=0.055713;REFB=-0.00510305;REVB=-0.0325348;RO=43;SAF=5;SAR=12;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292644;STB=0.684818;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0207982;OID=.;OPOS=160112116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:44:17:17:0.278689:12:5:23:20:12:5:24:20 chr1 160124875 . G A 119.71 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0378532;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.433;QD=12.6015;RBI=0.0389366;REFB=-0.00226899;REVB=0.00912102;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893784;STB=0.552557;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0105383;OID=.;OPOS=160124875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:24:24:14:14:0.368421:7:7:14:10:7:7:14:10 chr1 160134205 . C T 502.49 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00892817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.163;QD=24.8142;RBI=0.014366;REFB=-0.006075;REVB=-0.0112548;RO=34;SAF=19;SAR=28;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00596538;STB=0.503267;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00355377;OID=.;OPOS=160134205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:34:47:47:0.580247:28:19:14:20:28:19:14:20 chr1 160136350 . G A 450.23 PASS AF=0.379562;AO=52;DP=137;FAO=52;FDP=137;FR=.;FRO=85;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=-0.00916278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0352;QD=13.1454;RBI=0.0131525;REFB=-0.00715905;REVB=0.00943571;RO=85;SAF=23;SAR=29;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340041;STB=0.519284;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.018988;OID=.;OPOS=160136350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:85:85:52:52:0.379562:29:23:35:50:29:23:35:50 chr1 160141196 . C T 1542.46 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6768;QD=58.7602;RBI=0.0426657;REFB=0;REVB=0.023287;RO=0;SAF=41;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466121;OID=.;OPOS=160141196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:105:0:0:102:105:1:61:41:0:0:61:44:0:0 chr1 160141525 . A G 238.21 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=-0.0125721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0859;QD=20.2729;RBI=0.0998995;REFB=0.0142445;REVB=-0.0991052;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290595;STB=0.66153;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0204626;OID=.;OPOS=160141525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:11:12:20:4:11:12:20:4 chr1 160164914 . G A 176.61 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0150034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0324;QD=14.1287;RBI=0.0330719;REFB=-0.00532007;REVB=0.0294729;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321754;STB=0.685527;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00923886;OID=.;OPOS=160164914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:12:7:21:10:12:7:21:10 chr1 160182981 . G A 213.52 PASS AF=0.28;AO=28;DP=100;FAO=28;FDP=100;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0187173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.275;QD=8.54073;RBI=0.0188013;REFB=-0.00318141;REVB=-0.00177526;RO=72;SAF=19;SAR=9;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190882;STB=0.614201;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00911486;OID=.;OPOS=160182981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:72:72:28:28:0.28:9:19:38:34:9:19:38:34 chr1 160208489 . G A 101.52 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0065957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.741;QD=8.64031;RBI=0.00661651;REFB=-0.010239;REVB=0.000524398;RO=34;SAF=11;SAR=2;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380145;STB=0.739071;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0311983;OID=.;OPOS=160208489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:2:11:20:14:2:11:20:14 chr1 160295426 . GT G 93.66 PASS AF=0.461538;AO=37;DP=102;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0497833;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.72393;QD=3.60218;RBI=0.145874;REFB=-0.0802958;REVB=-0.137116;RO=45;SAF=16;SAR=21;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339044;STB=0.504876;STBP=0.914;TYPE=del;VARB=0.0435892;OID=.;OPOS=160295427;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:37:102:48:104:56:21:27:25:31:93:45:16:21:21:24 chr1 160305051 . C T 41.93 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0557038;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3438;QD=3.90071;RBI=0.0628622;REFB=-0.0130744;REVB=-0.0291332;RO=35;SAF=4;SAR=3;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136853;STB=0.604967;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0500656;OID=.;OPOS=160305051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:35:36:7:7:0.162791:3:4:16:19:3:4:16:20 chr1 160341142 . T C 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00886607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.283;QD=10.1702;RBI=0.00902257;REFB=0.00198947;REVB=-0.00167323;RO=22;SAF=8;SAR=3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220022;STB=0.633889;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00580537;OID=.;OPOS=160341142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:3:8:12:10:3:8:12:10 chr1 160342015 . T G 424.96 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.00332077;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.07;QD=18.2777;RBI=0.0126171;REFB=-0.0239363;REVB=-0.0121723;RO=49;SAF=13;SAR=30;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285326;STB=0.66487;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0314592;OID=.;OPOS=160342015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:49:50:43:43:0.462366:30:13:29:20:30:13:30:20 chr1 160389318 . G A 127.42 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00366866;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.543;QD=11.0802;RBI=0.00663978;REFB=-0.00928581;REVB=-0.00553422;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015897;STB=0.509079;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.023069;OID=.;OPOS=160389318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:29:31:15:15:0.326087:9:6:12:17:9:6:12:19 chr1 160393905 . A G 197.79 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00205393;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.939;QD=14.6508;RBI=0.0155278;REFB=-0.00964426;REVB=-0.0153913;RO=30;SAF=15;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251814;STB=0.63506;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00832309;OID=.;OPOS=160393905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:31:23:23:0.425926:8:15:12:18:8:15:13:18 chr1 160585554 . C G 709.18 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.946;QD=63.0378;RBI=0.0364937;REFB=0;REVB=0.0331157;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48525e-05;OID=.;OPOS=160585554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:23:21:0:0:24:21:0:0 chr1 160650912 . AA AG,GG 582.38 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=37,2;DP=39;FAO=37,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=15,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265858,-0.0143577;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=54.7642,197.488;QD=59.7311;RBI=0.0514051,0.018456;REFB=0,0;REVB=0.0439963,0.0115966;RO=0;SAF=22,0;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.82408e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000645491,0.0117012;OID=.,.;OPOS=160650913,160650912;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:39:0:0:37,2:37,2:0.948718,0.0512821:15,2:22,0:0:0:15,2:22,0:0:0 chr1 160719843 . A C 308.43 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.00313206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.898;QD=18.4135;RBI=0.00727399;REFB=0.00701796;REVB=0.00656515;RO=34;SAF=19;SAR=14;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954655;STB=0.55312;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.00930446;OID=.;OPOS=160719843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:14:19:23:11:14:19:23:11 chr1 160793442 . A G 551.34 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.0085095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6236;QD=24.2345;RBI=0.020375;REFB=-0.00200112;REVB=-0.018513;RO=39;SAF=27;SAR=24;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172514;STB=0.587123;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00148164;OID=.;OPOS=160793442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:39:40:51:51:0.56044:24:27:29:10:24:27:29:11 chr1 160793560 . A G 309.45 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0145992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.111;QD=16.0753;RBI=0.0262988;REFB=-0.0109566;REVB=0.0218744;RO=42;SAF=19;SAR=15;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134024;STB=0.580065;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0118116;OID=.;OPOS=160793560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:43:34:34:0.441558:15:19:29:13:15:19:30:13 chr1 160793962 . G C 491.13 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00437954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.885;QD=18.5332;RBI=0.0236145;REFB=-0.00773485;REVB=0.0232048;RO=54;SAF=33;SAR=19;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144947;STB=0.580433;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00669829;OID=.;OPOS=160793962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:52:52:0.490566:19:33:26:28:19:33:26:28 chr1 160811040 . G A 209.24 PASS AF=0.233577;AO=32;DP=137;FAO=32;FDP=137;FR=.;FRO=105;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=60;FSRR=45;FWDB=0.0151119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7593;QD=6.10931;RBI=0.0151147;REFB=0.00329374;REVB=-0.000289923;RO=105;SAF=14;SAR=18;SRF=60;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16708;STB=0.601564;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.015266;OID=.;OPOS=160811040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:105:105:32:32:0.233577:18:14:60:45:18:14:60:45 chr1 160851826 . A T 523.48 PASS AF=0.491071;AO=54;DP=111;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00775198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7775;QD=18.6956;RBI=0.0142217;REFB=-0.0405374;REVB=-0.0119232;RO=57;SAF=25;SAR=29;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227482;STB=0.517449;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0304128;OID=.;OPOS=160851826;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:57:57:54:55:0.491071:29:25:25:32:29:26:25:32 chr1 160851894 . G A 293.24 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00710646;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2895;QD=14.4812;RBI=0.00873668;REFB=-0.019444;REVB=-0.00508211;RO=47;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267062;STB=0.521303;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0299176;OID=.;OPOS=160851894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:47:48:33:33:0.407407:16:17:23:24:16:17:23:25 chr1 160920966 . C T 387.07 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=0.029252;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.086;QD=15.6393;RBI=0.0307078;REFB=-0.0175181;REVB=0.00934292;RO=58;SAF=15;SAR=26;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311572;STB=0.675242;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.01251;OID=.;OPOS=160920966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:41:41:0.414141:26:15:39:19:26:15:39:19 chr1 160971146 . A G 868.18 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00235035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.152;QD=57.8787;RBI=0.0642225;REFB=0;REVB=-0.0641795;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260233;OID=.;OPOS=160971146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr1 160990875 . TC CA 397.19 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170139;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=2;MLLD=112.058;QD=56.7407;RBI=0.0403239;REFB=0;REVB=0.0365587;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000611909;OID=.;OPOS=160990875;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr1 160990878 . C T 397.19 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285213;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.133;QD=56.741;RBI=0.0600006;REFB=0;REVB=0.0527883;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000584495;OID=.;OPOS=160990878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr1 161009075 . A G 42.39 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.0277193;FXX=0.020829;HRUN=28;LEN=1;MLLD=172.369;QD=3.60782;RBI=0.0277292;REFB=-0.00383372;REVB=-0.000742345;RO=33;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496401;STB=0.828135;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0184375;OID=.;OPOS=161009075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:41:47:33:40:7:7:0.148936:2:5:9:24:2:5:11:29 chr1 161009077 . A G 41.99 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0307174;FXX=0.0232504;HRUN=28;LEN=1;MLLD=184.812;QD=3.99929;RBI=0.0321613;REFB=0.00358956;REVB=-0.00952829;RO=32;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805377;STB=0.555391;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.00642564;OID=.;OPOS=161009077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:42:32:35:7:7:0.166667:5:2:11:21:5:2:12:23 chr1 161009082 . A G 34.4 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.015233;FXX=0;HRUN=28;LEN=1;MLLD=211.438;QD=4.1703;RBI=0.0190304;REFB=-0.0101147;REVB=-0.0114067;RO=22;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217505;STB=0.666173;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0186043;OID=.;OPOS=161009082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:28:33:22:27:6:6:0.181818:3:3:7:15:3:3:8:19 chr1 161009086 . A G 43.41 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0296439;FXX=0;HRUN=28;LEN=1;MLLD=218.646;QD=5.60075;RBI=0.031987;REFB=-0.00429774;REVB=-0.012017;RO=19;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439766;STB=0.76656;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00766522;OID=.;OPOS=161009086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:26:31:19:24:7:7:0.225806:6:1:9:10:6:1:10:14 chr1 161049475 . C T 58.7 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00675099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5795;QD=4.99571;RBI=0.0702808;REFB=-0.0158199;REVB=-0.0699558;RO=38;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131381;STB=0.586664;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0624864;OID=.;OPOS=161049475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:4:5:17:21:4:5:17:21 chr1 161049662 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0842598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8626;QD=48.7373;RBI=0.0916156;REFB=0;REVB=-0.0359679;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00435058;OID=.;OPOS=161049662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr1 161068836 . A C 395.39 PASS AF=0.402299;AO=25;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.019062;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.899;QD=18.1789;RBI=0.0213992;REFB=-0.0339146;REVB=-0.00972439;RO=44;SAF=16;SAR=9;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311583;STB=0.508862;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0463606;OID=.;OPOS=161068836;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:25:35:0.402299:9:16:27:17:13:22:27:17 chr1 161090539 . G A 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0326855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.758;QD=4.28887;RBI=0.0328896;REFB=0.00126092;REVB=0.00365837;RO=32;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123038;STB=0.583703;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.0176091;OID=.;OPOS=161090539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:3:4:15:17:3:4:15:17 chr1 161141432 . C G 116.07 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.033382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3535;QD=11.324;RBI=0.0333857;REFB=0.00212287;REVB=-0.000502423;RO=27;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219896;STB=0.629957;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00243155;OID=.;OPOS=161141432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:6:8:10:17:6:8:10:17 chr1 161160314 . AGAAAGA AAAAAGA,AGAAAAGA,AGAAAAG,AGAAAGAA,GAAAAGA 174.33 PASS AF=0.0357143,0,0,0.714286,0.214286;AO=2,4,2,6,3;DP=31;FAO=1,0,0,20,6;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,0,4,0;FSAR=1,0,0,16,6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.039979,0.0539435,-0.229031,0.442552,-0.0914057;FXX=0.124961;HRUN=1,3,1,3,12;LEN=1,1,2,1,2;MLLD=170.455,7.92311,14.4377,7.63435,43.7466;QD=24.9036;RBI=0.0399817,0.0828417,0.367366,0.609534,0.0923293;REFB=-0.00390712,-0.0470344,-0.0370092,-0.00134542,-0.0265478;REVB=-0.000470837,-0.0628717,-0.287233,0.419141,0.0130264;RO=5;SAF=0,0,0,3,0;SAR=2,4,2,3,3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.544828,-0.672226,-0.544828,0.229845,-0.622974;STB=0.5,0.5,0.5,0.515137,0.5;STBP=1,1,1,0.648,1;TYPE=snp,ins,mnp,ins,mnp;VARB=0.0635842,-0.0243584,0,0.191712,0.00483209;OID=.,.,.,.,.;OPOS=161160315,161160316,161160319,161160320,161160314;OREF=G,-,GA,-,AG;OALT=A,A,AG,A,GA;OMAPALT=AAAAAGA,AGAAAAGA,AGAAAAG,AGAAAGAA,GAAAAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 4/5:39:31:28:5:1:2,4,2,6,3:1,0,0,20,6:0.0357143,0,0,0.714286,0.214286:2,4,2,3,3:0,0,0,3,0:1:4:1,0,0,16,6:0,0,0,4,0:0:1 chr1 161160327 . GAAAA AGAAA,GAAA,GAA,GA,GAAAG 352.81 PASS AF=0,0.0526316,0.578947,0.184211,0.184211;AO=3,4,10,4,4;DP=38;FAO=0,2,22,7,7;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,1,1,1;FSAR=0,2,21,6,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.126461,-0.0395644,-0.0268525,-0.0294008,-0.0569691;FXX=0.0256345;HRUN=1,13,13,13,13;LEN=2,1,2,3,1;MLLD=7.13965,8.175,14.7172,16.6952,125.939;QD=37.1383;RBI=0.185373,0.039568,0.0282088,0.0296354,0.0579735;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.135538,-0.000535404,0.00864179,0.00372189,-0.0107445;RO=0;SAF=0,0,1,0,0;SAR=3,4,9,4,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,-3.8593e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,del,snp;VARB=-0.277361,0.00717745,-0.00952988,0.0638377,0.0193057;OID=.,.,.,.,.;OPOS=161160327,161160328,161160328,161160328,161160331;OREF=GA,A,AA,AAA,A;OALT=AG,-,-,-,G;OMAPALT=AGAAA,GAAA,GAA,GA,GAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/5:32:38:38:0:0:3,4,10,4,4:0,2,22,7,7:0,0.0526316,0.578947,0.184211,0.184211:3,4,9,4,4:0,0,1,0,0:0:0:0,2,21,6,6:0,0,1,1,1:0:0 chr1 161160456 . ATTTTC ATTTC,ATTTCT,ATTTTCAC 60.83 PASS AF=0,0.0384615,0.307692;AO=5,2,5;DP=29;FAO=0,1,8;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=0,0,3;FSAR=0,1,5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0819786,0.00316253,-0.029287;FXX=0.103413;HRUN=4,4,1;LEN=1,2,2;MLLD=12.8954,78.2407,93.082;QD=9.35768;RBI=0.213015,0.0862996,0.0318162;REFB=-0.200278,-0.0648498,-0.0746462;REVB=-0.196609,-0.0862416,0.0124315;RO=10;SAF=0,0,3;SAR=5,2,2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0.319444,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.767621,-0.655147,-0.11246;STB=0.5,0.989094,0.56684;STBP=1,0.436,0.599;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.103377,0.0408414,0.132735;OID=.,.,.;OPOS=161160457,161160460,161160461;OREF=T,TC,-;OALT=-,CT,CA;OMAPALT=ATTTC,ATTTCT,ATTTTCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0384615,0.307692:5,2,5:29:0,1,8:26:17:0,0,3:0,1,5:8:9:53:10:0,0,3:5,2,2:7:3 chr1 161163037 . T C 1164.21 PASS AF=1;AO=40;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.507;QD=58.9476;RBI=0.268208;REFB=0;REVB=0.266334;RO=0;SAF=40;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476557;OID=.;OPOS=161163037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:40:79:1:0:40:0:0:36:43:0:0 chr1 161167874 . G A 187.32 PASS AF=0.254545;AO=27;DP=110;FAO=28;FDP=110;FR=.;FRO=82;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.00665103;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.692;QD=6.81167;RBI=0.00665154;REFB=-0.000775345;REVB=8.22002e-05;RO=80;SAF=10;SAR=17;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117183;STB=0.591086;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00210444;OID=.;OPOS=161167874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:80:82:27:28:0.254545:17:10:37:43:18:10:39:43 chr1 161168004 . C T 1576.93 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.71;QD=58.9507;RBI=0.0668417;REFB=-0.0309128;REVB=0.060261;RO=1;SAF=63;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109089;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316474;OID=.;OPOS=161168004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:107:107:1:0:106:107:1:43:63:0:1:44:63:0:0 chr1 161200586 . T G 1003.8 PASS AF=0.612903;AO=74;DP=124;FAO=76;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=4;FWDB=-0.0133436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0505;QD=32.3808;RBI=0.0211282;REFB=-0.0335958;REVB=0.0163814;RO=25;SAF=46;SAR=28;SRF=23;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156192;STB=0.570343;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0240363;OID=.;OPOS=161200586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:25:28:74:76:0.612903:28:46:23:2:29:47:24:4 chr1 161202605 . G A 554.63 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00464449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.556;QD=55.463;RBI=0.0510018;REFB=-0.0254292;REVB=-0.0507899;RO=2;SAF=27;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334545;STB=0.517848;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.000151696;OID=.;OPOS=161202605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:11:27:2:0:11:27:2:0 chr1 161369555 . A G 329.74 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0371884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9914;QD=20.9361;RBI=0.0377945;REFB=0.00115158;REVB=-0.00674141;RO=29;SAF=16;SAR=18;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101416;STB=0.505615;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.000300644;OID=.;OPOS=161369555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:18:16:14:15:18:16:14:15 chr1 161390656 . G A 1595.66 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000974004;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.614;QD=59.0986;RBI=0.0521152;REFB=0.0117521;REVB=0.0521061;RO=1;SAF=62;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759448;STB=0.503999;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.0263759;OID=.;OPOS=161390656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:108:1:1:107:107:0.990741:45:62:1:0:45:62:1:0 chr1 161391870 . G A,GA 168.06 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=3,12;DP=19;FAO=1,18;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553906,-0.0140973;FXX=0;HRUN=2,6;LEN=1,1;MLLD=10.0739,13.9215;QD=35.3808;RBI=0.0637808,0.0502054;REFB=-0.0336182,-0.0188015;REVB=-0.0316208,0.0481856;RO=4;SAF=2,6;SAR=1,6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.348651,0.111553;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0579097,0.0184167;OID=.,.;OPOS=161391870,161391871;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:19:19:4:0:3,12:1,18:0.0526316,0.947368:1,6:2,6:1:3:0,10:1,8:0:0 chr1 161410044 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.161;QD=39.2068;RBI=0.045988;REFB=0;REVB=-0.0216132;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145029;OID=.;OPOS=161410044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr1 161479745 . A G 2199.32 PASS AF=1;AO=139;DP=142;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236486;FXX=0.0349626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.06;QD=63.7483;RBI=0.0258638;REFB=0;REVB=0.0104728;RO=0;SAF=77;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46691e-05;OID=.;OPOS=161479745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:138:0:0:139:138:1:62:77:0:0:61:77:0:0 chr1 161493715 . A C 272.79 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00662737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.971;QD=14.9473;RBI=0.00704576;REFB=-0.00544351;REVB=-0.00239178;RO=41;SAF=5;SAR=26;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340154;STB=0.691514;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0142761;OID=.;OPOS=161493715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:42:31:31:0.424658:26:5:17:24:26:5:17:25 chr1 161495338 . C A 31.65 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0366449;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.29;QD=2.43448;RBI=0.113932;REFB=0.000920646;REVB=0.107878;RO=46;SAF=2;SAR=4;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194836;STB=0.648848;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.00656309;OID=.;OPOS=161495338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:52:46:46:6:6:0.115385:4:2:23:23:4:2:23:23 chr1 161495477 . A T 727.86 PASS AF=0.714286;AO=60;DP=84;FAO=60;FDP=84;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0106729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8486;QD=34.6601;RBI=0.0211362;REFB=0.0250665;REVB=0.0182436;RO=24;SAF=24;SAR=36;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138599;STB=0.50746;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.008945;OID=.;OPOS=161495477;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:24:24:60:60:0.714286:36:24:9:15:36:24:9:15 chr1 161495571 . G T 63.48 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0522403;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.515;QD=10.5795;RBI=0.053433;REFB=-0.0162819;REVB=-0.0112266;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807627;STB=0.548284;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0283437;OID=.;OPOS=161495571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:4:11:6:3:4:11 chr1 161495885 . T C 313.3 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0122204;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8572;QD=50.1271;RBI=0.0248031;REFB=0.0112891;REVB=-0.0215837;RO=1;SAF=16;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280951;STB=0.515139;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.0014896;OID=.;OPOS=161495885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:8:16:1:0:8:16:1:0 chr1 161496530 . C G 1857.52 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00503487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.18;QD=60.9023;RBI=0.0050614;REFB=0;REVB=0.000517569;RO=0;SAF=54;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59377e-06;OID=.;OPOS=161496530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:122:0:0:117:122:1:63:54:0:0:66:56:0:0 chr1 161501904 . A T 2204.21 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00314671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.443;QD=61.6563;RBI=0.0100963;REFB=-0.14241;REVB=0.00959336;RO=0;SAF=70;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202661;OID=.;OPOS=161501904;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:143:0:0:137:143:1:67:70:0:0:73:70:0:0 chr1 161518214 . T C 124.89 PASS AF=0.15625;AO=25;DP=160;FAO=25;FDP=160;FR=.;FRO=135;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=79;FSRR=56;FWDB=-0.0295232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8454;QD=3.12226;RBI=0.0672498;REFB=-0.00440418;REVB=0.0604228;RO=135;SAF=10;SAR=15;SRF=79;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232861;STB=0.652694;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0391057;OID=.;OPOS=161518214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:135:135:25:25:0.15625:15:10:79:56:15:10:79:56 chr1 161518336 . C T 404.8 PASS AF=0.18408;AO=74;DP=402;FAO=74;FDP=402;FR=.;FRO=328;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=201;FSRR=127;FWDB=-0.00887365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.276;QD=4.02784;RBI=0.0213996;REFB=-0.00564853;REVB=-0.019473;RO=327;SAF=34;SAR=40;SRF=200;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196364;STB=0.623393;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0418686;OID=.;OPOS=161518336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:402:402:327:328:74:74:0.18408:40:34:200:127:40:34:201:127 chr1 161559571 . C T 251.12 PASS AF=0.365854;AO=29;DP=80;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0138141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.744;QD=12.2498;RBI=0.0261062;REFB=-0.00949638;REVB=0.0221519;RO=51;SAF=12;SAR=17;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170556;STB=0.578554;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0182603;OID=.;OPOS=161559571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:51:52:29:30:0.365854:17:12:29:22:17:13:29:23 chr1 161561072 . C T 152.83 PASS AF=0.3;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0527293;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8714;QD=8.73303;RBI=0.0551781;REFB=-0.00717947;REVB=0.0162554;RO=51;SAF=9;SAR=12;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165128;STB=0.585285;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0187457;OID=.;OPOS=161561072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:51:49:21:21:0.3:12:9:29:22:12:9:27:22 chr1 161561081 . A C 157.08 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00564825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9566;QD=9.66653;RBI=0.023523;REFB=0.00576101;REVB=-0.0228348;RO=44;SAF=9;SAR=12;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108327;STB=0.563816;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.0118138;OID=.;OPOS=161561081;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:12:9:23:21:12:9:23:21 chr1 161561151 . G A 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00492241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.154;QD=57.6786;RBI=0.0199508;REFB=0;REVB=0.019334;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122999;OID=.;OPOS=161561151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr1 161561156 . A T 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0511562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.892;QD=14.0975;RBI=0.0512002;REFB=-0.0156989;REVB=0.00212165;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188529;STB=0.60898;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0239098;OID=.;OPOS=161561156;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:5:13:7:6:5:13 chr1 161565408 . T C 202.0 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00464712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9174;QD=16.49;RBI=0.019041;REFB=-0.0417321;REVB=-0.0184652;RO=28;SAF=5;SAR=15;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210351;STB=0.592013;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0964484;OID=.;OPOS=161565408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:28:28:20:21:0.428571:15:5:12:16:15:6:12:16 chr1 161565479 . G A 1223.05 PASS AF=0.987805;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00114961;FXX=0.0238067;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.942;QD=59.661;RBI=0.00154906;REFB=-0.119005;REVB=0.00103827;RO=1;SAF=36;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129683;STB=0.506848;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000620262;OID=.;OPOS=161565479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:82:1:1:79:81:0.987805:43:36:1:0:45:36:1:0 chr1 161565604 . G A 184.88 PASS AF=0.280899;AO=25;DP=88;FAO=25;FDP=89;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0399863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.698;QD=8.30903;RBI=0.0410024;REFB=-0.00791579;REVB=-0.00907143;RO=63;SAF=13;SAR=12;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144981;STB=0.514377;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0169924;OID=.;OPOS=161565604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:63:64:25:25:0.280899:12:13:32:31:12:13:32:32 chr1 161565705 . A G 357.21 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0278823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.244;QD=49.2707;RBI=0.0800993;REFB=-0.0284434;REVB=0.0750898;RO=2;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842653;STB=0.54542;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.005724;OID=.;OPOS=161565705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:10:17:0:2:10:17:0:2 chr1 161565761 . AT A 295.62 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.141531;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.3316;QD=42.2311;RBI=0.15135;REFB=0;REVB=0.0536259;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.347639;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00323937;OID=.;OPOS=161565762;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:28:28:28:0:17:11:0:0:5:0:16:11:0:0 chr1 161574654 . G A 853.66 PASS AF=0.538462;AO=84;DP=156;FAO=84;FDP=156;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=0.0166847;FXX=0.0126574;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.496;QD=21.8887;RBI=0.0182221;REFB=-0.00872542;REVB=0.00732579;RO=71;SAF=36;SAR=48;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538432;STB=0.532068;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0043037;OID=.;OPOS=161574654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:71:72:84:84:0.538462:48:36:26:45:48:36:26:46 chr1 161582570 . GG AC 239.97 PASS AF=0.217877;AO=39;DP=179;FAO=39;FDP=179;FR=.;FRO=140;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=85;FSRR=55;FWDB=-0.004315;FXX=0.00555525;HRUN=3;LEN=2;MLLD=280.147;QD=5.36237;RBI=0.00761794;REFB=-0.00383075;REVB=0.00627804;RO=139;SAF=24;SAR=15;SRF=84;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147901;STB=0.506784;STBP=0.946;TYPE=mnp;VARB=0.0125533;OID=.;OPOS=161582570;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:139:140:39:39:0.217877:15:24:84:55:15:24:85:55 chr1 161591542 . G A 331.93 PASS AF=0.530303;AO=33;DP=63;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0237578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.742;QD=20.1171;RBI=0.0357923;REFB=-0.0421191;REVB=0.0267705;RO=30;SAF=15;SAR=18;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183714;STB=0.502616;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0379414;OID=.;OPOS=161591542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:30:31:33:35:0.530303:18:15:13:17:19:16:14:17 chr1 161591548 . C T 321.61 PASS AF=0.539683;AO=30;DP=59;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0178033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.348;QD=20.4197;RBI=0.0243472;REFB=-0.0186843;REVB=0.0166082;RO=27;SAF=16;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755796;STB=0.510313;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00969974;OID=.;OPOS=161591548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:27:29:30:34:0.539683:14:16:12:15:18:16:13:16 chr1 161599693 . T C 521.97 PASS AF=0.785714;AO=43;DP=55;FAO=44;FDP=56;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0269163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.314;QD=37.2834;RBI=0.0274937;REFB=-0.0253548;REVB=0.00560489;RO=12;SAF=14;SAR=29;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148258;STB=0.580948;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0327901;OID=.;OPOS=161599693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:55:56:12:12:43:44:0.785714:29:14:8:4:30:14:8:4 chr1 161600995 . C T 1079.3 PASS AF=0.65493;AO=81;DP=131;FAO=93;FDP=142;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.075717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.605;QD=30.4029;RBI=0.0758007;REFB=-0.0392057;REVB=0.00356093;RO=50;SAF=25;SAR=56;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190449;STB=0.562213;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0157162;OID=.;OPOS=161600995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:142:50:49:81:93:0.65493:56:25:28:22:58:35:27:22 chr1 161680258 . G A 2216.4 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8067;QD=63.3258;RBI=0.0242582;REFB=0;REVB=0.0111118;RO=0;SAF=85;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49454e-05;OID=.;OPOS=161680258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:55:85:0:0:55:85:0:0 chr1 161680281 . C T 227.99 PASS AF=0.239437;AO=34;DP=142;FAO=34;FDP=142;FR=.;FRO=108;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=64;FSRR=44;FWDB=0.00625996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.636;QD=6.42215;RBI=0.0107699;REFB=-0.00795764;REVB=-0.00876379;RO=103;SAF=20;SAR=14;SRF=59;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197289;STB=0.503423;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0230534;OID=.;OPOS=161680281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:103:108:34:34:0.239437:14:20:59:44:14:20:64:44 chr1 161683136 . G A 1476.08 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0270306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.419;QD=62.1509;RBI=0.0411483;REFB=-0.100805;REVB=0.0310246;RO=1;SAF=56;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839173;STB=0.504347;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000457778;OID=.;OPOS=161683136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:1:1:93:94:0.989474:37:56:1:0:37:57:1:0 chr1 161695639 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.832;QD=50.4118;RBI=0.028833;REFB=0;REVB=0.00836744;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549796;OID=.;OPOS=161695639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr1 161696088 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000171832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.395;QD=43.4862;RBI=0.020838;REFB=0;REVB=0.0208372;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110199;OID=.;OPOS=161696088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr1 161696782 . G C 306.99 PASS AF=0.962963;AO=20;DP=24;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.192569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.4038;QD=45.48;RBI=0.19296;REFB=-0.117556;REVB=0.012273;RO=4;SAF=14;SAR=6;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114979;STB=0.512811;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0102351;OID=.;OPOS=161696782;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:27:4:1:20:26:0.962963:6:14:4:0:7:19:1:0 chr1 161721707 . C T 1283.25 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00724341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0195;QD=61.8432;RBI=0.0331198;REFB=0;REVB=-0.0323181;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101961;OID=.;OPOS=161721707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:43:40:0:0:43:40:0:0 chr1 161751741 . A G 1911.91 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052195;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.502;QD=61.1812;RBI=0.0600808;REFB=-0.0350622;REVB=0.0297555;RO=1;SAF=70;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0067398;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141731;OID=.;OPOS=161751741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:126:125:1:0:125:125:1:55:70:1:0:56:69:0:0 chr1 161823011 . T A 546.38 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.451;QD=59.0678;RBI=0.0293402;REFB=0;REVB=0.023603;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30798e-05;OID=.;OPOS=161823011;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:16:19:0:0:16:21:0:0 chr1 161928327 . A G 1933.61 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.219;QD=61.8756;RBI=0.0276364;REFB=0;REVB=-0.0139649;RO=0;SAF=62;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93461e-06;OID=.;OPOS=161928327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:63:62:0:0:63:62:0:0 chr1 161953462 . G A 425.04 PASS AF=0.27907;AO=60;DP=216;FAO=60;FDP=215;FR=.;FRO=155;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=95;FSRR=60;FWDB=0.0170984;FXX=0.00462942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.155;QD=7.90774;RBI=0.0196072;REFB=-0.0160519;REVB=0.00959617;RO=151;SAF=42;SAR=18;SRF=92;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123347;STB=0.570508;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0342604;OID=.;OPOS=161953462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:151:155:60:60:0.27907:18:42:92:59:18:42:95:60 chr1 161967681 . A G 1282.98 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00955632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0341;QD=60.3758;RBI=0.0131968;REFB=0;REVB=0.00910129;RO=0;SAF=51;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223547;OID=.;OPOS=161967681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:85:0:0:77:85:1:26:51:0:0:32:53:0:0 chr1 161993192 . T C 367.76 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0155469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.313;QD=21.9556;RBI=0.0337769;REFB=-0.0443715;REVB=0.0299862;RO=29;SAF=9;SAR=28;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304663;STB=0.677317;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0357024;OID=.;OPOS=161993192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:29:30:37:37:0.552239:28:9:17:12:28:9:18:12 chr1 162343913 . G A 438.58 PASS AF=0.478261;AO=43;DP=91;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.00285632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8378;QD=19.0689;RBI=0.0120431;REFB=-0.0103493;REVB=0.0116994;RO=48;SAF=18;SAR=25;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212723;STB=0.622016;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0164063;OID=.;OPOS=162343913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:48:48:43:44:0.478261:25:18:31:17:26:18:31:17 chr1 162344102 . C T 604.96 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0194381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.376;QD=24.4426;RBI=0.0199968;REFB=-0.0208745;REVB=0.00469385;RO=44;SAF=27;SAR=28;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849941;STB=0.546542;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0128502;OID=.;OPOS=162344102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:44:44:55:55:0.555556:28:27:17:27:28:27:17:27 chr1 162345091 . G A 2277.2 PASS AF=0.993103;AO=143;DP=144;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0380018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.345;QD=62.8192;RBI=0.0925569;REFB=-0.104051;REVB=0.0843957;RO=0;SAF=93;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502673;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000640751;OID=.;OPOS=162345091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:145:0:1:143:144:0.993103:50:93:0:0:51:93:1:0 chr1 162367103 . G T 214.38 PASS AF=0.46;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0126161;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.331;QD=17.1505;RBI=0.0156904;REFB=-0.00490675;REVB=-0.00932854;RO=27;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175836;STB=0.59883;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00519755;OID=.;OPOS=162367103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:27:27:23:23:0.46:13:10:7:20:13:10:7:20 chr1 162467014 . C G 1534.02 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0247222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.135;QD=62.613;RBI=0.0359271;REFB=0.00930626;REVB=0.0260685;RO=1;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099842;STB=0.505262;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-9.57255e-05;OID=.;OPOS=162467014;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:47:50:0:1:47:50:0:1 chr1 162493009 . C T 786.87 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00818603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.339;QD=55.2188;RBI=0.017966;REFB=-0.0271034;REVB=0.0159926;RO=1;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132829;STB=0.50704;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000948494;OID=.;OPOS=162493009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:35:21:0:1:35:21:0:1 chr1 162737116 . C G 1607.05 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3729;QD=64.2822;RBI=0.0366227;REFB=0;REVB=-0.0306663;RO=0;SAF=22;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000257746;OID=.;OPOS=162737116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:78:22:0:0:78:22:0:0 chr1 162740327 . T C 1431.46 PASS AF=1;AO=98;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5779;QD=56.1358;RBI=0.0492477;REFB=0;REVB=0.0472117;RO=1;SAF=29;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00682541;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218121;OID=.;OPOS=162740327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:1:0:98:102:1:69:29:0:1:72:30:0:0 chr1 162765475 . G C 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.857;QD=50.4082;RBI=0.0716132;REFB=0;REVB=-0.0575231;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178757;OID=.;OPOS=162765475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr1 162782145 . A G 1008.49 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159029;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=330.641;QD=59.3229;RBI=0.0164865;REFB=0;REVB=0.00434792;RO=0;SAF=55;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.594e-05;OID=.;OPOS=162782145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:12:55:0:0:13:55:0:0 chr1 163479278 . G A 302.56 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=0.0130858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.723;QD=12.2245;RBI=0.0131612;REFB=-0.00617675;REVB=0.00140651;RO=64;SAF=19;SAR=16;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759363;STB=0.543619;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0115275;OID=.;OPOS=163479278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:64:64:35:35:0.353535:16:19:39:25:16:19:39:25 chr1 163479330 . C T 694.17 PASS AF=0.627451;AO=64;DP=102;FAO=64;FDP=102;FR=.;FRO=38;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00764207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.103;QD=27.2223;RBI=0.00823326;REFB=-0.00510069;REVB=-0.00306355;RO=38;SAF=37;SAR=27;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362275;STB=0.519657;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00350719;OID=.;OPOS=163479330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:38:38:64:64:0.627451:27:37:20:18:27:37:20:18 chr1 163893042 . G A 644.68 PASS AF=0.44898;AO=66;DP=148;FAO=66;FDP=147;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.0143872;FXX=0.0199987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.383;QD=17.5423;RBI=0.0277005;REFB=-0.00125237;REVB=-0.0236712;RO=79;SAF=30;SAR=36;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239378;STB=0.512496;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00185304;OID=.;OPOS=163893042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:79:81:66:66:0.44898:36:30:34:45:36:30:35:46 chr1 164529120 . G A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0459159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.309;QD=11.257;RBI=0.0485663;REFB=0.0191042;REVB=0.0158246;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242422;STB=0.64255;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.012628;OID=.;OPOS=164529120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:2:10:5:3:2:10 chr1 164608825 . G A 1549.26 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000522907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.807;QD=63.887;RBI=0.0204228;REFB=0;REVB=0.0204161;RO=0;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50301e-05;OID=.;OPOS=164608825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:45:52:0:0:45:52:0:0 chr1 165172696 . G A 325.74 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=0.00245361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.686;QD=14.8065;RBI=0.00696554;REFB=-0.0032368;REVB=0.00651909;RO=50;SAF=22;SAR=14;SRF=37;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145473;STB=0.564174;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00507454;OID=.;OPOS=165172696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:52:36:36:0.409091:14:22:37:13:14:22:37:15 chr1 165173216 . A G 1457.31 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00201627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9156;QD=62.0134;RBI=0.00233582;REFB=-0.0546594;REVB=0.00117929;RO=1;SAF=63;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155393;STB=0.508195;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00589402;OID=.;OPOS=165173216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:30:63:0:1:30:63:0:1 chr1 165218792 . G A 1245.99 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0503473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5357;QD=61.5305;RBI=0.0534743;REFB=0;REVB=0.0180181;RO=0;SAF=31;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250311;OID=.;OPOS=165218792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:50:31:0:0:50:31:0:0 chr1 165377552 . G A 612.58 PASS AF=0.539823;AO=61;DP=113;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.026842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3875;QD=21.6841;RBI=0.0320831;REFB=0.00181193;REVB=-0.0175736;RO=51;SAF=22;SAR=39;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792247;STB=0.548943;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00218121;OID=.;OPOS=165377552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:51:52:61:61:0.539823:39:22:23:28:39:22:24:28 chr1 165533005 . C A 183.93 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0379381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.643;QD=17.944;RBI=0.0390125;REFB=-0.0180297;REVB=-0.00909267;RO=22;SAF=3;SAR=16;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228552;STB=0.632253;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0175902;OID=.;OPOS=165533005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:16:3:7:15:16:3:7:15 chr1 165601466 . G A 1480.66 PASS AF=0.979381;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0052926;FXX=0.010203;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.093;QD=61.0583;RBI=0.00560882;REFB=-0.0458039;REVB=-0.00185668;RO=2;SAF=42;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00212415;STB=0.501209;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=7.45507e-05;OID=.;OPOS=165601466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:97:2:2:94:95:0.979381:52:42:1:1:53:42:1:1 chr1 165624799 . G T 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00111839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6959;QD=16.9233;RBI=0.012044;REFB=-0.0479242;REVB=-0.011992;RO=34;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556409;STB=0.531229;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.02643;OID=.;OPOS=165624799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:15:15:15:19:15:15:15:19 chr1 165630698 . A G 938.84 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415853;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7673;QD=58.6778;RBI=0.0479997;REFB=0;REVB=0.0239715;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116292;OID=.;OPOS=165630698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:33:30:0:0:34:30:0:0 chr1 165652273 . A G 1171.7 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5772;QD=60.8675;RBI=0.0803053;REFB=0;REVB=-0.0711108;RO=0;SAF=50;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237539;OID=.;OPOS=165652273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:27:50:0:0:27:50:0:0 chr1 165737704 . C G 801.33 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00682715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=328.799;QD=57.2377;RBI=0.00709622;REFB=0;REVB=-0.00193555;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.71342e-06;OID=.;OPOS=165737704;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:25:30:0:0:26:30:0:0 chr1 166591271 . T C 607.24 PASS AF=0.459854;AO=62;DP=136;FAO=63;FDP=137;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.0337617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.875;QD=17.7296;RBI=0.0342672;REFB=-0.00169182;REVB=0.00586377;RO=74;SAF=24;SAR=38;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864511;STB=0.551385;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00131684;OID=.;OPOS=166591271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:74:74:62:63:0.459854:38:24:35:39:39:24:35:39 chr1 166818566 . A G 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0184172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.362;QD=12.0714;RBI=0.0190241;REFB=-0.00944063;REVB=-0.00476669;RO=40;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099022;STB=0.557095;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0172177;OID=.;OPOS=166818566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:11:13:18:22:11:13:18:22 chr1 166825797 . A ACAGATCCAG 245.39 PASS AF=0.367089;AO=28;DP=82;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0134087;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=9;MLLD=316.318;QD=12.4247;RBI=0.0150736;REFB=-0.00869887;REVB=0.00688619;RO=51;SAF=11;SAR=17;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216531;STB=0.626545;STBP=0.095;TYPE=ins;VARB=0.0124195;OID=.;OPOS=166825798;OREF=-;OALT=CAGATCCAG;OMAPALT=ACAGATCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.367089:28:82:29:79:50:11:18:29:21:99:51:11:17:30:21 chr1 166826655 . C T 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0251295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.251;QD=14.6487;RBI=0.025182;REFB=0.00555217;REVB=0.00162412;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120243;STB=0.570033;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.0152132;OID=.;OPOS=166826655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:5:9:10:9:5:9:10:9 chr1 166826773 . C T 221.87 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0500809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.658;QD=18.4893;RBI=0.0508091;REFB=-0.00818167;REVB=-0.00857173;RO=25;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443258;STB=0.540217;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00775742;OID=.;OPOS=166826773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:7:15:16:9:7:15:16:10 chr1 166959016 . C T 212.06 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0192668;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.755;QD=9.75;RBI=0.0194687;REFB=-0.00517216;REVB=-0.00279653;RO=59;SAF=11;SAR=16;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214819;STB=0.619963;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0207612;OID=.;OPOS=166959016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:59:60:27:27:0.310345:16:11:35:24:16:11:35:25 chr1 167023616 . C T 453.02 PASS AF=0.299492;AO=59;DP=197;FAO=59;FDP=197;FR=.;FRO=138;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=66;FSRR=72;FWDB=-0.0146653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.643;QD=9.19843;RBI=0.0146667;REFB=-0.021533;REVB=0.000199714;RO=138;SAF=32;SAR=27;SRF=66;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770291;STB=0.544876;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0462171;OID=.;OPOS=167023616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:138:138:59:59:0.299492:27:32:66:72:27:32:66:72 chr1 167024259 . A G 57.27 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00216154;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.564;QD=4.40552;RBI=0.0472498;REFB=-0.0137057;REVB=-0.0472003;RO=43;SAF=4;SAR=5;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082222;STB=0.555432;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0823651;OID=.;OPOS=167024259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:52:52:43:43:9:9:0.173077:5:4:22:21:5:4:22:21 chr1 167042762 . C T 1451.55 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00950025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.797;QD=63.1108;RBI=0.00950083;REFB=0;REVB=-0.000105021;RO=0;SAF=27;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84911e-05;OID=.;OPOS=167042762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:90:92:1:63:27:0:0:64:28:0:0 chr1 167059462 . G C 449.79 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0199202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0402;QD=24.3128;RBI=0.0233819;REFB=0.0161213;REVB=-0.0122434;RO=31;SAF=21;SAR=22;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144207;STB=0.578911;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0163181;OID=.;OPOS=167059462;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:22:21:21:10:22:21:21:10 chr1 167095163 . G C 835.1 PASS AF=0.532051;AO=82;DP=154;FAO=83;FDP=156;FR=.;FRO=73;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.00247171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.0837;QD=21.4129;RBI=0.0444394;REFB=-0.0195276;REVB=0.0443706;RO=72;SAF=40;SAR=42;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010414;STB=0.506023;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0296876;OID=.;OPOS=167095163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:72:73:82:83:0.532051:42:40:36:36:42:41:37:36 chr1 167096931 . A C 147.14 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0502681;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.0889;QD=17.3104;RBI=0.0611924;REFB=-0.0150839;REVB=-0.0348945;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133138;STB=0.576514;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0315478;OID=.;OPOS=167096931;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:5:11:10:8:5:11:10:8 chr1 167400971 . C T 332.8 PASS AF=0.292994;AO=46;DP=157;FAO=46;FDP=157;FR=.;FRO=111;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=67;FSRR=44;FWDB=-0.0191261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.394;QD=8.47906;RBI=0.0197272;REFB=-0.00392729;REVB=0.00483249;RO=110;SAF=26;SAR=20;SRF=66;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042917;STB=0.527797;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0112791;OID=.;OPOS=167400971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:110:111:46:46:0.292994:20:26:66:44:20:26:67:44 chr1 167408565 . G T 334.54 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0287172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.564;QD=27.309;RBI=0.0287292;REFB=-0.0204905;REVB=0.000830821;RO=20;SAF=18;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922776;STB=0.550985;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0142885;OID=.;OPOS=167408565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:11:18:10:10:11:18:10:10 chr1 167510996 . G A 868.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122;QD=57.8828;RBI=0.0246332;REFB=0;REVB=0.00909781;RO=0;SAF=41;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.99764e-05;OID=.;OPOS=167510996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:19:41:0:0:19:41:0:0 chr1 167511035 . C G 275.58 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=5;FWDB=0.013943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7313;QD=18.0707;RBI=0.0245482;REFB=-0.0073143;REVB=-0.0202042;RO=31;SAF=17;SAR=13;SRF=26;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264719;STB=0.646157;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00760967;OID=.;OPOS=167511035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:13:17:26:5:13:17:26:5 chr1 167683950 . C T 372.8 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=-0.0249109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5792;QD=17.7522;RBI=0.0435163;REFB=-0.016759;REVB=-0.0356807;RO=44;SAF=20;SAR=19;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183884;STB=0.606828;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0214063;OID=.;OPOS=167683950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:45:39:39:0.464286:19:20:31:13:19:20:32:13 chr1 167798605 . C T 138.93 PASS AF=0.27027;AO=20;DP=74;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0349584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7629;QD=7.50956;RBI=0.0500122;REFB=-0.00705177;REVB=0.0357649;RO=54;SAF=10;SAR=10;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134795;STB=0.581002;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0182252;OID=.;OPOS=167798605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:54:54:20:20:0.27027:10:10:21:33:10:10:21:33 chr1 167815030 . A G 638.8 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0103479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4572;QD=59.4233;RBI=0.0510929;REFB=-0.0186403;REVB=-0.0500341;RO=1;SAF=22;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208598;STB=0.511106;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00307025;OID=.;OPOS=167815030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:20:22:1:0:20:22:1:0 chr1 167817639 . A G 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.375;QD=60.5469;RBI=0.0244447;REFB=0;REVB=0.020958;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4954e-05;OID=.;OPOS=167817639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr1 167825485 . T C 525.15 PASS AF=0.431818;AO=57;DP=132;FAO=57;FDP=132;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.016659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.966;QD=15.9135;RBI=0.0334249;REFB=-0.00740149;REVB=0.0289776;RO=74;SAF=29;SAR=28;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594969;STB=0.536728;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00921343;OID=.;OPOS=167825485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:74:75:57:57:0.431818:28:29:42:32:28:29:43:32 chr1 167825606 . A G 308.79 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0281334;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.2441;QD=15.6348;RBI=0.0434633;REFB=-0.01954;REVB=-0.0331295;RO=45;SAF=15;SAR=19;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202937;STB=0.614189;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0207408;OID=.;OPOS=167825606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:19:15:29:16:19:15:29:16 chr1 167906239 . A C 777.7 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00134654;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.672;QD=57.6076;RBI=0.0332512;REFB=0;REVB=0.0332239;RO=0;SAF=42;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351698;OID=.;OPOS=167906239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:54:0:0:54:54:1:12:42:0:0:12:42:0:0 chr1 168013850 . T C 471.48 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00948957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.398;QD=23.5741;RBI=0.0322582;REFB=-0.00309594;REVB=0.0308308;RO=34;SAF=20;SAR=25;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668896;STB=0.530713;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0031709;OID=.;OPOS=168013850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:35:45:45:0.5625:25:20:18:16:25:20:18:17 chr1 168054917 . T TC 123.12 PASS AF=0.259259;AO=42;DP=167;FAO=42;FDP=162;FR=.;FRO=120;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=58;FSRR=62;FWDB=-0.173106;FXX=0.00613459;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.2534;QD=3.03996;RBI=0.244869;REFB=0.00213149;REVB=-0.173192;RO=121;SAF=25;SAR=17;SRF=60;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124255;STB=0.619799;STBP=0.075;TYPE=ins;VARB=-0.0164707;OID=.;OPOS=168054918;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:42:167:42:162:120:27:15:58:62:99:121:25:17:60:61 chr1 168195368 . C T 586.54 PASS AF=0.54;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0165741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1087;QD=23.4615;RBI=0.0172215;REFB=-0.0377322;REVB=0.00467734;RO=46;SAF=28;SAR=26;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00269959;STB=0.501483;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0392672;OID=.;OPOS=168195368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:46:54:54:0.54:26:28:24:22:26:28:24:22 chr1 168510314 . G T 979.73 PASS AF=0.459821;AO=103;DP=224;FAO=103;FDP=224;FR=.;FRO=121;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=66;FSRR=55;FWDB=0.00165297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5846;QD=17.4952;RBI=0.0224294;REFB=-0.0152198;REVB=-0.0223684;RO=120;SAF=47;SAR=56;SRF=65;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830017;STB=0.548107;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0202591;OID=.;OPOS=168510314;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:120:121:103:103:0.459821:56:47:65:55:56:47:66:55 chr1 168511284 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.731;QD=50.4135;RBI=0.0503732;REFB=0;REVB=-0.0292132;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100546;OID=.;OPOS=168511284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr1 168513129 . C T 1514.4 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.907;QD=59.3881;RBI=0.0431986;REFB=0;REVB=0.0404579;RO=0;SAF=66;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000855734;OID=.;OPOS=168513129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:102:0:0:95:102:1:29:66:0:0:32:70:0:0 chr1 169101935 . C T 482.67 PASS AF=0.5;AO=46;DP=95;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0289965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.449;QD=19.7009;RBI=0.0292241;REFB=-0.033534;REVB=0.00363965;RO=47;SAF=19;SAR=27;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089969;STB=0.552085;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0194826;OID=.;OPOS=169101935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:47:49:46:49:0.5:27:19:15:32:27:22:17:32 chr1 169256524 . T C 644.8 PASS AF=0.584906;AO=62;DP=106;FAO=62;FDP=106;FR=.;FRO=44;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0237362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.846;QD=24.332;RBI=0.0374943;REFB=-0.0256336;REVB=0.0290245;RO=44;SAF=36;SAR=26;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448787;STB=0.524481;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0196441;OID=.;OPOS=169256524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:44:44:62:62:0.584906:26:36:23:21:26:36:23:21 chr1 169272451 . A T 1743.55 PASS AF=0.975;AO=117;DP=120;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.045632;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=106.916;QD=58.1185;RBI=0.0468397;REFB=-0.157228;REVB=0.0105677;RO=0;SAF=62;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07878e-08;STB=0.504928;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.000716388;OID=.;OPOS=169272451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:120:0:3:117:117:0.975:55:62:0:0:55:62:1:2 chr1 169272453 . G A 1713.07 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0074215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7011;QD=60.6397;RBI=0.0185745;REFB=0;REVB=-0.0170275;RO=0;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116265;OID=.;OPOS=169272453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:112:113:1:50:62:0:0:50:63:0:0 chr1 169293674 . C T 212.44 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.0157287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.522;QD=10.238;RBI=0.0158318;REFB=0.00113619;REVB=-0.00180385;RO=56;SAF=13;SAR=14;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185987;STB=0.608079;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00299193;OID=.;OPOS=169293674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:56:56:27:27:0.325301:14:13:36:20:14:13:36:20 chr1 169391154 . A G 685.77 PASS AF=0.531746;AO=67;DP=127;FAO=67;FDP=126;FR=.;FRO=59;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.00309062;FXX=0.0078734;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.873;QD=21.7705;RBI=0.00309212;REFB=-9.89755e-05;REVB=9.62741e-05;RO=59;SAF=39;SAR=28;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492193;STB=0.527019;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=9.93572e-05;OID=.;OPOS=169391154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:59:59:67:67:0.531746:28:39:31:28:28:39:31:28 chr1 169433273 . C T 254.4 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0037912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.116;QD=13.0462;RBI=0.0121415;REFB=-0.00592464;REVB=-0.0115344;RO=48;SAF=17;SAR=13;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160318;STB=0.59162;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00738039;OID=.;OPOS=169433273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:13:17:20:28:13:17:20:28 chr1 169435027 . C T 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5069;QD=58.0582;RBI=0.0385857;REFB=0;REVB=-0.034418;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132717;OID=.;OPOS=169435027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr1 169439226 . C T 155.94 PASS AF=0.225225;AO=25;DP=111;FAO=25;FDP=111;FR=.;FRO=86;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=59;FWDB=0.020183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8045;QD=5.61945;RBI=0.0313059;REFB=-0.00373839;REVB=-0.0239312;RO=84;SAF=13;SAR=12;SRF=26;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265163;STB=0.657761;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0181756;OID=.;OPOS=169439226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:84:86:25:25:0.225225:12:13:26:58:12:13:27:59 chr1 169498975 . T C 295.28 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0121091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.95;QD=15.3393;RBI=0.0268126;REFB=-0.0124868;REVB=0.0239225;RO=44;SAF=19;SAR=14;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12275;STB=0.569358;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.020575;OID=.;OPOS=169498975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:14:19:20:24:14:19:20:24 chr1 169500210 . T C 526.21 PASS AF=0.495575;AO=44;DP=113;FAO=56;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0528505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.367;QD=18.6268;RBI=0.0618272;REFB=-0.0449784;REVB=0.0320846;RO=57;SAF=15;SAR=29;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140619;STB=0.504272;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0577462;OID=.;OPOS=169500210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:57:57:44:56:0.495575:29:15:27:30:29:27:27:30 chr1 169510118 . G A 300.49 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=1;FWDB=0.00217923;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.26;QD=19.0784;RBI=0.0134356;REFB=-0.00674674;REVB=0.0132577;RO=31;SAF=27;SAR=5;SRF=30;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252664;STB=0.637517;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00716239;OID=.;OPOS=169510118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:5:27:30:1:5:27:30:1 chr1 169510380 . G A 102.39 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=0.0375388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.554;QD=9.10112;RBI=0.0379089;REFB=-0.035115;REVB=-0.00528411;RO=31;SAF=11;SAR=2;SRF=5;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.695407;STB=0.908351;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0215881;OID=.;OPOS=169510380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:31:32:13:13:0.288889:2:11:5:26:2:11:5:27 chr1 169510475 . G T 134.28 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0194311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.467;QD=11.4284;RBI=0.0346598;REFB=-0.0243033;REVB=-0.0287009;RO=29;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775601;STB=0.514268;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.045443;OID=.;OPOS=169510475;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:29:31:16:16:0.340426:10:6:9:20:10:6:11:20 chr1 169511555 . T C 278.32 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0133904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7062;QD=16.3717;RBI=0.0167633;REFB=-0.0171219;REVB=0.010085;RO=37;SAF=22;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180444;STB=0.602036;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00819268;OID=.;OPOS=169511555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:9:22:20:17:9:22:20:17 chr1 169511734 . T C 554.04 PASS AF=0.671233;AO=49;DP=73;FAO=49;FDP=73;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0485461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.192;QD=30.3581;RBI=0.0490986;REFB=-0.0207144;REVB=0.00734494;RO=24;SAF=22;SAR=27;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019851;STB=0.510754;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0123557;OID=.;OPOS=169511734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:24:24:49:49:0.671233:27:22:10:14:27:22:10:14 chr1 169511755 . T C 484.42 PASS AF=0.666667;AO=44;DP=66;FAO=44;FDP=66;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.000359154;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.851;QD=29.3588;RBI=0.00898032;REFB=0.00432492;REVB=-0.00897314;RO=22;SAF=20;SAR=24;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00239899;OID=.;OPOS=169511755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:22:22:44:44:0.666667:24:20:10:12:24:20:10:12 chr1 169512027 . T C 371.88 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00869603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0256;QD=15.0255;RBI=0.0290789;REFB=-0.00560634;REVB=0.0277482;RO=59;SAF=13;SAR=27;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149031;STB=0.584688;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0115528;OID=.;OPOS=169512027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:59:40:40:0.40404:27:13:27:32:27:13:27:32 chr1 169512093 . A G 304.85 PASS AF=0.358491;AO=38;DP=106;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0119379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.07;QD=11.5036;RBI=0.0189608;REFB=-0.00358827;REVB=0.0147309;RO=68;SAF=18;SAR=20;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199763;STB=0.51146;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00193441;OID=.;OPOS=169512093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:68:68:38:38:0.358491:20:18:31:37:20:18:31:37 chr1 169512120 . G A 365.09 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0107953;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.49;QD=14.3174;RBI=0.0194763;REFB=-0.00954232;REVB=-0.0162107;RO=61;SAF=21;SAR=21;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773392;STB=0.539197;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0150809;OID=.;OPOS=169512120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:61:60:42:42:0.411765:21:21:26:35:21:21:26:34 chr1 169519049 . T C 1305.76 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0346827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.16;QD=60.7329;RBI=0.0381793;REFB=-0.0438004;REVB=0.0159616;RO=1;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101877;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00117301;OID=.;OPOS=169519049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:46:39:0:1:46:39:0:1 chr1 169519112 . C T 630.64 PASS AF=0.533898;AO=62;DP=117;FAO=63;FDP=118;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00193994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.86;QD=21.3775;RBI=0.0137025;REFB=-0.000712658;REVB=0.0135644;RO=55;SAF=30;SAR=32;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00954758;STB=0.509015;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.000685678;OID=.;OPOS=169519112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:55:55:62:63:0.533898:32:30:26:29:32:31:26:29 chr1 169521849 . T C 762.25 PASS AF=0.536765;AO=73;DP=135;FAO=73;FDP=136;FR=.;FRO=63;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.0324303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.204;QD=22.419;RBI=0.0372676;REFB=0.00426733;REVB=0.0183616;RO=62;SAF=41;SAR=32;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719112;STB=0.542361;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00321398;OID=.;OPOS=169521849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:62:63:73:73:0.536765:32:41:40:22:32:41:41:22 chr1 169529826 . C A 757.32 PASS AF=0.5;AO=77;DP=155;FAO=78;FDP=156;FR=.;FRO=78;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=-0.0406104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.906;QD=19.4184;RBI=0.0411732;REFB=-0.0143443;REVB=-0.00678494;RO=78;SAF=48;SAR=29;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218354;STB=0.615355;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0238858;OID=.;OPOS=169529826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:78:78:77:78:0.5:29:48:30:48:30:48:30:48 chr1 169529973 . C T 725.87 PASS AF=0.493421;AO=75;DP=153;FAO=75;FDP=152;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.00553423;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.626;QD=19.1017;RBI=0.0123629;REFB=-0.0284843;REVB=0.0110551;RO=77;SAF=32;SAR=43;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977093;STB=0.553894;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0338187;OID=.;OPOS=169529973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:77:77:75:75:0.493421:43:32:41:36:43:32:41:36 chr1 169562904 . C T 307.77 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0360742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.14;QD=20.8655;RBI=0.0365022;REFB=-0.0216373;REVB=0.00557323;RO=26;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118306;STB=0.57319;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0201039;OID=.;OPOS=169562904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:27:32:32:0.542373:17:15:16:10:17:15:17:10 chr1 169566313 . C T 1627.63 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174625;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.653;QD=60.2828;RBI=0.0177338;REFB=0;REVB=0.00308994;RO=0;SAF=51;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33481e-05;OID=.;OPOS=169566313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:57:51:0:0:57:51:0:0 chr1 169580885 . C T 207.37 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=35;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0645996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1607;QD=23.0409;RBI=0.0766619;REFB=-0.01116;REVB=0.0412788;RO=15;SAF=12;SAR=8;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299445;STB=0.669947;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0229478;OID=.;OPOS=169580885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:15:15:20:21:0.583333:8:12:3:12:8:13:3:12 chr1 169702705 . G A 207.94 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.00543144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.549;QD=13.4154;RBI=0.0173778;REFB=-0.00961254;REVB=-0.0165072;RO=37;SAF=13;SAR=11;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175336;STB=0.588168;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00999424;OID=.;OPOS=169702705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:24:25:0.403226:11:13:26:11:11:14:26:11 chr1 169761800 . A G 368.93 PASS AF=0.5;AO=31;DP=78;FAO=38;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0796231;FXX=0.0256377;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.224;QD=19.4173;RBI=0.0796298;REFB=-0.0168817;REVB=0.00102915;RO=24;SAF=14;SAR=17;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953288;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.015969;OID=.;OPOS=169761800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:24:38:31:38:0.5:17:14:8:16:18:20:20:18 chr1 169768033 . T C 159.57 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0104896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7414;QD=17.73;RBI=0.0497936;REFB=-0.0124761;REVB=0.0486762;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381231;STB=0.521714;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.014097;OID=.;OPOS=169768033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:6:11:13:6:6:11:13:6 chr1 169768080 . C A 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0108147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.434;QD=18.9665;RBI=0.0140291;REFB=-0.0100004;REVB=-0.0089363;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169124;STB=0.595156;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.012115;OID=.;OPOS=169768080;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:10:12:18:7:10:12:18:7 chr1 169795276 . A C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0227714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.967;QD=11.0197;RBI=0.0303606;REFB=0.0126718;REVB=0.0200806;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474505;STB=0.781817;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0340962;OID=.;OPOS=169795276;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:1:7:2:4:1:7 chr1 169821135 . C T 170.34 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0526498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.609;QD=17.9306;RBI=0.0527933;REFB=-0.00377198;REVB=-0.00388893;RO=20;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339264;STB=0.666481;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00236096;OID=.;OPOS=169821135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:17:18:0.473684:12:5:13:7:12:6:13:7 chr1 169823718 . T C 528.05 PASS AF=0.470588;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.0276955;FXX=0.00833264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.2753;QD=17.7496;RBI=0.0296304;REFB=0.00264263;REVB=0.0105317;RO=60;SAF=25;SAR=31;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108408;STB=0.543962;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00211782;OID=.;OPOS=169823718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:60:63:56:56:0.470588:31:25:20:40:31:25:23:40 chr1 169927228 . T TG 501.53 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.5318;QD=46.6538;RBI=0.165454;REFB=0;REVB=0.122849;RO=2;SAF=30;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302852;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00646362;OID=.;OPOS=169927229;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:45:43:43:0:30:13:0:0:9:2:30:13:2:0 chr1 169951997 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179887;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=348.311;QD=59.8559;RBI=0.0181635;REFB=0;REVB=-0.00251385;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15066e-05;OID=.;OPOS=169951997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr1 170135798 . A C 795.46 PASS AF=0.547445;AO=74;DP=137;FAO=75;FDP=137;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0111158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.666;QD=23.2251;RBI=0.0147057;REFB=-0.00141014;REVB=0.00962801;RO=61;SAF=37;SAR=37;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609648;STB=0.532184;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.000869621;OID=.;OPOS=170135798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:61:62:74:75:0.547445:37:37:35:26:38:37:35:27 chr1 170501385 . A C 458.81 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386321;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.179;QD=57.3514;RBI=0.0490297;REFB=0;REVB=0.0301906;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147239;OID=.;OPOS=170501385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:13:18:0:0:14:18:0:0 chr1 170521376 . G A 1208.73 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.141;QD=61.2016;RBI=0.0228871;REFB=0;REVB=-0.0177812;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2131e-05;OID=.;OPOS=170521376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr1 170633512 . A G 63.72 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.0150284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.082;QD=4.71964;RBI=0.0846099;REFB=-0.0138607;REVB=-0.0832645;RO=44;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289177;STB=0.684866;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0613592;OID=.;OPOS=170633512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:5:5:12:32:5:5:12:32 chr1 171076966 . G A 550.5 PASS AF=0.464;AO=55;DP=123;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=0.0142529;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.54;QD=17.6159;RBI=0.0143993;REFB=-0.00834956;REVB=-0.00204828;RO=66;SAF=29;SAR=26;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138414;STB=0.531904;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00913315;OID=.;OPOS=171076966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:66:67:55:58:0.464:26:29:44:22:25:33:42:25 chr1 171112490 . C T 236.07 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00361457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.436;QD=19.2712;RBI=0.0319125;REFB=-0.00479496;REVB=-0.0317071;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203315;STB=0.614614;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00517111;OID=.;OPOS=171112490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:13:10:17:9:13:10:17:9 chr1 171168545 . T C 477.89 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-7.42052e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.991;QD=19.707;RBI=0.0137499;REFB=-0.0139348;REVB=-0.0137497;RO=50;SAF=19;SAR=28;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903612;STB=0.550224;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0179537;OID=.;OPOS=171168545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:28:19:25:25:28:19:25:25 chr1 171168584 . CA CG,TG 1175.46 PASS AF=0.5125,0.4875;AO=41,39;DP=80;FAO=41,39;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=14,22;FSAR=27,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159618,0.0116769;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=164.399,288.081;QD=58.7729;RBI=0.0159985,0.0143899;REFB=0,0;REVB=-0.00108252,-0.0084095;RO=0;SAF=14,22;SAR=27,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00186232,0.00182291;OID=.,.;OPOS=171168585,171168584;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:80:80:0:0:41,39:41,39:0.5125,0.4875:27,17:14,22:0:0:27,17:14,22:0:0 chr1 171174531 . A G 471.18 PASS AF=0.440678;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.00279683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.749;QD=15.9724;RBI=0.00320922;REFB=-0.0106825;REVB=0.0015738;RO=65;SAF=20;SAR=32;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503447;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0115423;OID=.;OPOS=171174531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:65:66:52:52:0.440678:32:20:25:40:32:20:25:41 chr1 171178152 . A G 401.66 PASS AF=0.394958;AO=47;DP=119;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0102869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.321;QD=13.5012;RBI=0.0199813;REFB=-0.00861589;REVB=0.0171299;RO=70;SAF=25;SAR=22;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042149;STB=0.522857;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0106844;OID=.;OPOS=171178152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:70:72:47:47:0.394958:22:25:40:30:22:25:41:31 chr1 171223134 . G A 343.21 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0401968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5413;QD=24.085;RBI=0.0459915;REFB=0.00216813;REVB=-0.0223479;RO=23;SAF=10;SAR=24;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183573;STB=0.601304;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00262828;OID=.;OPOS=171223134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:24:10:12:11:24:10:12:11 chr1 171303565 . C T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00511337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.355;QD=14.6659;RBI=0.00730616;REFB=-0.0105077;REVB=-0.00521856;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385756;STB=0.522358;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.023898;OID=.;OPOS=171303565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:7:8:12:9:7:8:12:9 chr1 171461787 . G A 276.74 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00846639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8067;QD=26.3559;RBI=0.00924895;REFB=0.0108341;REVB=0.00372335;RO=17;SAF=4;SAR=21;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435701;STB=0.744458;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00475339;OID=.;OPOS=171461787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:21:4:11:6:21:4:11:6 chr1 171482616 . A C 344.78 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0434572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.487;QD=16.6157;RBI=0.0434713;REFB=-0.0119589;REVB=0.00110896;RO=46;SAF=22;SAR=15;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947182;STB=0.553247;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0148464;OID=.;OPOS=171482616;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:15:22:23:23:15:22:23:23 chr1 171486912 . G A 736.05 PASS AF=0.653465;AO=66;DP=101;FAO=66;FDP=101;FR=.;FRO=35;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00233483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.356;QD=29.1505;RBI=0.0147876;REFB=-0.00712811;REVB=0.0146022;RO=34;SAF=34;SAR=32;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06496;STB=0.539832;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00367928;OID=.;OPOS=171486912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:34:35:66:66:0.653465:32:34:14:20:32:34:14:21 chr1 171509327 . G A 61.4 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0424661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1892;QD=18.8927;RBI=0.0630108;REFB=0.0214328;REVB=-0.0465509;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661115;STB=0.538366;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.0208918;OID=.;OPOS=171509327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:3:2:4:4:3:2 chr1 171511039 . C G 208.59 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0108275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0796;QD=18.1384;RBI=0.0452453;REFB=0.02847;REVB=-0.0439307;RO=25;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258183;STB=0.646917;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0336951;OID=.;OPOS=171511039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:14:7:15:10:14:7:15:10 chr1 171514731 . C G 219.06 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00175594;FXX=0.0727141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.055;QD=17.1815;RBI=0.00518301;REFB=-0.00829832;REVB=-0.0048765;RO=22;SAF=16;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183898;STB=0.639881;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00600147;OID=.;OPOS=171514731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:22:27:23:24:0.470588:7:16:11:11:8:16:11:16 chr1 171526570 . G A 174.1 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0375682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.69;QD=19.3441;RBI=0.0587752;REFB=-0.0193801;REVB=-0.0452012;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162152;STB=0.591122;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0169685;OID=.;OPOS=171526570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:7:11:14:4:7:11:14:4 chr1 171556165 . G C 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0284714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.438;QD=21.613;RBI=0.0296594;REFB=-0.000979853;REVB=-0.00831044;RO=23;SAF=15;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204803;STB=0.614877;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.000834019;OID=.;OPOS=171556165;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:9:15:9:14:9:15:9:14 chr1 171558516 . C T 215.9 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00628363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.929;QD=15.1508;RBI=0.0238239;REFB=-0.019463;REVB=0.0229803;RO=32;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506399;STB=0.528729;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0287096;OID=.;OPOS=171558516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:13:12:17:15:13:12:17:15 chr1 171751236 . T C 594.56 PASS AF=0.551402;AO=59;DP=107;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0235431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6993;QD=22.2264;RBI=0.0235816;REFB=-0.0167385;REVB=0.00134695;RO=46;SAF=31;SAR=28;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07246;STB=0.539373;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0140154;OID=.;OPOS=171751236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:46:48:59:59:0.551402:28:31:20:26:28:31:21:27 chr1 171755182 . G A 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0151861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.833;QD=11.0866;RBI=0.0176132;REFB=0.00145457;REVB=-0.00892227;RO=25;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317237;STB=0.687229;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00304192;OID=.;OPOS=171755182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:5:8:8:17:5:8:8:17 chr1 171763549 . C T 662.67 PASS AF=0.475177;AO=67;DP=141;FAO=67;FDP=141;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=0.00276499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.134;QD=18.7991;RBI=0.0416121;REFB=-0.00945411;REVB=-0.0415201;RO=74;SAF=28;SAR=39;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116817;STB=0.564717;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00878463;OID=.;OPOS=171763549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:74:74:67:67:0.475177:39:28:40:34:39:28:40:34 chr1 171810960 . A G 318.11 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0115806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.257;QD=20.8597;RBI=0.0210008;REFB=-0.0366188;REVB=-0.0175192;RO=28;SAF=9;SAR=24;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840931;STB=0.546733;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.024735;OID=.;OPOS=171810960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:24:9:10:18:24:9:10:18 chr1 171890878 . CT C 70.59 PASS AF=0.31746;AO=42;DP=126;FAO=40;FDP=126;FR=.;FRO=86;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=0.161838;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.03561;QD=2.24086;RBI=0.216822;REFB=-0.0527074;REVB=-0.144293;RO=65;SAF=19;SAR=23;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673143;STB=0.503648;STBP=0.97;TYPE=del;VARB=0.0346637;OID=.;OPOS=171890879;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.31746:42:126:40:126:86:17:23:37:49:70:65:19:23:29:36 chr1 171956803 . C T 277.42 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0102015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.658;QD=18.4948;RBI=0.0102894;REFB=-0.00233293;REVB=0.00134209;RO=30;SAF=19;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147481;STB=0.588175;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00119253;OID=.;OPOS=171956803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:30:29:30:0.5:10:19:15:15:10:20:15:15 chr1 172356437 . A G 1434.42 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.586;QD=63.0512;RBI=0.0342792;REFB=0;REVB=-0.00777044;RO=0;SAF=63;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31908e-05;OID=.;OPOS=172356437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:28:63:0:0:28:63:0:0 chr1 172378884 . G GT 145.03 PASS AF=0.371212;AO=47;DP=137;FAO=49;FDP=132;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=56;FSRR=27;FWDB=-0.107503;FXX=0.0149243;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.9278;QD=4.39471;RBI=0.172186;REFB=-0.0165446;REVB=0.134503;RO=82;SAF=32;SAR=15;SRF=56;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00266171;STB=0.514033;STBP=0.839;TYPE=ins;VARB=0.0140517;OID=.;OPOS=172378885;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371212:47:137:49:132:83:34:15:56:27:99:82:32:15:56:26 chr1 172410967 . G A 223.81 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0580217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0105;QD=10.7861;RBI=0.0690211;REFB=-0.00648841;REVB=0.0373817;RO=55;SAF=17;SAR=11;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154146;STB=0.589701;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0138331;OID=.;OPOS=172410967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:55:55:28:28:0.337349:11:17:26:29:11:17:26:29 chr1 172411496 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00353325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.51;QD=39.2068;RBI=0.0452732;REFB=0;REVB=0.0451352;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397157;OID=.;OPOS=172411496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr1 172411768 . T C 362.92 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0427797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8888;QD=20.7382;RBI=0.0507317;REFB=0.00232506;REVB=0.0272692;RO=33;SAF=25;SAR=12;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657302;STB=0.536461;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00334367;OID=.;OPOS=172411768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:12:25:20:13:12:25:20:13 chr1 172412845 . C A 247.67 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0120804;FXX=0.0158705;HRUN=5;LEN=1;MLLD=169.829;QD=15.9786;RBI=0.0208037;REFB=-0.0251084;REVB=-0.0169369;RO=33;SAF=9;SAR=19;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107777;STB=0.571376;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0239822;OID=.;OPOS=172412845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:33:34:28:28:0.451613:19:9:14:19:19:9:15:19 chr1 172412995 . T C 220.3 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0375254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0394;QD=16.0221;RBI=0.0688148;REFB=0.0215255;REVB=-0.0576829;RO=30;SAF=17;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245033;STB=0.638984;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0280201;OID=.;OPOS=172412995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:8:17:13:17:8:17:13:17 chr1 172422209 . C T 483.73 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0592063;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7478;QD=15.9911;RBI=0.0595691;REFB=-0.0209972;REVB=0.00656495;RO=70;SAF=27;SAR=26;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00492923;STB=0.505301;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0216679;OID=.;OPOS=172422209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:70:68:53:53:0.438017:26:27:36:34:26:27:34:34 chr1 172434812 . C T 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0199277;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.363;QD=13.9482;RBI=0.0211482;REFB=-0.00541071;REVB=0.00708039;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16096;STB=0.592493;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00894426;OID=.;OPOS=172434812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:11:6:6:21:11:6:6:21 chr1 172437592 . G A 1684.02 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.714;QD=60.1436;RBI=0.0164173;REFB=0;REVB=-0.014456;RO=0;SAF=59;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.13093e-06;OID=.;OPOS=172437592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:111:112:1:52:59:0:0:53:59:0:0 chr1 172501643 . T C 265.26 PASS AF=0.441176;AO=29;DP=67;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0163424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.179;QD=15.6036;RBI=0.0163511;REFB=-0.000874218;REVB=0.000535651;RO=38;SAF=15;SAR=14;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620681;STB=0.525675;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00115151;OID=.;OPOS=172501643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:38:38:29:30:0.441176:14:15:22:16:14:16:22:16 chr1 172502479 . T C 559.42 PASS AF=0.434783;AO=60;DP=138;FAO=60;FDP=138;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=-0.00294463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8928;QD=16.2151;RBI=0.100986;REFB=0.0224047;REVB=-0.100943;RO=78;SAF=33;SAR=27;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673666;STB=0.537598;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.0326391;OID=.;OPOS=172502479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:78:78:60:60:0.434783:27:33:48:30:27:33:48:30 chr1 172547465 . A G 834.54 PASS AF=0.443878;AO=87;DP=196;FAO=87;FDP=196;FR=.;FRO=109;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=75;FWDB=0.0151107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.482;QD=17.0315;RBI=0.0158297;REFB=-0.00906064;REVB=0.00471656;RO=108;SAF=43;SAR=44;SRF=34;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180045;STB=0.601624;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0122558;OID=.;OPOS=172547465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:108:109:87:87:0.443878:44:43:34:74:44:43:34:75 chr1 173457017 . C T 1607.13 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00514527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.981;QD=64.2853;RBI=0.0163881;REFB=0;REVB=0.0155594;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72626e-06;OID=.;OPOS=173457017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:49:50:0:0:49:51:0:0 chr1 173474429 . T C 501.63 PASS AF=0.515789;AO=48;DP=94;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00468477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.481;QD=21.1214;RBI=0.00991394;REFB=0.0191766;REVB=-0.00873722;RO=46;SAF=21;SAR=27;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616735;STB=0.5294;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.0164202;OID=.;OPOS=173474429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:46:46:48:49:0.515789:27:21:17:29:28:21:17:29 chr1 173516871 . G C 193.7 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0159461;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.632;QD=15.8124;RBI=0.0192479;REFB=-0.0184069;REVB=0.0107799;RO=29;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701609;STB=0.54044;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0263336;OID=.;OPOS=173516871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:7:13:17:12:7:13:17:12 chr1 173516903 . A G 155.88 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0568256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4141;QD=15.9874;RBI=0.0580561;REFB=-0.0341028;REVB=-0.0118898;RO=22;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578709;STB=0.545399;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0260076;OID=.;OPOS=173516903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:22:16:17:0.435897:5:11:14:8:5:12:14:8 chr1 173688243 . C A,CAAA,CAAAAAA 96.96 PASS AF=0.333333,0.444444,0.222222;AO=4,3,4;DP=22;FAO=6,8,4;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1,1,0;FSAR=5,7,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00059266,0.255895,0.151449;FXX=0.181736;HRUN=1,11,11;LEN=1,3,6;MLLD=50.9932,7.85618,11.0447;QD=21.546;RBI=0.257853,0.370746,0.209489;REFB=-0.221607,-0.377035,-0.216141;REVB=-0.257852,-0.268273,-0.144736;RO=5;SAF=1,0,0;SAR=3,3,4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.15474,-0.658479,-0.700982;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.0405486,-0.339933,0.0359346;OID=.,.,.;OPOS=173688243,173688244,173688244;OREF=C,-,-;OALT=A,AAA,AAAAAA;OMAPALT=A,CAAA,CAAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:22:18:5:0:4,3,4:6,8,4:0.333333,0.444444,0.222222:3,3,4:1,0,0:2:3:5,7,4:1,1,0:0:0 chr1 173755520 . AT A 54.9 PASS AF=0.387097;AO=10;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0285435;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.853;QD=7.0839;RBI=0.054252;REFB=-0.047249;REVB=0.0461362;RO=18;SAF=9;SAR=1;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.604871;STB=0.873443;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=0.082671;OID=.;OPOS=173755521;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097:10:31:12:31:19:11:1:8:11:54:18:9:1:7:11 chr1 173772147 . C T 221.34 PASS AF=0.210227;AO=37;DP=175;FAO=37;FDP=176;FR=.;FRO=139;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=70;FSRR=69;FWDB=-0.0435788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.724;QD=5.03047;RBI=0.0459699;REFB=-0.00505428;REVB=-0.014633;RO=137;SAF=18;SAR=19;SRF=70;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311624;STB=0.513506;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0238704;OID=.;OPOS=173772147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:137:139:37:37:0.210227:19:18:70:67:19:18:70:69 chr1 173777718 . TCCCCCT TCCCC,TCCCCT,TCCCCTT 164.15 PASS AF=0,0.597403,0;AO=10,31,3;DP=77;FAO=0,46,0;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=0,24,0;FSAR=0,22,0;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.283048,-0.196597,0.0825698;FXX=0.0253133;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=22.3929,9.29764,19.082;QD=8.52723;RBI=0.287629,0.19824,0.0865177;REFB=-0.0449734,-0.120751,-0.0779666;REVB=-0.0511292,-0.025469,0.0258369;RO=27;SAF=10,10,0;SAR=0,21,3;SRF=4;SRR=23;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.842539,0.180912,-0.446794;STB=0.5,0.618092,0.5;STBP=1,0.025,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0596498,0;OID=.,.,.;OPOS=173777723,173777719,173777723;OREF=CT,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=TCCCC,TCCCCT,TCCCCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.597403,0:10,31,3:77:0,46,0:77:31:0,24,0:0,22,0:7:24:99:27:10,10,0:0,21,3:4:23 chr1 173823004 . T C 373.05 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0217448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4385;QD=20.4413;RBI=0.0226904;REFB=0.00396694;REVB=0.00648226;RO=34;SAF=18;SAR=20;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00264832;STB=0.505777;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00486809;OID=.;OPOS=173823004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:35:38:38:0.520548:20:18:16:18:20:18:17:18 chr1 173878766 . G A 206.85 PASS AF=0.278846;AO=29;DP=104;FAO=29;FDP=104;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.0380569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.284;QD=7.95572;RBI=0.0380963;REFB=-0.00443622;REVB=0.00173154;RO=75;SAF=10;SAR=19;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215486;STB=0.628539;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0089076;OID=.;OPOS=173878766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:75:75:29:29:0.278846:19:10:39:36:19:10:39:36 chr1 173878832 . T C 1152.93 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000107065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8209;QD=60.6805;RBI=0.0159811;REFB=0;REVB=-0.0159808;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013366;OID=.;OPOS=173878832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:43:32:0:0:43:33:0:0 chr1 173878862 . T C 837.05 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0369231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.433;QD=55.8031;RBI=0.0425742;REFB=0.0828237;REVB=0.0211955;RO=1;SAF=28;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165531;STB=0.508769;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000223747;OID=.;OPOS=173878862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:31:28:1:0:31:28:1:0 chr1 173903737 . G A 419.35 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0052618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5329;QD=20.2096;RBI=0.039999;REFB=0.0152499;REVB=-0.0396514;RO=40;SAF=22;SAR=20;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898527;STB=0.542705;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.0162558;OID=.;OPOS=173903737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:40:41:42:42:0.506024:20:22:25:15:20:22:25:16 chr1 173934237 . G T 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.0218623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.902;QD=9.93186;RBI=0.0218794;REFB=-0.000879527;REVB=-0.000864477;RO=35;SAF=3;SAR=12;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955412;STB=0.558057;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00140082;OID=.;OPOS=173934237;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:12:3:9:26:12:3:9:26 chr1 174959108 . G A 269.3 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00354857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.083;QD=16.5725;RBI=0.0155463;REFB=-0.018227;REVB=0.0151359;RO=35;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578148;STB=0.532446;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0217447;OID=.;OPOS=174959108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:18:12:12:23:18:12:12:23 chr1 174983902 . G A 174.07 PASS AF=0.272727;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=88;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0065906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.727;QD=7.91235;RBI=0.00714217;REFB=-0.0176329;REVB=-0.0027522;RO=63;SAF=12;SAR=12;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105776;STB=0.568126;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0469159;OID=.;OPOS=174983902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:63:64:24:24:0.272727:12:12:37:26:12:12:38:26 chr1 175046789 . A G 471.05 PASS AF=0.485714;AO=49;DP=104;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00149664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.814;QD=17.9447;RBI=0.00264589;REFB=0.000732825;REVB=-0.00218192;RO=49;SAF=24;SAR=25;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092482;STB=0.523551;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.000900378;OID=.;OPOS=175046789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:49:54:49:51:0.485714:25:24:19:30:26:25:24:30 chr1 175048793 . C T 284.4 PASS AF=0.330357;AO=37;DP=113;FAO=37;FDP=112;FR=.;FRO=75;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.00273119;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.944;QD=10.1572;RBI=0.0356001;REFB=-0.00740695;REVB=-0.0354951;RO=71;SAF=17;SAR=20;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222026;STB=0.522737;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0168029;OID=.;OPOS=175048793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:71:75:37:37:0.330357:20:17:34:37:20:17:37:38 chr1 175049379 . G A 114.48 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0318289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4774;QD=10.6492;RBI=0.0330192;REFB=-0.00569437;REVB=0.00878557;RO=29;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176414;STB=0.605115;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.018086;OID=.;OPOS=175049379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:6:8:12:17:6:8:12:17 chr1 175054548 . C T 182.96 PASS AF=0.4;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00179338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.7274;QD=13.3058;RBI=0.0420232;REFB=-0.00361884;REVB=-0.0419849;RO=32;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301236;STB=0.509361;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0048028;OID=.;OPOS=175054548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:33:22:22:0.4:13:9:14:18:13:9:14:19 chr1 175087884 . CA TG 641.11 PASS AF=0.547826;AO=63;DP=115;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=49;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=-0.010109;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=142.595;QD=22.2994;RBI=0.0108799;REFB=-0.0111938;REVB=0.0040227;RO=51;SAF=14;SAR=49;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100994;STB=0.552614;STBP=0.292;TYPE=mnp;VARB=0.0142087;OID=.;OPOS=175087884;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:51:52:63:63:0.547826:49:14:16:35:49:14:16:36 chr1 175092674 . C T 176.98 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0167897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.794;QD=13.8808;RBI=0.019147;REFB=-0.00857982;REVB=-0.00920396;RO=25;SAF=19;SAR=1;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46438;STB=0.822061;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0133837;OID=.;OPOS=175092674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:31:20:20:0.392157:1:19:19:6:1:19:22:9 chr1 175113578 . T C 2025.2 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.01;QD=61.838;RBI=0.0232421;REFB=0;REVB=0.0201335;RO=0;SAF=61;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203552;OID=.;OPOS=175113578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:130:131:1:69:61:0:0:69:62:0:0 chr1 175129924 . C CCTT 170.79 PASS AF=0.566667;AO=13;DP=100;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0212502;FXX=0.249938;HRUN=2;LEN=3;MLLD=86.4434;QD=22.7725;RBI=0.0214307;REFB=-0.134511;REVB=0.00277574;RO=80;SAF=11;SAR=2;SRF=53;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294716;STB=0.551667;STBP=0.649;TYPE=ins;VARB=0.061578;OID=.;OPOS=175129925;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.566667:13:100:17:30:13:13:4:11:2:99:80:11:2:53:27 chr1 175129955 . G C 32.14 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0907686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5977;QD=1.94802;RBI=0.100079;REFB=-0.00419464;REVB=-0.0421532;RO=58;SAF=6;SAR=1;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444585;STB=0.848539;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0657356;OID=.;OPOS=175129955;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:58:59:7:7:0.106061:1:6:28:30:1:6:28:31 chr1 175299301 . T C 508.36 PASS AF=0.972222;AO=36;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0337261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4236;QD=56.484;RBI=0.043362;REFB=-0.00632471;REVB=-0.0272547;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513506;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000601935;OID=.;OPOS=175299301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:36:35:0.972222:17:19:0:0:17:18:1:0 chr1 175324651 . A G 1051.09 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141933;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.247;QD=60.0621;RBI=0.0166867;REFB=0;REVB=0.00877471;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85265e-05;OID=.;OPOS=175324651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr1 175335234 . C T 829.47 PASS AF=0.506024;AO=84;DP=166;FAO=84;FDP=166;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=29;FSRR=53;FWDB=-0.0185534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.328;QD=19.9872;RBI=0.0225787;REFB=-0.0144826;REVB=0.0128674;RO=82;SAF=32;SAR=52;SRF=29;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261935;STB=0.514387;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0131185;OID=.;OPOS=175335234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:82:82:84:84:0.506024:52:32:29:53:52:32:29:53 chr1 175348723 . C T 833.49 PASS AF=0.491329;AO=85;DP=173;FAO=85;FDP=173;FR=.;FRO=88;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=0.0336109;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.4282;QD=19.2714;RBI=0.0339723;REFB=0.0225637;REVB=-0.00494216;RO=87;SAF=41;SAR=44;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636414;STB=0.537815;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0267741;OID=.;OPOS=175348723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:87:88:85:85:0.491329:44:41:48:39:44:41:49:39 chr1 175355391 . A G 792.72 PASS AF=0.539007;AO=76;DP=141;FAO=76;FDP=141;FR=.;FRO=65;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0224607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1136;QD=22.4884;RBI=0.030264;REFB=0.00164025;REVB=0.0202836;RO=64;SAF=45;SAR=31;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913708;STB=0.553858;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00118086;OID=.;OPOS=175355391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:64:65:76:76:0.539007:31:45:31:33:31:45:31:34 chr1 175372516 . C T 193.0 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00798696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.8;QD=15.7553;RBI=0.013767;REFB=-0.00827607;REVB=-0.0112133;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532089;STB=0.530582;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0223293;OID=.;OPOS=175372516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:10:10:16:13:10:10:16:13 chr1 175375397 . G A 113.75 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.0136852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7363;QD=7.98235;RBI=0.0574521;REFB=-0.00410339;REVB=0.0557984;RO=41;SAF=11;SAR=5;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631709;STB=0.538012;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0127137;OID=.;OPOS=175375397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:5:11:30:11:5:11:30:11 chr1 175375469 . C A 589.51 PASS AF=0.421384;AO=66;DP=158;FAO=67;FDP=159;FR=.;FRO=92;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=-0.00552652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.197;QD=14.8304;RBI=0.0138559;REFB=-0.0103334;REVB=-0.0127061;RO=91;SAF=35;SAR=31;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658882;STB=0.529002;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0129001;OID=.;OPOS=175375469;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:91:92:66:67:0.421384:31:35:54:37:31:36:54:38 chr1 175375683 . T C 421.76 PASS AF=0.462366;AO=42;DP=92;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.0120439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.297;QD=18.1401;RBI=0.0155273;REFB=-0.010192;REVB=0.00980001;RO=50;SAF=22;SAR=20;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133967;STB=0.568209;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0143612;OID=.;OPOS=175375683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:50:50:42:43:0.462366:20:22:33:17:20:23:33:17 chr1 175375802 . T C 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0109524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.907;QD=17.7533;RBI=0.028713;REFB=-0.0132806;REVB=0.0265421;RO=27;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136707;STB=0.576685;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0141165;OID=.;OPOS=175375802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:12:13:18:9:12:13:18:9 chr1 175914317 . GGA G,GG 159.78 PASS AF=0,0.470588;AO=8,28;DP=70;FAO=0,32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=0,12;FSAR=0,20;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.201954,-0.26036;FXX=0.0285673;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=19.5229,14.8886;QD=9.39851;RBI=0.230367,0.28784;REFB=-0.00504126,-0.0299778;REVB=-0.110831,-0.122738;RO=28;SAF=4,13;SAR=4,15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0.608696,0;SSEP=0.363636,0.52381;SSSB=0.0426708,0;STB=0.5,0.596954;STBP=1,0.15;TYPE=del,del;VARB=0.0502666,0.0158035;OID=.,.;OPOS=175914318,175914319;OREF=GA,A;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.470588:8,28:70:0,32:68:36:0,12:0,20:20:16:99:28:4,13:4,15:13:15 chr1 176102974 . T C 378.87 PASS AF=0.5;AO=38;DP=77;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0316502;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.757;QD=19.4292;RBI=0.0316642;REFB=0.00473983;REVB=-0.000940151;RO=39;SAF=14;SAR=24;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885121;STB=0.553988;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00114869;OID=.;OPOS=176102974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:39:39:38:39:0.5:24:14:18:21:25:14:18:21 chr1 176103053 . TAC T 162.07 PASS AF=0.384615;AO=18;DP=54;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.00591296;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=2;MLLD=275.328;QD=12.4669;RBI=0.0159305;REFB=-0.00693014;REVB=-0.0147925;RO=31;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198048;STB=0.621739;STBP=0.24;TYPE=del;VARB=0.00934682;OID=.;OPOS=176103054;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:18:54:20:52:32:8:12:7:25:99:31:7:11:7:24 chr1 176118219 . G A 138.95 PASS AF=0.34;AO=14;DP=48;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0270888;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.875;QD=11.1161;RBI=0.0282052;REFB=-0.0110021;REVB=-0.00785677;RO=32;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222308;STB=0.571347;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0253039;OID=.;OPOS=176118219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:32:33:14:17:0.34:9:5:12:20:9:8:12:21 chr1 176863836 . G C 100.61 PASS AF=0.270833;AO=12;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0345871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4226;QD=8.38457;RBI=0.0451923;REFB=-0.00110855;REVB=0.0290873;RO=35;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249737;STB=0.672643;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00299098;OID=.;OPOS=176863836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:12:13:0.270833:5:7:13:22:5:8:13:22 chr1 176863867 . T C 81.76 PASS AF=0.25;AO=13;DP=46;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0559584;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5405;QD=7.43243;RBI=0.0602854;REFB=-0.0102855;REVB=0.0224274;RO=32;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02832;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0344379;OID=.;OPOS=176863867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:46:44:32:33:13:11:0.25:7:6:14:18:6:5:15:18 chr1 176903373 . G A 245.99 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=13;FWDB=-0.0142249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.895;QD=11.1815;RBI=0.0215518;REFB=-0.00411794;REVB=0.0161905;RO=57;SAF=10;SAR=20;SRF=44;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467242;STB=0.769075;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00777946;OID=.;OPOS=176903373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:58:30:30:0.340909:20:10:44:13:20:10:45:13 chr1 176992553 . A G 1303.81 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00854599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9265;QD=61.3557;RBI=0.0266277;REFB=0;REVB=0.025219;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208048;OID=.;OPOS=176992553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:36:49:0:0:36:49:0:0 chr1 177001896 . C G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.046;QD=57.2026;RBI=0.0417099;REFB=0;REVB=0.0323915;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98658e-05;OID=.;OPOS=177001896;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr1 177199213 . C T 100.33 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0458533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.093;QD=8.18995;RBI=0.0464379;REFB=-0.0128429;REVB=0.00734548;RO=36;SAF=8;SAR=5;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398308;STB=0.524552;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0223621;OID=.;OPOS=177199213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:5:8:21:15:5:8:21:15 chr1 177247854 . C G 226.39 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0145118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.638;QD=17.0859;RBI=0.0392957;REFB=-0.0123763;REVB=0.0365179;RO=27;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821117;STB=0.557797;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0189703;OID=.;OPOS=177247854;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:9:16:15:12:9:16:15:13 chr1 177901713 . T C 670.73 PASS AF=0.608247;AO=58;DP=98;FAO=59;FDP=97;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.005493;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0172;QD=27.659;RBI=0.0295815;REFB=0.0118235;REVB=-0.029067;RO=37;SAF=26;SAR=32;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311329;STB=0.524912;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00826187;OID=.;OPOS=177901713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:37:38:58:59:0.608247:32:26:15:22:32:27:15:23 chr1 177902753 . G C 325.98 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00802583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.96;QD=29.6346;RBI=0.00988277;REFB=-0.0169593;REVB=0.00576673;RO=16;SAF=9;SAR=19;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128146;STB=0.570619;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00991135;OID=.;OPOS=177902753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:19:9:8:8:19:9:8:8 chr1 177915474 . A C 821.93 PASS AF=0.709677;AO=63;DP=95;FAO=66;FDP=93;FR=.;FRO=27;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.011568;FXX=0.0210504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=126.286;QD=35.3519;RBI=0.0266257;REFB=-0.0334862;REVB=0.0239814;RO=18;SAF=44;SAR=19;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155225;STB=0.532862;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00786752;OID=.;OPOS=177915474;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:18:27:63:66:0.709677:19:44:12:6:21:45:21:6 chr1 177915498 . G A 261.22 PASS AF=0.315315;AO=35;DP=111;FAO=35;FDP=111;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=25;FWDB=-0.00888724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.755;QD=9.41342;RBI=0.0132063;REFB=-0.00913921;REVB=-0.00976847;RO=76;SAF=25;SAR=10;SRF=51;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600275;STB=0.535148;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0183948;OID=.;OPOS=177915498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:76:76:35:35:0.315315:10:25:51:25:10:25:51:25 chr1 177929940 . G A 760.96 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.248;QD=56.3676;RBI=0.069112;REFB=0;REVB=0.0611197;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170622;OID=.;OPOS=177929940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:32:20:0:0:33:21:0:0 chr1 177929987 . T C 1102.06 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108227;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.94;QD=60.3868;RBI=0.0222425;REFB=0;REVB=0.0194319;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103245;OID=.;OPOS=177929987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr1 178411966 . G A 186.99 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.000514158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.141;QD=10.6854;RBI=0.006307;REFB=-0.000326461;REVB=0.006286;RO=46;SAF=8;SAR=16;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968878;STB=0.556653;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000547422;OID=.;OPOS=178411966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:16:8:19:27:16:8:19:27 chr1 178426850 . A G 768.82 PASS AF=0.519231;AO=76;DP=152;FAO=81;FDP=156;FR=.;FRO=75;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.0117821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.061;QD=19.7134;RBI=0.0343855;REFB=-0.0424968;REVB=0.032304;RO=76;SAF=40;SAR=36;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239918;STB=0.519995;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0332918;OID=.;OPOS=178426850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:156:76:75:76:81:0.519231:36:40:42:34:39:42:42:33 chr1 178492423 . T C 567.11 PASS AF=0.483607;AO=59;DP=122;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.00671266;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.806;QD=18.5936;RBI=0.00806547;REFB=-0.0202604;REVB=-0.00447125;RO=63;SAF=23;SAR=36;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127062;STB=0.570434;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0258884;OID=.;OPOS=178492423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:63:63:59:59:0.483607:36:23:33:30:36:23:33:30 chr1 178514165 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.10716e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.329;QD=53.9108;RBI=0.00779111;REFB=0;REVB=0.00779094;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83816e-05;OID=.;OPOS=178514165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr1 178514560 . A AT,ATT 283.61 PASS AF=1,0;AO=25,3;DP=30;FAO=29,0;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0925791,-0.049782;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=17.6064,9.32025;QD=39.1181;RBI=0.117179,0.0630213;REFB=-0.0262365,-0.0405725;REVB=-0.071834,-0.038645;RO=2;SAF=14,2;SAR=11,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00834051,0.111102;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0167693,0.0253838;OID=.,.;OPOS=178514561,178514561;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:25,3:30:29,0:29:0:16,0:13,0:0:0:5:2:14,2:11,1:1:1 chr1 178820159 . C A 330.01 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0494771;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4184;QD=18.083;RBI=0.0638229;REFB=0.0109053;REVB=-0.040316;RO=37;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271354;STB=0.508657;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.0220567;OID=.;OPOS=178820159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:37:38:35:35:0.479452:16:19:19:18:16:19:20:18 chr1 179065125 . C T 154.64 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00594945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2791;QD=14.7277;RBI=0.0666852;REFB=0.0265793;REVB=0.0664192;RO=25;SAF=14;SAR=3;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20972;STB=0.623319;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.0369806;OID=.;OPOS=179065125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:3:14:17:8:3:14:17:8 chr1 179068851 . A G 200.18 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0415092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0493;QD=23.5505;RBI=0.0520789;REFB=0.0462727;REVB=-0.0314516;RO=14;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116545;STB=0.565151;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.035323;OID=.;OPOS=179068851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:7:13:7:7:7:13:7:7 chr1 179072728 . T C 502.45 PASS AF=0.465517;AO=54;DP=116;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00776564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.195;QD=17.3257;RBI=0.0109639;REFB=-0.0047859;REVB=0.00773967;RO=62;SAF=37;SAR=17;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158519;STB=0.588486;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00408473;OID=.;OPOS=179072728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:62:62:54:54:0.465517:17:37:33:29:17:37:33:29 chr1 179084080 . T G 197.69 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.00495213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1726;QD=18.8279;RBI=0.0149458;REFB=-0.012202;REVB=0.0141016;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358479;STB=0.708902;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0140934;OID=.;OPOS=179084080;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:8:12:4:17:8:12:4:18 chr1 179310262 . C T 242.33 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.00499116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3945;QD=12.5884;RBI=0.00500639;REFB=0.000601833;REVB=-0.000390163;RO=48;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813695;STB=0.546586;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00075397;OID=.;OPOS=179310262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:16:13:18:30:16:13:18:30 chr1 179347832 . T C 338.44 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=108;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.015579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.492;QD=12.5347;RBI=0.0157375;REFB=-0.00256074;REVB=0.00222747;RO=67;SAF=23;SAR=18;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684712;STB=0.503899;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00600029;OID=.;OPOS=179347832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:67:67:41:41:0.37963:18:23:38:29:18:23:38:29 chr1 179504043 . C G 66.15 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0966029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.52;QD=12.0267;RBI=0.0967359;REFB=-0.0116751;REVB=0.00506991;RO=12;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11806;STB=0.639632;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0358262;OID=.;OPOS=179504043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:8:1:2:10:8:1:3:10 chr1 179504130 . G A 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00710094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.07;QD=19.993;RBI=0.00800343;REFB=-0.00546651;REVB=-0.00369209;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581528;STB=0.53274;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00470068;OID=.;OPOS=179504130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:13:9:8:15:13:9:8:15 chr1 179520151 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00821658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.257;QD=57.8848;RBI=0.0082762;REFB=0;REVB=0.00099167;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53338e-05;OID=.;OPOS=179520151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr1 179520506 . G A 194.32 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0107649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.821;QD=24.2905;RBI=0.0141076;REFB=-0.0421533;REVB=0.0091182;RO=13;SAF=12;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127572;STB=0.571352;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0283947;OID=.;OPOS=179520506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:7:12:6:7:7:12:6:7 chr1 179562740 . G C 389.18 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=0.00365257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=335.978;QD=15.1139;RBI=0.00370179;REFB=-0.00863049;REVB=-0.000601653;RO=59;SAF=29;SAR=15;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169101;STB=0.509512;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0111914;OID=.;OPOS=179562740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:59:44:44:0.427184:15:29:38:21:15:29:38:21 chr1 179604864 . C T 1517.69 PASS AF=0.990385;AO=101;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000157658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.179;QD=58.3728;RBI=0.0524321;REFB=-0.102128;REVB=0.0524318;RO=0;SAF=59;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504131;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.000459299;OID=.;OPOS=179604864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:101:103:0.990385:42:59:0:0:43:60:1:0 chr1 179609589 . G T 497.09 PASS AF=0.443548;AO=54;DP=123;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.00418752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.25;QD=16.035;RBI=0.00659438;REFB=-0.00788446;REVB=0.00509417;RO=68;SAF=32;SAR=22;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034603;STB=0.519993;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0104979;OID=.;OPOS=179609589;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:68:69:54:55:0.443548:22:32:38:30:22:33:39:30 chr1 179852074 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.989;QD=56.938;RBI=0.0612425;REFB=0;REVB=-0.0574132;RO=0;SAF=13;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000361603;OID=.;OPOS=179852074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:40:13:0:0:40:13:0:0 chr1 179858444 . G A 2799.4 PASS AF=0.989011;AO=179;DP=180;FAO=180;FDP=182;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00424054;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.046;QD=61.5254;RBI=0.0050902;REFB=-0.0496057;REVB=-0.00281565;RO=0;SAF=99;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33744e-08;STB=0.50495;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00125038;OID=.;OPOS=179858444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:180:182:0:2:179:180:0.989011:80:99:0:0:80:100:2:0 chr1 179876988 . C G 2359.37 PASS AF=0.993631;AO=155;DP=158;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000812207;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.289;QD=60.1114;RBI=0.0135526;REFB=-0.0623177;REVB=0.0135282;RO=0;SAF=73;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52411e-08;STB=0.50303;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00017077;OID=.;OPOS=179876988;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:157:0:1:155:156:0.993631:82:73:0:0:82:74:0:1 chr1 179887125 . G A 1000.22 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00111883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6114;QD=56.3503;RBI=0.00455906;REFB=-0.00964327;REVB=0.00441965;RO=2;SAF=32;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286232;STB=0.515147;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000151565;OID=.;OPOS=179887125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:71:2:2:68:69:0.971831:36:32:2:0:37:32:2:0 chr1 179989584 . G C 183.86 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0274509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9396;QD=17.9372;RBI=0.0308785;REFB=-0.00176505;REVB=0.0141396;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516853;STB=0.542812;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00211287;OID=.;OPOS=179989584;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:11:8:10:11:11:8:11:11 chr1 179989742 . G C 240.34 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00965086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.948;QD=28.2756;RBI=0.0453043;REFB=-0.0162632;REVB=0.0442645;RO=12;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265994;STB=0.646468;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0165686;OID=.;OPOS=179989742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:13:9:10:2:13:9:10:2 chr1 180010911 . A G 345.0 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00983826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.229;QD=16.6266;RBI=0.0115304;REFB=-0.0274092;REVB=-0.00601316;RO=45;SAF=20;SAR=17;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147999;STB=0.51379;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0373319;OID=.;OPOS=180010911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:46:37:37:0.445783:17:20:25:20:17:20:26:20 chr1 180022186 . G A 276.07 PASS AF=0.385542;AO=31;DP=82;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0450282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6637;QD=13.3046;RBI=0.0450352;REFB=-0.0182731;REVB=-0.000794577;RO=51;SAF=26;SAR=5;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393041;STB=0.699304;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.02024;OID=.;OPOS=180022186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:51:51:31:32:0.385542:5:26:28:23:6:26:28:23 chr1 180145088 . A G 1512.79 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00127222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9963;QD=59.3251;RBI=0.0167771;REFB=0;REVB=-0.0167288;RO=0;SAF=56;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143842;OID=.;OPOS=180145088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:45:56:0:0:45:57:0:0 chr1 180165699 . A C 415.43 PASS AF=0.65;AO=39;DP=60;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00671648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.776;QD=27.6954;RBI=0.0128822;REFB=-0.0279912;REVB=-0.0109927;RO=21;SAF=22;SAR=17;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261941;STB=0.514278;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.015129;OID=.;OPOS=180165699;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:21:21:39:39:0.65:17:22:11:10:17:22:11:10 chr1 180167414 . C G 666.13 PASS AF=0.550847;AO=65;DP=118;FAO=65;FDP=118;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.026441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4496;QD=22.5807;RBI=0.031684;REFB=-0.0381108;REVB=-0.0174571;RO=53;SAF=30;SAR=35;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856252;STB=0.546861;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0247732;OID=.;OPOS=180167414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:53:53:65:65:0.550847:35:30:30:23:35:30:30:23 chr1 180199727 . T C 466.22 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00239037;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9093;QD=24.865;RBI=0.0220879;REFB=-0.0113361;REVB=0.0219582;RO=30;SAF=14;SAR=30;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145712;STB=0.588194;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0101088;OID=.;OPOS=180199727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:30:31:44:44:0.586667:30:14:15:15:30:14:16:15 chr1 180243524 . A G 512.34 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.00617035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.976;QD=18.6306;RBI=0.0185775;REFB=-0.0258488;REVB=-0.0175228;RO=56;SAF=23;SAR=31;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101427;STB=0.556174;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0265367;OID=.;OPOS=180243524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:56:54:54:0.490909:31:23:30:26:31:23:30:26 chr1 180854067 . A G 1034.95 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.253;QD=59.1401;RBI=0.0340994;REFB=0;REVB=0.033991;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215105;OID=.;OPOS=180854067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:31:38:0:0:31:39:0:0 chr1 180885430 . T C 1281.31 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0026986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.879;QD=61.7501;RBI=0.017968;REFB=0;REVB=-0.0177641;RO=0;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.972e-05;OID=.;OPOS=180885430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:83:0:0:80:83:1:31:49:0:0:33:50:0:0 chr1 180886063 . G A 191.55 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0170655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7204;QD=22.5348;RBI=0.0175848;REFB=-0.00530786;REVB=0.00424189;RO=14;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304913;STB=0.658058;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00842908;OID=.;OPOS=180886063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:15:19:19:0.558824:13:6:10:4:13:6:10:5 chr1 180897569 . C T 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.000426817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.418;QD=19.4078;RBI=0.000459008;REFB=-0.013139;REVB=0.000168866;RO=28;SAF=10;SAR=20;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894969;STB=0.549966;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0158101;OID=.;OPOS=180897569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:20:10:12:16:20:10:12:16 chr1 180905352 . C T 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00971081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.075;QD=18.7439;RBI=0.0174858;REFB=-0.0107157;REVB=-0.0145414;RO=4;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120201;STB=0.571204;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0344214;OID=.;OPOS=180905352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:1:6:3:1:1:6:3:1 chr1 180905448 . G T 517.21 PASS AF=0.686567;AO=45;DP=66;FAO=46;FDP=67;FR=.;FRO=21;FSAF=39;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00972077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.207;QD=30.8779;RBI=0.0130207;REFB=-0.00552233;REVB=-0.0086629;RO=21;SAF=38;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171442;STB=0.595374;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00219608;OID=.;OPOS=180905448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:21:21:45:46:0.686567:7:38:14:7:7:39:14:7 chr1 180913597 . A G 915.07 PASS AF=0.970149;AO=59;DP=62;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0321242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2566;QD=54.631;RBI=0.0455848;REFB=-0.0103266;REVB=0.0323422;RO=1;SAF=25;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184984;STB=0.517852;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00121539;OID=.;OPOS=180913597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:67:1:2:59:65:0.970149:34:25:1:0:38:27:2:0 chr1 181019202 . C T 483.42 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0162341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.248;QD=20.7921;RBI=0.0162639;REFB=-0.00490343;REVB=-0.000984265;RO=46;SAF=22;SAR=25;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285712;STB=0.515812;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00505747;OID=.;OPOS=181019202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:25:22:23:23:25:22:23:23 chr1 181019253 . T C 441.73 PASS AF=0.454545;AO=44;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00655721;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.857;QD=17.8478;RBI=0.00719071;REFB=-0.00199997;REVB=-0.00295114;RO=49;SAF=18;SAR=26;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968487;STB=0.545434;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00228032;OID=.;OPOS=181019253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:54:44:45:0.454545:26:18:25:24:27:18:26:28 chr1 181024404 . G A 351.94 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.0645526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.145;QD=15.6419;RBI=0.0647795;REFB=-0.014966;REVB=-0.00541762;RO=52;SAF=22;SAR=16;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799409;STB=0.544989;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.01657;OID=.;OPOS=181024404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:16:22:34:18:16:22:34:18 chr1 181382625 . C T 71.06 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=63;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0139118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.582;QD=4.51184;RBI=0.0164376;REFB=-0.000927719;REVB=-0.0087554;RO=50;SAF=6;SAR=6;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507923;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00470437;OID=.;OPOS=181382625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:63:63:50:51:12:12:0.190476:6:6:25:25:6:6:26:25 chr1 181752923 . AAGCTT A 50.0 PASS AO=96;DP=140;LEN=5;RO=44;SAF=53;SAR=46;SRF=18;SRR=23;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=181752924;OREF=AGCTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:140:44:96:46:53:18:23 chr1 181768186 . T C 501.83 PASS AF=0.630137;AO=46;DP=73;FAO=46;FDP=73;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0386136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5839;QD=27.4977;RBI=0.0459056;REFB=-0.0149066;REVB=0.0248257;RO=27;SAF=19;SAR=27;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218839;STB=0.511921;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0101491;OID=.;OPOS=181768186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:27:27:46:46:0.630137:27:19:12:15:27:19:12:15 chr1 182356399 . A G 369.49 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0224748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.109;QD=16.9879;RBI=0.0241425;REFB=-0.0204638;REVB=0.00881729;RO=47;SAF=23;SAR=16;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139899;STB=0.572916;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.018162;OID=.;OPOS=182356399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:48:39:39:0.448276:16:23:21:26:16:23:22:26 chr1 182369078 . G A 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00256942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.43;QD=13.6198;RBI=0.00515202;REFB=-0.0155259;REVB=0.00446558;RO=38;SAF=8;SAR=18;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129722;STB=0.574409;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0205455;OID=.;OPOS=182369078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:18:8:16:22:18:8:16:22 chr1 182369233 . A G 181.26 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00457756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.3821;QD=16.4781;RBI=0.0559772;REFB=-0.013252;REVB=0.0557898;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176226;STB=0.600845;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0149722;OID=.;OPOS=182369233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:15:10:11:8:15:10 chr1 182443462 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3989;QD=62.3506;RBI=0.0733682;REFB=0;REVB=0.0643297;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428483;OID=.;OPOS=182443462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr1 182523794 . G A 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.02482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.845;QD=5.0179;RBI=0.0249045;REFB=0.00608416;REVB=-0.0020501;RO=27;SAF=4;SAR=3;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16929;STB=0.610328;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.0131453;OID=.;OPOS=182523794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:3:4:19:8:3:4:19:8 chr1 182551337 . A C 501.66 PASS AF=0.486239;AO=52;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.00282421;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.294;QD=18.4097;RBI=0.00677236;REFB=-0.00876549;REVB=-0.00615537;RO=55;SAF=38;SAR=14;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177815;STB=0.585274;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00923396;OID=.;OPOS=182551337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:55:56:52:53:0.486239:14:38:31:24:15:38:32:24 chr1 182554557 . C T 770.39 PASS AF=0.493976;AO=76;DP=161;FAO=82;FDP=166;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0185049;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.084;QD=18.5637;RBI=0.0206662;REFB=-0.0151013;REVB=0.00920109;RO=83;SAF=40;SAR=36;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646001;STB=0.511912;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0158515;OID=.;OPOS=182554557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:166:83:84:76:82:0.493976:36:40:38:45:42:40:39:45 chr1 182568204 . G C 1139.64 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500428;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.996;QD=60.7806;RBI=0.0108442;REFB=0;REVB=0.00962049;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62497e-05;OID=.;OPOS=182568204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:30:45:0:0:30:45:0:0 chr1 182569626 . T C 1171.88 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0626157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2913;QD=60.8768;RBI=0.0644942;REFB=0;REVB=0.0154524;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00025084;OID=.;OPOS=182569626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:35:42:0:0:35:42:0:0 chr1 182778367 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.693;QD=60.9786;RBI=0.0256342;REFB=0;REVB=0.00614348;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4396e-05;OID=.;OPOS=182778367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr1 182787678 . C T 215.07 PASS AF=0.276786;AO=32;DP=111;FAO=31;FDP=112;FR=.;FRO=81;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=-0.0488595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3285;QD=7.68118;RBI=0.141076;REFB=-0.00716341;REVB=-0.132345;RO=79;SAF=14;SAR=18;SRF=49;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21739;STB=0.609493;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0167415;OID=.;OPOS=182787678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:79:81:32:31:0.276786:18:14:49:30:17:14:49:32 chr1 182812520 . A G 279.2 PASS AF=0.347368;AO=33;DP=95;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0128331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.643;QD=11.756;RBI=0.0284664;REFB=-0.0105014;REVB=0.0254096;RO=62;SAF=16;SAR=17;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927741;STB=0.553459;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0200971;OID=.;OPOS=182812520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:62:62:33:33:0.347368:17:16:25:37:17:16:25:37 chr1 182850727 . T C 1739.61 PASS AF=0.975;AO=114;DP=117;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0389504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.716;QD=57.9868;RBI=0.107095;REFB=0.0458804;REVB=0.0997603;RO=2;SAF=60;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155634;STB=0.512193;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.0138401;OID=.;OPOS=182850727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:117:120:2:3:114:117:0.975:54:60:2:0:57:60:3:0 chr1 182913600 . G A 223.79 PASS AF=0.278261;AO=32;DP=115;FAO=32;FDP=115;FR=.;FRO=83;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.0517203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7712;QD=7.78387;RBI=0.0625899;REFB=0.00103435;REVB=-0.0352492;RO=83;SAF=15;SAR=17;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598632;STB=0.535556;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.00441194;OID=.;OPOS=182913600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:83:83:32:32:0.278261:17:15:43:40:17:15:43:40 chr1 182993025 . C T 523.34 PASS AF=0.4;AO=57;DP=145;FAO=58;FDP=145;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=61;FSRR=26;FWDB=0.0429975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9161;QD=14.437;RBI=0.0432598;REFB=0.0124156;REVB=-0.00475645;RO=84;SAF=33;SAR=24;SRF=58;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124178;STB=0.57284;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.0208832;OID=.;OPOS=182993025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:84:87:57:58:0.4:24:33:58:26:24:34:61:26 chr1 183072590 . T C 365.14 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0204511;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9624;QD=15.8757;RBI=0.0269471;REFB=-0.0269848;REVB=-0.017547;RO=53;SAF=26;SAR=13;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187461;STB=0.606005;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0287192;OID=.;OPOS=183072590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:13:26:26:27:13:26:26:27 chr1 183085755 . A G 720.82 PASS AF=0.493056;AO=71;DP=144;FAO=71;FDP=144;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.029109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.295;QD=20.0229;RBI=0.0294758;REFB=-0.00317121;REVB=-0.00463528;RO=71;SAF=31;SAR=40;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523705;STB=0.520378;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00353457;OID=.;OPOS=183085755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:71:73:71:71:0.493056:40:31:27:44:40:31:29:44 chr1 183086534 . C T 348.8 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.0272088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.861;QD=15.0022;RBI=0.0285223;REFB=0.013488;REVB=-0.00855583;RO=55;SAF=27;SAR=11;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110508;STB=0.562832;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.0261486;OID=.;OPOS=183086534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:55:38:38:0.408602:11:27:34:21:11:27:34:21 chr1 183086757 . A C 555.78 PASS AF=0.530612;AO=51;DP=97;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.00220582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.842;QD=22.685;RBI=0.0161967;REFB=-0.0147309;REVB=-0.0160458;RO=46;SAF=23;SAR=28;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129569;STB=0.575052;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0149596;OID=.;OPOS=183086757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:46:46:51:52:0.530612:28:23:14:32:28:24:14:32 chr1 183093875 . T C 434.75 PASS AF=0.364286;AO=51;DP=140;FAO=51;FDP=140;FR=.;FRO=89;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=70;FWDB=0.00537348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.966;QD=12.4216;RBI=0.0186635;REFB=0.00117605;REVB=0.0178732;RO=89;SAF=21;SAR=30;SRF=19;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242571;STB=0.636316;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00222217;OID=.;OPOS=183093875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:89:89:51:51:0.364286:30:21:19:70:30:21:19:70 chr1 183094547 . T C 285.8 PASS AF=0.37931;AO=34;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.00594931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.33;QD=13.1404;RBI=0.0151655;REFB=-0.0119663;REVB=-0.0139499;RO=52;SAF=14;SAR=20;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299625;STB=0.522599;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0187127;OID=.;OPOS=183094547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:54:34:33:0.37931:20:14:20:32:19:14:21:33 chr1 183105534 . T C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0176844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.98;QD=10.3792;RBI=0.0193554;REFB=0.000852605;REVB=0.00786717;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124735;STB=0.576289;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00230384;OID=.;OPOS=183105534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:2:7:11:5:2:7:11:5 chr1 183105705 . G A 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.014343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.712;QD=18.6204;RBI=0.0177146;REFB=-0.0218596;REVB=-0.0103963;RO=39;SAF=23;SAR=14;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00608992;STB=0.503394;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0214219;OID=.;OPOS=183105705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:14:23:24:15:14:23:24:15 chr1 183112041 . G C 289.7 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0210749;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.931;QD=13.7951;RBI=0.0221097;REFB=-0.0144117;REVB=0.00668474;RO=49;SAF=20;SAR=13;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812682;STB=0.535692;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0280768;OID=.;OPOS=183112041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:49:51:33:33:0.392857:13:20:26:23:13:20:28:23 chr1 183112412 . A G 446.75 PASS AF=0.46875;AO=44;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0183011;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9985;QD=18.6146;RBI=0.0214376;REFB=-0.0172388;REVB=0.0111642;RO=47;SAF=10;SAR=34;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264435;STB=0.667494;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0239626;OID=.;OPOS=183112412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:51:44:45:0.46875:34:10:22:25:35:10:25:26 chr1 183112505 . T C 327.27 PASS AF=0.356522;AO=41;DP=115;FAO=41;FDP=115;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.0281201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.85;QD=11.3833;RBI=0.0284999;REFB=-0.0107151;REVB=0.00463712;RO=74;SAF=15;SAR=26;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183485;STB=0.605381;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.017301;OID=.;OPOS=183112505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:74:74:41:41:0.356522:26:15:39:35:26:15:39:35 chr1 183112566 . T C 197.96 PASS AF=0.271028;AO=29;DP=109;FAO=29;FDP=107;FR=.;FRO=78;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.00916802;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.36;QD=7.40036;RBI=0.00981048;REFB=-0.00572115;REVB=-0.00349184;RO=79;SAF=12;SAR=17;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159053;STB=0.599675;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0151214;OID=.;OPOS=183112566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:79:78:29:29:0.271028:17:12:43:36:17:12:43:35 chr1 183112764 . A G 271.84 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0218957;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.744;QD=12.3562;RBI=0.0243099;REFB=-0.00972418;REVB=0.0105617;RO=52;SAF=17;SAR=15;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00783622;STB=0.514277;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0186452;OID=.;OPOS=183112764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:56:32:32:0.363636:15:17:28:24:15:17:31:25 chr1 183114634 . G A 448.72 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=49;FWDB=-0.00457147;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.151;QD=15.7445;RBI=0.0248647;REFB=-0.00550885;REVB=-0.0244408;RO=63;SAF=14;SAR=36;SRF=14;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743274;STB=0.532664;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00666511;OID=.;OPOS=183114634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:63:64:50:50:0.438596:36:14:14:49:36:14:15:49 chr1 183253115 . C T 210.11 PASS AF=0.382353;AO=24;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00119436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.941;QD=12.3592;RBI=0.00504961;REFB=-0.0154399;REVB=-0.00490633;RO=42;SAF=5;SAR=19;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2374;STB=0.652236;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0139985;OID=.;OPOS=183253115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:24:26:0.382353:19:5:16:26:21:5:16:26 chr1 183255841 . TG T 143.61 PASS AF=0.395062;AO=65;DP=165;FAO=64;FDP=162;FR=.;FRO=98;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=61;FSRR=37;FWDB=0.0170077;FXX=0.0181807;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.32472;QD=3.54591;RBI=0.0537074;REFB=-0.0546688;REVB=-0.0509434;RO=84;SAF=43;SAR=22;SRF=53;SRR=31;SSEN=0.714286;SSEP=0;SSSB=0.034017;STB=0.522337;STBP=0.674;TYPE=del;VARB=0.0298928;OID=.;OPOS=183255842;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395062:65:165:64:162:98:42:22:61:37:99:84:43:22:53:31 chr1 183486859 . G A 2603.22 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000253779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.804;QD=61.9815;RBI=0.00284161;REFB=0;REVB=0.00283025;RO=0;SAF=79;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08932e-06;OID=.;OPOS=183486859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:168:168:1:89:79:0:0:89:79:0:0 chr1 183542387 . T C 1091.03 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00747366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7876;QD=59.7823;RBI=0.00747633;REFB=0;REVB=-0.000199933;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404681;OID=.;OPOS=183542387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:33:39:0:0:33:40:0:0 chr1 183543680 . G A 364.5 PASS AF=0.308176;AO=49;DP=159;FAO=49;FDP=159;FR=.;FRO=110;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=70;FSRR=40;FWDB=-0.00298453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.164;QD=9.16984;RBI=0.0222692;REFB=-0.000965073;REVB=-0.0220683;RO=109;SAF=27;SAR=22;SRF=69;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998029;STB=0.560375;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00245845;OID=.;OPOS=183543680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:109:110:49:49:0.308176:22:27:69:40:22:27:70:40 chr1 183909717 . G A 537.43 PASS AF=0.51;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0203114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.958;QD=21.4971;RBI=0.0226704;REFB=-0.0192755;REVB=0.0100695;RO=47;SAF=25;SAR=26;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916895;STB=0.549707;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0226941;OID=.;OPOS=183909717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:47:49:51:51:0.51:26:25:28:19:26:25:29:20 chr1 184020945 . G A 330.56 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00946001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.812;QD=23.6113;RBI=0.11351;REFB=-0.026549;REVB=0.113115;RO=22;SAF=14;SAR=19;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558375;STB=0.522539;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0163352;OID=.;OPOS=184020945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:23:33:33:0.589286:19:14:11:11:19:14:11:12 chr1 184023529 . A C 1012.76 PASS AF=0.497487;AO=98;DP=199;FAO=99;FDP=199;FR=.;FRO=100;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=-0.00512437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.907;QD=20.357;RBI=0.0402499;REFB=0.00479762;REVB=0.0399224;RO=100;SAF=57;SAR=41;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759033;STB=0.538501;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00528951;OID=.;OPOS=184023529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:100:100:98:99:0.497487:41:57:50:50:42:57:50:50 chr1 184660205 . T A 174.53 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00922504;FXX=0.031741;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.187;QD=11.4448;RBI=0.0163686;REFB=-0.00534761;REVB=-0.0135214;RO=36;SAF=12;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109495;STB=0.520939;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.010766;OID=.;OPOS=184660205;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:36:39:22:22:0.360656:10:12:20:16:10:12:20:19 chr1 184662181 . C T 309.48 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0083134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.003;QD=16.077;RBI=0.011374;REFB=-0.0101124;REVB=0.00776245;RO=43;SAF=20;SAR=14;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053958;STB=0.530403;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0156378;OID=.;OPOS=184662181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:14:20:23:20:14:20:23:20 chr1 184663537 . A C 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0137357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.331;QD=20.769;RBI=0.0155086;REFB=-0.0130717;REVB=0.00720052;RO=24;SAF=20;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264158;STB=0.648181;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0146381;OID=.;OPOS=184663537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:7:20:11:13:7:20:11:13 chr1 184663581 . T C 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00597948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.358;QD=13.4417;RBI=0.035705;REFB=-0.0201724;REVB=0.0352007;RO=13;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426955;STB=0.754173;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0321529;OID=.;OPOS=184663581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:2:8:5:8:2:8:5:8 chr1 184675814 . G A 512.08 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0163698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.884;QD=19.6955;RBI=0.0172621;REFB=-0.00692393;REVB=-0.00547798;RO=51;SAF=33;SAR=20;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139241;STB=0.507689;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00761324;OID=.;OPOS=184675814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:51:53:53:0.509615:20:33:31:20:20:33:31:20 chr1 184677464 . G A 420.73 PASS AF=0.5;AO=42;DP=85;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0388068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1444;QD=19.569;RBI=0.0413281;REFB=-0.0216963;REVB=-0.0142142;RO=43;SAF=25;SAR=17;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03477;STB=0.511893;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.022509;OID=.;OPOS=184677464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:43:43:42:43:0.5:17:25:24:19:18:25:24:19 chr1 184706212 . GT G 319.79 PASS AF=0.433333;AO=47;DP=120;FAO=52;FDP=120;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=-0.0521966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.6401;QD=10.6595;RBI=0.0859018;REFB=0.012804;REVB=-0.0682249;RO=66;SAF=18;SAR=29;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259503;STB=0.624953;STBP=0.029;TYPE=del;VARB=-0.0217153;OID=.;OPOS=184706213;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:47:120:52:120:68:22:30:44:24:99:66:18:29:42:24 chr1 184765072 . A G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.008068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=354.868;QD=8.81093;RBI=0.0122073;REFB=0.00339994;REVB=0.00916115;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132203;STB=0.583047;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.00778269;OID=.;OPOS=184765072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:6:5:2:4:6:5 chr1 185069561 . A G 924.1 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572562;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.427;QD=58.6733;RBI=0.0572635;REFB=0;REVB=0.00091287;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428861;OID=.;OPOS=185069561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:33:29:0:0:33:30:0:0 chr1 185069843 . T A 324.01 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=78;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00691935;FXX=0.0128189;HRUN=9;LEN=1;MLLD=316.312;QD=16.8317;RBI=0.0124759;REFB=-0.000227152;REVB=-0.0103812;RO=22;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663181;STB=0.522714;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.000199276;OID=.;OPOS=185069843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:22:42:30:35:0.454545:12:18:15:7:12:23:26:16 chr1 185119563 . C T 177.12 PASS AF=0.289157;AO=24;DP=83;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.00450498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.241;QD=8.53611;RBI=0.0129269;REFB=-0.000313729;REVB=-0.0121165;RO=59;SAF=11;SAR=13;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194842;STB=0.511595;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000803005;OID=.;OPOS=185119563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:59:59:24:24:0.289157:13:11:28:31:13:11:28:31 chr1 185135745 . A G 119.52 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00123964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.629;QD=13.6595;RBI=0.01031;REFB=-0.0149557;REVB=0.0102352;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0299577;OID=.;OPOS=185135745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:4:10:15:6:4:10:15:6 chr1 185137452 . C CCTAAATGATAGA 199.29 PASS AF=0.4;AO=22;DP=61;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00141039;FXX=0.0476115;HRUN=2;LEN=12;MLLD=359.791;QD=13.2857;RBI=0.0026078;REFB=-0.00576712;REVB=-0.0021935;RO=36;SAF=14;SAR=8;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908149;STB=0.543441;STBP=0.622;TYPE=ins;VARB=0.00619727;OID=.;OPOS=185137453;OREF=-;OALT=CTAAATGATAGA;OMAPALT=CCTAAATGATAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:22:61:24:60:36:15:9:20:16:99:36:14:8:20:16 chr1 185137461 . A T 846.4 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0571094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.123;QD=54.6063;RBI=0.071582;REFB=-0.0943114;REVB=0.0431567;RO=1;SAF=33;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140901;STB=0.50746;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000128051;OID=.;OPOS=185137461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:28:33:1:0:28:33:1:0 chr1 185137463 . TT AA,TTAA 846.84 PASS AF=0.467742,0.532258;AO=28,24;DP=63;FAO=29,33;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=19,15;FSAR=10,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000272859,-0.0125531;FXX=0.0158705;HRUN=3,1;LEN=2,2;MLLD=32.9915,29.9421;QD=54.6346;RBI=0.0720795,0.0208846;REFB=0,0;REVB=0.0720789,-0.0166909;RO=4;SAF=20,13;SAR=8,11;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.184523,0.141868;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0483682,-0.0190418;OID=.,.;OPOS=185137463,185137465;OREF=TT,-;OALT=AA,AA;OMAPALT=AA,TTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:63:62:4:0:28,24:29,33:0.467742,0.532258:8,11:20,13:0:4:10,18:19,15:0:0 chr1 185143721 . A G 245.2 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00546224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.842;QD=15.5684;RBI=0.00819428;REFB=-0.00461438;REVB=0.00610821;RO=35;SAF=16;SAR=12;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579356;STB=0.532687;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00646806;OID=.;OPOS=185143721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:12:16:22:13:12:16:22:13 chr1 185266050 . A T 508.83 PASS AF=0.482143;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.006407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.286;QD=18.1723;RBI=0.00898249;REFB=-0.0164421;REVB=-0.00629567;RO=58;SAF=30;SAR=24;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198676;STB=0.511018;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0174845;OID=.;OPOS=185266050;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:58:58:54:54:0.482143:24:30:31:27:24:30:31:27 chr1 185984517 . T C 158.07 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.00106018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.412;QD=9.87943;RBI=0.0218802;REFB=-0.00645297;REVB=-0.0218545;RO=43;SAF=15;SAR=6;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408242;STB=0.738909;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0185422;OID=.;OPOS=185984517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:6:15:15:28:6:15:15:28 chr1 185985246 . G A 83.6 PASS AF=0.202899;AO=14;DP=69;FAO=14;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0231231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1713;QD=4.84663;RBI=0.0236562;REFB=-0.000905238;REVB=0.00499398;RO=55;SAF=8;SAR=6;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122589;STB=0.578401;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00329803;OID=.;OPOS=185985246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:69:69:55:55:14:14:0.202899:6:8:26:29:6:8:26:29 chr1 186026474 . T C 677.82 PASS AF=0.43787;AO=74;DP=169;FAO=74;FDP=169;FR=.;FRO=95;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=0.00144081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.098;QD=16.0429;RBI=0.0202803;REFB=-0.0121459;REVB=0.0202291;RO=92;SAF=42;SAR=32;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121414;STB=0.570451;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.011086;OID=.;OPOS=186026474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:92:95:74:74:0.43787:32:42:41:51:32:42:42:53 chr1 186031041 . C T 231.04 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0490655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.27;QD=16.5031;RBI=0.0492876;REFB=-0.00533205;REVB=-0.00467413;RO=29;SAF=8;SAR=18;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239184;STB=0.644584;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0039705;OID=.;OPOS=186031041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:26:26:0.464286:18:8:16:13:18:8:17:13 chr1 186031070 . G GA 30.61 PASS AF=0.24;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0788882;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.5938;QD=2.44859;RBI=0.0794306;REFB=-0.0318604;REVB=-0.00926643;RO=38;SAF=3;SAR=9;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231912;STB=0.627679;STBP=0.356;TYPE=ins;VARB=0.0517753;OID=.;OPOS=186031071;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.24:12:51:12:50:38:3:9:15:23:30:38:3:9:16:22 chr1 186050417 . A G 670.53 PASS AF=0.461538;AO=72;DP=158;FAO=72;FDP=156;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=33;FWDB=-0.0114127;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.849;QD=17.193;RBI=0.0197652;REFB=0.00600408;REVB=-0.0161373;RO=86;SAF=33;SAR=39;SRF=53;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153847;STB=0.579596;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00712608;OID=.;OPOS=186050417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:156:86:84:72:72:0.461538:39:33:53:33:39:33:51:33 chr1 186052064 . C A 103.81 PASS AF=0.122222;AO=37;DP=273;FAO=33;FDP=270;FR=.;FRO=237;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=147;FSRR=90;FWDB=-0.0805739;FXX=0.014598;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5611;QD=1.5379;RBI=0.109733;REFB=-0.0110029;REVB=-0.0744929;RO=209;SAF=11;SAR=26;SRF=143;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46761;STB=0.738185;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0751888;OID=.;OPOS=186052064;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:270:209:237:37:33:0.122222:26:11:143:66:22:11:147:90 chr1 186052065 . CA C,CC 1371.95 PASS AF=0.976744,0.0232558;AO=121,37;DP=257;FAO=252,6;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=135,6;FSAR=117,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.219819,0.188973;FXX=0.0264141;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=7.29953,17.2942;QD=21.2705;RBI=0.323438,0.204519;REFB=0.0324965,0.0364657;REVB=0.237258,0.0782142;RO=70;SAF=78,7;SAR=43,30;SRF=43;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0223369,-0.50014;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00777425,-0.0340065;OID=.,.;OPOS=186052066,186052066;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.976744,0.0232558:121,37:257:252,6:258:0:135,6:117,0:0:0:4:70:78,7:43,30:43:27 chr1 186101539 . A G 224.55 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00462205;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.327;QD=16.9468;RBI=0.025405;REFB=-0.022839;REVB=0.024981;RO=27;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150678;STB=0.57674;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0193067;OID=.;OPOS=186101539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:9:16:13:14:9:16:14:14 chr1 186114927 . C A 391.02 PASS AF=0.328767;AO=48;DP=146;FAO=48;FDP=146;FR=.;FRO=98;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=0.0116384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6937;QD=10.7128;RBI=0.0308051;REFB=0.00034289;REVB=-0.028522;RO=98;SAF=30;SAR=18;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136397;STB=0.578914;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.000840506;OID=.;OPOS=186114927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:98:98:48:48:0.328767:18:30:50:48:18:30:50:48 chr1 186277088 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00787721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4541;QD=42.1824;RBI=0.0327073;REFB=0;REVB=-0.0317446;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00197901;OID=.;OPOS=186277088;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:8:2:0:0:9:2:0:0 chr1 186326757 . TAAAAAC TAAAAC,TAAAACA 239.78 PASS AF=0.735294,0;AO=20,2;DP=34;FAO=25,0;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=5,0;FSAR=20,0;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.00736122,0.0188625;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=20.2717,16.2838;QD=28.2091;RBI=0.0524479,0.0204504;REFB=0.0108425,0.028345;REVB=0.0519288,0.00790076;RO=10;SAF=3,1;SAR=17,1;SRF=2;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0562246,0.33927;STB=0.538432,0.5;STBP=0.619,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00157185,0;OID=.,.;OPOS=186326758,186326762;OREF=A,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=TAAAAC,TAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.735294,0:20,2:34:25,0:34:9:5,0:20,0:1:8:58:10:3,1:17,1:2:8 chr1 186643541 . C T 589.8 PASS AF=0.393064;AO=68;DP=174;FAO=68;FDP=173;FR=.;FRO=105;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=60;FSRR=45;FWDB=0.00153678;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.757;QD=13.6371;RBI=0.00223946;REFB=0.000892051;REVB=-0.00162896;RO=104;SAF=36;SAR=32;SRF=60;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051371;STB=0.52566;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00153016;OID=.;OPOS=186643541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:104:105:68:68:0.393064:32:36:60:44:32:36:60:45 chr1 186648197 . C G 297.19 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00447054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.172;QD=18.2884;RBI=0.0419343;REFB=-0.00746167;REVB=0.0416953;RO=33;SAF=15;SAR=17;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696401;STB=0.538881;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.012471;OID=.;OPOS=186648197;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:17:15:18:15:17:15:18:15 chr1 186839879 . AAGAGTGC AAGAGTG,AAGTGC 805.21 PASS AF=0.00980392,0.431373;AO=24,61;DP=213;FAO=2,88;FDP=204;FR=.;FRO=114;FSAF=0,43;FSAR=2,45;FSRF=66;FSRR=48;FWDB=-0.107615,0.0101791;FXX=0.0239223;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=15.8217,225.751;QD=15.7885;RBI=0.30153,0.0196161;REFB=-0.157855,-0.0425835;REVB=-0.281673,-0.0167684;RO=86;SAF=11,21;SAR=13,40;SRF=55;SRR=31;SSEN=0.39666,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.226814,-0.304833;STB=0.995724,0.550865;STBP=0.093,0.213;TYPE=del,del;VARB=0.133922,0.0562484;OID=.,.;OPOS=186839886,186839880;OREF=C,AG;OALT=-,-;OMAPALT=AAGAGTG,AAGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.00980392,0.431373:24,61:213:2,88:204:114:0,43:2,45:66:48:99:86:11,21:13,40:55:31 chr1 186946912 . G A 2288.75 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0037888;FXX=0.00649309;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7089;QD=59.8365;RBI=0.075074;REFB=0.0723665;REVB=-0.0749783;RO=1;SAF=70;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674711;STB=0.503546;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00127525;OID=.;OPOS=186946912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:153:1:1:152:152:0.993464:82:70:1:0:82:70:1:0 chr1 187610537 . AC AG,GG 1096.2 PASS AF=0.473684,0.526316;AO=35,40;DP=76;FAO=36,40;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=19,18;FSAR=17,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00450862,-0.00184936;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=283.684,286.647;QD=57.6948;RBI=0.00541542,0.00415443;REFB=0,0;REVB=-0.00299985,-0.0037201;RO=0;SAF=18,18;SAR=17,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.11116e-08,-3.19993e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00300231,-0.00219645;OID=.,.;OPOS=187610538,187610537;OREF=C,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:76:76:0:0:35,40:36,40:0.473684,0.526316:17,22:18,18:0:0:17,22:19,18:0:0 chr1 187610777 . C G 215.99 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00290546;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.225;QD=15.1572;RBI=0.00462021;REFB=-0.0212155;REVB=0.0035923;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179413;STB=0.580942;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0209137;OID=.;OPOS=187610777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:32:25:25:0.438596:12:13:10:20:12:13:12:20 chr1 187610852 . A C 594.29 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.329;QD=60.953;RBI=0.0485896;REFB=0;REVB=0.0191621;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011516;OID=.;OPOS=187610852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:24:14:0:0:25:14:0:0 chr1 192780268 . T C 150.99 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00360799;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.302;QD=18.8742;RBI=0.0136936;REFB=-0.00147578;REVB=0.0132098;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187276;STB=0.622928;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0014667;OID=.;OPOS=192780268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:17:16:16:16:0.5:7:9:6:11:7:9:5:11 chr1 192781172 . C G 1856.57 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.431;QD=61.3743;RBI=0.0121633;REFB=0;REVB=0.000577007;RO=0;SAF=71;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.16314e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10635e-05;OID=.;OPOS=192781172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:121:0:0:119:121:1:48:71:0:0:49:72:0:0 chr1 192844886 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.263;QD=53.2771;RBI=0.018906;REFB=0;REVB=-0.0122128;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76562e-05;OID=.;OPOS=192844886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr1 193701055 . G C 1491.24 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.672;QD=63.4571;RBI=0.027139;REFB=0;REVB=0.000208255;RO=0;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.7051e-05;OID=.;OPOS=193701055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:52:42:0:0:52:42:0:0 chr1 193701480 . G A 1339.74 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.33;QD=62.3135;RBI=0.00413478;REFB=0;REVB=0.000346417;RO=0;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02486e-05;OID=.;OPOS=193701480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:35:51:0:0:35:51:0:0 chr1 193701489 . C T 1272.67 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0625265;FXX=0.0238067;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9083;QD=62.0814;RBI=0.0659683;REFB=0;REVB=0.02103;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00030483;OID=.;OPOS=193701489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:35:47:0:0:35:47:0:0 chr1 194457292 . T C 1145.23 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0164437;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.299;QD=57.9864;RBI=0.0253519;REFB=0.0418254;REVB=0.0192957;RO=2;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270237;STB=0.514282;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=3.49102e-05;OID=.;OPOS=194457292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:77:77:0.974684:34:43:0:2:34:43:0:2 chr1 196227526 . A G 2274.47 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.273;QD=63.6216;RBI=0.0111846;REFB=0;REVB=-0.00976263;RO=0;SAF=54;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43341e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50676e-06;OID=.;OPOS=196227526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:142:143:1:88:54:0:0:88:55:0:0 chr1 196654324 . A C 334.97 PASS AF=0.316176;AO=43;DP=135;FAO=43;FDP=136;FR=.;FRO=93;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=60;FSRR=33;FWDB=-0.029814;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.2971;QD=9.85202;RBI=0.0304101;REFB=0.000566884;REVB=-0.00599161;RO=92;SAF=19;SAR=24;SRF=60;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243586;STB=0.636395;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00178491;OID=.;OPOS=196654324;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:92:93:43:43:0.316176:24:19:60:32:24:19:60:33 chr1 196659237 . C T 442.03 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.024515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.769;QD=19.8666;RBI=0.0308278;REFB=-0.00924842;REVB=0.0186913;RO=45;SAF=26;SAR=18;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123344;STB=0.506846;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00776065;OID=.;OPOS=196659237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:18:26:26:19:18:26:26:19 chr1 196695661 . G T 542.89 PASS AF=0.410959;AO=59;DP=146;FAO=60;FDP=146;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.00361292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.786;QD=14.8737;RBI=0.00582437;REFB=-0.0068085;REVB=0.00456838;RO=82;SAF=34;SAR=25;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671539;STB=0.532708;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0102573;OID=.;OPOS=196695661;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:82:86:59:60:0.410959:25:34:42:40:26:34:44:42 chr1 196706049 . G A 663.31 PASS AF=0.464052;AO=71;DP=153;FAO=71;FDP=153;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=20;FSRR=62;FWDB=-0.0526262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2194;QD=17.3415;RBI=0.0599523;REFB=0.0193783;REVB=-0.0287187;RO=80;SAF=25;SAR=46;SRF=20;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111426;STB=0.56602;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0166098;OID=.;OPOS=196706049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:80:82:71:71:0.464052:46:25:20:60:46:25:20:62 chr1 196706645 . A G 232.68 PASS AF=0.435484;AO=26;DP=61;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00330914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.945;QD=15.0113;RBI=0.0478734;REFB=0.00472522;REVB=0.0477589;RO=35;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130047;STB=0.546185;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00476574;OID=.;OPOS=196706645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:35:35:26:27:0.435484:13:13:13:22:14:13:14:21 chr1 196712586 . C T 63.31 PASS AF=0.107383;AO=16;DP=149;FAO=16;FDP=149;FR=.;FRO=133;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=72;FWDB=0.0329355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1375;QD=1.69951;RBI=0.0333058;REFB=0.00255738;REVB=0.00495267;RO=133;SAF=7;SAR=9;SRF=61;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258607;STB=0.51906;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.0232006;OID=.;OPOS=196712586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:149:149:133:133:16:16:0.107383:9:7:61:72:9:7:61:72 chr1 196749097 . C T 1415.4 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.888;QD=62.9065;RBI=0.0420581;REFB=0;REVB=-0.0344109;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92353e-05;OID=.;OPOS=196749097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:48:42:0:0:48:42:0:0 chr1 196757392 . C T 727.87 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194066;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.942;QD=57.0877;RBI=0.023316;REFB=0;REVB=-0.0129236;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41869e-05;OID=.;OPOS=196757392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr1 196757912 . T C 799.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.847;QD=63.9544;RBI=0.0532422;REFB=0;REVB=0.0506421;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380067;OID=.;OPOS=196757912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:27:21:0:0:29:21:0:0 chr1 196797238 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.236;QD=37.4882;RBI=0.0590808;REFB=0;REVB=0.0397618;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143886;OID=.;OPOS=196797238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr1 196799746 . C G 740.8 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238756;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1783;QD=56.9844;RBI=0.0262022;REFB=0;REVB=0.0107939;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338549;OID=.;OPOS=196799746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr1 196801042 . G T 2167.11 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00070726;FXX=0.00714235;HRUN=4;LEN=1;MLLD=326.375;QD=62.3629;RBI=0.0043136;REFB=-0.0755127;REVB=0.00425522;RO=1;SAF=80;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590618;STB=0.503105;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=3.55194e-05;OID=.;OPOS=196801042;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:139:139:1:1:138:138:0.992806:58:80:1:0:58:80:1:0 chr1 196874356 . G T 3670.8 PASS AF=0.983333;AO=234;DP=242;FAO=236;FDP=240;FR=.;FRO=4;FSAF=119;FSAR=117;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0165047;FXX=0.0123452;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.615;QD=61.1799;RBI=0.0192768;REFB=-0.0217732;REVB=0.00995941;RO=4;SAF=118;SAR=116;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000136863;STB=0.500071;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=5.93892e-05;OID=.;OPOS=196874356;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:242:240:4:4:234:236:0.983333:116:118:2:2:117:119:2:2 chr1 196920060 . AAATT A 524.64 PASS AF=0.493506;AO=72;DP=153;FAO=76;FDP=154;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.00383218;FXX=0.0064512;HRUN=3;LEN=4;MLLD=274.076;QD=13.6269;RBI=0.00741472;REFB=-0.0147208;REVB=0.00634763;RO=75;SAF=31;SAR=41;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131838;STB=0.572584;STBP=0.092;TYPE=del;VARB=0.0166647;OID=.;OPOS=196920061;OREF=AATT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.493506:72:153:76:154:78:32:44:44:34:99:75:31:41:43:32 chr1 196963213 . G A 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0073465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6305;QD=17.0887;RBI=0.00807292;REFB=0.0189431;REVB=0.00334678;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565471;STB=0.531889;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.027122;OID=.;OPOS=196963213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:14:11:14:14:14:11:14:14 chr1 197019858 . A C 641.18 PASS AF=0.448718;AO=70;DP=156;FAO=70;FDP=156;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=0.013052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.155;QD=16.4404;RBI=0.0142417;REFB=-0.0145459;REVB=0.00569836;RO=86;SAF=29;SAR=41;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154028;STB=0.58569;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0172543;OID=.;OPOS=197019858;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:86:86:70:70:0.448718:41:29:49:37:41:29:49:37 chr1 197026169 . T C 746.74 PASS AF=0.525547;AO=72;DP=137;FAO=72;FDP=137;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0091917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.795;QD=21.8025;RBI=0.0099679;REFB=-0.0105794;REVB=-0.00385639;RO=65;SAF=31;SAR=41;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106868;STB=0.558658;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0106124;OID=.;OPOS=197026169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:65:65:72:72:0.525547:41:31:36:29:41:31:36:29 chr1 197026225 . T G 704.35 PASS AF=0.483444;AO=73;DP=151;FAO=73;FDP=151;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.0358528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.338;QD=18.6581;RBI=0.0374738;REFB=-0.0066983;REVB=0.0109024;RO=77;SAF=40;SAR=33;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387174;STB=0.518243;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00934187;OID=.;OPOS=197026225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:77:78:73:73:0.483444:33:40:39:38:33:40:40:38 chr1 197030201 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.053;QD=62.022;RBI=0.00462669;REFB=0;REVB=0.00425508;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23003e-06;OID=.;OPOS=197030201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr1 197031021 . C T 549.53 PASS AF=0.467742;AO=58;DP=124;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.000678583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.466;QD=17.7269;RBI=0.000806489;REFB=0.00909354;REVB=-0.000435833;RO=66;SAF=24;SAR=34;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126775;STB=0.570445;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0130087;OID=.;OPOS=197031021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:66:66:58:58:0.467742:34:24:36:30:34:24:36:30 chr1 197062190 . G A 81.22 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0383518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.685;QD=5.32585;RBI=0.0396982;REFB=-0.00743004;REVB=-0.0102512;RO=48;SAF=4;SAR=9;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195559;STB=0.625468;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0406087;OID=.;OPOS=197062190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:48:48:13:13:0.213115:9:4:22:26:9:4:22:26 chr1 197070215 . A G 992.42 PASS AF=0.497436;AO=97;DP=197;FAO=97;FDP=195;FR=.;FRO=98;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=0.0633836;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8387;QD=20.3574;RBI=0.0786307;REFB=-0.0103559;REVB=0.0465329;RO=98;SAF=60;SAR=37;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926244;STB=0.55099;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.01217;OID=.;OPOS=197070215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:195:98:98:97:97:0.497436:37:60:51:47:37:60:51:47 chr1 197070442 . G T 203.33 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00424089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.474;QD=14.2686;RBI=0.0200194;REFB=-0.00276074;REVB=-0.0195651;RO=33;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023839;STB=0.513584;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00567489;OID=.;OPOS=197070442;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:14:10:13:20:14:10:13:20 chr1 197070594 . A G 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00580408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.77;QD=17.4901;RBI=0.00716186;REFB=-0.00724814;REVB=0.00419581;RO=30;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270048;STB=0.515141;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00827255;OID=.;OPOS=197070594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:12:16:18:12:12:16:18:12 chr1 197070697 . T C 201.95 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0442678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0152;QD=21.2579;RBI=0.0539454;REFB=-0.0406353;REVB=0.0308296;RO=18;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178195;STB=0.600441;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0555972;OID=.;OPOS=197070697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:13:7:10:8:13:7:10:8 chr1 197070707 . G A 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00217993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.508;QD=21.0073;RBI=0.00649457;REFB=-0.0103568;REVB=0.00611779;RO=16;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160953;STB=0.607359;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0092859;OID=.;OPOS=197070707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:19:19:0.527778:13:6:8:8:13:6:9:8 chr1 197070815 . T C 820.16 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00196859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.201;QD=55.604;RBI=0.0536337;REFB=-0.0461289;REVB=0.0535975;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159891;STB=0.508472;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000506277;OID=.;OPOS=197070815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:29:29:1:0:29:29:1:0 chr1 197070901 . A G 1491.54 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5242;QD=63.4698;RBI=0.0363484;REFB=0;REVB=0.0344482;RO=0;SAF=59;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254858;OID=.;OPOS=197070901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:35:59:0:0:35:59:0:0 chr1 197072420 . T C 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00793168;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.519;QD=16.7848;RBI=0.0150319;REFB=-0.0148916;REVB=0.0127689;RO=33;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394184;STB=0.522169;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0153371;OID=.;OPOS=197072420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:12:17:18:15:12:17:18:15 chr1 197072560 . A G 502.21 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00139717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.451;QD=22.0752;RBI=0.0206639;REFB=-0.00847088;REVB=-0.0206166;RO=39;SAF=14;SAR=34;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19758;STB=0.624573;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0140645;OID=.;OPOS=197072560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:39:43:48:48:0.527473:34:14:20:19:34:14:23:20 chr1 197072802 . G A 200.6 PASS AF=0.4;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00561478;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.145;QD=13.3733;RBI=0.0341552;REFB=-0.00256;REVB=-0.0336905;RO=35;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103791;STB=0.549959;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00337643;OID=.;OPOS=197072802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:35:36:24:24:0.4:12:12:14:21:12:12:15:21 chr1 197073196 . G A 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0629076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4823;QD=7.6289;RBI=0.0630649;REFB=-0.0367613;REVB=-0.00445175;RO=20;SAF=7;SAR=1;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.530842;STB=0.839068;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0288051;OID=.;OPOS=197073196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:1:7:9:11:1:7:9:11 chr1 197073318 . G A 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00708918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4505;QD=22.9571;RBI=0.0185636;REFB=-0.0131332;REVB=-0.0171567;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329238;STB=0.518495;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00801145;OID=.;OPOS=197073318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:8:8:5:6:8:8:5:6 chr1 197073932 . T C 441.09 PASS AF=0.5375;AO=42;DP=78;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0030824;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.5081;QD=22.0543;RBI=0.00310976;REFB=-0.0220044;REVB=-0.000411632;RO=36;SAF=17;SAR=25;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341734;STB=0.530598;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.010684;OID=.;OPOS=197073932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:36:37:42:43:0.5375:25:17:16:20:26:17:17:20 chr1 197073937 . G A 179.1 PASS AF=0.3;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=80;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00253583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.649;QD=8.95492;RBI=0.00296406;REFB=-0.00948449;REVB=-0.00153466;RO=51;SAF=14;SAR=10;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174837;STB=0.631041;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0212158;OID=.;OPOS=197073937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:80:51:56:24:24:0.3:10:14:22:29:10:14:22:34 chr1 197091537 . A T 686.92 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.047822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.779;QD=53.8761;RBI=0.0484542;REFB=-0.0339778;REVB=0.00780189;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021881;STB=0.511623;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00043584;OID=.;OPOS=197091537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:49:50:0.980392:28:21:1:0:29:21:1:0 chr1 197112375 . G T 340.58 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00236301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.253;QD=23.4881;RBI=0.0217464;REFB=-0.00053022;REVB=0.0216177;RO=23;SAF=10;SAR=24;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0089996;STB=0.519219;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.000419004;OID=.;OPOS=197112375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:24:34:34:0.586207:24:10:7:16:24:10:8:16 chr1 197112477 . C T 431.84 PASS AF=0.488889;AO=43;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00224295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.171;QD=19.1929;RBI=0.0653305;REFB=-0.00128327;REVB=-0.065292;RO=46;SAF=22;SAR=21;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939927;STB=0.511106;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00140364;OID=.;OPOS=197112477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:43:44:0.488889:21:22:24:22:22:22:24:22 chr1 197112533 . G A 419.54 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.000566392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.002;QD=22.9885;RBI=0.00580276;REFB=-0.0112495;REVB=-0.00577505;RO=32;SAF=24;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690862;STB=0.538025;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0111672;OID=.;OPOS=197112533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:17:24:16:16:17:24:16:16 chr1 197112538 . T G 278.7 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00216842;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.254;QD=16.1563;RBI=0.00654907;REFB=-0.00492442;REVB=0.00617966;RO=36;SAF=16;SAR=15;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645122;STB=0.549264;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00784638;OID=.;OPOS=197112538;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:36:38:31:31:0.449275:15:16:21:15:15:16:23:15 chr1 197124448 . A C 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00498061;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=269.854;QD=10.5424;RBI=0.00677172;REFB=-0.00491336;REVB=-0.004588;RO=21;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42004;STB=0.750938;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00850873;OID=.;OPOS=197124448;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:3:8:7:14:3:8:7:14 chr1 197125345 . T A 42.87 PASS AF=0.25;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=-0.00296724;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=87.1595;QD=5.35908;RBI=0.0445398;REFB=-0.00299008;REVB=-0.0444408;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246216;STB=0.642569;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0101399;OID=.;OPOS=197125345;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:30:32:18:24:8:8:0.25:6:2:2:16:6:2:3:21 chr1 197168625 . C A 141.93 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00130106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.387;QD=9.62212;RBI=0.0224011;REFB=-0.0224884;REVB=-0.0223633;RO=40;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872837;STB=0.551547;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0255984;OID=.;OPOS=197168625;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:9:10:18:22:9:10:18:22 chr1 197383079 . A G 1096.21 PASS AF=0.569832;AO=102;DP=179;FAO=102;FDP=179;FR=.;FRO=77;FSAF=61;FSAR=41;FSRF=51;FSRR=26;FWDB=0.0388175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5868;QD=24.4964;RBI=0.0442501;REFB=-0.0104095;REVB=-0.0212432;RO=76;SAF=61;SAR=41;SRF=50;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049454;STB=0.529088;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00499421;OID=.;OPOS=197383079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:76:77:102:102:0.569832:41:61:50:26:41:61:51:26 chr1 197390368 . A G 1624.4 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.394;QD=60.1628;RBI=0.0280529;REFB=0;REVB=-0.0259618;RO=0;SAF=49;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26879e-05;OID=.;OPOS=197390368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:59:49:0:0:59:49:0:0 chr1 197396761 . G A 314.92 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0204255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7378;QD=19.9951;RBI=0.0349127;REFB=-0.0148098;REVB=-0.0283142;RO=30;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218786;STB=0.620688;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.013558;OID=.;OPOS=197396761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:16:17:23:7:16:17:23:7 chr1 197643277 . T A 469.02 PASS AF=0.448276;AO=51;DP=115;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=-0.0389539;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.514;QD=16.1729;RBI=0.039111;REFB=-0.018521;REVB=0.00350189;RO=63;SAF=28;SAR=23;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103038;STB=0.555799;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0145568;OID=.;OPOS=197643277;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:63:64:51:52:0.448276:23:28:41:22:23:29:42:22 chr1 197742171 . C T 747.02 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0474786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.554;QD=63.5765;RBI=0.0491884;REFB=0;REVB=-0.0128563;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194437;OID=.;OPOS=197742171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr1 197896728 . T C 309.44 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.015706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.747;QD=16.0746;RBI=0.0270288;REFB=0.000152687;REVB=0.0219972;RO=43;SAF=21;SAR=13;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606708;STB=0.534081;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-4.24544e-05;OID=.;OPOS=197896728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:13:21:29:14:13:21:29:14 chr1 198201732 . A C 370.64 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00170695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.228;QD=17.2392;RBI=0.0141421;REFB=-0.0111855;REVB=0.0140387;RO=47;SAF=17;SAR=22;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938775;STB=0.552604;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0119347;OID=.;OPOS=198201732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:22:17:25:22:22:17:25:22 chr1 199977631 . T A 100.59 PASS AF=0.140351;AO=17;DP=114;FAO=16;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=93;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=60;FWDB=-0.0307795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.0367;QD=3.52943;RBI=0.031192;REFB=-0.011127;REVB=0.00505642;RO=92;SAF=15;SAR=2;SRF=33;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.620053;STB=0.949654;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0548789;OID=.;OPOS=199977631;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:114:114:92:93:17:16:0.140351:2:15:33:59:1:15:33:60 chr1 199977636 . C A 2002.63 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.834;QD=61.6194;RBI=0.0375123;REFB=0;REVB=0.0132815;RO=0;SAF=61;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08953e-05;OID=.;OPOS=199977636;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:130:0:0:124:130:1:63:61:0:0:63:67:0:0 chr1 199977724 . G T 1546.49 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1553;QD=62.4846;RBI=0.0384384;REFB=0;REVB=0.0151052;RO=0;SAF=68;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.69335e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000710873;OID=.;OPOS=199977724;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:99:0:0:95:99:1:27:68:0:0:30:69:0:0 chr1 200143281 . C T 367.92 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00646955;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.86;QD=21.3287;RBI=0.00880217;REFB=0.00768402;REVB=0.00596851;RO=30;SAF=18;SAR=19;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976756;STB=0.566448;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00503303;OID=.;OPOS=200143281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:30:32:37:37:0.536232:19:18:11:19:19:18:11:21 chr1 200182709 . CGCCGGAGAGGAG C 55.4 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0147461;FXX=0;HRUN=1;LEN=12;MLLD=239.529;QD=9.63534;RBI=0.0297887;REFB=-0.0232222;REVB=-0.0258828;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44244;STB=0.732738;STBP=0.122;TYPE=del;VARB=0.0492207;OID=.;OPOS=200182710;OREF=GCCGGAGAGGAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:8:23:8:23:15:2:6:9:6:55:13:2:6:9:4 chr1 200182834 . A G 337.65 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0220461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.797;QD=15.0066;RBI=0.0233076;REFB=0.000926782;REVB=0.00756386;RO=53;SAF=17;SAR=20;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168614;STB=0.595188;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.000575802;OID=.;OPOS=200182834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:20:17:33:20:20:17:33:20 chr1 200183398 . C A 218.94 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0112374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.073;QD=11.6769;RBI=0.0217222;REFB=-0.00573527;REVB=-0.0185897;RO=48;SAF=13;SAR=14;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256983;STB=0.51484;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00899038;OID=.;OPOS=200183398;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:14:13:22:26:14:13:22:26 chr1 200311868 . C G 540.15 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.010249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5531;QD=22.047;RBI=0.0130121;REFB=-0.00689314;REVB=-0.00801709;RO=47;SAF=25;SAR=26;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732132;STB=0.540352;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00620583;OID=.;OPOS=200311868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:26:25:27:20:26:25:27:20 chr1 200534248 . C T 323.0 PASS AF=0.559322;AO=34;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0225838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.484;QD=21.8982;RBI=0.0274913;REFB=-0.0250223;REVB=-0.0156762;RO=25;SAF=23;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278621;STB=0.674944;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0114092;OID=.;OPOS=200534248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:26:34:33:0.559322:11:23:8:17:10:23:8:18 chr1 200558363 . T C 400.06 PASS AF=0.387387;AO=42;DP=114;FAO=43;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.00940949;FXX=0.0263135;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.872;QD=14.4165;RBI=0.0322236;REFB=-0.0192962;REVB=-0.0308192;RO=50;SAF=18;SAR=24;SRF=37;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29635;STB=0.614061;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0181632;OID=.;OPOS=200558363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:111:50:60:42:43:0.387387:24:18:37:13:25:18:37:23 chr1 200571040 . G A 150.94 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0108826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.074;QD=12.5786;RBI=0.0570168;REFB=-0.00287028;REVB=-0.0559686;RO=30;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19973;STB=0.607911;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0038676;OID=.;OPOS=200571040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:31:17:17:0.354167:11:6:16:14:11:6:16:15 chr1 200618238 . T C 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.437;QD=63.0525;RBI=0.0374192;REFB=0;REVB=0.0225887;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8904e-05;OID=.;OPOS=200618238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:41:50:0:0:41:50:0:0 chr1 200635550 . T C 954.46 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.858;QD=57.846;RBI=0.0783298;REFB=0;REVB=0.0773489;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445914;OID=.;OPOS=200635550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:66:0:0:62:66:1:26:36:0:0:30:36:0:0 chr1 200635560 . T C 1009.99 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00272786;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.717;QD=59.411;RBI=0.0044102;REFB=0;REVB=0.00346535;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08185e-06;OID=.;OPOS=200635560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:30:35:0:0:31:37:0:0 chr1 200776601 . CTT C,CT 290.86 PASS AF=0,0.773196;AO=14,49;DP=98;FAO=0,75;FDP=97;FR=.;FRO=22;FSAF=0,36;FSAR=0,39;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0623418,0.123387;FXX=0.010203;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=11.8263,8.23775;QD=11.9943;RBI=0.108431,0.215319;REFB=-0.0289487,-0.0540564;REVB=-0.0887171,-0.17646;RO=32;SAF=4,23;SAR=10,26;SRF=20;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.38554,-0.112279;STB=0.5,0.525138;STBP=1,0.377;TYPE=del,del;VARB=-0.0118742,0.0452366;OID=.,.;OPOS=200776602,200776602;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.773196:14,49:98:0,75:97:22:0,36:0,39:13:9:33:32:4,23:10,26:20:12 chr1 200776641 . C T 375.46 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.015685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.368;QD=18.3151;RBI=0.0201951;REFB=-0.0182392;REVB=-0.0127209;RO=41;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230179;STB=0.500625;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0231708;OID=.;OPOS=200776641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:41:43:39:39:0.47561:19:20:20:21:19:20:22:21 chr1 200827019 . TA T 219.68 PASS AF=0.541667;AO=63;DP=122;FAO=65;FDP=120;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0453934;FXX=0.0163921;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.66626;QD=7.32259;RBI=0.0464664;REFB=0.0166671;REVB=0.00992795;RO=47;SAF=34;SAR=29;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228192;STB=0.510285;STBP=0.81;TYPE=del;VARB=-0.00331323;OID=.;OPOS=200827020;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.541667:63:122:65:120:55:34:31:30:25:99:47:34:29:24:23 chr1 200843307 . T TCCCG 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0113263;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=344.066;QD=24.3281;RBI=0.0224183;REFB=-0.00524186;REVB=-0.0193467;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955799;STB=0.55539;STBP=0.597;TYPE=ins;VARB=0.000535;OID=.;OPOS=200843308;OREF=-;OALT=CCCG;OMAPALT=TCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:7:9:7:9:2:5:2:1:1:10:2:5:2:1:1 chr1 200867492 . C G 703.35 PASS AF=0.590909;AO=55;DP=113;FAO=65;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0375433;FXX=0.0350846;HRUN=6;LEN=1;MLLD=32.9184;QD=25.5762;RBI=0.0514642;REFB=-0.0794618;REVB=0.0352003;RO=24;SAF=20;SAR=35;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706396;STB=0.51388;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0172726;OID=.;OPOS=200867492;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:110:24:37:55:65:0.590909:35:20:6:18:38:27:14:23 chr1 200870086 . C T 161.09 PASS AF=0.297297;AO=22;DP=75;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=-0.0427528;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.697;QD=8.70745;RBI=0.0456721;REFB=-0.0226434;REVB=0.0160666;RO=52;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153803;STB=0.590474;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0572891;OID=.;OPOS=200870086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:52:52:22:22:0.297297:13:9:15:37:13:9:15:37 chr1 200880978 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.023;QD=37.4883;RBI=0.122132;REFB=0;REVB=0.00291549;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00369049;OID=.;OPOS=200880978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr1 200940180 . G A 1496.27 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300941;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.319;QD=63.6713;RBI=0.0301722;REFB=0;REVB=0.00216879;RO=0;SAF=65;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143113;OID=.;OPOS=200940180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:28:65:0:0:28:66:0:0 chr1 200941716 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00385507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.497;QD=44.6886;RBI=0.00494768;REFB=0;REVB=0.00310129;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.50726e-06;OID=.;OPOS=200941716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr1 200956326 . C T 73.61 PASS AF=0.2;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=60;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0326439;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.823;QD=4.9073;RBI=0.0439582;REFB=-0.0134488;REVB=-0.0294398;RO=48;SAF=7;SAR=5;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103501;STB=0.583194;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0573649;OID=.;OPOS=200956326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:61:60:48:48:12:12:0.2:5:7:24:24:5:7:23:25 chr1 201047075 . A G 146.28 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0244714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.445;QD=16.718;RBI=0.0367853;REFB=-0.00969218;REVB=0.0274646;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345603;STB=0.519831;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.01549;OID=.;OPOS=201047075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:9:10:9:7:9:10 chr1 201047135 . G A 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0142467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.679;QD=18.7963;RBI=0.0152951;REFB=-0.00903855;REVB=-0.0055651;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038358;STB=0.52172;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0121988;OID=.;OPOS=201047135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:12:11:14:13:12:11:14:13 chr1 201058550 . C T 143.38 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0210657;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.904;QD=13.9886;RBI=0.0248;REFB=-0.0124086;REVB=0.0130873;RO=25;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628047;STB=0.53654;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0181439;OID=.;OPOS=201058550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:25:25:16:16:0.390244:8:8:11:14:8:8:11:14 chr1 201060865 . G A 326.04 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0354655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4223;QD=17.389;RBI=0.0486482;REFB=-0.010961;REVB=0.0332993;RO=39;SAF=21;SAR=14;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131721;STB=0.567529;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0150387;OID=.;OPOS=201060865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:40:35:35:0.466667:14:21:18:21:14:21:19:21 chr1 201112981 . A G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3973;QD=62.9809;RBI=0.0458366;REFB=0;REVB=0.0144433;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000811346;OID=.;OPOS=201112981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr1 201115822 . A G 638.82 PASS AF=0.575758;AO=56;DP=99;FAO=57;FDP=99;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0377667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6122;QD=25.8108;RBI=0.0513414;REFB=-0.00478037;REVB=-0.0347795;RO=43;SAF=28;SAR=28;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02768;STB=0.506381;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00343286;OID=.;OPOS=201115822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:43:42:56:57:0.575758:28:28:20:23:29:28:20:22 chr1 201122947 . T G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5587;QD=56.9375;RBI=0.0488786;REFB=0;REVB=-0.0280129;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000685141;OID=.;OPOS=201122947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr1 201166383 . G A 1321.74 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0096811;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3422;QD=62.1993;RBI=0.0166158;REFB=0;REVB=-0.0135041;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603759;OID=.;OPOS=201166383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:45:40:0:0:45:40:0:0 chr1 201166401 . C T 235.66 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00896124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.32;QD=11.0897;RBI=0.0302939;REFB=-0.00792338;REVB=-0.0289382;RO=56;SAF=14;SAR=15;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413673;STB=0.523987;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0209781;OID=.;OPOS=201166401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:56:29:29:0.341176:15:14:25:31:15:14:25:31 chr1 201166435 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0085268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.154;QD=60.547;RBI=0.0119678;REFB=0;REVB=0.00839771;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94751e-05;OID=.;OPOS=201166435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr1 201168499 . G A 151.57 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0077338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.413;QD=10.1047;RBI=0.0128275;REFB=-0.00426675;REVB=-0.0102339;RO=38;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026658;STB=0.533411;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00811963;OID=.;OPOS=201168499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:40:20:20:0.333333:11:9:18:20:11:9:20:20 chr1 201168803 . G T 379.09 PASS AF=0.567164;AO=37;DP=66;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0173235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.646;QD=22.6319;RBI=0.0241863;REFB=-0.0268482;REVB=0.0168782;RO=29;SAF=16;SAR=21;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434322;STB=0.518629;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0334517;OID=.;OPOS=201168803;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:29:29:37:38:0.567164:21:16:11:18:22:16:11:18 chr1 201175227 . C A 1683.14 PASS AF=0.982609;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0578708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.895;QD=58.5442;RBI=0.070835;REFB=0.164298;REVB=0.0408481;RO=2;SAF=64;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146056;STB=0.507691;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00307654;OID=.;OPOS=201175227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:2:2:113:113:0.982609:49:64:2:0:49:64:2:0 chr1 201175274 . A G 626.33 PASS AF=0.454545;AO=57;DP=141;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=0.0157391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.382;QD=16.2683;RBI=0.0218653;REFB=-0.0430432;REVB=0.0151781;RO=83;SAF=18;SAR=39;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270239;STB=0.603956;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0465115;OID=.;OPOS=201175274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:154:83:84:57:70:0.454545:39:18:47:36:44:26:47:37 chr1 201175715 . G T 1393.57 PASS AF=0.948454;AO=91;DP=97;FAO=92;FDP=97;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0168743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.047;QD=57.4667;RBI=0.0606945;REFB=-0.0445892;REVB=0.0583017;RO=5;SAF=36;SAR=55;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209618;STB=0.511234;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.000913063;OID=.;OPOS=201175715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:97:97:5:5:91:92:0.948454:55:36:3:2:56:36:3:2 chr1 201176018 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0012481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.258;QD=56.7065;RBI=0.118599;REFB=0;REVB=-0.118593;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000607514;OID=.;OPOS=201176018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:7:22:0:0:7:22:0:0 chr1 201181223 . A G 958.67 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0369993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.661;QD=57.2343;RBI=0.0372033;REFB=-0.0645527;REVB=-0.00389074;RO=1;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185226;STB=0.509801;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00124697;OID=.;OPOS=201181223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:25:41:0:1:25:41:0:1 chr1 201181994 . A G 197.04 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0128938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.905;QD=13.3585;RBI=0.0142643;REFB=-0.00370708;REVB=-0.00610079;RO=35;SAF=17;SAR=6;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138019;STB=0.587551;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00676772;OID=.;OPOS=201181994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:35:35:23:24:0.40678:6:17:22:13:6:18:22:13 chr1 201187676 . C T 134.95 PASS AF=0.240964;AO=20;DP=86;FAO=20;FDP=83;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.00524485;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0285;QD=6.5036;RBI=0.0389827;REFB=-0.00885506;REVB=-0.0386283;RO=61;SAF=10;SAR=10;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11128;STB=0.5662;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0326936;OID=.;OPOS=201187676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:83:61:63:20:20:0.240964:10:10:25:36:10:10:26:37 chr1 201187764 . T C 989.68 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.666;QD=59.0851;RBI=0.0320028;REFB=0;REVB=0.0260604;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044193;OID=.;OPOS=201187764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:63:67:1:37:26:0:0:41:26:0:0 chr1 201195119 . C T 1983.5 PASS AF=0.977444;AO=130;DP=133;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=79;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.058048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.856;QD=59.654;RBI=0.0696386;REFB=-0.0621372;REVB=0.0384704;RO=3;SAF=79;SAR=51;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00265176;STB=0.501396;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00252834;OID=.;OPOS=201195119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:133:133:3:3:130:130:0.977444:51:79:2:1:51:79:2:1 chr1 201197471 . T C 151.17 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.154506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.202;QD=20.1559;RBI=0.155367;REFB=-0.0191475;REVB=0.0163431;RO=14;SAF=2;SAR=14;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145077;STB=0.583217;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00437517;OID=.;OPOS=201197471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:14:2:3:11:14:2:3:11 chr1 201285759 . A G 1499.94 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627704;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.518;QD=59.9978;RBI=0.0177994;REFB=0;REVB=0.0166558;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15927e-05;OID=.;OPOS=201285759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:52:48:0:0:52:48:0:0 chr1 201286771 . C T 595.9 PASS AF=0.428571;AO=63;DP=147;FAO=63;FDP=147;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=0.0182471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2522;QD=16.2149;RBI=0.020145;REFB=-0.0254025;REVB=-0.00853603;RO=84;SAF=26;SAR=37;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166613;STB=0.509322;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.037677;OID=.;OPOS=201286771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:84:84:63:63:0.428571:37:26:36:48:37:26:36:48 chr1 201286788 . G A 275.7 PASS AF=0.273381;AO=38;DP=140;FAO=38;FDP=139;FR=.;FRO=101;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=-0.00432051;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.93;QD=7.93374;RBI=0.0155031;REFB=-0.0193619;REVB=-0.0148889;RO=101;SAF=14;SAR=24;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110138;STB=0.565558;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0401039;OID=.;OPOS=201286788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:101:101:38:38:0.273381:24:14:46:55:24:14:46:55 chr1 201288955 . G A 501.99 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0562125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5246;QD=22.0656;RBI=0.0999062;REFB=-0.0494948;REVB=0.0825918;RO=41;SAF=17;SAR=31;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117362;STB=0.56659;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0469304;OID=.;OPOS=201288955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:43:48:48:0.527473:31:17:20:21:31:17:21:22 chr1 201299263 . A G 2335.67 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.339;QD=61.0634;RBI=0.0154487;REFB=0;REVB=0.00813523;RO=0;SAF=67;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96831e-05;OID=.;OPOS=201299263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:153:0:0:152:153:1:85:67:0:0:85:68:0:0 chr1 201331554 . T G 231.71 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0496291;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6121;QD=14.4816;RBI=0.0715013;REFB=-0.0355796;REVB=-0.0514722;RO=35;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528987;STB=0.528434;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0452958;OID=.;OPOS=201331554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:35:37:27:27:0.421875:14:13:15:20:14:13:16:21 chr1 201334382 . G A 183.05 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0103325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0965;QD=13.3126;RBI=0.0472232;REFB=-0.0149824;REVB=-0.046079;RO=33;SAF=15;SAR=7;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874403;STB=0.550412;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0147008;OID=.;OPOS=201334382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:7:15:20:13:7:15:20:13 chr1 201341175 . CAGAAG C 423.74 PASS AF=0.382812;AO=49;DP=130;FAO=49;FDP=128;FR=.;FRO=79;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=62;FSRR=17;FWDB=0.00756423;FXX=0.0375912;HRUN=1;LEN=5;MLLD=230.332;QD=13.2417;RBI=0.0534109;REFB=-0.0149192;REVB=0.0528726;RO=65;SAF=36;SAR=13;SRF=55;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159111;STB=0.54119;STBP=0.589;TYPE=del;VARB=0.0232294;OID=.;OPOS=201341176;OREF=AGAAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382812:49:130:49:128:79:36:13:62:17:99:65:36:13:55:10 chr1 201351421 . T A 277.23 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0202081;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.732;QD=17.8858;RBI=0.0257642;REFB=-0.00868557;REVB=0.0159821;RO=31;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10711;STB=0.568581;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0117477;OID=.;OPOS=201351421;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:31:32:30:30:0.483871:12:18:15:16:12:18:15:17 chr1 201383643 . A C 746.38 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0287962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.901;QD=52.3775;RBI=0.0740637;REFB=-0.042412;REVB=0.0682364;RO=2;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277009;STB=0.5147;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00335751;OID=.;OPOS=201383643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:57:57:2:2:53:53:0.929825:33:20:0:2:33:20:0:2 chr1 201383708 . G A 218.22 PASS AF=0.275862;AO=33;DP=116;FAO=32;FDP=116;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=33;FWDB=0.00942953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.166;QD=7.52484;RBI=0.0418379;REFB=-0.0279843;REVB=0.0407614;RO=79;SAF=18;SAR=15;SRF=51;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123008;STB=0.533092;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0602125;OID=.;OPOS=201383708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:79:84:33:32:0.275862:15:18:51:28:14:18:51:33 chr1 201755636 . C A 251.68 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0644929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.207;QD=17.0629;RBI=0.0852153;REFB=0.0177604;REVB=0.0556985;RO=31;SAF=15;SAR=13;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16646;STB=0.593032;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.0146657;OID=.;OPOS=201755636;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:13:15:22:9:13:15:22:9 chr1 201795629 . C T 361.84 PASS AF=0.335821;AO=45;DP=134;FAO=45;FDP=134;FR=.;FRO=89;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.00534707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.541;QD=10.8011;RBI=0.0229064;REFB=-0.00250276;REVB=-0.0222736;RO=88;SAF=24;SAR=21;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10324;STB=0.562906;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0053696;OID=.;OPOS=201795629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:88:89:45:45:0.335821:21:24:39:49:21:24:39:50 chr1 201860626 . A G 209.58 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.131455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.987;QD=18.6293;RBI=0.131534;REFB=-0.0211194;REVB=0.00455682;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295977;STB=0.666518;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0339831;OID=.;OPOS=201860626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:9:12:6:18:9:12:6:18 chr1 201865681 . A G 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0196057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8272;QD=3.1567;RBI=0.0197394;REFB=-0.0135484;REVB=-0.00229407;RO=36;SAF=5;SAR=1;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436734;STB=0.818576;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.078514;OID=.;OPOS=201865681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:1:5:17:19:1:5:17:19 chr1 201865763 . A G 206.95 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.038652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7741;QD=20.1907;RBI=0.0388947;REFB=-0.0176253;REVB=-0.00433847;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045558;STB=0.535075;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0253787;OID=.;OPOS=201865763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:20:20:21:0.512195:8:12:11:9:8:13:11:9 chr1 201869257 . G A 153.04 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0151505;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.733;QD=13.025;RBI=0.0184434;REFB=-0.00709812;REVB=0.0105176;RO=29;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402461;STB=0.514122;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00887359;OID=.;OPOS=201869257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:30:17:17:0.361702:10:7:13:16:10:7:13:17 chr1 201938995 . C T 1592.0 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.902;QD=60.0754;RBI=0.0457414;REFB=0;REVB=0.0260447;RO=0;SAF=46;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18353e-05;OID=.;OPOS=201938995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:106:0:0:102:106:1:56:46:0:0:56:50:0:0 chr1 201952574 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00179009;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=326.342;QD=58.4197;RBI=0.0123902;REFB=0;REVB=-0.0122602;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05019e-05;OID=.;OPOS=201952574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:24:39:0:0:24:39:0:0 chr1 201952598 . G A 534.09 PASS AF=0.597561;AO=49;DP=82;FAO=49;FDP=82;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00598596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.811;QD=26.0534;RBI=0.0115881;REFB=-0.0181603;REVB=0.00992231;RO=32;SAF=26;SAR=23;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091963;STB=0.55531;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0126907;OID=.;OPOS=201952598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:32:33:49:49:0.597561:23:26:21:11:23:26:22:11 chr1 201969082 . G A 276.97 PASS AF=0.442857;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0294162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7195;QD=15.8266;RBI=0.0304999;REFB=-0.0135624;REVB=0.0080581;RO=39;SAF=9;SAR=21;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175886;STB=0.605433;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0165891;OID=.;OPOS=201969082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:39:39:30:31:0.442857:21:9:18:21:22:9:18:21 chr1 201970562 . T C 2293.52 PASS AF=0.993464;AO=151;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0107218;FXX=0.0192295;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.925;QD=59.9613;RBI=0.0114155;REFB=0.0234668;REVB=-0.0039186;RO=1;SAF=71;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665254;STB=0.503448;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000112649;OID=.;OPOS=201970562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:153:1:1:151:152:0.993464:80:71:1:0:80:72:1:0 chr1 201973565 . G A 472.53 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0106484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.229;QD=16.1547;RBI=0.012321;REFB=-0.018103;REVB=-0.00619822;RO=65;SAF=32;SAR=20;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18448;STB=0.603135;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0239781;OID=.;OPOS=201973565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:65:52:52:0.444444:20:32:28:37:20:32:28:37 chr1 201981862 . T C 370.23 PASS AF=1;AO=16;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.01;QD=54.8492;RBI=0.11756;REFB=0;REVB=0.00701357;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177217;OID=.;OPOS=201981862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:16:27:1:11:5:0:0:15:12:0:0 chr1 202092179 . C A 177.74 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=46;FWDB=-0.0445953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.796;QD=8.77741;RBI=0.0448939;REFB=-0.00929416;REVB=-0.00516999;RO=54;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290152;STB=0.646539;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0189097;OID=.;OPOS=202092179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:54:57:24:24:0.296296:15:9:9:45:15:9:11:46 chr1 202092415 . A G 289.99 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.253;QD=52.7245;RBI=0.0342454;REFB=0;REVB=0.000521835;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103826;OID=.;OPOS=202092415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:10:10:0:0:10:12:0:0 chr1 202092580 . T C 461.36 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0176377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.497;QD=18.8312;RBI=0.0233344;REFB=-0.0233898;REVB=0.0152777;RO=52;SAF=16;SAR=30;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151115;STB=0.584378;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0219288;OID=.;OPOS=202092580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:30:16:26:26:30:16:26:26 chr1 202097164 . G A 114.26 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0223478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5432;QD=10.1567;RBI=0.0418531;REFB=-0.0190709;REVB=-0.0353872;RO=31;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753473;STB=0.545388;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0406114;OID=.;OPOS=202097164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:5:9:18:13:5:9:18:13 chr1 202129826 . T C 1198.68 PASS AF=0.522124;AO=116;DP=224;FAO=118;FDP=226;FR=.;FRO=108;FSAF=67;FSAR=51;FSRF=58;FSRR=50;FWDB=0.0166883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.98;QD=21.2156;RBI=0.0249712;REFB=-0.042248;REVB=-0.0185759;RO=106;SAF=65;SAR=51;SRF=56;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282696;STB=0.514911;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0337135;OID=.;OPOS=202129826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:226:106:108:116:118:0.522124:51:65:56:50:51:67:58:50 chr1 202155543 . A C 2778.07 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0877332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.614;QD=62.7812;RBI=0.0965701;REFB=0;REVB=0.0403568;RO=0;SAF=81;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87455e-05;OID=.;OPOS=202155543;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:165:177:0:0:165:177:1:84:81:0:0:84:93:0:0 chr1 202156131 . GCCCC GCCCCCCTCGCTCCTCGCT,GCCC 183.19 PASS AF=0.196429,0.0178571;AO=13,18;DP=125;FAO=22,2;FDP=112;FR=.;FRO=88;FSAF=13,2;FSAR=9,0;FSRF=66;FSRR=22;FWDB=-0.096761,-0.0596723;FXX=0.118101;HRUN=6,6;LEN=14,1;MLLD=182.629,8.08509;QD=6.54241;RBI=0.0969056,0.0707086;REFB=-0.0129065,-0.0732829;REVB=-0.00529237,0.0379333;RO=59;SAF=9,17;SAR=4,1;SRF=41;SRR=18;SSEN=0,0.525;SSEP=0,0;SSSB=-0.00382688,0.525488;STB=0.63813,0.992548;STBP=0.247,0.336;TYPE=ins,del;VARB=0.0421727,0.0324808;OID=.,.;OPOS=202156136,202156132;OREF=-,C;OALT=CCTCGCTCCTCGCT,-;OMAPALT=GCCCCCCTCGCTCCTCGCT,GCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.196429,0.0178571:13,18:125:22,2:112:88:13,2:9,0:66:22:99:59:9,17:4,1:41:18 chr1 202156628 . A C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00348504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.579;QD=57.1769;RBI=0.00540544;REFB=0;REVB=0.00413199;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30493e-05;OID=.;OPOS=202156628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr1 202200799 . G A 344.64 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000984985;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.825;QD=55.1418;RBI=0.0166611;REFB=0;REVB=-0.0166319;RO=0;SAF=1;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.18094e-05;OID=.;OPOS=202200799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:24:1:0:0:24:1:0:0 chr1 202276494 . C T 1667.56 PASS AF=0.928571;AO=116;DP=126;FAO=117;FDP=126;FR=.;FRO=9;FSAF=70;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0423153;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.019;QD=52.9384;RBI=0.0531215;REFB=-0.201287;REVB=0.0321141;RO=7;SAF=70;SAR=46;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355155;STB=0.527633;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00196054;OID=.;OPOS=202276494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:126:126:7:9:116:117:0.928571:46:70:2:5:47:70:2:7 chr1 202287206 . T C 1098.36 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.488;QD=59.3705;RBI=0.0404403;REFB=0;REVB=0.0318144;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60715e-05;OID=.;OPOS=202287206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:74:0:0:67:74:1:26:41:0:0:31:43:0:0 chr1 202287537 . G A 700.76 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0586463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.507;QD=59.6392;RBI=0.124711;REFB=-0.0952149;REVB=0.110061;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.508193;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00163874;OID=.;OPOS=202287537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:47:47:0:1:45:46:0.978723:29:16:0:0:30:16:0:1 chr1 202287813 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.652;QD=40.7628;RBI=0.0403463;REFB=0;REVB=0.0390324;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000792462;OID=.;OPOS=202287813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr1 202304868 . T C 262.03 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.00115912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.242;QD=12.4774;RBI=0.022748;REFB=-0.00396978;REVB=0.0227185;RO=53;SAF=12;SAR=19;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334279;STB=0.519171;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00699896;OID=.;OPOS=202304868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:53:31:31:0.369048:19:12:19:34:19:12:19:34 chr1 202457704 . C T 139.16 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00287826;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.439;QD=8.97831;RBI=0.0123029;REFB=-0.00549157;REVB=-0.0119615;RO=42;SAF=10;SAR=9;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108904;STB=0.571111;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0181525;OID=.;OPOS=202457704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:42:43:19:19:0.306452:9:10:26:16:9:10:27:16 chr1 202531741 . C T 619.76 PASS AF=0.444444;AO=65;DP=151;FAO=68;FDP=153;FR=.;FRO=85;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.00192626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.875;QD=16.203;RBI=0.00228052;REFB=-0.00686791;REVB=-0.00122077;RO=85;SAF=47;SAR=18;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217251;STB=0.607562;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00737507;OID=.;OPOS=202531741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:153:85:85:65:68:0.444444:18:47:45:40:20:48:45:40 chr1 202705455 . G C 364.27 PASS AF=0.376068;AO=43;DP=116;FAO=44;FDP=117;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.0271851;FXX=0.00847386;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.8062;QD=12.4536;RBI=0.0392492;REFB=-0.00462025;REVB=0.0283103;RO=72;SAF=19;SAR=24;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641324;STB=0.530022;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00842205;OID=.;OPOS=202705455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:72:73:43:44:0.376068:24:19:36:36:25:19:35:38 chr1 202715284 . G A 87.72 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00285977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.423;QD=6.88036;RBI=0.0245318;REFB=-0.00125064;REVB=-0.0243645;RO=39;SAF=5;SAR=7;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00802159;STB=0.505042;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00576836;OID=.;OPOS=202715284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:7:5:16:23:7:5:16:23 chr1 202718202 . G A 251.87 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0365751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5295;QD=14.8157;RBI=0.0367337;REFB=-0.0225775;REVB=0.00340969;RO=39;SAF=15;SAR=14;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999465;STB=0.556537;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0218577;OID=.;OPOS=202718202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:14:15:24:15:14:15:24:15 chr1 202733238 . C T 226.98 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0241884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.298;QD=13.551;RBI=0.044844;REFB=-0.0192035;REVB=-0.0377611;RO=39;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178837;STB=0.503353;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0266589;OID=.;OPOS=202733238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:40:27:27:0.402985:15:12:18:21:15:12:18:22 chr1 202795262 . G A 98.54 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.024592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.784;QD=14.0777;RBI=0.064451;REFB=-0.0263727;REVB=0.0595748;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170124;STB=0.599828;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0329227;OID=.;OPOS=202795262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:8:8:4:8:8:8 chr1 202861342 . A G 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00911244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.497;QD=12.3389;RBI=0.00999692;REFB=-0.00593667;REVB=-0.00411118;RO=39;SAF=6;SAR=18;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200803;STB=0.616718;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00824773;OID=.;OPOS=202861342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:18:6:16:23:18:6:16:23 chr1 202884063 . C T 205.37 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0355153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.254;QD=12.8358;RBI=0.0358786;REFB=0.00395037;REVB=0.0050932;RO=39;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668933;STB=0.53843;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.00608663;OID=.;OPOS=202884063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:15:10:18:21:15:10:18:21 chr1 202888947 . T C 278.88 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00788283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.783;QD=21.8726;RBI=0.0297511;REFB=-0.00705795;REVB=0.0286878;RO=23;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677289;STB=0.537546;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00613978;OID=.;OPOS=202888947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:12:16:15:8:12:16:15:8 chr1 202910466 . C CT 83.49 PASS AF=0.301587;AO=20;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.115781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.1956;QD=5.30081;RBI=0.201141;REFB=-0.000812206;REVB=0.164476;RO=42;SAF=11;SAR=9;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08467;STB=0.534188;STBP=0.739;TYPE=ins;VARB=0.00372449;OID=.;OPOS=202910467;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.301587:20:63:19:63:44:10:9:21:23:83:42:11:9:20:22 chr1 202935998 . ACCCCCA ACCCCA,ACCCCAG 42.5 PASS AF=0.107143,0.0714286;AO=6,4;DP=57;FAO=6,4;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=1,4;FSAR=5,0;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.0208068,0.00892735;FXX=0.0344768;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=18.8061,34.4431;QD=3.03538;RBI=0.0449989,0.00913881;REFB=0.00987743,0.00369548;REVB=0.0398996,-0.00195455;RO=44;SAF=1,4;SAR=5,0;SRF=12;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0.352941,0;SSSB=-0.173836,0.66829;STB=0.624532,0.998403;STBP=0.635,0.005;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0319741,0.0533058;OID=.,.;OPOS=202935999,202936003;OREF=C,CA;OALT=-,AG;OMAPALT=ACCCCA,ACCCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.107143,0.0714286:6,4:57:6,4:56:46:1,4:5,0:12:34:23:44:1,4:5,0:12:32 chr1 203003870 . G A 222.15 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0203514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3303;QD=12.5154;RBI=0.0300364;REFB=-0.0200473;REVB=0.0220908;RO=40;SAF=15;SAR=12;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473606;STB=0.507931;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0218094;OID=.;OPOS=203003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:44:27:27:0.380282:12:15:24:16:12:15:25:19 chr1 203008174 . G C 967.54 PASS AF=1;AO=57;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.545;QD=58.6388;RBI=0.015415;REFB=0;REVB=0.0151131;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424227;OID=.;OPOS=203008174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:57:66:1:25:32:0:0:30:36:0:0 chr1 203008286 . C G 1339.56 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0896095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.323;QD=62.305;RBI=0.0952581;REFB=0;REVB=0.0323148;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140741;OID=.;OPOS=203008286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:44:42:0:0:44:42:0:0 chr1 203018862 . G A 848.12 PASS AF=0.304233;AO=112;DP=376;FAO=115;FDP=378;FR=.;FRO=263;FSAF=84;FSAR=31;FSRF=152;FSRR=111;FWDB=-0.0024966;FXX=0.00526302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.224;QD=8.97479;RBI=0.11466;REFB=-0.00234771;REVB=0.114633;RO=257;SAF=82;SAR=30;SRF=151;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196655;STB=0.619807;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00697369;OID=.;OPOS=203018862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:376:378:257:263:112:115:0.304233:30:82:151:106:31:84:152:111 chr1 203040816 . G C 436.9 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.00769516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.466;QD=18.7914;RBI=0.00771805;REFB=-0.0172065;REVB=0.000593985;RO=49;SAF=16;SAR=28;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253692;STB=0.641261;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0218662;OID=.;OPOS=203040816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:28:16:31:18:28:16:31:18 chr1 203053768 . T C,G 2042.83 PASS AF=0.962406,0.037594;AO=128,5;DP=133;FAO=128,5;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=88,0;FSAR=40,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00317952,-0.0126554;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=174.178,35.5198;QD=61.4384;RBI=0.0353729,0.0201839;REFB=0,0;REVB=0.0352297,0.0157236;RO=0;SAF=88,0;SAR=40,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=3.95344e-05,0.0665716;OID=.,.;OPOS=203053768,203053768;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:133:133:0:0:128,5:128,5:0.962406,0.037594:40,5:88,0:0:0:40,5:88,0:0:0 chr1 203148633 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.723;QD=57.2025;RBI=0.0425869;REFB=0;REVB=0.0379284;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525732;OID=.;OPOS=203148633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr1 203151920 . C T 251.31 PASS AF=0.316327;AO=31;DP=98;FAO=31;FDP=98;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0255445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4648;QD=10.2576;RBI=0.0457595;REFB=-0.0152176;REVB=-0.0379659;RO=67;SAF=19;SAR=12;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226181;STB=0.63201;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.031898;OID=.;OPOS=203151920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:67:67:31:31:0.316327:12:19:28:39:12:19:28:39 chr1 203186950 . C CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT,T 104.47 PASS AF=0.314286,0.0285714;AO=8,3;DP=36;FAO=11,1;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=1,0;FSAR=10,1;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.026152,-0.0108713;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=24,1;MLLD=402.835,356.627;QD=11.9389;RBI=0.033557,0.0345487;REFB=-0.0168283,-0.01287;REVB=0.0210272,0.0327937;RO=24;SAF=1,0;SAR=7,3;SRF=16;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.613041,-0.647813;STB=0.898117,0.99259;STBP=0.003,0.231;TYPE=ins,snp;VARB=0.00909511,0.0227547;OID=.,.;OPOS=203186951,203186950;OREF=-,C;OALT=AGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT,T;OMAPALT=CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:36:35:24:23:8,3:11,1:0.314286,0.0285714:7,3:1,0:16:8:10,1:1,0:15:8 chr1 203194186 . C T 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0153333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.079;QD=19.4076;RBI=0.0353917;REFB=-0.00280963;REVB=0.0318976;RO=28;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149963;STB=0.583469;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00539691;OID=.;OPOS=203194186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:17:13:17:11:17:13:17:11 chr1 203309966 . G C 1838.38 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0906053;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8613;QD=61.2794;RBI=0.0967598;REFB=0;REVB=-0.0339581;RO=0;SAF=75;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188498;OID=.;OPOS=203309966;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:117:120:1:42:75:0:0:43:77:0:0 chr1 203317162 . C T 168.98 PASS AF=0.526316;AO=16;DP=35;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00289867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.733;QD=17.7868;RBI=0.0359992;REFB=-0.026017;REVB=0.0358823;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790844;STB=0.548143;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.025074;OID=.;OPOS=203317162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:18:18:16:20:0.526316:5:11:11:7:6:14:11:7 chr1 203317203 . C T 102.85 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0198562;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.95;QD=8.57047;RBI=0.0202514;REFB=-0.0116855;REVB=0.00398137;RO=34;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689893;STB=0.533282;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0313311;OID=.;OPOS=203317203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:34:35:13:13:0.270833:8:5:15:19:8:5:15:20 chr1 203472112 . T C 272.69 PASS AF=0.46875;AO=27;DP=62;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0110666;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.998;QD=17.0431;RBI=0.0142177;REFB=-0.00561568;REVB=-0.00892593;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983069;STB=0.527759;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00469821;OID=.;OPOS=203472112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:34:34:27:30:0.46875:13:14:21:13:13:17:21:13 chr1 203652444 . A G 1149.89 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8819;QD=60.5208;RBI=0.0322409;REFB=0;REVB=-0.0275978;RO=0;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237402;OID=.;OPOS=203652444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:49:25:0:0:51:25:0:0 chr1 203667409 . T C 1513.34 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.354;QD=59.9343;RBI=0.0340834;REFB=0;REVB=-0.0136249;RO=0;SAF=44;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94083e-05;OID=.;OPOS=203667409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:57:44:0:0:57:44:0:0 chr1 203680075 . C T 103.25 PASS AF=0.202381;AO=17;DP=84;FAO=17;FDP=84;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.00153236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.628;QD=4.91685;RBI=0.0209294;REFB=-0.00736368;REVB=-0.0208733;RO=67;SAF=6;SAR=11;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213678;STB=0.635946;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0319948;OID=.;OPOS=203680075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:67:67:17:17:0.202381:11:6:35:32:11:6:35:32 chr1 203712996 . T C 651.16 PASS AF=0.449367;AO=71;DP=158;FAO=71;FDP=158;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=0.0329907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7619;QD=16.4849;RBI=0.0339043;REFB=0.00735753;REVB=0.00781733;RO=86;SAF=34;SAR=37;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893823;STB=0.552617;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00909017;OID=.;OPOS=203712996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:86:87:71:71:0.449367:37:34:49:37:37:34:50:37 chr1 203713133 . G A 342.1 PASS AF=0.386792;AO=41;DP=106;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.0120091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.315;QD=12.9093;RBI=0.0265116;REFB=-0.00998203;REVB=-0.0236357;RO=64;SAF=19;SAR=22;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122611;STB=0.573877;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0109369;OID=.;OPOS=203713133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:64:65:41:41:0.386792:22:19:37:27:22:19:38:27 chr1 203766964 . A G 740.34 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.468;QD=56.9496;RBI=0.0360173;REFB=0;REVB=0.0331059;RO=0;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126583;OID=.;OPOS=203766964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:38:14:0:0:38:14:0:0 chr1 203769661 . A T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.116231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.964;QD=12.7388;RBI=0.135474;REFB=-0.0105243;REVB=-0.0695944;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380371;STB=0.749374;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.000690599;OID=.;OPOS=203769661;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:9:10:8:8:0.444444:2:6:3:6:2:6:3:7 chr1 203787700 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00745478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.047;QD=62.9827;RBI=0.00900856;REFB=0;REVB=-0.0050577;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44582e-05;OID=.;OPOS=203787700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr1 203818866 . A G 113.79 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0170135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.526;QD=18.2058;RBI=0.027802;REFB=0.000385297;REVB=0.0219884;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281085;STB=0.516104;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.000118261;OID=.;OPOS=203818866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:8:5:5:7:8:5:5:7 chr1 204110334 . A G 834.12 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.254;QD=57.5256;RBI=0.0427717;REFB=0;REVB=0.03959;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343391;OID=.;OPOS=204110334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr1 204116628 . G C 154.84 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=44;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0587699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1718;QD=13.4642;RBI=0.0592293;REFB=-0.0474068;REVB=-0.00736193;RO=28;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293432;STB=0.514122;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0263983;OID=.;OPOS=204116628;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:28:29:16:17:0.369565:9:7:13:15:9:8:13:16 chr1 204188349 . G A 357.04 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00362461;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.803;QD=29.7531;RBI=0.0248127;REFB=-0.0165216;REVB=0.0245465;RO=18;SAF=17;SAR=13;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310282;STB=0.517034;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0119136;OID=.;OPOS=204188349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:13:17:11:7:13:17:11:7 chr1 204188369 . G A 77.34 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0496899;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4767;QD=10.6681;RBI=0.135829;REFB=-0.0736717;REVB=-0.126414;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224862;STB=0.652768;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.132741;OID=.;OPOS=204188369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:28:29:18:18:10:11:0.37931:3:7:9:9:3:8:9:9 chr1 204230581 . G A 269.24 PASS AF=0.336842;AO=32;DP=95;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=7.88384e-05;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.495;QD=11.3364;RBI=0.00604241;REFB=-0.0132032;REVB=0.00604189;RO=63;SAF=19;SAR=13;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152788;STB=0.588606;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0239577;OID=.;OPOS=204230581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:63:63:32:32:0.336842:13:19:29:34:13:19:29:34 chr1 204237416 . C T 670.41 PASS AF=0.528;AO=66;DP=125;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.00272267;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.238;QD=21.4531;RBI=0.0042087;REFB=-0.0354533;REVB=-0.00320939;RO=57;SAF=33;SAR=33;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667293;STB=0.527992;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0305646;OID=.;OPOS=204237416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:57:59:66:66:0.528:33:33:33:24:33:33:33:26 chr1 204242838 . A C 474.86 PASS AF=0.425197;AO=40;DP=116;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=25;FWDB=0.00526157;FXX=0.0230751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.607;QD=14.9561;RBI=0.0371391;REFB=-0.0163577;REVB=0.0367645;RO=76;SAF=27;SAR=13;SRF=50;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219489;STB=0.590519;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0188086;OID=.;OPOS=204242838;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:127:76:73:40:54:0.425197:13:27:50:26:27:27:48:25 chr1 204379617 . T C 2167.32 PASS AF=0.992806;AO=136;DP=138;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00431763;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.12;QD=62.3688;RBI=0.00445866;REFB=-0.0372902;REVB=-0.00111256;RO=1;SAF=55;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0085647;STB=0.504347;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=1.91832e-05;OID=.;OPOS=204379617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:139:1:1:136:138:0.992806:81:55:1:0:81:57:1:0 chr1 204403659 . A G 378.33 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0174361;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8179;QD=18.6828;RBI=0.024706;REFB=0.0136016;REVB=-0.0175034;RO=42;SAF=16;SAR=23;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040128;STB=0.522376;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.0157707;OID=.;OPOS=204403659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:23:16:19:23:23:16:19:23 chr1 204418364 . G A 469.8 PASS AF=0.661538;AO=43;DP=65;FAO=43;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.000403809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.328;QD=28.9105;RBI=0.0223518;REFB=-0.0194512;REVB=0.0223482;RO=22;SAF=19;SAR=24;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00799608;STB=0.504346;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00677067;OID=.;OPOS=204418364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:22:22:43:43:0.661538:24:19:10:12:24:19:10:12 chr1 204425028 . G A 270.16 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=63;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00913945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.478;QD=16.8853;RBI=0.044853;REFB=-0.0246861;REVB=0.043912;RO=32;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101351;STB=0.529392;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0273841;OID=.;OPOS=204425028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:32:34:29:30:0.46875:14:15:20:12:14:16:20:14 chr1 204428998 . G C 210.24 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00658232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.208;QD=15.5736;RBI=0.0215497;REFB=-0.0134775;REVB=-0.0205198;RO=30;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408864;STB=0.5232;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0193685;OID=.;OPOS=204428998;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:13:11:15:15:13:11:15:15 chr1 204436066 . G A 209.33 PASS AF=0.376812;AO=25;DP=67;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0168402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.826;QD=12.135;RBI=0.0173388;REFB=-0.0140458;REVB=0.00412831;RO=34;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11999;STB=0.555513;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0388557;OID=.;OPOS=204436066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:34:43:25:26:0.376812:14:11:19:15:15:11:22:21 chr1 204438334 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00399181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.502;QD=9.49177;RBI=0.0253989;REFB=0.00888224;REVB=0.0250832;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406201;STB=0.743692;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0103865;OID=.;OPOS=204438334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:3:6:5:13:3:6:5:13 chr1 204438643 . G T 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00630228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.29;QD=17.4274;RBI=0.00710843;REFB=-0.0125955;REVB=-0.00328802;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439952;STB=0.50251;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0166411;OID=.;OPOS=204438643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:11:12:10:9:11:12 chr1 204501383 . C T 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0424823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.121;QD=18.2489;RBI=0.0471511;REFB=0.00660376;REVB=-0.0204568;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365471;STB=0.708774;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00459488;OID=.;OPOS=204501383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:9:4:9:3:9:4:9:3 chr1 204531567 . C T 233.39 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0334389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6757;QD=32.1913;RBI=0.0570174;REFB=-0.0539385;REVB=0.0461825;RO=8;SAF=11;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745479;STB=0.540945;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0187679;OID=.;OPOS=204531567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:10:11:3:5:10:11:3:5 chr1 204531623 . C T 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00689958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.677;QD=7.95472;RBI=0.0110412;REFB=0.0034163;REVB=0.00861999;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890944;STB=0.555418;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.0164529;OID=.;OPOS=204531623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:11:8:4:4:11:8 chr1 204587240 . G A 400.23 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00775504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.129;QD=18.6153;RBI=0.0114782;REFB=-0.0159511;REVB=0.00846216;RO=45;SAF=25;SAR=16;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176821;STB=0.598583;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0127078;OID=.;OPOS=204587240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:16:25:19:26:16:25:19:26 chr1 204590044 . G A 2095.81 PASS AF=0.985507;AO=134;DP=136;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0342654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.261;QD=60.7482;RBI=0.0461225;REFB=-0.0945279;REVB=0.0308733;RO=1;SAF=55;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597952;STB=0.501437;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000340891;OID=.;OPOS=204590044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:136:138:1:2:134:136:0.985507:79:55:0:1:81:55:1:1 chr1 204590717 . T C 100.52 PASS AF=0.180851;AO=17;DP=94;FAO=17;FDP=94;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.0171326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3898;QD=4.2776;RBI=0.0332438;REFB=-0.0132405;REVB=0.028489;RO=73;SAF=7;SAR=10;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103155;STB=0.567386;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0482714;OID=.;OPOS=204590717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:73:77:17:17:0.180851:10:7:36:37:10:7:38:39 chr1 204591237 . A G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.525;QD=57.8837;RBI=0.0376259;REFB=0;REVB=0.0226993;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.03204e-05;OID=.;OPOS=204591237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr1 204676539 . CG CGG,C 77.24 PASS AF=0.517241,0.0172414;AO=23,8;DP=58;FAO=30,1;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=15,1;FSAR=15,0;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.151135,-0.158808;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=7.76931,9.61792;QD=5.32708;RBI=0.161217,0.173117;REFB=-0.0250891,0.0160735;REVB=-0.0561167,0.0689171;RO=25;SAF=13,5;SAR=10,3;SRF=18;SRR=7;SSEN=0,0.574468;SSEP=0,0.464286;SSSB=-0.14923,-0.125971;STB=0.613963,0.985389;STBP=0.095,0.515;TYPE=ins,del;VARB=0.103964,0.0547951;OID=.,.;OPOS=204676540,204676540;OREF=-,G;OALT=G,-;OMAPALT=CGG,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517241,0.0172414:23,8:58:30,1:58:27:15,1:15,0:20:7:62:25:13,5:10,3:18:7 chr1 204966690 . G A 982.73 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00615548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.249;QD=56.97;RBI=0.0493805;REFB=0.031598;REVB=0.0489954;RO=1;SAF=36;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129467;STB=0.506665;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000137249;OID=.;OPOS=204966690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:67:68:0.985507:31:36:1:0:31:37:1:0 chr1 204970302 . T C 1481.81 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.17;QD=63.0558;RBI=0.061029;REFB=0;REVB=0.0116763;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64074e-05;OID=.;OPOS=204970302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:85:94:0:0:84:94:1:46:38:0:0:51:43:0:0 chr1 204978533 . A G 1105.34 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00621635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.024;QD=59.7484;RBI=0.0121524;REFB=0;REVB=0.0104421;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0392e-05;OID=.;OPOS=204978533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:74:0:0:71:74:1:46:25:0:0:48:26:0:0 chr1 205027147 . G A 90.02 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0236163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1731;QD=7.66113;RBI=0.0371199;REFB=0.00502227;REVB=0.0286384;RO=34;SAF=4;SAR=8;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362352;STB=0.729373;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.017944;OID=.;OPOS=205027147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:34:35:12:12:0.255319:8:4:22:12:8:4:23:12 chr1 205027390 . C T 333.09 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.0033533;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.492;QD=16.449;RBI=0.015678;REFB=-0.00631445;REVB=0.0153152;RO=45;SAF=20;SAR=16;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259676;STB=0.645085;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0047197;OID=.;OPOS=205027390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:16:20:13:32:16:20:13:32 chr1 205027737 . G A 2770.56 PASS AF=0.994413;AO=158;DP=180;FAO=178;FDP=179;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=85;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0270597;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.658;QD=61.9119;RBI=0.0393686;REFB=0.0563096;REVB=0.0285947;RO=1;SAF=78;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0059103;STB=0.502674;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000386442;OID=.;OPOS=205027737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:180:179:1:1:158:178:0.994413:80:78:0:1:93:85:0:1 chr1 205030515 . C T 201.96 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0629469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.338;QD=12.0574;RBI=0.0630688;REFB=-0.00826927;REVB=-0.00392005;RO=41;SAF=15;SAR=10;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963077;STB=0.548741;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.019093;OID=.;OPOS=205030515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:42:25:25:0.373134:10:15:21:20:10:15:22:20 chr1 205031116 . C T 2605.03 PASS AF=0.988372;AO=170;DP=172;FAO=170;FDP=172;FR=.;FRO=2;FSAF=105;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0298669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0998;QD=60.582;RBI=0.0323926;REFB=0.00635293;REVB=-0.0125399;RO=2;SAF=105;SAR=65;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00275436;STB=0.501447;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.000165497;OID=.;OPOS=205031116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:172:172:2:2:170:170:0.988372:65:105:1:1:65:105:1:1 chr1 205041158 . C T 2690.65 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299196;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.48;QD=62.2115;RBI=0.0599515;REFB=0;REVB=0.0519519;RO=0;SAF=76;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100554;OID=.;OPOS=205041158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:173:173:0:0:173:173:1:97:76:0:0:97:76:0:0 chr1 205052939 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.978;QD=62.3508;RBI=0.0457859;REFB=0;REVB=-0.0422491;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107359;OID=.;OPOS=205052939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr1 205053070 . C T 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.0062341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.86;QD=17.7106;RBI=0.0108829;REFB=0.0025147;REVB=0.00892037;RO=35;SAF=18;SAR=15;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160075;STB=0.59454;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00233263;OID=.;OPOS=205053070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:36:33:33:0.478261:15:18:25:10:15:18:26:10 chr1 205053075 . C T 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0572749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.183;QD=17.3786;RBI=0.0586404;REFB=0.0136872;REVB=-0.0125809;RO=37;SAF=18;SAR=15;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152583;STB=0.585057;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.00779056;OID=.;OPOS=205053075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:15:18:26:11:15:18:26:11 chr1 205053219 . C T 1699.04 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.7;QD=59.6153;RBI=0.016959;REFB=-0.114047;REVB=0.011204;RO=0;SAF=72;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64229e-08;STB=0.506023;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000176955;OID=.;OPOS=205053219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:114:114:0:1:112:113:0.991228:40:72:0:0:41:72:0:1 chr1 205056844 . T A,TA,TTA 242.66 PASS AF=0,0,0.807692;AO=2,3,15;DP=30;FAO=0,0,21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=0,0,14;FSAR=0,0,7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0344868,-0.0317174,-0.0216186;FXX=0.0714031;HRUN=5,1,5;LEN=1,1,2;MLLD=226.422,244.556,256.709;QD=37.3317;RBI=0.038424,0.0358397,0.0266497;REFB=0.0301858,0.0252713,0.0196753;REVB=0.0169431,0.016688,0.0155835;RO=9;SAF=1,3,8;SAR=1,0,7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0568293,0.640421,-0.0149138;STB=0.5,0.5,0.594502;STBP=1,1,0.063;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0,0,-0.00539951;OID=.,.,.;OPOS=205056844,205056845,205056845;OREF=T,-,-;OALT=A,A,TA;OMAPALT=A,TA,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:27:30:26:9:5:2,3,15:0,0,21:0,0,0.807692:1,0,7:1,3,8:5:4:0,0,7:0,0,14:1:4 chr1 205056847 . T TATA 34.63 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00249942;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=246.07;QD=4.32898;RBI=0.0187949;REFB=-0.00768965;REVB=-0.018628;RO=27;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340884;STB=0.719308;STBP=0.265;TYPE=ins;VARB=0.0210372;OID=.;OPOS=205056848;OREF=-;OALT=ATA;OMAPALT=TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1875:6:33:6:32:26:2:4:16:10:34:27:2:4:17:10 chr1 205057737 . C T 320.72 PASS AF=0.382979;AO=35;DP=93;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0497299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.098;QD=13.6476;RBI=0.0518116;REFB=-0.0085005;REVB=0.0145391;RO=58;SAF=12;SAR=23;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26613;STB=0.657055;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00881416;OID=.;OPOS=205057737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:58:58:35:36:0.382979:23:12:34:24:24:12:34:24 chr1 205113122 . CTCAG C 149.92 PASS AF=0.350877;AO=19;DP=58;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.022883;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=4;MLLD=258.168;QD=10.5208;RBI=0.0234465;REFB=-0.023855;REVB=-0.00510967;RO=37;SAF=10;SAR=9;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046653;STB=0.543816;STBP=0.65;TYPE=del;VARB=0.0431437;OID=.;OPOS=205113123;OREF=TCAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.350877:19:58:20:57:37:10:10:21:16:99:37:10:9:21:16 chr1 205113595 . AG CA 337.44 PASS AF=0.538462;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.00490163;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=226.129;QD=20.7654;RBI=0.00740552;REFB=-0.0125618;REVB=-0.0055512;RO=30;SAF=16;SAR=18;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192766;STB=0.610712;STBP=0.071;TYPE=mnp;VARB=0.0132021;OID=.;OPOS=205113595;OREF=AG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:34:35:0.538462:18:16:21:9:19:16:21:9 chr1 205113702 . A C 221.59 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00299405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.903;QD=14.069;RBI=0.0174255;REFB=-0.00725676;REVB=0.0171664;RO=35;SAF=18;SAR=8;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3506;STB=0.698877;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00663522;OID=.;OPOS=205113702;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:37:26:26:0.412698:8:18:12:23:8:18:13:24 chr1 205130413 . A G 1553.59 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8428;QD=62.7715;RBI=0.0677772;REFB=0;REVB=-0.0248459;RO=2;SAF=59;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158046;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458807;OID=.;OPOS=205130413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:2:0:97:99:1:38:59:2:0:38:61:0:0 chr1 205132866 . A G 228.73 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0070807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.523;QD=11.7298;RBI=0.0309746;REFB=-0.0134892;REVB=-0.0301544;RO=49;SAF=17;SAR=11;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539153;STB=0.522271;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0250643;OID=.;OPOS=205132866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:49:50:28:28:0.358974:11:17:32:17:11:17:32:18 chr1 205180544 . C A 182.9 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0444157;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1435;QD=22.8631;RBI=0.0881885;REFB=-0.0285477;REVB=-0.076187;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129189;STB=0.524448;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0327075;OID=.;OPOS=205180544;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:14:18:18:0.5625:8:10:7:6:8:10:7:7 chr1 205225457 . G A 345.19 PASS AF=0.507042;AO=35;DP=70;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00435441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.135;QD=19.4471;RBI=0.0206263;REFB=-0.0217357;REVB=-0.0201614;RO=35;SAF=20;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102983;STB=0.548562;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0302439;OID=.;OPOS=205225457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:35:35:35:36:0.507042:15:20:16:19:16:20:16:19 chr1 205238275 . A G 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00956381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.395;QD=12.9421;RBI=0.011858;REFB=-0.0251855;REVB=-0.00701034;RO=25;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077181;STB=0.545393;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0345261;OID=.;OPOS=205238275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:5:10:15:10:5:10:15:10 chr1 205240251 . C T 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00452209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.424;QD=13.2308;RBI=0.0262059;REFB=-0.0177646;REVB=-0.0258128;RO=29;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285559;STB=0.666473;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0308478;OID=.;OPOS=205240251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:6:11:11:18:6:11:11:18 chr1 205272918 . G A 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0184081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7665;QD=18.7661;RBI=0.0999295;REFB=0.054785;REVB=0.0982194;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194334;STB=0.614989;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.0167773;OID=.;OPOS=205272918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:2:1:4:2:2:1 chr1 205275421 . A G 1046.65 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836738;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.135;QD=59.8083;RBI=0.027121;REFB=0;REVB=0.025798;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000608881;OID=.;OPOS=205275421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr1 205277781 . C T 483.29 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0717477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9376;QD=20.7867;RBI=0.0826556;REFB=0.0107865;REVB=-0.0410392;RO=46;SAF=32;SAR=15;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191587;STB=0.606367;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.014806;OID=.;OPOS=205277781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:15:32:22:24:15:32:22:24 chr1 205306696 . G A 141.3 PASS AF=0.238636;AO=21;DP=88;FAO=21;FDP=88;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0117638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.285;QD=6.42267;RBI=0.0166955;REFB=-0.0134508;REVB=0.0118471;RO=67;SAF=7;SAR=14;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28796;STB=0.676525;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0518016;OID=.;OPOS=205306696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:67:67:21:21:0.238636:14:7:38:29:14:7:38:29 chr1 205308779 . G A 147.62 PASS AF=0.218182;AO=23;DP=109;FAO=24;FDP=110;FR=.;FRO=86;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.00309652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.092;QD=5.36809;RBI=0.00365852;REFB=-0.00866627;REVB=0.00194842;RO=84;SAF=15;SAR=8;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26482;STB=0.641775;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0430161;OID=.;OPOS=205308779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:84:86:23:24:0.218182:8:15:37:47:9:15:38:48 chr1 205492756 . A G 210.59 PASS AF=0.606061;AO=19;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00101582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2692;QD=25.5263;RBI=0.0122482;REFB=-0.0197034;REVB=-0.012206;RO=13;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182282;STB=0.58528;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00508009;OID=.;OPOS=205492756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:19:20:0.606061:12:7:8:5:12:8:8:5 chr1 205501843 . A G 359.9 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=0.0598442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7981;QD=19.7206;RBI=0.0718515;REFB=-0.062604;REVB=-0.0397656;RO=34;SAF=16;SAR=21;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207058;STB=0.608641;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0589656;OID=.;OPOS=205501843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:36:37:37:0.506849:21:16:7:27:21:16:8:28 chr1 205569865 . C T 170.74 PASS AF=0.255319;AO=24;DP=94;FAO=24;FDP=94;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.00946139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.751;QD=7.26553;RBI=0.0279721;REFB=-0.000442929;REVB=-0.0263233;RO=70;SAF=18;SAR=6;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355301;STB=0.716479;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00188803;OID=.;OPOS=205569865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:70:70:24:24:0.255319:6:18:33:37:6:18:33:37 chr1 205570406 . T A 1606.91 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.364;QD=64.2764;RBI=0.0512404;REFB=0;REVB=-0.0177327;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119735;OID=.;OPOS=205570406;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:52:47:0:0:53:47:0:0 chr1 205588637 . C T 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00177566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9655;QD=59.4323;RBI=0.00544544;REFB=0;REVB=0.0051478;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63882e-05;OID=.;OPOS=205588637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr1 205589574 . C T 508.36 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0756693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1707;QD=56.4842;RBI=0.0858962;REFB=-0.0891629;REVB=0.0406487;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51612;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00154457;OID=.;OPOS=205589574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:15:20:0:0:15:20:0:1 chr1 205589761 . C T 284.25 PASS AF=0.304;AO=38;DP=125;FAO=38;FDP=125;FR=.;FRO=87;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=-0.0213053;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.427;QD=9.09611;RBI=0.0283951;REFB=-0.0114414;REVB=-0.0187715;RO=87;SAF=19;SAR=19;SRF=51;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102696;STB=0.559969;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0319517;OID=.;OPOS=205589761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:87:87:38:38:0.304:19:19:51:36:19:19:51:36 chr1 205626995 . C G 556.71 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5528;QD=60.1849;RBI=0.0448271;REFB=0;REVB=-0.0175899;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102867;OID=.;OPOS=205626995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:14:22:0:0:14:23:0:0 chr1 205627101 . AC AA,A 577.9 PASS AF=0,1;AO=4,51;DP=66;FAO=0,66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=0,36;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605491,0.100895;FXX=0.0149231;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=9.68298,11.3623;QD=35.024;RBI=0.0698422,0.101069;REFB=0,0;REVB=-0.0348099,-0.00592823;RO=4;SAF=0,31;SAR=4,20;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.719948,0.0153941;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0136743,0.00257376;OID=.,.;OPOS=205627102,205627102;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,51:66:0,66:66:0:0,36:0,30:0:0:4:4:0,31:4,20:2:2 chr1 205738110 . C T 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00601357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7109;QD=20.5426;RBI=0.041832;REFB=0.00937202;REVB=-0.0413975;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239076;STB=0.634406;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0108276;OID=.;OPOS=205738110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:15:9:16:9:15:9:16:9 chr1 205738166 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.404;QD=62.9825;RBI=0.0179185;REFB=0;REVB=0.0108499;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79197e-05;OID=.;OPOS=205738166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr1 205779231 . G A 684.62 PASS AF=0.621053;AO=59;DP=96;FAO=59;FDP=95;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0259787;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.062;QD=28.826;RBI=0.026614;REFB=-0.0412651;REVB=-0.00578034;RO=36;SAF=29;SAR=30;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833248;STB=0.545245;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0175383;OID=.;OPOS=205779231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:36:36:59:59:0.621053:30:29:22:14:30:29:22:14 chr1 205812912 . A G 91.78 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.049128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.186;QD=18.3557;RBI=0.0495506;REFB=-0.0112312;REVB=0.00645759;RO=9;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100718;STB=0.557281;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00537407;OID=.;OPOS=205812912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:9:2:1:8:9:2:1:8 chr1 205814485 . G A 263.71 PASS AF=0.4;AO=25;DP=77;FAO=30;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0457189;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4216;QD=14.0646;RBI=0.0507546;REFB=-0.0326465;REVB=0.022041;RO=36;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731193;STB=0.534224;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0259123;OID=.;OPOS=205814485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:36:45:25:30:0.4:15:10:12:24:17:13:17:28 chr1 205814497 . T C 1476.19 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124076;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.124;QD=63.4918;RBI=0.0134945;REFB=0;REVB=-0.00530592;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509617;OID=.;OPOS=205814497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:51:42:0:0:51:42:0:0 chr1 205817018 . T C 167.89 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0184574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.936;QD=15.6177;RBI=0.0364916;REFB=-0.0240057;REVB=-0.0314796;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23477;STB=0.634375;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0225539;OID=.;OPOS=205817018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:8:17:8:10:8:17 chr1 205819039 . C T 174.22 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=4;FWDB=-0.0170588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.878;QD=11.6146;RBI=0.0192773;REFB=-0.00761239;REVB=-0.00897847;RO=38;SAF=15;SAR=7;SRF=34;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311509;STB=0.675073;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0128587;OID=.;OPOS=205819039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:7:15:34:4:7:15:34:4 chr1 205819104 . G A 247.35 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=-0.010945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.986;QD=13.7416;RBI=0.0128404;REFB=-0.00178817;REVB=0.00671433;RO=43;SAF=19;SAR=10;SRF=32;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107731;STB=0.561016;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00170767;OID=.;OPOS=205819104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:10:19:32:11:10:19:32:11 chr1 206317568 . G A 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.00747435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.703;QD=17.4902;RBI=0.0306098;REFB=0.00145871;REVB=0.0296832;RO=29;SAF=16;SAR=12;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263662;STB=0.653742;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.000976849;OID=.;OPOS=206317568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:12:16:8:21:12:16:8:22 chr1 206516261 . C T 360.81 PASS AF=0.390909;AO=42;DP=111;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.00106438;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4628;QD=13.1202;RBI=0.0167834;REFB=2.10942e-05;REVB=0.0167496;RO=66;SAF=26;SAR=16;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162606;STB=0.587092;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=6.81174e-05;OID=.;OPOS=206516261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:66:67:42:43:0.390909:16:26:31:35:17:26:31:36 chr1 206566195 . C T 121.77 PASS AF=0.166667;AO=23;DP=138;FAO=23;FDP=138;FR=.;FRO=115;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=51;FSRR=64;FWDB=0.0309881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5283;QD=3.52963;RBI=0.0309957;REFB=0.00455902;REVB=0.000689287;RO=115;SAF=5;SAR=18;SRF=51;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316445;STB=0.710663;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0138778;OID=.;OPOS=206566195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:115:115:23:23:0.166667:18:5:51:64:18:5:51:64 chr1 206566904 . T C 752.4 PASS AF=0.426316;AO=78;DP=186;FAO=81;FDP=190;FR=.;FRO=109;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=-0.0187788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.079;QD=15.8399;RBI=0.0189106;REFB=-0.0143963;REVB=-0.00222938;RO=108;SAF=35;SAR=43;SRF=52;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342228;STB=0.516967;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.021218;OID=.;OPOS=206566904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:190:108:109:78:81:0.426316:43:35:52:56:44:37:53:56 chr1 206603535 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00602399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.976;QD=56.9569;RBI=0.00698653;REFB=0;REVB=0.00353882;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.1873e-06;OID=.;OPOS=206603535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr1 206619591 . C T 159.71 PASS AF=0.244681;AO=23;DP=94;FAO=23;FDP=94;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.0173851;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=329.779;QD=6.79635;RBI=0.0175379;REFB=-0.00707568;REVB=-0.00230999;RO=71;SAF=15;SAR=8;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265297;STB=0.661625;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0235795;OID=.;OPOS=206619591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:71:71:23:23:0.244681:8:15:31:40:8:15:31:40 chr1 206634771 . A G 346.1 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0250771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.338;QD=19.4985;RBI=0.0258378;REFB=-0.0118563;REVB=-0.00622326;RO=35;SAF=14;SAR=22;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366468;STB=0.52038;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0119938;OID=.;OPOS=206634771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:22:14:15:20:22:14:15:20 chr1 206635570 . C T 2244.73 PASS AF=0.966667;AO=145;DP=150;FAO=145;FDP=150;FR=.;FRO=5;FSAF=76;FSAR=69;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0110745;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.955;QD=59.8594;RBI=0.0117177;REFB=-0.0268919;REVB=-0.00382886;RO=2;SAF=76;SAR=69;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000625938;STB=0.509224;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000129364;OID=.;OPOS=206635570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:150:150:2:5:145:145:0.966667:69:76:1:1:69:76:4:1 chr1 206637459 . C T 207.4 PASS AF=0.3;AO=27;DP=90;FAO=27;FDP=90;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0305004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.335;QD=9.21762;RBI=0.037058;REFB=-0.0130351;REVB=-0.0210481;RO=63;SAF=16;SAR=11;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211098;STB=0.6243;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0408485;OID=.;OPOS=206637459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:63:63:27:27:0.3:11:16:26:37:11:16:26:37 chr1 206647742 . A G 1893.65 PASS AF=0.969231;AO=125;DP=130;FAO=126;FDP=130;FR=.;FRO=4;FSAF=65;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.028284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.221;QD=58.2662;RBI=0.0603044;REFB=0.0211784;REVB=-0.0532601;RO=2;SAF=64;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153215;STB=0.515871;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00295159;OID=.;OPOS=206647742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:130:130:2:4:125:126:0.969231:61:64:0:2:61:65:0:4 chr1 206647787 . T C 2274.25 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.104;QD=63.6154;RBI=0.0328263;REFB=0;REVB=0.0325085;RO=0;SAF=71;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47505e-05;OID=.;OPOS=206647787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:72:71:0:0:72:71:0:0 chr1 206651107 . G A 1312.08 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0263269;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.063;QD=61.0272;RBI=0.0524872;REFB=-0.063931;REVB=0.045407;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000243002;OID=.;OPOS=206651107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:86:0:1:85:85:0.988372:43:42:0:0:43:42:1:0 chr1 206665052 . C T 958.07 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0485601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.76;QD=58.0648;RBI=0.050213;REFB=0;REVB=-0.0127773;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102969;OID=.;OPOS=206665052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:42:23:0:0:42:24:0:0 chr1 206665837 . G A 1513.64 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118766;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.1174;QD=63.7321;RBI=0.0409087;REFB=0;REVB=0.0391467;RO=0;SAF=38;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234346;OID=.;OPOS=206665837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:57:38:0:0:57:38:0:0 chr1 206757857 . C A 487.66 PASS AF=0.495238;AO=51;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00226774;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9923;QD=18.5777;RBI=0.00255418;REFB=-0.0042597;REVB=0.00117525;RO=52;SAF=31;SAR=20;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100502;STB=0.564539;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00246703;OID=.;OPOS=206757857;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:53:51:52:0.495238:20:31:26:26:20:32:26:27 chr1 206758077 . T A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3796;QD=46.848;RBI=0.0301156;REFB=0;REVB=0.0121882;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757464;OID=.;OPOS=206758077;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr1 206762216 . C T 149.07 PASS AF=0.34;AO=16;DP=49;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.00712774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.158;QD=11.9255;RBI=0.0084069;REFB=-0.00299933;REVB=0.00445772;RO=31;SAF=5;SAR=11;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394229;STB=0.753083;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00522704;OID=.;OPOS=206762216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:31:33:16:17:0.34:11:5:21:10:12:5:23:10 chr1 206762256 . G A 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00652297;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.441;QD=16.0653;RBI=0.0183477;REFB=-0.000651149;REVB=-0.017149;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137426;STB=0.57886;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00103675;OID=.;OPOS=206762256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:8:10:10:14:8:10:10:14 chr1 206773658 . CA C,CG 1601.12 PASS AF=0.0186916,0.981308;AO=16,44;DP=109;FAO=2,105;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=1,57;FSAR=1,48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403882,0.0402177;FXX=0.0183469;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.692,149.203;QD=59.855;RBI=0.0983731,0.131255;REFB=0,0;REVB=0.0896998,0.124942;RO=0;SAF=3,12;SAR=13,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.78418e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0362707,0.00210804;OID=.,.;OPOS=206773659,206773659;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0186916,0.981308:16,44:109:2,105:107:0:1,57:1,48:0:0:3:0:3,12:13,32:0:0 chr1 206821253 . TA T 59.55 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=34;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.281947;FXX=0.0294031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.6594;QD=7.21806;RBI=0.282411;REFB=-0.0719173;REVB=-0.0161791;RO=21;SAF=0;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.718978;STB=0.892092;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=0.123836;OID=.;OPOS=206821254;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:5:34:11:33:22:1:10:14:8:59:21:0:5:13:8 chr1 207015957 . T C 831.19 PASS AF=0.509091;AO=84;DP=165;FAO=84;FDP=165;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.0118589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6191;QD=20.15;RBI=0.0125344;REFB=0.0221481;REVB=0.00405938;RO=80;SAF=32;SAR=52;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130814;STB=0.569214;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0208079;OID=.;OPOS=207015957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:80:81:84:84:0.509091:52:32:42:38:52:32:42:39 chr1 207110936 . T C 309.47 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0117332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.667;QD=16.0763;RBI=0.0118677;REFB=-0.00496224;REVB=0.00178207;RO=43;SAF=9;SAR=25;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350626;STB=0.698203;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00890609;OID=.;OPOS=207110936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:25:9:26:17:25:9:26:17 chr1 207132345 . A G 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0122385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.904;QD=17.5599;RBI=0.0175102;REFB=-0.0154201;REVB=0.0125231;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112459;STB=0.564032;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0117817;OID=.;OPOS=207132345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:9:9:8:13:9:9:8:13 chr1 207140440 . C T 508.53 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=0.0186356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.431;QD=23.3806;RBI=0.0190969;REFB=-0.00454884;REVB=-0.00417216;RO=38;SAF=16;SAR=32;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905658;STB=0.55355;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00415774;OID=.;OPOS=207140440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:38:39:48:48:0.551724:32:16:9:29:32:16:9:30 chr1 207143422 . A G 166.0 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0296148;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.945;QD=11.4482;RBI=0.0329229;REFB=-0.00561502;REVB=-0.0143832;RO=36;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04444;STB=0.515137;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0147462;OID=.;OPOS=207143422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:37:21:21:0.362069:12:9:14:22:12:9:15:22 chr1 207195779 . A G 353.12 PASS AF=0.903226;AO=26;DP=30;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0491204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2448;QD=45.5638;RBI=0.0910271;REFB=-0.0135694;REVB=0.0766363;RO=4;SAF=9;SAR=17;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105831;STB=0.531996;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00191148;OID=.;OPOS=207195779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:31:4:3:26:28:0.903226:17:9:3:1:18:10:2:1 chr1 207263829 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.016;QD=57.3858;RBI=0.0185562;REFB=0;REVB=0.000689093;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31776e-05;OID=.;OPOS=207263829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr1 207268779 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.323;QD=33.4285;RBI=0.0552705;REFB=0;REVB=0.0304989;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168385;OID=.;OPOS=207268779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr1 207297680 . T C 657.76 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00446915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.844;QD=59.7968;RBI=0.00454038;REFB=-0.0346424;REVB=-0.000801136;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208679;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000137056;OID=.;OPOS=207297680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:22:21:0:1:22:21:0:1 chr1 207304900 . T C 689.64 PASS AF=0.474026;AO=73;DP=154;FAO=73;FDP=154;FR=.;FRO=81;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=0.0128079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.76;QD=17.9127;RBI=0.0222029;REFB=-0.00324803;REVB=0.0181363;RO=81;SAF=36;SAR=37;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345811;STB=0.519133;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00495504;OID=.;OPOS=207304900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:81:81:73:73:0.474026:37:36:37:44:37:36:37:44 chr1 207648554 . C CA 63.34 PASS AF=0.321839;AO=27;DP=97;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0459217;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.5322;QD=2.91239;RBI=0.142922;REFB=-0.0243655;REVB=-0.135344;RO=66;SAF=14;SAR=13;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583494;STB=0.564141;STBP=0.433;TYPE=ins;VARB=-0.0160565;OID=.;OPOS=207648555;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321839:27:97:28:87:59:15:13:26:33:63:66:14:13:31:35 chr1 207653395 . C A 1221.45 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00679915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.583;QD=61.0727;RBI=0.0171408;REFB=0;REVB=0.0157346;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142085;OID=.;OPOS=207653395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:37:42:0:0:38:42:0:0 chr1 207679307 . A G 3628.88 PASS AF=1;AO=230;DP=236;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183938;FXX=0.0254227;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.751;QD=63.1109;RBI=0.0354019;REFB=-0.0553451;REVB=0.0302484;RO=1;SAF=101;SAR=129;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00367996;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50625e-05;OID=.;OPOS=207679307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:236:230:1:0:230:230:1:129:101:0:1:129:101:0:0 chr1 207753621 . A G 2239.18 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160057;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.002;QD=63.5229;RBI=0.0384812;REFB=0;REVB=0.0349946;RO=0;SAF=64;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1266e-05;OID=.;OPOS=207753621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:141:0:0:141:141:1:77:64:0:0:77:64:0:0 chr1 207782916 . A T 1461.54 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00188814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.148;QD=62.193;RBI=0.0220383;REFB=0;REVB=0.0219572;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26631e-05;OID=.;OPOS=207782916;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:94:0:0:87:94:1:47:40:0:0:51:43:0:0 chr1 207782931 . A G 1456.84 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109398;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1867;QD=63.3409;RBI=0.112376;REFB=0;REVB=0.0256995;RO=0;SAF=40;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006732;OID=.;OPOS=207782931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:52:40:0:0:52:40:0:0 chr1 207790088 . C G 2030.52 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0801544;FXX=0.00763301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.06;QD=62.4775;RBI=0.0802401;REFB=0;REVB=0.00370761;RO=0;SAF=51;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13684e-05;OID=.;OPOS=207790088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:130:130:1:79:51:0:0:79:51:0:0 chr1 207795320 . A G 2296.12 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00385083;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.63;QD=63.781;RBI=0.0395373;REFB=0;REVB=0.0393494;RO=0;SAF=75;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13135e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118304;OID=.;OPOS=207795320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:0:0:143:144:1:68:75:0:0:69:75:0:0 chr1 207803936 . G A 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0061259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7314;QD=5.71648;RBI=0.0278598;REFB=0.00990477;REVB=-0.027178;RO=27;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00588784;STB=0.514888;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.00942358;OID=.;OPOS=207803936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:36:27:28:8:8:0.222222:3:5:17:10:3:5:18:10 chr1 207851611 . A G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.531;QD=61.2132;RBI=0.0539439;REFB=0;REVB=0.0352603;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122994;OID=.;OPOS=207851611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:36:43:0:0:36:43:0:0 chr1 207857254 . A G 562.89 PASS AF=0.472;AO=59;DP=124;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.048411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4997;QD=18.0123;RBI=0.0529777;REFB=-0.0173281;REVB=0.0215177;RO=65;SAF=17;SAR=42;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210746;STB=0.614288;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0212536;OID=.;OPOS=207857254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:65:66:59:59:0.472:42:17:32:33:42:17:32:34 chr1 207875116 . GAGA G 89.99 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.000156234;FXX=0.0937207;HRUN=1;LEN=3;MLLD=314.744;QD=12.4128;RBI=0.00837331;REFB=-0.0120797;REVB=0.00837185;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259909;STB=0.620033;STBP=0.328;TYPE=del;VARB=0.0221458;OID=.;OPOS=207875117;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:11:31:11:29:18:4:7:10:8:89:16:4:7:10:6 chr1 207881557 . A G 2438.87 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000743673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.661;QD=61.3553;RBI=0.0173859;REFB=0;REVB=0.01737;RO=0;SAF=85;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35501e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28968e-05;OID=.;OPOS=207881557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:74:85:0:0:74:85:0:0 chr1 207884105 . C A 1630.67 PASS AF=0.99115;AO=110;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0423425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7951;QD=57.7227;RBI=0.0438441;REFB=-0.0175701;REVB=0.0113763;RO=2;SAF=54;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166507;STB=0.504347;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00189546;OID=.;OPOS=207884105;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:113:113:2:1:110:112:0.99115:56:54:0:2:57:55:0:1 chr1 207884107 . G A 1593.39 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00359038;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.558;QD=59.0145;RBI=0.00397062;REFB=0.0409345;REVB=0.00169559;RO=1;SAF=54;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870867;STB=0.504586;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-3.40228e-06;OID=.;OPOS=207884107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:53:54:1:0:53:54:1:0 chr1 207885881 . C T 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00562911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.833;QD=63.4763;RBI=0.0154831;REFB=0;REVB=-0.0144236;RO=0;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.99276e-05;OID=.;OPOS=207885881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:46:48:0:0:46:48:0:0 chr1 207886150 . C T 3140.42 PASS AF=0.99;AO=197;DP=200;FAO=198;FDP=200;FR=.;FRO=2;FSAF=97;FSAR=101;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0205823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.216;QD=62.8084;RBI=0.0210827;REFB=-0.156383;REVB=0.00456588;RO=0;SAF=96;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505102;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=2.1127e-05;OID=.;OPOS=207886150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:200:200:0:2:197:198:0.99:101:96:0:0:101:97:2:0 chr1 207888739 . G T 2434.97 PASS AF=0.98773;AO=160;DP=164;FAO=161;FDP=163;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00767586;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.861;QD=59.7538;RBI=0.0180071;REFB=0.00455037;REVB=-0.0162892;RO=2;SAF=69;SAR=91;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103416;STB=0.505376;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=9.08203e-05;OID=.;OPOS=207888739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:164:163:2:2:160:161:0.98773:91:69:0:2:92:69:0:2 chr1 207941190 . AG A,AT 1030.05 PASS AF=0.0985915,0.901408;AO=19,51;DP=72;FAO=7,64;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=6,40;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321935,0.0352314;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=148.336,157.607;QD=58.031;RBI=0.0404054,0.0352344;REFB=0,0;REVB=-0.0244167,0.000463394;RO=0;SAF=16,29;SAR=3,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0311424,0.004038;OID=.,.;OPOS=207941191,207941191;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0985915,0.901408:19,51:72:7,64:71:0:6,40:1,24:0:0:11:0:16,29:3,22:0:0 chr1 207958976 . C G 530.94 PASS AF=0.39726;AO=57;DP=147;FAO=58;FDP=146;FR=.;FRO=88;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-0.00587919;FXX=0.0201329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.407;QD=14.5462;RBI=0.00698744;REFB=-0.0136435;REVB=0.00377617;RO=89;SAF=25;SAR=32;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966381;STB=0.555457;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0190331;OID=.;OPOS=207958976;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:89:88:57:58:0.39726:32:25:47:42:33:25:46:42 chr1 207975265 . G A 78.04 PASS AF=0.175;AO=14;DP=80;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=0.00314264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.961;QD=3.90177;RBI=0.0151649;REFB=-0.0061572;REVB=-0.0148357;RO=66;SAF=10;SAR=4;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15;STB=0.59985;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0336518;OID=.;OPOS=207975265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:80:80:66:66:14:14:0.175:4:10:40:26:4:10:40:26 chr1 208063067 . G A 138.67 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0167782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2262;QD=19.8104;RBI=0.0530328;REFB=-0.0562688;REVB=-0.0503088;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677684;STB=0.538411;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0491966;OID=.;OPOS=208063067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:5:8:8:7:5:8 chr1 208390155 . C T 164.23 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.00646716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.512;QD=9.38442;RBI=0.0114479;REFB=-0.00772134;REVB=-0.00944621;RO=47;SAF=5;SAR=17;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107111;STB=0.576197;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0170156;OID=.;OPOS=208390155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:48:22:22:0.314286:17:5:14:33:17:5:15:33 chr1 208390162 . T C 176.03 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.00246651;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.402;QD=10.059;RBI=0.00348338;REFB=-0.00829193;REVB=0.00245972;RO=46;SAF=4;SAR=19;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240464;STB=0.638802;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0171312;OID=.;OPOS=208390162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:46:47:23:23:0.328571:19:4:15:31:19:4:15:32 chr1 208391098 . T C 504.09 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=12;FWDB=-0.0468858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.678;QD=20.1635;RBI=0.0476944;REFB=-0.00647836;REVB=0.00874505;RO=51;SAF=30;SAR=19;SRF=39;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15424;STB=0.584974;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00420158;OID=.;OPOS=208391098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:49:49:0.49:19:30:39:12:19:30:39:12 chr1 209782343 . A G 417.37 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0195486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.661;QD=14.2691;RBI=0.0206629;REFB=-0.00178194;REVB=0.00669383;RO=69;SAF=26;SAR=22;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00572045;STB=0.503224;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00239962;OID=.;OPOS=209782343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:69:69:48:48:0.410256:22:26:37:32:22:26:37:32 chr1 209799253 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4691;QD=59.8378;RBI=0.00522897;REFB=0;REVB=-0.00175195;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39813e-05;OID=.;OPOS=209799253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:10:26:0:0:10:26:0:0 chr1 209800230 . C T 1585.02 PASS AF=0.918033;AO=112;DP=122;FAO=112;FDP=122;FR=.;FRO=10;FSAF=73;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.00631119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.809;QD=51.968;RBI=0.0310787;REFB=-0.138036;REVB=0.0304312;RO=10;SAF=73;SAR=39;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107401;STB=0.556808;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00202187;OID=.;OPOS=209800230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:122:122:10:10:112:112:0.918033:39:73:0:10:39:73:0:10 chr1 209801519 . C T 375.73 PASS AF=0.964286;AO=25;DP=30;FAO=27;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.024604;FXX=0.0666445;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.99;QD=53.6761;RBI=0.0471042;REFB=-0.140197;REVB=0.0401678;RO=1;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026521;STB=0.512811;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00279528;OID=.;OPOS=209801519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:28:1:1:25:27:0.964286:17:8:0:1:19:8:0:1 chr1 209806005 . TC T 71.57 PASS AF=0.222222;AO=27;DP=127;FAO=28;FDP=126;FR=.;FRO=98;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=57;FSRR=41;FWDB=0.0521795;FXX=0.0078734;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.9077;QD=2.27216;RBI=0.0987176;REFB=0.00605049;REVB=0.0838001;RO=94;SAF=18;SAR=9;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136685;STB=0.550323;STBP=0.586;TYPE=del;VARB=-0.0183813;OID=.;OPOS=209806006;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222:27:127:28:126:98:18:10:57:41:71:94:18:9:53:41 chr1 209823354 . G A 247.66 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0122256;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2908;QD=18.0116;RBI=0.0253717;REFB=0.0117768;REVB=0.0222319;RO=28;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137136;STB=0.507687;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.0115471;OID=.;OPOS=209823354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:16:11:11:17:16:11:11:17 chr1 209849399 . AG A 270.8 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0108619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.37;QD=24.0712;RBI=0.0423259;REFB=-0.0263476;REVB=0.0409085;RO=26;SAF=16;SAR=9;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524178;STB=0.596082;STBP=0.208;TYPE=del;VARB=0.0129233;OID=.;OPOS=209849400;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:25:52:25:45:20:15:10:16:4:99:26:16:9:18:8 chr1 209849406 . T G 271.99 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00911853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.416;QD=19.4275;RBI=0.0292585;REFB=-0.0622801;REVB=-0.0278013;RO=25;SAF=19;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023074;STB=0.506152;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0193431;OID=.;OPOS=209849406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:25:27:29:29:0.517857:10:19:17:8:10:19:18:9 chr1 209933540 . A G 329.69 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00896955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.158;QD=20.9325;RBI=0.0278204;REFB=-0.00784199;REVB=-0.0263348;RO=29;SAF=23;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112848;STB=0.562653;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00956707;OID=.;OPOS=209933540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:11:23:16:13:11:23:16:13 chr1 209936466 . A G 193.99 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0231914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.1189;QD=16.8688;RBI=0.0329481;REFB=-0.0197533;REVB=0.0234038;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658443;STB=0.537574;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.025876;OID=.;OPOS=209936466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:9:11:16:10:9:11:16:10 chr1 209936673 . C G 281.89 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0209813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.505;QD=14.6437;RBI=0.0235043;REFB=0.00241666;REVB=0.0105943;RO=44;SAF=21;SAR=11;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223219;STB=0.507605;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.014147;OID=.;OPOS=209936673;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:45:32:32:0.415584:11:21:28:16:11:21:29:16 chr1 209936914 . C T 497.35 PASS AF=0.5;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0246776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4789;QD=19.1287;RBI=0.0443503;REFB=-0.0343539;REVB=-0.0368506;RO=52;SAF=25;SAR=27;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104057;STB=0.5575;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0344922;OID=.;OPOS=209936914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:52:52:52:0.5:27:25:31:21:27:25:31:21 chr1 210337043 . A G 201.68 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9293;QD=44.8185;RBI=0.170411;REFB=-0.067273;REVB=0.104546;RO=1;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703222;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00766491;OID=.;OPOS=210337043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:18:18:1:0:17:18:1:6:11:0:1:7:11:0:0 chr1 210407031 . G T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00270797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.397;QD=62.9825;RBI=0.0611231;REFB=0;REVB=0.0610631;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022826;OID=.;OPOS=210407031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr1 210547505 . C G 523.85 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.000346369;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.432;QD=19.9562;RBI=0.0130297;REFB=-0.00710835;REVB=0.0130251;RO=51;SAF=32;SAR=22;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915268;STB=0.550519;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00651164;OID=.;OPOS=210547505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:54:54:0.514286:22:32:25:26:22:32:25:26 chr1 210547517 . C T 540.11 PASS AF=0.5;AO=53;DP=110;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.000991893;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.561;QD=19.2896;RBI=0.00447141;REFB=-0.00988967;REVB=0.00436;RO=56;SAF=33;SAR=20;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100343;STB=0.545855;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0148295;OID=.;OPOS=210547517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:56:56:53:56:0.5:20:33:29:27:22:34:29:27 chr1 210577873 . G C 475.54 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.016828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.245;QD=19.2139;RBI=0.0627581;REFB=-0.00841409;REVB=-0.0604598;RO=52;SAF=25;SAR=22;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301778;STB=0.516789;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00917689;OID=.;OPOS=210577873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:52:52:47:47:0.474747:22:25:26:26:22:25:26:26 chr1 210577884 . G A 490.88 PASS AF=0.484848;AO=47;DP=98;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0154352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.313;QD=19.8335;RBI=0.0157207;REFB=-0.0020578;REVB=0.00298237;RO=49;SAF=23;SAR=24;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000399469;STB=0.505048;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00232274;OID=.;OPOS=210577884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:49:51:47:48:0.484848:24:23:24:25:24:24:26:25 chr1 210804354 . A AT,T 35.99 PASS AF=0.22807,0;AO=20,8;DP=59;FAO=13,0;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=8,0;FSAR=5,0;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.102734,-0.00456949;FXX=0.0172384;HRUN=8,1;LEN=1,1;MLLD=6.75544,242.731;QD=2.52534;RBI=0.222528,0.0182107;REFB=-0.12282,0.00158545;REVB=-0.197395,-0.0176281;RO=26;SAF=7,1;SAR=13,7;SRF=21;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.430193,-0.702332;STB=0.623467,0.5;STBP=0.349,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0856144,0;OID=.,.;OPOS=210804355,210804354;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:59:57:26:44:20,8:13,0:0.22807,0:13,7:7,1:21:5:5,0:8,0:20:24 chr1 210804399 . T G 205.21 PASS AF=0.287234;AO=27;DP=94;FAO=27;FDP=94;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0098543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.6;QD=8.73218;RBI=0.0188301;REFB=-0.00637027;REVB=0.0160457;RO=66;SAF=13;SAR=14;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945082;STB=0.550277;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0144909;OID=.;OPOS=210804399;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:66:67:27:27:0.287234:14:13:37:29:14:13:37:30 chr1 210857457 . A G 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.235;QD=51.18;RBI=0.0267791;REFB=0;REVB=0.0189155;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.50933e-08;OID=.;OPOS=210857457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr1 211256167 . G A 169.49 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0031223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.992;QD=13.0376;RBI=0.0204126;REFB=-0.00105274;REVB=0.0201724;RO=32;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172695;STB=0.5999;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0031984;OID=.;OPOS=211256167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:8:12:14:18:8:12:14:18 chr1 211447625 . G A 2227.63 PASS AF=0.986755;AO=148;DP=151;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=84;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0181567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0236;QD=59.0102;RBI=0.0409928;REFB=-0.0872959;REVB=-0.0367525;RO=2;SAF=64;SAR=84;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146286;STB=0.507575;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00090963;OID=.;OPOS=211447625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:151:151:2:2:148:149:0.986755:84:64:2:0:84:65:2:0 chr1 211836789 . T C 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0172067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.342;QD=16.1065;RBI=0.0173284;REFB=-0.0170866;REVB=0.00204955;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106282;STB=0.560905;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0196574;OID=.;OPOS=211836789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:9:8:8:14:9:8:8:14 chr1 211846876 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00556984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.868;QD=60.3765;RBI=0.00614753;REFB=0;REVB=0.00260175;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79612e-05;OID=.;OPOS=211846876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:28:46:0:0:28:46:0:0 chr1 211919335 . CA CAA,C 33.19 PASS AF=0,0.413793;AO=3,8;DP=29;FAO=0,12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=0,9;FSAR=0,3;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0504784,-0.0690978;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.78205,7.63657;QD=4.57853;RBI=0.282367,0.259642;REFB=0.0298994,-0.065198;REVB=-0.277819,0.250278;RO=16;SAF=1,6;SAR=2,2;SRF=12;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.44165,3.72236e-08;STB=0.5,0.533276;STBP=1,0.823;TYPE=ins,del;VARB=-0.00676636,0.142001;OID=.,.;OPOS=211919336,211919336;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=CAA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.413793:3,8:29:0,12:29:17:0,9:0,3:12:5:34:16:1,6:2,2:12:4 chr1 211922603 . G A 436.9 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0156897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.975;QD=18.7913;RBI=0.0265944;REFB=-0.0143993;REVB=-0.0214732;RO=49;SAF=29;SAR=15;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258962;STB=0.644378;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0130269;OID=.;OPOS=211922603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:15:29:19:30:15:29:19:30 chr1 212154489 . G A 471.65 PASS AF=0.522727;AO=45;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00673673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.938;QD=21.4387;RBI=0.00719664;REFB=-0.00905738;REVB=0.0025314;RO=42;SAF=19;SAR=26;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130482;STB=0.57586;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00856467;OID=.;OPOS=212154489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:45:46:0.522727:26:19:24:18:27:19:24:18 chr1 212273639 . C T 1157.65 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237694;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.169;QD=60.9291;RBI=0.0240781;REFB=0;REVB=-0.00384333;RO=0;SAF=49;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7229e-05;OID=.;OPOS=212273639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:27:49:0:0:27:49:0:0 chr1 212274413 . A C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.417;QD=57.1062;RBI=0.061758;REFB=0;REVB=-0.00080665;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3302e-05;OID=.;OPOS=212274413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr1 212515613 . C T 243.46 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.059275;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.353;QD=17.0847;RBI=0.0601418;REFB=0.0182266;REVB=-0.010174;RO=31;SAF=11;SAR=16;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16427;STB=0.584031;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.0262902;OID=.;OPOS=212515613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:31:30:27:27:0.473684:16:11:18:13:16:11:17:13 chr1 212526288 . C T 1639.5 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.158;QD=60.165;RBI=0.0172586;REFB=0;REVB=-0.00407542;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32182e-05;OID=.;OPOS=212526288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:106:109:1:60:46:0:0:61:48:0:0 chr1 212534377 . T A 289.7 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=4;FWDB=0.00994439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.14;QD=18.9969;RBI=0.0120607;REFB=-0.0326728;REVB=0.00682428;RO=30;SAF=22;SAR=9;SRF=26;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184542;STB=0.601613;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0356522;OID=.;OPOS=212534377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:9:22:26:4:9:22:26:4 chr1 212534448 . T C 331.32 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0471124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7871;QD=18.6661;RBI=0.0597517;REFB=-0.00919595;REVB=0.0367518;RO=35;SAF=27;SAR=8;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132837;STB=0.569578;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0091309;OID=.;OPOS=212534448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:36:35:35:0.492958:8:27:23:12:8:27:24:12 chr1 212560327 . A G 487.6 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0962697;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.4385;QD=59.1026;RBI=0.119856;REFB=0;REVB=-0.0713973;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00331253;OID=.;OPOS=212560327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr1 212619339 . T C 575.72 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.017;QD=60.6021;RBI=0.0309003;REFB=0;REVB=0.0246581;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188607;OID=.;OPOS=212619339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr1 212788567 . C T 322.87 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00103832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7856;QD=19.2757;RBI=0.0148951;REFB=0.0126842;REVB=0.0148589;RO=33;SAF=18;SAR=16;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119472;STB=0.566395;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.0101053;OID=.;OPOS=212788567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:16:18:13:20:16:18:13:20 chr1 212798601 . C A 199.43 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00802745;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.049;QD=18.9934;RBI=0.0215216;REFB=0.00553784;REVB=-0.0199685;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185001;STB=0.618935;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00495;OID=.;OPOS=212798601;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:23:22:20:20:0.47619:10:10:7:16:10:10:6:16 chr1 212799870 . A G 1299.98 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6659;QD=61.9039;RBI=0.0577753;REFB=0;REVB=-0.0546613;RO=0;SAF=52;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000590829;OID=.;OPOS=212799870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:32:52:0:0:32:52:0:0 chr1 212799949 . C T 344.11 PASS AF=0.45679;AO=36;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0118627;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.725;QD=16.993;RBI=0.0118646;REFB=-0.0251658;REVB=0.000209256;RO=44;SAF=25;SAR=11;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181495;STB=0.588815;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0272809;OID=.;OPOS=212799949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:36:37:0.45679:11:25:23:21:12:25:23:21 chr1 212900487 . A G 431.35 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00520283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.922;QD=25.7524;RBI=0.00972567;REFB=-0.0249631;REVB=0.00821701;RO=26;SAF=20;SAR=21;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904099;STB=0.549395;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.017441;OID=.;OPOS=212900487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:26:41:41:0.61194:21:20:16:10:21:20:16:10 chr1 213009469 . A G 310.16 PASS AF=0.627907;AO=26;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0192901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.709;QD=28.8521;RBI=0.0245963;REFB=-0.00183751;REVB=0.01526;RO=16;SAF=4;SAR=22;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486741;STB=0.741866;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000492131;OID=.;OPOS=213009469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:26:27:0.627907:22:4:12:4:22:5:12:4 chr1 213031948 . G C 108.37 PASS AF=0.482759;AO=10;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0826851;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.3494;QD=14.9476;RBI=0.0828407;REFB=-0.0398965;REVB=0.00507467;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185184;STB=0.595095;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00902914;OID=.;OPOS=213031948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:29:29:10:13:10:14:0.482759:7:3:5:5:10:4:6:7 chr1 213068595 . C T 128.26 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00723452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.313;QD=12.2157;RBI=0.0105473;REFB=-0.000139942;REVB=0.00767508;RO=27;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049783;STB=0.529372;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.000336813;OID=.;OPOS=213068595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:6:9:15:12:6:9:15:12 chr1 214171210 . CA C 172.66 PASS AF=0.340278;AO=53;DP=144;FAO=49;FDP=144;FR=.;FRO=95;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=56;FSRR=39;FWDB=-0.145281;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.0101;QD=4.79622;RBI=0.149495;REFB=0.00620422;REVB=-0.0352442;RO=85;SAF=33;SAR=20;SRF=49;SRR=36;SSEN=0.326923;SSEP=0;SSSB=0.0525286;STB=0.515702;STBP=0.791;TYPE=del;VARB=-0.032369;OID=.;OPOS=214171211;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340278:53:144:49:144:95:30:19:56:39:99:85:33:20:49:36 chr1 214492286 . G A 458.59 PASS AF=0.614286;AO=44;DP=70;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0862262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2433;QD=26.2049;RBI=0.0884936;REFB=0.0399727;REVB=0.0199038;RO=25;SAF=21;SAR=23;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549863;STB=0.549049;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.022686;OID=.;OPOS=214492286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:25:27:44:43:0.614286:23:21:14:11:23:20:16:11 chr1 214542819 . T C 209.81 PASS AF=0.436364;AO=23;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0162293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1432;QD=15.2588;RBI=0.0221785;REFB=-0.0164159;REVB=-0.0151161;RO=30;SAF=16;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238839;STB=0.635654;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0128271;OID=.;OPOS=214542819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:31:23:24:0.436364:7:16:14:16:7:17:15:16 chr1 214557048 . GCCT GCCC,G 57.86 PASS AF=0.0588235,0.205882;AO=2,7;DP=33;FAO=2,7;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=0,2;FSAR=2,5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0389039,0.0234784;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,3;MLLD=202.668,177.246;QD=6.80748;RBI=0.0410162,0.0244608;REFB=-0.0151618,-0.0260809;REVB=-0.012993,-0.00686267;RO=22;SAF=0,2;SAR=2,5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0,0.384121;SSEP=0,0;SSSB=-0.498236,-0.259708;STB=0.994493,0.659901;STBP=0.175,0.362;TYPE=snp,del;VARB=0.0406282,0.0557876;OID=.,.;OPOS=214557051,214557049;OREF=T,CCT;OALT=C,-;OMAPALT=GCCC,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0588235,0.205882:2,7:33:2,7:34:25:0,2:2,5:12:13:44:22:0,2:2,5:11:11 chr1 214564340 . T C 446.17 PASS AF=0.565789;AO=42;DP=75;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0142731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.61;QD=23.4826;RBI=0.0158094;REFB=-0.0170087;REVB=-0.00679826;RO=33;SAF=21;SAR=21;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606097;STB=0.527884;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0139155;OID=.;OPOS=214564340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:33:33:42:43:0.565789:21:21:14:19:22:21:14:19 chr1 214826196 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.924;QD=58.1418;RBI=0.0317627;REFB=0;REVB=0.0297187;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129283;OID=.;OPOS=214826196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr1 214830617 . A G 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.129;QD=57.235;RBI=0.0286093;REFB=0;REVB=0.0280885;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26981e-05;OID=.;OPOS=214830617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr1 214837110 . C G 796.68 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.335;QD=63.7341;RBI=0.0240551;REFB=0;REVB=0.00276906;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331855;OID=.;OPOS=214837110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:22:27:0:0:22:28:0:0 chr1 215256779 . GACCCCCCCT CGACCCCCCT,GACCCCCCT,GACCCCCCTC,GCACCCCCCT 74.64 PASS AF=0,0.489796,0.0204082,0.0408163;AO=3,19,3,2;DP=51;FAO=0,24,1,2;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=0,7,1,0;FSAR=0,17,0,2;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00740263,0.0795614,0.0364762,-0.00327892;FXX=0.039208;HRUN=1,7,7,1;LEN=3,1,2,2;MLLD=58.3209,8.28538,20.559,93.9052;QD=6.09272;RBI=0.0899454,0.150976,0.122962,0.0674137;REFB=-0.0232799,-0.172253,-0.109756,-0.0195379;REVB=-0.0896402,-0.128311,-0.117428,-0.0673339;RO=15;SAF=0,4,3,0;SAR=3,15,0,2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.61006,-0.250278,0.632481,-0.528044;STB=0.5,0.587322,0.99059,0.994219;STBP=1,0.246,0.294,0.188;TYPE=mnp,del,mnp,mnp;VARB=0,0.121264,0.132899,0.0390446;OID=.,.,.,.;OPOS=215256779,215256781,215256787,215256780;OREF=GAC,C,CT,AC;OALT=CGA,-,TC,CA;OMAPALT=CGACCCCCCT,GACCCCCCT,GACCCCCCTC,GCACCCCCCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:62:51:49:15:22:3,19,3,2:0,24,1,2:0,0.489796,0.0204082,0.0408163:3,15,0,2:0,4,3,0:7:8:0,17,0,2:0,7,1,0:10:12 chr1 215741052 . CT CG,C 53.39 PASS AF=0.555556,0.222222;AO=5,2;DP=10;FAO=5,2;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4,0;FSAR=1,2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00518698,-0.108629;FXX=0.0999001;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=184.926,20.1827;QD=23.7286;RBI=0.00917433,0.163749;REFB=-0.00847291,-0.142028;REVB=0.00756727,0.122529;RO=2;SAF=4,0;SAR=1,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.190062,-0.639851;STB=0.614874,0.992443;STBP=0.589,0.326;TYPE=snp,del;VARB=0.00413051,0.13602;OID=.,.;OPOS=215741053,215741053;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=CG,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.555556,0.222222:5,2:10:5,2:9:2:4,0:1,2:1:1:14:2:4,0:1,2:1:1 chr1 215793834 . G A 431.02 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0278171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.944;QD=17.5925;RBI=0.0484295;REFB=-0.000104177;REVB=0.0396437;RO=54;SAF=18;SAR=26;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108829;STB=0.560948;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000204008;OID=.;OPOS=215793834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:44:44:0.44898:26:18:28:26:26:18:28:26 chr1 215848062 . C T 454.0 PASS AF=0.469388;AO=45;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0181038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4464;QD=18.5307;RBI=0.0313569;REFB=-0.03731;REVB=-0.025603;RO=52;SAF=26;SAR=19;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570356;STB=0.536569;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0412556;OID=.;OPOS=215848062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:45:46:0.469388:19:26:27:25:19:27:27:25 chr1 215848641 . T C 650.25 PASS AF=0.542373;AO=64;DP=118;FAO=64;FDP=118;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0338734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.535;QD=22.0423;RBI=0.0340567;REFB=-0.012728;REVB=-0.00352865;RO=54;SAF=30;SAR=34;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087752;STB=0.548082;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00704909;OID=.;OPOS=215848641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:54:54:64:64:0.542373:34:30:31:23:34:30:31:23 chr1 215960167 . T G 381.28 PASS AF=0.394737;AO=45;DP=114;FAO=45;FDP=114;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.00587395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.531;QD=13.3782;RBI=0.011996;REFB=-0.0141843;REVB=-0.0104595;RO=69;SAF=22;SAR=23;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891321;STB=0.550408;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0160597;OID=.;OPOS=215960167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:69:69:45:45:0.394737:23:22:28:41:23:22:28:41 chr1 216172380 . A G 160.84 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00657712;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.005;QD=10.3767;RBI=0.00883061;REFB=0.000664198;REVB=0.00589246;RO=37;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640825;STB=0.523342;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.00103115;OID=.;OPOS=216172380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:37:41:21:21:0.33871:12:9:18:19:12:9:19:22 chr1 216348764 . C T 2349.57 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0696523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0707;QD=63.9338;RBI=0.0779419;REFB=0;REVB=-0.0349785;RO=0;SAF=71;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000379718;OID=.;OPOS=216348764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:76:71:0:0:76:71:0:0 chr1 216592003 . T C 2085.44 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000243528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.506;QD=62.2521;RBI=0.0180097;REFB=0;REVB=0.018008;RO=0;SAF=54;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33451e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92133e-05;OID=.;OPOS=216592003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:134:0:0:127:134:1:73:54:0:0:79:55:0:0 chr1 216595306 . C T 1522.26 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.654;QD=59.6964;RBI=0.0149424;REFB=0;REVB=0.000156414;RO=0;SAF=41;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97076e-05;OID=.;OPOS=216595306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:60:41:0:0:60:42:0:0 chr1 217947738 . G A 2141.06 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.234;QD=62.9724;RBI=0.0204632;REFB=0;REVB=0.018903;RO=0;SAF=65;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.83182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24795e-05;OID=.;OPOS=217947738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:136:0:0:132:136:1:67:65:0:0:71:65:0:0 chr1 218578685 . T TTTG 90.6 PASS AF=0.5;AO=9;DP=52;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0184542;FXX=0.230681;HRUN=3;LEN=3;MLLD=168.41;QD=18.1193;RBI=0.0473669;REFB=-0.0724077;REVB=0.0436242;RO=41;SAF=4;SAR=5;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00671927;STB=0.5998;STBP=0.41;TYPE=ins;VARB=0.0616598;OID=.;OPOS=218578686;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=TTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:9:52:10:20:10:4:6:6:4:76:41:4:5:18:23 chr1 218683528 . A G 523.42 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=0.0138974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.04;QD=18.6934;RBI=0.0363682;REFB=-0.00974323;REVB=0.0336081;RO=57;SAF=18;SAR=37;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120463;STB=0.506664;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0103645;OID=.;OPOS=218683528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:57:57:55:55:0.491071:37:18:18:39:37:18:18:39 chr1 219383866 . G GC 857.34 PASS AF=1;AO=15;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0910942;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=129.83;QD=56.2193;RBI=0.109098;REFB=0;REVB=0.0600346;RO=46;SAF=0;SAR=15;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.815242;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000697649;OID=.;OPOS=219383867;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:61:61:61:0:32:29:0:0:5:46:0:15:32:14 chr1 219383867 . T C 637.84 PASS AF=0.951613;AO=44;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00945807;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=150.529;QD=41.1508;RBI=0.151186;REFB=-0.211134;REVB=0.15089;RO=16;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336633;STB=0.507656;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0035821;OID=.;OPOS=219383867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:62:62:16:3:44:59:0.951613:14:30:0:16:29:30:2:1 chr1 219383905 . A G 1101.96 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00915461;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.969;QD=60.3812;RBI=0.0101507;REFB=0;REVB=0.00438524;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59993e-05;OID=.;OPOS=219383905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr1 220136115 . A G 1127.85 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286526;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8525;QD=60.1519;RBI=0.0479584;REFB=0;REVB=0.0384582;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164951;OID=.;OPOS=220136115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:73:75:1:38:35:0:0:40:35:0:0 chr1 220197625 . G T 1320.88 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1531;QD=62.1591;RBI=0.0396719;REFB=0;REVB=0.0306164;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5987e-05;OID=.;OPOS=220197625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:36:49:0:0:36:49:0:0 chr1 220239448 . T C 274.06 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0574522;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=123.725;QD=15.2256;RBI=0.0584242;REFB=-0.0196049;REVB=0.010613;RO=39;SAF=19;SAR=12;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1264;STB=0.572555;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0222554;OID=.;OPOS=220239448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:39:41:31:31:0.430556:12:19:19:20:12:19:20:21 chr1 220366647 . G C 225.21 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00210363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.399;QD=15.2681;RBI=0.0205709;REFB=-0.00114738;REVB=-0.0204631;RO=32;SAF=16;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115021;STB=0.57441;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00121812;OID=.;OPOS=220366647;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:10:16:16:16:10:16:16:17 chr1 220578893 . AACACACACACACACACACACACACACAC AACACACACACACACACACACACA,AACACACACACACACACACACACACAC,AACACACACACACACACACACACAC 326.42 PASS AF=0.08,0.52,0.4;AO=4,5,6;DP=29;FAO=2,13,10;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=2,7,5;FSAR=0,6,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402483,0.0375914,-0.0390802;FXX=0.193486;HRUN=1,1,1;LEN=5,2,4;MLLD=100.447,85.0772,102.045;QD=52.2272;RBI=0.0412011,0.0584994,0.0441809;REFB=-0.0541495,-0.158493,-0.0663016;REVB=-0.00880938,0.0448226,-0.020608;RO=0;SAF=4,1,3;SAR=0,4,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.04268,0.0398626,0.0671564;OID=.,.,.;OPOS=220578917,220578894,220578894;OREF=CACAC,AC,ACAC;OALT=-,-,-;OMAPALT=AACACACACACACACACACACACA,AACACACACACACACACACACACACAC,AACACACACACACACACACACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.08,0.52,0.4:4,5,6:29:2,13,10:25:0:2,7,5:0,6,5:0:0:70:0:4,1,3:0,4,3:0:0 chr1 220603314 . AGAGAGAGAGA TGAGAGAGAGA,TGAGAGAGAGG 127.58 PASS AF=0.125,0.8125;AO=2,6;DP=16;FAO=2,13;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=1,1;FSAR=1,12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.16585,0.109533;FXX=0.111049;HRUN=1,1;LEN=1,11;MLLD=36.4405,104.262;QD=31.8946;RBI=0.179209,0.137303;REFB=-0.120311,-0.0763304;REVB=0.0678962,0.0827925;RO=0;SAF=1,0;SAR=1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.665164,0.666346;STBP=0.662,0.057;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0880161,0.0430493;OID=.,.;OPOS=220603314,220603314;OREF=A,AGAGAGAGAGA;OALT=T,TGAGAGAGAGG;OMAPALT=TGAGAGAGAGA,TGAGAGAGAGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:16:16:0:1:2,6:2,13:0.125,0.8125:1,6:1,0:0:0:1,12:1,1:1:0 chr1 220607685 . G A 1008.54 PASS AF=1;AO=60;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0690028;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0018;QD=59.326;RBI=0.123426;REFB=0;REVB=-0.102336;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136026;OID=.;OPOS=220607685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:60:68:1:32:28:0:0:37:31:0:0 chr1 220789355 . ATTTTTTTA AATTTTTTA,ATTTTTA,ATTTTTAAA,ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTAA 483.64 PASS AF=0,0.508197,0,0,0.409836,0.0819672;AO=4,14,3,8,7,9;DP=68;FAO=0,31,0,0,25,5;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9,0,0,8,1;FSAR=0,22,0,0,17,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00500548,-0.00652508,-0.00643121,-0.0114462,-0.0135047,-0.011069;FXX=0.031741;HRUN=7,7,7,7,7,7;LEN=1,2,2,2,1,1;MLLD=7.1185,14.2531,13.0711,7.98477,9.48711,7.234;QD=31.7141;RBI=0.189858,0.0931119,0.0374043,0.266323,0.185307,0.0645199;REFB=0.0285584,0.00650482,0.0552287,-0.0459649,0.0038298,0.0418921;REVB=-0.189792,-0.092883,0.0368472,-0.266077,-0.184814,0.0635633;RO=2;SAF=0,4,3,2,3,5;SAR=4,10,0,6,4,4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=0,0.08263,0.74993,0.12621,0.174483,0.176689;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=snp,del,mnp,del,del,snp;VARB=0.0159017,0.0069984,0.0611521,-0.0232713,0.00982126,-0.0787743;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=220789356,220789356,220789361,220789362,220789356,220789362;OREF=T,TT,TT,TA,T,T;OALT=A,-,AA,-,-,A;OMAPALT=AATTTTTTA,ATTTTTA,ATTTTTAAA,ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/5:0,0.508197,0,0,0.409836,0.0819672:4,14,3,8,7,9:68:0,31,0,0,25,5:61:0:0,9,0,0,8,1:0,22,0,0,17,4:0:0:67:2:0,4,3,2,3,5:4,10,0,6,4,4:0:2 chr1 220970028 . A C,G 1528.6 PASS AF=0.0510204,0.94898;AO=4,93;DP=97;FAO=5,93;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=5,38;FSAR=0,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116048,0.0249439;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.891,81.7903;QD=62.3919;RBI=0.0204606,0.0374213;REFB=0,0;REVB=0.0168513,0.0278954;RO=0;SAF=4,38;SAR=0,55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.99896e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.250719,-0.00172194;OID=.,.;OPOS=220970028,220970028;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:97:98:0:0:4,93:5,93:0.0510204,0.94898:0,55:4,38:0:0:0,55:5,38:0:0 chr1 221053545 . T C 119.98 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0358242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.926;QD=15.4815;RBI=0.0361297;REFB=-0.0337209;REVB=-0.00468886;RO=17;SAF=1;SAR=12;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411762;STB=0.636139;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0362243;OID=.;OPOS=221053545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:13:14:0.451613:12:1:5:12:12:2:5:12 chr1 221055684 . C T 42.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00630825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.578;QD=4.85446;RBI=0.0156707;REFB=-0.00645642;REVB=-0.014345;RO=28;SAF=1;SAR=6;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369861;STB=0.75704;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0125301;OID=.;OPOS=221055684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:6:1:11:17:6:1:11:17 chr1 221509332 . G A 555.24 PASS AF=0.544554;AO=54;DP=100;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00688002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.233;QD=21.9895;RBI=0.0266464;REFB=-0.0177024;REVB=0.0257428;RO=46;SAF=35;SAR=19;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741302;STB=0.543748;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0164141;OID=.;OPOS=221509332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:46:46:54:55:0.544554:19:35:26:20:19:36:26:20 chr1 221912361 . T C,G 677.08 PASS AF=0.960784,0.0196078;AO=48,2;DP=51;FAO=49,1;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=29,0;FSAR=20,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.016096,-0.0191254;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=155.704,16.3416;QD=53.1046;RBI=0.0193483,0.0701651;REFB=0.0433053,0.0522533;REVB=0.0107367,-0.0675083;RO=1;SAF=29,0;SAR=19,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0159482,-0.697199;STB=0.508471,0.989913;STBP=0.527,0.496;TYPE=snp,snp;VARB=0.000512961,0.0983977;OID=.,.;OPOS=221912361,221912361;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:51:51:1:1:48,2:49,1:0.960784,0.0196078:19,2:29,0:1:0:20,1:29,0:1:0 chr1 221912808 . T C 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.014837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=341.763;QD=21.6305;RBI=0.0181709;REFB=-0.01379;REVB=-0.0104902;RO=24;SAF=16;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060143;STB=0.533311;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0115188;OID=.;OPOS=221912808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:14:16:11:13:14:16:11:13 chr1 222649341 . A C 816.96 PASS AF=1;AO=37;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3658;QD=65.3568;RBI=0.248284;REFB=0;REVB=0.246777;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254584;OID=.;OPOS=222649341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:37:50:1:21:16:0:0:34:16:0:0 chr1 222649491 . C G 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.131726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9;QD=13.2053;RBI=0.140072;REFB=0.0275144;REVB=-0.0476291;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345446;STB=0.713468;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0296383;OID=.;OPOS=222649491;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:5:1:3:3:5:1:3:3 chr1 222696021 . C T 266.55 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0109085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8723;QD=15.9133;RBI=0.0200821;REFB=0.021026;REVB=-0.0168611;RO=37;SAF=17;SAR=13;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139093;STB=0.578027;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0233666;OID=.;OPOS=222696021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:13:17:26:11:13:17:26:11 chr1 222713503 . C G 564.66 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00334417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.933;QD=24.2863;RBI=0.00365872;REFB=-0.0449244;REVB=0.00148417;RO=41;SAF=31;SAR=21;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165833;STB=0.590931;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0259143;OID=.;OPOS=222713503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:41:52:52:0.55914:21:31:16:25:21:31:16:25 chr1 222713631 . G C 526.71 PASS AF=0.569767;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.033031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8205;QD=24.4982;RBI=0.0381534;REFB=-0.0113889;REVB=-0.0190954;RO=35;SAF=32;SAR=17;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204233;STB=0.52728;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00907779;OID=.;OPOS=222713631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:35:37:49:49:0.569767:17:32:22:13:17:32:22:15 chr1 222721288 . C T 31.24 PASS AF=0.384615;AO=5;DP=14;FAO=5;FDP=13;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0300424;FXX=0.0713776;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.643;QD=9.61334;RBI=0.0354832;REFB=-0.00355019;REVB=0.0188815;RO=8;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987559;STB=0.562247;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00716279;OID=.;OPOS=222721288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:14:13:8:8:5:5:0.384615:2:3:4:4:2:3:4:4 chr1 222798106 . G A 1006.69 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00564747;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.141;QD=56.7149;RBI=0.028803;REFB=-0.0481542;REVB=0.0282439;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503687;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.000437291;OID=.;OPOS=222798106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:73:71:0:2:69:69:0.971831:43:26:0:0:43:26:1:1 chr1 222801448 . G A 103.32 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0105672;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8782;QD=9.18388;RBI=0.0299641;REFB=0.0115466;REVB=-0.028039;RO=32;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103051;STB=0.562406;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.0455754;OID=.;OPOS=222801448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:7:6:12:20:7:6:12:20 chr1 222802006 . A G 868.26 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.648;QD=57.8841;RBI=0.0502796;REFB=0;REVB=0.023681;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196503;OID=.;OPOS=222802006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:37:22:0:0:37:23:0:0 chr1 222802376 . A G 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.000395424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.378;QD=6.81341;RBI=0.00313241;REFB=-0.00205549;REVB=-0.00310735;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227677;STB=0.64662;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00765843;OID=.;OPOS=222802376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:5:2:9:10:5:2:9:10 chr1 222802803 . T G 350.2 PASS AF=0.6;AO=29;DP=49;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.000582084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.738;QD=28.0161;RBI=0.0122009;REFB=-0.000393213;REVB=-0.012187;RO=20;SAF=12;SAR=17;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128352;STB=0.576129;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000216161;OID=.;OPOS=222802803;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:20:20:29:30:0.6:17:12:5:15:17:13:5:15 chr1 222802926 . CGA AGA,TAG,TGA 717.74 PASS AF=0.0196078,0,0.980392;AO=2,3,31;DP=49;FAO=1,0,50;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,18;FSAR=0,0,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385371,-0.0943972,-0.0362567;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=17.3785,145.366,182.436;QD=56.2933;RBI=0.0536564,0.0944707,0.0366695;REFB=0,0,0;REVB=-0.037335,-0.00372754,0.00548667;RO=0;SAF=2,3,8;SAR=0,0,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,3.39343e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=0.106543,0,0.000624307;OID=.,.,.;OPOS=222802926,222802926,222802926;OREF=C,CGA,C;OALT=A,TAG,T;OMAPALT=AGA,TAG,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:4:49:51:0:0:2,3,31:1,0,50:0.0196078,0,0.980392:0,0,23:2,3,8:0:0:0,0,32:1,0,18:0:0 chr1 222803204 . A G 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00211374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.452;QD=14.8342;RBI=0.00233892;REFB=-0.0217124;REVB=-0.00100132;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558771;STB=0.531886;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.028884;OID=.;OPOS=222803204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:12:10:12:18:12:10:12:18 chr1 222823529 . A C 220.22 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0761077;FXX=0.0933209;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7531;QD=12.9541;RBI=0.0841339;REFB=-0.0114093;REVB=0.0358627;RO=36;SAF=20;SAR=6;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429316;STB=0.736153;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0191568;OID=.;OPOS=222823529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:68:36:42:26:26:0.382353:6:20:13:23:6:20:17:25 chr1 222825403 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0741024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8905;QD=59.0171;RBI=0.0850905;REFB=0;REVB=-0.0418236;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00143496;OID=.;OPOS=222825403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr1 222833601 . T C 1446.75 PASS AF=1;AO=91;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0662874;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3644;QD=62.2256;RBI=0.0699435;REFB=-0.0557474;REVB=0.0223178;RO=1;SAF=50;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938661;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540144;OID=.;OPOS=222833601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:94:93:1:0:91:93:1:41:50:1:0:42:51:0:0 chr1 222838216 . C T 535.48 PASS AF=1;AO=29;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391314;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.281;QD=59.4973;RBI=0.0936591;REFB=0;REVB=0.0850927;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264958;OID=.;OPOS=222838216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:29:36:1:8:21:0:0:11:25:0:0 chr1 222886119 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0430506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2643;QD=60.0303;RBI=0.0536307;REFB=0;REVB=-0.0319827;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000404957;OID=.;OPOS=222886119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr1 222919895 . T G 1188.56 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.709;QD=60.9516;RBI=0.0431431;REFB=0;REVB=0.0237682;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132206;OID=.;OPOS=222919895;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr1 222919900 . G A 79.42 PASS AF=0.181818;AO=14;DP=77;FAO=14;FDP=77;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0161693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.756;QD=4.12588;RBI=0.0328338;REFB=-0.00693078;REVB=-0.0285765;RO=63;SAF=6;SAR=8;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119013;STB=0.577667;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0331103;OID=.;OPOS=222919900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:77:77:63:63:14:14:0.181818:8:6:33:30:8:6:33:30 chr1 222923351 . A G 1510.68 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6326;QD=63.6076;RBI=0.0379591;REFB=0;REVB=0.000715561;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214749;OID=.;OPOS=222923351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:44:51:0:0:44:51:0:0 chr1 223116240 . G A 691.73 PASS AF=0.612245;AO=60;DP=98;FAO=60;FDP=98;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00113036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.096;QD=28.2337;RBI=0.0107954;REFB=-0.0211278;REVB=0.0107361;RO=38;SAF=29;SAR=31;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306438;STB=0.516661;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0138993;OID=.;OPOS=223116240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:38:38:60:60:0.612245:31:29:20:18:31:29:20:18 chr1 223178561 . A C 764.34 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.058;QD=63.695;RBI=0.0414164;REFB=0;REVB=0.024232;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87531e-05;OID=.;OPOS=223178561;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:26:21:0:0:26:22:0:0 chr1 223283910 . A G 888.57 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.012505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.885;QD=56.417;RBI=0.0125447;REFB=0.080918;REVB=-0.000996657;RO=1;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171646;STB=0.509088;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00208595;OID=.;OPOS=223283910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:27:35:0:1:27:35:0:1 chr1 223394228 . T C 259.07 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0197358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1628;QD=24.0994;RBI=0.0459741;REFB=-0.00254663;REVB=-0.0415225;RO=19;SAF=6;SAR=18;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16322;STB=0.591468;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00141471;OID=.;OPOS=223394228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:18:6:8:11:18:6:8:11 chr1 223396838 . G T 330.91 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0116289;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9835;QD=20.6818;RBI=0.0382227;REFB=-0.0205384;REVB=0.0364108;RO=29;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204323;STB=0.604485;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.013204;OID=.;OPOS=223396838;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:29:30:34:34:0.53125:19:15:20:9:19:15:20:10 chr1 223536702 . TTGC T 318.67 PASS AF=0.432203;AO=75;DP=145;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=2;FSAR=49;FSRF=19;FSRR=48;FWDB=-0.0820866;FXX=0.325696;HRUN=2;LEN=3;MLLD=200.002;QD=10.8024;RBI=0.0824426;REFB=-0.034849;REVB=-0.00765387;RO=51;SAF=28;SAR=47;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756778;STB=0.841181;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.043121;OID=.;OPOS=223536703;OREF=TGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432203:75:145:51:118:67:2:49:19:48:99:51:28:47:24:27 chr1 223567178 . TG T 30.56 PASS AF=0.352941;AO=7;DP=16;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0425238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.7065;QD=7.18985;RBI=0.297345;REFB=-0.0883844;REVB=-0.294289;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402505;STB=0.847941;STBP=0.052;TYPE=del;VARB=0.075684;OID=.;OPOS=223567179;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:7:16:6:17:11:1:5:8:3:30:8:2:5:6:2 chr1 223567357 . A T 169.57 PASS AF=0.189873;AO=30;DP=158;FAO=30;FDP=158;FR=.;FRO=128;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=55;FSRR=73;FWDB=0.0164766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0088;QD=4.29286;RBI=0.0410343;REFB=0.00104534;REVB=-0.0375811;RO=125;SAF=15;SAR=15;SRF=52;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107761;STB=0.556925;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00391157;OID=.;OPOS=223567357;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:125:128:30:30:0.189873:15:15:52:73:15:15:55:73 chr1 223568290 . C T 109.08 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00371675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.659;QD=14.0752;RBI=0.0226615;REFB=-0.00977898;REVB=0.0223546;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932572;STB=0.554372;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00652599;OID=.;OPOS=223568290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:10:8:7:6:10:8 chr1 223715248 . GT G 212.33 PASS AF=0.375;AO=40;DP=105;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0572472;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.7698;QD=8.16655;RBI=0.078081;REFB=-0.0098716;REVB=-0.0530979;RO=63;SAF=14;SAR=26;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107241;STB=0.557254;STBP=0.392;TYPE=del;VARB=0.0193167;OID=.;OPOS=223715249;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:40:105:39:104:65:14:25:29:36:99:63:14:26:28:35 chr1 223717484 . G A 359.69 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0112043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8005;QD=25.2412;RBI=0.0123036;REFB=-0.00765006;REVB=0.00508332;RO=21;SAF=15;SAR=20;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330935;STB=0.510198;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00412425;OID=.;OPOS=223717484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:22:35:35:0.614035:20:15:10:11:20:15:10:12 chr1 223718651 . G A 617.55 PASS AF=0.488372;AO=52;DP=129;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0156868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.198;QD=19.1488;RBI=0.0156874;REFB=-0.0109906;REVB=0.000139441;RO=58;SAF=20;SAR=32;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00532294;STB=0.511108;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0125158;OID=.;OPOS=223718651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:58:66:52:63:0.488372:32:20:22:36:33:30:30:36 chr1 223718670 . G A 575.84 PASS AF=0.553398;AO=57;DP=104;FAO=57;FDP=103;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00204769;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.332;QD=22.3627;RBI=0.00987374;REFB=-0.00878073;REVB=-0.00965907;RO=45;SAF=29;SAR=28;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00188457;STB=0.503917;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00660069;OID=.;OPOS=223718670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:45:46:57:57:0.553398:28:29:23:22:28:29:23:23 chr1 223722780 . G A 382.5 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0142116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.819;QD=19.8701;RBI=0.0322383;REFB=-0.015656;REVB=-0.0289368;RO=38;SAF=14;SAR=25;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153506;STB=0.585355;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0151662;OID=.;OPOS=223722780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:25:14:20:18:25:14:20:18 chr1 223813586 . G T 419.43 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.00332657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.863;QD=25.8111;RBI=0.0124176;REFB=-0.00583327;REVB=-0.0119637;RO=25;SAF=11;SAR=29;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313798;STB=0.517132;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00269673;OID=.;OPOS=223813586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:25:40:40:0.615385:29:11:6:19:29:11:6:19 chr1 223877789 . T C 1587.3 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3058;QD=64.1332;RBI=0.0631317;REFB=0;REVB=0.0146183;RO=0;SAF=44;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280342;OID=.;OPOS=223877789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:55:44:0:0:55:44:0:0 chr1 223877829 . A T 53.81 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.1486;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=233.965;QD=7.97179;RBI=0.148696;REFB=-0.00484801;REVB=-0.005341;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660765;STB=0.540449;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00924624;OID=.;OPOS=223877829;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:18:18:9:9:0.333333:6:3:7:11:6:3:7:11 chr1 223900408 . C G 868.17 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0064369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.517;QD=57.8781;RBI=0.0369689;REFB=0;REVB=0.0364042;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014668;OID=.;OPOS=223900408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:22:38:0:0:22:38:0:0 chr1 223900544 . A G 401.31 PASS AF=0.644068;AO=37;DP=58;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0119114;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.735;QD=27.2072;RBI=0.0127459;REFB=-0.00935818;REVB=0.00453614;RO=21;SAF=16;SAR=21;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349427;STB=0.514698;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00526343;OID=.;OPOS=223900544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:21:21:37:38:0.644068:21:16:8:13:22:16:8:13 chr1 223905532 . G A 178.22 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0423834;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.557;QD=20.9668;RBI=0.0565936;REFB=-0.0432943;REVB=-0.037503;RO=14;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111377;STB=0.529379;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0400525;OID=.;OPOS=223905532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:14:16:18:18:0.529412:9:9:9:5:9:9:9:7 chr1 223933094 . C T 748.71 PASS AF=0.563492;AO=71;DP=126;FAO=71;FDP=126;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0423567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.288;QD=23.7687;RBI=0.042766;REFB=-0.0138406;REVB=0.00590214;RO=55;SAF=32;SAR=39;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559861;STB=0.530539;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0130969;OID=.;OPOS=223933094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:55:55:71:71:0.563492:39:32:21:34:39:32:21:34 chr1 223934720 . G A 849.28 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0022005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.028;QD=57.5783;RBI=0.00402439;REFB=0;REVB=0.0033695;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75616e-05;OID=.;OPOS=223934720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:29:29:0:0:30:29:0:0 chr1 223949908 . C T 212.21 PASS AF=0.267241;AO=31;DP=116;FAO=31;FDP=116;FR=.;FRO=85;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=0.000806568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.665;QD=7.31751;RBI=0.00880208;REFB=-0.00281375;REVB=-0.00876505;RO=84;SAF=22;SAR=9;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344743;STB=0.709542;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00555612;OID=.;OPOS=223949908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:84:85:31:31:0.267241:9:22:36:48:9:22:36:49 chr1 223954080 . A C 622.34 PASS AF=0.554545;AO=61;DP=114;FAO=61;FDP=110;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0280393;FXX=0.0350846;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4108;QD=22.6305;RBI=0.0557197;REFB=-0.0187423;REVB=0.0481506;RO=51;SAF=21;SAR=40;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176529;STB=0.58692;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0161508;OID=.;OPOS=223954080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:110:51:49:61:61:0.554545:40:21:28:23:40:21:26:23 chr1 223983722 . G T 333.92 PASS AF=0.283133;AO=47;DP=165;FAO=47;FDP=166;FR=.;FRO=119;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=75;FSRR=44;FWDB=-0.0137163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.841;QD=8.04621;RBI=0.0141082;REFB=-0.014214;REVB=-0.00330217;RO=118;SAF=31;SAR=16;SRF=75;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320057;STB=0.52305;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0236149;OID=.;OPOS=223983722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:118:119:47:47:0.283133:16:31:75:43:16:31:75:44 chr1 223984272 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.011202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.448;QD=19.0177;RBI=0.0139413;REFB=-0.0281507;REVB=-0.00829896;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514267;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0195868;OID=.;OPOS=223984272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:14:14:15:0.517241:8:6:6:8:9:6:6:8 chr1 223990013 . C T 79.43 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00497544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.518;QD=6.90656;RBI=0.024196;REFB=-0.00201014;REVB=-0.0236789;RO=35;SAF=3;SAR=8;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388587;STB=0.743752;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00779587;OID=.;OPOS=223990013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:8:3:21:14:8:3:21:14 chr1 224301869 . G A 267.52 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0749266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5271;QD=21.8382;RBI=0.0919515;REFB=-0.00485233;REVB=0.0533018;RO=24;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166825;STB=0.593009;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00904895;OID=.;OPOS=224301869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:12:13:17:7:12:13:17:7 chr1 224346959 . G A 511.96 PASS AF=0.478632;AO=48;DP=115;FAO=56;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0370732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2939;QD=17.5028;RBI=0.0381224;REFB=-0.040938;REVB=-0.00888207;RO=47;SAF=22;SAR=26;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178574;STB=0.514386;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0193069;OID=.;OPOS=224346959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:47:61:48:56:0.478632:26:22:31:16:30:26:30:31 chr1 224492746 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.462;QD=59.4356;RBI=0.0583081;REFB=0;REVB=-0.0490401;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153406;OID=.;OPOS=224492746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr1 224495852 . C T 2408.57 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.053145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0958;QD=64.2285;RBI=0.109424;REFB=0;REVB=-0.0956513;RO=0;SAF=77;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000656902;OID=.;OPOS=224495852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:73:77:0:0:73:77:0:0 chr1 224505570 . T A,TAA 714.86 PASS AF=0.0652174,0.934783;AO=3,40;DP=48;FAO=3,43;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=3,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365648,-0.148313;FXX=0.0212721;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=215.688,43.7962;QD=62.1619;RBI=0.0393487,0.148984;REFB=0,0;REVB=0.0145375,0.0141246;RO=2;SAF=0,18;SAR=3,22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.692188,-0.00450343;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.025533,-0.000276264;OID=.,.;OPOS=224505570,224505571;OREF=T,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,TAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:48:46:2:0:3,40:3,43:0.0652174,0.934783:3,22:0,18:1:1:3,22:0,21:0:0 chr1 224517842 . C T 358.02 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2205;QD=55.0795;RBI=0.0340137;REFB=0;REVB=-0.0172819;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302113;OID=.;OPOS=224517842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr1 224575373 . G A 1062.44 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.382;QD=59.8558;RBI=0.0669605;REFB=0;REVB=0.0651048;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170047;OID=.;OPOS=224575373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:34:36:0:0:34:37:0:0 chr1 225230608 . C T 328.71 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0247194;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.088;QD=17.5311;RBI=0.0350494;REFB=-0.00381869;REVB=-0.0248477;RO=42;SAF=25;SAR=10;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225881;STB=0.611747;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00382589;OID=.;OPOS=225230608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:42:40:35:35:0.466667:10:25:21:21:10:25:21:19 chr1 225266966 . C G 308.33 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00735892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.558;QD=15.812;RBI=0.0497774;REFB=0.00998564;REVB=-0.0492305;RO=44;SAF=22;SAR=12;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361113;STB=0.520379;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.0158562;OID=.;OPOS=225266966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:12:22:27:17:12:22:27:17 chr1 225268343 . A G 79.44 PASS AF=0.23913;AO=12;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=0.0599333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9931;QD=6.90796;RBI=0.0599568;REFB=-0.00381594;REVB=0.00167807;RO=32;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21607;STB=0.617991;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0114821;OID=.;OPOS=225268343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:32:35:12:11:0.23913:8:4:6:26:7:4:8:27 chr1 225268346 . G A 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0205872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.159;QD=7.67898;RBI=0.0480984;REFB=-0.00379724;REVB=-0.0434698;RO=30;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179361;STB=0.616726;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00643606;OID=.;OPOS=225268346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:42:30:31:11:11:0.261905:7:4:7:23:7:4:7:24 chr1 225270409 . A T 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0307141;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=182.399;QD=14.2309;RBI=0.0312381;REFB=-0.00446807;REVB=0.00569802;RO=36;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135039;STB=0.576864;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00615181;OID=.;OPOS=225270409;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:11:15:16:20:11:15:16:20 chr1 225273248 . G T 345.93 PASS AF=0.45679;AO=36;DP=80;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0143942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.026;QD=17.0829;RBI=0.0159231;REFB=-0.0198255;REVB=0.00680818;RO=41;SAF=21;SAR=15;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453181;STB=0.512188;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0213503;OID=.;OPOS=225273248;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:41:44:36:37:0.45679:15:21:22:19:16:21:24:20 chr1 225288534 . A C 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00417387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.327;QD=23.7582;RBI=0.0091036;REFB=-0.00361294;REVB=-0.00809039;RO=22;SAF=14;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216682;STB=0.620164;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00267229;OID=.;OPOS=225288534;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:12:14:6:16:12:14:6:16 chr1 225373072 . C T 425.72 PASS AF=0.436364;AO=47;DP=109;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0113136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.561;QD=15.4806;RBI=0.0152244;REFB=-0.0114577;REVB=0.0101874;RO=62;SAF=21;SAR=26;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282449;STB=0.510412;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0150507;OID=.;OPOS=225373072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:62:62:47:48:0.436364:26:21:26:36:27:21:26:36 chr1 225463772 . A G 238.29 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00558203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1381;QD=16.1555;RBI=0.00635896;REFB=-0.00610482;REVB=0.00304585;RO=31;SAF=12;SAR=15;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158744;STB=0.580465;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00533594;OID=.;OPOS=225463772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:15:12:19:12:15:12:19:13 chr1 225506294 . A G 873.55 PASS AF=0.634146;AO=78;DP=123;FAO=78;FDP=123;FR=.;FRO=45;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00721307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.658;QD=28.4082;RBI=0.0447474;REFB=0.0212534;REVB=0.0441622;RO=45;SAF=47;SAR=31;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329247;STB=0.517818;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.015402;OID=.;OPOS=225506294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:45:45:78:78:0.634146:31:47:25:20:31:47:25:20 chr1 225528183 . C A 365.41 PASS AF=0.42;AO=40;DP=98;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0147565;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.867;QD=14.6163;RBI=0.0151961;REFB=-0.00712761;REVB=-0.00362868;RO=58;SAF=21;SAR=19;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115991;STB=0.563537;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00843516;OID=.;OPOS=225528183;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:58:58:40:42:0.42:19:21:24:34:20:22:24:34 chr1 225533684 . A G 421.5 PASS AF=0.388889;AO=46;DP=124;FAO=49;FDP=126;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.00737075;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.169;QD=13.3808;RBI=0.0604278;REFB=0.00158463;REVB=0.0599766;RO=75;SAF=15;SAR=31;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218871;STB=0.602593;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00397516;OID=.;OPOS=225533684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:75:77:46:49:0.388889:31:15:39:36:31:18:41:36 chr1 225533731 . T A 708.83 PASS AF=0.561983;AO=68;DP=121;FAO=68;FDP=121;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0124132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.032;QD=23.4325;RBI=0.0129258;REFB=-0.00800267;REVB=-0.003604;RO=51;SAF=33;SAR=35;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424503;STB=0.51424;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00628502;OID=.;OPOS=225533731;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:51:53:68:68:0.561983:35:33:22:29:35:33:24:29 chr1 225534219 . T C 336.49 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.00216842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.787;QD=13.0676;RBI=0.0154992;REFB=-0.0102057;REVB=-0.0153467;RO=62;SAF=23;SAR=17;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598497;STB=0.527778;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0168442;OID=.;OPOS=225534219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:62:63:40:40:0.38835:17:23:39:23:17:23:39:24 chr1 225534348 . G A 130.95 PASS AF=0.326087;AO=14;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0202218;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.775;QD=11.3868;RBI=0.0578933;REFB=-0.0267579;REVB=-0.0542468;RO=32;SAF=11;SAR=3;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263618;STB=0.680583;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0429216;OID=.;OPOS=225534348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:31:14:15:0.326087:3:11:19:13:3:12:18:13 chr1 225541899 . C T 542.0 PASS AF=0.446154;AO=58;DP=130;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.00191025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.123;QD=16.6771;RBI=0.00748509;REFB=-0.0174411;REVB=-0.00723724;RO=72;SAF=34;SAR=24;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311534;STB=0.517385;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0247329;OID=.;OPOS=225541899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:72:72:58:58:0.446154:24:34:40:32:24:34:40:32 chr1 225565015 . T C 245.04 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0305671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7015;QD=13.2454;RBI=0.0492821;REFB=-0.0157151;REVB=-0.0386571;RO=44;SAF=15;SAR=14;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298547;STB=0.523348;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.024001;OID=.;OPOS=225565015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:44:45:29:29:0.391892:14:15:24:20:14:15:25:20 chr1 225565019 . C T 42.36 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0169478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.869;QD=2.28985;RBI=0.0187779;REFB=-0.00299679;REVB=-0.00808589;RO=65;SAF=4;SAR=5;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130803;STB=0.59503;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0201709;OID=.;OPOS=225565019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:65:65:9:9:0.121622:5:4:36:29:5:4:36:29 chr1 225565073 . C T 238.67 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00195679;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.481;QD=13.8358;RBI=0.00884182;REFB=-0.00111026;REVB=0.00862257;RO=41;SAF=14;SAR=14;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11458;STB=0.565172;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00258368;OID=.;OPOS=225565073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:41:41:28:28:0.405797:14:14:25:16:14:14:25:16 chr1 225569241 . T G 961.3 PASS AF=0.51087;AO=94;DP=187;FAO=94;FDP=184;FR=.;FRO=90;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=55;FSRR=35;FWDB=0.00535803;FXX=0.0160419;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.588;QD=20.8979;RBI=0.00581093;REFB=-0.00973755;REVB=0.0022491;RO=90;SAF=51;SAR=43;SRF=55;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061958;STB=0.533967;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00916453;OID=.;OPOS=225569241;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:184:90:90:94:94:0.51087:43:51:55:35:43:51:55:35 chr1 225600170 . G A 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0223883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.868;QD=7.71635;RBI=0.027214;REFB=-0.00346364;REVB=-0.0154715;RO=27;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967512;STB=0.560318;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0103369;OID=.;OPOS=225600170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:4:6:14:13:4:6:14:13 chr1 225601647 . C T 573.19 PASS AF=1;AO=31;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.224;QD=60.3356;RBI=0.0884229;REFB=0;REVB=0.0787091;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00485765;OID=.;OPOS=225601647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:31:38:1:13:18:0:0:20:18:0:0 chr1 225607144 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000341542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.216;QD=58.7816;RBI=0.0242075;REFB=0;REVB=-0.0242051;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.36221e-05;OID=.;OPOS=225607144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr1 225609884 . A G 2313.08 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000209077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.243;QD=63.8092;RBI=0.0112696;REFB=0;REVB=0.0112677;RO=0;SAF=78;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16047e-06;OID=.;OPOS=225609884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:145:0:0:139:145:1:61:78:0:0:63:82:0:0 chr1 225611661 . C T 1665.81 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233303;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.048;QD=60.5749;RBI=0.0260796;REFB=0;REVB=-0.0116552;RO=0;SAF=59;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84778e-05;OID=.;OPOS=225611661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:110:0:0:110:110:1:51:59:0:0:51:59:0:0 chr1 225682560 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.852;QD=53.2771;RBI=0.0380488;REFB=0;REVB=-0.0359742;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000339356;OID=.;OPOS=225682560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr1 226016558 . G C 781.15 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00917638;FXX=0.0333278;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.943;QD=53.8723;RBI=0.0245228;REFB=-0.139862;REVB=0.0227412;RO=2;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362315;STB=0.519224;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00127704;OID=.;OPOS=226016558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:25:31:0:2:25:31:0:2 chr1 226019633 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0515;QD=58.9621;RBI=0.0196947;REFB=0;REVB=0.0148895;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160047;OID=.;OPOS=226019633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr1 226027630 . A G 555.11 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0194274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8176;QD=20.0039;RBI=0.0321166;REFB=-0.0142269;REVB=-0.0255745;RO=54;SAF=37;SAR=20;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363359;STB=0.520048;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0131163;OID=.;OPOS=226027630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:54:57:57:0.513514:20:37:33:21:20:37:33:21 chr1 226054333 . G A 921.85 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000281132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.141;QD=56.7294;RBI=0.0807636;REFB=-0.101408;REVB=0.0807631;RO=1;SAF=31;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149896;STB=0.507934;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00346805;OID=.;OPOS=226054333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:1:1:63:64:0.984615:32:31:1:0:33:31:1:0 chr1 226055595 . G A 763.38 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9747;QD=62.3169;RBI=0.0324547;REFB=0;REVB=0.0177153;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169874;OID=.;OPOS=226055595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:47:49:1:18:29:0:0:18:31:0:0 chr1 226474132 . G A 560.99 PASS AF=0.56;AO=53;DP=98;FAO=56;FDP=100;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0112458;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.696;QD=22.4396;RBI=0.0117958;REFB=-0.00641706;REVB=0.00356003;RO=45;SAF=23;SAR=30;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174605;STB=0.598897;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00537282;OID=.;OPOS=226474132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:45:44:53:56:0.56:30:23:29:16:33:23:28:16 chr1 226570840 . T C 631.76 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00670076;FXX=0.020404;HRUN=6;LEN=1;MLLD=195.437;QD=52.6464;RBI=0.00689708;REFB=-0.0611854;REVB=-0.00163384;RO=4;SAF=18;SAR=25;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277412;STB=0.52356;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00184489;OID=.;OPOS=226570840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:48:48:4:5:43:43:0.895833:25:18:1:3:25:18:1:4 chr1 226573364 . A G 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0234287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.216;QD=17.3212;RBI=0.0255536;REFB=-0.00508022;REVB=0.0102022;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358284;STB=0.701905;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00399972;OID=.;OPOS=226573364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:3:15:7:9:3:15 chr1 226589833 . T C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0238821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.476;QD=11.9536;RBI=0.0296732;REFB=0.000756476;REVB=-0.0176109;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132829;STB=0.580431;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00109381;OID=.;OPOS=226589833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:2:6:7:4:2:6:7:4 chr1 226613233 . T C 1086.45 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.905;QD=59.5313;RBI=0.0165412;REFB=0;REVB=-0.00944003;RO=0;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000935122;OID=.;OPOS=226613233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:45:26:0:0:46:27:0:0 chr1 226613287 . A G 219.31 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=42;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0602076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2032;QD=19.0703;RBI=0.0690588;REFB=-0.0247688;REVB=-0.0338256;RO=21;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128135;STB=0.586969;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0269864;OID=.;OPOS=226613287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:46:21:24:21:22:0.478261:11:10:7:14:12:10:7:17 chr1 226633767 . C T 1075.62 PASS AF=0.987013;AO=73;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.119844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4851;QD=55.8766;RBI=0.120431;REFB=-0.109098;REVB=0.0118746;RO=4;SAF=36;SAR=37;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497048;STB=0.506327;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00513261;OID=.;OPOS=226633767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:77:77:4:1:73:76:0.987013:37:36:4:0:37:39:1:0 chr1 226819435 . G T 185.76 PASS AF=0.252252;AO=28;DP=112;FAO=28;FDP=111;FR=.;FRO=83;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=0.0157707;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.473;QD=6.69392;RBI=0.0380047;REFB=0.000516127;REVB=-0.0345781;RO=83;SAF=20;SAR=8;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255718;STB=0.655622;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00123919;OID=.;OPOS=226819435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:83:83:28:28:0.252252:8:20:43:40:8:20:43:40 chr1 226819833 . A G 77.95 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0522258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.211;QD=14.1734;RBI=0.0537896;REFB=0.0162284;REVB=0.0128757;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341912;STB=0.509415;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.0267508;OID=.;OPOS=226819833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:10:10:0.454545:4:6:7:4:4:6:7:5 chr1 226923264 . G A 268.9 PASS AF=0.526316;AO=28;DP=54;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0487951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.9887;QD=18.8701;RBI=0.0551361;REFB=-0.0334086;REVB=0.0256714;RO=26;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128406;STB=0.574949;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0392939;OID=.;OPOS=226923264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:26:27:28:30:0.526316:18:10:13:13:20:10:13:14 chr1 226923505 . G T 787.54 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00553704;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.889;QD=64.2891;RBI=0.00933022;REFB=0;REVB=0.00750961;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82519e-05;OID=.;OPOS=226923505;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr1 226923938 . A C 1455.01 PASS AF=0.969072;AO=94;DP=98;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00625882;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.108;QD=60.0003;RBI=0.00767254;REFB=0.0032117;REVB=-0.00443791;RO=3;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342355;STB=0.518068;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.000174108;OID=.;OPOS=226923938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:97:3:3:94:94:0.969072:40:54:0:3:40:54:0:3 chr1 226924642 . C T 116.1 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0616939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1719;QD=20.1905;RBI=0.157529;REFB=0.0198957;REVB=0.144946;RO=10;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795218;STB=0.545383;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00544974;OID=.;OPOS=226924642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:4:9:6:4:4:9:6:4 chr1 226924875 . ACTGCCGCTG A 31.37 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0142213;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=234.496;QD=11.4078;RBI=0.0512306;REFB=-0.052931;REVB=0.0492172;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538311;STBP=0.818;TYPE=del;VARB=0.0514407;OID=.;OPOS=226924876;OREF=CTGCCGCTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:5:11:5:11:6:2:3:2:4:30:5:2:3:2:3 chr1 227069677 . T C 579.83 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108905;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.982;QD=61.0351;RBI=0.0121884;REFB=0;REVB=0.00547294;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000330865;OID=.;OPOS=227069677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr1 227069737 . C T 74.23 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00325237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.82;QD=10.2384;RBI=0.00825075;REFB=-0.0293972;REVB=-0.00758267;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192793;STB=0.616207;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0601648;OID=.;OPOS=227069737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:8:11:4:6:8:11 chr1 227071525 . C T 272.53 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.00173198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9838;QD=12.53;RBI=0.0122825;REFB=-0.00476049;REVB=-0.0121597;RO=55;SAF=10;SAR=22;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00437506;STB=0.502511;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00832103;OID=.;OPOS=227071525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:32:32:0.367816:22:10:17:38:22:10:17:38 chr1 227172290 . C T 189.83 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.01322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0048;QD=11.3334;RBI=0.0194935;REFB=-0.0121834;REVB=-0.0143258;RO=43;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901704;STB=0.552196;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0253356;OID=.;OPOS=227172290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:12:12:18:25:12:12:18:25 chr1 227174210 . T C 521.94 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=125;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.00637334;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.325;QD=16.8369;RBI=0.00942992;REFB=-0.0103881;REVB=0.0069501;RO=67;SAF=33;SAR=23;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371122;STB=0.517143;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0121815;OID=.;OPOS=227174210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:67:68:56:56:0.451613:23:33:37:30:23:33:38:30 chr1 227177731 . A T 389.39 PASS AF=0.386555;AO=47;DP=120;FAO=46;FDP=119;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.0027015;FXX=0.00833264;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.104;QD=13.0887;RBI=0.00419962;REFB=-0.00574492;REVB=-0.00321539;RO=72;SAF=30;SAR=17;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107784;STB=0.561263;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00857373;OID=.;OPOS=227177731;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:72:73:47:46:0.386555:17:30:39:33:17:29:39:34 chr1 227178127 . A G 153.26 PASS AF=0.551724;AO=13;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00293767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.338;QD=21.1395;RBI=0.0252958;REFB=-0.00180312;REVB=0.0251246;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133159;STB=0.55166;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00180058;OID=.;OPOS=227178127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:13:16:0.551724:7:6:8:5:8:8:8:5 chr1 227178948 . G A 633.76 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00823973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0483;QD=57.6147;RBI=0.0895761;REFB=-0.0733435;REVB=-0.0891963;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.50943;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00787807;OID=.;OPOS=227178948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:42:44:0:1:42:43:0.977273:25:17:0:0:26:17:0:1 chr1 227178962 . T C 185.74 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00737523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4832;QD=19.0501;RBI=0.0142021;REFB=-0.00474902;REVB=-0.0121369;RO=20;SAF=4;SAR=15;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350252;STB=0.700703;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00859693;OID=.;OPOS=227178962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:15:4:11:9:15:4:11:9 chr1 227182033 . G A 1106.15 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00465937;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.871;QD=58.9948;RBI=0.0823053;REFB=-0.0718076;REVB=0.0821734;RO=1;SAF=58;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049638;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015479;OID=.;OPOS=227182033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:75:1:0:67:75:1:9:58:0:1:16:59:0:0 chr1 227182575 . A G 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.269;QD=59.8547;RBI=0.0328349;REFB=0;REVB=-0.0208283;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47234e-05;OID=.;OPOS=227182575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr1 227216662 . T C 408.45 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0201752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7143;QD=17.1977;RBI=0.0228402;REFB=-0.0109351;REVB=-0.0107067;RO=51;SAF=19;SAR=24;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281477;STB=0.521471;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0151124;OID=.;OPOS=227216662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:51:52:43:43:0.452632:24:19:24:27:24:19:25:27 chr1 227216775 . C T 442.76 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00311084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.539;QD=23.0006;RBI=0.00321146;REFB=0.00304518;REVB=0.000797598;RO=33;SAF=19;SAR=24;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101457;STB=0.500306;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00257105;OID=.;OPOS=227216775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:33:34:43:43:0.558442:24:19:15:18:24:19:15:19 chr1 227221123 . G A 232.24 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00126723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.54;QD=23.8195;RBI=0.00960938;REFB=-0.0121651;REVB=-0.00952545;RO=17;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194558;STB=0.608199;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0127524;OID=.;OPOS=227221123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:10:12:5:12:10:12:5:12 chr1 227333351 . G A 238.02 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0459533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0067;QD=11.6109;RBI=0.0496801;REFB=0.00517007;REVB=-0.0188788;RO=53;SAF=21;SAR=8;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352237;STB=0.70407;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0149497;OID=.;OPOS=227333351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:8:21:22:31:8:21:22:31 chr1 227681475 . T C 1003.56 PASS AF=0.532609;AO=96;DP=183;FAO=98;FDP=184;FR=.;FRO=86;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.0150174;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.261;QD=21.8165;RBI=0.0782096;REFB=-0.0339063;REVB=0.0767543;RO=81;SAF=51;SAR=45;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052062;STB=0.519141;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0245452;OID=.;OPOS=227681475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:81:86:96:98:0.532609:45:51:38:43:45:53:43:43 chr1 227920357 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.349;QD=16.199;RBI=0.013824;REFB=0.0159734;REVB=0.013824;RO=3;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00725034;OID=.;OPOS=227920357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:5:0:0:3:5:0:0:3 chr1 227954677 . C T 439.44 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.00623329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.175;QD=21.9718;RBI=0.0250133;REFB=-0.0140777;REVB=0.0242241;RO=35;SAF=23;SAR=20;SRF=28;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222322;STB=0.604578;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0188283;OID=.;OPOS=227954677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:37:43:43:0.5375:20:23:28:7:20:23:28:9 chr1 227954689 . C T 420.86 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.017517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.554;QD=20.5297;RBI=0.0190676;REFB=-0.0199491;REVB=0.00753168;RO=39;SAF=22;SAR=20;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171535;STB=0.586815;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0155045;OID=.;OPOS=227954689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:40:42:42:0.512195:20:22:28:11:20:22:28:12 chr1 228033197 . A G 345.75 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00754514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1107;QD=19.4788;RBI=0.00810495;REFB=-0.0242819;REVB=-0.00295991;RO=35;SAF=25;SAR=11;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270648;STB=0.650849;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0297467;OID=.;OPOS=228033197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:11:25:14:21:11:25:14:21 chr1 228109393 . G A 184.58 PASS AF=0.25;AO=28;DP=112;FAO=28;FDP=112;FR=.;FRO=84;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.0146743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9485;QD=6.59215;RBI=0.0535297;REFB=-0.00388264;REVB=0.0514791;RO=84;SAF=8;SAR=20;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263061;STB=0.660258;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00708131;OID=.;OPOS=228109393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:84:84:28:28:0.25:20:8:41:43:20:8:41:43 chr1 228294567 . C T 665.34 PASS AF=0.482014;AO=67;DP=139;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.00648619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.363;QD=19.1464;RBI=0.00938403;REFB=-0.0136301;REVB=-0.00678154;RO=71;SAF=28;SAR=39;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186619;STB=0.599458;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0177571;OID=.;OPOS=228294567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:71:72:67:67:0.482014:39:28:44:27:39:28:44:28 chr1 228335328 . C T 432.88 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0326395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.394;QD=20.6132;RBI=0.0337699;REFB=-0.0298883;REVB=-0.00866408;RO=41;SAF=20;SAR=23;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148216;STB=0.581921;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0227414;OID=.;OPOS=228335328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:23:20:26:15:23:20:26:15 chr1 228347352 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000904404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.537;QD=56.7066;RBI=0.0118716;REFB=0;REVB=-0.0118371;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.94029e-05;OID=.;OPOS=228347352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:9:19:0:0:10:19:0:0 chr1 228352160 . T C 325.7 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.766;QD=52.1122;RBI=0.0732559;REFB=0;REVB=0.0546584;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0029088;OID=.;OPOS=228352160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:13:12:0:0 chr1 228362628 . C T 159.19 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0324733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5431;QD=10.107;RBI=0.0328329;REFB=-0.0296962;REVB=-0.00484586;RO=41;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421495;STB=0.531885;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.032753;OID=.;OPOS=228362628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:42:21:21:0.333333:11:10:18:23:11:10:18:24 chr1 228399482 . C G 694.45 PASS AF=0.898305;AO=53;DP=59;FAO=53;FDP=59;FR=.;FRO=6;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00248577;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.769;QD=47.0815;RBI=0.0385728;REFB=-0.0728815;REVB=0.0384926;RO=4;SAF=34;SAR=19;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156349;STB=0.521456;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00171008;OID=.;OPOS=228399482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:59:59:4:6:53:53:0.898305:19:34:3:1:19:34:5:1 chr1 228399766 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00747892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.466;QD=42.1825;RBI=0.0132693;REFB=0;REVB=0.0109608;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184177;OID=.;OPOS=228399766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr1 228402047 . A G 1914.97 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00568683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8961;QD=61.7732;RBI=0.0191521;REFB=0;REVB=-0.0182884;RO=0;SAF=75;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.16384e-05;OID=.;OPOS=228402047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:49:75:0:0:49:75:0:0 chr1 228402121 . A G 1681.5 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0496114;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.705;QD=60.5944;RBI=0.0496149;REFB=0;REVB=-0.000584126;RO=0;SAF=71;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.69294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.05823e-05;OID=.;OPOS=228402121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:40:71:0:0:40:71:0:0 chr1 228437883 . C T 105.97 PASS AF=0.25;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=8.86449e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.491;QD=6.6233;RBI=0.00841574;REFB=0.00455742;REVB=-0.00841574;RO=43;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116373;STB=0.531457;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.0134484;OID=.;OPOS=228437883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:48:16:16:0.25:7:9:20:23:7:9:25:23 chr1 228437935 . G A 76.41 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0140578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.519;QD=7.83676;RBI=0.0140694;REFB=-0.00422956;REVB=0.000570735;RO=28;SAF=5;SAR=6;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176595;STB=0.608104;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0217263;OID=.;OPOS=228437935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:39:39:28:28:11:11:0.282051:6:5:17:11:6:5:17:11 chr1 228444565 . T A 632.13 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.843;QD=61.6709;RBI=0.0215764;REFB=0;REVB=0.01056;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86547e-05;OID=.;OPOS=228444565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:21:20:0:0 chr1 228461068 . G T 269.3 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.032259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.299;QD=16.5725;RBI=0.0322641;REFB=-0.0459995;REVB=0.000573939;RO=35;SAF=18;SAR=12;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286903;STB=0.516118;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0459502;OID=.;OPOS=228461068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:12:18:22:13:12:18:22:13 chr1 228461129 . A G 177.1 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0114633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.407;QD=12.2136;RBI=0.0160284;REFB=-0.0107217;REVB=-0.0112027;RO=34;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09314;STB=0.568904;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0249002;OID=.;OPOS=228461129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:36:22:22:0.37931:11:11:20:14:11:11:22:14 chr1 228464248 . T G 244.1 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00819313;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.929;QD=21.6973;RBI=0.00842256;REFB=-0.0269247;REVB=0.00195246;RO=24;SAF=7;SAR=16;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136547;STB=0.50793;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0272587;OID=.;OPOS=228464248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:24:22:23:23:0.511111:16:7:7:17:16:7:7:15 chr1 228464276 . T C 165.77 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0122371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.34;QD=14.4152;RBI=0.0127755;REFB=-0.00651501;REVB=-0.00366975;RO=27;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440337;STB=0.533297;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00608682;OID=.;OPOS=228464276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:27:28:18:18:0.391304:12:6:8:19:12:6:8:20 chr1 228467711 . G A 653.8 PASS AF=0.449664;AO=65;DP=147;FAO=67;FDP=149;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.00288925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.742;QD=17.5518;RBI=0.0258274;REFB=-0.0362833;REVB=-0.0256653;RO=79;SAF=37;SAR=28;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024944;STB=0.525513;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0455653;OID=.;OPOS=228467711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:79:82:65:67:0.449664:28:37:43:36:28:39:44:38 chr1 228468244 . G A 240.9 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0250813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4925;QD=14.5999;RBI=0.0327839;REFB=-0.0141235;REVB=-0.0211119;RO=36;SAF=16;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120979;STB=0.504422;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0322895;OID=.;OPOS=228468244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:38:28:28:0.424242:12:16:21:15:12:16:22:16 chr1 228469870 . C T 711.64 PASS AF=0.587719;AO=66;DP=113;FAO=67;FDP=114;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0037164;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.231;QD=24.9699;RBI=0.0167589;REFB=-0.0275878;REVB=0.0163416;RO=44;SAF=28;SAR=38;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10638;STB=0.556243;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0164652;OID=.;OPOS=228469870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:44:47:66:67:0.587719:38:28:25:19:39:28:26:21 chr1 228469903 . AG TT 538.12 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=89;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00088593;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.949;QD=24.185;RBI=0.0107774;REFB=-0.0210766;REVB=0.0107409;RO=39;SAF=15;SAR=35;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164486;STB=0.590533;STBP=0.069;TYPE=mnp;VARB=0.0145209;OID=.;OPOS=228469903;OREF=AG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:39:39:50:50:0.561798:35:15:19:20:35:15:19:20 chr1 228476366 . GA TT 206.91 PASS AF=0.645161;AO=15;DP=28;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0395534;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=144.555;QD=26.6984;RBI=0.0495585;REFB=-0.0339279;REVB=0.0298593;RO=11;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163157;STB=0.588141;STBP=0.215;TYPE=mnp;VARB=0.0187629;OID=.;OPOS=228476366;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:31:11:11:15:20:0.645161:11:4:5:6:15:5:5:6 chr1 228476414 . G A 298.74 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0236484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.32;QD=23.8992;RBI=0.0244489;REFB=-0.0396084;REVB=0.00620507;RO=23;SAF=11;SAR=16;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138182;STB=0.507687;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0503572;OID=.;OPOS=228476414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:16:11:9:14:16:11:9:14 chr1 228480282 . A G 431.34 PASS AF=0.61194;AO=40;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0249653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.192;QD=25.7515;RBI=0.0267644;REFB=-0.0172148;REVB=0.00964728;RO=26;SAF=23;SAR=17;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298849;STB=0.512042;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.012804;OID=.;OPOS=228480282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:26:40:41:0.61194:17:23:16:10:17:24:16:10 chr1 228480346 . C G 393.99 PASS AF=0.424528;AO=44;DP=104;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.016417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.75;QD=14.8675;RBI=0.0191489;REFB=-0.0117991;REVB=-0.00985704;RO=59;SAF=19;SAR=25;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230314;STB=0.623087;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0304441;OID=.;OPOS=228480346;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:59:61:44:45:0.424528:25:19:39:20:26:19:39:22 chr1 228494696 . G A 185.22 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0209632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.383;QD=10.2902;RBI=0.0230906;REFB=-0.0219166;REVB=0.00968097;RO=48;SAF=12;SAR=12;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713;STB=0.541632;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0442191;OID=.;OPOS=228494696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:12:12:27:21:12:12:27:21 chr1 228503677 . A G 242.14 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0115963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.117;QD=16.9922;RBI=0.0448842;REFB=-0.0366901;REVB=-0.0433603;RO=30;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239201;STB=0.634174;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0285351;OID=.;OPOS=228503677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:11:16:10:20:11:16:10:20 chr1 228504472 . T C 138.96 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0347327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3822;QD=12.0836;RBI=0.0352572;REFB=-0.0130412;REVB=0.0060587;RO=30;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00468114;STB=0.502759;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0240231;OID=.;OPOS=228504472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:9:7:13:17:9:7:13:17 chr1 228505204 . G A 275.34 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0175553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7487;QD=15.9619;RBI=0.0879384;REFB=-0.0135631;REVB=0.0861683;RO=37;SAF=11;SAR=20;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25791;STB=0.638408;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0196889;OID=.;OPOS=228505204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:38:31:31:0.449275:20:11:23:14:20:11:23:15 chr1 228505668 . C G 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0231487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.923;QD=21.267;RBI=0.0563486;REFB=-0.0431073;REVB=-0.0513741;RO=14;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602254;STB=0.533859;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0152548;OID=.;OPOS=228505668;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:6:11:10:4:6:11:10:4 chr1 228505727 . C T 137.62 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0170855;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.709;QD=16.6806;RBI=0.0188627;REFB=-0.0295515;REVB=-0.00799302;RO=18;SAF=1;SAR=14;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427227;STB=0.756302;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0324241;OID=.;OPOS=228505727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:33:18:18:15:15:0.454545:14:1:5:13:14:1:5:13 chr1 228505750 . C T 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0313476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5498;QD=19.3864;RBI=0.0520099;REFB=-0.047152;REVB=0.0415013;RO=21;SAF=4;SAR=16;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11106;STB=0.563313;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0513;OID=.;OPOS=228505750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:16:4:6:15:16:4:6:15 chr1 228509427 . A G 458.3 PASS AF=0.480392;AO=48;DP=103;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.0189697;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.751;QD=17.9724;RBI=0.0573458;REFB=-0.0291578;REVB=-0.0541174;RO=53;SAF=34;SAR=14;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366978;STB=0.714198;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.031445;OID=.;OPOS=228509427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:53:53:48:49:0.480392:14:34:17:36:14:35:16:37 chr1 228511127 . C T 302.87 PASS AF=0.30303;AO=40;DP=133;FAO=40;FDP=132;FR=.;FRO=92;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.0479317;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.555;QD=9.17778;RBI=0.0489094;REFB=-0.0102443;REVB=-0.00973026;RO=92;SAF=16;SAR=24;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294383;STB=0.517233;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0191734;OID=.;OPOS=228511127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:92:92:40:40:0.30303:24:16:39:53:24:16:39:53 chr1 228526665 . T C 3210.91 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.031;QD=64.2182;RBI=0.066991;REFB=0;REVB=-0.00126426;RO=0;SAF=104;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.23961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06517e-05;OID=.;OPOS=228526665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:200:0:0:200:200:1:96:104:0:0:96:104:0:0 chr1 228528563 . C G 750.35 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.569;QD=55.5816;RBI=0.0604859;REFB=0;REVB=0.00251492;RO=1;SAF=30;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154473;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152708;OID=.;OPOS=228528563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:1:0:53:54:1:23:30:1:0:23:31:0:0 chr1 228548196 . CG AC,CA 790.69 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=4,52;DP=57;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=2,25;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106655,0.074742;FXX=0.0175408;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=29.9586,111.149;QD=56.4776;RBI=0.0547634,0.0839756;REFB=0,0;REVB=0.0537148,0.0382824;RO=0;SAF=4,23;SAR=0,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.84538e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.120803,0.000176777;OID=.,.;OPOS=228548196,228548197;OREF=CG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:57:56:0:0:4,52:2,54:0.0357143,0.964286:0,29:4,23:0:0:0,29:2,25:0:0 chr1 228550426 . C T 2680.85 PASS AF=0.957219;AO=177;DP=185;FAO=179;FDP=187;FR=.;FRO=8;FSAF=87;FSAR=92;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00730899;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=86.6411;QD=57.3445;RBI=0.0493355;REFB=-0.135926;REVB=0.0487911;RO=8;SAF=86;SAR=91;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217145;STB=0.511293;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0010082;OID=.;OPOS=228550426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:185:187:8:8:177:179:0.957219:91:86:6:2:92:87:6:2 chr1 228554731 . G A 101.52 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0144399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5747;QD=8.63983;RBI=0.0163505;REFB=-0.00766061;REVB=0.00766985;RO=32;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141178;STB=0.558052;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0193859;OID=.;OPOS=228554731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:34:13:13:0.276596:6:7:21:11:6:7:21:13 chr1 228558892 . CGGG CGG,CGGC 430.97 PASS AF=1,0;AO=31,4;DP=41;FAO=43,0;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105159,-0.11986;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=12.9417,5.72302;QD=40.0903;RBI=0.169892,0.185666;REFB=0,0;REVB=0.133434,0.141794;RO=4;SAF=8,4;SAR=23,0;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0.384615,0;SSSB=0.074534,0.794086;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0100114,0;OID=.,.;OPOS=228558893,228558895;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGG,CGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:31,4:41:43,0:43:0:15,0:28,0:0:0:3:4:8,4:23,0:0:4 chr1 228559994 . C T 1404.11 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409846;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.158;QD=63.1059;RBI=0.0423502;REFB=0;REVB=0.0106678;RO=0;SAF=31;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103282;OID=.;OPOS=228559994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:89:0:0:89:89:1:58:31:0:0:58:31:0:0 chr1 228560139 . A G 382.58 PASS AF=0.965517;AO=29;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00409114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.453;QD=52.7693;RBI=0.0482518;REFB=-0.00908497;REVB=0.0480781;RO=0;SAF=25;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10829e-08;STB=0.571372;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00116;OID=.;OPOS=228560139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:29:28:0.965517:4:25:0:0:3:25:0:1 chr1 228560700 . T C 3712.22 PASS AF=1;AO=234;DP=235;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00950926;FXX=0.00847422;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8477;QD=63.4568;RBI=0.0353598;REFB=0;REVB=-0.0340571;RO=0;SAF=122;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12924e-05;OID=.;OPOS=228560700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:235:234:0:0:234:234:1:112:122:0:0:112:122:0:0 chr1 228564884 . G A 412.63 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0172401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.738;QD=18.7558;RBI=0.0296193;REFB=-0.0256914;REVB=0.0240849;RO=46;SAF=25;SAR=17;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151108;STB=0.584199;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0314485;OID=.;OPOS=228564884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:17:25:20:26:17:25:20:26 chr1 228564987 . C T 218.89 PASS AF=0.264463;AO=32;DP=121;FAO=32;FDP=121;FR=.;FRO=89;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=57;FSRR=32;FWDB=-0.038147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.689;QD=7.23608;RBI=0.0390606;REFB=-0.0213441;REVB=0.00839865;RO=84;SAF=13;SAR=19;SRF=56;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309417;STB=0.667237;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0475303;OID=.;OPOS=228564987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:84:89:32:32:0.264463:19:13:56:28:19:13:57:32 chr1 228602660 . G C 591.19 PASS AF=0.449275;AO=62;DP=138;FAO=62;FDP=138;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.0137138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.729;QD=17.1358;RBI=0.0384164;REFB=-0.0227086;REVB=-0.0358853;RO=76;SAF=30;SAR=32;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00293951;STB=0.501637;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0401154;OID=.;OPOS=228602660;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:76:76:62:62:0.449275:32:30:37:39:32:30:37:39 chr1 228612838 . G T 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.043039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.213;QD=18.4947;RBI=0.0433098;REFB=0.00514286;REVB=-0.00483524;RO=30;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00332787;OID=.;OPOS=228612838;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:18:12:12:18:18:12:12:18 chr1 228699477 . T C 274.19 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0176072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8077;QD=24.9265;RBI=0.0270962;REFB=-0.0243039;REVB=-0.0205959;RO=19;SAF=17;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287216;STB=0.659759;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0226888;OID=.;OPOS=228699477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:8:17:6:13:8:17:6:13 chr1 228743499 . C A 2176.78 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5575;QD=63.0952;RBI=0.0473486;REFB=0;REVB=0.0159552;RO=0;SAF=78;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.65362e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147583;OID=.;OPOS=228743499;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:138:0:0:136:138:1:58:78:0:0:59:79:0:0 chr1 229386237 . T A 288.89 PASS AF=0.463768;AO=34;DP=70;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00367082;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.676;QD=16.7469;RBI=0.0182624;REFB=-0.0103253;REVB=0.0178897;RO=36;SAF=15;SAR=19;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15556;STB=0.614484;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0176308;OID=.;OPOS=229386237;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:36:37:34:32:0.463768:19:15:22:14:19:13:23:14 chr1 229439902 . ATT A,AT 88.25 PASS AF=0.0714286,0.75;AO=4,14;DP=27;FAO=2,21;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=0,6;FSAR=2,15;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.113151,-0.194042;FXX=0.0344709;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=10.3916,6.88765;QD=12.6076;RBI=0.142052,0.255531;REFB=-0.0175059,-0.0264085;REVB=0.0858809,0.166263;RO=8;SAF=0,5;SAR=4,9;SRF=0;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.2785;STB=0.5,0.571366;STBP=1,0.239;TYPE=del,del;VARB=0.00775145,0.0293995;OID=.,.;OPOS=229439903,229439903;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0714286,0.75:4,14:27:2,21:28:5:0,6:2,15:0:5:10:8:0,5:4,9:0:8 chr1 229568542 . G T 192.04 PASS AF=0.3125;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0036823;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.93;QD=9.6022;RBI=0.0654713;REFB=-0.00514131;REVB=-0.0653677;RO=53;SAF=13;SAR=12;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315578;STB=0.517539;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00828332;OID=.;OPOS=229568542;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:53:55:25:25:0.3125:12:13:29:24:12:13:30:25 chr1 229611436 . C T 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.020145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3289;QD=8.51178;RBI=0.0243443;REFB=0.0142802;REVB=0.0136683;RO=24;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956655;STB=0.558707;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.0224276;OID=.;OPOS=229611436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:5:5:10:14:5:5:10:14 chr1 229622162 . A G 185.65 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0795304;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8389;QD=11.9776;RBI=0.080198;REFB=-0.00984978;REVB=-0.0103266;RO=39;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24078;STB=0.638885;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0191203;OID=.;OPOS=229622162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:9:14:15:24:9:14:15:24 chr1 229623338 . T C 283.39 PASS AF=0.557692;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0291644;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.497;QD=21.7995;RBI=0.0315442;REFB=-0.0147098;REVB=-0.0120197;RO=22;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.536399;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0112436;OID=.;OPOS=229623338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:22:23:28:29:0.557692:14:14:11:11:14:15:10:13 chr1 229631734 . T C 521.12 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0135638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6941;QD=19.665;RBI=0.0354707;REFB=-0.0183645;REVB=0.0327749;RO=52;SAF=29;SAR=25;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117926;STB=0.565042;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0110078;OID=.;OPOS=229631734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:52:54:54:0.509434:25:29:21:31:25:29:21:31 chr1 229635521 . A G 384.15 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0183159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0325;QD=17.6621;RBI=0.0316313;REFB=0.00201379;REVB=0.0257889;RO=46;SAF=17;SAR=23;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113732;STB=0.569338;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00214551;OID=.;OPOS=229635521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:47:40:40:0.45977:23:17:25:21:23:17:26:21 chr1 229635526 . G A 124.27 PASS AF=0.234568;AO=19;DP=81;FAO=19;FDP=81;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.022943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.679;QD=6.13652;RBI=0.0248388;REFB=-0.00683791;REVB=0.00951769;RO=62;SAF=7;SAR=12;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165217;STB=0.602269;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0225326;OID=.;OPOS=229635526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:62:62:19:19:0.234568:12:7:31:31:12:7:31:31 chr1 229652698 . G T 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00777915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.466;QD=11.4396;RBI=0.0171811;REFB=-0.0259839;REVB=0.0153191;RO=24;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342312;STB=0.700909;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0369961;OID=.;OPOS=229652698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:5:8:7:17:5:8:7:17 chr1 229663064 . GAGGAA G 353.13 PASS AF=0.903226;AO=25;DP=28;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0335077;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=193.554;QD=45.5648;RBI=0.0380816;REFB=-0.0318606;REVB=0.0180954;RO=0;SAF=2;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34264e-08;STB=0.527254;STBP=0.623;TYPE=del;VARB=0.00745754;OID=.;OPOS=229663065;OREF=AGGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.903226:25:28:28:31:3:2:26:0:3:14:0:2:23:0:0 chr1 229683264 . G A 365.88 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0107904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.193;QD=18.7633;RBI=0.0126766;REFB=-0.00642095;REVB=-0.00665305;RO=40;SAF=27;SAR=11;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276613;STB=0.654694;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00859021;OID=.;OPOS=229683264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:11:27:17:23:11:27:17:23 chr1 229737680 . C T 309.12 PASS AF=0.380435;AO=34;DP=91;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-7.88834e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.001;QD=13.44;RBI=0.00460569;REFB=-0.0141555;REVB=0.00460501;RO=56;SAF=14;SAR=20;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103982;STB=0.555525;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0264377;OID=.;OPOS=229737680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:56:57:34:35:0.380435:20:14:18:38:21:14:18:39 chr1 229738170 . T G 500.68 PASS AF=0.504854;AO=50;DP=101;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.00518165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.578;QD=19.4437;RBI=0.00882155;REFB=-0.0102601;REVB=0.00713934;RO=51;SAF=20;SAR=30;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643126;STB=0.546142;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00910214;OID=.;OPOS=229738170;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:51:51:50:52:0.504854:30:20:17:34:30:22:17:34 chr1 229738236 . G A 1072.97 PASS AF=0.915663;AO=75;DP=82;FAO=76;FDP=83;FR=.;FRO=7;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00120198;FXX=0.0119033;HRUN=6;LEN=1;MLLD=131.094;QD=51.7092;RBI=0.0453572;REFB=-0.0841964;REVB=0.0453413;RO=7;SAF=36;SAR=39;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313753;STB=0.515919;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.000605655;OID=.;OPOS=229738236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:82:83:7:7:75:76:0.915663:39:36:2:5:40:36:2:5 chr1 229750036 . C T 493.71 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0152716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.559;QD=20.3593;RBI=0.0214744;REFB=-0.00440938;REVB=0.0150973;RO=49;SAF=23;SAR=25;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04686;STB=0.525966;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00814249;OID=.;OPOS=229750036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:49:48:48:0.494845:25:23:26:23:25:23:26:23 chr1 229772693 . T G 87.65 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0629448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.522;QD=13.4841;RBI=0.0629536;REFB=-0.0324321;REVB=0.00105258;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409094;STB=0.562392;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0327049;OID=.;OPOS=229772693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:15:15:10:11:0.423077:7:3:4:11:7:4:4:11 chr1 229772932 . A G 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00295327;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=323.248;QD=18.902;RBI=0.00672543;REFB=-0.0133486;REVB=-0.00604232;RO=34;SAF=8;SAR=26;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134122;STB=0.575174;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0132808;OID=.;OPOS=229772932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:26:8:12:22:26:8:12:22 chr1 229773441 . C T 715.02 PASS AF=0.507246;AO=70;DP=139;FAO=70;FDP=138;FR=.;FRO=68;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0211282;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0316;QD=20.7253;RBI=0.0288649;REFB=0.000334405;REVB=0.0196668;RO=67;SAF=44;SAR=26;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846378;STB=0.54355;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000429042;OID=.;OPOS=229773441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:67:68:70:70:0.507246:26:44:36:31:26:44:37:31 chr1 229781688 . C T 125.84 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=78;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=42;FWDB=-0.0294638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.307;QD=6.45352;RBI=0.0375115;REFB=-0.000796293;REVB=-0.0232163;RO=59;SAF=2;SAR=17;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362112;STB=0.732123;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00163023;OID=.;OPOS=229781688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:59:59:19:19:0.24359:17:2:17:42:17:2:17:42 chr1 229790048 . A G 2663.58 PASS AF=0.99422;AO=172;DP=174;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00650377;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5325;QD=61.5857;RBI=0.0659803;REFB=0.0714561;REVB=-0.065659;RO=1;SAF=73;SAR=99;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00478389;STB=0.502512;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.0040948;OID=.;OPOS=229790048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:173:1:1:172:172:0.99422:99:73:0:1:99:73:0:1 chr1 230384937 . T C 1134.3 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0238031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.844;QD=56.715;RBI=0.0386679;REFB=-0.049682;REVB=0.0304733;RO=3;SAF=46;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00511075;STB=0.502702;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00393839;OID=.;OPOS=230384937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:3:3:77:77:0.9625:31:46:2:1:31:46:2:1 chr1 230390977 . C T 235.33 PASS AF=0.301887;AO=32;DP=106;FAO=32;FDP=106;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=0.00661686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1248;QD=8.88047;RBI=0.0180261;REFB=-0.00923585;REVB=-0.0167677;RO=73;SAF=9;SAR=23;SRF=23;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481264;STB=0.535994;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0183183;OID=.;OPOS=230390977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:73:74:32:32:0.301887:23:9:23:50:23:9:24:50 chr1 230417557 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171907;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.597;QD=60.9786;RBI=0.0357064;REFB=0;REVB=0.0312957;RO=0;SAF=29;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30847e-05;OID=.;OPOS=230417557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:10:29:0:0:10:29:0:0 chr1 230417560 . A G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0476;QD=61.3354;RBI=0.0511584;REFB=0;REVB=0.0455382;RO=0;SAF=30;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637838;OID=.;OPOS=230417560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:10:30:0:0:10:30:0:0 chr1 230461079 . G A 422.56 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0402003;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.299;QD=20.6125;RBI=0.0403026;REFB=-0.00720138;REVB=0.00287009;RO=40;SAF=22;SAR=20;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00105065;STB=0.500582;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00709643;OID=.;OPOS=230461079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:40:40:42:42:0.512195:20:22:21:19:20:22:21:19 chr1 230814431 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.667;QD=57.2013;RBI=0.0513549;REFB=0;REVB=0.0392709;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202652;OID=.;OPOS=230814431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr1 230820926 . C T 202.84 PASS AF=0.26087;AO=30;DP=116;FAO=30;FDP=115;FR=.;FRO=85;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=-0.0283095;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.864;QD=7.0554;RBI=0.034423;REFB=-0.00942003;REVB=-0.0195835;RO=86;SAF=9;SAR=21;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144924;STB=0.582148;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0256138;OID=.;OPOS=230820926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:86:85:30:30:0.26087:21:9:35:51:21:9:34:51 chr1 230841687 . T C 1515.51 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4527;QD=63.1462;RBI=0.0347526;REFB=0;REVB=-0.0335744;RO=0;SAF=56;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84874e-05;OID=.;OPOS=230841687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:92:96:1:36:56:0:0:40:56:0:0 chr1 230845794 . A G 509.38 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0072499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.644;QD=21.0052;RBI=0.00863131;REFB=0.00559804;REVB=0.00468385;RO=48;SAF=26;SAR=23;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00993177;STB=0.505492;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.00610082;OID=.;OPOS=230845794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:23:26:26:22:23:26:26:22 chr1 230895279 . C T 371.73 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0151252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.587;QD=17.4932;RBI=0.0577161;REFB=0.00292646;REVB=0.055699;RO=46;SAF=19;SAR=20;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719165;STB=0.540209;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00296271;OID=.;OPOS=230895279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:20:19:19:27:20:19:19:27 chr1 230898397 . A G 371.81 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0113402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.349;QD=17.4969;RBI=0.019449;REFB=-0.00933055;REVB=0.0158008;RO=46;SAF=26;SAR=13;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156574;STB=0.508767;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00801976;OID=.;OPOS=230898397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:13:26:30:16:13:26:30:16 chr1 230898494 . C T 482.28 PASS AF=0.409091;AO=54;DP=132;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.0331287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4397;QD=14.6146;RBI=0.0332148;REFB=0.0214401;REVB=0.00238977;RO=78;SAF=34;SAR=20;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442389;STB=0.524931;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.0168135;OID=.;OPOS=230898494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:78:78:54:54:0.409091:20:34:46:32:20:34:46:32 chr1 230903350 . T C 140.29 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=11;FWDB=-0.00920288;FXX=0.0714184;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.22;QD=8.63339;RBI=0.0107289;REFB=-0.000259266;REVB=0.00551507;RO=45;SAF=10;SAR=9;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280762;STB=0.669266;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000938275;OID=.;OPOS=230903350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:65:45:46:19:19:0.292308:9:10:34:11:9:10:35:11 chr1 230974609 . C T 676.98 PASS AF=0.478873;AO=67;DP=141;FAO=68;FDP=142;FR=.;FRO=74;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=57;FSRR=17;FWDB=0.0122352;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.813;QD=19.0699;RBI=0.0123447;REFB=-0.00258664;REVB=-0.00164054;RO=74;SAF=47;SAR=20;SRF=57;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809331;STB=0.541784;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0027447;OID=.;OPOS=230974609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:74:74:67:68:0.478873:20:47:57:17:20:48:57:17 chr1 231057247 . A T 2178.66 PASS AF=0.992857;AO=121;DP=129;FAO=139;FDP=140;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=81;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0776136;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7445;QD=62.2475;RBI=0.07931;REFB=0;REVB=0.0163155;RO=0;SAF=77;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211737;OID=.;OPOS=231057247;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:140:0:0:121:139:0.992857:44:77:0:0:58:81:0:0 chr1 231483590 . C T 151.89 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0343036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.306;QD=8.55734;RBI=0.0479905;REFB=-0.0285931;REVB=-0.0335611;RO=49;SAF=8;SAR=13;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106715;STB=0.57136;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0472564;OID=.;OPOS=231483590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:50:21:21:0.295775:13:8:23:26:13:8:24:26 chr1 231488524 . C T 1227.46 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9972;QD=61.3729;RBI=0.0401585;REFB=0;REVB=0.0162219;RO=0;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016174;OID=.;OPOS=231488524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:50:30:0:0:50:30:0:0 chr1 231856586 . G A 272.15 PASS AF=0.217172;AO=43;DP=198;FAO=43;FDP=198;FR=.;FRO=155;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=71;FSRR=84;FWDB=0.00563948;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.732;QD=5.49794;RBI=0.00949048;REFB=-0.00336986;REVB=-0.00763318;RO=155;SAF=23;SAR=20;SRF=71;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976802;STB=0.559897;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0141176;OID=.;OPOS=231856586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:155:155:43:43:0.217172:20:23:71:84:20:23:71:84 chr1 232534957 . T C 463.37 PASS AF=0.529412;AO=47;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00830098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.514;QD=21.8058;RBI=0.0123224;REFB=-0.0397;REVB=0.00910694;RO=36;SAF=23;SAR=24;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522904;STB=0.505228;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0325368;OID=.;OPOS=232534957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:36:40:47:45:0.529412:24:23:20:16:22:23:20:20 chr1 232539219 . C T 542.52 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00468762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3717;QD=21.4859;RBI=0.00765103;REFB=-0.0193217;REVB=-0.00604686;RO=46;SAF=37;SAR=17;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220364;STB=0.61734;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0180771;OID=.;OPOS=232539219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:46:47:54:54:0.534653:17:37:20:26:17:37:21:26 chr1 232564162 . T C 230.71 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00987126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1724;QD=14.4195;RBI=0.0137228;REFB=0.00129721;REVB=-0.00953271;RO=37;SAF=19;SAR=8;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285635;STB=0.662932;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00159448;OID=.;OPOS=232564162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:8:19:16:21:8:19:16:21 chr1 232574921 . T C 330.05 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0273125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1489;QD=18.336;RBI=0.0278136;REFB=-0.0138207;REVB=0.00525598;RO=37;SAF=16;SAR=19;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229716;STB=0.512813;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0176222;OID=.;OPOS=232574921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:19:16:16:21:19:16:16:21 chr1 232619543 . T A 270.66 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0322604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3986;QD=12.0292;RBI=0.052291;REFB=-0.0243038;REVB=-0.0411536;RO=56;SAF=11;SAR=21;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120055;STB=0.571278;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0468111;OID=.;OPOS=232619543;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:56:58:32:32:0.355556:21:11:25:31:21:11:26:32 chr1 232650729 . A G 195.55 PASS AF=0.243902;AO=30;DP=123;FAO=30;FDP=123;FR=.;FRO=93;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=-0.000758937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.913;QD=6.35921;RBI=0.0330187;REFB=-0.00652494;REVB=-0.03301;RO=92;SAF=11;SAR=19;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155378;STB=0.590721;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0370154;OID=.;OPOS=232650729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:92:93:30:30:0.243902:19:11:45:47:19:11:45:48 chr1 232650750 . A G 390.42 PASS AF=0.353383;AO=47;DP=133;FAO=47;FDP=133;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.0116423;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.839;QD=11.7421;RBI=0.0143001;REFB=-0.0148576;REVB=-0.00830356;RO=86;SAF=23;SAR=24;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644536;STB=0.536897;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0252172;OID=.;OPOS=232650750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:86:86:47:47:0.353383:24:23:47:39:24:23:47:39 chr1 232650867 . CT GC,TT 127.77 PASS AF=0,0.275362;AO=3,16;DP=66;FAO=0,19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=0,8;FSAR=0,11;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0168044,-0.00607198;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=76.6658,201.613;QD=7.40684;RBI=0.0473142,0.0288958;REFB=-0.00547279,-0.0185587;REVB=-0.0442295,-0.0282507;RO=46;SAF=3,6;SAR=0,10;SRF=29;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.431657,-0.302064;STB=0.5,0.654607;STBP=1,0.124;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0552217;OID=.,.;OPOS=232650867,232650867;OREF=CT,C;OALT=GC,T;OMAPALT=GC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:66:69:46:50:3,16:0,19:0,0.275362:0,10:3,6:29:17:0,11:0,8:32:18 chr1 232941390 . C G 200.13 PASS AF=0.655172;AO=17;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00440077;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.025;QD=27.6043;RBI=0.0273817;REFB=-0.0145153;REVB=-0.0270257;RO=9;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050836;STB=0.543351;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00640117;OID=.;OPOS=232941390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:29:9:10:17:19:0.655172:7:10:6:3:8:11:7:3 chr1 232944569 . C T 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0243427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.095;QD=16.6186;RBI=0.0262816;REFB=-0.008928;REVB=-0.00990736;RO=28;SAF=18;SAR=5;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212632;STB=0.621914;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0117775;OID=.;OPOS=232944569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:5:18:17:11:5:18:17:11 chr1 232944926 . A T 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.011132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.014;QD=18.1185;RBI=0.0149209;REFB=-0.0141397;REVB=0.00993532;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974848;STB=0.555494;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0157692;OID=.;OPOS=232944926;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:10:8:11:9:10:8:11:9 chr1 232967889 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.555;QD=57.5451;RBI=0.0489991;REFB=0;REVB=0.0089485;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.68353e-05;OID=.;OPOS=232967889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr1 233086483 . GC G,GG 347.12 PASS AF=0.85,0.15;AO=27,7;DP=38;FAO=34,6;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=25,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347454,-0.0258478;FXX=0.0243843;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.1789,8.74529;QD=34.7123;RBI=0.0353743,0.0955974;REFB=0,0;REVB=0.00664073,0.0920367;RO=1;SAF=8,0;SAR=19,7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0238509,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00869173,-0.0852369;OID=.,.;OPOS=233086484,233086484;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.85,0.15:27,7:38:34,6:40:0:9,0:25,6:0:0:26:1:8,0:19,7:0:1 chr1 233121942 . C T 175.62 PASS AF=0.392157;AO=19;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00831309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.709;QD=13.774;RBI=0.0172356;REFB=-0.00164534;REVB=0.0150983;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924894;STB=0.565151;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00251417;OID=.;OPOS=233121942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:19:20:0.392157:12:7:14:17:13:7:14:17 chr1 233388242 . A G 605.18 PASS AF=0.521368;AO=60;DP=114;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0465191;FXX=0.0168053;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.9147;QD=20.6899;RBI=0.0525037;REFB=0.0121328;REVB=-0.0243436;RO=54;SAF=24;SAR=36;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150911;STB=0.577677;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.008649;OID=.;OPOS=233388242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:54:56:60:61:0.521368:36:24:31:23:36:25:32:24 chr1 233388512 . CT C 107.01 PASS AF=0.344633;AO=63;DP=179;FAO=61;FDP=177;FR=.;FRO=116;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=73;FWDB=-0.105664;FXX=0.0111726;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.4158;QD=2.41841;RBI=0.168416;REFB=-0.060593;REVB=0.131145;RO=104;SAF=28;SAR=35;SRF=39;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781829;STB=0.526765;STBP=0.619;TYPE=del;VARB=0.0721787;OID=.;OPOS=233388513;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344633:63:179:61:177:116:25:36:43:73:99:104:28:35:39:65 chr1 233395011 . C T 364.65 PASS AF=0.376068;AO=44;DP=116;FAO=44;FDP=117;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=50;FWDB=-0.00669422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6004;QD=12.4667;RBI=0.0761015;REFB=-0.0284983;REVB=-0.0758065;RO=72;SAF=17;SAR=27;SRF=22;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956248;STB=0.547907;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0492598;OID=.;OPOS=233395011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:72:73:44:44:0.376068:27:17:22:50:27:17:23:50 chr1 233398713 . C T 634.48 PASS AF=0.467626;AO=59;DP=133;FAO=65;FDP=139;FR=.;FRO=74;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=0.007169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.579;QD=18.2583;RBI=0.0102098;REFB=-0.0107414;REVB=0.00726942;RO=73;SAF=36;SAR=23;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775168;STB=0.532534;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0129491;OID=.;OPOS=233398713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:139:73:74:59:65:0.467626:23:36:39:34:26:39:40:34 chr1 233515413 . G A 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00844092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.321;QD=22.7947;RBI=0.00999277;REFB=-0.021257;REVB=-0.00534848;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994847;STB=0.55551;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0160472;OID=.;OPOS=233515413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:12:12:13:8:12:12:13:8 chr1 233518983 . G GT 588.05 PASS AF=0.42735;AO=88;DP=240;FAO=100;FDP=234;FR=.;FRO=134;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=52;FSRR=82;FWDB=-0.00100431;FXX=0.0209196;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.7927;QD=10.0521;RBI=0.00728058;REFB=-0.0125068;REVB=-0.00721098;RO=146;SAF=35;SAR=53;SRF=62;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307905;STB=0.530392;STBP=0.439;TYPE=ins;VARB=0.0152674;OID=.;OPOS=233518984;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42735:88:240:100:234:134:44:56:52:82:99:146:35:53:62:84 chr1 233518998 . C T 1021.44 PASS AF=0.435484;AO=108;DP=248;FAO=108;FDP=248;FR=.;FRO=140;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=55;FSRR=85;FWDB=-0.021136;FXX=0.00799968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6788;QD=16.4749;RBI=0.075706;REFB=-0.0130446;REVB=-0.0726957;RO=138;SAF=48;SAR=60;SRF=55;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472336;STB=0.529675;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0239787;OID=.;OPOS=233518998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:138:140:108:108:0.435484:60:48:55:83:60:48:55:85 chr1 233520845 . T C 245.2 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00217424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.97;QD=15.5681;RBI=0.0506233;REFB=-0.00337628;REVB=0.0505766;RO=35;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104974;STB=0.55928;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00387644;OID=.;OPOS=233520845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:13:15:15:20:13:15:15:20 chr1 233759918 . T C 474.32 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.0195614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.169;QD=18.9728;RBI=0.0219296;REFB=-0.00617487;REVB=-0.00991247;RO=53;SAF=25;SAR=22;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164134;STB=0.591178;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00766784;OID=.;OPOS=233759918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:22:25:19:34:22:25:19:34 chr1 233767008 . T A 188.39 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00012886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.629;QD=10.9209;RBI=0.00188023;REFB=-0.00375953;REVB=-0.0018758;RO=44;SAF=9;SAR=15;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399625;STB=0.517227;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00546889;OID=.;OPOS=233767008;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:44:45:24:24:0.347826:15:9:18:26:15:9:18:27 chr1 233767023 . A G 221.62 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0454478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5013;QD=12.3123;RBI=0.0455682;REFB=0.00491755;REVB=0.00330996;RO=45;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891085;STB=0.551152;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00833225;OID=.;OPOS=233767023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:14:13:18:27:14:13:18:27 chr1 233767059 . T C 218.06 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.000716727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.88;QD=11.477;RBI=0.000775295;REFB=-0.00590076;REVB=0.000295609;RO=48;SAF=13;SAR=14;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488967;STB=0.521001;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0104503;OID=.;OPOS=233767059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:49:27:27:0.355263:14:13:21:27:14:13:22:27 chr1 233785786 . A C 1881.94 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00334328;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.801;QD=61.703;RBI=0.00431402;REFB=0;REVB=0.0027264;RO=0;SAF=50;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83711e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09106e-05;OID=.;OPOS=233785786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:72:50:0:0:72:50:0:0 chr1 234367480 . C T 109.23 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00659349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1982;QD=8.56669;RBI=0.0136864;REFB=-0.00465471;REVB=0.0119935;RO=37;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608618;STB=0.537259;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0128978;OID=.;OPOS=234367480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:9:5:15:22:9:5:15:22 chr1 234442257 . A T 510.58 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.00751714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.014;QD=18.3992;RBI=0.00875433;REFB=-0.00123547;REVB=-0.00448675;RO=57;SAF=29;SAR=25;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556872;STB=0.530828;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00133096;OID=.;OPOS=234442257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:57:54:54:0.486486:25:29:34:23:25:29:34:23 chr1 234509259 . G C 613.23 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.642;QD=61.3226;RBI=0.0672659;REFB=0;REVB=0.0624734;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225534;OID=.;OPOS=234509259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr1 234527174 . T C 80.3 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0326951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.122;QD=5.18059;RBI=0.0347209;REFB=-0.00291633;REVB=-0.0116865;RO=49;SAF=8;SAR=5;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0040939;STB=0.502614;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.013735;OID=.;OPOS=234527174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:49:49:13:13:0.209677:5:8:30:19:5:8:30:19 chr1 234529552 . C T 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.813;QD=60.8833;RBI=0.0322851;REFB=0;REVB=0.0108868;RO=0;SAF=24;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24379e-05;OID=.;OPOS=234529552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:53:24:0:0:53:24:0:0 chr1 234529570 . G A 964.55 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0316398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.522;QD=55.9159;RBI=0.0318529;REFB=-0.0103004;REVB=-0.00367838;RO=2;SAF=18;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188988;STB=0.509997;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.000515629;OID=.;OPOS=234529570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:67:67:0.971014:49:18:0:2:49:18:0:2 chr1 234546245 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00617025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.522;QD=57.1059;RBI=0.0106756;REFB=0;REVB=-0.00871184;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.15506e-05;OID=.;OPOS=234546245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr1 234569192 . T C 304.08 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0225481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.93;QD=19.9399;RBI=0.0246257;REFB=-0.0128643;REVB=0.00989989;RO=28;SAF=19;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193622;STB=0.503709;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0174204;OID=.;OPOS=234569192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:28:29:32:32:0.52459:13:19:16:12:13:19:17:12 chr1 234569301 . C T 141.91 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0114965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5786;QD=9.62108;RBI=0.0464419;REFB=-0.0169441;REVB=-0.0449964;RO=39;SAF=9;SAR=10;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153947;STB=0.517838;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0355349;OID=.;OPOS=234569301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:40:19:19:0.322034:10:9:19:20:10:9:20:20 chr1 234582651 . T C 699.68 PASS AF=0.530769;AO=67;DP=129;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.00243165;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.455;QD=21.5285;RBI=0.0179058;REFB=-0.0212052;REVB=0.0177399;RO=60;SAF=35;SAR=32;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493068;STB=0.500446;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0199315;OID=.;OPOS=234582651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:60:61:67:69:0.530769:32:35:31:29:34:35:31:30 chr1 234584231 . C T 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0313087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.701;QD=12.6376;RBI=0.0519234;REFB=0.00276236;REVB=0.0414222;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190337;STB=0.610951;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00465404;OID=.;OPOS=234584231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:6:7:15:6:6:7:15:6 chr1 234603322 . A T 404.14 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00321517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.632;QD=19.4768;RBI=0.00774775;REFB=0.000482849;REVB=0.00704914;RO=42;SAF=27;SAR=14;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151459;STB=0.584373;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.000389098;OID=.;OPOS=234603322;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:14:27:21:21:14:27:21:21 chr1 234606998 . A G 628.28 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.076;QD=61.2957;RBI=0.0710449;REFB=0;REVB=-0.0043165;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322159;OID=.;OPOS=234606998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:19:22:0:0 chr1 235040004 . G A 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.38;QD=64.1527;RBI=0.0358563;REFB=0;REVB=0.0147363;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71472e-05;OID=.;OPOS=235040004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr1 235040045 . A G 837.06 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00881173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5788;QD=55.804;RBI=0.00949753;REFB=0.010796;REVB=-0.0035435;RO=1;SAF=38;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122567;STB=0.506491;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.000380175;OID=.;OPOS=235040045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:21:38:1:0:21:38:1:0 chr1 235652513 . T C 1219.17 PASS AF=0.975904;AO=82;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0659704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4539;QD=58.7554;RBI=0.069633;REFB=-0.0273989;REVB=0.022286;RO=1;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122993;STB=0.500746;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00481721;OID=.;OPOS=235652513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:1:2:82:81:0.975904:38:44:0:1:38:43:1:1 chr1 235705001 . G T 1523.01 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00420289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4295;QD=58.5773;RBI=0.00430582;REFB=-0.0192739;REVB=-0.000935844;RO=0;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.000526672;OID=.;OPOS=235705001;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:103:103:0.990385:58:45:0:0:58:45:0:1 chr1 235715523 . A G 955.09 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00827855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2382;QD=58.7748;RBI=0.0251854;REFB=0;REVB=-0.0237859;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.78462e-05;OID=.;OPOS=235715523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr1 236139134 . CTTTTTTA CTTTTTA,CTTTTTT,CTTTTTTT 57.35 PASS AF=0.0833333,0.333333,0.416667;AO=2,3,3;DP=12;FAO=1,4,5;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=1,0,3;FSAR=0,4,2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.203269,-0.0636498,0.0879317;FXX=0;HRUN=6,7,7;LEN=1,1,1;MLLD=10.976,11.282,17.3476;QD=19.1179;RBI=0.296512,0.0902605,0.113688;REFB=-0.0627901,0.0297686,0.0618701;REVB=0.215872,0.0639973,-0.0720622;RO=1;SAF=2,0,3;SAR=0,3,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.456311,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.697199,0,0.727144;STB=0.986712,0.995773,0.529293;STBP=0.515,0.167,0.911;TYPE=del,del,snp;VARB=0.13367,-0.0526247,0.0454239;OID=.,.,.;OPOS=236139135,236139141,236139141;OREF=T,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=CTTTTTA,CTTTTTT,CTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0833333,0.333333,0.416667:2,3,3:12:1,4,5:12:2:1,0,3:0,4,2:1:1:16:1:2,0,3:0,3,0:0:1 chr1 236141174 . T C 405.59 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.000861285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.41;QD=15.1621;RBI=0.00579145;REFB=-0.014709;REVB=-0.00572705;RO=61;SAF=26;SAR=20;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583434;STB=0.532773;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0183331;OID=.;OPOS=236141174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:61:61:46:46:0.429907:20:26:31:30:20:26:31:30 chr1 236144951 . A G 323.05 PASS AF=0.453333;AO=26;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.278441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0611;QD=17.2295;RBI=0.278688;REFB=0.00925514;REVB=-0.0117331;RO=36;SAF=8;SAR=18;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312728;STB=0.58289;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00452102;OID=.;OPOS=236144951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:40:26:34:0.453333:18:8:22:14:18:16:25:15 chr1 236175327 . C A 291.41 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0146242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.75;QD=14.3908;RBI=0.0146246;REFB=-0.00976626;REVB=-0.000104002;RO=48;SAF=15;SAR=18;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176516;STB=0.599941;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0126192;OID=.;OPOS=236175327;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:18:15:30:18:18:15:30:18 chr1 236175339 . T C 246.34 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.00428132;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.472;QD=13.3155;RBI=0.00586799;REFB=-0.00410814;REVB=-0.00401293;RO=46;SAF=13;SAR=16;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216096;STB=0.617568;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.004415;OID=.;OPOS=236175339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:46:45:29:29:0.391892:16:13:30:16:16:13:29:16 chr1 236205343 . C T 216.66 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.00797855;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.368;QD=10.9703;RBI=0.00927714;REFB=0.000729208;REVB=-0.00473373;RO=49;SAF=20;SAR=7;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378822;STB=0.735673;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000962817;OID=.;OPOS=236205343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:49:52:27:27:0.341772:7:20:20:29:7:20:20:32 chr1 236208773 . C T 475.04 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00199849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.877;QD=24.3607;RBI=0.00822749;REFB=-0.00535647;REVB=-0.00798108;RO=33;SAF=23;SAR=22;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734763;STB=0.540245;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00439333;OID=.;OPOS=236208773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:33:45:45:0.576923:22:23:20:13:22:23:20:13 chr1 236381825 . G C 988.82 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.3006;QD=59.0342;RBI=0.071646;REFB=0;REVB=0.0699011;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551241;OID=.;OPOS=236381825;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr1 236389999 . C T 470.33 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0255161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.95;QD=20.6739;RBI=0.027372;REFB=-0.00578545;REVB=-0.00990751;RO=44;SAF=25;SAR=21;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220476;STB=0.506021;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00466888;OID=.;OPOS=236389999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:45:46:46:0.505495:21:25:25:19:21:25:25:20 chr1 236415347 . T C 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0120221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.776;QD=17.156;RBI=0.0168988;REFB=-0.00327752;REVB=0.0118759;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115476;STB=0.565841;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00326673;OID=.;OPOS=236415347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:8:9:13:7:8:9:13:7 chr1 236557771 . G A 1497.96 PASS AF=0.945946;AO=105;DP=111;FAO=105;FDP=111;FR=.;FRO=6;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0096673;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.098;QD=53.9806;RBI=0.0230518;REFB=-0.158303;REVB=0.0209267;RO=6;SAF=49;SAR=56;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0034275;STB=0.501809;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00121293;OID=.;OPOS=236557771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:111:111:6:6:105:105:0.945946:56:49:3:3:56:49:3:3 chr1 236719135 . T C 801.25 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5686;QD=57.2324;RBI=0.05056;REFB=0;REVB=-0.0373337;RO=0;SAF=42;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000560371;OID=.;OPOS=236719135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:14:42:0:0:14:42:0:0 chr1 236721731 . T C 1917.08 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0634576;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3951;QD=60.8598;RBI=0.0917799;REFB=-0.0451707;REVB=0.0663075;RO=1;SAF=60;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785333;STB=0.504132;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0012324;OID=.;OPOS=236721731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:126:1:1:125:125:0.992063:65:60:1:0:65:60:1:0 chr1 236755837 . C T 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.064092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.66;QD=8.37064;RBI=0.0703075;REFB=-0.00627864;REVB=-0.0289026;RO=28;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362456;STB=0.522347;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0172973;OID=.;OPOS=236755837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:4:7:17:11:4:7:17:11 chr1 236758887 . T C 500.88 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0224965;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.367;QD=21.5433;RBI=0.0397294;REFB=-0.0182311;REVB=0.0327465;RO=45;SAF=20;SAR=28;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642486;STB=0.535504;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0144505;OID=.;OPOS=236758887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:45:45:48:48:0.516129:28:20:22:23:28:20:22:23 chr1 236767330 . A G 507.48 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.0176103;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.103;QD=17.8064;RBI=0.0179991;REFB=-0.0157719;REVB=-0.00372092;RO=60;SAF=31;SAR=23;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415787;STB=0.523068;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0137708;OID=.;OPOS=236767330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:60:54:54:0.473684:23:31:37:23:23:31:37:23 chr1 236882303 . T C 1215.73 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00856357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.692;QD=60.7864;RBI=0.0116445;REFB=0;REVB=0.00789047;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190838;OID=.;OPOS=236882303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:48:31:0:0:49:31:0:0 chr1 236883421 . C T 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.468;QD=63.7516;RBI=0.0221694;REFB=0;REVB=-0.0103824;RO=0;SAF=57;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.81756e-05;OID=.;OPOS=236883421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:39:57:0:0:39:57:0:0 chr1 236902783 . G A 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00765588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.782;QD=7.52766;RBI=0.00792693;REFB=-0.010258;REVB=-0.00205517;RO=43;SAF=6;SAR=10;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829764;STB=0.550597;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0241069;OID=.;OPOS=236902783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:10:6:19:24:10:6:19:24 chr1 236925844 . G A 3279.58 PASS AF=0.986175;AO=213;DP=217;FAO=214;FDP=217;FR=.;FRO=3;FSAF=84;FSAR=130;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0153445;FXX=0.00458695;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.226;QD=60.4531;RBI=0.0179004;REFB=-0.0776793;REVB=-0.00921801;RO=3;SAF=83;SAR=130;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169043;STB=0.508771;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=5.58321e-05;OID=.;OPOS=236925844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:217:217:3:3:213:214:0.986175:130:83:3:0:130:84:3:0 chr1 237433625 . C T 2587.16 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258422;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.787;QD=61.9679;RBI=0.0293404;REFB=0;REVB=-0.013894;RO=0;SAF=80;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88579e-05;OID=.;OPOS=237433625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:167:0:0:167:167:1:87:80:0:0:87:80:0:0 chr1 237617757 . C T 990.63 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.758;QD=59.1421;RBI=0.0133361;REFB=0;REVB=0.0072622;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.56742e-06;OID=.;OPOS=237617757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:42:24:0:0:42:25:0:0 chr1 237664108 . G T 668.24 PASS AF=0.492647;AO=66;DP=135;FAO=67;FDP=136;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.00907915;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.624;QD=19.6541;RBI=0.0105122;REFB=-0.0260862;REVB=0.00529859;RO=68;SAF=35;SAR=31;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413882;STB=0.522651;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.025521;OID=.;OPOS=237664108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:68:69:66:67:0.492647:31:35:33:35:31:36:34:35 chr1 237711797 . A G 1695.2 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8793;QD=60.5429;RBI=0.087622;REFB=0;REVB=0.0725062;RO=0;SAF=73;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68451e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560389;OID=.;OPOS=237711797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:39:73:0:0:39:73:0:0 chr1 237766694 . CTGAT C 122.46 PASS AF=0.264706;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0103557;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=259.911;QD=7.20348;RBI=0.0104304;REFB=-0.00621296;REVB=0.00124629;RO=50;SAF=6;SAR=12;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111933;STB=0.568343;STBP=0.513;TYPE=del;VARB=0.0173536;OID=.;OPOS=237766695;OREF=TGAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264706:18:68:18:68:50:6:12:21:29:99:50:6:12:21:29 chr1 237766753 . A G 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0169851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.943;QD=15.1959;RBI=0.0237575;REFB=-0.0163805;REVB=0.016611;RO=26;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167947;STB=0.597587;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.026855;OID=.;OPOS=237766753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:13:5:11:15:13:5:11:15 chr1 237801770 . T C 1805.97 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0559246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6416;QD=60.1991;RBI=0.0590535;REFB=-0.0986969;REVB=0.018967;RO=0;SAF=47;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.20685e-08;STB=0.505262;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000794149;OID=.;OPOS=237801770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:0:1:119:119:0.991667:72:47:0:0:72:47:1:0 chr1 237831260 . T C 33.26 PASS AF=0.0857143;AO=8;DP=104;FAO=9;FDP=105;FR=.;FRO=96;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=0.00478961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.741;QD=1.26696;RBI=0.0227707;REFB=-0.00344281;REVB=0.0222612;RO=93;SAF=4;SAR=4;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177358;STB=0.578773;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0288321;OID=.;OPOS=237831260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:104:105:93:96:8:9:0.0857143:4:4:45:48:4:5:45:51 chr1 237863718 . T G 1135.23 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.902;QD=60.5454;RBI=0.0327828;REFB=0;REVB=0.0113116;RO=0;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.29324e-05;OID=.;OPOS=237863718;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:47:28:0:0:47:28:0:0 chr1 237881770 . C T 2407.3 PASS AF=0.987578;AO=159;DP=161;FAO=159;FDP=161;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00466925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.723;QD=59.8087;RBI=0.0152861;REFB=0.0384112;REVB=-0.0145556;RO=1;SAF=64;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498238;STB=0.505208;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.000189828;OID=.;OPOS=237881770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:161:161:1:2:159:159:0.987578:95:64:0:1:95:64:0:2 chr1 237890437 . C T 2591.56 PASS AF=1;AO=166;DP=168;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00490821;FXX=0.0118336;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.212;QD=62.0733;RBI=0.0105564;REFB=0;REVB=0.009346;RO=0;SAF=79;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021475;OID=.;OPOS=237890437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:167:0:0:166:167:1:87:79:0:0:88:79:0:0 chr1 237905573 . T C 456.45 PASS AF=0.671233;AO=17;DP=40;FAO=49;FDP=73;FR=.;FRO=24;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.00047611;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=148.77;QD=25.011;RBI=0.10191;REFB=-0.00817716;REVB=0.101909;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248216;STB=0.554878;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00762016;OID=.;OPOS=237905573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:73:22:24:17:49:0.671233:7:10:18:4:20:29:18:6 chr1 237905574 . T C 195.82 PASS AF=0.38961;AO=11;DP=57;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00243675;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=132.333;QD=10.1725;RBI=0.0618625;REFB=-0.00397737;REVB=0.0618145;RO=46;SAF=7;SAR=4;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363034;STB=0.524363;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00973332;OID=.;OPOS=237905574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:77:46:47:11:30:0.38961:4:7:28:18:11:19:28:19 chr1 237905575 . T C 82.13 PASS AF=0.202532;AO=16;DP=75;FAO=16;FDP=79;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.00341303;FXX=0.0124984;HRUN=15;LEN=1;MLLD=153.958;QD=4.15867;RBI=0.082964;REFB=-0.000888486;REVB=-0.0828938;RO=59;SAF=10;SAR=6;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195537;STB=0.59953;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0680437;OID=.;OPOS=237905575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:75:79:59:63:16:16:0.202532:6:10:36:23:5:11:36:27 chr1 237947855 . G A 102.68 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0281965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.42;QD=7.08116;RBI=0.0281971;REFB=-0.00233301;REVB=-0.000171868;RO=43;SAF=10;SAR=5;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346319;STB=0.710842;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0150776;OID=.;OPOS=237947855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:43:43:15:15:0.258621:5:10:16:27:5:10:16:27 chr1 237997087 . A G 239.89 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0356852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.784;QD=14.3218;RBI=0.0382188;REFB=-0.02659;REVB=0.0136837;RO=39;SAF=17;SAR=11;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299546;STB=0.669315;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0584253;OID=.;OPOS=237997087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:11:17:12:27:11:17:12:27 chr1 238107035 . C G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00769413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.64;QD=57.5453;RBI=0.0102571;REFB=0;REVB=-0.00678289;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37504e-05;OID=.;OPOS=238107035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr1 238109693 . G A 32.25 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0642469;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.117;QD=2.58013;RBI=0.073071;REFB=-0.0103839;REVB=-0.0348095;RO=42;SAF=4;SAR=2;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116794;STB=0.591236;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0441888;OID=.;OPOS=238109693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:42:44:6:6:0.12:2:4:24:18:2:4:25:19 chr1 238114860 . G A 1175.93 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00581137;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.917;QD=61.087;RBI=0.0116184;REFB=0;REVB=0.0100605;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121305;OID=.;OPOS=238114860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr1 238114934 . G A 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00455948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9549;QD=57.5444;RBI=0.00495901;REFB=0;REVB=-0.00195011;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.82941e-05;OID=.;OPOS=238114934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr1 238114936 . A G 748.31 PASS AF=0.948276;AO=57;DP=57;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0175542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.987;QD=51.6073;RBI=0.0185096;REFB=-0.0207075;REVB=0.00586977;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.000252407;OID=.;OPOS=238114936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:58:0:3:57:55:0.948276:28:29:0:0:27:28:1:2 chr1 240070911 . G A 140.32 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0256369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.014;QD=7.79533;RBI=0.026113;REFB=-0.0155852;REVB=0.00496414;RO=51;SAF=8;SAR=12;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109203;STB=0.57296;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0344285;OID=.;OPOS=240070911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:51:52:20:20:0.277778:12:8:25:26:12:8:26:26 chr1 240073226 . C T 321.34 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0222272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.123;QD=18.9021;RBI=0.0235626;REFB=-0.00400157;REVB=-0.00781944;RO=34;SAF=13;SAR=21;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108399;STB=0.560462;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00305047;OID=.;OPOS=240073226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:21:13:17:17:21:13:17:17 chr1 240074981 . A G 200.99 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.010087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.427;QD=20.6143;RBI=0.0478583;REFB=0.00608519;REVB=0.0467833;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936717;STB=0.562437;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00396091;OID=.;OPOS=240074981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:19:19:19:20:0.512821:8:11:9:10:8:12:9:10 chr1 240076544 . C A 491.75 PASS AF=0.484848;AO=47;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00130698;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.49;QD=19.8687;RBI=0.0179391;REFB=-0.0182775;REVB=-0.0178914;RO=50;SAF=16;SAR=31;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990133;STB=0.542378;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0193946;OID=.;OPOS=240076544;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:51:47:48:0.484848:31:16:22:28:31:17:22:29 chr1 240076975 . G A 223.65 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0281949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1586;QD=19.4478;RBI=0.0957656;REFB=-0.0166539;REVB=0.091521;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590749;STB=0.521719;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0213077;OID=.;OPOS=240076975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:24:22:22:0.478261:11:11:10:13:11:11:11:13 chr1 240077023 . A G 242.1 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00371971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.067;QD=16.9896;RBI=0.0136366;REFB=-0.00796134;REVB=0.0131195;RO=30;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832719;STB=0.54684;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00909198;OID=.;OPOS=240077023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:15:12:16:14:15:12:16:14 chr1 240370314 . G A 100.21 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0274678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9197;QD=8.01685;RBI=0.0664925;REFB=-0.0200215;REVB=-0.0605539;RO=37;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368378;STB=0.722726;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0534251;OID=.;OPOS=240370314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:37:37:13:13:0.26:5:8:11:26:5:8:11:26 chr1 240492414 . T C 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0253434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5034;QD=11.6201;RBI=0.0344678;REFB=-0.0029606;REVB=0.0233611;RO=35;SAF=13;SAR=7;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00860466;STB=0.505005;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0071248;OID=.;OPOS=240492414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:7:13:23:12:7:13:23:12 chr1 240492734 . G A 440.04 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0295832;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.234;QD=16.9247;RBI=0.0297284;REFB=-0.0105229;REVB=-0.00293391;RO=55;SAF=20;SAR=28;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123966;STB=0.564489;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0118379;OID=.;OPOS=240492734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:55:56:48:48:0.461538:28:20:30:25:28:20:30:26 chr1 240497265 . A C 900.59 PASS AF=0.523529;AO=88;DP=169;FAO=89;FDP=170;FR=.;FRO=81;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.0366522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.15;QD=21.1902;RBI=0.0376953;REFB=0.0124233;REVB=-0.00880631;RO=81;SAF=44;SAR=44;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161884;STB=0.511496;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.0100674;OID=.;OPOS=240497265;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:81:81:88:89:0.523529:44:44:39:42:44:45:39:42 chr1 240655944 . C T 168.38 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00457267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.59;QD=8.52552;RBI=0.00480347;REFB=0.0054316;REVB=0.00147105;RO=55;SAF=12;SAR=11;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795639;STB=0.540624;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00775803;OID=.;OPOS=240655944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:55:56:23:23:0.291139:11:12:25:30:11:12:26:30 chr1 241665790 . C T 157.68 PASS AF=0.234694;AO=23;DP=98;FAO=23;FDP=98;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.00186904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.513;QD=6.43591;RBI=0.0083372;REFB=-0.0107355;REVB=-0.00812499;RO=74;SAF=13;SAR=10;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180434;STB=0.604827;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0350167;OID=.;OPOS=241665790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:74:75:23:23:0.234694:10:13:31:43:10:13:32:43 chr1 241712134 . C T 1167.37 PASS AF=0.548544;AO=113;DP=206;FAO=113;FDP=206;FR=.;FRO=93;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=-0.00838751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.157;QD=22.6674;RBI=0.00875611;REFB=-0.00683115;REVB=-0.0025138;RO=93;SAF=62;SAR=51;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018184;STB=0.509911;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00462927;OID=.;OPOS=241712134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:93:93:113:113:0.548544:51:62:49:44:51:62:49:44 chr1 241753391 . G A 116.12 PASS AF=0.233766;AO=18;DP=77;FAO=18;FDP=77;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0565646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8843;QD=6.03224;RBI=0.0588481;REFB=-0.00860555;REVB=-0.016234;RO=59;SAF=10;SAR=8;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375087;STB=0.52323;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0216733;OID=.;OPOS=241753391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:59:59:18:18:0.233766:8:10:31:28:8:10:31:28 chr1 241798631 . C T 198.97 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.00807557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.324;QD=11.3695;RBI=0.00822579;REFB=-0.00966741;REVB=-0.00156484;RO=44;SAF=13;SAR=12;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181312;STB=0.609617;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0160841;OID=.;OPOS=241798631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:44:45:25:25:0.357143:12:13:30:14:12:13:31:14 chr1 241799219 . AT A,TA 60.93 PASS AF=0.431034,0;AO=20,3;DP=58;FAO=25,0;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=8,0;FSAR=17,0;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.023266,-0.034407;FXX=0;HRUN=8,1;LEN=1,2;MLLD=6.88068,18.3523;QD=4.20214;RBI=0.10203,0.0622718;REFB=-0.068272,-0.0101285;REVB=0.0993416,-0.0519032;RO=24;SAF=5,2;SAR=15,1;SRF=10;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.188129,0.262052;STB=0.527928,0.5;STBP=0.78,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0846458,0.00102083;OID=.,.;OPOS=241799220,241799219;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:58:58:24:33:20,3:25,0:0.431034,0:15,1:5,2:10:14:17,0:8,0:12:21 chr1 241907817 . T C 1175.95 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00907998;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.508;QD=61.0883;RBI=0.0159824;REFB=0;REVB=0.0131526;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66357e-05;OID=.;OPOS=241907817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:31:46:0:0:31:46:0:0 chr1 241958569 . G A 192.99 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0101028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.628;QD=10.0256;RBI=0.0139276;REFB=-0.0029286;REVB=0.00958708;RO=52;SAF=14;SAR=11;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113294;STB=0.566337;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00625163;OID=.;OPOS=241958569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:52:25:25:0.324675:11:14:24:28:11:14:24:28 chr1 242016701 . G A 274.73 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00218751;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.314;QD=17.4433;RBI=0.00248146;REFB=-0.00482241;REVB=0.00117151;RO=32;SAF=11;SAR=19;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980653;STB=0.548247;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0046695;OID=.;OPOS=242016701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:32:33:30:30:0.47619:19:11:15:17:19:11:15:18 chr1 242020652 . C T 427.87 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.00784508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.743;QD=19.4485;RBI=0.00991473;REFB=-0.0300831;REVB=0.00606272;RO=43;SAF=20;SAR=23;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149683;STB=0.591675;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0178747;OID=.;OPOS=242020652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:45:43:43:0.488636:23:20:13:30:23:20:13:32 chr1 242030151 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0094365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.322;QD=59.4336;RBI=0.0249055;REFB=0;REVB=0.0230485;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016439;OID=.;OPOS=242030151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr1 242042545 . A G 955.34 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.498;QD=58.7901;RBI=0.0117658;REFB=0;REVB=0.000858757;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73975e-05;OID=.;OPOS=242042545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:30:34:0:0:30:35:0:0 chr1 242045275 . C T 3188.54 PASS AF=1;AO=199;DP=200;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0011935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.978;QD=63.7707;RBI=0.00472232;REFB=0;REVB=-0.00456901;RO=0;SAF=101;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2762e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49169e-06;OID=.;OPOS=242045275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:200:0:0:199:200:1:98:101:0:0:98:102:0:0 chr1 242048674 . C T 591.91 PASS AF=0.41875;AO=67;DP=160;FAO=67;FDP=160;FR=.;FRO=93;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.0147117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2185;QD=14.7978;RBI=0.0162383;REFB=0.0025501;REVB=-0.00687386;RO=91;SAF=43;SAR=24;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145158;STB=0.575982;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00455181;OID=.;OPOS=242048674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:91:93:67:67:0.41875:24:43:46:45:24:43:48:45 chr1 242053030 . AT A 69.74 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0681631;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.4381;QD=5.46999;RBI=0.103139;REFB=0.00705525;REVB=0.0774049;RO=32;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189841;STB=0.601637;STBP=0.282;TYPE=del;VARB=0.00189555;OID=.;OPOS=242053031;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:18:51:18:51:33:11:7:15:18:69:32:11:7:14:18 chr1 242053042 . A G 338.63 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0165073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.184;QD=28.8197;RBI=0.0334304;REFB=-0.0276896;REVB=0.0290706;RO=17;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133107;STB=0.562183;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0131778;OID=.;OPOS=242053042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:18:29:29:0.617021:16:13:11:6:16:13:11:7 chr1 242222754 . A G 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00236952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.489;QD=63.4761;RBI=0.00699487;REFB=0;REVB=0.0065813;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72775e-06;OID=.;OPOS=242222754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:43:51:0:0:43:51:0:0 chr1 242687390 . G A 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=0.0103629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.372;QD=19.156;RBI=0.0156806;REFB=-0.00116003;REVB=0.0117683;RO=23;SAF=15;SAR=6;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194805;STB=0.608605;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00238207;OID=.;OPOS=242687390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:6:15:20:3:6:15:20:3 chr1 243328887 . G T 43.21 PASS AF=0.125;AO=9;DP=72;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0178466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.198;QD=2.40055;RBI=0.0228264;REFB=5.9887e-05;REVB=0.0142317;RO=63;SAF=2;SAR=7;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441695;STB=0.813305;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00525717;OID=.;OPOS=243328887;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:72:63:63:9:9:0.125:7:2:38:25:7:2:38:25 chr1 243329049 . G A 178.18 PASS AF=0.210145;AO=29;DP=139;FAO=29;FDP=138;FR=.;FRO=109;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=61;FSRR=48;FWDB=-0.00985439;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.558;QD=5.16473;RBI=0.0103354;REFB=-0.00184775;REVB=0.00311646;RO=102;SAF=12;SAR=17;SRF=60;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217625;STB=0.613975;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00691341;OID=.;OPOS=243329049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:102:109:29:29:0.210145:17:12:60:42:17:12:61:48 chr1 243329075 . T C 138.05 PASS AF=0.176056;AO=25;DP=141;FAO=25;FDP=142;FR=.;FRO=117;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=67;FSRR=50;FWDB=0.0154638;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.7696;QD=3.88867;RBI=0.0219828;REFB=-0.00923399;REVB=-0.0156242;RO=116;SAF=11;SAR=14;SRF=66;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163531;STB=0.607933;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0433524;OID=.;OPOS=243329075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:116:117:25:25:0.176056:14:11:66:50:14:11:67:50 chr1 243579112 . G A 601.05 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.115862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0773;QD=58.6393;RBI=0.11764;REFB=-0.0450499;REVB=0.0203746;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517233;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00324951;OID=.;OPOS=243579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:0:1:40:40:0.97561:26:14:0:0:26:14:1:0 chr1 243727068 . G A 283.52 PASS AF=0.304;AO=38;DP=125;FAO=38;FDP=125;FR=.;FRO=87;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=-0.013393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.972;QD=9.07267;RBI=0.0143947;REFB=-0.00132341;REVB=0.0052759;RO=85;SAF=22;SAR=16;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593741;STB=0.535421;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00311094;OID=.;OPOS=243727068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:85:87:38:38:0.304:16:22:45:40:16:22:46:41 chr1 244219563 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00473212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.081;QD=56.9569;RBI=0.0120036;REFB=0;REVB=0.0110315;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95218e-06;OID=.;OPOS=244219563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr1 244653781 . AT A 156.76 PASS AF=0.452055;AO=34;DP=74;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.104233;FXX=0.0135117;HRUN=6;LEN=1;MLLD=14.1286;QD=8.58933;RBI=0.220465;REFB=0.00197045;REVB=0.194269;RO=37;SAF=17;SAR=17;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138854;STB=0.574247;STBP=0.281;TYPE=del;VARB=0.00625431;OID=.;OPOS=244653782;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452055:34:74:33:73:40:16:17:14:26:99:37:17:17:13:24 chr1 244773784 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.751;QD=59.4353;RBI=0.0275211;REFB=0;REVB=0.0146129;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91876e-05;OID=.;OPOS=244773784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr1 244773803 . T C 591.99 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0545737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.689;QD=56.3798;RBI=0.0597803;REFB=-0.0729823;REVB=0.0244008;RO=2;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623867;STB=0.533316;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00149295;OID=.;OPOS=244773803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:2:2:40:40:0.952381:14:26:0:2:14:26:0:2 chr1 245016487 . TG T 46.59 PASS AF=0.338462;AO=21;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0720607;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.56357;QD=2.86733;RBI=0.125204;REFB=-0.0695586;REVB=-0.102388;RO=34;SAF=11;SAR=10;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133511;STB=0.571366;STBP=0.438;TYPE=del;VARB=0.0512806;OID=.;OPOS=245016488;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.338462:21:65:22:65:43:12:10:28:15:46:34:11:10:22:12 chr1 245133623 . T TCCTCC 117.4 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209557;FXX=0.0832639;HRUN=2;LEN=5;MLLD=227.39;QD=42.6905;RBI=0.021093;REFB=0;REVB=-0.00240311;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.5301e-05;OID=.;OPOS=245133624;OREF=-;OALT=CCTCC;OMAPALT=TCCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:12:11:11:0:9:2:0:0:3:0:9:2:0:0 chr1 245133662 . G C 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9635;QD=48.7346;RBI=0.0626768;REFB=0;REVB=0.0612302;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182204;OID=.;OPOS=245133662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr1 245703990 . G T 760.19 PASS AF=0.503401;AO=68;DP=143;FAO=74;FDP=147;FR=.;FRO=73;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.0148979;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.457;QD=20.6855;RBI=0.0149068;REFB=-0.00567082;REVB=0.000515813;RO=74;SAF=40;SAR=28;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459074;STB=0.530712;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00538297;OID=.;OPOS=245703990;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:147:74:73:68:74:0.503401:28:40:40:34:30:44:39:34 chr1 245704130 . G C 167.15 PASS AF=0.368421;AO=20;DP=56;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00605227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.226;QD=11.7296;RBI=0.00611136;REFB=-0.00833146;REVB=0.000847802;RO=35;SAF=3;SAR=17;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267516;STB=0.661238;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0125971;OID=.;OPOS=245704130;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:35:36:20:21:0.368421:17:3:11:24:18:3:11:25 chr1 245850806 . G A 197.62 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0379866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4082;QD=18.821;RBI=0.0583056;REFB=-0.0220515;REVB=0.044233;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176201;STB=0.5999;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0380844;OID=.;OPOS=245850806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:8:12:9:13:8:12:9:13 chr1 245851304 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000537566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.165;QD=33.4285;RBI=0.0274709;REFB=0;REVB=0.0274657;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555721;OID=.;OPOS=245851304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr1 245861571 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.145;QD=57.3858;RBI=0.0246825;REFB=0;REVB=0.0242578;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59499e-05;OID=.;OPOS=245861571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:39:18:0:0:39:18:0:0 chr1 245862255 . C T 402.23 PASS AF=0.360902;AO=48;DP=134;FAO=48;FDP=133;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.0158872;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.421;QD=12.0971;RBI=0.0170363;REFB=-0.0109998;REVB=0.00615076;RO=83;SAF=25;SAR=23;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164613;STB=0.517072;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0146301;OID=.;OPOS=245862255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:83:85:48:48:0.360902:23:25:42:41:23:25:42:43 chr1 246670481 . C G 3101.23 PASS AF=0.990244;AO=202;DP=204;FAO=203;FDP=205;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=110;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0439109;FXX=0.00966137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0393;QD=60.5118;RBI=0.0444255;REFB=-0.136693;REVB=0.00674217;RO=1;SAF=92;SAR=110;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514919;STB=0.505319;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000793509;OID=.;OPOS=246670481;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:204:205:1:2:202:203:0.990244:110:92:1:0:110:93:2:0 chr1 246714587 . G A 397.94 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00325573;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.34;QD=17.885;RBI=0.00374905;REFB=-0.00397558;REVB=-0.00185893;RO=48;SAF=17;SAR=24;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181879;STB=0.601586;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00440705;OID=.;OPOS=246714587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:24:17:29:19:24:17:29:19 chr1 246720798 . G A 887.94 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0256537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5529;QD=56.3771;RBI=0.0669598;REFB=-0.0287166;REVB=-0.0618507;RO=1;SAF=27;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171613;STB=0.508769;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00023076;OID=.;OPOS=246720798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:34:27:1:0:34:28:1:0 chr1 246755124 . T C 1135.21 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0504629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7222;QD=60.5444;RBI=0.0507053;REFB=0;REVB=0.00495162;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000329572;OID=.;OPOS=246755124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr1 246810637 . C T 132.98 PASS AF=0.238095;AO=20;DP=84;FAO=20;FDP=84;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0145152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.567;QD=6.33229;RBI=0.0188132;REFB=-0.00553957;REVB=0.0119686;RO=63;SAF=9;SAR=11;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693827;STB=0.509629;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0210718;OID=.;OPOS=246810637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:63:64:20:20:0.238095:11:9:28:35:11:9:28:36 chr1 246829616 . T C 2830.45 PASS AF=0.994505;AO=181;DP=182;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00720843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.779;QD=62.2077;RBI=0.0109397;REFB=-0.0973251;REVB=0.008229;RO=0;SAF=89;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502793;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=9.3165e-05;OID=.;OPOS=246829616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:182:0:1:181:181:0.994505:92:89:0:0:92:89:1:0 chr1 246939513 . G A 1579.17 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.741;QD=63.8049;RBI=0.121945;REFB=0;REVB=0.119699;RO=1;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998494;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006786;OID=.;OPOS=246939513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:1:0:98:99:1:47:51:0:1:48:51:0:0 chr1 246942159 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00618915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.963;QD=57.3858;RBI=0.0179941;REFB=0;REVB=-0.0168962;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.12909e-05;OID=.;OPOS=246942159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr1 247006051 . G C 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0356742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9552;QD=18.3451;RBI=0.0483315;REFB=-0.0207263;REVB=-0.032608;RO=17;SAF=12;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31729;STB=0.693647;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0183928;OID=.;OPOS=247006051;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:5:12:6:11:5:12:6:12 chr1 247048834 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00287776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.417;QD=57.3857;RBI=0.00600561;REFB=0;REVB=-0.00527123;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17291e-05;OID=.;OPOS=247048834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr1 247150740 . T C 1096.76 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.7428;QD=60.0967;RBI=0.126004;REFB=0;REVB=0.0996939;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017032;OID=.;OPOS=247150740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:37:33:0:0:39:34:0:0 chr1 247162658 . C T 763.9 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0480007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.632;QD=54.5644;RBI=0.0539845;REFB=-0.118434;REVB=0.0247034;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.507689;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000689867;OID=.;OPOS=247162658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:56:0:1:54:55:0.982143:32:22:0:0:32:23:0:1 chr1 247419509 . T C 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000984222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.794;QD=57.8835;RBI=0.00786643;REFB=0;REVB=-0.00780461;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60603e-05;OID=.;OPOS=247419509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:23:37:0:0:23:37:0:0 chr1 247419664 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00959312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.441;QD=57.6807;RBI=0.0169095;REFB=0;REVB=-0.0139249;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2623e-05;OID=.;OPOS=247419664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr1 247420421 . C T 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0325006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.298;QD=15.293;RBI=0.0330494;REFB=-0.00330911;REVB=0.00599784;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400241;STB=0.736288;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0106078;OID=.;OPOS=247420421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:2:7:3:6:2:7:3:6 chr1 247587408 . C T 391.98 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.00727599;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.886;QD=18.8907;RBI=0.0145845;REFB=-0.0176949;REVB=-0.01264;RO=42;SAF=24;SAR=16;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649433;STB=0.540796;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0199281;OID=.;OPOS=247587408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:42:43:40:40:0.481928:16:24:28:14:16:24:29:14 chr1 247587477 . G A 327.27 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.000631397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.295;QD=15.4008;RBI=0.00552512;REFB=-0.0145501;REVB=-0.00548893;RO=47;SAF=24;SAR=12;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266525;STB=0.661327;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0154955;OID=.;OPOS=247587477;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:49:36:36:0.423529:12:24:19:28:12:24:19:30 chr1 247587531 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.794;QD=57.1775;RBI=0.0730129;REFB=0;REVB=0.0100715;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139624;OID=.;OPOS=247587531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr1 247588053 . C T 278.85 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0268238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.552;QD=21.8707;RBI=0.0388598;REFB=-0.00740995;REVB=0.0281171;RO=23;SAF=13;SAR=15;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256005;STB=0.641284;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00937531;OID=.;OPOS=247588053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:15:13:18:5:15:13:18:5 chr1 247614693 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.727;QD=57.6807;RBI=0.0133481;REFB=0;REVB=0.0103961;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145145;OID=.;OPOS=247614693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr1 247614896 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000906174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.699;QD=52.6129;RBI=0.0137785;REFB=0;REVB=-0.0137487;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.11839e-05;OID=.;OPOS=247614896;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr1 247654993 . T C 1044.27 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0683586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1833;QD=59.6723;RBI=0.0736857;REFB=0;REVB=-0.0275078;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000921587;OID=.;OPOS=247654993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:31:39:0:0:31:39:0:0 chr1 247655275 . T C 854.11 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6274;QD=56.0072;RBI=0.0209057;REFB=-0.0484655;REVB=-0.00194814;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159958;STB=0.508472;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00011917;OID=.;OPOS=247655275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:31:29:1:0:31:29:1:0 chr1 247690320 . C T 2511.22 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.699;QD=61.6249;RBI=0.0388308;REFB=0;REVB=-0.0228913;RO=0;SAF=91;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22196e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94617e-05;OID=.;OPOS=247690320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:72:91:0:0:72:91:0:0 chr1 247695405 . T A 157.53 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00519273;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.262;QD=15.3687;RBI=0.0178741;REFB=-0.0119613;REVB=-0.0171032;RO=25;SAF=3;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239524;STB=0.601295;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.018203;OID=.;OPOS=247695405;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:24:16:17:0.414634:13:3:9:16:13:4:9:15 chr1 247695612 . G A 1641.93 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.71396e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.52;QD=60.2544;RBI=0.00384613;REFB=0;REVB=-0.00384609;RO=0;SAF=57;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1862e-06;OID=.;OPOS=247695612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:52:57:0:0:52:57:0:0 chr1 247695756 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.89;QD=52.6127;RBI=0.0529186;REFB=0;REVB=0.0102056;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362066;OID=.;OPOS=247695756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr1 247729206 . CTTTTTTTTTTTTTTTT CTTTCTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTTTA 426.75 PASS AF=0.166667,0.106061,0.439394,0.166667;AO=6,10,8,6;DP=72;FAO=11,7,29,11;FDP=66;FR=.;FRO=8;FSAF=7,0,13,11;FSAR=4,7,16,0;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.00198624,0.00812817,0.0138307,0.0517438;FXX=0.108094;HRUN=16,16,16,16;LEN=1,6,4,1;MLLD=163.577,14.9523,11.7936,15.3351;QD=25.8638;RBI=0.115846,0.0781662,0.127616,0.211032;REFB=-0.0264226,-0.0578257,-0.090346,-0.151979;REVB=-0.115829,-0.0777424,-0.126865,-0.20459;RO=3;SAF=4,1,1,6;SAR=2,9,7,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.236104,-0.516359,-0.510243,0;STB=0.681556,0.998665,0.617568,0.5;STBP=0.196,0,0.012,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0.0109201,0.11499,0.0146049,-0.246299;OID=.,.,.,.;OPOS=247729210,247729207,247729207,247729222;OREF=T,TTTTTT,TTTT,T;OALT=C,-,-,A;OMAPALT=CTTTCTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.166667,0.106061,0.439394,0.166667:6,10,8,6:72:11,7,29,11:66:8:7,0,13,11:4,7,16,0:8:0:84:3:4,1,1,6:2,9,7,0:3:0 chr1 247752019 . G C 1033.87 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.884;QD=59.0784;RBI=0.0446983;REFB=0;REVB=-0.0355551;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125573;OID=.;OPOS=247752019;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:33:36:0:0:33:37:0:0 chr1 247752161 . T C 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.726;QD=51.1771;RBI=0.0228074;REFB=0;REVB=0.00689631;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100098;OID=.;OPOS=247752161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr1 247752367 . A G 2045.73 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00241653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.2;QD=62.4651;RBI=0.00420312;REFB=0;REVB=0.00343899;RO=0;SAF=61;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28951e-06;OID=.;OPOS=247752367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:70:61:0:0:70:61:0:0 chr1 247769752 . A G 1235.12 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0800365;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.429;QD=61.7562;RBI=0.0803595;REFB=0;REVB=0.00719873;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017337;OID=.;OPOS=247769752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:78:80:1:38:40:0:0:38:42:0:0 chr1 247835950 . T C 674.12 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166213;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.42;QD=62.709;RBI=0.0172415;REFB=0;REVB=0.00458277;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020204;OID=.;OPOS=247835950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr1 247886402 . T A,TA 114.27 PASS AF=0.0217391,0.347826;AO=2,15;DP=46;FAO=1,16;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=1,4;FSAR=0,12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0162369,0.0310623;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=31.8664,22.1033;QD=9.93617;RBI=0.0230805,0.0474728;REFB=-0.00668703,-0.00724224;REVB=0.0164034,-0.0358999;RO=29;SAF=1,4;SAR=1,11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.078053,-0.361664;STB=0.988257,0.723849;STBP=0.466,0.037;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0707849,0.0269995;OID=.,.;OPOS=247886402,247886403;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:46:46:29:29:2,15:1,16:0.0217391,0.347826:1,11:1,4:17:12:0,12:1,4:17:12 chr1 247886928 . C G 327.49 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0015373;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.163;QD=17.466;RBI=0.00362044;REFB=-0.0138044;REVB=-0.00327785;RO=40;SAF=13;SAR=22;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288605;STB=0.516172;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0143579;OID=.;OPOS=247886928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:40:40:35:35:0.466667:22:13:16:24:22:13:16:24 chr1 247921100 . T G 393.26 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.542;QD=56.1799;RBI=0.0366557;REFB=0;REVB=0.0151402;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395843;OID=.;OPOS=247921100;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr1 247921352 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.123;QD=59.0182;RBI=0.0692305;REFB=0;REVB=0.0581158;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574126;OID=.;OPOS=247921352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr1 247921569 . G A 140.32 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0571766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.17;QD=7.79527;RBI=0.0579051;REFB=-0.0103375;REVB=0.00915612;RO=51;SAF=14;SAR=6;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215951;STB=0.62487;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.030499;OID=.;OPOS=247921569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:51:52:20:20:0.277778:6:14:27:24:6:14:28:24 chr1 247921717 . C A 1408.48 PASS AF=0.98913;AO=85;DP=86;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0255656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=358.838;QD=61.2382;RBI=0.0256768;REFB=0.057074;REVB=0.00238737;RO=1;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976784;STB=0.505049;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.000391275;OID=.;OPOS=247921717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:92:1:1:85:91:0.98913:48:37:0:1:49:42:0:1 chr1 247921789 . A AGT 37.27 PASS AF=0.384615;AO=4;DP=31;FAO=5;FDP=13;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0243851;FXX=0.235156;HRUN=1;LEN=2;MLLD=55.9056;QD=11.4668;RBI=0.0581173;REFB=-0.103333;REVB=0.052754;RO=24;SAF=2;SAR=2;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473163;STB=0.635829;STBP=0.434;TYPE=ins;VARB=0.211217;OID=.;OPOS=247921790;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:4:31:5:13:8:2:3:5:3:36:24:2:2:13:11 chr1 247921888 . C T 563.71 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.023644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3335;QD=57.8164;RBI=0.037115;REFB=-0.0612222;REVB=-0.0286091;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518509;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00169504;OID=.;OPOS=247921888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:25:13:0:0:25:13:1:0 chr1 247978319 . A G 1623.86 PASS AF=0.965217;AO=111;DP=115;FAO=111;FDP=115;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00792306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.163;QD=56.4819;RBI=0.0302545;REFB=-0.170267;REVB=0.0291987;RO=0;SAF=47;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511589;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00061286;OID=.;OPOS=247978319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:115:115:0:4:111:111:0.965217:64:47:0:0:64:47:3:1 chr1 247978541 . AAGG A 236.3 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00813644;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=3;MLLD=302.608;QD=41.0949;RBI=0.0082534;REFB=0.0176432;REVB=-0.00138455;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.306;TYPE=del;VARB=-0.00182171;OID=.;OPOS=247978542;OREF=AGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.956522:22:24:22:23:1:10:12:1:0:4:1:10:12:1:0 chr1 248004614 . G A 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0259279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.435;QD=55.0094;RBI=0.0277886;REFB=-0.105116;REVB=0.0099975;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301077;STB=0.516119;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00840378;OID=.;OPOS=248004614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:17:15:1:0:17:15:1:0 chr1 248004687 . C G 491.9 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.624;QD=57.8704;RBI=0.0687262;REFB=0;REVB=0.0255074;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507658;OID=.;OPOS=248004687;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:19:13:0:0:19:15:0:0 chr1 248004775 . C T 411.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.135;QD=56.7302;RBI=0.0510069;REFB=0;REVB=0.0224493;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448313;OID=.;OPOS=248004775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:20:8:0:0:20:9:0:0 chr1 248004848 . G C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1647;QD=54.5151;RBI=0.0307966;REFB=0;REVB=0.0139804;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000888314;OID=.;OPOS=248004848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:20:5:0:0:20:5:0:0 chr1 248004877 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.367;QD=51.1845;RBI=0.057271;REFB=0;REVB=0.0406428;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14842e-06;OID=.;OPOS=248004877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr1 248004884 . T C 239.42 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00688028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.973;QD=50.4041;RBI=0.0113507;REFB=0;REVB=-0.00902775;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82049e-05;OID=.;OPOS=248004884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:12:5:0:0:14:5:0:0 chr1 248005213 . G C 388.06 PASS AF=0.9375;AO=27;DP=30;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0351427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.225;QD=48.5077;RBI=0.0352585;REFB=-0.1499;REVB=-0.00285533;RO=2;SAF=8;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102852;STB=0.555517;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00187751;OID=.;OPOS=248005213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:32:2:2:27:30:0.9375:19:8:2:0:22:8:2:0 chr1 248020556 . G C 59.3 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=13;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0148058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.6208;QD=15.8128;RBI=0.0717346;REFB=-0.0323325;REVB=0.07019;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374419;STB=0.732875;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00748562;OID=.;OPOS=248020556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:13:15:6:7:7:8:0.533333:3:4:6:0:4:4:7:0 chr1 248023966 . C T 310.04 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0203516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9439;QD=13.7795;RBI=0.0272132;REFB=-0.00552824;REVB=-0.0180657;RO=55;SAF=23;SAR=12;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239692;STB=0.636753;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00783846;OID=.;OPOS=248023966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:55:35:35:0.388889:12:23:24:31:12:23:24:31 chr1 248028219 . G A 83.58 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0184969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.65;QD=20.8938;RBI=0.0186076;REFB=-0.0327027;REVB=0.00202694;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459658;STB=0.526264;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0142671;OID=.;OPOS=248028219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:6:4:2:4:6:4:2:4 chr1 248039713 . A G 375.53 PASS AF=0.527778;AO=37;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0146916;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5344;QD=20.8628;RBI=0.0170653;REFB=0.00245934;REVB=0.00868223;RO=34;SAF=20;SAR=17;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119766;STB=0.55985;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00157932;OID=.;OPOS=248039713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:37:38:0.527778:17:20:23:11:17:21:23:11 chr1 248059423 . C T 221.73 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00273283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.701;QD=12.3183;RBI=0.00348477;REFB=0.00141755;REVB=0.00216223;RO=45;SAF=15;SAR=12;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245231;STB=0.514096;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.0022746;OID=.;OPOS=248059423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:12:15:26:19:12:15:26:19 chr1 248059456 . G A 321.76 PASS AF=0.375;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.00289548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.455;QD=12.3755;RBI=0.00730477;REFB=0.0140675;REVB=0.0067064;RO=65;SAF=22;SAR=17;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453287;STB=0.525883;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0245745;OID=.;OPOS=248059456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:65:65:39:39:0.375:17:22:34:31:17:22:34:31 chr1 248059476 . A C 440.53 PASS AF=0.377778;AO=51;DP=135;FAO=51;FDP=135;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.00990589;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.304;QD=13.0526;RBI=0.0352931;REFB=-0.00886367;REVB=-0.0338745;RO=83;SAF=32;SAR=19;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698324;STB=0.544167;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0161309;OID=.;OPOS=248059476;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:83:84:51:51:0.377778:19:32:47:36:19:32:47:37 chr1 248059703 . T A 397.43 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00167668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.307;QD=20.6455;RBI=0.0105124;REFB=-0.0238773;REVB=0.0103778;RO=37;SAF=21;SAR=19;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998483;STB=0.505527;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.028789;OID=.;OPOS=248059703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:19:21:19:18:19:21:19:18 chr1 248059712 . T C 369.71 PASS AF=0.560606;AO=36;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0126367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.704;QD=22.4068;RBI=0.0128697;REFB=-0.0252545;REVB=-0.00243769;RO=29;SAF=18;SAR=18;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976187;STB=0.558792;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0180502;OID=.;OPOS=248059712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:36:37:0.560606:18:18:18:11:19:18:18:11 chr1 248059856 . T C 290.82 PASS AF=0.350515;AO=34;DP=97;FAO=34;FDP=97;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0307135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3163;QD=11.9924;RBI=0.0332496;REFB=0.012117;REVB=-0.0127366;RO=63;SAF=25;SAR=9;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260274;STB=0.651208;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0285083;OID=.;OPOS=248059856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:63:63:34:34:0.350515:9:25:33:30:9:25:33:30 chr1 248060029 . A G 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.062;QD=59.0146;RBI=0.0482702;REFB=0;REVB=0.0108098;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160501;OID=.;OPOS=248060029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr1 248060037 . G A 181.51 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0147845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.614;QD=24.2018;RBI=0.0236205;REFB=-0.0103857;REVB=-0.0184214;RO=12;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201631;STB=0.511266;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00829741;OID=.;OPOS=248060037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:8:10:7:5:8:10:7:5 chr1 248060230 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.000652248;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.991;QD=12.8607;RBI=0.0113859;REFB=-0.0331467;REVB=-0.0113672;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308464;STB=0.685728;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0385482;OID=.;OPOS=248060230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:5:3:5:2:5:3 chr1 248060246 . TA T 54.09 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0584809;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=23.4592;QD=14.4247;RBI=0.125661;REFB=0.0475871;REVB=-0.111223;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119504;STB=0.592984;STBP=0.487;TYPE=del;VARB=-0.0498609;OID=.;OPOS=248060247;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:7:15:8:15:7:3:5:4:3:43:7:3:4:4:3 chr1 248060279 . C T 115.07 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0174039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2831;QD=19.1788;RBI=0.035825;REFB=-0.0209353;REVB=-0.0313135;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211474;STB=0.620075;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0165535;OID=.;OPOS=248060279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:7:6:8:3:7:6:8:3 chr1 248060380 . C G 373.6 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0308042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0298;QD=23.3498;RBI=0.0308179;REFB=0.00292608;REVB=-0.000919464;RO=25;SAF=19;SAR=18;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637347;STB=0.533428;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.00596286;OID=.;OPOS=248060380;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:27:37:37:0.578125:18:19:15:10:18:19:16:11 chr1 248084434 . G A 422.99 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0212903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.385;QD=18.3907;RBI=0.021316;REFB=-0.00717375;REVB=-0.00104588;RO=49;SAF=23;SAR=20;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154975;STB=0.508643;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00911994;OID=.;OPOS=248084434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:20:23:27:22:20:23:27:22 chr1 248084464 . T C 1124.71 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0245286;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.256;QD=59.1954;RBI=0.0247479;REFB=-0.00730821;REVB=-0.00328757;RO=1;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133266;STB=0.50704;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=9.15279e-05;OID=.;OPOS=248084464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:76:1:1:75:75:0.986842:35:40:0:1:35:40:0:1 chr1 248084511 . T C 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0308064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.937;QD=5.37248;RBI=0.03256;REFB=-0.00605928;REVB=0.0105413;RO=30;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726847;STB=0.547824;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0215934;OID=.;OPOS=248084511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:5:3:13:17:5:3:13:17 chr1 248085108 . C T 273.86 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00703785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0793;QD=17.6684;RBI=0.0102122;REFB=-0.00628408;REVB=0.00739979;RO=32;SAF=8;SAR=22;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318981;STB=0.679509;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0106702;OID=.;OPOS=248085108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:22:8:19:13:22:8:19:13 chr1 248085124 . G A 373.69 PASS AF=0.527778;AO=37;DP=71;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0248737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5699;QD=20.7606;RBI=0.0412359;REFB=0.0113794;REVB=-0.0328892;RO=34;SAF=23;SAR=14;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301994;STB=0.669441;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0133501;OID=.;OPOS=248085124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:34:34:37:38:0.527778:14:23:9:25:14:24:9:25 chr1 248085149 . C G 453.03 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.013151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8468;QD=19.6968;RBI=0.0730719;REFB=-0.0347063;REVB=0.0718787;RO=44;SAF=28;SAR=17;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249237;STB=0.652335;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0478394;OID=.;OPOS=248085149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:47:45:45:0.48913:17:28:15:29:17:28:15:32 chr1 248112627 . T C 747.76 PASS AF=0.415385;AO=80;DP=195;FAO=81;FDP=195;FR=.;FRO=114;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=67;FSRR=47;FWDB=-0.00430126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.037;QD=15.3386;RBI=0.00918223;REFB=-0.00970766;REVB=0.00811249;RO=114;SAF=43;SAR=37;SRF=67;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532559;STB=0.533495;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0112713;OID=.;OPOS=248112627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:114:114:80:81:0.415385:37:43:67:47:38:43:67:47 chr1 248112745 . G T 812.39 PASS AF=0.706522;AO=65;DP=95;FAO=65;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0407504;FXX=0.0315756;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.615;QD=35.3213;RBI=0.0515003;REFB=-0.0843185;REVB=-0.031491;RO=16;SAF=33;SAR=32;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951538;STB=0.514052;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.02209;OID=.;OPOS=248112745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:92:16:27:65:65:0.706522:32:33:4:12:32:33:15:12 chr1 248112754 . T C 184.72 PASS AF=0.274725;AO=25;DP=88;FAO=25;FDP=91;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.0127534;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=143.927;QD=8.11958;RBI=0.0140918;REFB=-0.00513259;REVB=-0.00599421;RO=63;SAF=13;SAR=12;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00458299;STB=0.518504;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0132339;OID=.;OPOS=248112754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:63:66:25:25:0.274725:12:13:33:30:12:13:36:30 chr1 248112762 . TG CA 658.05 PASS AF=0.682927;AO=56;DP=82;FAO=56;FDP=82;FR=.;FRO=26;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0123634;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=246.653;QD=32.1;RBI=0.025593;REFB=0.00895794;REVB=-0.0224086;RO=26;SAF=28;SAR=28;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225637;STB=0.512191;STBP=0.765;TYPE=mnp;VARB=-0.00150774;OID=.;OPOS=248112762;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:26:26:56:56:0.682927:28:28:14:12:28:28:14:12 chr1 248112771 . C T 706.6 PASS AF=0.710843;AO=56;DP=81;FAO=59;FDP=83;FR=.;FRO=24;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0179228;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.897;QD=34.0528;RBI=0.0488549;REFB=-0.0242423;REVB=0.0454486;RO=24;SAF=29;SAR=27;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00993513;STB=0.50245;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0088446;OID=.;OPOS=248112771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:24:24:56:59:0.710843:27:29:12:12:30:29:12:12 chr1 248112809 . A G 875.92 PASS AF=0.914286;AO=64;DP=70;FAO=64;FDP=70;FR=.;FRO=6;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00441459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.987;QD=50.0524;RBI=0.00649164;REFB=-0.115097;REVB=0.0047595;RO=6;SAF=30;SAR=34;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855904;STB=0.54544;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00829715;OID=.;OPOS=248112809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:70:70:6:6:64:64:0.914286:34:30:6:0:34:30:6:0 chr1 248112836 . A G 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7381;QD=56.9532;RBI=0.0771336;REFB=0;REVB=0.0412311;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000766736;OID=.;OPOS=248112836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr1 248113026 . T A 770.19 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0470254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.871;QD=61.6155;RBI=0.0496153;REFB=-0.0715339;REVB=0.0158206;RO=1;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140455;STB=0.507243;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00125497;OID=.;OPOS=248113026;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:33:15:0:1:34:15:0:1 chr1 248113040 . A G 670.61 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0161569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.938;QD=50.6119;RBI=0.0228867;REFB=-0.0069446;REVB=-0.0162097;RO=3;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408952;STB=0.521731;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00112515;OID=.;OPOS=248113040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:53:3:3:50:50:0.943396:33:17:0:3:33:17:0:3 chr1 248128929 . G A 143.38 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.012528;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.415;QD=13.9883;RBI=0.0214742;REFB=-0.0323285;REVB=-0.0174411;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127805;STB=0.574375;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0325419;OID=.;OPOS=248128929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:25:25:16:16:0.390244:7:9:11:14:7:9:11:14 chr1 248129240 . G A 379.94 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0423413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.849;QD=14.8998;RBI=0.058713;REFB=-0.00192964;REVB=0.0406747;RO=59;SAF=25;SAR=18;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757837;STB=0.542705;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00332114;OID=.;OPOS=248129240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:59:43:43:0.421569:18:25:30:29:18:25:30:29 chr1 248202344 . G C 210.17 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.0845917;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.669;QD=11.6759;RBI=0.0896344;REFB=-0.00177429;REVB=-0.0296405;RO=46;SAF=3;SAR=23;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283909;STB=0.668449;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00447367;OID=.;OPOS=248202344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:46:46:26:26:0.361111:23:3:12:34:23:3:12:34 chr1 248224099 . T C 241.49 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.00324315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.554;QD=12.3841;RBI=0.0261467;REFB=-0.018674;REVB=0.0259447;RO=49;SAF=8;SAR=21;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187132;STB=0.608313;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0303131;OID=.;OPOS=248224099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:21:8:21:28:21:8:21:28 chr1 248224216 . C T 241.07 PASS AF=0.315789;AO=30;DP=95;FAO=30;FDP=95;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0399922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6159;QD=10.1501;RBI=0.0502455;REFB=0.0041962;REVB=-0.0304177;RO=64;SAF=18;SAR=12;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18854;STB=0.614987;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00904851;OID=.;OPOS=248224216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:64:65:30:30:0.315789:12:18:28:36:12:18:28:37 chr1 248224294 . C T 187.75 PASS AF=0.239669;AO=29;DP=121;FAO=29;FDP=121;FR=.;FRO=92;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=55;FSRR=37;FWDB=-0.012333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.927;QD=6.2066;RBI=0.0139712;REFB=0.00561671;REVB=0.00656436;RO=91;SAF=23;SAR=6;SRF=55;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280363;STB=0.678656;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0244312;OID=.;OPOS=248224294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:91:92:29:29:0.239669:6:23:55:36:6:23:55:37 chr1 248224398 . A G 176.46 PASS AF=0.208633;AO=29;DP=139;FAO=29;FDP=139;FR=.;FRO=110;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=72;FSRR=38;FWDB=-0.00789785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.336;QD=5.07793;RBI=0.00800755;REFB=-0.00591814;REVB=0.00132092;RO=110;SAF=11;SAR=18;SRF=72;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339376;STB=0.707925;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0256422;OID=.;OPOS=248224398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:110:110:29:29:0.208633:18:11:72:38:18:11:72:38 chr1 248263341 . T G 389.38 PASS AF=0.324324;AO=48;DP=147;FAO=48;FDP=148;FR=.;FRO=100;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=56;FSRR=44;FWDB=0.00209925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.9639;QD=10.5237;RBI=0.0103452;REFB=-0.0148766;REVB=-0.0101299;RO=99;SAF=32;SAR=16;SRF=55;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137338;STB=0.57689;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0281657;OID=.;OPOS=248263341;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:99:100:48:48:0.324324:16:32:55:44:16:32:56:44 chr1 248264018 . C T 830.03 PASS AF=0.59375;AO=76;DP=129;FAO=76;FDP=128;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0527724;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.718;QD=25.9384;RBI=0.0544522;REFB=-0.0414398;REVB=-0.013421;RO=51;SAF=34;SAR=42;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118339;STB=0.560329;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0232241;OID=.;OPOS=248264018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:51:52:76:76:0.59375:42:34:31:20:42:34:31:21 chr1 248285441 . G T 372.96 PASS AF=0.513514;AO=37;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0533625;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1641;QD=20.1603;RBI=0.0537712;REFB=0.00167624;REVB=-0.00661715;RO=36;SAF=19;SAR=18;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373872;STB=0.514278;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.002299;OID=.;OPOS=248285441;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:37:38:0.513514:18:19:20:16:18:20:20:16 chr1 248285487 . A G 402.81 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0072025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.1;QD=19.1813;RBI=0.00972052;REFB=-0.0316948;REVB=-0.00652782;RO=43;SAF=21;SAR=20;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063855;STB=0.535489;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.029403;OID=.;OPOS=248285487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:20:21:25:18:20:21:25:18 chr1 248285748 . G A 255.64 PASS AF=0.219251;AO=41;DP=187;FAO=41;FDP=187;FR=.;FRO=146;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=74;FSRR=72;FWDB=0.00955253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.175;QD=5.46831;RBI=0.0127171;REFB=-0.0054362;REVB=-0.00839485;RO=144;SAF=15;SAR=26;SRF=72;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17283;STB=0.611467;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0201748;OID=.;OPOS=248285748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:144:146:41:41:0.219251:26:15:72:72:26:15:74:72 chr1 248366410 . T C 70.89 PASS AF=0.175676;AO=10;DP=71;FAO=13;FDP=74;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.00103326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.612;QD=3.83194;RBI=0.0129664;REFB=-0.0107222;REVB=-0.0129252;RO=61;SAF=4;SAR=6;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934077;STB=0.551788;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0435282;OID=.;OPOS=248366410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:71:74:61:61:10:13:0.175676:6:4:29:32:6:7:29:32 chr1 248366792 . T C 428.76 PASS AF=0.44;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=0.00759396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7493;QD=17.1502;RBI=0.00858473;REFB=-0.0149555;REVB=-0.00400366;RO=55;SAF=20;SAR=24;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231845;STB=0.623602;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.014422;OID=.;OPOS=248366792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:56:44:44:0.44:24:20:38:17:24:20:38:18 chr1 248402758 . C T 389.53 PASS AF=0.410714;AO=42;DP=108;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.0105301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.41;QD=13.9117;RBI=0.0116611;REFB=-0.0138971;REVB=0.00500993;RO=57;SAF=18;SAR=24;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785719;STB=0.549979;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0170253;OID=.;OPOS=248402758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:112:57:66:42:46:0.410714:24:18:24:33:24:22:26:40 chr1 248436611 . G A 785.89 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.557;QD=64.1539;RBI=0.0381433;REFB=0;REVB=0.0378041;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202561;OID=.;OPOS=248436611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:28:21:0:0 chr1 248436616 . A G 767.61 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00275782;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.095;QD=63.9673;RBI=0.0353539;REFB=0;REVB=0.0352462;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223854;OID=.;OPOS=248436616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr1 248436805 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.318;QD=40.763;RBI=0.0380598;REFB=0;REVB=-0.0024802;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235385;OID=.;OPOS=248436805;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr1 248436972 . A G 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00577586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.68;QD=14.4201;RBI=0.00774696;REFB=-0.00951832;REVB=0.00516283;RO=37;SAF=7;SAR=20;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144108;STB=0.58246;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0105594;OID=.;OPOS=248436972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:20:7:14:23:20:7:14:23 chr1 248457979 . C A 1492.71 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00027411;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.307;QD=58.5378;RBI=0.0289224;REFB=-0.110119;REVB=0.0289211;RO=1;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998727;STB=0.505262;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000302584;OID=.;OPOS=248457979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:102:1:1:101:101:0.990196:47:54:0:1:47:54:0:1 chr1 248457993 . C G 683.14 PASS AF=0.590909;AO=65;DP=110;FAO=65;FDP=110;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0149779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.176;QD=24.8416;RBI=0.0358706;REFB=-0.00925559;REVB=0.032594;RO=44;SAF=31;SAR=34;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843758;STB=0.541177;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00836856;OID=.;OPOS=248457993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:44:45:65:65:0.590909:34:31:26:18:34:31:26:19 chr1 248458421 . C T 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0259784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.938;QD=11.2612;RBI=0.0295128;REFB=-0.00631876;REVB=0.0140046;RO=30;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756906;STB=0.544851;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0122423;OID=.;OPOS=248458421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:8:7:12:18:8:7:12:18 chr1 248458676 . T C 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00906284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.837;QD=57.1051;RBI=0.0457257;REFB=0;REVB=0.0448186;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306735;OID=.;OPOS=248458676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr1 248458689 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00506379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.961;QD=58.061;RBI=0.00615422;REFB=0;REVB=0.00349749;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18771e-06;OID=.;OPOS=248458689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr1 248458717 . C G 1287.35 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659985;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.98;QD=62.0408;RBI=0.0245957;REFB=0;REVB=-0.0236937;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00266e-05;OID=.;OPOS=248458717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr1 248458736 . A G 250.16 PASS AF=0.31;AO=31;DP=100;FAO=31;FDP=100;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0043665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.117;QD=10.0062;RBI=0.0120574;REFB=-0.00383183;REVB=-0.0112389;RO=69;SAF=17;SAR=14;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116264;STB=0.56808;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.010475;OID=.;OPOS=248458736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:69:69:31:31:0.31:14:17:31:38:14:17:31:38 chr1 248458760 . C A 320.26 PASS AF=0.330645;AO=41;DP=124;FAO=41;FDP=124;FR=.;FRO=83;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.00598753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.547;QD=10.3308;RBI=0.00731233;REFB=0.000462553;REVB=-0.00419758;RO=81;SAF=23;SAR=18;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119564;STB=0.568871;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00127688;OID=.;OPOS=248458760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:81:83:41:41:0.330645:18:23:37:44:18:23:38:45 chr1 248458875 . CT C 174.47 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0139092;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.54;QD=9.69296;RBI=0.0291378;REFB=-0.0119354;REVB=-0.0256036;RO=48;SAF=13;SAR=10;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075399;STB=0.55147;STBP=0.562;TYPE=del;VARB=0.0232046;OID=.;OPOS=248458876;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.319444:23:73:23:72:49:13:10:24:25:99:48:13:10:24:24 chr1 248487016 . C T 437.13 PASS AF=0.518072;AO=42;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00691425;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.444;QD=21.0664;RBI=0.00845169;REFB=-0.0148689;REVB=-0.00486046;RO=38;SAF=20;SAR=22;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656031;STB=0.517639;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.011752;OID=.;OPOS=248487016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:40:42:43:0.518072:22:20:21:17:22:21:21:19 chr1 248487300 . C T 1031.47 PASS AF=0.444444;AO=105;DP=239;FAO=108;FDP=243;FR=.;FRO=135;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=70;FSRR=65;FWDB=-0.0121874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.496;QD=16.9789;RBI=0.0137862;REFB=-0.00810191;REVB=0.00644415;RO=133;SAF=53;SAR=52;SRF=69;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014125;STB=0.515426;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0117736;OID=.;OPOS=248487300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:243:133:135:105:108:0.444444:52:53:69:64:55:53:70:65 chr1 248487338 . C A 4020.21 PASS AF=1;AO=257;DP=257;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00421269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.902;QD=62.3288;RBI=0.0234414;REFB=0;REVB=0.0230598;RO=0;SAF=129;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=1.02796e-07;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56269e-05;OID=.;OPOS=248487338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:257:258:0:0:257:258:1:128:129:0:0:129:129:0:0 chr1 248487638 . A G 2903.98 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00320599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.324;QD=63.1301;RBI=0.00839408;REFB=0;REVB=0.00775772;RO=0;SAF=87;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67858e-06;OID=.;OPOS=248487638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:184:0:0:183:184:1:96:87:0:0:97:87:0:0 chr1 248487768 . A G 1024.05 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0645871;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.7536;QD=59.3653;RBI=0.0920483;REFB=0;REVB=-0.065585;RO=0;SAF=45;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111993;OID=.;OPOS=248487768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:23:45:0:0:24:45:0:0 chr1 248512094 . C T 372.28 PASS AF=0.396396;AO=44;DP=111;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.00590994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.177;QD=13.4156;RBI=0.0091041;REFB=-0.0115688;REVB=-0.00692512;RO=66;SAF=24;SAR=20;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162248;STB=0.50413;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0124357;OID=.;OPOS=248512094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:66:67:44:44:0.396396:20:24:37:29:20:24:37:30 chr1 248512498 . A G 409.15 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.000834416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.339;QD=23.3798;RBI=0.00508827;REFB=-0.0116348;REVB=0.00501938;RO=29;SAF=23;SAR=17;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635003;STB=0.540661;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00840464;OID=.;OPOS=248512498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:30:40:40:0.571429:17:23:19:10:17:23:20:10 chr1 248512637 . C T 433.58 PASS AF=0.426087;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0263098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.195;QD=15.081;RBI=0.0306513;REFB=-0.0267489;REVB=-0.0157257;RO=66;SAF=27;SAR=22;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057274;STB=0.532117;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0326491;OID=.;OPOS=248512637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:66:66:49:49:0.426087:22:27:40:26:22:27:40:26 chr1 248512749 . G A 346.14 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0153945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.321;QD=19.5006;RBI=0.0172482;REFB=-0.0108156;REVB=-0.00777881;RO=33;SAF=22;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317903;STB=0.52038;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0174924;OID=.;OPOS=248512749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:33:35:36:36:0.507042:14:22:19:14:14:22:20:15 chr1 248512767 . G T 235.96 PASS AF=0.473684;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0129289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1706;QD=16.5589;RBI=0.0348039;REFB=-0.0260947;REVB=-0.0323133;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355447;STB=0.511802;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0390279;OID=.;OPOS=248512767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:28:30:26:27:0.473684:12:14:14:14:12:15:16:14 chr1 248525146 . C T 55.46 PASS AF=0.121212;AO=13;DP=99;FAO=12;FDP=99;FR=.;FRO=87;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=-0.034153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4786;QD=2.24073;RBI=0.0489983;REFB=-0.00556506;REVB=-0.0351342;RO=86;SAF=4;SAR=9;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160015;STB=0.679241;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0267755;OID=.;OPOS=248525146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:99:99:86:87:13:12:0.121212:9:4:37:49:9:3:38:49 chr1 248525193 . C T 41.24 PASS AF=0.0940171;AO=11;DP=117;FAO=11;FDP=117;FR=.;FRO=106;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=56;FWDB=0.0192226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.341;QD=1.41008;RBI=0.0248939;REFB=-0.00454887;REVB=-0.0158177;RO=106;SAF=3;SAR=8;SRF=50;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238793;STB=0.687958;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0281619;OID=.;OPOS=248525193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:117:117:106:106:11:11:0.0940171:8:3:50:56:8:3:50:56 chr1 248525285 . T C 41.49 PASS AF=0.0888889;AO=12;DP=135;FAO=12;FDP=135;FR=.;FRO=123;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=68;FSRR=55;FWDB=-0.0266807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4458;QD=1.22944;RBI=0.0500973;REFB=0.00649803;REVB=0.0424014;RO=123;SAF=7;SAR=5;SRF=68;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357582;STB=0.528255;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.0642045;OID=.;OPOS=248525285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:135:135:123:123:12:12:0.0888889:5:7:68:55:5:7:68:55 chr1 248525290 . CG TC 42.05 PASS AF=0.0902256;AO=12;DP=130;FAO=12;FDP=133;FR=.;FRO=121;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=66;FSRR=55;FWDB=-0.0256777;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=125.598;QD=1.2646;RBI=0.0377608;REFB=-0.00171252;REVB=-0.0276863;RO=118;SAF=7;SAR=5;SRF=63;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581162;STB=0.534973;STBP=0.847;TYPE=mnp;VARB=0.018;OID=.;OPOS=248525290;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:130:133:118:121:12:12:0.0902256:5:7:63:55:5:7:66:55 chr1 248525330 . A G 129.94 PASS AF=0.190083;AO=23;DP=121;FAO=23;FDP=121;FR=.;FRO=98;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=55;FSRR=43;FWDB=-0.0589463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.661;QD=4.29536;RBI=0.0591042;REFB=-0.00773148;REVB=-0.00431704;RO=96;SAF=10;SAR=13;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14817;STB=0.601337;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0778429;OID=.;OPOS=248525330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:96:98:23:23:0.190083:13:10:53:43:13:10:55:43 chr1 248525613 . T C 536.46 PASS AF=0.581395;AO=50;DP=86;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.0488808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.868;QD=24.9516;RBI=0.0663422;REFB=-0.0319365;REVB=0.0448549;RO=36;SAF=29;SAR=21;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137198;STB=0.574751;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0224027;OID=.;OPOS=248525613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:36:36:50:50:0.581395:21:29:27:9:21:29:27:9 chr1 248525638 . CA C 288.7 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0230546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.227;QD=16.9825;RBI=0.0230933;REFB=-0.0302105;REVB=-0.00133636;RO=36;SAF=22;SAR=10;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239188;STB=0.634529;STBP=0.046;TYPE=del;VARB=0.027473;OID=.;OPOS=248525639;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:32:68:32:68:36:22:10:16:20:99:36:22:10:16:20 chr1 248525647 . C A 322.45 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0173236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.667;QD=17.9138;RBI=0.01749;REFB=-0.0261371;REVB=-0.00240734;RO=37;SAF=14;SAR=20;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242374;STB=0.639266;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0537719;OID=.;OPOS=248525647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:37:34:35:0.486111:20:14:25:12:21:14:25:12 chr1 248525650 . C T 318.39 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.010581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.472;QD=18.1939;RBI=0.0114882;REFB=-0.0284005;REVB=0.00447433;RO=36;SAF=14;SAR=20;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207292;STB=0.615573;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0252052;OID=.;OPOS=248525650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:20:14:23:13:20:14:23:13 chr1 248525657 . G A 308.47 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0110223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.908;QD=18.416;RBI=0.0158489;REFB=-0.00551915;REVB=-0.0113885;RO=33;SAF=13;SAR=20;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190195;STB=0.613097;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00739003;OID=.;OPOS=248525657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:33:34:33:33:0.492537:20:13:20:13:20:13:21:13 chr1 248525780 . C T 611.5 PASS AF=0.440789;AO=67;DP=152;FAO=67;FDP=152;FR=.;FRO=85;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=0.00886581;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.316;QD=16.0921;RBI=0.011974;REFB=-0.0139681;REVB=0.00804825;RO=85;SAF=32;SAR=35;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283648;STB=0.515814;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0203918;OID=.;OPOS=248525780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:85:85:67:67:0.440789:35:32:43:42:35:32:43:42 chr1 248550970 . A G 321.25 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00560019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.039;QD=18.8968;RBI=0.00570907;REFB=0.00306127;REVB=-0.00110966;RO=34;SAF=18;SAR=15;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681293;STB=0.544245;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00166255;OID=.;OPOS=248550970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:34:33:34:0.5:15:18:16:18:15:19:16:18 chr1 248550976 . T G 1025.65 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.472;QD=59.4578;RBI=0.0378345;REFB=0;REVB=0.026024;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116906;OID=.;OPOS=248550976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:33:35:0:0:33:36:0:0 chr1 248551203 . T C 210.63 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0902577;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9756;QD=18.3156;RBI=0.0922944;REFB=-0.0269992;REVB=-0.0192821;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17478;STB=0.592505;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.045371;OID=.;OPOS=248551203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:25:20:21:0.456522:8:12:11:15:9:12:10:15 chr1 248551560 . C T 500.64 PASS AF=0.573171;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0310886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2083;QD=24.4215;RBI=0.0391786;REFB=0.00587157;REVB=0.0238425;RO=34;SAF=24;SAR=23;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143982;STB=0.501557;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00473343;OID=.;OPOS=248551560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:34:35:47:47:0.573171:23:24:18:16:23:24:18:17 chr1 248551636 . T G 497.4 PASS AF=0.5;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00620341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.381;QD=19.1309;RBI=0.00648686;REFB=-0.0313679;REVB=0.00189661;RO=52;SAF=24;SAR=28;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695174;STB=0.538447;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0276903;OID=.;OPOS=248551636;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:52:52:52:0.5:28:24:28:24:28:24:28:24 chr1 248569369 . A G 509.01 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=123;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0189595;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.181;QD=16.6888;RBI=0.0357558;REFB=-0.0231975;REVB=0.0303153;RO=65;SAF=32;SAR=23;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161465;STB=0.581788;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0232956;OID=.;OPOS=248569369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:65:67:55:55:0.45082:23:32:27:38:23:32:29:38 chr1 248637138 . T C 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0158433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.277;QD=15.2931;RBI=0.0181874;REFB=-0.00329328;REVB=-0.00893157;RO=9;SAF=8;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419704;STB=0.754021;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00222076;OID=.;OPOS=248637138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:1:8:5:4:1:8:5:4 chr1 248685253 . T C 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00518685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.003;QD=59.679;RBI=0.030125;REFB=0;REVB=0.0296751;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52334e-05;OID=.;OPOS=248685253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr1 248722671 . T A 170.61 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00474664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.063;QD=45.4958;RBI=0.0116415;REFB=0;REVB=-0.0106298;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441954;OID=.;OPOS=248722671;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:10:5:0:0 chr1 248722739 . G C 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0404113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9709;QD=25.2876;RBI=0.0556433;REFB=0.0147998;REVB=0.0382505;RO=9;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282145;STB=0.655009;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00795817;OID=.;OPOS=248722739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:10:6:0:9:10:6:0:9 chr1 248722752 . A G 151.45 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.0964421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5534;QD=20.889;RBI=0.0988419;REFB=-0.0470766;REVB=0.0216478;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276464;STB=0.653304;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0779597;OID=.;OPOS=248722752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:10:6:1:12:10:6:1:12 chr1 248722756 . T A 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.066186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.975;QD=19.3692;RBI=0.0670402;REFB=-0.00517918;REVB=0.0106678;RO=15;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237709;STB=0.632882;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00503773;OID=.;OPOS=248722756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:10:6:2:13:10:6:2:13 chr1 248722767 . T C 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0230286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.948;QD=17.956;RBI=0.030563;REFB=-0.00839078;REVB=-0.0200943;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271658;STB=0.652013;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00427517;OID=.;OPOS=248722767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:10:6:2:15:10:6:2:15 chr1 248722777 . T A 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0376363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.353;QD=17.9561;RBI=0.0379449;REFB=-0.0045267;REVB=-0.00482929;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271658;STB=0.652013;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00242372;OID=.;OPOS=248722777;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:10:6:2:15:10:6:2:15 chr1 248722788 . G T 148.13 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0212368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.697;QD=17.9554;RBI=0.023519;REFB=-0.00812159;REVB=-0.0101066;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271658;STB=0.652013;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00771467;OID=.;OPOS=248722788;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:10:6:2:15:10:6:2:15 chr1 248789504 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.934;QD=57.2377;RBI=0.0442547;REFB=0;REVB=0.00379555;RO=0;SAF=39;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011805;OID=.;OPOS=248789504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:17:39:0:0:17:39:0:0 chr1 248789550 . C T 114.27 PASS AF=0.222222;AO=18;DP=81;FAO=18;FDP=81;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=17;FWDB=0.011446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8589;QD=5.64298;RBI=0.090447;REFB=-0.0015684;REVB=-0.0897198;RO=63;SAF=14;SAR=4;SRF=46;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801552;STB=0.550503;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00687264;OID=.;OPOS=248789550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:63:63:18:18:0.222222:4:14:46:17:4:14:46:17 chr1 248790075 . A G 349.69 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.828;QD=53.798;RBI=0.0341063;REFB=0;REVB=0.0172194;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031217;OID=.;OPOS=248790075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr1 248801592 . C T 642.6 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.689;QD=61.2002;RBI=0.048611;REFB=0;REVB=0.0368248;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368062;OID=.;OPOS=248801592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:13:28:0:0:13:29:0:0 chr1 248801602 . T TCA 571.19 PASS AF=0.95122;AO=38;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0171618;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=330.051;QD=55.7259;RBI=0.0694778;REFB=-0.0457516;REVB=0.0673248;RO=2;SAF=26;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197801;STB=0.510911;STBP=0.547;TYPE=ins;VARB=0.00154356;OID=.;OPOS=248801603;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.95122:38:41:39:41:2:27:12:1:1:9:2:26:12:1:1 chr1 248801610 . GC AT 619.35 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314861;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=2;MLLD=167.409;QD=61.9347;RBI=0.0781061;REFB=0;REVB=0.0714786;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000650583;OID=.;OPOS=248801610;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr1 248801633 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=330.948;QD=61.3364;RBI=0.0389904;REFB=0;REVB=0.000118566;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00257e-05;OID=.;OPOS=248801633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr1 248801944 . TCAGCACG T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117117;FXX=0;HRUN=1;LEN=7;MLLD=316.601;QD=33.4285;RBI=0.117938;REFB=0;REVB=0.0138919;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.002979;OID=.;OPOS=248801945;OREF=CAGCACG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:6:6:6:0:1:5:0:0:4:0:1:5:0:0 chr1 248814052 . T A 321.74 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0291168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.212;QD=23.8328;RBI=0.0298629;REFB=-0.0305903;REVB=-0.00663358;RO=22;SAF=17;SAR=15;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901714;STB=0.549623;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0237673;OID=.;OPOS=248814052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:15:17:9:13:15:17:9:13 chr1 248814080 . A C 754.53 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=61;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0102177;FXX=0.0163908;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.411;QD=50.3019;RBI=0.0242397;REFB=-0.10321;REVB=0.021981;RO=3;SAF=25;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212763;STB=0.503609;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.000928061;OID=.;OPOS=248814080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:61:60:3:4:56:56:0.933333:31:25:2:1:31:25:2:2 chr1 248814126 . G A 726.29 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255201;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.542;QD=56.9637;RBI=0.0259251;REFB=0;REVB=-0.0045647;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44374e-05;OID=.;OPOS=248814126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr1 248845097 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.688;QD=49.5992;RBI=0.0259959;REFB=0;REVB=0.0233108;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212434;OID=.;OPOS=248845097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr1 248845411 . G A 1155.59 PASS AF=0.91954;AO=80;DP=87;FAO=80;FDP=87;FR=.;FRO=7;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.035779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.997;QD=53.1307;RBI=0.042131;REFB=-0.0829453;REVB=0.0222459;RO=4;SAF=41;SAR=39;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236331;STB=0.529708;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00154859;OID=.;OPOS=248845411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:87:87:4:7:80:80:0.91954:39:41:1:3:39:41:1:6 chr1 248845458 . C T 973.14 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7953;QD=58.9782;RBI=0.040129;REFB=0;REVB=0.0307623;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99717e-05;OID=.;OPOS=248845458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:33:32:0:0:34:32:0:0 chr1 248845471 . T C 822.83 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0095959;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.393;QD=57.7427;RBI=0.0182879;REFB=0;REVB=0.0155682;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321286;OID=.;OPOS=248845471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr1 248845499 . A G 734.14 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0425856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.071;QD=61.1783;RBI=0.0769144;REFB=-0.117508;REVB=0.0640491;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51219;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00231515;OID=.;OPOS=248845499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:27:20:0:0:27:20:1:0 chr1 249105163 . T C 567.12 PASS AF=0.522523;AO=58;DP=111;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0290325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7009;QD=20.4366;RBI=0.029036;REFB=-0.0282201;REVB=-0.000450124;RO=48;SAF=35;SAR=23;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873626;STB=0.527741;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0299916;OID=.;OPOS=249105163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:48:53:58:58:0.522523:23:35:24:24:23:35:29:24 chr1 249141782 . A T 322.54 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0750568;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.345;QD=23.8917;RBI=0.0750568;REFB=-0.0325637;REVB=6.31531e-05;RO=21;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625847;STB=0.53123;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.01767;OID=.;OPOS=249141782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:22:32:32:0.592593:18:14:11:10:17:15:12:10 chr1 249143522 . C A 260.53 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00725702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.621;QD=24.8123;RBI=0.0263433;REFB=-0.0283365;REVB=0.025324;RO=18;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021915;STB=0.512185;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0149132;OID=.;OPOS=249143522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:14:10:8:10:14:10:8:10 chr1 249168107 . G C 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0134202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6278;QD=21.8389;RBI=0.0613142;REFB=0.0150557;REVB=0.0598275;RO=24;SAF=18;SAR=7;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125564;STB=0.507037;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00863394;OID=.;OPOS=249168107;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:7:18:17:7:7:18:17:7 chr1 249168436 . G A 550.43 PASS AF=0.522936;AO=56;DP=109;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0224571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.583;QD=20.1994;RBI=0.0268167;REFB=-0.0172646;REVB=-0.0146565;RO=52;SAF=34;SAR=22;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253239;STB=0.519023;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0167041;OID=.;OPOS=249168436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:52:52:56:57:0.522936:22:34:33:19:23:34:33:19 chr1 249168516 . A G 1494.87 PASS AF=0.980952;AO=100;DP=102;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0658071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7638;QD=56.9473;RBI=0.082889;REFB=0.114302;REVB=-0.0503986;RO=2;SAF=45;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00187783;STB=0.50065;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.00216586;OID=.;OPOS=249168516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:105:2:2:100:103:0.980952:55:45:1:1:55:48:1:1 chr1 249208772 . C T 185.58 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.0103873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.421;QD=13.7469;RBI=0.0149019;REFB=-0.0205137;REVB=-0.0106851;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269752;STB=0.653335;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0422365;OID=.;OPOS=249208772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:12:10:23:9:12:10:23:9 chr1 249211096 . G A 240.56 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00565995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.973;QD=17.4954;RBI=0.0126011;REFB=-0.0281059;REVB=-0.0112584;RO=26;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342964;STB=0.509427;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0258546;OID=.;OPOS=249211096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:26:28:26:27:0.490909:13:13:14:12:14:13:14:14 chr1 249211619 . G A 131.46 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00246198;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=125.605;QD=14.2121;RBI=0.00820538;REFB=-0.0158095;REVB=-0.00782732;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803326;STB=0.5467;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0345005;OID=.;OPOS=249211619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:7:8:10:12:7:8:10:12 chr2 224919 . A G 218.07 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0132754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.427;QD=15.5762;RBI=0.0137353;REFB=-0.0153004;REVB=-0.00352434;RO=31;SAF=17;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231188;STB=0.631393;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0167415;OID=.;OPOS=224919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:8:17:14:17:8:17:14:17 chr2 242793 . G C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0277859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5194;QD=13.455;RBI=0.0384854;REFB=-0.0144342;REVB=-0.0266284;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272488;STB=0.661345;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0196917;OID=.;OPOS=242793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:8:3:8:7:8:3:8:7 chr2 242800 . T C 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00926552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.193;QD=19.0178;RBI=0.0238683;REFB=-0.0343398;REVB=0.0219965;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268408;STB=0.651396;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0336727;OID=.;OPOS=242800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:3:11:7:8:3:11 chr2 243504 . C T 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0202558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.6731;QD=8.69795;RBI=0.0459098;REFB=-0.00505121;REVB=-0.0411996;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229881;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0224734;OID=.;OPOS=243504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:13:14:7:7:0.333333:6:1:2:11:6:1:2:12 chr2 264019 . C A 166.45 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.110284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.211;QD=15.4835;RBI=0.110543;REFB=-0.0178335;REVB=-0.0075621;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763977;STB=0.543992;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.021042;OID=.;OPOS=264019;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:10:8:13:12:10:8:13:12 chr2 269352 . G A 436.92 PASS AF=0.4;AO=50;DP=125;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.00388917;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.887;QD=13.9814;RBI=0.00613816;REFB=-0.000898185;REVB=0.00474883;RO=74;SAF=27;SAR=23;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992149;STB=0.55188;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00137676;OID=.;OPOS=269352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:74:75:50:50:0.4:23:27:33:41:23:27:34:41 chr2 272203 . C T 985.94 PASS AF=0.516129;AO=96;DP=186;FAO=96;FDP=186;FR=.;FRO=90;FSAF=34;FSAR=62;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=-0.0111338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1109;QD=21.2031;RBI=0.0269758;REFB=-0.00851286;REVB=-0.024571;RO=90;SAF=34;SAR=62;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124519;STB=0.568392;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0104178;OID=.;OPOS=272203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:90:90:96:96:0.516129:62:34:44:46:62:34:44:46 chr2 277003 . A G 218.7 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0419548;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.679;QD=13.6688;RBI=0.0442311;REFB=-0.010553;REVB=0.0140066;RO=38;SAF=10;SAR=16;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149199;STB=0.585299;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0109904;OID=.;OPOS=277003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:38:38:26:26:0.40625:16:10:20:18:16:10:20:18 chr2 676177 . C G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.247;QD=60.8834;RBI=0.0409319;REFB=0;REVB=0.0163526;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97074e-05;OID=.;OPOS=676177;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr2 1079320 . C T 357.55 PASS AF=0.349206;AO=44;DP=126;FAO=44;FDP=126;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.0383879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0746;QD=11.3509;RBI=0.0388062;REFB=-0.0305706;REVB=-0.0056823;RO=79;SAF=21;SAR=23;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117447;STB=0.570012;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0359979;OID=.;OPOS=1079320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:79:82:44:44:0.349206:23:21:46:33:23:21:48:34 chr2 1099065 . CTTTTTTTTTTTA CTTTTTTTTTTCT,CTTTTTTTTTTTC 539.12 PASS AF=0.201923,0.355769;AO=5,10;DP=106;FAO=21,37;FDP=104;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=42;FSAF=17,25;FSAR=4,12;FSRF=35;FSRR=7;FWDB=0.00822966,0.0102953;FXX=0.0370336;HRUN=11,1;LEN=2,1;MLLD=98.849,99.4058;QD=20.7353;RBI=0.00877968,0.0516394;REFB=-0.034318,-0.0296909;REVB=0.00305867,-0.0506027;RO=10;SAF=1,9;SAR=4,1;SRF=10;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.710162,-0.320847;STB=0.526558,0.602461;STBP=0.836,0.165;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0485661,0.0151435;OID=.,.;OPOS=1099076,1099077;OREF=TA,A;OALT=CT,C;OMAPALT=CTTTTTTTTTTCT,CTTTTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.201923,0.355769:5,10:106:21,37:104:42:17,25:4,12:35:7:99:10:1,9:4,1:10:0 chr2 1099078 . T C 176.79 PASS AF=0.25;AO=20;DP=108;FAO=26;FDP=104;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=27;FWDB=-0.0170331;FXX=0.140484;HRUN=11;LEN=1;MLLD=99.1506;QD=6.79974;RBI=0.0216415;REFB=-0.0127094;REVB=-0.0133502;RO=74;SAF=15;SAR=5;SRF=49;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13297;STB=0.53088;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00621263;OID=.;OPOS=1099078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:104:74:78:20:26:0.25:5:15:49:25:10:16:51:27 chr2 1133367 . G A 623.23 PASS AF=0.582524;AO=60;DP=104;FAO=60;FDP=103;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0237005;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.747;QD=24.2031;RBI=0.0238144;REFB=-0.00258152;REVB=-0.00232607;RO=40;SAF=31;SAR=29;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103844;STB=0.550516;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00129464;OID=.;OPOS=1133367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:40:43:60:60:0.582524:29:31:15:25:29:31:17:26 chr2 1168781 . C A 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=8.31568e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.717;QD=18.6756;RBI=0.00170641;REFB=-0.0166453;REVB=-0.00170438;RO=32;SAF=22;SAR=10;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234228;STB=0.631063;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0152523;OID=.;OPOS=1168781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:10:22:14:18:10:22:14:18 chr2 1204796 . C T 169.51 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0159284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7671;QD=10.5941;RBI=0.099174;REFB=0.0213157;REVB=0.0978865;RO=41;SAF=16;SAR=6;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206339;STB=0.615274;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.0203325;OID=.;OPOS=1204796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:42:22:22:0.34375:6:16:23:18:6:16:24:18 chr2 1271230 . A G 1843.92 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00318869;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.793;QD=61.4639;RBI=0.0257555;REFB=0;REVB=0.0255574;RO=0;SAF=63;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31325e-05;OID=.;OPOS=1271230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:57:63:0:0:57:63:0:0 chr2 1320143 . C T 224.74 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0372686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.66;QD=10.831;RBI=0.0479495;REFB=-0.0136482;REVB=-0.0301695;RO=52;SAF=14;SAR=14;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215772;STB=0.50602;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.029781;OID=.;OPOS=1320143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:55:28:28:0.337349:14:14:25:27:14:14:28:27 chr2 1418192 . C G 496.77 PASS AF=0.44;AO=54;DP=123;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.060642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8761;QD=15.8968;RBI=0.0627775;REFB=0.00222037;REVB=-0.0162345;RO=67;SAF=23;SAR=31;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16874;STB=0.608782;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00458327;OID=.;OPOS=1418192;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:67:70:54:55:0.44:31:23:40:27:32:23:43:27 chr2 1460004 . G T 569.66 PASS AF=0.491667;AO=59;DP=120;FAO=59;FDP=120;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0103944;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.6407;QD=18.9887;RBI=0.0318906;REFB=-0.0217333;REVB=-0.0301491;RO=61;SAF=25;SAR=34;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286504;STB=0.515833;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0234365;OID=.;OPOS=1460004;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:61:61:59:59:0.491667:34:25:24:37:34:25:24:37 chr2 1497803 . C T 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0194096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.858;QD=17.0949;RBI=0.0194875;REFB=-0.0142163;REVB=-0.00174104;RO=40;SAF=18;SAR=17;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611477;STB=0.540517;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0166705;OID=.;OPOS=1497803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:41:35:35:0.460526:17:18:18:22:17:18:18:23 chr2 1499899 . C T 344.36 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=0.00863278;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.678;QD=13.1185;RBI=0.00960633;REFB=-0.0104607;REVB=-0.00421388;RO=63;SAF=21;SAR=20;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13195;STB=0.568997;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0152922;OID=.;OPOS=1499899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:64:41:41:0.390476:20:21:40:23:20:21:40:24 chr2 1499927 . A C 316.79 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0228509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.733;QD=12.9302;RBI=0.0237938;REFB=-0.0034214;REVB=0.00663192;RO=62;SAF=18;SAR=18;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712761;STB=0.540794;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00616093;OID=.;OPOS=1499927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:62:62:36:36:0.367347:18:18:35:27:18:18:35:27 chr2 1520676 . T C 207.61 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0229745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2089;QD=15.0985;RBI=0.0250254;REFB=-0.012842;REVB=0.00992187;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205494;STB=0.615773;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0174851;OID=.;OPOS=1520676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:11:13:23:8:11:13:23:8 chr2 1546327 . C G 495.44 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00129396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9959;QD=26.0757;RBI=0.00729762;REFB=-0.00926642;REVB=0.00718198;RO=30;SAF=18;SAR=28;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563408;STB=0.530792;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0098958;OID=.;OPOS=1546327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:30:46:46:0.605263:28:18:14:16:28:18:14:16 chr2 1647171 . T C 1283.33 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00872181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.409;QD=61.8471;RBI=0.0195786;REFB=0;REVB=-0.0175285;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.83582e-05;OID=.;OPOS=1647171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:39:44:0:0:39:44:0:0 chr2 1652822 . T G 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00244013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.742;QD=62.7619;RBI=0.00344587;REFB=0;REVB=0.00243306;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04612e-10;OID=.;OPOS=1652822;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:46:43:0:0:46:43:0:0 chr2 1664654 . A G 1592.02 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00662875;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.598;QD=60.076;RBI=0.0527967;REFB=0;REVB=0.0523789;RO=0;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112857;OID=.;OPOS=1664654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:50:56:0:0:50:56:0:0 chr2 1667459 . G A 370.37 PASS AF=0.362903;AO=45;DP=123;FAO=45;FDP=124;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.0101264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2009;QD=11.9474;RBI=0.0112935;REFB=-0.00780444;REVB=-0.00499993;RO=78;SAF=23;SAR=22;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016148;STB=0.513091;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0115356;OID=.;OPOS=1667459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:78:79:45:45:0.362903:22:23:41:37:22:23:42:37 chr2 1683981 . C T 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00888781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.624;QD=8.1283;RBI=0.0125367;REFB=0.00321348;REVB=0.00884167;RO=29;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175922;STB=0.607294;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.0069852;OID=.;OPOS=1683981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:6:5:9:20:6:5:9:20 chr2 1812910 . G A 205.05 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0154924;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5853;QD=10.5152;RBI=0.0257206;REFB=-0.00662919;REVB=0.0205313;RO=51;SAF=8;SAR=18;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152736;STB=0.584348;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0158312;OID=.;OPOS=1812910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:52:26:26:0.333333:18:8:22:29:18:8:22:30 chr2 1842968 . T C 320.87 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0107194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.121;QD=18.8748;RBI=0.0110687;REFB=-0.0116515;REVB=0.00275841;RO=34;SAF=17;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137769;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0129703;OID=.;OPOS=1842968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:34:33:34:0.5:16:17:17:17:17:17:17:17 chr2 1926437 . G T 988.06 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0115944;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.021;QD=55.6651;RBI=0.0199141;REFB=-0.0694815;REVB=0.0161908;RO=2;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349712;STB=0.517852;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=3.98429e-05;OID=.;OPOS=1926437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:71:2:2:68:69:0.971831:26:42:0:2:27:42:0:2 chr2 1946914 . A G 153.91 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0130597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.417;QD=11.6159;RBI=0.0178752;REFB=-0.019159;REVB=-0.0122052;RO=32;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858387;STB=0.532224;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0461892;OID=.;OPOS=1946914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:32:34:19:19:0.358491:11:8:16:16:11:8:16:18 chr2 1946968 . C T 492.35 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0318581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6147;QD=20.0958;RBI=0.0318603;REFB=-0.0318745;REVB=-0.000371798;RO=50;SAF=27;SAR=21;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112642;STB=0.562474;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0330692;OID=.;OPOS=1946968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:21:27:22:28:21:27:22:28 chr2 1983568 . C T 51.88 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00477511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.735;QD=6.10295;RBI=0.00483167;REFB=-0.0108974;REVB=-0.000737139;RO=26;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913963;STB=0.558679;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0373181;OID=.;OPOS=1983568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:4:4:15:11:4:4:15:11 chr2 3212704 . C A 144.85 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00792661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.007;QD=15.6595;RBI=0.0167665;REFB=-0.0249538;REVB=0.0147744;RO=21;SAF=12;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204325;STB=0.618888;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0230856;OID=.;OPOS=3212704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:4:12:12:9:4:12:12:9 chr2 3392075 . T C 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0402654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.118;QD=25.4292;RBI=0.0404853;REFB=-0.0488596;REVB=-0.00421401;RO=14;SAF=7;SAR=15;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138114;STB=0.565976;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.029682;OID=.;OPOS=3392075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:15:22:22:0.594595:15:7:7:7:15:7:7:8 chr2 3392291 . C T 84.27 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0491522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7869;QD=10.5338;RBI=0.0549478;REFB=-0.0557113;REVB=-0.0245626;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126689;STB=0.576329;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0396384;OID=.;OPOS=3392291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:4:7:11:10:4:7:11:10 chr2 3392295 . A G 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0084168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.701;QD=20.4561;RBI=0.00978586;REFB=-0.0200533;REVB=-0.00499205;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137296;STB=0.591136;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0202494;OID=.;OPOS=3392295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:15:17:17:0.53125:9:8:9:5:9:8:10:5 chr2 3392513 . TT CA 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0303103;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=138.506;QD=22.9085;RBI=0.0314348;REFB=0.0150764;REVB=-0.00833257;RO=16;SAF=3;SAR=18;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664217;STB=0.529383;STBP=0.805;TYPE=mnp;VARB=-0.019512;OID=.;OPOS=3392513;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:17:21:21:0.552632:18:3:3:13:18:3:3:14 chr2 3425514 . G C 588.36 PASS AF=0.495868;AO=59;DP=122;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.012331;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.573;QD=19.4499;RBI=0.016885;REFB=0.00281982;REVB=-0.0115348;RO=61;SAF=21;SAR=38;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084391;STB=0.540323;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00395278;OID=.;OPOS=3425514;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:61:61:59:60:0.495868:38:21:27:34:38:22:27:34 chr2 3425729 . C T 311.24 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0249991;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1546;QD=15.961;RBI=0.0251557;REFB=-0.0195994;REVB=0.00280243;RO=41;SAF=12;SAR=22;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039158;STB=0.520379;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0197761;OID=.;OPOS=3425729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:41:44:34:34:0.435897:22:12:16:25:22:12:17:27 chr2 3469463 . G C 347.17 PASS AF=0.4;AO=37;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.00831561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.472;QD=14.6176;RBI=0.0107136;REFB=-0.0184292;REVB=-0.00675512;RO=57;SAF=16;SAR=21;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509312;STB=0.53753;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0265396;OID=.;OPOS=3469463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:57:37:38:0.4:21:16:22:35:21:17:22:35 chr2 3470115 . T C 398.91 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0277685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5191;QD=20.995;RBI=0.0484352;REFB=-0.0188964;REVB=-0.0396848;RO=34;SAF=17;SAR=23;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385453;STB=0.535934;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0184187;OID=.;OPOS=3470115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:34:36:40:40:0.526316:23:17:16:18:23:17:18:18 chr2 3470124 . G A 390.18 PASS AF=0.547945;AO=38;DP=72;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0127695;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.3319;QD=21.3797;RBI=0.0330831;REFB=-0.0534213;REVB=0.0305194;RO=34;SAF=17;SAR=21;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00534391;STB=0.502074;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0450209;OID=.;OPOS=3470124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:34:33:38:40:0.547945:21:17:15:19:22:18:15:18 chr2 3483205 . C T 68.73 PASS AF=0.384615;AO=8;DP=23;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0352477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.278;QD=10.5734;RBI=0.0380553;REFB=-0.0209938;REVB=0.0143459;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178816;STB=0.576773;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0464129;OID=.;OPOS=3483205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:23:26:15:16:8:10:0.384615:4:4:5:10:5:5:6:10 chr2 3488502 . A G 1638.32 PASS AF=0.990991;AO=106;DP=107;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0238388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.675;QD=59.0386;RBI=0.0378244;REFB=0.0837085;REVB=0.0293666;RO=1;SAF=68;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123248;STB=0.506023;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.000144167;OID=.;OPOS=3488502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:111:1:1:106:110:0.990991:38:68:0:1:41:69:0:1 chr2 3504687 . A G 415.37 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.0233284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.335;QD=15.2428;RBI=0.0245552;REFB=-0.00367461;REVB=0.00766435;RO=61;SAF=13;SAR=34;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356806;STB=0.696859;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00749305;OID=.;OPOS=3504687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:62:47:47:0.431193:34:13:38:23:34:13:38:24 chr2 3518643 . T C 347.45 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0032762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.298;QD=17.158;RBI=0.0162355;REFB=-0.0184507;REVB=0.0159015;RO=44;SAF=20;SAR=17;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173429;STB=0.50972;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0275929;OID=.;OPOS=3518643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:17:20:23:21:17:20:23:21 chr2 3597974 . T C 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00391713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.742;QD=13.7843;RBI=0.00601315;REFB=-0.00389501;REVB=0.00456224;RO=33;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690526;STB=0.539501;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00513232;OID=.;OPOS=3597974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:11:12:15:18:11:12:15:18 chr2 3605468 . A G 709.81 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.114448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.005;QD=54.6004;RBI=0.115087;REFB=-0.138129;REVB=0.0121051;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00104011;OID=.;OPOS=3605468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:21:30:0:0:21:30:1:0 chr2 3652616 . G C 1157.79 PASS AF=0.54902;AO=110;DP=204;FAO=112;FDP=204;FR=.;FRO=92;FSAF=67;FSAR=45;FSRF=63;FSRR=29;FWDB=0.0399926;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.291;QD=22.7018;RBI=0.0403388;REFB=-0.0309128;REVB=0.00527333;RO=92;SAF=66;SAR=44;SRF=63;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750889;STB=0.541259;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0209192;OID=.;OPOS=3652616;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:92:92:110:112:0.54902:44:66:63:29:45:67:63:29 chr2 3653844 . T C 360.12 PASS AF=0.552239;AO=31;DP=61;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0121308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.242;QD=21.4997;RBI=0.0212571;REFB=-0.0323394;REVB=0.0174559;RO=30;SAF=18;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158938;STB=0.613799;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0206262;OID=.;OPOS=3653844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:67:30:30:31:37:0.552239:13:18:12:18:13:24:12:18 chr2 3673648 . G A 207.96 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0287841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.728;QD=17.6983;RBI=0.0304241;REFB=-0.00717949;REVB=0.00985423;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975156;STB=0.543819;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00417385;OID=.;OPOS=3673648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:8:12:18:8:8:13:18:8 chr2 3721729 . A G 767.95 PASS AF=0.513889;AO=74;DP=144;FAO=74;FDP=144;FR=.;FRO=70;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.0404012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1607;QD=21.3319;RBI=0.0425851;REFB=0.0100158;REVB=0.0134623;RO=70;SAF=43;SAR=31;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216487;STB=0.511902;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.00935738;OID=.;OPOS=3721729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:70:70:74:74:0.513889:31:43:39:31:31:43:39:31 chr2 3749151 . GGAAGAAGAAGC GGAAGAAGAAG,GGAAGAAGC 381.27 PASS AF=0.097561,0.536585;AO=11,39;DP=84;FAO=8,44;FDP=82;FR=.;FRO=30;FSAF=0,25;FSAR=8,19;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0421289,-6.98695e-05;FXX=0.03529;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=21.5365,209.913;QD=18.5984;RBI=0.169083,0.0112346;REFB=-0.0744341,-0.00640183;REVB=-0.163751,0.0112344;RO=26;SAF=0,23;SAR=11,16;SRF=16;SRR=10;SSEN=0.455837,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.796909,-0.0194136;STB=0.998554,0.514333;STBP=0.005,0.785;TYPE=del,del;VARB=0.15024,0.0112385;OID=.,.;OPOS=3749162,3749152;OREF=C,GAA;OALT=-,-;OMAPALT=GGAAGAAGAAG,GGAAGAAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.097561,0.536585:11,39:84:8,44:82:30:0,25:8,19:16:14:99:26:0,23:11,16:16:10 chr2 3800383 . C T 523.76 PASS AF=0.509434;AO=55;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0221098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.736;QD=19.7646;RBI=0.0587944;REFB=-0.00768569;REVB=-0.0544788;RO=51;SAF=20;SAR=35;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231371;STB=0.620742;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0158425;OID=.;OPOS=3800383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:52:55:54:0.509434:35:20:32:19:34:20:32:20 chr2 5834031 . C T 174.96 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0468636;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5611;QD=11.4727;RBI=0.0554654;REFB=-0.00576195;REVB=-0.0296685;RO=38;SAF=8;SAR=14;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288135;STB=0.658681;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0134197;OID=.;OPOS=5834031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:38:39:22:22:0.360656:14:8:24:14:14:8:24:15 chr2 5838030 . G A 311.27 PASS AF=0.5;AO=29;DP=66;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.027617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.59;QD=18.3101;RBI=0.0276953;REFB=-0.0293064;REVB=0.00208172;RO=31;SAF=8;SAR=21;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182796;STB=0.586681;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.017699;OID=.;OPOS=5838030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:31:34:29:34:0.5:21:8:14:17:25:9:14:20 chr2 5839686 . A G 404.39 PASS AF=0.547945;AO=39;DP=72;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.02948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.085;QD=22.1586;RBI=0.0305177;REFB=-0.0126044;REVB=-0.00789049;RO=33;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113253;STB=0.566633;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00972099;OID=.;OPOS=5839686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:33:33:39:40:0.547945:23:16:18:15:24:16:18:15 chr2 5839811 . T C 385.34 PASS AF=0.666667;AO=36;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0127517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.222;QD=28.5435;RBI=0.0127707;REFB=0.00515159;REVB=-0.000696719;RO=17;SAF=16;SAR=20;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195401;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00128574;OID=.;OPOS=5839811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:17:18:36:36:0.666667:20:16:7:10:20:16:8:10 chr2 5840461 . A G 136.87 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.032628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.791;QD=18.2489;RBI=0.0392727;REFB=0.000394028;REVB=-0.0218576;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583331;STB=0.533289;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.000332079;OID=.;OPOS=5840461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:8:7:8:7:8:7:8:7 chr2 6990020 . C T 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00952331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.055;QD=64.2853;RBI=0.0111185;REFB=0;REVB=0.00573822;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.10652e-06;OID=.;OPOS=6990020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:53:47:0:0:53:47:0:0 chr2 7137067 . A G 741.43 PASS AF=0.451429;AO=79;DP=174;FAO=79;FDP=175;FR=.;FRO=96;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=57;FSRR=39;FWDB=-0.00776455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.264;QD=16.9469;RBI=0.00879661;REFB=-0.00518646;REVB=0.00413425;RO=93;SAF=33;SAR=46;SRF=55;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168732;STB=0.596088;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00642479;OID=.;OPOS=7137067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:93:96:79:79:0.451429:46:33:55:38:46:33:57:39 chr2 7154632 . T C 1395.9 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152316;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.343;QD=62.737;RBI=0.0185337;REFB=0;REVB=0.0105593;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71299e-05;OID=.;OPOS=7154632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:47:42:0:0:47:42:0:0 chr2 7208422 . T C 314.39 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00365029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.303;QD=17.9651;RBI=0.0444641;REFB=-0.0204529;REVB=0.044314;RO=36;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767764;STB=0.542832;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0213103;OID=.;OPOS=7208422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:17:17:15:21:17:17:15:21 chr2 8871342 . C A 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0107085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.957;QD=10.7535;RBI=0.0148316;REFB=-0.00892476;REVB=-0.0102618;RO=26;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253517;STB=0.650936;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0181284;OID=.;OPOS=8871342;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:5:8:10:16:5:8:10:16 chr2 8871508 . G A 245.67 PASS AF=0.267176;AO=35;DP=131;FAO=35;FDP=131;FR=.;FRO=96;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=0.00257961;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.507;QD=7.50137;RBI=0.0203866;REFB=-0.0146131;REVB=-0.0202228;RO=96;SAF=22;SAR=13;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110108;STB=0.565846;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0420315;OID=.;OPOS=8871508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:96:96:35:35:0.267176:13:22:52:44:13:22:52:44 chr2 9484734 . G A 151.78 PASS AF=0.25;AO=22;DP=87;FAO=22;FDP=88;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.00167596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5297;QD=6.89921;RBI=0.0427278;REFB=-0.00687338;REVB=-0.0426949;RO=65;SAF=16;SAR=6;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283925;STB=0.669442;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0203666;OID=.;OPOS=9484734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:65:66:22:22:0.25:6:16:33:32:6:16:34:32 chr2 9491017 . C T 1865.73 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0342694;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9713;QD=60.6741;RBI=0.0344463;REFB=-0.0126137;REVB=0.0034858;RO=1;SAF=67;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0087158;STB=0.504504;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-3.75021e-05;OID=.;OPOS=9491017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:123:1:1:121:122:0.99187:54:67:0:1:55:67:0:1 chr2 9514947 . C T 252.9 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=92;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0191016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.101;QD=10.8774;RBI=0.0197907;REFB=-0.00690742;REVB=-0.00517709;RO=62;SAF=17;SAR=13;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00252885;STB=0.510994;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0154118;OID=.;OPOS=9514947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:62:62:30:31:0.333333:13:17:35:27:13:18:35:27 chr2 9645318 . C T 353.93 PASS AF=0.310345;AO=45;DP=145;FAO=45;FDP=145;FR=.;FRO=100;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=60;FSRR=40;FWDB=0.00948953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.683;QD=9.76365;RBI=0.0134293;REFB=0.00300338;REVB=0.00950236;RO=99;SAF=19;SAR=26;SRF=59;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203237;STB=0.620866;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00625238;OID=.;OPOS=9645318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:99:100:45:45:0.310345:26:19:59:40:26:19:60:40 chr2 9983686 . G T 383.25 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=28;FWDB=-0.0333467;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4295;QD=22.5439;RBI=0.0439598;REFB=0.0410459;REVB=0.0286437;RO=30;SAF=3;SAR=35;SRF=2;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349917;STB=0.519221;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.0279161;OID=.;OPOS=9983686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:30:30:38:38:0.558824:35:3:2:28:35:3:2:28 chr2 9983716 . A C 886.09 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.529;QD=58.1044;RBI=0.0466097;REFB=0;REVB=0.037774;RO=0;SAF=3;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68389e-05;OID=.;OPOS=9983716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:61:0:0:57:61:1:54:3:0:0:58:3:0:0 chr2 10045013 . A AT 772.7 PASS AF=1;AO=29;DP=151;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.249222;FXX=0.384081;HRUN=0;LEN=1;MLLD=32.9892;QD=33.2345;RBI=0.249317;REFB=0;REVB=0.0069023;RO=112;SAF=19;SAR=10;SRF=55;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211415;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0163473;OID=.;OPOS=10045014;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:151:93:93:0:61:32:0:0:7:112:19:10:55:57 chr2 10045014 . C A,T 2142.67 PASS AF=0.216216,0.783784;AO=30,113;DP=143;FAO=32,116;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=20,57;FSAR=12,59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000871324,-0.00397713;FXX=0.0326776;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=133.871,66.1003;QD=57.9099;RBI=0.00797693,0.00534275;REFB=0,0;REVB=0.0079292,0.00356755;RO=0;SAF=20,56;SAR=10,57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.28685e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0272439,-0.0102587;OID=.,.;OPOS=10045014,10045014;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:143:148:0:0:30,113:32,116:0.216216,0.783784:10,57:20,56:0:0:12,59:20,57:0:0 chr2 10045024 . G A 2716.26 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187896;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.43;QD=62.4428;RBI=0.0208206;REFB=0;REVB=0.00896939;RO=0;SAF=95;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76854e-05;OID=.;OPOS=10045024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:173:174:1:78:95:0:0:79:95:0:0 chr2 10050947 . T C 616.55 PASS AF=0.4;AO=58;DP=175;FAO=74;FDP=185;FR=.;FRO=111;FSAF=54;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=62;FWDB=0.0156679;FXX=0.0263144;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.698;QD=13.3309;RBI=0.027819;REFB=-0.0087544;REVB=-0.0229872;RO=103;SAF=38;SAR=20;SRF=45;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247051;STB=0.682439;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.01048;OID=.;OPOS=10050947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:185:103:111:58:74:0.4:20:38:45:58:20:54:49:62 chr2 10050960 . A G 682.9 PASS AF=0.404255;AO=75;DP=188;FAO=76;FDP=188;FR=.;FRO=112;FSAF=59;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=64;FWDB=-0.0115653;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=68.9032;QD=14.5297;RBI=0.0129199;REFB=0.000317801;REVB=-0.00575925;RO=107;SAF=58;SAR=17;SRF=46;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388038;STB=0.724248;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00138083;OID=.;OPOS=10050960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:107:112:75:76:0.404255:17:58:46:61:17:59:48:64 chr2 10053412 . C T 626.02 PASS AF=0.477612;AO=64;DP=134;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0525711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5105;QD=18.6871;RBI=0.0531296;REFB=0.00533271;REVB=0.00768355;RO=69;SAF=32;SAR=32;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747486;STB=0.537302;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00723238;OID=.;OPOS=10053412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:69:70:64:64:0.477612:32:32:40:29:32:32:40:30 chr2 10059770 . G T 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00549884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.966;QD=12.798;RBI=0.0316242;REFB=-0.00223962;REVB=0.0311424;RO=40;SAF=13;SAR=13;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507457;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00260799;OID=.;OPOS=10059770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:41:26:26:0.38806:13:13:20:20:13:13:20:21 chr2 10059844 . C T 443.16 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0191783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.214;QD=35.4531;RBI=0.0217852;REFB=0.0019653;REVB=-0.0103339;RO=15;SAF=15;SAR=20;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213755;STB=0.511621;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.000824812;OID=.;OPOS=10059844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:20:15:7:8:20:15:7:8 chr2 10094992 . A G 141.36 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0134878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.243;QD=9.92022;RBI=0.0135622;REFB=-0.0400968;REVB=-0.00141869;RO=30;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744285;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0606794;OID=.;OPOS=10094992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:36:21:21:0.368421:7:14:18:12:7:14:24:12 chr2 10188649 . A T 801.74 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000252853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.722;QD=57.2671;RBI=0.0241426;REFB=0;REVB=0.0241412;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65603e-05;OID=.;OPOS=10188649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:20:35:0:0:21:35:0:0 chr2 10223921 . C T 136.71 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0041526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1212;QD=10.9364;RBI=0.0150215;REFB=-0.0139953;REVB=-0.0144361;RO=34;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241349;STB=0.643387;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0243541;OID=.;OPOS=10223921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:6:10:14:20:6:10:14:20 chr2 10262920 . T G 116.88 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00624008;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.147;QD=11.1314;RBI=0.00890113;REFB=-0.013093;REVB=0.00634756;RO=28;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158821;STB=0.594461;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.032873;OID=.;OPOS=10262920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:28:28:14:14:0.333333:8:6:16:12:8:6:16:12 chr2 10563236 . G A 120.36 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0588202;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.1322;QD=24.0715;RBI=0.059824;REFB=-0.0434704;REVB=-0.0109127;RO=7;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845065;STB=0.54775;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0128498;OID=.;OPOS=10563236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:4:9:4:3:4:9:4:3 chr2 10580967 . G A 471.98 PASS AF=0.42623;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.0284155;FXX=0.0161277;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.459;QD=15.4746;RBI=0.037528;REFB=-0.0104034;REVB=-0.0245135;RO=64;SAF=24;SAR=28;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534932;STB=0.505701;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00970616;OID=.;OPOS=10580967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:122:64:70:52:52:0.42623:28:24:33:31:28:24:33:37 chr2 10583865 . G A 71.11 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00504163;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.843;QD=4.51496;RBI=0.0243058;REFB=-0.000871289;REVB=-0.0237772;RO=51;SAF=10;SAR=2;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398543;STB=0.766378;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0135567;OID=.;OPOS=10583865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:64:63:51:51:12:12:0.190476:2:10:28:23:2:10:28:23 chr2 10712278 . C T 1785.69 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00431172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8221;QD=61.0492;RBI=0.0911445;REFB=0;REVB=0.0910424;RO=0;SAF=66;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322108;OID=.;OPOS=10712278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:51:66:0:0:51:66:0:0 chr2 10784491 . A G 375.44 PASS AF=0.47561;AO=38;DP=81;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0494162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6016;QD=18.3142;RBI=0.0730657;REFB=0.0359482;REVB=0.0538205;RO=43;SAF=23;SAR=15;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226321;STB=0.520823;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.0361248;OID=.;OPOS=10784491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:43:43:38:39:0.47561:15:23:27:16:16:23:27:16 chr2 10808776 . C A,CAA 1888.34 PASS AF=0.0322581,0.967742;AO=8,111;DP=129;FAO=4,120;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=0,52;FSAR=4,68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0935273,0.0222799;FXX=0.0158718;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=38.1198,183.058;QD=60.9143;RBI=0.0958976,0.0304173;REFB=0,0;REVB=0.0211895,0.020708;RO=3;SAF=2,49;SAR=6,62;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.370397,-0.0281771;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0198139,0.00161842;OID=.,.;OPOS=10808776,10808777;OREF=C,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:129:124:3:0:8,111:4,120:0.0322581,0.967742:6,62:2,49:3:0:4,68:0,52:0:0 chr2 10824666 . GC G 353.91 PASS AF=0.452381;AO=37;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0094754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.718;QD=16.8526;RBI=0.0163407;REFB=-0.0145916;REVB=-0.013313;RO=46;SAF=9;SAR=28;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39752;STB=0.726788;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0155629;OID=.;OPOS=10824667;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452381:37:84:38:84:46:9:29:29:17:99:46:9:28:29:17 chr2 10908893 . A G 305.82 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0576032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2302;QD=53.186;RBI=0.0576477;REFB=0;REVB=0.00226635;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00156898;OID=.;OPOS=10908893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr2 10928906 . T C 152.76 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00976745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.283;QD=13.5787;RBI=0.012453;REFB=-0.00316895;REVB=0.00772496;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313996;STB=0.518303;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0043214;OID=.;OPOS=10928906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:9:8:14:14:9:8:14:14 chr2 10930903 . T C 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00784706;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.077;QD=16.0718;RBI=0.0230047;REFB=-0.0201642;REVB=-0.021625;RO=35;SAF=18;SAR=11;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1062;STB=0.559958;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0163044;OID=.;OPOS=10930903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:11:18:18:17:11:18:18:17 chr2 10933249 . C T 241.61 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0243257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0394;QD=21.9648;RBI=0.053262;REFB=0.00666146;REVB=0.0473825;RO=21;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193846;STB=0.608601;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00397229;OID=.;OPOS=10933249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:9:14:8:13:9:14:8:13 chr2 10937272 . C T 266.38 PASS AF=0.336842;AO=32;DP=94;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0336815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.681;QD=11.2159;RBI=0.0366269;REFB=-0.0157742;REVB=0.0143906;RO=61;SAF=16;SAR=16;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121093;STB=0.578899;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0214215;OID=.;OPOS=10937272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:61:63:32:32:0.336842:16:16:24:37:16:16:24:39 chr2 10942687 . C T 420.93 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.000640676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1072;QD=15.8841;RBI=0.0563515;REFB=-0.00224587;REVB=-0.0563479;RO=59;SAF=24;SAR=23;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526692;STB=0.52947;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00200595;OID=.;OPOS=10942687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:59:47:47:0.443396:23:24:27:32:23:24:27:32 chr2 11053020 . A G 627.58 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.489;QD=61.2269;RBI=0.028715;REFB=0;REVB=0.0274456;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321834;OID=.;OPOS=11053020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:19:22:0:0 chr2 11053740 . C T 666.78 PASS AF=0.519685;AO=66;DP=127;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0241327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4472;QD=21.001;RBI=0.02746;REFB=-0.0101441;REVB=-0.0131021;RO=61;SAF=39;SAR=27;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000672972;STB=0.50037;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00909819;OID=.;OPOS=11053740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:61:61:66:66:0.519685:27:39:36:25:27:39:36:25 chr2 11264830 . G A 1787.9 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0596799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0444;QD=60.0976;RBI=0.0619927;REFB=-0.0253614;REVB=0.0167753;RO=1;SAF=64;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871445;STB=0.504586;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000755937;OID=.;OPOS=11264830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:54:64:0:1:54:64:0:1 chr2 11280697 . C T 88.78 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0214774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.834;QD=6.45707;RBI=0.0215647;REFB=0.00170549;REVB=0.00193779;RO=42;SAF=7;SAR=6;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16129;STB=0.599855;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00989998;OID=.;OPOS=11280697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:42:42:13:13:0.236364:6:7:28:14:6:7:28:14 chr2 11323276 . T C 800.59 PASS AF=0.474286;AO=83;DP=175;FAO=83;FDP=175;FR=.;FRO=92;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=36;FSRR=56;FWDB=0.0084496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.272;QD=18.2992;RBI=0.0190487;REFB=-0.0209229;REVB=0.0170722;RO=92;SAF=40;SAR=43;SRF=36;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866914;STB=0.547858;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0225786;OID=.;OPOS=11323276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:92:92:83:83:0.474286:43:40:36:56:43:40:36:56 chr2 11359120 . G T 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0883947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.508;QD=11.597;RBI=0.0900883;REFB=0.00205445;REVB=-0.0173859;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167492;STB=0.597828;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00526183;OID=.;OPOS=11359120;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:19:21:12:12:0.363636:5:7:8:11:5:7:9:12 chr2 11374200 . C G 632.36 PASS AF=0.448052;AO=69;DP=154;FAO=69;FDP=154;FR=.;FRO=85;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=-0.00204852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2968;QD=16.4248;RBI=0.00953471;REFB=-0.0117774;REVB=-0.00931205;RO=85;SAF=34;SAR=35;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115758;STB=0.564297;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0103584;OID=.;OPOS=11374200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:85:85:69:69:0.448052:35:34:32:53:35:34:32:53 chr2 11702661 . A C 2127.78 PASS AF=0.952381;AO=139;DP=144;FAO=140;FDP=147;FR=.;FRO=7;FSAF=74;FSAR=66;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00835181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7744;QD=57.8987;RBI=0.0366559;REFB=0.0192219;REVB=-0.0356918;RO=3;SAF=73;SAR=66;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771954;STB=0.502048;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.00142207;OID=.;OPOS=11702661;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:144:147:3:7:139:140:0.952381:66:73:1:2:66:74:4:3 chr2 11738091 . T C 769.97 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436101;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.536;QD=64.1638;RBI=0.0476538;REFB=0;REVB=0.0192105;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202145;OID=.;OPOS=11738091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr2 11752635 . T C 2373.16 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0336086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1106;QD=63.2843;RBI=0.0378318;REFB=-0.0813315;REVB=0.0173696;RO=1;SAF=63;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00549888;STB=0.50289;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00108853;OID=.;OPOS=11752635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:150:1:1:149:149:0.993333:86:63:0:1:86:63:0:1 chr2 11780564 . C T 118.32 PASS AF=0.243243;AO=18;DP=74;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0342868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.545;QD=6.39578;RBI=0.0360253;REFB=-0.00375181;REVB=-0.0110562;RO=55;SAF=8;SAR=10;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788613;STB=0.553788;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0155485;OID=.;OPOS=11780564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:55:56:18:18:0.243243:10:8:21:34:10:8:21:35 chr2 11817812 . G C 2008.09 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5414;QD=62.2662;RBI=0.0391522;REFB=0;REVB=0.00604307;RO=0;SAF=77;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151635;OID=.;OPOS=11817812;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:52:77:0:0:52:77:0:0 chr2 11922610 . C T 286.39 PASS AF=0.336364;AO=37;DP=110;FAO=37;FDP=110;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=-0.036865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.518;QD=10.4141;RBI=0.0391663;REFB=-0.00307148;REVB=0.0132277;RO=72;SAF=7;SAR=30;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221724;STB=0.637367;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00701228;OID=.;OPOS=11922610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:72:73:37:37:0.336364:30:7:24:48:30:7:25:48 chr2 11965541 . A G 396.57 PASS AF=0.38843;AO=43;DP=125;FAO=47;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.00906267;FXX=0.0319974;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.9278;QD=13.1098;RBI=0.00923876;REFB=-0.00175795;REVB=-0.00179521;RO=52;SAF=17;SAR=26;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713302;STB=0.507809;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0017829;OID=.;OPOS=11965541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:121:52:74:43:47:0.38843:26:17:17:35:26:21:34:40 chr2 12551577 . C CATT 66.84 PASS AF=0.375;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.029425;FXX=0.039984;HRUN=0;LEN=3;MLLD=189.353;QD=11.1395;RBI=0.0345487;REFB=0.0110933;REVB=-0.0181048;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30003;STB=0.62828;STBP=0.339;TYPE=ins;VARB=-0.0256608;OID=.;OPOS=12551578;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:9:28:9:24:15:3:6:8:7:66:18:3:6:11:7 chr2 15359019 . G A 167.7 PASS AF=0.24;AO=24;DP=100;FAO=24;FDP=100;FR=.;FRO=76;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.0046829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.063;QD=6.70817;RBI=0.0128813;REFB=-0.0145551;REVB=-0.0119999;RO=76;SAF=18;SAR=6;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395672;STB=0.74222;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0219142;OID=.;OPOS=15359019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:76:76:24:24:0.24:6:18:33:43:6:18:33:43 chr2 15533779 . G A 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0402501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6423;QD=13.0887;RBI=0.0646175;REFB=-0.0403625;REVB=-0.0505504;RO=27;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269091;STB=0.656951;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0269354;OID=.;OPOS=15533779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:10:6:17:10:10:6:17:10 chr2 15542337 . C G 291.38 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0304532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3733;QD=14.3892;RBI=0.0309157;REFB=0.0191555;REVB=0.00532747;RO=48;SAF=24;SAR=9;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171276;STB=0.597875;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0168656;OID=.;OPOS=15542337;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:9:24:28:20:9:24:28:20 chr2 15555762 . C G 270.52 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.0364972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0141;QD=14.4277;RBI=0.0560052;REFB=-0.0195216;REVB=0.0424798;RO=44;SAF=22;SAR=9;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00640973;STB=0.50364;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.02892;OID=.;OPOS=15555762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:9:22:31:13:9:22:31:13 chr2 15555832 . A G 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0833151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4368;QD=12.3389;RBI=0.0844074;REFB=-0.00170918;REVB=0.0135352;RO=39;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177443;STB=0.602323;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00346543;OID=.;OPOS=15555832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:9:15:18:21:9:15:18:21 chr2 15601441 . C T 663.8 PASS AF=0.507692;AO=66;DP=131;FAO=66;FDP=130;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.00277114;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.319;QD=20.4246;RBI=0.017603;REFB=-0.0104646;REVB=0.0173835;RO=63;SAF=27;SAR=39;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130767;STB=0.575926;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00783564;OID=.;OPOS=15601441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:63:64:66:66:0.507692:39:27:35:28:39:27:36:28 chr2 15613460 . T C 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00080327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4298;QD=13.0603;RBI=0.0355156;REFB=-0.00677437;REVB=-0.0355065;RO=40;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390265;STB=0.522336;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.009907;OID=.;OPOS=15613460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:14:12:17:23:14:12:17:23 chr2 15614404 . T C 280.81 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=-0.00580913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.723;QD=12.0777;RBI=0.00912053;REFB=-0.0161142;REVB=0.00703122;RO=60;SAF=18;SAR=15;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235105;STB=0.634538;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0259135;OID=.;OPOS=15614404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:60:60:33:33:0.354839:15:18:20:40:15:18:20:40 chr2 15618339 . G A 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00919415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.817;QD=16.4058;RBI=0.0158598;REFB=-0.0295971;REVB=-0.0129229;RO=37;SAF=13;SAR=18;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394976;STB=0.522229;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0342308;OID=.;OPOS=15618339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:18:13:17:20:18:13:17:20 chr2 15696896 . C T 257.19 PASS AF=0.344444;AO=31;DP=90;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0230479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.978;QD=11.4309;RBI=0.0240217;REFB=-0.00504458;REVB=0.00677008;RO=58;SAF=18;SAR=13;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12994;STB=0.580593;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00928653;OID=.;OPOS=15696896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:59:31:31:0.344444:13:18:27:31:13:18:27:32 chr2 15698746 . G C 885.68 PASS AF=0.463054;AO=94;DP=203;FAO=94;FDP=203;FR=.;FRO=109;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=61;FSRR=48;FWDB=0.0143092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.212;QD=17.4518;RBI=0.0155454;REFB=0.00642471;REVB=0.00607519;RO=109;SAF=51;SAR=43;SRF=61;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167211;STB=0.50925;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00730464;OID=.;OPOS=15698746;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:109:109:94:94:0.463054:43:51:61:48:43:51:61:48 chr2 15743344 . T C 731.74 PASS AF=0.475309;AO=78;DP=163;FAO=77;FDP=162;FR=.;FRO=85;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=0.0155021;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1954;QD=18.0677;RBI=0.0323518;REFB=-0.00713568;REVB=0.0283958;RO=82;SAF=45;SAR=33;SRF=49;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197033;STB=0.502702;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00814244;OID=.;OPOS=15743344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:82:85:78:77:0.475309:33:45:49:33:33:44:49:36 chr2 15747393 . C T 422.21 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=-0.0177747;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.037;QD=14.6855;RBI=0.0190344;REFB=-0.00172959;REVB=0.00680932;RO=66;SAF=21;SAR=27;SRF=22;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110995;STB=0.56563;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00246441;OID=.;OPOS=15747393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:66:67:48:48:0.417391:27:21:22:44:27:21:22:45 chr2 15771096 . G T 294.14 PASS AF=0.634146;AO=25;DP=40;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0562076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.999;QD=28.6964;RBI=0.0564958;REFB=-0.00743575;REVB=-0.0056993;RO=15;SAF=11;SAR=14;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169978;STB=0.585736;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00483762;OID=.;OPOS=15771096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:15:15:25:26:0.634146:14:11:3:12:15:11:3:12 chr2 15840623 . A G 599.22 PASS AF=0.4375;AO=63;DP=144;FAO=63;FDP=144;FR=.;FRO=81;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.00318614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.584;QD=16.6449;RBI=0.0113752;REFB=0.00367382;REVB=0.0109199;RO=80;SAF=41;SAR=22;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132205;STB=0.571008;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00433817;OID=.;OPOS=15840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:80:81:63:63:0.4375:22:41:42:38:22:41:43:38 chr2 16090820 . T C 446.15 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0061597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1583;QD=57.5677;RBI=0.0513055;REFB=0;REVB=-0.0509344;RO=1;SAF=18;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251989;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113201;OID=.;OPOS=16090820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:1:0:30:31:1:12:18:1:0:12:19:0:0 chr2 16380485 . A G 107.41 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00449667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3624;QD=12.6367;RBI=0.0500024;REFB=-0.00246032;REVB=0.0497998;RO=20;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26162;STB=0.673286;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00639578;OID=.;OPOS=16380485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:10:3:9:11:10:3:10:11 chr2 16380541 . C T 78.51 PASS AF=0.36;AO=7;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00542138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.017;QD=12.5618;RBI=0.00545496;REFB=-0.0106103;REVB=-0.000604295;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168697;STB=0.650796;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0441047;OID=.;OPOS=16380541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:25:25:14:14:7:9:0.36:5:2:6:8:7:2:6:8 chr2 17696573 . C T 1000.45 PASS AF=0.431373;AO=108;DP=254;FAO=110;FDP=255;FR=.;FRO=145;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=66;FSRR=79;FWDB=-0.00285761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.261;QD=15.6933;RBI=0.0205247;REFB=-0.00869832;REVB=-0.0203248;RO=144;SAF=52;SAR=56;SRF=65;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309713;STB=0.520339;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00977032;OID=.;OPOS=17696573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:255:144:145:108:110:0.431373:56:52:65:79:56:54:66:79 chr2 17698678 . A G 637.05 PASS AF=0.42515;AO=71;DP=167;FAO=71;FDP=167;FR=.;FRO=96;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=0.0144907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.929;QD=15.2586;RBI=0.0179235;REFB=-0.00847817;REVB=-0.0105484;RO=96;SAF=30;SAR=41;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804013;STB=0.544977;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0109516;OID=.;OPOS=17698678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:96:96:71:71:0.42515:41:30:48:48:41:30:48:48 chr2 17942775 . T A 1457.15 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0821621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0471;QD=62.0065;RBI=0.0828243;REFB=-0.0391247;REVB=0.0104528;RO=1;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920605;STB=0.504853;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-2.15067e-05;OID=.;OPOS=17942775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:51:42:0:1:51:42:0:1 chr2 17954027 . G A 1283.39 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0461508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2783;QD=61.8503;RBI=0.0594536;REFB=0;REVB=-0.0374812;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000546143;OID=.;OPOS=17954027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:35:47:0:0:36:47:0:0 chr2 17954421 . C G 1544.84 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038131;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2737;QD=58.8511;RBI=0.0689385;REFB=-0.062906;REVB=0.057433;RO=1;SAF=60;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106624;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000838106;OID=.;OPOS=17954421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:106:105:1:0:104:105:1:44:60:0:1:45:60:0:0 chr2 17962450 . A G 1354.53 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0368;QD=61.5695;RBI=0.0329499;REFB=0;REVB=0.0124516;RO=1;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123057;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36629e-05;OID=.;OPOS=17962450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:1:0:87:88:1:38:49:0:1:39:49:0:0 chr2 17962518 . C T 795.69 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00859808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.199;QD=63.655;RBI=0.0116287;REFB=0;REVB=0.00782939;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116325;OID=.;OPOS=17962518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:21:28:0:0:21:29:0:0 chr2 17962993 . CAAGTT C 104.15 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00430825;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=334.456;QD=13.8864;RBI=0.0116099;REFB=0.00260141;REVB=-0.0107809;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0021792;OID=.;OPOS=17962994;OREF=AAGTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:15:30:15:30:15:5:10:5:10:99:15:5:10:5:10 chr2 18112473 . G A 2577.68 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.578;QD=61.7407;RBI=0.112971;REFB=0;REVB=0.112235;RO=0;SAF=73;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407311;OID=.;OPOS=18112473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:167:0:0:159:167:1:86:73:0:0:93:74:0:0 chr2 18113508 . G A 235.62 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0475644;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.704;QD=13.0898;RBI=0.0475644;REFB=-0.0198212;REVB=3.95454e-05;RO=43;SAF=9;SAR=19;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327657;STB=0.513504;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0218833;OID=.;OPOS=18113508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:44:28:28:0.388889:19:9:15:28:19:9:15:29 chr2 18113623 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.95;QD=57.6794;RBI=0.0448939;REFB=0;REVB=0.043672;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198988;OID=.;OPOS=18113623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr2 18113789 . G A 336.66 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.000360929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.156;QD=17.2647;RBI=0.00265555;REFB=-0.00722563;REVB=0.0026309;RO=42;SAF=19;SAR=17;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00382332;STB=0.502142;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00764085;OID=.;OPOS=18113789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:17:19:22:20:17:19:22:20 chr2 19551762 . GTTC G,GTTT 578.93 PASS AF=0.410959,0.0479452;AO=48,7;DP=146;FAO=60,7;FDP=146;FR=.;FRO=79;FSAF=33,3;FSAR=27,4;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.00563202,-0.00485358;FXX=0.0331104;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=264.205,261.517;QD=15.8612;RBI=0.0343235,0.00555084;REFB=-0.0050171,-0.00379704;REVB=0.0338583,0.00269343;RO=67;SAF=28,3;SAR=20,4;SRF=37;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0328792,-0.139663;STB=0.524937,0.571225;STBP=0.643,0.776;TYPE=del,snp;VARB=0.00495761,0.01333;OID=.,.;OPOS=19551763,19551765;OREF=TTC,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410959,0.0479452:48,7:146:60,7:146:79:33,3:27,4:40:39:99:67:28,3:20,4:37:30 chr2 19553370 . C T 50.19 PASS AF=0.138889;AO=10;DP=72;FAO=10;FDP=72;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0160383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9601;QD=2.78829;RBI=0.0290365;REFB=-0.0102492;REVB=-0.0242052;RO=62;SAF=9;SAR=1;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489572;STB=0.857736;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0912185;OID=.;OPOS=19553370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:72:72:62:62:10:10:0.138889:1:9:34:28:1:9:34:28 chr2 20101487 . G A 1346.98 PASS AF=0.988764;AO=86;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0241973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.852;QD=60.5386;RBI=0.0623786;REFB=-0.136384;REVB=0.0574941;RO=1;SAF=51;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920002;STB=0.504761;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000577768;OID=.;OPOS=20101487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:86:88:0.988764:35:51:1:0:36:52:1:0 chr2 20135283 . T C 2009.43 PASS AF=0.992366;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0167728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6404;QD=61.3568;RBI=0.0279158;REFB=0.0582595;REVB=-0.0223151;RO=1;SAF=72;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826446;STB=0.504347;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00757898;OID=.;OPOS=20135283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:131:1:1:129:130:0.992366:57:72:0:1:57:73:0:1 chr2 20205680 . C T 1264.05 PASS AF=0.965517;AO=83;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.021327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9001;QD=58.1174;RBI=0.0365856;REFB=-0.0710303;REVB=0.0297265;RO=3;SAF=46;SAR=37;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298874;STB=0.51546;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00914383;OID=.;OPOS=20205680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:87:87:3:3:83:84:0.965517:37:46:3:0:37:47:3:0 chr2 20205848 . G A 765.82 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00206935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.968;QD=63.8184;RBI=0.00381045;REFB=0;REVB=0.00319958;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07896e-05;OID=.;OPOS=20205848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr2 20403794 . A T 1527.21 PASS AF=0.989691;AO=74;DP=99;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127637;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2715;QD=62.9776;RBI=0.0371606;REFB=0.00993743;REVB=0.0348999;RO=0;SAF=61;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27405e-08;STB=0.507691;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=8.41672e-06;OID=.;OPOS=20403794;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:97:0:1:74:96:0.989691:13:61:0:0:32:64:0:1 chr2 20648211 . G T 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.783;QD=50.41;RBI=0.0415745;REFB=0;REVB=0.000817129;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340939;OID=.;OPOS=20648211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr2 20680665 . C A 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0109697;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.297;QD=46.0582;RBI=0.0588088;REFB=-0.0758954;REVB=0.0577767;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437955;STB=0.523785;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000922653;OID=.;OPOS=20680665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:9:10:1:0:9:10:1:0 chr2 20680693 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00871063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.8;QD=52.613;RBI=0.0222806;REFB=0;REVB=0.0205073;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223064;OID=.;OPOS=20680693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr2 20818454 . T A 461.57 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173368;FXX=0.0571265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.916;QD=55.9473;RBI=0.0252955;REFB=-0.0315961;REVB=0.01842;RO=1;SAF=21;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217181;STB=0.511621;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.000365935;OID=.;OPOS=20818454;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:33:1:1:32:32:0.969697:11:21:1:0:11:21:1:0 chr2 20818458 . G A 572.99 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0118988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.414;QD=55.9016;RBI=0.0529714;REFB=-0.0175611;REVB=-0.0516177;RO=1;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267753;STB=0.527763;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=9.85366e-05;OID=.;OPOS=20818458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:1:2:39:39:0.95122:17:22:0:1:17:22:0:2 chr2 20823724 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0846037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.829;QD=53.9104;RBI=0.0967742;REFB=0;REVB=0.0469836;RO=0;SAF=3;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059593;OID=.;OPOS=20823724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:21:3:0:0:21:3:0:0 chr2 20838276 . C T 358.24 PASS AF=0.397959;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0135047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2389;QD=14.6221;RBI=0.031667;REFB=-0.00536187;REVB=0.0286431;RO=59;SAF=20;SAR=19;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764602;STB=0.543343;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00534972;OID=.;OPOS=20838276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:59:59:39:39:0.397959:19:20:26:33:19:20:26:33 chr2 20838318 . G A 1576.68 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.977;QD=59.4974;RBI=0.0157649;REFB=0;REVB=0.00523932;RO=0;SAF=51;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659161;OID=.;OPOS=20838318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:106:0:0:103:106:1:52:51:0:0:54:52:0:0 chr2 21225281 . C T 442.77 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0171929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.586;QD=22.7063;RBI=0.0236463;REFB=-0.0175712;REVB=-0.0162343;RO=35;SAF=22;SAR=21;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119232;STB=0.5655;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0128842;OID=.;OPOS=21225281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:21:22:23:12:21:22:23:12 chr2 21230263 . C T 487.65 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0452719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0215;QD=21.6732;RBI=0.0577106;REFB=-0.00600031;REVB=-0.0357907;RO=43;SAF=25;SAR=22;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00258001;STB=0.501424;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00323903;OID=.;OPOS=21230263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:22:25:23:20:22:25:23:20 chr2 21231524 . G A 425.99 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00665527;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.545;QD=21.5689;RBI=0.0152919;REFB=-0.0238529;REVB=0.0137677;RO=36;SAF=14;SAR=28;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193662;STB=0.613979;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0185034;OID=.;OPOS=21231524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:36:37:42:42:0.531646:28:14:20:16:28:14:21:16 chr2 21232803 . T C 451.61 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143513;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.216;QD=58.2717;RBI=0.0168571;REFB=0;REVB=-0.00884307;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160104;OID=.;OPOS=21232803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr2 21235475 . T C 2335.67 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.589;QD=61.0632;RBI=0.0462932;REFB=0;REVB=0.0381694;RO=0;SAF=82;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18873e-05;OID=.;OPOS=21235475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:153:0:0:152:153:1:70:82:0:0:70:83:0:0 chr2 21237786 . T G 332.66 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0542862;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6983;QD=18.7411;RBI=0.0546592;REFB=-0.0193158;REVB=0.00637523;RO=36;SAF=24;SAR=11;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129443;STB=0.572395;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0273456;OID=.;OPOS=21237786;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:36:36:35:35:0.492958:11:24:20:16:11:24:20:16 chr2 21250914 . G A 1039.24 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.893;QD=59.3852;RBI=0.021657;REFB=0;REVB=-0.0132884;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47398e-06;OID=.;OPOS=21250914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:43:25:0:0:43:27:0:0 chr2 21360583 . A G 841.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.002;QD=57.0422;RBI=0.0274269;REFB=0;REVB=0.025217;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153707;OID=.;OPOS=21360583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:28:30:0:0:29:30:0:0 chr2 23865260 . T C 2825.56 PASS AF=1;AO=179;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.529;QD=62.7902;RBI=0.0293911;REFB=0;REVB=0.0206541;RO=0;SAF=96;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01166e-05;OID=.;OPOS=23865260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:179:180:1:83:96:0:0:83:97:0:0 chr2 23865908 . G C 180.04 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.00339316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3075;QD=23.231;RBI=0.0145176;REFB=-0.0216857;REVB=-0.0141155;RO=13;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265459;STB=0.646446;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0136658;OID=.;OPOS=23865908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:7:11:12:1:7:11:12:1 chr2 23919375 . C T 250.81 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=41;FWDB=0.0074484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.198;QD=12.2347;RBI=0.0237787;REFB=-0.00936336;REVB=-0.022582;RO=52;SAF=16;SAR=14;SRF=11;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352953;STB=0.699408;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0229672;OID=.;OPOS=23919375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:14:16:11:41:14:16:11:41 chr2 23926659 . T C 315.66 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0489438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.2;QD=17.5364;RBI=0.055777;REFB=-0.0142422;REVB=-0.0267502;RO=37;SAF=18;SAR=16;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14014;STB=0.584367;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0144595;OID=.;OPOS=23926659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:34:34:0.472222:16:18:14:23:16:18:14:24 chr2 23973799 . T C 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2435;QD=60.8832;RBI=0.0156929;REFB=0;REVB=-0.00384001;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54326e-05;OID=.;OPOS=23973799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr2 24055058 . G C 579.08 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180873;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.579;QD=60.956;RBI=0.0250643;REFB=0;REVB=-0.0173513;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.10441e-05;OID=.;OPOS=24055058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr2 24108652 . T C 1135.24 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.081;QD=60.5461;RBI=0.0380691;REFB=0;REVB=0.0352209;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125561;OID=.;OPOS=24108652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:46:28:0:0:46:29:0:0 chr2 24223572 . AT A,TA 37.37 PASS AF=0.150602,0;AO=50,15;DP=168;FAO=25,0;FDP=166;FR=.;FRO=141;FSAF=9,0;FSAR=16,0;FSRF=56;FSRR=85;FWDB=-0.150977,-0.0631825;FXX=0.0514256;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=7.25378,18.347;QD=0.900473;RBI=0.214064,0.223178;REFB=-0.112748,-0.0423533;REVB=-0.151754,-0.214047;RO=83;SAF=23,0;SAR=27,15;SRF=35;SRR=48;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0425158,-0.689005;STB=0.53358,0.5;STBP=0.734,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.110515,0;OID=.,.;OPOS=24223573,24223572;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:168:166:83:141:50,15:25,0:0.150602,0:27,15:23,0:35:48:16,0:9,0:56:85 chr2 24239078 . C T 271.53 PASS AF=0.380952;AO=31;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.034472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.134;QD=12.9299;RBI=0.0363514;REFB=-0.00899251;REVB=-0.0115371;RO=49;SAF=7;SAR=24;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139514;STB=0.573481;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0211006;OID=.;OPOS=24239078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:52:31:32:0.380952:24:7:16:33:24:8:18:34 chr2 24369674 . C T 838.99 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220754;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.696;QD=57.8616;RBI=0.024577;REFB=0;REVB=-0.010803;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252872;OID=.;OPOS=24369674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr2 24384424 . T C 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9424;QD=61.6782;RBI=0.103972;REFB=0;REVB=0.0115067;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191634;OID=.;OPOS=24384424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr2 24387178 . G C,GC 663.75 PASS AF=0,1;AO=2,41;DP=49;FAO=0,44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0501814,0.125629;FXX=0.0222173;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.29,25.7981;QD=60.3406;RBI=0.0618243,0.150351;REFB=0,0;REVB=0.0361118,0.0825994;RO=5;SAF=1,20;SAR=1,21;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.576642,-0.10387;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00630559;OID=.,.;OPOS=24387178,24387179;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:49:44:5:0:2,41:0,44:0,1:1,21:1,20:5:0:0,23:0,21:0:0 chr2 24390517 . G A 2223.94 PASS AF=0.986111;AO=142;DP=144;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.012652;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.622;QD=61.7762;RBI=0.0169471;REFB=-0.128926;REVB=0.0112752;RO=0;SAF=77;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2093e-08;STB=0.500591;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000209757;OID=.;OPOS=24390517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:144:144:0:2:142:142:0.986111:65:77:0:0:65:77:1:1 chr2 24402127 . C CAA 713.52 PASS AF=1;AO=49;DP=54;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339755;FXX=0.0740604;HRUN=0;LEN=2;MLLD=199.175;QD=57.0816;RBI=0.0127421;REFB=0;REVB=0.0122808;RO=3;SAF=22;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237789;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.27963e-05;OID=.;OPOS=24402128;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:54:50:50:0:22:28:0:0:4:3:22:27:2:1 chr2 24587571 . A G 1271.87 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0477962;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.719;QD=60.5653;RBI=0.0483495;REFB=-0.0635719;REVB=-0.00729377;RO=1;SAF=21;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00757917;STB=0.503999;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.000421553;OID=.;OPOS=24587571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:1:1:83:83:0.988095:62:21:0:1:62:21:0:1 chr2 24787507 . G A 123.24 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.050926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8676;QD=7.35757;RBI=0.0653315;REFB=-0.00353259;REVB=-0.0409237;RO=49;SAF=8;SAR=10;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103691;STB=0.562844;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00970218;OID=.;OPOS=24787507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:49:49:18:18:0.268657:10:8:26:23:10:8:26:23 chr2 24899185 . C G 192.27 PASS AF=0.612903;AO=18;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0353221;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5334;QD=24.8085;RBI=0.036061;REFB=-0.0389503;REVB=0.00726267;RO=11;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688812;STB=0.542328;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0324155;OID=.;OPOS=24899185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:31:11:12:18:19:0.612903:8:10:5:6:9:10:5:7 chr2 24899204 . A G 211.08 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00412857;FXX=0.0294031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.68;QD=25.5856;RBI=0.0270097;REFB=-0.0247464;REVB=-0.0266923;RO=12;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515136;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00757155;OID=.;OPOS=24899204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:12:13:20:20:0.606061:10:10:6:6:10:10:6:7 chr2 24905927 . G C 1286.02 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3035;QD=60.5184;RBI=0.0389547;REFB=-0.147834;REVB=-0.0195362;RO=1;SAF=34;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137272;STB=0.507245;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00137061;OID=.;OPOS=24905927;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:50:34:1:0:50:34:1:0 chr2 24928102 . G T 120.09 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0029711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.666;QD=9.41881;RBI=0.0036097;REFB=0.00249664;REVB=0.00204999;RO=36;SAF=7;SAR=8;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200436;STB=0.620002;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.0108369;OID=.;OPOS=24928102;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:8:7:23:13:8:7:23:13 chr2 24933897 . C T 360.74 PASS AF=0.387387;AO=43;DP=112;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0191799;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.156;QD=12.9995;RBI=0.0287103;REFB=-0.0202553;REVB=-0.0213638;RO=68;SAF=30;SAR=13;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284845;STB=0.66226;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0245468;OID=.;OPOS=24933897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:68:68:43:43:0.387387:13:30:30:38:13:30:30:38 chr2 24949516 . C T 368.2 PASS AF=0.357143;AO=45;DP=126;FAO=45;FDP=126;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=31;FWDB=-0.0380952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2303;QD=11.689;RBI=0.0392339;REFB=-0.0234118;REVB=0.00938346;RO=81;SAF=28;SAR=17;SRF=50;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0058847;STB=0.503369;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0406817;OID=.;OPOS=24949516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:81:81:45:45:0.357143:17:28:50:31:17:28:50:31 chr2 24974945 . T G 937.45 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00533637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.912;QD=58.5906;RBI=0.016319;REFB=0;REVB=0.0154218;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25011e-05;OID=.;OPOS=24974945;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:42:22:0:0:42:22:0:0 chr2 24991350 . A G 257.13 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.017647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6478;QD=16.0709;RBI=0.0183402;REFB=-0.00909242;REVB=0.00499463;RO=35;SAF=13;SAR=16;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917074;STB=0.551688;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0111801;OID=.;OPOS=24991350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:16:13:19:16:16:13:19:16 chr2 25022597 . CA CG,TG 238.27 PASS AF=0.361702,0.148936;AO=16,7;DP=47;FAO=17,7;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=7,3;FSAR=10,4;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0151417,-0.0132384;FXX=0.020829;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=200.246,247.216;QD=20.2779;RBI=0.024259,0.0205796;REFB=0.0110376,0.00636013;REVB=-0.0189533,-0.0157564;RO=22;SAF=7,3;SAR=9,4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0760933,0.0789762;STB=0.538417,0.564179;STBP=0.702,0.742;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.013535,-0.00176557;OID=.,.;OPOS=25022598,25022597;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:16,7:17,7:0.361702,0.148936:9,4:7,3:8:14:10,4:7,3:8:15 chr2 25046090 . T C 323.05 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.202;QD=53.8417;RBI=0.0523425;REFB=0;REVB=0.0353823;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245704;OID=.;OPOS=25046090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:12:11:0:0:12:12:0:0 chr2 25047408 . A G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.000824014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.104;QD=11.4398;RBI=0.0112983;REFB=-0.00759713;REVB=-0.0112682;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557404;STB=0.533261;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0160135;OID=.;OPOS=25047408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:4:10:6:3:4:10 chr2 25050977 . T C 724.08 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0281955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.772;QD=59.1087;RBI=0.0361599;REFB=-0.0405482;REVB=-0.0226396;RO=2;SAF=34;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026866;STB=0.51428;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.000906235;OID=.;OPOS=25050977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:13:34:2:0:13:34:2:0 chr2 25064193 . G A 1922.11 PASS AF=0.984375;AO=126;DP=128;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=76;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0317944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.972;QD=60.066;RBI=0.0481154;REFB=-0.0144034;REVB=0.0361138;RO=0;SAF=50;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509802;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.000267946;OID=.;OPOS=25064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:128:0:2:126:126:0.984375:76:50:0:0:76:50:2:0 chr2 25065134 . G A 169.83 PASS AF=0.247706;AO=25;DP=107;FAO=27;FDP=109;FR=.;FRO=82;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=0.0106669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.035;QD=6.23209;RBI=0.0318713;REFB=-0.0111743;REVB=0.0300332;RO=82;SAF=12;SAR=13;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131451;STB=0.55051;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0419846;OID=.;OPOS=25065134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:82:82:25:27:0.247706:13:12:48:34:13:14:48:34 chr2 25141538 . A G 395.07 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0317155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2738;QD=22.9023;RBI=0.0593726;REFB=0.0116917;REVB=-0.050192;RO=30;SAF=18;SAR=21;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567584;STB=0.531234;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.0107312;OID=.;OPOS=25141538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:21:18:16:14:21:18:16:14 chr2 25170583 . C T 399.37 PASS AF=0.385246;AO=47;DP=123;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=49;FWDB=0.0120892;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.671;QD=13.094;RBI=0.0141033;REFB=-0.0072257;REVB=-0.00726317;RO=75;SAF=25;SAR=22;SRF=26;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199419;STB=0.612657;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.011391;OID=.;OPOS=25170583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:75:75:47:47:0.385246:22:25:26:49:22:25:26:49 chr2 25194741 . G A 2106.53 PASS AF=0.965278;AO=137;DP=144;FAO=139;FDP=144;FR=.;FRO=5;FSAF=72;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0294506;FXX=0.0136977;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.85;QD=58.5147;RBI=0.0445085;REFB=-0.1226;REVB=0.0333716;RO=5;SAF=72;SAR=65;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218012;STB=0.511045;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0011951;OID=.;OPOS=25194741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:144:144:5:5:137:139:0.965278:65:72:1:4:67:72:1:4 chr2 25314186 . T C 412.85 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0204127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.958;QD=21.4468;RBI=0.085897;REFB=-0.0341224;REVB=-0.0834363;RO=35;SAF=25;SAR=16;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175938;STB=0.59101;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0180715;OID=.;OPOS=25314186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:36:41:41:0.532468:16:25:14:21:16:25:15:21 chr2 25359422 . G A 670.18 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8538;QD=62.3422;RBI=0.0160519;REFB=0;REVB=-0.0154215;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.48059e-05;OID=.;OPOS=25359422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr2 25377176 . T C 801.23 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.132;QD=57.2305;RBI=0.0524408;REFB=0;REVB=0.0481362;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144394;OID=.;OPOS=25377176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr2 25469502 . C T 1578.47 PASS AF=0.584362;AO=142;DP=243;FAO=142;FDP=243;FR=.;FRO=101;FSAF=73;FSAR=69;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=-0.0108852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.543;QD=25.9831;RBI=0.0172529;REFB=-0.0236006;REVB=0.0133856;RO=100;SAF=73;SAR=69;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183791;STB=0.512027;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0164549;OID=.;OPOS=25469502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:100:101:142:142:0.584362:69:73:49:51:69:73:49:52 chr2 25536827 . G A 235.05 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00351693;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.497;QD=15.4133;RBI=0.00367545;REFB=-0.00711096;REVB=-0.00106778;RO=33;SAF=4;SAR=23;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420098;STB=0.750951;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0075145;OID=.;OPOS=25536827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:34:27:27:0.442623:23:4:16:17:23:4:17:17 chr2 25551581 . C T 32.15 PASS AF=0.0515464;AO=5;DP=98;FAO=5;FDP=97;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=86;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=-0.0361741;FXX=0.010203;HRUN=6;LEN=1;MLLD=196.794;QD=1.32594;RBI=0.0404446;REFB=-0.0132988;REVB=0.0180886;RO=59;SAF=2;SAR=3;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499213;STB=0.504569;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0273274;OID=.;OPOS=25551581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:98:97:59:86:5:5:0.0515464:3:2:21:38:3:2:34:52 chr2 25754395 . C T 287.78 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.00559176;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.291;QD=12.7902;RBI=0.0316853;REFB=0.00126326;REVB=-0.031188;RO=50;SAF=10;SAR=23;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280279;STB=0.63744;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00262121;OID=.;OPOS=25754395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:50:57:33:33:0.366667:23:10:28:22:23:10:29:28 chr2 26149968 . C G,T 625.8 PASS AF=0.0465116,0.930233;AO=2,40;DP=43;FAO=2,40;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=2,23;FSAR=0,17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000785256,0.000903176;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.134,181.675;QD=58.2135;RBI=0.0151439,0.00448747;REFB=-0.0277582,-0.0723442;REVB=-0.0151236,-0.00439564;RO=1;SAF=2,23;SAR=0,17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0199568;STB=0.5,0.510633;STBP=1,0.504;TYPE=snp,snp;VARB=0.0318673,-0.00152157;OID=.,.;OPOS=26149968,26149968;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:43:43:1:1:2,40:2,40:0.0465116,0.930233:0,17:2,23:1:0:0,17:2,23:1:0 chr2 26321512 . CT C 60.56 PASS AF=0.313725;AO=17;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0633293;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=13.6077;QD=4.74956;RBI=0.13484;REFB=0.0612992;REVB=0.119043;RO=32;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988031;STB=0.596892;STBP=0.379;TYPE=del;VARB=-0.100804;OID=.;OPOS=26321513;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.313725:17:51:16:51:35:10:6:17:18:60:32:10:7:16:16 chr2 26321526 . T C 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0104808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.578;QD=13.0148;RBI=0.0212871;REFB=0.00377115;REVB=0.0185282;RO=32;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140446;STB=0.581313;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.00933705;OID=.;OPOS=26321526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:8:12:15:17:8:12:15:17 chr2 26358110 . G C 87.42 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0197421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7476;QD=13.4497;RBI=0.0547743;REFB=-0.0296783;REVB=-0.0510929;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106918;STB=0.562392;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0371482;OID=.;OPOS=26358110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:11:4:4:7:11:4 chr2 26399214 . G A 624.55 PASS AF=0.419162;AO=68;DP=167;FAO=70;FDP=167;FR=.;FRO=97;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=-0.0172898;FXX=0.0118336;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.937;QD=14.9593;RBI=0.0179602;REFB=-0.00475601;REVB=0.00486112;RO=97;SAF=33;SAR=35;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042388;STB=0.531546;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00875503;OID=.;OPOS=26399214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:97:97:68:70:0.419162:35:33:51:46:37:33:51:46 chr2 26455127 . G A 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00450977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.986;QD=6.57357;RBI=0.0270777;REFB=-0.0119802;REVB=0.0266995;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123829;STB=0.580369;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0289498;OID=.;OPOS=26455127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:4:2:7:9:4:2:7:9 chr2 26477125 . G GACT 248.92 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00865513;FXX=0.0714201;HRUN=1;LEN=3;MLLD=291.877;QD=12.7651;RBI=0.0100731;REFB=-0.00271042;REVB=0.00515327;RO=49;SAF=13;SAR=16;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678144;STB=0.53898;STBP=0.623;TYPE=ins;VARB=0.00423132;OID=.;OPOS=26477126;OREF=-;OALT=ACT;OMAPALT=GACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371795:29:81:29:78:49:13:16:25:24:99:49:13:16:25:24 chr2 26502875 . T C 124.01 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0360757;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.106;QD=15.0316;RBI=0.0431688;REFB=-0.0127699;REVB=-0.0237085;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253154;STB=0.647927;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0330686;OID=.;OPOS=26502875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:19:19:14:14:0.424242:10:4:10:9:10:4:10:9 chr2 26505858 . A G 513.24 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=133;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.0219205;FXX=0.117233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7628;QD=16.0388;RBI=0.0312106;REFB=-0.00371904;REVB=0.0222169;RO=62;SAF=29;SAR=25;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266109;STB=0.509903;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00409048;OID=.;OPOS=26505858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:128:62:74:54:54:0.421875:25:29:35:27:25:29:41:33 chr2 26505859 . T G 37.97 PASS AF=0.08;AO=11;DP=145;FAO=12;FDP=150;FR=.;FRO=138;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=73;FSRR=65;FWDB=-0.00513524;FXX=0.00662208;HRUN=7;LEN=1;MLLD=118.808;QD=1.01249;RBI=0.00599732;REFB=0.00113926;REVB=-0.00309792;RO=134;SAF=6;SAR=5;SRF=72;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00905024;STB=0.526622;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.0072708;OID=.;OPOS=26505859;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:145:150:134:138:11:12:0.08:5:6:72:62:6:6:73:65 chr2 26507076 . A T 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=0.0234063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.049;QD=17.289;RBI=0.0347304;REFB=0.00606738;REVB=-0.0256582;RO=31;SAF=18;SAR=12;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330327;STB=0.695002;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0025592;OID=.;OPOS=26507076;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:33:30:30:0.47619:12:18:7:24:12:18:7:26 chr2 26512957 . G C 380.16 PASS AF=0.549296;AO=37;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0561566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2332;QD=21.4172;RBI=0.0565481;REFB=-0.0333627;REVB=0.00664243;RO=31;SAF=12;SAR=25;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194315;STB=0.608334;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0228831;OID=.;OPOS=26512957;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:32:37:39:0.549296:25:12:17:14:27:12:17:15 chr2 26534801 . G A 365.08 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0207757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.68;QD=52.1548;RBI=0.0929665;REFB=-0.107685;REVB=0.0906153;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516117;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00122022;OID=.;OPOS=26534801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:12:15:0:0:12:15:1:0 chr2 26535824 . C T 89.71 PASS AF=0.194805;AO=15;DP=79;FAO=15;FDP=77;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0033662;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.934;QD=4.66015;RBI=0.0232152;REFB=-0.00847829;REVB=-0.0229698;RO=60;SAF=6;SAR=9;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166188;STB=0.606076;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0303084;OID=.;OPOS=26535824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:79:77:60:62:15:15:0.194805:9:6:32:28:9:6:33:29 chr2 26536694 . C T 798.69 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2573;QD=63.8954;RBI=0.0496377;REFB=0;REVB=0.0162896;RO=0;SAF=37;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390004;OID=.;OPOS=26536694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:13:37:0:0:13:37:0:0 chr2 26606154 . T C 512.38 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.00435172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.699;QD=18.632;RBI=0.0228003;REFB=0.000311354;REVB=0.0223811;RO=56;SAF=31;SAR=23;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165795;STB=0.591728;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.000237996;OID=.;OPOS=26606154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:56:54:54:0.490909:23:31:22:34:23:31:22:34 chr2 26607992 . T C 1552.86 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00681129;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.5119;QD=62.7418;RBI=0.0124244;REFB=-0.132642;REVB=0.0103909;RO=1;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854634;STB=0.504504;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00195704;OID=.;OPOS=26607992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:99:1:1:98:98:0.989899:55:43:0:1:55:43:0:1 chr2 26613056 . C T 1533.89 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00756343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.479;QD=59.5687;RBI=0.0881427;REFB=0;REVB=-0.0878176;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000255321;OID=.;OPOS=26613056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:50:53:0:0:50:53:0:0 chr2 26613329 . A G 440.86 PASS AF=0.416667;AO=50;DP=120;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0334278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1365;QD=14.6953;RBI=0.0423925;REFB=-0.00146825;REVB=0.0260712;RO=70;SAF=26;SAR=24;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355438;STB=0.519992;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00184005;OID=.;OPOS=26613329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:70:70:50:50:0.416667:24:26:34:36:24:26:34:36 chr2 26614583 . T TA,TAA 567.05 PASS AF=1,0;AO=64,24;DP=101;FAO=96,0;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47,0;FSAR=49,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.222018,-0.118643;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.5602,8.74883;QD=23.6271;RBI=0.268704,0.141523;REFB=0.0136189,0.0228554;REVB=-0.15136,-0.077153;RO=12;SAF=25,17;SAR=39,7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.108826,-0.0310077;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0049591,-0.136067;OID=.,.;OPOS=26614584,26614584;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=TA,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:64,24:101:96,0:96:0:47,0:49,0:0:0:10:12:25,17:39,7:9:3 chr2 26647277 . T G 243.19 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0200235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5809;QD=22.6221;RBI=0.0406566;REFB=-0.00998564;REVB=-0.0353839;RO=20;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174216;STB=0.597476;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0158336;OID=.;OPOS=26647277;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:9:14:8:12:9:14:8:12 chr2 26667130 . A G 290.55 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0220257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.049;QD=19.0524;RBI=0.0300384;REFB=-0.00221655;REVB=-0.0204248;RO=29;SAF=8;SAR=23;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307952;STB=0.666167;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00444789;OID=.;OPOS=26667130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:29:30:31:31:0.508197:23:8:17:12:23:8:17:13 chr2 26667615 . T C 1368.45 PASS AF=0.989247;AO=87;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0188909;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3214;QD=58.8579;RBI=0.0876414;REFB=-0.150233;REVB=0.0855812;RO=3;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312113;STB=0.505746;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00591569;OID=.;OPOS=26667615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:3:1:87:92:0.989247:44:43:0:3:49:43:1:0 chr2 26676322 . A G 919.76 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00227101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2519;QD=58.3971;RBI=0.0232408;REFB=0;REVB=0.0231296;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213231;OID=.;OPOS=26676322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr2 26676395 . G T 282.23 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.008291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.622;QD=22.5783;RBI=0.0238739;REFB=-0.00283406;REVB=0.022388;RO=23;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597796;STB=0.542024;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00152366;OID=.;OPOS=26676395;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:24:26:26:0.52:12:14:14:9:12:14:15:9 chr2 26693553 . CCTTCTTCTTCTTCTTCTT CCTTCTTCTTCTTCTT,CCTTCTTCTTCTTCTTCTC 102.35 PASS AF=0.261905,0.047619;AO=11,2;DP=47;FAO=11,2;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=6,0;FSAR=5,2;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0337689,-0.0201854;FXX=0.0666519;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=162.246,40.6246;QD=9.74779;RBI=0.0558167,0.0313689;REFB=-0.0371429,-0.0365459;REVB=-0.0444428,-0.0240116;RO=26;SAF=6,0;SAR=5,2;SRF=14;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0080845,-0.493968;STB=0.520511,0.994882;STBP=0.957,0.193;TYPE=del,snp;VARB=0.096736,0.0108644;OID=.,.;OPOS=26693554,26693571;OREF=CTT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CCTTCTTCTTCTTCTT,CCTTCTTCTTCTTCTTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.261905,0.047619:11,2:47:11,2:42:29:6,0:5,2:15:14:87:26:6,0:5,2:14:12 chr2 26693967 . C T 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0211561;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.337;QD=18.902;RBI=0.0211815;REFB=-0.0114396;REVB=-0.00103714;RO=33;SAF=20;SAR=14;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101615;STB=0.546253;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00825765;OID=.;OPOS=26693967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:34:34:34:0.5:14:20:23:10:14:20:23:11 chr2 26699126 . C G 2179.4 PASS AF=0.986014;AO=140;DP=143;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0109888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.225;QD=60.9622;RBI=0.114029;REFB=-0.162234;REVB=0.113498;RO=0;SAF=96;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.98647e-08;STB=0.510868;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00142566;OID=.;OPOS=26699126;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:143:143:0:2:140:141:0.986014:44:96:0:0:45:96:0:2 chr2 26699855 . G C 800.56 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00416965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.186;QD=57.183;RBI=0.00616932;REFB=0;REVB=-0.00454692;RO=0;SAF=40;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.68862e-05;OID=.;OPOS=26699855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:15:40:0:0:15:41:0:0 chr2 26700700 . G A 1952.27 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00122407;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.86;QD=61.9768;RBI=0.0206061;REFB=0;REVB=0.0205697;RO=0;SAF=71;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48865e-05;OID=.;OPOS=26700700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:55:71:0:0:55:71:0:0 chr2 26707384 . G A 170.15 PASS AF=0.242991;AO=25;DP=106;FAO=26;FDP=107;FR=.;FRO=81;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=26;FWDB=0.00432184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.695;QD=6.36065;RBI=0.0173513;REFB=-0.0186646;REVB=0.0168045;RO=81;SAF=14;SAR=11;SRF=55;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155662;STB=0.608745;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0400841;OID=.;OPOS=26707384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:81:81:25:26:0.242991:11:14:55:26:12:14:55:26 chr2 26739423 . T C 888.5 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.347;QD=57.3226;RBI=0.0400641;REFB=0;REVB=-0.0128666;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553641;OID=.;OPOS=26739423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:38:22:0:0:38:24:0:0 chr2 26798893 . A T 301.38 PASS AF=0.888889;AO=23;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00419793;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.621;QD=44.6487;RBI=0.0101948;REFB=-0.0254563;REVB=0.00929039;RO=3;SAF=12;SAR=11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309352;STB=0.514007;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0043726;OID=.;OPOS=26798893;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:3:3:23:24:0.888889:11:12:2:1:11:13:2:1 chr2 26799031 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6769;QD=42.1822;RBI=0.0251985;REFB=0;REVB=-0.0228121;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00184445;OID=.;OPOS=26799031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr2 26804218 . G A 2850.94 PASS AF=1;AO=177;DP=180;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340147;FXX=0.0315773;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.263;QD=61.977;RBI=0.037501;REFB=0;REVB=0.0157899;RO=0;SAF=104;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209214;OID=.;OPOS=26804218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:180:184:0:0:177:184:1:73:104:0:0:79:105:0:0 chr2 26804247 . T C 2496.62 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=165;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0122467;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.185;QD=60.8931;RBI=0.0130607;REFB=-0.0962268;REVB=0.00453894;RO=1;SAF=84;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598551;STB=0.503144;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000552574;OID=.;OPOS=26804247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:164:1:1:163:163:0.993902:79:84:0:1:79:84:0:1 chr2 26951449 . G A 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0087451;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.914;QD=58.1401;RBI=0.0218862;REFB=0;REVB=-0.0200631;RO=0;SAF=29;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.00475e-05;OID=.;OPOS=26951449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:3:29:0:0:3:29:0:0 chr2 26951738 . C T 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0226116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.656;QD=7.52632;RBI=0.0230083;REFB=0.000449059;REVB=0.00425424;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160116;STB=0.599782;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00147513;OID=.;OPOS=26951738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:5:4:14:10:5:4:14:10 chr2 27001299 . AGGGGC AGGG,AGGGC 30.12 PASS AF=0.142857,0.190476;AO=3,4;DP=22;FAO=3,4;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2,2;FSAR=1,2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.120908,-0.141766;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=30.7488,18.5139;QD=5.73687;RBI=0.122083,0.146967;REFB=-0.0494787,-0.0728618;REVB=0.016895,0.0387544;RO=14;SAF=2,2;SAR=1,2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.184841,0;STB=0.639054,0.5;STBP=0.644,1;TYPE=del,del;VARB=0.189608,0.153106;OID=.,.;OPOS=27001303,27001300;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGGG,AGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.142857,0.190476:3,4:22:3,4:21:14:2,2:1,2:7:7:14:14:2,2:1,2:7:7 chr2 27169842 . C A 768.96 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.190727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0167;QD=53.9621;RBI=0.191883;REFB=-0.0977692;REVB=0.021033;RO=2;SAF=28;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324675;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00429011;OID=.;OPOS=27169842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:57:2:0:53:57:1:25:28:2:0:25:32:0:0 chr2 27246285 . C T 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.552;QD=61.0492;RBI=0.0312394;REFB=0;REVB=-0.0049644;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77687e-05;OID=.;OPOS=27246285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:47:31:0:0:47:31:0:0 chr2 27261329 . A G 677.34 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00819749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.652;QD=61.576;RBI=0.0160085;REFB=0;REVB=-0.0137504;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54173e-05;OID=.;OPOS=27261329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:21:21:0:0:21:23:0:0 chr2 27290525 . A G 2260.99 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=145;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0120786;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.804;QD=62.8054;RBI=0.018145;REFB=-0.0556875;REVB=0.0135406;RO=1;SAF=70;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674494;STB=0.503546;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00021072;OID=.;OPOS=27290525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:144:1:1:143:143:0.993056:73:70:1:0:73:70:1:0 chr2 27303755 . A G 788.34 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428847;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.81;QD=57.3337;RBI=0.0510884;REFB=0;REVB=0.0277656;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169435;OID=.;OPOS=27303755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr2 27306050 . G A 146.8 PASS AF=0.339286;AO=18;DP=54;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.013115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4763;QD=10.4856;RBI=0.126028;REFB=0.0143814;REVB=0.125343;RO=36;SAF=11;SAR=7;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510627;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.0215031;OID=.;OPOS=27306050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:36:37:18:19:0.339286:7:11:22:14:8:11:22:15 chr2 27324036 . G A 803.54 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.344;QD=55.4162;RBI=0.0443997;REFB=-0.091169;REVB=0.042504;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512191;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000194633;OID=.;OPOS=27324036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:20:37:0:0:20:37:0:1 chr2 27324724 . G C 538.56 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.81;QD=59.8394;RBI=0.0266283;REFB=0;REVB=-0.0205517;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12815e-05;OID=.;OPOS=27324724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:20:15:0:0:21:15:0:0 chr2 27324751 . G T 446.87 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9143;QD=57.6606;RBI=0.0233135;REFB=0;REVB=-0.0147567;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72204e-05;OID=.;OPOS=27324751;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr2 27351948 . T G 905.11 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.277;QD=57.467;RBI=0.0517933;REFB=0;REVB=0.036204;RO=1;SAF=30;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154778;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230575;OID=.;OPOS=27351948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:1:0:62:63:1:32:30:1:0:32:31:0:0 chr2 27424636 . G A 1372.41 PASS AF=0.942857;AO=98;DP=105;FAO=99;FDP=105;FR=.;FRO=6;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.144716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9717;QD=52.2824;RBI=0.160513;REFB=-0.141753;REVB=0.0694399;RO=2;SAF=46;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00116529;STB=0.501446;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0165428;OID=.;OPOS=27424636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:105:105:2:6:98:99:0.942857:52:46:1:1:52:47:3:3 chr2 27428295 . A G 1308.9 PASS AF=0.988506;AO=83;DP=85;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0207754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.024;QD=60.1792;RBI=0.0287992;REFB=-0.0518543;REVB=0.0199443;RO=1;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106431;STB=0.505617;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000882537;OID=.;OPOS=27428295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:87:1:1:83:86:0.988506:44:39:0:1:44:42:0:1 chr2 27435249 . GA G,GG 850.75 PASS AF=0.0166667,0.983333;AO=6,53;DP=60;FAO=1,59;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=1,34;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00263982,0.000557611;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.366,180.473;QD=56.7164;RBI=0.0608275,0.0298834;REFB=0,0;REVB=-0.0607702,-0.0298782;RO=0;SAF=0,34;SAR=6,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.97342e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0304822,0.000673161;OID=.,.;OPOS=27435250,27435250;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0166667,0.983333:6,53:60:1,59:60:0:1,34:0,25:0:0:3:0:0,34:6,19:0:0 chr2 27440784 . C CT 1049.05 PASS AF=1;AO=20;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0474294;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=109.557;QD=47.1482;RBI=0.0477923;REFB=0;REVB=-0.0058787;RO=67;SAF=0;SAR=20;SRF=49;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.827755;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00373506;OID=.;OPOS=27440785;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:89:89:89:0:49:40:0:0:7:67:0:20:49:18 chr2 27440785 . C T 854.5 PASS AF=0.791209;AO=66;DP=91;FAO=72;FDP=91;FR=.;FRO=19;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=0.0333886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.553;QD=37.5604;RBI=0.068603;REFB=-0.204037;REVB=0.0599297;RO=25;SAF=48;SAR=18;SRF=1;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363259;STB=0.631542;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0154058;OID=.;OPOS=27440785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:91:91:25:19:66:72:0.791209:18:48:1:24:24:48:1:18 chr2 27558252 . A G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.026266;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.57;QD=18.4439;RBI=0.0352804;REFB=-0.0353009;REVB=0.0235543;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666662;STB=0.53839;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0254846;OID=.;OPOS=27558252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:7:4:4:5:7:4:4:5 chr2 27607884 . C T 238.16 PASS AF=0.30303;AO=30;DP=99;FAO=30;FDP=99;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=-0.0298642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.8666;QD=9.62271;RBI=0.0327163;REFB=-0.013354;REVB=0.01336;RO=69;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142141;STB=0.582989;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0331891;OID=.;OPOS=27607884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:69:69:30:30:0.30303:17:13:22:47:17:13:22:47 chr2 27676994 . C T 73.82 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0112142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7595;QD=9.8422;RBI=0.0833934;REFB=-0.00520521;REVB=0.0826359;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630627;STB=0.538383;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0129333;OID=.;OPOS=27676994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:7:3:7:13:7:3:7:13 chr2 27801403 . C G 169.17 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.000646841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2034;QD=13.0133;RBI=0.00135935;REFB=-0.0319302;REVB=0.00119559;RO=32;SAF=13;SAR=7;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640753;STB=0.537152;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0500801;OID=.;OPOS=27801403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:7:13:19:13:7:13:19:13 chr2 27801418 . C A 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0051407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.543;QD=12.4668;RBI=0.00514147;REFB=-0.00718571;REVB=8.89519e-05;RO=33;SAF=15;SAR=5;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215676;STB=0.626238;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0111223;OID=.;OPOS=27801418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:5:15:19:14:5:15:19:14 chr2 27801493 . T C 167.92 PASS AF=0.4;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0203885;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2063;QD=14.9259;RBI=0.0254399;REFB=-0.00904942;REVB=0.015215;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391007;STB=0.522588;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0199621;OID=.;OPOS=27801493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:27:27:18:18:0.4:8:10:16:11:8:10:16:11 chr2 27801759 . A G 271.47 PASS AF=0.538462;AO=27;DP=51;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00190849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.164;QD=20.8825;RBI=0.00227985;REFB=-0.0059673;REVB=0.00124715;RO=24;SAF=6;SAR=21;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801612;STB=0.524982;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00301636;OID=.;OPOS=27801759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:24:27:28:0.538462:21:6:7:17:21:7:7:17 chr2 27804432 . T C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0317126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9413;QD=16.2003;RBI=0.031813;REFB=-0.0808064;REVB=0.00252529;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190062;STB=0.704971;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0261892;OID=.;OPOS=27804432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:2:3:5:5:0.625:4:1:1:1:4:1:2:1 chr2 27822849 . G A 192.25 PASS AF=0.264706;AO=27;DP=102;FAO=27;FDP=102;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.00918554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.151;QD=7.53933;RBI=0.015177;REFB=-0.00342902;REVB=0.0120817;RO=75;SAF=18;SAR=9;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262493;STB=0.657777;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0145547;OID=.;OPOS=27822849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:75:75:27:27:0.264706:9:18:34:41:9:18:34:41 chr2 27824260 . G A 70.37 PASS AF=0.1875;AO=12;DP=65;FAO=12;FDP=64;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0193703;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.783;QD=4.39806;RBI=0.0202677;REFB=0.00334521;REVB=-0.00596405;RO=50;SAF=5;SAR=7;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176306;STB=0.613216;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.0143208;OID=.;OPOS=27824260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:65:64:50:52:12:12:0.1875:7:5:28:22:7:5:29:23 chr2 27838058 . C A 266.92 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00136879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.442;QD=16.1769;RBI=0.0273336;REFB=-0.0238086;REVB=-0.0272993;RO=36;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103694;STB=0.558244;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0384973;OID=.;OPOS=27838058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:16:14:13:23:16:14:13:23 chr2 27851918 . G A 317.27 PASS AF=0.532258;AO=32;DP=61;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.12354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6036;QD=20.4692;RBI=0.124624;REFB=-0.0217222;REVB=0.0163985;RO=29;SAF=23;SAR=9;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983654;STB=0.559403;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0482937;OID=.;OPOS=27851918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:29:29:32:33:0.532258:9:23:18:11:9:24:18:11 chr2 27873415 . G A 262.56 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=0.0326398;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.062;QD=12.0716;RBI=0.0327014;REFB=-0.00437197;REVB=-0.0020052;RO=55;SAF=19;SAR=12;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276699;STB=0.520492;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00635775;OID=.;OPOS=27873415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:56:31:31:0.356322:12:19:35:20:12:19:36:20 chr2 27887034 . C A 463.85 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.00242907;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=252.271;QD=14.9628;RBI=0.0109269;REFB=-0.00424449;REVB=0.0106535;RO=71;SAF=24;SAR=28;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900577;STB=0.546451;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0054013;OID=.;OPOS=27887034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:71:72:52:52:0.419355:28:24:39:32:28:24:39:33 chr2 27916635 . ACTTTTTTTT ACTTTTTTT,ACTTTTTTTC,TACTTTTTTT 107.45 PASS AF=0.45679,0.0493827,0;AO=24,4,7;DP=81;FAO=37,4,0;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=17,2,0;FSAR=20,2,0;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.22003,-0.0591711,-0.0719987;FXX=0;HRUN=8,8,1;LEN=1,1,3;MLLD=7.47791,26.1533,13.8485;QD=5.30625;RBI=0.240521,0.0741764,0.137765;REFB=-0.0759763,-0.0333702,-0.020529;REVB=-0.0971472,-0.0447316,-0.117454;RO=30;SAF=15,2,0;SAR=9,2,7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.125562,0,-0.70445;STB=0.518063,0.567848,0.5;STBP=0.753,0.826,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0281284,-0.0129603,0;OID=.,.,.;OPOS=27916637,27916644,27916635;OREF=T,T,ACT;OALT=-,C,TAC;OMAPALT=ACTTTTTTT,ACTTTTTTTC,TACTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:81:81:30:40:24,4,7:37,4,0:0.45679,0.0493827,0:9,2,7:15,2,0:15:15:20,2,0:17,2,0:17:23 chr2 28631708 . G A 1572.55 PASS AF=0.379958;AO=182;DP=478;FAO=182;FDP=479;FR=.;FRO=297;FSAF=82;FSAR=100;FSRF=167;FSRR=130;FWDB=0.00966044;FXX=0.00622394;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.998;QD=13.132;RBI=0.00995317;REFB=-0.0134943;REVB=0.00239615;RO=295;SAF=82;SAR=100;SRF=166;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123056;STB=0.569005;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0188796;OID=.;OPOS=28631708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:478:479:295:297:182:182:0.379958:100:82:166:129:100:82:167:130 chr2 28635740 . T C 405.36 PASS AF=0.34507;AO=46;DP=142;FAO=49;FDP=142;FR=.;FRO=93;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=-0.047818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8576;QD=11.4186;RBI=0.0562204;REFB=-0.000166332;REVB=-0.0295665;RO=95;SAF=22;SAR=24;SRF=50;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559234;STB=0.557956;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.000495429;OID=.;OPOS=28635740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:95:93:46:49:0.34507:24:22:50:45:27:22:50:43 chr2 28813975 . A AC 34.86 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.000715031;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=57.7706;QD=2.9048;RBI=0.0648808;REFB=-0.00796761;REVB=-0.0648768;RO=34;SAF=12;SAR=0;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.773527;STB=0.832409;STBP=0.062;TYPE=ins;VARB=0.172609;OID=.;OPOS=28813976;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:12:48:8:48:40:7:1:21:19:34:34:12:0:16:18 chr2 28816578 . G A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0192284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9885;QD=13.7528;RBI=0.0276259;REFB=0.0244348;REVB=-0.0198358;RO=23;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157922;STB=0.592465;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.00974733;OID=.;OPOS=28816578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:5:10:12:11:5:10:12:11 chr2 29001288 . G A 372.44 PASS AF=0.308642;AO=50;DP=162;FAO=50;FDP=162;FR=.;FRO=112;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=62;FSRR=50;FWDB=0.00669228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.648;QD=9.19607;RBI=0.0169968;REFB=-0.000776735;REVB=-0.0156238;RO=112;SAF=25;SAR=25;SRF=62;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637075;STB=0.537022;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00258359;OID=.;OPOS=29001288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:112:112:50:50:0.308642:25:25:62:50:25:25:62:50 chr2 29001691 . A G 455.17 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0015429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9069;QD=22.7583;RBI=0.0110976;REFB=-0.0241914;REVB=-0.0109898;RO=36;SAF=28;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116018;STB=0.563951;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0245167;OID=.;OPOS=29001691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:16:28:18:18:16:28:18:18 chr2 29023749 . A G 483.76 PASS AF=0.494845;AO=46;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0123573;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9126;QD=19.9489;RBI=0.0211166;REFB=-0.0156505;REVB=0.0171233;RO=49;SAF=28;SAR=18;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163519;STB=0.504423;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0290951;OID=.;OPOS=29023749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:49:46:48:0.494845:18:28:29:20:20:28:29:20 chr2 29092679 . T C 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00443732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.441;QD=19.4072;RBI=0.00535567;REFB=0.000487628;REVB=0.0029989;RO=28;SAF=14;SAR=16;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12796;STB=0.57105;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.000393195;OID=.;OPOS=29092679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:16:14:9:19:16:14:9:19 chr2 29092850 . G T 579.84 PASS AF=0.662338;AO=51;DP=77;FAO=51;FDP=77;FR=.;FRO=26;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00659801;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.656;QD=30.1214;RBI=0.0222908;REFB=-0.0302287;REVB=0.021292;RO=26;SAF=31;SAR=20;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493156;STB=0.502673;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0154253;OID=.;OPOS=29092850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:26:26:51:51:0.662338:20:31:16:10:20:31:16:10 chr2 29129418 . A G 467.24 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0288196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6836;QD=16.8374;RBI=0.0498212;REFB=-0.0262367;REVB=0.0406397;RO=60;SAF=18;SAR=33;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148162;STB=0.582748;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0351621;OID=.;OPOS=29129418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:60:51:51:0.459459:33:18:30:30:33:18:30:30 chr2 29135468 . C G 1453.68 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00403216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.939;QD=63.2034;RBI=0.0118957;REFB=0;REVB=0.0111915;RO=0;SAF=38;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07507e-06;OID=.;OPOS=29135468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:53:38:0:0:54:38:0:0 chr2 29152456 . A G 294.49 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0225469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7565;QD=15.1022;RBI=0.0406629;REFB=0.012766;REVB=0.0338394;RO=45;SAF=19;SAR=14;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00210858;STB=0.501193;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.0173821;OID=.;OPOS=29152456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:14:19:26:19:14:19:26:19 chr2 29169612 . T C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.193;QD=40.7609;RBI=0.0580825;REFB=0;REVB=-0.0282332;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000559821;OID=.;OPOS=29169612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr2 29170623 . G T 451.1 PASS AF=0.263566;AO=62;DP=252;FAO=68;FDP=258;FR=.;FRO=190;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=100;FSRR=90;FWDB=0.000744138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.101;QD=6.99387;RBI=0.00894063;REFB=-0.014443;REVB=0.00890961;RO=181;SAF=34;SAR=28;SRF=100;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00517763;STB=0.546283;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0384473;OID=.;OPOS=29170623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:258:181:190:62:68:0.263566:28:34:100:81:28:40:100:90 chr2 29222070 . G A 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00454311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.708;QD=14.3349;RBI=0.00744123;REFB=-0.0309975;REVB=0.00589338;RO=24;SAF=13;SAR=4;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752274;STB=0.527642;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0477886;OID=.;OPOS=29222070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:26:17:17:0.395349:4:13:17:7:4:13:19:7 chr2 29226498 . G A 545.93 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5383;QD=59.019;RBI=0.0477837;REFB=0;REVB=-0.0168623;RO=0;SAF=7;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176087;OID=.;OPOS=29226498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:29:7:0:0:29:8:0:0 chr2 29226512 . A G 499.83 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.157;QD=58.8029;RBI=0.0752592;REFB=0;REVB=0.00673147;RO=0;SAF=5;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195321;OID=.;OPOS=29226512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:31:34:1:26:5:0:0:28:6:0:0 chr2 29246044 . T C 1301.93 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.449;QD=61.9968;RBI=0.0462174;REFB=0;REVB=0.0205577;RO=0;SAF=31;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.39942e-05;OID=.;OPOS=29246044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:53:31:0:0:53:31:0:0 chr2 29268375 . A C 1322.6 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00469864;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.539;QD=58.7824;RBI=0.0247761;REFB=-0.136087;REVB=0.0243265;RO=1;SAF=25;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00758226;STB=0.501868;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.000689712;OID=.;OPOS=29268375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:91:90:1:3:87:87:0.966667:62:25:0:1:62:25:1:2 chr2 29274704 . C T 1358.6 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00517394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.333;QD=62.4644;RBI=0.0106424;REFB=0;REVB=0.00930002;RO=0;SAF=32;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.303e-05;OID=.;OPOS=29274704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:55:32:0:0:55:32:0:0 chr2 29274720 . A G 1377.04 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2397;QD=62.5929;RBI=0.0231318;REFB=0;REVB=0.0114252;RO=0;SAF=35;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111542;OID=.;OPOS=29274720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:52:35:0:0:53:35:0:0 chr2 29286509 . T C 1476.36 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000520499;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0063;QD=63.4995;RBI=0.0283468;REFB=0;REVB=0.028342;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.02913e-05;OID=.;OPOS=29286509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:51:41:0:0:52:41:0:0 chr2 29287926 . C CGCT 634.86 PASS AF=0.914894;AO=42;DP=51;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0401443;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=3;MLLD=256.466;QD=54.0306;RBI=0.0666309;REFB=-0.0891916;REVB=0.05318;RO=8;SAF=19;SAR=23;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143078;STB=0.502981;STBP=0.91;TYPE=ins;VARB=0.00488626;OID=.;OPOS=29287927;OREF=-;OALT=GCT;OMAPALT=CGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.914894:42:51:43:47:4:20:23:2:2:19:8:19:23:4:4 chr2 29294629 . C T 404.28 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0118441;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.088;QD=14.9733;RBI=0.0169499;REFB=-0.0151396;REVB=-0.012125;RO=61;SAF=26;SAR=20;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914554;STB=0.556069;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0181316;OID=.;OPOS=29294629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:62:46:46:0.425926:20:26:29:32:20:26:29:33 chr2 29294754 . G C 265.33 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0044971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.607;QD=17.9887;RBI=0.00778196;REFB=-0.0070177;REVB=-0.00635098;RO=30;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471945;STB=0.526421;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00710891;OID=.;OPOS=29294754;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:16:13:15:15:16:13:15:15 chr2 29295016 . A G 860.53 PASS AF=1;AO=58;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046825;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.839;QD=58.3408;RBI=0.0468616;REFB=0;REVB=0.00185224;RO=0;SAF=15;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000756667;OID=.;OPOS=29295016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:59:0:0:58:59:1:43:15:0:0:43:16:0:0 chr2 29295389 . G A 224.87 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0079171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0024;QD=19.988;RBI=0.0150391;REFB=-0.0039023;REVB=0.0127865;RO=23;SAF=16;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207967;STB=0.618068;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00322196;OID=.;OPOS=29295389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:6:16:12:11:6:16:12:11 chr2 29295676 . G A 868.04 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7984;QD=57.8695;RBI=0.0575099;REFB=0;REVB=-0.0114601;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454954;OID=.;OPOS=29295676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:23:37:0:0:23:37:0:0 chr2 29295866 . T C 116.63 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.021929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6848;QD=11.6633;RBI=0.0732801;REFB=0.0104713;REVB=-0.069922;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212822;STB=0.624833;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0230288;OID=.;OPOS=29295866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:7:7:18:8:7:7:18:8 chr2 29296870 . C T 285.17 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0470835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5809;QD=15.4147;RBI=0.0663636;REFB=0.0249625;REVB=0.0467684;RO=42;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00749708;STB=0.504235;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0489248;OID=.;OPOS=29296870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:15:17:22:20:15:17:22:20 chr2 29297068 . C T 358.09 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0134852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.548;QD=31.1379;RBI=0.014152;REFB=-0.00506409;REVB=0.00429269;RO=16;SAF=11;SAR=19;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167596;STB=0.591926;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00123991;OID=.;OPOS=29297068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:19:11:10:6:19:11:10:6 chr2 29352870 . G A 356.38 PASS AF=0.5;AO=36;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0359423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8166;QD=19.2639;RBI=0.0459037;REFB=-0.0242719;REVB=0.0285535;RO=37;SAF=18;SAR=18;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614821;STB=0.54046;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0183248;OID=.;OPOS=29352870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:36:37:0.5:18:18:16:21:18:19:16:21 chr2 29356669 . A G 1686.44 PASS AF=0.991304;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0212785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.294;QD=58.6587;RBI=0.0212843;REFB=-0.169594;REVB=0.000496267;RO=1;SAF=49;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959154;STB=0.50495;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000318852;OID=.;OPOS=29356669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:115:115:1:1:113:114:0.991304:64:49:1:0:64:50:1:0 chr2 29366627 . C T 343.2 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00730022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.209;QD=24.0846;RBI=0.0129199;REFB=-0.00215289;REVB=-0.0106598;RO=23;SAF=21;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07301;STB=0.540169;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000968133;OID=.;OPOS=29366627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:13:21:12:11:13:21:12:11 chr2 29416572 . T C 883.46 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.586;QD=57.932;RBI=0.0225378;REFB=0;REVB=0.0201231;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149817;OID=.;OPOS=29416572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:33:27:0:0:34:27:0:0 chr2 29444095 . C T 314.83 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=28;FWDB=0.0443475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.325;QD=19.9892;RBI=0.0456809;REFB=0.000916339;REVB=-0.0109566;RO=30;SAF=5;SAR=28;SRF=2;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161033;STB=0.588189;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.000649934;OID=.;OPOS=29444095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:28:5:2:28:28:5:2:28 chr2 29446232 . G A 321.45 PASS AF=0.36036;AO=40;DP=111;FAO=40;FDP=111;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=-0.00391755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7302;QD=11.5839;RBI=0.0135902;REFB=0.00729152;REVB=-0.0130134;RO=71;SAF=18;SAR=22;SRF=46;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218547;STB=0.624607;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0129649;OID=.;OPOS=29446232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:71:71:40:40:0.36036:22:18:46:25:22:18:46:25 chr2 29449819 . C T 269.31 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0084367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.25;QD=16.5729;RBI=0.0173763;REFB=-0.0115637;REVB=-0.0151907;RO=35;SAF=9;SAR=21;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136806;STB=0.577266;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0152465;OID=.;OPOS=29449819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:21:9:15:20:21:9:15:20 chr2 29543663 . T C 2770.83 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.41;QD=62.6176;RBI=0.0316998;REFB=0;REVB=-0.0292758;RO=0;SAF=115;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92798e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.22679e-05;OID=.;OPOS=29543663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:177:177:1:62:115:0:0:62:115:0:0 chr2 29606646 . G A 62.96 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00762937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.533;QD=4.06217;RBI=0.0220885;REFB=-0.000270561;REVB=-0.0207291;RO=51;SAF=3;SAR=8;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32133;STB=0.713891;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00207614;OID=.;OPOS=29606646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:62:62:51:51:11:11:0.177419:8:3:27:24:8:3:27:24 chr2 29903931 . T A 902.57 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3201;QD=58.23;RBI=0.152118;REFB=0;REVB=0.14688;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147188;OID=.;OPOS=29903931;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr2 29940529 . A T 699.41 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0323495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.857;QD=54.8558;RBI=0.0340751;REFB=-0.101963;REVB=-0.0107061;RO=0;SAF=11;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98453e-08;STB=0.52173;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000397534;OID=.;OPOS=29940529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:50:50:0.980392:39:11:0:0:39:11:1:0 chr2 30143039 . C A 387.01 PASS AF=0.565217;AO=36;DP=66;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.0258604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.87;QD=22.4351;RBI=0.0274863;REFB=-0.0177117;REVB=0.00931322;RO=29;SAF=18;SAR=18;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238356;STB=0.616383;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0117791;OID=.;OPOS=30143039;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:29:30:36:39:0.565217:18:18:6:23:21:18:6:24 chr2 30382173 . C T 290.18 PASS AF=0.295455;AO=39;DP=132;FAO=39;FDP=132;FR=.;FRO=93;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=0.0962305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.839;QD=8.79338;RBI=0.0966043;REFB=-0.00758749;REVB=-0.00849008;RO=93;SAF=15;SAR=24;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108602;STB=0.563886;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.015642;OID=.;OPOS=30382173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:93:93:39:39:0.295455:24:15:44:49:24:15:44:49 chr2 30864789 . G A 149.63 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0209826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.747;QD=11.9708;RBI=0.0261517;REFB=-0.00533349;REVB=0.0156091;RO=33;SAF=14;SAR=3;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428232;STB=0.756424;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.012492;OID=.;OPOS=30864789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:3:14:16:17:3:14:16:17 chr2 30976058 . C T 549.5 PASS AF=0.433824;AO=59;DP=136;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.0331623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.431;QD=16.1618;RBI=0.0340382;REFB=-0.0115493;REVB=-0.00767228;RO=77;SAF=21;SAR=38;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104942;STB=0.558803;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0124782;OID=.;OPOS=30976058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:77:77:59:59:0.433824:38:21:35:42:38:21:35:42 chr2 30980940 . C T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0108538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.351;QD=17.0333;RBI=0.0636441;REFB=-0.0125067;REVB=0.0627118;RO=22;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189746;STB=0.609247;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0207238;OID=.;OPOS=30980940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:13:5:10:12:13:5:10:12 chr2 31399988 . C T 1044.34 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.867;QD=59.6764;RBI=0.0293659;REFB=0;REVB=0.0244959;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254809;OID=.;OPOS=31399988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr2 31410653 . C T 177.98 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0453151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3466;QD=14.8318;RBI=0.0574657;REFB=0.0143741;REVB=-0.035339;RO=29;SAF=4;SAR=15;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140499;STB=0.581997;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.0246952;OID=.;OPOS=31410653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:15:4:9:20:15:4:9:20 chr2 31411155 . G C 102.71 PASS AF=0.545455;AO=9;DP=19;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.11029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.476;QD=18.6744;RBI=0.1103;REFB=-0.0144152;REVB=-0.00145297;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195767;STB=0.674689;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0176498;OID=.;OPOS=31411155;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:19:22:9:10:9:12:0.545455:3:6:4:5:3:9:4:6 chr2 31411184 . C A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00412452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.329;QD=12.0517;RBI=0.0102188;REFB=-0.0110552;REVB=-0.00934948;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242158;STB=0.643262;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0124899;OID=.;OPOS=31411184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:9:4:5:4:9:4 chr2 31411242 . C A 56.09 PASS AF=0.363636;AO=5;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.00637813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.337;QD=10.1988;RBI=0.011359;REFB=-0.00663096;REVB=0.00939931;RO=14;SAF=2;SAR=3;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500608;STB=0.78069;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0200055;OID=.;OPOS=31411242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:22:22:14:14:5:8:0.363636:3:2:12:2:5:3:12:2 chr2 31414223 . G A 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0055668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.855;QD=11.3693;RBI=0.0122577;REFB=0.00510034;REVB=-0.0109207;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296694;STB=0.674268;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00602122;OID=.;OPOS=31414223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:5:6:5:14:5:6:5:14 chr2 31414807 . C G 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00867075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.994;QD=61.2128;RBI=0.0129569;REFB=0;REVB=-0.00962812;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.11523e-06;OID=.;OPOS=31414807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr2 31414851 . T C 429.55 PASS AF=0.5;AO=41;DP=84;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0314726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.749;QD=19.979;RBI=0.0528436;REFB=-0.0230372;REVB=-0.042449;RO=42;SAF=23;SAR=18;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318151;STB=0.511814;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0381552;OID=.;OPOS=31414851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:42:43:41:43:0.5:18:23:25:17:19:24:25:18 chr2 31423443 . G A 762.3 PASS AF=0.420513;AO=82;DP=195;FAO=82;FDP=195;FR=.;FRO=113;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=76;FWDB=-0.0018497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.513;QD=15.6369;RBI=0.027738;REFB=-0.0175192;REVB=-0.0276762;RO=113;SAF=41;SAR=41;SRF=37;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179637;STB=0.599977;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0219011;OID=.;OPOS=31423443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:113:113:82:82:0.420513:41:41:37:76:41:41:37:76 chr2 31451224 . G C 836.8 PASS AF=0.541667;AO=77;DP=142;FAO=78;FDP=144;FR=.;FRO=66;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0531946;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.191;QD=23.2445;RBI=0.0542721;REFB=0.0132901;REVB=0.0107609;RO=64;SAF=41;SAR=36;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270055;STB=0.51768;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.0101234;OID=.;OPOS=31451224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:64:66:77:78:0.541667:36:41:32:32:36:42:33:33 chr2 31490716 . C G 541.04 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0781677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7384;QD=24.8756;RBI=0.0781929;REFB=-0.000174753;REVB=-0.00198477;RO=37;SAF=34;SAR=16;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738274;STB=0.540496;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00116567;OID=.;OPOS=31490716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:37:50:50:0.574713:16:34:22:15:16:34:22:15 chr2 31571786 . A G 184.4 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0277514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.193;QD=10.104;RBI=0.0285287;REFB=-0.00265969;REVB=-0.00661393;RO=47;SAF=8;SAR=16;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27443;STB=0.672584;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00359113;OID=.;OPOS=31571786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:47:49:24:24:0.328767:16:8:27:20:16:8:29:20 chr2 31751174 . CG TA 92.9 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0122752;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=239.744;QD=7.01154;RBI=0.0182992;REFB=-0.00565065;REVB=-0.0135713;RO=39;SAF=11;SAR=2;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355228;STB=0.721612;STBP=0.121;TYPE=mnp;VARB=0.016919;OID=.;OPOS=31751174;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:39:40:13:13:0.245283:2:11:24:15:2:11:25:15 chr2 31751178 . A T 113.75 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0225136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1648;QD=7.98264;RBI=0.0764048;REFB=-0.0100598;REVB=-0.0730125;RO=41;SAF=14;SAR=2;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420751;STB=0.763243;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.016895;OID=.;OPOS=31751178;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:2:14:25:16:2:14:25:16 chr2 31805706 . G C 169.44 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0332392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.967;QD=16.5311;RBI=0.034458;REFB=-0.0483198;REVB=0.00908326;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00788839;STB=0.524469;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0371392;OID=.;OPOS=31805706;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:21:23:18:18:0.439024:7:11:13:8:7:11:15:8 chr2 31805880 . A AG 195.56 PASS AF=1;AO=16;DP=20;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.7146;QD=43.4587;RBI=0.10653;REFB=0;REVB=-0.000307112;RO=3;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661342;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00866851;OID=.;OPOS=31805881;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:20:18:18:0:8:10:0:0:4:3:7:9:2:1 chr2 32342508 . A T 1435.0 PASS AF=0.420213;AO=157;DP=374;FAO=158;FDP=376;FR=.;FRO=218;FSAF=87;FSAR=71;FSRF=105;FSRR=113;FWDB=-0.0400457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7673;QD=15.2659;RBI=0.0425653;REFB=-0.00492123;REVB=0.0144273;RO=217;SAF=86;SAR=71;SRF=104;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714943;STB=0.540076;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00635857;OID=.;OPOS=32342508;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:376:217:218:157:158:0.420213:71:86:104:113:71:87:105:113 chr2 32475109 . G A 509.58 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=39;FWDB=0.0138082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.978;QD=21.0138;RBI=0.0203573;REFB=-0.0263209;REVB=-0.0149584;RO=48;SAF=22;SAR=27;SRF=9;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245096;STB=0.634289;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0243651;OID=.;OPOS=32475109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:27:22:9:39:27:22:9:39 chr2 32476390 . T G 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0121199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.413;QD=12.2166;RBI=0.0171739;REFB=-0.0196177;REVB=-0.0121676;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838765;STB=0.504944;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0292213;OID=.;OPOS=32476390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:9:6:11:16:9:6:11:16 chr2 32481795 . T A 274.88 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0237643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.522;QD=13.0895;RBI=0.0345042;REFB=-0.00382301;REVB=-0.025016;RO=52;SAF=15;SAR=17;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546043;STB=0.53123;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0415048;OID=.;OPOS=32481795;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:52:32:32:0.380952:17:15:27:25:17:15:27:25 chr2 32582360 . C CA 58.77 PASS AF=1;AO=2;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.248511;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=87.3746;QD=33.585;RBI=0.276615;REFB=0;REVB=0.121481;RO=5;SAF=0;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544828;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00707269;OID=.;OPOS=32582361;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:7:7:7:0:1:6:0:0:4:5:0:2:1:4 chr2 32582361 . G A 37.81 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0600441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8718;QD=21.6085;RBI=0.119244;REFB=-0.136174;REVB=0.103023;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0225393;OID=.;OPOS=32582361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:5:6:0.857143:4:1:0:1:5:1:0:1 chr2 32667182 . G C 1434.21 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.282;QD=63.042;RBI=0.0470511;REFB=0;REVB=0.023828;RO=0;SAF=56;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79177e-05;OID=.;OPOS=32667182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:34:56:0:0:34:57:0:0 chr2 32690189 . A G 289.43 PASS AF=0.322034;AO=38;DP=118;FAO=38;FDP=118;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=28;FWDB=-0.0106541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.154;QD=9.81101;RBI=0.0166746;REFB=-0.0060323;REVB=0.012827;RO=80;SAF=30;SAR=8;SRF=52;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207326;STB=0.622049;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00965822;OID=.;OPOS=32690189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:80:80:38:38:0.322034:8:30:52:28:8:30:52:28 chr2 32702474 . A G 246.66 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0257495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.57;QD=15.9133;RBI=0.026342;REFB=-0.015451;REVB=0.00555546;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727414;STB=0.532235;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.015288;OID=.;OPOS=32702474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:28:28:0.451613:14:14:14:19:14:14:15:19 chr2 32725073 . G A 140.12 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0588949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8362;QD=10.3795;RBI=0.0641182;REFB=-0.0179708;REVB=-0.0253484;RO=35;SAF=9;SAR=9;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177307;STB=0.592493;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0305914;OID=.;OPOS=32725073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:36:18:18:0.333333:9:9:23:12:9:9:23:13 chr2 32843292 . TTTA T,TTTT 467.95 PASS AF=0.323529,0.647059;AO=11,15;DP=36;FAO=11,22;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=7,15;FSAR=4,7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0501798,0.0488549;FXX=0.105235;HRUN=4,1;LEN=3,1;MLLD=168.835,174.407;QD=55.053;RBI=0.109607,0.0997486;REFB=-0.153395,-0.149597;REVB=0.0974457,0.0869654;RO=1;SAF=6,8;SAR=5,7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0815441,0.0607183;STB=0.555452,0.533302;STBP=0.317,0.287;TYPE=del,snp;VARB=-0.0193563,0.0334992;OID=.,.;OPOS=32843293,32843295;OREF=TTA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.323529,0.647059:11,15:36:11,22:34:1:7,15:4,7:0:1:35:1:6,8:5,7:0:1 chr2 32855615 . A G 834.35 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3914;QD=57.5415;RBI=0.0385849;REFB=0;REVB=0.0139995;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417872;OID=.;OPOS=32855615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr2 32983480 . G A 829.43 PASS AF=0.480226;AO=57;DP=178;FAO=85;FDP=177;FR=.;FRO=92;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=0.0190104;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.281;QD=18.7442;RBI=0.0242635;REFB=-0.0184919;REVB=0.0150771;RO=88;SAF=18;SAR=39;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184466;STB=0.520953;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0164337;OID=.;OPOS=32983480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:88:92:57:85:0.480226:39:18:42:46:40:45:45:47 chr2 32983526 . C T 727.06 PASS AF=0.493421;AO=75;DP=152;FAO=75;FDP=152;FR=.;FRO=77;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.0106826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8128;QD=19.1331;RBI=0.0578412;REFB=-0.0227498;REVB=-0.0568461;RO=76;SAF=39;SAR=36;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662482;STB=0.533114;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0122364;OID=.;OPOS=32983526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:76:77:75:75:0.493421:36:39:34:42:36:39:35:42 chr2 33412077 . G A 98.41 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0352631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.543;QD=7.71871;RBI=0.0362411;REFB=-0.00477795;REVB=0.00836251;RO=37;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126468;STB=0.586695;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0243473;OID=.;OPOS=33412077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:37:38:13:13:0.254902:6:7:16:21:6:7:16:22 chr2 33413865 . G A 99.23 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.021932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.986;QD=6.50666;RBI=0.0258975;REFB=-0.00385892;REVB=-0.0137721;RO=46;SAF=9;SAR=6;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250169;STB=0.653648;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00794655;OID=.;OPOS=33413865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:46:46:15:15:0.245902:6:9:18:28:6:9:18:28 chr2 33447202 . C T 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00215278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.34;QD=18.7957;RBI=0.00219761;REFB=0.00959535;REVB=0.000441578;RO=27;SAF=15;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168347;STB=0.595583;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.00606334;OID=.;OPOS=33447202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:8:15:13:14:8:15:13:14 chr2 33557974 . A G 295.67 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00208266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.614;QD=17.9192;RBI=0.00396065;REFB=-0.021408;REVB=0.00336887;RO=34;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308086;STB=0.517231;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0268342;OID=.;OPOS=33557974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:14:18:18:16:14:18:18:16 chr2 33585796 . T C 2280.08 PASS AF=1;AO=148;DP=151;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368923;FXX=0.0196066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9051;QD=60.8021;RBI=0.038901;REFB=0;REVB=0.0123385;RO=0;SAF=79;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563596;OID=.;OPOS=33585796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:150:0:0:148:150:1:69:79:0:0:69:81:0:0 chr2 33774761 . T C 563.79 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00525725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.762;QD=21.0762;RBI=0.00632378;REFB=-0.00437186;REVB=-0.00351446;RO=49;SAF=37;SAR=20;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15711;STB=0.591665;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00330853;OID=.;OPOS=33774761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:49:50:57:57:0.53271:20:37:23:26:20:37:23:27 chr2 33952413 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.461;QD=54.5161;RBI=0.0152319;REFB=0;REVB=-0.00647132;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000291822;OID=.;OPOS=33952413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr2 33952456 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.836;QD=45.8068;RBI=0.0710003;REFB=0;REVB=0.0589923;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000736659;OID=.;OPOS=33952456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr2 36756288 . T C 1491.9 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0248332;FXX=0.0095229;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.296;QD=57.3808;RBI=0.028056;REFB=-0.0915452;REVB=0.0130558;RO=1;SAF=62;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759185;STB=0.507935;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000111808;OID=.;OPOS=36756288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:104:1:2:102:102:0.980769:40:62:1:0:40:62:2:0 chr2 36776555 . G T 1135.21 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.569;QD=60.5443;RBI=0.0108116;REFB=0;REVB=-0.000310193;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13035e-05;OID=.;OPOS=36776555;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:42:33:0:0:42:33:0:0 chr2 36781401 . T C 1030.05 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00580493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7299;QD=58.0309;RBI=0.0541442;REFB=-0.0644102;REVB=0.0538321;RO=1;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116744;STB=0.506171;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00158713;OID=.;OPOS=36781401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:40:30:0:1:40:30:0:1 chr2 36782886 . G A 1044.27 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0069404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.863;QD=59.6727;RBI=0.0155178;REFB=0;REVB=0.0138792;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34095e-05;OID=.;OPOS=36782886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:43:25:0:0:45:25:0:0 chr2 36808732 . T G 1207.78 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.093017;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=105.405;QD=61.1533;RBI=0.0930313;REFB=0;REVB=0.00163015;RO=0;SAF=23;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011449;OID=.;OPOS=36808732;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:56:23:0:0:56:23:0:0 chr2 37028486 . T C 531.15 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00972179;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.299;QD=19.6721;RBI=0.0114646;REFB=-0.0390588;REVB=0.00607652;RO=51;SAF=26;SAR=29;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117566;STB=0.554864;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0342666;OID=.;OPOS=37028486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:51:53:55:55:0.509259:29:26:31:20:29:26:31:22 chr2 37035934 . A G 353.95 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00988031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8641;QD=16.0886;RBI=0.0322674;REFB=-0.0180442;REVB=-0.0307175;RO=50;SAF=26;SAR=12;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254124;STB=0.643487;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0234041;OID=.;OPOS=37035934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:12:26:22:28:12:26:22:28 chr2 37035945 . C A 319.17 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00494286;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.994;QD=15.5695;RBI=0.00979276;REFB=-0.00247998;REVB=0.00845378;RO=47;SAF=24;SAR=11;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230492;STB=0.63058;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00453638;OID=.;OPOS=37035945;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:47:47:35:35:0.426829:11:24:22:25:11:24:22:25 chr2 37041439 . C T 279.84 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0366063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.486;QD=14.169;RBI=0.0396288;REFB=-0.00265381;REVB=0.0151797;RO=47;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132328;STB=0.575091;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00692295;OID=.;OPOS=37041439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:15:17:19:28:15:17:19:28 chr2 37094945 . A G 444.91 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00817392;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=123.462;QD=52.342;RBI=0.0637581;REFB=-0.0483418;REVB=0.063232;RO=1;SAF=19;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239419;STB=0.524985;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00122172;OID=.;OPOS=37094945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:1:2:32:32:0.941176:13:19:1:0:13:19:2:0 chr2 37227797 . C G 209.55 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0540036;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1731;QD=11.1759;RBI=0.0580228;REFB=-0.0142906;REVB=-0.0212194;RO=49;SAF=21;SAR=5;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489748;STB=0.785868;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0194323;OID=.;OPOS=37227797;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:49:49:26:26:0.346667:5:21:19:30:5:21:19:30 chr2 37230728 . T C 368.6 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0171269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.643;QD=19.4002;RBI=0.0519086;REFB=-0.0160298;REVB=0.0490017;RO=37;SAF=20;SAR=18;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134462;STB=0.566399;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0218052;OID=.;OPOS=37230728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:38:38:38:0.5:18:20:25:12:18:20:25:13 chr2 37241050 . G A 746.83 PASS AF=0.554688;AO=71;DP=129;FAO=71;FDP=128;FR=.;FRO=57;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00127595;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.759;QD=23.3384;RBI=0.0012971;REFB=-0.00179292;REVB=0.000233235;RO=57;SAF=36;SAR=35;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271662;STB=0.514847;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0014872;OID=.;OPOS=37241050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:57:57:71:71:0.554688:35:36:27:30:35:36:27:30 chr2 37306343 . G A 2635.68 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.005943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.876;QD=62.016;RBI=0.00702382;REFB=0;REVB=0.00374364;RO=0;SAF=101;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51734e-06;OID=.;OPOS=37306343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:170:0:0:168:170:1:67:101:0:0:68:102:0:0 chr2 37317869 . C T 1785.86 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000213551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.601;QD=61.0551;RBI=0.0374575;REFB=0;REVB=-0.0374569;RO=0;SAF=43;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.77421e-05;OID=.;OPOS=37317869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:74:43:0:0:74:43:0:0 chr2 37365640 . G A 252.68 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0512728;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.446;QD=26.598;RBI=0.0513147;REFB=-0.0170067;REVB=0.00207122;RO=15;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00827004;STB=0.504583;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0115832;OID=.;OPOS=37365640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:15:15:23:23:0.605263:11:12:8:7:11:12:8:7 chr2 37406644 . A G 937.57 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.61;QD=58.5981;RBI=0.0425412;REFB=0;REVB=0.00484398;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48249e-05;OID=.;OPOS=37406644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr2 37406679 . GC G,GA,GG 990.11 PASS AF=0,0.0735294,0.926471;AO=8,5,55;DP=69;FAO=0,5,63;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,23;FSAR=0,3,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109062,0.0101323,0.0107526;FXX=0.0144907;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=150.847,139.142,172.751;QD=58.2417;RBI=0.0223414,0.0398727,0.0141283;REFB=0,0,0;REVB=0.0194985,0.0385638,0.00916465;RO=0;SAF=3,2,20;SAR=5,3,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-4.46938e-08,0,3.67221e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0,-0.00397617,0.000789898;OID=.,.,.;OPOS=37406680,37406680,37406680;OREF=C,C,C;OALT=-,A,G;OMAPALT=G,GA,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0735294,0.926471:8,5,55:69:0,5,63:68:0:0,2,23:0,3,40:0:0:19:0:3,2,20:5,3,35:0:0 chr2 37406681 . A G 31.59 PASS AF=0.128571;AO=8;DP=69;FAO=9;FDP=70;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.00171077;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=45.6572;QD=1.80491;RBI=0.0395719;REFB=-0.0115695;REVB=-0.0395349;RO=61;SAF=3;SAR=5;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182923;STB=0.526257;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.216731;OID=.;OPOS=37406681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:70:61:61:8:9:0.128571:5:3:22:39:6:3:22:39 chr2 37456032 . C T 246.56 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0512376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9442;QD=46.9628;RBI=0.0600153;REFB=-0.104425;REVB=-0.0312497;RO=1;SAF=12;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368683;STB=0.51998;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00388603;OID=.;OPOS=37456032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:8:12:1:0:8:12:1:0 chr2 37458668 . G A 558.49 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0130063;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.6;QD=22.7953;RBI=0.0131256;REFB=-0.0138474;REVB=0.00176533;RO=44;SAF=22;SAR=30;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195128;STB=0.596687;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00862012;OID=.;OPOS=37458668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:44:46:52:52:0.530612:30:22:29:15:30:22:29:17 chr2 37477794 . C A 613.15 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.576;QD=61.3145;RBI=0.0467069;REFB=0;REVB=-0.0407086;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.42681e-05;OID=.;OPOS=37477794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr2 37487464 . CAA C 35.63 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=67;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.0491748;FXX=0.0447694;HRUN=3;LEN=2;MLLD=43.0662;QD=2.22708;RBI=0.0733329;REFB=0.0080728;REVB=0.0544018;RO=50;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174336;STB=0.5975;STBP=0.514;TYPE=del;VARB=-0.0395295;OID=.;OPOS=37487465;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171875:11:67:11:64:53:5:6:18:35:35:50:5:6:16:34 chr2 37494591 . A G 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00434546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.315;QD=19.7624;RBI=0.00497877;REFB=-0.000219318;REVB=-0.00243005;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135128;STB=0.561746;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.000271801;OID=.;OPOS=37494591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:10:13:17:7:10:13:17:8 chr2 37505105 . T G 607.89 PASS AF=0.37766;AO=70;DP=187;FAO=71;FDP=188;FR=.;FRO=117;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=55;FSRR=62;FWDB=0.0353586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6704;QD=12.9337;RBI=0.0395421;REFB=-0.0104737;REVB=-0.0177016;RO=116;SAF=37;SAR=33;SRF=54;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693768;STB=0.540489;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0188014;OID=.;OPOS=37505105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:116:117:70:71:0.37766:33:37:54:62:33:38:55:62 chr2 37506939 . A G 383.32 PASS AF=0.370968;AO=46;DP=124;FAO=46;FDP=124;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.0169227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.924;QD=12.365;RBI=0.0183458;REFB=-0.00136721;REVB=0.00708445;RO=78;SAF=32;SAR=14;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293239;STB=0.667551;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00197418;OID=.;OPOS=37506939;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:78:78:46:46:0.370968:14:32:34:44:14:32:34:44 chr2 37579937 . C T 1568.49 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00763545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.932;QD=64.0202;RBI=0.022626;REFB=0;REVB=0.0212987;RO=0;SAF=58;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23779e-05;OID=.;OPOS=37579937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:40:58:0:0:40:58:0:0 chr2 37579971 . C T 2015.42 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00526002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1799;QD=62.0129;RBI=0.023574;REFB=0;REVB=-0.0229797;RO=0;SAF=78;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28766e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51347e-05;OID=.;OPOS=37579971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:129:130:1:51:78:0:0:51:79:0:0 chr2 37599963 . A C 216.45 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0450795;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.84;QD=12.9225;RBI=0.0468118;REFB=-0.0164129;REVB=-0.0126167;RO=40;SAF=8;SAR=18;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288657;STB=0.672762;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0169512;OID=.;OPOS=37599963;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:40:41:26:26:0.38806:18:8:23:17:18:8:24:17 chr2 37872315 . TAAAA TAAA,TAA,TAAAT 1258.61 PASS AF=0.948905,0,0.0510949;AO=25,37,7;DP=137;FAO=130,0,7;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=70,0,0;FSAR=60,0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.767598,0.3787,0.0260232;FXX=0.0143875;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=11.5755,10.0557,182.303;QD=36.7477;RBI=0.93452,0.47305,0.0984165;REFB=0.116693,0.128382,0.0701014;REVB=-0.533031,-0.283482,-0.0949136;RO=58;SAF=13,0,0;SAR=12,37,7;SRF=56;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.578519,-0.897812,-0.870557;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0194864,0,0.086361;OID=.,.,.;OPOS=37872316,37872316,37872319;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAAA,TAA,TAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.948905,0,0.0510949:25,37,7:137:130,0,7:137:0:70,0,0:60,0,7:0:0:16:58:13,0,0:12,37,7:56:2 chr2 37872508 . G A 461.54 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0399444;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.254;QD=15.779;RBI=0.0423087;REFB=0.00830429;REVB=-0.0139453;RO=66;SAF=30;SAR=21;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105154;STB=0.55892;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0124164;OID=.;OPOS=37872508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:66:66:51:51:0.435897:21:30:32:34:21:30:32:34 chr2 37872757 . C CT 34.59 PASS AF=0.201681;AO=34;DP=123;FAO=24;FDP=119;FR=.;FRO=95;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=-0.0668787;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.74639;QD=1.16283;RBI=0.10758;REFB=-0.0534677;REVB=0.084266;RO=74;SAF=17;SAR=17;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143232;STB=0.504583;STBP=0.962;TYPE=ins;VARB=-0.0365652;OID=.;OPOS=37872758;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.201681:34:123:24:119:95:13:11:52:43:34:74:17:17:46:28 chr2 38179134 . G A 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.945;QD=60.7161;RBI=0.0594896;REFB=0;REVB=-0.0489296;RO=0;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000287605;OID=.;OPOS=38179134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:29:47:0:0:29:47:0:0 chr2 38298150 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.443;QD=57.3858;RBI=0.0462867;REFB=0;REVB=0.0117005;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155235;OID=.;OPOS=38298150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr2 38298203 . C G 747.02 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4108;QD=63.5765;RBI=0.0323554;REFB=0;REVB=0.0239706;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516535;OID=.;OPOS=38298203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr2 38301547 . C T 332.59 PASS AF=0.366071;AO=41;DP=112;FAO=41;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.0188179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.222;QD=11.8782;RBI=0.0190669;REFB=-0.0201944;REVB=0.00307148;RO=71;SAF=21;SAR=20;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992774;STB=0.556687;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0343668;OID=.;OPOS=38301547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:71:71:41:41:0.366071:20:21:30:41:20:21:30:41 chr2 38536626 . T G 239.62 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0030684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.696;QD=18.0843;RBI=0.00814206;REFB=-0.0184588;REVB=0.00754175;RO=27;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162518;STB=0.591456;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0118803;OID=.;OPOS=38536626;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:9:17:13:14:9:17:13:14 chr2 38604351 . A G 165.86 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0487107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.408;QD=9.90229;RBI=0.0690781;REFB=-0.0208414;REVB=-0.0489801;RO=45;SAF=7;SAR=15;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275266;STB=0.661919;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.081461;OID=.;OPOS=38604351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:15:7:25:20:15:7:25:20 chr2 38800536 . C T 217.13 PASS AF=0.297872;AO=28;DP=94;FAO=28;FDP=94;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.00836136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.224;QD=9.23948;RBI=0.0241908;REFB=-0.00625063;REVB=-0.0226998;RO=66;SAF=10;SAR=18;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173548;STB=0.602729;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0181191;OID=.;OPOS=38800536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:66:66:28:28:0.297872:18:10:33:33:18:10:33:33 chr2 39008949 . G A 470.43 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0184144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.259;QD=20.6783;RBI=0.0185631;REFB=-0.00823447;REVB=0.00234492;RO=45;SAF=26;SAR=20;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146981;STB=0.581316;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00410692;OID=.;OPOS=39008949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:20:26:18:27:20:26:18:27 chr2 39025555 . G A 1840.76 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00879022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.697;QD=61.3587;RBI=0.00893055;REFB=0;REVB=0.00157692;RO=0;SAF=55;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.70389e-06;OID=.;OPOS=39025555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:65:55:0:0:65:55:0:0 chr2 39040972 . A G 184.93 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0313369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.551;QD=16.081;RBI=0.0401417;REFB=-0.0168744;REVB=0.025087;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286446;STB=0.669361;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0248624;OID=.;OPOS=39040972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:26:19:20:0.434783:12:7:16:8:13:7:17:9 chr2 39050141 . A C 581.9 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0085099;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.987;QD=61.2527;RBI=0.0299719;REFB=0;REVB=0.0287384;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023038;OID=.;OPOS=39050141;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr2 39074184 . CA C 112.63 PASS AF=0.536842;AO=42;DP=94;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0936815;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.83173;QD=4.74222;RBI=0.118183;REFB=-0.0310794;REVB=0.072049;RO=35;SAF=15;SAR=27;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871606;STB=0.50955;STBP=0.852;TYPE=del;VARB=0.0509062;OID=.;OPOS=39074185;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.536842:42:94:51:95:44:21:30:19:25:97:35:15:27:16:19 chr2 39082344 . T C 1877.78 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00447304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.489;QD=61.5665;RBI=0.0107057;REFB=0;REVB=0.0097265;RO=0;SAF=52;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94352e-06;OID=.;OPOS=39082344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:70:52:0:0:70:52:0:0 chr2 39185298 . G A 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.000364437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.482;QD=20.9185;RBI=0.0163146;REFB=-0.013355;REVB=-0.0163106;RO=25;SAF=20;SAR=11;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349328;STB=0.699331;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0143502;OID=.;OPOS=39185298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:26:31:31:0.54386:11:20:5:20:11:20:5:21 chr2 39209426 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.207;QD=42.1826;RBI=0.0684308;REFB=0;REVB=0.0358412;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179217;OID=.;OPOS=39209426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr2 39212566 . T TG 258.76 PASS AF=0.714286;AO=9;DP=54;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0191041;FXX=0.0277701;HRUN=0;LEN=1;MLLD=255.502;QD=29.5728;RBI=0.0318672;REFB=-0.0134735;REVB=0.025506;RO=44;SAF=6;SAR=3;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308848;STB=0.517307;STBP=0.786;TYPE=ins;VARB=0.00759282;OID=.;OPOS=39212567;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286:9:54:25:35:10:11:14:5:5:73:44:6:3:18:26 chr2 39212637 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00297425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.498;QD=51.1846;RBI=0.00536082;REFB=0;REVB=-0.00446007;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.88209e-06;OID=.;OPOS=39212637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr2 39477170 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.956;QD=59.8394;RBI=0.0213734;REFB=0;REVB=0.0127267;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19353e-05;OID=.;OPOS=39477170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:19:16:0:0:19:17:0:0 chr2 39507417 . T A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.064;QD=59.4354;RBI=0.0557404;REFB=0;REVB=0.0404394;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62705e-05;OID=.;OPOS=39507417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr2 39583446 . A G 1065.93 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00372539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5058;QD=58.4069;RBI=0.0141236;REFB=0.0897937;REVB=-0.0136235;RO=1;SAF=40;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116777;STB=0.506171;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00153339;OID=.;OPOS=39583446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:32:40:1:0:32:40:1:0 chr2 39931228 . G A 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0121739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.735;QD=12.4135;RBI=0.0261147;REFB=0.0023351;REVB=-0.0231036;RO=37;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454331;STB=0.526131;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.00298564;OID=.;OPOS=39931228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:14:9:13:24:14:9:13:24 chr2 39996978 . C T 170.17 PASS AF=0.230769;AO=27;DP=117;FAO=27;FDP=117;FR=.;FRO=90;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=-0.0104929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3891;QD=5.81776;RBI=0.0112363;REFB=0.0019081;REVB=-0.00401897;RO=89;SAF=16;SAR=11;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137415;STB=0.580093;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00296107;OID=.;OPOS=39996978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:89:90:27:27:0.230769:11:16:43:46:11:16:44:46 chr2 40403104 . A G 275.6 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00985911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.012;QD=18.0722;RBI=0.0246602;REFB=-0.00924859;REVB=0.0226036;RO=30;SAF=17;SAR=13;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305206;STB=0.52406;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0101031;OID=.;OPOS=40403104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:30:30:0.491803:13:17:18:12:13:17:19:12 chr2 42510018 . A G 1915.11 PASS AF=0.984496;AO=124;DP=127;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0401364;FXX=0.015266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.9203;QD=59.3832;RBI=0.0466393;REFB=-0.0528156;REVB=-0.0237549;RO=2;SAF=51;SAR=73;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012838;STB=0.506666;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000356646;OID=.;OPOS=42510018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:127:129:2:2:124:127:0.984496:73:51:0:2:74:53:0:2 chr2 42515388 . A G 1572.76 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000259378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.103;QD=59.9147;RBI=0.00462811;REFB=0;REVB=0.00462084;RO=0;SAF=60;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55397e-06;OID=.;OPOS=42515388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:45:60:0:0:45:60:0:0 chr2 42515437 . A G 310.62 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0204376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6329;QD=16.3484;RBI=0.0663836;REFB=-0.0100028;REVB=0.0631592;RO=42;SAF=16;SAR=18;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122007;STB=0.568527;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0149981;OID=.;OPOS=42515437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:18:16:25:17:18:16:25:17 chr2 42560975 . A G 769.34 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7309;QD=56.9884;RBI=0.0430639;REFB=0;REVB=0.0181721;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482405;OID=.;OPOS=42560975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr2 42577803 . T TAAATACACAC 138.02 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0271221;FXX=0;HRUN=2;LEN=10;MLLD=318.964;QD=19.0374;RBI=0.0283803;REFB=-0.0142816;REVB=-0.00835647;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403066;STB=0.710842;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=0.00571486;OID=.;OPOS=42577804;OREF=-;OALT=AAATACACAC;OMAPALT=TAAATACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517241:15:29:15:29:14:5:10:11:3:99:13:5:10:11:2 chr2 42577806 . T A 86.18 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.013076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9263;QD=12.3112;RBI=0.0176142;REFB=-0.0137017;REVB=-0.0118016;RO=17;SAF=9;SAR=2;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.536446;STB=0.817603;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.020685;OID=.;OPOS=42577806;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:2:9:5:12:2:9:5:12 chr2 42588195 . T C 406.85 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0796186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3793;QD=18.0823;RBI=0.138022;REFB=-0.0122647;REVB=-0.112743;RO=48;SAF=25;SAR=17;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725401;STB=0.540521;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0136789;OID=.;OPOS=42588195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:17:25:25:23:17:25:25:23 chr2 42990101 . G C 320.11 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00929194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.248;QD=16.0054;RBI=0.0135981;REFB=-0.00575141;REVB=-0.00992819;RO=45;SAF=20;SAR=15;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522648;STB=0.529395;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00862272;OID=.;OPOS=42990101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:15:20:28:17:15:20:28:17 chr2 42990173 . C T 545.67 PASS AF=0.54;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0217345;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1149;QD=21.8267;RBI=0.0364647;REFB=-0.0112581;REVB=0.0292794;RO=47;SAF=30;SAR=24;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562971;STB=0.535701;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0133253;OID=.;OPOS=42990173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:47:46:54:54:0.54:24:30:23:24:24:30:22:24 chr2 42990336 . T G 227.52 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00592345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.011;QD=15.691;RBI=0.0157658;REFB=-0.0310755;REVB=-0.0146107;RO=30;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901225;STB=0.538432;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0372766;OID=.;OPOS=42990336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:30:32:25:26:0.448276:11:14:14:16:12:14:15:17 chr2 42990522 . C T 187.65 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00982634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.639;QD=12.7217;RBI=0.0134504;REFB=-0.027897;REVB=0.0091846;RO=36;SAF=7;SAR=16;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131519;STB=0.576036;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0360749;OID=.;OPOS=42990522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:16:7:15:21:16:7:15:21 chr2 43015704 . T A 231.46 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0137485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.528;QD=12.3446;RBI=0.021286;REFB=-0.00780127;REVB=0.0162504;RO=47;SAF=14;SAR=14;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057976;STB=0.53331;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0208811;OID=.;OPOS=43015704;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:14:14:26:21:14:14:26:21 chr2 43015719 . T C 220.9 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00312737;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.5;QD=12.1041;RBI=0.00548759;REFB=-0.000889678;REVB=0.00450924;RO=46;SAF=14;SAR=13;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273649;STB=0.515756;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00020021;OID=.;OPOS=43015719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:13:14:25:21:13:14:25:21 chr2 43015757 . G A 227.0 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00741534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.785;QD=15.6552;RBI=0.0410393;REFB=-0.00801382;REVB=-0.0403638;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465727;STB=0.517228;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0119667;OID=.;OPOS=43015757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:13:13:17:14:13:13:17:15 chr2 43451244 . TA AT 59.24 PASS AF=0.8;AO=3;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0736489;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=2;MLLD=10.6447;QD=15.7969;RBI=0.131009;REFB=0.140453;REVB=0.108348;RO=2;SAF=2;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39997;STB=0.517213;STBP=0.804;TYPE=mnp;VARB=-0.0268436;OID=.;OPOS=43451244;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:15:15:2:3:3:12:0.8:1:2:0:2:7:5:1:2 chr2 43797619 . C T 792.0 PASS AF=0.506667;AO=76;DP=149;FAO=76;FDP=150;FR=.;FRO=74;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=-0.00920549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.516;QD=21.12;RBI=0.00978102;REFB=-0.00677233;REVB=-0.00330564;RO=73;SAF=47;SAR=29;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00187037;STB=0.501674;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00749432;OID=.;OPOS=43797619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:73:74:76:76:0.506667:29:47:45:28:29:47:46:28 chr2 43801712 . A G 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0721765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2599;QD=11.1975;RBI=0.079836;REFB=0.0157583;REVB=-0.0341224;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234759;STB=0.639198;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.0246476;OID=.;OPOS=43801712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:5:7:8:14:5:7:8:14 chr2 43804229 . T C 181.41 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0113601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5169;QD=15.775;RBI=0.0486422;REFB=2.24163e-05;REVB=-0.047297;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268407;STB=0.66494;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.000965528;OID=.;OPOS=43804229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:26:27:19:19:0.413043:13:6:15:11:13:6:16:11 chr2 43902511 . G C 116.44 PASS AF=0.269841;AO=18;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0459077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3241;QD=7.39313;RBI=0.0517822;REFB=-0.00806556;REVB=0.0239558;RO=45;SAF=9;SAR=9;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131872;STB=0.52147;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0185802;OID=.;OPOS=43902511;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:46:18:17:0.269841:9:9:22:23:9:8:23:23 chr2 43903066 . A G 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0272039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.562;QD=14.1959;RBI=0.0403166;REFB=0.00228788;REVB=0.0297553;RO=32;SAF=10;SAR=13;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253295;STB=0.643844;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00180395;OID=.;OPOS=43903066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:13:10:22:10:13:10:22:10 chr2 43903354 . T C 653.04 PASS AF=0.412429;AO=73;DP=177;FAO=73;FDP=177;FR=.;FRO=104;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=59;FSRR=45;FWDB=-0.00387074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.711;QD=14.7581;RBI=0.00960245;REFB=-0.00472621;REVB=-0.00878774;RO=104;SAF=43;SAR=30;SRF=59;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234004;STB=0.513123;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0069234;OID=.;OPOS=43903354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:104:104:73:73:0.412429:30:43:59:45:30:43:59:45 chr2 43906039 . G A 256.59 PASS AF=0.28125;AO=35;DP=127;FAO=36;FDP=128;FR=.;FRO=92;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=-0.00920023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.642;QD=8.01843;RBI=0.0549087;REFB=-0.00182386;REVB=-0.0541324;RO=90;SAF=18;SAR=17;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982325;STB=0.566515;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0060519;OID=.;OPOS=43906039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:90:92:35:36:0.28125:17:18:39:51:17:19:40:52 chr2 43926943 . T A 487.07 PASS AF=0.625;AO=45;DP=72;FAO=45;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00178966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.203;QD=27.0593;RBI=0.00246957;REFB=-0.00964336;REVB=0.00170173;RO=27;SAF=22;SAR=23;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561601;STB=0.530599;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00191175;OID=.;OPOS=43926943;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:27:27:45:45:0.625:23:22:11:16:23:22:11:16 chr2 43927459 . C G 334.35 PASS AF=0.45;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00849475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.246;QD=16.7176;RBI=0.00901273;REFB=-0.000156924;REVB=0.00301142;RO=43;SAF=10;SAR=26;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224563;STB=0.634068;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.000289518;OID=.;OPOS=43927459;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:43:44:36:36:0.45:26:10:21:22:26:10:22:22 chr2 43931176 . T C 255.49 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0416937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.666;QD=15.7226;RBI=0.0466202;REFB=-0.0218341;REVB=0.0208586;RO=36;SAF=10;SAR=19;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757081;STB=0.542827;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0232203;OID=.;OPOS=43931176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:19:10:15:21:19:10:15:21 chr2 43937735 . T A 35.47 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=75;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=18;FWDB=0.005574;FXX=0;HRUN=24;LEN=1;MLLD=139.796;QD=1.89175;RBI=0.0403283;REFB=0.000395327;REVB=-0.0399412;RO=67;SAF=0;SAR=8;SRF=50;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.74001;STB=0.932563;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00525114;OID=.;OPOS=43937735;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:75:75:67:67:8:8:0.106667:8:0:50:17:7:1:49:18 chr2 44036891 . C T 150.93 PASS AF=0.244444;AO=23;DP=90;FAO=22;FDP=90;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.0233385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9916;QD=6.70778;RBI=0.0242501;REFB=0.00936364;REVB=-0.00658658;RO=67;SAF=13;SAR=10;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00243189;STB=0.524822;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.0390101;OID=.;OPOS=44036891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:67:68:23:22:0.244444:10:13:38:29:9:13:38:30 chr2 44066174 . T G 1133.58 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1402;QD=59.6622;RBI=0.0716233;REFB=0;REVB=0.028691;RO=0;SAF=50;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122852;OID=.;OPOS=44066174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:76:0:0:65:76:1:15:50:0:0:19:57:0:0 chr2 44071743 . A G 841.73 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.742;QD=57.0665;RBI=0.0353202;REFB=0;REVB=0.00829145;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148004;OID=.;OPOS=44071743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:31:27:0:0:32:27:0:0 chr2 44101538 . C T 1460.64 PASS AF=1;AO=60;DP=113;FAO=110;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0447894;FXX=0.0265463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.2245;QD=53.1143;RBI=0.227454;REFB=-0.0457672;REVB=-0.223001;RO=2;SAF=36;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254976;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00242926;OID=.;OPOS=44101538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:113:110:2:0:60:110:1:24:36:2:0:44:66:0:0 chr2 44104925 . T C 1319.14 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.512;QD=62.077;RBI=0.0783082;REFB=0;REVB=0.0375178;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243058;OID=.;OPOS=44104925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:85:0:0:82:85:1:46:36:0:0:46:39:0:0 chr2 44173344 . T C 197.39 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0225283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.643;QD=12.9436;RBI=0.0271798;REFB=-0.00122589;REVB=0.0152059;RO=37;SAF=9;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120937;STB=0.569561;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00412215;OID=.;OPOS=44173344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:15:9:18:19:15:9:18:19 chr2 44200790 . A C 304.86 PASS AF=0.358491;AO=38;DP=106;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.00621293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.398;QD=11.5042;RBI=0.00653057;REFB=-0.00631653;REVB=-0.00201193;RO=68;SAF=23;SAR=15;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867025;STB=0.549821;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0106289;OID=.;OPOS=44200790;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:68:68:38:38:0.358491:15:23:36:32:15:23:36:32 chr2 44201376 . T C 546.37 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=43;FWDB=-0.00502673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.715;QD=18.8405;RBI=0.00915458;REFB=-0.00993212;REVB=-0.00765103;RO=59;SAF=34;SAR=23;SRF=16;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29249;STB=0.661113;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00779144;OID=.;OPOS=44201376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:59:57:57:0.491379:23:34:16:43:23:34:16:43 chr2 44381958 . G A 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0311714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9807;QD=13.6996;RBI=0.0323082;REFB=0.00456089;REVB=-0.00849507;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123201;STB=0.571352;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00571626;OID=.;OPOS=44381958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:8:10:20:10:8:10:20:10 chr2 44428534 . C T 70.11 PASS AF=0.164557;AO=13;DP=79;FAO=13;FDP=79;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.00943852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.215;QD=3.54982;RBI=0.0374631;REFB=-0.00931408;REVB=-0.0362546;RO=65;SAF=5;SAR=8;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191272;STB=0.621173;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.034089;OID=.;OPOS=44428534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:79:79:65:66:13:13:0.164557:8:5:35:30:8:5:35:31 chr2 44993594 . G A 472.96 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=42;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.002852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.464;QD=17.5171;RBI=0.00571087;REFB=-0.0090021;REVB=0.00494775;RO=56;SAF=42;SAR=9;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238889;STB=0.631357;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0111369;OID=.;OPOS=44993594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:57:51:51:0.472222:9:42:36:20:9:42:37:20 chr2 45148830 . G A 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.00331242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.16;QD=20.769;RBI=0.0669774;REFB=0.00135517;REVB=-0.0668955;RO=24;SAF=20;SAR=7;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102325;STB=0.505699;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.00196613;OID=.;OPOS=45148830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:7:20:18:6:7:20:18:6 chr2 45149003 . C T 742.06 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00691771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.235;QD=56.0046;RBI=0.010933;REFB=0;REVB=0.00846621;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27316e-05;OID=.;OPOS=45149003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:27:24:0:0:28:25:0:0 chr2 45149373 . G T 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0341158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.582;QD=17.6438;RBI=0.0353663;REFB=-0.013372;REVB=0.00932142;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201011;STB=0.616187;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0174576;OID=.;OPOS=45149373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:2:5:4:5:2:5 chr2 45171842 . A G 787.49 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00325949;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.848;QD=64.2845;RBI=0.0463154;REFB=0;REVB=0.0462005;RO=0;SAF=35;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143375;OID=.;OPOS=45171842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:13:35:0:0:14:35:0:0 chr2 46313481 . C T 229.44 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0146258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.268;QD=14.119;RBI=0.0186118;REFB=-0.00764547;REVB=0.0115102;RO=38;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520592;STB=0.529595;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00825689;OID=.;OPOS=46313481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:15:12:15:23:15:12:15:23 chr2 46414169 . G A 418.16 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.0261038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.794;QD=17.4235;RBI=0.0275911;REFB=-0.0145309;REVB=-0.00893672;RO=52;SAF=14;SAR=29;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352998;STB=0.692367;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0237511;OID=.;OPOS=46414169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:52:53:43:43:0.447917:29:14:36:16:29:14:36:17 chr2 46414434 . C A 223.59 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0129145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.759;QD=14.9059;RBI=0.0147779;REFB=-0.00851866;REVB=0.00718349;RO=34;SAF=20;SAR=6;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247883;STB=0.642083;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0117904;OID=.;OPOS=46414434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:6:20:19:15:6:20:19:15 chr2 46608785 . T C 465.65 PASS AF=0.455357;AO=50;DP=111;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0148149;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5072;QD=16.6302;RBI=0.0149309;REFB=-0.008497;REVB=0.00185729;RO=59;SAF=29;SAR=21;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372127;STB=0.524273;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00691999;OID=.;OPOS=46608785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:59:61:50:51:0.455357:21:29:32:27:22:29:32:29 chr2 46707851 . G A 265.07 PASS AF=0.741935;AO=23;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0225931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.373;QD=34.2024;RBI=0.0459164;REFB=-0.0531751;REVB=0.0399734;RO=8;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167809;STB=0.59084;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0128316;OID=.;OPOS=46707851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:8:8:23:23:0.741935:18:5:0:8:18:5:0:8 chr2 46707884 . AA GG 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=200.463;QD=32.352;RBI=0.0308447;REFB=-0.0631022;REVB=-0.0308447;RO=2;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0131796;OID=.;OPOS=46707884;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:11:0:0:2:11:0:0:2 chr2 46707894 . GC AG 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=189.863;QD=21.1692;RBI=0.0354558;REFB=-0.00570467;REVB=0.0354558;RO=3;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000983104;OID=.;OPOS=46707894;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:7:0:0:3:7:0:0:3 chr2 46707897 . C A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.336;QD=16.199;RBI=0.0135376;REFB=-0.0212403;REVB=-0.0135376;RO=3;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0321762;OID=.;OPOS=46707897;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:5:0:0:3:5:0:0:3 chr2 46987300 . T G 157.84 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00101467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1347;QD=16.6152;RBI=0.0311297;REFB=0.00981816;REVB=-0.0311132;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407305;STB=0.523337;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.0126643;OID=.;OPOS=46987300;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:9:8:9:12:9:8:9:12 chr2 47045309 . C T 727.69 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3269;QD=63.2776;RBI=0.0327494;REFB=0;REVB=0.0192;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694103;OID=.;OPOS=47045309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:16:30:0:0:16:30:0:0 chr2 47201797 . A T 1803.97 PASS AF=0.96319;AO=119;DP=150;FAO=157;FDP=163;FR=.;FRO=6;FSAF=72;FSAR=85;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.248219;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=26.5104;QD=44.2692;RBI=0.255858;REFB=-0.0687655;REVB=0.062054;RO=31;SAF=46;SAR=73;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164998;STB=0.501534;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0094405;OID=.;OPOS=47201797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:150:163:31:6:119:157:0.96319:73:46:25:6:85:72:3:3 chr2 47202126 . C T 35.87 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0142805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.426;QD=2.43213;RBI=0.0148562;REFB=-0.00521984;REVB=0.00409567;RO=52;SAF=4;SAR=3;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164301;STB=0.51228;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0350215;OID=.;OPOS=47202126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:52:52:7:7:0.118644:3:4:29:23:3:4:29:23 chr2 47251469 . G C 1471.56 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4219;QD=63.293;RBI=0.0253286;REFB=0;REVB=-0.0232484;RO=0;SAF=36;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170749;OID=.;OPOS=47251469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:57:36:0:0:57:36:0:0 chr2 47274443 . G T 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.646;QD=60.0293;RBI=0.0232127;REFB=0;REVB=0.00211665;RO=0;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18378e-05;OID=.;OPOS=47274443;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:47:25:0:0:47:25:0:0 chr2 47278901 . G A 863.97 PASS AF=0.544218;AO=80;DP=148;FAO=80;FDP=147;FR=.;FRO=67;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.0126195;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.25;QD=23.5094;RBI=0.0139049;REFB=-0.0285264;REVB=0.00583914;RO=66;SAF=47;SAR=33;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999783;STB=0.509527;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0227444;OID=.;OPOS=47278901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:66:67:80:80:0.544218:33:47:38:28:33:47:38:29 chr2 47301029 . A C,G 717.23 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=2,50;DP=53;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=2,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240219,0.0327847;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=44.0639,170.539;QD=55.1716;RBI=0.0241627,0.0330132;REFB=0,0;REVB=-0.00260439,-0.00387742;RO=0;SAF=0,26;SAR=2,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.10374e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.129054,0.000648915;OID=.,.;OPOS=47301029,47301029;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:52:0:0:2,50:2,50:0.0384615,0.961538:2,24:0,26:0:0:2,24:0,26:0:0 chr2 47301624 . T C,TTGGGGCCTC 667.89 PASS AF=0.133333,0.64;AO=15,38;DP=75;FAO=10,48;FDP=75;FR=.;FRO=17;FSAF=7,28;FSAR=3,20;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00501565,-0.018675;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,9;MLLD=168.187,193.041;QD=35.6206;RBI=0.00644644,0.0197799;REFB=-0.00211138,-0.0148281;REVB=-0.00404966,0.00651823;RO=18;SAF=7,24;SAR=8,14;SRF=13;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.240435,-0.0586007;STB=0.504416,0.53332;STBP=0.998,0.393;TYPE=snp,ins;VARB=0.00589409,7.70121e-05;OID=.,.;OPOS=47301624,47301625;OREF=T,-;OALT=C,TGGGGCCTC;OMAPALT=C,TTGGGGCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:75:75:18:17:15,38:10,48:0.133333,0.64:8,14:7,24:13:5:3,20:7,28:12:5 chr2 47601106 . T C 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0117477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.349;QD=17.4226;RBI=0.0136166;REFB=-0.0031791;REVB=0.00688486;RO=34;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972221;STB=0.554421;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00526988;OID=.;OPOS=47601106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:16:15:20:14:16:15:20:14 chr2 47635707 . CT C 51.45 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0686859;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.7503;QD=3.37402;RBI=0.126173;REFB=-0.0782403;REVB=-0.105838;RO=36;SAF=4;SAR=15;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333532;STB=0.584178;STBP=0.397;TYPE=del;VARB=0.0862756;OID=.;OPOS=47635708;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.311475:19:61:19:61:42:6:13:18:24:51:36:4:15:17:19 chr2 47656969 . C T 250.29 PASS AF=0.306306;AO=34;DP=111;FAO=34;FDP=111;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.028627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.373;QD=9.01937;RBI=0.0301217;REFB=-0.000959953;REVB=-0.00937079;RO=75;SAF=20;SAR=14;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813776;STB=0.539351;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00265368;OID=.;OPOS=47656969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:75:77:34:34:0.306306:14:20:39:36:14:20:41:36 chr2 47705628 . AC A 52.89 PASS AF=0.216667;AO=14;DP=62;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.071024;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.7986;QD=3.5259;RBI=0.0724039;REFB=0.00279763;REVB=-0.0140684;RO=46;SAF=2;SAR=12;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363502;STB=0.846913;STBP=0.019;TYPE=del;VARB=-0.0205169;OID=.;OPOS=47705629;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.216667:14:62:13:60:47:1:12:18:29:52:46:2:12:17:29 chr2 47739551 . A G 447.76 PASS AF=0.446429;AO=49;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.00764751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.477;QD=15.9914;RBI=0.00785282;REFB=-0.0124799;REVB=-0.00178393;RO=59;SAF=24;SAR=25;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982061;STB=0.533703;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0134343;OID=.;OPOS=47739551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:62:49:50:0.446429:25:24:23:36:26:24:26:36 chr2 47905390 . C A 369.66 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00689776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.931;QD=22.4037;RBI=0.016245;REFB=-0.0147888;REVB=-0.0147078;RO=29;SAF=22;SAR=15;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351505;STB=0.519382;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0173704;OID=.;OPOS=47905390;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:15:22:16:13:15:22:16:13 chr2 48602252 . C T 523.11 PASS AF=0.425373;AO=57;DP=134;FAO=57;FDP=134;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.00334513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.555;QD=15.6153;RBI=0.0116837;REFB=-0.0090101;REVB=-0.0111946;RO=77;SAF=34;SAR=23;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120158;STB=0.567393;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0118368;OID=.;OPOS=48602252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:77:77:57:57:0.425373:23:34:37:40:23:34:37:40 chr2 48756682 . C G 2908.58 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599402;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8833;QD=63.23;RBI=0.126246;REFB=0;REVB=0.111109;RO=0;SAF=83;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593389;OID=.;OPOS=48756682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:182:184:0:0:182:184:1:99:83:0:0:102:82:0:0 chr2 48807796 . A C 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0416139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.118;QD=20.7533;RBI=0.0522589;REFB=-0.0349183;REVB=0.0316113;RO=11;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052179;STB=0.542802;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0188964;OID=.;OPOS=48807796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:11:12:15:15:0.555556:5:10:8:3:5:10:9:3 chr2 48807976 . T C 127.06 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0538136;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=76.9482;QD=9.77417;RBI=0.0556413;REFB=-0.00306688;REVB=-0.0141438;RO=32;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17895e-08;STB=0.549937;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00705715;OID=.;OPOS=48807976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:52:32:36:16:16:0.307692:10:6:12:20:10:6:16:20 chr2 48808152 . G C 113.83 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0371969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4187;QD=9.89817;RBI=0.0631186;REFB=-0.00228527;REVB=-0.0509937;RO=31;SAF=7;SAR=7;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20529;STB=0.630261;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00502987;OID=.;OPOS=48808152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:32:14:14:0.304348:7:7:21:10:7:7:22:10 chr2 48808594 . C T 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00797346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.917;QD=18.4582;RBI=0.0236795;REFB=-0.0195741;REVB=-0.0222967;RO=41;SAF=27;SAR=11;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308522;STB=0.672571;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.023277;OID=.;OPOS=48808594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:11:27:16:25:11:27:16:25 chr2 48808882 . T A 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0278449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.257;QD=18.008;RBI=0.0278911;REFB=-0.00659004;REVB=0.00160406;RO=41;SAF=18;SAR=19;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217348;STB=0.512138;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00673165;OID=.;OPOS=48808882;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:19:18:19:22:19:18:19:22 chr2 48808898 . C T 362.15 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.000270424;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.054;QD=17.6659;RBI=0.0332474;REFB=-0.00561849;REVB=0.0332463;RO=45;SAF=19;SAR=19;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322602;STB=0.512189;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00621393;OID=.;OPOS=48808898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:45:44:38:38:0.463415:19:19:21:24:19:19:21:23 chr2 48809593 . G T 515.36 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00209584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.996;QD=22.1659;RBI=0.00689141;REFB=-0.03126;REVB=0.00656498;RO=44;SAF=18;SAR=31;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785154;STB=0.54334;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0252614;OID=.;OPOS=48809593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:44:49:49:0.526882:31:18:20:24:31:18:20:24 chr2 48822381 . G A 121.53 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0142589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.397;QD=15.1916;RBI=0.0160988;REFB=-0.0111208;REVB=0.00747356;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202649;STB=0.583212;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0141617;OID=.;OPOS=48822381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:18:18:13:14:0.4375:4:9:9:9:5:9:9:9 chr2 48825650 . C G 285.95 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0547785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0181;QD=21.996;RBI=0.0548066;REFB=-0.0328365;REVB=0.00175533;RO=23;SAF=16;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588168;STB=0.532601;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0222639;OID=.;OPOS=48825650;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:13:16:11:12:13:16:11:12 chr2 48873978 . A G 507.15 PASS AF=0.447154;AO=55;DP=123;FAO=55;FDP=123;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0132911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4947;QD=16.4928;RBI=0.0132992;REFB=0.00273787;REVB=0.000464518;RO=68;SAF=31;SAR=24;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997466;STB=0.505565;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.00362996;OID=.;OPOS=48873978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:68:68:55:55:0.447154:24:31:39:29:24:31:39:29 chr2 48898798 . T A 2569.67 PASS AF=0.988235;AO=168;DP=170;FAO=168;FDP=170;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=87;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00795095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.656;QD=60.4627;RBI=0.0605837;REFB=-0.0309793;REVB=-0.0600597;RO=2;SAF=81;SAR=87;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116046;STB=0.506097;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00073618;OID=.;OPOS=48898798;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:170:170:2:2:168:168:0.988235:87:81:2:0:87:81:2:0 chr2 48915871 . A G 1358.5 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9553;QD=62.46;RBI=0.0475638;REFB=0;REVB=0.0404758;RO=0;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284079;OID=.;OPOS=48915871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:35:52:0:0:35:52:0:0 chr2 48921375 . T C 1432.76 PASS AF=0.96875;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0465342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.903;QD=59.6984;RBI=0.0522462;REFB=-0.0396006;REVB=0.0237536;RO=3;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299155;STB=0.515786;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00196352;OID=.;OPOS=48921375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:96:3:3:93:93:0.96875:46:47:0:3:46:47:0:3 chr2 50201110 . A G 994.41 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316213;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8238;QD=59.3678;RBI=0.0542649;REFB=0;REVB=0.0440996;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613649;OID=.;OPOS=50201110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr2 50724620 . C T 554.28 PASS AF=0.450382;AO=58;DP=131;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.000762472;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.773;QD=16.9245;RBI=0.00202043;REFB=-0.00930036;REVB=-0.00187104;RO=71;SAF=32;SAR=26;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996468;STB=0.546144;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0109655;OID=.;OPOS=50724620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:71:72:58:59:0.450382:26:32:32:39:27:32:33:39 chr2 50780142 . C T 60.01 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0192874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2306;QD=5.85463;RBI=0.08116;REFB=-0.00340927;REVB=-0.0788349;RO=32;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240105;STB=0.655389;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0074313;OID=.;OPOS=50780142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:32:32:9:9:0.219512:3:6:15:17:3:6:15:17 chr2 51125707 . C G 524.69 PASS AF=0.454545;AO=44;DP=115;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0461529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4842;QD=15.8997;RBI=0.0539489;REFB=-0.027994;REVB=0.0279355;RO=67;SAF=37;SAR=7;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36199;STB=0.517236;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0326408;OID=.;OPOS=51125707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:132:67:72:44:60:0.454545:7:37:39:28:24:36:41:31 chr2 51255213 . C T 210.49 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0324431;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.703;QD=9.67777;RBI=0.0330165;REFB=-0.0204373;REVB=0.00612671;RO=59;SAF=16;SAR=11;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797236;STB=0.541636;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.054829;OID=.;OPOS=51255213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:59:60:27:27:0.310345:11:16:31:28:11:16:32:28 chr2 52929680 . T C 2826.79 PASS AF=0.475793;AO=282;DP=597;FAO=285;FDP=599;FR=.;FRO=314;FSAF=155;FSAR=130;FSRF=144;FSRR=170;FWDB=0.00148194;FXX=0.00166664;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.993;QD=18.8767;RBI=0.0434916;REFB=-0.00263771;REVB=0.0434663;RO=313;SAF=154;SAR=128;SRF=143;SRR=170;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854238;STB=0.544685;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00241491;OID=.;OPOS=52929680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:597:599:313:314:282:285:0.475793:128:154:143:170:130:155:144:170 chr2 53992593 . A T 632.0 PASS AF=0.448052;AO=69;DP=155;FAO=69;FDP=154;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=53;FSRR=32;FWDB=-0.0461975;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.95;QD=16.4155;RBI=0.0492637;REFB=-0.0148679;REVB=-0.0171084;RO=85;SAF=26;SAR=43;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243255;STB=0.635271;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0146499;OID=.;OPOS=53992593;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:85:85:69:69:0.448052:43:26:53:32:43:26:53:32 chr2 54035508 . G C 993.03 PASS AF=0.545977;AO=95;DP=175;FAO=95;FDP=174;FR=.;FRO=79;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.0209173;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3197;QD=22.8283;RBI=0.0572462;REFB=-0.00365553;REVB=-0.0532878;RO=79;SAF=49;SAR=46;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604494;STB=0.532988;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00317014;OID=.;OPOS=54035508;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:79:79:95:95:0.545977:46:49:35:44:46:49:35:44 chr2 54081923 . T G 458.97 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-4.89787e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.95;QD=18.3589;RBI=0.010481;REFB=0.00185819;REVB=-0.0104809;RO=53;SAF=16;SAR=30;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161186;STB=0.595625;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00342778;OID=.;OPOS=54081923;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:54:46:46:0.46:30:16:27:26:30:16:28:26 chr2 54115103 . C T 206.97 PASS AF=0.208333;AO=35;DP=168;FAO=35;FDP=168;FR=.;FRO=133;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=70;FSRR=63;FWDB=-0.0283992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9483;QD=4.9279;RBI=0.0531328;REFB=-0.0191432;REVB=-0.0449063;RO=133;SAF=12;SAR=23;SRF=70;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235409;STB=0.646249;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.033614;OID=.;OPOS=54115103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:133:133:35:35:0.208333:23:12:70:63:23:12:70:63 chr2 54115904 . A G 299.05 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00259743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.492;QD=16.1648;RBI=0.0187446;REFB=-0.0128285;REVB=-0.0185637;RO=41;SAF=17;SAR=16;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693685;STB=0.539007;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0150266;OID=.;OPOS=54115904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:16:17:24:17:16:17:24:17 chr2 54120025 . A T 708.42 PASS AF=0.492958;AO=70;DP=142;FAO=70;FDP=142;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.00429966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.457;QD=19.9554;RBI=0.0139834;REFB=-0.0150822;REVB=-0.013306;RO=72;SAF=34;SAR=36;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768311;STB=0.542374;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0156275;OID=.;OPOS=54120025;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:72:72:70:70:0.492958:36:34:41:31:36:34:41:31 chr2 54120820 . G A 944.15 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0264166;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7377;QD=57.2213;RBI=0.0297136;REFB=-0.0654829;REVB=-0.0136039;RO=1;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113822;STB=0.506022;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00335913;OID=.;OPOS=54120820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:66:1:1:64:65:0.984848:41:23:0:1:41:24:0:1 chr2 54125495 . T C 267.91 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00293369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.254;QD=16.2371;RBI=0.00694828;REFB=-0.00462038;REVB=-0.00629858;RO=21;SAF=6;SAR=24;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262667;STB=0.695508;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00652148;OID=.;OPOS=54125495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:21:36:30:30:0.454545:24:6:10:11:24:6:18:18 chr2 54127041 . C T 2071.82 PASS AF=0.985294;AO=133;DP=136;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0232872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9825;QD=60.9358;RBI=0.0313684;REFB=0.028669;REVB=-0.0210163;RO=2;SAF=86;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451019;STB=0.502264;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.00288311;OID=.;OPOS=54127041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:136:2:2:133:134:0.985294:47:86:1:1:48:86:1:1 chr2 54150237 . A G 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0179307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.911;QD=18.413;RBI=0.0208601;REFB=-0.0111668;REVB=-0.0106599;RO=34;SAF=12;SAR=21;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699063;STB=0.538899;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0118169;OID=.;OPOS=54150237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:21:12:10:24:21:12:10:24 chr2 54362637 . ATTTTTTTT ATTTTTTT,ATTTTTTTC 179.44 PASS AF=0.333333,0.377778;AO=17,13;DP=45;FAO=15,17;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=7,8;FSAR=8,9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00827386,0.0646047;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.48595,24.8896;QD=15.9504;RBI=0.106994,0.0647971;REFB=-0.0664379,-0.0374042;REVB=-0.106673,0.0049897;RO=6;SAF=8,6;SAR=9,7;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.170133,-0.207161;STB=0.56863,0.562427;STBP=0.466,0.481;TYPE=del,snp;VARB=0.144457,-0.0219419;OID=.,.;OPOS=54362638,54362645;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=ATTTTTTT,ATTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.377778:17,13:45:15,17:45:13:7,8:8,9:8:5:54:6:8,6:9,7:5:1 chr2 54482964 . C T 110.16 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00470602;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.029;QD=12.59;RBI=0.00759763;REFB=-0.00532971;REVB=0.00596467;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147588;STB=0.573876;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0136382;OID=.;OPOS=54482964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:21:22:13:13:0.371429:5:8:10:11:5:8:11:11 chr2 54557360 . A G 414.32 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0474776;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.284;QD=18.8326;RBI=0.0510539;REFB=-0.0192002;REVB=0.0187716;RO=46;SAF=20;SAR=22;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833659;STB=0.546414;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0194908;OID=.;OPOS=54557360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:46:46:42:42:0.477273:22:20:26:20:22:20:26:20 chr2 54587596 . C T 230.67 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.01169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.174;QD=23.0666;RBI=0.0125324;REFB=-0.0100377;REVB=0.0045172;RO=18;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205052;STB=0.615274;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0159063;OID=.;OPOS=54587596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:16:6:9:9:16:6:9:9 chr2 54756652 . C T 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0293776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.066;QD=21.7463;RBI=0.0299113;REFB=-0.0165955;REVB=0.00562506;RO=20;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122935;STB=0.568903;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0180681;OID=.;OPOS=54756652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:12:10:12:8:12:10:12:8 chr2 54756740 . C T 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0102127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.385;QD=29.0929;RBI=0.0104541;REFB=-0.0149675;REVB=0.00223367;RO=13;SAF=10;SAR=14;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292365;STB=0.516116;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00831035;OID=.;OPOS=54756740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:14:10:6:7:14:10:6:7 chr2 54856736 . G A 137.39 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00422911;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.8319;QD=11.2157;RBI=0.0192242;REFB=-0.0126367;REVB=0.0187533;RO=33;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540173;STB=0.532093;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0248282;OID=.;OPOS=54856736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:7:9:17:16:7:9:17:16 chr2 54858511 . C T 215.92 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0290906;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.234;QD=21.0654;RBI=0.0349106;REFB=-0.0180127;REVB=-0.0193;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279542;STB=0.655827;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.019391;OID=.;OPOS=54858511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:16:4:11:10:16:4 chr2 54858664 . C T 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0321488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.412;QD=18.4829;RBI=0.0533585;REFB=0.00529622;REVB=-0.0425862;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231388;STB=0.63144;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00299534;OID=.;OPOS=54858664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:7:12:8:13:7:12:8:13 chr2 54872522 . G A 685.39 PASS AF=0.453988;AO=74;DP=163;FAO=74;FDP=163;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=0.011124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.441;QD=16.8194;RBI=0.0114241;REFB=-0.00896074;REVB=0.0026014;RO=89;SAF=33;SAR=41;SRF=35;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527752;STB=0.529285;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00908333;OID=.;OPOS=54872522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:89:89:74:74:0.453988:41:33:35:54:41:33:35:54 chr2 54886347 . G A 687.79 PASS AF=0.62766;AO=59;DP=95;FAO=59;FDP=94;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.000157745;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1819;QD=29.2677;RBI=0.00833011;REFB=-0.0153221;REVB=0.00832861;RO=35;SAF=30;SAR=29;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00398561;STB=0.502164;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00879908;OID=.;OPOS=54886347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:35:35:59:59:0.62766:29:30:18:17:29:30:18:17 chr2 54895669 . AAG A 35.13 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0156513;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=295.98;QD=3.90364;RBI=0.016687;REFB=-0.00415323;REVB=-0.00578713;RO=24;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511092;STB=0.514669;STBP=0.928;TYPE=del;VARB=0.0111755;OID=.;OPOS=54895670;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222:8:33:8:36:28:3:5:11:17:35:24:3:5:10:14 chr2 55040426 . A G 1324.27 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025513;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.253;QD=62.3186;RBI=0.0413961;REFB=0;REVB=0.0325995;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166369;OID=.;OPOS=55040426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:40:44:0:0:40:45:0:0 chr2 55155551 . C T 360.78 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0403664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.826;QD=17.5989;RBI=0.042297;REFB=-0.0180664;REVB=0.0126332;RO=44;SAF=13;SAR=25;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262146;STB=0.646753;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0179447;OID=.;OPOS=55155551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:25:13:27:17:25:13:27:17 chr2 55186394 . A C 412.84 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0027503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.562;QD=21.4464;RBI=0.00556474;REFB=0.000237351;REVB=-0.00483758;RO=35;SAF=14;SAR=27;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151413;STB=0.578274;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.000232886;OID=.;OPOS=55186394;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:36:41:41:0.532468:27:14:18:17:27:14:18:18 chr2 55407754 . C T 1345.01 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0446313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.32;QD=61.137;RBI=0.0606736;REFB=-0.132186;REVB=0.0411015;RO=0;SAF=60;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504131;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.000563195;OID=.;OPOS=55407754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:0:1:87:87:0.988636:27:60:0:0:27:60:1:0 chr2 55449412 . C A 356.13 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00430575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.538;QD=16.5643;RBI=0.0185426;REFB=-0.0150344;REVB=-0.0180358;RO=48;SAF=26;SAR=12;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131679;STB=0.574257;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0313618;OID=.;OPOS=55449412;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:12:26:27:21:12:26:27:21 chr2 55449464 . T C 1193.76 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809958;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.314;QD=61.2187;RBI=0.0243525;REFB=0;REVB=0.022966;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41015e-05;OID=.;OPOS=55449464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:36:41:0:0:37:41:0:0 chr2 55516723 . C T 1283.36 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00492619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.583;QD=61.8488;RBI=0.0072605;REFB=0;REVB=-0.00533362;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.32581e-05;OID=.;OPOS=55516723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:48:35:0:0:48:35:0:0 chr2 55517287 . G A 292.57 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.022693;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.993;QD=19.5045;RBI=0.0231534;REFB=-0.027893;REVB=-0.00459457;RO=29;SAF=18;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00496062;STB=0.502761;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0232376;OID=.;OPOS=55517287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:29:29:31:31:0.516667:13:18:17:12:13:18:17:12 chr2 55522422 . A G 2271.99 PASS AF=0.993421;AO=149;DP=150;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141524;FXX=0.0129862;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.579;QD=59.7893;RBI=0.0327316;REFB=-0.0420788;REVB=0.0295139;RO=1;SAF=69;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590857;STB=0.503105;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000308582;OID=.;OPOS=55522422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:152:1:1:149:151:0.993421:80:69:0:1:80:71:0:1 chr2 55582765 . C T 190.71 PASS AF=0.262626;AO=26;DP=99;FAO=26;FDP=99;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.0174742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.047;QD=7.70536;RBI=0.0175084;REFB=-0.00985339;REVB=-0.00109337;RO=73;SAF=17;SAR=9;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168366;STB=0.60169;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0255168;OID=.;OPOS=55582765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:73:73:26:26:0.262626:9:17:38:35:9:17:38:35 chr2 55762957 . C T 1009.29 PASS AF=0.405018;AO=113;DP=280;FAO=113;FDP=279;FR=.;FRO=166;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=79;FSRR=87;FWDB=-0.00236325;FXX=0.0035713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.85;QD=14.4702;RBI=0.0494061;REFB=-0.00947235;REVB=-0.0493495;RO=164;SAF=48;SAR=65;SRF=79;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609835;STB=0.530829;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0151896;OID=.;OPOS=55762957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:279:164:166:113:113:0.405018:65:48:79:85:65:48:79:87 chr2 55771161 . A G 1491.15 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2234;QD=63.4533;RBI=0.0557402;REFB=0;REVB=-0.0265877;RO=0;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1575e-05;OID=.;OPOS=55771161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:39:55:0:0:39:55:0:0 chr2 55804476 . T C 307.97 PASS AF=0.322581;AO=40;DP=124;FAO=40;FDP=124;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=61;FWDB=0.0429333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2051;QD=9.9346;RBI=0.0432828;REFB=-0.0125731;REVB=0.00548881;RO=83;SAF=11;SAR=29;SRF=22;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146256;STB=0.501012;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0359251;OID=.;OPOS=55804476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:83:84:40:40:0.322581:29:11:22:61:29:11:23:61 chr2 55805440 . T C 1166.7 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3159;QD=60.6077;RBI=0.0371352;REFB=0;REVB=0.032573;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255096;OID=.;OPOS=55805440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr2 55883317 . G T 253.75 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.010051;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.908;QD=12.8481;RBI=0.0147907;REFB=-0.00827362;REVB=0.0108509;RO=49;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864995;STB=0.549456;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0145111;OID=.;OPOS=55883317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:16:14:19:30:16:14:19:30 chr2 55912120 . T C 165.72 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0151027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.95;QD=14.4101;RBI=0.0298508;REFB=0.00128174;REVB=0.0257484;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460525;STB=0.502535;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00170135;OID=.;OPOS=55912120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:28:18:18:0.391304:7:11:16:10:7:11:17:11 chr2 56093521 . A G 291.74 PASS AF=0.357895;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00233925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.28;QD=12.2836;RBI=0.00796495;REFB=-0.0198809;REVB=0.0076137;RO=58;SAF=15;SAR=19;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270284;STB=0.522161;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0239112;OID=.;OPOS=56093521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:61:34:34:0.357895:19:15:27:31:19:15:29:32 chr2 56411817 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.67502e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.072;QD=35.5759;RBI=0.0217035;REFB=0;REVB=0.0217033;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211444;OID=.;OPOS=56411817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr2 56411909 . G A 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0545043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8708;QD=20.7546;RBI=0.111713;REFB=0.019671;REVB=0.0975144;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10615;STB=0.559922;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00939537;OID=.;OPOS=56411909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:8:7:4:8:8:7:4:8 chr2 58285558 . G A 320.11 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0245862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.27;QD=16.0053;RBI=0.0251627;REFB=-0.00289662;REVB=-0.00535534;RO=45;SAF=16;SAR=19;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956769;STB=0.505389;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00317813;OID=.;OPOS=58285558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:19:16:21:24:19:16:21:24 chr2 58316814 . A G 1230.85 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00749196;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.143;QD=61.5423;RBI=0.0132389;REFB=0;REVB=0.0109151;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98368e-06;OID=.;OPOS=58316814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:32:48:0:0:32:48:0:0 chr2 60614572 . G A 367.55 PASS AF=0.714286;AO=30;DP=42;FAO=30;FDP=42;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0264053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.863;QD=35.005;RBI=0.027003;REFB=-0.019127;REVB=-0.00565001;RO=12;SAF=7;SAR=23;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123988;STB=0.567853;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00869447;OID=.;OPOS=60614572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:12:12:30:30:0.714286:23:7:5:7:23:7:5:7 chr2 60614577 . A G 317.55 PASS AF=0.764706;AO=25;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0103725;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.275;QD=37.3589;RBI=0.0217088;REFB=-0.103807;REVB=-0.0190705;RO=8;SAF=4;SAR=21;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29534;STB=0.664283;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00849655;OID=.;OPOS=60614577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:34:34:8:8:25:26:0.764706:21:4:5:3:22:4:5:3 chr2 60687959 . A G 955.17 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.026;QD=58.7797;RBI=0.0120896;REFB=0;REVB=0.0018107;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44964e-05;OID=.;OPOS=60687959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:39:25:0:0:39:26:0:0 chr2 60689441 . T C 333.91 PASS AF=0.369369;AO=41;DP=111;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.015589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.179;QD=12.0328;RBI=0.0163954;REFB=-0.000252283;REVB=0.00507869;RO=70;SAF=13;SAR=28;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241356;STB=0.638326;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.000537764;OID=.;OPOS=60689441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:70:70:41:41:0.369369:28:13:37:33:28:13:37:33 chr2 60867976 . C T 800.89 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8418;QD=57.2066;RBI=0.0681119;REFB=0;REVB=0.0307388;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000968381;OID=.;OPOS=60867976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr2 61145656 . C T 280.01 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0213716;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.184;QD=16.4714;RBI=0.026081;REFB=0.00075702;REVB=0.0149489;RO=37;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985625;STB=0.555519;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.000680665;OID=.;OPOS=61145656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:37:37:31:31:0.455882:19:12:18:19:19:12:18:19 chr2 61304271 . A G 209.15 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=32;FWDB=0.0113433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.5439;QD=13.7145;RBI=0.0385605;REFB=0.0156582;REVB=0.0368543;RO=36;SAF=12;SAR=13;SRF=4;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398847;STB=0.721785;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00957036;OID=.;OPOS=61304271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:13:12:4:32:13:12:4:32 chr2 61315632 . AT A 191.1 PASS AF=0.556818;AO=40;DP=91;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.0967127;FXX=0.0329634;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.78546;QD=8.68627;RBI=0.149155;REFB=-0.0706195;REVB=0.113551;RO=35;SAF=28;SAR=12;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372133;STB=0.673844;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.101217;OID=.;OPOS=61315633;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.556818:40:91:49:88:39:31:18:9:30:99:35:28:12:9:26 chr2 61389995 . TAA T 98.33 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0407829;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=47.2149;QD=11.5686;RBI=0.0577916;REFB=0.0112255;REVB=-0.0409466;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108014;STB=0.562417;STBP=0.524;TYPE=del;VARB=-0.0161131;OID=.;OPOS=61389996;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176:14:33:15:34:19:8:7:8:11:98:18:7:7:7:11 chr2 61450454 . A G 1453.38 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.589;QD=63.1906;RBI=0.0316104;REFB=0;REVB=0.0242714;RO=0;SAF=38;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103731;OID=.;OPOS=61450454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:54:38:0:0:54:38:0:0 chr2 61475812 . AC CA 117.32 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00396897;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=33.9284;QD=7.69298;RBI=0.0397191;REFB=-0.0345681;REVB=-0.0395203;RO=39;SAF=16;SAR=2;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.567036;STB=0.828404;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=0.0812292;OID=.;OPOS=61475812;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:43:18:18:0.295082:2:16:18:21:2:16:22:21 chr2 61522123 . T C 1515.3 PASS AF=0.989691;AO=94;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0390173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3398;QD=62.4865;RBI=0.0479834;REFB=-0.0581775;REVB=0.0279295;RO=1;SAF=53;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886281;STB=0.504672;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000857051;OID=.;OPOS=61522123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:97:1:1:94:96:0.989691:41:53:1:0:43:53:1:0 chr2 61575308 . A G 1030.62 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445882;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.453;QD=59.7459;RBI=0.0459748;REFB=0;REVB=-0.0112063;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05233e-05;OID=.;OPOS=61575308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:31:37:0:0:32:37:0:0 chr2 61577435 . T C 1008.08 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00363399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.892;QD=59.2988;RBI=0.0413657;REFB=0;REVB=0.0412058;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41235e-05;OID=.;OPOS=61577435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:33:34:0:0:33:35:0:0 chr2 61715768 . A G 258.7 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0133534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5703;QD=11.7591;RBI=0.0174541;REFB=-0.00254912;REVB=0.0112399;RO=57;SAF=19;SAR=12;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119026;STB=0.568817;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00839232;OID=.;OPOS=61715768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:57:31:31:0.352273:12:19:29:28:12:19:29:28 chr2 62066927 . A G 1558.92 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0449137;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3927;QD=59.9585;RBI=0.0457624;REFB=0;REVB=0.0087725;RO=0;SAF=62;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.62037e-05;OID=.;OPOS=62066927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:104:0:0:104:104:1:42:62:0:0:42:62:0:0 chr2 62081012 . A C 902.19 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.263;QD=58.2055;RBI=0.0151382;REFB=0;REVB=0.00814934;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23509e-05;OID=.;OPOS=62081012;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:36:25:0:0:36:26:0:0 chr2 62450631 . A G 304.12 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0296091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.654;QD=17.3783;RBI=0.088099;REFB=-0.00654611;REVB=0.0829743;RO=36;SAF=13;SAR=20;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486804;STB=0.535692;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00994204;OID=.;OPOS=62450631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:20:13:16:20:20:13:17:20 chr2 62450743 . T C 676.71 PASS AF=0.435294;AO=72;DP=170;FAO=74;FDP=170;FR=.;FRO=96;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=0.0019325;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.086;QD=15.9225;RBI=0.0227991;REFB=0.00454258;REVB=0.0227171;RO=95;SAF=30;SAR=42;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374031;STB=0.524658;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00432445;OID=.;OPOS=62450743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:95:96:72:74:0.435294:42:30:43:52:44:30:43:53 chr2 62451422 . A G 124.06 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0107651;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.469;QD=16.0079;RBI=0.0168361;REFB=-0.0145917;REVB=0.0129448;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132436;STB=0.575815;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0324771;OID=.;OPOS=62451422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:17:17:14:14:0.451613:9:5:4:13:9:5:4:13 chr2 62729674 . T C 1598.08 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.584;QD=63.9233;RBI=0.0902457;REFB=0;REVB=0.0894094;RO=0;SAF=56;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136574;OID=.;OPOS=62729674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:98:100:1:42:56:0:0:43:57:0:0 chr2 62738931 . G C 1968.0 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173438;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0746;QD=61.9842;RBI=0.0210075;REFB=0;REVB=-0.0118535;RO=0;SAF=67;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224669;OID=.;OPOS=62738931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:125:127:1:58:67:0:0:60:67:0:0 chr2 63849491 . T C 2245.3 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.623;QD=63.2478;RBI=0.0312523;REFB=0;REVB=0.0218909;RO=0;SAF=82;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60075e-06;OID=.;OPOS=63849491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:140:142:1:58:82:0:0:60:82:0:0 chr2 64069732 . G A 360.22 PASS AF=0.83871;AO=25;DP=33;FAO=26;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0236615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.5629;QD=46.48;RBI=0.0321588;REFB=-0.160083;REVB=0.021779;RO=3;SAF=9;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00574147;STB=0.501465;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00373971;OID=.;OPOS=64069732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:31:3:3:25:26:0.83871:16:9:1:2:17:9:1:2 chr2 64321823 . A G 138.03 PASS AF=0.483871;AO=10;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0313808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5481;QD=17.8099;RBI=0.0485382;REFB=-0.0479102;REVB=0.0370298;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965511;STB=0.580682;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0535784;OID=.;OPOS=64321823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:10:15:0.483871:4:6:11:5:7:8:11:5 chr2 64327544 . G T 642.07 PASS AF=0.552632;AO=63;DP=114;FAO=63;FDP=114;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.00626242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.794;QD=22.5289;RBI=0.00637776;REFB=0.000229135;REVB=-0.0012074;RO=51;SAF=34;SAR=29;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183214;STB=0.600079;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.000132455;OID=.;OPOS=64327544;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:51:51:63:63:0.552632:29:34:16:35:29:34:16:35 chr2 64327592 . T C 690.69 PASS AF=0.507463;AO=68;DP=135;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.000527667;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1028;QD=20.6177;RBI=0.0247841;REFB=-0.0132947;REVB=0.0247785;RO=65;SAF=39;SAR=29;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166913;STB=0.588042;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0214149;OID=.;OPOS=64327592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:65:66:68:68:0.507463:29:39:25:40:29:39:26:40 chr2 64778769 . G A 315.04 PASS AF=0.261364;AO=46;DP=176;FAO=46;FDP=176;FR=.;FRO=130;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=66;FSRR=64;FWDB=-0.0215023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1937;QD=7.16009;RBI=0.0267931;REFB=-0.00274977;REVB=-0.0159851;RO=130;SAF=22;SAR=24;SRF=66;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364844;STB=0.52173;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00800457;OID=.;OPOS=64778769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:130:130:46:46:0.261364:24:22:66:64:24:22:66:64 chr2 64779509 . G A 237.69 PASS AF=0.45;AO=26;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00990065;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.398;QD=15.8461;RBI=0.0163143;REFB=-0.0113146;REVB=0.0129666;RO=34;SAF=12;SAR=14;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183856;STB=0.620352;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0134038;OID=.;OPOS=64779509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:33:26:27:0.45:14:12:22:12:15:12:22:11 chr2 64796817 . A C 540.23 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0226913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7116;QD=22.05;RBI=0.0227041;REFB=0.00125315;REVB=-0.0007627;RO=47;SAF=34;SAR=17;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675174;STB=0.537299;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.00113042;OID=.;OPOS=64796817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:17:34:28:19:17:34:28:19 chr2 65044680 . C T 994.2 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000526712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.1;QD=57.6345;RBI=0.00765513;REFB=-0.00702749;REVB=0.00763699;RO=1;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113897;STB=0.506022;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=3.36603e-05;OID=.;OPOS=65044680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:41:27:0:1:41:27:0:1 chr2 65217089 . G C 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00575448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.224;QD=15.1962;RBI=0.00821228;REFB=-0.000557253;REVB=0.00585896;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211975;STB=0.62176;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.000782372;OID=.;OPOS=65217089;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:8:10:9:17:8:10:9:17 chr2 65221929 . G A 250.07 PASS AF=0.224719;AO=40;DP=178;FAO=40;FDP=178;FR=.;FRO=138;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=60;FSRR=78;FWDB=-0.0234425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5898;QD=5.61957;RBI=0.0291765;REFB=-0.00721767;REVB=-0.01737;RO=137;SAF=16;SAR=24;SRF=59;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400175;STB=0.527764;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0294711;OID=.;OPOS=65221929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:137:138:40:40:0.224719:24:16:59:78:24:16:60:78 chr2 65311555 . C T 706.84 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0066724;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.868;QD=61.464;RBI=0.0259883;REFB=-0.0565693;REVB=-0.0251171;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720265;OID=.;OPOS=65311555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:46:0:0:45:46:1:33:12:0:0:34:12:0:0 chr2 65495887 . G A 786.1 PASS AF=0.421053;AO=88;DP=210;FAO=88;FDP=209;FR=.;FRO=121;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=49;FSRR=72;FWDB=-0.00814526;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.941;QD=15.045;RBI=0.0242231;REFB=-0.00647764;REVB=0.0228126;RO=120;SAF=49;SAR=39;SRF=49;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152575;STB=0.587282;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00777069;OID=.;OPOS=65495887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:120:121:88:88:0.421053:39:49:49:71:39:49:49:72 chr2 65496018 . C G 1568.69 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000653264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.214;QD=63.3816;RBI=0.00353676;REFB=0;REVB=-0.0034759;RO=0;SAF=57;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282821;OID=.;OPOS=65496018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:97:99:1:40:57:0:0:41:58:0:0 chr2 65496144 . A G 1282.69 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175522;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6056;QD=61.8164;RBI=0.0202891;REFB=0;REVB=0.0101767;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140854;OID=.;OPOS=65496144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:33:50:0:0:33:50:0:0 chr2 65496187 . G A 929.65 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00339071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.334;QD=55.5015;RBI=0.00410021;REFB=-0.172937;REVB=-0.00230538;RO=1;SAF=39;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119601;STB=0.503105;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00254927;OID=.;OPOS=65496187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:1:2:65:65:0.970149:26:39:1:0:26:39:1:1 chr2 65497571 . C A 740.28 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.522;QD=56.9444;RBI=0.0237068;REFB=0;REVB=0.00902302;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80916e-05;OID=.;OPOS=65497571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr2 65540905 . C G 815.49 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00441346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.332;QD=57.2271;RBI=0.00613557;REFB=0;REVB=-0.00426224;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20535e-07;OID=.;OPOS=65540905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:27:29:0:0:27:30:0:0 chr2 65561392 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.024;QD=62.3509;RBI=0.0454215;REFB=0;REVB=0.0184463;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105387;OID=.;OPOS=65561392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr2 67630980 . G A 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00364203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2188;QD=19.3861;RBI=0.0179736;REFB=-0.00417079;REVB=-0.0176007;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646361;STB=0.536549;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00519406;OID=.;OPOS=67630980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:10:10:9:12:10:10:9:12 chr2 67631831 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0311738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.01;QD=13.4854;RBI=0.0366143;REFB=-0.0292645;REVB=-0.0192043;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204722;STB=0.617961;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0518163;OID=.;OPOS=67631831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:1:10:7:2:1:10 chr2 67632125 . C T 369.03 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0461073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.879;QD=16.9666;RBI=0.0508672;REFB=0.00959372;REVB=0.0214845;RO=48;SAF=28;SAR=11;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362621;STB=0.703664;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0126627;OID=.;OPOS=67632125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:11:28:17:31:11:28:17:31 chr2 68270068 . A G 717.24 PASS AF=0.489796;AO=67;DP=146;FAO=72;FDP=147;FR=.;FRO=75;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=0.00535916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.862;QD=19.5168;RBI=0.00811861;REFB=-0.00313384;REVB=0.00609847;RO=71;SAF=38;SAR=29;SRF=47;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912622;STB=0.537074;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00223791;OID=.;OPOS=68270068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:71:75:67:72:0.489796:29:38:47:24:31:41:48:27 chr2 68385097 . A G 458.3 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00639218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1723;QD=57.2878;RBI=0.00727957;REFB=0;REVB=0.00348313;RO=0;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172153;OID=.;OPOS=68385097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:25:5:0:0:27:5:0:0 chr2 68388823 . A G 1860.47 PASS AF=0.97619;AO=123;DP=128;FAO=123;FDP=126;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.017272;FXX=0.0156238;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8012;QD=59.0625;RBI=0.0380247;REFB=0.000311902;REVB=-0.0338756;RO=3;SAF=64;SAR=59;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00846545;STB=0.504457;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.000100921;OID=.;OPOS=68388823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:128:126:3:3:123:123:0.97619:59:64:1:2:59:64:1:2 chr2 68407926 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.186;QD=56.7059;RBI=0.0518703;REFB=0;REVB=-0.00537432;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344747;OID=.;OPOS=68407926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr2 68415767 . G A 1472.57 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00135325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.596;QD=63.3365;RBI=0.00721945;REFB=0;REVB=-0.00709149;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55369e-05;OID=.;OPOS=68415767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:44:49:0:0:44:49:0:0 chr2 68511584 . A G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.000606531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.903;QD=12.73;RBI=0.0119025;REFB=-0.0106604;REVB=0.011887;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865477;STB=0.551606;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0107744;OID=.;OPOS=68511584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:6:3:5:7:6:3:5:7 chr2 68607947 . G T 1194.24 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119959;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.177;QD=61.2432;RBI=0.0123296;REFB=0;REVB=-0.00284941;RO=0;SAF=28;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123408;OID=.;OPOS=68607947;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:50:28:0:0:50:28:0:0 chr2 68622914 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.505;QD=62.6711;RBI=0.0181584;REFB=0;REVB=0.0114159;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29229e-05;OID=.;OPOS=68622914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr2 68873071 . A G 653.29 PASS AF=0.449664;AO=67;DP=148;FAO=67;FDP=149;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=0.0145908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.038;QD=17.538;RBI=0.0215579;REFB=-0.00124168;REVB=0.0158698;RO=81;SAF=35;SAR=32;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136979;STB=0.572376;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00153604;OID=.;OPOS=68873071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:81:82:67:67:0.449664:32:35:31:50:32:35:32:50 chr2 68882468 . T C 358.11 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0105621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.602;QD=22.3817;RBI=0.010928;REFB=-0.0181926;REVB=-0.00280417;RO=28;SAF=19;SAR=17;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00631739;STB=0.503482;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0125235;OID=.;OPOS=68882468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:17:19:15:13:17:19:15:13 chr2 68882661 . A G 173.02 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=0.00107987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.121;QD=11.3457;RBI=0.038142;REFB=-0.00119858;REVB=-0.0381267;RO=38;SAF=10;SAR=12;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333181;STB=0.695496;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0033653;OID=.;OPOS=68882661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:39:22:22:0.360656:12:10:29:9:12:10:30:9 chr2 69002760 . C T 282.15 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.000548903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.056;QD=17.0997;RBI=0.0396427;REFB=-0.0115893;REVB=-0.0396389;RO=32;SAF=20;SAR=11;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110442;STB=0.525746;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0137737;OID=.;OPOS=69002760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:32:35:31:31:0.469697:11:20:21:11:11:20:21:14 chr2 69049941 . T C 114.81 PASS AF=0.35;AO=13;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00135256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.382;QD=11.4807;RBI=0.0154738;REFB=-0.00384886;REVB=0.0154146;RO=26;SAF=3;SAR=10;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527885;STB=0.817143;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00224316;OID=.;OPOS=69049941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:13:14:0.35:10:3:19:7:11:3:19:7 chr2 69092996 . C T 200.14 PASS AF=0.296703;AO=26;DP=92;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0611041;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.12;QD=8.79745;RBI=0.0611322;REFB=0.000714733;REVB=-0.00185288;RO=66;SAF=14;SAR=12;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118826;STB=0.593152;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.001439;OID=.;OPOS=69092996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:66:64:26:27:0.296703:12:14:29:37:12:15:27:37 chr2 69093312 . A G 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00663003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.375;QD=16.072;RBI=0.00820643;REFB=-0.00821314;REVB=-0.00483613;RO=35;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00286888;STB=0.501617;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00978302;OID=.;OPOS=69093312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:15:14:17:18:15:14:17:18 chr2 69173570 . C T 615.14 PASS AF=0.447552;AO=64;DP=143;FAO=64;FDP=143;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=-0.0332202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.553;QD=17.2067;RBI=0.0336283;REFB=-0.0111889;REVB=0.00522285;RO=79;SAF=34;SAR=30;SRF=50;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102124;STB=0.556766;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0109917;OID=.;OPOS=69173570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:79:79:64:64:0.447552:30:34:50:29:30:34:50:29 chr2 69204629 . T C 798.27 PASS AF=0.524138;AO=76;DP=145;FAO=76;FDP=145;FR=.;FRO=69;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=0.00876279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.044;QD=22.0212;RBI=0.00877744;REFB=-0.00644858;REVB=0.000506938;RO=68;SAF=40;SAR=36;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793036;STB=0.539463;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00725276;OID=.;OPOS=69204629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:68:69:76:76:0.524138:36:40:42:26:36:40:42:27 chr2 69204671 . A T 820.33 PASS AF=0.497041;AO=83;DP=168;FAO=84;FDP=169;FR=.;FRO=85;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=55;FSRR=30;FWDB=-0.0113981;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.298;QD=19.4162;RBI=0.0118898;REFB=-0.0184769;REVB=0.00338391;RO=85;SAF=40;SAR=43;SRF=55;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151241;STB=0.579675;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0170832;OID=.;OPOS=69204671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:85:85:83:84:0.497041:43:40:55:30:43:41:55:30 chr2 69300243 . G A 322.42 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.00917494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.934;QD=16.5343;RBI=0.017162;REFB=-0.00319912;REVB=-0.0145036;RO=42;SAF=22;SAR=13;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401422;STB=0.527431;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00330986;OID=.;OPOS=69300243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:42:43:35:35:0.448718:13:22:28:14:13:22:29:14 chr2 69362161 . C T 1052.12 PASS AF=0.450413;AO=109;DP=242;FAO=109;FDP=242;FR=.;FRO=133;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=71;FSRR=62;FWDB=0.00630609;FXX=0.0122444;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.881;QD=17.3904;RBI=0.017564;REFB=-0.0100264;REVB=-0.0163929;RO=132;SAF=58;SAR=51;SRF=71;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00572935;STB=0.500952;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0141748;OID=.;OPOS=69362161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:132:133:109:109:0.450413:51:58:71:61:51:58:71:62 chr2 69693006 . C T 152.15 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0281812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.774;QD=15.605;RBI=0.0285332;REFB=-0.0390495;REVB=0.00446828;RO=18;SAF=11;SAR=4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133398;STB=0.517219;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0509705;OID=.;OPOS=69693006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:22:15:16:0.410256:4:11:13:5:4:12:16:6 chr2 69698158 . G A 382.55 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=-0.00198984;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.103;QD=16.454;RBI=0.0153349;REFB=-0.00748573;REVB=-0.0152052;RO=48;SAF=13;SAR=27;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365688;STB=0.707076;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00912675;OID=.;OPOS=69698158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:53:40:40:0.430108:27:13:34:14:27:13:37:16 chr2 69702628 . C T 401.38 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.00974104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.064;QD=16.3829;RBI=0.0237488;REFB=-0.00569874;REVB=-0.0216591;RO=56;SAF=18;SAR=24;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372782;STB=0.520948;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00615963;OID=.;OPOS=69702628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:56:42:42:0.428571:24:18:22:34:24:18:22:34 chr2 69741609 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0143269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.681;QD=13.4416;RBI=0.0158903;REFB=-0.0303837;REVB=0.00687325;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261385;STB=0.651897;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.02335;OID=.;OPOS=69741609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:10:3:5:5:10:3 chr2 69741753 . CTGTTGTTGT CTGTTGT,CTGTTGTTGC 167.98 PASS AF=0.388889,0.111111;AO=11,5;DP=40;FAO=14,4;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10,3;FSAR=4,1;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0029656,0.00873889;FXX=0.099975;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=108.693,103.122;QD=18.6648;RBI=0.0382505,0.0823913;REFB=-0.0393331,-0.023136;REVB=-0.0381354,-0.0819266;RO=17;SAF=8,3;SAR=3,2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0973866,-0.0571796;STB=0.566911,0.630875;STBP=0.552,0.721;TYPE=del,snp;VARB=0.0593603,0.0323692;OID=.,.;OPOS=69741754,69741762;OREF=TGT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTGTTGT,CTGTTGTTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889,0.111111:11,5:40:14,4:36:18:10,3:4,1:11:7:73:17:8,3:3,2:11:6 chr2 69741854 . T G 1012.11 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.574;QD=57.8351;RBI=0.0251216;REFB=-0.0405386;REVB=0.0181493;RO=1;SAF=33;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141097;STB=0.507461;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000982625;OID=.;OPOS=69741854;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:36:33:1:0:36:33:1:0 chr2 70015181 . C T 921.72 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206483;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.659;QD=58.5216;RBI=0.0415888;REFB=0;REVB=0.036101;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37847e-05;OID=.;OPOS=70015181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:59:63:1:31:28:0:0:33:30:0:0 chr2 70031719 . G A 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00844228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4308;QD=12.0145;RBI=0.0539356;REFB=-0.0230045;REVB=-0.0532708;RO=32;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472756;STB=0.543353;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0375124;OID=.;OPOS=70031719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:34:20:20:0.37037:9:11:19:13:9:11:21:13 chr2 70162534 . T G 1472.25 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8769;QD=63.3224;RBI=0.0581489;REFB=0;REVB=0.0390084;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530468;OID=.;OPOS=70162534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:39:54:0:0:39:54:0:0 chr2 70476198 . G A 1299.38 PASS AF=0.501916;AO=132;DP=261;FAO=131;FDP=261;FR=.;FRO=130;FSAF=23;FSAR=108;FSRF=29;FSRR=101;FWDB=0.000371538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.278;QD=19.9139;RBI=0.00394343;REFB=0.01261;REVB=0.00392589;RO=128;SAF=23;SAR=109;SRF=29;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768458;STB=0.538802;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00992108;OID=.;OPOS=70476198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:128:130:132:131:0.501916:109:23:29:99:108:23:29:101 chr2 70485320 . C T 263.89 PASS AF=0.355556;AO=31;DP=89;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.00948049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0042;QD=11.7282;RBI=0.0656275;REFB=-0.0125331;REVB=0.0649391;RO=57;SAF=21;SAR=10;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216747;STB=0.614927;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0324217;OID=.;OPOS=70485320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:57:58:31:32:0.355556:10:21:28:29:11:21:28:30 chr2 70528601 . T C 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0104248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.046;QD=15.1604;RBI=0.0118346;REFB=-0.00342745;REVB=-0.00560177;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454969;STB=0.526283;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00455095;OID=.;OPOS=70528601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:8:8:10:12:8:8:10:12 chr2 70677994 . G A 175.96 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=51;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0133152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.439;QD=13.5353;RBI=0.0142921;REFB=-0.0226519;REVB=-0.00519308;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346842;STB=0.514692;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0297834;OID=.;OPOS=70677994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:30:31:20:21:0.403846:10:10:16:14:10:11:17:14 chr2 71012604 . G A 2421.85 PASS AF=0.99375;AO=159;DP=160;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0299313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9738;QD=60.5464;RBI=0.0342384;REFB=-0.0324617;REVB=-0.016625;RO=0;SAF=90;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39823e-08;STB=0.502762;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00023756;OID=.;OPOS=71012604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:160:0:1:159:159:0.99375:69:90:0:0:69:90:1:0 chr2 71012734 . C G 690.85 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133468;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9125;QD=56.3959;RBI=0.0313086;REFB=0;REVB=0.0283213;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550742;OID=.;OPOS=71012734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:47:49:1:21:26:0:0:21:28:0:0 chr2 71039648 . C T 171.21 PASS AF=0.258065;AO=23;DP=92;FAO=24;FDP=93;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.00840986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8819;QD=7.36404;RBI=0.0154959;REFB=-0.0143767;REVB=-0.0130153;RO=69;SAF=10;SAR=13;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551183;STB=0.550459;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.035353;OID=.;OPOS=71039648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:69:69:23:24:0.258065:13:10:27:42:13:11:27:42 chr2 71058230 . T A 448.77 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0256424;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.539;QD=15.7462;RBI=0.027418;REFB=-0.00418125;REVB=-0.00970634;RO=62;SAF=29;SAR=21;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641192;STB=0.545404;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00683237;OID=.;OPOS=71058230;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:62:64:50:50:0.438596:21:29:32:30:21:29:32:32 chr2 71058306 . T C 351.08 PASS AF=0.474359;AO=36;DP=77;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0229185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.695;QD=18.0039;RBI=0.0370692;REFB=-0.012966;REVB=-0.0291353;RO=41;SAF=23;SAR=13;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125213;STB=0.559338;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0247932;OID=.;OPOS=71058306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:41:41:36:37:0.474359:13:23:21:20:14:23:21:20 chr2 71058835 . A G 639.6 PASS AF=0.547826;AO=63;DP=115;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0137315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.026;QD=22.2471;RBI=0.0667073;REFB=-0.0152773;REVB=-0.0652787;RO=52;SAF=41;SAR=22;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082079;STB=0.545037;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00251131;OID=.;OPOS=71058835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:52:52:63:63:0.547826:22:41:29:23:22:41:29:23 chr2 71058906 . G T 581.77 PASS AF=0.54717;AO=58;DP=106;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0266836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.601;QD=21.9536;RBI=0.0565908;REFB=-0.00170687;REVB=-0.0499049;RO=47;SAF=35;SAR=23;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112429;STB=0.566732;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00152837;OID=.;OPOS=71058906;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:47:48:58:58:0.54717:23:35:22:25:23:35:22:26 chr2 71060037 . A G 215.59 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0130175;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1211;QD=16.584;RBI=0.0339785;REFB=-0.0342753;REVB=0.0313861;RO=28;SAF=17;SAR=7;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492348;STB=0.527755;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0366005;OID=.;OPOS=71060037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:28:28:24:24:0.461538:7:17:21:7:7:17:21:7 chr2 71061001 . T A 497.85 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.00862806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.026;QD=18.1037;RBI=0.00886658;REFB=-0.0210202;REVB=0.00204274;RO=57;SAF=31;SAR=22;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120947;STB=0.567113;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0183495;OID=.;OPOS=71061001;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:57:53:53:0.481818:22:31:26:31:22:31:26:31 chr2 71061051 . C T 319.81 PASS AF=0.479452;AO=29;DP=68;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0164846;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.028;QD=17.5239;RBI=0.0286503;REFB=-0.00558169;REVB=0.0234329;RO=35;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024896;STB=0.537528;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0069081;OID=.;OPOS=71061051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:73:35:38:29:35:0.479452:14:15:19:16:15:20:19:19 chr2 71061108 . G A 257.21 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0226456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2382;QD=19.785;RBI=0.0343072;REFB=-0.00729417;REVB=0.0257714;RO=25;SAF=17;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166292;STB=0.592953;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.011012;OID=.;OPOS=71061108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:10:17:11:14:10:17:11:14 chr2 71062833 . G GC 593.3 PASS AF=1;AO=50;DP=60;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651992;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.5627;QD=45.6386;RBI=0.10684;REFB=0;REVB=0.0846393;RO=9;SAF=25;SAR=25;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079263;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00430724;OID=.;OPOS=71062834;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:60:52:52:0:26:26:0:0:11:9:25:25:7:2 chr2 71160076 . T G 144.72 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0256223;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.882;QD=15.2338;RBI=0.0272816;REFB=-0.0078577;REVB=-0.00936923;RO=21;SAF=3;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29884;STB=0.692353;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00906266;OID=.;OPOS=71160076;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:22:16:16:0.421053:13:3:9:12:13:3:10:12 chr2 71163086 . T C 164.9 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.0165809;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0285;QD=19.9874;RBI=0.0278441;REFB=-0.0521263;REVB=-0.0223689;RO=14;SAF=15;SAR=2;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464186;STB=0.508464;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0618041;OID=.;OPOS=71163086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:14:16:17:17:0.515152:2:15:12:2:2:15:14:2 chr2 71170807 . C T 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.25;QD=22.6786;RBI=0.00358308;REFB=-0.0301028;REVB=-0.00358308;RO=5;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00719589;OID=.;OPOS=71170807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:10:0:0:5:10:0:0:5 chr2 71211862 . C T 303.42 PASS AF=0.307692;AO=40;DP=130;FAO=40;FDP=130;FR=.;FRO=90;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=0.0200154;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.049;QD=9.33609;RBI=0.023515;REFB=-0.00832115;REVB=0.0123425;RO=90;SAF=17;SAR=23;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632388;STB=0.536946;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0214805;OID=.;OPOS=71211862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:90:90:40:40:0.307692:23:17:43:47:23:17:43:47 chr2 71273543 . C T 610.79 PASS AF=0.42953;AO=64;DP=150;FAO=64;FDP=149;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=0.0123399;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.702;QD=16.3971;RBI=0.0126534;REFB=-0.0143452;REVB=-0.00279902;RO=82;SAF=39;SAR=25;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754071;STB=0.55365;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0204159;OID=.;OPOS=71273543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:82:85:64:64:0.42953:25:39:44:38:25:39:44:41 chr2 71305456 . C T 1062.86 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.356;QD=59.8794;RBI=0.0274774;REFB=0;REVB=0.0111118;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88781e-05;OID=.;OPOS=71305456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:68:71:1:28:40:0:0:28:43:0:0 chr2 71337211 . CT C 104.74 PASS AF=0.451613;AO=41;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0656829;FXX=0.00799936;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.51186;QD=3.37868;RBI=0.0835094;REFB=-0.0709844;REVB=-0.0515711;RO=56;SAF=14;SAR=27;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1869;STB=0.557018;STBP=0.282;TYPE=del;VARB=0.0598051;OID=.;OPOS=71337212;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451613:41:124:56:124:68:20:36:31:37:99:56:14:27:29:27 chr2 71360282 . G A 447.89 PASS AF=0.626866;AO=42;DP=67;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00380295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2581;QD=26.7398;RBI=0.0139213;REFB=-0.00766845;REVB=-0.0133918;RO=25;SAF=25;SAR=17;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187669;STB=0.602361;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00905592;OID=.;OPOS=71360282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:25:42:42:0.626866:17:25:8:17:17:25:8:17 chr2 71365805 . A G 167.23 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0285619;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0709;QD=9.98369;RBI=0.029093;REFB=0.00173438;REVB=0.00553382;RO=45;SAF=8;SAR=14;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705491;STB=0.541509;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00128121;OID=.;OPOS=71365805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:45:45:22:22:0.328358:14:8:19:26:14:8:19:26 chr2 71366957 . C A 232.24 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00821425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.784;QD=23.8198;RBI=0.0154518;REFB=-0.0403697;REVB=0.0130875;RO=17;SAF=8;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904992;STB=0.505046;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0259979;OID=.;OPOS=71366957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:14:8:6:11:14:8:6:11 chr2 71415479 . T C 411.03 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0928313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3134;QD=56.694;RBI=0.0963223;REFB=0;REVB=-0.0256971;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00168441;OID=.;OPOS=71415479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr2 71417065 . G T 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.624;QD=61.213;RBI=0.0375833;REFB=0;REVB=-0.0015756;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120651;OID=.;OPOS=71417065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr2 71417134 . C T 292.61 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0405275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3684;QD=27.2194;RBI=0.0427952;REFB=0.0193803;REVB=-0.0137459;RO=17;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210343;STB=0.511619;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.011617;OID=.;OPOS=71417134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:13:13:9:8:13:13:9:8 chr2 71615534 . C T 377.99 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0075998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.104;QD=24.3864;RBI=0.0183352;REFB=0.000637025;REVB=0.016686;RO=24;SAF=15;SAR=22;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227446;STB=0.502261;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.00057837;OID=.;OPOS=71615534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:25:37:37:0.596774:22:15:9:15:22:15:10:15 chr2 71615571 . C T 744.34 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7192;QD=56.1766;RBI=0.0381805;REFB=0;REVB=0.00381046;RO=1;SAF=20;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229599;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127871;OID=.;OPOS=71615571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:1:0:51:53:1:31:20:1:0:31:22:0:0 chr2 71620563 . A G 418.31 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00169977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.53;QD=17.4295;RBI=0.00470498;REFB=-0.00761303;REVB=0.00438721;RO=53;SAF=20;SAR=23;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00651488;STB=0.503648;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00908513;OID=.;OPOS=71620563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:23:20:25:28:23:20:25:28 chr2 71631109 . A G 498.59 PASS AF=0.453782;AO=52;DP=117;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0187268;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.998;QD=16.7594;RBI=0.01916;REFB=-0.0117189;REVB=-0.00405128;RO=65;SAF=24;SAR=28;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09159;STB=0.539451;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0123484;OID=.;OPOS=71631109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:65:65:52:54:0.453782:28:24:36:29:28:26:36:29 chr2 71635324 . A G 321.47 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0113824;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.476;QD=18.9098;RBI=0.0179049;REFB=-0.0124688;REVB=-0.0138212;RO=34;SAF=13;SAR=21;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0183821;OID=.;OPOS=71635324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:21:13:13:21:21:13:13:21 chr2 71654175 . G A 3152.89 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00116759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.956;QD=64.018;RBI=0.0162695;REFB=0;REVB=0.0162275;RO=0;SAF=90;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2267e-05;OID=.;OPOS=71654175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:197:0:0:197:197:1:107:90:0:0:107:90:0:0 chr2 71654450 . A G 33.75 PASS AF=0.162162;AO=5;DP=36;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00097817;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=292.936;QD=3.64916;RBI=0.013397;REFB=-0.00150342;REVB=-0.0133613;RO=31;SAF=2;SAR=3;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610325;STB=0.540407;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0105946;OID=.;OPOS=71654450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:37:31:31:5:6:0.162162:3:2:14:17:3:3:14:17 chr2 71658541 . C T 395.08 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=114;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.0454367;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9297;QD=13.8624;RBI=0.0577283;REFB=-0.00406189;REVB=-0.0356098;RO=68;SAF=28;SAR=18;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225272;STB=0.512733;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00498763;OID=.;OPOS=71658541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:68:68:46:46:0.403509:18:28:40:28:18:28:40:28 chr2 71740878 . G A 202.64 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0129958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.234;QD=10.1319;RBI=0.0493845;REFB=-0.00907078;REVB=-0.0476439;RO=54;SAF=18;SAR=8;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346999;STB=0.702703;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0198405;OID=.;OPOS=71740878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:54:54:26:26:0.325:8:18:21:33:8:18:21:33 chr2 71755476 . G A 559.19 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.00172874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.826;QD=20.5206;RBI=0.0143406;REFB=-0.0211823;REVB=-0.014236;RO=52;SAF=35;SAR=22;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00123386;STB=0.500679;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0204956;OID=.;OPOS=71755476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:52:52:57:57:0.522936:22:35:32:20:22:35:32:20 chr2 71788950 . G A 246.72 PASS AF=0.317308;AO=32;DP=105;FAO=33;FDP=104;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.0106006;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.511;QD=9.48925;RBI=0.0107484;REFB=-0.0239325;REVB=-0.00177691;RO=68;SAF=16;SAR=16;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172308;STB=0.591593;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0310449;OID=.;OPOS=71788950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:68:71:32:33:0.317308:16:16:44:24:17:16:44:27 chr2 71795152 . A T 1036.63 PASS AF=0.490741;AO=106;DP=218;FAO=106;FDP=216;FR=.;FRO=110;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=31;FSRR=79;FWDB=-0.00464287;FXX=0.00917389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9367;QD=19.1968;RBI=0.0307297;REFB=-0.0112498;REVB=-0.030377;RO=109;SAF=48;SAR=58;SRF=31;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159919;STB=0.589337;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0223346;OID=.;OPOS=71795152;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:216:109:110:106:106:0.490741:58:48:31:78:58:48:31:79 chr2 71838597 . C A 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00690627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.229;QD=18.6205;RBI=0.0123321;REFB=-0.0222704;REVB=0.0102169;RO=39;SAF=19;SAR=18;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142025;STB=0.57898;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0209373;OID=.;OPOS=71838597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:18:19:14:25:18:19:14:25 chr2 71847702 . C T 230.47 PASS AF=0.293578;AO=32;DP=105;FAO=32;FDP=109;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0106341;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.433;QD=8.45768;RBI=0.0311796;REFB=-0.00228939;REVB=-0.0293101;RO=73;SAF=19;SAR=13;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167494;STB=0.580353;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00464904;OID=.;OPOS=71847702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:109:73:77:32:32:0.293578:13:19:33:40:13:19:37:40 chr2 71887771 . G A 127.6 PASS AF=0.210526;AO=20;DP=95;FAO=20;FDP=95;FR=.;FRO=75;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.0101267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.894;QD=5.37264;RBI=0.0155273;REFB=-0.00502889;REVB=-0.0117706;RO=75;SAF=11;SAR=9;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00422853;STB=0.502654;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0214343;OID=.;OPOS=71887771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:75:75:20:20:0.210526:9:11:41:34:9:11:41:34 chr2 72692272 . A AAG 1298.63 PASS AF=1;AO=80;DP=85;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101735;FXX=0.0777691;HRUN=2;LEN=2;MLLD=230.697;QD=62.5848;RBI=0.0370552;REFB=0;REVB=0.0356312;RO=4;SAF=50;SAR=30;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119641;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.25174e-05;OID=.;OPOS=72692273;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:80:85:83:83:0:52:31:0:0:7:4:50:30:2:2 chr2 72741758 . CC TA 81.43 PASS AF=0.191781;AO=14;DP=70;FAO=14;FDP=73;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0237725;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=180.019;QD=4.46212;RBI=0.0660279;REFB=-0.00870301;REVB=-0.0616;RO=56;SAF=9;SAR=5;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474362;STB=0.513722;STBP=0.936;TYPE=mnp;VARB=0.028691;OID=.;OPOS=72741758;OREF=CC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:70:73:56:59:14:14:0.191781:5:9:34:22:5:9:37:22 chr2 72742180 . A G 160.52 PASS AF=0.222222;AO=26;DP=117;FAO=26;FDP=117;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=58;FWDB=-0.000888767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.481;QD=5.48791;RBI=0.0100986;REFB=-0.00283048;REVB=-0.0100594;RO=90;SAF=9;SAR=17;SRF=33;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281335;STB=0.514028;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00916017;OID=.;OPOS=72742180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:90:91:26:26:0.222222:17:9:33:57:17:9:33:58 chr2 73339708 . G A 880.1 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237253;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.041;QD=56.7804;RBI=0.002619;REFB=0;REVB=0.00110916;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182059;OID=.;OPOS=73339708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:62:0:0:61:62:1:32:29:0:0:33:29:0:0 chr2 73456036 . C T 152.14 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.000246472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0459;QD=13.2297;RBI=0.0110937;REFB=-0.00052229;REVB=-0.0110909;RO=28;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122911;STB=0.58022;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.000400034;OID=.;OPOS=73456036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:29:17:17:0.369565:8:9:18:10:8:9:19:10 chr2 73476949 . C A 209.69 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00999419;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.848;QD=9.53154;RBI=0.010023;REFB=-0.00436865;REVB=0.000759728;RO=61;SAF=17;SAR=10;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164774;STB=0.597185;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0108235;OID=.;OPOS=73476949;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:61:61:27:27:0.306818:10:17:30:31:10:17:30:31 chr2 73478494 . G A 400.25 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0325808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.834;QD=18.6161;RBI=0.0337675;REFB=0.00119583;REVB=0.00887345;RO=45;SAF=20;SAR=21;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427093;STB=0.523798;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.0013854;OID=.;OPOS=73478494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:21:20:24:21:21:20:24:21 chr2 73485858 . T G 639.48 PASS AF=0.574074;AO=62;DP=108;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0283808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3262;QD=23.6844;RBI=0.0283972;REFB=-0.0288262;REVB=-0.000965733;RO=46;SAF=38;SAR=24;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734837;STB=0.54016;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0276957;OID=.;OPOS=73485858;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:46:46:62:62:0.574074:24:38:24:22:24:38:24:22 chr2 73492547 . C T 198.03 PASS AF=0.295455;AO=26;DP=89;FAO=26;FDP=88;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=48;FSRR=14;FWDB=0.0453139;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5007;QD=9.00144;RBI=0.0453685;REFB=-0.0106943;REVB=-0.00222591;RO=62;SAF=23;SAR=3;SRF=48;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241867;STB=0.647217;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0226758;OID=.;OPOS=73492547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:62:62:26:26:0.295455:3:23:48:14:3:23:48:14 chr2 73675227 . T TCTC 2312.29 PASS AF=1;AO=143;DP=175;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178177;FXX=0.0377335;HRUN=1;LEN=3;MLLD=318.901;QD=60.4521;RBI=0.0265245;REFB=0;REVB=0.0196489;RO=25;SAF=36;SAR=107;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134144;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.42676e-05;OID=.;OPOS=73675228;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:143:175:153:153:0:45:108:0:0:13:25:36:107:16:9 chr2 73675669 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8714;QD=47.8223;RBI=0.0193989;REFB=0;REVB=0.0168037;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000999457;OID=.;OPOS=73675669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr2 73675844 . C T 785.14 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00218099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.872;QD=57.1008;RBI=0.0130645;REFB=0;REVB=0.0128812;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42153e-05;OID=.;OPOS=73675844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:20:34:0:0:21:34:0:0 chr2 73677884 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0374157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.082;QD=13.6609;RBI=0.0385655;REFB=-0.000145875;REVB=0.00934705;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024428;STB=0.514265;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-1.96031e-05;OID=.;OPOS=73677884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:11:10:7:7:11:10 chr2 73828538 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0832749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7846;QD=46.8479;RBI=0.0841878;REFB=0;REVB=0.0123644;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00373047;OID=.;OPOS=73828538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr2 73927931 . A G 1564.69 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504781;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.358;QD=63.865;RBI=0.0577206;REFB=0;REVB=0.0279932;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222748;OID=.;OPOS=73927931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:48:49:0:0:49:49:0:0 chr2 73928098 . C G 1124.7 PASS AF=0.950617;AO=77;DP=81;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0235131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.236;QD=55.5407;RBI=0.0412598;REFB=-0.0952578;REVB=0.0339043;RO=4;SAF=38;SAR=39;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000606112;STB=0.500321;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.000607389;OID=.;OPOS=73928098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:81:81:4:4:77:77:0.950617:39:38:2:2:39:38:2:2 chr2 73928366 . G C 458.99 PASS AF=1;AO=26;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.2984;QD=57.3731;RBI=0.0642824;REFB=0;REVB=0.0623507;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00600145;OID=.;OPOS=73928366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:26:32:1:19:7:0:0:23:9:0:0 chr2 73957124 . A G 1018.1 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0139837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.906;QD=56.5609;RBI=0.0142651;REFB=-0.109936;REVB=-0.00281966;RO=2;SAF=36;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000750534;STB=0.500397;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00223446;OID=.;OPOS=73957124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:34:36:1:1:34:36:1:1 chr2 74007136 . T C 832.03 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.178;QD=57.381;RBI=0.0439968;REFB=0;REVB=0.0137005;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.41436e-05;OID=.;OPOS=74007136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:55:58:1:34:21:0:0:36:22:0:0 chr2 74042974 . G A 122.12 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0855998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1293;QD=9.21619;RBI=0.0931795;REFB=-0.00963207;REVB=-0.0368116;RO=37;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372397;STB=0.52236;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0238179;OID=.;OPOS=74042974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:10:6:15:22:10:6:15:22 chr2 74135797 . T C 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.876;QD=60.0301;RBI=0.0123173;REFB=0;REVB=0.00567021;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29015e-05;OID=.;OPOS=74135797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr2 74135898 . A G 994.31 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.342;QD=57.6413;RBI=0.024338;REFB=-0.116154;REVB=-0.0057815;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154939;STB=0.508194;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000238133;OID=.;OPOS=74135898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:38:30:1:0:38:30:1:0 chr2 74185876 . A T 941.3 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0272624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.798;QD=57.0482;RBI=0.0294261;REFB=-0.115445;REVB=0.0110751;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000333634;OID=.;OPOS=74185876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:35:30:0:0:35:30:1:0 chr2 74274540 . C G 77.09 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0940582;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.7995;QD=12.8488;RBI=0.100271;REFB=-0.00708884;REVB=0.0347466;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998889;STB=0.559202;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0193547;OID=.;OPOS=74274540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:7:7:4:6:7:7 chr2 74329725 . A AT 62.7 PASS AF=0.395833;AO=18;DP=50;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0631569;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.43693;QD=5.22529;RBI=0.0807309;REFB=-0.0260883;REVB=-0.0502861;RO=30;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012088;STB=0.537738;STBP=0.709;TYPE=ins;VARB=0.00193763;OID=.;OPOS=74329726;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395833:18:50:19:48:29:8:11:14:15:62:30:8:10:13:17 chr2 74334462 . G A 823.25 PASS AF=0.488372;AO=84;DP=173;FAO=84;FDP=172;FR=.;FRO=88;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=-0.000907226;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.942;QD=19.1452;RBI=0.0095015;REFB=-0.0157535;REVB=-0.00945809;RO=89;SAF=47;SAR=37;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050635;STB=0.524841;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0157486;OID=.;OPOS=74334462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:89:88:84:84:0.488372:37:47:45:44:37:47:45:43 chr2 74362090 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.132;QD=56.1907;RBI=0.0230856;REFB=0;REVB=-0.0169103;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294176;OID=.;OPOS=74362090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr2 74362459 . T TAGC 454.03 PASS AF=0.764706;AO=38;DP=53;FAO=39;FDP=51;FR=.;FRO=12;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00977101;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=3;MLLD=282.338;QD=35.6098;RBI=0.0412077;REFB=-0.0471601;REVB=0.0400325;RO=13;SAF=20;SAR=18;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11572;STB=0.550433;STBP=0.222;TYPE=ins;VARB=0.0091317;OID=.;OPOS=74362460;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.764706:38:53:39:51:12:21:18:9:3:86:13:20:18:10:3 chr2 74445635 . A G 543.28 PASS AF=0.446154;AO=58;DP=131;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.0331162;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.545;QD=16.7162;RBI=0.0337923;REFB=-0.00855256;REVB=0.00672539;RO=72;SAF=32;SAR=26;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790294;STB=0.544087;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.011531;OID=.;OPOS=74445635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:72:72:58:58:0.446154:26:32:34:38:26:32:34:38 chr2 74460685 . C T 369.67 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.022595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.306;QD=19.7158;RBI=0.0325438;REFB=-0.0447471;REVB=0.0234214;RO=35;SAF=11;SAR=27;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187314;STB=0.620623;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0233561;OID=.;OPOS=74460685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:37:38:38:0.506667:27:11:17:18:27:11:19:18 chr2 74489318 . G A 351.15 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=0.0758717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.844;QD=13.0057;RBI=0.0758832;REFB=-0.0213887;REVB=0.00131964;RO=66;SAF=24;SAR=18;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722972;STB=0.540964;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0293232;OID=.;OPOS=74489318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:66:66:42:42:0.388889:18:24:42:24:18:24:42:24 chr2 74512932 . G A 227.81 PASS AF=0.264;AO=32;DP=124;FAO=33;FDP=125;FR=.;FRO=92;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.00363289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3221;QD=7.29006;RBI=0.00376313;REFB=-0.00413531;REVB=-0.000981462;RO=91;SAF=17;SAR=15;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453217;STB=0.511147;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0115953;OID=.;OPOS=74512932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:91:92:32:33:0.264:15:17:45:46:16:17:46:46 chr2 74594988 . G A 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0225377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.046;QD=14.6506;RBI=0.0323434;REFB=-0.0250681;REVB=-0.0231981;RO=31;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293751;STB=0.516764;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0338388;OID=.;OPOS=74594988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:14:9:13:18:14:9:13:18 chr2 74641624 . G C 1006.68 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6577;QD=59.2162;RBI=0.0687865;REFB=0;REVB=-0.0485468;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000922837;OID=.;OPOS=74641624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr2 74641670 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00740981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.739;QD=10.0752;RBI=0.0151277;REFB=-0.00601943;REVB=0.0131887;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020009;STB=0.512165;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0109319;OID=.;OPOS=74641670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:5:9:5:3:5:9 chr2 74682512 . C T 1080.51 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.517;QD=60.0284;RBI=0.0362499;REFB=0;REVB=0.00831911;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93981e-05;OID=.;OPOS=74682512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr2 74687548 . CCTCA CCA,CCCA,CCCAC,CCCCA 797.72 PASS AF=0,1,0,0;AO=11,19,6,11;DP=57;FAO=0,56,0,0;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27,0,0;FSAR=0,29,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0904473,0.116472,0.0446755,0.12226;FXX=0.0175408;HRUN=1,1,1,1;LEN=2,1,3,1;MLLD=176.742,181.874,142.635,177.566;QD=56.98;RBI=0.0906427,0.116612,0.0450839,0.122379;REFB=0,0,0,0;REVB=0.00594928,0.00571341,0.00605426,0.00539395;RO=0;SAF=4,8,6,0;SAR=7,11,0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,3.41338e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=-0.00931284,0.000111005,0,-0.0112904;OID=.,.,.,.;OPOS=74687549,74687550,74687550,74687550;OREF=CT,T,TCA,T;OALT=-,-,CAC,C;OMAPALT=CCA,CCCA,CCCAC,CCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0,0:11,19,6,11:57:0,56,0,0:56:0:0,27,0,0:0,29,0,0:0:0:4:0:4,8,6,0:7,11,0,11:0:0 chr2 74690039 . GG AC,AG 4155.79 PASS AF=0,0.965753;AO=11,252;DP=304;FAO=0,282;FDP=292;FR=.;FRO=10;FSAF=0,142;FSAR=0,140;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0291882,0.03391;FXX=0.0394724;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=145.712,229.246;QD=56.9286;RBI=0.0294461,0.0345347;REFB=-0.154565,-0.169677;REVB=-0.00388844,-0.00653924;RO=4;SAF=11,121;SAR=0,131;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.828903,0.00686654;STB=0.5,0.517006;STBP=1,0;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.000334154;OID=.,.;OPOS=74690039,74690039;OREF=GG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:9:304:292:4:10:11,252:0,282:0,0.965753:0,131:11,121:1:3:0,140:0,142:10:0 chr2 74690378 . C T 851.47 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.77;QD=57.7269;RBI=0.0310093;REFB=0;REVB=0.0146934;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230128;OID=.;OPOS=74690378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:33:25:0:0:34:25:0:0 chr2 74699778 . C A 804.59 PASS AF=0.982759;AO=54;DP=55;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0810036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.524;QD=55.489;RBI=0.0810037;REFB=-0.0334885;REVB=0.000163715;RO=1;SAF=33;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140687;STB=0.506847;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000270764;OID=.;OPOS=74699778;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:58:1:1:54:57:0.982759:21:33:1:0:21:36:1:0 chr2 74710491 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.644;QD=60.6103;RBI=0.0185068;REFB=0;REVB=-0.00366189;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35731e-05;OID=.;OPOS=74710491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr2 74719530 . CCG CC,C 189.36 PASS AF=0,0.702703;AO=6,9;DP=34;FAO=0,26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=0,16;FSAR=0,10;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.148183,0.0552953;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=11.1908,21.1361;QD=20.4718;RBI=0.183011,0.188613;REFB=-0.187892,-0.186209;REVB=-0.1074,0.180325;RO=11;SAF=0,6;SAR=6,3;SRF=10;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.827439,-0.29032;STB=0.5,0.596262;STBP=1,0.118;TYPE=del,del;VARB=0,0.0980687;OID=.,.;OPOS=74719532,74719531;OREF=G,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.702703:6,9:34:0,26:37:11:0,16:0,10:10:1:45:11:0,6:6,3:10:1 chr2 74725144 . T C 1003.68 PASS AF=0.985714;AO=64;DP=66;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0234911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4763;QD=57.3531;RBI=0.0911356;REFB=-0.0644697;REVB=0.088056;RO=1;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140981;STB=0.506847;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0101068;OID=.;OPOS=74725144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:70:1:1:64:69:0.985714:33:31:0:1:36:33:0:1 chr2 74725178 . G A 1051.62 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502361;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.3806;QD=59.2462;RBI=0.0547453;REFB=0;REVB=0.0217574;RO=1;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145434;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691797;OID=.;OPOS=74725178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:1:0:69:71:1:32:37:0:1:34:37:0:0 chr2 74732719 . C T 207.5 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00533795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.534;QD=11.2162;RBI=0.0108094;REFB=-0.0174397;REVB=-0.00939946;RO=48;SAF=18;SAR=8;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247558;STB=0.644137;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0393433;OID=.;OPOS=74732719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:8:18:23:25:8:18:23:25 chr2 74741988 . T G 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0387319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.717;QD=13.9477;RBI=0.0479111;REFB=-0.025042;REVB=-0.0282014;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705817;STB=0.551939;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0561793;OID=.;OPOS=74741988;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:26:27:17:17:0.386364:9:8:14:12:9:8:15:12 chr2 74746322 . A T 1495.45 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0101493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.825;QD=62.3104;RBI=0.0219079;REFB=0.064255;REVB=-0.0194152;RO=1;SAF=33;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141513;STB=0.507461;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000826827;OID=.;OPOS=74746322;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:62:33:1:0:62:33:1:0 chr2 74756176 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155946;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=337.382;QD=55.0987;RBI=0.0174363;REFB=0;REVB=0.00779969;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79504e-05;OID=.;OPOS=74756176;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr2 74758666 . G A 643.68 PASS AF=0.458333;AO=66;DP=144;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.00110533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.266;QD=17.8799;RBI=0.00110636;REFB=-0.00951765;REVB=4.78323e-05;RO=76;SAF=23;SAR=43;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114114;STB=0.571786;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0105746;OID=.;OPOS=74758666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:76:78:66:66:0.458333:43:23:35:41:43:23:37:41 chr2 74763157 . C T 125.75 PASS AF=0.192982;AO=22;DP=114;FAO=22;FDP=114;FR=.;FRO=92;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=-0.00557195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.402;QD=4.41214;RBI=0.0207237;REFB=0.00156143;REVB=-0.0199606;RO=92;SAF=10;SAR=12;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851263;STB=0.554091;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00382435;OID=.;OPOS=74763157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:92:92:22:22:0.192982:12:10:48:44:12:10:48:44 chr2 74763258 . C G 569.23 PASS AF=0.542857;AO=56;DP=104;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=0.0107734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3444;QD=21.6848;RBI=0.0109508;REFB=-0.00517479;REVB=-0.001963;RO=48;SAF=24;SAR=32;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248551;STB=0.630498;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00350968;OID=.;OPOS=74763258;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:48:48:56:57:0.542857:32:24:35:13:32:25:35:13 chr2 74763923 . GC G 66.12 PASS AF=0.4;AO=26;DP=66;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.224991;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.14718;QD=3.77848;RBI=0.233251;REFB=-0.0971324;REVB=-0.0615219;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00907633;STB=0.507167;STBP=0.945;TYPE=del;VARB=0.0913725;OID=.;OPOS=74763924;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:26:66:28:70:42:15:13:22:20:66:34:14:12:18:16 chr2 74834252 . G A 325.48 PASS AF=0.236111;AO=51;DP=216;FAO=51;FDP=216;FR=.;FRO=165;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=84;FSRR=81;FWDB=0.0112839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2347;QD=6.02739;RBI=0.0116474;REFB=-0.00414559;REVB=0.00288717;RO=163;SAF=23;SAR=28;SRF=84;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081239;STB=0.544413;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0114367;OID=.;OPOS=74834252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:163:165:51:51:0.236111:28:23:84:79:28:23:84:81 chr2 74900588 . G T 213.29 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.012327;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=190.606;QD=12.5464;RBI=0.0143489;REFB=0.00344727;REVB=-0.0073441;RO=41;SAF=3;SAR=23;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491535;STB=0.78545;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00384293;OID=.;OPOS=74900588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:42:26:26:0.382353:23:3:19:22:23:3:19:23 chr2 75099477 . A T 592.84 PASS AF=0.488;AO=61;DP=125;FAO=61;FDP=125;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.0178676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.04;QD=18.971;RBI=0.0191323;REFB=-0.0198908;REVB=0.00684048;RO=63;SAF=35;SAR=26;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00219915;STB=0.50228;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0195613;OID=.;OPOS=75099477;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:63:64:61:61:0.488:26:35:36:27:26:35:37:27 chr2 75101454 . T C 591.23 PASS AF=0.55102;AO=54;DP=98;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=-0.00667319;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.459;QD=24.132;RBI=0.0525476;REFB=0.00239138;REVB=0.0521221;RO=44;SAF=24;SAR=30;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246507;STB=0.634696;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00211616;OID=.;OPOS=75101454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:44:44:54:54:0.55102:30:24:33:11:30:24:33:11 chr2 75113657 . C T 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=0.00706848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.862;QD=16.6186;RBI=0.0451025;REFB=-0.0231722;REVB=-0.0445451;RO=28;SAF=21;SAR=2;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216403;STB=0.625403;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0284496;OID=.;OPOS=75113657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:2:21:23:5:2:21:23:5 chr2 75113789 . C G 1255.61 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.134882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.3407;QD=59.0875;RBI=0.137807;REFB=-0.0891272;REVB=0.0282392;RO=1;SAF=42;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111436;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222852;OID=.;OPOS=75113789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:85:85:1:0:83:85:1:41:42:1:0:42:43:0:0 chr2 75115108 . A G 1784.9 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207798;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.663;QD=61.0221;RBI=0.0212454;REFB=0;REVB=-0.00442333;RO=0;SAF=54;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80149e-05;OID=.;OPOS=75115108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:115:117:1:61:54:0:0:62:55:0:0 chr2 75118737 . C T 785.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0298;QD=64.1434;RBI=0.0281841;REFB=0;REVB=-0.00286076;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265362;OID=.;OPOS=75118737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr2 75124037 . C T 554.51 PASS AF=0.533333;AO=55;DP=104;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00217196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.572;QD=21.1241;RBI=0.00408608;REFB=-0.00521584;REVB=0.00346102;RO=49;SAF=31;SAR=24;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461782;STB=0.520376;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00402713;OID=.;OPOS=75124037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:49:49:55:56:0.533333:24:31:25:24:25:31:25:24 chr2 75185856 . G T 347.67 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00843415;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.832;QD=19.5871;RBI=0.0119042;REFB=-0.0116964;REVB=-0.00840086;RO=35;SAF=18;SAR=18;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887459;STB=0.549269;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0144212;OID=.;OPOS=75185856;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:35:35:36:36:0.507042:18:18:21:14:18:18:21:14 chr2 75744918 . T C 821.9 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00691383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.495;QD=56.6828;RBI=0.0292084;REFB=0;REVB=0.0283784;RO=0;SAF=42;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142505;OID=.;OPOS=75744918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:14:42:0:0:15:43:0:0 chr2 75915035 . C T 788.32 PASS AF=0.512821;AO=80;DP=156;FAO=80;FDP=156;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.0132631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.739;QD=20.2132;RBI=0.0136148;REFB=-0.0169581;REVB=0.00307459;RO=76;SAF=33;SAR=47;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113543;STB=0.562403;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0160486;OID=.;OPOS=75915035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:76:76:80:80:0.512821:47:33:41:35:47:33:41:35 chr2 75923413 . T C 151.47 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0247673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.033;QD=10.0982;RBI=0.0248057;REFB=0.00102153;REVB=0.00138083;RO=40;SAF=13;SAR=7;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2019;STB=0.618927;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00320799;OID=.;OPOS=75923413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:7:13:19:21:7:13:19:21 chr2 76672457 . G T 174.54 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0348809;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.452;QD=18.8696;RBI=0.0353633;REFB=-0.01017;REVB=-0.0058211;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121163;STB=0.568786;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.016127;OID=.;OPOS=76672457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:19:19:18:18:0.486486:8:10:8:11:8:10:8:11 chr2 79109771 . A G 209.79 PASS AF=0.588235;AO=19;DP=33;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0556254;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.677;QD=24.6814;RBI=0.0704846;REFB=-0.0223299;REVB=0.0432885;RO=14;SAF=3;SAR=16;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348888;STB=0.702243;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0220985;OID=.;OPOS=79109771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:14:14:19:20:0.588235:16:3:7:7:17:3:7:7 chr2 79254261 . T C 570.02 PASS AF=0.458015;AO=60;DP=131;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.00458787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6445;QD=17.4051;RBI=0.00723413;REFB=-0.00229411;REVB=-0.00559322;RO=71;SAF=34;SAR=26;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153434;STB=0.585288;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00362519;OID=.;OPOS=79254261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:71:71:60:60:0.458015:26:34:29:42:26:34:29:42 chr2 79312414 . G A 158.13 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=-0.00167064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.769;QD=9.88296;RBI=0.0112247;REFB=-0.00530533;REVB=-0.0110997;RO=42;SAF=5;SAR=16;SRF=9;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382612;STB=0.50515;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00711805;OID=.;OPOS=79312414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:42:43:21:21:0.328125:16:5:9:33:16:5:10:33 chr2 79350347 . A G 854.07 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6404;QD=56.0048;RBI=0.0371847;REFB=-0.112543;REVB=-0.0337993;RO=1;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140874;STB=0.50746;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00224414;OID=.;OPOS=79350347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:33:27:0:1:33:27:0:1 chr2 79385786 . TG CA 98.19 PASS AF=0.148148;AO=20;DP=137;FAO=20;FDP=135;FR=.;FRO=115;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=61;FSRR=54;FWDB=-0.0172875;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=2;MLLD=155.126;QD=2.9094;RBI=0.0269529;REFB=-0.000537777;REVB=-0.0206786;RO=115;SAF=9;SAR=11;SRF=61;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101447;STB=0.568198;STBP=0.519;TYPE=mnp;VARB=0.00244576;OID=.;OPOS=79385786;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:137:135:115:115:20:20:0.148148:11:9:61:54:11:9:61:54 chr2 79385823 . T G 68.12 PASS AF=0.130081;AO=15;DP=122;FAO=16;FDP=123;FR=.;FRO=107;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=63;FSRR=44;FWDB=-0.00219043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.34;QD=2.21534;RBI=0.0105441;REFB=-0.00830763;REVB=-0.010314;RO=103;SAF=7;SAR=8;SRF=60;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143111;STB=0.577142;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0601117;OID=.;OPOS=79385823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:122:123:103:107:15:16:0.130081:8:7:60:43:8:8:63:44 chr2 79864080 . G C 336.43 PASS AF=0.514706;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0255311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.7677;QD=19.7899;RBI=0.0304074;REFB=-0.0246111;REVB=0.0165159;RO=33;SAF=15;SAR=19;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657832;STB=0.542349;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0145498;OID=.;OPOS=79864080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:33:33:34:35:0.514706:19:15:17:16:20:15:17:16 chr2 80101321 . T G 435.15 PASS AF=0.392308;AO=50;DP=129;FAO=51;FDP=130;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=61;FSRR=18;FWDB=-0.048214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4188;QD=13.3891;RBI=0.0525019;REFB=-0.00660753;REVB=-0.0207813;RO=78;SAF=30;SAR=20;SRF=61;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216532;STB=0.620211;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00881261;OID=.;OPOS=80101321;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:78:79:50:51:0.392308:20:30:61:17:21:30:61:18 chr2 80801346 . T C 342.81 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0504167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9308;QD=16.132;RBI=0.0530609;REFB=0.0292857;REVB=-0.0165413;RO=47;SAF=24;SAR=13;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100406;STB=0.551696;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.0317815;OID=.;OPOS=80801346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:48:37:37:0.435294:13:24:26:21:13:24:27:21 chr2 83042810 . GGAAC G 207.47 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.00924906;FXX=0.0689576;HRUN=2;LEN=4;MLLD=329.693;QD=10.2455;RBI=0.015231;REFB=0.0017491;REVB=0.0121011;RO=43;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653531;STB=0.530285;STBP=0.675;TYPE=del;VARB=-0.00238912;OID=.;OPOS=83042811;OREF=GAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419753:34:82:34:81:47:14:20:17:30:99:43:14:20:15:28 chr2 84756049 . G A 2848.67 PASS AF=0.994536;AO=182;DP=183;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=100;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0166844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.954;QD=62.266;RBI=0.0405388;REFB=0.0264695;REVB=0.0369462;RO=0;SAF=100;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50303;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=1.51468e-05;OID=.;OPOS=84756049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:183:183:0:1:182:182:0.994536:82:100:0:0:82:100:0:1 chr2 84771480 . G A 1549.23 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.526;QD=63.8856;RBI=0.0455081;REFB=0;REVB=-0.0154003;RO=0;SAF=57;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220195;OID=.;OPOS=84771480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:40:57:0:0:40:57:0:0 chr2 84771567 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00619867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.781;QD=59.6793;RBI=0.0177564;REFB=0;REVB=0.0166393;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.263e-05;OID=.;OPOS=84771567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:37:32:0:0:37:33:0:0 chr2 84774503 . G A 223.2 PASS AF=0.251908;AO=33;DP=131;FAO=33;FDP=131;FR=.;FRO=98;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.0276372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.385;QD=6.81529;RBI=0.0279017;REFB=-0.00398088;REVB=-0.00383246;RO=98;SAF=16;SAR=17;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614633;STB=0.503701;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0125181;OID=.;OPOS=84774503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:98:98:33:33:0.251908:17:16:48:50:17:16:48:50 chr2 84800605 . C A 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.27;QD=59.6779;RBI=0.0160631;REFB=0;REVB=0.0100283;RO=0;SAF=46;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.08387e-06;OID=.;OPOS=84800605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:24:46:0:0:24:46:0:0 chr2 84897517 . A G 676.97 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00923344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.299;QD=56.4145;RBI=0.0534097;REFB=-0.0513689;REVB=0.0526055;RO=3;SAF=20;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065425;STB=0.534868;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000696855;OID=.;OPOS=84897517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:3:3:45:45:0.9375:25:20:3:0:25:20:3:0 chr2 85097591 . G A 353.69 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0237076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.779;QD=13.8701;RBI=0.0464699;REFB=-0.0231217;REVB=0.0399675;RO=61;SAF=28;SAR=13;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177961;STB=0.601176;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.014751;OID=.;OPOS=85097591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:61:41:41:0.401961:13:28:32:29:13:28:32:29 chr2 85282879 . A G 319.0 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0228916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.153;QD=15.7532;RBI=0.0295519;REFB=-0.010068;REVB=0.0186892;RO=46;SAF=20;SAR=15;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137344;STB=0.577421;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0149924;OID=.;OPOS=85282879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:15:20:20:26:15:20:20:26 chr2 85283329 . CTT C 178.09 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0190744;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=2;MLLD=257.443;QD=13.4409;RBI=0.0192622;REFB=0.00406505;REVB=0.0026832;RO=27;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225813;STB=0.609779;STBP=0.15;TYPE=del;VARB=-0.00393112;OID=.;OPOS=85283330;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.490566:25:53:26:53:27:9:17:15:12:99:27:8:17:15:12 chr2 85283395 . C T 164.8 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0776963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.246;QD=21.264;RBI=0.0777264;REFB=0.00436109;REVB=-0.00216277;RO=14;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179543;STB=0.601441;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00721393;OID=.;OPOS=85283395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:11:6:8:6:11:6:8:6 chr2 85529727 . G A 37.21 PASS AF=0.4;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.704;QD=9.92349;RBI=0.0355916;REFB=-0.0217725;REVB=-0.0355916;RO=9;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0374602;OID=.;OPOS=85529727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:14:15:9:9:5:6:0.4:5:0:0:9:6:0:0:9 chr2 85546615 . C T 869.71 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.543;QD=57.9806;RBI=0.0183028;REFB=0;REVB=0.0102975;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.837e-05;OID=.;OPOS=85546615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:56:60:1:29:27:0:0:30:30:0:0 chr2 85549527 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.075;QD=56.9566;RBI=0.0166332;REFB=0;REVB=-0.00465595;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36515e-05;OID=.;OPOS=85549527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr2 85549547 . C T 837.16 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236327;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.108;QD=55.8107;RBI=0.028657;REFB=-0.166319;REVB=0.0162086;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.506327;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.000426138;OID=.;OPOS=85549547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:60:0:1:58:59:0.983333:20:38:0:0:20:39:1:0 chr2 85549868 . A G 87.28 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0803574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8496;QD=38.7916;RBI=0.0856316;REFB=0;REVB=0.0295884;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166281;OID=.;OPOS=85549868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:3:5:0:0:3:6:0:0 chr2 85549874 . A G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00390905;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=186.321;QD=30.7904;RBI=0.0140953;REFB=0.048849;REVB=0.0135425;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080241;STB=0.545344;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00240138;OID=.;OPOS=85549874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:3:5:1:0:3:5:1:0 chr2 85553784 . C T 1114.38 PASS AF=1;AO=67;DP=71;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0727482;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2132;QD=57.8897;RBI=0.259335;REFB=0;REVB=0.248922;RO=3;SAF=41;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235891;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00409928;OID=.;OPOS=85553784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:77:3:0:67:77:1:26:41:1:2:35:42:0:0 chr2 85554080 . G A 162.6 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0333926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.387;QD=38.2583;RBI=0.0345708;REFB=-0.182021;REVB=-0.00894864;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536101;STB=0.555483;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0025137;OID=.;OPOS=85554080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:17:17:1:2:15:15:0.882353:7:8:1:0:7:8:2:0 chr2 85570849 . C T 63.0 PASS AF=0.153846;AO=12;DP=79;FAO=12;FDP=78;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.0154814;FXX=0.0126566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.024;QD=3.23097;RBI=0.0211566;REFB=-0.0133807;REVB=-0.0144197;RO=64;SAF=5;SAR=7;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160902;STB=0.607873;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0593971;OID=.;OPOS=85570849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:79:78:64:66:12:12:0.153846:7:5:35:29:7:5:36:30 chr2 85570857 . G A 68.01 PASS AF=0.154762;AO=13;DP=84;FAO=13;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0045199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.144;QD=3.23834;RBI=0.013086;REFB=0.00123543;REVB=0.0122806;RO=71;SAF=6;SAR=7;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392301;STB=0.526565;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.00638674;OID=.;OPOS=85570857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:84:84:71:71:13:13:0.154762:7:6:35:36:7:6:35:36 chr2 85573033 . G A 1117.54 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00120946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2921;QD=60.4074;RBI=0.0356667;REFB=0;REVB=0.0356462;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275361;OID=.;OPOS=85573033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:39:34:0:0:40:34:0:0 chr2 85573049 . G A 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138819;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=324.625;QD=59.5018;RBI=0.0139158;REFB=0;REVB=0.000970692;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75507e-06;OID=.;OPOS=85573049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr2 85769711 . C G 636.93 PASS AF=0.481481;AO=64;DP=133;FAO=65;FDP=135;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.00468148;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.739;QD=18.8719;RBI=0.00506756;REFB=-0.0123854;REVB=-0.00194008;RO=69;SAF=29;SAR=35;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100511;STB=0.513217;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0109386;OID=.;OPOS=85769711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:69:70:64:65:0.481481:35:29:32:37:36:29:33:37 chr2 85771763 . G A 35.18 PASS AF=0.101266;AO=8;DP=80;FAO=8;FDP=79;FR=.;FRO=71;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0180464;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.902;QD=1.78139;RBI=0.0186534;REFB=-0.0011014;REVB=0.00471985;RO=70;SAF=3;SAR=5;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193685;STB=0.653828;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00900446;OID=.;OPOS=85771763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:80:79:70:71:8:8:0.101266:5:3:38:32:5:3:39:32 chr2 85780131 . G A 476.63 PASS AF=0.424;AO=53;DP=125;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.00168275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.725;QD=15.2521;RBI=0.0043454;REFB=-0.0156255;REVB=0.00400635;RO=71;SAF=21;SAR=32;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129111;STB=0.568775;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0188897;OID=.;OPOS=85780131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:71:72:53:53:0.424:32:21:37:34:32:21:37:35 chr2 85780536 . C T 415.28 PASS AF=0.6;AO=37;DP=67;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0613278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7926;QD=23.7303;RBI=0.0793547;REFB=-0.0146254;REVB=0.0503593;RO=24;SAF=18;SAR=19;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803174;STB=0.542837;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0122245;OID=.;OPOS=85780536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:24:28:37:42:0.6:19:18:9:15:21:21:11:17 chr2 85781318 . T G 323.76 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.658;QD=53.9602;RBI=0.0488812;REFB=0;REVB=0.0475684;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014042;OID=.;OPOS=85781318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:11:13:0:0 chr2 85806266 . C T 195.15 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0554686;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8613;QD=15.3057;RBI=0.0606933;REFB=0.00192014;REVB=0.0246357;RO=28;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138237;STB=0.570305;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.0012662;OID=.;OPOS=85806266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:28:29:22:22:0.431373:14:8:14:14:14:8:14:15 chr2 85808737 . A G 518.6 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.00170165;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.0377;QD=19.3868;RBI=0.0231605;REFB=0.00849052;REVB=-0.0230979;RO=53;SAF=31;SAR=23;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273567;STB=0.515103;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.0124199;OID=.;OPOS=85808737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:53:54:54:0.504673:23:31:32:21:23:31:32:21 chr2 85808982 . T C 317.81 PASS AF=0.320312;AO=41;DP=129;FAO=41;FDP=128;FR=.;FRO=87;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=0.0242818;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6012;QD=9.93164;RBI=0.0244625;REFB=0.000583853;REVB=0.00296764;RO=86;SAF=24;SAR=17;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180014;STB=0.600406;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00130742;OID=.;OPOS=85808982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:86:87:41:41:0.320312:17:24:37:49:17:24:38:49 chr2 85824084 . G C 236.54 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.00489047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.125;QD=11.2639;RBI=0.0263254;REFB=-0.0252289;REVB=-0.0258672;RO=55;SAF=20;SAR=9;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452801;STB=0.526297;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0378745;OID=.;OPOS=85824084;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:9:20:36:19:9:20:36:19 chr2 85824251 . T C 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0377183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.463;QD=14.3348;RBI=0.0378272;REFB=-0.0248101;REVB=0.00286836;RO=26;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234575;STB=0.636202;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0320294;OID=.;OPOS=85824251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:11:6:15:11:11:6:15:11 chr2 85846329 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0716482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8493;QD=12.9746;RBI=0.0945109;REFB=0.0101167;REVB=-0.0616348;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292886;STB=0.517213;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.0158728;OID=.;OPOS=85846329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:11:7:5:7:11:7 chr2 85852667 . G A 364.32 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00763741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.202;QD=21.1201;RBI=0.032736;REFB=-0.00540882;REVB=-0.0318326;RO=32;SAF=21;SAR=16;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571726;STB=0.531628;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00630625;OID=.;OPOS=85852667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:16:21:16:16:16:21:16:16 chr2 85894308 . G T 415.09 PASS AF=0.65;AO=39;DP=59;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0188549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.513;QD=27.6724;RBI=0.0230827;REFB=-0.0243825;REVB=-0.0133156;RO=20;SAF=18;SAR=21;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240288;STB=0.52184;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0125053;OID=.;OPOS=85894308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:20:21:39:39:0.65:21:18:10:10:21:18:11:10 chr2 85895338 . T G 447.77 PASS AF=0.404762;AO=50;DP=126;FAO=51;FDP=126;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.0218992;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.798;QD=14.2148;RBI=0.0233146;REFB=-0.0158543;REVB=0.00799974;RO=74;SAF=20;SAR=30;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354029;STB=0.51314;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0229789;OID=.;OPOS=85895338;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:74:75:50:51:0.404762:30:20:32:42:31:20:31:44 chr2 85924729 . C T 418.61 PASS AF=0.413793;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0211381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.197;QD=14.4349;RBI=0.0212311;REFB=-0.0250612;REVB=-0.00198408;RO=67;SAF=23;SAR=25;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481706;STB=0.522341;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0356856;OID=.;OPOS=85924729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:67:68:48:48:0.413793:25:23:29:38:25:23:30:38 chr2 85925529 . A G 302.27 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0156442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.555;QD=14.394;RBI=0.0474891;REFB=-0.00738961;REVB=-0.0448383;RO=37;SAF=9;SAR=25;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180396;STB=0.675567;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.015836;OID=.;OPOS=85925529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:50:34:34:0.404762:25:9:16:21:25:9:27:23 chr2 85925756 . C G 321.94 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0116885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5231;QD=16.5096;RBI=0.028994;REFB=0.00413436;REVB=0.0265335;RO=42;SAF=13;SAR=22;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196054;STB=0.616452;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00318882;OID=.;OPOS=85925756;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:22:13:24:18:22:13:25:18 chr2 85925848 . C G 423.67 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.017074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.209;QD=16.1398;RBI=0.0188951;REFB=-0.0222181;REVB=0.00809346;RO=57;SAF=25;SAR=22;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639359;STB=0.539861;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0221819;OID=.;OPOS=85925848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:58:47:47:0.447619:22:25:34:23:22:25:35:23 chr2 86255168 . G A 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0224566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8179;QD=7.27333;RBI=0.0224568;REFB=-0.0112978;REVB=9.69755e-05;RO=33;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363836;STB=0.52278;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0379037;OID=.;OPOS=86255168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:6:5:16:17:6:5:16:17 chr2 86257366 . G A 166.86 PASS AF=0.197183;AO=28;DP=143;FAO=28;FDP=142;FR=.;FRO=114;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=59;FSRR=55;FWDB=0.0178094;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0839;QD=4.70025;RBI=0.0183012;REFB=-0.0037154;REVB=0.00421451;RO=113;SAF=17;SAR=11;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109919;STB=0.572981;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0175441;OID=.;OPOS=86257366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:113:114:28:28:0.197183:11:17:59:54:11:17:59:55 chr2 86259443 . C T 228.01 PASS AF=0.402985;AO=26;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00156807;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=184.126;QD=13.6124;RBI=0.0124729;REFB=-0.0169007;REVB=0.012374;RO=39;SAF=12;SAR=14;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518381;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0226715;OID=.;OPOS=86259443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:40:26:27:0.402985:14:12:18:21:15:12:19:21 chr2 86272758 . G A 73.96 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0163173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.686;QD=9.24462;RBI=0.023568;REFB=-0.00904285;REVB=-0.0170058;RO=22;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812577;STB=0.549897;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0213534;OID=.;OPOS=86272758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:3:7:14:8:3:7:14:8 chr2 86315741 . C T 312.14 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0142123;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.298;QD=14.0289;RBI=0.0184078;REFB=-0.00515716;REVB=-0.0116985;RO=52;SAF=24;SAR=11;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263237;STB=0.650705;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00964078;OID=.;OPOS=86315741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:52:54:35:35:0.393258:11:24:23:29:11:24:24:30 chr2 86317037 . G C 720.22 PASS AF=0.614679;AO=67;DP=110;FAO=67;FDP=109;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0174941;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.672;QD=26.43;RBI=0.0177803;REFB=-0.00789828;REVB=-0.00317733;RO=42;SAF=26;SAR=41;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181837;STB=0.598758;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00500191;OID=.;OPOS=86317037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:42:42:67:67:0.614679:41:26:27:15:41:26:27:15 chr2 86344237 . A G 259.43 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0184336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.88;QD=14.2152;RBI=0.0186202;REFB=-0.0116362;REVB=0.00262901;RO=43;SAF=15;SAR=15;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361361;STB=0.520534;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0199704;OID=.;OPOS=86344237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:15:15:20:23:15:15:20:23 chr2 86363074 . A G 458.73 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0178338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.496;QD=16.99;RBI=0.0473978;REFB=-0.0222032;REVB=-0.0439147;RO=58;SAF=28;SAR=22;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00877849;STB=0.504889;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0256194;OID=.;OPOS=86363074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:58:50:50:0.462963:22:28:33:25:22:28:33:25 chr2 86364653 . A G 159.27 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.00612989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.851;QD=8.38242;RBI=0.00715315;REFB=-7.30686e-05;REVB=0.00368672;RO=54;SAF=8;SAR=14;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320903;STB=0.519164;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000116711;OID=.;OPOS=86364653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:54:54:22:22:0.289474:14:8:21:33:14:8:21:33 chr2 86371640 . C T 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00246357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.21;QD=3.64933;RBI=0.0230106;REFB=-0.00559712;REVB=-0.0228783;RO=31;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282387;STB=0.519933;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0185736;OID=.;OPOS=86371640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:4:2:11:20:4:2:11:20 chr2 86385728 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.00199056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.191;QD=12.7823;RBI=0.00744207;REFB=-0.0272571;REVB=-0.00717092;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266518;STB=0.666388;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0258931;OID=.;OPOS=86385728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:13:14:10:10:0.416667:6:4:2:11:6:4:2:12 chr2 86400824 . G A 497.47 PASS AF=0.446281;AO=52;DP=122;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=46;FWDB=0.0102682;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.699;QD=16.4454;RBI=0.0161949;REFB=-0.00314296;REVB=-0.0125236;RO=67;SAF=19;SAR=33;SRF=21;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574329;STB=0.53439;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00446836;OID=.;OPOS=86400824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:67:67:52:54:0.446281:33:19:21:46:34:20:21:46 chr2 86406556 . C T 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00856152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.966;QD=23.2632;RBI=0.0160362;REFB=-0.0116292;REVB=0.0135595;RO=19;SAF=7;SAR=16;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312854;STB=0.674951;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00727083;OID=.;OPOS=86406556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:16:7:13:6:16:7:13:6 chr2 86440718 . T C 303.53 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0705418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.315;QD=14.4537;RBI=0.0705469;REFB=0.00135103;REVB=-0.000849092;RO=49;SAF=15;SAR=19;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176604;STB=0.593696;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00196678;OID=.;OPOS=86440718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:50:34:34:0.404762:19:15:30:19:19:15:30:20 chr2 86441334 . C CTGTT 233.41 PASS AF=0.482143;AO=24;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0116669;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=4;MLLD=271.702;QD=16.6722;RBI=0.017843;REFB=-0.000826789;REVB=0.0135002;RO=28;SAF=15;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534778;STB=0.523792;STBP=0.777;TYPE=ins;VARB=0.000617901;OID=.;OPOS=86441335;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482143:24:57:27:56:29:17:10:17:12:99:28:15:9:16:12 chr2 86481835 . C T 197.14 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0164436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.373;QD=10.952;RBI=0.0226249;REFB=0.00504451;REVB=-0.0155401;RO=47;SAF=14;SAR=11;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318281;STB=0.518504;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.00986564;OID=.;OPOS=86481835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:11:14:25:22:11:14:25:22 chr2 86683642 . A G 401.78 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.181787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5916;QD=53.5706;RBI=0.182929;REFB=0;REVB=0.0204048;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00324027;OID=.;OPOS=86683642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:28:30:1:20:8:0:0:20:10:0:0 chr2 86691250 . G A 2810.11 PASS AF=0.978495;AO=181;DP=187;FAO=182;FDP=186;FR=.;FRO=4;FSAF=90;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0026992;FXX=0.00534731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.557;QD=60.4326;RBI=0.0216584;REFB=-0.122593;REVB=0.0214896;RO=3;SAF=89;SAR=92;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152686;STB=0.505259;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00227161;OID=.;OPOS=86691250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:187:186:3:4:181:182:0.978495:92:89:0:3:92:90:1:3 chr2 86707313 . G A 323.57 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00528262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.529;QD=16.8091;RBI=0.00865126;REFB=0.0014882;REVB=-0.00685114;RO=42;SAF=23;SAR=12;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404186;STB=0.522714;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00152021;OID=.;OPOS=86707313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:12:23:26:16:12:23:26:16 chr2 86850978 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0758477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.63;QD=9.49142;RBI=0.0828622;REFB=-0.00630087;REVB=0.0333659;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4213;STB=0.747591;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0209271;OID=.;OPOS=86850978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:3:15:4:5:3:15 chr2 86979093 . G A 2507.63 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000142775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3596;QD=61.537;RBI=0.0443679;REFB=0;REVB=0.0443677;RO=0;SAF=88;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152362;OID=.;OPOS=86979093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:163:0:0:162:163:1:74:88:0:0:74:89:0:0 chr2 87015633 . T TGA 633.1 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=53;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0192889;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=2;MLLD=282.964;QD=48.6999;RBI=0.0325746;REFB=-0.0489678;REVB=0.0262496;RO=5;SAF=28;SAR=20;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397143;STB=0.51324;STBP=0.515;TYPE=ins;VARB=0.00535699;OID=.;OPOS=87015634;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.923077:48:53:48:52:4:28:20:3:1:18:5:28:20:4:1 chr2 87069379 . G A 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.128;QD=53.273;RBI=0.0423511;REFB=0;REVB=0.00213167;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000681427;OID=.;OPOS=87069379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr2 87069431 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6587;QD=43.4861;RBI=0.015126;REFB=0;REVB=-6.41431e-05;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000472318;OID=.;OPOS=87069431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr2 87178408 . AT AA,A 132.57 PASS AF=0,0.952381;AO=2,14;DP=22;FAO=0,20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=0,10;FSAR=0,10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0709786,0.248816;FXX=0.0454339;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=11.031,9.78877;QD=25.2515;RBI=0.0983731,0.259253;REFB=-0.0194441,0.0265723;REVB=-0.0681124,-0.0728196;RO=3;SAF=1,8;SAR=1,6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.142842,-0.0311253;STB=0.5,0.523786;STBP=1,0.535;TYPE=snp,del;VARB=0.0251533,0.00711564;OID=.,.;OPOS=87178409,87178409;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.952381:2,14:22:0,20:21:1:0,10:0,10:1:0:6:3:1,8:1,6:2:1 chr2 87276811 . T C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00109936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.305;QD=13.631;RBI=0.00514612;REFB=0.00668535;REVB=0.00502732;RO=9;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398438;STB=0.743945;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00356296;OID=.;OPOS=87276811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:1:7:5:4:1:7:5:4 chr2 88315908 . A T 30.78 PASS AF=0.538462;AO=3;DP=6;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.041421;FXX=0.133244;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3659;QD=9.46966;RBI=0.0414308;REFB=-0.149321;REVB=0.000898409;RO=2;SAF=3;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.082479;OID=.;OPOS=88315908;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:6:13:2:6:3:7:0.538462:0:3:2:0:0:7:6:0 chr2 88315954 . C A 565.55 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0249637;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.777;QD=53.862;RBI=0.0257994;REFB=-0.166049;REVB=0.00651359;RO=1;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191347;STB=0.503874;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.000887368;OID=.;OPOS=88315954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:1:3:39:39:0.928571:24:15:0:1:24:15:1:2 chr2 88315993 . A G 686.7 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5665;QD=62.427;RBI=0.0657205;REFB=0;REVB=-0.00671369;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000849667;OID=.;OPOS=88315993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:26:17:0:0:26:18:0:0 chr2 88383887 . C T 144.26 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0271443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.011;QD=8.61252;RBI=0.0369168;REFB=-0.0147105;REVB=-0.0250208;RO=47;SAF=13;SAR=7;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419103;STB=0.525015;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0405075;OID=.;OPOS=88383887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:47:20:20:0.298507:7:13:29:18:7:13:29:18 chr2 88387403 . C A 696.58 PASS AF=1;AO=36;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.867;QD=61.9181;RBI=0.0861569;REFB=0;REVB=0.0822257;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00091684;OID=.;OPOS=88387403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:36:45:1:10:26:0:0:19:26:0:0 chr2 88405975 . G A 732.55 PASS AF=0.489796;AO=72;DP=147;FAO=72;FDP=147;FR=.;FRO=75;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=56;FWDB=0.0117705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.211;QD=19.9333;RBI=0.020137;REFB=-0.00566323;REVB=0.0163388;RO=75;SAF=40;SAR=32;SRF=19;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274855;STB=0.650848;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00624975;OID=.;OPOS=88405975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:75:75:72:72:0.489796:32:40:19:56:32:40:19:56 chr2 88407959 . T C 413.3 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.0306354;FXX=0.0344798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5762;QD=14.7608;RBI=0.0338244;REFB=-0.00894524;REVB=-0.0143374;RO=61;SAF=26;SAR=21;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054772;STB=0.50943;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0130582;OID=.;OPOS=88407959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:112:61:65:47:47:0.419643:21:26:37:24:21:26:37:28 chr2 88411605 . A T 617.12 PASS AF=0.453901;AO=64;DP=141;FAO=64;FDP=141;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=-0.0176775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4317;QD=17.507;RBI=0.0306352;REFB=0.00486277;REVB=0.0250204;RO=77;SAF=29;SAR=35;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153427;STB=0.585232;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00692323;OID=.;OPOS=88411605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:77:77:64:64:0.453901:35:29:47:30:35:29:47:30 chr2 88424066 . T C 258.39 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00935061;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.636;QD=13.7807;RBI=0.00937755;REFB=-0.00888352;REVB=-0.000710332;RO=45;SAF=8;SAR=22;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340709;STB=0.695032;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0105523;OID=.;OPOS=88424066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:22:8:26:19:22:8:26:19 chr2 88472791 . G A 1067.68 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321659;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.282;QD=60.1509;RBI=0.0328724;REFB=0;REVB=0.00677899;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61411e-05;OID=.;OPOS=88472791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:25:46:0:0:25:46:0:0 chr2 88482258 . G A 169.14 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=5;FWDB=0.00229871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.968;QD=13.011;RBI=0.0147925;REFB=-0.00710884;REVB=0.0146128;RO=32;SAF=14;SAR=6;SRF=27;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202263;STB=0.6149;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0125287;OID=.;OPOS=88482258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:6:14:27:5:6:14:27:5 chr2 88874891 . C A 280.92 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00455629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.195;QD=14.4062;RBI=0.0268601;REFB=-0.00204027;REVB=0.0264709;RO=46;SAF=11;SAR=20;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286321;STB=0.667623;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00401921;OID=.;OPOS=88874891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:31:32:0.410256:20:11:29:17:21:11:29:17 chr2 88879048 . C T 154.5 PASS AF=0.228571;AO=24;DP=105;FAO=24;FDP=105;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=-0.0409803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.462;QD=5.88566;RBI=0.0409804;REFB=-0.003643;REVB=-6.93878e-05;RO=81;SAF=11;SAR=13;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167123;STB=0.60243;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0105567;OID=.;OPOS=88879048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:81:81:24:24:0.228571:13:11:48:33:13:11:48:33 chr2 88879131 . T C 368.62 PASS AF=0.5;AO=37;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00305076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.601;QD=19.4012;RBI=0.0293493;REFB=-0.000159832;REVB=0.0291903;RO=38;SAF=22;SAR=15;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875159;STB=0.553796;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.000217152;OID=.;OPOS=88879131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:37:38:0.5:15:22:19:19:15:23:19:19 chr2 88895123 . T C 426.73 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.000934333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.875;QD=19.1787;RBI=0.0461004;REFB=-0.00205087;REVB=0.0460909;RO=45;SAF=18;SAR=25;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106261;STB=0.564867;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00360838;OID=.;OPOS=88895123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:46:43:43:0.483146:25:18:24:21:25:18:25:21 chr2 88895351 . T C 385.25 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0147162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.648;QD=23.3483;RBI=0.0190575;REFB=-0.00563187;REVB=-0.0121087;RO=28;SAF=20;SAR=18;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184616;STB=0.601214;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00523617;OID=.;OPOS=88895351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:18:20:8:20:18:20:8:20 chr2 88913273 . G C 518.87 PASS AF=0.413043;AO=56;DP=137;FAO=57;FDP=138;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.011789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.461;QD=15.0398;RBI=0.0213167;REFB=-0.0143226;REVB=-0.0177601;RO=80;SAF=34;SAR=22;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034909;STB=0.517308;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0147533;OID=.;OPOS=88913273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:80:81:56:57:0.413043:22:34:46:34:23:34:46:35 chr2 89156948 . C G 898.22 PASS AF=0.511494;AO=89;DP=175;FAO=89;FDP=174;FR=.;FRO=85;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=0.00400068;FXX=0.0224706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9903;QD=20.6487;RBI=0.0212837;REFB=-0.0140731;REVB=-0.0209043;RO=82;SAF=41;SAR=48;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238254;STB=0.52214;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0181264;OID=.;OPOS=89156948;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:82:85:89:89:0.511494:48:41:40:42:48:41:43:42 chr2 89197190 . C T 4709.5 PASS AF=0.977778;AO=307;DP=314;FAO=308;FDP=315;FR=.;FRO=7;FSAF=177;FSAR=131;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0103609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.077;QD=59.8031;RBI=0.0165099;REFB=-0.0549154;REVB=0.0128542;RO=6;SAF=176;SAR=131;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00972774;STB=0.503176;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.000567005;OID=.;OPOS=89197190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:314:315:6:7:307:308:0.977778:131:176:5:1:131:177:5:2 chr2 89246951 . C T 1641.92 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.412;QD=60.2541;RBI=0.0182941;REFB=0;REVB=-0.00911513;RO=0;SAF=53;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7938e-05;OID=.;OPOS=89246951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:56:53:0:0:56:53:0:0 chr2 89278489 . A C 595.03 PASS AF=0.452555;AO=62;DP=139;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=45;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.0189493;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.243;QD=17.373;RBI=0.0453262;REFB=-0.0192364;REVB=-0.0411751;RO=75;SAF=45;SAR=17;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157336;STB=0.588045;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0375536;OID=.;OPOS=89278489;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:75:75:62:62:0.452555:17:45:44:31:17:45:44:31 chr2 89292182 . A G 302.25 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00207607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.185;QD=19.4998;RBI=0.0126811;REFB=-0.0342568;REVB=0.01251;RO=30;SAF=18;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836259;STB=0.54653;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0234523;OID=.;OPOS=89292182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:14:18:14:16:14:18:14:16 chr2 89292201 . C T 233.39 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0121545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.733;QD=17.9532;RBI=0.0275257;REFB=-0.00612767;REVB=-0.0246968;RO=25;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108497;STB=0.56245;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00845599;OID=.;OPOS=89292201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:27:25:25:0.480769:10:15:12:13:10:15:13:14 chr2 89292401 . T C 139.95 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0171835;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.125;QD=18.6594;RBI=0.0203908;REFB=-0.00880772;REVB=0.0109778;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291666;STB=0.666444;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00984771;OID=.;OPOS=89292401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:5:10:5:10:5:10:5:10 chr2 89309542 . T G 271.72 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0416538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4874;QD=12.3509;RBI=0.0618202;REFB=0.0201095;REVB=-0.0456804;RO=56;SAF=20;SAR=12;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121758;STB=0.570131;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.0353796;OID=.;OPOS=89309542;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:56:32:32:0.363636:12:20:29:27:12:20:29:27 chr2 89309554 . T A 302.29 PASS AF=0.404762;AO=33;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0693949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0513;QD=14.3945;RBI=0.144821;REFB=-0.0070879;REVB=0.127112;RO=50;SAF=24;SAR=9;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177045;STB=0.583936;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0145285;OID=.;OPOS=89309554;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:33:34:0.404762:9:24:29:21:10:24:29:21 chr2 89309735 . A G 107.76 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0323548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6573;QD=11.9738;RBI=0.0351436;REFB=-0.0329491;REVB=0.0137201;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194513;STB=0.615207;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0493484;OID=.;OPOS=89309735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:5:8:10:13:5:8:10:13 chr2 89309762 . T G 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00336849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.425;QD=17.3201;RBI=0.00430238;REFB=-0.0308342;REVB=0.00267652;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209483;STB=0.61942;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0259382;OID=.;OPOS=89309762;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:6:12:7:9:6:12 chr2 89399635 . T G 152.33 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0682139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5713;QD=21.0107;RBI=0.0682312;REFB=-0.00711189;REVB=-0.00153458;RO=13;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645261;STB=0.536539;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0100374;OID=.;OPOS=89399635;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:5:11:8:5:5:11:8:5 chr2 90121675 . T C 429.21 PASS AF=1;AO=24;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00337194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.861;QD=57.2277;RBI=0.195048;REFB=0;REVB=0.195019;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170433;OID=.;OPOS=90121675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:24:30:1:8:16:0:0:14:16:0:0 chr2 90121845 . A G 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0123417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.449;QD=3.8337;RBI=0.0137126;REFB=-0.00299568;REVB=0.0059764;RO=36;SAF=5;SAR=2;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102885;STB=0.572303;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.014276;OID=.;OPOS=90121845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:36:36:7:7:0.162791:2:5:23:13:2:5:23:13 chr2 90121849 . A G 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0370139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.44;QD=3.83362;RBI=0.0390512;REFB=0.00146809;REVB=-0.0124485;RO=36;SAF=5;SAR=2;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102885;STB=0.572303;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00512529;OID=.;OPOS=90121849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:36:36:7:7:0.162791:2:5:23:13:2:5:23:13 chr2 90121926 . G T 150.39 PASS AF=0.287671;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00929285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5601;QD=8.24051;RBI=0.0214184;REFB=0.00301562;REVB=0.0192975;RO=52;SAF=15;SAR=6;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328797;STB=0.69702;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00160953;OID=.;OPOS=90121926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:52:52:21:21:0.287671:6:15:23:29:6:15:23:29 chr2 90121985 . A G 154.87 PASS AF=0.223214;AO=25;DP=112;FAO=25;FDP=112;FR=.;FRO=87;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=0.031524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.977;QD=5.53112;RBI=0.0347447;REFB=-0.00422379;REVB=-0.0146094;RO=84;SAF=13;SAR=12;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399451;STB=0.519984;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.032524;OID=.;OPOS=90121985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:84:87:25:25:0.223214:12:13:41:43:12:13:43:44 chr2 90139116 . G A 439.49 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00524917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.858;QD=21.9743;RBI=0.0695317;REFB=-0.0226902;REVB=-0.0693333;RO=37;SAF=27;SAR=16;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210424;STB=0.616095;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0162677;OID=.;OPOS=90139116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:16:27:14:23:16:27:14:23 chr2 90249299 . C T 30.2 PASS AF=0.0782609;AO=9;DP=115;FAO=9;FDP=115;FR=.;FRO=106;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=61;FSRR=45;FWDB=-0.0447947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4902;QD=1.0506;RBI=0.0671895;REFB=-3.99511e-05;REVB=-0.0500787;RO=104;SAF=7;SAR=2;SRF=59;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250109;STB=0.707032;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00505129;OID=.;OPOS=90249299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:115:115:104:106:9:9:0.0782609:2:7:59:45:2:7:61:45 chr2 95542363 . C G 78.94 PASS AF=0.179487;AO=14;DP=78;FAO=14;FDP=78;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0204065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.417;QD=4.04845;RBI=0.0251119;REFB=-0.0062485;REVB=-0.0146349;RO=63;SAF=4;SAR=10;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33625;STB=0.71398;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0275244;OID=.;OPOS=95542363;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:78:78:63:64:14:14:0.179487:10:4:35:28:10:4:35:29 chr2 95542376 . GC GT,TT 104.05 PASS AF=0.0481928,0.168675;AO=4,16;DP=83;FAO=4,14;FDP=83;FR=.;FRO=65;FSAF=3,6;FSAR=1,8;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.016171,-0.00331533;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=93.1875,219.124;QD=5.0145;RBI=0.016189,0.0294267;REFB=0.00032552,-0.00699018;REVB=-0.000763088,-0.0292394;RO=62;SAF=3,6;SAR=1,10;SRF=34;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.201859,-0.215631;STB=0.720665,0.577507;STBP=0.407,0.525;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0162496,0.029206;OID=.,.;OPOS=95542377,95542376;OREF=C,GC;OALT=T,TT;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:79:83:83:62:65:4,16:4,14:0.0481928,0.168675:1,10:3,6:34:28:1,8:3,6:34:31 chr2 95542415 . CA TG 65.13 PASS AF=0.139785;AO=13;DP=94;FAO=13;FDP=93;FR=.;FRO=80;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.0026793;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.025;QD=2.80122;RBI=0.00842966;REFB=-0.00223182;REVB=0.00799253;RO=79;SAF=4;SAR=9;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277897;STB=0.696568;STBP=0.141;TYPE=mnp;VARB=0.0204792;OID=.;OPOS=95542415;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:94:93:79:80:13:13:0.139785:9:4:42:37:9:4:43:37 chr2 95542419 . G A 89.2 PASS AF=0.166667;AO=14;DP=94;FAO=16;FDP=96;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=-0.0279416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6868;QD=3.71677;RBI=0.0319771;REFB=0.00145582;REVB=-0.0155501;RO=76;SAF=5;SAR=9;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242393;STB=0.653658;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0106514;OID=.;OPOS=95542419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:94:96:76:80:14:16:0.166667:9:5:42:34:10:6:45:35 chr2 95542476 . C T 90.3 PASS AF=0.170213;AO=16;DP=95;FAO=16;FDP=94;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=29;FWDB=0.0407738;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.035;QD=3.84238;RBI=0.0408814;REFB=-0.0126539;REVB=-0.002964;RO=79;SAF=6;SAR=10;SRF=50;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316557;STB=0.701296;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0405868;OID=.;OPOS=95542476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:95:94:79:78:16:16:0.170213:10:6:50:29:10:6:49:29 chr2 95542482 . C A 65.53 PASS AF=0.142857;AO=13;DP=91;FAO=13;FDP=91;FR=.;FRO=78;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=50;FSRR=28;FWDB=0.00513233;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.673;QD=2.88041;RBI=0.0146124;REFB=0.000475548;REVB=0.0136814;RO=78;SAF=4;SAR=9;SRF=50;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397079;STB=0.766193;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00159272;OID=.;OPOS=95542482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:91:91:78:78:13:13:0.142857:9:4:50:28:9:4:50:28 chr2 95542485 . A C 45.82 PASS AF=0.147727;AO=13;DP=90;FAO=13;FDP=88;FR=.;FRO=75;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=-0.0102358;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.909;QD=2.0829;RBI=0.0237883;REFB=-0.0142216;REVB=0.0214735;RO=76;SAF=4;SAR=9;SRF=50;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415757;STB=0.764338;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.127307;OID=.;OPOS=95542485;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:90:88:76:75:13:13:0.147727:9:4:50:26:9:4:48:27 chr2 95713709 . CGGGGG CGGGG,CGGGGC 106.92 PASS AF=0.266667,0.155556;AO=11,2;DP=42;FAO=12,7;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=4,7;FSAR=8,0;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.126592,0.000642421;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.7648,25.9301;QD=9.50424;RBI=0.136433,0.0642051;REFB=-0.045218,-0.0402934;REVB=0.0508752,0.0642019;RO=20;SAF=4,2;SAR=7,0;SRF=16;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.446343,0.409357;STB=0.793252,0.997576;STBP=0.029,0.13;TYPE=del,snp;VARB=0.114211,0.0242675;OID=.,.;OPOS=95713710,95713714;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGGGG,CGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667,0.155556:11,2:42:12,7:45:26:4,7:8,0:21:5:52:20:4,2:7,0:16:4 chr2 95719156 . G A 247.54 PASS AF=0.298246;AO=33;DP=113;FAO=34;FDP=114;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.000110507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.885;QD=8.68557;RBI=0.0119361;REFB=-0.0075879;REVB=-0.0119355;RO=80;SAF=18;SAR=15;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550213;STB=0.514514;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0173713;OID=.;OPOS=95719156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:80:80:33:34:0.298246:15:18:44:36:16:18:44:36 chr2 95847040 . TGCG T 611.76 PASS AF=1;AO=36;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00595994;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=232.317;QD=61.1755;RBI=0.020981;REFB=0;REVB=0.0201167;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.63705e-05;OID=.;OPOS=95847041;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:39:40:40:0:14:26:0:0:4:0:12:24:0:0 chr2 95847179 . C T 82.42 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0108791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.269;QD=10.9898;RBI=0.0139961;REFB=-0.0231307;REVB=-0.00880539;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120689;STB=0.571306;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.052428;OID=.;OPOS=95847179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:30:30:19:19:11:11:0.366667:4:7:14:5:4:7:14:5 chr2 95848354 . G A 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.225;QD=59.8541;RBI=0.0553911;REFB=0;REVB=-0.0448126;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000499106;OID=.;OPOS=95848354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr2 95947085 . A G 1659.62 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0058707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.22;QD=60.3497;RBI=0.0170406;REFB=0;REVB=0.0159974;RO=0;SAF=60;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49535e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86918e-05;OID=.;OPOS=95947085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:50:60:0:0:50:60:0:0 chr2 96195632 . T C 1477.76 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00886857;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.48;QD=58.5252;RBI=0.0146072;REFB=-0.0412839;REVB=0.0116069;RO=1;SAF=67;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00702874;STB=0.503703;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.000105578;OID=.;OPOS=96195632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:101:1:1:100:100:0.990099:33:67:1:0:33:67:1:0 chr2 96196628 . G A 118.12 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=2;FWDB=-0.0226804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7848;QD=12.7696;RBI=0.0236454;REFB=0.00390892;REVB=0.00668615;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=19;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335339;STB=0.704007;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.006062;OID=.;OPOS=96196628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:23:14:14:0.378378:5:9:19:2:5:9:21:2 chr2 96517452 . T C 49.67 PASS AF=0.107143;AO=12;DP=112;FAO=12;FDP=112;FR=.;FRO=100;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=-0.00444433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.213;QD=1.77402;RBI=0.0304941;REFB=0.00366015;REVB=-0.0301685;RO=99;SAF=5;SAR=7;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141639;STB=0.600425;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.0347193;OID=.;OPOS=96517452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:112:112:99:100:12:12:0.107143:7:5:53:46:7:5:53:47 chr2 96517471 . A G 69.42 PASS AF=0.131579;AO=15;DP=114;FAO=15;FDP=114;FR=.;FRO=99;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=-0.0139664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.9802;QD=2.43585;RBI=0.0148272;REFB=0.00636193;REVB=-0.0049784;RO=98;SAF=7;SAR=8;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287666;STB=0.524557;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.00760868;OID=.;OPOS=96517471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:114:114:98:99:15:15:0.131579:8:7:48:50:8:7:49:50 chr2 96517474 . G A 69.42 PASS AF=0.131579;AO=15;DP=114;FAO=15;FDP=114;FR=.;FRO=99;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=-0.0162146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.151;QD=2.43593;RBI=0.0163909;REFB=-0.00216134;REVB=-0.00239723;RO=99;SAF=7;SAR=8;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476297;STB=0.533289;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0299615;OID=.;OPOS=96517474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:114:114:99:99:15:15:0.131579:8:7:50:49:8:7:50:49 chr2 96517484 . T G 75.0 PASS AF=0.136752;AO=16;DP=117;FAO=16;FDP=117;FR=.;FRO=101;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=0.0590362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9936;QD=2.56414;RBI=0.0806751;REFB=-0.00207417;REVB=0.0549837;RO=101;SAF=8;SAR=8;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309103;STB=0.521341;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0158179;OID=.;OPOS=96517484;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:117:117:101:101:16:16:0.136752:8:8:48:53:8:8:48:53 chr2 96517502 . A C 138.65 PASS AF=0.195122;AO=22;DP=123;FAO=24;FDP=123;FR=.;FRO=99;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=-0.0063242;FXX=0.0238076;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.284;QD=4.50899;RBI=0.0211577;REFB=-0.000650307;REVB=0.0201904;RO=96;SAF=11;SAR=11;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397223;STB=0.545663;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0102017;OID=.;OPOS=96517502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:96:99:22:24:0.195122:11:11:45:51:11:13:48:51 chr2 96517518 . A G 252.43 PASS AF=0.276923;AO=35;DP=129;FAO=36;FDP=130;FR=.;FRO=94;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=0.0528587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3273;QD=7.76712;RBI=0.065056;REFB=-0.0169625;REVB=0.0379242;RO=88;SAF=19;SAR=16;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133708;STB=0.563105;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0644577;OID=.;OPOS=96517518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:88:94:35:36:0.276923:16:19:38:50:16:20:44:50 chr2 96517882 . G A 53.54 PASS AF=0.0862944;AO=17;DP=197;FAO=17;FDP=197;FR=.;FRO=180;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=107;FSRR=73;FWDB=-0.0417206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.668;QD=1.08718;RBI=0.0420131;REFB=-0.00128252;REVB=0.00494939;RO=179;SAF=10;SAR=7;SRF=106;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00473713;STB=0.505861;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00542472;OID=.;OPOS=96517882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:197:197:179:180:17:17:0.0862944:7:10:106:73:7:10:107:73 chr2 96517885 . G A 166.1 PASS AF=0.163265;AO=32;DP=197;FAO=32;FDP=196;FR=.;FRO=164;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=103;FSRR=61;FWDB=-0.0201229;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.536;QD=3.38977;RBI=0.0284385;REFB=-0.000173001;REVB=-0.0200952;RO=161;SAF=17;SAR=15;SRF=101;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126126;STB=0.582098;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00110447;OID=.;OPOS=96517885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:161:164:32:32:0.163265:15:17:101:60:15:17:103:61 chr2 96521297 . T C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00993477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.247;QD=15.2587;RBI=0.0493439;REFB=0.0135294;REVB=0.0483334;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560707;STB=0.533237;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0162292;OID=.;OPOS=96521297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:3:3:3:4:3:3 chr2 96521455 . A G 38.3 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0173371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.436;QD=2.25283;RBI=0.0187675;REFB=-0.00129561;REVB=0.00718652;RO=60;SAF=5;SAR=3;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205882;STB=0.651801;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00544712;OID=.;OPOS=96521455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:68:60:60:8:8:0.117647:3:5:27:33:3:5:27:33 chr2 96521481 . C T 34.04 PASS AF=0.101266;AO=8;DP=79;FAO=8;FDP=79;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.00319182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.973;QD=1.72343;RBI=0.0336394;REFB=-0.0278714;REVB=-0.0334876;RO=71;SAF=6;SAR=2;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315752;STB=0.744607;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0305482;OID=.;OPOS=96521481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:79:79:71:71:8:8:0.101266:2:6:34:37:2:6:34:37 chr2 96521486 . G A 36.02 PASS AF=0.1;AO=9;DP=84;FAO=8;FDP=80;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.00326724;FXX=0.0476134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.492;QD=1.80105;RBI=0.0144662;REFB=-0.00418357;REVB=-0.0140925;RO=70;SAF=5;SAR=4;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999054;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.026175;OID=.;OPOS=96521486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:84:80:70:72:9:8:0.1:4:5:33:37:4:4:36:36 chr2 96521512 . A C 131.51 PASS AF=0.203704;AO=22;DP=108;FAO=22;FDP=108;FR=.;FRO=86;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0385735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8794;QD=4.87059;RBI=0.0409908;REFB=0.012091;REVB=0.0138685;RO=86;SAF=11;SAR=11;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146973;STB=0.509251;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.0345641;OID=.;OPOS=96521512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:86:86:22:22:0.203704:11:11:44:42:11:11:44:42 chr2 96521548 . G A 105.56 PASS AF=0.154412;AO=21;DP=136;FAO=21;FDP=136;FR=.;FRO=115;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=64;FWDB=-0.00252682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.985;QD=3.10457;RBI=0.00890382;REFB=-0.00391148;REVB=-0.00853775;RO=113;SAF=10;SAR=11;SRF=49;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544437;STB=0.527771;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0306557;OID=.;OPOS=96521548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:113:115:21:21:0.154412:11:10:49:64:11:10:51:64 chr2 96521556 . T C 84.6 PASS AF=0.125828;AO=19;DP=151;FAO=19;FDP=151;FR=.;FRO=132;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=59;FSRR=73;FWDB=-0.00889158;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.275;QD=2.24097;RBI=0.013698;REFB=-0.00320268;REVB=-0.0104199;RO=129;SAF=8;SAR=11;SRF=57;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264389;STB=0.523042;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0204929;OID=.;OPOS=96521556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:151:151:129:132:19:19:0.125828:11:8:57:72:11:8:59:73 chr2 96521563 . G A 60.86 PASS AF=0.101911;AO=16;DP=155;FAO=16;FDP=157;FR=.;FRO=141;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=64;FSRR=77;FWDB=0.00792927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.114;QD=1.55066;RBI=0.0105395;REFB=-0.000704081;REVB=-0.00694316;RO=139;SAF=6;SAR=10;SRF=64;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104763;STB=0.572739;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.024049;OID=.;OPOS=96521563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:155:157:139:141:16:16:0.101911:10:6:64:75:10:6:64:77 chr2 96521607 . GGT CAC 40.37 PASS AF=0.0728155;AO=15;DP=206;FAO=15;FDP=206;FR=.;FRO=191;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=104;FSRR=87;FWDB=0.00106649;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=245.761;QD=0.783842;RBI=0.00824596;REFB=0.00225848;REVB=0.0081767;RO=188;SAF=6;SAR=9;SRF=102;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157183;STB=0.632011;STBP=0.315;TYPE=mnp;VARB=-0.0290645;OID=.;OPOS=96521607;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:206:206:188:191:15:15:0.0728155:9:6:102:86:9:6:104:87 chr2 96523096 . T C 543.01 PASS AF=0.513761;AO=55;DP=108;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00437212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.566;QD=19.9269;RBI=0.0117818;REFB=0.000664545;REVB=0.0109405;RO=53;SAF=31;SAR=24;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486261;STB=0.521602;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.000928168;OID=.;OPOS=96523096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:53:53:55:56:0.513761:24:31:27:26:25:31:27:26 chr2 96525643 . T C 164.03 PASS AF=0.267442;AO=23;DP=86;FAO=23;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.0118963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.842;QD=7.62925;RBI=0.0120122;REFB=-0.00177525;REVB=0.00166434;RO=63;SAF=9;SAR=14;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132636;STB=0.50798;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00576314;OID=.;OPOS=96525643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:63:63:23:23:0.267442:14:9:24:39:14:9:24:39 chr2 96525652 . T C 208.99 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.0116709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.04;QD=9.49966;RBI=0.0195676;REFB=-0.0135453;REVB=-0.015706;RO=61;SAF=13;SAR=14;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163923;STB=0.595857;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0275059;OID=.;OPOS=96525652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:61:61:27:27:0.306818:14:13:21:40:14:13:21:40 chr2 96525718 . G T 112.18 PASS AF=0.156028;AO=22;DP=141;FAO=22;FDP=141;FR=.;FRO=119;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=64;FSRR=55;FWDB=-0.00598919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.405;QD=3.18226;RBI=0.00600014;REFB=-0.00406286;REVB=0.000362449;RO=111;SAF=12;SAR=10;SRF=62;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168559;STB=0.506488;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0151214;OID=.;OPOS=96525718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:111:119:22:22:0.156028:10:12:62:49:10:12:64:55 chr2 96525723 . C T 110.78 PASS AF=0.152778;AO=21;DP=144;FAO=22;FDP=144;FR=.;FRO=122;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=66;FSRR=56;FWDB=0.011297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.732;QD=3.0771;RBI=0.0153541;REFB=0.000426586;REVB=-0.0103984;RO=122;SAF=11;SAR=10;SRF=66;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218253;STB=0.503813;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.0160832;OID=.;OPOS=96525723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:122:122:21:22:0.152778:10:11:66:56:10:12:66:56 chr2 96525736 . T C 106.28 PASS AF=0.140244;AO=22;DP=164;FAO=23;FDP=164;FR=.;FRO=141;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=75;FSRR=66;FWDB=0.0202569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.448;QD=2.59217;RBI=0.0217859;REFB=0.000468839;REVB=-0.00801778;RO=140;SAF=12;SAR=10;SRF=75;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123506;STB=0.508764;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.00658412;OID=.;OPOS=96525736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:140:141:22:23:0.140244:10:12:75:65:11:12:75:66 chr2 96525750 . T A 58.35 PASS AF=0.0949721;AO=17;DP=179;FAO=17;FDP=179;FR=.;FRO=162;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=87;FSRR=75;FWDB=0.00188633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7118;QD=1.3039;RBI=0.035728;REFB=0.00228865;REVB=-0.0356782;RO=160;SAF=9;SAR=8;SRF=86;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00965676;STB=0.506923;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.0292295;OID=.;OPOS=96525750;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:179:179:160:162:17:17:0.0949721:8:9:86:74:8:9:87:75 chr2 96525755 . A T 97.38 PASS AF=0.127778;AO=22;DP=179;FAO=23;FDP=180;FR=.;FRO=157;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=87;FSRR=70;FWDB=-0.0250644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.266;QD=2.16393;RBI=0.0327141;REFB=-0.00354508;REVB=-0.0210236;RO=157;SAF=11;SAR=11;SRF=87;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676752;STB=0.52836;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0272333;OID=.;OPOS=96525755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:179:180:157:157:22:23:0.127778:11:11:87:70:11:12:87:70 chr2 96525768 . G A 42.99 PASS AF=0.0849673;AO=13;DP=153;FAO=13;FDP=153;FR=.;FRO=140;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=74;FSRR=66;FWDB=-0.0586892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7318;QD=1.12382;RBI=0.0606053;REFB=-0.00650475;REVB=-0.0151185;RO=136;SAF=4;SAR=9;SRF=74;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269652;STB=0.700293;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0135398;OID=.;OPOS=96525768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:153:153:136:140:13:13:0.0849673:9:4:74:62:9:4:74:66 chr2 96525771 . A C 38.05 PASS AF=0.0794702;AO=12;DP=148;FAO=12;FDP=151;FR=.;FRO=139;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=74;FSRR=65;FWDB=-0.0276014;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.273;QD=1.00807;RBI=0.0279708;REFB=-0.00314816;REVB=-0.00453113;RO=136;SAF=4;SAR=8;SRF=73;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227816;STB=0.680925;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0195134;OID=.;OPOS=96525771;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:148:151:136:139:12:12:0.0794702:8:4:73:63:8:4:74:65 chr2 96548068 . C T 516.4 PASS AF=0.388535;AO=61;DP=157;FAO=61;FDP=157;FR=.;FRO=96;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=-0.102405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.127;QD=13.1566;RBI=0.103983;REFB=-0.00385154;REVB=-0.0180463;RO=96;SAF=28;SAR=33;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331844;STB=0.518753;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00796761;OID=.;OPOS=96548068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:96:96:61:61:0.388535:33:28:47:49:33:28:47:49 chr2 96563206 . A T 114.87 PASS AF=0.225;AO=18;DP=80;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0182385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.5;QD=5.74348;RBI=0.0203496;REFB=-0.00652919;REVB=0.00902566;RO=62;SAF=6;SAR=12;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285503;STB=0.67749;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0174252;OID=.;OPOS=96563206;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:62:62:18:18:0.225:12:6:35:27:12:6:35:27 chr2 96583735 . A C 168.36 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00526286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.577;QD=8.52447;RBI=0.00991157;REFB=-0.0112191;REVB=0.00839891;RO=56;SAF=4;SAR=19;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512425;STB=0.806841;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0538472;OID=.;OPOS=96583735;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:56:56:23:23:0.291139:19:4:33:23:19:4:33:23 chr2 96587496 . C T 283.42 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=48;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0301201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.247;QD=23.1363;RBI=0.0396573;REFB=-0.0235768;REVB=0.025797;RO=23;SAF=14;SAR=11;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120183;STB=0.558058;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0139066;OID=.;OPOS=96587496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:23:23:25:26:0.530612:11:14:16:7:11:15:16:7 chr2 96593000 . A G 96.54 PASS AF=0.114679;AO=25;DP=219;FAO=25;FDP=218;FR=.;FRO=193;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=70;FSRR=123;FWDB=-0.0215142;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9031;QD=1.77136;RBI=0.0215144;REFB=-0.00669939;REVB=-8.75255e-05;RO=193;SAF=3;SAR=22;SRF=70;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379841;STB=0.786597;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0829006;OID=.;OPOS=96593000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:219:218:193:193:25:25:0.114679:22:3:70:123:22:3:70:123 chr2 96593016 . C A 189.24 PASS AF=0.167401;AO=37;DP=228;FAO=38;FDP=227;FR=.;FRO=189;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=68;FSRR=121;FWDB=-0.0788067;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0754;QD=3.33459;RBI=0.0872366;REFB=-0.0229378;REVB=-0.037413;RO=182;SAF=10;SAR=27;SRF=67;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144049;STB=0.5671;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0666917;OID=.;OPOS=96593016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:182:189:37:38:0.167401:27:10:67:115:27:11:68:121 chr2 96593025 . C T 210.35 PASS AF=0.173913;AO=40;DP=230;FAO=40;FDP=230;FR=.;FRO=190;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=69;FSRR=121;FWDB=-0.0163915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.333;QD=3.65817;RBI=0.0191718;REFB=-0.000996292;REVB=-0.00994364;RO=188;SAF=11;SAR=29;SRF=67;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120954;STB=0.584339;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.012004;OID=.;OPOS=96593025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:188:190:40:40:0.173913:29:11:67:121:29:11:69:121 chr2 96593108 . T G 142.19 PASS AF=0.169811;AO=27;DP=160;FAO=27;FDP=159;FR=.;FRO=132;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=61;FSRR=71;FWDB=0.0346372;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5556;QD=3.57697;RBI=0.0805041;REFB=0.00540924;REVB=0.0726717;RO=131;SAF=7;SAR=20;SRF=61;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27973;STB=0.680881;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0225443;OID=.;OPOS=96593108;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:131:132:27:27:0.169811:20:7:61:70:20:7:61:71 chr2 96593118 . T A 113.42 PASS AF=0.148387;AO=23;DP=155;FAO=23;FDP=155;FR=.;FRO=132;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=58;FSRR=74;FWDB=-0.0097716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4392;QD=2.92687;RBI=0.0131143;REFB=-0.0056189;REVB=0.00874655;RO=132;SAF=7;SAR=16;SRF=58;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181137;STB=0.622644;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0293184;OID=.;OPOS=96593118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:132:132:23:23:0.148387:16:7:58:74:16:7:58:74 chr2 96594966 . T G 255.4 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0574548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3395;QD=29.1882;RBI=0.112057;REFB=-0.0105487;REVB=0.0962067;RO=12;SAF=16;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079389;STB=0.54387;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00485663;OID=.;OPOS=96594966;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:7:16:7:5:7:16:7:5 chr2 96595032 . A T 479.59 PASS AF=0.8;AO=36;DP=45;FAO=36;FDP=45;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.028268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.199;QD=42.6302;RBI=0.029516;REFB=-0.0166791;REVB=0.00849211;RO=9;SAF=20;SAR=16;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414932;STB=0.522376;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0045746;OID=.;OPOS=96595032;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:9:9:36:36:0.8:16:20:4:5:16:20:4:5 chr2 96595037 . TAATC T 82.97 PASS AF=0.340909;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0119383;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=220.423;QD=7.54314;RBI=0.0239271;REFB=-0.0177973;REVB=0.020736;RO=27;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296713;STB=0.642672;STBP=0.197;TYPE=del;VARB=0.0468938;OID=.;OPOS=96595038;OREF=AATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340909:14:44:15:44:29:6:9:18:11:82:27:5:9:17:10 chr2 96601240 . G A 170.3 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0198396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.268;QD=17.0298;RBI=0.0199375;REFB=-0.00218521;REVB=0.00197257;RO=22;SAF=2;SAR=16;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.587425;STB=0.841673;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00157086;OID=.;OPOS=96601240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:16:2:14:8:16:2:14:8 chr2 96601345 . T G 125.73 PASS AF=0.307692;AO=15;DP=65;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.011798;FXX=0.246341;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.431;QD=9.67169;RBI=0.0117994;REFB=-0.00243101;REVB=-0.000181428;RO=35;SAF=2;SAR=13;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408392;STB=0.756372;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00461792;OID=.;OPOS=96601345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:52:35:36:15:16:0.307692:13:2:14:21:14:2:14:22 chr2 96601364 . C T 206.04 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0246716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.872;QD=16.8196;RBI=0.0247616;REFB=-0.0013505;REVB=0.00210988;RO=27;SAF=4;SAR=16;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29872;STB=0.673082;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00173503;OID=.;OPOS=96601364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:20:21:0.428571:16:4:12:15:17:4:12:16 chr2 96604591 . A G 2355.93 PASS AF=0.649682;AO=203;DP=313;FAO=204;FDP=314;FR=.;FRO=110;FSAF=121;FSAR=83;FSRF=53;FSRR=57;FWDB=0.0169118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.037;QD=30.0118;RBI=0.0247247;REFB=-0.0232467;REVB=0.0180361;RO=109;SAF=121;SAR=82;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730269;STB=0.539796;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0117025;OID=.;OPOS=96604591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:314:109:110:203:204:0.649682:82:121:53:56:83:121:53:57 chr2 96604606 . C A 301.26 PASS AF=0.181818;AO=56;DP=308;FAO=56;FDP=308;FR=.;FRO=252;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=130;FSRR=122;FWDB=-0.0315331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.553;QD=3.91241;RBI=0.0347974;REFB=0.00173805;REVB=-0.0147149;RO=252;SAF=38;SAR=18;SRF=130;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216447;STB=0.637533;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0114699;OID=.;OPOS=96604606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:308:252:252:56:56:0.181818:18:38:130:122:18:38:130:122 chr2 96604632 . A T 1631.51 PASS AF=0.542254;AO=154;DP=287;FAO=154;FDP=284;FR=.;FRO=130;FSAF=96;FSAR=58;FSRF=62;FSRR=68;FWDB=-0.00109835;FXX=0.0104526;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1181;QD=22.979;RBI=0.0201534;REFB=-0.0199353;REVB=-0.0201234;RO=128;SAF=96;SAR=58;SRF=61;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125802;STB=0.568947;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.030008;OID=.;OPOS=96604632;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:284:128:130:154:154:0.542254:58:96:61:67:58:96:62:68 chr2 96604730 . T C 118.32 PASS AF=0.243243;AO=18;DP=74;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.00659204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.546;QD=6.39579;RBI=0.0146638;REFB=-0.0107009;REVB=-0.0130985;RO=56;SAF=9;SAR=9;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154643;STB=0.594493;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0470505;OID=.;OPOS=96604730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:56:56:18:18:0.243243:9:9:21:35:9:9:21:35 chr2 96606944 . C T 163.6 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0278846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7406;QD=20.4496;RBI=0.045859;REFB=0.00561507;REVB=-0.0364073;RO=15;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100263;STB=0.556893;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.00927963;OID=.;OPOS=96606944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:5:12:9:6:5:12:9:6 chr2 96610399 . C A 123.85 PASS AF=0.15528;AO=25;DP=163;FAO=25;FDP=161;FR=.;FRO=136;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=86;FWDB=0.00209914;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.864;QD=3.07702;RBI=0.00481294;REFB=0.0008833;REVB=0.00433105;RO=138;SAF=11;SAR=14;SRF=52;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832726;STB=0.562899;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00385957;OID=.;OPOS=96610399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:161:138:136:25:25:0.15528:14:11:52:86:14:11:50:86 chr2 96610410 . T A 97.68 PASS AF=0.135484;AO=21;DP=155;FAO=21;FDP=155;FR=.;FRO=134;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=83;FWDB=-0.0129153;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.167;QD=2.52079;RBI=0.0177189;REFB=0.00278518;REVB=0.0121307;RO=134;SAF=9;SAR=12;SRF=51;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626956;STB=0.542817;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.00518256;OID=.;OPOS=96610410;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:155:155:134:134:21:21:0.135484:12:9:51:83:12:9:51:83 chr2 96610420 . G T 101.66 PASS AF=0.142857;AO=18;DP=144;FAO=21;FDP=147;FR=.;FRO=126;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=81;FWDB=0.0190767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.616;QD=2.76612;RBI=0.0193259;REFB=-0.00124222;REVB=0.00309348;RO=125;SAF=7;SAR=11;SRF=45;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038389;STB=0.603186;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.010431;OID=.;OPOS=96610420;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:147:125:126:18:21:0.142857:11:7:45:80:11:10:45:81 chr2 96610455 . C A 65.49 PASS AF=0.138614;AO=12;DP=99;FAO=14;FDP=101;FR=.;FRO=87;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=60;FWDB=0.0195779;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.276;QD=2.59365;RBI=0.0197368;REFB=-0.0043499;REVB=-0.0024993;RO=82;SAF=4;SAR=8;SRF=25;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402367;STB=0.607001;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0254981;OID=.;OPOS=96610455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:99:101:82:87:12:14:0.138614:8:4:25:57:8:6:27:60 chr2 96610899 . T C 1189.5 PASS AF=0.562189;AO=112;DP=201;FAO=113;FDP=201;FR=.;FRO=88;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.0255678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.4877;QD=23.6716;RBI=0.0259174;REFB=-0.0122843;REVB=-0.00424259;RO=88;SAF=53;SAR=59;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151514;STB=0.506368;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0121496;OID=.;OPOS=96610899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:88:88:112:113:0.562189:59:53:40:48:60:53:40:48 chr2 96610921 . T G 1238.05 PASS AF=0.561905;AO=118;DP=210;FAO=118;FDP=210;FR=.;FRO=92;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=0.0109371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.168;QD=23.5819;RBI=0.0127266;REFB=-0.0196391;REVB=0.00650734;RO=92;SAF=54;SAR=64;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254943;STB=0.513866;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0162687;OID=.;OPOS=96610921;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:92:92:118:118:0.561905:64:54:45:47:64:54:45:47 chr2 96616485 . C G 50.32 PASS AF=0.120879;AO=11;DP=91;FAO=11;FDP=91;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=-0.0229799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.122;QD=2.21188;RBI=0.0782015;REFB=0.00268597;REVB=0.0747489;RO=80;SAF=6;SAR=5;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835386;STB=0.559975;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.00667779;OID=.;OPOS=96616485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:91:91:80:80:11:11:0.120879:5:6:49:31:5:6:49:31 chr2 96616506 . GC CA 33.01 PASS AF=0.0963855;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=83;FR=.;FRO=75;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=-0.0472677;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.107;QD=1.59063;RBI=0.0548354;REFB=0.00035716;REVB=-0.0277972;RO=74;SAF=4;SAR=4;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110118;STB=0.590143;STBP=0.58;TYPE=mnp;VARB=-0.00365937;OID=.;OPOS=96616506;OREF=GC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:86:83:74:75:8:8:0.0963855:4:4:44:30:4:4:45:30 chr2 96616532 . T G 49.81 PASS AF=0.136986;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0204019;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.437;QD=2.72951;RBI=0.0205067;REFB=-0.000482156;REVB=-0.00207077;RO=56;SAF=5;SAR=5;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881645;STB=0.575195;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00436899;OID=.;OPOS=96616532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:74:73:56:63:10:10:0.136986:5:5:32:24:5:5:37:26 chr2 96617090 . A G 48.18 PASS AF=0.104348;AO=12;DP=116;FAO=12;FDP=115;FR=.;FRO=103;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=53;FWDB=0.00772746;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.026;QD=1.67599;RBI=0.010778;REFB=-0.00237609;REVB=0.00751338;RO=103;SAF=7;SAR=5;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116534;STB=0.587409;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0338394;OID=.;OPOS=96617090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:116:115:103:103:12:12:0.104348:5:7:50:53:5:7:50:53 chr2 96617106 . A C 53.27 PASS AF=0.10219;AO=14;DP=137;FAO=14;FDP=137;FR=.;FRO=123;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=56;FSRR=67;FWDB=0.0202044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.522;QD=1.55546;RBI=0.0213411;REFB=-0.00382373;REVB=-0.00687201;RO=123;SAF=8;SAR=6;SRF=56;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138087;STB=0.60316;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0345527;OID=.;OPOS=96617106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:137:137:123:123:14:14:0.10219:6:8:56:67:6:8:56:67 chr2 96617111 . G A 51.86 PASS AF=0.0985915;AO=14;DP=142;FAO=14;FDP=142;FR=.;FRO=128;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=57;FSRR=71;FWDB=-0.0563934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8264;QD=1.46085;RBI=0.0620072;REFB=-0.000404916;REVB=-0.0257812;RO=128;SAF=8;SAR=6;SRF=57;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148829;STB=0.612169;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00149773;OID=.;OPOS=96617111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:142:142:128:128:14:14:0.0985915:6:8:57:71:6:8:57:71 chr2 96617113 . G A 58.13 PASS AF=0.104895;AO=15;DP=143;FAO=15;FDP=143;FR=.;FRO=128;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=56;FSRR=72;FWDB=-0.00579584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.024;QD=1.62603;RBI=0.0396029;REFB=-0.00115495;REVB=-0.0391765;RO=128;SAF=9;SAR=6;SRF=56;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193695;STB=0.642672;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00886445;OID=.;OPOS=96617113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:143:143:128:128:15:15:0.104895:6:9:56:72:6:9:56:72 chr2 96617125 . T C 63.07 PASS AF=0.106667;AO=16;DP=150;FAO=16;FDP=150;FR=.;FRO=134;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=61;FSRR=73;FWDB=0.00759671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0114;QD=1.68174;RBI=0.0446826;REFB=0.000926626;REVB=0.0440321;RO=134;SAF=8;SAR=8;SRF=61;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542698;STB=0.53995;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00657475;OID=.;OPOS=96617125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:150:150:134:134:16:16:0.106667:8:8:61:73:8:8:61:73 chr2 96617132 . T C 56.32 PASS AF=0.1;AO=15;DP=150;FAO=15;FDP=150;FR=.;FRO=135;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=61;FSRR=74;FWDB=-0.00260817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.385;QD=1.50186;RBI=0.0159215;REFB=-0.00173083;REVB=-0.0157064;RO=135;SAF=8;SAR=7;SRF=61;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970622;STB=0.572848;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0170252;OID=.;OPOS=96617132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:150:150:135:135:15:15:0.1:7:8:61:74:7:8:61:74 chr2 96617155 . A G 78.9 PASS AF=0.118012;AO=19;DP=161;FAO=19;FDP=161;FR=.;FRO=142;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=61;FSRR=81;FWDB=-0.000499274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.243;QD=1.96036;RBI=0.0544273;REFB=-8.77701e-05;REVB=0.054425;RO=142;SAF=8;SAR=11;SRF=61;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107651;STB=0.507684;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00324476;OID=.;OPOS=96617155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:161:161:142:142:19:19:0.118012:11:8:61:81:11:8:61:81 chr2 96619688 . T G 54.13 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.00714293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.375;QD=3.93705;RBI=0.0172046;REFB=-0.00613892;REVB=0.0156518;RO=46;SAF=3;SAR=6;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375939;STB=0.7495;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0266892;OID=.;OPOS=96619688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:46:46:9:9:0.163636:6:3:30:16:6:3:30:16 chr2 96619734 . C T 65.5 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.023506;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4639;QD=4.76388;RBI=0.0251288;REFB=0.00942071;REVB=0.00888401;RO=44;SAF=5;SAR=3;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432937;STB=0.530226;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.0375529;OID=.;OPOS=96619734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:56:55:44:44:8:8:0.145455:3:5:26:18:3:5:26:18 chr2 96626292 . C T 374.82 PASS AF=0.933333;AO=27;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0526866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.779;QD=49.9765;RBI=0.0529545;REFB=-0.117939;REVB=-0.00531964;RO=2;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662949;STB=0.53331;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00587578;OID=.;OPOS=96626292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:27:28:0.933333:13:14:0:2:14:14:0:2 chr2 96780716 . T G 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00508701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.423;QD=23.0008;RBI=0.0862593;REFB=-0.0227096;REVB=-0.0861092;RO=21;SAF=11;SAR=18;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00132391;STB=0.5072;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0123154;OID=.;OPOS=96780716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:22:29:29:0.568627:18:11:8:13:18:11:8:14 chr2 96789787 . T C 404.56 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00405981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.216;QD=17.034;RBI=0.00732184;REFB=-0.02449;REVB=-0.00609322;RO=48;SAF=27;SAR=15;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23732;STB=0.618264;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0248918;OID=.;OPOS=96789787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:53:42:42:0.442105:15:27:19:29:15:27:23:30 chr2 96795608 . T G 295.61 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0389072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7619;QD=22.3105;RBI=0.049356;REFB=0.00431716;REVB=-0.0303685;RO=23;SAF=19;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15944;STB=0.588327;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00487028;OID=.;OPOS=96795608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:11:19:10:13:11:19:10:13 chr2 96795714 . G A 420.83 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0127795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.059;QD=20.5281;RBI=0.0168081;REFB=-0.0130128;REVB=-0.0109178;RO=40;SAF=21;SAR=21;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220142;STB=0.512189;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.013225;OID=.;OPOS=96795714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:21:21:21:19:21:21:21:19 chr2 96795857 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00639297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.592;QD=56.9382;RBI=0.0380682;REFB=0;REVB=0.0375276;RO=0;SAF=10;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98469e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100957;OID=.;OPOS=96795857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:43:10:0:0:43:10:0:0 chr2 96809331 . T C 2525.99 PASS AF=0.960227;AO=167;DP=176;FAO=169;FDP=176;FR=.;FRO=7;FSAF=108;FSAR=61;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0337029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.808;QD=57.4089;RBI=0.0340506;REFB=-0.0461724;REVB=0.00485351;RO=6;SAF=108;SAR=59;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135238;STB=0.503249;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00400985;OID=.;OPOS=96809331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:176:176:6:7:167:169:0.960227:59:108:5:1:61:108:5:2 chr2 96859034 . A G 207.94 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0042326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.007;QD=13.4155;RBI=0.0257713;REFB=-0.014154;REVB=0.0254213;RO=37;SAF=13;SAR=12;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498187;STB=0.528475;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0262494;OID=.;OPOS=96859034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:12:13:21:16:12:13:21:16 chr2 96861159 . C G 706.27 PASS AF=0.45509;AO=76;DP=167;FAO=76;FDP=167;FR=.;FRO=91;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=60;FSRR=31;FWDB=0.0122837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.285;QD=16.9166;RBI=0.0281341;REFB=-0.000897168;REVB=0.0253108;RO=89;SAF=42;SAR=34;SRF=60;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121564;STB=0.55952;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00101286;OID=.;OPOS=96861159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:89:91:76:76:0.45509:34:42:60:29:34:42:60:31 chr2 96874590 . TT CC 101.85 PASS AF=0.375;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0293958;FXX=0.0588062;HRUN=5;LEN=2;MLLD=60.0602;QD=12.7314;RBI=0.0687708;REFB=-0.0158561;REVB=-0.0621716;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173698;STB=0.613216;STBP=0.332;TYPE=mnp;VARB=0.031239;OID=.;OPOS=96874590;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:32:15:20:12:12:0.375:7:5:9:6:7:5:12:8 chr2 96917588 . T G 976.48 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.016167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.107;QD=57.44;RBI=0.0181388;REFB=-0.0753157;REVB=0.00822464;RO=1;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129467;STB=0.506847;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000387638;OID=.;OPOS=96917588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:36:31:0:1:36:31:0:1 chr2 96919642 . C T 325.74 PASS AF=0.492958;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0252464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.818;QD=18.3513;RBI=0.0264789;REFB=-0.0329889;REVB=0.00798461;RO=35;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065651;STB=0.521307;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0362034;OID=.;OPOS=96919642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:36:34:35:0.492958:18:16:19:16:18:17:19:17 chr2 96937296 . G C 275.61 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0205676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0472;QD=18.0729;RBI=0.022366;REFB=-0.0163265;REVB=-0.00878707;RO=31;SAF=14;SAR=15;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119653;STB=0.557339;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0137308;OID=.;OPOS=96937296;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:29:30:0.491803:15:14:19:12:15:15:19:12 chr2 96944553 . G A 185.93 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00377403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0176;QD=19.0698;RBI=0.0408131;REFB=0.0209439;REVB=0.0406382;RO=19;SAF=2;SAR=17;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386867;STB=0.718026;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0191199;OID=.;OPOS=96944553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:20:19:19:0.487179:17:2:7:12:17:2:7:13 chr2 96952833 . A G 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00983576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.509;QD=12.4554;RBI=0.0315449;REFB=-0.0126689;REVB=-0.0299723;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169522;STB=0.597846;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0121109;OID=.;OPOS=96952833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:9:12:14:20:9:12:14:20 chr2 96953199 . G A 156.67 PASS AF=0.271605;AO=22;DP=82;FAO=22;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0209932;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.409;QD=7.73667;RBI=0.0289325;REFB=0.000444603;REVB=0.0199091;RO=59;SAF=9;SAR=13;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18079;STB=0.608598;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00103074;OID=.;OPOS=96953199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:59:59:22:22:0.271605:13:9:33:26:13:9:33:26 chr2 96961287 . T C 205.71 PASS AF=0.324324;AO=20;DP=68;FAO=24;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00555578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.482;QD=11.1196;RBI=0.0196607;REFB=0.00908157;REVB=-0.0188594;RO=23;SAF=4;SAR=16;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111033;STB=0.624893;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0325715;OID=.;OPOS=96961287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:74:23:42:20:24:0.324324:16:4:3:20:16:8:22:20 chr2 96993757 . C T 215.59 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00458047;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.54;QD=14.8683;RBI=0.0171396;REFB=-0.0107014;REVB=0.0165162;RO=31;SAF=10;SAR=15;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266217;STB=0.632549;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0160616;OID=.;OPOS=96993757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:33:25:25:0.431034:15:10:21:10:15:10:21:12 chr2 96993884 . A G 369.39 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0143314;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2132;QD=16.7903;RBI=0.0200261;REFB=0.00176498;REVB=0.0139877;RO=49;SAF=16;SAR=23;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120218;STB=0.567533;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00305469;OID=.;OPOS=96993884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:49:49:39:39:0.443182:23:16:26:23:23:16:26:23 chr2 97020049 . T C 247.16 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.00233444;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.228;QD=11.3638;RBI=0.00319417;REFB=-0.00819703;REVB=-0.00218016;RO=57;SAF=12;SAR=18;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104705;STB=0.560707;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0158699;OID=.;OPOS=97020049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:57:57:30:30:0.344828:18:12:28:29:18:12:28:29 chr2 97030247 . T C 402.42 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00137839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.542;QD=16.5945;RBI=0.0458202;REFB=-0.0214149;REVB=0.0457995;RO=55;SAF=20;SAR=22;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515023;STB=0.528936;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0320166;OID=.;OPOS=97030247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:55:42:42:0.43299:22:20:29:26:22:20:29:26 chr2 97166204 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.793;QD=56.1916;RBI=0.0165235;REFB=0;REVB=0.012894;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90344e-05;OID=.;OPOS=97166204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:20:7:0:0:21:7:0:0 chr2 97217273 . AGCCCCCA AGCCCCA,AGCCCCAC,CAGCCCCA 423.11 PASS AF=0.666667,0.130952,0;AO=34,14,6;DP=86;FAO=56,11,0;FDP=84;FR=.;FRO=17;FSAF=24,11,0;FSAR=32,0,0;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.1407,-0.00543545,0.031369;FXX=0.0232531;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,3;MLLD=9.59977,125.84,12.0667;QD=20.1482;RBI=0.238606,0.00638207,0.0595665;REFB=-0.0838044,-0.0148245,-0.0403084;REVB=0.192708,-0.00334465,0.0506375;RO=25;SAF=11,14,1;SAR=23,0,5;SRF=17;SRR=8;SSEN=0.5625,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.278621,0.77461,-0.565931;STB=0.564683,0.998504,0.5;STBP=0.048,0.022,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.119854,0.0305208,0;OID=.,.,.;OPOS=97217275,97217279,97217273;OREF=C,CA,AGC;OALT=-,AC,CAG;OMAPALT=AGCCCCA,AGCCCCAC,CAGCCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:86:84:25:17:34,14,6:56,11,0:0.666667,0.130952,0:23,0,5:11,14,1:17:8:32,0,0:24,11,0:12:5 chr2 97351840 . A G 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0104463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.499;QD=11.6204;RBI=0.0160532;REFB=-0.0105121;REVB=-0.0121894;RO=35;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126087;STB=0.573455;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0164619;OID=.;OPOS=97351840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:8:12:17:18:8:12:17:18 chr2 97525512 . A G 67.01 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0109705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.287;QD=5.25593;RBI=0.0266012;REFB=-0.000831943;REVB=0.0242337;RO=41;SAF=8;SAR=2;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303134;STB=0.703254;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00634574;OID=.;OPOS=97525512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:41:41:10:10:0.196078:2:8:24:17:2:8:24:17 chr2 97559759 . G A 830.39 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2765;QD=57.2685;RBI=0.0498903;REFB=0;REVB=0.0324289;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391089;OID=.;OPOS=97559759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:22:35:0:0:23:35:0:0 chr2 97587219 . C A 169.79 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0163819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.921;QD=8.82011;RBI=0.0187779;REFB=-0.0110002;REVB=-0.00917842;RO=54;SAF=12;SAR=11;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844164;STB=0.549957;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0292699;OID=.;OPOS=97587219;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:54:54:23:23:0.298701:11:12:32:22:11:12:32:22 chr2 97808349 . T C 107.4 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.00615031;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.5;QD=7.95575;RBI=0.0180761;REFB=-0.0101436;REVB=-0.0169976;RO=39;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433926;STB=0.758315;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0384728;OID=.;OPOS=97808349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:5:10:11:28:5:10:11:28 chr2 97808394 . C G 68.84 PASS AF=0.158537;AO=13;DP=81;FAO=13;FDP=82;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=0.00872922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.019;QD=3.35826;RBI=0.0226979;REFB=-0.00505057;REVB=0.0209522;RO=68;SAF=10;SAR=3;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491213;STB=0.816949;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0404411;OID=.;OPOS=97808394;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:81:82:68:69:13:13:0.158537:3:10:24:44:3:10:25:44 chr2 97820417 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.72;QD=42.1825;RBI=0.0237928;REFB=0;REVB=0.0197045;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41507e-05;OID=.;OPOS=97820417;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr2 97820430 . CC TA 106.12 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202935;FXX=0.0908265;HRUN=2;LEN=2;MLLD=309.138;QD=42.4477;RBI=0.0202935;REFB=0;REVB=-5.50126e-07;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000185237;OID=.;OPOS=97820430;OREF=CC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:0:10:0:0:0:10:0:0 chr2 97820434 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00357007;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.455;QD=42.1826;RBI=0.0538311;REFB=0;REVB=-0.0537126;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000333719;OID=.;OPOS=97820434;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr2 97820478 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5633;QD=42.1826;RBI=0.015711;REFB=0;REVB=0.00719982;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159378;OID=.;OPOS=97820478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr2 97820489 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.039;QD=42.1826;RBI=0.0511333;REFB=0;REVB=0.0208427;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000819065;OID=.;OPOS=97820489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr2 97820493 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.185;QD=42.1826;RBI=0.0427917;REFB=0;REVB=-0.00096194;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191794;OID=.;OPOS=97820493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr2 97827839 . G A 156.13 PASS AF=0.277108;AO=21;DP=82;FAO=23;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0148077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.703;QD=7.52439;RBI=0.0188854;REFB=0.0130527;REVB=0.0117214;RO=60;SAF=17;SAR=4;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32827;STB=0.670645;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00963258;OID=.;OPOS=97827839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:60:60:21:23:0.277108:4:17:35:25:5:18:35:25 chr2 97828982 . C T 30.3 PASS AF=0.3125;AO=5;DP=17;FAO=5;FDP=16;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00582742;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.207;QD=7.57529;RBI=0.00670293;REFB=0.00807627;REVB=0.00331217;RO=11;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059321;STB=0.538306;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.0141671;OID=.;OPOS=97828982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:17:16:11:11:5:5:0.3125:3:2:5:6:3:2:5:6 chr2 97830053 . A G 111.66 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=72;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0229537;FXX=0.0277739;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.087;QD=6.38027;RBI=0.0252172;REFB=-0.0208027;REVB=0.010442;RO=48;SAF=6;SAR=11;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366419;STB=0.685035;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.040358;OID=.;OPOS=97830053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:48:53:17:17:0.242857:11:6:32:16:11:6:32:21 chr2 97830138 . C T 176.72 PASS AF=0.186047;AO=32;DP=171;FAO=32;FDP=172;FR=.;FRO=140;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=58;FSRR=82;FWDB=-0.00664894;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.972;QD=4.10967;RBI=0.027867;REFB=-0.00547888;REVB=-0.0270622;RO=135;SAF=17;SAR=15;SRF=56;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148641;STB=0.594391;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0198837;OID=.;OPOS=97830138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:135:140:32:32:0.186047:15:17:56:79:15:17:58:82 chr2 97833342 . G A 155.53 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0198395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.71;QD=15.1741;RBI=0.0322603;REFB=-0.0143782;REVB=-0.0254386;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319444;STB=0.674346;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0220291;OID=.;OPOS=97833342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:24:17:17:0.414634:5:12:9:14:5:12:10:14 chr2 97833466 . C T 239.18 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0141411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6823;QD=20.7984;RBI=0.0616859;REFB=-0.0576164;REVB=0.0600432;RO=23;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122044;STB=0.568801;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0696729;OID=.;OPOS=97833466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:15:8:11:12:15:8:11:12 chr2 97869848 . G A 540.88 PASS AF=0.396226;AO=63;DP=162;FAO=63;FDP=159;FR=.;FRO=96;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=63;FSRR=33;FWDB=-0.00348573;FXX=0.0185174;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.45;QD=13.6071;RBI=0.0143958;REFB=-0.00344976;REVB=-0.0139674;RO=81;SAF=23;SAR=40;SRF=59;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354777;STB=0.671953;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00385253;OID=.;OPOS=97869848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:159:81:96:63:63:0.396226:40:23:59:22:40:23:63:33 chr2 97884763 . T C 1067.33 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0450866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.062;QD=58.4836;RBI=0.10014;REFB=-0.032046;REVB=0.0894164;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.506171;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000846329;OID=.;OPOS=97884763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:40:32:0:0:40:32:0:1 chr2 97909739 . G A 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00947837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.89;QD=5.78807;RBI=0.0212699;REFB=0.00354977;REVB=-0.0190413;RO=23;SAF=6;SAR=1;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409201;STB=0.775565;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00348079;OID=.;OPOS=97909739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:1:6:13:10:1:6:13:10 chr2 98128172 . C A 81.07 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.00307962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8058;QD=7.90951;RBI=0.0277869;REFB=-0.00891295;REVB=-0.0276157;RO=30;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506995;STB=0.805969;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0174305;OID=.;OPOS=98128172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:41:41:30:30:11:11:0.268293:3:8:8:22:3:8:8:22 chr2 98128194 . GGT CAC 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00378412;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=193.246;QD=17.289;RBI=0.00575748;REFB=0.0140333;REVB=0.00433925;RO=33;SAF=20;SAR=10;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334807;STB=0.687377;STBP=0.007;TYPE=mnp;VARB=-0.014556;OID=.;OPOS=98128194;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:10:20:10:23:10:20:10:23 chr2 98128228 . G A 38.42 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0330071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.517;QD=2.84584;RBI=0.0346231;REFB=-0.00922805;REVB=-0.0104543;RO=47;SAF=4;SAR=3;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122416;STB=0.58922;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0598658;OID=.;OPOS=98128228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:47:47:7:7:0.12963:3:4:22:25:3:4:22:25 chr2 98128256 . C T 336.26 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.00910019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.097;QD=28.022;RBI=0.0094933;REFB=-0.00596498;REVB=-0.00270356;RO=19;SAF=20;SAR=9;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343985;STB=0.689524;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00145531;OID=.;OPOS=98128256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:9:20:4:15:9:20:4:15 chr2 98128258 . G C 338.07 PASS AF=0.617021;AO=28;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0217582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.085;QD=28.7723;RBI=0.021781;REFB=-0.00504112;REVB=-0.00099754;RO=18;SAF=19;SAR=9;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323772;STB=0.680348;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00770408;OID=.;OPOS=98128258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:28:29:0.617021:9:19:4:14:9:20:4:14 chr2 98128300 . A G 43.19 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00247958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1292;QD=5.57266;RBI=0.00748321;REFB=-0.021449;REVB=-0.00706046;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655922;STB=0.542737;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0816305;OID=.;OPOS=98128300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:3:4:15:9:3:4:15:9 chr2 98128313 . G A 36.26 PASS AF=0.416667;AO=4;DP=13;FAO=5;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0503629;FXX=0.142755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8051;QD=12.0864;RBI=0.0531803;REFB=-0.0253589;REVB=0.0170799;RO=4;SAF=2;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571156;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0189016;OID=.;OPOS=98128313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:13:12:4:7:4:5:0.416667:2:2:2:2:2:3:5:2 chr2 98171687 . A G 274.58 PASS AF=0.333333;AO=32;DP=99;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.0103656;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.911;QD=11.0941;RBI=0.0196285;REFB=-0.0067706;REVB=-0.0166683;RO=62;SAF=22;SAR=10;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545954;STB=0.522374;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0140157;OID=.;OPOS=98171687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:62:66:32:33:0.333333:10:22:40:22:11:22:42:24 chr2 98354080 . C T 265.77 PASS AF=0.324074;AO=35;DP=108;FAO=35;FDP=108;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.00248749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.28;QD=9.84324;RBI=0.0439654;REFB=-0.0114381;REVB=-0.043895;RO=72;SAF=22;SAR=13;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879535;STB=0.556623;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.023067;OID=.;OPOS=98354080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:72:73:35:35:0.324074:13:22:40:32:13:22:40:33 chr2 98354504 . G A 143.98 PASS AF=0.253012;AO=21;DP=83;FAO=21;FDP=83;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0237289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.788;QD=6.93869;RBI=0.0241099;REFB=-0.00716769;REVB=-0.00426946;RO=62;SAF=9;SAR=12;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683474;STB=0.541627;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0261362;OID=.;OPOS=98354504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:62:62:21:21:0.253012:12:9:30:32:12:9:30:32 chr2 98833448 . CG C,CC 113.87 PASS AF=0.363636,0.636364;AO=3,7;DP=10;FAO=4,7;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2,3;FSAR=2,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406494,0.0338741;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=228.207,228.312;QD=41.4062;RBI=0.041059,0.034518;REFB=0,0;REVB=-0.00578561,-0.0066359;RO=0;SAF=1,3;SAR=2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0262334,0.00656401;OID=.,.;OPOS=98833449,98833449;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.363636,0.636364:3,7:10:4,7:11:0:2,3:2,4:0:0:16:0:1,3:2,4:0:0 chr2 98844674 . C G 1290.75 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00909391;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9;QD=62.2049;RBI=0.0488928;REFB=0;REVB=0.0480396;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173575;OID=.;OPOS=98844674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:83:0:0:83:83:1:46:37:0:0:46:37:0:0 chr2 98853173 . G A 2386.1 PASS AF=0.993671;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0242455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3858;QD=60.4077;RBI=0.0280845;REFB=-0.0343786;REVB=0.0141737;RO=1;SAF=66;SAR=91;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715397;STB=0.503759;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-3.91238e-05;OID=.;OPOS=98853173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:158:1:1:157:157:0.993671:91:66:1:0:91:66:1:0 chr2 98928494 . G A 892.99 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0605032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4921;QD=54.9532;RBI=0.083202;REFB=-0.129373;REVB=0.0571134;RO=2;SAF=32;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000460997;STB=0.500244;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00531245;OID=.;OPOS=98928494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:31:32:1:1:31:32:1:1 chr2 98994641 . G A 2337.97 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00406448;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.638;QD=63.1883;RBI=0.0327762;REFB=0.0234766;REVB=0.0325232;RO=1;SAF=71;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621698;STB=0.503268;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-3.82101e-05;OID=.;OPOS=98994641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:1:1:147:147:0.993243:76:71:0:1:76:71:0:1 chr2 99013259 . C T 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.00818135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6656;QD=13.0884;RBI=0.0232227;REFB=-0.00316232;REVB=0.0217338;RO=27;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202162;STB=0.616887;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00625951;OID=.;OPOS=99013259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:7:9:20:7:7:9:20:7 chr2 99342785 . C T 427.91 PASS AF=0.488636;AO=42;DP=87;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0278107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6405;QD=19.4504;RBI=0.0296791;REFB=-0.00977846;REVB=0.010364;RO=45;SAF=23;SAR=19;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116177;STB=0.569288;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0102215;OID=.;OPOS=99342785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:45:45:42:43:0.488636:19:23:19:26:19:24:19:26 chr2 99778735 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.503;QD=56.1916;RBI=0.0364061;REFB=0;REVB=-0.00343683;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147429;OID=.;OPOS=99778735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr2 99778985 . T C 1413.77 PASS AF=0.968421;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0123636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3388;QD=59.5271;RBI=0.0129124;REFB=-0.0134024;REVB=-0.0037242;RO=3;SAF=47;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00932673;STB=0.504922;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=3.19026e-05;OID=.;OPOS=99778985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:95:3:3:92:92:0.968421:45:47:2:1:45:47:2:1 chr2 99804642 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.427;QD=60.6099;RBI=0.0419746;REFB=0;REVB=0.0402199;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104017;OID=.;OPOS=99804642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr2 99812070 . G A 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.08;QD=59.3226;RBI=0.0699025;REFB=0;REVB=-0.0675212;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000727326;OID=.;OPOS=99812070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr2 99978048 . G A 194.95 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.205065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.983;QD=10.5379;RBI=0.205828;REFB=-0.0194802;REVB=-0.0177105;RO=42;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135061;STB=0.520591;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0348814;OID=.;OPOS=99978048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:74:42:49:25:25:0.337838:13:12:15:27:13:12:22:27 chr2 99995804 . T C 439.41 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0256275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.156;QD=19.3149;RBI=0.0261069;REFB=-0.0107596;REVB=0.00498021;RO=47;SAF=21;SAR=23;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109731;STB=0.560948;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00874357;OID=.;OPOS=99995804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:23:21:28:19:23:21:28:19 chr2 100017514 . ATAAT A 393.67 PASS AF=0.420561;AO=44;DP=114;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.00817061;FXX=0.0446389;HRUN=1;LEN=4;MLLD=254.329;QD=14.7165;RBI=0.0111421;REFB=-0.0118355;REVB=-0.00757548;RO=62;SAF=12;SAR=32;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240243;STB=0.60456;STBP=0.083;TYPE=del;VARB=0.0145828;OID=.;OPOS=100017515;OREF=TAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.420561:44:114:45:107:62:13:32:28:34:99:62:12:32:30:32 chr2 100017545 . G A 320.09 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0294778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.945;QD=16.0047;RBI=0.0307968;REFB=-0.0174293;REVB=0.00891644;RO=45;SAF=15;SAR=20;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016129;STB=0.509086;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0161837;OID=.;OPOS=100017545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:20:15:20:25:20:15:20:25 chr2 100017609 . A G 293.18 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0769349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.717;QD=22.9943;RBI=0.0770919;REFB=0.001369;REVB=0.00491652;RO=22;SAF=16;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405312;STB=0.522433;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.000754992;OID=.;OPOS=100017609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:13:16:11:11:13:16:11:11 chr2 100019496 . A G 238.12 PASS AF=0.405797;AO=27;DP=66;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00595435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.284;QD=13.8038;RBI=0.0162922;REFB=-0.00885286;REVB=-0.0151651;RO=38;SAF=6;SAR=21;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457574;STB=0.721641;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0189184;OID=.;OPOS=100019496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:38:41:27:28:0.405797:21:6:25:13:21:7:25:16 chr2 100055506 . A G 201.54 PASS AF=0.413793;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0282888;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.858;QD=13.8992;RBI=0.028357;REFB=0.00358183;REVB=-0.00196686;RO=34;SAF=15;SAR=8;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251123;STB=0.651036;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00655628;OID=.;OPOS=100055506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:23:24:0.413793:8:15:14:20:8:16:14:20 chr2 100199386 . G T 511.7 PASS AF=0.440945;AO=55;DP=126;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.0101602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.916;QD=16.1164;RBI=0.0109652;REFB=-0.014182;REVB=0.00412365;RO=70;SAF=19;SAR=36;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229991;STB=0.6171;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0157978;OID=.;OPOS=100199386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:70:71:55:56:0.440945:36:19:40:30:36:20:40:31 chr2 100218080 . G A 952.74 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0766057;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.865;QD=56.0436;RBI=0.0814495;REFB=-0.0430891;REVB=0.0276694;RO=1;SAF=19;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242098;STB=0.511624;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000744351;OID=.;OPOS=100218080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:68:68:1:1:65:67:0.985294:46:19:1:0:46:21:1:0 chr2 100247478 . C T 83.48 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00675324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9172;QD=20.8703;RBI=0.056422;REFB=-0.0192179;REVB=-0.0560164;RO=6;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256073;STB=0.514676;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0228296;OID=.;OPOS=100247478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:7:3:2:4:7:3:2:4 chr2 100343557 . C T 1097.52 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00852589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.691;QD=60.1383;RBI=0.0299572;REFB=0;REVB=0.0287183;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51366e-05;OID=.;OPOS=100343557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:25:46:0:0:27:46:0:0 chr2 100897573 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.446;QD=59.1432;RBI=0.0340218;REFB=0;REVB=0.0196474;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55878e-05;OID=.;OPOS=100897573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr2 100898418 . G A 113.34 PASS AF=0.145455;AO=24;DP=165;FAO=24;FDP=165;FR=.;FRO=141;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=58;FSRR=83;FWDB=0.00896531;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.719;QD=2.74772;RBI=0.011489;REFB=4.88858e-05;REVB=0.00718481;RO=140;SAF=11;SAR=13;SRF=58;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568519;STB=0.540673;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.000289839;OID=.;OPOS=100898418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:140:141:24:24:0.145455:13:11:58:82:13:11:58:83 chr2 100915772 . A G 785.8 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0862906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.205;QD=64.1471;RBI=0.111348;REFB=0;REVB=-0.0703722;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0020149;OID=.;OPOS=100915772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr2 100916306 . A G 1273.02 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000445807;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.126;QD=60.6201;RBI=0.0264444;REFB=-0.0108867;REVB=-0.0264406;RO=1;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101856;STB=0.505375;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-2.16983e-06;OID=.;OPOS=100916306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:46:37:0:1:46:37:0:1 chr2 100916315 . A G 209.26 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0120535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.252;QD=11.6258;RBI=0.0407717;REFB=0.00111898;REVB=0.0389493;RO=42;SAF=11;SAR=15;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833333;STB=0.535687;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.00224303;OID=.;OPOS=100916315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:42:46:26:26:0.361111:15:11:21:21:15:11:22:24 chr2 100917109 . C T 980.37 PASS AF=0.490291;AO=101;DP=206;FAO=101;FDP=206;FR=.;FRO=105;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=0.00184221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.646;QD=19.0363;RBI=0.00201466;REFB=-0.0198622;REVB=0.000815552;RO=105;SAF=50;SAR=51;SRF=51;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00864669;STB=0.504758;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0193862;OID=.;OPOS=100917109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:105:105:101:101:0.490291:51:50:51:54:51:50:51:54 chr2 101010082 . G C 514.4 PASS AF=0.434109;AO=56;DP=129;FAO=56;FDP=129;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=27;FWDB=-0.00620074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.284;QD=15.9503;RBI=0.010711;REFB=-0.0046646;REVB=-0.00873366;RO=73;SAF=33;SAR=23;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430857;STB=0.524076;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0065636;OID=.;OPOS=101010082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:73:73:56:56:0.434109:23:33:46:27:23:33:46:27 chr2 101031561 . G T 320.77 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0288769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4951;QD=16.2417;RBI=0.0336673;REFB=-0.0138778;REVB=0.0173093;RO=44;SAF=19;SAR=16;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942724;STB=0.552912;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0148162;OID=.;OPOS=101031561;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:16:19:28:16:16:19:28:16 chr2 101086966 . C T 418.78 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.026235;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.7745;QD=17.6328;RBI=0.059953;REFB=0.00427529;REVB=0.0539082;RO=52;SAF=25;SAR=18;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117782;STB=0.565914;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00347541;OID=.;OPOS=101086966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:52:43:43:0.452632:18:25:24:28:18:25:24:28 chr2 101093702 . C T 340.2 PASS AF=0.420455;AO=35;DP=86;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-7.82863e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3551;QD=15.4636;RBI=0.0773407;REFB=0.015763;REVB=0.0773407;RO=51;SAF=17;SAR=18;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865545;STB=0.547491;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.0206833;OID=.;OPOS=101093702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:51:51:35:37:0.420455:18:17:29:22:19:18:29:22 chr2 101096960 . C T 1528.01 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.129;QD=63.6671;RBI=0.0580109;REFB=0;REVB=0.0574899;RO=0;SAF=59;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66581e-05;OID=.;OPOS=101096960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:37:59:0:0:37:59:0:0 chr2 101186088 . C T 2263.59 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8886;QD=63.3171;RBI=0.0295251;REFB=0;REVB=0.00235313;RO=0;SAF=50;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.68063e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.72202e-05;OID=.;OPOS=101186088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:143:0:0:140:143:1:90:50:0:0:90:53:0:0 chr2 101437561 . G A 1926.8 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000947962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.523;QD=61.6577;RBI=0.013627;REFB=0;REVB=0.013594;RO=0;SAF=67;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27427e-05;OID=.;OPOS=101437561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:125:0:0:120:125:1:53:67:0:0:57:68:0:0 chr2 101437601 . C G 1914.65 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00469052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.371;QD=61.763;RBI=0.0223599;REFB=0;REVB=0.0218624;RO=0;SAF=66;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2086e-05;OID=.;OPOS=101437601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:58:66:0:0:58:66:0:0 chr2 101587455 . C T 595.46 PASS AF=0.452555;AO=62;DP=138;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.00438948;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.675;QD=17.3857;RBI=0.00577152;REFB=-0.0211686;REVB=-0.00374739;RO=75;SAF=29;SAR=33;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905294;STB=0.550371;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0256201;OID=.;OPOS=101587455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:75:75:62:62:0.452555:33:29:42:33:33:29:42:33 chr2 101591304 . A G 1587.78 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9748;QD=64.1526;RBI=0.0690678;REFB=0;REVB=-0.014531;RO=0;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334761;OID=.;OPOS=101591304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:46:53:0:0:46:53:0:0 chr2 101624384 . T C 343.2 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0106778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.169;QD=18.8052;RBI=0.0121062;REFB=-0.00479664;REVB=-0.00570478;RO=37;SAF=15;SAR=21;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105576;STB=0.505879;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00558934;OID=.;OPOS=101624384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:21:15:15:22:21:15:15:22 chr2 101656726 . T C 1140.24 PASS AF=0.544118;AO=111;DP=205;FAO=111;FDP=204;FR=.;FRO=93;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=-0.00286569;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.466;QD=22.3577;RBI=0.0256882;REFB=-0.0249027;REVB=-0.0255278;RO=93;SAF=62;SAR=49;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176883;STB=0.509648;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0202415;OID=.;OPOS=101656726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:93:93:111:111:0.544118:49:62:50:43:49:62:50:43 chr2 101869588 . G T 156.11 PASS AF=1;AO=6;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229436;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=206.24;QD=36.7311;RBI=0.0734827;REFB=0;REVB=0.069809;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00422982;OID=.;OPOS=101869588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:17:17:0:0:6:17:1:1:5:0:0:4:13:0:0 chr2 101898412 . G C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.885;QD=58.4195;RBI=0.0525225;REFB=0;REVB=-0.0278551;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06665e-05;OID=.;OPOS=101898412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr2 101925975 . G A 61.31 PASS AF=0.148148;AO=12;DP=81;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0323234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5059;QD=3.02766;RBI=0.0327688;REFB=0.0067626;REVB=-0.00538429;RO=69;SAF=7;SAR=5;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130079;STB=0.589174;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.0238667;OID=.;OPOS=101925975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:81:81:69:69:12:12:0.148148:5:7:33:36:5:7:33:36 chr2 102018908 . A G 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00786977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.444;QD=22.6784;RBI=0.0182228;REFB=-0.0293877;REVB=0.0164359;RO=5;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160449;STB=0.592391;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0395726;OID=.;OPOS=102018908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:2:8:3:2:2:8:3:2 chr2 102038849 . T A 995.73 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0178507;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.706;QD=57.7234;RBI=0.0239407;REFB=-0.0175124;REVB=0.0159533;RO=1;SAF=34;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136989;STB=0.507244;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=1.4224e-05;OID=.;OPOS=102038849;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:34:34:1:0:34:34:1:0 chr2 102067083 . T C 1740.66 PASS AF=0.976;AO=117;DP=125;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0204162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.721;QD=55.7013;RBI=0.0243565;REFB=-0.177637;REVB=0.0132822;RO=8;SAF=73;SAR=44;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788915;STB=0.514849;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00277421;OID=.;OPOS=102067083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:125:125:8:3:117:122:0.976:44:73:0:8:49:73:0:3 chr2 102068872 . T A 304.94 PASS AF=0.364583;AO=20;DP=96;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0041496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0144;QD=12.7059;RBI=0.0657597;REFB=-0.0253763;REVB=-0.0656286;RO=60;SAF=9;SAR=11;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206021;STB=0.648562;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0350024;OID=.;OPOS=102068872;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:61:20:35:0.364583:11:9:28:32:11:24:28:33 chr2 102083254 . C T 204.17 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00386971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.335;QD=10.4703;RBI=0.0704536;REFB=-0.003633;REVB=-0.0703472;RO=52;SAF=11;SAR=15;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174596;STB=0.601684;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0096142;OID=.;OPOS=102083254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:52:26:26:0.333333:15:11:30:22:15:11:30:22 chr2 102472562 . C T 111.06 PASS AF=0.271186;AO=15;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00966751;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.133;QD=7.5295;RBI=0.0554818;REFB=-0.0346478;REVB=-0.0546331;RO=32;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184453;STB=0.651995;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.08008;OID=.;OPOS=102472562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:43:15:16:0.271186:6:9:14:18:7:9:15:28 chr2 102644698 . G A 433.47 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00210876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.775;QD=20.6414;RBI=0.0161416;REFB=-0.0143069;REVB=-0.0160033;RO=40;SAF=28;SAR=15;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180783;STB=0.606563;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0101755;OID=.;OPOS=102644698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:41:43:43:0.511905:15:28:18:22:15:28:18:23 chr2 102955474 . C T 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0121772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.128;QD=12.3389;RBI=0.0161125;REFB=0.00104731;REVB=-0.0105512;RO=39;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00346506;STB=0.501996;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.00183451;OID=.;OPOS=102955474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:13:11:18:21:13:11:18:21 chr2 102957204 . G A 279.26 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0148504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.749;QD=12.0114;RBI=0.0192493;REFB=-0.00929823;REVB=-0.0122475;RO=59;SAF=13;SAR=20;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238167;STB=0.631365;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0203664;OID=.;OPOS=102957204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:60:33:33:0.354839:20:13:36:23:20:13:36:24 chr2 102968007 . G A 452.13 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00884821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.042;QD=19.4464;RBI=0.0195293;REFB=-0.0179487;REVB=-0.0174099;RO=47;SAF=26;SAR=19;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120827;STB=0.561932;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0291886;OID=.;OPOS=102968007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:48:45:45:0.483871:19:26:21:26:19:26:22:26 chr2 102968075 . T C 541.94 PASS AF=0.520408;AO=50;DP=99;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0123528;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5353;QD=22.1198;RBI=0.0123811;REFB=0.00556182;REVB=0.000836945;RO=47;SAF=24;SAR=26;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292149;STB=0.511455;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.00390906;OID=.;OPOS=102968075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:47:47:50:51:0.520408:26:24:21:26:27:24:21:26 chr2 102968211 . CA AG 260.27 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00483881;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=2;MLLD=55.2328;QD=23.6613;RBI=0.00997675;REFB=-0.00484764;REVB=0.00872477;RO=18;SAF=7;SAR=17;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130348;STB=0.531223;STBP=0.697;TYPE=mnp;VARB=0.00400593;OID=.;OPOS=102968211;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:18:20:24:24:0.545455:17:7:5:13:17:7:7:13 chr2 102968285 . T C 272.56 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00156599;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.515;QD=19.4684;RBI=0.0106551;REFB=-0.0102784;REVB=0.0105394;RO=26;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170648;STB=0.603356;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0094151;OID=.;OPOS=102968285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:26:27:29:29:0.517857:17:12:16:10:17:12:17:10 chr2 102968356 . C T 343.67 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0474262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8392;QD=21.82;RBI=0.0756953;REFB=0.0107471;REVB=0.058996;RO=26;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169085;STB=0.573341;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0186793;OID=.;OPOS=102968356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:28:35:35:0.555556:17:18:19:7:17:18:19:9 chr2 102968362 . T C 375.7 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.011135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.282;QD=23.8543;RBI=0.0116365;REFB=0.00797053;REVB=-0.00337953;RO=26;SAF=18;SAR=19;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183166;STB=0.600289;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00283401;OID=.;OPOS=102968362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:19:18:19:7:19:18:19:7 chr2 102984299 . C T 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00524526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.134;QD=9.93221;RBI=0.0183389;REFB=-0.00107491;REVB=-0.0175728;RO=35;SAF=11;SAR=4;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272647;STB=0.665473;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00156254;OID=.;OPOS=102984299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:4:11:18:17:4:11:18:17 chr2 103048738 . G A 1110.24 PASS AF=0.457364;AO=115;DP=256;FAO=118;FDP=258;FR=.;FRO=140;FSAF=51;FSAR=67;FSRF=67;FSRR=73;FWDB=-0.0119907;FXX=0.00386085;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.085;QD=17.213;RBI=0.0212925;REFB=-0.0159487;REVB=0.0175953;RO=140;SAF=50;SAR=65;SRF=67;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438522;STB=0.525451;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0205101;OID=.;OPOS=103048738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:258:140:140:115:118:0.457364:65:50:67:73:67:51:67:73 chr2 103095654 . G A 112.48 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.000923315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.014;QD=7.75697;RBI=0.0216454;REFB=-0.00194165;REVB=0.0216257;RO=41;SAF=7;SAR=9;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145841;STB=0.5793;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00581412;OID=.;OPOS=103095654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:41:42:16:16:0.275862:9:7:23:18:9:7:23:19 chr2 103149100 . G A 160.08 PASS AF=0.362069;AO=19;DP=56;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0370099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.024;QD=11.0402;RBI=0.0437454;REFB=-0.0183271;REVB=-0.0233222;RO=37;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207599;STB=0.520192;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0327167;OID=.;OPOS=103149100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:37:37:19:21:0.362069:12:7:13:24:13:8:13:24 chr2 103334969 . G A 2359.99 PASS AF=0.99359;AO=156;DP=157;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.025346;FXX=0.0188667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6717;QD=60.5125;RBI=0.0735844;REFB=0.00323829;REVB=0.0690815;RO=1;SAF=78;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00606047;STB=0.503225;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000465404;OID=.;OPOS=103334969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:156:1:1:156:155:0.99359:78:78:0:1:77:78:0:1 chr2 103431404 . T C 1892.2 PASS AF=0.992;AO=122;DP=123;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0490723;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8045;QD=60.5504;RBI=0.0702596;REFB=-0.131022;REVB=0.0502824;RO=0;SAF=58;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00146458;OID=.;OPOS=103431404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:123:125:0:1:122:124:0.992:64:58:0:0:65:59:1:0 chr2 105709023 . T C 1126.83 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.046708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.828;QD=57.7859;RBI=0.0472762;REFB=0.101018;REVB=0.00730769;RO=2;SAF=38;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242528;STB=0.512817;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.000364327;OID=.;OPOS=105709023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:38:38:2:0:38:38:2:0 chr2 105859199 . G A 241.49 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00288809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.441;QD=12.384;RBI=0.00501576;REFB=-0.0113913;REVB=-0.00410083;RO=49;SAF=16;SAR=13;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023242;STB=0.51336;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0151266;OID=.;OPOS=105859199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:13:16:26:23:13:16:26:23 chr2 105883624 . TTTCCATGTACATTCATAGAGCCTGGTCA T 50.0 PASS AO=52;DP=103;LEN=28;RO=51;SAF=19;SAR=31;SRF=35;SRR=18;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=105883625;OREF=TTCCATGTACATTCATAGAGCCTGGTCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:103:51:52:31:19:35:18 chr2 105915128 . G A 1204.69 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2366;QD=60.2347;RBI=0.028542;REFB=0;REVB=-0.00776324;RO=1;SAF=37;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126228;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276336;OID=.;OPOS=105915128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:1:0:79:80:1:42:37:1:0:42:38:0:0 chr2 105924510 . A G 1378.98 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00647573;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.279;QD=62.6809;RBI=0.0735999;REFB=0;REVB=-0.0733144;RO=0;SAF=55;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160853;OID=.;OPOS=105924510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:87:88:1:32:55:0:0:32:56:0:0 chr2 105953938 . G GC 1336.71 PASS AF=1;AO=85;DP=89;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132349;FXX=0.0114929;HRUN=0;LEN=1;MLLD=177.856;QD=62.1726;RBI=0.0356677;REFB=0;REVB=0.0331213;RO=2;SAF=53;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175403;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000102045;OID=.;OPOS=105953939;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:85:89:86:86:0:54:32:0:0:7:2:53:32:2:0 chr2 106510455 . G GCA,GCACA 421.36 PASS AF=0.491525,0.20339;AO=24,12;DP=70;FAO=29,12;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=19,7;FSAR=10,5;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0643295,0.0371385;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,4;MLLD=67.1514,83.4808;QD=28.5666;RBI=0.0906585,0.0384479;REFB=-0.173927,-0.104146;REVB=0.0638802,-0.00994834;RO=32;SAF=18,7;SAR=6,5;SRF=20;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.151482,-0.051235;STB=0.553656,0.624812;STBP=0.396,0.321;TYPE=ins,ins;VARB=0.0949796,0.0779615;OID=.,.;OPOS=106510456,106510456;OREF=-,-;OALT=CA,CACA;OMAPALT=GCA,GCACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491525,0.20339:24,12:70:29,12:59:18:19,7:10,5:14:4:99:32:18,7:6,5:20:12 chr2 106510477 . TA AC 38.83 PASS AF=0.116883;AO=8;DP=76;FAO=9;FDP=77;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-9.61595e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=71.7291;QD=2.017;RBI=0.00436558;REFB=-0.0156054;REVB=-0.00436452;RO=68;SAF=3;SAR=5;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261655;STB=0.637103;STBP=0.439;TYPE=mnp;VARB=0.121365;OID=.;OPOS=106510477;OREF=TA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:76:77:68:68:8:9:0.116883:5:3:41:27:5:4:41:27 chr2 106710108 . C T 1152.42 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.247;QD=59.8658;RBI=0.0372876;REFB=0;REVB=0.0299387;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67596e-05;OID=.;OPOS=106710108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:73:77:1:37:36:0:0:37:40:0:0 chr2 106710414 . CAAAAAAAAG CAAAAAAAG,CAAAAAAAGC 121.23 PASS AF=0.284884,0.0639535;AO=53,12;DP=178;FAO=49,11;FDP=172;FR=.;FRO=112;FSAF=23,11;FSAR=26,0;FSRF=56;FSRR=56;FWDB=0.11533,0.016311;FXX=0.033706;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=6.8657,25.1763;QD=2.81927;RBI=0.281994,0.160523;REFB=-0.0896437,-0.0437502;REVB=-0.257332,-0.159692;RO=78;SAF=14,12;SAR=39,0;SRF=42;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.309153,0.671095;STB=0.521311,0.999011;STBP=0.712,0.002;TYPE=del,mnp;VARB=0.0423587,0.0524365;OID=.,.;OPOS=106710415,106710422;OREF=A,AG;OALT=-,GC;OMAPALT=CAAAAAAAG,CAAAAAAAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.284884,0.0639535:53,12:178:49,11:172:112:23,11:26,0:56:56:93:78:14,12:39,0:42:36 chr2 106742139 . C T 383.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.73;QD=54.8079;RBI=0.047982;REFB=0;REVB=-0.030931;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00063521;OID=.;OPOS=106742139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:16:12:0:0 chr2 107042546 . TAA T,TAG,TGA 52.63 PASS AF=0.181818,0.272727,0.363636;AO=3,2,2;DP=11;FAO=2,3,4;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=0,0,1;FSAR=2,3,3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00977629,-0.0173004,-0.0126243;FXX=0;HRUN=12,12,12;LEN=2,1,1;MLLD=6.21297,50.7702,45.7765;QD=19.1369;RBI=0.168593,0.117093,0.0291734;REFB=-0.192411,-0.102357,-0.249365;REVB=-0.16831,-0.115808,0.0263005;RO=2;SAF=0,0,1;SAR=3,2,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.692188,-0.639851,0;STB=0.992443,0.994603,0.599463;STBP=0.326,0.202,0.614;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.183801,-0.0398713,0.0096033;OID=.,.,.;OPOS=107042547,107042548,107042547;OREF=AA,A,A;OALT=-,G,G;OMAPALT=T,TAG,TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.181818,0.272727,0.363636:3,2,2:11:2,3,4:11:2:0,0,1:2,3,3:1:1:13:2:0,0,1:3,2,1:1:1 chr2 107073469 . T A 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3293;QD=39.318;RBI=0.0404277;REFB=0.0255909;REVB=0.0382785;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603742;STB=0.533282;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00106449;OID=.;OPOS=107073469;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:7:6:0:1:7:6:0:1 chr2 107073501 . C T 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0286898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.009;QD=36.3483;RBI=0.0291476;REFB=0.00768291;REVB=0.0051457;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00169272;OID=.;OPOS=107073501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:6:5:0:1:6:5:0:1 chr2 107084739 . A G 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.287;QD=59.833;RBI=0.0349136;REFB=0;REVB=0.0254323;RO=0;SAF=55;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00951e-05;OID=.;OPOS=107084739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:47:55:0:0:47:55:0:0 chr2 107107511 . C T 231.05 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.000432503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.197;QD=16.5039;RBI=0.0147617;REFB=-0.0144202;REVB=-0.0147553;RO=30;SAF=8;SAR=17;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146645;STB=0.515911;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0162642;OID=.;OPOS=107107511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:25:26:0.464286:17:8:10:20:18:8:10:20 chr2 107107567 . G C 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.1863;QD=60.6049;RBI=0.0193954;REFB=0;REVB=-0.0167969;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.32533e-05;OID=.;OPOS=107107567;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr2 107423131 . T C 78.04 PASS AF=0.454545;AO=11;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0342879;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.4986;QD=14.1886;RBI=0.0369723;REFB=0.0328672;REVB=-0.0138307;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533269;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.047107;OID=.;OPOS=107423131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:22:22:11:12:11:10:0.454545:3:8:8:3:3:7:9:3 chr2 108488436 . CAAG C 54.69 PASS AF=0.36;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0126712;FXX=0.137883;HRUN=2;LEN=3;MLLD=238.16;QD=8.75037;RBI=0.0230498;REFB=-0.00500563;REVB=0.0192544;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149874;STB=0.575055;STBP=0.599;TYPE=del;VARB=0.008257;OID=.;OPOS=108488437;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:8:23:9:25:16:4:5:9:7:54:14:4:4:9:5 chr2 108507198 . G A 140.13 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00876064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.938;QD=10.38;RBI=0.00926148;REFB=0.00604792;REVB=-0.00300438;RO=36;SAF=13;SAR=5;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175797;STB=0.604529;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0106295;OID=.;OPOS=108507198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:5:13:21:15:5:13:21:15 chr2 108608648 . A G 512.15 PASS AF=0.61039;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0361187;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.583;QD=26.6053;RBI=0.0389359;REFB=-0.0206419;REVB=-0.0145411;RO=29;SAF=18;SAR=29;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00271759;STB=0.50699;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0146494;OID=.;OPOS=108608648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:29:30:47:47:0.61039:29:18:11:18:29:18:12:18 chr2 108863767 . A C 1750.8 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481317;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6487;QD=60.8974;RBI=0.049815;REFB=0;REVB=0.01284;RO=0;SAF=62;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339398;OID=.;OPOS=108863767;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:53:62:0:0:53:62:0:0 chr2 108875198 . G A 1461.31 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.01729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.862;QD=57.3063;RBI=0.0220936;REFB=0.0508182;REVB=0.0137544;RO=1;SAF=33;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141568;STB=0.503759;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=3.14111e-05;OID=.;OPOS=108875198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:1:2:100:100:0.980392:67:33:1:0:67:33:1:1 chr2 108875244 . T C 1802.58 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.589;QD=61.1044;RBI=0.0181559;REFB=0;REVB=-0.00293558;RO=0;SAF=37;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89799e-05;OID=.;OPOS=108875244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:80:37:0:0:80:38:0:0 chr2 108875471 . G T 2875.1 PASS AF=1;AO=182;DP=184;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0461876;FXX=0.00537606;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2136;QD=62.1644;RBI=0.0654251;REFB=-0.0719612;REVB=-0.0463374;RO=1;SAF=107;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00442897;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145366;OID=.;OPOS=108875471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:184:185:1:0:182:185:1:75:107:1:0:77:108:0:0 chr2 108877062 . T A 1802.98 PASS AF=0.991667;AO=118;DP=121;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000424381;FXX=0.00826378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.848;QD=60.0994;RBI=0.0128275;REFB=0.0731972;REVB=0.0128205;RO=1;SAF=62;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0075994;STB=0.503999;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-7.04477e-05;OID=.;OPOS=108877062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:120:1:1:118:119:0.991667:56:62:1:0:57:62:1:0 chr2 108910750 . C T 253.52 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=95;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.000389928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4906;QD=10.6743;RBI=0.0274814;REFB=-0.0105565;REVB=-0.0274786;RO=64;SAF=19;SAR=12;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786281;STB=0.54587;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0194257;OID=.;OPOS=108910750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:64:64:31:31:0.326316:12:19:35:29:12:19:35:29 chr2 108921994 . C T 294.03 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00445013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.069;QD=12.6465;RBI=0.0132112;REFB=-0.000702963;REVB=-0.0124391;RO=58;SAF=14;SAR=20;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172267;STB=0.593379;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00092679;OID=.;OPOS=108921994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:59:34:34:0.365591:20:14:33:25:20:14:33:26 chr2 109087136 . GAAAAATTA AGAAAATTA,GAAAATAAT,GAAAATTA 94.7 PASS AF=0,0.0285714,0.542857;AO=2,2,11;DP=33;FAO=0,1,19;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=0,1,18;FSAR=0,0,1;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0339181,-0.0773264,-0.012373;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=2,4,1;MLLD=13.8103,147.232,12.9404;QD=10.8234;RBI=0.108399,0.0789039,0.170637;REFB=-0.0295997,-0.00482644,-0.0702731;REVB=0.102956,-0.0156988,0.170187;RO=15;SAF=2,2,11;SAR=0,0,0;SRF=5;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.61514,0.61514,0.82057;STB=0.5,0.991368,0.881823;STBP=1,0.262,0.001;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0,0.188099,0.096727;OID=.,.,.;OPOS=109087136,109087141,109087137;OREF=GA,ATTA,A;OALT=AG,TAAT,-;OMAPALT=AGAAAATTA,GAAAATAAT,GAAAATTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:86:33:35:15:15:2,2,11:0,1,19:0,0.0285714,0.542857:0,0,0:2,2,11:5:10:0,0,1:0,1,18:6:9 chr2 109099572 . C G 487.24 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00326253;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.368;QD=59.0596;RBI=0.007056;REFB=0;REVB=-0.00625643;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.84412e-05;OID=.;OPOS=109099572;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr2 109106381 . A G 1306.01 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00929571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.975;QD=60.7446;RBI=0.00966909;REFB=0.00707437;REVB=-0.00266103;RO=1;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902308;STB=0.504672;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-3.80093e-05;OID=.;OPOS=109106381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:84:85:0.988372:52:32:0:1:53:32:0:1 chr2 109389463 . G A 1300.88 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0233418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5885;QD=60.5062;RBI=0.0438626;REFB=0.0397566;REVB=-0.0371361;RO=1;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976784;STB=0.505153;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00457226;OID=.;OPOS=109389463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:48:37:0:1:48:37:0:1 chr2 109429146 . T A 887.68 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0777758;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0617;QD=58.2087;RBI=0.0796731;REFB=0;REVB=0.0172836;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000646564;OID=.;OPOS=109429146;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr2 109510937 . G A 1377.39 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2583;QD=62.6087;RBI=0.0256099;REFB=0;REVB=-0.00118359;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181767;OID=.;OPOS=109510937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:50:38:0:0:50:38:0:0 chr2 109512234 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00488366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.431;QD=54.5173;RBI=0.0128711;REFB=0;REVB=-0.0119086;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104121;OID=.;OPOS=109512234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr2 109513601 . A G 2293.21 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.955;QD=63.7002;RBI=0.0286537;REFB=0;REVB=0.0285032;RO=0;SAF=78;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.18654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02569e-05;OID=.;OPOS=109513601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:66:78:0:0:66:78:0:0 chr2 109513654 . G A 1946.28 PASS AF=0.977099;AO=128;DP=131;FAO=128;FDP=131;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00447622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.502;QD=59.4284;RBI=0.0213271;REFB=-0.0652979;REVB=0.020852;RO=3;SAF=64;SAR=64;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725017;STB=0.503816;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00176495;OID=.;OPOS=109513654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:131:131:3:3:128:128:0.977099:64:64:1:2:64:64:1:2 chr2 109526969 . G A 1666.21 PASS AF=1;AO=108;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=68;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.724;QD=58.4637;RBI=0.0178466;REFB=0;REVB=0.00422945;RO=0;SAF=68;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000577135;OID=.;OPOS=109526969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:108:114:1:40:68:0:0:46:68:0:0 chr2 109527373 . A G 786.87 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0231044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7874;QD=55.2186;RBI=0.0235576;REFB=-0.13476;REVB=0.00459843;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511624;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0020268;OID=.;OPOS=109527373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:35:21:0:0:35:21:1:0 chr2 109539825 . T A 105.75 PASS AF=0.169492;AO=20;DP=118;FAO=20;FDP=118;FR=.;FRO=98;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=-0.022838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7729;QD=3.58481;RBI=0.0543626;REFB=-0.00254864;REVB=0.0493327;RO=97;SAF=14;SAR=6;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311869;STB=0.6998;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0146775;OID=.;OPOS=109539825;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:97:98:20:20:0.169492:6:14:44:53:6:14:45:53 chr2 109745176 . G A 1237.6 PASS AF=0.987952;AO=78;DP=80;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0195542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.207;QD=59.6432;RBI=0.0269495;REFB=-0.132217;REVB=0.0185447;RO=2;SAF=38;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242587;STB=0.506171;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000506213;OID=.;OPOS=109745176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:83:2:1:78:82:0.987952:40:38:2:0:42:40:1:0 chr2 110259207 . C T 226.42 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0381141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.698;QD=17.0879;RBI=0.0472552;REFB=-0.00764068;REVB=0.0279352;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229959;STB=0.512967;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0105944;OID=.;OPOS=110259207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:14:11:13:15:14:11:13:15 chr2 110376214 . G A 569.03 PASS AF=0.508621;AO=55;DP=113;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00803978;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.649;QD=19.6215;RBI=0.00805038;REFB=-0.016476;REVB=-0.000413038;RO=56;SAF=21;SAR=34;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779255;STB=0.551549;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0124438;OID=.;OPOS=110376214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:116:56:57:55:59:0.508621:34:21:26:30:37:22:27:30 chr2 110855123 . G T 788.09 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00101567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.404;QD=63.0468;RBI=0.0683946;REFB=0;REVB=0.0683871;RO=0;SAF=36;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33825e-05;OID=.;OPOS=110855123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:46:50:1:10:36:0:0:13:37:0:0 chr2 110922703 . C T 365.13 PASS AF=0.343511;AO=45;DP=132;FAO=45;FDP=131;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.0158644;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.405;QD=11.149;RBI=0.037431;REFB=-0.0202138;REVB=-0.0339028;RO=87;SAF=26;SAR=19;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135095;STB=0.574016;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0351435;OID=.;OPOS=110922703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:87:86:45:45:0.343511:19:26:40:47:19:26:40:46 chr2 111430381 . C A 356.57 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0219124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.758;QD=19.2742;RBI=0.0287811;REFB=-0.00470665;REVB=-0.01866;RO=37;SAF=15;SAR=22;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498155;STB=0.527721;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00435291;OID=.;OPOS=111430381;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:22:15:17:20:22:15:17:20 chr2 111691147 . G A 2021.56 PASS AF=0.978102;AO=130;DP=133;FAO=134;FDP=137;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0311105;FXX=0.0143875;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.5597;QD=59.0238;RBI=0.0314347;REFB=-0.10265;REVB=-0.00450314;RO=2;SAF=71;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00134018;STB=0.502377;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00106392;OID=.;OPOS=111691147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:133:137:2:3:130:134:0.978102:59:71:1:1:59:75:2:1 chr2 111899881 . G A 357.26 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0176779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.475;QD=16.8123;RBI=0.0177171;REFB=0.0196946;REVB=-0.00117795;RO=47;SAF=18;SAR=20;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265892;STB=0.514918;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.0129814;OID=.;OPOS=111899881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:20:18:21:26:20:18:21:26 chr2 111907691 . T C 1568.46 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1026;QD=64.0187;RBI=0.0220613;REFB=0;REVB=0.00361163;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.5958e-05;OID=.;OPOS=111907691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:49:49:0:0:49:49:0:0 chr2 111908262 . G A 1358.44 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.067;QD=62.457;RBI=0.00941496;REFB=0;REVB=0.00764288;RO=0;SAF=35;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77669e-05;OID=.;OPOS=111908262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:52:35:0:0:52:35:0:0 chr2 111908485 . G T 96.05 PASS AF=0.785714;AO=8;DP=11;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0272925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.867;QD=27.4438;RBI=0.0752327;REFB=-0.0679132;REVB=0.0701076;RO=3;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226465;STB=0.545372;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0173276;OID=.;OPOS=111908485;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:14:3:3:8:11:0.785714:2:6:1:2:5:6:1:2 chr2 111925731 . CTTATGTT C 185.56 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0274887;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=7;MLLD=273.595;QD=12.1678;RBI=0.0452059;REFB=-0.00043656;REVB=0.035888;RO=29;SAF=17;SAR=10;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260342;STB=0.645468;STBP=0.044;TYPE=del;VARB=0.000899591;OID=.;OPOS=111925732;OREF=TTATGTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.459016:27:62:28:61:33:17:11:11:22:99:29:17:10:10:19 chr2 112526866 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.00397775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.107;QD=18.4437;RBI=0.0626664;REFB=-0.0215988;REVB=-0.06254;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393937;STB=0.723766;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0189644;OID=.;OPOS=112526866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:7:4:8:1:7:4:8:1 chr2 112582766 . CTT C 230.87 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00947902;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=2;MLLD=274.882;QD=12.8263;RBI=0.00950228;REFB=0.0039107;REVB=0.000664426;RO=38;SAF=16;SAR=18;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12647;STB=0.570691;STBP=0.304;TYPE=del;VARB=-0.00419382;OID=.;OPOS=112582767;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472222:34:74:34:72:38:16:18:23:15:99:38:16:18:23:15 chr2 112605302 . C T 136.28 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00165193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.301;QD=8.5176;RBI=0.00912162;REFB=0.00209499;REVB=-0.00897079;RO=45;SAF=9;SAR=10;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700847;STB=0.541828;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.00485889;OID=.;OPOS=112605302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:45:19:19:0.296875:10:9:24:21:10:9:24:21 chr2 112620144 . A C 31.66 PASS AF=0.0818182;AO=9;DP=110;FAO=9;FDP=110;FR=.;FRO=101;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=0.0268592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.778;QD=1.15122;RBI=0.0272075;REFB=0.00168763;REVB=0.00433941;RO=101;SAF=2;SAR=7;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310479;STB=0.757744;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0111838;OID=.;OPOS=112620144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:110:110:101:101:9:9:0.0818182:7:2:50:51:7:2:50:51 chr2 112641149 . G C 255.66 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0173492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.764;QD=22.7249;RBI=0.0192823;REFB=-0.0106938;REVB=-0.00841498;RO=19;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309076;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00922993;OID=.;OPOS=112641149;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:21:24:24:0.533333:16:8:7:12:16:8:7:14 chr2 112641256 . GA AA,AG 146.64 PASS AF=0.555556,0.333333;AO=6,9;DP=17;FAO=10,6;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=3,4;FSAR=7,2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00241454,0.0556441;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=115.801,67.8267;QD=32.5873;RBI=0.0688622,0.0721934;REFB=-0.0240059,0.047797;REVB=0.0688198,0.045996;RO=2;SAF=2,5;SAR=4,4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.284202,-0.147719;STB=0.624739,0.599697;STBP=0.114,0.553;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0136152,0.0816405;OID=.,.;OPOS=112641256,112641256;OREF=G,GA;OALT=A,AG;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:17:18:2:2:6,9:10,6:0.555556,0.333333:4,4:2,5:2:0:7,2:3,4:2:0 chr2 112641266 . G C 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0328277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4097;QD=20.8928;RBI=0.108651;REFB=0.0742859;REVB=0.103573;RO=6;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251221;STB=0.644436;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0415591;OID=.;OPOS=112641266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:3:7:2:4:3:7:2:4 chr2 112641283 . A G 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0246358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1926;QD=18.8866;RBI=0.0709972;REFB=-0.00791613;REVB=-0.0665859;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276405;STB=0.659985;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00158406;OID=.;OPOS=112641283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:1:4:3:5:1:4 chr2 112704987 . T G 415.39 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0113667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4569;QD=19.3204;RBI=0.0361122;REFB=0.00108574;REVB=0.0342766;RO=44;SAF=24;SAR=18;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399207;STB=0.522174;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.00107457;OID=.;OPOS=112704987;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:18:24:27:17:18:24:27:17 chr2 112939548 . T C 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0110179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5283;QD=5.21538;RBI=0.0143048;REFB=-0.0132585;REVB=0.00912326;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473602;STB=0.7992;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0587279;OID=.;OPOS=112939548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:5:16:2:4:5:16 chr2 113089267 . T C 2230.1 PASS AF=1;AO=140;DP=144;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121302;FXX=0.0277759;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4319;QD=63.7172;RBI=0.0132944;REFB=0;REVB=-0.0054405;RO=0;SAF=65;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32058e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2253e-05;OID=.;OPOS=113089267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:140:0:0:140:140:1:75:65:0:0:75:65:0:0 chr2 113090047 . T C 1350.37 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1592;QD=62.0859;RBI=0.0555047;REFB=0;REVB=0.0343672;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323623;OID=.;OPOS=113090047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:44:42:0:0:44:43:0:0 chr2 113091685 . T G 868.24 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0947203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3949;QD=53.4304;RBI=0.0979024;REFB=-0.2518;REVB=0.0247574;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.516707;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0118827;OID=.;OPOS=113091685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:65:65:0:3:62:62:0.953846:41:21:0:0:41:21:2:1 chr2 113277949 . T C 270.41 PASS AF=0.315789;AO=35;DP=113;FAO=36;FDP=114;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.0196031;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.683;QD=9.48798;RBI=0.0227113;REFB=-0.0118426;REVB=-0.0114683;RO=77;SAF=19;SAR=16;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581414;STB=0.527762;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0182758;OID=.;OPOS=113277949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:77:78:35:36:0.315789:16:19:38:39:17:19:38:40 chr2 113277993 . C T 87.34 PASS AF=0.158416;AO=16;DP=101;FAO=16;FDP=101;FR=.;FRO=85;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.0103217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.896;QD=3.45911;RBI=0.0234864;REFB=-0.00401457;REVB=-0.0210968;RO=83;SAF=9;SAR=7;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116292;STB=0.586608;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0222176;OID=.;OPOS=113277993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:101:101:83:85:16:16:0.158416:7:9:39:44:7:9:39:46 chr2 113289032 . A G 180.52 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=42;FWDB=-0.0535669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7834;QD=9.2574;RBI=0.0567876;REFB=0.00415732;REVB=0.0188527;RO=54;SAF=7;SAR=17;SRF=12;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104515;STB=0.561094;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00991818;OID=.;OPOS=113289032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:54:54:24:24:0.307692:17:7:12:42:17:7:12:42 chr2 113482779 . A C 785.83 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.975;QD=64.1496;RBI=0.00412851;REFB=0;REVB=-0.00305216;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.89053e-07;OID=.;OPOS=113482779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:18:30:0:0:18:31:0:0 chr2 113484319 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.503;QD=61.684;RBI=0.0299018;REFB=0;REVB=0.0213969;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08679e-05;OID=.;OPOS=113484319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr2 113498566 . A G 1789.27 PASS AF=0.991597;AO=113;DP=114;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0960347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.99;QD=60.1437;RBI=0.0985582;REFB=-0.0774628;REVB=0.0221596;RO=1;SAF=62;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759727;STB=0.503759;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000644448;OID=.;OPOS=113498566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:114:119:1:1:113:118:0.991597:51:62:1:0:52:66:1:0 chr2 113513825 . T C 2318.8 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5649;QD=61.0212;RBI=0.0497264;REFB=0;REVB=0.0478943;RO=0;SAF=85;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145252;OID=.;OPOS=113513825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:151:152:1:66:85:0:0:66:86:0:0 chr2 113588108 . G A 203.41 PASS AF=0.263158;AO=30;DP=114;FAO=30;FDP=114;FR=.;FRO=84;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=-0.0537509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.104;QD=7.13735;RBI=0.0542964;REFB=0.000985567;REVB=-0.00767693;RO=84;SAF=12;SAR=18;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00916226;STB=0.505491;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00168729;OID=.;OPOS=113588108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:84:84:30:30:0.263158:18:12:33:51:18:12:33:51 chr2 113671378 . G T 347.29 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0384139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9838;QD=19.8449;RBI=0.0406892;REFB=-0.0121447;REVB=0.0134157;RO=34;SAF=23;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126234;STB=0.570208;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0189946;OID=.;OPOS=113671378;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:13:23:17:17:13:23:17:17 chr2 113671410 . A G 291.91 PASS AF=0.507937;AO=30;DP=61;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0361437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9987;QD=18.5336;RBI=0.0505623;REFB=-0.0075733;REVB=0.0353579;RO=31;SAF=20;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17406;STB=0.607149;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0113503;OID=.;OPOS=113671410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:31:31:30:32:0.507937:10:20:15:16:10:22:15:16 chr2 113763574 . CA C,CG 1537.36 PASS AF=0.0285714,0.971429;AO=13,91;DP=105;FAO=3,102;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=0,52;FSAR=3,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243072,0.0245331;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.354,151.207;QD=58.5663;RBI=0.0326235,0.0394254;REFB=0,0;REVB=0.021759,0.0308624;RO=0;SAF=3,48;SAR=10,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00437671,0.00368105;OID=.,.;OPOS=113763575,113763575;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0285714,0.971429:13,91:105:3,102:105:0:0,52:3,50:0:0:6:0:3,48:10,43:0:0 chr2 113789316 . C T 579.52 PASS AF=0.641975;AO=51;DP=80;FAO=52;FDP=81;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.00750362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.718;QD=28.6182;RBI=0.0498161;REFB=-0.0608274;REVB=-0.0492477;RO=29;SAF=23;SAR=28;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14374;STB=0.580241;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0218593;OID=.;OPOS=113789316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:29:29:51:52:0.641975:28:23:7:22:28:24:7:22 chr2 113819725 . A G 607.44 PASS AF=0.572816;AO=59;DP=103;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0534588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2774;QD=23.5899;RBI=0.0547808;REFB=-0.0200829;REVB=-0.0119622;RO=44;SAF=23;SAR=36;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17597;STB=0.596191;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0137825;OID=.;OPOS=113819725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:44:44:59:59:0.572816:36:23:27:17:36:23:27:17 chr2 113831945 . T C 195.12 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00324404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.002;QD=13.2282;RBI=0.0749113;REFB=-0.00909795;REVB=0.074841;RO=35;SAF=16;SAR=7;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122446;STB=0.51281;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0117263;OID=.;OPOS=113831945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:35:35:23:24:0.40678:7:16:24:11:8:16:24:11 chr2 113832333 . C A 824.55 PASS AF=0.525641;AO=82;DP=156;FAO=82;FDP=156;FR=.;FRO=74;FSAF=58;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0211214;FXX=0.0188667;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.621;QD=21.1422;RBI=0.0216629;REFB=-0.0114902;REVB=0.00481318;RO=74;SAF=58;SAR=24;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184674;STB=0.601634;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0186986;OID=.;OPOS=113832333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:74:74:82:82:0.525641:24:58:38:36:24:58:38:36 chr2 113870663 . G A 810.27 PASS AF=0.550725;AO=76;DP=138;FAO=76;FDP=138;FR=.;FRO=62;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.00934499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.654;QD=23.4862;RBI=0.010213;REFB=-0.00150013;REVB=-0.00412015;RO=61;SAF=44;SAR=32;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111704;STB=0.557588;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.000866511;OID=.;OPOS=113870663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:61:62:76:76:0.550725:32:44:27:34:32:44:28:34 chr2 113890379 . C T 275.01 PASS AF=0.305785;AO=37;DP=121;FAO=37;FDP=121;FR=.;FRO=84;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=58;FSRR=26;FWDB=-0.0439287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.877;QD=9.0913;RBI=0.0441676;REFB=-0.00331644;REVB=-0.0045877;RO=83;SAF=21;SAR=16;SRF=57;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148042;STB=0.588957;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00628437;OID=.;OPOS=113890379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:83:84:37:37:0.305785:16:21:57:26:16:21:58:26 chr2 113940207 . T A 298.5 PASS AF=0.65;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0158125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.397;QD=29.8503;RBI=0.0165101;REFB=-0.00834494;REVB=-0.00474851;RO=13;SAF=10;SAR=16;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10148;STB=0.537162;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00802584;OID=.;OPOS=113940207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:13:14:26:26:0.65:16:10:3:10:16:10:4:10 chr2 113940681 . T C 71.3 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00414936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8871;QD=7.70777;RBI=0.0300697;REFB=-0.0278613;REVB=-0.029782;RO=27;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651077;STB=0.54046;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0402581;OID=.;OPOS=113940681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:5:5:15:12:5:5:15:12 chr2 113940839 . G C 240.61 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00634294;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=322.229;QD=12.1827;RBI=0.0068982;REFB=-0.00329321;REVB=0.0027115;RO=49;SAF=18;SAR=11;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123526;STB=0.565484;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00657884;OID=.;OPOS=113940839;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:50:29:29:0.367089:11:18:25:24:11:18:26:24 chr2 113943470 . A G 99.76 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0303888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9372;QD=15.3473;RBI=0.0608998;REFB=-0.0103703;REVB=-0.052776;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654098;STB=0.555461;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00564233;OID=.;OPOS=113943470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:14:14:11:12:0.461538:4:7:8:6:4:8:8:6 chr2 113955074 . G A 1340.73 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00207987;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.02;QD=62.3597;RBI=0.0308671;REFB=0;REVB=0.030797;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108625;OID=.;OPOS=113955074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:44:40:0:0:46:40:0:0 chr2 113956371 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.077;QD=52.6132;RBI=0.0609914;REFB=0;REVB=0.0598108;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318608;OID=.;OPOS=113956371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr2 114220055 . T C 4355.45 PASS AF=0.962838;AO=282;DP=295;FAO=285;FDP=296;FR=.;FRO=11;FSAF=151;FSAR=134;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.0403122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.824;QD=58.8575;RBI=0.0720105;REFB=-0.069188;REVB=0.0596694;RO=11;SAF=151;SAR=131;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334717;STB=0.517571;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00492092;OID=.;OPOS=114220055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:295:296:11:11:282:285:0.962838:131:151:11:0:134:151:11:0 chr2 114256840 . C T 300.29 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0503663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.623;QD=44.4879;RBI=0.0512512;REFB=-0.131954;REVB=-0.0094823;RO=2;SAF=12;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711626;STB=0.55551;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0164573;OID=.;OPOS=114256840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:27:27:2:3:24:24:0.888889:12:12:2:0:12:12:3:0 chr2 116099725 . A T 884.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5369;QD=57.9824;RBI=0.0293698;REFB=0;REVB=-0.00326646;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000364455;OID=.;OPOS=116099725;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:33:27:0:0:34:27:0:0 chr2 116510817 . G C 1085.29 PASS AF=0.451613;AO=112;DP=248;FAO=112;FDP=248;FR=.;FRO=136;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=79;FSRR=57;FWDB=-0.00998505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.673;QD=17.5047;RBI=0.0125819;REFB=-0.0152046;REVB=-0.00765534;RO=134;SAF=55;SAR=57;SRF=78;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895003;STB=0.549172;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0142023;OID=.;OPOS=116510817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:134:136:112:112:0.451613:57:55:78:56:57:55:79:57 chr2 116525960 . G A 1510.84 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.047;QD=63.6145;RBI=0.00830923;REFB=0;REVB=-0.000401674;RO=0;SAF=56;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91738e-06;OID=.;OPOS=116525960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:39:56:0:0:39:56:0:0 chr2 116600388 . A G 205.3 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0487417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4166;QD=14.6642;RBI=0.0493046;REFB=-0.0087271;REVB=0.00742904;RO=32;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159318;STB=0.590832;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0145634;OID=.;OPOS=116600388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:9:15:15:17:9:15:15:17 chr2 118575215 . C G 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.00232581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.742;QD=23.2628;RBI=0.00234906;REFB=-0.0211011;REVB=0.000329728;RO=19;SAF=8;SAR=15;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181673;STB=0.600405;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0180876;OID=.;OPOS=118575215;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:15:8:3:16:15:8:3:16 chr2 118583940 . C T 294.55 PASS AF=0.352381;AO=37;DP=106;FAO=37;FDP=105;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.0187097;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.369;QD=11.2209;RBI=0.0205302;REFB=-0.0100257;REVB=-0.00845206;RO=68;SAF=12;SAR=25;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896694;STB=0.551754;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0162093;OID=.;OPOS=118583940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:68:68:37:37:0.352381:25:12:27:41:25:12:27:41 chr2 118589808 . C T 195.73 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020433;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.872;QD=48.9334;RBI=0.0218372;REFB=0;REVB=-0.00770428;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09267e-05;OID=.;OPOS=118589808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr2 118771566 . C A 3729.01 PASS AF=0.991968;AO=237;DP=247;FAO=247;FDP=249;FR=.;FRO=2;FSAF=119;FSAR=128;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0960212;FXX=0.0235285;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.7392;QD=59.9038;RBI=0.112461;REFB=-0.186578;REVB=0.0585439;RO=5;SAF=115;SAR=122;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00335799;STB=0.500147;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00332431;OID=.;OPOS=118771566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:247:249:5:2:237:247:0.991968:122:115:2:3:128:119:1:1 chr2 118774082 . T C 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.757;QD=62.9799;RBI=0.0193841;REFB=0;REVB=0.0104175;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115094;OID=.;OPOS=118774082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr2 118774177 . A AC 449.28 PASS AF=1;AO=5;DP=44;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509844;FXX=0.0681663;HRUN=0;LEN=1;MLLD=30.1093;QD=43.8325;RBI=0.115419;REFB=0;REVB=0.103547;RO=39;SAF=5;SAR=0;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.686271;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00336761;OID=.;OPOS=118774178;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:44:41:41:0:18:23:0:0:3:39:5:0:13:26 chr2 118774178 . G C 551.73 PASS AF=0.886364;AO=39;DP=44;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0340734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6316;QD=50.1568;RBI=0.0422702;REFB=-0.0622927;REVB=0.0250155;RO=5;SAF=13;SAR=26;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150214;STB=0.580603;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00587593;OID=.;OPOS=118774178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:44:44:5:5:39:39:0.886364:26:13:5:0:26:13:5:0 chr2 119591683 . C A 293.63 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0686859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9454;QD=17.5304;RBI=0.0921322;REFB=0.0145007;REVB=0.0614052;RO=35;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690545;STB=0.538652;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0129512;OID=.;OPOS=119591683;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:15:17:16:19:15:17:16:19 chr2 119915249 . T C 243.48 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0265884;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.941;QD=14.9833;RBI=0.0350971;REFB=-0.0139245;REVB=-0.0229099;RO=37;SAF=11;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149576;STB=0.584845;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.026133;OID=.;OPOS=119915249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:37:37:28:28:0.430769:17:11:20:17:17:11:20:17 chr2 119927405 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.127;QD=53.9112;RBI=0.0197357;REFB=0;REVB=0.0144103;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06282e-05;OID=.;OPOS=119927405;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr2 119927411 . G T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8152;QD=53.9103;RBI=0.101262;REFB=0;REVB=0.091633;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00338661;OID=.;OPOS=119927411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr2 120021785 . T C 2008.16 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0521;QD=62.2685;RBI=0.0234727;REFB=0;REVB=0.00504829;RO=0;SAF=47;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.67632e-05;OID=.;OPOS=120021785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:82:47:0:0:82:47:0:0 chr2 120060082 . T C 997.59 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1486;QD=58.682;RBI=0.0616229;REFB=0;REVB=0.0575852;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000753312;OID=.;OPOS=120060082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:41:27:0:0:41:27:0:0 chr2 120078778 . T C 4622.52 PASS AF=1;AO=289;DP=290;FAO=290;FDP=290;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758797;FXX=0.00343631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.81;QD=63.7589;RBI=0.0809212;REFB=0;REVB=0.0281162;RO=1;SAF=148;SAR=141;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00337022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86621e-05;OID=.;OPOS=120078778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:290:290:1:0:289:290:1:141:148:0:1:142:148:0:0 chr2 120125029 . A G 239.8 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.377;QD=50.4834;RBI=0.082366;REFB=0;REVB=0.0820964;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319882;OID=.;OPOS=120125029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:5:13:0:0:6:13:0:0 chr2 120125053 . C G 287.94 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1033;QD=52.3533;RBI=0.180158;REFB=0;REVB=0.176863;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42305e-05;OID=.;OPOS=120125053;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:19:22:1:5:14:0:0:8:14:0:0 chr2 120125058 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7002;QD=54.5164;RBI=0.0261286;REFB=0;REVB=0.0115433;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000279081;OID=.;OPOS=120125058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr2 120194651 . A AGTGTGC 761.47 PASS AF=1;AO=50;DP=78;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180203;FXX=0.116647;HRUN=0;LEN=6;MLLD=315.648;QD=57.4698;RBI=0.0241136;REFB=0;REVB=-0.0160229;RO=21;SAF=10;SAR=40;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363542;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-6.35716e-05;OID=.;OPOS=120194652;OREF=-;OALT=GTGTGC;OMAPALT=AGTGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:78:53:53:0:12:41:0:0:4:21:10:40:16:5 chr2 120199140 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.233;QD=61.6832;RBI=0.0414696;REFB=0;REVB=-0.00332627;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.65061e-05;OID=.;OPOS=120199140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr2 120303820 . A T 704.94 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0183624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.533;QD=58.7449;RBI=0.0284983;REFB=0.0866953;REVB=-0.021794;RO=2;SAF=23;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00205129;OID=.;OPOS=120303820;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:23:23:1:1:23:23:1:1 chr2 120369300 . T C 1070.37 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00632441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.397;QD=59.4653;RBI=0.00758939;REFB=0;REVB=0.00419532;RO=0;SAF=24;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92584e-05;OID=.;OPOS=120369300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:69:72:1:45:24:0:0:46:26:0:0 chr2 120388412 . G A 2197.16 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.352;QD=63.2275;RBI=0.0604563;REFB=0;REVB=-0.0604395;RO=0;SAF=77;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211304;OID=.;OPOS=120388412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:62:77:0:0:62:77:0:0 chr2 120438523 . A G 1520.88 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0114973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.604;QD=61.4496;RBI=0.0138706;REFB=-0.0653585;REVB=0.00775927;RO=2;SAF=39;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236968;STB=0.512497;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.000903515;OID=.;OPOS=120438523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:2:2:97:97:0.979798:58:39:2:0:58:39:2:0 chr2 120438696 . A G 1142.11 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040774;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7123;QD=60.9125;RBI=0.0414537;REFB=0;REVB=-0.00747584;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174532;OID=.;OPOS=120438696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:75:75:1:45:30:0:0:45:30:0:0 chr2 120439230 . C G 889.38 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5667;QD=57.3792;RBI=0.0486889;REFB=0;REVB=0.00730628;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193679;OID=.;OPOS=120439230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:62:0:0:57:62:1:30:27:0:0:30:32:0:0 chr2 120439459 . C A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.072;QD=60.6093;RBI=0.0191513;REFB=0;REVB=0.0110314;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011968;OID=.;OPOS=120439459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr2 120704166 . G T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.412;QD=59.0187;RBI=0.0131181;REFB=0;REVB=-0.00165997;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00716e-05;OID=.;OPOS=120704166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr2 120830815 . A G 439.64 PASS AF=0.969697;AO=30;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0935052;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.952;QD=53.2899;RBI=0.100817;REFB=-0.0542265;REVB=0.0376944;RO=1;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619954;STB=0.526299;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00769191;OID=.;OPOS=120830815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:33:33:1:1:30:32:0.969697:7:23:0:1:9:23:0:1 chr2 120885310 . G A 1150.03 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.658;QD=60.5281;RBI=0.0245207;REFB=0;REVB=0.00780322;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8016e-05;OID=.;OPOS=120885310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:38:37:0:0:39:37:0:0 chr2 120980428 . G C 815.5 PASS AF=0.898551;AO=62;DP=69;FAO=62;FDP=69;FR=.;FRO=7;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00831001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1772;QD=47.2752;RBI=0.0143009;REFB=-0.0185665;REVB=-0.0116387;RO=6;SAF=36;SAR=26;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697013;STB=0.544924;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0103498;OID=.;OPOS=120980428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:6:7:62:62:0.898551:26:36:1:5:26:36:1:6 chr2 121106850 . C T 610.97 PASS AF=0.504065;AO=62;DP=123;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=0.0244212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.147;QD=19.8689;RBI=0.0244615;REFB=-0.00560754;REVB=0.00140297;RO=61;SAF=28;SAR=34;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12933;STB=0.5711;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00691816;OID=.;OPOS=121106850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:61:61:62:62:0.504065:34:28:19:42:34:28:19:42 chr2 121107885 . CAG C 158.46 PASS AF=0.234694;AO=23;DP=96;FAO=23;FDP=98;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0965872;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=2;MLLD=139.176;QD=6.46772;RBI=0.127811;REFB=-0.0565846;REVB=-0.0837054;RO=65;SAF=15;SAR=8;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14435;STB=0.594386;STBP=0.332;TYPE=del;VARB=0.151204;OID=.;OPOS=121107886;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.234694:23:96:23:98:75:15:8:40:35:99:65:15:8:35:30 chr2 121726447 . G A 639.66 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0791006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.706;QD=55.6222;RBI=0.0791006;REFB=-0.136467;REVB=0.000101376;RO=3;SAF=17;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344024;STB=0.518354;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00560362;OID=.;OPOS=121726447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:3:3:43:43:0.934783:26:17:2:1:26:17:2:1 chr2 121736074 . C T 270.93 PASS AF=0.413333;AO=30;DP=74;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00778778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.577;QD=14.4497;RBI=0.0176051;REFB=-0.0176613;REVB=-0.015789;RO=44;SAF=12;SAR=18;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1526;STB=0.57409;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0317988;OID=.;OPOS=121736074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:44:44:30:31:0.413333:18:12:24:20:18:13:24:20 chr2 121746956 . G T 382.22 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0037852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.098;QD=19.8558;RBI=0.0493471;REFB=-0.00801658;REVB=0.0492018;RO=38;SAF=20;SAR=19;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174944;STB=0.596769;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00554418;OID=.;OPOS=121746956;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:19:20:12:26:19:20:12:26 chr2 121747392 . A T 193.97 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00798852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.184;QD=16.8673;RBI=0.0122848;REFB=-0.016931;REVB=-0.00933277;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226813;STB=0.629824;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0209084;OID=.;OPOS=121747392;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:13:7:15:11:13:7:15:11 chr2 121747406 . G A 267.97 PASS AF=0.54;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0378941;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.706;QD=21.4373;RBI=0.038134;REFB=-0.00584886;REVB=-0.00427104;RO=24;SAF=13;SAR=14;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126152;STB=0.561803;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0012374;OID=.;OPOS=121747406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:24:23:27:27:0.54:14:13:8:16:14:13:8:15 chr2 121747429 . A G 252.34 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.00302958;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2671;QD=17.1077;RBI=0.00692558;REFB=-0.00154195;REVB=-0.00622779;RO=31;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197017;STB=0.610095;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.000933452;OID=.;OPOS=121747429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:31:31:28:28:0.474576:14:14:9:22:14:14:9:22 chr2 121749067 . G C 469.14 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=16;FWDB=0.00835422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.533;QD=17.0595;RBI=0.0101838;REFB=0.00657628;REVB=0.00582377;RO=57;SAF=29;SAR=22;SRF=42;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167847;STB=0.589691;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00815095;OID=.;OPOS=121749067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:59:51:51:0.463636:22:29:42:15:22:29:43:16 chr2 121948235 . C G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.111914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.213;QD=30.7894;RBI=0.113933;REFB=0.103111;REVB=0.0213565;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589957;STB=0.533253;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00313067;OID=.;OPOS=121948235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:7:1:0:1:7:1:0:1 chr2 121948239 . A C 95.32 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0107913;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=75.5968;QD=34.6604;RBI=0.049104;REFB=0.000287407;REVB=0.0479036;RO=1;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471711;STB=0.526264;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.000466757;OID=.;OPOS=121948239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:9:1:0:1:9:1:0:1 chr2 121980405 . TC T 78.85 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0375597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.7894;QD=7.69296;RBI=0.0688501;REFB=-0.00469004;REVB=-0.0577027;RO=27;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142158;STB=0.584714;STBP=0.496;TYPE=del;VARB=0.00229037;OID=.;OPOS=121980406;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.341463:14:41:14:41:27:5:9:13:14:78:27:5:9:13:14 chr2 121981950 . A G 272.28 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0292337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.727;QD=17.2879;RBI=0.0486237;REFB=-0.0119529;REVB=-0.0388543;RO=33;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00865263;STB=0.504851;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.023334;OID=.;OPOS=121981950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:13:17:19:14:13:17:19:14 chr2 122139875 . C T 161.42 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0125824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.551;QD=10.5847;RBI=0.0126743;REFB=-0.00677961;REVB=-0.00152346;RO=39;SAF=3;SAR=18;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393426;STB=0.730511;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00869992;OID=.;OPOS=122139875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:40:21:21:0.344262:18:3:16:23:18:3:16:24 chr2 125192068 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.583;QD=57.1775;RBI=0.0538131;REFB=0;REVB=0.0521596;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022773;OID=.;OPOS=125192068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr2 125438584 . C T 52.24 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.00354748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.749;QD=3.07294;RBI=0.003573;REFB=0.000160117;REVB=0.000426284;RO=54;SAF=5;SAR=5;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915434;STB=0.573386;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.000613502;OID=.;OPOS=125438584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:54:58:10:10:0.147059:5:5:23:31:5:5:24:34 chr2 125746817 . A G 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0545;QD=62.9786;RBI=0.0597728;REFB=0;REVB=0.0547206;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726611;OID=.;OPOS=125746817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr2 127453664 . A C 417.98 PASS AF=1;AO=14;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4608;QD=55.7302;RBI=0.14008;REFB=0;REVB=0.136875;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201272;OID=.;OPOS=127453664;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:14:30:1:3:11:0:0:16:14:0:0 chr2 127808752 . G A 53.12 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.045488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.656;QD=7.32756;RBI=0.0469625;REFB=-0.032386;REVB=-0.0116754;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821548;STB=0.551596;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0659212;OID=.;OPOS=127808752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:4:4:12:9:4:4:12:9 chr2 127818193 . C T 341.9 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00442737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.68;QD=30.3911;RBI=0.0323674;REFB=-0.00976447;REVB=0.0320632;RO=15;SAF=17;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336593;STB=0.508655;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00458346;OID=.;OPOS=127818193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:16:29:29:0.644444:12:17:8:7:12:17:9:7 chr2 128064929 . A T 56.55 PASS AF=0.135922;AO=11;DP=114;FAO=14;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=89;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=75;FWDB=-0.22429;FXX=0.0964828;HRUN=11;LEN=1;MLLD=17.4989;QD=2.19594;RBI=0.234592;REFB=0.00975177;REVB=0.068756;RO=51;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295417;STB=0.830476;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0609561;OID=.;OPOS=128064929;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:114:103:51:89:11:14:0.135922:6:5:12:39:6:8:14:75 chr2 128065066 . CT AC,C 157.53 PASS AF=0.0272727,0.463636;AO=6,47;DP=124;FAO=3,51;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=0,29;FSAR=3,22;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.0334209,-0.223913;FXX=0.112894;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=122.957,7.90009;QD=5.7284;RBI=0.034557,0.283264;REFB=-0.00327459,-0.0944646;REVB=-0.00878787,0.173497;RO=36;SAF=0,33;SAR=6,14;SRF=6;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.564395,0.414182;STB=0.995515,0.618314;STBP=0.158,0.021;TYPE=mnp,del;VARB=-0.00987609,0.096812;OID=.,.;OPOS=128065066,128065067;OREF=CT,T;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:124:110:36:56:6,47:3,51:0.0272727,0.463636:6,14:0,33:6:30:3,22:0,29:19:37 chr2 128065075 . TAAAAAA TAAAAA,TAAAAAT 207.25 PASS AF=0.5,0.00943396;AO=29,6;DP=109;FAO=53,1;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=28,1;FSAR=25,0;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=0.0173793,-0.0242761;FXX=0.0619414;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.29132,82.2248;QD=7.82062;RBI=0.0852661,0.0243399;REFB=0.00524902,0.00170049;REVB=0.0834761,0.00176154;RO=39;SAF=12,6;SAR=17,0;SRF=8;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0.456311,0;SSSB=0.230019,0.772497;STB=0.62682,0.994395;STBP=0.01,0.143;TYPE=del,snp;VARB=0.0312943,0.0999952;OID=.,.;OPOS=128065076,128065081;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TAAAAA,TAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.00943396:29,6:109:53,1:106:52:28,1:25,0:14:38:99:39:12,6:17,0:8:31 chr2 128186436 . G A 56.3 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0103175;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.406;QD=8.66112;RBI=0.0355983;REFB=-0.0112227;REVB=-0.0340703;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258644;STB=0.666324;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0235208;OID=.;OPOS=128186436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:27:26:17:18:8:8:0.307692:3:5:14:3:3:5:15:3 chr2 128186487 . G GC 41.57 PASS AF=0.177419;AO=12;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00432397;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=169.963;QD=2.68196;RBI=0.0179171;REFB=-0.000432949;REVB=-0.0173875;RO=49;SAF=1;SAR=11;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.599622;STB=0.884477;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=0.0248536;OID=.;OPOS=128186488;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177419:12:62:11:62:51:1:10:26:25:41:49:1:11:26:23 chr2 128253590 . A G 338.8 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0191332;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4799;QD=12.5482;RBI=0.0286856;REFB=-4.54711e-06;REVB=0.0213725;RO=66;SAF=28;SAR=13;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269708;STB=0.658289;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.000343655;OID=.;OPOS=128253590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:66:67:41:41:0.37963:13:28:29:37:13:28:29:38 chr2 128341727 . C T 45.62 PASS AF=0.134328;AO=9;DP=67;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00727185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.334;QD=2.72368;RBI=0.0138268;REFB=-0.00199642;REVB=-0.0117601;RO=58;SAF=4;SAR=5;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466506;STB=0.533259;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0137329;OID=.;OPOS=128341727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:67:67:58:58:9:9:0.134328:5:4:28:30:5:4:28:30 chr2 128382994 . G A 829.93 PASS AF=0.506024;AO=84;DP=167;FAO=84;FDP=166;FR=.;FRO=82;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.00109296;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.472;QD=19.9983;RBI=0.0014686;REFB=-0.0317768;REVB=-0.000980924;RO=78;SAF=47;SAR=37;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186987;STB=0.523577;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0297327;OID=.;OPOS=128382994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:78:82:84:84:0.506024:37:47:42:36:37:47:42:40 chr2 128400608 . C T 603.6 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0295233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.0911;QD=54.8725;RBI=0.0307174;REFB=-0.203851;REVB=-0.00848108;RO=2;SAF=16;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055096;STB=0.519621;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0106604;OID=.;OPOS=128400608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:44:44:2:3:41:41:0.931818:25:16:2:0:25:16:2:1 chr2 128401091 . A G 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.019193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.328;QD=20.1566;RBI=0.0192377;REFB=-0.0115888;REVB=0.00131037;RO=25;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208437;STB=0.616025;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00627954;OID=.;OPOS=128401091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:17:11:16:9:17:11:16:9 chr2 128460956 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.168;QD=63.5822;RBI=0.0323439;REFB=0;REVB=-0.00598358;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88363e-05;OID=.;OPOS=128460956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr2 128495645 . G A 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0307241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.18;QD=57.2344;RBI=0.0325376;REFB=0.0622336;REVB=0.010711;RO=1;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171769;STB=0.509088;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00123522;OID=.;OPOS=128495645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:27:39:0:1:27:39:0:1 chr2 128849114 . T C 885.03 PASS AF=0.954545;AO=62;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0718206;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.667;QD=53.6379;RBI=0.074651;REFB=-0.0636276;REVB=0.0203611;RO=3;SAF=29;SAR=33;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173636;STB=0.508668;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00268447;OID=.;OPOS=128849114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:3:3:62:63:0.954545:33:29:2:1:33:30:2:1 chr2 128870808 . T C 996.49 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0259228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.987;QD=56.1403;RBI=0.0369333;REFB=-0.019988;REVB=0.0263074;RO=2;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295207;STB=0.51562;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00135204;OID=.;OPOS=128870808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:2:2:69:69:0.971831:31:38:0:2:31:38:0:2 chr2 128878014 . G A 1029.45 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0698513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4988;QD=57.9971;RBI=0.0704602;REFB=0.0475562;REVB=0.00924333;RO=1;SAF=28;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165852;STB=0.508769;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00760903;OID=.;OPOS=128878014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:42:28:1:0:42:28:1:0 chr2 128903422 . G A 261.95 PASS AF=0.288;AO=36;DP=127;FAO=36;FDP=125;FR=.;FRO=89;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.023909;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.35;QD=8.38227;RBI=0.0239986;REFB=0.000191114;REVB=-0.00207168;RO=88;SAF=13;SAR=23;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222743;STB=0.635114;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.000451104;OID=.;OPOS=128903422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:125:88:89:36:36:0.288:23:13:48:40:23:13:49:40 chr2 128934400 . T C 740.04 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.611;QD=56.926;RBI=0.0164358;REFB=0;REVB=0.0142856;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68704e-05;OID=.;OPOS=128934400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr2 128939817 . G A 634.2 PASS AF=0.496124;AO=63;DP=129;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=0.00410692;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8914;QD=19.665;RBI=0.0453352;REFB=0.0105723;REVB=0.0451488;RO=65;SAF=31;SAR=32;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141891;STB=0.581371;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00877195;OID=.;OPOS=128939817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:65:65:63:64:0.496124:32:31:22:43:32:32:22:43 chr2 129023201 . G T 47.53 PASS AF=0.0962963;AO=13;DP=135;FAO=13;FDP=135;FR=.;FRO=122;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=56;FSRR=66;FWDB=-0.0193639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.277;QD=1.40835;RBI=0.019369;REFB=0.000213006;REVB=0.000442493;RO=122;SAF=10;SAR=3;SRF=56;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36256;STB=0.776607;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00449911;OID=.;OPOS=129023201;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:135:135:122:122:13:13:0.0962963:3:10:56:66:3:10:56:66 chr2 129023282 . G C 509.75 PASS AF=0.505155;AO=43;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0462468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9222;QD=21.0207;RBI=0.0467167;REFB=-0.0252634;REVB=0.00660921;RO=30;SAF=14;SAR=29;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210172;STB=0.5042;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0226832;OID=.;OPOS=129023282;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:30:48:43:49:0.505155:29:14:3:27:30:19:19:29 chr2 130738163 . G A 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.000395967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.479;QD=14.0468;RBI=0.0101353;REFB=-0.00277629;REVB=0.0101276;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182975;STB=0.510626;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00571793;OID=.;OPOS=130738163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:9:9:15:14:9:9:15:14 chr2 130738220 . G C 58.53 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0110359;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.999;QD=12.322;RBI=0.0230307;REFB=-0.000996385;REVB=0.0202144;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286032;STB=0.517197;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0020293;OID=.;OPOS=130738220;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:19:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:3:8:6:2:3:8 chr2 130739444 . TGAAGACG T 120.77 PASS AF=0.341463;AO=15;DP=39;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0347309;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=7;MLLD=288.696;QD=11.7825;RBI=0.0359568;REFB=-0.0116515;REVB=0.00930913;RO=21;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174613;STB=0.521709;STBP=0.912;TYPE=del;VARB=0.020064;OID=.;OPOS=130739445;OREF=GAAGACG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.341463:15:39:14:41:27:4:10:7:20:99:21:5:10:4:17 chr2 130739646 . TTAAC T 99.15 PASS AF=0.291667;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0123196;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=4;MLLD=297.535;QD=5.50825;RBI=0.0216006;REFB=-0.00703426;REVB=-0.017743;RO=51;SAF=14;SAR=7;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214573;STB=0.628446;STBP=0.157;TYPE=del;VARB=0.0171623;OID=.;OPOS=130739647;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667:21:73:21:72:51:14:7:25:26:99:51:14:7:25:26 chr2 130739891 . T A 452.16 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00486045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.436;QD=22.0567;RBI=0.00544339;REFB=-0.00872054;REVB=-0.00245082;RO=38;SAF=21;SAR=23;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04747;STB=0.526157;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0077968;OID=.;OPOS=130739891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:23:21:16:22:23:21:16:22 chr2 130832531 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.745;QD=46.848;RBI=0.0230294;REFB=0;REVB=0.0206714;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000695882;OID=.;OPOS=130832531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr2 130866805 . C G 393.34 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.891;QD=56.1915;RBI=0.0297115;REFB=0;REVB=-0.0091068;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161558;OID=.;OPOS=130866805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:10:17:0:0:10:18:0:0 chr2 130897234 . C T 216.29 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0221522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.429;QD=22.1835;RBI=0.0259364;REFB=-0.011536;REVB=0.0134899;RO=18;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190399;STB=0.606777;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00725041;OID=.;OPOS=130897234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:13:8:11:7:13:8:11:7 chr2 130910329 . G A 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0487448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4587;QD=27.1543;RBI=0.0496051;REFB=-0.104891;REVB=0.00919834;RO=6;SAF=10;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222221;STB=0.624812;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0448054;OID=.;OPOS=130910329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:4:10:2:4:4:10:2:4 chr2 130949411 . G T 191.74 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00785569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.682;QD=47.9346;RBI=0.11153;REFB=0;REVB=0.111253;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100796;OID=.;OPOS=130949411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:12:2:0:0:14:2:0:0 chr2 130951548 . G A 1090.38 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0276832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.426;QD=57.3882;RBI=0.0553029;REFB=-0.100718;REVB=0.0478753;RO=2;SAF=51;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181911;STB=0.509613;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00273289;OID=.;OPOS=130951548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:23:51:2:0:23:51:2:0 chr2 130951566 . G A 1228.16 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336058;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.892;QD=61.4081;RBI=0.0554827;REFB=0;REVB=-0.0553809;RO=0;SAF=62;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46447e-06;OID=.;OPOS=130951566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:80:0:0:80:80:1:18:62:0:0:18:62:0:0 chr2 131127667 . G A 178.82 PASS AF=0.25;AO=24;DP=99;FAO=25;FDP=100;FR=.;FRO=75;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.00172947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.626;QD=7.15284;RBI=0.072892;REFB=0.00281583;REVB=0.0728715;RO=73;SAF=11;SAR=13;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936656;STB=0.569777;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00849669;OID=.;OPOS=131127667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:73:75:24:25:0.25:13:11:39:34:14:11:40:35 chr2 131266530 . C A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.173;QD=53.9112;RBI=0.0701881;REFB=0;REVB=0.0223463;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042783;OID=.;OPOS=131266530;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr2 131414176 . C T 192.83 PASS AF=0.273684;AO=26;DP=95;FAO=26;FDP=95;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0274139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5273;QD=8.11896;RBI=0.0928398;REFB=-0.0163956;REVB=-0.0887001;RO=68;SAF=13;SAR=13;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356045;STB=0.526296;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0418011;OID=.;OPOS=131414176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:68:69:26:26:0.273684:13:13:32:36:13:13:32:37 chr2 131487673 . A C 970.88 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0059135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.016;QD=58.8413;RBI=0.00591558;REFB=0;REVB=0.000156828;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.2367e-06;OID=.;OPOS=131487673;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:26:38:0:0:26:40:0:0 chr2 131520178 . C G 269.89 PASS AF=0.385542;AO=27;DP=80;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=0.00530467;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.257;QD=13.0067;RBI=0.016637;REFB=-0.00741195;REVB=0.0157687;RO=51;SAF=6;SAR=21;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510251;STB=0.785163;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0164504;OID=.;OPOS=131520178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:51:51:27:32:0.385542:21:6:35:16:25:7:35:16 chr2 131520663 . T C 702.12 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00597729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.941;QD=55.0683;RBI=0.00945377;REFB=-0.0181379;REVB=0.00732433;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286961;OID=.;OPOS=131520663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:51:0:0:47:51:1:17:30:0:0:19:32:0:0 chr2 131672950 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=322.716;QD=51.1839;RBI=0.0595811;REFB=0;REVB=0.040762;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263784;OID=.;OPOS=131672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr2 131673316 . C T 58.76 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301303;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.459;QD=33.5783;RBI=0.0317488;REFB=0;REVB=0.0316055;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392191;OID=.;OPOS=131673316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:2:4:0:0:3:4:0:0 chr2 131674285 . A G 1283.35 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.106;QD=61.8484;RBI=0.0208419;REFB=0;REVB=0.0159972;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1692e-05;OID=.;OPOS=131674285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:38:45:0:0:38:45:0:0 chr2 131801885 . G A 384.21 PASS AF=0.314815;AO=51;DP=162;FAO=51;FDP=162;FR=.;FRO=111;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=54;FSRR=57;FWDB=-0.0185236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.209;QD=9.48654;RBI=0.029194;REFB=-0.00833061;REVB=0.0225648;RO=111;SAF=26;SAR=25;SRF=54;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275312;STB=0.515967;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0210225;OID=.;OPOS=131801885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:111:111:51:51:0.314815:25:26:54:57:25:26:54:57 chr2 131812930 . C T 173.01 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0131236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.146;QD=11.3446;RBI=0.0231199;REFB=-0.0128101;REVB=0.0190342;RO=39;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988942;STB=0.557326;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0212385;OID=.;OPOS=131812930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:11:11:16:23:11:11:16:23 chr2 132044753 . A C 68.75 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00213343;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.311;QD=5.61244;RBI=0.0166108;REFB=-0.00525368;REVB=-0.0164732;RO=40;SAF=6;SAR=4;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652023;STB=0.556413;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0203657;OID=.;OPOS=132044753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:50:49:40:39:10:10:0.204082:4:6:26:14:4:6:26:13 chr2 132137239 . C T 1865.28 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00820768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.597;QD=61.1566;RBI=0.0343626;REFB=0;REVB=0.033368;RO=0;SAF=71;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07862e-05;OID=.;OPOS=132137239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:50:71:0:0:51:71:0:0 chr2 132140090 . A C 2296.17 PASS AF=1;AO=151;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00484051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0671;QD=59.6408;RBI=0.106633;REFB=-0.0851199;REVB=0.106523;RO=1;SAF=89;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00761011;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011011;OID=.;OPOS=132140090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:153:154:1:0:151:154:1:62:89:0:1:64:90:0:0 chr2 132140200 . C A 3685.43 PASS AF=0.979839;AO=243;DP=254;FAO=243;FDP=248;FR=.;FRO=5;FSAF=121;FSAR=122;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00376206;FXX=0.0236211;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.863;QD=59.4425;RBI=0.00931818;REFB=0.011207;REVB=0.00852498;RO=4;SAF=121;SAR=122;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00765159;STB=0.501975;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-3.83057e-06;OID=.;OPOS=132140200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:254:248:4:5:243:243:0.979839:122:121:1:3:122:121:2:3 chr2 132141767 . A G 1048.04 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0172372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.451;QD=58.2245;RBI=0.0316202;REFB=-0.00443973;REVB=0.0265087;RO=1;SAF=32;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145478;STB=0.50769;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000102802;OID=.;OPOS=132141767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:39:32:1:0:39:32:1:0 chr2 132200256 . T C 170.23 PASS AF=0.392157;AO=19;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0125651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.483;QD=13.3511;RBI=0.0973278;REFB=-0.0191652;REVB=-0.0965133;RO=30;SAF=5;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365148;STB=0.691506;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0532006;OID=.;OPOS=132200256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:19:20:0.392157:14:5:18:12:14:6:19:12 chr2 132200307 . G A 286.4 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0102758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.589;QD=13.321;RBI=0.0420065;REFB=-0.0249664;REVB=0.0407303;RO=53;SAF=13;SAR=20;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243619;STB=0.638806;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0394264;OID=.;OPOS=132200307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:20:13:33:20:20:13:33:20 chr2 132200345 . C T 410.62 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=-0.017154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.997;QD=14.6649;RBI=0.0199911;REFB=-0.0277524;REVB=0.0102658;RO=64;SAF=21;SAR=26;SRF=43;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228059;STB=0.622704;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0435547;OID=.;OPOS=132200345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:64:65:47:47:0.419643:26:21:43:21:26:21:43:22 chr2 132200529 . A G 210.25 PASS AF=0.346154;AO=26;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.026867;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4012;QD=10.7819;RBI=0.0644794;REFB=-0.0101512;REVB=-0.0586153;RO=52;SAF=15;SAR=11;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195854;STB=0.605557;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0162927;OID=.;OPOS=132200529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:51:26:27:0.346154:11:15:21:31:12:15:20:31 chr2 132200935 . C T 54.13 PASS AF=0.163636;AO=10;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0105476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.712;QD=3.93707;RBI=0.0109032;REFB=-0.00375707;REVB=-0.00276174;RO=45;SAF=2;SAR=8;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461053;STB=0.783376;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0106747;OID=.;OPOS=132200935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:45:46:10:9:0.163636:8:2:26:19:7:2:26:20 chr2 132201288 . A G 150.42 PASS AF=0.241758;AO=22;DP=91;FAO=22;FDP=91;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.0232414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.174;QD=6.61201;RBI=0.028585;REFB=-0.00211943;REVB=0.0166415;RO=68;SAF=15;SAR=7;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087363;STB=0.560999;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00527726;OID=.;OPOS=132201288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:68:69:22:22:0.241758:7:15:42:26:7:15:42:27 chr2 132201468 . G A 474.0 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.022631;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.7455;QD=17.5554;RBI=0.0306123;REFB=0.00142901;REVB=0.0206143;RO=56;SAF=22;SAR=29;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197287;STB=0.604561;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00147439;OID=.;OPOS=132201468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:57:51:51:0.472222:29:22:36:20:29:22:36:21 chr2 132201582 . A G 419.37 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0120354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1763;QD=17.6575;RBI=0.0425327;REFB=-0.0146538;REVB=-0.0407944;RO=51;SAF=19;SAR=24;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472381;STB=0.532005;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0170878;OID=.;OPOS=132201582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:52:43:43:0.452632:24:19:25:26:24:19:26:26 chr2 132201663 . T C 408.55 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0168036;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.502;QD=20.1753;RBI=0.0171701;REFB=-0.025345;REVB=-0.00352876;RO=39;SAF=20;SAR=21;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000550445;STB=0.506021;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0297897;OID=.;OPOS=132201663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:39:40:41:41:0.506173:21:20:19:20:21:20:20:20 chr2 132201718 . T C 462.58 PASS AF=0.586667;AO=43;DP=76;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00669391;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.97;QD=24.6711;RBI=0.0103038;REFB=-0.00800452;REVB=0.00783328;RO=30;SAF=22;SAR=21;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167625;STB=0.577947;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00866093;OID=.;OPOS=132201718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:30:31:43:44:0.586667:21:22:22:8:21:23:22:9 chr2 132201736 . C G 457.16 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.00693857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.132;QD=23.7487;RBI=0.00882884;REFB=-0.027439;REVB=0.00545936;RO=33;SAF=23;SAR=21;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161875;STB=0.588512;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0245025;OID=.;OPOS=132201736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:21:23:24:9:21:23:24:9 chr2 132201862 . C G 350.4 PASS AF=0.364407;AO=43;DP=118;FAO=43;FDP=118;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=-0.00590436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.188;QD=11.878;RBI=0.00632887;REFB=-0.00309603;REVB=0.00227884;RO=75;SAF=18;SAR=25;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242416;STB=0.637989;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00396651;OID=.;OPOS=132201862;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:75:75:43:43:0.364407:25:18:48:27:25:18:48:27 chr2 132201889 . C A 321.44 PASS AF=0.36036;AO=40;DP=111;FAO=40;FDP=111;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=-0.0162348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2499;QD=11.5835;RBI=0.0262593;REFB=-0.0119088;REVB=0.0206393;RO=68;SAF=18;SAR=22;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199054;STB=0.615944;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0253435;OID=.;OPOS=132201889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:68:71:40:40:0.36036:22:18:43:25:22:18:45:26 chr2 132201930 . T C 309.19 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00713942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4129;QD=13.5909;RBI=0.00885056;REFB=-0.0177549;REVB=0.0052308;RO=56;SAF=14;SAR=21;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109391;STB=0.562464;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0239484;OID=.;OPOS=132201930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:56:35:35:0.384615:21:14:28:28:21:14:28:28 chr2 132201972 . C CT 35.11 PASS AF=0.2;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0552029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.4634;QD=2.80896;RBI=0.0952074;REFB=0.0184229;REVB=0.0775699;RO=46;SAF=5;SAR=5;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080513;STB=0.51996;STBP=0.926;TYPE=ins;VARB=-0.0426669;OID=.;OPOS=132201973;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:10:56:10:50:40:5:5:19:21:35:46:5:5:20:26 chr2 132229720 . T C 70.21 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00153339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.351;QD=6.84998;RBI=0.00188327;REFB=-0.00693057;REVB=-0.00109335;RO=30;SAF=7;SAR=3;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170876;STB=0.62278;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0235131;OID=.;OPOS=132229720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:30:31:10:10:0.243902:3:7:17:13:3:7:17:14 chr2 132248379 . T G 281.83 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0331553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2747;QD=14.6405;RBI=0.090813;REFB=-0.0170587;REVB=-0.0845442;RO=44;SAF=12;SAR=20;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124347;STB=0.501729;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0337708;OID=.;OPOS=132248379;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:45:32:32:0.415584:20:12:16:28:20:12:17:28 chr2 132248584 . T C 409.31 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00518833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5897;QD=51.1632;RBI=0.0366645;REFB=2.9022e-05;REVB=-0.0362955;RO=2;SAF=5;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154101;STB=0.583272;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.000521726;OID=.;OPOS=132248584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:25:5:2:0:25:5:2:0 chr2 132266142 . G C 581.52 PASS AF=0.427632;AO=65;DP=154;FAO=65;FDP=152;FR=.;FRO=87;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=0.00367762;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.446;QD=15.3032;RBI=0.00635355;REFB=-0.00281707;REVB=-0.005181;RO=82;SAF=44;SAR=21;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245033;STB=0.653417;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00610937;OID=.;OPOS=132266142;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:152:82:87:65:65:0.427632:21:44:36:46:21:44:36:51 chr2 132274474 . G A 469.96 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.0130374;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.492;QD=17.0896;RBI=0.0138912;REFB=-0.0265986;REVB=0.00479485;RO=58;SAF=29;SAR=22;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341311;STB=0.522843;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0326653;OID=.;OPOS=132274474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:58:59:51:51:0.463636:22:29:35:23:22:29:36:23 chr2 132275343 . G T 445.51 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0365375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8764;QD=23.4476;RBI=0.0419263;REFB=-0.01149;REVB=0.0205626;RO=32;SAF=23;SAR=20;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708288;STB=0.531178;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0102311;OID=.;OPOS=132275343;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:33:43:43:0.565789:20:23:20:12:20:23:20:13 chr2 132275366 . A G 258.24 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00481194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.74;QD=13.9587;RBI=0.0367596;REFB=-0.0257348;REVB=-0.0364433;RO=44;SAF=17;SAR=13;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936368;STB=0.55331;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0358021;OID=.;OPOS=132275366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:13:17:21:23:13:17:21:23 chr2 132275384 . T C 257.47 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00418874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0554;QD=14.108;RBI=0.0619409;REFB=0.00422291;REVB=-0.0617991;RO=40;SAF=17;SAR=13;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117691;STB=0.573333;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.0110266;OID=.;OPOS=132275384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:43:30:30:0.410959:13:17:18:22:13:17:19:24 chr2 132275396 . T C 514.51 PASS AF=0.626667;AO=46;DP=75;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00618961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.252;QD=27.4406;RBI=0.0163996;REFB=-0.0275147;REVB=0.0151866;RO=28;SAF=18;SAR=28;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175497;STB=0.589268;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0111958;OID=.;OPOS=132275396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:28:28:46:47:0.626667:28:18:18:10:28:19:18:10 chr2 132275403 . C A 287.56 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0128899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.476;QD=15.9756;RBI=0.0168529;REFB=-0.00737303;REVB=0.0108569;RO=39;SAF=19;SAR=13;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154371;STB=0.580229;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00913012;OID=.;OPOS=132275403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:40:32:32:0.444444:13:19:17:22:13:19:18:22 chr2 132277686 . C T 271.02 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00212564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8307;QD=30.1136;RBI=0.0516873;REFB=-0.015449;REVB=0.0516436;RO=12;SAF=16;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555234;STB=0.530586;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00810373;OID=.;OPOS=132277686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:8:16:7:5:8:16:7:5 chr2 132277962 . T C 185.56 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0963414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6832;QD=13.7454;RBI=0.0967078;REFB=-0.0231637;REVB=0.00840954;RO=30;SAF=3;SAR=19;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512785;STB=0.812912;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0442061;OID=.;OPOS=132277962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:32:22:22:0.407407:19:3:17:13:19:3:19:13 chr2 132277984 . G A 223.93 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0417992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.807;QD=19.4719;RBI=0.0418324;REFB=-0.00516879;REVB=0.00166645;RO=24;SAF=3;SAR=19;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.552956;STB=0.816422;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00188549;OID=.;OPOS=132277984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:19:3:16:8:19:3:16:8 chr2 132287569 . G A 253.11 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00881624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.6753;QD=15.1112;RBI=0.0388424;REFB=0.0145046;REVB=0.0378287;RO=38;SAF=9;SAR=20;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276053;STB=0.656669;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0168444;OID=.;OPOS=132287569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:20:9:22:16:20:9:22:16 chr2 132287824 . C T 408.99 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0096591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.795;QD=23.3708;RBI=0.0142166;REFB=-0.0408293;REVB=0.0104313;RO=30;SAF=18;SAR=22;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092963;STB=0.550995;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0215615;OID=.;OPOS=132287824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:30:40:40:0.571429:22:18:10:20:22:18:10:20 chr2 132905758 . C T 57.61 PASS AF=0.4;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00159271;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=339.6;QD=11.522;RBI=0.00804161;REFB=-0.00752751;REVB=-0.0078823;RO=12;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319996;STB=0.699399;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0114082;OID=.;OPOS=132905758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:20:12:12:8:8:0.4:1:7:8:4:1:7:8:4 chr2 132909843 . T C 1656.06 PASS AF=0.973913;AO=112;DP=116;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00174858;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.763;QD=57.602;RBI=0.00438718;REFB=0.004449;REVB=-0.00402365;RO=3;SAF=46;SAR=66;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00395996;STB=0.502086;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=9.38425e-05;OID=.;OPOS=132909843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:115:3:3:112:112:0.973913:66:46:1:2:66:46:1:2 chr2 133010786 . C T 474.67 PASS AF=0.534884;AO=45;DP=85;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.026224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.422;QD=22.0778;RBI=0.0393847;REFB=-0.0134057;REVB=-0.0293846;RO=40;SAF=16;SAR=29;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632056;STB=0.538612;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00885326;OID=.;OPOS=133010786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:40:40:45:46:0.534884:29:16:17:23:30:16:17:23 chr2 133010796 . C T 31.62 PASS AF=0.091954;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=87;FR=.;FRO=79;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=52;FWDB=-0.0718383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4008;QD=1.45386;RBI=0.0721951;REFB=-0.00781611;REVB=0.00716927;RO=78;SAF=3;SAR=5;SRF=26;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522734;STB=0.53263;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0736778;OID=.;OPOS=133010796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:87:78:79:8:8:0.091954:5:3:26:52:5:3:27:52 chr2 133010802 . T C 44.51 PASS AF=0.114943;AO=10;DP=86;FAO=10;FDP=87;FR=.;FRO=77;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=51;FWDB=0.0235223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.459;QD=2.04648;RBI=0.024664;REFB=0.0045036;REVB=-0.00741726;RO=76;SAF=5;SAR=5;SRF=26;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19446;STB=0.643415;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.0238241;OID=.;OPOS=133010802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:86:87:76:77:10:10:0.114943:5:5:26:50:5:5:26:51 chr2 133010834 . TG CA 51.92 PASS AF=0.127907;AO=11;DP=86;FAO=11;FDP=86;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=53;FWDB=-0.0266577;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=267.091;QD=2.41495;RBI=0.026865;REFB=-0.00469208;REVB=-0.00333092;RO=74;SAF=5;SAR=6;SRF=22;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205069;STB=0.645278;STBP=0.412;TYPE=mnp;VARB=0.0306068;OID=.;OPOS=133010834;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:86:86:74:75:11:11:0.127907:6:5:22:52:6:5:22:53 chr2 133010838 . G C 51.91 PASS AF=0.127907;AO=11;DP=86;FAO=11;FDP=86;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=53;FWDB=-0.0280751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.504;QD=2.41454;RBI=0.0335621;REFB=-0.0032604;REVB=0.0183903;RO=74;SAF=5;SAR=6;SRF=22;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205069;STB=0.645278;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0443215;OID=.;OPOS=133010838;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:86:86:74:75:11:11:0.127907:6:5:22:52:6:5:22:53 chr2 133010847 . CA TG 48.27 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=78;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=-0.0199711;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=2;MLLD=179.403;QD=2.50752;RBI=0.0436507;REFB=-0.00824162;REVB=-0.0388142;RO=66;SAF=5;SAR=5;SRF=22;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208186;STB=0.649079;STBP=0.357;TYPE=mnp;VARB=0.0555264;OID=.;OPOS=133010847;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:78:77:66:67:10:10:0.12987:5:5:22:44:5:5:22:45 chr2 133011933 . G A 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0161066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.843;QD=14.7421;RBI=0.0505355;REFB=-0.00638016;REVB=-0.0479001;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319726;STB=0.685492;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.011005;OID=.;OPOS=133011933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:12:5:15:10:12:5:15:10 chr2 133011953 . T C 58.03 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00280023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3936;QD=4.83614;RBI=0.061617;REFB=0.00455442;REVB=-0.0615533;RO=37;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494346;STB=0.804666;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0284625;OID=.;OPOS=133011953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:48:37:39:9:9:0.1875:2:7:13:24:2:7:15:24 chr2 133012005 . C T 120.23 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0161435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.579;QD=6.77365;RBI=0.0164533;REFB=-0.00895814;REVB=0.00317797;RO=52;SAF=4;SAR=14;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400795;STB=0.752153;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0242763;OID=.;OPOS=133012005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:53:18:18:0.253521:14:4:28:24:14:4:29:24 chr2 133012006 . G A 57.73 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=73;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0142356;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.162;QD=3.20738;RBI=0.0178764;REFB=-0.00831608;REVB=-0.0108126;RO=60;SAF=5;SAR=6;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00567339;STB=0.50381;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.021699;OID=.;OPOS=133012006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:73:72:60:61:11:11:0.152778:6:5:27:33:6:5:28:33 chr2 133012011 . G C 64.94 PASS AF=0.171429;AO=10;DP=69;FAO=12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0140158;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.324;QD=3.71079;RBI=0.015325;REFB=-0.0113164;REVB=0.00619771;RO=58;SAF=3;SAR=7;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230722;STB=0.540994;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0392105;OID=.;OPOS=133012011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:69:70:58:58:10:12:0.171429:7:3:28:30:7:5:27:31 chr2 133012012 . C A 151.88 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.00750821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.101;QD=8.55682;RBI=0.011613;REFB=-0.00875053;REVB=-0.00885935;RO=50;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255423;STB=0.651574;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0144938;OID=.;OPOS=133012012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:50:21:21:0.295775:8:13:20:30:8:13:20:30 chr2 133012022 . G A 100.66 PASS AF=0.222222;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0310182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.482;QD=5.5921;RBI=0.0381909;REFB=-0.013261;REVB=-0.0222805;RO=54;SAF=3;SAR=13;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.451736;STB=0.78534;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0353012;OID=.;OPOS=133012022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:54:56:16:16:0.222222:13:3:29:25:13:3:30:26 chr2 133012034 . C G 279.46 PASS AF=0.3125;AO=21;DP=66;FAO=20;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0387696;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.751;QD=17.4661;RBI=0.101808;REFB=-0.0360283;REVB=0.0941371;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959819;STB=0.521717;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.1437;OID=.;OPOS=133012034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:24:26:21:20:0.3125:10:11:15:9:10:10:14:12 chr2 133012061 . C T 83.2 PASS AF=0.2;AO=14;DP=70;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00918104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.122;QD=4.75438;RBI=0.015708;REFB=-0.00430904;REVB=-0.0127456;RO=56;SAF=3;SAR=11;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376006;STB=0.744173;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0182346;OID=.;OPOS=133012061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:70:70:56:56:14:14:0.2:11:3:28:28:11:3:28:28 chr2 133012078 . C T 75.23 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0180121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8061;QD=4.36102;RBI=0.0203934;REFB=-0.00250842;REVB=-0.00956328;RO=56;SAF=3;SAR=10;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369081;STB=0.742073;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0222244;OID=.;OPOS=133012078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:69:69:56:56:13:13:0.188406:10:3:29:27:10:3:29:27 chr2 133012079 . G A 186.92 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0153454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.208;QD=10.6813;RBI=0.0164127;REFB=0.000563286;REVB=0.00582206;RO=46;SAF=11;SAR=13;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225617;STB=0.513147;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00243447;OID=.;OPOS=133012079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:13:11:22:24:13:11:22:24 chr2 133012080 . A AC 282.33 PASS AF=0.575758;AO=37;DP=71;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0123452;FXX=0.0704126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.2179;QD=17.111;RBI=0.0264717;REFB=0.0333963;REVB=0.0234168;RO=33;SAF=14;SAR=23;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170185;STB=0.575889;STBP=0.16;TYPE=ins;VARB=-0.0246846;OID=.;OPOS=133012081;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.575758:37:71:38:66:28:15:23:16:12:99:33:14:23:19:14 chr2 133012099 . G A 223.29 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0030992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.02;QD=12.7595;RBI=0.034339;REFB=-0.0106958;REVB=-0.0341988;RO=42;SAF=14;SAR=13;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056466;STB=0.524398;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0268149;OID=.;OPOS=133012099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:43:27:27:0.385714:13:14:24:18:13:14:24:19 chr2 133012111 . T C 156.15 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0429703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.351;QD=9.46333;RBI=0.0443654;REFB=-0.00101344;REVB=-0.011038;RO=41;SAF=10;SAR=11;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150251;STB=0.583853;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00283315;OID=.;OPOS=133012111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:45:21:21:0.318182:11:10:25:16:11:10:27:18 chr2 133012126 . A C 68.67 PASS AF=0.1875;AO=10;DP=62;FAO=12;FDP=64;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0171981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.665;QD=4.29202;RBI=0.0185547;REFB=-0.00597561;REVB=-0.00696428;RO=52;SAF=4;SAR=6;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192584;STB=0.546798;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0282979;OID=.;OPOS=133012126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:62:64:52:52:10:12:0.1875:6:4:29:23:6:6:29:23 chr2 133012130 . C T 47.32 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00211653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.699;QD=2.95723;RBI=0.00467617;REFB=-0.00314954;REVB=0.00416976;RO=54;SAF=4;SAR=5;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134737;STB=0.601154;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0221926;OID=.;OPOS=133012130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:64:64:54:55:9:9:0.140625:5:4:30:24:5:4:31:24 chr2 133012147 . A G 72.62 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00989082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.649;QD=5.37919;RBI=0.0112466;REFB=-0.0039799;REVB=0.00535332;RO=42;SAF=6;SAR=5;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00267914;STB=0.508459;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0093832;OID=.;OPOS=133012147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:42:43:11:11:0.203704:5:6:23:19:5:6:23:20 chr2 133012170 . CC AA 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00422349;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=192.295;QD=12.2128;RBI=0.0042247;REFB=0.00560302;REVB=-0.000101088;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184678;STB=0.608534;STBP=0.353;TYPE=mnp;VARB=-0.0078952;OID=.;OPOS=133012170;OREF=CC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:7:6:14:8:7:6:14:8 chr2 133012172 . T C 51.25 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0341945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.493;QD=5.54075;RBI=0.0403008;REFB=0.00597504;REVB=-0.0213283;RO=29;SAF=4;SAR=4;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145794;STB=0.594367;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00851126;OID=.;OPOS=133012172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:4:4:18:11:4:4:18:11 chr2 133012182 . C T 58.3 PASS AF=0.25;AO=8;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00349713;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.818;QD=6.47819;RBI=0.00919787;REFB=-0.00814766;REVB=-0.00850711;RO=28;SAF=3;SAR=5;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311843;STB=0.636074;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0249406;OID=.;OPOS=133012182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:36:36:28:27:8:9:0.25:5:3:18:10:5:4:17:10 chr2 133012267 . T C 873.63 PASS AF=0.732673;AO=67;DP=94;FAO=74;FDP=101;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=63;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0311458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.281;QD=34.5992;RBI=0.0383379;REFB=-0.0359978;REVB=0.0223547;RO=27;SAF=10;SAR=57;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319346;STB=0.664991;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00759241;OID=.;OPOS=133012267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:101:27:27:67:74:0.732673:57:10:15:12:63:11:15:12 chr2 133012274 . T C 987.76 PASS AF=0.76;AO=75;DP=100;FAO=76;FDP=100;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=63;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00677942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.913;QD=39.5103;RBI=0.00721775;REFB=-0.00827723;REVB=0.00247698;RO=24;SAF=12;SAR=63;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258124;STB=0.629961;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00407961;OID=.;OPOS=133012274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:24:24:75:76:0.76:63:12:13:11:63:13:13:11 chr2 133012309 . A G 800.68 PASS AF=0.69697;AO=69;DP=100;FAO=69;FDP=99;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=59;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0119983;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.917;QD=32.3508;RBI=0.0232775;REFB=0.0121022;REVB=-0.019947;RO=30;SAF=10;SAR=59;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304535;STB=0.665858;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00900358;OID=.;OPOS=133012309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:30:30:69:69:0.69697:59:10:15:15:59:10:15:15 chr2 133012350 . T C 53.03 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0312836;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.519;QD=6.42813;RBI=0.0328141;REFB=-0.00201693;REVB=0.00990438;RO=25;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330551;STB=0.71373;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0194521;OID=.;OPOS=133012350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:33:33:25:25:8:8:0.242424:6:2:13:12:6:2:13:12 chr2 133012369 . A G 69.64 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0194941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4084;QD=6.4781;RBI=0.0497129;REFB=-0.0135565;REVB=-0.0457313;RO=32;SAF=1;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.610986;STB=0.885885;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0427232;OID=.;OPOS=133012369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:32:33:10:10:0.232558:9:1:19:13:9:1:19:14 chr2 133012401 . G A 78.37 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0573446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.842;QD=5.59778;RBI=0.0589316;REFB=-0.000151018;REVB=-0.0135843;RO=44;SAF=1;SAR=11;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.638754;STB=0.910338;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00109572;OID=.;OPOS=133012401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:56:56:44:44:12:12:0.214286:11:1:26:18:11:1:26:18 chr2 133012414 . G A 136.28 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0141867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.404;QD=8.51761;RBI=0.0143654;REFB=-0.00242295;REVB=-0.00225847;RO=44;SAF=3;SAR=16;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51418;STB=0.805409;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00538717;OID=.;OPOS=133012414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:45:19:19:0.296875:16:3:25:19:16:3:25:20 chr2 133012432 . G C 43.21 PASS AF=0.125;AO=9;DP=72;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0350689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.212;QD=2.40071;RBI=0.041845;REFB=-0.0036792;REVB=-0.0228293;RO=63;SAF=7;SAR=2;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397288;STB=0.786607;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0291092;OID=.;OPOS=133012432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:72:63:63:9:9:0.125:2:7:28:35:2:7:28:35 chr2 133012439 . A AGAAC,C 304.68 PASS AF=0.259259,0.111111;AO=28,12;DP=109;FAO=28,12;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=26,12;FSAR=2,0;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0102959,-0.025919;FXX=0.00917347;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=241.094,70.8247;QD=11.2842;RBI=0.0230737,0.0330318;REFB=-0.00611691,-0.0104848;REVB=-0.0206492,-0.0204769;RO=68;SAF=26,12;SAR=2,0;SRF=32;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.649967,0.710525;STB=0.894599,0.999084;STBP=0,0;TYPE=ins,snp;VARB=0.00258202,0.00685916;OID=.,.;OPOS=133012440,133012439;OREF=-,A;OALT=GAAC,C;OMAPALT=AGAAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:68:68:28,12:28,12:0.259259,0.111111:2,0:26,12:32:36:2,0:26,12:32:36 chr2 133012457 . C T 59.38 PASS AF=0.078853;AO=22;DP=278;FAO=22;FDP=279;FR=.;FRO=257;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=154;FSRR=103;FWDB=0.0233807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.558;QD=0.851302;RBI=0.0313396;REFB=-0.00162055;REVB=-0.0208689;RO=254;SAF=6;SAR=16;SRF=151;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357057;STB=0.781683;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00877066;OID=.;OPOS=133012457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:278:279:254:257:22:22:0.078853:16:6:151:103:16:6:154:103 chr2 133012458 . GT AC 2499.54 PASS AF=0.726619;AO=200;DP=277;FAO=202;FDP=278;FR=.;FRO=76;FSAF=120;FSAR=82;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.00362643;FXX=0.0071426;HRUN=1;LEN=2;MLLD=225.472;QD=35.9645;RBI=0.0120141;REFB=-0.0224407;REVB=0.0114538;RO=75;SAF=118;SAR=82;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574687;STB=0.53004;STBP=0.106;TYPE=mnp;VARB=0.00473997;OID=.;OPOS=133012458;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:278:75:76:200:202:0.726619:82:118:36:39:82:120:37:39 chr2 133012465 . C T 55.57 PASS AF=0.0705882;AO=24;DP=340;FAO=24;FDP=340;FR=.;FRO=316;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=189;FSRR=127;FWDB=0.0372684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.649;QD=0.653781;RBI=0.0423636;REFB=-0.000400291;REVB=-0.020143;RO=316;SAF=7;SAR=17;SRF=189;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330006;STB=0.767537;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0125447;OID=.;OPOS=133012465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:340:340:316:316:24:24:0.0705882:17:7:189:127:17:7:189:127 chr2 133012504 . A G 4455.04 PASS AF=0.829517;AO=322;DP=389;FAO=326;FDP=393;FR=.;FRO=67;FSAF=212;FSAR=114;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.000495924;FXX=0.00253801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.491;QD=45.3439;RBI=0.00938621;REFB=-0.0132049;REVB=-0.0093731;RO=65;SAF=209;SAR=113;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742759;STB=0.539781;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00195894;OID=.;OPOS=133012504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:389:393:65:67:322:326:0.829517:113:209:28:37:114:212:29:38 chr2 133012508 . TG CA,CG 4761.86 PASS AF=0.059126,0.827763;AO=18,314;DP=382;FAO=23,322;FDP=389;FR=.;FRO=44;FSAF=6,210;FSAR=17,112;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0037688,0.00401973;FXX=0.00765287;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=157.175,193.987;QD=48.9651;RBI=0.0344618,0.0645621;REFB=-0.000558328,-0.00198056;REVB=0.0342551,0.0644368;RO=44;SAF=6,209;SAR=12,105;SRF=24;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.25296,0.0311027;STB=0.696543,0.514018;STBP=0.026,0.18;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0160106,0.000421603;OID=.,.;OPOS=133012508,133012508;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:382:389:44:44:18,314:23,322:0.059126,0.827763:12,105:6,209:24:20:17,112:6,210:24:20 chr2 133012516 . T G 4434.9 PASS AF=0.831234;AO=318;DP=384;FAO=330;FDP=397;FR=.;FRO=67;FSAF=219;FSAR=111;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0437328;FXX=0.00749981;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.7505;QD=44.6841;RBI=0.0583049;REFB=0.0207791;REVB=-0.0385603;RO=64;SAF=217;SAR=101;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864229;STB=0.54241;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00331227;OID=.;OPOS=133012516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:384:397:64:67:318:330:0.831234:101:217:28:36:111:219:29:38 chr2 133012523 . A G 4725.32 PASS AF=0.853535;AO=337;DP=396;FAO=338;FDP=396;FR=.;FRO=58;FSAF=225;FSAR=113;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0179379;FXX=0.00251883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.699;QD=47.7305;RBI=0.0235876;REFB=-0.0149301;REVB=0.0153169;RO=58;SAF=224;SAR=113;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065912;STB=0.534939;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00135259;OID=.;OPOS=133012523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:396:58:58:337:338:0.853535:113:224:26:32:113:225:26:32 chr2 133012542 . T C 4741.99 PASS AF=0.872727;AO=335;DP=386;FAO=336;FDP=385;FR=.;FRO=49;FSAF=225;FSAR=111;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0141603;FXX=0.00516783;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.354;QD=49.2674;RBI=0.0199594;REFB=-0.00308669;REVB=-0.0140664;RO=49;SAF=224;SAR=111;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425843;STB=0.522579;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.000311519;OID=.;OPOS=133012542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:386:385:49:49:335:336:0.872727:111:224:25:24:111:225:25:24 chr2 133012571 . T C 4922.75 PASS AF=0.886598;AO=344;DP=389;FAO=344;FDP=388;FR=.;FRO=44;FSAF=235;FSAR=109;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00402952;FXX=0.00512807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.729;QD=50.75;RBI=0.00717848;REFB=-0.00618542;REVB=0.00594083;RO=44;SAF=235;SAR=109;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447087;STB=0.523571;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000729694;OID=.;OPOS=133012571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:389:388:44:44:344:344:0.886598:109:235:22:22:109:235:22:22 chr2 133012612 . T C 2238.02 PASS AF=0.850746;AO=146;DP=178;FAO=171;FDP=201;FR=.;FRO=30;FSAF=99;FSAR=72;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0463588;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.653;QD=44.5378;RBI=0.0465669;REFB=-0.0286223;REVB=-0.00439794;RO=30;SAF=83;SAR=63;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323273;STB=0.513483;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00472407;OID=.;OPOS=133012612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:201:30:30:146:171:0.850746:63:83:20:10:72:99:20:10 chr2 133012624 . A G 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0345402;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=303.563;QD=12.4668;RBI=0.0365166;REFB=-0.000674044;REVB=-0.0118505;RO=32;SAF=1;SAR=19;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.683786;STB=0.913413;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000286878;OID=.;OPOS=133012624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:19:1:17:15:19:1:18:15 chr2 133012634 . C CT,CTT 114.83 PASS AF=0,0.516129;AO=4,10;DP=35;FAO=0,16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=0,3;FSAR=0,13;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0133982,0.00711174;FXX=0.0605877;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=24.496,40.4045;QD=14.8167;RBI=0.106091,0.056581;REFB=0.0198035,0.0105843;REVB=0.105242,0.0561322;RO=20;SAF=0,3;SAR=4,7;SRF=16;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.763433,-0.510574;STB=0.5,0.82174;STBP=1,0.002;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.00294516;OID=.,.;OPOS=133012635,133012635;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.516129:4,10:35:0,16:31:15:0,3:0,13:13:2:99:20:0,3:4,7:16:4 chr2 133012642 . TT CC 181.99 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00217277;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=2;MLLD=247.47;QD=16.177;RBI=0.0343105;REFB=-0.0127409;REVB=0.0342417;RO=27;SAF=4;SAR=15;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447101;STB=0.749722;STBP=0.007;TYPE=mnp;VARB=0.0151285;OID=.;OPOS=133012642;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:27:26:19:19:0.422222:15:4:17:10:15:4:16:10 chr2 133012655 . A G 489.18 PASS AF=0.676923;AO=44;DP=64;FAO=44;FDP=65;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00430994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.918;QD=30.1034;RBI=0.0158533;REFB=0.00137342;REVB=0.0152562;RO=20;SAF=13;SAR=31;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192098;STB=0.598409;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.000269341;OID=.;OPOS=133012655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:20:21:44:44:0.676923:31:13:12:8:31:13:12:9 chr2 133012674 . A G 1003.03 PASS AF=0.9;AO=72;DP=80;FAO=72;FDP=80;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0068264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9352;QD=50.1514;RBI=0.0211365;REFB=-0.0924969;REVB=-0.0200038;RO=8;SAF=25;SAR=47;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314024;STB=0.516675;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0123769;OID=.;OPOS=133012674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:80:80:8:8:72:72:0.9:47:25:4:4:47:25:4:4 chr2 133012680 . A G 780.28 PASS AF=0.732558;AO=63;DP=86;FAO=63;FDP=86;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0170781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0286;QD=36.2919;RBI=0.0212099;REFB=-0.0218329;REVB=-0.0125778;RO=23;SAF=22;SAR=41;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915078;STB=0.549235;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00940822;OID=.;OPOS=133012680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:23:23:63:63:0.732558:41:22:12:11:41:22:12:11 chr2 133012688 . A G 837.18 PASS AF=0.741573;AO=66;DP=89;FAO=66;FDP=89;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00152712;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.549;QD=37.6261;RBI=0.0283631;REFB=-0.00813328;REVB=0.028322;RO=23;SAF=27;SAR=39;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341969;STB=0.518357;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00207219;OID=.;OPOS=133012688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:23:23:66:66:0.741573:39:27:11:12:39:27:11:12 chr2 133012691 . T C 1062.46 PASS AF=0.855556;AO=77;DP=90;FAO=77;FDP=90;FR=.;FRO=13;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.011276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.81;QD=47.2205;RBI=0.0118989;REFB=-0.0186833;REVB=0.00379943;RO=12;SAF=33;SAR=44;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247613;STB=0.506492;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00279814;OID=.;OPOS=133012691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:90:90:12:13:77:77:0.855556:44:33:4:8:44:33:5:8 chr2 133012712 . T C 1328.24 PASS AF=0.923077;AO=96;DP=104;FAO=96;FDP=104;FR=.;FRO=8;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0150256;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.823;QD=51.0862;RBI=0.0428864;REFB=-0.0291515;REVB=0.0401681;RO=8;SAF=47;SAR=49;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166805;STB=0.508819;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00249538;OID=.;OPOS=133012712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:104:104:8:8:96:96:0.923077:49:47:3:5:49:47:3:5 chr2 133012716 . A G 1151.02 PASS AF=0.854369;AO=87;DP=105;FAO=88;FDP=103;FR=.;FRO=15;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00810148;FXX=0.0282992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.163;QD=44.6997;RBI=0.0104014;REFB=-0.0142881;REVB=-0.00652347;RO=15;SAF=41;SAR=46;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00127687;STB=0.500111;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278867;OID=.;OPOS=133012716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:105:103:15:15:87:88:0.854369:46:41:7:8:47:41:7:8 chr2 133012797 . C CCG 462.61 PASS AF=0.727273;AO=39;DP=99;FAO=40;FDP=55;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0291054;FXX=0.126964;HRUN=1;LEN=2;MLLD=104.98;QD=33.6442;RBI=0.0820566;REFB=-0.0191295;REVB=0.0767213;RO=59;SAF=18;SAR=21;SRF=46;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334269;STB=0.502278;STBP=0.953;TYPE=ins;VARB=0.0147205;OID=.;OPOS=133012798;OREF=-;OALT=CG;OMAPALT=CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.727273:39:99:40:55:15:19:21:7:8:99:59:18:21:46:13 chr2 133012799 . AAACT CTTGC 541.12 PASS AF=0.722222;AO=38;DP=58;FAO=39;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0118335;FXX=0.0847314;HRUN=3;LEN=5;MLLD=237.726;QD=40.0832;RBI=0.0152422;REFB=0.0321978;REVB=0.00960694;RO=9;SAF=19;SAR=19;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197531;STB=0.512814;STBP=0.738;TYPE=mnp;VARB=-0.00587576;OID=.;OPOS=133012799;OREF=AAACT;OALT=CTTGC;OMAPALT=CTTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:58:54:9:9:38:39:0.722222:19:19:5:4:20:19:5:4 chr2 133012807 . A G 475.83 PASS AF=0.661538;AO=43;DP=67;FAO=43;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0196327;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.542;QD=29.2818;RBI=0.0207722;REFB=-0.00905745;REVB=0.00678537;RO=22;SAF=21;SAR=22;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637783;STB=0.534652;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00828947;OID=.;OPOS=133012807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:22:22:43:43:0.661538:22:21:13:9:22:21:13:9 chr2 133012830 . G A 50.21 PASS AF=0.138889;AO=10;DP=71;FAO=10;FDP=72;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0183987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.887;QD=2.78935;RBI=0.0225583;REFB=-0.00544998;REVB=0.0130525;RO=61;SAF=6;SAR=4;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171684;STB=0.613035;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0176783;OID=.;OPOS=133012830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:71:72:61:62:10:10:0.138889:4:6:28:33:4:6:29:33 chr2 133012832 . T C 612.03 PASS AF=0.722222;AO=51;DP=72;FAO=52;FDP=72;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0519512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3984;QD=34.0015;RBI=0.0529681;REFB=0.0289925;REVB=-0.0103292;RO=20;SAF=23;SAR=28;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519035;STB=0.524616;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.0123711;OID=.;OPOS=133012832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:20:20:51:52:0.722222:28:23:11:9:28:24:11:9 chr2 133012839 . T C 627.78 PASS AF=0.726027;AO=53;DP=73;FAO=53;FDP=73;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00762644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.579;QD=34.3991;RBI=0.0105066;REFB=-0.00989395;REVB=0.00722681;RO=20;SAF=24;SAR=29;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495838;STB=0.526715;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00767001;OID=.;OPOS=133012839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:20:20:53:53:0.726027:29:24:11:9:29:24:11:9 chr2 133012866 . C A 40.4 PASS AF=0.113924;AO=9;DP=79;FAO=9;FDP=79;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.0184691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.307;QD=2.04546;RBI=0.0184992;REFB=0.000938511;REVB=0.00105574;RO=70;SAF=5;SAR=4;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150518;STB=0.610871;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0117302;OID=.;OPOS=133012866;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:79:79:70:70:9:9:0.113924:4:5:30:40:4:5:30:40 chr2 133012901 . T C 203.51 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00751316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.199;QD=30.1498;RBI=0.0218392;REFB=0.00683741;REVB=-0.0205062;RO=8;SAF=7;SAR=12;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00378494;STB=0.50209;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00221539;OID=.;OPOS=133012901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:12:7:3:5:12:7:3:5 chr2 133012903 . T C 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0123418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.938;QD=6.26146;RBI=0.0127291;REFB=-0.0116655;REVB=-0.00311591;RO=21;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402521;STB=0.768344;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0180475;OID=.;OPOS=133012903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:6:1:9:12:6:1:9:12 chr2 133012982 . GT AC 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0216711;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=178.274;QD=12.73;RBI=0.0236824;REFB=-0.000353223;REVB=0.00955084;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271144;STB=0.516093;STBP=0.934;TYPE=mnp;VARB=0.00395151;OID=.;OPOS=133012982;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:5:7:5:4:5:7 chr2 133012994 . A G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0173129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.151;QD=10.6346;RBI=0.021539;REFB=-0.0127155;REVB=-0.0128139;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104179;STB=0.506313;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0206399;OID=.;OPOS=133012994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:5:8:5:3:5:8 chr2 133013049 . G A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0265165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.957;QD=7.76204;RBI=0.0268719;REFB=-0.000115943;REVB=-0.00435608;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216016;STB=0.640492;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.000423889;OID=.;OPOS=133013049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:5:1:4:9:5:1:4:9 chr2 133013074 . C T 40.54 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0172335;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.175;QD=9.009;RBI=0.0287829;REFB=-0.0237272;REVB=0.0230535;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329965;STB=0.713469;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0329042;OID=.;OPOS=133013074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:19:18:12:12:6:6:0.333333:5:1:5:7:5:1:5:7 chr2 133013144 . A G 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0164365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1101;QD=16.8244;RBI=0.0394664;REFB=-0.0174828;REVB=-0.0358809;RO=28;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121671;STB=0.569654;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0134916;OID=.;OPOS=133013144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:13:8:14:14:13:8:14:14 chr2 133013145 . C T 72.73 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00192126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.674;QD=5.38721;RBI=0.0307695;REFB=-0.00537357;REVB=-0.0307095;RO=41;SAF=5;SAR=6;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192243;STB=0.508459;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0310463;OID=.;OPOS=133013145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:41:43:11:11:0.203704:6:5:18:23:6:5:20:23 chr2 133013175 . T G 429.28 PASS AF=0.655738;AO=39;DP=61;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0251737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9943;QD=28.1497;RBI=0.0251742;REFB=-0.0284478;REVB=0.000161259;RO=20;SAF=16;SAR=23;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570348;STB=0.517923;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0116547;OID=.;OPOS=133013175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:20:21:39:40:0.655738:23:16:10:10:23:17:10:11 chr2 133013183 . A G 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0140449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.842;QD=14.4201;RBI=0.0148466;REFB=0.00831924;REVB=-0.00481284;RO=37;SAF=9;SAR=18;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216808;STB=0.623562;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0106884;OID=.;OPOS=133013183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:18:9:20:17:18:9:20:17 chr2 133013189 . A G 177.98 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00284092;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.9958;QD=10.6259;RBI=0.0545119;REFB=0.00727236;REVB=0.0544379;RO=40;SAF=7;SAR=16;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276696;STB=0.662956;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0297654;OID=.;OPOS=133013189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:44:23:23:0.343284:16:7:22:18:16:7:24:20 chr2 133013201 . C G 511.81 PASS AF=0.703125;AO=43;DP=62;FAO=45;FDP=64;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0124814;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.339;QD=31.9882;RBI=0.0124831;REFB=-0.0227533;REVB=0.000201705;RO=19;SAF=16;SAR=27;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150226;STB=0.569589;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00805435;OID=.;OPOS=133013201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:19:19:43:45:0.703125:27:16:12:7:27:18:12:7 chr2 133013224 . A C 391.79 PASS AF=0.6;AO=35;DP=77;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00879924;FXX=0.220751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8603;QD=26.1195;RBI=0.0170095;REFB=0.00170914;REVB=0.0145567;RO=24;SAF=13;SAR=22;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129726;STB=0.574957;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.000640869;OID=.;OPOS=133013224;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:60:24:24:35:36:0.6:22:13:13:11:23:13:13:11 chr2 133013250 . C T 129.45 PASS AF=0.240964;AO=18;DP=81;FAO=20;FDP=83;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.00726947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4668;QD=6.23862;RBI=0.0106151;REFB=-0.000394962;REVB=0.00773526;RO=63;SAF=12;SAR=6;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25776;STB=0.605664;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00956278;OID=.;OPOS=133013250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:63:63:18:20:0.240964:6:12:29:34:8:12:29:34 chr2 133013260 . TC T 64.35 PASS AF=0.272727;AO=19;DP=77;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0646733;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.9546;QD=3.34308;RBI=0.120858;REFB=-0.0191105;REVB=0.102098;RO=54;SAF=12;SAR=7;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0.45;SSSB=0.184146;STB=0.577704;STBP=0.385;TYPE=del;VARB=0.0406588;OID=.;OPOS=133013261;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:19:77:21:77:56:12:9:26:30:64:54:12:7:26:28 chr2 133013266 . T G 102.11 PASS AF=0.209877;AO=16;DP=80;FAO=17;FDP=81;FR=.;FRO=64;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.00545161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.783;QD=5.04263;RBI=0.00552179;REFB=0.00420649;REVB=-0.000877546;RO=64;SAF=1;SAR=15;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.700315;STB=0.944641;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00480521;OID=.;OPOS=133013266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:64:64:16:17:0.209877:15:1:41:23:16:1:41:23 chr2 133013286 . AG CA 52.38 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.00950222;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=2;MLLD=226.448;QD=3.08099;RBI=0.0225888;REFB=-0.00192417;REVB=-0.020493;RO=58;SAF=5;SAR=5;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149943;STB=0.602744;STBP=0.527;TYPE=mnp;VARB=0.0059857;OID=.;OPOS=133013286;OREF=AG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:70:68:58:58:10:10:0.147059:5:5:36:22:5:5:36:22 chr2 133013318 . A G 386.92 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0074524;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.545;QD=23.4498;RBI=0.0098313;REFB=0.00599466;REVB=0.0064122;RO=28;SAF=16;SAR=22;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223415;STB=0.622578;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0022919;OID=.;OPOS=133013318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:22:16:20:8:22:16:20:8 chr2 133013324 . C A 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0295713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.148;QD=16.4058;RBI=0.0368057;REFB=-0.00743429;REVB=0.0219135;RO=37;SAF=13;SAR=18;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244059;STB=0.636786;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00522981;OID=.;OPOS=133013324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:18:13:25:12:18:13:25:12 chr2 133013327 . G T 280.24 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0108715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.87;QD=16.7306;RBI=0.0269167;REFB=0.00734982;REVB=-0.0246235;RO=36;SAF=13;SAR=18;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258493;STB=0.644585;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0145322;OID=.;OPOS=133013327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:18:13:25:11:18:13:25:11 chr2 133013332 . T C 30.66 PASS AF=0.0985915;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0218133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5581;QD=1.72719;RBI=0.024368;REFB=0.00430725;REVB=0.010862;RO=64;SAF=4;SAR=3;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00783828;STB=0.506155;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.0393451;OID=.;OPOS=133013332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:71:64:64:7:7:0.0985915:3:4:37:27:3:4:37:27 chr2 133013351 . G A 269.63 PASS AF=0.461538;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=0.0165786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4926;QD=16.5929;RBI=0.0371885;REFB=0.00556909;REVB=0.0332886;RO=35;SAF=13;SAR=16;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30845;STB=0.676509;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00733491;OID=.;OPOS=133013351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:35:29:30:0.461538:16:13:27:8:17:13:27:8 chr2 133013378 . A G 255.9 PASS AF=0.5;AO=24;DP=52;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0263951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.674;QD=18.2784;RBI=0.0374249;REFB=-0.0522905;REVB=0.0265315;RO=28;SAF=9;SAR=15;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346025;STB=0.656611;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0331357;OID=.;OPOS=133013378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:56:28:28:24:28:0.5:15:9:21:7:16:12:21:7 chr2 133013418 . A G 271.5 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00832863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196;QD=23.6083;RBI=0.022988;REFB=-0.020393;REVB=-0.0214262;RO=21;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214426;STB=0.619622;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0143827;OID=.;OPOS=133013418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:16:9:13:8:16:9:13:8 chr2 133013449 . G A 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0744722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.092;QD=17.7318;RBI=0.0749259;REFB=0.00954954;REVB=0.00823349;RO=19;SAF=3;SAR=14;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466068;STB=0.768885;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00367601;OID=.;OPOS=133013449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:14:3:12:7:14:3:12:7 chr2 133013461 . C T 157.96 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0384748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.43;QD=17.077;RBI=0.0391535;REFB=-0.00579059;REVB=0.00725827;RO=20;SAF=3;SAR=13;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475765;STB=0.780133;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00311796;OID=.;OPOS=133013461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:20:16:17:0.459459:13:3:13:7:14:3:13:7 chr2 133013475 . A G 123.11 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0178194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9519;QD=16.4149;RBI=0.0198256;REFB=0.000662721;REVB=0.00869032;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299972;STB=0.533286;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.00139096;OID=.;OPOS=133013475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:14:14:0.466667:7:7:7:8:7:7:7:9 chr2 133013513 . A C 118.79 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00772355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.528;QD=22.6274;RBI=0.00773251;REFB=-0.0130616;REVB=0.000372139;RO=8;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19275;STB=0.608533;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00180711;OID=.;OPOS=133013513;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:6:7:2:6:6:7:2:6 chr2 133013541 . G A 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00226723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.732;QD=9.56953;RBI=0.00904723;REFB=-0.0127331;REVB=0.00875854;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489546;STB=0.795235;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0685066;OID=.;OPOS=133013541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:2:6:4:11:2:6:4:11 chr2 133013567 . T C 141.63 PASS AF=0.625;AO=14;DP=23;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0294577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.907;QD=23.6047;RBI=0.0361843;REFB=0.00918238;REVB=0.021013;RO=9;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193534;STB=0.615236;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00509777;OID=.;OPOS=133013567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:24:9:9:14:15:0.625:7:7:2:7:7:8:2:7 chr2 133013590 . A C,G 350.7 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=2,24;DP=26;FAO=2,24;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=2,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273193,0.02073;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.28,214.197;QD=53.9546;RBI=0.0273539,0.0210603;REFB=0,0;REVB=0.00137576,0.00371482;RO=0;SAF=0,9;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0658896,0.00206641;OID=.,.;OPOS=133013590,133013590;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:26:26:0:0:2,24:2,24:0.0769231,0.923077:2,15:0,9:0:0:2,15:0,9:0:0 chr2 133013631 . G A 90.65 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00485117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6579;QD=8.05742;RBI=0.0117257;REFB=-0.00440515;REVB=-0.0106752;RO=33;SAF=6;SAR=6;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199952;STB=0.622031;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0115968;OID=.;OPOS=133013631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:6:6:22:11:6:6:22:11 chr2 133013644 . G A 58.34 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.011676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.002;QD=4.76276;RBI=0.0651341;REFB=-0.00384492;REVB=-0.0640791;RO=39;SAF=6;SAR=3;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100233;STB=0.579528;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0106407;OID=.;OPOS=133013644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:49:39:40:9:9:0.183673:3:6:23:16:3:6:23:17 chr2 133013680 . G A 318.75 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0062472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.844;QD=20.9019;RBI=0.0106462;REFB=-0.0110284;REVB=0.00862058;RO=28;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151161;STB=0.583696;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00720498;OID=.;OPOS=133013680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:19:14:17:11:19:14:17:11 chr2 133013687 . T C 71.88 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.000295034;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.11;QD=4.63735;RBI=0.0146955;REFB=-0.0036492;REVB=0.0146926;RO=50;SAF=6;SAR=6;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0199693;OID=.;OPOS=133013687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:50:50:12:12:0.193548:6:6:25:25:6:6:25:25 chr2 133013695 . CA CG,TG 297.96 PASS AF=0.35,0.2;AO=21,12;DP=60;FAO=21,12;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=7,6;FSAR=14,6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0209848,0.00989574;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=103.573,143.678;QD=19.8641;RBI=0.0238259,0.0109685;REFB=-0.000564155,-0.00632283;REVB=0.0112833,-0.00473107;RO=27;SAF=7,6;SAR=14,6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.258643,-0.105953;STB=0.647745,0.563998;STBP=0.086,0.597;TYPE=snp,mnp;VARB=0.014554,-0.0253374;OID=.,.;OPOS=133013696,133013695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:21,12:21,12:0.35,0.2:14,6:7,6:16:11:14,6:7,6:16:11 chr2 133013704 . G A 142.7 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0321155;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.557;QD=9.67471;RBI=0.0337846;REFB=-0.0165025;REVB=-0.010488;RO=39;SAF=6;SAR=13;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285903;STB=0.661645;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0241116;OID=.;OPOS=133013704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:39:40:19:19:0.322034:13:6:22:17:13:6:22:18 chr2 133013756 . G A 191.61 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0311022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8836;QD=15.6414;RBI=0.0523399;REFB=0.0141704;REVB=-0.0420965;RO=29;SAF=6;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268718;STB=0.655159;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0183959;OID=.;OPOS=133013756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:14:6:16:13:14:6:16:13 chr2 133014592 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0308346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.346;QD=12.015;RBI=0.12625;REFB=-0.0271925;REVB=0.122426;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484388;STB=0.529316;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0359372;OID=.;OPOS=133014592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:2:5:4:2:2:5 chr2 133014602 . G C 104.95 PASS AF=0.846154;AO=10;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0178134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.941;QD=32.2916;RBI=0.0384866;REFB=-0.00653686;REVB=0.034116;RO=2;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127515;STB=0.562391;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00125586;OID=.;OPOS=133014602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:10:11:0.846154:6:4:0:2:7:4:0:2 chr2 133014612 . A C 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0355545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.83;QD=30.593;RBI=0.101848;REFB=-0.0751535;REVB=0.0954406;RO=2;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148436;STB=0.583171;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00530204;OID=.;OPOS=133014612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:5:5:0:2:5:5:0:2 chr2 133014619 . C T 50.46 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0238135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8811;QD=16.8206;RBI=0.126959;REFB=-0.0288688;REVB=0.124705;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237226;STB=0.640603;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0318408;OID=.;OPOS=133014619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:3:2:5:2:3:2 chr2 133014640 . C T 66.7 PASS AF=0.642857;AO=8;DP=13;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0324516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.793;QD=19.0567;RBI=0.0356787;REFB=0.00893342;REVB=0.0148278;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151251;STB=0.555432;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.000735559;OID=.;OPOS=133014640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:13:14:5:5:8:9:0.642857:5:3:3:2:5:4:3:2 chr2 133014651 . A AC 94.54 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0466065;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.5476;QD=25.2098;RBI=0.0471844;REFB=-0.0317936;REVB=0.00736205;RO=4;SAF=8;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125849;STB=0.571292;STBP=0.437;TYPE=ins;VARB=0.00703237;OID=.;OPOS=133014652;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.733333:11:15:11:15:4:8:3:2:2:20:4:8:3:2:2 chr2 133036337 . A G 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0114425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.601;QD=3.15726;RBI=0.0402555;REFB=-0.00548907;REVB=-0.0385951;RO=36;SAF=1;SAR=5;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526943;STB=0.868465;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0601442;OID=.;OPOS=133036337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:5:1:23:13:5:1:23:13 chr2 133036571 . C T 34.21 PASS AF=0.157895;AO=5;DP=37;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00640407;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.579;QD=3.60092;RBI=0.00677682;REFB=-0.00497899;REVB=-0.00221656;RO=32;SAF=3;SAR=2;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00751585;STB=0.565812;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0105829;OID=.;OPOS=133036571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:37:38:32:32:5:6:0.157895:2:3:19:13:2:4:19:13 chr2 133036619 . CC TG 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0027333;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=179.223;QD=2.64356;RBI=0.0326013;REFB=-0.00460626;REVB=0.0324866;RO=43;SAF=3;SAR=3;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680824;STB=0.550852;STBP=0.783;TYPE=mnp;VARB=0.0409511;OID=.;OPOS=133036619;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:3:3:24:19:3:3:24:19 chr2 133036630 . A G 41.96 PASS AF=0.131148;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00734782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.211;QD=2.75131;RBI=0.0209443;REFB=-0.00459008;REVB=0.0196131;RO=53;SAF=1;SAR=7;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.511404;STB=0.870431;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0412074;OID=.;OPOS=133036630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:61:53:53:8:8:0.131148:7:1:29:24:7:1:29:24 chr2 133036632 . G A 54.0 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0254387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.521;QD=3.32318;RBI=0.0255899;REFB=-0.00113561;REVB=0.00277742;RO=54;SAF=3;SAR=7;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2917;STB=0.69311;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0168986;OID=.;OPOS=133036632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:65:65:54:55:10:10:0.153846:7:3:29:25:7:3:29:26 chr2 133036650 . T G 261.5 PASS AF=0.422535;AO=28;DP=70;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0187828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2549;QD=14.7325;RBI=0.0518705;REFB=-0.0234164;REVB=0.0483504;RO=41;SAF=10;SAR=18;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214732;STB=0.593158;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0380186;OID=.;OPOS=133036650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:41:41:28:30:0.422535:18:10:23:18:18:12:23:18 chr2 133036661 . A AT 136.89 PASS AF=0.292308;AO=20;DP=71;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00716948;FXX=0.0714184;HRUN=0;LEN=1;MLLD=76.1739;QD=8.42414;RBI=0.0153288;REFB=-0.00104395;REVB=-0.0135489;RO=50;SAF=7;SAR=13;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22797;STB=0.609719;STBP=0.285;TYPE=ins;VARB=0.00149463;OID=.;OPOS=133036662;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292308:20:71:19:65:46:7:12:24:22:99:50:7:13:27:23 chr2 133036666 . AC A 198.68 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0088611;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9552;QD=11.0379;RBI=0.0229256;REFB=0.00846609;REVB=0.0211439;RO=46;SAF=11;SAR=14;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913378;STB=0.559952;STBP=0.481;TYPE=del;VARB=-0.00195728;OID=.;OPOS=133036667;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347222:25:74:25:72:47:11:14:25:22:99:46:11:14:24:22 chr2 133036669 . G T 231.33 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00556179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.724;QD=12.3378;RBI=0.0485028;REFB=-0.00577712;REVB=-0.0481829;RO=47;SAF=13;SAR=15;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966265;STB=0.555516;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0117365;OID=.;OPOS=133036669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:15:13:26:21:15:13:26:21 chr2 133036693 . T G 547.16 PASS AF=0.595238;AO=50;DP=84;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00020026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.448;QD=26.0554;RBI=0.0183282;REFB=-0.0407102;REVB=0.0183271;RO=34;SAF=28;SAR=22;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666112;STB=0.536384;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0252748;OID=.;OPOS=133036693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:34:34:50:50:0.595238:22:28:16:18:22:28:16:18 chr2 133036695 . C A 60.12 PASS AF=0.142857;AO=12;DP=83;FAO=12;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.00966098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.214;QD=2.86273;RBI=0.0359051;REFB=-0.00114488;REVB=-0.0345809;RO=71;SAF=9;SAR=3;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325679;STB=0.731313;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0211869;OID=.;OPOS=133036695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:83:84:71:72:12:12:0.142857:3:9:35:36:3:9:35:37 chr2 133036697 . A G 522.59 PASS AF=0.592593;AO=49;DP=83;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0115136;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.148;QD=25.8068;RBI=0.0201797;REFB=-0.000659466;REVB=0.0165727;RO=34;SAF=28;SAR=21;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761752;STB=0.56519;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.000611204;OID=.;OPOS=133036697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:34:33:49:48:0.592593:21:28:16:18:20:28:14:19 chr2 133036704 . T C 277.95 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0096675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.109;QD=13.7259;RBI=0.0103458;REFB=-0.00692451;REVB=-0.00368457;RO=49;SAF=16;SAR=16;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108267;STB=0.506169;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00675444;OID=.;OPOS=133036704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:16:16:25:24:16:16:25:24 chr2 133036714 . A G 278.88 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.000286605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.826;QD=13.9442;RBI=0.00349838;REFB=-0.00631933;REVB=-0.00348662;RO=47;SAF=16;SAR=16;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333913;STB=0.512492;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0177513;OID=.;OPOS=133036714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:48:32:32:0.4:16:16:25:22:16:16:25:23 chr2 133036716 . G T 263.8 PASS AF=0.392405;AO=30;DP=78;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00354291;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.372;QD=13.3571;RBI=0.0279967;REFB=-0.020058;REVB=-0.0277716;RO=47;SAF=15;SAR=15;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113567;STB=0.522435;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0223744;OID=.;OPOS=133036716;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:47:48:30:31:0.392405:15:15:24:23:16:15:25:23 chr2 133036720 . T C 70.08 PASS AF=0.1625;AO=12;DP=79;FAO=13;FDP=80;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.0229374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.697;QD=3.50416;RBI=0.0232792;REFB=-0.00260559;REVB=-0.00397456;RO=66;SAF=8;SAR=4;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227251;STB=0.681272;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00681163;OID=.;OPOS=133036720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:79:80:66:67:12:13:0.1625:4:8:32:34:4:9:32:35 chr2 133036742 . T C 164.62 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0172965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.462;QD=9.54344;RBI=0.032469;REFB=-0.0283127;REVB=0.0274785;RO=47;SAF=16;SAR=6;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267773;STB=0.658939;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0286982;OID=.;OPOS=133036742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:47:22:22:0.318841:6:16:24:23:6:16:24:23 chr2 133036757 . A G 109.8 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0322013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.591;QD=7.32017;RBI=0.0325816;REFB=-0.000890735;REVB=0.00496366;RO=44;SAF=14;SAR=2;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.535432;STB=0.83287;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00376669;OID=.;OPOS=133036757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:44:44:16:16:0.266667:2:14:21:23:2:14:21:23 chr2 133036777 . A G 32.7 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00214461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.554;QD=2.84331;RBI=0.0172042;REFB=-0.00198229;REVB=-0.01707;RO=40;SAF=5;SAR=1;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470584;STB=0.843957;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0238379;OID=.;OPOS=133036777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:1:5:17:23:1:5:17:23 chr2 133036787 . C A 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00698718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.965;QD=8.6278;RBI=0.0266719;REFB=-0.00404866;REVB=-0.0257404;RO=26;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324404;STB=0.706071;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00854423;OID=.;OPOS=133036787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:26:27:11:11:0.289474:4:7:9:17:4:7:9:18 chr2 133036797 . A AAGC 43.14 PASS AF=0.21875;AO=6;DP=37;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0238428;FXX=0;HRUN=6;LEN=3;MLLD=214.764;QD=5.39245;RBI=0.0243207;REFB=0.00136569;REVB=-0.00479743;RO=30;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200694;STB=0.687524;STBP=0.317;TYPE=ins;VARB=-0.00452119;OID=.;OPOS=133036798;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=AAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.21875:6:37:7:32:25:5:2:12:13:43:30:4:2:15:15 chr2 133036812 . T C 32.47 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.011006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.999;QD=4.47916;RBI=0.015456;REFB=-0.000846474;REVB=-0.0108516;RO=23;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47679;STB=0.822428;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0470911;OID=.;OPOS=133036812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:29:29:23:23:6:6:0.206897:1:5:10:13:1:5:10:13 chr2 133037153 . C T 32.15 PASS AF=0.416667;AO=3;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0360051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.44;QD=10.7164;RBI=0.0377337;REFB=0.0229155;REVB=-0.01129;RO=4;SAF=2;SAR=1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348651;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.018316;OID=.;OPOS=133037153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:4:7:3:5:0.416667:1:2:1:3:2:3:3:4 chr2 133037226 . T C 166.17 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00360057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.867;QD=22.1565;RBI=0.00402114;REFB=-0.000751445;REVB=0.00179038;RO=13;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192046;STB=0.615861;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00131981;OID=.;OPOS=133037226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:16:17:0.566667:6:10:5:8:6:11:5:8 chr2 133037311 . C A 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.012359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6765;QD=18.4268;RBI=0.0177307;REFB=-0.000515516;REVB=-0.0127135;RO=28;SAF=17;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978324;STB=0.554791;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.000162987;OID=.;OPOS=133037311;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:11:17:14:14:11:17:14:14 chr2 133037397 . C T 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0249058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3457;QD=18.4829;RBI=0.0353243;REFB=-0.0104143;REVB=0.0250501;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772379;STB=0.533298;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00923678;OID=.;OPOS=133037397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:7:12:11:9:7:12:12:9 chr2 133037568 . T C 474.88 PASS AF=0.853659;AO=35;DP=41;FAO=35;FDP=41;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0967149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2772;QD=46.3296;RBI=0.0971256;REFB=-0.0287802;REVB=-0.00892219;RO=6;SAF=2;SAR=33;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357262;STB=0.696057;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0138817;OID=.;OPOS=133037568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:6:6:35:35:0.853659:33:2:3:3:33:2:3:3 chr2 133037812 . A G 826.89 PASS AF=0.953125;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0492491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.331;QD=51.6805;RBI=0.0497298;REFB=-0.249351;REVB=-0.00689784;RO=1;SAF=35;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132917;STB=0.519474;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00220614;OID=.;OPOS=133037812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:60:64:1:3:59:61:0.953125:24:35:1:0:24:37:3:0 chr2 133038166 . T C 50.83 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00626978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.842;QD=5.21357;RBI=0.0731167;REFB=-0.0100972;REVB=0.0728474;RO=31;SAF=7;SAR=1;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.600919;STB=0.889991;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0181953;OID=.;OPOS=133038166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:1:7:11:20:1:7:11:20 chr2 133038188 . T C 79.71 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0235462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2522;QD=7.08532;RBI=0.0543765;REFB=0.01304;REVB=-0.0490141;RO=34;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266149;STB=0.666371;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0449033;OID=.;OPOS=133038188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:4:7:14:20:4:7:14:20 chr2 133038228 . C T 62.58 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00583178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.281;QD=4.5513;RBI=0.0328103;REFB=-0.00116939;REVB=-0.0322878;RO=44;SAF=4;SAR=6;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962141;STB=0.555443;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00455512;OID=.;OPOS=133038228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:44:45:10:10:0.181818:6:4:21:23:6:4:21:24 chr2 133038234 . C T 67.47 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00230459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.895;QD=4.65332;RBI=0.00784904;REFB=-0.00450611;REVB=0.00750309;RO=47;SAF=4;SAR=7;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182879;STB=0.620033;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0179017;OID=.;OPOS=133038234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:47:47:11:11:0.189655:7:4:24:23:7:4:24:23 chr2 133038264 . G A 71.88 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0491609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9592;QD=4.63731;RBI=0.0525129;REFB=-0.00658153;REVB=0.0184611;RO=50;SAF=4;SAR=8;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186756;STB=0.622014;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0173575;OID=.;OPOS=133038264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:50:50:12:12:0.193548:8:4:24:26:8:4:24:26 chr2 133038275 . C T 66.34 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0279432;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.384;QD=4.49751;RBI=0.0279434;REFB=0.00151823;REVB=-0.000123487;RO=48;SAF=3;SAR=8;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266948;STB=0.677188;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.00644866;OID=.;OPOS=133038275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:60:59:48:48:11:11:0.186441:8:3:23:25:8:3:23:25 chr2 133038280 . A C 84.27 PASS AF=0.235294;AO=11;DP=50;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.014151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.975;QD=6.60942;RBI=0.0326357;REFB=-0.0100756;REVB=-0.0294081;RO=38;SAF=2;SAR=9;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394066;STB=0.694395;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0231859;OID=.;OPOS=133038280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:50:51:38:39:11:12:0.235294:9:2:18:20:9:3:19:20 chr2 133038365 . G T 95.16 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0383683;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.123;QD=11.1957;RBI=0.0414348;REFB=0.041904;REVB=0.0156435;RO=22;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765938;STB=0.545382;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.0194571;OID=.;OPOS=133038365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:8:4:6:16:8:4:6:16 chr2 133038366 . C T 195.89 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00985392;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7391;QD=24.4866;RBI=0.0372984;REFB=-0.0418043;REVB=0.0359732;RO=13;SAF=4;SAR=15;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988307;STB=0.555494;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0496158;OID=.;OPOS=133038366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:13:13:19:19:0.59375:15:4:4:9:15:4:4:9 chr2 133038378 . A G 73.57 PASS AF=0.344828;AO=7;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.037451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.895;QD=10.1469;RBI=0.0375245;REFB=-0.0153587;REVB=0.00234665;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740731;STB=0.596835;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.026499;OID=.;OPOS=133038378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:28:29:13:19:7:10:0.344828:5:2:3:10:6:4:5:14 chr2 133038383 . GC AT 71.55 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0153086;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=2;MLLD=236.469;QD=9.53958;RBI=0.0197142;REFB=-0.0189133;REVB=-0.0124216;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731589;STB=0.558683;STBP=0.744;TYPE=mnp;VARB=0.0331266;OID=.;OPOS=133038383;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:31:30:19:20:8:8:0.266667:5:3:6:13:5:3:6:14 chr2 133038400 . GA G 57.73 PASS AF=0.352941;AO=16;DP=35;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00881814;FXX=0.0285633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.6294;QD=6.79157;RBI=0.116467;REFB=-0.0644033;REVB=-0.116133;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102873;STB=0.716638;STBP=0.079;TYPE=del;VARB=0.0631396;OID=.;OPOS=133038401;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:16:35:12:34:22:8:4:7:15:57:18:8:8:7:11 chr2 133038421 . G C 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0217623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.19;QD=12.9421;RBI=0.0262009;REFB=-0.00515049;REVB=-0.0145908;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128923;STB=0.575656;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.018249;OID=.;OPOS=133038421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:6:9:12:13:6:9:12:13 chr2 133038491 . T C 201.14 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=82;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0129954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.289;QD=9.81161;RBI=0.0285182;REFB=-0.00855949;REVB=-0.0253851;RO=56;SAF=20;SAR=6;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22449;STB=0.633373;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.036595;OID=.;OPOS=133038491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:56:56:26:26:0.317073:6:20:34:22:6:20:34:22 chr2 133038501 . G A 144.7 PASS AF=0.253012;AO=21;DP=83;FAO=21;FDP=83;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0080653;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.242;QD=6.9735;RBI=0.010791;REFB=-0.00633083;REVB=-0.00716915;RO=61;SAF=18;SAR=3;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426538;STB=0.762868;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0201838;OID=.;OPOS=133038501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:61:62:21:21:0.253012:3:18:35:26:3:18:36:26 chr2 133038515 . A G 145.76 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=80;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.0029146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.944;QD=7.28788;RBI=0.0154641;REFB=-0.00409841;REVB=0.015187;RO=59;SAF=16;SAR=5;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216147;STB=0.632632;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0106961;OID=.;OPOS=133038515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:59:59:21:21:0.2625:5:16:36:23:5:16:36:23 chr2 133038530 . A G 166.46 PASS AF=0.277108;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.00577601;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.556;QD=8.02228;RBI=0.00792768;REFB=-0.0102215;REVB=-0.00543008;RO=60;SAF=19;SAR=4;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319718;STB=0.695871;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0498822;OID=.;OPOS=133038530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:60:60:23:23:0.277108:4:19:37:23:4:19:37:23 chr2 133038543 . A G 196.94 PASS AF=0.273684;AO=25;DP=99;FAO=26;FDP=95;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=-0.00974888;FXX=0.049995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.163;QD=8.29217;RBI=0.00975339;REFB=-0.0039452;REVB=0.00029632;RO=73;SAF=20;SAR=5;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307516;STB=0.670296;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0197611;OID=.;OPOS=133038543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:95:73:69:25:26:0.273684:5:20:43:30:5:21:43:26 chr2 133038569 . T C 163.85 PASS AF=0.240741;AO=25;DP=107;FAO=26;FDP=108;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.0125402;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.573;QD=6.06837;RBI=0.0192265;REFB=-0.0127363;REVB=-0.014574;RO=82;SAF=21;SAR=4;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38604;STB=0.703434;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.040527;OID=.;OPOS=133038569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:82:82:25:26:0.240741:4:21:48:34:5:21:48:34 chr2 133038580 . C T 153.3 PASS AF=0.219298;AO=25;DP=114;FAO=25;FDP=114;FR=.;FRO=89;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=0.0292157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.173;QD=5.37891;RBI=0.0292988;REFB=-0.0109578;REVB=-0.00220572;RO=89;SAF=18;SAR=7;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215553;STB=0.634856;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0338009;OID=.;OPOS=133038580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:89:89:25:25:0.219298:7:18:50:39:7:18:50:39 chr2 133038625 . G A 110.13 PASS AF=0.2;AO=18;DP=90;FAO=18;FDP=90;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.00364687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.874;QD=4.89467;RBI=0.0510196;REFB=-0.0130665;REVB=-0.050889;RO=72;SAF=12;SAR=6;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261997;STB=0.666482;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0520915;OID=.;OPOS=133038625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:72:72:18:18:0.2:6:12:33:39:6:12:33:39 chr2 133038686 . A G 1427.5 PASS AF=0.7;AO=119;DP=172;FAO=119;FDP=170;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=111;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00776646;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.1;QD=33.5883;RBI=0.0142621;REFB=-0.00865925;REVB=0.011962;RO=50;SAF=8;SAR=111;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442139;STB=0.748259;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00242276;OID=.;OPOS=133038686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:170:50:51:119:119:0.7:111:8:21:29:111:8:22:29 chr2 133038693 . A T 1277.91 PASS AF=0.660714;AO=111;DP=168;FAO=111;FDP=168;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=109;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0202912;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.209;QD=30.4264;RBI=0.0203382;REFB=0.00947491;REVB=-0.00138196;RO=57;SAF=2;SAR=109;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.749865;STB=0.919046;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00276335;OID=.;OPOS=133038693;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:57:57:111:111:0.660714:109:2:27:30:109:2:27:30 chr2 133038724 . T C 619.15 PASS AF=0.604396;AO=54;DP=91;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=53;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0539273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.197;QD=27.2153;RBI=0.0539278;REFB=-0.0324327;REVB=-0.000219701;RO=31;SAF=2;SAR=52;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.680513;STB=0.874695;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0377164;OID=.;OPOS=133038724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:31:36:54:55:0.604396:52:2:17:14:53:2:17:19 chr2 133038728 . CT CG,GG 456.17 PASS AF=0.484848,0.424242;AO=16,13;DP=34;FAO=16,14;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7,6;FSAR=9,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545212,0.0552794;FXX=0.0294031;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=74.7647,76.7077;QD=55.2938;RBI=0.0669491,0.0603118;REFB=0,0;REVB=0.0388539,0.0241183;RO=0;SAF=7,6;SAR=9,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0304553,-0.0270204;OID=.,.;OPOS=133038729,133038728;OREF=T,CT;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:34:33:0:0:16,13:16,14:0.484848,0.424242:9,7:7,6:0:0:9,8:7,6:0:0 chr2 133038740 . G A 43.34 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0801688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.936;QD=5.77888;RBI=0.0815528;REFB=-0.00756591;REVB=-0.0149608;RO=22;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233486;STB=0.529329;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0196313;OID=.;OPOS=133038740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:22:23:7:7:0.233333:4:3:9:13:4:3:9:14 chr2 133038745 . T C 36.16 PASS AF=0.173913;AO=4;DP=24;FAO=4;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0189195;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.606;QD=6.28811;RBI=0.038307;REFB=-0.0122076;REVB=0.0333089;RO=16;SAF=2;SAR=2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217519;STB=0.618487;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.056689;OID=.;OPOS=133038745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:24:23:16:17:4:4:0.173913:2:2:5:11:2:2:6:11 chr2 133038886 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.971;QD=53.2769;RBI=0.0248535;REFB=0;REVB=-0.0217859;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.0968e-05;OID=.;OPOS=133038886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr2 133039014 . A G 40.94 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0248531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.806;QD=3.63938;RBI=0.0249942;REFB=-0.004446;REVB=-0.00265215;RO=38;SAF=2;SAR=5;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291088;STB=0.704538;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0256793;OID=.;OPOS=133039014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:38:38:7:7:0.155556:5:2:20:18:5:2:20:18 chr2 133039048 . A G 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0109727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.725;QD=3.33868;RBI=0.010973;REFB=-0.00227026;REVB=8.16315e-05;RO=34;SAF=1;SAR=5;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44036;STB=0.81787;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0097006;OID=.;OPOS=133039048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:5:1:18:16:5:1:18:16 chr2 133039061 . A G 33.2 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0339469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.139;QD=3.23932;RBI=0.038443;REFB=0.00187854;REVB=0.0180407;RO=35;SAF=1;SAR=5;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42656;STB=0.810881;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00458144;OID=.;OPOS=133039061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:5:1:18:17:5:1:18:17 chr2 133039063 . T C 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00224924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.927;QD=3.54009;RBI=0.00386711;REFB=0.000910664;REVB=-0.0031457;RO=32;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417551;STB=0.800819;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00438331;OID=.;OPOS=133039063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:5:1:16:16:5:1:16:16 chr2 133039090 . T C 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0511452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.898;QD=5.53975;RBI=0.0524394;REFB=-0.00188887;REVB=-0.0115785;RO=29;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330865;STB=0.717745;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00383167;OID=.;OPOS=133039090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:6:2:15:14:6:2:15:14 chr2 133039143 . C T 48.71 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0516176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9983;QD=3.89687;RBI=0.0536768;REFB=-0.0154945;REVB=0.0147247;RO=42;SAF=6;SAR=2;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262761;STB=0.684294;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0433807;OID=.;OPOS=133039143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:42:42:8:8:0.16:2:6:23:19:2:6:23:19 chr2 133039156 . TG CA,CG 169.92 PASS AF=0.153846,0.25;AO=7,13;DP=52;FAO=8,13;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=5,9;FSAR=3,4;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0157458,-0.0160214;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=172.592,156.855;QD=13.0707;RBI=0.0167185,0.0399877;REFB=-0.016498,-0.000522905;REVB=0.00561942,-0.0366378;RO=31;SAF=5,9;SAR=2,4;SRF=16;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.246737,0.214295;STB=0.588012,0.630788;STBP=0.628,0.288;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0274886,0.00434241;OID=.,.;OPOS=133039156,133039156;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:52:52:31:31:7,13:8,13:0.153846,0.25:2,4:5,9:16:15:3,4:5,9:16:15 chr2 133039164 . C T 63.77 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00729648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.571;QD=4.72363;RBI=0.00823763;REFB=-0.0170429;REVB=-0.00382361;RO=43;SAF=5;SAR=5;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129472;STB=0.592414;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0685941;OID=.;OPOS=133039164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:43:44:10:10:0.185185:5:5:26:17:5:5:27:17 chr2 133039166 . T C 90.65 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0629429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3784;QD=6.71463;RBI=0.128724;REFB=-0.017099;REVB=-0.112285;RO=41;SAF=9;SAR=4;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170379;STB=0.60719;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0425217;OID=.;OPOS=133039166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:4:9:23:18:4:9:23:18 chr2 133039171 . C G 81.58 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00391342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.099;QD=6.04291;RBI=0.0235929;REFB=-0.00406783;REVB=0.023266;RO=42;SAF=9;SAR=3;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269237;STB=0.673162;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0099869;OID=.;OPOS=133039171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:42:42:12:12:0.222222:3:9:23:19:3:9:23:19 chr2 133039176 . A G 78.37 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00343173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.204;QD=5.59768;RBI=0.0311166;REFB=0.00162477;REVB=-0.0309268;RO=42;SAF=9;SAR=3;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269237;STB=0.69197;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00626496;OID=.;OPOS=133039176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:56:56:42:44:12:12:0.214286:3:9:23:19:3:9:23:21 chr2 133039199 . AC TG 56.82 PASS AF=0.163934;AO=10;DP=61;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0150115;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.628;QD=3.72585;RBI=0.0164582;REFB=-0.00188083;REVB=-0.00674754;RO=49;SAF=9;SAR=1;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.516857;STB=0.861251;STBP=0.02;TYPE=mnp;VARB=0.0366095;OID=.;OPOS=133039199;OREF=AC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:61:49:51:10:10:0.163934:1:9:26:23:1:9:27:24 chr2 133039208 . AC GT 50.55 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00505436;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=2;MLLD=284.34;QD=3.42712;RBI=0.00823931;REFB=-0.000857119;REVB=0.00650689;RO=50;SAF=8;SAR=1;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496449;STB=0.853829;STBP=0.031;TYPE=mnp;VARB=0.00453789;OID=.;OPOS=133039208;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:61:59:50:50:9:9:0.152542:1:8:26:24:1:8:26:24 chr2 133039221 . C T 99.14 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0479287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7916;QD=6.50119;RBI=0.0496758;REFB=0.00728507;REVB=-0.0130585;RO=46;SAF=9;SAR=6;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164685;STB=0.51019;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.0275318;OID=.;OPOS=133039221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:46:46:15:15:0.245902:6:9:27:19:6:9:27:19 chr2 133174764 . C T 1363.6 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4472;QD=61.9818;RBI=0.0394169;REFB=0;REVB=0.0375104;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338637;OID=.;OPOS=133174764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:86:88:1:46:40:0:0:46:42:0:0 chr2 133174999 . A G 1540.59 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.945;QD=59.8288;RBI=0.021014;REFB=0;REVB=-0.00633032;RO=0;SAF=65;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59449e-05;OID=.;OPOS=133174999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:101:103:1:36:65:0:0:38:65:0:0 chr2 133175152 . C T 348.87 PASS AF=0.4625;AO=36;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0186251;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.328;QD=17.4434;RBI=0.0279146;REFB=-0.0306204;REVB=-0.0207925;RO=43;SAF=18;SAR=18;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790272;STB=0.536566;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0296335;OID=.;OPOS=133175152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:36:37:0.4625:18:18:25:18:18:19:25:18 chr2 133402779 . C T 202.9 PASS AF=0.238462;AO=31;DP=130;FAO=31;FDP=130;FR=.;FRO=99;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=-0.00971043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6252;QD=6.2432;RBI=0.013589;REFB=0.00338582;REVB=-0.00950621;RO=99;SAF=10;SAR=21;SRF=47;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198095;STB=0.621092;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00843467;OID=.;OPOS=133402779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:99:99:31:31:0.238462:21:10:47:52:21:10:47:52 chr2 133489601 . A G 473.44 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0136359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3527;QD=17.5347;RBI=0.0223162;REFB=-0.0159852;REVB=0.0176656;RO=56;SAF=27;SAR=24;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111462;STB=0.566135;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0131926;OID=.;OPOS=133489601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:56:57:51:51:0.472222:24:27:23:33:24:27:23:34 chr2 133539566 . G A 1859.37 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.199;QD=61.4667;RBI=0.0281142;REFB=0;REVB=0.0130336;RO=0;SAF=60;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30162e-05;OID=.;OPOS=133539566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:61:60:0:0:61:60:0:0 chr2 133541107 . T A,TA 1525.01 PASS AF=0.945455,0.0545455;AO=95,12;DP=110;FAO=104,6;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=51,0;FSAR=53,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600736,0.0667294;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=139.878,123.748;QD=55.4549;RBI=0.0718591,0.0694019;REFB=-0.133609,-0.102736;REVB=0.0394322,0.0190741;RO=3;SAF=50,0;SAR=45,12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0112186,-0.819141;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00428645,0.0760021;OID=.,.;OPOS=133541107,133541108;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:110:110:3:0:95,12:104,6:0.945455,0.0545455:45,12:50,0:1:2:53,6:51,0:0:0 chr2 133541444 . T C 3110.82 PASS AF=0.990338;AO=203;DP=206;FAO=205;FDP=207;FR=.;FRO=2;FSAF=105;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0106128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.01;QD=60.1126;RBI=0.0135081;REFB=-0.0279507;REVB=0.00835696;RO=2;SAF=104;SAR=99;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0095243;STB=0.50495;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000217881;OID=.;OPOS=133541444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:206:207:2:2:203:205:0.990338:99:104:0:2:100:105:0:2 chr2 133541454 . A G 2953.37 PASS AF=0.984456;AO=189;DP=193;FAO=190;FDP=193;FR=.;FRO=3;FSAF=103;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0130087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.324;QD=61.2097;RBI=0.0168353;REFB=-0.0616484;REVB=-0.0106864;RO=2;SAF=103;SAR=86;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109436;STB=0.508474;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000113443;OID=.;OPOS=133541454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:193:193:2:3:189:190:0.984456:86:103:0:2:87:103:0:3 chr2 133542014 . T C 1384.35 PASS AF=0.989011;AO=71;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0467511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3355;QD=60.8506;RBI=0.10061;REFB=-0.0415129;REVB=0.0890879;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.505746;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00101043;OID=.;OPOS=133542014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:71:90:0.989011:28:43:0:0:47:43:1:0 chr2 133542574 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00913855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.099;QD=53.277;RBI=0.0506302;REFB=0;REVB=0.0497987;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671473;OID=.;OPOS=133542574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr2 133554288 . A G 911.4 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0767972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0405;QD=55.2363;RBI=0.076939;REFB=-0.0289007;REVB=-0.00466979;RO=1;SAF=28;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165689;STB=0.517236;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00395829;OID=.;OPOS=133554288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:64:64:0.969697:36:28:1:0:36:28:2:0 chr2 134884697 . G C 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0034653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.19;QD=19.3861;RBI=0.0137713;REFB=-0.0226332;REVB=0.0133282;RO=21;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129649;STB=0.573694;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0333981;OID=.;OPOS=134884697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:6:14:12:9:6:14:12:9 chr2 134884700 . G A 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0144175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.998;QD=22.1887;RBI=0.0172654;REFB=0.0113293;REVB=0.00949899;RO=22;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287651;STB=0.516115;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.0105469;OID=.;OPOS=134884700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:8:16:14:8:8:16:14:8 chr2 135308186 . C T 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0211126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.174;QD=9.14905;RBI=0.0214885;REFB=-0.0197126;REVB=0.00400144;RO=40;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112978;STB=0.566857;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0404971;OID=.;OPOS=135308186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:10:8:14:26:10:8:14:26 chr2 135710322 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0937466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6057;QD=56.9381;RBI=0.0959275;REFB=0;REVB=0.0203386;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000984784;OID=.;OPOS=135710322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr2 135711515 . A AT 112.57 PASS AF=1;AO=3;DP=20;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382899;FXX=0.249875;HRUN=0;LEN=1;MLLD=36.2542;QD=30.0172;RBI=0.0599622;REFB=-0.0201231;REVB=0.0461449;RO=15;SAF=3;SAR=0;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.656613;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0210529;OID=.;OPOS=135711516;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:20:15:15:0:6:9:0:0:3:15:3:0:6:9 chr2 135711516 . C A,T 238.21 PASS AF=0.157895,0.842105;AO=3,16;DP=19;FAO=3,16;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3,6;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033199,0.0542054;FXX=0.049975;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=106.168,61.7725;QD=50.1488;RBI=0.0174211,0.0713883;REFB=0,0;REVB=0.0171019,0.046455;RO=0;SAF=3,6;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.112888,-0.00122881;OID=.,.;OPOS=135711516,135711516;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:19:19:0:0:3,16:3,16:0.157895,0.842105:0,10:3,6:0:0:0,10:3,6:0:0 chr2 135711657 . G A 704.2 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.882;QD=62.5959;RBI=0.039735;REFB=0;REVB=0.022778;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3257e-05;OID=.;OPOS=135711657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:42:45:1:21:21:0:0:21:24:0:0 chr2 135745129 . G A 548.9 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0119436;FXX=0.0434735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1457;QD=24.95;RBI=0.0175344;REFB=-0.00249536;REVB=-0.0128377;RO=37;SAF=36;SAR=14;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041758;STB=0.545436;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00219571;OID=.;OPOS=135745129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:88:37:38:50:50:0.568182:14:36:25:12:14:36:24:14 chr2 135781035 . C T 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00879437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1863;QD=57.8834;RBI=0.024087;REFB=0;REVB=0.0224241;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50429e-05;OID=.;OPOS=135781035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr2 135911422 . T C 1275.75 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0323597;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.0668;QD=59.3371;RBI=0.064086;REFB=-0.0271204;REVB=0.055316;RO=2;SAF=30;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683548;STB=0.503609;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.001038;OID=.;OPOS=135911422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:86:2:2:84:84:0.976744:54:30:1:1:54:30:1:1 chr2 135965376 . T C 1135.83 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6185;QD=60.5776;RBI=0.0276798;REFB=0;REVB=0.0173718;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197264;OID=.;OPOS=135965376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:39:35:0:0:39:36:0:0 chr2 135988127 . T A 2827.99 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00825607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.403;QD=62.8443;RBI=0.0172234;REFB=0;REVB=-0.0151156;RO=0;SAF=115;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.0359e-06;OID=.;OPOS=135988127;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:180:180:1:65:115:0:0:65:115:0:0 chr2 135988186 . G A 3648.17 PASS AF=0.979167;AO=235;DP=240;FAO=235;FDP=240;FR=.;FRO=5;FSAF=137;FSAR=98;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.004433;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.691;QD=60.8028;RBI=0.00922565;REFB=-0.00376246;REVB=0.0080908;RO=5;SAF=137;SAR=98;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000694699;STB=0.500365;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=4.19513e-05;OID=.;OPOS=135988186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:240:240:5:5:235:235:0.979167:98:137:3:2:98:137:3:2 chr2 135988235 . C T 3909.77 PASS AF=1;AO=251;DP=252;FAO=252;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0094443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.105;QD=62.0598;RBI=0.0133348;REFB=0;REVB=-0.00941396;RO=0;SAF=150;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.60071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6979e-08;OID=.;OPOS=135988235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:252:252:0:0:251:252:1:101:150:0:0:101:151:0:0 chr2 135988416 . C T 1166.92 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.057;QD=60.6193;RBI=0.030251;REFB=0;REVB=-0.012296;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93839e-05;OID=.;OPOS=135988416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr2 136407479 . A G 1572.53 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167363;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.776;QD=64.1849;RBI=0.0230323;REFB=0;REVB=0.0158235;RO=0;SAF=56;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498868;OID=.;OPOS=136407479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:41:56:0:0:41:57:0:0 chr2 136409574 . A C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000633557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.024;QD=58.1421;RBI=0.00162749;REFB=0;REVB=-0.00149911;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.44893e-06;OID=.;OPOS=136409574;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr2 136542285 . T A 257.97 PASS AF=0.320755;AO=34;DP=105;FAO=34;FDP=106;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0195271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3056;QD=9.73464;RBI=0.0222268;REFB=-0.00906685;REVB=-0.0106172;RO=71;SAF=17;SAR=17;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409135;STB=0.518857;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0181408;OID=.;OPOS=136542285;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:71:72:34:34:0.320755:17:17:33:38:17:17:34:38 chr2 136555659 . T C 396.33 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0217089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.035;QD=25.9885;RBI=0.0249946;REFB=-0.0256379;REVB=0.0123877;RO=23;SAF=18;SAR=20;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00316263;STB=0.501729;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0132238;OID=.;OPOS=136555659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:23:38:38:0.622951:20:18:11:12:20:18:11:12 chr2 136561557 . G A 1415.33 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00206745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.535;QD=62.9036;RBI=0.00943651;REFB=0;REVB=0.00920725;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01672e-05;OID=.;OPOS=136561557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:46:44:0:0:46:44:0:0 chr2 136562472 . G A 1463.15 PASS AF=0.97;AO=95;DP=100;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0155922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.651;QD=58.526;RBI=0.0156983;REFB=-0.0958327;REVB=0.00182154;RO=1;SAF=42;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111562;STB=0.51648;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.000362325;OID=.;OPOS=136562472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:100:100:1:3:95:97:0.97:53:42:1:0:53:44:3:0 chr2 136566293 . C T 181.07 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0238348;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.946;QD=12.9332;RBI=0.0295119;REFB=0.00237142;REVB=-0.0174027;RO=33;SAF=10;SAR=12;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188227;STB=0.615283;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00453909;OID=.;OPOS=136566293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:34:22:22:0.392857:12:10:21:12:12:10:22:12 chr2 136575534 . T C 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0190549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.802;QD=34.6641;RBI=0.0196415;REFB=-0.033691;REVB=0.00476403;RO=1;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471711;STB=0.526264;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0135622;OID=.;OPOS=136575534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:9:1:0:1:9:1:0:1 chr2 136626379 . C T 238.63 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0162244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.818;QD=14.037;RBI=0.0168066;REFB=-0.00577027;REVB=-0.00438545;RO=40;SAF=11;SAR=17;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13806;STB=0.578667;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0103507;OID=.;OPOS=136626379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:17:11:21:19:17:11:21:19 chr2 136700979 . G A 85.14 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.020806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8116;QD=5.08308;RBI=0.0231183;REFB=0.00699534;REVB=-0.0100781;RO=53;SAF=9;SAR=5;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23502;STB=0.649469;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.0285351;OID=.;OPOS=136700979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:67:67:53:53:14:14:0.208955:5:9:24:29:5:9:24:29 chr2 136873084 . G A 1563.57 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.368;QD=63.8191;RBI=0.0174327;REFB=0;REVB=0.0102798;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95617e-05;OID=.;OPOS=136873084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:96:98:1:52:44:0:0:53:45:0:0 chr2 137814138 . T C 476.53 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00149482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.375;QD=18.6876;RBI=0.00802625;REFB=-0.0252259;REVB=0.00788582;RO=52;SAF=24;SAR=26;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184021;STB=0.5102;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0236703;OID=.;OPOS=137814138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:52:50:50:0.490196:26:24:26:26:26:24:26:26 chr2 138237038 . C T 803.6 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0973373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6486;QD=64.2882;RBI=0.112787;REFB=0;REVB=-0.0569767;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00200654;OID=.;OPOS=138237038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr2 138237093 . G A 115.18 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00680837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.254;QD=10.7145;RBI=0.0101937;REFB=-0.00674894;REVB=-0.00758672;RO=27;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592259;STB=0.540577;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0132502;OID=.;OPOS=138237093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:29:14:14:0.325581:9:5:11:16:9:5:12:17 chr2 139045852 . A G 239.66 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00429245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.113;QD=18.0873;RBI=0.00450742;REFB=-0.0235706;REVB=0.00137542;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185959;STB=0.604237;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0187038;OID=.;OPOS=139045852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:15:11:17:10:15:11:17:10 chr2 139045855 . C T 237.33 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0249862;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0257;QD=19.3736;RBI=0.0256949;REFB=-0.011806;REVB=-0.00599317;RO=26;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174786;STB=0.598844;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0187105;OID=.;OPOS=139045855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:9:14:11:15:9:14:11:15 chr2 139045929 . C T 197.75 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0113718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.961;QD=14.6478;RBI=0.0113779;REFB=-0.00275674;REVB=0.000371359;RO=31;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125562;STB=0.571368;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00484465;OID=.;OPOS=139045929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:11:12:20:11:11:12:20:11 chr2 139045972 . T C 888.0 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0717633;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7889;QD=58.2296;RBI=0.0770567;REFB=0;REVB=0.0280672;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00085018;OID=.;OPOS=139045972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:60:61:1:23:37:0:0:24:37:0:0 chr2 139045987 . C T 328.77 PASS AF=0.472973;AO=34;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0137435;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.68;QD=17.7714;RBI=0.0413845;REFB=-0.0203834;REVB=-0.0390357;RO=39;SAF=19;SAR=15;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196198;STB=0.517637;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0165218;OID=.;OPOS=139045987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:34:35:0.472973:15:19:21:18:15:20:21:18 chr2 139326879 . G C 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00662631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.28;QD=60.8834;RBI=0.0298959;REFB=0;REVB=-0.0291523;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.26836e-05;OID=.;OPOS=139326879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:32:45:0:0:32:45:0:0 chr2 139429068 . G A 500.93 PASS AF=0.504854;AO=51;DP=101;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.000319808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.165;QD=19.4535;RBI=0.0131229;REFB=-0.0188926;REVB=0.013119;RO=48;SAF=29;SAR=22;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424875;STB=0.523909;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0135021;OID=.;OPOS=139429068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:48:51:51:52:0.504854:22:29:25:23:22:30:27:24 chr2 139621308 . C T 356.33 PASS AF=0.39;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.0306665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7296;QD=14.2531;RBI=0.0333699;REFB=-0.0196063;REVB=-0.0131572;RO=58;SAF=14;SAR=25;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364416;STB=0.509799;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0249278;OID=.;OPOS=139621308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:61:39:39:0.39:25:14:19:39:25:14:21:40 chr2 139621319 . A ATCT,T 1018.81 PASS AF=0.840909,0.0340909;AO=68,4;DP=94;FAO=74,3;FDP=88;FR=.;FRO=11;FSAF=31,2;FSAR=43,1;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0258075,-0.0282946;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=191.664,68.6082;QD=46.3094;RBI=0.0275672,0.032366;REFB=-0.0290363,-0.0399765;REVB=0.00969153,0.0157153;RO=17;SAF=31,2;SAR=37,2;SRF=5;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0614132,0.241343;STB=0.504726,0.665558;STBP=0.855,0.639;TYPE=ins,snp;VARB=0.00351942,-0.0122229;OID=.,.;OPOS=139621320,139621319;OREF=-,A;OALT=TCT,T;OMAPALT=ATCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:94:88:17:11:68,4:74,3:0.840909,0.0340909:37,2:31,2:5:12:43,1:31,2:5:6 chr2 139621326 . G A 1396.75 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363538;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2354;QD=62.7751;RBI=0.038146;REFB=0;REVB=-0.0115551;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147852;OID=.;OPOS=139621326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:51:38:0:0:51:38:0:0 chr2 141032088 . C T 1583.74 PASS AF=0.972973;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0113359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.281;QD=57.0715;RBI=0.0113837;REFB=-0.132968;REVB=0.001042;RO=3;SAF=60;SAR=48;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231391;STB=0.512193;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00152046;OID=.;OPOS=141032088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:111:111:3:3:108:108:0.972973:48:60:3:0:48:60:3:0 chr2 141260668 . A G 1879.31 PASS AF=1;AO=120;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116408;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2019;QD=61.6166;RBI=0.117173;REFB=0;REVB=0.0133653;RO=0;SAF=58;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.84183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132061;OID=.;OPOS=141260668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:120:122:1:62:58:0:0:62:60:0:0 chr2 141571329 . T C 1603.41 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.46;QD=59.9406;RBI=0.0163207;REFB=0;REVB=0.0116664;RO=0;SAF=62;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87071e-05;OID=.;OPOS=141571329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:43:62:0:0:43:64:0:0 chr2 141707868 . G T 866.97 PASS AF=0.483516;AO=88;DP=181;FAO=88;FDP=182;FR=.;FRO=94;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=-0.0364716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.565;QD=19.0543;RBI=0.0398244;REFB=-0.0159261;REVB=-0.015994;RO=93;SAF=38;SAR=50;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10885;STB=0.557352;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0184728;OID=.;OPOS=141707868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:93:94:88:88:0.483516:50:38:51:42:50:38:51:43 chr2 141709419 . T G 585.61 PASS AF=0.552381;AO=58;DP=105;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0255035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8684;QD=22.309;RBI=0.0278537;REFB=-0.0267297;REVB=0.0111983;RO=46;SAF=26;SAR=32;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111784;STB=0.565793;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0192258;OID=.;OPOS=141709419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:46:47:58:58:0.552381:32:26:27:19:32:26:28:19 chr2 141751592 . G A 1120.77 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0183064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.531;QD=58.9878;RBI=0.0222907;REFB=0.00714477;REVB=0.0127182;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-1.38938e-05;OID=.;OPOS=141751592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:32:43:0:0:32:43:0:1 chr2 141816621 . A G 1186.42 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0407104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.118;QD=59.3209;RBI=0.0581648;REFB=-0.102387;REVB=0.0415429;RO=1;SAF=41;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114055;STB=0.505881;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000382849;OID=.;OPOS=141816621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:78:79:0.9875:37:41:1:0:37:42:1:0 chr2 141946094 . G A 270.57 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=8.87509e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.144;QD=14.4304;RBI=0.0361613;REFB=-0.0113143;REVB=-0.0361613;RO=44;SAF=17;SAR=14;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968177;STB=0.554947;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0120277;OID=.;OPOS=141946094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:14:17:20:24:14:17:20:24 chr2 142567910 . T C 445.34 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00061668;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.522;QD=16.3427;RBI=0.0280301;REFB=-0.000807705;REVB=-0.0280234;RO=58;SAF=13;SAR=36;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267966;STB=0.660616;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0023717;OID=.;OPOS=142567910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:60:49:49:0.449541:36:13:30:28:36:13:32:28 chr2 143849094 . G A 510.53 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00981339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9459;QD=18.3977;RBI=0.00981344;REFB=-0.0420608;REVB=-3.05278e-05;RO=56;SAF=33;SAR=21;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881102;STB=0.544875;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0337076;OID=.;OPOS=143849094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:56:57:54:54:0.486486:21:33:29:27:21:33:30:27 chr2 144704336 . AT A 36.26 PASS AF=0.291667;AO=16;DP=49;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0792962;FXX=0.020404;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.14891;QD=3.02207;RBI=0.0923864;REFB=-0.0274152;REVB=0.0474063;RO=27;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111959;STB=0.578114;STBP=0.529;TYPE=del;VARB=0.000105602;OID=.;OPOS=144704337;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667:16:49:14:48:34:4:10:13:21:36:27:5:11:11:16 chr2 144899559 . C A 1387.31 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0347463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.7428;QD=60.3177;RBI=0.0350342;REFB=0.0470853;REVB=0.00448214;RO=1;SAF=44;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106505;STB=0.511109;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.000861723;OID=.;OPOS=144899559;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:1:2:90:90:0.978261:46:44:1:0:46:44:2:0 chr2 145145719 . CTTTTTAG CTTTTAG,CTTTTATA,CTTTTATG 59.31 PASS AF=0.307692,0,0.0192308;AO=16,2,3;DP=52;FAO=16,0,1;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=14,0,1;FSAR=2,0,0;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.0787633,-0.059494,-0.0373083;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,3,2;MLLD=10.8495,171.368,161.05;QD=4.56269;RBI=0.0864469,0.0612957,0.0383741;REFB=-0.0988023,-0.00386981,-0.00447986;REVB=0.0356287,-0.014752,-0.00898102;RO=30;SAF=14,2,3;SAR=2,0,0;SRF=5;SRR=25;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.707788,0.671472,0.730445;STB=0.894522,0.5,0.994492;STBP=0.001,1,0.125;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.113885,0,0.129423;OID=.,.,.;OPOS=145145720,145145724,145145724;OREF=T,TAG,TA;OALT=-,ATA,AT;OMAPALT=CTTTTAG,CTTTTATA,CTTTTATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692,0,0.0192308:16,2,3:52:16,0,1:52:35:14,0,1:2,0,0:9:26:53:30:14,2,3:2,0,0:5:25 chr2 145161593 . G A 193.36 PASS AF=0.234375;AO=30;DP=128;FAO=30;FDP=128;FR=.;FRO=98;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=0.0119413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.385;QD=6.04239;RBI=0.0158575;REFB=-0.0011859;REVB=-0.0104338;RO=98;SAF=16;SAR=14;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673369;STB=0.541076;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00409538;OID=.;OPOS=145161593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:98:98:30:30:0.234375:14:16:47:51:14:16:47:51 chr2 145162527 . G A 162.62 PASS AF=0.255556;AO=23;DP=91;FAO=23;FDP=90;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.0272277;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9874;QD=7.22745;RBI=0.0274471;REFB=0.00811872;REVB=0.00346406;RO=65;SAF=8;SAR=15;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198894;STB=0.631618;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.0237933;OID=.;OPOS=145162527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:65:67:23:23:0.255556:15:8:33:32:15:8:35:32 chr2 148683718 . G A 127.21 PASS AF=0.25;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0351043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.166;QD=6.69549;RBI=0.0355061;REFB=0.000131168;REVB=-0.00532651;RO=57;SAF=10;SAR=9;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171575;STB=0.604289;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00180445;OID=.;OPOS=148683718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:57:57:19:19:0.25:9:10:22:35:9:10:22:35 chr2 149449212 . G A 325.4 PASS AF=0.315789;AO=41;DP=133;FAO=42;FDP=133;FR=.;FRO=91;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=0.00842278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.239;QD=9.78641;RBI=0.00856304;REFB=0.00305529;REVB=-0.00154351;RO=90;SAF=23;SAR=18;SRF=38;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162575;STB=0.604206;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00520095;OID=.;OPOS=149449212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:90:91:41:42:0.315789:18:23:38:52:18:24:38:53 chr2 149847617 . C T 241.01 PASS AF=0.319149;AO=30;DP=94;FAO=30;FDP=94;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0323939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.165;QD=10.2555;RBI=0.0333619;REFB=-0.00747346;REVB=0.00797787;RO=62;SAF=15;SAR=15;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510631;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0176939;OID=.;OPOS=149847617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:62:64:30:30:0.319149:15:15:31:31:15:15:31:33 chr2 150432976 . C T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00589729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.935;QD=16.0426;RBI=0.0133755;REFB=-0.00170101;REVB=-0.0120052;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114392;STB=0.556037;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00228118;OID=.;OPOS=150432976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:12:7:12:13:12:7:12:14 chr2 151219315 . C T 1283.41 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00440431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.272;QD=61.8512;RBI=0.0179071;REFB=0;REVB=0.017357;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4061e-05;OID=.;OPOS=151219315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr2 151343234 . ATTC A 140.35 PASS AF=0.273504;AO=32;DP=118;FAO=32;FDP=117;FR=.;FRO=85;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=0.0323749;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=3;MLLD=224.13;QD=4.79818;RBI=0.03574;REFB=-0.00660961;REVB=0.0151399;RO=77;SAF=14;SAR=18;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108783;STB=0.519072;STBP=0.844;TYPE=del;VARB=0.0194307;OID=.;OPOS=151343235;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.273504:32:118:32:117:85:14:18:35:50:99:77:14:18:33:44 chr2 152117957 . T C 1396.58 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00571484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.367;QD=62.7676;RBI=0.012909;REFB=0;REVB=0.011575;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70861e-05;OID=.;OPOS=152117957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:41:47:0:0:42:47:0:0 chr2 152266473 . T C,G 729.81 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=49,2;DP=51;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33,2;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00172948,-0.00590795;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149.633,106.624;QD=56.1394;RBI=0.0493838,0.047069;REFB=0,0;REVB=0.0493535,0.0466967;RO=0;SAF=33,2;SAR=16,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00301428,0.0574501;OID=.,.;OPOS=152266473,152266473;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:52:0:0:49,2:50,2:0.961538,0.0384615:16,0:33,2:0:0:17,0:33,2:0:0 chr2 152295227 . C T 671.48 PASS AF=0.427746;AO=73;DP=172;FAO=74;FDP=173;FR=.;FRO=99;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=-0.00759046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.217;QD=15.5254;RBI=0.0119844;REFB=-0.00614796;REVB=0.00927422;RO=98;SAF=31;SAR=42;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987564;STB=0.555523;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0084139;OID=.;OPOS=152295227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:98:99:73:74:0.427746:42:31:51:47:43:31:51:48 chr2 152311570 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.3;QD=57.3857;RBI=0.0526836;REFB=0;REVB=0.00564236;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143534;OID=.;OPOS=152311570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr2 152320118 . G A 972.84 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.528;QD=58.96;RBI=0.0208658;REFB=0;REVB=-0.014205;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26236e-06;OID=.;OPOS=152320118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr2 152322095 . A T 75.04 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2905;QD=37.5183;RBI=0.0480917;REFB=0;REVB=0.0449364;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197737;OID=.;OPOS=152322095;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr2 152331418 . C G 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.918;QD=64.1527;RBI=0.0157816;REFB=0;REVB=0.0114742;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11219e-05;OID=.;OPOS=152331418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr2 152346940 . G T 186.81 PASS AF=0.254545;AO=28;DP=110;FAO=28;FDP=110;FR=.;FRO=82;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=0.0265568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3733;QD=6.79292;RBI=0.0436331;REFB=0.0110173;REVB=0.0346205;RO=82;SAF=8;SAR=20;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144933;STB=0.588169;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0319368;OID=.;OPOS=152346940;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:82:82:28:28:0.254545:20:8:32:50:20:8:32:50 chr2 152346979 . T C 1573.84 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173196;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.122;QD=64.2385;RBI=0.0196804;REFB=0;REVB=0.00934622;RO=0;SAF=30;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86167e-05;OID=.;OPOS=152346979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:96:98:1:66:30:0:0:67:31:0:0 chr2 152352843 . C G 3040.5 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019368;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.508;QD=63.6754;RBI=0.0352101;REFB=0;REVB=-0.0294047;RO=0;SAF=90;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.95558e-05;OID=.;OPOS=152352843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:191:0:0:191:191:1:101:90:0:0:101:90:0:0 chr2 152359900 . A G 491.11 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00464166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.496;QD=19.8428;RBI=0.0130454;REFB=-0.0210641;REVB=-0.0121917;RO=48;SAF=27;SAR=21;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568402;STB=0.537468;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0176595;OID=.;OPOS=152359900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:51:48:48:0.484848:21:27:24:24:21:27:25:26 chr2 152374882 . C T 621.55 PASS AF=0.280255;AO=87;DP=313;FAO=88;FDP=314;FR=.;FRO=226;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=111;FSRR=115;FWDB=0.0144856;FXX=0.0031745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.91;QD=7.91781;RBI=0.0322925;REFB=-0.0109238;REVB=-0.0288613;RO=220;SAF=44;SAR=43;SRF=109;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126095;STB=0.506368;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0274919;OID=.;OPOS=152374882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:314:220:226:87:88:0.280255:43:44:109:111:44:44:111:115 chr2 152387553 . T C 3539.42 PASS AF=1;AO=226;DP=227;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.21;QD=62.3687;RBI=0.0253299;REFB=-0.0509255;REVB=0.00804153;RO=0;SAF=107;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21182e-05;OID=.;OPOS=152387553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:227:227:0:0:226:227:1:119:107:0:0:119:108:0:0 chr2 152422076 . C G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.151;QD=57.2372;RBI=0.0301793;REFB=0;REVB=-0.0245114;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.01302e-05;OID=.;OPOS=152422076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chr2 152476028 . C G 1158.44 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00188636;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.118;QD=59.4074;RBI=0.0272135;REFB=-0.0344274;REVB=0.027148;RO=1;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012618;STB=0.506492;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=7.98874e-05;OID=.;OPOS=152476028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:1:1:76:77:0.987179:37:39:0:1:38:39:0:1 chr2 152476060 . C T 123.95 PASS AF=0.210526;AO=19;DP=95;FAO=20;FDP=95;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.00418772;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.387;QD=5.21893;RBI=0.0145795;REFB=-0.00217286;REVB=-0.0139651;RO=76;SAF=10;SAR=9;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992762;STB=0.547321;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00950126;OID=.;OPOS=152476060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:76:75:19:20:0.210526:9:10:34:42:10:10:33:42 chr2 152490219 . A G 3115.99 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.437;QD=63.9177;RBI=0.0266218;REFB=0;REVB=0.025722;RO=0;SAF=108;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66363e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64322e-05;OID=.;OPOS=152490219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:192:195:0:0:192:195:1:84:108:0:0:87:108:0:0 chr2 152490458 . A G 2677.62 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00580288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.006;QD=62.2701;RBI=0.0257958;REFB=0;REVB=0.0251347;RO=0;SAF=84;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57704e-05;OID=.;OPOS=152490458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:172:172:1:88:84:0:0:88:84:0:0 chr2 152492791 . C T 259.68 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.010115;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6361;QD=16.4873;RBI=0.011033;REFB=-0.00473737;REVB=-0.00440617;RO=34;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13356;STB=0.575112;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00805516;OID=.;OPOS=152492791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:34:34:29:29:0.460317:13:16:14:20:13:16:14:20 chr2 152496526 . A G 598.3 PASS AF=0.572816;AO=58;DP=102;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0989734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.981;QD=23.235;RBI=0.0997593;REFB=-0.00815942;REVB=-0.0124971;RO=44;SAF=21;SAR=37;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149234;STB=0.575752;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00664139;OID=.;OPOS=152496526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:44:44:58:59:0.572816:37:21:24:20:37:22:24:20 chr2 152499355 . T C 274.67 PASS AF=0.303279;AO=37;DP=122;FAO=37;FDP=122;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=0.00265264;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.176;QD=9.00547;RBI=0.00499867;REFB=0.00167762;REVB=0.00423676;RO=85;SAF=20;SAR=17;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133016;STB=0.507791;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.00354186;OID=.;OPOS=152499355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:85:85:37:37:0.303279:17:20:45:40:17:20:45:40 chr2 152500449 . C G 529.95 PASS AF=0.406667;AO=59;DP=150;FAO=61;FDP=150;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=0.0293688;FXX=0.0196066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.201;QD=14.1319;RBI=0.0385478;REFB=0.000990402;REVB=-0.0249682;RO=89;SAF=33;SAR=26;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117012;STB=0.554181;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00137017;OID=.;OPOS=152500449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:89:89:59:61:0.406667:26:33:40:49:28:33:40:49 chr2 152500462 . AC A 65.27 PASS AF=0.236486;AO=33;DP=150;FAO=35;FDP=148;FR=.;FRO=113;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=60;FWDB=0.139903;FXX=0.0133324;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.7235;QD=1.76416;RBI=0.140316;REFB=-0.017677;REVB=-0.010767;RO=99;SAF=23;SAR=10;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0.402062;SSSB=0.326508;STB=0.644776;STBP=0.063;TYPE=del;VARB=0.0239391;OID=.;OPOS=152500463;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.236486:33:150:35:148:113:23:12:53:60:65:99:23:10:43:56 chr2 152521096 . C T 497.27 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0383963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7125;QD=23.6797;RBI=0.0385298;REFB=-0.0204887;REVB=-0.00320426;RO=37;SAF=27;SAR=20;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712838;STB=0.539154;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0145542;OID=.;OPOS=152521096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:37:47:47:0.559524:20:27:18:19:20:27:18:19 chr2 152521983 . A G 371.49 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=42;FWDB=0.0103158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.119;QD=15.0095;RBI=0.0110339;REFB=-0.016228;REVB=-0.00391554;RO=59;SAF=18;SAR=22;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176659;STB=0.599329;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0174565;OID=.;OPOS=152521983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:59:40:40:0.40404:22:18:17:42:22:18:17:42 chr2 152527572 . C T 535.7 PASS AF=0.403974;AO=60;DP=150;FAO=61;FDP=151;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=52;FSRR=38;FWDB=0.0153868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.153;QD=14.1908;RBI=0.015434;REFB=-0.00623595;REVB=0.00120678;RO=90;SAF=35;SAR=25;SRF=52;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00607537;STB=0.507607;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00751203;OID=.;OPOS=152527572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:90:90:60:61:0.403974:25:35:52:38:25:36:52:38 chr2 152527608 . C T 872.65 PASS AF=0.559441;AO=80;DP=143;FAO=80;FDP=143;FR=.;FRO=63;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.00930856;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6309;QD=24.4097;RBI=0.0306514;REFB=-0.00584374;REVB=-0.0292037;RO=61;SAF=45;SAR=35;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435049;STB=0.524266;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00601605;OID=.;OPOS=152527608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:61:63:80:80:0.559441:35:45:31:30:35:45:32:31 chr2 152531077 . A G 1789.03 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00327091;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.149;QD=61.1634;RBI=0.00356641;REFB=0;REVB=-0.00142141;RO=0;SAF=59;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03761e-05;OID=.;OPOS=152531077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:58:59:0:0:58:59:0:0 chr2 152534545 . T C 1342.41 PASS AF=0.496324;AO=135;DP=272;FAO=135;FDP=272;FR=.;FRO=137;FSAF=75;FSAR=60;FSRF=64;FSRR=73;FWDB=0.012964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.772;QD=19.7414;RBI=0.0227883;REFB=-0.00348692;REVB=0.0187414;RO=137;SAF=75;SAR=60;SRF=64;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081314;STB=0.544629;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00356448;OID=.;OPOS=152534545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:137:137:135:135:0.496324:60:75:64:73:60:75:64:73 chr2 152536498 . T A 2783.79 PASS AF=0.983607;AO=179;DP=182;FAO=180;FDP=183;FR=.;FRO=3;FSAF=90;FSAR=90;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0101541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8906;QD=60.8478;RBI=0.0509631;REFB=-0.195896;REVB=0.0499413;RO=3;SAF=90;SAR=89;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514162;STB=0.502732;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00362237;OID=.;OPOS=152536498;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:182:183:3:3:179:180:0.983607:89:90:2:1:90:90:2:1 chr2 152573981 . A G 668.31 PASS AF=0.456376;AO=68;DP=149;FAO=68;FDP=149;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0144353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.408;QD=17.9413;RBI=0.0145471;REFB=-0.00718954;REVB=-0.00179958;RO=81;SAF=29;SAR=39;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906142;STB=0.550373;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00905186;OID=.;OPOS=152573981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:81:81:68:68:0.456376:39:29:42:39:39:29:42:39 chr2 152586193 . T C 296.63 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0184604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.887;QD=15.6121;RBI=0.0186714;REFB=-0.00762221;REVB=-0.00279901;RO=43;SAF=8;SAR=25;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38183;STB=0.716557;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0110563;OID=.;OPOS=152586193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:25:8:26:17:25:8:26:17 chr2 152988610 . C CT,T 758.44 PASS AF=0.982759,0;AO=47,4;DP=59;FAO=57,0;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25,0;FSAR=32,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0382313,-0.0344988;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=25.286,6.74293;QD=52.3059;RBI=0.0565079,0.0587542;REFB=-0.0355176,-0.148364;REVB=-0.0416113,-0.0475593;RO=8;SAF=18,4;SAR=29,0;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0683532,0.67854;STB=0.5098,0.5;STBP=0.306,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00265888,0;OID=.,.;OPOS=152988611,152988610;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:8:1:47,4:57,0:0.982759,0:29,0:18,4:5:3:32,0:25,0:1:0 chr2 153004816 . TAAAAAAAAAA TAAAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAAAAG,TAAAAAAA 236.56 PASS AF=0.488372,0.186047,0.139535,0.186047;AO=5,11,5,8;DP=45;FAO=21,8,6,8;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=5,2,2,1;FSAR=16,6,4,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335347,-0.0143003,-0.0593137,-0.014476;FXX=0.0444346;HRUN=11,11,11,11;LEN=1,2,1,3;MLLD=5.56928,10.0258,206.906,13.7345;QD=22.0053;RBI=0.110486,0.0382364,0.0593422,0.0293489;REFB=0.0732634,0.0949516,-0.00690047,0.0845425;REVB=0.105274,0.0354616,-0.00183681,0.0255304;RO=9;SAF=0,3,1,1;SAR=5,8,4,7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.680712,0.0512816,-0.0339569,-0.164675;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,del;VARB=0.101632,0.0144858,-0.00609061,0.085807;OID=.,.,.,.;OPOS=153004817,153004817,153004826,153004817;OREF=A,AA,A,AAA;OALT=-,-,G,-;OMAPALT=TAAAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAAAAG,TAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.488372,0.186047,0.139535,0.186047:5,11,5,8:45:21,8,6,8:43:0:5,2,2,1:16,6,4,7:0:0:43:9:0,3,1,1:5,8,4,7:2:7 chr2 153378459 . T C 1401.94 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450637;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.821;QD=62.3083;RBI=0.0463181;REFB=0;REVB=-0.0107065;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31943e-05;OID=.;OPOS=153378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:39:50:0:0:39:51:0:0 chr2 153399253 . GA AG,G 1107.8 PASS AF=0.0823529,0.917647;AO=7,21;DP=81;FAO=7,78;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=0,46;FSAR=7,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425235,0.943581;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=195.882,22.0273;QD=52.1315;RBI=0.0706454,0.95255;REFB=-0.0278553,0.0110758;REVB=-0.0564138,0.130411;RO=51;SAF=0,0;SAR=7,21;SRF=46;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.831106,-0.876979;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0890221,0.0438251;OID=.,.;OPOS=153399253,153399254;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:81:85:51:0:7,21:7,78:0.0823529,0.917647:7,21:0,0:46:5:7,32:0,46:0:0 chr2 153399310 . C T 256.04 PASS AF=0.360465;AO=30;DP=85;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.000796432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.825;QD=11.9088;RBI=0.00298217;REFB=-0.00424114;REVB=-0.00287386;RO=55;SAF=11;SAR=19;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182393;STB=0.612484;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00768163;OID=.;OPOS=153399310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:55:55:30:31:0.360465:19:11:29:26:20:11:29:26 chr2 153405594 . G A 905.22 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00237565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.229;QD=56.5761;RBI=0.00633384;REFB=0.0383111;REVB=-0.00587144;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.0017247;OID=.;OPOS=153405594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:30:33:0:0:30:33:0:1 chr2 153476069 . C A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0219959;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=145.632;QD=13.959;RBI=0.0226843;REFB=-0.038097;REVB=0.00554601;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324961;STB=0.683843;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0133935;OID=.;OPOS=153476069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:6:1:0:7:6:1:0:7 chr2 153476072 . T C 74.91 PASS AF=0.75;AO=8;DP=11;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.248871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.406;QD=24.9687;RBI=0.25648;REFB=-0.0648669;REVB=0.0620098;RO=3;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156255;STB=0.578792;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0502067;OID=.;OPOS=153476072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:12:3:3:8:9:0.75:7:1:0:3:8:1:0:3 chr2 153476078 . A T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.043;QD=18.7674;RBI=0.0247794;REFB=-0.023998;REVB=0.0247794;RO=3;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00716181;OID=.;OPOS=153476078;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:6:0:0:3:6:0:0:3 chr2 153511027 . T C 1861.02 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00434579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.057;QD=60.5208;RBI=0.0583037;REFB=-0.124868;REVB=0.0581415;RO=1;SAF=61;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772408;STB=0.503999;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000503984;OID=.;OPOS=153511027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:123:1:1:121:122:0.99187:60:61:1:0:60:62:1:0 chr2 153533482 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0271438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.31;QD=12.3292;RBI=0.0272266;REFB=0.00442968;REVB=0.00212177;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172666;STB=0.60246;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.00787024;OID=.;OPOS=153533482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:9:8:7:4:9:8 chr2 153551091 . G A 246.09 PASS AF=0.313725;AO=32;DP=102;FAO=32;FDP=102;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.0613603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.745;QD=9.65044;RBI=0.0614304;REFB=-0.00102986;REVB=-0.00293474;RO=70;SAF=13;SAR=19;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176431;STB=0.60311;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0024108;OID=.;OPOS=153551091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:70:70:32:32:0.313725:19:13:39:31:19:13:39:31 chr2 153577013 . G A 1301.98 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.644;QD=61.9991;RBI=0.024016;REFB=0;REVB=0.0193644;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89547e-05;OID=.;OPOS=153577013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chr2 155265623 . G A 1174.23 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0179784;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.661;QD=59.4547;RBI=0.0179847;REFB=-0.0557273;REVB=-0.000476793;RO=1;SAF=54;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00868522;STB=0.504586;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.000615937;OID=.;OPOS=155265623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:1:1:77:78:0.987342:23:54:1:0:24:54:1:0 chr2 155307336 . G C 2379.98 PASS AF=1;AO=155;DP=157;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00749106;FXX=0.0251557;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.898;QD=61.4188;RBI=0.0178055;REFB=0;REVB=-0.0161531;RO=0;SAF=82;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175249;OID=.;OPOS=155307336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:155:0:0:155:155:1:73:82:0:0:73:82:0:0 chr2 156120552 . A G 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00132617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.925;QD=64.0213;RBI=0.0137701;REFB=0;REVB=0.0137061;RO=0;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61415e-06;OID=.;OPOS=156120552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:55:43:0:0:55:43:0:0 chr2 156168039 . T G 885.68 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0779796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.986;QD=58.0772;RBI=0.0781221;REFB=0;REVB=0.00471701;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238493;OID=.;OPOS=156168039;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:28:32:0:0:28:33:0:0 chr2 157189011 . G C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.395;QD=59.8392;RBI=0.0628681;REFB=0;REVB=0.035409;RO=0;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532325;OID=.;OPOS=157189011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:9:27:0:0:9:27:0:0 chr2 157257361 . G A 1579.24 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4662;QD=59.5939;RBI=0.0579144;REFB=0;REVB=-0.0263045;RO=0;SAF=41;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3637e-05;OID=.;OPOS=157257361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:103:106:1:62:41:0:0:64:42:0:0 chr2 157406249 . G A 1301.06 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0368523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.704;QD=58.4745;RBI=0.038766;REFB=-0.123025;REVB=0.0120295;RO=3;SAF=35;SAR=51;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0048728;STB=0.502573;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00190516;OID=.;OPOS=157406249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:3:3:86:86:0.966292:51:35:1:2:51:35:1:2 chr2 158114824 . C T 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.000987093;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=320.994;QD=29.5807;RBI=0.00311255;REFB=-0.00935403;REVB=-0.00295189;RO=10;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103915;STB=0.557222;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00404729;OID=.;OPOS=158114824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:10:11:7:3:10:11:7:3 chr2 158155446 . ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCG ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA 1053.63 PASS AF=0.671233,0.328767;AO=47,18;DP=74;FAO=49,24;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=15,18;FSAR=34,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037563,0.0567788;FXX=0.0394685;HRUN=2,2;LEN=8,1;MLLD=223.685,294.672;QD=57.7332;RBI=0.0382515,0.0568199;REFB=0,0;REVB=0.00722494,-0.00215983;RO=0;SAF=16,15;SAR=31,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.32e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00200578,0.00307406;OID=.,.;OPOS=158155447,158155472;OREF=CGGAAGAC,G;OALT=-,A;OMAPALT=ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.671233,0.328767:47,18:74:49,24:73:0:15,18:34,6:0:0:99:0:16,15:31,3:0:0 chr2 158155480 . A G 67.5 PASS AF=0.149425;AO=14;DP=88;FAO=13;FDP=87;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=49;FWDB=-0.0204975;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.46;QD=3.10358;RBI=0.0480854;REFB=-0.00344103;REVB=-0.0434978;RO=72;SAF=12;SAR=2;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.59702;STB=0.885741;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0171359;OID=.;OPOS=158155480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:88:87:72:74:14:13:0.149425:2:12:25:47:2:11:25:49 chr2 158155576 . G A 972.01 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0137285;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=244.034;QD=54.7611;RBI=0.0160311;REFB=-0.095791;REVB=0.00827786;RO=1;SAF=24;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192841;STB=0.500907;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.000498488;OID=.;OPOS=158155576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:1:3:68:68:0.957746:44:24:1:0:44:24:1:2 chr2 158157361 . C T 3128.17 PASS AF=1;AO=202;DP=207;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140782;FXX=0.0288448;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.245;QD=61.9439;RBI=0.00699709;REFB=0;REVB=0.006854;RO=0;SAF=94;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62132e-06;OID=.;OPOS=158157361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:207:202:0:0:202:202:1:108:94:0:0:108:94:0:0 chr2 158165142 . A G 720.38 PASS AF=0.489655;AO=70;DP=144;FAO=71;FDP=145;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.0214829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.384;QD=19.8725;RBI=0.0215983;REFB=0.00264991;REVB=-0.00222978;RO=74;SAF=30;SAR=40;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116908;STB=0.567317;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00185754;OID=.;OPOS=158165142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:74:74:70:71:0.489655:40:30:41:33:41:30:41:33 chr2 158291188 . A C 558.54 PASS AF=0.906977;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0117897;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=300.749;QD=51.9569;RBI=0.0190161;REFB=-0.0152248;REVB=0.0149202;RO=4;SAF=15;SAR=24;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210653;STB=0.511272;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=6.51945e-05;OID=.;OPOS=158291188;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:43:43:4:4:39:39:0.906977:24:15:2:2:24:15:2:2 chr2 158386938 . C T 565.89 PASS AF=0.597701;AO=50;DP=86;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00472624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.852;QD=26.018;RBI=0.0136032;REFB=-0.0111998;REVB=-0.0127558;RO=35;SAF=27;SAR=23;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624578;STB=0.532731;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0078762;OID=.;OPOS=158386938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:35:35:50:52:0.597701:23:27:16:19:24:28:16:19 chr2 158626980 . C T 1602.66 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00171231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.058;QD=64.1063;RBI=0.00268793;REFB=0;REVB=0.00207194;RO=0;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92631e-06;OID=.;OPOS=158626980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:100:0:0:97:100:1:42:55:0:0:44:56:0:0 chr2 158636910 . G A 459.86 PASS AF=0.439655;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.000409513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.035;QD=15.8572;RBI=0.0303015;REFB=-0.00897321;REVB=0.0302988;RO=65;SAF=30;SAR=21;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663954;STB=0.537175;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0123248;OID=.;OPOS=158636910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:65:65:51:51:0.439655:21:30:34:31:21:30:34:31 chr2 159166069 . T C 676.68 PASS AF=0.977778;AO=45;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000675727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3009;QD=60.1491;RBI=0.0476498;REFB=-0.0157022;REVB=0.047645;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.516122;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00674045;OID=.;OPOS=159166069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:45:44:0.977778:29:16:0:0:29:15:1:0 chr2 159195282 . C T 160.7 PASS AF=0.297297;AO=22;DP=74;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00421438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.728;QD=8.68641;RBI=0.00877287;REFB=-0.0131771;REVB=-0.0076943;RO=51;SAF=14;SAR=8;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196973;STB=0.61087;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0331334;OID=.;OPOS=159195282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:52:22:22:0.297297:8:14:24:27:8:14:25:27 chr2 159196771 . T C 389.52 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.037283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5212;QD=19.7224;RBI=0.038209;REFB=-0.013925;REVB=-0.00836109;RO=38;SAF=16;SAR=24;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291133;STB=0.521266;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0120097;OID=.;OPOS=159196771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:39:40:40:0.506329:24:16:14:24:24:16:14:25 chr2 159433876 . C T 243.06 PASS AF=0.326087;AO=30;DP=92;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0122167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.871;QD=10.5676;RBI=0.0122567;REFB=0.00323142;REVB=0.000988803;RO=62;SAF=13;SAR=17;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114311;STB=0.566622;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00522554;OID=.;OPOS=159433876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:62:62:30:30:0.326087:17:13:33:29:17:13:33:29 chr2 159488392 . C T 375.27 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=-0.00537415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.195;QD=13.7714;RBI=0.00558978;REFB=-0.000402696;REVB=-0.00153759;RO=65;SAF=11;SAR=33;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133974;STB=0.576234;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00071175;OID=.;OPOS=159488392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:65:44:44:0.40367:33:11:23:42:33:11:23:42 chr2 159537868 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000278903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.841;QD=62.9818;RBI=0.0536941;REFB=0;REVB=0.0536933;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162366;OID=.;OPOS=159537868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:18:26:0:0:19:26:0:0 chr2 159792381 . A C 220.4 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.057167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9611;QD=12.0769;RBI=0.0582133;REFB=-0.00733403;REVB=0.0109874;RO=46;SAF=11;SAR=16;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00637075;STB=0.50367;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0138658;OID=.;OPOS=159792381;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:16:11:19:27:16:11:19:27 chr2 160019863 . A G 715.02 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0318854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.9186;QD=60.8528;RBI=0.0459969;REFB=0.00375233;REVB=-0.0331517;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218604;STB=0.511623;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.000413012;OID=.;OPOS=160019863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:25:21:1:0:25:21:1:0 chr2 160035207 . T C 873.89 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448292;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.786;QD=57.3043;RBI=0.0450407;REFB=0;REVB=0.00435963;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328184;OID=.;OPOS=160035207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:27:32:0:0:27:34:0:0 chr2 160088607 . A G 252.75 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00300381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.497;QD=21.0623;RBI=0.0423383;REFB=-0.000160361;REVB=0.0422316;RO=24;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113498;STB=0.563553;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.000939454;OID=.;OPOS=160088607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:11:13:16:8:11:13:16:8 chr2 160112881 . G T 390.9 PASS AF=0.432692;AO=44;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0218731;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.275;QD=15.0345;RBI=0.0597105;REFB=-0.0425312;REVB=-0.05556;RO=59;SAF=17;SAR=27;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143674;STB=0.571952;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0508722;OID=.;OPOS=160112881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:59:44:45:0.432692:27:17:31:28:27:18:31:28 chr2 160114437 . G A 485.36 PASS AF=0.477064;AO=51;DP=108;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.00573138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9145;QD=17.8112;RBI=0.00580908;REFB=0.0114575;REVB=0.00094696;RO=56;SAF=19;SAR=32;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899103;STB=0.538784;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0115629;OID=.;OPOS=160114437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:56:57:51:52:0.477064:32:19:26:30:32:20:26:31 chr2 160136337 . G A 579.66 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141163;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.605;QD=61.0165;RBI=0.0522116;REFB=0;REVB=0.0502671;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196213;OID=.;OPOS=160136337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr2 160182302 . C T 206.51 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0181489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4066;QD=11.014;RBI=0.0245581;REFB=-0.013335;REVB=-0.0165444;RO=48;SAF=17;SAR=9;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154637;STB=0.597367;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0156879;OID=.;OPOS=160182302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:49:26:26:0.346667:9:17:25:23:9:17:25:24 chr2 160294779 . T C 425.4 PASS AF=0.477778;AO=42;DP=89;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00581867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.448;QD=18.9066;RBI=0.0125806;REFB=-0.00590454;REVB=-0.0111542;RO=45;SAF=24;SAR=18;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118156;STB=0.559577;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00555262;OID=.;OPOS=160294779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:45:47:42:43:0.477778:18:24:20:25:18:25:22:25 chr2 160294842 . A G 527.1 PASS AF=0.470588;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.00351727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.491;QD=17.7176;RBI=0.0166608;REFB=-0.01628;REVB=0.0162853;RO=62;SAF=35;SAR=21;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151841;STB=0.588833;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0106715;OID=.;OPOS=160294842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:62:63:56:56:0.470588:21:35:29:33:21:35:29:34 chr2 160604812 . C T 352.46 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.01134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=334.011;QD=18.3097;RBI=0.0155488;REFB=-0.0103731;REVB=-0.0106382;RO=39;SAF=18;SAR=19;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000638249;STB=0.507019;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0112198;OID=.;OPOS=160604812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:40:37:37:0.480519:19:18:19:20:19:18:20:20 chr2 160605268 . T C 310.19 PASS AF=0.5;AO=31;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.000449169;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.845;QD=18.7992;RBI=0.00411467;REFB=-0.0116446;REVB=-0.00409008;RO=34;SAF=13;SAR=18;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761356;STB=0.530368;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0103607;OID=.;OPOS=160605268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:33:31:33:0.5:18:13:17:17:18:15:17:16 chr2 160639970 . T C 384.13 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.000121942;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.837;QD=22.9334;RBI=0.0390713;REFB=-0.0217719;REVB=0.0390711;RO=29;SAF=18;SAR=20;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200536;STB=0.511035;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0138893;OID=.;OPOS=160639970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:20:18:13:16:20:18:13:16 chr2 160676427 . C A 1030.29 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00688512;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.524;QD=59.7267;RBI=0.014375;REFB=0;REVB=-0.0126189;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42187e-05;OID=.;OPOS=160676427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr2 160697258 . G A 486.06 PASS AF=0.495146;AO=50;DP=102;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0152903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.805;QD=18.876;RBI=0.0298804;REFB=-0.00807415;REVB=0.0256719;RO=52;SAF=17;SAR=33;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239663;STB=0.635707;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0138242;OID=.;OPOS=160697258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:52:52:50:51:0.495146:33:17:31:21:34:17:31:21 chr2 160710153 . T G 332.67 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.0230204;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.418;QD=15.6549;RBI=0.0268354;REFB=-0.00131305;REVB=-0.0137914;RO=49;SAF=20;SAR=16;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806332;STB=0.54543;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00127223;OID=.;OPOS=160710153;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:85:49:49:36:36:0.423529:16:20:31:18:16:20:31:18 chr2 160710922 . T C 1036.55 PASS AF=0.437984;AO=113;DP=258;FAO=113;FDP=258;FR=.;FRO=145;FSAF=67;FSAR=46;FSRF=70;FSRR=75;FWDB=0.0140443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.849;QD=16.0705;RBI=0.0206885;REFB=-0.00511105;REVB=0.0151912;RO=144;SAF=67;SAR=46;SRF=69;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115948;STB=0.562623;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00733609;OID=.;OPOS=160710922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:144:145:113:113:0.437984:46:67:69:75:46:67:70:75 chr2 160711045 . G C 2658.99 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.757;QD=62.1985;RBI=0.0425295;REFB=0;REVB=0.0324625;RO=0;SAF=71;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72745e-05;OID=.;OPOS=160711045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:171:171:1:100:71:0:0:100:71:0:0 chr2 160737621 . C T 429.79 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0141838;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.316;QD=16.6909;RBI=0.0170463;REFB=0.00564414;REVB=0.00945508;RO=55;SAF=23;SAR=24;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866785;STB=0.542839;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.00371768;OID=.;OPOS=160737621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:55:56:47:47:0.456311:24:23:22:33:24:23:23:33 chr2 160737663 . T A 559.66 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.000614448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.851;QD=19.1337;RBI=0.00789126;REFB=-0.00896135;REVB=0.0078673;RO=59;SAF=22;SAR=36;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899274;STB=0.549769;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00749922;OID=.;OPOS=160737663;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:59:59:58:58:0.495726:36:22:28:31:36:22:28:31 chr2 160738677 . G A 365.84 PASS AF=0.37931;AO=44;DP=116;FAO=44;FDP=116;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.0047468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.759;QD=12.6153;RBI=0.0156754;REFB=0.000995706;REVB=-0.0149394;RO=71;SAF=26;SAR=18;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487237;STB=0.531134;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.00159691;OID=.;OPOS=160738677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:71:72:44:44:0.37931:18:26:45:26:18:26:46:26 chr2 160755559 . AG A 96.14 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0559914;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.8259;QD=11.6536;RBI=0.0828679;REFB=-0.033849;REVB=-0.0610905;RO=15;SAF=1;SAR=16;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.648638;STB=0.880278;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0224068;OID=.;OPOS=160755560;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:17:32:18:33:15:1:17:9:6:92:15:1:16:9:6 chr2 160761136 . A G 123.17 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00647353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.347;QD=16.4221;RBI=0.0136298;REFB=-0.0154728;REVB=-0.0119944;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352603;STB=0.701562;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0152413;OID=.;OPOS=160761136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:4:12:5:9:4:12 chr2 160833188 . A G 2594.82 PASS AF=1;AO=166;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139769;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.04;QD=62.1514;RBI=0.022756;REFB=0;REVB=0.0179578;RO=0;SAF=96;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.28438e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257624;OID=.;OPOS=160833188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:166:167:1:70:96:0:0:70:97:0:0 chr2 160901404 . G A 386.52 PASS AF=0.348148;AO=47;DP=135;FAO=47;FDP=135;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=0.01195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.852;QD=11.4524;RBI=0.0203655;REFB=-0.0108623;REVB=0.0164909;RO=88;SAF=24;SAR=23;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378807;STB=0.52173;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.022639;OID=.;OPOS=160901404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:88:88:47:47:0.348148:23:24:42:46:23:24:42:46 chr2 160901517 . A G 486.4 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=-0.0144399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6103;QD=18.8893;RBI=0.0207646;REFB=0.028715;REVB=0.0149217;RO=52;SAF=20;SAR=31;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101894;STB=0.556216;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.0250609;OID=.;OPOS=160901517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:52:51:51:0.495146:31:20:15:37:31:20:15:37 chr2 160983060 . G C 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00456977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.622;QD=10.7151;RBI=0.0220316;REFB=-0.0058803;REVB=0.0215525;RO=27;SAF=2;SAR=12;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.564181;STB=0.850841;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0144557;OID=.;OPOS=160983060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:29:14:14:0.325581:12:2:17:10:12:2:19:10 chr2 160994348 . C T 202.0 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0201914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.607;QD=21.2632;RBI=0.0443251;REFB=-0.0096914;REVB=-0.0394591;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858625;STB=0.548338;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0133402;OID=.;OPOS=160994348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:8:12:9:9:8:12:9:9 chr2 161029218 . G A 298.74 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0510299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.022;QD=23.8991;RBI=0.0510345;REFB=-0.00966146;REVB=-0.000681718;RO=23;SAF=7;SAR=20;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17034;STB=0.595371;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00560422;OID=.;OPOS=161029218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:20:7:10:13:20:7:10:13 chr2 161174693 . C T 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0264945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.193;QD=16.9929;RBI=0.0286694;REFB=0.00690107;REVB=-0.0109533;RO=30;SAF=16;SAR=11;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141102;STB=0.578892;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.005433;OID=.;OPOS=161174693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:11:16:22:8:11:16:22:8 chr2 161253376 . A G 573.21 PASS AF=0.552083;AO=52;DP=95;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0106054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.175;QD=23.8837;RBI=0.0106349;REFB=-0.00275786;REVB=0.000791617;RO=40;SAF=19;SAR=33;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189245;STB=0.592107;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00224761;OID=.;OPOS=161253376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:40:43:52:53:0.552083:33:19:24:16:34:19:24:19 chr2 162696414 . C T 924.27 PASS AF=0.494624;AO=92;DP=179;FAO=92;FDP=186;FR=.;FRO=94;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=-0.0487612;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.746;QD=19.8767;RBI=0.0842532;REFB=-0.0359882;REVB=-0.0687091;RO=86;SAF=55;SAR=37;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128482;STB=0.555741;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0476024;OID=.;OPOS=162696414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:186:86:94:92:92:0.494624:37:55:39:47:37:55:46:48 chr2 162821644 . C T 548.22 PASS AF=0.464;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.00410305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.645;QD=17.543;RBI=0.0133418;REFB=-0.00952765;REVB=-0.0126952;RO=66;SAF=23;SAR=35;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178592;STB=0.504763;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00983775;OID=.;OPOS=162821644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:66:67:58:58:0.464:35:23:25:41:35:23:26:41 chr2 162865103 . G A 417.55 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=32;FWDB=-0.109453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.122;QD=20.1226;RBI=0.109596;REFB=-0.00418451;REVB=0.00558859;RO=32;SAF=15;SAR=12;SRF=3;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43457;STB=0.753277;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0498978;OID=.;OPOS=162865103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:32:35:27:27:0.325301:12:15:3:29:12:15:3:32 chr2 162870985 . C A 222.72 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0127018;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.853;QD=16.4976;RBI=0.0127018;REFB=-0.0155473;REVB=-4.40956e-05;RO=30;SAF=8;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105337;STB=0.55551;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.018761;OID=.;OPOS=162870985;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:29:24:25:0.462963:16:8:13:17:17:8:12:17 chr2 162876768 . G A 247.07 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.000790577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.821;QD=17.9687;RBI=0.00789902;REFB=-0.0112375;REVB=0.00785935;RO=28;SAF=20;SAR=6;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680859;STB=0.54441;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0129987;OID=.;OPOS=162876768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:28:26:27:0.490909:6:20:20:8:6:21:20:8 chr2 163005674 . G A 372.88 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.000822878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9824;QD=17.7564;RBI=0.00964412;REFB=0.00588919;REVB=0.00960895;RO=44;SAF=26;SAR=13;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346113;STB=0.697576;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0150434;OID=.;OPOS=163005674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:45:39:39:0.464286:13:26:13:31:13:26:13:32 chr2 163078195 . T A 602.25 PASS AF=0.545455;AO=60;DP=110;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0186888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.569;QD=21.9001;RBI=0.0340085;REFB=-0.0557181;REVB=-0.0284132;RO=48;SAF=36;SAR=24;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198827;STB=0.599967;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0383085;OID=.;OPOS=163078195;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:48:50:60:60:0.545455:24:36:17:31:24:36:19:31 chr2 163080982 . A G 375.87 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0217475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.583;QD=14.597;RBI=0.0252479;REFB=-0.0314088;REVB=-0.0128259;RO=59;SAF=28;SAR=15;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999921;STB=0.562381;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0424471;OID=.;OPOS=163080982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:60:43:43:0.417476:15:28:33:26:15:28:33:27 chr2 163128824 . T C 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0347875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.794;QD=17.3254;RBI=0.0390005;REFB=-0.0155234;REVB=-0.0176315;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494707;STB=0.528189;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0203358;OID=.;OPOS=163128824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:11:9:10:15:11:9:10:15 chr2 163137871 . C G 867.55 PASS AF=0.508772;AO=87;DP=171;FAO=87;FDP=171;FR=.;FRO=84;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-7.8177e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6478;QD=20.2936;RBI=0.00834969;REFB=-0.00415444;REVB=-0.00834932;RO=82;SAF=47;SAR=40;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356789;STB=0.525665;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00659811;OID=.;OPOS=163137871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:82:84:87:87:0.508772:40:47:41:41:40:47:41:43 chr2 163137983 . T C 832.01 PASS AF=0.488506;AO=84;DP=173;FAO=85;FDP=174;FR=.;FRO=89;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=0.0204174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0461;QD=19.1266;RBI=0.0277555;REFB=-0.000157911;REVB=0.0188015;RO=89;SAF=32;SAR=52;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231196;STB=0.515148;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.000215694;OID=.;OPOS=163137983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:89:89:84:85:0.488506:52:32:36:53:53:32:36:53 chr2 163175656 . A C 178.15 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=46;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0712693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.324;QD=15.1619;RBI=0.073754;REFB=0.00793064;REVB=0.0189824;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169465;STB=0.609642;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00369215;OID=.;OPOS=163175656;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:28:28:18:19:0.404255:10:8:17:11:11:8:17:11 chr2 163213381 . A G 437.41 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0174438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.528;QD=24.3006;RBI=0.017494;REFB=-0.024362;REVB=-0.00132484;RO=30;SAF=15;SAR=27;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785594;STB=0.504308;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0167435;OID=.;OPOS=163213381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:30:42:42:0.583333:27:15:11:19:27:15:11:19 chr2 163217273 . AT A 243.8 PASS AF=0.316832;AO=31;DP=101;FAO=32;FDP=101;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.00161532;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.346;QD=9.65551;RBI=0.00502011;REFB=-0.00548962;REVB=-0.00475313;RO=67;SAF=18;SAR=13;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222303;STB=0.635949;STBP=0.065;TYPE=del;VARB=0.0167842;OID=.;OPOS=163217274;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.316832:31:101:32:101:69:19:13:27:42:99:67:18:13:26:41 chr2 163227849 . C T 311.85 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0107751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.29;QD=16.6319;RBI=0.014063;REFB=0.00198118;REVB=-0.00903681;RO=41;SAF=18;SAR=16;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064153;STB=0.536029;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00256486;OID=.;OPOS=163227849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:16:18:19:22:16:18:19:22 chr2 163256949 . G T 684.66 PASS AF=0.466216;AO=69;DP=147;FAO=69;FDP=148;FR=.;FRO=79;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=0.00284465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.928;QD=18.5044;RBI=0.00611338;REFB=-0.00585878;REVB=-0.00541123;RO=78;SAF=42;SAR=27;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189462;STB=0.514702;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00723622;OID=.;OPOS=163256949;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:78:79:69:69:0.466216:27:42:46:32:27:42:46:33 chr2 163291981 . G A 542.03 PASS AF=0.54;AO=54;DP=99;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.138802;FXX=0.0196059;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6296;QD=21.6811;RBI=0.138819;REFB=-0.00368095;REVB=-0.0022134;RO=45;SAF=34;SAR=20;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244657;STB=0.629582;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0010237;OID=.;OPOS=163291981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:45:46:54:54:0.54:20:34:15:30:20:34:16:30 chr2 164145582 . C A 158.17 PASS AF=0.53125;AO=15;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0214907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.938;QD=19.7714;RBI=0.0248619;REFB=-0.00572157;REVB=-0.0125005;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861724;STB=0.588131;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00688077;OID=.;OPOS=164145582;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:15:15:17:0.53125:7:8:7:9:7:10:6:9 chr2 165353712 . C T 628.32 PASS AF=0.57;AO=56;DP=100;FAO=57;FDP=100;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00929929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5405;QD=25.1329;RBI=0.0572215;REFB=-0.0332718;REVB=-0.0564608;RO=42;SAF=23;SAR=33;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898554;STB=0.547389;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0401929;OID=.;OPOS=165353712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:42:43:56:57:0.57:33:23:22:20:34:23:22:21 chr2 165996107 . T A 1683.06 PASS AF=0.982609;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0927509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.422;QD=58.5412;RBI=0.0931667;REFB=-0.0760524;REVB=0.00879231;RO=2;SAF=62;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150689;STB=0.507935;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000429174;OID=.;OPOS=165996107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:2:2:113:113:0.982609:51:62:2:0:51:62:2:0 chr2 166170127 . T C 2864.26 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2816;QD=62.9508;RBI=0.0425976;REFB=0;REVB=0.0408155;RO=0;SAF=96;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156939;OID=.;OPOS=166170127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:182:0:0:181:182:1:85:96:0:0:86:96:0:0 chr2 166248047 . G A 1587.72 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00690691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6896;QD=64.1505;RBI=0.00690936;REFB=0;REVB=-0.000184135;RO=0;SAF=39;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.71179e-05;OID=.;OPOS=166248047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:60:39:0:0:60:39:0:0 chr2 166535918 . C T 1697.35 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0458871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.701;QD=59.5561;RBI=0.0548107;REFB=-0.117616;REVB=0.0299765;RO=1;SAF=64;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736174;STB=0.503875;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000428819;OID=.;OPOS=166535918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:49:64:1:0:49:64:1:0 chr2 166605010 . A T 719.04 PASS AF=1;AO=41;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.583;QD=56.3956;RBI=0.0671869;REFB=0;REVB=0.0228671;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121833;OID=.;OPOS=166605010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:41:51:1:23:18:0:0:23:28:0:0 chr2 166618262 . C T 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00380768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.534;QD=60.2032;RBI=0.0128396;REFB=0;REVB=0.012262;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74791e-05;OID=.;OPOS=166618262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr2 166767913 . C G 210.26 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0204737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.481;QD=11.8459;RBI=0.0472188;REFB=-0.00863619;REVB=0.0425493;RO=44;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181629;STB=0.610848;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0102728;OID=.;OPOS=166767913;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:45:26:26:0.366197:11:15:18:26:11:15:18:27 chr2 166769021 . T C 734.67 PASS AF=0.461538;AO=78;DP=169;FAO=78;FDP=169;FR=.;FRO=91;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=0.0119149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.569;QD=17.3885;RBI=0.0120041;REFB=-0.00320826;REVB=0.00146084;RO=91;SAF=44;SAR=34;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00361457;STB=0.502004;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00518674;OID=.;OPOS=166769021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:91:91:78:78:0.461538:34:44:51:40:34:44:51:40 chr2 166770120 . A G 681.66 PASS AF=0.536;AO=66;DP=125;FAO=67;FDP=125;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0161886;FXX=0.0234357;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.464;QD=21.8132;RBI=0.0163105;REFB=-0.0104198;REVB=0.00199078;RO=59;SAF=28;SAR=38;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1308;STB=0.563213;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0120253;OID=.;OPOS=166770120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:59:58:66:67:0.536:38:28:34:25:38:29:33:25 chr2 166773971 . G A 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.128328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.62;QD=13.5804;RBI=0.128381;REFB=-0.00449279;REVB=-0.00368526;RO=28;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118818;STB=0.569648;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00647916;OID=.;OPOS=166773971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:12:5:11:17:12:5:11:17 chr2 166781158 . G A 523.68 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.000138073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4503;QD=19.9498;RBI=0.0231413;REFB=0.0124051;REVB=-0.0231409;RO=49;SAF=22;SAR=32;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125071;STB=0.569369;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.0161489;OID=.;OPOS=166781158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:49:51:54:54:0.514286:32:22:27:22:32:22:28:23 chr2 166788336 . T C 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.124;QD=62.6145;RBI=0.0208804;REFB=0;REVB=0.017155;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80191e-05;OID=.;OPOS=166788336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr2 166797646 . C T 316.52 PASS AF=0.347826;AO=40;DP=115;FAO=40;FDP=115;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.0286213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.939;QD=11.0094;RBI=0.0535197;REFB=-0.00311957;REVB=-0.0452236;RO=75;SAF=18;SAR=22;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422142;STB=0.52426;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00528394;OID=.;OPOS=166797646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:75:75:40:40:0.347826:22:18:31:44:22:18:31:44 chr2 166810159 . C T 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00214216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.275;QD=23.3999;RBI=0.030918;REFB=-0.0476395;REVB=0.0308437;RO=3;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141139;STB=0.581188;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0165296;OID=.;OPOS=166810159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:3:5:1:2:3:5:1:2 chr2 166810161 . G A 64.34 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00972874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5283;QD=23.398;RBI=0.045284;REFB=-0.0651092;REVB=0.0442267;RO=2;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218484;STB=0.581188;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0809318;OID=.;OPOS=166810161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:2:3:8:8:0.727273:3:5:0:2:3:5:1:2 chr2 166892788 . C T 1572.98 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0827392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.841;QD=59.9231;RBI=0.0832194;REFB=0;REVB=0.00892747;RO=0;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145233;OID=.;OPOS=166892788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:52:53:0:0:52:53:0:0 chr2 166897864 . A G 2350.46 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4913;QD=63.9581;RBI=0.0253404;REFB=0;REVB=0.0236667;RO=0;SAF=63;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7257e-05;OID=.;OPOS=166897864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:84:63:0:0:84:63:0:0 chr2 166903445 . T C 1902.63 PASS AF=0.992;AO=123;DP=126;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0252313;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9497;QD=60.8842;RBI=0.0274021;REFB=-0.125192;REVB=-0.0106891;RO=1;SAF=65;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725336;STB=0.503816;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.000490386;OID=.;OPOS=166903445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:125:1:1:123:124:0.992:58:65:1:0:59:65:1:0 chr2 167055393 . T C 557.56 PASS AF=0.414474;AO=62;DP=150;FAO=63;FDP=152;FR=.;FRO=89;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=0.00154446;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.578;QD=14.6727;RBI=0.0126901;REFB=-0.00857763;REVB=0.0125957;RO=87;SAF=29;SAR=33;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00833444;STB=0.502512;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0112678;OID=.;OPOS=167055393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:87:89:62:63:0.414474:33:29:40:47:33:30:42:47 chr2 167094730 . G T 431.84 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0195386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.787;QD=17.8079;RBI=0.0195823;REFB=-0.0041245;REVB=-0.00130663;RO=53;SAF=20;SAR=24;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145008;STB=0.580969;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0051831;OID=.;OPOS=167094730;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:24:20:32:21:24:20:32:21 chr2 167099158 . A G 1530.05 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.815;QD=63.7519;RBI=0.0185472;REFB=0;REVB=0.0154526;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44277e-05;OID=.;OPOS=167099158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:51:45:0:0:51:45:0:0 chr2 167144974 . A T 331.37 PASS AF=0.341463;AO=42;DP=123;FAO=42;FDP=123;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.00569769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5466;QD=10.7763;RBI=0.0109746;REFB=-0.0251692;REVB=-0.00937964;RO=81;SAF=23;SAR=19;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334273;STB=0.519259;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.065516;OID=.;OPOS=167144974;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:81:81:42:42:0.341463:19:23:42:39:19:23:42:39 chr2 167144995 . T C 365.94 PASS AF=0.348837;AO=45;DP=129;FAO=45;FDP=129;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.0213078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.757;QD=11.3469;RBI=0.0237612;REFB=-0.00882638;REVB=0.0105153;RO=83;SAF=25;SAR=20;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426457;STB=0.528583;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0197842;OID=.;OPOS=167144995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:83:84:45:45:0.348837:20:25:43:40:20:25:43:41 chr2 167145142 . A G 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00503986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.693;QD=15.064;RBI=0.0137934;REFB=-0.0148923;REVB=-0.0128397;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837794;STB=0.539539;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0299518;OID=.;OPOS=167145142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:35:27:27:0.435484:12:15:16:18:12:15:17:18 chr2 167168093 . C T 612.22 PASS AF=0.473684;AO=63;DP=133;FAO=63;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.00551981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.354;QD=18.4125;RBI=0.0233461;REFB=-0.00439446;REVB=-0.0226842;RO=68;SAF=31;SAR=32;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212235;STB=0.519202;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00496029;OID=.;OPOS=167168093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:68:70:63:63:0.473684:32:31:35:33:32:31:37:33 chr2 167262088 . T G 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0165802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.624;QD=15.4189;RBI=0.0302239;REFB=-0.00687322;REVB=0.0252702;RO=42;SAF=22;SAR=10;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509308;STB=0.528828;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0132074;OID=.;OPOS=167262088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:10:22:27:15:10:22:27:15 chr2 167262353 . C G 519.19 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0126431;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0774;QD=19.409;RBI=0.0131073;REFB=-0.0351275;REVB=0.00345738;RO=53;SAF=25;SAR=29;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024827;STB=0.513715;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0386987;OID=.;OPOS=167262353;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:53:54:54:0.504673:29:25:26:27:29:25:26:27 chr2 167266344 . G A 313.52 PASS AF=0.361111;AO=39;DP=108;FAO=39;FDP=108;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=-0.00831548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.517;QD=11.6117;RBI=0.0295043;REFB=-0.000605013;REVB=-0.0283083;RO=67;SAF=15;SAR=24;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489458;STB=0.525101;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.000684183;OID=.;OPOS=167266344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:67:69:39:39:0.361111:24:15:23:44:24:15:24:45 chr2 167266737 . C T 283.28 PASS AF=0.245714;AO=43;DP=175;FAO=43;FDP=175;FR=.;FRO=132;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=67;FSRR=65;FWDB=-0.040065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.058;QD=6.47486;RBI=0.0401956;REFB=-0.00308204;REVB=0.00323732;RO=132;SAF=21;SAR=22;SRF=67;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240588;STB=0.514476;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00924935;OID=.;OPOS=167266737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:132:132:43:43:0.245714:22:21:67:65:22:21:67:65 chr2 167279922 . C A 220.94 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0302052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7107;QD=12.1065;RBI=0.0451406;REFB=0.0105921;REVB=-0.0335458;RO=46;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147925;STB=0.584806;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.0189435;OID=.;OPOS=167279922;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:14:13:16:30:14:13:16:30 chr2 167334085 . G T 473.29 PASS AF=0.414062;AO=53;DP=128;FAO=53;FDP=128;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.00674546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.119;QD=14.7904;RBI=0.00845814;REFB=-0.00893824;REVB=-0.00510283;RO=74;SAF=31;SAR=22;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184335;STB=0.514944;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0098589;OID=.;OPOS=167334085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:74:75:53:53:0.414062:22:31:42:32:22:31:42:33 chr2 168099738 . T C 322.14 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0390038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7413;QD=28.0124;RBI=0.0630224;REFB=-0.0266254;REVB=0.0495028;RO=18;SAF=19;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536084;STB=0.529595;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0139588;OID=.;OPOS=168099738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:9:19:11:7:9:19:11:7 chr2 168100443 . C A 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0121551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.555;QD=23.2362;RBI=0.0122839;REFB=-0.0205259;REVB=0.00177424;RO=13;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863657;STB=0.548334;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0152287;OID=.;OPOS=168100443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:9:9:8:5:9:9:8:5 chr2 168101142 . T G 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0158841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.423;QD=11.6171;RBI=0.0222953;REFB=-0.0177198;REVB=-0.0156453;RO=33;SAF=10;SAR=9;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189966;STB=0.597488;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0196878;OID=.;OPOS=168101142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:34:19:19:0.358491:9:10:23:10:9:10:23:11 chr2 168108357 . A G 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.075046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9454;QD=19.7018;RBI=0.0769608;REFB=0.000980306;REVB=-0.0170607;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181454;STB=0.602717;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00280651;OID=.;OPOS=168108357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:10:7:10:6:10:7:10:6 chr2 168115325 . A G 379.34 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00895579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.904;QD=19.207;RBI=0.0141926;REFB=-0.0130505;REVB=0.0110101;RO=40;SAF=13;SAR=26;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664335;STB=0.537018;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0125709;OID=.;OPOS=168115325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:26:13:16:24:26:13:16:24 chr2 168726659 . A C 594.46 PASS AF=0.422819;AO=61;DP=148;FAO=63;FDP=149;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.015207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.663;QD=15.9585;RBI=0.0160373;REFB=-0.0140534;REVB=0.00509315;RO=86;SAF=28;SAR=33;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00639487;STB=0.502785;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0146579;OID=.;OPOS=168726659;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:86:86:61:63:0.422819:33:28:40:46:34:29:40:46 chr2 169629494 . G A 703.44 PASS AF=0.514925;AO=69;DP=134;FAO=69;FDP=134;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.0411776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.699;QD=20.9982;RBI=0.0414711;REFB=-0.000160975;REVB=-0.00492537;RO=65;SAF=31;SAR=38;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119036;STB=0.565433;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000154071;OID=.;OPOS=169629494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:65:65:69:69:0.514925:38:31:38:27:38:31:38:27 chr2 169630275 . C T 140.14 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.00165687;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.376;QD=10.3804;RBI=0.0196534;REFB=-0.00122885;REVB=-0.0195835;RO=36;SAF=10;SAR=8;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197767;STB=0.615266;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00341111;OID=.;OPOS=169630275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:8:10:26:10:8:10:26:10 chr2 169668122 . G A 505.51 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00642882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.536;QD=17.7372;RBI=0.0122087;REFB=-0.00828355;REVB=0.010379;RO=58;SAF=25;SAR=29;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507382;STB=0.519537;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00696292;OID=.;OPOS=169668122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:60:54:54:0.473684:29:25:30:28:29:25:30:30 chr2 169707428 . C T 1193.66 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0224172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8006;QD=59.683;RBI=0.0402721;REFB=-0.0457977;REVB=-0.0334561;RO=1;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111386;STB=0.505881;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00232963;OID=.;OPOS=169707428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:42:37:0:1:42:37:0:1 chr2 169721377 . G A 1159.69 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00294722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5281;QD=60.2434;RBI=0.0454718;REFB=0;REVB=0.0453762;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486137;OID=.;OPOS=169721377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr2 169764176 . G C 1545.68 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.225;QD=63.7395;RBI=0.0208721;REFB=0;REVB=-0.0166772;RO=0;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09591e-05;OID=.;OPOS=169764176;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:43:54:0:0:43:54:0:0 chr2 169788952 . G A 196.97 PASS AF=0.263636;AO=29;DP=111;FAO=29;FDP=110;FR=.;FRO=81;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=-0.0113197;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1936;QD=7.1627;RBI=0.013634;REFB=-0.0083168;REVB=-0.00759941;RO=81;SAF=8;SAR=21;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398393;STB=0.738271;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.020348;OID=.;OPOS=169788952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:81:81:29:29:0.263636:21:8:49:32:21:8:49:32 chr2 169789016 . T C 1246.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00651862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.992;QD=61.5354;RBI=0.0359796;REFB=0;REVB=0.0353842;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109318;OID=.;OPOS=169789016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr2 169826877 . C T 133.06 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00136828;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3702;QD=14.0061;RBI=0.0161009;REFB=0.014737;REVB=0.0160427;RO=23;SAF=12;SAR=3;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202117;STB=0.619542;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0198198;OID=.;OPOS=169826877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:3:12:15:8:3:12:15:8 chr2 169830328 . A G 682.95 PASS AF=0.590909;AO=65;DP=110;FAO=65;FDP=110;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0149656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6838;QD=24.8344;RBI=0.0197833;REFB=-0.018596;REVB=-0.0129387;RO=45;SAF=23;SAR=42;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072573;STB=0.539575;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0128031;OID=.;OPOS=169830328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:45:45:65:65:0.590909:42:23:20:25:42:23:20:25 chr2 169847412 . A G 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0504987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.882;QD=22.3967;RBI=0.0507528;REFB=-0.0224372;REVB=0.00507213;RO=23;SAF=15;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142568;STB=0.579768;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0268521;OID=.;OPOS=169847412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:10:15:10:13:10:15:10:13 chr2 169870855 . A G 429.2 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00576594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.535;QD=25.2471;RBI=0.00828348;REFB=-0.0102386;REVB=0.00594726;RO=27;SAF=20;SAR=21;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031496;STB=0.517233;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00669842;OID=.;OPOS=169870855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:27:41:41:0.602941:21:20:12:15:21:20:12:15 chr2 169938087 . GA G 94.95 PASS AF=0.475;AO=16;DP=41;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0320293;FXX=0.0697512;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.7474;QD=9.49522;RBI=0.090878;REFB=0.00255176;REVB=0.0850466;RO=21;SAF=3;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0.34507;SSSB=-0.29884;STB=0.53842;STBP=0.664;TYPE=del;VARB=0.0268222;OID=.;OPOS=169938088;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.475:16:41:19:40:21:6:13:8:13:94:21:3:13:9:12 chr2 169952166 . T C 569.41 PASS AF=0.417808;AO=61;DP=147;FAO=61;FDP=146;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=0.0067467;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.121;QD=15.6001;RBI=0.012569;REFB=-0.00974909;REVB=-0.0106048;RO=84;SAF=38;SAR=23;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15429;STB=0.590194;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0121157;OID=.;OPOS=169952166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:84:85:61:61:0.417808:23:38:40:44:23:38:40:45 chr2 169952233 . T C 425.45 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.000589444;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.695;QD=21.01;RBI=0.00301839;REFB=-0.00378456;REVB=0.00296028;RO=39;SAF=18;SAR=24;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739091;STB=0.540906;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00295244;OID=.;OPOS=169952233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:39:39:42:42:0.518519:24:18:20:19:24:18:20:19 chr2 169985288 . G A 517.34 PASS AF=0.380368;AO=60;DP=161;FAO=62;FDP=163;FR=.;FRO=101;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=64;FSRR=37;FWDB=0.0530978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5179;QD=12.6955;RBI=0.0712271;REFB=-0.0105298;REVB=0.0474755;RO=98;SAF=34;SAR=26;SRF=64;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980059;STB=0.544053;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0119454;OID=.;OPOS=169985288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:98:101:60:62:0.380368:26:34:64:34:27:35:64:37 chr2 170053505 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.874;QD=60.6102;RBI=0.00724368;REFB=0;REVB=0.00272465;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82494e-05;OID=.;OPOS=170053505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr2 170070172 . C T 429.1 PASS AF=0.545455;AO=41;DP=76;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0193375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.621;QD=22.291;RBI=0.0576261;REFB=-0.015714;REVB=0.0542847;RO=35;SAF=23;SAR=18;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393208;STB=0.515239;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0127681;OID=.;OPOS=170070172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:35:35:41:42:0.545455:18:23:18:17:19:23:18:17 chr2 170088351 . G A 462.88 PASS AF=0.72;AO=36;DP=50;FAO=36;FDP=50;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0246559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.912;QD=37.0304;RBI=0.0279959;REFB=-0.049722;REVB=0.0132611;RO=14;SAF=17;SAR=19;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143644;STB=0.507791;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00905893;OID=.;OPOS=170088351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:14:14:36:36:0.72:19:17:7:7:19:17:7:7 chr2 170092395 . A G 408.8 PASS AF=0.376923;AO=48;DP=130;FAO=49;FDP=130;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.0345976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5622;QD=12.5785;RBI=0.0663882;REFB=-0.0238458;REVB=0.0566604;RO=79;SAF=24;SAR=24;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346254;STB=0.525562;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0673924;OID=.;OPOS=170092395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:79:81:48:49:0.376923:24:24:42:37:25:24:43:38 chr2 170099473 . T C 289.48 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00696224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.832;QD=18.9824;RBI=0.0249823;REFB=-0.00758362;REVB=0.0239925;RO=30;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044706;STB=0.524904;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00784987;OID=.;OPOS=170099473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:16:15:13:17:16:15:13:17 chr2 170101420 . C T 140.71 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0452284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.055;QD=13.089;RBI=0.0456974;REFB=0.00024468;REVB=-0.00653002;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595853;STB=0.53484;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00120706;OID=.;OPOS=170101420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:8:8:15:12:8:8:15:12 chr2 170103336 . T C 559.47 PASS AF=0.391566;AO=65;DP=168;FAO=65;FDP=166;FR=.;FRO=101;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=59;FSRR=42;FWDB=-0.0152804;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.379;QD=13.4812;RBI=0.0152806;REFB=-0.00393259;REVB=7.81004e-05;RO=102;SAF=36;SAR=29;SRF=59;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270056;STB=0.518729;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00675971;OID=.;OPOS=170103336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:166:102:101:65:65:0.391566:29:36:59:43:29:36:59:42 chr2 170103351 . G T 517.71 PASS AF=0.375758;AO=63;DP=165;FAO=62;FDP=165;FR=.;FRO=103;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=60;FSRR=43;FWDB=-0.0286043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1996;QD=12.5506;RBI=0.0526415;REFB=0.00125093;REVB=0.0441919;RO=102;SAF=40;SAR=23;SRF=59;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651035;STB=0.530602;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.00218116;OID=.;OPOS=170103351;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:102:103:63:62:0.375758:23:40:59:43:23:39:60:43 chr2 170115588 . T C 587.95 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=104;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0135185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.074;QD=22.6135;RBI=0.0150978;REFB=-0.00534554;REVB=-0.00672256;RO=46;SAF=30;SAR=28;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136464;STB=0.574611;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00511378;OID=.;OPOS=170115588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:46:46:58:58:0.557692:28:30:16:30:28:30:16:30 chr2 170129528 . G A 1339.65 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00898982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1746;QD=62.3092;RBI=0.0389039;REFB=0;REVB=-0.0378509;RO=0;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00034153;OID=.;OPOS=170129528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:36:50:0:0:36:50:0:0 chr2 170175334 . T C 549.26 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00376828;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.381;QD=23.1266;RBI=0.015112;REFB=0.00215215;REVB=-0.0146347;RO=44;SAF=25;SAR=26;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273756;STB=0.515058;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00207573;OID=.;OPOS=170175334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:44:44:51:51:0.536842:26:25:23:21:26:25:23:21 chr2 170177382 . G A 308.15 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0645146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.772;QD=20.8916;RBI=0.0646549;REFB=-0.0177069;REVB=0.00425669;RO=27;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411193;STB=0.522785;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00799431;OID=.;OPOS=170177382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:17:15:14:13:17:15:14:13 chr2 170218847 . C G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.745;QD=55.6561;RBI=0.0217815;REFB=0;REVB=-0.00126078;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99647e-05;OID=.;OPOS=170218847;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr2 170403030 . T C 461.19 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0258122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.331;QD=18.8241;RBI=0.0285631;REFB=-0.00873009;REVB=0.0122303;RO=52;SAF=25;SAR=21;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114304;STB=0.563633;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00834646;OID=.;OPOS=170403030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:21:25:22:30:21:25:22:30 chr2 170411693 . T C 770.54 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0225491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.541;QD=55.0388;RBI=0.0229216;REFB=-0.0412796;REVB=-0.00411555;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165384;STB=0.508769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000196334;OID=.;OPOS=170411693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:27:28:1:0:27:28:1:0 chr2 170411698 . C G 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00185941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.902;QD=12.5625;RBI=0.0277166;REFB=-0.00777681;REVB=0.0276542;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187789;STB=0.616009;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0221825;OID=.;OPOS=170411698;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:22:22:0.385965:13:9:20:14:13:9:21:14 chr2 170417031 . T C 403.67 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.00606197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.786;QD=14.9506;RBI=0.00655421;REFB=-0.00735799;REVB=0.00249201;RO=62;SAF=26;SAR=20;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329623;STB=0.518511;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00967676;OID=.;OPOS=170417031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:62:46:46:0.425926:20:26:37:25:20:26:37:25 chr2 170493103 . T A 184.39 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0181902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.006;QD=10.1033;RBI=0.0191658;REFB=-0.0088535;REVB=-0.00603698;RO=49;SAF=8;SAR=16;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116644;STB=0.568569;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0153761;OID=.;OPOS=170493103;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:49:24:24:0.328767:16:8:21:28:16:8:21:28 chr2 170510651 . C T 505.45 PASS AF=0.545455;AO=46;DP=86;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00161418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.016;QD=22.9751;RBI=0.0104765;REFB=-0.0112393;REVB=0.0103514;RO=40;SAF=26;SAR=20;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974809;STB=0.551261;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00868185;OID=.;OPOS=170510651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:40:40:46:48:0.545455:20:26:18:22:21:27:18:22 chr2 170550839 . A G 361.11 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00407374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.191;QD=15.2045;RBI=0.00989759;REFB=-0.00796784;REVB=-0.00902036;RO=56;SAF=16;SAR=23;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574386;STB=0.532508;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0109123;OID=.;OPOS=170550839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:23:16:26:30:23:16:26:30 chr2 170605981 . C T 1343.65 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0412128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9058;QD=61.075;RBI=0.0437194;REFB=0.0274104;REVB=-0.0145907;RO=1;SAF=43;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108921;STB=0.505746;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.000848476;OID=.;OPOS=170605981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:44:43:1:0:44:43:1:0 chr2 170672022 . G A 378.49 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0394664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9989;QD=16.4561;RBI=0.0453426;REFB=-0.013182;REVB=-0.0223239;RO=52;SAF=19;SAR=21;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637208;STB=0.535813;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0193789;OID=.;OPOS=170672022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:21:19:28:24:21:19:28:24 chr2 170672843 . G A 411.04 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9195;QD=56.6955;RBI=0.122856;REFB=0;REVB=0.0201842;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002307;OID=.;OPOS=170672843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:9:18:0:0:10:19:0:0 chr2 170762566 . A T 476.68 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0587969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6676;QD=17.988;RBI=0.0587973;REFB=-0.00532821;REVB=-0.000215196;RO=55;SAF=22;SAR=29;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106869;STB=0.559324;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00582215;OID=.;OPOS=170762566;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:51:51:0.481132:29:22:30:25:29:22:30:25 chr2 170885930 . C A 165.83 PASS AF=0.277108;AO=23;DP=83;FAO=23;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0813184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.549;QD=7.9917;RBI=0.0833144;REFB=-0.00638171;REVB=-0.0181275;RO=60;SAF=14;SAR=9;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928658;STB=0.555745;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0224802;OID=.;OPOS=170885930;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:60:60:23:23:0.277108:9:14:32:28:9:14:32:28 chr2 170917648 . A G 237.49 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0256033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6593;QD=18.6267;RBI=0.0285928;REFB=-0.00549726;REVB=0.0127288;RO=21;SAF=7;SAR=18;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219464;STB=0.642737;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00813721;OID=.;OPOS=170917648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:26:25:25:0.490196:18:7:11:10:18:7:14:12 chr2 170938659 . G A 238.38 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0198612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.051;QD=21.1895;RBI=0.0199101;REFB=0.000450642;REVB=-0.00139464;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424814;STB=0.511618;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.00105928;OID=.;OPOS=170938659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:11:12:12:9:11:12:12:10 chr2 170976590 . A G 512.1 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0450202;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.57;QD=56.8997;RBI=0.045413;REFB=-0.133657;REVB=0.00595947;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510632;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00109612;OID=.;OPOS=170976590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:36:0:1:35:35:0.972222:23:12:0:0:23:12:0:1 chr2 171070912 . T C 749.25 PASS AF=0.521127;AO=72;DP=141;FAO=74;FDP=142;FR=.;FRO=68;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.0135272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.675;QD=21.1056;RBI=0.0135299;REFB=-0.0276189;REVB=0.000274115;RO=65;SAF=39;SAR=33;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646054;STB=0.530219;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.018615;OID=.;OPOS=171070912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:65:68:72:74:0.521127:33:39:40:25:34:40:41:27 chr2 171073887 . G A 557.08 PASS AF=0.538462;AO=55;DP=104;FAO=56;FDP=104;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0421161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.949;QD=21.4262;RBI=0.0421161;REFB=-0.00644785;REVB=5.53362e-05;RO=47;SAF=24;SAR=31;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080497;STB=0.542921;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00609401;OID=.;OPOS=171073887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:47:48:55:56:0.538462:31:24:25:22:32:24:25:23 chr2 171260787 . G A 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00662443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5912;QD=16.2724;RBI=0.00783976;REFB=-0.016815;REVB=-0.0041927;RO=38;SAF=16;SAR=16;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025408;STB=0.521114;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0209439;OID=.;OPOS=171260787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:39:32:32:0.450704:16:16:20:18:16:16:21:18 chr2 171260820 . T C 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00305481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3568;QD=12.9222;RBI=0.0414175;REFB=0.0240699;REVB=0.0413047;RO=34;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029352;STB=0.516877;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.0349614;OID=.;OPOS=171260820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:9:13:21:13:9:13:21:13 chr2 171355198 . A G 603.82 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0568081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.709;QD=58.9088;RBI=0.0568344;REFB=-0.113315;REVB=0.0017301;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516121;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00101019;OID=.;OPOS=171355198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:41:41:0:1:40:40:0.97561:25:15:0:0:25:15:1:0 chr2 171356274 . G A 1565.22 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6521;QD=59.6274;RBI=0.00700013;REFB=0;REVB=0.000697084;RO=0;SAF=61;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35445e-05;OID=.;OPOS=171356274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:43:61:0:0:43:62:0:0 chr2 171570151 . C T 220.43 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0258707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0806;QD=18.3688;RBI=0.0351861;REFB=-0.00749893;REVB=-0.0238489;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150844;STB=0.5764;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0110472;OID=.;OPOS=171570151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:14:8:13:12:14:8:13:13 chr2 171570488 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.695;QD=33.4285;RBI=0.0382155;REFB=0;REVB=0.0142181;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640779;OID=.;OPOS=171570488;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr2 171572940 . G A 88.04 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0198151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.246;QD=14.0861;RBI=0.0222764;REFB=-0.0368218;REVB=-0.0101785;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0067129;STB=0.50393;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0478668;OID=.;OPOS=171572940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:9:5:4:7:9:5 chr2 171649402 . C T 666.09 PASS AF=0.602041;AO=57;DP=96;FAO=59;FDP=98;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0149032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.495;QD=27.1872;RBI=0.0217872;REFB=-0.017628;REVB=-0.0158927;RO=39;SAF=31;SAR=26;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137072;STB=0.579319;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00838269;OID=.;OPOS=171649402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:39:39:57:59:0.602041:26:31:14:25:26:33:14:25 chr2 171655305 . C T 197.07 PASS AF=0.263636;AO=29;DP=110;FAO=29;FDP=110;FR=.;FRO=81;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.0255516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.3;QD=7.16613;RBI=0.0261477;REFB=-0.00554323;REVB=0.00555129;RO=80;SAF=8;SAR=21;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34163;STB=0.709222;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0294763;OID=.;OPOS=171655305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:80:81:29:29:0.263636:21:8:44:36:21:8:45:36 chr2 171822465 . C CT 258.18 PASS AF=1;AO=4;DP=29;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0691614;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=187.04;QD=41.3091;RBI=0.0691898;REFB=0;REVB=-0.00198055;RO=25;SAF=0;SAR=4;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535532;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000518974;OID=.;OPOS=171822466;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:29:25:25:0:5:20:0:0:4:25:0:4:5:20 chr2 171822466 . C T 312.42 PASS AF=0.862069;AO=25;DP=29;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0297222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.957;QD=43.0923;RBI=0.041594;REFB=-0.144278;REVB=0.0290972;RO=4;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842652;STB=0.54542;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00229972;OID=.;OPOS=171822466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:29:29:4:4:25:25:0.862069:20:5:0:4:20:5:0:4 chr2 171822522 . T C,TC 68.37 PASS AF=0.137931,0.241379;AO=4,4;DP=30;FAO=4,7;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=0,1;FSAR=4,6;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0112364,0.0141304;FXX=0.0333222;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=95.8087,91.902;QD=9.42969;RBI=0.0179327,0.0528099;REFB=-0.00207662,-0.00139433;REVB=0.0139759,-0.0508843;RO=21;SAF=0,1;SAR=4,3;SRF=14;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.70447,-0.449397;STB=0.998183,0.89904;STBP=0.005,0.046;TYPE=snp,ins;VARB=0.117635,0.0631435;OID=.,.;OPOS=171822522,171822523;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:22:30:29:21:18:4,4:4,7:0.137931,0.241379:4,3:0,1:14:7:4,6:0,1:14:4 chr2 171854288 . C A 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0313101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9404;QD=7.25966;RBI=0.0620648;REFB=-0.00922881;REVB=-0.0535884;RO=29;SAF=8;SAR=2;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716505;STB=0.545359;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0198966;OID=.;OPOS=171854288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:2:8:22:7:2:8:22:7 chr2 171910337 . T C 62.27 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=64;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.0221417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6709;QD=3.89194;RBI=0.0396586;REFB=0.00111731;REVB=0.0329022;RO=53;SAF=9;SAR=2;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.554775;STB=0.859884;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00550941;OID=.;OPOS=171910337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:64:64:53:53:11:11:0.171875:2:9:18:35:2:9:18:35 chr2 171916495 . C A 216.85 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0508952;FXX=0.0454442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6246;QD=20.652;RBI=0.0527613;REFB=-0.0354681;REVB=-0.0139079;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703917;STB=0.54925;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0348227;OID=.;OPOS=171916495;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:20:21:21:21:0.5:9:12:13:7:9:12:14:7 chr2 172174150 . AA GC 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117922;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=201.967;QD=56.7066;RBI=0.023087;REFB=0;REVB=0.0198482;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000158845;OID=.;OPOS=172174150;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr2 172180771 . A G 2046.49 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.205;QD=62.4882;RBI=0.0142324;REFB=0;REVB=0.00892626;RO=0;SAF=67;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17669e-05;OID=.;OPOS=172180771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:63:67:0:0:63:68:0:0 chr2 172180809 . C T 222.05 PASS AF=0.24812;AO=33;DP=133;FAO=33;FDP=133;FR=.;FRO=100;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=-0.0283582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.899;QD=6.67804;RBI=0.0326479;REFB=-0.00394017;REVB=-0.0161771;RO=99;SAF=12;SAR=21;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166265;STB=0.597143;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0112302;OID=.;OPOS=172180809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:99:100:33:33:0.24812:21:12:49:50:21:12:49:51 chr2 172291616 . C T 278.28 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0151826;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.083;QD=13.4109;RBI=0.0216711;REFB=-0.00151191;REVB=-0.0154636;RO=53;SAF=13;SAR=19;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133605;STB=0.587869;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00220679;OID=.;OPOS=172291616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:53:51:32:32:0.385542:19:13:28:25:19:13:28:23 chr2 172329458 . G T 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00946179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.751;QD=18.5413;RBI=0.05035;REFB=-0.0238462;REVB=-0.049453;RO=34;SAF=19;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053125;STB=0.522772;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.020308;OID=.;OPOS=172329458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:35:34:34:0.492754:15:19:17:17:15:19:18:17 chr2 172330393 . A G 401.43 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0178312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6711;QD=18.8908;RBI=0.0179084;REFB=0.00995744;REVB=-0.00166167;RO=44;SAF=27;SAR=14;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195706;STB=0.609209;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0117203;OID=.;OPOS=172330393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:14:27:20:24:14:27:20:24 chr2 172378818 . A G 150.04 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=-0.0453438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.215;QD=19.3601;RBI=0.0679361;REFB=0.00570724;REVB=-0.0505891;RO=13;SAF=13;SAR=3;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304034;STB=0.682765;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.0082127;OID=.;OPOS=172378818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:15:16:16:0.516129:3:13:13:0:3:13:15:0 chr2 172379781 . G A 213.88 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0154117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.232;QD=16.1422;RBI=0.016749;REFB=-0.0188165;REVB=0.00655821;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909835;STB=0.532257;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0226309;OID=.;OPOS=172379781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:29:24:24:0.45283:13:11:15:12:13:11:15:14 chr2 172411273 . G A 212.27 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00867991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.155;QD=27.3902;RBI=0.0196704;REFB=0.010469;REVB=-0.0176517;RO=11;SAF=7;SAR=13;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554345;STB=0.530656;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.0285257;OID=.;OPOS=172411273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:13:7:3:8:13:7:3:8 chr2 172693780 . G A 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0442964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9415;QD=18.6732;RBI=0.0442978;REFB=-0.00252246;REVB=0.00035102;RO=36;SAF=17;SAR=18;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382355;STB=0.521307;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00241729;OID=.;OPOS=172693780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:18:17:19:17:18:17:19:17 chr2 172709215 . G A,C 385.14 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=2,26;DP=28;FAO=2,26;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2,13;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0776503,0.0499768;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.2597,143.217;QD=55.0196;RBI=0.0781706,0.0502658;REFB=0,0;REVB=0.00900415,0.00538265;RO=0;SAF=2,13;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0732957,0.001458;OID=.,.;OPOS=172709215,172709215;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:28:28:0:0:2,26:2,26:0.0714286,0.928571:0,13:2,13:0:0:0,13:2,13:0:0 chr2 172725301 . A G 1767.52 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00436873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.315;QD=60.9491;RBI=0.00626166;REFB=0;REVB=-0.00448581;RO=0;SAF=41;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66439e-07;OID=.;OPOS=172725301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:75:41:0:0:75:41:0:0 chr2 172964638 . C A 206.57 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.472;QD=48.6054;RBI=0.0193288;REFB=0;REVB=0.0148187;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76422e-06;OID=.;OPOS=172964638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:11:5:0:0:12:5:0:0 chr2 173352103 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00253422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.176;QD=58.5878;RBI=0.0133666;REFB=0;REVB=0.0131242;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12408e-05;OID=.;OPOS=173352103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr2 173686663 . G T 1268.1 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000518214;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.11;QD=61.8583;RBI=0.0227487;REFB=0;REVB=0.0227428;RO=0;SAF=59;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10543e-05;OID=.;OPOS=173686663;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:23:59:0:0:23:59:0:0 chr2 173917425 . G A 1283.42 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.159;QD=61.8515;RBI=0.0251752;REFB=0;REVB=-0.0193508;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.7291e-06;OID=.;OPOS=173917425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:38:45:0:0:38:45:0:0 chr2 173955826 . G A 199.85 PASS AF=0.22963;AO=30;DP=135;FAO=31;FDP=135;FR=.;FRO=104;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=59;FWDB=0.0193172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.86;QD=5.92137;RBI=0.0222995;REFB=0.00275668;REVB=0.0111407;RO=104;SAF=8;SAR=22;SRF=45;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229557;STB=0.65003;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00666011;OID=.;OPOS=173955826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:104:104:30:31:0.22963:22:8:45:59:23:8:45:59 chr2 174068513 . G C 970.97 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00963115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4517;QD=58.8465;RBI=0.00988233;REFB=0;REVB=0.00221393;RO=0;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03318e-05;OID=.;OPOS=174068513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:23:43:0:0:23:43:0:0 chr2 174081922 . C T 113.62 PASS AF=0.186275;AO=19;DP=102;FAO=19;FDP=102;FR=.;FRO=83;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=59;FWDB=-0.0031174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.675;QD=4.45549;RBI=0.0276652;REFB=-0.00653125;REVB=-0.027489;RO=83;SAF=17;SAR=2;SRF=24;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.688942;STB=0.926346;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.01953;OID=.;OPOS=174081922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:83:83:19:19:0.186275:2:17:24:59:2:17:24:59 chr2 174091088 . T C 527.28 PASS AF=0.623377;AO=48;DP=77;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0226363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4847;QD=27.3911;RBI=0.0348484;REFB=-0.0286017;REVB=0.0264955;RO=29;SAF=18;SAR=30;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747419;STB=0.54062;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0103847;OID=.;OPOS=174091088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:29:29:48:48:0.623377:30:18:8:21:30:18:8:21 chr2 174091200 . A G 615.65 PASS AF=0.43871;AO=68;DP=155;FAO=68;FDP=155;FR=.;FRO=87;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=-0.00946738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0837;QD=15.8878;RBI=0.0305816;REFB=0.028269;REVB=-0.0290792;RO=86;SAF=31;SAR=37;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025971;STB=0.510823;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.0467979;OID=.;OPOS=174091200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:86:87:68:68:0.43871:37:31:37:49:37:31:38:49 chr2 174097106 . A G 293.6 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00539631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.13;QD=19.905;RBI=0.011123;REFB=-0.0104767;REVB=-0.00972634;RO=27;SAF=11;SAR=20;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14259;STB=0.572035;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0123215;OID=.;OPOS=174097106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:28:31:31:0.525424:20:11:14:13:20:11:14:14 chr2 174103160 . T C 512.42 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0294426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6428;QD=18.6335;RBI=0.0324419;REFB=0.00228258;REVB=-0.0136237;RO=55;SAF=15;SAR=39;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294005;STB=0.668029;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00381681;OID=.;OPOS=174103160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:56:54:54:0.490909:39:15:32:23:39:15:33:23 chr2 174231085 . C T 170.88 PASS AF=0.252632;AO=24;DP=96;FAO=24;FDP=95;FR=.;FRO=71;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.00189112;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2729;QD=7.19491;RBI=0.00616738;REFB=0.00166806;REVB=0.00587029;RO=70;SAF=8;SAR=16;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210022;STB=0.63298;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00221785;OID=.;OPOS=174231085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:70:71:24:24:0.252632:16:8:35:35:16:8:36:35 chr2 174232845 . T C 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7185;QD=59.1426;RBI=0.0361757;REFB=0;REVB=-0.0112209;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172968;OID=.;OPOS=174232845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr2 175201299 . C G 465.5 PASS AF=0.428571;AO=49;DP=121;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.00602624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.569;QD=14.7778;RBI=0.0135031;REFB=-0.0183279;REVB=0.0120838;RO=70;SAF=22;SAR=27;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00860184;STB=0.518821;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0273378;OID=.;OPOS=175201299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:126:70:72:49:54:0.428571:27:22:32:38:31:23:33:39 chr2 175346610 . C T 207.02 PASS AF=0.296703;AO=27;DP=91;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0160213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0946;QD=9.09977;RBI=0.0687437;REFB=-0.0216386;REVB=-0.0668507;RO=64;SAF=13;SAR=14;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00344393;STB=0.502036;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0404325;OID=.;OPOS=175346610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:64:64:27:27:0.296703:14:13:31:33:14:13:31:33 chr2 175424779 . T G 576.71 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00413218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.849;QD=52.4286;RBI=0.00537422;REFB=0.00610951;REVB=0.00343618;RO=4;SAF=12;SAR=28;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039735;STB=0.521266;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.000822527;OID=.;OPOS=175424779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:44:44:4:4:40:40:0.909091:28:12:2:2:28:12:2:2 chr2 175425476 . G A 852.26 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.583;QD=57.7802;RBI=0.0351405;REFB=0;REVB=0.0267138;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97457e-05;OID=.;OPOS=175425476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:33:23:0:0:36:23:0:0 chr2 175426274 . C G 1216.42 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00467548;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.739;QD=61.5907;RBI=0.0316782;REFB=0;REVB=0.0313313;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127211;OID=.;OPOS=175426274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:41:37:0:0:42:37:0:0 chr2 175436940 . G A 706.2 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0186716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.487;QD=58.8498;RBI=0.0825698;REFB=-0.0755627;REVB=0.080431;RO=2;SAF=29;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010919;STB=0.505811;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00129846;OID=.;OPOS=175436940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:48:48:2:2:46:46:0.958333:17:29:1:1:17:29:1:1 chr2 176794704 . C T 34.67 PASS AF=0.0840336;AO=10;DP=119;FAO=10;FDP=119;FR=.;FRO=109;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=65;FSRR=44;FWDB=-0.0172149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.621;QD=1.16531;RBI=0.020372;REFB=-0.00262765;REVB=-0.0108933;RO=109;SAF=5;SAR=5;SRF=65;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110092;STB=0.588065;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0235915;OID=.;OPOS=176794704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:119:119:109:109:10:10:0.0840336:5:5:65:44:5:5:65:44 chr2 176866967 . C T 254.32 PASS AF=0.657143;AO=22;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0186509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3798;QD=29.0653;RBI=0.0430636;REFB=-0.0369164;REVB=0.0388152;RO=12;SAF=6;SAR=16;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166582;STB=0.574518;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0242102;OID=.;OPOS=176866967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:22:23:0.657143:16:6:6:6:16:7:6:6 chr2 176984194 . A T 435.13 PASS AF=0.507692;AO=19;DP=46;FAO=33;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=0.00449309;FXX=0.0441112;HRUN=5;LEN=1;MLLD=111.175;QD=26.7769;RBI=0.0470795;REFB=-0.0119276;REVB=-0.0468646;RO=15;SAF=5;SAR=14;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.50255;STB=0.742701;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0285819;OID=.;OPOS=176984194;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:65:15:15:19:33:0.507692:14:5:14:1:26:7:14:1 chr2 177015087 . C T 320.51 PASS AF=0.254054;AO=47;DP=185;FAO=47;FDP=185;FR=.;FRO=138;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=56;FSRR=82;FWDB=-0.0256408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.222;QD=6.92999;RBI=0.0262748;REFB=-0.00917465;REVB=-0.00573714;RO=138;SAF=18;SAR=29;SRF=56;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298182;STB=0.51785;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.021624;OID=.;OPOS=177015087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:138:138:47:47:0.254054:29:18:56:82:29:18:56:82 chr2 177036754 . T C 57.64 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0702995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0562;QD=15.3707;RBI=0.0773846;REFB=-0.0100191;REVB=-0.0323474;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439386;STB=0.666221;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00168634;OID=.;OPOS=177036754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:7:7:7:8:0.533333:6:1:4:3:6:2:4:3 chr2 177193087 . G A 4170.25 PASS AF=1;AO=266;DP=267;FAO=266;FDP=266;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0496056;FXX=0.00374518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.805;QD=62.7105;RBI=0.0496978;REFB=0;REVB=0.00302431;RO=0;SAF=123;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.69691e-05;OID=.;OPOS=177193087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:267:266:0:0:266:266:1:143:123:0:0:143:123:0:0 chr2 178003532 . T A,TA 54.26 PASS AF=0,0.458333;AO=4,5;DP=29;FAO=0,11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=0,7;FSAR=0,4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0466176,-0.0943639;FXX=0.039984;HRUN=4,6;LEN=1,1;MLLD=21.5427,12.1262;QD=9.04264;RBI=0.0548434,0.213269;REFB=-0.011376,0.00364525;REVB=0.0288895,0.191257;RO=17;SAF=2,4;SAR=2,1;SRF=12;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.241343,0.14443;STB=0.5,0.512173;STBP=1,0.925;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0109351;OID=.,.;OPOS=178003532,178003533;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:55:29:24:17:13:4,5:0,11:0,0.458333:2,1:2,4:12:5:0,4:0,7:8:5 chr2 178085137 . G A 249.5 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00639421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.328;QD=14.2573;RBI=0.00913704;REFB=0.0041609;REVB=0.00652684;RO=40;SAF=12;SAR=17;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890256;STB=0.543969;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0102642;OID=.;OPOS=178085137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:41:29:29:0.414286:17:12:20:20:17:12:20:21 chr2 178417142 . C T 1524.79 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253218;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7453;QD=58.6458;RBI=0.0348976;REFB=-0.0152274;REVB=0.0240136;RO=1;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102034;STB=0.505375;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000553451;OID=.;OPOS=178417142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:104:1:1:103:103:0.990385:46:57:0:1:46:57:0:1 chr2 178417225 . C T 995.95 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498364;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.296;QD=59.4594;RBI=0.0558086;REFB=0;REVB=0.0251184;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245185;OID=.;OPOS=178417225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr2 178481818 . G T 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00753968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.147;QD=63.7517;RBI=0.0116391;REFB=0;REVB=0.0088669;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31013e-06;OID=.;OPOS=178481818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:52:44:0:0:52:44:0:0 chr2 178482094 . C T 304.38 PASS AF=1;AO=21;DP=26;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000332725;FXX=0.153787;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.503;QD=55.3416;RBI=0.00824722;REFB=0;REVB=0.00824051;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3428e-05;OID=.;OPOS=178482094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:26:22:0:0:21:22:1:8:13:0:0:9:13:0:0 chr2 178482596 . T G 453.96 PASS AF=0.432203;AO=38;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=21;FWDB=0.00522238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.207;QD=15.3886;RBI=0.0193224;REFB=-0.0277291;REVB=0.0186033;RO=67;SAF=20;SAR=18;SRF=46;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181994;STB=0.600763;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0365592;OID=.;OPOS=178482596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:67:67:38:51:0.432203:18:20:46:21:25:26:46:21 chr2 178483621 . G A 794.6 PASS AF=0.516779;AO=76;DP=149;FAO=77;FDP=149;FR=.;FRO=72;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.094791;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.275;QD=21.3315;RBI=0.129106;REFB=0.0063681;REVB=0.0876525;RO=70;SAF=44;SAR=32;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321297;STB=0.521395;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00517921;OID=.;OPOS=178483621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:70:72:76:77:0.516779:32:44:38:32:33:44:38:34 chr2 178491217 . G A 1514.75 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477903;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.777;QD=63.7789;RBI=0.0053454;REFB=0;REVB=-0.00239461;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300697;OID=.;OPOS=178491217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:52:43:0:0:52:43:0:0 chr2 178493301 . G T 273.32 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0103077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.512;QD=31.2365;RBI=0.0139501;REFB=-0.0246359;REVB=-0.0093998;RO=11;SAF=15;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152559;STB=0.583871;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0103678;OID=.;OPOS=178493301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:11:11:24:24:0.685714:9:15:4:7:9:15:4:7 chr2 178494173 . G GGGA 942.84 PASS AF=0.494681;AO=92;DP=194;FAO=93;FDP=188;FR=.;FRO=95;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=56;FSRR=39;FWDB=0.00720844;FXX=0.0259054;HRUN=4;LEN=3;MLLD=294.339;QD=20.0604;RBI=0.0151804;REFB=-0.0133768;REVB=-0.0133598;RO=100;SAF=37;SAR=55;SRF=57;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158978;STB=0.597021;STBP=0.016;TYPE=ins;VARB=0.0125259;OID=.;OPOS=178494174;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.494681:92:194:93:188:95:37:56:56:39:99:100:37:55:57:43 chr2 178562138 . A T 522.31 PASS AF=0.524752;AO=52;DP=101;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0379278;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9196;QD=20.6856;RBI=0.0425357;REFB=-0.0102327;REVB=0.0192552;RO=47;SAF=16;SAR=36;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053275;STB=0.539899;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00813962;OID=.;OPOS=178562138;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:47:48:52:53:0.524752:36:16:17:30:37:16:18:30 chr2 178682603 . T C 316.61 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00513977;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.45;QD=15.0765;RBI=0.00581557;REFB=-0.00195513;REVB=-0.00272095;RO=49;SAF=11;SAR=24;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17125;STB=0.597307;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00294881;OID=.;OPOS=178682603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:24:11:23:26:24:11:23:26 chr2 178682655 . A G 287.61 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0137608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.314;QD=15.9781;RBI=0.0146021;REFB=-0.00177624;REVB=0.00488502;RO=40;SAF=12;SAR=20;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10191;STB=0.557517;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00232451;OID=.;OPOS=178682655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:20:12:19:21:20:12:19:21 chr2 178936373 . T G 810.67 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.766;QD=56.8889;RBI=0.0196995;REFB=0;REVB=0.0189604;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47431e-05;OID=.;OPOS=178936373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:57:0:0:55:57:1:29:26:0:0:30:27:0:0 chr2 178936614 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00791778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.712;QD=58.5877;RBI=0.0425733;REFB=0;REVB=0.0418306;RO=0;SAF=26;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170144;OID=.;OPOS=178936614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:7:26:0:0:7:26:0:0 chr2 179203797 . G A 358.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.11;QD=55.0926;RBI=0.0459549;REFB=0;REVB=-0.00094968;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000642994;OID=.;OPOS=179203797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr2 179319254 . G A 335.6 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00884688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.81;QD=16.9924;RBI=0.0177152;REFB=-0.00775689;REVB=-0.015348;RO=41;SAF=17;SAR=19;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10234;STB=0.542145;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00795939;OID=.;OPOS=179319254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:41:43:36:36:0.455696:19:17:15:26:19:17:17:26 chr2 179358665 . A G 1507.42 PASS AF=0.990291;AO=100;DP=101;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0177319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0025;QD=58.5405;RBI=0.0355967;REFB=-0.0637378;REVB=0.0308659;RO=1;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903581;STB=0.504586;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000868284;OID=.;OPOS=179358665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:103:1:1:100:102:0.990291:52:48:0:1:54:48:0:1 chr2 179367086 . A G 690.36 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5127;QD=61.3653;RBI=0.0767681;REFB=0;REVB=0.0619358;RO=1;SAF=41;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133247;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000660191;OID=.;OPOS=179367086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:1:0:44:45:1:3:41:0:1:4:41:0:0 chr2 179395958 . T C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0095227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.224;QD=60.2044;RBI=0.0224987;REFB=0;REVB=0.020384;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67415e-05;OID=.;OPOS=179395958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr2 179396354 . G A 989.81 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6878;QD=59.093;RBI=0.0414484;REFB=0;REVB=-0.0228632;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000581222;OID=.;OPOS=179396354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr2 179397561 . C T 2636.68 PASS AF=1;AO=169;DP=171;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203494;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.537;QD=62.0396;RBI=0.020372;REFB=0;REVB=0.000959923;RO=0;SAF=90;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115789;OID=.;OPOS=179397561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:170:0:0:169:170:1:79:90:0:0:79:91:0:0 chr2 179398823 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.171;QD=49.5992;RBI=0.0390689;REFB=0;REVB=-0.0342551;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000695278;OID=.;OPOS=179398823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr2 179406191 . C T 2322.53 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270695;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.334;QD=61.1193;RBI=0.0289574;REFB=0;REVB=0.0102845;RO=0;SAF=87;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146171;OID=.;OPOS=179406191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:65:87:0:0:65:87:0:0 chr2 179412572 . G A 289.28 PASS AF=0.343434;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.00834709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0024;QD=11.6881;RBI=0.00885411;REFB=-0.0327665;REVB=-0.00295319;RO=63;SAF=19;SAR=15;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881882;STB=0.548418;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.061454;OID=.;OPOS=179412572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:63:65:34:34:0.343434:15:19:40:23:15:19:41:24 chr2 179413110 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00963382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.077;QD=63.8717;RBI=0.00963382;REFB=0;REVB=3.96138e-06;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.8872e-05;OID=.;OPOS=179413110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr2 179421694 . A G 1167.03 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0650365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0113;QD=59.0901;RBI=0.0656258;REFB=-0.116198;REVB=0.00877484;RO=1;SAF=36;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129652;STB=0.506665;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00164616;OID=.;OPOS=179421694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:78:79:1:1:77:78:0.987342:41:36:1:0:41:37:1:0 chr2 179427186 . A G 2335.08 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190325;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9503;QD=63.9747;RBI=0.0237519;REFB=0;REVB=0.0142097;RO=0;SAF=75;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11846e-05;OID=.;OPOS=179427186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:146:0:0:146:146:1:71:75:0:0:71:75:0:0 chr2 179427536 . T C 1785.47 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150227;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.587;QD=60.0156;RBI=0.061044;REFB=-0.126663;REVB=0.0591667;RO=1;SAF=71;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999792;STB=0.505262;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000194158;OID=.;OPOS=179427536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:119:1:1:118:118:0.991597:47:71:0:1:47:71:0:1 chr2 179430997 . G A 1634.1 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.771;QD=59.9668;RBI=0.0181599;REFB=0;REVB=-0.000843048;RO=0;SAF=61;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69105e-05;OID=.;OPOS=179430997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:47:61:0:0:48:61:0:0 chr2 179436020 . G A 859.29 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.82;QD=57.2861;RBI=0.0234152;REFB=0;REVB=0.0181666;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025576;OID=.;OPOS=179436020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:35:23:0:0:36:24:0:0 chr2 179438951 . G A 243.26 PASS AF=0.261194;AO=35;DP=134;FAO=35;FDP=134;FR=.;FRO=99;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=-0.0244216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6079;QD=7.26145;RBI=0.0456948;REFB=-0.00345203;REVB=-0.0386212;RO=99;SAF=17;SAR=18;SRF=48;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00106939;STB=0.50064;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00836105;OID=.;OPOS=179438951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:99:99:35:35:0.261194:18:17:48:51:18:17:48:51 chr2 179444768 . C G 2426.2 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170092;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.366;QD=61.4228;RBI=0.0198178;REFB=0;REVB=0.0101701;RO=0;SAF=89;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47519e-05;OID=.;OPOS=179444768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:69:89:0:0:69:89:0:0 chr2 179444939 . C T 340.63 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8185;QD=54.5005;RBI=0.0232405;REFB=0;REVB=-0.0151156;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84078e-05;OID=.;OPOS=179444939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr2 179447848 . T C 1625.24 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437414;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.626;QD=60.1941;RBI=0.0449583;REFB=0;REVB=0.0103897;RO=0;SAF=45;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30448e-05;OID=.;OPOS=179447848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:62:45:0:0:62:46:0:0 chr2 179449688 . G C 37.51 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=33;FWDB=0.162889;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=29.9091;QD=3.26163;RBI=0.176582;REFB=-0.0297465;REVB=0.0681789;RO=31;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.574431;STB=0.885376;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.162041;OID=.;OPOS=179449688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:31:38:6:6:0.130435:2:4:5:26:2:4:5:33 chr2 179451302 . C T 142.91 PASS AF=0.247059;AO=21;DP=85;FAO=21;FDP=85;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0156639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.694;QD=6.72512;RBI=0.0491576;REFB=-0.00313645;REVB=-0.0465952;RO=64;SAF=5;SAR=16;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420978;STB=0.757363;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0206742;OID=.;OPOS=179451302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:64:64:21:21:0.247059:16:5:37:27:16:5:37:27 chr2 179451420 . G A 2004.64 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000537699;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1206;QD=62.1595;RBI=0.0449718;REFB=0;REVB=-0.0449686;RO=0;SAF=64;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193704;OID=.;OPOS=179451420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:129:129:1:65:64:0:0:65:64:0:0 chr2 179454394 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.809;QD=58.2394;RBI=0.0321206;REFB=0;REVB=0.0228347;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95284e-05;OID=.;OPOS=179454394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:22:40:0:0:22:40:0:0 chr2 179455207 . T C 2547.71 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4557;QD=61.7628;RBI=0.0633913;REFB=0;REVB=0.060707;RO=0;SAF=97;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139613;OID=.;OPOS=179455207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:165:165:1:68:97:0:0:68:97:0:0 chr2 179457147 . G A 689.44 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.079;QD=62.6762;RBI=0.00884832;REFB=0;REVB=0.00858695;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28044e-05;OID=.;OPOS=179457147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:15:28:0:0:16:28:0:0 chr2 179458591 . C T 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00264443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.078;QD=55.094;RBI=0.00944725;REFB=0;REVB=0.00906959;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25072e-05;OID=.;OPOS=179458591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr2 179464527 . T C 2146.47 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00151737;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.988;QD=62.2165;RBI=0.0198216;REFB=-0.113663;REVB=0.0197634;RO=1;SAF=67;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674335;STB=0.503546;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00215305;OID=.;OPOS=179464527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:138:1:1:137:137:0.992754:70:67:0:1:70:67:0:1 chr2 179465598 . G A 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.00195661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.311;QD=14.6502;RBI=0.00480546;REFB=-0.0283685;REVB=0.00438909;RO=31;SAF=8;SAR=15;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382348;STB=0.716311;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0354474;OID=.;OPOS=179465598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:15:8:23:8:15:8:23:8 chr2 179469890 . G A 44.82 PASS AF=0.0848485;AO=14;DP=165;FAO=14;FDP=165;FR=.;FRO=151;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=61;FSRR=90;FWDB=-0.0260084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9051;QD=1.08654;RBI=0.0260593;REFB=-0.00044703;REVB=0.00162811;RO=148;SAF=6;SAR=8;SRF=60;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275241;STB=0.523099;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0070781;OID=.;OPOS=179469890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:165:165:148:151:14:14:0.0848485:8:6:60:88:8:6:61:90 chr2 179473085 . GT G 179.7 PASS AF=0.288889;AO=58;DP=181;FAO=52;FDP=180;FR=.;FRO=128;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=71;FSRR=57;FWDB=0.0947314;FXX=0.00552456;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.82;QD=3.99337;RBI=0.190415;REFB=0.0126661;REVB=-0.165178;RO=114;SAF=36;SAR=22;SRF=65;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607483;STB=0.589673;STBP=0.128;TYPE=del;VARB=-0.0211905;OID=.;OPOS=179473086;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.288889:58:181:52:180:128:35:17:71:57:99:114:36:22:65:49 chr2 179536770 . CTTTTTC CTTTTC,CTTTTCT 225.34 PASS AF=0.346535,0.019802;AO=38,4;DP=103;FAO=35,2;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=14,0;FSAR=21,2;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0814035,0.00186602;FXX=0.0194156;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=16.9271,189.195;QD=8.92446;RBI=0.127528,0.0142745;REFB=-0.0244199,-0.00209307;REVB=-0.0981671,-0.014152;RO=56;SAF=13,0;SAR=25,4;SRF=28;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.172393,-0.515149;STB=0.535249,0.99445;STBP=0.607,0.179;TYPE=del,mnp;VARB=0.0335689,0.109487;OID=.,.;OPOS=179536771,179536775;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=CTTTTC,CTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346535,0.019802:38,4:103:35,2:101:64:14,0:21,2:29:35:99:56:13,0:25,4:28:28 chr2 179543217 . C T 2172.05 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0711912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.938;QD=62.5049;RBI=0.0724772;REFB=0;REVB=-0.0135928;RO=0;SAF=75;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.38759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299409;OID=.;OPOS=179543217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:139:139:0:0:139:139:1:64:75:0:0:64:75:0:0 chr2 179558366 . T C 1117.58 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000634351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.382;QD=60.4097;RBI=0.0104629;REFB=0;REVB=0.0104436;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12922e-05;OID=.;OPOS=179558366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:39:34:0:0:39:35:0:0 chr2 179558419 . TA T 81.92 PASS AF=0.448718;AO=37;DP=80;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0646095;FXX=0.0249969;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.78313;QD=4.20084;RBI=0.071166;REFB=-0.0725168;REVB=0.0298364;RO=36;SAF=23;SAR=14;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321583;STB=0.63302;STBP=0.045;TYPE=del;VARB=0.0482108;OID=.;OPOS=179558420;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448718:37:80:35:78:43:20:15:14:29:81:36:23:14:9:27 chr2 179569400 . C T 601.04 PASS AF=0.476923;AO=62;DP=130;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0615097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.532;QD=18.4934;RBI=0.0615098;REFB=0.00102566;REVB=9.91762e-05;RO=64;SAF=25;SAR=37;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177306;STB=0.528293;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00149572;OID=.;OPOS=179569400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:64:68:62:62:0.476923:37:25:27:37:37:25:31:37 chr2 179569436 . A G 618.15 PASS AF=0.583333;AO=55;DP=95;FAO=56;FDP=96;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00704799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6504;QD=25.7561;RBI=0.0277329;REFB=-0.000816858;REVB=0.0268224;RO=40;SAF=18;SAR=37;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102922;STB=0.549781;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0031077;OID=.;OPOS=179569436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:40:40:55:56:0.583333:37:18:18:22:37:19:18:22 chr2 179574384 . C T 682.75 PASS AF=0.41989;AO=71;DP=175;FAO=76;FDP=181;FR=.;FRO=105;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=59;FSRR=46;FWDB=0.0269071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4542;QD=15.0885;RBI=0.0644418;REFB=0.0191456;REVB=0.0585555;RO=104;SAF=36;SAR=35;SRF=59;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063873;STB=0.535902;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.0244817;OID=.;OPOS=179574384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:181:104:105:71:76:0.41989:35:36:59:45:38:38:59:46 chr2 179577623 . T G 176.97 PASS AF=0.289157;AO=24;DP=83;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00289976;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.9277;QD=8.5288;RBI=0.0183078;REFB=0.00241727;REVB=0.0180767;RO=59;SAF=16;SAR=8;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175625;STB=0.604952;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00455577;OID=.;OPOS=179577623;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:59:59:24:24:0.289157:8:16:31:28:8:16:31:28 chr2 179578730 . G A 2814.61 PASS AF=0.994475;AO=180;DP=182;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0165743;FXX=0.0054942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.766;QD=62.2013;RBI=0.027754;REFB=-0.0625756;REVB=0.0222616;RO=1;SAF=98;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00577057;STB=0.50303;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00039465;OID=.;OPOS=179578730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:182:181:1:1:180:180:0.994475:82:98:0:1:82:98:0:1 chr2 179579093 . T C 212.23 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.00915366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.451;QD=12.3029;RBI=0.010067;REFB=-0.00519879;REVB=-0.00418977;RO=43;SAF=16;SAR=10;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689375;STB=0.539539;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00894649;OID=.;OPOS=179579093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:10:16:29:14:10:16:29:14 chr2 179579212 . T C 2072.52 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00621798;FXX=0.0147048;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.411;QD=61.8663;RBI=0.0261093;REFB=0.0528589;REVB=0.0253581;RO=1;SAF=58;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812469;STB=0.504273;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.000141358;OID=.;OPOS=179579212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:133:133:0.992537:75:58:1:0:75:58:1:0 chr2 179579822 . T A 2292.94 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2848;QD=63.6927;RBI=0.0587195;REFB=0;REVB=0.0553751;RO=0;SAF=79;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10363e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360838;OID=.;OPOS=179579822;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:65:79:0:0:65:79:0:0 chr2 179580434 . A G 556.57 PASS AF=0.453846;AO=59;DP=130;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=0.00293955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.942;QD=17.1253;RBI=0.00639071;REFB=-0.00945249;REVB=-0.00567452;RO=71;SAF=22;SAR=37;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228227;STB=0.627076;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0125671;OID=.;OPOS=179580434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:71:71:59:59:0.453846:37:22:43:28:37:22:43:28 chr2 179581835 . C A 497.86 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0319198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.642;QD=21.1856;RBI=0.0319265;REFB=-0.0143788;REVB=0.00065481;RO=46;SAF=28;SAR=20;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634964;STB=0.535041;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0113982;OID=.;OPOS=179581835;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:46:48:48:0.510638:20:28:30:16:20:28:30:16 chr2 179582327 . C T 379.79 PASS AF=0.493671;AO=38;DP=78;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.000348512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.621;QD=19.2299;RBI=0.0138632;REFB=-0.0157142;REVB=0.0138588;RO=40;SAF=22;SAR=16;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164087;STB=0.582645;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0147231;OID=.;OPOS=179582327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:40:40:38:39:0.493671:16:22:16:24:17:22:16:24 chr2 179582537 . G T 1080.51 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.494;QD=60.0285;RBI=0.0442566;REFB=0;REVB=-0.0368034;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.92594e-05;OID=.;OPOS=179582537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:44:28:0:0:44:28:0:0 chr2 179582782 . G A 208.9 PASS AF=0.275229;AO=30;DP=110;FAO=30;FDP=109;FR=.;FRO=79;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=0.000306188;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.258;QD=7.66603;RBI=0.0111537;REFB=-0.00161622;REVB=-0.0111495;RO=78;SAF=17;SAR=13;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189357;STB=0.516418;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00410775;OID=.;OPOS=179582782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:78:79:30:30:0.275229:13:17:43:35:13:17:43:36 chr2 179583496 . T G 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00719576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.751;QD=18.6205;RBI=0.00719865;REFB=-0.0120685;REVB=-0.000203803;RO=39;SAF=21;SAR=16;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190273;STB=0.605855;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0140278;OID=.;OPOS=179583496;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:16:21:14:25:16:21:14:25 chr2 179585266 . C T 1120.46 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00728735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5982;QD=58.9716;RBI=0.0091684;REFB=0.029512;REVB=0.00556364;RO=1;SAF=45;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103994;STB=0.505493;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-1.28179e-05;OID=.;OPOS=179585266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:30:45:1:0:30:45:1:0 chr2 179585393 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00124766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.912;QD=59.0187;RBI=0.0384172;REFB=0;REVB=0.0383969;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42287e-05;OID=.;OPOS=179585393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr2 179587130 . C G 475.22 PASS AF=0.476636;AO=50;DP=106;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.052696;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.835;QD=17.7652;RBI=0.0534014;REFB=-0.00279489;REVB=-0.00865079;RO=56;SAF=35;SAR=15;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204544;STB=0.607917;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0042492;OID=.;OPOS=179587130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:56:56:50:51:0.476636:15:35:28:28:15:36:29:27 chr2 179593462 . C T 1236.95 PASS AF=0.488;AO=122;DP=250;FAO=122;FDP=250;FR=.;FRO=128;FSAF=51;FSAR=71;FSRF=69;FSRR=59;FWDB=0.00164608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.98;QD=19.7912;RBI=0.00830486;REFB=-0.0102717;REVB=-0.00814009;RO=128;SAF=51;SAR=71;SRF=69;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113373;STB=0.562366;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0164564;OID=.;OPOS=179593462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:128:128:122:122:0.488:71:51:69:59:71:51:69:59 chr2 179600563 . G A 2147.99 PASS AF=0.985714;AO=138;DP=140;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00128351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.141;QD=61.3712;RBI=0.00362603;REFB=-0.0297013;REVB=-0.00339127;RO=2;SAF=70;SAR=68;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133883;STB=0.507041;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000633283;OID=.;OPOS=179600563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:140:2:2:138:138:0.985714:68:70:2:0:68:70:2:0 chr2 179600648 . C T 718.48 PASS AF=0.450292;AO=76;DP=172;FAO=77;FDP=171;FR=.;FRO=94;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=0.0131057;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0934;QD=16.8066;RBI=0.0153976;REFB=-0.0137939;REVB=0.00808253;RO=94;SAF=32;SAR=44;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110778;STB=0.557032;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.014456;OID=.;OPOS=179600648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:94:94:76:77:0.450292:44:32:50:44:44:33:50:44 chr2 179604160 . T G 463.08 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.0257044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.596;QD=17.4748;RBI=0.0337971;REFB=-0.010791;REVB=0.0219437;RO=55;SAF=23;SAR=27;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165134;STB=0.586483;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0148663;OID=.;OPOS=179604160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:56:50:50:0.471698:27:23:35:20:27:23:35:21 chr2 179604742 . G A 544.73 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=0.0145943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.904;QD=18.6233;RBI=0.0211171;REFB=-0.0178889;REVB=0.0152624;RO=60;SAF=25;SAR=32;SRF=42;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238709;STB=0.631659;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.016088;OID=.;OPOS=179604742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:60:57:57:0.487179:32:25:42:18:32:25:42:18 chr2 179605180 . C A,T 919.52 PASS AF=0.538462,0.461538;AO=35,30;DP=65;FAO=35,30;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=17,10;FSAR=18,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223201,0.0127697;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.1179,80.1272;QD=56.5858;RBI=0.025441,0.0138147;REFB=0,0;REVB=0.0122089,-0.00527071;RO=0;SAF=17,10;SAR=18,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.11116e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0175728,-0.0122007;OID=.,.;OPOS=179605180,179605180;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:65:65:0:0:35,30:35,30:0.538462,0.461538:18,20:17,10:0:0:18,20:17,10:0:0 chr2 179605705 . A G 245.13 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=-0.00667097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.533;QD=15.5635;RBI=0.031005;REFB=-0.00999361;REVB=0.0302788;RO=34;SAF=16;SAR=12;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19954;STB=0.617148;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0215128;OID=.;OPOS=179605705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:35:28:28:0.444444:12:16:26:8:12:16:27:8 chr2 179606538 . G A 412.54 PASS AF=0.362963;AO=49;DP=135;FAO=49;FDP=135;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=-0.0105736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=346.477;QD=12.2234;RBI=0.0107308;REFB=0.000372316;REVB=0.0018302;RO=86;SAF=23;SAR=26;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968184;STB=0.555126;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.000640227;OID=.;OPOS=179606538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:86:86:49:49:0.362963:26:23:33:53:26:23:33:53 chr2 179611711 . C A 183.28 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0167464;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.53;QD=14.375;RBI=0.0199715;REFB=-0.0220209;REVB=-0.0108821;RO=30;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0257108;OID=.;OPOS=179611711;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:30:30:21:21:0.411765:14:7:10:20:14:7:10:20 chr2 179614952 . A G 1611.9 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0094482;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.333;QD=60.2579;RBI=0.0273256;REFB=0;REVB=0.0256402;RO=0;SAF=46;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24393e-05;OID=.;OPOS=179614952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:107:0:0:107:107:1:61:46:0:0:61:46:0:0 chr2 179615887 . T C 99.71 PASS AF=0.393939;AO=11;DP=31;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0102591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2117;QD=12.0857;RBI=0.0507013;REFB=-0.0356763;REVB=0.0496525;RO=18;SAF=9;SAR=2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278876;STB=0.591565;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0475637;OID=.;OPOS=179615887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:18:20:11:13:0.393939:2:9:11:7:3:10:13:7 chr2 179615931 . C G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.202;QD=64.4151;RBI=0.0142416;REFB=0;REVB=0.0137871;RO=0;SAF=36;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8018e-05;OID=.;OPOS=179615931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:14:36:0:0:14:36:0:0 chr2 179615993 . AT AC,GC 1199.34 PASS AF=0.939759,0.0361446;AO=78,3;DP=83;FAO=78,3;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=44,3;FSAR=34,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00893239,0.00125749;FXX=0.0119033;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=145.784,115.194;QD=57.7997;RBI=0.00935279,0.0156613;REFB=-0.101038,-0.00553814;REVB=0.00277257,0.0156107;RO=1;SAF=44,3;SAR=34,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.010637,0;STB=0.511108,0.5;STBP=0.261,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000313785,-0.0352783;OID=.,.;OPOS=179615994,179615993;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:83:83:1:2:78,3:78,3:0.939759,0.0361446:34,0:44,3:1:0:34,0:44,3:2:0 chr2 179620951 . C T 368.41 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00895359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.597;QD=17.1355;RBI=0.0110872;REFB=-0.00902913;REVB=-0.00653905;RO=47;SAF=18;SAR=21;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686209;STB=0.538442;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.012596;OID=.;OPOS=179620951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:21:18:25:22:21:18:25:22 chr2 179621477 . C T 2240.54 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.557;QD=62.6724;RBI=0.0224991;REFB=-0.0781837;REVB=0.0134406;RO=1;SAF=78;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605755;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336305;OID=.;OPOS=179621477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:143:143:1:0:142:143:1:64:78:1:0:64:79:0:0 chr2 179623758 . C T 743.89 PASS AF=0.407035;AO=81;DP=198;FAO=81;FDP=199;FR=.;FRO=118;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=63;FSRR=55;FWDB=0.00559756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.961;QD=14.9526;RBI=0.0063361;REFB=-0.0110965;REVB=-0.00296875;RO=116;SAF=36;SAR=45;SRF=61;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856906;STB=0.55306;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0208949;OID=.;OPOS=179623758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:116:118:81:81:0.407035:45:36:61:55:45:36:63:55 chr2 179629363 . T A,C 765.78 PASS AF=0.0181818,0.981818;AO=2,53;DP=55;FAO=1,54;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404304,-0.00218174;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=10.4511,130.498;QD=55.6928;RBI=0.0445967,0.00580713;REFB=0,0;REVB=0.0188214,0.00538171;RO=0;SAF=2,27;SAR=0,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0320011,0.00165669;OID=.,.;OPOS=179629363,179629363;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:55:55:0:0:2,53:1,54:0.0181818,0.981818:0,26:2,27:0:0:0,26:1,28:0:0 chr2 179629461 . C T 258.64 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0187395;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.47;QD=22.9905;RBI=0.0187573;REFB=0.00732537;REVB=-0.00081757;RO=21;SAF=7;SAR=17;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355673;STB=0.698898;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00266648;OID=.;OPOS=179629461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:21:21:24:24:0.533333:17:7:15:6:17:7:15:6 chr2 179631214 . T C 469.88 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=119;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.000173402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.724;QD=15.7943;RBI=0.00496469;REFB=-0.0187451;REVB=0.00496167;RO=67;SAF=25;SAR=27;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568208;STB=0.531793;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0224512;OID=.;OPOS=179631214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:67:67:52:52:0.436975:27:25:36:31:27:25:36:31 chr2 179634936 . C T 651.17 PASS AF=0.511811;AO=65;DP=126;FAO=65;FDP=127;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0260133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.69;QD=20.5094;RBI=0.0321178;REFB=-0.0151381;REVB=-0.0188378;RO=60;SAF=32;SAR=33;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00671439;STB=0.503755;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.014046;OID=.;OPOS=179634936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:60:62:65:65:0.511811:33:32:30:30:33:32:31:31 chr2 179637861 . C G 260.64 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0106637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8367;QD=14.4798;RBI=0.0162273;REFB=0.0232238;REVB=-0.0122316;RO=41;SAF=10;SAR=20;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282592;STB=0.666556;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0237775;OID=.;OPOS=179637861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:41:42:30:30:0.416667:20:10:25:16:20:10:26:16 chr2 179641975 . C T 466.05 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=115;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0460947;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6375;QD=16.4974;RBI=0.0629861;REFB=0.00173516;REVB=-0.0429247;RO=64;SAF=23;SAR=28;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644843;STB=0.527002;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.00367401;OID=.;OPOS=179641975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:64:62:51:51:0.451327:28:23:33:31:28:23:31:31 chr2 179644035 . G A 1799.98 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.681;QD=61.0161;RBI=0.0391187;REFB=0;REVB=0.0321423;RO=0;SAF=47;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3323e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108131;OID=.;OPOS=179644035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:118:0:0:114:118:1:67:47:0:0:71:47:0:0 chr2 179644160 . T C 400.19 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.104608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0828;QD=21.3432;RBI=0.105017;REFB=-0.0185291;REVB=0.0092528;RO=35;SAF=21;SAR=19;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00906425;STB=0.505008;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0179243;OID=.;OPOS=179644160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:19:21:18:17:19:21:18:17 chr2 179647546 . A G 632.86 PASS AF=0.529412;AO=63;DP=119;FAO=63;FDP=119;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=0.00530445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.691;QD=21.2726;RBI=0.0352825;REFB=-0.000699818;REVB=-0.0348815;RO=56;SAF=28;SAR=35;SRF=39;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213425;STB=0.616907;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.000553834;OID=.;OPOS=179647546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:56:56:63:63:0.529412:35:28:39:17:35:28:39:17 chr2 179648448 . G A 182.7 PASS AF=0.196319;AO=32;DP=162;FAO=32;FDP=163;FR=.;FRO=131;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=72;FSRR=59;FWDB=-0.00756662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.618;QD=4.4834;RBI=0.0084225;REFB=-0.00329767;REVB=-0.0036993;RO=130;SAF=20;SAR=12;SRF=71;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103648;STB=0.562559;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0150268;OID=.;OPOS=179648448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:130:131:32:32:0.196319:12:20:71:59:12:20:72:59 chr2 179650703 . C A 214.9 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.010016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.693;QD=10.7451;RBI=0.0415657;REFB=-0.00854607;REVB=-0.0403409;RO=52;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213023;STB=0.628324;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0190012;OID=.;OPOS=179650703;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:52:53:27:27:0.3375:12:15:19:33:12:15:19:34 chr2 179659681 . C T 422.34 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0129289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.411;QD=20.8563;RBI=0.0324625;REFB=-0.0329416;REVB=-0.0297768;RO=38;SAF=25;SAR=17;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833333;STB=0.552874;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0356175;OID=.;OPOS=179659681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:39:42:42:0.518519:17:25:19:19:17:25:19:20 chr2 179659862 . AG A 142.4 PASS AF=0.392857;AO=32;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.0181793;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.5882;QD=6.78072;RBI=0.0250536;REFB=0.00680639;REVB=0.0172394;RO=49;SAF=19;SAR=13;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432365;STB=0.544884;STBP=0.541;TYPE=del;VARB=-0.00320592;OID=.;OPOS=179659863;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:32:84:33:84:51:19:14:33:18:99:49:19:13:31:18 chr2 179659912 . G A 1587.76 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.885;QD=64.1518;RBI=0.0522259;REFB=0;REVB=0.0405357;RO=0;SAF=55;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166919;OID=.;OPOS=179659912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:44:55:0:0:44:55:0:0 chr2 179702268 . A G 1208.09 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00436233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.775;QD=61.1693;RBI=0.00654832;REFB=0;REVB=0.00488371;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63422e-06;OID=.;OPOS=179702268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:36:41:0:0:36:43:0:0 chr2 179839833 . A G 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.07;QD=57.5442;RBI=0.0562302;REFB=0;REVB=0.0445667;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344262;OID=.;OPOS=179839833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr2 179914640 . G A 482.87 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.04468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2871;QD=18.572;RBI=0.0449642;REFB=-0.00998791;REVB=0.0050478;RO=53;SAF=26;SAR=25;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343994;STB=0.519056;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0103482;OID=.;OPOS=179914640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:53:51:51:0.490385:25:26:29:24:25:26:29:24 chr2 180047908 . T C 725.7 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160002;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.9982;QD=56.9174;RBI=0.0469043;REFB=0;REVB=-0.0440909;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.46078e-05;OID=.;OPOS=180047908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr2 180308028 . C T 246.88 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0338518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.5601;QD=17.9546;RBI=0.0541224;REFB=-0.0175165;REVB=-0.042229;RO=27;SAF=6;SAR=21;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274252;STB=0.64866;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0176447;OID=.;OPOS=180308028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:27:28:27:27:0.490909:21:6:13:14:21:6:13:15 chr2 180810180 . C T 275.36 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0162955;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.742;QD=12.8073;RBI=0.0226434;REFB=-0.0149136;REVB=-0.0157219;RO=54;SAF=15;SAR=17;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267663;STB=0.52707;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0237278;OID=.;OPOS=180810180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:54:54:32:32:0.372093:17:15:24:30:17:15:23:31 chr2 180810202 . C T 564.0 PASS AF=0.6;AO=51;DP=86;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.03036;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.32;QD=26.5412;RBI=0.0316494;REFB=-0.0165809;REVB=-0.00894171;RO=35;SAF=20;SAR=31;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282502;STB=0.508193;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00788519;OID=.;OPOS=180810202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:35:34:51:51:0.6:31:20:15:20:31:20:14:20 chr2 180810264 . A T 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.803;QD=57.7113;RBI=0.0357465;REFB=0;REVB=-0.0283539;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50512e-05;OID=.;OPOS=180810264;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr2 180835792 . T A 483.42 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0377864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.038;QD=20.7921;RBI=0.0378509;REFB=-0.00285963;REVB=-0.00220852;RO=46;SAF=19;SAR=28;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479487;STB=0.526552;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00289826;OID=.;OPOS=180835792;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:28:19:21:25:28:19:21:25 chr2 182347072 . T C 238.28 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00991209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.291;QD=16.1546;RBI=0.0229696;REFB=0.0119379;REVB=0.0207209;RO=31;SAF=12;SAR=15;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158744;STB=0.596944;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.0138359;OID=.;OPOS=182347072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:32:27:27:0.457627:15:12:19:12:15:12:20:12 chr2 182374534 . A G 323.98 PASS AF=0.4;AO=35;DP=89;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.000956526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.694;QD=14.3993;RBI=0.000979839;REFB=-0.00125109;REVB=0.000212466;RO=54;SAF=19;SAR=16;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457933;STB=0.53348;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00375894;OID=.;OPOS=182374534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:54:54:35:36:0.4:16:19:27:27:16:20:27:27 chr2 182374660 . A T 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0272471;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.018;QD=10.8239;RBI=0.0298081;REFB=-0.0041366;REVB=-0.012088;RO=22;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887244;STB=0.571306;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00596097;OID=.;OPOS=182374660;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:8:4:9:13:8:4:10:13 chr2 182395345 . G A 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.09;QD=62.3147;RBI=0.0156031;REFB=0;REVB=-0.00935917;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02784e-05;OID=.;OPOS=182395345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:45:41:0:0:45:41:0:0 chr2 182399097 . T C 228.9 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0257776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.723;QD=16.063;RBI=0.0259032;REFB=-0.00469433;REVB=-0.00254814;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00367081;STB=0.502073;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0074274;OID=.;OPOS=182399097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:15:11:13:18:15:11:13:18 chr2 182399638 . A G 2871.0 PASS AF=0.994565;AO=183;DP=186;FAO=183;FDP=184;FR=.;FRO=1;FSAF=100;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0234404;FXX=0.0160419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6029;QD=62.4129;RBI=0.0348075;REFB=-0.0718831;REVB=0.0257315;RO=0;SAF=100;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502994;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000236902;OID=.;OPOS=182399638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:186:184:0:1:183:183:0.994565:83:100:0:0:83:100:0:1 chr2 182400905 . T G 2092.37 PASS AF=0.985401;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0619055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.274;QD=61.0911;RBI=0.0623643;REFB=-0.00615064;REVB=0.00755079;RO=1;SAF=61;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772922;STB=0.500709;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000121051;OID=.;OPOS=182400905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:137:137:1:2:135:135:0.985401:74:61:1:0:74:61:1:1 chr2 182401116 . C T 250.37 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0208019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.59;QD=20.0299;RBI=0.0244555;REFB=-0.0197042;REVB=-0.012859;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283733;STB=0.658965;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0330868;OID=.;OPOS=182401116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:14:10:19:7:14:10:19:7 chr2 182403851 . G A 1768.04 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.402;QD=60.9668;RBI=0.0330363;REFB=0;REVB=0.0186404;RO=0;SAF=61;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.24796e-06;OID=.;OPOS=182403851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:54:61:0:0:55:61:0:0 chr2 182413259 . A G 369.22 PASS AF=0.506667;AO=36;DP=74;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00716105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.424;QD=19.6915;RBI=0.0219179;REFB=-0.00531543;REVB=0.0207151;RO=37;SAF=17;SAR=19;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375807;STB=0.519653;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00621194;OID=.;OPOS=182413259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:37:37:36:38:0.506667:19:17:19:18:20:18:19:18 chr2 182414358 . T C 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00356569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8106;QD=21.4065;RBI=0.0445167;REFB=-0.00646966;REVB=0.0443736;RO=26;SAF=20;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251018;STB=0.51388;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00333379;OID=.;OPOS=182414358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:12:20:17:9:12:20:17:9 chr2 182468803 . T G 157.47 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0259543;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.508;QD=15.747;RBI=0.0434305;REFB=-0.0262712;REVB=0.0348222;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113674;STB=0.565144;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0510576;OID=.;OPOS=182468803;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:10:7:7:16:10:7:7:16 chr2 182521578 . G A 205.3 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00601695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9773;QD=14.664;RBI=0.00623215;REFB=-0.0153085;REVB=0.0016236;RO=27;SAF=8;SAR=16;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181278;STB=0.582208;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0103816;OID=.;OPOS=182521578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:32:24:24:0.428571:16:8:14:13:16:8:15:17 chr2 182542837 . C A 201.98 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00286436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.651;QD=12.0587;RBI=0.00464491;REFB=-0.0157351;REVB=-0.00365658;RO=42;SAF=17;SAR=8;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253377;STB=0.646506;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0259538;OID=.;OPOS=182542837;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:8:17:19:23:8:17:19:23 chr2 182543455 . T C 202.05 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-2.10578e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.891;QD=12.0624;RBI=0.0290495;REFB=-0.0287202;REVB=-0.0290495;RO=40;SAF=17;SAR=8;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252351;STB=0.632645;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0243807;OID=.;OPOS=182543455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:40:42:25:25:0.373134:8:17:18:22:8:17:20:22 chr2 182763586 . G A 633.1 PASS AF=0.537815;AO=61;DP=119;FAO=64;FDP=119;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00732251;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.421;QD=21.2807;RBI=0.0130348;REFB=-0.00827549;REVB=-0.0107837;RO=51;SAF=35;SAR=26;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374102;STB=0.517555;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00697284;OID=.;OPOS=182763586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:51:55:61:64:0.537815:26:35:27:24:29:35:28:27 chr2 182780307 . G A 179.85 PASS AF=0.255102;AO=25;DP=98;FAO=25;FDP=98;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.0183923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.4;QD=7.34085;RBI=0.0220579;REFB=0.00403194;REVB=-0.0121769;RO=72;SAF=13;SAR=12;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756381;STB=0.54031;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.00990339;OID=.;OPOS=182780307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:72:73:25:25:0.255102:12:13:33:39:12:13:34:39 chr2 182792984 . T A 160.27 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.00671819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8651;QD=10.3397;RBI=0.097565;REFB=-0.00945816;REVB=-0.0973334;RO=41;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192705;STB=0.611553;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0159865;OID=.;OPOS=182792984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:12:9:11:30:12:9:11:30 chr2 182925120 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.877;QD=56.7059;RBI=0.0194409;REFB=0;REVB=0.0157921;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157323;OID=.;OPOS=182925120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr2 182981968 . A G 595.8 PASS AF=0.555556;AO=54;DP=98;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0476269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0886;QD=24.0728;RBI=0.0479683;REFB=-0.0478658;REVB=-0.00571252;RO=44;SAF=41;SAR=13;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265676;STB=0.636006;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0431283;OID=.;OPOS=182981968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:44:44:54:55:0.555556:13:41:21:23:14:41:21:23 chr2 183007500 . T TG 334.28 PASS AF=1;AO=14;DP=67;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127618;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=6.84261;QD=22.2855;RBI=0.0422222;REFB=0;REVB=0.0402474;RO=53;SAF=2;SAR=12;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493961;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00308725;OID=.;OPOS=183007501;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:67:60:60:0:28:32:0:0:9:53:2:12:27:26 chr2 183007502 . A G 636.22 PASS AF=0.878788;AO=49;DP=66;FAO=58;FDP=66;FR=.;FRO=8;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00726267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=36.95;QD=38.5588;RBI=0.0784994;REFB=-0.155299;REVB=0.0781627;RO=16;SAF=26;SAR=23;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184261;STB=0.526334;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.024225;OID=.;OPOS=183007502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:66:66:16:8:49:58:0.878788:23:26:2:14:31:27:2:6 chr2 183584755 . G A 205.13 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.000625705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1923;QD=17.4575;RBI=0.00717026;REFB=-0.0244553;REVB=-0.0071429;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21122;STB=0.62891;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0682761;OID=.;OPOS=183584755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:12:8:16:10:13:8:16:10 chr2 183593697 . C T 680.78 PASS AF=0.445783;AO=74;DP=166;FAO=74;FDP=166;FR=.;FRO=92;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=33;FSRR=59;FWDB=-0.00963439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.032;QD=16.4044;RBI=0.0251683;REFB=0.0014794;REVB=-0.0232513;RO=92;SAF=27;SAR=47;SRF=33;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664258;STB=0.503695;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.00224239;OID=.;OPOS=183593697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:92:92:74:74:0.445783:47:27:33:59:47:27:33:59 chr2 183622547 . T G 609.0 PASS AF=0.42953;AO=64;DP=148;FAO=64;FDP=149;FR=.;FRO=85;FSAF=16;FSAR=48;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.0248333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.286;QD=16.349;RBI=0.029693;REFB=-0.0141687;REVB=0.0162782;RO=84;SAF=16;SAR=48;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223714;STB=0.623488;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0132283;OID=.;OPOS=183622547;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:84:85:64:64:0.42953:48:16:37:47:48:16:37:48 chr2 183627504 . A G 187.92 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0177944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.288;QD=20.316;RBI=0.0264135;REFB=-0.0175032;REVB=-0.0195201;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235247;STB=0.643309;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0170272;OID=.;OPOS=183627504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:18:19:19:0.513514:8:11:5:12:8:11:5:13 chr2 183738620 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3509;QD=37.4882;RBI=0.0747182;REFB=0;REVB=0.0441969;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00781964;OID=.;OPOS=183738620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr2 183789649 . C A 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=9.46141e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.37;QD=17.0892;RBI=0.0349961;REFB=-0.0205727;REVB=-0.034996;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147504;STB=0.508314;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0211985;OID=.;OPOS=183789649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:13:12:13:15:13:12:13:15 chr2 183799558 . G C 2977.79 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.685;QD=63.3573;RBI=0.0627961;REFB=0;REVB=0.00892777;RO=0;SAF=93;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.83816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105174;OID=.;OPOS=183799558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:188:0:0:187:188:1:94:93:0:0:95:93:0:0 chr2 183948210 . A G 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0221931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3744;QD=18.9977;RBI=0.0291361;REFB=0.00853313;REVB=-0.018878;RO=30;SAF=16;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729317;STB=0.540629;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00873729;OID=.;OPOS=183948210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:15:16:13:17:15:16:13:17 chr2 183961650 . A C 2354.59 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.028482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.835;QD=63.2104;RBI=0.0364363;REFB=-0.132614;REVB=0.022724;RO=1;SAF=64;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00562876;STB=0.502958;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000123572;OID=.;OPOS=183961650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:149:1:1:148:148:0.993289:84:64:0:1:84:64:0:1 chr2 183961668 . A G 796.69 PASS AF=0.569231;AO=74;DP=134;FAO=74;FDP=130;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0128915;FXX=0.0298485;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.446;QD=24.5134;RBI=0.0180979;REFB=-0.000638046;REVB=0.0127021;RO=52;SAF=30;SAR=44;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288397;STB=0.510306;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.000289386;OID=.;OPOS=183961668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:130:52:56:74:74:0.569231:44:30:23:29:44:30:24:32 chr2 183998366 . CTTTTT CTTTTC,C,CTT 302.64 PASS AF=0.216216,0.621622,0.162162;AO=3,7,4;DP=38;FAO=8,23,6;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17,5;FSAR=8,6,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067224,0.252779,0.419494;FXX=0.159055;HRUN=17,17,17;LEN=1,5,3;MLLD=176.091,13.7615,9.28213;QD=32.7173;RBI=0.0808027,0.259134,0.428282;REFB=-0.0527324,-0.130411,-0.186727;REVB=-0.0448331,-0.057038,-0.0863133;RO=3;SAF=0,4,4;SAR=3,3,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.767807,-0.2378,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0746335,0.0647631,0.059657;OID=.,.,.;OPOS=183998371,183998367,183998367;OREF=T,TTTTT,TTT;OALT=C,-,-;OMAPALT=CTTTTC,C,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.216216,0.621622,0.162162:3,7,4:38:8,23,6:37:0:0,17,5:8,6,1:0:0:52:3:0,4,4:3,3,0:3:0 chr2 184814072 . TA CA,CG 773.98 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=47,2;DP=50;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445866,0.0857554;FXX=0.019996;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=125.446,34.9933;QD=63.1816;RBI=0.0447917,0.0857601;REFB=0,0;REVB=-0.00428177,-0.000899529;RO=0;SAF=27,0;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000705118,0.0239825;OID=.,.;OPOS=184814072,184814072;OREF=T,TA;OALT=C,CG;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:50:49:0:0:47,2:47,2:0.959184,0.0408163:20,2:27,0:0:0:20,2:27,0:0:0 chr2 185469503 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.071;QD=60.2045;RBI=0.0273143;REFB=0;REVB=0.00770527;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72148e-05;OID=.;OPOS=185469503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr2 185800905 . A T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.303;QD=64.1534;RBI=0.0440276;REFB=0;REVB=-0.0310466;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31435e-07;OID=.;OPOS=185800905;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr2 185801747 . G A 741.82 PASS AF=0.979592;AO=45;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00639046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.156;QD=60.5569;RBI=0.0105725;REFB=-0.0601494;REVB=0.00842254;RO=3;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531214;STB=0.509087;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00184716;OID=.;OPOS=185801747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:3:1:45:48:0.979592:25:20:0:3:27:21:0:1 chr2 185801755 . A G 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.898;QD=63.8701;RBI=0.0330967;REFB=0;REVB=0.0328402;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44645e-05;OID=.;OPOS=185801755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr2 185802211 . C CACA 144.0 PASS AF=0.875;AO=13;DP=19;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00762398;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=267.316;QD=35.9996;RBI=0.00852505;REFB=-0.0225079;REVB=0.00381465;RO=5;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157777;STB=0.519203;STBP=0.765;TYPE=ins;VARB=0.0027816;OID=.;OPOS=185802212;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:13:19:14:16:2:5:9:1:1:10:5:4:9:3:2 chr2 185802243 . C A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.334;QD=44.6898;RBI=0.0233554;REFB=0;REVB=0.000468223;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149246;OID=.;OPOS=185802243;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr2 185802363 . A G 1108.35 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0367958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.679;QD=57.5767;RBI=0.0382744;REFB=-0.0632146;REVB=0.0105354;RO=1;SAF=42;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111331;STB=0.511625;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.000568554;OID=.;OPOS=185802363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:1:2:75:75:0.974026:33:42:1:0:33:42:2:0 chr2 186526579 . G A 723.5 PASS AF=0.481013;AO=76;DP=158;FAO=76;FDP=158;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.00159541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9482;QD=18.3165;RBI=0.0341052;REFB=0.00190379;REVB=-0.0340679;RO=82;SAF=32;SAR=44;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404926;STB=0.522382;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00174224;OID=.;OPOS=186526579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:82:82:76:76:0.481013:44:32:38:44:44:32:38:44 chr2 186603605 . A AG 46.56 PASS AF=0.444444;AO=9;DP=29;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.10708;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.888;QD=6.89736;RBI=0.223883;REFB=-0.0610934;REVB=0.196615;RO=19;SAF=9;SAR=0;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.7278;STB=0.656396;STBP=0.368;TYPE=ins;VARB=0.0780812;OID=.;OPOS=186603606;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:9:29:12:27:15:11:1:12:3:46:19:9:0:14:5 chr2 186625770 . A G 59.55 PASS AF=0.205128;AO=6;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0275001;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=254.122;QD=6.10798;RBI=0.0340363;REFB=-0.00502296;REVB=0.0200553;RO=22;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.535554;STB=0.747969;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0102135;OID=.;OPOS=186625770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:39:39:22:31:6:8:0.205128:3:3:2:20:3:5:9:22 chr2 186627943 . T C 380.49 PASS AF=0.365079;AO=45;DP=125;FAO=46;FDP=126;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.000544175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.3169;QD=12.0791;RBI=0.0155479;REFB=-0.0262332;REVB=-0.0155383;RO=80;SAF=29;SAR=16;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152479;STB=0.57708;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0337843;OID=.;OPOS=186627943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:80:80:45:46:0.365079:16:29:41:39:17:29:41:39 chr2 186654592 . A G 484.24 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.000813778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6455;QD=23.6215;RBI=0.0276813;REFB=-0.0143923;REVB=0.0276694;RO=36;SAF=29;SAR=17;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1304;STB=0.57171;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00958147;OID=.;OPOS=186654592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:36:46:46:0.560976:17:29:17:19:17:29:17:19 chr2 186654867 . G C 286.81 PASS AF=0.421053;AO=31;DP=77;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0298787;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7433;QD=15.0953;RBI=0.0314777;REFB=-0.0130005;REVB=-0.00990516;RO=43;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753705;STB=0.557592;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0199688;OID=.;OPOS=186654867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:43:44:31:32:0.421053:18:13:15:28:18:14:15:29 chr2 186655726 . G A 1227.44 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00592176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4816;QD=61.372;RBI=0.0566964;REFB=0;REVB=-0.0563863;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000307434;OID=.;OPOS=186655726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:36:44:0:0:36:44:0:0 chr2 186656657 . C T 361.09 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00324373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8267;QD=15.204;RBI=0.0841155;REFB=-0.0062875;REVB=-0.0840529;RO=56;SAF=25;SAR=14;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205517;STB=0.616378;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00965959;OID=.;OPOS=186656657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:14:25:25:31:14:25:25:31 chr2 186656956 . T C 53.7 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.000610608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.625;QD=7.95482;RBI=0.0114532;REFB=-0.000561237;REVB=0.0114369;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21811;STB=0.637927;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.001473;OID=.;OPOS=186656956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:2:6:11:8:2:6:11:8 chr2 186657089 . C A 272.93 PASS AF=0.269504;AO=38;DP=141;FAO=38;FDP=141;FR=.;FRO=103;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=0.00212791;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.622;QD=7.74277;RBI=0.026348;REFB=-0.000391775;REVB=-0.026262;RO=103;SAF=19;SAR=19;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417306;STB=0.52481;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00104039;OID=.;OPOS=186657089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:103:103:38:38:0.269504:19:19:48:55:19:19:48:55 chr2 186658056 . G A 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00411957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.43;QD=19.4078;RBI=0.040358;REFB=0.00174886;REVB=-0.0401472;RO=28;SAF=16;SAR=14;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121247;STB=0.567461;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00201812;OID=.;OPOS=186658056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:14:16:11:17:14:16:11:17 chr2 186658438 . C T 101.41 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0237048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.991;QD=8.63047;RBI=0.0247338;REFB=0.00141264;REVB=0.0070599;RO=33;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629486;STB=0.527826;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.00580585;OID=.;OPOS=186658438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:33:34:13:13:0.276596:7:6:17:16:7:6:17:17 chr2 186658565 . G T 197.13 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.0162465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.185;QD=10.9519;RBI=0.0237034;REFB=-0.00883718;REVB=-0.0172599;RO=46;SAF=11;SAR=14;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233775;STB=0.640416;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0108173;OID=.;OPOS=186658565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:47:25:25:0.347222:14:11:30:16:14:11:31:16 chr2 186659359 . G T 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00588606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.056;QD=18.0872;RBI=0.022213;REFB=0.00268348;REVB=-0.021419;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872687;STB=0.54901;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00366527;OID=.;OPOS=186659359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:15:11:14:13:15:11:14:13 chr2 186661673 . A G 387.28 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0155831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.599;QD=23.8323;RBI=0.0156026;REFB=-0.0142286;REVB=0.000779987;RO=27;SAF=15;SAR=23;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389416;STB=0.521399;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.013786;OID=.;OPOS=186661673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:23:15:12:15:23:15:12:15 chr2 186664473 . T C 787.85 PASS AF=0.391304;AO=90;DP=231;FAO=90;FDP=230;FR=.;FRO=140;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=74;FSRR=66;FWDB=0.00829711;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.474;QD=13.7018;RBI=0.00835225;REFB=-0.00167492;REVB=-0.000958142;RO=140;SAF=48;SAR=42;SRF=74;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00517255;STB=0.50291;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00188288;OID=.;OPOS=186664473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:140:140:90:90:0.391304:42:48:74:66:42:48:74:66 chr2 186664963 . C A 158.35 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0468324;FXX=0.0465008;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.975;QD=15.4483;RBI=0.0478134;REFB=0.0128149;REVB=0.00963591;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137177;STB=0.58964;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.0312493;OID=.;OPOS=186664963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:23:24:17:17:0.414634:8:9:9:14:8:9:9:15 chr2 186665432 . G A 441.96 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00523322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.649;QD=16.2187;RBI=0.0058022;REFB=-0.00588132;REVB=0.00250578;RO=58;SAF=21;SAR=28;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700149;STB=0.539666;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00764354;OID=.;OPOS=186665432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:60:49:49:0.449541:28:21:29:29:28:21:30:30 chr2 186665824 . A G 251.62 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00680907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.089;QD=20.5403;RBI=0.00715378;REFB=-0.0022174;REVB=0.00219391;RO=25;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235357;STB=0.632;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0027563;OID=.;OPOS=186665824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:10:14:8:17:10:14:8:17 chr2 186666112 . C T 160.24 PASS AF=0.198529;AO=27;DP=136;FAO=27;FDP=136;FR=.;FRO=109;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=-0.00911508;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.203;QD=4.71281;RBI=0.0493349;REFB=-0.00418788;REVB=-0.0484855;RO=106;SAF=11;SAR=16;SRF=55;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141827;STB=0.585409;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0266805;OID=.;OPOS=186666112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:106:109:27:27:0.198529:16:11:55:51:16:11:56:53 chr2 186667121 . T C 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0119289;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.85;QD=19.6467;RBI=0.014093;REFB=-0.00677969;REVB=0.00750429;RO=8;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897445;STB=0.551626;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00414077;OID=.;OPOS=186667121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:8:3:3:5:8:3:3:5 chr2 186668935 . A G 347.39 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0611215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3479;QD=17.1551;RBI=0.0616433;REFB=-0.00767765;REVB=0.00800401;RO=44;SAF=24;SAR=13;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171312;STB=0.59622;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0146541;OID=.;OPOS=186668935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:13:24:21:23:13:24:21:23 chr2 186670104 . A C 1400.17 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00776377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4138;QD=61.5459;RBI=0.0564692;REFB=-0.0547456;REVB=0.055933;RO=1;SAF=51;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920359;STB=0.504853;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0038999;OID=.;OPOS=186670104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:39:51:1:0:39:51:1:0 chr2 186670780 . T A 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0107026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.193;QD=18.7769;RBI=0.0124803;REFB=-0.00280012;REVB=-0.00641972;RO=26;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348936;STB=0.519563;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00297341;OID=.;OPOS=186670780;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:15:11:12:14:15:11:12:14 chr2 186670979 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.061;QD=58.1418;RBI=0.0289495;REFB=0;REVB=0.0273592;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252195;OID=.;OPOS=186670979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr2 186671357 . G A 533.52 PASS AF=0.514019;AO=54;DP=106;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.00390351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.867;QD=19.9446;RBI=0.0073115;REFB=-0.0112655;REVB=-0.00618229;RO=52;SAF=37;SAR=17;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242376;STB=0.636442;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00905661;OID=.;OPOS=186671357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:52:52:54:55:0.514019:17:37:22:30:17:38:22:30 chr2 186671912 . G A 543.25 PASS AF=0.53125;AO=50;DP=95;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00542956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.043;QD=22.6353;RBI=0.00702923;REFB=-0.0177499;REVB=0.00446429;RO=44;SAF=22;SAR=28;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108926;STB=0.559292;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0152988;OID=.;OPOS=186671912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:44:45:50:51:0.53125:28:22:25:19:28:23:26:19 chr2 186672897 . A G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0661215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.379;QD=19.1341;RBI=0.0664749;REFB=0.00406832;REVB=0.00684547;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281149;STB=0.666029;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00358965;OID=.;OPOS=186672897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:0:2:2:3:0:2 chr2 186673386 . TA T 54.51 PASS AF=0.266667;AO=28;DP=105;FAO=28;FDP=105;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=0.118223;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=12.3451;QD=2.07652;RBI=0.178456;REFB=-0.0104547;REVB=0.133678;RO=66;SAF=18;SAR=10;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277133;STB=0.544873;STBP=0.593;TYPE=del;VARB=0.00616864;OID=.;OPOS=186673387;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667:28:105:28:105:77:19:9:48:29:54:66:18:10:41:25 chr2 186697876 . A G 1126.48 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.015601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5763;QD=57.7684;RBI=0.0426329;REFB=-0.173426;REVB=0.0396758;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.51351;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00208035;OID=.;OPOS=186697876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:0:2:76:76:0.974359:40:36:0:0:40:36:2:0 chr2 187366146 . GA G,TG 74.82 PASS AF=0.296296,0;AO=13,3;DP=54;FAO=16,0;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=7,0;FSAR=9,0;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.131285,0.0179177;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=15.2397,47.6499;QD=5.54214;RBI=0.144055,0.0518047;REFB=-0.00561039,-0.000995033;REVB=0.0592967,0.0486075;RO=34;SAF=5,3;SAR=8,0;SRF=16;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.10379,0.541873;STB=0.525669,0.5;STBP=0.83,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0498523,0.0534503;OID=.,.;OPOS=187366147,187366146;OREF=A,GA;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:54:54:34:38:13,3:16,0:0.296296,0:8,0:5,3:16:18:9,0:7,0:18:20 chr2 187487160 . G A 1859.38 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.541;QD=61.467;RBI=0.0389998;REFB=0;REVB=-0.00271991;RO=0;SAF=56;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98287e-05;OID=.;OPOS=187487160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:65:56:0:0:65:56:0:0 chr2 187511535 . C T 356.92 PASS AF=0.4;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0158403;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.018;QD=13.5969;RBI=0.0162295;REFB=-0.00608326;REVB=-0.00353331;RO=63;SAF=22;SAR=20;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336378;STB=0.519047;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0114216;OID=.;OPOS=187511535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:63:63:42:42:0.4:20:22:31:32:20:22:31:32 chr2 187521027 . C T 324.68 PASS AF=0.313433;AO=42;DP=134;FAO=42;FDP=134;FR=.;FRO=92;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=52;FSRR=40;FWDB=-0.0148953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.107;QD=9.69206;RBI=0.0258198;REFB=8.00931e-05;REVB=-0.0210901;RO=92;SAF=24;SAR=18;SRF=52;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00746642;STB=0.504346;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00051859;OID=.;OPOS=187521027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:92:92:42:42:0.313433:18:24:52:40:18:24:52:40 chr2 187532417 . G A 1587.78 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1682;QD=64.1528;RBI=0.0250607;REFB=0;REVB=0.0234058;RO=0;SAF=79;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133372;OID=.;OPOS=187532417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:20:79:0:0:20:79:0:0 chr2 187558960 . G A 335.8 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.529;QD=51.6611;RBI=0.133123;REFB=-0.034448;REVB=0.123487;RO=1;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10243;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00284203;OID=.;OPOS=187558960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:26:1:0:24:26:1:4:20:0:1:6:20:0:0 chr2 187559047 . G A,GCAA 915.6 PASS AF=0.643836,0.30137;AO=53,15;DP=90;FAO=47,22;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=26,14;FSAR=21,8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00734425,0.00973387;FXX=0.0519413;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=98.1299,112.545;QD=50.1697;RBI=0.0162681,0.0163994;REFB=-0.102343,-0.0738324;REVB=0.014516,0.0131982;RO=21;SAF=30,10;SAR=23,5;SRF=14;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0543484,0;STB=0.523919,0.561986;STBP=0.237,0.154;TYPE=snp,ins;VARB=0.0269299,0.0424926;OID=.,.;OPOS=187559047,187559048;OREF=G,-;OALT=A,CAA;OMAPALT=A,GCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:90:73:21:4:53,15:47,22:0.643836,0.30137:23,5:30,10:14:7:21,8:26,14:1:3 chr2 188250301 . T A 1896.52 PASS AF=0.969231;AO=125;DP=130;FAO=126;FDP=130;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=71;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00211976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.219;QD=58.3546;RBI=0.013463;REFB=0.0174621;REVB=0.0132951;RO=0;SAF=55;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517541;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.000701458;OID=.;OPOS=188250301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:130:130:0:4:125:126:0.969231:70:55:0:0:71:55:4:0 chr2 188343497 . T C 665.73 PASS AF=0.576577;AO=64;DP=112;FAO=64;FDP=111;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.000755826;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.105;QD=23.9901;RBI=0.0118557;REFB=-0.00606058;REVB=-0.0118316;RO=47;SAF=32;SAR=32;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825354;STB=0.504503;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00488278;OID=.;OPOS=188343497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:47:47:64:64:0.576577:32:32:23:24:32:32:23:24 chr2 189434074 . CA C 44.11 PASS AF=0.296703;AO=29;DP=91;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.10853;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.91631;QD=1.93889;RBI=0.117074;REFB=-0.0672003;REVB=0.0439026;RO=52;SAF=8;SAR=21;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246684;STB=0.608457;STBP=0.213;TYPE=del;VARB=0.0287049;OID=.;OPOS=189434075;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296703:29:91:27:91:64:8:19:28:36:44:52:8:21:25:27 chr2 189460553 . T C 2154.86 PASS AF=0.978873;AO=138;DP=141;FAO=139;FDP=142;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000248591;FXX=0.00699252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.3865;QD=60.7003;RBI=0.0209683;REFB=-0.12602;REVB=-0.0209668;RO=1;SAF=72;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655764;STB=0.503904;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000956826;OID=.;OPOS=189460553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:141:142:1:3:138:139:0.978873:66:72:1:0:67:72:1:2 chr2 189863389 . C T 367.67 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00166724;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.054;QD=18.8547;RBI=0.00272431;REFB=-0.012784;REVB=-0.00215457;RO=40;SAF=25;SAR=13;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219227;STB=0.622341;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0135168;OID=.;OPOS=189863389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:40:40:38:38:0.487179:13:25:17:23:13:25:17:23 chr2 189864080 . G A 584.92 PASS AF=0.465649;AO=61;DP=131;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.0143231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.038;QD=17.8601;RBI=0.0204456;REFB=-0.00978363;REVB=0.0145902;RO=67;SAF=34;SAR=27;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145105;STB=0.568625;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0119034;OID=.;OPOS=189864080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:67:70:61:61:0.465649:27:34:27:40:27:34:30:40 chr2 189866199 . T A 2846.94 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.651;QD=62.9158;RBI=0.0346013;REFB=0;REVB=0.0323562;RO=0;SAF=84;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2973e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08027e-05;OID=.;OPOS=189866199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:181:0:0:179:181:1:95:84:0:0:97:84:0:0 chr2 189875421 . TC GC,GT 715.76 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=49,2;DP=52;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27,2;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00854231,-0.00434356;FXX=0.0192271;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=205.648,159.089;QD=56.1379;RBI=0.0646511,0.0609609;REFB=0,0;REVB=0.0640843,0.060806;RO=0;SAF=27,2;SAR=22,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.30731e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-2.76422e-05,0.000828058;OID=.,.;OPOS=189875421,189875421;OREF=T,TC;OALT=G,GT;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:51:0:0:49,2:49,2:0.960784,0.0392157:22,0:27,2:0:0:22,0:27,2:0:0 chr2 189904203 . A G 753.48 PASS AF=0.532847;AO=70;DP=137;FAO=73;FDP=137;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.00338978;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.116;QD=21.9995;RBI=0.0193274;REFB=-0.0115827;REVB=0.0190278;RO=64;SAF=36;SAR=34;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283877;STB=0.518706;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0109719;OID=.;OPOS=189904203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:64:64:70:73:0.532847:34:36:35:29:36:37:35:29 chr2 189904233 . T G 692.59 PASS AF=0.584071;AO=67;DP=113;FAO=66;FDP=113;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0153397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.369;QD=24.5164;RBI=0.0168261;REFB=-0.0210468;REVB=0.00691436;RO=46;SAF=32;SAR=35;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330086;STB=0.510726;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.015392;OID=.;OPOS=189904233;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:46:47:67:66:0.584071:35:32:24:22:34:32:24:23 chr2 189907937 . A G 183.56 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.014059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4743;QD=10.0581;RBI=0.0141355;REFB=-0.0168013;REVB=-0.00146773;RO=49;SAF=13;SAR=11;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129021;STB=0.57542;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0334257;OID=.;OPOS=189907937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:49:24:24:0.328767:11:13:21:28:11:13:21:28 chr2 189928743 . G T 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00986826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.391;QD=12.7981;RBI=0.0100884;REFB=-0.00974844;REVB=-0.00209626;RO=41;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280922;STB=0.516117;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.015175;OID=.;OPOS=189928743;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:14:12:20:21:14:12:20:21 chr2 189932831 . T C 1358.35 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.63;QD=62.4527;RBI=0.0236819;REFB=0;REVB=0.00231126;RO=0;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73804e-05;OID=.;OPOS=189932831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:34:52:0:0:34:53:0:0 chr2 189948696 . G A 179.69 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0173103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.993;QD=15.6253;RBI=0.0428955;REFB=-0.0103542;REVB=-0.0392476;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650585;STB=0.526288;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0152234;OID=.;OPOS=189948696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:10:9:14:12:10:9:14:13 chr2 189953508 . C T 113.12 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0227223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9975;QD=17.403;RBI=0.0749846;REFB=-0.0131618;REVB=-0.0714589;RO=13;SAF=11;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357025;STB=0.709302;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0108348;OID=.;OPOS=189953508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:2:11:7:6:2:11:7:6 chr2 189964891 . A G 258.3 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0526126;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=64.7397;QD=13.9624;RBI=0.0537101;REFB=-0.00999981;REVB=0.0108024;RO=43;SAF=20;SAR=10;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954544;STB=0.563064;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0367861;OID=.;OPOS=189964891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:44:30:30:0.405405:10:20:25:18:10:20:25:19 chr2 189974958 . G T 428.84 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0526617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2587;QD=57.1787;RBI=0.0670186;REFB=0;REVB=-0.0414517;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0018718;OID=.;OPOS=189974958;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:8:22:0:0:8:22:0:0 chr2 189997837 . CG C,CA 736.39 PASS AF=0.163636,0.836364;AO=12,43;DP=55;FAO=9,46;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,43;FSAR=9,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133299,-0.0426221;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=28.6551,40.5806;QD=53.5555;RBI=0.0281842,0.101792;REFB=0,0;REVB=0.0248327,0.0924393;RO=0;SAF=1,42;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.23983e-08,-3.78486e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0248141,0.0112908;OID=.,.;OPOS=189997838,189997838;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.163636,0.836364:12,43:55:9,46:55:0:0,43:9,3:0:0:23:0:1,42:11,1:0:0 chr2 190323530 . A G 298.33 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.018009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.918;QD=13.5604;RBI=0.0184759;REFB=0.00610663;REVB=-0.00412743;RO=54;SAF=11;SAR=23;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344272;STB=0.695939;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00567351;OID=.;OPOS=190323530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:54:34:34:0.386364:23:11:35:19:23:11:35:19 chr2 190328577 . A C 242.69 PASS AF=0.259259;AO=35;DP=135;FAO=35;FDP=135;FR=.;FRO=100;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=58;FSRR=42;FWDB=0.020306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4553;QD=7.19092;RBI=0.0328624;REFB=-0.00289914;REVB=0.0258381;RO=98;SAF=18;SAR=17;SRF=57;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834602;STB=0.548826;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00852342;OID=.;OPOS=190328577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:98:100:35:35:0.259259:17:18:57:41:17:18:58:42 chr2 190331262 . T C 426.12 PASS AF=0.46;AO=44;DP=99;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0103781;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.497;QD=17.045;RBI=0.0198486;REFB=-0.0152983;REVB=-0.0169193;RO=54;SAF=22;SAR=22;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03646;STB=0.531698;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0223527;OID=.;OPOS=190331262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:54:54:44:46:0.46:22:22:25:29:22:24:25:29 chr2 190430177 . A G 706.96 PASS AF=0.427778;AO=76;DP=179;FAO=77;FDP=180;FR=.;FRO=103;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=0.015641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9226;QD=15.7102;RBI=0.0872413;REFB=0.020037;REVB=0.0858277;RO=103;SAF=43;SAR=33;SRF=56;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230685;STB=0.508539;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.0258733;OID=.;OPOS=190430177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:103:103:76:77:0.427778:33:43:56:47:34:43:56:47 chr2 190531426 . G A 1212.44 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105693;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.871;QD=61.3895;RBI=0.0162733;REFB=0;REVB=-0.0123738;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06446e-05;OID=.;OPOS=190531426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr2 190595258 . G T 2002.1 PASS AF=0.992366;AO=128;DP=130;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0718964;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8918;QD=61.1328;RBI=0.0765258;REFB=0.0482914;REVB=0.0262128;RO=1;SAF=62;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760322;STB=0.503875;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00313233;OID=.;OPOS=190595258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:131:1:1:128:130:0.992366:66:62:1:0:66:64:1:0 chr2 190602513 . T C 1043.05 PASS AF=0.96;AO=71;DP=74;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.027487;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.4598;QD=55.6296;RBI=0.0361817;REFB=-0.00109625;REVB=0.0235283;RO=1;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160259;STB=0.524583;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.000327238;OID=.;OPOS=190602513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:74:75:1:3:71:72:0.96:29:42:0:1:29:43:0:3 chr2 190617643 . A G,T 1474.47 PASS AF=0.875,0.125;AO=84,12;DP=96;FAO=84,12;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49,0;FSAR=35,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131754,-0.0567877;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.545,28.4507;QD=61.4361;RBI=0.0279437,0.0617317;REFB=0,0;REVB=0.0246427,-0.0242065;RO=0;SAF=49,0;SAR=35,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000953022,0.2357;OID=.,.;OPOS=190617643,190617643;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:54:96:96:0:0:84,12:84,12:0.875,0.125:35,12:49,0:0:0:35,12:49,0:0:0 chr2 190618249 . T A 913.44 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145;QD=57.9962;RBI=0.0275676;REFB=0;REVB=-0.00142051;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05909e-05;OID=.;OPOS=190618249;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:34:27:0:0:36:27:0:0 chr2 190636411 . C G 1490.42 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00466181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.427;QD=62.7547;RBI=0.0171934;REFB=0;REVB=0.0165493;RO=0;SAF=56;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601165;OID=.;OPOS=190636411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:93:95:1:37:56:0:0:39:56:0:0 chr2 190788844 . T TC 400.65 PASS AF=1;AO=20;DP=32;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286796;FXX=0.0333222;HRUN=0;LEN=1;MLLD=75.4251;QD=55.2614;RBI=0.144156;REFB=0;REVB=0.141274;RO=8;SAF=19;SAR=1;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.675484;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000669978;OID=.;OPOS=190788845;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:32:29:29:0:21:8:0:0:4:8:19:1:1:7 chr2 190815211 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.63;QD=57.0005;RBI=0.0475217;REFB=0;REVB=0.00263093;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21808e-05;OID=.;OPOS=190815211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr2 191066769 . C T 424.69 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.64;QD=56.6251;RBI=0.0465384;REFB=0;REVB=-0.0395521;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00359411;OID=.;OPOS=191066769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:26:30:1:17:9:0:0:20:10:0:0 chr2 191161622 . T C 1846.46 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=124;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231479;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7558;QD=60.0476;RBI=0.0231655;REFB=-0.130466;REVB=0.000901666;RO=1;SAF=71;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664428;STB=0.503496;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000928076;OID=.;OPOS=191161622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:124:123:1:1:121:122:0.99187:50:71:1:0:51:71:1:0 chr2 191231458 . G A 2010.65 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0160147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7873;QD=61.3939;RBI=0.0326062;REFB=-0.0483152;REVB=-0.0284023;RO=1;SAF=72;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655546;STB=0.503448;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00395012;OID=.;OPOS=191231458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:130:130:0.992366:58:72:1:0:58:72:1:0 chr2 191235901 . A C 1966.67 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00353642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4147;QD=60.9819;RBI=0.0729933;REFB=0;REVB=0.0729076;RO=0;SAF=61;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176775;OID=.;OPOS=191235901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:129:0:0:122:129:1:61:61:0:0:68:61:0:0 chr2 191301258 . AC A 105.95 PASS AF=0.297619;AO=24;DP=83;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.00636654;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=24.4618;QD=5.04541;RBI=0.00698224;REFB=0.0133948;REVB=-0.00286684;RO=57;SAF=17;SAR=7;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0.263158;SSSB=0.377374;STB=0.759792;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=-0.0218019;OID=.;OPOS=191301259;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297619:24:83:25:84:59:19:6:23:36:99:57:17:7:22:35 chr2 191301368 . A AG,G 93.53 PASS AF=0.2,0.8;AO=2,8;DP=11;FAO=2,8;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2,4;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.080123,0.0143427;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.2385,35.331;QD=37.4121;RBI=0.200556,0.112852;REFB=0,0;REVB=0.183856,0.111937;RO=1;SAF=2,4;SAR=0,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0978599;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0409507,0.0333986;OID=.,.;OPOS=191301369,191301368;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:11:10:1:0:2,8:2,8:0.2,0.8:0,4:2,4:1:0:0,4:2,4:0:0 chr2 191353477 . G T 195.14 PASS AF=0.258929;AO=29;DP=113;FAO=29;FDP=112;FR=.;FRO=83;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=63;FSRR=20;FWDB=-0.0126952;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.603;QD=6.96943;RBI=0.0291682;REFB=-0.00540856;REVB=-0.0262605;RO=83;SAF=11;SAR=18;SRF=63;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446622;STB=0.760993;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0221567;OID=.;OPOS=191353477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:83:83:29:29:0.258929:18:11:63:20:18:11:63:20 chr2 191354491 . T C 348.16 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.00516636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.98;QD=15.1372;RBI=0.0260087;REFB=-0.00208506;REVB=0.0254904;RO=54;SAF=17;SAR=21;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817444;STB=0.546121;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00240593;OID=.;OPOS=191354491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:54:38:38:0.413043:21:17:20:34:21:17:20:34 chr2 191379268 . G A 276.36 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0374283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.11;QD=15.7921;RBI=0.0433615;REFB=-0.0010173;REVB=-0.0218939;RO=39;SAF=12;SAR=19;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500654;STB=0.528265;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.000299593;OID=.;OPOS=191379268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:19:12:17:22:19:12:17:22 chr2 191402654 . A G 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0437255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.753;QD=8.89983;RBI=0.0574002;REFB=0.00884858;REVB=-0.0371867;RO=24;SAF=9;SAR=2;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278913;STB=0.65531;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.018214;OID=.;OPOS=191402654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:24:26:11:11:0.297297:2:9:15:9:2:9:17:9 chr2 191402680 . A G 91.51 PASS AF=0.211268;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=71;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=13;FWDB=0.0101761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.271;QD=5.15556;RBI=0.0260291;REFB=-0.00686946;REVB=0.0239575;RO=55;SAF=9;SAR=6;SRF=43;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258338;STB=0.645795;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0259361;OID=.;OPOS=191402680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:71:71:55:56:15:15:0.211268:6:9:43:12:6:9:43:13 chr2 191402685 . A C 346.13 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0231416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9668;QD=19.5001;RBI=0.0807154;REFB=0.0363701;REVB=-0.0773269;RO=35;SAF=30;SAR=6;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259493;STB=0.646166;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0358386;OID=.;OPOS=191402685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:6:30:22:13:6:30:22:13 chr2 191402698 . A C 355.55 PASS AF=0.528571;AO=26;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=31;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0461812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.5482;QD=20.3172;RBI=0.0462342;REFB=0.0397983;REVB=-0.00221452;RO=32;SAF=20;SAR=6;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175093;STB=0.658003;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0317115;OID=.;OPOS=191402698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:26:37:0.528571:6:20:20:12:6:31:20:13 chr2 191402702 . T C 388.24 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=33;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00883739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3831;QD=21.2731;RBI=0.0518009;REFB=0.00336124;REVB=-0.0510415;RO=34;SAF=33;SAR=6;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28399;STB=0.659212;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00802554;OID=.;OPOS=191402702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:6:33:21:13:6:33:21:13 chr2 191402710 . T C 404.47 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=35;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00157233;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.304;QD=22.1629;RBI=0.0063727;REFB=-0.0229073;REVB=-0.00617569;RO=32;SAF=35;SAR=5;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383107;STB=0.725253;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0292116;OID=.;OPOS=191402710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:32:33:40:40:0.547945:5:35:18:14:5:35:18:15 chr2 191402712 . TA CG 435.31 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=36;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00740595;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=2;MLLD=122.93;QD=23.8526;RBI=0.035464;REFB=0.0102395;REVB=0.0346821;RO=31;SAF=36;SAR=6;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320302;STB=0.678472;STBP=0.007;TYPE=mnp;VARB=-0.00870991;OID=.;OPOS=191402712;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:31:42:42:0.575342:6:36:18:13:6:36:18:13 chr2 191402748 . A T 478.8 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=76;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=36;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00698631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.971;QD=25.1999;RBI=0.0183719;REFB=-0.0187098;REVB=0.0169917;RO=31;SAF=36;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243461;STB=0.634417;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0183865;OID=.;OPOS=191402748;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:31:31:45:45:0.592105:9:36:17:14:9:36:17:14 chr2 191402761 . G A 374.63 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0437544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.139;QD=20.813;RBI=0.0439194;REFB=-0.0152838;REVB=-0.00380289;RO=33;SAF=31;SAR=7;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268681;STB=0.645747;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00991828;OID=.;OPOS=191402761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:33:34:38:38:0.527778:7:31:19:14:7:31:20:14 chr2 191402775 . T C 277.41 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.033397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.276;QD=18.4937;RBI=0.0336116;REFB=-0.048261;REVB=0.00379242;RO=29;SAF=25;SAR=5;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359596;STB=0.698378;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00958949;OID=.;OPOS=191402775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:30:30:30:0.5:5:25:15:14:5:25:16:14 chr2 191402778 . T C 283.68 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00762252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.543;QD=19.9076;RBI=0.0217736;REFB=-0.0249798;REVB=0.0203958;RO=27;SAF=26;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412928;STB=0.734034;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00691137;OID=.;OPOS=191402778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:4:26:14:13:4:26:14:13 chr2 191841753 . T TA 339.25 PASS AF=0.974359;AO=7;DP=43;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.246969;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.0749;QD=34.7953;RBI=0.247673;REFB=-0.024749;REVB=-0.0186621;RO=36;SAF=6;SAR=1;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523488;STB=0.512189;STBP=0.521;TYPE=ins;VARB=-0.00433156;OID=.;OPOS=191841754;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.974359:7:43:38:39:1:18:20:0:1:5:36:6:1:15:21 chr2 191851798 . CAAAAAAA CAAAAAA,CAAAAAAT 36.44 PASS AF=0.242424,0.0606061;AO=12,2;DP=34;FAO=8,2;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=3,2;FSAR=5,0;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.227594,-0.0825234;FXX=0.0294031;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.22796,199.691;QD=4.4169;RBI=0.229344,0.0826351;REFB=-0.0438347,-0.00347165;REVB=-0.0282825,-0.00429456;RO=17;SAF=6,2;SAR=6,0;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0293607,0.540081;STB=0.639653,0.994056;STBP=0.426,0.178;TYPE=del,snp;VARB=0.0689148,0.0934791;OID=.,.;OPOS=191851799,191851805;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAAAAAA,CAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.242424,0.0606061:12,2:34:8,2:33:23:3,2:5,0:13:10:29:17:6,2:6,0:8:9 chr2 192160839 . A T 554.59 PASS AF=0.410959;AO=60;DP=146;FAO=60;FDP=146;FR=.;FRO=86;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=0.0566194;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.744;QD=15.1942;RBI=0.0566195;REFB=-0.0111392;REVB=-0.000137408;RO=86;SAF=42;SAR=18;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163155;STB=0.592113;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.015939;OID=.;OPOS=192160839;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:86:86:60:60:0.410959:18:42:48:38:18:42:48:38 chr2 192160875 . C T 487.06 PASS AF=0.371069;AO=59;DP=159;FAO=59;FDP=159;FR=.;FRO=100;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=-0.0120967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.666;QD=12.2531;RBI=0.0142852;REFB=-0.0060515;REVB=-0.00759844;RO=100;SAF=40;SAR=19;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205948;STB=0.617409;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0140722;OID=.;OPOS=192160875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:100:100:59:59:0.371069:19:40:50:50:19:40:50:50 chr2 192214966 . T C 666.4 PASS AF=0.623656;AO=58;DP=93;FAO=58;FDP=93;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0304955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1272;QD=28.6622;RBI=0.0437265;REFB=-0.0146481;REVB=0.0313373;RO=34;SAF=22;SAR=36;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232999;STB=0.508232;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00956895;OID=.;OPOS=192214966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:34:35:58:58:0.623656:36:22:14:20:36:22:14:21 chr2 192250726 . G A 789.97 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334844;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.095;QD=57.4522;RBI=0.042554;REFB=0;REVB=0.026261;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158488;OID=.;OPOS=192250726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:26:28:0:0:27:28:0:0 chr2 192279327 . T C 1342.03 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141172;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.487;QD=62.4201;RBI=0.0362487;REFB=0;REVB=0.0333867;RO=0;SAF=54;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68503e-05;OID=.;OPOS=192279327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:86:0:0:85:86:1:31:54:0:0:32:54:0:0 chr2 192699639 . A AG 1605.33 PASS AF=1;AO=133;DP=144;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107716;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.2858;QD=47.2157;RBI=0.122116;REFB=0;REVB=0.0575283;RO=8;SAF=61;SAR=72;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00447967;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00156472;OID=.;OPOS=192699640;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:133:144:136:136:0:62:74:0:0:28:8:61:72:4:4 chr2 192701393 . A G 2026.36 PASS AF=0.992424;AO=130;DP=134;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0361739;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.03;QD=61.4048;RBI=0.0405091;REFB=-0.14165;REVB=0.0182328;RO=1;SAF=71;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798707;STB=0.504201;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000466642;OID=.;OPOS=192701393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:132:1:1:130:131:0.992424:59:71:0:1:59:72:0:1 chr2 195523141 . G T 888.54 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0905892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0701;QD=56.4152;RBI=0.11244;REFB=0.00580294;REVB=0.0666062;RO=1;SAF=26;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178116;STB=0.509431;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000398167;OID=.;OPOS=195523141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:36:26:1:0:36:26:1:0 chr2 196601214 . AATAT A 107.39 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00512244;FXX=0.036357;HRUN=3;LEN=4;MLLD=312.712;QD=8.10512;RBI=0.0123187;REFB=-0.0159064;REVB=-0.0112032;RO=34;SAF=14;SAR=5;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280443;STB=0.665043;STBP=0.089;TYPE=del;VARB=0.0299687;OID=.;OPOS=196601215;OREF=ATAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358491:19:55:19:53:34:14:5:17:17:99:34:14:5:17:17 chr2 196602089 . TATCA TATCAATCA,T 709.52 PASS AF=0.618182,0.363636;AO=30,18;DP=59;FAO=34,20;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=15,11;FSAR=19,9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00204879,0.0290471;FXX=0.0517152;HRUN=2,1;LEN=4,4;MLLD=75.9446,218.17;QD=51.6016;RBI=0.0169368,0.0306369;REFB=-0.120721,-0.103675;REVB=0.0168124,-0.00974091;RO=1;SAF=12,10;SAR=18,8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0372625,-0.0437188;STB=0.51612,0.521717;STBP=0.326,0.536;TYPE=ins,del;VARB=0.0196844,0.00319356;OID=.,.;OPOS=196602090,196602090;OREF=-,ATCA;OALT=ATCA,-;OMAPALT=TATCAATCA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.618182,0.363636:30,18:59:34,20:55:1:15,11:19,9:1:0:99:1:12,10:18,8:1:0 chr2 196602132 . GTGAT G 404.57 PASS AF=0.525641;AO=38;DP=82;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00423727;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=4;MLLD=253.949;QD=20.7469;RBI=0.0227641;REFB=-0.0231903;REVB=0.0223662;RO=36;SAF=14;SAR=24;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167398;STB=0.621831;STBP=0.031;TYPE=del;VARB=0.0212328;OID=.;OPOS=196602133;OREF=TGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.525641:38:82:41:78:37:16:25:24:13:99:36:14:24:20:16 chr2 196673533 . A G 782.05 PASS AF=0.953125;AO=57;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0162175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4267;QD=48.8782;RBI=0.183973;REFB=-0.207771;REVB=0.183257;RO=7;SAF=36;SAR=21;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104563;STB=0.512384;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0211597;OID=.;OPOS=196673533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:64:64:7:3:57:61:0.953125:21:36:1:6:25:36:1:2 chr2 196791276 . T G 303.02 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0355535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.19;QD=14.6035;RBI=0.0432781;REFB=0.0106447;REVB=0.0246768;RO=49;SAF=19;SAR=15;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133266;STB=0.507555;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=-0.0155289;OID=.;OPOS=196791276;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:15:19:28:21:15:19:28:21 chr2 196799394 . A G 521.14 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0134627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.85;QD=19.6657;RBI=0.013463;REFB=-0.0232018;REVB=-9.91562e-05;RO=52;SAF=30;SAR=24;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192726;STB=0.510634;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0241612;OID=.;OPOS=196799394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:52:54:54:0.509434:24:30:30:22:24:30:30:22 chr2 196851911 . G A 190.92 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0394506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.197;QD=11.5707;RBI=0.0400584;REFB=-0.00482886;REVB=-0.00695212;RO=41;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182841;STB=0.612408;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0171088;OID=.;OPOS=196851911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:42:24:24:0.363636:10:14:17:24:10:14:17:25 chr2 196866420 . C T 1128.95 PASS AF=0.552632;AO=105;DP=191;FAO=105;FDP=190;FR=.;FRO=85;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=-0.00111024;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.807;QD=23.7674;RBI=0.0127149;REFB=-0.00594884;REVB=-0.0126663;RO=85;SAF=58;SAR=47;SRF=51;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397207;STB=0.521633;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0051603;OID=.;OPOS=196866420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:85:85:105:105:0.552632:47:58:51:34:47:58:51:34 chr2 196915991 . A G 2122.27 PASS AF=0.920732;AO=148;DP=160;FAO=151;FDP=164;FR=.;FRO=13;FSAF=60;FSAR=91;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00682398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0224;QD=51.7627;RBI=0.0128382;REFB=0.00403053;REVB=-0.0108744;RO=12;SAF=58;SAR=90;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406011;STB=0.517909;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0044022;OID=.;OPOS=196915991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:160:164:12:13:148:151:0.920732:90:58:8:4:91:60:8:5 chr2 197004439 . A G 2305.67 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180845;FXX=0.00657851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.825;QD=61.0774;RBI=0.021325;REFB=0;REVB=0.0113008;RO=0;SAF=78;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.56908e-05;OID=.;OPOS=197004439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:151:0:0:149:151:1:71:78:0:0:71:80:0:0 chr2 197021276 . T C 449.45 PASS AF=0.470588;AO=45;DP=99;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0365301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.73;QD=17.6256;RBI=0.0367058;REFB=-0.00762505;REVB=-0.00358723;RO=53;SAF=25;SAR=20;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449518;STB=0.534869;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00962427;OID=.;OPOS=197021276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:53:54:45:48:0.470588:20:25:27:26:20:28:28:26 chr2 197021372 . T A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00489465;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.664;QD=56.9382;RBI=0.00785893;REFB=0;REVB=0.00614859;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17021e-05;OID=.;OPOS=197021372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr2 197065221 . A G 2013.42 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000638571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.439;QD=61.4785;RBI=0.0468218;REFB=-0.134974;REVB=0.0468174;RO=0;SAF=63;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263894;OID=.;OPOS=197065221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:131:131:0:0:129:131:1:66:63:0:0:68:63:0:0 chr2 197065415 . T C 448.99 PASS AF=0.374101;AO=52;DP=139;FAO=52;FDP=139;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.0467938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9185;QD=12.9205;RBI=0.0502186;REFB=0.0195724;REVB=0.0182276;RO=87;SAF=28;SAR=24;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990491;STB=0.55627;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0242185;OID=.;OPOS=197065415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:87:87:52:52:0.374101:24:28:39:48:24:28:39:48 chr2 197118729 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00203627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.536;QD=58.4196;RBI=0.026513;REFB=0;REVB=-0.0264347;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.03305e-05;OID=.;OPOS=197118729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr2 197154234 . A G 805.1 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00389653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.387;QD=64.4076;RBI=0.0174083;REFB=0;REVB=0.0169666;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55682e-05;OID=.;OPOS=197154234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr2 197184321 . C T 983.1 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216559;FXX=0.0285673;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.911;QD=57.8293;RBI=0.0218902;REFB=-0.145049;REVB=-0.00319432;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000406966;OID=.;OPOS=197184321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:68:0:1:67:67:0.985294:41:26:0:0:41:26:0:1 chr2 197504545 . C G 885.75 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.017;QD=58.082;RBI=0.109298;REFB=0;REVB=0.103104;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310318;OID=.;OPOS=197504545;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:23:37:0:0:24:37:0:0 chr2 197636574 . G A 219.67 PASS AF=0.311111;AO=28;DP=90;FAO=28;FDP=90;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0148149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.07;QD=9.76311;RBI=0.0220042;REFB=-0.017104;REVB=0.0162697;RO=61;SAF=8;SAR=20;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307318;STB=0.676438;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0445918;OID=.;OPOS=197636574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:61:62:28:28:0.311111:20:8:33:28:20:8:33:29 chr2 197767425 . G A 99.83 PASS AF=0.184783;AO=17;DP=92;FAO=17;FDP=92;FR=.;FRO=75;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0136986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.861;QD=4.34028;RBI=0.0147492;REFB=0.000566395;REVB=-0.00546686;RO=75;SAF=6;SAR=11;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227353;STB=0.646886;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00565808;OID=.;OPOS=197767425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:75:75:17:17:0.184783:11:6:40:35:11:6:40:35 chr2 197890001 . C T 167.78 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00903306;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.228;QD=11.5708;RBI=0.035129;REFB=0.00413087;REVB=-0.0339478;RO=36;SAF=7;SAR=14;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158788;STB=0.585282;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.00967127;OID=.;OPOS=197890001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:36:37:21:21:0.362069:14:7:17:19:14:7:17:20 chr2 197990566 . C T 183.88 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0172611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.58;QD=10.2153;RBI=0.0188448;REFB=-0.00390032;REVB=0.00756167;RO=47;SAF=19;SAR=5;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.524648;STB=0.800437;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00642241;OID=.;OPOS=197990566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:48:24:24:0.333333:5:19:15:32:5:19:16:32 chr2 198001319 . A G 1399.36 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105167;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.902;QD=62.8925;RBI=0.105666;REFB=0;REVB=0.0102581;RO=0;SAF=56;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000690671;OID=.;OPOS=198001319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:33:56:0:0:33:56:0:0 chr2 198257795 . T C 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.000162852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.638;QD=23.2631;RBI=0.00239102;REFB=0.0130224;REVB=0.00238547;RO=19;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195499;STB=0.510908;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.0122599;OID=.;OPOS=198257795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:14:9:7:12:14:9:7:12 chr2 198265526 . A G 443.05 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.00344087;FXX=0.0373797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.846;QD=17.2059;RBI=0.0106344;REFB=-0.016428;REVB=-0.0100623;RO=54;SAF=27;SAR=21;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292022;STB=0.510502;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0161106;OID=.;OPOS=198265526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:54:55:48:48:0.466019:21:27:32:22:21:27:32:23 chr2 198283305 . T C 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0123362;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.428;QD=21.0076;RBI=0.0139869;REFB=0.00493631;REVB=-0.00659176;RO=17;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466785;STB=0.526288;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.00491618;OID=.;OPOS=198283305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:9:10:8:9:9:10:8:9 chr2 198327314 . G A 210.25 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.029014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.272;QD=15.5739;RBI=0.0294618;REFB=-0.00874022;REVB=-0.00511771;RO=30;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114795;STB=0.565163;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0109599;OID=.;OPOS=198327314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:14:10:16:14:14:10:16:14 chr2 198339546 . T C 58.23 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00523617;FXX=0;HRUN=17;LEN=1;MLLD=115.319;QD=3.88227;RBI=0.0587695;REFB=-0.00132556;REVB=-0.0585358;RO=39;SAF=2;SAR=8;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.579862;STB=0.80985;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00529842;OID=.;OPOS=198339546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:50:60:39:50:10:10:0.166667:8:2:28:11:8:2:29:21 chr2 198362018 . T C 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0181475;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.75;QD=16.9796;RBI=0.0241772;REFB=-0.0146209;REVB=-0.0159752;RO=29;SAF=18;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26923;STB=0.652054;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0192957;OID=.;OPOS=198362018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:8:18:12:17:8:18:12:17 chr2 198363504 . A G 248.25 PASS AF=0.314286;AO=33;DP=105;FAO=33;FDP=105;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.00359056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.031;QD=9.45714;RBI=0.00360772;REFB=-0.000978907;REVB=0.000351461;RO=72;SAF=14;SAR=19;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105551;STB=0.561702;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00224524;OID=.;OPOS=198363504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:72:72:33:33:0.314286:19:14:37:35:19:14:37:35 chr2 198482550 . C T 451.05 PASS AF=0.318681;AO=58;DP=182;FAO=58;FDP=182;FR=.;FRO=124;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=58;FSRR=66;FWDB=-0.0140045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.205;QD=9.91308;RBI=0.0177421;REFB=-0.00590838;REVB=-0.010893;RO=123;SAF=28;SAR=30;SRF=58;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132088;STB=0.510247;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0164765;OID=.;OPOS=198482550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:123:124:58:58:0.318681:30:28:58:65:30:28:58:66 chr2 198508951 . G A 538.44 PASS AF=0.43609;AO=58;DP=133;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=0.021799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2187;QD=16.1937;RBI=0.0476388;REFB=0.000541027;REVB=0.0423587;RO=75;SAF=32;SAR=26;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063348;STB=0.535363;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.000144989;OID=.;OPOS=198508951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:75:75:58:58:0.43609:26:32:46:29:26:32:46:29 chr2 198572076 . A ATTC,C 318.85 PASS AF=0.75,0.178571;AO=19,5;DP=28;FAO=21,5;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=11,5;FSAR=10,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00940235,0.0177253;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=153.899,60.1148;QD=45.5506;RBI=0.00942738,0.0236853;REFB=-0.00902689,-0.042562;REVB=-0.000686497,-0.01571;RO=2;SAF=11,5;SAR=8,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0141082,0.749526;STB=0.502073,0.996516;STBP=0.876,0.14;TYPE=ins,snp;VARB=0.00209552,0.0509736;OID=.,.;OPOS=198572077,198572076;OREF=-,A;OALT=TTC,C;OMAPALT=ATTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:28:28:2:2:19,5:21,5:0.75,0.178571:8,0:11,5:1:1:10,0:11,5:1:1 chr2 198572461 . C T 529.76 PASS AF=0.551724;AO=39;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00499689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.13;QD=24.3568;RBI=0.0265286;REFB=-0.0329086;REVB=0.0260537;RO=37;SAF=33;SAR=6;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363348;STB=0.570472;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0268747;OID=.;OPOS=198572461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:37:39:48:0.551724:6:33:20:17:15:33:20:17 chr2 198950029 . A G 289.47 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00648143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5699;QD=25.7306;RBI=0.00776262;REFB=-0.00810268;REVB=-0.00427192;RO=19;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892493;STB=0.54945;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00364266;OID=.;OPOS=198950029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:14:12:11:8:14:12:11:8 chr2 200136583 . T A 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.118;QD=61.0481;RBI=0.0128786;REFB=0;REVB=0.00485374;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2917e-05;OID=.;OPOS=200136583;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:33:45:0:0:33:45:0:0 chr2 200790050 . A G 395.92 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.026195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.876;QD=20.3036;RBI=0.0266965;REFB=-0.00919243;REVB=-0.00515055;RO=37;SAF=26;SAR=14;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147881;STB=0.589288;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.010609;OID=.;OPOS=200790050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:38:40:40:0.512821:14:26:18:19:14:26:18:20 chr2 200790216 . C T 364.32 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00524961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.883;QD=21.1199;RBI=0.00924922;REFB=-0.0163201;REVB=-0.00761509;RO=32;SAF=16;SAR=21;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00432378;STB=0.502391;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0178237;OID=.;OPOS=200790216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:21:16:14:18:21:16:14:18 chr2 200792881 . C T 1624.41 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00569256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.885;QD=60.1635;RBI=0.0219248;REFB=0;REVB=0.0211729;RO=0;SAF=55;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31226e-05;OID=.;OPOS=200792881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:53:55:0:0:53:55:0:0 chr2 201173767 . T G 489.46 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00623937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.657;QD=18.2975;RBI=0.0162505;REFB=-0.0116736;REVB=0.0150049;RO=55;SAF=35;SAR=17;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144542;STB=0.580377;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0167784;OID=.;OPOS=201173767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:55:52:52:0.485981:17:35:29:26:17:35:29:26 chr2 201253956 . A G 298.07 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00381904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.098;QD=20.9169;RBI=0.0191766;REFB=-0.0108171;REVB=-0.0187925;RO=26;SAF=14;SAR=17;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560016;STB=0.531015;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00623892;OID=.;OPOS=201253956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:17:14:10:16:17:14:10:16 chr2 201344434 . A G 153.92 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00298355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6019;QD=11.6167;RBI=0.0472952;REFB=-0.017311;REVB=0.047201;RO=33;SAF=13;SAR=6;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585442;STB=0.54762;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0451724;OID=.;OPOS=201344434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:34:19:19:0.358491:6:13:21:12:6:13:21:13 chr2 201344491 . G A 206.62 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0186957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6278;QD=13.1187;RBI=0.0582796;REFB=-0.00371868;REVB=-0.0551995;RO=38;SAF=14;SAR=11;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773967;STB=0.544236;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00664739;OID=.;OPOS=201344491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:11:14:24:14:11:14:24:14 chr2 201344732 . C T 475.61 PASS AF=0.494737;AO=45;DP=94;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0469221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.1;QD=20.0255;RBI=0.0472831;REFB=-0.0222317;REVB=-0.00583119;RO=48;SAF=23;SAR=22;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672394;STB=0.547386;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0181795;OID=.;OPOS=201344732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:48:48:45:47:0.494737:22:23:28:20:24:23:28:20 chr2 201354935 . C G 439.94 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00802625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.352;QD=21.9969;RBI=0.0125091;REFB=-0.0490426;REVB=0.00959469;RO=37;SAF=28;SAR=15;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022807;STB=0.512567;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0238115;OID=.;OPOS=201354935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:15:28:25:12:15:28:25:12 chr2 201437328 . C A 253.92 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0412108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0875;QD=21.6099;RBI=0.0412663;REFB=0.0163458;REVB=-0.00214021;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174708;STB=0.509796;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00381855;OID=.;OPOS=201437328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:13:11:11:12:13:11:11:12 chr2 201437334 . T C 712.81 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206504;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.595;QD=63.3606;RBI=0.0208082;REFB=0;REVB=0.00255805;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46633e-05;OID=.;OPOS=201437334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr2 201468732 . C G 154.02 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00849318;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.479;QD=13.3932;RBI=0.0960745;REFB=-0.000713524;REVB=0.0956983;RO=28;SAF=7;SAR=10;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278906;STB=0.64983;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00180891;OID=.;OPOS=201468732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:29:17:17:0.369565:10:7:19:9:10:7:19:10 chr2 201468785 . C G 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00588622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.002;QD=15.196;RBI=0.0138903;REFB=0.00166581;REVB=-0.0125814;RO=26;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215753;STB=0.624858;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00339545;OID=.;OPOS=201468785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:12:6:14:12:12:6:14:12 chr2 202245244 . A G 405.53 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.0108036;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.047;QD=19.7817;RBI=0.014783;REFB=0.000737786;REVB=-0.0100906;RO=41;SAF=24;SAR=17;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13999;STB=0.577323;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.000781388;OID=.;OPOS=202245244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:17:24:30:11:17:24:30:11 chr2 202252539 . G A 405.59 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0193281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7665;QD=15.1622;RBI=0.0206892;REFB=0.00730715;REVB=0.00738037;RO=61;SAF=26;SAR=20;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00808465;STB=0.50454;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.0107597;OID=.;OPOS=202252539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:61:61:46:46:0.429907:20:26:34:27:20:26:34:27 chr2 202260049 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0479333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.861;QD=57.1059;RBI=0.0485431;REFB=0;REVB=0.00766965;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.13139e-05;OID=.;OPOS=202260049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr2 202264156 . C T 807.04 PASS AF=0.542857;AO=76;DP=140;FAO=76;FDP=140;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.0169555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.706;QD=23.0584;RBI=0.0223328;REFB=-0.00781038;REVB=-0.014535;RO=64;SAF=37;SAR=39;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102215;STB=0.555874;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00611394;OID=.;OPOS=202264156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:64:64:76:76:0.542857:39:37:39:25:39:37:39:25 chr2 202337730 . A G 492.05 PASS AF=0.490566;AO=56;DP=109;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00317744;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.043;QD=18.5678;RBI=0.0149631;REFB=-0.00926104;REVB=0.0146219;RO=53;SAF=27;SAR=29;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406854;STB=0.548345;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00836919;OID=.;OPOS=202337730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:106:53:54:56:52:0.490566:29:27:28:25:29:23:29:25 chr2 202342402 . G T 682.57 PASS AF=0.527559;AO=67;DP=127;FAO=67;FDP=127;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.00671463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.791;QD=21.4981;RBI=0.00870535;REFB=-0.0104428;REVB=0.00554046;RO=60;SAF=31;SAR=36;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893148;STB=0.549023;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00763855;OID=.;OPOS=202342402;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:60:60:67:67:0.527559:36:31:34:26:36:31:34:26 chr2 202357949 . A C 482.53 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6455;QD=58.489;RBI=0.0410397;REFB=0;REVB=-0.0123166;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411132;OID=.;OPOS=202357949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr2 202410300 . A T 310.71 PASS AF=0.371134;AO=35;DP=96;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.0110678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.961;QD=12.8128;RBI=0.0187804;REFB=-0.00561054;REVB=0.0151725;RO=59;SAF=24;SAR=11;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309422;STB=0.539546;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00831792;OID=.;OPOS=202410300;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:59:61:35:36:0.371134:11:24:39:20:11:25:39:22 chr2 202469361 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.264;QD=57.6807;RBI=0.0444385;REFB=0;REVB=0.0248381;RO=0;SAF=4;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28971e-05;OID=.;OPOS=202469361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:27:4:0:0:27:4:0:0 chr2 202507353 . G C 280.1 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=32;FWDB=0.00297333;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.988;QD=16.4766;RBI=0.0039705;REFB=-0.0147587;REVB=-0.00263138;RO=36;SAF=5;SAR=26;SRF=5;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409494;STB=0.527256;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0120409;OID=.;OPOS=202507353;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:36:37:31:31:0.455882:26:5:5:31:26:5:5:32 chr2 202512449 . C T 606.09 PASS AF=0.606742;AO=54;DP=89;FAO=54;FDP=89;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0106618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.855;QD=27.2399;RBI=0.0193923;REFB=0.00287809;REVB=0.0161983;RO=35;SAF=29;SAR=25;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458793;STB=0.52498;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.00167104;OID=.;OPOS=202512449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:35:35:54:54:0.606742:25:29:21:14:25:29:21:14 chr2 202557702 . C T 769.29 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7665;QD=56.9847;RBI=0.0351026;REFB=0;REVB=0.0237729;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60125e-05;OID=.;OPOS=202557702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr2 202575821 . G A 594.38 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.439;QD=60.9617;RBI=0.0195889;REFB=0;REVB=-0.00670514;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019898;OID=.;OPOS=202575821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr2 202593776 . G A 152.73 PASS AF=0.2;AO=26;DP=128;FAO=26;FDP=130;FR=.;FRO=104;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=64;FWDB=-0.00799661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.27;QD=4.69951;RBI=0.0147663;REFB=0.00109712;REVB=-0.0124137;RO=102;SAF=12;SAR=14;SRF=38;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115675;STB=0.562453;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00595415;OID=.;OPOS=202593776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:102:104:26:26:0.2:14:12:38:64:14:12:40:64 chr2 202625615 . C T 1607.07 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00127066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.955;QD=64.2826;RBI=0.0331182;REFB=0;REVB=-0.0330938;RO=0;SAF=62;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57415e-05;OID=.;OPOS=202625615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:38:62:0:0:38:62:0:0 chr2 202633582 . A G,T 757.81 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=51,3;DP=54;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23,1;FSAR=29,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150078,-0.00312771;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=175.986,131.411;QD=56.1344;RBI=0.0129858,0.0130521;REFB=0,0;REVB=0.0128988,0.0126719;RO=0;SAF=22,2;SAR=29,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000433972,0.00870743;OID=.,.;OPOS=202633582,202633582;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:54:0:0:51,3:52,2:0.962963,0.037037:29,1:22,2:0:0:29,1:23,1:0:0 chr2 202741256 . A T 1540.55 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.73;QD=59.8273;RBI=0.039515;REFB=0;REVB=-0.0234152;RO=0;SAF=46;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7964e-05;OID=.;OPOS=202741256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:57:46:0:0:57:46:0:0 chr2 202741269 . G A 1540.55 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.767;QD=59.8271;RBI=0.0273159;REFB=0;REVB=0.0133963;RO=0;SAF=46;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11131e-05;OID=.;OPOS=202741269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:57:46:0:0:57:46:0:0 chr2 202902648 . CT C 51.59 PASS AF=0.246575;AO=49;DP=152;FAO=36;FDP=146;FR=.;FRO=110;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=69;FSRR=41;FWDB=0.0313192;FXX=0.0394711;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.56275;QD=1.41334;RBI=0.265096;REFB=-0.0740501;REVB=-0.26324;RO=71;SAF=24;SAR=25;SRF=50;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225402;STB=0.534423;STBP=0.647;TYPE=del;VARB=0.00579018;OID=.;OPOS=202902649;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.246575:49:152:36:146:110:21:15:69:41:51:71:24:25:50:21 chr2 202964380 . G A 292.64 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00796837;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.255;QD=16.9644;RBI=0.0100189;REFB=-0.011721;REVB=0.00607315;RO=38;SAF=20;SAR=11;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689314;STB=0.550988;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0143741;OID=.;OPOS=202964380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:37:31:32:0.463768:11:20:22:16:11:21:21:16 chr2 203139844 . T C 68.8 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0490437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.045;QD=15.2896;RBI=0.0490442;REFB=-0.00925003;REVB=-0.00022236;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101784;STB=0.559863;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00705409;OID=.;OPOS=203139844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:5:4:3:6:5:4 chr2 203155936 . A C 231.66 PASS AF=0.45;AO=26;DP=61;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0569028;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7547;QD=15.4441;RBI=0.0928038;REFB=-0.022138;REVB=0.0733118;RO=33;SAF=7;SAR=19;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291379;STB=0.644797;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0317528;OID=.;OPOS=203155936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:33:33:26:27:0.45:19:7:18:15:19:8:18:15 chr2 203424420 . A G 79.44 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00471845;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.08;QD=6.48466;RBI=0.0173053;REFB=-0.00961834;REVB=-0.0166496;RO=39;SAF=5;SAR=6;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102089;STB=0.57551;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0239538;OID=.;OPOS=203424420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:51:49:39:38:11:11:0.22449:6:5:21:18:6:5:21:17 chr2 203640713 . T C 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00871617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.593;QD=16.9411;RBI=0.0135215;REFB=-0.00212721;REVB=-0.0103373;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187431;STB=0.606688;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00213503;OID=.;OPOS=203640713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:9:10:8:16:9:10:8:16 chr2 203996722 . G A 195.41 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0129337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.833;QD=10.5625;RBI=0.0131095;REFB=-0.00378657;REVB=-0.00213944;RO=48;SAF=12;SAR=13;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000942226;STB=0.506488;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00830487;OID=.;OPOS=203996722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:49:25:25:0.337838:13:12:23:25:13:12:24:25 chr2 204062061 . A G 981.34 PASS AF=0.591837;AO=87;DP=147;FAO=87;FDP=147;FR=.;FRO=60;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00297903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.933;QD=26.703;RBI=0.00326109;REFB=-0.00313334;REVB=-0.00132668;RO=59;SAF=44;SAR=43;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146533;STB=0.511261;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00189228;OID=.;OPOS=204062061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:59:60:87:87:0.591837:43:44:31:28:43:44:32:28 chr2 204090887 . C G 433.3 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00672706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.126;QD=18.0543;RBI=0.00719165;REFB=-0.0113513;REVB=0.00254293;RO=52;SAF=25;SAR=19;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851805;STB=0.547597;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0103108;OID=.;OPOS=204090887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:19:25:25:27:19:25:25:27 chr2 204116690 . C T 185.5 PASS AF=0.301205;AO=24;DP=83;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00410587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.782;QD=8.93961;RBI=0.0399064;REFB=-0.00185552;REVB=-0.0396946;RO=58;SAF=14;SAR=10;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383542;STB=0.505855;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00427113;OID=.;OPOS=204116690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:58:58:24:25:0.301205:10:14:32:26:11:14:32:26 chr2 204206977 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.563;QD=63.8717;RBI=0.0416244;REFB=0;REVB=-0.0291021;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01354e-06;OID=.;OPOS=204206977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr2 204298736 . C T 912.4 PASS AF=0.511236;AO=88;DP=174;FAO=91;FDP=178;FR=.;FRO=87;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=0.038948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.292;QD=20.5033;RBI=0.0410204;REFB=-0.0223924;REVB=-0.0128732;RO=85;SAF=38;SAR=50;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351357;STB=0.510202;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0130743;OID=.;OPOS=204298736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:178:85:87:88:91:0.511236:50:38:40:45:50:41:41:46 chr2 204298783 . A C 494.37 PASS AF=0.703125;AO=44;DP=64;FAO=45;FDP=64;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0660161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3925;QD=30.8982;RBI=0.0775403;REFB=-0.080943;REVB=0.0406739;RO=20;SAF=20;SAR=24;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00264243;STB=0.508768;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0204521;OID=.;OPOS=204298783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:20:19:44:45:0.703125:24:20:9:11:25:20:9:10 chr2 204298787 . A C 361.18 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.017708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5035;QD=23.3019;RBI=0.0213286;REFB=-0.0772966;REVB=0.0118886;RO=26;SAF=15;SAR=21;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645053;STB=0.535499;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0552897;OID=.;OPOS=204298787;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:21:15:13:13:21:15:13:13 chr2 204298791 . A C 233.42 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0195357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7727;QD=16.976;RBI=0.0195904;REFB=-0.0150771;REVB=-0.00146274;RO=29;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15228;STB=0.585708;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0152072;OID=.;OPOS=204298791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:11:15:12:17:11:15:12:17 chr2 204298795 . A C 74.59 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0103472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4581;QD=5.96711;RBI=0.0931357;REFB=-0.0372238;REVB=-0.0925592;RO=39;SAF=5;SAR=6;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399279;STB=0.525501;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.192173;OID=.;OPOS=204298795;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:50:50:39:39:11:11:0.22:6:5:19:20:6:5:19:20 chr2 204298802 . T G 141.62 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0267926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3973;QD=11.1072;RBI=0.0666357;REFB=-0.0260293;REVB=-0.061012;RO=34;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170102;STB=0.600829;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0778848;OID=.;OPOS=204298802;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:6:11:17:17:6:11:17:17 chr2 204299256 . C T 339.49 PASS AF=0.473684;AO=35;DP=75;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.000542244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.079;QD=17.8679;RBI=0.015744;REFB=-0.00869535;REVB=-0.0157347;RO=40;SAF=16;SAR=19;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646667;STB=0.527762;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0108454;OID=.;OPOS=204299256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:40:40:35:36:0.473684:19:16:21:19:19:17:21:19 chr2 204304214 . G A 414.0 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0125157;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.815;QD=19.0347;RBI=0.0129051;REFB=-0.0123193;REVB=-0.00314606;RO=44;SAF=26;SAR=16;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915194;STB=0.557534;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0141594;OID=.;OPOS=204304214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:45:42:42:0.482759:16:26:23:21:16:26:23:22 chr2 204322298 . T C 122.58 PASS AF=0.320755;AO=16;DP=48;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0403777;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.9041;QD=9.25147;RBI=0.0425251;REFB=-0.0178008;REVB=-0.0133425;RO=32;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379692;STB=0.556011;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0135533;OID=.;OPOS=204322298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:53:32:36:16:17:0.320755:10:6:11:21:10:7:12:24 chr2 204732714 . A G 675.17 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000297777;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.334;QD=62.8061;RBI=0.0128902;REFB=0;REVB=0.0128868;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561647;OID=.;OPOS=204732714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr2 204824283 . T G 442.78 PASS AF=0.551282;AO=42;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0501815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3867;QD=22.7068;RBI=0.0569928;REFB=0.0144389;REVB=-0.0270185;RO=35;SAF=14;SAR=28;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157666;STB=0.590287;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00445403;OID=.;OPOS=204824283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:42:43:0.551282:28:14:18:17:29:14:18:17 chr2 205829991 . C T 297.46 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00810001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.984;QD=13.3692;RBI=0.0166759;REFB=-0.00792572;REVB=0.0145765;RO=55;SAF=26;SAR=8;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252855;STB=0.64587;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.01382;OID=.;OPOS=205829991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:55:34:34:0.382022:8:26:31:24:8:26:31:24 chr2 205912403 . T C 222.43 PASS AF=0.363636;AO=27;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.0392746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.812;QD=11.5546;RBI=0.0394257;REFB=-0.0182862;REVB=0.00344814;RO=49;SAF=15;SAR=12;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881768;STB=0.562515;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0206564;OID=.;OPOS=205912403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:27:28:0.363636:12:15:31:18:13:15:31:18 chr2 205969220 . G A 784.47 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.074;QD=57.0525;RBI=0.0160987;REFB=0;REVB=0.00484598;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89063e-05;OID=.;OPOS=205969220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:52:55:1:27:25:0:0:29:26:0:0 chr2 205986321 . A G 489.46 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0180731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5148;QD=24.7828;RBI=0.018075;REFB=0.000570228;REVB=0.000263587;RO=32;SAF=34;SAR=12;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195873;STB=0.522336;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00087995;OID=.;OPOS=205986321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:33:46:46:0.582278:12:34:23:9:12:34:23:10 chr2 205990353 . C T 489.57 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0262638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.326;QD=17.0287;RBI=0.0262712;REFB=-0.0135144;REVB=-0.000622635;RO=61;SAF=31;SAR=22;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431011;STB=0.528928;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0159718;OID=.;OPOS=205990353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:62:53:53:0.46087:22:31:33:28:22:31:33:29 chr2 206218963 . G A 233.59 PASS AF=0.315217;AO=29;DP=94;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.00448011;FXX=0.0212743;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.297;QD=10.156;RBI=0.00654972;REFB=-0.0036053;REVB=0.00477781;RO=63;SAF=12;SAR=17;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165122;STB=0.596648;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00644993;OID=.;OPOS=206218963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:63:63:29:29:0.315217:17:12:35:28:17:12:35:28 chr2 206219012 . TA CC 316.79 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0161256;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=177.932;QD=12.9302;RBI=0.0232549;REFB=-0.00640715;REVB=-0.0167558;RO=62;SAF=12;SAR=24;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225116;STB=0.629297;STBP=0.068;TYPE=mnp;VARB=0.0161459;OID=.;OPOS=206219012;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:62:62:36:36:0.367347:24:12:33:29:24:12:33:29 chr2 206364737 . T C 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00649782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.807;QD=59.8291;RBI=0.00941708;REFB=0;REVB=0.00681613;RO=0;SAF=51;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05172e-05;OID=.;OPOS=206364737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:52:51:0:0:52:51:0:0 chr2 206581033 . G A 2194.89 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1742;QD=63.1623;RBI=0.0371455;REFB=0;REVB=-0.0281992;RO=0;SAF=63;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.57773e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82049e-05;OID=.;OPOS=206581033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:139:0:0:136:139:1:73:63:0:0:73:66:0:0 chr2 206592695 . T C 1029.28 PASS AF=0.461207;AO=107;DP=230;FAO=107;FDP=232;FR=.;FRO=125;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=73;FSRR=52;FWDB=-0.0200016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.889;QD=17.7461;RBI=0.0223224;REFB=-0.00739344;REVB=0.00991086;RO=121;SAF=42;SAR=65;SRF=71;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186991;STB=0.603338;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00831613;OID=.;OPOS=206592695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:232:121:125:107:107:0.461207:65:42:71:50:65:42:73:52 chr2 206608039 . T C 1062.33 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2109;QD=59.8498;RBI=0.063052;REFB=0;REVB=-0.0568025;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225225;OID=.;OPOS=206608039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr2 206863874 . C T 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0910953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5432;QD=27.2217;RBI=0.0932363;REFB=-0.0136389;REVB=-0.0198658;RO=16;SAF=10;SAR=15;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273801;STB=0.515139;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00575821;OID=.;OPOS=206863874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:15:10:7:9:15:10:7:9 chr2 206874339 . G A 779.28 PASS AF=0.516556;AO=78;DP=151;FAO=78;FDP=151;FR=.;FRO=73;FSAF=58;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.0100443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.623;QD=20.6431;RBI=0.0129693;REFB=-0.00307423;REVB=-0.00820453;RO=73;SAF=58;SAR=20;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17492;STB=0.596585;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00238523;OID=.;OPOS=206874339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:73:73:78:78:0.516556:20:58:42:31:20:58:42:31 chr2 206911228 . G A 320.81 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0129497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.088;QD=21.3876;RBI=0.0180607;REFB=-0.0279147;REVB=-0.0125894;RO=26;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147349;STB=0.573725;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0190489;OID=.;OPOS=206911228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:27:33:33:0.55:20:13:15:11:20:13:15:12 chr2 206921451 . G A 277.95 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.00543578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=342.178;QD=13.7258;RBI=0.00557699;REFB=0.00304152;REVB=-0.00124705;RO=49;SAF=17;SAR=15;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109157;STB=0.562023;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.004533;OID=.;OPOS=206921451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:15:17:31:18:15:17:31:18 chr2 207006676 . T C 395.94 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0331025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9561;QD=20.3045;RBI=0.0693633;REFB=0.016003;REVB=0.0609548;RO=38;SAF=28;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167435;STB=0.593172;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.0144885;OID=.;OPOS=207006676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:12:28:20:18:12:28:20:18 chr2 207008763 . C A 357.64 PASS AF=0.383929;AO=42;DP=112;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0255359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.915;QD=12.7728;RBI=0.0488027;REFB=-0.0184432;REVB=0.0415888;RO=69;SAF=25;SAR=17;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974021;STB=0.546197;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0238095;OID=.;OPOS=207008763;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:69:69:42:43:0.383929:17:25:35:34:18:25:35:34 chr2 207041053 . T C 418.77 PASS AF=0.483146;AO=42;DP=88;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00734754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3517;QD=18.8213;RBI=0.0193716;REFB=-0.00199245;REVB=-0.0179241;RO=45;SAF=24;SAR=18;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566629;STB=0.542595;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00382654;OID=.;OPOS=207041053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:45:46:42:43:0.483146:18:24:23:22:18:25:23:23 chr2 207041441 . G A 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0231429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.965;QD=15.1654;RBI=0.0237159;REFB=-0.016224;REVB=0.00518164;RO=20;SAF=11;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297472;STB=0.673227;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0234187;OID=.;OPOS=207041441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:4:11:9:11:4:11:9:11 chr2 207086148 . T C 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.043;QD=59.3226;RBI=0.0417345;REFB=0;REVB=0.0394178;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48793e-05;OID=.;OPOS=207086148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr2 207172770 . A G 501.33 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=128;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.00193156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.393;QD=15.6664;RBI=0.017875;REFB=-0.00732911;REVB=0.0177703;RO=73;SAF=21;SAR=34;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882402;STB=0.549497;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0102887;OID=.;OPOS=207172770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:73:73:55:55:0.429688:34:21:34:39:34:21:34:39 chr2 207459467 . C T 956.25 PASS AF=0.409091;AO=108;DP=264;FAO=108;FDP=264;FR=.;FRO=156;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=80;FSRR=76;FWDB=-0.00988246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.357;QD=14.4887;RBI=0.0115824;REFB=-0.016316;REVB=0.00604059;RO=156;SAF=52;SAR=56;SRF=80;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331069;STB=0.518515;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0245716;OID=.;OPOS=207459467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:156:156:108:108:0.409091:56:52:80:76:56:52:80:76 chr2 207472683 . C CTA 727.13 PASS AF=0.409326;AO=78;DP=198;FAO=79;FDP=193;FR=.;FRO=114;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=54;FSRR=60;FWDB=-0.00368558;FXX=0.0252513;HRUN=1;LEN=2;MLLD=259.027;QD=15.0699;RBI=0.00579524;REFB=-0.00924861;REVB=0.00447229;RO=114;SAF=37;SAR=41;SRF=54;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000715832;STB=0.503159;STBP=0.943;TYPE=ins;VARB=0.0131696;OID=.;OPOS=207472684;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409326:78:198:79:193:114:37:42:54:60:99:114:37:41:54:60 chr2 207570560 . C T 297.43 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0275324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.502;QD=13.3677;RBI=0.0434283;REFB=-0.0165539;REVB=-0.0335855;RO=54;SAF=9;SAR=25;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134439;STB=0.573077;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0304552;OID=.;OPOS=207570560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:55:34:34:0.382022:25:9:20:34:25:9:20:35 chr2 207621759 . A G 1083.95 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0133248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9702;QD=58.5921;RBI=0.0177792;REFB=-0.119725;REVB=0.0117706;RO=1;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145519;STB=0.50769;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00329048;OID=.;OPOS=207621759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:32:41:0:1:32:41:0:1 chr2 207647981 . C T 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0584082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.93;QD=24.0741;RBI=0.0629926;REFB=-0.00830374;REVB=-0.0235914;RO=7;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166666;STB=0.593087;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00938287;OID=.;OPOS=207647981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:8:5:1:6:8:5:1:6 chr2 207653653 . G A 444.43 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.00110359;FXX=0.0180164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.388;QD=16.3093;RBI=0.006113;REFB=-0.00908218;REVB=-0.00601256;RO=60;SAF=26;SAR=23;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095599;STB=0.553376;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.010237;OID=.;OPOS=207653653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:60:49:49:0.449541:23:26:26:34:23:26:26:34 chr2 207820276 . G A 316.47 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0514123;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.538;QD=14.8926;RBI=0.0519395;REFB=0.00134126;REVB=-0.00738192;RO=50;SAF=15;SAR=20;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953319;STB=0.554023;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.0014707;OID=.;OPOS=207820276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:50:50:35:35:0.411765:20:15:26:24:20:15:26:24 chr2 207824384 . T G 383.67 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0269721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.492;QD=20.1933;RBI=0.0282928;REFB=0.00470402;REVB=0.00854352;RO=37;SAF=22;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921388;STB=0.551091;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.0031981;OID=.;OPOS=207824384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:17:22:17:20:17:22:17:20 chr2 207825656 . A T 276.08 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0443616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3147;QD=13.305;RBI=0.0487984;REFB=-0.00322201;REVB=-0.0203306;RO=51;SAF=18;SAR=14;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00669884;STB=0.503826;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00494786;OID=.;OPOS=207825656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:14:18:29:22:14:18:29:22 chr2 207988613 . C T 2067.43 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0316597;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=106.254;QD=61.7143;RBI=0.0372294;REFB=-0.10541;REVB=0.0195881;RO=1;SAF=80;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590497;STB=0.503105;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000224878;OID=.;OPOS=207988613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:133:133:0.992537:53:80:1:0:53:80:1:0 chr2 207998800 . C T 542.58 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386001;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.706;QD=60.2865;RBI=0.041198;REFB=0;REVB=0.0143984;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115665;OID=.;OPOS=207998800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr2 208442261 . C T 213.27 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0404228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.4;QD=12.5453;RBI=0.042746;REFB=-0.00777397;REVB=-0.0139002;RO=42;SAF=11;SAR=15;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133798;STB=0.576864;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0104452;OID=.;OPOS=208442261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:15:11:23:19:15:11:23:19 chr2 208477852 . G A 1538.56 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.918;QD=63.4457;RBI=0.0189077;REFB=0;REVB=0.00805119;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125927;OID=.;OPOS=208477852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:48:47:0:0:48:49:0:0 chr2 208477956 . C T 1487.78 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0040796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.892;QD=63.3097;RBI=0.00740273;REFB=0;REVB=0.00617715;RO=0;SAF=55;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62211e-05;OID=.;OPOS=208477956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:38:55:0:0:39:55:0:0 chr2 208478055 . A G 1908.5 PASS AF=0.976744;AO=126;DP=129;FAO=126;FDP=129;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0835602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4898;QD=59.1784;RBI=0.0835762;REFB=-0.147534;REVB=-0.00163427;RO=3;SAF=58;SAR=68;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239394;STB=0.512603;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0130776;OID=.;OPOS=208478055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:129:129:3:3:126:126:0.976744:68:58:3:0:68:58:3:0 chr2 208611807 . G A 321.75 PASS AF=0.375;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0260216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8758;QD=12.3751;RBI=0.0299313;REFB=-0.0026094;REVB=-0.0147905;RO=64;SAF=24;SAR=15;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111225;STB=0.568799;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00493738;OID=.;OPOS=208611807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:65:39:39:0.375:15:24:33:31:15:24:33:32 chr2 208633627 . C T 1070.48 PASS AF=0.488789;AO=109;DP=223;FAO=109;FDP=223;FR=.;FRO=114;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=45;FSRR=69;FWDB=-0.00476275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.145;QD=19.2015;RBI=0.0085392;REFB=-0.0196473;REVB=0.0070876;RO=114;SAF=47;SAR=62;SRF=45;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347253;STB=0.519093;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0216688;OID=.;OPOS=208633627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:114:114:109:109:0.488789:62:47:45:69:62:47:45:69 chr2 208693150 . G A 186.8 PASS AF=0.237705;AO=29;DP=121;FAO=29;FDP=122;FR=.;FRO=93;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=-0.0196295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0413;QD=6.12455;RBI=0.0237157;REFB=-0.00161887;REVB=0.0133086;RO=91;SAF=10;SAR=19;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822624;STB=0.552021;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00833292;OID=.;OPOS=208693150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:91:93:29:29:0.237705:19:10:37:54:19:10:38:55 chr2 208811097 . C T 457.66 PASS AF=0.390977;AO=52;DP=136;FAO=52;FDP=133;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=50;FSRR=31;FWDB=-0.0334927;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.588;QD=13.7642;RBI=0.0491345;REFB=-0.0143675;REVB=0.0359505;RO=80;SAF=30;SAR=22;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116362;STB=0.525364;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0249808;OID=.;OPOS=208811097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:133:80:81:52:52:0.390977:22:30:47:33:22:30:50:31 chr2 208938866 . G T 502.11 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00163259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.896;QD=59.0715;RBI=0.0416247;REFB=0;REVB=0.0415927;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167862;OID=.;OPOS=208938866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:16:17:0:0:17:17:0:0 chr2 208986637 . T C 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0174021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.575;QD=13.336;RBI=0.0258472;REFB=-0.0130826;REVB=-0.0191114;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120601;STB=0.520521;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0230773;OID=.;OPOS=208986637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:24:15:15:0.384615:8:7:11:12:8:7:12:12 chr2 208989037 . A G 248.32 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0423677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.038;QD=11.6858;RBI=0.0446528;REFB=-0.00592336;REVB=-0.0141012;RO=54;SAF=20;SAR=10;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676178;STB=0.534459;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0109974;OID=.;OPOS=208989037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:55:30:30:0.352941:10:20:33:21:10:20:34:21 chr2 209007559 . T G 250.81 PASS AF=0.313131;AO=31;DP=99;FAO=31;FDP=99;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.0201924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8305;QD=10.1336;RBI=0.0273965;REFB=-0.0154731;REVB=-0.0185157;RO=66;SAF=12;SAR=19;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235126;STB=0.645835;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0317286;OID=.;OPOS=209007559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:66:68:31:31:0.313131:19:12:39:27:19:12:41:27 chr2 209010707 . G A 297.87 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00766005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.679;QD=15.8865;RBI=0.013725;REFB=-0.0222807;REVB=0.0113885;RO=42;SAF=10;SAR=23;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29727;STB=0.667946;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0338253;OID=.;OPOS=209010707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:23:10:25:17:23:10:25:17 chr2 209030050 . T A 172.99 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0204436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0286;QD=11.3435;RBI=0.0844381;REFB=-0.0366112;REVB=0.0819259;RO=39;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423195;STB=0.524568;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0552725;OID=.;OPOS=209030050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:11:11:18:21:11:11:18:21 chr2 209033173 . A G 329.77 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0338792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.608;QD=15.7033;RBI=0.042502;REFB=-0.0148348;REVB=-0.0256635;RO=48;SAF=13;SAR=23;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597232;STB=0.533736;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0267827;OID=.;OPOS=209033173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:23:13:20:28:23:13:20:28 chr2 209036712 . T C 516.68 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=118;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00132508;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.06;QD=17.6643;RBI=0.0104802;REFB=-0.00532892;REVB=-0.0103961;RO=62;SAF=29;SAR=26;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01065;STB=0.514467;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0056081;OID=.;OPOS=209036712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:62:62:55:55:0.470085:26:29:32:30:26:29:31:31 chr2 209036760 . A G 83.78 PASS AF=0.141732;AO=18;DP=127;FAO=18;FDP=127;FR=.;FRO=109;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=60;FWDB=-0.0758803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.5659;QD=2.63885;RBI=0.0960479;REFB=0.00222109;REVB=-0.0588845;RO=102;SAF=9;SAR=9;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371088;STB=0.543259;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.023553;OID=.;OPOS=209036760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:127:127:102:109:18:18:0.141732:9:9:48:54:9:9:49:60 chr2 209036778 . A G 1857.48 PASS AF=0.99187;AO=120;DP=122;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0435532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.266;QD=60.406;RBI=0.0744262;REFB=-0.0570427;REVB=0.0603521;RO=1;SAF=51;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092228;STB=0.504854;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000318476;OID=.;OPOS=209036778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:123:1:1:120:122:0.99187:69:51:1:0:71:51:1:0 chr2 209184980 . G A 1036.93 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00182849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.698;QD=59.2531;RBI=0.0283306;REFB=0;REVB=0.0282715;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35039e-05;OID=.;OPOS=209184980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:26:42:0:0:27:43:0:0 chr2 209184999 . C T 888.41 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0228355;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.22;QD=56.4068;RBI=0.0229193;REFB=0.0264258;REVB=-0.00195893;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506491;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-5.75897e-05;OID=.;OPOS=209184999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:24:38:0:0:24:38:1:0 chr2 209190330 . T C 1229.05 PASS AF=0.905263;AO=85;DP=95;FAO=86;FDP=95;FR=.;FRO=9;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.12395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7894;QD=51.7496;RBI=0.133718;REFB=-0.173188;REVB=0.0501684;RO=5;SAF=44;SAR=41;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333701;STB=0.514702;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0148051;OID=.;OPOS=209190330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:95:95:5:9:85:86:0.905263:41:44:1:4:42:44:6:3 chr2 209190519 . A T 623.52 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00301854;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.646;QD=59.3824;RBI=0.00301972;REFB=0.00453177;REVB=8.43418e-05;RO=1;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302497;STB=0.516121;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000250755;OID=.;OPOS=209190519;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:15:26:0:1:15:26:0:1 chr2 209190528 . C G 645.11 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00166185;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6397;QD=62.9375;RBI=0.0284413;REFB=0;REVB=0.0283927;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203033;OID=.;OPOS=209190528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:16:24:0:0:16:25:0:0 chr2 209191082 . C A 306.23 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9828;QD=53.258;RBI=0.0372601;REFB=0;REVB=-0.00106705;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107322;OID=.;OPOS=209191082;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr2 209191099 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.969;QD=45.8068;RBI=0.0682267;REFB=0;REVB=0.0657955;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00365902;OID=.;OPOS=209191099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr2 209209827 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00734316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.579;QD=62.6709;RBI=0.0202862;REFB=0;REVB=0.0189105;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.418e-05;OID=.;OPOS=209209827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:28:15:0:0:28:16:0:0 chr2 209212707 . G A 1831.54 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0411796;FXX=0.0162588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.036;QD=60.5467;RBI=0.0453716;REFB=-0.0410727;REVB=0.0190478;RO=1;SAF=52;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693477;STB=0.503649;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000272411;OID=.;OPOS=209212707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:68:52:0:1:68:52:0:1 chr2 209214770 . A G 1219.82 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.020119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.719;QD=58.7867;RBI=0.0370335;REFB=-0.0367239;REVB=0.0310919;RO=2;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255771;STB=0.51351;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000177408;OID=.;OPOS=209214770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:2:2:81:81:0.975904:36:45:0:2:36:45:0:2 chr2 209215586 . A G 1587.64 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1041;QD=64.147;RBI=0.022644;REFB=0;REVB=0.00969407;RO=0;SAF=44;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.44274e-05;OID=.;OPOS=209215586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:55:44:0:0:55:44:0:0 chr2 209220157 . G T 3783.55 PASS AF=1;AO=239;DP=240;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252766;FXX=0.00416649;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.23;QD=63.323;RBI=0.0252865;REFB=0.0518482;REVB=0.000707142;RO=0;SAF=100;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0508e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182199;OID=.;OPOS=209220157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:240:239:0:0:239:239:1:139:100:0:0:139:100:0:0 chr2 209220238 . G C 3860.37 PASS AF=0.988235;AO=251;DP=254;FAO=252;FDP=255;FR=.;FRO=3;FSAF=87;FSAR=165;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0667255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2462;QD=60.5549;RBI=0.0745477;REFB=-0.0710109;REVB=0.0332427;RO=3;SAF=87;SAR=164;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00793258;STB=0.504171;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00162304;OID=.;OPOS=209220238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:254:255:3:3:251:252:0.988235:164:87:2:1:165:87:2:1 chr2 209224874 . CAA CA,CAC 804.81 PASS AF=0.932203,0.0677966;AO=53,4;DP=59;FAO=55,4;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=17,4;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00132273,-0.0256531;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.716,7.47805;QD=54.5637;RBI=0.00136414,0.0631284;REFB=0,0;REVB=-0.000333564,-0.0576811;RO=1;SAF=17,4;SAR=36,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.01291,0.749895;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00938177,0.0928491;OID=.,.;OPOS=209224875,209224876;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CA,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.932203,0.0677966:53,4:59:55,4:59:0:17,4:38,0:0:0:12:1:17,4:36,0:0:1 chr2 209358027 . C T 281.97 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00876242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.596;QD=14.6476;RBI=0.0175591;REFB=-0.0110902;REVB=-0.0152165;RO=45;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483207;STB=0.527375;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0142756;OID=.;OPOS=209358027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:17:15:19:26:17:15:19:26 chr2 209785278 . A G 5004.4 PASS AF=1;AO=312;DP=312;FAO=318;FDP=318;FR=.;FRO=0;FSAF=171;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.261;QD=62.9484;RBI=0.02118;REFB=0;REVB=0.0109132;RO=0;SAF=170;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33584e-06;OID=.;OPOS=209785278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:312:318:0:0:312:318:1:142:170:0:0:147:171:0:0 chr2 210517915 . T C 145.43 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0166317;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.054;QD=8.6825;RBI=0.0317886;REFB=-0.00869188;REVB=-0.0270906;RO=47;SAF=17;SAR=3;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405126;STB=0.747324;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0171142;OID=.;OPOS=210517915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:47:20:20:0.298507:3:17:27:20:3:17:27:20 chr2 210586685 . T C 2401.22 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.47;QD=61.1776;RBI=0.0284869;REFB=0;REVB=0.00803466;RO=0;SAF=80;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77735e-05;OID=.;OPOS=210586685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:157:0:0:151:157:1:71:80:0:0:72:85:0:0 chr2 210678325 . G A 148.97 PASS AF=0.28;AO=21;DP=75;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.00475609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.412;QD=7.94496;RBI=0.0286374;REFB=-0.00701151;REVB=-0.0282397;RO=54;SAF=9;SAR=12;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216341;STB=0.629094;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0231133;OID=.;OPOS=210678325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:54:54:21:21:0.28:12:9:33:21:12:9:33:21 chr2 210778631 . C T 88.36 PASS AF=0.222222;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00433357;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.225;QD=5.61039;RBI=0.00859505;REFB=-0.00875094;REVB=0.00742261;RO=48;SAF=5;SAR=9;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772127;STB=0.542107;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0259589;OID=.;OPOS=210778631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:64:63:48:49:14:14:0.222222:9:5:20:28:9:5:20:29 chr2 211019061 . TA TAA,T,TT 55.64 PASS AF=0,0.342105,0.0789474;AO=4,11,3;DP=38;FAO=0,13,3;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=0,7,1;FSAR=0,6,2;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.046743,0.0652656,0.0228429;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,1;MLLD=7.73902,8.3887,25.4608;QD=5.85693;RBI=0.0637035,0.0776805,0.102503;REFB=-0.0065124,0.0172678,-0.00787852;REVB=0.0432808,-0.0421267,-0.099925;RO=16;SAF=4,5,1;SAR=0,6,2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.705872,0.0813502,-0.0496198;STB=0.5,0.552551,0.610354;STBP=1,0.664,0.716;TYPE=ins,del,snp;VARB=0,0.0161862,-0.0261575;OID=.,.,.;OPOS=211019062,211019062,211019062;OREF=-,A,A;OALT=A,-,T;OMAPALT=TAA,T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.342105,0.0789474:4,11,3:38:0,13,3:38:22:0,7,1:0,6,2:10:12:43:16:4,5,1:0,6,2:6:10 chr2 211060050 . T G 538.4 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.907;QD=59.8217;RBI=0.0281529;REFB=0;REVB=-0.022725;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.45556e-05;OID=.;OPOS=211060050;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr2 211074909 . T C 973.38 PASS AF=0.945205;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0020021;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=278.163;QD=53.3357;RBI=0.0160316;REFB=-0.020515;REVB=0.0159061;RO=4;SAF=31;SAR=38;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208708;STB=0.511054;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.000454317;OID=.;OPOS=211074909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:73:73:4:4:69:69:0.945205:38:31:1:3:38:31:1:3 chr2 211098113 . C T 1637.84 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.198;QD=60.1041;RBI=0.0132165;REFB=0;REVB=-0.00644172;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34476e-06;OID=.;OPOS=211098113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:109:0:0:103:109:1:50:53:0:0:50:59:0:0 chr2 211296239 . G A 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0309142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.987;QD=19.999;RBI=0.0318965;REFB=-0.00696706;REVB=-0.00785485;RO=30;SAF=21;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205039;STB=0.613965;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00606937;OID=.;OPOS=211296239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:12:21:12:18:12:21:12:18 chr2 211342502 . G A 351.14 PASS AF=0.393939;AO=38;DP=98;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00559145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.486;QD=14.1876;RBI=0.0164392;REFB=-0.00431746;REVB=0.0154591;RO=60;SAF=19;SAR=19;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358557;STB=0.527936;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0072822;OID=.;OPOS=211342502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:60:60:38:39:0.393939:19:19:28:32:19:20:28:32 chr2 211421452 . A ATCT,T 1465.91 PASS AF=0.845455,0.127273;AO=88,14;DP=110;FAO=93,14;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=53,7;FSAR=40,7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00128924,0.00686971;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=238.677,111.321;QD=53.3057;RBI=0.0100591,0.0601545;REFB=-0.0102763,-0.0222757;REVB=0.0099761,0.059761;RO=8;SAF=50,7;SAR=38,7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.029294,-0.162078;STB=0.513758,0.588113;STBP=0.169,0.132;TYPE=ins,snp;VARB=0.000657013,-0.0249483;OID=.,.;OPOS=211421453,211421452;OREF=-,A;OALT=TCT,T;OMAPALT=ATCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:65:110:110:8:3:88,14:93,14:0.845455,0.127273:38,7:50,7:6:2:40,7:53,7:3:0 chr2 211456637 . A G 3079.71 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0060443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2007;QD=63.1734;RBI=0.012123;REFB=-0.0680845;REVB=0.0105087;RO=1;SAF=92;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514837;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442677;OID=.;OPOS=211456637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:195:195:1:0:194:195:1:102:92:1:0:102:93:0:0 chr2 211456639 . C T 3060.63 PASS AF=1;AO=193;DP=194;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150322;FXX=0.00515437;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.648;QD=63.4327;RBI=0.0225539;REFB=-0.096664;REVB=-0.016814;RO=1;SAF=94;SAR=99;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00478618;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.46847e-05;OID=.;OPOS=211456639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:194:193:1:0:193:193:1:99:94:0:1:99:94:0:0 chr2 211481257 . C G 990.26 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2507;QD=59.1202;RBI=0.0581155;REFB=0;REVB=0.0486482;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179318;OID=.;OPOS=211481257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:26:40:0:0:27:40:0:0 chr2 212241725 . C T 266.41 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.00828145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.397;QD=15.9049;RBI=0.0137537;REFB=-0.0180586;REVB=0.010981;RO=36;SAF=13;SAR=17;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216948;STB=0.609943;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0261688;OID=.;OPOS=212241725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:36:37:30:30:0.447761:17:13:8:28:17:13:9:28 chr2 212242745 . G C 734.11 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199188;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.935;QD=61.1757;RBI=0.0281071;REFB=-0.0946545;REVB=0.0198305;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00106201;OID=.;OPOS=212242745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:24:23:0:0:24:23:1:0 chr2 212244403 . G A 745.22 PASS AF=0.521739;AO=71;DP=137;FAO=72;FDP=138;FR=.;FRO=66;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.00202455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.832;QD=21.6005;RBI=0.0111401;REFB=-0.0103813;REVB=-0.0109546;RO=66;SAF=39;SAR=32;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00339876;STB=0.501824;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00915817;OID=.;OPOS=212244403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:66:66:71:72:0.521739:32:39:36:30:33:39:36:30 chr2 212400414 . G A 93.08 PASS AF=0.186047;AO=15;DP=86;FAO=16;FDP=86;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.0361122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.961;QD=4.32951;RBI=0.0363848;REFB=-0.00374575;REVB=-0.00444529;RO=70;SAF=9;SAR=6;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212955;STB=0.607627;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0175889;OID=.;OPOS=212400414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:86:86:70:70:15:16:0.186047:6:9:30:40:7:9:30:40 chr2 212640299 . G T 405.52 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00784305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0813;QD=15.1596;RBI=0.0410463;REFB=0.0354484;REVB=-0.04029;RO=60;SAF=28;SAR=18;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128399;STB=0.567851;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.0483953;OID=.;OPOS=212640299;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:61:46:46:0.429907:18:28:29:31:18:28:30:31 chr2 212642775 . T C 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.000723705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.075;QD=13.4159;RBI=0.0149167;REFB=-0.00831738;REVB=0.0148992;RO=37;SAF=16;SAR=9;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796624;STB=0.545665;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.012974;OID=.;OPOS=212642775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:9:16:21:16:9:16:21:16 chr2 212642845 . G C 381.99 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.038147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4152;QD=19.8438;RBI=0.0409522;REFB=0.0203265;REVB=0.0148959;RO=38;SAF=21;SAR=18;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010849;STB=0.506021;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.0247702;OID=.;OPOS=212642845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:18:21:20:18:18:21:20:18 chr2 213866714 . G A 1530.02 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.217;QD=63.7508;RBI=0.00899797;REFB=0;REVB=0.00605334;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99451e-05;OID=.;OPOS=213866714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:50:46:0:0:50:46:0:0 chr2 213886454 . A T 1130.71 PASS AF=0.928571;AO=79;DP=85;FAO=78;FDP=84;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00354775;FXX=0.0117633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.788;QD=53.8431;RBI=0.029128;REFB=-0.192928;REVB=0.0289111;RO=5;SAF=32;SAR=47;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000590758;STB=0.504788;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00205091;OID=.;OPOS=213886454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:85:84:5:6:79:78:0.928571:47:32:2:3:47:31:2:4 chr2 214012405 . A C 636.24 PASS AF=0.581818;AO=55;DP=103;FAO=64;FDP=110;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.0150668;FXX=0.0090082;HRUN=9;LEN=1;MLLD=117.044;QD=23.136;RBI=0.0268522;REFB=-0.0345552;REVB=-0.0222268;RO=1;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125721;STB=0.655589;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0148261;OID=.;OPOS=214012405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:110:1:46:55:64:0.581818:37:18:0:1:43:21:32:14 chr2 214727221 . A C 1302.31 PASS AF=0.956044;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.018301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2862;QD=57.2442;RBI=0.0353225;REFB=0.0118905;REVB=-0.0302117;RO=4;SAF=39;SAR=48;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252967;STB=0.513366;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00691083;OID=.;OPOS=214727221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:91:4:4:87:87:0.956044:48:39:3:1:48:39:3:1 chr2 214794697 . G C 357.15 PASS AF=0.4;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.0237601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7382;QD=13.6057;RBI=0.0453779;REFB=0.0261776;REVB=0.0386602;RO=63;SAF=22;SAR=20;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0366481;OID=.;OPOS=214794697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:63:42:42:0.4:20:22:33:30:20:22:33:30 chr2 215102929 . T A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=365.136;QD=58.1421;RBI=0.0182872;REFB=0;REVB=0.0133608;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2088e-05;OID=.;OPOS=215102929;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr2 215632256 . A G 2223.44 PASS AF=0.986111;AO=140;DP=144;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00560666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8811;QD=61.7622;RBI=0.0294271;REFB=-0.0572597;REVB=0.0288881;RO=1;SAF=72;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694102;STB=0.507245;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000104231;OID=.;OPOS=215632256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:144:144:1:2:140:142:0.986111:68:72:0:1:68:74:0:2 chr2 215845333 . G A 210.35 PASS AF=0.313953;AO=27;DP=86;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0197632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.615;QD=9.78371;RBI=0.02229;REFB=-0.00288715;REVB=-0.0103081;RO=59;SAF=10;SAR=17;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220692;STB=0.629534;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00753855;OID=.;OPOS=215845333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:59:59:27:27:0.313953:17:10:33:26:17:10:33:26 chr2 215876166 . A T 885.35 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00360908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0222;QD=58.0555;RBI=0.0264287;REFB=0;REVB=-0.0261811;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122767;OID=.;OPOS=215876166;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr2 215901774 . C T 1171.98 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.121;QD=60.882;RBI=0.0475703;REFB=0;REVB=0.0334135;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266624;OID=.;OPOS=215901774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr2 215940242 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.291;QD=62.9829;RBI=0.0206522;REFB=0;REVB=0.0123443;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48266e-05;OID=.;OPOS=215940242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr2 216235089 . C T 1606.8 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.88;QD=64.272;RBI=0.0526363;REFB=0;REVB=-0.0373592;RO=0;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.91071e-07;OID=.;OPOS=216235089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:98:100:1:56:42:0:0:56:44:0:0 chr2 216242917 . T A 771.13 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.036215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4162;QD=61.6903;RBI=0.0790503;REFB=-0.182997;REVB=0.0702668;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018447;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0183966;OID=.;OPOS=216242917;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:48:49:0.98:25:23:0:1:25:24:0:1 chr2 216243873 . C T 250.82 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.000465024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.268;QD=12.2349;RBI=0.000481502;REFB=0.00107731;REVB=0.000124889;RO=51;SAF=18;SAR=12;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00896971;STB=0.510197;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.00210484;OID=.;OPOS=216243873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:52:30:30:0.365854:12:18:31:20:12:18:32:20 chr2 216249587 . C T 1549.97 PASS AF=0.981818;AO=99;DP=102;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0267158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.238;QD=56.3625;RBI=0.102898;REFB=-0.187274;REVB=0.0993697;RO=1;SAF=87;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037889;STB=0.522723;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00526312;OID=.;OPOS=216249587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:102:110:1:2:99:108:0.981818:12:87:0:1:21:87:0:2 chr2 216272900 . T G 842.34 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.06;QD=57.1075;RBI=0.0334516;REFB=0;REVB=0.0299318;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153914;OID=.;OPOS=216272900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:30:28:0:0:31:28:0:0 chr2 216272907 . A T 864.77 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252431;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.636;QD=58.6288;RBI=0.0425451;REFB=0;REVB=0.0342472;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367271;OID=.;OPOS=216272907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr2 216300482 . T A 1050.98 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00329661;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5853;QD=60.0558;RBI=0.0170054;REFB=0;REVB=0.0166828;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190461;OID=.;OPOS=216300482;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:70:70:1:42:28:0:0:42:28:0:0 chr2 216878008 . C G 650.89 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4047;QD=61.9899;RBI=0.0505394;REFB=0;REVB=0.0464749;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404264;OID=.;OPOS=216878008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr2 216967362 . AA AT,TT 65.01 PASS AF=0.222222,0;AO=10,2;DP=53;FAO=12,0;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=11,0;FSAR=1,0;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.122943,-0.072892;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=41.4138,64.3879;QD=4.81539;RBI=0.123233,0.0731219;REFB=0.086865,0.0327186;REVB=-0.0084456,0.0057943;RO=41;SAF=9,2;SAR=1,0;SRF=13;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.662111,0.510612;STB=0.926659,0.5;STBP=0.004,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0299962,-0.0607997;OID=.,.;OPOS=216967363,216967362;OREF=A,AA;OALT=T,TT;OMAPALT=AT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:53:54:41:42:10,2:12,0:0.222222,0:1,0:9,2:13:28:1,0:11,0:14:28 chr2 217012901 . A G 751.17 PASS AF=0.878788;AO=57;DP=65;FAO=58;FDP=66;FR=.;FRO=8;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0091424;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=81.2817;QD=45.5255;RBI=0.0105794;REFB=-0.0875868;REVB=0.00532359;RO=8;SAF=30;SAR=27;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110506;STB=0.557124;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00353766;OID=.;OPOS=217012901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:65:66:8:8:57:58:0.878788:27:30:8:0:27:31:8:0 chr2 217148417 . C A 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0213797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.694;QD=13.224;RBI=0.0286392;REFB=-0.0226574;REVB=-0.0190555;RO=36;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133858;STB=0.576858;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0330029;OID=.;OPOS=217148417;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:9:15:18:18:9:15:18:18 chr2 217364539 . C T 3132.63 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00659517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2987;QD=63.9313;RBI=0.0267168;REFB=0;REVB=-0.02589;RO=0;SAF=76;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.9807e-05;OID=.;OPOS=217364539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:196:0:0:196:196:1:120:76:0:0:120:76:0:0 chr2 217525350 . CG C 136.95 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0954868;FXX=0.0144907;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.7934;QD=8.05607;RBI=0.107804;REFB=0.00521301;REVB=0.0500395;RO=34;SAF=12;SAR=19;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316704;STB=0.68033;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=0.0116005;OID=.;OPOS=217525351;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.455882:31:69:31:68:37:12:19:27:10:99:34:12:19:25:9 chr2 217541582 . T C 1193.81 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00720765;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.316;QD=61.2208;RBI=0.00742543;REFB=0;REVB=-0.00178516;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13816e-05;OID=.;OPOS=217541582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr2 218604247 . A C,G 767.88 PASS AF=0.912281,0.0701754;AO=52,4;DP=57;FAO=52,4;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=26,0;FSAR=26,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.106659,0.0148718;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=116,10.0446;QD=53.886;RBI=0.111025,0.0405243;REFB=-0.113822,-0.184271;REVB=0.0308286,-0.0376968;RO=1;SAF=26,0;SAR=26,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0177719,-0.749895;STB=0.50943,0.995941;STBP=0.506,0.078;TYPE=snp,snp;VARB=0.00477361,0.123855;OID=.,.;OPOS=218604247,218604247;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:57:57:1:1:52,4:52,4:0.912281,0.0701754:26,4:26,0:1:0:26,4:26,0:1:0 chr2 218664633 . T G 1558.94 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195162;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.79;QD=59.9591;RBI=0.064976;REFB=0;REVB=0.0619758;RO=0;SAF=40;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101679;OID=.;OPOS=218664633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:64:40:0:0:64:40:0:0 chr2 218674697 . C T 315.66 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=0.0138265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.037;QD=17.5364;RBI=0.0138338;REFB=-0.00839647;REVB=-0.000450668;RO=38;SAF=13;SAR=21;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181173;STB=0.600489;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0146837;OID=.;OPOS=218674697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:21:13:8:30:21:13:8:30 chr2 218682474 . A G 194.89 PASS AF=0.393443;AO=18;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0186945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.515;QD=12.7799;RBI=0.0189557;REFB=-0.0162701;REVB=0.00313575;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856491;STB=0.52457;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0262683;OID=.;OPOS=218682474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:37:18:24:0.393443:8:10:19:11:12:12:20:17 chr2 218682771 . A G 123.99 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0102061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.661;QD=17.1018;RBI=0.0271558;REFB=-0.00665717;REVB=-0.0251649;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057665;STB=0.551651;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00359997;OID=.;OPOS=218682771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:13:14:0.482759:6:7:9:6:7:7:9:6 chr2 218683154 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00267027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.023;QD=51.9158;RBI=0.0318413;REFB=0;REVB=0.0317292;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024284;OID=.;OPOS=218683154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr2 218683257 . A G 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00928738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.465;QD=11.1978;RBI=0.0273523;REFB=0.001402;REVB=-0.0257273;RO=22;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887244;STB=0.553101;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00281107;OID=.;OPOS=218683257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:8:4:9:13:8:4:9:13 chr2 218683368 . C T 201.65 PASS AF=0.44;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00334214;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.007;QD=16.1317;RBI=0.00607042;REFB=-0.0272391;REVB=0.00506755;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203692;STB=0.604224;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0266927;OID=.;OPOS=218683368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:27:28:22:22:0.44:10:12:9:18:10:12:10:18 chr2 218694551 . A G 1406.28 PASS AF=0.476351;AO=140;DP=295;FAO=141;FDP=296;FR=.;FRO=155;FSAF=66;FSAR=75;FSRF=68;FSRR=87;FWDB=0.0485479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9139;QD=19.0038;RBI=0.0486175;REFB=0.00193673;REVB=0.00260003;RO=155;SAF=65;SAR=75;SRF=68;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245752;STB=0.515474;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00157027;OID=.;OPOS=218694551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:296:155:155:140:141:0.476351:75:65:68:87:75:66:68:87 chr2 218712918 . C T 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0264827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5253;QD=24.0273;RBI=0.033821;REFB=-0.0229617;REVB=-0.0210364;RO=8;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971129;STB=0.554715;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0130224;OID=.;OPOS=218712918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:5:9:4:4:5:9:4:4 chr2 218745685 . G A 423.65 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0480499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.829;QD=16.1391;RBI=0.0514095;REFB=-0.00614913;REVB=0.0182798;RO=58;SAF=23;SAR=24;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235716;STB=0.513179;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00868353;OID=.;OPOS=218745685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:58:47:47:0.447619:24:23:27:31:24:23:27:31 chr2 218759760 . C T 150.93 PASS AF=0.244444;AO=22;DP=90;FAO=22;FDP=90;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0145901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.441;QD=6.70797;RBI=0.0295838;REFB=-0.0119403;REVB=0.0257357;RO=68;SAF=8;SAR=14;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117886;STB=0.57226;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0412258;OID=.;OPOS=218759760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:68:68:22:22:0.244444:14:8:31:37:14:8:31:37 chr2 218770085 . C T 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0484961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.841;QD=20.1606;RBI=0.0488892;REFB=-0.00517304;REVB=-0.00618773;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157568;STB=0.508917;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00914529;OID=.;OPOS=218770085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:10:6:5:9:10:6:5:9 chr2 218940418 . C T 727.62 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4573;QD=63.2714;RBI=0.00774021;REFB=0;REVB=0.00251308;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34415e-05;OID=.;OPOS=218940418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr2 219000310 . C T 823.19 PASS AF=0.580153;AO=75;DP=130;FAO=76;FDP=131;FR=.;FRO=55;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=10;FWDB=0.00251744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.081;QD=25.1354;RBI=0.0518896;REFB=-0.0333149;REVB=0.0518285;RO=55;SAF=46;SAR=29;SRF=45;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176037;STB=0.59735;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0299432;OID=.;OPOS=219000310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:55:55:75:76:0.580153:29:46:45:10:30:46:45:10 chr2 219000734 . T C 226.32 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0351059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8492;QD=23.2122;RBI=0.0371243;REFB=-0.000218398;REVB=-0.0120743;RO=16;SAF=5;SAR=17;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240556;STB=0.504946;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00262495;OID=.;OPOS=219000734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:17:22:22:0.564103:17:5:4:12:17:5:4:13 chr2 219029108 . C G 838.49 PASS AF=0.553191;AO=78;DP=141;FAO=78;FDP=141;FR=.;FRO=63;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.00655273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.812;QD=23.787;RBI=0.0127887;REFB=-0.0349316;REVB=-0.0109824;RO=63;SAF=43;SAR=35;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11312;STB=0.56177;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0253264;OID=.;OPOS=219029108;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:63:63:78:78:0.553191:35:43:26:37:35:43:26:37 chr2 219029955 . T C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.137862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0021;QD=12.0149;RBI=0.14899;REFB=0.0381645;REVB=0.0564988;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090705;STB=0.555365;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.0146415;OID=.;OPOS=219029955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:4:3:2:4:4:3 chr2 219049783 . A G 350.11 PASS AF=0.328358;AO=44;DP=135;FAO=44;FDP=134;FR=.;FRO=90;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=0.000267471;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6045;QD=10.451;RBI=0.0194438;REFB=-0.0038202;REVB=0.019442;RO=89;SAF=20;SAR=24;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592416;STB=0.538026;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00828262;OID=.;OPOS=219049783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:89:90:44:44:0.328358:24:20:45:44:24:20:46:44 chr2 219110555 . A G 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=4;FWDB=-0.0384258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.755;QD=14.6161;RBI=0.03844;REFB=-0.00874429;REVB=-0.00104576;RO=37;SAF=21;SAR=7;SRF=33;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216912;STB=0.624925;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00656217;OID=.;OPOS=219110555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:38:28:28:0.424242:7:21:33:4:7:21:34:4 chr2 219110625 . G A 544.33 PASS AF=0.636364;AO=49;DP=76;FAO=49;FDP=77;FR=.;FRO=28;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=3;FWDB=-0.00764953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.237;QD=28.277;RBI=0.0120161;REFB=-0.0113744;REVB=0.00926672;RO=27;SAF=37;SAR=12;SRF=25;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166256;STB=0.572721;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00748928;OID=.;OPOS=219110625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:27:28:49:49:0.636364:12:37:25:2:12:37:25:3 chr2 219128506 . C T 4683.64 PASS AF=0.993266;AO=294;DP=296;FAO=295;FDP=297;FR=.;FRO=2;FSAF=136;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00762251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.378;QD=63.0793;RBI=0.0107036;REFB=-0.00533339;REVB=0.00751431;RO=2;SAF=136;SAR=158;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00599819;STB=0.503125;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=5.72296e-06;OID=.;OPOS=219128506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:296:297:2:2:294:295:0.993266:158:136:0:2:159:136:0:2 chr2 219140288 . G C 693.51 PASS AF=0.485915;AO=69;DP=134;FAO=69;FDP=142;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.0614008;FXX=0.00699252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3004;QD=19.5354;RBI=0.0867317;REFB=-0.00509934;REVB=-0.0612563;RO=65;SAF=37;SAR=32;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119708;STB=0.564121;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.000382592;OID=.;OPOS=219140288;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:142:65:73:69:69:0.485915:32:37:26:39:32:37:30:43 chr2 219143229 . G A 369.94 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0173256;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.983;QD=19.4706;RBI=0.0194788;REFB=-0.00635512;REVB=0.00890203;RO=38;SAF=14;SAR=24;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122333;STB=0.568113;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00834055;OID=.;OPOS=219143229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:24:14:19:19:24:14:19:19 chr2 219144089 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00291801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.253;QD=16.8838;RBI=0.0368014;REFB=-0.0204953;REVB=-0.0366856;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220733;STB=0.625378;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0361068;OID=.;OPOS=219144089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:4:13:8:7:4:13 chr2 219144815 . T C 1641.94 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000549708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.288;QD=60.2547;RBI=0.0360583;REFB=0;REVB=0.0360541;RO=0;SAF=63;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4528e-05;OID=.;OPOS=219144815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:46:63:0:0:46:63:0:0 chr2 219146663 . C T 197.74 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0259038;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.79;QD=17.5767;RBI=0.0334708;REFB=-0.00726985;REVB=0.0211964;RO=22;SAF=18;SAR=2;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360625;STB=0.719726;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00695824;OID=.;OPOS=219146663;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:22:25:20:20:0.444444:2:18:15:7:2:18:17:8 chr2 219146803 . G A 105.79 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.108294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8632;QD=21.158;RBI=0.108909;REFB=-0.0433712;REVB=-0.0115642;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177776;STB=0.59985;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0118378;OID=.;OPOS=219146803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:4:8:7:1:4:8:7:1 chr2 219231807 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.598;QD=63.8713;RBI=0.00770744;REFB=0;REVB=0.00332409;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10545e-05;OID=.;OPOS=219231807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr2 219254622 . A G 1327.34 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310377;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.873;QD=62.4628;RBI=0.027369;REFB=0;REVB=0.0271925;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206628;OID=.;OPOS=219254622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:44:40:0:0:45:40:0:0 chr2 219265094 . T C 715.27 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4829;QD=62.1977;RBI=0.0291925;REFB=0;REVB=0.0241616;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129235;OID=.;OPOS=219265094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:32:14:0:0:32:14:0:0 chr2 219267781 . C T 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0121223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.429;QD=56.0108;RBI=0.014903;REFB=-0.153793;REVB=0.00866886;RO=1;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373615;STB=0.519988;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.002568;OID=.;OPOS=219267781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:12:22:0:1:12:22:0:1 chr2 219292977 . C T 205.82 PASS AF=0.222222;AO=32;DP=144;FAO=32;FDP=144;FR=.;FRO=112;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=65;FSRR=47;FWDB=0.013006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.265;QD=5.71712;RBI=0.0216982;REFB=-0.00908095;REVB=-0.0173682;RO=111;SAF=15;SAR=17;SRF=64;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135799;STB=0.586154;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0327236;OID=.;OPOS=219292977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:111:112:32:32:0.222222:17:15:64:47:17:15:65:47 chr2 219319333 . TCCC TCCCGT,TCC 136.81 PASS AF=0.260274,0;AO=13,9;DP=78;FAO=19,0;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=10,0;FSAR=9,0;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0495008,-0.159605;FXX=0.109743;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=97.6482,14.1043;QD=7.49657;RBI=0.0512081,0.207709;REFB=-0.0698344,-0.0738647;REVB=-0.0131127,-0.132925;RO=26;SAF=10,6;SAR=3,3;SRF=17;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0.5;SSSB=0.160115,0.0168084;STB=0.563254,0.5;STBP=0.539,1;TYPE=ins,del;VARB=0.121587,0.0240072;OID=.,.;OPOS=219319337,219319334;OREF=-,C;OALT=GT,-;OMAPALT=TCCCGT,TCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.260274,0:13,9:78:19,0:73:54:10,0:9,0:33:21:99:26:10,6:3,3:17:9 chr2 219319553 . G A 273.57 PASS AF=0.336538;AO=35;DP=104;FAO=35;FDP=104;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0111358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.919;QD=10.5221;RBI=0.0232066;REFB=-0.000582608;REVB=-0.0203603;RO=69;SAF=19;SAR=16;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0076396;STB=0.504422;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.000842608;OID=.;OPOS=219319553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:69:69:35:35:0.336538:16:19:37:32:16:19:37:32 chr2 219319657 . A G 1362.56 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00875585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.908;QD=61.2385;RBI=0.0134914;REFB=0.142289;REVB=-0.0102641;RO=1;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106485;STB=0.505617;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-2.02314e-06;OID=.;OPOS=219319657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:44:44:0:1:44:44:0:1 chr2 219492924 . T C 1300.76 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00484084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8265;QD=61.9412;RBI=0.0235962;REFB=0;REVB=0.0230943;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44121e-05;OID=.;OPOS=219492924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:38:46:0:0:38:46:0:0 chr2 219508988 . T C 1840.87 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.48;QD=61.3622;RBI=0.0466681;REFB=0;REVB=-0.00310138;RO=0;SAF=48;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.16314e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08676e-05;OID=.;OPOS=219508988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:71:48:0:0:71:49:0:0 chr2 219509618 . C A 1001.59 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108511;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4933;QD=58.917;RBI=0.0109703;REFB=0;REVB=-0.00161258;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137914;OID=.;OPOS=219509618;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:64:68:1:35:29:0:0:36:32:0:0 chr2 219557313 . G A 263.34 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.0366051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.884;QD=13.167;RBI=0.0388896;REFB=-0.0143309;REVB=0.0131327;RO=49;SAF=15;SAR=16;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203007;STB=0.615314;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0450985;OID=.;OPOS=219557313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:49:31:31:0.3875:16:15:33:16:16:15:33:16 chr2 219602650 . C A 41.07 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0393537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.434;QD=3.73334;RBI=0.0397891;REFB=-0.00446047;REVB=0.00586995;RO=37;SAF=6;SAR=1;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423927;STB=0.805;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.024257;OID=.;OPOS=219602650;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:1:6:20:17:1:6:20:17 chr2 219754840 . C T 493.73 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0156901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.525;QD=20.36;RBI=0.0244384;REFB=-0.0163884;REVB=0.0187364;RO=49;SAF=27;SAR=21;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00827542;STB=0.504585;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0179892;OID=.;OPOS=219754840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:49:48:48:0.494845:21:27:28:21:21:27:28:21 chr2 219846749 . G A 457.47 PASS AF=0.458716;AO=49;DP=108;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00716631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.767;QD=16.7878;RBI=0.0246265;REFB=-0.0131504;REVB=0.0235607;RO=58;SAF=31;SAR=18;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116241;STB=0.562121;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0162925;OID=.;OPOS=219846749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:58:59:49:50:0.458716:18:31:30:28:19:31:30:29 chr2 219896345 . C T 101.41 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=0.000366981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.003;QD=5.79507;RBI=0.00191714;REFB=-0.0115381;REVB=-0.00188169;RO=54;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800845;STB=0.54951;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.041414;OID=.;OPOS=219896345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:54:54:16:16:0.228571:11:5:14:40:11:5:14:40 chr2 219900320 . T G 494.99 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0240442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.775;QD=20.6246;RBI=0.0444811;REFB=-0.0064945;REVB=0.0374225;RO=48;SAF=14;SAR=34;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870832;STB=0.548366;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00602265;OID=.;OPOS=219900320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:34:14:18:30:34:14:18:30 chr2 219920037 . A G 2362.71 PASS AF=1;AO=145;DP=147;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.871;QD=60.1965;RBI=0.0482582;REFB=0;REVB=0.0297725;RO=0;SAF=64;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9806e-05;OID=.;OPOS=219920037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:157:0:0:145:157:1:81:64:0:0:89:68:0:0 chr2 219940484 . C T 994.2 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00150787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.312;QD=57.6347;RBI=0.00159645;REFB=0.0335826;REVB=0.000524386;RO=1;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106223;STB=0.505616;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-4.0489e-06;OID=.;OPOS=219940484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:44:24:0:1:44:24:0:1 chr2 219967380 . T C 972.77 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5504;QD=58.9555;RBI=0.0304297;REFB=0;REVB=-0.00590677;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000285799;OID=.;OPOS=219967380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr2 220026913 . C T 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.000466343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.939;QD=5.21555;RBI=0.0175798;REFB=-0.00571286;REVB=-0.0175736;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257551;STB=0.677287;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0272872;OID=.;OPOS=220026913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:5:1:7:14:5:1:7:14 chr2 220037393 . A G 390.55 PASS AF=0.935484;AO=27;DP=30;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0283011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.684;QD=50.3937;RBI=0.0349752;REFB=-0.202317;REVB=0.0205502;RO=2;SAF=11;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772824;STB=0.538435;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00382219;OID=.;OPOS=220037393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:31:2:2:27:29:0.935484:16:11:2:0:17:12:2:0 chr2 220045454 . G A 2403.59 PASS AF=0.993711;AO=158;DP=159;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00745354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1342;QD=60.4676;RBI=0.0245605;REFB=-0.0398869;REVB=0.0234022;RO=1;SAF=50;SAR=108;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00438542;STB=0.502304;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000463373;OID=.;OPOS=220045454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:159:1:1:158:158:0.993711:108:50:0:1:108:50:0:1 chr2 220072766 . G T 850.7 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2976;QD=57.6748;RBI=0.0431046;REFB=0;REVB=-0.0221766;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167458;OID=.;OPOS=220072766;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr2 220083279 . C T 836.14 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0340961;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.109;QD=55.7425;RBI=0.0340997;REFB=-0.106956;REVB=0.000495855;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000752926;OID=.;OPOS=220083279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:0:1:59:59:0.983333:22:37:0:0:22:37:0:1 chr2 220084902 . G A 1231.02 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0430601;FXX=0.0116266;HRUN=5;LEN=1;MLLD=125.081;QD=57.9303;RBI=0.0502878;REFB=-0.0940809;REVB=0.0259749;RO=3;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350394;STB=0.518514;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.000430127;OID=.;OPOS=220084902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:86:85:3:3:82:82:0.964706:39:43:0:3:39:43:0:3 chr2 220085845 . A G 310.26 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341206;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1798;QD=53.9579;RBI=0.0417137;REFB=0;REVB=0.0239962;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136394;OID=.;OPOS=220085845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr2 220113242 . T G 5030.34 PASS AF=1;AO=321;DP=324;FAO=321;FDP=321;FR=.;FRO=0;FSAF=176;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00775009;FXX=0.00925897;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.597;QD=62.6834;RBI=0.0218432;REFB=-0.132808;REVB=0.0204221;RO=1;SAF=176;SAR=145;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0032785;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.38019e-05;OID=.;OPOS=220113242;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:324:321:1:0:321:321:1:145:176:0:1:145:176:0:0 chr2 220118531 . G C 763.92 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0943545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6052;QD=63.6602;RBI=0.0943568;REFB=0;REVB=0.000666412;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260036;OID=.;OPOS=220118531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:46:48:1:17:29:0:0:19:29:0:0 chr2 220136155 . T C 1684.09 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3795;QD=59.6139;RBI=0.0317023;REFB=-0.0397283;REVB=0.00321035;RO=1;SAF=65;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724901;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345507;OID=.;OPOS=220136155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:113:113:1:0:112:113:1:47:65:1:0:47:66:0:0 chr2 220136351 . G A 640.7 PASS AF=0.468531;AO=60;DP=136;FAO=67;FDP=143;FR=.;FRO=76;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.0494626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2535;QD=17.9217;RBI=0.0576613;REFB=0.0181745;REVB=-0.0296358;RO=76;SAF=27;SAR=33;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106286;STB=0.524925;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.015916;OID=.;OPOS=220136351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:143:76:76:60:67:0.468531:33:27:35:41:33:34:35:41 chr2 220136371 . T C 1713.57 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0540619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.726;QD=59.6024;RBI=0.055361;REFB=0.00915496;REVB=0.0119224;RO=1;SAF=55;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855555;STB=0.504504;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.000117171;OID=.;OPOS=220136371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:114:114:0.991304:59:55:1:0:59:55:1:0 chr2 220250147 . A C,G 752.06 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=2,52;DP=54;FAO=2,52;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00796289,0.0120079;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.777,118.688;QD=55.7079;RBI=0.00934277,0.0341593;REFB=0,0;REVB=-0.00488669,-0.0319792;RO=0;SAF=2,23;SAR=0,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.84538e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.162324,0.000232098;OID=.,.;OPOS=220250147,220250147;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:54:54:0:0:2,52:2,52:0.037037,0.962963:0,29:2,23:0:0:0,29:2,23:0:0 chr2 220283259 . A G 106.11 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236386;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6722;QD=42.4451;RBI=0.17516;REFB=0;REVB=-0.173557;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0126685;OID=.;OPOS=220283259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr2 220283277 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0767815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3326;QD=42.1822;RBI=0.077084;REFB=0;REVB=0.00682282;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00385577;OID=.;OPOS=220283277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr2 220315970 . G A 817.56 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.451;QD=57.3725;RBI=0.0687158;REFB=0;REVB=0.0012459;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156354;OID=.;OPOS=220315970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr2 220330804 . T C 115.85 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.12483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.52;QD=42.1265;RBI=0.130632;REFB=0;REVB=0.0384992;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125932;OID=.;OPOS=220330804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr2 220333950 . T C 1230.8 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00222681;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.419;QD=61.5398;RBI=0.0194393;REFB=0;REVB=0.0193113;RO=0;SAF=26;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194234;OID=.;OPOS=220333950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:52:26:0:0:54:26:0:0 chr2 220362899 . C G 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0800314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2067;QD=56.704;RBI=0.0953384;REFB=0;REVB=-0.0518111;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000608677;OID=.;OPOS=220362899;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:22:7:0:0:22:7:0:0 chr2 220379560 . C G 1050.93 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000750256;FXX=0.0277739;HRUN=6;LEN=1;MLLD=185.356;QD=60.0534;RBI=0.00682432;REFB=0;REVB=-0.00678295;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.97167e-06;OID=.;OPOS=220379560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:72:70:1:35:37:0:0:35:35:0:0 chr2 220402671 . G T 153.85 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0137651;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.506;QD=14.312;RBI=0.109068;REFB=-0.0108832;REVB=-0.108196;RO=24;SAF=11;SAR=6;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22609;STB=0.584813;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0205374;OID=.;OPOS=220402671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:24:26:17:17:0.395349:6:11:20:4:6:11:20:6 chr2 220402680 . T C 153.61 PASS AF=0.361702;AO=18;DP=49;FAO=17;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0541986;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4304;QD=13.0731;RBI=0.0574739;REFB=-0.0149916;REVB=-0.0191249;RO=23;SAF=11;SAR=7;SRF=21;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346933;STB=0.598822;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00944271;OID=.;OPOS=220402680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:23:30:18:17:0.361702:7:11:21:2:7:10:22:8 chr2 220403469 . G A 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00486422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.189;QD=11.5764;RBI=0.0236941;REFB=-0.00818734;REVB=-0.0231894;RO=40;SAF=14;SAR=9;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188451;STB=0.510908;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0154823;OID=.;OPOS=220403469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:9:14:25:15:9:14:25:15 chr2 220404381 . A G 501.34 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.923;QD=58.9813;RBI=0.055843;REFB=0;REVB=0.00352233;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363661;OID=.;OPOS=220404381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr2 220404648 . C T 652.73 PASS AF=0.577982;AO=63;DP=109;FAO=63;FDP=109;FR=.;FRO=46;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00925089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2949;QD=23.9534;RBI=0.0155505;REFB=-0.0403488;REVB=-0.0124995;RO=43;SAF=43;SAR=20;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120465;STB=0.574038;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.026341;OID=.;OPOS=220404648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:43:46:63:63:0.577982:20:43:23:20:20:43:24:22 chr2 220404726 . G A 261.52 PASS AF=0.491525;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0135964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.421;QD=17.7299;RBI=0.0191412;REFB=-0.0235843;REVB=0.013473;RO=30;SAF=20;SAR=8;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381707;STB=0.717164;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0143464;OID=.;OPOS=220404726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:30:28:29:0.491525:8:20:9:21:8:21:9:21 chr2 220405230 . G A 516.89 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.015071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.146;QD=22.4734;RBI=0.0180519;REFB=-0.00159856;REVB=0.00993665;RO=42;SAF=18;SAR=31;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19369;STB=0.601764;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000946052;OID=.;OPOS=220405230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:42:43:49:49:0.532609:31:18:25:17:31:18:25:18 chr2 220405321 . T C 1786.17 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.145;QD=61.0656;RBI=0.0398795;REFB=0;REVB=-0.0316127;RO=0;SAF=64;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.52364e-06;OID=.;OPOS=220405321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:52:64:0:0:52:65:0:0 chr2 220406722 . T C 77.26 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0789222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3118;QD=13.4372;RBI=0.0789297;REFB=-0.00734362;REVB=-0.00108712;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243833;STB=0.620451;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00691849;OID=.;OPOS=220406722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:12:13:10:10:0.434783:4:6:4:8:4:6:5:8 chr2 220412256 . T C 834.27 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0702522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5584;QD=57.5355;RBI=0.0709174;REFB=0;REVB=-0.00969062;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000897105;OID=.;OPOS=220412256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr2 220412707 . C T 232.43 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.013612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7165;QD=12.5638;RBI=0.0980002;REFB=-0.0222372;REVB=0.0970503;RO=46;SAF=17;SAR=11;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163825;STB=0.594107;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.038551;OID=.;OPOS=220412707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:11:17:21:25:11:17:21:25 chr2 220414016 . C T 203.72 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0204146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.538;QD=38.8043;RBI=0.0263454;REFB=-0.118691;REVB=0.016653;RO=2;SAF=4;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181817;STB=0.583234;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00342364;OID=.;OPOS=220414016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:2:3:18:18:0.857143:14:4:2:0:14:4:2:1 chr2 220415595 . GGA G 90.56 PASS AF=0.355556;AO=15;DP=44;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00213139;FXX=0.062487;HRUN=4;LEN=2;MLLD=281.209;QD=8.04998;RBI=0.00835663;REFB=-0.01569;REVB=0.00808025;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405348;STB=0.622079;STBP=0.227;TYPE=del;VARB=0.035067;OID=.;OPOS=220415596;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.355556:15:44:16:45:29:8:8:20:9:90:22:7:8:19:3 chr2 220417266 . C T 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0398008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3284;QD=18.6357;RBI=0.0428537;REFB=-0.00532488;REVB=-0.0158849;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0061715;OID=.;OPOS=220417266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:9:7:7:9:9:7:7:9 chr2 220419236 . T C 2352.87 PASS AF=1;AO=153;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331422;FXX=0.0191071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.778;QD=61.1134;RBI=0.0555747;REFB=0;REVB=0.044611;RO=0;SAF=73;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61154e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6447e-05;OID=.;OPOS=220419236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:153:154:1:80:73:0:0:81:73:0:0 chr2 220419339 . T C 2934.77 PASS AF=1;AO=185;DP=185;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.532;QD=63.1133;RBI=0.0278544;REFB=0;REVB=-0.0256179;RO=0;SAF=68;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31544e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.07324e-05;OID=.;OPOS=220419339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:186:0:0:185:186:1:117:68:0:0:118:68:0:0 chr2 220420785 . G A 693.45 PASS AF=0.489362;AO=69;DP=141;FAO=69;FDP=141;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=22;FSRR=50;FWDB=0.0215555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.458;QD=19.6723;RBI=0.0776849;REFB=-0.0163962;REVB=0.0746344;RO=71;SAF=21;SAR=48;SRF=21;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00934135;STB=0.500728;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0169713;OID=.;OPOS=220420785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:71:72:69:69:0.489362:48:21:21:50:48:21:22:50 chr2 220420956 . A G 323.42 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00993849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.701;QD=53.9026;RBI=0.0296905;REFB=0;REVB=0.0279777;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012925;OID=.;OPOS=220420956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr2 220421417 . C G 279.88 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.0131834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.606;QD=14.1712;RBI=0.0398395;REFB=-0.00940921;REVB=-0.037595;RO=46;SAF=18;SAR=14;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14409;STB=0.572788;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0147997;OID=.;OPOS=220421417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:46:47:32:32:0.405063:14:18:32:14:14:18:32:15 chr2 220422774 . A G 821.69 PASS AF=0.485549;AO=79;DP=168;FAO=84;FDP=173;FR=.;FRO=89;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=0.00608648;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.579;QD=18.9987;RBI=0.0165735;REFB=-0.0222809;REVB=0.0154154;RO=84;SAF=42;SAR=37;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517841;STB=0.52092;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.025624;OID=.;OPOS=220422774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:173:84:89:79:84:0.485549:37:42:40:44:40:44:43:46 chr2 220427347 . G T 155.49 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0180139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6382;QD=15.1699;RBI=0.0313976;REFB=0.0006521;REVB=0.025716;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298214;STB=0.517221;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.000634967;OID=.;OPOS=220427347;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:9:8:12:12:9:8:12:12 chr2 220427395 . G A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0272987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2428;QD=11.6338;RBI=0.0507228;REFB=0.0104064;REVB=0.0427503;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154872;STB=0.593026;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.0116014;OID=.;OPOS=220427395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:3:7:9:7:3:7:9:7 chr2 220430203 . C T 1408.7 PASS AF=0.961538;AO=100;DP=104;FAO=100;FDP=104;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00527905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6753;QD=54.1809;RBI=0.132955;REFB=-0.140227;REVB=0.13285;RO=2;SAF=54;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017244;STB=0.511626;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0088123;OID=.;OPOS=220430203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:104:104:2:4:100:100:0.961538:46:54:2:0:45:55:1:3 chr2 220431601 . G A 500.82 PASS AF=0.377358;AO=60;DP=161;FAO=60;FDP=159;FR=.;FRO=99;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=63;FSRR=36;FWDB=0.000324641;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9336;QD=12.5992;RBI=0.012596;REFB=-0.00447265;REVB=-0.0125918;RO=101;SAF=34;SAR=26;SRF=63;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649718;STB=0.544694;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00867542;OID=.;OPOS=220431601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:159:101:99:60:60:0.377358:26:34:63:38:26:34:63:36 chr2 220435034 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0005289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.037;QD=53.9112;RBI=0.0136982;REFB=0;REVB=0.013688;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39966e-05;OID=.;OPOS=220435034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr2 220435375 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0354668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.549;QD=14.6525;RBI=0.109852;REFB=-0.0340271;REVB=0.103969;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.601011;STB=0.856027;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0280085;OID=.;OPOS=220435375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:5:0:5:1:5:0 chr2 220439678 . C T 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0545159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.003;QD=16.2794;RBI=0.0581463;REFB=-0.0274889;REVB=0.0202241;RO=33;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836136;STB=0.547136;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0242455;OID=.;OPOS=220439678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:12:16:16:17:12:16:16:17 chr2 220462640 . G T 2197.85 PASS AF=0.959732;AO=143;DP=149;FAO=143;FDP=149;FR=.;FRO=6;FSAF=84;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0289258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.375;QD=59.0026;RBI=0.0303946;REFB=-0.232623;REVB=0.00933461;RO=2;SAF=84;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00236383;STB=0.517368;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.000705052;OID=.;OPOS=220462640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:149:149:2:6:143:143:0.959732:59:84:1:1:59:84:1:5 chr2 220466199 . G T 1142.83 PASS AF=0.975309;AO=77;DP=80;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0368794;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.63;QD=56.4362;RBI=0.036907;REFB=-0.147084;REVB=0.00142608;RO=0;SAF=63;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507811;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000954888;OID=.;OPOS=220466199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:81:0:2:77:79:0.975309:14:63:0:0:16:63:2:0 chr2 220471116 . C G 1320.86 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.266;QD=62.1582;RBI=0.0389909;REFB=0;REVB=0.01164;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80841e-05;OID=.;OPOS=220471116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:40:43:0:0:41:44:0:0 chr2 220473355 . G A 530.88 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0370546;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.911;QD=17.9958;RBI=0.0383679;REFB=-0.0181435;REVB=0.00995244;RO=62;SAF=35;SAR=21;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196151;STB=0.608935;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.022639;OID=.;OPOS=220473355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:62:56:56:0.474576:21:35:26:36:21:35:26:36 chr2 220476443 . C T 1273.55 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0835057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.229;QD=61.3757;RBI=0.0835538;REFB=0;REVB=-0.00283745;RO=0;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170609;OID=.;OPOS=220476443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:83:0:0:77:83:1:48:29:0:0:48:35:0:0 chr2 220476747 . C A 142.59 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0153845;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.533;QD=13.5797;RBI=0.031182;REFB=-0.00516421;REVB=0.0271226;RO=26;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781197;STB=0.545399;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00600128;OID=.;OPOS=220476747;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:26:26:16:16:0.380952:6:10:18:8:6:10:18:8 chr2 220479312 . T C 1062.98 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00708883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.019;QD=59.8863;RBI=0.0196536;REFB=0;REVB=0.0183307;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88174e-05;OID=.;OPOS=220479312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:44:27:0:0:44:27:0:0 chr2 220494117 . CA C,CC 584.9 PASS AF=0.333333,0.666667;AO=12,24;DP=36;FAO=13,26;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=5,6;FSAR=8,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00928702,-0.00335761;FXX=0.0249938;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=250.976,254.206;QD=59.9895;RBI=0.0207431,0.0183229;REFB=0,0;REVB=0.018548,0.0180126;RO=0;SAF=4,7;SAR=8,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00976293,0.0034815;OID=.,.;OPOS=220494118,220494118;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.666667:12,24:36:13,26:39:0:5,6:8,20:0:0:27:0:4,7:8,17:0:0 chr2 220498635 . C T 120.1 PASS AF=0.25;AO=18;DP=73;FAO=18;FDP=72;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0013377;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.882;QD=6.67227;RBI=0.0167546;REFB=-0.00488901;REVB=0.0167011;RO=48;SAF=10;SAR=8;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339626;STB=0.514091;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0107926;OID=.;OPOS=220498635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:48:54:18:18:0.25:8:10:28:20:8:10:31:23 chr2 220500423 . A G 2178.15 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0571581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3182;QD=63.1349;RBI=0.059846;REFB=0;REVB=-0.0177338;RO=2;SAF=86;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109265;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000361339;OID=.;OPOS=220500423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:2:0:136:138:1:50:86:2:0:50:88:0:0 chr2 220500426 . A G 2046.66 PASS AF=0.977941;AO=131;DP=136;FAO=133;FDP=136;FR=.;FRO=3;FSAF=83;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00187541;FXX=0.0144917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.899;QD=60.1958;RBI=0.0289885;REFB=-0.086528;REVB=-0.0289278;RO=3;SAF=81;SAR=50;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172753;STB=0.508874;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00029763;OID=.;OPOS=220500426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:136:136:3:3:131:133:0.977941:50:81:3:0:50:83:3:0 chr2 220502367 . A C 255.87 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00194376;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.83;QD=19.6819;RBI=0.00206069;REFB=-0.00624358;REVB=0.000684295;RO=23;SAF=11;SAR=16;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900473;STB=0.523792;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00601852;OID=.;OPOS=220502367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:23:25:27:27:0.519231:16:11:7:16:16:11:9:16 chr2 220505265 . T C 499.4 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0254326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.682;QD=18.3265;RBI=0.0289425;REFB=-0.0287833;REVB=-0.0138149;RO=56;SAF=31;SAR=22;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631721;STB=0.535034;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0337307;OID=.;OPOS=220505265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:56:53:53:0.486239:22:31:29:27:22:31:29:27 chr2 220771223 . C T 1510.72 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0151016;FXX=0.00943307;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.096;QD=57.5511;RBI=0.0194548;REFB=-0.116154;REVB=0.012265;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.501028;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000881747;OID=.;OPOS=220771223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:105:0:2:103:103:0.980952:46:57:0:0:46:57:1:1 chr2 220771290 . G A 1659.62 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0015019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.788;QD=60.3497;RBI=0.00777394;REFB=0;REVB=0.00762748;RO=0;SAF=53;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97445e-06;OID=.;OPOS=220771290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:57:53:0:0:57:53:0:0 chr2 222322598 . C T 317.01 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00655817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.184;QD=17.8594;RBI=0.0230687;REFB=-0.00765766;REVB=0.0221169;RO=37;SAF=19;SAR=15;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033969;STB=0.518976;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0081943;OID=.;OPOS=222322598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:15:19:22:15:15:19:22:15 chr2 222365866 . G A 94.72 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0297883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.081;QD=6.64714;RBI=0.0306821;REFB=-0.0181457;REVB=-0.00735162;RO=43;SAF=10;SAR=4;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332902;STB=0.706773;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0445464;OID=.;OPOS=222365866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:43:43:14:14:0.245614:4:10:19:24:4:10:19:24 chr2 223161889 . A G 1102.01 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125041;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7457;QD=60.3839;RBI=0.0606888;REFB=0;REVB=-0.0593867;RO=0;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268789;OID=.;OPOS=223161889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:46:27:0:0:46:27:0:0 chr2 223423362 . A G 955.9 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0969289;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.749;QD=58.8247;RBI=0.0981266;REFB=0;REVB=0.0152846;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521486;OID=.;OPOS=223423362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:27:38:0:0:27:38:0:0 chr2 223423491 . C G 665.14 PASS AF=0.482014;AO=67;DP=139;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=0.000716246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.171;QD=19.1408;RBI=0.00493561;REFB=-0.00382893;REVB=-0.00488336;RO=72;SAF=38;SAR=29;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00217497;STB=0.501203;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00487552;OID=.;OPOS=223423491;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:72:72:67:67:0.482014:29:38:41:31:29:38:41:31 chr2 223436607 . C T 1481.64 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00169804;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0259;QD=62.385;RBI=0.0172298;REFB=-0.081113;REVB=-0.0171459;RO=1;SAF=47;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998174;STB=0.505262;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000179401;OID=.;OPOS=223436607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:95:1:1:94:94:0.989474:47:47:1:0:47:47:1:0 chr2 223488366 . T A 246.92 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=89;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00926676;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.976;QD=11.2238;RBI=0.0125995;REFB=0.000297617;REVB=-0.00853665;RO=55;SAF=18;SAR=12;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626188;STB=0.532688;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.000570686;OID=.;OPOS=223488366;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:55:58:30:30:0.340909:12:18:30:25:12:18:32:26 chr2 223520797 . T G 1167.2 PASS AF=0.559585;AO=104;DP=189;FAO=108;FDP=193;FR=.;FRO=85;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.000696483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.283;QD=24.1906;RBI=0.0352071;REFB=-0.0146323;REVB=0.0352002;RO=85;SAF=52;SAR=52;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00485203;STB=0.510751;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0116303;OID=.;OPOS=223520797;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:193:85:85:104:108:0.559585:52:52:43:42:56:52:43:42 chr2 223536541 . G A 455.06 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.00570286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6541;QD=18.0222;RBI=0.0461206;REFB=-0.0293491;REVB=0.0457666;RO=53;SAF=32;SAR=16;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458576;STB=0.525537;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0354019;OID=.;OPOS=223536541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:48:48:0.475248:16:32:33:20:16:32:33:20 chr2 223559089 . T C 351.17 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0188725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3945;QD=18.0089;RBI=0.0381326;REFB=0.012417;REVB=0.0331349;RO=39;SAF=30;SAR=7;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314402;STB=0.681708;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0133305;OID=.;OPOS=223559089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:41:37:37:0.474359:7:30:21:18:7:30:22:19 chr2 223785740 . A G 141.98 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00179459;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.215;QD=9.4652;RBI=0.00547334;REFB=-0.000474117;REVB=0.00517077;RO=41;SAF=8;SAR=11;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133159;STB=0.578864;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.000342451;OID=.;OPOS=223785740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:41:41:19:19:0.316667:11:8:22:19:11:8:22:19 chr2 223807380 . C A 2521.18 PASS AF=1;AO=163;DP=166;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00156338;FXX=0.0180712;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.95;QD=61.8694;RBI=0.0116418;REFB=0;REVB=0.0115363;RO=0;SAF=77;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1879e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.68005e-07;OID=.;OPOS=223807380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:163:0:0:163:163:1:86:77:0:0:86:77:0:0 chr2 223917629 . C T 596.18 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8834;QD=59.6177;RBI=0.0135657;REFB=0;REVB=0.00378018;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0200613;OID=.;OPOS=223917629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:38:40:1:21:17:0:0:21:19:0:0 chr2 223917812 . T C 1608.55 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.708;QD=60.1328;RBI=0.0341736;REFB=0;REVB=0.0297743;RO=0;SAF=46;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36185e-05;OID=.;OPOS=223917812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:107:0:0:103:107:1:57:46:0:0:61:46:0:0 chr2 223917983 . T G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00506919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.964;QD=63.872;RBI=0.0247933;REFB=0;REVB=-0.0242695;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.36283e-05;OID=.;OPOS=223917983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr2 223918080 . C G 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9074;QD=58.1351;RBI=0.0319045;REFB=0;REVB=-0.00154364;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304585;OID=.;OPOS=223918080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr2 223918363 . T C 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.4185;QD=61.6805;RBI=0.0314845;REFB=0;REVB=0.0115194;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016233;OID=.;OPOS=223918363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr2 224462279 . C T 150.43 PASS AF=0.224138;AO=23;DP=114;FAO=26;FDP=116;FR=.;FRO=90;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=54;FSRR=36;FWDB=0.0121323;FXX=0.0413189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.309;QD=5.18731;RBI=0.0151497;REFB=-0.0061716;REVB=-0.00907308;RO=71;SAF=23;SAR=0;SRF=51;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.741844;STB=0.794942;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0165253;OID=.;OPOS=224462279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:71:90:23:26:0.224138:0:23:51:20:3:23:54:36 chr2 224620181 . G T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00218485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.858;QD=64.4151;RBI=0.0181789;REFB=0;REVB=-0.0180471;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.32751e-05;OID=.;OPOS=224620181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr2 224856650 . G A 533.56 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.000100305;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.12;QD=22.9487;RBI=0.00595645;REFB=-0.0119138;REVB=-0.0059556;RO=42;SAF=21;SAR=29;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274444;STB=0.521254;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0117064;OID=.;OPOS=224856650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:42:43:50:50:0.537634:29:21:19:23:29:21:20:23 chr2 225630233 . C T 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0716992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8569;QD=63.5805;RBI=0.0820546;REFB=0;REVB=-0.0399021;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011342;OID=.;OPOS=225630233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr2 225658104 . G A 324.66 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0151387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.424;QD=15.1006;RBI=0.0164379;REFB=-0.0117327;REVB=0.00640502;RO=49;SAF=13;SAR=23;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135906;STB=0.583397;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0128257;OID=.;OPOS=225658104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:50:36:36:0.418605:23:13:24:25:23:13:25:25 chr2 226273689 . T C 842.25 PASS AF=0.530201;AO=79;DP=149;FAO=79;FDP=149;FR=.;FRO=70;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.0155722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.305;QD=22.6107;RBI=0.0229759;REFB=-0.00870456;REVB=0.0168937;RO=69;SAF=46;SAR=33;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126062;STB=0.572433;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00750111;OID=.;OPOS=226273689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:69:70:79:79:0.530201:33:46:30:39:33:46:30:40 chr2 226447285 . G A 141.31 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0179529;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.334;QD=12.5608;RBI=0.0216539;REFB=-0.020617;REVB=0.0121071;RO=29;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121034;STB=0.571338;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0352928;OID=.;OPOS=226447285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:29:29:16:16:0.355556:10:6:14:15:10:6:14:15 chr2 226447735 . C T 320.13 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0298861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0333;QD=13.6224;RBI=0.0312763;REFB=-0.00828122;REVB=-0.00922094;RO=56;SAF=13;SAR=23;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956247;STB=0.545542;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0140668;OID=.;OPOS=226447735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:58:36:36:0.382979:23:13:25:31:23:13:25:33 chr2 226491770 . A C 1169.23 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9267;QD=60.7392;RBI=0.134307;REFB=0;REVB=-0.0265069;RO=0;SAF=22;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000825122;OID=.;OPOS=226491770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:77:0:0:70:77:1:48:22:0:0:48:29:0:0 chr2 226516913 . A G 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00269376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.229;QD=56.827;RBI=0.00297852;REFB=0.0260129;REVB=-0.00127092;RO=1;SAF=32;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145314;STB=0.50769;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-8.44457e-06;OID=.;OPOS=226516913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:32:32:1:0:32:32:1:0 chr2 227662189 . A G 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0117697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.346;QD=21.8389;RBI=0.0117804;REFB=-0.0176875;REVB=-0.000503063;RO=24;SAF=7;SAR=18;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137319;STB=0.577294;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0177854;OID=.;OPOS=227662189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:18:7:10:14:18:7:10:14 chr2 227807202 . G T 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0107326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.882;QD=17.8258;RBI=0.0355429;REFB=-0.0670231;REVB=-0.0338837;RO=10;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290625;STB=0.64681;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0141137;OID=.;OPOS=227807202;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:4:8:3:7:4:8:4:7 chr2 227872182 . G A 248.38 PASS AF=0.439394;AO=27;DP=64;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00312508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2352;QD=15.0535;RBI=0.00797176;REFB=-0.0129961;REVB=0.00733368;RO=33;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069021;STB=0.532337;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00650857;OID=.;OPOS=227872182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:33:37:27:29:0.439394:15:12:17:16:15:14:20:17 chr2 227872995 . T C 166.39 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=78;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0886859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0972;QD=8.53295;RBI=0.0889161;REFB=-0.00936056;REVB=0.00639389;RO=55;SAF=11;SAR=12;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717671;STB=0.542564;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0372773;OID=.;OPOS=227872995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:55:55:23:23:0.294872:12:11:23:32:12:11:23:32 chr2 227886773 . A G 500.66 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=82;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.000365293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.946;QD=22.7574;RBI=0.00837262;REFB=-0.0223294;REVB=-0.00836465;RO=39;SAF=25;SAR=17;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117606;STB=0.570146;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0165271;OID=.;OPOS=227886773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:88:39:40:42:48:0.545455:17:25:18:21:18:30:19:21 chr2 227890552 . G A 83.89 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0629245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1682;QD=10.1679;RBI=0.07408;REFB=0.00607368;REVB=0.0390943;RO=22;SAF=8;SAR=3;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85412e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0196272;OID=.;OPOS=227890552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:3:8:16:6:3:8:16:6 chr2 227892619 . C T 286.26 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0101013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.028;QD=18.1752;RBI=0.0219519;REFB=-0.00158828;REVB=-0.0194898;RO=31;SAF=19;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891329;STB=0.542829;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00151577;OID=.;OPOS=227892619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:32:31:31:0.492063:12:19:16:15:12:19:17:15 chr2 227892720 . C T 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0135284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.054;QD=15.2558;RBI=0.0162359;REFB=-0.0093768;REVB=0.00897691;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694126;STB=0.53996;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00840144;OID=.;OPOS=227892720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:10:10:13:17:10:10:13:17 chr2 227896886 . C T 857.32 PASS AF=0.448113;AO=86;DP=205;FAO=95;FDP=212;FR=.;FRO=117;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=77;FWDB=-0.00370768;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.75;QD=16.1758;RBI=0.00413489;REFB=0.00192152;REVB=0.0018304;RO=112;SAF=45;SAR=41;SRF=39;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177031;STB=0.606465;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00243266;OID=.;OPOS=227896886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:212:112:117:86:95:0.448113:41:45:39:73:44:51:40:77 chr2 227896976 . C T 799.87 PASS AF=0.474286;AO=83;DP=173;FAO=83;FDP=175;FR=.;FRO=92;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=35;FSRR=57;FWDB=0.00150434;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.8581;QD=18.2827;RBI=0.00398863;REFB=0.0031949;REVB=-0.00369407;RO=90;SAF=33;SAR=50;SRF=34;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195747;STB=0.509448;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00308937;OID=.;OPOS=227896976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:175:90:92:83:83:0.474286:50:33:34:56:50:33:35:57 chr2 228111435 . T C,G 1476.73 PASS AF=0.950495,0.049505;AO=96,5;DP=101;FAO=96,5;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=45,4;FSAR=51,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120488,-0.00959245;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.698,76.4092;QD=58.4842;RBI=0.0352309,0.0255458;REFB=0,0;REVB=-0.0331065,-0.0236764;RO=0;SAF=45,4;SAR=51,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00242172,0.0471241;OID=.,.;OPOS=228111435,228111435;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:101:101:0:0:96,5:96,5:0.950495,0.049505:51,1:45,4:0:0:51,1:45,4:0:0 chr2 228111600 . G T 689.28 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00602747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9768;QD=62.662;RBI=0.0273125;REFB=0;REVB=-0.0266391;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000444878;OID=.;OPOS=228111600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr2 228113175 . A G 1190.19 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9035;QD=61.0355;RBI=0.0221593;REFB=0;REVB=0.00935611;RO=0;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.63208e-05;OID=.;OPOS=228113175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:48:30:0:0:48:30:0:0 chr2 228121101 . G T 628.65 PASS AF=0.484848;AO=64;DP=132;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0121009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1852;QD=19.05;RBI=0.0442364;REFB=0.00830244;REVB=-0.0425491;RO=67;SAF=27;SAR=37;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093713;STB=0.555776;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0095526;OID=.;OPOS=228121101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:67:68:64:64:0.484848:37:27:35:32:37:27:36:32 chr2 228128540 . C T 1271.89 PASS AF=0.434375;AO=139;DP=320;FAO=139;FDP=320;FR=.;FRO=181;FSAF=69;FSAR=70;FSRF=103;FSRR=78;FWDB=0.0129302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6035;QD=15.8987;RBI=0.0294733;REFB=0.00297472;REVB=-0.0264856;RO=177;SAF=69;SAR=70;SRF=99;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635424;STB=0.541069;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00467959;OID=.;OPOS=228128540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:320:177:181:139:139:0.434375:70:69:99:78:70:69:103:78 chr2 228135631 . C T 169.14 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00990203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.85;QD=12.0812;RBI=0.0242467;REFB=-0.00911054;REVB=-0.0221326;RO=35;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206123;STB=0.511934;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0167371;OID=.;OPOS=228135631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:11:10:16:19:11:10:16:19 chr2 228162451 . G A 679.69 PASS AF=0.485714;AO=67;DP=139;FAO=68;FDP=140;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.00576222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.847;QD=19.4197;RBI=0.00578711;REFB=0.00952616;REVB=0.000536217;RO=72;SAF=32;SAR=35;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181049;STB=0.513885;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.0051674;OID=.;OPOS=228162451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:72:72:67:68:0.485714:35:32:33:39:35:33:33:39 chr2 228176555 . G A 198.26 PASS AF=0.266055;AO=29;DP=109;FAO=29;FDP=109;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0318039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5244;QD=7.27556;RBI=0.0371988;REFB=0.00474341;REVB=-0.019294;RO=80;SAF=14;SAR=15;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402503;STB=0.524095;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.0161346;OID=.;OPOS=228176555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:80:80:29:29:0.266055:15:14:36:44:15:14:36:44 chr2 228177479 . C T 1749.17 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0742149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.483;QD=60.8406;RBI=0.0742183;REFB=0;REVB=0.000711008;RO=0;SAF=61;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.32276e-05;OID=.;OPOS=228177479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:54:61:0:0:54:61:0:0 chr2 228177751 . G A 241.54 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0411756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2461;QD=12.3864;RBI=0.0437488;REFB=0.00687484;REVB=-0.0147826;RO=49;SAF=19;SAR=10;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228491;STB=0.631534;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0147563;OID=.;OPOS=228177751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:10:19:22:27:10:19:22:27 chr2 228177825 . C G 1045.56 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776813;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.874;QD=59.7463;RBI=0.0139579;REFB=0;REVB=0.0115965;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175208;OID=.;OPOS=228177825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr2 228179238 . G A 1424.95 PASS AF=0.487973;AO=142;DP=291;FAO=142;FDP=291;FR=.;FRO=149;FSAF=76;FSAR=66;FSRF=74;FSRR=75;FWDB=-0.0290814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7171;QD=19.5869;RBI=0.0762765;REFB=-0.0163127;REVB=-0.0705151;RO=147;SAF=76;SAR=66;SRF=73;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358399;STB=0.519788;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0197505;OID=.;OPOS=228179238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:147:149:142:142:0.487973:66:76:73:74:66:76:74:75 chr2 228194480 . AG TT 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0100491;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=317.429;QD=13.6997;RBI=0.0125748;REFB=0.00604633;REVB=-0.00755912;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240491;STB=0.514003;STBP=0.91;TYPE=mnp;VARB=-0.00948056;OID=.;OPOS=228194480;OREF=AG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:8:10:16:14:8:10:16:14 chr2 228207523 . C T 263.32 PASS AF=0.268116;AO=37;DP=138;FAO=37;FDP=138;FR=.;FRO=101;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=0.00760772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.311;QD=7.63245;RBI=0.0180112;REFB=-0.00483439;REVB=-0.0163256;RO=101;SAF=19;SAR=18;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834282;STB=0.549622;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0141466;OID=.;OPOS=228207523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:101:101:37:37:0.268116:18:19:45:56:18:19:45:56 chr2 228228558 . A G 353.95 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0121271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.058;QD=16.0888;RBI=0.0154686;REFB=-0.00206043;REVB=0.00960265;RO=50;SAF=23;SAR=15;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370287;STB=0.520822;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00295091;OID=.;OPOS=228228558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:15:23:32:18:15:23:32:18 chr2 228228568 . G A 117.34 PASS AF=0.197917;AO=19;DP=96;FAO=19;FDP=96;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=-0.00469481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.386;QD=4.88927;RBI=0.0185998;REFB=-0.00481357;REVB=-0.0179976;RO=77;SAF=11;SAR=8;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00708289;STB=0.5045;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.017288;OID=.;OPOS=228228568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:77:77:19:19:0.197917:8:11:45:32:8:11:45:32 chr2 228230840 . C T 304.14 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0333146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.609;QD=17.3793;RBI=0.0681235;REFB=-0.000726664;REVB=-0.0594217;RO=37;SAF=19;SAR=14;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282478;STB=0.657294;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.000123807;OID=.;OPOS=228230840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:14:19:10:27:14:19:10:27 chr2 228416712 . A G 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0172111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.104;QD=13.9482;RBI=0.0185123;REFB=-0.0351522;REVB=0.00681789;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0094611;STB=0.506695;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0555201;OID=.;OPOS=228416712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:8:9:14:12:8:9:14:13 chr2 228476253 . C G 1827.02 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0550737;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9504;QD=61.4124;RBI=0.060665;REFB=0;REVB=-0.0254388;RO=0;SAF=59;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000436827;OID=.;OPOS=228476253;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:60:59:0:0:60:59:0:0 chr2 228776996 . T C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0256381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.741;QD=14.6657;RBI=0.0290955;REFB=-0.0120945;REVB=-0.0137563;RO=21;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286975;STB=0.666444;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0138559;OID=.;OPOS=228776996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:10:5:13:8:10:5:13:8 chr2 228881908 . G T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0229214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4243;QD=8.25459;RBI=0.0428252;REFB=0.00367611;REVB=0.0361747;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137104;STB=0.587912;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00417711;OID=.;OPOS=228881908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:1:5:9:3:1:5:9:3 chr2 228882970 . T C 670.14 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.014;QD=62.3382;RBI=0.031067;REFB=0;REVB=0.0307932;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77331e-05;OID=.;OPOS=228882970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr2 228883721 . T C 1000.22 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00249767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.817;QD=56.3502;RBI=0.00824556;REFB=-0.0440946;REVB=0.00785817;RO=2;SAF=28;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.005193;STB=0.502748;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00346442;OID=.;OPOS=228883721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:2:2:69:69:0.971831:41:28:1:1:41:28:1:1 chr2 230045542 . C G 1123.21 PASS AF=0.491304;AO=114;DP=230;FAO=113;FDP=230;FR=.;FRO=117;FSAF=86;FSAR=27;FSRF=69;FSRR=48;FWDB=0.0356311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9189;QD=19.534;RBI=0.0359925;REFB=-0.00185989;REVB=-0.0050875;RO=115;SAF=87;SAR=27;SRF=68;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19178;STB=0.606468;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00202606;OID=.;OPOS=230045542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:115:117:114:113:0.491304:27:87:68:47:27:86:69:48 chr2 230045545 . T C 1192.03 PASS AF=0.508696;AO=117;DP=233;FAO=117;FDP=230;FR=.;FRO=113;FSAF=90;FSAR=27;FSRF=65;FSRR=48;FWDB=0.00620939;FXX=0.0170933;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.148;QD=20.731;RBI=0.00688776;REFB=-0.0231088;REVB=-0.00298073;RO=115;SAF=90;SAR=27;SRF=68;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198317;STB=0.617262;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0153287;OID=.;OPOS=230045545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:230:115:113:117:117:0.508696:27:90:68:47:27:90:65:48 chr2 230045554 . G C 1241.95 PASS AF=0.533333;AO=120;DP=224;FAO=120;FDP=225;FR=.;FRO=105;FSAF=93;FSAR=27;FSRF=61;FSRR=44;FWDB=0.00989693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.749;QD=22.0792;RBI=0.01378;REFB=-0.00628047;REVB=-0.00958845;RO=104;SAF=93;SAR=27;SRF=61;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200564;STB=0.613584;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00557755;OID=.;OPOS=230045554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:225:104:105:120:120:0.533333:27:93:61:43:27:93:61:44 chr2 230045564 . T C 1237.69 PASS AF=0.543379;AO=117;DP=218;FAO=119;FDP=219;FR=.;FRO=100;FSAF=93;FSAR=26;FSRF=56;FSRR=44;FWDB=-0.0167163;FXX=0.00454525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.598;QD=22.6062;RBI=0.026151;REFB=-0.00427979;REVB=0.0201106;RO=100;SAF=91;SAR=26;SRF=56;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227395;STB=0.626903;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00827341;OID=.;OPOS=230045564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:100:100:117:119:0.543379:26:91:56:44:26:93:56:44 chr2 230045568 . T C 1217.63 PASS AF=0.551887;AO=117;DP=212;FAO=117;FDP=212;FR=.;FRO=95;FSAF=92;FSAR=25;FSRF=54;FSRR=41;FWDB=-0.0167802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.322;QD=22.9742;RBI=0.021857;REFB=0.00180707;REVB=-0.0140056;RO=95;SAF=92;SAR=25;SRF=54;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226939;STB=0.62454;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00196859;OID=.;OPOS=230045568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:95:95:117:117:0.551887:25:92:54:41:25:92:54:41 chr2 230045615 . G A 1310.74 PASS AF=0.687117;AO=112;DP=163;FAO=112;FDP=163;FR=.;FRO=51;FSAF=93;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.00755594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.111;QD=32.1653;RBI=0.0170964;REFB=0.00869301;REVB=0.015336;RO=51;SAF=93;SAR=19;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134057;STB=0.572344;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00325472;OID=.;OPOS=230045615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:51:51:112:112:0.687117:19:93:35:16:19:93:35:16 chr2 230092723 . G A 455.75 PASS AF=0.428571;AO=51;DP=119;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=23;FWDB=-0.0447425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1361;QD=15.3194;RBI=0.049273;REFB=-0.0141302;REVB=-0.0206384;RO=67;SAF=26;SAR=25;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149859;STB=0.587132;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0248802;OID=.;OPOS=230092723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:67:68:51:51:0.428571:25:26:44:23:25:26:45:23 chr2 230135711 . G C,GC 1715.03 PASS AF=0,1;AO=9,95;DP=132;FAO=0,120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=0,51;FSAR=0,69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10941,-0.208226;FXX=0.00826378;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=4.63142,24.0408;QD=57.1675;RBI=0.159213,0.271477;REFB=0,0;REVB=0.115665,0.174189;RO=21;SAF=3,41;SAR=6,54;SRF=12;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.269229,-0.0481417;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00119369;OID=.,.;OPOS=230135711,230135712;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:10:132:120:21:0:9,95:0,120:0,1:6,54:3,41:12:9:0,69:0,51:0:0 chr2 230632213 . G T 812.56 PASS AF=0.506098;AO=82;DP=166;FAO=83;FDP=164;FR=.;FRO=81;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=-0.0194678;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9738;QD=19.8186;RBI=0.0194943;REFB=-0.0173653;REVB=-0.00101665;RO=78;SAF=40;SAR=42;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676503;STB=0.548442;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0120914;OID=.;OPOS=230632213;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:164:78:81:82:83:0.506098:42:40:44:34:43:40:47:34 chr2 230643656 . C A 164.13 PASS AF=0.238095;AO=25;DP=105;FAO=25;FDP=105;FR=.;FRO=80;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=53;FSRR=27;FWDB=-0.00869673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.24;QD=6.25261;RBI=0.0292016;REFB=-0.00288644;REVB=-0.0278765;RO=80;SAF=12;SAR=13;SRF=53;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227898;STB=0.637633;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0110928;OID=.;OPOS=230643656;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:80:80:25:25:0.238095:13:12:53:27:13:12:53:27 chr2 230723777 . G C 145.49 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0109954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.789;QD=16.1659;RBI=0.0594463;REFB=-0.0116023;REVB=0.0584206;RO=20;SAF=3;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359388;STB=0.709791;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0285192;OID=.;OPOS=230723777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:13:3:10:10:13:3:10:10 chr2 230841074 . C T 528.97 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00485118;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.222;QD=60.4535;RBI=0.0264367;REFB=0;REVB=-0.0259878;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67052e-05;OID=.;OPOS=230841074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr2 231033864 . G A 79.87 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0348487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.28;QD=5.80874;RBI=0.0375817;REFB=-0.01225;REVB=0.0140695;RO=43;SAF=7;SAR=5;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315319;STB=0.52009;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0287773;OID=.;OPOS=231033864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:43:43:12:12:0.218182:5:7:24:19:5:7:24:19 chr2 231050715 . A G 1695.82 PASS AF=0.991228;AO=111;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0492212;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0441;QD=59.5025;RBI=0.0492217;REFB=-0.071882;REVB=-0.000222777;RO=1;SAF=71;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664054;STB=0.503401;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00308678;OID=.;OPOS=231050715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:111:113:0.991228:40:71:1:0:40:73:1:0 chr2 231072709 . C T 1131.27 PASS AF=0.918605;AO=79;DP=86;FAO=79;FDP=86;FR=.;FRO=7;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00674872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3126;QD=52.6171;RBI=0.0374251;REFB=-0.00688392;REVB=-0.0368116;RO=7;SAF=42;SAR=37;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503898;STB=0.526684;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00763759;OID=.;OPOS=231072709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:86:86:7:7:79:79:0.918605:37:42:6:1:37:42:6:1 chr2 231077725 . A G 545.22 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0410844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1809;QD=57.3919;RBI=0.0507051;REFB=-0.121592;REVB=0.0297166;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00340718;OID=.;OPOS=231077725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:26:11:0:0:26:11:0:1 chr2 231118041 . A C 249.13 PASS AF=0.303571;AO=34;DP=112;FAO=34;FDP=112;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.0344621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.155;QD=8.89745;RBI=0.0394987;REFB=0.00336828;REVB=0.0193006;RO=78;SAF=19;SAR=15;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00906275;STB=0.505316;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00684341;OID=.;OPOS=231118041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:78:78:34:34:0.303571:15:19:43:35:15:19:43:35 chr2 231149097 . T C 279.28 PASS AF=0.463768;AO=29;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0130256;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.921;QD=16.19;RBI=0.0207954;REFB=-0.0120923;REVB=0.0162105;RO=36;SAF=11;SAR=18;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200731;STB=0.586685;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0211668;OID=.;OPOS=231149097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:37:29:32:0.463768:18:11:21:15:19:13:21:16 chr2 231149108 . G A 1067.91 PASS AF=1;AO=57;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0726219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2157;QD=59.3286;RBI=0.0899596;REFB=0;REVB=0.0530922;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40519e-05;OID=.;OPOS=231149108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:57:72:1:25:32:0:0:37:35:0:0 chr2 231222655 . G T 159.79 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0178823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.345;QD=11.6207;RBI=0.0181044;REFB=-0.00194688;REVB=0.0028271;RO=35;SAF=10;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781249;STB=0.545409;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0032071;OID=.;OPOS=231222655;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:10:10:20:15:10:10:20:15 chr2 231222675 . T C 139.62 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00682866;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.314;QD=11.8823;RBI=0.0198755;REFB=0.000825181;REVB=0.0186656;RO=31;SAF=8;SAR=8;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126304;STB=0.574377;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00121727;OID=.;OPOS=231222675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:31:31:16:16:0.340426:8:8:19:12:8:8:19:12 chr2 231451851 . A G 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0274531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.588;QD=7.79856;RBI=0.0277345;REFB=-0.00483687;REVB=0.00394105;RO=23;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011285;STB=0.507027;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0104453;OID=.;OPOS=231451851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:4:5:13:10:4:5:13:10 chr2 231738168 . G A 276.37 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0097965;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=235.714;QD=15.7924;RBI=0.0167646;REFB=-0.0104189;REVB=0.0136044;RO=34;SAF=11;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140779;STB=0.562519;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00891752;OID=.;OPOS=231738168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:39:31:31:0.442857:20:11:17:17:20:11:18:21 chr2 231738263 . C T 359.27 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0321713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.87;QD=13.8179;RBI=0.032857;REFB=0.0127456;REVB=-0.00667722;RO=62;SAF=20;SAR=22;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759403;STB=0.542941;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0175737;OID=.;OPOS=231738263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:62:62:42:42:0.403846:22:20:34:28:22:20:34:28 chr2 231738269 . G A 316.74 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.00132899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.721;QD=12.9283;RBI=0.0455717;REFB=-0.0183334;REVB=0.0455523;RO=61;SAF=17;SAR=19;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093336;STB=0.54805;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0200451;OID=.;OPOS=231738269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:62:36:36:0.367347:19:17:34:27:19:17:34:28 chr2 231774844 . G A 785.41 PASS AF=0.513699;AO=75;DP=147;FAO=75;FDP=146;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.00808015;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.58;QD=21.518;RBI=0.0100081;REFB=-0.0115319;REVB=-0.00590538;RO=71;SAF=37;SAR=38;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868574;STB=0.547698;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0108307;OID=.;OPOS=231774844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:71:71:75:75:0.513699:38:37:42:29:38:37:42:29 chr2 231775094 . C A 97.29 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0431043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7895;QD=12.9722;RBI=0.0472002;REFB=-0.0301247;REVB=-0.0192322;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857139;STB=0.550477;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0444949;OID=.;OPOS=231775094;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:9:9:5:7:9:9 chr2 231775297 . T G 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0204073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.162;QD=15.6262;RBI=0.0313076;REFB=-0.00894235;REVB=-0.0237425;RO=27;SAF=4;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386995;STB=0.724935;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0233471;OID=.;OPOS=231775297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:15:4:15:12:15:4:15:12 chr2 231861044 . C T 589.05 PASS AF=0.923077;AO=45;DP=48;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0600144;FXX=0.0370302;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.266;QD=45.3116;RBI=0.0606985;REFB=-0.21571;REVB=-0.00908748;RO=3;SAF=39;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486825;STB=0.537578;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00363945;OID=.;OPOS=231861044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:48:52:3:4:45:48:0.923077:6:39:2:1:9:39:2:2 chr2 231861071 . T C 311.03 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.00519303;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.768;QD=28.2751;RBI=0.0226436;REFB=-0.0207279;REVB=-0.02204;RO=17;SAF=22;SAR=5;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543602;STB=0.800464;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0314305;OID=.;OPOS=231861071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:5:22:1:16:5:22:1:16 chr2 231865144 . G C 1341.19 PASS AF=0.542735;AO=98;DP=234;FAO=127;FDP=234;FR=.;FRO=107;FSAF=65;FSAR=62;FSRF=46;FSRR=61;FWDB=0.00910397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.372;QD=22.9263;RBI=0.0279728;REFB=-0.0182005;REVB=-0.0264498;RO=102;SAF=60;SAR=38;SRF=43;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177731;STB=0.537401;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0144276;OID=.;OPOS=231865144;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:102:107:98:127:0.542735:38:60:43:59:62:65:46:61 chr2 231973331 . C T 456.63 PASS AF=0.327684;AO=58;DP=179;FAO=58;FDP=177;FR=.;FRO=119;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=65;FSRR=54;FWDB=-0.00361184;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0842;QD=10.3194;RBI=0.0205475;REFB=0.00716295;REVB=-0.0202276;RO=120;SAF=30;SAR=28;SRF=66;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384097;STB=0.519525;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.0145381;OID=.;OPOS=231973331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:177:120:119:58:58:0.327684:28:30:66:54:28:30:65:54 chr2 232035429 . G A 278.82 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.03417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6095;QD=21.8679;RBI=0.0369207;REFB=-0.00971392;REVB=-0.0139841;RO=23;SAF=7;SAR=21;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250968;STB=0.640342;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0107762;OID=.;OPOS=232035429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:21:7:12:11:21:7:12:11 chr2 232072912 . T C 552.76 PASS AF=0.405063;AO=63;DP=158;FAO=64;FDP=158;FR=.;FRO=94;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=0.021601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.686;QD=13.9939;RBI=0.0225852;REFB=-0.00251253;REVB=0.00659455;RO=94;SAF=41;SAR=22;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154875;STB=0.590542;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00478757;OID=.;OPOS=232072912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:94:94:63:64:0.405063:22:41:48:46:22:42:48:46 chr2 232087474 . AT AA,GA 846.93 PASS AF=0.932203,0.0677966;AO=5,49;DP=55;FAO=55,4;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30,4;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127796,0.116786;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=259.542,241.104;QD=57.4187;RBI=0.150837,0.122757;REFB=0,0;REVB=0.0801245,0.0378193;RO=0;SAF=1,28;SAR=4,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00623162,-0.0425;OID=.,.;OPOS=232087475,232087474;OREF=T,AT;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:55:59:0:0:5,49:55,4:0.932203,0.0677966:4,21:1,28:0:0:25,0:30,4:0:0 chr2 232196564 . C T 209.57 PASS AF=0.512195;AO=17;DP=37;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0510855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.018;QD=20.4456;RBI=0.0558083;REFB=-0.0229438;REVB=0.0224685;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165154;STB=0.559384;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0233577;OID=.;OPOS=232196564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:41:19:20:17:21:0.512195:6:11:9:10:9:12:9:11 chr2 232196597 . G A 217.61 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00749542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.53;QD=22.9058;RBI=0.0181314;REFB=-0.0152783;REVB=-0.0165096;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994097;STB=0.555504;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0126063;OID=.;OPOS=232196597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:11:10:6:11:11:10:6:11 chr2 232225533 . CACGGGAC ACGGGGAC,CACGGGGA,CACGGGGAC 2143.59 PASS AF=0,0,1;AO=9,36,111;DP=176;FAO=0,0,165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,78;FSAR=0,0,87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391343,-0.0779124,0.157981;FXX=0.0236672;HRUN=5,1,3;LEN=3,2,1;MLLD=6.22894,6.55601,19.4599;QD=51.9658;RBI=0.0470688,0.081498,0.164619;REFB=0,0,0;REVB=-0.0261529,-0.023908,-0.0462744;RO=3;SAF=8,34,33;SAR=1,2,78;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.140735,-0.0395453,-0.0412165;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,ins;VARB=0,0,0.000978049;OID=.,.,.;OPOS=232225533,232225539,232225536;OREF=CAC,AC,-;OALT=ACG,GA,G;OMAPALT=ACGGGGAC,CACGGGGA,CACGGGGAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/3:11:176:165:3:0:9,36,111:0,0,165:0,0,1:1,2,78:8,34,33:3:0:0,0,87:0,0,78:0:0 chr2 232263127 . G A 500.65 PASS AF=0.594937;AO=46;DP=78;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0119072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.908;QD=25.3495;RBI=0.013276;REFB=-0.0191467;REVB=0.00587109;RO=31;SAF=15;SAR=31;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125505;STB=0.555788;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00872002;OID=.;OPOS=232263127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:31:32:46:47:0.594937:31:15:15:16:31:16:15:17 chr2 232325414 . TTCATCATCATCA ATCTTCATCATCA,TTCATCATCA,TTCATCATCATCT 218.11 PASS AF=0.0526316,0.473684,0.0526316;AO=3,18,2;DP=39;FAO=2,18,2;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=2,13,2;FSAR=0,5,0;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0560858,-0.00207245,-0.0319041;FXX=0;HRUN=2,1,1;LEN=4,3,1;MLLD=131.51,119.913,117.699;QD=22.9586;RBI=0.0570949,0.0130012,0.0616271;REFB=-0.0237745,-0.0549454,-0.0138473;REVB=-0.0106871,-0.012835,-0.052726;RO=16;SAF=3,13,2;SAR=0,5,0;SRF=11;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.55716,0.0353489,0.468799;STB=0.992848,0.519977,0.992848;STBP=0.333,0.857,0.333;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0711039,0.0613284,-0.0502719;OID=.,.,.;OPOS=232325414,232325415,232325426;OREF=TTCA,TCA,A;OALT=ATCT,-,T;OMAPALT=ATCTTCATCATCA,TTCATCATCA,TTCATCATCATCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:39:38:16:16:3,18,2:2,18,2:0.0526316,0.473684,0.0526316:0,5,0:3,13,2:11:5:0,5,0:2,13,2:11:5 chr2 232326417 . C T 451.21 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=14;FWDB=0.050835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2128;QD=17.1888;RBI=0.0521618;REFB=-0.0461506;REVB=-0.0116902;RO=56;SAF=36;SAR=13;SRF=42;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190041;STB=0.51057;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0601668;OID=.;OPOS=232326417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:49:49:0.466667:13:36:42:14:13:36:42:14 chr2 232378231 . T C 559.06 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0119584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5068;QD=20.5158;RBI=0.0255284;REFB=-0.0193632;REVB=0.0225543;RO=52;SAF=26;SAR=31;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713805;STB=0.53929;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0256023;OID=.;OPOS=232378231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:52:52:57:57:0.522936:31:26:28:24:31:26:28:24 chr2 232458443 . T C 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.512;QD=61.8526;RBI=0.024148;REFB=0;REVB=-0.0197182;RO=0;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.61865e-06;OID=.;OPOS=232458443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:34:49:0:0:34:49:0:0 chr2 232672230 . G A 249.17 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=89;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0165238;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.867;QD=11.3257;RBI=0.0336157;REFB=-0.0201157;REVB=-0.0292742;RO=58;SAF=14;SAR=16;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135251;STB=0.578262;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0473205;OID=.;OPOS=232672230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:58:58:30:30:0.340909:16:14:34:24:16:14:34:24 chr2 232672932 . C T 193.98 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00360225;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.546;QD=11.7565;RBI=0.00378328;REFB=-0.0105323;REVB=-0.00115629;RO=39;SAF=5;SAR=19;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413074;STB=0.748422;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0177518;OID=.;OPOS=232672932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:39:42:24:24:0.363636:19:5:22:17:19:5:24:18 chr2 232952286 . A G 407.05 PASS AF=0.5;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00212853;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.258;QD=19.8561;RBI=0.0222471;REFB=0.00708098;REVB=0.022145;RO=41;SAF=22;SAR=19;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00719525;OID=.;OPOS=232952286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:41:41:41:41:0.5:19:22:22:19:19:22:22:19 chr2 233199090 . C T 215.35 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0209975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7179;QD=13.0515;RBI=0.0250171;REFB=-0.000514622;REVB=0.0136;RO=40;SAF=18;SAR=8;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380827;STB=0.717377;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00225557;OID=.;OPOS=233199090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:8:18:13:27:8:18:13:27 chr2 233200849 . A G 335.52 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0129662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.489;QD=13.2881;RBI=0.0262034;REFB=-0.0024093;REVB=0.0227705;RO=60;SAF=25;SAR=14;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279527;STB=0.518549;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00349902;OID=.;OPOS=233200849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:62:39:39:0.386139:14:25:37:23:14:25:38:24 chr2 233201328 . A G 148.13 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0132526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.286;QD=17.955;RBI=0.0523858;REFB=-0.0394912;REVB=-0.0506818;RO=17;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021362;STB=0.51218;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0335693;OID=.;OPOS=233201328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:6:10:11:6:6:10:11:6 chr2 233205600 . A G 95.19 PASS AF=0.352941;AO=11;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.078377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.858;QD=11.1994;RBI=0.0785432;REFB=0.00621226;REVB=0.00510669;RO=22;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146983;STB=0.519198;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.00942014;OID=.;OPOS=233205600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:11:12:0.352941:9:2:6:16:9:3:6:16 chr2 233243713 . G C 59.71 PASS AF=0.161765;AO=11;DP=68;FAO=11;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.00802971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.792;QD=3.51239;RBI=0.0172818;REFB=-0.0176966;REVB=0.0153031;RO=57;SAF=9;SAR=2;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301176;STB=0.710096;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0755925;OID=.;OPOS=233243713;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:68:68:57:57:11:11:0.161765:2:9:35:22:2:9:35:22 chr2 233243981 . A T 1571.54 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.222;QD=59.8683;RBI=0.0237216;REFB=0;REVB=0.0185199;RO=0;SAF=66;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48945e-05;OID=.;OPOS=233243981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:39:66:0:0:39:66:0:0 chr2 233244586 . C G 445.87 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0762318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.897;QD=52.4555;RBI=0.0957578;REFB=-0.128565;REVB=-0.0579506;RO=1;SAF=22;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207543;STB=0.521726;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0057333;OID=.;OPOS=233244586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:33:34:1:2:32:32:0.941176:10:22:1:0:10:22:2:0 chr2 233245141 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.455;QD=37.4885;RBI=0.0391105;REFB=0;REVB=0.0203748;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596235;OID=.;OPOS=233245141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr2 233246432 . G T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=6.57269e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.33;QD=8.73785;RBI=0.0461578;REFB=-0.0138583;REVB=-0.0461577;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507976;STB=0.531181;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0179189;OID=.;OPOS=233246432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:12:8:4:5:12:8 chr2 233321715 . G A 262.95 PASS AF=0.318182;AO=35;DP=110;FAO=35;FDP=110;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.00257544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.429;QD=9.56168;RBI=0.00404434;REFB=-0.0176648;REVB=0.0031183;RO=75;SAF=19;SAR=16;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135253;STB=0.578686;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0238351;OID=.;OPOS=233321715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:75:75:35:35:0.318182:16:19:32:43:16:19:32:43 chr2 233349588 . G A 854.11 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0070211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.35;QD=56.0074;RBI=0.00807981;REFB=-0.00705204;REVB=0.00399843;RO=1;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136737;STB=0.506847;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000131813;OID=.;OPOS=233349588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:61:1:1:58:60:0.983607:34:24:0:1:36:24:0:1 chr2 233385321 . G A 1244.47 PASS AF=0.45614;AO=129;DP=285;FAO=130;FDP=285;FR=.;FRO=155;FSAF=82;FSAR=48;FSRF=84;FSRR=71;FWDB=0.0092952;FXX=0.00349638;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.532;QD=17.4662;RBI=0.0100553;REFB=-0.0290115;REVB=0.00383502;RO=153;SAF=82;SAR=47;SRF=83;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956993;STB=0.550483;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0295814;OID=.;OPOS=233385321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:285:153:155:129:130:0.45614:47:82:83:70:48:82:84:71 chr2 233385396 . G A 2396.19 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538869;FXX=0.0245384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5724;QD=60.2815;RBI=0.0851923;REFB=0;REVB=0.0659843;RO=0;SAF=77;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127797;OID=.;OPOS=233385396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:155:159:0:0:155:159:1:78:77:0:0:78:81:0:0 chr2 233386583 . T C 1695.35 PASS AF=0.966387;AO=115;DP=119;FAO=115;FDP=119;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.01378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.831;QD=56.9865;RBI=0.0400078;REFB=-0.0472895;REVB=0.0375598;RO=4;SAF=52;SAR=63;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013031;STB=0.506866;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00120359;OID=.;OPOS=233386583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:119:119:4:4:115:115:0.966387:63:52:1:3:63:52:1:3 chr2 233390937 . A G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.014335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.934;QD=15.7005;RBI=0.0145336;REFB=-0.0241183;REVB=0.00239485;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108301;STB=0.562417;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0260232;OID=.;OPOS=233390937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:8:11:7:8:8:11 chr2 233406178 . G A 437.92 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00268458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2802;QD=21.6256;RBI=0.041587;REFB=0.0121877;REVB=0.0415003;RO=38;SAF=25;SAR=18;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136471;STB=0.575339;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.0101529;OID=.;OPOS=233406178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:18:25:16:22:18:25:16:22 chr2 233408325 . C A 286.26 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00814726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.071;QD=18.1751;RBI=0.0343629;REFB=-0.00560644;REVB=0.0333831;RO=32;SAF=19;SAR=12;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268764;STB=0.649805;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00352601;OID=.;OPOS=233408325;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:12:19:10:22:12:19:10:22 chr2 233413771 . C T 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.01082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3819;QD=11.8143;RBI=0.1107;REFB=0.0029265;REVB=-0.11017;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282608;STB=0.66642;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.0135817;OID=.;OPOS=233413771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:5:8:8:15:5:8:8:15 chr2 233413825 . G A 92.18 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00571031;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.793;QD=8.77887;RBI=0.02378;REFB=-0.0139879;REVB=-0.0230842;RO=30;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248749;STB=0.650922;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0339259;OID=.;OPOS=233413825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:42:42:30:30:12:12:0.285714:5:7:11:19:5:7:11:19 chr2 233438786 . G A 513.88 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0143142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.432;QD=21.8672;RBI=0.015303;REFB=-0.0143051;REVB=-0.00541159;RO=45;SAF=26;SAR=23;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169592;STB=0.509356;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0156428;OID=.;OPOS=233438786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:23:26:23:22:23:26:23:22 chr2 233470843 . G A 201.55 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00365379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9142;QD=13.9;RBI=0.0266353;REFB=-0.0233216;REVB=-0.0263835;RO=34;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102812;STB=0.55869;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.029184;OID=.;OPOS=233470843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:11:13:15:19:11:13:15:19 chr2 233498669 . G T 249.97 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0158419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.797;QD=12.0467;RBI=0.0158536;REFB=-0.0123102;REVB=-0.000608567;RO=53;SAF=17;SAR=13;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638847;STB=0.536817;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.020726;OID=.;OPOS=233498669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:13:17:27:26:13:17:27:26 chr2 233514636 . G T 449.83 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.027069;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.396;QD=24.315;RBI=0.0270928;REFB=-0.00852245;REVB=0.00113505;RO=31;SAF=22;SAR=21;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458141;STB=0.525114;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00728554;OID=.;OPOS=233514636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:21:22:14:17:21:22:14:17 chr2 233514638 . G C 449.81 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0126042;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.684;QD=24.3141;RBI=0.0189879;REFB=-0.00597874;REVB=0.0142013;RO=31;SAF=22;SAR=21;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458141;STB=0.525114;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00696586;OID=.;OPOS=233514638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:21:22:14:17:21:22:14:17 chr2 233527574 . TGGGGGCCCCC TGGGGCCCC,TGGGGCCCCC,TGGGGGCCCC,TGGGGGCCCCG 295.25 PASS AF=1,0,0,0;AO=6,6,7,4;DP=44;FAO=45,0,0,0;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0,0,0;FSAR=20,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.286861,0.762444,-0.32103,-0.212081;FXX=0.0217344;HRUN=5,5,6,6;LEN=2,1,1,1;MLLD=9.36785,5.78551,5.21586,118.232;QD=26.244;RBI=0.286963,0.866205,0.53233,0.212959;REFB=-0.000795791,-0.0171246,0.017287,-0.0155972;REVB=-0.0076494,-0.411084,0.424635,-0.0193206;RO=6;SAF=1,0,6,4;SAR=5,6,1,0;SRF=5;SRR=1;SSEN=0.375,0.375,0.598214,0;SSEP=0,0,0.604651,0;SSSB=-0.550714,-0.802799,0.0364235,0.65814;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.00159334,0.14964,0.0147238,0;OID=.,.,.,.;OPOS=233527579,233527575,233527580,233527584;OREF=GC,G,C,C;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=TGGGGCCCC,TGGGGCCCCC,TGGGGGCCCC,TGGGGGCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0,0,0:6,6,7,4:44:45,0,0,0:45:0:25,0,0,0:20,0,0,0:0:0:5:6:1,0,6,4:5,6,1,0:5:1 chr2 233537125 . A G 1102.06 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164559;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.669;QD=60.3868;RBI=0.0361282;REFB=0;REVB=0.0321628;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03642e-05;OID=.;OPOS=233537125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr2 233659553 . C A 551.1 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.014367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9606;QD=20.7962;RBI=0.0145199;REFB=0.00651186;REVB=0.0021019;RO=50;SAF=32;SAR=24;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959999;STB=0.552827;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.0037018;OID=.;OPOS=233659553;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:50:50:56:56:0.528302:24:32:23:27:24:32:23:27 chr2 233708806 . A G 524.85 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282119;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.166;QD=59.9826;RBI=0.0975097;REFB=0;REVB=0.0933393;RO=0;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689044;OID=.;OPOS=233708806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:8:27:0:0:8:27:0:0 chr2 233708932 . A G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0897897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8727;QD=13.4412;RBI=0.0909749;REFB=-0.0280321;REVB=0.014637;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825183;STB=0.548295;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0272865;OID=.;OPOS=233708932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:3:10:7:3:3:10 chr2 233712226 . CACA C,CGCA 184.04 PASS AF=0.571429,0.428571;AO=6,9;DP=24;FAO=8,6;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5,1;FSAR=3,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371014,0.021351;FXX=0.391134;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=138.114,50.931;QD=52.5835;RBI=0.00613599,0.0227364;REFB=0,0;REVB=0.00488726,0.00781533;RO=0;SAF=4,2;SAR=2,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0375746,0.0052015;OID=.,.;OPOS=233712227,233712227;OREF=ACA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.571429,0.428571:6,9:24:8,6:14:0:5,1:3,5:0:0:53:0:4,2:2,7:0:0 chr2 233723182 . G A 1082.09 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5844;QD=59.2927;RBI=0.057654;REFB=0;REVB=0.0407747;RO=0;SAF=51;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.34984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77073e-06;OID=.;OPOS=233723182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:70:73:1:19:51:0:0:21:52:0:0 chr2 233740177 . G A 277.78 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.012224;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.62;QD=20.2018;RBI=0.0208691;REFB=-0.0125121;REVB=-0.0169143;RO=25;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155019;STB=0.577305;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00922097;OID=.;OPOS=233740177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:26:29:29:0.527273:17:12:15:10:17:12:15:11 chr2 233740227 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00498855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.479;QD=61.684;RBI=0.0303415;REFB=0;REVB=0.0299286;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17584e-05;OID=.;OPOS=233740227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr2 233744021 . G A 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2873;QD=61.3334;RBI=0.0707652;REFB=0;REVB=-0.0324395;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309234;OID=.;OPOS=233744021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr2 233757679 . G A 803.83 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.186;QD=55.4362;RBI=0.0235009;REFB=-0.165878;REVB=0.00767788;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159856;STB=0.508472;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00132558;OID=.;OPOS=233757679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:1:1:57:57:0.982759:29:28:0:1:29:28:0:1 chr2 233757697 . A G 754.61 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0268639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.29;QD=54.8803;RBI=0.0312164;REFB=-0.011408;REVB=0.0158996;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165343;STB=0.508769;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000571955;OID=.;OPOS=233757697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:28:26:0:1:28:26:0:1 chr2 233785015 . G A 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0079082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.121;QD=21.5107;RBI=0.0347025;REFB=-0.00562984;REVB=0.0337894;RO=19;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329041;STB=0.518501;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00478245;OID=.;OPOS=233785015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:7:14:12:7:7:14:12:7 chr2 233785046 . C T 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00403384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.986;QD=6.57184;RBI=0.0193725;REFB=-0.00640967;REVB=-0.0189479;RO=37;SAF=8;SAR=3;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179397;STB=0.615163;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0152756;OID=.;OPOS=233785046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:3:8:22:15:3:8:22:15 chr2 233834975 . A G 2279.24 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299261;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.667;QD=63.755;RBI=0.030067;REFB=0;REVB=0.00290721;RO=0;SAF=64;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48216e-05;OID=.;OPOS=233834975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:142:143:1:78:64:0:0:79:64:0:0 chr2 233897503 . G A 265.42 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00766649;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.984;QD=17.6946;RBI=0.0176091;REFB=-0.038102;REVB=-0.0158526;RO=30;SAF=18;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512992;STB=0.538895;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0604694;OID=.;OPOS=233897503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:31:29:29:0.483333:11:18:17:13:11:18:17:14 chr2 233897525 . C T 174.33 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0129688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.289;QD=11.6219;RBI=0.0213284;REFB=-0.0175977;REVB=0.0169325;RO=37;SAF=12;SAR=10;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841027;STB=0.555506;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0361821;OID=.;OPOS=233897525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:37:38:22:22:0.366667:10:12:23:14:10:12:24:14 chr2 234055004 . T C 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2005;QD=59.3213;RBI=0.0621517;REFB=0;REVB=0.0598687;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182141;OID=.;OPOS=234055004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr2 234066969 . C G 1114.3 PASS AF=1;AO=71;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00924378;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6603;QD=60.2323;RBI=0.0171417;REFB=0;REVB=0.0144357;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123761;OID=.;OPOS=234066969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:71:74:1:37:34:0:0:40:34:0:0 chr2 234078673 . C T 239.01 PASS AF=0.306122;AO=30;DP=98;FAO=30;FDP=98;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.00405469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.75;QD=9.75534;RBI=0.0130606;REFB=0.000835061;REVB=-0.0124152;RO=67;SAF=19;SAR=11;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18548;STB=0.604356;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00134761;OID=.;OPOS=234078673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:67:68:30:30:0.306122:11:19:32:35:11:19:33:35 chr2 234104057 . C T 115.56 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00834784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.722;QD=7.22267;RBI=0.0147545;REFB=-0.00595448;REVB=-0.0121659;RO=46;SAF=4;SAR=13;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383892;STB=0.741152;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0152108;OID=.;OPOS=234104057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:46:47:17:17:0.265625:13:4:25:21:13:4:26:21 chr2 234113057 . G A 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00706609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.13;QD=17.0994;RBI=0.0185094;REFB=-0.0246413;REVB=-0.0171076;RO=15;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276179;STB=0.658312;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0259863;OID=.;OPOS=234113057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:5:9:5:10:5:9:5:10 chr2 234113301 . C T 57.95 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0145721;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.295;QD=12.877;RBI=0.0165586;REFB=-0.0120691;REVB=0.0078638;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594079;STB=0.535622;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0166233;OID=.;OPOS=234113301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:19:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:3:7:6:2:3:7 chr2 234227523 . AT GT,TG 1456.14 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=85,5;DP=96;FAO=90,5;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=29,5;FSAR=61,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00752003,-0.0116188;FXX=0.0104156;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=120.741,127.805;QD=61.3111;RBI=0.00865105,0.0118377;REFB=0,0;REVB=0.00427665,0.00226632;RO=0;SAF=24,5;SAR=61,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.56037e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00376425,0.127244;OID=.,.;OPOS=234227523,234227523;OREF=A,AT;OALT=G,TG;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:96:95:0:0:85,5:90,5:0.947368,0.0526316:61,0:24,5:0:0:61,0:29,5:0:0 chr2 234363093 . C T 526.12 PASS AF=0.4;AO=58;DP=145;FAO=58;FDP=145;FR=.;FRO=87;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.00639098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.833;QD=14.5137;RBI=0.0136934;REFB=-0.0265035;REVB=0.0121105;RO=87;SAF=16;SAR=42;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216559;STB=0.622837;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0263054;OID=.;OPOS=234363093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:87:87:58:58:0.4:42:16:40:47:42:16:40:47 chr2 234394425 . C T 91.81 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0132445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2216;QD=8.74417;RBI=0.0171174;REFB=-0.00402541;REVB=0.0108438;RO=30;SAF=2;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492792;STB=0.804547;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0162874;OID=.;OPOS=234394425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:10:2:17:13:10:2:17:13 chr2 234398029 . G C 116.66 PASS AF=0.230769;AO=18;DP=78;FAO=18;FDP=78;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0328681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.513;QD=5.98267;RBI=0.0397833;REFB=-0.00574519;REVB=-0.0224143;RO=60;SAF=9;SAR=9;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206503;STB=0.512806;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0233319;OID=.;OPOS=234398029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:60:60:18:18:0.230769:9:9:29:31:9:9:29:31 chr2 234449316 . G A 1346.93 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0144557;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.518;QD=61.2239;RBI=0.039475;REFB=-0.0115897;REVB=-0.036733;RO=1;SAF=49;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957246;STB=0.505049;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=1.20142e-05;OID=.;OPOS=234449316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:88:1:1:87:87:0.988636:38:49:1:0:38:49:1:0 chr2 234469664 . T C 1854.75 PASS AF=1;AO=120;DP=124;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00642506;FXX=0.0322555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6208;QD=61.825;RBI=0.00812245;REFB=0;REVB=-0.00496919;RO=0;SAF=64;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65134e-05;OID=.;OPOS=234469664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:120:0:0:120:120:1:56:64:0:0:56:64:0:0 chr2 234526871 . C G 689.15 PASS AF=0.511278;AO=68;DP=133;FAO=68;FDP=133;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00711488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1381;QD=20.7263;RBI=0.0208373;REFB=-0.00503229;REVB=0.019585;RO=65;SAF=26;SAR=42;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589884;STB=0.532494;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00457811;OID=.;OPOS=234526871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:65:65:68:68:0.511278:42:26:29:36:42:26:29:36 chr2 234622429 . T C 684.35 PASS AF=0.345833;AO=83;DP=238;FAO=83;FDP=240;FR=.;FRO=157;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=90;FSRR=67;FWDB=-0.00965576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.347;QD=11.4059;RBI=0.0114458;REFB=-0.00799021;REVB=-0.00614602;RO=155;SAF=38;SAR=45;SRF=89;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132341;STB=0.575062;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0219547;OID=.;OPOS=234622429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:240:155:157:83:83:0.345833:45:38:89:66:45:38:90:67 chr2 234627937 . T C 2936.41 PASS AF=1;AO=183;DP=188;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276592;FXX=0.0105815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3425;QD=62.8109;RBI=0.112793;REFB=0;REVB=0.109349;RO=0;SAF=108;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22025e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139341;OID=.;OPOS=234627937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:187:0:0:183:187:1:75:108:0:0:79:108:0:0 chr2 234637803 . T C 140.64 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0388923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9677;QD=9.37606;RBI=0.0389526;REFB=-0.0174306;REVB=0.00216546;RO=39;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102726;STB=0.559379;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0277369;OID=.;OPOS=234637803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:41:19:19:0.316667:9:10:17:22:9:10:18:23 chr2 234637853 . G A 257.81 PASS AF=0.348315;AO=30;DP=88;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.00374095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.261;QD=11.5869;RBI=0.00399776;REFB=-0.0170794;REVB=0.00140975;RO=57;SAF=13;SAR=17;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758014;STB=0.559548;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0289791;OID=.;OPOS=234637853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:57:58:30:31:0.348315:17:13:21:36:17:14:21:37 chr2 234637912 . T C 265.05 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.0430732;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.415;QD=17.3803;RBI=0.0430741;REFB=0.0012512;REVB=0.000276952;RO=32;SAF=13;SAR=16;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224418;STB=0.624775;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0012925;OID=.;OPOS=234637912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:16:13:7:25:16:13:7:25 chr2 234638249 . A G 828.09 PASS AF=0.448454;AO=86;DP=193;FAO=87;FDP=194;FR=.;FRO=107;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=56;FSRR=51;FWDB=0.00890109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.229;QD=17.0741;RBI=0.012924;REFB=0.000657457;REVB=-0.00937019;RO=107;SAF=45;SAR=41;SRF=56;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000108663;STB=0.503381;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.00094252;OID=.;OPOS=234638249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:107:107:86:87:0.448454:41:45:56:51:42:45:56:51 chr2 234688036 . C A 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7354;QD=59.6783;RBI=0.0240355;REFB=0;REVB=-0.0200836;RO=0;SAF=45;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193876;OID=.;OPOS=234688036;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:25:45:0:0:25:45:0:0 chr2 234702459 . T C 721.28 PASS AF=0.556452;AO=69;DP=125;FAO=69;FDP=124;FR=.;FRO=55;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00848916;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.35;QD=23.2672;RBI=0.00849975;REFB=-0.0189891;REVB=0.000424325;RO=55;SAF=40;SAR=29;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729382;STB=0.547931;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0147024;OID=.;OPOS=234702459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:55:55:69:69:0.556452:29:40:27:28:29:40:26:29 chr2 234703136 . T C 146.78 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0315103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4073;QD=17.2679;RBI=0.0387304;REFB=-0.0513219;REVB=-0.02252;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995299;STB=0.556749;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0583037;OID=.;OPOS=234703136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:12:6:7:9:12:6 chr2 234704318 . A G 245.08 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0150299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0586;QD=15.5609;RBI=0.0406829;REFB=0.0275662;REVB=-0.0378047;RO=35;SAF=9;SAR=19;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549326;STB=0.531108;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.0360298;OID=.;OPOS=234704318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:19:9:13:22:19:9:13:22 chr2 234704690 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.796;QD=37.4885;RBI=0.0433653;REFB=0;REVB=0.0193541;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605683;OID=.;OPOS=234704690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr2 234708868 . G C 1246.05 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.428;QD=61.5335;RBI=0.0345382;REFB=0;REVB=0.0289325;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153559;OID=.;OPOS=234708868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr2 234710831 . G C 346.79 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00747588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.865;QD=22.3733;RBI=0.0216005;REFB=-0.0206367;REVB=-0.0202656;RO=27;SAF=12;SAR=23;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861349;STB=0.547591;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0182272;OID=.;OPOS=234710831;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:23:12:12:15:23:12:12:15 chr2 234713706 . T C 639.55 PASS AF=0.4375;AO=69;DP=159;FAO=70;FDP=160;FR=.;FRO=90;FSAF=17;FSAR=53;FSRF=54;FSRR=36;FWDB=-0.0288617;FXX=0.0303012;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.122;QD=15.9888;RBI=0.0292759;REFB=-0.0104763;REVB=0.00490725;RO=86;SAF=16;SAR=53;SRF=53;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404791;STB=0.713166;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0166809;OID=.;OPOS=234713706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:86:90:69:70:0.4375:53:16:53:33:53:17:54:36 chr2 234716426 . G A 535.18 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=0.0195206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.69;QD=20.9873;RBI=0.0195424;REFB=-0.0125223;REVB=0.000924476;RO=48;SAF=19;SAR=35;SRF=12;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989085;STB=0.554212;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0135621;OID=.;OPOS=234716426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:48:54:54:0.529412:35:19:12:36:35:19:12:36 chr2 234725477 . C T 183.68 PASS AF=0.247788;AO=28;DP=113;FAO=28;FDP=113;FR=.;FRO=85;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.0042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.859;QD=6.50188;RBI=0.00569725;REFB=-0.00310107;REVB=-0.0038495;RO=85;SAF=14;SAR=14;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804188;STB=0.548638;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00978786;OID=.;OPOS=234725477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:85:85:28:28:0.247788:14:14:37:48:14:14:37:48 chr2 234725502 . T C 499.2 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00260977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7906;QD=19.7703;RBI=0.0121895;REFB=-0.00727898;REVB=-0.0119068;RO=49;SAF=23;SAR=28;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00179202;STB=0.505492;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00544121;OID=.;OPOS=234725502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:49:50:51:51:0.50495:28:23:22:27:28:23:22:28 chr2 234727333 . C G 463.8 PASS AF=0.476636;AO=48;DP=106;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.00815198;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.558;QD=17.3384;RBI=0.0258171;REFB=-0.0112716;REVB=0.0244963;RO=56;SAF=31;SAR=17;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218138;STB=0.509452;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00592872;OID=.;OPOS=234727333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:56:56:48:51:0.476636:17:31:35:21:20:31:35:21 chr2 234727410 . C A 475.94 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.012588;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.55;QD=17.7922;RBI=0.0250227;REFB=-0.00108477;REVB=-0.0216258;RO=56;SAF=23;SAR=28;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126349;STB=0.507019;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00107079;OID=.;OPOS=234727410;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:56:56:51:51:0.476636:28:23:26:30:28:23:26:30 chr2 234728078 . T C 512.32 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.037098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2264;QD=21.5712;RBI=0.0426498;REFB=0.00839384;REVB=0.0210414;RO=46;SAF=28;SAR=21;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113509;STB=0.562475;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00767586;OID=.;OPOS=234728078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:46:49:49:0.515789:21:28:32:14:21:28:32:14 chr2 234732311 . G A 319.75 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0353582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.532;QD=18.5361;RBI=0.0445388;REFB=-0.0408625;REVB=0.0270832;RO=35;SAF=19;SAR=15;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118234;STB=0.565919;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0307251;OID=.;OPOS=234732311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:15:19:15:20:15:19:15:20 chr2 234732317 . A G 872.49 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.754;QD=56.2896;RBI=0.0244266;REFB=-0.14619;REVB=0.0219495;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000689915;OID=.;OPOS=234732317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:33:28:0:0:33:28:0:1 chr2 234737275 . G C 679.78 PASS AF=0.462025;AO=72;DP=157;FAO=73;FDP=158;FR=.;FRO=85;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=-0.0301918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.839;QD=17.2096;RBI=0.0306709;REFB=-0.00929013;REVB=0.00539971;RO=84;SAF=49;SAR=23;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139547;STB=0.568681;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0136938;OID=.;OPOS=234737275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:84:85:72:73:0.462025:23:49:46:38:24:49:47:38 chr2 234737372 . C A 1512.21 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213394;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.495;QD=59.8896;RBI=0.0346781;REFB=0;REVB=0.0273349;RO=0;SAF=68;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.32919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9313e-05;OID=.;OPOS=234737372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:33:68:0:0:33:68:0:0 chr2 234740136 . G A 323.59 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0521775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.138;QD=16.8098;RBI=0.0523154;REFB=-0.0203582;REVB=0.00379641;RO=42;SAF=20;SAR=15;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717825;STB=0.540207;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0238349;OID=.;OPOS=234740136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:15:20:27:15:15:20:27:15 chr2 234740157 . G A 266.2 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=0.00422016;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.528;QD=15.2114;RBI=0.0081416;REFB=0.00495325;REVB=0.00696247;RO=38;SAF=15;SAR=15;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236184;STB=0.64277;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00731411;OID=.;OPOS=234740157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:40:30:30:0.428571:15:15:28:10:15:15:30:10 chr2 234749354 . G A 113.95 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0286345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6657;QD=10.6003;RBI=0.0288236;REFB=0.00237473;REVB=0.00329616;RO=29;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269295;STB=0.516106;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.00283753;OID=.;OPOS=234749354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:5:9:18:11:5:9:18:11 chr2 234749780 . G C 308.15 PASS AF=0.540984;AO=31;DP=60;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00415228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.782;QD=20.2065;RBI=0.00469078;REFB=-0.0269244;REVB=-0.0021822;RO=26;SAF=19;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953669;STB=0.520945;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0338061;OID=.;OPOS=234749780;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:26:28:31:33:0.540984:12:19:13:13:15:18:14:14 chr2 234750542 . G C 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00717367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.329;QD=59.8291;RBI=0.037244;REFB=0;REVB=0.0365466;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29768e-05;OID=.;OPOS=234750542;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:50:53:0:0:50:53:0:0 chr2 234750831 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.355;QD=57.8848;RBI=0.0112591;REFB=0;REVB=0.00473609;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26746e-05;OID=.;OPOS=234750831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr2 234761225 . C T 794.16 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.743;QD=56.7255;RBI=0.111373;REFB=0;REVB=-0.0170721;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426979;OID=.;OPOS=234761225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:0:0:52:56:1:27:25:0:0:27:29:0:0 chr2 234762480 . A T 1951.39 PASS AF=0.992188;AO=125;DP=130;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138242;FXX=0.0153834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.624;QD=60.9809;RBI=0.0139097;REFB=0.103226;REVB=0.0015403;RO=0;SAF=91;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39734e-08;STB=0.506848;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-4.40093e-05;OID=.;OPOS=234762480;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:130:128:0:1:125:127:0.992188:34:91:0:0:36:91:0:1 chr2 234847805 . T G 349.49 PASS AF=0.28;AO=49;DP=172;FAO=49;FDP=175;FR=.;FRO=126;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=67;FSRR=59;FWDB=0.0202299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.994;QD=7.98823;RBI=0.0528018;REFB=-0.0111541;REVB=-0.0487727;RO=123;SAF=28;SAR=21;SRF=67;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329542;STB=0.528914;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0277959;OID=.;OPOS=234847805;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:175:123:126:49:49:0.28:21:28:67:56:21:28:67:59 chr2 234869611 . T C 282.73 PASS AF=0.270833;AO=39;DP=144;FAO=39;FDP=144;FR=.;FRO=105;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=0.00310437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.15;QD=7.85366;RBI=0.00829551;REFB=-0.00349009;REVB=-0.00769275;RO=104;SAF=20;SAR=19;SRF=49;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510041;STB=0.533601;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00824191;OID=.;OPOS=234869611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:104:105:39:39:0.270833:19:20:49:55:19:20:49:56 chr2 234959637 . T A 775.44 PASS AF=0.503356;AO=75;DP=149;FAO=75;FDP=149;FR=.;FRO=74;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.0173416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.532;QD=20.8171;RBI=0.0295309;REFB=-0.00818294;REVB=0.0239029;RO=74;SAF=47;SAR=28;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177731;STB=0.597938;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0149729;OID=.;OPOS=234959637;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:74:74:75:75:0.503356:28:47:32:42:28:47:32:42 chr2 234967539 . T A 401.89 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.00334152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.507;QD=14.7482;RBI=0.0301464;REFB=-0.0106765;REVB=-0.0299606;RO=62;SAF=24;SAR=22;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604933;STB=0.538075;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0157385;OID=.;OPOS=234967539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:63:46:46:0.422018:22:24:36:26:22:24:37:26 chr2 235402279 . T C 220.57 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0226038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.992;QD=14.2303;RBI=0.0234774;REFB=-0.0155162;REVB=0.0063447;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283182;STB=0.516117;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.030041;OID=.;OPOS=235402279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:13:13:17:19:13:13:17:19 chr2 235950187 . T C 1877.87 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00686307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.772;QD=61.5696;RBI=0.0129567;REFB=0;REVB=0.0109897;RO=0;SAF=55;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62554e-06;OID=.;OPOS=235950187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:67:55:0:0:67:55:0:0 chr2 235951819 . A G 1786.46 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367009;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.372;QD=59.5485;RBI=0.0369151;REFB=0;REVB=0.00397085;RO=0;SAF=51;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227929;OID=.;OPOS=235951819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:120:0:0:113:120:1:62:51:0:0:64:56:0:0 chr2 236685641 . C T 86.75 PASS AF=0.1875;AO=15;DP=80;FAO=15;FDP=80;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.00127951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.794;QD=4.33745;RBI=0.0126289;REFB=-0.0027956;REVB=-0.0125639;RO=65;SAF=5;SAR=10;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109489;STB=0.571331;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0163255;OID=.;OPOS=236685641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:80:80:65:65:15:15:0.1875:10:5:27:38:10:5:27:38 chr2 236761396 . C T 704.9 PASS AF=0.962963;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0167912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.863;QD=52.2151;RBI=0.0238664;REFB=-0.0279352;REVB=0.0169605;RO=2;SAF=27;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336073;STB=0.51785;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000628301;OID=.;OPOS=236761396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:51:52:0.962963:24:27:2:0:25:27:2:0 chr2 236957822 . G A 1859.67 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.94;QD=61.4768;RBI=0.0212791;REFB=0;REVB=0.00487657;RO=0;SAF=62;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.84183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18772e-05;OID=.;OPOS=236957822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:120:121:1:58:62:0:0:58:63:0:0 chr2 237032584 . C T 161.51 PASS AF=0.264368;AO=23;DP=87;FAO=23;FDP=87;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0269586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.077;QD=7.42579;RBI=0.0275033;REFB=-0.0108596;REVB=0.00544688;RO=64;SAF=12;SAR=11;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885835;STB=0.553274;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0314764;OID=.;OPOS=237032584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:64:64:23:23:0.264368:11:12:38:26:11:12:38:26 chr2 237032607 . T G 291.44 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00130374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.717;QD=14.392;RBI=0.059152;REFB=-0.024932;REVB=-0.0591376;RO=47;SAF=15;SAR=18;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101955;STB=0.551538;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0424822;OID=.;OPOS=237032607;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:48:33:33:0.407407:18:15:26:21:18:15:26:22 chr2 237032703 . T C 315.9 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0130384;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.447;QD=14.8657;RBI=0.0165209;REFB=-0.00049522;REVB=-0.010146;RO=49;SAF=13;SAR=22;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14632;STB=0.589234;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.000767839;OID=.;OPOS=237032703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:49:50:35:35:0.411765:22:13:25:24:22:13:26:24 chr2 237033426 . G A 196.32 PASS AF=0.285714;AO=25;DP=92;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.00512015;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.89;QD=8.62965;RBI=0.0133112;REFB=-0.00320619;REVB=-0.0122871;RO=65;SAF=12;SAR=13;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148762;STB=0.50549;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00939614;OID=.;OPOS=237033426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:65:65:25:26:0.285714:13:12:32:33:13:13:32:33 chr2 237061782 . A G 334.35 PASS AF=0.45;AO=35;DP=79;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0250857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4995;QD=16.7173;RBI=0.0487796;REFB=-0.0121759;REVB=0.0418349;RO=44;SAF=19;SAR=16;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131793;STB=0.580066;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0177033;OID=.;OPOS=237061782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:44:44:35:36:0.45:16:19:18:26:16:20:18:26 chr2 237119051 . T C 319.18 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00644895;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1548;QD=18.2386;RBI=0.00733593;REFB=0.00971845;REVB=-0.00349672;RO=35;SAF=17;SAR=17;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910074;STB=0.542832;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.0107585;OID=.;OPOS=237119051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:36:34:34:0.485714:17:17:21:14:17:17:21:15 chr2 237119074 . A G 298.26 PASS AF=0.44;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0336105;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1869;QD=15.907;RBI=0.0348944;REFB=0.00766636;REVB=0.00937837;RO=42;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323183;STB=0.518208;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.0114995;OID=.;OPOS=237119074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:42:42:33:33:0.44:16:17:23:19:16:17:23:19 chr2 237119104 . G A 357.27 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00161101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.186;QD=16.8128;RBI=0.0157096;REFB=-0.0109582;REVB=0.0156267;RO=46;SAF=16;SAR=22;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11994;STB=0.561611;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0136621;OID=.;OPOS=237119104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:46:47:38:38:0.447059:22:16:25:21:22:16:25:22 chr2 237119178 . T C 346.0 PASS AF=0.395833;AO=37;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0182246;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.415;QD=14.4165;RBI=0.0198978;REFB=-0.0168439;REVB=0.00798662;RO=59;SAF=14;SAR=23;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884411;STB=0.550432;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0252593;OID=.;OPOS=237119178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:59:58:37:38:0.395833:23:14:27:32:24:14:26:32 chr2 237150166 . A C 254.35 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.113317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.767;QD=15.4152;RBI=0.114236;REFB=-0.0142338;REVB=0.014462;RO=37;SAF=9;SAR=20;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263232;STB=0.649245;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00835324;OID=.;OPOS=237150166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:20:9:21:16:20:9:21:16 chr2 237232855 . A T 331.12 PASS AF=0.444444;AO=35;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.00972331;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.72;QD=16.3516;RBI=0.0113774;REFB=-0.00117296;REVB=0.00590783;RO=45;SAF=13;SAR=22;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658807;STB=0.51687;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00140622;OID=.;OPOS=237232855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:35:36:0.444444:22:13:14:31:23:13:15:30 chr2 237489297 . C T 144.21 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00856964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.291;QD=15.1801;RBI=0.0101085;REFB=-0.00869202;REVB=-0.00536127;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128177;STB=0.57423;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0106964;OID=.;OPOS=237489297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:10:6:11:11:10:6:11:11 chr2 237489904 . C T 280.97 PASS AF=0.339623;AO=36;DP=106;FAO=36;FDP=106;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.00111297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.671;QD=10.6027;RBI=0.00282582;REFB=-0.00912268;REVB=-0.00259742;RO=69;SAF=13;SAR=23;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153882;STB=0.584909;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0193133;OID=.;OPOS=237489904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:69:70:36:36:0.339623:23:13:34:35:23:13:34:36 chr2 237923852 . G A 408.68 PASS AF=0.546667;AO=33;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00963135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.957;QD=21.7965;RBI=0.00990367;REFB=-0.0114119;REVB=0.00230649;RO=34;SAF=23;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192992;STB=0.576011;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0145277;OID=.;OPOS=237923852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:33:41:0.546667:10:23:17:17:14:27:17:17 chr2 238165752 . T G 383.48 PASS AF=0.45977;AO=39;DP=85;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0427984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.667;QD=17.631;RBI=0.0467841;REFB=-0.0015594;REVB=0.0188957;RO=46;SAF=18;SAR=21;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488006;STB=0.515284;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00157064;OID=.;OPOS=238165752;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:46:47:39:40:0.45977:21:18:21:25:21:19:21:26 chr2 238233483 . G A 844.79 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419914;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.608;QD=56.3195;RBI=0.0464535;REFB=-0.0767029;REVB=0.019866;RO=0;SAF=16;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118279;OID=.;OPOS=238233483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:60:0:0:59:60:1:43:16:0:0:44:16:0:0 chr2 238243285 . G A 364.33 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0250903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.2;QD=21.1203;RBI=0.032035;REFB=-0.0344087;REVB=0.0199178;RO=32;SAF=19;SAR=18;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148859;STB=0.508231;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00951605;OID=.;OPOS=238243285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:18:19:17:15:18:19:17:15 chr2 238243292 . G A 283.03 PASS AF=0.421053;AO=31;DP=75;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0059412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.305;QD=14.8962;RBI=0.0168517;REFB=-0.0154617;REVB=0.0157696;RO=43;SAF=16;SAR=15;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043167;STB=0.508259;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0221681;OID=.;OPOS=238243292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:43:44:31:32:0.421053:15:16:24:19:15:17:24:20 chr2 238243464 . C G 864.68 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8384;QD=57.6455;RBI=0.0523135;REFB=0;REVB=-0.0466806;RO=1;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165531;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000266722;OID=.;OPOS=238243464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:1:0:59:60:1:28:31:0:1:29:31:0:0 chr2 238244963 . A G 1804.15 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.4443e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.197;QD=61.1576;RBI=0.00511554;REFB=0;REVB=0.00511542;RO=0;SAF=70;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90122e-06;OID=.;OPOS=238244963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:48:70:0:0:48:70:0:0 chr2 238249551 . C T 140.25 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0290674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.467;QD=7.79187;RBI=0.0293142;REFB=-0.0114506;REVB=-0.00379638;RO=52;SAF=14;SAR=6;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206196;STB=0.62487;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0532787;OID=.;OPOS=238249551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:52:52:20:20:0.277778:6:14:28:24:6:14:28:24 chr2 238249606 . C T 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00144602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.629;QD=14.9039;RBI=0.0163672;REFB=-0.0253256;REVB=0.0163032;RO=34;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270916;STB=0.653728;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0189882;OID=.;OPOS=238249606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:9:17:13:21:9:17:13:21 chr2 238249630 . C T 307.99 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0246321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.966;QD=24.1561;RBI=0.0246568;REFB=-0.00975503;REVB=0.00110269;RO=21;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298623;STB=0.664018;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00570658;OID=.;OPOS=238249630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:18:12:17:4:18:12:17:4 chr2 238253149 . G A 346.14 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0378544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.847;QD=19.5009;RBI=0.0380412;REFB=0.00252928;REVB=0.00376497;RO=34;SAF=21;SAR=15;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175034;STB=0.590114;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.0037355;OID=.;OPOS=238253149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:35:36:36:0.507042:15:21:13:21:15:21:14:21 chr2 238257013 . G A 227.48 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00298113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5192;QD=11.518;RBI=0.00497022;REFB=0.0159557;REVB=0.00397693;RO=48;SAF=15;SAR=13;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061993;STB=0.529391;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.0383368;OID=.;OPOS=238257013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:51:28:28:0.35443:13:15:23:25:13:15:25:26 chr2 238258814 . C G 396.53 PASS AF=0.376;AO=47;DP=126;FAO=47;FDP=125;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.00805527;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.042;QD=12.6889;RBI=0.00910407;REFB=-0.00822335;REVB=-0.00424226;RO=78;SAF=26;SAR=21;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141975;STB=0.580677;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0137607;OID=.;OPOS=238258814;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:78:78:47:47:0.376:21:26:33:45:21:26:33:45 chr2 238267717 . C T 443.35 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.00526832;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.43;QD=17.2175;RBI=0.00982312;REFB=-0.013355;REVB=-0.00829087;RO=55;SAF=22;SAR=26;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152304;STB=0.584704;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0160168;OID=.;OPOS=238267717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:55:48:48:0.466019:26:22:34:21:26:22:34:21 chr2 238273080 . A C 381.39 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00436628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9229;QD=22.4344;RBI=0.00685728;REFB=-0.0168634;REVB=0.00528752;RO=30;SAF=15;SAR=23;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810202;STB=0.544532;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.011104;OID=.;OPOS=238273080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:23:15:9:21:23:15:9:21 chr2 238296329 . G A 209.42 PASS AF=0.254098;AO=31;DP=122;FAO=31;FDP=122;FR=.;FRO=91;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=-0.0115293;FXX=0.0239981;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.322;QD=6.86619;RBI=0.0195454;REFB=0.000394104;REVB=-0.0157829;RO=90;SAF=17;SAR=14;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00491539;STB=0.507458;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=-0.00183567;OID=.;OPOS=238296329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:90:91:31:31:0.254098:14:17:49:41:14:17:49:42 chr2 238427142 . T C 447.86 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00567076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.169;QD=18.8574;RBI=0.104756;REFB=-0.00442961;REVB=0.104603;RO=50;SAF=32;SAR=13;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270742;STB=0.65137;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00400559;OID=.;OPOS=238427142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:13:32:22:28:13:32:22:28 chr2 238427194 . T C 512.29 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=119;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.0409735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.833;QD=17.2197;RBI=0.0414503;REFB=-0.0197329;REVB=0.00626842;RO=61;SAF=28;SAR=27;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15606;STB=0.571926;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0195082;OID=.;OPOS=238427194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:61:64:55:55:0.462185:27:28:21:40:27:28:24:40 chr2 238427251 . G A 523.1 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00152483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.592;QD=23.7774;RBI=0.0172491;REFB=-0.0117033;REVB=0.0171816;RO=39;SAF=30;SAR=19;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124037;STB=0.568154;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0230837;OID=.;OPOS=238427251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:39:49:49:0.556818:19:30:18:21:19:30:18:21 chr2 238432187 . C A 224.82 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0607485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6628;QD=13.0328;RBI=0.0739342;REFB=0.0125102;REVB=0.0421413;RO=42;SAF=13;SAR=14;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120607;STB=0.568934;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.0166881;OID=.;OPOS=238432187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:14:13:25:17:14:13:25:17 chr2 238432212 . T C 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00814137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.492;QD=11.6231;RBI=0.0323026;REFB=-0.0165693;REVB=0.0312598;RO=38;SAF=9;SAR=13;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212047;STB=0.622645;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0178499;OID=.;OPOS=238432212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:13:9:23:15:13:9:23:15 chr2 238434434 . C T 277.82 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.107797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.941;QD=18.2174;RBI=0.111702;REFB=-0.0280583;REVB=0.0292772;RO=30;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450249;STB=0.524574;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00943831;OID=.;OPOS=238434434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:30:31:29:30:0.491803:15:14:13:17:15:15:14:17 chr2 238443226 . A G 189.19 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0061905;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.382;QD=13.0475;RBI=0.0299207;REFB=-0.0077327;REVB=-0.0292733;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00783727;STB=0.504501;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0133214;OID=.;OPOS=238443226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:35:35:23:23:0.396552:11:12:18:17:11:12:18:17 chr2 238449007 . T C 54.15 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0100752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.591;QD=3.93812;RBI=0.035371;REFB=-0.00665592;REVB=-0.0339057;RO=46;SAF=5;SAR=4;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681036;STB=0.546455;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0329502;OID=.;OPOS=238449007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:46:46:9:9:0.163636:4:5:23:23:4:5:23:23 chr2 238449023 . T C 88.71 PASS AF=0.197368;AO=15;DP=76;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=4.68799e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.349;QD=4.66892;RBI=0.0374932;REFB=-0.0110546;REVB=-0.0374931;RO=61;SAF=8;SAR=7;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031471;STB=0.520184;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0456145;OID=.;OPOS=238449023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:76:76:61:61:15:15:0.197368:7:8:31:30:7:8:31:30 chr2 238449107 . A G 169.06 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=80;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0457706;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5599;QD=8.55986;RBI=0.0478869;REFB=-0.0107949;REVB=-0.0140787;RO=57;SAF=14;SAR=9;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241955;STB=0.638318;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0367742;OID=.;OPOS=238449107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:57:56:23:23:0.291139:9:14:23:34:9:14:23:33 chr2 238461773 . G A 321.03 PASS AF=0.443038;AO=34;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.00244418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9261;QD=16.2548;RBI=0.0314467;REFB=-0.0344386;REVB=-0.0313515;RO=44;SAF=22;SAR=12;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644729;STB=0.546366;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0374695;OID=.;OPOS=238461773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:34:35:0.443038:12:22:31:13:13:22:31:13 chr2 238462324 . A G 297.91 PASS AF=0.54386;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.021597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.695;QD=20.9062;RBI=0.0267445;REFB=-0.0190051;REVB=0.0157746;RO=26;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507357;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0139892;OID=.;OPOS=238462324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:30:31:0.54386:15:15:13:13:16:15:13:13 chr2 238483164 . T C 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0138305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.934;QD=15.5712;RBI=0.0146453;REFB=0.00482395;REVB=0.00481693;RO=12;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094561;STB=0.555448;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.01033;OID=.;OPOS=238483164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:9:2:3:9:9:2:3:9 chr2 238483671 . G A 128.82 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0168967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.131;QD=12.5673;RBI=0.0206042;REFB=-0.0221659;REVB=-0.0117913;RO=25;SAF=11;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287878;STB=0.682504;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0233706;OID=.;OPOS=238483671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:4:11:12:13:4:11:12:14 chr2 238483729 . A G 165.2 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.041399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.14;QD=12.4683;RBI=0.04256;REFB=-0.0100773;REVB=-0.00987324;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338792;STB=0.559263;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0345143;OID=.;OPOS=238483729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:33:20:20:0.377358:9:11:15:14:9:11:15:18 chr2 238485251 . G A 299.05 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00607697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.469;QD=16.1648;RBI=0.0358927;REFB=-0.00487062;REVB=0.0353745;RO=41;SAF=20;SAR=13;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458908;STB=0.525854;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00584707;OID=.;OPOS=238485251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:13:20:23:18:13:20:23:18 chr2 238503559 . C G 303.84 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=-0.00628385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.632;QD=14.8213;RBI=0.0154767;REFB=-0.0186467;REVB=0.0141436;RO=46;SAF=26;SAR=8;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352941;STB=0.528029;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0289096;OID=.;OPOS=238503559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:48:34:34:0.414634:8:26:34:12:8:26:35:13 chr2 238990388 . G A 776.46 PASS AF=0.5;AO=75;DP=150;FAO=75;FDP=150;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.0252082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.006;QD=20.7055;RBI=0.026117;REFB=-0.0127675;REVB=0.00682996;RO=75;SAF=36;SAR=39;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363043;STB=0.519995;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.014081;OID=.;OPOS=238990388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:75:75:75:75:0.5:39:36:39:36:39:36:39:36 chr2 238991796 . C T 1898.86 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0258538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.879;QD=60.7636;RBI=0.0259869;REFB=0.0556724;REVB=0.0026271;RO=0;SAF=69;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-4.35704e-05;OID=.;OPOS=238991796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:0:1:124:124:0.992:55:69:0:0:55:69:1:0 chr2 239006879 . C T 266.23 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.020107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8138;QD=21.2987;RBI=0.0224733;REFB=-0.0192608;REVB=0.0100379;RO=25;SAF=4;SAR=20;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251208;STB=0.64832;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0124393;OID=.;OPOS=239006879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:25:24:25:0.5:20:4:9:16:21:4:9:16 chr2 239007991 . T A 556.85 PASS AF=0.457364;AO=59;DP=129;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.00721699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.48;QD=17.2667;RBI=0.012904;REFB=-0.00641081;REVB=-0.0106971;RO=70;SAF=29;SAR=30;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361059;STB=0.520088;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00931623;OID=.;OPOS=239007991;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:70:70:59:59:0.457364:30:29:37:33:30:29:37:33 chr2 239010719 . T C 1284.64 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.963;QD=61.9106;RBI=0.0448475;REFB=0;REVB=0.0401314;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07918e-05;OID=.;OPOS=239010719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:47:34:0:0:49:34:0:0 chr2 239016539 . C G 2197.57 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4987;QD=63.2393;RBI=0.0226221;REFB=0;REVB=0.0172341;RO=0;SAF=82;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12454e-05;OID=.;OPOS=239016539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:57:82:0:0:57:82:0:0 chr2 239038912 . T C 648.29 PASS AF=0.537815;AO=64;DP=119;FAO=64;FDP=119;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0852075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9255;QD=21.7912;RBI=0.100294;REFB=0.00978514;REVB=-0.052901;RO=54;SAF=24;SAR=40;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765742;STB=0.547031;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00961505;OID=.;OPOS=239038912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:54:55:64:64:0.537815:40:24:25:29:40:24:26:29 chr2 239039057 . A G 923.1 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0273924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5316;QD=56.8062;RBI=0.027393;REFB=-0.183326;REVB=0.000187705;RO=1;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011663;STB=0.506171;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00364558;OID=.;OPOS=239039057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:40:24:0:1:40:24:0:1 chr2 239039075 . G T 1434.39 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.894;QD=63.0499;RBI=0.0253688;REFB=0;REVB=0.00466177;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63912e-05;OID=.;OPOS=239039075;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:48:43:0:0:48:43:0:0 chr2 239039637 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.117716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.267;QD=33.4285;RBI=0.120289;REFB=0;REVB=0.0247428;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00262372;OID=.;OPOS=239039637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr2 239039840 . CA C,CG 171.05 PASS AF=0.333333,0.666667;AO=4,10;DP=15;FAO=5,10;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4,8;FSAR=1,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284827,0.0304564;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.463,150.039;QD=45.6128;RBI=0.0999772,0.097452;REFB=0,0;REVB=0.0958341,0.0925705;RO=0;SAF=4,8;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0102187,-0.000876092;OID=.,.;OPOS=239039841,239039841;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.666667:4,10:15:5,10:15:0:4,8:1,2:0:0:24:0:4,8:0,2:0:0 chr2 239039896 . G C 1551.33 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00511703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2958;QD=58.5408;RBI=0.0729595;REFB=0.101239;REVB=-0.0727798;RO=1;SAF=48;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978349;STB=0.50505;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00178641;OID=.;OPOS=239039896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:104:105:0.990566:56:48:1:0:56:49:1:0 chr2 239039970 . C T 1070.89 PASS AF=0.6125;AO=98;DP=161;FAO=98;FDP=160;FR=.;FRO=62;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.0319329;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.164;QD=26.7723;RBI=0.0363811;REFB=-0.0199243;REVB=-0.0174319;RO=62;SAF=46;SAR=52;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711147;STB=0.538454;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0161929;OID=.;OPOS=239039970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:62:62:98:98:0.6125:52:46:23:39:52:46:23:39 chr2 239040187 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.93;QD=50.4133;RBI=0.0502178;REFB=0;REVB=0.0406886;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.52398e-05;OID=.;OPOS=239040187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr2 239049540 . G A 676.09 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0234363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9719;QD=60.0973;RBI=0.040985;REFB=-0.0944251;REVB=0.0336231;RO=1;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218371;STB=0.511106;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00270047;OID=.;OPOS=239049540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:21:22:0:1:22:22:0:1 chr2 239049928 . G A 391.32 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0105133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5562;QD=22.0463;RBI=0.0197277;REFB=-0.0316519;REVB=-0.0166929;RO=32;SAF=24;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147561;STB=0.581456;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0177889;OID=.;OPOS=239049928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:15:24:14:18:15:24:14:18 chr2 239050033 . C T 94.6 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0529223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.1372;QD=34.3995;RBI=0.0555132;REFB=-0.117265;REVB=-0.0167612;RO=1;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176689;STB=0.599781;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0057974;OID=.;OPOS=239050033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:2:8:0:1:2:8:0:1 chr2 239051550 . T C 2568.69 PASS AF=0.994048;AO=167;DP=169;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0302189;FXX=0.00591681;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.6705;QD=61.1592;RBI=0.0376873;REFB=-0.00615306;REVB=0.02252;RO=0;SAF=61;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502347;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-2.07919e-06;OID=.;OPOS=239051550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:169:168:0:1:167:167:0.994048:106:61:0:0:106:61:0:1 chr2 239054358 . C T 583.6 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.0186134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.935;QD=20.8427;RBI=0.0186143;REFB=-0.0144365;REVB=-0.000185989;RO=53;SAF=25;SAR=34;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217297;STB=0.61925;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0121493;OID=.;OPOS=239054358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:53:59:59:0.526786:34:25:36:17:34:25:36:17 chr2 239059484 . T C 1232.44 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00887895;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.768;QD=61.6222;RBI=0.0356184;REFB=0;REVB=0.034494;RO=0;SAF=54;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000709285;OID=.;OPOS=239059484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:26:54:0:0:26:54:0:0 chr2 239075812 . C T 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00526831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.534;QD=15.6509;RBI=0.00566331;REFB=-0.0194573;REVB=0.00207798;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156131;STB=0.589368;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0251852;OID=.;OPOS=239075812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:7:9:15:6:7:9:15:6 chr2 239075935 . A G 53.58 PASS AF=0.25;AO=7;DP=31;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0597335;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7697;QD=6.69803;RBI=0.120861;REFB=-0.0197273;REVB=-0.105068;RO=24;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305167;STB=0.725226;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0322808;OID=.;OPOS=239075935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:31:32:24:24:7:8:0.25:5:2:13:11:6:2:13:11 chr2 239076132 . C T 164.39 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0137057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.115;QD=13.6993;RBI=0.016093;REFB=-0.00953557;REVB=-0.00843437;RO=30;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150789;STB=0.588134;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0144441;OID=.;OPOS=239076132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:12:6:14:16:12:6:14:16 chr2 239133980 . C T 361.17 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0190204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.079;QD=15.207;RBI=0.0210767;REFB=-0.0178791;REVB=0.00908029;RO=55;SAF=19;SAR=20;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00386319;STB=0.507556;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0306118;OID=.;OPOS=239133980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:56:39:39:0.410526:20:19:27:28:20:19:28:28 chr2 239134056 . A G 418.77 PASS AF=0.385827;AO=46;DP=126;FAO=49;FDP=127;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=50;FWDB=0.00545445;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.361;QD=13.1895;RBI=0.0210416;REFB=-0.0201414;REVB=0.0203224;RO=79;SAF=19;SAR=27;SRF=28;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680065;STB=0.518764;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0364283;OID=.;OPOS=239134056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:79:78:46:49:0.385827:27:19:28:51:30:19:28:50 chr2 239134063 . G T 338.19 PASS AF=0.336066;AO=40;DP=129;FAO=41;FDP=122;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=-0.0532067;FXX=0.0615337;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.511;QD=11.0883;RBI=0.0636454;REFB=-0.030585;REVB=-0.0349255;RO=69;SAF=18;SAR=22;SRF=23;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133001;STB=0.538286;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0389381;OID=.;OPOS=239134063;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:122:69:81:40:41:0.336066:22:18:23:46:23:18:31:50 chr2 239134138 . A C 312.65 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.010049;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.101;QD=14.0516;RBI=0.0146762;REFB=-0.0149279;REVB=0.0106962;RO=53;SAF=12;SAR=23;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821734;STB=0.542278;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0191422;OID=.;OPOS=239134138;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:54:35:35:0.393258:23:12:22:31:23:12:22:32 chr2 239139883 . G C 181.25 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.00448463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1636;QD=10.3571;RBI=0.0344219;REFB=-0.00565255;REVB=0.0341285;RO=46;SAF=12;SAR=12;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222605;STB=0.628471;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0137387;OID=.;OPOS=239139883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:12:12:32:14:12:12:32:14 chr2 239140728 . A G 1497.21 PASS AF=0.563786;AO=137;DP=243;FAO=137;FDP=243;FR=.;FRO=106;FSAF=64;FSAR=73;FSRF=36;FSRR=70;FWDB=-0.0245573;FXX=0.00816293;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6888;QD=24.6454;RBI=0.0476895;REFB=0.0119278;REVB=-0.0408807;RO=106;SAF=64;SAR=73;SRF=36;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103762;STB=0.556277;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00909017;OID=.;OPOS=239140728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:106:106:137:137:0.563786:73:64:36:70:73:64:36:70 chr2 239165663 . T C 544.03 PASS AF=0.52;AO=48;DP=98;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.096784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.584;QD=21.7613;RBI=0.096823;REFB=-0.034809;REVB=0.00274697;RO=48;SAF=12;SAR=36;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138099;STB=0.560861;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.020659;OID=.;OPOS=239165663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:48:48:48:52:0.52:36:12:18:30:38:14:18:30 chr2 239306268 . A C 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0288096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.524;QD=15.1009;RBI=0.0288107;REFB=-0.0115764;REVB=-0.000245817;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353606;STB=0.520107;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.01567;OID=.;OPOS=239306268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:10:14:17:14:10:14:17:14 chr2 239321367 . A T 647.52 PASS AF=0.572727;AO=59;DP=108;FAO=63;FDP=110;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0106514;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.272;QD=23.5461;RBI=0.0167657;REFB=-0.00457687;REVB=0.0129474;RO=48;SAF=31;SAR=28;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133396;STB=0.510248;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00341895;OID=.;OPOS=239321367;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:48:47:59:63:0.572727:28:31:26:22:31:32:25:22 chr2 239344412 . C T 289.71 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0169933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6444;QD=18.9972;RBI=0.0189978;REFB=-0.0241283;REVB=-0.00849365;RO=30;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163053;STB=0.509085;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.019079;OID=.;OPOS=239344412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:14:17:17:13:14:17:17:13 chr2 239755625 . C T 237.1 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0477408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4113;QD=13.9472;RBI=0.0743822;REFB=0.00381374;REVB=0.0570396;RO=40;SAF=20;SAR=8;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161294;STB=0.592348;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00321108;OID=.;OPOS=239755625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:8:20:23:17:8:20:23:17 chr2 239972883 . C T 237.94 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0192805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.932;QD=18.6616;RBI=0.0206974;REFB=0.00847402;REVB=-0.00752633;RO=26;SAF=19;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269408;STB=0.652671;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0123897;OID=.;OPOS=239972883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:6:19:13:13:6:19:13:13 chr2 240003870 . G A 459.46 PASS AF=0.40625;AO=52;DP=127;FAO=52;FDP=128;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.00135404;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.172;QD=14.3582;RBI=0.0126027;REFB=-0.00266282;REVB=0.0125298;RO=75;SAF=30;SAR=22;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181079;STB=0.5147;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00387843;OID=.;OPOS=240003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:75:76:52:52:0.40625:22:30:42:33:22:30:42:34 chr2 240056098 . G A 101.16 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0105498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.1;QD=8.43022;RBI=0.0126651;REFB=-0.0153344;REVB=-0.00700765;RO=35;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395404;STB=0.524235;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0326448;OID=.;OPOS=240056098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:7:6:15:20:7:6:15:20 chr2 240323905 . T TG 159.23 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00124562;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.0283;QD=10.9816;RBI=0.120235;REFB=-0.00420559;REVB=-0.120228;RO=36;SAF=13;SAR=12;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948336;STB=0.531831;STBP=0.691;TYPE=ins;VARB=-0.000646323;OID=.;OPOS=240323906;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431034:25:61:25:58:33:13:12:19:14:99:36:13:12:22:14 chr2 240500413 . A G 319.54 PASS AF=0.4;AO=35;DP=89;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0163665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.126;QD=14.2018;RBI=0.0246259;REFB=-0.00244412;REVB=-0.0184003;RO=54;SAF=20;SAR=15;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371672;STB=0.528286;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00280592;OID=.;OPOS=240500413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:54:54:35:36:0.4:15:20:29:25:15:21:29:25 chr2 240684619 . G A 561.43 PASS AF=0.5;AO=57;DP=115;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00184938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.544;QD=19.3596;RBI=0.0145937;REFB=-0.0150319;REVB=-0.014476;RO=58;SAF=34;SAR=23;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420006;STB=0.526711;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0118083;OID=.;OPOS=240684619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:58:58:57:58:0.5:23:34:32:26:23:35:32:26 chr2 240900607 . TG T 188.47 PASS AF=0.608696;AO=31;DP=71;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.101005;FXX=0.0799893;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.4092;QD=10.9257;RBI=0.105647;REFB=0.0167262;REVB=0.0309724;RO=25;SAF=12;SAR=19;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141468;STB=0.584229;STBP=0.09;TYPE=del;VARB=0.0124684;OID=.;OPOS=240900608;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.608696:31:71:42:69:27:16:26:16:11:99:25:12:19:14:11 chr2 240923050 . C T 1049.11 PASS AF=0.510101;AO=101;DP=198;FAO=101;FDP=198;FR=.;FRO=97;FSAF=62;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=58;FWDB=0.00481749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.652;QD=21.1942;RBI=0.00614251;REFB=-0.0160452;REVB=0.0038108;RO=96;SAF=62;SAR=39;SRF=39;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185478;STB=0.604219;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0169056;OID=.;OPOS=240923050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:96:97:101:101:0.510101:39:62:39:57:39:62:39:58 chr2 240946766 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.847;QD=58.9626;RBI=0.033838;REFB=0;REVB=0.0160489;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215722;OID=.;OPOS=240946766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr2 240961728 . T C 1233.09 PASS AF=1;AO=65;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348024;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.789;QD=56.6937;RBI=0.0706704;REFB=0;REVB=0.0615068;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268928;OID=.;OPOS=240961728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:65:87:1:27:38:0:0:49:38:0:0 chr2 240981262 . A C 231.13 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00763982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.082;QD=12.1649;RBI=0.0175822;REFB=-0.0188638;REVB=0.0158356;RO=47;SAF=8;SAR=20;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193082;STB=0.606614;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0278869;OID=.;OPOS=240981262;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:48:28:28:0.368421:20:8:21:26:20:8:21:27 chr2 240981375 . T A 298.34 PASS AF=0.5;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.082744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.257;QD=18.646;RBI=0.0828786;REFB=-0.0520067;REVB=0.00472207;RO=28;SAF=11;SAR=21;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767585;STB=0.533877;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0411854;OID=.;OPOS=240981375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:64:28:32:32:32:0.5:21:11:12:16:21:11:13:19 chr2 240984789 . C T 299.01 PASS AF=0.5;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00673667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.554;QD=18.688;RBI=0.0161051;REFB=-0.0186249;REVB=0.0146285;RO=31;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418716;STB=0.515646;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0159084;OID=.;OPOS=240984789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:32:32:32:0.5:15:17:15:16:15:17:16:16 chr2 240985347 . G A 150.92 PASS AF=0.244444;AO=22;DP=90;FAO=22;FDP=90;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0211196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.247;QD=6.70747;RBI=0.0236962;REFB=-0.00604342;REVB=-0.0107458;RO=68;SAF=7;SAR=15;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179254;STB=0.610175;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0156691;OID=.;OPOS=240985347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:68:68:22:22:0.244444:15:7:31:37:15:7:31:37 chr2 241066280 . C T 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0939231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5321;QD=16.1061;RBI=0.0939799;REFB=-0.00217013;REVB=0.00326819;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106282;STB=0.560905;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00350773;OID=.;OPOS=241066280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:9:8:8:14:9:8:8:14 chr2 241066325 . A C 197.19 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00511206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.182;QD=18.3428;RBI=0.00884551;REFB=-0.0101366;REVB=-0.00721871;RO=22;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803399;STB=0.529383;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0117429;OID=.;OPOS=241066325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:23:20:20:0.465116:12:8:7:15:12:8:8:15 chr2 241079723 . C T 455.67 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00530838;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.883;QD=20.2521;RBI=0.00984791;REFB=-0.0204572;REVB=-0.00829472;RO=45;SAF=27;SAR=18;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207701;STB=0.511516;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0207982;OID=.;OPOS=241079723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:18:27:26:19:18:27:26:19 chr2 241390099 . TG T,TT 80.9 PASS AF=0.248276,0.0344828;AO=35,8;DP=141;FAO=36,5;FDP=145;FR=.;FRO=104;FSAF=18,1;FSAR=18,4;FSRF=57;FSRR=47;FWDB=0.0571575,0.0641266;FXX=0.00684885;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.25231,25.4678;QD=2.23181;RBI=0.0937095,0.0869827;REFB=-0.0667978,-0.0340517;REVB=-0.0742596,0.0587688;RO=74;SAF=17,4;SAR=18,4;SRF=42;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0953159,-0.0782468;STB=0.535695,0.818565;STBP=0.645,0.212;TYPE=del,snp;VARB=-0.00760164,-0.00663608;OID=.,.;OPOS=241390100,241390100;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.248276,0.0344828:35,8:141:36,5:145:104:18,1:18,4:57:47:63:74:17,4:18,4:42:32 chr2 241390516 . C T 492.36 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0184173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.073;QD=20.0961;RBI=0.018639;REFB=-0.00136728;REVB=0.00286613;RO=49;SAF=37;SAR=11;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240205;STB=0.630623;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00185814;OID=.;OPOS=241390516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:50:48:48:0.489796:11:37:27:22:11:37:28:22 chr2 241420464 . C T 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00282895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.565;QD=6.31766;RBI=0.0177222;REFB=0.00645273;REVB=0.017495;RO=25;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201514;STB=0.631227;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.00716839;OID=.;OPOS=241420464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:2:6:15:10:2:6:15:10 chr2 241492255 . G T 1115.95 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201619;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.506;QD=59.5175;RBI=0.0498862;REFB=0;REVB=-0.0456304;RO=0;SAF=53;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15237e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137183;OID=.;OPOS=241492255;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:72:75:1:19:53:0:0:20:55:0:0 chr2 241536132 . G A 104.34 PASS AF=0.246377;AO=15;DP=63;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0584839;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.637;QD=6.04869;RBI=0.0604042;REFB=-0.00530713;REVB=-0.0151099;RO=48;SAF=3;SAR=12;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416155;STB=0.699592;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0107563;OID=.;OPOS=241536132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:69:48:52:15:17:0.246377:12:3:25:23:12:5:29:23 chr2 241537421 . G A 758.94 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0028485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.964;QD=53.2589;RBI=0.0419222;REFB=-0.119308;REVB=0.0418253;RO=2;SAF=23;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392347;STB=0.520826;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000757082;OID=.;OPOS=241537421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:32:23:2:0:32:23:2:0 chr2 241538074 . A G 796.37 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.288;QD=56.8835;RBI=0.0294191;REFB=0;REVB=-0.0190921;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130772;OID=.;OPOS=241538074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:34:21:0:0:35:21:0:0 chr2 241558397 . G A 1443.02 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487802;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6923;QD=63.4295;RBI=0.0491299;REFB=0;REVB=0.00585116;RO=0;SAF=35;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290196;OID=.;OPOS=241558397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:89:91:1:54:35:0:0:54:37:0:0 chr2 241569745 . G A 85.72 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00835776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.448;QD=11.8233;RBI=0.00860812;REFB=-0.0133687;REVB=0.00206096;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219335;STB=0.629404;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0497594;OID=.;OPOS=241569745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:12:6:6:5:12:6 chr2 241570249 . A C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.577;QD=57.2026;RBI=0.0403031;REFB=0;REVB=-0.0331169;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09431e-05;OID=.;OPOS=241570249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr2 241570391 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.899;QD=61.684;RBI=0.0460913;REFB=0;REVB=0.0324645;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100992;OID=.;OPOS=241570391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr2 241622069 . G A 190.64 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.030344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.4065;QD=15.251;RBI=0.0304506;REFB=-0.000332585;REVB=-0.0025458;RO=30;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792243;STB=0.545824;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-6.63043e-05;OID=.;OPOS=241622069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:14:6:11:19:14:6:11:19 chr2 241622187 . C T 941.19 PASS AF=0.581699;AO=89;DP=155;FAO=89;FDP=153;FR=.;FRO=64;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.00146994;FXX=0.0129024;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.235;QD=24.6062;RBI=0.0122912;REFB=-0.0157731;REVB=0.012203;RO=63;SAF=57;SAR=32;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812566;STB=0.548236;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.013102;OID=.;OPOS=241622187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:153:63:64:89:89:0.581699:32:57:34:29:32:57:34:30 chr2 241622209 . T C 1222.4 PASS AF=0.619318;AO=109;DP=176;FAO=109;FDP=176;FR=.;FRO=67;FSAF=67;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.0226679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4497;QD=27.7818;RBI=0.0279048;REFB=-0.0475481;REVB=-0.016274;RO=66;SAF=67;SAR=42;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611802;STB=0.530644;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0274871;OID=.;OPOS=241622209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:66:67:109:109:0.619318:42:67:35:31:42:67:36:31 chr2 241627836 . G C 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0188013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.287;QD=16.5275;RBI=0.0284759;REFB=-0.00283705;REVB=-0.0213865;RO=28;SAF=19;SAR=6;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366863;STB=0.716799;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00407102;OID=.;OPOS=241627836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:29:25:25:0.462963:6:19:11:17:6:19:11:18 chr2 241627928 . A G 339.22 PASS AF=0.473684;AO=35;DP=75;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00283967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.896;QD=17.8539;RBI=0.00797415;REFB=-0.0173501;REVB=0.0074514;RO=40;SAF=27;SAR=8;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250559;STB=0.645302;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0144222;OID=.;OPOS=241627928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:40:40:35:36:0.473684:8:27:22:18:8:28:22:18 chr2 241664801 . C T 285.0 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0300343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.617;QD=23.7501;RBI=0.03558;REFB=-0.0259897;REVB=-0.0190755;RO=22;SAF=19;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213244;STB=0.619468;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0298047;OID=.;OPOS=241664801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:7:19:11:11:7:19:11:11 chr2 241667783 . C T 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.018604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.295;QD=15.6261;RBI=0.0220679;REFB=-0.0231805;REVB=-0.0118695;RO=27;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102876;STB=0.559429;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0273519;OID=.;OPOS=241667783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:13:6:11:16:13:6:11:16 chr2 241685243 . G A 90.35 PASS AF=0.205479;AO=15;DP=73;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0285446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.057;QD=4.95058;RBI=0.0413002;REFB=-0.00839778;REVB=-0.0298482;RO=56;SAF=11;SAR=4;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339891;STB=0.727635;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0310235;OID=.;OPOS=241685243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:73:73:56:58:15:15:0.205479:4:11:26:30:4:11:26:32 chr2 241696840 . ATCC A,CTCA 268.14 PASS AF=0.333333,0.106667;AO=12,8;DP=76;FAO=25,8;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=6,1;FSAR=19,7;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=0.00357621,-0.0408082;FXX=0.0740649;HRUN=1,1;LEN=3,4;MLLD=100.701,72.5812;QD=14.3006;RBI=0.0352726,0.0655644;REFB=-0.103755,-0.0716091;REVB=-0.0350908,-0.0513165;RO=32;SAF=1,1;SAR=11,7;SRF=5;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.2106,-0.0779655;STB=0.501638,0.663309;STBP=0.985,0.46;TYPE=del,mnp;VARB=0.131432,0.0848883;OID=.,.;OPOS=241696841,241696840;OREF=TCC,ATCC;OALT=-,CTCA;OMAPALT=A,CTCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:32:42:12,8:25,8:0.333333,0.106667:11,7:1,1:5:27:19,7:6,1:10:32 chr2 241700717 . G A 328.41 PASS AF=0.325581;AO=42;DP=129;FAO=42;FDP=129;FR=.;FRO=87;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=52;FSRR=35;FWDB=-0.0135475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7003;QD=10.1833;RBI=0.0492094;REFB=-0.0241758;REVB=0.0473079;RO=87;SAF=16;SAR=26;SRF=52;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249567;STB=0.644247;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0390507;OID=.;OPOS=241700717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:87:87:42:42:0.325581:26:16:52:35:26:16:52:35 chr2 241702138 . T C 408.15 PASS AF=0.32716;AO=53;DP=161;FAO=53;FDP=162;FR=.;FRO=109;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=62;FSRR=47;FWDB=-0.0846798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5079;QD=10.0777;RBI=0.0998504;REFB=0.00182509;REVB=-0.0529098;RO=108;SAF=30;SAR=23;SRF=61;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00144727;STB=0.501897;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.00811042;OID=.;OPOS=241702138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:108:109:53:53:0.32716:23:30:61:47:23:30:62:47 chr2 241713646 . A G 710.28 PASS AF=0.611111;AO=37;DP=108;FAO=66;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.264358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7576;QD=26.3067;RBI=0.265526;REFB=-0.0397511;REVB=-0.0248774;RO=41;SAF=5;SAR=32;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276956;STB=0.564795;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0373298;OID=.;OPOS=241713646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:41:42:37:66:0.611111:32:5:13:28:33:33:14:28 chr2 241721983 . CCG CC,C 105.69 PASS AF=0.333333,0.04;AO=21,8;DP=77;FAO=25,3;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=22,3;FSAR=3,0;FSRF=41;FSRR=6;FWDB=-0.107861,-0.157067;FXX=0.0259707;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=13.8541,21.0268;QD=5.63695;RBI=0.18542,0.214545;REFB=-0.0846457,-0.0472447;REVB=-0.150819,-0.146149;RO=43;SAF=20,7;SAR=1,1;SRF=37;SRR=6;SSEN=0.380952,0;SSEP=0,0.379791;SSSB=0.341151,0.0382733;STB=0.511618,0.994178;STBP=0.954,0.379;TYPE=del,del;VARB=0.0883391,0.138566;OID=.,.;OPOS=241721985,241721984;OREF=G,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.04:21,8:77:25,3:75:47:22,3:3,0:41:6:88:43:20,7:1,1:37:6 chr2 241722445 . G A 307.23 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0162924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.3523;QD=15.556;RBI=0.0184943;REFB=0.0142628;REVB=0.00875195;RO=45;SAF=23;SAR=11;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131513;STB=0.574491;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.0191569;OID=.;OPOS=241722445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:11:23:25:20:11:23:25:20 chr2 241808347 . A G 199.59 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0041465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.743;QD=15.0635;RBI=0.0217022;REFB=-0.0083375;REVB=-0.0213024;RO=29;SAF=6;SAR=17;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100349;STB=0.550561;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0128771;OID=.;OPOS=241808347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:17:6:10:19:17:6:10:20 chr2 241812428 . C T 260.5 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.02305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8512;QD=14.4719;RBI=0.026121;REFB=-0.00897513;REVB=0.0122884;RO=41;SAF=13;SAR=17;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202329;STB=0.607073;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0150642;OID=.;OPOS=241812428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:42:30:30:0.416667:17:13:26:15:17:13:26:16 chr2 241812461 . G A 181.19 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00341726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5685;QD=11.3245;RBI=0.0171584;REFB=0.0188278;REVB=0.0168146;RO=41;SAF=7;SAR=16;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360082;STB=0.708546;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0276293;OID=.;OPOS=241812461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:16:7:26:15:16:7:26:15 chr2 241816545 . C T 364.03 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00857267;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0175;QD=17.7574;RBI=0.0333913;REFB=-0.0152123;REVB=-0.0322721;RO=44;SAF=23;SAR=15;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250145;STB=0.639625;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.019472;OID=.;OPOS=241816545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:44:44:38:38:0.463415:15:23:15:29:15:23:15:29 chr2 241816560 . CG C 102.56 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0105785;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.7222;QD=6.12315;RBI=0.070043;REFB=-0.0205895;REVB=0.0692396;RO=35;SAF=12;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140073;STB=0.578667;STBP=0.303;TYPE=del;VARB=0.066997;OID=.;OPOS=241816561;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.41791:28:67:28:67:39:12:16:22:17:99:35:12:16:20:15 chr2 241817516 . A G 763.78 PASS AF=0.506494;AO=78;DP=154;FAO=78;FDP=154;FR=.;FRO=76;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.00114139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.365;QD=19.8384;RBI=0.0124381;REFB=-0.0172499;REVB=-0.0123856;RO=75;SAF=41;SAR=37;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288317;STB=0.512668;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0136699;OID=.;OPOS=241817516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:75:76:78:78:0.506494:37:41:37:38:37:41:38:38 chr2 241826517 . C T 306.97 PASS AF=0.425;AO=33;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00564018;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.954;QD=15.3485;RBI=0.017039;REFB=-0.00570413;REVB=0.0160784;RO=47;SAF=9;SAR=24;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28637;STB=0.65107;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00800263;OID=.;OPOS=241826517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:46:33:34:0.425:24:9:25:22:24:10:25:21 chr2 241828012 . T C 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0554758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.408;QD=57.3932;RBI=0.0760022;REFB=-0.0320457;REVB=0.0519497;RO=1;SAF=21;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217802;STB=0.511622;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00112871;OID=.;OPOS=241828012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:16:21:1:0:16:21:1:0 chr2 241828034 . A G 410.89 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.92;QD=56.6751;RBI=0.0299992;REFB=0;REVB=0.00794975;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158901;OID=.;OPOS=241828034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:13:15:0:0:13:16:0:0 chr2 241830969 . G A 183.14 PASS AF=0.277778;AO=24;DP=90;FAO=25;FDP=90;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.000935916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.64;QD=8.13934;RBI=0.102282;REFB=-0.0117999;REVB=0.102278;RO=65;SAF=14;SAR=10;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209309;STB=0.529495;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0310482;OID=.;OPOS=241830969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:65:65:24:25:0.277778:10:14:39:26:11:14:39:26 chr2 241831005 . C T 493.42 PASS AF=0.373333;AO=56;DP=150;FAO=56;FDP=150;FR=.;FRO=94;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.0606523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2474;QD=13.1578;RBI=0.0720961;REFB=-0.00145262;REVB=0.0389762;RO=94;SAF=24;SAR=32;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148699;STB=0.58441;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00380473;OID=.;OPOS=241831005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:94:94:56:56:0.373333:32:24:53:41:32:24:53:41 chr2 241831296 . C G 103.97 PASS AF=0.253968;AO=15;DP=57;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0349244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.0257;QD=6.60119;RBI=0.0362906;REFB=-0.0188691;REVB=-0.00986379;RO=42;SAF=4;SAR=11;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269246;STB=0.652157;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0547739;OID=.;OPOS=241831296;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:63:42:47:15:16:0.253968:11:4:20:22:11:5:24:23 chr2 241834944 . T C 442.59 PASS AF=0.449541;AO=48;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.00256089;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.589;QD=16.2416;RBI=0.00713826;REFB=0.00291403;REVB=-0.00666308;RO=61;SAF=33;SAR=15;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902547;STB=0.558056;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00366643;OID=.;OPOS=241834944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:60:48:49:0.449541:15:33:37:24:15:34:36:24 chr2 241835379 . G A 64.44 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.022914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.149;QD=9.91427;RBI=0.02292;REFB=-0.0172614;REVB=0.00052484;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283174;STB=0.517203;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0415697;OID=.;OPOS=241835379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:9:8:4:5:9:8 chr2 241865156 . T C 3210.89 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.693;QD=64.2177;RBI=0.0126582;REFB=0;REVB=-0.00594807;RO=0;SAF=108;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37967e-05;OID=.;OPOS=241865156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:200:0:0:200:200:1:92:108:0:0:92:108:0:0 chr2 241870534 . G A 146.61 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0165137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3173;QD=17.2487;RBI=0.0655829;REFB=-0.009025;REVB=0.0634698;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00651334;STB=0.503727;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0124969;OID=.;OPOS=241870534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:10:8:7:9:10:8 chr2 241872597 . A G 1390.36 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00618443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.144;QD=62.4882;RBI=0.0539546;REFB=0;REVB=0.053599;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20592e-05;OID=.;OPOS=241872597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:44:45:0:0:44:45:0:0 chr2 241873180 . A G 530.64 PASS AF=0.401316;AO=61;DP=152;FAO=61;FDP=152;FR=.;FRO=91;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=55;FWDB=-0.0188786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.55;QD=13.9641;RBI=0.0233071;REFB=-0.0172885;REVB=-0.0136682;RO=90;SAF=27;SAR=34;SRF=36;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460452;STB=0.528704;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0281816;OID=.;OPOS=241873180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:90:91:61:61:0.401316:34:27:36:54:34:27:36:55 chr2 241874844 . G A 333.2 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0849217;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.9238;QD=27.2002;RBI=0.147294;REFB=-0.0706894;REVB=0.120348;RO=18;SAF=4;SAR=25;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229644;STB=0.643913;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0499166;OID=.;OPOS=241874844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:20:29:29:0.591837:25:4:6:12:25:4:7:13 chr2 241874893 . G A 107.9 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0722088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.8221;QD=22.7152;RBI=0.1469;REFB=-0.136983;REVB=0.127928;RO=7;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14113;STB=0.580502;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0920483;OID=.;OPOS=241874893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:19:19:7:7:12:12:0.631579:9:3:3:4:9:3:3:4 chr2 241889798 . C T 243.97 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.026703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1126;QD=18.7671;RBI=0.0497002;REFB=-0.000583243;REVB=-0.0419173;RO=26;SAF=21;SAR=5;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266187;STB=0.651033;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00020868;OID=.;OPOS=241889798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:5:21:15:11:5:21:15:11 chr2 241898824 . A G 1556.51 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0082724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.265;QD=59.8658;RBI=0.0401303;REFB=0;REVB=0.0392684;RO=0;SAF=36;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40639e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19417e-05;OID=.;OPOS=241898824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:102:104:1:66:36:0:0:68:36:0:0 chr2 241904001 . G C 1384.13 PASS AF=0.888889;AO=100;DP=114;FAO=104;FDP=117;FR=.;FRO=13;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0377481;FXX=0.0249979;HRUN=7;LEN=1;MLLD=47.1656;QD=47.3207;RBI=0.0380329;REFB=-0.168568;REVB=0.00464603;RO=14;SAF=55;SAR=45;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614484;STB=0.525687;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.023895;OID=.;OPOS=241904001;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:114:117:14:13:100:104:0.888889:45:55:4:10:48:56:4:9 chr2 241922430 . T C 1405.54 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0641493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.785;QD=62.4684;RBI=0.0644251;REFB=0;REVB=0.00595494;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133722;OID=.;OPOS=241922430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:46:44:0:0:46:44:0:0 chr2 241929228 . A G 1952.53 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00447617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.47;QD=61.9851;RBI=0.00894097;REFB=0;REVB=0.00773982;RO=0;SAF=61;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09677e-06;OID=.;OPOS=241929228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:125:126:1:64:61:0:0:64:62:0:0 chr2 242002263 . C T 241.73 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0286249;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.303;QD=22.4866;RBI=0.0286877;REFB=-0.0300623;REVB=0.00189788;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389085;STB=0.533304;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0288896;OID=.;OPOS=242002263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:19:20:23:23:0.534884:12:11:10:9:12:11:11:9 chr2 242011330 . C A 1079.19 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0477353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5483;QD=56.0616;RBI=0.0579299;REFB=-0.0151983;REVB=0.032821;RO=1;SAF=32;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145539;STB=0.50927;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00332325;OID=.;OPOS=242011330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:1:3:74:74:0.961039:42:32:1:0:42:32:2:1 chr2 242011531 . G A 216.96 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0179459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2754;QD=22.8383;RBI=0.17878;REFB=-0.0121162;REVB=0.177877;RO=18;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182887;STB=0.565973;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.011687;OID=.;OPOS=242011531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:17:20:21:0.552632:6:14:9:9:7:14:9:8 chr2 242021742 . G T 797.94 PASS AF=0.466292;AO=83;DP=179;FAO=83;FDP=178;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=-0.0137343;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.453;QD=17.9313;RBI=0.0196256;REFB=-0.00466018;REVB=-0.014019;RO=93;SAF=36;SAR=47;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380687;STB=0.515913;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0053225;OID=.;OPOS=242021742;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:93:95:83:83:0.466292:47:36:44:49:47:36:44:51 chr2 242028762 . T C 176.75 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.000733214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.701;QD=12.19;RBI=0.00831985;REFB=0.000312263;REVB=0.00828748;RO=36;SAF=13;SAR=9;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225534;STB=0.513018;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.000341616;OID=.;OPOS=242028762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:9:13:22:14:9:13:22:14 chr2 242046785 . A C 332.0 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00524228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.477;QD=16.1951;RBI=0.0110581;REFB=-0.0140821;REVB=-0.00973653;RO=46;SAF=23;SAR=13;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164177;STB=0.592566;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0174897;OID=.;OPOS=242046785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:13:23:22:24:13:23:22:24 chr2 242051777 . G A 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0283301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.555;QD=21.4745;RBI=0.0355575;REFB=-0.0145938;REVB=-0.0214882;RO=25;SAF=20;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170307;STB=0.594468;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0123123;OID=.;OPOS=242051777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:11:20:11:14:11:20:11:14 chr2 242054403 . G A 330.43 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.0155352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.247;QD=13.4868;RBI=0.0159748;REFB=-0.0140306;REVB=0.0037216;RO=61;SAF=21;SAR=16;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621803;STB=0.535432;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0262913;OID=.;OPOS=242054403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:61:37:37:0.377551:16:21:38:23:16:21:38:23 chr2 242054425 . G A 141.79 PASS AF=0.217822;AO=22;DP=101;FAO=22;FDP=101;FR=.;FRO=79;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.0270431;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.758;QD=5.61552;RBI=0.0311942;REFB=-0.0133194;REVB=-0.0155482;RO=69;SAF=8;SAR=14;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145379;STB=0.640806;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0646066;OID=.;OPOS=242054425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:69:79:22:22:0.217822:14:8:33:36:14:8:43:36 chr2 242062162 . C T 229.37 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0189172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7874;QD=22.377;RBI=0.0468562;REFB=0.0451613;REVB=0.0428678;RO=19;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141042;STB=0.578992;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.0373238;OID=.;OPOS=242062162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:13:9:11:8:13:9:11:8 chr2 242066156 . C T 45.33 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0101011;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=100.074;QD=8.24162;RBI=0.0267176;REFB=-0.015159;REVB=-0.0247346;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108749;STB=0.567382;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0041088;OID=.;OPOS=242066156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:4:3:5:10:4:3:5:10 chr2 242066314 . T C 227.49 PASS AF=0.55;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0253994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.883;QD=22.7494;RBI=0.0256462;REFB=-0.0127247;REVB=0.00354932;RO=18;SAF=14;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190413;STB=0.612875;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0141993;OID=.;OPOS=242066314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:21:22:0.55:7:14:8:10:7:15:8:10 chr2 242066789 . A G 472.83 PASS AF=0.484848;AO=46;DP=98;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0472411;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0249;QD=19.1042;RBI=0.0485075;REFB=-0.0240243;REVB=-0.0110117;RO=49;SAF=28;SAR=18;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204635;STB=0.610641;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0210354;OID=.;OPOS=242066789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:49:51:46:48:0.484848:18:28:19:30:18:30:21:30 chr2 242075362 . G A 340.15 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0109185;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5145;QD=17.9024;RBI=0.0368879;REFB=-0.0104462;REVB=0.035235;RO=39;SAF=12;SAR=24;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271573;STB=0.504948;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0119927;OID=.;OPOS=242075362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:40:36:36:0.473684:24:12:12:27:24:12:13:27 chr2 242082262 . T C 785.61 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00939288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.678;QD=57.1352;RBI=0.0424849;REFB=0;REVB=0.0414335;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162441;OID=.;OPOS=242082262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:28:26:0:0:29:26:0:0 chr2 242122391 . T C 763.31 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00642855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.736;QD=62.3111;RBI=0.0243031;REFB=0;REVB=-0.0234375;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036816;OID=.;OPOS=242122391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:46:49:1:21:25:0:0:23:26:0:0 chr2 242122820 . G A 168.43 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0618124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.321;QD=10.3646;RBI=0.0806306;REFB=0.00238174;REVB=0.0517738;RO=43;SAF=14;SAR=8;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381851;STB=0.522367;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00127047;OID=.;OPOS=242122820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:8:14:26:17:8:14:26:17 chr2 242122844 . C T 193.75 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0334934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.953;QD=10.1974;RBI=0.0337353;REFB=-0.0152631;REVB=0.00403282;RO=51;SAF=18;SAR=7;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169572;STB=0.599916;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0330078;OID=.;OPOS=242122844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:7:18:30:21:7:18:30:21 chr2 242168976 . T C 493.96 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.0064605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.394;QD=16.1955;RBI=0.0105285;REFB=-0.00536002;REVB=-0.00831329;RO=66;SAF=31;SAR=23;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437666;STB=0.516979;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00826051;OID=.;OPOS=242168976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:68:54:54:0.442623:23:31:35:31:23:31:37:31 chr2 242169351 . G A 137.87 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0321474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1236;QD=11.489;RBI=0.0620213;REFB=-0.00576206;REVB=0.0530395;RO=32;SAF=3;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452448;STB=0.770824;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0224659;OID=.;OPOS=242169351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:13:3:18:14:13:3:18:14 chr2 242179413 . G A 201.73 PASS AF=0.27;AO=27;DP=100;FAO=27;FDP=100;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.0246797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7955;QD=8.06916;RBI=0.027465;REFB=-0.00132962;REVB=-0.0120515;RO=73;SAF=12;SAR=15;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587797;STB=0.535122;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00321373;OID=.;OPOS=242179413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:73:73:27:27:0.27:15:12:29:44:15:12:29:44 chr2 242203916 . A C 1754.35 PASS AF=0.991525;AO=112;DP=117;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00257281;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.772;QD=59.4697;RBI=0.0194223;REFB=-0.140556;REVB=0.0192511;RO=0;SAF=66;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45514e-08;STB=0.503759;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000206953;OID=.;OPOS=242203916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:118:0:1:112:117:0.991525:46:66:0:0:51:66:1:0 chr2 242541335 . G A 233.45 PASS AF=0.205263;AO=39;DP=190;FAO=39;FDP=190;FR=.;FRO=151;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=69;FSRR=82;FWDB=0.00633809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.376;QD=4.91481;RBI=0.0134055;REFB=-0.00750321;REVB=0.0118125;RO=148;SAF=15;SAR=24;SRF=69;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106482;STB=0.559038;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0152183;OID=.;OPOS=242541335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:148:151:39:39:0.205263:24:15:69:79:24:15:69:82 chr2 242572846 . A G 292.78 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00447763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.079;QD=17.2225;RBI=0.00859719;REFB=-0.0153313;REVB=-0.0073391;RO=36;SAF=13;SAR=19;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725904;STB=0.540594;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0165996;OID=.;OPOS=242572846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:19:13:12:24:19:13:12:24 chr2 242573211 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.11226e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.623;QD=58.142;RBI=0.0139837;REFB=0;REVB=0.0139836;RO=0;SAF=25;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25823e-05;OID=.;OPOS=242573211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:7:25:0:0:7:25:0:0 chr2 242576777 . C T 102.34 PASS AF=0.48;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00729046;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.52;QD=16.3748;RBI=0.113985;REFB=-0.0150281;REVB=0.113751;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177348;STB=0.602479;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0104;OID=.;OPOS=242576777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:13:13:12:12:0.48:5:7:5:8:5:7:5:8 chr2 242577022 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0180817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.135;QD=16.6272;RBI=0.0204688;REFB=-0.00537096;REVB=0.00959284;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290292;STB=0.66642;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00528076;OID=.;OPOS=242577022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:4:10:5:8:4:10 chr2 242607924 . A G 249.79 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0100685;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1474;QD=18.5033;RBI=0.0110387;REFB=-0.059498;REVB=-0.00452525;RO=27;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101948;STB=0.556921;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.02355;OID=.;OPOS=242607924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:15:12:9:18:15:12:9:18 chr2 242608062 . C T 139.67 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00712076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3503;QD=9.1587;RBI=0.00714889;REFB=0.0010303;REVB=-0.000633555;RO=41;SAF=5;SAR=14;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399477;STB=0.73019;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00322806;OID=.;OPOS=242608062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:42:19:19:0.311475:14:5:25:16:14:5:25:17 chr2 242610738 . T C 317.88 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0134162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.522;QD=15.5065;RBI=0.0211139;REFB=-0.00727338;REVB=0.0163034;RO=46;SAF=17;SAR=18;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123626;STB=0.562855;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0121128;OID=.;OPOS=242610738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:47:35:35:0.426829:18:17:28:18:18:17:28:19 chr2 242610773 . T A 2064.9 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.686;QD=62.5728;RBI=0.084727;REFB=0;REVB=0.0688284;RO=0;SAF=67;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.83182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235749;OID=.;OPOS=242610773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:65:67:0:0:65:67:0:0 chr2 242611913 . G A 92.21 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.018317;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.955;QD=6.25133;RBI=0.0199052;REFB=0.00268631;REVB=0.00779119;RO=45;SAF=10;SAR=4;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354708;STB=0.72084;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0117197;OID=.;OPOS=242611913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:45:45:14:14:0.237288:4:10:19:26:4:10:19:26 chr2 242611934 . T C 278.89 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0210789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.37;QD=16.4051;RBI=0.0230129;REFB=-0.00942938;REVB=-0.00923433;RO=36;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949319;STB=0.545425;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.013564;OID=.;OPOS=242611934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:37:31:31:0.455882:15:16:15:21:15:16:16:21 chr2 242613089 . A G 474.18 PASS AF=0.414062;AO=53;DP=129;FAO=53;FDP=128;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.0257031;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.011;QD=14.818;RBI=0.0258414;REFB=-0.0136172;REVB=0.00266973;RO=75;SAF=15;SAR=38;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250354;STB=0.64155;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0116708;OID=.;OPOS=242613089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:75:75:53:53:0.414062:38:15:38:37:38:15:38:37 chr2 242613133 . T G 448.17 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.000990854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.622;QD=15.7253;RBI=0.0123231;REFB=-0.0129705;REVB=0.0122832;RO=64;SAF=16;SAR=34;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220873;STB=0.624031;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0200706;OID=.;OPOS=242613133;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:64:64:50:50:0.438596:34:16:34:30:34:16:34:30 chr2 242625237 . G A 88.21 PASS AF=0.222222;AO=14;DP=63;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00835684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.338;QD=5.6008;RBI=0.0150618;REFB=-0.00165169;REVB=-0.0125308;RO=49;SAF=8;SAR=6;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125565;STB=0.579073;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00665902;OID=.;OPOS=242625237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:63:63:49:49:14:14:0.222222:6:8:23:26:6:8:23:26 chr2 242662382 . G A 52.52 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0136164;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4144;QD=6.00268;RBI=0.0305042;REFB=-0.0154028;REVB=0.0272965;RO=27;SAF=1;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.539804;STB=0.854021;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0207746;OID=.;OPOS=242662382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:36:35:27:27:8:8:0.228571:7:1:15:12:7:1:15:12 chr2 242674803 . G A 122.31 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.0102301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.137;QD=15.7819;RBI=0.0429465;REFB=-0.0241676;REVB=0.0417103;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275715;STB=0.655553;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0343447;OID=.;OPOS=242674803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:5:9:15:2:5:9:15:2 chr2 242680430 . A G 285.06 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00912083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.007;QD=23.7551;RBI=0.0125441;REFB=-0.0051232;REVB=0.0086119;RO=21;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881223;STB=0.538432;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00464112;OID=.;OPOS=242680430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:26:26:0.541667:14:12:12:9:14:12:12:10 chr2 242688292 . C T 205.86 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0395217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5366;QD=16.8045;RBI=0.0415926;REFB=-0.0168517;REVB=0.0129606;RO=28;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225019;STB=0.628505;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0250064;OID=.;OPOS=242688292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:13:8:17:11:13:8:17:11 chr2 242688366 . C T 53.39 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00701937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9476;QD=7.62718;RBI=0.0172255;REFB=-0.00710752;REVB=0.0157304;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114205;STB=0.571254;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0168732;OID=.;OPOS=242688366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:4:4:12:8:4:4:12:8 chr2 242690675 . G A 358.09 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00789869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.929;QD=22.3805;RBI=0.00791531;REFB=-0.0061983;REVB=-0.000512647;RO=28;SAF=20;SAR=16;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156452;STB=0.586159;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00809859;OID=.;OPOS=242690675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:16:20:10:18:16:20:10:18 chr2 242695126 . G A 63.55 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.00241408;FXX=0.039992;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.9598;QD=5.2959;RBI=0.029731;REFB=-0.00819258;REVB=0.0296328;RO=39;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212351;STB=0.637407;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00553047;OID=.;OPOS=242695126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:48:48:39:39:9:9:0.1875:5:4:11:28:5:4:11:28 chr2 242695131 . T C 65.02 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.00741138;FXX=0.0357079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.4237;QD=4.81619;RBI=0.0301893;REFB=-0.0134963;REVB=-0.0292655;RO=43;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235217;STB=0.63391;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0283389;OID=.;OPOS=242695131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:54:54:43:44:10:10:0.185185:6:4:10:33:6:4:11:33 chr2 242695138 . C T 99.57 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=37;FWDB=-0.00635403;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.481;QD=6.42369;RBI=0.0272051;REFB=-0.0113939;REVB=-0.0264527;RO=45;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315487;STB=0.698231;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0250604;OID=.;OPOS=242695138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:47:15:15:0.241935:8:7:10:35:8:7:10:37 chr2 242695144 . C T 135.83 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=36;FWDB=0.0232956;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1279;QD=8.3588;RBI=0.0511039;REFB=-0.0106062;REVB=-0.0454855;RO=44;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40127;STB=0.74212;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0172232;OID=.;OPOS=242695144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:44:46:19:19:0.292308:8:11:10:34:8:11:10:36 chr2 242695151 . T A 159.58 PASS AF=0.314286;AO=21;DP=69;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=-0.00419227;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.893;QD=9.11861;RBI=0.031658;REFB=-0.00694823;REVB=-0.0313792;RO=46;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304061;STB=0.66991;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0117949;OID=.;OPOS=242695151;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:46:48:21:22:0.314286:9:12:14:32:10:12:14:34 chr2 242741335 . G A 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0145097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.611;QD=9.14874;RBI=0.014579;REFB=-0.0220404;REVB=-0.0014199;RO=40;SAF=7;SAR=11;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158685;STB=0.594489;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0430254;OID=.;OPOS=242741335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:11:7:21:19:11:7:21:19 chr2 242757411 . C T 285.97 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00655035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.23;QD=21.9975;RBI=0.0185035;REFB=-0.016085;REVB=0.0173053;RO=23;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657034;STB=0.536399;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00771578;OID=.;OPOS=242757411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:15:14:13:10:15:14:13:10 chr2 242758128 . G A 210.25 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.03038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.68;QD=11.845;RBI=0.0312406;REFB=-0.0133486;REVB=0.00728206;RO=45;SAF=11;SAR=15;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215984;STB=0.62424;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0115947;OID=.;OPOS=242758128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:15:11:28:17:15:11:28:17 chr2 242758203 . T C 250.09 PASS AF=0.351351;AO=21;DP=75;FAO=26;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.000995708;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.296;QD=13.5183;RBI=0.00971219;REFB=-0.022791;REVB=0.00966102;RO=43;SAF=16;SAR=5;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381889;STB=0.601691;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0324879;OID=.;OPOS=242758203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:43:44:21:26:0.351351:5:16:19:24:10:16:20:24 chr2 242758326 . G A 188.55 PASS AF=0.44;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.154289;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.943;QD=15.0841;RBI=0.15467;REFB=-0.0375444;REVB=0.0108385;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231369;STB=0.50549;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0330661;OID=.;OPOS=242758326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:26:28:21:22:0.44:10:11:13:13:10:12:15:13 chr2 242813124 . T C 753.97 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7873;QD=56.9036;RBI=0.0953566;REFB=0;REVB=0.0919156;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530587;OID=.;OPOS=242813124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:20:33:0:0:20:33:0:0 chr2 242815059 . C T 457.7 PASS AF=0.5;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00204397;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.817;QD=20.3421;RBI=0.0038234;REFB=0.000542116;REVB=-0.00323118;RO=44;SAF=31;SAR=14;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160706;STB=0.596109;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.000445213;OID=.;OPOS=242815059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:44:45:45:45:0.5:14:31:23:21:14:31:23:22 chr3 361508 . C T 541.59 PASS AF=0.574713;AO=48;DP=85;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0307462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9061;QD=24.9008;RBI=0.0441129;REFB=-0.0108491;REVB=-0.0316326;RO=37;SAF=20;SAR=28;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991926;STB=0.542919;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.005276;OID=.;OPOS=361508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:37:37:48:50:0.574713:28:20:20:17:28:22:20:17 chr3 391100 . A G 1897.83 PASS AF=0.954887;AO=127;DP=133;FAO=127;FDP=133;FR=.;FRO=6;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0183437;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.09;QD=57.0775;RBI=0.0270185;REFB=-0.157891;REVB=0.0198371;RO=6;SAF=64;SAR=63;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139325;STB=0.507341;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000578061;OID=.;OPOS=391100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:133:133:6:6:127:127:0.954887:63:64:4:2:63:64:4:2 chr3 439963 . A G 1587.77 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7642;QD=64.1523;RBI=0.0198264;REFB=0;REVB=-0.00571826;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11754e-05;OID=.;OPOS=439963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:52:47:0:0:52:47:0:0 chr3 440028 . T C 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.304;QD=61.8522;RBI=0.0205961;REFB=0;REVB=0.00981328;RO=0;SAF=29;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05032e-05;OID=.;OPOS=440028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:54:29:0:0:54:29:0:0 chr3 450391 . T C 575.46 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.5761;QD=60.5744;RBI=0.0226314;REFB=0;REVB=0.0140993;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288923;OID=.;OPOS=450391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:18:19:0:0:18:20:0:0 chr3 450534 . T C 2219.75 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0196262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7528;QD=62.5282;RBI=0.0258274;REFB=-0.0207611;REVB=0.0167888;RO=1;SAF=67;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704406;STB=0.503703;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00124964;OID=.;OPOS=450534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:1:1:141:141:0.992958:74:67:1:0:74:67:1:0 chr3 1107455 . T A,C 918.45 PASS AF=0.0285714,0.942857;AO=3,62;DP=68;FAO=2,66;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=1,34;FSAR=1,32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00267971,-0.00194435;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.478,175.483;QD=52.483;RBI=0.0119435,0.00230897;REFB=-0.101915,-0.102162;REVB=-0.011639,0.00124533;RO=3;SAF=1,34;SAR=2,28;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.352427,0.0479348;STB=0.748096,0.515147;STBP=0.692,0.258;TYPE=snp,snp;VARB=0.0339346,0.000912871;OID=.,.;OPOS=1107455,1107455;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:68:70:3:2:3,62:2,66:0.0285714,0.942857:2,28:1,34:0:3:1,32:1,34:0:2 chr3 1262474 . T C 2185.6 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050381;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.838;QD=63.3506;RBI=0.0509459;REFB=0;REVB=0.00756575;RO=0;SAF=74;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1471e-05;OID=.;OPOS=1262474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:138:0:0:138:138:1:64:74:0:0:64:74:0:0 chr3 1418753 . G A 2239.27 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00918085;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1497;QD=63.5253;RBI=0.017983;REFB=0;REVB=-0.0154629;RO=0;SAF=65;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.52843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.65015e-05;OID=.;OPOS=1418753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:141:0:0:141:141:1:76:65:0:0:76:65:0:0 chr3 1424718 . G A 472.51 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00776499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.401;QD=16.1542;RBI=0.00776516;REFB=-0.000584461;REVB=5.18266e-05;RO=65;SAF=23;SAR=29;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652868;STB=0.536491;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00123808;OID=.;OPOS=1424718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:65:52:52:0.444444:29:23:33:32:29:23:33:32 chr3 1424745 . C T 571.28 PASS AF=0.461538;AO=60;DP=130;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0036608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.355;QD=17.5778;RBI=0.00427909;REFB=-0.00855402;REVB=-0.00221567;RO=69;SAF=26;SAR=34;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577103;STB=0.528488;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00920511;OID=.;OPOS=1424745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:69:70:60:60:0.461538:34:26:34:35:34:26:34:36 chr3 3067850 . A G 397.49 PASS AF=0.306358;AO=53;DP=173;FAO=53;FDP=173;FR=.;FRO=120;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=51;FSRR=69;FWDB=0.00040826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.393;QD=9.19042;RBI=0.0305419;REFB=0.00543557;REVB=0.0305392;RO=120;SAF=25;SAR=28;SRF=51;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561131;STB=0.532604;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.0150703;OID=.;OPOS=3067850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:120:120:53:53:0.306358:28:25:51:69:28:25:51:69 chr3 3067853 . G A 390.54 PASS AF=0.299435;AO=53;DP=177;FAO=53;FDP=177;FR=.;FRO=124;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=53;FSRR=71;FWDB=-0.0184112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.925;QD=8.82572;RBI=0.0186893;REFB=-0.00523391;REVB=-0.00321232;RO=124;SAF=26;SAR=27;SRF=53;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760577;STB=0.544312;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0475072;OID=.;OPOS=3067853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:124:124:53:53:0.299435:27:26:53:71:27:26:53:71 chr3 3076401 . C T 238.76 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00469212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.071;QD=14.0446;RBI=0.0211824;REFB=0.00151457;REVB=0.0206562;RO=40;SAF=13;SAR=15;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11397;STB=0.564808;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.00190657;OID=.;OPOS=3076401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:15:13:23:17:15:13:23:17 chr3 3076443 . A G 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00596648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.988;QD=10.9726;RBI=0.0178456;REFB=-0.00327954;REVB=-0.0168187;RO=30;SAF=6;SAR=9;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257285;STB=0.660811;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00662603;OID=.;OPOS=3076443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:31:15:15:0.326087:9:6:19:11:9:6:20:11 chr3 3081750 . A T 1067.52 PASS AF=0.47807;AO=109;DP=230;FAO=109;FDP=228;FR=.;FRO=119;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=72;FSRR=47;FWDB=0.0156561;FXX=0.00869527;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7687;QD=18.7285;RBI=0.0157263;REFB=-0.0109331;REVB=0.00148339;RO=119;SAF=56;SAR=53;SRF=72;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868055;STB=0.547795;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0108662;OID=.;OPOS=3081750;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:228:119:119:109:109:0.47807:53:56:72:47:53:56:72:47 chr3 3081825 . T C 3801.04 PASS AF=1;AO=239;DP=239;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.178;QD=63.6157;RBI=0.06267;REFB=0;REVB=0.0603411;RO=0;SAF=140;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.11922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.259e-05;OID=.;OPOS=3081825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:239:239:0:0:239:239:1:99:140:0:0:99:140:0:0 chr3 3098041 . G C 465.57 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00836964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.763;QD=17.7359;RBI=0.0498868;REFB=-0.00315118;REVB=-0.0491796;RO=55;SAF=18;SAR=32;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162086;STB=0.59023;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00415851;OID=.;OPOS=3098041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:32:18:29:26:32:18:29:26 chr3 3115478 . T C 327.19 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0157386;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.134;QD=19.8295;RBI=0.0157972;REFB=-0.0158951;REVB=0.00135921;RO=31;SAF=16;SAR=18;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443082;STB=0.51612;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0188823;OID=.;OPOS=3115478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:31:32:34:34:0.515152:18:16:13:18:18:16:14:18 chr3 3170792 . C T 1510.74 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7059;QD=63.6103;RBI=0.0375207;REFB=0;REVB=0.0226967;RO=0;SAF=37;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.71244e-05;OID=.;OPOS=3170792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:58:37:0:0:58:37:0:0 chr3 3189279 . A G 1413.94 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0156886;FXX=0.0210504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.73;QD=60.8148;RBI=0.0157727;REFB=-0.14809;REVB=-0.0016265;RO=2;SAF=51;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182246;STB=0.509613;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000225706;OID=.;OPOS=3189279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:93:2:2:91:91:0.978495:40:51:2:0:40:51:2:0 chr3 3189388 . G T 87.78 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0226081;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.029;QD=12.5404;RBI=0.0229736;REFB=-0.0145684;REVB=0.00408165;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413721;STB=0.558029;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0331125;OID=.;OPOS=3189388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:28:28:18:17:10:11:0.392857:3:7:12:6:3:8:11:6 chr3 3197918 . A G 1250.58 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.266;QD=60.2689;RBI=0.0222873;REFB=-0.139626;REVB=0.0164218;RO=1;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122993;STB=0.506492;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000945063;OID=.;OPOS=3197918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:38:44:0:1:38:44:0:1 chr3 3886580 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.081;QD=58.9625;RBI=0.0266753;REFB=0;REVB=0.00831441;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76294e-05;OID=.;OPOS=3886580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr3 3886721 . C A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.413;QD=47.8223;RBI=0.0163392;REFB=0;REVB=-0.0121343;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020177;OID=.;OPOS=3886721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr3 3886847 . G C 718.87 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1759;QD=62.5104;RBI=0.0281133;REFB=0;REVB=0.0255877;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265155;OID=.;OPOS=3886847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:20:25:0:0:20:26:0:0 chr3 3886919 . C T 1308.1 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.125;QD=61.5575;RBI=0.0218682;REFB=0;REVB=-0.00821369;RO=0;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337034;OID=.;OPOS=3886919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:83:85:1:34:49:0:0:34:51:0:0 chr3 3889222 . G T 323.15 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.703;QD=53.8577;RBI=0.0313466;REFB=0;REVB=0.0290262;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185366;OID=.;OPOS=3889222;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:13:11:0:0 chr3 4358163 . C T 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.013456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.969;QD=9.83034;RBI=0.0258411;REFB=-0.00912273;REVB=0.0220612;RO=26;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04353;STB=0.526272;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0154678;OID=.;OPOS=4358163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:6:6:12:14:6:6:12:14 chr3 4358589 . C T 234.91 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=14;FWDB=0.0210126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.2;QD=10.9262;RBI=0.0451257;REFB=-0.00174718;REVB=-0.039935;RO=57;SAF=25;SAR=4;SRF=43;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207868;STB=0.623171;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00394118;OID=.;OPOS=4358589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:57:57:29:29:0.337209:4:25:43:14:4:25:43:14 chr3 4403837 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.363;QD=61.3356;RBI=0.0304904;REFB=0;REVB=0.01894;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176169;OID=.;OPOS=4403837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr3 4699936 . G C 367.49 PASS AF=0.365854;AO=44;DP=123;FAO=45;FDP=123;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.00763797;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.361;QD=11.9509;RBI=0.00892326;REFB=-0.00254617;REVB=-0.00461366;RO=78;SAF=22;SAR=22;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429826;STB=0.509218;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00254459;OID=.;OPOS=4699936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:78:78:44:45:0.365854:22:22:36:42:23:22:37:41 chr3 4712413 . G A 130.04 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00650969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.7;QD=8.6692;RBI=0.0132862;REFB=-0.0110311;REVB=0.0115822;RO=41;SAF=10;SAR=8;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00639674;STB=0.505612;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0225867;OID=.;OPOS=4712413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:42:18:18:0.3:8:10:23:18:8:10:23:19 chr3 4716811 . A C 596.91 PASS AF=0.586957;AO=53;DP=91;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.00418751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.531;QD=25.9524;RBI=0.00428353;REFB=-0.00343038;REVB=-0.000901902;RO=38;SAF=25;SAR=28;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161969;STB=0.590877;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0040539;OID=.;OPOS=4716811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:38:38:53:54:0.586957:28:25:10:28:28:26:10:28 chr3 4767262 . T C 441.09 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00411489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.546;QD=22.3335;RBI=0.0146242;REFB=-0.00608678;REVB=-0.0140334;RO=36;SAF=29;SAR=14;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243072;STB=0.634201;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00722219;OID=.;OPOS=4767262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:14:29:14:22:14:29:14:22 chr3 4768834 . C T 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0588913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.706;QD=11.2145;RBI=0.0590794;REFB=-0.00574251;REVB=-0.0047105;RO=33;SAF=7;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540173;STB=0.532093;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0142984;OID=.;OPOS=4768834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:9:7:16:17:9:7:16:17 chr3 4817057 . T C 994.28 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438782;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.09;QD=59.3601;RBI=0.0471999;REFB=0;REVB=0.0173936;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49238e-05;OID=.;OPOS=4817057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:41:26:0:0:41:26:0:0 chr3 4842231 . C T 2385.55 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00122411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.009;QD=61.1681;RBI=0.00237586;REFB=0;REVB=-0.00203624;RO=0;SAF=92;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.45475e-06;OID=.;OPOS=4842231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:156:0:0:155:156:1:63:92:0:0:63:93:0:0 chr3 4854884 . T C 113.62 PASS AF=0.176471;AO=21;DP=119;FAO=21;FDP=119;FR=.;FRO=98;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=0.0204439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0312;QD=3.81906;RBI=0.0220389;REFB=0.00454411;REVB=0.00823184;RO=96;SAF=13;SAR=8;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165244;STB=0.606983;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0188841;OID=.;OPOS=4854884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:96:98:21:21:0.176471:8:13:47:49:8:13:48:50 chr3 4856180 . T C 1344.19 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785782;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3531;QD=62.5206;RBI=0.0347492;REFB=0;REVB=0.0338491;RO=0;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054813;OID=.;OPOS=4856180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:86:0:0:86:86:1:34:52:0:0:34:52:0:0 chr3 4856193 . G A 228.79 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0294245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.373;QD=11.7329;RBI=0.0326193;REFB=-0.0176263;REVB=-0.014079;RO=50;SAF=23;SAR=5;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412568;STB=0.741743;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0427089;OID=.;OPOS=4856193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:5:23:25:25:5:23:25:25 chr3 4856234 . G A 248.2 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0113866;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.871;QD=22.0623;RBI=0.0116799;REFB=-0.0120879;REVB=0.00260127;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834341;STB=0.55551;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0116591;OID=.;OPOS=4856234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:23:24:0.533333:11:12:13:8:12:12:13:8 chr3 5241309 . C A 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00976136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.249;QD=61.049;RBI=0.011135;REFB=0;REVB=0.00535754;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83301e-05;OID=.;OPOS=5241309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:46:32:0:0:46:32:0:0 chr3 7732726 . ATTT ATGA,AT,ATT 406.23 PASS AF=0.0806452,0.806452,0.0806452;AO=4,22,17;DP=63;FAO=5,50,5;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=4,18,4;FSAR=1,32,1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0151613,0.103869,0.202027;FXX=0.0158705;HRUN=11,11,11;LEN=2,2,1;MLLD=177.03,10.8091,6.55998;QD=26.2087;RBI=0.0193177,0.116652,0.228617;REFB=-0.0104097,-0.0100722,-0.0163603;REVB=0.0119711,0.0530926,0.107009;RO=9;SAF=4,8,8;SAR=0,14,9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.663921,-0.164103,-0.121332;STB=0.614874,0.505821,0.614874;STBP=0.589,0.778,0.589;TYPE=mnp,del,del;VARB=-0.0122784,0.100442,0.117958;OID=.,.,.;OPOS=7732728,7732727,7732727;OREF=TT,TT,T;OALT=GA,-,-;OMAPALT=ATGA,AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0806452,0.806452,0.0806452:4,22,17:63:5,50,5:62:2:4,18,4:1,32,1:1:1:26:9:4,8,8:0,14,9:6:3 chr3 8675539 . G A 542.05 PASS AF=0.439394;AO=57;DP=128;FAO=58;FDP=132;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.0181879;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.221;QD=16.4258;RBI=0.0388828;REFB=-0.0233346;REVB=-0.0343667;RO=71;SAF=33;SAR=24;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19577;STB=0.598412;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0251654;OID=.;OPOS=8675539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:132:71:74:57:58:0.439394:24:33:27:44:25:33:29:45 chr3 8676204 . A G 1324.09 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01004;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.503;QD=62.3103;RBI=0.0537622;REFB=0;REVB=0.0528164;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126578;OID=.;OPOS=8676204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:36:49:0:0:36:49:0:0 chr3 8701430 . T C 112.24 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00400611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.622;QD=16.6279;RBI=0.0169397;REFB=-0.041068;REVB=-0.0164592;RO=13;SAF=11;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357025;STB=0.698058;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0261254;OID=.;OPOS=8701430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:2:11:7:6:2:11:8:6 chr3 8705555 . T C 385.22 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00115371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.748;QD=23.3468;RBI=0.00353982;REFB=0.01401;REVB=0.00334653;RO=28;SAF=18;SAR=20;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14707;STB=0.580604;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0058671;OID=.;OPOS=8705555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:20:18:8:20:20:18:8:20 chr3 8775661 . C T 245.55 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.035218;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.106;QD=15.1106;RBI=0.0374866;REFB=-0.0179062;REVB=0.012843;RO=35;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275594;STB=0.666555;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.019522;OID=.;OPOS=8775661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:35:37:28:28:0.430769:12:16:10:25:12:16:10:27 chr3 8809703 . G A 409.95 PASS AF=0.5;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00857669;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.644;QD=19.9978;RBI=0.00952102;REFB=-0.0141315;REVB=-0.00413402;RO=40;SAF=24;SAR=17;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547383;STB=0.537187;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0148076;OID=.;OPOS=8809703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:40:41:41:41:0.5:17:24:21:19:17:24:21:20 chr3 8955389 . C T 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00248454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.303;QD=60.0309;RBI=0.00431851;REFB=0;REVB=0.00353222;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37655e-06;OID=.;OPOS=8955389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr3 8973271 . G T 372.51 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.726;QD=55.1864;RBI=0.0576982;REFB=0;REVB=0.0351679;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232696;OID=.;OPOS=8973271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:17:8:0:0:17:10:0:0 chr3 8973283 . C G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0429677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9493;QD=53.9111;RBI=0.044033;REFB=0;REVB=-0.00962738;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136523;OID=.;OPOS=8973283;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr3 9005078 . C T 2335.23 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.132;QD=63.5437;RBI=0.0190566;REFB=0;REVB=0.0179859;RO=1;SAF=73;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0064704;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68045e-05;OID=.;OPOS=9005078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:1:0:146:147:1:73:73:1:0:73:74:0:0 chr3 9024017 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7054;QD=57.6795;RBI=0.0171349;REFB=0;REVB=-0.01468;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.67403e-05;OID=.;OPOS=9024017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr3 9024146 . C A,T 1226.22 PASS AF=0.951807,0.0361446;AO=79,3;DP=83;FAO=79,3;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=46,3;FSAR=33,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0221445,-0.0295805;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.0995,116.498;QD=59.0951;RBI=0.0257643,0.0358386;REFB=-0.0270248,0.0478931;REVB=-0.0131688,-0.0202336;RO=1;SAF=46,3;SAR=33,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.010181,0;STB=0.505375,0.5;STBP=0.517,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00122709,0.0864657;OID=.,.;OPOS=9024146,9024146;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:83:83:1:1:79,3:79,3:0.951807,0.0361446:33,0:46,3:1:0:33,0:46,3:1:0 chr3 9091151 . C G 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00649058;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.347;QD=18.998;RBI=0.0108884;REFB=-0.0158224;REVB=-0.00874239;RO=30;SAF=12;SAR=19;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10208;STB=0.556966;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00959523;OID=.;OPOS=9091151;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:19:12:15:15:19:12:15:15 chr3 9122948 . A G 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.639;QD=63.7517;RBI=0.0387798;REFB=0;REVB=0.0248928;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49698e-05;OID=.;OPOS=9122948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:51:45:0:0:51:45:0:0 chr3 9406836 . T C 534.97 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.0103151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2721;QD=17.3973;RBI=0.0150735;REFB=-0.00440764;REVB=0.0109913;RO=66;SAF=27;SAR=30;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627734;STB=0.534872;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00548777;OID=.;OPOS=9406836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:66:66:57:57:0.463415:30:27:27:39:30:27:27:39 chr3 9422210 . T C 418.29 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.000735309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.009;QD=17.4287;RBI=0.022733;REFB=0.00568218;REVB=-0.0227212;RO=52;SAF=23;SAR=20;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153646;STB=0.503648;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00527432;OID=.;OPOS=9422210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:52:53:43:43:0.447917:20:23:27:25:20:23:28:25 chr3 9425911 . G A 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00670042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.75;QD=20.1561;RBI=0.00782245;REFB=-0.0111647;REVB=0.00403672;RO=25;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809193;STB=0.545055;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0104175;OID=.;OPOS=9425911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:15:13:14:11:15:13:14:11 chr3 9438487 . G A 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.000414555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.239;QD=24.5166;RBI=0.00376173;REFB=-0.0109062;REVB=0.00373882;RO=21;SAF=19;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769806;STB=0.557814;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00783735;OID=.;OPOS=9438487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:22:27:27:0.55102:8:19:13:8:8:19:13:9 chr3 9514939 . G A 51.56 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0117085;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.824;QD=4.20865;RBI=0.01192;REFB=-0.00272488;REVB=0.00223597;RO=41;SAF=5;SAR=3;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443281;STB=0.530312;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0156684;OID=.;OPOS=9514939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:49:49:41:41:8:8:0.163265:3:5:27:14:3:5:27:14 chr3 9540366 . C G 351.13 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0146472;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.601;QD=17.7787;RBI=0.016985;REFB=0.00203696;REVB=0.00859944;RO=41;SAF=18;SAR=19;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699983;STB=0.53245;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.00288465;OID=.;OPOS=9540366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:41:42:37:37:0.468354:19:18:23:18:19:18:23:19 chr3 9730399 . C T 53.18 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0350007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.821;QD=7.09048;RBI=0.0387095;REFB=-0.0132531;REVB=-0.0165341;RO=20;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362117;STB=0.74925;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0276294;OID=.;OPOS=9730399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:30:30:20:22:8:8:0.266667:7:1:7:13:7:1:8:14 chr3 9743616 . C T 160.75 PASS AF=0.247312;AO=23;DP=93;FAO=23;FDP=93;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.0254038;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.555;QD=6.91413;RBI=0.0257201;REFB=-0.00376447;REVB=0.00402128;RO=70;SAF=7;SAR=16;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199973;STB=0.622644;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0117758;OID=.;OPOS=9743616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:70:70:23:23:0.247312:16:7:32:38:16:7:32:38 chr3 9768336 . C G 1613.81 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0333753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.611;QD=58.1552;RBI=0.0480779;REFB=-0.177029;REVB=0.034606;RO=1;SAF=69;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117188;STB=0.502575;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.000590252;OID=.;OPOS=9768336;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:1:2:109:109:0.981982:40:69:0:1:40:69:1:1 chr3 9769008 . A T 139.75 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0237867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.598;QD=12.7043;RBI=0.0526333;REFB=-0.0105515;REVB=-0.0469517;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203795;STB=0.606611;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0148252;OID=.;OPOS=9769008;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:27:28:16:16:0.363636:9:7:17:10:9:7:17:11 chr3 9798773 . C G 788.78 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00415008;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.113;QD=64.3902;RBI=0.0083728;REFB=0;REVB=-0.00727191;RO=0;SAF=38;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82139e-05;OID=.;OPOS=9798773;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:11:38:0:0:11:38:0:0 chr3 9908749 . G C 1088.04 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0076762;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5306;QD=58.8129;RBI=0.0353488;REFB=-0.151597;REVB=0.0345053;RO=0;SAF=48;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00248765;OID=.;OPOS=9908749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:0:1:73:73:0.986486:25:48:0:0:25:48:0:1 chr3 9934605 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.076;QD=54.5177;RBI=0.0800106;REFB=0;REVB=0.0790012;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325739;OID=.;OPOS=9934605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr3 9970031 . A G 108.7 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0149405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8076;QD=36.2335;RBI=0.111287;REFB=-0.0232707;REVB=0.11028;RO=1;SAF=10;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428878;STB=0.523767;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0219373;OID=.;OPOS=9970031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:1:10:1:0:1:10:1:0 chr3 9976159 . A C,G 1367.51 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=9,80;DP=89;FAO=10,80;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=0,42;FSAR=10,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487242,-0.0239722;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=24.2147,85.816;QD=60.7784;RBI=0.0564467,0.0331057;REFB=0,0;REVB=-0.0284989,-0.0228325;RO=0;SAF=0,42;SAR=9,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.26068e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.145141,-0.00505969;OID=.,.;OPOS=9976159,9976159;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:39:89:90:0:0:9,80:10,80:0.111111,0.888889:9,38:0,42:0:0:10,38:0,42:0:0 chr3 9991388 . G C 2266.26 PASS AF=0.993103;AO=143;DP=144;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1605;QD=62.5174;RBI=0.020503;REFB=-0.120718;REVB=-0.00364211;RO=1;SAF=58;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812791;STB=0.504201;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000234682;OID=.;OPOS=9991388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:145:1:1:143:144:0.993103:85:58:1:0:85:59:1:0 chr3 10088266 . G T 197.84 PASS AF=0.223022;AO=31;DP=139;FAO=31;FDP=139;FR=.;FRO=108;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=78;FWDB=-0.015004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.761;QD=5.69311;RBI=0.0157849;REFB=-0.00407066;REVB=0.00490342;RO=106;SAF=13;SAR=18;SRF=29;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199481;STB=0.617142;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0133159;OID=.;OPOS=10088266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:106:108:31:31:0.223022:18:13:29:77:18:13:30:78 chr3 10088299 . C T 198.26 PASS AF=0.247934;AO=30;DP=121;FAO=30;FDP=121;FR=.;FRO=91;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=64;FWDB=-0.0085223;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.242;QD=6.55418;RBI=0.00875701;REFB=-0.00273674;REVB=-0.00201386;RO=91;SAF=13;SAR=17;SRF=27;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180093;STB=0.60755;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00439449;OID=.;OPOS=10088299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:91:91:30:30:0.247934:17:13:27:64:17:13:27:64 chr3 10088308 . T C 221.19 PASS AF=0.268908;AO=31;DP=118;FAO=32;FDP=119;FR=.;FRO=87;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=62;FWDB=0.00505199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.934;QD=7.43486;RBI=0.00692621;REFB=-0.00216119;REVB=0.00473812;RO=87;SAF=14;SAR=17;SRF=25;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2118;STB=0.614643;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.004301;OID=.;OPOS=10088308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:87:87:31:32:0.268908:17:14:25:62:18:14:25:62 chr3 10088343 . A G 218.34 PASS AF=0.291262;AO=30;DP=103;FAO=30;FDP=103;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=55;FWDB=0.00260964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.187;QD=8.47902;RBI=0.00287849;REFB=-6.2653e-06;REVB=-0.00121469;RO=73;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240432;STB=0.639698;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00094003;OID=.;OPOS=10088343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:73:73:30:30:0.291262:17:13:18:55:17:13:18:55 chr3 10088404 . C T 171.16 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0504554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.666;QD=14.8836;RBI=0.0767521;REFB=-0.0707173;REVB=0.0578371;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10041;STB=0.557464;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.06899;OID=.;OPOS=10088404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:12:8:13:13:12:8:13:13 chr3 10089723 . G A 115.8 PASS AF=0.211111;AO=18;DP=89;FAO=19;FDP=90;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0561345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.762;QD=5.14667;RBI=0.0562225;REFB=-0.00145629;REVB=-0.00314438;RO=68;SAF=11;SAR=7;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10426;STB=0.523784;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00959129;OID=.;OPOS=10089723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:68:71:18:19:0.211111:7:11:36:32:8:11:39:32 chr3 10089738 . A G 103.22 PASS AF=0.202381;AO=17;DP=84;FAO=17;FDP=84;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.049228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6763;QD=4.91532;RBI=0.0518079;REFB=-0.003957;REVB=0.016145;RO=67;SAF=9;SAR=8;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00883106;STB=0.505611;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0249349;OID=.;OPOS=10089738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:67:67:17:17:0.202381:8:9:35:32:8:9:35:32 chr3 10183274 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4736;QD=50.4124;RBI=0.0670826;REFB=0;REVB=0.0406076;RO=0;SAF=1;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00304285;OID=.;OPOS=10183274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:18:1:0:0:18:1:0:0 chr3 10188339 . TTAAAAAG TAAAAG,TAAAAGTA,TTAAAAG,TTAAAAGA,TTTAAAAG 127.51 PASS AF=0.4,0.04,0.08,0,0;AO=10,2,12,2,2;DP=52;FAO=20,2,4,0,0;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=5,2,0,0,0;FSAR=15,0,4,0,0;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0943631,-0.0384162,0.165346,-0.0999823,0.0738607;FXX=0;HRUN=5,5,5,5,5;LEN=2,7,1,2,1;MLLD=17.8633,89.2636,9.90129,20.334,15.494;QD=10.2004;RBI=0.171583,0.0595408,0.314964,0.134762,0.147158;REFB=-0.0679301,2.3203e-05,-0.089901,-0.0328258,-0.0244794;REVB=-0.143305,-0.0454895,-0.268073,-0.0903571,-0.12728;RO=17;SAF=2,2,0,2,0;SAR=8,0,12,0,2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.330446,0.540081,-0.798111,0.540081,-0.516333;STB=0.607993,0.995416,0.996798,0.5,0.5;STBP=0.239,0.107,0.059,1,1;TYPE=del,mnp,del,mnp,snp;VARB=0.152528,0.0395929,0.0725736,0,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=10188340,10188340,10188341,10188345,10188341;OREF=TA,TAAAAAG,A,AG,A;OALT=-,AAAAGTA,-,GA,T;OMAPALT=TAAAAG,TAAAAGTA,TTAAAAG,TTAAAAGA,TTTAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4,0.04,0.08,0,0:10,2,12,2,2:52:20,2,4,0,0:50:24:5,2,0,0,0:15,0,4,0,0:10:14:83:17:2,2,0,2,0:8,0,12,0,2:8:9 chr3 10191621 . G A 153.86 PASS AF=0.234694;AO=22;DP=98;FAO=23;FDP=98;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.0096226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7307;QD=6.27998;RBI=0.0161936;REFB=-0.0109339;REVB=-0.0130245;RO=73;SAF=13;SAR=9;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205178;STB=0.637361;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0339339;OID=.;OPOS=10191621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:73:75:22:23:0.234694:9:13:31:42:9:14:32:43 chr3 10251340 . C G 377.08 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0150636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.83;QD=16.2186;RBI=0.0203224;REFB=-0.00573807;REVB=0.0136415;RO=52;SAF=21;SAR=19;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102185;STB=0.562369;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0201854;OID=.;OPOS=10251340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:53:40:40:0.430108:19:21:22:30:19:21:22:31 chr3 10276163 . T A 1324.89 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.215;QD=61.6227;RBI=0.031372;REFB=0;REVB=0.030865;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8863e-05;OID=.;OPOS=10276163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:86:0:0:80:86:1:45:35:0:0:50:36:0:0 chr3 10302172 . G A 620.74 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0848801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.312;QD=59.1184;RBI=0.0856359;REFB=-0.146641;REVB=0.0113521;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00041394;OID=.;OPOS=10302172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:0:1:41:41:0.97619:21:20:0:0:21:20:0:1 chr3 10311939 . C T 2204.08 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=142;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00649544;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.876;QD=62.5271;RBI=0.00657468;REFB=-0.0961642;REVB=0.00101769;RO=0;SAF=79;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-1.3706e-05;OID=.;OPOS=10311939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:141:0:1:140:140:0.992908:61:79:0:0:61:79:0:1 chr3 10312507 . A G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00246142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.904;QD=57.8839;RBI=0.0430451;REFB=0;REVB=-0.0429747;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130838;OID=.;OPOS=10312507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr3 10331457 . G T 449.05 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.013192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.612;QD=21.3835;RBI=0.0143566;REFB=-0.0143764;REVB=0.00566419;RO=39;SAF=28;SAR=16;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650524;STB=0.53102;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0126153;OID=.;OPOS=10331457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:40:44:44:0.52381:16:28:22:17:16:28:23:17 chr3 10367942 . C CGT 99.92 PASS AF=0.180851;AO=16;DP=112;FAO=17;FDP=94;FR=.;FRO=77;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.0727095;FXX=0.0693001;HRUN=1;LEN=2;MLLD=100.065;QD=4.25193;RBI=0.0986463;REFB=-0.0148239;REVB=0.0666666;RO=94;SAF=2;SAR=14;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51825;STB=0.847007;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.0538208;OID=.;OPOS=10367943;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.180851:16:112:17:94:77:2:15:38:39:99:94:2:14:49:45 chr3 10379923 . C T 635.12 PASS AF=0.440252;AO=70;DP=159;FAO=70;FDP=159;FR=.;FRO=89;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.0090612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.286;QD=15.9778;RBI=0.0184032;REFB=-0.0271803;REVB=0.0160178;RO=89;SAF=35;SAR=35;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733841;STB=0.540869;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0352618;OID=.;OPOS=10379923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:89:89:70:70:0.440252:35:35:51:38:35:35:51:38 chr3 10420087 . T C 936.67 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.01004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.295;QD=56.7677;RBI=0.0350622;REFB=-0.0699628;REVB=0.033594;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165719;STB=0.508769;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000432245;OID=.;OPOS=10420087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:37:28:1:0:37:28:1:0 chr3 10491174 . C T 288.38 PASS AF=0.349515;AO=36;DP=103;FAO=36;FDP=103;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.00747101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.095;QD=11.1992;RBI=0.00930637;REFB=-0.00785787;REVB=-0.0055491;RO=67;SAF=22;SAR=14;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152154;STB=0.587737;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0159339;OID=.;OPOS=10491174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:67:67:36:36:0.349515:14:22:32:35:14:22:32:35 chr3 10858131 . C T 141.8 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0184836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.84;QD=8.10264;RBI=0.035077;REFB=-0.00608155;REVB=-0.0298119;RO=49;SAF=11;SAR=9;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126135;STB=0.565726;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0158689;OID=.;OPOS=10858131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:49:50:20:20:0.285714:9:11:32:17:9:11:32:18 chr3 10885920 . T C 681.54 PASS AF=0.474359;AO=72;DP=156;FAO=74;FDP=156;FR=.;FRO=82;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.0210306;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.681;QD=17.4753;RBI=0.0250765;REFB=-0.0146892;REVB=-0.0136582;RO=80;SAF=37;SAR=35;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463308;STB=0.512141;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0113598;OID=.;OPOS=10885920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:80:82:72:74:0.474359:35:37:45:35:36:38:44:38 chr3 10967712 . G A 303.95 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0251759;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.079;QD=25.3291;RBI=0.0251764;REFB=-0.0038478;REVB=0.000150256;RO=21;SAF=10;SAR=17;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732228;STB=0.540511;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0029279;OID=.;OPOS=10967712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:21:21:27:27:0.5625:17:10:6:15:17:10:6:15 chr3 11079070 . C T 844.09 PASS AF=0.5;AO=85;DP=172;FAO=86;FDP=172;FR=.;FRO=86;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=65;FSRR=21;FWDB=0.0169301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.736;QD=19.6301;RBI=0.0245459;REFB=-0.0245866;REVB=0.0177727;RO=86;SAF=50;SAR=35;SRF=65;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163944;STB=0.587026;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0206445;OID=.;OPOS=11079070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:86:86:85:86:0.5:35:50:65:21:35:51:65:21 chr3 11302884 . G A 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00349549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.649;QD=6.78769;RBI=0.0258243;REFB=-0.0176342;REVB=-0.0255866;RO=23;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166673;STB=0.510611;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0488354;OID=.;OPOS=11302884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:6:2:6:17:6:2:6:17 chr3 11302933 . A G 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.391;QD=62.3446;RBI=0.0780986;REFB=0;REVB=0.0764505;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266688;OID=.;OPOS=11302933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr3 11303874 . T C 1695.2 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00449879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.692;QD=60.5428;RBI=0.00454376;REFB=0;REVB=-0.000637728;RO=0;SAF=51;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60455e-06;OID=.;OPOS=11303874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:60:51:0:0:60:52:0:0 chr3 11596348 . C T 333.51 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=77;FAO=35;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.0400535;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.914;QD=17.7871;RBI=0.0458264;REFB=-0.00210084;REVB=-0.0222662;RO=39;SAF=19;SAR=9;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471992;STB=0.516889;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00272893;OID=.;OPOS=11596348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:39:39:28:35:0.466667:9:19:28:11:9:26:28:11 chr3 11600142 . G A 227.52 PASS AF=0.266129;AO=33;DP=124;FAO=33;FDP=124;FR=.;FRO=91;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=-0.00626389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.609;QD=7.33945;RBI=0.0232999;REFB=-0.00820259;REVB=0.0224421;RO=88;SAF=19;SAR=14;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161064;STB=0.606906;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0208116;OID=.;OPOS=11600142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:88:91:33:33:0.266129:14:19:39:49:14:19:39:52 chr3 11606426 . C T 82.77 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0511535;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.724;QD=8.48895;RBI=0.0580303;REFB=-0.00291535;REVB=-0.0274014;RO=28;SAF=9;SAR=2;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.529981;STB=0.825106;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0153947;OID=.;OPOS=11606426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:40:39:28:28:11:11:0.282051:2:9:10:18:2:9:10:18 chr3 11606490 . G A 53.85 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00354299;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.38;QD=7.18044;RBI=0.00966581;REFB=-0.00450878;REVB=0.00899306;RO=20;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.486163;STB=0.773533;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00916274;OID=.;OPOS=11606490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:30:30:20:22:8:8:0.266667:2:6:6:14:2:6:8:14 chr3 11643465 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.44167e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.73;QD=57.5451;RBI=0.0200208;REFB=0;REVB=0.0200208;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43221e-05;OID=.;OPOS=11643465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr3 11848923 . CCACT C 167.56 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=0.00865554;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=293.159;QD=15.9584;RBI=0.0267078;REFB=-0.0207587;REVB=-0.0252664;RO=18;SAF=9;SAR=13;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0.302174;SSSB=0.318811;STB=0.684194;STBP=0.038;TYPE=del;VARB=0.0233972;OID=.;OPOS=11848924;OREF=CACT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.547619:22:42:23:42:19:10:13:1:18:99:18:9:13:1:17 chr3 11880760 . T C 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0154304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.753;QD=14.6975;RBI=0.0157716;REFB=-0.00166039;REVB=0.00326279;RO=30;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109992;STB=0.563318;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00236342;OID=.;OPOS=11880760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:14:7:13:17:14:7:13:17 chr3 11994493 . C T 230.89 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0302438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.354;QD=38.4823;RBI=0.0409941;REFB=-0.0365938;REVB=0.0276737;RO=4;SAF=15;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181957;STB=0.599893;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00213661;OID=.;OPOS=11994493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:24:4:4:20:20:0.833333:5:15:1:3:5:15:1:3 chr3 12046076 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6953;QD=33.4276;RBI=0.0375871;REFB=0;REVB=0.0375871;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175595;OID=.;OPOS=12046076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr3 12229015 . A G 377.19 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=0.0576744;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9707;QD=23.5742;RBI=0.0589265;REFB=-0.02143;REVB=-0.012083;RO=27;SAF=7;SAR=30;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533408;STB=0.529229;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00694755;OID=.;OPOS=12229015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:64:27:27:37:37:0.578125:30:7:4:23:30:7:4:23 chr3 12232074 . A G 1459.72 PASS AF=0.989362;AO=94;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0134627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.61;QD=62.1159;RBI=0.0134678;REFB=-0.122123;REVB=0.000371557;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000195732;OID=.;OPOS=12232074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:94:94:0:1:94:93:0.989362:49:45:0:0:49:44:1:0 chr3 12552628 . A C 411.18 PASS AF=0.532468;AO=38;DP=74;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.017779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.61;QD=21.3601;RBI=0.0200498;REFB=-0.0173524;REVB=-0.00926827;RO=35;SAF=20;SAR=18;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642093;STB=0.523921;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0133326;OID=.;OPOS=12552628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:35:36:38:41:0.532468:18:20:21:14:18:23:22:14 chr3 12581765 . C T 354.92 PASS AF=0.396226;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.000264589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.616;QD=13.3931;RBI=0.0192483;REFB=-0.0139876;REVB=0.0192465;RO=64;SAF=27;SAR=15;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382902;STB=0.521729;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0236792;OID=.;OPOS=12581765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:64:64:42:42:0.396226:15:27:39:25:15:27:39:25 chr3 12613866 . T C 304.29 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0323672;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.801;QD=19.6316;RBI=0.0391556;REFB=0.00549314;REVB=-0.0220346;RO=30;SAF=17;SAR=15;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171112;STB=0.594942;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00580952;OID=.;OPOS=12613866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:15:17:10:20:15:17:10:20 chr3 12838293 . G C 369.14 PASS AF=0.513514;AO=37;DP=73;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0593832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.737;QD=19.9536;RBI=0.0608048;REFB=-0.0424378;REVB=0.0130716;RO=36;SAF=23;SAR=14;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701576;STB=0.546259;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.028626;OID=.;OPOS=12838293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:36:36:37:38:0.513514:14:23:25:11:15:23:25:11 chr3 12851445 . T C 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00954813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.548;QD=12.9424;RBI=0.00954934;REFB=-0.00694851;REVB=-0.000152154;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910528;STB=0.553123;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00807075;OID=.;OPOS=12851445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:6:9:17:8:6:9:17:8 chr3 12854830 . G A 275.94 PASS AF=0.330275;AO=35;DP=108;FAO=36;FDP=109;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.000682833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.309;QD=10.1264;RBI=0.0157527;REFB=-0.00802356;REVB=0.0157379;RO=73;SAF=16;SAR=19;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736705;STB=0.550992;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0142648;OID=.;OPOS=12854830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:73:73:35:36:0.330275:19:16:38:35:20:16:38:35 chr3 12858028 . T C 703.59 PASS AF=0.539683;AO=68;DP=126;FAO=68;FDP=126;FR=.;FRO=58;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.00458126;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.942;QD=22.336;RBI=0.00706551;REFB=-0.00675319;REVB=0.00537898;RO=58;SAF=44;SAR=24;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395442;STB=0.521689;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00437477;OID=.;OPOS=12858028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:58:58:68:68:0.539683:24:44:35:23:24:44:35:23 chr3 12861586 . T C 259.34 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00101991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9091;QD=14.2104;RBI=0.0394154;REFB=-0.0271825;REVB=0.0394022;RO=43;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602487;STB=0.534224;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0437771;OID=.;OPOS=12861586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:15:15:19:24:15:15:19:24 chr3 12861608 . G A 289.69 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0134386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4384;QD=13.9609;RBI=0.0277651;REFB=-0.0104518;REVB=-0.0242962;RO=50;SAF=16;SAR=17;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263421;STB=0.514987;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0192075;OID=.;OPOS=12861608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:17:16:23:27:17:16:23:27 chr3 12875443 . G A 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.122;QD=59.6784;RBI=0.0267739;REFB=0;REVB=-0.0048564;RO=0;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.81669e-05;OID=.;OPOS=12875443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:26:44:0:0:26:44:0:0 chr3 12877704 . G A 170.25 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.00307479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.384;QD=17.0246;RBI=0.0242158;REFB=-0.0259027;REVB=0.0240198;RO=22;SAF=14;SAR=4;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.575963;STB=0.825314;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0122008;OID=.;OPOS=12877704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:4:14:3:19:4:14:3:19 chr3 12977285 . C T 122.12 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0691638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6038;QD=25.7088;RBI=0.0692713;REFB=-0.0229885;REVB=-0.0038571;RO=6;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525104;STB=0.529368;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0151013;OID=.;OPOS=12977285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:3:10:5:1:3:10:5:1 chr3 12977937 . TC T 190.22 PASS AF=0.92;AO=17;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0648632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.2017;QD=30.435;RBI=0.294604;REFB=-0.041586;REVB=0.287375;RO=5;SAF=15;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759728;STB=0.526294;STBP=0.62;TYPE=del;VARB=0.0302974;OID=.;OPOS=12977938;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.92:17:25:23:25:2:18:5:2:0:7:5:15:2:4:1 chr3 13358204 . G A 769.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.739;QD=56.9929;RBI=0.125825;REFB=0;REVB=0.0954107;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116819;OID=.;OPOS=13358204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:22:31:0:0:23:31:0:0 chr3 13361287 . C T 1642.56 PASS AF=0.982609;AO=111;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0127898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.647;QD=57.1324;RBI=0.0641655;REFB=-0.0256774;REVB=0.062878;RO=2;SAF=74;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012658;STB=0.506666;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000350385;OID=.;OPOS=13361287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:115:115:2:2:111:113:0.982609:37:74:2:0:39:74:2:0 chr3 13361391 . A G 2238.8 PASS AF=0.993007;AO=140;DP=141;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.899;QD=62.6239;RBI=0.0263182;REFB=-0.110322;REVB=0.0193176;RO=1;SAF=81;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583422;STB=0.502994;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000206926;OID=.;OPOS=13361391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:143:1:1:140:142:0.993007:59:81:1:0:59:83:1:0 chr3 13364876 . G T 1388.01 PASS AF=0.978261;AO=88;DP=90;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0243992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7141;QD=60.3484;RBI=0.1532;REFB=-0.196902;REVB=0.151245;RO=2;SAF=42;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220283;STB=0.511625;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00508268;OID=.;OPOS=13364876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:90:92:2:2:88:90:0.978261:46:42:2:0:48:42:2:0 chr3 13367406 . C T 2083.14 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.702;QD=62.6509;RBI=0.033209;REFB=0;REVB=0.0283567;RO=0;SAF=75;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6841e-05;OID=.;OPOS=13367406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:58:75:0:0:58:75:0:0 chr3 13612020 . T C 175.92 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0251702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.36;QD=13.7976;RBI=0.0339634;REFB=-0.0374693;REVB=-0.022803;RO=31;SAF=12;SAR=8;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868637;STB=0.549951;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0341;OID=.;OPOS=13612020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:8:12:21:10:8:12:21:10 chr3 13612936 . A G 356.61 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.014063;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.109;QD=19.0191;RBI=0.02706;REFB=-0.0259004;REVB=-0.0231187;RO=39;SAF=19;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713605;STB=0.546737;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0218258;OID=.;OPOS=13612936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:39:38:37:37:0.493333:18:19:17:22:18:19:16:22 chr3 13655481 . C T 111.63 PASS AF=0.236111;AO=17;DP=72;FAO=17;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.0308873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.262;QD=6.20178;RBI=0.0379002;REFB=-0.0187674;REVB=-0.0219635;RO=55;SAF=11;SAR=6;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143368;STB=0.508886;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0537037;OID=.;OPOS=13655481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:55:55:17:17:0.236111:6:11:35:20:6:11:35:20 chr3 13670481 . A G 785.66 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1447;QD=64.1352;RBI=0.0395641;REFB=0;REVB=0.00363699;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583576;OID=.;OPOS=13670481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:20:28:0:0:21:28:0:0 chr3 13670536 . A G 586.7 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3153;QD=60.1747;RBI=0.148406;REFB=0;REVB=-0.0020109;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188369;OID=.;OPOS=13670536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:21:15:0:0:22:17:0:0 chr3 13670776 . T C 405.39 PASS AF=0.966667;AO=21;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00528398;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.775;QD=54.052;RBI=0.0295559;REFB=-0.0629468;REVB=0.0290798;RO=0;SAF=3;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526297;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00438948;OID=.;OPOS=13670776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:30:0:1:21:29:0.966667:18:3:0:0:20:9:1:0 chr3 13679203 . G A 565.45 PASS AF=0.607143;AO=51;DP=81;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00707455;FXX=0.0117633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.248;QD=26.926;RBI=0.0187909;REFB=-0.0140031;REVB=0.0174083;RO=30;SAF=28;SAR=23;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121479;STB=0.513394;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0103937;OID=.;OPOS=13679203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:30:33:51:51:0.607143:23:28:17:13:23:28:17:16 chr3 13679335 . C T 358.17 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0296356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.555;QD=22.3856;RBI=0.0369579;REFB=-0.046358;REVB=0.022082;RO=28;SAF=14;SAR=22;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14669;STB=0.58094;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0179527;OID=.;OPOS=13679335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:22:14:16:12:22:14:16:12 chr3 13679688 . T A 401.76 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0165851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.295;QD=14.7434;RBI=0.0174252;REFB=-0.0171959;REVB=-0.00534524;RO=63;SAF=24;SAR=22;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467704;STB=0.526304;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0275984;OID=.;OPOS=13679688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:63:46:46:0.422018:22:24:30:33:22:24:30:33 chr3 13679695 . C A 415.33 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0175766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3963;QD=15.2416;RBI=0.0307403;REFB=0.0107312;REVB=0.0252197;RO=61;SAF=24;SAR=23;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354651;STB=0.524375;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.01479;OID=.;OPOS=13679695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:62:47:47:0.431193:23:24:29:32:23:24:29:33 chr3 13679708 . C A 395.55 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0258424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7811;QD=14.0016;RBI=0.0297383;REFB=-0.0107309;REVB=0.0147151;RO=67;SAF=23;SAR=23;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705755;STB=0.539806;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0158284;OID=.;OPOS=13679708;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:67:67:46:46:0.40708:23:23:29:38:23:23:29:38 chr3 13689455 . T G 265.35 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0514011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0375;QD=17.9897;RBI=0.0868264;REFB=-0.00547043;REVB=0.0699768;RO=29;SAF=9;SAR=20;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284246;STB=0.652066;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00750308;OID=.;OPOS=13689455;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:30:29:29:0.491525:20:9:18:11:20:9:18:12 chr3 13695587 . C T 499.06 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=-0.00940834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.322;QD=16.7751;RBI=0.0118216;REFB=-0.015747;REVB=-0.00715782;RO=65;SAF=23;SAR=31;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891073;STB=0.549546;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0184877;OID=.;OPOS=13695587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:65:65:54:54:0.453782:31:23:22:43:31:23:22:43 chr3 13833895 . G T 142.87 PASS AF=0.19084;AO=25;DP=131;FAO=25;FDP=131;FR=.;FRO=106;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=66;FSRR=40;FWDB=0.0227338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.039;QD=4.36233;RBI=0.0560557;REFB=-0.00501573;REVB=-0.0512388;RO=106;SAF=18;SAR=7;SRF=66;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140062;STB=0.589883;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.03589;OID=.;OPOS=13833895;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:106:106:25:25:0.19084:7:18:66:40:7:18:66:40 chr3 13833957 . C T 353.98 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0788805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.42;QD=13.2328;RBI=0.0794031;REFB=-0.00146405;REVB=0.00909553;RO=63;SAF=23;SAR=19;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0084917;STB=0.503818;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00337036;OID=.;OPOS=13833957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:63:65:42:42:0.392523:19:23:35:28:19:23:36:29 chr3 13896125 . G A 429.93 PASS AF=0.349315;AO=51;DP=145;FAO=51;FDP=146;FR=.;FRO=95;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=0.0330644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.757;QD=11.7789;RBI=0.0334497;REFB=-0.00917762;REVB=0.00506277;RO=94;SAF=22;SAR=29;SRF=42;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177559;STB=0.507101;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0163397;OID=.;OPOS=13896125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:94:95:51:51:0.349315:29:22:42:52:29:22:42:53 chr3 13896140 . A G 707.81 PASS AF=0.492958;AO=70;DP=141;FAO=70;FDP=142;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0260054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.413;QD=19.9383;RBI=0.0277095;REFB=-0.0146208;REVB=-0.00956754;RO=70;SAF=27;SAR=43;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538897;STB=0.530966;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0182363;OID=.;OPOS=13896140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:70:72:70:70:0.492958:43:27:31:39:43:27:32:40 chr3 13896284 . C T 1374.66 PASS AF=0.606061;AO=119;DP=198;FAO=120;FDP=198;FR=.;FRO=78;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.00242176;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.78;QD=27.7709;RBI=0.0164333;REFB=-0.0161735;REVB=0.0162539;RO=76;SAF=51;SAR=68;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152539;STB=0.505951;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0111949;OID=.;OPOS=13896284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:76:78:119:120:0.606061:68:51:31:45:69:51:32:46 chr3 14123156 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276055;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.133;QD=56.9371;RBI=0.0276836;REFB=0;REVB=0.00207856;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72758e-05;OID=.;OPOS=14123156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr3 14175262 . T C 660.55 PASS AF=0.979167;AO=48;DP=50;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0120885;FXX=0.058812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.627;QD=55.046;RBI=0.0356496;REFB=0.0197878;REVB=0.0335374;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516122;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00108282;OID=.;OPOS=14175262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:48:0:1:48:47:0.979167:16:32:0:0:15:32:0:1 chr3 14187449 . G T 1378.99 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.357;QD=62.6815;RBI=0.0438468;REFB=0;REVB=0.0399418;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96062e-05;OID=.;OPOS=14187449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:49:37:0:0:51:37:0:0 chr3 14197987 . A T 358.44 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.21;QD=55.145;RBI=0.0189621;REFB=0;REVB=0.0159539;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2308e-05;OID=.;OPOS=14197987;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:14:11:0:0:14:12:0:0 chr3 14220023 . G C 806.4 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651304;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2041;QD=57.6002;RBI=0.015916;REFB=0;REVB=-0.0145224;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247952;OID=.;OPOS=14220023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr3 14436184 . GT G 1474.97 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.125;QD=62.7649;RBI=0.0455044;REFB=0;REVB=0.0348407;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.83178e-05;OID=.;OPOS=14436185;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:91:92:94:94:0:52:42:0:0:8:0:50:41:0:0 chr3 14485484 . C A 116.43 PASS AF=0.565217;AO=9;DP=21;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.012888;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=344.467;QD=20.2494;RBI=0.0134833;REFB=0.00706404;REVB=-0.0039621;RO=4;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17833;STB=0.642589;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.00640539;OID=.;OPOS=14485484;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:21:23:4:10:9:13:0.565217:8:1:0:4:12:1:2:8 chr3 14526667 . C CGT,T 50.42 PASS AF=0.294118,0.117647;AO=4,4;DP=33;FAO=5,2;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1,2;FSAR=4,0;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0574998,-0.14075;FXX=0.149925;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=80.2301,105.748;QD=11.864;RBI=0.057525,0.141241;REFB=-0.0476013,-0.0306436;REVB=-0.00170487,-0.0117627;RO=23;SAF=1,4;SAR=3,0;SRF=7;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0762926,0.710357;STB=0.776626,0.993382;STBP=0.145,0.322;TYPE=ins,snp;VARB=0.0952485,0.0618601;OID=.,.;OPOS=14526668,14526667;OREF=-,C;OALT=GT,T;OMAPALT=CGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:33:17:23:10:4,4:5,2:0.294118,0.117647:3,0:1,4:7:16:4,0:1,2:6:4 chr3 14547146 . C A 92.23 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0121575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.171;QD=18.4455;RBI=0.0133516;REFB=-0.0289286;REVB=0.00551917;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241378;STB=0.639731;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0215793;OID=.;OPOS=14547146;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:5:4:8:3:5:4 chr3 14551444 . A G 353.77 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.0233656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.622;QD=18.6194;RBI=0.0235579;REFB=0.00633003;REVB=0.00300405;RO=39;SAF=18;SAR=19;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212906;STB=0.618044;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00527907;OID=.;OPOS=14551444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:19:18:28:11:19:18:28:11 chr3 14552994 . A G 130.27 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0949104;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.2238;QD=16.8085;RBI=0.103432;REFB=-0.0256598;REVB=0.0411118;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165885;STB=0.611489;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00425992;OID=.;OPOS=14552994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:10:16:13:14:0.451613:5:8:4:6:5:9:7:9 chr3 14555216 . T C 307.98 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0365588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4469;QD=24.1552;RBI=0.0651364;REFB=-0.0153263;REVB=-0.0539092;RO=21;SAF=10;SAR=20;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393396;STB=0.521724;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0175177;OID=.;OPOS=14555216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:20:10:8:13:20:10:8:13 chr3 14555811 . A G 125.75 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0425232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7585;QD=10.7022;RBI=0.0477817;REFB=-0.0629505;REVB=-0.0217915;RO=30;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810639;STB=0.531208;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0632022;OID=.;OPOS=14555811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:30:32:15:15:0.319149:10:5:12:18:10:5:12:20 chr3 14561627 . A AG 573.0 PASS AF=1;AO=49;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.196805;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.1143;QD=43.2452;RBI=0.200545;REFB=0;REVB=0.0385471;RO=4;SAF=18;SAR=31;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200943;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00632418;OID=.;OPOS=14561628;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:54:53:53:0:20:33:0:0:10:4:18:31:2:2 chr3 14563258 . A G 149.81 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0181343;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7782;QD=17.1213;RBI=0.0345101;REFB=-0.0315252;REVB=-0.0293615;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266267;STB=0.664136;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.030628;OID=.;OPOS=14563258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:18:19:16:16:0.457143:6:10:6:12:6:10:6:13 chr3 14572497 . G A 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00791064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.657;QD=16.5617;RBI=0.0124386;REFB=-0.0365756;REVB=-0.00959894;RO=31;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16427;STB=0.592524;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0360244;OID=.;OPOS=14572497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:11:16:13:18:11:16:13:18 chr3 14724320 . A G 35.37 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0118851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1786;QD=2.35821;RBI=0.0978429;REFB=0.00783598;REVB=0.0971184;RO=53;SAF=1;SAR=6;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.547431;STB=0.892641;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0456208;OID=.;OPOS=14724320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:53:53:7:7:0.116667:6:1:34:19:6:1:34:19 chr3 14745857 . G A 93.38 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00857994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.89;QD=9.82978;RBI=0.108803;REFB=-0.00369136;REVB=-0.108464;RO=26;SAF=9;SAR=3;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131975;STB=0.580503;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00765173;OID=.;OPOS=14745857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:3:9:17:9:3:9:17:9 chr3 14755571 . CA CG,TG 284.16 PASS AF=0.184783,0.195652;AO=17,18;DP=92;FAO=17,18;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=5,9;FSAR=12,9;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.00053763,-0.0035313;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=132.935,201.786;QD=12.3545;RBI=0.000832763,0.0055959;REFB=0.00333949,-0.00396547;REVB=-0.000635962,-0.00434096;RO=56;SAF=5,9;SAR=12,9;SRF=33;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.35966,-0.110094;STB=0.716729,0.559934;STBP=0.059,0.592;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00469996,0.0054759;OID=.,.;OPOS=14755572,14755571;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:92:92:56:57:17,18:17,18:0.184783,0.195652:12,9:5,9:33:23:12,9:5,9:33:24 chr3 14755617 . C G 264.65 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0223056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.733;QD=13.0689;RBI=0.026112;REFB=0.0017176;REVB=0.0135756;RO=48;SAF=12;SAR=19;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270862;STB=0.641701;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00141215;OID=.;OPOS=14755617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:50:31:31:0.382716:19:12:31:17:19:12:31:19 chr3 14768534 . A G 322.58 PASS AF=0.62;AO=30;DP=51;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00527305;FXX=0.0384541;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.458;QD=25.806;RBI=0.0068115;REFB=-0.0255657;REVB=-0.0043118;RO=19;SAF=19;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189504;STB=0.607591;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0156105;OID=.;OPOS=14768534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:19:19:30:31:0.62:11:19:7:12:11:20:7:12 chr3 14798976 . G A 817.32 PASS AF=0.443299;AO=85;DP=193;FAO=86;FDP=194;FR=.;FRO=108;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=34;FSRR=74;FWDB=-0.00821275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.96;QD=16.8519;RBI=0.0123401;REFB=-0.0103315;REVB=0.00921028;RO=107;SAF=40;SAR=45;SRF=33;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165566;STB=0.591087;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0185569;OID=.;OPOS=14798976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:107:108:85:86:0.443299:45:40:33:74:45:41:34:74 chr3 14801487 . G A 342.5 PASS AF=0.38;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.00283658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.892;QD=13.6999;RBI=0.0167319;REFB=-0.0317534;REVB=-0.0164897;RO=62;SAF=20;SAR=18;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240948;STB=0.513735;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0470567;OID=.;OPOS=14801487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:62:62:38:38:0.38:18:20:34:28:18:20:34:28 chr3 14939088 . GA AT 294.52 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0253627;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=181.994;QD=15.1034;RBI=0.0266158;REFB=-0.017928;REVB=0.00807067;RO=45;SAF=23;SAR=10;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308322;STB=0.674753;STBP=0.017;TYPE=mnp;VARB=0.0149874;OID=.;OPOS=14939088;OREF=GA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:10:23:18:27:10:23:18:27 chr3 14939479 . G T 461.57 PASS AF=0.479167;AO=45;DP=94;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=0.0522717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.729;QD=19.2319;RBI=0.0527087;REFB=-0.0177342;REVB=-0.00677325;RO=49;SAF=28;SAR=17;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944082;STB=0.539666;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0183011;OID=.;OPOS=14939479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:49:50:45:46:0.479167:17:28:35:14:17:29:35:15 chr3 15084879 . ATA AAA,AA,AAT,AT 288.7 PASS AF=0,0.393443,0,0.393443;AO=14,21,6,19;DP=83;FAO=0,24,0,24;FDP=61;FR=.;FRO=13;FSAF=0,11,0,14;FSAR=0,13,0,10;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0331471,-0.0335897,-0.190358,0.0117596;FXX=0.061529;HRUN=1,1,1,6;LEN=1,1,2,1;MLLD=196.65,196.37,22.0573,6.0254;QD=18.9312;RBI=0.102501,0.101607,0.310077,0.282655;REFB=0.00294669,-0.00114318,-0.0793959,-0.209717;REVB=0.0969934,0.0958944,-0.244769,-0.28241;RO=19;SAF=14,8,5,6;SAR=0,13,1,13;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.801849,-0.169149,0.349537,-0.240949;STB=0.5,0.60793,0.5,0.568665;STBP=1,0.068,1,0.268;TYPE=snp,del,mnp,del;VARB=0.0197457,-0.00250336,0,0.269735;OID=.,.,.,.;OPOS=15084880,15084880,15084880,15084881;OREF=T,T,TA,A;OALT=A,-,AT,-;OMAPALT=AAA,AA,AAT,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.393443,0,0.393443:14,21,6,19:83:0,24,0,24:61:13:0,11,0,14:0,13,0,10:10:3:99:19:14,8,5,6:0,13,1,13:11:8 chr3 15113519 . C T 460.16 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0199229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.519;QD=18.5922;RBI=0.0214563;REFB=-0.0263772;REVB=-0.00796571;RO=53;SAF=15;SAR=31;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202765;STB=0.613387;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0200116;OID=.;OPOS=15113519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:53:46:46:0.464646:31:15:28:25:31:15:28:25 chr3 15115478 . C T 202.64 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00982857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=323.161;QD=10.1319;RBI=0.0184903;REFB=-0.0122742;REVB=-0.0156618;RO=54;SAF=14;SAR=12;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04442;STB=0.525992;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0271377;OID=.;OPOS=15115478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:54:54:26:26:0.325:12:14:27:27:12:14:27:27 chr3 15115723 . T C 433.42 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0163306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8693;QD=20.6389;RBI=0.0308781;REFB=-0.00698903;REVB=0.0262062;RO=39;SAF=24;SAR=19;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833394;STB=0.546341;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0074073;OID=.;OPOS=15115723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:41:43:43:0.511905:19:24:18:21:19:24:19:22 chr3 15115872 . A G 271.92 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0235922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2829;QD=19.4231;RBI=0.101877;REFB=-0.00168767;REVB=-0.0991078;RO=27;SAF=20;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589706;STB=0.532936;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.000684572;OID=.;OPOS=15115872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:9:20:17:10:9:20:17:10 chr3 15117125 . G A 297.56 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.00383161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.91;QD=15.4576;RBI=0.0216799;REFB=-0.044941;REVB=-0.0213386;RO=35;SAF=18;SAR=15;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241813;STB=0.552853;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0535015;OID=.;OPOS=15117125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:35:44:33:33:0.428571:15:18:20:15:15:18:28:16 chr3 15216429 . C T 1438.33 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0142868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6907;QD=61.8637;RBI=0.0303399;REFB=0.0113786;REVB=-0.0267656;RO=1;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938747;STB=0.504949;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000708994;OID=.;OPOS=15216429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:50:42:0:1:50:42:0:1 chr3 15216703 . A T 1453.39 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.997;QD=63.191;RBI=0.0256631;REFB=0;REVB=0.00576977;RO=0;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12447e-05;OID=.;OPOS=15216703;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:90:92:1:39:51:0:0:41:51:0:0 chr3 15297317 . C T 188.88 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0116773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.464;QD=11.1105;RBI=0.0375982;REFB=0.00242964;REVB=-0.0357388;RO=44;SAF=6;SAR=18;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325205;STB=0.690309;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.007862;OID=.;OPOS=15297317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:18:6:23:21:18:6:23:21 chr3 15469355 . G GA 240.19 PASS AF=0.319527;AO=52;DP=173;FAO=54;FDP=169;FR=.;FRO=115;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=0.0760939;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.5207;QD=5.68503;RBI=0.290014;REFB=0.0179089;REVB=0.279853;RO=108;SAF=31;SAR=21;SRF=56;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092134;STB=0.565346;STBP=0.231;TYPE=ins;VARB=-0.0220528;OID=.;OPOS=15469356;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.319527:52:173:54:169:115:31:23:55:60:99:108:31:21:56:52 chr3 15476011 . C G 248.37 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0795633;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.9641;QD=13.9927;RBI=0.0948822;REFB=-0.0143764;REVB=0.0516944;RO=41;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139494;STB=0.569675;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0178108;OID=.;OPOS=15476011;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:42:29:29:0.408451:16:13:13:28:16:13:14:28 chr3 15507877 . C T 407.46 PASS AF=0.312139;AO=56;DP=174;FAO=54;FDP=173;FR=.;FRO=119;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=58;FSRR=61;FWDB=-0.0115299;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1416;QD=9.42097;RBI=0.0117559;REFB=-0.0101409;REVB=-0.00229379;RO=113;SAF=35;SAR=21;SRF=53;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182779;STB=0.59944;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0314053;OID=.;OPOS=15507877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:113:119:56:54:0.312139:21:35:53:60:20:34:58:61 chr3 15509327 . C G 546.71 PASS AF=0.421429;AO=59;DP=141;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.0116656;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.514;QD=15.6202;RBI=0.0143116;REFB=-0.0120744;REVB=0.0082908;RO=81;SAF=26;SAR=33;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118333;STB=0.56633;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0160933;OID=.;OPOS=15509327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:81:81:59:59:0.421429:33:26:45:36:33:26:45:36 chr3 15512054 . G A 263.01 PASS AF=0.256944;AO=37;DP=142;FAO=37;FDP=144;FR=.;FRO=107;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=60;FSRR=47;FWDB=-0.0144743;FXX=0.0204068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.009;QD=7.30588;RBI=0.0154483;REFB=-0.00432485;REVB=-0.0053984;RO=95;SAF=15;SAR=22;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172146;STB=0.614464;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0157675;OID=.;OPOS=15512054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:95:107:37:37:0.256944:22:15:52:43:22:15:60:47 chr3 15548131 . A G 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0038516;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.471;QD=15.6194;RBI=0.00590504;REFB=-0.0103118;REVB=-0.00447601;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17303;STB=0.598827;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00884159;OID=.;OPOS=15548131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:18:7:8:10:18:7 chr3 15610070 . C T 585.56 PASS AF=0.531532;AO=59;DP=111;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0200587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.824;QD=21.1011;RBI=0.045547;REFB=-0.0131308;REVB=-0.0408923;RO=50;SAF=28;SAR=31;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458673;STB=0.515174;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00912872;OID=.;OPOS=15610070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:50:52:59:59:0.531532:31:28:21:29:31:28:23:29 chr3 15643043 . A G 772.65 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0384776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.598;QD=61.8122;RBI=0.0458818;REFB=-0.0389836;REVB=0.0249923;RO=1;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025416;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00461554;OID=.;OPOS=15643043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:18:30:0:1:19:30:0:1 chr3 15737689 . G A 130.52 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0067981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.173;QD=7.35346;RBI=0.0138323;REFB=0.00360613;REVB=-0.0120465;RO=52;SAF=11;SAR=8;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959505;STB=0.558147;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.00391132;OID=.;OPOS=15737689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:52:19:19:0.267606:8:11:26:26:8:11:26:26 chr3 15737698 . T C 129.65 PASS AF=0.279412;AO=18;DP=66;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0329566;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0761;QD=7.62658;RBI=0.0329702;REFB=-0.0428048;REVB=0.000945488;RO=48;SAF=11;SAR=7;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159345;STB=0.603663;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0577867;OID=.;OPOS=15737698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:48:49:18:19:0.279412:7:11:23:25:7:12:24:25 chr3 15753641 . A G 230.94 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0442785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1994;QD=16.4955;RBI=0.0553457;REFB=0.010645;REVB=-0.0332049;RO=28;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988874;STB=0.571375;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.0116358;OID=.;OPOS=15753641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:30:26:26:0.464286:13:13:11:17:13:13:11:19 chr3 16261420 . C T 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=0.00889833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.649;QD=14.3998;RBI=0.0126767;REFB=-0.0124895;REVB=0.00902877;RO=34;SAF=21;SAR=4;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803543;STB=0.54606;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0154349;OID=.;OPOS=16261420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:4:21:27:7:4:21:27:7 chr3 16305674 . C G 575.43 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.352;QD=60.5716;RBI=0.136213;REFB=0;REVB=0.0130677;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000938938;OID=.;OPOS=16305674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:26:11:0:0:26:12:0:0 chr3 16312564 . C T 1556.5 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.833;QD=59.8654;RBI=0.0178421;REFB=0;REVB=0.0132796;RO=0;SAF=36;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38754e-05;OID=.;OPOS=16312564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:68:36:0:0:68:36:0:0 chr3 16327855 . T G 2550.52 PASS AF=1;AO=165;DP=167;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191224;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9484;QD=61.4583;RBI=0.0369718;REFB=0;REVB=0.0316424;RO=1;SAF=82;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569915;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196606;OID=.;OPOS=16327855;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:166:1:0:165:166:1:83:82:0:1:84:82:0:0 chr3 16646745 . C G 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0676634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0863;QD=58.5841;RBI=0.0694684;REFB=0;REVB=-0.0157328;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00127639;OID=.;OPOS=16646745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr3 17741409 . C G 1537.11 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033872;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1805;QD=59.6936;RBI=0.0380133;REFB=0;REVB=0.017254;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189969;OID=.;OPOS=17741409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:101:103:1:55:46:0:0:56:47:0:0 chr3 18055231 . A C 1141.89 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224029;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.654;QD=60.9006;RBI=0.0284196;REFB=0;REVB=0.0174867;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33632e-05;OID=.;OPOS=18055231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:75:75:1:42:33:0:0:42:33:0:0 chr3 18391132 . C CCTG 34.25 PASS AF=0.272727;AO=5;DP=32;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0119832;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=3;MLLD=171.3;QD=6.2268;RBI=0.0548855;REFB=-0.0470064;REVB=-0.0535614;RO=26;SAF=4;SAR=1;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329908;STB=0.624574;STBP=0.521;TYPE=ins;VARB=0.147451;OID=.;OPOS=18391133;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=CCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:5:32:6:22:16:4:2:8:8:34:26:4:1:14:12 chr3 18427924 . G T 2435.13 PASS AF=0.937853;AO=166;DP=177;FAO=166;FDP=177;FR=.;FRO=11;FSAF=98;FSAR=68;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0049631;FXX=0.00561766;HRUN=6;LEN=1;MLLD=223.44;QD=55.0312;RBI=0.00908466;REFB=-0.0492058;REVB=0.00760912;RO=10;SAF=98;SAR=68;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321826;STB=0.520255;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.000384424;OID=.;OPOS=18427924;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:177:177:10:11:166:166:0.937853:68:98:3:7:68:98:3:8 chr3 19930130 . A T 391.89 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00172819;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.19;QD=16.5007;RBI=0.0177837;REFB=-0.0124965;REVB=-0.0176996;RO=54;SAF=18;SAR=23;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325951;STB=0.518316;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0216722;OID=.;OPOS=19930130;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:54:41:41:0.431579:23:18:22:32:23:18:22:32 chr3 19959756 . G A 475.34 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=115;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.00260333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.932;QD=16.5337;RBI=0.00869194;REFB=-0.000189604;REVB=-0.00829292;RO=62;SAF=32;SAR=20;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176759;STB=0.602921;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=9.7554e-05;OID=.;OPOS=19959756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:62:63:52:52:0.452174:20:32:27:35:20:32:27:36 chr3 19961330 . C T 841.52 PASS AF=0.592308;AO=77;DP=130;FAO=77;FDP=130;FR=.;FRO=53;FSAF=52;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00286147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.495;QD=25.8931;RBI=0.0149402;REFB=-0.0139467;REVB=0.0146636;RO=52;SAF=52;SAR=25;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956621;STB=0.549041;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0123385;OID=.;OPOS=19961330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:52:53:77:77:0.592308:25:52:29:23:25:52:30:23 chr3 19962044 . G A 364.19 PASS AF=0.376068;AO=44;DP=117;FAO=44;FDP=117;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=52;FSRR=21;FWDB=0.0269502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7021;QD=12.451;RBI=0.0275654;REFB=0.0106986;REVB=-0.00579105;RO=71;SAF=20;SAR=24;SRF=50;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267955;STB=0.657468;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0183197;OID=.;OPOS=19962044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:71:73:44:44:0.376068:24:20:50:21:24:20:52:21 chr3 19975215 . C A 550.19 PASS AF=0.60241;AO=50;DP=84;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00161538;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.66;QD=26.515;RBI=0.00654134;REFB=-0.0373423;REVB=0.00633875;RO=33;SAF=30;SAR=20;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129497;STB=0.570703;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.01772;OID=.;OPOS=19975215;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:33:33:50:50:0.60241:20:30:14:19:20:30:14:19 chr3 19992432 . G T 1325.14 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0218902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=364.882;QD=60.9258;RBI=0.0257756;REFB=-0.110395;REVB=0.0136088;RO=1;SAF=45;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104125;STB=0.505493;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=7.13829e-05;OID=.;OPOS=19992432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:1:1:86:86:0.988506:41:45:1:0:41:45:1:0 chr3 20042834 . C T 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7453;QD=58.5984;RBI=0.0663032;REFB=0;REVB=-0.0603736;RO=0;SAF=43;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000336367;OID=.;OPOS=20042834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:21:43:0:0:21:43:0:0 chr3 20053581 . C T 1203.71 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0350079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4307;QD=59.4423;RBI=0.0440753;REFB=0.0800588;REVB=-0.0267785;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00165058;OID=.;OPOS=20053581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:79:80:0.987654:38:41:0:0:39:41:0:1 chr3 20113830 . G A 1461.18 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0138955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2093;QD=57.3013;RBI=0.0621544;REFB=-0.0114037;REVB=0.0605813;RO=2;SAF=56;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166395;STB=0.50877;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000542964;OID=.;OPOS=20113830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:2:2:100:100:0.980392:44:56:2:0:44:56:2:0 chr3 20141356 . C T 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00031627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.913;QD=16.5778;RBI=0.00588437;REFB=-0.00158803;REVB=0.00587586;RO=38;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152932;STB=0.585662;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00186915;OID=.;OPOS=20141356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:16:16:13:25:16:16:13:25 chr3 20216519 . T A 177.09 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0626646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.398;QD=10.4168;RBI=0.0627841;REFB=0.00268091;REVB=0.00387064;RO=44;SAF=13;SAR=10;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482463;STB=0.521327;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.0074898;OID=.;OPOS=20216519;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:45:23:23:0.338235:10:13:23:21:10:13:24:21 chr3 20234299 . G A 216.69 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0152248;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=274.325;QD=13.3346;RBI=0.0178274;REFB=0.00617462;REVB=0.00927483;RO=37;SAF=10;SAR=16;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162119;STB=0.578252;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.00644868;OID=.;OPOS=20234299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:39:26:26:0.4:16:10:20:17:16:10:20:19 chr3 21462754 . A G 1457.45 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0347638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.619;QD=62.0193;RBI=0.0417892;REFB=0.0305435;REVB=0.0231908;RO=1;SAF=53;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886206;STB=0.504672;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.000146996;OID=.;OPOS=21462754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:40:53:1:0:40:53:1:0 chr3 21462787 . G A 1754.83 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0245714;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.117;QD=59.9942;RBI=0.0466488;REFB=-0.0289778;REVB=0.039653;RO=1;SAF=61;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855652;STB=0.504504;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000649151;OID=.;OPOS=21462787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:117:1:1:116:116:0.991453:55:61:0:1:55:61:0:1 chr3 21552366 . G T 537.75 PASS AF=0.303419;AO=71;DP=234;FAO=71;FDP=234;FR=.;FRO=163;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=68;FSRR=95;FWDB=-0.017121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.169;QD=9.19238;RBI=0.024843;REFB=-0.0140591;REVB=-0.0180013;RO=163;SAF=35;SAR=36;SRF=68;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912191;STB=0.552861;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0293928;OID=.;OPOS=21552366;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:163:163:71:71:0.303419:36:35:68:95:36:35:68:95 chr3 23312442 . C G 221.76 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0109622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7889;QD=18.4797;RBI=0.037342;REFB=0.00443855;REVB=-0.0356967;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180014;STB=0.586389;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00573041;OID=.;OPOS=23312442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:26:21:22:0.458333:12:9:16:10:12:10:16:10 chr3 24006477 . T A 768.33 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7377;QD=56.9133;RBI=0.0410161;REFB=0;REVB=-0.0242836;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105119;OID=.;OPOS=24006477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr3 24164500 . GTTTTGG GTTT,GTTTG,GTTTGG 203.99 PASS AF=0,0,0.445161;AO=19,29,24;DP=168;FAO=0,0,69;FDP=155;FR=.;FRO=86;FSAF=0,0,51;FSAR=0,0,18;FSRF=71;FSRR=15;FWDB=-0.0254749,-0.221998,-0.10071;FXX=0.0662611;HRUN=4,4,4;LEN=3,2,1;MLLD=214.186,21.3811,10.4503;QD=5.26426;RBI=0.0453031,0.340118,0.117457;REFB=0.00673163,-6.73428e-05,-0.137956;REVB=-0.037462,-0.257677,-0.0604454;RO=72;SAF=13,22,23;SAR=6,7,1;SRF=59;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.223504,-0.107598,0.45475;STB=0.5,0.5,0.566108;STBP=1,1,0.231;TYPE=del,del,del;VARB=0,0,0.167086;OID=.,.,.;OPOS=24164504,24164504,24164501;OREF=TGG,TG,T;OALT=-,-,-;OMAPALT=GTTT,GTTTG,GTTTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.445161:19,29,24:168:0,0,69:155:86:0,0,51:0,0,18:71:15:99:72:13,22,23:6,7,1:59:13 chr3 24185031 . G A 202.29 PASS AF=0.272727;AO=26;DP=98;FAO=27;FDP=99;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=23;FWDB=0.000428057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.225;QD=8.17339;RBI=0.00936456;REFB=-0.00130114;REVB=0.00935477;RO=72;SAF=18;SAR=8;SRF=49;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167019;STB=0.511442;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00390447;OID=.;OPOS=24185031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:72:72:26:27:0.272727:8:18:49:23:9:18:49:23 chr3 25393837 . T C 238.94 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0199754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.121;QD=20.7771;RBI=0.0209199;REFB=-0.0602734;REVB=0.00621517;RO=23;SAF=5;SAR=18;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313926;STB=0.678322;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0292616;OID=.;OPOS=25393837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:18:5:12:11:18:5:12:11 chr3 25393860 . A G 234.98 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0074571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.768;QD=15.4085;RBI=0.0202612;REFB=-0.00895481;REVB=0.018839;RO=34;SAF=5;SAR=22;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317087;STB=0.682019;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0107918;OID=.;OPOS=25393860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:22:5:15:19:22:5:15:19 chr3 25648812 . T G 165.67 PASS AF=0.234234;AO=24;DP=109;FAO=26;FDP=111;FR=.;FRO=85;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.0570555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0408;QD=5.97021;RBI=0.0571132;REFB=-0.0196766;REVB=0.00256756;RO=84;SAF=15;SAR=9;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115004;STB=0.527776;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0696118;OID=.;OPOS=25648812;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:84:85:24:26:0.234234:9:15:45:39:11:15:46:39 chr3 25679738 . T C 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.000370574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.385;QD=15.9155;RBI=0.0149429;REFB=-0.00695;REVB=-0.0149383;RO=34;SAF=17;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485573;STB=0.527427;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0129206;OID=.;OPOS=25679738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:11:17:19:15:11:17:19:15 chr3 25770777 . A AT 105.13 PASS AF=0.421875;AO=25;DP=72;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0973127;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.691;QD=6.57089;RBI=0.165706;REFB=-0.058835;REVB=0.134122;RO=46;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124586;STB=0.533956;STBP=0.666;TYPE=ins;VARB=0.0638822;OID=.;OPOS=25770778;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421875:25:72:27:64:37:11:16:13:24:99:46:12:13:17:29 chr3 27233707 . C T 138.26 PASS AF=0.266667;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.021789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.866;QD=7.37394;RBI=0.0240207;REFB=-0.00654866;REVB=0.010111;RO=55;SAF=7;SAR=13;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306548;STB=0.5185;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0135058;OID=.;OPOS=27233707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:55:55:20:20:0.266667:13:7:18:37:13:7:18:37 chr3 27414259 . CA C,CC 106.37 PASS AF=0.362637,0.010989;AO=25,5;DP=91;FAO=33,1;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=16,0;FSAR=17,1;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.100232,0.0126012;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.57693,22.5788;QD=4.67558;RBI=0.146891,0.0439707;REFB=-0.0342025,-0.0222904;REVB=-0.10738,-0.0421264;RO=47;SAF=13,2;SAR=12,3;SRF=26;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0373986,-0.168436;STB=0.526229,0.990519;STBP=0.711,0.274;TYPE=del,snp;VARB=-0.0354248,0.10143;OID=.,.;OPOS=27414260,27414260;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.362637,0.010989:25,5:91:33,1:91:57:16,0:17,1:30:27:99:47:13,2:12,3:26:21 chr3 27424718 . A G 1822.51 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7786;QD=61.2609;RBI=0.0512145;REFB=0;REVB=0.0206274;RO=0;SAF=55;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07878e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257356;OID=.;OPOS=27424718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:117:119:1:62:55:0:0:64:55:0:0 chr3 28520417 . T A 3170.28 PASS AF=1;AO=197;DP=198;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.929;QD=64.0461;RBI=0.0270681;REFB=0;REVB=-0.00391299;RO=0;SAF=90;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.85084e-05;OID=.;OPOS=28520417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:198:0:0:197:198:1:107:90:0:0:108:90:0:0 chr3 28533658 . G A 99.02 PASS AF=0.461538;AO=10;DP=24;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00620983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.227;QD=15.2337;RBI=0.050679;REFB=-0.00696373;REVB=0.0502971;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239425;STB=0.631355;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00968097;OID=.;OPOS=28533658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:26:13:14:10:12:0.461538:7:3:7:6:8:4:8:6 chr3 29628639 . C T 682.74 PASS AF=0.49635;AO=68;DP=137;FAO=68;FDP=137;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0237458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7145;QD=19.9339;RBI=0.0259827;REFB=0.0220697;REVB=0.0105469;RO=68;SAF=34;SAR=34;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133341;STB=0.510946;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.0283292;OID=.;OPOS=29628639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:68:69:68:68:0.49635:34:34:33:35:34:34:33:36 chr3 29804487 . A T 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0104428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.175;QD=12.3948;RBI=0.0136783;REFB=-0.00674108;REVB=-0.00883429;RO=24;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131709;STB=0.57682;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0102809;OID=.;OPOS=29804487;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:5:9:18:6:5:9:18:6 chr3 29977673 . G T 94.45 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.017145;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.651;QD=5.63869;RBI=0.0528738;REFB=-0.00924561;REVB=-0.0500169;RO=52;SAF=11;SAR=4;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419585;STB=0.761203;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0237279;OID=.;OPOS=29977673;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:68:67:52:52:15:15:0.223881:4:11:20:32:4:11:20:32 chr3 30827904 . A G 53.99 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0121572;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.6;QD=8.30688;RBI=0.02245;REFB=-0.00427468;REVB=0.0188734;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163863;STB=0.510178;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00764302;OID=.;OPOS=30827904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:11:7:3:5:11:7 chr3 31705649 . C T 584.52 PASS AF=0.430556;AO=62;DP=144;FAO=62;FDP=144;FR=.;FRO=82;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.00456592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.315;QD=16.2368;RBI=0.0237392;REFB=-0.00484237;REVB=0.023296;RO=81;SAF=34;SAR=28;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803541;STB=0.541485;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00717595;OID=.;OPOS=31705649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:81:82:62:62:0.430556:28:34:38:43:28:34:39:43 chr3 31712393 . CG AT,TG 1630.32 PASS AF=0.0363636,0.963636;AO=4,100;DP=104;FAO=4,106;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=0,51;FSAR=4,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170906,0.0141133;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=90.7708,130.291;QD=59.2845;RBI=0.0189475,0.0182291;REFB=0,0;REVB=-0.00818041,0.0115376;RO=0;SAF=0,51;SAR=4,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.18771e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00821038,0.0020782;OID=.,.;OPOS=31712393,31712393;OREF=CG,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:104:110:0:0:4,100:4,106:0.0363636,0.963636:4,49:0,51:0:0:4,55:0,51:0:0 chr3 31725316 . G A 1112.2 PASS AF=0.527638;AO=105;DP=199;FAO=105;FDP=199;FR=.;FRO=94;FSAF=36;FSAR=69;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=-0.0159215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8714;QD=22.3558;RBI=0.0223487;REFB=-0.0325273;REVB=0.0156833;RO=94;SAF=36;SAR=69;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161121;STB=0.588307;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0170221;OID=.;OPOS=31725316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:94:94:105:105:0.527638:69:36:49:45:69:36:49:45 chr3 31725478 . G A 833.76 PASS AF=0.441748;AO=91;DP=206;FAO=91;FDP=206;FR=.;FRO=115;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=56;FSRR=59;FWDB=-0.00891964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.578;QD=16.1894;RBI=0.00893821;REFB=-0.00653043;REVB=0.000575787;RO=114;SAF=48;SAR=43;SRF=56;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362974;STB=0.522625;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00734959;OID=.;OPOS=31725478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:114:115:91:91:0.441748:43:48:56:58:43:48:56:59 chr3 31789582 . T C 1017.99 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0780551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1462;QD=56.5551;RBI=0.0780616;REFB=0.00676416;REVB=-0.00101152;RO=2;SAF=26;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349819;STB=0.518513;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00095711;OID=.;OPOS=31789582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:44:26:2:0:44:26:2:0 chr3 31839242 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00755952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.751;QD=61.684;RBI=0.0268339;REFB=0;REVB=0.025747;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76724e-05;OID=.;OPOS=31839242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr3 32031024 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00394193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.884;QD=64.1532;RBI=0.00876225;REFB=0;REVB=-0.00782548;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.03516e-05;OID=.;OPOS=32031024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr3 32031135 . A G 793.37 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.173;QD=56.6692;RBI=0.0419484;REFB=0;REVB=0.0372626;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125586;OID=.;OPOS=32031135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:26:29:0:0:27:29:0:0 chr3 32031615 . A C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114825;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.988;QD=54.5177;RBI=0.0211821;REFB=0;REVB=0.0177998;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.40869e-05;OID=.;OPOS=32031615;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr3 32031622 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.677;QD=55.0987;RBI=0.0253151;REFB=0;REVB=0.0233367;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39184e-05;OID=.;OPOS=32031622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr3 32031643 . A G 416.24 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.475;QD=55.4983;RBI=0.0849958;REFB=0;REVB=0.0519119;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268657;OID=.;OPOS=32031643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:11:18:0:0:12:18:0:0 chr3 32031852 . G A 289.54 PASS AF=0.369565;AO=33;DP=91;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0236012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.558;QD=12.5888;RBI=0.0314959;REFB=-0.0147276;REVB=-0.0208561;RO=58;SAF=16;SAR=17;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168014;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0241739;OID=.;OPOS=32031852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:58:58:33:34:0.369565:17:16:29:29:17:17:29:29 chr3 32031962 . A G 463.97 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0550194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.852;QD=53.0251;RBI=0.0555349;REFB=-0.0311412;REVB=-0.00754958;RO=2;SAF=14;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00695581;STB=0.504422;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00427468;OID=.;OPOS=32031962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:34:35:2:2:32:33:0.942857:18:14:1:1:19:14:1:1 chr3 32032397 . G T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00134703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.538;QD=52.6131;RBI=0.0529044;REFB=0;REVB=-0.0528873;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253272;OID=.;OPOS=32032397;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr3 32032743 . T G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000764194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.586;QD=57.3858;RBI=0.00226531;REFB=0;REVB=-0.00213252;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.9856e-06;OID=.;OPOS=32032743;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr3 32188181 . C T 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.0221852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.574;QD=9.1488;RBI=0.0221883;REFB=-0.000489074;REVB=0.000370949;RO=40;SAF=5;SAR=13;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488819;STB=0.78619;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00100209;OID=.;OPOS=32188181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:13:5:29:11:13:5:29:11 chr3 32208621 . T C 325.79 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0196336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.973;QD=24.5876;RBI=0.0239526;REFB=-0.0153263;REVB=0.0137204;RO=21;SAF=18;SAR=14;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164049;STB=0.590108;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0177162;OID=.;OPOS=32208621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:14:18:7:14:14:18:7:14 chr3 32209927 . A G 525.67 PASS AF=0.466667;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0141255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.284;QD=17.5222;RBI=0.01543;REFB=-0.0117898;REVB=0.00620929;RO=64;SAF=26;SAR=30;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642378;STB=0.535702;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.012011;OID=.;OPOS=32209927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:64:64:56:56:0.466667:30:26:34:30:30:26:34:30 chr3 32214179 . A T 504.12 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=-0.0021037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1923;QD=17.6886;RBI=0.0102024;REFB=-0.0110037;REVB=-0.00998316;RO=60;SAF=27;SAR=27;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174347;STB=0.596457;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0202323;OID=.;OPOS=32214179;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:60:54:54:0.473684:27:27:41:19:27:27:41:19 chr3 32214212 . A C 503.9 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.00226955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.512;QD=17.527;RBI=0.011504;REFB=-0.00879167;REVB=0.0112779;RO=61;SAF=26;SAR=28;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150227;STB=0.583303;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0160535;OID=.;OPOS=32214212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:61:54:54:0.469565:28:26:39:22:28:26:39:22 chr3 32483474 . G A 337.7 PASS AF=0.411111;AO=23;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0241498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6705;QD=15.009;RBI=0.0251995;REFB=-0.0265235;REVB=-0.00719744;RO=52;SAF=6;SAR=17;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413226;STB=0.564501;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0525416;OID=.;OPOS=32483474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:53:23:37:0.411111:17:6:32:20:18:19:33:20 chr3 32524707 . T C 413.83 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0164148;FXX=0.00961446;HRUN=7;LEN=1;MLLD=148.322;QD=16.0712;RBI=0.0195222;REFB=-0.0214374;REVB=-0.0105674;RO=47;SAF=25;SAR=21;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18353;STB=0.567436;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0248704;OID=.;OPOS=32524707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:103:47:57:46:46:0.446602:21:25:16:31:21:25:24:33 chr3 32737240 . G A 101.72 PASS AF=0.142857;AO=21;DP=146;FAO=21;FDP=147;FR=.;FRO=126;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=75;FWDB=-0.0088376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.424;QD=2.76777;RBI=0.0173726;REFB=-0.00191576;REVB=0.0149567;RO=124;SAF=9;SAR=12;SRF=49;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436192;STB=0.520938;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00814209;OID=.;OPOS=32737240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:124:126:21:21:0.142857:12:9:49:75:12:9:51:75 chr3 32815230 . CA C,CT 572.56 PASS AF=0.102564,0.897436;AO=5,32;DP=39;FAO=4,35;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=4,9;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000618904,0.00776974;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=227.76,239.444;QD=58.7244;RBI=0.0418435,0.0399148;REFB=0,0;REVB=0.0418389,0.0391513;RO=0;SAF=4,8;SAR=1,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0514209,0.000240676;OID=.,.;OPOS=32815231,32815231;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.102564,0.897436:5,32:39:4,35:39:0:4,9:0,26:0:0:14:0:4,8:1,24:0:0 chr3 32927509 . G T 953.23 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0594906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.837;QD=54.47;RBI=0.083475;REFB=-0.0750993;REVB=0.0585572;RO=3;SAF=36;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165717;STB=0.508777;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00118295;OID=.;OPOS=32927509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:3:3:67:67:0.957143:31:36:1:2:31:36:1:2 chr3 32996423 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9865;QD=57.1767;RBI=0.0449472;REFB=0;REVB=0.00537428;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000481832;OID=.;OPOS=32996423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr3 32996640 . A T 80.42 PASS AF=0.146789;AO=16;DP=108;FAO=16;FDP=109;FR=.;FRO=93;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=0.0170091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8258;QD=2.95121;RBI=0.0214796;REFB=0.000217129;REVB=-0.0131173;RO=92;SAF=12;SAR=4;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275812;STB=0.686321;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.000654387;OID=.;OPOS=32996640;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:108:109:92:93:16:16:0.146789:4:12:50:42:4:12:51:42 chr3 33038747 . C G 990.55 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0871132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0038;QD=59.1375;RBI=0.087125;REFB=0;REVB=-0.00143123;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000625787;OID=.;OPOS=33038747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:37:29:0:0:38:29:0:0 chr3 33055721 . A G 1578.8 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=109;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00567186;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.728;QD=59.0207;RBI=0.0330689;REFB=-0.107043;REVB=0.0325789;RO=1;SAF=50;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939754;STB=0.50495;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000481258;OID=.;OPOS=33055721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:107:1:1:106:106:0.990654:56:50:1:0:56:50:1:0 chr3 33138544 . A G 1286.78 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0522286;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.352;QD=62.0136;RBI=0.0612377;REFB=0;REVB=0.0319723;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.6168e-05;OID=.;OPOS=33138544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:42:41:0:0:42:41:0:0 chr3 33138549 . G A 1301.92 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.296;QD=61.9962;RBI=0.0287794;REFB=0;REVB=-0.0230256;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53063e-05;OID=.;OPOS=33138549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr3 33174051 . C T 104.0 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0229603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.964;QD=7.29793;RBI=0.0465505;REFB=-0.0076629;REVB=-0.0404942;RO=42;SAF=5;SAR=10;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625035;STB=0.538409;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.018935;OID=.;OPOS=33174051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:42:42:15:15:0.263158:10:5:16:26:10:5:16:26 chr3 33174156 . T G 244.84 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00174494;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.967;QD=17.4884;RBI=0.0211207;REFB=0.022367;REVB=0.0210485;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646628;STB=0.536301;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.0096549;OID=.;OPOS=33174156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:14:13:16:13:14:13:16:13 chr3 33174168 . G A 266.17 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00424928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.093;QD=21.2932;RBI=0.0168044;REFB=-0.0110613;REVB=0.0162583;RO=25;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167601;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00891454;OID=.;OPOS=33174168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:25:24:25:0.5:11:13:14:11:11:14:14:11 chr3 33194990 . C A 467.14 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0339409;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=80.9524;QD=22.7871;RBI=0.0342591;REFB=-0.0196451;REVB=-0.00465835;RO=36;SAF=29;SAR=16;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447849;STB=0.515506;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0146224;OID=.;OPOS=33194990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:37:45:45:0.54878:16:29:25:11:16:29:25:12 chr3 33195284 . G A 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00529495;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.4594;QD=14.8337;RBI=0.0108475;REFB=0.00818749;REVB=-0.00946745;RO=30;SAF=15;SAR=7;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549419;STB=0.531467;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.0227405;OID=.;OPOS=33195284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:7:15:19:11:7:15:19:11 chr3 33195309 . A G 177.16 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0916835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7206;QD=14.7636;RBI=0.0948492;REFB=-0.0168319;REVB=-0.0243004;RO=29;SAF=12;SAR=7;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107954;STB=0.561981;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0163699;OID=.;OPOS=33195309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:7:12:21:8:7:12:21:8 chr3 33255592 . A G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.936;QD=56.7049;RBI=0.0184768;REFB=0;REVB=0.00408213;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64729e-05;OID=.;OPOS=33255592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr3 33434831 . G A 789.03 PASS AF=0.531915;AO=74;DP=140;FAO=75;FDP=141;FR=.;FRO=66;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.000362273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.295;QD=22.3838;RBI=0.00443007;REFB=-0.0169686;REVB=-0.00441524;RO=66;SAF=39;SAR=35;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622531;STB=0.530604;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0136371;OID=.;OPOS=33434831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:66:66:74:75:0.531915:35:39:30:36:36:39:30:36 chr3 33458266 . T C 211.08 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0197537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.348;QD=12.0619;RBI=0.0198381;REFB=-0.0065946;REVB=0.00182809;RO=44;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181629;STB=0.604496;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0252183;OID=.;OPOS=33458266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:11:15:18:26:11:15:18:26 chr3 33533554 . C T 329.64 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00653906;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.395;QD=21.6157;RBI=0.0407868;REFB=-0.00471293;REVB=0.0402592;RO=26;SAF=25;SAR=9;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00455153;STB=0.501159;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00571348;OID=.;OPOS=33533554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:26:27:34:34:0.557377:9:25:19:7:10:24:19:8 chr3 33539893 . A G 237.72 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0135086;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.991;QD=19.4055;RBI=0.0168332;REFB=-0.019026;REVB=-0.0100436;RO=26;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00172967;STB=0.500978;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0231093;OID=.;OPOS=33539893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:26:23:23:0.469388:15:8:9:17:15:8:9:17 chr3 33557634 . T C 303.05 PASS AF=0.380435;AO=32;DP=90;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.00947259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.696;QD=13.1761;RBI=0.0122644;REFB=-0.00966643;REVB=0.00779003;RO=57;SAF=15;SAR=17;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250486;STB=0.521185;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0187782;OID=.;OPOS=33557634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:57:57:32:35:0.380435:17:15:28:29:19:16:28:29 chr3 33879770 . G A 1069.04 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.5;QD=58.5776;RBI=0.0239164;REFB=-0.0878308;REVB=-0.0156887;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026072;OID=.;OPOS=33879770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:73:73:0:0:72:73:1:30:42:0:0:30:43:0:0 chr3 33908213 . G T 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0245329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.537;QD=16.6185;RBI=0.0261947;REFB=-0.020172;REVB=0.00918138;RO=27;SAF=3;SAR=20;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526283;STB=0.811052;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0126204;OID=.;OPOS=33908213;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:20:3:16:11:20:3:17:11 chr3 33908717 . A T 1085.95 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00391957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.67;QD=59.5043;RBI=0.0105786;REFB=0;REVB=0.00982561;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79001e-06;OID=.;OPOS=33908717;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:73:0:0:69:73:1:35:34:0:0:37:36:0:0 chr3 35725250 . C T 4296.79 PASS AF=0.989286;AO=276;DP=280;FAO=277;FDP=280;FR=.;FRO=3;FSAF=143;FSAR=134;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0211623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4856;QD=61.3827;RBI=0.0274858;REFB=-0.107744;REVB=-0.0175394;RO=4;SAF=143;SAR=133;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00730953;STB=0.501961;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00257444;OID=.;OPOS=35725250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:280:280:4:3:276:277:0.989286:133:143:1:3:134:143:1:2 chr3 35778773 . A G 195.39 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0436865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9103;QD=18.1761;RBI=0.0512148;REFB=-0.0331054;REVB=0.0267292;RO=23;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848779;STB=0.548338;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0441779;OID=.;OPOS=35778773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:13:7:10:13:13:7:10:13 chr3 35779750 . A G 410.07 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.00510956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.732;QD=15.6218;RBI=0.0126556;REFB=-0.0138937;REVB=0.0115783;RO=59;SAF=24;SAR=22;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00370021;STB=0.502074;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0166907;OID=.;OPOS=35779750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:59:46:46:0.438095:22:24:31:28:22:24:31:28 chr3 36779707 . G A 504.7 PASS AF=0.585366;AO=47;DP=80;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0244245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7679;QD=24.6196;RBI=0.0478997;REFB=-0.0180187;REVB=0.0412047;RO=33;SAF=32;SAR=15;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1119;STB=0.559296;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0151319;OID=.;OPOS=36779707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:33:34:47:48:0.585366:15:32:18:15:15:33:19:15 chr3 36873060 . G A 813.69 PASS AF=0.305322;AO=109;DP=357;FAO=109;FDP=357;FR=.;FRO=248;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=111;FSRR=137;FWDB=-0.0109845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.887;QD=9.11692;RBI=0.0120089;REFB=-0.00054604;REVB=-0.00485322;RO=248;SAF=57;SAR=52;SRF=111;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903654;STB=0.552197;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00156533;OID=.;OPOS=36873060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:357:248:248:109:109:0.305322:52:57:111:137:52:57:111:137 chr3 36897811 . CT C,CC 173.37 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=3,14;DP=17;FAO=1,14;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253171,0.00106961;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.754,207.581;QD=46.2328;RBI=0.0522069,0.0403514;REFB=0,0;REVB=0.0456575,0.0403373;RO=0;SAF=1,5;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.048359,0.00652767;OID=.,.;OPOS=36897812,36897812;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0666667,0.933333:3,14:17:1,14:15:0:1,5:0,9:0:0:4:0:1,5:2,9:0:0 chr3 36940741 . G T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00979985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.775;QD=57.8849;RBI=0.0216171;REFB=0;REVB=-0.0192681;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06244e-05;OID=.;OPOS=36940741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr3 37034029 . G A 234.41 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0049933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4153;QD=13.0227;RBI=0.0050087;REFB=-0.00996616;REVB=0.000392478;RO=43;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111026;STB=0.555516;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0166419;OID=.;OPOS=37034029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:44:28:28:0.388889:14:14:17:26:14:14:18:26 chr3 37163039 . G A 1417.88 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.326;QD=62.3246;RBI=0.0475199;REFB=0;REVB=-0.000681092;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70173e-05;OID=.;OPOS=37163039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:83:91:0:0:82:91:1:52:30:0:0:55:36:0:0 chr3 37535984 . C G 118.36 PASS AF=0.269841;AO=16;DP=62;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0071227;FXX=0.0156226;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.574;QD=7.51498;RBI=0.0896679;REFB=-0.0185356;REVB=-0.0893845;RO=30;SAF=13;SAR=3;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329398;STB=0.728205;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0309549;OID=.;OPOS=37535984;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:46:16:17:0.269841:3:13:17:13:3:14:26:20 chr3 37574951 . G A 500.69 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.023875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1791;QD=21.769;RBI=0.0394887;REFB=0.0414492;REVB=0.0314538;RO=44;SAF=18;SAR=30;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207789;STB=0.614706;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0333389;OID=.;OPOS=37574951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:30:18:27:17:30:18:27:17 chr3 38009749 . C T 270.08 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.000564064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8662;QD=12.0036;RBI=0.0286532;REFB=-0.00382362;REVB=-0.0286476;RO=58;SAF=18;SAR=14;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122113;STB=0.507038;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0115842;OID=.;OPOS=38009749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:58:32:32:0.355556:14:18:32:26:14:18:32:26 chr3 38025750 . CA C 595.47 PASS AF=0.455882;AO=63;DP=140;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.00836999;FXX=0.0285694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.79;QD=17.5138;RBI=0.0145198;REFB=-0.0206752;REVB=-0.0118645;RO=74;SAF=37;SAR=26;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072849;STB=0.537043;STBP=0.437;TYPE=del;VARB=0.0285408;OID=.;OPOS=38025751;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.455882:63:140:62:136:74:36:26:38:36:99:74:37:26:38:36 chr3 38038982 . T C 280.21 PASS AF=0.470588;AO=30;DP=62;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0628567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5606;QD=16.483;RBI=0.0768482;REFB=-0.0155921;REVB=-0.0442118;RO=32;SAF=23;SAR=7;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.475891;STB=0.749354;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0149142;OID=.;OPOS=38038982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:68:32:36:30:32:0.470588:7:23:8:24:7:25:12:24 chr3 38039808 . C T 162.79 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00684118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.558;QD=10.8529;RBI=0.00685535;REFB=-0.0157925;REVB=0.000440564;RO=39;SAF=8;SAR=13;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203837;STB=0.618934;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.025685;OID=.;OPOS=38039808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:13:8:22:17:13:8:22:17 chr3 38043303 . GC CG,G 36.25 PASS AF=0.027027,0.297297;AO=2,12;DP=37;FAO=1,11;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=1,10;FSAR=0,1;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0689374,-0.219307;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=55.463,7.40933;QD=3.91902;RBI=0.0741142,0.258781;REFB=-0.0346267,-0.187366;REVB=0.0272131,0.137375;RO=20;SAF=2,11;SAR=0,1;SRF=6;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.609291,0.680003;STB=0.991659,0.888121;STBP=0.245,0.004;TYPE=mnp,del;VARB=0.16047,0.155203;OID=.,.;OPOS=38043303,38043304;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:37:37:20:25:2,12:1,11:0.027027,0.297297:0,1:2,11:6:14:0,1:1,10:10:15 chr3 38043904 . T C 316.78 PASS AF=0.486111;AO=33;DP=70;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00421864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.914;QD=17.5986;RBI=0.0220148;REFB=-0.0107537;REVB=-0.0216068;RO=36;SAF=23;SAR=10;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222587;STB=0.627629;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0106431;OID=.;OPOS=38043904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:36:37:33:35:0.486111:10:23:17:19:10:25:18:19 chr3 38047680 . G A 206.09 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00916863;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1479;QD=12.8809;RBI=0.0248332;REFB=-0.0293731;REVB=-0.0230787;RO=37;SAF=14;SAR=11;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00801478;STB=0.513264;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.035423;OID=.;OPOS=38047680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:39:25:25:0.390625:11:14:21:16:11:14:21:18 chr3 38047954 . G C 500.97 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00875701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.9;QD=19.4551;RBI=0.0098927;REFB=0.000329789;REVB=-0.0046022;RO=51;SAF=24;SAR=28;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608332;STB=0.533619;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000480735;OID=.;OPOS=38047954;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:51:52:52:0.504854:28:24:27:24:28:24:27:24 chr3 38049029 . TG T 88.6 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0344712;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.8427;QD=5.71614;RBI=0.0781728;REFB=-0.00804099;REVB=0.0701622;RO=40;SAF=9;SAR=11;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568372;STB=0.516113;STBP=0.858;TYPE=del;VARB=0.0235276;OID=.;OPOS=38049030;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322581:20:63:20:62:42:10:10:20:22:88:40:9:11:20:20 chr3 38051941 . T C 399.77 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0139776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.252;QD=15.8324;RBI=0.0144403;REFB=0.00255867;REVB=0.00362606;RO=56;SAF=15;SAR=29;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130294;STB=0.56914;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00299185;OID=.;OPOS=38051941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:57:44:44:0.435644:29:15:26:30:29:15:26:31 chr3 38052848 . C T 359.43 PASS AF=0.382609;AO=43;DP=115;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.0462196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.61;QD=12.5019;RBI=0.0476136;REFB=-0.0206049;REVB=-0.0114369;RO=72;SAF=32;SAR=11;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249086;STB=0.650173;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0566532;OID=.;OPOS=38052848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:72:71:43:44:0.382609:11:32:39:33:11:33:38:33 chr3 38080952 . T G 175.98 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00403207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6895;QD=10.3517;RBI=0.0174012;REFB=-0.0201215;REVB=0.0169276;RO=45;SAF=16;SAR=7;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934808;STB=0.554864;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0421815;OID=.;OPOS=38080952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:7:16:28:17:7:16:28:17 chr3 38081031 . A T 328.5 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0316971;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6269;QD=17.0648;RBI=0.039355;REFB=-0.000682896;REVB=0.0233262;RO=41;SAF=21;SAR=14;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146092;STB=0.51612;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.000195836;OID=.;OPOS=38081031;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:77:41:42:35:35:0.454545:14:21:24:17:14:21:24:18 chr3 38087142 . G A 553.58 PASS AF=0.52;AO=52;DP=100;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0105984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.111;QD=22.1433;RBI=0.0160316;REFB=0.0195016;REVB=0.0120285;RO=48;SAF=29;SAR=23;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140306;STB=0.577306;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.01404;OID=.;OPOS=38087142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:48:48:52:52:0.52:23:29:19:29:23:29:19:29 chr3 38125705 . G A 648.31 PASS AF=0.471429;AO=66;DP=140;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.0547861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2746;QD=18.5232;RBI=0.058839;REFB=-0.0191992;REVB=-0.0214595;RO=74;SAF=38;SAR=28;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098593;STB=0.554667;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0281404;OID=.;OPOS=38125705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:74:74:66:66:0.471429:28:38:35:39:28:38:35:39 chr3 38151731 . T C 362.51 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0480616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.6364;QD=15.5919;RBI=0.0613333;REFB=-0.0248935;REVB=-0.0381033;RO=53;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138221;STB=0.582376;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.029829;OID=.;OPOS=38151731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:53:54:39:39:0.419355:19:20:20:33:19:20:20:34 chr3 38158032 . G A 204.32 PASS AF=0.27619;AO=29;DP=105;FAO=29;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.0128401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.632;QD=7.78342;RBI=0.0566713;REFB=-0.00334709;REVB=0.0551976;RO=62;SAF=10;SAR=19;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149175;STB=0.659353;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0102474;OID=.;OPOS=38158032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:62:76:29:29:0.27619:19:10:29:33:19:10:43:33 chr3 38170810 . C G 444.25 PASS AF=0.573333;AO=43;DP=75;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0163367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.339;QD=23.6935;RBI=0.01675;REFB=-0.0102877;REVB=0.00369822;RO=32;SAF=28;SAR=15;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218718;STB=0.620196;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0116299;OID=.;OPOS=38170810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:32:43:43:0.573333:15:28:12:20:15:28:12:20 chr3 38284215 . C CT 57.31 PASS AF=0.23913;AO=39;DP=145;FAO=33;FDP=138;FR=.;FRO=105;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=61;FWDB=0.0212823;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.0316;QD=1.66111;RBI=0.159049;REFB=-0.0452724;REVB=-0.157618;RO=94;SAF=14;SAR=25;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160733;STB=0.527353;STBP=0.741;TYPE=ins;VARB=-0.00189933;OID=.;OPOS=38284216;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.23913:39:145:33:138:105:15:18:44:61:57:94:14:25:46:48 chr3 38350479 . T C 2449.68 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00366618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.206;QD=61.242;RBI=0.0158717;REFB=0;REVB=0.0154424;RO=0;SAF=88;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39391e-05;OID=.;OPOS=38350479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:72:88:0:0:72:88:0:0 chr3 38350519 . G A 2339.76 PASS AF=0.987421;AO=154;DP=158;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.130996;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.172;QD=58.862;RBI=0.132668;REFB=-0.0910064;REVB=0.0209985;RO=3;SAF=89;SAR=65;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157628;STB=0.505376;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000227552;OID=.;OPOS=38350519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:158:159:3:2:154:157:0.987421:65:89:3:0:65:92:2:0 chr3 38350543 . A G 2306.17 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139683;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172;QD=61.0905;RBI=0.0212051;REFB=0;REVB=-0.0159544;RO=0;SAF=91;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86401e-05;OID=.;OPOS=38350543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:151:0:0:149:151:1:58:91:0:0:60:91:0:0 chr3 38357961 . C G 234.82 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0383154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9045;QD=22.3638;RBI=0.0483202;REFB=-0.00843105;REVB=0.029441;RO=18;SAF=9;SAR=14;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485328;STB=0.510908;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0232591;OID=.;OPOS=38357961;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:18:19:23:23:0.547619:14:9:6:12:14:9:7:12 chr3 38401839 . T C 1517.0 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.395;QD=62.5567;RBI=0.0268306;REFB=0;REVB=0.0230135;RO=0;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000956581;OID=.;OPOS=38401839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:94:97:1:46:48:0:0:46:51:0:0 chr3 38406773 . G T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.619;QD=53.2772;RBI=0.0593195;REFB=0;REVB=0.0440029;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452453;OID=.;OPOS=38406773;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr3 38408361 . G A 1457.45 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00511998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.2;QD=62.0194;RBI=0.0135776;REFB=-0.089724;REVB=0.0125753;RO=1;SAF=33;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00783714;STB=0.504131;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00124687;OID=.;OPOS=38408361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:60:33:0:1:60:33:0:1 chr3 38442490 . G A 170.61 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0231971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.088;QD=10.8326;RBI=0.0258519;REFB=-0.00828694;REVB=0.0114112;RO=40;SAF=13;SAR=9;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101809;STB=0.551929;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0178267;OID=.;OPOS=38442490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:40:41:22:22:0.349206:9:13:20:20:9:13:21:20 chr3 38519424 . A G 543.32 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0202835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.609;QD=22.6381;RBI=0.0217727;REFB=-0.0261764;REVB=-0.007914;RO=44;SAF=28;SAR=23;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222868;STB=0.507411;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0228167;OID=.;OPOS=38519424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:45:51:51:0.53125:23:28:23:21:23:28:24:21 chr3 38524742 . C T 780.21 PASS AF=0.430052;AO=83;DP=193;FAO=83;FDP=193;FR=.;FRO=110;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=71;FSRR=39;FWDB=0.000916295;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.37;QD=16.1701;RBI=0.00456455;REFB=-0.00890421;REVB=-0.00447164;RO=110;SAF=39;SAR=44;SRF=71;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178419;STB=0.599209;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0104196;OID=.;OPOS=38524742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:110:110:83:83:0.430052:44:39:71:39:44:39:71:39 chr3 38525567 . T C 443.0 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.00445348;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8943;QD=17.2039;RBI=0.0147519;REFB=0.0110853;REVB=0.0140636;RO=55;SAF=32;SAR=16;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210233;STB=0.6174;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0143426;OID=.;OPOS=38525567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:55:55:48:48:0.466019:16:32:25:30:16:32:25:30 chr3 38529818 . C T 197.65 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0207854;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.586;QD=12.9608;RBI=0.0316713;REFB=-0.00553015;REVB=-0.0238964;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487319;STB=0.541277;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0137744;OID=.;OPOS=38529818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:35:37:24:24:0.393443:10:14:22:13:10:14:24:13 chr3 38529825 . C T 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00842056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.315;QD=12.8367;RBI=0.0148264;REFB=-0.0106318;REVB=-0.0122031;RO=39;SAF=15;SAR=10;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459041;STB=0.526295;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.016713;OID=.;OPOS=38529825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:10:15:25:14:10:15:25:14 chr3 38532511 . G A 709.46 PASS AF=0.530769;AO=69;DP=130;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0360055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.177;QD=21.8295;RBI=0.0360782;REFB=-0.0145345;REVB=0.0022884;RO=61;SAF=38;SAR=31;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034222;STB=0.518764;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0129105;OID=.;OPOS=38532511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:61:61:69:69:0.530769:31:38:36:25:31:38:36:25 chr3 38534296 . T C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00186067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.218;QD=13.4856;RBI=0.0358185;REFB=0.0265493;REVB=0.0357702;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255081;STB=0.652961;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.0128046;OID=.;OPOS=38534296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:2:7:6:5:2:7:6:5 chr3 38589666 . T C,TCCCTCCTTTTCCTACTCTCTTCTC,TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC 203.21 PASS AF=0.0652174,0,0.413043;AO=3,5,12;DP=50;FAO=3,0,19;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=3,0,13;FSAR=0,0,6;FSRF=22;FSRR=2;FWDB=-0.0425645,0.00278514,0.00334848;FXX=0.0212721;HRUN=2,3,3;LEN=1,24,25;MLLD=46.8233,392.731,391.467;QD=17.6702;RBI=0.055375,0.0279306,0.0261755;REFB=-0.00638384,-0.0118496,-0.0123115;REVB=0.0354211,0.0277914,0.0259605;RO=28;SAF=3,2,9;SAR=0,3,3;SRF=24;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.44023,-0.546139,-0.187372;STB=0.99383,0.5,0.668649;STBP=0.404,1,0.141;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.0507578,0.00420349,0.0138906;OID=.,.,.;OPOS=38589666,38589667,38589667;OREF=T,-,-;OALT=C,CCCTCCTTTTCCTACTCTCTTCTC,CCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC;OMAPALT=C,TCCCTCCTTTTCCTACTCTCTTCTC,TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:50:46:28:24:3,5,12:3,0,19:0.0652174,0,0.413043:0,3,3:3,2,9:24:4:0,0,6:3,0,13:22:2 chr3 38590358 . C CT 166.55 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.016031;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.0873;QD=11.6876;RBI=0.0363183;REFB=-0.0282563;REVB=0.0325888;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278056;STB=0.505431;STBP=0.963;TYPE=ins;VARB=0.0325744;OID=.;OPOS=38590359;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45614:25:60:26:57:31:14:12:17:14:99:31:13:12:17:14 chr3 38592406 . A G 565.75 PASS AF=0.36612;AO=67;DP=183;FAO=67;FDP=183;FR=.;FRO=116;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=60;FSRR=56;FWDB=0.0294726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6324;QD=12.3661;RBI=0.0337641;REFB=-0.000972411;REVB=-0.0164737;RO=114;SAF=22;SAR=45;SRF=59;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217143;STB=0.624116;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00201071;OID=.;OPOS=38592406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:114:116:67:67:0.36612:45:22:59:55:45:22:60:56 chr3 38622467 . T C 1153.1 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0168;QD=60.6892;RBI=0.0724615;REFB=0;REVB=0.0687226;RO=0;SAF=54;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.808e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000795313;OID=.;OPOS=38622467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:20:54:0:0:21:55:0:0 chr3 38627422 . G A 126.45 PASS AF=0.204082;AO=20;DP=98;FAO=20;FDP=98;FR=.;FRO=78;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.00274429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.259;QD=5.16111;RBI=0.0389116;REFB=-0.00641127;REVB=-0.0388147;RO=78;SAF=12;SAR=8;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628014;STB=0.539709;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0355249;OID=.;OPOS=38627422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:78:78:20:20:0.204082:8:12:43:35:8:12:43:35 chr3 38674712 . T C 1170.79 PASS AF=0.474708;AO=122;DP=257;FAO=122;FDP=257;FR=.;FRO=135;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=73;FSRR=62;FWDB=-0.019625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.102;QD=18.2223;RBI=0.0198782;REFB=-0.0170144;REVB=0.00316215;RO=135;SAF=61;SAR=61;SRF=73;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388296;STB=0.521397;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0163819;OID=.;OPOS=38674712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:135:135:122:122:0.474708:61:61:73:62:61:61:73:62 chr3 38739574 . T C 2047.65 PASS AF=0.992481;AO=131;DP=132;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00641631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2737;QD=61.5836;RBI=0.0522942;REFB=0.00453858;REVB=0.0518991;RO=1;SAF=49;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00960027;STB=0.50505;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000123204;OID=.;OPOS=38739574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:133:1:1:131:132:0.992481:82:49:1:0:83:49:1:0 chr3 38739845 . A G 754.24 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3489;QD=56.9237;RBI=0.0441153;REFB=0;REVB=-0.0123505;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261581;OID=.;OPOS=38739845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr3 38763863 . G C 1491.59 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.141;QD=63.4717;RBI=0.0274617;REFB=0;REVB=0.026933;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66146e-05;OID=.;OPOS=38763863;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:47:47:0:0:47:47:0:0 chr3 38764998 . A G 1026.23 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.26;QD=59.4917;RBI=0.0515147;REFB=0;REVB=0.0250926;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140538;OID=.;OPOS=38764998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:64:69:0:0:64:69:1:33:31:0:0:36:33:0:0 chr3 38766675 . A G 1034.51 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0868478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.923;QD=59.1146;RBI=0.0875276;REFB=0;REVB=0.0108877;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113458;OID=.;OPOS=38766675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:35:34:0:0:35:35:0:0 chr3 38768247 . G A 958.58 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0307632;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.866;QD=57.2287;RBI=0.0402452;REFB=0.0675552;REVB=0.0259481;RO=1;SAF=34;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136944;STB=0.507244;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-7.62304e-05;OID=.;OPOS=38768247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:32:34:1:0:32:34:1:0 chr3 38768300 . T C 1246.02 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.309;QD=61.5318;RBI=0.0548386;REFB=0;REVB=0.0469611;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45144e-05;OID=.;OPOS=38768300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:34:47:0:0:34:47:0:0 chr3 38783896 . A T 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0033793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.328;QD=6.02696;RBI=0.0184354;REFB=-0.00168987;REVB=-0.018123;RO=31;SAF=7;SAR=2;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304634;STB=0.69952;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0235548;OID=.;OPOS=38783896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:2:7:17:14:2:7:17:14 chr3 38793989 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000655489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.858;QD=51.9153;RBI=0.0117642;REFB=0;REVB=0.0117459;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115092;OID=.;OPOS=38793989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr3 38798171 . C T 973.06 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.157;QD=58.9733;RBI=0.0928545;REFB=0;REVB=0.0755766;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301068;OID=.;OPOS=38798171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:34:31:0:0:35:31:0:0 chr3 38802251 . A G 902.58 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5862;QD=58.2312;RBI=0.062867;REFB=0;REVB=-0.0158879;RO=1;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116565;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477227;OID=.;OPOS=38802251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:1:0:61:62:1:40:21:0:1:41:21:0:0 chr3 38888705 . C G 139.61 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00391027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.74;QD=7.64981;RBI=0.0251733;REFB=-0.00394474;REVB=0.0248678;RO=53;SAF=6;SAR=14;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26082;STB=0.657957;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0147159;OID=.;OPOS=38888705;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:53:53:20:20:0.273973:14:6:27:26:14:6:27:26 chr3 38945560 . A G 372.41 PASS AF=0.408163;AO=39;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00447415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.473;QD=15.2003;RBI=0.0163812;REFB=-0.00811727;REVB=-0.0157584;RO=58;SAF=19;SAR=20;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041124;STB=0.515873;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00801946;OID=.;OPOS=38945560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:58:39:40:0.408163:20:19:26:32:21:19:26:32 chr3 39118707 . A G 157.87 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0213573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9307;QD=12.1441;RBI=0.0226638;REFB=-0.00769875;REVB=0.00758387;RO=33;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161926;STB=0.509424;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0112592;OID=.;OPOS=39118707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:13:6:10:23:13:6:10:23 chr3 39138082 . C T 164.93 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0540035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.467;QD=14.0367;RBI=0.0587424;REFB=-0.0118435;REVB=-0.0231149;RO=29;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166178;STB=0.596904;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0317482;OID=.;OPOS=39138082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:12:6:14:15:12:6:14:15 chr3 39139776 . G A 587.1 PASS AF=0.576087;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00713595;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.747;QD=25.5259;RBI=0.0234818;REFB=-0.0242329;REVB=0.0223713;RO=39;SAF=23;SAR=30;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416997;STB=0.522813;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0168491;OID=.;OPOS=39139776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:39:39:53:53:0.576087:30:23:19:20:30:23:19:20 chr3 39148598 . G A 216.36 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0186769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.617;QD=13.3146;RBI=0.034543;REFB=-0.0386357;REVB=0.0290584;RO=39;SAF=18;SAR=8;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0480216;OID=.;OPOS=39148598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:8:18:27:12:8:18:27:12 chr3 39180099 . T C 1492.43 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0335591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2212;QD=58.5266;RBI=0.0367658;REFB=0.0167467;REVB=-0.0150171;RO=1;SAF=57;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825107;STB=0.504347;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00209969;OID=.;OPOS=39180099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:44:57:1:0:44:57:1:0 chr3 39180219 . C T 482.81 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0108791;FXX=0.0095229;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.077;QD=18.5695;RBI=0.0108794;REFB=-0.00924673;REVB=-8.56296e-05;RO=53;SAF=24;SAR=27;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184072;STB=0.5102;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00910269;OID=.;OPOS=39180219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:53:51:51:0.490385:27:24:26:27:27:24:26:27 chr3 39180263 . G A 953.81 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00113053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6078;QD=54.5036;RBI=0.0337045;REFB=-0.0587208;REVB=0.0336855;RO=3;SAF=24;SAR=43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554775;STB=0.529403;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00347628;OID=.;OPOS=39180263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:3:3:67:67:0.957143:43:24:3:0:43:24:3:0 chr3 39183672 . C T 186.1 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0108376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.317;QD=10.4843;RBI=0.013882;REFB=-0.0082904;REVB=-0.00867509;RO=47;SAF=13;SAR=11;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621981;STB=0.536236;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0200545;OID=.;OPOS=39183672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:47:24:24:0.338028:11:13:28:19:11:13:28:19 chr3 39184959 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.955;QD=56.9382;RBI=0.0600268;REFB=0;REVB=-0.0517858;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.38773e-05;OID=.;OPOS=39184959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr3 39185077 . G A 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0221967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.625;QD=20.7538;RBI=0.0275569;REFB=-0.0168071;REVB=0.0163306;RO=12;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552471;STB=0.531209;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0225776;OID=.;OPOS=39185077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:6:9:8:4:6:9:8:4 chr3 39185248 . A G 646.55 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5961;QD=61.5761;RBI=0.0525824;REFB=0;REVB=-0.0431562;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132821;OID=.;OPOS=39185248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:14:25:0:0:14:28:0:0 chr3 39186728 . C T 433.57 PASS AF=0.426087;AO=48;DP=114;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=48;FWDB=-0.03844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.536;QD=15.0808;RBI=0.0388471;REFB=-0.0261932;REVB=0.00560945;RO=66;SAF=18;SAR=30;SRF=18;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116574;STB=0.56026;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0357001;OID=.;OPOS=39186728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:66:66:48:49:0.426087:30:18:18:48:31:18:18:48 chr3 39225947 . G A 528.77 PASS AF=0.408451;AO=58;DP=142;FAO=58;FDP=142;FR=.;FRO=84;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.0177649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.479;QD=14.8949;RBI=0.0186919;REFB=-0.0245013;REVB=0.00581335;RO=84;SAF=19;SAR=39;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140282;STB=0.57918;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0334996;OID=.;OPOS=39225947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:84:84:58:58:0.408451:39:19:38:46:39:19:38:46 chr3 39229900 . T C 1365.71 PASS AF=0.978022;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0023074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.783;QD=60.0313;RBI=0.0138196;REFB=-0.0410878;REVB=0.0136256;RO=2;SAF=50;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185764;STB=0.509613;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00277667;OID=.;OPOS=39229900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:91:2:2:88:89:0.978022:38:50:2:0:38:51:2:0 chr3 39323163 . A C 1232.66 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0283323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.936;QD=60.1296;RBI=0.0512108;REFB=-0.174824;REVB=0.0426594;RO=1;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141304;STB=0.507245;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00119072;OID=.;OPOS=39323163;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:82:1:1:80:81:0.987805:33:47:0:1:34:47:0:1 chr3 39431081 . G A 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.488;QD=58.7803;RBI=0.023684;REFB=0;REVB=0.0115073;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.34097e-05;OID=.;OPOS=39431081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr3 39433037 . A G 773.83 PASS AF=0.490798;AO=80;DP=162;FAO=80;FDP=163;FR=.;FRO=83;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.00129487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.058;QD=18.9896;RBI=0.0121694;REFB=-0.0351887;REVB=-0.0121004;RO=82;SAF=45;SAR=35;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466166;STB=0.528995;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.048305;OID=.;OPOS=39433037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:82:83:80:80:0.490798:35:45:42:40:35:45:42:41 chr3 40231383 . C T 503.77 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0116943;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=172.325;QD=22.3896;RBI=0.0121038;REFB=-0.016313;REVB=-0.00312161;RO=36;SAF=35;SAR=13;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180266;STB=0.585815;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0148793;OID=.;OPOS=40231383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:36:42:48:48:0.533333:13:35:19:17:13:35:24:18 chr3 40231883 . C T 634.04 PASS AF=0.492308;AO=63;DP=129;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0647695;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4766;QD=19.509;RBI=0.0658166;REFB=-0.0191862;REVB=-0.0116934;RO=66;SAF=32;SAR=31;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493759;STB=0.53097;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.022285;OID=.;OPOS=40231883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:66:66:63:64:0.492308:31:32:30:36:31:33:30:36 chr3 40275461 . C T 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0154773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.695;QD=14.044;RBI=0.0279128;REFB=-0.00402753;REVB=0.0232289;RO=39;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283543;STB=0.664841;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00691992;OID=.;OPOS=40275461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:13:15:10:29:13:15:10:30 chr3 40286017 . T C 1850.45 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0694678;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1272;QD=60.6703;RBI=0.0772467;REFB=0;REVB=0.033783;RO=0;SAF=60;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335967;OID=.;OPOS=40286017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:122:0:0:116:122:1:56:60:0:0:59:63:0:0 chr3 40301474 . AAGC AAGA,A 277.12 PASS AF=0,0.336364;AO=6,30;DP=104;FAO=0,37;FDP=110;FR=.;FRO=73;FSAF=0,25;FSAR=0,12;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0444901,0.0154955;FXX=0.0265463;HRUN=1,2;LEN=1,3;MLLD=102.083,192.715;QD=10.0771;RBI=0.0448676,0.0221541;REFB=-0.00608196,-0.00551737;REVB=-0.00580785,-0.0158333;RO=61;SAF=6,18;SAR=0,12;SRF=32;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.578745,0.0884122;STB=0.5,0.608433;STBP=1,0.116;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0179229;OID=.,.;OPOS=40301477,40301475;OREF=C,AGC;OALT=A,-;OMAPALT=AAGA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.336364:6,30:104:0,37:110:73:0,25:0,12:38:35:99:61:6,18:0,12:32:29 chr3 40351484 . C T 274.16 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0751122;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.275;QD=24.37;RBI=0.0841219;REFB=-0.0145695;REVB=-0.0378767;RO=20;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325547;STB=0.518102;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0110757;OID=.;OPOS=40351484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:20:20:25:25:0.555556:11:14:12:8:11:14:12:8 chr3 40435890 . A G 54.34 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.055347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0224;QD=9.0565;RBI=0.0596603;REFB=-0.0247772;REVB=0.0222723;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228754;STB=0.642474;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0701763;OID=.;OPOS=40435890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:2:6:9:7:2:6:9:7 chr3 40457487 . T A 416.45 PASS AF=0.5;AO=40;DP=84;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.0112082;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.331;QD=19.3696;RBI=0.0183316;REFB=-0.0267148;REVB=0.014506;RO=43;SAF=22;SAR=18;SRF=32;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187337;STB=0.573346;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0263633;OID=.;OPOS=40457487;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:43:43:40:43:0.5:18:22:32:11:18:25:31:12 chr3 40468896 . C T 173.1 PASS AF=0.247525;AO=25;DP=102;FAO=25;FDP=101;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.0454635;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.376;QD=6.85543;RBI=0.0458331;REFB=-0.00991197;REVB=0.005809;RO=75;SAF=12;SAR=13;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115118;STB=0.564274;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0229759;OID=.;OPOS=40468896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:75:76:25:25:0.247525:13:12:43:32:13:12:43:33 chr3 40498845 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.781;QD=63.8718;RBI=0.040768;REFB=0;REVB=0.0136119;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293324;OID=.;OPOS=40498845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:15:33:0:0:15:33:0:0 chr3 40499182 . C T 1572.2 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0457704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.707;QD=58.7739;RBI=0.075199;REFB=-0.00120277;REVB=0.0596654;RO=1;SAF=62;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106639;STB=0.505617;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000521607;OID=.;OPOS=40499182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:44:62:0:1:44:62:0:1 chr3 40519429 . T C 699.25 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030697;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.3561;QD=60.8044;RBI=0.0342124;REFB=-0.109202;REVB=0.0151056;RO=1;SAF=17;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268394;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00781506;OID=.;OPOS=40519429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:46:46:1:0:45:46:1:28:17:1:0:28:18:0:0 chr3 40553908 . C T 70.74 PASS AF=0.2;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0790984;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0047;QD=5.14497;RBI=0.0868631;REFB=-0.0113687;REVB=0.0358977;RO=43;SAF=4;SAR=7;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395044;STB=0.738745;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0272936;OID=.;OPOS=40553908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:56:55:43:44:11:11:0.2:7:4:30:13:7:4:30:14 chr3 40557443 . C A 208.69 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00281135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.849;QD=18.1472;RBI=0.0223951;REFB=0.00757815;REVB=-0.0222179;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117994;STB=0.566947;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.010164;OID=.;OPOS=40557443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:11:10:15:10:11:10:15:10 chr3 40558150 . G C 168.67 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0305979;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.42;QD=15.3338;RBI=0.0306395;REFB=-0.0142848;REVB=0.00159655;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765217;STB=0.544221;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0193692;OID=.;OPOS=40558150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:26:18:18:0.409091:7:11:14:12:7:11:14:12 chr3 40559078 . G C 296.72 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00547817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.536;QD=15.617;RBI=0.0173799;REFB=0.000186667;REVB=0.016494;RO=43;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340547;STB=0.519219;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.000354908;OID=.;OPOS=40559078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:18:15:21:22:18:15:21:22 chr3 40573744 . A G 671.5 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.01334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.986;QD=52.6671;RBI=0.0258573;REFB=-0.151716;REVB=-0.0221505;RO=2;SAF=26;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348301;STB=0.518511;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00449923;OID=.;OPOS=40573744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:23:26:2:0:23:26:2:0 chr3 41841716 . A C 1214.88 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7092;QD=59.9943;RBI=0.0557122;REFB=-0.0680017;REVB=0.0556885;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178738;OID=.;OPOS=41841716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:78:81:0:0:77:81:1:40:37:0:0:44:37:0:0 chr3 41910557 . A G 141.93 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0139596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.899;QD=9.62231;RBI=0.0149895;REFB=-0.000866557;REVB=0.00546021;RO=40;SAF=4;SAR=15;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290431;STB=0.674316;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00152828;OID=.;OPOS=41910557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:15:4:17:23:15:4:17:23 chr3 41910571 . T C 724.55 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0368665;FXX=0.0701631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.539;QD=54.6833;RBI=0.0372263;REFB=-0.0619821;REVB=-0.00516321;RO=1;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132664;STB=0.50704;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00562972;OID=.;OPOS=41910571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:35:16:0:1:35:17:0:1 chr3 41925398 . C T 2140.66 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.804;QD=62.9606;RBI=0.0110203;REFB=0;REVB=-0.00278735;RO=0;SAF=67;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09301e-05;OID=.;OPOS=41925398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:69:67:0:0:69:67:0:0 chr3 41925423 . T C 1956.38 PASS AF=0.977273;AO=128;DP=132;FAO=129;FDP=132;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0165672;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.644;QD=59.2843;RBI=0.0194956;REFB=-0.130229;REVB=0.0102764;RO=0;SAF=64;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5037;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00109496;OID=.;OPOS=41925423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:132:132:0:3:128:129:0.977273:64:64:0:0:65:64:1:2 chr3 41937000 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00381095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.791;QD=60.2044;RBI=0.00428779;REFB=0;REVB=0.00196516;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2163e-06;OID=.;OPOS=41937000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr3 41939990 . GTTT GTT,GTTA 1136.92 PASS AF=1,0;AO=33,36;DP=77;FAO=77,0;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35,0;FSAR=42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0789433,-0.211159;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=29.481,25.4072;QD=59.0606;RBI=0.0789451,0.352425;REFB=0,0;REVB=0.00053677,-0.282161;RO=0;SAF=12,15;SAR=21,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00133486,0;OID=.,.;OPOS=41939991,41939993;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=GTT,GTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:33,36:77:77,0:77:0:35,0:42,0:0:0:6:0:12,15:21,21:0:0 chr3 41957466 . T G 699.77 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00323794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.216;QD=54.8842;RBI=0.0665484;REFB=-0.105654;REVB=0.0664696;RO=1;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209158;STB=0.511107;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000825683;OID=.;OPOS=41957466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:22:28:0:1:22:28:0:1 chr3 41960006 . T C 669.89 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00684115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.625;QD=62.3154;RBI=0.04295;REFB=0;REVB=0.0424016;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198139;OID=.;OPOS=41960006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr3 41996136 . T C 1592.59 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.031701;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.919;QD=58.4436;RBI=0.0387179;REFB=-0.0107707;REVB=0.0222289;RO=1;SAF=71;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0066388;STB=0.506848;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=4.70128e-05;OID=.;OPOS=41996136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:107:108:0.990826:36:71:1:0:36:72:0:1 chr3 42229602 . G A 156.15 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00951309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.548;QD=9.46368;RBI=0.0209056;REFB=-0.00893634;REVB=0.0186157;RO=45;SAF=9;SAR=12;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956554;STB=0.556468;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.018322;OID=.;OPOS=42229602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:12:9:23:22:12:9:23:22 chr3 42236415 . A G 801.23 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00276961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5006;QD=57.2303;RBI=0.0466433;REFB=0;REVB=-0.046561;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000589187;OID=.;OPOS=42236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chr3 42244321 . G A 1571.36 PASS AF=1;AO=104;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173054;FXX=0.0270246;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.13;QD=58.1984;RBI=0.0405045;REFB=-0.0335979;REVB=0.0366215;RO=1;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958601;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267953;OID=.;OPOS=42244321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:110:108:1:0:104:108:1:49:55:0:1:52:56:0:0 chr3 42304784 . A G 325.43 PASS AF=0.444444;AO=35;DP=80;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0290619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2959;QD=16.0706;RBI=0.0505131;REFB=0.0310396;REVB=-0.0413156;RO=45;SAF=19;SAR=16;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578488;STB=0.525126;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.0388825;OID=.;OPOS=42304784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:45:45:35:36:0.444444:16:19:27:18:16:20:27:18 chr3 42438754 . T C 344.65 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0139113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1334;QD=19.1473;RBI=0.0140833;REFB=-0.015774;REVB=0.0021944;RO=36;SAF=15;SAR=21;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255318;STB=0.51421;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.020096;OID=.;OPOS=42438754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:21:15:16:20:21:15:16:20 chr3 42448471 . G A 292.87 PASS AF=0.361905;AO=37;DP=104;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0123998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.79;QD=11.1569;RBI=0.0301019;REFB=-0.0150771;REVB=0.0274294;RO=67;SAF=16;SAR=21;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844829;STB=0.555526;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0250022;OID=.;OPOS=42448471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:67:67:37:38:0.361905:21:16:34:33:22:16:34:33 chr3 42568929 . T C 151.19 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0152007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.002;QD=20.159;RBI=0.019781;REFB=-0.0261216;REVB=-0.012658;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0273102;OID=.;OPOS=42568929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:7:7:8:8:7:7 chr3 42679873 . C T 494.08 PASS AF=0.352273;AO=60;DP=174;FAO=62;FDP=176;FR=.;FRO=114;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=56;FSRR=58;FWDB=-0.0304055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.065;QD=11.2292;RBI=0.0380905;REFB=-0.0133378;REVB=-0.0229432;RO=113;SAF=38;SAR=22;SRF=56;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160611;STB=0.580019;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0280236;OID=.;OPOS=42679873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:176:113:114:60:62:0.352273:22:38:56:57:24:38:56:58 chr3 42679893 . TA T 93.37 PASS AF=0.262857;AO=49;DP=176;FAO=46;FDP=175;FR=.;FRO=129;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=68;FSRR=61;FWDB=-0.0202165;FXX=0.0056815;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.5562;QD=2.13419;RBI=0.141457;REFB=-0.0111974;REVB=0.140005;RO=106;SAF=29;SAR=20;SRF=59;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425468;STB=0.544747;STBP=0.475;TYPE=del;VARB=-0.0257211;OID=.;OPOS=42679894;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.262857:49:176:46:175:129:27:19:68:61:93:106:29:20:59:47 chr3 42728144 . A C,G 764.36 PASS AF=0.02,0.96;AO=3,46;DP=50;FAO=1,48;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=0,25;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0479131,-0.0141529;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=16.067,115.81;QD=61.1485;RBI=0.0583612,0.0272538;REFB=-0.015929,0.0244732;REVB=-0.0333221,0.0232909;RO=0;SAF=0,25;SAR=3,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.85991e-08;STB=0.5,0.510634;STBP=1,0.299;TYPE=snp,snp;VARB=0.0969141,-0.000474682;OID=.,.;OPOS=42728144,42728144;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:50:50:0:1:3,46:1,48:0.02,0.96:3,21:0,25:0:0:1,23:0,25:0:1 chr3 42733468 . T C 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0733685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.663;QD=60.0302;RBI=0.0747183;REFB=0;REVB=0.014138;RO=0;SAF=49;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000258688;OID=.;OPOS=42733468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:23:49:0:0:23:49:0:0 chr3 42735150 . T C 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00913351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.723;QD=7.04807;RBI=0.0154919;REFB=-0.00802796;REVB=-0.0125131;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569244;STB=0.53325;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0199594;OID=.;OPOS=42735150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:20:22:8:8:0.266667:4:4:11:9:4:4:12:10 chr3 42735274 . A G 83.88 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0431467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.855;QD=10.1676;RBI=0.0678125;REFB=-0.0140932;REVB=-0.0523154;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229478;STB=0.619356;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0304199;OID=.;OPOS=42735274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:33:21:22:11:11:0.333333:5:6:7:14:5:6:8:14 chr3 42751187 . C T 882.36 PASS AF=0.592593;AO=80;DP=135;FAO=80;FDP=135;FR=.;FRO=55;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=16;FWDB=-0.00348267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.693;QD=26.1439;RBI=0.0269924;REFB=-0.00576805;REVB=0.0267668;RO=55;SAF=52;SAR=28;SRF=39;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495391;STB=0.526875;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00403362;OID=.;OPOS=42751187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:55:55:80:80:0.592593:28:52:39:16:28:52:39:16 chr3 42784452 . G A 532.1 PASS AF=0.456;AO=56;DP=124;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0173153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1743;QD=17.0273;RBI=0.0404045;REFB=-0.00506652;REVB=0.0365062;RO=67;SAF=30;SAR=26;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309912;STB=0.508212;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00823817;OID=.;OPOS=42784452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:67:68:56:57:0.456:26:30:38:29:26:31:38:30 chr3 42787469 . A G 220.31 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0251847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9704;QD=16.0223;RBI=0.0348716;REFB=0.00402494;REVB=-0.0241197;RO=30;SAF=9;SAR=16;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201959;STB=0.614383;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00776799;OID=.;OPOS=42787469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:16:9:17:13:16:9:17:13 chr3 42788823 . C A 336.75 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0418571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1745;QD=17.7238;RBI=0.04222;REFB=-0.0165586;REVB=0.00552345;RO=40;SAF=11;SAR=25;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241569;STB=0.635515;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0294298;OID=.;OPOS=42788823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:25:11:22:18:25:11:22:18 chr3 42916004 . C T 190.67 PASS AF=0.262626;AO=26;DP=99;FAO=26;FDP=99;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.00216107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.666;QD=7.70389;RBI=0.0161274;REFB=0.00301725;REVB=0.015982;RO=73;SAF=6;SAR=20;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316933;STB=0.693081;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00846505;OID=.;OPOS=42916004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:73:73:26:26:0.262626:20:6:34:39:20:6:34:39 chr3 42917047 . A G 2187.96 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00439765;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.68;QD=62.9627;RBI=0.0283318;REFB=0;REVB=0.0279884;RO=1;SAF=80;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00841321;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0539e-05;OID=.;OPOS=42917047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:139:1:0:136:139:1:56:80:0:1:57:82:0:0 chr3 42954792 . C T 280.92 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00627665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.327;QD=14.4063;RBI=0.00670215;REFB=-0.0112687;REVB=-0.00235001;RO=44;SAF=24;SAR=8;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166813;STB=0.58588;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0154223;OID=.;OPOS=42954792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:46:32:32:0.410256:8:24:27:17:8:24:29:17 chr3 42956273 . T C 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.873;QD=62.6689;RBI=0.0813481;REFB=0;REVB=0.0613276;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000817424;OID=.;OPOS=42956273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr3 42956519 . C A 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.00538092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=361.212;QD=15.1604;RBI=0.00693851;REFB=-0.011046;REVB=-0.00438049;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41746;STB=0.735605;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0210316;OID=.;OPOS=42956519;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:3:19:7:9:3:19 chr3 43074430 . A G 249.12 PASS AF=0.48;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0113746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.13;QD=19.9292;RBI=0.0135246;REFB=-0.0314199;REVB=0.00731656;RO=26;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209355;STB=0.624896;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0272953;OID=.;OPOS=43074430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:26:23:24:0.48:14:9:16:10:15:9:16:10 chr3 43074871 . A G 2130.84 PASS AF=1;AO=136;DP=139;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089697;FXX=0.0331104;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.574;QD=58.3792;RBI=0.0191983;REFB=0;REVB=0.0169741;RO=0;SAF=80;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0059287;OID=.;OPOS=43074871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:146:0:0:136:146:1:56:80:0:0:65:81:0:0 chr3 43074872 . C G 36.32 PASS AF=0.0764331;AO=11;DP=156;FAO=12;FDP=157;FR=.;FRO=145;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=85;FSRR=60;FWDB=-0.00853279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9499;QD=0.925423;RBI=0.00997318;REFB=-0.0159506;REVB=0.00516292;RO=145;SAF=1;SAR=10;SRF=85;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512879;STB=0.92953;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0320513;OID=.;OPOS=43074872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:156:157:145:145:11:12:0.0764331:10:1:85:60:11:1:85:60 chr3 43095101 . A G 211.35 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00238952;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.033;QD=18.3781;RBI=0.00303408;REFB=-0.000790122;REVB=-0.00186971;RO=24;SAF=15;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974455;STB=0.571358;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00142665;OID=.;OPOS=43095101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:25:21:21:0.456522:6:15:15:9:6:15:15:10 chr3 43095245 . A G 227.04 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0226068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.99;QD=13.5548;RBI=0.025624;REFB=-0.00517027;REVB=0.0120633;RO=38;SAF=7;SAR=20;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271349;STB=0.658412;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0066522;OID=.;OPOS=43095245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:38:40:27:27:0.402985:20:7:19:19:20:7:20:20 chr3 43097765 . G A 603.15 PASS AF=0.544643;AO=60;DP=111;FAO=61;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.0718078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2143;QD=21.5411;RBI=0.0812196;REFB=-0.045225;REVB=0.0379508;RO=51;SAF=23;SAR=37;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23586;STB=0.63126;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0470536;OID=.;OPOS=43097765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:51:51:60:61:0.544643:37:23:34:17:38:23:34:17 chr3 43121559 . C G,T 1060.0 PASS AF=0.0266667,0.96;AO=3,69;DP=74;FAO=2,72;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=1,32;FSAR=1,40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00715992,0.00232722;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.6198,157.324;QD=56.5332;RBI=0.0406373,0.0342249;REFB=-0.0992324,-0.0957765;REVB=0.0400016,0.0341457;RO=1;SAF=1,32;SAR=2,37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.163246,0.0126057;STB=0.665164,0.506171;STBP=0.662,0.511;TYPE=snp,snp;VARB=0.0674241,0.000474177;OID=.,.;OPOS=43121559,43121559;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:74:75:1:1:3,69:2,72:0.0266667,0.96:2,37:1,32:0:1:1,40:1,32:0:1 chr3 43121694 . A AC 38.19 PASS AF=0.125786;AO=27;DP=163;FAO=20;FDP=159;FR=.;FRO=139;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=64;FSRR=75;FWDB=-0.141336;FXX=0.0185174;HRUN=0;LEN=1;MLLD=27.4533;QD=0.960678;RBI=0.141621;REFB=-0.00462077;REVB=-0.00897572;RO=132;SAF=7;SAR=20;SRF=59;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258093;STB=0.86422;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.0560978;OID=.;OPOS=43121695;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.125786:27:163:20:159:139:2:18:64:75:38:132:7:20:59:73 chr3 43122425 . C T 646.18 PASS AF=0.464789;AO=66;DP=142;FAO=66;FDP=142;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=47;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=-0.0104665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.236;QD=18.2022;RBI=0.0195538;REFB=-0.0159489;REVB=0.0165168;RO=74;SAF=19;SAR=47;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141545;STB=0.580924;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0270504;OID=.;OPOS=43122425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:74:76:66:66:0.464789:47:19:31:43:47:19:32:44 chr3 43122966 . G A 368.59 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.0814167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.481;QD=16.7539;RBI=0.0944222;REFB=0.00229279;REVB=-0.0478213;RO=48;SAF=21;SAR=18;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128662;STB=0.564799;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00341655;OID=.;OPOS=43122966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:49:39:39:0.443182:18:21:32:16:18:21:32:17 chr3 43390387 . C CT 549.35 PASS AF=1;AO=51;DP=76;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0705541;FXX=0.054787;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.9157;QD=31.8465;RBI=0.10836;REFB=-0.0140722;REVB=-0.0822432;RO=16;SAF=32;SAR=19;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00116369;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000184692;OID=.;OPOS=43390388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:76:69:69:0:45:24:0:0:10:16:32:19:10:6 chr3 43414318 . A G 2333.97 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.482;QD=60.2316;RBI=0.0346721;REFB=0.00254764;REVB=0.00780906;RO=0;SAF=76;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503268;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=1.27514e-05;OID=.;OPOS=43414318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:155:0:1:154:154:0.993548:78:76:0:0:78:76:1:0 chr3 43602803 . C T 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.8865;QD=56.9544;RBI=0.0533194;REFB=0;REVB=0.0363166;RO=0;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000733645;OID=.;OPOS=43602803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:38:14:0:0:38:14:0:0 chr3 43607136 . T C 400.37 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00168764;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.109;QD=53.3822;RBI=0.00515719;REFB=-0.123561;REVB=-0.00487325;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515141;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000467342;OID=.;OPOS=43607136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:13:16:0:0:13:16:1:0 chr3 44283672 . T C 31.59 PASS AF=0.555556;AO=4;DP=8;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00281525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5452;QD=14.0408;RBI=0.0155293;REFB=-0.00766346;REVB=-0.015272;RO=4;SAF=4;SAR=0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.687804;STB=0.533194;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0375534;OID=.;OPOS=44283672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:8:9:4:4:4:5:0.555556:0:4:3:1:1:4:3:1 chr3 44283808 . C A 199.74 PASS AF=0.5;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0074304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.736;QD=19.9743;RBI=0.0075822;REFB=-0.0320425;REVB=-0.00150961;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266498;STB=0.669742;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0391428;OID=.;OPOS=44283808;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:20:20:20:0.5:8:12:5:13:8:12:5:15 chr3 44284584 . G A 346.53 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00301999;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.067;QD=19.2515;RBI=0.0156787;REFB=0.00146046;REVB=0.0153851;RO=35;SAF=15;SAR=21;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952787;STB=0.543455;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000820174;OID=.;OPOS=44284584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:35:36:36:36:0.5:21:15:11:24:21:15:12:24 chr3 44489264 . G A 301.48 PASS AF=0.358491;AO=36;DP=104;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0288352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9565;QD=11.3766;RBI=0.0350914;REFB=0.0117952;REVB=-0.0199984;RO=68;SAF=15;SAR=21;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952783;STB=0.568581;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0170493;OID=.;OPOS=44489264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:68:68:36:38:0.358491:21:15:34:34:23:15:34:34 chr3 44540791 . TTC T,TTT 1265.25 PASS AF=0.976744,0;AO=81,5;DP=88;FAO=84,0;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=37,0;FSAR=47,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00594813,-0.0110425;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=2,1;MLLD=309.939,281.669;QD=58.8488;RBI=0.00960522,0.0117556;REFB=0.0426572,0.0430942;REVB=-0.00754189,-0.0040322;RO=0;SAF=37,4;SAR=44,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.501403,0.5;STBP=0.86,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000652216,0;OID=.,.;OPOS=44540792,44540793;OREF=TC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.976744,0:81,5:88:84,0:86:2:37,0:47,0:1:1:4:0:37,4:44,1:0:0 chr3 44612050 . C T 78.63 PASS AF=0.314286;AO=10;DP=34;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0399104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.238;QD=8.9862;RBI=0.0400011;REFB=-0.0132985;REVB=0.00269265;RO=24;SAF=2;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452148;STB=0.790653;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0358953;OID=.;OPOS=44612050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:34:35:24:24:10:11:0.314286:8:2:14:10:9:2:14:10 chr3 44637647 . A G 324.87 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.013074;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.284;QD=16.8763;RBI=0.0132892;REFB=-0.00990233;REVB=-0.00238183;RO=42;SAF=13;SAR=22;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151304;STB=0.585057;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.012094;OID=.;OPOS=44637647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:22:13:22:20:22:13:22:20 chr3 44638599 . T A 212.22 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.00115921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.386;QD=12.3028;RBI=0.00881054;REFB=-0.00348731;REVB=0.00873395;RO=43;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26723;STB=0.652772;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0056045;OID=.;OPOS=44638599;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:11:15:14:29:11:15:14:29 chr3 44639043 . C T 204.44 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.055208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0273;QD=22.7159;RBI=0.0554227;REFB=0.000632994;REVB=0.00487378;RO=16;SAF=4;SAR=16;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242796;STB=0.637529;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00188509;OID=.;OPOS=44639043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:16:4:7:9:16:4:7:9 chr3 44692564 . C G 419.38 PASS AF=0.443299;AO=42;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0515092;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3332;QD=17.2942;RBI=0.053452;REFB=-0.0147632;REVB=0.0142802;RO=53;SAF=28;SAR=14;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126915;STB=0.567057;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0191051;OID=.;OPOS=44692564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:54:42:43:0.443299:14:28:29:24:15:28:29:25 chr3 44700523 . C T 122.31 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0131903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.489;QD=15.7823;RBI=0.017515;REFB=0.00403397;REVB=-0.0115234;RO=16;SAF=11;SAR=3;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047337;STB=0.516754;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.00375393;OID=.;OPOS=44700523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:17:14:14:0.451613:3:11:12:4:3:11:13:4 chr3 44763037 . A C 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0143861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.796;QD=25.4295;RBI=0.0147743;REFB=-0.0289257;REVB=-0.00336487;RO=15;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105807;STB=0.55877;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0125042;OID=.;OPOS=44763037;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:10:12:6:9:10:12:6:9 chr3 44775962 . A G 285.98 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0172305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.115;QD=21.9987;RBI=0.0208714;REFB=0.000124096;REVB=0.0117781;RO=23;SAF=19;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21523;STB=0.619481;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000116562;OID=.;OPOS=44775962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:10:19:9:14:10:19:9:14 chr3 44777795 . CT TC 144.19 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00103116;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=193.95;QD=15.1774;RBI=0.00784561;REFB=-0.010295;REVB=0.00777755;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282106;STB=0.672868;STBP=0.094;TYPE=mnp;VARB=0.00985683;OID=.;OPOS=44777795;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:22:16:16:0.421053:6:10:7:14:6:10:7:15 chr3 44869026 . A T 2649.84 PASS AF=0.966851;AO=175;DP=181;FAO=175;FDP=181;FR=.;FRO=6;FSAF=79;FSAR=96;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0198334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.2074;QD=58.5601;RBI=0.0378588;REFB=-0.144595;REVB=0.0322478;RO=3;SAF=79;SAR=96;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146406;STB=0.503955;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00289027;OID=.;OPOS=44869026;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:181:181:3:6:175:175:0.966851:96:79:0:3:96:79:2:4 chr3 44884647 . C A 323.24 PASS AF=0.466667;AO=34;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=32;FWDB=0.00690184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.699;QD=17.2393;RBI=0.022021;REFB=-0.0271459;REVB=-0.0209114;RO=40;SAF=8;SAR=26;SRF=8;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048751;STB=0.541471;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.030543;OID=.;OPOS=44884647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:34:35:0.466667:26:8:8:32:26:9:8:32 chr3 44929287 . G C 728.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5251;QD=57.1735;RBI=0.00782702;REFB=0;REVB=-0.00604031;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.24103e-06;OID=.;OPOS=44929287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr3 44943069 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00645095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.413;QD=62.3509;RBI=0.0118361;REFB=0;REVB=0.00992362;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25986e-05;OID=.;OPOS=44943069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr3 44943389 . G A 1152.9 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.399;QD=60.6787;RBI=0.0490752;REFB=0;REVB=0.0468462;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04638e-05;OID=.;OPOS=44943389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:40:35:0:0:41:35:0:0 chr3 44948479 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.191;QD=59.8559;RBI=0.0261777;REFB=0;REVB=0.0228089;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44256e-05;OID=.;OPOS=44948479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr3 44948590 . G A 1591.92 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211957;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.94;QD=60.0723;RBI=0.0218449;REFB=0;REVB=0.00528585;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20532e-05;OID=.;OPOS=44948590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:54:52:0:0:54:52:0:0 chr3 44968319 . CT C,TC 371.89 PASS AF=0.942029,0.0434783;AO=33,3;DP=63;FAO=65,3;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=47,0;FSAR=18,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0913958,-0.0124744;FXX=0.028165;HRUN=5,2;LEN=1,2;MLLD=8.88124,185.514;QD=21.5591;RBI=0.147589,0.0532085;REFB=-0.178826,-0.0291697;REVB=0.115884,-0.0517256;RO=22;SAF=29,0;SAR=4,3;SRF=16;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.209923,-0.686038;STB=0.505262,0.994936;STBP=0.609,0.121;TYPE=del,mnp;VARB=0.0643659,0.166253;OID=.,.;OPOS=44968320,44968319;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:63:69:22:1:33,3:65,3:0.942029,0.0434783:4,3:29,0:16:6:18,3:47,0:1:0 chr3 45052775 . G C 3018.51 PASS AF=1;AO=188;DP=190;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.765;QD=63.5475;RBI=0.0270406;REFB=0;REVB=0.0259066;RO=0;SAF=98;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79568e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.521e-05;OID=.;OPOS=45052775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:190:0:0:188:190:1:90:98:0:0:90:100:0:0 chr3 45077123 . G A 781.86 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0440757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.949;QD=52.1237;RBI=0.0461952;REFB=-0.105213;REVB=0.0138321;RO=3;SAF=41;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440311;STB=0.523396;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000698263;OID=.;OPOS=45077123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:60:3:3:57:57:0.95:16:41:1:2:16:41:1:2 chr3 45127515 . T C 1571.66 PASS AF=0.990654;AO=104;DP=105;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0665834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7311;QD=58.7536;RBI=0.0951023;REFB=-0.0671055;REVB=0.0679051;RO=0;SAF=37;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503596;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00127223;OID=.;OPOS=45127515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:105:107:0:1:104:106:0.990654:67:37:0:0:69:37:0:1 chr3 45134822 . T C 1339.72 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00618484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.96;QD=62.3127;RBI=0.0325741;REFB=0;REVB=-0.0319815;RO=0;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09267e-05;OID=.;OPOS=45134822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:35:51:0:0:35:51:0:0 chr3 45187785 . C G 45.64 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0631545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0719;QD=8.69364;RBI=0.0661521;REFB=-0.0187733;REVB=-0.0196876;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345387;STB=0.70542;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0300751;OID=.;OPOS=45187785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:2:12:4:3:2:12 chr3 45297004 . T C 388.02 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0158664;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.643;QD=15.0688;RBI=0.0187244;REFB=0.0131352;REVB=0.00994287;RO=59;SAF=21;SAR=23;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200737;STB=0.511283;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.0207005;OID=.;OPOS=45297004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:59:59:44:44:0.427184:23:21:27:32:23:21:27:32 chr3 45527218 . T C 1560.91 PASS AF=0.99;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00938107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.568;QD=62.4365;RBI=0.0221955;REFB=-0.0852907;REVB=0.0201155;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.50495;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000109089;OID=.;OPOS=45527218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:0:1:98:99:0.99:48:50:0:0:49:50:1:0 chr3 45533224 . G A 1399.57 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386598;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.454;QD=62.902;RBI=0.0402852;REFB=0;REVB=0.0113276;RO=0;SAF=36;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.58066e-05;OID=.;OPOS=45533224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:53:36:0:0:53:36:0:0 chr3 45559519 . T C 1524.73 PASS AF=0.990385;AO=100;DP=101;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00487044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.21;QD=58.6435;RBI=0.0288708;REFB=-0.0384916;REVB=0.0284571;RO=1;SAF=37;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747122;STB=0.503936;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000233448;OID=.;OPOS=45559519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:104:1:1:100:103:0.990385:63:37:0:1:63:40:0:1 chr3 45565554 . A G 3133.46 PASS AF=1;AO=203;DP=203;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.080979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.503;QD=61.743;RBI=0.0883585;REFB=0;REVB=-0.0353499;RO=0;SAF=98;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175038;OID=.;OPOS=45565554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:203:0:0:203:203:1:105:98:0:0:105:98:0:0 chr3 45637253 . C T 1043.06 PASS AF=0.935897;AO=73;DP=78;FAO=73;FDP=78;FR=.;FRO=5;FSAF=55;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00415191;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.805;QD=53.4901;RBI=0.0127222;REFB=-0.0555658;REVB=0.0120256;RO=5;SAF=55;SAR=18;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246318;STB=0.513056;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000395027;OID=.;OPOS=45637253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:78:78:5:5:73:73:0.935897:18:55:3:2:18:55:3:2 chr3 45637324 . TG T 40.75 PASS AF=0.230769;AO=22;DP=65;FAO=15;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.129282;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=12.2369;QD=2.50765;RBI=0.13965;REFB=-0.0147291;REVB=0.0528045;RO=41;SAF=8;SAR=14;SRF=20;SRR=21;SSEN=0.818182;SSEP=0;SSSB=-0.142479;STB=0.520634;STBP=0.881;TYPE=del;VARB=0.0339954;OID=.;OPOS=45637325;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769:22:65:15:65:50:7:8:22:28:40:41:8:14:20:21 chr3 45637439 . T C 3184.23 PASS AF=1;AO=173;DP=199;FAO=198;FDP=198;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=104;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.14;QD=64.3279;RBI=0.0555339;REFB=0;REVB=0.0471792;RO=0;SAF=101;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161457;OID=.;OPOS=45637439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:198:0:0:173:198:1:72:101:0:0:94:104:0:0 chr3 45817418 . A G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.945;QD=59.8557;RBI=0.0558958;REFB=0;REVB=-0.0326767;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36593e-05;OID=.;OPOS=45817418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:30:41:0:0:30:41:0:0 chr3 45823666 . C T 355.63 PASS AF=0.314685;AO=45;DP=144;FAO=45;FDP=143;FR=.;FRO=98;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=62;FSRR=36;FWDB=-0.00646182;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6428;QD=9.94766;RBI=0.0207913;REFB=-0.0119476;REVB=0.0197616;RO=95;SAF=25;SAR=20;SRF=59;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785974;STB=0.554117;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0262236;OID=.;OPOS=45823666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:95:98:45:45:0.314685:20:25:59:36:20:25:62:36 chr3 45837886 . G C 167.55 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.000357302;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9109;QD=15.9572;RBI=0.0196478;REFB=-0.0141262;REVB=-0.0196445;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238777;STB=0.633361;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0454554;OID=.;OPOS=45837886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:20:24:18:18:0.428571:11:7:13:7:11:7:15:9 chr3 45959515 . A T 1377.49 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000319776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.748;QD=62.6133;RBI=0.00137672;REFB=0;REVB=0.00133907;RO=0;SAF=55;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77243e-06;OID=.;OPOS=45959515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:33:55:0:0:33:55:0:0 chr3 45996761 . G A 907.76 PASS AF=0.464646;AO=92;DP=198;FAO=92;FDP=198;FR=.;FRO=106;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=62;FSRR=44;FWDB=-0.0248111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.912;QD=18.3385;RBI=0.026647;REFB=-0.0126951;REVB=-0.00971954;RO=106;SAF=40;SAR=52;SRF=62;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144733;STB=0.580035;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0103909;OID=.;OPOS=45996761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:106:106:92:92:0.464646:52:40:62:44:52:40:62:44 chr3 46009491 . C T 495.46 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0082343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.59;QD=26.0769;RBI=0.0106237;REFB=0.00376891;REVB=-0.00671256;RO=30;SAF=24;SAR=22;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568376;STB=0.531021;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00332624;OID=.;OPOS=46009491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:30:46:46:0.605263:22:24:18:12:22:24:18:12 chr3 46010077 . C T 1860.43 PASS AF=0.96875;AO=123;DP=128;FAO=124;FDP=128;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0287531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.07;QD=58.1384;RBI=0.0314261;REFB=-0.0869187;REVB=0.012683;RO=1;SAF=62;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772492;STB=0.515622;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-7.52307e-06;OID=.;OPOS=46010077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:128:128:1:4:123:124:0.96875:61:62:0:1:62:62:0:4 chr3 46021218 . G T 1556.46 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546992;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.664;QD=63.529;RBI=0.00857634;REFB=0;REVB=0.00660557;RO=0;SAF=61;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116873;OID=.;OPOS=46021218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:96:98:1:35:61:0:0:36:62:0:0 chr3 46399208 . G A 511.16 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00179489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.59;QD=17.0386;RBI=0.0215488;REFB=-0.0172405;REVB=-0.0214739;RO=65;SAF=24;SAR=31;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247909;STB=0.513807;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0178245;OID=.;OPOS=46399208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:65:65:55:55:0.458333:31:24:30:35:31:24:30:35 chr3 46399798 . T C 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00634538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.463;QD=15.1565;RBI=0.00699931;REFB=-0.0116067;REVB=-0.00295406;RO=32;SAF=16;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808274;STB=0.545957;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0128261;OID=.;OPOS=46399798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:9:16:18:14:9:16:18:14 chr3 46416470 . G T 598.9 PASS AF=0.568421;AO=55;DP=97;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0293633;FXX=0.0206164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4627;QD=25.2169;RBI=0.0691011;REFB=-0.0158672;REVB=0.062552;RO=41;SAF=20;SAR=35;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213439;STB=0.614737;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0217698;OID=.;OPOS=46416470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:41:41:55:54:0.568421:35:20:26:15:34:20:26:15 chr3 46417312 . G T 134.31 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0101351;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.418;QD=15.3495;RBI=0.0185556;REFB=-0.015799;REVB=-0.0155431;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316188;STB=0.547465;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0221466;OID=.;OPOS=46417312;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:18:20:15:15:0.428571:7:8:9:9:7:8:9:11 chr3 46449978 . A C 603.57 PASS AF=0.540541;AO=60;DP=111;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0129554;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.587;QD=21.7502;RBI=0.0222233;REFB=-0.00789174;REVB=0.0180564;RO=48;SAF=29;SAR=31;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978824;STB=0.565977;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00539418;OID=.;OPOS=46449978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:48:51:60:60:0.540541:31:29:29:19:31:29:32:19 chr3 46450070 . T A 518.74 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00493341;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.389;QD=25.3042;RBI=0.045647;REFB=-0.0418726;REVB=0.0453796;RO=34;SAF=29;SAR=19;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080906;STB=0.544298;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0206587;OID=.;OPOS=46450070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:34:34:48:48:0.585366:19:29:17:17:19:29:17:17 chr3 46480801 . A G 958.74 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.125;QD=57.2382;RBI=0.0341006;REFB=-0.113774;REVB=0.0324228;RO=1;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192778;STB=0.510201;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000523491;OID=.;OPOS=46480801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:24:42:0:1:24:42:0:1 chr3 46484964 . G A 496.21 PASS AF=0.495575;AO=50;DP=108;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00105282;FXX=0.0504159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9971;QD=17.565;RBI=0.00110313;REFB=-0.0242879;REVB=0.000329344;RO=54;SAF=19;SAR=31;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080424;STB=0.513862;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0352346;OID=.;OPOS=46484964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:113:54:57:50:56:0.495575:31:19:25:29:31:25:27:30 chr3 46501213 . T C 629.58 PASS AF=0.548673;AO=62;DP=114;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0103823;FXX=0.00877116;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.275;QD=22.286;RBI=0.0110834;REFB=-0.00821429;REVB=0.00387926;RO=51;SAF=35;SAR=27;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093809;STB=0.551401;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00612881;OID=.;OPOS=46501213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:51:51:62:62:0.548673:27:35:23:28:27:35:23:28 chr3 46501268 . C T 550.44 PASS AF=0.539216;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0058234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.759;QD=21.5857;RBI=0.00968438;REFB=-0.0339521;REVB=-0.00773791;RO=47;SAF=32;SAR=23;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784853;STB=0.543141;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0211089;OID=.;OPOS=46501268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:47:47:55:55:0.539216:23:32:23:24:23:32:23:24 chr3 46501284 . C CCTT 1105.92 PASS AF=1;AO=71;DP=90;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646138;FXX=0.0999875;HRUN=2;LEN=3;MLLD=278.498;QD=61.4402;RBI=0.0346881;REFB=0;REVB=0.034081;RO=17;SAF=41;SAR=30;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607925;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.7207e-05;OID=.;OPOS=46501285;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:90:72:72:0:41:31:0:0:6:17:41:30:7:10 chr3 46542360 . G A 87.14 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0303768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.428;QD=6.22443;RBI=0.0313764;REFB=0.00140987;REVB=-0.00785675;RO=43;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162477;STB=0.510188;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.00635904;OID=.;OPOS=46542360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:8:5:16:27:8:5:16:27 chr3 46580591 . G T 389.96 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0287406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.985;QD=21.6642;RBI=0.0479538;REFB=-0.0179271;REVB=-0.0383868;RO=33;SAF=9;SAR=30;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29941;STB=0.666574;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0239027;OID=.;OPOS=46580591;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:30:9:18:15:30:9:18:15 chr3 46620614 . T C 925.54 PASS AF=0.481865;AO=94;DP=193;FAO=93;FDP=193;FR=.;FRO=100;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=56;FSRR=44;FWDB=0.0162982;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.43;QD=19.1823;RBI=0.0337371;REFB=-0.0150099;REVB=0.0295392;RO=98;SAF=41;SAR=53;SRF=56;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125197;STB=0.561679;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0273473;OID=.;OPOS=46620614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:98:100:94:93:0.481865:53:41:56:42:52:41:56:44 chr3 46654132 . G A 1445.33 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.936;QD=62.8404;RBI=0.0364073;REFB=0;REVB=0.0343609;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59388e-05;OID=.;OPOS=46654132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:42:49:0:0:43:49:0:0 chr3 46658737 . A G 1624.2 PASS AF=0.982143;AO=108;DP=111;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0178728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7288;QD=58.0072;RBI=0.0776754;REFB=-0.118961;REVB=0.0755912;RO=0;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508927;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00236511;OID=.;OPOS=46658737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:112:0:2:108:110:0.982143:54:54:0:0:55:55:0:2 chr3 46713457 . C G 458.78 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0882049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1671;QD=16.9917;RBI=0.0882531;REFB=0.0366207;REVB=-0.00291635;RO=57;SAF=19;SAR=31;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109454;STB=0.566183;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.0388987;OID=.;OPOS=46713457;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:58:50:50:0.462963:31:19:28:29:31:19:29:29 chr3 46722692 . G T 310.39 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0207218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5717;QD=21.4059;RBI=0.0210943;REFB=0.000243345;REVB=0.00394708;RO=26;SAF=21;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194657;STB=0.607949;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=1.57168e-05;OID=.;OPOS=46722692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:11:21:11:15:11:21:11:15 chr3 46729757 . C G 302.83 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0361658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1017;QD=14.594;RBI=0.0379175;REFB=-0.0273887;REVB=0.0113915;RO=49;SAF=6;SAR=28;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291372;STB=0.667827;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0537837;OID=.;OPOS=46729757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:28:6:19:30:28:6:19:30 chr3 46755937 . C T 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.00701221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.279;QD=13.7478;RBI=0.013986;REFB=-0.019398;REVB=0.0121012;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238079;STB=0.635644;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0181018;OID=.;OPOS=46755937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:12:10:22:10:12:10:22:10 chr3 46759010 . T G 66.84 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00414341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.914;QD=7.22633;RBI=0.0131117;REFB=-0.0222041;REVB=-0.0124398;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627527;STB=0.612679;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0525981;OID=.;OPOS=46759010;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:36:37:22:27:10:10:0.27027:6:4:10:12:6:4:15:12 chr3 46775322 . A G 582.36 PASS AF=0.458647;AO=61;DP=133;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.0117252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.842;QD=17.5146;RBI=0.0157074;REFB=-0.0124296;REVB=-0.0104519;RO=71;SAF=30;SAR=31;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671729;STB=0.540727;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0151878;OID=.;OPOS=46775322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:71:72:61:61:0.458647:31:30:30:41:31:30:30:42 chr3 46775383 . A G 360.75 PASS AF=0.487179;AO=37;DP=77;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0168803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4898;QD=18.5001;RBI=0.0759535;REFB=-0.0281654;REVB=-0.074054;RO=40;SAF=18;SAR=19;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12792;STB=0.576884;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0288687;OID=.;OPOS=46775383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:40:40:37:38:0.487179:19:18:14:26:19:19:14:26 chr3 46775569 . C T 363.3 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00147077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6435;QD=18.395;RBI=0.0183334;REFB=-0.0230422;REVB=-0.0182743;RO=41;SAF=22;SAR=16;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130404;STB=0.572725;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0276117;OID=.;OPOS=46775569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:16:22:18:23:16:22:18:23 chr3 46775608 . A G 456.81 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00261607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.478;QD=16.7636;RBI=0.0273669;REFB=-0.0258448;REVB=0.0272416;RO=59;SAF=28;SAR=22;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994632;STB=0.555452;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0301245;OID=.;OPOS=46775608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:59:50:50:0.458716:22:28:27:32:22:28:27:32 chr3 46777881 . C G 165.98 PASS AF=0.375;AO=16;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00509932;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.507;QD=13.8313;RBI=0.011473;REFB=-0.00235407;REVB=0.0102775;RO=31;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885007;STB=0.549944;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0199338;OID=.;OPOS=46777881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:30:16:18:0.375:6:10:17:14:7:11:16:14 chr3 46777885 . T C 164.36 PASS AF=0.375;AO=17;DP=47;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.023496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.995;QD=13.6964;RBI=0.0250775;REFB=-0.0156829;REVB=0.0087645;RO=30;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608532;STB=0.549944;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.014949;OID=.;OPOS=46777885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:30:30:17:18:0.375:7:10:16:14:7:11:16:14 chr3 46933960 . C G 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0115936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5961;QD=15.1718;RBI=0.0408747;REFB=-0.0121588;REVB=-0.039196;RO=24;SAF=13;SAR=4;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126155;STB=0.573438;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0141887;OID=.;OPOS=46933960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:4:13:16:8:4:13:16:8 chr3 46944274 . T C 885.26 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5656;QD=58.0496;RBI=0.0180552;REFB=0;REVB=0.013575;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254153;OID=.;OPOS=46944274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr3 46944368 . T C 283.03 PASS AF=0.34;AO=31;DP=97;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0309823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.962;QD=11.3212;RBI=0.0313559;REFB=-0.00741259;REVB=-0.00482589;RO=66;SAF=13;SAR=18;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238422;STB=0.520698;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0186225;OID=.;OPOS=46944368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:66:66:31:34:0.34:18:13:29:37:18:16:29:37 chr3 46965111 . C T 218.56 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0392771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.624;QD=31.2233;RBI=0.0433301;REFB=-0.0333638;REVB=0.0182978;RO=8;SAF=6;SAR=14;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114047;STB=0.562441;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.014754;OID=.;OPOS=46965111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:14:6:1:7:14:6:1:7 chr3 46966722 . G A 199.7 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00106293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.027;QD=9.50964;RBI=0.0139176;REFB=-0.00896791;REVB=0.013877;RO=58;SAF=13;SAR=13;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060684;STB=0.535687;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0260625;OID=.;OPOS=46966722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:58:58:26:26:0.309524:13:13:26:32:13:13:26:32 chr3 47018214 . T C 1026.32 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.267;QD=59.4968;RBI=0.0308423;REFB=0;REVB=0.00528679;RO=0;SAF=45;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.41593e-05;OID=.;OPOS=47018214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:24:45:0:0:24:45:0:0 chr3 47033985 . GC CG,GCC,G 68.57 PASS AF=0.0898876,0.157303,0;AO=12,25,20;DP=190;FAO=16,28,0;FDP=178;FR=.;FRO=134;FSAF=0,16,0;FSAR=16,12,0;FSRF=106;FSRR=28;FWDB=-0.0316038,0.0625715,-0.0629739;FXX=0.0729129;HRUN=1,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=25.2014,8.4033,8.79488;QD=1.54083;RBI=0.0459405,0.068979,0.0678382;REFB=0.00122005,0.014669,-0.00745301;REVB=-0.0333426,0.0290329,-0.0252253;RO=94;SAF=2,16,18;SAR=10,9,2;SRF=76;SRR=18;SSEN=0,0,0.529412;SSEP=0,0,0.521739;SSSB=-0.677885,-0.26056,0.230643;STB=0.999634,0.695705,0.5;STBP=0,0.069,1;TYPE=mnp,ins,del;VARB=-0.159871,-0.130336,-0.0850785;OID=.,.,.;OPOS=47033985,47033986,47033986;OREF=GC,-,C;OALT=CG,C,-;OMAPALT=CG,GCC,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:190:178:94:134:12,25,20:16,28,0:0.0898876,0.157303,0:10,9,2:2,16,18:76:18:16,12,0:0,16,0:106:28 chr3 47042585 . G A 78.88 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0284139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.3419;QD=6.5735;RBI=0.036984;REFB=-0.0271734;REVB=-0.0236742;RO=34;SAF=7;SAR=4;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139585;STB=0.534074;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.103163;OID=.;OPOS=47042585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:45:48:34:37:11:11:0.229167:4:7:22:12:4:7:22:15 chr3 47043538 . C T 1514.58 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0458793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5332;QD=62.4567;RBI=0.0474668;REFB=-0.0175426;REVB=-0.0121734;RO=1;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977764;STB=0.505154;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00148623;OID=.;OPOS=47043538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:48:48:0:1:48:48:0:1 chr3 47044162 . C T 82.69 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00908931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6578;QD=9.18792;RBI=0.034381;REFB=-0.0194072;REVB=-0.0331577;RO=23;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227193;STB=0.59569;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0477646;OID=.;OPOS=47044162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:23:25:11:11:0.305556:6:5:6:17:6:5:8:17 chr3 47044777 . G A 81.1 PASS AF=0.275;AO=10;DP=39;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0904732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6413;QD=8.11028;RBI=0.126798;REFB=-0.0174689;REVB=0.0888384;RO=29;SAF=6;SAR=4;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585417;STB=0.504579;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0699856;OID=.;OPOS=47044777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:40:29:29:10:11:0.275:4:6:16:13:5:6:16:13 chr3 47045739 . C G 551.91 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.197027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.591;QD=56.6065;RBI=0.197794;REFB=-0.119193;REVB=0.0173975;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519989;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00216488;OID=.;OPOS=47045739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:39:39:0:1:37:38:0.974359:26:11:0:0:26:12:1:0 chr3 47045846 . C T 202.56 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0802349;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.4913;QD=31.1627;RBI=0.165992;REFB=-0.0054543;REVB=0.145312;RO=7;SAF=5;SAR=14;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791922;STB=0.543435;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00958502;OID=.;OPOS=47045846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:14:5:1:6:14:5:1:6 chr3 47049918 . G A 150.01 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00778541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1011;QD=12.2457;RBI=0.0142214;REFB=-0.00479652;REVB=0.0119011;RO=32;SAF=13;SAR=4;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257685;STB=0.653436;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0275089;OID=.;OPOS=47049918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:4:13:18:14:4:13:18:14 chr3 47125385 . G A 1608.26 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00300404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.019;QD=59.0188;RBI=0.00303077;REFB=-0.0402134;REVB=0.00040162;RO=1;SAF=89;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243211;STB=0.512818;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-3.50854e-06;OID=.;OPOS=47125385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:19:89:0:1:19:89:0:1 chr3 47161214 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.476;QD=51.9167;RBI=0.0228485;REFB=0;REVB=0.0118184;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56375e-05;OID=.;OPOS=47161214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr3 47162661 . A G 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.77;QD=60.6067;RBI=0.0229882;REFB=0;REVB=0.00190691;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.32973e-05;OID=.;OPOS=47162661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr3 47282303 . G A 1591.11 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119117;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.56;QD=64.2872;RBI=0.0119156;REFB=0;REVB=0.000305424;RO=0;SAF=64;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46866e-05;OID=.;OPOS=47282303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:35:64:0:0:35:64:0:0 chr3 47322496 . C T 1111.98 PASS AF=0.987013;AO=73;DP=74;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0255516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4604;QD=57.7651;RBI=0.0612955;REFB=-0.082854;REVB=0.0557159;RO=1;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129584;STB=0.506327;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.012907;OID=.;OPOS=47322496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:77:1:1:73:76:0.987013:36:37:0:1:39:37:0:1 chr3 47385585 . C A 675.47 PASS AF=0.927273;AO=51;DP=55;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.000447018;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.473;QD=49.125;RBI=0.0472635;REFB=-0.159998;REVB=0.0472614;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523456;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.012734;OID=.;OPOS=47385585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:55:55:0:4:51:51:0.927273:22:29:0:0:22:29:1:3 chr3 47386060 . G C 750.25 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.04865;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4297;QD=63.8513;RBI=0.0498457;REFB=0;REVB=-0.0108523;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000875121;OID=.;OPOS=47386060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:33:13:0:0:34:13:0:0 chr3 47449058 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.119;QD=46.848;RBI=0.0492634;REFB=0;REVB=-0.00317073;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212778;OID=.;OPOS=47449058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr3 47452786 . G A 537.52 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.074407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.715;QD=59.7242;RBI=0.075317;REFB=0;REVB=0.0116724;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015509;OID=.;OPOS=47452786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:21:14:0:0:22:14:0:0 chr3 47453171 . GAGA G 45.96 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0111759;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=230.923;QD=8.75338;RBI=0.030078;REFB=-0.00784216;REVB=0.0279246;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34615;STB=0.732681;STBP=0.147;TYPE=del;VARB=0.014125;OID=.;OPOS=47453172;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:21:7:21:14:2:5:9:5:45:13:2:5:8:5 chr3 47454399 . G A 114.94 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124649;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7981;QD=41.7947;RBI=0.12465;REFB=0;REVB=-0.000608536;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.048606;OID=.;OPOS=47454399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:8:2:0:0:8:3:0:0 chr3 47459679 . C T 219.68 PASS AF=0.44;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0458972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.785;QD=17.574;RBI=0.0722153;REFB=-0.00657751;REVB=0.0557539;RO=27;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203914;STB=0.608006;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00729165;OID=.;OPOS=47459679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:28:22:22:0.44:7:15:13:14:7:15:14:14 chr3 47462200 . T C 503.4 PASS AF=1;AO=29;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000570536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.757;QD=59.2233;RBI=0.0924432;REFB=0;REVB=0.0924415;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582669;OID=.;OPOS=47462200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:29:34:1:11:18:0:0:15:19:0:0 chr3 47539751 . T C 1549.17 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.979;QD=63.8833;RBI=0.0105686;REFB=0;REVB=-0.00950507;RO=0;SAF=57;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.89893e-06;OID=.;OPOS=47539751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:40:57:0:0:40:57:0:0 chr3 47544924 . ATTTTTTC AATTTTTC,ATTTTTC,ATTTTTCT 141.88 PASS AF=0.285714,0.392857,0.107143;AO=7,7,3;DP=29;FAO=8,11,3;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=1,4,0;FSAR=7,7,3;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.217753,0.169214,-0.0343172;FXX=0.0666445;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=14.7911,9.55617,14.8279;QD=20.268;RBI=0.223085,0.169265,0.0917171;REFB=-0.122894,-0.101372,-0.037675;REVB=0.048484,0.0041625,-0.085055;RO=8;SAF=0,1,1;SAR=7,6,2;SRF=8;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.840898,-0.683595,-0.667828;STB=0.874061,0.713925,0.99777;STBP=0.007,0.027,0.002;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0660368,0.146177,0.0410245;OID=.,.,.;OPOS=47544925,47544925,47544930;OREF=T,T,TC;OALT=A,-,CT;OMAPALT=AATTTTTC,ATTTTTC,ATTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.285714,0.392857,0.107143:7,7,3:29:8,11,3:28:6:1,4,0:7,7,3:6:0:45:8:0,1,1:7,6,2:8:0 chr3 47618953 . C A 258.61 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0135231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.053;QD=16.4198;RBI=0.0136645;REFB=-0.00896822;REVB=0.00196087;RO=34;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683539;STB=0.538435;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0124579;OID=.;OPOS=47618953;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:15:14:14:20:15:14:14:20 chr3 47645933 . A T 518.56 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.00518718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.768;QD=19.3855;RBI=0.0534791;REFB=0.00621074;REVB=-0.053227;RO=53;SAF=20;SAR=34;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178209;STB=0.598555;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00666834;OID=.;OPOS=47645933;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:53:54:54:0.504673:34:20:30:23:34:20:30:23 chr3 47747956 . G A 254.83 PASS AF=0.268657;AO=36;DP=134;FAO=36;FDP=134;FR=.;FRO=98;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=43;FWDB=-0.00467312;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.022;QD=7.60684;RBI=0.0261812;REFB=0.00490204;REVB=-0.0257608;RO=95;SAF=25;SAR=11;SRF=54;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16618;STB=0.60532;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00934986;OID=.;OPOS=47747956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:95:98:36:36:0.268657:11:25:54:41:11:25:55:43 chr3 47882434 . G GC,GCGC 763.54 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=12,7;DP=63;FAO=56,7;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0;FSAR=23,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.935218,0.00565761;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=24.0628,238.761;QD=48.4787;RBI=0.959518,0.00635883;REFB=-0.0269242,-0.023358;REVB=0.214572,-0.00290278;RO=44;SAF=0,0;SAR=12,7;SRF=33;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.813645,-0.760896;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0517923,0.0683031;OID=.,.;OPOS=47882435,47882435;OREF=-,-;OALT=C,CGC;OMAPALT=GC,GCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.888889,0.111111:12,7:63:56,7:63:0:33,0:23,7:0:0:33:44:0,0:12,7:33:11 chr3 48298265 . G A 481.33 PASS AF=0.31068;AO=64;DP=205;FAO=64;FDP=206;FR=.;FRO=142;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=71;FSRR=71;FWDB=0.0133252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9473;QD=9.34629;RBI=0.0292097;REFB=-0.0142777;REVB=0.0259932;RO=139;SAF=20;SAR=44;SRF=70;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235241;STB=0.635109;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.031965;OID=.;OPOS=48298265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:139:142:64:64:0.31068:44:20:70:69:44:20:71:71 chr3 48299472 . C T 217.11 PASS AF=0.294737;AO=28;DP=96;FAO=28;FDP=95;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0508393;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.444;QD=9.14131;RBI=0.0589395;REFB=-0.0115771;REVB=-0.02982;RO=67;SAF=14;SAR=14;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445021;STB=0.526297;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0314135;OID=.;OPOS=48299472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:67:67:28:28:0.294737:14:14:31:36:14:14:31:36 chr3 48419897 . C T 958.46 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304529;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6838;QD=58.982;RBI=0.0348693;REFB=0;REVB=0.016985;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209406;OID=.;OPOS=48419897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:64:65:1:36:28:0:0:37:28:0:0 chr3 48457489 . C T 356.73 PASS AF=0.295181;AO=49;DP=166;FAO=49;FDP=166;FR=.;FRO=117;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=75;FSRR=42;FWDB=0.0140699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.623;QD=8.59593;RBI=0.016021;REFB=-0.010738;REVB=-0.00766225;RO=116;SAF=25;SAR=24;SRF=74;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154971;STB=0.592556;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0224957;OID=.;OPOS=48457489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:116:117:49:49:0.295181:24:25:74:42:24:25:75:42 chr3 48465113 . G C 423.38 PASS AF=0.62;AO=24;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0155633;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=223.003;QD=33.87;RBI=0.0246911;REFB=-0.0491689;REVB=0.0191685;RO=12;SAF=6;SAR=18;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646899;STB=0.512187;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0259319;OID=.;OPOS=48465113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:12:11:24:31:0.62:18:6:4:8:21:10:4:7 chr3 48476431 . C G 2037.37 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0551835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.59;QD=61.7386;RBI=0.0553932;REFB=0;REVB=0.0048158;RO=0;SAF=75;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00949e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116748;OID=.;OPOS=48476431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:132:132:0:0:131:132:1:56:75:0:0:57:75:0:0 chr3 48508608 . G A 104.61 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0211712;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0758;QD=6.34009;RBI=0.0325265;REFB=-0.000721139;REVB=-0.0246932;RO=50;SAF=8;SAR=8;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982051;STB=0.560531;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.000252469;OID=.;OPOS=48508608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:50:50:16:16:0.242424:8:8:21:29:8:8:21:29 chr3 48605075 . GAAAAAAA GAAAAAAC,GAAAAAA 61.65 PASS AF=0,0.295238;AO=4,33;DP=109;FAO=0,31;FDP=105;FR=.;FRO=74;FSAF=0,20;FSAR=0,11;FSRF=48;FSRR=26;FWDB=-0.141238,-0.0833887;FXX=0.0366939;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=26.926,7.9813;QD=2.34865;RBI=0.160059,0.203393;REFB=-0.0337374,-0.0658639;REVB=0.0753032,0.185513;RO=59;SAF=4,21;SAR=0,12;SRF=38;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.449982,-0.00930351;STB=0.5,0.502686;STBP=1,0.975;TYPE=snp,del;VARB=0,0.011732;OID=.,.;OPOS=48605082,48605076;OREF=A,A;OALT=C,-;OMAPALT=GAAAAAAC,GAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.295238:4,33:109:0,31:105:74:0,20:0,11:48:26:63:59:4,21:0,12:38:21 chr3 48616675 . G A 153.32 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.00720064;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6062;QD=10.5734;RBI=0.0282836;REFB=-0.0212822;REVB=0.0273517;RO=37;SAF=9;SAR=11;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336262;STB=0.682721;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0392477;OID=.;OPOS=48616675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:37:38:20:20:0.344828:11:9:28:9:11:9:28:10 chr3 48625266 . T C 118.15 PASS AF=0.378378;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0552707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.662;QD=12.7728;RBI=0.059122;REFB=-0.00511954;REVB=-0.0209898;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04243;STB=0.50632;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0133544;OID=.;OPOS=48625266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:13:14:0.378378:8:5:8:15:9:5:8:15 chr3 48628014 . G A 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0210306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.78;QD=23.7582;RBI=0.0217509;REFB=-0.0298382;REVB=0.00555133;RO=22;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748224;STB=0.541635;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0217242;OID=.;OPOS=48628014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:13:13:13:9:13:13:13:9 chr3 48727112 . G A 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.911;QD=58.9607;RBI=0.033855;REFB=0;REVB=0.0314826;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159779;OID=.;OPOS=48727112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr3 48731961 . A G 37.78 PASS AF=0.375;AO=5;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0241791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.649;QD=9.44484;RBI=0.0280728;REFB=0.00362537;REVB=0.0142636;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11246;STB=0.523731;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00416659;OID=.;OPOS=48731961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:5:6:0.375:3:2:3:7:4:2:3:7 chr3 48995487 . C T 393.22 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.773;QD=56.1746;RBI=0.017054;REFB=0;REVB=-0.0169418;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121164;OID=.;OPOS=48995487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr3 49005895 . G T 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0353163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.388;QD=7.32292;RBI=0.0409411;REFB=-0.0171264;REVB=-0.0207107;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316032;STB=0.518456;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0233264;OID=.;OPOS=49005895;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:13:14:6:6:0.3:2:4:9:4:2:4:9:5 chr3 49053219 . A G 1275.79 PASS AF=1;AO=67;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.212;QD=61.484;RBI=0.0582933;REFB=0;REVB=-0.0413426;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04237e-05;OID=.;OPOS=49053219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:67:83:1:45:22:0:0:45:38:0:0 chr3 49054692 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.173;QD=60.61;RBI=0.0181461;REFB=0;REVB=0.00982195;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70871e-05;OID=.;OPOS=49054692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr3 49061793 . G A 217.49 PASS AF=0.288462;AO=28;DP=100;FAO=30;FDP=104;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.00239331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.019;QD=8.36479;RBI=0.00845609;REFB=0.0119559;REVB=0.00811034;RO=66;SAF=4;SAR=24;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437097;STB=0.730268;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0216806;OID=.;OPOS=49061793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:104:66:74:28:30:0.288462:24:4:29:37:24:6:36:38 chr3 49151697 . C T 103.98 PASS AF=0.28;AO=13;DP=49;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0025629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.753;QD=8.31838;RBI=0.0068586;REFB=-0.00281681;REVB=-0.00636175;RO=36;SAF=4;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326531;STB=0.71398;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0115876;OID=.;OPOS=49151697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:36:36:13:14:0.28:9:4:21:15:10:4:21:15 chr3 49152707 . G A 71.88 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0197242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.419;QD=4.63728;RBI=0.0221154;REFB=-0.00276765;REVB=0.0100024;RO=49;SAF=9;SAR=3;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219623;STB=0.638641;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0095042;OID=.;OPOS=49152707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:49:50:12:12:0.193548:3:9:29:20:3:9:30:20 chr3 49200627 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.04;QD=42.1825;RBI=0.0568204;REFB=0;REVB=0.0267956;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00086904;OID=.;OPOS=49200627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr3 49200692 . T A 296.29 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515633;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3802;QD=53.871;RBI=0.14616;REFB=0;REVB=0.136763;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00306675;OID=.;OPOS=49200692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr3 49215193 . G A 236.61 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0200764;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9998;QD=11.1347;RBI=0.0207631;REFB=-0.00653526;REVB=-0.0052955;RO=53;SAF=23;SAR=6;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281871;STB=0.676336;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0173972;OID=.;OPOS=49215193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:53:56:29:29:0.341176:6:23:31:22:6:23:32:24 chr3 49273996 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.913;QD=52.6132;RBI=0.0366601;REFB=0;REVB=0.000957005;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128484;OID=.;OPOS=49273996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr3 49298139 . G A 761.99 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6032;QD=55.4174;RBI=0.0435247;REFB=0;REVB=0.00443277;RO=1;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140652;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000735257;OID=.;OPOS=49298139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:1:0:53:55:1:33:20:0:1:35:20:0:0 chr3 49298205 . T C 727.46 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.053;QD=57.0561;RBI=0.046151;REFB=0;REVB=0.0349209;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26427e-05;OID=.;OPOS=49298205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr3 49462465 . C T 92.91 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0132867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.711;QD=7.01184;RBI=0.0136943;REFB=-0.00484498;REVB=-0.00331619;RO=40;SAF=9;SAR=4;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12248;STB=0.5768;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00996997;OID=.;OPOS=49462465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:40:40:13:13:0.245283:4:9:24:16:4:9:24:16 chr3 49548008 . C G 1058.01 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.842;QD=57.973;RBI=0.0311069;REFB=-0.0730702;REVB=0.025849;RO=1;SAF=30;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154963;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033939;OID=.;OPOS=49548008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:73:1:0:69:73:1:39:30:1:0:40:33:0:0 chr3 49570882 . T C 2186.28 PASS AF=0.985915;AO=139;DP=141;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0150185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.465;QD=61.5855;RBI=0.0227599;REFB=-0.0137821;REVB=0.0171015;RO=1;SAF=76;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748709;STB=0.507811;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=9.43099e-05;OID=.;OPOS=49570882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:141:142:1:2:139:140:0.985915:63:76:0:1:63:77:0:2 chr3 49690199 . G A 1285.17 PASS AF=0.988506;AO=83;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0477333;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.852;QD=59.0883;RBI=0.047993;REFB=-0.0472415;REVB=-0.00498606;RO=1;SAF=40;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116936;STB=0.505881;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00116163;OID=.;OPOS=49690199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:83:86:0.988506:43:40:1:0:44:42:1:0 chr3 49701298 . G A 1462.04 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.027135;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3462;QD=62.2146;RBI=0.0271395;REFB=-0.0158235;REVB=-0.000495803;RO=0;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90048e-08;STB=0.504853;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000930814;OID=.;OPOS=49701298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:94:0:1:93:93:0.989362:52:41:0:0:51:42:0:1 chr3 49708769 . T C 1666.42 PASS AF=0.893939;AO=118;DP=132;FAO=118;FDP=132;FR=.;FRO=14;FSAF=45;FSAR=73;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0143304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1787;QD=50.4976;RBI=0.0235133;REFB=-0.0126514;REVB=-0.0186417;RO=13;SAF=45;SAR=73;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902864;STB=0.552141;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.021613;OID=.;OPOS=49708769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:132:132:13:14:118:118:0.893939:73:45:11:2:73:45:12:2 chr3 49723784 . C A 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.216;QD=47.8174;RBI=0.124423;REFB=0;REVB=0.123834;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000973289;OID=.;OPOS=49723784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr3 49724808 . T C 1454.67 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=103;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0088972;FXX=0.0194156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.9343;QD=57.6107;RBI=0.0196652;REFB=-0.0177719;REVB=0.0175374;RO=2;SAF=49;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000189679;STB=0.50505;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000555738;OID=.;OPOS=49724808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:101:2:1:99:100:0.990099:50:49:1:1:51:49:1:0 chr3 49726070 . G A 32.7 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00168787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.913;QD=2.84376;RBI=0.0126703;REFB=-0.00384935;REVB=0.0125574;RO=40;SAF=5;SAR=1;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267726;STB=0.706757;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0291146;OID=.;OPOS=49726070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:1:5:26:14:1:5:26:14 chr3 49739340 . G A 45.07 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0209183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.488;QD=7.8377;RBI=0.0289299;REFB=0.00163288;REVB=0.0199841;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526099;STB=0.845135;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00490801;OID=.;OPOS=49739340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:15:16:7:7:0.304348:6:1:9:6:6:1:10:6 chr3 49739507 . G C 501.41 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8291;QD=58.9897;RBI=0.0264297;REFB=0;REVB=0.00771801;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214474;OID=.;OPOS=49739507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:17:16:0:0:18:16:0:0 chr3 49755911 . C T 52.59 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0425786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.503;QD=6.78601;RBI=0.0427953;REFB=-0.0115434;REVB=0.00430143;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122879;STB=0.578313;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0513902;OID=.;OPOS=49755911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:5:3:11:12:5:3:11:12 chr3 49760039 . T C 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.523;QD=57.6731;RBI=0.0488451;REFB=0;REVB=-0.000995979;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229565;OID=.;OPOS=49760039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr3 49832797 . C T 46.27 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.06221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.892;QD=9.7401;RBI=0.0716207;REFB=-0.0261013;REVB=-0.0354887;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090156;STB=0.592941;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0653777;OID=.;OPOS=49832797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:11:12:7:7:0.368421:2:5:7:4:2:5:7:5 chr3 49840807 . T TG 43.41 PASS AF=0.240385;AO=25;DP=105;FAO=25;FDP=104;FR=.;FRO=79;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=50;FWDB=-0.140798;FXX=0.0095229;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.1221;QD=1.6696;RBI=0.160377;REFB=-0.0546337;REVB=0.0767897;RO=75;SAF=16;SAR=9;SRF=27;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336192;STB=0.671512;STBP=0.066;TYPE=ins;VARB=0.0272546;OID=.;OPOS=49840808;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.240385:25:105:25:104:79:15:10:29:50:43:75:16:9:27:48 chr3 49928691 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00721231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.397;QD=55.098;RBI=0.00781701;REFB=0;REVB=-0.00301467;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.43683e-05;OID=.;OPOS=49928691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr3 49928693 . C T 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0147546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8148;QD=6.52632;RBI=0.0445491;REFB=0.0106834;REVB=-0.0420348;RO=20;SAF=6;SAR=1;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420719;STB=0.778308;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.0353114;OID=.;OPOS=49928693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:1:6:11:9:1:6:11:9 chr3 50114515 . C T 694.59 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000865994;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.31;QD=63.1444;RBI=0.00289779;REFB=0;REVB=-0.00276537;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144261;OID=.;OPOS=50114515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr3 50129399 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00287951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.184;QD=61.3355;RBI=0.0773312;REFB=0;REVB=-0.0772775;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116114;OID=.;OPOS=50129399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr3 50144951 . T C 789.63 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1539;QD=63.1702;RBI=0.047323;REFB=0;REVB=-0.0274419;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000754347;OID=.;OPOS=50144951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:32:17:0:0:32:18:0:0 chr3 50153356 . T C 995.57 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00551018;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.555;QD=59.4367;RBI=0.0189123;REFB=0;REVB=-0.0180918;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03159e-05;OID=.;OPOS=50153356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr3 50155887 . TGAGA TGA,T 296.39 PASS AF=0.212766,0.382979;AO=8,14;DP=47;FAO=10,18;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=6,9;FSAR=4,9;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0485217,-0.0616832;FXX=0.059988;HRUN=1,1;LEN=2,4;MLLD=79.3657,98.1794;QD=25.2246;RBI=0.0564867,0.0724104;REFB=-0.133345,-0.106473;REVB=0.0289203,0.0379269;RO=12;SAF=5,8;SAR=3,6;SRF=11;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.355928,-0.305272;STB=0.636124,0.648498;STBP=0.354,0.087;TYPE=del,del;VARB=0.111957,0.126909;OID=.,.;OPOS=50155888,50155888;OREF=GA,GAGA;OALT=-,-;OMAPALT=TGA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.212766,0.382979:8,14:47:10,18:47:19:6,9:4,9:15:4:99:12:5,8:3,6:11:1 chr3 50197092 . C T 834.05 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1648;QD=57.521;RBI=0.0766108;REFB=0;REVB=0.0450221;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600136;OID=.;OPOS=50197092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr3 50222926 . T A 738.77 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00391441;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.249;QD=61.5643;RBI=0.043851;REFB=-0.0208958;REVB=0.043676;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208969;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000600828;OID=.;OPOS=50222926;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:1:1:47:47:0.979167:25:22:1:0:25:22:1:0 chr3 50251833 . A AG 397.96 PASS AF=1;AO=36;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0719018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.0411;QD=37.901;RBI=0.0825003;REFB=0;REVB=0.0404528;RO=3;SAF=21;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366776;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00358298;OID=.;OPOS=50251834;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:41:42:42:0:23:19:0:0:8:3:21:15:1:2 chr3 50293680 . A G 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00327194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.057;QD=9.53626;RBI=0.0120945;REFB=-0.023991;REVB=-0.0116435;RO=27;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108949;STB=0.506597;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0359303;OID=.;OPOS=50293680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:5:7:16:11:5:7:16:11 chr3 50311900 . C T 781.48 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.933;QD=54.8407;RBI=0.0503404;REFB=0;REVB=0.0493311;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385922;OID=.;OPOS=50311900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:57:0:0:52:57:1:23:29:0:0:24:33:0:0 chr3 50313790 . C T 30.15 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0239928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3635;QD=10.0509;RBI=0.0465633;REFB=-0.0315095;REVB=0.039906;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260267;STB=0.665925;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0406718;OID=.;OPOS=50313790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:4:3:1:4:4:3 chr3 50326020 . G A 750.25 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363818;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.197;QD=63.851;RBI=0.0381219;REFB=0;REVB=-0.0113862;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9598e-05;OID=.;OPOS=50326020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr3 50327429 . A G 569.7 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00551365;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4577;QD=59.9685;RBI=0.0281928;REFB=0;REVB=-0.0276484;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000513212;OID=.;OPOS=50327429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:21:17:0:0 chr3 50329826 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.047;QD=58.1421;RBI=0.0549088;REFB=0;REVB=0.0496987;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369525;OID=.;OPOS=50329826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:14:18:0:0 chr3 50334231 . T A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00320272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.073;QD=53.2771;RBI=0.00320272;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=23;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.67786e-05;OID=.;OPOS=50334231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:0:23:0:0:0:23:0:0 chr3 50336661 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.297;QD=60.6098;RBI=0.0364373;REFB=0;REVB=0.0251206;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.57293e-06;OID=.;OPOS=50336661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr3 50340095 . TG T 53.9 PASS AF=0.3;AO=14;DP=65;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00776992;FXX=0.0769112;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.7037;QD=3.59359;RBI=0.0785679;REFB=-0.0213373;REVB=0.0781828;RO=41;SAF=12;SAR=2;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474682;STB=0.82201;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.0283279;OID=.;OPOS=50340096;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:14:65:18:60:42:16:2:22:20:53:41:12:2:21:20 chr3 50355730 . T G 586.88 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.247;QD=60.1926;RBI=0.0392617;REFB=0;REVB=0.0294724;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73374e-05;OID=.;OPOS=50355730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:23:15:0:0:24:15:0:0 chr3 50357869 . A C 887.46 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00745429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0641;QD=56.3466;RBI=0.00944137;REFB=-0.0228556;REVB=-0.00579423;RO=0;SAF=47;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505261;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00450161;OID=.;OPOS=50357869;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:0:1:62:62:0.984127:15:47:0:0:15:47:1:0 chr3 50367867 . A C 729.2 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.827;QD=57.1921;RBI=0.0165482;REFB=0;REVB=-0.00639715;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.73335e-05;OID=.;OPOS=50367867;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:26:24:0:0:26:25:0:0 chr3 50400553 . AT A 45.49 PASS AF=0.344828;AO=11;DP=30;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0803582;FXX=0.0333222;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.3874;QD=6.27394;RBI=0.0963485;REFB=-0.0111597;REVB=-0.0531562;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122544;STB=0.551075;STBP=0.748;TYPE=del;VARB=0.0356629;OID=.;OPOS=50400554;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:11:30:10:29:19:7:3:12:7:45:16:7:4:10:6 chr3 50401841 . G A 473.32 PASS AF=0.784314;AO=40;DP=51;FAO=40;FDP=51;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0852169;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.7363;QD=37.1235;RBI=0.123956;REFB=-0.193357;REVB=0.0900171;RO=6;SAF=9;SAR=31;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369156;STB=0.589306;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.049569;OID=.;OPOS=50401841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:51:51:6:11:40:40:0.784314:31:9:2:4:31:9:6:5 chr3 50457227 . G A 477.01 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00088141;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.607;QD=19.2731;RBI=0.050439;REFB=-0.00798023;REVB=0.0504313;RO=51;SAF=22;SAR=25;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130284;STB=0.566938;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.012529;OID=.;OPOS=50457227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:52:47:47:0.474747:25:22:31:20:25:22:31:21 chr3 50597092 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.643;QD=60.2306;RBI=0.0710533;REFB=0;REVB=0.0703287;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409468;OID=.;OPOS=50597092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr3 50598392 . C T 361.38 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=0.0117236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.645;QD=13.2617;RBI=0.011726;REFB=-0.0454816;REVB=0.000234074;RO=66;SAF=19;SAR=24;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205521;STB=0.616109;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.067392;OID=.;OPOS=50598392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:66:66:43:43:0.394495:24:19:42:24:24:19:42:24 chr3 50609624 . T G 374.35 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=-0.0173931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3929;QD=15.598;RBI=0.0348606;REFB=-0.011676;REVB=-0.0302117;RO=55;SAF=22;SAR=18;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244259;STB=0.641037;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0226117;OID=.;OPOS=50609624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:56:40:40:0.416667:18:22:17:38:18:22:17:39 chr3 50645158 . A G 211.22 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0012398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7212;QD=12.07;RBI=0.0268106;REFB=-0.00210442;REVB=-0.0267819;RO=40;SAF=17;SAR=9;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889473;STB=0.557332;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00238172;OID=.;OPOS=50645158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:44:26:26:0.371429:9:17:23:17:9:17:25:19 chr3 50645413 . G A 421.8 PASS AF=0.462366;AO=42;DP=92;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00765534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.047;QD=18.1417;RBI=0.0104148;REFB=-0.017072;REVB=-0.00706145;RO=50;SAF=18;SAR=24;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310015;STB=0.522682;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0225589;OID=.;OPOS=50645413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:50:50:42:43:0.462366:24:18:23:27:25:18:23:27 chr3 50647888 . T G 611.32 PASS AF=0.433121;AO=68;DP=158;FAO=68;FDP=157;FR=.;FRO=89;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=55;FWDB=-0.00404;FXX=0.00632871;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.561;QD=15.575;RBI=0.00427349;REFB=-0.0143111;REVB=-0.00139323;RO=89;SAF=38;SAR=30;SRF=34;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178035;STB=0.599229;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0198413;OID=.;OPOS=50647888;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:89:89:68:68:0.433121:30:38:34:55:30:38:34:55 chr3 51273773 . T C 1642.82 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0493661;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.808;QD=59.2007;RBI=0.0505135;REFB=-0.111437;REVB=0.0107051;RO=0;SAF=48;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52354e-08;STB=0.503999;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000278479;OID=.;OPOS=51273773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:0:1:110:110:0.990991:62:48:0:0:62:48:0:1 chr3 51430657 . A C 191.54 PASS AF=0.403509;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00124548;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.707;QD=13.4411;RBI=0.00744162;REFB=-0.00593557;REVB=0.00733665;RO=34;SAF=6;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229321;STB=0.640281;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0087605;OID=.;OPOS=51430657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:22:23:0.403509:16:6:16:18:17:6:16:18 chr3 51432847 . C T 443.38 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0128073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.795;QD=20.1537;RBI=0.0140026;REFB=-0.00363321;REVB=-0.00566091;RO=43;SAF=26;SAR=18;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213963;STB=0.623414;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00321104;OID=.;OPOS=51432847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:44:44:44:0.5:18:26:15:28:18:26:15:29 chr3 51432895 . T C 993.7 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218161;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.709;QD=59.3253;RBI=0.0401767;REFB=0;REVB=0.0337375;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115606;OID=.;OPOS=51432895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr3 51433034 . G A 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00257157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.624;QD=20.2682;RBI=0.0371467;REFB=-0.0101273;REVB=-0.0370576;RO=21;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256829;STB=0.645021;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0156167;OID=.;OPOS=51433034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:14:7:13:8:14:7:13:8 chr3 51433932 . AACTT A 69.52 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0078157;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=4;MLLD=264.584;QD=8.17881;RBI=0.0241703;REFB=-0.000797623;REVB=-0.0228718;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402508;STB=0.511093;STBP=0.963;TYPE=del;VARB=0.00121546;OID=.;OPOS=51433933;OREF=ACTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:12:34:12:34:22:8:4:15:7:69:20:8:4:14:6 chr3 51433995 . TTA T 224.34 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00489535;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=59.3425;QD=16.0244;RBI=0.0304963;REFB=0.0167971;REVB=-0.0301008;RO=26;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00873579;STB=0.504851;STBP=0.956;TYPE=del;VARB=-0.0149847;OID=.;OPOS=51433996;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.535714:30:56:30:56:26:17:13:15:11:99:26:17:13:15:11 chr3 51434215 . A C 271.64 PASS AF=0.543478;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00873213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.73;QD=23.6211;RBI=0.0108159;REFB=0.00278759;REVB=-0.00638223;RO=21;SAF=16;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205794;STB=0.620339;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00399052;OID=.;OPOS=51434215;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:21:24:25:0.543478:8:16:9:12:8:17:9:12 chr3 51679077 . C T 741.5 PASS AF=0.286533;AO=100;DP=350;FAO=100;FDP=349;FR=.;FRO=249;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=120;FSRR=129;FWDB=0.0077945;FXX=0.00285706;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.268;QD=8.49855;RBI=0.0122378;REFB=-0.00778418;REVB=-0.00943445;RO=249;SAF=54;SAR=46;SRF=120;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710019;STB=0.541415;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0234565;OID=.;OPOS=51679077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:349:249:249:100:100:0.286533:46:54:120:129:46:54:120:129 chr3 51728573 . G A 210.82 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=-0.0257818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.489;QD=14.0544;RBI=0.0354221;REFB=0.002672;REVB=-0.0242904;RO=35;SAF=15;SAR=10;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192569;STB=0.608616;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00468786;OID=.;OPOS=51728573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:10:15:27:8:10:15:27:8 chr3 51737965 . G A 439.14 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00328288;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.861;QD=18.4902;RBI=0.00388196;REFB=-0.0296236;REVB=0.0020718;RO=49;SAF=26;SAR=18;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189688;STB=0.523051;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0431165;OID=.;OPOS=51737965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:49:51:44:44:0.463158:18:26:28:21:18:26:28:23 chr3 51977460 . G A 596.52 PASS AF=0.257396;AO=86;DP=337;FAO=87;FDP=338;FR=.;FRO=251;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=171;FSRR=80;FWDB=0.0160006;FXX=0.00294977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7166;QD=7.05938;RBI=0.0257434;REFB=-0.00512424;REVB=0.0201669;RO=246;SAF=51;SAR=35;SRF=170;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131703;STB=0.574617;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00867889;OID=.;OPOS=51977460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:338:246:251:86:87:0.257396:35:51:170:76:36:51:171:80 chr3 51978219 . CA CG,TG 569.81 PASS AF=0.615385,0.384615;AO=24,15;DP=39;FAO=24,15;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11,9;FSAR=13,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00560453,-0.00801349;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=99.0848,64.67;QD=58.4421;RBI=0.00816148,0.0120475;REFB=0,0;REVB=-0.00593287,-0.00899594;RO=0;SAF=11,9;SAR=13,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0326461,-0.0197577;OID=.,.;OPOS=51978220,51978219;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:39:39:0:0:24,15:24,15:0.615385,0.384615:13,6:11,9:0:0:13,6:11,9:0:0 chr3 51990930 . G C 175.61 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0448832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7867;QD=13.7736;RBI=0.0560978;REFB=0.0269456;REVB=0.0336521;RO=31;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849329;STB=0.548971;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0414699;OID=.;OPOS=51990930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:10:10:18:13:10:10:18:13 chr3 52237970 . C T 316.05 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.00525698;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.09;QD=14.8728;RBI=0.0489095;REFB=-0.00906751;REVB=0.0486262;RO=50;SAF=18;SAR=17;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118458;STB=0.566986;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00966447;OID=.;OPOS=52237970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:50:50:35:35:0.411765:17:18:20:30:17:18:20:30 chr3 52256697 . C T 315.14 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00727312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7348;QD=22.5099;RBI=0.0210283;REFB=-0.017594;REVB=0.0197305;RO=24;SAF=13;SAR=19;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200891;STB=0.610796;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0194709;OID=.;OPOS=52256697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:19:13:16:8:19:13:16:8 chr3 52288454 . G A 80.18 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0327562;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7395;QD=6.97214;RBI=0.069973;REFB=-0.00588993;REVB=-0.0618325;RO=35;SAF=1;SAR=10;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.631745;STB=0.900884;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0241934;OID=.;OPOS=52288454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:47:46:35:35:11:11:0.23913:10:1:21:14:10:1:21:14 chr3 52325759 . A G 601.92 PASS AF=0.512605;AO=61;DP=119;FAO=61;FDP=119;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.00228334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.294;QD=20.2326;RBI=0.0175788;REFB=-0.00369814;REVB=-0.0174299;RO=58;SAF=30;SAR=31;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691537;STB=0.538067;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00365347;OID=.;OPOS=52325759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:58:58:61:61:0.512605:31:30:24:34:31:30:24:34 chr3 52366261 . C T 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0374041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.431;QD=14.6973;RBI=0.044442;REFB=-0.0080051;REVB=0.0240005;RO=30;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191041;STB=0.609651;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.013228;OID=.;OPOS=52366261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:13:8:17:13:13:8:17:13 chr3 52387181 . G A 629.75 PASS AF=0.48855;AO=64;DP=131;FAO=64;FDP=131;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.00184945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.899;QD=19.2289;RBI=0.0361088;REFB=-0.0130666;REVB=0.0360614;RO=67;SAF=32;SAR=32;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345217;STB=0.519078;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0198861;OID=.;OPOS=52387181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:67:67:64:64:0.48855:32:32:36:31:32:32:36:31 chr3 52405986 . T C 104.35 PASS AF=0.204819;AO=16;DP=82;FAO=17;FDP=83;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.00217311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.94;QD=5.02894;RBI=0.0127215;REFB=-0.0111139;REVB=-0.0125346;RO=65;SAF=10;SAR=6;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130142;STB=0.55867;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0448066;OID=.;OPOS=52405986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:65:66:16:17:0.204819:6:10:34:31:7:10:34:32 chr3 52422903 . G A 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0434771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.816;QD=10.9731;RBI=0.0455262;REFB=0.00220069;REVB=0.0135049;RO=31;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306144;STB=0.680447;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00222355;OID=.;OPOS=52422903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:6:9:10:21:6:9:10:21 chr3 52430698 . A G 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.454;QD=64.1516;RBI=0.0210419;REFB=0;REVB=0.0201689;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17177e-05;OID=.;OPOS=52430698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr3 52430740 . C T 89.78 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00847306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6938;QD=7.4813;RBI=0.0160303;REFB=0.00484345;REVB=-0.013608;RO=36;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107024;STB=0.567049;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.0198483;OID=.;OPOS=52430740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:8:4:15:21:8:4:15:21 chr3 52432938 . G C 198.04 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.0128124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8527;QD=11.1573;RBI=0.0290907;REFB=0.00572249;REVB=-0.0261172;RO=46;SAF=13;SAR=12;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174562;STB=0.600606;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.00999147;OID=.;OPOS=52432938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:12:13:31:15:12:13:31:15 chr3 52453893 . C T 1385.57 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.447;QD=61.5808;RBI=0.0689517;REFB=0;REVB=0.0602811;RO=0;SAF=52;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165523;OID=.;OPOS=52453893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:90:0:0:85:90:1:33:52:0:0:33:57:0:0 chr3 52475290 . C T 197.57 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.053112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3438;QD=14.635;RBI=0.0539783;REFB=-0.0212567;REVB=0.00963156;RO=30;SAF=16;SAR=7;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106416;STB=0.553686;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0315646;OID=.;OPOS=52475290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:31:23:23:0.425926:7:16:18:12:7:16:19:12 chr3 52477080 . T C 728.88 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158598;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.626;QD=57.1672;RBI=0.0159943;REFB=0;REVB=-0.00206983;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00071616;OID=.;OPOS=52477080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr3 52492707 . T C 1412.74 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327687;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.804;QD=62.0986;RBI=0.0329643;REFB=0;REVB=-0.00358545;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225014;OID=.;OPOS=52492707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:91:0:0:88:91:1:44:44:0:0:46:45:0:0 chr3 52510559 . G A 171.97 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.0140341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8588;QD=9.29573;RBI=0.060273;REFB=-0.00413549;REVB=0.0586164;RO=50;SAF=8;SAR=15;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628606;STB=0.526293;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0106003;OID=.;OPOS=52510559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:50:51:23:23:0.310811:15:8:15:35:15:8:16:35 chr3 52510592 . G A 949.5 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.122;QD=58.4309;RBI=0.0338549;REFB=0;REVB=0.0263724;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021274;OID=.;OPOS=52510592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:42:22:0:0:43:22:0:0 chr3 52523405 . C T 700.85 PASS AF=0.933333;AO=50;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.234007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.221;QD=46.7233;RBI=0.234356;REFB=-0.198584;REVB=-0.0127827;RO=9;SAF=44;SAR=6;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871597;STB=0.519224;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0189515;OID=.;OPOS=52523405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:60:60:9:4:50:56:0.933333:6:44:9:0:6:50:4:0 chr3 52526372 . G T 108.55 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.010571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.985;QD=14.9726;RBI=0.0331991;REFB=-0.0289538;REVB=0.0314712;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610571;STB=0.55547;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0483961;OID=.;OPOS=52526372;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:16:16:12:13:0.448276:6:6:7:9:6:7:7:9 chr3 52540773 . T C 639.33 PASS AF=0.492537;AO=65;DP=134;FAO=66;FDP=134;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0428247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.16;QD=19.0844;RBI=0.0428265;REFB=-0.0043374;REVB=0.000389787;RO=67;SAF=37;SAR=28;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846796;STB=0.546312;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00658379;OID=.;OPOS=52540773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:67:68:65:66:0.492537:28:37:32:35:28:38:33:35 chr3 52544470 . A G 1171.94 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00372965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4683;QD=60.8798;RBI=0.00530401;REFB=0;REVB=-0.00377124;RO=0;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.07097e-05;OID=.;OPOS=52544470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:48:27:0:0:50:27:0:0 chr3 52554304 . G C 747.06 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0249161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4047;QD=51.5212;RBI=0.0433309;REFB=-0.0736661;REVB=0.0354507;RO=3;SAF=21;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627024;STB=0.533321;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00785214;OID=.;OPOS=52554304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:3:3:55:55:0.948276:34:21:3:0:34:21:3:0 chr3 52555957 . T C 142.39 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0216696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4845;QD=15.3935;RBI=0.126516;REFB=-0.0141369;REVB=-0.124646;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117353;STB=0.567485;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0144615;OID=.;OPOS=52555957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:8:8:13:8:8:8:13:8 chr3 52556890 . A G 474.59 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00307036;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9544;QD=21.093;RBI=0.0868386;REFB=-0.0315464;REVB=-0.0867843;RO=43;SAF=28;SAR=18;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870842;STB=0.543265;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0362552;OID=.;OPOS=52556890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:43:44:46:46:0.511111:18:28:22:21:18:28:23:21 chr3 52557038 . C T 341.64 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0318036;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.441;QD=20.3963;RBI=0.0348947;REFB=-0.0221528;REVB=0.0143587;RO=32;SAF=11;SAR=24;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334832;STB=0.518545;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0205424;OID=.;OPOS=52557038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:32:32:35:35:0.522388:24:11:9:23:24:11:9:23 chr3 52557297 . T C 232.6 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.00213622;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4208;QD=12.4055;RBI=0.0390968;REFB=-0.0184846;REVB=0.0390384;RO=47;SAF=19;SAR=9;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00285006;STB=0.501638;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0321272;OID=.;OPOS=52557297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:47:47:28:28:0.373333:9:19:32:15:9:19:32:15 chr3 52558008 . T C 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0144848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.761;QD=15.7819;RBI=0.021904;REFB=-0.0136226;REVB=0.0164309;RO=28;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00157537;STB=0.513078;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0275705;OID=.;OPOS=52558008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:14:9:11:17:14:9:12:17 chr3 52558133 . T C 494.3 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.00498922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.734;QD=16.2065;RBI=0.00663791;REFB=-0.0122662;REVB=0.0043783;RO=67;SAF=26;SAR=28;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700725;STB=0.534857;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0134354;OID=.;OPOS=52558133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:67:68:54:54:0.442623:28:26:37:30:28:26:37:31 chr3 52558904 . A T 199.76 PASS AF=0.5;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0069715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.744;QD=19.9757;RBI=0.00751073;REFB=-0.00301836;REVB=-0.00279451;RO=20;SAF=4;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264985;STB=0.617521;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00352948;OID=.;OPOS=52558904;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:19:20:0.5:15:4:9:11:15:5:9:11 chr3 52559005 . G A 74.12 PASS AF=0.214286;AO=11;DP=55;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0119972;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.461;QD=5.29409;RBI=0.0119989;REFB=-0.0063086;REVB=-0.000202165;RO=43;SAF=5;SAR=6;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269461;STB=0.642639;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0166309;OID=.;OPOS=52559005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:55:56:43:44:11:12:0.214286:6:5:29:14:6:6:30:14 chr3 52584787 . T C 741.42 PASS AF=0.572581;AO=71;DP=124;FAO=71;FDP=124;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0489458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8961;QD=23.9168;RBI=0.0510331;REFB=-0.0282121;REVB=-0.0144462;RO=51;SAF=36;SAR=35;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129266;STB=0.501022;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0216753;OID=.;OPOS=52584787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:51:53:71:71:0.572581:35:36:25:26:35:36:27:26 chr3 52610651 . T A 248.25 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0150087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.799;QD=16.2788;RBI=0.0385114;REFB=-0.00848912;REVB=0.0354664;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189961;STB=0.606485;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0161033;OID=.;OPOS=52610651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:14:14:23:10:14:14:23:10 chr3 52643307 . A G 401.11 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00514034;FXX=0.0129853;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.215;QD=21.1113;RBI=0.012689;REFB=-0.0134604;REVB=-0.0116012;RO=35;SAF=29;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149697;STB=0.592236;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0122755;OID=.;OPOS=52643307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:35:36:40:40:0.526316:11:29:20:15:11:29:20:16 chr3 52643685 . T C 202.66 PASS AF=0.42;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0116901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.848;QD=16.2128;RBI=0.0122229;REFB=-0.0188909;REVB=0.00356947;RO=28;SAF=12;SAR=8;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166197;STB=0.589395;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0269033;OID=.;OPOS=52643685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:28:29:20:21:0.42:8:12:21:7:8:13:22:7 chr3 52676065 . C T 167.69 PASS AF=0.45098;AO=11;DP=39;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0148316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.308;QD=13.1524;RBI=0.035257;REFB=-0.0210215;REVB=0.0319856;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822389;STB=0.628273;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0226585;OID=.;OPOS=52676065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:51:11:28:11:23:0.45098:4:7:6:5:11:12:8:20 chr3 52720080 . A C 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00651419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.388;QD=23.675;RBI=0.0232462;REFB=-0.0248302;REVB=-0.0223148;RO=16;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300656;STB=0.51678;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0207775;OID=.;OPOS=52720080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:10:11:9:7:10:11:9:7 chr3 52721305 . G A 358.37 PASS AF=0.387387;AO=42;DP=110;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0200545;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.142;QD=12.9143;RBI=0.0280809;REFB=-0.00458332;REVB=-0.0196559;RO=68;SAF=20;SAR=22;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105462;STB=0.552046;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00583285;OID=.;OPOS=52721305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:68:68:42:43:0.387387:22:20:39:29:22:21:39:29 chr3 52727257 . G A 856.5 PASS AF=0.560284;AO=79;DP=141;FAO=79;FDP=141;FR=.;FRO=62;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.00975337;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.406;QD=24.2978;RBI=0.0199138;REFB=-0.0117708;REVB=-0.0173617;RO=62;SAF=47;SAR=32;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286856;STB=0.515642;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00763364;OID=.;OPOS=52727257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:62:62:79:79:0.560284:32:47:39:23:32:47:39:23 chr3 52728804 . C T 163.01 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.0247932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.252;QD=9.18374;RBI=0.0251594;REFB=-0.0120093;REVB=0.00427706;RO=49;SAF=9;SAR=13;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278975;STB=0.66362;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0151912;OID=.;OPOS=52728804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:49:22:22:0.309859:13:9:32:17:13:9:32:17 chr3 52740182 . C G 222.32 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00967234;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.1801;QD=18.5267;RBI=0.0104954;REFB=-0.00974128;REVB=0.00407428;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2266;STB=0.610802;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0239872;OID=.;OPOS=52740182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:26:21:22:0.458333:13:8:16:10:13:9:16:10 chr3 52745087 . T C 140.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00647675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.465;QD=9.37554;RBI=0.0225259;REFB=-0.00867678;REVB=-0.0215747;RO=41;SAF=12;SAR=7;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267667;STB=0.515871;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0207973;OID=.;OPOS=52745087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:7:12:25:16:7:12:25:16 chr3 52797634 . G C 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0462923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.177;QD=14.7422;RBI=0.0464212;REFB=-0.00858107;REVB=-0.00345626;RO=25;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00791353;STB=0.504582;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.02351;OID=.;OPOS=52797634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:11:6:9:16:11:6:9:16 chr3 52800284 . T C 1010.26 PASS AF=0.5;AO=98;DP=199;FAO=98;FDP=196;FR=.;FRO=98;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=65;FWDB=-0.0308933;FXX=0.0150746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.23;QD=20.6176;RBI=0.0333682;REFB=-0.0124409;REVB=0.0126112;RO=98;SAF=55;SAR=43;SRF=33;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202111;STB=0.610838;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0138394;OID=.;OPOS=52800284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:196:98:98:98:98:0.5:43:55:33:65:43:55:33:65 chr3 52802402 . A C 237.6 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0229048;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.605;QD=19.3957;RBI=0.0257569;REFB=-0.0278873;REVB=-0.0117807;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204062;STB=0.511535;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0282564;OID=.;OPOS=52802402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:26:23:23:0.469388:12:11:13:13:12:11:13:13 chr3 52819236 . G T 141.83 PASS AF=0.241379;AO=21;DP=87;FAO=21;FDP=87;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0116512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.734;QD=6.52093;RBI=0.0212076;REFB=-0.00559888;REVB=-0.0177204;RO=66;SAF=8;SAR=13;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148977;STB=0.591477;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0174661;OID=.;OPOS=52819236;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:66:66:21:21:0.241379:13:8:33:33:13:8:33:33 chr3 52820981 . A T 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.036062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9132;QD=12.2286;RBI=0.0397811;REFB=-0.00740885;REVB=-0.0167949;RO=35;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183761;STB=0.612904;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.018535;OID=.;OPOS=52820981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:36:22:22:0.37931:10:12:13:22:10:12:13:23 chr3 52821011 . A G 264.02 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0180744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.187;QD=15.3052;RBI=0.0254239;REFB=-0.0189632;REVB=-0.0178799;RO=39;SAF=19;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174741;STB=0.598948;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0312356;OID=.;OPOS=52821011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:11:19:18:21:11:19:18:21 chr3 52821177 . A C 269.56 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.00171485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.799;QD=14.1872;RBI=0.00707827;REFB=-0.00402217;REVB=0.0068674;RO=45;SAF=20;SAR=11;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771836;STB=0.543699;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00701321;OID=.;OPOS=52821177;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:11:20:32:13:11:20:32:13 chr3 52821991 . CCT C,CC,CCC 290.96 PASS AF=0.0153846,0.492308,0;AO=8,17,9;DP=69;FAO=1,32,0;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=0,13,0;FSAR=1,19,0;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0364865,0.0265104,0.0192217;FXX=0.0151492;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=282.033,285.395,284.534;QD=17.9052;RBI=0.0446027,0.0361141,0.0299861;REFB=-0.0115998,-0.0102705,-0.00873418;REVB=-0.025654,-0.0245241,-0.023015;RO=35;SAF=5,5,4;SAR=3,12,5;SRF=17;SRR=18;SSEN=0,0,0;SSEP=0.414179,0,0;SSSB=0.169536,-0.230643,-0.0503224;STB=0.989304,0.53198,0.5;STBP=0.463,0.632,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0102315,0.0107566,-0.0525775;OID=.,.,.;OPOS=52821992,52821993,52821993;OREF=CT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0153846,0.492308,0:8,17,9:69:1,32,0:65:32:0,13,0:1,19,0:15:17:99:35:5,5,4:3,12,5:17:18 chr3 52825585 . T C 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00146686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.977;QD=22.072;RBI=0.0154298;REFB=-0.0178893;REVB=-0.0153599;RO=22;SAF=17;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707193;STB=0.521213;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0130923;OID=.;OPOS=52825585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:24:31:31:0.563636:14:17:10:12:14:17:12:12 chr3 52833805 . C A 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0262204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.085;QD=14.3249;RBI=0.0354519;REFB=-0.0274269;REVB=-0.0238605;RO=39;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558896;STB=0.531732;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0268685;OID=.;OPOS=52833805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:15:13:16:23:15:13:16:23 chr3 52842640 . C T 157.89 PASS AF=0.282051;AO=22;DP=78;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0116025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.059;QD=8.09714;RBI=0.0151163;REFB=0.00421581;REVB=-0.00968935;RO=56;SAF=17;SAR=5;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334647;STB=0.702645;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0109869;OID=.;OPOS=52842640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:56:22:22:0.282051:5:17:29:27:5:17:29:27 chr3 52852538 . G T 223.24 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0723065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8992;QD=14.8825;RBI=0.0847185;REFB=-0.0178004;REVB=0.0441473;RO=34;SAF=16;SAR=10;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146552;STB=0.583269;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0251522;OID=.;OPOS=52852538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:10:16:16:18:10:16:16:18 chr3 52853747 . C G 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.014152;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.563;QD=20.031;RBI=0.0173143;REFB=-0.0190909;REVB=0.00997535;RO=25;SAF=15;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239076;STB=0.624896;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0219099;OID=.;OPOS=52853747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:9:15:9:16:9:15:10:16 chr3 52860835 . C T 108.42 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0275173;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.276;QD=12.3912;RBI=0.0390322;REFB=-0.0231352;REVB=-0.0276824;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215061;STB=0.627703;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0315437;OID=.;OPOS=52860835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:22:22:13:13:0.371429:4:9:11:11:4:9:11:11 chr3 52860936 . C T 148.26 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0117668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.092;QD=10.7824;RBI=0.0168384;REFB=-0.00844692;REVB=-0.0120446;RO=36;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298664;STB=0.673299;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0223233;OID=.;OPOS=52860936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:8:11:11:25:8:11:11:25 chr3 52861211 . A T 78.62 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0341817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7496;QD=14.9754;RBI=0.0347342;REFB=0.0121952;REVB=0.00617087;RO=11;SAF=1;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465938;STB=0.781906;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0149111;OID=.;OPOS=52861211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:9:1:5:6:9:1:5:6 chr3 52864584 . A G 241.14 PASS AF=0.575;AO=22;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0122016;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.779;QD=24.1142;RBI=0.0146288;REFB=-0.0253322;REVB=-0.00806992;RO=17;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175807;STB=0.60368;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0199545;OID=.;OPOS=52864584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:22:23:0.575:15:7:9:8:16:7:9:8 chr3 52867715 . G C 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00569986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.67;QD=63.1947;RBI=0.0250523;REFB=0;REVB=0.0243953;RO=0;SAF=57;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08204e-05;OID=.;OPOS=52867715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:35:57:0:0:35:57:0:0 chr3 52870618 . T A 698.38 PASS AF=0.567797;AO=67;DP=118;FAO=67;FDP=118;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0177717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.506;QD=23.6738;RBI=0.0183662;REFB=-0.0158032;REVB=-0.00463521;RO=51;SAF=24;SAR=43;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156005;STB=0.585314;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.011128;OID=.;OPOS=52870618;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:51:51:67:67:0.567797:43:24:28:23:43:24:28:23 chr3 52874288 . T C 183.91 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0039837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.461;QD=17.942;RBI=0.0188797;REFB=-0.0141855;REVB=-0.0184546;RO=22;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265505;STB=0.651552;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0167189;OID=.;OPOS=52874288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:13:6:13:9:13:6:13:9 chr3 52874296 . G A 168.64 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00246105;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.2999;QD=16.4529;RBI=0.0250583;REFB=-0.0213779;REVB=-0.0249371;RO=22;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251204;STB=0.633182;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0255766;OID=.;OPOS=52874296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:12:6:13:9:12:6:13:10 chr3 52874446 . C T 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00400007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.994;QD=23.2361;RBI=0.0638736;REFB=0.00460786;REVB=0.0637482;RO=12;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119374;STB=0.548334;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.00270021;OID=.;OPOS=52874446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:12:13:18:18:0.580645:9:9:4:8:9:9:5:8 chr3 52962296 . C T 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00794416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.849;QD=10.6294;RBI=0.00858444;REFB=0.00142418;REVB=-0.00325314;RO=44;SAF=7;SAR=16;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181792;STB=0.606645;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.00443683;OID=.;OPOS=52962296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:16:7:20:24:16:7:20:24 chr3 53125922 . T C 755.65 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160717;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1935;QD=57.0302;RBI=0.0345971;REFB=0;REVB=0.0306376;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389721;OID=.;OPOS=53125922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr3 53153964 . G A 391.79 PASS AF=0.396552;AO=46;DP=116;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.00240601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.264;QD=13.5101;RBI=0.00318654;REFB=-0.0177541;REVB=0.0020893;RO=69;SAF=25;SAR=21;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114935;STB=0.560512;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0224202;OID=.;OPOS=53153964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:69:70:46:46:0.396552:21:25:30:39:21:25:31:39 chr3 53215875 . A C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.799;QD=59.8559;RBI=0.0591496;REFB=0;REVB=0.0169144;RO=0;SAF=21;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92806e-05;OID=.;OPOS=53215875;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:50:21:0:0:50:21:0:0 chr3 53220625 . C A 263.4 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0673774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.662;QD=17.5602;RBI=0.0774065;REFB=0.0467716;REVB=0.0381059;RO=31;SAF=11;SAR=18;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993657;STB=0.55578;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.0511933;OID=.;OPOS=53220625;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:18:11:15:16:18:11:15:16 chr3 53222761 . C T 427.67 PASS AF=0.455446;AO=45;DP=99;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.00470228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.79;QD=16.9375;RBI=0.0299275;REFB=-0.00269165;REVB=0.0295558;RO=54;SAF=19;SAR=26;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713769;STB=0.538445;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00276024;OID=.;OPOS=53222761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:54:55:45:46:0.455446:26:19:19:35:27:19:19:36 chr3 53223927 . C G 367.02 PASS AF=0.5;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00580272;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9959;QD=19.317;RBI=0.063794;REFB=0.00148069;REVB=-0.0635296;RO=38;SAF=15;SAR=23;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143442;STB=0.57979;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00380537;OID=.;OPOS=53223927;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:38:38:38:38:0.5:23:15:21:17:23:15:21:17 chr3 53224002 . T C 877.26 PASS AF=0.984375;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00764683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0163;QD=54.8286;RBI=0.0121073;REFB=-0.0255299;REVB=0.00938689;RO=2;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285886;STB=0.50746;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000929448;OID=.;OPOS=53224002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:2:1:61:63:0.984375:32:29:0:2:33:30:0:1 chr3 53226554 . CAT C 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0106951;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.24;QD=26.0487;RBI=0.0218739;REFB=-0.114892;REVB=0.0190809;RO=5;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522328;STB=0.529363;STBP=0.735;TYPE=del;VARB=0.0504545;OID=.;OPOS=53226555;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.705882:12:17:12:17:5:6:6:2:3:28:5:6:6:2:3 chr3 53264485 . A G 526.58 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0022717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.485;QD=19.1483;RBI=0.0086865;REFB=-0.0169684;REVB=0.00838419;RO=54;SAF=29;SAR=26;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00878782;STB=0.509124;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.023959;OID=.;OPOS=53264485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:54:55:55:55:0.5:26:29:29:25:26:29:30:25 chr3 53269046 . T C 363.78 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0491976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.573;QD=15.8166;RBI=0.0680257;REFB=-0.0251105;REVB=-0.0469797;RO=51;SAF=28;SAR=11;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301935;STB=0.661852;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0446807;OID=.;OPOS=53269046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:53:39:39:0.423913:11:28:22:29:11:28:24:29 chr3 53274350 . G A 70.29 PASS AF=0.1875;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=64;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0271227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.865;QD=4.39342;RBI=0.0279012;REFB=-0.00313608;REVB=0.00654511;RO=52;SAF=4;SAR=8;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340458;STB=0.719654;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0253712;OID=.;OPOS=53274350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:64:64:52:52:12:12:0.1875:8:4:32:20:8:4:32:20 chr3 53321631 . A C 446.32 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0172391;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.978;QD=18.0333;RBI=0.017278;REFB=-0.0239321;REVB=-0.00115843;RO=53;SAF=23;SAR=22;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108538;STB=0.554681;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0268505;OID=.;OPOS=53321631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:54:45:45:0.454545:22:23:33:20:22:23:33:21 chr3 53324819 . ATGGCAC A 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00790302;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=340.437;QD=48.626;RBI=0.0251864;REFB=-0.00289721;REVB=-0.0239144;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.515138;STBP=0.615;TYPE=del;VARB=8.3046e-05;OID=.;OPOS=53324820;OREF=TGGCAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.956522:22:23:22:23:1:6:16:0:1:6:0:6:16:0:0 chr3 53700550 . T C 648.69 PASS AF=0.471429;AO=66;DP=140;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0131997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.855;QD=18.5339;RBI=0.0204696;REFB=-0.0186597;REVB=0.0156452;RO=73;SAF=29;SAR=37;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772396;STB=0.53937;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0217714;OID=.;OPOS=53700550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:73:74:66:66:0.471429:37:29:38:35:37:29:38:36 chr3 53756393 . G A 437.99 PASS AF=0.311475;AO=57;DP=183;FAO=57;FDP=183;FR=.;FRO=126;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=67;FSRR=59;FWDB=-0.00942724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.757;QD=9.57358;RBI=0.0122747;REFB=-0.00720734;REVB=-0.00786097;RO=125;SAF=32;SAR=25;SRF=66;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399303;STB=0.52062;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0155652;OID=.;OPOS=53756393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:125:126:57:57:0.311475:25:32:66:59:25:32:67:59 chr3 53766026 . T C 891.98 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177985;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7819;QD=58.4905;RBI=0.0304693;REFB=0;REVB=0.0247303;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206375;OID=.;OPOS=53766026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr3 53769479 . C T 221.55 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0941549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9528;QD=25.3198;RBI=0.0941732;REFB=-0.0354174;REVB=-0.00185861;RO=14;SAF=13;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139552;STB=0.577703;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.037311;OID=.;OPOS=53769479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:8:13:6:8:8:13:6:8 chr3 53845918 . C A 685.83 PASS AF=0.536;AO=67;DP=125;FAO=67;FDP=125;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.00508951;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=292.276;QD=21.9466;RBI=0.00634219;REFB=-0.00356611;REVB=-0.00378421;RO=57;SAF=27;SAR=40;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148831;STB=0.503105;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00264435;OID=.;OPOS=53845918;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:57:58:67:67:0.536:40:27:22:35:40:27:23:35 chr3 53853049 . G A 103.82 PASS AF=0.317073;AO=11;DP=43;FAO=13;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0477553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5068;QD=10.1286;RBI=0.0487571;REFB=-0.0395363;REVB=-0.00983312;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433385;STB=0.526275;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0783487;OID=.;OPOS=53853049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:24:28:11:13:0.317073:6:5:10:14:6:7:14:14 chr3 53856653 . C T 321.24 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0161139;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.591;QD=18.6226;RBI=0.0196865;REFB=-0.01712;REVB=-0.0113093;RO=35;SAF=5;SAR=29;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206885;STB=0.616943;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0169332;OID=.;OPOS=53856653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:35:35:34:34:0.492754:29:5:10:25:29:5:10:25 chr3 53857803 . A C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0550179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.734;QD=59.8383;RBI=0.0617367;REFB=0;REVB=0.028008;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127547;OID=.;OPOS=53857803;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr3 53882663 . G A 1130.37 PASS AF=0.974684;AO=75;DP=78;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00995641;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.638;QD=57.2338;RBI=0.00996022;REFB=-0.12157;REVB=-0.000275651;RO=1;SAF=60;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00782221;STB=0.511086;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.000687298;OID=.;OPOS=53882663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:79:1:2:75:77:0.974684:15:60:1:0:16:61:1:1 chr3 53883722 . C G 1019.4 PASS AF=0.502513;AO=101;DP=199;FAO=100;FDP=199;FR=.;FRO=99;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=37;FSRR=62;FWDB=0.0225327;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5287;QD=20.4904;RBI=0.0441301;REFB=0.0162361;REVB=-0.037944;RO=97;SAF=39;SAR=62;SRF=36;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141865;STB=0.508532;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.0154745;OID=.;OPOS=53883722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:97:99:101:100:0.502513:62:39:36:61:61:39:37:62 chr3 53886912 . C T 1510.69 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.651;QD=63.6079;RBI=0.0293116;REFB=0;REVB=0.0269201;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52069e-05;OID=.;OPOS=53886912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:45:50:0:0:45:50:0:0 chr3 53898807 . A C 281.44 PASS AF=0.432432;AO=30;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0116983;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.61;QD=15.2132;RBI=0.0118539;REFB=-0.00664079;REVB=0.00191436;RO=43;SAF=13;SAR=17;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00897767;STB=0.522945;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00934766;OID=.;OPOS=53898807;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:43:42:30:32:0.432432:17:13:19:24:17:15:18:24 chr3 53905308 . T C 1504.53 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0662531;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.0959;QD=58.4283;RBI=0.0663854;REFB=-0.095216;REVB=0.00418899;RO=0;SAF=65;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506848;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000646939;OID=.;OPOS=53905308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:103:0:1:101:102:0.990291:36:65:0:0:36:66:0:1 chr3 53906513 . G A 1515.11 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167974;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.193;QD=63.794;RBI=0.0219332;REFB=0;REVB=-0.0141036;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55784e-05;OID=.;OPOS=53906513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:95:0:0:89:95:1:47:42:0:0:47:48:0:0 chr3 53916130 . A G 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.325;QD=62.0204;RBI=0.0214813;REFB=0;REVB=-0.0100847;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51232e-05;OID=.;OPOS=53916130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr3 54354510 . T C 678.49 PASS AF=0.55;AO=66;DP=120;FAO=66;FDP=120;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.010623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0056;QD=22.6165;RBI=0.0297928;REFB=0.0355179;REVB=0.0278346;RO=54;SAF=35;SAR=31;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098001;STB=0.553555;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.0278175;OID=.;OPOS=54354510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:54:54:66:66:0.55:31:35:35:19:31:35:35:19 chr3 54419977 . C T 449.13 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00414323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.511;QD=21.3869;RBI=0.0203293;REFB=-0.00486871;REVB=-0.0199026;RO=40;SAF=30;SAR=14;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270901;STB=0.64993;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0038677;OID=.;OPOS=54419977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:14:30:15:25:14:30:15:25 chr3 54798258 . G A 486.94 PASS AF=0.404412;AO=53;DP=134;FAO=55;FDP=136;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.0311249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.609;QD=14.3216;RBI=0.0312222;REFB=-0.00410157;REVB=0.00246322;RO=81;SAF=33;SAR=20;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114524;STB=0.561034;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00841198;OID=.;OPOS=54798258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:81:81:53:55:0.404412:20:33:42:39:21:34:42:39 chr3 54952736 . G A 205.9 PASS AF=0.3;AO=27;DP=90;FAO=27;FDP=90;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00338476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7732;QD=9.15115;RBI=0.0185041;REFB=0.00610423;REVB=0.0181919;RO=63;SAF=17;SAR=10;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128772;STB=0.576214;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.012018;OID=.;OPOS=54952736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:63:63:27:27:0.3:10:17:33:30:10:17:33:30 chr3 54961949 . C T 817.06 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4641;QD=57.3372;RBI=0.055536;REFB=0;REVB=-0.027824;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236128;OID=.;OPOS=54961949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:21:36:0:0:21:36:0:0 chr3 55018619 . T TG,TTG 140.82 PASS AF=0.777778,0;AO=11,2;DP=19;FAO=14,0;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=11,0;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.000487458,0.000388698;FXX=0.0526039;HRUN=0,10;LEN=1,2;MLLD=219.231,206.086;QD=31.293;RBI=0.0210377,0.0246824;REFB=-0.0192266,-0.0218138;REVB=-0.0210321,-0.0246793;RO=6;SAF=10,0;SAR=1,2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.522513,-0.562437;STB=0.699688,0.5;STBP=0.008,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00515382,0;OID=.,.;OPOS=55018620,55018620;OREF=-,-;OALT=G,TG;OMAPALT=TG,TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778,0:11,2:19:14,0:18:4:11,0:3,0:0:4:23:6:10,0:1,2:2:4 chr3 55501002 . G C 888.46 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333038;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.557;QD=58.2599;RBI=0.0339703;REFB=0;REVB=0.00669639;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46294e-05;OID=.;OPOS=55501002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr3 56106226 . C T 803.26 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0366682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1528;QD=55.397;RBI=0.0542539;REFB=-0.0991611;REVB=0.0399867;RO=1;SAF=31;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149715;STB=0.507934;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0032164;OID=.;OPOS=56106226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:26:31:1:0:26:31:1:0 chr3 56219179 . GAAGCT G 205.4 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.000261665;FXX=0.0329634;HRUN=2;LEN=5;MLLD=284.464;QD=9.33618;RBI=0.00399966;REFB=-0.0225419;REVB=-0.00399109;RO=51;SAF=21;SAR=14;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855748;STB=0.514278;STBP=0.845;TYPE=del;VARB=0.0349881;OID=.;OPOS=56219180;OREF=AAGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.397727:35:91:35:88:53:21:14:33:20:99:51:21:14:31:20 chr3 56219210 . T C 1480.1 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=106;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0269728;FXX=0.0282992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8685;QD=57.4796;RBI=0.055229;REFB=-0.0383079;REVB=0.0481945;RO=2;SAF=66;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00622699;STB=0.503283;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00107569;OID=.;OPOS=56219210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:103:2:2:101:101:0.980583:35:66:1:1:35:66:1:1 chr3 56597954 . C T 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00503515;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.941;QD=22.7239;RBI=0.0102712;REFB=-0.00266078;REVB=0.00895239;RO=16;SAF=11;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186696;STB=0.604294;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00212641;OID=.;OPOS=56597954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:9:11:5:11:9:11:5:11 chr3 56627048 . A G 1309.01 PASS AF=0.5;AO=132;DP=264;FAO=132;FDP=264;FR=.;FRO=132;FSAF=53;FSAR=79;FSRF=59;FSRR=73;FWDB=0.0137684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.296;QD=19.8335;RBI=0.018661;REFB=-0.000270969;REVB=0.0125961;RO=132;SAF=53;SAR=79;SRF=59;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426782;STB=0.523423;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.000286921;OID=.;OPOS=56627048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:132:132:132:132:0.5:79:53:59:73:79:53:59:73 chr3 56627598 . A G 1680.84 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686431;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.665;QD=60.571;RBI=0.0686928;REFB=0;REVB=0.0026126;RO=0;SAF=55;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158799;OID=.;OPOS=56627598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:111:0:0:108:111:1:53:55:0:0:53:58:0:0 chr3 56650012 . G C 436.59 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00258871;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4288;QD=20.7898;RBI=0.0204109;REFB=-0.025172;REVB=-0.0202461;RO=41;SAF=27;SAR=16;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105679;STB=0.558593;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.025203;OID=.;OPOS=56650012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:41:41:43:43:0.511905:16:27:21:20:16:27:21:20 chr3 56650051 . A ACTT 472.82 PASS AF=0.47;AO=46;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.0125372;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=253.458;QD=18.9127;RBI=0.019339;REFB=-0.00958487;REVB=0.0147246;RO=53;SAF=19;SAR=27;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234289;STB=0.633641;STBP=0.012;TYPE=ins;VARB=0.0124438;OID=.;OPOS=56650052;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47:46:100:47:100:53:19:28:35:18:99:53:19:27:35:18 chr3 56650054 . T TCTC 400.76 PASS AF=0.424242;AO=41;DP=101;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.00708737;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=3;MLLD=231.156;QD=16.1924;RBI=0.0233973;REFB=-0.0195299;REVB=0.022298;RO=55;SAF=24;SAR=17;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115352;STB=0.550636;STBP=0.413;TYPE=ins;VARB=0.0265815;OID=.;OPOS=56650055;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242:41:101:42:99:57:25:17:29:28:99:55:24:17:26:29 chr3 56658871 . T C 405.57 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0123492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.393;QD=15.1616;RBI=0.0316739;REFB=-0.00938863;REVB=0.0291673;RO=61;SAF=24;SAR=22;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036317;STB=0.520383;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0111601;OID=.;OPOS=56658871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:61:61:46:46:0.429907:22:24:34:27:22:24:34:27 chr3 56667480 . C T 39.61 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00617132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5156;QD=13.2041;RBI=0.0415135;REFB=-0.00286648;REVB=0.0410522;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138347;STB=0.583063;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0100322;OID=.;OPOS=56667480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:4:2:3:3:4:2 chr3 56667682 . G C 1008.38 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5062;QD=59.3165;RBI=0.0256535;REFB=0;REVB=0.0220036;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21991e-05;OID=.;OPOS=56667682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:36:31:0:0:37:31:0:0 chr3 56703746 . A C 184.91 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0229961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5692;QD=18.4907;RBI=0.0268686;REFB=0.00206591;REVB=-0.0138962;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035222;STB=0.519979;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00288313;OID=.;OPOS=56703746;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:12:7:7:14:12:7:7:14 chr3 56716922 . T G 613.22 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00621911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4648;QD=61.3216;RBI=0.17982;REFB=0;REVB=-0.179712;RO=0;SAF=32;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00269551;OID=.;OPOS=56716922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:8:32:0:0:8:32:0:0 chr3 56763228 . T C 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0283321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.098;QD=21.971;RBI=0.0291108;REFB=0.00183951;REVB=-0.00668822;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810706;STB=0.54541;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.00157857;OID=.;OPOS=56763228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:9:11:11:6:9:11:11:6 chr3 56763316 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.423;QD=59.4356;RBI=0.0224833;REFB=0;REVB=-0.0190968;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31816e-05;OID=.;OPOS=56763316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr3 56763328 . T C 555.3 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4317;QD=60.0319;RBI=0.0194618;REFB=0;REVB=-0.00423157;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177202;OID=.;OPOS=56763328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr3 56763525 . A G 456.62 PASS AF=0.396947;AO=52;DP=131;FAO=52;FDP=131;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.0092188;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.504;QD=13.9427;RBI=0.0122885;REFB=-0.0266858;REVB=0.00812537;RO=79;SAF=24;SAR=28;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00627567;STB=0.503545;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0389535;OID=.;OPOS=56763525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:79:79:52:52:0.396947:28:24:36:43:28:24:36:43 chr3 56763619 . A G 335.77 PASS AF=0.33871;AO=42;DP=124;FAO=42;FDP=124;FR=.;FRO=82;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.011011;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1225;QD=10.8313;RBI=0.0219123;REFB=7.5724e-05;REVB=0.0189449;RO=77;SAF=15;SAR=27;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158243;STB=0.589242;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00012039;OID=.;OPOS=56763619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:77:82:42:42:0.33871:27:15:38:39:27:15:40:42 chr3 56766435 . C G 297.95 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0113047;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.865;QD=15.6815;RBI=0.0152667;REFB=-0.00212063;REVB=-0.0102604;RO=43;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666596;STB=0.537577;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0104593;OID=.;OPOS=56766435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:17:16:18:25:17:16:18:25 chr3 56771251 . A C 655.43 PASS AF=0.455128;AO=71;DP=156;FAO=71;FDP=156;FR=.;FRO=85;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=0.0116286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3482;QD=16.8058;RBI=0.0139144;REFB=-0.00614379;REVB=0.00764107;RO=84;SAF=34;SAR=37;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376147;STB=0.517386;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00798195;OID=.;OPOS=56771251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:84:85:71:71:0.455128:37:34:37:47:37:34:38:47 chr3 56779384 . C T 402.42 PASS AF=0.43299;AO=43;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0105647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1384;QD=16.5944;RBI=0.0314054;REFB=0.00772675;REVB=-0.0295751;RO=54;SAF=23;SAR=20;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00214882;STB=0.511611;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.0173496;OID=.;OPOS=56779384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:55:43:42:0.43299:20:23:29:25:19:23:29:26 chr3 56835761 . G A 329.22 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0123047;FXX=0.0153822;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.287;QD=20.5764;RBI=0.013645;REFB=-0.010746;REVB=0.00589753;RO=30;SAF=15;SAR=19;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106065;STB=0.558789;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0102706;OID=.;OPOS=56835761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:30:30:34:34:0.53125:19:15:17:13:19:15:17:13 chr3 57108551 . C A 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00130896;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=333.01;QD=64.1539;RBI=0.0048893;REFB=0;REVB=0.00471083;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12123e-06;OID=.;OPOS=57108551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr3 57176503 . G A 216.05 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.042213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.805;QD=29.7996;RBI=0.0444081;REFB=-0.0177486;REVB=0.0137892;RO=9;SAF=8;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258492;STB=0.514271;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0057438;OID=.;OPOS=57176503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:12:8:4:5:12:8:4:5 chr3 57323170 . A G 820.06 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0790092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.725;QD=55.5972;RBI=0.0790608;REFB=-0.0345914;REVB=0.00285456;RO=1;SAF=35;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132888;STB=0.50704;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000191308;OID=.;OPOS=57323170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:23:35:1:0:23:35:1:0 chr3 57335876 . C T 3202.32 PASS AF=1;AO=208;DP=209;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145929;FXX=0.00478446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.745;QD=61.5832;RBI=0.0239531;REFB=-0.0547045;REVB=0.0189947;RO=1;SAF=84;SAR=124;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00382634;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1553e-05;OID=.;OPOS=57335876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:209:208:1:0:208:208:1:124:84:0:1:124:84:0:0 chr3 57335936 . C A 227.94 PASS AF=0.222892;AO=37;DP=166;FAO=37;FDP=166;FR=.;FRO=129;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=53;FSRR=76;FWDB=-0.013978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.079;QD=5.49249;RBI=0.0209147;REFB=-0.00234376;REVB=0.0155576;RO=129;SAF=16;SAR=21;SRF=53;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280243;STB=0.517152;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00894731;OID=.;OPOS=57335936;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:129:129:37:37:0.222892:21:16:53:76:21:16:53:76 chr3 57386148 . C G 210.04 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0174871;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2601;QD=15.5582;RBI=0.0176147;REFB=0.00568124;REVB=-0.00211666;RO=30;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146767;STB=0.583264;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00728364;OID=.;OPOS=57386148;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:30:30:24:24:0.444444:10:14:13:17:10:14:13:17 chr3 57388114 . C T 370.18 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0182913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.655;QD=14.1021;RBI=0.0309324;REFB=-0.0251051;REVB=-0.0249448;RO=62;SAF=28;SAR=15;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147105;STB=0.583294;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0325832;OID=.;OPOS=57388114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:62:62:43:43:0.409524:15:28:32:30:15:28:32:30 chr3 57394040 . T C 411.33 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0320571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.366;QD=21.0936;RBI=0.0320601;REFB=-0.0047021;REVB=0.000438171;RO=36;SAF=18;SAR=23;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051989;STB=0.53554;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00333228;OID=.;OPOS=57394040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:37:41:41:0.525641:23:18:18:18:23:18:19:18 chr3 57414071 . G A 949.73 PASS AF=0.401487;AO=108;DP=269;FAO=108;FDP=269;FR=.;FRO=161;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=81;FSRR=80;FWDB=-0.0931982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6837;QD=14.1224;RBI=0.0982031;REFB=-0.0257966;REVB=-0.0309508;RO=155;SAF=60;SAR=48;SRF=81;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350272;STB=0.531556;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0386942;OID=.;OPOS=57414071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:155:161:108:108:0.401487:48:60:81:74:48:60:81:80 chr3 57414434 . A G 376.03 PASS AF=0.449438;AO=39;DP=90;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.067532;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.259;QD=16.9004;RBI=0.0678494;REFB=-0.00802119;REVB=0.00655564;RO=48;SAF=27;SAR=12;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118829;STB=0.578906;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0165223;OID=.;OPOS=57414434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:48:49:39:40:0.449438:12:27:28:20:12:28:28:21 chr3 57419497 . C T 263.54 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0459832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3523;QD=17.5695;RBI=0.047128;REFB=-0.0217307;REVB=-0.0103243;RO=30;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182135;STB=0.502957;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0226105;OID=.;OPOS=57419497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:31:29:29:0.483333:17:12:13:17:17:12:13:18 chr3 57430988 . G A 353.54 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00150994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.254;QD=23.969;RBI=0.00213924;REFB=-0.00302338;REVB=-0.00151539;RO=23;SAF=10;SAR=25;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089207;STB=0.561761;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00194653;OID=.;OPOS=57430988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:23:24:35:35:0.59322:25:10:9:14:25:10:10:14 chr3 57431985 . G A 132.69 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0160877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.011;QD=15.164;RBI=0.0161975;REFB=0.00279574;REVB=-0.00188229;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158751;STB=0.575658;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00442194;OID=.;OPOS=57431985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:8:7:12:7:8:7:12:8 chr3 57475351 . T G 272.5 PASS AF=0.538462;AO=26;DP=50;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.01908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.09;QD=20.9619;RBI=0.052548;REFB=0.00741689;REVB=0.0489616;RO=24;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331203;STB=0.533309;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.00486625;OID=.;OPOS=57475351;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:24:24:26:28:0.538462:14:12:12:12:16:12:12:12 chr3 57479493 . C T 83.05 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0206396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5442;QD=9.49086;RBI=0.0214592;REFB=-0.00176538;REVB=0.00587392;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513794;STB=0.531193;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00709996;OID=.;OPOS=57479493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:5:6:12:12:5:6:12:12 chr3 57494263 . G T 594.79 PASS AF=0.616279;AO=53;DP=86;FAO=53;FDP=86;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00177633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.576;QD=27.6646;RBI=0.0232147;REFB=-0.02164;REVB=-0.0231466;RO=33;SAF=18;SAR=35;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873564;STB=0.547635;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0181091;OID=.;OPOS=57494263;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:33:33:53:53:0.616279:35:18:15:18:35:18:15:18 chr3 57542173 . C T 338.78 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00444088;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.17;QD=20.2254;RBI=0.014315;REFB=-0.0169153;REVB=0.0136087;RO=28;SAF=22;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781125;STB=0.563567;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0246657;OID=.;OPOS=57542173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:32:35:35:0.522388:13:22:15:13:13:22:16:16 chr3 57563120 . GA G 88.37 PASS AF=0.360656;AO=25;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.108357;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.7995;QD=5.79492;RBI=0.112303;REFB=-0.0385803;REVB=0.0295092;RO=34;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499562;STB=0.553523;STBP=0.516;TYPE=del;VARB=0.058815;OID=.;OPOS=57563121;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.360656:25:61:22:61:39:12:10:18:21:88:34:13:12:16:18 chr3 57611237 . A G 127.08 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.00405558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.097;QD=11.5531;RBI=0.0162942;REFB=-0.000824898;REVB=0.0157814;RO=28;SAF=5;SAR=10;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435883;STB=0.742562;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00426677;OID=.;OPOS=57611237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:29:15:15:0.340909:10:5:21:7:10:5:21:8 chr3 57613954 . G A 220.92 PASS AF=0.262295;AO=32;DP=122;FAO=32;FDP=122;FR=.;FRO=90;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=-0.0170449;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.109;QD=7.24341;RBI=0.0170467;REFB=-8.68915e-05;REVB=0.000250198;RO=84;SAF=15;SAR=17;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124527;STB=0.571821;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.000236212;OID=.;OPOS=57613954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:84:90:32:32:0.262295:17:15:48:36:17:15:51:39 chr3 57851019 . G T 175.07 PASS AF=0.25;AO=26;DP=105;FAO=26;FDP=104;FR=.;FRO=78;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.000721747;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.769;QD=6.73341;RBI=0.00847503;REFB=-5.54655e-05;REVB=0.00844424;RO=78;SAF=14;SAR=12;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634125;STB=0.538432;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.000183534;OID=.;OPOS=57851019;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:78:78:26:26:0.25:12:14:38:40:12:14:38:40 chr3 57882601 . C T 468.5 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.00433637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.523;QD=18.0192;RBI=0.0227942;REFB=-0.0019027;REVB=-0.0223779;RO=53;SAF=37;SAR=13;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111093;STB=0.558466;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0016439;OID=.;OPOS=57882601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:54:50:50:0.480769:13:37:34:19:13:37:35:19 chr3 58081888 . T C 1434.41 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0702388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.701;QD=63.0509;RBI=0.0782941;REFB=0;REVB=0.0345902;RO=0;SAF=59;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.53094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138551;OID=.;OPOS=58081888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:32:59:0:0:32:59:0:0 chr3 58107164 . C T 79.11 PASS AF=0.15;AO=15;DP=100;FAO=15;FDP=100;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=56;FWDB=-0.0238724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.768;QD=3.1643;RBI=0.0251683;REFB=-0.00312798;REVB=-0.0079719;RO=85;SAF=6;SAR=9;SRF=29;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790513;STB=0.553123;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0222604;OID=.;OPOS=58107164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:100:100:85:85:15:15:0.15:9:6:29:56:9:6:29:56 chr3 58109162 . G A 1264.6 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1064;QD=61.6876;RBI=0.0130123;REFB=0;REVB=-0.00419536;RO=0;SAF=33;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34221e-05;OID=.;OPOS=58109162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:49:33:0:0:49:33:0:0 chr3 58112440 . A G 1223.31 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6062;QD=61.1655;RBI=0.0264023;REFB=0;REVB=0.0154351;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174057;OID=.;OPOS=58112440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:48:31:0:0:48:32:0:0 chr3 58112488 . C T 727.89 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262354;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.168;QD=57.0891;RBI=0.0275324;REFB=0;REVB=-0.00835063;RO=0;SAF=15;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.37476e-05;OID=.;OPOS=58112488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:36:15:0:0:36:15:0:0 chr3 58117724 . G A 350.8 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00511233;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.216;QD=20.0456;RBI=0.0102249;REFB=-0.0109335;REVB=0.00885505;RO=29;SAF=22;SAR=14;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00815893;STB=0.540961;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00790576;OID=.;OPOS=58117724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:34:36:36:0.514286:14:22:18:11:14:22:18:16 chr3 58118555 . G A 1139.05 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0307545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.524;QD=59.1713;RBI=0.0536562;REFB=-0.112959;REVB=0.0439676;RO=0;SAF=21;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511625;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00125481;OID=.;OPOS=58118555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:76:76:0.987013:55:21:0:0:55:21:1:0 chr3 58128451 . G A 247.02 PASS AF=0.298246;AO=34;DP=114;FAO=34;FDP=114;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.00966158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.288;QD=8.6672;RBI=0.0132261;REFB=0.00451643;REVB=0.00903237;RO=77;SAF=24;SAR=10;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204527;STB=0.635678;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00941593;OID=.;OPOS=58128451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:77:80:34:34:0.298246:10:24:42:35:10:24:42:38 chr3 58134560 . C T 125.16 PASS AF=0.285714;AO=17;DP=61;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0128004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.448;QD=7.94653;RBI=0.0132417;REFB=-0.0148792;REVB=-0.00338999;RO=44;SAF=7;SAR=10;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791199;STB=0.572629;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0277884;OID=.;OPOS=58134560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:44:45:17:18:0.285714:10:7:21:23:11:7:22:23 chr3 58145334 . C T 92.9 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00939266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.886;QD=7.01148;RBI=0.0095152;REFB=-0.00180482;REVB=-0.00152217;RO=40;SAF=8;SAR=5;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170566;STB=0.60625;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00845587;OID=.;OPOS=58145334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:40:40:13:13:0.245283:5:8:19:21:5:8:19:21 chr3 58154327 . C T 1594.99 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.426;QD=59.0735;RBI=0.0319007;REFB=-0.0514182;REVB=0.0113798;RO=1;SAF=57;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0082545;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012927;OID=.;OPOS=58154327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:108:108:1:0:107:108:1:50:57:1:0:50:58:0:0 chr3 58280206 . TTA T,TT 47.1 PASS AF=0.196429,0.0178571;AO=10,7;DP=56;FAO=11,1;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=4,1;FSAR=7,0;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0185429,-0.0384697;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=20.384,10.5745;QD=3.36443;RBI=0.188611,0.128543;REFB=-0.0619725,-0.0840187;REVB=-0.187697,-0.122651;RO=20;SAF=1,4;SAR=9,3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.54106,0.0826548;STB=0.644475,0.989116;STBP=0.325,0.49;TYPE=del,del;VARB=0.148547,0.0533462;OID=.,.;OPOS=58280207,58280208;OREF=TA,A;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.196429,0.0178571:10,7:56:11,1:56:44:4,1:7,0:24:20:41:20:1,4:9,3:10:10 chr3 58305033 . A C 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.00657637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.556;QD=13.7743;RBI=0.0170663;REFB=-0.000958564;REVB=-0.0157483;RO=31;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222488;STB=0.627332;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00158322;OID=.;OPOS=58305033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:10:10:9:22:10:10:9:22 chr3 58305079 . T C 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.000997621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.169;QD=12.3389;RBI=0.00913108;REFB=-0.0107136;REVB=0.00907642;RO=39;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208102;STB=0.618954;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.016275;OID=.;OPOS=58305079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:12:12:12:27:12:12:12:27 chr3 58305235 . G T 115.91 PASS AF=0.35;AO=11;DP=37;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.000841087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.224;QD=11.5914;RBI=0.0088174;REFB=0.00455699;REVB=0.00877719;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171006;STB=0.555478;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00639183;OID=.;OPOS=58305235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:23:26:11:14:0.35:5:6:9:14:8:6:9:17 chr3 58395891 . C G 282.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0714789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.414;QD=22.5822;RBI=0.072643;REFB=-0.0164894;REVB=-0.0129528;RO=24;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389078;STB=0.521722;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0205643;OID=.;OPOS=58395891;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:12:14:14:10:12:14:14:10 chr3 58409173 . A T 366.13 PASS AF=0.5;AO=36;DP=74;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00154544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.81;QD=19.2701;RBI=0.0123965;REFB=-0.0161762;REVB=0.0122998;RO=35;SAF=13;SAR=23;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214095;STB=0.606685;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0182822;OID=.;OPOS=58409173;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:35:38:36:38:0.5:23:13:21:14:24:14:22:16 chr3 58416538 . T C 1265.72 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112401;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.563;QD=61.7423;RBI=0.0216928;REFB=0;REVB=0.0185536;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63434e-05;OID=.;OPOS=58416538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:82:0:0:77:82:1:41:36:0:0:43:39:0:0 chr3 58484521 . T C 895.94 PASS AF=0.454976;AO=94;DP=211;FAO=96;FDP=211;FR=.;FRO=115;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=47;FSRR=68;FWDB=0.0425566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3801;QD=16.9846;RBI=0.0433728;REFB=-0.0104919;REVB=0.00837496;RO=116;SAF=41;SAR=53;SRF=47;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315129;STB=0.510268;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0142154;OID=.;OPOS=58484521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:116:115:94:96:0.454976:53:41:47:69:55:41:47:68 chr3 58512237 . A G 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.000464732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5011;QD=15.2679;RBI=0.0177205;REFB=0.00623477;REVB=-0.0177144;RO=33;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616977;STB=0.53498;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.00738075;OID=.;OPOS=58512237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:15:11:16:17:15:11:16:17 chr3 58520306 . G C 1577.68 PASS AF=0.990741;AO=104;DP=106;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00390836;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1304;QD=58.4326;RBI=0.00709257;REFB=-0.0253548;REVB=-0.00591855;RO=1;SAF=57;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825285;STB=0.504201;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00501197;OID=.;OPOS=58520306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:108:1:1:104:107:0.990741:47:57:1:0:48:59:1:0 chr3 58551247 . TG CA 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0305771;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.99;QD=16.3859;RBI=0.0329672;REFB=-0.00304029;REVB=-0.0123238;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33014;STB=0.691889;STBP=0.103;TYPE=mnp;VARB=0.00383141;OID=.;OPOS=58551247;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:2:6:3:6:2:6 chr3 58572625 . G A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00412672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.171;QD=17.4015;RBI=0.0135364;REFB=-0.0259007;REVB=0.0128921;RO=13;SAF=2;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469729;STB=0.774171;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0234202;OID=.;OPOS=58572625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:11:2:8:5:11:2:8:5 chr3 60519224 . G A 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0732;QD=64.1514;RBI=0.033553;REFB=0;REVB=0.00275429;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000373036;OID=.;OPOS=60519224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr3 60522648 . A T 145.82 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00428798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.996;QD=7.29089;RBI=0.0266513;REFB=-0.00240377;REVB=-0.0263041;RO=58;SAF=6;SAR=15;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271734;STB=0.671473;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00673139;OID=.;OPOS=60522648;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:58:59:21:21:0.2625:15:6:29:29:15:6:30:29 chr3 61724794 . AT AA,TT 68.94 PASS AF=0.142857,0.428571;AO=3,8;DP=26;FAO=5,15;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=1,8;FSAR=4,7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0280151,-0.00636004;FXX=0.0789266;HRUN=8,11;LEN=1,1;MLLD=9.05593,29.5669;QD=7.87923;RBI=0.226184,0.276368;REFB=-0.213463,0.0441311;REVB=-0.224442,0.276295;RO=3;SAF=1,8;SAR=2,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.483116,0;STB=0.819285,0.56748;STBP=0.114,0.464;TYPE=snp,snp;VARB=0.215777,0.0471983;OID=.,.;OPOS=61724795,61724794;OREF=T,A;OALT=A,T;OMAPALT=AA,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:26:35:3:10:3,8:5,15:0.142857,0.428571:2,0:1,8:3:0:4,7:1,8:7:3 chr3 62189189 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.362;QD=62.9828;RBI=0.041001;REFB=0;REVB=0.040744;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102206;OID=.;OPOS=62189189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr3 62229553 . C T 789.99 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311322;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8299;QD=64.4893;RBI=0.0325706;REFB=0;REVB=0.00957226;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000313007;OID=.;OPOS=62229553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr3 62357999 . G A 290.2 PASS AF=0.295455;AO=39;DP=132;FAO=39;FDP=132;FR=.;FRO=93;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=0.00284904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.257;QD=8.79389;RBI=0.00971738;REFB=-0.00481455;REVB=0.00929035;RO=91;SAF=16;SAR=23;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165829;STB=0.597006;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0155367;OID=.;OPOS=62357999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:91:93:39:39:0.295455:23:16:50:41:23:16:51:42 chr3 62384314 . A G 691.75 PASS AF=1;AO=33;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00199725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.432;QD=61.4887;RBI=0.0289082;REFB=0;REVB=0.0288391;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80519e-05;OID=.;OPOS=62384314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:33:45:1:16:17:0:0:24:21:0:0 chr3 62384315 . T G 49.04 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00155259;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=67.5422;QD=4.35936;RBI=0.0833947;REFB=-0.00465835;REVB=0.0833802;RO=37;SAF=1;SAR=7;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524269;STB=0.858708;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.103911;OID=.;OPOS=62384315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:37:37:8:8:0.177778:7:1:20:17:7:1:20:17 chr3 62431415 . T C 85.98 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00315973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.551;QD=12.7385;RBI=0.005192;REFB=-0.00505528;REVB=-0.00411982;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03914;STB=0.507233;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00515663;OID=.;OPOS=62431415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:26:27:15:16:10:11:0.407407:7:3:5:10:7:4:6:10 chr3 62556622 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00309475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.387;QD=60.5473;RBI=0.0136792;REFB=0;REVB=0.0133246;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14589e-05;OID=.;OPOS=62556622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:30:45:0:0:30:45:0:0 chr3 63816811 . C CACACT 153.33 PASS AF=0.3;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00901606;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=5;MLLD=306.177;QD=8.76159;RBI=0.0146312;REFB=-0.00298061;REVB=-0.0115232;RO=49;SAF=14;SAR=7;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119516;STB=0.571359;STBP=0.477;TYPE=ins;VARB=0.00756562;OID=.;OPOS=63816812;OREF=-;OALT=ACACT;OMAPALT=CACACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:21:71:21:70:49:14:7:28:21:99:49:14:7:28:21 chr3 63981635 . C T 68.54 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00937271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7657;QD=12.4615;RBI=0.040583;REFB=-0.0224788;REVB=0.0394858;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122798;STB=0.58807;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0202458;OID=.;OPOS=63981635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:22:22:11:12:10:10:0.454545:6:4:3:8:6:4:3:9 chr3 63982082 . G A 259.99 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0149766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.883;QD=31.5143;RBI=0.0150711;REFB=-0.00285099;REVB=-0.00168472;RO=10;SAF=5;SAR=18;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640427;STB=0.535284;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00164537;OID=.;OPOS=63982082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:18:5:3:7:18:5:3:7 chr3 64009508 . T C 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0477929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2116;QD=17.4229;RBI=0.0480504;REFB=0.0142587;REVB=0.00496715;RO=34;SAF=14;SAR=17;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180902;STB=0.601115;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0133817;OID=.;OPOS=64009508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:17:14:22:12:17:14:22:12 chr3 64133350 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.478;QD=50.4134;RBI=0.0475151;REFB=0;REVB=0.0243214;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460056;OID=.;OPOS=64133350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr3 64547318 . G A 143.53 PASS AF=0.219048;AO=21;DP=103;FAO=23;FDP=105;FR=.;FRO=82;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.0151938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.321;QD=5.46789;RBI=0.0246919;REFB=-0.000541832;REVB=0.0194638;RO=81;SAF=10;SAR=11;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024569;STB=0.522593;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0029215;OID=.;OPOS=64547318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:81:82:21:23:0.219048:11:10:37:44:13:10:38:44 chr3 64554055 . C T 153.43 PASS AF=0.258824;AO=22;DP=85;FAO=22;FDP=85;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=45;FWDB=-0.0180355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.677;QD=7.22033;RBI=0.0190616;REFB=0.00144529;REVB=0.00616973;RO=63;SAF=8;SAR=14;SRF=18;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107499;STB=0.564537;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.00434051;OID=.;OPOS=64554055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:63:63:22:22:0.258824:14:8:18:45:14:8:18:45 chr3 65425560 . T TCTG 37.27 PASS AF=0.315789;AO=3;DP=20;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.0514598;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=86.4695;QD=7.84545;RBI=0.0870268;REFB=-0.0893358;REVB=0.0701823;RO=17;SAF=1;SAR=2;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.599989;STB=0.78883;STBP=0.251;TYPE=ins;VARB=0.135415;OID=.;OPOS=65425561;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:3:20:6:19:13:3:3:12:1:37:17:1:2:15:2 chr3 66354911 . G C 2014.21 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0675621;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5858;QD=61.5025;RBI=0.0734859;REFB=-0.100495;REVB=0.0289059;RO=0;SAF=58;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503448;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00140565;OID=.;OPOS=66354911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:131:0:1:130:130:0.992366:72:58:0:0:72:58:0:1 chr3 66374361 . G C 976.34 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.04708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.1303;QD=57.432;RBI=0.0658273;REFB=-0.0721798;REVB=0.0460076;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00140826;OID=.;OPOS=66374361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:40:27:0:0:40:27:0:1 chr3 66396845 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00754212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.789;QD=43.4861;RBI=0.0384164;REFB=0;REVB=0.0376687;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031761;OID=.;OPOS=66396845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr3 66419956 . C T 1212.31 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164334;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.383;QD=61.3827;RBI=0.0206021;REFB=0;REVB=0.0124253;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80114e-05;OID=.;OPOS=66419956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:43:36:0:0:43:36:0:0 chr3 66429569 . A G 564.27 PASS AF=0.491667;AO=56;DP=119;FAO=59;FDP=120;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.00817693;FXX=0.0243883;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.768;QD=18.809;RBI=0.0134598;REFB=-0.0104032;REVB=-0.0106913;RO=61;SAF=19;SAR=37;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719042;STB=0.519874;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0152612;OID=.;OPOS=66429569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:61:61:56:59:0.491667:37:19:25:36:37:22:25:36 chr3 66433676 . A G 1568.01 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8597;QD=64.0003;RBI=0.0953671;REFB=0;REVB=-0.0837822;RO=0;SAF=40;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000952015;OID=.;OPOS=66433676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:58:40:0:0:58:40:0:0 chr3 66434643 . T C 1905.1 PASS AF=1;AO=123;DP=126;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108788;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.184;QD=61.455;RBI=0.0442596;REFB=0;REVB=0.0429018;RO=0;SAF=53;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.66488e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49847e-05;OID=.;OPOS=66434643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:124:0:0:123:124:1:70:53:0:0:70:54:0:0 chr3 67048761 . GT G,GC 702.67 PASS AF=0.173077,0.826923;AO=7,43;DP=54;FAO=9,43;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=1,25;FSAR=8,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145326,0.0638076;FXX=0.0370302;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=37.0737,52.4204;QD=54.0514;RBI=0.0259085,0.0638716;REFB=0,0;REVB=0.0214489,-0.00285766;RO=0;SAF=1,25;SAR=6,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.65211e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00591327,-0.00700614;OID=.,.;OPOS=67048762,67048762;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.173077,0.826923:7,43:54:9,43:52:0:1,25:8,18:0:0:44:0:1,25:6,18:0:0 chr3 67411166 . A G 422.5 PASS AF=0.512195;AO=41;DP=83;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.000653585;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.963;QD=20.61;RBI=0.00698257;REFB=-0.000452353;REVB=-0.00695191;RO=40;SAF=20;SAR=21;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560547;STB=0.536568;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000331423;OID=.;OPOS=67411166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:40:40:41:42:0.512195:21:20:17:23:21:21:17:23 chr3 69026586 . T C 108.26 PASS AF=0.6;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0188711;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.168;QD=21.652;RBI=0.0204613;REFB=-0.0269042;REVB=-0.00790858;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303028;STB=0.517213;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0217641;OID=.;OPOS=69026586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:20:8:8:12:12:0.6:7:5:3:5:7:5:3:5 chr3 69054341 . T C 281.31 PASS AF=0.545455;AO=27;DP=52;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0459265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.422;QD=20.4591;RBI=0.04836;REFB=-0.0389877;REVB=-0.0151472;RO=25;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00387536;STB=0.518784;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0330116;OID=.;OPOS=69054341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:25:25:27:30:0.545455:12:15:14:11:12:18:14:11 chr3 69070563 . A C 213.52 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00834465;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=226.478;QD=16.1146;RBI=0.0116992;REFB=-0.00160423;REVB=0.00819988;RO=29;SAF=16;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489142;STB=0.527754;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00156762;OID=.;OPOS=69070563;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:8:16:18:11:8:16:18:11 chr3 69084238 . C T 227.64 PASS AF=0.264;AO=32;DP=124;FAO=33;FDP=125;FR=.;FRO=92;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=61;FSRR=31;FWDB=0.00475987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6481;QD=7.28454;RBI=0.0237339;REFB=-0.0136971;REVB=-0.0232517;RO=92;SAF=17;SAR=15;SRF=61;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166859;STB=0.588622;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.035019;OID=.;OPOS=69084238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:92:92:32:33:0.264:15:17:61:31:15:18:61:31 chr3 69096614 . G A 1268.65 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.804;QD=60.4121;RBI=0.0136834;REFB=0.040751;REVB=0.00753032;RO=1;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104093;STB=0.505493;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000984891;OID=.;OPOS=69096614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:45:38:0:1:45:38:0:1 chr3 69151112 . C T 605.72 PASS AF=0.279461;AO=83;DP=297;FAO=83;FDP=297;FR=.;FRO=214;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=107;FSRR=107;FWDB=0.00175028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.325;QD=8.15782;RBI=0.0134379;REFB=0.00828609;REVB=-0.0133234;RO=211;SAF=44;SAR=39;SRF=105;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398577;STB=0.52172;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.0184629;OID=.;OPOS=69151112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:211:214:83:83:0.279461:39:44:105:106:39:44:107:107 chr3 69157747 . G C 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00175363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.056;QD=17.9426;RBI=0.0132881;REFB=-0.0177448;REVB=0.0131719;RO=29;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145697;STB=0.58169;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0277055;OID=.;OPOS=69157747;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:11:17:13:16:11:17:13:16 chr3 69230061 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.363;QD=51.9165;RBI=0.0654371;REFB=0;REVB=-0.0639327;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000989705;OID=.;OPOS=69230061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr3 69230801 . G A 1171.17 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00229904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.361;QD=60.8398;RBI=0.0920446;REFB=0;REVB=0.0920159;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192987;OID=.;OPOS=69230801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:30:47:0:0:30:47:0:0 chr3 69245454 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00434138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.732;QD=58.7814;RBI=0.00700936;REFB=0;REVB=-0.00550304;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92196e-05;OID=.;OPOS=69245454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr3 69246152 . A G 1138.68 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00509201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5115;QD=59.1524;RBI=0.00721302;REFB=-0.0621105;REVB=0.00510873;RO=1;SAF=43;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108787;STB=0.505746;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0133631;OID=.;OPOS=69246152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:33:43:1:0:33:43:1:0 chr3 69267489 . T A 825.42 PASS AF=0.534161;AO=69;DP=147;FAO=86;FDP=161;FR=.;FRO=75;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0732996;FXX=0.0182916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.422;QD=20.5073;RBI=0.0756665;REFB=-0.0285928;REVB=0.0187774;RO=73;SAF=30;SAR=39;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291742;STB=0.537251;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0290547;OID=.;OPOS=69267489;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:161:73:75:69:86:0.534161:39:30:34:39:39:47:35:40 chr3 69299233 . C G 271.57 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.012239;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6138;QD=16.7122;RBI=0.0440141;REFB=0.000989475;REVB=-0.0422782;RO=35;SAF=20;SAR=10;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102103;STB=0.505743;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00190703;OID=.;OPOS=69299233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:35:35:30:30:0.461538:10:20:23:12:10:20:23:12 chr3 69987147 . G A 127.35 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00603934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.439;QD=9.26197;RBI=0.0237518;REFB=-0.0143079;REVB=-0.0229712;RO=38;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221239;STB=0.631428;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0219554;OID=.;OPOS=69987147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:7:10:15:23:7:10:15:23 chr3 71823582 . C T 1454.25 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.138;QD=63.2283;RBI=0.0174367;REFB=0;REVB=0.00190959;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46211e-05;OID=.;OPOS=71823582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:45:46:0:0:45:47:0:0 chr3 72423738 . A T 319.27 PASS AF=0.295775;AO=42;DP=142;FAO=42;FDP=142;FR=.;FRO=100;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=56;FWDB=-0.0214883;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.303;QD=8.99357;RBI=0.0222076;REFB=-0.00844704;REVB=-0.00560602;RO=100;SAF=18;SAR=24;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01397;STB=0.508193;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0179243;OID=.;OPOS=72423738;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:100:100:42:42:0.295775:24:18:44:56:24:18:44:56 chr3 72426901 . A G 7130.08 PASS AF=1;AO=446;DP=447;FAO=447;FDP=447;FR=.;FRO=0;FSAF=211;FSAR=236;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740533;FXX=0.00223209;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9268;QD=63.8039;RBI=0.0990075;REFB=-0.0260777;REVB=0.0657161;RO=1;SAF=210;SAR=236;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00201852;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242099;OID=.;OPOS=72426901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:447:447:1:0:446:447:1:236:210:0:1:236:211:0:0 chr3 72495777 . C G 1169.09 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0524951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1392;QD=60.7319;RBI=0.0613659;REFB=0;REVB=-0.0317811;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000662575;OID=.;OPOS=72495777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr3 72495945 . A G 256.24 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.639;QD=51.2476;RBI=0.036911;REFB=0;REVB=0.0190826;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204;OID=.;OPOS=72495945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:12:7:0:0:12:8:0:0 chr3 73024350 . C A 866.14 PASS AF=0.445498;AO=94;DP=209;FAO=94;FDP=211;FR=.;FRO=117;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=63;FSRR=54;FWDB=-5.51807e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6353;QD=16.4197;RBI=0.0555875;REFB=-0.0121599;REVB=-0.0555875;RO=115;SAF=55;SAR=39;SRF=63;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377787;STB=0.526391;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0142268;OID=.;OPOS=73024350;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:211:115:117:94:94:0.445498:39:55:63:52:39:55:63:54 chr3 73111368 . T C 1311.5 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0303866;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.6784;QD=59.6135;RBI=0.0892108;REFB=-0.07479;REVB=-0.0838762;RO=1;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119932;STB=0.501066;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00123476;OID=.;OPOS=73111368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:88:88:1:2:86:86:0.977273:39:47:0:1:39:47:1:1 chr3 73111480 . AC ACA,CA 1163.61 PASS AF=1,0;AO=72,3;DP=82;FAO=80,0;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0;FSAR=39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184022,-0.00634125;FXX=0.0123442;HRUN=1,5;LEN=1,2;MLLD=27.4688,12.1899;QD=58.1806;RBI=0.0570171,0.0301583;REFB=0,0;REVB=-0.0569874,0.0294841;RO=2;SAF=34,3;SAR=38,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.02424,0.74993;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00112292,-0.00116445;OID=.,.;OPOS=73111482,73111480;OREF=-,AC;OALT=A,CA;OMAPALT=ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:80:2:0:72,3:80,0:1,0:38,0:34,3:0:2:39,0:41,0:0:0 chr3 73111809 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.407;QD=37.4885;RBI=0.0541104;REFB=0;REVB=-0.0351955;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000882363;OID=.;OPOS=73111809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr3 73111973 . A G 746.88 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00214077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.96;QD=63.5643;RBI=0.0359436;REFB=0;REVB=0.0358797;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220593;OID=.;OPOS=73111973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr3 73111998 . C T 666.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0154;QD=61.9703;RBI=0.0110853;REFB=0;REVB=-0.00685484;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34386e-05;OID=.;OPOS=73111998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:18:23:0:0:19:24:0:0 chr3 73112378 . A G 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.157;QD=58.7797;RBI=0.0199865;REFB=0;REVB=0.0165753;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70461e-05;OID=.;OPOS=73112378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:25:40:0:0:25:40:0:0 chr3 73114003 . T C 876.87 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0081617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2449;QD=54.8043;RBI=0.0339669;REFB=-0.0706016;REVB=0.0329718;RO=2;SAF=34;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269576;STB=0.514281;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00256254;OID=.;OPOS=73114003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:61:62:0.96875:27:34:2:0:28:34:2:0 chr3 73290979 . G T 330.9 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00397486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.877;QD=15.947;RBI=0.00507219;REFB=-0.0115261;REVB=-0.00315081;RO=47;SAF=19;SAR=17;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599369;STB=0.53376;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0161314;OID=.;OPOS=73290979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:17:19:22:25:17:19:22:25 chr3 73433168 . G A 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0110341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.393;QD=10.4725;RBI=0.113309;REFB=0.000494877;REVB=0.112771;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470445;STB=0.528254;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-1.94827e-05;OID=.;OPOS=73433168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:7:5:11:13:7:5:11:13 chr3 73433494 . T C 174.11 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00951683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.29;QD=27.8577;RBI=0.0591981;REFB=-0.0405607;REVB=0.0584281;RO=8;SAF=10;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518376;STB=0.528812;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0133448;OID=.;OPOS=73433494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:7:10:4:4:7:10:4:4 chr3 73433700 . C T 149.45 PASS AF=0.3;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00164372;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.451;QD=8.54019;RBI=0.00666468;REFB=-0.0146336;REVB=0.0064588;RO=48;SAF=9;SAR=12;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132257;STB=0.585285;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0264631;OID=.;OPOS=73433700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:48:49:21:21:0.3:12:9:26:22:12:9:27:22 chr3 73433758 . C A 50.68 PASS AF=0.140845;AO=10;DP=71;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0038574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4111;QD=2.85516;RBI=0.0358916;REFB=-0.000204552;REVB=0.0356838;RO=60;SAF=2;SAR=8;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382545;STB=0.775897;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00236395;OID=.;OPOS=73433758;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:71:71:60:61:10:10:0.140845:8:2:30:30:8:2:31:30 chr3 73453325 . C T 293.21 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=94;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=0.0143745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.724;QD=12.4772;RBI=0.0223389;REFB=-0.0142115;REVB=-0.0170996;RO=60;SAF=30;SAR=4;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352852;STB=0.70827;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0190087;OID=.;OPOS=73453325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:60:60:34:34:0.361702:4:30:41:19:4:30:41:19 chr3 74413676 . T C 194.14 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0186407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.423;QD=16.8821;RBI=0.0201533;REFB=-0.0407039;REVB=-0.00766029;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230941;STB=0.62057;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0421427;OID=.;OPOS=74413676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:25:26:20:20:0.434783:8:12:9:16:8:12:10:16 chr3 74418355 . GC AC,G 404.1 PASS AF=0.595238,0.238095;AO=25,10;DP=43;FAO=25,10;FDP=42;FR=.;FRO=7;FSAF=17,0;FSAR=8,10;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.000504248,0.102901;FXX=0.0232504;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=159.126,18.6236;QD=38.4858;RBI=0.00582614,0.127572;REFB=-0.00385918,0.0630722;REVB=-0.00580428,-0.0754044;RO=7;SAF=17,0;SAR=8,10;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0.349776;SSEP=0,0.385093;SSSB=-0.0847142,-0.835678;STB=0.545959,0.998704;STBP=0.402,0;TYPE=snp,del;VARB=0.00413705,-0.0452589;OID=.,.;OPOS=74418355,74418356;OREF=G,C;OALT=A,-;OMAPALT=AC,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:68:43:42:7:7:25,10:25,10:0.595238,0.238095:8,10:17,0:6:1:8,10:17,0:6:1 chr3 75232044 . C T 932.8 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170557;FXX=0.0153822;HRUN=5;LEN=1;MLLD=134.501;QD=58.3001;RBI=0.0173851;REFB=0;REVB=0.00336809;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000834536;OID=.;OPOS=75232044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:32:31:0:0:33:31:0:0 chr3 75475670 . A C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00160904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.177;QD=16.417;RBI=0.00333499;REFB=-0.00455893;REVB=0.00292116;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057851;STB=0.533286;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00918032;OID=.;OPOS=75475670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:9:7:7:7:9:7 chr3 75475685 . A G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00664025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.387;QD=16.4171;RBI=0.00754007;REFB=-0.00202829;REVB=-0.00357209;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057851;STB=0.533286;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00198314;OID=.;OPOS=75475685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:9:7:7:7:9:7 chr3 75679937 . G A 458.65 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00280884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.57;QD=18.3458;RBI=0.0481265;REFB=0.00166065;REVB=-0.0480444;RO=53;SAF=24;SAR=22;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244904;STB=0.508279;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00296818;OID=.;OPOS=75679937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:54:46:46:0.46:22:24:29:24:22:24:29:25 chr3 75679958 . C T 448.76 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0123789;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.753;QD=15.7459;RBI=0.0135011;REFB=-0.0085298;REVB=0.00538922;RO=64;SAF=24;SAR=26;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357173;STB=0.519992;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0102435;OID=.;OPOS=75679958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:64:64:50:50:0.438596:26:24:33:31:26:24:33:31 chr3 75679973 . A G 437.51 PASS AF=0.406504;AO=50;DP=123;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.00628039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.408;QD=14.2279;RBI=0.00656091;REFB=-0.0222435;REVB=0.00189795;RO=72;SAF=24;SAR=26;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00816086;STB=0.500326;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0286631;OID=.;OPOS=75679973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:72:73:50:50:0.406504:26:24:34:38:26:24:35:38 chr3 75679988 . A G 37.65 PASS AF=0.0859375;AO=11;DP=128;FAO=11;FDP=128;FR=.;FRO=117;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=53;FSRR=64;FWDB=0.0605288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6358;QD=1.17665;RBI=0.0607901;REFB=0.000368139;REVB=-0.0056301;RO=116;SAF=6;SAR=5;SRF=52;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110796;STB=0.583771;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00103924;OID=.;OPOS=75679988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:128:128:116:117:11:11:0.0859375:5:6:52:64:5:6:53:64 chr3 75679997 . C T 37.36 PASS AF=0.0852713;AO=11;DP=129;FAO=11;FDP=129;FR=.;FRO=118;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=64;FWDB=-0.00847186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1232;QD=1.15837;RBI=0.0377192;REFB=0.00267425;REVB=0.0367555;RO=118;SAF=6;SAR=5;SRF=54;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099766;STB=0.579689;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0271105;OID=.;OPOS=75679997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:129:129:118:118:11:11:0.0852713:5:6:54:64:5:6:54:64 chr3 75680010 . T C 432.18 PASS AF=0.390625;AO=50;DP=128;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.00772539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1673;QD=13.5057;RBI=0.00925717;REFB=-0.0133441;REVB=0.00510034;RO=77;SAF=24;SAR=26;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273574;STB=0.519115;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0124879;OID=.;OPOS=75680010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:77:78:50:50:0.390625:26:24:35:42:26:24:35:43 chr3 75713564 . T C 562.82 PASS AF=0.434783;AO=60;DP=137;FAO=60;FDP=138;FR=.;FRO=78;FSAF=44;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.00333055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.39;QD=16.3136;RBI=0.0039113;REFB=-0.00802834;REVB=-0.00205079;RO=75;SAF=44;SAR=16;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286832;STB=0.652489;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00715519;OID=.;OPOS=75713564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:75:78:60:60:0.434783:16:44:35:40:16:44:38:40 chr3 75713654 . G A 31.7 PASS AF=0.091954;AO=9;DP=88;FAO=8;FDP=87;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.00717277;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1391;QD=1.4576;RBI=0.0197471;REFB=0.00299271;REVB=-0.0183984;RO=79;SAF=5;SAR=4;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00166691;STB=0.575031;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0286828;OID=.;OPOS=75713654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:88:87:79:79:9:8:0.091954:4:5:44:35:3:5:43:36 chr3 75713669 . G A 44.1 PASS AF=0.126582;AO=9;DP=78;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0615145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5682;QD=2.23288;RBI=0.0654481;REFB=-0.00916942;REVB=-0.0223478;RO=68;SAF=8;SAR=1;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478509;STB=0.760317;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0437308;OID=.;OPOS=75713669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:78:79:68:69:9:10:0.126582:1:8:35:33:2:8:36:33 chr3 75714298 . A G 802.17 PASS AF=0.520548;AO=75;DP=145;FAO=76;FDP=146;FR=.;FRO=70;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.00591551;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.76;QD=21.9773;RBI=0.00971041;REFB=-0.013346;REVB=0.00770058;RO=70;SAF=41;SAR=34;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140741;STB=0.573305;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00972897;OID=.;OPOS=75714298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:70:70:75:76:0.520548:34:41:27:43:35:41:27:43 chr3 75714311 . G A 104.25 PASS AF=0.137725;AO=23;DP=168;FAO=23;FDP=167;FR=.;FRO=144;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=63;FSRR=81;FWDB=0.0118707;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5946;QD=2.49704;RBI=0.0123168;REFB=0.00715192;REVB=-0.00328491;RO=142;SAF=21;SAR=2;SRF=61;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.608909;STB=0.911728;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0218824;OID=.;OPOS=75714311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:142:144:23:23:0.137725:2:21:61:81:2:21:63:81 chr3 75714337 . T G 1372.46 PASS AF=0.626316;AO=119;DP=190;FAO=119;FDP=190;FR=.;FRO=71;FSAF=70;FSAR=49;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.00493862;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.513;QD=28.8939;RBI=0.0164262;REFB=-0.00300172;REVB=0.0156662;RO=70;SAF=70;SAR=49;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130017;STB=0.572839;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00161147;OID=.;OPOS=75714337;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:70:71:119:119:0.626316:49:70:28:42:49:70:28:43 chr3 75714345 . G T 489.72 PASS AF=0.318627;AO=63;DP=203;FAO=65;FDP=204;FR=.;FRO=139;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=68;FSRR=71;FWDB=-0.00670387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.703;QD=9.60232;RBI=0.00937759;REFB=-0.0189286;REVB=-0.00655724;RO=138;SAF=33;SAR=30;SRF=67;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454081;STB=0.52307;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0276351;OID=.;OPOS=75714345;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:138:139:63:65:0.318627:30:33:67:71:31:34:68:71 chr3 75714702 . A G 613.06 PASS AF=0.566038;AO=60;DP=106;FAO=60;FDP=106;FR=.;FRO=46;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0112421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.393;QD=23.1343;RBI=0.016363;REFB=-0.00484981;REVB=0.0118896;RO=45;SAF=36;SAR=24;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714132;STB=0.544387;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00311765;OID=.;OPOS=75714702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:45:46:60:60:0.566038:24:36:23:22:24:36:23:23 chr3 75714709 . G T 36.61 PASS AF=0.0884956;AO=10;DP=113;FAO=10;FDP=113;FR=.;FRO=103;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=-0.00210036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.885;QD=1.29602;RBI=0.00252309;REFB=0.00170905;REVB=-0.00139802;RO=95;SAF=9;SAR=1;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502494;STB=0.883873;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0233969;OID=.;OPOS=75714709;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:113:113:95:103:10:10:0.0884956:1:9:45:50:1:9:52:51 chr3 75714809 . C T 40.12 PASS AF=0.0765027;AO=14;DP=183;FAO=14;FDP=183;FR=.;FRO=169;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=81;FSRR=88;FWDB=-0.0104184;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.55;QD=0.876888;RBI=0.0104793;REFB=-0.00615285;REVB=-0.00112807;RO=100;SAF=4;SAR=10;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267669;STB=0.68411;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0286619;OID=.;OPOS=75714809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:183:183:100:169:14:14:0.0765027:10:4:50:50:10:4:81:88 chr3 75714819 . G A 112.71 PASS AF=0.121212;AO=28;DP=231;FAO=28;FDP=231;FR=.;FRO=203;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=93;FSRR=110;FWDB=-0.0193969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.084;QD=1.95168;RBI=0.0269787;REFB=-0.00078739;REVB=-0.0187512;RO=203;SAF=5;SAR=23;SRF=93;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378654;STB=0.771972;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00748255;OID=.;OPOS=75714819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:203:203:28:28:0.121212:23:5:93:110:23:5:93:110 chr3 75714825 . G A 877.81 PASS AF=0.319328;AO=74;DP=239;FAO=76;FDP=238;FR=.,HEALED;FRO=135;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=60;FSRR=75;FWDB=0.0451962;FXX=0.00418393;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6938;QD=14.7532;RBI=0.0455796;REFB=-0.00806386;REVB=-0.00589904;RO=131;SAF=36;SAR=38;SRF=59;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406811;STB=0.527177;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0338327;OID=.;OPOS=75714825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:131:135:74:76:0.319328:38:36:59:72:39:37:60:75 chr3 75714831 . G A 227.54 PASS AF=0.173228;AO=43;DP=249;FAO=44;FDP=254;FR=.;FRO=210;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=94;FSRR=116;FWDB=-0.0257648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.635;QD=3.58335;RBI=0.0258423;REFB=-0.0059864;REVB=0.0019996;RO=206;SAF=10;SAR=33;SRF=91;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295515;STB=0.702046;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0327889;OID=.;OPOS=75714831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:254:206:210:43:44:0.173228:33:10:91:115:34:10:94:116 chr3 75714835 . C T 227.18 PASS AF=0.166667;AO=45;DP=270;FAO=45;FDP=270;FR=.;FRO=225;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=103;FSRR=122;FWDB=0.00330278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.654;QD=3.36562;RBI=0.0125958;REFB=-0.00498957;REVB=-0.0121551;RO=225;SAF=11;SAR=34;SRF=103;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295208;STB=0.693042;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0308737;OID=.;OPOS=75714835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:225:225:45:45:0.166667:34:11:103:122:34:11:103:122 chr3 75714840 . A G 1324.3 PASS AF=0.483871;AO=133;DP=277;FAO=135;FDP=279;FR=.;FRO=144;FSAF=58;FSAR=77;FSRF=62;FSRR=82;FWDB=0.00239456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6264;QD=18.9864;RBI=0.0145097;REFB=-0.0111885;REVB=-0.0143108;RO=144;SAF=58;SAR=75;SRF=62;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531854;STB=0.500487;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.011649;OID=.;OPOS=75714840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:279:144:144:133:135:0.483871:75:58:62:82:77:58:62:82 chr3 75714843 . T A 670.62 PASS AF=0.302405;AO=88;DP=289;FAO=88;FDP=291;FR=.;FRO=203;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=83;FSRR=120;FWDB=-0.0143122;FXX=0.00342454;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6704;QD=9.2182;RBI=0.0148316;REFB=0.00664324;REVB=0.00389079;RO=200;SAF=49;SAR=39;SRF=81;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180584;STB=0.60211;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00893938;OID=.;OPOS=75714843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:291:200:203:88:88:0.302405:39:49:81:119:39:49:83:120 chr3 75714853 . G A 701.88 PASS AF=0.286567;AO=95;DP=334;FAO=96;FDP=335;FR=.;FRO=239;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=99;FSRR=140;FWDB=-0.00336399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7913;QD=8.38062;RBI=0.0148364;REFB=-0.0078471;REVB=-0.01445;RO=235;SAF=53;SAR=42;SRF=95;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185959;STB=0.60463;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0212632;OID=.;OPOS=75714853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:335:235:239:95:96:0.286567:42:53:95:140:42:54:99:140 chr3 75714898 . G A 496.38 PASS AF=0.222527;AO=81;DP=362;FAO=81;FDP=364;FR=.;FRO=283;FSAF=25;FSAR=56;FSRF=138;FSRR=145;FWDB=-0.0288849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3698;QD=5.45471;RBI=0.0731669;REFB=-0.00694519;REVB=0.0672239;RO=281;SAF=25;SAR=56;SRF=136;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232984;STB=0.644915;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0249391;OID=.;OPOS=75714898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:362:364:281:283:81:81:0.222527:56:25:136:145:56:25:138:145 chr3 75714917 . G A 578.64 PASS AF=0.259146;AO=83;DP=331;FAO=85;FDP=328;FR=.,HEALED;FRO=243;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=102;FSRR=141;FWDB=-0.00896086;FXX=0.0120478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.939;QD=7.05661;RBI=0.0155335;REFB=-0.00555987;REVB=-0.0126883;RO=171;SAF=48;SAR=35;SRF=98;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00625565;STB=0.623201;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0194854;OID=.;OPOS=75714917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:328:171:243:83:85:0.259146:35:48:98:73:35:50:102:141 chr3 75714929 . G A 491.04 PASS AF=0.24127;AO=76;DP=316;FAO=76;FDP=315;FR=.;FRO=239;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=98;FSRR=141;FWDB=-0.0469138;FXX=0.00316446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.751;QD=6.23539;RBI=0.0515287;REFB=-0.0343345;REVB=-0.0213143;RO=239;SAF=43;SAR=33;SRF=98;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195193;STB=0.616534;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0402379;OID=.;OPOS=75714929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:315:239:239:76:76:0.24127:33:43:98:141:33:43:98:141 chr3 75714935 . C A 49.59 PASS AF=0.07;AO=20;DP=300;FAO=21;FDP=300;FR=.;FRO=279;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=125;FSRR=154;FWDB=-0.0351015;FXX=0.00332215;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.486;QD=0.661133;RBI=0.0354683;REFB=-0.00127434;REVB=-0.0050882;RO=277;SAF=11;SAR=9;SRF=122;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118913;STB=0.570098;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00989968;OID=.;OPOS=75714935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:300:300:277:279:20:21:0.07:9:11:122:155:10:11:125:154 chr3 75714937 . G A 55.76 PASS AF=0.0745763;AO=22;DP=297;FAO=22;FDP=295;FR=.;FRO=273;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=119;FSRR=154;FWDB=-0.0312521;FXX=0.00673378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.012;QD=0.756119;RBI=0.0337515;REFB=-0.000697249;REVB=-0.0127465;RO=275;SAF=12;SAR=10;SRF=119;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126315;STB=0.600277;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00594794;OID=.;OPOS=75714937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:297:295:275:273:22:22:0.0745763:10:12:119:156:10:12:119:154 chr3 75714950 . C A 309.33 PASS AF=0.19708;AO=54;DP=274;FAO=54;FDP=274;FR=.;FRO=220;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=87;FSRR=133;FWDB=0.00775081;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.561;QD=4.5158;RBI=0.00880881;REFB=-0.0126868;REVB=0.00418571;RO=219;SAF=34;SAR=20;SRF=86;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298672;STB=0.682433;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0389545;OID=.;OPOS=75714950;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:219:220:54:54:0.19708:20:34:86:133:20:34:87:133 chr3 75714971 . C A 327.69 PASS AF=0.22807;AO=51;DP=227;FAO=52;FDP=228;FR=.;FRO=176;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=81;FSRR=95;FWDB=0.00304017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6316;QD=5.74891;RBI=0.0153513;REFB=-0.0124565;REVB=0.0150473;RO=176;SAF=21;SAR=30;SRF=81;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627146;STB=0.544404;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0280582;OID=.;OPOS=75714971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:228:176:176:51:52:0.22807:30:21:81:95:31:21:81:95 chr3 75714976 . C T 377.86 PASS AF=0.258065;AO=56;DP=218;FAO=56;FDP=217;FR=.;FRO=161;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=76;FSRR=85;FWDB=0.0427738;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.092;QD=6.96508;RBI=0.0459942;REFB=-0.00115103;REVB=0.0169077;RO=159;SAF=19;SAR=37;SRF=74;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163299;STB=0.602568;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00375582;OID=.;OPOS=75714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:217:159:161:56:56:0.258065:37:19:74:85:37:19:76:85 chr3 75714980 . C A 267.56 PASS AF=0.211268;AO=45;DP=213;FAO=45;FDP=213;FR=.;FRO=168;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=63;FSRR=105;FWDB=0.0116089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.735;QD=5.02455;RBI=0.0317358;REFB=-0.0100543;REVB=0.0295363;RO=167;SAF=30;SAR=15;SRF=62;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365795;STB=0.720628;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00963148;OID=.;OPOS=75714980;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:167:168:45:45:0.211268:15:30:62:105:15:30:63:105 chr3 75715016 . T C 309.0 PASS AF=0.322581;AO=40;DP=123;FAO=40;FDP=124;FR=.;FRO=84;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=0.0357097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8857;QD=9.96769;RBI=0.0381668;REFB=0.00182061;REVB=-0.013473;RO=83;SAF=16;SAR=24;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969083;STB=0.560625;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.00350798;OID=.;OPOS=75715016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:83:84:40:40:0.322581:24:16:40:43:24:16:41:43 chr3 75715118 . G A 49.36 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=0.00106866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.376;QD=2.90365;RBI=0.00321228;REFB=-0.00343533;REVB=0.00302931;RO=57;SAF=9;SAR=1;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.640236;STB=0.927109;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0200415;OID=.;OPOS=75715118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:68:68:57:58:10:10:0.147059:1:9:19:38:1:9:19:39 chr3 75715124 . C T 70.46 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=78;FAO=13;FDP=78;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.0615304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2926;QD=3.6135;RBI=0.0630247;REFB=0.000264508;REVB=0.0136428;RO=66;SAF=9;SAR=3;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427282;STB=0.734002;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00277573;OID=.;OPOS=75715124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:78:78:66:65:12:13:0.166667:3:9:26:40:4:9:26:39 chr3 75715173 . CT TG 168.76 PASS AF=0.244898;AO=24;DP=98;FAO=24;FDP=98;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.0101931;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=243.13;QD=6.88795;RBI=0.0107348;REFB=-0.0107593;REVB=-0.00336714;RO=72;SAF=12;SAR=12;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858558;STB=0.561174;STBP=0.499;TYPE=mnp;VARB=0.0285748;OID=.;OPOS=75715173;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:72:74:24:24:0.244898:12:12:31:41:12:12:31:43 chr3 75715181 . G A 169.19 PASS AF=0.247423;AO=24;DP=97;FAO=24;FDP=97;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.0146793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.759;QD=6.97673;RBI=0.0151161;REFB=-0.0157644;REVB=0.00360742;RO=73;SAF=12;SAR=12;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110432;STB=0.566955;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0441321;OID=.;OPOS=75715181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:73:73:24:24:0.247423:12:12:30:43:12:12:30:43 chr3 75779719 . T C 77.69 PASS AF=0.133858;AO=16;DP=126;FAO=17;FDP=127;FR=.;FRO=110;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=64;FWDB=-0.0124284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.885;QD=2.44695;RBI=0.0505771;REFB=0.00100906;REVB=0.0490263;RO=109;SAF=4;SAR=12;SRF=46;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232597;STB=0.678271;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0145145;OID=.;OPOS=75779719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:126:127:109:110:16:17:0.133858:12:4:46:63:13:4:46:64 chr3 75779724 . T C 776.11 PASS AF=0.561538;AO=73;DP=131;FAO=73;FDP=130;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0264715;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.804;QD=23.8804;RBI=0.0409504;REFB=-0.021595;REVB=0.0312441;RO=57;SAF=27;SAR=46;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726842;STB=0.539728;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0195382;OID=.;OPOS=75779724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:57:57:73:73:0.561538:46:27:26:31:46:27:26:31 chr3 75779727 . A G 779.34 PASS AF=0.561538;AO=73;DP=131;FAO=73;FDP=130;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.047998;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6295;QD=23.9796;RBI=0.0480457;REFB=-0.0143106;REVB=-0.00213896;RO=56;SAF=28;SAR=45;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052129;STB=0.533119;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00816978;OID=.;OPOS=75779727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:56:57:73:73:0.561538:45:28:25:31:45:28:26:31 chr3 75779742 . G A 538.28 PASS AF=0.426471;AO=58;DP=136;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.0151733;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.287;QD=15.8318;RBI=0.0152134;REFB=-0.00415559;REVB=0.00110366;RO=75;SAF=21;SAR=37;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040837;STB=0.529417;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00936309;OID=.;OPOS=75779742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:75:78:58:58:0.426471:37:21:30:45:37:21:32:46 chr3 75779762 . G T 534.01 PASS AF=0.42029;AO=58;DP=139;FAO=58;FDP=138;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=51;FWDB=-0.0484683;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5599;QD=15.4787;RBI=0.0520813;REFB=-0.0389563;REVB=0.0190603;RO=79;SAF=21;SAR=37;SRF=29;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00557677;STB=0.50027;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0551077;OID=.;OPOS=75779762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:79:80:58:58:0.42029:37:21:29:50:37:21:29:51 chr3 75779769 . C G 862.81 PASS AF=0.585185;AO=77;DP=134;FAO=79;FDP=135;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0242183;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.323;QD=25.5648;RBI=0.0284246;REFB=-0.0330976;REVB=0.0148806;RO=56;SAF=29;SAR=48;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00133711;STB=0.502092;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0186404;OID=.;OPOS=75779769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:56:56:77:79:0.585185:48:29:21:35:49:30:21:35 chr3 75779777 . TA T 537.07 PASS AF=0.578947;AO=75;DP=136;FAO=77;FDP=133;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0201331;FXX=0.0220572;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.2809;QD=16.1524;RBI=0.028904;REFB=0.00923435;REVB=0.0207389;RO=55;SAF=29;SAR=46;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0.338931;SSSB=0.00397313;STB=0.50725;STBP=0.844;TYPE=del;VARB=0.00342483;OID=.;OPOS=75779778;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.578947:75:136:77:133:56:29:48:22:34:99:55:29:46:21:34 chr3 75781222 . C T 694.86 PASS AF=0.544;AO=67;DP=123;FAO=68;FDP=125;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0231139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3017;QD=22.2356;RBI=0.0938521;REFB=-0.00281496;REVB=0.0909613;RO=56;SAF=33;SAR=34;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681348;STB=0.535989;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00346867;OID=.;OPOS=75781222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:56:57:67:68:0.544:34:33:23:33:34:34:24:33 chr3 75781243 . T C 92.31 PASS AF=0.147287;AO=19;DP=130;FAO=19;FDP=129;FR=.;FRO=110;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=59;FWDB=-0.0122233;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8232;QD=2.86228;RBI=0.0196913;REFB=0.00321321;REVB=-0.0154382;RO=106;SAF=8;SAR=11;SRF=50;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064642;STB=0.536768;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.0119453;OID=.;OPOS=75781243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:130:129:106:110:19:19:0.147287:11:8:50:56:11:8:51:59 chr3 75781257 . T G 444.62 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=127;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.03625;FXX=0.181088;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8746;QD=17.1007;RBI=0.0418931;REFB=0.0243017;REVB=0.0209993;RO=57;SAF=25;SAR=22;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10839;STB=0.560513;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0286654;OID=.;OPOS=75781257;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:104:57:57:47:47:0.451923:22:25:24:33:22:25:24:33 chr3 75781263 . T C 742.38 PASS AF=0.559055;AO=71;DP=127;FAO=71;FDP=127;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0172742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4433;QD=23.3819;RBI=0.0174234;REFB=0.0280269;REVB=0.00227541;RO=56;SAF=33;SAR=38;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044026;STB=0.524037;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.0219903;OID=.;OPOS=75781263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:56:56:71:71:0.559055:38:33:23:33:38:33:23:33 chr3 75781272 . C A 358.47 PASS AF=0.383929;AO=43;DP=113;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=49;FWDB=-0.0580914;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0504;QD=12.8026;RBI=0.0722817;REFB=0.0193396;REVB=-0.043012;RO=69;SAF=24;SAR=19;SRF=20;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285976;STB=0.661194;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0338503;OID=.;OPOS=75781272;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:69:69:43:43:0.383929:19:24:20:49:19:24:20:49 chr3 75786031 . A C 138.93 PASS AF=0.13278;AO=32;DP=240;FAO=32;FDP=241;FR=.;FRO=209;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=121;FSRR=88;FWDB=-0.011015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.52;QD=2.30588;RBI=0.0156392;REFB=9.63795e-05;REVB=0.0111019;RO=208;SAF=22;SAR=10;SRF=121;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143095;STB=0.601161;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.000480191;OID=.;OPOS=75786031;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:241:208:209:32:32:0.13278:10:22:121:87:10:22:121:88 chr3 75786036 . A C 113.06 PASS AF=0.120172;AO=28;DP=245;FAO=28;FDP=233;FR=.;FRO=205;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=115;FSRR=90;FWDB=-0.0138719;FXX=0.0968955;HRUN=6;LEN=1;MLLD=179.224;QD=1.94095;RBI=0.020156;REFB=-0.0048377;REVB=-0.0146231;RO=190;SAF=19;SAR=9;SRF=102;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184476;STB=0.609249;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0318894;OID=.;OPOS=75786036;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:233:190:205:28:28:0.120172:9:19:102:88:9:19:115:90 chr3 75786042 . G A 1509.36 PASS AF=0.4;AO=102;DP=268;FAO=106;FDP=265;FR=.,HEALED;FRO=116;FSAF=66;FSAR=40;FSRF=63;FSRR=53;FWDB=0.000346554;FXX=0.0257343;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.432;QD=22.7827;RBI=0.00397209;REFB=-0.013794;REVB=-0.00395694;RO=120;SAF=62;SAR=40;SRF=63;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830752;STB=0.543274;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0137199;OID=.;OPOS=75786042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:265:120:116:102:106:0.4:40:62:63:57:40:66:63:53 chr3 75786059 . CA TA,TG 1940.71 PASS AF=0.315789,0.272446;AO=100,88;DP=324;FAO=102,88;FDP=323;FR=.;FRO=133;FSAF=53,54;FSAR=49,34;FSRF=67;FSRR=66;FWDB=-0.01027,-0.0027504;FXX=0.00615366;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=121.119,183.162;QD=24.0335;RBI=0.0114481,0.0177076;REFB=-0.00335112,-0.00452936;REVB=-0.00505828,-0.0174927;RO=133;SAF=52,54;SAR=48,34;SRF=67;SRR=66;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0166554,0.120145;STB=0.508975,0.567569;STBP=0.83,0.118;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00773058,0.021174;OID=.,.;OPOS=75786059,75786059;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:323:133:133:100,88:102,88:0.315789,0.272446:48,34:52,54:67:66:49,34:53,54:67:66 chr3 75786071 . C A 580.38 PASS AF=0.259939;AO=85;DP=356;FAO=85;FDP=327;FR=.;FRO=242;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=132;FSRR=110;FWDB=-0.00570434;FXX=0.0814584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.68;QD=7.09949;RBI=0.00662344;REFB=-0.00313491;REVB=-0.00336607;RO=241;SAF=45;SAR=40;SRF=131;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177662;STB=0.511928;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00912974;OID=.;OPOS=75786071;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:327:241:242:85:85:0.259939:40:45:131:110:40:45:132:110 chr3 75786073 . C G 156.8 PASS AF=0.115068;AO=42;DP=365;FAO=42;FDP=365;FR=.;FRO=323;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=171;FSRR=152;FWDB=-0.00370304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7676;QD=1.71831;RBI=0.00859074;REFB=0.00479209;REVB=-0.00775167;RO=323;SAF=26;SAR=16;SRF=171;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11388;STB=0.580812;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.0472476;OID=.;OPOS=75786073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:365:323:323:42:42:0.115068:16:26:171:152:16:26:171:152 chr3 75786079 . CG CA,TA 2530.85 PASS AF=0.331169,0.37987;AO=102,120;DP=367;FAO=102,117;FDP=308;FR=.;FRO=89;FSAF=61,63;FSAR=41,54;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.000404307,-0.00874095;FXX=0.163039;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=137.502,124.057;QD=32.8682;RBI=0.0181684,0.0113571;REFB=-0.00707626,-0.00878702;REVB=0.0181639,-0.00725114;RO=88;SAF=61,64;SAR=41,56;SRF=50;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0261649,-0.0273431;STB=0.512058,0.515058;STBP=0.722,0.641;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00084404,0.0119423;OID=.,.;OPOS=75786080,75786079;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:367:308:88:89:102,120:102,117:0.331169,0.37987:41,56:61,64:50:38:41,54:61,63:51:38 chr3 75786132 . T C 905.63 PASS AF=0.305128;AO=117;DP=389;FAO=119;FDP=390;FR=.;FRO=271;FSAF=51;FSAR=68;FSRF=140;FSRR=131;FWDB=-0.0158885;FXX=0.00255748;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.679;QD=9.28853;RBI=0.0171743;REFB=-0.00427086;REVB=-0.00652016;RO=268;SAF=49;SAR=68;SRF=138;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116181;STB=0.561342;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0107565;OID=.;OPOS=75786132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:389:390:268:271:117:119:0.305128:68:49:138:130:68:51:140:131 chr3 75786163 . C T 1273.06 PASS AF=0.433962;AO=138;DP=318;FAO=138;FDP=318;FR=.;FRO=180;FSAF=58;FSAR=80;FSRF=85;FSRR=95;FWDB=-0.00183471;FXX=0.0093455;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.407;QD=16.0133;RBI=0.0167013;REFB=-0.00561869;REVB=-0.0166003;RO=180;SAF=57;SAR=81;SRF=87;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727824;STB=0.529871;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0121482;OID=.;OPOS=75786163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:318:180:180:138:138:0.433962:81:57:87:93:80:58:85:95 chr3 75786175 . C A 96.82 PASS AF=0.0993151;AO=29;DP=292;FAO=29;FDP=292;FR=.;FRO=263;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=108;FSRR=155;FWDB=-0.0130724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3221;QD=1.32635;RBI=0.01308;REFB=-0.00114249;REVB=0.000448251;RO=263;SAF=21;SAR=8;SRF=108;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368706;STB=0.768177;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0113214;OID=.;OPOS=75786175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:292:292:263:263:29:29:0.0993151:8:21:108:155:8:21:108:155 chr3 75786202 . TG CA 40.39 PASS AF=0.0704846;AO=16;DP=228;FAO=16;FDP=227;FR=.;FRO=211;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=97;FSRR=114;FWDB=0.00159881;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=2;MLLD=312.024;QD=0.711692;RBI=0.00170525;REFB=-0.00148762;REVB=-0.000593024;RO=209;SAF=9;SAR=7;SRF=95;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118256;STB=0.59464;STBP=0.458;TYPE=mnp;VARB=0.0165573;OID=.;OPOS=75786202;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:228:227:209:211:16:16:0.0704846:7:9:95:114:7:9:97:114 chr3 75786211 . A G 1091.6 PASS AF=0.529412;AO=107;DP=203;FAO=108;FDP=204;FR=.;FRO=96;FSAF=41;FSAR=67;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=0.0177115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.283;QD=21.404;RBI=0.0210423;REFB=-0.0227264;REVB=-0.0113615;RO=96;SAF=40;SAR=67;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130661;STB=0.568207;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0219306;OID=.;OPOS=75786211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:96:96:107:108:0.529412:67:40:50:46:67:41:50:46 chr3 75786221 . G A 31.75 PASS AF=0.0685714;AO=12;DP=177;FAO=12;FDP=175;FR=.;FRO=163;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=77;FSRR=86;FWDB=-0.00184342;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.046;QD=0.725741;RBI=0.00565555;REFB=0.000737004;REVB=0.00534669;RO=161;SAF=8;SAR=4;SRF=78;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196546;STB=0.67895;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00948274;OID=.;OPOS=75786221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:177:175:161:163:12:12:0.0685714:4:8:78:83:4:8:77:86 chr3 75786225 . G A 137.18 PASS AF=0.184049;AO=17;DP=151;FAO=30;FDP=163;FR=.;FRO=133;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=68;FSRR=65;FWDB=-0.00733856;FXX=0.0180712;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8271;QD=3.36642;RBI=0.020644;REFB=-0.0240552;REVB=0.0192956;RO=127;SAF=6;SAR=11;SRF=65;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19612;STB=0.518021;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.151197;OID=.;OPOS=75786225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:163:127:133:17:30:0.184049:11:6:65:62:14:16:68:65 chr3 75786230 . C T 44.18 PASS AF=0.0833333;AO=14;DP=168;FAO=14;FDP=168;FR=.;FRO=154;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=77;FSRR=77;FWDB=-0.0409638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3741;QD=1.05191;RBI=0.0576389;REFB=0.00427721;REVB=-0.0405488;RO=154;SAF=8;SAR=6;SRF=77;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817395;STB=0.565494;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.0535606;OID=.;OPOS=75786230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:168:168:154:154:14:14:0.0833333:6:8:77:77:6:8:77:77 chr3 75786243 . C T 594.25 PASS AF=0.491935;AO=61;DP=124;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.007575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.615;QD=19.1694;RBI=0.0150097;REFB=-0.00184438;REVB=-0.012958;RO=63;SAF=23;SAR=38;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263369;STB=0.645367;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00432167;OID=.;OPOS=75786243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:63:63:61:61:0.491935:38:23:42:21:38:23:42:21 chr3 75786245 . T A 598.63 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=0.00516799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.513;QD=19.7895;RBI=0.0103397;REFB=0.000272544;REVB=-0.00895548;RO=60;SAF=23;SAR=38;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257948;STB=0.642121;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00040108;OID=.;OPOS=75786245;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:60:61:61:0.504132:38:23:40:20:38:23:40:20 chr3 75786251 . GG AT,GT 460.32 PASS AF=0.0485437,0.446602;AO=5,44;DP=104;FAO=5,46;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=4,17;FSAR=1,29;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.0137084,-0.0160685;FXX=0.00961446;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=181.788,221.946;QD=17.8764;RBI=0.0160419,0.0162484;REFB=0.00228822,0.00170175;REVB=0.00833205,-0.00241099;RO=52;SAF=4,16;SAR=1,28;SRF=34;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.19007,-0.278529;STB=0.665928,0.64919;STBP=0.561,0.012;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.024767,-0.00286427;OID=.,.;OPOS=75786251,75786252;OREF=GG,G;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:104:103:52:52:5,44:5,46:0.0485437,0.446602:1,28:4,16:34:18:1,29:4,17:34:18 chr3 75786256 . T A 509.62 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=-0.0109853;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.588;QD=21.0154;RBI=0.0110536;REFB=5.14817e-05;REVB=0.00122725;RO=48;SAF=19;SAR=30;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298854;STB=0.664687;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-6.46001e-05;OID=.;OPOS=75786256;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:30:19:35:13:30:19:35:13 chr3 75786261 . C T 74.79 PASS AF=0.159091;AO=14;DP=88;FAO=14;FDP=88;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0248488;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.153;QD=3.39976;RBI=0.0299759;REFB=-0.00398736;REVB=-0.0167657;RO=74;SAF=8;SAR=6;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220887;STB=0.51483;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0110177;OID=.;OPOS=75786261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:88:88:74:74:14:14:0.159091:6:8:41:33:6:8:41:33 chr3 75786278 . A C 499.65 PASS AF=0.621622;AO=46;DP=74;FAO=46;FDP=74;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=0.0109399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.403;QD=27.008;RBI=0.0243343;REFB=-0.0188605;REVB=0.0217366;RO=28;SAF=23;SAR=23;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224126;STB=0.621572;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00596576;OID=.;OPOS=75786278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:28:28:46:46:0.621622:23:23:23:5:23:23:23:5 chr3 75786288 . A G 61.83 PASS AF=0.169231;AO=11;DP=68;FAO=11;FDP=65;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.00591396;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.67;QD=3.80465;RBI=0.0154887;REFB=-0.002805;REVB=0.0143152;RO=57;SAF=7;SAR=4;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172043;STB=0.510619;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0152647;OID=.;OPOS=75786288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:68:65:57:54:11:11:0.169231:4:7:37:20:4:7:35:19 chr3 75786298 . T C 60.33 PASS AF=0.164179;AO=11;DP=67;FAO=11;FDP=67;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.00495266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2113;QD=3.60151;RBI=0.0086273;REFB=-0.00254211;REVB=-0.0070641;RO=56;SAF=7;SAR=4;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330902;STB=0.522215;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0119726;OID=.;OPOS=75786298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:67:67:56:56:11:11:0.164179:4:7:37:19:4:7:37:19 chr3 75786302 . G A 137.27 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.0249648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.353;QD=8.71537;RBI=0.0250706;REFB=-0.00432965;REVB=-0.00230077;RO=44;SAF=11;SAR=8;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156793;STB=0.592501;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0150946;OID=.;OPOS=75786302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:44:19:19:0.301587:8:11:31:13:8:11:31:13 chr3 75786314 . CCTACATTCT C 176.44 PASS AF=0.5;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.000976451;FXX=0.0565931;HRUN=2;LEN=9;MLLD=327.535;QD=14.1149;RBI=0.00767072;REFB=-0.0049049;REVB=0.00760832;RO=25;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17761;STB=0.618957;STBP=0.119;TYPE=del;VARB=0.0049468;OID=.;OPOS=75786315;OREF=CTACATTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:25:54:25:50:25:12:13:18:7:99:25:12:13:17:8 chr3 75786379 . T C 181.25 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.0167519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.737;QD=9.41577;RBI=0.0188664;REFB=-0.00358513;REVB=0.00867834;RO=53;SAF=14;SAR=10;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246787;STB=0.514529;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.01201;OID=.;OPOS=75786379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:53:24:24:0.311688:10:14:32:21:10:14:32:21 chr3 75786385 . C G 117.4 PASS AF=0.230769;AO=17;DP=79;FAO=18;FDP=78;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.00912612;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.949;QD=6.02063;RBI=0.013473;REFB=0.000552774;REVB=0.00991144;RO=60;SAF=9;SAR=8;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889869;STB=0.534845;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.0228545;OID=.;OPOS=75786385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:60:60:17:18:0.230769:8:9:36:24:8:10:36:24 chr3 75786417 . T C 87.3 PASS AF=0.158416;AO=16;DP=101;FAO=16;FDP=101;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=33;FWDB=0.0189036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8086;QD=3.45754;RBI=0.037862;REFB=-0.00500598;REVB=-0.0328053;RO=85;SAF=10;SAR=6;SRF=52;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176351;STB=0.511796;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0387738;OID=.;OPOS=75786417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:101:101:85:85:16:16:0.158416:6:10:52:33:6:10:52:33 chr3 75786438 . G A 41.99 PASS AF=0.102041;AO=10;DP=98;FAO=10;FDP=98;FR=.;FRO=88;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=-0.0111519;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.595;QD=1.71375;RBI=0.0248476;REFB=-0.00166031;REVB=-0.0222045;RO=88;SAF=8;SAR=2;SRF=51;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286438;STB=0.725089;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0177597;OID=.;OPOS=75786438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:98:98:88:88:10:10:0.102041:2:8:51:37:2:8:51:37 chr3 75786440 . C T 744.9 PASS AF=0.636364;AO=63;DP=97;FAO=63;FDP=99;FR=.;FRO=36;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0612375;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.511;QD=30.097;RBI=0.0657294;REFB=-0.0180674;REVB=-0.0238815;RO=34;SAF=36;SAR=27;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504128;STB=0.525215;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00963689;OID=.;OPOS=75786440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:34:36:63:63:0.636364:27:36:22:12:27:36:23:13 chr3 75786450 . G A 65.95 PASS AF=0.12963;AO=14;DP=107;FAO=14;FDP=108;FR=.;FRO=94;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=39;FWDB=-0.0369007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.031;QD=2.44265;RBI=0.0397399;REFB=-0.0069181;REVB=-0.0147512;RO=93;SAF=9;SAR=5;SRF=55;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670681;STB=0.552995;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0344939;OID=.;OPOS=75786450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:107:108:93:94:14:14:0.12963:5:9:55:38:5:9:55:39 chr3 75786453 . C T 80.33 PASS AF=0.146789;AO=17;DP=109;FAO=16;FDP=109;FR=.;FRO=93;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=55;FSRR=38;FWDB=-0.0238621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.095;QD=2.94789;RBI=0.0506329;REFB=-0.0083779;REVB=-0.0446575;RO=92;SAF=11;SAR=6;SRF=54;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798872;STB=0.530082;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0336191;OID=.;OPOS=75786453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:109:109:92:93:17:16:0.146789:6:11:54:38:6:10:55:38 chr3 75786469 . G A 37.41 PASS AF=0.0909091;AO=10;DP=112;FAO=10;FDP=110;FR=.;FRO=100;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=58;FSRR=42;FWDB=-0.0216202;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.227;QD=1.36038;RBI=0.0238357;REFB=-0.00348161;REVB=0.0100354;RO=96;SAF=4;SAR=6;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163173;STB=0.659269;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0229704;OID=.;OPOS=75786469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:112:110:96:100:10:10:0.0909091:6:4:52:44:6:4:58:42 chr3 75786476 . G A 62.68 PASS AF=0.122807;AO=14;DP=112;FAO=14;FDP=114;FR=.;FRO=100;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=44;FWDB=0.00134339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6164;QD=2.19927;RBI=0.0683356;REFB=0.00735777;REVB=-0.0683224;RO=97;SAF=9;SAR=5;SRF=55;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971218;STB=0.575608;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.02091;OID=.;OPOS=75786476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:112:114:97:100:14:14:0.122807:5:9:55:42:5:9:56:44 chr3 75786490 . C G 82.49 PASS AF=0.145299;AO=17;DP=117;FAO=17;FDP=117;FR=.;FRO=100;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=0.00937294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5288;QD=2.82033;RBI=0.0138992;REFB=-0.00413224;REVB=-0.0102633;RO=100;SAF=11;SAR=6;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162577;STB=0.610978;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0234743;OID=.;OPOS=75786490;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:117:117:100:100:17:17:0.145299:6:11:52:48:6:11:52:48 chr3 75786500 . AT GA,GT 310.06 PASS AF=0.214876,0.132231;AO=26,16;DP=121;FAO=26,16;FDP=121;FR=.;FRO=79;FSAF=14,10;FSAR=12,6;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.00038133,-0.00439318;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=257.31,197.831;QD=10.2498;RBI=0.00312596,0.0138652;REFB=-0.00367071,-0.00223826;REVB=0.00310261,0.0131509;RO=78;SAF=14,10;SAR=12,6;SRF=41;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0159206,0.127415;STB=0.505151,0.579414;STBP=0.964,0.481;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00496646,0.0498361;OID=.,.;OPOS=75786500,75786500;OREF=AT,A;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:78:79:26,16:26,16:0.214876,0.132231:12,6:14,10:41:37:12,6:14,10:42:37 chr3 75786506 . T C 63.77 PASS AF=0.119048;AO=15;DP=119;FAO=15;FDP=126;FR=.;FRO=111;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=0.000169056;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=166.556;QD=2.02429;RBI=0.00781438;REFB=-0.00087799;REVB=-0.00781255;RO=104;SAF=9;SAR=6;SRF=53;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112385;STB=0.584551;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0038271;OID=.;OPOS=75786506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:119:126:104:111:15:15:0.119048:6:9:53:51:6:9:56:55 chr3 75786515 . G A 486.78 PASS AF=0.415385;AO=51;DP=130;FAO=54;FDP=130;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.00623151;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.616;QD=14.9778;RBI=0.0137151;REFB=0.000160642;REVB=-0.0122178;RO=76;SAF=28;SAR=23;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102036;STB=0.509496;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.000519939;OID=.;OPOS=75786515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:76:76:51:54:0.415385:23:28:41:35:24:30:41:35 chr3 75786518 . A C 268.32 PASS AF=0.284615;AO=37;DP=130;FAO=37;FDP=130;FR=.;FRO=93;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=-0.0137305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3192;QD=8.256;RBI=0.0139045;REFB=-0.00996399;REVB=0.00219313;RO=93;SAF=18;SAR=19;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878894;STB=0.551839;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0403648;OID=.;OPOS=75786518;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:93:93:37:37:0.284615:19:18:52:41:19:18:52:41 chr3 75786521 . G A 278.53 PASS AF=0.287879;AO=38;DP=132;FAO=38;FDP=132;FR=.;FRO=94;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=-0.00890936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.442;QD=8.44032;RBI=0.0296793;REFB=-0.00665645;REVB=-0.0283105;RO=94;SAF=20;SAR=18;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326298;STB=0.519221;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0135676;OID=.;OPOS=75786521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:94:94:38:38:0.287879:18:20:52:42:18:20:52:42 chr3 75786533 . T G 102.7 PASS AF=0.145833;AO=21;DP=144;FAO=21;FDP=144;FR=.;FRO=123;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=63;FSRR=60;FWDB=-0.0223505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.739;QD=2.85281;RBI=0.0225219;REFB=-0.0138194;REVB=0.00277311;RO=122;SAF=11;SAR=10;SRF=63;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939912;STB=0.509924;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0353293;OID=.;OPOS=75786533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:122:123:21:21:0.145833:10:11:63:59:10:11:63:60 chr3 75786555 . C CT,CTG 933.07 PASS AF=0,0.607843;AO=20,72;DP=157;FAO=0,93;FDP=153;FR=.;FRO=60;FSAF=0,47;FSAR=0,46;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.000578202,0.00340826;FXX=0.0437473;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=168.389,222.922;QD=24.3941;RBI=0.0328045,0.0294237;REFB=0.00646746,-0.000432992;REVB=0.0327994,0.0292256;RO=63;SAF=0,46;SAR=20,26;SRF=35;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.790543,0.0749929;STB=0.5,0.530589;STBP=1,0.374;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.000434904;OID=.,.;OPOS=75786556,75786556;OREF=-,-;OALT=T,TG;OMAPALT=CT,CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.607843:20,72:157:0,93:153:60:0,47:0,46:35:25:99:63:0,46:20,26:35:28 chr3 75786572 . T C 166.33 PASS AF=0.188312;AO=29;DP=154;FAO=29;FDP=154;FR=.;FRO=125;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=68;FSRR=57;FWDB=0.038993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.225;QD=4.32012;RBI=0.0395701;REFB=-0.00452271;REVB=-0.00673329;RO=125;SAF=18;SAR=11;SRF=68;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100591;STB=0.564011;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0326216;OID=.;OPOS=75786572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:125:125:29:29:0.188312:11:18:68:57:11:18:68:57 chr3 75786597 . C T 84.22 PASS AF=0.121951;AO=20;DP=164;FAO=20;FDP=164;FR=.;FRO=144;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=75;FSRR=69;FWDB=-0.00269099;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=175.211;QD=2.0541;RBI=0.0157167;REFB=-0.000392148;REVB=0.0154846;RO=144;SAF=11;SAR=9;SRF=75;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363843;STB=0.52571;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00468634;OID=.;OPOS=75786597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:164:164:144:144:20:20:0.121951:9:11:75:69:9:11:75:69 chr3 75786607 . C T 95.47 PASS AF=0.129412;AO=22;DP=168;FAO=22;FDP=170;FR=.;FRO=148;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=77;FSRR=71;FWDB=-0.0089691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9217;QD=2.24645;RBI=0.0239201;REFB=-0.0156619;REVB=-0.0221749;RO=146;SAF=12;SAR=10;SRF=75;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399808;STB=0.521999;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0292266;OID=.;OPOS=75786607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:168:170:146:148:22:22:0.129412:10:12:75:71:10:12:77:71 chr3 75786610 . T G 95.59 PASS AF=0.127907;AO=22;DP=173;FAO=22;FDP=172;FR=.;FRO=150;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=76;FSRR=74;FWDB=0.027831;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8457;QD=2.22307;RBI=0.0558524;REFB=0.00486886;REVB=0.0484245;RO=149;SAF=12;SAR=10;SRF=75;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528278;STB=0.533867;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.0346888;OID=.;OPOS=75786610;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:173:172:149:150:22:22:0.127907:10:12:75:74:10:12:76:74 chr3 75786619 . T C 56.24 PASS AF=0.0952381;AO=16;DP=168;FAO=16;FDP=168;FR=.;FRO=152;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=78;FSRR=74;FWDB=-0.00818311;FXX=0.0344808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.43;QD=1.33896;RBI=0.0136031;REFB=-0.00120212;REVB=0.0108665;RO=152;SAF=10;SAR=6;SRF=78;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133561;STB=0.602281;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00805659;OID=.;OPOS=75786619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:168:168:152:152:16:16:0.0952381:6:10:78:74:6:10:78:74 chr3 75786623 . G T 786.98 PASS AF=0.471264;AO=82;DP=174;FAO=82;FDP=174;FR=.;FRO=92;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=0.020907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.483;QD=18.0915;RBI=0.0237649;REFB=-0.00141752;REVB=0.0112989;RO=92;SAF=45;SAR=37;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468215;STB=0.525902;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00113265;OID=.;OPOS=75786623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:92:92:82:82:0.471264:37:45:46:46:37:45:46:46 chr3 75786670 . G A 1302.65 PASS AF=0.611702;AO=115;DP=188;FAO=115;FDP=188;FR=.;FRO=73;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.00575644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.248;QD=27.716;RBI=0.00659614;REFB=-0.00832723;REVB=-0.00322062;RO=72;SAF=56;SAR=59;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784549;STB=0.544876;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00368212;OID=.;OPOS=75786670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:72:73:115:115:0.611702:59:56:43:29:59:56:44:29 chr3 75786681 . G A 1743.88 PASS AF=0.761111;AO=137;DP=180;FAO=137;FDP=180;FR=.;FRO=43;FSAF=69;FSAR=68;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00243566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.561;QD=38.7529;RBI=0.00526405;REFB=-0.0198144;REVB=0.00466666;RO=43;SAF=69;SAR=68;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453074;STB=0.524134;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00629476;OID=.;OPOS=75786681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:43:43:137:137:0.761111:68:69:26:17:68:69:26:17 chr3 75786737 . A T 980.79 PASS AF=0.643939;AO=84;DP=134;FAO=85;FDP=132;FR=.;FRO=47;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0178822;FXX=0.0222206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.427;QD=29.721;RBI=0.0189388;REFB=-0.002837;REVB=-0.00623738;RO=46;SAF=46;SAR=38;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170809;STB=0.503318;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00241503;OID=.;OPOS=75786737;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:46:47:84:85:0.643939:38:46:24:22:39:46:25:22 chr3 75786740 . CA CG,GG 1000.67 PASS AF=0.572519,0.10687;AO=73,14;DP=132;FAO=75,14;FDP=131;FR=.;FRO=42;FSAF=40,9;FSAR=35,5;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0107063,0.00109158;FXX=0.00757518;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=130.133,82.7322;QD=30.5549;RBI=0.0107285,0.0060672;REFB=-0.00790512,-0.0119282;REVB=-0.000689412,0.0059682;RO=37;SAF=38,9;SAR=35,5;SRF=20;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0124862,0.125901;STB=0.505153,0.574359;STBP=0.89,0.482;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00118481,0.00424374;OID=.,.;OPOS=75786741,75786740;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:37:42:73,14:75,14:0.572519,0.10687:35,5:38,9:20:17:35,5:40,9:23:19 chr3 75786753 . C T 69.21 PASS AF=0.122137;AO=16;DP=129;FAO=16;FDP=131;FR=.;FRO=115;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=68;FSRR=47;FWDB=0.00252698;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.262;QD=2.11341;RBI=0.0291679;REFB=-0.00105498;REVB=-0.0290582;RO=112;SAF=5;SAR=11;SRF=68;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353385;STB=0.734398;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0207535;OID=.;OPOS=75786753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:129:131:112:115:16:16:0.122137:11:5:68:44:11:5:68:47 chr3 75786754 . G T 62.27 PASS AF=0.112782;AO=15;DP=132;FAO=15;FDP=133;FR=.;FRO=118;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=64;FSRR=54;FWDB=0.00527098;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.352;QD=1.87264;RBI=0.0154164;REFB=-0.00202401;REVB=-0.0144873;RO=117;SAF=9;SAR=6;SRF=64;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657828;STB=0.552077;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0439109;OID=.;OPOS=75786754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:132:133:117:118:15:15:0.112782:6:9:64:53:6:9:64:54 chr3 75786759 . T C 834.66 PASS AF=0.608;AO=76;DP=125;FAO=76;FDP=125;FR=.;FRO=49;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0054789;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.459;QD=26.7091;RBI=0.0141699;REFB=-0.00731821;REVB=-0.0130678;RO=44;SAF=45;SAR=31;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637285;STB=0.524718;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00414343;OID=.;OPOS=75786759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:44:49:76:76:0.608:31:45:22:22:31:45:26:23 chr3 75786773 . T A 615.65 PASS AF=0.516667;AO=62;DP=120;FAO=62;FDP=120;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0135948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.225;QD=20.5217;RBI=0.0212002;REFB=-0.0150116;REVB=0.0162675;RO=58;SAF=34;SAR=28;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0029583;STB=0.501628;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0167461;OID=.;OPOS=75786773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:58:58:62:62:0.516667:28:34:32:26:28:34:32:26 chr3 75786784 . T C 34.85 PASS AF=0.0833333;AO=11;DP=120;FAO=10;FDP=120;FR=.;FRO=110;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=59;FSRR=51;FWDB=-0.00481146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.697;QD=1.16151;RBI=0.0235136;REFB=-0.00546616;REVB=-0.0230161;RO=107;SAF=8;SAR=3;SRF=56;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243443;STB=0.655928;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0496784;OID=.;OPOS=75786784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:120:120:107:110:11:10:0.0833333:3:8:56:51:3:7:59:51 chr3 75786802 . G A 525.54 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0094679;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.321;QD=18.7693;RBI=0.0382487;REFB=-0.00483801;REVB=-0.0370584;RO=57;SAF=29;SAR=26;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000882173;STB=0.500488;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00327098;OID=.;OPOS=75786802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:57:57:55:55:0.491071:26:29:30:27:26:29:30:27 chr3 75786827 . A T 817.7 PASS AF=0.6;AO=75;DP=124;FAO=75;FDP=125;FR=.;FRO=50;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0131232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.064;QD=26.1664;RBI=0.0133832;REFB=-0.0121116;REVB=0.00262543;RO=49;SAF=43;SAR=32;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465844;STB=0.529709;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00868742;OID=.;OPOS=75786827;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:49:50:75:75:0.6:32:43:25:24:32:43:25:25 chr3 75786832 . C T 1000.91 PASS AF=0.691057;AO=84;DP=123;FAO=85;FDP=123;FR=.;FRO=38;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00623842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.789;QD=32.55;RBI=0.0221678;REFB=-0.0204025;REVB=-0.0212719;RO=38;SAF=44;SAR=40;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474089;STB=0.523575;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00569452;OID=.;OPOS=75786832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:38:38:84:85:0.691057:40:44:23:15:40:45:23:15 chr3 75786833 . G A 77.93 PASS AF=0.133858;AO=17;DP=126;FAO=17;FDP=127;FR=.;FRO=110;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=59;FSRR=51;FWDB=-0.0159215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176;QD=2.45454;RBI=0.0193775;REFB=-0.00272453;REVB=-0.011045;RO=109;SAF=10;SAR=7;SRF=58;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709632;STB=0.545572;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00799532;OID=.;OPOS=75786833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:126:127:109:110:17:17:0.133858:7:10:58:51:7:10:59:51 chr3 75786845 . T C 1193.83 PASS AF=0.746154;AO=87;DP=121;FAO=97;FDP=130;FR=.;FRO=33;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0290892;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.75;QD=36.7333;RBI=0.0374813;REFB=-0.0391717;REVB=0.0236361;RO=34;SAF=47;SAR=40;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673522;STB=0.541453;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0120835;OID=.;OPOS=75786845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:130:34:33:87:97:0.746154:40:47:14:20:43:54:13:20 chr3 75786854 . A T 555.42 PASS AF=0.450382;AO=58;DP=131;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0186694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.554;QD=16.9594;RBI=0.0460256;REFB=-0.00783585;REVB=-0.0420691;RO=69;SAF=33;SAR=25;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889563;STB=0.540407;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0122421;OID=.;OPOS=75786854;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:69:72:58:59:0.450382:25:33:33:36:26:33:35:37 chr3 75786866 . G T 115.88 PASS AF=0.149068;AO=24;DP=161;FAO=24;FDP=161;FR=.;FRO=137;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=69;FSRR=68;FWDB=-0.0236601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.983;QD=2.87914;RBI=0.04446;REFB=-0.0108628;REVB=-0.0376416;RO=137;SAF=14;SAR=10;SRF=69;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101697;STB=0.568101;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0599668;OID=.;OPOS=75786866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:137:137:24:24:0.149068:10:14:69:68:10:14:69:68 chr3 75786888 . C T 198.61 PASS AF=0.178218;AO=36;DP=202;FAO=36;FDP=202;FR=.;FRO=166;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=79;FSRR=87;FWDB=0.00713228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.578;QD=3.93294;RBI=0.013013;REFB=0.000326981;REVB=-0.0108844;RO=166;SAF=20;SAR=16;SRF=79;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102284;STB=0.565277;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.00207445;OID=.;OPOS=75786888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:166:166:36:36:0.178218:16:20:79:87:16:20:79:87 chr3 75786892 . A C 224.44 PASS AF=0.191388;AO=40;DP=208;FAO=40;FDP=209;FR=.;FRO=169;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=77;FSRR=92;FWDB=0.00339329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.614;QD=4.29552;RBI=0.0119168;REFB=-0.00209945;REVB=-0.0114235;RO=168;SAF=26;SAR=14;SRF=77;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245784;STB=0.656425;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00558805;OID=.;OPOS=75786892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:168:169:40:40:0.191388:14:26:77:91:14:26:77:92 chr3 75786899 . T C 347.21 PASS AF=0.2;AO=40;DP=207;FAO=41;FDP=205;FR=.,HEALED;FRO=140;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=57;FSRR=83;FWDB=0.116759;FXX=0.0144224;HRUN=5;LEN=1;MLLD=33.1504;QD=6.77481;RBI=0.142524;REFB=0.00630131;REVB=-0.0817349;RO=124;SAF=24;SAR=16;SRF=50;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243037;STB=0.653479;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0137728;OID=.;OPOS=75786899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:205:124:140:40:41:0.2:16:24:50:74:16:25:57:83 chr3 75786910 . T C 224.15 PASS AF=0.167939;AO=44;DP=262;FAO=44;FDP=262;FR=.;FRO=218;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=101;FSRR=117;FWDB=-0.0137782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.59;QD=3.42214;RBI=0.0257783;REFB=-0.0052445;REVB=0.0217872;RO=216;SAF=30;SAR=14;SRF=101;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277121;STB=0.681735;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0345287;OID=.;OPOS=75786910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:216:218:44:44:0.167939:14:30:101:115:14:30:101:117 chr3 75786916 . C A 335.36 PASS AF=0.207273;AO=57;DP=273;FAO=57;FDP=275;FR=.;FRO=218;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=104;FSRR=114;FWDB=0.00154711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.162;QD=4.87792;RBI=0.0162536;REFB=0.000302616;REVB=-0.0161798;RO=212;SAF=35;SAR=22;SRF=100;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182688;STB=0.608813;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00233508;OID=.;OPOS=75786916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:275:212:218:57:57:0.207273:22:35:100:112:22:35:104:114 chr3 75786919 . A T 333.11 PASS AF=0.204301;AO=57;DP=279;FAO=57;FDP=279;FR=.;FRO=222;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=103;FSRR=119;FWDB=-0.00666979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.051;QD=4.77577;RBI=0.0182948;REFB=-5.02875e-05;REVB=-0.0170356;RO=219;SAF=35;SAR=22;SRF=100;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201565;STB=0.619078;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.000251115;OID=.;OPOS=75786919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:219:222:57:57:0.204301:22:35:100:119:22:35:103:119 chr3 75786921 . G A 43.23 PASS AF=0.0671378;AO=19;DP=283;FAO=19;FDP=283;FR=.;FRO=264;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=128;FSRR=136;FWDB=-0.0027686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.855;QD=0.611011;RBI=0.00747817;REFB=-3.62965e-05;REVB=-0.00694679;RO=264;SAF=10;SAR=9;SRF=128;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449514;STB=0.538592;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.000263913;OID=.;OPOS=75786921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:283:283:264:264:19:19:0.0671378:9:10:128:136:9:10:128:136 chr3 75786965 . C T 1305.33 PASS AF=0.451505;AO=134;DP=298;FAO=135;FDP=299;FR=.;FRO=164;FSAF=50;FSAR=85;FSRF=82;FSRR=82;FWDB=-0.00358946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4275;QD=17.4626;RBI=0.00393495;REFB=-0.00594249;REVB=0.00161233;RO=158;SAF=50;SAR=84;SRF=78;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121649;STB=0.573315;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00600754;OID=.;OPOS=75786965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:299:158:164:134:135:0.451505:84:50:78:80:85:50:82:82 chr3 75786991 . C T 1278.25 PASS AF=0.450847;AO=133;DP=295;FAO=133;FDP=295;FR=.;FRO=162;FSAF=50;FSAR=83;FSRF=83;FSRR=79;FWDB=-0.03765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2698;QD=17.3322;RBI=0.0380168;REFB=-0.00564729;REVB=-0.00526805;RO=161;SAF=50;SAR=83;SRF=83;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141289;STB=0.576769;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00724001;OID=.;OPOS=75786991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:295:161:162:133:133:0.450847:83:50:83:78:83:50:83:79 chr3 75786993 . T A 95.72 PASS AF=0.0983051;AO=28;DP=295;FAO=29;FDP=295;FR=.;FRO=266;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=114;FSRR=152;FWDB=-0.00736259;FXX=0.00673378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0482;QD=1.29787;RBI=0.0403616;REFB=-0.000939364;REVB=0.0396844;RO=266;SAF=17;SAR=11;SRF=115;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207673;STB=0.639356;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00740186;OID=.;OPOS=75786993;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:295:295:266:266:28:29:0.0983051:11:17:115:151:12:17:114:152 chr3 75787015 . C T 364.72 PASS AF=0.217391;AO=60;DP=276;FAO=60;FDP=276;FR=.;FRO=216;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=92;FSRR=124;FWDB=0.00345817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.242;QD=5.28583;RBI=0.00429717;REFB=-0.00211098;REVB=0.00255084;RO=216;SAF=31;SAR=29;SRF=92;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116059;STB=0.570735;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00759052;OID=.;OPOS=75787015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:216:216:60:60:0.217391:29:31:92:124:29:31:92:124 chr3 75787032 . T C 1176.61 PASS AF=0.457565;AO=124;DP=271;FAO=124;FDP=271;FR=.;FRO=147;FSAF=50;FSAR=74;FSRF=75;FSRR=72;FWDB=0.00743367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.811;QD=17.3669;RBI=0.0204756;REFB=-0.00260373;REVB=0.0190786;RO=144;SAF=50;SAR=74;SRF=75;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115801;STB=0.558903;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00439459;OID=.;OPOS=75787032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:144:147:124:124:0.457565:74:50:75:69:74:50:75:72 chr3 75787043 . G A 726.88 PASS AF=0.350195;AO=167;DP=256;FAO=90;FDP=257;FR=.;FRO=167;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=72;FSRR=95;FWDB=0.00657565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6374;QD=11.3133;RBI=0.016538;REFB=0.000607546;REVB=-0.0151745;RO=88;SAF=72;SAR=95;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521157;STB=0.551862;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00270207;OID=.;OPOS=75787043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:257:88:167:167:90:0.350195:95:72:45:43:44:46:72:95 chr3 75787047 . G GACTTATA 118.17 PASS AF=0.126126;AO=27;DP=255;FAO=28;FDP=222;FR=.;FRO=194;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=92;FSRR=102;FWDB=-0.0102879;FXX=0.111996;HRUN=1;LEN=7;MLLD=277.949;QD=2.12918;RBI=0.010378;REFB=-0.00336844;REVB=-0.00136487;RO=225;SAF=9;SAR=18;SRF=108;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183342;STB=0.604667;STBP=0.249;TYPE=ins;VARB=0.0187227;OID=.;OPOS=75787048;OREF=-;OALT=ACTTATA;OMAPALT=GACTTATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.126126:27:255:28:222:194:10:18:92:102:99:225:9:18:108:117 chr3 75787049 . C A 73.97 PASS AF=0.092;AO=23;DP=251;FAO=23;FDP=250;FR=.;FRO=227;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=102;FSRR=125;FWDB=-0.012343;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.513;QD=1.18354;RBI=0.0137144;REFB=-0.00433438;REVB=-0.00597792;RO=224;SAF=12;SAR=11;SRF=103;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736747;STB=0.565432;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0440479;OID=.;OPOS=75787049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:251:250:224:227:23:23:0.092:11:12:103:121:11:12:102:125 chr3 75787057 . G A 1539.54 PASS AF=0.657005;AO=127;DP=201;FAO=136;FDP=207;FR=.;FRO=71;FSAF=52;FSAR=84;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.00478021;FXX=0.014285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.382;QD=29.7495;RBI=0.0160331;REFB=-0.0110367;REVB=0.0153039;RO=67;SAF=52;SAR=75;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252979;STB=0.514488;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0119526;OID=.;OPOS=75787057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:207:67:71:127:136:0.657005:75:52:30:37:84:52:30:41 chr3 75787081 . A T 154.69 PASS AF=0.166667;AO=30;DP=180;FAO=30;FDP=180;FR=.;FRO=150;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=72;FSRR=78;FWDB=0.0105283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.62;QD=3.43763;RBI=0.0161634;REFB=-0.00301051;REVB=-0.0122641;RO=148;SAF=15;SAR=15;SRF=70;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346691;STB=0.516656;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0124493;OID=.;OPOS=75787081;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:148:150:30:30:0.166667:15:15:70:78:15:15:72:78 chr3 75787098 . CCT C,CGT 267.73 PASS AF=0.22973,0.0405405;AO=33,8;DP=156;FAO=34,6;FDP=148;FR=.;FRO=108;FSAF=19,2;FSAR=15,4;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=-0.0115246,0.0227203;FXX=0.00671096;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=208.901,56.2513;QD=7.23589;RBI=0.0127505,0.0276022;REFB=-0.00560878,-0.00233726;REVB=-0.00545518,-0.0156738;RO=112;SAF=19,2;SAR=14,6;SRF=54;SRR=58;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.11821,-0.248077;STB=0.558789,0.642375;STBP=0.459,0.512;TYPE=del,snp;VARB=0.0204417,-0.0066421;OID=.,.;OPOS=75787099,75787099;OREF=CT,C;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22973,0.0405405:33,8:156:34,6:148:108:19,2:15,4:52:56:99:112:19,2:14,6:54:58 chr3 75787116 . T G 82.99 PASS AF=0.123377;AO=19;DP=155;FAO=19;FDP=154;FR=.;FRO=135;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=65;FSRR=70;FWDB=-0.00919241;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.437;QD=2.15546;RBI=0.0271878;REFB=-0.00375952;REVB=0.0255866;RO=136;SAF=11;SAR=8;SRF=65;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125114;STB=0.585177;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0228926;OID=.;OPOS=75787116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:155:154:136:135:19:19:0.123377:8:11:65:71:8:11:65:70 chr3 75787127 . G T 81.88 PASS AF=0.121795;AO=19;DP=156;FAO=19;FDP=156;FR=.;FRO=137;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=69;FSRR=68;FWDB=0.0143872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3845;QD=2.0995;RBI=0.0397443;REFB=0.00262927;REVB=-0.0370489;RO=136;SAF=12;SAR=7;SRF=68;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164355;STB=0.613377;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0202824;OID=.;OPOS=75787127;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:156:156:136:137:19:19:0.121795:7:12:68:68:7:12:69:68 chr3 75787145 . T C 163.24 PASS AF=0.185897;AO=29;DP=156;FAO=29;FDP=156;FR=.;FRO=127;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=64;FSRR=63;FWDB=0.0042237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.369;QD=4.1857;RBI=0.0089024;REFB=0.00185076;REVB=-0.00783666;RO=126;SAF=20;SAR=9;SRF=63;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248097;STB=0.655628;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00878746;OID=.;OPOS=75787145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:126:127:29:29:0.185897:9:20:63:63:9:20:64:63 chr3 75787159 . C T 203.12 PASS AF=0.213333;AO=32;DP=150;FAO=32;FDP=150;FR=.;FRO=118;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=62;FSRR=56;FWDB=-0.0390145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.054;QD=5.41662;RBI=0.039624;REFB=-0.000127051;REVB=-0.0069229;RO=117;SAF=23;SAR=9;SRF=61;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263251;STB=0.661399;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.000670923;OID=.;OPOS=75787159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:117:118:32:32:0.213333:9:23:61:56:9:23:62:56 chr3 75787169 . G A 345.97 PASS AF=0.302632;AO=46;DP=152;FAO=46;FDP=152;FR=.;FRO=106;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=56;FSRR=50;FWDB=-0.00480008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.087;QD=9.10452;RBI=0.0152715;REFB=-0.000285724;REVB=-0.0144975;RO=105;SAF=30;SAR=16;SRF=55;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15854;STB=0.589948;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000498432;OID=.;OPOS=75787169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:105:106:46:46:0.302632:16:30:55:50:16:30:56:50 chr3 75787186 . C T 365.07 PASS AF=0.313725;AO=48;DP=153;FAO=48;FDP=153;FR=.;FRO=105;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=-0.00177653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.656;QD=9.54435;RBI=0.00962695;REFB=-0.00305784;REVB=-0.00946161;RO=105;SAF=33;SAR=15;SRF=54;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214691;STB=0.625269;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00368056;OID=.;OPOS=75787186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:105:105:48:48:0.313725:15:33:54:51:15:33:54:51 chr3 75787199 . A C 43.93 PASS AF=0.0890411;AO=13;DP=146;FAO=13;FDP=146;FR=.;FRO=133;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=80;FSRR=53;FWDB=-0.0325187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.634;QD=1.20362;RBI=0.0332044;REFB=-0.000637732;REVB=-0.00671301;RO=132;SAF=7;SAR=6;SRF=79;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711623;STB=0.558201;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0149086;OID=.;OPOS=75787199;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:146:146:132:133:13:13:0.0890411:6:7:79:53:6:7:80:53 chr3 75787221 . C T 60.5 PASS AF=0.111111;AO=12;DP=135;FAO=15;FDP=135;FR=.;FRO=120;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=67;FSRR=53;FWDB=-0.0343309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.539;QD=1.79264;RBI=0.0522901;REFB=-0.00247468;REVB=-0.0394417;RO=120;SAF=6;SAR=6;SRF=67;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679202;STB=0.537943;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0269559;OID=.;OPOS=75787221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:135:135:120:120:12:15:0.111111:6:6:67:53:6:9:67:53 chr3 75787222 . A G 30.85 PASS AF=0.075188;AO=7;DP=130;FAO=10;FDP=133;FR=.;FRO=123;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=67;FSRR=56;FWDB=-0.0336111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.518;QD=0.927869;RBI=0.0393688;REFB=-0.00583077;REVB=-0.0204987;RO=123;SAF=4;SAR=3;SRF=67;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260669;STB=0.650083;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0210783;OID=.;OPOS=75787222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:130:133:123:123:7:10:0.075188:3:4:67:56:3:7:67:56 chr3 75787224 . C T 92.48 PASS AF=0.156522;AO=18;DP=126;FAO=18;FDP=115;FR=.;FRO=97;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=-0.0375045;FXX=0.0944807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0696;QD=3.21671;RBI=0.0490904;REFB=-0.0108022;REVB=-0.0316746;RO=95;SAF=14;SAR=4;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370589;STB=0.749207;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0083005;OID=.;OPOS=75787224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:126:115:95:97:18:18:0.156522:4:14:47:48:4:14:48:49 chr3 75787236 . C T 49.21 PASS AF=0.106195;AO=12;DP=113;FAO=12;FDP=113;FR=.;FRO=101;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=-0.022169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.306;QD=1.7421;RBI=0.022172;REFB=-0.001972;REVB=-0.000359888;RO=101;SAF=6;SAR=6;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414663;STB=0.530922;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0150803;OID=.;OPOS=75787236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:113:113:101:101:12:12:0.106195:6:6:54:47:6:6:54:47 chr3 75787240 . A G 71.62 PASS AF=0.135135;AO=15;DP=109;FAO=15;FDP=111;FR=.;FRO=96;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=0.0276387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.256;QD=2.58079;RBI=0.0284373;REFB=-0.00517017;REVB=-0.00669216;RO=92;SAF=12;SAR=3;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399671;STB=0.778641;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0435728;OID=.;OPOS=75787240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:109:111:92:96:15:15:0.135135:3:12:45:47:3:12:47:49 chr3 75787279 . A T 45.86 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0803731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8446;QD=3.335;RBI=0.0810002;REFB=-0.0151139;REVB=0.0100595;RO=44;SAF=1;SAR=7;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324581;STB=0.740996;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.037242;OID=.;OPOS=75787279;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:54:55:44:47:8:8:0.145455:7:1:14:30:7:1:15:32 chr3 75787372 . A T 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0179057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.453;QD=11.2143;RBI=0.0179063;REFB=-0.0062586;REVB=0.000147301;RO=33;SAF=2;SAR=14;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444852;STB=0.772009;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0177479;OID=.;OPOS=75787372;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:14:2:14:19:14:2:14:19 chr3 75787382 . T C 67.78 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.026958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.856;QD=5.42265;RBI=0.0270484;REFB=-0.00943753;REVB=0.00220975;RO=37;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00392707;STB=0.523317;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0514023;OID=.;OPOS=75787382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:37:40:10:10:0.2:7:3:11:26:7:3:13:27 chr3 75787405 . C T 195.4 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0030411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.127;QD=10.5623;RBI=0.0260383;REFB=-0.00955435;REVB=-0.0258601;RO=49;SAF=9;SAR=16;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151501;STB=0.588557;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0292858;OID=.;OPOS=75787405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:49:25:25:0.337838:16:9:24:25:16:9:24:25 chr3 75787416 . C T 160.54 PASS AF=0.239583;AO=23;DP=98;FAO=23;FDP=96;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=-0.00270954;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.548;QD=6.68922;RBI=0.0839364;REFB=-0.00123579;REVB=-0.0838926;RO=73;SAF=12;SAR=11;SRF=26;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205681;STB=0.624673;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.000643633;OID=.;OPOS=75787416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:73:73:23:23:0.239583:11:12:26:47:11:12:26:47 chr3 75787424 . C G 378.9 PASS AF=0.411215;AO=44;DP=107;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.00579278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.543;QD=14.1645;RBI=0.00993079;REFB=0.000588618;REVB=-0.00806625;RO=59;SAF=20;SAR=24;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493446;STB=0.524946;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00200284;OID=.;OPOS=75787424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:63:44:44:0.411215:24:20:24:35:24:20:26:37 chr3 75787427 . T C 324.3 PASS AF=0.366972;AO=40;DP=106;FAO=40;FDP=109;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.018492;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.301;QD=11.9008;RBI=0.0185444;REFB=-0.00136965;REVB=-0.00139371;RO=66;SAF=18;SAR=22;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285089;STB=0.51906;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00230519;OID=.;OPOS=75787427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:66:69:40:40:0.366972:22:18:28:38:22:18:29:40 chr3 75787464 . C T 444.63 PASS AF=0.389313;AO=50;DP=132;FAO=51;FDP=131;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=-0.0054075;FXX=0.0150365;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6641;QD=13.5765;RBI=0.0106568;REFB=0.0126062;REVB=-0.00918298;RO=80;SAF=24;SAR=26;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874152;STB=0.547536;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.0186263;OID=.;OPOS=75787464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:80:80:50:51:0.389313:26:24:32:48:26:25:33:47 chr3 75787476 . C T 31.22 PASS AF=0.0757576;AO=10;DP=136;FAO=10;FDP=132;FR=.;FRO=122;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=66;FWDB=-0.0154406;FXX=0.0364937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.629;QD=0.946188;RBI=0.0288937;REFB=-6.74341e-05;REVB=-0.024422;RO=122;SAF=5;SAR=5;SRF=56;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451581;STB=0.537804;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.000346053;OID=.;OPOS=75787476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:136:132:122:122:10:10:0.0757576:5:5:56:66:5:5:56:66 chr3 75787486 . C T 461.65 PASS AF=0.375887;AO=52;DP=141;FAO=53;FDP=141;FR=.;FRO=88;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.000138617;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.689;QD=13.0963;RBI=0.000174497;REFB=-0.00802935;REVB=-0.000105993;RO=89;SAF=28;SAR=24;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613418;STB=0.531823;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0130378;OID=.;OPOS=75787486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:89:88:52:53:0.375887:24:28:43:46:25:28:42:46 chr3 75787511 . C A 114.53 PASS AF=0.104167;AO=14;DP=144;FAO=15;FDP=144;FR=.,HEALED;FRO=116;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=57;FSRR=59;FWDB=-0.00167849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.18;QD=3.18132;RBI=0.00616006;REFB=0.00131097;REVB=-0.00592697;RO=107;SAF=11;SAR=3;SRF=51;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380514;STB=0.781947;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00367351;OID=.;OPOS=75787511;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:144:144:107:116:14:15:0.104167:3:11:51:56:3:12:57:59 chr3 75787516 . C G 353.45 PASS AF=0.308219;AO=45;DP=143;FAO=45;FDP=146;FR=.;FRO=101;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=-0.0084854;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.129;QD=9.6835;RBI=0.0193508;REFB=-0.00832275;REVB=-0.0173911;RO=98;SAF=26;SAR=19;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321201;STB=0.516442;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0178507;OID=.;OPOS=75787516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:146:98:101:45:45:0.308219:19:26:54:44:19:26:56:45 chr3 75787519 . CT AG,CG 529.95 PASS AF=0.310345,0.110345;AO=45,16;DP=146;FAO=45,16;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=26,12;FSAR=19,4;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.00523604,-0.0140015;FXX=0.00684885;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=125.915,157.416;QD=14.6193;RBI=0.0317431,0.0150569;REFB=0.00405296,0.00395101;REVB=0.0313083,0.00553781;RO=83;SAF=26,12;SAR=19,4;SRF=44;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0546216,0.292471;STB=0.535599,0.701863;STBP=0.539,0.08;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.012571,0.00386134;OID=.,.;OPOS=75787519,75787520;OREF=CT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:83:84:45,16:45,16:0.310345,0.110345:19,4:26,12:44:39:19,4:26,12:44:40 chr3 75787576 . A G 89.75 PASS AF=0.125749;AO=21;DP=168;FAO=21;FDP=167;FR=.;FRO=146;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=74;FSRR=72;FWDB=0.00763079;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.493;QD=2.14974;RBI=0.0140141;REFB=-0.00158304;REVB=-0.0117544;RO=146;SAF=14;SAR=7;SRF=74;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202307;STB=0.642139;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0228249;OID=.;OPOS=75787576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:168:167:146:146:21:21:0.125749:7:14:74:72:7:14:74:72 chr3 75787583 . A G 88.89 PASS AF=0.12426;AO=21;DP=169;FAO=21;FDP=169;FR=.;FRO=148;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=73;FSRR=75;FWDB=-0.0098863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.165;QD=2.10388;RBI=0.0158439;REFB=-0.0129293;REVB=-0.0123811;RO=147;SAF=14;SAR=7;SRF=72;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221975;STB=0.653239;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0390606;OID=.;OPOS=75787583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:169:169:147:148:21:21:0.12426:7:14:72:75:7:14:73:75 chr3 75787620 . T C 123.21 PASS AF=0.156627;AO=25;DP=166;FAO=26;FDP=166;FR=.;FRO=140;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=69;FSRR=71;FWDB=0.0397898;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4545;QD=2.96896;RBI=0.0420422;REFB=-0.00771493;REVB=0.0135765;RO=139;SAF=14;SAR=11;SRF=69;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081095;STB=0.570976;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0564781;OID=.;OPOS=75787620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:139:140:25:26:0.156627:11:14:69:70:11:15:69:71 chr3 75787637 . C T 523.67 PASS AF=0.380368;AO=61;DP=160;FAO=62;FDP=163;FR=.;FRO=101;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=-0.00996477;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.341;QD=12.8507;RBI=0.0264844;REFB=-0.0207152;REVB=-0.0245383;RO=98;SAF=28;SAR=33;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999837;STB=0.563516;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0279934;OID=.;OPOS=75787637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:163:98:101:61:62:0.380368:33:28:54:44:34:28:56:45 chr3 75787645 . GAA G 330.59 PASS AF=0.40411;AO=46;DP=154;FAO=59;FDP=146;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=-0.0586999;FXX=0.0519447;HRUN=4;LEN=2;MLLD=32.5674;QD=9.05724;RBI=0.0609242;REFB=0.0112848;REVB=-0.0163118;RO=67;SAF=18;SAR=28;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928217;STB=0.562681;STBP=0.24;TYPE=del;VARB=-0.0189657;OID=.;OPOS=75787646;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40411:46:154:59:146:87:27:32:49:38:99:67:18:28:32:35 chr3 75787679 . T C 555.82 PASS AF=0.366667;AO=67;DP=181;FAO=66;FDP=180;FR=.;FRO=114;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=62;FWDB=0.00762728;FXX=0.00552456;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.49;QD=12.3515;RBI=0.00798923;REFB=-0.0106733;REVB=-0.00237748;RO=112;SAF=33;SAR=34;SRF=52;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312159;STB=0.527769;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0189233;OID=.;OPOS=75787679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:112:114:67:66:0.366667:34:33:52:60:33:33:52:62 chr3 75787688 . T A 636.43 PASS AF=0.376289;AO=73;DP=193;FAO=73;FDP=194;FR=.;FRO=121;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=55;FSRR=66;FWDB=-0.0156308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2115;QD=13.1222;RBI=0.0658362;REFB=-0.0190011;REVB=0.0639538;RO=118;SAF=31;SAR=42;SRF=54;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366342;STB=0.51896;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0474115;OID=.;OPOS=75787688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:118:121:73:73:0.376289:42:31:54:64:42:31:55:66 chr3 75787702 . C G 1099.74 PASS AF=0.524038;AO=109;DP=208;FAO=109;FDP=208;FR=.;FRO=99;FSAF=43;FSAR=66;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=-0.0152351;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9409;QD=21.1489;RBI=0.0301024;REFB=-0.0117107;REVB=-0.0259624;RO=99;SAF=43;SAR=66;SRF=48;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806532;STB=0.544161;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00906869;OID=.;OPOS=75787702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:99:99:109:109:0.524038:66:43:48:51:66:43:48:51 chr3 75787726 . G A 1450.68 PASS AF=0.563025;AO=133;DP=236;FAO=134;FDP=238;FR=.;FRO=104;FSAF=64;FSAR=70;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=-0.00451732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.961;QD=24.3812;RBI=0.00799726;REFB=0.00453265;REVB=0.00659924;RO=103;SAF=64;SAR=69;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00340469;STB=0.505589;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00543024;OID=.;OPOS=75787726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:238:103:104:133:134:0.563025:69:64:50:53:70:64:51:53 chr3 75787728 . C T 110.53 PASS AF=0.117647;AO=28;DP=239;FAO=28;FDP=238;FR=.;FRO=210;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=109;FSRR=101;FWDB=-0.0117816;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.873;QD=1.85762;RBI=0.0490172;REFB=-0.00121748;REVB=-0.0475803;RO=208;SAF=6;SAR=22;SRF=107;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381314;STB=0.773975;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0112574;OID=.;OPOS=75787728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:208:210:28:28:0.117647:22:6:107:101:22:6:109:101 chr3 75787732 . A C 471.54 PASS AF=0.273859;AO=66;DP=242;FAO=66;FDP=241;FR=.;FRO=175;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=81;FSRR=94;FWDB=0.00120249;FXX=0.00413206;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.756;QD=7.82636;RBI=0.0244188;REFB=-0.00696911;REVB=-0.0243892;RO=171;SAF=36;SAR=30;SRF=78;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10933;STB=0.559801;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00667152;OID=.;OPOS=75787732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:241:171:175:66:66:0.273859:30:36:78:93:30:36:81:94 chr3 75787739 . A T 2337.14 PASS AF=0.748988;AO=161;DP=225;FAO=185;FDP=247;FR=.;FRO=62;FSAF=89;FSAR=96;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0151645;FXX=0.0040321;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.943;QD=37.8484;RBI=0.0264255;REFB=-0.022878;REVB=0.0216413;RO=59;SAF=84;SAR=77;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103954;STB=0.520938;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0120799;OID=.;OPOS=75787739;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:247:59:62:161:185:0.748988:77:84:32:27:96:89:35:27 chr3 75787770 . C T 105.09 PASS AF=0.100649;AO=31;DP=308;FAO=31;FDP=308;FR=.;FRO=277;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=148;FSRR=129;FWDB=-0.0190225;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.593;QD=1.36474;RBI=0.0222577;REFB=-0.00326806;REVB=-0.0115564;RO=277;SAF=18;SAR=13;SRF=148;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569983;STB=0.542187;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0352296;OID=.;OPOS=75787770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:308:277:277:31:31:0.100649:13:18:148:129:13:18:148:129 chr3 75787794 . A G 2515.17 PASS AF=0.639053;AO=216;DP=338;FAO=216;FDP=338;FR=.;FRO=122;FSAF=119;FSAR=97;FSRF=65;FSRR=57;FWDB=0.0206979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.062;QD=29.7653;RBI=0.0333457;REFB=-0.0297288;REVB=0.0261444;RO=122;SAF=119;SAR=97;SRF=65;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122918;STB=0.506606;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0164182;OID=.;OPOS=75787794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:338:122:122:216:216:0.639053:97:119:65:57:97:119:65:57 chr3 75787801 . TG CA 476.57 PASS AF=0.224852;AO=76;DP=338;FAO=76;FDP=338;FR=.;FRO=262;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=136;FSRR=126;FWDB=0.0112438;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.241;QD=5.63986;RBI=0.0122524;REFB=-0.0041534;REVB=0.00486806;RO=261;SAF=48;SAR=28;SRF=135;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149059;STB=0.589262;STBP=0.087;TYPE=mnp;VARB=0.011973;OID=.;OPOS=75787801;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:338:261:262:76:76:0.224852:28:48:135:126:28:48:136:126 chr3 75787809 . T C 1165.1 PASS AF=0.378453;AO=137;DP=362;FAO=137;FDP=362;FR=.;FRO=225;FSAF=81;FSAR=56;FSRF=112;FSRR=113;FWDB=0.010815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.726;QD=12.874;RBI=0.0167133;REFB=-0.0135477;REVB=-0.0127425;RO=225;SAF=81;SAR=56;SRF=112;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104345;STB=0.558794;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0182519;OID=.;OPOS=75787809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:362:362:225:225:137:137:0.378453:56:81:112:113:56:81:112:113 chr3 75787829 . C G 149.84 PASS AF=0.109948;AO=42;DP=383;FAO=42;FDP=382;FR=.;FRO=340;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=169;FSRR=171;FWDB=0.0138846;FXX=0.0026109;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.181;QD=1.56901;RBI=0.0228726;REFB=-0.00210358;REVB=-0.0181762;RO=341;SAF=25;SAR=17;SRF=169;SRR=172;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123939;STB=0.587605;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0263256;OID=.;OPOS=75787829;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:382:341:340:42:42:0.109948:17:25:169:172:17:25:169:171 chr3 75787863 . AT TA 43.78 PASS AF=0.061008;AO=23;DP=377;FAO=23;FDP=377;FR=.;FRO=354;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=176;FSRR=178;FWDB=-0.01674;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.02;QD=0.464559;RBI=0.0200564;REFB=-0.00157969;REVB=-0.0110466;RO=352;SAF=10;SAR=13;SRF=176;SRR=176;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689473;STB=0.558636;STBP=0.573;TYPE=mnp;VARB=0.020835;OID=.;OPOS=75787863;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:377:377:352:354:23:23:0.061008:13:10:176:176:13:10:176:178 chr3 75787869 . CA TG 2718.21 PASS AF=0.657061;AO=228;DP=348;FAO=228;FDP=347;FR=.;FRO=119;FSAF=114;FSAR=114;FSRF=57;FSRR=62;FWDB=-0.0233388;FXX=0.00287348;HRUN=1;LEN=2;MLLD=152.765;QD=31.3338;RBI=0.0333857;REFB=-0.0154058;REVB=-0.0238727;RO=118;SAF=114;SAR=114;SRF=57;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107785;STB=0.507204;STBP=0.741;TYPE=mnp;VARB=0.00646171;OID=.;OPOS=75787869;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:347:118:119:228:228:0.657061:114:114:57:61:114:114:57:62 chr3 75787876 . G T 2760.33 PASS AF=0.677515;AO=228;DP=337;FAO=229;FDP=338;FR=.;FRO=109;FSAF=118;FSAR=111;FSRF=54;FSRR=55;FWDB=0.0331428;FXX=0.00294977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.645;QD=32.6666;RBI=0.0332174;REFB=-0.0334505;REVB=0.00222563;RO=107;SAF=118;SAR=110;SRF=54;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00768847;STB=0.506411;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0154485;OID=.;OPOS=75787876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:338:107:109:228:229:0.677515:110:118:54:53:111:118:54:55 chr3 75787880 . A G 734.43 PASS AF=0.291176;AO=99;DP=336;FAO=99;FDP=340;FR=.;FRO=241;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=120;FSRR=121;FWDB=-0.0275474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.302;QD=8.64037;RBI=0.0476875;REFB=0.00105022;REVB=-0.0389261;RO=237;SAF=53;SAR=46;SRF=119;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404011;STB=0.526558;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.00501993;OID=.;OPOS=75787880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:340:237:241:99:99:0.291176:46:53:119:118:46:53:120:121 chr3 75787897 . T C 726.66 PASS AF=0.305031;AO=97;DP=318;FAO=97;FDP=318;FR=.;FRO=221;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=113;FSRR=108;FWDB=0.0155818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.172;QD=9.1404;RBI=0.0318737;REFB=-0.000756068;REVB=0.0278054;RO=219;SAF=51;SAR=46;SRF=112;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172337;STB=0.510064;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00129983;OID=.;OPOS=75787897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:318:219:221:97:97:0.305031:46:51:112:107:46:51:113:108 chr3 75787918 . C T 31.14 PASS AF=0.0562914;AO=17;DP=302;FAO=17;FDP=302;FR=.;FRO=285;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=146;FSRR=139;FWDB=-0.0205267;FXX=0.00330022;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.259;QD=0.412403;RBI=0.0217005;REFB=0.00126823;REVB=-0.00704043;RO=284;SAF=10;SAR=7;SRF=146;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075818;STB=0.572015;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.0455858;OID=.;OPOS=75787918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:302:302:284:285:17:17:0.0562914:7:10:146:138:7:10:146:139 chr3 75787926 . T C 33.4 PASS AF=0.0594406;AO=17;DP=287;FAO=17;FDP=286;FR=.;FRO=269;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=137;FSRR=132;FWDB=-0.00416644;FXX=0.0034842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.718;QD=0.467128;RBI=0.00718829;REFB=-0.000467991;REVB=0.00585768;RO=264;SAF=10;SAR=7;SRF=135;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805514;STB=0.574529;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0376129;OID=.;OPOS=75787926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:287:286:264:269:17:17:0.0594406:7:10:135:129:7:10:137:132 chr3 75787927 . A G 2297.59 PASS AF=0.68705;AO=190;DP=277;FAO=191;FDP=278;FR=.;FRO=87;FSAF=95;FSAR=96;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=0.00189733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.916;QD=33.0588;RBI=0.00718711;REFB=-0.00453706;REVB=-0.00693215;RO=87;SAF=94;SAR=96;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132039;STB=0.506214;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00211249;OID=.;OPOS=75787927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:278:87:87:190:191:0.68705:96:94:45:42:96:95:45:42 chr3 75787949 . C T 1929.77 PASS AF=0.721461;AO=152;DP=213;FAO=158;FDP=219;FR=.;FRO=61;FSAF=80;FSAR=78;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0240109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.094;QD=35.247;RBI=0.0240182;REFB=-0.0337585;REVB=-0.000593132;RO=61;SAF=74;SAR=78;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202261;STB=0.505087;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0108055;OID=.;OPOS=75787949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:219:61:61:152:158:0.721461:78:74:32:29:78:80:32:29 chr3 75787961 . A G 500.46 PASS AF=0.338798;AO=62;DP=183;FAO=62;FDP=183;FR=.;FRO=121;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=64;FSRR=57;FWDB=-0.00823536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.751;QD=10.939;RBI=0.0111966;REFB=-0.0135048;REVB=-0.00758563;RO=116;SAF=28;SAR=34;SRF=59;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650948;STB=0.551076;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0182477;OID=.;OPOS=75787961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:116:121:62:62:0.338798:34:28:59:57:34:28:64:57 chr3 75787962 . G C 346.53 PASS AF=0.273743;AO=49;DP=179;FAO=49;FDP=179;FR=.;FRO=130;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=67;FSRR=63;FWDB=-0.0165458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.295;QD=7.7436;RBI=0.0169002;REFB=-0.00206576;REVB=0.00344293;RO=128;SAF=23;SAR=26;SRF=65;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470758;STB=0.533381;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0182927;OID=.;OPOS=75787962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:128:130:49:49:0.273743:26:23:65:63:26:23:67:63 chr3 75787996 . C T 114.78 PASS AF=0.164179;AO=22;DP=134;FAO=22;FDP=134;FR=.;FRO=112;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=57;FSRR=55;FWDB=0.0153118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5858;QD=3.42638;RBI=0.0307049;REFB=0.000976478;REVB=0.0266147;RO=112;SAF=11;SAR=11;SRF=57;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01136;STB=0.507456;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00460277;OID=.;OPOS=75787996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:112:112:22:22:0.164179:11:11:57:55:11:11:57:55 chr3 75788010 . A C 1175.43 PASS AF=0.858491;AO=87;DP=102;FAO=91;FDP=106;FR=.;FRO=15;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0226372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.773;QD=44.3558;RBI=0.0229531;REFB=-0.0507566;REVB=0.0037946;RO=15;SAF=39;SAR=48;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790521;STB=0.53686;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00838308;OID=.;OPOS=75788010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:102:106:15:15:87:91:0.858491:48:39:11:4:48:43:11:4 chr3 75788023 . C T 702.16 PASS AF=0.638298;AO=60;DP=94;FAO=60;FDP=94;FR=.;FRO=34;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0165066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0283;QD=29.879;RBI=0.0598282;REFB=-0.0100122;REVB=-0.057506;RO=33;SAF=33;SAR=27;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229851;STB=0.518195;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00363543;OID=.;OPOS=75788023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:33:34:60:60:0.638298:27:33:17:16:27:33:17:17 chr3 75788028 . G C 398.47 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00170523;FXX=0.157878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.236;QD=19.9233;RBI=0.0223888;REFB=-0.00376179;REVB=-0.0223238;RO=39;SAF=21;SAR=18;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462178;STB=0.525998;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00774502;OID=.;OPOS=75788028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:80:39:41:39:39:0.4875:18:21:19:20:18:21:20:21 chr3 75788068 . A C 310.52 PASS AF=0.354545;AO=39;DP=109;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.00428717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.122;QD=11.2915;RBI=0.0058084;REFB=-0.021133;REVB=0.00391889;RO=70;SAF=23;SAR=16;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535597;STB=0.535883;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0338522;OID=.;OPOS=75788068;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:70:71:39:39:0.354545:16:23:38:32:16:23:38:33 chr3 75788076 . A C 948.58 PASS AF=0.698276;AO=81;DP=117;FAO=81;FDP=116;FR=.;FRO=35;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00791022;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.124;QD=32.7095;RBI=0.0222291;REFB=0.00752144;REVB=0.020774;RO=36;SAF=47;SAR=34;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944473;STB=0.546265;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.0020989;OID=.;OPOS=75788076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:36:35:81:81:0.698276:34:47:15:21:34:47:15:20 chr3 75788088 . C T 108.67 PASS AF=0.164062;AO=21;DP=128;FAO=21;FDP=128;FR=.;FRO=107;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=61;FSRR=46;FWDB=-0.0127674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6779;QD=3.39599;RBI=0.0631681;REFB=-0.00434098;REVB=-0.0618644;RO=107;SAF=9;SAR=12;SRF=61;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178373;STB=0.616632;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.026398;OID=.;OPOS=75788088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:107:107:21:21:0.164062:12:9:61:46:12:9:61:46 chr3 75788115 . G A 1321.83 PASS AF=0.719178;AO=105;DP=147;FAO=105;FDP=146;FR=.;FRO=41;FSAF=67;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00791059;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.618;QD=36.2144;RBI=0.00812975;REFB=0.0146098;REVB=-0.00187497;RO=41;SAF=67;SAR=38;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962278;STB=0.551582;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00516283;OID=.;OPOS=75788115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:41:41:105:105:0.719178:38:67:19:22:38:67:19:22 chr3 75788130 . C A 716.47 PASS AF=0.466258;AO=76;DP=165;FAO=76;FDP=163;FR=.;FRO=87;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=-0.00365487;FXX=0.0121205;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.803;QD=17.582;RBI=0.0134149;REFB=-0.000902125;REVB=-0.0129074;RO=87;SAF=46;SAR=30;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532436;STB=0.529522;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00118066;OID=.;OPOS=75788130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:163:87:87:76:76:0.466258:30:46:48:39:30:46:48:39 chr3 75788152 . T C 1028.38 PASS AF=0.61039;AO=93;DP=203;FAO=94;FDP=154;FR=.;FRO=60;FSAF=61;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.00463346;FXX=0.241367;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.721;QD=26.7111;RBI=0.00901125;REFB=-0.0035189;REVB=0.00772877;RO=60;SAF=60;SAR=33;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122763;STB=0.567922;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0021974;OID=.;OPOS=75788152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:154:60:60:93:94:0.61039:33:60:29:31:33:61:29:31 chr3 75788199 . T C 1082.38 PASS AF=0.451362;AO=116;DP=258;FAO=116;FDP=257;FR=.;FRO=141;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=68;FSRR=73;FWDB=0.0135743;FXX=0.00387582;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.355;QD=16.8464;RBI=0.0647296;REFB=-0.00687228;REVB=0.0632903;RO=140;SAF=66;SAR=50;SRF=67;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897307;STB=0.547839;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00806696;OID=.;OPOS=75788199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:257:140:141:116:116:0.451362:50:66:67:73:50:66:68:73 chr3 75788226 . CA AG,GG 1755.69 PASS AF=0.454918,0.192623;AO=111,47;DP=245;FAO=111,47;FDP=244;FR=.;FRO=86;FSAF=60,24;FSAR=51,23;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=-0.00482191,-0.0072742;FXX=0.00812975;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=233.738,214.834;QD=28.7819;RBI=0.0164774,0.0157573;REFB=-0.0140461,-0.0111324;REVB=-0.0157561,-0.0139778;RO=84;SAF=60,24;SAR=51,23;SRF=34;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.107317,0.118629;STB=0.553112,0.559362;STBP=0.096,0.342;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00901961,0.00161503;OID=.,.;OPOS=75788226,75788226;OREF=CA,CA;OALT=AG,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:244:84:86:111,47:111,47:0.454918,0.192623:51,23:60,24:34:50:51,23:60,24:36:50 chr3 75788230 . C T 45.92 PASS AF=0.0722892;AO=18;DP=248;FAO=18;FDP=249;FR=.;FRO=231;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=110;FSRR=121;FWDB=-0.0224655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.741;QD=0.737638;RBI=0.026884;REFB=-0.0013631;REVB=-0.0147665;RO=228;SAF=12;SAR=6;SRF=109;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209083;STB=0.675338;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.015356;OID=.;OPOS=75788230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:248:249:228:231:18:18:0.0722892:6:12:109:119:6:12:110:121 chr3 75788245 . C T 262.43 PASS AF=0.193277;AO=46;DP=238;FAO=46;FDP=238;FR=.;FRO=192;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=95;FSRR=97;FWDB=-0.0231177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.982;QD=4.41063;RBI=0.0236581;REFB=-0.00604506;REVB=-0.0050275;RO=191;SAF=23;SAR=23;SRF=94;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101106;STB=0.5042;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0274325;OID=.;OPOS=75788245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:191:192:46:46:0.193277:23:23:94:97:23:23:95:97 chr3 75788258 . C A 1620.72 PASS AF=0.652778;AO=141;DP=216;FAO=141;FDP=216;FR=.;FRO=75;FSAF=74;FSAR=67;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.00177288;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.001;QD=30.0133;RBI=0.00283616;REFB=-0.00226941;REVB=0.00221375;RO=75;SAF=74;SAR=67;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289687;STB=0.515576;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00114796;OID=.;OPOS=75788258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:75:75:141:141:0.652778:67:74:36:39:67:74:36:39 chr3 75788273 . G T 31.8 PASS AF=0.0653266;AO=13;DP=198;FAO=13;FDP=199;FR=.;FRO=186;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=95;FSRR=91;FWDB=-0.0128638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.292;QD=0.639232;RBI=0.0128799;REFB=-0.00112992;REVB=0.000643429;RO=181;SAF=8;SAR=5;SRF=92;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115285;STB=0.598445;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0465615;OID=.;OPOS=75788273;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:198:199:181:186:13:13:0.0653266:5:8:92:89:5:8:95:91 chr3 75788281 . T C 1311.2 PASS AF=0.621622;AO=115;DP=185;FAO=115;FDP=185;FR=.;FRO=70;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.000557105;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.239;QD=28.3503;RBI=0.0112385;REFB=0.0016725;REVB=0.0112247;RO=70;SAF=61;SAR=54;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513601;STB=0.527736;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00192984;OID=.;OPOS=75788281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:70:70:115:115:0.621622:54:61:32:38:54:61:32:38 chr3 75788291 . AT AA,GA 1041.46 PASS AF=0.16568,0.431953;AO=28,73;DP=172;FAO=28,73;FDP=169;FR=.;FRO=68;FSAF=14,41;FSAR=14,32;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.0224013,-5.13518e-05;FXX=0.0174408;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=120.881,207.998;QD=24.6499;RBI=0.0224026,0.00595086;REFB=0.00185352,-0.00106624;REVB=0.000245375,-0.00595064;RO=66;SAF=14,41;SAR=14,32;SRF=29;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0721094,0.105844;STB=0.541637,0.558133;STBP=0.618,0.155;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00362745,-0.00152587;OID=.,.;OPOS=75788292,75788291;OREF=T,AT;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:172:169:66:68:28,73:28,73:0.16568,0.431953:14,32:14,41:29:37:14,32:14,41:30:38 chr3 75788314 . T C 103.18 PASS AF=0.15;AO=21;DP=139;FAO=21;FDP=140;FR=.;FRO=119;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=59;FSRR=60;FWDB=-0.00672604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.329;QD=2.94807;RBI=0.017265;REFB=-0.00433487;REVB=-0.0159009;RO=118;SAF=8;SAR=13;SRF=58;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141488;STB=0.598531;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0450116;OID=.;OPOS=75788314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:118:119:21:21:0.15:13:8:58:60:13:8:59:60 chr3 75788316 . C T 502.39 PASS AF=0.427481;AO=54;DP=129;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0188758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7912;QD=15.3402;RBI=0.0732511;REFB=-0.0159061;REVB=0.0707773;RO=75;SAF=26;SAR=28;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430809;STB=0.524192;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0223118;OID=.;OPOS=75788316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:75:75:54:56:0.427481:28:26:33:42:29:27:33:42 chr3 75788434 . G T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0378538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.361;QD=14.6513;RBI=0.0400394;REFB=0.000369549;REVB=-0.0130476;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247547;STB=0.651594;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=4.00395e-05;OID=.;OPOS=75788434;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:3:2:1:5:3:2 chr3 75790444 . G A 90.26 PASS AF=0.110092;AO=24;DP=214;FAO=24;FDP=218;FR=.;FRO=194;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=85;FSRR=109;FWDB=-0.0119148;FXX=0.0090905;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.483;QD=1.6562;RBI=0.0219292;REFB=-0.00412973;REVB=-0.01841;RO=190;SAF=14;SAR=10;SRF=82;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185594;STB=0.627156;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0233322;OID=.;OPOS=75790444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:214:218:190:194:24:24:0.110092:10:14:82:108:10:14:85:109 chr3 75790446 . GG TA 92.67 PASS AF=0.112676;AO=24;DP=218;FAO=24;FDP=213;FR=.;FRO=189;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=87;FSRR=102;FWDB=-0.0234732;FXX=0.0229347;HRUN=4;LEN=2;MLLD=277.226;QD=1.74024;RBI=0.0262828;REFB=-0.00542351;REVB=-0.0118236;RO=187;SAF=9;SAR=15;SRF=86;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107131;STB=0.577552;STBP=0.414;TYPE=mnp;VARB=0.0332061;OID=.;OPOS=75790446;OREF=GG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:218:213:187:189:24:24:0.112676:15:9:86:101:15:9:87:102 chr3 75790448 . T C 42.75 PASS AF=0.0737327;AO=16;DP=214;FAO=16;FDP=217;FR=.;FRO=201;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=91;FSRR=110;FWDB=-0.0380332;FXX=0.0180987;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.944;QD=0.787961;RBI=0.038266;REFB=-0.00209825;REVB=-0.004215;RO=197;SAF=7;SAR=9;SRF=88;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104079;STB=0.514268;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0204068;OID=.;OPOS=75790448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:214:217:197:201:16:16:0.0737327:9:7:88:109:9:7:91:110 chr3 75790466 . G T 118.28 PASS AF=0.122881;AO=29;DP=236;FAO=29;FDP=236;FR=.;FRO=207;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=89;FSRR=118;FWDB=-0.0604224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.462;QD=2.00466;RBI=0.0606577;REFB=-0.00297193;REVB=0.00533817;RO=207;SAF=11;SAR=18;SRF=89;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657029;STB=0.546084;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0239874;OID=.;OPOS=75790466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:207:207:29:29:0.122881:18:11:89:118:18:11:89:118 chr3 75790479 . C T 1306.65 PASS AF=0.531915;AO=125;DP=235;FAO=125;FDP=235;FR=.;FRO=110;FSAF=49;FSAR=76;FSRF=50;FSRR=60;FWDB=-0.0127673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.955;QD=22.2409;RBI=0.0131723;REFB=-0.0117432;REVB=-0.0032415;RO=108;SAF=49;SAR=76;SRF=50;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622507;STB=0.530302;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0160139;OID=.;OPOS=75790479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:108:110:125:125:0.531915:76:49:50:58:76:49:50:60 chr3 75790513 . T C 2145.53 PASS AF=0.812808;AO=165;DP=205;FAO=165;FDP=203;FR=.;FRO=38;FSAF=69;FSAR=96;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0199495;FXX=0.0145624;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.392;QD=42.2765;RBI=0.0199928;REFB=-0.023149;REVB=0.00131592;RO=38;SAF=69;SAR=96;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00851462;STB=0.504516;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00696349;OID=.;OPOS=75790513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:203:38:38:165:165:0.812808:96:69:15:23:96:69:15:23 chr3 75790516 . T A 33.73 PASS AF=0.0679612;AO=13;DP=205;FAO=14;FDP=206;FR=.;FRO=192;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=79;FSRR=113;FWDB=0.0281552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.419;QD=0.655022;RBI=0.0281748;REFB=-0.00186313;REVB=-0.00104959;RO=192;SAF=6;SAR=7;SRF=79;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537913;STB=0.516335;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0273462;OID=.;OPOS=75790516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:205:206:192:192:13:14:0.0679612:7:6:79:113:8:6:79:113 chr3 75790822 . A G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0207647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.258;QD=19.0182;RBI=0.0211058;REFB=-0.0184042;REVB=-0.00377929;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282995;STB=0.516107;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0155625;OID=.;OPOS=75790822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:7:7:8:7:7:7 chr3 75986663 . C A 1929.83 PASS AF=0.480769;AO=183;DP=400;FAO=200;FDP=416;FR=.;FRO=216;FSAF=115;FSAR=85;FSRF=110;FSRR=106;FWDB=0.00190691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.99;QD=18.5561;RBI=0.0385028;REFB=-0.0336491;REVB=0.0384556;RO=215;SAF=112;SAR=71;SRF=109;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105345;STB=0.534555;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0274809;OID=.;OPOS=75986663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:400:416:215:216:183:200:0.480769:71:112:109:106:85:115:110:106 chr3 75986686 . A G 2031.68 PASS AF=0.470455;AO=206;DP=439;FAO=207;FDP=440;FR=.;FRO=233;FSAF=117;FSAR=90;FSRF=126;FSRR=107;FWDB=0.0100225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8131;QD=18.4699;RBI=0.0159936;REFB=-0.0228117;REVB=-0.0124637;RO=232;SAF=117;SAR=89;SRF=126;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242807;STB=0.513122;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0311562;OID=.;OPOS=75986686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:439:440:232:233:206:207:0.470455:89:117:126:106:90:117:126:107 chr3 75986695 . G A 323.75 PASS AF=0.151982;AO=69;DP=449;FAO=69;FDP=454;FR=.;FRO=385;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=202;FSRR=183;FWDB=-0.012318;FXX=0.00219775;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.968;QD=2.85244;RBI=0.0139456;REFB=-0.00512349;REVB=-0.00653806;RO=380;SAF=42;SAR=27;SRF=197;SRR=183;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118233;STB=0.572409;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0278834;OID=.;OPOS=75986695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:449:454:380:385:69:69:0.151982:27:42:197:183:27:42:202:183 chr3 75986717 . G A 222.48 PASS AF=0.123894;AO=56;DP=453;FAO=56;FDP=452;FR=.;FRO=396;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=210;FSRR=186;FWDB=0.00807852;FXX=0.00220746;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.505;QD=1.96882;RBI=0.00820761;REFB=-0.00643338;REVB=-0.00144999;RO=394;SAF=24;SAR=32;SRF=209;SRR=185;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128859;STB=0.588648;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0566608;OID=.;OPOS=75986717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:453:452:394:396:56:56:0.123894:32:24:209:185:32:24:210:186 chr3 75986719 . G C 1778.81 PASS AF=0.436364;AO=194;DP=448;FAO=192;FDP=440;FR=.;FRO=248;FSAF=101;FSAR=91;FSRF=127;FSRR=121;FWDB=0.0062685;FXX=0.0243897;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.891;QD=16.171;RBI=0.0200783;REFB=-0.00440843;REVB=0.0190747;RO=230;SAF=103;SAR=91;SRF=118;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176266;STB=0.507874;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00245004;OID=.;OPOS=75986719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:448:440:230:248:194:192:0.436364:91:103:118:112:91:101:127:121 chr3 77623815 . C T 153.23 PASS AF=0.2;AO=26;DP=128;FAO=26;FDP=130;FR=.;FRO=104;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=69;FWDB=0.00658674;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.132;QD=4.71481;RBI=0.0431384;REFB=-0.00546996;REVB=-0.0426326;RO=102;SAF=21;SAR=5;SRF=35;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.557495;STB=0.847087;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0256526;OID=.;OPOS=77623815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:102:104:26:26:0.2:5:21:35:67:5:21:35:69 chr3 78663873 . C T 310.47 PASS AF=0.327869;AO=40;DP=123;FAO=40;FDP=122;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=30;FWDB=-0.019373;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1758;QD=10.1793;RBI=0.0330171;REFB=-0.0088425;REVB=-0.026736;RO=80;SAF=23;SAR=17;SRF=52;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090137;STB=0.541151;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0198497;OID=.;OPOS=78663873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:80:82:40:40:0.327869:17:23:52:28:17:23:52:30 chr3 78700901 . G T 519.19 PASS AF=0.444444;AO=56;DP=126;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=-0.013383;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.475;QD=16.4821;RBI=0.0316389;REFB=-0.0170416;REVB=-0.028669;RO=69;SAF=38;SAR=18;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045448;STB=0.52237;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0200423;OID=.;OPOS=78700901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:69:70:56:56:0.444444:18:38:44:25:18:38:45:25 chr3 78717343 . C T 277.99 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0170876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.265;QD=13.728;RBI=0.024916;REFB=-0.0129086;REVB=-0.0181334;RO=47;SAF=20;SAR=12;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554143;STB=0.533959;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0195066;OID=.;OPOS=78717343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:47:49:32:32:0.395062:12:20:27:20:12:20:28:21 chr3 80677187 . T C 1069.85 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122077;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.475;QD=58.6218;RBI=0.0122203;REFB=0.0144007;REVB=0.000555949;RO=1;SAF=34;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137071;STB=0.507244;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000231947;OID=.;OPOS=80677187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:38:34:1:0:38:34:1:0 chr3 81558726 . C T 146.19 PASS AF=0.343284;AO=18;DP=66;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0159077;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.617;QD=8.72783;RBI=0.0160037;REFB=-0.010289;REVB=-0.00174961;RO=43;SAF=9;SAR=9;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15126;STB=0.519214;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0848822;OID=.;OPOS=81558726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:43:44:18:23:0.343284:9:9:27:16:9:14:28:16 chr3 81643167 . T C 896.72 PASS AF=0.915493;AO=65;DP=72;FAO=65;FDP=71;FR=.;FRO=6;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00201069;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.433;QD=50.5194;RBI=0.0023667;REFB=0.0346332;REVB=-0.00124836;RO=6;SAF=29;SAR=36;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882661;STB=0.546861;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.000765651;OID=.;OPOS=81643167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:72:71:6:6:65:65:0.915493:36:29:6:0:36:29:6:0 chr3 81698130 . T C 452.15 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0209842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.095;QD=22.0563;RBI=0.0225662;REFB=-0.00509256;REVB=0.00830042;RO=38;SAF=24;SAR=20;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509688;STB=0.528077;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00409184;OID=.;OPOS=81698130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:20:24:23:15:20:24:23:15 chr3 81720106 . TA T 43.73 PASS AF=0.261261;AO=41;DP=112;FAO=29;FDP=111;FR=.;FRO=82;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=-0.192821;FXX=0.00892777;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.12087;QD=1.57569;RBI=0.193605;REFB=-0.0667459;REVB=-0.0174006;RO=65;SAF=23;SAR=18;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220692;STB=0.55961;STBP=0.474;TYPE=del;VARB=0.0597074;OID=.;OPOS=81720107;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.261261:41:112:29:111:82:14:15:33:49:43:65:23:18:23:42 chr3 81792730 . G A 458.93 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0139144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9507;QD=20.8605;RBI=0.0250412;REFB=0.00841342;REVB=-0.0208195;RO=43;SAF=18;SAR=27;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160823;STB=0.589001;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00838778;OID=.;OPOS=81792730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:27:18:25:18:27:18:25:18 chr3 81810702 . A AG 461.71 PASS AF=1;AO=38;DP=49;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0743769;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.3514;QD=47.3552;RBI=0.0883197;REFB=0;REVB=0.0476283;RO=10;SAF=18;SAR=20;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101901;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00406499;OID=.;OPOS=81810703;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:49:39:39:0:17:22:0:0:8:10:18:20:5:5 chr3 81810725 . C T 172.19 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0392277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.676;QD=26.4912;RBI=0.0392545;REFB=-0.0164894;REVB=-0.00145053;RO=9;SAF=10;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904398;STB=0.550399;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.006817;OID=.;OPOS=81810725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:7:10:4:5:7:10:4:5 chr3 85434948 . C T 54.51 PASS AF=0.123711;AO=6;DP=92;FAO=12;FDP=97;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=0.00873934;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.857;QD=2.2477;RBI=0.0218855;REFB=-0.0056461;REVB=-0.0200649;RO=85;SAF=4;SAR=2;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18836;STB=0.817958;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0153852;OID=.;OPOS=85434948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:92:97:85:85:6:12:0.123711:2:4:41:44:2:10:41:44 chr3 86411414 . G A 1339.73 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.652;QD=62.3131;RBI=0.0452971;REFB=0;REVB=0.0159842;RO=0;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275031;OID=.;OPOS=86411414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:34:52:0:0:34:52:0:0 chr3 86411527 . G A 717.63 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6227;QD=61.075;RBI=0.0582372;REFB=0;REVB=0.00300218;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199884;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000912339;OID=.;OPOS=86411527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:1:0:44:47:1:21:23:1:0:22:25:0:0 chr3 86995839 . T C,TC 678.96 PASS AF=0.0222222,0.977778;AO=3,41;DP=46;FAO=1,44;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662213,0.0487675;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=6.32523,27.8708;QD=60.352;RBI=0.0697635,0.095209;REFB=0,0;REVB=0.021947,0.0817709;RO=1;SAF=3,21;SAR=0,20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0218198;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0434105,-0.000526195;OID=.,.;OPOS=86995839,86995840;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:46:45:1:0:3,41:1,44:0.0222222,0.977778:0,20:3,21:1:0:0,20:1,24:0:0 chr3 87295049 . T C 1339.36 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.017;QD=62.296;RBI=0.00657361;REFB=0;REVB=0.00270201;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68206e-05;OID=.;OPOS=87295049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:53:33:0:0:53:33:0:0 chr3 87304561 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.122;QD=57.545;RBI=0.0147962;REFB=0;REVB=0.00667467;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52802e-05;OID=.;OPOS=87304561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr3 88041023 . A C 332.44 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00466022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.246;QD=18.9963;RBI=0.0326597;REFB=-0.0152684;REVB=-0.0323256;RO=35;SAF=21;SAR=14;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179545;STB=0.599943;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0074475;OID=.;OPOS=88041023;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:14:21:14:21:14:21:14:21 chr3 88041650 . G A 829.56 PASS AF=0.527027;AO=78;DP=148;FAO=78;FDP=148;FR=.;FRO=70;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=23;FWDB=-0.0021051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.23;QD=22.4206;RBI=0.0241326;REFB=-0.00972354;REVB=-0.0240407;RO=69;SAF=41;SAR=37;SRF=46;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122192;STB=0.569612;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00691557;OID=.;OPOS=88041650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:69:70:78:78:0.527027:37:41:46:23:37:41:47:23 chr3 88042501 . GT G 85.49 PASS AF=0.7;AO=21;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.16885;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.72233;QD=8.54916;RBI=0.170533;REFB=-0.0161527;REVB=0.0239004;RO=13;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00267081;STB=0.531977;STBP=0.54;TYPE=del;VARB=0.0830708;OID=.;OPOS=88042502;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7:21:40:28:40:12:19:9:7:5:24:13:13:8:8:5 chr3 88105360 . T C 398.4 PASS AF=0.385246;AO=47;DP=121;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=26;FWDB=-0.0102777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0884;QD=13.0621;RBI=0.0126206;REFB=-0.00940285;REVB=-0.0073245;RO=73;SAF=18;SAR=29;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289103;STB=0.662395;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00837249;OID=.;OPOS=88105360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:73:75:47:47:0.385246:29:18:48:25:29:18:49:26 chr3 88190768 . C A 258.49 PASS AF=0.405405;AO=29;DP=73;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0186837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210;QD=13.9725;RBI=0.0188237;REFB=-0.00630897;REVB=-0.00229109;RO=44;SAF=13;SAR=16;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102435;STB=0.566622;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00820053;OID=.;OPOS=88190768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:44:44:29:30:0.405405:16:13:24:20:17:13:24:20 chr3 88190809 . C T 406.81 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0168107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.948;QD=17.4972;RBI=0.0219483;REFB=-0.00467933;REVB=-0.0141112;RO=51;SAF=18;SAR=24;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223154;STB=0.512494;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00486516;OID=.;OPOS=88190809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:24:18:23:28:24:18:23:28 chr3 88191144 . A G 189.24 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.018973;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=106.45;QD=13.0513;RBI=0.0438655;REFB=-0.00513188;REVB=-0.03955;RO=35;SAF=17;SAR=6;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331312;STB=0.519067;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00527604;OID=.;OPOS=88191144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:6:17:25:10:6:17:25:10 chr3 88192484 . T C 376.23 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0209401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6589;QD=18.5794;RBI=0.063305;REFB=-0.0114861;REVB=0.0597414;RO=42;SAF=19;SAR=20;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119262;STB=0.506646;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.017173;OID=.;OPOS=88192484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:20:19:21:21:20:19:21:21 chr3 93593119 . T C 972.81 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.462;QD=58.9582;RBI=0.119986;REFB=0;REVB=0.119904;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521789;OID=.;OPOS=93593119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:26:40:0:0:26:40:0:0 chr3 93733250 . A T 131.31 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00569053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0926;QD=8.9021;RBI=0.0233387;REFB=-0.0066346;REVB=-0.0226343;RO=41;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342578;STB=0.703079;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00924894;OID=.;OPOS=93733250;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:6:12:15:26:6:12:15:26 chr3 96327750 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.465;QD=57.2026;RBI=0.0361811;REFB=0;REVB=0.0241465;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95954e-05;OID=.;OPOS=96327750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr3 97194242 . C T 802.3 PASS AF=0.531469;AO=76;DP=143;FAO=76;FDP=143;FR=.;FRO=67;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-0.00430686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.934;QD=22.4419;RBI=0.00529719;REFB=0.00307458;REVB=-0.00308403;RO=67;SAF=40;SAR=36;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143112;STB=0.578311;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00292905;OID=.;OPOS=97194242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:67:67:76:76:0.531469:36:40:24:43:36:40:24:43 chr3 97365038 . G A 546.81 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0153826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.327;QD=17.3589;RBI=0.0167212;REFB=-0.00113162;REVB=-0.00655549;RO=68;SAF=30;SAR=28;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261311;STB=0.514531;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00156541;OID=.;OPOS=97365038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:68:68:58:58:0.460317:28:30:37:31:28:30:37:31 chr3 97365074 . A G 528.81 PASS AF=0.445312;AO=56;DP=127;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.00472303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1187;QD=16.5253;RBI=0.00991406;REFB=-0.0170959;REVB=-0.00871674;RO=70;SAF=24;SAR=32;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716758;STB=0.530376;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0254857;OID=.;OPOS=97365074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:70:71:56:57:0.445312:32:24:35:35:32:25:35:36 chr3 97593380 . G A 495.72 PASS AF=0.5;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00608756;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.28;QD=20.6552;RBI=0.0103221;REFB=-0.00650387;REVB=0.00833593;RO=47;SAF=22;SAR=26;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878384;STB=0.542236;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00662559;OID=.;OPOS=97593380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:47:48:48:48:0.5:26:22:17:30:26:22:18:30 chr3 97660106 . A C 1008.65 PASS AF=0.985714;AO=66;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0840248;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.334;QD=57.6369;RBI=0.0855443;REFB=-0.0887438;REVB=0.0160518;RO=1;SAF=36;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129446;STB=0.508194;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000606003;OID=.;OPOS=97660106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:66:69:0.985714:30:36:1:0:30:39:0:1 chr3 97664725 . C T 1384.59 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058932;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.325;QD=62.2287;RBI=0.0591161;REFB=0;REVB=-0.00466164;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92122e-05;OID=.;OPOS=97664725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:86:89:1:43:43:0:0:44:45:0:0 chr3 97673268 . A C 2593.32 PASS AF=0.994083;AO=168;DP=171;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150252;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.669;QD=61.3805;RBI=0.0150802;REFB=-0.0727012;REVB=0.00128707;RO=1;SAF=73;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00647484;STB=0.503401;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=1.12968e-05;OID=.;OPOS=97673268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:169:1:1:168:168:0.994083:95:73:1:0:95:73:1:0 chr3 97726747 . T A 1806.58 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000551948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.034;QD=60.2192;RBI=0.0179718;REFB=-0.0183692;REVB=0.0179633;RO=1;SAF=64;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855792;STB=0.504504;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000200474;OID=.;OPOS=97726747;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:55:64:0:1:55:64:0:1 chr3 97851998 . A C 505.53 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0490259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8199;QD=20.2212;RBI=0.0576209;REFB=0.0106025;REVB=-0.0302759;RO=51;SAF=24;SAR=25;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724293;STB=0.540139;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.00694423;OID=.;OPOS=97851998;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:49:49:0.49:25:24:29:22:25:24:29:22 chr3 97852058 . A G 34.88 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.00720194;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7884;QD=1.83554;RBI=0.0122017;REFB=-0.00345614;REVB=0.00984956;RO=68;SAF=3;SAR=5;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113306;STB=0.587028;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0131205;OID=.;OPOS=97852058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:76:68:68:8:8:0.105263:5:3:32:36:5:3:32:36 chr3 97852066 . T C 42.35 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0342177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.964;QD=2.28943;RBI=0.0524404;REFB=-0.00445624;REVB=-0.0397385;RO=65;SAF=4;SAR=5;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00207684;STB=0.501516;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0777586;OID=.;OPOS=97852066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:65:65:9:9:0.121622:5:4:29:36:5:4:29:36 chr3 97852083 . C T 304.07 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0314658;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.06;QD=19.6172;RBI=0.0420656;REFB=-0.0176364;REVB=-0.0279181;RO=30;SAF=17;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849804;STB=0.547254;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0119665;OID=.;OPOS=97852083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:30:30:32:32:0.516129:15:17:13:17:15:17:13:17 chr3 97868419 . G A 819.45 PASS AF=0.485549;AO=84;DP=174;FAO=84;FDP=173;FR=.;FRO=89;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.00482258;FXX=0.0057468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.019;QD=18.9467;RBI=0.0381149;REFB=0.00633463;REVB=-0.0378085;RO=89;SAF=46;SAR=38;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00277019;STB=0.501528;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.00699323;OID=.;OPOS=97868419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:89:89:84:84:0.485549:38:46:49:40:38:46:49:40 chr3 97868616 . C T 282.85 PASS AF=0.342857;AO=36;DP=105;FAO=36;FDP=105;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=-0.00722768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5238;QD=10.7752;RBI=0.00941787;REFB=-0.0082604;REVB=0.00603796;RO=68;SAF=17;SAR=19;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164143;STB=0.598372;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0129041;OID=.;OPOS=97868616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:68:69:36:36:0.342857:19:17:42:26:19:17:43:26 chr3 97868795 . A G 310.06 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=0.0193191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.9;QD=13.7802;RBI=0.0199025;REFB=-0.0116539;REVB=0.00478347;RO=55;SAF=12;SAR=23;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362589;STB=0.705409;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0104821;OID=.;OPOS=97868795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:55:35:35:0.388889:23:12:38:17:23:12:38:17 chr3 97868970 . T A 667.55 PASS AF=0.439759;AO=73;DP=166;FAO=73;FDP=166;FR=.;FRO=93;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=0.0404021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2293;QD=16.0856;RBI=0.0408112;REFB=-0.0186098;REVB=-0.00576411;RO=93;SAF=40;SAR=33;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967452;STB=0.553892;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0187396;OID=.;OPOS=97868970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:93:93:73:73:0.439759:33:40:42:51:33:40:42:51 chr3 97887865 . G A 443.38 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0300984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.023;QD=20.1535;RBI=0.0301588;REFB=-0.00936867;REVB=-0.00190757;RO=44;SAF=18;SAR=26;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042787;STB=0.523696;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00948456;OID=.;OPOS=97887865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:26:18:16:28:26:18:16:28 chr3 97887985 . T A 402.92 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.013569;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.586;QD=18.9611;RBI=0.022054;REFB=-0.00724072;REVB=0.0173857;RO=44;SAF=20;SAR=21;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159037;STB=0.588294;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0085563;OID=.;OPOS=97887985;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:44:44:41:41:0.482353:21:20:29:15:21:20:29:15 chr3 97888042 . A T 291.43 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.00413206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.272;QD=16.8943;RBI=0.00763802;REFB=-0.00300301;REVB=0.00642382;RO=37;SAF=14;SAR=18;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249497;STB=0.639348;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00157601;OID=.;OPOS=97888042;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:18:14:26:11:18:14:26:11 chr3 97888197 . C T 207.93 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00660199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.891;QD=13.4147;RBI=0.0580158;REFB=-0.0193817;REVB=-0.057639;RO=36;SAF=14;SAR=11;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335915;STB=0.527936;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0274341;OID=.;OPOS=97888197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:37:25:25:0.403226:11:14:19:17:11:14:19:18 chr3 97888337 . C T 175.29 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0100749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.717;QD=10.0165;RBI=0.0125984;REFB=-0.0158165;REVB=-0.0075642;RO=47;SAF=10;SAR=13;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038522;STB=0.522593;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0261672;OID=.;OPOS=97888337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:13:10:22:25:13:10:22:25 chr3 97957349 . G A 590.26 PASS AF=0.484127;AO=60;DP=125;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.0177558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.278;QD=18.7384;RBI=0.0181575;REFB=-0.0116264;REVB=0.00379822;RO=65;SAF=30;SAR=30;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649988;STB=0.531517;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0125864;OID=.;OPOS=97957349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:65:65:60:61:0.484127:30:30:37:28:30:31:37:28 chr3 97983257 . C G 373.78 PASS AF=0.4;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.000363538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.84;QD=13.5919;RBI=0.00232959;REFB=-0.00248752;REVB=0.00230105;RO=66;SAF=25;SAR=19;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024653;STB=0.513941;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00459489;OID=.;OPOS=97983257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:66:66:44:44:0.4:19:25:39:27:19:25:39:27 chr3 97983265 . C A 448.01 PASS AF=0.431034;AO=50;DP=118;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.000244198;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.467;QD=15.4486;RBI=0.00110565;REFB=-0.00815848;REVB=-0.00107834;RO=67;SAF=29;SAR=21;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178786;STB=0.515286;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00866604;OID=.;OPOS=97983265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:67:66:50:50:0.431034:21:29:40:27:21:29:40:26 chr3 97983374 . A G 570.34 PASS AF=0.374302;AO=67;DP=179;FAO=67;FDP=179;FR=.;FRO=112;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=70;FSRR=42;FWDB=0.00427166;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.927;QD=12.745;RBI=0.00465629;REFB=-0.00587624;REVB=-0.00185309;RO=112;SAF=31;SAR=36;SRF=70;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178013;STB=0.600565;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0117168;OID=.;OPOS=97983374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:112:112:67:67:0.374302:36:31:70:42:36:31:70:42 chr3 97983391 . C G 722.25 PASS AF=0.411458;AO=79;DP=192;FAO=79;FDP=192;FR=.;FRO=113;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=70;FSRR=43;FWDB=-0.00696941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.01;QD=15.0469;RBI=0.00697539;REFB=0.00181964;REVB=-0.000288695;RO=113;SAF=31;SAR=48;SRF=70;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236166;STB=0.632122;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00286265;OID=.;OPOS=97983391;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:113:113:79:79:0.411458:48:31:70:43:48:31:70:43 chr3 97983561 . G C 601.13 PASS AF=0.540541;AO=60;DP=110;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.00672225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.923;QD=21.6623;RBI=0.0148272;REFB=-0.00216603;REVB=-0.0132158;RO=50;SAF=33;SAR=27;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760746;STB=0.54544;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00166547;OID=.;OPOS=97983561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:50:51:60:60:0.540541:27:33:32:18:27:33:33:18 chr3 97983711 . T C 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0196026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.476;QD=16.7505;RBI=0.0514725;REFB=-0.00340835;REVB=0.0475936;RO=39;SAF=17;SAR=16;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022516;STB=0.51264;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00470082;OID=.;OPOS=97983711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:16:17:21:18:16:17:21:18 chr3 97983942 . A G 519.21 PASS AF=0.410072;AO=57;DP=140;FAO=57;FDP=139;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.00457439;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.609;QD=14.9411;RBI=0.0069936;REFB=-0.0170565;REVB=-0.00529013;RO=81;SAF=30;SAR=27;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468103;STB=0.522719;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.031962;OID=.;OPOS=97983942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:81:82:57:57:0.410072:27:30:39:42:27:30:40:42 chr3 98002587 . A G 305.76 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00582446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.68;QD=17.7251;RBI=0.00995344;REFB=-0.00353229;REVB=0.00807134;RO=36;SAF=23;SAR=9;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173243;STB=0.602344;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00253896;OID=.;OPOS=98002587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:36:36:32:33:0.478261:9:23:20:16:9:24:20:16 chr3 98073313 . A G 368.34 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0113944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.498;QD=16.7425;RBI=0.0120222;REFB=-0.00022349;REVB=-0.00383396;RO=49;SAF=22;SAR=17;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538803;STB=0.530261;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.000289983;OID=.;OPOS=98073313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:17:22:25:24:17:22:25:24 chr3 98109640 . G A 1500.17 PASS AF=0.962963;AO=104;DP=108;FAO=104;FDP=108;FR=.;FRO=4;FSAF=66;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00212482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.083;QD=55.5619;RBI=0.00981716;REFB=-0.0102404;REVB=-0.00958446;RO=4;SAF=66;SAR=38;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288649;STB=0.515229;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000399842;OID=.;OPOS=98109640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:108:108:4:4:104:104:0.962963:38:66:1:3:38:66:1:3 chr3 98216898 . C A 85.71 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0507809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1314;QD=6.01485;RBI=0.0568732;REFB=-0.0128265;REVB=0.0256096;RO=43;SAF=6;SAR=7;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230743;STB=0.649653;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0452278;OID=.;OPOS=98216898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:56:57:43:44:13:13:0.22807:7:6:28:15:7:6:29:15 chr3 98304422 . C T 99.23 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00819248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.433;QD=6.50662;RBI=0.014068;REFB=0.000702642;REVB=0.0114364;RO=46;SAF=7;SAR=8;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124265;STB=0.507682;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.00164504;OID=.;OPOS=98304422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:46:46:15:15:0.245902:8:7:21:25:8:7:21:25 chr3 98304467 . T C 820.74 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000161316;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.126;QD=57.5959;RBI=0.00692826;REFB=0;REVB=0.00692639;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30095e-05;OID=.;OPOS=98304467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr3 98307696 . T G 519.8 PASS AF=0.416058;AO=57;DP=137;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=0.0267572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3093;QD=15.1766;RBI=0.0273419;REFB=0.00780387;REVB=0.0056242;RO=80;SAF=32;SAR=25;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00115737;STB=0.50065;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.0126006;OID=.;OPOS=98307696;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:80:80:57:57:0.416058:25:32:45:35:25:32:45:35 chr3 98540982 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.506;QD=61.6836;RBI=0.0450992;REFB=0;REVB=0.03011;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558087;OID=.;OPOS=98540982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr3 98541012 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00678576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.687;QD=57.0002;RBI=0.00819623;REFB=0;REVB=0.00459693;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.74206e-06;OID=.;OPOS=98541012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr3 98541116 . G A 937.42 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372931;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.4767;QD=58.5888;RBI=0.0437341;REFB=0;REVB=0.0228451;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155224;OID=.;OPOS=98541116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr3 99649627 . C A 215.29 PASS AF=0.28866;AO=28;DP=96;FAO=28;FDP=97;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.00498642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.441;QD=8.87792;RBI=0.0100144;REFB=0.00133508;REVB=0.00868465;RO=68;SAF=17;SAR=11;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772944;STB=0.541289;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00256685;OID=.;OPOS=99649627;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:68:69:28:28:0.28866:11:17:37:31:11:17:38:31 chr3 99881273 . C T 90.4 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0553005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.499;QD=7.86113;RBI=0.0553646;REFB=-0.019137;REVB=-0.00266307;RO=34;SAF=5;SAR=7;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202385;STB=0.624796;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0438259;OID=.;OPOS=99881273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:7:5:20:14:7:5:20:14 chr3 100057983 . C T 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0154557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.339;QD=17.5007;RBI=0.0154692;REFB=-0.0222571;REVB=-0.000648336;RO=28;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716682;STB=0.540315;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0280297;OID=.;OPOS=100057983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:15:11:14:14:15:11:14:14 chr3 100071333 . G A 117.71 PASS AF=0.24;AO=18;DP=75;FAO=18;FDP=75;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0395137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.873;QD=6.27792;RBI=0.0413341;REFB=-0.00812864;REVB=-0.0121315;RO=57;SAF=10;SAR=8;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362583;STB=0.522363;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0244855;OID=.;OPOS=100071333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:57:57:18:18:0.24:8:10:30:27:8:10:30:27 chr3 100084432 . G A 1955.07 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00909006;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.585;QD=62.0657;RBI=0.014739;REFB=0;REVB=0.0116021;RO=0;SAF=77;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09231e-05;OID=.;OPOS=100084432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:126:126:1:49:77:0:0:49:77:0:0 chr3 100170628 . A G 196.17 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=37;FWDB=0.019818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0111;QD=10.7489;RBI=0.0558302;REFB=0.00896018;REVB=0.0521945;RO=48;SAF=18;SAR=7;SRF=11;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.517034;STB=0.795772;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0102801;OID=.;OPOS=100170628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:48:25:25:0.342466:7:18:11:37:7:18:11:37 chr3 100170634 . T C 142.59 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=38;FWDB=0.0224502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1082;QD=8.26617;RBI=0.0237276;REFB=0.00872269;REVB=0.0076804;RO=49;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522612;STB=0.803924;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0203011;OID=.;OPOS=100170634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:49:20:20:0.289855:6:14:11:38:6:14:11:38 chr3 100174722 . G A 805.11 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.141;QD=64.4088;RBI=0.0301542;REFB=0;REVB=0.0271105;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010016;OID=.;OPOS=100174722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr3 100287764 . T C 686.32 PASS AF=0.413043;AO=75;DP=183;FAO=76;FDP=184;FR=.;FRO=108;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=0.0283244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.873;QD=14.9199;RBI=0.0300289;REFB=-0.0115761;REVB=0.0099731;RO=108;SAF=48;SAR=27;SRF=52;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170909;STB=0.59859;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0210147;OID=.;OPOS=100287764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:108:108:75:76:0.413043:27:48:52:56:27:49:52:56 chr3 100368546 . A G 437.72 PASS AF=0.457143;AO=46;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0011518;FXX=0.00943307;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.025;QD=16.6749;RBI=0.00828274;REFB=-0.00517074;REVB=-0.00820226;RO=57;SAF=35;SAR=11;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283051;STB=0.632936;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00585911;OID=.;OPOS=100368546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:57:46:48:0.457143:11:35:29:28:13:35:29:28 chr3 100467018 . T C 150.39 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0187454;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.938;QD=27.3431;RBI=0.0312048;REFB=-0.0204317;REVB=0.0249469;RO=8;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251479;STB=0.666464;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0106033;OID=.;OPOS=100467018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:23:22:8:7:15:15:0.681818:8:7:7:1:8:7:7:0 chr3 100468407 . C CAGTT 332.94 PASS AF=0.39;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.00794786;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=4;MLLD=308.619;QD=13.3177;RBI=0.00816732;REFB=-0.00762203;REVB=0.00188061;RO=61;SAF=18;SAR=21;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137334;STB=0.577942;STBP=0.223;TYPE=ins;VARB=0.0111965;OID=.;OPOS=100468408;OREF=-;OALT=AGTT;OMAPALT=CAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.39:39:102:39:100:61:18:21:36:25:99:61:18:21:36:25 chr3 100539887 . C T 567.73 PASS AF=0.491667;AO=59;DP=120;FAO=59;FDP=120;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0341059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.038;QD=18.9243;RBI=0.0367045;REFB=-0.0107788;REVB=-0.0135649;RO=61;SAF=35;SAR=24;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945961;STB=0.552349;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0125792;OID=.;OPOS=100539887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:61:61:59:59:0.491667:24:35:30:31:24:35:30:31 chr3 100544675 . G A 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.000963721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.039;QD=19.1562;RBI=0.0127581;REFB=-0.00711383;REVB=0.0127216;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121916;STB=0.568901;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00612464;OID=.;OPOS=100544675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:10:11:9:14:10:11:9:14 chr3 100558416 . T C 2353.4 PASS AF=0.99359;AO=155;DP=157;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185572;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.339;QD=60.3435;RBI=0.0221574;REFB=0.00148476;REVB=0.0121071;RO=1;SAF=69;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684477;STB=0.503597;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=1.27994e-05;OID=.;OPOS=100558416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:157:156:1:1:155:155:0.99359:86:69:1:0:86:69:1:0 chr3 100558913 . T C 362.22 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00725821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.274;QD=23.3692;RBI=0.0126165;REFB=0.00841398;REVB=-0.0103197;RO=26;SAF=29;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125243;STB=0.56933;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00349234;OID=.;OPOS=100558913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:7:29:18:8:7:29:18:8 chr3 100712249 . T C,G 1454.05 PASS AF=0.950495,0.039604;AO=96,4;DP=101;FAO=96,4;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=48,1;FSAR=48,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020756,0.0131901;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.3464,107.744;QD=57.586;RBI=0.0241091,0.0365174;REFB=-0.0508319,-0.0397632;REVB=-0.0122654,-0.034052;RO=1;SAF=48,1;SAR=48,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00977764,-0.272709;STB=0.505154,0.665771;STBP=0.523,0.27;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00120969,0.109314;OID=.,.;OPOS=100712249,100712249;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:101:101:1:1:96,4:96,4:0.950495,0.039604:48,3:48,1:1:0:48,3:48,1:1:0 chr3 100949842 . G A 410.6 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0244171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3435;QD=14.6643;RBI=0.0357357;REFB=0.0168638;REVB=-0.0260931;RO=65;SAF=34;SAR=13;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286956;STB=0.662265;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0237896;OID=.;OPOS=100949842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:65:65:47:47:0.419643:13:34:30:35:13:34:30:35 chr3 100963154 . G A 598.1 PASS AF=0.412121;AO=68;DP=165;FAO=68;FDP=165;FR=.;FRO=97;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=-0.00316414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.115;QD=14.4993;RBI=0.00516886;REFB=-0.0101766;REVB=0.00408721;RO=96;SAF=37;SAR=31;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244303;STB=0.510845;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0183635;OID=.;OPOS=100963154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:96:97:68:68:0.412121:31:37:50:46:31:37:51:46 chr3 101043906 . G A 458.63 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00653129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4128;QD=16.9861;RBI=0.0561267;REFB=-0.0267642;REVB=-0.0557454;RO=57;SAF=29;SAR=21;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102433;STB=0.561823;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0311431;OID=.;OPOS=101043906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:57:58:50:50:0.462963:21:29:27:30:21:29:27:31 chr3 101066717 . T A 220.9 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.021765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4702;QD=10.3951;RBI=0.0217841;REFB=-0.0095141;REVB=0.000912204;RO=57;SAF=14;SAR=14;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504356;STB=0.529391;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0190881;OID=.;OPOS=101066717;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:57:57:28:28:0.329412:14:14:31:26:14:14:31:26 chr3 101080694 . T C 441.01 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.00781793;FXX=0.0176975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.71;QD=15.8922;RBI=0.00782764;REFB=-0.00776333;REVB=0.000389747;RO=62;SAF=22;SAR=27;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795165;STB=0.544414;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0115853;OID=.;OPOS=101080694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:62:62:49:49:0.441441:27:22:23:39:27:22:23:39 chr3 101085413 . G A 464.23 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=0.0103128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.838;QD=16.4328;RBI=0.0105279;REFB=-0.003501;REVB=-0.0021174;RO=62;SAF=26;SAR=25;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133806;STB=0.574484;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00389026;OID=.;OPOS=101085413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:62:62:51:51:0.451327:25:26:40:22:25:26:40:22 chr3 101219889 . G C 523.27 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00432716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.079;QD=23.7851;RBI=0.0384647;REFB=0.0023675;REVB=0.0382205;RO=39;SAF=28;SAR=21;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109722;STB=0.560236;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00123713;OID=.;OPOS=101219889;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:39:49:49:0.556818:21:28:17:22:21:28:17:22 chr3 101221069 . T C 201.5 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0823726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.561;QD=12.0298;RBI=0.104793;REFB=-0.0171526;REVB=-0.0647784;RO=42;SAF=6;SAR=19;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211671;STB=0.623289;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0300689;OID=.;OPOS=101221069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:19:6:17:25:19:6:17:25 chr3 101231921 . T C 551.14 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00616679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.828;QD=20.7977;RBI=0.00650877;REFB=-0.00784124;REVB=0.00208201;RO=50;SAF=27;SAR=29;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495667;STB=0.527263;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00755966;OID=.;OPOS=101231921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:50:50:56:56:0.528302:29:27:27:23:29:27:27:23 chr3 101241748 . A G 154.73 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0605016;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.869;QD=14.7363;RBI=0.0636413;REFB=0.0343062;REVB=0.0197424;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275672;STB=0.639851;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.0439862;OID=.;OPOS=101241748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:9:8:5:19:9:8:6:19 chr3 101283682 . G A 348.05 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00476996;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.386;QD=16.7734;RBI=0.0206473;REFB=-0.00162298;REVB=-0.0200888;RO=41;SAF=14;SAR=23;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195802;STB=0.615874;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00262583;OID=.;OPOS=101283682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:41:46:37:37:0.445783:23:14:24:17:23:14:27:19 chr3 101311550 . C T 68.6 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.0174186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.911;QD=4.81372;RBI=0.0294211;REFB=-0.00191878;REVB=-0.0237106;RO=46;SAF=9;SAR=2;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203899;STB=0.636889;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.018931;OID=.;OPOS=101311550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:46:46:11:11:0.192982:2:9:32:14:2:9:32:14 chr3 101334753 . C A 1134.98 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.645;QD=60.5321;RBI=0.0121352;REFB=0;REVB=-0.00178736;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77449e-05;OID=.;OPOS=101334753;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:31:43:0:0:32:43:0:0 chr3 101484335 . G A 2261.54 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0423587;FXX=0.00689608;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.3979;QD=62.8206;RBI=0.0463498;REFB=0.067447;REVB=-0.0188161;RO=1;SAF=72;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665061;STB=0.503496;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000840226;OID=.;OPOS=101484335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:144:1:1:143:143:0.993056:71:72:0:1:71:72:0:1 chr3 101571550 . A G 877.93 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00696469;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.557;QD=56.6409;RBI=0.0392865;REFB=-0.079919;REVB=0.0386642;RO=0;SAF=43;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513509;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.000326214;OID=.;OPOS=101571550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:62:0:1:61:61:0.983871:18:43:0:0:18:43:0:1 chr3 101574228 . A C 114.69 PASS AF=0.280702;AO=15;DP=55;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.00739544;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.15;QD=8.04823;RBI=0.0206794;REFB=-0.00341202;REVB=-0.0193117;RO=32;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218735;STB=0.631426;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00955681;OID=.;OPOS=101574228;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:32:41:15:16:0.280702:8:7:9:23:8:8:13:28 chr3 101576027 . GGT ACC,GGTACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC 139.11 PASS AF=0.1,0.3;AO=4,10;DP=41;FAO=4,12;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=4,6;FSAR=0,6;FSRF=21;FSRR=3;FWDB=-0.0152172,-1.23787e-05;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,23;MLLD=227.797,307.407;QD=13.9106;RBI=0.0193124,0.00271869;REFB=-0.00745854,-0.000218484;REVB=0.0118914,-0.00271866;RO=25;SAF=4,5;SAR=0,5;SRF=22;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.51557,-0.464925;STB=0.99554,0.749687;STBP=0.309,0.079;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00694642,-0.00378379;OID=.,.;OPOS=101576027,101576030;OREF=GGT,-;OALT=ACC,ACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC;OMAPALT=ACC,GGTACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:41:40:25:24:4,10:4,12:0.1,0.3:0,5:4,5:22:3:0,6:4,6:21:3 chr3 101576175 . T C 2281.75 PASS AF=0.993103;AO=145;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149424;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1794;QD=62.9448;RBI=0.0153311;REFB=0.0207835;REVB=-0.00343059;RO=0;SAF=75;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01417e-08;STB=0.503597;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000536299;OID=.;OPOS=101576175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:0:1:145:144:0.993103:70:75:0:0:69:75:0:1 chr3 103879569 . G A 6046.56 PASS AF=1;AO=367;DP=369;FAO=382;FDP=382;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=208;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634852;FXX=0.0052082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.405;QD=63.3148;RBI=0.0647985;REFB=-0.0184143;REVB=-0.0129799;RO=1;SAF=162;SAR=205;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00232211;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46826e-05;OID=.;OPOS=103879569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:369:382:1:0:367:382:1:205:162:0:1:208:174:0:0 chr3 103879597 . AAT A,AA,AAA 2623.61 PASS AF=0.659218,0.156425,0.184358;AO=46,34,59;DP=175;FAO=118,28,33;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=51,4,15;FSAR=67,24,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606515,0.0614272,0.0601643;FXX=0.0218567;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=196.064,196.349,192.873;QD=58.6282;RBI=0.0654684,0.0646177,0.0622104;REFB=0,0,0;REVB=0.0246477,0.0200538,0.015824;RO=33;SAF=11,2,26;SAR=35,32,33;SRF=20;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.313149,-0.676376,-0.109388;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00470568,-0.00784477,0.00934386;OID=.,.,.;OPOS=103879598,103879599,103879599;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.659218,0.156425,0.184358:46,34,59:175:118,28,33:179:0:51,4,15:67,24,18:0:0:54:33:11,2,26:35,32,33:20:13 chr3 105260596 . T C 871.28 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0018694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.297;QD=56.2116;RBI=0.0057822;REFB=0.0280967;REVB=0.00547167;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510201;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00010293;OID=.;OPOS=105260596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:37:24:0:0:37:24:1:0 chr3 105377515 . C T 258.36 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00650966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.192;QD=13.9652;RBI=0.00650969;REFB=-0.0148174;REVB=2.02406e-05;RO=44;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070072;STB=0.539901;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0175121;OID=.;OPOS=105377515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:17:13:22:22:17:13:22:22 chr3 105389153 . A G 670.02 PASS AF=0.560345;AO=65;DP=116;FAO=65;FDP=116;FR=.;FRO=51;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.00750727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.415;QD=23.1042;RBI=0.0133687;REFB=-0.00088578;REVB=-0.0110618;RO=51;SAF=35;SAR=30;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564237;STB=0.530822;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.000697703;OID=.;OPOS=105389153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:51:51:65:65:0.560345:30:35:31:20:30:35:31:20 chr3 105422844 . C T 393.17 PASS AF=0.4;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.0231766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.319;QD=13.6754;RBI=0.034743;REFB=0.00604621;REVB=-0.0258828;RO=67;SAF=33;SAR=13;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176514;STB=0.602501;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00543151;OID=.;OPOS=105422844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:69:46:46:0.4:13:33:38:29:13:33:39:30 chr3 105438957 . T G 1025.44 PASS AF=0.512953;AO=99;DP=193;FAO=99;FDP=193;FR=.;FRO=94;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.00099473;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.205;QD=21.2526;RBI=0.0292492;REFB=-0.0193636;REVB=-0.0292323;RO=93;SAF=54;SAR=45;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122087;STB=0.509037;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0372828;OID=.;OPOS=105438957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:93:94:99:99:0.512953:45:54:52:41:45:54:53:41 chr3 105439026 . G A 677.18 PASS AF=0.45122;AO=73;DP=164;FAO=74;FDP=164;FR=.;FRO=90;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=-0.0170222;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.191;QD=16.5165;RBI=0.0170796;REFB=-0.00140645;REVB=-0.00139897;RO=90;SAF=27;SAR=46;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887304;STB=0.537816;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00134557;OID=.;OPOS=105439026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:90:90:73:74:0.45122:46:27:41:49:46:28:40:50 chr3 106613060 . T G 332.41 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.00243697;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2659;QD=13.7078;RBI=0.0191974;REFB=0.0394782;REVB=-0.0190421;RO=61;SAF=23;SAR=14;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126523;STB=0.576925;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.0634229;OID=.;OPOS=106613060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:61:60:37:37:0.381443:14:23:31:30:14:23:30:30 chr3 106617500 . C T 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.816;QD=64.1538;RBI=0.0426607;REFB=0;REVB=-0.00354079;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87613e-05;OID=.;OPOS=106617500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr3 107096547 . G A 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00956471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.155;QD=14.6506;RBI=0.0107709;REFB=-0.00812273;REVB=-0.00495254;RO=31;SAF=6;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279635;STB=0.660629;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0110266;OID=.;OPOS=107096547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:17:6:16:15:17:6:16:15 chr3 107646728 . G A 502.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00487842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.703;QD=59.0727;RBI=0.0556408;REFB=0;REVB=0.0554265;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137607;OID=.;OPOS=107646728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:8:24:0:0:10:24:0:0 chr3 107646807 . G T 595.86 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.104;QD=59.5861;RBI=0.0473527;REFB=0;REVB=0.0211131;RO=0;SAF=29;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017692;OID=.;OPOS=107646807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:10:29:0:0:10:30:0:0 chr3 107646895 . T C 687.19 PASS AF=0.92;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0117018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3862;QD=54.975;RBI=0.0967376;REFB=0.0171463;REVB=-0.0960272;RO=3;SAF=28;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329406;STB=0.529717;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0148481;OID=.;OPOS=107646895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:49:50:3:4:46:46:0.92:18:28:1:2:18:28:1:3 chr3 107765249 . T C 331.99 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00706144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.635;QD=16.1946;RBI=0.0460734;REFB=0.0179587;REVB=-0.045529;RO=45;SAF=20;SAR=16;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661116;STB=0.531318;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0212518;OID=.;OPOS=107765249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:46:36:36:0.439024:16:20:22:23:16:20:23:23 chr3 107765392 . G A 369.65 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0594228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8778;QD=22.4031;RBI=0.0601645;REFB=-0.00949003;REVB=-0.00941781;RO=29;SAF=10;SAR=27;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220253;STB=0.62205;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00813094;OID=.;OPOS=107765392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:27:10:15:14:27:10:15:14 chr3 107884269 . A G 512.58 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=119;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.0145581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.803;QD=17.2297;RBI=0.0229685;REFB=-0.0106018;REVB=0.0177656;RO=64;SAF=24;SAR=31;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18082;STB=0.600448;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0170947;OID=.;OPOS=107884269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:64:64:55:55:0.462185:31:24:40:24:31:24:40:24 chr3 107937408 . C T 199.9 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0201195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.542;QD=13.5525;RBI=0.0220115;REFB=0.0142517;REVB=-0.00892811;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311596;STB=0.517817;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.0239215;OID=.;OPOS=107937408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:11:13:20:15:11:13:20:15 chr3 108072298 . T C 1779.76 PASS AF=0.97541;AO=119;DP=122;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0206602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.38;QD=58.3528;RBI=0.0368133;REFB=-0.143012;REVB=0.0304692;RO=2;SAF=76;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012335;STB=0.509676;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000506873;OID=.;OPOS=108072298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:122:122:2:3:119:119:0.97541:43:76:2:0:43:76:3:0 chr3 108081217 . C A 807.13 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.019;QD=56.641;RBI=0.0281803;REFB=0;REVB=0.0267385;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34203e-05;OID=.;OPOS=108081217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:57:0:0:52:57:1:31:21:0:0:36:21:0:0 chr3 108096098 . C G 1880.97 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784774;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.796;QD=61.6711;RBI=0.01278;REFB=0;REVB=-0.0100867;RO=0;SAF=43;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09296e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22729e-05;OID=.;OPOS=108096098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:122:122:1:79:43:0:0:79:43:0:0 chr3 108214631 . C T 198.98 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.00481837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.262;QD=11.3702;RBI=0.0289851;REFB=-0.00773261;REVB=-0.0285818;RO=45;SAF=22;SAR=3;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364391;STB=0.717181;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.023887;OID=.;OPOS=108214631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:3:22:30:15:3:22:30:15 chr3 108403086 . T C 1492.6 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.355;QD=63.5147;RBI=0.0346473;REFB=0;REVB=0.00654964;RO=0;SAF=56;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3796e-05;OID=.;OPOS=108403086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:36:56:0:0:36:58:0:0 chr3 108557820 . T C 349.25 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00523273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.139;QD=20.2461;RBI=0.00642259;REFB=-0.0104592;REVB=0.00372401;RO=33;SAF=14;SAR=22;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0045747;STB=0.502537;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0101763;OID=.;OPOS=108557820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:22:14:13:20:22:14:13:20 chr3 108572699 . G T 285.29 PASS AF=0.492063;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0271977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.471;QD=18.1137;RBI=0.0282129;REFB=-0.0203335;REVB=0.00750014;RO=32;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116659;STB=0.555633;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0177311;OID=.;OPOS=108572699;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:30:31:0.492063:16:14:19:13:16:15:19:13 chr3 108703587 . C T 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6399;QD=58.0589;RBI=0.0277274;REFB=0;REVB=0.0106336;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101508;OID=.;OPOS=108703587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr3 108754238 . A T 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071298;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.011;QD=63.3367;RBI=0.0148226;REFB=0;REVB=0.0129953;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35006e-05;OID=.;OPOS=108754238;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:46:47:0:0:46:47:0:0 chr3 108867128 . A G 1366.99 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.011373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7794;QD=60.0874;RBI=0.0355277;REFB=0.0274902;REVB=-0.0336582;RO=2;SAF=55;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00519532;STB=0.502742;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.011862;OID=.;OPOS=108867128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:2:2:89:89:0.978022:34:55:1:1:34:55:1:1 chr3 109052732 . T C 1534.06 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00476607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.158;QD=62.6146;RBI=0.00568169;REFB=-0.0351481;REVB=0.00309291;RO=1;SAF=48;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977841;STB=0.505154;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=2.706e-05;OID=.;OPOS=109052732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:49:48:1:0:49:48:1:0 chr3 109178707 . C G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.533;QD=59.0187;RBI=0.0252314;REFB=0;REVB=0.00372968;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38618e-05;OID=.;OPOS=109178707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr3 109178758 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.217;QD=58.5875;RBI=0.0494054;REFB=0;REVB=0.0469416;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019117;OID=.;OPOS=109178758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr3 110611137 . G A 1062.31 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0491276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8876;QD=59.8485;RBI=0.050123;REFB=0;REVB=-0.00993956;RO=0;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000329335;OID=.;OPOS=110611137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:45:26:0:0:45:26:0:0 chr3 110611201 . C T 243.87 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0477155;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1584;QD=12.6683;RBI=0.0477596;REFB=-0.0281334;REVB=0.00205003;RO=47;SAF=10;SAR=19;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00526412;STB=0.506412;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0439184;OID=.;OPOS=110611201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:47:48:29:29:0.376623:19:10:16:31:19:10:17:31 chr3 110790879 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0185275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.385;QD=12.3948;RBI=0.0200217;REFB=-0.00140603;REVB=0.00758954;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118169;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069666;OID=.;OPOS=110790879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:4:5:5:5:0.5:2:3:3:1:2:3:3:2 chr3 110793050 . G A 545.32 PASS AF=0.471545;AO=57;DP=122;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.000608557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.019;QD=17.7341;RBI=0.00939411;REFB=-0.00164984;REVB=0.00937438;RO=65;SAF=22;SAR=35;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148244;STB=0.585587;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00203952;OID=.;OPOS=110793050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:65:65:57:58:0.471545:35:22:35:30:36:22:35:30 chr3 111264189 . C T 163.79 PASS AF=0.230088;AO=26;DP=113;FAO=26;FDP=113;FR=.;FRO=87;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.0135615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.495;QD=5.79791;RBI=0.0158958;REFB=0.000191099;REVB=0.00829232;RO=87;SAF=17;SAR=9;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23035;STB=0.64162;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.000573794;OID=.;OPOS=111264189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:87:87:26:26:0.230088:9:17:41:46:9:17:41:46 chr3 111286375 . G C 217.21 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00834757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.939;QD=11.2834;RBI=0.0278626;REFB=-0.00927766;REVB=-0.0265827;RO=50;SAF=11;SAR=16;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170557;STB=0.598775;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0172116;OID=.;OPOS=111286375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:16:11:28:22:16:11:28:22 chr3 111313457 . T C 412.69 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0856574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3532;QD=18.7587;RBI=0.0858987;REFB=-0.0257242;REVB=0.00643454;RO=46;SAF=24;SAR=18;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784433;STB=0.543604;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0306267;OID=.;OPOS=111313457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:18:24:30:16:18:24:30:16 chr3 111313854 . C T 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.150935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.656;QD=51.181;RBI=0.152132;REFB=0;REVB=0.0190496;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161157;OID=.;OPOS=111313854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr3 111356083 . G C 2859.43 PASS AF=1;AO=156;DP=188;FAO=185;FDP=185;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=112;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0779845;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1303;QD=61.8256;RBI=0.078109;REFB=0;REVB=0.00440784;RO=0;SAF=88;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00572516;OID=.;OPOS=111356083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:188:185:0:0:156:185:1:68:88:0:0:73:112:0:0 chr3 111604541 . G C 685.92 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00452477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.135;QD=58.3762;RBI=0.0060275;REFB=-0.0762592;REVB=-0.00398211;RO=2;SAF=22;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408209;STB=0.521729;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00106818;OID=.;OPOS=111604541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:23:22:2:0:23:22:2:0 chr3 111632247 . G A 71.39 PASS AF=0.171053;AO=13;DP=75;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0136658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9745;QD=3.75737;RBI=0.014077;REFB=0.00116365;REVB=-0.00337745;RO=62;SAF=10;SAR=3;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382769;STB=0.749605;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0162399;OID=.;OPOS=111632247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:75:76:62:63:13:13:0.171053:3:10:29:33:3:10:30:33 chr3 111677526 . G A 743.77 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.029;QD=63.2992;RBI=0.0293172;REFB=0;REVB=-0.0155922;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016639;OID=.;OPOS=111677526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:23:23:0:0:23:24:0:0 chr3 111681012 . G A 152.46 PASS AF=0.217391;AO=25;DP=115;FAO=25;FDP=115;FR=.;FRO=90;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.0486546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9596;QD=5.30298;RBI=0.0660595;REFB=-0.00614977;REVB=-0.0446832;RO=89;SAF=11;SAR=14;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120348;STB=0.512305;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0280769;OID=.;OPOS=111681012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:89:90:25:25:0.217391:14:11:40:49:14:11:41:49 chr3 111694438 . T A,C 1649.93 PASS AF=0.0535714,0.946429;AO=9,101;DP=110;FAO=6,106;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=1,52;FSAR=5,54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010947,0.0522366;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.08,83.0978;QD=58.9259;RBI=0.0250707,0.0622303;REFB=0,0;REVB=-0.0225544,0.0338223;RO=0;SAF=1,50;SAR=8,51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.10484e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.128389,0.00675594;OID=.,.;OPOS=111694438,111694438;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:110:112:0:0:9,101:6,106:0.0535714,0.946429:8,51:1,50:0:0:5,54:1,52:0:0 chr3 111719786 . A T 241.17 PASS AF=0.424242;AO=27;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00124514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.889;QD=14.6164;RBI=0.00331015;REFB=-0.00719844;REVB=-0.00306704;RO=38;SAF=13;SAR=14;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072935;STB=0.530281;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00923753;OID=.;OPOS=111719786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:27:28:0.424242:14:13:21:17:14:14:21:17 chr3 111732608 . G A 634.07 PASS AF=0.454545;AO=65;DP=142;FAO=65;FDP=143;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.0139474;FXX=0.0205465;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.804;QD=17.7362;RBI=0.0213699;REFB=-0.00972903;REVB=-0.0161909;RO=77;SAF=36;SAR=29;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00453769;STB=0.501414;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0102964;OID=.;OPOS=111732608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:77:78:65:65:0.454545:29:36:43:34:29:36:43:35 chr3 111760771 . A G 322.89 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=15;FWDB=-0.0289486;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.678;QD=14.1929;RBI=0.0300271;REFB=-0.0107356;REVB=-0.00797549;RO=55;SAF=11;SAR=25;SRF=40;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431127;STB=0.743313;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0166643;OID=.;OPOS=111760771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:55:36:36:0.395604:25:11:40:15:25:11:40:15 chr3 111765834 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.276;QD=59.143;RBI=0.0225559;REFB=0;REVB=0.0155331;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38856e-05;OID=.;OPOS=111765834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr3 111799845 . A T 4508.14 PASS AF=1;AO=283;DP=284;FAO=285;FDP=285;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0588679;FXX=0.00349638;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4383;QD=63.2721;RBI=0.0609807;REFB=0.0407975;REVB=-0.0159127;RO=0;SAF=136;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24856e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000564963;OID=.;OPOS=111799845;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:284:285:0:0:283:285:1:147:136:0:0:148:137:0:0 chr3 111828423 . G A 1612.85 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0460288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.066;QD=58.1208;RBI=0.0465159;REFB=-0.147579;REVB=-0.00671466;RO=0;SAF=55;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500083;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000424695;OID=.;OPOS=111828423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:0:2:109:109:0.981982:54:55:0:0:54:55:1:1 chr3 111898483 . C T 194.66 PASS AF=0.245902;AO=29;DP=121;FAO=30;FDP=122;FR=.;FRO=92;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=0.0114171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5986;QD=6.3822;RBI=0.0173273;REFB=-0.00499819;REVB=0.013034;RO=91;SAF=13;SAR=16;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179643;STB=0.589963;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00931653;OID=.;OPOS=111898483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:91:92:29:30:0.245902:16:13:54:37:16:14:54:38 chr3 111918216 . A G 1359.95 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00547569;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.101;QD=61.1215;RBI=0.0125271;REFB=0;REVB=0.011267;RO=0;SAF=51;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165668;OID=.;OPOS=111918216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:89:0:0:84:89:1:33:51:0:0:38:51:0:0 chr3 111921225 . G T 1228.31 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00175396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.663;QD=61.4154;RBI=0.0293649;REFB=0;REVB=0.0293125;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88579e-05;OID=.;OPOS=111921225;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:34:44:0:0:35:45:0:0 chr3 111923123 . G A 1246.19 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.02;QD=61.54;RBI=0.0122266;REFB=0;REVB=0.00240578;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8673e-05;OID=.;OPOS=111923123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:35:45:0:0:35:46:0:0 chr3 111940074 . TA T 47.76 PASS AF=0.343284;AO=31;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.146317;FXX=0.0147037;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.26047;QD=2.85129;RBI=0.146597;REFB=-0.0769511;REVB=-0.00905953;RO=30;SAF=13;SAR=18;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110604;STB=0.627651;STBP=0.141;TYPE=del;VARB=0.0632909;OID=.;OPOS=111940075;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.343284:31:67:23:67:44:6:17:19:25:47:30:13:18:9:21 chr3 111981849 . C T 763.26 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0891503;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.4644;QD=52.6388;RBI=0.0927684;REFB=-0.128055;REVB=0.0256553;RO=2;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348843;STB=0.508472;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00830847;OID=.;OPOS=111981849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:2:1:55:57:0.982759:26:29:0:2:28:29:1:0 chr3 111981878 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.596;QD=57.1768;RBI=0.0221801;REFB=0;REVB=0.0154848;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38981e-05;OID=.;OPOS=111981878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr3 111981924 . T C 436.04 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0017033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3775;QD=54.5044;RBI=0.02783;REFB=-0.182362;REVB=0.0277778;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00266951;OID=.;OPOS=111981924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:17:14:0:0:17:14:0:1 chr3 111988919 . C G 160.33 PASS AF=0.201493;AO=27;DP=134;FAO=27;FDP=134;FR=.;FRO=107;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=56;FSRR=51;FWDB=-0.00590822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.039;QD=4.7861;RBI=0.00846195;REFB=-0.00120627;REVB=-0.00605784;RO=107;SAF=10;SAR=17;SRF=56;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195176;STB=0.62255;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00582196;OID=.;OPOS=111988919;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:107:107:27:27:0.201493:17:10:56:51:17:10:56:51 chr3 111993831 . G A 397.17 PASS AF=0.622951;AO=36;DP=60;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0196618;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.619;QD=26.0439;RBI=0.0204461;REFB=-0.0224918;REVB=-0.00560857;RO=23;SAF=22;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127619;STB=0.565373;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0131241;OID=.;OPOS=111993831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:23:23:36:38:0.622951:14:22:10:13:15:23:10:13 chr3 112059768 . C G 698.74 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.814;QD=62.11;RBI=0.0307995;REFB=0;REVB=0.0189209;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276855;OID=.;OPOS=112059768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:23:21:0:0:24:21:0:0 chr3 112066562 . G A 388.31 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.00868587;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.039;QD=14.25;RBI=0.0111423;REFB=-0.00790579;REVB=0.00697905;RO=62;SAF=15;SAR=30;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12982;STB=0.575129;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0112444;OID=.;OPOS=112066562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:64:45:45:0.412844:30:15:28:34:30:15:29:35 chr3 112081560 . T TTA 1030.93 PASS AF=0.84375;AO=66;DP=119;FAO=81;FDP=96;FR=.;FRO=15;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0418461;FXX=0.0495;HRUN=3;LEN=2;MLLD=177.934;QD=42.9555;RBI=0.0755521;REFB=-0.150897;REVB=0.0629049;RO=37;SAF=36;SAR=30;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213136;STB=0.501554;STBP=0.95;TYPE=ins;VARB=0.0265095;OID=.;OPOS=112081561;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.84375:66:119:81:96:15:44:37:8:7:77:37:36:30:19:18 chr3 112185025 . G A 1533.27 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272966;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.532;QD=63.886;RBI=0.0272984;REFB=0;REVB=-0.000311318;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44693e-05;OID=.;OPOS=112185025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:48:48:0:0:48:48:0:0 chr3 112190137 . G T 1286.59 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0129799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.175;QD=60.5455;RBI=0.0551602;REFB=-0.15102;REVB=0.0536113;RO=1;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101856;STB=0.505262;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000505631;OID=.;OPOS=112190137;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:1:1:83:84:0.988235:46:37:0:1:47:37:0:1 chr3 112546473 . G A 1102.96 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.689;QD=58.8247;RBI=0.0230827;REFB=-0.00805515;REVB=0.01473;RO=1;SAF=33;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141179;STB=0.507244;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000216798;OID=.;OPOS=112546473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:1:1:73:74:0.986667:40:33:1:0:40:34:1:0 chr3 112642568 . C G 1970.83 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.735;QD=62.0733;RBI=0.0114726;REFB=0;REVB=-0.00539005;RO=0;SAF=75;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.49033e-05;OID=.;OPOS=112642568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:52:75:0:0:52:75:0:0 chr3 112647832 . A C 753.46 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9772;QD=56.8651;RBI=0.050834;REFB=0;REVB=-0.0265842;RO=0;SAF=37;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030153;OID=.;OPOS=112647832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:15:37:0:0:15:38:0:0 chr3 112647988 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.748;QD=57.7124;RBI=0.027482;REFB=0;REVB=-0.00419472;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90924e-05;OID=.;OPOS=112647988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr3 112648125 . G T 1523.01 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0164906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.895;QD=58.5774;RBI=0.0204576;REFB=-0.0667091;REVB=0.0121068;RO=1;SAF=58;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104275;STB=0.505493;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000161105;OID=.;OPOS=112648125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:45:58:0:1:45:58:0:1 chr3 112648127 . T G 1335.85 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.159726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.717;QD=52.9049;RBI=0.195878;REFB=0;REVB=0.113384;RO=0;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00637336;OID=.;OPOS=112648127;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:43:57:0:0:43:58:0:0 chr3 112648222 . T C 2106.04 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0565219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0304;QD=61.9422;RBI=0.0596404;REFB=-0.138547;REVB=0.0190328;RO=1;SAF=64;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664856;STB=0.503496;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00107425;OID=.;OPOS=112648222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:1:1:135:135:0.992647:71:64:0:1:71:64:0:1 chr3 112727184 . A T 470.45 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00488344;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.233;QD=20.679;RBI=0.0111075;REFB=-0.0111155;REVB=-0.00997636;RO=44;SAF=31;SAR=15;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278109;STB=0.649228;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00736179;OID=.;OPOS=112727184;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:45:46:46:0.505495:15:31:16:28:15:31:17:28 chr3 112935113 . G C 365.87 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.111888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.568;QD=19.0064;RBI=0.12462;REFB=-0.0434437;REVB=0.0548753;RO=38;SAF=22;SAR=16;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241555;STB=0.52088;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0681537;OID=.;OPOS=112935113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:39:38:38:0.493506:16:22:21:17:16:22:21:18 chr3 112935138 . C G 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.553;QD=60.7153;RBI=0.0239683;REFB=0;REVB=-0.00184779;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54377e-05;OID=.;OPOS=112935138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr3 112991312 . C T 215.03 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00306801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0844;QD=21.5026;RBI=0.00872514;REFB=0.00283788;REVB=0.00816795;RO=19;SAF=5;SAR=16;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854914;STB=0.548239;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.000873453;OID=.;OPOS=112991312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:16:5:6:13:16:5:6:13 chr3 112991959 . C T 580.55 PASS AF=0.455224;AO=60;DP=133;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.0598859;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.7053;QD=17.3298;RBI=0.0660937;REFB=-0.00831951;REVB=0.0279652;RO=70;SAF=27;SAR=33;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899225;STB=0.555754;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00936644;OID=.;OPOS=112991959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:70:73:60:61:0.455224:33:27:38:32:33:28:41:32 chr3 112993367 . G A 607.11 PASS AF=0.525862;AO=61;DP=116;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.0370286;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.678;QD=20.9348;RBI=0.0392345;REFB=-0.00333913;REVB=-0.01297;RO=55;SAF=32;SAR=29;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153832;STB=0.584407;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00414502;OID=.;OPOS=112993367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:55:55:61:61:0.525862:29:32:19:36:29:32:19:36 chr3 112997554 . A G 557.03 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4796;QD=60.2195;RBI=0.0515988;REFB=0;REVB=-0.0396587;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126088;OID=.;OPOS=112997554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr3 112998265 . A G 376.6 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.027573;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.903;QD=13.8201;RBI=0.027573;REFB=-0.00432547;REVB=-4.68154e-05;RO=61;SAF=17;SAR=27;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177358;STB=0.617924;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00532431;OID=.;OPOS=112998265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:61:65:44:44:0.40367:27:17:34:27:27:17:38:27 chr3 112998268 . G A 645.37 PASS AF=0.584906;AO=61;DP=106;FAO=62;FDP=106;FR=.;FRO=44;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0301641;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.527;QD=24.3537;RBI=0.0302362;REFB=-0.00385076;REVB=-0.00208654;RO=44;SAF=34;SAR=27;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130919;STB=0.573747;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00637219;OID=.;OPOS=112998268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:44:44:61:62:0.584906:27:34:17:27:27:35:17:27 chr3 113005617 . G A 452.39 PASS AF=0.29798;AO=59;DP=198;FAO=59;FDP=198;FR=.;FRO=139;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=85;FSRR=54;FWDB=0.000984456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.93;QD=9.13927;RBI=0.00681068;REFB=-0.00227926;REVB=0.00673916;RO=137;SAF=32;SAR=27;SRF=85;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955409;STB=0.549279;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00496504;OID=.;OPOS=113005617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:137:139:59:59:0.29798:27:32:85:52:27:32:85:54 chr3 113010466 . T C 1007.23 PASS AF=0.445378;AO=106;DP=238;FAO=106;FDP=238;FR=.;FRO=132;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=62;FSRR=70;FWDB=-0.00813593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.505;QD=16.9282;RBI=0.00817165;REFB=-0.0102026;REVB=-0.000763203;RO=130;SAF=48;SAR=58;SRF=61;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164093;STB=0.50942;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0130446;OID=.;OPOS=113010466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:130:132:106:106:0.445378:58:48:61:69:58:48:62:70 chr3 113015660 . G A 468.35 PASS AF=0.364865;AO=54;DP=148;FAO=54;FDP=148;FR=.;FRO=94;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=-0.0254432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.836;QD=12.658;RBI=0.026043;REFB=-0.00807271;REVB=-0.00555704;RO=94;SAF=30;SAR=24;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00934999;STB=0.505325;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0136631;OID=.;OPOS=113015660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:94:94:54:54:0.364865:24:30:53:41:24:30:53:41 chr3 113022870 . T C 1554.33 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00583639;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9653;QD=59.7818;RBI=0.0326193;REFB=0;REVB=0.0320929;RO=0;SAF=68;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134043;OID=.;OPOS=113022870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:36:68:0:0:36:68:0:0 chr3 113046640 . A G 382.98 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00835517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.087;QD=17.408;RBI=0.0148845;REFB=-0.0114507;REVB=-0.0123183;RO=48;SAF=16;SAR=24;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990774;STB=0.555527;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00988748;OID=.;OPOS=113046640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:24:16:24:24:24:16:24:24 chr3 113138872 . C T 271.23 PASS AF=0.263889;AO=38;DP=143;FAO=38;FDP=144;FR=.;FRO=106;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=0.00401597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.529;QD=7.53404;RBI=0.0341514;REFB=-0.000913294;REVB=-0.0339145;RO=105;SAF=21;SAR=17;SRF=57;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121504;STB=0.50406;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00305669;OID=.;OPOS=113138872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:105:106:38:38:0.263889:17:21:57:48:17:21:58:48 chr3 113176122 . G A 1513.79 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145216;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.727;QD=63.7386;RBI=0.0177758;REFB=0;REVB=0.010252;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54527e-05;OID=.;OPOS=113176122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:47:48:0:0:47:48:0:0 chr3 113222036 . G A 2303.8 PASS AF=0.987097;AO=153;DP=155;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00660469;FXX=0.00640985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.018;QD=59.4528;RBI=0.00845021;REFB=-0.00185348;REVB=0.00527106;RO=2;SAF=80;SAR=73;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128528;STB=0.506756;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000181773;OID=.;OPOS=113222036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:155:155:2:2:153:153:0.987097:73:80:0:2:73:80:0:2 chr3 113286405 . C T 620.51 PASS AF=0.525424;AO=61;DP=118;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.000789404;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.595;QD=21.0341;RBI=0.0214085;REFB=0.0029755;REVB=0.021394;RO=57;SAF=42;SAR=19;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170188;STB=0.581587;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.0018872;OID=.;OPOS=113286405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:57:56:61:62:0.525424:19:42:29:28:20:42:29:27 chr3 113323793 . C T 415.27 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.0307453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.144;QD=19.315;RBI=0.0374367;REFB=-0.0126378;REVB=0.0213596;RO=44;SAF=25;SAR=17;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107085;STB=0.559315;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.010567;OID=.;OPOS=113323793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:17:25:31:13:17:25:31:13 chr3 113351719 . T C 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00705334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.37;QD=56.4872;RBI=0.00976162;REFB=0.0280385;REVB=-0.0067483;RO=1;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190966;STB=0.510198;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.000677627;OID=.;OPOS=113351719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:24:11:0:1:24:11:0:1 chr3 113373930 . A G 1008.45 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5336;QD=59.3205;RBI=0.034513;REFB=0;REVB=0.0179073;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394278;OID=.;OPOS=113373930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr3 113376110 . TTGCTGCTGC TTGTTGCTGT 198.48 PASS AF=0.222222;AO=4;DP=26;FAO=8;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00829758;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=7;MLLD=173.036;QD=22.0528;RBI=0.0527287;REFB=-0.058094;REVB=0.0520717;RO=0;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86674e-08;STB=0.701598;STBP=0.202;TYPE=mnp;VARB=0.0667785;OID=.;OPOS=113376113;OREF=CTGCTGC;OALT=TTGCTGT;OMAPALT=TTGTTGCTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222:4:26:8:36:17:2:6:9:8:69:0:1:3:0:0 chr3 113377361 . A G 1013.16 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326798;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.357;QD=59.5975;RBI=0.0384746;REFB=0;REVB=0.0203058;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256281;OID=.;OPOS=113377361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:36:31:0:0:36:32:0:0 chr3 113379865 . G C 695.63 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.050167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.092;QD=60.4896;RBI=0.0501822;REFB=-0.101139;REVB=0.00123511;RO=1;SAF=19;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240908;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00176046;OID=.;OPOS=113379865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:26:19:1:0:26:19:1:0 chr3 113380073 . G A 254.41 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0309199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.583;QD=13.0469;RBI=0.0432741;REFB=0.00643013;REVB=-0.0302755;RO=47;SAF=14;SAR=16;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696017;STB=0.533311;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.0168319;OID=.;OPOS=113380073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:48:30:30:0.384615:16:14:25:22:16:14:25:23 chr3 113557787 . AGCC A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0097038;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=297.863;QD=50.4135;RBI=0.0295458;REFB=0;REVB=0.0279069;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000121915;OID=.;OPOS=113557788;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:19:19:19:0:10:9:0:0:4:0:10:9:0:0 chr3 113673125 . A G 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0552218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8224;QD=19.6922;RBI=0.0552671;REFB=0.0130019;REVB=0.00223751;RO=24;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102403;STB=0.547908;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.019425;OID=.;OPOS=113673125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:25:26:26:0.509804:15:11:13:11:15:11:13:12 chr3 113679589 . C A 250.69 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00914012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.024;QD=14.5325;RBI=0.0285676;REFB=-0.018992;REVB=-0.027066;RO=40;SAF=16;SAR=13;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274757;STB=0.515598;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0238323;OID=.;OPOS=113679589;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:13:16:21:19:13:16:21:19 chr3 113721308 . TTTC T 69.33 PASS AF=0.223529;AO=15;DP=88;FAO=19;FDP=85;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.00930695;FXX=0.0449388;HRUN=5;LEN=3;MLLD=303.442;QD=3.26281;RBI=0.0135315;REFB=-0.00676729;REVB=-0.00982254;RO=63;SAF=3;SAR=12;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2896;STB=0.693418;STBP=0.081;TYPE=del;VARB=0.0215603;OID=.;OPOS=113721309;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.223529:15:88:19:85:66:4:15:28:38:69:63:3:12:25:38 chr3 113858350 . C T 2313.95 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117005;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.312;QD=62.9646;RBI=0.0132345;REFB=0;REVB=0.00618458;RO=0;SAF=66;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.14598e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011668;OID=.;OPOS=113858350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:147:0:0:143:147:1:77:66:0:0:78:69:0:0 chr3 113955164 . T G 716.38 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178897;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.298;QD=57.3107;RBI=0.0195321;REFB=0;REVB=0.00783965;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02004e-05;OID=.;OPOS=113955164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:51:50:1:25:26:0:0:24:26:0:0 chr3 113955265 . G A 1476.55 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00939159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.837;QD=62.1705;RBI=0.0177941;REFB=-0.0435345;REVB=-0.0151139;RO=1;SAF=48;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.009776;STB=0.505154;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000222048;OID=.;OPOS=113955265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:46:48:1:0:46:48:1:0 chr3 113955320 . C T 1030.75 PASS AF=0.986486;AO=67;DP=69;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0238138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.097;QD=55.7162;RBI=0.0383995;REFB=-0.078068;REVB=0.0301235;RO=1;SAF=38;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122746;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00478643;OID=.;OPOS=113955320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:74:1:1:67:73:0.986486:29:38:1:0:35:38:1:0 chr3 113955820 . G C 1381.48 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0181687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.794;QD=61.3989;RBI=0.0191992;REFB=-0.0354154;REVB=-0.00620538;RO=1;SAF=47;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997727;STB=0.505262;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=6.74771e-05;OID=.;OPOS=113955820;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:42:47:1:0:42:47:1:0 chr3 114099085 . C T 301.33 PASS AF=0.273885;AO=43;DP=158;FAO=43;FDP=157;FR=.;FRO=114;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=67;FSRR=47;FWDB=-0.0205163;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.904;QD=7.67715;RBI=0.0605591;REFB=-0.0181298;REVB=-0.056978;RO=114;SAF=24;SAR=19;SRF=67;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369756;STB=0.521873;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0595684;OID=.;OPOS=114099085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:114:114:43:43:0.273885:19:24:67:47:19:24:67:47 chr3 115440074 . C CCT 243.33 PASS AF=0.5;AO=17;DP=60;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.000219218;FXX=0.041658;HRUN=2;LEN=2;MLLD=96.836;QD=21.1593;RBI=0.0770032;REFB=-0.0938229;REVB=0.0770029;RO=37;SAF=17;SAR=0;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.79667;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.124437;OID=.;OPOS=115440075;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:17:60:23:46:23:17:6:17:6:99:37:17:0:19:18 chr3 116301660 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.301;QD=51.1846;RBI=0.0893066;REFB=0;REVB=0.0526461;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000661409;OID=.;OPOS=116301660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr3 116683964 . G C 7430.27 PASS AF=1;AO=470;DP=477;FAO=472;FDP=472;FR=.;FRO=0;FSAF=189;FSAR=283;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118631;FXX=0.012552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.644;QD=62.9684;RBI=0.0196434;REFB=0.00258704;REVB=0.0156566;RO=2;SAF=189;SAR=281;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00502477;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11817e-05;OID=.;OPOS=116683964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:477:472:2:0:470:472:1:281:189:2:0:283:189:0:0 chr3 118269774 . A G 565.51 PASS AF=0.479675;AO=59;DP=123;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0502497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.237;QD=18.3904;RBI=0.0502912;REFB=-0.0218587;REVB=0.00204376;RO=63;SAF=31;SAR=28;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133392;STB=0.503039;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0262223;OID=.;OPOS=118269774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:63:64:59:59:0.479675:28:31:34:29:28:31:34:30 chr3 118621664 . C A 463.11 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.00114364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.1;QD=17.4757;RBI=0.00768958;REFB=-0.0157166;REVB=0.00760406;RO=56;SAF=18;SAR=32;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334731;STB=0.518631;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0154162;OID=.;OPOS=118621664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:56:50:50:0.471698:32:18:22:34:32:18:22:34 chr3 118649060 . G T 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.396;QD=60.8835;RBI=0.0459618;REFB=0;REVB=0.0376901;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33447e-05;OID=.;OPOS=118649060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr3 118865332 . A G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00580889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9012;QD=16.931;RBI=0.0485838;REFB=-0.0215209;REVB=-0.0482353;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312315;STB=0.681497;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0193624;OID=.;OPOS=118865332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:9:3:7:5:9:3:7:5 chr3 118865609 . C T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.000491798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.797;QD=16.417;RBI=0.0235678;REFB=-0.0289831;REVB=0.0235627;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123893;STB=0.571326;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0297526;OID=.;OPOS=118865609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:7:9:6:8:7:9 chr3 118867047 . C G 700.7 PASS AF=0.962963;AO=49;DP=55;FAO=52;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0420472;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.552;QD=51.9037;RBI=0.0525582;REFB=-0.0918101;REVB=0.0315341;RO=1;SAF=31;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014941;STB=0.503691;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00169885;OID=.;OPOS=118867047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:55:54:1:2:49:52:0.962963:18:31:1:0:21:31:1:1 chr3 118909159 . A G 833.45 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.13;QD=57.4789;RBI=0.0355686;REFB=0;REVB=0.0103692;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305241;OID=.;OPOS=118909159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:28:29:0:0:29:29:0:0 chr3 118948716 . G A 720.8 PASS AF=0.526316;AO=70;DP=133;FAO=70;FDP=133;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.00166117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.905;QD=21.6781;RBI=0.0202782;REFB=-0.00188984;REVB=0.02021;RO=62;SAF=33;SAR=37;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052073;STB=0.532308;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00135123;OID=.;OPOS=118948716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:62:63:70:70:0.526316:37:33:33:29:37:33:34:29 chr3 119118104 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.825;QD=58.5875;RBI=0.0787282;REFB=0;REVB=0.0739677;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000832911;OID=.;OPOS=119118104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr3 119128398 . G A 252.07 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.00592486;FXX=0.0142837;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.136;QD=14.6124;RBI=0.012268;REFB=-0.0310371;REVB=-0.0107424;RO=40;SAF=10;SAR=19;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814755;STB=0.546044;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0392924;OID=.;OPOS=119128398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:19:10:11:29:19:10:11:29 chr3 119133183 . G A 1034.71 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00993599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.128;QD=58.2935;RBI=0.0229905;REFB=-0.0856547;REVB=0.0207326;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158404;OID=.;OPOS=119133183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:71:71:0:0:70:71:1:29:41:0:0:30:41:0:0 chr3 119134704 . C T 312.72 PASS AF=0.308271;AO=41;DP=133;FAO=41;FDP=133;FR=.;FRO=92;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=0.0507083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6929;QD=9.40517;RBI=0.0511956;REFB=-0.0095748;REVB=-0.00704683;RO=92;SAF=18;SAR=23;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446716;STB=0.526027;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0169223;OID=.;OPOS=119134704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:92:92:41:41:0.308271:23:18:37:55:23:18:37:55 chr3 119134886 . G A 254.68 PASS AF=0.518519;AO=27;DP=53;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0600943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.129;QD=18.8654;RBI=0.0738859;REFB=-0.017909;REVB=-0.0429862;RO=26;SAF=8;SAR=19;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510882;STB=0.534566;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0166238;OID=.;OPOS=119134886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:26:27:28:0.518519:19:8:9:17:20:8:9:17 chr3 119150836 . C T 514.98 PASS AF=0.401408;AO=57;DP=142;FAO=57;FDP=142;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.0478686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.469;QD=14.5065;RBI=0.0488256;REFB=-0.00060813;REVB=-0.00961929;RO=84;SAF=29;SAR=28;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344437;STB=0.515805;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.000642728;OID=.;OPOS=119150836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:84:85:57:57:0.401408:28:29:40:44:28:29:41:44 chr3 119197285 . A G 1526.1 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00693874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3596;QD=59.8469;RBI=0.0165375;REFB=0;REVB=0.0150114;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15577e-05;OID=.;OPOS=119197285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:49:52:0:0:49:53:0:0 chr3 119222456 . G C 501.02 PASS AF=0.394366;AO=56;DP=142;FAO=56;FDP=142;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.00969494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.01;QD=14.1133;RBI=0.00969913;REFB=-0.00287709;REVB=0.000284878;RO=86;SAF=33;SAR=23;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133727;STB=0.575554;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00453959;OID=.;OPOS=119222456;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:86:86:56:56:0.394366:23:33:40:46:23:33:40:46 chr3 119248301 . G A 1997.39 PASS AF=0.567485;AO=184;DP=327;FAO=185;FDP=326;FR=.;FRO=141;FSAF=81;FSAR=104;FSRF=55;FSRR=86;FWDB=-0.0270795;FXX=0.00305801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8823;QD=24.5079;RBI=0.0486491;REFB=-0.000797177;REVB=-0.0404158;RO=139;SAF=81;SAR=103;SRF=53;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477772;STB=0.521092;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.000532472;OID=.;OPOS=119248301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:326:139:141:184:185:0.567485:103:81:53:86:104:81:55:86 chr3 119248320 . AAA AGA,TAG 1683.63 PASS AF=0.561644,0;AO=80,15;DP=279;FAO=164,0;FDP=292;FR=.;FRO=128;FSAF=73,0;FSAR=91,0;FSRF=49;FSRR=79;FWDB=-0.00518007,-0.00515927;FXX=0.0135131;HRUN=9,9;LEN=1,3;MLLD=271.007,253.768;QD=23.0635;RBI=0.0357907,0.0409118;REFB=-0.00834966,-0.00497878;REVB=-0.0354139,-0.0405852;RO=80;SAF=56,1;SAR=24,14;SRF=26;SRR=54;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.343702,-0.481176;STB=0.527812,0.5;STBP=0.273,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00568011,0;OID=.,.;OPOS=119248321,119248320;OREF=A,AAA;OALT=G,TAG;OMAPALT=AGA,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:292:80:128:80,15:164,0:0.561644,0:24,14:56,1:26:54:91,0:73,0:49:79 chr3 119263680 . C T 269.44 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=56;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0182459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.941;QD=18.9078;RBI=0.020514;REFB=-0.0124297;REVB=-0.00937615;RO=28;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319793;STB=0.508469;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0209255;OID=.;OPOS=119263680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:28:28:28:29:0.508772:15:13:14:14:15:14:14:14 chr3 119301139 . C T 713.7 PASS AF=0.543307;AO=69;DP=127;FAO=69;FDP=127;FR=.;FRO=58;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.0424251;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4339;QD=22.4787;RBI=0.0558743;REFB=-0.0594826;REVB=-0.0363599;RO=56;SAF=43;SAR=26;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245795;STB=0.626843;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0373163;OID=.;OPOS=119301139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:56:58:69:69:0.543307:26:43:18:38:26:43:20:38 chr3 119305379 . T A 489.37 PASS AF=0.575;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0111459;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.184;QD=24.4683;RBI=0.0237469;REFB=-0.00585578;REVB=-0.0209686;RO=34;SAF=22;SAR=24;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623865;STB=0.534187;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00449197;OID=.;OPOS=119305379;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:34:34:46:46:0.575:24:22:19:15:24:22:19:15 chr3 119327653 . T C 368.7 PASS AF=0.357143;AO=45;DP=126;FAO=45;FDP=126;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.00207852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.911;QD=11.7047;RBI=0.0467998;REFB=6.04378e-05;REVB=0.0467537;RO=79;SAF=24;SAR=21;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265134;STB=0.514371;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.000124782;OID=.;OPOS=119327653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:79:81:45:45:0.357143:21:24:44:35:21:24:45:36 chr3 119331874 . C T 560.19 PASS AF=0.593023;AO=51;DP=86;FAO=51;FDP=86;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0126092;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.502;QD=26.0553;RBI=0.0216101;REFB=-0.00432512;REVB=-0.01755;RO=35;SAF=27;SAR=24;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529824;STB=0.528914;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00303059;OID=.;OPOS=119331874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:35:35:51:51:0.593023:24:27:21:14:24:27:21:14 chr3 119331892 . C G 583.19 PASS AF=0.576087;AO=53;DP=92;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0226788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.484;QD=25.3563;RBI=0.0604999;REFB=-0.0304588;REVB=-0.0560884;RO=39;SAF=28;SAR=25;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479258;STB=0.526197;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0171081;OID=.;OPOS=119331892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:39:39:53:53:0.576087:25:28:23:16:25:28:23:16 chr3 119338956 . A G 1914.99 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.164;QD=61.774;RBI=0.00634997;REFB=0;REVB=-0.0051622;RO=0;SAF=60;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.11483e-07;OID=.;OPOS=119338956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:64:60:0:0:64:60:0:0 chr3 119361415 . A G 317.08 PASS AF=0.548387;AO=32;DP=61;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0515394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9066;QD=20.4568;RBI=0.052633;REFB=-0.00876984;REVB=0.0106733;RO=29;SAF=8;SAR=24;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13551;STB=0.551013;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00803447;OID=.;OPOS=119361415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:29:28:32:34:0.548387:24:8:11:18:25:9:10:18 chr3 119367390 . T C 1208.81 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00346488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.391;QD=61.2057;RBI=0.0355867;REFB=0;REVB=0.0354176;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7749e-05;OID=.;OPOS=119367390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:46:32:0:0:46:33:0:0 chr3 119378872 . G A 663.46 PASS AF=0.45283;AO=72;DP=159;FAO=72;FDP=159;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.0110966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5207;QD=16.6909;RBI=0.0204194;REFB=-0.0169165;REVB=0.0171411;RO=86;SAF=28;SAR=44;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111229;STB=0.565292;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0207258;OID=.;OPOS=119378872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:86:87:72:72:0.45283:44:28:43:43:44:28:44:43 chr3 119379186 . C T 191.62 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0104607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9998;QD=15.6424;RBI=0.0487735;REFB=-0.00611021;REVB=0.0476385;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177286;STB=0.510194;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00838535;OID=.;OPOS=119379186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:10:10:15:14:10:10:15:14 chr3 119395662 . C G 713.53 PASS AF=0.460606;AO=76;DP=167;FAO=76;FDP=165;FR=.;FRO=89;FSAF=52;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=0.00893733;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9552;QD=17.2977;RBI=0.00925945;REFB=0.0161658;REVB=0.00242108;RO=88;SAF=52;SAR=24;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12298;STB=0.565993;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0126716;OID=.;OPOS=119395662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:165:88:89:76:76:0.460606:24:52:50:38:24:52:51:38 chr3 119395799 . A C 690.92 PASS AF=0.479167;AO=67;DP=142;FAO=69;FDP=144;FR=.;FRO=75;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=24;FWDB=0.0267835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.966;QD=19.1922;RBI=0.0316649;REFB=-0.0224135;REVB=-0.0168912;RO=74;SAF=33;SAR=34;SRF=50;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173635;STB=0.590205;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0256848;OID=.;OPOS=119395799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:74:75:67:69:0.479167:34:33:50:24:34:35:51:24 chr3 119426307 . T C 507.57 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0163554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4476;QD=56.3967;RBI=0.0352926;REFB=0.015983;REVB=0.0312741;RO=1;SAF=23;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199081;STB=0.510632;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.000567265;OID=.;OPOS=119426307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:12:23:1:0:12:23:1:0 chr3 119426311 . C G 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.014119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.356;QD=12.3947;RBI=0.0180673;REFB=0.00567636;REVB=-0.011273;RO=24;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280665;STB=0.516506;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.0150588;OID=.;OPOS=119426311;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:5:9:16:8:5:9:16:8 chr3 119434527 . G C 1766.73 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.028;QD=60.9219;RBI=0.0334024;REFB=0;REVB=0.00301781;RO=0;SAF=56;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62554e-05;OID=.;OPOS=119434527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:59:56:0:0:59:57:0:0 chr3 119459441 . C T 287.93 PASS AF=0.5;AO=30;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.00166389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.939;QD=18.576;RBI=0.00379778;REFB=0.00049907;REVB=0.00341388;RO=31;SAF=20;SAR=10;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794795;STB=0.55448;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.000913151;OID=.;OPOS=119459441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:31:30:31:0.5:10:20:23:8:11:20:23:8 chr3 119533910 . T C 1529.81 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.721;QD=63.7422;RBI=0.0494134;REFB=0;REVB=0.0347584;RO=0;SAF=55;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181602;OID=.;OPOS=119533910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:41:55:0:0:41:55:0:0 chr3 119886548 . G C 817.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.803;QD=57.3837;RBI=0.0570711;REFB=0;REVB=0.0409366;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253382;OID=.;OPOS=119886548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:22:35:0:0:22:35:0:0 chr3 119886776 . T A 1464.11 PASS AF=0.99;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00811081;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.868;QD=58.5645;RBI=0.0321136;REFB=0.0194922;REVB=0.0310725;RO=1;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104245;STB=0.505493;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-1.88622e-05;OID=.;OPOS=119886776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:100:1:1:99:99:0.99:45:54:0:1:45:54:0:1 chr3 120389316 . T A 1556.51 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0018338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.527;QD=59.8657;RBI=0.0121457;REFB=0;REVB=0.0120064;RO=0;SAF=55;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48796e-05;OID=.;OPOS=120389316;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:48:55:0:0:49:55:0:0 chr3 121137976 . C T 888.56 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00664889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.36;QD=56.4166;RBI=0.0125602;REFB=-0.006317;REVB=0.010656;RO=1;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209743;STB=0.511108;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000511417;OID=.;OPOS=121137976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:22:40:0:1:22:40:0:1 chr3 121138015 . C T 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00503626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.861;QD=57.5439;RBI=0.0340979;REFB=0;REVB=0.0337239;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248714;OID=.;OPOS=121138015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr3 121143384 . C CT 495.31 PASS AF=0.477987;AO=72;DP=167;FAO=76;FDP=159;FR=.;FRO=83;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=0.0523951;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.2621;QD=12.4607;RBI=0.0543958;REFB=0.0160988;REVB=-0.0146172;RO=93;SAF=29;SAR=43;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137318;STB=0.551089;STBP=0.236;TYPE=ins;VARB=-0.0180107;OID=.;OPOS=121143385;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477987:72:167:76:159:83:32:44:43:40:99:93:29:43:50:43 chr3 121151784 . G A 480.64 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0109071;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.57;QD=25.297;RBI=0.0253329;REFB=-0.0171635;REVB=-0.0228646;RO=31;SAF=22;SAR=23;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00374164;STB=0.502047;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0108509;OID=.;OPOS=121151784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:31:31:45:45:0.592105:23:22:15:16:23:22:15:16 chr3 121154974 . T C 2353.33 PASS AF=0.99359;AO=155;DP=157;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0275047;FXX=0.00636902;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.502;QD=60.3419;RBI=0.0402233;REFB=-0.0374214;REVB=-0.0293497;RO=1;SAF=82;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0064724;STB=0.503401;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00018761;OID=.;OPOS=121154974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:157:156:1:1:155:155:0.99359:73:82:0:1:73:82:0:1 chr3 121208176 . T C 911.51 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0974762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3742;QD=55.2428;RBI=0.131649;REFB=-0.14096;REVB=0.0884865;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.503475;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00639893;OID=.;OPOS=121208176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:66:0:2:63:64:0.969697:24:39:0:0:25:39:1:1 chr3 121208833 . G C 740.22 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.874;QD=56.9402;RBI=0.0155046;REFB=0;REVB=-0.00817306;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04943e-05;OID=.;OPOS=121208833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr3 121238749 . G A 1208.17 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00582625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6339;QD=61.1731;RBI=0.0671938;REFB=0;REVB=-0.0669407;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288263;OID=.;OPOS=121238749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:33:45:0:0:34:45:0:0 chr3 121263720 . C A 1366.55 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024705;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5713;QD=62.116;RBI=0.0305906;REFB=0;REVB=0.0180402;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00817786;OID=.;OPOS=121263720;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:48:39:0:0:49:39:0:0 chr3 121340536 . T C 1752.7 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0520545;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0675;QD=60.9634;RBI=0.0577463;REFB=0;REVB=-0.0249993;RO=0;SAF=56;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000866698;OID=.;OPOS=121340536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:59:56:0:0:59:56:0:0 chr3 121350966 . C G 347.69 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0377802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.532;QD=51.5092;RBI=0.0600729;REFB=-0.0882501;REVB=0.0467056;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521722;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00209101;OID=.;OPOS=121350966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:11:15:0:0:11:15:0:1 chr3 121351315 . G A,GGGCTCAGGCTCA 260.46 PASS AF=0.238095,0.452381;AO=11,13;DP=42;FAO=10,19;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=2,8;FSAR=8,11;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0578761,-0.0812669;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,12;MLLD=160.049,95.7954;QD=24.8055;RBI=0.0578854,0.0840507;REFB=-0.0169917,-0.0367812;REVB=0.00103929,-0.0214525;RO=16;SAF=2,3;SAR=9,10;SRF=13;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.597775,-0.528233;STB=0.812949,0.638569;STBP=0.019,0.073;TYPE=snp,ins;VARB=0.0434944,0.037232;OID=.,.;OPOS=121351315,121351316;OREF=G,-;OALT=A,GGCTCAGGCTCA;OMAPALT=A,GGGCTCAGGCTCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:42:42:16:13:11,13:10,19:0.238095,0.452381:9,10:2,3:13:3:8,11:2,8:10:3 chr3 121353254 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.24;QD=54.5175;RBI=0.0253598;REFB=0;REVB=0.0118844;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010362;OID=.;OPOS=121353254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:20:5:0:0:20:5:0:0 chr3 121354583 . G A 1530.79 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.821;QD=63.7829;RBI=0.0486483;REFB=0;REVB=0.0474536;RO=0;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50424e-05;OID=.;OPOS=121354583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:56:39:0:0:57:39:0:0 chr3 121372875 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2977;QD=57.6806;RBI=0.0277262;REFB=0;REVB=0.0233738;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145888;OID=.;OPOS=121372875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr3 121373058 . T C 727.03 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6735;QD=55.9255;RBI=0.044984;REFB=0;REVB=0.0340936;RO=1;SAF=33;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140577;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000888704;OID=.;OPOS=121373058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:1:0:51:52:1:18:33:1:0:18:34:0:0 chr3 121373111 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00470675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.36;QD=63.8719;RBI=0.0269435;REFB=0;REVB=0.0265292;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62656e-05;OID=.;OPOS=121373111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr3 121374361 . G A 632.21 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.048;QD=61.6795;RBI=0.0166891;REFB=0;REVB=0.00908982;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.89516e-05;OID=.;OPOS=121374361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:22:18:0:0:23:18:0:0 chr3 121414061 . C T 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.224;QD=56.6226;RBI=0.0173711;REFB=-0.088069;REVB=0.0128227;RO=1;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013302;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000319329;OID=.;OPOS=121414061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:35:28:0:1:35:28:0:1 chr3 121415720 . T C 1339.64 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.354;QD=62.3087;RBI=0.0356429;REFB=0;REVB=0.0332596;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75438e-05;OID=.;OPOS=121415720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:38:48:0:0:38:48:0:0 chr3 121435621 . T C 175.65 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2075;QD=46.841;RBI=0.0273819;REFB=0;REVB=0.0230853;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333998;OID=.;OPOS=121435621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr3 121435624 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.93;QD=46.848;RBI=0.0232878;REFB=0;REVB=0.0198118;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237635;OID=.;OPOS=121435624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr3 121435897 . T C 237.07 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0245936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.423;QD=19.7559;RBI=0.0535849;REFB=-0.0157466;REVB=0.0476077;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172845;STB=0.605644;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0208081;OID=.;OPOS=121435897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:25:25:22:23:0.479167:12:10:16:9:13:10:16:9 chr3 121488995 . C G 178.89 PASS AF=0.370968;AO=19;DP=57;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0140739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1186;QD=11.5414;RBI=0.0144937;REFB=-0.00910241;REVB=-0.00346302;RO=38;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120814;STB=0.521527;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0350292;OID=.;OPOS=121488995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:62:38:39:19:23:0.370968:10:9:14:24:14:9:14:25 chr3 121500699 . C T 445.98 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0362726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.965;QD=19.3905;RBI=0.0372454;REFB=0.0120666;REVB=-0.00845682;RO=47;SAF=20;SAR=25;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176543;STB=0.5098;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.0113555;OID=.;OPOS=121500699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:45:45:0.48913:25:20:20:27:25:20:20:27 chr3 121526204 . G A 199.46 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0714942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4057;QD=15.6442;RBI=0.101171;REFB=-0.00526109;REVB=-0.0715826;RO=29;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746387;STB=0.542611;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00461993;OID=.;OPOS=121526204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:9:13:15:14:9:13:15:14 chr3 121563355 . T C 732.86 PASS AF=0.48125;AO=77;DP=160;FAO=77;FDP=160;FR=.;FRO=83;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=0.0446494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9021;QD=18.3216;RBI=0.046108;REFB=0.000568018;REVB=0.0115054;RO=81;SAF=41;SAR=36;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816417;STB=0.544883;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.000152134;OID=.;OPOS=121563355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:81:83:77:77:0.48125:36:41:36:45:36:41:37:46 chr3 121641693 . G A 309.71 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0350923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.192;QD=16.5178;RBI=0.0363948;REFB=-0.0164934;REVB=0.0096497;RO=41;SAF=19;SAR=14;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344626;STB=0.528406;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0195649;OID=.;OPOS=121641693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:41:41:33:34:0.453333:14:19:25:16:15:19:25:16 chr3 121642048 . A T 580.48 PASS AF=0.54717;AO=58;DP=106;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0397985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9806;QD=21.9049;RBI=0.0925893;REFB=0.024584;REVB=-0.0835994;RO=48;SAF=34;SAR=24;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140379;STB=0.576997;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0221874;OID=.;OPOS=121642048;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:48:48:58:58:0.54717:24:34:20:28:24:34:20:28 chr3 121643170 . A T 217.95 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0274163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.51;QD=15.5679;RBI=0.0507759;REFB=0.000442548;REVB=-0.042738;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100735;STB=0.555511;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.000982076;OID=.;OPOS=121643170;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:31:25:25:0.446429:13:12:17:12:13:12:18:13 chr3 121643804 . C T 532.74 PASS AF=0.42029;AO=58;DP=138;FAO=58;FDP=138;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=0.0677439;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.5639;QD=15.4416;RBI=0.0782037;REFB=-0.00638575;REVB=-0.0390716;RO=78;SAF=24;SAR=34;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204568;STB=0.614014;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0108165;OID=.;OPOS=121643804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:78:80:58:58:0.42029:34:24:48:30:34:24:49:31 chr3 121646641 . A G 112.45 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0160954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.13;QD=6.61453;RBI=0.0471887;REFB=-0.00181162;REVB=-0.0443589;RO=51;SAF=8;SAR=9;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240647;STB=0.514765;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00918072;OID=.;OPOS=121646641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:51:51:17:17:0.25:9:8:23:28:9:8:23:28 chr3 121647286 . C T 576.38 PASS AF=0.508621;AO=59;DP=116;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0156211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.548;QD=19.875;RBI=0.033336;REFB=-0.00237567;REVB=0.0294494;RO=57;SAF=40;SAR=19;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176676;STB=0.597724;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00171837;OID=.;OPOS=121647286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:57:57:59:59:0.508621:19:40:28:29:19:40:28:29 chr3 121648168 . G A 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.0134208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.041;QD=16.7848;RBI=0.0263135;REFB=-0.00972294;REVB=-0.0226337;RO=32;SAF=20;SAR=9;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03223;STB=0.523793;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0104539;OID=.;OPOS=121648168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:9:20:23:9:9:20:24:9 chr3 121712051 . A C 298.76 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6856;QD=51.9587;RBI=0.0151138;REFB=0;REVB=-0.00677259;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262754;OID=.;OPOS=121712051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:6:16:0:0:6:17:0:0 chr3 121825197 . G A 2078.88 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228731;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.391;QD=62.5229;RBI=0.0329381;REFB=0;REVB=-0.023701;RO=0;SAF=69;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.24647e-07;OID=.;OPOS=121825197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:132:133:1:63:69:0:0:64:69:0:0 chr3 121836966 . TGAGAGAGAG TGAGAGAG,TGAGAGAGGT 738.21 PASS AF=1,0;AO=42,2;DP=51;FAO=47,0;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281218,0.0544733;FXX=0.040808;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=100.705,42.2955;QD=62.8267;RBI=0.0281691,0.0544913;REFB=0,0;REVB=-0.00163088,-0.00139899;RO=0;SAF=19,0;SAR=23,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000212972,0;OID=.,.;OPOS=121836967,121836974;OREF=GA,AG;OALT=-,GT;OMAPALT=TGAGAGAG,TGAGAGAGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:42,2:51:47,0:47:0:21,0:26,0:0:0:4:0:19,0:23,2:0:0 chr3 121838319 . G A 1581.65 PASS AF=0.972973;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00620309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.853;QD=56.9964;RBI=0.0064982;REFB=0.00189508;REVB=0.00193606;RO=2;SAF=64;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146002;STB=0.501829;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=3.02555e-06;OID=.;OPOS=121838319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:111:2:3:107:108:0.972973:43:64:2:0:43:65:2:1 chr3 121838791 . T C 1987.74 PASS AF=0.977273;AO=127;DP=131;FAO=129;FDP=132;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=69;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0015068;FXX=0.0769177;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.162;QD=60.2345;RBI=0.0145022;REFB=0.0318895;REVB=0.0144237;RO=3;SAF=58;SAR=69;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239405;STB=0.512193;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.000707766;OID=.;OPOS=121838791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:131:132:3:3:127:129:0.977273:69:58:3:0:69:60:3:0 chr3 121839256 . GA G 31.32 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0724091;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.5206;QD=4.63941;RBI=0.184061;REFB=-0.0766622;REVB=0.16922;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0.407407;SSEP=0;SSSB=0.204458;STB=0.756882;STBP=0.165;TYPE=del;VARB=0.157533;OID=.;OPOS=121839257;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:7:27:7:27:20:5:2:7:13:31:18:4:3:7:11 chr3 121981095 . G A 100.79 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0070522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3578;QD=8.22818;RBI=0.0274767;REFB=-0.0130009;REVB=-0.0265563;RO=36;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078868;STB=0.548515;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0208359;OID=.;OPOS=121981095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:6:7:17:19:6:7:17:19 chr3 122003045 . G C 2266.86 PASS AF=0.993377;AO=135;DP=138;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.982;QD=60.0492;RBI=0.026107;REFB=-0.153397;REVB=0.014981;RO=1;SAF=74;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772922;STB=0.503597;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000162892;OID=.;OPOS=122003045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:138:151:1:1:135:150:0.993377:61:74:0:1:69:81:0:1 chr3 122003769 . A G 766.39 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.754;QD=63.8658;RBI=0.105749;REFB=0;REVB=0.0182148;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357494;OID=.;OPOS=122003769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:24:24:0:0 chr3 122003832 . G C 888.63 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399219;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.903;QD=57.3307;RBI=0.0459972;REFB=0;REVB=-0.0458236;RO=1;SAF=27;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171613;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195348;OID=.;OPOS=122003832;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:1:0:61:62:1:34:27:1:0:34:28:0:0 chr3 122140919 . T C 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0118563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.796;QD=16.7551;RBI=0.0154119;REFB=-0.0108629;REVB=-0.00984657;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234201;STB=0.513234;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0122222;OID=.;OPOS=122140919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:14:10:11:17:14:10:11:17 chr3 122144347 . C G 467.69 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0146274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.794;QD=20.1157;RBI=0.0561419;REFB=-0.00148799;REVB=0.0542029;RO=47;SAF=25;SAR=21;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107934;STB=0.559708;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00165771;OID=.;OPOS=122144347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:21:25:31:16:21:25:31:16 chr3 122144873 . G A 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.000857678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.737;QD=12.6371;RBI=0.00209763;REFB=-0.00974815;REVB=0.00191427;RO=20;SAF=1;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.665742;STB=0.903841;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0113365;OID=.;OPOS=122144873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:12:1:13:7:12:1:14:7 chr3 122145470 . C A 487.31 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00402809;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=326.485;QD=18.0486;RBI=0.00405516;REFB=0.00843521;REVB=0.000467773;RO=56;SAF=31;SAR=21;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107957;STB=0.559948;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.0102885;OID=.;OPOS=122145470;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:56:52:52:0.481481:21:31:27:29:21:31:27:29 chr3 122186188 . C T 920.06 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1791;QD=58.4166;RBI=0.0635609;REFB=0;REVB=0.0611131;RO=0;SAF=50;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021362;OID=.;OPOS=122186188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:13:50:0:0:13:50:0:0 chr3 122255015 . C T 147.64 PASS AF=0.272727;AO=21;DP=77;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0278857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.634;QD=7.66971;RBI=0.0279353;REFB=-0.0207701;REVB=-0.0016635;RO=55;SAF=10;SAR=11;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177299;STB=0.51731;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0517569;OID=.;OPOS=122255015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:55:56:21:21:0.272727:11:10:27:28:11:10:28:28 chr3 122259606 . T C 674.78 PASS AF=0.540984;AO=66;DP=122;FAO=66;FDP=122;FR=.;FRO=56;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0085087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.852;QD=22.1239;RBI=0.00851436;REFB=-0.0243218;REVB=0.000310319;RO=55;SAF=38;SAR=28;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560593;STB=0.526971;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0391619;OID=.;OPOS=122259606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:55:56:66:66:0.540984:28:38:28:27:28:38:29:27 chr3 122259640 . T C 634.51 PASS AF=0.558559;AO=61;DP=111;FAO=62;FDP=111;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0123488;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.449;QD=22.8652;RBI=0.0796965;REFB=-0.0220846;REVB=0.078734;RO=49;SAF=35;SAR=26;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102016;STB=0.551165;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00693557;OID=.;OPOS=122259640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:49:49:61:62:0.558559:26:35:22:27:27:35:22:27 chr3 122288210 . G A 270.28 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=54;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0144603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6446;QD=19.6566;RBI=0.0145305;REFB=-0.0538168;REVB=-0.00142664;RO=26;SAF=20;SAR=8;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175823;STB=0.523084;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0372882;OID=.;OPOS=122288210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:26:26:28:29:0.527273:8:20:19:7:9:20:19:7 chr3 122290579 . C T 2206.05 PASS AF=0.993197;AO=145;DP=151;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0120311;FXX=0.0264883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.285;QD=60.0287;RBI=0.0120315;REFB=-0.084082;REVB=-8.867e-05;RO=0;SAF=77;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.02491e-08;STB=0.503597;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000391852;OID=.;OPOS=122290579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:147:0:1:145:146:0.993197:68:77:0:0:69:77:0:1 chr3 122345822 . GA G 52.11 PASS AF=0.288462;AO=41;DP=105;FAO=30;FDP=104;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.252864;FXX=0.0280348;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.33669;QD=2.00434;RBI=0.261985;REFB=-0.0964814;REVB=-0.0685288;RO=56;SAF=27;SAR=14;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306067;STB=0.519218;STBP=0.819;TYPE=del;VARB=0.111193;OID=.;OPOS=122345823;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.288462:41:105:30:104:74:15:15:35:39:52:56:27:14:20:36 chr3 122418972 . T C 47.81 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.00602348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.308;QD=3.67731;RBI=0.006178;REFB=0.000194997;REVB=0.00137308;RO=43;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141293;STB=0.592776;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.0012653;OID=.;OPOS=122418972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:43:44:8:8:0.153846:6:2:15:28:6:2:15:29 chr3 122419046 . G A 303.28 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.015663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.669;QD=25.811;RBI=0.0590574;REFB=0.00886932;REVB=-0.0569425;RO=20;SAF=9;SAR=18;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291314;STB=0.516117;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.00739442;OID=.;OPOS=122419046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:18:9:6:14:18:9:6:14 chr3 122437321 . T C 1208.92 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.144;QD=61.2111;RBI=0.0293867;REFB=0;REVB=0.0190683;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155515;OID=.;OPOS=122437321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr3 122630323 . T G 239.75 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00445326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.584;QD=14.3133;RBI=0.00904191;REFB=-0.00913176;REVB=-0.00786922;RO=39;SAF=18;SAR=10;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138045;STB=0.578657;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00979605;OID=.;OPOS=122630323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:10:18:20:19:10:18:20:19 chr3 122630346 . T C 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0221844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1395;QD=15.0641;RBI=0.0274503;REFB=0.0226833;REVB=-0.0161671;RO=35;SAF=17;SAR=10;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313014;STB=0.517753;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.0227654;OID=.;OPOS=122630346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:10:17:21:14:10:17:21:14 chr3 122642572 . G A 101.42 PASS AF=0.254237;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0235518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.039;QD=6.87621;RBI=0.0312409;REFB=-0.0138283;REVB=-0.0205258;RO=44;SAF=11;SAR=4;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193367;STB=0.620342;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0316378;OID=.;OPOS=122642572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:44:44:15:15:0.254237:4:11:26:18:4:11:26:18 chr3 122642590 . G A 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00529983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.416;QD=21.839;RBI=0.0112517;REFB=-0.0308432;REVB=-0.00992533;RO=24;SAF=18;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175445;STB=0.598808;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0198732;OID=.;OPOS=122642590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:7:18:13:11:7:18:13:11 chr3 122646834 . C T 402.59 PASS AF=0.315476;AO=52;DP=167;FAO=53;FDP=168;FR=.;FRO=115;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=57;FSRR=58;FWDB=-0.0113542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.329;QD=9.58535;RBI=0.0183645;REFB=-0.00478265;REVB=-0.0144339;RO=113;SAF=27;SAR=25;SRF=56;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279388;STB=0.522356;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00935628;OID=.;OPOS=122646834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:113:115:52:53:0.315476:25:27:56:57:25:28:57:58 chr3 122680141 . A G 888.67 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0348103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.3;QD=56.4232;RBI=0.0364334;REFB=-0.132637;REVB=0.0107534;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=3.4742e-05;OID=.;OPOS=122680141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:37:25:0:0:37:25:0:1 chr3 122843110 . G T 2348.1 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000148216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5628;QD=60.5962;RBI=0.0332437;REFB=0;REVB=0.0332434;RO=0;SAF=90;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84104e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57963e-05;OID=.;OPOS=122843110;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:155:0:0:151:155:1:61:90:0:0:62:93:0:0 chr3 122864436 . G A 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.053;QD=61.2131;RBI=0.0234116;REFB=0;REVB=0.00384486;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08207e-05;OID=.;OPOS=122864436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:31:48:0:0:31:48:0:0 chr3 122869147 . G C 74.21 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00611931;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=87.9717;QD=10.2363;RBI=0.0585057;REFB=-0.0119808;REVB=-0.0581848;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737803;STB=0.51217;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.104113;OID=.;OPOS=122869147;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:29:17:19:10:10:0.344828:3:7:12:5:3:7:13:6 chr3 122880191 . T C 373.4 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.044196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.675;QD=15.3978;RBI=0.0445952;REFB=-0.0214554;REVB=-0.0059536;RO=57;SAF=22;SAR=18;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133484;STB=0.575347;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0303237;OID=.;OPOS=122880191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:57:40:40:0.412371:18:22:24:33:18:22:24:33 chr3 122991021 . A T 1526.19 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.164;QD=59.8507;RBI=0.0171593;REFB=0;REVB=-0.00616513;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08831e-06;OID=.;OPOS=122991021;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:47:54:0:0:47:55:0:0 chr3 122991038 . C T 1522.7 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.082;QD=59.7135;RBI=0.0301356;REFB=0;REVB=0.0281609;RO=0;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36058e-05;OID=.;OPOS=122991038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:48:54:0:0:48:54:0:0 chr3 123044174 . G A 312.58 PASS AF=0.30597;AO=41;DP=134;FAO=41;FDP=134;FR=.;FRO=93;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=0.000787085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6771;QD=9.33087;RBI=0.0101958;REFB=-0.00872377;REVB=0.0101654;RO=93;SAF=23;SAR=18;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023814;STB=0.513898;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.021166;OID=.;OPOS=123044174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:93:93:41:41:0.30597:18:23:54:39:18:23:54:39 chr3 123357037 . A G 1572.09 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241936;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.551;QD=64.1669;RBI=0.00817079;REFB=0;REVB=0.00780439;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7195e-06;OID=.;OPOS=123357037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:49:49:0:0:49:49:0:0 chr3 123367841 . G A 192.47 PASS AF=0.267327;AO=26;DP=101;FAO=27;FDP=101;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=51;FWDB=0.0106935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.739;QD=7.62237;RBI=0.0123544;REFB=-0.00333782;REVB=0.00618705;RO=73;SAF=9;SAR=17;SRF=23;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428449;STB=0.518783;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0078856;OID=.;OPOS=123367841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:73:74:26:27:0.267327:17:9:23:50:18:9:23:51 chr3 123368013 . A G 205.23 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0185289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.168;QD=22.803;RBI=0.0203707;REFB=-0.0294727;REVB=0.00846444;RO=15;SAF=4;SAR=15;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131659;STB=0.571352;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.021449;OID=.;OPOS=123368013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:15:16:19:20:0.555556:15:4:5:10:16:4:5:11 chr3 123383039 . C T 800.78 PASS AF=0.559701;AO=75;DP=134;FAO=75;FDP=134;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0258812;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5017;QD=23.904;RBI=0.0444204;REFB=-0.0244611;REVB=-0.0361017;RO=59;SAF=24;SAR=51;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203364;STB=0.611326;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0171249;OID=.;OPOS=123383039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:59:59:75:75:0.559701:51:24:33:26:51:24:33:26 chr3 123418913 . G A 1063.72 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0020233;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.104;QD=57.4986;RBI=0.00703478;REFB=-0.161075;REVB=0.00673754;RO=2;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255483;STB=0.506665;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000448321;OID=.;OPOS=123418913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:75:74:2:1:72:73:0.986486:36:36:0:2:37:36:0:1 chr3 123419116 . GTTC G 1405.94 PASS AF=0.911765;AO=123;DP=133;FAO=124;FDP=136;FR=.;FRO=12;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0100004;FXX=0.0215812;HRUN=2;LEN=3;MLLD=277.877;QD=41.3512;RBI=0.0215261;REFB=-0.0322575;REVB=0.0190621;RO=0;SAF=66;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504527;STBP=0.737;TYPE=del;VARB=0.00301742;OID=.;OPOS=123419117;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.911765:123:133:124:136:12:66:58:7:5:13:0:66:57:0:0 chr3 123419288 . C T 1022.08 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.314;QD=59.2511;RBI=0.0560626;REFB=0;REVB=0.0102533;RO=1;SAF=15;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304355;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93683e-05;OID=.;OPOS=123419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:64:69:1:0:63:69:1:48:15:1:0:52:17:0:0 chr3 123419573 . G T 1607.1 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4928;QD=64.2841;RBI=0.0643447;REFB=0;REVB=-0.059518;RO=0;SAF=40;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000512641;OID=.;OPOS=123419573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:60:40:0:0:60:40:0:0 chr3 123419733 . A G 960.74 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506868;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.242;QD=59.1227;RBI=0.0551141;REFB=0;REVB=0.0216428;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263459;OID=.;OPOS=123419733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:36:28:0:0:36:29:0:0 chr3 123451773 . G C 1302.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.368;QD=62.0073;RBI=0.0318178;REFB=0;REVB=0.0251727;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62468e-05;OID=.;OPOS=123451773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr3 123452838 . G A 1526.72 PASS AF=0.981651;AO=105;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0267163;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.71;QD=56.0263;RBI=0.0331672;REFB=-0.174786;REVB=0.0196546;RO=1;SAF=64;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735807;STB=0.507461;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000522801;OID=.;OPOS=123452838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:109:109:1:2:105:107:0.981651:41:64:1:0:41:66:2:0 chr3 123457893 . G A 311.9 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0268718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0447;QD=49.9037;RBI=0.0363025;REFB=-0.0887451;REVB=-0.0244086;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526294;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0041845;OID=.;OPOS=123457893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:15:9:0:0:15:9:1:0 chr3 123512627 . G T 444.81 PASS AF=0.395349;AO=51;DP=129;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.015766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.819;QD=13.7926;RBI=0.0233721;REFB=-0.00517438;REVB=-0.0172537;RO=76;SAF=20;SAR=31;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461773;STB=0.535308;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00814369;OID=.;OPOS=123512627;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:76:78:51:51:0.395349:31:20:33:43:31:20:35:43 chr3 123634046 . G A 1577.06 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184621;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3897;QD=60.0786;RBI=0.0199329;REFB=0;REVB=-0.00751485;RO=0;SAF=43;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247933;OID=.;OPOS=123634046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:62:43:0:0:62:43:0:0 chr3 123665859 . T C 612.32 PASS AF=0.470149;AO=63;DP=135;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=51;FWDB=0.0248314;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.789;QD=18.2783;RBI=0.0299059;REFB=-0.0183629;REVB=0.0166663;RO=71;SAF=34;SAR=29;SRF=20;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243907;STB=0.634584;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0311501;OID=.;OPOS=123665859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:71:71:63:63:0.470149:29:34:20:51:29:34:20:51 chr3 123665902 . T G 712.59 PASS AF=0.503546;AO=70;DP=140;FAO=71;FDP=141;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=52;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.0293035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1435;QD=20.2153;RBI=0.0563515;REFB=0.00412496;REVB=0.0481331;RO=70;SAF=18;SAR=52;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222479;STB=0.61521;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00331635;OID=.;OPOS=123665902;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:70:70:70:71:0.503546:52:18:33:37:52:19:33:37 chr3 123699299 . G A 479.4 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=38;FWDB=0.0245756;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9078;QD=19.769;RBI=0.038004;REFB=0.00275741;REVB=0.0289887;RO=51;SAF=15;SAR=32;SRF=12;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941444;STB=0.54857;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.00189843;OID=.;OPOS=123699299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:51:50:47:47:0.484536:32:15:12:39:32:15:12:38 chr3 124044921 . C T 449.03 PASS AF=0.31016;AO=58;DP=183;FAO=58;FDP=187;FR=.;FRO=129;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=71;FSRR=58;FWDB=-0.012324;FXX=0.00531887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.725;QD=9.60488;RBI=0.0182992;REFB=-0.0105877;REVB=0.013527;RO=125;SAF=31;SAR=27;SRF=67;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00179955;STB=0.511037;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0243665;OID=.;OPOS=124044921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:187:125:129:58:58:0.31016:27:31:67:58:27:31:71:58 chr3 124044949 . C T 682.18 PASS AF=0.489796;AO=64;DP=139;FAO=72;FDP=147;FR=.;FRO=75;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.00203984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7767;QD=18.5626;RBI=0.00272889;REFB=-0.0276663;REVB=-0.00181271;RO=75;SAF=31;SAR=33;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562268;STB=0.558491;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0360292;OID=.;OPOS=124044949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:147:75:75:64:72:0.489796:33:31:32:43:33:39:32:43 chr3 124048764 . C T 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0101698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.653;QD=11.6673;RBI=0.0121879;REFB=0.00334205;REVB=-0.00671713;RO=26;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229814;STB=0.638176;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.00642756;OID=.;OPOS=124048764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:11:3:10:16:11:3:10:16 chr3 124157806 . G A 980.32 PASS AF=0.492683;AO=100;DP=204;FAO=101;FDP=205;FR=.;FRO=104;FSAF=61;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=61;FWDB=-0.00636254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.101;QD=19.1282;RBI=0.0089645;REFB=-0.00162226;REVB=-0.00631508;RO=103;SAF=60;SAR=40;SRF=42;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177424;STB=0.596919;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00150628;OID=.;OPOS=124157806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:205:103:104:100:101:0.492683:40:60:42:61:40:61:43:61 chr3 124351316 . G A 1085.98 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129662;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7713;QD=60.332;RBI=0.0130318;REFB=0;REVB=-0.00130548;RO=0;SAF=49;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102873;OID=.;OPOS=124351316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:23:49:0:0:23:49:0:0 chr3 124351424 . T C 1463.48 PASS AF=0.959596;AO=95;DP=100;FAO=95;FDP=99;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00730509;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.852;QD=59.1305;RBI=0.00966757;REFB=-0.0310018;REVB=0.00633226;RO=4;SAF=47;SAR=48;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187361;STB=0.509889;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00184091;OID=.;OPOS=124351424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:100:99:4:4:95:95:0.959596:48:47:1:3:48:47:1:3 chr3 124376653 . G A 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00502082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.643;QD=63.4763;RBI=0.00772065;REFB=0;REVB=0.00586513;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39613e-05;OID=.;OPOS=124376653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:44:50:0:0:44:50:0:0 chr3 124379748 . G C 1540.53 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000413625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.172;QD=59.8262;RBI=0.0113676;REFB=0;REVB=-0.0113601;RO=0;SAF=56;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.58935e-06;OID=.;OPOS=124379748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:47:56:0:0:47:56:0:0 chr3 124379817 . T C 2457.92 PASS AF=0.993827;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0297458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3382;QD=60.6894;RBI=0.0700791;REFB=-0.115766;REVB=0.0634529;RO=1;SAF=82;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00576756;STB=0.50303;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00106514;OID=.;OPOS=124379817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:162:1:1:161:161:0.993827:79:82:1:0:79:82:1:0 chr3 124412634 . G T 622.43 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.045;QD=60.7247;RBI=0.013812;REFB=0;REVB=0.00615632;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0267e-05;OID=.;OPOS=124412634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:18:23:0:0 chr3 124416519 . CA AC,CAC 34.52 PASS AF=0,0.123077;AO=6,14;DP=66;FAO=0,8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=0,2;FSAR=0,6;FSRF=17;FSRR=40;FWDB=-0.0616128,-0.0745392;FXX=0.0151492;HRUN=2,0;LEN=2,1;MLLD=151.914,141.303;QD=2.12454;RBI=0.062292,0.0752045;REFB=-2.89787e-05,-0.00105254;REVB=-0.00917406,-0.00998126;RO=45;SAF=0,3;SAR=6,11;SRF=16;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.583819,-0.212539;STB=0.5,0.553259;STBP=1,0.739;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0239421,0.0676223;OID=.,.;OPOS=124416519,124416521;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:66:65:45:57:6,14:0,8:0,0.123077:6,11:0,3:16:29:0,6:0,2:17:40 chr3 124418846 . C T 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=-0.0145444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.025;QD=14.9478;RBI=0.0149724;REFB=-0.0190734;REVB=0.00355449;RO=42;SAF=3;SAR=28;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291074;STB=0.668985;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0193616;OID=.;OPOS=124418846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:28:3:10:32:28:3:10:32 chr3 124437954 . CG C 156.06 PASS AF=0.333333;AO=34;DP=103;FAO=34;FDP=102;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.101382;FXX=0.0097078;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.5715;QD=6.12012;RBI=0.117808;REFB=0.0279416;REVB=0.0600042;RO=66;SAF=20;SAR=14;SRF=40;SRR=26;SSEN=0.387755;SSEP=0;SSSB=-0.0210843;STB=0.520544;STBP=0.783;TYPE=del;VARB=-0.0426303;OID=.;OPOS=124437955;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:34:103:34:102:68:21:13:40:28:99:66:20:14:40:26 chr3 124451284 . T C 269.81 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=4;FWDB=-0.00356202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.405;QD=17.9871;RBI=0.0203687;REFB=0.00190514;REVB=0.0200549;RO=29;SAF=28;SAR=1;SRF=25;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387676;STB=0.724793;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00125837;OID=.;OPOS=124451284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:29:30:29:30:0.5:1:28:25:4:1:29:26:4 chr3 124515529 . C T 111.72 PASS AF=0.246377;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0156358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.061;QD=6.47665;RBI=0.0306487;REFB=-0.0158486;REVB=-0.0263603;RO=50;SAF=9;SAR=8;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114824;STB=0.507683;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0398699;OID=.;OPOS=124515529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:50:52:17:17:0.246377:8:9:26:24:8:9:27:25 chr3 124646705 . A AAAG,AAG 1713.03 PASS AF=1,0;AO=84,20;DP=120;FAO=113,0;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=91,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265459,-0.00828311;FXX=0.0504159;HRUN=3,3;LEN=3,2;MLLD=252.7,232.878;QD=60.6383;RBI=0.0520869,0.0535727;REFB=0,0;REVB=0.0520193,0.0529285;RO=9;SAF=22,0;SAR=62,20;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0167174,-0.841807;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.000146782,0;OID=.,.;OPOS=124646706,124646706;OREF=-,-;OALT=AAG,AG;OMAPALT=AAAG,AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:84,20:120:113,0:113:0:22,0:91,0:0:0:9:9:22,0:62,20:3:6 chr3 124688787 . A AT 295.08 PASS AF=1;AO=6;DP=34;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733962;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.5261;QD=38.0753;RBI=0.173315;REFB=-0.0150275;REVB=-0.157007;RO=28;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200756;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00204321;OID=.;OPOS=124688788;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:34:31:31:0:15:16:0:0:5:28:2:4:14:14 chr3 124688791 . A T 262.08 PASS AF=0.8125;AO=22;DP=31;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0221527;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=23.2777;QD=32.7602;RBI=0.0698221;REFB=-0.193063;REVB=0.0662146;RO=9;SAF=11;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293406;STB=0.546081;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0834313;OID=.;OPOS=124688791;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:31:32:9:6:22:26:0.8125:11:11:4:5:15:11:4:2 chr3 124689979 . CA C 39.35 PASS AF=0.433962;AO=21;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0275959;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.54154;QD=2.96974;RBI=0.0693751;REFB=-0.0313727;REVB=0.0636504;RO=23;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165294;STB=0.574404;STBP=0.37;TYPE=del;VARB=-0.0356628;OID=.;OPOS=124689980;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433962:21:53:23:53:30:13:10:13:17:39:23:12:9:9:14 chr3 124692689 . C G,T 2296.86 PASS AF=0.0324675,0.967532;AO=6,146;DP=154;FAO=5,149;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=0,76;FSAR=5,73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404914,0.00230714;FXX=0.0191071;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=12.4892,87.4035;QD=59.6588;RBI=0.0455,0.00279649;REFB=0,0;REVB=-0.0207532,-0.00158034;RO=0;SAF=1,74;SAR=5,72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,-3.95582e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0765826,0.00039489;OID=.,.;OPOS=124692689,124692689;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:154:154:0:0:6,146:5,149:0.0324675,0.967532:5,72:1,74:0:0:5,73:0,76:0:0 chr3 124728626 . A G 591.4 PASS AF=0.480315;AO=61;DP=128;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.000600142;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7998;QD=18.6268;RBI=0.00305038;REFB=0.00809666;REVB=-0.00299076;RO=66;SAF=37;SAR=24;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295175;STB=0.516335;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00615505;OID=.;OPOS=124728626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:66:66:61:61:0.480315:24:37:42:24:24:37:42:24 chr3 124731485 . C G 1431.48 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298075;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.496;QD=62.9222;RBI=0.0396583;REFB=0;REVB=0.0261591;RO=0;SAF=54;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117296;OID=.;OPOS=124731485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:90:91:1:36:54:0:0:36:55:0:0 chr3 124731689 . T A 2964.4 PASS AF=1;AO=186;DP=187;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013772;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.457;QD=63.4096;RBI=0.0143397;REFB=0;REVB=0.00399498;RO=0;SAF=93;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62581e-05;OID=.;OPOS=124731689;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:187:0:0:186:187:1:93:93:0:0:93:94:0:0 chr3 124733649 . T G 2134.12 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.718;QD=62.7683;RBI=0.0373987;REFB=0;REVB=0.0331105;RO=0;SAF=71;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.26516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49829e-05;OID=.;OPOS=124733649;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:64:71:0:0:64:72:0:0 chr3 124746347 . T C 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.134;QD=60.7157;RBI=0.0285779;REFB=0;REVB=0.00968024;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74214e-05;OID=.;OPOS=124746347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:44:32:0:0:44:32:0:0 chr3 124802881 . A G 230.74 PASS AF=0.421875;AO=24;DP=61;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0178692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.106;QD=14.4209;RBI=0.0198554;REFB=-0.0176242;REVB=-0.00865613;RO=36;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103749;STB=0.596018;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0208201;OID=.;OPOS=124802881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:36:37:24:27:0.421875:13:11:13:23:13:14:13:24 chr3 124802888 . C T 207.18 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00713065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.977;QD=13.1544;RBI=0.011985;REFB=0.00385783;REVB=0.009633;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135682;STB=0.583802;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00474329;OID=.;OPOS=124802888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:38:25:25:0.396825:13:12:13:24:13:12:13:25 chr3 124837684 . T C 2375.02 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149498;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.639;QD=64.1898;RBI=0.0163129;REFB=0;REVB=0.00652786;RO=0;SAF=93;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1973e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171969;OID=.;OPOS=124837684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:147:148:1:54:93:0:0:54:94:0:0 chr3 124839470 . G A 2054.9 PASS AF=0.985185;AO=132;DP=135;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0132802;FXX=0.0217376;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.424;QD=60.886;RBI=0.0197438;REFB=0.0668812;REVB=0.0146101;RO=2;SAF=73;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00152111;STB=0.500846;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-1.37258e-05;OID=.;OPOS=124839470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:135:135:2:2:132:133:0.985185:59:73:1:1:59:74:1:1 chr3 124947892 . C T 197.1 PASS AF=0.267327;AO=27;DP=101;FAO=27;FDP=101;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.0175533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.264;QD=7.80608;RBI=0.030012;REFB=-0.00792131;REVB=-0.0243434;RO=74;SAF=16;SAR=11;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145009;STB=0.508699;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0226182;OID=.;OPOS=124947892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:74:74:27:27:0.267327:11:16:43:31:11:16:43:31 chr3 124951821 . C T 217.59 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00235445;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.249;QD=21.2286;RBI=0.0151067;REFB=6.86656e-05;REVB=-0.0149221;RO=20;SAF=16;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17209;STB=0.597601;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.000208531;OID=.;OPOS=124951821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:20:20:21:21:0.512195:5:16:12:8:5:16:12:8 chr3 125235852 . A ATTTAT 848.74 PASS AF=0.967742;AO=57;DP=68;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0224064;FXX=0.0312451;HRUN=3;LEN=5;MLLD=283.522;QD=54.7572;RBI=0.0224064;REFB=-0.0651249;REVB=2.97372e-06;RO=6;SAF=32;SAR=25;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019178;STB=0.501628;STBP=0.877;TYPE=ins;VARB=0.00171801;OID=.;OPOS=125235853;OREF=-;OALT=TTTAT;OMAPALT=ATTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.967742:57:68:60:62:2:33:27:1:1:7:6:32:25:4:2 chr3 125769757 . C T 1345.62 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.237;QD=61.8677;RBI=0.0280098;REFB=0;REVB=0.0229767;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337244;OID=.;OPOS=125769757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:43:43:0:0:43:44:0:0 chr3 125775227 . CT C,CC 1118.53 PASS AF=0.302632,0.697368;AO=27,51;DP=78;FAO=23,53;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=0,46;FSAR=23,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158809,-0.0163958;FXX=0.0256377;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.2135,108.213;QD=58.8701;RBI=0.0369958,0.0371993;REFB=0,0;REVB=0.0334138,0.0333911;RO=0;SAF=1,46;SAR=26,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.57138e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.016477,0.021242;OID=.,.;OPOS=125775228,125775228;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.302632,0.697368:27,51:78:23,53:76:0:0,46:23,7:0:0:99:0:1,46:26,5:0:0 chr3 125786879 . T C 851.06 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5391;QD=57.6992;RBI=0.0298818;REFB=0;REVB=0.00805703;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166123;OID=.;OPOS=125786879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr3 125854311 . TC T 129.86 PASS AF=0.546667;AO=38;DP=77;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0485108;FXX=0.0259707;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.27349;QD=6.92565;RBI=0.0668412;REFB=-0.00543062;REVB=0.0459832;RO=31;SAF=19;SAR=19;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920042;STB=0.534533;STBP=0.566;TYPE=del;VARB=0.050031;OID=.;OPOS=125854312;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.546667:38:77:41:75:34:21:20:20:14:95:31:19:19:19:12 chr3 126152474 . C T 479.34 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0378499;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.48;QD=19.9725;RBI=0.0399519;REFB=-0.0120595;REVB=0.0127883;RO=48;SAF=25;SAR=22;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280437;STB=0.5098;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0186646;OID=.;OPOS=126152474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:49:47:47:0.489583:22:25:27:21:22:25:27:22 chr3 126169230 . C T 1143.69 PASS AF=0.95122;AO=78;DP=82;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0248299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.907;QD=55.7897;RBI=0.0284906;REFB=-0.123478;REVB=0.013971;RO=2;SAF=45;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205715;STB=0.503838;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00181072;OID=.;OPOS=126169230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:82:82:2:4:78:78:0.95122:33:45:2:0:33:45:2:2 chr3 126169472 . T C 255.82 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.879;QD=51.163;RBI=0.0413837;REFB=0;REVB=0.0363576;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372239;OID=.;OPOS=126169472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr3 126194076 . T C 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0337349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.078;QD=12.8691;RBI=0.0340647;REFB=-0.0194747;REVB=-0.00472856;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174631;STB=0.607046;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0246727;OID=.;OPOS=126194076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:10:11:22:10:10:11:23:10 chr3 126202257 . G A 2113.74 PASS AF=0.521739;AO=203;DP=389;FAO=204;FDP=391;FR=.;FRO=187;FSAF=127;FSAR=77;FSRF=114;FSRR=73;FWDB=-0.0136765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.687;QD=21.6239;RBI=0.0193458;REFB=-0.0456632;REVB=0.0136827;RO=182;SAF=127;SAR=76;SRF=109;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245486;STB=0.506554;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0374119;OID=.;OPOS=126202257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:389:391:182:187:203:204:0.521739:76:127:109:73:77:127:114:73 chr3 126260701 . C T 104.05 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0570677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2669;QD=7.30181;RBI=0.0579139;REFB=-0.00700439;REVB=-0.00986403;RO=42;SAF=8;SAR=7;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104841;STB=0.563898;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0137313;OID=.;OPOS=126260701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:42:42:15:15:0.263158:7:8:26:16:7:8:26:16 chr3 126326788 . G A 392.25 PASS AF=0.379032;AO=44;DP=121;FAO=47;FDP=124;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.00446329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.917;QD=12.6533;RBI=0.0226892;REFB=-0.00824423;REVB=-0.0222459;RO=76;SAF=29;SAR=15;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196697;STB=0.621977;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0109197;OID=.;OPOS=126326788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:76:77:44:47:0.379032:15:29:37:39:15:32:38:39 chr3 126327386 . G GT 98.51 PASS AF=0.291667;AO=28;DP=101;FAO=28;FDP=96;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.17408;FXX=0.0204061;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.2543;QD=4.10476;RBI=0.18483;REFB=0.00153378;REVB=-0.0621152;RO=71;SAF=19;SAR=9;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148293;STB=0.562454;STBP=0.474;TYPE=ins;VARB=-0.0273673;OID=.;OPOS=126327387;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667:28:101:28:96:68:18:10:38:30:98:71:19:9:40:31 chr3 126329910 . A G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.183;QD=64.4141;RBI=0.03561;REFB=0;REVB=0.0191842;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251913;OID=.;OPOS=126329910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr3 126340730 . AT A 33.37 PASS AF=0.230769;AO=14;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.128803;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.0422;QD=2.56687;RBI=0.171016;REFB=-0.0223653;REVB=-0.112499;RO=35;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=21;SSEN=0.302326;SSEP=0;SSSB=0.0345174;STB=0.557597;STBP=0.677;TYPE=del;VARB=0.0407372;OID=.;OPOS=126340731;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769:14:52:12:52:40:6:6:17:23:33:35:6:8:14:21 chr3 126707729 . C T 151.12 PASS AF=0.291667;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00162838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.357;QD=8.39564;RBI=0.00392931;REFB=-0.0113561;REVB=-0.00357601;RO=51;SAF=14;SAR=7;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320826;STB=0.690731;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0352475;OID=.;OPOS=126707729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:51:51:21:21:0.291667:7:14:20:31:7:14:20:31 chr3 126708453 . T C 207.64 PASS AF=0.436364;AO=25;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0218387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.246;QD=15.101;RBI=0.02243;REFB=-0.0157638;REVB=0.00511632;RO=30;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775915;STB=0.522187;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.02099;OID=.;OPOS=126708453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:25:24:0.436364:13:12:12:18:13:11:13:18 chr3 126708459 . C T 218.98 PASS AF=0.454545;AO=22;DP=53;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0382375;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.418;QD=15.926;RBI=0.0677425;REFB=-0.0339434;REVB=0.0559191;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145956;STB=0.565166;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0184864;OID=.;OPOS=126708459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:30:30:22:25:0.454545:10:12:12:18:12:13:12:18 chr3 126722304 . C T 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00135785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.772;QD=11.9168;RBI=0.0138158;REFB=-0.00811225;REVB=0.0137489;RO=37;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276134;STB=0.659432;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0161452;OID=.;OPOS=126722304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:8:14:14:23:8:14:14:23 chr3 126723744 . G A 36.99 PASS AF=0.112676;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.00151568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.743;QD=2.08383;RBI=0.0396389;REFB=-0.00436886;REVB=0.0396099;RO=62;SAF=3;SAR=5;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545288;STB=0.534967;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0298631;OID=.;OPOS=126723744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:71:71:62:63:8:8:0.112676:5:3:26:36:5:3:26:37 chr3 126736331 . C T 483.83 PASS AF=0.376623;AO=58;DP=154;FAO=58;FDP=154;FR=.;FRO=96;FSAF=44;FSAR=14;FSRF=58;FSRR=38;FWDB=0.0214176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1902;QD=12.5669;RBI=0.0321333;REFB=-0.0104684;REVB=0.0239549;RO=96;SAF=44;SAR=14;SRF=58;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202141;STB=0.615673;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0145036;OID=.;OPOS=126736331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:96:96:58:58:0.376623:14:44:58:38:14:44:58:38 chr3 126741674 . G A 299.07 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0141171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.703;QD=16.1658;RBI=0.0149133;REFB=-0.0216571;REVB=0.00480748;RO=41;SAF=15;SAR=18;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164164;STB=0.591887;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0279267;OID=.;OPOS=126741674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:18:15:12:29:18:15:12:29 chr3 126746690 . A G 341.85 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00569819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.984;QD=18.4782;RBI=0.00755856;REFB=-0.00182967;REVB=0.00496613;RO=38;SAF=20;SAR=16;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14727;STB=0.582044;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00119801;OID=.;OPOS=126746690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:16:20:15:23:16:20:15:23 chr3 126746731 . T G 120.43 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0832207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9192;QD=14.5977;RBI=0.0870805;REFB=0.00349573;REVB=-0.0256382;RO=17;SAF=12;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494838;STB=0.773743;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0238382;OID=.;OPOS=126746731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:19:14:14:0.424242:2:12:7:10:2:12:9:10 chr3 126748856 . C T 403.62 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0288744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.595;QD=17.1751;RBI=0.0296594;REFB=-0.0067043;REVB=-0.00677843;RO=52;SAF=20;SAR=22;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080307;STB=0.544974;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00750482;OID=.;OPOS=126748856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:22:20:29:23:22:20:29:23 chr3 126753483 . G A 33.51 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=-0.00487288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.305;QD=3.43655;RBI=0.0328539;REFB=-0.0189918;REVB=0.0324905;RO=33;SAF=4;SAR=2;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182538;STB=0.62464;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0926889;OID=.;OPOS=126753483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:33:33:6:6:0.153846:2:4:26:7:2:4:26:7 chr3 126754711 . G A 445.24 PASS AF=0.470588;AO=47;DP=101;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0364384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.588;QD=17.4603;RBI=0.0421545;REFB=-0.0250105;REVB=0.0211953;RO=53;SAF=26;SAR=21;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059829;STB=0.543085;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0291951;OID=.;OPOS=126754711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:53:54:47:48:0.470588:21:26:26:27:21:27:26:28 chr3 126916371 . T C 526.42 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0093671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1308;QD=56.9104;RBI=0.0277128;REFB=0.0163582;REVB=-0.0260818;RO=1;SAF=5;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847388;STB=0.545428;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00161924;OID=.;OPOS=126916371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:31:5:1:0:31:5:1:0 chr3 126916433 . T TTTC 288.2 PASS AF=1;AO=19;DP=30;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00265391;FXX=0.22214;HRUN=3;LEN=3;MLLD=236.477;QD=54.896;RBI=0.0212578;REFB=0;REVB=0.0210915;RO=11;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828023;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000119846;OID=.;OPOS=126916434;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:30:21:21:0:13:8:0:0:3:11:11:8:5:6 chr3 127323592 . G A 126.57 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0175371;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.862;QD=29.7802;RBI=0.0411337;REFB=-0.039991;REVB=0.0372079;RO=4;SAF=10;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113256;STB=0.506319;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.012098;OID=.;OPOS=127323592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:3:10:3:1:3:10:3:1 chr3 127323830 . C T 112.1 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0292428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7926;QD=8.46059;RBI=0.033474;REFB=-0.0135706;REVB=0.0162901;RO=38;SAF=6;SAR=9;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573817;STB=0.534837;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0418674;OID=.;OPOS=127323830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:9:6:17:21:9:6:17:21 chr3 127409941 . T C 368.37 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0147965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.305;QD=16.7441;RBI=0.0148495;REFB=-0.01531;REVB=-0.00125335;RO=47;SAF=21;SAR=18;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00641744;STB=0.504391;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0152126;OID=.;OPOS=127409941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:49:39:39:0.443182:18:21:25:22:18:21:26:23 chr3 127410915 . C T 228.8 PASS AF=0.385714;AO=28;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0154543;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.731;QD=13.0741;RBI=0.0301655;REFB=0.000925659;REVB=-0.025906;RO=42;SAF=11;SAR=17;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896013;STB=0.560394;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00196724;OID=.;OPOS=127410915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:43:28:27:0.385714:17:11:20:22:17:10:20:23 chr3 127410959 . G T 147.55 PASS AF=0.5;AO=12;DP=31;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0461594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.7065;QD=15.532;RBI=0.197199;REFB=-0.0503221;REVB=0.191721;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401643;STB=0.736593;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0900335;OID=.;OPOS=127410959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:38:19:19:12:19:0.5:8:4:14:5:14:5:14:5 chr3 127641968 . C A 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0300574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.72;QD=21.7463;RBI=0.0360377;REFB=-0.0212847;REVB=-0.0198814;RO=20;SAF=13;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243248;STB=0.63605;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0233017;OID=.;OPOS=127641968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:9:13:6:14:9:13:6:14 chr3 127983494 . AT A,AC 749.14 PASS AF=0.0192308,0.980769;AO=20,32;DP=52;FAO=1,51;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=1,33;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0818957,0.0819566;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=215.85,234.224;QD=57.6261;RBI=0.0902435,0.0822534;REFB=0,0;REVB=0.0379076,0.00698115;RO=0;SAF=20,14;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0164393,0.000348889;OID=.,.;OPOS=127983495,127983495;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0192308,0.980769:20,32:52:1,51:52:0:1,33:0,18:0:0:4:0:20,14:0,18:0:0 chr3 128060645 . C T 126.64 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00258342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.193;QD=8.04052;RBI=0.022902;REFB=-0.00653386;REVB=-0.0227558;RO=45;SAF=11;SAR=7;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944411;STB=0.556898;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0141386;OID=.;OPOS=128060645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:45:18:18:0.285714:7:11:24:21:7:11:24:21 chr3 128181537 . C T 1454.18 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.467;QD=63.2252;RBI=0.0365611;REFB=0;REVB=0.0350384;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144493;OID=.;OPOS=128181537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:44:47:0:0:44:48:0:0 chr3 128182074 . G A 761.47 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0354629;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.723;QD=53.4363;RBI=0.0379059;REFB=-0.146103;REVB=0.0133881;RO=2;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303913;STB=0.516123;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0055095;OID=.;OPOS=128182074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:30:25:0:2:30:25:0:2 chr3 128204951 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.681;QD=39.2068;RBI=0.107913;REFB=0;REVB=0.105717;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113504;OID=.;OPOS=128204951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr3 128205860 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00695479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3581;QD=37.4879;RBI=0.0139405;REFB=0;REVB=-0.0120817;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00152576;OID=.;OPOS=128205860;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr3 128292844 . A G 306.31 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00652718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.8;QD=53.2717;RBI=0.0396469;REFB=0;REVB=0.0391059;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281947;OID=.;OPOS=128292844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:21:23:1:8:13:0:0:8:15:0:0 chr3 128356852 . C T 620.98 PASS AF=0.516129;AO=62;DP=122;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0125818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0507;QD=20.0316;RBI=0.0377831;REFB=-0.0228987;REVB=-0.0356267;RO=58;SAF=32;SAR=30;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104788;STB=0.548372;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.018165;OID=.;OPOS=128356852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:58:60:62:64:0.516129:30:32:23:35:32:32:24:36 chr3 128392630 . G C 272.91 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00856489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.678;QD=17.6071;RBI=0.0223276;REFB=-0.00767362;REVB=-0.0206195;RO=32;SAF=10;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151472;STB=0.590847;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00830537;OID=.;OPOS=128392630;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:32:32:29:30:0.483871:19:10:16:16:20:10:16:16 chr3 128580574 . T C 606.58 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=126;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0239594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.252;QD=19.2564;RBI=0.024691;REFB=-0.028919;REVB=-0.0059659;RO=64;SAF=30;SAR=32;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291792;STB=0.516124;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0291524;OID=.;OPOS=128580574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:64:64:62:62:0.492063:32:30:33:31:32:30:33:31 chr3 128580585 . C A 590.11 PASS AF=0.48062;AO=60;DP=127;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.00413269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.635;QD=18.2981;RBI=0.0114359;REFB=-0.0106454;REVB=-0.0106631;RO=67;SAF=29;SAR=31;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196681;STB=0.511019;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0142561;OID=.;OPOS=128580585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:67:67:60:62:0.48062:31:29:31:36:32:30:31:36 chr3 128614185 . A C 210.39 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00779697;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2581;QD=18.2948;RBI=0.117035;REFB=-0.00679543;REVB=-0.116775;RO=25;SAF=14;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293059;STB=0.666508;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00881523;OID=.;OPOS=128614185;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:25:25:21:21:0.456522:7:14:9:16:7:14:9:16 chr3 128627021 . A G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00542288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.008;QD=14.0791;RBI=0.0295991;REFB=-0.0132385;REVB=0.0290981;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14236;STB=0.583194;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0199921;OID=.;OPOS=128627021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:9:7:7:5:9:7 chr3 128627933 . C T 233.46 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0181616;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.121;QD=16.9793;RBI=0.0276852;REFB=-0.0131649;REVB=-0.0208956;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185959;STB=0.585708;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0162661;OID=.;OPOS=128627933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:29:26:26:0.472727:15:11:17:10:15:11:17:12 chr3 128631481 . G A 470.15 PASS AF=0.510417;AO=45;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0105508;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1117;QD=19.5896;RBI=0.0106696;REFB=-0.039095;REVB=-0.0015875;RO=46;SAF=18;SAR=27;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112513;STB=0.540674;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0529265;OID=.;OPOS=128631481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:47:45:49:0.510417:27:18:24:22:27:22:25:22 chr3 128780706 . G A 182.97 PASS AF=0.271739;AO=25;DP=92;FAO=25;FDP=92;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=0.0062813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.655;QD=7.95503;RBI=0.00710861;REFB=-0.0044139;REVB=0.00332829;RO=67;SAF=11;SAR=14;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241999;STB=0.643843;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00898145;OID=.;OPOS=128780706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:67:67:25:25:0.271739:14:11:43:24:14:11:43:24 chr3 128855988 . G A 46.19 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.025196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8642;QD=8.79883;RBI=0.07305;REFB=-0.0482492;REVB=-0.0685672;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09181;STB=0.732681;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0375531;OID=.;OPOS=128855988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:8:14:7:7:0.333333:2:5:5:3:2:5:5:9 chr3 128877411 . G A 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00622387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4417;QD=14.6973;RBI=0.0217292;REFB=0.00294002;REVB=-0.0208188;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786929;STB=0.54507;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.00328861;OID=.;OPOS=128877411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:10:11:18:12:10:11:18:12 chr3 128890350 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.292;QD=47.8223;RBI=0.0355794;REFB=0;REVB=0.0257785;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12418e-05;OID=.;OPOS=128890350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr3 129130197 . T C 200.93 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00597375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.586;QD=23.6389;RBI=0.00624622;REFB=-0.00554218;REVB=0.00182472;RO=13;SAF=13;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215387;STB=0.609247;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00570844;OID=.;OPOS=129130197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:14:18:18:0.529412:5:13:6:7:5:13:7:7 chr3 129134242 . G A 493.43 PASS AF=0.597403;AO=46;DP=77;FAO=46;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0662968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.682;QD=25.6328;RBI=0.0664472;REFB=-0.0114424;REVB=-0.00446765;RO=31;SAF=21;SAR=25;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912932;STB=0.549894;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00955394;OID=.;OPOS=129134242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:31:31:46:46:0.597403:25:21:18:13:25:21:18:13 chr3 129137127 . G A 496.08 PASS AF=0.597403;AO=44;DP=75;FAO=46;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.011922;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.674;QD=25.7705;RBI=0.0123448;REFB=-0.0176652;REVB=0.0032032;RO=31;SAF=26;SAR=18;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685268;STB=0.529399;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0119544;OID=.;OPOS=129137127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:31:31:44:46:0.597403:18:26:21:10:18:28:21:10 chr3 129140499 . T C 247.6 PASS AF=0.426471;AO=27;DP=66;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.00694639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.829;QD=14.5647;RBI=0.00697068;REFB=-0.0137901;REVB=0.000581388;RO=36;SAF=12;SAR=15;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32957;STB=0.695784;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0189419;OID=.;OPOS=129140499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:36:39:27:29:0.426471:15:12:28:8:17:12:30:9 chr3 129155451 . C T 446.19 PASS AF=0.565789;AO=42;DP=77;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0256089;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.506;QD=23.4838;RBI=0.0264024;REFB=-0.0233569;REVB=-0.00642423;RO=35;SAF=26;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411392;STB=0.52657;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0192393;OID=.;OPOS=129155451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:35:33:42:43:0.565789:16:26:20:15:17:26:18:15 chr3 129200460 . C T 54.65 PASS AF=0.15625;AO=10;DP=64;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0116185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.243;QD=3.41548;RBI=0.0119346;REFB=-0.00382419;REVB=0.00272867;RO=53;SAF=7;SAR=3;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323212;STB=0.725172;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0265739;OID=.;OPOS=129200460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:64:64:53:54:10:10:0.15625:3:7:23:30:3:7:23:31 chr3 129210977 . G C 248.88 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00200379;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.171;QD=23.7025;RBI=0.0216183;REFB=-0.00358318;REVB=0.0215253;RO=19;SAF=13;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158497;STB=0.588401;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00234561;OID=.;OPOS=129210977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:19:19:23:23:0.547619:10:13:7:12:10:13:7:12 chr3 129262077 . G A 369.16 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0192437;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.261;QD=22.0393;RBI=0.0291934;REFB=-0.0486933;REVB=0.021953;RO=30;SAF=29;SAR=8;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938741;STB=0.552042;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0431984;OID=.;OPOS=129262077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:30:30:37:37:0.552239:8:29:21:9:8:29:21:9 chr3 129268116 . GC CG,G 55.27 PASS AF=0,0.26506;AO=4,34;DP=84;FAO=0,22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=0,13;FSAR=0,9;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00130131,-0.0857184;FXX=0.0119033;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=35.7801,7.82712;QD=2.66347;RBI=0.0320504,0.0886954;REFB=-0.0109724,-0.143492;REVB=-0.032024,0.0227868;RO=40;SAF=3,19;SAR=1,15;SRF=18;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0.714286;SSSB=0.317179,0.104794;STB=0.5,0.561406;STBP=1,0.521;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.143138;OID=.,.;OPOS=129268116,129268117;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:56:84:83:40:61:4,34:0,22:0,0.26506:1,15:3,19:18:22:0,9:0,13:31:30 chr3 129274302 . G A 501.59 PASS AF=0.321429;AO=60;DP=193;FAO=63;FDP=196;FR=.;FRO=133;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=54;FSRR=79;FWDB=-0.00282776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.093;QD=10.2364;RBI=0.00749106;REFB=-0.00652283;REVB=-0.00693684;RO=132;SAF=26;SAR=34;SRF=54;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294345;STB=0.53729;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0159706;OID=.;OPOS=129274302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:196:132:133:60:63:0.321429:34:26:54:78:34:29:54:79 chr3 129274363 . G A 710.02 PASS AF=0.410526;AO=78;DP=190;FAO=78;FDP=190;FR=.;FRO=112;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=49;FSRR=63;FWDB=0.0108927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.582;QD=14.9479;RBI=0.0141301;REFB=-0.0108659;REVB=-0.0090005;RO=112;SAF=30;SAR=48;SRF=49;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577879;STB=0.532426;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00909217;OID=.;OPOS=129274363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:112:112:78:78:0.410526:48:30:49:63:48:30:49:63 chr3 129275206 . C T 620.32 PASS AF=0.611111;AO=55;DP=90;FAO=55;FDP=90;FR=.;FRO=35;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0474611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8808;QD=27.5698;RBI=0.0510482;REFB=-0.0188068;REVB=-0.0187979;RO=35;SAF=32;SAR=23;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00761264;STB=0.504144;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0182762;OID=.;OPOS=129275206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:35:35:55:55:0.611111:23:32:20:15:23:32:20:15 chr3 129279570 . T C 205.01 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0369898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7273;QD=16.4009;RBI=0.0385324;REFB=-0.0247568;REVB=-0.0107935;RO=29;SAF=3;SAR=18;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264248;STB=0.654374;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0513168;OID=.;OPOS=129279570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:18:3:9:20:18:3:9:20 chr3 129279597 . C T 629.0 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013939;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.056;QD=59.9045;RBI=0.0291727;REFB=-0.130858;REVB=0.0256272;RO=0;SAF=9;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40541e-08;STB=0.507689;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00179267;OID=.;OPOS=129279597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:0:1:41:41:0.97619:32:9:0:0:32:9:0:1 chr3 129281718 . C T 512.22 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0595861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.854;QD=20.2859;RBI=0.0596423;REFB=-0.00932575;REVB=-0.00258632;RO=49;SAF=25;SAR=27;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258816;STB=0.51428;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0080478;OID=.;OPOS=129281718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:49:52:52:0.514851:27:25:25:24:27:25:25:24 chr3 129281980 . C T 769.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.637;QD=56.9971;RBI=0.0153953;REFB=0;REVB=0.00722958;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161563;OID=.;OPOS=129281980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr3 129286413 . G C 149.64 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0309511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.72;QD=11.9715;RBI=0.0466443;REFB=-0.00749363;REVB=-0.0348958;RO=33;SAF=5;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289371;STB=0.671326;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0127306;OID=.;OPOS=129286413;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:12:5:18:15:12:5:18:15 chr3 129290087 . G A 252.11 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00119525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.614;QD=15.0515;RBI=0.00906383;REFB=-0.0204336;REVB=0.00898467;RO=37;SAF=9;SAR=19;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148608;STB=0.576952;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0157263;OID=.;OPOS=129290087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:37:38:28:29:0.432836:19:9:17:20:19:10:18:20 chr3 129293183 . T C 1219.15 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.594;QD=60.2048;RBI=0.0335563;REFB=0;REVB=-0.0330996;RO=0;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240276;OID=.;OPOS=129293183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:81:0:0:80:81:1:31:49:0:0:32:49:0:0 chr3 129303263 . G A 36.89 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.00300126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.26;QD=2.58908;RBI=0.0377696;REFB=-0.00122582;REVB=0.0376501;RO=50;SAF=3;SAR=4;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272752;STB=0.695151;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0143397;OID=.;OPOS=129303263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:50:50:7:7:0.122807:4:3:33:17:4:3:33:17 chr3 129308209 . G A 302.08 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=38;FWDB=0.0118723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.22;QD=14.3845;RBI=0.0126432;REFB=-0.00233182;REVB=-0.00434721;RO=49;SAF=17;SAR=17;SRF=12;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268328;STB=0.65468;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00462485;OID=.;OPOS=129308209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:50:34:34:0.404762:17:17:12:37:17:17:12:38 chr3 129366963 . G T 581.94 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0327722;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.4723;QD=19.0801;RBI=0.0687493;REFB=-0.00682941;REVB=0.0604355;RO=62;SAF=29;SAR=31;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597305;STB=0.533013;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00772803;OID=.;OPOS=129366963;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:62:62:60:60:0.491803:31:29:34:28:31:29:34:28 chr3 129367024 . T A 1508.27 PASS AF=0.980952;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.025981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.165;QD=57.458;RBI=0.027949;REFB=-0.0968464;REVB=-0.0103023;RO=1;SAF=43;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109059;STB=0.511109;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000327515;OID=.;OPOS=129367024;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:105:1:2:102:103:0.980952:59:43:1:0:59:44:2:0 chr3 129538635 . A G 727.61 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.387;QD=63.2701;RBI=0.0263341;REFB=0;REVB=0.0238686;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104341;OID=.;OPOS=129538635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr3 129546729 . T C 657.0 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350621;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.508;QD=62.5717;RBI=0.0200111;REFB=0;REVB=-0.0197015;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35627e-05;OID=.;OPOS=129546729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr3 129694681 . C G 368.24 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0238017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.988;QD=19.381;RBI=0.0427625;REFB=-0.0188895;REVB=0.0355262;RO=38;SAF=14;SAR=23;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897703;STB=0.540577;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0179791;OID=.;OPOS=129694681;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:38:38:37:38:0.5:23:14:18:20:23:15:18:20 chr3 129695954 . T C 727.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0331;QD=63.2652;RBI=0.0536477;REFB=0;REVB=0.0354669;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.40208e-05;OID=.;OPOS=129695954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:17:28:0:0:18:28:0:0 chr3 129696041 . A G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.018;QD=59.323;RBI=0.0222138;REFB=0;REVB=0.0165678;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40012e-05;OID=.;OPOS=129696041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:42:26:0:0:42:26:0:0 chr3 129800823 . T G 100.54 PASS AF=0.171429;AO=18;DP=105;FAO=18;FDP=105;FR=.;FRO=87;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=-0.000527658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.769;QD=3.82998;RBI=0.0170702;REFB=-0.00171192;REVB=0.017062;RO=84;SAF=6;SAR=12;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141977;STB=0.580988;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00642092;OID=.;OPOS=129800823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:84:87:18:18:0.171429:12:6:37:47:12:6:37:50 chr3 129800888 . G A 238.66 PASS AF=0.274194;AO=34;DP=124;FAO=34;FDP=124;FR=.;FRO=90;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=-0.0057148;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=205.061;QD=7.69876;RBI=0.00698655;REFB=-0.00918439;REVB=-0.00401907;RO=90;SAF=9;SAR=25;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266452;STB=0.659838;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0198068;OID=.;OPOS=129800888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:90:90:34:34:0.274194:25:9:42:48:25:9:42:48 chr3 129800895 . G A 217.67 PASS AF=0.260163;AO=32;DP=123;FAO=32;FDP=123;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=0.00230894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.772;QD=7.07859;RBI=0.00525897;REFB=-0.00528203;REVB=-0.004725;RO=90;SAF=9;SAR=23;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256631;STB=0.651672;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0258889;OID=.;OPOS=129800895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:90:91:32:32:0.260163:23:9:43:47:23:9:43:48 chr3 129810119 . C T 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00738476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.346;QD=10.1573;RBI=0.0159669;REFB=-0.00686521;REVB=-0.0141565;RO=31;SAF=12;SAR=2;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488923;STB=0.79952;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0232054;OID=.;OPOS=129810119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:2:12:15:16:2:12:15:16 chr3 129811016 . G A 285.78 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0609348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2724;QD=13.1395;RBI=0.061012;REFB=-0.0136582;REVB=-0.00306838;RO=53;SAF=18;SAR=15;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139885;STB=0.57376;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0262813;OID=.;OPOS=129811016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:54:33:33:0.37931:15:18:22:31:15:18:23:31 chr3 130098349 . G C 639.87 PASS AF=0.481481;AO=65;DP=135;FAO=65;FDP=135;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.0166596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1685;QD=18.9591;RBI=0.030698;REFB=0.0113157;REVB=0.0257843;RO=67;SAF=38;SAR=27;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179779;STB=0.595339;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0191407;OID=.;OPOS=130098349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:67:70:65:65:0.481481:27:38:26:41:27:38:28:42 chr3 130110550 . A G 203.34 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00804104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.841;QD=14.2698;RBI=0.0274065;REFB=-0.00683347;REVB=-0.0262003;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206154;STB=0.502207;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00611696;OID=.;OPOS=130110550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:33:23:24:0.421053:13:10:15:18:13:11:15:18 chr3 130114278 . C T 461.73 PASS AF=0.268595;AO=65;DP=242;FAO=65;FDP=242;FR=.;FRO=177;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=95;FSRR=82;FWDB=-0.0148485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.309;QD=7.63196;RBI=0.0173314;REFB=0.000623915;REVB=0.00893859;RO=176;SAF=31;SAR=34;SRF=94;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706044;STB=0.543641;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.00313552;OID=.;OPOS=130114278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:176:177:65:65:0.268595:34:31:94:82:34:31:95:82 chr3 130122522 . TC T,TT 106.7 PASS AF=0.351351,0.0810811;AO=13,3;DP=37;FAO=13,3;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6,2;FSAR=7,1;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0358168,-0.0709615;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=16.2875,23.8576;QD=11.5355;RBI=0.0526952,0.0726806;REFB=-0.0223631,-0.0190062;REVB=-0.0386516,-0.015714;RO=19;SAF=7,2;SAR=6,1;SRF=12;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0960223,0.0417057;STB=0.596268,0.545146;STBP=0.402,0.91;TYPE=del,snp;VARB=-0.0231433,0.107964;OID=.,.;OPOS=130122523,130122523;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.351351,0.0810811:13,3:37:13,3:37:21:6,2:7,1:13:8:80:19:7,2:6,1:12:7 chr3 130124826 . A G 527.33 PASS AF=0.6125;AO=48;DP=80;FAO=49;FDP=80;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0373955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.024;QD=26.3664;RBI=0.0380598;REFB=-0.0119378;REVB=0.00707987;RO=31;SAF=27;SAR=21;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569605;STB=0.534282;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00872168;OID=.;OPOS=130124826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:31:31:48:49:0.6125:21:27:15:16:21:28:15:16 chr3 130128159 . ATTTTTTTCA ATTTTTTCA,ATTTTTTCAT,CATTTTTTCA 213.34 PASS AF=0.928571,0.047619,0;AO=21,2,2;DP=42;FAO=39,2,0;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18,2,0;FSAR=21,0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0394823,-0.00307843,0.0227577;FXX=0.0454442;HRUN=7,7,1;LEN=1,3,2;MLLD=8.39903,93.1839,13.3317;QD=20.3185;RBI=0.158884,0.0974807,0.0993353;REFB=-0.0821667,-0.0844046,-0.0694012;REVB=0.153901,0.0974321,0.0966932;RO=10;SAF=12,2,1;SAR=9,0,1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.100585,0.612877,0.103256;STB=0.513507,0.5,0.5;STBP=0.326,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=-0.00232557,0.014928,0;OID=.,.,.;OPOS=130128160,130128166,130128159;OREF=T,TCA,AT;OALT=-,CAT,CA;OMAPALT=ATTTTTTCA,ATTTTTTCAT,CATTTTTTCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:42:10:1:21,2,2:39,2,0:0.928571,0.047619,0:9,0,1:12,2,1:4:6:21,0,0:18,2,0:1:0 chr3 130129322 . G C 311.11 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0634049;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0241;QD=18.8553;RBI=0.0764513;REFB=0.00801046;REVB=0.0427156;RO=33;SAF=17;SAR=16;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545227;STB=0.530368;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00575017;OID=.;OPOS=130129322;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:33:33:33:33:0.5:16:17:19:14:16:17:19:14 chr3 130134563 . G A 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.015538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.55;QD=19.8255;RBI=0.0195432;REFB=-0.0114804;REVB=-0.0118536;RO=25;SAF=12;SAR=15;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183405;STB=0.601699;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00977564;OID=.;OPOS=130134563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:15:12:6:19:15:12:6:19 chr3 130135644 . C A 729.79 PASS AF=0.443182;AO=78;DP=179;FAO=78;FDP=176;FR=.;FRO=98;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=54;FSRR=44;FWDB=-0.0315998;FXX=0.0167588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.115;QD=16.5861;RBI=0.0316554;REFB=0.00119933;REVB=-0.00187459;RO=96;SAF=41;SAR=37;SRF=54;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367665;STB=0.514186;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.00144779;OID=.;OPOS=130135644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:176:96:98:78:78:0.443182:37:41:54:42:37:41:54:44 chr3 130145263 . G A 112.24 PASS AF=0.28;AO=13;DP=49;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0281565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.162;QD=8.979;RBI=0.0356042;REFB=-0.0088772;REVB=-0.0217916;RO=36;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344235;STB=0.72104;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0268656;OID=.;OPOS=130145263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:36:36:13:14:0.28:6:7:9:27:6:8:9:27 chr3 130162395 . A G 242.3 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00101558;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.7437;QD=17.0037;RBI=0.00800513;REFB=-0.0081501;REVB=-0.00794045;RO=28;SAF=19;SAR=8;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640739;STB=0.562082;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00419977;OID=.;OPOS=130162395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:28:30:27:27:0.473684:8:19:18:10:8:19:18:12 chr3 130174334 . G A 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.205;QD=60.5456;RBI=0.0159969;REFB=0;REVB=0.00338055;RO=0;SAF=63;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45188e-05;OID=.;OPOS=130174334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:49:63:0:0:49:63:0:0 chr3 130187817 . T C 570.73 PASS AF=0.461538;AO=59;DP=129;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.00965605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.154;QD=17.5608;RBI=0.0162785;REFB=-0.0108898;REVB=0.0131054;RO=70;SAF=29;SAR=30;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119633;STB=0.561518;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00902135;OID=.;OPOS=130187817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:70:70:59:60:0.461538:30:29:43:27:30:30:43:27 chr3 130190630 . G A 425.4 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0263902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1308;QD=18.9067;RBI=0.048124;REFB=-0.0187454;REVB=-0.0402427;RO=45;SAF=22;SAR=21;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122892;STB=0.577547;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0151007;OID=.;OPOS=130190630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:45:47:43:43:0.477778:21:22:29:16:21:22:31:16 chr3 130311398 . C T 626.66 PASS AF=0.504;AO=63;DP=123;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=0.00361222;FXX=0.00793588;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.358;QD=20.0532;RBI=0.00651776;REFB=-0.0101555;REVB=0.00542523;RO=60;SAF=27;SAR=36;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565264;STB=0.537724;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00945415;OID=.;OPOS=130311398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:60:62:63:63:0.504:36:27:22:38:36:27:22:40 chr3 130694309 . G A 201.74 PASS AF=0.320988;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.00430595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8237;QD=9.96248;RBI=0.00605781;REFB=-0.00165508;REVB=-0.00426096;RO=55;SAF=11;SAR=15;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370491;STB=0.521722;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00692331;OID=.;OPOS=130694309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:55:55:26:26:0.320988:15:11:25:30:15:11:25:30 chr3 130718472 . G A 228.86 PASS AF=0.345679;AO=29;DP=82;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0330138;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1801;QD=11.3018;RBI=0.0434111;REFB=-0.000683623;REVB=-0.0281889;RO=50;SAF=20;SAR=9;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176353;STB=0.592;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00157161;OID=.;OPOS=130718472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:50:53:29:28:0.345679:9:20:27:23:9:19:29:24 chr3 130851602 . C T 92.13 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0444121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1379;QD=8.98869;RBI=0.0568332;REFB=-0.00928146;REVB=-0.0354623;RO=29;SAF=7;SAR=5;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875624;STB=0.553105;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0175938;OID=.;OPOS=130851602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:5:7:19:10:5:7:19:10 chr3 130852185 . TG CA 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469398;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=332.267;QD=50.4135;RBI=0.0469875;REFB=0;REVB=-0.00211737;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000123723;OID=.;OPOS=130852185;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr3 130947435 . A T 444.76 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00645202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.446;QD=16.4727;RBI=0.02036;REFB=-0.026437;REVB=-0.0193106;RO=59;SAF=24;SAR=25;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648044;STB=0.536146;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0310639;OID=.;OPOS=130947435;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:25:24:25:34:25:24:25:34 chr3 130947454 . A G 70.71 PASS AF=0.14;AO=14;DP=100;FAO=14;FDP=100;FR=.;FRO=86;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.0971431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5286;QD=2.82851;RBI=0.101071;REFB=-0.00720553;REVB=0.0279022;RO=86;SAF=9;SAR=5;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287449;STB=0.695866;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0403806;OID=.;OPOS=130947454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:100:100:86:86:14:14:0.14:5:9:35:51:5:9:35:51 chr3 130992345 . G A 142.16 PASS AF=0.215686;AO=22;DP=102;FAO=22;FDP=102;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0725044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.631;QD=5.57479;RBI=0.0774634;REFB=-0.0052233;REVB=-0.0272709;RO=80;SAF=14;SAR=8;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233326;STB=0.645259;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.025164;OID=.;OPOS=130992345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:80:80:22:22:0.215686:8:14:36:44:8:14:36:44 chr3 130992385 . T C 282.7 PASS AF=0.342857;AO=36;DP=105;FAO=36;FDP=105;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.0201074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8479;QD=10.7697;RBI=0.0226812;REFB=-0.0171508;REVB=0.0104942;RO=69;SAF=17;SAR=19;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595644;STB=0.534344;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0419028;OID=.;OPOS=130992385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:69:69:36:36:0.342857:19:17:29:40:19:17:29:40 chr3 131068497 . C T 423.43 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=123;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.00234706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.554;QD=13.7701;RBI=0.00973393;REFB=0.00506728;REVB=-0.00944673;RO=73;SAF=21;SAR=28;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105604;STB=0.502369;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00879533;OID=.;OPOS=131068497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:73:74:49:49:0.398374:28:21:32:41:28:21:32:42 chr3 131068509 . A G 503.33 PASS AF=0.432;AO=53;DP=124;FAO=54;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0357919;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.212;QD=16.1066;RBI=0.0358465;REFB=-0.035047;REVB=-0.00197877;RO=47;SAF=24;SAR=29;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174045;STB=0.505492;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0229153;OID=.;OPOS=131068509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:47:69:53:54:0.432:29:24:12:35:30:24:30:39 chr3 131136797 . T C 1268.68 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.168;QD=60.4131;RBI=0.0313947;REFB=-0.0166178;REVB=0.0130817;RO=1;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114108;STB=0.505881;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000166316;OID=.;OPOS=131136797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:1:1:82:83:0.988095:41:41:0:1:42:41:0:1 chr3 131947937 . A G 1264.65 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0556807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2832;QD=61.6904;RBI=0.0576228;REFB=0;REVB=0.0148339;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297908;OID=.;OPOS=131947937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:41:41:0:0:41:41:0:0 chr3 132068831 . C T 206.63 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00240065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.814;QD=11.0202;RBI=0.00620767;REFB=-0.00172046;REVB=-0.00572469;RO=49;SAF=17;SAR=9;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121708;STB=0.570908;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00341753;OID=.;OPOS=132068831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:49:26:26:0.346667:9:17:27:22:9:17:27:22 chr3 132075554 . T C 456.18 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00163197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.609;QD=20.2748;RBI=0.0179468;REFB=-0.0105428;REVB=0.0178724;RO=45;SAF=16;SAR=29;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223062;STB=0.623756;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0129324;OID=.;OPOS=132075554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:29:16:27:18:29:16:27:18 chr3 132218623 . G T 2095.95 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384549;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.236;QD=62.5658;RBI=0.0248841;REFB=0;REVB=0.0245851;RO=1;SAF=69;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683923;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457106;OID=.;OPOS=132218623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:1:0:133:134:1:64:69:1:0:64:70:0:0 chr3 132257747 . G A 559.73 PASS AF=0.428571;AO=60;DP=140;FAO=60;FDP=140;FR=.;FRO=80;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=58;FWDB=-0.0339723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.511;QD=15.9923;RBI=0.0344625;REFB=-0.0102435;REVB=-0.00579178;RO=80;SAF=22;SAR=38;SRF=22;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104334;STB=0.558121;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0105205;OID=.;OPOS=132257747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:80:80:60:60:0.428571:38:22:22:58:38:22:22:58 chr3 132360883 . C T 1376.46 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00115755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.92;QD=62.5664;RBI=0.0106695;REFB=0;REVB=-0.0106065;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48325e-05;OID=.;OPOS=132360883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:39:49:0:0:39:49:0:0 chr3 132401600 . C T 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0172734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.8186;QD=14.2414;RBI=0.0219692;REFB=0.0212155;REVB=0.0135749;RO=31;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128216;STB=0.573313;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.0193699;OID=.;OPOS=132401600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:10:12:13:18:10:12:13:18 chr3 132436901 . ATT AAT,A,AT 121.46 PASS AF=0,0,1;AO=3,7,12;DP=25;FAO=0,0,26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,14;FSAR=0,0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446306,-0.00379655,-0.00570101;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=15.5769,8.55264,6.89581;QD=18.6863;RBI=0.213924,0.12721,0.261136;REFB=0.0707643,0.0676607,0.0510751;REVB=-0.209216,-0.127153,-0.261073;RO=3;SAF=0,2,9;SAR=3,5,3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.712642,-0.21311,0.0387972;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.00935509,0.0315913,-0.0206329;OID=.,.,.;OPOS=132436902,132436902,132436902;OREF=T,TT,T;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAT,A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,1:3,7,12:25:0,0,26:26:0:0,0,14:0,0,12:0:0:5:3:0,2,9:3,5,3:2:1 chr3 132436967 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.000670936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3687;QD=13.4557;RBI=0.0202099;REFB=-0.00639849;REVB=0.0201987;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141797;STB=0.583184;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.013058;OID=.;OPOS=132436967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:9:6:6:5:9:6 chr3 133099245 . G A 2213.12 PASS AF=0.986111;AO=142;DP=145;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0125458;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.559;QD=61.4756;RBI=0.0139763;REFB=-0.188492;REVB=-0.00615936;RO=2;SAF=73;SAR=69;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000372262;STB=0.500196;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-8.77127e-05;OID=.;OPOS=133099245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:145:144:2:2:142:142:0.986111:69:73:1:1:69:73:1:1 chr3 133114893 . C T 475.85 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0097756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.019;QD=55.9822;RBI=0.0345939;REFB=-0.0393509;REVB=-0.033184;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252499;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314925;OID=.;OPOS=133114893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:34:34:1:0:33:34:1:15:18:1:0:15:19:0:0 chr3 133167363 . G A 117.19 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0915293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5458;QD=12.0194;RBI=0.0987949;REFB=-0.00438549;REVB=0.0371862;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196687;STB=0.615228;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00443092;OID=.;OPOS=133167363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:17:8:7:7:17:8 chr3 133329943 . G A 1093.04 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000298865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.904;QD=59.8924;RBI=0.0432541;REFB=0;REVB=0.0432531;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43527e-05;OID=.;OPOS=133329943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:38:34:0:0:39:34:0:0 chr3 133356789 . C T 499.48 PASS AF=0.285714;AO=68;DP=239;FAO=68;FDP=238;FR=.;FRO=170;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=81;FSRR=89;FWDB=-0.0187944;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.036;QD=8.39457;RBI=0.0227834;REFB=-0.00181572;REVB=-0.0128784;RO=169;SAF=29;SAR=39;SRF=80;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577835;STB=0.536105;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00449573;OID=.;OPOS=133356789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:169:170:68:68:0.285714:39:29:80:89:39:29:81:89 chr3 133368362 . T G 1684.8 PASS AF=0.958333;AO=115;DP=120;FAO=115;FDP=120;FR=.;FRO=5;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0225277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.736;QD=56.1599;RBI=0.0341236;REFB=-0.144109;REVB=0.0256305;RO=1;SAF=61;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772159;STB=0.511287;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.000885917;OID=.;OPOS=133368362;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:120:120:1:5:115:115:0.958333:54:61:1:0:54:61:4:1 chr3 133465283 . A G 323.4 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0676079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0866;QD=16.7998;RBI=0.0843618;REFB=-0.0134603;REVB=-0.0504587;RO=42;SAF=16;SAR=19;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752128;STB=0.542145;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0150684;OID=.;OPOS=133465283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:19:16:16:26:19:16:16:26 chr3 133474328 . G A 691.17 PASS AF=0.607477;AO=65;DP=107;FAO=65;FDP=107;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.020843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.038;QD=25.8381;RBI=0.0296098;REFB=-0.00558696;REVB=0.0210312;RO=41;SAF=29;SAR=36;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022769;STB=0.516491;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00365026;OID=.;OPOS=133474328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:41:42:65:65:0.607477:36:29:17:24:36:29:17:25 chr3 133483696 . T C 278.5 PASS AF=0.34375;AO=33;DP=96;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00266958;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.74;QD=11.604;RBI=0.0278903;REFB=-0.00335166;REVB=-0.0277622;RO=63;SAF=17;SAR=16;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00983629;STB=0.505686;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00612096;OID=.;OPOS=133483696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:63:63:33:33:0.34375:16:17:33:30:16:17:33:30 chr3 133485133 . A G 1212.44 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00956248;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6462;QD=61.3894;RBI=0.0205051;REFB=0;REVB=0.0181388;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424793;OID=.;OPOS=133485133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:37:42:0:0:37:42:0:0 chr3 133494354 . C T 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.00770247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.871;QD=12.546;RBI=0.0094754;REFB=-0.00465908;REVB=0.00551863;RO=42;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194924;STB=0.611031;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00920649;OID=.;OPOS=133494354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:14:12:12:30:14:12:12:30 chr3 133524717 . G C 854.18 PASS AF=0.427273;AO=94;DP=220;FAO=94;FDP=220;FR=.;FRO=126;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=60;FSRR=66;FWDB=-0.000226012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.9715;QD=15.5306;RBI=0.0182791;REFB=-0.0064745;REVB=-0.0182777;RO=126;SAF=54;SAR=40;SRF=60;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101459;STB=0.556581;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00612224;OID=.;OPOS=133524717;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:126:126:94:94:0.427273:40:54:60:66:40:54:60:66 chr3 133547245 . G A 65.21 PASS AF=0.263158;AO=9;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0163372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.502;QD=6.86382;RBI=0.0184682;REFB=-0.00127563;REVB=-0.0086122;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191522;STB=0.552528;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0156359;OID=.;OPOS=133547245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:38:38:28:28:9:10:0.263158:4:5:16:12:5:5:16:12 chr3 133547692 . G A 583.39 PASS AF=0.420382;AO=66;DP=157;FAO=66;FDP=157;FR=.;FRO=91;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=0.0194769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.293;QD=14.8634;RBI=0.0197027;REFB=-0.00971788;REVB=0.00297476;RO=91;SAF=41;SAR=25;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145163;STB=0.581421;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0151318;OID=.;OPOS=133547692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:91:91:66:66:0.420382:25:41:44:47:25:41:44:47 chr3 133652712 . A G 286.61 PASS AF=0.295455;AO=38;DP=130;FAO=39;FDP=132;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=-0.0318169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3333;QD=8.68512;RBI=0.0884244;REFB=0.00616306;REVB=-0.0825018;RO=92;SAF=28;SAR=10;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242144;STB=0.653296;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0195869;OID=.;OPOS=133652712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:92:93:38:39:0.295455:10:28:51:41:10:29:51:42 chr3 133666209 . C T 482.66 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0120302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.069;QD=16.0888;RBI=0.0126256;REFB=-0.0081404;REVB=0.00383156;RO=63;SAF=29;SAR=24;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692596;STB=0.547152;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00875026;OID=.;OPOS=133666209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:63:67:53:53:0.441667:24:29:30:33:24:29:31:36 chr3 133670073 . T C 190.97 PASS AF=0.308642;AO=23;DP=79;FAO=25;FDP=81;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00619041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.457;QD=9.43044;RBI=0.0206682;REFB=-0.00457072;REVB=0.0197194;RO=56;SAF=14;SAR=9;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172266;STB=0.566022;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00831223;OID=.;OPOS=133670073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:56:56:23:25:0.308642:9:14:26:30:11:14:26:30 chr3 133698349 . C T 1108.54 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0210405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.796;QD=57.5862;RBI=0.0322599;REFB=0.024372;REVB=0.024454;RO=2;SAF=28;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00663701;STB=0.503508;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-6.16438e-05;OID=.;OPOS=133698349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:47:28:1:1:47:28:1:1 chr3 133941320 . C T 242.15 PASS AF=0.311321;AO=32;DP=105;FAO=33;FDP=106;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.00485854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6226;QD=9.13785;RBI=0.0269283;REFB=0.00230787;REVB=0.0264863;RO=73;SAF=13;SAR=19;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110614;STB=0.502391;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.00536562;OID=.;OPOS=133941320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:73:73:32:33:0.311321:19:13:29:44:20:13:29:44 chr3 134075522 . A G 564.31 PASS AF=0.475806;AO=58;DP=123;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.00775129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.99;QD=18.2035;RBI=0.0128875;REFB=-0.00870884;REVB=-0.0102959;RO=65;SAF=27;SAR=31;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185478;STB=0.506062;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0110667;OID=.;OPOS=134075522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:65:65:58:59:0.475806:31:27:29:36:32:27:29:36 chr3 134077470 . C G 636.98 PASS AF=0.42515;AO=71;DP=167;FAO=71;FDP=167;FR=.;FRO=96;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.0307152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.097;QD=15.257;RBI=0.0323186;REFB=-0.00762276;REVB=0.0100531;RO=96;SAF=26;SAR=45;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19364;STB=0.608389;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0071476;OID=.;OPOS=134077470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:96:96:71:71:0.42515:45:26:53:43:45:26:53:43 chr3 134086356 . C G 430.95 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.0461817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3674;QD=17.5899;RBI=0.0613611;REFB=-0.00173855;REVB=0.0404034;RO=54;SAF=27;SAR=17;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166773;STB=0.509328;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00353694;OID=.;OPOS=134086356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:44:44:0.44898:17:27:34:20:17:27:34:20 chr3 134201651 . T C 511.86 PASS AF=0.524752;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0225178;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.454;QD=20.2718;RBI=0.029101;REFB=-0.0168031;REVB=-0.0184341;RO=47;SAF=36;SAR=17;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172743;STB=0.59131;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0191261;OID=.;OPOS=134201651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:47:48:53:53:0.524752:17:36:23:24:17:36:24:24 chr3 134225969 . T C 405.01 PASS AF=0.405172;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.0394683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8619;QD=13.966;RBI=0.0477643;REFB=-0.00935562;REVB=-0.0269014;RO=67;SAF=32;SAR=15;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175691;STB=0.592319;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0117168;OID=.;OPOS=134225969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:67:69:47:47:0.405172:15:32:35:32:15:32:37:32 chr3 134278270 . C T 200.5 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0238203;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.493;QD=19.5607;RBI=0.0253494;REFB=-0.00538605;REVB=-0.00867088;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180259;STB=0.510194;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00798609;OID=.;OPOS=134278270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:21:21:20:20:0.487805:12:8:8:13:12:8:8:13 chr3 134280395 . T A 952.34 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.71729e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.36;QD=58.6053;RBI=0.00368361;REFB=0;REVB=-0.00368342;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.18215e-06;OID=.;OPOS=134280395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:26:38:0:0:26:39:0:0 chr3 134322163 . C A 898.44 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00576735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.964;QD=57.9641;RBI=0.00767595;REFB=0;REVB=0.00506536;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22701e-06;OID=.;OPOS=134322163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:24:36:0:0:26:36:0:0 chr3 134322742 . A G 858.4 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.572;QD=55.3809;RBI=0.011154;REFB=0.0188396;REVB=-0.00436878;RO=2;SAF=38;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871088;STB=0.511107;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000242251;OID=.;OPOS=134322742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:2:1:60:61:0.983871:22:38:1:1:22:39:0:1 chr3 134322916 . G A 165.42 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00274712;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.047;QD=18.9056;RBI=0.00862085;REFB=-0.00727102;REVB=0.00817144;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302351;STB=0.517221;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0133756;OID=.;OPOS=134322916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:18:18:17:17:0.485714:7:10:10:8:7:10:10:8 chr3 134323156 . A G 918.37 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.2929;QD=58.3089;RBI=0.0191243;REFB=0;REVB=-0.0138943;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175544;OID=.;OPOS=134323156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr3 134499419 . G A 754.33 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0683;QD=56.9307;RBI=0.0618416;REFB=0;REVB=-0.0611662;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000460771;OID=.;OPOS=134499419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr3 134670524 . C T 318.9 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00555925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.049;QD=15.748;RBI=0.0283912;REFB=-0.00946038;REVB=0.0278416;RO=46;SAF=23;SAR=12;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164767;STB=0.593166;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00928223;OID=.;OPOS=134670524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:12:23:23:23:12:23:23:23 chr3 134898742 . C T 2319.79 PASS AF=0.993506;AO=153;DP=156;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128117;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.271;QD=60.2542;RBI=0.0261801;REFB=-0.0427075;REVB=0.0228311;RO=1;SAF=88;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537533;STB=0.502824;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=4.4134e-05;OID=.;OPOS=134898742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:154:1:1:153:153:0.993506:65:88:1:0:65:88:1:0 chr3 134898818 . G A 334.88 PASS AF=0.284848;AO=47;DP=165;FAO=47;FDP=165;FR=.;FRO=118;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=63;FSRR=55;FWDB=0.0133342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.383;QD=8.11835;RBI=0.0160599;REFB=-0.00796714;REVB=-0.008951;RO=118;SAF=25;SAR=22;SRF=63;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00242073;STB=0.501424;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0207575;OID=.;OPOS=134898818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:118:118:47:47:0.284848:22:25:63:55:22:25:63:55 chr3 135720917 . C G 404.65 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.0101897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.151;QD=14.9871;RBI=0.0479863;REFB=-0.0180248;REVB=0.046892;RO=60;SAF=29;SAR=17;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279274;STB=0.664227;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0205606;OID=.;OPOS=135720917;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:60:62:46:46:0.425926:17:29:21:39:17:29:21:41 chr3 135868440 . AAAG AAGA,GAAA 37.61 PASS AF=0.230769,0.307692;AO=3,3;DP=12;FAO=3,4;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=0,0;FSAR=3,4;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=13,13;LEN=2,4;MLLD=18.7073,39.7343;QD=11.5717;RBI=0.102262,0.0363451;REFB=-0.197982,-0.176196;REVB=0.102262,0.0363451;RO=0;SAF=0,0;SAR=3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.0559185,0.0721258;OID=.,.;OPOS=135868442,135868440;OREF=AG,AAAG;OALT=GA,GAAA;OMAPALT=AAGA,GAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:12:13:0:6:3,3:3,4:0.230769,0.307692:3,3:0,0:0:0:3,4:0,0:0:6 chr3 136573440 . A G 1459.57 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0737737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2214;QD=62.7771;RBI=0.075845;REFB=0;REVB=0.0176042;RO=1;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977343;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000357928;OID=.;OPOS=136573440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:1:0:91:93:1:48:43:0:1:50:43:0:0 chr3 136574501 . A G 1913.54 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0975352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5506;QD=61.727;RBI=0.0991542;REFB=0;REVB=-0.0178445;RO=0;SAF=58;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365439;OID=.;OPOS=136574501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:66:58:0:0:66:58:0:0 chr3 136574578 . T TTAA 792.66 PASS AF=1;AO=55;DP=64;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111673;FXX=0.0517152;HRUN=2;LEN=3;MLLD=258.637;QD=57.6479;RBI=0.018492;REFB=0;REVB=0.0147392;RO=8;SAF=24;SAR=31;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751124;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000109443;OID=.;OPOS=136574579;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=TTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:64:55:55:0:24:31:0:0:4:8:24:31:6:2 chr3 136649463 . C T 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.136;QD=58.4175;RBI=0.0289477;REFB=0;REVB=0.0187514;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51556e-05;OID=.;OPOS=136649463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr3 136730849 . AT A 37.52 PASS AF=0.404762;AO=14;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0617876;FXX=0.0232504;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.46515;QD=3.57335;RBI=0.289156;REFB=-0.0766828;REVB=-0.282478;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0.380435;SSEP=0;SSSB=-0.236955;STB=0.599886;STBP=0.284;TYPE=del;VARB=0.0347391;OID=.;OPOS=136730850;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404762:14:42:17:42:25:8:9:16:9:37:19:7:7:14:5 chr3 137786442 . T C 508.37 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00646239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.568;QD=56.486;RBI=0.00666199;REFB=-0.0346395;REVB=-0.00161853;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022817;STB=0.512188;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00189792;OID=.;OPOS=137786442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:20:15:0:1:20:15:0:1 chr3 137787047 . C G,T 772.67 PASS AF=0.08,0.92;AO=4,46;DP=50;FAO=4,46;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=3,27;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031315,0.0251976;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.631,121.019;QD=61.8132;RBI=0.0323152,0.0255381;REFB=0,0;REVB=0.0079778,-0.00415687;RO=0;SAF=3,27;SAR=1,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.14551,0.00033632;OID=.,.;OPOS=137787047,137787047;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:50:50:0:0:4,46:4,46:0.08,0.92:1,19:3,27:0:0:1,19:3,27:0:0 chr3 137787192 . T C,G 764.58 PASS AF=0.963636,0.0363636;AO=53,2;DP=55;FAO=53,2;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=36,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00775689,-0.0363141;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.7103,123.182;QD=55.6056;RBI=0.0627852,0.0446906;REFB=0,0;REVB=0.0623042,-0.0260487;RO=0;SAF=17,0;SAR=36,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.19417e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00317421,0.251636;OID=.,.;OPOS=137787192,137787192;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:55:55:0:0:53,2:53,2:0.963636,0.0363636:36,2:17,0:0:0:36,2:17,0:0:0 chr3 137787963 . T G 2312.65 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000700053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.9;QD=63.7972;RBI=0.0112737;REFB=0;REVB=-0.0112519;RO=0;SAF=71;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01112e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.33878e-06;OID=.;OPOS=137787963;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:74:71:0:0:74:71:0:0 chr3 137796362 . G A 341.82 PASS AF=0.386792;AO=40;DP=104;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0217539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.161;QD=12.8988;RBI=0.0276414;REFB=-0.0128262;REVB=-0.0170533;RO=61;SAF=22;SAR=18;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043424;STB=0.514761;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0198735;OID=.;OPOS=137796362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:61:65:40:41:0.386792:18:22:36:25:18:23:38:27 chr3 137807259 . G A 1533.53 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018518;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.58;QD=63.8971;RBI=0.0303632;REFB=0;REVB=0.0240625;RO=0;SAF=71;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.875e-05;OID=.;OPOS=137807259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:24:71:0:0:24:72:0:0 chr3 137843106 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00029235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.298;QD=55.0987;RBI=0.00815044;REFB=0;REVB=0.00814519;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52251e-05;OID=.;OPOS=137843106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr3 137843476 . G T 740.47 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.060111;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.952;QD=56.9593;RBI=0.061356;REFB=0;REVB=0.0122976;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.2611e-05;OID=.;OPOS=137843476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr3 137850003 . A G 700.37 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0103727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.587;QD=54.931;RBI=0.011796;REFB=-0.12437;REVB=-0.00561718;RO=1;SAF=35;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324232;STB=0.517234;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.000342532;OID=.;OPOS=137850003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:51:1:1:49:50:0.980392:14:35:0:1:14:36:0:1 chr3 137880743 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5529;QD=52.6118;RBI=0.0249661;REFB=0;REVB=0.00806295;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000859153;OID=.;OPOS=137880743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr3 137881265 . T A 501.66 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.717;QD=59.0185;RBI=0.0447294;REFB=0;REVB=0.00974962;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140958;OID=.;OPOS=137881265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:19:14:0:0:20:14:0:0 chr3 138033181 . C T 192.56 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.0112753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9193;QD=13.754;RBI=0.0113714;REFB=-0.0208985;REVB=0.00147573;RO=32;SAF=11;SAR=12;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276243;STB=0.645044;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0557215;OID=.;OPOS=138033181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:12:11:24:8:12:11:24:9 chr3 138121692 . C G 466.38 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0166561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0457;QD=19.846;RBI=0.0176795;REFB=-0.0262032;REVB=0.00592782;RO=48;SAF=23;SAR=23;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115142;STB=0.563802;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0290551;OID=.;OPOS=138121692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:48:46:46:0.489362:23:23:30:18:23:23:30:18 chr3 138122781 . A G 916.26 PASS AF=0.505556;AO=91;DP=180;FAO=91;FDP=180;FR=.;FRO=89;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=60;FSRR=29;FWDB=0.000260318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.084;QD=20.3613;RBI=0.0124257;REFB=-0.0171853;REVB=0.012423;RO=89;SAF=54;SAR=37;SRF=60;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766311;STB=0.542011;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0236311;OID=.;OPOS=138122781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:89:89:91:91:0.505556:37:54:60:29:37:54:60:29 chr3 138187527 . G A 381.03 PASS AF=0.254464;AO=57;DP=226;FAO=57;FDP=224;FR=.;FRO=167;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=85;FSRR=82;FWDB=-0.00142712;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.669;QD=6.80413;RBI=0.00395255;REFB=-0.00745949;REVB=0.00368592;RO=166;SAF=24;SAR=33;SRF=85;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113979;STB=0.56581;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0186319;OID=.;OPOS=138187527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:224:166:167:57:57:0.254464:33:24:85:81:33:24:85:82 chr3 138187568 . C T 3729.58 PASS AF=1;AO=236;DP=238;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00659412;FXX=0.00840301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.572;QD=63.2132;RBI=0.012346;REFB=-0.089762;REVB=0.0104375;RO=1;SAF=118;SAR=118;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00402182;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.23967e-05;OID=.;OPOS=138187568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:238:236:1:0:236:236:1:118:118:1:0:118:118:0:0 chr3 138191232 . G A 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00864795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.429;QD=21.7452;RBI=0.0122175;REFB=-0.0240269;REVB=0.00863025;RO=16;SAF=14;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266919;STB=0.650994;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0151979;OID=.;OPOS=138191232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:5:14:7:9:5:14:7:9 chr3 138191441 . C A 117.84 PASS AF=0.190476;AO=20;DP=105;FAO=20;FDP=105;FR=.;FRO=85;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=-0.0212642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.307;QD=4.48922;RBI=0.0212703;REFB=-0.0126589;REVB=0.00051129;RO=85;SAF=14;SAR=6;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211394;STB=0.636222;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0448044;OID=.;OPOS=138191441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:85:85:20:20:0.190476:6:14:46:39:6:14:46:39 chr3 138191448 . A T 645.83 PASS AF=0.5625;AO=63;DP=112;FAO=63;FDP=112;FR=.;FRO=49;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0960505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.377;QD=23.0653;RBI=0.0971543;REFB=-0.00565956;REVB=-0.0146034;RO=49;SAF=36;SAR=27;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00452953;OID=.;OPOS=138191448;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:49:49:63:63:0.5625:27:36:28:21:27:36:28:21 chr3 138218994 . T C 891.65 PASS AF=0.53012;AO=88;DP=165;FAO=88;FDP=166;FR=.;FRO=78;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.0043862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.694;QD=21.4854;RBI=0.0405051;REFB=-0.0175272;REVB=-0.0402669;RO=77;SAF=41;SAR=47;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235993;STB=0.510025;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.016193;OID=.;OPOS=138218994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:77:78:88:88:0.53012:47:41:38:39:47:41:38:40 chr3 138289163 . T C 196.25 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0153953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.154;QD=10.7534;RBI=0.043351;REFB=-0.003808;REVB=0.0405252;RO=48;SAF=16;SAR=9;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115558;STB=0.567451;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00534946;OID=.;OPOS=138289163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:48:25:25:0.342466:9:16:26:22:9:16:26:22 chr3 138289221 . C T 1598.61 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0081552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5885;QD=59.7613;RBI=0.0226169;REFB=0;REVB=0.0210954;RO=0;SAF=61;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214845;OID=.;OPOS=138289221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:45:61:0:0:46:61:0:0 chr3 138329862 . G A 1264.99 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.309;QD=60.9636;RBI=0.0460837;REFB=0;REVB=0.0154882;RO=1;SAF=31;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150302;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.85504e-05;OID=.;OPOS=138329862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:1:0:82:83:1:51:31:1:0:51:32:0:0 chr3 138724757 . C G 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0145856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4915;QD=15.1962;RBI=0.0849118;REFB=0.00141178;REVB=0.0836497;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246357;STB=0.642653;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00102694;OID=.;OPOS=138724757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:9:5:11:7:9:5:11:7 chr3 138739617 . A G 61.76 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4263;QD=35.2941;RBI=0.0832311;REFB=0;REVB=0.0542427;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00300805;OID=.;OPOS=138739617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:5:1:0:0:6:1:0:0 chr3 138762707 . C G 480.21 PASS AF=0.37931;AO=53;DP=142;FAO=55;FDP=145;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.00668368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9483;QD=13.2472;RBI=0.0240935;REFB=-0.00920624;REVB=-0.0231479;RO=87;SAF=32;SAR=21;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133912;STB=0.553413;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0146852;OID=.;OPOS=138762707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:145:87:90:53:55:0.37931:21:32:42:45:24:31:43:47 chr3 138763069 . C T 102.26 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0139884;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.77;QD=9.08936;RBI=0.0143039;REFB=-0.00294919;REVB=-0.0029873;RO=32;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241256;STB=0.646244;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0118909;OID=.;OPOS=138763069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:5:8:13:19:5:8:13:19 chr3 138763627 . GTGCTGCTGCTG GTGCTGCT,GTGCTGCTG 1133.56 PASS AF=0,1;AO=14,50;DP=79;FAO=0,80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=0,50;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254585,0.021104;FXX=0.0476134;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=242.737,257.381;QD=56.6778;RBI=0.0431253,0.0545628;REFB=0,0;REVB=0.0348088,0.0503162;RO=0;SAF=4,34;SAR=10,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.63386e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0433848,0.00115708;OID=.,.;OPOS=138763635,138763628;OREF=GCTG,TGC;OALT=-,-;OMAPALT=GTGCTGCT,GTGCTGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:14,50:79:0,80:80:0:0,50:0,30:0:0:6:0:4,34:10,16:0:0 chr3 139102120 . C A 1012.28 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105288;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.359;QD=59.5459;RBI=0.0205871;REFB=0;REVB=0.0176911;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90364e-06;OID=.;OPOS=139102120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:35:32:0:0:36:32:0:0 chr3 139303248 . G A 579.43 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112058;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.069;QD=60.9926;RBI=0.042259;REFB=0;REVB=0.0407462;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62999e-05;OID=.;OPOS=139303248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr3 139318241 . A T 1278.89 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00934024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.82;QD=60.1829;RBI=0.00978594;REFB=0;REVB=0.00291968;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26899e-05;OID=.;OPOS=139318241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:82:85:1:48:34:0:0:51:34:0:0 chr3 139328739 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000535125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8435;QD=50.4122;RBI=0.0335534;REFB=0;REVB=0.0335492;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000632425;OID=.;OPOS=139328739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:11:8:0:0 chr3 140167536 . A G 1733.53 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111659;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.585;QD=59.777;RBI=0.011942;REFB=-0.0689584;REVB=-0.00423486;RO=1;SAF=47;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693286;STB=0.503649;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=6.50345e-05;OID=.;OPOS=140167536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:68:47:0:1:68:47:0:1 chr3 140178485 . G A 482.2 PASS AF=0.554217;AO=43;DP=80;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0163202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.131;QD=23.2387;RBI=0.016333;REFB=-0.0158431;REVB=0.000645277;RO=36;SAF=29;SAR=14;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190028;STB=0.525194;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0147428;OID=.;OPOS=140178485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:36:37:43:46:0.554217:14:29:25:11:16:30:26:11 chr3 140277570 . C T 399.17 PASS AF=0.309942;AO=53;DP=171;FAO=53;FDP=171;FR=.;FRO=118;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=75;FSRR=43;FWDB=0.00353713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.469;QD=9.33729;RBI=0.00582853;REFB=-0.00527903;REVB=0.00463255;RO=113;SAF=28;SAR=25;SRF=73;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140817;STB=0.574878;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0121564;OID=.;OPOS=140277570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:113:118:53:53:0.309942:25:28:73:40:25:28:75:43 chr3 140401693 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9097;QD=55.6559;RBI=0.0374385;REFB=0;REVB=-0.0325376;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126715;OID=.;OPOS=140401693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr3 140695147 . CT C 41.6 PASS AF=0.261682;AO=32;DP=107;FAO=28;FDP=107;FR=.;FRO=79;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.119651;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.06851;QD=1.55506;RBI=0.121487;REFB=-0.0592966;REVB=0.0210426;RO=64;SAF=13;SAR=19;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108756;STB=0.584565;STBP=0.316;TYPE=del;VARB=-0.00736288;OID=.;OPOS=140695148;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.261682:32:107:28:107:79:11:17:40:39:41:64:13:19:32:32 chr3 141145046 . C G 75.18 PASS AF=0.180556;AO=14;DP=73;FAO=13;FDP=72;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0242679;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4621;QD=4.1765;RBI=0.0243214;REFB=0.00160914;REVB=-0.0016123;RO=59;SAF=8;SAR=6;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265596;STB=0.646847;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00604995;OID=.;OPOS=141145046;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:73:72:59:59:14:13:0.180556:6:8:21:38:6:7:21:38 chr3 141326567 . GA G 65.25 PASS AF=0.232258;AO=46;DP=158;FAO=36;FDP=155;FR=.;FRO=119;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=66;FSRR=53;FWDB=-0.22611;FXX=0.0189861;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.5033;QD=1.68395;RBI=0.226121;REFB=-0.0364055;REVB=-0.00226058;RO=93;SAF=26;SAR=20;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0.354839;SSSB=0.0697443;STB=0.520709;STBP=0.778;TYPE=del;VARB=0.0293105;OID=.;OPOS=141326568;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232258:46:158:36:155:119:19:17:66:53:65:93:26:20:47:46 chr3 141497449 . G T 331.72 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00361152;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.104;QD=12.6371;RBI=0.00993918;REFB=-0.0208905;REVB=-0.00925982;RO=64;SAF=21;SAR=19;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439179;STB=0.529733;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0299008;OID=.;OPOS=141497449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:65:40:40:0.380952:19:21:31:33:19:21:31:34 chr3 141923506 . C T 1161.61 PASS AF=1;AO=75;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039561;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.086;QD=60.3432;RBI=0.0395778;REFB=0;REVB=0.0011537;RO=0;SAF=20;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82593e-05;OID=.;OPOS=141923506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:75:77:1:55:20:0:0:56:21:0:0 chr3 141932356 . G A 834.55 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00361988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.846;QD=57.5552;RBI=0.0149336;REFB=0;REVB=-0.0144882;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00049e-05;OID=.;OPOS=141932356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:0:0:54:58:1:30:24:0:0:32:26:0:0 chr3 142030642 . CT C 55.0 PASS AF=0.298077;AO=31;DP=105;FAO=31;FDP=104;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=0.174038;FXX=0.0095229;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.02001;QD=2.11536;RBI=0.232829;REFB=-0.0484164;REVB=0.154661;RO=61;SAF=9;SAR=22;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112919;STB=0.533489;STBP=0.702;TYPE=del;VARB=0.0243912;OID=.;OPOS=142030643;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.298077:31:105:31:104:73:12:19:25:48:54:61:9:22:23:38 chr3 142139172 . T C 694.51 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596047;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.522;QD=63.1376;RBI=0.0090237;REFB=0;REVB=-0.00677495;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288137;OID=.;OPOS=142139172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:19:23:0:0:19:25:0:0 chr3 142168331 . C T 1525.41 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1853;QD=59.82;RBI=0.0700344;REFB=0;REVB=0.0568758;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88174e-05;OID=.;OPOS=142168331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:49:53:0:0:49:53:0:0 chr3 142222284 . A G 1670.82 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331793;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.458;QD=60.2098;RBI=0.0438336;REFB=0;REVB=0.0286446;RO=0;SAF=40;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000828858;OID=.;OPOS=142222284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:111:0:0:109:111:1:69:40:0:0:70:41:0:0 chr3 142277536 . A G 2456.09 PASS AF=0.993827;AO=159;DP=160;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0875577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.043;QD=60.6441;RBI=0.0884582;REFB=-0.123532;REVB=0.0125899;RO=1;SAF=61;SAR=98;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00483061;STB=0.502512;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00031603;OID=.;OPOS=142277536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:162:1:1:159:161:0.993827:98:61:0:1:99:62:0:1 chr3 142277575 . A T 1972.5 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.16;QD=61.6406;RBI=0.022616;REFB=0;REVB=0.0133831;RO=0;SAF=46;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.71351e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23551e-05;OID=.;OPOS=142277575;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:126:128:1:80:46:0:0:81:47:0:0 chr3 142281612 . A G 577.27 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128374;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.894;QD=60.7652;RBI=0.017195;REFB=0;REVB=0.0114398;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144336;OID=.;OPOS=142281612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chr3 142392596 . T TC 295.27 PASS AF=0.546512;AO=44;DP=95;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0342589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.4699;QD=13.7333;RBI=0.057336;REFB=-0.0169621;REVB=-0.0459754;RO=50;SAF=27;SAR=17;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136605;STB=0.548828;STBP=0.345;TYPE=ins;VARB=0.0126235;OID=.;OPOS=142392597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.546512:44:95:47:86:39:29:18:20:19:99:50:27:17:30:20 chr3 142408606 . G A 401.37 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.00769351;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.353;QD=16.2169;RBI=0.0102575;REFB=-0.00614302;REVB=-0.00678427;RO=57;SAF=19;SAR=23;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128868;STB=0.572488;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00616378;OID=.;OPOS=142408606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:57:42:42:0.424242:23:19:33:24:23:19:33:24 chr3 142524917 . G A 355.22 PASS AF=0.314685;AO=45;DP=143;FAO=45;FDP=143;FR=.;FRO=98;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=55;FSRR=43;FWDB=-0.0401055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6213;QD=9.93613;RBI=0.0454401;REFB=-0.00610142;REVB=-0.0213623;RO=98;SAF=35;SAR=10;SRF=55;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294473;STB=0.673237;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0152901;OID=.;OPOS=142524917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:98:98:45:45:0.314685:10:35:55:43:10:35:55:43 chr3 142670616 . A G 405.35 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0237005;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.529;QD=19.7733;RBI=0.024147;REFB=-0.00261932;REVB=0.00462223;RO=40;SAF=17;SAR=24;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107601;STB=0.551098;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00363405;OID=.;OPOS=142670616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:41:41:41:0.5:24:17:12:28:24:17:13:28 chr3 142681090 . T G 539.82 PASS AF=0.568182;AO=49;DP=88;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.000902008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3833;QD=24.5374;RBI=0.0043432;REFB=-0.0020262;REVB=-0.0042485;RO=38;SAF=25;SAR=24;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290696;STB=0.519992;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00181745;OID=.;OPOS=142681090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:38:38:49:50:0.568182:24:25:18:20:24:26:18:20 chr3 142681642 . G A 389.9 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0116811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.786;QD=19.0196;RBI=0.0732526;REFB=-0.0133201;REVB=0.0723152;RO=41;SAF=33;SAR=7;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315548;STB=0.673921;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0111817;OID=.;OPOS=142681642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:42:40:40:0.487805:7:33:23:18:7:33:24:18 chr3 142681803 . C T 90.61 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0346913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.79;QD=6.71219;RBI=0.0707597;REFB=-0.00530699;REVB=0.0616721;RO=41;SAF=5;SAR=8;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323834;STB=0.699169;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.033244;OID=.;OPOS=142681803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:8:5:27:14:8:5:27:14 chr3 142730774 . T G 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0558;QD=62.314;RBI=0.0546787;REFB=0;REVB=-0.0481444;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000314842;OID=.;OPOS=142730774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:41:45:0:0:41:45:0:0 chr3 142761995 . A G 84.47 PASS AF=0.205882;AO=14;DP=68;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00434027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.407;QD=4.96871;RBI=0.0231524;REFB=-0.00216165;REVB=0.022742;RO=54;SAF=5;SAR=9;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13545;STB=0.58683;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00928393;OID=.;OPOS=142761995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:68:68:54:54:14:14:0.205882:9:5:25:29:9:5:25:29 chr3 142779294 . C T 1011.85 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053015;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.092;QD=59.5203;RBI=0.0109524;REFB=0;REVB=0.00958383;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.79697e-05;OID=.;OPOS=142779294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:29:39:0:0:29:39:0:0 chr3 143704516 . C T 1018.78 PASS AF=0.554286;AO=97;DP=175;FAO=97;FDP=175;FR=.;FRO=78;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=-0.00216074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.066;QD=23.2865;RBI=0.0208039;REFB=-0.0131461;REVB=-0.0206914;RO=78;SAF=46;SAR=51;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942261;STB=0.551341;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00911969;OID=.;OPOS=143704516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:78:78:97:97:0.554286:51:46:46:32:51:46:46:32 chr3 145782812 . T C 129.59 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0116931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6462;QD=9.5995;RBI=0.01403;REFB=-0.0175253;REVB=-0.00775319;RO=34;SAF=13;SAR=4;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163291;STB=0.57768;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0366416;OID=.;OPOS=145782812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:37:17:17:0.314815:4:13:22:12:4:13:25:12 chr3 145783440 . T C 991.57 PASS AF=0.405797;AO=110;DP=276;FAO=112;FDP=276;FR=.;FRO=164;FSAF=64;FSAR=48;FSRF=106;FSRR=58;FWDB=-0.00329896;FXX=0.00360998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.63;QD=14.3706;RBI=0.00734169;REFB=-0.00514795;REVB=0.00655875;RO=162;SAF=63;SAR=47;SRF=104;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763427;STB=0.54603;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00621814;OID=.;OPOS=145783440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:162:164:110:112:0.405797:47:63:104:58:48:64:106:58 chr3 145803138 . T C 157.83 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0543748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5822;QD=16.6135;RBI=0.0547497;REFB=0.00705785;REVB=0.00639597;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968596;STB=0.555491;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00704226;OID=.;OPOS=145803138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:8:9:9:12:8:9:9:12 chr3 145803142 . T A 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00461979;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.59;QD=15.1672;RBI=0.0462306;REFB=-0.0243322;REVB=-0.0459992;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165407;STB=0.509566;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0283403;OID=.;OPOS=145803142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:9:11:8:7:9:11 chr3 145913027 . G A 211.51 PASS AF=0.269565;AO=31;DP=114;FAO=31;FDP=115;FR=.;FRO=84;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=0.0079148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.316;QD=7.35681;RBI=0.012867;REFB=0.00225674;REVB=0.0101447;RO=83;SAF=19;SAR=12;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217216;STB=0.633248;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00941175;OID=.;OPOS=145913027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:83:84:31:31:0.269565:12:19:36:47:12:19:36:48 chr3 146167089 . T A 540.1 PASS AF=0.520408;AO=50;DP=97;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0260043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.657;QD=22.0448;RBI=0.0278086;REFB=-0.00269461;REVB=-0.00985377;RO=45;SAF=29;SAR=21;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135776;STB=0.558564;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00270687;OID=.;OPOS=146167089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:45:47:50:51:0.520408:21:29:19:26:22:29:21:26 chr3 148316592 . C A 393.11 PASS AF=0.267606;AO=57;DP=212;FAO=57;FDP=213;FR=.;FRO=156;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=81;FSRR=75;FWDB=-0.0302928;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.836;QD=7.38231;RBI=0.0324731;REFB=-0.0213357;REVB=-0.0116982;RO=152;SAF=36;SAR=21;SRF=80;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133152;STB=0.584445;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0591645;OID=.;OPOS=148316592;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:152:156:57:57:0.267606:21:36:80:72:21:36:81:75 chr3 148458891 . G A 205.45 PASS AF=0.246032;AO=31;DP=127;FAO=31;FDP=126;FR=.;FRO=95;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=56;FWDB=-0.0405212;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1075;QD=6.52221;RBI=0.0520366;REFB=-0.00616174;REVB=-0.0326471;RO=95;SAF=18;SAR=13;SRF=39;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2095;STB=0.626244;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0170636;OID=.;OPOS=148458891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:95:95:31:31:0.246032:13:18:39:56:13:18:39:56 chr3 148459240 . C T 155.53 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00230694;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.469;QD=14.4676;RBI=0.0133356;REFB=-0.02031;REVB=0.0131345;RO=26;SAF=5;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337261;STB=0.6959;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0415292;OID=.;OPOS=148459240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:26:26:17:17:0.395349:12:5:16:10:12:5:16:10 chr3 148459395 . C T 244.33 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0187572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6883;QD=17.4523;RBI=0.0189811;REFB=0.00513061;REVB=0.00290686;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00117844;STB=0.500662;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.00489993;OID=.;OPOS=148459395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:13:14:15:14:13:14:15:14 chr3 148460467 . C A 2157.7 PASS AF=0.97351;AO=145;DP=151;FAO=147;FDP=151;FR=.;FRO=4;FSAF=70;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.000761615;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.171;QD=57.1575;RBI=0.020152;REFB=-0.0627996;REVB=0.0201376;RO=3;SAF=69;SAR=76;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183988;STB=0.512657;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0010148;OID=.;OPOS=148460467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:151:151:3:4:145:147:0.97351:76:69:0:3:77:70:0:4 chr3 148562310 . G A 239.91 PASS AF=0.41791;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0139207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.387;QD=14.3231;RBI=0.0273972;REFB=-0.00866533;REVB=0.0235971;RO=37;SAF=20;SAR=7;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355338;STB=0.708506;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00665143;OID=.;OPOS=148562310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:37:39:27:28:0.41791:7:20:15:22:7:21:16:23 chr3 148597612 . C T 1037.39 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122101;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.946;QD=59.2792;RBI=0.0235807;REFB=0;REVB=-0.0201733;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71841e-05;OID=.;OPOS=148597612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:31:38:0:0:32:38:0:0 chr3 148727133 . G A 271.89 PASS AF=0.531915;AO=26;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.00822683;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.589;QD=23.1398;RBI=0.0086812;REFB=-0.0376867;REVB=-0.00277175;RO=20;SAF=7;SAR=19;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127265;STB=0.589913;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0236094;OID=.;OPOS=148727133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:22:26:25:0.531915:19:7:3:17:18:7:3:19 chr3 148759325 . T C 409.77 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0162186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7261;QD=20.748;RBI=0.017053;REFB=-0.0224533;REVB=-0.00526881;RO=37;SAF=11;SAR=30;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311281;STB=0.512814;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0206695;OID=.;OPOS=148759325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:38:41:41:0.518987:30:11:11:26:30:11:11:27 chr3 148786108 . C T 1195.73 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00413844;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.864;QD=61.3194;RBI=0.00553144;REFB=0;REVB=0.00367016;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83595e-05;OID=.;OPOS=148786108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:30:48:0:0:30:48:0:0 chr3 148863151 . A G 337.18 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00473202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.319;QD=24.9761;RBI=0.00640645;REFB=-0.0156809;REVB=-0.00431862;RO=21;SAF=21;SAR=12;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248248;STB=0.636281;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00750359;OID=.;OPOS=148863151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:12:21:6:15:12:21:6:15 chr3 148916235 . T A 1415.4 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00611066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8872;QD=62.9066;RBI=0.0170072;REFB=0;REVB=-0.0158715;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.74225e-05;OID=.;OPOS=148916235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:48:42:0:0:48:42:0:0 chr3 149093238 . A G 1191.11 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.114;QD=61.0825;RBI=0.0267744;REFB=0;REVB=0.0205351;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64088e-06;OID=.;OPOS=149093238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:40:37:0:0:41:37:0:0 chr3 149459341 . A G 610.51 PASS AF=0.441379;AO=62;DP=146;FAO=64;FDP=145;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.0159753;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.981;QD=16.8417;RBI=0.0314622;REFB=-0.0148151;REVB=0.0271046;RO=82;SAF=27;SAR=35;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139731;STB=0.56389;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0208668;OID=.;OPOS=149459341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:82:81:62:64:0.441379:35:27:47:35:35:29:46:35 chr3 149678534 . C T 1065.93 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00212474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.953;QD=58.4073;RBI=0.0173128;REFB=0.0796914;REVB=0.0171819;RO=1;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155009;STB=0.508194;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000501052;OID=.;OPOS=149678534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:1:1:71:72:0.986301:30:41:0:1:30:42:0:1 chr3 150347833 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.91;QD=59.435;RBI=0.0604251;REFB=0;REVB=-0.0594838;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109321;OID=.;OPOS=150347833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr3 150658264 . G A 486.64 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.0313815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.427;QD=18.8985;RBI=0.0314071;REFB=-0.0123764;REVB=0.00126825;RO=51;SAF=19;SAR=32;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976917;STB=0.54646;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00893003;OID=.;OPOS=150658264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:52:51:51:0.495146:32:19:14:37:32:19:15:37 chr3 151011969 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.314;QD=58.5878;RBI=0.0442431;REFB=0;REVB=-0.0287193;RO=0;SAF=27;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4007e-05;OID=.;OPOS=151011969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:6:27:0:0:6:27:0:0 chr3 151012497 . T C 1517.33 PASS AF=0.963303;AO=105;DP=109;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0120452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.467;QD=55.6817;RBI=0.0197403;REFB=0.00537963;REVB=0.0156394;RO=3;SAF=48;SAR=57;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111087;STB=0.501584;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.000170092;OID=.;OPOS=151012497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:109:109:3:4:105:105:0.963303:57:48:2:1:57:48:2:2 chr3 151012950 . G A 211.37 PASS AF=0.240602;AO=32;DP=133;FAO=32;FDP=133;FR=.;FRO=101;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=-0.0029695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.96;QD=6.35694;RBI=0.0155188;REFB=-0.00952517;REVB=0.015232;RO=100;SAF=16;SAR=16;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374872;STB=0.518785;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0443879;OID=.;OPOS=151012950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:100:101:32:32:0.240602:16:16:53:47:16:16:53:48 chr3 151046308 . G A 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000415035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.771;QD=63.284;RBI=0.0221823;REFB=0;REVB=0.0221785;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010597;OID=.;OPOS=151046308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr3 151056598 . A C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.389;QD=51.9167;RBI=0.0391385;REFB=0;REVB=0.0302686;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316601;OID=.;OPOS=151056598;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr3 151082923 . T C 568.09 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=91;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.000415868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.294;QD=24.9709;RBI=0.0154641;REFB=-0.0142516;REVB=0.0154585;RO=39;SAF=25;SAR=27;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554291;STB=0.530324;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0114465;OID=.;OPOS=151082923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:39:39:52:52:0.571429:27:25:16:23:27:25:16:23 chr3 151085969 . G A 186.14 PASS AF=0.259615;AO=27;DP=104;FAO=27;FDP=104;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.00717673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.236;QD=7.15911;RBI=0.0290209;REFB=-0.0124654;REVB=0.0281195;RO=77;SAF=15;SAR=12;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186377;STB=0.611734;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0255306;OID=.;OPOS=151085969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:77:77:27:27:0.259615:12:15:31:46:12:15:31:46 chr3 151105614 . C T 207.59 PASS AF=0.254098;AO=31;DP=121;FAO=31;FDP=122;FR=.;FRO=91;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=0.00643593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.383;QD=6.8063;RBI=0.0474482;REFB=-0.00742533;REVB=-0.0470097;RO=90;SAF=16;SAR=15;SRF=50;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489138;STB=0.524904;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0331779;OID=.;OPOS=151105614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:90:91:31:31:0.254098:15:16:50:40:15:16:50:41 chr3 151112568 . G A 391.63 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00582245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.397;QD=24.8654;RBI=0.0397925;REFB=-0.0287717;REVB=-0.0393643;RO=25;SAF=20;SAR=18;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830035;STB=0.545431;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.01886;OID=.;OPOS=151112568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:25:38:38:0.603175:18:20:16:9:18:20:16:9 chr3 151134104 . AGCAGCCCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCAGCCTCCCCAGCCCCAGCAGTCCTCGCAGTCCCAGAGTCAGACCCTTGGTCTCCAAGCAAT A 50.0 PASS AO=38;DP=130;LEN=87;RO=92;SAF=2;SAR=54;SRF=8;SRR=66;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=151134105;OREF=GCAGCCCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCAGCCTCCCCAGCCCCAGCAGTCCTCGCAGTCCCAGAGTCAGACCCTTGGTCTCCAAGCAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:130:92:38:54:2:8:66 chr3 151143447 . G T 728.28 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00310112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.992;QD=57.1204;RBI=0.0275653;REFB=0;REVB=0.0273903;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141847;OID=.;OPOS=151143447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr3 151150968 . T G 1017.92 PASS AF=0.973333;AO=37;DP=80;FAO=73;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0138284;FXX=0.0624922;HRUN=13;LEN=1;MLLD=183.028;QD=54.289;RBI=0.0364667;REFB=-0.0321992;REVB=-0.0337431;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.500549;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=4.99464e-05;OID=.;OPOS=151150968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:80:75:0:2:37:73:0.973333:17:20:0:0:38:35:1:1 chr3 151154666 . T C 1511.28 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175348;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.713;QD=59.8526;RBI=0.0363296;REFB=0;REVB=0.0318178;RO=0;SAF=67;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.59498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108512;OID=.;OPOS=151154666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:34:67:0:0:34:67:0:0 chr3 151154923 . T A 643.48 PASS AF=0.547826;AO=63;DP=116;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.0101074;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.976;QD=22.3818;RBI=0.0399252;REFB=-0.026401;REVB=0.0386246;RO=52;SAF=29;SAR=34;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632692;STB=0.534626;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0189698;OID=.;OPOS=151154923;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:52:52:63:63:0.547826:34:29:20:32:34:29:20:32 chr3 151155620 . G A 1736.25 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255263;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5712;QD=60.3912;RBI=0.0284454;REFB=0;REVB=0.0125518;RO=0;SAF=58;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243027;OID=.;OPOS=151155620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:113:115:1:55:58:0:0:55:60:0:0 chr3 151165678 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00437535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.178;QD=61.3364;RBI=0.00439047;REFB=0;REVB=-0.000363996;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36387e-05;OID=.;OPOS=151165678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr3 151166422 . C T 930.44 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.029;QD=58.1526;RBI=0.0382894;REFB=0;REVB=0.017493;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42289e-05;OID=.;OPOS=151166422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:30:33:0:0:30:34:0:0 chr3 151171439 . A C 1458.13 PASS AF=0.980392;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0119369;FXX=0.0192289;HRUN=6;LEN=1;MLLD=189.725;QD=57.1817;RBI=0.0290985;REFB=-0.0728304;REVB=0.0265374;RO=1;SAF=47;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998571;STB=0.50059;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000188186;OID=.;OPOS=151171439;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:101:102:1:2:99:100:0.980392:52:47:1:0:53:47:1:1 chr3 151171542 . A G 720.72 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406868;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.737;QD=56.5273;RBI=0.042258;REFB=0;REVB=0.0114158;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331998;OID=.;OPOS=151171542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:30:20:0:0:30:21:0:0 chr3 151283691 . C A 928.13 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.223;QD=58.0079;RBI=0.0395624;REFB=0;REVB=-0.00082058;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132745;OID=.;OPOS=151283691;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:33:29:0:0:33:31:0:0 chr3 151463421 . G T 1878.39 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00133491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.758;QD=61.5867;RBI=0.041949;REFB=0;REVB=0.0419278;RO=0;SAF=55;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65426e-05;OID=.;OPOS=151463421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:122:0:0:120:122:1:65:55:0:0:67:55:0:0 chr3 151545601 . G A 1320.88 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.341;QD=62.1591;RBI=0.0477369;REFB=0;REVB=-0.0164298;RO=0;SAF=34;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013388;OID=.;OPOS=151545601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:51:34:0:0:51:34:0:0 chr3 151545823 . C T 194.22 PASS AF=0.266667;AO=28;DP=105;FAO=28;FDP=105;FR=.;FRO=77;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0142392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.314;QD=7.39872;RBI=0.0144039;REFB=-0.00326636;REVB=-0.00217193;RO=76;SAF=9;SAR=19;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209496;STB=0.621974;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00624294;OID=.;OPOS=151545823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:76:77:28:28:0.266667:19:9:37:39:19:9:37:40 chr3 151598526 . C T 860.79 PASS AF=0.508876;AO=86;DP=173;FAO=86;FDP=169;FR=.;FRO=83;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.00218337;FXX=0.0231201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.454;QD=20.3738;RBI=0.0129303;REFB=-0.0178051;REVB=-0.0127447;RO=87;SAF=42;SAR=44;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537456;STB=0.508668;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0165829;OID=.;OPOS=151598526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:169:87:83:86:86:0.508876:44:42:43:44:44:42:42:41 chr3 152554357 . A G 2216.46 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.847;QD=63.3273;RBI=0.0394889;REFB=0;REVB=0.00680197;RO=0;SAF=87;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49244e-05;OID=.;OPOS=152554357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:53:87:0:0:53:87:0:0 chr3 152852044 . C T 325.88 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0224051;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.83;QD=19.7505;RBI=0.0254452;REFB=0.000211298;REVB=-0.012061;RO=28;SAF=26;SAR=8;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241985;STB=0.509798;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.000471568;OID=.;OPOS=152852044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:28:32:34:34:0.515152:8:26:22:6:8:26:24:8 chr3 152852070 . T C 469.07 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.0113567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.758;QD=20.3945;RBI=0.0126952;REFB=-0.00445544;REVB=0.00567401;RO=46;SAF=32;SAR=14;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00394666;OID=.;OPOS=152852070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:46:46:0.5:14:32:32:14:14:32:32:14 chr3 152852188 . T C 497.41 PASS AF=0.5;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00950319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.375;QD=19.131;RBI=0.0112109;REFB=-0.0133854;REVB=0.00594763;RO=51;SAF=35;SAR=17;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833798;STB=0.552611;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0125852;OID=.;OPOS=152852188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:52:52:52:0.5:17:35:30:21:17:35:30:22 chr3 152881462 . T C 56.44 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=61;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0129592;FXX=0.0163908;HRUN=21;LEN=1;MLLD=150.997;QD=3.76252;RBI=0.0323378;REFB=0.00115143;REVB=-0.0296275;RO=50;SAF=1;SAR=10;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.573358;STB=0.879617;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0127871;OID=.;OPOS=152881462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:60:50:50:11:10:0.166667:10:1:26:24:9:1:26:24 chr3 152885599 . A T 804.98 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00523277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.061;QD=55.5158;RBI=0.0159345;REFB=-0.0895339;REVB=0.0150508;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00028861;OID=.;OPOS=152885599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:0:1:57:57:0.982759:35:22:0:0:35:22:1:0 chr3 153202348 . G A 349.9 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0129425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.615;QD=17.7162;RBI=0.0212796;REFB=-0.016203;REVB=0.0168913;RO=42;SAF=26;SAR=11;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18537;STB=0.604139;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0197676;OID=.;OPOS=153202348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:11:26:22:20:11:26:22:20 chr3 153725166 . G A 443.81 PASS AF=0.392308;AO=51;DP=130;FAO=51;FDP=130;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.0421935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.701;QD=13.6558;RBI=0.0480783;REFB=-0.00334187;REVB=-0.0230485;RO=79;SAF=34;SAR=17;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978757;STB=0.555533;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00672381;OID=.;OPOS=153725166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:79:79:51:51:0.392308:17:34:46:33:17:34:46:33 chr3 153725172 . C T 446.64 PASS AF=0.382353;AO=50;DP=135;FAO=52;FDP=136;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=0.00916521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4585;QD=13.1365;RBI=0.0266152;REFB=0.00884897;REVB=-0.0249873;RO=81;SAF=34;SAR=16;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901606;STB=0.552611;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.0198461;OID=.;OPOS=153725172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:81:84:50:52:0.382353:16:34:49:32:17:35:50:34 chr3 153725251 . T C 587.68 PASS AF=0.433333;AO=62;DP=147;FAO=65;FDP=150;FR=.;FRO=85;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=0.0283453;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5635;QD=15.6716;RBI=0.0430594;REFB=-0.021871;REVB=-0.0324138;RO=85;SAF=32;SAR=30;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105781;STB=0.509753;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.029772;OID=.;OPOS=153725251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:150:85:85:62:65:0.433333:30:32:43:42:31:34:43:42 chr3 153839866 . G C 2339.32 PASS AF=0.986667;AO=148;DP=150;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=76;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0189723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.308;QD=62.3819;RBI=0.0238853;REFB=-0.0749471;REVB=0.0145106;RO=2;SAF=72;SAR=76;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130266;STB=0.506848;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000959584;OID=.;OPOS=153839866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:150:2:2:148:148:0.986667:76:72:2:0:76:72:2:0 chr3 153839959 . CT TC 536.12 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0191627;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=70.8414;QD=54.9866;RBI=0.0194763;REFB=-0.00153158;REVB=0.00348101;RO=2;SAF=4;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275485;STB=0.514698;STBP=0.634;TYPE=mnp;VARB=0.00107653;OID=.;OPOS=153839959;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:33:4:0:2:33:4:0:2 chr3 153973796 . G GT 32.22 PASS AF=0.21978;AO=25;DP=92;FAO=20;FDP=91;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.178841;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.1686;QD=1.41645;RBI=0.222734;REFB=-0.0523413;REVB=-0.132765;RO=63;SAF=10;SAR=15;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158149;STB=0.544189;STBP=0.695;TYPE=ins;VARB=0.00727183;OID=.;OPOS=153973797;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.21978:25:92:20:91:71:9:11:28:43:32:63:10:15:26:37 chr3 154018887 . G C 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0040686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.64;QD=15.1566;RBI=0.00467662;REFB=0.00134638;REVB=-0.00230591;RO=32;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131021;STB=0.574408;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.00101845;OID=.;OPOS=154018887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:15:10:17:15:15:10:17:15 chr3 155093577 . G C 153.42 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00708185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.7;QD=13.947;RBI=0.00806607;REFB=-0.00893607;REVB=-0.00386121;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671255;STB=0.538878;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0188111;OID=.;OPOS=155093577;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:11:6:8:19:11:6:8:19 chr3 155241740 . A G 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.727;QD=59.5018;RBI=0.0198248;REFB=0;REVB=-0.00150677;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37542e-05;OID=.;OPOS=155241740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr3 155314034 . A G,T 1439.51 PASS AF=0.946809,0.0531915;AO=88,4;DP=93;FAO=89,5;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50,1;FSAR=39,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288417,-0.00927905;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=140.006,20.7554;QD=61.2559;RBI=0.0321435,0.11008;REFB=0,0;REVB=0.0141901,-0.109689;RO=0;SAF=50,0;SAR=38,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.49151e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000193717,0.183553;OID=.,.;OPOS=155314034,155314034;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:93:94:0:0:88,4:89,5:0.946809,0.0531915:38,4:50,0:0:0:39,4:50,1:0:0 chr3 155481609 . G A 632.57 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0246463;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7375;QD=57.5068;RBI=0.0709726;REFB=0.0818677;REVB=-0.0665558;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519991;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00678401;OID=.;OPOS=155481609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:0:2:42:42:0.954545:18:24:0:0:18:24:2:0 chr3 155485302 . C T 727.99 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.733;QD=63.3032;RBI=0.043425;REFB=0;REVB=0.0157705;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214916;OID=.;OPOS=155485302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:17:28:0:0:17:29:0:0 chr3 156177675 . A G 390.73 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=117;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.0065551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.09;QD=13.3583;RBI=0.0140627;REFB=0.000300433;REVB=0.0124414;RO=71;SAF=28;SAR=18;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959637;STB=0.554431;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.000461109;OID=.;OPOS=156177675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:71:71:46:46:0.393162:18:28:37:34:18:28:37:34 chr3 156234108 . A G 526.42 PASS AF=0.398693;AO=61;DP=149;FAO=61;FDP=153;FR=.;FRO=92;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=-0.0781163;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.1988;QD=13.7625;RBI=0.0837054;REFB=0.000522167;REVB=-0.0300738;RO=88;SAF=27;SAR=34;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115212;STB=0.50845;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0031605;OID=.;OPOS=156234108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:153:88:92:61:61:0.398693:34:27:38:50:34:27:42:50 chr3 156266765 . A G 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00599244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.904;QD=20.0176;RBI=0.00710448;REFB=0.00637621;REVB=0.00381632;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177501;STB=0.599893;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00624241;OID=.;OPOS=156266765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:9:9:5:12:9:9:5:12 chr3 156424509 . AT A 46.9 PASS AF=0.3;AO=24;DP=69;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0409217;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.26999;QD=2.68;RBI=0.0411432;REFB=-0.0439775;REVB=0.00426317;RO=39;SAF=8;SAR=16;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305732;STB=0.5744;STBP=0.447;TYPE=del;VARB=0.0433809;OID=.;OPOS=156424510;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:24:69:21:70:49:9:12:16:33:46:39:8:16:14:25 chr3 156544584 . C T 2494.07 PASS AF=0.993902;AO=160;DP=161;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3529;QD=60.8311;RBI=0.0398408;REFB=-0.0324521;REVB=0.0278599;RO=1;SAF=87;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543793;STB=0.502762;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000475559;OID=.;OPOS=156544584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:164:1:1:160:163:0.993902:73:87:1:0:73:90:1:0 chr3 156877276 . CAA C,CGA 181.55 PASS AF=0.298246,0.105263;AO=16,7;DP=57;FAO=17,6;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=5,4;FSAR=12,2;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0405585,-0.124436;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=199.151,61.8034;QD=12.7403;RBI=0.0453628,0.12819;REFB=-0.00337264,-0.00847669;REVB=-0.0203174,-0.0307933;RO=33;SAF=4,5;SAR=12,2;SRF=23;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.486276,0.0250271;STB=0.759541,0.538337;STBP=0.02,0.905;TYPE=del,snp;VARB=0.0157655,0.0379567;OID=.,.;OPOS=156877277,156877277;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.298246,0.105263:16,7:57:17,6:57:34:5,4:12,2:24:10:99:33:4,5:12,2:23:10 chr3 156979039 . T C 83.85 PASS AF=0.105505;AO=23;DP=210;FAO=23;FDP=218;FR=.;FRO=195;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=107;FSRR=88;FWDB=-0.0293497;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.102;QD=1.53848;RBI=0.0362277;REFB=-0.00483556;REVB=-0.0212376;RO=187;SAF=17;SAR=6;SRF=99;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267627;STB=0.682157;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0406302;OID=.;OPOS=156979039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:210:218:187:195:23:23:0.105505:6:17:99:88:6:17:107:88 chr3 156983414 . T C 635.88 PASS AF=0.440252;AO=70;DP=159;FAO=70;FDP=159;FR=.;FRO=89;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.00430933;FXX=0.00624961;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.814;QD=15.997;RBI=0.00893014;REFB=-0.0136637;REVB=-0.00782158;RO=89;SAF=23;SAR=47;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141696;STB=0.579218;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0230606;OID=.;OPOS=156983414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:89:89:70:70:0.440252:47:23:41:48:47:23:41:48 chr3 157081324 . A G 617.12 PASS AF=0.447552;AO=64;DP=145;FAO=64;FDP=143;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.0122726;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.815;QD=17.262;RBI=0.0253383;REFB=-0.00478543;REVB=0.0221679;RO=77;SAF=30;SAR=34;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075192;STB=0.53472;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0103233;OID=.;OPOS=157081324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:143:77:79:64:64:0.447552:34:30:42:35:34:30:42:37 chr3 157099109 . A G 433.41 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0679437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.756;QD=20.6387;RBI=0.0680044;REFB=-0.0177356;REVB=-0.00287083;RO=40;SAF=16;SAR=27;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932332;STB=0.546537;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00851317;OID=.;OPOS=157099109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:41:43:43:0.511905:27:16:19:21:27:16:19:22 chr3 157131788 . A C 718.95 PASS AF=0.487013;AO=74;DP=153;FAO=75;FDP=154;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.0110998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.328;QD=18.674;RBI=0.0302115;REFB=-0.0112727;REVB=0.0280985;RO=79;SAF=35;SAR=39;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400335;STB=0.51874;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0111273;OID=.;OPOS=157131788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:79:79:74:75:0.487013:39:35:34:45:40:35:34:45 chr3 157155314 . C A 1288.79 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00117262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.685;QD=60.6488;RBI=0.0282989;REFB=-0.129254;REVB=0.0282746;RO=1;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111448;STB=0.505881;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000375823;OID=.;OPOS=157155314;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:85:1:1:84:84:0.988235:42:42:0:1:42:42:0:1 chr3 157161198 . A AT,T 801.49 PASS AF=0.913793,0.0862069;AO=37,17;DP=60;FAO=53,5;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=33,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301442,0.0422594;FXX=0.0169463;HRUN=0,8;LEN=1,1;MLLD=91.3588,87.9472;QD=55.2753;RBI=0.0336649,0.0422594;REFB=0,0;REVB=0.0149885,-4.47302e-06;RO=3;SAF=15,5;SAR=22,12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0104975,-0.0128205;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00667688,0.0109811;OID=.,.;OPOS=157161199,157161198;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:60:58:3:0:37,17:53,5:0.913793,0.0862069:22,12:15,5:1:2:33,3:20,2:0:0 chr3 157815088 . G A 1514.11 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175963;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.729;QD=63.7519;RBI=0.0161997;REFB=0;REVB=0.0161039;RO=0;SAF=57;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83043e-05;OID=.;OPOS=157815088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:96:95:1:39:57:0:0:39:56:0:0 chr3 157818112 . AGGGGGA AGGGGA,AGGGGG 37.66 PASS AF=0.321429,0;AO=9,7;DP=28;FAO=9,0;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5,0;FSAR=4,0;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0809674,-0.367542;FXX=0;HRUN=5,8;LEN=1,1;MLLD=13.2418,7.02361;QD=5.38057;RBI=0.131481,0.401644;REFB=-0.0208702,-0.0636505;REVB=-0.103593,0.161961;RO=7;SAF=5,7;SAR=4,0;SRF=2;SRR=5;SSEN=0.315068,0;SSEP=0,0;SSSB=0.201011,0.799197;STB=0.519955,0.5;STBP=0.944,1;TYPE=del,del;VARB=0.0615415,-0.0712114;OID=.,.;OPOS=157818113,157818118;OREF=G,A;OALT=-,-;OMAPALT=AGGGGA,AGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429,0:9,7:28:9,0:28:19:5,0:4,0:10:9:37:7:5,7:4,0:2:5 chr3 158187189 . G A 729.93 PASS AF=0.483221;AO=72;DP=149;FAO=72;FDP=149;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=50;FWDB=-0.00621243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.751;QD=19.5955;RBI=0.0123585;REFB=0.00906396;REVB=-0.0106836;RO=77;SAF=28;SAR=44;SRF=27;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038002;STB=0.520976;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00915291;OID=.;OPOS=158187189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:77:77:72:72:0.483221:44:28:27:50:44:28:27:50 chr3 158320597 . T C 284.64 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00047882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.812;QD=17.7902;RBI=0.0127305;REFB=-0.00610521;REVB=0.0127215;RO=33;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000901156;STB=0.500504;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00723696;OID=.;OPOS=158320597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:15:16:17:16:15:16:17:16 chr3 158320703 . C A 339.28 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00854772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.443;QD=20.5627;RBI=0.0398979;REFB=-0.00567238;REVB=-0.0389716;RO=31;SAF=16;SAR=19;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104408;STB=0.557825;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00647057;OID=.;OPOS=158320703;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:19:16:18:13:19:16:18:13 chr3 158362441 . T C 800.83 PASS AF=0.536913;AO=79;DP=152;FAO=80;FDP=149;FR=.;FRO=69;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0200382;FXX=0.0261421;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8361;QD=21.4988;RBI=0.029244;REFB=-0.0245538;REVB=-0.0212998;RO=65;SAF=46;SAR=33;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497749;STB=0.531784;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0183701;OID=.;OPOS=158362441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:149:65:69:79:80:0.536913:33:46:34:31:34:46:35:34 chr3 158366900 . G A 625.26 PASS AF=0.470588;AO=64;DP=138;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0350304;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.531;QD=18.3899;RBI=0.035044;REFB=-5.21469e-05;REVB=0.000974;RO=72;SAF=33;SAR=31;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382119;STB=0.521182;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-3.57147e-05;OID=.;OPOS=158366900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:136:72:72:64:64:0.470588:31:33:40:32:31:33:40:32 chr3 158388780 . T C 167.11 PASS AF=0.280488;AO=24;DP=83;FAO=23;FDP=82;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.00307621;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5123;QD=8.1517;RBI=0.0142352;REFB=-0.0025907;REVB=0.0138988;RO=59;SAF=13;SAR=11;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220098;STB=0.618198;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00361657;OID=.;OPOS=158388780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:59:59:24:23:0.280488:11:13:21:38:11:12:21:38 chr3 158952312 . G A 1098.68 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.745;QD=60.2016;RBI=0.0159852;REFB=0;REVB=0.00789191;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25767e-05;OID=.;OPOS=158952312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:43:30:0:0:43:30:0:0 chr3 158952315 . C A 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.823;QD=60.0309;RBI=0.0195203;REFB=0;REVB=0.0108746;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.75398e-06;OID=.;OPOS=158952315;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr3 159744438 . C T 739.72 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2997;QD=56.9016;RBI=0.0628965;REFB=0;REVB=0.0509972;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055332;OID=.;OPOS=159744438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:19:30:0:0:19:33:0:0 chr3 159744440 . C T 804.84 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.015;QD=64.387;RBI=0.0533211;REFB=0;REVB=0.0346291;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327277;OID=.;OPOS=159744440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:17:33:0:0:17:33:0:0 chr3 160143943 . A G 537.44 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00590451;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=329.366;QD=21.4976;RBI=0.0150725;REFB=-0.00282276;REVB=-0.0138678;RO=49;SAF=30;SAR=21;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033823;STB=0.51869;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00258681;OID=.;OPOS=160143943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:49:51:51:0.51:21:30:27:22:21:30:27:22 chr3 160219814 . A G 52.21 PASS AF=0.173077;AO=7;DP=46;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0197875;FXX=0.0877039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4613;QD=4.01644;RBI=0.0198064;REFB=-0.038051;REVB=-0.000863692;RO=39;SAF=2;SAR=5;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220946;STB=0.631281;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.12687;OID=.;OPOS=160219814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:46:52:39:43:7:9:0.173077:5:2:18:21:6:3:21:22 chr3 160219829 . C T 195.61 PASS AF=0.210191;AO=33;DP=156;FAO=33;FDP=157;FR=.;FRO=124;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=54;FSRR=70;FWDB=-0.0432472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6415;QD=4.9838;RBI=0.108711;REFB=-0.0333659;REVB=-0.0997385;RO=122;SAF=19;SAR=14;SRF=53;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178299;STB=0.60956;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.111883;OID=.;OPOS=160219829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:122:124:33:33:0.210191:14:19:53:69:14:19:54:70 chr3 160414759 . G A 1949.45 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127937;FXX=0.0307669;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.118;QD=61.8874;RBI=0.0287613;REFB=0;REVB=-0.0257592;RO=0;SAF=67;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035703;OID=.;OPOS=160414759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:126:0:0:124:126:1:57:67:0:0:59:67:0:0 chr3 160436316 . A G 994.11 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00666676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.4;QD=57.6295;RBI=0.0263251;REFB=-7.76419e-05;REVB=0.025467;RO=1;SAF=37;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126038;STB=0.506665;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=6.66159e-05;OID=.;OPOS=160436316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:31:37:1:0:31:37:1:0 chr3 160939776 . T A 92.71 PASS AF=0.631579;AO=11;DP=16;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0267582;FXX=0;HRUN=30;LEN=1;MLLD=85.7008;QD=19.5174;RBI=0.0462878;REFB=0.00435939;REVB=0.0377698;RO=5;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306644;STB=0.729337;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00255702;OID=.;OPOS=160939776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:16:19:5:7:11:12:0.631579:8:3:4:1:9:3:6:1 chr3 160939777 . A T 30.99 PASS AF=0.3;AO=4;DP=18;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0147882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.816;QD=6.19735;RBI=0.0191862;REFB=-0.0016733;REVB=-0.0122237;RO=14;SAF=3;SAR=1;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.486683;STB=0.858263;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.187926;OID=.;OPOS=160939777;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:18:20:14:14:4:6:0.3:1:3:4:10:1:5:4:10 chr3 160967354 . G A 1263.44 PASS AF=1;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011313;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8537;QD=61.6313;RBI=0.0608164;REFB=0;REVB=-0.0597549;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000244581;OID=.;OPOS=160967354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:82:0:0:81:82:1:39:42:0:0:39:43:0:0 chr3 161062631 . T C 474.87 PASS AF=0.555556;AO=46;DP=84;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0217922;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.128;QD=23.4506;RBI=0.0229;REFB=-0.0182038;REVB=0.00703628;RO=36;SAF=21;SAR=25;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00973613;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0162521;OID=.;OPOS=161062631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:81:36:36:46:45:0.555556:25:21:16:20:25:20:16:20 chr3 161062848 . G A 378.07 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00656407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.076;QD=18.9036;RBI=0.00923965;REFB=-0.00334316;REVB=0.00650262;RO=41;SAF=21;SAR=18;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664421;STB=0.536946;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00309782;OID=.;OPOS=161062848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:18:21:25:16:18:21:25:16 chr3 161220109 . C T 337.96 PASS AF=0.290123;AO=47;DP=162;FAO=47;FDP=162;FR=.;FRO=115;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=73;FWDB=0.00538052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.145;QD=8.34464;RBI=0.00664481;REFB=0.00170877;REVB=-0.00389918;RO=115;SAF=22;SAR=25;SRF=42;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126667;STB=0.573984;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00405681;OID=.;OPOS=161220109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:115:115:47:47:0.290123:25:22:42:73:25:22:42:73 chr3 164714532 . C T 1877.87 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.305;QD=61.5695;RBI=0.0193451;REFB=0;REVB=-0.00768736;RO=0;SAF=69;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.77472e-05;OID=.;OPOS=164714532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:53:69:0:0:53:69:0:0 chr3 164730804 . T C 391.6 PASS AF=0.364341;AO=47;DP=129;FAO=47;FDP=129;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.00145244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.395;QD=12.1426;RBI=0.0224972;REFB=0.00386847;REVB=0.0224503;RO=82;SAF=26;SAR=21;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864226;STB=0.549335;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00957147;OID=.;OPOS=164730804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:82:82:47:47:0.364341:21:26:39:43:21:26:39:43 chr3 164764719 . C A 967.56 PASS AF=0.505319;AO=95;DP=188;FAO=95;FDP=188;FR=.;FRO=93;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=-0.00457835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.48;QD=20.5865;RBI=0.00733277;REFB=-0.0127283;REVB=-0.00572785;RO=93;SAF=51;SAR=44;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381067;STB=0.520929;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0162014;OID=.;OPOS=164764719;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:93:93:95:95:0.505319:44:51:46:47:44:51:46:47 chr3 164773057 . G A 467.57 PASS AF=0.529412;AO=41;DP=86;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00185437;FXX=0.0229859;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.826;QD=22.0032;RBI=0.011864;REFB=-0.0140232;REVB=0.0117181;RO=26;SAF=19;SAR=22;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268684;STB=0.56133;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00814294;OID=.;OPOS=164773057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:26:40:41:45:0.529412:22:19:22:4:25:20:23:17 chr3 164783165 . T C 685.86 PASS AF=0.470968;AO=73;DP=156;FAO=73;FDP=155;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=0.0120397;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.849;QD=17.6995;RBI=0.0362397;REFB=-0.00657776;REVB=0.0341813;RO=82;SAF=33;SAR=40;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060031;STB=0.533205;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00729986;OID=.;OPOS=164783165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:82:82:73:73:0.470968:40:33:32:50:40:33:32:50 chr3 164793758 . C A 1404.64 PASS AF=0.472492;AO=144;DP=313;FAO=146;FDP=309;FR=.;FRO=163;FSAF=66;FSAR=80;FSRF=72;FSRR=91;FWDB=-0.0024141;FXX=0.019047;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.444;QD=18.183;RBI=0.00633711;REFB=-0.00946895;REVB=-0.00585927;RO=167;SAF=64;SAR=80;SRF=76;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104717;STB=0.505508;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0107379;OID=.;OPOS=164793758;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:309:167:163:144:146:0.472492:80:64:76:91:80:66:72:91 chr3 165951073 . C A 1208.15 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.719;QD=61.1722;RBI=0.029829;REFB=0;REVB=0.0257788;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165098;OID=.;OPOS=165951073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:43:36:0:0:43:36:0:0 chr3 166900401 . C G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0407;QD=56.1904;RBI=0.0409329;REFB=0;REVB=0.0188853;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000382509;OID=.;OPOS=166900401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr3 166958669 . G T 340.14 PASS AF=0.383178;AO=40;DP=106;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0145266;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6471;QD=12.7154;RBI=0.018737;REFB=-0.00902977;REVB=0.0118344;RO=66;SAF=18;SAR=22;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547717;STB=0.537808;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0285998;OID=.;OPOS=166958669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:66:66:40:41:0.383178:22:18:33:33:23:18:33:33 chr3 166966436 . C T 3980.46 PASS AF=0.977612;AO=261;DP=269;FAO=262;FDP=268;FR=.;FRO=6;FSAF=152;FSAR=110;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0223829;FXX=0.00740713;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.966;QD=59.4099;RBI=0.0244395;REFB=-0.067022;REVB=0.00981308;RO=7;SAF=151;SAR=110;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00764136;STB=0.505661;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000179186;OID=.;OPOS=166966436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:269:268:7:6:261:262:0.977612:110:151:3:4:110:152:2:4 chr3 167000256 . G C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.281;QD=62.022;RBI=0.027052;REFB=0;REVB=0.0144327;RO=0;SAF=8;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67012e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27445e-05;OID=.;OPOS=167000256;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:34:8:0:0:34:8:0:0 chr3 167051726 . A G 1547.66 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.2702;QD=58.4024;RBI=0.0124517;REFB=0;REVB=-0.0105468;RO=0;SAF=36;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103808;OID=.;OPOS=167051726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:106:0:0:103:106:1:67:36:0:0:70:36:0:0 chr3 167077691 . T A 1260.85 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.357;QD=61.5051;RBI=0.0245068;REFB=0;REVB=0.0039835;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28268e-05;OID=.;OPOS=167077691;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:40:41:0:0:40:42:0:0 chr3 167086362 . T C 207.22 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0450179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.85;QD=11.0518;RBI=0.051039;REFB=0.00510046;REVB=0.0240493;RO=49;SAF=3;SAR=23;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491027;STB=0.792834;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0156727;OID=.;OPOS=167086362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:49:26:26:0.346667:23:3:22:27:23:3:22:27 chr3 167320010 . T C 367.39 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00681865;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.868;QD=16.3285;RBI=0.00686682;REFB=-0.0297615;REVB=-0.000811924;RO=50;SAF=25;SAR=14;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125836;STB=0.577224;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0330977;OID=.;OPOS=167320010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:50:51:39:39:0.433333:14:25:26:24:14:25:26:25 chr3 167401656 . C T 44.54 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0148745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.101;QD=7.42266;RBI=0.0160104;REFB=-0.00704792;REVB=-0.00592294;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114368;STB=0.507226;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0740654;OID=.;OPOS=167401656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:2:5:12:5:2:5:12:5 chr3 168538993 . A G 1974.46 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835159;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.82;QD=62.1877;RBI=0.0346918;REFB=0;REVB=0.0336715;RO=0;SAF=62;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10005e-05;OID=.;OPOS=168538993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:126:127:1:64:62:0:0:65:62:0:0 chr3 168546914 . C T 2084.23 PASS AF=0.992593;AO=132;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00687478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.992;QD=61.755;RBI=0.0253498;REFB=-0.0265381;REVB=0.0243997;RO=1;SAF=61;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772825;STB=0.504064;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=5.95889e-05;OID=.;OPOS=168546914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:1:1:132:134:0.992593:71:61:1:0:73:61:1:0 chr3 168838927 . C T 327.78 PASS AF=0.288591;AO=43;DP=150;FAO=43;FDP=149;FR=.;FRO=106;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=61;FSRR=45;FWDB=0.0297127;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.717;QD=8.79953;RBI=0.0371965;REFB=-0.0113944;REVB=0.0223772;RO=106;SAF=16;SAR=27;SRF=61;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24422;STB=0.643388;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0154209;OID=.;OPOS=168838927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:106:106:43:43:0.288591:27:16:61:45:27:16:61:45 chr3 169098992 . G A 134.25 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-7.99206e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.062;QD=16.2724;RBI=0.016559;REFB=-0.0206048;REVB=-0.0165588;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0233578;OID=.;OPOS=169098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:5:10:12:6:5:10:12:6 chr3 169492101 . C T 1263.02 PASS AF=0.988095;AO=84;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00937918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.376;QD=60.1436;RBI=0.0123606;REFB=-0.139816;REVB=-0.00805075;RO=0;SAF=54;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508473;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000484185;OID=.;OPOS=169492101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:84:0:1:84:83:0.988095:30:54:0:0:29:54:0:1 chr3 169514585 . A T 1245.93 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2964;QD=61.5273;RBI=0.0799754;REFB=0;REVB=-0.074103;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000271671;OID=.;OPOS=169514585;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:45:36:0:0:45:36:0:0 chr3 169518455 . T C 752.22 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416158;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1503;QD=56.7709;RBI=0.0776019;REFB=0;REVB=0.0654995;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000897962;OID=.;OPOS=169518455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:24:28:0:0:25:28:0:0 chr3 169540397 . T C 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3903;QD=46.8464;RBI=0.0568285;REFB=0;REVB=-0.0463144;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00311455;OID=.;OPOS=169540397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr3 169558025 . C T 832.66 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0138553;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.738;QD=52.867;RBI=0.0161767;REFB=-0.198269;REVB=0.00834955;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.505616;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00172808;OID=.;OPOS=169558025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:0:3:60:60:0.952381:33:27:0:0:33:27:1:2 chr3 169578448 . T A 520.46 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=-0.000349692;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.859;QD=22.8772;RBI=0.0224489;REFB=-0.0120852;REVB=-0.0224461;RO=42;SAF=27;SAR=22;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258716;STB=0.641671;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00752935;OID=.;OPOS=169578448;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:42:49:49:0.538462:22:27:10:32:22:27:10:32 chr3 169639050 . C T 385.09 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.021879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5999;QD=13.8772;RBI=0.0279739;REFB=0.00138325;REVB=-0.0174313;RO=66;SAF=21;SAR=24;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045021;STB=0.525412;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00416545;OID=.;OPOS=169639050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:66:66:45:45:0.405405:24:21:28:38:24:21:28:38 chr3 169802930 . G T 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0705907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.963;QD=57.7095;RBI=0.0706799;REFB=0;REVB=-0.00354979;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264461;OID=.;OPOS=169802930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr3 169805714 . CTTTTTTA CTTTTT,CTTTTTA,CTTTTTAA 37.6 PASS AF=0.28125,0,0;AO=6,6,2;DP=37;FAO=9,0,0;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=7,0,0;FSAR=2,0,0;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.146653,0.132592,0.00301579;FXX=0.0588062;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=17.5955,9.0271,13.2601;QD=4.70061;RBI=0.295042,0.345554,0.0701176;REFB=-0.0492886,-0.0461805,-0.000605172;REVB=-0.256012,-0.319103,-0.0700527;RO=14;SAF=3,2,2;SAR=3,4,0;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0.431373,0.431373,0;SSSB=-0.157893,-0.331207,0.497441;STB=0.7308,0.5,0.5;STBP=0.129,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.124818,0,0;OID=.,.,.;OPOS=169805720,169805715,169805720;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTA,CTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28125,0,0:6,6,2:37:9,0,0:32:23:7,0,0:2,0,0:11:12:37:14:3,2,2:3,4,0:9:5 chr3 169805832 . A C 233.84 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0362994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2148;QD=15.0861;RBI=0.0379647;REFB=-0.0163961;REVB=0.0111209;RO=34;SAF=18;SAR=9;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838719;STB=0.541145;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0159685;OID=.;OPOS=169805832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:35:27:27:0.435484:9:18:20:14:9:18:21:14 chr3 169894680 . G A 1153.2 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00392236;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.166;QD=56.9483;RBI=0.00558135;REFB=-0.154315;REVB=-0.00397072;RO=3;SAF=49;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219686;STB=0.511617;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000544157;OID=.;OPOS=169894680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:81:81:3:3:78:78:0.962963:29:49:1:2:29:49:1:2 chr3 169962665 . CTAAA CTAA,CTAAC,TCAAT 289.18 PASS AF=0.711111,0.222222,0.0666667;AO=15,5,3;DP=45;FAO=32,10,3;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0,0;FSAR=12,10,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235517,-0.0318518,-0.0133907;FXX=0.0425441;HRUN=6,6,2;LEN=1,1,5;MLLD=8.70818,92.3101,98.6468;QD=25.7047;RBI=0.289982,0.0674262,0.0855887;REFB=-0.00609927,-0.0175716,-0.0129176;REVB=-0.289024,-0.0594286,-0.0845347;RO=6;SAF=14,0,0;SAR=1,5,3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.463687,-0.739739,-0.672276;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.102355,0.161352,0.0338132;OID=.,.,.;OPOS=169962667,169962669,169962665;OREF=A,A,CTAAA;OALT=-,C,TCAAT;OMAPALT=CTAA,CTAAC,TCAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:54:45:45:6:0:15,5,3:32,10,3:0.711111,0.222222,0.0666667:1,5,3:14,0,0:3:3:12,10,3:20,0,0:0:0 chr3 169988286 . C T 278.92 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00423214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.491;QD=13.9458;RBI=0.00442725;REFB=-0.000461788;REVB=0.0012998;RO=48;SAF=16;SAR=16;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219529;STB=0.512492;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00073298;OID=.;OPOS=169988286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:16:16:25:23:16:16:25:23 chr3 170078232 . C A,T 742.99 PASS AF=0.0363636,0.945455;AO=2,52;DP=55;FAO=2,52;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=1,27;FSAR=1,25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0157488,0.00193715;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.6719,161.866;QD=54.0355;RBI=0.0203843,0.0265923;REFB=-0.0955093,-0.126968;REVB=-0.012942,-0.0265216;RO=1;SAF=1,27;SAR=1,25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.25849,0.018468;STB=0.665164,0.5098;STBP=0.662,0.35;TYPE=snp,snp;VARB=0.0462694,0.00054178;OID=.,.;OPOS=170078232,170078232;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:55:55:1:1:2,52:2,52:0.0363636,0.945455:1,25:1,27:0:1:1,25:1,27:0:1 chr3 170198367 . G A 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00179474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.554;QD=12.546;RBI=0.0128334;REFB=-0.0140409;REVB=0.0127073;RO=42;SAF=12;SAR=14;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168195;STB=0.59634;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0203276;OID=.;OPOS=170198367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:14:12:26:16:14:12:26:16 chr3 170198680 . C A 603.1 PASS AF=0.512397;AO=58;DP=117;FAO=62;FDP=121;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0150858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.094;QD=19.9373;RBI=0.0182082;REFB=-0.00342163;REVB=-0.0101959;RO=59;SAF=20;SAR=38;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446696;STB=0.501403;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00388186;OID=.;OPOS=170198680;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:121:59:59:58:62:0.512397:38:20:23:36:38:24:23:36 chr3 170198898 . C T 175.59 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514133;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.893;QD=46.8231;RBI=0.0517102;REFB=0;REVB=-0.00553315;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256196;OID=.;OPOS=170198898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:12:15:1:5:7:0:0:6:9:0:0 chr3 170715830 . G A 801.12 PASS AF=0.982759;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0425421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.332;QD=55.2498;RBI=0.0438204;REFB=-0.0155513;REVB=-0.0105072;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.508769;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.000854893;OID=.;OPOS=170715830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:58:0:1:54:57:0.982759:26:28:0:0:28:29:0:1 chr3 170805169 . C T 264.93 PASS AF=0.333333;AO=32;DP=96;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=-0.000798059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.621;QD=11.0389;RBI=0.00375552;REFB=-0.0144347;REVB=0.00366974;RO=64;SAF=19;SAR=13;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281148;STB=0.662134;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0232888;OID=.;OPOS=170805169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:64:64:32:32:0.333333:13:19:22:42:13:19:22:42 chr3 170825905 . C G 1246.04 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.261;QD=61.5326;RBI=0.0358862;REFB=0;REVB=0.0115805;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68148e-05;OID=.;OPOS=170825905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr3 170843782 . C A 301.11 PASS AF=0.44;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00751526;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.93;QD=16.0589;RBI=0.00778033;REFB=-0.0303918;REVB=-0.00201355;RO=38;SAF=19;SAR=14;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17172;STB=0.569189;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0206187;OID=.;OPOS=170843782;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:38:42:33:33:0.44:14:19:15:23:14:19:19:23 chr3 170843805 . G A 191.48 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00356426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.002;QD=9.69516;RBI=0.0217366;REFB=-0.0188006;REVB=0.0214423;RO=54;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109164;STB=0.564026;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0156985;OID=.;OPOS=170843805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:54:54:25:25:0.316456:12:13:23:31:12:13:23:31 chr3 170893070 . G A 268.98 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0228192;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.835;QD=21.9575;RBI=0.0572098;REFB=-0.00541167;REVB=-0.0524618;RO=24;SAF=23;SAR=2;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.646017;STB=0.869394;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0015615;OID=.;OPOS=170893070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:24:25:25:0.510204:2:23:8:16:2:23:8:16 chr3 171065031 . G C 415.53 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.347;QD=55.4036;RBI=0.140868;REFB=0;REVB=0.00858644;RO=0;SAF=1;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23168e-05;OID=.;OPOS=171065031;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:27:1:0:0:29:1:0:0 chr3 171338237 . T G 1044.38 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0844;QD=59.6786;RBI=0.0133219;REFB=0;REVB=-0.00234967;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36189e-05;OID=.;OPOS=171338237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:28:41:0:0:29:41:0:0 chr3 171395468 . A G 1978.05 PASS AF=1;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286649;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.804;QD=62.3007;RBI=0.0385785;REFB=0;REVB=0.0258191;RO=0;SAF=54;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33451e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338505;OID=.;OPOS=171395468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:127:0:0:127:127:1:73:54:0:0:73:54:0:0 chr3 171404478 . C A 1556.48 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.481;QD=59.8646;RBI=0.0286816;REFB=0;REVB=0.00870059;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22044e-05;OID=.;OPOS=171404478;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:49:55:0:0:49:55:0:0 chr3 171510814 . C T 281.3 PASS AF=0.296875;AO=38;DP=128;FAO=38;FDP=128;FR=.;FRO=90;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=53;FSRR=37;FWDB=-0.00544595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.88;QD=8.79057;RBI=0.00546481;REFB=-0.00253735;REVB=0.000453559;RO=90;SAF=15;SAR=23;SRF=53;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230008;STB=0.634671;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00714843;OID=.;OPOS=171510814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:90:90:38:38:0.296875:23:15:53:37:23:15:53:37 chr3 171844787 . A T 1458.47 PASS AF=0.989362;AO=90;DP=91;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.010551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.162;QD=62.0627;RBI=0.0471418;REFB=-0.124223;REVB=0.0459459;RO=1;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111514;STB=0.505493;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0012672;OID=.;OPOS=171844787;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:94:1:1:90:93:0.989362:42:48:0:1:45:48:0:1 chr3 171969077 . C G 292.77 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0162742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.428;QD=17.2218;RBI=0.0163706;REFB=0.00338997;REVB=0.00177421;RO=36;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557167;STB=0.53123;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.00302002;OID=.;OPOS=171969077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:17:15:19:17:17:15:19:17 chr3 172034271 . T C 373.83 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=42;FWDB=0.00702496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.169;QD=14.8053;RBI=0.00790549;REFB=-0.00320779;REVB=0.00362585;RO=59;SAF=16;SAR=26;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105211;STB=0.559069;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00518684;OID=.;OPOS=172034271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:42:42:0.415842:26:16:17:42:26:16:17:42 chr3 172046861 . T C 1210.97 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0614421;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.572;QD=61.3149;RBI=0.0653549;REFB=0;REVB=0.022274;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122179;OID=.;OPOS=172046861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:44:35:0:0:44:35:0:0 chr3 172118529 . T C 369.22 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0606884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.209;QD=25.032;RBI=0.0611634;REFB=0.00700669;REVB=0.00760857;RO=23;SAF=11;SAR=25;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341183;STB=0.687099;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00126903;OID=.;OPOS=172118529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:25:11:18:5:25:11:18:5 chr3 172165727 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00359958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.923;QD=60.2307;RBI=0.0344039;REFB=0;REVB=0.034215;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94662e-05;OID=.;OPOS=172165727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr3 172165803 . A G 415.36 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.00360994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.493;QD=19.3188;RBI=0.0490395;REFB=-0.0125903;REVB=-0.0489065;RO=42;SAF=27;SAR=15;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335233;STB=0.694445;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0154462;OID=.;OPOS=172165803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:44:42:42:0.488372:15:27:11:31:15:27:11:33 chr3 172166033 . G A 506.73 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00985153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9698;QD=57.9117;RBI=0.011301;REFB=0;REVB=0.00553718;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203738;OID=.;OPOS=172166033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:16:18:0:0:16:19:0:0 chr3 172166189 . C T 133.46 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.0114013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.672;QD=15.7007;RBI=0.0201566;REFB=-0.0219582;REVB=-0.0166223;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339777;STB=0.677217;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00465977;OID=.;OPOS=172166189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:19:15:15:0.441176:7:8:15:2:7:8:16:3 chr3 172224303 . A G 298.64 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.00180929;FXX=0.0277739;HRUN=7;LEN=1;MLLD=126.265;QD=17.0649;RBI=0.0728642;REFB=-0.00344897;REVB=-0.0728417;RO=28;SAF=26;SAR=7;SRF=24;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913669;STB=0.580441;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00228701;OID=.;OPOS=172224303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:70:28:37:33:33:0.471429:7:26:24:4:7:26:25:12 chr3 172348906 . A ACCTC 413.89 PASS AF=0.780488;AO=32;DP=42;FAO=32;FDP=41;FR=.;FRO=9;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0123379;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=4;MLLD=348.001;QD=40.379;RBI=0.0299082;REFB=0.00143343;REVB=-0.0272448;RO=10;SAF=26;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19385;STB=0.582903;STBP=0.105;TYPE=ins;VARB=-0.000302633;OID=.;OPOS=172348907;OREF=-;OALT=CCTC;OMAPALT=ACCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.780488:32:42:32:41:9:26:6:5:4:60:10:26:6:5:5 chr3 172365671 . C T 139.57 PASS AF=0.273973;AO=19;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00226334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.032;QD=7.6474;RBI=0.0103457;REFB=-0.0154854;REVB=-0.0100951;RO=52;SAF=13;SAR=6;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18563;STB=0.578112;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0311841;OID=.;OPOS=172365671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:52:53:19:20:0.273973:6:13:28:24:7:13:29:24 chr3 172428782 . T C 1245.1 PASS AF=0.965116;AO=80;DP=84;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00243171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.935;QD=57.9115;RBI=0.0381301;REFB=-0.0505847;REVB=0.0380525;RO=3;SAF=44;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311887;STB=0.515786;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00185028;OID=.;OPOS=172428782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:86:3:3:80:83:0.965116:36:44:3:0:37:46:3:0 chr3 172474800 . G A 443.27 PASS AF=0.283105;AO=62;DP=220;FAO=62;FDP=219;FR=.;FRO=157;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=74;FSRR=83;FWDB=0.0117839;FXX=0.00454525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0709;QD=8.09622;RBI=0.0118198;REFB=-0.00248183;REVB=-0.000920946;RO=157;SAF=27;SAR=35;SRF=73;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364033;STB=0.525955;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0063761;OID=.;OPOS=172474800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:157:157:62:62:0.283105:35:27:73:84:35:27:74:83 chr3 172489076 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00342001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.859;QD=59.143;RBI=0.0172902;REFB=0;REVB=-0.0169486;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.63974e-05;OID=.;OPOS=172489076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr3 172514294 . G A 1146.87 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150129;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2369;QD=58.8139;RBI=0.0158078;REFB=-0.0310096;REVB=-0.00494956;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.506327;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00284313;OID=.;OPOS=172514294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:38:39:0:0:38:39:1:0 chr3 173993227 . GT G 294.43 PASS AF=0.360169;AO=86;DP=236;FAO=85;FDP=236;FR=.;FRO=151;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=72;FSRR=79;FWDB=0.0415021;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.6334;QD=4.99031;RBI=0.0922146;REFB=-0.0215113;REVB=-0.0823474;RO=140;SAF=37;SAR=49;SRF=64;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029963;STB=0.542311;STBP=0.353;TYPE=del;VARB=0.024117;OID=.;OPOS=173993228;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.360169:86:236:85:236:151:35:50:72:79:99:140:37:49:64:76 chr3 174581888 . T C 534.8 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.88;QD=59.4223;RBI=0.0496753;REFB=0;REVB=0.0224432;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181255;OID=.;OPOS=174581888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:22:13:0:0:22:14:0:0 chr3 174951756 . T C 775.27 PASS AF=0.965517;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0133331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.384;QD=53.4668;RBI=0.0136546;REFB=0.00906643;REVB=0.00294524;RO=1;SAF=31;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149611;STB=0.514701;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.000464365;OID=.;OPOS=174951756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:58:1:2:54:56:0.965517:23:31:1:0:23:33:2:0 chr3 175165079 . C T 754.55 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00384119;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.14;QD=54.8763;RBI=0.0292484;REFB=-0.112373;REVB=0.028995;RO=0;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22487e-08;STB=0.515146;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000376474;OID=.;OPOS=175165079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:16:38:0:0:16:38:0:1 chr3 175189447 . G A 248.5 PASS AF=0.466667;AO=25;DP=58;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00653913;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.209;QD=16.567;RBI=0.0151248;REFB=-0.00159413;REVB=-0.0136382;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147504;STB=0.519079;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00144036;OID=.;OPOS=175189447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:28:32:25:28:0.466667:13:12:13:15:13:15:16:16 chr3 175327309 . G A 3991.38 PASS AF=1;AO=249;DP=249;FAO=249;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2487;QD=64.1185;RBI=0.0448473;REFB=0;REVB=-0.0356625;RO=0;SAF=142;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82194e-05;OID=.;OPOS=175327309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:249:249:0:0:249:249:1:107:142:0:0:107:142:0:0 chr3 175345143 . C G 1828.21 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00384031;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.715;QD=60.4366;RBI=0.0165771;REFB=0.0168444;REVB=0.0161262;RO=1;SAF=56;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840699;STB=0.504424;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.000123491;OID=.;OPOS=175345143;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:121:1:1:120:120:0.991736:64:56:1:0:64:56:1:0 chr3 175473047 . T C 2223.55 PASS AF=0.986111;AO=142;DP=144;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0112253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0351;QD=61.7653;RBI=0.0112647;REFB=-0.125158;REVB=0.000941372;RO=2;SAF=72;SAR=70;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000186022;STB=0.500098;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00208995;OID=.;OPOS=175473047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:144:144:2:2:142:142:0.986111:70:72:1:1:70:72:1:1 chr3 176765269 . T C 740.34 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.6199;QD=56.9492;RBI=0.0463348;REFB=0;REVB=0.0434582;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129794;OID=.;OPOS=176765269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr3 176838513 . GC G,GG 739.36 PASS AF=0.0212766,0.978723;AO=10,37;DP=47;FAO=1,46;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=1,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332247,-0.0253347;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.0457,99.1803;QD=62.9242;RBI=0.0450594,0.0439656;REFB=0,0;REVB=0.0304379,0.0359323;RO=0;SAF=1,20;SAR=9,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.8593e-08,-3.71161e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0171886,0.00398727;OID=.,.;OPOS=176838514,176838514;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0212766,0.978723:10,37:47:1,46:47:0:0,21:1,25:0:0:5:0:1,20:9,17:0:0 chr3 178742690 . T C 851.16 PASS AF=0.983871;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0280998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.874;QD=54.9132;RBI=0.0333254;REFB=0.00237147;REVB=0.017916;RO=1;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129277;STB=0.506491;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000253817;OID=.;OPOS=178742690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:62:1:1:59:61:0.983871:36:23:0:1:38:23:0:1 chr3 178815528 . G A 724.92 PASS AF=0.431694;AO=78;DP=182;FAO=79;FDP=183;FR=.;FRO=104;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=61;FSRR=43;FWDB=-0.018784;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9787;QD=15.8452;RBI=0.0224245;REFB=-0.010636;REVB=0.0122482;RO=93;SAF=47;SAR=31;SRF=61;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055344;STB=0.504941;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0170424;OID=.;OPOS=178815528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:93:104:78:79:0.431694:31:47:61:32:32:47:61:43 chr3 178976777 . C T 382.38 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0599435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3881;QD=52.7421;RBI=0.0620282;REFB=-0.0641876;REVB=-0.0159462;RO=1;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489106;STB=0.526297;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0156684;OID=.;OPOS=178976777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:9:19:0:1:9:19:0:1 chr3 179096508 . C G 1178.39 PASS AF=0.930233;AO=80;DP=91;FAO=80;FDP=86;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0133297;FXX=0.054939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9644;QD=54.8087;RBI=0.0192092;REFB=-0.0629825;REVB=0.0138316;RO=6;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658996;STB=0.534875;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0188951;OID=.;OPOS=179096508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:91:86:6:6:80:80:0.930233:40:40:0:6:40:40:0:6 chr3 179114529 . GATTAATTAA GATTAA,GATTAATAAG 472.32 PASS AF=0.939394,0.0606061;AO=30,2;DP=33;FAO=31,2;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00146601,0.0364047;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=263.512,75.4001;QD=57.2513;RBI=0.0258149,0.0444998;REFB=0,0;REVB=0.0257732,-0.0255916;RO=0;SAF=17,0;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.63861e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000806806,0.00298246;OID=.,.;OPOS=179114530,179114536;OREF=ATTA,TAA;OALT=-,AAG;OMAPALT=GATTAA,GATTAATAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.939394,0.0606061:30,2:33:31,2:33:0:18,0:13,2:0:0:9:0:17,0:13,2:0:0 chr3 179118998 . C T 523.02 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0374578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.523;QD=17.148;RBI=0.038323;REFB=0.00497424;REVB=-0.00809729;RO=66;SAF=24;SAR=32;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025649;STB=0.514281;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.00635499;OID=.;OPOS=179118998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:66:56:56:0.459016:32:24:30:36:32:24:30:36 chr3 179137273 . A G 561.0 PASS AF=0.468254;AO=58;DP=125;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.0117667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.991;QD=17.8096;RBI=0.012007;REFB=-0.0181097;REVB=0.00239014;RO=66;SAF=30;SAR=28;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125344;STB=0.501618;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0202304;OID=.;OPOS=179137273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:66:67:58:59:0.468254:28:30:35:31:28:31:35:32 chr3 179298999 . C T 2385.97 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000222015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.923;QD=61.1787;RBI=0.0316053;REFB=0;REVB=-0.0316045;RO=0;SAF=82;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47681e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.25912e-05;OID=.;OPOS=179298999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:74:82:0:0:74:82:0:0 chr3 179439202 . C T 316.81 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0119469;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.58;QD=17.3593;RBI=0.0120957;REFB=-0.0314797;REVB=-0.00189135;RO=39;SAF=13;SAR=21;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151002;STB=0.584716;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.027418;OID=.;OPOS=179439202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:39:39:34:34:0.465753:21:13:21:18:21:13:21:18 chr3 179501913 . G A 179.84 PASS AF=0.255102;AO=25;DP=98;FAO=25;FDP=98;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.0041161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2557;QD=7.34052;RBI=0.0798515;REFB=-0.00282075;REVB=-0.0797454;RO=73;SAF=8;SAR=17;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312348;STB=0.688667;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00616633;OID=.;OPOS=179501913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:73:73:25:25:0.255102:17:8:42:31:17:8:42:31 chr3 180331602 . CT C 46.99 PASS AF=0.397059;AO=24;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0105744;FXX=0.0144907;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.53577;QD=2.76425;RBI=0.0588602;REFB=-0.0536614;REVB=0.0579026;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573547;STB=0.533164;STBP=0.698;TYPE=del;VARB=0.00766293;OID=.;OPOS=180331603;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.397059:24:68:27:68:41:14:13:19:22:46:31:13:11:15:16 chr3 180666227 . CA C 57.54 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0361662;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=10.5283;QD=5.35241;RBI=0.192333;REFB=-0.0255522;REVB=-0.188903;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254988;STB=0.634768;STBP=0.128;TYPE=del;VARB=-0.0197283;OID=.;OPOS=180666228;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418605:17:43:18:43:25:6:12:14:11:57:23:6:11:14:9 chr3 181431659 . G A 276.26 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0399492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6543;QD=13.3135;RBI=0.062621;REFB=-0.0189963;REVB=-0.0482229;RO=49;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130098;STB=0.584839;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0285445;OID=.;OPOS=181431659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:49:51:32:32:0.385542:15:17:20:29:15:17:20:31 chr3 182631792 . C A 1080.55 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5934;QD=60.0304;RBI=0.0357611;REFB=0;REVB=0.0262128;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03596e-05;OID=.;OPOS=182631792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:46:25:0:0:47:25:0:0 chr3 182790249 . G A 989.0 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.244;QD=59.0449;RBI=0.01762;REFB=0;REVB=0.012432;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04034e-05;OID=.;OPOS=182790249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:31:35:0:0:32:35:0:0 chr3 182871962 . C T 617.59 PASS AF=0.474074;AO=64;DP=135;FAO=64;FDP=135;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=49;FSRF=16;FSRR=55;FWDB=-0.0798277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.318;QD=18.2991;RBI=0.0798567;REFB=-0.0124869;REVB=0.00215125;RO=69;SAF=15;SAR=49;SRF=16;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325905;STB=0.506656;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.010847;OID=.;OPOS=182871962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:69:71:64:64:0.474074:49:15:16:53:49:15:16:55 chr3 182925403 . GT G,GC 1163.99 PASS AF=0.0632911,0.936709;AO=8,70;DP=79;FAO=5,74;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=5,45;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337099,0.0212497;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.5249,101.747;QD=58.9364;RBI=0.0337791,0.0231426;REFB=0,0;REVB=-0.00216052,0.00916684;RO=0;SAF=8,41;SAR=0,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0154222,0.00144691;OID=.,.;OPOS=182925404,182925404;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0632911,0.936709:8,70:79:5,74:79:0:5,45:0,29:0:0:10:0:8,41:0,29:0:0 chr3 183006918 . A G 399.21 PASS AF=0.352941;AO=48;DP=136;FAO=48;FDP=136;FR=.;FRO=88;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=-0.0194027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.073;QD=11.7416;RBI=0.0202306;REFB=-0.022017;REVB=-0.00572848;RO=86;SAF=37;SAR=11;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324782;STB=0.688881;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0287028;OID=.;OPOS=183006918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:86:88:48:48:0.352941:11:37:44:42:11:37:45:43 chr3 183017965 . T A 313.15 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0475562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6015;QD=19.5717;RBI=0.0525826;REFB=-0.0197706;REVB=0.0224351;RO=31;SAF=13;SAR=20;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217485;STB=0.620812;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0172341;OID=.;OPOS=183017965;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:20:13:20:11:20:13:20:11 chr3 183056613 . C T 173.01 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0344279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6425;QD=11.3449;RBI=0.0364927;REFB=0.0197155;REVB=-0.0121011;RO=39;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170073;STB=0.598722;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.0194756;OID=.;OPOS=183056613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:9:13:17:22:9:13:17:22 chr3 183211906 . A G 1513.42 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00257442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.153;QD=59.9374;RBI=0.00257463;REFB=0;REVB=3.29312e-05;RO=0;SAF=62;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67325e-06;OID=.;OPOS=183211906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:38:62:0:0:39:62:0:0 chr3 183368216 . A T 2106.27 PASS AF=0.978571;AO=135;DP=140;FAO=137;FDP=140;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0104192;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.069;QD=60.1793;RBI=0.0244858;REFB=-0.160981;REVB=0.0221584;RO=4;SAF=72;SAR=63;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119075;STB=0.50273;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.000643008;OID=.;OPOS=183368216;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:140:140:4:3:135:137:0.978571:63:72:3:1:63:74:2:1 chr3 183368891 . C T 1139.05 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0289385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0196;QD=59.1712;RBI=0.0367298;REFB=-0.161755;REVB=0.0226195;RO=1;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145578;STB=0.50769;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00260558;OID=.;OPOS=183368891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:32:44:0:1:32:44:0:1 chr3 183432983 . C T 1484.96 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217647;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.587;QD=59.3983;RBI=0.0274984;REFB=0;REVB=-0.0168065;RO=0;SAF=42;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57288e-05;OID=.;OPOS=183432983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:99:100:1:57:42:0:0:57:43:0:0 chr3 183558402 . C G 795.23 PASS AF=0.463687;AO=83;DP=179;FAO=83;FDP=179;FR=.;FRO=96;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=0.00471486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8852;QD=17.7705;RBI=0.0283823;REFB=0.0211133;REVB=0.027988;RO=95;SAF=37;SAR=46;SRF=41;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138807;STB=0.504499;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.017273;OID=.;OPOS=183558402;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:95:96:83:83:0.463687:46:37:41:54:46:37:42:54 chr3 183560195 . A G 331.25 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00755724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.7597;QD=18.6621;RBI=0.00968397;REFB=0.00422495;REVB=0.00605537;RO=36;SAF=11;SAR=24;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155252;STB=0.586848;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00181532;OID=.;OPOS=183560195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:24:11:17:19:24:11:17:19 chr3 183646579 . C T 185.46 PASS AF=0.254545;AO=26;DP=109;FAO=28;FDP=110;FR=.;FRO=82;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=52;FSRR=30;FWDB=-0.00409019;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.772;QD=6.74405;RBI=0.00699572;REFB=-0.00593559;REVB=0.00567543;RO=80;SAF=15;SAR=11;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619913;STB=0.521276;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0175059;OID=.;OPOS=183646579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:80:82:26:28:0.254545:11:15:50:30:11:17:52:30 chr3 183660585 . G A 737.82 PASS AF=0.555556;AO=70;DP=130;FAO=70;FDP=126;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0180559;FXX=0.0307669;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2154;QD=23.4228;RBI=0.0478098;REFB=-0.0140933;REVB=0.0442692;RO=60;SAF=34;SAR=36;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301361;STB=0.501588;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0145752;OID=.;OPOS=183660585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:126:60:56:70:70:0.555556:36:34:27:33:36:34:27:29 chr3 183681222 . C T 159.23 PASS AF=0.239583;AO=23;DP=97;FAO=23;FDP=96;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.00837861;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.04;QD=6.63462;RBI=0.0165515;REFB=-0.00533209;REVB=-0.0142741;RO=70;SAF=8;SAR=15;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157688;STB=0.603276;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0197113;OID=.;OPOS=183681222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:70:73:23:23:0.239583:15:8:33:37:15:8:35:38 chr3 183685534 . A G 673.7 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0718798;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0379;QD=62.6693;RBI=0.102846;REFB=0;REVB=0.073557;RO=0;SAF=31;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000729367;OID=.;OPOS=183685534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:12:31:0:0:12:31:0:0 chr3 183696402 . A G 1608.47 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.365;QD=64.3389;RBI=0.104675;REFB=0;REVB=-0.00455832;RO=0;SAF=26;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.275e-05;OID=.;OPOS=183696402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:100:0:0:90:100:1:64:26:0:0:64:36:0:0 chr3 183699516 . T C 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.000188368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.744;QD=9.84401;RBI=0.00318495;REFB=-0.0107795;REVB=-0.00317938;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118643;STB=0.571292;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0177301;OID=.;OPOS=183699516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:4:6:14:6:4:6:14:6 chr3 183753777 . G A 95.82 PASS AF=0.387097;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.136214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3564;QD=12.3643;RBI=0.136274;REFB=-0.0251156;REVB=-0.00406176;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11125;STB=0.659433;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.050104;OID=.;OPOS=183753777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:31:31:14:19:11:12:0.387097:6:5:8:6:7:5:13:6 chr3 183754294 . G C 316.87 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0198807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8744;QD=15.271;RBI=0.0213381;REFB=-0.00343171;REVB=-0.00775072;RO=48;SAF=23;SAR=12;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124845;STB=0.570761;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00383019;OID=.;OPOS=183754294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:12:23:26:22:12:23:26:22 chr3 183755822 . G A 741.34 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00679237;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5884;QD=57.0264;RBI=0.047275;REFB=0;REVB=0.0467845;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501775;OID=.;OPOS=183755822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr3 183756702 . G A 1102.55 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.689;QD=58.8029;RBI=0.0830048;REFB=-0.133186;REVB=0.0784172;RO=0;SAF=55;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512817;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000588744;OID=.;OPOS=183756702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:19:55:0:0:19:55:0:1 chr3 183756742 . C T 335.9 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.072864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.837;QD=22.3932;RBI=0.0732968;REFB=-0.0157331;REVB=0.00795382;RO=25;SAF=26;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122925;STB=0.562302;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0142815;OID=.;OPOS=183756742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:26:34:34:0.566667:8:26:16:9:8:26:17:9 chr3 183774662 . G A 68.46 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00495242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.841;QD=5.70533;RBI=0.0233602;REFB=-0.0131038;REVB=-0.0228292;RO=38;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591408;STB=0.538384;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0382051;OID=.;OPOS=183774662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:6:4:17:21:6:4:17:21 chr3 183774762 . C A 446.83 PASS AF=0.505747;AO=46;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0388075;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6874;QD=20.5437;RBI=0.0419266;REFB=0.0146048;REVB=0.0158689;RO=41;SAF=22;SAR=24;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705566;STB=0.517234;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.0117243;OID=.;OPOS=183774762;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:43:46:44:0.505747:24:22:23:18:22:22:23:20 chr3 183778010 . G C 430.67 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0355071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.791;QD=20.0309;RBI=0.0364097;REFB=-0.0160849;REVB=0.00805683;RO=43;SAF=19;SAR=24;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10799;STB=0.559728;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0156743;OID=.;OPOS=183778010;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:24:19:14:29:24:19:14:29 chr3 183818416 . G A 285.98 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0655703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.949;QD=21.9985;RBI=0.0656023;REFB=-0.00785262;REVB=0.00204938;RO=23;SAF=16;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241042;STB=0.51336;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00344575;OID=.;OPOS=183818416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:13:16:12:11:13:16:12:11 chr3 183857908 . G A 391.8 PASS AF=0.324841;AO=50;DP=157;FAO=51;FDP=157;FR=.;FRO=106;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=59;FWDB=-0.0440645;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.926;QD=9.98225;RBI=0.0441641;REFB=-0.0127734;REVB=0.00296522;RO=107;SAF=16;SAR=34;SRF=47;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150259;STB=0.594461;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0221737;OID=.;OPOS=183857908;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:107:106:50:51:0.324841:34:16:47:60:35:16:47:59 chr3 183900680 . G C 189.27 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0221002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5293;QD=13.0532;RBI=0.0508505;REFB=-0.0269869;REVB=0.0457968;RO=35;SAF=16;SAR=7;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798708;STB=0.546034;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.04353;OID=.;OPOS=183900680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:7:16:22:13:7:16:22:13 chr3 183900729 . T C 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.005281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.551;QD=16.0653;RBI=0.00695179;REFB=-0.00465928;REVB=0.00452089;RO=24;SAF=13;SAR=5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157028;STB=0.590803;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00688178;OID=.;OPOS=183900729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:5:13:14:10:5:13:14:10 chr3 183904049 . A G 220.4 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0381635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7998;QD=24.4884;RBI=0.0444269;REFB=-0.0385917;REVB=-0.0227441;RO=15;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128079;STB=0.57136;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0287243;OID=.;OPOS=183904049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:9:12:6:9:9:12:6:9 chr3 183907032 . G C 773.8 PASS AF=0.45;AO=80;DP=187;FAO=81;FDP=180;FR=.;FRO=99;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=0.00123967;FXX=0.0476165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.942;QD=17.1957;RBI=0.00660396;REFB=-0.000610793;REVB=0.00648656;RO=88;SAF=44;SAR=36;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583371;STB=0.521063;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00116315;OID=.;OPOS=183907032;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:180:88:99:80:81:0.45:36:44:43:45:37:44:50:49 chr3 183951135 . C T 104.58 PASS AF=0.647059;AO=10;DP=18;FAO=11;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.005801;FXX=0.0555247;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.141;QD=24.6066;RBI=0.0378994;REFB=-0.129023;REVB=0.0374529;RO=3;SAF=8;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244374;STB=0.691912;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0256245;OID=.;OPOS=183951135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:18:17:3:4:10:11:0.647059:2:8:1:2:2:9:1:3 chr3 183951431 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0102338;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.264;QD=10.0339;RBI=0.0113601;REFB=-0.0220371;REVB=0.00493152;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378245;STB=0.7397;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0304046;OID=.;OPOS=183951431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:4:3:4:1:4:3 chr3 183953972 . G A 141.5 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0139765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4845;QD=10.4811;RBI=0.0155299;REFB=-0.00799645;REVB=0.00677023;RO=34;SAF=4;SAR=14;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396823;STB=0.736565;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00644054;OID=.;OPOS=183953972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:36:18:18:0.333333:14:4:19:15:14:4:20:16 chr3 183954040 . C CT,T 154.49 PASS AF=0.3,0.0142857;AO=17,5;DP=73;FAO=21,1;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=12,1;FSAR=9,0;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0587811,-0.0271851;FXX=0.0140825;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.5182,39.5397;QD=8.82799;RBI=0.0680193,0.0424177;REFB=0.0152159,0.00974344;REVB=0.0342258,-0.0325612;RO=50;SAF=8,5;SAR=9,0;SRF=20;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0870193,0.624998;STB=0.620296,0.991958;STBP=0.168,0.268;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0420012,-0.0032768;OID=.,.;OPOS=183954041,183954040;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:70:50:48:17,5:21,1:0.3,0.0142857:9,0:8,5:20:30:9,0:12,1:19:29 chr3 183955109 . C T 238.06 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0340901;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=182.567;QD=11.6126;RBI=0.0344203;REFB=-0.0040785;REVB=0.00475594;RO=52;SAF=14;SAR=15;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236484;STB=0.51938;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00785602;OID=.;OPOS=183955109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:53:29:29:0.353659:15:14:24:28:15:14:24:29 chr3 183975365 . C T 748.83 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0255996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.007;QD=51.6432;RBI=0.0427012;REFB=-0.0874359;REVB=0.0341767;RO=3;SAF=38;SAR=17;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761985;STB=0.540525;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00158632;OID=.;OPOS=183975365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:3:3:55:55:0.948276:17:38:0:3:17:38:0:3 chr3 183976108 . T C 479.85 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.00361611;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.632;QD=19.7876;RBI=0.0173365;REFB=0.00413188;REVB=-0.0169552;RO=50;SAF=27;SAR=20;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16123;STB=0.589482;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00373988;OID=.;OPOS=183976108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:50:50:47:47:0.484536:20:27:20:30:20:27:20:30 chr3 184037533 . A G 808.01 PASS AF=1;AO=41;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537697;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.165;QD=55.7245;RBI=0.032208;REFB=0;REVB=0.031756;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256241;OID=.;OPOS=184037533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:41:58:1:24:17:0:0:30:28:0:0 chr3 184039666 . A G 312.79 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00841569;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3285;QD=18.9568;RBI=0.0238696;REFB=0.0297252;REVB=0.0223368;RO=33;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822204;STB=0.545848;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.0228247;OID=.;OPOS=184039666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:33:33:33:33:0.5:19:14:17:16:19:14:17:16 chr3 184070917 . C A 172.05 PASS AF=0.245098;AO=25;DP=102;FAO=25;FDP=102;FR=.;FRO=77;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.00483926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.243;QD=6.74689;RBI=0.020092;REFB=-0.0133576;REVB=-0.0195005;RO=76;SAF=8;SAR=17;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166769;STB=0.597909;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0354966;OID=.;OPOS=184070917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:76:77:25:25:0.245098:17:8:34:42:17:8:34:43 chr3 184071135 . C T 93.29 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00932353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.595;QD=9.56819;RBI=0.0143146;REFB=-0.0304028;REVB=0.0108618;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119645;STB=0.563998;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0587949;OID=.;OPOS=184071135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:39:39:23:27:12:12:0.307692:6:6:9:14:6:6:11:16 chr3 184075047 . A G 726.01 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00414732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.128;QD=52.8008;RBI=0.0195938;REFB=-0.0869941;REVB=0.0191499;RO=2;SAF=30;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303767;STB=0.516123;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.000651606;OID=.;OPOS=184075047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:55:55:2:2:53:53:0.963636:23:30:2:0:23:30:2:0 chr3 184102396 . C T 2027.07 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0181;QD=62.3714;RBI=0.0263093;REFB=0;REVB=0.0240699;RO=0;SAF=63;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81008e-05;OID=.;OPOS=184102396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:67:63:0:0:67:63:0:0 chr3 184103903 . A C 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.827;QD=56.9358;RBI=0.0251066;REFB=0;REVB=-0.00385079;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16116e-05;OID=.;OPOS=184103903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr3 184289146 . G A 303.06 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00629568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2556;QD=14.6054;RBI=0.0194688;REFB=0.00655745;REVB=-0.0184228;RO=49;SAF=20;SAR=14;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259377;STB=0.514697;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.0081748;OID=.;OPOS=184289146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:14:20:30:19:14:20:30:19 chr3 184289152 . A G 328.79 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.00208508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.505;QD=15.4723;RBI=0.0276274;REFB=-0.0056719;REVB=-0.0275486;RO=49;SAF=22;SAR=14;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020573;STB=0.511621;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00801768;OID=.;OPOS=184289152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:14:22:29:20:14:22:29:20 chr3 184290724 . C T 117.66 PASS AF=0.24;AO=18;DP=75;FAO=18;FDP=75;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0280717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.976;QD=6.27521;RBI=0.0369394;REFB=-0.021265;REVB=-0.0240104;RO=57;SAF=14;SAR=4;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300009;STB=0.687909;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0649811;OID=.;OPOS=184290724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:57:57:18:18:0.24:4:14:32:25:4:14:32:25 chr3 184293769 . T C 393.88 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.043968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.64;QD=25.4118;RBI=0.0462047;REFB=-0.0293437;REVB=-0.0142017;RO=23;SAF=19;SAR=19;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449604;STB=0.532241;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0110266;OID=.;OPOS=184293769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:24:38:38:0.612903:19:19:13:10:19:19:14:10 chr3 184299068 . G A 350.11 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0449243;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.399;QD=17.2896;RBI=0.04684;REFB=-0.0196497;REVB=-0.0132589;RO=44;SAF=17;SAR=20;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140086;STB=0.578191;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0262601;OID=.;OPOS=184299068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:44:44:37:37:0.45679:20:17:14:30:20:17:14:30 chr3 184299167 . T C 144.87 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.00470006;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.2016;QD=8.77969;RBI=0.0289934;REFB=0.00495524;REVB=0.0286099;RO=45;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249437;STB=0.636237;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0131728;OID=.;OPOS=184299167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:45:46:20:20:0.30303:10:10:13:32:10:10:14:32 chr3 184300041 . AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGC AGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGC 150.24 PASS AF=0.615385,0.384615;AO=7,5;DP=14;FAO=8,5;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=5,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116624,0.0776795;FXX=0.133244;HRUN=1,1;LEN=12,6;MLLD=345.304,65.3451;QD=46.2282;RBI=0.11764,0.117495;REFB=0,0;REVB=0.0154284,0.0881529;RO=0;SAF=3,0;SAR=4,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0210453,0.0144218;OID=.,.;OPOS=184300058,184300042;OREF=GTGTGTGTGCGC,GTGTGT;OALT=-,-;OMAPALT=AGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.615385,0.384615:7,5:14:8,5:13:0:3,0:5,5:0:0:33:0:3,0:4,5:0:0 chr3 184428903 . T G 293.98 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0170981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.545;QD=12.6443;RBI=0.0536631;REFB=-0.00858486;REVB=-0.0508663;RO=59;SAF=20;SAR=14;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448194;STB=0.525677;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0174793;OID=.;OPOS=184428903;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:59:34:34:0.365591:14:20:37:22:14:20:37:22 chr3 184429133 . A ATCC 146.74 PASS AF=0.339286;AO=17;DP=70;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0263041;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=3;MLLD=226.706;QD=10.4815;RBI=0.043056;REFB=-0.02261;REVB=0.0340868;RO=51;SAF=7;SAR=10;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212965;STB=0.579357;STBP=0.416;TYPE=ins;VARB=0.0426042;OID=.;OPOS=184429134;OREF=-;OALT=TCC;OMAPALT=ATCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.339286:17:70:19:56:37:9:10:22:15:99:51:7:10:30:21 chr3 184429414 . C A 62.51 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.035951;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.895;QD=19.2326;RBI=0.0416649;REFB=-0.0535147;REVB=0.0210593;RO=4;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31147;STB=0.651766;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0438219;OID=.;OPOS=184429414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:13:13:4:5:8:8:0.615385:2:6:1:3:2:6:2:3 chr3 184550501 . A G 96.16 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0172197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6556;QD=6.86859;RBI=0.0281132;REFB=0.00165636;REVB=0.0222224;RO=42;SAF=8;SAR=6;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171706;STB=0.605911;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00455965;OID=.;OPOS=184550501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:56:56:42:42:14:14:0.25:6:8:18:24:6:8:18:24 chr3 184573555 . C T 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00389082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.828;QD=11.4401;RBI=0.0242197;REFB=0.00321582;REVB=-0.0239051;RO=24;SAF=2;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326737;STB=0.699065;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00540875;OID=.;OPOS=184573555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:11:2:9:15:11:2:9:15 chr3 184633247 . A C 70.49 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0107419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.349;QD=7.04912;RBI=0.0262877;REFB=-0.00777973;REVB=0.0239928;RO=30;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.020956;OID=.;OPOS=184633247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:6:4:12:18:6:4:12:18 chr3 184647413 . T C 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000617838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.074;QD=58.7801;RBI=0.00784606;REFB=0;REVB=-0.0078217;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.14185e-06;OID=.;OPOS=184647413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr3 184700355 . CA C,CC 235.46 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=2,17;DP=19;FAO=1,18;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1,12;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138757,0.0127472;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=225.976,251.071;QD=49.5707;RBI=0.0179445,0.0191807;REFB=0,0;REVB=0.0113784,0.014332;RO=0;SAF=2,11;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00845435,-0.00150438;OID=.,.;OPOS=184700356,184700356;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0526316,0.947368:2,17:19:1,18:19:0:1,12:0,6:0:0:6:0:2,11:0,6:0:0 chr3 184700426 . C T 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0638122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.578;QD=10.6681;RBI=0.0840768;REFB=-0.00897646;REVB=-0.0547441;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123941;STB=0.507448;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0121356;OID=.;OPOS=184700426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:4:6:11:7:4:6:11:7 chr3 184795895 . A G 336.67 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00376859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.64;QD=17.2649;RBI=0.0320308;REFB=-0.0176187;REVB=0.0318084;RO=42;SAF=13;SAR=23;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182789;STB=0.602562;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0193644;OID=.;OPOS=184795895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:23:13:23:19:23:13:23:19 chr3 184798067 . T C 743.89 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00225529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.107;QD=53.1348;RBI=0.0544581;REFB=-0.065091;REVB=0.0544114;RO=1;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184775;STB=0.519224;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000245216;OID=.;OPOS=184798067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:56:56:1:2:54:54:0.964286:25:29:0:1:25:29:0:2 chr3 184922294 . C T 171.75 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0183005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.371;QD=11.0807;RBI=0.0183113;REFB=-0.0107707;REVB=-0.000629792;RO=40;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742444;STB=0.543244;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0189004;OID=.;OPOS=184922294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:9:13:21:19:9:13:21:19 chr3 185046975 . T C 1940.56 PASS AF=0.984496;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0200162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.444;QD=60.1725;RBI=0.0226462;REFB=-0.071576;REVB=0.0105926;RO=0;SAF=69;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508473;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000152755;OID=.;OPOS=185046975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:129:0:2:127:127:0.984496:58:69:0:0:58:69:0:2 chr3 185146702 . C T 274.31 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0441534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7026;QD=19.9498;RBI=0.0450986;REFB=-0.0156398;REVB=0.00918496;RO=25;SAF=9;SAR=20;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186997;STB=0.596945;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0350994;OID=.;OPOS=185146702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:26:29:29:0.527273:20:9:13:12:20:9:13:13 chr3 185866733 . T C 519.79 PASS AF=0.388535;AO=60;DP=156;FAO=61;FDP=157;FR=.;FRO=96;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=0.0413405;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.205;QD=13.2431;RBI=0.0421547;REFB=-0.00163126;REVB=-0.00824521;RO=95;SAF=24;SAR=36;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585693;STB=0.534371;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00165978;OID=.;OPOS=185866733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:95:96:60:61:0.388535:36:24:43:52:37:24:43:53 chr3 185867550 . G C 211.9 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0106392;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.561;QD=19.7114;RBI=0.0128172;REFB=-0.00178311;REVB=0.00714763;RO=22;SAF=3;SAR=18;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3009;STB=0.673276;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00186323;OID=.;OPOS=185867550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:18:3:8:14:18:3:8:14 chr3 185867637 . C T 136.13 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=30;FWDB=0.00121996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.221;QD=10.4716;RBI=0.00876661;REFB=-0.00366575;REVB=0.00868131;RO=35;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349056;STB=0.699815;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0112167;OID=.;OPOS=185867637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:10:7:5:30:10:7:5:30 chr3 185990096 . C T 993.53 PASS AF=1;AO=58;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00254825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.306;QD=59.3152;RBI=0.061422;REFB=0;REVB=0.0613691;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165924;OID=.;OPOS=185990096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:58:67:1:22:36:0:0:31:36:0:0 chr3 186006566 . T C 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.621;QD=62.4654;RBI=0.0232462;REFB=0;REVB=0.0110103;RO=0;SAF=78;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.95302e-06;OID=.;OPOS=186006566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:9:78:0:0:9:78:0:0 chr3 186006618 . G C 1082.59 PASS AF=0.961039;AO=58;DP=78;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0116597;FXX=0.0128189;HRUN=6;LEN=1;MLLD=202.497;QD=56.2385;RBI=0.0156983;REFB=-0.110139;REVB=-0.0105113;RO=0;SAF=48;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36599e-08;STB=0.537744;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.000700425;OID=.;OPOS=186006618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:77:0:3:58:74:0.961039:10:48:0:0:11:63:1:2 chr3 186015283 . A G 1507.93 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00421955;FXX=0.0101;HRUN=8;LEN=1;MLLD=288.201;QD=61.5483;RBI=0.0109544;REFB=0.149987;REVB=-0.0101091;RO=2;SAF=49;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000197454;STB=0.505154;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.000131212;OID=.;OPOS=186015283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:99:98:2:1:97:97:0.989796:48:49:1:1:48:49:0:1 chr3 186024765 . A G 290.11 PASS AF=0.457143;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00948619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.939;QD=16.5778;RBI=0.0109142;REFB=-0.0108033;REVB=0.00539737;RO=38;SAF=12;SAR=19;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469577;STB=0.536563;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0142857;OID=.;OPOS=186024765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:31:32:0.457143:19:12:13:25:19:13:13:25 chr3 186337713 . T C 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0767996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4028;QD=22.7234;RBI=0.0770463;REFB=-0.0191852;REVB=-0.0061608;RO=16;SAF=5;SAR=15;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32223;STB=0.681625;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0224346;OID=.;OPOS=186337713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:15:5:10:6:15:5:10:6 chr3 186338382 . G C 147.36 PASS AF=0.322581;AO=19;DP=61;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0109988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.745;QD=9.50696;RBI=0.0114076;REFB=-0.00243805;REVB=0.00302656;RO=42;SAF=6;SAR=13;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1686;STB=0.611771;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00262969;OID=.;OPOS=186338382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:42:42:19:20:0.322581:13:6:19:23:14:6:19:23 chr3 186338425 . A C 1097.91 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.492;QD=60.1597;RBI=0.0634149;REFB=0;REVB=-0.0107981;RO=0;SAF=22;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08545e-05;OID=.;OPOS=186338425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:73:0:0:68:73:1:46:22:0:0:46:27:0:0 chr3 186360341 . C T 277.88 PASS AF=0.25;AO=40;DP=167;FAO=42;FDP=168;FR=.;FRO=126;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=61;FSRR=65;FWDB=0.0318473;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2798;QD=6.61623;RBI=0.0335072;REFB=-0.0134394;REVB=-0.0104155;RO=126;SAF=24;SAR=16;SRF=61;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146083;STB=0.565556;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0283636;OID=.;OPOS=186360341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:126:126:40:42:0.25:16:24:61:65:18:24:61:65 chr3 186370333 . G T 243.88 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00330778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5884;QD=17.4199;RBI=0.0215807;REFB=-0.0136168;REVB=0.0213257;RO=29;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888076;STB=0.53782;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0216801;OID=.;OPOS=186370333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:29:26:27:0.482143:11:15:14:15:12:15:14:15 chr3 186390627 . C T 566.47 PASS AF=0.513274;AO=58;DP=113;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.000842331;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.924;QD=20.0522;RBI=0.0232872;REFB=-0.0196125;REVB=0.023272;RO=55;SAF=23;SAR=35;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117233;STB=0.564669;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0158774;OID=.;OPOS=186390627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:55:55:58:58:0.513274:35:23:29:26:35:23:29:26 chr3 186395113 . A G 283.48 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0300492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.335;QD=19.8933;RBI=0.0321015;REFB=-0.00463259;REVB=0.0112939;RO=26;SAF=21;SAR=9;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00762169;STB=0.502091;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0145606;OID=.;OPOS=186395113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:27:30:30:0.526316:9:21:18:8:9:21:19:8 chr3 186395180 . T C 674.69 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442556;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7005;QD=61.3352;RBI=0.0454758;REFB=0;REVB=-0.0104637;RO=0;SAF=31;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229555;OID=.;OPOS=186395180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:11:31:0:0:11:33:0:0 chr3 186395572 . A T 140.17 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0198185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8256;QD=20.7653;RBI=0.0446087;REFB=-0.0892061;REVB=0.0399645;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395277;STB=0.522358;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0634524;OID=.;OPOS=186395572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:27:27:12:12:15:15:0.555556:7:8:7:5:7:8:7:5 chr3 186443018 . T C 246.83 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00357434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.061;QD=17.9513;RBI=0.0104657;REFB=0.00111348;REVB=0.00983645;RO=28;SAF=10;SAR=17;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121395;STB=0.568194;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00087505;OID=.;OPOS=186443018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:17:10:14:14:17:10:14:14 chr3 186504148 . T C 601.3 PASS AF=0.443662;AO=63;DP=142;FAO=63;FDP=142;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=0.00882901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.426;QD=16.938;RBI=0.0129633;REFB=0.000254605;REVB=-0.00949181;RO=77;SAF=30;SAR=33;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055539;STB=0.537831;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00035017;OID=.;OPOS=186504148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:77:79:63:63:0.443662:33:30:41:36:33:30:43:36 chr3 186509517 . G A 424.72 PASS AF=0.54321;AO=41;DP=80;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0228537;FXX=0.03571;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.141;QD=20.9736;RBI=0.0230626;REFB=-0.022013;REVB=-0.00309703;RO=34;SAF=23;SAR=18;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228269;STB=0.514579;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0205765;OID=.;OPOS=186509517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:34:37:41:44:0.54321:18:23:20:14:18:26:23:14 chr3 186570892 . T G 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00840072;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.901;QD=58.2714;RBI=0.0139005;REFB=0;REVB=0.0110749;RO=0;SAF=43;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02873e-05;OID=.;OPOS=186570892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:67:68:1:24:43:0:0:25:43:0:0 chr3 186795924 . C T 679.99 PASS AF=0.421348;AO=75;DP=177;FAO=75;FDP=178;FR=.;FRO=103;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=-0.0193498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5328;QD=15.2808;RBI=0.0217237;REFB=0.00286646;REVB=0.00987439;RO=94;SAF=39;SAR=36;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00936489;STB=0.519382;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00612261;OID=.;OPOS=186795924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:94:103:75:75:0.421348:36:39:48:46:36:39:57:46 chr3 186936376 . A AAT 80.82 PASS AF=0.578947;AO=7;DP=50;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0529472;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=2;MLLD=98.8251;QD=17.0147;RBI=0.0569615;REFB=-0.138634;REVB=0.0210047;RO=40;SAF=7;SAR=0;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.602592;STB=0.540461;STBP=0.848;TYPE=ins;VARB=0.100647;OID=.;OPOS=186936377;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=AAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.578947:7:50:11:19:8:10:1:7:1:59:40:7:0:30:10 chr3 186937568 . A G 1403.87 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00607673;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.258;QD=61.7085;RBI=0.00718995;REFB=-0.0614682;REVB=0.00384301;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.506172;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000172252;OID=.;OPOS=186937568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:91:0:1:90:90:0.989011:40:50:0:0:40:50:0:1 chr3 186954285 . A G 1414.73 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5723;QD=62.8767;RBI=0.0743749;REFB=0;REVB=0.0597257;RO=0;SAF=54;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204435;OID=.;OPOS=186954285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:35:54:0:0:35:55:0:0 chr3 186954338 . G A 106.9 PASS AF=0.183673;AO=18;DP=98;FAO=18;FDP=98;FR=.;FRO=80;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0152052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.287;QD=4.3633;RBI=0.0262667;REFB=-0.011656;REVB=-0.0214183;RO=80;SAF=9;SAR=9;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03159;STB=0.520386;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0389794;OID=.;OPOS=186954338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:80:80:18:18:0.183673:9:9:38:42:9:9:38:42 chr3 187088812 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.215;QD=60.7162;RBI=0.0229213;REFB=0;REVB=0.00106421;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35183e-05;OID=.;OPOS=187088812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr3 187088903 . C A 670.27 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.889;QD=62.3507;RBI=0.0483642;REFB=0;REVB=0.0400484;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000915299;OID=.;OPOS=187088903;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:21:22:0:0 chr3 187088926 . G A 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.128;QD=62.3469;RBI=0.0155887;REFB=0;REVB=0.0118126;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69046e-05;OID=.;OPOS=187088926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr3 187089031 . C A 219.2 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0156359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.482;QD=13.9173;RBI=0.0397977;REFB=-0.0303071;REVB=-0.0365975;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139115;STB=0.50793;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0402452;OID=.;OPOS=187089031;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:13:13:18:19:13:13:18:19 chr3 187416634 . C A 1785.19 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3165;QD=61.0321;RBI=0.0207564;REFB=0;REVB=-0.0074009;RO=1;SAF=49;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959315;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97047e-05;OID=.;OPOS=187416634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:1:0:116:117:1:67:49:1:0:67:50:0:0 chr3 187416719 . T C 927.82 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.949;QD=57.9885;RBI=0.0104255;REFB=0;REVB=0.00770748;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031458;OID=.;OPOS=187416719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:31:32:0:0:32:32:0:0 chr3 187447032 . G A 923.16 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361152;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.155;QD=58.613;RBI=0.0559407;REFB=0;REVB=0.0427207;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130291;OID=.;OPOS=187447032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr3 187897059 . G A,C 1087.64 PASS AF=0.96,0.04;AO=71,3;DP=75;FAO=72,3;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=26,3;FSAR=46,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211573,-0.0049521;FXX=0.0131562;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.7864,190.257;QD=58.0076;RBI=0.0295741,0.0182649;REFB=-0.0820751,-0.00289102;REVB=0.0206639,-0.0175808;RO=1;SAF=26,3;SAR=45,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0103937,0.727144;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00553108,0.014408;OID=.,.;OPOS=187897059,187897059;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:75:75:1:0:71,3:72,3:0.96,0.04:45,0:26,3:0:1:46,0:26,3:0:0 chr3 187897283 . G A 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0168012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.741;QD=17.8403;RBI=0.0327966;REFB=-0.001278;REVB=0.0281662;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020845;OID=.;OPOS=187897283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:9:5:5:9:9:5:5:9 chr3 187897424 . A C 164.08 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0441268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.398;QD=12.8692;RBI=0.0461798;REFB=-0.0152446;REVB=-0.0136162;RO=32;SAF=8;SAR=11;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345841;STB=0.698225;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0115447;OID=.;OPOS=187897424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:11:8:24:8:11:8:24:8 chr3 187897614 . C G 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.613;QD=58.5818;RBI=0.00511572;REFB=0;REVB=1.80428e-05;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.831e-05;OID=.;OPOS=187897614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr3 187897954 . T A 2553.0 PASS AF=0.971751;AO=172;DP=177;FAO=172;FDP=177;FR=.;FRO=5;FSAF=97;FSAR=75;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0856514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.636;QD=57.6949;RBI=0.0961742;REFB=-0.221639;REVB=0.0437413;RO=4;SAF=98;SAR=74;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00795733;STB=0.512561;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00844441;OID=.;OPOS=187897954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:177:177:4:5:172:172:0.971751:74:98:3:1:75:97:5:0 chr3 187898523 . T C 168.73 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0223142;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.078;QD=13.2333;RBI=0.0250006;REFB=-0.00110789;REVB=0.0112742;RO=30;SAF=18;SAR=2;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494469;STB=0.804096;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00246244;OID=.;OPOS=187898523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:30:31:20:20:0.392157:2:18:17:13:2:18:17:14 chr3 187898593 . G A 180.15 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00532124;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5222;QD=23.2445;RBI=0.00661765;REFB=-0.0265264;REVB=-0.00393417;RO=13;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195748;STB=0.608586;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00486286;OID=.;OPOS=187898593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:13:13:18:18:0.580645:7:11:11:2:7:11:11:2 chr3 188464248 . G GT 1349.25 PASS AF=1;AO=112;DP=120;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0688346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.445;QD=46.9304;RBI=0.0731334;REFB=0;REVB=-0.0247042;RO=8;SAF=67;SAR=45;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00352059;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00107795;OID=.;OPOS=188464249;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:112:120:115:115:0:68:47:0:0:24:8:67:45:5:3 chr3 188590446 . A G 2493.03 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.217;QD=61.5563;RBI=0.02978;REFB=0;REVB=-0.0250912;RO=0;SAF=94;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03558e-05;OID=.;OPOS=188590446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:162:0:0:161:162:1:67:94:0:0:67:95:0:0 chr3 189713205 . T C 834.39 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00578917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6162;QD=57.5442;RBI=0.032268;REFB=0;REVB=-0.0317445;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000371117;OID=.;OPOS=189713205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:22:35:0:0:23:35:0:0 chr3 190023552 . T C 327.39 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057334;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.054;QD=54.5647;RBI=0.0243134;REFB=0;REVB=0.0236277;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37172e-05;OID=.;OPOS=190023552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr3 190024457 . A G 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.407;QD=59.9375;RBI=0.0329427;REFB=0;REVB=0.0308597;RO=0;SAF=65;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21325e-05;OID=.;OPOS=190024457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:36:65:0:0:36:65:0:0 chr3 190030680 . A C,G 1892.35 PASS AF=0.0472441,0.944882;AO=6,118;DP=126;FAO=6,120;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=3,65;FSAR=3,55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0128087,0.0198139;FXX=0.030532;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.9363,134.641;QD=59.6017;RBI=0.0236981,0.0439005;REFB=-0.110213,-0.060584;REVB=-0.0199384,0.0391748;RO=1;SAF=3,64;SAR=3,54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.123249,0.00871445;STB=0.571194,0.504504;STBP=0.508,0.293;TYPE=snp,snp;VARB=0.00817294,0.000481057;OID=.,.;OPOS=190030680,190030680;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:126:127:1:1:6,118:6,120:0.0472441,0.944882:3,54:3,64:0:1:3,55:3,65:0:1 chr3 190039888 . G A 310.61 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0265276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4412;QD=23.4423;RBI=0.0271173;REFB=-0.0279201;REVB=0.00562454;RO=22;SAF=11;SAR=20;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182279;STB=0.600685;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0167945;OID=.;OPOS=190039888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:20:11:13:9:20:11:13:9 chr3 190333162 . TG T,TT 1639.38 PASS AF=1,0;AO=102,8;DP=110;FAO=110,0;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=50,0;FSAR=60,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015729,-0.0163281;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=360.187,339.616;QD=59.6138;RBI=0.0157394,0.0163324;REFB=0,0;REVB=-0.00057395,-0.000373066;RO=0;SAF=47,3;SAR=55,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.05013e-08,-4.46938e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000169594,-0.00309591;OID=.,.;OPOS=190333163,190333163;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:102,8:110:110,0:110:0:50,0:60,0:0:0:9:0:47,3:55,5:0:0 chr3 190360102 . G A 239.3 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0409593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3384;QD=20.809;RBI=0.0684455;REFB=0.00718063;REVB=-0.0548373;RO=22;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176566;STB=0.586393;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00661668;OID=.;OPOS=190360102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:12:11:15:7:12:11:15:8 chr3 190578566 . A G 778.72 PASS AF=0.512987;AO=79;DP=153;FAO=79;FDP=154;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.00734413;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.586;QD=20.2265;RBI=0.0251433;REFB=-0.00541223;REVB=0.0240468;RO=73;SAF=34;SAR=45;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674971;STB=0.537482;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0045695;OID=.;OPOS=190578566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:73:75:79:79:0.512987:45:34:37:36:45:34:38:37 chr3 190999917 . C A 209.77 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0138443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6898;QD=11.8181;RBI=0.0460839;REFB=-0.00802457;REVB=-0.0439552;RO=44;SAF=17;SAR=9;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197163;STB=0.621168;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.017776;OID=.;OPOS=190999917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:44:45:26:26:0.366197:9:17:21:23:9:17:21:24 chr3 191047532 . A G 1787.12 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.038;QD=61.0981;RBI=0.0800936;REFB=0;REVB=0.0649909;RO=0;SAF=56;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00586e-05;OID=.;OPOS=191047532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:117:0:0:113:117:1:57:56:0:0:59:58:0:0 chr3 191074873 . C G 1138.95 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275614;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.879;QD=60.744;RBI=0.0325172;REFB=0;REVB=0.0172551;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98845e-05;OID=.;OPOS=191074873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:45:29:0:0:45:30:0:0 chr3 191098539 . C G 1323.91 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155153;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.281;QD=62.3016;RBI=0.0164691;REFB=0;REVB=-0.00552337;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1208e-05;OID=.;OPOS=191098539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:36:48:0:0:36:49:0:0 chr3 191109694 . T A 401.39 PASS AF=0.306818;AO=55;DP=175;FAO=54;FDP=176;FR=.;FRO=122;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=67;FSRR=55;FWDB=-0.04558;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.146;QD=9.12251;RBI=0.0874791;REFB=-0.0163839;REVB=0.0746663;RO=114;SAF=26;SAR=29;SRF=64;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103362;STB=0.546812;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0399854;OID=.;OPOS=191109694;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:114:122:55:54:0.306818:29:26:64:50:28:26:67:55 chr3 191810914 . TA CG 1026.67 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203798;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=158.006;QD=59.5168;RBI=0.020829;REFB=0;REVB=0.00430272;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.19011e-05;OID=.;OPOS=191810914;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:37:31:0:0:38:31:0:0 chr3 192516430 . C T 206.95 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00240611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.501;QD=17.2461;RBI=0.0173611;REFB=-0.00723409;REVB=0.0171936;RO=27;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136257;STB=0.578153;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0127608;OID=.;OPOS=192516430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:15:6:11:16:15:6:11:16 chr3 192994543 . A G 370.24 PASS AF=0.47561;AO=37;DP=81;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0340483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1003;QD=18.0602;RBI=0.053923;REFB=-0.0328515;REVB=0.0418139;RO=43;SAF=16;SAR=21;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120643;STB=0.552043;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0546216;OID=.;OPOS=192994543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:43:43:37:39:0.47561:21:16:24:19:22:17:23:20 chr3 193031926 . C T 958.32 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0220572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.783;QD=57.2129;RBI=0.0333211;REFB=0.0816943;REVB=0.0249755;RO=1;SAF=34;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136944;STB=0.507244;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00152822;OID=.;OPOS=193031926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:32:34:1:0:32:34:1:0 chr3 193036794 . G C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.693;QD=63.2866;RBI=0.0350598;REFB=0;REVB=0.0199368;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123872;OID=.;OPOS=193036794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr3 193042776 . T C 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00875721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.507;QD=60.2265;RBI=0.0165482;REFB=0;REVB=-0.0140412;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.73174e-05;OID=.;OPOS=193042776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr3 193080344 . C T 304.8 PASS AF=0.358491;AO=38;DP=106;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0103226;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.01;QD=11.5019;RBI=0.0120493;REFB=0.00221976;REVB=-0.0062153;RO=68;SAF=15;SAR=23;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103094;STB=0.559239;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0032414;OID=.;OPOS=193080344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:68:68:38:38:0.358491:23:15:33:35:23:15:33:35 chr3 193080414 . C G 421.76 PASS AF=0.625;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00420542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.708;QD=26.3602;RBI=0.00671187;REFB=-0.0125496;REVB=-0.00523103;RO=24;SAF=19;SAR=21;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114749;STB=0.506266;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0067129;OID=.;OPOS=193080414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:24:40:40:0.625:21:19:11:13:21:19:11:13 chr3 193081122 . G T 732.59 PASS AF=0.489796;AO=72;DP=147;FAO=72;FDP=147;FR=.;FRO=75;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0105967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7435;QD=19.9343;RBI=0.0219336;REFB=-0.00287878;REVB=-0.019204;RO=75;SAF=42;SAR=30;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132878;STB=0.573358;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00320586;OID=.;OPOS=193081122;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:75:75:72:72:0.489796:30:42:33:42:30:42:33:42 chr3 193096529 . C T 1677.39 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.638;QD=60.4466;RBI=0.0246259;REFB=0;REVB=0.00359787;RO=0;SAF=42;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12854e-05;OID=.;OPOS=193096529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:69:42:0:0:69:42:0:0 chr3 193120359 . GA G 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.00462821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.336;QD=16.2365;RBI=0.0068335;REFB=-0.0186895;REVB=0.00502757;RO=36;SAF=16;SAR=14;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187465;STB=0.604872;STBP=0.151;TYPE=del;VARB=0.020917;OID=.;OPOS=193120360;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:30:66:30:66:36:16:14:26:10:99:36:16:14:26:10 chr3 193183817 . A G 305.29 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.067733;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.453;QD=20.0189;RBI=0.0677361;REFB=-0.0063541;REVB=0.000648578;RO=29;SAF=24;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25875;STB=0.644763;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0106148;OID=.;OPOS=193183817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:8:24:14:15:8:24:14:15 chr3 193209178 . T C 338.45 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00897088;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3402;QD=28.2045;RBI=0.053161;REFB=-0.0201583;REVB=0.0523986;RO=19;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974148;STB=0.553562;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0146605;OID=.;OPOS=193209178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:19:19:29:29:0.604167:13:16:13:6:13:16:13:6 chr3 193210768 . A G 467.7 PASS AF=0.494624;AO=44;DP=90;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.0365167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.624;QD=20.1162;RBI=0.0391543;REFB=-0.00158699;REVB=0.0141275;RO=46;SAF=20;SAR=24;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141833;STB=0.581098;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0027052;OID=.;OPOS=193210768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:46:47:44:46:0.494624:24:20:14:32:24:22:15:32 chr3 193355074 . T C 1917.69 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00878493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.361;QD=60.879;RBI=0.0284978;REFB=-0.0277724;REVB=0.02711;RO=1;SAF=43;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00575977;STB=0.50303;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=2.68744e-05;OID=.;OPOS=193355074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:82:43:0:1:82:43:0:1 chr3 193355076 . T C 381.73 PASS AF=0.368;AO=46;DP=125;FAO=46;FDP=125;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=61;FWDB=-0.0822085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2402;QD=12.2154;RBI=0.0976732;REFB=0.00575117;REVB=0.052743;RO=75;SAF=25;SAR=21;SRF=15;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369948;STB=0.694135;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00988788;OID=.;OPOS=193355076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:75:79:46:46:0.368:21:25:15:60:21:25:18:61 chr3 193863706 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00622862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3473;QD=57.2025;RBI=0.0382251;REFB=0;REVB=0.0377142;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000536243;OID=.;OPOS=193863706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr3 194061826 . C T 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0506284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.478;QD=17.2231;RBI=0.0511443;REFB=-0.0574655;REVB=-0.00724575;RO=35;SAF=15;SAR=17;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174719;STB=0.589361;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0447459;OID=.;OPOS=194061826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:36:32:32:0.470588:17:15:23:12:17:15:23:13 chr3 194061906 . T C 495.52 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0235324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.973;QD=23.3186;RBI=0.0339964;REFB=-0.0113414;REVB=-0.0245353;RO=38;SAF=19;SAR=28;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100774;STB=0.555419;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.013009;OID=.;OPOS=194061906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:47:47:0.552941:28:19:20:18:28:19:20:18 chr3 194062519 . C T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0464555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4126;QD=21.8418;RBI=0.0608967;REFB=-0.0397718;REVB=0.0393738;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772509;STB=0.545299;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0147226;OID=.;OPOS=194062519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:2:4:1:1:2:4:1:1 chr3 194062565 . C T 43.9 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00471187;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.4883;QD=19.5101;RBI=0.147196;REFB=-0.019469;REVB=0.14712;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436878;STB=0.555372;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.020884;OID=.;OPOS=194062565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:9:9:3:3:5:6:0.666667:2:3:2:1:3:3:2:1 chr3 194062820 . C T 238.3 PASS AF=0.30303;AO=30;DP=99;FAO=30;FDP=99;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.0323149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1808;QD=9.62817;RBI=0.0445422;REFB=0.0049283;REVB=-0.0306555;RO=69;SAF=21;SAR=9;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839766;STB=0.549619;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.0151218;OID=.;OPOS=194062820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:69:69:30:30:0.30303:9:21:44:25:9:21:44:25 chr3 194063300 . T C 465.07 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=125;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.0100419;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7248;QD=15.0022;RBI=0.011267;REFB=0.0110988;REVB=0.00510943;RO=71;SAF=24;SAR=28;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900577;STB=0.554435;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.0136512;OID=.;OPOS=194063300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:71:72:52:52:0.419355:28:24:39:32:28:24:40:32 chr3 194118874 . T C 727.98 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.863;QD=55.9987;RBI=0.0146068;REFB=0;REVB=0.00563609;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545469;OID=.;OPOS=194118874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:28:22:0:0:29:23:0:0 chr3 194124421 . A G 284.29 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.000240004;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.938;QD=12.6352;RBI=0.011787;REFB=-0.00395965;REVB=-0.0117846;RO=57;SAF=20;SAR=13;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109201;STB=0.562762;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0097015;OID=.;OPOS=194124421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:57:57:33:33:0.366667:13:20:29:28:13:20:29:28 chr3 194124427 . C T 621.51 PASS AF=0.611111;AO=55;DP=90;FAO=55;FDP=90;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00271077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.261;QD=27.6225;RBI=0.0373124;REFB=-0.00707567;REVB=-0.0372138;RO=35;SAF=28;SAR=27;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650605;STB=0.535398;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00500478;OID=.;OPOS=194124427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:35:35:55:55:0.611111:27:28:21:14:27:28:21:14 chr3 194313832 . T C 698.57 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.117;QD=62.0951;RBI=0.0624802;REFB=0;REVB=-0.000407976;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244935;OID=.;OPOS=194313832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:23:21:0:0:23:22:0:0 chr3 194337901 . T C 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00859432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.442;QD=60.8834;RBI=0.0115763;REFB=0;REVB=-0.00775557;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56289e-05;OID=.;OPOS=194337901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr3 194338412 . C T 176.61 PASS AF=0.282353;AO=24;DP=86;FAO=24;FDP=85;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.00101401;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.515;QD=8.31125;RBI=0.00525087;REFB=-0.0119235;REVB=-0.00515203;RO=61;SAF=7;SAR=17;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270624;STB=0.662424;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0210483;OID=.;OPOS=194338412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:61:61:24:24:0.282353:17:7:31:30:17:7:31:30 chr3 194338423 . C T 372.24 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.032055;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.431;QD=17.3134;RBI=0.0334506;REFB=-0.0132437;REVB=-0.00956133;RO=45;SAF=16;SAR=23;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977712;STB=0.543943;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0180839;OID=.;OPOS=194338423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:45:47:39:39:0.453488:23:16:23:22:23:16:23:24 chr3 194349178 . C T 412.44 PASS AF=0.362963;AO=49;DP=135;FAO=49;FDP=135;FR=.;FRO=86;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.0214415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.046;QD=12.2204;RBI=0.0268715;REFB=-0.00295691;REVB=0.0161969;RO=84;SAF=17;SAR=32;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1623;STB=0.600897;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0049272;OID=.;OPOS=194349178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:84:86:49:49:0.362963:32:17:41:43:32:17:43:43 chr3 194353875 . G T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0485547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5267;QD=16.1989;RBI=0.096472;REFB=0.00628248;REVB=0.0833624;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.01118;OID=.;OPOS=194353875;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chr3 194373832 . TG CA 3207.22 PASS AF=1;AO=207;DP=209;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316675;FXX=0.00956892;HRUN=2;LEN=2;MLLD=366.111;QD=61.9753;RBI=0.0325204;REFB=0;REVB=0.00739926;RO=0;SAF=98;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.0859e-05;OID=.;OPOS=194373832;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:207:0:0:207:207:1:109:98:0:0:109:98:0:0 chr3 194387300 . C T 243.39 PASS AF=0.451613;AO=26;DP=60;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0247568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.479;QD=15.7026;RBI=0.0247767;REFB=-0.0191696;REVB=0.000994063;RO=34;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251851;STB=0.52029;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.023523;OID=.;OPOS=194387300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:34:34:26:28:0.451613:17:9:11:23:18:10:11:23 chr3 194790799 . C G 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.134187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5062;QD=22.6778;RBI=0.1354;REFB=-0.0362872;REVB=0.0180854;RO=5;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671499;STB=0.538382;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0109826;OID=.;OPOS=194790799;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:7:3:2:3:7:3:2:3 chr3 194842877 . A G 416.13 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.00261922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.577;QD=22.1937;RBI=0.00285162;REFB=-0.0139367;REVB=-0.00112756;RO=33;SAF=22;SAR=19;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187706;STB=0.6087;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0127535;OID=.;OPOS=194842877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:33:34:41:41:0.546667:19:22:10:23:19:22:10:24 chr3 195000130 . C T 202.6 PASS AF=0.27451;AO=28;DP=102;FAO=28;FDP=102;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.0659189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.966;QD=7.94522;RBI=0.0659373;REFB=0.006503;REVB=-0.00155776;RO=73;SAF=11;SAR=17;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203468;STB=0.625606;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.019248;OID=.;OPOS=195000130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:73:74:28:28:0.27451:17:11:41:32:17:11:42:32 chr3 195076877 . C G 488.78 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00386326;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.85;QD=21.4849;RBI=0.00430797;REFB=-0.0222687;REVB=0.00190625;RO=43;SAF=22;SAR=25;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431439;STB=0.528734;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0203267;OID=.;OPOS=195076877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:44:47:47:0.516484:25:22:18:25:25:22:18:26 chr3 195242526 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.817;QD=52.6132;RBI=0.0733795;REFB=0;REVB=0.00610398;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002858;OID=.;OPOS=195242526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr3 195345828 . AG GA 87.38 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.35896e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=143.79;QD=38.8334;RBI=0.00736123;REFB=0;REVB=0.00736123;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.52466e-05;OID=.;OPOS=195345828;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:6:3:0:0 chr3 195346477 . C T 922.07 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0604406;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3691;QD=54.2393;RBI=0.0795207;REFB=-0.0902407;REVB=0.0516766;RO=3;SAF=39;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00578844;STB=0.503067;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00470186;OID=.;OPOS=195346477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:68:68:3:3:65:65:0.955882:26:39:2:1:26:39:2:1 chr3 195346680 . G A 112.88 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0208539;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.737;QD=9.40639;RBI=0.0309268;REFB=-0.0139871;REVB=-0.0228382;RO=34;SAF=9;SAR=5;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676426;STB=0.541079;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0547443;OID=.;OPOS=195346680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:5:9:20:14:5:9:20:14 chr3 195399505 . C T 57.75 PASS AF=0.131868;AO=12;DP=91;FAO=12;FDP=91;FR=.;FRO=79;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.0293669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.469;QD=2.5385;RBI=0.0355835;REFB=0.00159998;REVB=0.020094;RO=79;SAF=2;SAR=10;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376861;STB=0.773556;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0199413;OID=.;OPOS=195399505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:91:91:79:79:12:12:0.131868:10:2:35:44:10:2:35:44 chr3 195400841 . C A 30.32 PASS AF=0.0869565;AO=8;DP=92;FAO=8;FDP=92;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=-0.00947044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.943;QD=1.31841;RBI=0.0170768;REFB=-0.000881858;REVB=0.0142101;RO=84;SAF=7;SAR=1;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362576;STB=0.810366;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00745096;OID=.;OPOS=195400841;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:92:92:84:84:8:8:0.0869565:1:7:50:34:1:7:50:34 chr3 195400848 . G A 33.08 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.00748859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.658;QD=1.6138;RBI=0.024583;REFB=-0.000229712;REVB=0.0234147;RO=74;SAF=7;SAR=1;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385803;STB=0.816615;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00834193;OID=.;OPOS=195400848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:74:74:8:8:0.097561:1:7:43:31:1:7:43:31 chr3 195404649 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.04;QD=39.2068;RBI=0.0763672;REFB=0;REVB=0.0705627;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00242635;OID=.;OPOS=195404649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr3 195447886 . G C 1019.3 PASS AF=0.57485;AO=96;DP=167;FAO=96;FDP=167;FR=.;FRO=71;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.0331841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.191;QD=24.4145;RBI=0.0344425;REFB=-0.0492739;REVB=0.00922485;RO=69;SAF=53;SAR=43;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012316;STB=0.501198;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0363771;OID=.;OPOS=195447886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:69:71:96:96:0.57485:43:53:37:32:43:53:39:32 chr3 195451880 . AG GA 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264434;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=99.434;QD=54.5167;RBI=0.0412609;REFB=0;REVB=-0.0316735;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-5.56119e-05;OID=.;OPOS=195451880;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr3 195452005 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0335796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.49;QD=23.218;RBI=0.0639424;REFB=-0.0207998;REVB=-0.0544155;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.010176;OID=.;OPOS=195452005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:0:1:2:3:0:1 chr3 195452770 . G A 347.65 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.000745152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.805;QD=19.8658;RBI=0.0149677;REFB=-0.0161183;REVB=-0.0149491;RO=34;SAF=23;SAR=13;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366349;STB=0.702184;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00983685;OID=.;OPOS=195452770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:13:23:7:27:13:23:7:27 chr3 195452799 . C T 493.88 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=32;FWDB=0.0633277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5365;QD=22.971;RBI=0.090506;REFB=0.00846418;REVB=0.0646601;RO=39;SAF=30;SAR=17;SRF=7;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36598;STB=0.700253;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00411651;OID=.;OPOS=195452799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:39:47:47:0.546512:17:30:7:32:17:30:7:32 chr3 195452951 . G C 1229.76 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020451;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0194;QD=61.4882;RBI=0.0756154;REFB=0;REVB=-0.0727973;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000704125;OID=.;OPOS=195452951;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:48:32:0:0:48:32:0:0 chr3 195452987 . G A 430.86 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0502493;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5991;QD=19.8097;RBI=0.0560994;REFB=-0.0284618;REVB=-0.024943;RO=44;SAF=16;SAR=27;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16095;STB=0.589477;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0245701;OID=.;OPOS=195452987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:44:44:43:43:0.494253:27:16:24:20:27:16:24:20 chr3 195452991 . C T 411.52 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.023137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0229;QD=18.4954;RBI=0.0794428;REFB=-0.013521;REVB=0.0759989;RO=47;SAF=16;SAR=26;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145456;STB=0.581204;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0155785;OID=.;OPOS=195452991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:42:42:0.47191:26:16:25:22:26:16:25:22 chr3 195453014 . G A 352.85 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00820915;FXX=0.0124984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.903;QD=17.8659;RBI=0.0123649;REFB=-0.0142266;REVB=0.00924666;RO=37;SAF=12;SAR=25;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105928;STB=0.573608;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0173125;OID=.;OPOS=195453014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:79:37:42:37:37:0.468354:25:12:16:21:25:12:19:23 chr3 195453064 . T G 1394.66 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0103766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0337;QD=59.3471;RBI=0.0153968;REFB=-0.031794;REVB=-0.0113749;RO=3;SAF=37;SAR=54;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00459333;STB=0.502424;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00363126;OID=.;OPOS=195453064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:3:3:91:91:0.968085:54:37:1:2:54:37:1:2 chr3 195453243 . C T 329.56 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.00884424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.219;QD=13.3155;RBI=0.00886128;REFB=-0.0229909;REVB=0.000549395;RO=61;SAF=19;SAR=18;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130718;STB=0.568826;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0294415;OID=.;OPOS=195453243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:62:37:37:0.373737:18:19:24:37:18:19:25:37 chr3 195453257 . G A 276.0 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0397673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3967;QD=13.3014;RBI=0.0451191;REFB=-0.0338612;REVB=0.0213143;RO=51;SAF=17;SAR=15;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190636;STB=0.608436;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0519649;OID=.;OPOS=195453257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:15:17:18:33:15:17:18:33 chr3 195453406 . G C 94.66 PASS AF=0.733333;AO=10;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0296468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.699;QD=25.2439;RBI=0.0708788;REFB=-0.0607656;REVB=0.0643807;RO=4;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802204;STB=0.533274;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0292967;OID=.;OPOS=195453406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:10:11:0.733333:6:4:1:3:7:4:1:3 chr3 195453412 . C T 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.000589641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.525;QD=22.9154;RBI=0.0516848;REFB=0.00516786;REVB=0.0516814;RO=4;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514675;STB=0.529348;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.0025995;OID=.;OPOS=195453412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:6:3:1:3:6:3:1:3 chr3 195456561 . C G 287.62 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.000780096;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.765;QD=15.7599;RBI=0.0106691;REFB=-0.00681717;REVB=0.0106406;RO=40;SAF=19;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118161;STB=0.573724;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00939399;OID=.;OPOS=195456561;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:41:32:32:0.438356:13:19:19:21:13:19:19:22 chr3 195477791 . G A 2345.06 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302666;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.63;QD=60.9107;RBI=0.0461227;REFB=0;REVB=0.0348028;RO=1;SAF=93;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00508563;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59086e-05;OID=.;OPOS=195477791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:141:154:1:0:140:154:1:47:93:1:0:56:98:0:0 chr3 195479256 . T C 751.96 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.058334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3326;QD=56.7518;RBI=0.0879972;REFB=0;REVB=0.0658836;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75295e-05;OID=.;OPOS=195479256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:30:22:0:0:31:22:0:0 chr3 195489009 . C A 3202.6 PASS AF=1;AO=207;DP=208;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189132;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.67;QD=61.5885;RBI=0.0356509;REFB=0.0186479;REVB=0.0302205;RO=1;SAF=110;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488567;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.6498e-05;OID=.;OPOS=195489009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:208:208:1:0:207:208:1:97:110:0:1:97:111:0:0 chr3 195489067 . C G 3609.98 PASS AF=1;AO=229;DP=229;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0549525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0227;QD=63.0565;RBI=0.0787156;REFB=0;REVB=-0.0563593;RO=0;SAF=111;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235276;OID=.;OPOS=195489067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:229:229:0:0:229:229:1:118:111:0:0:118:111:0:0 chr3 195495916 . G C 817.52 PASS AF=0.861111;AO=62;DP=72;FAO=62;FDP=72;FR=.;FRO=10;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0385623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.207;QD=45.4178;RBI=0.0392388;REFB=-0.134975;REVB=-0.00725469;RO=3;SAF=29;SAR=33;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463674;STB=0.518396;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0034973;OID=.;OPOS=195495916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:72:72:3:10:62:62:0.861111:33:29:3:0:33:29:6:4 chr3 195497174 . C G 1804.03 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1021;QD=61.1535;RBI=0.0634176;REFB=0;REVB=0.0283585;RO=0;SAF=51;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.14594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346714;OID=.;OPOS=195497174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:67:51:0:0:67:51:0:0 chr3 195497743 . TA CA,CG 418.26 PASS AF=0.9,0.1;AO=24,3;DP=30;FAO=27,3;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14,3;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026433,0.0213063;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=114.292,130.896;QD=55.7682;RBI=0.0282492,0.0238439;REFB=0,0;REVB=-0.00996575,0.0107039;RO=0;SAF=11,3;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-1.84824e-05,-0.00983735;OID=.,.;OPOS=195497743,195497743;OREF=T,TA;OALT=C,CG;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:30:30:0:0:24,3:27,3:0.9,0.1:13,0:11,3:0:0:13,0:14,3:0:0 chr3 195501149 . C T 1134.91 PASS AF=0.930233;AO=79;DP=85;FAO=80;FDP=86;FR=.;FRO=6;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0758414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3282;QD=52.7865;RBI=0.0789177;REFB=-0.133786;REVB=0.0218194;RO=6;SAF=30;SAR=49;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545221;STB=0.528295;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00776203;OID=.;OPOS=195501149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:85:86:6:6:79:80:0.930233:49:30:0:6:50:30:0:6 chr3 195505664 . G A 508.24 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.012258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.078;QD=56.4707;RBI=0.0366244;REFB=0.106074;REVB=0.0345121;RO=1;SAF=26;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017657;STB=0.509429;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.000513238;OID=.;OPOS=195505664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:9:26:1:0:9:26:1:0 chr3 195505788 . G C 148.0 PASS AF=0.875;AO=13;DP=15;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0525016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.613;QD=36.9991;RBI=0.070006;REFB=0.0821048;REVB=0.0463079;RO=2;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128919;STB=0.571326;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00124995;OID=.;OPOS=195505788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:15:16:2:2:13:14:0.875:6:7:0:2:6:8:0:2 chr3 195510827 . C T 41.31 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00664953;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.554;QD=12.71;RBI=0.0485232;REFB=-0.0507066;REVB=0.0480654;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32987;STB=0.699353;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0421179;OID=.;OPOS=195510827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:5:2:4:2:5:2 chr3 195512107 . T A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5967;QD=44.6878;RBI=0.106838;REFB=0;REVB=0.105519;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00282966;OID=.;OPOS=195512107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr3 195512343 . G A 101.5 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-2.81135e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.754;QD=16.9168;RBI=0.0175265;REFB=-0.0185109;REVB=-0.0175265;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144308;STB=0.583194;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0303316;OID=.;OPOS=195512343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:7:5:7:5:7:5:7:5 chr3 195513102 . A G 51.12 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0589488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4778;QD=5.38133;RBI=0.073215;REFB=-0.00427691;REVB=-0.0434221;RO=30;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0141239;OID=.;OPOS=195513102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:4:4:15:15:4:4:15:15 chr3 195513345 . A C 61.35 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00813198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.256;QD=18.8762;RBI=0.0123851;REFB=-0.0268711;REVB=0.00934134;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749496;STB=0.510178;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0148614;OID=.;OPOS=195513345;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:4:5:8:8:0.615385:5:3:2:2:5:3:2:3 chr3 195515594 . C G 2203.24 PASS AF=0.986301;AO=134;DP=135;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00292772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.576;QD=60.3627;RBI=0.0593822;REFB=-0.1419;REVB=0.05931;RO=0;SAF=82;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000708035;OID=.;OPOS=195515594;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:135:146:0:2:134:144:0.986301:52:82:0:0:60:84:2:0 chr3 195515617 . G C 2459.76 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566686;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8099;QD=61.4939;RBI=0.148431;REFB=0;REVB=0.137187;RO=0;SAF=89;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000756568;OID=.;OPOS=195515617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:160:0:0:159:160:1:70:89:0:0:70:90:0:0 chr3 195516630 . G T 1634.77 PASS AF=0.973684;AO=111;DP=114;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=87;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00703487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.704;QD=57.3604;RBI=0.00904176;REFB=-0.0733142;REVB=0.00568014;RO=3;SAF=24;SAR=87;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325051;STB=0.517144;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.000497891;OID=.;OPOS=195516630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:114:114:3:3:111:111:0.973684:87:24:2:1:87:24:2:1 chr3 195516878 . T C 752.58 PASS AF=1;AO=37;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.190247;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.098;QD=64.0491;RBI=0.206536;REFB=0;REVB=0.0803941;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121578;OID=.;OPOS=195516878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:37:47:1:24:13:0:0:29:18:0:0 chr3 195517054 . T C 509.15 PASS AF=0.331579;AO=63;DP=190;FAO=63;FDP=190;FR=.;FRO=127;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=86;FWDB=0.0177163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.089;QD=10.719;RBI=0.0296349;REFB=-0.00491044;REVB=0.0237562;RO=125;SAF=19;SAR=44;SRF=40;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249777;STB=0.516629;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0104195;OID=.;OPOS=195517054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:125:127:63:63:0.331579:44:19:40:85:44:19:41:86 chr3 195517258 . G A 1522.11 PASS AF=0.989583;AO=90;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000456359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.749;QD=63.4214;RBI=0.00372584;REFB=0;REVB=-0.00369779;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000363769;OID=.;OPOS=195517258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:0:0:90:95:0.989583:40:50:0:0:41:54:0:0 chr3 195517321 . G A 1098.71 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00679719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.323;QD=60.2034;RBI=0.0276789;REFB=0;REVB=0.0268313;RO=0;SAF=60;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18303e-05;OID=.;OPOS=195517321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:12:60:0:0:12:61:0:0 chr3 195517553 . A C 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00214529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.652;QD=62.9793;RBI=0.0464266;REFB=0;REVB=0.046377;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201808;OID=.;OPOS=195517553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr3 195518112 . T A,TGTCTCCTGCGTAACA 1042.44 PASS AF=0.0503597,0.611511;AO=8,78;DP=145;FAO=7,85;FDP=139;FR=.;FRO=47;FSAF=7,37;FSAR=0,48;FSRF=36;FSRR=11;FWDB=0.000793656,0.00227847;FXX=0.0347198;HRUN=1,1;LEN=1,15;MLLD=76.796,403.796;QD=29.9981;RBI=0.0175137,0.00524048;REFB=-0.00678373,-0.0181269;REVB=0.0174957,0.00471924;RO=48;SAF=7,35;SAR=1,43;SRF=36;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.239044,-0.209529;STB=0.99773,0.616115;STBP=0.051,0;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00914531,0.0060346;OID=.,.;OPOS=195518112,195518113;OREF=T,-;OALT=A,GTCTCCTGCGTAACA;OMAPALT=A,TGTCTCCTGCGTAACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:145:139:48:47:8,78:7,85:0.0503597,0.611511:1,43:7,35:36:12:0,48:7,37:36:11 chr3 195518330 . C G 397.18 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389058;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.314;QD=56.7404;RBI=0.0506065;REFB=0;REVB=-0.0323629;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000368326;OID=.;OPOS=195518330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr3 195594932 . G A 73.04 PASS AF=0.259259;AO=4;DP=28;FAO=7;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0110263;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.544;QD=10.8202;RBI=0.0351826;REFB=-0.0147605;REVB=0.0334101;RO=14;SAF=4;SAR=0;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.589152;STB=0.545316;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0336216;OID=.;OPOS=195594932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:28:27:14:17:4:7:0.259259:0:4:12:2:1:6:14:3 chr3 195606019 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.265;QD=54.5177;RBI=0.0120853;REFB=0;REVB=0.0117347;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61484e-05;OID=.;OPOS=195606019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr3 195615376 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.147;QD=57.2377;RBI=0.0447461;REFB=0;REVB=0.0182236;RO=0;SAF=14;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.9049e-05;OID=.;OPOS=195615376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:42:14:0:0:42:14:0:0 chr3 195647997 . T A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0606313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.24;QD=37.4885;RBI=0.0613809;REFB=0;REVB=0.00956326;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103266;OID=.;OPOS=195647997;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr3 195668443 . GA G 108.98 PASS AF=0.290909;AO=14;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=7;FWDB=-0.0208887;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.222;QD=7.92611;RBI=0.02132;REFB=-0.0188228;REVB=-0.00426671;RO=39;SAF=11;SAR=3;SRF=32;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652792;STB=0.509422;STBP=0.924;TYPE=del;VARB=0.0532728;OID=.;OPOS=195668444;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290909:14:55:16:55:39:13:3:32:7:99:39:11:3:32:7 chr3 195668466 . G A 46.75 PASS AF=0.138462;AO=8;DP=63;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=42;FSRR=14;FWDB=0.0261618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.661;QD=2.87666;RBI=0.0378899;REFB=-0.00676951;REVB=-0.0274081;RO=55;SAF=6;SAR=2;SRF=41;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00720614;STB=0.533257;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0379261;OID=.;OPOS=195668466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:63:65:55:56:8:9:0.138462:2:6:41:14:2:7:42:14 chr3 195668478 . A G 684.97 PASS AF=0.883333;AO=53;DP=60;FAO=53;FDP=60;FR=.;FRO=7;FSAF=39;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00226503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.41;QD=45.6645;RBI=0.00526597;REFB=-0.0283076;REVB=-0.00475396;RO=7;SAF=39;SAR=14;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00604766;STB=0.503225;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00514198;OID=.;OPOS=195668478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:7:7:53:53:0.883333:14:39:5:2:14:39:5:2 chr3 195701278 . C T 352.52 PASS AF=0.335878;AO=44;DP=132;FAO=44;FDP=131;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.0123083;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.797;QD=10.764;RBI=0.0124284;REFB=-0.000466508;REVB=-0.0017232;RO=87;SAF=27;SAR=17;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152319;STB=0.587947;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00201899;OID=.;OPOS=195701278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:87:87:44:44:0.335878:17:27:42:45:17:27:42:45 chr3 195701285 . G T 391.0 PASS AF=0.328767;AO=48;DP=146;FAO=48;FDP=146;FR=.;FRO=98;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=0.0191708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.234;QD=10.7123;RBI=0.0230583;REFB=-0.00316515;REVB=-0.0128127;RO=97;SAF=30;SAR=18;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13006;STB=0.578914;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00604477;OID=.;OPOS=195701285;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:97:98:48:48:0.328767:18:30:50:47:18:30:50:48 chr3 195701304 . C T 543.25 PASS AF=0.383234;AO=64;DP=168;FAO=64;FDP=167;FR=.;FRO=103;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=53;FWDB=0.0133513;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.753;QD=13.0119;RBI=0.0165617;REFB=-0.00333986;REVB=0.00979965;RO=103;SAF=43;SAR=21;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210878;STB=0.619631;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0123545;OID=.;OPOS=195701304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:103:103:64:64:0.383234:21:43:50:53:21:43:50:53 chr3 195701310 . C CAA 324.77 PASS AF=0.37037;AO=57;DP=170;FAO=60;FDP=162;FR=.;FRO=102;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=-0.01267;FXX=0.0414177;HRUN=1;LEN=2;MLLD=40.6122;QD=8.01908;RBI=0.0207822;REFB=0.026152;REVB=0.0164733;RO=108;SAF=38;SAR=19;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207475;STB=0.627075;STBP=0.017;TYPE=ins;VARB=-0.0422173;OID=.;OPOS=195701311;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:57:170:60:162:102:40:20:48:54:99:108:38:19:53:55 chr3 195701331 . G A 679.97 PASS AF=0.421348;AO=75;DP=178;FAO=75;FDP=178;FR=.;FRO=103;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=-0.0136587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.863;QD=15.2802;RBI=0.0481881;REFB=-0.00311495;REVB=0.0462118;RO=101;SAF=48;SAR=27;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183138;STB=0.608308;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00493923;OID=.;OPOS=195701331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:101:103:75:75:0.421348:27:48:47:54:27:48:47:56 chr3 195701388 . GC AA 726.42 PASS AF=0.496644;AO=74;DP=151;FAO=74;FDP=149;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=51;FSRR=24;FWDB=0.0106897;FXX=0.0132442;HRUN=2;LEN=2;MLLD=201.502;QD=19.5012;RBI=0.0220329;REFB=-0.00897454;REVB=0.0192659;RO=74;SAF=34;SAR=40;SRF=50;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194608;STB=0.609727;STBP=0.009;TYPE=mnp;VARB=0.00959012;OID=.;OPOS=195701388;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:74:75:74:74:0.496644:40:34:50:24:40:34:51:24 chr3 195702731 . G C 60.08 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0328055;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.596;QD=12.649;RBI=0.0331079;REFB=-0.0193478;REVB=-0.00446432;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912387;STB=0.599747;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0167854;OID=.;OPOS=195702731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:21:19:13:11:8:8:0.421053:5:3:6:7:5:3:6:5 chr3 195711016 . G A 3079.15 PASS AF=0.868;AO=217;DP=250;FAO=217;FDP=250;FR=.;FRO=33;FSAF=95;FSAR=122;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00840848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8058;QD=49.2663;RBI=0.0176413;REFB=0.0169678;REVB=-0.0155084;RO=32;SAF=95;SAR=122;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383586;STB=0.522433;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00340017;OID=.;OPOS=195711016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:32:33:217:217:0.868:122:95:19:13:122:95:20:13 chr3 195925176 . CCGGGGGT CCGGGGT,CCGGGGTC,CGGGGT 126.1 PASS AF=0.25,0.1875,0;AO=7,11,6;DP=54;FAO=12,9,0;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10,9,0;FSAR=2,0,0;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0452829,0.000129785,-0.150909;FXX=0;HRUN=5,5,4;LEN=1,2,2;MLLD=12.4632,21.5042,20.7862;QD=10.5082;RBI=0.04727,0.0424525,0.156258;REFB=-0.12399,-0.0840628,-0.025303;REVB=0.0135614,0.0424523,-0.0405335;RO=29;SAF=6,11,5;SAR=1,0,1;SRF=14;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.477754,0.771338,0.43483;STB=0.713878,0.998458,0.5;STBP=0.119,0.008,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.0992694,0.141898,0.036568;OID=.,.,.;OPOS=195925178,195925182,195925177;OREF=G,GT,CG;OALT=-,TC,-;OMAPALT=CCGGGGT,CCGGGGTC,CGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0.1875,0:7,11,6:54:12,9,0:48:27:10,9,0:2,0,0:16:11:51:29:6,11,5:1,0,1:14:15 chr3 195925458 . A C 215.33 PASS AF=0.525;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0320538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.01;QD=21.5334;RBI=0.0348012;REFB=-0.00770079;REVB=0.0135528;RO=19;SAF=1;SAR=19;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403068;STB=0.740428;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0082646;OID=.;OPOS=195925458;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:19:19:20:21:0.525:19:1:4:15:20:1:4:15 chr3 195938177 . A G 277.34 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.116203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6519;QD=18.4891;RBI=0.122857;REFB=-0.0167041;REVB=-0.0398849;RO=30;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912016;STB=0.550986;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0132774;OID=.;OPOS=195938177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:18:12:15:15:18:12:15:15 chr3 195941216 . C G 1625.82 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00934855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.635;QD=59.1206;RBI=0.0289301;REFB=-0.0201959;REVB=0.027378;RO=0;SAF=60;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56602e-08;STB=0.50505;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=6.87245e-05;OID=.;OPOS=195941216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:0:1:109:109:0.990909:49:60:0:0:49:60:0:1 chr3 195955762 . G A 1992.74 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.614;QD=61.3149;RBI=0.0239919;REFB=-0.0972253;REVB=0.021072;RO=0;SAF=72;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=5.95458e-05;OID=.;OPOS=195955762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:0:1:129:129:0.992308:57:72:0:0:57:72:0:1 chr3 195956827 . T C 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6133;QD=60.5468;RBI=0.0716016;REFB=0;REVB=-0.0571859;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111303;OID=.;OPOS=195956827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr3 195965680 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0193504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6551;QD=11.0924;RBI=0.0205845;REFB=0.0118363;REVB=0.00702006;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621951;STB=0.538311;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.0234675;OID=.;OPOS=195965680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:4:2:2:3:4:2 chr3 196054427 . C T 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.00634296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.533;QD=15.7819;RBI=0.0130101;REFB=-0.010561;REVB=0.0113591;RO=28;SAF=7;SAR=16;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640672;STB=0.519022;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0129944;OID=.;OPOS=196054427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:16:7:7:21:16:7:8:21 chr3 196054439 . T G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00559828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.778;QD=64.1539;RBI=0.0129827;REFB=0;REVB=0.0117136;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48361e-05;OID=.;OPOS=196054439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:35:14:0:0:35:14:0:0 chr3 196294104 . C G 1461.39 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00440392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.399;QD=62.1869;RBI=0.006146;REFB=-0.0973127;REVB=0.00428705;RO=1;SAF=46;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.4277e-05;OID=.;OPOS=196294104;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:94:94:1:0:93:94:1:47:46:1:0:47:47:0:0 chr3 196386964 . C G 1395.0 PASS AF=0.968085;AO=90;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0176312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.028;QD=59.3615;RBI=0.0395387;REFB=-0.086486;REVB=0.03539;RO=1;SAF=34;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137353;STB=0.520543;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.000743662;OID=.;OPOS=196386964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:1:3:90:91:0.968085:56:34:1:0:56:35:3:0 chr3 196435534 . T C 285.85 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0540712;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.23;QD=17.8655;RBI=0.0544113;REFB=-0.00716392;REVB=-0.00607451;RO=33;SAF=21;SAR=10;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240536;STB=0.634947;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0143399;OID=.;OPOS=196435534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:33:33:31:31:0.484375:10:21:14:19:10:21:14:19 chr3 196438826 . G T 193.08 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.01957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4537;QD=16.4323;RBI=0.0253184;REFB=-0.0270127;REVB=-0.0160635;RO=27;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244461;STB=0.640116;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0370509;OID=.;OPOS=196438826;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:7:13:11:16:7:13:11:16 chr3 196443803 . T C 2277.28 PASS AF=0.47561;AO=223;DP=485;FAO=234;FDP=492;FR=.;FRO=258;FSAF=122;FSAR=112;FSRF=127;FSRR=131;FWDB=0.0460489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5199;QD=18.5145;RBI=0.0587708;REFB=-0.0134135;REVB=0.0365173;RO=257;SAF=117;SAR=106;SRF=126;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033452;STB=0.515277;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0293502;OID=.;OPOS=196443803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:485:492:257:258:223:234:0.47561:106:117:126:131:112:122:127:131 chr3 196448103 . C T 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00528403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.127;QD=14.3997;RBI=0.0105961;REFB=-0.0125791;REVB=-0.0091846;RO=34;SAF=17;SAR=8;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275862;STB=0.657331;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0112645;OID=.;OPOS=196448103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:8:17:14:20:8:17:14:20 chr3 196511870 . C T 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00415083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.091;QD=24.8032;RBI=0.0224261;REFB=0.00290991;REVB=0.0220386;RO=4;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516928;STB=0.529352;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.000199764;OID=.;OPOS=196511870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:6:4:2:2:6:4:2:2 chr3 196511920 . C T 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.000116781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.77;QD=22.6785;RBI=0.00713947;REFB=-0.0311813;REVB=-0.00713851;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0200553;OID=.;OPOS=196511920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:6:4:2:3:6:4:2:3 chr3 196529914 . A G 296.35 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00324211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.965;QD=28.9121;RBI=0.0223731;REFB=-0.0176777;REVB=0.0221369;RO=15;SAF=16;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101466;STB=0.555941;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0082869;OID=.;OPOS=196529914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:10:16:7:8:10:16:7:8 chr3 196555945 . G A 196.25 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0189022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.308;QD=10.7531;RBI=0.0370248;REFB=-0.00589824;REVB=-0.0318362;RO=48;SAF=12;SAR=13;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186894;STB=0.608187;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0168352;OID=.;OPOS=196555945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:48:25:25:0.342466:13:12:31:17:13:12:31:17 chr3 196557130 . A G 41.38 PASS AF=0.133333;AO=7;DP=59;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0090828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.113;QD=2.75894;RBI=0.00914777;REFB=-0.0047093;REVB=0.00108835;RO=52;SAF=4;SAR=3;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151112;STB=0.549876;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0284406;OID=.;OPOS=196557130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:59:60:52:52:7:8:0.133333:3:4:23:29:4:4:23:29 chr3 196674749 . C T 168.66 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0154539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3374;QD=16.0631;RBI=0.0154616;REFB=-0.024783;REVB=-0.000488017;RO=24;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.071669;OID=.;OPOS=196674749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:12:6:8:16:12:6:8:16 chr3 196674879 . A G 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8105;QD=60.8831;RBI=0.0768348;REFB=0;REVB=-0.0607703;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000833851;OID=.;OPOS=196674879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:46:31:0:0:46:31:0:0 chr3 196674916 . A C 941.01 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0204513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.909;QD=57.0306;RBI=0.0281306;REFB=0.0823299;REVB=0.0193152;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125975;STB=0.506665;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000522258;OID=.;OPOS=196674916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:37:28:0:1:37:28:0:1 chr3 196674972 . CT TC 507.36 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00593984;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=2;MLLD=293.405;QD=59.6888;RBI=0.0235575;REFB=0;REVB=0.0227964;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.36028e-05;OID=.;OPOS=196674972;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr3 196736598 . G C 1233.87 PASS AF=0.545872;AO=116;DP=215;FAO=119;FDP=218;FR=.;FRO=99;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=56;FSRR=43;FWDB=0.00514416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.511;QD=22.6399;RBI=0.00629012;REFB=-0.0127491;REVB=0.00361984;RO=96;SAF=61;SAR=55;SRF=55;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392967;STB=0.512739;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0106915;OID=.;OPOS=196736598;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:218:96:99:116:119:0.545872:55:61:55:41:55:64:56:43 chr3 196742244 . G A 520.85 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.0332545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.259;QD=19.6547;RBI=0.0335198;REFB=-0.0140085;REVB=0.00420951;RO=51;SAF=25;SAR=29;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151882;STB=0.587158;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0166109;OID=.;OPOS=196742244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:52:54:54:0.509434:29:25:15:36:29:25:15:37 chr3 196742290 . T C 359.99 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=47;FWDB=0.00389113;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.627;QD=13.4574;RBI=0.00522056;REFB=-0.00562049;REVB=-0.00348042;RO=64;SAF=17;SAR=26;SRF=17;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149476;STB=0.596918;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00885005;OID=.;OPOS=196742290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:64:43:43:0.401869:26:17:17:47:25:18:17:47 chr3 196743130 . T C 81.21 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00719888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.082;QD=5.32512;RBI=0.0430333;REFB=-0.00311628;REVB=-0.0424269;RO=48;SAF=9;SAR=4;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243747;STB=0.656004;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0104428;OID=.;OPOS=196743130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:48:48:13:13:0.213115:4:9:24:24:4:9:24:24 chr3 196746629 . T C 648.46 PASS AF=0.537815;AO=64;DP=119;FAO=64;FDP=119;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.00686917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3158;QD=21.7971;RBI=0.00845548;REFB=-0.00295168;REVB=-0.00493048;RO=55;SAF=28;SAR=36;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000972692;STB=0.500533;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00267398;OID=.;OPOS=196746629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:55:55:64:64:0.537815:36:28:24:31:36:28:24:31 chr3 196750765 . G A 322.9 PASS AF=0.395604;AO=35;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0140075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8382;QD=14.1934;RBI=0.0443536;REFB=-0.0197359;REVB=0.0420836;RO=54;SAF=14;SAR=21;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487393;STB=0.540961;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0303269;OID=.;OPOS=196750765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:55:35:36:0.395604:21:14:24:30:22:14:25:30 chr3 196751281 . A C 556.21 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=112;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00120382;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.249;QD=20.0436;RBI=0.00355965;REFB=-0.00547698;REVB=0.00334992;RO=55;SAF=29;SAR=28;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644029;STB=0.531259;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00516329;OID=.;OPOS=196751281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:55:54:57:57:0.513514:28:29:24:31:28:29:24:30 chr3 196770355 . TAAGG T 2495.78 PASS AF=1;AO=196;DP=207;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351497;FXX=0.0336522;HRUN=2;LEN=4;MLLD=167.613;QD=49.6673;RBI=0.0381144;REFB=0;REVB=0.014738;RO=0;SAF=67;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.89628e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.1326e-05;OID=.;OPOS=196770356;OREF=AAGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:196:207:201:201:0:67:134:0:0:44:0:67:129:0:0 chr3 196771245 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.03;QD=57.7122;RBI=0.0432634;REFB=0;REVB=-0.0287224;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105263;OID=.;OPOS=196771245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr3 196846376 . A G 410.33 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00882245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.317;QD=18.2367;RBI=0.0184965;REFB=-0.00485093;REVB=0.0162568;RO=47;SAF=14;SAR=28;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271342;STB=0.646546;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00425417;OID=.;OPOS=196846376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:48:42:42:0.466667:28:14:29:18:28:14:29:19 chr3 197020780 . G A,GA 130.1 PASS AF=0.0619469,0.353982;AO=6,33;DP=149;FAO=7,40;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=3,17;FSAR=4,23;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=-0.00634675,0.047062;FXX=0.0812942;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=233.171,7.03485;QD=4.60526;RBI=0.0591522,0.177347;REFB=5.15569e-06,-0.0791808;REVB=-0.0588107,-0.170989;RO=90;SAF=1,12;SAR=5,21;SRF=55;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.427436,-0.297598;STB=0.706247,0.64707;STBP=0.3,0.026;TYPE=snp,ins;VARB=0.0420542,-0.0261605;OID=.,.;OPOS=197020780,197020781;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:94:149:113:90:66:6,33:7,40:0.0619469,0.353982:5,21:1,12:55:35:4,23:3,17:44:22 chr3 197249534 . G A 342.25 PASS AF=0.365217;AO=41;DP=117;FAO=42;FDP=115;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0028962;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5658;QD=11.9045;RBI=0.0144707;REFB=-0.0321728;REVB=-0.0141779;RO=76;SAF=21;SAR=20;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137847;STB=0.502074;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0523607;OID=.;OPOS=197249534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:76:73:41:42:0.365217:20:21:38:38:20:22:38:35 chr3 197495334 . G A 1350.5 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8491;QD=62.0921;RBI=0.0259694;REFB=0;REVB=0.0123916;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000655385;OID=.;OPOS=197495334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:38:48:0:0:38:49:0:0 chr3 197846850 . G A 65.54 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=72;FAO=12;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0851122;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6648;QD=3.64094;RBI=0.0853014;REFB=-0.00760311;REVB=-0.00567737;RO=60;SAF=4;SAR=8;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229675;STB=0.653947;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0326336;OID=.;OPOS=197846850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:72:72:60:60:12:12:0.166667:8:4:31:29:8:4:31:29 chr4 53428 . G A 1003.91 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.535;QD=58.1975;RBI=0.0643341;REFB=0;REVB=0.0519335;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292734;OID=.;OPOS=53428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:69:0:0:68:69:1:40:28:0:0:41:28:0:0 chr4 67783 . CTTTT CTTCT,CTTTC,CT,CTT,CTTT,TCTTT,TTCTT 700.4 PASS AF=0.0603448,0.0862069,0,0.818966,0,0.0344828,0;AO=4,5,16,24,19,5,4;DP=101;FAO=7,10,0,95,0,4,0;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=3,3,0,39,0,3,0;FSAR=4,7,0,56,0,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106138,0.0114957,0.0496069,0.0743627,0.15692,-0.00258165,-0.0127266;FXX=0.0333306;HRUN=13,13,13,13,13,1,1;LEN=1,1,3,2,1,2,3;MLLD=164.519,172.163,9.19834,7.69667,3.36346,15.3136,19.9659;QD=24.1516;RBI=0.016427,0.0151651,0.0564914,0.0831724,0.178998,0.017279,0.0187189;REFB=-0.138944,-0.134961,-0.155452,-0.152053,-0.0782362,-0.078443,-0.137704;REVB=-0.0125376,-0.00989089,0.0270266,0.0372538,0.0861184,0.017085,0.013727;RO=4;SAF=0,4,2,7,2,4,3;SAR=4,1,14,17,17,1,1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0,0;SSSB=-0.755207,0.0543107,-0.355553,-0.136501,-0.362489,0.0543107,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1,1;TYPE=snp,snp,del,del,del,mnp,mnp;VARB=0.0164507,0.0465916,-0.229846,0.0145462,-0.0128137,-0.658929,0;OID=.,.,.,.,.,.,.;OPOS=67786,67787,67784,67784,67784,67783,67783;OREF=T,T,TTT,TT,T,CT,CTT;OALT=C,C,-,-,-,TC,TTC;OMAPALT=CTTCT,CTTTC,CT,CTT,CTTT,TCTTT,TTCTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:26:101:116:4:0:4,5,16,24,19,5,4:7,10,0,95,0,4,0:0.0603448,0.0862069,0,0.818966,0,0.0344828,0:4,1,14,17,17,1,1:0,4,2,7,2,4,3:3:1:4,7,0,56,0,1,0:3,3,0,39,0,3,0:0:0 chr4 85995 . C CA 333.63 PASS AF=1;AO=29;DP=34;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.19;QD=43.0496;RBI=0.137382;REFB=0;REVB=-0.132043;RO=4;SAF=17;SAR=12;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382309;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000758624;OID=.;OPOS=85996;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:34:31:31:0:17:14:0:0:6:4:17:12:3:1 chr4 86022 . CAG ATA 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165507;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=179.128;QD=35.5759;RBI=0.0518434;REFB=0;REVB=-0.0491305;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00149044;OID=.;OPOS=86022;OREF=CAG;OALT=ATA;OMAPALT=ATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr4 86040 . G T 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.414;QD=35.5732;RBI=0.0474383;REFB=0;REVB=-0.037962;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00214519;OID=.;OPOS=86040;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr4 86042 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.091;QD=35.5759;RBI=0.035734;REFB=0;REVB=-0.000350989;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101509;OID=.;OPOS=86042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr4 86044 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00213062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.044;QD=35.5759;RBI=0.0126265;REFB=0;REVB=0.0124455;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328489;OID=.;OPOS=86044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr4 86738 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.399;QD=59.0186;RBI=0.0432759;REFB=0;REVB=0.040698;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46163e-05;OID=.;OPOS=86738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr4 87277 . G C 743.06 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0216461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5481;QD=59.445;RBI=0.0508883;REFB=0.00405958;REVB=-0.046055;RO=2;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036156;STB=0.519223;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00250257;OID=.;OPOS=87277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:25:23:0:2:25:23:0:2 chr4 87313 . G GA 642.32 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0502442;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.4044;QD=48.4773;RBI=0.10342;REFB=0;REVB=0.0903952;RO=2;SAF=27;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000646073;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00145765;OID=.;OPOS=87314;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:55:53:53:0:27:26:0:0:11:2:27:26:1:1 chr4 367381 . TAAAAAAA ATAAAAAA,TAAAAAA,TAAAAAAT 36.86 PASS AF=0,0.2,0.0545455;AO=3,10,3;DP=55;FAO=0,11,3;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=0,4,0;FSAR=0,7,3;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.107272,0.237173,0.199772;FXX=0.017854;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=22.9601,7.41735,23.7121;QD=2.6806;RBI=0.135077,0.244155,0.20254;REFB=-0.0467195,-0.0938163,-0.0548436;REVB=-0.0820884,-0.0579701,-0.0333685;RO=30;SAF=0,4,0;SAR=3,6,3;SRF=12;SRR=18;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.507951,0,-0.507951;STB=0.5,0.561929,0.996086;STBP=1,0.666,0.085;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0116374,0.0135921,0.162466;OID=.,.,.;OPOS=367381,367382,367388;OREF=TA,A,A;OALT=AT,-,T;OMAPALT=ATAAAAAA,TAAAAAA,TAAAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:55:55:30:41:3,10,3:0,11,3:0,0.2,0.0545455:3,6,3:0,4,0:12:18:0,7,3:0,4,0:18:23 chr4 436300 . TGGGG TGGG,TGGGT 205.36 PASS AF=0.509804,0;AO=17,6;DP=51;FAO=26,0;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=1,0;FSAR=25,0;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0437879,-0.0384457;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=18.9949,25.1503;QD=16.1067;RBI=0.0592255,0.129545;REFB=-0.0648712,0.00674654;REVB=-0.0398784,-0.123709;RO=25;SAF=1,0;SAR=16,6;SRF=7;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.477185,-0.63893;STB=0.822686,0.5;STBP=0.01,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0622016,0;OID=.,.;OPOS=436301,436304;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TGGG,TGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509804,0:17,6:51:26,0:51:25:1,0:25,0:7:18:99:25:1,0:16,6:7:18 chr4 527677 . T C 244.35 PASS AF=0.451613;AO=26;DP=60;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00614914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.051;QD=15.7646;RBI=0.00823294;REFB=-0.00774844;REVB=-0.00547444;RO=34;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106604;STB=0.535689;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0117238;OID=.;OPOS=527677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:34:34:26:28:0.451613:15:11:18:16:15:13:18:16 chr4 533001 . T C 305.84 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0122905;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.2384;QD=18.259;RBI=0.019847;REFB=-0.0222114;REVB=-0.0155835;RO=32;SAF=22;SAR=10;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12315;STB=0.593195;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0210734;OID=.;OPOS=533001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:32:34:32:33:0.492537:10:22:18:14:10:23:18:16 chr4 648643 . G A 275.82 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214952;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.482;QD=52.5379;RBI=0.0218004;REFB=0;REVB=-0.00363475;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248156;OID=.;OPOS=648643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr4 663908 . A G 319.0 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00763159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.326;QD=15.7533;RBI=0.027284;REFB=-0.0161649;REVB=0.0261949;RO=46;SAF=12;SAR=23;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121143;STB=0.568499;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0185531;OID=.;OPOS=663908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:23:12:21:25:23:12:21:25 chr4 675855 . G A 173.9 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0178505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.479;QD=19.3224;RBI=0.0185137;REFB=-0.0286705;REVB=-0.00491097;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203793;STB=0.591122;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0767575;OID=.;OPOS=675855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:11:7:3:14:11:7:4:14 chr4 677103 . G A 361.98 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00688303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.01;QD=17.8756;RBI=0.00817086;REFB=-0.0380046;REVB=0.00440304;RO=42;SAF=19;SAR=19;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223837;STB=0.50617;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0298428;OID=.;OPOS=677103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:43:38:38:0.469136:19:19:20:22:19:19:21:22 chr4 680432 . C CA 75.43 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0213177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.7888;QD=4.37273;RBI=0.0218321;REFB=0.0119367;REVB=-0.00471132;RO=52;SAF=3;SAR=15;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44992;STB=0.773146;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=-0.0404118;OID=.;OPOS=680433;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087:18:70:18:69:51:3:15:25:26:75:52:3:15:26:26 chr4 755129 . C T 908.61 PASS AF=0.556962;AO=88;DP=158;FAO=88;FDP=158;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=-0.01055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.085;QD=23.0029;RBI=0.0268443;REFB=0.000372117;REVB=0.0246843;RO=70;SAF=38;SAR=50;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159076;STB=0.5867;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.000327277;OID=.;OPOS=755129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:70:70:88:88:0.556962:50:38:44:26:50:38:44:26 chr4 762285 . A G 638.65 PASS AF=0.471014;AO=64;DP=140;FAO=65;FDP=138;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.0162642;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.854;QD=18.5116;RBI=0.0166852;REFB=0.00200698;REVB=0.00372461;RO=75;SAF=25;SAR=39;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363998;STB=0.529608;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00234945;OID=.;OPOS=762285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:75:73:64:65:0.471014:39:25:32:43:40:25:32:41 chr4 762963 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.955;QD=44.6894;RBI=0.00360624;REFB=0;REVB=-0.000411096;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12955e-05;OID=.;OPOS=762963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr4 780286 . C G 236.79 PASS AF=0.3625;AO=24;DP=77;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00486809;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.937;QD=11.8393;RBI=0.00507992;REFB=-0.0305589;REVB=-0.00145164;RO=53;SAF=18;SAR=6;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263332;STB=0.558782;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0440344;OID=.;OPOS=780286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:53:51:24:29:0.3625:6:18:29:24:10:19:29:22 chr4 843695 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00290684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.055;QD=49.5982;RBI=0.00520296;REFB=0;REVB=0.00431522;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19488e-05;OID=.;OPOS=843695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr4 843720 . T C 182.9 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0439408;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.271;QD=17.419;RBI=0.0445318;REFB=-0.0256508;REVB=0.00723113;RO=23;SAF=15;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30382;STB=0.675472;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0256326;OID=.;OPOS=843720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:4:15:12:11:4:15:12:11 chr4 858941 . T C 651.99 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0506;QD=60.6501;RBI=0.104588;REFB=0;REVB=0.104505;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245082;OID=.;OPOS=858941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:16:25:0:0:18:25:0:0 chr4 860192 . A G 286.21 PASS AF=0.432432;AO=31;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.058875;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6587;QD=15.4707;RBI=0.10586;REFB=-0.0359396;REVB=-0.0879783;RO=42;SAF=19;SAR=12;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256383;STB=0.649908;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0679465;OID=.;OPOS=860192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:42:42:31:32:0.432432:12:19:15:27:12:20:15:27 chr4 864597 . C T 183.6 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00433978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.654;QD=9.92411;RBI=0.00483936;REFB=-0.00253927;REVB=0.00214142;RO=48;SAF=10;SAR=14;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957716;STB=0.556771;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00500219;OID=.;OPOS=864597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:50:24:24:0.324324:14:10:24:24:14:10:25:25 chr4 946226 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6363;QD=40.7628;RBI=0.0563456;REFB=0;REVB=0.0251749;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0042418;OID=.;OPOS=946226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr4 954885 . G T 201.69 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0234035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.439;QD=13.9096;RBI=0.0436156;REFB=-0.005431;REVB=0.0368049;RO=33;SAF=8;SAR=16;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24987;STB=0.651036;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0134874;OID=.;OPOS=954885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:34:24:24:0.413793:16:8:19:14:16:8:20:14 chr4 961373 . G A 694.16 PASS AF=0.485915;AO=69;DP=141;FAO=69;FDP=142;FR=.;FRO=73;FSAF=57;FSAR=12;FSRF=52;FSRR=21;FWDB=0.00416574;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.496;QD=19.5538;RBI=0.0120456;REFB=-0.0147748;REVB=-0.0113023;RO=71;SAF=57;SAR=12;SRF=52;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134149;STB=0.589812;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0173774;OID=.;OPOS=961373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:71:73:69:69:0.485915:12:57:52:19:12:57:52:21 chr4 962665 . GCCCCC GCCCC,GCCCCG 86.85 PASS AF=0.345455,0.0545455;AO=15,5;DP=56;FAO=19,3;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=16,3;FSAR=3,0;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0393128,0.000653787;FXX=0.0517152;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.62845,13.1574;QD=6.31603;RBI=0.040249,0.185269;REFB=-0.0755198,-0.0821898;REVB=-0.00863013,0.185268;RO=24;SAF=15,5;SAR=0,0;SRF=18;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.775737,0.600627;STB=0.662525,0.995403;STBP=0.122,0.157;TYPE=del,snp;VARB=0.0925663,-0.0866929;OID=.,.;OPOS=962666,962670;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.345455,0.0545455:15,5:56:19,3:55:33:16,3:3,0:22:11:64:24:15,5:0,0:18:6 chr4 982852 . G A 819.46 PASS AF=0.531034;AO=77;DP=146;FAO=77;FDP=145;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.0302336;FXX=0.0136045;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.501;QD=22.6057;RBI=0.0407816;REFB=-0.0171774;REVB=0.0273691;RO=67;SAF=37;SAR=40;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151805;STB=0.504665;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0136651;OID=.;OPOS=982852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:67:68:77:77:0.531034:40:37:31:36:40:37:32:36 chr4 983060 . T C 1381.49 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0122744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.071;QD=61.3994;RBI=0.0414372;REFB=-0.155725;REVB=0.0395775;RO=0;SAF=51;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00173572;OID=.;OPOS=983060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:38:51:0:0:38:51:0:1 chr4 983809 . C T 395.48 PASS AF=0.695652;AO=32;DP=46;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00535438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5373;QD=34.3894;RBI=0.0405241;REFB=-0.063498;REVB=0.0401688;RO=14;SAF=22;SAR=10;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656883;STB=0.535693;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0299428;OID=.;OPOS=983809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:14:14:32:32:0.695652:10:22:11:3:10:22:11:3 chr4 985727 . A G 1840.93 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00870748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.762;QD=61.3643;RBI=0.04226;REFB=0;REVB=0.0413532;RO=0;SAF=76;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87441e-05;OID=.;OPOS=985727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:44:76:0:0:44:76:0:0 chr4 1018705 . C A 308.72 PASS AF=0.6;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.110635;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.373;QD=27.4414;RBI=0.117403;REFB=-0.00782865;REVB=-0.0392876;RO=19;SAF=10;SAR=17;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159019;STB=0.576214;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00705843;OID=.;OPOS=1018705;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:19:18:27:27:0.6:17:10:11:8:17:10:10:8 chr4 1019054 . CCA C 77.93 PASS AF=0.296296;AO=14;DP=39;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=-0.0506277;FXX=0.0689536;HRUN=2;LEN=2;MLLD=112.311;QD=5.77287;RBI=0.075232;REFB=-0.0649208;REVB=-0.0556479;RO=21;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2342;STB=0.525702;STBP=0.862;TYPE=del;VARB=0.171045;OID=.;OPOS=1019055;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296:14:39:16:54:38:3:13:8:30:77:21:2:12:6:15 chr4 1050653 . G A 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0236628;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.526;QD=26.3417;RBI=0.0363417;REFB=-0.025619;REVB=-0.0275825;RO=11;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039106;STB=0.521716;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0147477;OID=.;OPOS=1050653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:11:8:4:7:11:8:4:7 chr4 1052125 . T C 207.06 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3956;QD=48.7198;RBI=0.052623;REFB=0;REVB=0.0433142;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468584;OID=.;OPOS=1052125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr4 1052165 . CA C,CC 204.33 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=3,14;DP=17;FAO=1,16;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=1,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00560491,0.00878525;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=219.355,236.82;QD=48.0785;RBI=0.032521,0.031447;REFB=0,0;REVB=0.0320343,0.030195;RO=0;SAF=2,9;SAR=1,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.014663,-0.000722178;OID=.,.;OPOS=1052166,1052166;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0588235,0.941176:3,14:17:1,16:17:0:0,11:1,5:0:0:6:0:2,9:1,5:0:0 chr4 1087329 . C T 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00163363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.287;QD=17.1564;RBI=0.0437108;REFB=-0.0109047;REVB=-0.0436803;RO=20;SAF=15;SAR=2;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23312;STB=0.636176;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.011875;OID=.;OPOS=1087329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:2:15:15:5:2:15:15:5 chr4 1087338 . C T 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0204519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.7059;QD=15.6261;RBI=0.103926;REFB=0.00878971;REVB=0.101894;RO=27;SAF=16;SAR=3;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215603;STB=0.626184;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.0024941;OID=.;OPOS=1087338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:3:16:19:8:3:16:19:8 chr4 1090625 . G A 153.45 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0311171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.742;QD=13.9498;RBI=0.0323059;REFB=-0.0104998;REVB=0.00868321;RO=27;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151563;STB=0.588131;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0208231;OID=.;OPOS=1090625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:10:7:15:12:10:7:15:12 chr4 1164277 . C G 659.33 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00962585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.416;QD=59.9392;RBI=0.0154314;REFB=-0.163767;REVB=-0.0120611;RO=1;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253725;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00157329;OID=.;OPOS=1164277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:1:1:43:43:0.977273:18:25:0:1:18:25:0:1 chr4 1164552 . A G 594.44 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.457;QD=60.968;RBI=0.069514;REFB=0;REVB=0.0636106;RO=0;SAF=30;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230223;OID=.;OPOS=1164552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:9:30:0:0:9:30:0:0 chr4 1164649 . C T 238.11 PASS AF=0.326087;AO=30;DP=92;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0581385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4508;QD=10.3527;RBI=0.0591001;REFB=-0.0178669;REVB=0.0106177;RO=62;SAF=10;SAR=20;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234375;STB=0.636944;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0397574;OID=.;OPOS=1164649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:62:62:30:30:0.326087:20:10:33:29:20:10:33:29 chr4 1165130 . G T 746.99 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.33;QD=63.5737;RBI=0.0882191;REFB=0;REVB=0.0807442;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000727613;OID=.;OPOS=1165130;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr4 1165741 . A G 850.35 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00969698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.38;QD=57.6506;RBI=0.0219358;REFB=0;REVB=0.019676;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91127e-05;OID=.;OPOS=1165741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:20:38:0:0:21:38:0:0 chr4 1194630 . T C 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.773;QD=58.9603;RBI=0.0326288;REFB=0;REVB=0.0165275;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1745e-05;OID=.;OPOS=1194630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr4 1206190 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0103191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.242;QD=11.0921;RBI=0.0291461;REFB=-0.0121361;REVB=0.0272582;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308675;STB=0.694785;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00659497;OID=.;OPOS=1206190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:1:4:3:3:1:4:3:3 chr4 1215585 . T C 464.13 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155417;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8128;QD=58.0165;RBI=0.0597305;REFB=0;REVB=0.0576731;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00472057;OID=.;OPOS=1215585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:17:15:0:0 chr4 1219191 . G A 53.34 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0180367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0093;QD=7.6193;RBI=0.0745917;REFB=-0.0179907;REVB=0.0723782;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0590782;OID=.;OPOS=1219191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:4:4:10:10:4:4:10:10 chr4 1219331 . C T 128.31 PASS AF=0.517241;AO=13;DP=27;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0118264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5681;QD=17.698;RBI=0.0307457;REFB=-0.046914;REVB=0.0283801;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146024;STB=0.591269;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0854497;OID=.;OPOS=1219331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:13:14:13:15:0.517241:9:4:6:7:11:4:6:8 chr4 1244416 . A G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000450661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.135;QD=61.6953;RBI=0.0175653;REFB=0;REVB=-0.0175595;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41232e-05;OID=.;OPOS=1244416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:41:41:0:0:41:41:0:0 chr4 1305916 . C T 208.8 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0144039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0974;QD=9.491;RBI=0.0506881;REFB=-0.0141821;REVB=-0.0485985;RO=61;SAF=10;SAR=17;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884579;STB=0.552199;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0526593;OID=.;OPOS=1305916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:61:61:27:27:0.306818:17:10:27:34:17:10:27:34 chr4 1317287 . G A 174.91 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0207155;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2098;QD=18.9094;RBI=0.07626;REFB=-0.0281323;REVB=-0.0733925;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713554;STB=0.540496;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0257094;OID=.;OPOS=1317287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:19:19:18:18:0.486486:9:9:8:11:9:9:8:11 chr4 1333606 . C T 482.63 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=-0.0373804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.097;QD=16.0877;RBI=0.0411147;REFB=-0.0133379;REVB=0.0171209;RO=65;SAF=30;SAR=23;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975406;STB=0.55222;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0144132;OID=.;OPOS=1333606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:65:67:53:53:0.441667:23:30:43:22:23:30:44:23 chr4 1347135 . G A 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00310225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.482;QD=8.73749;RBI=0.0601119;REFB=0.00584381;REVB=0.0600318;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172769;STB=0.60583;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0139889;OID=.;OPOS=1347135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:5:4:12:8:5:4:12:8 chr4 1374695 . C A 399.69 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00289681;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.017;QD=18.1677;RBI=0.0168928;REFB=-0.00451323;REVB=0.0166426;RO=43;SAF=15;SAR=26;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138277;STB=0.568435;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00565501;OID=.;OPOS=1374695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:43:47:41:41:0.465909:26:15:22:21:26:15:23:24 chr4 1374774 . C T 201.5 PASS AF=0.44;AO=16;DP=51;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.022258;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.6496;QD=16.1196;RBI=0.0478841;REFB=-0.00504369;REVB=-0.0423966;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14358;STB=0.628917;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0086307;OID=.;OPOS=1374774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:26:28:16:22:0.44:7:9:18:8:13:9:18:10 chr4 1377615 . A G 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0286597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.012;QD=26.3058;RBI=0.0298835;REFB=-0.0400733;REVB=-0.0084642;RO=12;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246589;STB=0.532133;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0180689;OID=.;OPOS=1377615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:12:13:21:21:0.617647:8:13:7:5:8:13:7:6 chr4 1397541 . C T 103.49 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0136609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.169;QD=18.8161;RBI=0.060277;REFB=-0.0244508;REVB=-0.0587086;RO=10;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511116;STB=0.529361;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0451341;OID=.;OPOS=1397541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:3:9:7:3:3:9:7:3 chr4 1619865 . T C 207.5 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.00218099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.171;QD=11.2161;RBI=0.0109722;REFB=-0.00327419;REVB=0.0107532;RO=48;SAF=10;SAR=16;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363626;STB=0.521048;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00722533;OID=.;OPOS=1619865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:16:10:17:31:16:10:17:31 chr4 1643235 . G A 328.75 PASS AF=0.37;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.00843622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.836;QD=13.15;RBI=0.00859762;REFB=-0.0120059;REVB=0.00165806;RO=63;SAF=16;SAR=21;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765893;STB=0.543709;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0236054;OID=.;OPOS=1643235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:63:63:37:37:0.37:21:16:23:40:21:16:23:40 chr4 1685171 . G C 209.66 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00609043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.802;QD=15.2481;RBI=0.00791971;REFB=-0.00611117;REVB=-0.00506246;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303397;STB=0.517227;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00467888;OID=.;OPOS=1685171;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:10:14:19:12:10:14:19:12 chr4 1685211 . T C 723.14 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114817;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.672;QD=61.544;RBI=0.0116509;REFB=-0.054029;REVB=-0.00197805;RO=1;SAF=30;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015416;STB=0.508193;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00032334;OID=.;OPOS=1685211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:47:1:1:46:46:0.978723:16:30:1:0:16:30:1:0 chr4 1701317 . G A 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.024;QD=61.6948;RBI=0.00553947;REFB=0;REVB=0.00304614;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16497e-05;OID=.;OPOS=1701317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:45:37:0:0:45:37:0:0 chr4 1730328 . G A 116.22 PASS AF=0.202247;AO=18;DP=87;FAO=18;FDP=89;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.00880253;FXX=0.0729091;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.976;QD=5.22315;RBI=0.0486914;REFB=-0.006612;REVB=-0.0478892;RO=69;SAF=14;SAR=4;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298186;STB=0.693818;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0230453;OID=.;OPOS=1730328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:69:71:18:18:0.202247:4:14:39:30:4:14:40:31 chr4 1730329 . G A 35.42 PASS AF=0.09375;AO=9;DP=96;FAO=9;FDP=96;FR=.;FRO=87;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=54;FSRR=33;FWDB=0.000242137;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.729;QD=1.47586;RBI=0.0375846;REFB=-0.00484888;REVB=-0.0375838;RO=87;SAF=2;SAR=7;SRF=54;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437289;STB=0.829856;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0571509;OID=.;OPOS=1730329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:96:96:87:87:9:9:0.09375:7:2:54:33:7:2:54:33 chr4 1737502 . C T 1422.32 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0192356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8596;QD=60.5242;RBI=0.036954;REFB=-0.0648031;REVB=0.031553;RO=2;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201629;STB=0.510636;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00309756;OID=.;OPOS=1737502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:94:2:2:92:92:0.978723:46:46:0:2:46:46:0:2 chr4 1739518 . CGCCATCCCTGCCATC CGCCATC,CGCCAT 658.81 PASS AF=1,0;AO=41,10;DP=58;FAO=52,0;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00766759,-0.0149003;FXX=0.118624;HRUN=3,3;LEN=9,10;MLLD=298.824,278.948;QD=50.6776;RBI=0.0263784,0.0290846;REFB=0,0;REVB=0.0252394,0.0249779;RO=0;SAF=6,10;SAR=35,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.446729,0.446729;SSSB=-3.02085e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000132338,0;OID=.,.;OPOS=1739519,1739524;OREF=GCCATCCCT,CCCTGCCATC;OALT=-,-;OMAPALT=CGCCATC,CGCCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:41,10:58:52,0:52:0:19,0:33,0:0:0:11:0:6,10:35,0:0:0 chr4 1739592 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.097;QD=56.938;RBI=0.00806053;REFB=0;REVB=-0.00135;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76287e-05;OID=.;OPOS=1739592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr4 1803617 . G A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00255126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.102;QD=11.0197;RBI=0.00537348;REFB=-0.00547387;REVB=-0.0047292;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373885;STB=0.734403;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00840452;OID=.;OPOS=1803617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:4:4:5:1:4:4 chr4 1807534 . G A 95.17 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0111381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.447;QD=11.1965;RBI=0.0260859;REFB=-0.0110108;REVB=0.0235885;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987403;STB=0.558727;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0270642;OID=.;OPOS=1807534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:6:6:9:13:6:6:9:13 chr4 1807894 . G A 322.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4052;QD=53.7429;RBI=0.049332;REFB=0;REVB=-0.00613619;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012423;OID=.;OPOS=1807894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr4 1809127 . CGT C,TGC 1389.56 PASS AF=0.869565,0.130435;AO=66,17;DP=98;FAO=80,12;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=30,4;FSAR=50,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550888,-0.0425525;FXX=0.079992;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=66.8148,71.7531;QD=60.4155;RBI=0.0667724,0.044304;REFB=0,0;REVB=0.0377329,-0.0123341;RO=0;SAF=24,4;SAR=42,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.1333e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0112344,0.107085;OID=.,.;OPOS=1809128,1809127;OREF=GT,CGT;OALT=-,TGC;OMAPALT=C,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:59:98:92:0:0:66,17:80,12:0.869565,0.130435:42,13:24,4:0:0:50,8:30,4:0:0 chr4 1815990 . G A 680.39 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00921245;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.709;QD=60.4786;RBI=0.0289033;REFB=-0.091062;REVB=0.0273959;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.510199;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000351975;OID=.;OPOS=1815990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:0:1:44:44:0.977778:24:20:0:0:24:20:0:1 chr4 1818594 . C T 1958.6 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.487;QD=61.2061;RBI=0.0273898;REFB=0;REVB=0.0219974;RO=0;SAF=68;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.82975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20818e-05;OID=.;OPOS=1818594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:121:128:0:0:121:128:1:53:68:0:0:55:73:0:0 chr4 1824769 . C T 418.96 PASS AF=0.379845;AO=49;DP=129;FAO=49;FDP=129;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.0227677;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.061;QD=12.991;RBI=0.0288866;REFB=-0.0174276;REVB=-0.0177783;RO=80;SAF=29;SAR=20;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467598;STB=0.526578;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0247263;OID=.;OPOS=1824769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:80:80:49:49:0.379845:20:29:44:36:20:29:44:36 chr4 1944049 . G A 50.64 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0101603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5582;QD=5.06439;RBI=0.0602205;REFB=0.00245127;REVB=-0.0593572;RO=32;SAF=2;SAR=6;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407324;STB=0.767641;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0214295;OID=.;OPOS=1944049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:8:8:0.2:6:2:19:13:6:2:19:13 chr4 1954945 . A G 2312.63 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.704;QD=63.7967;RBI=0.0239171;REFB=0;REVB=-0.00435905;RO=0;SAF=80;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65586e-05;OID=.;OPOS=1954945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:65:80:0:0:65:80:0:0 chr4 1976481 . TACA T 178.54 PASS AF=0.292683;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00770349;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=3;MLLD=334.648;QD=8.70925;RBI=0.0109037;REFB=-0.00842731;REVB=-0.0077166;RO=57;SAF=8;SAR=16;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1324;STB=0.586133;STBP=0.296;TYPE=del;VARB=0.0182177;OID=.;OPOS=1976482;OREF=ACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292683:24:82:24:82:58:8:16:26:32:99:57:8:16:25:32 chr4 1986542 . C T 411.95 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6911;QD=56.8211;RBI=0.0278235;REFB=0;REVB=0.0270661;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000857512;OID=.;OPOS=1986542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:27:29:1:15:12:0:0:17:12:0:0 chr4 1988119 . T C 36.0 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0738051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0491;QD=6.54568;RBI=0.084627;REFB=-0.0393036;REVB=-0.041407;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292794;STB=0.705222;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0925445;OID=.;OPOS=1988119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:22:15:16:6:6:0.272727:2:4:6:9:2:4:6:10 chr4 2242086 . C T 44.72 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.060227;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7193;QD=5.96302;RBI=0.0702802;REFB=-0.0071934;REVB=-0.0362217;RO=23;SAF=5;SAR=2;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263157;STB=0.517191;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0201661;OID=.;OPOS=2242086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:30:30:23:23:7:7:0.233333:2:5:16:7:2:5:16:7 chr4 2257022 . C CG 69.28 PASS AF=0.255556;AO=29;DP=92;FAO=23;FDP=90;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0487894;FXX=0.0217368;HRUN=0;LEN=1;MLLD=49.4242;QD=3.07908;RBI=0.0929551;REFB=-0.0157681;REVB=-0.0791217;RO=61;SAF=16;SAR=13;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182076;STB=0.576857;STBP=0.395;TYPE=ins;VARB=0.163701;OID=.;OPOS=2257023;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255556:29:92:23:90:67:12:11:28:39:69:61:16:13:24:37 chr4 2306053 . A G 163.1 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.000753457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.982;QD=20.3876;RBI=0.00359301;REFB=-0.013867;REVB=0.00351312;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177215;STB=0.564981;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0129391;OID=.;OPOS=2306053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:15:16:17:0.53125:8:8:10:4:8:9:10:5 chr4 2451694 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.681;QD=60.9786;RBI=0.00815499;REFB=0;REVB=0.0074596;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81573e-05;OID=.;OPOS=2451694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr4 2460571 . C T 356.04 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.079951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1305;QD=21.91;RBI=0.0816413;REFB=-0.0275382;REVB=0.0165269;RO=29;SAF=8;SAR=28;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254348;STB=0.641581;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0216842;OID=.;OPOS=2460571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:28:8:14:15:28:8:14:15 chr4 2461888 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.786;QD=58.6006;RBI=0.0626522;REFB=0;REVB=0.0620175;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232992;OID=.;OPOS=2461888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr4 2492191 . T C 308.84 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0389542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.669;QD=18.4383;RBI=0.0559672;REFB=-0.00861255;REVB=0.0401858;RO=34;SAF=16;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270859;STB=0.52259;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00575586;OID=.;OPOS=2492191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:34:34:32:33:0.492537:16:16:16:18:16:17:16:18 chr4 2516903 . C T 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00408614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8424;QD=12.7237;RBI=0.00983275;REFB=-0.00889623;REVB=0.00894351;RO=35;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172231;STB=0.606323;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0142828;OID=.;OPOS=2516903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:36:23:23:0.389831:10:13:14:21:10:13:14:22 chr4 2628155 . G A 59.16 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00634446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.86;QD=5.2588;RBI=0.0121729;REFB=-0.000916152;REVB=0.0103888;RO=36;SAF=5;SAR=4;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344365;STB=0.522563;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0046739;OID=.;OPOS=2628155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:4:5:21:15:4:5:21:15 chr4 2743999 . A G 554.18 PASS AF=0.44697;AO=59;DP=131;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=52;FWDB=-0.0137082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.659;QD=16.7933;RBI=0.0152165;REFB=-0.0180743;REVB=-0.006605;RO=72;SAF=19;SAR=40;SRF=21;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348159;STB=0.522095;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0192397;OID=.;OPOS=2743999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:72:73:59:59:0.44697:40:19:21:51:40:19:21:52 chr4 2744087 . G A 304.83 PASS AF=0.388889;AO=34;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.023161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.8941;QD=13.5478;RBI=0.0487653;REFB=-0.00220134;REVB=0.0429142;RO=55;SAF=12;SAR=22;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307471;STB=0.510632;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00834027;OID=.;OPOS=2744087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:55:34:35:0.388889:22:12:18:37:23:12:18:37 chr4 2822467 . G T 353.78 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0607512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.699;QD=18.6201;RBI=0.0628576;REFB=-0.0204317;REVB=0.016136;RO=39;SAF=15;SAR=22;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529363;STB=0.529524;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0166368;OID=.;OPOS=2822467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:22:15:18:21:22:15:18:21 chr4 2826400 . T C 429.89 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0584323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2488;QD=17.3692;RBI=0.0746223;REFB=-0.00244412;REVB=-0.046413;RO=54;SAF=22;SAR=22;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729591;STB=0.535338;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0018996;OID=.;OPOS=2826400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:55:44:44:0.444444:22:22:31:23:22:22:31:24 chr4 2828630 . G T 220.54 PASS AF=0.345679;AO=27;DP=80;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=44;FWDB=0.056887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.969;QD=10.8908;RBI=0.0572526;REFB=-0.0164609;REVB=-0.00646029;RO=53;SAF=8;SAR=19;SRF=9;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191332;STB=0.623686;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0335847;OID=.;OPOS=2828630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:53:53:27:28:0.345679:19:8:9:44:19:9:9:44 chr4 2828771 . T G 117.79 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0314964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5726;QD=12.7343;RBI=0.0394465;REFB=-0.0266948;REVB=0.0237488;RO=23;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205438;STB=0.623175;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.030848;OID=.;OPOS=2828771;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:12:2:6:17:12:2:6:17 chr4 2831383 . T G 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00380122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.733;QD=26.3989;RBI=0.0732212;REFB=-0.0222126;REVB=-0.0731225;RO=10;SAF=14;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22024;STB=0.623612;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00715979;OID=.;OPOS=2831383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:4:14:5:5:4:14:5:5 chr4 2906707 . G T 1500.22 PASS AF=0.962963;AO=104;DP=108;FAO=104;FDP=108;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0215887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.483;QD=55.5636;RBI=0.0401182;REFB=0.0963163;REVB=0.0338142;RO=4;SAF=53;SAR=51;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357692;STB=0.518864;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.000589758;OID=.;OPOS=2906707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:108:108:4:4:104:104:0.962963:51:53:0:4:51:53:0:4 chr4 2916762 . C G 2034.66 PASS AF=1;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395026;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.299;QD=62.6049;RBI=0.0677343;REFB=0;REVB=-0.0550225;RO=0;SAF=45;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018427;OID=.;OPOS=2916762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:130:0:0:130:130:1:85:45:0:0:85:45:0:0 chr4 2927808 . G A 238.66 PASS AF=0.274194;AO=34;DP=124;FAO=34;FDP=124;FR=.;FRO=90;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.0314731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.649;QD=7.69873;RBI=0.0336855;REFB=-0.0158652;REVB=0.0120066;RO=86;SAF=15;SAR=19;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854058;STB=0.558789;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0330544;OID=.;OPOS=2927808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:86:90:34:34:0.274194:19:15:44:42:19:15:47:43 chr4 2993963 . G C 169.15 PASS AF=0.375;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0322183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6423;QD=12.0823;RBI=0.0324785;REFB=-0.0022586;REVB=-0.00410268;RO=34;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345303;STB=0.531054;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0044499;OID=.;OPOS=2993963;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:34:35:21:21:0.375:13:8:14:20:13:8:15:20 chr4 3123133 . G A 388.81 PASS AF=0.286486;AO=53;DP=185;FAO=53;FDP=185;FR=.;FRO=132;FSAF=12;FSAR=41;FSRF=73;FSRR=59;FWDB=-0.0311207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.821;QD=8.40661;RBI=0.0328508;REFB=-0.0156124;REVB=-0.0105203;RO=131;SAF=12;SAR=41;SRF=72;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409313;STB=0.743768;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0337243;OID=.;OPOS=3123133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:131:132:53:53:0.286486:41:12:72:59:41:12:73:59 chr4 3162056 . C T 1203.67 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0638716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4278;QD=59.4403;RBI=0.0797723;REFB=0.0203056;REVB=-0.0477915;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00582837;OID=.;OPOS=3162056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:41:39:0:0:41:39:0:1 chr4 3189379 . C T 36.16 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0198549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.458;QD=6.57375;RBI=0.023606;REFB=-0.0104363;REVB=-0.0127682;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703916;STB=0.545304;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0264677;OID=.;OPOS=3189379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:3:3:9:7:3:3:9:7 chr4 3213832 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.458;QD=57.8848;RBI=0.0258115;REFB=0;REVB=0.0120684;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33875e-05;OID=.;OPOS=3213832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr4 3215835 . T C 951.39 PASS AF=1;AO=58;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.093218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.689;QD=58.547;RBI=0.0938093;REFB=0;REVB=0.0105158;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153451;OID=.;OPOS=3215835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:58:65:1:38:20:0:0:38:27:0:0 chr4 3219613 . A C 2373.0 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.809;QD=63.2801;RBI=0.0543467;REFB=-0.0370659;REVB=0.052925;RO=1;SAF=58;SAR=91;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0081297;STB=0.504273;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000484534;OID=.;OPOS=3219613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:150:1:1:149:149:0.993333:91:58:1:0:91:58:1:0 chr4 3227419 . A G 1645.16 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183844;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.613;QD=60.3728;RBI=0.0359453;REFB=0;REVB=-0.0308882;RO=0;SAF=63;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93925e-05;OID=.;OPOS=3227419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:46:63:0:0:46:63:0:0 chr4 3234980 . G A 1479.16 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0121219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.691;QD=57.4433;RBI=0.0253485;REFB=-0.117632;REVB=0.0222621;RO=1;SAF=39;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120087;STB=0.506328;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000383934;OID=.;OPOS=3234980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:103:1:1:101:102:0.990291:62:39:1:0:63:39:1:0 chr4 3257593 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.000798469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.656;QD=19.0179;RBI=0.0111851;REFB=-0.0342944;REVB=0.0111565;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325116;STB=0.518494;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.027878;OID=.;OPOS=3257593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:6:8:8:7:6:8 chr4 3263138 . G A 357.25 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00433216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.013;QD=16.8116;RBI=0.0383808;REFB=-0.0201956;REVB=0.0381355;RO=47;SAF=8;SAR=30;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30235;STB=0.671542;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0374943;OID=.;OPOS=3263138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:30:8:22:25:30:8:22:25 chr4 3318371 . G A 185.22 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.000442113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.743;QD=10.2898;RBI=0.0214187;REFB=-0.015597;REVB=-0.0214141;RO=48;SAF=10;SAR=14;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483371;STB=0.528278;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0202505;OID=.;OPOS=3318371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:14:10:22:26:14:10:22:26 chr4 3318413 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.672;QD=62.9827;RBI=0.0195645;REFB=0;REVB=0.00912583;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48818e-05;OID=.;OPOS=3318413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr4 3319261 . G A 295.86 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=0.0145305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.679;QD=23.6684;RBI=0.0146202;REFB=-0.0181471;REVB=0.00161692;RO=23;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252238;STB=0.638619;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00855631;OID=.;OPOS=3319261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:11:16:20:3:11:16:20:3 chr4 3319553 . C T 456.71 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0335789;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2711;QD=18.4528;RBI=0.0365517;REFB=-0.0285514;REVB=-0.0144389;RO=52;SAF=20;SAR=26;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170814;STB=0.599609;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0379263;OID=.;OPOS=3319553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:52:53:46:46:0.464646:26:20:32:20:26:20:33:20 chr4 3417845 . G C 250.61 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0067936;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.832;QD=14.3207;RBI=0.038076;REFB=-0.013799;REVB=-0.037465;RO=42;SAF=22;SAR=7;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444579;STB=0.747826;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.016697;OID=.;OPOS=3417845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:42:41:29:29:0.414286:7:22:14:28:7:22:14:27 chr4 3427206 . C A 295.46 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=101;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.00536949;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.8639;QD=11.7015;RBI=0.0507674;REFB=-0.000551527;REVB=0.0504826;RO=65;SAF=20;SAR=16;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366172;STB=0.521053;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00106668;OID=.;OPOS=3427206;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:65:65:36:36:0.356436:16:20:34:31:16:20:34:31 chr4 3444503 . G A 304.02 PASS AF=0.563636;AO=30;DP=56;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0265805;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1437;QD=22.1109;RBI=0.026863;REFB=-0.0100448;REVB=-0.00388573;RO=24;SAF=17;SAR=13;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15382;STB=0.590306;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0145388;OID=.;OPOS=3444503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:24:24:30:31:0.563636:13:17:18:6:14:17:18:6 chr4 3445864 . T A 419.62 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0176054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.968;QD=15.6867;RBI=0.0186907;REFB=-0.0199955;REVB=-0.00627644;RO=57;SAF=20;SAR=27;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130703;STB=0.513967;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.01377;OID=.;OPOS=3445864;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:57:60:47:47:0.439252:27:20:25:32:27:20:27:33 chr4 3446132 . C G 703.76 PASS AF=0.958333;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0186898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.483;QD=58.6464;RBI=0.0360671;REFB=-0.0553013;REVB=0.0308468;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522717;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0010767;OID=.;OPOS=3446132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:48:0:2:45:46:0.958333:22:23:0:0:21:25:0:2 chr4 3449652 . G A 464.76 PASS AF=0.535714;AO=44;DP=83;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=8;FWDB=0.0118151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4424;QD=22.1314;RBI=0.0209515;REFB=-0.021973;REVB=-0.0173023;RO=39;SAF=21;SAR=23;SRF=31;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269141;STB=0.641183;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0189365;OID=.;OPOS=3449652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:39:39:44:45:0.535714:23:21:31:8:23:22:31:8 chr4 3475252 . T C 3686.21 PASS AF=1;AO=233;DP=235;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315384;FXX=0.00840301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3958;QD=62.4781;RBI=0.0316746;REFB=-0.014964;REVB=-0.00293339;RO=2;SAF=116;SAR=117;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00814496;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253808;OID=.;OPOS=3475252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:235:236:2:0:233:236:1:117:116:2:0:119:117:0:0 chr4 3494600 . A G 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00931549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.734;QD=15.1717;RBI=0.0190158;REFB=-0.0149356;REVB=0.0165778;RO=24;SAF=4;SAR=13;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126155;STB=0.573438;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0188831;OID=.;OPOS=3494600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:13:4:8:16:13:4:8:16 chr4 3494826 . A C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0124083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.711;QD=13.631;RBI=0.0177054;REFB=-0.0152216;REVB=-0.0126299;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256503;STB=0.6518;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0230521;OID=.;OPOS=3494826;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:3:6:3:5:3:6 chr4 3494847 . G A 45.68 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0104315;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=121.071;QD=8.70086;RBI=0.0255742;REFB=-0.0394739;REVB=-0.02335;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769493;STB=0.547808;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0302531;OID=.;OPOS=3494847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:7:7:3:4:7:7 chr4 3494898 . C T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0254059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.216;QD=10.634;RBI=0.0275714;REFB=-0.0102731;REVB=-0.0107107;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198042;STB=0.618767;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0469178;OID=.;OPOS=3494898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:4:9:4:4:4:9 chr4 3514695 . A G 316.55 PASS AF=0.372549;AO=38;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.00239021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4695;QD=12.4139;RBI=0.00255428;REFB=0.00451909;REVB=0.000900702;RO=62;SAF=22;SAR=16;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338346;STB=0.510543;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.0135854;OID=.;OPOS=3514695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:64:38:38:0.372549:16:22:34:28:16:22:36:28 chr4 3526786 . C T 246.34 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.036419;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.226;QD=17.5954;RBI=0.0501013;REFB=-0.017442;REVB=-0.0344064;RO=29;SAF=5;SAR=22;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241854;STB=0.637567;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.022507;OID=.;OPOS=3526786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:29:29:27:27:0.482143:22:5:11:18:22:5:11:18 chr4 3589689 . C A 580.22 PASS AF=0.617978;AO=47;DP=82;FAO=55;FDP=89;FR=.;FRO=34;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0761988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0817;QD=26.0775;RBI=0.088767;REFB=-0.0658073;REVB=0.0455338;RO=32;SAF=33;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211535;STB=0.633079;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0437671;OID=.;OPOS=3589689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:89:32:34:47:55:0.617978:14:33:14:18:14:41:15:19 chr4 3589719 . CA C 380.78 PASS AF=0.621951;AO=48;DP=83;FAO=51;FDP=82;FR=.;FRO=31;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00972944;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.7852;QD=18.5748;RBI=0.0988202;REFB=-0.0576575;REVB=-0.09834;RO=31;SAF=35;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199838;STB=0.616287;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.0383617;OID=.;OPOS=3589720;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.621951:48:83:51:82:31:37:14:14:17:99:31:35:13:15:16 chr4 3590683 . T G 467.3 PASS AF=0.471698;AO=51;DP=107;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0072657;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.906;QD=17.6338;RBI=0.016767;REFB=-0.000967254;REVB=0.015111;RO=55;SAF=27;SAR=24;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529748;STB=0.5294;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00119735;OID=.;OPOS=3590683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:55:56:51:50:0.471698:24:27:26:29:24:26:26:30 chr4 3590711 . G T 489.43 PASS AF=0.48;AO=49;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00237731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0215;QD=19.5772;RBI=0.00510039;REFB=-0.00857973;REVB=0.00451247;RO=51;SAF=25;SAR=24;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176768;STB=0.500834;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00852211;OID=.;OPOS=3590711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:52:49:48:0.48:24:25:27:24:23:25:27:25 chr4 3590730 . G A 481.27 PASS AF=0.49505;AO=48;DP=99;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00325483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.261;QD=19.06;RBI=0.0162445;REFB=-0.00818721;REVB=0.0159151;RO=51;SAF=29;SAR=19;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895114;STB=0.535944;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00624399;OID=.;OPOS=3590730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:51:51:48:50:0.49505:19:29:26:25:21:29:26:25 chr4 3590817 . T C 450.62 PASS AF=0.564103;AO=43;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=0.000252267;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.326;QD=23.1085;RBI=0.0393241;REFB=-0.0516139;REVB=0.0393233;RO=33;SAF=31;SAR=12;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681268;STB=0.548742;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0319117;OID=.;OPOS=3590817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:34:43:44:0.564103:12:31:26:7:13:31:27:7 chr4 3590822 . AGACACACACACACACACAC AGACACACACACACAC,AGACACACACACACACAC,AGACACACACACACACACAG,GCACAGACACACACACACAC 548.2 PASS AF=0.5,0.229167,0.0625,0.145833;AO=24,9,2,7;DP=52;FAO=24,11,3,7;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=18,10,2,4;FSAR=6,1,1,3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0277818,-0.000744716,0.0227969,-0.022191;FXX=0.058812;HRUN=1,1,1,1;LEN=4,2,1,6;MLLD=92.8104,39.5281,51.4057,99.215;QD=45.683;RBI=0.0565527,0.0113107,0.0341712,0.0800756;REFB=-0.0646488,-0.22297,-0.0885388,0.014088;REVB=0.0492583,0.0112862,-0.0254553,0.0769393;RO=4;SAF=18,9,1,6;SAR=6,0,1,1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.0925505,0,-0.532453,-0.219787;STB=0.538431,0.56511,0.713247,0.636015;STBP=0.406,0.652,0.746,0.271;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=0.0695587,0.0755103,0.0121933,0.0670795;OID=.,.,.,.;OPOS=3590824,3590824,3590841,3590822;OREF=ACAC,AC,C,AGACAC;OALT=-,-,G,GCACAG;OMAPALT=AGACACACACACACAC,AGACACACACACACACAC,AGACACACACACACACACAG,GCACAGACACACACACACAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:89:52:48:4:3:24,9,2,7:24,11,3,7:0.5,0.229167,0.0625,0.145833:6,0,1,1:18,9,1,6:4:0:6,1,1,3:18,10,2,4:3:0 chr4 3590878 . C T 1068.07 PASS AF=0.635762;AO=96;DP=152;FAO=96;FDP=151;FR=.;FRO=55;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0139384;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.115;QD=28.2933;RBI=0.0885553;REFB=-0.0325077;REVB=0.0874515;RO=55;SAF=55;SAR=41;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187247;STB=0.510107;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0226715;OID=.;OPOS=3590878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:55:55:96:96:0.635762:41:55:33:22:41:55:33:22 chr4 3590911 . A C 1488.76 PASS AF=0.594714;AO=135;DP=227;FAO=135;FDP=227;FR=.;FRO=92;FSAF=80;FSAR=55;FSRF=56;FSRR=36;FWDB=0.0128013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.737;QD=26.2337;RBI=0.0298678;REFB=-0.00854706;REVB=0.0269855;RO=90;SAF=80;SAR=55;SRF=55;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142242;STB=0.506774;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00547372;OID=.;OPOS=3590911;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:90:92:135:135:0.594714:55:80:55:35:55:80:56:36 chr4 3591015 . A C 1888.28 PASS AF=0.518106;AO=186;DP=360;FAO=186;FDP=359;FR=.;FRO=173;FSAF=104;FSAR=82;FSRF=98;FSRR=75;FWDB=-0.0380364;FXX=0.0027777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.3787;QD=21.0393;RBI=0.0397233;REFB=-0.00105825;REVB=-0.0114533;RO=169;SAF=104;SAR=82;SRF=95;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00264728;STB=0.503587;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.000905804;OID=.;OPOS=3591015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:360:359:169:173:186:186:0.518106:82:104:95:74:82:104:98:75 chr4 3591049 . C T 1419.71 PASS AF=0.490066;AO=147;DP=299;FAO=148;FDP=302;FR=.;FRO=154;FSAF=78;FSAR=70;FSRF=82;FSRR=72;FWDB=0.0256526;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.9348;QD=18.804;RBI=0.0662813;REFB=0.00946691;REVB=0.0611159;RO=152;SAF=78;SAR=69;SRF=80;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00399207;STB=0.502783;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.00825315;OID=.;OPOS=3591049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:302:152:154:147:148:0.490066:69:78:80:72:70:78:82:72 chr4 3591069 . C T 1459.69 PASS AF=0.516245;AO=142;DP=276;FAO=143;FDP=277;FR=.;FRO=134;FSAF=75;FSAR=68;FSRF=76;FSRR=58;FWDB=-0.0175342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.921;QD=21.0785;RBI=0.0309945;REFB=-0.0105704;REVB=-0.0255581;RO=127;SAF=74;SAR=68;SRF=70;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260724;STB=0.52074;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0101542;OID=.;OPOS=3591069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:277:127:134:142:143:0.516245:68:74:70:57:68:75:76:58 chr4 4199634 . A T 536.41 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0130243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.103;QD=23.8405;RBI=0.0137901;REFB=0.00329603;REVB=0.00453173;RO=40;SAF=31;SAR=19;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100224;STB=0.555074;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00317957;OID=.;OPOS=4199634;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:40:50:50:0.555556:19:31:20:20:19:31:20:20 chr4 4204299 . T C 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0184169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.946;QD=12.9138;RBI=0.0292104;REFB=-0.0065444;REVB=-0.0226731;RO=37;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13376;STB=0.576308;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00976307;OID=.;OPOS=4204299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:14:10:11:26:14:10:11:26 chr4 4228357 . CCAG C 42.7 PASS AF=0.290323;AO=8;DP=29;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0534359;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=246.526;QD=5.50993;RBI=0.0534566;REFB=-0.0148676;REVB=0.00148979;RO=18;SAF=1;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.602754;STB=0.894249;STBP=0.012;TYPE=del;VARB=0.0619833;OID=.;OPOS=4228358;OREF=CAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290323:8:29:9:31:22:1:8:15:7:42:18:1:7:12:6 chr4 4239587 . G T 214.56 PASS AF=0.221477;AO=33;DP=149;FAO=33;FDP=149;FR=.;FRO=116;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=57;FSRR=59;FWDB=0.0288722;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7056;QD=5.7601;RBI=0.0326481;REFB=0.010078;REVB=0.0152411;RO=113;SAF=16;SAR=17;SRF=55;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00237236;STB=0.505084;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.0301261;OID=.;OPOS=4239587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:113:116:33:33:0.221477:17:16:55:58:17:16:57:59 chr4 4276132 . T C 843.94 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.124075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.726;QD=54.4479;RBI=0.126929;REFB=-0.199746;REVB=0.0267648;RO=1;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159958;STB=0.516661;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00286716;OID=.;OPOS=4276132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:62:62:1:2:60:60:0.967742:29:31:0:1:29:31:0:2 chr4 4304337 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0060288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.815;QD=39.2068;RBI=0.029806;REFB=0;REVB=-0.02919;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000509784;OID=.;OPOS=4304337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr4 4304522 . A C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0161369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.437;QD=17.3212;RBI=0.0236442;REFB=-0.0124812;REVB=-0.0172814;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266267;STB=0.651987;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.017498;OID=.;OPOS=4304522;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:6:10:6:12:6:10:6:12 chr4 4304605 . G A 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00499119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.15;QD=20.7383;RBI=0.00931527;REFB=-0.0092037;REVB=-0.00786525;RO=16;SAF=4;SAR=14;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412229;STB=0.733991;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00390322;OID=.;OPOS=4304605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:14:4:11:5:14:4:11:5 chr4 4322570 . G A 253.47 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.0380122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.703;QD=17.4808;RBI=0.0383408;REFB=0.0128384;REVB=-0.00500919;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190733;STB=0.606147;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00608259;OID=.;OPOS=4322570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:16:12:7:23:16:12:7:23 chr4 4322665 . T C 278.92 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.00309576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.407;QD=13.9457;RBI=0.00979468;REFB=-0.00716221;REVB=-0.00929258;RO=48;SAF=18;SAR=14;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238195;STB=0.634888;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00607095;OID=.;OPOS=4322665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:14:18:16:32:14:18:16:32 chr4 4322770 . T C 191.95 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0104634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.095;QD=11.812;RBI=0.0121377;REFB=-0.0120539;REVB=-0.00615147;RO=41;SAF=15;SAR=9;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727774;STB=0.542133;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0191806;OID=.;OPOS=4322770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:9:15:23:18:9:15:23:18 chr4 4417899 . G C 334.98 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0106653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4223;QD=16.9611;RBI=0.0140721;REFB=-0.026086;REVB=-0.00918014;RO=42;SAF=11;SAR=25;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22211;STB=0.631894;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0255468;OID=.;OPOS=4417899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:43:36:36:0.455696:25:11:22:20:25:11:23:20 chr4 4420291 . T TAA 326.18 PASS AF=0.48;AO=45;DP=102;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0323207;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=2;MLLD=40.2767;QD=13.047;RBI=0.0336795;REFB=0.0248581;REVB=-0.00947012;RO=53;SAF=34;SAR=11;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234437;STB=0.654154;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=-0.025475;OID=.;OPOS=4420292;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48:45:102:48:100:52:37:11:27:25:99:53:34:11:29:24 chr4 4861974 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0124495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.879;QD=15.2586;RBI=0.0584555;REFB=0.000316735;REVB=0.0571144;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560707;STB=0.533237;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00143361;OID=.;OPOS=4861974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:3:3:3:4:3:3 chr4 5333012 . G A 194.17 PASS AF=0.266667;AO=28;DP=105;FAO=28;FDP=105;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.00301406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.704;QD=7.397;RBI=0.0140148;REFB=-0.00962295;REVB=-0.0136868;RO=77;SAF=15;SAR=13;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357958;STB=0.521457;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0265516;OID=.;OPOS=5333012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:77:77:28:28:0.266667:13:15:39:38:13:15:39:38 chr4 5333091 . G A 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0227403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.724;QD=17.6172;RBI=0.0231701;REFB=-0.0177733;REVB=-0.00444222;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564863;STB=0.531888;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0206099;OID=.;OPOS=5333091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:13:11:14:13:13:11:14:13 chr4 5448429 . A G 294.8 PASS AF=0.417722;AO=32;DP=78;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00306477;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.773;QD=14.9264;RBI=0.0256254;REFB=-0.0134307;REVB=-0.0254415;RO=45;SAF=13;SAR=19;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403981;STB=0.506266;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0265531;OID=.;OPOS=5448429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:45:46:32:33:0.417722:19:13:20:25:19:14:20:26 chr4 5469810 . T C 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0246588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.731;QD=12.0245;RBI=0.0246703;REFB=-0.00314302;REVB=0.000751329;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212814;STB=0.624805;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00618806;OID=.;OPOS=5469810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:6:6:14:6:6:6:14:6 chr4 5570221 . G A 1415.41 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.698;QD=62.9073;RBI=0.0133468;REFB=0;REVB=-0.0116183;RO=0;SAF=58;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.23953e-06;OID=.;OPOS=5570221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:31:58:0:0:32:58:0:0 chr4 5624670 . T C 77.94 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0027288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.963;QD=14.1701;RBI=0.00414373;REFB=-0.000399124;REVB=-0.00311836;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943118;STB=0.555443;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000316194;OID=.;OPOS=5624670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:6:6:6:4:6:6 chr4 5627634 . C T 439.41 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00458644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.762;QD=19.3148;RBI=0.00740582;REFB=-0.0279959;REVB=-0.00581469;RO=47;SAF=21;SAR=23;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900783;STB=0.550052;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0285293;OID=.;OPOS=5627634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:23:21:27:20:23:21:27:20 chr4 5690902 . T C 291.64 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00573994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.4;QD=14.5822;RBI=0.00675212;REFB=-0.00545136;REVB=0.00355587;RO=46;SAF=23;SAR=10;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125708;STB=0.566653;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0123512;OID=.;OPOS=5690902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:47:33:33:0.4125:10:23:27:19:10:23:28:19 chr4 5743509 . C T 1989.68 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.812;QD=62.1776;RBI=0.0375789;REFB=0;REVB=0.0294082;RO=0;SAF=53;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97086e-05;OID=.;OPOS=5743509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:75:53:0:0:75:53:0:0 chr4 5743512 . T C 1949.45 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.228;QD=61.4;RBI=0.0627353;REFB=0;REVB=0.0375181;RO=0;SAF=53;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131775;OID=.;OPOS=5743512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:126:127:1:73:53:0:0:74:53:0:0 chr4 5749904 . T C 410.69 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00361121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1623;QD=56.6468;RBI=0.0174718;REFB=0;REVB=-0.0170946;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187758;OID=.;OPOS=5749904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr4 5749961 . G C 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.063;QD=59.835;RBI=0.0826064;REFB=0;REVB=0.0746898;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001439;OID=.;OPOS=5749961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr4 5754595 . C T 292.41 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.000648818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.822;QD=14.6206;RBI=0.00226144;REFB=-0.0241445;REVB=0.00216636;RO=47;SAF=20;SAR=13;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339492;STB=0.519264;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0153628;OID=.;OPOS=5754595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:13:20:27:20:13:20:27:20 chr4 5755542 . C A 1657.45 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0034124;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.057;QD=60.2707;RBI=0.263873;REFB=0;REVB=0.263851;RO=0;SAF=63;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.69741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153205;OID=.;OPOS=5755542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:108:110:1:45:63:0:0:46:64:0:0 chr4 5785442 . G A 1080.49 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.253;QD=60.027;RBI=0.0350931;REFB=0;REVB=0.0114069;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116265;OID=.;OPOS=5785442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:28:44:0:0:28:44:0:0 chr4 5975538 . G A 433.57 PASS AF=0.621212;AO=41;DP=66;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0197015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.791;QD=26.2767;RBI=0.0200514;REFB=-0.0108124;REVB=0.00372928;RO=25;SAF=16;SAR=25;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112772;STB=0.561375;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00869113;OID=.;OPOS=5975538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:25:41:41:0.621212:25:16:6:19:25:16:6:19 chr4 5990110 . C A 1632.83 PASS AF=0.957265;AO=110;DP=116;FAO=112;FDP=117;FR=.;FRO=5;FSAF=73;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0118175;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.305;QD=55.8233;RBI=0.0154687;REFB=-0.169604;REVB=0.00998127;RO=3;SAF=72;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000675218;STB=0.502434;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.000826939;OID=.;OPOS=5990110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:116:117:3:5:110:112:0.957265:38:72:2:1:39:73:3:2 chr4 5990339 . G A 972.91 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.787;QD=58.9641;RBI=0.0136878;REFB=0;REVB=-0.00932072;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72044e-06;OID=.;OPOS=5990339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:31:34:0:0:31:35:0:0 chr4 5990551 . G A 594.46 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7119;QD=60.9699;RBI=0.0432851;REFB=0;REVB=-0.0254121;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118299;OID=.;OPOS=5990551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr4 5990599 . T C 482.91 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.579;QD=58.5352;RBI=0.0391867;REFB=0;REVB=0.0140242;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414673;OID=.;OPOS=5990599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr4 5990791 . A G 728.38 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00686185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.12;QD=57.1279;RBI=0.0304365;REFB=0;REVB=0.029653;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77304e-05;OID=.;OPOS=5990791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:17:33:0:0:18:33:0:0 chr4 5991384 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0857099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.859;QD=60.609;RBI=0.0930895;REFB=0;REVB=-0.0363245;RO=0;SAF=6;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29107e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375893;OID=.;OPOS=5991384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:32:6:0:0:32:6:0:0 chr4 5991476 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.53;QD=44.6898;RBI=0.0328078;REFB=0;REVB=0.00723512;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000246087;OID=.;OPOS=5991476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr4 6293696 . C G 1031.45 PASS AF=0.502513;AO=99;DP=199;FAO=100;FDP=199;FR=.;FRO=99;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=0.0195148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.454;QD=20.7326;RBI=0.0205084;REFB=-0.0139607;REVB=-0.00630611;RO=99;SAF=58;SAR=41;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654196;STB=0.53795;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0139287;OID=.;OPOS=6293696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:99:99:99:100:0.502513:41:58:51:48:41:59:51:48 chr4 6302519 . G A 698.83 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00835487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3371;QD=54.8104;RBI=0.0149278;REFB=-0.113101;REVB=0.0123708;RO=1;SAF=30;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154349;STB=0.508193;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00250349;OID=.;OPOS=6302519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:20:30:1:0:20:30:1:0 chr4 6302707 . C T 237.13 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0076658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.363;QD=19.7607;RBI=0.00784197;REFB=-0.0136151;REVB=0.00165286;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00489109;STB=0.50276;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.013432;OID=.;OPOS=6302707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:13:10:11:14:13:10:11:14 chr4 6302889 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0262268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4538;QD=14.6577;RBI=0.0490386;REFB=-0.0217116;REVB=-0.0414359;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339338;STB=0.666444;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.011502;OID=.;OPOS=6302889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:7:6:2:14:7:6:3:14 chr4 6303022 . C T 358.87 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00525092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.579;QD=25.1839;RBI=0.0107915;REFB=0.00892928;REVB=0.00942787;RO=22;SAF=25;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100964;STB=0.555523;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.0053185;OID=.;OPOS=6303022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:10:25:13:9:10:25:13:9 chr4 6303899 . C T 84.56 PASS AF=0.176471;AO=15;DP=85;FAO=15;FDP=85;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.0769101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9949;QD=3.97906;RBI=0.0822871;REFB=-0.0102263;REVB=-0.0292577;RO=70;SAF=7;SAR=8;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167075;STB=0.608556;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0397663;OID=.;OPOS=6303899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:85:85:70:70:15:15:0.176471:8:7:42:28:8:7:42:28 chr4 6303955 . G A 427.23 PASS AF=0.677966;AO=37;DP=56;FAO=40;FDP=59;FR=.;FRO=19;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0372578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.921;QD=28.9649;RBI=0.0372742;REFB=-0.0150111;REVB=0.00110408;RO=19;SAF=24;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114771;STB=0.570212;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0096674;OID=.;OPOS=6303955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:19:19:37:40:0.677966:13:24:9:10:13:27:9:10 chr4 6304087 . A G 213.05 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0064966;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.657;QD=14.4443;RBI=0.121768;REFB=-0.00779341;REVB=-0.121594;RO=34;SAF=19;SAR=6;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142191;STB=0.581563;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00591587;OID=.;OPOS=6304087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:6:19:22:12:6:19:22:12 chr4 6304242 . T C 299.74 PASS AF=0.542373;AO=31;DP=57;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0363605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0843;QD=20.3212;RBI=0.0468861;REFB=0.0116134;REVB=0.0296011;RO=26;SAF=22;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220978;STB=0.601301;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.0134086;OID=.;OPOS=6304242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:26:27:31:32:0.542373:9:22:12:14:10:22:13:14 chr4 6304285 . GC AT,GT 792.05 PASS AF=0.421053,0.578947;AO=24,33;DP=58;FAO=24,33;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=16,19;FSAR=8,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01519,0.0327122;FXX=0.0172384;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=242.834,83.2816;QD=55.5827;RBI=0.0160527,0.0339253;REFB=0,0;REVB=-0.00519169,-0.00899116;RO=0;SAF=16,19;SAR=8,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.71297e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.019662,-0.00743149;OID=.,.;OPOS=6304285,6304286;OREF=GC,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:58:57:0:0:24,33:24,33:0.421053,0.578947:8,14:16,19:0:0:8,14:16,19:0:0 chr4 6304344 . G A 518.41 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.000190278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.094;QD=22.7873;RBI=0.000942935;REFB=-0.0155448;REVB=0.000923537;RO=42;SAF=27;SAR=22;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0028808;STB=0.501585;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00739038;OID=.;OPOS=6304344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:42:49:49:0.538462:22:27:23:19:22:27:23:19 chr4 6304448 . G A 561.73 PASS AF=0.468254;AO=57;DP=124;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.015109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7347;QD=17.8326;RBI=0.0622135;REFB=-0.0353279;REVB=0.0603509;RO=67;SAF=24;SAR=33;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990779;STB=0.562189;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0489103;OID=.;OPOS=6304448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:67:67:57:59:0.468254:33:24:35:32:35:24:35:32 chr4 6304469 . A G 595.68 PASS AF=0.491935;AO=61;DP=125;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0139444;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.065;QD=19.2154;RBI=0.0174969;REFB=-0.0125381;REVB=0.0105686;RO=64;SAF=26;SAR=35;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112015;STB=0.565841;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00878051;OID=.;OPOS=6304469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:64:63:61:61:0.491935:35:26:35:29:35:26:35:28 chr4 6322293 . G A 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0231581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.188;QD=11.267;RBI=0.0232217;REFB=-0.00219339;REVB=0.00171728;RO=36;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0042137;OID=.;OPOS=6322293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:10:10:18:18:10:10:18:18 chr4 6325086 . G A 1564.88 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.118;QD=59.6144;RBI=0.0506511;REFB=0;REVB=0.03862;RO=0;SAF=56;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30091e-05;OID=.;OPOS=6325086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:103:105:1:47:56:0:0:49:56:0:0 chr4 6382919 . C T 151.46 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0127578;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.169;QD=14.0894;RBI=0.0211204;REFB=-0.00845577;REVB=0.0168317;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152274;STB=0.576832;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00724238;OID=.;OPOS=6382919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:10:7:14:11:10:7:14:12 chr4 6415618 . G A 284.64 PASS AF=0.423077;AO=30;DP=75;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00288408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.324;QD=14.5969;RBI=0.00370925;REFB=-0.0195384;REVB=-0.00233252;RO=42;SAF=10;SAR=20;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798112;STB=0.522374;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0129135;OID=.;OPOS=6415618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:42:45:30:33:0.423077:20:10:17:25:21:12:18:27 chr4 6536979 . G A 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00350058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.238;QD=14.6973;RBI=0.00696679;REFB=-0.0106515;REVB=-0.00602347;RO=30;SAF=17;SAR=4;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274751;STB=0.660023;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.01835;OID=.;OPOS=6536979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:4:17:18:12:4:17:18:12 chr4 6594947 . A C 515.52 PASS AF=0.538462;AO=48;DP=88;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0641532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4325;QD=22.6604;RBI=0.0794814;REFB=-0.0211595;REVB=-0.0469218;RO=40;SAF=24;SAR=24;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619983;STB=0.54857;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0268494;OID=.;OPOS=6594947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:40:42:48:49:0.538462:24:24:23:17:25:24:25:17 chr4 6596360 . G A 663.74 PASS AF=0.434524;AO=73;DP=168;FAO=73;FDP=168;FR=.;FRO=95;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=59;FSRR=36;FWDB=0.0167723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.113;QD=15.8033;RBI=0.0214967;REFB=-0.0210811;REVB=0.0134461;RO=95;SAF=39;SAR=34;SRF=59;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891534;STB=0.54964;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0233428;OID=.;OPOS=6596360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:95:95:73:73:0.434524:34:39:59:36:34:39:59:36 chr4 6600012 . A G 1087.03 PASS AF=0.528205;AO=103;DP=196;FAO=103;FDP=195;FR=.;FRO=92;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=38;FSRR=54;FWDB=-0.00713976;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.982;QD=22.298;RBI=0.00718621;REFB=-0.0349924;REVB=0.000815754;RO=91;SAF=40;SAR=63;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262128;STB=0.512193;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0308096;OID=.;OPOS=6600012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:91:92:103:103:0.528205:63:40:38:53:63:40:38:54 chr4 6606864 . A G 179.71 PASS AF=0.5;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00284241;FXX=0.0526177;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4876;QD=19.968;RBI=0.0149026;REFB=-0.00280994;REVB=-0.014629;RO=18;SAF=13;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166538;STB=0.594959;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00362355;OID=.;OPOS=6606864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:18:18:18:18:0.5:5:13:10:8:5:13:10:8 chr4 6619165 . A G 532.9 PASS AF=0.926829;AO=36;DP=39;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0748427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.29;QD=51.9905;RBI=0.0768543;REFB=-0.107719;REVB=0.0174683;RO=3;SAF=27;SAR=9;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049227;STB=0.524578;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00583778;OID=.;OPOS=6619165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:41:3:3:36:38:0.926829:9:27:3:0:9:29:3:0 chr4 6619204 . G A 200.05 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0276097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.86;QD=20.0045;RBI=0.0318794;REFB=-0.0134898;REVB=0.0159375;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113156;STB=0.55097;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0180386;OID=.;OPOS=6619204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:20:19:20:0.5:9:10:13:7:9:11:13:7 chr4 6698667 . T C 1059.69 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.979;QD=58.8719;RBI=0.0163107;REFB=0;REVB=0.00926057;RO=1;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116761;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74275e-05;OID=.;OPOS=6698667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:72:72:1:0:71:72:1:40:31:0:1:41:31:0:0 chr4 6698706 . A C 1175.35 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00467646;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.871;QD=61.057;RBI=0.0395421;REFB=0;REVB=-0.0392646;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167978;OID=.;OPOS=6698706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:78:77:1:47:31:0:0:46:31:0:0 chr4 6718775 . G T 356.35 PASS AF=0.419355;AO=37;DP=90;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0111122;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.956;QD=15.3269;RBI=0.01316;REFB=-0.011795;REVB=-0.00705004;RO=53;SAF=21;SAR=16;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119329;STB=0.569348;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0120793;OID=.;OPOS=6718775;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:53:54:37:39:0.419355:16:21:24:29:17:22:24:30 chr4 6719092 . TAGTC T 123.85 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00133402;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=4;MLLD=299.033;QD=8.69098;RBI=0.0135738;REFB=-0.00847641;REVB=-0.0135081;RO=39;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245749;STB=0.654849;STBP=0.144;TYPE=del;VARB=0.018252;OID=.;OPOS=6719093;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.298246:17:59:17:57:40:11:6:17:23:99:39:11:6:17:22 chr4 6719300 . G A 55.01 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.052655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.268;QD=4.07492;RBI=0.0976999;REFB=-0.0165475;REVB=-0.0822965;RO=45;SAF=5;SAR=4;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274074;STB=0.518631;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.11549;OID=.;OPOS=6719300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:54:45:45:9:9:0.166667:4:5:24:21:4:5:24:21 chr4 6884329 . T C 710.01 PASS AF=0.929825;AO=54;DP=58;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00565908;FXX=0.0172384;HRUN=6;LEN=1;MLLD=181.546;QD=49.8251;RBI=0.00739833;REFB=-0.0122414;REVB=-0.00476551;RO=3;SAF=35;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337978;STB=0.529359;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.000181441;OID=.;OPOS=6884329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:58:57:3:4:54:53:0.929825:19:35:1:2:19:34:1:3 chr4 6884376 . C T 163.73 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0601155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1211;QD=9.3558;RBI=0.074886;REFB=-0.0658877;REVB=-0.0446547;RO=48;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319833;STB=0.687494;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.112865;OID=.;OPOS=6884376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:48:48:22:22:0.314286:8:14:17:31:8:14:17:31 chr4 6884388 . C T 153.03 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0408778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.996;QD=8.87149;RBI=0.0539852;REFB=-0.0227872;REVB=-0.035262;RO=48;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173907;STB=0.602645;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0738559;OID=.;OPOS=6884388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:10:11:18:30:10:11:18:30 chr4 6956059 . T C 506.6 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0386238;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4863;QD=17.7755;RBI=0.0392736;REFB=-0.00919055;REVB=0.00711455;RO=60;SAF=31;SAR=23;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0071663;STB=0.50398;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0098926;OID=.;OPOS=6956059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:60:60:54:54:0.473684:23:31:34:26:23:31:34:26 chr4 7044600 . G A 288.83 PASS AF=0.452055;AO=31;DP=69;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0141644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.371;QD=15.8264;RBI=0.0143611;REFB=-0.0678031;REVB=0.00236836;RO=38;SAF=18;SAR=13;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205377;STB=0.595652;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.030689;OID=.;OPOS=7044600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:38:40:31:33:0.452055:13:18:14:24:14:19:16:24 chr4 7057106 . G C 728.09 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.245;QD=57.1049;RBI=0.0258909;REFB=0;REVB=0.00809845;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08066e-05;OID=.;OPOS=7057106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr4 7114091 . C T 265.96 PASS AF=0.6;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00230501;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.278;QD=26.5958;RBI=0.00483711;REFB=0.00487423;REVB=0.00425259;RO=16;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150327;STB=0.583264;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.00233459;OID=.;OPOS=7114091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:16:16:24:24:0.6:14:10:10:6:14:10:10:6 chr4 7325840 . G T 1319.62 PASS AF=0.966667;AO=86;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0654511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.297;QD=58.6496;RBI=0.0655846;REFB=-0.0569566;REVB=0.00418266;RO=3;SAF=44;SAR=42;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00990141;STB=0.505364;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.000121051;OID=.;OPOS=7325840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:90:3:3:86:87:0.966667:42:44:2:1:43:44:2:1 chr4 7435194 . G A 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0278608;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.413;QD=21.747;RBI=0.0906744;REFB=-0.0131623;REVB=0.086288;RO=20;SAF=16;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789789;STB=0.544461;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0133303;OID=.;OPOS=7435194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:6:16:13:7:6:16:13:7 chr4 7435378 . AA AG,GG 1195.37 PASS AF=0.9625,0.0375;AO=76,3;DP=79;FAO=77,3;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32,3;FSAR=45,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0752106,-0.0267646;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=56.8881,40.1758;QD=59.7684;RBI=0.108757,0.0465722;REFB=0,0;REVB=-0.0785585,-0.0381134;RO=0;SAF=32,3;SAR=44,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00340326,0.0072043;OID=.,.;OPOS=7435379,7435378;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:79:80:0:0:76,3:77,3:0.9625,0.0375:44,0:32,3:0:0:45,0:32,3:0:0 chr4 7435805 . C A 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0328355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3886;QD=15.5707;RBI=0.0916918;REFB=0.0115526;REVB=0.0856109;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293955;STB=0.671941;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00520157;OID=.;OPOS=7435805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:3:8:5:7:3:8:5:7 chr4 7435992 . G A 69.95 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00153447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.049;QD=6.66187;RBI=0.0250337;REFB=-0.0225224;REVB=-0.0249866;RO=32;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0705676;OID=.;OPOS=7435992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:5:5:16:16:5:5:16:16 chr4 7436486 . C A 730.47 PASS AF=0.478261;AO=75;DP=160;FAO=77;FDP=161;FR=.;FRO=84;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=0.0518475;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.454;QD=18.1484;RBI=0.0519433;REFB=-0.0180867;REVB=-0.00315273;RO=85;SAF=45;SAR=30;SRF=48;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349645;STB=0.514006;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0206325;OID=.;OPOS=7436486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:85:84:75:77:0.478261:30:45:48:37:31:46:48:36 chr4 7461826 . C CCCA 561.69 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=45;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0393974;FXX=0.0930016;HRUN=3;LEN=3;MLLD=215.939;QD=57.6089;RBI=0.0492667;REFB=-0.0407467;REVB=0.0295813;RO=7;SAF=22;SAR=15;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00709698;STB=0.511622;STBP=0.527;TYPE=ins;VARB=0.00195927;OID=.;OPOS=7461827;OREF=-;OALT=CCA;OMAPALT=CCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.974359:37:45:38:39:1:21:17:1:0:6:7:22:15:4:3 chr4 7655855 . C T 358.03 PASS AF=0.323741;AO=45;DP=138;FAO=45;FDP=139;FR=.;FRO=94;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=0.0231664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8593;QD=10.303;RBI=0.0628374;REFB=0.00400674;REVB=0.0584111;RO=92;SAF=26;SAR=19;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784401;STB=0.545845;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00549127;OID=.;OPOS=7655855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:92:94:45:45:0.323741:19:26:47:45:19:26:48:46 chr4 7714490 . T C 1387.5 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0112937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.066;QD=60.3261;RBI=0.0183658;REFB=0.0262875;REVB=-0.014483;RO=2;SAF=32;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160628;STB=0.508473;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00307334;OID=.;OPOS=7714490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:58:32:0:2:58:32:0:2 chr4 7716927 . G A 107.4 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.02684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4526;QD=7.81121;RBI=0.0340587;REFB=-0.00531658;REVB=0.0209669;RO=40;SAF=3;SAR=12;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258035;STB=0.660313;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.01995;OID=.;OPOS=7716927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:12:3:15:25:12:3:15:25 chr4 7716932 . T C 834.1 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.231;QD=57.5241;RBI=0.0330356;REFB=0;REVB=0.0166178;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37002e-05;OID=.;OPOS=7716932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:58:0:0:53:58:1:35:18:0:0:37:21:0:0 chr4 7761211 . C T 1573.0 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.427;QD=59.9239;RBI=0.0113712;REFB=0;REVB=-0.00881766;RO=0;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60789e-06;OID=.;OPOS=7761211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:52:53:0:0:52:53:0:0 chr4 7761286 . T C 1264.38 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0562805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6418;QD=61.677;RBI=0.0565805;REFB=0;REVB=-0.00581884;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000479138;OID=.;OPOS=7761286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:40:41:0:0:41:41:0:0 chr4 7765495 . G T 2315.84 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00368102;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.769;QD=63.8851;RBI=0.0240027;REFB=0;REVB=0.0237188;RO=0;SAF=70;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26165e-05;OID=.;OPOS=7765495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:145:0:0:145:145:1:75:70:0:0:75:70:0:0 chr4 7770723 . G T 2502.88 PASS AF=1;AO=163;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045809;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.391;QD=61.0458;RBI=0.0524431;REFB=-0.0460645;REVB=0.0255307;RO=1;SAF=62;SAR=101;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.007613;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013827;OID=.;OPOS=7770723;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:164:164:1:0:163:164:1:101:62:1:0:101:63:0:0 chr4 7774610 . C T 2359.37 PASS AF=1;AO=156;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0795177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7006;QD=59.7309;RBI=0.0908815;REFB=-0.0775909;REVB=0.0440042;RO=0;SAF=94;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204731;OID=.;OPOS=7774610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:158:0:0:156:158:1:62:94:0:0:64:94:0:0 chr4 7783163 . G A 1457.39 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0570974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.326;QD=62.0167;RBI=0.0965251;REFB=-0.0398617;REVB=0.0778266;RO=1;SAF=44;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106533;STB=0.505617;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000588358;OID=.;OPOS=7783163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:49:44:1:0:49:44:1:0 chr4 7783286 . G A 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.938;QD=63.1946;RBI=0.0152397;REFB=0;REVB=-0.00614874;RO=0;SAF=38;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.02053e-05;OID=.;OPOS=7783286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:54:38:0:0:54:38:0:0 chr4 7941901 . A C 947.13 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.016333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.229;QD=55.7135;RBI=0.0328496;REFB=-0.168059;REVB=0.0285014;RO=2;SAF=38;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024218;STB=0.512817;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00155784;OID=.;OPOS=7941901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:28:38:2:0:28:38:2:0 chr4 8031471 . A G 484.15 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00324209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.211;QD=23.6169;RBI=0.0129429;REFB=-0.00119228;REVB=-0.0125302;RO=35;SAF=28;SAR=18;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143624;STB=0.585172;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000623589;OID=.;OPOS=8031471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:35:36:46:46:0.560976:18:28:15:20:18:28:15:21 chr4 8062689 . TG CA 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00493615;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=201.857;QD=59.5018;RBI=0.0157946;REFB=0;REVB=-0.0150034;RO=0;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.97343e-05;OID=.;OPOS=8062689;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:25:44:0:0:25:44:0:0 chr4 8206940 . G A 140.02 PASS AF=0.277778;AO=19;DP=71;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=0.0285179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.728;QD=7.77887;RBI=0.0384475;REFB=-0.0128606;REVB=0.0257864;RO=52;SAF=12;SAR=7;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813643;STB=0.571361;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0188842;OID=.;OPOS=8206940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:52:52:19:20:0.277778:7:12:36:16:8:12:36:16 chr4 8207083 . A G 310.14 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0286086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.578;QD=28.8505;RBI=0.0569598;REFB=-0.0125687;REVB=-0.0492541;RO=16;SAF=12;SAR=15;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135658;STB=0.574415;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00943204;OID=.;OPOS=8207083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:15:12:4:12:15:12:4:12 chr4 8228731 . T C 2091.14 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.966;QD=62.422;RBI=0.0702429;REFB=0;REVB=0.00855912;RO=0;SAF=48;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58194e-05;OID=.;OPOS=8228731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:132:134:1:84:48:0:0:85:49:0:0 chr4 8228894 . T C 1575.26 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119989;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.29;QD=60.0099;RBI=0.0322541;REFB=0;REVB=0.0299391;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.909e-07;OID=.;OPOS=8228894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:48:57:0:0:48:57:0:0 chr4 8229218 . A G 1415.25 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.257;QD=62.8998;RBI=0.0220203;REFB=0;REVB=-0.00770198;RO=0;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.23443e-05;OID=.;OPOS=8229218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:53:37:0:0:53:37:0:0 chr4 8229326 . T C 403.25 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00944428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.745;QD=55.6211;RBI=0.0109191;REFB=0;REVB=-0.00548009;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213487;OID=.;OPOS=8229326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:27:29:1:22:5:0:0:22:7:0:0 chr4 8242466 . A G 3209.09 PASS AF=1;AO=204;DP=204;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034352;FXX=0.0189564;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.959;QD=62.0113;RBI=0.0345682;REFB=0;REVB=0.00385948;RO=0;SAF=103;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015123;OID=.;OPOS=8242466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:207:0:0:204:207:1:101:103:0:0:101:106:0:0 chr4 8294059 . C T 305.6 PASS AF=0.281046;AO=43;DP=159;FAO=43;FDP=153;FR=.;FRO=110;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=56;FSRR=54;FWDB=0.00204633;FXX=0.0377335;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.144;QD=7.9895;RBI=0.00312909;REFB=0.000981111;REVB=0.00236722;RO=96;SAF=24;SAR=19;SRF=51;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321394;STB=0.535436;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00302607;OID=.;OPOS=8294059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:153:96:110:43:43:0.281046:19:24:51:45:19:24:56:54 chr4 8358458 . G A 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.000176428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.066;QD=9.09994;RBI=0.0609855;REFB=-0.00925732;REVB=0.0609853;RO=19;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310768;STB=0.693228;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0368508;OID=.;OPOS=8358458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:7:2:9:10:7:2:9:10 chr4 8390992 . G A 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0667668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.933;QD=14.5588;RBI=0.0668035;REFB=-0.0102785;REVB=0.00221248;RO=35;SAF=15;SAR=11;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115173;STB=0.565169;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.011369;OID=.;OPOS=8390992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:11:15:24:11:11:15:24:11 chr4 8407707 . GT G 56.84 PASS AF=0.466667;AO=18;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.130491;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.64955;QD=5.05245;RBI=0.185149;REFB=-0.0935817;REVB=-0.131348;RO=18;SAF=4;SAR=14;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414893;STB=0.686093;STBP=0.031;TYPE=del;VARB=0.0747951;OID=.;OPOS=8407708;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:18:45:21:45:24:6:15:15:9:56:18:4:14:12:6 chr4 8472895 . C T 362.36 PASS AF=0.338346;AO=45;DP=133;FAO=45;FDP=133;FR=.;FRO=88;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.016987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.89;QD=10.898;RBI=0.0368356;REFB=-0.0162115;REVB=0.0326849;RO=87;SAF=23;SAR=22;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455954;STB=0.522368;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0317643;OID=.;OPOS=8472895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:87:88:45:45:0.338346:22:23:41:46:22:23:42:46 chr4 8582766 . G A 222.38 PASS AF=0.28972;AO=31;DP=107;FAO=31;FDP=107;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.0014638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.407;QD=8.31321;RBI=0.0637104;REFB=-0.0277272;REVB=0.0636936;RO=76;SAF=19;SAR=12;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904718;STB=0.553592;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0619146;OID=.;OPOS=8582766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:76:76:31:31:0.28972:12:19:41:35:12:19:41:35 chr4 8588948 . CG CGC,GC 32.87 PASS AF=0.142857,0.0571429;AO=5,2;DP=38;FAO=5,2;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=4,2;FSAR=1,0;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0321345,0.0207587;FXX=0.0540395;HRUN=1,4;LEN=1,2;MLLD=18.0507,35.7494;QD=3.75608;RBI=0.0347275,0.099655;REFB=-0.0734239,-0.0262014;REVB=0.013167,0.0974689;RO=28;SAF=3,2;SAR=2,0;SRF=16;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0342436,0.437493;STB=0.745609,0.994385;STBP=0.287,0.169;TYPE=ins,mnp;VARB=0.166168,0.143502;OID=.,.;OPOS=8588950,8588948;OREF=-,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CGC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:38:35:28:28:5,2:5,2:0.142857,0.0571429:2,0:3,2:16:12:1,0:4,2:15:13 chr4 8594574 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.148;QD=35.5749;RBI=0.0212923;REFB=0;REVB=0.0102752;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000285868;OID=.;OPOS=8594574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr4 8602884 . T C 313.32 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0252215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3792;QD=50.1317;RBI=0.0342923;REFB=0.0466341;REVB=-0.0232344;RO=1;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440956;STB=0.52379;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00322835;OID=.;OPOS=8602884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:10:14:0:1:10:14:0:1 chr4 8602935 . A G 689.33 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00416553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.694;QD=62.6663;RBI=0.036579;REFB=0;REVB=-0.036341;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138239;OID=.;OPOS=8602935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:14:29:0:0:15:29:0:0 chr4 8605818 . C T 1522.19 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108311;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5019;QD=62.7709;RBI=0.108828;REFB=-0.0449514;REVB=0.0105854;RO=1;SAF=46;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010198;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154939;OID=.;OPOS=8605818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:98:97:1:0:96:97:1:50:46:1:0:50:47:0:0 chr4 8608597 . C A 150.39 PASS AF=0.287671;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00108364;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.71;QD=8.24047;RBI=0.00116121;REFB=-0.00753715;REVB=0.000417305;RO=52;SAF=7;SAR=14;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137291;STB=0.582443;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0180872;OID=.;OPOS=8608597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:52:52:21:21:0.287671:14:7:23:29:14:7:23:29 chr4 8613786 . C T 387.84 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=15;FWDB=0.0105092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.522;QD=15.9932;RBI=0.0111145;REFB=-0.0104103;REVB=-0.00361783;RO=56;SAF=26;SAR=15;SRF=41;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112424;STB=0.562996;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0134424;OID=.;OPOS=8613786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:56:41:41:0.42268:15:26:41:15:15:26:41:15 chr4 8613867 . G A 221.53 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=3;FWDB=-0.00896832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.144;QD=18.4604;RBI=0.0104024;REFB=-0.00535171;REVB=-0.00527056;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=23;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404989;STB=0.725104;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00222152;OID=.;OPOS=8613867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:12:10:23:3:12:10:23:3 chr4 8616096 . T C 244.56 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.0129861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.5733;QD=13.043;RBI=0.0756185;REFB=-0.00201221;REVB=-0.0744951;RO=43;SAF=13;SAR=16;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234072;STB=0.648552;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00283751;OID=.;OPOS=8616096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:43:46:29:29:0.386667:16:13:29:14:16:13:32:14 chr4 8616179 . T C 1572.09 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00477786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8863;QD=59.8891;RBI=0.0324856;REFB=0;REVB=0.0321323;RO=0;SAF=45;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119086;OID=.;OPOS=8616179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:60:45:0:0:60:45:0:0 chr4 8621194 . A G 787.51 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0543584;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7232;QD=64.2868;RBI=0.0573365;REFB=0;REVB=0.0182383;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.38207e-05;OID=.;OPOS=8621194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr4 8951816 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.878;QD=39.2057;RBI=0.0117945;REFB=0;REVB=-0.00451064;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68081e-05;OID=.;OPOS=8951816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr4 9174908 . T C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.026803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.391;QD=23.2184;RBI=0.0572856;REFB=-0.0663958;REVB=0.0506285;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0058648;OID=.;OPOS=9174908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr4 9388888 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.625;QD=44.6898;RBI=0.0364851;REFB=0;REVB=0.0173236;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292375;OID=.;OPOS=9388888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr4 9390660 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0539165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.592;QD=37.4881;RBI=0.0715944;REFB=0;REVB=0.0471038;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.14197e-05;OID=.;OPOS=9390660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr4 9446325 . AG A,AC,CA 1450.82 PASS AF=0.96,0.04,0;AO=84,4,4;DP=95;FAO=96,4,0;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45,0,0;FSAR=51,4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195929,0.0748514,0.0198523;FXX=0.00990001;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=277.684,58.6849,253.578;QD=58.0329;RBI=0.029002,0.0748711,0.0275273;REFB=0,0,0;REVB=0.0213831,0.00172025,0.0190694;RO=0;SAF=36,0,2;SAR=48,4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-7.29079e-05,0.045756,0;OID=.,.,.;OPOS=9446326,9446326,9446325;OREF=G,G,AG;OALT=-,C,CA;OMAPALT=A,AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:95:100:0:0:84,4,4:96,4,0:0.96,0.04,0:48,4,2:36,0,2:0:0:51,4,0:45,0,0:0:0 chr4 9784631 . C T 1264.8 PASS AF=0.965517;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0210742;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.073;QD=58.1518;RBI=0.0218918;REFB=-0.0340671;REVB=0.0059272;RO=2;SAF=53;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00618044;STB=0.510953;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000521776;OID=.;OPOS=9784631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:87:87:2:3:84:84:0.965517:31:53:1:1:31:53:1:2 chr4 9784642 . C A 358.31 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=11;FWDB=0.0154966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.877;QD=17.0621;RBI=0.0218471;REFB=-0.0091109;REVB=0.0153997;RO=46;SAF=20;SAR=18;SRF=35;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23486;STB=0.63051;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0101297;OID=.;OPOS=9784642;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:18:20:35:11:18:20:35:11 chr4 9784889 . C T 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.000499545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.319;QD=18.0506;RBI=0.0352084;REFB=0.0135671;REVB=-0.0352049;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172877;STB=0.5998;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0114116;OID=.;OPOS=9784889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:3:5:4:6:3:5 chr4 9785134 . T C 368.03 PASS AF=0.62;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0014796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.57;QD=29.4427;RBI=0.0444466;REFB=-0.0313286;REVB=-0.044422;RO=18;SAF=18;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171868;STB=0.521039;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.015564;OID=.;OPOS=9785134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:18:19:31:31:0.62:13:18:10:8:13:18:10:9 chr4 9922130 . C T 1083.82 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0863402;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1131;QD=60.2122;RBI=0.0908792;REFB=0;REVB=0.0283619;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000568998;OID=.;OPOS=9922130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:45:27:0:0:45:27:0:0 chr4 9982330 . A G 633.67 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00458998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.508;QD=60.3496;RBI=0.00855573;REFB=0;REVB=0.00722029;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123017;OID=.;OPOS=9982330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:23:17:0:0:25:17:0:0 chr4 9987324 . G A 817.58 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3252;QD=57.3743;RBI=0.0805849;REFB=0;REVB=-0.0612494;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.94121e-05;OID=.;OPOS=9987324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:20:36:0:0:20:37:0:0 chr4 9998493 . A G 2887.29 PASS AF=1;AO=184;DP=185;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874477;FXX=0.00540511;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.755;QD=62.7672;RBI=0.016181;REFB=-0.0953286;REVB=0.0136145;RO=1;SAF=112;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00423241;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.83005e-06;OID=.;OPOS=9998493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:185:184:1:0:184:184:1:72:112:1:0:72:112:0:0 chr4 10076658 . T C 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2414;QD=49.5952;RBI=0.0414524;REFB=0;REVB=-0.0406193;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000909946;OID=.;OPOS=10076658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr4 10076860 . G A 1346.05 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.089;QD=61.8872;RBI=0.0362934;REFB=0;REVB=0.0326055;RO=0;SAF=68;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247389;OID=.;OPOS=10076860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:84:87:1:16:68:0:0:18:69:0:0 chr4 10090178 . T C 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00221718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.988;QD=63.0521;RBI=0.00231422;REFB=0;REVB=-0.000663111;RO=0;SAF=52;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.07607e-06;OID=.;OPOS=10090178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:39:52:0:0:39:52:0:0 chr4 10094698 . G A 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00697783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.436;QD=53.3624;RBI=0.00741028;REFB=-0.167952;REVB=-0.00249443;RO=1;SAF=4;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182766;STB=0.509797;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-3.13232e-05;OID=.;OPOS=10094698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:25:4:0:1:25:4:0:1 chr4 10099340 . T C 1703.11 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.041;QD=60.2871;RBI=0.0393152;REFB=0;REVB=0.0254494;RO=0;SAF=63;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49346e-06;OID=.;OPOS=10099340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:110:113:1:47:63:0:0:47:66:0:0 chr4 10117430 . C T 929.46 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0218513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.432;QD=55.4899;RBI=0.0220043;REFB=-0.0831445;REVB=-0.0025898;RO=2;SAF=33;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277691;STB=0.514701;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.000572505;OID=.;OPOS=10117430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:32:33:2:0:32:33:2:0 chr4 10441613 . AAC A 346.77 PASS AF=0.864865;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=37;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00255092;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=2;MLLD=244.34;QD=37.4886;RBI=0.00257618;REFB=0.0625568;REVB=-0.000359861;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.547142;STBP=0.22;TYPE=del;VARB=-0.00139828;OID=.;OPOS=10441614;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.864865:32:32:32:37:5:24:8:5:0:16:0:24:8:0:0 chr4 10446385 . C T 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.13;QD=61.2127;RBI=0.011351;REFB=0;REVB=0.00248446;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79302e-05;OID=.;OPOS=10446385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:46:33:0:0:46:33:0:0 chr4 10446906 . A G 528.61 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.025;QD=58.7339;RBI=0.0550487;REFB=0;REVB=0.0211822;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338551;OID=.;OPOS=10446906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:21:14:0:0:21:15:0:0 chr4 10447985 . AT AA,A 879.29 PASS AF=0,1;AO=7,55;DP=63;FAO=0,63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.16378,-0.099329;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=12.5089,27.274;QD=55.8279;RBI=0.167982,0.0996971;REFB=0,0;REVB=0.0373385,0.00855974;RO=0;SAF=7,30;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0441824,-0.00186288;OID=.,.;OPOS=10447986,10447986;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:7,55:63:0,63:63:0:0,37:0,26:0:0:5:0:7,30:0,25:0:0 chr4 10502937 . T G 1624.25 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.48;QD=60.1576;RBI=0.0426684;REFB=0;REVB=0.00051376;RO=0;SAF=58;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.85247e-05;OID=.;OPOS=10502937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:50:58:0:0:50:58:0:0 chr4 10669522 . A C 472.96 PASS AF=0.472222;AO=50;DP=107;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0117584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.525;QD=17.517;RBI=0.014927;REFB=-0.0117691;REVB=0.00919539;RO=57;SAF=26;SAR=24;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610443;STB=0.538614;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0167068;OID=.;OPOS=10669522;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:57:57:50:51:0.472222:24:26:26:31:24:27:26:31 chr4 11401425 . C T 95.31 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0517607;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.322;QD=6.68858;RBI=0.0629504;REFB=-0.0130826;REVB=-0.0358271;RO=43;SAF=5;SAR=9;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295094;STB=0.6819;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0598513;OID=.;OPOS=11401425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:58:57:43:43:14:14:0.245614:9:5:26:17:9:5:26:17 chr4 13530604 . T C 501.92 PASS AF=0.495327;AO=48;DP=106;FAO=53;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0914816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0419;QD=18.7633;RBI=0.0931708;REFB=-0.0303331;REVB=-0.0176609;RO=44;SAF=32;SAR=16;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925056;STB=0.572014;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0281758;OID=.;OPOS=13530604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:44:54:48:53:0.495327:16:32:25:19:21:32:25:29 chr4 13545792 . G T 198.43 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.031084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.249;QD=44.0953;RBI=0.0524187;REFB=-0.116446;REVB=0.0422078;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521714;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00306154;OID=.;OPOS=13545792;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:6:11:0:0:6:11:1:0 chr4 13548623 . G A 219.07 PASS AF=0.208092;AO=36;DP=162;FAO=36;FDP=173;FR=.;FRO=137;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=75;FSRR=62;FWDB=-0.022776;FXX=0.0388867;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.294;QD=5.06529;RBI=0.0228206;REFB=-0.01619;REVB=-0.00142682;RO=126;SAF=9;SAR=27;SRF=64;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341288;STB=0.738868;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0654895;OID=.;OPOS=13548623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:173:126:137:36:36:0.208092:27:9:64:62:27:9:75:62 chr4 13548796 . T G 850.51 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0095842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9357;QD=57.662;RBI=0.0398603;REFB=0;REVB=0.0386909;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135138;OID=.;OPOS=13548796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr4 13606576 . A T 2007.16 PASS AF=0.916667;AO=143;DP=155;FAO=143;FDP=156;FR=.;FRO=13;FSAF=71;FSAR=72;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0250245;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.129;QD=51.4658;RBI=0.034776;REFB=-0.00729254;REVB=-0.0241485;RO=11;SAF=71;SAR=72;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312541;STB=0.509905;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00413187;OID=.;OPOS=13606576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:155:156:11:13:143:143:0.916667:72:71:8:3:72:71:8:5 chr4 13610188 . CTTTTTTTTC CTTTTTTCTT,CTTTTTTTC 31.9 PASS AF=0,0.339623;AO=2,16;DP=57;FAO=0,18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=0,11;FSAR=0,7;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.000394612,0.0246841;FXX=0.0701631;HRUN=8,8;LEN=3,1;MLLD=45.7838,6.61534;QD=2.40758;RBI=0.0402303,0.29337;REFB=-0.0205039,-0.0871494;REVB=0.0402284,0.292329;RO=26;SAF=2,11;SAR=0,5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.460667,0.16909;STB=0.5,0.507684;STBP=1,0.944;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0455788;OID=.,.;OPOS=13610195,13610189;OREF=TTC,T;OALT=CTT,-;OMAPALT=CTTTTTTCTT,CTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.339623:2,16:57:0,18:53:35:0,11:0,7:21:14:33:26:2,11:0,5:14:12 chr4 15095619 . G GAGGGAGGAC 200.53 PASS AF=0.265487;AO=28;DP=115;FAO=30;FDP=113;FR=.;FRO=83;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.0151331;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=9;MLLD=303.589;QD=7.09845;RBI=0.0298004;REFB=-0.0102106;REVB=-0.025672;RO=83;SAF=15;SAR=13;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367821;STB=0.528906;STBP=0.703;TYPE=ins;VARB=0.0214945;OID=.;OPOS=15095620;OREF=-;OALT=AGGGAGGAC;OMAPALT=GAGGGAGGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.265487:28:115:30:113:83:16:14:41:42:99:83:15:13:42:41 chr4 15095629 . G A 71.43 PASS AF=0.140187;AO=15;DP=106;FAO=15;FDP=107;FR=.;FRO=92;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=-0.0147374;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.708;QD=2.67035;RBI=0.022195;REFB=-0.00350769;REVB=-0.016596;RO=91;SAF=8;SAR=7;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103128;STB=0.57487;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0239482;OID=.;OPOS=15095629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:106:107:91:92:15:15:0.140187:7:8:41:50:7:8:41:51 chr4 15516389 . C T 760.02 PASS AF=0.413462;AO=86;DP=208;FAO=86;FDP=208;FR=.;FRO=122;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=53;FSRR=69;FWDB=-0.0543025;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4188;QD=14.6158;RBI=0.0619113;REFB=0.000597092;REVB=-0.0297364;RO=122;SAF=37;SAR=49;SRF=53;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00447832;STB=0.502506;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.00133928;OID=.;OPOS=15516389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:122:122:86:86:0.413462:49:37:53:69:49:37:53:69 chr4 15689928 . G A 187.72 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=45;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00980802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.122;QD=15.3243;RBI=0.0592327;REFB=-0.0214974;REVB=-0.058415;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253895;STB=0.610137;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0650993;OID=.;OPOS=15689928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:49:24:28:17:21:0.428571:10:7:16:8:10:11:20:8 chr4 15690233 . C A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00222604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.731;QD=44.6898;RBI=0.0275777;REFB=0;REVB=0.0274877;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118768;OID=.;OPOS=15690233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr4 15709188 . C T 635.94 PASS AF=0.4;AO=72;DP=180;FAO=72;FDP=180;FR=.;FRO=108;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=0.00726822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.401;QD=14.1321;RBI=0.00734498;REFB=0.0115992;REVB=-0.00105906;RO=107;SAF=37;SAR=35;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495186;STB=0.524978;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.0203078;OID=.;OPOS=15709188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:107:108:72:72:0.4:35:37:50:57:35:37:51:57 chr4 15709252 . G A 445.82 PASS AF=0.398438;AO=51;DP=128;FAO=51;FDP=128;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.00119415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.719;QD=13.9319;RBI=0.011003;REFB=-0.0014218;REVB=-0.010938;RO=75;SAF=27;SAR=24;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108101;STB=0.552683;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.000842877;OID=.;OPOS=15709252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:75:77:51:51:0.398438:24:27:32:43:24:27:34:43 chr4 15713446 . C T 256.07 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00924833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7829;QD=13.4775;RBI=0.0106093;REFB=0.0085866;REVB=0.00519859;RO=45;SAF=19;SAR=11;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266441;STB=0.657336;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0127982;OID=.;OPOS=15713446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:46:30:30:0.394737:11:19:17:28:11:19:17:29 chr4 15724487 . T G 2020.14 PASS AF=0.963768;AO=132;DP=141;FAO=133;FDP=138;FR=.;FRO=5;FSAF=69;FSAR=64;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0131293;FXX=0.0212751;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.064;QD=58.5547;RBI=0.0288257;REFB=-0.1127;REVB=0.0256621;RO=0;SAF=69;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502946;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.000376834;OID=.;OPOS=15724487;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:141:138:0:5:132:133:0.963768:63:69:0:0:64:69:3:2 chr4 15733454 . A C 1523.87 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00403688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.587;QD=59.7597;RBI=0.00424199;REFB=0;REVB=0.00130309;RO=0;SAF=56;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42566e-06;OID=.;OPOS=15733454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:45:56:0:0:46:56:0:0 chr4 15739390 . T G 785.53 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.005;QD=64.1245;RBI=0.0191259;REFB=0;REVB=0.0154004;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5543e-06;OID=.;OPOS=15739390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr4 15835844 . A C 259.53 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=0.0290158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.368;QD=11.9326;RBI=0.042786;REFB=-0.0119553;REVB=0.0314441;RO=56;SAF=22;SAR=9;SRF=39;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177648;STB=0.510252;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0193024;OID=.;OPOS=15835844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:56:31:31:0.356322:9:22:39:17:9:22:39:17 chr4 15937731 . T C 1589.69 PASS AF=0.990991;AO=103;DP=106;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0308891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7967;QD=57.286;RBI=0.0368213;REFB=0.0505818;REVB=0.0200418;RO=2;SAF=42;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00344788;STB=0.505262;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00098015;OID=.;OPOS=15937731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:111:2:1:103:110:0.990991:61:42:1:1:63:47:1:0 chr4 15964485 . G A 357.47 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00428416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.808;QD=49.3063;RBI=0.0339687;REFB=-0.0518971;REVB=0.0336975;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344248;STB=0.535688;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00279541;OID=.;OPOS=15964485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:1:2:27:27:0.931034:13:14:0:1:13:14:0:2 chr4 15964573 . A G 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2866;QD=59.3225;RBI=0.047014;REFB=0;REVB=-0.0413106;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108117;OID=.;OPOS=15964573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:39:29:0:0 chr4 15992831 . C T 213.27 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0272742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.975;QD=12.5454;RBI=0.0279551;REFB=-0.0113376;REVB=-0.00613223;RO=42;SAF=8;SAR=18;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217934;STB=0.625799;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0183918;OID=.;OPOS=15992831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:18:8:21:21:18:8:21:21 chr4 16168316 . C T 386.64 PASS AF=0.242678;AO=58;DP=241;FAO=58;FDP=239;FR=.;FRO=181;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=88;FSRR=93;FWDB=-0.0256319;FXX=0.0123962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.407;QD=6.47103;RBI=0.0361441;REFB=-0.00243028;REVB=-0.0254833;RO=163;SAF=31;SAR=27;SRF=86;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085758;STB=0.536552;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00570489;OID=.;OPOS=16168316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:239:163:181:58:58:0.242678:27:31:86:77:27:31:88:93 chr4 16181283 . A G 132.69 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00467438;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.9766;QD=15.1651;RBI=0.0496488;REFB=0.0178378;REVB=0.0494283;RO=20;SAF=2;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32374;STB=0.692003;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0115523;OID=.;OPOS=16181283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:13:2:7:13:13:2:7:13 chr4 17488286 . T G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00340805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.064;QD=58.5877;RBI=0.0302158;REFB=0;REVB=0.030023;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46705e-05;OID=.;OPOS=17488286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr4 17488346 . G A 94.26 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00114677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.678;QD=10.4735;RBI=0.00180032;REFB=-0.00231036;REVB=0.00138783;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911075;STB=0.555981;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00499096;OID=.;OPOS=17488346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:36:22:24:12:12:0.333333:5:7:11:11:5:7:12:12 chr4 17488351 . T C 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.010788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.643;QD=9.18868;RBI=0.0138697;REFB=-0.0101068;REVB=0.00871717;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131781;STB=0.610053;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.030456;OID=.;OPOS=17488351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:23:25:11:11:0.305556:4:7:12:11:4:7:12:13 chr4 17503433 . C T 286.1 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0199048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7156;QD=20.4354;RBI=0.0282846;REFB=-0.0125322;REVB=-0.0200952;RO=26;SAF=9;SAR=21;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115657;STB=0.564471;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0156149;OID=.;OPOS=17503433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:21:9:11:15:21:9:11:15 chr4 17517099 . A G 618.92 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00134606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.18;QD=58.9444;RBI=0.0179196;REFB=0.00921148;REVB=0.017869;RO=1;SAF=24;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191513;STB=0.510199;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000313066;OID=.;OPOS=17517099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:1:1:41:41:0.97619:17:24:1:0:17:24:1:0 chr4 17586703 . T C 821.15 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0108143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.066;QD=55.6714;RBI=0.0108387;REFB=-0.0947782;REVB=0.000725921;RO=1;SAF=24;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192443;STB=0.509801;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00043155;OID=.;OPOS=17586703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:58:59:1:1:57:58:0.983051:33:24:1:0:33:25:1:0 chr4 17627294 . A G 585.59 PASS AF=0.526786;AO=58;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.00364861;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.705;QD=20.914;RBI=0.0234631;REFB=-0.0126082;REVB=0.0231776;RO=53;SAF=39;SAR=19;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832313;STB=0.548662;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0119116;OID=.;OPOS=17627294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:53:58:59:0.526786:19:39:31:22:19:40:31:22 chr4 17627332 . T C 1201.94 PASS AF=0.931818;AO=83;DP=89;FAO=82;FDP=88;FR=.;FRO=6;FSAF=53;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00993408;FXX=0.0112347;HRUN=5;LEN=1;MLLD=310.359;QD=54.6336;RBI=0.00998388;REFB=-0.0207836;REVB=-0.000996029;RO=6;SAF=54;SAR=29;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043796;STB=0.523021;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.000555014;OID=.;OPOS=17627332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:89:88:6:6:83:82:0.931818:29:54:2:4:29:53:2:4 chr4 17634213 . A G 1302.52 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7328;QD=62.0249;RBI=0.0720643;REFB=0;REVB=0.0714579;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593498;OID=.;OPOS=17634213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:43:40:0:0:44:40:0:0 chr4 17660082 . C T 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.967;QD=59.1424;RBI=0.0485217;REFB=0;REVB=0.0366615;RO=0;SAF=45;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405595;OID=.;OPOS=17660082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:22:45:0:0:22:45:0:0 chr4 17694943 . A G 769.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4871;QD=56.996;RBI=0.0359121;REFB=0;REVB=-0.0194811;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000602305;OID=.;OPOS=17694943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr4 17802388 . C T 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.023454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.182;QD=14.0975;RBI=0.0235973;REFB=-0.00137456;REVB=-0.00259605;RO=17;SAF=11;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339284;STB=0.691964;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00242442;OID=.;OPOS=17802388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:2:11:10:7:2:11:11:7 chr4 17805379 . G A 622.62 PASS AF=0.534483;AO=63;DP=117;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0140424;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3669;QD=21.4695;RBI=0.0162941;REFB=-0.00701635;REVB=-0.00826484;RO=53;SAF=34;SAR=29;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221482;STB=0.519591;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00433507;OID=.;OPOS=17805379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:53:54:63:62:0.534483:29:34:30:23:29:33:31:23 chr4 17812796 . C T 362.01 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.021155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.007;QD=17.8769;RBI=0.0275425;REFB=-0.0166511;REVB=0.0176368;RO=43;SAF=15;SAR=23;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134693;STB=0.575338;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0146749;OID=.;OPOS=17812796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:23:15:23:20:23:15:23:20 chr4 20492417 . G T 492.36 PASS AF=0.473684;AO=48;DP=110;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.00322622;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.444;QD=17.2758;RBI=0.00529698;REFB=-0.0139366;REVB=0.00420113;RO=61;SAF=23;SAR=25;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366541;STB=0.525414;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0177512;OID=.;OPOS=20492417;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:114:61:60:48:54:0.473684:25:23:27:34:28:26:26:34 chr4 20520993 . T C 1015.29 PASS AF=0.986111;AO=68;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00520077;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7467;QD=56.4049;RBI=0.064381;REFB=-0.0169834;REVB=0.0641706;RO=1;SAF=43;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108664;STB=0.505746;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00194532;OID=.;OPOS=20520993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:1:1:68:71:0.986111:25:43:1:0:28:43:1:0 chr4 20544184 . C T 1512.94 PASS AF=0.496644;AO=148;DP=300;FAO=148;FDP=298;FR=.;FRO=150;FSAF=72;FSAR=76;FSRF=81;FSRR=69;FWDB=-0.0350845;FXX=0.00666644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1514;QD=20.308;RBI=0.0353565;REFB=-0.0107997;REVB=-0.0043772;RO=151;SAF=72;SAR=76;SRF=82;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520236;STB=0.526913;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0112643;OID=.;OPOS=20544184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:298:151:150:148:148:0.496644:76:72:82:69:76:72:81:69 chr4 20709411 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0118226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.566;QD=16.3859;RBI=0.0344716;REFB=0.00421604;REVB=-0.0323808;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571344;STB=0.53326;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.00408313;OID=.;OPOS=20709411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:5:3:4:5:5:3 chr4 20733708 . C CA 379.12 PASS AF=1;AO=32;DP=45;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336473;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.1132;QD=37.9123;RBI=0.0338736;REFB=0;REVB=-0.00390853;RO=9;SAF=19;SAR=13;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308458;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.34246e-05;OID=.;OPOS=20733709;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:45:40:40:0:22:18:0:0:7:9:19:13:6:3 chr4 20751278 . A G 305.28 PASS AF=0.533333;AO=31;DP=59;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00872682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.937;QD=20.3521;RBI=0.0118506;REFB=-0.00251567;REVB=0.00801738;RO=28;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137695;STB=0.514605;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00209082;OID=.;OPOS=20751278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:28:28:31:32:0.533333:16:15:14:14:17:15:14:14 chr4 20852166 . A G 348.66 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0209734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.578;QD=17.4329;RBI=0.0210221;REFB=-0.0126117;REVB=-0.0014299;RO=42;SAF=17;SAR=20;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128497;STB=0.577527;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0257065;OID=.;OPOS=20852166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:43:37:37:0.4625:20:17:25:17:20:17:26:17 chr4 20852244 . A G 353.37 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0341082;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.739;QD=15.5326;RBI=0.0342623;REFB=0.00342134;REVB=0.00324584;RO=50;SAF=21;SAR=17;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331437;STB=0.536255;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.0035325;OID=.;OPOS=20852244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:53:38:38:0.417582:17:21:26:24:17:21:26:27 chr4 21950259 . A G 3068.25 PASS AF=0.994924;AO=185;DP=186;FAO=196;FDP=197;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00626807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.237;QD=62.2995;RBI=0.039214;REFB=-7.83082e-05;REVB=0.0387098;RO=1;SAF=88;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488349;STB=0.502304;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=9.20961e-05;OID=.;OPOS=21950259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:186:197:1:1:185:196:0.994924:97:88:0:1:108:88:0:1 chr4 22389381 . C T 68.19 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00490825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2608;QD=5.56692;RBI=0.00722746;REFB=0.000243439;REVB=-0.00530521;RO=37;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233672;STB=0.647713;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00094175;OID=.;OPOS=22389381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:49:37:39:10:10:0.204082:4:6:15:22:4:6:16:23 chr4 22390363 . A G 185.46 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00214479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.6676;QD=13.7381;RBI=0.00534457;REFB=0.00864909;REVB=-0.00489534;RO=32;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301236;STB=0.517285;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.0191732;OID=.;OPOS=22390363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:13:9:14:18:13:9:14:18 chr4 22416195 . C G 1197.19 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514805;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.401;QD=61.3945;RBI=0.0896866;REFB=0;REVB=0.0734401;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566343;OID=.;OPOS=22416195;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr4 22439914 . A C 1952.2 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.878;QD=61.9745;RBI=0.0355037;REFB=0;REVB=0.02944;RO=0;SAF=69;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60864e-05;OID=.;OPOS=22439914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:57:69:0:0:57:69:0:0 chr4 22444467 . C T 41.98 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0188678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.94;QD=4.41849;RBI=0.0228484;REFB=-0.00133823;REVB=-0.0128862;RO=30;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150958;STB=0.619475;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00867398;OID=.;OPOS=22444467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:30:31:7:7:0.184211:5:2:12:18:5:2:13:18 chr4 22444692 . C T 323.19 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0174413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.241;QD=47.8795;RBI=0.0218042;REFB=-0.009848;REVB=0.0130853;RO=2;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515236;STB=0.527756;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00115293;OID=.;OPOS=22444692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:17:8:0:2:17:8:0:2 chr4 22457478 . C T 1731.27 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.1721;QD=60.7464;RBI=0.0219482;REFB=0;REVB=0.00263053;RO=0;SAF=57;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.38605e-05;OID=.;OPOS=22457478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:57:57:0:0:57:57:0:0 chr4 22820504 . A T 1350.53 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0454398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.607;QD=60.0234;RBI=0.0455476;REFB=-0.0558328;REVB=-0.0031325;RO=2;SAF=37;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00343375;STB=0.501812;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00193468;OID=.;OPOS=22820504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:90:90:2:2:88:88:0.977778:51:37:1:1:51:37:1:1 chr4 23815522 . C T 1379.5 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445927;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.564;QD=62.7045;RBI=0.0463818;REFB=0;REVB=0.0127578;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319622;OID=.;OPOS=23815522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:87:88:1:47:40:0:0:47:41:0:0 chr4 23815662 . C T 1216.32 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0067767;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.508;QD=60.0654;RBI=0.024921;REFB=0.0433966;REVB=0.0239819;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000251409;OID=.;OPOS=23815662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:0:1:80:80:0.987654:37:43:0:0:37:43:1:0 chr4 23815924 . T C 1602.52 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.169;QD=59.9073;RBI=0.0236317;REFB=0;REVB=0.0185973;RO=0;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30763e-05;OID=.;OPOS=23815924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:53:53:0:0:54:53:0:0 chr4 24534687 . T C 430.29 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00890561;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1407;QD=19.1242;RBI=0.0118288;REFB=-0.0165177;REVB=-0.00778531;RO=47;SAF=15;SAR=28;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117873;STB=0.56578;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0128812;OID=.;OPOS=24534687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:47:47:43:43:0.477778:28:15:22:25:28:15:22:25 chr4 24801315 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.934;QD=49.599;RBI=0.0909404;REFB=0;REVB=0.0766195;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158119;OID=.;OPOS=24801315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr4 24801949 . C T 317.28 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0504784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0722;QD=45.325;RBI=0.10603;REFB=-0.0603198;REVB=0.0932435;RO=1;SAF=20;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840195;STB=0.571367;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00729746;OID=.;OPOS=24801949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:28:28:1:3:25:25:0.892857:5:20:0:1:5:20:1:2 chr4 24801976 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00577191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.189;QD=58.2396;RBI=0.0299845;REFB=0;REVB=0.0294237;RO=0;SAF=45;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57501e-05;OID=.;OPOS=24801976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:17:45:0:0:17:45:0:0 chr4 24802323 . G C 676.93 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0138881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.39;QD=60.1713;RBI=0.0391076;REFB=-0.0275567;REVB=0.0365585;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.510633;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000106385;OID=.;OPOS=24802323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:23:21:0:0:23:21:0:1 chr4 25001439 . T C 966.79 PASS AF=0.620438;AO=85;DP=137;FAO=85;FDP=137;FR=.;FRO=52;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.0288103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0909;QD=28.2274;RBI=0.0298829;REFB=-0.0200912;REVB=-0.00793434;RO=51;SAF=49;SAR=36;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790503;STB=0.545639;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0108036;OID=.;OPOS=25001439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:51:52:85:85:0.620438:36:49:35:16:36:49:36:16 chr4 25005193 . G A 1576.49 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981494;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.437;QD=64.3467;RBI=0.0212094;REFB=0;REVB=-0.0188017;RO=0;SAF=61;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34032e-05;OID=.;OPOS=25005193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:37:61:0:0:37:61:0:0 chr4 25127399 . T C 258.68 PASS AF=0.347826;AO=31;DP=91;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0262331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.867;QD=11.247;RBI=0.0314781;REFB=0.00203644;REVB=-0.0173981;RO=60;SAF=27;SAR=4;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451733;STB=0.732757;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00504879;OID=.;OPOS=25127399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:60:60:31:32:0.347826:4:27:34:26:5:27:34:26 chr4 25363901 . T A 528.73 PASS AF=0.361582;AO=63;DP=177;FAO=64;FDP=177;FR=.;FRO=113;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=69;FWDB=0.0423287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1218;QD=11.9486;RBI=0.0574957;REFB=-0.00486549;REVB=0.0389106;RO=113;SAF=22;SAR=41;SRF=44;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488598;STB=0.520554;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00922204;OID=.;OPOS=25363901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:113:113:63:64:0.361582:41:22:44:69:41:23:44:69 chr4 25678199 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.994;QD=57.8847;RBI=0.0148905;REFB=0;REVB=-0.00249582;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24132e-05;OID=.;OPOS=25678199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr4 25749032 . GA G,GG 33.08 PASS AF=0.191489,0.0851064;AO=14,4;DP=47;FAO=9,4;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=3,2;FSAR=6,2;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.11732,0.0935238;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.24969,18.8104;QD=2.81521;RBI=0.244183,0.139866;REFB=-0.0619482,-0.0157116;REVB=-0.214153,-0.103999;RO=23;SAF=2,2;SAR=12,2;SRF=9;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.36007,0.124851;STB=0.517203,0.630968;STBP=0.92,0.669;TYPE=del,snp;VARB=0.00627679,-0.052586;OID=.,.;OPOS=25749033,25749033;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.191489,0.0851064:14,4:47:9,4:47:34:3,2:6,2:12:22:20:23:2,2:12,2:9:14 chr4 25749303 . C A 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0086365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.211;QD=20.8719;RBI=0.0147506;REFB=0.0105697;REVB=0.0119578;RO=20;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315318;STB=0.677252;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00989392;OID=.;OPOS=25749303;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:14:7:14:6:14:7:14:6 chr4 25760693 . A G 379.04 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0229081;FXX=0.0140825;HRUN=5;LEN=1;MLLD=63.8358;QD=21.6595;RBI=0.0330589;REFB=-0.0327167;REVB=-0.023835;RO=25;SAF=13;SAR=25;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274784;STB=0.604468;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0417762;OID=.;OPOS=25760693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:70:25:32:38:38:0.542857:25:13:18:7:25:13:18:14 chr4 25915648 . G A 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0133431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.898;QD=21.0148;RBI=0.015343;REFB=-0.0146476;REVB=0.00757418;RO=13;SAF=9;SAR=7;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317614;STB=0.677621;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0263735;OID=.;OPOS=25915648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:7:9:2:11:7:9:2:11 chr4 25915858 . C A 261.28 PASS AF=0.455882;AO=29;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0138375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.606;QD=15.3692;RBI=0.0142077;REFB=-0.0156752;REVB=0.00322198;RO=36;SAF=14;SAR=15;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984594;STB=0.560037;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0177914;OID=.;OPOS=25915858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:37:29:31:0.455882:15:14:21:15:16:15:22:15 chr4 26274274 . T A 401.49 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00164146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5619;QD=18.8936;RBI=0.013501;REFB=-0.00647795;REVB=-0.0134008;RO=43;SAF=23;SAR=18;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191248;STB=0.503788;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00269397;OID=.;OPOS=26274274;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:43:44:41:41:0.482353:18:23:25:18:18:23:25:19 chr4 26417136 . T C 312.12 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=33;FWDB=-0.0166111;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8322;QD=16.6462;RBI=0.020044;REFB=-0.020306;REVB=-0.0112176;RO=38;SAF=9;SAR=25;SRF=6;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14012;STB=0.551186;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0265238;OID=.;OPOS=26417136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:41:34:34:0.453333:25:9:6:32:25:9:8:33 chr4 26425963 . G A 77.89 PASS AF=0.2;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.000857116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.698;QD=4.79331;RBI=0.0369754;REFB=0.000110111;REVB=-0.0369654;RO=51;SAF=5;SAR=8;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158925;STB=0.516348;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.00190248;OID=.;OPOS=26425963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:64:65:51:52:13:13:0.2:8:5:19:32:8:5:19:33 chr4 26431533 . CA C 51.08 PASS AF=0.322581;AO=18;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0161183;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.8414;QD=3.2954;RBI=0.115352;REFB=-0.0328203;REVB=0.114221;RO=39;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788647;STB=0.533947;STBP=0.751;TYPE=del;VARB=0.0780007;OID=.;OPOS=26431534;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322581:18:62:20:62:42:11:9:21:21:51:39:10:8:19:20 chr4 26483455 . G A 110.99 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=70;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.013705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.643;QD=6.34202;RBI=0.0265723;REFB=-0.0145383;REVB=0.0227653;RO=52;SAF=7;SAR=10;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177508;STB=0.601887;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0449651;OID=.;OPOS=26483455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:52:53:17:17:0.242857:10:7:29:23:10:7:29:24 chr4 26483659 . G A 132.37 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0942715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.018;QD=9.99052;RBI=0.112309;REFB=-0.00872401;REVB=0.0610435;RO=36;SAF=5;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332716;STB=0.697752;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0248424;OID=.;OPOS=26483659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:12:5:21:15:12:5:21:15 chr4 26673761 . T A 2191.71 PASS AF=0.740891;AO=176;DP=243;FAO=183;FDP=247;FR=.;FRO=64;FSAF=91;FSAR=92;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=0.00346174;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=33.8616;QD=35.4933;RBI=0.00946694;REFB=-0.0626423;REVB=0.00881132;RO=40;SAF=85;SAR=91;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101789;STB=0.541172;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.017357;OID=.;OPOS=26673761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:247:40:64:176:183:0.740891:91:85:31:9:92:91:42:22 chr4 26673787 . A G 3938.73 PASS AF=0.952899;AO=262;DP=278;FAO=263;FDP=276;FR=.;FRO=13;FSAF=129;FSAR=134;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0594873;FXX=0.0107523;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.351;QD=57.083;RBI=0.0594891;REFB=-0.122453;REVB=0.000468138;RO=7;SAF=128;SAR=134;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182747;STB=0.516746;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000863608;OID=.;OPOS=26673787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:278:276:7:13:262:263:0.952899:134:128:6:1:134:129:11:2 chr4 27004011 . G A 803.36 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0561905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0002;QD=55.4042;RBI=0.0568492;REFB=0.0394916;REVB=-0.00862907;RO=1;SAF=18;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254762;STB=0.513509;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.000440484;OID=.;OPOS=27004011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:39:18:1:0:39:18:1:0 chr4 27024297 . G A 88.66 PASS AF=0.197368;AO=15;DP=76;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=44;FWDB=-0.00805264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0781;QD=4.6665;RBI=0.011355;REFB=-0.0046058;REVB=0.00800563;RO=61;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391064;STB=0.7423;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0187533;OID=.;OPOS=27024297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:76:76:61:61:15:15:0.197368:6:9:17:44:6:9:17:44 chr4 28712912 . C G 118.55 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00280075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7243;QD=13.1718;RBI=0.0447974;REFB=0.0126919;REVB=-0.0447098;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733535;STB=0.527738;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.00925484;OID=.;OPOS=28712912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:14:14:0.388889:7:7:12:9:7:7:12:10 chr4 28712968 . A G 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000710201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1656;QD=62.9802;RBI=0.0088658;REFB=0;REVB=-0.00883731;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.77829e-05;OID=.;OPOS=28712968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr4 30724152 . C A 166.11 PASS AF=0.38;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0159047;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.707;QD=13.2887;RBI=0.0159932;REFB=-0.0108797;REVB=-0.00167982;RO=31;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04531;STB=0.526288;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0369397;OID=.;OPOS=30724152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:31:31:19:19:0.38:10:9:16:15:10:9:16:15 chr4 30725231 . G A 81.22 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0036153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6701;QD=5.32582;RBI=0.01255;REFB=-0.0163184;REVB=-0.012018;RO=48;SAF=8;SAR=5;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314368;STB=0.697055;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00878433;OID=.;OPOS=30725231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:48:48:13:13:0.213115:5:8:17:31:5:8:17:31 chr4 30725696 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.358;QD=56.7045;RBI=0.049073;REFB=0;REVB=0.0315841;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035265;OID=.;OPOS=30725696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr4 30725987 . G A 1305.97 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00130082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.625;QD=60.7427;RBI=0.0118885;REFB=-0.0682022;REVB=0.0118171;RO=1;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011696;STB=0.506171;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=1.27487e-05;OID=.;OPOS=30725987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:40:45:0:1:40:45:0:1 chr4 31146018 . A G 405.51 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.000341937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7661;QD=22.5283;RBI=0.0292648;REFB=-0.000929243;REVB=0.0292629;RO=32;SAF=13;SAR=27;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22498;STB=0.624214;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00100707;OID=.;OPOS=31146018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:27:13:19:13:27:13:19:13 chr4 31147272 . A C 475.5 PASS AF=0.420635;AO=53;DP=126;FAO=53;FDP=126;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0105263;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=183.043;QD=15.0952;RBI=0.0113186;REFB=0.00384371;REVB=0.00416038;RO=73;SAF=32;SAR=21;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087761;STB=0.549337;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00465203;OID=.;OPOS=31147272;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:73:73:53:53:0.420635:21:32:38:35:21:32:38:35 chr4 34967868 . G T 286.0 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.000888805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9568;QD=18.1589;RBI=0.00639724;REFB=-0.0326221;REVB=-0.0063352;RO=32;SAF=17;SAR=14;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708964;STB=0.539558;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0253116;OID=.;OPOS=34967868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:14:17:20:12:14:17:20:12 chr4 34967877 . T C 300.47 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00125755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.467;QD=19.0776;RBI=0.0444393;REFB=0.0019062;REVB=-0.0444215;RO=31;SAF=20;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706329;STB=0.539394;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00319607;OID=.;OPOS=34967877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:12:20:17:14:12:20:17:14 chr4 36081878 . C T 1066.14 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211519;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.404;QD=60.0641;RBI=0.0307543;REFB=0;REVB=0.0223253;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128358;OID=.;OPOS=36081878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:27:42:0:0:28:43:0:0 chr4 36258197 . T C 3787.11 PASS AF=0.988095;AO=248;DP=253;FAO=249;FDP=252;FR=.;FRO=3;FSAF=135;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00939948;FXX=0.00395241;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.214;QD=60.1128;RBI=0.0297014;REFB=-0.126083;REVB=0.0281749;RO=4;SAF=135;SAR=113;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165701;STB=0.506493;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000612025;OID=.;OPOS=36258197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:253:252:4:3:248:249:0.988095:113:135:0:4:114:135:0:3 chr4 36292018 . T A 1227.43 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2997;QD=61.3714;RBI=0.0397718;REFB=0;REVB=0.0251684;RO=0;SAF=51;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295757;OID=.;OPOS=36292018;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:29:51:0:0:29:51:0:0 chr4 36310049 . C T 1400.34 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00881697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.708;QD=61.5536;RBI=0.00928536;REFB=-0.0365233;REVB=0.00291188;RO=0;SAF=29;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508473;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000192832;OID=.;OPOS=36310049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:61:29:0:0:61:29:1:0 chr4 36317965 . T C 842.16 PASS AF=0.538961;AO=83;DP=155;FAO=83;FDP=154;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.0202719;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.407;QD=21.8742;RBI=0.0216406;REFB=-0.00482967;REVB=-0.00757383;RO=70;SAF=33;SAR=50;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00210336;STB=0.505214;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00396583;OID=.;OPOS=36317965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:70:71:83:83:0.538961:50:33:28:42:50:33:29:42 chr4 36340753 . G A 946.7 PASS AF=0.462963;AO=99;DP=214;FAO=100;FDP=216;FR=.;FRO=116;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=61;FSRR=55;FWDB=-0.0279694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.301;QD=17.5315;RBI=0.0280059;REFB=-0.0152161;REVB=-0.00142904;RO=115;SAF=49;SAR=50;SRF=60;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026017;STB=0.513886;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0199988;OID=.;OPOS=36340753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:216:115:116:99:100:0.462963:50:49:60:55:50:50:61:55 chr4 36345377 . G A 566.39 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0180918;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.46;QD=24.361;RBI=0.018378;REFB=-0.00899681;REVB=0.00323075;RO=42;SAF=20;SAR=32;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135197;STB=0.568501;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00776994;OID=.;OPOS=36345377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:42:41:52:52:0.55914:32:20:23:19:32:20:22:19 chr4 37327583 . A C 188.71 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00558566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.064;QD=11.1004;RBI=0.0073099;REFB=-0.0109561;REVB=-0.00471541;RO=44;SAF=13;SAR=11;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00424879;STB=0.502467;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0202793;OID=.;OPOS=37327583;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:11:13:24:20:11:13:24:20 chr4 37612486 . T A 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.144;QD=58.4191;RBI=0.0315104;REFB=0;REVB=0.0258437;RO=0;SAF=43;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104607;OID=.;OPOS=37612486;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:20:43:0:0:20:43:0:0 chr4 37651063 . C T 418.51 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.036721;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1706;QD=17.2583;RBI=0.0419438;REFB=0.00196356;REVB=0.0202695;RO=55;SAF=15;SAR=28;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269341;STB=0.646396;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00242393;OID=.;OPOS=37651063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:55:54:43:43:0.443299:28:15:34:21:28:15:33:21 chr4 37836302 . T C 910.8 PASS AF=0.432314;AO=97;DP=225;FAO=99;FDP=229;FR=.;FRO=130;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=69;FSRR=61;FWDB=0.0301745;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.9901;QD=15.9092;RBI=0.0406258;REFB=0.0184772;REVB=0.0272022;RO=128;SAF=49;SAR=48;SRF=69;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346592;STB=0.520324;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0198624;OID=.;OPOS=37836302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:229:128:130:97:99:0.432314:48:49:69:59:50:49:69:61 chr4 37857342 . G C 381.1 PASS AF=0.431579;AO=40;DP=94;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.000552576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.066;QD=16.0464;RBI=0.0189903;REFB=-0.0254317;REVB=-0.0189823;RO=53;SAF=18;SAR=22;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750329;STB=0.553564;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0269414;OID=.;OPOS=37857342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:53:54:40:41:0.431579:22:18:20:33:22:19:20:34 chr4 37903756 . T C 187.43 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0248281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3668;QD=14.1458;RBI=0.0655401;REFB=0.027172;REVB=-0.0606553;RO=31;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363894;STB=0.520814;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.042109;OID=.;OPOS=37903756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:10:12:18:13:10:12:18:13 chr4 37962133 . G A 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00718164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.828;QD=13.9482;RBI=0.0226894;REFB=0.00254925;REVB=0.0215228;RO=27;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871903;STB=0.550504;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00316521;OID=.;OPOS=37962133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:7:10:18:9:7:10:18:9 chr4 37962186 . G C 163.03 PASS AF=0.35;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00922921;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8217;QD=10.8684;RBI=0.083332;REFB=-0.00422432;REVB=0.0828194;RO=39;SAF=15;SAR=6;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2125;STB=0.624875;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0102905;OID=.;OPOS=37962186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:39:39:21:21:0.35:6:15:21:18:6:15:21:18 chr4 38016395 . T G 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00142097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.959;QD=8.30761;RBI=0.0191609;REFB=-0.0290713;REVB=-0.0191081;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163863;STB=0.510178;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0697601;OID=.;OPOS=38016395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:5:3:7:11:5:3:7:11 chr4 38023302 . C G 193.22 PASS AF=0.425532;AO=16;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0175954;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.968;QD=16.4438;RBI=0.0208578;REFB=-0.0191539;REVB=0.0112004;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290181;STB=0.553139;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0248613;OID=.;OPOS=38023302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:27:16:20:0.425532:9:7:9:13:10:10:11:16 chr4 38062233 . T A 350.08 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00753334;FXX=0.0126566;HRUN=5;LEN=1;MLLD=186.527;QD=17.9528;RBI=0.00792586;REFB=-0.0109786;REVB=-0.00246335;RO=37;SAF=16;SAR=21;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192547;STB=0.604882;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0113728;OID=.;OPOS=38062233;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:37:41:37:37:0.474359:21:16:24:13:21:16:26:15 chr4 38258908 . G T 799.54 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2629;QD=63.9635;RBI=0.0474858;REFB=0;REVB=-0.00713755;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000688537;OID=.;OPOS=38258908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:17:33:0:0:17:33:0:0 chr4 38628725 . C T 107.25 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0897172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3789;QD=22.579;RBI=0.0965894;REFB=-0.0268967;REVB=0.0357816;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280329;STB=0.657869;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0325729;OID=.;OPOS=38628725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:5:7:1:6:5:7:1:6 chr4 38628830 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0154074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.311;QD=10.0751;RBI=0.0177616;REFB=0.00258406;REVB=0.00883667;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020009;STB=0.512165;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00275718;OID=.;OPOS=38628830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:9:5:3:5:9:5 chr4 38702437 . A G 281.59 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0226002;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.265;QD=21.2523;RBI=0.0304437;REFB=0.0120041;REVB=0.0203974;RO=24;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199591;STB=0.511074;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.011601;OID=.;OPOS=38702437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:24:24:29:29:0.54717:15:14:11:13:15:14:11:13 chr4 38774785 . A G 479.31 PASS AF=0.647059;AO=44;DP=68;FAO=44;FDP=68;FR=.;FRO=24;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.000881035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.745;QD=28.1944;RBI=0.0205593;REFB=-0.0124063;REVB=0.0205405;RO=23;SAF=30;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11106;STB=0.554708;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00941474;OID=.;OPOS=38774785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:23:24:44:44:0.647059:14:30:12:11:14:30:13:11 chr4 38774889 . T C 776.25 PASS AF=0.473684;AO=81;DP=171;FAO=81;FDP=171;FR=.;FRO=90;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.0118824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.409;QD=18.1579;RBI=0.024657;REFB=-0.000867165;REVB=0.021605;RO=89;SAF=42;SAR=39;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304359;STB=0.513674;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00127876;OID=.;OPOS=38774889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:89:90:81:81:0.473684:39:42:49:40:39:42:49:41 chr4 38775040 . A G 533.36 PASS AF=0.456;AO=57;DP=125;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0416539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.633;QD=17.0676;RBI=0.0670876;REFB=-0.0104772;REVB=0.0525899;RO=68;SAF=30;SAR=27;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319077;STB=0.51776;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.015997;OID=.;OPOS=38775040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:68:68:57:57:0.456:27:30:38:30:27:30:38:30 chr4 38776070 . C T 249.77 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.103316;FXX=0.031741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2946;QD=16.3786;RBI=0.120036;REFB=0.00538234;REVB=-0.0611115;RO=31;SAF=10;SAR=18;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301581;STB=0.538625;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.011086;OID=.;OPOS=38776070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:33:28:28:0.459016:18:10:12:19:18:10:14:19 chr4 38776107 . T G 156.93 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0030302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.241;QD=16.0954;RBI=0.00306759;REFB=-0.00515032;REVB=-0.000477491;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145897;STB=0.583241;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0057849;OID=.;OPOS=38776107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:10:7:6:16:10:7:6:16 chr4 38776180 . C A 250.11 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.000779409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2327;QD=25.6527;RBI=0.0403896;REFB=-0.0599957;REVB=-0.040382;RO=15;SAF=13;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210086;STB=0.602561;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00946281;OID=.;OPOS=38776180;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:15:16:23:23:0.589744:10:13:4:11:10:13:5:11 chr4 38776491 . T G 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.00189193;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.97;QD=16.4205;RBI=0.00727447;REFB=-0.0160473;REVB=0.00702414;RO=33;SAF=18;SAR=11;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785306;STB=0.549967;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0208454;OID=.;OPOS=38776491;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:11:18:23:10:11:18:24:10 chr4 38798648 . C A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000780083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.878;QD=62.6711;RBI=0.00875152;REFB=0;REVB=-0.00871668;RO=0;SAF=33;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59928e-05;OID=.;OPOS=38798648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:11:33:0:0:11:33:0:0 chr4 38798935 . C T 183.79 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0489989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.823;QD=17.9311;RBI=0.049044;REFB=-0.00751345;REVB=-0.00210316;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018094;STB=0.510298;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.010877;OID=.;OPOS=38798935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:10:9:10:12:10:9:10:12 chr4 38798971 . T C 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0364182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.907;QD=20.4853;RBI=0.0367612;REFB=-0.0283845;REVB=0.00500999;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984057;STB=0.57133;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0098132;OID=.;OPOS=38798971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:10:11:14:14:0.56:6:8:7:3:6:8:8:3 chr4 38799365 . G A 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0258537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.52;QD=4.55553;RBI=0.0302176;REFB=0.00470481;REVB=-0.0156425;RO=30;SAF=3;SAR=4;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282511;STB=0.686083;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00749339;OID=.;OPOS=38799365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:4:3:20:10:4:3:20:10 chr4 38799710 . T C 123.98 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0501303;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.3016;QD=15.4977;RBI=0.0535177;REFB=-0.00518976;REVB=-0.0187375;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17127;STB=0.59985;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00746843;OID=.;OPOS=38799710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:4:10:10:8:4:10:10:8 chr4 38829832 . T C 122.29 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0282447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0835;QD=15.779;RBI=0.0283407;REFB=0.00919785;REVB=-0.00233095;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278988;STB=0.516106;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.0100294;OID=.;OPOS=38829832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:9:8:7:7:9:8 chr4 38830012 . G C 155.95 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.00318218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.025;QD=10.9435;RBI=0.00922694;REFB=-0.00712589;REVB=0.00866084;RO=37;SAF=8;SAR=12;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299007;STB=0.673305;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0139094;OID=.;OPOS=38830012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:12:8:25:12:12:8:25:12 chr4 38830350 . A G 937.57 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0816401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1958;QD=58.5979;RBI=0.0816402;REFB=0;REVB=-0.000154151;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000898137;OID=.;OPOS=38830350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr4 38916610 . G A 398.0 PASS AF=0.385246;AO=47;DP=122;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.0084992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.354;QD=13.0493;RBI=0.00866648;REFB=-0.00130199;REVB=0.00169454;RO=73;SAF=15;SAR=32;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924976;STB=0.554889;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0025526;OID=.;OPOS=38916610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:73:75:47:47:0.385246:32:15:29:44:32:15:30:45 chr4 38945169 . A G 855.4 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297297;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.26;QD=57.9931;RBI=0.030351;REFB=0;REVB=0.00610966;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000646876;OID=.;OPOS=38945169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:38:21:0:0:38:21:0:0 chr4 38995374 . T C 1952.06 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.802;QD=61.9703;RBI=0.0263555;REFB=0;REVB=0.00281736;RO=0;SAF=65;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2554e-05;OID=.;OPOS=38995374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:61:65:0:0:61:65:0:0 chr4 39064162 . A C 1337.43 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462824;FXX=0.0555494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9313;QD=62.9381;RBI=0.0502415;REFB=0;REVB=0.0500278;RO=0;SAF=59;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00042751;OID=.;OPOS=39064162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:85:0:0:85:85:1:26:59:0:0:26:59:0:0 chr4 39094738 . G A 936.54 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.754;QD=57.6334;RBI=0.0126032;REFB=0;REVB=0.00974791;RO=0;SAF=20;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73153e-05;OID=.;OPOS=39094738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:44:20:0:0:45:20:0:0 chr4 39116911 . T C 440.04 PASS AF=0.45;AO=43;DP=98;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00145451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.772;QD=17.6016;RBI=0.00752753;REFB=-0.00462587;REVB=0.00738567;RO=55;SAF=18;SAR=25;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366512;STB=0.53085;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00511674;OID=.;OPOS=39116911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:55:55:43:45:0.45:25:18:25:30:27:18:25:30 chr4 39122697 . C T 410.25 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.020195;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.966;QD=18.8621;RBI=0.0211455;REFB=-0.00848572;REVB=0.00626856;RO=43;SAF=16;SAR=26;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578214;STB=0.545948;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00888351;OID=.;OPOS=39122697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:43:45:42:42:0.482759:26:16:19:24:26:16:21:24 chr4 39246087 . T C 294.17 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0135399;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.134;QD=17.5624;RBI=0.0143006;REFB=-0.0305785;REVB=0.00460175;RO=35;SAF=7;SAR=25;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410683;STB=0.73143;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0217123;OID=.;OPOS=39246087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:25:7:22:13:25:7:22:13 chr4 39271653 . A G 581.45 PASS AF=0.508475;AO=59;DP=117;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0129749;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.943;QD=19.7102;RBI=0.0129959;REFB=0.00212752;REVB=0.000738136;RO=58;SAF=34;SAR=25;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00670937;STB=0.507244;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.00147753;OID=.;OPOS=39271653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:58:58:59:60:0.508475:25:34:33:25:25:35:33:25 chr4 39274636 . C T 100.64 PASS AF=0.188889;AO=17;DP=90;FAO=17;FDP=90;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0360462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2006;QD=4.47265;RBI=0.0535909;REFB=-0.0160598;REVB=0.0396567;RO=73;SAF=8;SAR=9;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628525;STB=0.540422;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0254257;OID=.;OPOS=39274636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:73:73:17:17:0.188889:9:8:38:35:9:8:38:35 chr4 39299266 . A G 108.6 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0255063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1869;QD=13.5755;RBI=0.0353609;REFB=-0.0104516;REVB=0.0244912;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118539;STB=0.569272;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0306268;OID=.;OPOS=39299266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:6:7:8:11:6:7:8:11 chr4 39302029 . T C 223.03 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00363633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.817;QD=16.5211;RBI=0.00422695;REFB=-0.0179451;REVB=0.00215505;RO=28;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565471;STB=0.52315;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0240833;OID=.;OPOS=39302029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:29:25:25:0.462963:11:14:14:14:11:14:15:14 chr4 39303925 . A G 571.76 PASS AF=0.421053;AO=63;DP=152;FAO=64;FDP=152;FR=.;FRO=88;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=0.0183157;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.642;QD=15.0463;RBI=0.0192093;REFB=-0.00459127;REVB=0.00579082;RO=89;SAF=32;SAR=31;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375692;STB=0.513154;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00616372;OID=.;OPOS=39303925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:89:88:63:64:0.421053:31:32:42:47:32:32:42:46 chr4 39408989 . C G 359.48 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0138846;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.896;QD=19.6974;RBI=0.014001;REFB=-0.0048713;REVB=-0.00180213;RO=36;SAF=17;SAR=20;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634651;STB=0.535214;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00476182;OID=.;OPOS=39408989;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:36:36:37:37:0.506849:20:17:14:22:20:17:14:22 chr4 39448542 . C G 70.51 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0375964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.321;QD=17.6283;RBI=0.0634797;REFB=-0.0462794;REVB=-0.0511486;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455969;STB=0.523757;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0433833;OID=.;OPOS=39448542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:5:7:9:9:0.5625:6:3:2:3:6:3:2:5 chr4 39450229 . C A 143.32 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.000571622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.728;QD=14.6997;RBI=0.0147585;REFB=-0.0114776;REVB=0.0147474;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19448;STB=0.612761;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0419098;OID=.;OPOS=39450229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:6:10:10:13:6:10:10:13 chr4 39457954 . G C 269.69 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0226302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0633;QD=18.9255;RBI=0.0311661;REFB=-0.0154813;REVB=-0.0214289;RO=27;SAF=16;SAR=12;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238182;STB=0.611634;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0170611;OID=.;OPOS=39457954;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:27:28:28:29:0.508772:12:16:8:19:13:16:9:19 chr4 39458051 . A G 317.16 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0319092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.277;QD=25.8908;RBI=0.0688406;REFB=0.0058566;REVB=0.0609986;RO=21;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827791;STB=0.545819;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.005528;OID=.;OPOS=39458051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:15:13:12:9:15:13:12:9 chr4 39459724 . T C 580.03 PASS AF=0.542056;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00347732;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.732;QD=21.6835;RBI=0.0261501;REFB=0.00167142;REVB=0.0259179;RO=48;SAF=30;SAR=28;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014242;STB=0.503225;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.001539;OID=.;OPOS=39459724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:48:49:58:58:0.542056:28:30:24:24:28:30:25:24 chr4 39459953 . A G 74.57 PASS AF=0.185714;AO=13;DP=70;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00190193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.611;QD=4.26108;RBI=0.0499807;REFB=-0.00103921;REVB=0.0499445;RO=57;SAF=3;SAR=10;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37752;STB=0.747907;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00723528;OID=.;OPOS=39459953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:70:70:57:57:13:13:0.185714:10:3:30:27:10:3:30:27 chr4 39460490 . C G 426.49 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0155368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.655;QD=16.4035;RBI=0.0187752;REFB=-0.0166385;REVB=-0.0105411;RO=55;SAF=27;SAR=20;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462613;STB=0.526763;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0211134;OID=.;OPOS=39460490;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:55:57:47:47:0.451923:20:27:29:26:20:27:30:27 chr4 39460572 . G A 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-5.73823e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.176;QD=18.4582;RBI=0.00436703;REFB=-0.00882986;REVB=-0.00436665;RO=41;SAF=21;SAR=17;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541347;STB=0.530154;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00920482;OID=.;OPOS=39460572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:17:21:25:16:17:21:25:16 chr4 39472842 . T A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0113305;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.697;QD=17.3216;RBI=0.0720791;REFB=-0.00536809;REVB=0.071183;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345563;STB=0.676277;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0101818;OID=.;OPOS=39472842;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:15:16:0.470588:8:7:15:3:8:8:15:3 chr4 39501086 . G A 271.66 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0510113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7282;QD=14.6842;RBI=0.0872656;REFB=-0.0074127;REVB=0.0708035;RO=41;SAF=18;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942202;STB=0.567382;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0103152;OID=.;OPOS=39501086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:43:31:31:0.418919:13:18:20:21:13:18:20:23 chr4 39510264 . A G 380.83 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00422309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.208;QD=19.53;RBI=0.00999318;REFB=0.00239016;REVB=0.009057;RO=39;SAF=20;SAR=19;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230998;STB=0.512831;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.00172255;OID=.;OPOS=39510264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:19:20:21:18:19:20:21:18 chr4 39515736 . A G 199.7 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0334382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9538;QD=13.5393;RBI=0.0479604;REFB=3.44027e-05;REVB=0.0343815;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101927;STB=0.558356;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00117877;OID=.;OPOS=39515736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:10:14:17:18:10:14:17:18 chr4 39515806 . TAAAAAGA T 132.14 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0283513;FXX=0.062487;HRUN=5;LEN=7;MLLD=214.875;QD=11.7457;RBI=0.0320114;REFB=-0.00563722;REVB=0.0148638;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122488;STB=0.576852;STBP=0.348;TYPE=del;VARB=0.00838609;OID=.;OPOS=39515807;OREF=AAAAAGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:14:44:21:45:24:10:11:8:16:99:21:7:7:8:13 chr4 39905664 . C T 390.28 PASS AF=0.326531;AO=48;DP=147;FAO=48;FDP=147;FR=.;FRO=99;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=0.0174305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.906;QD=10.6197;RBI=0.0175929;REFB=-0.00372148;REVB=-0.0023845;RO=99;SAF=30;SAR=18;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142614;STB=0.582574;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00997657;OID=.;OPOS=39905664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:99:99:48:48:0.326531:18:30:50:49:18:30:50:49 chr4 39921942 . A G 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.018137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.118;QD=28.4027;RBI=0.0196191;REFB=-0.00228796;REVB=0.00748047;RO=11;SAF=6;SAR=15;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179883;STB=0.5999;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00142057;OID=.;OPOS=39921942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:15:6:6:5:15:6:6:5 chr4 40079556 . C T 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00263068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.308;QD=16.1065;RBI=0.00272089;REFB=0.000242763;REVB=0.000694781;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161818;STB=0.592708;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.000253021;OID=.;OPOS=40079556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:8:9:8:14:8:9:8:14 chr4 40121562 . G A 1098.68 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.065;QD=60.2018;RBI=0.0176561;REFB=0;REVB=0.0042621;RO=0;SAF=53;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98524e-05;OID=.;OPOS=40121562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:20:53:0:0:20:53:0:0 chr4 40138676 . A G 334.26 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0266603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0521;QD=16.7128;RBI=0.026874;REFB=0.00744556;REVB=0.00338193;RO=44;SAF=10;SAR=26;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193548;STB=0.609311;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00862809;OID=.;OPOS=40138676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:26:10:20:24:26:10:20:24 chr4 40155927 . T C 513.65 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00152316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.249;QD=24.4594;RBI=0.0020157;REFB=0.0115989;REVB=0.00132023;RO=36;SAF=33;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202026;STB=0.611063;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00650619;OID=.;OPOS=40155927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:36:48:48:0.571429:15:33:16:20:15:33:16:20 chr4 40337566 . C T 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-5.90377e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.957;QD=20.1562;RBI=0.0161917;REFB=-0.00491398;REVB=-0.0161916;RO=25;SAF=18;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109059;STB=0.560862;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00270733;OID=.;OPOS=40337566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:10:18:13:12:10:18:13:12 chr4 40337908 . T C 361.46 PASS AF=0.407767;AO=41;DP=102;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0181671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.993;QD=14.0374;RBI=0.0207798;REFB=-0.00905078;REVB=-0.0100876;RO=61;SAF=20;SAR=21;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100143;STB=0.549325;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0173345;OID=.;OPOS=40337908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:61:61:41:42:0.407767:21:20:24:37:22:20:24:37 chr4 40356422 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00093795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.268;QD=62.6698;RBI=0.0227472;REFB=0;REVB=0.0227278;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51165e-05;OID=.;OPOS=40356422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr4 40428010 . T C 431.36 PASS AF=0.5;AO=42;DP=85;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0258731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.428;QD=20.0632;RBI=0.027224;REFB=-0.0260301;REVB=0.00846932;RO=43;SAF=17;SAR=25;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03477;STB=0.524065;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0235235;OID=.;OPOS=40428010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:43:43:42:43:0.5:25:17:19:24:26:17:19:24 chr4 40438576 . A G 374.76 PASS AF=0.46988;AO=38;DP=82;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.013259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.128;QD=18.0605;RBI=0.0148541;REFB=-0.0151117;REVB=-0.0066965;RO=44;SAF=22;SAR=16;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105635;STB=0.511755;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0168023;OID=.;OPOS=40438576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:44:44:38:39:0.46988:16:22:25:19:16:23:25:19 chr4 40440215 . T C 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0204742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.538;QD=18.9387;RBI=0.0225702;REFB=-0.0185028;REVB=-0.00949857;RO=29;SAF=21;SAR=9;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107894;STB=0.50602;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0191038;OID=.;OPOS=40440215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:9:21:20:9:9:21:20:9 chr4 40778146 . C T 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00834207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.604;QD=63.8873;RBI=0.02733;REFB=0;REVB=0.0260257;RO=0;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34162e-05;OID=.;OPOS=40778146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:45:52:0:0:45:52:0:0 chr4 40778162 . T G 1315.41 PASS AF=0.946237;AO=87;DP=95;FAO=88;FDP=93;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0401921;FXX=0.0210504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.427;QD=56.5769;RBI=0.0416892;REFB=-0.0435768;REVB=0.0110715;RO=6;SAF=45;SAR=42;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182602;STB=0.504164;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.000876764;OID=.;OPOS=40778162;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:95:93:6:5:87:88:0.946237:42:45:4:2:42:46:3:2 chr4 40810747 . A G 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.597;QD=60.1578;RBI=0.0444414;REFB=-0.00270747;REVB=-0.0363441;RO=1;SAF=21;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218451;STB=0.511623;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000147173;OID=.;OPOS=40810747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:23:21:1:0:23:21:1:0 chr4 41015823 . G T 710.76 PASS AF=0.566667;AO=68;DP=120;FAO=68;FDP=120;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.000173073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.178;QD=23.6921;RBI=0.00890558;REFB=-0.0230749;REVB=-0.0089039;RO=52;SAF=34;SAR=34;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152603;STB=0.508331;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0190714;OID=.;OPOS=41015823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:52:52:68:68:0.566667:34:34:25:27:34:34:25:27 chr4 41015899 . C T 551.32 PASS AF=0.56044;AO=50;DP=91;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0113892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.625;QD=24.2337;RBI=0.0115645;REFB=-0.0212978;REVB=-0.00200611;RO=40;SAF=31;SAR=19;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591322;STB=0.526352;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0172618;OID=.;OPOS=41015899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:40:40:50:51:0.56044:19:31:22:18:20:31:22:18 chr4 41016484 . T C 204.73 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0132365;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.642;QD=22.7474;RBI=0.0132393;REFB=-0.0159337;REVB=0.000273028;RO=14;SAF=14;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264418;STB=0.62487;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00882379;OID=.;OPOS=41016484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:14:16:20:20:0.555556:6:14:5:9:6:14:7:9 chr4 41259633 . C A 146.79 PASS AF=0.681818;AO=13;DP=21;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0150485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.2022;QD=26.6898;RBI=0.129852;REFB=0.0195403;REVB=0.128977;RO=7;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234635;STB=0.629481;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.00158297;OID=.;OPOS=41259633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:22:7:7:13:15:0.681818:3:10:7:0:5:10:7:0 chr4 41526503 . C T 1513.41 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00866457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.322;QD=59.937;RBI=0.0230035;REFB=0;REVB=-0.0213093;RO=0;SAF=43;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.79163e-05;OID=.;OPOS=41526503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:57:43:0:0:57:44:0:0 chr4 41634859 . C T 375.28 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=35;FWDB=0.0405246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3236;QD=18.3064;RBI=0.0409739;REFB=-0.0235932;REVB=0.00605134;RO=43;SAF=9;SAR=30;SRF=8;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616145;STB=0.53423;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0312472;OID=.;OPOS=41634859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:30:9:8:35:30:9:8:35 chr4 41673541 . C CT,T 41.39 PASS AF=0.191176,0.00735294;AO=27,5;DP=140;FAO=26,1;FDP=136;FR=.;FRO=109;FSAF=19,1;FSAR=7,0;FSRF=61;FSRR=48;FWDB=-0.252642,0.0115848;FXX=0.0285694;HRUN=8,1;LEN=1,1;MLLD=6.74268,220.95;QD=1.21748;RBI=0.270225,0.0132513;REFB=-0.0260526,-0.000168146;REVB=0.095882,0.00643346;RO=83;SAF=20,2;SAR=7,3;SRF=46;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.253498,-0.147506;STB=0.650968,0.988967;STBP=0.097,0.498;TYPE=ins,snp;VARB=-0.124897,-0.0104882;OID=.,.;OPOS=41673542,41673541;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:140:136:83:109:27,5:26,1:0.191176,0.00735294:7,3:20,2:46:37:7,0:19,1:61:48 chr4 41984118 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.041;QD=56.9382;RBI=0.0122157;REFB=0;REVB=-0.00313156;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76555e-05;OID=.;OPOS=41984118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr4 41984935 . C T 105.08 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=0.0288775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.059;QD=6.46615;RBI=0.0328151;REFB=-0.0112827;REVB=-0.0155859;RO=48;SAF=1;SAR=15;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489872;STB=0.817648;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0275412;OID=.;OPOS=41984935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:48:49:16:16:0.246154:15:1:14:34:15:1:14:35 chr4 41985101 . A G 3528.32 PASS AF=1;AO=224;DP=225;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.479;QD=62.7258;RBI=0.0514718;REFB=0;REVB=0.0329362;RO=1;SAF=102;SAR=122;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00464868;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11795e-05;OID=.;OPOS=41985101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:225:1:0:224:225:1:122:102:1:0:122:103:0:0 chr4 41985478 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.068;QD=56.9382;RBI=0.0375716;REFB=0;REVB=0.0143884;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134299;OID=.;OPOS=41985478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr4 41985689 . C T 1215.48 PASS AF=0.9875;AO=64;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.162812;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8158;QD=60.7738;RBI=0.178591;REFB=0;REVB=-0.0733953;RO=0;SAF=17;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154873;OID=.;OPOS=41985689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:0:0:64:79:0.9875:47:17:0:0:48:31:0:0 chr4 41986857 . A G 1635.38 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=113;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0307057;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2149;QD=58.4063;RBI=0.0608422;REFB=-0.182787;REVB=0.0525255;RO=2;SAF=55;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00305556;OID=.;OPOS=41986857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:113:112:2:1:110:111:0.991071:55:55:1:1:56:55:1:0 chr4 41987892 . G A 1030.18 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00183347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.477;QD=58.0383;RBI=0.0137432;REFB=-0.123004;REVB=0.0136204;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.000405191;OID=.;OPOS=41987892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:33:37:0:0:33:37:0:1 chr4 41988385 . TAC T 727.67 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809017;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=2;MLLD=256.535;QD=63.2753;RBI=0.0106769;REFB=0;REVB=-0.00696737;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.04065e-06;OID=.;OPOS=41988386;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:46:46:46:0:26:20:0:0:4:0:25:20:0:0 chr4 41992677 . C G 3092.64 PASS AF=0.99;AO=196;DP=200;FAO=198;FDP=200;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0654879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8006;QD=61.8529;RBI=0.078303;REFB=-0.11366;REVB=0.0429267;RO=3;SAF=87;SAR=109;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00321502;STB=0.504504;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00133529;OID=.;OPOS=41992677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:200:200:3:2:196:198:0.99:109:87:1:2:110:88:0:2 chr4 42003671 . A G 756.01 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00672563;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.771;QD=57.0574;RBI=0.00672624;REFB=0;REVB=-9.05751e-05;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51952e-05;OID=.;OPOS=42003671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr4 42020142 . A G 2083.62 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.954;QD=62.6653;RBI=0.0364638;REFB=0;REVB=0.0308956;RO=0;SAF=75;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132951;OID=.;OPOS=42020142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:132:133:1:57:75:0:0:58:75:0:0 chr4 42022464 . C A 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.003;QD=60.8835;RBI=0.0344214;REFB=0;REVB=0.00661169;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25939e-05;OID=.;OPOS=42022464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr4 42524272 . C T 89.74 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.029464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.007;QD=7.47865;RBI=0.0371779;REFB=-0.0212646;REVB=-0.0226731;RO=36;SAF=4;SAR=8;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326994;STB=0.702376;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0313549;OID=.;OPOS=42524272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:8:4:22:14:8:4:22:14 chr4 42629038 . C T 667.38 PASS AF=0.485507;AO=66;DP=138;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0248036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.048;QD=19.3442;RBI=0.0285138;REFB=-0.00731704;REVB=0.0140647;RO=70;SAF=39;SAR=27;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186746;STB=0.502443;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00541386;OID=.;OPOS=42629038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:70:71:66:67:0.485507:27:39:40:30:28:39:41:30 chr4 42895308 . G A 791.26 PASS AF=0.520548;AO=74;DP=144;FAO=76;FDP=146;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.00379126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.209;QD=21.6782;RBI=0.0106414;REFB=-0.0142939;REVB=0.00994315;RO=69;SAF=37;SAR=37;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0063639;STB=0.506309;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0133066;OID=.;OPOS=42895308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:69:70:74:76:0.520548:37:37:35:34:39:37:35:35 chr4 44295839 . G A 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00874818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148;QD=61.2132;RBI=0.0103975;REFB=0;REVB=-0.00561939;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.68024e-05;OID=.;OPOS=44295839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:45:34:0:0:45:34:0:0 chr4 44626641 . A G 348.94 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0189362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.497;QD=22.5124;RBI=0.0306474;REFB=-0.000138925;REVB=0.0240973;RO=26;SAF=19;SAR=16;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629778;STB=0.526787;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.000156294;OID=.;OPOS=44626641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:27:35:35:0.564516:16:19:12:14:16:19:13:14 chr4 44682465 . T C 679.41 PASS AF=0.54918;AO=65;DP=120;FAO=67;FDP=122;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0140819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8636;QD=22.2756;RBI=0.0170089;REFB=-0.0202761;REVB=-0.00953948;RO=55;SAF=26;SAR=39;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777512;STB=0.533439;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0277697;OID=.;OPOS=44682465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:55:55:65:67:0.54918:39:26:27:28:39:28:27:28 chr4 44699484 . T G 216.74 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.000213673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.431;QD=13.3376;RBI=0.00940931;REFB=-0.0112585;REVB=0.00940689;RO=39;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403354;STB=0.523059;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0246402;OID=.;OPOS=44699484;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:13:13:18:21:13:13:18:21 chr4 44704757 . C T 1227.45 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.616;QD=61.3723;RBI=0.0221114;REFB=0;REVB=-0.0141139;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70017e-06;OID=.;OPOS=44704757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr4 46086060 . T C 253.28 PASS AF=0.482759;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00694319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.488;QD=17.4675;RBI=0.00788356;REFB=-0.00040692;REVB=-0.003734;RO=30;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010536;STB=0.502511;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.000401927;OID=.;OPOS=46086060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:30:30:27:28:0.482759:12:15:17:13:12:16:17:13 chr4 46314593 . T C 1441.35 PASS AF=0.959184;AO=94;DP=98;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00250801;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=223.078;QD=58.8306;RBI=0.00608115;REFB=0.011337;REVB=-0.00553988;RO=4;SAF=44;SAR=50;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169481;STB=0.508946;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-3.18013e-05;OID=.;OPOS=46314593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:98:4:4:94:94:0.959184:50:44:1:3:50:44:1:3 chr4 46334702 . A G 984.17 PASS AF=0.9;AO=71;DP=79;FAO=72;FDP=80;FR=.;FRO=8;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0377144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1916;QD=49.2083;RBI=0.0384551;REFB=-0.0721641;REVB=0.00751158;RO=8;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897639;STB=0.546499;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0175639;OID=.;OPOS=46334702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:79:80:8:8:71:72:0.9:38:33:0:8:39:33:0:8 chr4 47034626 . C G 820.24 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.201;QD=55.6096;RBI=0.0691039;REFB=-0.0769421;REVB=0.0629437;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159891;STB=0.508472;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000300762;OID=.;OPOS=47034626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:29:29:0:1:29:29:0:1 chr4 47322190 . T C 689.15 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00982401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6116;QD=62.6498;RBI=0.0280824;REFB=0;REVB=0.026308;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159626;OID=.;OPOS=47322190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr4 47408838 . C T 866.39 PASS AF=0.953846;AO=63;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00233645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0659;QD=53.3164;RBI=0.0451516;REFB=0.0505384;REVB=-0.0450911;RO=2;SAF=21;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108449;STB=0.500277;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.00791269;OID=.;OPOS=47408838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:2:3:63:62:0.953846:42:21:1:1:41:21:1:2 chr4 47408896 . G A 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0248736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.557;QD=14.6506;RBI=0.0249374;REFB=0.00441218;REVB=-0.00178232;RO=30;SAF=3;SAR=20;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444368;STB=0.768955;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00582988;OID=.;OPOS=47408896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:31:23:23:0.425926:20:3:14:16:20:3:15:16 chr4 47428335 . C CT,T 387.06 PASS AF=0.455882,0;AO=52,5;DP=136;FAO=62,0;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=31,0;FSAR=31,0;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=0.094683,-0.0109445;FXX=0.00729874;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=12.2942,260.089;QD=11.3841;RBI=0.122383,0.0131229;REFB=-0.0301695,-0.00131865;REVB=-0.0775416,-0.00724078;RO=73;SAF=29,0;SAR=23,5;SRF=45;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0624076,-0.575812;STB=0.558805,0.5;STBP=0.218,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0323532,0;OID=.,.;OPOS=47428336,47428335;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:73:74:52,5:62,0:0.455882,0:23,5:29,0:45:28:31,0:31,0:45:29 chr4 47559697 . T TG 140.59 PASS AF=0.296552;AO=95;DP=306;FAO=86;FDP=290;FR=.;FRO=204;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=107;FSRR=97;FWDB=-0.0703377;FXX=0.00684908;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.60292;QD=1.93916;RBI=0.225893;REFB=-0.0657909;REVB=-0.214663;RO=185;SAF=45;SAR=50;SRF=106;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114501;STB=0.515563;STBP=0.724;TYPE=ins;VARB=0.007874;OID=.;OPOS=47559698;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296552:95:306:86:290:204:47:39:107:97:99:185:45:50:106:79 chr4 47560163 . C A 512.16 PASS AF=0.427481;AO=56;DP=131;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.00313223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.171;QD=15.6384;RBI=0.00411437;REFB=0.00514521;REVB=0.0026678;RO=74;SAF=38;SAR=18;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191376;STB=0.611805;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00622539;OID=.;OPOS=47560163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:74:75:56:56:0.427481:18:38:37:37:18:38:37:38 chr4 47584046 . G A 2408.84 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260097;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.323;QD=61.3717;RBI=0.0262879;REFB=0;REVB=-0.00381444;RO=0;SAF=68;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114991;OID=.;OPOS=47584046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:157:157:1:89:68:0:0:89:68:0:0 chr4 47589203 . G A 736.56 PASS AF=0.5;AO=72;DP=144;FAO=72;FDP=144;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.00582803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.587;QD=20.4601;RBI=0.00898368;REFB=-0.00881825;REVB=-0.00683671;RO=71;SAF=29;SAR=43;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070157;STB=0.542575;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00832704;OID=.;OPOS=47589203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:71:72:72:72:0.5:43:29:34:37:43:29:35:37 chr4 47597654 . C G 371.54 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00962063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.875;QD=22.8642;RBI=0.0140496;REFB=0.002066;REVB=0.0102389;RO=28;SAF=16;SAR=21;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316931;STB=0.517437;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.00121416;OID=.;OPOS=47597654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:21:16:11:17:21:16:11:17 chr4 47667064 . T C 667.59 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00295353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8726;QD=62.1011;RBI=0.148669;REFB=0;REVB=0.148639;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182016;OID=.;OPOS=47667064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr4 47901056 . G A 211.37 PASS AF=0.240602;AO=32;DP=133;FAO=32;FDP=133;FR=.;FRO=101;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=68;FSRR=33;FWDB=-0.0157435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.723;QD=6.35704;RBI=0.0319558;REFB=-0.00697846;REVB=-0.0278086;RO=100;SAF=19;SAR=13;SRF=67;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101645;STB=0.564051;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.023743;OID=.;OPOS=47901056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:100:101:32:32:0.240602:13:19:67:33:13:19:68:33 chr4 47936972 . C T 167.46 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0425404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.682;QD=41.866;RBI=0.0429608;REFB=-0.0260877;REVB=0.00599558;RO=1;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396758;STB=0.521711;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.000482377;OID=.;OPOS=47936972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:11:4:0:1:11:4:0:1 chr4 47945455 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.050053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.5;QD=37.4883;RBI=0.0951767;REFB=0;REVB=0.0809525;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681387;OID=.;OPOS=47945455;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr4 48170669 . A G 769.94 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156625;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.361;QD=64.1613;RBI=0.0341902;REFB=0;REVB=0.0303917;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016128;OID=.;OPOS=48170669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:49:48:1:23:26:0:0:23:25:0:0 chr4 48172266 . G A 685.6 PASS AF=0.924528;AO=48;DP=52;FAO=49;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00436549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.595;QD=51.7436;RBI=0.0229983;REFB=0.0123219;REVB=-0.0225802;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019199;STB=0.519223;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00167495;OID=.;OPOS=48172266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:53:1:2:48:49:0.924528:24:24:1:0:24:25:2:0 chr4 48425287 . T G 212.84 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0179353;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.95;QD=20.2702;RBI=0.0186216;REFB=-0.00880016;REVB=-0.00500875;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206443;STB=0.523787;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00953571;OID=.;OPOS=48425287;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:21:21:21:0.5:11:10:10:10:11:10:11:10 chr4 48582909 . G A 957.37 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00842303;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.233;QD=58.9153;RBI=0.00962309;REFB=0;REVB=-0.00465365;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01163e-06;OID=.;OPOS=48582909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:36:29:0:0 chr4 48625209 . AAAAC AAAAA,AAAA,AAA,A 972.96 PASS AF=0.0126582,0.455696,0.101266,0.35443;AO=9,25,10,17;DP=73;FAO=1,36,8,28;FDP=79;FR=.;FRO=6;FSAF=1,20,3,10;FSAR=0,16,5,18;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00910538,0.0121093,0.013992,0.0165615;FXX=0.0246883;HRUN=1,1,8,8;LEN=1,1,2,4;MLLD=242.363,245.845,246.616,241.484;QD=49.2636;RBI=0.010126,0.012805,0.0143723,0.0166042;REFB=-0.00981014,-0.0108354,-0.0107513,-0.00902228;REVB=-0.00443028,-0.00416304,-0.00328437,-0.00118882;RO=0;SAF=5,14,3,7;SAR=4,11,7,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,3.99383e-08,0,0;STB=0.983052,0.540518,0.689206,0.586893;STBP=0.565,0.235,0.166,0.045;TYPE=snp,del,del,del;VARB=-0.0311153,-0.00224056,-0.0103329,-0.00781829;OID=.,.,.,.;OPOS=48625213,48625213,48625212,48625210;OREF=C,C,AC,AAAC;OALT=A,-,-,-;OMAPALT=AAAAA,AAAA,AAA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.0126582,0.455696,0.101266,0.35443:9,25,10,17:73:1,36,8,28:79:6:1,20,3,10:0,16,5,18:5:1:99:0:5,14,3,7:4,11,7,10:0:0 chr4 48988450 . C A 319.02 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0147156;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4729;QD=12.6344;RBI=0.0148086;REFB=-0.0312768;REVB=0.00165761;RO=62;SAF=22;SAR=16;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138385;STB=0.574074;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0302548;OID=.;OPOS=48988450;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:62:63:38:38:0.376238:16:22:28:34:16:22:29:34 chr4 49063872 . C A 353.42 PASS AF=0.403846;AO=41;DP=103;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.00395734;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.82;QD=13.5932;RBI=0.00629025;REFB=-0.00785841;REVB=-0.00488944;RO=61;SAF=19;SAR=22;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396247;STB=0.534054;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00978853;OID=.;OPOS=49063872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:61:62:41:42:0.403846:22:19:26:35:22:20:26:36 chr4 52714354 . A ATTTC 213.97 PASS AF=0.4;AO=24;DP=66;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=8;FWDB=-0.00774066;FXX=0.0151492;HRUN=5;LEN=4;MLLD=278.02;QD=13.1675;RBI=0.0110286;REFB=0.00719067;REVB=-0.00785569;RO=39;SAF=12;SAR=12;SRF=31;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322387;STB=0.676804;STBP=0.04;TYPE=ins;VARB=-0.0143237;OID=.;OPOS=52714355;OREF=-;OALT=TTTC;OMAPALT=ATTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:24:66:26:65:39:13:13:31:8:99:39:12:12:31:8 chr4 52752812 . A T 866.93 PASS AF=0.483516;AO=88;DP=182;FAO=88;FDP=182;FR=.;FRO=94;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=0.0033193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.494;QD=19.0534;RBI=0.0165666;REFB=-0.0151732;REVB=0.0162307;RO=94;SAF=38;SAR=50;SRF=42;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142673;STB=0.50787;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0150165;OID=.;OPOS=52752812;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:94:94:88:88:0.483516:50:38:42:52:50:38:42:52 chr4 52780048 . G C 672.98 PASS AF=0.430233;AO=74;DP=172;FAO=74;FDP=172;FR=.;FRO=98;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=0.0149478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.007;QD=15.6507;RBI=0.0152824;REFB=0.00135265;REVB=-0.00318064;RO=96;SAF=30;SAR=44;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655378;STB=0.531392;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00206189;OID=.;OPOS=52780048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:96:98:74:74:0.430233:44:30:45:51:44:30:45:53 chr4 52889602 . T A 46.02 PASS AF=0.384615;AO=5;DP=13;FAO=5;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0990008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.273;QD=14.1596;RBI=0.0992797;REFB=-0.0897159;REVB=0.00743602;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118169;STB=0.571155;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0187684;OID=.;OPOS=52889602;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:13:13:4:4:5:5:0.384615:3:2:1:3:3:2:1:3 chr4 52938243 . T C 458.72 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00401906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4195;QD=23.5241;RBI=0.0238585;REFB=-0.0347179;REVB=-0.0235175;RO=34;SAF=20;SAR=24;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128153;STB=0.507039;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0196629;OID=.;OPOS=52938243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:34:44:44:0.564103:24:20:16:18:24:20:16:18 chr4 52944984 . G A 238.36 PASS AF=0.292035;AO=32;DP=116;FAO=33;FDP=113;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=-0.00826822;FXX=0.0341851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9864;QD=8.43749;RBI=0.0141341;REFB=-0.00487551;REVB=-0.0114634;RO=83;SAF=15;SAR=17;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744254;STB=0.554809;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00673335;OID=.;OPOS=52944984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:113:83:80:32:33:0.292035:17:15:44:39:17:16:45:35 chr4 53463164 . G C 621.8 PASS AF=0.5;AO=63;DP=126;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=20;FWDB=-0.0139981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.587;QD=19.7397;RBI=0.0141544;REFB=-0.00871782;REVB=-0.00209781;RO=62;SAF=26;SAR=37;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234953;STB=0.632673;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0124617;OID=.;OPOS=53463164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:62:63:63:63:0.5:37:26:42:20:37:26:43:20 chr4 53610272 . C T 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0168075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.872;QD=25.7315;RBI=0.0273694;REFB=0.00625823;REVB=-0.0216008;RO=19;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892493;STB=0.54945;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.00546751;OID=.;OPOS=53610272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:14:12:11:8:14:12:11:8 chr4 53611668 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00821909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.319;QD=12.7297;RBI=0.0317868;REFB=-0.0616604;REVB=0.0307058;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202897;STB=0.599771;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0551989;OID=.;OPOS=53611668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:6:3:6:5:6:3:6:6 chr4 53652758 . A T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.583;QD=59.0177;RBI=0.0116232;REFB=0;REVB=-0.00307075;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7172e-05;OID=.;OPOS=53652758;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr4 53729429 . G A 937.84 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.859;QD=58.6148;RBI=0.0142362;REFB=0;REVB=0.0117549;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2614e-05;OID=.;OPOS=53729429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:32:31:0:0:33:31:0:0 chr4 53732943 . T A 519.95 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00855333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.583;QD=59.4229;RBI=0.0298239;REFB=0;REVB=0.028571;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106866;OID=.;OPOS=53732943;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr4 53822267 . CAAG C 284.31 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=0.0099133;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=3;MLLD=157.131;QD=14.3952;RBI=0.0191261;REFB=0.015884;REVB=0.0163565;RO=38;SAF=29;SAR=11;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430434;STB=0.511622;STBP=0.883;TYPE=del;VARB=-0.0135224;OID=.;OPOS=53822268;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.506329:40:82:40:79:39:29:11:29:10:99:38:29:11:29:9 chr4 53822307 . A G 515.91 PASS AF=0.495413;AO=53;DP=107;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0090463;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.871;QD=18.9324;RBI=0.0162962;REFB=-0.0333493;REVB=0.0135547;RO=54;SAF=37;SAR=16;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108314;STB=0.548026;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0305181;OID=.;OPOS=53822307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:54:55:53:54:0.495413:16:37:32:22:17:37:33:22 chr4 54011526 . A G 2744.15 PASS AF=0.988889;AO=177;DP=180;FAO=178;FDP=180;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000407408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.782;QD=60.981;RBI=0.018515;REFB=-0.010656;REVB=0.0185105;RO=2;SAF=87;SAR=90;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000180342;STB=0.500062;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=3.24477e-05;OID=.;OPOS=54011526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:180:180:2:2:177:178:0.988889:90:87:1:1:90:88:1:1 chr4 54250025 . C T 89.7 PASS AF=0.197368;AO=15;DP=75;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0158677;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.534;QD=4.72098;RBI=0.0447302;REFB=0.000401395;REVB=-0.0418211;RO=59;SAF=5;SAR=10;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540099;STB=0.552309;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.00902779;OID=.;OPOS=54250025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:75:76:59:61:15:15:0.197368:10:5:22:37:10:5:24:37 chr4 54319243 . G A 363.64 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0238643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7861;QD=13.3445;RBI=0.0255107;REFB=-0.0373799;REVB=-0.00901595;RO=65;SAF=14;SAR=29;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153822;STB=0.583674;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0529654;OID=.;OPOS=54319243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:66:43:43:0.394495:29:14:30:35:29:14:30:36 chr4 54352468 . GC G 486.68 PASS AF=1;AO=45;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0874988;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.9775;QD=39.7287;RBI=0.0880525;REFB=-0.00250843;REVB=-0.00985863;RO=4;SAF=19;SAR=26;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089208;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00405875;OID=.;OPOS=54352469;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:49:49:49:0:23:26:0:0:8:4:19:26:4:0 chr4 54966667 . C T 112.48 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.0078829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.806;QD=6.61638;RBI=0.00859107;REFB=-0.0141103;REVB=-0.00341563;RO=47;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1055;STB=0.516233;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0348568;OID=.;OPOS=54966667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:51:17:17:0.25:11:6:13:34:11:6:17:34 chr4 54966830 . G A,C 458.2 PASS AF=0.96875,0.03125;AO=30,2;DP=32;FAO=31,1;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=24,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558194,0.0048009;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=221.197,171.436;QD=57.275;RBI=0.00573331,0.0121336;REFB=0,0;REVB=-0.00130875,-0.0111434;RO=0;SAF=7,0;SAR=23,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000426923,0.0668855;OID=.,.;OPOS=54966830,54966830;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:32:32:0:0:30,2:31,1:0.96875,0.03125:23,2:7,0:0:0:24,1:7,0:0:0 chr4 55127460 . C T 230.59 PASS AF=0.315217;AO=29;DP=90;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0465451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2339;QD=10.0257;RBI=0.0533808;REFB=-0.00864613;REVB=-0.0261355;RO=58;SAF=16;SAR=13;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986253;STB=0.573084;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.024497;OID=.;OPOS=55127460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:58:63:29:29:0.315217:13:16:27:31:13:16:28:35 chr4 55141055 . A G 1880.39 PASS AF=0.991935;AO=102;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0351294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.527;QD=60.6577;RBI=0.0453451;REFB=-0.045273;REVB=0.0286723;RO=0;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08171e-08;STB=0.503875;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000296021;OID=.;OPOS=55141055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:0:1:102:123:0.991935:45:57:0:0:59:64:1:0 chr4 55161391 . T C 2292.74 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120874;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.802;QD=61.1397;RBI=0.0134478;REFB=0;REVB=0.00589374;RO=0;SAF=87;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84697e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.08472e-07;OID=.;OPOS=55161391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:150:0:0:150:150:1:63:87:0:0:63:87:0:0 chr4 55161517 . A G 3238.2 PASS AF=1;AO=207;DP=208;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00426708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.932;QD=61.9752;RBI=0.011009;REFB=0;REVB=0.0101484;RO=1;SAF=101;SAR=106;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00469316;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08319e-06;OID=.;OPOS=55161517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:209:1:0:207:209:1:106:101:1:0:107:102:0:0 chr4 55593481 . A G 642.6 PASS AF=0.587629;AO=57;DP=97;FAO=57;FDP=97;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0240235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.8635;QD=26.4988;RBI=0.0240394;REFB=-0.0209429;REVB=0.000874166;RO=40;SAF=27;SAR=30;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387911;STB=0.521165;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00766345;OID=.;OPOS=55593481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:40:40:57:57:0.587629:30:27:21:19:30:27:21:19 chr4 55599436 . T C 263.46 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.071436;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.6152;QD=17.5642;RBI=0.0922013;REFB=-0.0254113;REVB=-0.0582923;RO=31;SAF=11;SAR=18;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128955;STB=0.572387;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.034441;OID=.;OPOS=55599436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:18:11:16:15:18:11:16:15 chr4 55946081 . A G 2236.5 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.453;QD=63.4467;RBI=0.0296052;REFB=0;REVB=0.0231807;RO=0;SAF=75;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.32058e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32696e-06;OID=.;OPOS=55946081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:141:0:0:140:141:1:65:75:0:0:66:75:0:0 chr4 55946170 . C T 300.11 PASS AF=0.228571;AO=48;DP=209;FAO=48;FDP=210;FR=.;FRO=162;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=84;FSRR=78;FWDB=-0.0102208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.522;QD=5.71634;RBI=0.0108801;REFB=-0.00390594;REVB=-0.00372967;RO=160;SAF=24;SAR=24;SRF=83;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023764;STB=0.51428;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0134955;OID=.;OPOS=55946170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:210:160:162:48:48:0.228571:24:24:83:77:24:24:84:78 chr4 55972974 . T A 226.15 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00207586;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.077;QD=15.3323;RBI=0.00960921;REFB=-0.0218312;REVB=0.00938231;RO=33;SAF=16;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408068;STB=0.523143;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0208711;OID=.;OPOS=55972974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:33:33:26:26:0.440678:10:16:19:14:10:16:19:14 chr4 56291620 . CAA C 1526.65 PASS AF=1;AO=115;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01002;FXX=0.0970077;HRUN=2;LEN=2;MLLD=93.5394;QD=50.4676;RBI=0.0196365;REFB=0;REVB=-0.0168876;RO=0;SAF=66;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.49054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00333818;OID=.;OPOS=56291621;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:115:122:121:121:0:67:54:0:0:27:0:66:49:0:0 chr4 56300685 . C T 1095.28 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.227;QD=60.0156;RBI=0.013809;REFB=0;REVB=-0.00572119;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45495e-05;OID=.;OPOS=56300685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr4 56301049 . G GA 874.59 PASS AF=1;AO=70;DP=83;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00263453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.2154;QD=47.275;RBI=0.0395277;REFB=0;REVB=-0.0394398;RO=12;SAF=34;SAR=36;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725603;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000737022;OID=.;OPOS=56301050;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:83:74:74:0:36:38:0:0:16:12:34:36:9:3 chr4 56306111 . G A 1472.57 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.633;QD=63.3364;RBI=0.0429282;REFB=0;REVB=0.0103072;RO=0;SAF=25;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.2462e-05;OID=.;OPOS=56306111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:68:25:0:0:68:25:0:0 chr4 56309992 . A G 1138.74 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448647;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.774;QD=60.733;RBI=0.0452865;REFB=0;REVB=0.00616672;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00032599;OID=.;OPOS=56309992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:40:34:0:0:40:35:0:0 chr4 56318462 . G A 711.6 PASS AF=0.915254;AO=53;DP=59;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0262541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4813;QD=48.2442;RBI=0.0264535;REFB=-0.0249215;REVB=0.00324161;RO=5;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074593;STB=0.539668;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0178012;OID=.;OPOS=56318462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:59:59:5:5:53:54:0.915254:29:24:0:5:29:25:0:5 chr4 56367796 . T G 520.6 PASS AF=1;AO=30;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.191;QD=59.4967;RBI=0.0453207;REFB=0;REVB=0.0333722;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115693;OID=.;OPOS=56367796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:30:35:1:15:15:0:0:18:17:0:0 chr4 56756531 . T C 519.17 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00564501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.22;QD=25.6381;RBI=0.00637646;REFB=-0.00302025;REVB=-0.00296533;RO=32;SAF=26;SAR=22;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166667;STB=0.584235;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00265764;OID=.;OPOS=56756531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:32:33:48:48:0.592593:22:26:10:22:22:26:11:22 chr4 56771089 . G A 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0128438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.261;QD=16.6611;RBI=0.0182059;REFB=-0.0255638;REVB=-0.0129031;RO=32;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0254188;OID=.;OPOS=56771089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:14:14:16:16:14:14:16:16 chr4 57154737 . T C 423.9 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0308295;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.711;QD=20.9332;RBI=0.0347965;REFB=-0.0218346;REVB=0.0161349;RO=38;SAF=26;SAR=16;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825074;STB=0.55283;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0293534;OID=.;OPOS=57154737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:39:42:42:0.518519:16:26:20:18:16:26:20:19 chr4 57176832 . T C 329.65 PASS AF=0.377551;AO=35;DP=96;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.00904893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.868;QD=13.4552;RBI=0.0303994;REFB=-0.0108315;REVB=0.0290214;RO=61;SAF=12;SAR=23;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240299;STB=0.611913;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0354786;OID=.;OPOS=57176832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:61:61:35:37:0.377551:23:12:34:27:23:14:34:27 chr4 57181632 . G C 1204.92 PASS AF=1;AO=67;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.713;QD=61.0086;RBI=0.0378779;REFB=0;REVB=0.037561;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534281;OID=.;OPOS=57181632;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:67:79:1:40:27:0:0:50:29:0:0 chr4 57194329 . G T 1879.16 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0513451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1067;QD=61.111;RBI=0.0853034;REFB=0;REVB=-0.0681201;RO=0;SAF=51;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000657787;OID=.;OPOS=57194329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:123:0:0:117:123:1:66:51:0:0:66:57:0:0 chr4 57197335 . C CT 1000.67 PASS AF=0.483965;AO=155;DP=349;FAO=166;FDP=343;FR=.;FRO=177;FSAF=80;FSAR=86;FSRF=95;FSRR=82;FWDB=-0.0277339;FXX=0.0143674;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.4844;QD=11.6696;RBI=0.0717315;REFB=0.0092566;REVB=0.0661531;RO=185;SAF=71;SAR=84;SRF=102;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917505;STB=0.528252;STBP=0.278;TYPE=ins;VARB=-0.0106372;OID=.;OPOS=57197336;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483965:155:349:166:343:177:80:86:95:82:99:185:71:84:102:83 chr4 57197400 . CTTTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTTTT 1021.36 PASS AF=0,0.942529,0,0.0574713,0;AO=33,48,28,10,6;DP=168;FAO=0,164,0,10,0;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=0,96,0,2,0;FSAR=0,68,0,8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113402,-0.0102945,-0.0578951,-0.00472381,-0.00387532;FXX=0.116745;HRUN=13,13,13,13,1;LEN=3,2,1,1,2;MLLD=10.0768,8.46671,4.44526,16.7831,42.2305;QD=23.4796;RBI=0.0597102,0.0683979,0.251565,0.204256,0.100933;REFB=0.114714,0.119951,0.114091,0.0906568,0.00723855;REVB=-0.0586235,-0.0676188,-0.244812,-0.204201,-0.100858;RO=7;SAF=19,28,19,2,6;SAR=14,20,9,8,0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.0463709,-0.0322789,-0.0151892,-0.40672,0.72927;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp,mnp;VARB=0,0.0216578,0,-0.165497,-0.148585;OID=.,.,.,.,.;OPOS=57197401,57197401,57197401,57197413,57197400;OREF=TTT,TT,T,T,CT;OALT=-,-,-,A,TC;OMAPALT=CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:19:168:174:7:0:33,48,28,10,6:0,164,0,10,0:0,0.942529,0,0.0574713,0:14,20,9,8,0:19,28,19,2,6:5:2:0,68,0,8,0:0,96,0,2,0:0:0 chr4 57204960 . A G 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0462025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.733;QD=16.1067;RBI=0.0469524;REFB=0.00496744;REVB=0.00835799;RO=22;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216683;STB=0.625253;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00451997;OID=.;OPOS=57204960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:12:5:11:11:12:5:11:11 chr4 57219592 . G A 376.06 PASS AF=0.42;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=0.0046169;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.067;QD=15.0423;RBI=0.0119001;REFB=-0.0229939;REVB=-0.010968;RO=58;SAF=23;SAR=19;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150582;STB=0.584434;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.018444;OID=.;OPOS=57219592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:58:58:42:42:0.42:19:23:40:18:19:23:40:18 chr4 57221348 . T C 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0689708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6711;QD=10.9726;RBI=0.0709516;REFB=0.0130632;REVB=0.016648;RO=31;SAF=5;SAR=10;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312311;STB=0.685471;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0228677;OID=.;OPOS=57221348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:10:5:19:12:10:5:19:12 chr4 57248716 . G C 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0240776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.543;QD=13.9119;RBI=0.0275921;REFB=0.00038611;REVB=0.0134756;RO=31;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962466;STB=0.555501;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.000242815;OID=.;OPOS=57248716;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:14:7:13:18:14:7:13:18 chr4 57250285 . T C 491.15 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.014615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.0132;QD=17.2333;RBI=0.0408279;REFB=-0.00396247;REVB=-0.0381224;RO=59;SAF=25;SAR=28;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829244;STB=0.537023;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00546712;OID=.;OPOS=57250285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:59:61:53:53:0.464912:28:25:33:26:28:25:33:28 chr4 57266959 . G A 351.16 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0114679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3015;QD=23.4107;RBI=0.0119365;REFB=-0.0127597;REVB=0.0033117;RO=25;SAF=19;SAR=16;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746962;STB=0.54104;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0102287;OID=.;OPOS=57266959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:16:19:16:9:16:19:16:9 chr4 57268328 . T C 896.14 PASS AF=0.511494;AO=89;DP=173;FAO=89;FDP=174;FR=.;FRO=85;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.0010336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.152;QD=20.6009;RBI=0.0256272;REFB=-0.00488285;REVB=0.0256063;RO=84;SAF=48;SAR=41;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349014;STB=0.516393;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00370074;OID=.;OPOS=57268328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:84:85:89:89:0.511494:41:48:42:42:41:48:43:42 chr4 57270197 . T C 1552.56 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477301;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.744;QD=64.023;RBI=0.0638005;REFB=0;REVB=0.0636217;RO=0;SAF=57;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4766e-05;OID=.;OPOS=57270197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:96:97:1:39:57:0:0:39:58:0:0 chr4 57356588 . A G 706.82 PASS AF=0.452381;AO=76;DP=168;FAO=76;FDP=168;FR=.;FRO=92;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=0.0145358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.946;QD=16.829;RBI=0.0335049;REFB=-0.00599936;REVB=0.0301875;RO=92;SAF=28;SAR=48;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906628;STB=0.550445;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00710162;OID=.;OPOS=57356588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:92:92:76:76:0.452381:48:28:42:50:48:28:42:50 chr4 57361553 . A G 678.08 PASS AF=0.48227;AO=68;DP=141;FAO=68;FDP=141;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.00423229;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.908;QD=19.2362;RBI=0.00842093;REFB=-0.00886763;REVB=-0.00728009;RO=73;SAF=27;SAR=41;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130004;STB=0.571951;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00961692;OID=.;OPOS=57361553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:73:73:68:68:0.48227:41:27:39:34:41:27:39:34 chr4 57368807 . C T 1102.63 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00838102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.641;QD=58.8071;RBI=0.00868038;REFB=-0.0860878;REVB=-0.00225996;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000145787;OID=.;OPOS=57368807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:34:40:0:0:34:40:0:1 chr4 57377377 . G A 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.00234609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.495;QD=15.7819;RBI=0.0103382;REFB=-0.00888774;REVB=-0.0100684;RO=29;SAF=11;SAR=12;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308627;STB=0.673133;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0191521;OID=.;OPOS=57377377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:12:11:23:6:12:11:23:6 chr4 57516896 . G A 311.01 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=15;FWDB=-0.0129356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.602;QD=13.9779;RBI=0.0178707;REFB=-0.0161841;REVB=0.0123301;RO=54;SAF=20;SAR=15;SRF=39;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169833;STB=0.595908;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0171159;OID=.;OPOS=57516896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:54:35:35:0.393258:15:20:39:15:15:20:39:15 chr4 57660802 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2412;QD=43.4862;RBI=0.0303293;REFB=0;REVB=-0.00916168;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00190826;OID=.;OPOS=57660802;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr4 57797100 . G T 229.45 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0512924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5413;QD=22.945;RBI=0.0533454;REFB=-0.00483095;REVB=-0.0146569;RO=18;SAF=19;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404691;STB=0.73052;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0025345;OID=.;OPOS=57797100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:3:19:9:9:3:19:9:9 chr4 57797253 . G A 114.23 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0235727;FXX=0.124969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.769;QD=13.0548;RBI=0.0317452;REFB=-0.0274546;REVB=0.0212622;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688201;STB=0.504418;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0291983;OID=.;OPOS=57797253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:35:25:22:13:13:0.371429:6:7:15:10:6:7:12:10 chr4 57834552 . G A 111.03 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=70;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.012102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.952;QD=6.34466;RBI=0.030727;REFB=0.00185869;REVB=-0.0282434;RO=53;SAF=13;SAR=4;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294305;STB=0.683978;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0137556;OID=.;OPOS=57834552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:53:53:17:17:0.242857:4:13:29:24:4:13:29:24 chr4 57857005 . G A 152.89 PASS AF=0.22549;AO=23;DP=102;FAO=23;FDP=102;FR=.;FRO=79;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0132482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5313;QD=5.99563;RBI=0.035676;REFB=-0.00831221;REVB=-0.0331249;RO=79;SAF=13;SAR=10;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121065;STB=0.574765;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0202258;OID=.;OPOS=57857005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:79:79:23:23:0.22549:10:13:37:42:10:13:37:42 chr4 57876955 . G A 581.29 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=136;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0165286;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.318;QD=17.2234;RBI=0.0267665;REFB=-0.00529146;REVB=0.0210535;RO=73;SAF=21;SAR=40;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139086;STB=0.581902;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0066423;OID=.;OPOS=57876955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:73:74:61:61:0.451852:40:21:35:38:40:21:36:38 chr4 57881715 . G A 422.32 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00663206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.339;QD=20.8551;RBI=0.0192912;REFB=0.000502683;REVB=-0.0181153;RO=39;SAF=14;SAR=28;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270735;STB=0.649928;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.000603428;OID=.;OPOS=57881715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:28:14:25:14:28:14:25:14 chr4 57887150 . C T 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0150972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.754;QD=11.6671;RBI=0.0449532;REFB=0.00353093;REVB=-0.0423422;RO=26;SAF=12;SAR=2;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496401;STB=0.79952;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0110817;OID=.;OPOS=57887150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:2:12:12:14:2:12:12:14 chr4 57889677 . C T 270.55 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0654887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.704;QD=14.4293;RBI=0.0669854;REFB=-0.017713;REVB=-0.014081;RO=44;SAF=17;SAR=14;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445914;STB=0.525289;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0276756;OID=.;OPOS=57889677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:14:17:26:18:14:17:26:18 chr4 62598689 . C T 664.46 PASS AF=0.6;AO=63;DP=105;FAO=63;FDP=105;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.00552677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.603;QD=25.3127;RBI=0.0235347;REFB=-0.0202321;REVB=-0.0228766;RO=42;SAF=26;SAR=37;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982786;STB=0.553351;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0114437;OID=.;OPOS=62598689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:42:42:63:63:0.6:37:26:12:30:37:26:12:30 chr4 62800728 . T C 397.78 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00280374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5066;QD=18.0809;RBI=0.0199974;REFB=-0.0012206;REVB=0.0197999;RO=47;SAF=15;SAR=26;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390564;STB=0.521831;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00149817;OID=.;OPOS=62800728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:26:15:19:28:26:15:19:28 chr4 62845388 . G C 1895.67 PASS AF=0.93662;AO=132;DP=149;FAO=133;FDP=142;FR=.;FRO=9;FSAF=61;FSAR=72;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0136633;FXX=0.0657851;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.118;QD=53.3992;RBI=0.0139946;REFB=-0.00435494;REVB=-0.00302732;RO=9;SAF=61;SAR=71;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248489;STB=0.513244;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=9.68063e-06;OID=.;OPOS=62845388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:149:142:9:9:132:133:0.93662:71:61:6:3:72:61:6:3 chr4 62845490 . A G 278.6 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00953262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.264;QD=13.7578;RBI=0.0117925;REFB=-0.000895876;REVB=0.00694209;RO=49;SAF=10;SAR=22;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28055;STB=0.660245;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00126091;OID=.;OPOS=62845490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:22:10:28:21:22:10:28:21 chr4 65473384 . C G 3241.94 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00230203;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.061;QD=62.0468;RBI=0.0131617;REFB=0;REVB=0.0129588;RO=0;SAF=96;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50411e-05;OID=.;OPOS=65473384;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:209:0:0:208:209:1:112:96:0:0:113:96:0:0 chr4 66197804 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00442302;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.423;QD=57.5453;RBI=0.00535176;REFB=0;REVB=0.00301302;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.0646e-06;OID=.;OPOS=66197804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr4 68374597 . C T 1425.16 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6104;QD=62.6445;RBI=0.0298386;REFB=0;REVB=-0.0275209;RO=0;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.77709e-05;OID=.;OPOS=68374597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:39:51:0:0:39:52:0:0 chr4 68376708 . T C 1007.17 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.03;QD=56.7422;RBI=0.0259425;REFB=-0.0213872;REVB=0.0193006;RO=1;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178329;STB=0.509431;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000365004;OID=.;OPOS=68376708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:69:70:0.985915:26:43:0:1:26:44:0:1 chr4 68380215 . G A 1724.34 PASS AF=0.991379;AO=112;DP=113;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000424518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2932;QD=59.4601;RBI=0.0531087;REFB=-0.0768854;REVB=0.053107;RO=1;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797967;STB=0.503999;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000893419;OID=.;OPOS=68380215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:113:116:1:1:112:115:0.991379:59:53:0:1:62:53:0:1 chr4 68380235 . G A 214.04 PASS AF=0.27193;AO=31;DP=114;FAO=31;FDP=114;FR=.;FRO=83;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=52;FWDB=0.00242864;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.993;QD=7.51019;RBI=0.0215128;REFB=-0.00283783;REVB=0.0213752;RO=83;SAF=17;SAR=14;SRF=31;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211544;STB=0.62534;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00508346;OID=.;OPOS=68380235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:83:83:31:31:0.27193:14:17:31:52:14:17:31:52 chr4 68384008 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00214571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.627;QD=57.0006;RBI=0.00532775;REFB=0;REVB=-0.00487656;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.90848e-06;OID=.;OPOS=68384008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr4 68436883 . T C 491.86 PASS AF=0.40146;AO=40;DP=137;FAO=55;FDP=137;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=0.0520537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0443;QD=14.3608;RBI=0.057461;REFB=-0.00687479;REVB=0.0243349;RO=77;SAF=14;SAR=26;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079768;STB=0.574307;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0140865;OID=.;OPOS=68436883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:77:82:40:55:0.40146:26:14:32:45:26:29:33:49 chr4 68497597 . C A 210.27 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00613736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4205;QD=15.5754;RBI=0.0569366;REFB=-0.00952065;REVB=-0.0566049;RO=30;SAF=7;SAR=17;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219668;STB=0.625309;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0104552;OID=.;OPOS=68497597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:17:7:15:15:17:7:15:15 chr4 68500171 . A G 423.98 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=123;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.00700453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.47;QD=13.7879;RBI=0.0117071;REFB=0.00306501;REVB=-0.00938038;RO=73;SAF=25;SAR=24;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400441;STB=0.52641;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00497966;OID=.;OPOS=68500171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:73:74:49:49:0.398374:24:25:40:33:24:25:41:33 chr4 68534392 . C T 229.67 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0223964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.864;QD=11.9311;RBI=0.0424174;REFB=-0.0138165;REVB=-0.0360227;RO=48;SAF=17;SAR=11;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251019;STB=0.637598;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0270891;OID=.;OPOS=68534392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:48:49:28:28:0.363636:11:17:18:30:11:17:19:30 chr4 68567025 . T G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0167225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.019;QD=18.3452;RBI=0.016859;REFB=-0.0147895;REVB=-0.00214024;RO=17;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510192;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0179225;OID=.;OPOS=68567025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:5:12:12:5:5:12:13:5 chr4 68780399 . A G 3967.05 PASS AF=1;AO=252;DP=255;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495993;FXX=0.00775164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.045;QD=61.9852;RBI=0.0649022;REFB=-0.0422544;REVB=0.0418593;RO=1;SAF=127;SAR=125;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00379841;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372775;OID=.;OPOS=68780399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:255:256:1:0:252:256:1:125:127:0:1:127:129:0:0 chr4 68784774 . T C 2067.76 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0111687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.448;QD=61.7241;RBI=0.0128202;REFB=0.0139395;REVB=-0.00629433;RO=1;SAF=72;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772858;STB=0.504064;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-6.04779e-05;OID=.;OPOS=68784774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:133:133:0.992537:61:72:0:1:61:72:0:1 chr4 68812283 . C T 725.15 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519166;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.608;QD=56.8741;RBI=0.054739;REFB=0;REVB=0.01735;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145987;OID=.;OPOS=68812283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr4 68995529 . C T 670.47 PASS AF=0.445122;AO=73;DP=165;FAO=73;FDP=164;FR=.;FRO=91;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=-0.00189839;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4393;QD=16.3528;RBI=0.0148115;REFB=-0.00752085;REVB=0.0146893;RO=90;SAF=38;SAR=35;SRF=52;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570807;STB=0.528338;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0103453;OID=.;OPOS=68995529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:90:91:73:73:0.445122:35:38:52:38:35:38:52:39 chr4 69078113 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00114681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.023;QD=63.8718;RBI=0.0151178;REFB=0;REVB=0.0150743;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85368e-05;OID=.;OPOS=69078113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr4 69094507 . T A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00146127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.365;QD=57.1061;RBI=0.00616834;REFB=0;REVB=0.00599275;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52459e-05;OID=.;OPOS=69094507;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr4 69094575 . T G 752.72 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0210041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.633;QD=54.7434;RBI=0.0210546;REFB=-0.166721;REVB=0.00145812;RO=1;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200431;STB=0.510634;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00103677;OID=.;OPOS=69094575;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:53:54:0.981818:23:30:0:1:23:31:0:1 chr4 69095197 . T C 801.15 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00590493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.681;QD=57.2251;RBI=0.0186806;REFB=0;REVB=-0.0177228;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.0656e-05;OID=.;OPOS=69095197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr4 69179300 . GTTTTTTA AGTTTTTA,GTTTTT,GTTTTTA,GTTTTTAA 147.1 PASS AF=0,0.030303,0.787879,0;AO=4,5,9,3;DP=40;FAO=0,1,26,0;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=0,0,17,0;FSAR=0,1,9,0;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0954669,0.000316977,-0.0399159,-0.0516185;FXX=0.108079;HRUN=1,6,6,6;LEN=2,2,1,1;MLLD=11.3601,9.73491,8.53077,6.10609;QD=17.8308;RBI=0.131922,0.068807,0.150141,0.2128;REFB=-0.00561502,0.132579,0.0449387,-0.0852582;REVB=0.0910466,-0.0688062,0.144738,0.206444;RO=8;SAF=0,1,8,3;SAR=4,4,1,0;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.791648,-0.598683,0.0275003,0.576989;STB=0.5,0.9915,0.502658,0.5;STBP=1,0.256,0.957,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0,-0.0453153,0.0395033,0.0114285;OID=.,.,.,.;OPOS=69179300,69179306,69179301,69179306;OREF=GT,TA,T,T;OALT=AG,-,-,A;OMAPALT=AGTTTTTA,GTTTTT,GTTTTTA,GTTTTTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:14:40:33:8:6:4,5,9,3:0,1,26,0:0,0.030303,0.787879,0:4,4,1,0:0,1,8,3:7:1:0,1,9,0:0,0,17,0:4:2 chr4 69203080 . T C 448.98 PASS AF=0.611111;AO=41;DP=69;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00905041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.213;QD=24.9435;RBI=0.0145566;REFB=-0.0342005;REVB=-0.0114011;RO=25;SAF=26;SAR=15;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166147;STB=0.579963;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0212707;OID=.;OPOS=69203080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:25:28:41:44:0.611111:15:26:10:15:15:29:13:15 chr4 69203551 . A T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.878;QD=59.1431;RBI=0.0162015;REFB=0;REVB=0.00993653;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64464e-05;OID=.;OPOS=69203551;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr4 69340500 . A G 1532.17 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0229864;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.222;QD=62.5376;RBI=0.0237004;REFB=-0.00493402;REVB=0.00577383;RO=1;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886502;STB=0.504672;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=5.64011e-05;OID=.;OPOS=69340500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:53:44:0:1:53:44:0:1 chr4 69536084 . A C 1245.0 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.814;QD=61.4814;RBI=0.0227243;REFB=0;REVB=0.0226689;RO=0;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44371e-05;OID=.;OPOS=69536084;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:33:48:0:0:33:48:0:0 chr4 69687987 . C A 1286.71 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196952;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.661;QD=62.0102;RBI=0.0200279;REFB=0;REVB=0.00363534;RO=0;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.03165e-06;OID=.;OPOS=69687987;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:34:49:0:0:34:49:0:0 chr4 69696568 . A G 668.05 PASS AF=0.41573;AO=74;DP=178;FAO=74;FDP=178;FR=.;FRO=104;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=0.0184939;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.766;QD=15.0123;RBI=0.0191905;REFB=-0.0189729;REVB=0.00512343;RO=104;SAF=50;SAR=24;SRF=49;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221413;STB=0.624373;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0202347;OID=.;OPOS=69696568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:104:104:74:74:0.41573:24:50:49:55:24:50:49:55 chr4 69795626 . C T 236.1 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0204984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4829;QD=19.2732;RBI=0.0673683;REFB=0.000358094;REVB=-0.064174;RO=25;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905406;STB=0.542819;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00285627;OID=.;OPOS=69795626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:26:23:23:0.469388:15:8:11:14:15:8:11:15 chr4 69885420 . T C 149.92 PASS AF=0.361702;AO=16;DP=46;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00567304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.258;QD=12.7591;RBI=0.0145671;REFB=-0.00434035;REVB=0.0134171;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209485;STB=0.623624;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0142526;OID=.;OPOS=69885420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:29:30:16:17:0.361702:8:8:20:9:9:8:20:10 chr4 69964271 . A G 359.47 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=0.0167944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.417;QD=19.9708;RBI=0.0459659;REFB=0.00546646;REVB=0.0427879;RO=32;SAF=22;SAR=15;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139725;STB=0.592218;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00554025;OID=.;OPOS=69964271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:35:37:37:0.513889:15:22:24:8:15:22:27:8 chr4 69964337 . AT TC 302.95 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00241141;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.546;QD=19.235;RBI=0.00333772;REFB=-0.0160899;REVB=-0.00230769;RO=28;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901558;STB=0.555521;STBP=0.395;TYPE=mnp;VARB=0.00879188;OID=.;OPOS=69964337;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:28:31:32:32:0.507937:16:16:17:11:16:16:19:12 chr4 69972949 . C G 1597.5 PASS AF=0.623894;AO=141;DP=227;FAO=141;FDP=226;FR=.;FRO=85;FSAF=76;FSAR=65;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=0.00402983;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.292;QD=28.2743;RBI=0.0134269;REFB=-0.0236103;REVB=0.0128079;RO=85;SAF=76;SAR=65;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104882;STB=0.556542;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0143141;OID=.;OPOS=69972949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:226:85:85:141:141:0.623894:65:76:33:52:65:76:33:52 chr4 69972952 . C T 1611.46 PASS AF=0.625551;AO=142;DP=227;FAO=142;FDP=227;FR=.;FRO=85;FSAF=77;FSAR=65;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=0.00214393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.21;QD=28.3958;RBI=0.0335266;REFB=-0.00196413;REVB=-0.033458;RO=85;SAF=77;SAR=65;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106704;STB=0.557514;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0059715;OID=.;OPOS=69972952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:85:85:142:142:0.625551:65:77:33:52:65:77:33:52 chr4 70079838 . T C 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0072002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.316;QD=16.7848;RBI=0.0310044;REFB=-0.00313154;REVB=0.0301568;RO=32;SAF=20;SAR=9;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217698;STB=0.616031;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00274309;OID=.;OPOS=70079838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:9:20:15:17:9:20:16:17 chr4 70079975 . A G 881.0 PASS AF=0.526316;AO=82;DP=163;FAO=90;FDP=171;FR=.;FRO=81;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=0.00888533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.529;QD=20.6081;RBI=0.0092998;REFB=0.00336444;REVB=-0.0027454;RO=81;SAF=39;SAR=43;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170569;STB=0.525709;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.000864342;OID=.;OPOS=70079975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:171:81:81:82:90:0.526316:43:39:37:44:44:46:37:44 chr4 70080233 . A G 135.06 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0128752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.013;QD=16.883;RBI=0.0153351;REFB=-0.012042;REVB=0.00833027;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226093;STB=0.62946;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0218636;OID=.;OPOS=70080233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:6:9:6:11:6:9:6:11 chr4 70146230 . G A 481.15 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000989785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.969;QD=58.3207;RBI=0.052859;REFB=0;REVB=0.0528497;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000778897;OID=.;OPOS=70146230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:22:9:0:0:24:9:0:0 chr4 70146704 . G A 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.663;QD=57.7112;RBI=0.00610875;REFB=0;REVB=-0.00494891;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.14361e-06;OID=.;OPOS=70146704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr4 70152490 . G A 429.18 PASS AF=0.621212;AO=40;DP=65;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00841779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.645;QD=26.0111;RBI=0.00926025;REFB=-0.00713769;REVB=0.00385914;RO=25;SAF=17;SAR=23;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675469;STB=0.540521;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00442725;OID=.;OPOS=70152490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:25:25:40:41:0.621212:23:17:13:12:24:17:13:12 chr4 70155454 . C T 778.07 PASS AF=0.570312;AO=73;DP=128;FAO=73;FDP=128;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.00119355;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.185;QD=24.3146;RBI=0.0123041;REFB=0.0155334;REVB=0.0122461;RO=55;SAF=31;SAR=42;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199477;STB=0.510874;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.0129317;OID=.;OPOS=70155454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:55:55:73:73:0.570312:42:31:22:33:42:31:22:33 chr4 70156312 . C CA 244.68 PASS AF=1;AO=3;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114686;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=93.1584;QD=39.1489;RBI=0.114741;REFB=0;REVB=0.00356121;RO=22;SAF=1;SAR=2;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357353;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00188253;OID=.;OPOS=70156313;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:25:25:25:0:9:16:0:0:5:22:1:2:8:14 chr4 70156313 . T A 316.83 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.343;QD=50.6927;RBI=0.0348605;REFB=-0.148983;REVB=-0.00991054;RO=1;SAF=8;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544279;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00328435;OID=.;OPOS=70156313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:25:25:1:0:24:25:1:16:8:1:0:16:9:0:0 chr4 70156392 . A G 446.44 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.995;QD=57.605;RBI=0.124627;REFB=0;REVB=0.0587647;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542839;OID=.;OPOS=70156392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:19:10:0:0:20:11:0:0 chr4 70160277 . T A,G 203.09 PASS AF=0.117647,0.882353;AO=2,15;DP=17;FAO=2,15;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1,7;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334883,0.00593382;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.518,103.147;QD=47.7856;RBI=0.0376376,0.0814366;REFB=0,0;REVB=-0.0171793,0.0812201;RO=0;SAF=1,7;SAR=1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0980871,-0.00287159;OID=.,.;OPOS=70160277,70160277;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:17:17:0:0:2,15:2,15:0.117647,0.882353:1,8:1,7:0:0:1,8:1,7:0:0 chr4 70160309 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.008;QD=52.6132;RBI=0.0289412;REFB=0;REVB=-0.0168574;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56588e-05;OID=.;OPOS=70160309;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr4 70296603 . A G 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1928;QD=53.2751;RBI=0.0701425;REFB=0;REVB=-0.0535498;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201251;OID=.;OPOS=70296603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr4 70296662 . C T 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00909616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.878;QD=19.3691;RBI=0.02436;REFB=0.00195193;REVB=0.022598;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137855;STB=0.578216;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.000917621;OID=.;OPOS=70296662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:7:9:6:9:7:9:6:9 chr4 70355211 . T C 1676.93 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.745;QD=60.4299;RBI=0.0290043;REFB=0;REVB=-0.00771439;RO=0;SAF=60;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91509e-05;OID=.;OPOS=70355211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:111:0:0:108:111:1:48:60:0:0:48:63:0:0 chr4 70513139 . C T 1120.5 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00907029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.8676;QD=58.9737;RBI=0.0766015;REFB=-0.0778582;REVB=-0.0760626;RO=1;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165969;STB=0.50877;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000410919;OID=.;OPOS=70513139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:28:47:0:1:28:47:0:1 chr4 70719948 . T C 198.03 PASS AF=0.352113;AO=26;DP=70;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0598088;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.7377;QD=11.1565;RBI=0.118818;REFB=0.00526369;REVB=-0.102667;RO=44;SAF=11;SAR=15;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109045;STB=0.579481;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.0123966;OID=.;OPOS=70719948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:44:46:26:25:0.352113:15:11:23:21:15:10:24:22 chr4 70802218 . T C 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0149028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.138;QD=17.9529;RBI=0.0155698;REFB=-0.00459514;REVB=0.00450813;RO=28;SAF=10;SAR=17;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276236;STB=0.654602;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00574885;OID=.;OPOS=70802218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:17:10:19:9:17:10:19:9 chr4 70807747 . T C 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.016399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.616;QD=11.3322;RBI=0.0581438;REFB=-0.00155324;REVB=-0.0557833;RO=27;SAF=11;SAR=3;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699158;STB=0.541809;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00307476;OID=.;OPOS=70807747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:3:11:20:7:3:11:20:7 chr4 70807771 . C T 132.34 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0375794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3597;QD=9.98798;RBI=0.0378619;REFB=-0.0261271;REVB=-0.00461709;RO=36;SAF=12;SAR=5;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21732;STB=0.629912;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0579886;OID=.;OPOS=70807771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:5:12:19:17:5:12:19:17 chr4 70898953 . C T 261.08 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00117485;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.156;QD=12.0039;RBI=0.0577411;REFB=-0.00126241;REVB=-0.0577291;RO=56;SAF=14;SAR=17;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142497;STB=0.508216;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00304452;OID=.;OPOS=70898953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:56:31:31:0.356322:17:14:26:30:17:14:26:30 chr4 70944452 . G A 3123.17 PASS AF=1;AO=202;DP=207;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146614;FXX=0.0240373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.709;QD=61.5402;RBI=0.0146648;REFB=-0.0648594;REVB=-0.000315692;RO=1;SAF=93;SAR=109;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00509415;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44539e-05;OID=.;OPOS=70944452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:207:203:1:0:202:203:1:109:93:1:0:109:94:0:0 chr4 71024422 . GGC G,GCC 58.2 PASS AF=0.391304,0;AO=4,4;DP=28;FAO=9,0;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=8,0;FSAR=1,0;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.011956,0.117773;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=27.8626,19.0467;QD=10.1226;RBI=0.0899906,0.12864;REFB=-0.0820384,-0.00252608;REVB=0.0891929,-0.0517456;RO=16;SAF=4,4;SAR=0,0;SRF=7;SRR=9;SSEN=0.625,0;SSEP=0,0;SSSB=0.685703,0.685703;STB=0.859339,0.5;STBP=0.017,1;TYPE=del,snp;VARB=0.161117,0;OID=.,.;OPOS=71024423,71024423;OREF=GC,G;OALT=-,C;OMAPALT=G,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304,0:4,4:28:9,0:23:14:8,0:1,0:5:9:58:16:4,4:0,0:7:9 chr4 71114956 . G T 196.39 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=56;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.039173;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.621;QD=14.2826;RBI=0.0469732;REFB=-0.0112158;REVB=0.0259222;RO=31;SAF=5;SAR=17;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385888;STB=0.735728;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.038861;OID=.;OPOS=71114956;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:32:22:23:0.418182:17:5:18:13:18:5:19:13 chr4 71201388 . C T 727.71 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00205393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0278;QD=63.2792;RBI=0.0539026;REFB=0;REVB=0.0538634;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000660943;OID=.;OPOS=71201388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:13:33:0:0:13:33:0:0 chr4 71232388 . G A 959.99 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=72;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.035681;FXX=0.0277739;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.025;QD=54.8564;RBI=0.0362388;REFB=-0.036037;REVB=0.00633339;RO=2;SAF=41;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022494;STB=0.502471;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.000513721;OID=.;OPOS=71232388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:70:2:3:67:67:0.957143:26:41:2:0:26:41:2:1 chr4 71232430 . T C 782.14 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8194;QD=63.8479;RBI=0.0296361;REFB=0;REVB=-0.0170926;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36589e-05;OID=.;OPOS=71232430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr4 71275232 . C T 306.28 PASS AF=0.361905;AO=36;DP=103;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.00809128;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.245;QD=11.6677;RBI=0.00989829;REFB=-0.0162013;REVB=0.00570152;RO=67;SAF=17;SAR=19;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789248;STB=0.578225;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0262238;OID=.;OPOS=71275232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:67:67:36:38:0.361905:19:17:27:40:18:20:27:40 chr4 71339723 . G A 241.15 PASS AF=0.424242;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0201603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5241;QD=14.6154;RBI=0.0245162;REFB=-0.00267291;REVB=-0.0139502;RO=38;SAF=17;SAR=10;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00214642;STB=0.507037;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00554488;OID=.;OPOS=71339723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:38:38:27:28:0.424242:10:17:24:14:10:18:24:14 chr4 71339728 . C T 290.15 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00520683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.825;QD=16.58;RBI=0.00890219;REFB=-0.0290777;REVB=0.00722066;RO=38;SAF=22;SAR=10;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610538;STB=0.534391;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0295804;OID=.;OPOS=71339728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:10:22:24:14:10:22:24:14 chr4 71346701 . C G 166.19 PASS AF=0.45;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=0.022533;FXX=0.0243843;HRUN=7;LEN=1;MLLD=168.36;QD=16.6185;RBI=0.0255545;REFB=-0.0291353;REVB=0.0120539;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322225;STB=0.686544;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0147248;OID=.;OPOS=71346701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:22:18:18:0.45:11:7:2:19:11:7:2:20 chr4 71384488 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.138;QD=57.1062;RBI=0.0247138;REFB=0;REVB=0.00982821;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65046e-05;OID=.;OPOS=71384488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:18:37:0:0:18:37:0:0 chr4 71384537 . C T 136.28 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00198581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.325;QD=8.51753;RBI=0.0119232;REFB=-0.00274285;REVB=-0.0117566;RO=45;SAF=15;SAR=4;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292686;STB=0.677594;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00847101;OID=.;OPOS=71384537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:45:19:19:0.296875:4:15:26:19:4:15:26:19 chr4 71398193 . A G 326.82 PASS AF=0.448718;AO=19;DP=80;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0267472;FXX=0.0370325;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.822;QD=16.76;RBI=0.0436193;REFB=-0.0113359;REVB=-0.0344562;RO=36;SAF=19;SAR=0;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.790347;STB=0.521469;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0163926;OID=.;OPOS=71398193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:36:43:19:35:0.448718:0:19:23:13:16:19:25:18 chr4 71468993 . G A 220.8 PASS AF=0.287037;AO=31;DP=107;FAO=31;FDP=108;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.0181811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.795;QD=8.17786;RBI=0.0216532;REFB=-0.0117635;REVB=0.0117606;RO=75;SAF=15;SAR=16;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751233;STB=0.553005;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0292082;OID=.;OPOS=71468993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:75:77:31:31:0.287037:16:15:41:34:16:15:43:34 chr4 71472353 . C T 42.31 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00306135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.907;QD=4.70058;RBI=0.00369235;REFB=-0.0109478;REVB=-0.00206436;RO=29;SAF=4;SAR=3;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023941;STB=0.516083;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0483969;OID=.;OPOS=71472353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:3:4:16:13:3:4:16:13 chr4 71657772 . G A 1485.4 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166801;FXX=0.0388312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.372;QD=60.0161;RBI=0.0399511;REFB=0;REVB=0.0363024;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77817e-05;OID=.;OPOS=71657772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:99:0:0:99:99:1:48:51:0:0:48:51:0:0 chr4 71685846 . A T 117.89 PASS AF=0.368421;AO=12;DP=36;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.016366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.254;QD=12.4093;RBI=0.0178088;REFB=-0.0227097;REVB=-0.00702203;RO=23;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318145;STB=0.726925;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0329325;OID=.;OPOS=71685846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:23:24:12:14:0.368421:3:9:11:12:3:11:11:13 chr4 71704965 . C T 812.96 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592538;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.361;QD=57.0498;RBI=0.106983;REFB=0;REVB=0.0890754;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000898809;OID=.;OPOS=71704965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:57:0:0:53:57:1:23:30:0:0:26:31:0:0 chr4 71849697 . C T 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00683603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.612;QD=12.229;RBI=0.011491;REFB=-0.00570238;REVB=0.0092364;RO=36;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356035;STB=0.52053;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0121656;OID=.;OPOS=71849697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:14:8:12:24:14:8:12:24 chr4 71849888 . G T 254.4 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0239455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.918;QD=13.0463;RBI=0.0239614;REFB=-0.0232071;REVB=-0.000872276;RO=48;SAF=12;SAR=18;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086759;STB=0.549705;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.032506;OID=.;OPOS=71849888;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:18:12:23:25:18:12:23:25 chr4 71888240 . C T 289.46 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00125118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.554;QD=13.9501;RBI=0.0106219;REFB=-0.00327433;REVB=-0.010548;RO=50;SAF=6;SAR=27;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463176;STB=0.766248;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00822508;OID=.;OPOS=71888240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:27:6:29:21:27:6:29:21 chr4 72425863 . C T 170.92 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00549098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.595;QD=17.5303;RBI=0.0724211;REFB=-0.0405546;REVB=-0.0722126;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969551;STB=0.555492;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0557684;OID=.;OPOS=72425863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:6:12:12:9:6:12:12:9 chr4 72433642 . TG T,TT 204.76 PASS AF=0.346667,0;AO=24,4;DP=77;FAO=26,0;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=17,0;FSAR=9,0;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00375551,-0.00662627;FXX=0.0259707;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=259.895,260.948;QD=10.9203;RBI=0.0080217,0.00689533;REFB=-0.0053702,-0.00512176;REVB=0.00708828,0.00190736;RO=49;SAF=15,3;SAR=9,1;SRF=20;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.246307,0.340909;STB=0.659735,0.5;STBP=0.053,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00990916,0.0352948;OID=.,.;OPOS=72433643,72433643;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346667,0:24,4:77:26,0:75:49:17,0:9,0:20:29:99:49:15,3:9,1:20:29 chr4 72434406 . G C 200.63 PASS AF=0.352113;AO=24;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0303363;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.747;QD=11.3029;RBI=0.0312698;REFB=-0.0195658;REVB=-0.00758371;RO=46;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107739;STB=0.576193;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0184737;OID=.;OPOS=72434406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:24:25:0.352113:14:10:15:31:14:11:15:31 chr4 72436804 . G A 2403.34 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.329;QD=61.2316;RBI=0.026859;REFB=0;REVB=0.0171544;RO=0;SAF=89;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34892e-05;OID=.;OPOS=72436804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:157:157:1:68:89:0:0:68:89:0:0 chr4 72618296 . T C 3118.38 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.681;QD=61.7501;RBI=0.0409497;REFB=0;REVB=0.0295266;RO=0;SAF=81;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31925e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51937e-05;OID=.;OPOS=72618296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:202:0:0:202:202:1:121:81:0:0:121:81:0:0 chr4 72618323 . G T 899.47 PASS AF=0.45933;AO=95;DP=209;FAO=96;FDP=209;FR=.;FRO=113;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=46;FSRR=67;FWDB=-0.0264034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5346;QD=17.2148;RBI=0.034873;REFB=-0.00803343;REVB=0.0227814;RO=112;SAF=35;SAR=60;SRF=46;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437803;STB=0.518327;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00819756;OID=.;OPOS=72618323;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:112:113:95:96:0.45933:60:35:46:66:60:36:46:67 chr4 72649774 . G A 152.52 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0170778;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9385;QD=8.59262;RBI=0.0220678;REFB=-0.00934174;REVB=-0.0139763;RO=50;SAF=9;SAR=12;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848493;STB=0.550559;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0215312;OID=.;OPOS=72649774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:50:50:21:21:0.295775:12:9:25:25:12:9:25:25 chr4 73414286 . C T 458.4 PASS AF=0.589041;AO=38;DP=72;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00795;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.195;QD=25.1176;RBI=0.0473435;REFB=-0.0266412;REVB=0.0466712;RO=34;SAF=15;SAR=23;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190119;STB=0.619332;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0193438;OID=.;OPOS=73414286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:34:30:38:43:0.589041:23:15:21:13:28:15:19:11 chr4 73433122 . GA G 156.51 PASS AF=0.432836;AO=27;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0802539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.7197;QD=9.3436;RBI=0.0803187;REFB=-0.0592825;REVB=-0.00322756;RO=37;SAF=19;SAR=8;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124656;STB=0.530705;STBP=0.68;TYPE=del;VARB=0.0705572;OID=.;OPOS=73433123;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432836:27:67:29:67:38:19:10:23:15:99:37:19:8:22:15 chr4 73930552 . G A 1102.62 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0178509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.607;QD=58.8065;RBI=0.0319365;REFB=-0.0743826;REVB=-0.0264818;RO=1;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171975;STB=0.509088;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.000169881;OID=.;OPOS=73930552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:27:47:0:1:27:47:0:1 chr4 73956736 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0014565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.915;QD=44.6898;RBI=0.071166;REFB=0;REVB=-0.0711511;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000537899;OID=.;OPOS=73956736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr4 73991006 . T C 1135.23 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.902;QD=60.5457;RBI=0.0452215;REFB=0;REVB=0.0115079;RO=0;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184054;OID=.;OPOS=73991006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:48:27:0:0:48:27:0:0 chr4 74285239 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.44;QD=56.191;RBI=0.0781557;REFB=0;REVB=0.0606077;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53043e-05;OID=.;OPOS=74285239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr4 74302071 . T A 930.91 PASS AF=0.970588;AO=63;DP=66;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0028481;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.625;QD=54.7593;RBI=0.0277853;REFB=-0.162577;REVB=0.027639;RO=2;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285993;STB=0.514701;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000542923;OID=.;OPOS=74302071;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:68:2:2:63:66:0.970588:32:31:0:2:33:33:0:2 chr4 74318330 . A G 711.12 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0646579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.415;QD=52.6755;RBI=0.0647956;REFB=-0.0948202;REVB=0.00422166;RO=2;SAF=31;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00695;STB=0.503691;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00121116;OID=.;OPOS=74318330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:21:31:1:1:21:31:1:1 chr4 74347503 . TA T 472.21 PASS AF=0.988235;AO=54;DP=87;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.184024;FXX=0.0229859;HRUN=4;LEN=1;MLLD=9.52709;QD=22.2216;RBI=0.189137;REFB=0.00557761;REVB=0.0436826;RO=20;SAF=34;SAR=20;SRF=7;SRR=13;SSEN=0.328125;SSEP=0;SSSB=0.144187;STB=0.505746;STBP=0.509;TYPE=del;VARB=0.0161558;OID=.;OPOS=74347504;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.988235:54:87:84:85:1:43:41:1:0:4:20:34:20:7:13 chr4 74447510 . A C 2082.26 PASS AF=0.958042;AO=137;DP=143;FAO=137;FDP=143;FR=.;FRO=6;FSAF=57;FSAR=80;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00858092;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.011;QD=58.245;RBI=0.0087335;REFB=0.00780387;REVB=-0.00162536;RO=6;SAF=57;SAR=80;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0068721;STB=0.503619;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-5.985e-05;OID=.;OPOS=74447510;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:143:143:6:6:137:137:0.958042:80:57:3:3:80:57:3:3 chr4 74450933 . AT A 44.18 PASS AF=0.223881;AO=18;DP=68;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=-0.020743;FXX=0.0147037;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.4406;QD=2.63753;RBI=0.0219177;REFB=-0.00950261;REVB=0.00707901;RO=48;SAF=14;SAR=4;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110375;STB=0.594903;STBP=0.477;TYPE=del;VARB=-0.00415652;OID=.;OPOS=74450934;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.223881:18:68:15:67:52:12:3:37:15:44:48:14:4:34:14 chr4 74714098 . G A 512.26 PASS AF=0.440945;AO=56;DP=127;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0565602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.355;QD=16.134;RBI=0.0574049;REFB=-0.0105346;REVB=-0.00981167;RO=71;SAF=27;SAR=29;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671081;STB=0.537476;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0135706;OID=.;OPOS=74714098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:71:71:56:56:0.440945:29:27:39:32:29:27:39:32 chr4 74863997 . T C 917.2 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0394428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3409;QD=53.9527;RBI=0.0535534;REFB=-0.0452979;REVB=0.0362247;RO=3;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410257;STB=0.521732;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00211644;OID=.;OPOS=74863997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:68:68:3:3:65:65:0.955882:33:32:0:3:33:32:0:3 chr4 74904296 . G T 41.23 PASS AF=0.444444;AO=4;DP=9;FAO=4;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0186272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.882;QD=18.3258;RBI=0.0440577;REFB=-0.0167287;REVB=0.0399263;RO=3;SAF=3;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725463;STB=0.545217;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0179827;OID=.;OPOS=74904296;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:9:9:3:3:4:4:0.444444:1:3:2:1:1:3:2:1 chr4 75023609 . T C 839.35 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.14041;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0346;QD=55.9565;RBI=0.152483;REFB=-0.0183828;REVB=-0.0594644;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.001714;OID=.;OPOS=75023609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:29:30:0:0:29:30:1:0 chr4 75023653 . C A 131.06 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0289518;FXX=0.013887;HRUN=5;LEN=1;MLLD=299.134;QD=7.38375;RBI=0.0318119;REFB=-0.0119735;REVB=-0.013183;RO=52;SAF=9;SAR=10;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00857928;STB=0.505195;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0302718;OID=.;OPOS=75023653;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:52:52:19:19:0.267606:10:9:25:27:10:9:25:27 chr4 75023709 . C T 348.89 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00923218;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.187;QD=15.006;RBI=0.0103813;REFB=-0.00671459;REVB=0.00474745;RO=54;SAF=20;SAR=18;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810857;STB=0.510199;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0134036;OID=.;OPOS=75023709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:55:38:38:0.408602:18:20:28:26:18:20:28:27 chr4 75046465 . C G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3514;QD=57.5447;RBI=0.0621044;REFB=0;REVB=0.0569243;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341452;OID=.;OPOS=75046465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr4 75168785 . A G 1568.4 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0848341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6029;QD=64.0164;RBI=0.0861615;REFB=0;REVB=0.0150659;RO=0;SAF=32;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261716;OID=.;OPOS=75168785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:66:32:0:0:66:32:0:0 chr4 75248434 . A G 1653.78 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0479646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.062;QD=59.0635;RBI=0.0481177;REFB=-0.0662212;REVB=0.00383505;RO=1;SAF=55;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855347;STB=0.504424;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000288756;OID=.;OPOS=75248434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:110:111:0.991071:55:55:0:1:56:55:0:1 chr4 75254282 . G A 1921.5 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513683;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.621;QD=61.9838;RBI=0.0193655;REFB=0;REVB=-0.0186718;RO=0;SAF=60;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.92944e-05;OID=.;OPOS=75254282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:124:0:0:124:124:1:64:60:0:0:64:60:0:0 chr4 75485872 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0200261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.363;QD=8.25463;RBI=0.0200281;REFB=-0.00141645;REVB=0.000282094;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469147;STB=0.798934;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00159241;OID=.;OPOS=75485872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:5:1:7:5:5:1:7:5 chr4 75719517 . A C 333.87 PASS AF=0.507246;AO=32;DP=68;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.033311;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.23;QD=19.3548;RBI=0.0342911;REFB=-0.0478421;REVB=-0.00813989;RO=36;SAF=15;SAR=17;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0032895;STB=0.521979;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0398162;OID=.;OPOS=75719517;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:36:34:32:35:0.507246:17:15:17:19:18:17:15:19 chr4 75937704 . C T 739.71 PASS AF=0.57377;AO=70;DP=122;FAO=70;FDP=122;FR=.;FRO=52;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0056722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.923;QD=24.2529;RBI=0.0178835;REFB=-0.00700938;REVB=0.0169602;RO=52;SAF=42;SAR=28;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187027;STB=0.510201;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00630076;OID=.;OPOS=75937704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:52:52:70:70:0.57377:28:42:30:22:28:42:30:22 chr4 75937971 . C T 166.11 PASS AF=0.529412;AO=12;DP=35;FAO=18;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0250869;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5989;QD=19.5427;RBI=0.0256127;REFB=0.0115435;REVB=0.00516319;RO=16;SAF=11;SAR=1;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409997;STB=0.511099;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0285664;OID=.;OPOS=75937971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:16:16:12:18:0.529412:1:11:11:5:6:12:11:5 chr4 75938179 . G A 130.4 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0144023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.6141;QD=26.0806;RBI=0.0222658;REFB=0.008975;REVB=0.0169806;RO=6;SAF=5;SAR=9;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115941;STB=0.564429;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.000208635;OID=.;OPOS=75938179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:9:5:1:5:9:5:1:5 chr4 75938236 . A G 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0280169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.405;QD=20.4858;RBI=0.0454544;REFB=-0.0228647;REVB=0.0357933;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175524;STB=0.624812;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0111142;OID=.;OPOS=75938236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:10:11:14:14:0.56:10:4:5:5:10:4:6:5 chr4 76407217 . A ACT,T 1709.88 PASS AF=0.912281,0.0877193;AO=98,10;DP=125;FAO=104,10;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=54,8;FSAR=50,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217668,0.0292267;FXX=0.0731648;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=244.47,95.3664;QD=59.9957;RBI=0.0335912,0.0605463;REFB=0,0;REVB=-0.0255847,0.053025;RO=8;SAF=52,8;SAR=46,2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0400997,0.449228;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000775362,0.00572481;OID=.,.;OPOS=76407218,76407217;OREF=-,A;OALT=CT,T;OMAPALT=ACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:125:114:8:0:98,10:104,10:0.912281,0.0877193:46,2:52,8:2:6:50,2:54,8:0:0 chr4 76452357 . C T 419.54 PASS AF=0.5;AO=40;DP=83;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.00412048;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.558;QD=19.9782;RBI=0.0295843;REFB=-0.0107915;REVB=-0.0292959;RO=42;SAF=23;SAR=17;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261574;STB=0.628847;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00793875;OID=.;OPOS=76452357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:42:42:40:42:0.5:17:23:12:30:19:23:12:30 chr4 76720885 . T C 1264.69 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000830744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.734;QD=61.6923;RBI=0.0128149;REFB=0;REVB=0.012788;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47659e-05;OID=.;OPOS=76720885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:47:35:0:0:47:35:0:0 chr4 76722353 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5055;QD=51.1845;RBI=0.0605126;REFB=0;REVB=-0.049654;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000499592;OID=.;OPOS=76722353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr4 76787673 . T C 1047.6 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000831235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4632;QD=58.2;RBI=0.0494807;REFB=-0.0579588;REVB=0.0494737;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.505746;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0269106;OID=.;OPOS=76787673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:0:1:71:71:0.986111:43:28:0:0:43:28:0:1 chr4 76793228 . A G 1272.55 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125203;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.124;QD=61.3278;RBI=0.115122;REFB=0.182501;REVB=-0.11444;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000749728;OID=.;OPOS=76793228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:83:0:0:83:83:1:45:38:0:0:45:38:0:0 chr4 76794345 . T G 2047.41 PASS AF=0.978102;AO=133;DP=136;FAO=134;FDP=137;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0223787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.976;QD=59.7784;RBI=0.0225743;REFB=-0.090418;REVB=0.00296521;RO=0;SAF=63;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.77216e-08;STB=0.504146;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.000471863;OID=.;OPOS=76794345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:136:137:0:3:133:134:0.978102:70:63:0:0:70:64:2:1 chr4 76805902 . C T 1525.73 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000472524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.56;QD=59.8324;RBI=0.00259394;REFB=0;REVB=-0.00255054;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.80748e-06;OID=.;OPOS=76805902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:46:56:0:0:46:56:0:0 chr4 76807218 . C G 949.71 PASS AF=0.752381;AO=79;DP=105;FAO=79;FDP=105;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=70;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00564032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4029;QD=36.1793;RBI=0.0336626;REFB=0.004821;REVB=-0.0331867;RO=25;SAF=9;SAR=70;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221019;STB=0.616706;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00474146;OID=.;OPOS=76807218;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:25:26:79:79:0.752381:70:9:9:16:70:9:9:17 chr4 76807249 . C G 918.07 PASS AF=0.752475;AO=76;DP=101;FAO=76;FDP=101;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=69;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0161794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4024;QD=36.359;RBI=0.0188974;REFB=-0.00322371;REVB=-0.00976409;RO=25;SAF=7;SAR=69;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305679;STB=0.666045;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00298782;OID=.;OPOS=76807249;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:25:25:76:76:0.752475:69:7:10:15:69:7:10:15 chr4 76807252 . C A 979.71 PASS AF=0.757576;AO=75;DP=99;FAO=75;FDP=99;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=68;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0479904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.0254;QD=39.5842;RBI=0.0484827;REFB=-0.0115139;REVB=0.00689107;RO=24;SAF=7;SAR=68;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309643;STB=0.668153;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00346672;OID=.;OPOS=76807252;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:24:24:75:75:0.757576:68:7:10:14:68:7:10:14 chr4 76807270 . C T 865.11 PASS AF=0.718447;AO=73;DP=102;FAO=74;FDP=103;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=67;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0438438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.874;QD=33.5964;RBI=0.0443451;REFB=-0.00742999;REVB=0.00664904;RO=29;SAF=6;SAR=67;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422479;STB=0.710176;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00336379;OID=.;OPOS=76807270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:29:29:73:74:0.718447:67:6:14:15:67:7:14:15 chr4 76807288 . A G 816.6 PASS AF=0.657658;AO=73;DP=111;FAO=73;FDP=111;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=67;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00987489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.689;QD=29.4269;RBI=0.0129286;REFB=-0.034087;REVB=0.00834474;RO=38;SAF=6;SAR=67;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.511281;STB=0.782001;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0106993;OID=.;OPOS=76807288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:38:38:73:73:0.657658:67:6:21:17:67:6:21:17 chr4 76807302 . A G 799.92 PASS AF=0.654545;AO=71;DP=109;FAO=72;FDP=110;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=66;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0259074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7011;QD=29.088;RBI=0.0464389;REFB=0.00831674;REVB=-0.0385407;RO=38;SAF=5;SAR=66;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551418;STB=0.781478;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0113248;OID=.;OPOS=76807302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:38:38:71:72:0.654545:66:5:21:17:66:6:21:17 chr4 76807304 . A G 798.77 PASS AF=0.648649;AO=72;DP=111;FAO=72;FDP=111;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=66;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00504021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.112;QD=28.7846;RBI=0.00659925;REFB=-0.000187505;REVB=0.00425986;RO=39;SAF=6;SAR=66;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506056;STB=0.779428;STBP=0;TYPE=snp;VARB=8.4991e-05;OID=.;OPOS=76807304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:39:39:72:72:0.648649:66:6:21:18:66:6:21:18 chr4 76807313 . C A 772.91 PASS AF=0.642202;AO=70;DP=111;FAO=70;FDP=109;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=64;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0405567;FXX=0.0180164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.852;QD=28.3638;RBI=0.0406821;REFB=-0.0214227;REVB=-0.0031916;RO=38;SAF=6;SAR=64;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475437;STB=0.769559;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00383106;OID=.;OPOS=76807313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:38:39:70:70:0.642202:64:6:19:19:64:6:20:19 chr4 76807325 . T A 576.36 PASS AF=0.552083;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=47;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0308129;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=310.6;QD=24.0148;RBI=0.0308488;REFB=-0.0123998;REVB=0.00148816;RO=43;SAF=6;SAR=47;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.470646;STB=0.76322;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00639731;OID=.;OPOS=76807325;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:43:43:53:53:0.552083:47:6:22:21:47:6:22:21 chr4 76807334 . T C 299.06 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0462467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.439;QD=16.1653;RBI=0.0501822;REFB=-0.00364028;REVB=0.0194807;RO=41;SAF=6;SAR=27;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387338;STB=0.720918;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0134765;OID=.;OPOS=76807334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:27:6:21:20:27:6:21:20 chr4 76809386 . A G 2291.84 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204156;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5825;QD=61.1158;RBI=0.0275815;REFB=0;REVB=-0.0185457;RO=0;SAF=82;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04301e-05;OID=.;OPOS=76809386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:150:0:0:150:150:1:68:82:0:0:68:82:0:0 chr4 76838908 . C T 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0134897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.358;QD=8.40167;RBI=0.036974;REFB=-0.000332135;REVB=-0.0344253;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313431;STB=0.687156;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=6.25399e-05;OID=.;OPOS=76838908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:5:4:4:17:5:4:4:17 chr4 76857309 . C T 218.21 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00976623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.672;QD=11.4845;RBI=0.0106041;REFB=0.00226547;REVB=-0.00413133;RO=49;SAF=20;SAR=7;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340343;STB=0.697999;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00441333;OID=.;OPOS=76857309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:49:27:27:0.355263:7:20:22:27:7:20:22:27 chr4 76857388 . C T 163.84 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00844881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.273;QD=9.36197;RBI=0.00847308;REFB=-0.00253471;REVB=0.000640871;RO=47;SAF=14;SAR=8;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196448;STB=0.609398;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0084699;OID=.;OPOS=76857388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:47:48:22:22:0.314286:8:14:22:25:8:14:23:25 chr4 76878688 . G A 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=0.00401108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.769;QD=15.1533;RBI=0.00753745;REFB=-0.0147524;REVB=0.00638158;RO=42;SAF=19;SAR=13;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18341;STB=0.607306;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0186192;OID=.;OPOS=76878688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:43:32:32:0.426667:13:19:32:10:13:19:33:10 chr4 76881233 . G T 360.93 PASS AF=0.390909;AO=43;DP=110;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.0288157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.569;QD=13.1246;RBI=0.0380195;REFB=-0.0219931;REVB=-0.0248019;RO=62;SAF=28;SAR=15;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117022;STB=0.516121;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.032427;OID=.;OPOS=76881233;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:67:43:43:0.390909:15:28:41:21:15:28:42:25 chr4 76902710 . G A 259.45 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.000826965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.209;QD=14.2162;RBI=0.00531543;REFB=-0.00301129;REVB=0.00525071;RO=42;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165047;STB=0.584361;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00407768;OID=.;OPOS=76902710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:43:30:30:0.410959:16:14:13:29:16:14:14:29 chr4 76942943 . C G 1457.35 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263704;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1276;QD=63.3632;RBI=0.0498553;REFB=0;REVB=-0.0423102;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000402189;OID=.;OPOS=76942943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:47:45:0:0:47:45:0:0 chr4 76943137 . G C 1933.32 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0766383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1714;QD=61.8662;RBI=0.0871926;REFB=0;REVB=0.0415827;RO=0;SAF=50;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543528;OID=.;OPOS=76943137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:0:0:123:125:1:73:50:0:0:75:50:0:0 chr4 76955914 . T C 1026.39 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.333;QD=58.6508;RBI=0.0310559;REFB=0;REVB=0.00779839;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.59984e-05;OID=.;OPOS=76955914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:26:41:0:0:26:44:0:0 chr4 76956188 . T C 1102.52 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00533025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.563;QD=58.801;RBI=0.0140976;REFB=-0.0643091;REVB=0.0130511;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000143962;OID=.;OPOS=76956188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:34:40:0:0:34:40:0:1 chr4 77021433 . C T 253.5 PASS AF=0.416667;AO=28;DP=70;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.000195142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.697;QD=14.0835;RBI=0.0037426;REFB=-0.00320897;REVB=0.00373751;RO=41;SAF=16;SAR=12;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011094;STB=0.502828;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0046877;OID=.;OPOS=77021433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:41:42:28:30:0.416667:12:16:23:18:13:17:24:18 chr4 77033590 . C T 2283.89 PASS AF=1;AO=142;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445627;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.874;QD=63.4413;RBI=0.0565554;REFB=0;REVB=0.0348235;RO=0;SAF=65;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2093e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63599e-05;OID=.;OPOS=77033590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:142:144:1:77:65:0:0:79:65:0:0 chr4 77100760 . G A 172.35 PASS AF=0.263736;AO=24;DP=91;FAO=24;FDP=91;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.00894371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.982;QD=7.57583;RBI=0.0110417;REFB=0.00627198;REVB=-0.00647535;RO=67;SAF=9;SAR=15;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250114;STB=0.650283;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0283443;OID=.;OPOS=77100760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:67:67:24:24:0.263736:15:9:39:28:15:9:39:28 chr4 77105911 . A G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00379212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.417;QD=16.4266;RBI=0.00495573;REFB=-0.0271274;REVB=-0.00319047;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0310593;OID=.;OPOS=77105911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:3:8:8:3:3:8:8:3 chr4 77192868 . G A 381.76 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.101775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1882;QD=22.4562;RBI=0.105613;REFB=-0.016021;REVB=0.0282128;RO=30;SAF=15;SAR=23;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00440256;STB=0.502426;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0144302;OID=.;OPOS=77192868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:23:15:12:18:23:15:12:18 chr4 77201487 . C T 308.16 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0217133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.322;QD=20.8921;RBI=0.0324747;REFB=-0.0157776;REVB=-0.0241483;RO=27;SAF=17;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101953;STB=0.556459;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0105885;OID=.;OPOS=77201487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:15:17:11:16:15:17:11:16 chr4 77305356 . AT A 88.16 PASS AF=0.463415;AO=37;DP=83;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.120186;FXX=0.0120467;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.1953;QD=4.30073;RBI=0.129273;REFB=-0.0801744;REVB=-0.0476125;RO=36;SAF=16;SAR=21;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604904;STB=0.528372;STBP=0.637;TYPE=del;VARB=0.0972168;OID=.;OPOS=77305357;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463415:37:83:38:82:44:17:21:22:22:88:36:16:21:18:18 chr4 78638730 . T C 1072.08 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.012562;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1293;QD=56.4255;RBI=0.102128;REFB=-0.0957873;REVB=0.101352;RO=3;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496981;STB=0.517237;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00193681;OID=.;OPOS=78638730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:3:2:73:74:0.973684:27:46:0:3:28:46:0:2 chr4 78669454 . A G 982.74 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00080942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.922;QD=56.1564;RBI=0.00633805;REFB=0.0153499;REVB=-0.00628616;RO=1;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011966;STB=0.502145;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.000571734;OID=.;OPOS=78669454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:1:2:68:68:0.971429:39:29:0:1:39:29:1:1 chr4 78740132 . G C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9094;QD=39.2061;RBI=0.0966648;REFB=0;REVB=0.0948472;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00496757;OID=.;OPOS=78740132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr4 78740160 . G A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0627953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.436;QD=21.8421;RBI=0.0695148;REFB=-0.0427064;REVB=-0.0298171;RO=2;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418591;STB=0.749058;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0115473;OID=.;OPOS=78740160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:1:5:0:2:1:5:0:2 chr4 78871021 . C T 384.06 PASS AF=0.257919;AO=57;DP=221;FAO=57;FDP=221;FR=.;FRO=164;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=83;FSRR=81;FWDB=-0.0348996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0784;QD=6.95132;RBI=0.0810914;REFB=-0.00972896;REVB=-0.0731972;RO=158;SAF=28;SAR=29;SRF=77;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00481889;STB=0.51103;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.032003;OID=.;OPOS=78871021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:158:164:57:57:0.257919:29:28:77:81:29:28:83:81 chr4 78987157 . A G 2532.44 PASS AF=1;AO=161;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277245;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.585;QD=61.7668;RBI=0.033652;REFB=0;REVB=0.0190738;RO=0;SAF=52;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58137e-05;OID=.;OPOS=78987157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:161:164:1:109:52:0:0:110:54:0:0 chr4 78989672 . G C 1661.42 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0457978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.451;QD=59.3365;RBI=0.0631628;REFB=-0.0386718;REVB=0.0434983;RO=1;SAF=49;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0075964;STB=0.503999;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.000331723;OID=.;OPOS=78989672;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:62:49:0:1:62:49:0:1 chr4 78989716 . T C 1526.34 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018969;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.187;QD=59.8566;RBI=0.0202492;REFB=0;REVB=0.0070856;RO=0;SAF=43;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.15021e-05;OID=.;OPOS=78989716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:59:43:0:0:59:43:0:0 chr4 79186047 . G A 400.22 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0649143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3909;QD=15.8503;RBI=0.0661309;REFB=0.00216784;REVB=0.0126265;RO=57;SAF=16;SAR=28;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115056;STB=0.564698;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00393469;OID=.;OPOS=79186047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:57:44:44:0.435644:28:16:27:30:28:16:27:30 chr4 79186171 . G A 1320.74 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00731757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.883;QD=62.1523;RBI=0.0281091;REFB=0;REVB=0.0271399;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52073e-05;OID=.;OPOS=79186171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr4 79205699 . T A 666.84 PASS AF=0.519685;AO=66;DP=127;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.000798027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.275;QD=21.0027;RBI=0.00855947;REFB=-0.0215765;REVB=-0.00852219;RO=60;SAF=31;SAR=35;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551405;STB=0.534213;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0186781;OID=.;OPOS=79205699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:60:61:66:66:0.519685:35:31:32:28:35:31:33:28 chr4 79207631 . G A 78.15 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0128023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.006;QD=6.2519;RBI=0.0141545;REFB=-0.00699648;REVB=0.00603744;RO=39;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00615883;STB=0.50393;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0273623;OID=.;OPOS=79207631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:39:39:11:11:0.22:7:4:14:25:7:4:14:25 chr4 79238649 . T C 1958.8 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268648;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.708;QD=62.184;RBI=0.0292728;REFB=0;REVB=0.0116266;RO=0;SAF=47;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31758e-05;OID=.;OPOS=79238649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:126:126:1:79:47:0:0:79:47:0:0 chr4 79240063 . A G 1151.27 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4268;QD=60.593;RBI=0.0564777;REFB=0;REVB=-0.0446995;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.90531e-05;OID=.;OPOS=79240063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:30:45:0:0:30:46:0:0 chr4 79369340 . C T 494.99 PASS AF=0.273077;AO=71;DP=261;FAO=71;FDP=260;FR=.;FRO=189;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=86;FSRR=103;FWDB=-0.0133788;FXX=0.00383127;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.596;QD=7.61521;RBI=0.016555;REFB=-0.00410423;REVB=0.00975076;RO=186;SAF=36;SAR=35;SRF=85;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615909;STB=0.537768;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00974162;OID=.;OPOS=79369340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:260:186:189:71:71:0.273077:35:36:85:101:35:36:86:103 chr4 79372930 . C T 253.43 PASS AF=0.379747;AO=29;DP=78;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.00798382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.831;QD=12.8319;RBI=0.0310371;REFB=0.0075413;REVB=-0.0299927;RO=48;SAF=17;SAR=12;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919918;STB=0.534737;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.00939719;OID=.;OPOS=79372930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:48:49:29:30:0.379747:12:17:32:16:12:18:32:17 chr4 79385719 . G A 817.11 PASS AF=0.522293;AO=82;DP=158;FAO=82;FDP=157;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=-0.0108666;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.648;QD=20.818;RBI=0.0125284;REFB=-0.0113787;REVB=0.00623519;RO=75;SAF=37;SAR=45;SRF=27;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810221;STB=0.544365;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00968649;OID=.;OPOS=79385719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:75:75:82:82:0.522293:45:37:27:48:45:37:27:48 chr4 79387464 . A G 1121.22 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5974;QD=59.0114;RBI=0.0574033;REFB=0;REVB=0.0246463;RO=1;SAF=33;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141097;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261736;OID=.;OPOS=79387464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:76:1:0:69:76:1:36:33:1:0:36:40:0:0 chr4 79387586 . A G 173.63 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.116611;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.878;QD=12.8611;RBI=0.123102;REFB=-0.00758412;REVB=-0.0394466;RO=33;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217268;STB=0.624884;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00617375;OID=.;OPOS=79387586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:9:12:12:21:9:12:12:21 chr4 79400868 . C T 194.73 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0061442;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.291;QD=13.909;RBI=0.0262191;REFB=-0.0103713;REVB=-0.025489;RO=32;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129683;STB=0.580578;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0158995;OID=.;OPOS=79400868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:32:33:23:23:0.410714:13:10:10:22:13:10:10:23 chr4 79432455 . A C 662.78 PASS AF=0.507692;AO=66;DP=131;FAO=66;FDP=130;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00456299;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.074;QD=20.3932;RBI=0.0208601;REFB=-0.00972724;REVB=-0.020355;RO=64;SAF=35;SAR=31;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271264;STB=0.514942;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0154337;OID=.;OPOS=79432455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:64:64:66:66:0.507692:31:35:32:32:31:35:32:32 chr4 79432467 . C T 280.49 PASS AF=0.263514;AO=39;DP=148;FAO=39;FDP=148;FR=.;FRO=109;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=57;FSRR=52;FWDB=-0.0125975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.533;QD=7.58083;RBI=0.0175747;REFB=-0.00324127;REVB=-0.0122546;RO=108;SAF=18;SAR=21;SRF=57;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081534;STB=0.545148;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0109796;OID=.;OPOS=79432467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:108:109:39:39:0.263514:21:18:57:51:21:18:57:52 chr4 79443850 . G A 332.18 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.024283;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.548;QD=16.0085;RBI=0.0247435;REFB=-0.00982611;REVB=0.00475136;RO=47;SAF=19;SAR=17;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256597;STB=0.514451;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0137616;OID=.;OPOS=79443850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:47:47:36:36:0.433735:17:19:26:21:17:19:26:21 chr4 79455714 . C G 463.31 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0537546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.484;QD=21.8026;RBI=0.0572048;REFB=-0.00452364;REVB=0.0195661;RO=40;SAF=22;SAR=23;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307828;STB=0.516981;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00453641;OID=.;OPOS=79455714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:23:22:21:19:23:22:21:19 chr4 79455733 . C T 481.94 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0279294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2661;QD=22.9496;RBI=0.0289336;REFB=-0.0361459;REVB=0.00755648;RO=38;SAF=23;SAR=23;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432758;STB=0.523799;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0293646;OID=.;OPOS=79455733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:23:23:21:17:23:23:21:17 chr4 79531202 . C T 150.25 PASS AF=0.386364;AO=14;DP=41;FAO=17;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0386357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.948;QD=13.6588;RBI=0.0387085;REFB=-0.0157385;REVB=-0.00237319;RO=22;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287163;STB=0.686425;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0189391;OID=.;OPOS=79531202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:22:27:14:17:0.386364:5:9:8:14:5:12:11:16 chr4 79786856 . G A 468.06 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00362237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.904;QD=22.8322;RBI=0.0155577;REFB=-0.00671951;REVB=-0.0151301;RO=37;SAF=18;SAR=27;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726098;STB=0.539982;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00456584;OID=.;OPOS=79786856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:27:18:18:19:27:18:18:19 chr4 79800080 . G A 582.73 PASS AF=0.576087;AO=52;DP=91;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00257025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.376;QD=25.336;RBI=0.00898355;REFB=-0.0204419;REVB=-0.00860802;RO=39;SAF=22;SAR=30;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710455;STB=0.542032;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0152296;OID=.;OPOS=79800080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:39:39:52:53:0.576087:30:22:20:19:31:22:20:19 chr4 79832509 . A C 545.69 PASS AF=0.433824;AO=58;DP=136;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.0219123;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.876;QD=16.0497;RBI=0.022146;REFB=-0.008565;REVB=-0.00320865;RO=76;SAF=35;SAR=23;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394838;STB=0.530359;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0100042;OID=.;OPOS=79832509;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:76:77:58:59:0.433824:23:35:43:33:23:36:43:34 chr4 79845007 . C A 343.21 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0114808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.851;QD=24.085;RBI=0.0117399;REFB=-0.0180869;REVB=0.00245298;RO=23;SAF=17;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159528;STB=0.508767;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0132663;OID=.;OPOS=79845007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:17:17:11:12:17:17:11:12 chr4 80329343 . T C 492.71 PASS AF=0.857143;AO=36;DP=42;FAO=36;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0899647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.345;QD=46.9248;RBI=0.0899777;REFB=-0.116408;REVB=0.00153392;RO=1;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021769;STB=0.562467;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00471332;OID=.;OPOS=80329343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:1:6:36:36:0.857143:21:15:0:1:21:15:0:6 chr4 80827062 . T C 1800.45 PASS AF=0.960317;AO=123;DP=128;FAO=121;FDP=126;FR=.;FRO=5;FSAF=68;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0146068;FXX=0.0156238;HRUN=5;LEN=1;MLLD=313.521;QD=57.1573;RBI=0.0152374;REFB=0.0162285;REVB=-0.00433797;RO=5;SAF=70;SAR=53;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00233556;STB=0.501532;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-1.86025e-06;OID=.;OPOS=80827062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:128:126:5:5:123:121:0.960317:53:70:3:2:53:68:3:2 chr4 80905990 . C G 205.85 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.795;QD=48.4351;RBI=0.0432627;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=14;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00379362;OID=.;OPOS=80905990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:14:17:1:0:14:0:0:0:17:0:0 chr4 80976619 . C T 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00598614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.082;QD=12.4025;RBI=0.0113771;REFB=-0.00656608;REVB=0.00967498;RO=29;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832618;STB=0.549071;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0110103;OID=.;OPOS=80976619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:10:6:13:16:10:6:13:16 chr4 80977078 . T G 1195.72 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272297;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4911;QD=61.3192;RBI=0.034195;REFB=0;REVB=0.0206842;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209067;OID=.;OPOS=80977078;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:77:78:1:40:37:0:0:41:37:0:0 chr4 81124596 . G C 3004.66 PASS AF=0.989637;AO=191;DP=193;FAO=191;FDP=193;FR=.;FRO=2;FSAF=109;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0128606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4614;QD=62.2726;RBI=0.0360704;REFB=-0.0997119;REVB=0.0336998;RO=2;SAF=109;SAR=82;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00142296;STB=0.500747;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00947854;OID=.;OPOS=81124596;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:193:193:2:2:191:191:0.989637:82:109:1:1:82:109:1:1 chr4 81529518 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.528;QD=59.5015;RBI=0.0484594;REFB=0;REVB=0.0432903;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83631e-05;OID=.;OPOS=81529518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr4 81884722 . G A 2197.76 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00591697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.783;QD=63.245;RBI=0.0103979;REFB=0;REVB=-0.00855018;RO=0;SAF=82;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22078e-06;OID=.;OPOS=81884722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:57:82:0:0:57:82:0:0 chr4 81967150 . G A 248.24 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0406693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.472;QD=16.2779;RBI=0.0414267;REFB=-0.018641;REVB=0.00788579;RO=32;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523077;STB=0.519217;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0199744;OID=.;OPOS=81967150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:32:33:28:28:0.459016:16:12:12:20:16:12:13:20 chr4 81967187 . AC A,AT 772.16 PASS AF=0.0727273,0.927273;AO=8,47;DP=55;FAO=4,51;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=4,18;FSAR=0,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677215,0.0720048;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=229.851,251.197;QD=56.1572;RBI=0.0677737,0.0720859;REFB=0,0;REVB=-0.00266053,-0.00341827;RO=0;SAF=8,14;SAR=0,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0153735,0.00143651;OID=.,.;OPOS=81967188,81967188;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0727273,0.927273:8,47:55:4,51:55:0:4,18:0,33:0:0:9:0:8,14:0,33:0:0 chr4 81974809 . T C 368.62 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0377273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.134;QD=19.4012;RBI=0.0388909;REFB=-0.031492;REVB=0.00944192;RO=38;SAF=16;SAR=22;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243832;STB=0.513545;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0376291;OID=.;OPOS=81974809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:22:16:15:23:22:16:15:23 chr4 81975088 . G A 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0086492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.627;QD=61.6786;RBI=0.0194261;REFB=0;REVB=0.0173943;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37832e-05;OID=.;OPOS=81975088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr4 81977657 . AT AA,A 45.6 PASS AF=0.0625,0.225;AO=7,23;DP=80;FAO=5,18;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=0,12;FSAR=5,6;FSRF=44;FSRR=13;FWDB=-0.00817658,-0.0493839;FXX=0.0123442;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=25.9079,8.12036;QD=2.28015;RBI=0.099307,0.0494284;REFB=-0.0671354,-0.12449;REVB=-0.0989698,-0.00209571;RO=46;SAF=0,16;SAR=7,7;SRF=39;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.805071,-0.230999;STB=0.99884,0.595648;STBP=0.001,0.445;TYPE=snp,del;VARB=0.0949861,0.160388;OID=.,.;OPOS=81977658,81977658;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0625,0.225:7,23:80:5,18:80:57:0,12:5,6:44:13:32:46:0,16:7,7:39:7 chr4 81977730 . A T 2210.84 PASS AF=0.993421;AO=147;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.031877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.124;QD=58.18;RBI=0.0320503;REFB=-0.208015;REVB=-0.00332852;RO=1;SAF=64;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569593;STB=0.502958;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00101451;OID=.;OPOS=81977730;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:152:152:1:1:147:151:0.993421:83:64:0:1:84:67:0:1 chr4 82025509 . G T 784.62 PASS AF=0.544118;AO=74;DP=136;FAO=74;FDP=136;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00574413;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.411;QD=23.0769;RBI=0.00984176;REFB=-0.00773622;REVB=-0.00799157;RO=61;SAF=36;SAR=38;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449971;STB=0.520853;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00681922;OID=.;OPOS=82025509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:61:62:74:74:0.544118:38:36:33:28:38:36:33:29 chr4 83274634 . C T 436.29 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0648065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8021;QD=21.2826;RBI=0.0689153;REFB=0.0152121;REVB=-0.0234401;RO=39;SAF=24;SAR=19;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503;STB=0.527765;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.0125203;OID=.;OPOS=83274634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:19:24:24:15:19:24:24:15 chr4 83417247 . C T 270.11 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0129562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.003;QD=12.0048;RBI=0.0156612;REFB=-0.0125588;REVB=-0.00879835;RO=58;SAF=15;SAR=17;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620202;STB=0.535692;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0204114;OID=.;OPOS=83417247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:58:32:32:0.355556:17:15:24:34:17:15:24:34 chr4 83551007 . G A 419.05 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=118;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0391944;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.745;QD=14.3264;RBI=0.0394069;REFB=-0.00441811;REVB=0.00408665;RO=68;SAF=25;SAR=23;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128448;STB=0.567549;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00758894;OID=.;OPOS=83551007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:68:69:48:48:0.410256:23:25:27:41:23:25:28:41 chr4 83551119 . T C 253.6 PASS AF=0.482759;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0322561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.548;QD=17.4899;RBI=0.0342019;REFB=-0.0114157;REVB=0.0113714;RO=30;SAF=7;SAR=20;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155753;STB=0.593679;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0111977;OID=.;OPOS=83551119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:30:30:27:28:0.482759:20:7:12:18:21:7:12:18 chr4 83582064 . G T 193.17 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00553289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.259;QD=13.7976;RBI=0.00572358;REFB=-0.0322219;REVB=0.00146509;RO=33;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129261;STB=0.574067;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0409997;OID=.;OPOS=83582064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:9:14:16:17:9:14:16:17 chr4 83582211 . C G 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.000257433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.289;QD=17.9529;RBI=0.0349748;REFB=0.0066209;REVB=-0.0349739;RO=28;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181818;STB=0.510197;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00667883;OID=.;OPOS=83582211;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:12:15:15:13:12:15:15:13 chr4 83778839 . T C 283.13 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00579526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.549;QD=17.4231;RBI=0.00753193;REFB=0.00376753;REVB=-0.00481092;RO=34;SAF=20;SAR=11;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568372;STB=0.531894;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.00357631;OID=.;OPOS=83778839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:11:20:20:14:11:20:20:14 chr4 83788344 . A T 1647.3 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130349;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.169;QD=60.4513;RBI=0.0402417;REFB=0;REVB=0.0380722;RO=0;SAF=51;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50636e-05;OID=.;OPOS=83788344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:58:51:0:0:58:51:0:0 chr4 83792555 . C A 490.25 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0904541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9928;QD=57.6758;RBI=0.0943606;REFB=0;REVB=0.0268699;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00557021;OID=.;OPOS=83792555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:11:22:0:0:12:22:0:0 chr4 83795806 . T C 357.18 PASS AF=0.507246;AO=27;DP=70;FAO=35;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0640407;FXX=0.0142837;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.6986;QD=20.7063;RBI=0.205864;REFB=0.0807471;REVB=-0.195649;RO=23;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200936;STB=0.535726;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.0323049;OID=.;OPOS=83795806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:23:29:27:35:0.507246:10:17:15:8:16:19:18:11 chr4 83796961 . A G 493.54 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.014335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5843;QD=20.3522;RBI=0.0165527;REFB=-0.0054399;REVB=0.00827653;RO=49;SAF=19;SAR=29;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688793;STB=0.538207;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00589781;OID=.;OPOS=83796961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:49:48:48:0.494845:29:19:23:26:29:19:23:26 chr4 83838217 . G A 1646.98 PASS AF=0.990991;AO=108;DP=110;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0124369;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.339;QD=59.3508;RBI=0.0126364;REFB=0.0360914;REVB=0.00223645;RO=1;SAF=48;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784589;STB=0.503999;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000289134;OID=.;OPOS=83838217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:111:1:1:108:110:0.990991:60:48:0:1:62:48:0:1 chr4 83838262 . G T 804.23 PASS AF=0.550725;AO=73;DP=136;FAO=76;FDP=138;FR=.;FRO=62;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=0.00103016;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.909;QD=23.3111;RBI=0.00620937;REFB=-0.0120578;REVB=0.00612332;RO=62;SAF=42;SAR=31;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209749;STB=0.608004;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00876984;OID=.;OPOS=83838262;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:62:62:73:76:0.550725:31:42:20:42:33:43:20:42 chr4 83839799 . A G 1029.99 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0191713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.153;QD=58.0276;RBI=0.019363;REFB=0.0139757;REVB=-0.00271794;RO=1;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137031;STB=0.507244;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.000107232;OID=.;OPOS=83839799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:34:36:0:1:34:36:0:1 chr4 83848965 . G A 687.42 PASS AF=0.462025;AO=33;DP=161;FAO=73;FDP=158;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.0867217;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.747;QD=17.4031;RBI=0.0872526;REFB=-0.0475382;REVB=0.00961106;RO=54;SAF=24;SAR=9;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12409;STB=0.516368;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0497469;OID=.;OPOS=83848965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:158:54:81:33:73:0.462025:9:24:34:20:41:32:38:43 chr4 83848976 . CAGAA C 559.05 PASS AF=0.393939;AO=64;DP=167;FAO=65;FDP=165;FR=.;FRO=100;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=0.00597732;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=4;MLLD=268.702;QD=13.5526;RBI=0.0116687;REFB=-0.0123324;REVB=-0.0100215;RO=100;SAF=29;SAR=35;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472621;STB=0.531564;STBP=0.523;TYPE=del;VARB=0.0178901;OID=.;OPOS=83848977;OREF=AGAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393939:64:167:65:165:100:30:35:41:59:99:100:29:35:41:59 chr4 83900043 . A G 1644.62 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00176443;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.367;QD=60.353;RBI=0.00787047;REFB=0;REVB=-0.00767014;RO=0;SAF=37;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.42316e-05;OID=.;OPOS=83900043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:72:37:0:0:72:37:0:0 chr4 84185003 . TAAAAAAAAG TAAAAAAAG,TAAAAAAAGA 263.39 PASS AF=0.853333,0;AO=42,5;DP=76;FAO=64,0;FDP=75;FR=.;FRO=11;FSAF=33,0;FSAR=31,0;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.148283,0.00117139;FXX=0.0131562;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=7.34639,11.195;QD=14.0474;RBI=0.15473,0.0397431;REFB=0.0479405,0.0160764;REVB=-0.0441985,-0.0397258;RO=14;SAF=22,3;SAR=20,2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0441054,0.189489;STB=0.504379,0.5;STBP=0.869,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0379614,0;OID=.,.;OPOS=84185004,84185011;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=TAAAAAAAG,TAAAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.853333,0:42,5:76:64,0:75:11:33,0:31,0:6:5:21:14:22,3:20,2:6:8 chr4 84191031 . A G 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.412;QD=57.1021;RBI=0.041586;REFB=0;REVB=0.0309716;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319991;OID=.;OPOS=84191031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr4 84194741 . G A 113.83 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0573162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.444;QD=9.89822;RBI=0.0612417;REFB=0.00188877;REVB=-0.0215731;RO=32;SAF=8;SAR=6;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063959;STB=0.538408;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00541842;OID=.;OPOS=84194741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:6:8:20:12:6:8:20:12 chr4 84230619 . T C 159.52 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00985976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2229;QD=17.7249;RBI=0.0261033;REFB=0.0184613;REVB=0.0241695;RO=19;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229074;STB=0.631417;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0191498;OID=.;OPOS=84230619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:5:12:9:10:5:12:9:10 chr4 84364751 . A G 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0172651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.817;QD=16.7505;RBI=0.0218576;REFB=-0.00164789;REVB=0.0134041;RO=39;SAF=20;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670776;STB=0.537705;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00169251;OID=.;OPOS=84364751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:13:20:21:18:13:20:21:18 chr4 84370091 . A G 253.22 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.00222457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.479;QD=19.1109;RBI=0.00450315;REFB=-0.0034035;REVB=0.00391531;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25917;STB=0.643468;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00445417;OID=.;OPOS=84370091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:13:14:21:5:13:14:21:5 chr4 84374480 . C T 652.78 PASS AF=0.478261;AO=65;DP=138;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0432695;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6846;QD=18.921;RBI=0.0484671;REFB=-0.0210884;REVB=0.0218361;RO=72;SAF=35;SAR=30;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036572;STB=0.515833;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0275043;OID=.;OPOS=84374480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:72:72:65:66:0.478261:30:35:36:36:31:35:36:36 chr4 84376743 . A T 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0857994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3792;QD=59.8536;RBI=0.0858031;REFB=0;REVB=-0.000800546;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443452;OID=.;OPOS=84376743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr4 84380955 . G T 402.7 PASS AF=0.488095;AO=40;DP=83;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00400004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.152;QD=19.1764;RBI=0.0173983;REFB=-0.0116479;REVB=0.0169322;RO=43;SAF=19;SAR=21;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092169;STB=0.500875;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.010592;OID=.;OPOS=84380955;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:43:43:40:41:0.488095:21:19:20:23:22:19:20:23 chr4 84382552 . A T 492.26 PASS AF=0.54023;AO=46;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00195927;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.912;QD=22.6324;RBI=0.00529018;REFB=0.00224167;REVB=0.00491399;RO=40;SAF=20;SAR=26;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765522;STB=0.546108;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00250969;OID=.;OPOS=84382552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:46:47:0.54023:26:20:21:19:27:20:21:19 chr4 84383810 . C T 787.98 PASS AF=0.519737;AO=76;DP=149;FAO=79;FDP=152;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.00765646;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.129;QD=20.7362;RBI=0.0135929;REFB=-0.0355369;REVB=-0.0112314;RO=69;SAF=31;SAR=45;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087538;STB=0.523868;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0321616;OID=.;OPOS=84383810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:152:69:73:76:79:0.519737:45:31:35:34:45:34:35:38 chr4 84517995 . CTTTTTTTTT CTTTTTTTT,CTTTTTTTTC 199.61 PASS AF=0.45283,0.301887;AO=19,8;DP=52;FAO=24,16;FDP=53;FR=.;FRO=13;FSAF=17,7;FSAR=7,9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0750664,0.0561991;FXX=0;HRUN=9,9;LEN=1,1;MLLD=5.31562,21.2504;QD=15.0647;RBI=0.275169,0.140544;REFB=0.00336421,-0.00100824;REVB=-0.264732,-0.128818;RO=11;SAF=13,5;SAR=6,3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0358973,-0.0117224;STB=0.568064,0.545398;STBP=0.283,0.634;TYPE=del,snp;VARB=0.125847,-0.0637521;OID=.,.;OPOS=84517996,84518004;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTTTTTTT,CTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.45283,0.301887:19,8:52:24,16:53:13:17,7:7,9:7:6:99:11:13,5:6,3:7:4 chr4 84557407 . G C 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0344877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.433;QD=7.04801;RBI=0.0397762;REFB=0.00168075;REVB=0.0198178;RO=22;SAF=7;SAR=1;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421684;STB=0.776955;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00290893;OID=.;OPOS=84557407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:1:7:13:9:1:7:13:9 chr4 85762385 . T C 2512.67 PASS AF=0.993939;AO=164;DP=165;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00793624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.888;QD=60.9133;RBI=0.0181678;REFB=0.0544141;REVB=0.0163427;RO=1;SAF=79;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0059857;STB=0.503144;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=1.5877e-05;OID=.;OPOS=85762385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:165:1:1:164:164:0.993939:85:79:1:0:85:79:1:0 chr4 86021741 . C T 1141.22 PASS AF=1;AO=65;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.3;QD=60.865;RBI=0.0288011;REFB=0;REVB=0.0154496;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124432;OID=.;OPOS=86021741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:65:75:1:28:37:0:0:29:46:0:0 chr4 86021765 . C T 1274.7 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0715696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3444;QD=59.2884;RBI=0.0717701;REFB=-0.118233;REVB=-0.00536116;RO=2;SAF=47;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00265808;STB=0.501403;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00343874;OID=.;OPOS=86021765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:2:2:84:84:0.976744:37:47:1:1:37:47:1:1 chr4 86021800 . A T 497.43 PASS AF=0.481818;AO=52;DP=111;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=0.0544106;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2174;QD=18.0885;RBI=0.080405;REFB=-0.000119676;REVB=0.0591984;RO=54;SAF=18;SAR=34;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30849;STB=0.676435;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00139078;OID=.;OPOS=86021800;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:54:57:52:53:0.481818:34:18:37:17:35:18:39:18 chr4 86021967 . C T 871.24 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00124979;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.551;QD=58.0828;RBI=0.00957273;REFB=0;REVB=0.0094908;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39231e-06;OID=.;OPOS=86021967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:23:37:0:0:23:37:0:0 chr4 86021976 . T A 683.94 PASS AF=0.98;AO=44;DP=48;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0348874;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=110.79;QD=54.7153;RBI=0.0433145;REFB=-0.0753433;REVB=0.0256712;RO=3;SAF=27;SAR=17;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493884;STB=0.508193;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00031823;OID=.;OPOS=86021976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:48:50:3:1:44:49:0.98:17:27:3:0:19:30:1:0 chr4 87022205 . C T 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0136871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.431;QD=13.3679;RBI=0.0175191;REFB=-0.00139007;REVB=0.0109354;RO=31;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135916;STB=0.579619;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00251781;OID=.;OPOS=87022205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:12:6:14:17:12:6:14:17 chr4 87024409 . T C 199.47 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0144664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.068;QD=17.3452;RBI=0.0376081;REFB=-0.0131352;REVB=0.0347144;RO=25;SAF=4;SAR=16;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205917;STB=0.625929;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.022058;OID=.;OPOS=87024409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:20:21:0.456522:16:4:9:16:17:4:9:16 chr4 87683990 . C T 166.44 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00199817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1874;QD=9.93654;RBI=0.0448713;REFB=-0.0141635;REVB=0.0448268;RO=44;SAF=17;SAR=5;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218256;STB=0.639796;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0460612;OID=.;OPOS=87683990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:44:45:22:22:0.328358:5:17:27:17:5:17:27:18 chr4 87684031 . A G 1459.25 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8452;QD=62.7634;RBI=0.0236994;REFB=0;REVB=0.0211391;RO=0;SAF=55;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147726;OID=.;OPOS=87684031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:93:0:0:89:93:1:34:55:0:0:36:57:0:0 chr4 87690998 . A G 741.06 PASS AF=0.533835;AO=71;DP=134;FAO=71;FDP=133;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=44;FWDB=-0.000595001;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.387;QD=22.2875;RBI=0.0308947;REFB=-0.0135007;REVB=0.030889;RO=61;SAF=35;SAR=36;SRF=17;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181905;STB=0.594707;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0119647;OID=.;OPOS=87690998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:61:62:71:71:0.533835:36:35:17:44:36:35:18:44 chr4 87706506 . T G 561.37 PASS AF=0.547368;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0176512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2448;QD=23.6364;RBI=0.0413765;REFB=-0.00423017;REVB=0.0374226;RO=43;SAF=19;SAR=33;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271724;STB=0.64908;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00331987;OID=.;OPOS=87706506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:43:52:52:0.547368:33:19:30:13:33:19:30:13 chr4 87809020 . C G 325.33 PASS AF=0.4;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.028675;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.511;QD=14.459;RBI=0.0286838;REFB=0.00188672;REVB=0.000709612;RO=54;SAF=17;SAR=19;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1492;STB=0.58433;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.0023968;OID=.;OPOS=87809020;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:54:54:36:36:0.4:19:17:18:36:19:17:18:36 chr4 87809387 . G T 868.01 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00652581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.161;QD=57.8671;RBI=0.0322952;REFB=0;REVB=-0.031629;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103618;OID=.;OPOS=87809387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:32:27:0:0:32:28:0:0 chr4 88056925 . A G,T 370.77 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=25,2;DP=27;FAO=26,1;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190168,-0.0301806;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=204.649,201.774;QD=54.9289;RBI=0.0196621,0.0303561;REFB=0,0;REVB=-0.004996,0.00325885;RO=0;SAF=18,2;SAR=7,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000737624,0.124886;OID=.,.;OPOS=88056925,88056925;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:27:27:0:0:25,2:26,1:0.962963,0.037037:7,0:18,2:0:0:7,0:19,1:0:0 chr4 88057353 . G A 327.65 PASS AF=0.515152;AO=33;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0261654;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2469;QD=19.8573;RBI=0.0467973;REFB=0.0113487;REVB=-0.038799;RO=32;SAF=6;SAR=27;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422065;STB=0.71473;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00921;OID=.;OPOS=88057353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:33:34:0.515152:27:6:19:13:27:7:19:13 chr4 88058340 . C G 123.59 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0051475;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2699;QD=9.50698;RBI=0.0174009;REFB=0.0162528;REVB=0.0166221;RO=33;SAF=3;SAR=13;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38541;STB=0.760286;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0330418;OID=.;OPOS=88058340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:33:36:16:16:0.307692:13:3:16:17:13:3:19:17 chr4 88059617 . G C 256.01 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0171832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1975;QD=22.7563;RBI=0.0173483;REFB=-0.005921;REVB=0.00238797;RO=20;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10251;STB=0.571367;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0119577;OID=.;OPOS=88059617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:16:8:9:11:16:8:10:11 chr4 88059642 . GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT 291.88 PASS AF=0.227273,0.772727;AO=4,16;DP=27;FAO=5,17;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4,5;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677771,0.0471068;FXX=0.214209;HRUN=1,1;LEN=4,5;MLLD=82.4114,220.697;QD=53.0696;RBI=0.0761832,0.0638179;REFB=0,0;REVB=0.0347871,0.0430543;RO=0;SAF=4,5;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.36667e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00614217,0.00943405;OID=.,.;OPOS=88059643,88059663;OREF=GTGT,GTGTG;OALT=-,-;OMAPALT=GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.227273,0.772727:4,16:27:5,17:22:0:4,5:1,12:0:0:27:0:4,5:0,11:0:0 chr4 88258434 . C T 192.91 PASS AF=0.273684;AO=26;DP=95;FAO=26;FDP=95;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.0781626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.957;QD=8.12246;RBI=0.0813463;REFB=-0.000187394;REVB=-0.0225352;RO=69;SAF=10;SAR=16;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854866;STB=0.505116;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=1.65657e-05;OID=.;OPOS=88258434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:69:69:26:26:0.273684:16:10:27:42:16:10:27:42 chr4 88258483 . T C 1339.73 PASS AF=0.938144;AO=90;DP=97;FAO=91;FDP=97;FR=.;FRO=6;FSAF=30;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00561117;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=152.42;QD=55.2467;RBI=0.00963547;REFB=-0.0856622;REVB=0.00783308;RO=2;SAF=30;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00770175;STB=0.511493;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.000423868;OID=.;OPOS=88258483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:97:97:2:6:90:91:0.938144:60:30:1:1:61:30:1:5 chr4 88308235 . G A 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7489;QD=56.9988;RBI=0.0420504;REFB=0;REVB=0.0318671;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053515;OID=.;OPOS=88308235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:35:19:0:0:35:19:0:0 chr4 88415038 . A G 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0255756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.048;QD=13.6198;RBI=0.0266951;REFB=-0.0097133;REVB=-0.00764973;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975262;STB=0.546839;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0126364;OID=.;OPOS=88415038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:38:26:26:0.40625:13:13:22:15:13:13:22:16 chr4 88534065 . G A 220.36 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00511501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3045;QD=16.026;RBI=0.0260319;REFB=-0.0258872;REVB=0.0255244;RO=30;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074716;STB=0.542338;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0310695;OID=.;OPOS=88534065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:16:9:13:17:16:9:13:17 chr4 88534235 . A G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.015803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.743;QD=17.8275;RBI=0.0182195;REFB=-0.0215119;REVB=-0.00906719;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273019;STB=0.658254;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0194218;OID=.;OPOS=88534235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:3:9:5:6:3:9:5:6 chr4 88732531 . T C 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00874595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.073;QD=13.5763;RBI=0.00913607;REFB=0.00602486;REVB=-0.00264123;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660375;STB=0.538402;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.00613683;OID=.;OPOS=88732531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:19:13:13:0.40625:6:7:8:9:6:7:9:10 chr4 88732692 . G A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0136239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0955;QD=15.1716;RBI=0.0283885;REFB=-0.0252984;REVB=0.0249058;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153997;STB=0.589178;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0372777;OID=.;OPOS=88732692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:11:6:12:12:11:6:12:12 chr4 88732746 . A G 318.85 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0165484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.81;QD=20.9079;RBI=0.0284019;REFB=-0.0190925;REVB=0.0230828;RO=28;SAF=17;SAR=16;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467495;STB=0.525881;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0183375;OID=.;OPOS=88732746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:16:17:16:12:16:17:16:12 chr4 88732918 . A T 377.84 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0207262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4617;QD=26.9888;RBI=0.0230727;REFB=0.0503572;REVB=0.0101379;RO=20;SAF=26;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570659;STB=0.531232;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.0261501;OID=.;OPOS=88732918;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:20:36:36:0.642857:10:26:13:7:10:26:13:7 chr4 88761156 . T C 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0346638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.226;QD=23.5981;RBI=0.0346678;REFB=-0.0228056;REVB=-0.000526148;RO=21;SAF=7;SAR=18;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00578221;STB=0.503223;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0176808;OID=.;OPOS=88761156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:18:7:6:15:18:7:6:15 chr4 88767942 . T A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.993;QD=57.8849;RBI=0.0221203;REFB=0;REVB=0.0070607;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7314e-05;OID=.;OPOS=88767942;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr4 88813503 . T C 4706.31 PASS AF=1;AO=295;DP=296;FAO=296;FDP=296;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00875418;FXX=0.0100331;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.684;QD=63.5988;RBI=0.0254731;REFB=-0.0427692;REVB=0.0239216;RO=0;SAF=142;SAR=153;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11785e-06;OID=.;OPOS=88813503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:296:296:0:0:295:296:1:153:142:0:0:153:143:0:0 chr4 88902692 . T C 923.77 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172373;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.908;QD=58.6521;RBI=0.0731975;REFB=0;REVB=0.071139;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015543;OID=.;OPOS=88902692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:29:33:0:0:30:33:0:0 chr4 88903853 . C T 1687.04 PASS AF=0.99115;AO=111;DP=116;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109637;FXX=0.0258598;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.134;QD=59.7182;RBI=0.0217386;REFB=-0.103437;REVB=0.0187713;RO=1;SAF=37;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126571;STB=0.506492;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00151751;OID=.;OPOS=88903853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:113:1:1:111:112:0.99115:74:37:1:0:74:38:1:0 chr4 88921446 . G C 1487.41 PASS AF=0.969697;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0219897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4351;QD=60.0972;RBI=0.032004;REFB=-0.129097;REVB=-0.0232532;RO=0;SAF=60;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512193;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00423369;OID=.;OPOS=88921446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:99:99:0:3:96:96:0.969697:36:60:0:0:36:60:3:0 chr4 88921512 . G A 1268.66 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0162301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.776;QD=60.4125;RBI=0.0173831;REFB=-0.0805802;REVB=-0.00622539;RO=1;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129742;STB=0.506848;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000642036;OID=.;OPOS=88921512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:36:47:0:1:36:47:0:1 chr4 89061114 . C T 241.49 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00469298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.709;QD=12.3841;RBI=0.0193058;REFB=0.00196325;REVB=0.0187267;RO=49;SAF=13;SAR=16;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155872;STB=0.589413;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00458492;OID=.;OPOS=89061114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:16:13:29:20:16:13:29:20 chr4 89122912 . G A 115.41 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.149589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.42;QD=8.87779;RBI=0.14961;REFB=-0.0097943;REVB=-0.00249685;RO=35;SAF=12;SAR=3;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474434;STB=0.773813;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0308059;OID=.;OPOS=89122912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:35:37:15:15:0.288462:3:12:14:21:3:12:16:21 chr4 89182518 . T C 589.65 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.929;QD=60.4766;RBI=0.0371661;REFB=0;REVB=0.0296946;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231874;OID=.;OPOS=89182518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr4 89199349 . G A 87.14 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0089463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.697;QD=6.22458;RBI=0.0225422;REFB=-0.00260263;REVB=-0.020691;RO=43;SAF=7;SAR=6;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242499;STB=0.515212;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00861571;OID=.;OPOS=89199349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:6:7:24:19:6:7:24:19 chr4 89319296 . T C 127.16 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0319039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.0627;QD=19.5632;RBI=0.0434557;REFB=-0.0362335;REVB=-0.0295049;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218499;STB=0.642653;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0253227;OID=.;OPOS=89319296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:25:26:11:12:14:14:0.538462:9:5:7:4:9:5:8:4 chr4 89415396 . T C 1424.4 PASS AF=0.927928;AO=101;DP=110;FAO=103;FDP=111;FR=.;FRO=8;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0174223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0983;QD=51.3298;RBI=0.0240564;REFB=0.0108555;REVB=0.0165883;RO=7;SAF=43;SAR=58;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536468;STB=0.524433;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00979498;OID=.;OPOS=89415396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:110:111:7:8:101:103:0.927928:58:43:6:1:60:43:6:2 chr4 89443044 . G A 224.02 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00833105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9841;QD=10.6677;RBI=0.0390843;REFB=-0.00572853;REVB=-0.0381861;RO=54;SAF=19;SAR=9;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250197;STB=0.635464;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00901483;OID=.;OPOS=89443044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:56:28:28:0.333333:9:19:25:29:9:19:27:29 chr4 89443162 . G A 357.56 PASS AF=0.5;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0696515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7373;QD=19.3273;RBI=0.0698115;REFB=-0.00226907;REVB=-0.00472468;RO=36;SAF=20;SAR=17;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158261;STB=0.593723;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.000799113;OID=.;OPOS=89443162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:36:37:37:37:0.5:17:20:13:23:17:20:13:24 chr4 89504991 . G A 351.01 PASS AF=0.5;AO=36;DP=75;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0151711;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.267;QD=18.9736;RBI=0.0163064;REFB=-0.029421;REVB=0.005978;RO=37;SAF=18;SAR=18;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368779;STB=0.513526;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0177189;OID=.;OPOS=89504991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:37:37:36:37:0.5:18:18:20:17:18:19:20:17 chr4 89505014 . CA AT 259.51 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0113616;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=2;MLLD=273.709;QD=14.0275;RBI=0.0148254;REFB=-0.00829487;REVB=-0.00952403;RO=42;SAF=15;SAR=15;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244554;STB=0.513505;STBP=0.854;TYPE=mnp;VARB=0.0104394;OID=.;OPOS=89505014;OREF=CA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:42:44:30:30:0.405405:15:15:20:22:15:15:21:23 chr4 89577214 . A T 1339.19 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.579;QD=62.2878;RBI=0.0261847;REFB=0;REVB=-0.0040696;RO=0;SAF=25;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78399e-05;OID=.;OPOS=89577214;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:61:25:0:0:61:25:0:0 chr4 89607905 . A G 719.33 PASS AF=0.518519;AO=70;DP=136;FAO=70;FDP=135;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00458061;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.492;QD=21.3135;RBI=0.00465604;REFB=0.00290826;REVB=-0.000834711;RO=66;SAF=37;SAR=33;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00153311;STB=0.504779;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00168753;OID=.;OPOS=89607905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:66:65:70:70:0.518519:33:37:35:31:33:37:35:30 chr4 89617387 . A G 824.0 PASS AF=0.52;AO=78;DP=150;FAO=78;FDP=150;FR=.;FRO=72;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.0772625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.27;QD=21.9734;RBI=0.0772871;REFB=-0.00434068;REVB=0.00195151;RO=72;SAF=50;SAR=28;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103932;STB=0.557138;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00511507;OID=.;OPOS=89617387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:72:72:78:78:0.52:28:50:38:34:28:50:38:34 chr4 89618837 . T C 380.38 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345519;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.572;QD=56.3522;RBI=0.0410625;REFB=0;REVB=0.0221877;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362253;OID=.;OPOS=89618837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr4 89619276 . A G 1154.37 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0766206;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.266;QD=59.9674;RBI=0.081218;REFB=0;REVB=0.0269377;RO=0;SAF=18;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244578;OID=.;OPOS=89619276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:73:77:1:55:18:0:0:55:22:0:0 chr4 89625427 . G C 416.69 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00456495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.095;QD=19.6088;RBI=0.0212323;REFB=-0.0102378;REVB=0.0207358;RO=42;SAF=24;SAR=18;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505152;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00957809;OID=.;OPOS=89625427;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:43:42:42:0.494118:18:24:24:18:18:24:25:18 chr4 89647798 . AAC AAA,AA,A 606.97 PASS AF=0,0,1;AO=11,10,24;DP=49;FAO=0,0,41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,30;FSAR=0,0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00262118,0.007162,0.0117161;FXX=0.0681663;HRUN=1,1,7;LEN=1,1,2;MLLD=274.455,282.702,288.827;QD=59.2161;RBI=0.0151619,0.01638,0.0185145;REFB=0,0,0;REVB=0.0149336,0.0147313,0.014336;RO=0;SAF=4,10,16;SAR=7,0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0,-0.0519313,0.000435327;OID=.,.,.;OPOS=89647800,89647800,89647799;OREF=C,C,AC;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1:11,10,24:49:0,0,41:41:0:0,0,30:0,0,11:0:0:3:0:4,10,16:7,0,8:0:0 chr4 89653257 . G A 548.24 PASS AF=0.464;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.00947624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.401;QD=17.5436;RBI=0.0162194;REFB=-0.00855596;REVB=-0.0131632;RO=65;SAF=31;SAR=27;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112994;STB=0.554314;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00826542;OID=.;OPOS=89653257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:65:67:58:58:0.464:27:31:27:38:27:31:29:38 chr4 89668859 . C T 869.27 PASS AF=0.548387;AO=85;DP=156;FAO=85;FDP=155;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.012132;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8648;QD=22.4326;RBI=0.0325451;REFB=0.00768129;REVB=-0.0301993;RO=70;SAF=37;SAR=48;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135864;STB=0.57418;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0082237;OID=.;OPOS=89668859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:70:70:85:85:0.548387:48:37:42:28:48:37:42:28 chr4 89670155 . C T 1492.5 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.72;QD=58.5296;RBI=0.0169368;REFB=-0.0978017;REVB=-0.00795618;RO=0;SAF=40;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000163409;OID=.;OPOS=89670155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:0:1:101:101:0.990196:61:40:0:0:61:40:0:1 chr4 90034686 . A G 724.17 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00886815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.586;QD=54.654;RBI=0.0237251;REFB=-0.0801614;REVB=0.0220053;RO=1;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140615;STB=0.50746;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000534466;OID=.;OPOS=90034686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:33:19:0:1:33:19:0:1 chr4 90168415 . A T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000761353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.763;QD=57.2377;RBI=0.0140588;REFB=0;REVB=0.0140382;RO=0;SAF=44;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60438e-05;OID=.;OPOS=90168415;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:12:44:0:0:12:44:0:0 chr4 90168566 . C A 541.87 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0241385;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8042;QD=22.1173;RBI=0.0298339;REFB=-0.0385522;REVB=-0.0175326;RO=48;SAF=32;SAR=19;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16967;STB=0.598335;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0331547;OID=.;OPOS=90168566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:48:47:51:51:0.520408:19:32:21:27:19:32:20:27 chr4 90168572 . C T 1509.73 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4909;QD=63.5675;RBI=0.0201207;REFB=0;REVB=0.00664086;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121269;OID=.;OPOS=90168572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:45:50:0:0:45:50:0:0 chr4 90169925 . A G 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0297877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.674;QD=12.4133;RBI=0.0297884;REFB=-0.0179466;REVB=-0.000199028;RO=37;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492534;STB=0.52836;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.039087;OID=.;OPOS=90169925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:12:11:16:21:12:11:16:21 chr4 90170115 . T TG 133.22 PASS AF=0.487179;AO=8;DP=80;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.225079;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.1553;QD=6.83185;RBI=0.225162;REFB=-0.0294087;REVB=-0.00611249;RO=71;SAF=8;SAR=0;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.64234;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0767681;OID=.;OPOS=90170116;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487179:8:80:38:78:40:19:19:20:20:99:71:8:0:32:39 chr4 90170118 . A G 418.95 PASS AF=0.518519;AO=41;DP=79;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0354756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.3904;QD=20.6888;RBI=0.0368702;REFB=-0.0359821;REVB=-0.0100449;RO=37;SAF=22;SAR=19;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198601;STB=0.517639;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.024115;OID=.;OPOS=90170118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:37:39:41:42:0.518519:19:22:19:18:20:22:19:20 chr4 90743470 . G A 594.95 PASS AF=0.425676;AO=52;DP=148;FAO=63;FDP=148;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=52;FSRR=33;FWDB=-0.0149388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.503;QD=16.0796;RBI=0.0149752;REFB=-0.0287923;REVB=0.00104442;RO=72;SAF=28;SAR=24;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323043;STB=0.504423;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0358655;OID=.;OPOS=90743470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:72:85:52:63:0.425676:24:28:41:31:24:39:52:33 chr4 90857479 . G A 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.63;QD=60.7162;RBI=0.0143236;REFB=0;REVB=0.00454587;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.5624e-06;OID=.;OPOS=90857479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:33:43:0:0:33:43:0:0 chr4 90874352 . A G 619.36 PASS AF=0.43125;AO=69;DP=160;FAO=69;FDP=160;FR=.;FRO=91;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=0.0251333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.548;QD=15.484;RBI=0.0255736;REFB=-0.015273;REVB=0.00472492;RO=91;SAF=39;SAR=30;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293381;STB=0.516375;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0218366;OID=.;OPOS=90874352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:91:91:69:69:0.43125:30:39:54:37:30:39:54:37 chr4 90874879 . T C 839.82 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.089599;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.765;QD=57.9186;RBI=0.0896129;REFB=0;REVB=0.00157924;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133634;OID=.;OPOS=90874879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr4 91230579 . G A 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0204545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.78;QD=14.6687;RBI=0.0217293;REFB=-0.00778882;REVB=-0.00733312;RO=32;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135204;STB=0.57686;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00840749;OID=.;OPOS=91230579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:11:13:13:19:11:13:13:19 chr4 91291407 . C T 494.3 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.011706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.945;QD=16.2065;RBI=0.0140027;REFB=-0.0118397;REVB=0.0076841;RO=67;SAF=21;SAR=33;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105142;STB=0.563291;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0157653;OID=.;OPOS=91291407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:67:68:54:54:0.442623:33:21:33:34:33:21:34:34 chr4 91584992 . A G 897.22 PASS AF=0.54321;AO=88;DP=163;FAO=88;FDP=162;FR=.;FRO=74;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=0.0254049;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.309;QD=22.1536;RBI=0.0254165;REFB=-0.00204753;REVB=0.000765752;RO=74;SAF=44;SAR=44;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791193;STB=0.5432;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.000893147;OID=.;OPOS=91584992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:74:74:88:88:0.54321:44:44:44:30:44:44:44:30 chr4 91585003 . T C 658.1 PASS AF=0.444444;AO=72;DP=162;FAO=72;FDP=162;FR=.;FRO=90;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.0588351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.863;QD=16.2494;RBI=0.0588478;REFB=-0.0233096;REVB=0.00122482;RO=90;SAF=45;SAR=27;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139025;STB=0.57751;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.021586;OID=.;OPOS=91585003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:90:90:72:72:0.444444:27:45:44:46:27:45:44:46 chr4 91585060 . A T 648.22 PASS AF=0.601942;AO=61;DP=103;FAO=62;FDP=103;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.00308455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.287;QD=25.1737;RBI=0.0416681;REFB=-0.0322743;REVB=0.0415538;RO=41;SAF=26;SAR=35;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170559;STB=0.588207;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0199658;OID=.;OPOS=91585060;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:41:41:61:62:0.601942:35:26:27:14:35:27:27:14 chr4 91760255 . C T 492.27 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.000257479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.482;QD=22.6332;RBI=0.0100317;REFB=-0.0173116;REVB=0.0100284;RO=39;SAF=14;SAR=33;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192759;STB=0.601886;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0115992;OID=.;OPOS=91760255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:40:47:47:0.54023:33:14:20:19:33:14:20:20 chr4 92240278 . A T 2438.44 PASS AF=1;AO=93;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=84;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.4194;QD=57.3751;RBI=0.213112;REFB=0;REVB=0.203812;RO=0;SAF=62;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019691;OID=.;OPOS=92240278;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:93:170:1:31:62:0:0:86:84:0:0 chr4 92240802 . C A,T 1450.91 PASS AF=0.029703,0.960396;AO=4,95;DP=100;FAO=3,97;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=3,54;FSAR=0,43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00406349,0.00353275;FXX=0.00980296;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=162.404,74.9694;QD=57.4619;RBI=0.0044604,0.00831133;REFB=-0.0460087,-0.00516072;REVB=-0.00183933,-0.00752316;RO=0;SAF=4,54;SAR=0,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.504586;STBP=1,0.515;TYPE=snp,snp;VARB=0.0402148,-0.00302687;OID=.,.;OPOS=92240802,92240802;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:100:101:0:1:4,95:3,97:0.029703,0.960396:0,41:4,54:0:0:0,43:3,54:1:0 chr4 92246344 . G A 2862.12 PASS AF=0.983957;AO=184;DP=189;FAO=184;FDP=187;FR=.;FRO=3;FSAF=95;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0442132;FXX=0.0105815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.131;QD=61.2218;RBI=0.0484072;REFB=-0.0789319;REVB=0.0197092;RO=3;SAF=95;SAR=89;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00559255;STB=0.502938;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00133375;OID=.;OPOS=92246344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:189:187:3:3:184:184:0.983957:89:95:1:2:89:95:1:2 chr4 95210874 . A C 565.51 PASS AF=0.468254;AO=59;DP=123;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.00979312;FXX=0.0156238;HRUN=6;LEN=1;MLLD=48.6107;QD=17.9525;RBI=0.0661766;REFB=-0.00176092;REVB=-0.065448;RO=64;SAF=39;SAR=20;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114364;STB=0.561938;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00175863;OID=.;OPOS=95210874;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:64:67:59:59:0.468254:20:39:35:29:20:39:37:30 chr4 95496882 . C T 263.42 PASS AF=0.483871;AO=27;DP=59;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0142707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.927;QD=16.9948;RBI=0.0150736;REFB=-0.0189274;REVB=0.00485406;RO=31;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00687579;STB=0.516118;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.020834;OID=.;OPOS=95496882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:31:32:27:30:0.483871:15:12:14:17:15:15:15:17 chr4 95503902 . T C 412.24 PASS AF=0.477273;AO=41;DP=87;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0569348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1427;QD=18.7383;RBI=0.0612392;REFB=0.000850655;REVB=0.0225538;RO=46;SAF=11;SAR=30;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24273;STB=0.639492;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00170486;OID=.;OPOS=95503902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:46:46:41:42:0.477273:30:11:23:23:31:11:23:23 chr4 95531417 . A G 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.9;QD=60.0309;RBI=0.037588;REFB=0;REVB=0.0144303;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70543e-05;OID=.;OPOS=95531417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:30:42:0:0:30:42:0:0 chr4 95539267 . G A 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000864631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.214;QD=60.883;RBI=0.014112;REFB=0;REVB=0.0140855;RO=0;SAF=25;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80049e-05;OID=.;OPOS=95539267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:52:25:0:0:52:25:0:0 chr4 95561459 . A G 250.54 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0185145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.865;QD=16.9858;RBI=0.0272351;REFB=-0.0143894;REVB=0.0199741;RO=31;SAF=10;SAR=18;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301581;STB=0.516959;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0137836;OID=.;OPOS=95561459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:18:10:12:19:18:10:12:19 chr4 95575768 . C T 313.98 PASS AF=0.283871;AO=44;DP=156;FAO=44;FDP=155;FR=.;FRO=111;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=71;FWDB=0.000860485;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.96;QD=8.10268;RBI=0.031074;REFB=-0.00457287;REVB=-0.0310621;RO=112;SAF=18;SAR=26;SRF=41;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549192;STB=0.536554;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0138191;OID=.;OPOS=95575768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:112:111:44:44:0.283871:26:18:41:71:26:18:40:71 chr4 95578588 . G A 2185.7 PASS AF=1;AO=138;DP=140;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146936;FXX=0.0212751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.247;QD=63.3537;RBI=0.0217362;REFB=0;REVB=0.0160176;RO=0;SAF=80;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233656;OID=.;OPOS=95578588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:138:0:0:138:138:1:58:80:0:0:57:81:0:0 chr4 95587587 . T C 617.46 PASS AF=0.488372;AO=63;DP=129;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.0255069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.971;QD=19.146;RBI=0.0487668;REFB=0.00729615;REVB=-0.0415643;RO=66;SAF=30;SAR=33;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779805;STB=0.543096;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00753167;OID=.;OPOS=95587587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:66:66:63:63:0.488372:33:30:37:29:33:30:37:29 chr4 95588075 . G A 339.44 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0111778;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0448;QD=12.572;RBI=0.0295225;REFB=-0.0143973;REVB=-0.0273246;RO=66;SAF=22;SAR=19;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03972;STB=0.518107;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0201074;OID=.;OPOS=95588075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:66:67:41:41:0.37963:19:22:33:33:19:22:34:33 chr4 96075965 . C T 494.31 PASS AF=0.435484;AO=52;DP=123;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.00200351;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.491;QD=15.9454;RBI=0.0338515;REFB=-0.0104385;REVB=0.0337921;RO=71;SAF=35;SAR=17;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121624;STB=0.546161;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.012391;OID=.;OPOS=96075965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:71:70:52:54:0.435484:17:35:40:31:19:35:40:30 chr4 96106259 . C T 267.84 PASS AF=0.245509;AO=41;DP=167;FAO=41;FDP=167;FR=.;FRO=126;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=59;FSRR=67;FWDB=-0.0381152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3301;QD=6.41525;RBI=0.0583685;REFB=-0.0172705;REVB=-0.0442054;RO=125;SAF=18;SAR=23;SRF=58;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315489;STB=0.522254;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0281992;OID=.;OPOS=96106259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:125:126:41:41:0.245509:23:18:58:67:23:18:59:67 chr4 96106322 . A G 2068.15 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00531191;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.135;QD=62.6713;RBI=0.0103593;REFB=0;REVB=0.00889376;RO=0;SAF=55;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0524e-06;OID=.;OPOS=96106322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:132:0:0:133:132:1:78:55:0:0:77:55:0:0 chr4 96123981 . C T 444.25 PASS AF=0.505747;AO=43;DP=86;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0031137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.347;QD=20.4255;RBI=0.0290224;REFB=-0.013199;REVB=-0.0288549;RO=43;SAF=26;SAR=17;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433574;STB=0.516641;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0121307;OID=.;OPOS=96123981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:43:43:43:44:0.505747:17:26:24:19:18:26:24:19 chr4 96127869 . T G 1300.74 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.183;QD=61.9399;RBI=0.0326208;REFB=0;REVB=0.0215352;RO=0;SAF=55;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53756e-05;OID=.;OPOS=96127869;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:84:0:0:80:84:1:25:55:0:0:25:59:0:0 chr4 96256616 . A G 1607.02 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0634;QD=60.0754;RBI=0.0731127;REFB=0;REVB=0.0214999;RO=0;SAF=58;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054515;OID=.;OPOS=96256616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:49:58:0:0:49:58:0:0 chr4 96256673 . G A 1782.37 PASS AF=0.991597;AO=117;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0176432;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.4884;QD=59.9115;RBI=0.037096;REFB=-0.128853;REVB=-0.0326318;RO=1;SAF=50;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070363;STB=0.503649;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000312335;OID=.;OPOS=96256673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:117:118:0.991597:67:50:0:1:68:50:0:1 chr4 97270063 . C A 272.21 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0116595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.089;QD=23.1666;RBI=0.0283978;REFB=-0.0233654;REVB=0.0258939;RO=19;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099446;STB=0.536557;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0198203;OID=.;OPOS=97270063;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:19:22:25:25:0.531915:11:14:13:6:11:14:14:8 chr4 97270159 . C G 112.24 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0162728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.104;QD=16.6274;RBI=0.0484517;REFB=-0.00155574;REVB=-0.0456373;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985294;STB=0.556731;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.000407938;OID=.;OPOS=97270159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:6:8:6:7:6:8 chr4 98633938 . CTTAAA CTAAA,CTAAAT,CTTAA 135.21 PASS AF=0,0,0.416667;AO=13,4,24;DP=72;FAO=0,0,30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=0,0,4;FSAR=0,0,26;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.574346,-0.268855,-0.00498384;FXX=0;HRUN=2,2,4;LEN=1,4,1;MLLD=16.2518,182.564,15.1934;QD=7.51155;RBI=0.575725,0.271535,0.176152;REFB=0.0343056,0.00615763,-0.0512785;REVB=-0.0398323,-0.0380566,-0.176082;RO=20;SAF=13,4,0;SAR=0,0,24;SRF=6;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.831771,0.720804,-0.832595;STB=0.5,0.5,0.785825;STBP=1,1,0.001;TYPE=del,mnp,del;VARB=0,0,0.0427957;OID=.,.,.;OPOS=98633939,98633940,98633941;OREF=T,TAAA,A;OALT=-,AAAT,-;OMAPALT=CTAAA,CTAAAT,CTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.416667:13,4,24:72:0,0,30:72:42:0,0,4:0,0,26:22:20:99:20:13,4,0:0,0,24:6:14 chr4 99027137 . T C 113.08 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0184769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.201;QD=9.62371;RBI=0.039748;REFB=-0.0204122;REVB=-0.0351924;RO=33;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135382;STB=0.581702;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0871816;OID=.;OPOS=99027137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:8:6:18:15:8:6:18:15 chr4 99027184 . T C 59.39 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0313408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.418;QD=5.39904;RBI=0.034795;REFB=-0.00662718;REVB=0.0151143;RO=34;SAF=2;SAR=7;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439148;STB=0.79247;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0213958;OID=.;OPOS=99027184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:34:35:9:9:0.204545:7:2:20:14:7:2:21:14 chr4 99027218 . T C 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00926047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3422;QD=5.71711;RBI=0.0154783;REFB=-0.00109439;REVB=-0.0124025;RO=28;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191881;STB=0.624688;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00254484;OID=.;OPOS=99027218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:5:3:15:13:5:3:15:13 chr4 99049593 . A G 298.81 PASS AF=0.55102;AO=26;DP=48;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0194154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.799;QD=24.3928;RBI=0.0194296;REFB=0.00231747;REVB=-0.000743243;RO=22;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00578887;STB=0.504584;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00116003;OID=.;OPOS=99049593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:22:22:26:27:0.55102:12:14:12:10:12:15:12:10 chr4 99218108 . G GA 142.82 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0195811;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=151.676;QD=11.9014;RBI=0.0282549;REFB=-0.00491014;REVB=0.0203696;RO=28;SAF=6;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230941;STB=0.583937;STBP=0.314;TYPE=ins;VARB=0.00545239;OID=.;OPOS=99218109;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:21:50:22:48:26:7:15:12:14:99:28:6:15:14:14 chr4 99393615 . C T 356.09 PASS AF=0.39;AO=38;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0553344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8975;QD=14.2438;RBI=0.0562794;REFB=-0.0322222;REVB=-0.0102705;RO=56;SAF=16;SAR=22;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193932;STB=0.599336;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0356556;OID=.;OPOS=99393615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:61:38:39:0.39:22:16:34:22:23:16:35:26 chr4 99802070 . A C 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.00381905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.31;QD=16.1192;RBI=0.0188197;REFB=0.0155723;REVB=-0.0184281;RO=13;SAF=10;SAR=2;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166531;STB=0.594459;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.0195444;OID=.;OPOS=99802070;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:2:10:12:1:2:10:12:1 chr4 99850126 . A G 139.78 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0032778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2388;QD=12.7069;RBI=0.0565275;REFB=-0.000285452;REVB=-0.0564324;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257591;STB=0.53995;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00116415;OID=.;OPOS=99850126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:28:16:16:0.363636:7:9:14:12:7:9:14:14 chr4 99926965 . T C 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00871538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.996;QD=15.2931;RBI=0.0174259;REFB=-0.0069346;REVB=-0.0150899;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101784;STB=0.559863;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00696067;OID=.;OPOS=99926965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:4:5:6:3:4:5 chr4 99952710 . A G 675.0 PASS AF=0.503759;AO=67;DP=132;FAO=67;FDP=133;FR=.;FRO=66;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.00500858;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.389;QD=20.3007;RBI=0.0137064;REFB=-0.00546471;REVB=0.0127585;RO=65;SAF=37;SAR=30;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948314;STB=0.555938;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00483949;OID=.;OPOS=99952710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:65:66:67:67:0.503759:30:37:29:36:30:37:29:37 chr4 100045574 . T C 739.66 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.745;QD=56.8967;RBI=0.0227304;REFB=0;REVB=0.0154714;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121941;OID=.;OPOS=100045574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:26:24:0:0:26:26:0:0 chr4 100045616 . C T 597.67 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116557;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4407;QD=61.2999;RBI=0.0311126;REFB=0;REVB=0.0288468;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117144;OID=.;OPOS=100045616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr4 100045647 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00796913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.723;QD=59.0181;RBI=0.0369951;REFB=0;REVB=0.0361266;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172347;OID=.;OPOS=100045647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr4 100048414 . T C 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.246;QD=60.2032;RBI=0.0677914;REFB=0;REVB=0.065546;RO=0;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223779;OID=.;OPOS=100048414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:29:44:0:0:29:44:0:0 chr4 100052733 . C A 798.16 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071123;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.09;QD=57.0116;RBI=0.0230781;REFB=0;REVB=0.0219548;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554458;OID=.;OPOS=100052733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:54:56:1:23:31:0:0:24:32:0:0 chr4 100062819 . A G 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.379;QD=62.7621;RBI=0.0349563;REFB=0;REVB=0.0259527;RO=0;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53003e-05;OID=.;OPOS=100062819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:52:37:0:0:52:37:0:0 chr4 100064247 . G T 1944.56 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3359;QD=61.732;RBI=0.0718678;REFB=0;REVB=-0.0602749;RO=0;SAF=59;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000337869;OID=.;OPOS=100064247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:126:0:0:124:126:1:65:59:0:0:65:61:0:0 chr4 100064305 . C G 1915.23 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00207071;FXX=0.0234357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.405;QD=61.2874;RBI=0.0124349;REFB=-0.0384023;REVB=0.0122613;RO=1;SAF=65;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0079849;STB=0.504201;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00107597;OID=.;OPOS=100064305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:59:65:0:1:59:65:0:1 chr4 100140306 . A T 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00572521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.428;QD=58.0598;RBI=0.0473632;REFB=0;REVB=0.0470159;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186262;OID=.;OPOS=100140306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr4 100235053 . A G 2966.58 PASS AF=0.984925;AO=193;DP=198;FAO=196;FDP=199;FR=.;FRO=3;FSAF=118;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00996451;FXX=0.00994975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9398;QD=59.6298;RBI=0.0349513;REFB=-0.0561995;REVB=-0.0335008;RO=5;SAF=116;SAR=77;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999146;STB=0.501017;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00127859;OID=.;OPOS=100235053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:198:199:5:3:193:196:0.984925:77:116:4:1:78:118:2:1 chr4 100266133 . T C 2913.39 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.379;QD=62.9922;RBI=0.0370724;REFB=0;REVB=0.017364;RO=0;SAF=103;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81032e-05;OID=.;OPOS=100266133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:182:185:0:0:182:185:1:79:103:0:0:79:106:0:0 chr4 100268190 . A C 2520.55 PASS AF=0.994012;AO=164;DP=166;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0464257;FXX=0.00595203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5775;QD=60.3725;RBI=0.0487289;REFB=-0.0952971;REVB=0.0148039;RO=2;SAF=80;SAR=84;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000279721;STB=0.502958;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000552685;OID=.;OPOS=100268190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:167:2:1:164:166:0.994012:84:80:1:1:84:82:0:1 chr4 100510859 . T C 1231.0 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658784;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.342;QD=61.5502;RBI=0.0710208;REFB=0;REVB=0.0265328;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231437;OID=.;OPOS=100510859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:31:48:0:0:32:48:0:0 chr4 100516022 . C G 1713.16 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.985;QD=60.6427;RBI=0.0130838;REFB=0;REVB=0.00576708;RO=0;SAF=42;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.03664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.67275e-06;OID=.;OPOS=100516022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:71:42:0:0:71:42:0:0 chr4 100532535 . G A 296.14 PASS AF=0.283688;AO=40;DP=141;FAO=40;FDP=141;FR=.;FRO=101;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=65;FSRR=36;FWDB=-0.0135986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=323.454;QD=8.40118;RBI=0.0139228;REFB=-0.00609175;REVB=0.00298717;RO=101;SAF=17;SAR=23;SRF=65;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260871;STB=0.652748;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0185627;OID=.;OPOS=100532535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:101:101:40:40:0.283688:23:17:65:36:23:17:65:36 chr4 100570681 . T A 1214.01 PASS AF=0.932584;AO=82;DP=89;FAO=83;FDP=89;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0183157;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0668;QD=54.5623;RBI=0.067504;REFB=0.00404197;REVB=0.0649718;RO=5;SAF=41;SAR=41;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325915;STB=0.510832;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00179813;OID=.;OPOS=100570681;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:89:89:5:6:82:83:0.932584:41:41:4:1:41:42:4:2 chr4 100574195 . A G 1266.08 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7454;QD=61.0157;RBI=0.0354517;REFB=0;REVB=-0.0349376;RO=0;SAF=51;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121036;OID=.;OPOS=100574195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:32:51:0:0:32:51:0:0 chr4 100574821 . C G 622.7 PASS AF=0.941176;AO=47;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000697448;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.5123;QD=48.8395;RBI=0.00813813;REFB=-0.142838;REVB=0.00810819;RO=3;SAF=6;SAR=41;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498311;STB=0.52687;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0106297;OID=.;OPOS=100574821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:51:3:3:47:48:0.941176:41:6:1:2:42:6:1:2 chr4 100575711 . C T 1607.01 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.995;QD=60.0751;RBI=0.0408554;REFB=0;REVB=0.0120528;RO=0;SAF=56;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110516;OID=.;OPOS=100575711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:51:56:0:0:51:56:0:0 chr4 101401161 . TAAC T 502.56 PASS AF=0.480769;AO=74;DP=157;FAO=75;FDP=156;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.0216968;FXX=0.0487775;HRUN=2;LEN=3;MLLD=256.459;QD=12.8861;RBI=0.0225568;REFB=0.000737374;REVB=-0.00616903;RO=75;SAF=39;SAR=35;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914442;STB=0.551904;STBP=0.205;TYPE=del;VARB=-0.00103854;OID=.;OPOS=101401162;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.480769:74:157:75:156:81:39:36:34:47:99:75:39:35:32:43 chr4 102171528 . C A 598.35 PASS AF=0.526316;AO=58;DP=114;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00949303;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.626;QD=20.9948;RBI=0.0101125;REFB=-0.0204778;REVB=0.00348508;RO=56;SAF=22;SAR=36;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946444;STB=0.547837;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0134141;OID=.;OPOS=102171528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:56:54:58:60:0.526316:36:22:27:29:38:22:25:29 chr4 102251501 . T C 750.85 PASS AF=0.422886;AO=85;DP=203;FAO=85;FDP=201;FR=.;FRO=116;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=56;FSRR=60;FWDB=0.013738;FXX=0.00985173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3445;QD=14.9423;RBI=0.0703935;REFB=-0.0113512;REVB=0.0690399;RO=116;SAF=34;SAR=51;SRF=56;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872392;STB=0.541657;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0116356;OID=.;OPOS=102251501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:201:116:116:85:85:0.422886:51:34:56:60:50:35:56:60 chr4 102751076 . G A 509.69 PASS AF=0.421053;AO=56;DP=133;FAO=56;FDP=133;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.00310071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3005;QD=15.3289;RBI=0.0244313;REFB=-0.0172073;REVB=-0.0242338;RO=77;SAF=27;SAR=29;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825355;STB=0.546247;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0147003;OID=.;OPOS=102751076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:77:77:56:56:0.421053:29:27:31:46:29:27:31:46 chr4 102751276 . C T 1961.18 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000577447;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.255;QD=61.2868;RBI=0.00188936;REFB=0.0289934;REVB=-0.00179895;RO=0;SAF=53;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503355;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-5.06862e-05;OID=.;OPOS=102751276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:0:1:127:127:0.992188:74:53:0:0:74:53:0:1 chr4 102816467 . C G 909.14 PASS AF=0.491892;AO=91;DP=185;FAO=91;FDP=185;FR=.;FRO=94;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=66;FSRR=28;FWDB=-0.00192786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.532;QD=19.6571;RBI=0.0284992;REFB=-0.00570205;REVB=0.0284339;RO=93;SAF=47;SAR=44;SRF=66;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179478;STB=0.595002;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00814699;OID=.;OPOS=102816467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:93:94:91:91:0.491892:44:47:66:27:44:47:66:28 chr4 102839287 . G A 482.49 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.0857497;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0381;QD=15.9501;RBI=0.112426;REFB=-0.00827429;REVB=-0.0727091;RO=67;SAF=29;SAR=24;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657956;STB=0.531802;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00870817;OID=.;OPOS=102839287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:67:68:53:53:0.438017:24:29:41:26:24:29:41:27 chr4 102946447 . G T 82.19 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00269024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.754;QD=5.47946;RBI=0.00358868;REFB=-0.0136533;REVB=-0.00237513;RO=47;SAF=8;SAR=5;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156261;STB=0.599329;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0311064;OID=.;OPOS=102946447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:47:47:13:13:0.216667:5:8:23:24:5:8:23:24 chr4 102965043 . T C 1302.12 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00979136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.513;QD=62.0058;RBI=0.0271822;REFB=0;REVB=0.0253574;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94572e-05;OID=.;OPOS=102965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chr4 103225513 . T C 1493.92 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.102247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2762;QD=62.2465;RBI=0.102703;REFB=-0.0407577;REVB=0.00966809;RO=1;SAF=42;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111554;STB=0.505746;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00087258;OID=.;OPOS=103225513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:1:1:94:95:0.989583:52:42:1:0:52:43:1:0 chr4 103228734 . C T 1171.04 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0404;QD=60.8334;RBI=0.0463764;REFB=0;REVB=0.04484;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203309;OID=.;OPOS=103228734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr4 103514658 . T C 1249.57 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00887673;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.755;QD=61.7073;RBI=0.0834796;REFB=0;REVB=0.0830063;RO=0;SAF=71;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143223;OID=.;OPOS=103514658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:10:71:0:0:10:71:0:0 chr4 103538359 . GTTTTTTA GTTTTTA,GTTTTTAT 46.8 PASS AF=0.181818,0.0909091;AO=20,6;DP=68;FAO=12,6;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=10,6;FSAR=2,0;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0468747,-0.022841;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=7.24145,89.5227;QD=2.83638;RBI=0.0977763,0.0237562;REFB=-0.165326,-0.0284425;REVB=0.0858078,0.00653057;RO=33;SAF=16,6;SAR=4,0;SRF=9;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0.392857,0;SSSB=0.549986,0.752721;STB=0.850506,0.998521;STBP=0.014,0.001;TYPE=del,mnp;VARB=0.105764,0.220615;OID=.,.;OPOS=103538360,103538365;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=GTTTTTA,GTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818,0.0909091:20,6:68:12,6:66:48:10,6:2,0:18:30:23:33:16,6:4,0:9:24 chr4 103555992 . A G 1641.79 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6805;QD=60.249;RBI=0.091935;REFB=0;REVB=-0.084724;RO=0;SAF=40;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0005666;OID=.;OPOS=103555992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:68:40:0:0:68:41:0:0 chr4 103557077 . G A 817.74 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.704;QD=57.3851;RBI=0.0151581;REFB=0;REVB=0.00839075;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07339e-05;OID=.;OPOS=103557077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:26:30:0:0:27:30:0:0 chr4 103644047 . T C 274.28 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00422364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.01;QD=12.9073;RBI=0.00599659;REFB=-0.0049936;REVB=-0.00425675;RO=52;SAF=21;SAR=11;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154642;STB=0.595341;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00757955;OID=.;OPOS=103644047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:53:32:32:0.376471:11:21:27:25:11:21:27:26 chr4 103808862 . T C 109.55 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00879314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.795;QD=8.11468;RBI=0.0367878;REFB=-0.00554294;REVB=-0.0357214;RO=39;SAF=8;SAR=7;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368267;STB=0.522358;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0168481;OID=.;OPOS=103808862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:7:8:22:17:7:8:22:17 chr4 103866438 . C T 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=0.0176698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.489;QD=21.5109;RBI=0.0179959;REFB=-0.0164627;REVB=-0.00341003;RO=19;SAF=7;SAR=14;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303201;STB=0.666539;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.02169;OID=.;OPOS=103866438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:14:7:1:18:14:7:1:18 chr4 103866480 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.779;QD=58.5875;RBI=0.0352979;REFB=0;REVB=0.0266498;RO=0;SAF=5;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283497;OID=.;OPOS=103866480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:28:5:0:0:28:5:0:0 chr4 103911069 . C A 657.6 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00234723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.309;QD=59.7819;RBI=0.0364151;REFB=-0.0531492;REVB=-0.0363394;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000324945;OID=.;OPOS=103911069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:20:23:0:0:20:23:1:0 chr4 104059542 . G A 475.26 PASS AF=0.385714;AO=54;DP=140;FAO=54;FDP=140;FR=.;FRO=86;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.00661992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.778;QD=13.5788;RBI=0.0099499;REFB=-0.00886094;REVB=-0.00742813;RO=86;SAF=32;SAR=22;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138897;STB=0.578694;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0145702;OID=.;OPOS=104059542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:86:86:54:54:0.385714:22:32:40:46:22:32:40:46 chr4 104066461 . A G 230.12 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0193521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.685;QD=14.3822;RBI=0.0206727;REFB=-0.00668418;REVB=0.00727035;RO=37;SAF=10;SAR=17;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661947;STB=0.537685;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00509396;OID=.;OPOS=104066461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:17:10:16:21:17:10:16:21 chr4 104082349 . C T 317.93 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.00338254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.333;QD=15.5086;RBI=0.00380191;REFB=-0.00754906;REVB=0.00173578;RO=47;SAF=13;SAR=22;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307516;STB=0.672916;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0110615;OID=.;OPOS=104082349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:22:13:32:15:22:13:32:15 chr4 104102563 . T C 287.49 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0054303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1722;QD=15.9716;RBI=0.00829764;REFB=-0.000872146;REVB=-0.00627398;RO=39;SAF=17;SAR=15;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108612;STB=0.566743;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00139577;OID=.;OPOS=104102563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:40:32:32:0.444444:15:17:25:14:15:17:26:14 chr4 104117191 . A G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00564736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.15;QD=15.379;RBI=0.0185938;REFB=-0.0298934;REVB=0.0177154;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095208;STB=0.555461;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0256054;OID=.;OPOS=104117191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:4:8:8:6:4:8:8:6 chr4 104510893 . G A 533.62 PASS AF=0.456;AO=57;DP=125;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.000804895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.56;QD=17.0757;RBI=0.0177482;REFB=-0.00823735;REVB=0.0177299;RO=68;SAF=30;SAR=27;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900615;STB=0.550068;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0122261;OID=.;OPOS=104510893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:68:68:57:57:0.456:27:30:42:26:27:30:42:26 chr4 104640360 . C T 171.56 PASS AF=0.21374;AO=28;DP=131;FAO=28;FDP=131;FR=.;FRO=103;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=61;FSRR=42;FWDB=0.0137412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.579;QD=5.23831;RBI=0.0212183;REFB=-0.00437565;REVB=-0.0161678;RO=103;SAF=14;SAR=14;SRF=61;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117279;STB=0.572468;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0109007;OID=.;OPOS=104640360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:103:103:28:28:0.21374:14:14:61:42:14:14:61:42 chr4 106155185 . C G 209.21 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00463541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3556;QD=11.623;RBI=0.0619809;REFB=-0.0259708;REVB=0.0618074;RO=46;SAF=10;SAR=16;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819043;STB=0.547424;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0354509;OID=.;OPOS=106155185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:16:10:21:25:16:10:21:25 chr4 106159644 . T A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027771;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.169;QD=61.684;RBI=0.0278082;REFB=0;REVB=-0.00143793;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43311e-05;OID=.;OPOS=106159644;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr4 106160242 . T G 50.76 PASS AF=0.140845;AO=10;DP=71;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.010324;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=176.168;QD=2.85986;RBI=0.0170317;REFB=-0.00339432;REVB=-0.013546;RO=58;SAF=1;SAR=9;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42227;STB=0.811005;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0096061;OID=.;OPOS=106160242;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:71:71:58:61:10:10:0.140845:9:1:21:37:9:1:22:39 chr4 106160243 . TG GT,TT 261.88 PASS AF=0.507692,0;AO=12,3;DP=63;FAO=33,0;FDP=65;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=28;FSAF=8,0;FSAR=25,0;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0196066,-0.0022418;FXX=0.0151492;HRUN=12,1;LEN=2,1;MLLD=37.4896,162.702;QD=16.1154;RBI=0.0492063,0.00565407;REFB=-0.148465,-0.00684395;REVB=0.0451314,0.00519064;RO=31;SAF=2,0;SAR=10,3;SRF=14;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.393751,-0.522541;STB=0.603797,0.5;STBP=0.116,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0150258,0;OID=.,.;OPOS=106160243,106160244;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:31:28:12,3:33,0:0.507692,0:10,3:2,0:14:17:25,0:8,0:12:16 chr4 106161673 . G A 303.0 PASS AF=0.35514;AO=38;DP=107;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.0100924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.525;QD=11.327;RBI=0.0171306;REFB=6.3888e-05;REVB=-0.013842;RO=66;SAF=24;SAR=14;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213847;STB=0.635846;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0003;OID=.;OPOS=106161673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:66:69:38:38:0.35514:14:24:29:37:14:24:29:40 chr4 106317429 . C G 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0106282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.206;QD=15.2676;RBI=0.021396;REFB=-0.00294961;REVB=0.0185696;RO=33;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675696;STB=0.538229;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0108598;OID=.;OPOS=106317429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:12:14:20:13:12:14:20:13 chr4 106328200 . A G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0102084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.687;QD=12.8607;RBI=0.0313728;REFB=-0.00392764;REVB=-0.0296654;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168179;STB=0.599733;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00446552;OID=.;OPOS=106328200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:6:2:3:4:6:2 chr4 106474096 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00430168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.403;QD=58.061;RBI=0.00639868;REFB=0;REVB=0.00473695;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99595e-05;OID=.;OPOS=106474096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr4 106621121 . CAAAAAAAT CAAAAAAT,CAAAAAATG 95.09 PASS AF=0.472727,0.0181818;AO=21,2;DP=54;FAO=26,1;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=10,0;FSAR=16,1;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0152352,0.0646998;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.97927,21.2993;QD=6.9153;RBI=0.172015,0.0965584;REFB=-0.0977872,-0.0572618;REVB=-0.171339,-0.0716761;RO=24;SAF=6,0;SAR=15,2;SRF=13;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.256283,-0.505776;STB=0.54274,0.989181;STBP=0.558,0.474;TYPE=del,mnp;VARB=0.0746959,0.0492953;OID=.,.;OPOS=106621122,106621128;OREF=A,AT;OALT=-,TG;OMAPALT=CAAAAAAT,CAAAAAATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472727,0.0181818:21,2:54:26,1:55:28:10,0:16,1:13:15:92:24:6,0:15,2:13:11 chr4 106861730 . A G 1470.17 PASS AF=0.980952;AO=99;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0745556;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.208;QD=56.0066;RBI=0.0747169;REFB=-0.14701;REVB=-0.00490819;RO=2;SAF=34;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270814;STB=0.513155;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00109681;OID=.;OPOS=106861730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:105:105:2:2:99:103:0.980952:65:34:2:0:66:37:2:0 chr4 106924931 . G A 1437.8 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00827324;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4887;QD=63.2;RBI=0.0138823;REFB=0;REVB=0.0111477;RO=0;SAF=52;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.66719e-06;OID=.;OPOS=106924931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:39:52:0:0:39:52:0:0 chr4 107168431 . G C 1117.36 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1212;QD=60.398;RBI=0.0466494;REFB=0;REVB=0.035048;RO=0;SAF=23;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.51353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438316;OID=.;OPOS=107168431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:50:23:0:0:51:23:0:0 chr4 107845794 . C T 699.6 PASS AF=0.474359;AO=73;DP=156;FAO=74;FDP=156;FR=.;FRO=82;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=-0.0333015;FXX=0.0126574;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1822;QD=17.9385;RBI=0.0388228;REFB=-0.00817743;REVB=-0.0199554;RO=82;SAF=40;SAR=33;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060031;STB=0.536832;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00795745;OID=.;OPOS=107845794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:82:82:73:74:0.474359:33:40:50:32:34:40:50:32 chr4 107924909 . C T 161.52 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0201035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.357;QD=10.5912;RBI=0.0249848;REFB=0.000821455;REVB=0.0148355;RO=39;SAF=9;SAR=12;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288135;STB=0.672575;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00162754;OID=.;OPOS=107924909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:40:21:21:0.344262:12:9:27:12:12:9:28:12 chr4 108356274 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9426;QD=64.1536;RBI=0.0646796;REFB=0;REVB=-0.0398609;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100421;OID=.;OPOS=108356274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr4 108575989 . G A 652.49 PASS AF=0.481752;AO=66;DP=136;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0276819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.502;QD=19.0508;RBI=0.0479411;REFB=-0.0200962;REVB=-0.0391416;RO=69;SAF=43;SAR=23;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19228;STB=0.600061;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0282513;OID=.;OPOS=108575989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:69:71:66:66:0.481752:23:43:31:38:23:43:33:38 chr4 108641300 . T C 726.25 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.215;QD=56.9605;RBI=0.0582763;REFB=0;REVB=-0.0533623;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127886;OID=.;OPOS=108641300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:25:25:0:0:26:25:0:0 chr4 108641317 . G A 163.74 PASS AF=0.391304;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.105457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0802;QD=14.2385;RBI=0.106119;REFB=-0.0155514;REVB=0.0118288;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672357;STB=0.54343;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0414672;OID=.;OPOS=108641317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:27:28:17:18:0.391304:9:8:11:16:9:9:12:16 chr4 108831727 . T C 146.16 PASS AF=0.22;AO=22;DP=100;FAO=22;FDP=100;FR=.;FRO=78;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.0238449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.279;QD=5.84658;RBI=0.0239665;REFB=-0.00357772;REVB=-0.0024113;RO=77;SAF=12;SAR=10;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065142;STB=0.545413;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0117749;OID=.;OPOS=108831727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:77:78:22:22:0.22:10:12:38:39:10:12:38:40 chr4 108931039 . T C 1453.27 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.409;QD=63.1858;RBI=0.128354;REFB=0;REVB=-0.0014249;RO=0;SAF=56;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000938365;OID=.;OPOS=108931039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:92:0:0:88:92:1:32:56:0:0:32:60:0:0 chr4 108953492 . C T 569.76 PASS AF=0.376404;AO=67;DP=178;FAO=67;FDP=178;FR=.;FRO=111;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=66;FSRR=45;FWDB=-0.00830111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.942;QD=12.8037;RBI=0.0352729;REFB=-0.000341089;REVB=-0.0342822;RO=110;SAF=27;SAR=40;SRF=65;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204936;STB=0.618419;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.000417835;OID=.;OPOS=108953492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:110:111:67:67:0.376404:40:27:65:45:40:27:66:45 chr4 109461985 . A G 383.68 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.003301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.84;QD=20.1938;RBI=0.00494527;REFB=-0.0118597;REVB=-0.00368226;RO=37;SAF=19;SAR=20;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481726;STB=0.526694;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0132493;OID=.;OPOS=109461985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:20:19:16:21:20:19:16:21 chr4 109478108 . C G 349.64 PASS AF=0.521739;AO=30;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0248957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.089;QD=20.2688;RBI=0.0253065;REFB=-0.0232961;REVB=-0.00454104;RO=26;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366928;STB=0.539452;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0127797;OID=.;OPOS=109478108;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:26:33:30:36:0.521739:16:14:11:15:20:16:12:21 chr4 109541499 . C T 809.8 PASS AF=0.516779;AO=73;DP=148;FAO=77;FDP=149;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.0502624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0188;QD=21.7396;RBI=0.0748157;REFB=-0.00454443;REVB=0.0554173;RO=75;SAF=34;SAR=39;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742649;STB=0.529517;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0049102;OID=.;OPOS=109541499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:75:72:73:77:0.516779:39:34:41:34:40:37:39:33 chr4 109541603 . T A 176.26 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0498682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.134;QD=20.7366;RBI=0.0563945;REFB=-0.0177653;REVB=-0.0263344;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156805;STB=0.58814;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0147195;OID=.;OPOS=109541603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:9:9:5:11:9:9:5:11 chr4 109674116 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.785;QD=58.6006;RBI=0.035453;REFB=0;REVB=0.0322501;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38702e-05;OID=.;OPOS=109674116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr4 109683509 . A G 142.99 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00174522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.649;QD=10.7918;RBI=0.0143816;REFB=-0.00422954;REVB=0.0142753;RO=34;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327216;STB=0.509423;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00813694;OID=.;OPOS=109683509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:35:18:18:0.339623:9:9:18:16:9:9:18:17 chr4 109735133 . T C 642.35 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0372187;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.167;QD=59.7538;RBI=0.0452638;REFB=-0.0423671;REVB=0.0257599;RO=1;SAF=11;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407439;STB=0.51999;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0045629;OID=.;OPOS=109735133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:1:1:41:42:0.976744:30:11:1:0:30:12:1:0 chr4 109769899 . C T 527.71 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=128;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.0326041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1903;QD=16.491;RBI=0.0385315;REFB=-0.0254323;REVB=0.0205341;RO=69;SAF=34;SAR=23;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424664;STB=0.513447;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0345197;OID=.;OPOS=109769899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:71:57:57:0.445312:23:34:44:25:23:34:44:27 chr4 109969337 . G T 313.86 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=0.0100846;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=207.172;QD=14.5981;RBI=0.0122192;REFB=-0.00987719;REVB=-0.00690006;RO=51;SAF=23;SAR=12;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578534;STB=0.532713;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0123355;OID=.;OPOS=109969337;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:12:23:36:15:12:23:36:15 chr4 110581363 . T A 162.88 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0109772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5791;QD=13.0303;RBI=0.0229923;REFB=-0.0176901;REVB=-0.0202027;RO=32;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171859;STB=0.599893;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0287856;OID=.;OPOS=110581363;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:9:9:11:21:9:9:11:21 chr4 110602636 . G A 581.38 PASS AF=0.569892;AO=53;DP=93;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0348022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.514;QD=25.0056;RBI=0.0355414;REFB=-0.00238248;REVB=0.00721086;RO=39;SAF=17;SAR=36;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159575;STB=0.583155;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00119533;OID=.;OPOS=110602636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:39:40:53:53:0.569892:36:17:20:19:36:17:20:20 chr4 110603784 . T C 250.22 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=63;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0366488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1646;QD=15.3979;RBI=0.0447379;REFB=-0.0352478;REVB=0.0256582;RO=35;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364209;STB=0.517379;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0409501;OID=.;OPOS=110603784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:35:36:28:29:0.446154:17:11:15:20:17:12:16:20 chr4 110605744 . A T 576.7 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0143813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.174;QD=21.3592;RBI=0.0145424;REFB=-0.0172139;REVB=0.0021588;RO=50;SAF=27;SAR=31;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122519;STB=0.506728;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0109569;OID=.;OPOS=110605744;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:50:50:58:58:0.537037:31:27:24:26:31:27:24:26 chr4 110605781 . A G 382.02 PASS AF=0.558824;AO=36;DP=66;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00353443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.616;QD=22.4717;RBI=0.00361252;REFB=-0.0021595;REVB=0.000747083;RO=30;SAF=10;SAR=26;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147109;STB=0.572398;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0016085;OID=.;OPOS=110605781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:30:30:36:38:0.558824:26:10:13:17:27:11:13:17 chr4 110661937 . G A 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.222;QD=60.6074;RBI=0.0222532;REFB=0;REVB=-0.000990474;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52964e-05;OID=.;OPOS=110661937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr4 110678925 . T C 885.3 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.684;QD=58.0525;RBI=0.0304729;REFB=0;REVB=0.00144904;RO=0;SAF=17;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.89926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123498;OID=.;OPOS=110678925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:44:17:0:0:44:17:0:0 chr4 110681505 . C T 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00197463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.344;QD=18.7119;RBI=0.00360147;REFB=0.00508777;REVB=0.00301188;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741419;STB=0.542122;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00491759;OID=.;OPOS=110681505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:10:8:10:9:10:8:10:9 chr4 110737389 . T C 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.506;QD=62.6692;RBI=0.0647807;REFB=0;REVB=-0.0138164;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173148;OID=.;OPOS=110737389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:31:13:0:0:31:13:0:0 chr4 110757224 . G A 678.35 PASS AF=0.453988;AO=72;DP=162;FAO=74;FDP=163;FR=.;FRO=89;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=-0.00108838;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.929;QD=16.6467;RBI=0.0181387;REFB=-0.0106912;REVB=-0.018106;RO=87;SAF=41;SAR=31;SRF=34;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174667;STB=0.594445;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0115628;OID=.;OPOS=110757224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:87:89:72:74:0.453988:31:41:34:53:32:42:35:54 chr4 110757287 . G A 617.43 PASS AF=0.453901;AO=64;DP=141;FAO=64;FDP=141;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=-0.00622699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.847;QD=17.5157;RBI=0.0175494;REFB=-0.0031738;REVB=-0.0164075;RO=77;SAF=40;SAR=24;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24261;STB=0.634879;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00323531;OID=.;OPOS=110757287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:77:77:64:64:0.453901:24:40:29:48:24:40:29:48 chr4 110773067 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0185886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.207;QD=12.8607;RBI=0.0212995;REFB=-0.0223162;REVB=0.0103986;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308464;STB=0.685728;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0239472;OID=.;OPOS=110773067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:5:3:5:2:5:3 chr4 110790911 . A T 632.77 PASS AF=0.496124;AO=64;DP=129;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0105519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.154;QD=19.6207;RBI=0.0131891;REFB=-0.00632965;REVB=0.00791256;RO=65;SAF=31;SAR=33;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00680853;STB=0.503758;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00620813;OID=.;OPOS=110790911;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:65:65:64:64:0.496124:33:31:31:34:33:31:31:34 chr4 110791222 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00593885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.036;QD=16.9316;RBI=0.00627126;REFB=-0.00651823;REVB=0.00201461;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152196;STB=0.588084;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0058966;OID=.;OPOS=110791222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:8:4:6:6:8:4:6:6 chr4 110791361 . G A 228.8 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0365906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8201;QD=16.0558;RBI=0.0380948;REFB=0.0056728;REVB=-0.0105991;RO=31;SAF=6;SAR=20;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338147;STB=0.692612;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0153696;OID=.;OPOS=110791361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:20:6:17:14:20:6:17:14 chr4 110791413 . C T 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0149708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.7;QD=17.0892;RBI=0.023686;REFB=-0.00396158;REVB=-0.0183549;RO=28;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211327;STB=0.619553;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00503723;OID=.;OPOS=110791413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:17:8:15:13:17:8:15:13 chr4 110791543 . C T 443.38 PASS AF=0.5;AO=43;DP=87;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0065451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.672;QD=20.1536;RBI=0.00922455;REFB=0.00204996;REVB=-0.0065003;RO=44;SAF=24;SAR=19;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325417;STB=0.523002;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.001721;OID=.;OPOS=110791543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:44:44:43:44:0.5:19:24:23:21:19:25:23:21 chr4 110862105 . C T 324.21 PASS AF=0.366972;AO=40;DP=109;FAO=40;FDP=109;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=51;FWDB=-0.00514149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6313;QD=11.8976;RBI=0.00528921;REFB=0.00506187;REVB=0.00124131;RO=68;SAF=13;SAR=27;SRF=17;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984581;STB=0.547789;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.0100404;OID=.;OPOS=110862105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:68:69:40:40:0.366972:27:13:17:51:27:13:18:51 chr4 110901198 . G A 780.87 PASS AF=0.436842;AO=80;DP=187;FAO=83;FDP=190;FR=.;FRO=107;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=62;FWDB=-0.00934715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.304;QD=16.4393;RBI=0.010242;REFB=-0.0225698;REVB=0.00418692;RO=105;SAF=43;SAR=37;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120118;STB=0.568166;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0260295;OID=.;OPOS=110901198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:190:105:107:80:83:0.436842:37:43:44:61:38:45:45:62 chr4 110902111 . A T 563.29 PASS AF=0.415584;AO=64;DP=154;FAO=64;FDP=154;FR=.;FRO=90;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=-0.0454668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8535;QD=14.6308;RBI=0.0524971;REFB=-0.0111128;REVB=-0.0262434;RO=90;SAF=29;SAR=35;SRF=37;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443906;STB=0.524879;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.012667;OID=.;OPOS=110902111;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:90:90:64:64:0.415584:35:29:37:53:35:29:37:53 chr4 110914427 . A T 1447.57 PASS AF=1;AO=96;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00876303;FXX=0.0392118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.758;QD=59.0847;RBI=0.0242666;REFB=0;REVB=-0.0226292;RO=0;SAF=64;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000631087;OID=.;OPOS=110914427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:96:98:1:32:64:0:0:34:64:0:0 chr4 110971030 . G T 382.83 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.0110666;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3066;QD=14.5838;RBI=0.0675628;REFB=-0.0118487;REVB=-0.0666503;RO=59;SAF=32;SAR=12;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120022;STB=0.560796;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0137479;OID=.;OPOS=110971030;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:59:61:44:44:0.419048:12:32:37:22:12:32:39:22 chr4 111398208 . A G 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00520889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.645;QD=18.0353;RBI=0.0218899;REFB=0.00610026;REVB=0.0212611;RO=27;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620852;STB=0.535284;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00587842;OID=.;OPOS=111398208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:12:10:14:13:12:10:14:13 chr4 111409705 . T C 469.97 PASS AF=0.40458;AO=53;DP=131;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=0.0121656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.093;QD=14.3503;RBI=0.0299729;REFB=-0.0213535;REVB=-0.0273929;RO=76;SAF=27;SAR=26;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924282;STB=0.551318;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0226624;OID=.;OPOS=111409705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:76:78:53:53:0.40458:26:27:32:44:26:27:33:45 chr4 112252643 . G T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6636;QD=56.9565;RBI=0.0920405;REFB=0;REVB=-0.0916606;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102245;OID=.;OPOS=112252643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr4 113178894 . ATTTGT A 667.48 PASS AF=1;AO=48;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224905;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=5;MLLD=264.785;QD=49.4427;RBI=0.0548804;REFB=0;REVB=0.0500603;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000312795;OID=.;OPOS=113178895;OREF=TTTGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:53:54:54:0:30:24:0:0:12:0:28:20:0:0 chr4 113198805 . G C 757.51 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2485;QD=56.1115;RBI=0.0520392;REFB=0;REVB=-0.0231293;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125727;OID=.;OPOS=113198805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:35:18:0:0:35:19:0:0 chr4 113199075 . A G 1160.83 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0337235;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.375;QD=59.53;RBI=0.0361649;REFB=0.0547147;REVB=0.0130624;RO=1;SAF=50;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937273;STB=0.504949;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00284177;OID=.;OPOS=113199075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:1:1:77:77:0.987179:27:50:1:0:27:50:1:0 chr4 113344925 . C T 167.64 PASS AF=0.362069;AO=20;DP=61;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00890792;FXX=0.0645057;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.079;QD=11.5611;RBI=0.0146475;REFB=-0.00960648;REVB=-0.0116275;RO=40;SAF=17;SAR=3;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.578231;STB=0.819341;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0131594;OID=.;OPOS=113344925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:58:40:37:20:21:0.362069:3:17:14:26:3:18:15:22 chr4 113352397 . G A 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0106894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.353;QD=13.0148;RBI=0.024692;REFB=0.00104135;REVB=0.0222583;RO=32;SAF=5;SAR=15;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321273;STB=0.687302;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00223898;OID=.;OPOS=113352397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:15:5:17:15:15:5:17:15 chr4 113352628 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.997;QD=52.6129;RBI=0.0438855;REFB=0;REVB=0.006734;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444159;OID=.;OPOS=113352628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr4 113352899 . G A 369.58 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0227243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.961;QD=16.9922;RBI=0.0415262;REFB=-0.0273342;REVB=-0.0347567;RO=47;SAF=17;SAR=22;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114368;STB=0.558412;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0386863;OID=.;OPOS=113352899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:47:48:39:39:0.448276:22:17:26:21:22:17:26:22 chr4 113353285 . T C 752.9 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0023411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.796;QD=56.8223;RBI=0.00664678;REFB=0;REVB=-0.00622084;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35834e-05;OID=.;OPOS=113353285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:17:36:0:0:17:36:0:0 chr4 113353311 . G A 303.5 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0382534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.461;QD=22.073;RBI=0.0385131;REFB=-0.0140696;REVB=-0.00446477;RO=23;SAF=20;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00591612;STB=0.509548;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0317817;OID=.;OPOS=113353311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:23:24:31:31:0.563636:11:20:15:8:11:20:15:9 chr4 113353449 . A G 36.62 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00377638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.529;QD=7.32368;RBI=0.0191135;REFB=-0.0053266;REVB=0.0187367;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784305;STB=0.549835;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0115337;OID=.;OPOS=113353449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:3:3:8:6:3:3:8:6 chr4 113359703 . A G 1520.89 PASS AF=0.990385;AO=101;DP=102;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0200241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.856;QD=58.4956;RBI=0.0402727;REFB=-0.0139785;REVB=0.0349418;RO=1;SAF=53;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978143;STB=0.50495;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000138328;OID=.;OPOS=113359703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:104:1:1:101:103:0.990385:48:53:0:1:50:53:0:1 chr4 113362609 . G A 312.1 PASS AF=0.411765;AO=36;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0245038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4914;QD=14.6869;RBI=0.0388053;REFB=-0.00160627;REVB=-0.0300901;RO=48;SAF=17;SAR=19;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912334;STB=0.543599;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00282017;OID=.;OPOS=113362609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:50:36:35:0.411765:19:17:27:21:18:17:28:22 chr4 113362622 . C G 1379.83 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00774692;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5256;QD=62.7197;RBI=0.00955107;REFB=0;REVB=-0.00558643;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000923265;OID=.;OPOS=113362622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:43:44:0:0:43:45:0:0 chr4 113436044 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.83;QD=33.4285;RBI=0.024659;REFB=0;REVB=0.00931303;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549406;OID=.;OPOS=113436044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr4 113538879 . A G 231.49 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0402286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.591;QD=12.3463;RBI=0.0402822;REFB=-0.00513982;REVB=-0.00207789;RO=47;SAF=10;SAR=18;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193701;STB=0.61157;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00550893;OID=.;OPOS=113538879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:18:10:25:22:18:10:25:22 chr4 113539969 . T C 267.37 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0302263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.892;QD=21.8263;RBI=0.0303896;REFB=-0.019453;REVB=0.00314698;RO=23;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678905;STB=0.550733;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0169243;OID=.;OPOS=113539969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:9:16:13:10:9:16:13:11 chr4 113549989 . G A 159.19 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=29;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.000835654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.884;QD=21.2249;RBI=0.0199141;REFB=-0.00471798;REVB=-0.0198965;RO=13;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19995;STB=0.620016;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00303468;OID=.;OPOS=113549989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:13:13:16:17:0.566667:7:9:4:9:7:10:4:9 chr4 113565835 . G A 218.33 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0139894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3349;QD=15.5951;RBI=0.014318;REFB=-0.00917772;REVB=0.00304977;RO=31;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127356;STB=0.516116;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00527278;OID=.;OPOS=113565835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:31:24:25:0.446429:15:9:12:19:16:9:12:19 chr4 113568544 . G A 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0102625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.407;QD=18.3452;RBI=0.0103178;REFB=-0.0159015;REVB=0.0010662;RO=18;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249422;STB=0.642682;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0122546;OID=.;OPOS=113568544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:12:5:10:8:12:5:10:8 chr4 114081490 . A G 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0239461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.454;QD=9.91652;RBI=0.0298152;REFB=0.00242864;REVB=-0.0177632;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357641;STB=0.521691;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.00548285;OID=.;OPOS=114081490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:10:7:4:5:10:7 chr4 114253145 . C T 228.28 PASS AF=0.268293;AO=33;DP=123;FAO=33;FDP=123;FR=.;FRO=90;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=52;FSRR=38;FWDB=-0.0369634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.092;QD=7.42387;RBI=0.0373124;REFB=-0.0126207;REVB=-0.00509137;RO=86;SAF=22;SAR=11;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139572;STB=0.569724;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0272252;OID=.;OPOS=114253145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:86:90:33:33:0.268293:11:22:48:38:11:22:52:38 chr4 114341210 . T C 255.17 PASS AF=0.521739;AO=19;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00244205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.851;QD=22.1886;RBI=0.0285557;REFB=-0.000872987;REVB=-0.0284511;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14704;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000743851;OID=.;OPOS=114341210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:22:19:24:0.521739:12:7:11:10:12:12:11:11 chr4 114341631 . T C 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0727083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.346;QD=26.3153;RBI=0.0734535;REFB=-0.00997702;REVB=-0.0104363;RO=14;SAF=14;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198394;STB=0.610155;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00621816;OID=.;OPOS=114341631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:8:14:5:9:8:14:5:9 chr4 114822485 . G A 378.01 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00799235;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.519;QD=18.2175;RBI=0.00948173;REFB=-0.00203815;REVB=-0.00510152;RO=44;SAF=21;SAR=18;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503133;STB=0.528076;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00224171;OID=.;OPOS=114822485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:44:44:39:39:0.46988:18:21:26:18:18:21:26:18 chr4 114823316 . A C 515.22 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0573386;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.658;QD=22.1599;RBI=0.0760732;REFB=0.0345431;REVB=0.0499942;RO=43;SAF=32;SAR=17;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126448;STB=0.565291;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0262468;OID=.;OPOS=114823316;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:44:49:49:0.526882:17:32:22:21:17:32:23:21 chr4 115544714 . A G 1013.81 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7835;QD=58.7714;RBI=0.0260855;REFB=0;REVB=-0.018306;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42536e-05;OID=.;OPOS=115544714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:27:41:0:0:27:42:0:0 chr4 115589302 . A G 1785.84 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00317188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.707;QD=61.0544;RBI=0.0224722;REFB=0;REVB=0.0222473;RO=0;SAF=54;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84356e-05;OID=.;OPOS=115589302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:63:54:0:0:63:54:0:0 chr4 117220010 . G A 567.6 PASS AF=0.451128;AO=60;DP=133;FAO=60;FDP=133;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.00747202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.701;QD=17.0706;RBI=0.0245729;REFB=-0.00944402;REVB=-0.0234093;RO=73;SAF=21;SAR=39;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106299;STB=0.559342;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0142901;OID=.;OPOS=117220010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:73:73:60:60:0.451128:39:21:33:40:39:21:33:40 chr4 119161795 . G A 1695.76 PASS AF=0.966387;AO=114;DP=118;FAO=115;FDP=119;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=81;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0346047;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.816;QD=57.0005;RBI=0.0352003;REFB=-0.131336;REVB=-0.00644767;RO=3;SAF=33;SAR=81;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412238;STB=0.527773;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000298233;OID=.;OPOS=119161795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:118:119:3:4:114:115:0.966387:81:33:3:0:81:34:4:0 chr4 119237357 . A C 510.58 PASS AF=0.486486;AO=53;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0487184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.607;QD=18.3993;RBI=0.0498362;REFB=-0.0186078;REVB=0.0104955;RO=57;SAF=37;SAR=16;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106907;STB=0.562618;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0238433;OID=.;OPOS=119237357;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:57:53:54:0.486486:16:37:34:23:16:38:34:23 chr4 119736796 . A C 2211.85 PASS AF=0.97931;AO=142;DP=145;FAO=142;FDP=145;FR=.;FRO=3;FSAF=71;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00717966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7836;QD=61.0165;RBI=0.00778508;REFB=-0.207362;REVB=-0.00300997;RO=3;SAF=71;SAR=71;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196643;STB=0.510343;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00248494;OID=.;OPOS=119736796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:145:145:3:3:142:142:0.97931:71:71:0:3:71:71:0:3 chr4 119948046 . A C 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00568753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.827;QD=8.0678;RBI=0.011095;REFB=-0.00498197;REVB=-0.00952634;RO=33;SAF=6;SAR=6;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162974;STB=0.59984;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0146052;OID=.;OPOS=119948046;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:6:6:21:12:6:6:21:12 chr4 119951647 . A G 726.22 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3257;QD=63.1493;RBI=0.0844003;REFB=0;REVB=0.0515817;RO=0;SAF=36;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159653;OID=.;OPOS=119951647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:10:36:0:0:10:36:0:0 chr4 120158649 . C T 256.09 PASS AF=0.5;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0506658;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.171;QD=21.3409;RBI=0.0510466;REFB=-0.0128667;REVB=0.00622401;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709782;STB=0.520816;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0136315;OID=.;OPOS=120158649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:26:24:24:24:0.5:12:12:15:11:12:12:13:11 chr4 120158685 . T G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000807249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.614;QD=57.2026;RBI=0.009355;REFB=0;REVB=0.0093201;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38689e-06;OID=.;OPOS=120158685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr4 120194799 . G A 519.05 PASS AF=0.448;AO=56;DP=125;FAO=56;FDP=125;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.0430631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7853;QD=16.6097;RBI=0.0471403;REFB=0.0034829;REVB=-0.0191775;RO=68;SAF=28;SAR=28;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130451;STB=0.575974;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00597332;OID=.;OPOS=120194799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:68:69:56:56:0.448:28:28:43:25:28:28:44:25 chr4 120214030 . T G 540.02 PASS AF=0.568182;AO=49;DP=87;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0744817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8001;QD=24.5466;RBI=0.0749781;REFB=0.0296262;REVB=0.0086131;RO=38;SAF=15;SAR=34;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168036;STB=0.583871;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0223478;OID=.;OPOS=120214030;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:38:38:49:50:0.568182:34:15:19:19:34:16:19:19 chr4 120215314 . A G 682.77 PASS AF=0.463087;AO=66;DP=147;FAO=69;FDP=149;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.00511473;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.21;QD=18.3293;RBI=0.0136804;REFB=-0.00180365;REVB=0.0126883;RO=79;SAF=31;SAR=35;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483083;STB=0.534052;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00233288;OID=.;OPOS=120215314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:79:80:66:69:0.463087:35:31:41:38:38:31:41:39 chr4 120239831 . A G 146.04 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0353811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.187;QD=8.98713;RBI=0.0363925;REFB=-0.00780975;REVB=-0.00852018;RO=45;SAF=13;SAR=7;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19169;STB=0.614057;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.018549;OID=.;OPOS=120239831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:45:20:20:0.307692:7:13:22:23:7:13:22:23 chr4 120239878 . G A 222.18 PASS AF=0.35443;AO=27;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0310771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.787;QD=11.2497;RBI=0.0393381;REFB=-0.00987581;REVB=-0.0241184;RO=51;SAF=17;SAR=10;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138308;STB=0.58872;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00847214;OID=.;OPOS=120239878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:27:28:0.35443:10:17:26:25:10:18:26:25 chr4 120240238 . T C 282.89 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0164242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.307;QD=17.4087;RBI=0.017552;REFB=-0.0177858;REVB=-0.00618996;RO=34;SAF=14;SAR=17;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094095;STB=0.552598;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0217217;OID=.;OPOS=120240238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:17:14:12:22:17:14:12:22 chr4 120241849 . A G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0145801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.394;QD=18.3448;RBI=0.0168236;REFB=-0.0185028;REVB=-0.00839382;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136325;STB=0.519976;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0210837;OID=.;OPOS=120241849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:16:17:0.485714:6:10:11:7:6:11:11:7 chr4 120241902 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.55;QD=57.1062;RBI=0.0154765;REFB=0;REVB=0.0118066;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32241e-05;OID=.;OPOS=120241902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr4 120325630 . G A 227.81 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00716863;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.761;QD=20.7101;RBI=0.00741314;REFB=0.0130222;REVB=-0.00188821;RO=22;SAF=8;SAR=14;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899181;STB=0.550415;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0156534;OID=.;OPOS=120325630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:22:22:22:22:0.5:14:8:6:16:14:8:6:16 chr4 120325654 . GC CG,G 172.06 PASS AF=0.02,0.48;AO=2,22;DP=50;FAO=1,24;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=0,10;FSAR=1,14;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0339736,-0.0651258;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=79.045,16.9887;QD=13.765;RBI=0.0697614,0.0672347;REFB=-0.0011429,-0.0084731;REVB=-0.0609298,-0.0167076;RO=25;SAF=0,9;SAR=2,13;SRF=6;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.391105,0.171306;STB=0.985018,0.595593;STBP=0.508,0.211;TYPE=mnp,del;VARB=0.112072,0.00949165;OID=.,.;OPOS=120325654,120325655;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:50:50:25:25:2,22:1,24:0.02,0.48:2,13:0,9:6:19:1,14:0,10:6:19 chr4 120325732 . C A 337.2 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.00369264;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.231;QD=14.6607;RBI=0.0180969;REFB=-0.021088;REVB=-0.0177162;RO=54;SAF=12;SAR=25;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339852;STB=0.51046;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0271954;OID=.;OPOS=120325732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:54:55:37:37:0.402174:25:12:16:38:25:12:17:38 chr4 120330155 . C T 74.2 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.0510988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.908;QD=5.59992;RBI=0.082957;REFB=0.00505727;REVB=-0.0653512;RO=41;SAF=4;SAR=7;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431804;STB=0.757561;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0335288;OID=.;OPOS=120330155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:41:42:11:11:0.207547:7:4:30:11:7:4:30:12 chr4 120330272 . C G 52.84 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0131301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4742;QD=4.14444;RBI=0.0634462;REFB=-0.014658;REVB=-0.0620727;RO=41;SAF=3;SAR=6;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751788;STB=0.563236;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.055798;OID=.;OPOS=120330272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:50:51:41:42:9:9:0.176471:6:3:16:25:6:3:17:25 chr4 120330448 . GC AA 155.7 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0196748;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.052;QD=14.8284;RBI=0.027119;REFB=-0.00735446;REVB=0.0186639;RO=24;SAF=15;SAR=2;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.671722;STB=0.891448;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.00633245;OID=.;OPOS=120330448;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:2:15:5:19:2:15:5:20 chr4 120330539 . G A 192.99 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0336578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9791;QD=16.4246;RBI=0.0338742;REFB=-0.0124741;REVB=0.0038222;RO=27;SAF=18;SAR=2;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.654456;STB=0.87866;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0190466;OID=.;OPOS=120330539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:2:18:8:19:2:18:8:19 chr4 120423729 . T C 305.56 PASS AF=0.314961;AO=40;DP=127;FAO=40;FDP=127;FR=.;FRO=87;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=-0.0150744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.309;QD=9.62401;RBI=0.0483239;REFB=-0.0103505;REVB=0.0459125;RO=87;SAF=19;SAR=21;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496742;STB=0.528911;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.015505;OID=.;OPOS=120423729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:87:87:40:40:0.314961:21:19:45:42:21:19:45:42 chr4 120474859 . A G 452.13 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.028763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.308;QD=14.8239;RBI=0.0288018;REFB=-0.0129805;REVB=0.00149593;RO=71;SAF=24;SAR=27;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00602532;STB=0.503387;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0308109;OID=.;OPOS=120474859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:71:71:51:51:0.418033:27:24:33:38:27:24:33:38 chr4 120528327 . G A 974.94 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127389;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.509;QD=57.3493;RBI=0.0127551;REFB=-0.0587205;REVB=-0.000643043;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000178043;OID=.;OPOS=120528327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:31:36:0:0:31:36:1:0 chr4 120868354 . C T 251.08 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0184423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.404;QD=20.923;RBI=0.0278829;REFB=-0.0207254;REVB=0.0209126;RO=24;SAF=7;SAR=16;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297168;STB=0.672514;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0149712;OID=.;OPOS=120868354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:24:23:24:0.5:16:7:15:9:17:7:15:9 chr4 121742459 . T G 778.94 PASS AF=0.506757;AO=75;DP=148;FAO=75;FDP=148;FR=.;FRO=73;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.000312522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.55;QD=21.0523;RBI=0.00903794;REFB=-0.0146251;REVB=-0.00903254;RO=73;SAF=42;SAR=33;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480144;STB=0.526423;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0139459;OID=.;OPOS=121742459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:73:73:75:75:0.506757:33:42:37:36:33:42:37:36 chr4 121957051 . C T 3667.4 PASS AF=1;AO=232;DP=232;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.545;QD=63.231;RBI=0.0239834;REFB=0;REVB=-0.0233027;RO=0;SAF=111;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.46107e-05;OID=.;OPOS=121957051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:232:232:0:0:232:232:1:121:111:0:0:121:111:0:0 chr4 121957734 . T C 1327.15 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000338156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.432;QD=61.0183;RBI=0.0431417;REFB=-0.111643;REVB=0.0431404;RO=1;SAF=53;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141395;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070432;OID=.;OPOS=121957734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:87:87:1:0:86:87:1:33:53:0:1:34:53:0:0 chr4 121958091 . T G 922.33 PASS AF=0.956522;AO=63;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0622033;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.755;QD=53.4684;RBI=0.0804921;REFB=-0.141492;REVB=0.0510855;RO=4;SAF=24;SAR=39;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156868;STB=0.502762;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.000877616;OID=.;OPOS=121958091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:69:69:4:3:63:66:0.956522:39:24:1:3:40:26:1:2 chr4 121958187 . A G 1208.91 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00228525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.196;QD=61.2106;RBI=0.00299813;REFB=0;REVB=-0.00194072;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1828e-07;OID=.;OPOS=121958187;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:39:39:0:0:39:40:0:0 chr4 121958697 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.522;QD=63.8718;RBI=0.0176621;REFB=0;REVB=-0.0133145;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.4143e-06;OID=.;OPOS=121958697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr4 121966807 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.162;QD=58.0611;RBI=0.0208313;REFB=0;REVB=-0.0155682;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69007e-06;OID=.;OPOS=121966807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr4 122068316 . T G 515.56 PASS AF=0.4375;AO=56;DP=128;FAO=56;FDP=128;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.00912354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.151;QD=16.1112;RBI=0.0098895;REFB=-0.0111362;REVB=0.00381617;RO=72;SAF=24;SAR=32;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724554;STB=0.540526;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0151469;OID=.;OPOS=122068316;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:72:72:56:56:0.4375:32:24:36:36:32:24:36:36 chr4 122078299 . CTCTCTGCCTGTCGTCCTT C,CTCCCTGCCTGTCGTCCTT 58.1 PASS AF=0.184211,0.0526316;AO=7,2;DP=39;FAO=7,2;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=6,2;FSAR=1,0;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0012577,-0.00628518;FXX=0.0256345;HRUN=1,1;LEN=18,1;MLLD=269.488,132.884;QD=6.11594;RBI=0.0179026,0.00798581;REFB=-0.00780794,-0.00524643;REVB=-0.0178584,-0.00492642;RO=26;SAF=6,2;SAR=1,0;SRF=13;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.464916,0.476737;STB=0.809832,0.994565;STBP=0.093,0.195;TYPE=del,snp;VARB=0.0310691,0.0716556;OID=.,.;OPOS=122078300,122078302;OREF=TCTCTGCCTGTCGTCCTT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CTCCCTGCCTGTCGTCCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.184211,0.0526316:7,2:39:7,2:38:29:6,2:1,0:15:14:45:26:6,2:1,0:13:13 chr4 122079827 . G C 178.69 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0142485;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.51;QD=14.5872;RBI=0.0149408;REFB=-0.0120753;REVB=-0.00449542;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971105;STB=0.555997;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0239245;OID=.;OPOS=122079827;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:30:30:19:19:0.387755:8:11:20:10:8:11:20:10 chr4 122103875 . T C 501.29 PASS AF=0.397163;AO=56;DP=141;FAO=56;FDP=141;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=0.00830894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6669;QD=14.2209;RBI=0.0159849;REFB=-0.0184351;REVB=-0.0136557;RO=83;SAF=29;SAR=27;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258184;STB=0.506975;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0276683;OID=.;OPOS=122103875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:83:85:56:56:0.397163:27:29:45:38:27:29:45:40 chr4 122137662 . T A,G 705.38 PASS AF=0.0961538,0.903846;AO=6,44;DP=52;FAO=5,47;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=3,22;FSAR=2,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00668694,0.0838896;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=211.543,69.3147;QD=54.2602;RBI=0.00837228,0.0927794;REFB=-0.0667408,-0.0478753;REVB=0.00503784,0.0396301;RO=1;SAF=3,22;SAR=3,22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.123249,0.0208755;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0723164,0.00139591;OID=.,.;OPOS=122137662,122137662;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:52:52:1:0:6,44:5,47:0.0961538,0.903846:3,22:3,22:0:1:2,25:3,22:0:0 chr4 122250272 . C G 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0062215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140;QD=13.7531;RBI=0.025337;REFB=-0.0204477;REVB=-0.0245612;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172576;STB=0.599874;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0256185;OID=.;OPOS=122250272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:8:7:7:16:8:7:7:16 chr4 122250734 . A G 640.27 PASS AF=0.458333;AO=66;DP=143;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.0236678;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.7447;QD=17.7853;RBI=0.0625383;REFB=-0.0120835;REVB=0.0578867;RO=77;SAF=30;SAR=36;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880826;STB=0.545441;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0166899;OID=.;OPOS=122250734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:77:78:66:66:0.458333:36:30:42:35:36:30:42:36 chr4 122257950 . A G 196.93 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0329848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9753;QD=12.9137;RBI=0.0333018;REFB=0.00459904;REVB=-0.00458388;RO=37;SAF=8;SAR=16;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107509;STB=0.506168;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.00679607;OID=.;OPOS=122257950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:16:8:12:25:16:8:12:25 chr4 122301622 . A C 196.8 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0088909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.25;QD=18.3068;RBI=0.00893742;REFB=-0.00994779;REVB=0.000910647;RO=23;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297829;STB=0.669683;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0122714;OID=.;OPOS=122301622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:6:14:9:14:6:14:9:14 chr4 122681518 . T C 752.04 PASS AF=0.421875;AO=81;DP=193;FAO=81;FDP=192;FR=.;FRO=111;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=50;FSRR=61;FWDB=-0.00344499;FXX=0.00518108;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.113;QD=15.6674;RBI=0.00601628;REFB=-0.00319909;REVB=-0.0049323;RO=109;SAF=43;SAR=38;SRF=50;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740454;STB=0.546388;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00378553;OID=.;OPOS=122681518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:109:111:81:81:0.421875:38:43:50:59:38:43:50:61 chr4 122683007 . G A 2197.63 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00943853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.783;QD=63.2412;RBI=0.0529378;REFB=0;REVB=-0.0520896;RO=0;SAF=65;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.69733e-05;OID=.;OPOS=122683007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:74:65:0:0:74:65:0:0 chr4 122687238 . A G 798.77 PASS AF=0.512658;AO=81;DP=158;FAO=81;FDP=158;FR=.;FRO=77;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=-0.0170237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.675;QD=20.2221;RBI=0.0176203;REFB=-0.0210737;REVB=-0.00454623;RO=74;SAF=54;SAR=27;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433528;STB=0.523359;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0204281;OID=.;OPOS=122687238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:74:77:81:81:0.512658:27:54:46:28:27:54:48:29 chr4 122687491 . G C 553.18 PASS AF=0.508929;AO=57;DP=112;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0102073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8341;QD=19.7564;RBI=0.0323478;REFB=-0.0241866;REVB=-0.0306951;RO=54;SAF=31;SAR=26;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876508;STB=0.552687;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0212762;OID=.;OPOS=122687491;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:54:55:57:57:0.508929:26:31:24:30:26:31:24:31 chr4 122742217 . T C 1773.78 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0856063;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.911;QD=61.1648;RBI=0.092528;REFB=0;REVB=0.0351139;RO=0;SAF=58;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291626;OID=.;OPOS=122742217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:58:58:0:0:58:58:0:0 chr4 122824052 . C T 838.57 PASS AF=0.553191;AO=78;DP=140;FAO=78;FDP=141;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=16;FWDB=-0.00703274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.651;QD=23.7891;RBI=0.0156583;REFB=-0.00724268;REVB=0.0139902;RO=62;SAF=38;SAR=40;SRF=47;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219449;STB=0.615023;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00449638;OID=.;OPOS=122824052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:62:63:78:78:0.553191:40:38:47:15:40:38:47:16 chr4 122853560 . G A 386.5 PASS AF=0.348148;AO=47;DP=135;FAO=47;FDP=135;FR=.;FRO=88;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=0.00523504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8118;QD=11.4517;RBI=0.0204255;REFB=-0.0113657;REVB=0.0197432;RO=88;SAF=17;SAR=30;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210608;STB=0.620967;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0189828;OID=.;OPOS=122853560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:88:88:47:47:0.348148:30:17:48:40:30:17:48:40 chr4 123008808 . C T 1177.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.24;QD=60.3879;RBI=0.0149987;REFB=0;REVB=-0.00698366;RO=0;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211433;OID=.;OPOS=123008808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:29:47:0:0:31:47:0:0 chr4 123145751 . T A 464.25 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0247749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.232;QD=24.7599;RBI=0.0250721;REFB=-0.0169923;REVB=-0.00384879;RO=31;SAF=17;SAR=27;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218965;STB=0.619885;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0103815;OID=.;OPOS=123145751;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:31:31:44:44:0.586667:27:17:21:10:27:17:21:10 chr4 123145945 . G A 66.17 PASS AF=0.192308;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0624738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3005;QD=5.08988;RBI=0.070247;REFB=-0.00489105;REVB=-0.0321195;RO=42;SAF=7;SAR=3;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278028;STB=0.683222;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0134784;OID=.;OPOS=123145945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:52:52:42:42:10:10:0.192308:3:7:20:22:3:7:20:22 chr4 123192383 . T C 395.27 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.0152845;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.141;QD=13.8691;RBI=0.021071;REFB=-0.0016964;REVB=0.0145042;RO=68;SAF=25;SAR=21;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153634;STB=0.58664;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00194594;OID=.;OPOS=123192383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:68:68:46:46:0.403509:21:25:27:41:21:25:27:41 chr4 123225966 . C T 156.69 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00504175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.91;QD=9.64264;RBI=0.00643379;REFB=-0.00242529;REVB=0.0039968;RO=39;SAF=18;SAR=3;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367386;STB=0.727018;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00644867;OID=.;OPOS=123225966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:39:44:21:21:0.323077:3:18:24:15:3:18:27:17 chr4 123229132 . C T 424.18 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.00451605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.899;QD=18.6453;RBI=0.00452471;REFB=-0.00280504;REVB=0.000279844;RO=48;SAF=25;SAR=18;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193778;STB=0.607853;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00333819;OID=.;OPOS=123229132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:18:25:18:30:18:25:18:30 chr4 123377482 . C A 219.83 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0111876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.388;QD=11.8826;RBI=0.0147423;REFB=-0.00459404;REVB=-0.0096007;RO=47;SAF=11;SAR=16;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183045;STB=0.6055;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00991953;OID=.;OPOS=123377482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:16:11:27:20:16:11:27:20 chr4 123536963 . G A 1352.11 PASS AF=0.988764;AO=86;DP=87;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0215996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.768;QD=60.7689;RBI=0.0260405;REFB=-0.0816294;REVB=0.0145452;RO=1;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106464;STB=0.505493;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00013846;OID=.;OPOS=123536963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:89:1:1:86:88:0.988764:44:42:0:1:45:43:0:1 chr4 123664204 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.819;QD=57.2023;RBI=0.0463367;REFB=0;REVB=0.0221579;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341081;OID=.;OPOS=123664204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr4 123664445 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0936;QD=58.5869;RBI=0.0249256;REFB=0;REVB=0.0192183;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04414e-05;OID=.;OPOS=123664445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr4 123665428 . G A 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.101;QD=46.8447;RBI=0.0154141;REFB=0;REVB=-0.0122756;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.70809e-05;OID=.;OPOS=123665428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr4 123665991 . C G 1429.81 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.483;QD=62.8489;RBI=0.0529894;REFB=0;REVB=-0.00428906;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129058;OID=.;OPOS=123665991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:51:40:0:0:51:40:0:0 chr4 123814308 . C T 416.11 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.000292493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.388;QD=16.1594;RBI=0.0136115;REFB=0.0106204;REVB=0.0136084;RO=57;SAF=20;SAR=26;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214091;STB=0.511981;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.0105469;OID=.;OPOS=123814308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:46:46:0.446602:26:20:26:31:26:20:26:31 chr4 123838758 . A G 1702.32 PASS AF=0.991304;AO=112;DP=113;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00743397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.581;QD=59.211;RBI=0.0409385;REFB=-0.0995637;REVB=0.0402579;RO=0;SAF=47;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.8673e-08;STB=0.505154;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000268179;OID=.;OPOS=123838758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:113:115:0:1:112:114:0.991304:65:47:0:0:66:48:1:0 chr4 123843716 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0685116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.899;QD=35.5758;RBI=0.0698481;REFB=0;REVB=-0.0135983;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019093;OID=.;OPOS=123843716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr4 123855302 . C T 101.42 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0198368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.158;QD=5.7955;RBI=0.0199059;REFB=-0.000732485;REVB=-0.00165744;RO=54;SAF=10;SAR=6;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178303;STB=0.611371;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00317456;OID=.;OPOS=123855302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:54:54:16:16:0.228571:6:10:26:28:6:10:26:28 chr4 123949556 . G A 403.49 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036313;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.07;QD=53.7988;RBI=0.0364127;REFB=0;REVB=-0.00269314;RO=1;SAF=9;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048951;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266613;OID=.;OPOS=123949556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:30:1:0:29:30:1:20:9:1:0:20:10:0:0 chr4 124323738 . T C 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0223444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.889;QD=43.0168;RBI=0.0223459;REFB=-0.13861;REVB=-0.000262185;RO=1;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701691;STB=0.538413;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00160871;OID=.;OPOS=124323738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:6:10:0:1:6:10:0:1 chr4 124324242 . CCTT C,TCTC 508.07 PASS AF=0.972222,0;AO=33,6;DP=40;FAO=35,0;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=23,0;FSAR=12,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227792,0.00907503;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,4;MLLD=229.091,76.7822;QD=56.4523;RBI=0.0558991,0.0186959;REFB=0.0250777,-0.0581127;REVB=0.0510472,0.0163456;RO=0;SAF=21,6;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.510632,0.5;STBP=0.613,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000100565,0;OID=.,.;OPOS=124324243,124324242;OREF=CTT,CCTT;OALT=-,TCTC;OMAPALT=C,TCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:36:0:1:33,6:35,0:0.972222,0:12,0:21,6:0:0:12,0:23,0:1:0 chr4 125593595 . A C 178.65 PASS AF=0.252427;AO=26;DP=103;FAO=26;FDP=103;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0100206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.6223;QD=6.93771;RBI=0.0421096;REFB=-0.00489204;REVB=-0.0408999;RO=76;SAF=14;SAR=12;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150291;STB=0.504501;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00909278;OID=.;OPOS=125593595;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:76:77:26:26:0.252427:12:14:40:36:12:14:41:36 chr4 126237971 . C T 310.65 PASS AF=0.764706;AO=25;DP=33;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.02091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2415;QD=36.5469;RBI=0.0698144;REFB=0.0362991;REVB=0.0666095;RO=8;SAF=14;SAR=11;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867619;STB=0.550421;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00911305;OID=.;OPOS=126237971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:33:34:8:8:25:26:0.764706:11:14:6:2:12:14:6:2 chr4 126238924 . A T 281.31 PASS AF=0.545455;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0201221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.212;QD=20.4586;RBI=0.0222645;REFB=-0.0203117;REVB=0.0095294;RO=24;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480101;STB=0.524256;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0147185;OID=.;OPOS=126238924;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:25:29:30:0.545455:15:14:13:11:16:14:13:12 chr4 126239986 . C T 157.72 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0233168;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.147;QD=11.2656;RBI=0.0233225;REFB=-0.0106782;REVB=-0.000514607;RO=36;SAF=13;SAR=7;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782544;STB=0.545755;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0167276;OID=.;OPOS=126239986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:36:36:20:20:0.357143:7:13:21:15:7:13:21:15 chr4 126240510 . T C 540.09 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0366338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0612;QD=19.4628;RBI=0.0367099;REFB=-0.0118451;REVB=-0.00236327;RO=55;SAF=25;SAR=31;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237954;STB=0.51314;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0113501;OID=.;OPOS=126240510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:55:56:56:0.504505:31:25:26:29:31:25:26:29 chr4 126241871 . C T 285.24 PASS AF=0.694444;AO=24;DP=35;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00831352;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.113;QD=31.693;RBI=0.00847902;REFB=-0.0194475;REVB=-0.00166709;RO=11;SAF=17;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161898;STB=0.592327;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0171014;OID=.;OPOS=126241871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:36:11:11:24:25:0.694444:7:17:5:6:7:18:5:6 chr4 126329789 . T C 2147.87 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00308341;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.19;QD=63.1728;RBI=0.0214706;REFB=0;REVB=0.0212481;RO=0;SAF=71;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.26516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75595e-05;OID=.;OPOS=126329789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:135:136:1:64:71:0:0:65:71:0:0 chr4 126336703 . T C 514.95 PASS AF=0.490909;AO=53;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00459645;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.195;QD=18.7255;RBI=0.00522085;REFB=-0.00553022;REVB=0.00247587;RO=55;SAF=27;SAR=26;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033734;STB=0.518175;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00570433;OID=.;OPOS=126336703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:56:53:54:0.490909:26:27:26:29:27:27:26:30 chr4 126369872 . G C 1822.52 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.255;QD=61.2611;RBI=0.0146727;REFB=0;REVB=0.00288217;RO=0;SAF=53;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.00457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14998e-05;OID=.;OPOS=126369872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:66:53:0:0:66:53:0:0 chr4 126370690 . G A 193.72 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0228571;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.348;QD=13.8372;RBI=0.0233468;REFB=-0.0042397;REVB=0.00475648;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205201;STB=0.617052;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00653424;OID=.;OPOS=126370690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:13:10:21:12:13:10:21:12 chr4 126372742 . G A 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.502;QD=58.5986;RBI=0.0260785;REFB=0;REVB=0.00998728;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25702e-05;OID=.;OPOS=126372742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr4 126373789 . G A 1368.91 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.745;QD=61.5238;RBI=0.0228871;REFB=0;REVB=0.0131261;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101968;OID=.;OPOS=126373789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:86:89:1:50:36:0:0:53:36:0:0 chr4 126398497 . G A 484.07 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0102325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4115;QD=23.6131;RBI=0.0216607;REFB=-0.0181208;REVB=-0.0190914;RO=36;SAF=8;SAR=38;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399755;STB=0.72204;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00810398;OID=.;OPOS=126398497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:36:46:46:0.560976:38:8:21:15:38:8:21:15 chr4 126398521 . G GA 38.88 PASS AF=0.517241;AO=12;DP=33;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.150961;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.83286;QD=5.36325;RBI=0.201865;REFB=-0.085186;REVB=0.134016;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147429;STB=0.518494;STBP=0.867;TYPE=ins;VARB=0.13432;OID=.;OPOS=126398522;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517241:12:33:15:29:14:7:8:6:8:36:17:6:6:6:11 chr4 126412575 . A G 766.48 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3337;QD=63.8729;RBI=0.0285783;REFB=0;REVB=0.0248214;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131689;OID=.;OPOS=126412575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:25:23:0:0 chr4 128723042 . T C 412.77 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0614555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2704;QD=15.8758;RBI=0.0720842;REFB=-0.00797951;REVB=0.0376743;RO=58;SAF=29;SAR=17;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819216;STB=0.545952;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0165379;OID=.;OPOS=128723042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:58:46:46:0.442308:17:29:32:26:17:29:32:26 chr4 128743980 . C T 201.9 PASS AF=0.320988;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0110508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1491;QD=9.97036;RBI=0.0513924;REFB=-0.0069464;REVB=-0.0501902;RO=55;SAF=12;SAR=14;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117822;STB=0.568945;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0226931;OID=.;OPOS=128743980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:55:55:26:26:0.320988:14:12:31:24:14:12:31:24 chr4 128807219 . T A 230.05 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.012741;FXX=0.062487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.879;QD=20.4485;RBI=0.0240838;REFB=-0.000894407;REVB=0.0204376;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334213;STB=0.663906;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00127515;OID=.;OPOS=128807219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:45:26:23:22:22:0.488889:13:9:20:6:13:9:17:6 chr4 128814492 . G A 342.2 PASS AF=0.386792;AO=41;DP=106;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0360179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8289;QD=12.9131;RBI=0.0381841;REFB=-0.000903135;REVB=0.0126781;RO=65;SAF=19;SAR=22;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643353;STB=0.536568;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.000617154;OID=.;OPOS=128814492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:65:65:41:41:0.386792:22:19:34:31:22:19:34:31 chr4 128814964 . G T 448.86 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0323479;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1313;QD=18.5098;RBI=0.0323486;REFB=-0.00913673;REVB=-0.00019974;RO=52;SAF=21;SAR=24;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320863;STB=0.517898;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00922625;OID=.;OPOS=128814964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:52:52:45:45:0.463918:24:21:26:26:24:21:26:26 chr4 128842761 . G A 736.36 PASS AF=0.484277;AO=77;DP=159;FAO=77;FDP=159;FR=.;FRO=82;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=-0.00667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.947;QD=18.5247;RBI=0.0110697;REFB=-0.0141436;REVB=-0.00883461;RO=81;SAF=42;SAR=35;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210726;STB=0.514447;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0169283;OID=.;OPOS=128842761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:81:82:77:77:0.484277:35:42:46:35:35:42:47:35 chr4 128949799 . C T 226.32 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0147097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7034;QD=11.1762;RBI=0.0617536;REFB=-0.0205402;REVB=-0.0599761;RO=53;SAF=17;SAR=11;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174433;STB=0.601165;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0371098;OID=.;OPOS=128949799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:53:28:28:0.345679:11:17:24:29:11:17:24:29 chr4 128949850 . A G 183.57 PASS AF=0.324324;AO=23;DP=73;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0282744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.735;QD=9.92272;RBI=0.029101;REFB=-0.00606095;REVB=0.00688642;RO=50;SAF=8;SAR=15;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405103;STB=0.503594;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00645042;OID=.;OPOS=128949850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:50:50:23:24:0.324324:15:8:19:31:15:9:19:31 chr4 128949929 . C A 194.58 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00443095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.261;QD=10.3776;RBI=0.0189999;REFB=-0.00855036;REVB=-0.018476;RO=50;SAF=9;SAR=16;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723396;STB=0.542338;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0132324;OID=.;OPOS=128949929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:50:25:25:0.333333:16:9:21:29:16:9:21:29 chr4 129030059 . ATGT A 46.97 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0136547;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=202.073;QD=9.88856;RBI=0.0148674;REFB=-0.011995;REVB=-0.00588121;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116701;STB=0.59674;STBP=0.56;TYPE=del;VARB=0.0190174;OID=.;OPOS=129030060;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:7:19:7:19:12:3:4:7:5:46:11:3:4:6:5 chr4 129043690 . G A 35.05 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00320449;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.476;QD=4.24892;RBI=0.00777738;REFB=-0.0013566;REVB=-0.00708653;RO=24;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334469;STB=0.75396;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00558867;OID=.;OPOS=129043690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:34:33:24:27:6:6:0.181818:2:4:9:15:2:4:9:18 chr4 129143534 . A G 211.33 PASS AF=0.477273;AO=19;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0501116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.708;QD=19.2116;RBI=0.0533604;REFB=-0.00179032;REVB=0.0183345;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190857;STB=0.571361;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00425508;OID=.;OPOS=129143534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:23:19:21:0.477273:7:12:10:13:9:12:10:13 chr4 129191716 . TA T 193.72 PASS AF=0.373134;AO=51;DP=134;FAO=50;FDP=134;FR=.;FRO=84;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.00523925;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.278;QD=5.78277;RBI=0.00786559;REFB=0.004989;REVB=-0.00586667;RO=79;SAF=19;SAR=32;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927535;STB=0.554574;STBP=0.357;TYPE=del;VARB=-0.00900381;OID=.;OPOS=129191717;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.373134:51:134:50:134:84:19:31:39:45:99:79:19:32:36:43 chr4 129208649 . C T 315.99 PASS AF=0.485714;AO=30;DP=66;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=0.00854083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.178;QD=18.0566;RBI=0.0134128;REFB=-0.00630742;REVB=0.010342;RO=36;SAF=14;SAR=16;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244537;STB=0.64278;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00896046;OID=.;OPOS=129208649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:70:36:36:30:34:0.485714:16:14:8:28:17:17:8:28 chr4 129677184 . C A 363.92 PASS AF=0.423913;AO=38;DP=91;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0148098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.954;QD=15.8228;RBI=0.0156546;REFB=-0.0234747;REVB=0.00507305;RO=53;SAF=16;SAR=22;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333719;STB=0.525101;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0236664;OID=.;OPOS=129677184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:53:53:38:39:0.423913:22:16:24:29:23:16:24:29 chr4 129677239 . T C 1290.36 PASS AF=1;AO=61;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.758;QD=62.1859;RBI=0.113847;REFB=0;REVB=0.0208671;RO=0;SAF=18;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511772;OID=.;OPOS=129677239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:61:83:1:43:18:0:0:43:40:0:0 chr4 129864275 . C T 356.62 PASS AF=0.506849;AO=36;DP=72;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0017089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.627;QD=19.5409;RBI=0.0161206;REFB=-0.0343307;REVB=0.0160298;RO=36;SAF=15;SAR=21;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125285;STB=0.574586;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0316402;OID=.;OPOS=129864275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:36:36:36:37:0.506849:21:15:20:16:22:15:20:16 chr4 129867280 . T A 335.84 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00723488;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.484;QD=19.469;RBI=0.0348196;REFB=-0.0232751;REVB=0.0340596;RO=34;SAF=13;SAR=22;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194025;STB=0.607978;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0295911;OID=.;OPOS=129867280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:34:34:35:35:0.507246:22:13:20:14:22:13:20:14 chr4 129913345 . G A 189.26 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0235013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9922;QD=13.0524;RBI=0.0361607;REFB=-0.0135148;REVB=-0.0274825;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828079;STB=0.547471;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0194869;OID=.;OPOS=129913345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:11:12:21:14:11:12:21:14 chr4 129924977 . C A 581.47 PASS AF=0.619048;AO=52;DP=84;FAO=52;FDP=84;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0313054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5431;QD=27.6892;RBI=0.0382291;REFB=0.0195743;REVB=-0.0219417;RO=30;SAF=28;SAR=24;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048404;STB=0.526595;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.012404;OID=.;OPOS=129924977;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:30:32:52:52:0.619048:24:28:14:16:24:28:15:17 chr4 130030644 . C T 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00761783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.668;QD=57.7107;RBI=0.010386;REFB=0;REVB=0.00705964;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20373e-05;OID=.;OPOS=130030644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr4 130030652 . A G 868.19 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.222;QD=57.8796;RBI=0.0456779;REFB=0;REVB=-0.00183474;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134431;OID=.;OPOS=130030652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:23:37:0:0:23:37:0:0 chr4 130032843 . A G 837.17 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169722;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.806;QD=57.7358;RBI=0.0458746;REFB=0;REVB=0.0426195;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.29578e-05;OID=.;OPOS=130032843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:20:38:0:0:20:38:0:0 chr4 132641498 . T A 2399.95 PASS AF=1;AO=122;DP=162;FAO=161;FDP=161;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=95;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00157722;FXX=0.00617246;HRUN=7;LEN=1;MLLD=242.369;QD=59.626;RBI=0.0361672;REFB=0;REVB=0.0361328;RO=0;SAF=71;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.80326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000754078;OID=.;OPOS=132641498;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:162:161:0:0:122:161:1:51:71:0:0:66:95:0:0 chr4 133367588 . T C 1806.19 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00594148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.62;QD=60.2063;RBI=0.0149368;REFB=-0.000970143;REVB=0.0137043;RO=0;SAF=55;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98352e-08;STB=0.503875;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-6.01836e-05;OID=.;OPOS=133367588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:0:1:119:119:0.991667:64:55:0:0:64:55:0:1 chr4 134071648 . AC ACC,A,CC 33.18 PASS AF=0.24,0.36,0.04;AO=4,7,2;DP=25;FAO=6,9,1;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=4,7,1;FSAR=2,2,0;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.102177,-0.107088,0.0196764;FXX=0.0384468;HRUN=7,7,2;LEN=1,1,1;MLLD=7.96106,8.20171,25.0819;QD=5.30929;RBI=0.192742,0.19752,0.198904;REFB=0.0356336,-0.0345998,0.00551559;REVB=-0.16343,0.165971,-0.197929;RO=8;SAF=3,6,1;SAR=1,1,1;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.197909,-0.0334227,-0.438176;STB=0.764161,0.695347,0.5;STBP=0.433,0.362,1;TYPE=ins,del,snp;VARB=0.115839,0.138275,0.0036771;OID=.,.,.;OPOS=134071649,134071649,134071648;OREF=-,C,A;OALT=C,-,C;OMAPALT=ACC,A,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:25:25:8:9:4,7,2:6,9,1:0.24,0.36,0.04:1,1,1:3,6,1:7:1:2,2,0:4,7,1:9:0 chr4 134084291 . T C 545.66 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.0362877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.942;QD=17.1862;RBI=0.0365252;REFB=-0.00404931;REVB=-0.00415861;RO=69;SAF=17;SAR=41;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211091;STB=0.618048;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00352171;OID=.;OPOS=134084291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:69:69:58:58:0.456693:41:17:34:35:41:17:34:35 chr4 134112139 . CA AC,C 225.4 PASS AF=0.0956522,0.347826;AO=13,38;DP=117;FAO=11,40;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=0,7;FSAR=11,33;FSRF=56;FSRR=8;FWDB=-0.0171363,0.0677316;FXX=0.0254216;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=142.485,10.9925;QD=7.83987;RBI=0.0208373,0.140529;REFB=-0.00534269,-0.0941366;REVB=-0.0118549,-0.123129;RO=56;SAF=0,4;SAR=13,34;SRF=51;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.863414,-0.759078;STB=0.999539,0.878539;STBP=0,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.0922624,0.0850115;OID=.,.;OPOS=134112139,134112140;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:117:115:56:64:13,38:11,40:0.0956522,0.347826:13,34:0,4:51:5:11,33:0,7:56:8 chr4 134710268 . G A 528.87 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00174501;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.58;QD=24.316;RBI=0.0114935;REFB=-0.00478142;REVB=-0.0113602;RO=38;SAF=22;SAR=27;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144647;STB=0.579259;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00219278;OID=.;OPOS=134710268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:38:38:49:49:0.563218:27:22:24:14:27:22:24:14 chr4 135121066 . T G 1407.44 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.807;QD=62.5528;RBI=0.0277626;REFB=0;REVB=-0.0223576;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.62642e-06;OID=.;OPOS=135121066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:40:48:0:0:42:48:0:0 chr4 135121368 . G T 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00251331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.425;QD=57.103;RBI=0.029183;REFB=0;REVB=0.0290746;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151237;OID=.;OPOS=135121368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr4 135121601 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.292;QD=56.7066;RBI=0.0247022;REFB=0;REVB=0.0148643;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222876;OID=.;OPOS=135121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr4 136917156 . G A 127.9 PASS AF=0.212766;AO=20;DP=94;FAO=20;FDP=94;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.0307329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0813;QD=5.44269;RBI=0.0413544;REFB=-0.0129043;REVB=-0.0276708;RO=69;SAF=6;SAR=14;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16271;STB=0.623159;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0268182;OID=.;OPOS=136917156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:69:74:20:20:0.212766:14:6:29:40:14:6:33:41 chr4 138449683 . A G 475.08 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00250527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.773;QD=17.7601;RBI=0.0339288;REFB=-0.0278151;REVB=0.0338362;RO=56;SAF=26;SAR=25;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244303;STB=0.513568;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0480986;OID=.;OPOS=138449683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:51:51:0.476636:25:26:30:26:25:26:30:26 chr4 138453453 . G A 709.66 PASS AF=0.48951;AO=69;DP=144;FAO=70;FDP=143;FR=.;FRO=73;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.0116744;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.288;QD=19.8506;RBI=0.0190958;REFB=-0.0152582;REVB=0.0151115;RO=72;SAF=43;SAR=26;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520906;STB=0.527984;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0164016;OID=.;OPOS=138453453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:72:73:69:70:0.48951:26:43:41:31:27:43:41:32 chr4 139086246 . A G 318.71 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.011577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.196;QD=20.8989;RBI=0.0302829;REFB=-0.0127595;REVB=0.0279826;RO=28;SAF=18;SAR=15;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812778;STB=0.504502;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0155744;OID=.;OPOS=139086246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:15:18:15:13:15:18:15:13 chr4 139100372 . C T 888.65 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0083521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.669;QD=56.4221;RBI=0.0101893;REFB=0.021144;REVB=0.00583643;RO=1;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171646;STB=0.509088;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-8.54605e-05;OID=.;OPOS=139100372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:27:35:0:1:27:35:0:1 chr4 139135799 . T C 2426.41 PASS AF=0.570352;AO=224;DP=407;FAO=227;FDP=398;FR=.;FRO=171;FSAF=107;FSAR=120;FSRF=90;FSRR=81;FWDB=0.0253764;FXX=0.0245092;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.214;QD=24.386;RBI=0.0253838;REFB=-0.00624988;REVB=-0.000609975;RO=167;SAF=106;SAR=118;SRF=86;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329646;STB=0.523621;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00332318;OID=.;OPOS=139135799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:407:398:167:171:224:227:0.570352:118:106:86:81:120:107:90:81 chr4 139140494 . G C 482.06 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0024717;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.028;QD=18.3643;RBI=0.00431152;REFB=0.00125372;REVB=0.00353269;RO=54;SAF=29;SAR=22;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469857;STB=0.526067;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00129325;OID=.;OPOS=139140494;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:54:51:51:0.485714:22:29:28:26:22:29:28:26 chr4 140005294 . A G 1568.43 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2301;QD=64.0176;RBI=0.0863103;REFB=0;REVB=-0.0837069;RO=0;SAF=54;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000652585;OID=.;OPOS=140005294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:44:54:0:0:44:54:0:0 chr4 140188094 . C T 313.81 PASS AF=0.561404;AO=31;DP=56;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00996565;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.017;QD=22.0219;RBI=0.0159243;REFB=-0.0263208;REVB=-0.0124205;RO=24;SAF=18;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972762;STB=0.550693;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0138298;OID=.;OPOS=140188094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:24:25:31:32:0.561404:13:18:11:13:13:19:12:13 chr4 140396931 . C A 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0878219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9415;QD=12.8592;RBI=0.0897585;REFB=-0.0390449;REVB=0.0185447;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490947;STB=0.788741;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0399766;OID=.;OPOS=140396931;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:7:1:5:2:7:1 chr4 140417671 . G C 1012.11 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.903;QD=57.835;RBI=0.0327008;REFB=-0.117679;REVB=-0.00553082;RO=1;SAF=32;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145434;STB=0.50769;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00378248;OID=.;OPOS=140417671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:37:32:1:0:37:32:1:0 chr4 140606425 . G A 214.1 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00112905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0361;QD=14.7652;RBI=0.0203136;REFB=0.0187567;REVB=0.0202822;RO=33;SAF=10;SAR=15;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262334;STB=0.648533;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.0233287;OID=.;OPOS=140606425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:15:10:22:11:15:10:22:11 chr4 140606447 . G T 215.86 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00949356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.868;QD=15.1479;RBI=0.0404582;REFB=-0.0172899;REVB=0.0393286;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104705;STB=0.559275;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.024279;OID=.;OPOS=140606447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:12:13:20:12:12:13:20:12 chr4 140651584 . TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC 154.43 PASS AF=0,1;AO=3,7;DP=16;FAO=0,14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582156,0.0605699;FXX=0.124922;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=183.048,198.17;QD=44.1214;RBI=0.0681413,0.0689924;REFB=0,0;REVB=0.0354143,0.033034;RO=0;SAF=3,7;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000600949;OID=.,.;OPOS=140651609,140651585;OREF=CTGC,CTG;OALT=-,-;OMAPALT=TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,7:16:0,14:14:0:0,11:0,3:0:0:3:0:3,7:0,0:0:0 chr4 141295264 . G A 138.6 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00104359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.974;QD=12.0525;RBI=0.0215954;REFB=-0.00411914;REVB=0.0215702;RO=29;SAF=5;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232782;STB=0.628405;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00538632;OID=.;OPOS=141295264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:11:5:15:14:11:5:15:15 chr4 141313453 . T G 208.72 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0273935;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.3657;QD=11.9271;RBI=0.0293553;REFB=-0.0176302;REVB=0.0105513;RO=44;SAF=16;SAR=10;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511161;STB=0.52939;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.071731;OID=.;OPOS=141313453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:10:16:29:15:10:16:29:15 chr4 141499166 . G A 148.98 PASS AF=0.28;AO=21;DP=75;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=46;FWDB=0.000340166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.228;QD=7.94537;RBI=0.0187971;REFB=0.00057043;REVB=0.018794;RO=54;SAF=2;SAR=19;SRF=8;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152642;STB=0.593648;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00151602;OID=.;OPOS=141499166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:54:54:21:21:0.28:19:2:8:46:19:2:8:46 chr4 141542348 . C T 36.99 PASS AF=0.375;AO=4;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.133295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.713;QD=9.24843;RBI=0.133306;REFB=-0.00132579;REVB=-0.00168279;RO=10;SAF=0;SAR=4;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.611521;STB=0.683735;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0853621;OID=.;OPOS=141542348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:16:16:10:10:4:6:0.375:4:0:1:9:4:2:1:9 chr4 141543997 . G A 1246.84 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.914;QD=61.5726;RBI=0.0661056;REFB=0;REVB=0.0575088;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174762;OID=.;OPOS=141543997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:44:36:0:0:45:36:0:0 chr4 141555170 . C T 179.81 PASS AF=0.303797;AO=24;DP=79;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0112028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.998;QD=9.1043;RBI=0.0117389;REFB=-0.00914708;REVB=0.00350703;RO=53;SAF=9;SAR=15;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261945;STB=0.518379;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0151693;OID=.;OPOS=141555170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:53:55:24:24:0.303797:15:9:21:32:15:9:22:33 chr4 141578895 . G A 225.52 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.053719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5263;QD=11.0011;RBI=0.05966;REFB=-0.0200309;REVB=0.0259535;RO=53;SAF=9;SAR=19;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199603;STB=0.611131;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0367464;OID=.;OPOS=141578895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:54:28:28:0.341463:19:9:26:27:19:9:26:28 chr4 141598126 . C T 597.34 PASS AF=0.702703;AO=51;DP=73;FAO=52;FDP=74;FR=.;FRO=22;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00951024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.504;QD=32.2889;RBI=0.0304796;REFB=-0.0080453;REVB=0.0289579;RO=22;SAF=28;SAR=23;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781282;STB=0.538447;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00285481;OID=.;OPOS=141598126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:22:22:51:52:0.702703:23:28:9:13:24:28:9:13 chr4 141600320 . A G 135.84 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0109474;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.804;QD=16.4657;RBI=0.0119401;REFB=-0.0146091;REVB=-0.00476662;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109898;STB=0.506321;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0199094;OID=.;OPOS=141600320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:7:11:9:6:7:11 chr4 142640637 . A G 393.84 PASS AF=0.435644;AO=43;DP=95;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0002277;FXX=0.0194156;HRUN=8;LEN=1;MLLD=249.449;QD=15.5977;RBI=0.0041593;REFB=-0.0105127;REVB=-0.00415306;RO=33;SAF=18;SAR=25;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701913;STB=0.506198;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0106524;OID=.;OPOS=142640637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:101:33:57:43:44:0.435644:25:18:11:22:25:19:24:33 chr4 142654084 . C A 254.53 PASS AF=0.29661;AO=35;DP=118;FAO=35;FDP=118;FR=.;FRO=83;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=0.00578627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.908;QD=8.62827;RBI=0.0165854;REFB=0.000653197;REVB=-0.0155433;RO=81;SAF=15;SAR=20;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207535;STB=0.612377;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00211906;OID=.;OPOS=142654084;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:81:83:35:35:0.29661:20:15:49:32:20:15:49:34 chr4 143067053 . C T 496.04 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0356869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.048;QD=17.8753;RBI=0.0391765;REFB=0.00107662;REVB=-0.016163;RO=58;SAF=26;SAR=27;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887903;STB=0.504928;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.00151071;OID=.;OPOS=143067053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:58:53:53:0.477477:27:26:29:29:27:26:29:29 chr4 143235865 . C G 872.33 PASS AF=0.514793;AO=87;DP=170;FAO=87;FDP=169;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.00142703;FXX=0.00588201;HRUN=4;LEN=1;MLLD=317.229;QD=20.6468;RBI=0.00527465;REFB=0.00425226;REVB=-0.00507795;RO=82;SAF=39;SAR=48;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120866;STB=0.566299;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00383173;OID=.;OPOS=143235865;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:82:82:87:87:0.514793:48:39:48:34:48:39:48:34 chr4 143268702 . A G 518.34 PASS AF=0.355932;AO=61;DP=175;FAO=63;FDP=177;FR=.;FRO=114;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=52;FSRR=62;FWDB=0.0147665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.478;QD=11.7139;RBI=0.022622;REFB=-0.00808295;REVB=-0.0171378;RO=114;SAF=26;SAR=35;SRF=52;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346059;STB=0.507612;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0145363;OID=.;OPOS=143268702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:177:114:114:61:63:0.355932:35:26:52:62:35:28:52:62 chr4 144127213 . A G 285.55 PASS AF=0.327586;AO=37;DP=116;FAO=38;FDP=116;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=27;FWDB=-0.0037123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.003;QD=9.84646;RBI=0.00382094;REFB=-0.00539653;REVB=0.000904667;RO=78;SAF=19;SAR=18;SRF=51;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165581;STB=0.603396;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0104433;OID=.;OPOS=144127213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:78:78:37:38:0.327586:18:19:51:27:19:19:51:27 chr4 144135718 . G A 1058.14 PASS AF=0.914634;AO=77;DP=82;FAO=75;FDP=82;FR=.;FRO=7;FSAF=54;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0202148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3311;QD=51.6167;RBI=0.0272765;REFB=-0.0665671;REVB=-0.0183131;RO=5;SAF=54;SAR=23;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924255;STB=0.571409;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0215168;OID=.;OPOS=144135718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:82:82:5:7:77:75:0.914634:23:54:0:5:21:54:0:7 chr4 144442611 . T C 135.01 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0371731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.3885;QD=16.8757;RBI=0.0421558;REFB=-0.00236837;REVB=0.0198813;RO=17;SAF=12;SAR=3;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123178;STB=0.571326;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00519435;OID=.;OPOS=144442611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:3:12:12:5:3:12:12:5 chr4 144442735 . C T 84.33 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0383823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9515;QD=10.5412;RBI=0.0384951;REFB=-0.0247541;REVB=-0.00294401;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493524;STB=0.51721;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0657038;OID=.;OPOS=144442735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:20:21:11:11:0.34375:5:6:11:9:5:6:12:9 chr4 144467104 . T C 1288.44 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0011381;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.959;QD=62.0934;RBI=0.00295792;REFB=0;REVB=0.00273021;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.83182e-06;OID=.;OPOS=144467104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:52:30:0:0:53:30:0:0 chr4 144617842 . G T 371.53 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0309961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.138;QD=20.0825;RBI=0.0311594;REFB=-0.00521314;REVB=0.00318628;RO=36;SAF=18;SAR=20;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257519;STB=0.514278;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00417247;OID=.;OPOS=144617842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:20:18:16:20:20:18:16:20 chr4 144618610 . G C 1245.88 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00902628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.527;QD=61.5252;RBI=0.0202007;REFB=0;REVB=-0.0180719;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35455e-05;OID=.;OPOS=144618610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:35:46:0:0:35:46:0:0 chr4 144620758 . C T 184.69 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00516485;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.371;QD=26.384;RBI=0.0392813;REFB=0.00110964;REVB=-0.0389403;RO=10;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137414;STB=0.576527;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00146886;OID=.;OPOS=144620758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:11:7:6:4:11:7:6:4 chr4 144621199 . A G 61.37 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0296277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8365;QD=18.8843;RBI=0.0328979;REFB=-0.020915;REVB=-0.0142994;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376043;STB=0.71943;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00380939;OID=.;OPOS=144621199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:4:1:6:2:4:1 chr4 144801662 . C G 684.01 PASS AF=0.507463;AO=68;DP=173;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.00265259;FXX=0.225421;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.051;QD=20.4183;RBI=0.0443901;REFB=-0.00790727;REVB=-0.0443107;RO=66;SAF=30;SAR=38;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153897;STB=0.508472;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00861246;OID=.;OPOS=144801662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:134:66:66:68:68:0.507463:38:30:28:38:38:30:28:38 chr4 144920596 . G A 168.19 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00385779;FXX=0.0727141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.895;QD=13.191;RBI=0.0241957;REFB=0.00156111;REVB=-0.0238862;RO=31;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17012;STB=0.597962;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00152206;OID=.;OPOS=144920596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:9:11:12:19:9:11:12:19 chr4 145032579 . T TA 34.0 PASS AF=0.352941;AO=19;DP=78;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0204181;FXX=0.0144907;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.64467;QD=1.9998;RBI=0.0580491;REFB=-0.112257;REVB=0.0543397;RO=55;SAF=11;SAR=8;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172684;STB=0.573469;STBP=0.379;TYPE=ins;VARB=0.105724;OID=.;OPOS=145032580;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:19:78:24:68:44:12:12:17:27:33:55:11:8:24:31 chr4 145041686 . A G 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00750747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5058;QD=28.5343;RBI=0.0224847;REFB=0.0165805;REVB=0.0211943;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00030325;OID=.;OPOS=145041686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:1:0:3:4:1:0 chr4 145041741 . T G 34.98 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0399743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.594;QD=23.3211;RBI=0.0571316;REFB=-0.186395;REVB=0.0408176;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0168223;OID=.;OPOS=145041741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:5:5:0.833333:4:1:0:0:4:1:0:1 chr4 145581059 . A G 444.94 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00843969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.422;QD=17.9773;RBI=0.0169549;REFB=0.00623311;REVB=0.0147051;RO=54;SAF=19;SAR=26;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148566;STB=0.508299;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00557289;OID=.;OPOS=145581059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:45:45:0.454545:26:19:22:32:26:19:22:32 chr4 146049115 . C T 503.83 PASS AF=0.346369;AO=62;DP=175;FAO=62;FDP=179;FR=.;FRO=117;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=56;FSRR=61;FWDB=-0.00392803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1402;QD=11.2588;RBI=0.0166006;REFB=-0.0110373;REVB=-0.0161292;RO=113;SAF=30;SAR=32;SRF=54;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00679134;STB=0.503427;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0151101;OID=.;OPOS=146049115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:179:113:117:62:62:0.346369:32:30:54:59:32:30:56:61 chr4 146054799 . G C 416.09 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00760273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9542;QD=16.9832;RBI=0.00790438;REFB=-0.0252543;REVB=-0.00216282;RO=54;SAF=22;SAR=21;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299253;STB=0.511622;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0257571;OID=.;OPOS=146054799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:55:43:43:0.438776:21:22:26:28:21:22:27:28 chr4 146057637 . A AAC,C 145.35 PASS AF=0.361702,0;AO=17,2;DP=52;FAO=17,0;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=15,0;FSAR=2,0;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.00557313,0.00580717;FXX=0.0961354;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=276.239,275.97;QD=12.3706;RBI=0.00560797,0.00583784;REFB=-0.00102263,0.000239493;REVB=-0.000624104,-0.000597583;RO=33;SAF=15,2;SAR=2,0;SRF=23;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.333332,0.370703;STB=0.695923,0.5;STBP=0.113,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00393436,0;OID=.,.;OPOS=146057638,146057637;OREF=-,A;OALT=AC,C;OMAPALT=AAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:47:33:30:17,2:17,0:0.361702,0:2,0:15,2:23:10:2,0:15,0:21:9 chr4 146070765 . C G 79.83 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0170547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0336;QD=5.80608;RBI=0.0899228;REFB=-0.0090429;REVB=-0.0882907;RO=43;SAF=4;SAR=8;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520832;STB=0.533277;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0387173;OID=.;OPOS=146070765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:43:43:12:12:0.218182:8:4:16:27:8:4:16:27 chr4 146479231 . CAAAA C,CAAAC 531.96 PASS AF=0.465517,0.5;AO=7,6;DP=67;FAO=27,29;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=21,12;FSAR=6,17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00955112,-0.00296863;FXX=0.159397;HRUN=15,15;LEN=4,1;MLLD=12.6517,158.055;QD=36.6867;RBI=0.0592695,0.0425601;REFB=-0.24192,-0.111891;REVB=-0.0584949,-0.0424564;RO=2;SAF=6,1;SAR=1,5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.422723,0.144764;STB=0.571372,0.527759;STBP=0.029,0.289;TYPE=del,snp;VARB=0.0323447,0.0174774;OID=.,.;OPOS=146479232,146479235;OREF=AAAA,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.465517,0.5:7,6:67:27,29:58:2:21,12:6,17:0:2:99:2:6,1:1,5:0:2 chr4 146828332 . A G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.000452249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.46;QD=18.8287;RBI=0.000605951;REFB=-0.0186228;REVB=0.000403295;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872089;STB=0.504946;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0160734;OID=.;OPOS=146828332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:8:12:13:9:8:12:13:9 chr4 147178011 . C G 802.86 PASS AF=0.536913;AO=79;DP=151;FAO=80;FDP=149;FR=.;FRO=69;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.00700026;FXX=0.0132442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3772;QD=21.5534;RBI=0.0162399;REFB=-0.027649;REVB=-0.0146537;RO=69;SAF=42;SAR=37;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700563;STB=0.535023;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0285644;OID=.;OPOS=147178011;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:69:69:79:80:0.536913:37:42:31:38:38:42:31:38 chr4 147561578 . T C 202.79 PASS AF=0.234848;AO=31;DP=133;FAO=31;FDP=132;FR=.;FRO=101;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=-0.0031852;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.187;QD=6.14501;RBI=0.0192091;REFB=-0.0141916;REVB=-0.0189432;RO=96;SAF=21;SAR=10;SRF=51;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190304;STB=0.621982;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0337582;OID=.;OPOS=147561578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:96:101:31:31:0.234848:10:21:51:45:10:21:53:48 chr4 147788709 . C T 1127.65 PASS AF=0.47012;AO=117;DP=250;FAO=118;FDP=251;FR=.;FRO=133;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=72;FSRR=61;FWDB=-0.00535673;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.741;QD=17.9705;RBI=0.0154803;REFB=-0.00212594;REVB=0.014524;RO=133;SAF=53;SAR=64;SRF=72;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851498;STB=0.548867;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00271756;OID=.;OPOS=147788709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:251:133:133:117:118:0.47012:64:53:72:61:65:53:72:61 chr4 147824864 . G A 327.33 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00812659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4929;QD=17.6937;RBI=0.0104448;REFB=0.0219181;REVB=0.0065614;RO=38;SAF=14;SAR=21;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190707;STB=0.612839;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0286661;OID=.;OPOS=147824864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:35:35:0.472973:21:14:23:15:21:14:24:15 chr4 148461037 . T C 627.79 PASS AF=0.4375;AO=68;DP=159;FAO=70;FDP=160;FR=.;FRO=90;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=54;FSRR=36;FWDB=0.0535019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.9701;QD=15.6947;RBI=0.0677413;REFB=0.0143553;REVB=0.0415503;RO=91;SAF=34;SAR=34;SRF=55;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107017;STB=0.556234;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.0141507;OID=.;OPOS=148461037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:91:90:68:70:0.4375:34:34:55:36:35:35:54:36 chr4 148461073 . G A 532.63 PASS AF=0.448819;AO=56;DP=128;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.00282877;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.051;QD=16.7758;RBI=0.0141316;REFB=-0.00845406;REVB=0.0138456;RO=72;SAF=24;SAR=32;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113988;STB=0.567364;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0091713;OID=.;OPOS=148461073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:72:70:56:57:0.448819:32:24:39:33:33:24:38:32 chr4 148944467 . A G 330.04 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00694667;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.225;QD=18.0841;RBI=0.0154474;REFB=-0.00893991;REVB=0.0137973;RO=38;SAF=10;SAR=25;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622431;STB=0.534863;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0080157;OID=.;OPOS=148944467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:25:10:13:25:25:10:13:25 chr4 149000024 . C T 1017.05 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.841;QD=58.9592;RBI=0.0302325;REFB=0;REVB=0.0254098;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77562e-05;OID=.;OPOS=149000024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:63:69:0:0:63:69:1:28:35:0:0:33:36:0:0 chr4 149356516 . A G 1733.52 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0359723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.004;QD=59.7764;RBI=0.0362257;REFB=-0.00010766;REVB=-0.004277;RO=1;SAF=56;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798107;STB=0.504201;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=3.75631e-05;OID=.;OPOS=149356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:59:56:0:1:59:56:0:1 chr4 149357475 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.005;QD=57.2025;RBI=0.015276;REFB=0;REVB=-0.0097926;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126268;OID=.;OPOS=149357475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr4 149358014 . G C 446.83 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.343;QD=57.6559;RBI=0.023817;REFB=0;REVB=0.00175084;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51546e-05;OID=.;OPOS=149358014;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:17:12:0:0:17:14:0:0 chr4 150769133 . G A 1727.88 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000923513;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.275;QD=59.0727;RBI=0.00555308;REFB=-0.00506923;REVB=0.00547575;RO=1;SAF=61;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871291;STB=0.504504;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=5.41373e-05;OID=.;OPOS=150769133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:117:117:1:1:115:116:0.991453:54:61:0:1:55:61:0:1 chr4 151168815 . G A 538.6 PASS AF=0.43609;AO=58;DP=132;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.00650824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.295;QD=16.1986;RBI=0.0174861;REFB=-0.00651124;REVB=0.0162298;RO=73;SAF=31;SAR=27;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411258;STB=0.514482;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0064199;OID=.;OPOS=151168815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:73:75:58:58:0.43609:27:31:42:31:27:31:42:33 chr4 151177340 . CC TG 54.42 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.142653;HRUN=3;LEN=2;MLLD=288.167;QD=36.2816;RBI=0.0108786;REFB=0;REVB=0.0108786;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.38309e-05;OID=.;OPOS=151177340;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr4 151505322 . T A 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0368893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4785;QD=23.6747;RBI=0.0507639;REFB=-0.0112185;REVB=-0.0348734;RO=16;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162899;STB=0.590708;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0084283;OID=.;OPOS=151505322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:11:10:11:5:11:10:11:5 chr4 151727482 . G T 66.49 PASS AF=0.0862745;AO=22;DP=254;FAO=22;FDP=255;FR=.;FRO=233;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=131;FSRR=102;FWDB=-0.0106787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.255;QD=1.04298;RBI=0.0255597;REFB=0.00114345;REVB=-0.0232221;RO=232;SAF=9;SAR=13;SRF=131;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180453;STB=0.637357;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.012992;OID=.;OPOS=151727482;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:254:255:232:233:22:22:0.0862745:13:9:131:101:13:9:131:102 chr4 151773593 . G C 124.12 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0277394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4493;QD=9.92976;RBI=0.0286216;REFB=-0.0106682;REVB=0.00705164;RO=34;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261922;STB=0.648448;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0218739;OID=.;OPOS=151773593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:35:15:15:0.3:5:10:15:19:5:10:16:19 chr4 151829824 . T C 493.88 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0137163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.391;QD=22.9712;RBI=0.0178528;REFB=-0.00940431;REVB=0.0114274;RO=39;SAF=30;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170957;STB=0.594169;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00674152;OID=.;OPOS=151829824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:39:47:47:0.546512:17:30:17:22:17:30:17:22 chr4 152041502 . C G 651.11 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000456343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.024;QD=62.0103;RBI=0.0191953;REFB=0;REVB=-0.0191899;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165519;OID=.;OPOS=152041502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr4 152070633 . T A 2614.81 PASS AF=0.972067;AO=171;DP=176;FAO=174;FDP=179;FR=.;FRO=5;FSAF=97;FSAR=77;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00317777;FXX=0.00555525;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.734;QD=58.4315;RBI=0.00630721;REFB=-0.0487649;REVB=0.00544818;RO=5;SAF=96;SAR=75;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131126;STB=0.506875;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000146244;OID=.;OPOS=152070633;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:176:179:5:5:171:174:0.972067:75:96:4:1:77:97:4:1 chr4 152201018 . G GCAGGT 214.38 PASS AF=0.46;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00603178;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=5;MLLD=194.471;QD=17.1505;RBI=0.0362264;REFB=-0.0261153;REVB=-0.0357207;RO=27;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589451;STB=0.533305;STBP=0.683;TYPE=ins;VARB=0.0285255;OID=.;OPOS=152201019;OREF=-;OALT=CAGGT;OMAPALT=GCAGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46:23:51:23:50:27:14:9:18:9:99:27:14:9:18:9 chr4 152201053 . G A 274.42 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0117826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.193;QD=16.8876;RBI=0.0160847;REFB=-0.0020729;REVB=0.0109494;RO=34;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00754039;STB=0.505513;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00291856;OID=.;OPOS=152201053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:30:31:0.476923:13:17:19:15:14:17:19:15 chr4 152212486 . C T 315.84 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.0609733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.069;QD=15.2212;RBI=0.060977;REFB=-0.0243857;REVB=-0.000674567;RO=48;SAF=21;SAR=14;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494554;STB=0.527903;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0328134;OID=.;OPOS=152212486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:14:21:31:17:14:21:31:17 chr4 152212603 . T G 1008.33 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3969;QD=59.3138;RBI=0.0643054;REFB=0;REVB=0.0616211;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427432;OID=.;OPOS=152212603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr4 152601050 . GC G 127.0 PASS AF=0.364706;AO=28;DP=82;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0862699;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.9966;QD=5.97645;RBI=0.0999738;REFB=0.00301863;REVB=0.05052;RO=51;SAF=9;SAR=19;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132299;STB=0.607967;STBP=0.17;TYPE=del;VARB=0.00451324;OID=.;OPOS=152601051;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.364706:28:82:31:85:54:9:22:24:30:99:51:9:19:22:29 chr4 153249456 . C T 480.22 PASS AF=0.285714;AO=66;DP=231;FAO=66;FDP=231;FR=.;FRO=165;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=86;FSRR=79;FWDB=-0.000784441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.16;QD=8.3155;RBI=0.0186244;REFB=-0.00778353;REVB=-0.0186079;RO=164;SAF=39;SAR=27;SRF=86;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822221;STB=0.550524;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.021813;OID=.;OPOS=153249456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:164:165:66:66:0.285714:27:39:86:78:27:39:86:79 chr4 153601048 . A G 195.39 PASS AF=0.337838;AO=24;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.021407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8705;QD=10.5615;RBI=0.0255946;REFB=-0.01236;REVB=-0.0140294;RO=48;SAF=6;SAR=18;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169308;STB=0.603086;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0212253;OID=.;OPOS=153601048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:49:24:25:0.337838:18:6:18:30:19:6:18:31 chr4 153690842 . T C 1607.1 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00367394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5177;QD=64.2841;RBI=0.0327973;REFB=0;REVB=0.0325909;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142202;OID=.;OPOS=153690842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:53:47:0:0:53:47:0:0 chr4 153896358 . C T 1647.25 PASS AF=0.56;AO=154;DP=276;FAO=154;FDP=275;FR=.;FRO=121;FSAF=80;FSAR=74;FSRF=55;FSRR=66;FWDB=-0.00183023;FXX=0.00362306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.795;QD=23.96;RBI=0.00733315;REFB=-0.00706601;REVB=0.00710108;RO=120;SAF=80;SAR=74;SRF=54;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559871;STB=0.528548;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0086165;OID=.;OPOS=153896358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:275:120:121:154:154:0.56:74:80:54:66:74:80:55:66 chr4 153897770 . G A 292.71 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00271315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.663;QD=27.2292;RBI=0.0226749;REFB=-0.0193651;REVB=0.022512;RO=17;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00829872;STB=0.504584;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.020727;OID=.;OPOS=153897770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:11:15:10:7:11:15:10:7 chr4 153898178 . A G 255.82 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2682;QD=51.164;RBI=0.0587831;REFB=0;REVB=0.0333798;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000491327;OID=.;OPOS=153898178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr4 154197234 . T G 334.43 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.000123534;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.345;QD=16.5153;RBI=0.000266743;REFB=0.00176224;REVB=0.000236413;RO=45;SAF=23;SAR=13;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236723;STB=0.633098;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00206586;OID=.;OPOS=154197234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:45:45:36:36:0.444444:13:23:18:27:13:23:18:27 chr4 154216710 . G A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0518846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.516;QD=8.69097;RBI=0.0572279;REFB=-0.0124955;REVB=0.0241459;RO=16;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458431;STB=0.791773;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.034136;OID=.;OPOS=154216710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:16:17:8:8:0.32:6:2:11:5:6:2:12:5 chr4 154388403 . A G 322.84 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0149324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.154;QD=19.2743;RBI=0.0158752;REFB=-0.0191101;REVB=0.00538931;RO=33;SAF=16;SAR=18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684359;STB=0.538031;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0208941;OID=.;OPOS=154388403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:18:16:13:20:18:16:13:20 chr4 154478222 . C T 982.29 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.035508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4921;QD=56.1309;RBI=0.0454659;REFB=-0.0204631;REVB=-0.028396;RO=2;SAF=35;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262415;STB=0.513885;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00471543;OID=.;OPOS=154478222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:33:35:2:0:33:35:2:0 chr4 154479430 . T C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6369;QD=61.683;RBI=0.0402099;REFB=0;REVB=-0.019422;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000542211;OID=.;OPOS=154479430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr4 154513627 . A G 288.53 PASS AF=0.31405;AO=38;DP=121;FAO=38;FDP=121;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=52;FWDB=0.0181327;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.664;QD=9.5381;RBI=0.0200062;REFB=-0.0142775;REVB=-0.00845309;RO=82;SAF=26;SAR=12;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353703;STB=0.708581;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0233592;OID=.;OPOS=154513627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:82:83:38:38:0.31405:12:26:31:51:12:26:31:52 chr4 154513722 . C T 422.94 PASS AF=0.344371;AO=52;DP=151;FAO=52;FDP=151;FR=.;FRO=99;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=67;FWDB=0.0505886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.647;QD=11.2037;RBI=0.0526149;REFB=-0.00816037;REVB=-0.0144608;RO=98;SAF=25;SAR=27;SRF=32;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178489;STB=0.60423;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0197873;OID=.;OPOS=154513722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:98:99:52:52:0.344371:27:25:32:66:27:25:32:67 chr4 154514965 . T C 466.48 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00550768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.713;QD=22.4811;RBI=0.0186028;REFB=-0.0141386;REVB=0.0177687;RO=38;SAF=23;SAR=22;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00923629;STB=0.505086;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0094574;OID=.;OPOS=154514965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:22:23:19:19:22:23:19:19 chr4 154525458 . C T 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0169878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.948;QD=8.23033;RBI=0.0173456;REFB=0.00432483;REVB=-0.0035047;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115879;STB=0.571289;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.0102449;OID=.;OPOS=154525458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:5:5:10:15:5:5:10:15 chr4 154624656 . T C 331.67 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00676071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.554;QD=21.3983;RBI=0.0131701;REFB=0.00352307;REVB=-0.0113024;RO=28;SAF=12;SAR=22;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00374955;STB=0.502073;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.00333288;OID=.;OPOS=154624656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:22:12:10:18:22:12:10:18 chr4 154625409 . T C 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00709324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.423;QD=23.5283;RBI=0.0243217;REFB=-9.39953e-05;REVB=0.0232643;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237126;STB=0.610516;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000349672;OID=.;OPOS=154625409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:15:20:20:0.571429:11:9:2:12:11:9:3:12 chr4 154631543 . A T 1151.84 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.923;QD=60.6229;RBI=0.0418808;REFB=0;REVB=-0.0310478;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.47628e-06;OID=.;OPOS=154631543;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr4 154702283 . G C 162.95 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0635764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.081;QD=13.0363;RBI=0.0646541;REFB=-0.00618858;REVB=-0.0117556;RO=32;SAF=6;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221676;STB=0.629989;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00963409;OID=.;OPOS=154702283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:12:6:17:15:12:6:17:15 chr4 154709856 . A C 764.55 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00985936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.93;QD=63.7121;RBI=0.0279975;REFB=0;REVB=0.0262041;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33012e-05;OID=.;OPOS=154709856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr4 155156207 . G A 350.88 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00972406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.439;QD=20.6398;RBI=0.0104367;REFB=-0.0130408;REVB=-0.00379056;RO=32;SAF=23;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175038;STB=0.597098;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0149884;OID=.;OPOS=155156207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:13:23:14:18:13:23:14:18 chr4 155156321 . G A 138.49 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00767945;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.125;QD=11.5406;RBI=0.0188185;REFB=0.00945706;REVB=0.0171802;RO=31;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159409;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00997012;OID=.;OPOS=155156321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:32:16:16:0.333333:9:7:14:17:9:7:14:18 chr4 155156412 . G A 228.67 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0098767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.95;QD=15.7701;RBI=0.0216459;REFB=-0.0159352;REVB=0.0192612;RO=31;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144906;STB=0.589406;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0216211;OID=.;OPOS=155156412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:12:14:12:19:12:14:12:20 chr4 155241572 . G A 527.6 PASS AF=0.403974;AO=60;DP=151;FAO=61;FDP=151;FR=.;FRO=90;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=0.00175509;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.12;QD=13.976;RBI=0.00978242;REFB=-0.0133942;REVB=-0.00962369;RO=88;SAF=27;SAR=33;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888314;STB=0.544256;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.016982;OID=.;OPOS=155241572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:88:90:60:61:0.403974:33:27:47:41:33:28:48:42 chr4 155243573 . C T 1680.7 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881502;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2399;QD=60.5656;RBI=0.0161432;REFB=0;REVB=-0.013524;RO=0;SAF=45;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53129e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126316;OID=.;OPOS=155243573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:66:45:0:0:66:45:0:0 chr4 155243604 . T C 1264.43 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0805;QD=61.6795;RBI=0.0401087;REFB=0;REVB=0.0162504;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318046;OID=.;OPOS=155243604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:48:34:0:0:48:34:0:0 chr4 155244401 . TTTTG T 50.04 PASS AF=0.36;AO=7;DP=22;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00399953;FXX=0.0740466;HRUN=4;LEN=4;MLLD=216.03;QD=8.00606;RBI=0.0266158;REFB=0.0054426;REVB=0.0263136;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.318807;SSSB=0;STB=0.504494;STBP=0.999;TYPE=del;VARB=-0.0100852;OID=.;OPOS=155244402;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:7:22:9:25:16:5:4:9:7:50:0:4:3:0:0 chr4 155244475 . G T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.173;QD=51.1846;RBI=0.012088;REFB=0;REVB=0.00450581;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96972e-05;OID=.;OPOS=155244475;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr4 155256177 . A G 278.9 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.00494292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.683;QD=13.9451;RBI=0.0217581;REFB=-0.0131929;REVB=-0.0211892;RO=48;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142076;STB=0.580696;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0279238;OID=.;OPOS=155256177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:15:17:19:29:15:17:19:29 chr4 155256205 . G A 919.51 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.591;QD=58.3815;RBI=0.0330866;REFB=0;REVB=0.0311348;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91049e-05;OID=.;OPOS=155256205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:39:21:0:0:42:21:0:0 chr4 155287535 . T C 383.0 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.040195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.38;QD=17.409;RBI=0.0407544;REFB=-0.0101344;REVB=-0.0067297;RO=48;SAF=24;SAR=16;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583426;STB=0.532694;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0123469;OID=.;OPOS=155287535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:16:24:26:22:16:24:26:22 chr4 155295076 . A G 346.6 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0125107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1517;QD=22.3612;RBI=0.0285999;REFB=-0.00984012;REVB=0.0257184;RO=26;SAF=15;SAR=20;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144188;STB=0.571388;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0111309;OID=.;OPOS=155295076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:27:35:35:0.564516:20:15:16:10:20:15:16:11 chr4 155312411 . G A 185.66 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00350346;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.377;QD=17.6822;RBI=0.00879808;REFB=-0.00859741;REVB=0.00807044;RO=22;SAF=13;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097203;STB=0.583241;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0132044;OID=.;OPOS=155312411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:23:18:19:0.452381:5:13:14:8:5:14:14:9 chr4 155407680 . A G 676.69 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0680519;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.451;QD=60.1506;RBI=0.0897334;REFB=-0.0709364;REVB=0.0584895;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00181977;OID=.;OPOS=155407680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:26:18:0:0:26:18:0:1 chr4 155410822 . G A 1680.43 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0103265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8468;QD=59.4842;RBI=0.0285423;REFB=-0.100387;REVB=0.0266088;RO=0;SAF=65;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.8673e-08;STB=0.505262;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000558658;OID=.;OPOS=155410822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:113:113:0:1:112:112:0.99115:47:65:0:0:47:65:0:1 chr4 155411065 . T C 1698.37 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210454;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.021;QD=60.6562;RBI=0.0237168;REFB=0;REVB=0.010935;RO=0;SAF=55;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89732e-05;OID=.;OPOS=155411065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:57:55:0:0:57:55:0:0 chr4 155411104 . A C 1840.88 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.811;QD=61.3627;RBI=0.030808;REFB=0;REVB=-0.0304599;RO=0;SAF=63;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115708;OID=.;OPOS=155411104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:57:63:0:0:57:63:0:0 chr4 155486381 . C T 267.04 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00574831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.466;QD=20.1542;RBI=0.042344;REFB=-0.0267754;REVB=0.041952;RO=24;SAF=19;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123351;STB=0.561255;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0182776;OID=.;OPOS=155486381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:24:25:28:28:0.528302:9:19:13:11:9:19:14:11 chr4 155488821 . C T 297.17 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00463033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.643;QD=18.2875;RBI=0.00660018;REFB=0.00166812;REVB=0.00470345;RO=33;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964906;STB=0.553813;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.000956045;OID=.;OPOS=155488821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:16:16:13:20:16:16:13:20 chr4 155490832 . C T 557.77 PASS AF=0.457364;AO=59;DP=129;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.00814329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.59;QD=17.2952;RBI=0.0113002;REFB=-0.0192396;REVB=0.00783469;RO=70;SAF=28;SAR=31;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00307731;STB=0.501712;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0214005;OID=.;OPOS=155490832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:70:70:59:59:0.457364:31:28:33:37:31:28:33:37 chr4 155491759 . G A 502.95 PASS AF=0.4;AO=57;DP=139;FAO=56;FDP=140;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=0.0472555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3463;QD=14.3699;RBI=0.047266;REFB=0.0157235;REVB=0.000997732;RO=82;SAF=33;SAR=24;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134073;STB=0.582323;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0236905;OID=.;OPOS=155491759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:82:84:57:56:0.4:24:33:37:45:23:33:38:46 chr4 155507590 . T C 71.3 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0305413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.938;QD=9.50655;RBI=0.0752279;REFB=-0.0607149;REVB=-0.0687493;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143277;STB=0.599808;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0955449;OID=.;OPOS=155507590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:30:30:19:20:10:10:0.333333:5:5:7:12:5:5:7:13 chr4 155665632 . G A 226.01 PASS AF=0.295238;AO=31;DP=105;FAO=31;FDP=105;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=0.0585576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6571;QD=8.60991;RBI=0.0688744;REFB=-0.00064251;REVB=0.0362587;RO=74;SAF=17;SAR=14;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00944845;STB=0.505573;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00336416;OID=.;OPOS=155665632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:74:74:31:31:0.295238:14:17:40:34:14:17:40:34 chr4 155720274 . T C 598.21 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358487;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.353;QD=61.3545;RBI=0.0106358;REFB=0;REVB=0.0100134;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75105e-05;OID=.;OPOS=155720274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:38:39:1:24:14:0:0:24:15:0:0 chr4 156135155 . T C 529.88 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=128;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.00994793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0995;QD=16.5587;RBI=0.0185682;REFB=0.00527447;REVB=-0.0156785;RO=71;SAF=20;SAR=37;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166089;STB=0.509273;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00551231;OID=.;OPOS=156135155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:71:71:57:57:0.445312:37:20:26:45:37:20:26:45 chr4 156135676 . C T 1161.55 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00229253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4621;QD=60.3405;RBI=0.0835283;REFB=0;REVB=0.0834969;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000888681;OID=.;OPOS=156135676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:32:44:0:0:33:44:0:0 chr4 156136027 . C T 1033.28 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000302762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.314;QD=59.0444;RBI=0.0707807;REFB=0;REVB=0.07078;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561734;OID=.;OPOS=156136027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:32:36:0:0:34:36:0:0 chr4 156273768 . T C 857.11 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00844495;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.466;QD=56.2037;RBI=0.0263762;REFB=-0.0878925;REVB=0.0249878;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.509801;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000267066;OID=.;OPOS=156273768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:0:1:60:60:0.983607:25:35:0:0:25:35:0:1 chr4 156273856 . GAAAAAAG GAAAAAG,GAAAAAGT,GAAAAATG 46.9 PASS AF=0.321429,0.0357143,0;AO=7,2,2;DP=30;FAO=9,1,0;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4,0,0;FSAR=5,1,0;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0576481,0.00325955,0.0137238;FXX=0.0666445;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=12.9249,134.09,108.782;QD=6.69949;RBI=0.090043,0.0101657,0.0137257;REFB=-0.0538938,-0.0026951,-0.00127722;REVB=0.0691696,-0.00962893,0.000225418;RO=16;SAF=3,0,0;SAR=4,2,2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0.393939,0,0;SSSB=0.0613202,-0.488772,-0.488772;STB=0.576108,0.986628,0.5;STBP=0.639,0.489,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.110857,0.00452385,0.0343711;OID=.,.,.;OPOS=156273857,156273862,156273862;OREF=A,AG,A;OALT=-,GT,T;OMAPALT=GAAAAAG,GAAAAAGT,GAAAAATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429,0.0357143,0:7,2,2:30:9,1,0:28:18:4,0,0:5,1,0:6:12:38:16:3,0,0:4,2,2:6:10 chr4 156274353 . G A 134.16 PASS AF=0.315789;AO=17;DP=55;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0257195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.075;QD=9.41469;RBI=0.0259446;REFB=-0.000144499;REVB=0.00340994;RO=37;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493727;STB=0.529379;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.000165812;OID=.;OPOS=156274353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:37:39:17:18:0.315789:8:9:18:19:8:10:20:19 chr4 156274377 . T C 707.89 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0145894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9471;QD=49.6766;RBI=0.0165769;REFB=-0.180314;REVB=-0.00787041;RO=4;SAF=27;SAR=26;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317678;STB=0.516892;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0137894;OID=.;OPOS=156274377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:57:57:4:4:53:53:0.929825:26:27:3:1:26:27:3:1 chr4 156276289 . C T 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7123;QD=57.3843;RBI=0.0305748;REFB=0;REVB=0.0213339;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299241;OID=.;OPOS=156276289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr4 156276317 . A G 805.3 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.487;QD=64.4242;RBI=0.0179257;REFB=0;REVB=0.00675888;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142748;OID=.;OPOS=156276317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:24:26:0:0 chr4 156281371 . T C 2299.56 PASS AF=0.993151;AO=145;DP=147;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0448128;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.525;QD=63.0017;RBI=0.063901;REFB=-0.103145;REVB=0.0455538;RO=0;SAF=84;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11288e-08;STB=0.504064;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000368513;OID=.;OPOS=156281371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:146:0:1:145:145:0.993151:61:84:0:0:61:84:0:1 chr4 156289900 . C T 1721.57 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.098;QD=60.4059;RBI=0.0684331;REFB=0;REVB=0.033505;RO=0;SAF=32;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.42488e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71673e-05;OID=.;OPOS=156289900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:114:0:0:106:114:1:74:32:0:0:80:34:0:0 chr4 156379973 . G T 1643.76 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0229549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.686;QD=59.2347;RBI=0.0334529;REFB=-0.138985;REVB=-0.0243346;RO=0;SAF=52;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4768e-08;STB=0.504273;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000646185;OID=.;OPOS=156379973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:0:1:110:110:0.990991:58:52:0:0:58:52:0:1 chr4 156382738 . A C 1062.48 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0682089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8172;QD=59.858;RBI=0.0683157;REFB=0;REVB=0.00381986;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334721;OID=.;OPOS=156382738;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:43:26:0:0:43:28:0:0 chr4 156632391 . A G 1274.93 PASS AF=0.976744;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00625865;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=320.957;QD=59.2989;RBI=0.0134506;REFB=-0.16368;REVB=0.0119058;RO=2;SAF=33;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00475702;STB=0.502608;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.000281538;OID=.;OPOS=156632391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:86:2:2:83:84:0.976744:50:33:1:1:51:33:1:1 chr4 156680340 . G T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0766966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.065;QD=58.1421;RBI=0.0814266;REFB=0;REVB=0.0273484;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426247;OID=.;OPOS=156680340;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr4 156706482 . G A 235.95 PASS AF=0.4;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0172401;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6673;QD=13.4827;RBI=0.0499093;REFB=-0.0174106;REVB=-0.0468371;RO=41;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162495;STB=0.59912;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.030019;OID=.;OPOS=156706482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:41:42:28:28:0.4:12:16:17:24:12:16:17:25 chr4 156716531 . G T 526.93 PASS AF=0.474576;AO=55;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.0135816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.49;QD=17.8621;RBI=0.0360556;REFB=-0.0269149;REVB=0.0333998;RO=62;SAF=20;SAR=35;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238182;STB=0.634988;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.032087;OID=.;OPOS=156716531;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:62:55:56:0.474576:35:20:38:24:36:20:38:24 chr4 156725814 . CT C 109.76 PASS AF=0.308411;AO=41;DP=108;FAO=33;FDP=107;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.0096092;FXX=0.0092584;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.1622;QD=4.10311;RBI=0.116307;REFB=-0.0412163;REVB=-0.115909;RO=60;SAF=9;SAR=32;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301986;STB=0.632404;STBP=0.08;TYPE=del;VARB=0.0284442;OID=.;OPOS=156725815;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.308411:41:108:33:107:74:8:25:30:44:99:60:9:32:28:32 chr4 156787340 . G A 261.74 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0131523;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.179;QD=14.541;RBI=0.0143731;REFB=-0.015073;REVB=-0.00579681;RO=42;SAF=10;SAR=20;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248677;STB=0.641414;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0270814;OID=.;OPOS=156787340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:20:10:24:18:20:10:24:18 chr4 156847230 . A G 794.33 PASS AF=0.95082;AO=56;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0285397;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=45.1991;QD=52.0869;RBI=0.0288777;REFB=-0.0817348;REVB=-0.00440518;RO=3;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495519;STB=0.524582;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00297587;OID=.;OPOS=156847230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:61:61:3:3:56:58:0.95082:27:29:0:3:29:29:0:3 chr4 156847236 . AAG AAA,AA,A 591.5 PASS AF=0,0.0384615,0.961538;AO=8,37,7;DP=53;FAO=0,2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,28;FSAR=0,1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129195,0.0415968,-0.086594;FXX=0;HRUN=2,2,8;LEN=1,1,2;MLLD=4.77685,11.423,16.9557;QD=45.5;RBI=0.151161,0.100283,0.088453;REFB=0,0,0;REVB=-0.0784761,-0.0912485,-0.018039;RO=0;SAF=2,19,7;SAR=6,18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-5.58669e-08,-3.68991e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0348749,-0.00780096,0.00895529;OID=.,.,.;OPOS=156847238,156847238,156847237;OREF=G,G,AG;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0384615,0.961538:8,37,7:53:0,2,50:52:0:0,1,28:0,1,22:0:0:7:0:2,19,7:6,18,0:0:0 chr4 157557726 . A G 409.69 PASS AF=0.451613;AO=41;DP=95;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0334733;FXX=0.0210504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4023;QD=17.621;RBI=0.0476017;REFB=-0.0321349;REVB=-0.0338447;RO=51;SAF=26;SAR=15;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127094;STB=0.561614;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0296417;OID=.;OPOS=157557726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:51:51:41:42:0.451613:15:26:26:25:16:26:26:25 chr4 158057844 . G A 137.61 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=76;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0129907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.738;QD=7.24273;RBI=0.0149215;REFB=-0.0110238;REVB=-0.00734116;RO=56;SAF=7;SAR=13;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247303;STB=0.64985;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0321775;OID=.;OPOS=158057844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:56:56:20:20:0.263158:13:7:31:25:13:7:31:25 chr4 158065038 . T C 1570.65 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.045;QD=59.8342;RBI=0.0565654;REFB=0;REVB=-0.000104074;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32594e-05;OID=.;OPOS=158065038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:105:0:0:102:105:1:53:49:0:0:54:51:0:0 chr4 158238830 . T C 5239.97 PASS AF=1;AO=330;DP=332;FAO=331;FDP=331;FR=.;FRO=0;FSAF=173;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243987;FXX=0.00898177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.318;QD=63.3229;RBI=0.0265922;REFB=0.0319822;REVB=0.0105759;RO=0;SAF=172;SAR=158;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68462e-05;OID=.;OPOS=158238830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:332:331:0:0:330:331:1:158:172:0:0:158:173:0:0 chr4 158242677 . G A 176.7 PASS AF=0.245455;AO=27;DP=110;FAO=27;FDP=110;FR=.;FRO=83;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.0126613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.743;QD=6.42539;RBI=0.0265583;REFB=-0.00675698;REVB=-0.0233459;RO=82;SAF=17;SAR=10;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177635;STB=0.603747;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0238926;OID=.;OPOS=158242677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:82:83:27:27:0.245455:10:17:40:42:10:17:41:42 chr4 159076826 . C T 846.62 PASS AF=0.537415;AO=79;DP=148;FAO=79;FDP=147;FR=.;FRO=68;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0110645;FXX=0.0067563;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.987;QD=23.0372;RBI=0.0113004;REFB=-0.00129262;REVB=-0.00229656;RO=68;SAF=41;SAR=38;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284766;STB=0.515586;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00116326;OID=.;OPOS=159076826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:68:68:79:79:0.537415:38:41:33:35:38:41:33:35 chr4 159091845 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00909017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.986;QD=16.6266;RBI=0.0292487;REFB=-0.0029273;REVB=-0.0278003;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230409;STB=0.632566;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00227414;OID=.;OPOS=159091845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:5:9:5:8:5:9 chr4 159092605 . A G 568.33 PASS AF=0.39521;AO=66;DP=163;FAO=66;FDP=167;FR=.;FRO=101;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=-0.0390952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.024;QD=13.6127;RBI=0.0420337;REFB=0.00167013;REVB=-0.0154403;RO=97;SAF=38;SAR=28;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536123;STB=0.531263;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00293561;OID=.;OPOS=159092605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:167:97:101:66:66:0.39521:28:38:51:46:28:38:53:48 chr4 159092633 . A G 638.2 PASS AF=0.516129;AO=64;DP=124;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=-0.00613568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.068;QD=20.5872;RBI=0.00847274;REFB=-0.00296541;REVB=-0.00584301;RO=60;SAF=28;SAR=36;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185229;STB=0.601765;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0036451;OID=.;OPOS=159092633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:60:60:64:64:0.516129:36:28:39:21:36:28:39:21 chr4 159165470 . T C 513.39 PASS AF=0.282869;AO=71;DP=252;FAO=71;FDP=251;FR=.;FRO=180;FSAF=58;FSAR=13;FSRF=129;FSRR=51;FWDB=0.00781396;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.142;QD=8.18147;RBI=0.0305285;REFB=0.00282557;REVB=0.0295115;RO=179;SAF=58;SAR=13;SRF=129;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169078;STB=0.604233;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0080216;OID=.;OPOS=159165470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:251:179:180:71:71:0.282869:13:58:129:50:13:58:129:51 chr4 159548039 . GT G 84.14 PASS AF=0.285714;AO=26;DP=85;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=0.0368041;FXX=0.0117633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.731;QD=4.00683;RBI=0.0981572;REFB=0.00462216;REVB=0.0909962;RO=55;SAF=12;SAR=14;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221934;STB=0.672942;STBP=0.044;TYPE=del;VARB=-0.00203593;OID=.;OPOS=159548040;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:26:85:24:84:60:10:14:40:20:84:55:12:14:36:19 chr4 159601676 . C T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.493;QD=58.5997;RBI=0.0353066;REFB=0;REVB=0.0343265;RO=0;SAF=51;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149157;OID=.;OPOS=159601676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:13:51:0:0:13:51:0:0 chr4 159826773 . T G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207463;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=356.303;QD=58.5878;RBI=0.024652;REFB=0;REVB=0.0133159;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90392e-05;OID=.;OPOS=159826773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr4 159881479 . T C 219.22 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0565868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3608;QD=13.9185;RBI=0.0705436;REFB=0.0149865;REVB=-0.0421228;RO=37;SAF=8;SAR=18;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140687;STB=0.580581;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.0209653;OID=.;OPOS=159881479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:18:8:16:21:18:8:16:21 chr4 159894250 . C T 1474.56 PASS AF=0.980583;AO=100;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00735393;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.75;QD=57.2643;RBI=0.0077587;REFB=-0.0373222;REVB=0.00247328;RO=1;SAF=56;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106594;STB=0.511109;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=9.78072e-05;OID=.;OPOS=159894250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:1:2:100:101:0.980583:44:56:0:1:44:57:0:2 chr4 159894277 . T C 416.0 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.021609;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.305;QD=15.266;RBI=0.028135;REFB=-0.0149433;REVB=0.0180174;RO=61;SAF=33;SAR=14;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287706;STB=0.65805;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0164566;OID=.;OPOS=159894277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:61:62:47:47:0.431193:14:33:26:35:14:33:27:35 chr4 159894305 . T C 1770.58 PASS AF=0.991597;AO=113;DP=114;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00762002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.01;QD=59.5154;RBI=0.0232657;REFB=-0.0485253;REVB=0.0219824;RO=1;SAF=61;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0090437;STB=0.504347;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000474601;OID=.;OPOS=159894305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:114:119:1:1:113:118:0.991597:52:61:0:1:57:61:0:1 chr4 160253693 . G A 79.42 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0425669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.363;QD=6.90594;RBI=0.0581979;REFB=-0.00753766;REVB=-0.0396869;RO=35;SAF=3;SAR=8;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136578;STB=0.586989;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0257842;OID=.;OPOS=160253693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:8:3:13:22:8:3:13:22 chr4 160277276 . C T 227.08 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0518646;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.3404;QD=22.1538;RBI=0.0643384;REFB=-0.00659064;REVB=0.0380722;RO=17;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458209;STB=0.505716;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00923161;OID=.;OPOS=160277276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:19:22:22:0.536585:13:9:6:11:13:9:8:11 chr4 160428588 . G A 724.12 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00662737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.8;QD=54.6506;RBI=0.0173361;REFB=-0.180659;REVB=0.0160194;RO=1;SAF=31;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149535;STB=0.507933;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00170554;OID=.;OPOS=160428588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:21:31:1:0:21:31:1:0 chr4 162307060 . G T 895.06 PASS AF=0.486486;AO=90;DP=186;FAO=90;FDP=185;FR=.;FRO=95;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.00228702;FXX=0.00537606;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.02;QD=19.3526;RBI=0.0165297;REFB=-0.00230879;REVB=-0.0163707;RO=94;SAF=41;SAR=49;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413589;STB=0.525606;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0034319;OID=.;OPOS=162307060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:94:95:90:90:0.486486:49:41:47:47:49:41:48:47 chr4 164048199 . G C 631.35 PASS AF=0.484848;AO=64;DP=133;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0220471;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2133;QD=19.1317;RBI=0.0259464;REFB=-0.0182438;REVB=-0.0136799;RO=67;SAF=35;SAR=29;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227947;STB=0.509058;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0250665;OID=.;OPOS=164048199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:67:68:64:64:0.484848:29:35:35:32:29:35:36:32 chr4 164085425 . T C 730.5 PASS AF=0.429348;AO=79;DP=183;FAO=79;FDP=184;FR=.;FRO=105;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=65;FWDB=0.0147429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.38;QD=15.8804;RBI=0.0188486;REFB=-0.0113213;REVB=0.0117437;RO=104;SAF=38;SAR=41;SRF=39;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108875;STB=0.557417;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0176823;OID=.;OPOS=164085425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:104:105:79:79:0.429348:41:38:39:65:41:38:40:65 chr4 164272857 . T C 465.79 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0124941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.462;QD=16.6353;RBI=0.0125325;REFB=0.000652946;REVB=0.000979593;RO=61;SAF=30;SAR=21;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632823;STB=0.535318;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000588546;OID=.;OPOS=164272857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:61:61:51:51:0.455357:21:30:32:29:21:30:32:29 chr4 164393117 . T A 344.52 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0333977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.246;QD=21.8744;RBI=0.0425308;REFB=-0.00991989;REVB=-0.0263337;RO=28;SAF=19;SAR=16;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1413;STB=0.577735;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00905504;OID=.;OPOS=164393117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:16:19:20:8:16:19:20:8 chr4 164415930 . C T 641.81 PASS AF=0.520325;AO=64;DP=123;FAO=64;FDP=123;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=-0.00160474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.412;QD=20.8719;RBI=0.00167373;REFB=-0.0219084;REVB=-0.000475583;RO=59;SAF=30;SAR=34;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129936;STB=0.57126;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0212199;OID=.;OPOS=164415930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:59:59:64:64:0.520325:34:30:19:40:34:30:19:40 chr4 164433954 . T C 297.2 PASS AF=0.492308;AO=31;DP=64;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00550088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.928;QD=18.2891;RBI=0.0304159;REFB=-0.0119712;REVB=0.0299143;RO=33;SAF=19;SAR=12;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.006628;STB=0.506489;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.012986;OID=.;OPOS=164433954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:33:33:31:32:0.492308:12:19:20:13:13:19:20:13 chr4 164533702 . T C 324.98 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0195152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.761;QD=12.6204;RBI=0.0500862;REFB=-0.00570638;REVB=0.0461279;RO=63;SAF=26;SAR=13;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128399;STB=0.569408;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0134507;OID=.;OPOS=164533702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:63:64:39:39:0.378641:13:26:35:28:13:26:36:28 chr4 165878335 . A G 1008.38 PASS AF=1;AO=56;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0969327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5532;QD=59.3163;RBI=0.0983123;REFB=0;REVB=-0.0164123;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000666519;OID=.;OPOS=165878335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:56:68:1:26:30:0:0:38:30:0:0 chr4 165961261 . G A 605.8 PASS AF=0.654321;AO=53;DP=81;FAO=53;FDP=81;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0348407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4532;QD=29.9161;RBI=0.0645449;REFB=0.0180377;REVB=0.0543338;RO=28;SAF=19;SAR=34;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11814;STB=0.564153;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00898396;OID=.;OPOS=165961261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:28:28:53:53:0.654321:34:19:15:13:34:19:15:13 chr4 166000195 . A G 730.92 PASS AF=1;AO=42;DP=45;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.984;QD=55.1635;RBI=0.0442047;REFB=0;REVB=0.0430305;RO=0;SAF=31;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409727;OID=.;OPOS=166000195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:53:0:0:42:53:1:11:31:0:0:22:31:0:0 chr4 166021811 . G C 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00978165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.585;QD=17.6173;RBI=0.010485;REFB=-0.0107095;REVB=0.0037755;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193697;STB=0.608959;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0203604;OID=.;OPOS=166021811;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:13:11:18:9:13:11:18:9 chr4 166264119 . A G 870.89 PASS AF=0.514793;AO=87;DP=169;FAO=87;FDP=169;FR=.;FRO=82;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=0.00641597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.178;QD=20.6129;RBI=0.0090487;REFB=-0.0135337;REVB=-0.00638077;RO=82;SAF=52;SAR=35;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113081;STB=0.506206;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0152381;OID=.;OPOS=166264119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:82:82:87:87:0.514793:35:52:48:34:35:52:48:34 chr4 166405584 . C T 816.4 PASS AF=0.456989;AO=83;DP=184;FAO=85;FDP=186;FR=.;FRO=101;FSAF=55;FSAR=30;FSRF=67;FSRR=34;FWDB=0.00561357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.573;QD=17.5571;RBI=0.0126904;REFB=0.00548972;REVB=-0.0113813;RO=101;SAF=53;SAR=30;SRF=67;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268093;STB=0.509747;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00624391;OID=.;OPOS=166405584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:186:101:101:83:85:0.456989:30:53:67:34:30:55:67:34 chr4 167012381 . G A 3337.67 PASS AF=1;AO=214;DP=218;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258685;FXX=0.0137608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.941;QD=62.0961;RBI=0.0337715;REFB=0.0233688;REVB=-0.0217102;RO=1;SAF=112;SAR=102;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00464796;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37159e-05;OID=.;OPOS=167012381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:218:215:1:0:214:215:1:102:112:0:1:103:112:0:0 chr4 167012480 . T C 2177.72 PASS AF=0.992908;AO=138;DP=143;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0269668;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.639;QD=61.7793;RBI=0.0311136;REFB=-0.143306;REVB=0.0155194;RO=2;SAF=69;SAR=69;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000343838;OID=.;OPOS=167012480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:143:141:2:1:138:140:0.992908:69:69:1:1:71:69:1:0 chr4 167020644 . A G 2163.87 PASS AF=0.972222;AO=140;DP=145;FAO=140;FDP=144;FR=.;FRO=4;FSAF=68;FSAR=72;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.010045;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.239;QD=60.1076;RBI=0.0103869;REFB=-0.00962087;REVB=0.00264326;RO=2;SAF=68;SAR=72;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137771;STB=0.507343;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-1.05437e-05;OID=.;OPOS=167020644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:145:144:2:4:140:140:0.972222:72:68:2:0:72:68:3:1 chr4 167023255 . A G 1364.69 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260093;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0012;QD=62.7446;RBI=0.0281311;REFB=0;REVB=-0.0107179;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332155;OID=.;OPOS=167023255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:87:0:0:87:87:1:50:37:0:0:50:37:0:0 chr4 167063842 . C T 305.55 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0406174;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.827;QD=19.7127;RBI=0.0429047;REFB=-0.00878417;REVB=-0.0138217;RO=30;SAF=18;SAR=14;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169097;STB=0.593942;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0172459;OID=.;OPOS=167063842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:30:30:32:32:0.516129:14:18:11:19:14:18:11:19 chr4 167654960 . C G 300.73 PASS AF=0.534483;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=-0.00535392;FXX=0.0645057;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.37;QD=20.7397;RBI=0.0178959;REFB=-0.000774615;REVB=0.0170762;RO=26;SAF=21;SAR=9;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156852;STB=0.599397;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.000763009;OID=.;OPOS=167654960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:58:26:27:30:31:0.534483:9:21:22:4:10:21:23:4 chr4 168584259 . T A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3221;QD=40.762;RBI=0.0748598;REFB=0;REVB=0.0692767;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00483575;OID=.;OPOS=168584259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr4 169141748 . T A 44.59 PASS AF=0.0705521;AO=23;DP=325;FAO=23;FDP=326;FR=.;FRO=303;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=139;FSRR=164;FWDB=-0.0271728;FXX=0.00609737;HRUN=5;LEN=1;MLLD=150.647;QD=0.547171;RBI=0.0316017;REFB=-0.000897411;REVB=-0.0161339;RO=294;SAF=6;SAR=17;SRF=136;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233086;STB=0.693995;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0678579;OID=.;OPOS=169141748;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:325:326:294:303:23:23:0.0705521:17:6:136:158:17:6:139:164 chr4 169141768 . TAAAAAAT TAAAAAT,TAAAAATA,TTAAAAAT 272.65 PASS AF=0.358871,0.0322581,0;AO=61,13,43;DP=253;FAO=89,8,0;FDP=248;FR=.;FRO=151;FSAF=11,0,0;FSAR=78,8,0;FSRF=92;FSRR=59;FWDB=0.0985229,-0.0194829,0.0224966;FXX=0.0158724;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=9.78527,145.017,22.656;QD=4.3976;RBI=0.226978,0.038867,0.0682782;REFB=-0.168039,-0.0133323,-0.0909517;REVB=-0.204481,-0.0336313,-0.0644656;RO=116;SAF=11,0,1;SAR=50,13,42;SRF=85;SRR=31;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.604193,-0.74049,-0.819165;STB=0.841966,0.998949,0.5;STBP=0,0,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.147387,0.0782841,0;OID=.,.,.;OPOS=169141769,169141774,169141769;OREF=A,AT,A;OALT=-,TA,T;OMAPALT=TAAAAAT,TAAAAATA,TTAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358871,0.0322581,0:61,13,43:253:89,8,0:248:151:11,0,0:78,8,0:92:59:99:116:11,0,1:50,13,42:85:31 chr4 169182015 . CA C 42.04 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.000113974;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.63374;QD=2.50992;RBI=0.206962;REFB=-0.0205922;REVB=-0.206962;RO=37;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439122;STB=0.522368;STBP=0.797;TYPE=del;VARB=-0.0709729;OID=.;OPOS=169182016;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.328358:22:67:22:67:45:11:11:24:21:42:37:11:11:20:17 chr4 169196590 . C T 305.89 PASS AF=0.279221;AO=43;DP=154;FAO=43;FDP=154;FR=.;FRO=111;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=-0.0022341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.066;QD=7.94509;RBI=0.0102943;REFB=-0.00397386;REVB=0.0100489;RO=110;SAF=20;SAR=23;SRF=59;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086613;STB=0.554192;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0100162;OID=.;OPOS=169196590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:110:111:43:43:0.279221:23:20:59:51:23:20:60:51 chr4 169282355 . T C 1528.08 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00127519;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.347;QD=59.9246;RBI=0.00467936;REFB=0;REVB=0.00450225;RO=0;SAF=67;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09297e-06;OID=.;OPOS=169282355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:35:67:0:0:35:67:0:0 chr4 169299528 . T C 385.15 PASS AF=0.377049;AO=46;DP=122;FAO=46;FDP=122;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.0159415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.417;QD=12.628;RBI=0.0168176;REFB=-0.00694684;REVB=0.00535721;RO=76;SAF=17;SAR=29;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160315;STB=0.591365;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00686104;OID=.;OPOS=169299528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:76:76:46:46:0.377049:29:17:39:37:29:17:39:37 chr4 169312753 . G A 341.49 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0080717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.822;QD=13.3918;RBI=0.0215437;REFB=-0.0107797;REVB=0.0199745;RO=62;SAF=20;SAR=20;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017258;STB=0.509799;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0166901;OID=.;OPOS=169312753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:62:40:40:0.392157:20:20:32:30:20:20:32:30 chr4 169315760 . C A 501.81 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0359327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.587;QD=18.5856;RBI=0.0428505;REFB=-0.0123663;REVB=-0.0233454;RO=55;SAF=14;SAR=39;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250024;STB=0.639288;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0133998;OID=.;OPOS=169315760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:39:14:28:27:39:14:28:27 chr4 169317263 . GTTTTTTTTA GTTTTTTTA,GTTTTTTTAT,GTTTTTTTTTA 39.97 PASS AF=0.333333,0.0416667,0.104167;AO=14,3,9;DP=50;FAO=16,2,5;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=11,2,2;FSAR=5,0,3;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.258823,-0.0744647,0.261583;FXX=0.020404;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=6.92053,180.414,6.54587;QD=3.33116;RBI=0.27627,0.0745544,0.279754;REFB=0.00792034,0.00790814,-0.0050849;REVB=0.0966235,0.00365685,-0.0991807;RO=17;SAF=9,3,1;SAR=5,0,8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.167604,0.620678,-0.491068;STB=0.6767,0.995585,0.5;STBP=0.119,0.102,1;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.0583781,0.129211,0.141956;OID=.,.,.;OPOS=169317264,169317271,169317264;OREF=T,TA,-;OALT=-,AT,T;OMAPALT=GTTTTTTTA,GTTTTTTTAT,GTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.0416667,0.104167:14,3,9:50:16,2,5:48:25:11,2,2:5,0,3:10:15:38:17:9,3,1:5,0,8:8:9 chr4 169317279 . C T 253.89 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0923314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2835;QD=21.6079;RBI=0.101264;REFB=-0.00514386;REVB=-0.0415837;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204803;STB=0.614877;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00194035;OID=.;OPOS=169317279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:15:9:14:9:15:9:14:9 chr4 169327191 . C T 355.07 PASS AF=0.44186;AO=36;DP=85;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00155938;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.151;QD=16.5147;RBI=0.00297616;REFB=-0.0133549;REVB=0.00253493;RO=48;SAF=21;SAR=15;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127042;STB=0.582774;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0147451;OID=.;OPOS=169327191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:48:48:36:38:0.44186:15:21:22:26:15:23:22:26 chr4 169336662 . T C 689.06 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.167;QD=62.6419;RBI=0.019753;REFB=0;REVB=-0.00967631;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37859e-05;OID=.;OPOS=169336662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr4 169341435 . A G 2163.26 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00578002;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.291;QD=63.1607;RBI=0.00659395;REFB=0;REVB=-0.00317356;RO=0;SAF=78;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.65362e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02498e-05;OID=.;OPOS=169341435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:136:137:1:58:78:0:0:59:78:0:0 chr4 169362557 . C G 356.28 PASS AF=0.487179;AO=37;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0313357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5268;QD=18.2706;RBI=0.0423381;REFB=-0.0120373;REVB=-0.0284709;RO=40;SAF=19;SAR=18;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590607;STB=0.539063;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00405433;OID=.;OPOS=169362557;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:37:38:0.487179:18:19:18:22:18:20:18:22 chr4 169369820 . T A 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00477747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.382;QD=61.2125;RBI=0.0362727;REFB=0;REVB=0.0359567;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29684e-05;OID=.;OPOS=169369820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:46:33:0:0:46:33:0:0 chr4 169369853 . A T 1098.67 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.847;QD=60.2013;RBI=0.0414545;REFB=0;REVB=0.0238546;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157238;OID=.;OPOS=169369853;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr4 169369920 . C T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.000252618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4264;QD=16.0427;RBI=0.0235785;REFB=-0.0126847;REVB=-0.0235772;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904698;STB=0.551833;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0176971;OID=.;OPOS=169369920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:10:9:10:16:10:9:10:16 chr4 169393595 . A G 1472.52 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0817252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9405;QD=63.334;RBI=0.0914223;REFB=0;REVB=0.0409759;RO=0;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000830072;OID=.;OPOS=169393595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:52:41:0:0:52:41:0:0 chr4 169432673 . C T 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0121054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.241;QD=11.0159;RBI=0.0309753;REFB=-0.0151293;REVB=0.0285119;RO=28;SAF=8;SAR=6;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829602;STB=0.549227;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0350717;OID=.;OPOS=169432673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:6:8:18:10:6:8:18:10 chr4 169432841 . G A 594.15 PASS AF=0.585106;AO=49;DP=88;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0420434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5122;QD=25.283;RBI=0.0514303;REFB=-0.0157749;REVB=0.0296215;RO=39;SAF=21;SAR=28;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270399;STB=0.510584;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0185989;OID=.;OPOS=169432841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:94:39:39:49:55:0.585106:28:21:18:21:31:24:18:21 chr4 169433326 . TG CA 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.018161;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=142.035;QD=21.7465;RBI=0.0181621;REFB=-0.0139594;REVB=0.000191715;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849073;STB=0.547576;STBP=0.518;TYPE=mnp;VARB=0.0119651;OID=.;OPOS=169433326;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:11:11:12:8:11:11:12:8 chr4 169433333 . C T 230.81 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.000115588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.139;QD=23.0807;RBI=0.0227879;REFB=-0.0154432;REVB=0.0227876;RO=18;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00820253;STB=0.504583;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0157479;OID=.;OPOS=169433333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:10:12:10:8:10:12:10:8 chr4 169606649 . C A 509.21 PASS AF=0.504673;AO=52;DP=105;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00448924;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.944;QD=19.036;RBI=0.0109794;REFB=-0.00922474;REVB=0.0100196;RO=52;SAF=28;SAR=24;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348569;STB=0.541753;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00830966;OID=.;OPOS=169606649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:52:53:52:54:0.504673:24:28:26:26:23:31:26:27 chr4 169621191 . G A 451.73 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0172216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0929;QD=22.0356;RBI=0.0172251;REFB=0.00330741;REVB=0.000350338;RO=38;SAF=28;SAR=16;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512545;STB=0.528289;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00366302;OID=.;OPOS=169621191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:16:28:22:16:16:28:22:16 chr4 169630204 . T G 528.46 PASS AF=0.576471;AO=49;DP=85;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0336442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.364;QD=24.8688;RBI=0.0357286;REFB=-0.00511508;REVB=-0.0120251;RO=36;SAF=25;SAR=24;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508249;STB=0.52782;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00400784;OID=.;OPOS=169630204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:36:36:49:49:0.576471:24:25:16:20:24:25:16:20 chr4 169806527 . A G 895.34 PASS AF=0.557823;AO=82;DP=147;FAO=82;FDP=147;FR=.;FRO=65;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=-0.00632742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3365;QD=24.3629;RBI=0.0231168;REFB=-0.0300853;REVB=0.022234;RO=65;SAF=42;SAR=40;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128117;STB=0.569805;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0282294;OID=.;OPOS=169806527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:65:65:82:82:0.557823:40:42:23:42:40:42:23:42 chr4 169817680 . CT C 58.55 PASS AF=0.383562;AO=26;DP=75;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0220419;FXX=0.0266631;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.57003;QD=3.20848;RBI=0.0953454;REFB=-0.0754599;REVB=0.0927626;RO=40;SAF=19;SAR=7;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264494;STB=0.60902;STBP=0.161;TYPE=del;VARB=0.0464171;OID=.;OPOS=169817681;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.383562:26:75:28:73:45:19:9:23:22:58:40:19:7:20:20 chr4 169846359 . GCT G 854.93 PASS AF=1;AO=52;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428686;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.911;QD=56.995;RBI=0.0430725;REFB=0;REVB=0.00418607;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.09965e-05;OID=.;OPOS=169846360;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:61:60:60:0:25:35:0:0:5:0:24:28:0:0 chr4 169928842 . G T 5060.99 PASS AF=1;AO=321;DP=321;FAO=321;FDP=321;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.673;QD=63.0652;RBI=0.0241938;REFB=0;REVB=0.00247265;RO=0;SAF=160;SAR=161;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.60077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02384e-05;OID=.;OPOS=169928842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:321:321:0:0:321:321:1:161:160:0:0:161:160:0:0 chr4 170038894 . A G 480.12 PASS AF=0.485714;AO=50;DP=103;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0143313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6905;QD=18.2901;RBI=0.0360552;REFB=-0.0226596;REVB=-0.0330846;RO=53;SAF=27;SAR=23;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459375;STB=0.524654;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0424413;OID=.;OPOS=170038894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:53:54:50:51:0.485714:23:27:26:27:24:27:26:28 chr4 170581570 . G A 1661.19 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0591214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3954;QD=59.3281;RBI=0.0607635;REFB=-0.0306278;REVB=-0.0140305;RO=1;SAF=64;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736047;STB=0.503816;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000176333;OID=.;OPOS=170581570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:112:1:1:110:111:0.991071:46:64:1:0:46:65:1:0 chr4 170663235 . C T 629.2 PASS AF=0.954545;AO=43;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0172163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.82;QD=57.1999;RBI=0.0183186;REFB=0.0343549;REVB=-0.00625844;RO=1;SAF=22;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208679;STB=0.501084;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.00174898;OID=.;OPOS=170663235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:1:2:43:42:0.954545:21:22:1:0:20:22:1:1 chr4 170678993 . T C 574.42 PASS AF=1;AO=32;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248;QD=60.4655;RBI=0.108546;REFB=0;REVB=0.0307649;RO=0;SAF=6;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197216;OID=.;OPOS=170678993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:32:38:1:26:6:0:0:27:11:0:0 chr4 170908599 . T C 371.59 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00624775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.953;QD=22.8672;RBI=0.0113354;REFB=0.000717329;REVB=0.0094582;RO=25;SAF=22;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262009;STB=0.510304;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.000538144;OID=.;OPOS=170908599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:28:37:37:0.569231:15:22:14:11:15:22:16:12 chr4 170987636 . A G 889.66 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00714095;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=355.013;QD=56.4862;RBI=0.00799534;REFB=-0.208241;REVB=0.00359614;RO=1;SAF=17;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269575;STB=0.514281;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000301862;OID=.;OPOS=170987636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:45:17:1:0:45:17:1:0 chr4 172735897 . C G 1586.26 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6292;QD=59.8588;RBI=0.0312043;REFB=0;REVB=-0.0286985;RO=0;SAF=65;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.67735e-05;OID=.;OPOS=172735897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:41:65:0:0:41:65:0:0 chr4 174062875 . A G 487.88 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00583246;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.31;QD=59.1375;RBI=0.0101755;REFB=0;REVB=0.00833802;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162592;OID=.;OPOS=174062875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr4 174090004 . G A 1012.07 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00737476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.538;QD=57.8327;RBI=0.0498454;REFB=-0.0753479;REVB=0.0492968;RO=1;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150047;STB=0.507934;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000704706;OID=.;OPOS=174090004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:31:38:0:1:31:38:0:1 chr4 174449862 . C T 127.25 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0189857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.708;QD=9.25474;RBI=0.0201887;REFB=-0.00198028;REVB=-0.00686493;RO=37;SAF=2;SAR=15;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447125;STB=0.784483;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.013485;OID=.;OPOS=174449862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:38:17:17:0.309091:15:2:15:22:15:2:16:22 chr4 174458022 . T A 707.23 PASS AF=0.514925;AO=69;DP=135;FAO=69;FDP=134;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.012879;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.419;QD=21.1115;RBI=0.0175696;REFB=0.00259121;REVB=0.0119508;RO=64;SAF=33;SAR=36;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633916;STB=0.53063;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.00464819;OID=.;OPOS=174458022;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:64:65:69:69:0.514925:36:33:26:38:36:33:27:38 chr4 174537221 . T C 499.54 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.00833243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2808;QD=16.9337;RBI=0.00877158;REFB=-0.0164271;REVB=-0.00274066;RO=64;SAF=28;SAR=26;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109054;STB=0.560679;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0224709;OID=.;OPOS=174537221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:64:64:54:54:0.457627:26:28:26:38:26:28:26:38 chr4 174537356 . T A 843.13 PASS AF=0.533784;AO=79;DP=148;FAO=79;FDP=148;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0104315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.079;QD=22.7874;RBI=0.0150017;REFB=-0.0145737;REVB=0.0107812;RO=69;SAF=32;SAR=47;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100783;STB=0.555233;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0125488;OID=.;OPOS=174537356;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:69:69:79:79:0.533784:47:32:36:33:47:32:36:33 chr4 174537471 . G A 583.65 PASS AF=0.462121;AO=61;DP=132;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0289435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.564;QD=17.6862;RBI=0.029518;REFB=-0.0109331;REVB=-0.00579531;RO=71;SAF=28;SAR=33;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114257;STB=0.563454;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.015778;OID=.;OPOS=174537471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:71:71:61:61:0.462121:33:28:41:30:33:28:41:30 chr4 174537658 . C T 314.2 PASS AF=0.642857;AO=26;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00310606;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.436;QD=29.9238;RBI=0.0031084;REFB=-0.0306579;REVB=0.000120691;RO=15;SAF=13;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221316;STB=0.518505;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00667784;OID=.;OPOS=174537658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:26:27:0.642857:13:13:8:7:14:13:8:7 chr4 175237408 . T C 427.4 PASS AF=0.404959;AO=48;DP=120;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.0313837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.7;QD=14.129;RBI=0.0382477;REFB=-0.0238597;REVB=0.0218621;RO=71;SAF=23;SAR=25;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294551;STB=0.514328;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0274514;OID=.;OPOS=175237408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:71:72:48:49:0.404959:25:23:36:35:25:24:37:35 chr4 175443156 . C T 464.92 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0274552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.954;QD=22.1389;RBI=0.0280138;REFB=-0.00406076;REVB=0.00556676;RO=38;SAF=20;SAR=25;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197356;STB=0.516122;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00531447;OID=.;OPOS=175443156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:39:45:45:0.535714:25:20:16:22:25:20:16:23 chr4 175598334 . T C 2755.29 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00986168;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.23;QD=62.6202;RBI=0.0101801;REFB=0;REVB=0.00252607;RO=0;SAF=90;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30506e-06;OID=.;OPOS=175598334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:176:0:0:176:176:1:86:90:0:0:86:90:0:0 chr4 175688138 . A G 1107.49 PASS AF=0.927711;AO=77;DP=83;FAO=77;FDP=83;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0100006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.981;QD=53.3731;RBI=0.0454056;REFB=-0.111433;REVB=0.0442906;RO=5;SAF=33;SAR=44;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269893;STB=0.50704;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00125543;OID=.;OPOS=175688138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:83:83:5:6:77:77:0.927711:44:33:1:4:44:33:2:4 chr4 175688141 . G A 1217.79 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.141;QD=57.9902;RBI=0.139134;REFB=0;REVB=0.0768277;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0089402;OID=.;OPOS=175688141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr4 176555585 . A C 2123.92 PASS AF=0.992701;AO=134;DP=136;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0393335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.532;QD=62.0122;RBI=0.0397787;REFB=-0.112385;REVB=-0.00593458;RO=1;SAF=74;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638057;STB=0.503311;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000802087;OID=.;OPOS=176555585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:137:1:1:134:136:0.992701:60:74:1:0:61:75:1:0 chr4 176892056 . CT C 32.44 PASS AF=0.2;AO=48;DP=134;FAO=27;FDP=135;FR=.;FRO=108;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=58;FWDB=-0.0488101;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.74129;QD=0.961057;RBI=0.199477;REFB=-0.0630897;REVB=-0.193413;RO=73;SAF=24;SAR=24;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365257;STB=0.51484;STBP=0.874;TYPE=del;VARB=0.00282891;OID=.;OPOS=176892057;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:48:134:27:135:108:13:14:50:58:32:73:24:24:34:39 chr4 177073026 . G A 1457.54 PASS AF=1;AO=76;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.06;QD=62.6899;RBI=0.0269903;REFB=0;REVB=0.0241968;RO=0;SAF=26;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54652e-06;OID=.;OPOS=177073026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:76:93:1:50:26:0:0:50:43:0:0 chr4 177087322 . C T 817.71 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4337;QD=57.3834;RBI=0.0465101;REFB=0;REVB=0.0101057;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021517;OID=.;OPOS=177087322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr4 177098285 . G A 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00904998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.974;QD=21.3766;RBI=0.0104736;REFB=-0.019806;REVB=0.00527211;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174177;STB=0.597617;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0118651;OID=.;OPOS=177098285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:13:10:14:8:13:10:14:8 chr4 177113779 . T C 455.46 PASS AF=0.464646;AO=44;DP=98;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.010907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.676;QD=18.4025;RBI=0.0109708;REFB=0.000823691;REVB=0.00118155;RO=53;SAF=21;SAR=23;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117253;STB=0.575725;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00116929;OID=.;OPOS=177113779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:53:53:44:46:0.464646:23:21:19:34:23:23:19:34 chr4 177113836 . C T 1011.09 PASS AF=0.513089;AO=98;DP=191;FAO=98;FDP=191;FR=.;FRO=93;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=0.00293556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.467;QD=21.1747;RBI=0.0293421;REFB=0.00419394;REVB=-0.0291949;RO=92;SAF=49;SAR=49;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384064;STB=0.523555;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00299791;OID=.;OPOS=177113836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:92:93:98:98:0.513089:49:49:42:50:49:49:42:51 chr4 177113956 . A G 752.25 PASS AF=0.493671;AO=77;DP=157;FAO=78;FDP=158;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.0664086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.145;QD=19.0444;RBI=0.0700238;REFB=-0.00317775;REVB=-0.0222088;RO=80;SAF=33;SAR=44;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666135;STB=0.532714;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00322141;OID=.;OPOS=177113956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:80:80:77:78:0.493671:44:33:40:40:44:34:40:40 chr4 177605081 . CTCA C 1444.42 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00483768;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=309.353;QD=60.8175;RBI=0.00584352;REFB=-0.0281165;REVB=0.00327774;RO=0;SAF=57;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09153e-08;STB=0.502501;STBP=0.794;TYPE=del;VARB=6.7984e-06;OID=.;OPOS=177605082;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.978947:93:94:93:95:2:57:36:1:1:3:0:57:36:0:0 chr4 178102691 . C G 2081.81 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6995;QD=62.6109;RBI=0.0359536;REFB=0;REVB=-0.0086485;RO=0;SAF=70;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84852e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217157;OID=.;OPOS=178102691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:62:70:0:0:62:71:0:0 chr4 178274565 . A G 1571.62 PASS AF=0.964602;AO=107;DP=111;FAO=109;FDP=113;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0307096;FXX=0.0173898;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.9954;QD=55.6325;RBI=0.037375;REFB=-0.116365;REVB=0.0213028;RO=4;SAF=44;SAR=63;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00625652;STB=0.503536;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00668358;OID=.;OPOS=178274565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:111:113:4:4:107:109:0.964602:63:44:2:2:65:44:2:2 chr4 178274694 . T G 1594.18 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0180829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.857;QD=57.97;RBI=0.0285354;REFB=-0.142366;REVB=0.0220744;RO=0;SAF=56;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59964e-08;STB=0.509432;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00031916;OID=.;OPOS=178274694;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:110:0:2:108:108:0.981818:52:56:0:0:52:56:0:2 chr4 178274750 . C T 1227.48 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.114;QD=61.3738;RBI=0.0344961;REFB=0;REVB=-0.00119115;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84405e-05;OID=.;OPOS=178274750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr4 178274835 . A C 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0306;QD=42.1795;RBI=0.0657943;REFB=0;REVB=0.0119837;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00251258;OID=.;OPOS=178274835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr4 178281754 . G A 1177.9 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182883;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.544;QD=59.6407;RBI=0.0422362;REFB=-0.101844;REVB=0.0380715;RO=1;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145613;STB=0.50769;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000348106;OID=.;OPOS=178281754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:79:79:1:1:78:78:0.987342:32:46:0:1:32:46:0:1 chr4 178359960 . G C 1208.85 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2473;QD=61.2077;RBI=0.0441857;REFB=0;REVB=0.00654823;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289929;OID=.;OPOS=178359960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:40:38:0:0:41:38:0:0 chr4 178881982 . G T 905.71 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00183866;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.955;QD=56.607;RBI=0.00881374;REFB=-0.0683071;REVB=0.00861983;RO=0;SAF=48;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58777e-08;STB=0.505153;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000199779;OID=.;OPOS=178881982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:15:48:0:0:15:48:1:0 chr4 179037990 . C T 839.16 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00052679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.615;QD=56.8921;RBI=0.0130735;REFB=0;REVB=0.0130629;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700549;OID=.;OPOS=179037990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:57:59:1:26:31:0:0:28:31:0:0 chr4 179327856 . G A 1988.79 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4032;QD=62.1496;RBI=0.0578146;REFB=0;REVB=-0.0504562;RO=0;SAF=72;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.10881e-05;OID=.;OPOS=179327856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:128:0:0:125:128:1:53:72:0:0:53:75:0:0 chr4 183601847 . T C 1803.57 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2473;QD=61.1379;RBI=0.0575096;REFB=0;REVB=0.0468801;RO=0;SAF=53;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515237;OID=.;OPOS=183601847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:65:53:0:0:65:53:0:0 chr4 183652175 . T C 3566.85 PASS AF=1;AO=226;DP=227;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00632762;FXX=0.00436662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.841;QD=62.5763;RBI=0.033018;REFB=0;REVB=0.032406;RO=0;SAF=134;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110444;OID=.;OPOS=183652175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:227:228:0:0:226:228:1:92:134:0:0:94:134:0:0 chr4 183674697 . C T 400.24 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0143156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.863;QD=14.554;RBI=0.0202107;REFB=-0.0132713;REVB=-0.0142666;RO=64;SAF=23;SAR=23;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322887;STB=0.518174;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0206741;OID=.;OPOS=183674697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:64:64:46:46:0.418182:23:23:34:30:23:23:34:30 chr4 183720840 . G A 116.85 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.041783;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.873;QD=7.30331;RBI=0.0442836;REFB=-0.0167913;REVB=-0.0146702;RO=45;SAF=7;SAR=10;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145482;STB=0.60317;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0686528;OID=.;OPOS=183720840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:45:47:17:17:0.265625:10:7:24:21:10:7:26:21 chr4 183720850 . C T 346.26 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0525863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.199;QD=26.6351;RBI=0.0537125;REFB=-0.0397739;REVB=0.0109416;RO=19;SAF=20;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549287;STB=0.530102;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0252572;OID=.;OPOS=183720850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:13:20:10:9:13:20:10:9 chr4 183721852 . G A 440.15 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0416033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.819;QD=19.562;RBI=0.0417092;REFB=-0.00308168;REVB=0.00296981;RO=46;SAF=20;SAR=24;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795716;STB=0.544128;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00352016;OID=.;OPOS=183721852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:24:20:17:29:24:20:17:29 chr4 184242959 . C G 358.08 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0110785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4421;QD=31.1375;RBI=0.0297866;REFB=-0.03131;REVB=-0.0276497;RO=16;SAF=15;SAR=15;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119166;STB=0.565175;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0149677;OID=.;OPOS=184242959;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:15:15:5:11:15:15:5:11 chr4 184243528 . G A 253.87 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.00547186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.764;QD=21.6063;RBI=0.00915708;REFB=-0.00852601;REVB=0.0073424;RO=23;SAF=10;SAR=13;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247217;STB=0.627281;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00845755;OID=.;OPOS=184243528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:23:23:24:0.510638:13:10:4:19:14:10:4:19 chr4 184426387 . C T 574.25 PASS AF=0.435714;AO=60;DP=140;FAO=61;FDP=140;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=0.00198594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.62;QD=16.4071;RBI=0.0126138;REFB=-0.0300274;REVB=-0.0124565;RO=79;SAF=37;SAR=23;SRF=48;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00971938;STB=0.509178;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0401577;OID=.;OPOS=184426387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:79:79:60:61:0.435714:23:37:48:31:23:38:48:31 chr4 184560790 . G A 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.668;QD=60.7161;RBI=0.0564296;REFB=0;REVB=-0.0463203;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.5833e-05;OID=.;OPOS=184560790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:43:33:0:0:43:33:0:0 chr4 184572218 . G A 342.85 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0194192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.267;QD=21.4283;RBI=0.0250386;REFB=-0.00584611;REVB=-0.0158059;RO=29;SAF=21;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408025;STB=0.522568;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00407804;OID=.;OPOS=184572218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:14:21:16:13:14:21:16:13 chr4 184596309 . CT C 353.65 PASS AF=0.382671;AO=106;DP=279;FAO=106;FDP=277;FR=.;FRO=171;FSAF=65;FSAR=41;FSRF=89;FSRR=82;FWDB=0.0561942;FXX=0.0071682;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.8773;QD=5.10688;RBI=0.135681;REFB=0.00706855;REVB=0.123497;RO=149;SAF=66;SAR=40;SRF=81;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857529;STB=0.558728;STBP=0.133;TYPE=del;VARB=0.0167915;OID=.;OPOS=184596310;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382671:106:279:106:277:171:65:41:89:82:99:149:66:40:81:68 chr4 184596850 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000337117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6973;QD=56.9373;RBI=0.0276817;REFB=0;REVB=0.0276797;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314875;OID=.;OPOS=184596850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:22:30:0:0:23:30:0:0 chr4 184600601 . A G 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.363;QD=62.4652;RBI=0.0143843;REFB=0;REVB=-0.00864883;RO=0;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03101e-06;OID=.;OPOS=184600601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:51:36:0:0:51:36:0:0 chr4 184614874 . C T 529.8 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=119;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0223927;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.033;QD=17.9593;RBI=0.0330542;REFB=-0.00222119;REVB=-0.0243136;RO=62;SAF=33;SAR=23;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00843169;STB=0.50468;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00212325;OID=.;OPOS=184614874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:62:62:56:56:0.474576:23:33:36:26:23:33:36:26 chr4 185012398 . T C 428.67 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00510909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.185;QD=57.1559;RBI=0.0373924;REFB=0;REVB=0.0370417;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222226;OID=.;OPOS=185012398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr4 185310218 . C T 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0104052;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.837;QD=54.4809;RBI=0.0257577;REFB=0.0680365;REVB=0.0235624;RO=1;SAF=13;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345339;STB=0.518507;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000559971;OID=.;OPOS=185310218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:18:13:1:0:18:13:1:0 chr4 185587165 . A G 1214.31 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575699;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.565;QD=61.4841;RBI=0.057584;REFB=0;REVB=0.00127814;RO=0;SAF=50;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121239;OID=.;OPOS=185587165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:28:50:0:0:29:50:0:0 chr4 185655171 . C T 545.73 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0334961;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.559;QD=57.4447;RBI=0.0386161;REFB=-0.198814;REVB=0.0192149;RO=1;SAF=15;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301944;STB=0.51612;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00121005;OID=.;OPOS=185655171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:22:15:1:0:22:15:1:0 chr4 185655190 . C G 255.95 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0791589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.131;QD=51.19;RBI=0.0905788;REFB=0;REVB=0.0440271;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025177;OID=.;OPOS=185655190;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:17:20:1:13:4:0:0:13:7:0:0 chr4 185678081 . T C 105.49 PASS AF=0.178218;AO=18;DP=101;FAO=18;FDP=101;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.0152084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.082;QD=4.17799;RBI=0.0158739;REFB=-0.00598868;REVB=-0.004548;RO=83;SAF=7;SAR=11;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10416;STB=0.567825;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0235469;OID=.;OPOS=185678081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:83:83:18:18:0.178218:11:7:39:44:11:7:39:44 chr4 185678110 . A G 1387.49 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0120793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.793;QD=60.3258;RBI=0.0122324;REFB=-0.0279657;REVB=-0.00192942;RO=2;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193374;STB=0.510202;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00113311;OID=.;OPOS=185678110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:48:42:0:2:48:42:0:2 chr4 185678118 . C G 1365.3 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01592;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.271;QD=62.7726;RBI=0.039445;REFB=0;REVB=0.0360896;RO=0;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.187e-05;OID=.;OPOS=185678118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:87:0:0:87:87:1:51:36:0:0:51:36:0:0 chr4 185686032 . C T 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00148209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.441;QD=58.2371;RBI=0.110648;REFB=0;REVB=0.110638;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047591;OID=.;OPOS=185686032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr4 185735054 . G A 227.44 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0296387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.625;QD=21.6607;RBI=0.0333151;REFB=-0.0217102;REVB=-0.0152133;RO=19;SAF=4;SAR=18;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391039;STB=0.714067;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0331464;OID=.;OPOS=185735054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:18:4:11:8:18:4:11:9 chr4 185940952 . C G 39.57 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00613254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2899;QD=3.86092;RBI=0.00620707;REFB=-0.00680615;REVB=0.000958954;RO=34;SAF=1;SAR=6;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410866;STB=0.792444;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0356994;OID=.;OPOS=185940952;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:41:41:34:34:7:7:0.170732:6:1:15:19:6:1:15:19 chr4 186091487 . G A 385.31 PASS AF=0.666667;AO=36;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00365231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.855;QD=28.5418;RBI=0.0110528;REFB=-0.00843066;REVB=-0.010432;RO=18;SAF=19;SAR=17;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509501;STB=0.527762;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00284438;OID=.;OPOS=186091487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:18:18:36:36:0.666667:17:19:8:10:17:19:8:10 chr4 186097045 . C T 855.5 PASS AF=0.770115;AO=67;DP=87;FAO=67;FDP=87;FR=.;FRO=20;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0087428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.904;QD=39.3333;RBI=0.009839;REFB=-0.00128857;REVB=-0.00451324;RO=20;SAF=37;SAR=30;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869088;STB=0.546534;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.000416983;OID=.;OPOS=186097045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:20:20:67:67:0.770115:30:37:7:13:30:37:7:13 chr4 186111639 . T C 51.53 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0323334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.508;QD=3.55392;RBI=0.0329448;REFB=-0.00118219;REVB=0.00631752;RO=49;SAF=4;SAR=5;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204008;STB=0.638804;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.013878;OID=.;OPOS=186111639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:49:49:9:9:0.155172:5:4:30:19:5:4:30:19 chr4 186112111 . G A 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00947175;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.738;QD=7.03254;RBI=0.0129479;REFB=0.00179176;REVB=-0.00882797;RO=26;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110244;STB=0.569466;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.00431113;OID=.;OPOS=186112111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:5:4:14:12:5:4:14:12 chr4 186339584 . A G 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.794;QD=62.0179;RBI=0.01878;REFB=0;REVB=-0.00623458;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34873e-05;OID=.;OPOS=186339584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr4 186347055 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.567;QD=60.6101;RBI=0.0390887;REFB=0;REVB=0.0348008;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54278e-05;OID=.;OPOS=186347055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr4 186357523 . C G 990.52 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.997;QD=59.1354;RBI=0.0273085;REFB=0;REVB=0.0251311;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1061e-05;OID=.;OPOS=186357523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:26:41:0:0:26:41:0:0 chr4 186361876 . A G 769.18 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0582486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.831;QD=54.9416;RBI=0.0594254;REFB=0.0387165;REVB=-0.0117678;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184819;STB=0.5098;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.000752072;OID=.;OPOS=186361876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:25:30:0:1:25:30:0:1 chr4 186379371 . G A 1576.01 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0122207;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.025;QD=58.9162;RBI=0.012237;REFB=-0.179362;REVB=-0.000632775;RO=0;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50505;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00168857;OID=.;OPOS=186379371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:0:1:105:106:0.990654:57:48:0:0:57:49:1:0 chr4 186379899 . G C 320.51 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0141302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.166;QD=27.2773;RBI=0.0146042;REFB=-0.0107102;REVB=0.00369042;RO=19;SAF=8;SAR=20;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114306;STB=0.563333;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00631554;OID=.;OPOS=186379899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:20:8:8:11:20:8:8:11 chr4 186380243 . A C 141.84 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0332993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2819;QD=11.1248;RBI=0.0343229;REFB=-0.0111849;REVB=0.00831972;RO=34;SAF=8;SAR=9;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264437;STB=0.654378;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0240969;OID=.;OPOS=186380243;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:9:8:24:10:9:8:24:10 chr4 186380295 . A G 214.25 PASS AF=0.382353;AO=27;DP=69;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0407107;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0935;QD=12.6026;RBI=0.0444302;REFB=0.00138141;REVB=0.0177955;RO=40;SAF=11;SAR=16;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224825;STB=0.605301;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00161441;OID=.;OPOS=186380295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:40:42:27:26:0.382353:16:11:25:15:15:11:25:17 chr4 186380846 . A T 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00235031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.705;QD=11.296;RBI=0.00408755;REFB=-0.00418041;REVB=0.00334427;RO=34;SAF=9;SAR=9;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654866;STB=0.538419;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00864526;OID=.;OPOS=186380846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:9:9:19:15:9:9:19:15 chr4 186381165 . G A 507.94 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0228153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.467;QD=20.732;RBI=0.0230372;REFB=-0.0144713;REVB=-0.00319019;RO=49;SAF=33;SAR=16;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280042;STB=0.655196;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0199659;OID=.;OPOS=186381165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:16:33:18:31:16:33:18:31 chr4 186382206 . A G 192.97 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00578344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.206;QD=13.7836;RBI=0.0182386;REFB=0.00482371;REVB=0.0172974;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174825;STB=0.608601;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00258466;OID=.;OPOS=186382206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:14:9:18:14:14:9:19:14 chr4 186382236 . AT A 45.79 PASS AF=0.380952;AO=21;DP=64;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0105552;FXX=0.0156226;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.68365;QD=2.90738;RBI=0.0146524;REFB=-0.0295493;REVB=0.0101627;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747104;STB=0.52379;STBP=0.767;TYPE=del;VARB=-0.0542467;OID=.;OPOS=186382237;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:21:64:24:63:39:12:12:18:21:45:31:11:10:14:17 chr4 186391868 . T C 1403.49 PASS AF=0.960784;AO=98;DP=103;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0274246;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.407;QD=55.039;RBI=0.0308186;REFB=-0.0897138;REVB=0.0140598;RO=3;SAF=45;SAR=53;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713781;STB=0.501611;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00270871;OID=.;OPOS=186391868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:103:102:3:4:98:98:0.960784:53:45:1:2:53:45:2:2 chr4 186391898 . C T 1527.13 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206793;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.75;QD=59.8874;RBI=0.0254713;REFB=0;REVB=0.0148712;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158917;OID=.;OPOS=186391898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:51:51:0:0:51:51:0:0 chr4 186393372 . T C 301.22 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0474538;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.1206;QD=14.3436;RBI=0.0475344;REFB=0.0176938;REVB=-0.00276798;RO=49;SAF=16;SAR=18;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022602;STB=0.518299;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.0247335;OID=.;OPOS=186393372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:50:34:34:0.404762:18:16:22:27:18:16:22:28 chr4 186423637 . G A 491.77 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0133826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.479;QD=18.5572;RBI=0.0470184;REFB=-0.0100841;REVB=-0.0450737;RO=54;SAF=23;SAR=29;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703484;STB=0.538979;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00857379;OID=.;OPOS=186423637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:52:52:0.490566:29:23:28:26:29:23:28:26 chr4 186507298 . AATAT AATA,AAT 541.77 PASS AF=0,1;AO=5,31;DP=36;FAO=0,36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336738,0.03975;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=45.6858,173.85;QD=60.1965;RBI=0.0411135,0.0649804;REFB=0,0;REVB=-0.0235881,0.0514043;RO=0;SAF=0,24;SAR=5,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.71661e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000486223;OID=.,.;OPOS=186507302,186507299;OREF=T,AT;OALT=-,-;OMAPALT=AATA,AAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:5,31:36:0,36:36:0:0,24:0,12:0:0:4:0:0,24:5,7:0:0 chr4 186528433 . T C 126.68 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=-0.00561388;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.278;QD=10.5564;RBI=0.010651;REFB=-0.00771914;REVB=-0.00905143;RO=31;SAF=11;SAR=4;SRF=26;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169677;STB=0.550122;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.014432;OID=.;OPOS=186528433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:31:33:15:15:0.3125:4:11:26:5:4:11:26:7 chr4 187004074 . C T 332.09 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=0.00184009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.261;QD=13.8372;RBI=0.0190313;REFB=-0.0142838;REVB=0.0189421;RO=59;SAF=24;SAR=13;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00540761;STB=0.503081;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0220689;OID=.;OPOS=187004074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:59:59:37:37:0.385417:13:24:38:21:13:24:38:21 chr4 187004217 . C T 224.12 PASS AF=0.45;AO=24;DP=57;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.000905937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1845;QD=14.9413;RBI=0.0139387;REFB=-0.0345165;REVB=-0.0139092;RO=33;SAF=14;SAR=10;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12194;STB=0.560741;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0343313;OID=.;OPOS=187004217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:33:33:24:27:0.45:10:14:23:10:11:16:23:10 chr4 187074833 . A G 2160.18 PASS AF=0.993103;AO=130;DP=131;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00206978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.642;QD=59.5913;RBI=0.0239494;REFB=-0.0298925;REVB=0.0238598;RO=1;SAF=79;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00922728;STB=0.503816;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000654261;OID=.;OPOS=187074833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:131:145:1:1:130:144:0.993103:51:79:0:1:65:79:0:1 chr4 187077206 . A G 2184.78 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=141;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127287;FXX=0.0070917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.685;QD=62.4224;RBI=0.0232259;REFB=-0.092636;REVB=-0.0194274;RO=1;SAF=48;SAR=91;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00980147;STB=0.505154;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.000521114;OID=.;OPOS=187077206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:140:1:1:139:139:0.992857:91:48:1:0:91:48:1:0 chr4 187078785 . A G 4898.99 PASS AF=1;AO=309;DP=311;FAO=312;FDP=312;FR=.;FRO=0;FSAF=173;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319397;FXX=0.00636922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.384;QD=62.8076;RBI=0.049227;REFB=0;REVB=0.0374586;RO=0;SAF=171;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60177e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55517e-05;OID=.;OPOS=187078785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:311:312:0:0:309:312:1:138:171:0:0:139:173:0:0 chr4 187079047 . A G 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.00334331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8564;QD=18.2898;RBI=0.0252237;REFB=-0.016324;REVB=-0.0250012;RO=33;SAF=23;SAR=9;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00962736;STB=0.505373;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0170613;OID=.;OPOS=187079047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:9:23:24:9:9:23:24:9 chr4 187079183 . G A 418.73 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0232412;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.554;QD=16.4208;RBI=0.0233047;REFB=-0.0153692;REVB=0.00171988;RO=56;SAF=27;SAR=19;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10389;STB=0.558114;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0173759;OID=.;OPOS=187079183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:56:56:46:46:0.45098:19:27:27:29:19:27:27:29 chr4 187088248 . C T 305.45 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00392974;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.2;QD=17.454;RBI=0.0180552;REFB=0.00450923;REVB=-0.0176224;RO=37;SAF=15;SAR=18;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156618;STB=0.587577;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00645439;OID=.;OPOS=187088248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:37:37:33:33:0.471429:18:15:23:14:18:15:23:14 chr4 187120211 . C A 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0369906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.38;QD=9.65115;RBI=0.0500261;REFB=-0.00152926;REVB=-0.0336795;RO=33;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528139;STB=0.531869;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00297654;OID=.;OPOS=187120211;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:7:7:18:15:7:7:18:15 chr4 187122319 . T G 232.01 PASS AF=0.322222;AO=29;DP=90;FAO=29;FDP=90;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=5.95586e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.695;QD=10.3113;RBI=0.00280539;REFB=-0.00771874;REVB=0.00280476;RO=61;SAF=15;SAR=14;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162828;STB=0.594532;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0163642;OID=.;OPOS=187122319;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:61:61:29:29:0.322222:14:15:40:21:14:15:40:21 chr4 187133576 . A C 1396.93 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.811;QD=62.7835;RBI=0.0349355;REFB=0;REVB=0.0170796;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02656e-05;OID=.;OPOS=187133576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:44:44:0:0:45:44:0:0 chr4 187158034 . G A 329.36 PASS AF=0.39;AO=37;DP=103;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.0104714;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6936;QD=13.1743;RBI=0.0549122;REFB=-0.000511354;REVB=-0.0539045;RO=61;SAF=18;SAR=19;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120127;STB=0.582483;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00141793;OID=.;OPOS=187158034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:100:61:61:37:39:0.39:19:18:23:38:19:20:23:38 chr4 187179210 . T C 720.85 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0056222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0632;QD=55.45;RBI=0.0209032;REFB=0;REVB=-0.0201329;RO=0;SAF=10;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00544192;OID=.;OPOS=187179210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:49:52:1:39:10:0:0:40:12:0:0 chr4 187422331 . C A 834.26 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6305;QD=57.535;RBI=0.0294819;REFB=0;REVB=0.00838669;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162153;OID=.;OPOS=187422331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr4 187454951 . T C 1462.64 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0215223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.557;QD=57.3584;RBI=0.0279508;REFB=-0.0743002;REVB=0.0178336;RO=1;SAF=48;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978065;STB=0.500393;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00363361;OID=.;OPOS=187454951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:101:102:1:2:100:100:0.980392:52:48:1:0:52:48:1:1 chr4 187454972 . T C 630.13 PASS AF=0.787879;AO=52;DP=66;FAO=52;FDP=66;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=45;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=-0.0678989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5329;QD=38.1896;RBI=0.0701434;REFB=-0.0201165;REVB=0.0176023;RO=13;SAF=7;SAR=45;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44349;STB=0.749886;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0167024;OID=.;OPOS=187454972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:66:66:13:14:52:52:0.787879:45:7:13:0:45:7:14:0 chr4 187510280 . G A 393.91 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.010813;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.555;QD=25.4134;RBI=0.0198547;REFB=-0.00623944;REVB=0.0166519;RO=24;SAF=21;SAR=17;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668669;STB=0.536608;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00365373;OID=.;OPOS=187510280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:17:21:11:13:17:21:11:13 chr4 187516880 . A G 1042.83 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.055;QD=59.5905;RBI=0.0392531;REFB=0;REVB=0.0352132;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51364e-05;OID=.;OPOS=187516880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:31:37:0:0:33:37:0:0 chr4 187517758 . G A 222.03 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0048518;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.238;QD=14.5593;RBI=0.0164405;REFB=-0.000868892;REVB=0.0157083;RO=35;SAF=18;SAR=8;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00777663;STB=0.504421;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00100575;OID=.;OPOS=187517758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:8:18:24:11:8:18:24:11 chr4 187519206 . C G 1811.93 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00239538;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.943;QD=60.3977;RBI=0.0590995;REFB=0;REVB=0.0590509;RO=0;SAF=53;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320503;OID=.;OPOS=187519206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:120:0:0:114:120:1:61:53:0:0:65:55:0:0 chr4 187522528 . C T 432.89 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0131161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.245;QD=16.1829;RBI=0.0132136;REFB=-0.0114432;REVB=0.00160282;RO=59;SAF=36;SAR=12;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147249;STB=0.582821;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0150123;OID=.;OPOS=187522528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:59:48:48:0.448598:12:36:37:22:12:36:37:22 chr4 187525020 . A C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.104;QD=55.6561;RBI=0.0277279;REFB=0;REVB=-0.0111462;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010132;OID=.;OPOS=187525020;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr4 187531022 . A G 553.34 PASS AF=0.479675;AO=56;DP=122;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00150539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.025;QD=17.9948;RBI=0.00201553;REFB=-0.00788544;REVB=-0.00134021;RO=64;SAF=34;SAR=22;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899369;STB=0.550535;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00761971;OID=.;OPOS=187531022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:64:64:56:59:0.479675:22:34:33:31:23:36:33:31 chr4 187534363 . G A 1523.23 PASS AF=0.868217;AO=111;DP=129;FAO=112;FDP=129;FR=.;FRO=17;FSAF=44;FSAR=68;FSRF=17;FSRR=0;FWDB=0.0404326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.41;QD=47.232;RBI=0.0404579;REFB=-0.0492114;REVB=0.00142793;RO=9;SAF=43;SAR=68;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896121;STB=0.580938;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000402018;OID=.;OPOS=187534363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:129:129:9:17:111:112:0.868217:68:43:9:0:68:44:17:0 chr4 187534375 . A G 668.09 PASS AF=0.485507;AO=67;DP=138;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0084209;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.858;QD=19.365;RBI=0.0105826;REFB=-0.00719572;REVB=-0.00640941;RO=71;SAF=29;SAR=38;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826092;STB=0.545678;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00780535;OID=.;OPOS=187534375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:71:71:67:67:0.485507:38:29:37:34:38:29:37:34 chr4 187538330 . G A 448.13 PASS AF=0.371429;AO=52;DP=140;FAO=52;FDP=140;FR=.;FRO=88;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=-0.00947493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.288;QD=12.8037;RBI=0.00962345;REFB=-0.00964701;REVB=0.00168421;RO=88;SAF=25;SAR=27;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543223;STB=0.530876;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0177146;OID=.;OPOS=187538330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:88:88:52:52:0.371429:27:25:38:50:27:25:38:50 chr4 187538942 . T G 2342.66 PASS AF=0.957831;AO=159;DP=166;FAO=159;FDP=166;FR=.;FRO=7;FSAF=96;FSAR=63;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0370155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1995;QD=56.4496;RBI=0.0373522;REFB=-0.0170747;REVB=0.00500368;RO=7;SAF=96;SAR=63;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00270654;STB=0.501424;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.000771352;OID=.;OPOS=187538942;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:166:166:7:7:159:159:0.957831:63:96:4:3:63:96:4:3 chr4 187539217 . G A 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0557262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.816;QD=24.3831;RBI=0.0571538;REFB=-0.00243717;REVB=0.0126946;RO=21;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104731;STB=0.558096;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00169968;OID=.;OPOS=187539217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:12:14:14:7:12:14:14:7 chr4 187540373 . G A 59.79 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0078863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.132;QD=5.69449;RBI=0.0176373;REFB=-0.00978768;REVB=-0.0157759;RO=33;SAF=2;SAR=7;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.534761;STB=0.836668;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0323025;OID=.;OPOS=187540373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:7:2:23:10:7:2:23:10 chr4 187540635 . T G 285.07 PASS AF=0.555556;AO=27;DP=51;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.011264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.193;QD=21.1159;RBI=0.0112651;REFB=-0.00998598;REVB=-0.000162588;RO=23;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387046;STB=0.50372;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00761777;OID=.;OPOS=187540635;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:23:24:27:30:0.555556:13:14:13:10:14:16:13:11 chr4 187540654 . T A 302.25 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0149096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.263;QD=19.4997;RBI=0.0359886;REFB=-0.0181714;REVB=-0.0327549;RO=30;SAF=18;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836259;STB=0.54653;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0259444;OID=.;OPOS=187540654;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:14:18:14:16:14:18:14:16 chr4 187540918 . G C 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.011488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.285;QD=14.1319;RBI=0.012295;REFB=-0.00525792;REVB=-0.00438093;RO=31;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934425;STB=0.554084;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0079084;OID=.;OPOS=187540918;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:10:9:12:19:10:9:12:19 chr4 187541761 . G A 433.27 PASS AF=0.511905;AO=42;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00138528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.007;QD=20.6321;RBI=0.0112774;REFB=0.00196909;REVB=-0.0111919;RO=41;SAF=29;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193146;STB=0.596661;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00182877;OID=.;OPOS=187541761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:42:43:0.511905:13:29:20:21:14:29:20:21 chr4 187542316 . T C 166.03 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0112676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.306;QD=22.1371;RBI=0.0113961;REFB=-0.0362669;REVB=-0.0017062;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.006993;STB=0.503932;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0324461;OID=.;OPOS=187542316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:8:9:7:6:8:9:7:6 chr4 187542736 . T C 407.47 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=46;FWDB=-0.00231623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.542;QD=14.2972;RBI=0.0137619;REFB=-0.00738838;REVB=0.0135656;RO=67;SAF=26;SAR=21;SRF=21;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246715;STB=0.638273;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00800307;OID=.;OPOS=187542736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:67:67:47:47:0.412281:21:26:21:46:21:26:21:46 chr4 187542755 . T C 598.78 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=112;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00239957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1062;QD=21.3851;RBI=0.0329269;REFB=-0.0213222;REVB=0.0328393;RO=52;SAF=20;SAR=40;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116433;STB=0.564081;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0223845;OID=.;OPOS=187542755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:52:52:60:60:0.535714:40:20:24:28:40:20:24:28 chr4 187549428 . C T 600.26 PASS AF=0.586957;AO=54;DP=92;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.010761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.022;QD=26.0981;RBI=0.0109486;REFB=-0.0218199;REVB=-0.0020181;RO=36;SAF=25;SAR=29;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00682449;STB=0.504448;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0114291;OID=.;OPOS=187549428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:36:38:54:54:0.586957:29:25:17:19:29:25:18:20 chr4 187557893 . T C 3065.62 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00980637;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3375;QD=63.5362;RBI=0.0691901;REFB=0;REVB=0.0684917;RO=0;SAF=88;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018365;OID=.;OPOS=187557893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:193:0:0:192:193:1:104:88:0:0:104:89:0:0 chr4 187627792 . T C 319.97 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0270425;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.146;QD=17.2954;RBI=0.0271212;REFB=-0.02667;REVB=0.00206448;RO=38;SAF=10;SAR=25;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217692;STB=0.630174;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0276443;OID=.;OPOS=187627792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:35:35:0.472973:25:10:19:19:25:10:20:19 chr4 187628398 . C G 342.66 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0287168;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.795;QD=15.7544;RBI=0.0351803;REFB=-0.0157408;REVB=-0.0203224;RO=49;SAF=20;SAR=17;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315289;STB=0.5229;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0222717;OID=.;OPOS=187628398;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:49:50:37:37:0.425287:17:20:28:21:17:20:29:21 chr4 187629140 . G C 353.84 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0105015;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.129;QD=21.1249;RBI=0.0185785;REFB=0.0012911;REVB=0.0153258;RO=30;SAF=21;SAR=15;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715328;STB=0.529699;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00072223;OID=.;OPOS=187629140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:30:31:36:36:0.537313:15:21:20:10:15:21:20:11 chr4 187630303 . G A 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.000172552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2745;QD=16.8246;RBI=0.0116586;REFB=-0.0290725;REVB=-0.0116573;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949451;STB=0.554212;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0183301;OID=.;OPOS=187630303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:10:11:12:16:10:11:12:16 chr4 187630590 . G A 331.72 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.00353055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.147;QD=12.6368;RBI=0.0258577;REFB=-0.0100312;REVB=-0.0256155;RO=65;SAF=21;SAR=19;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188286;STB=0.510724;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0120605;OID=.;OPOS=187630590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:65:65:40:40:0.380952:19:21:33:32:19:21:33:32 chr4 189012705 . CCGTGTT C 111.59 PASS AF=0.298701;AO=22;DP=79;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00820173;FXX=0;HRUN=3;LEN=6;MLLD=293.955;QD=5.79674;RBI=0.0181727;REFB=-0.00729563;REVB=-0.0162166;RO=56;SAF=14;SAR=8;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0.559524;SSSB=0.145711;STB=0.609659;STBP=0.195;TYPE=del;VARB=0.0183948;OID=.;OPOS=189012706;OREF=CGTGTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.298701:22:79:23:77:54:15:8:27:27:99:56:14:8:29:27 chr4 189012728 . G C 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0068736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.365;QD=62.1623;RBI=0.0080966;REFB=0;REVB=0.00427885;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48334e-06;OID=.;OPOS=189012728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:36:49:0:0:36:49:0:0 chr4 189012809 . C T 363.09 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0180041;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.175;QD=20.456;RBI=0.0187614;REFB=-0.000461445;REVB=0.00527658;RO=34;SAF=20;SAR=17;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060475;STB=0.533518;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00095884;OID=.;OPOS=189012809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:34:34:37:37:0.521127:17:20:16:18:17:20:16:18 chr4 189018486 . A G 211.71 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0409938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.456;QD=19.6936;RBI=0.048608;REFB=0.0103327;REVB=-0.0261198;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238914;STB=0.513501;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.0113457;OID=.;OPOS=189018486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:12:9:10:12:12:9:10:12 chr4 189022324 . C T 488.11 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.0122661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.802;QD=16.8315;RBI=0.0151225;REFB=-0.00128858;REVB=0.00884492;RO=63;SAF=25;SAR=28;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105123;STB=0.558454;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00141766;OID=.;OPOS=189022324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:63:63:53:53:0.456897:28:25:23:40:28:25:23:40 chr4 189026524 . C G 265.11 PASS AF=0.526316;AO=28;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0517008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7043;QD=18.6045;RBI=0.0521656;REFB=0.01665;REVB=-0.00694773;RO=28;SAF=11;SAR=17;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221828;STB=0.64135;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00589023;OID=.;OPOS=189026524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:27:28:30:0.526316:17:11:18:10:19:11:18:9 chr4 189042746 . T C 254.21 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0187478;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.022;QD=15.1764;RBI=0.0194778;REFB=-0.00119507;REVB=-0.00528259;RO=39;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185659;STB=0.613422;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00139515;OID=.;OPOS=189042746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:39:38:29:29:0.432836:14:15:13:26:14:15:12:26 chr4 190630778 . GC AT 2231.23 PASS AF=0.650519;AO=188;DP=298;FAO=188;FDP=289;FR=.;FRO=101;FSAF=114;FSAR=74;FSRF=62;FSRR=39;FWDB=0.00310659;FXX=0.0302003;HRUN=1;LEN=2;MLLD=148.691;QD=30.882;RBI=0.00430705;REFB=-0.0379325;REVB=-0.00298325;RO=90;SAF=114;SAR=74;SRF=59;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313599;STB=0.50274;STBP=0.902;TYPE=mnp;VARB=0.0222525;OID=.;OPOS=190630778;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:289:90:101:188:188:0.650519:74:114:59:31:74:114:62:39 chr4 190630786 . A G 2342.66 PASS AF=0.650641;AO=203;DP=311;FAO=203;FDP=312;FR=.;FRO=109;FSAF=118;FSAR=85;FSRF=69;FSRR=40;FWDB=0.0114354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.965;QD=30.0341;RBI=0.0126423;REFB=-0.0261976;REVB=-0.00539058;RO=108;SAF=118;SAR=85;SRF=68;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323205;STB=0.51868;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0148441;OID=.;OPOS=190630786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:312:108:109:203:203:0.650641:85:118:68:40:85:118:69:40 chr4 190862155 . T G 1380.83 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446229;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.0071;QD=62.765;RBI=0.00458654;REFB=0;REVB=-0.00106031;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148158;OID=.;OPOS=190862155;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr4 190862182 . C T 1406.89 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00849397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.722;QD=60.5113;RBI=0.00869205;REFB=-0.0483015;REVB=-0.00184503;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511902;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=6.07009e-05;OID=.;OPOS=190862182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:93:0:2:91:91:0.978495:50:41:0:0:50:41:2:0 chr4 190874206 . T A 246.28 PASS AF=0.240506;AO=38;DP=158;FAO=38;FDP=158;FR=.;FRO=120;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=73;FSRR=47;FWDB=0.00205469;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.51;QD=6.23495;RBI=0.0225827;REFB=0.00691925;REVB=-0.0224891;RO=118;SAF=16;SAR=22;SRF=72;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233565;STB=0.639381;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0133799;OID=.;OPOS=190874206;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:118:120:38:38:0.240506:22:16:72:46:22:16:73:47 chr4 190874234 . C T 334.64 PASS AF=0.245;AO=49;DP=200;FAO=49;FDP=200;FR=.;FRO=151;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=85;FSRR=66;FWDB=-0.00903787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.255;QD=6.69278;RBI=0.00915348;REFB=-0.00461289;REVB=0.00145026;RO=151;SAF=25;SAR=24;SRF=85;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664273;STB=0.539861;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0136452;OID=.;OPOS=190874234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:151:151:49:49:0.245:24:25:85:66:24:25:85:66 chr4 190874255 . A T 184.16 PASS AF=0.170854;AO=34;DP=199;FAO=34;FDP=199;FR=.;FRO=165;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=83;FSRR=82;FWDB=-0.00482931;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.023;QD=3.70162;RBI=0.00708163;REFB=-0.00258962;REVB=-0.0051795;RO=164;SAF=26;SAR=8;SRF=83;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347624;STB=0.728378;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0240928;OID=.;OPOS=190874255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:164:165:34:34:0.170854:8:26:83:81:8:26:83:82 chr4 190874256 . C T 92.17 PASS AF=0.115;AO=23;DP=200;FAO=23;FDP=200;FR=.;FRO=177;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=98;FSRR=79;FWDB=-0.00575593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.869;QD=1.84334;RBI=0.0257598;REFB=-0.00167901;REVB=-0.0251085;RO=175;SAF=12;SAR=11;SRF=97;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405678;STB=0.52836;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0115847;OID=.;OPOS=190874256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:200:200:175:177:23:23:0.115:11:12:97:78:11:12:98:79 chr4 190874290 . T A 259.79 PASS AF=0.210784;AO=43;DP=204;FAO=43;FDP=204;FR=.;FRO=161;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=81;FSRR=80;FWDB=0.000203999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.03;QD=5.09399;RBI=0.01811;REFB=-0.00291847;REVB=0.0181089;RO=161;SAF=29;SAR=14;SRF=81;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224237;STB=0.63894;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0131176;OID=.;OPOS=190874290;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:161:161:43:43:0.210784:14:29:81:80:14:29:81:80 chr4 190876192 . A C 61.25 PASS AF=0.12069;AO=14;DP=116;FAO=14;FDP=116;FR=.;FRO=102;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=60;FSRR=42;FWDB=0.000265827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.777;QD=2.11202;RBI=0.0103713;REFB=-0.00437284;REVB=0.0103679;RO=102;SAF=4;SAR=10;SRF=60;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360831;STB=0.754373;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0233233;OID=.;OPOS=190876192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:116:116:102:102:14:14:0.12069:10:4:60:42:10:4:60:42 chr4 190876195 . C T 1269.44 PASS AF=0.843478;AO=97;DP=115;FAO=97;FDP=115;FR=.;FRO=18;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0224419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.06;QD=44.1546;RBI=0.0225314;REFB=-0.00547278;REVB=0.00200593;RO=18;SAF=53;SAR=44;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00272475;STB=0.501447;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00166085;OID=.;OPOS=190876195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:115:115:18:18:97:97:0.843478:44:53:10:8:44:53:10:8 chr4 190876204 . G A 762.04 PASS AF=0.608696;AO=67;DP=121;FAO=70;FDP=115;FR=.;FRO=45;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00258557;FXX=0.0725748;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6849;QD=26.5056;RBI=0.0327088;REFB=-0.00385959;REVB=0.0326065;RO=45;SAF=37;SAR=30;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00247722;STB=0.505009;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00187141;OID=.;OPOS=190876204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:115:45:45:67:70:0.608696:30:37:25:20:32:38:25:20 chr4 190876242 . G A 1354.8 PASS AF=0.708075;AO=114;DP=161;FAO=114;FDP=161;FR=.;FRO=47;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00324007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5555;QD=33.6597;RBI=0.0304219;REFB=0.0145689;REVB=-0.0302489;RO=47;SAF=60;SAR=54;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263571;STB=0.514114;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.00572539;OID=.;OPOS=190876242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:47:47:114:114:0.708075:54:60:27:20:54:60:27:20 chr4 190876256 . C T 77.3 PASS AF=0.115854;AO=19;DP=164;FAO=19;FDP=164;FR=.;FRO=145;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=82;FSRR=63;FWDB=-0.0600191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.704;QD=1.88539;RBI=0.0600232;REFB=-0.00103382;REVB=0.00069961;RO=143;SAF=9;SAR=10;SRF=80;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105756;STB=0.580644;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0077459;OID=.;OPOS=190876256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:164:164:143:145:19:19:0.115854:10:9:80:63:10:9:82:63 chr4 190876269 . T C 35.74 PASS AF=0.0754717;AO=12;DP=158;FAO=12;FDP=159;FR=.;FRO=147;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=81;FSRR=66;FWDB=0.00786893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.466;QD=0.899205;RBI=0.00862045;REFB=-0.000638257;REVB=0.00352023;RO=146;SAF=7;SAR=5;SRF=80;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398092;STB=0.530365;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0139471;OID=.;OPOS=190876269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:158:159:146:147:12:12:0.0754717:5:7:80:66:5:7:81:66 chr4 190876278 . G A 43.01 PASS AF=0.083871;AO=13;DP=154;FAO=13;FDP=155;FR=.;FRO=142;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=79;FSRR=63;FWDB=-0.0177435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.528;QD=1.11004;RBI=0.0196311;REFB=-0.00146213;REVB=-0.0083992;RO=141;SAF=6;SAR=7;SRF=78;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104678;STB=0.654102;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0185168;OID=.;OPOS=190876278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:154:155:141:142:13:13:0.083871:7:6:78:63:8:5:79:63 chr4 190876293 . C A 37.22 PASS AF=0.0784314;AO=12;DP=153;FAO=12;FDP=153;FR=.;FRO=141;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=80;FSRR=61;FWDB=-0.0227103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.048;QD=0.973006;RBI=0.0240877;REFB=0.00176697;REVB=-0.00802868;RO=141;SAF=4;SAR=8;SRF=80;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25768;STB=0.708528;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.026442;OID=.;OPOS=190876293;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:153:153:141:141:12:12:0.0784314:8:4:80:61:8:4:80:61 chr4 190878563 . C A 154.28 PASS AF=0.258824;AO=22;DP=86;FAO=22;FDP=85;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.000930724;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8609;QD=7.26014;RBI=0.00876087;REFB=-0.00237657;REVB=-0.00871129;RO=62;SAF=14;SAR=8;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26197;STB=0.663012;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00685562;OID=.;OPOS=190878563;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:62:63:22:22:0.258824:8:14:26:36:8:14:26:37 chr4 190878580 . A G 47.49 PASS AF=0.108911;AO=11;DP=101;FAO=11;FDP=101;FR=.;FRO=90;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=-0.0207616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.621;QD=1.88084;RBI=0.0270652;REFB=0.00226885;REVB=-0.0173632;RO=90;SAF=9;SAR=2;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450797;STB=0.831877;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0134629;OID=.;OPOS=190878580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:101:101:90:90:11:11:0.108911:2:9:39:51:2:9:39:51 chr4 190878597 . C T 245.54 PASS AF=0.295652;AO=34;DP=115;FAO=34;FDP=115;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=-0.0252082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.137;QD=8.54035;RBI=0.0255332;REFB=-0.0129953;REVB=-0.0040604;RO=81;SAF=11;SAR=23;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266321;STB=0.657049;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0383346;OID=.;OPOS=190878597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:81:81:34:34:0.295652:23:11:44:37:23:11:44:37 chr4 190878654 . C G 267.86 PASS AF=0.310345;AO=36;DP=116;FAO=36;FDP=116;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=-0.0411482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4236;QD=9.23665;RBI=0.063493;REFB=-0.013706;REVB=-0.0483549;RO=76;SAF=21;SAR=15;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158128;STB=0.599945;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0262671;OID=.;OPOS=190878654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:76:80:36:36:0.310345:15:21:34:42:15:21:35:45 chr4 190881992 . T C 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00297483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.14;QD=2.64334;RBI=0.0177828;REFB=-0.00686507;REVB=-0.0175322;RO=43;SAF=2;SAR=4;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259143;STB=0.692705;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0834188;OID=.;OPOS=190881992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:4:2:24:19:4:2:24:19 chr4 190881997 . A G 31.82 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0169936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.643;QD=2.49535;RBI=0.047971;REFB=-0.0137489;REVB=-0.0448601;RO=45;SAF=2;SAR=4;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255114;STB=0.691682;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0610965;OID=.;OPOS=190881997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:45:45:6:6:0.117647:4:2:25:20:4:2:25:20 chr4 190884225 . T TTTC 643.74 PASS AF=1;AO=43;DP=53;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250878;FXX=0.117624;HRUN=4;LEN=3;MLLD=299.296;QD=57.2213;RBI=0.0254209;REFB=0;REVB=0.00410171;RO=7;SAF=17;SAR=26;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475852;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.63924e-05;OID=.;OPOS=190884226;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:53:45:45:0:17:28:0:0:3:7:17:26:4:3 chr4 190903688 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4614;QD=42.182;RBI=0.00708156;REFB=0;REVB=0.00708156;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377371;OID=.;OPOS=190903688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:11:0:0:0:11:0:0:0 chr4 190903938 . C T 1164.37 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0195402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.105;QD=58.9557;RBI=0.0196048;REFB=-0.0511099;REVB=-0.00159021;RO=1;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150195;STB=0.507461;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=7.612e-05;OID=.;OPOS=190903938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:79:1:1:76:78:0.987342:31:45:0:1:33:45:0:1 chr4 190903950 . A G 1120.77 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0368036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.735;QD=58.9878;RBI=0.0372569;REFB=0.0287939;REVB=0.00579411;RO=1;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150175;STB=0.507934;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.000499792;OID=.;OPOS=190903950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:31:44:0:1:31:44:0:1 chr4 190904030 . TG CT 134.9 PASS AF=0.882353;AO=14;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.11426;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=24.7009;QD=31.742;RBI=0.289464;REFB=-0.155063;REVB=0.265959;RO=2;SAF=8;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164511;STB=0.512179;STBP=0.872;TYPE=mnp;VARB=0.178574;OID=.;OPOS=190904030;OREF=TG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:14:15:0.882353:6:8:1:1:6:9:1:1 chr4 190904645 . G A 164.45 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200513;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.754;QD=46.9858;RBI=0.08912;REFB=0;REVB=0.086835;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161235;OID=.;OPOS=190904645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr4 190906025 . G A 597.55 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164267;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.976;QD=61.2874;RBI=0.03563;REFB=0;REVB=0.0316174;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133024;OID=.;OPOS=190906025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr5 143352 . C T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0135154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.603;QD=17.8403;RBI=0.0151197;REFB=0.00720195;REVB=0.00677779;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00709969;OID=.;OPOS=143352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:8:6:6:8:8:6 chr5 163260 . A C 159.2 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.182;QD=45.4857;RBI=0.0494427;REFB=0;REVB=0.00767928;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560954;OID=.;OPOS=163260;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:6:8:0:0 chr5 163622 . G A 155.76 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0209792;FXX=0.0188644;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.5793;QD=11.9812;RBI=0.0289744;REFB=-0.00536586;REVB=0.0199847;RO=32;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10486;STB=0.54561;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00809127;OID=.;OPOS=163622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:32:33:19:19:0.365385:12:7:9:23:12:7:10:23 chr5 174106 . G A 1536.29 PASS AF=0.963636;AO=106;DP=110;FAO=106;FDP=110;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0166495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.545;QD=55.8649;RBI=0.031031;REFB=-0.187619;REVB=0.0261862;RO=1;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797668;STB=0.51639;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.000933678;OID=.;OPOS=174106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:110:110:1:4:106:106:0.963636:59:47:0:1:59:47:0:4 chr5 181660 . T G 663.47 PASS AF=1;AO=32;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143;QD=61.7183;RBI=0.158025;REFB=0;REVB=0.15704;RO=0;SAF=31;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00855638;OID=.;OPOS=181660;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:32:43:1:1:31:0:0:12:31:0:0 chr5 181730 . C G 963.75 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000813778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5316;QD=55.8694;RBI=0.00958071;REFB=-0.0726289;REVB=-0.00954608;RO=3;SAF=43;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284723;STB=0.520827;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0039947;OID=.;OPOS=181730;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:3:2:66:67:0.971014:23:43:1:2:23:44:0:2 chr5 181762 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00981965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.74;QD=59.6795;RBI=0.0479499;REFB=0;REVB=0.0469336;RO=0;SAF=47;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95029e-05;OID=.;OPOS=181762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:23:47:0:0:23:47:0:0 chr5 231111 . T C 1297.55 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125271;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.874;QD=61.788;RBI=0.0269491;REFB=0;REVB=0.0238605;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53529e-06;OID=.;OPOS=231111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr5 311478 . T C 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.854;QD=62.6653;RBI=0.0308256;REFB=0;REVB=0.0291911;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110402;OID=.;OPOS=311478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr5 367990 . G A 605.58 PASS AF=0.560748;AO=59;DP=106;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0108763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.833;QD=22.6385;RBI=0.0110001;REFB=-0.0140825;REVB=0.00164559;RO=47;SAF=39;SAR=20;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203604;STB=0.505628;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0113193;OID=.;OPOS=367990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:47:47:59:60:0.560748:20:39:30:17:21:39:30:17 chr5 484652 . C T 116.32 PASS AF=0.182609;AO=21;DP=116;FAO=21;FDP=115;FR=.;FRO=94;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=58;FSRR=36;FWDB=0.0320681;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6307;QD=4.04577;RBI=0.0334279;REFB=-0.00540378;REVB=-0.00943722;RO=92;SAF=8;SAR=13;SRF=58;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308844;STB=0.686232;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0249122;OID=.;OPOS=484652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:92:94:21:21:0.182609:13:8:58:34:13:8:58:36 chr5 488464 . G A 231.66 PASS AF=0.251852;AO=34;DP=135;FAO=34;FDP=135;FR=.;FRO=101;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=57;FSRR=44;FWDB=-0.00916735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1786;QD=6.86404;RBI=0.0625345;REFB=-0.00600209;REVB=0.0618589;RO=100;SAF=14;SAR=20;SRF=57;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194711;STB=0.61306;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0234189;OID=.;OPOS=488464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:100:101:34:34:0.251852:20:14:57:43:20:14:57:44 chr5 492083 . G A 250.81 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00408731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.374;QD=12.2348;RBI=0.00737333;REFB=-0.014741;REVB=0.00613677;RO=50;SAF=13;SAR=17;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730282;STB=0.530357;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0271911;OID=.;OPOS=492083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:52:30:30:0.365854:17:13:25:25:17:13:25:27 chr5 640705 . A G 155.95 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0176454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.681;QD=10.9438;RBI=0.0401234;REFB=-0.026229;REVB=-0.0360351;RO=37;SAF=11;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105913;STB=0.506189;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0517292;OID=.;OPOS=640705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:9:11:20:17:9:11:20:17 chr5 665280 . T C 1459.21 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.984;QD=62.7618;RBI=0.0108323;REFB=0;REVB=0.00212425;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234802;OID=.;OPOS=665280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:91:93:1:43:48:0:0:43:50:0:0 chr5 678062 . A G 720.5 PASS AF=0.475;AO=76;DP=161;FAO=76;FDP=160;FR=.;FRO=84;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.0352919;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.208;QD=18.0125;RBI=0.0368125;REFB=-0.0194628;REVB=0.0104712;RO=85;SAF=28;SAR=48;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135082;STB=0.577606;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00989192;OID=.;OPOS=678062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:85:84:76:76:0.475:48:28:43:42:48:28:43:41 chr5 741736 . G T 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00438555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.207;QD=19.1085;RBI=0.0367772;REFB=-0.0135217;REVB=0.0365148;RO=6;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122922;STB=0.571265;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00970459;OID=.;OPOS=741736;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:6:3:3:3:6:3:3:3 chr5 748594 . T C 142.06 PASS AF=0.179856;AO=25;DP=139;FAO=25;FDP=139;FR=.;FRO=114;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=67;FSRR=47;FWDB=-0.0187178;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.753;QD=4.08808;RBI=0.0195144;REFB=-0.00795614;REVB=-0.00551849;RO=114;SAF=9;SAR=16;SRF=67;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285341;STB=0.681856;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0307408;OID=.;OPOS=748594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:114:114:25:25:0.179856:16:9:67:47:16:9:67:47 chr5 748621 . C G 183.55 PASS AF=0.202703;AO=30;DP=148;FAO=30;FDP=148;FR=.;FRO=118;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=72;FSRR=46;FWDB=0.00888456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9681;QD=4.96077;RBI=0.0839672;REFB=-0.0172167;REVB=-0.0834958;RO=118;SAF=16;SAR=14;SRF=72;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996244;STB=0.562003;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0669301;OID=.;OPOS=748621;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:118:118:30:30:0.202703:14:16:72:46:14:16:72:46 chr5 766910 . C T 3718.62 PASS AF=0.722892;AO=300;DP=419;FAO=300;FDP=415;FR=.;FRO=115;FSAF=161;FSAR=139;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=0.00311852;FXX=0.00954631;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.259;QD=35.8422;RBI=0.00392982;REFB=-0.0160174;REVB=0.00239131;RO=112;SAF=161;SAR=139;SRF=54;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279177;STB=0.516232;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0052277;OID=.;OPOS=766910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:419:415:112:115:300:300:0.722892:139:161:54:58:139:161:55:60 chr5 767033 . A C 1897.74 PASS AF=0.75122;AO=138;DP=194;FAO=154;FDP=205;FR=.;FRO=51;FSAF=76;FSAR=78;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.0235501;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.398;QD=37.029;RBI=0.0272056;REFB=-0.0316112;REVB=0.0136211;RO=51;SAF=71;SAR=67;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101257;STB=0.54478;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0122551;OID=.;OPOS=767033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:205:51:51:138:154:0.75122:67:71:16:35:78:76:16:35 chr5 795933 . C G 207.52 PASS AF=0.254098;AO=31;DP=122;FAO=31;FDP=122;FR=.;FRO=91;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=64;FWDB=0.055696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5962;QD=6.80391;RBI=0.0773919;REFB=0.00205993;REVB=0.0537351;RO=91;SAF=13;SAR=18;SRF=27;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162596;STB=0.596806;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00416305;OID=.;OPOS=795933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:91:91:31:31:0.254098:18:13:27:64:18:13:27:64 chr5 795947 . C T 158.27 PASS AF=0.237113;AO=23;DP=97;FAO=23;FDP=97;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=54;FWDB=-0.00555039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.9;QD=6.5264;RBI=0.0059628;REFB=-0.00866507;REVB=0.00217904;RO=73;SAF=8;SAR=15;SRF=20;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10605;STB=0.567846;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0279934;OID=.;OPOS=795947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:73:74:23:23:0.237113:15:8:20:53:15:8:20:54 chr5 795961 . A G 105.18 PASS AF=0.2125;AO=17;DP=80;FAO=17;FDP=80;FR=.;FRO=63;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=47;FWDB=-0.0517942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.859;QD=5.25876;RBI=0.0517998;REFB=-0.000308588;REVB=-0.000757558;RO=63;SAF=1;SAR=16;SRF=16;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460351;STB=0.811442;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=4.70371e-05;OID=.;OPOS=795961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:63:63:17:17:0.2125:16:1:16:47:16:1:16:47 chr5 795963 . G GAA 56.64 PASS AF=0.146667;AO=11;DP=80;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=49;FWDB=-0.0345244;FXX=0.0259707;HRUN=0;LEN=2;MLLD=152.46;QD=3.02073;RBI=0.0372499;REFB=-0.0037846;REVB=0.0139865;RO=67;SAF=1;SAR=10;SRF=15;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294537;STB=0.730064;STBP=0.199;TYPE=ins;VARB=0.0249249;OID=.;OPOS=795964;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.146667:11:80:11:75:64:1:10:15:49:56:67:1:10:15:52 chr5 795969 . A C 57.59 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=71;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=48;FWDB=-0.0222321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.668;QD=3.19957;RBI=0.0240184;REFB=-0.000241066;REVB=-0.00908958;RO=55;SAF=1;SAR=10;SRF=11;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265377;STB=0.706599;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000845618;OID=.;OPOS=795969;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:71:72:55:61:11:11:0.152778:10:1:11:44:10:1:13:48 chr5 795975 . G C 100.21 PASS AF=0.25;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.0890252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8222;QD=6.6803;RBI=0.0996275;REFB=0.00279927;REVB=-0.044723;RO=44;SAF=1;SAR=14;SRF=10;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400983;STB=0.777284;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0237465;OID=.;OPOS=795975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:44:45:15:15:0.25:14:1:10:34:14:1:11:34 chr5 795984 . GAA G,GGG 215.0 PASS AF=0.418605,0.0930233;AO=18,4;DP=43;FAO=18,4;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=2,0;FSAR=16,4;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.000502065,-0.00917501;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=117.336,121.577;QD=20.0001;RBI=0.0388587,0.0147829;REFB=-0.0201636,-0.0149579;REVB=-0.0388554,-0.0115911;RO=20;SAF=2,0;SAR=16,4;SRF=4;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.172576,-0.563475;STB=0.592476,0.995811;STBP=0.487,0.25;TYPE=del,mnp;VARB=0.0239267,0.0379186;OID=.,.;OPOS=795985,795985;OREF=AA,AA;OALT=-,GG;OMAPALT=G,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418605,0.0930233:18,4:43:18,4:43:21:2,0:16,4:4:17:99:20:2,0:16,4:4:16 chr5 795991 . CC TA 202.01 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.00831115;FXX=0.0434688;HRUN=4;LEN=2;MLLD=264.167;QD=18.3643;RBI=0.00848331;REFB=-0.0110939;REVB=-0.00170035;RO=21;SAF=2;SAR=15;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283311;STB=0.651962;STBP=0.211;TYPE=mnp;VARB=0.0223835;OID=.;OPOS=795991;OREF=CC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:21:23:17:17:0.386364:15:2:6:15:15:2:6:17 chr5 796029 . T TGG 105.25 PASS AF=0.619048;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0351847;FXX=0.124948;HRUN=1;LEN=2;MLLD=35.93;QD=20.0478;RBI=0.0915804;REFB=-0.0398676;REVB=0.0845518;RO=12;SAF=1;SAR=11;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314156;STB=0.666347;STBP=0.238;TYPE=ins;VARB=0.0285703;OID=.;OPOS=796030;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.619048:12:26:13:21:8:1:12:2:6:51:12:1:11:3:9 chr5 796376 . G C 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0721809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1999;QD=5.44282;RBI=0.0722526;REFB=-0.00805587;REVB=-0.00321923;RO=20;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377555;STB=0.756616;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0288372;OID=.;OPOS=796376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:5:1:9:11:5:1:9:11 chr5 824172 . G A 184.59 PASS AF=0.150579;AO=38;DP=260;FAO=39;FDP=259;FR=.;FRO=220;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=101;FSRR=119;FWDB=-0.00329477;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.646;QD=2.85075;RBI=0.0307759;REFB=-0.00556577;REVB=-0.030599;RO=218;SAF=18;SAR=20;SRF=100;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192883;STB=0.502091;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0303066;OID=.;OPOS=824172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:259:218:220:38:39:0.150579:20:18:100:118:21:18:101:119 chr5 824190 . G A 192.37 PASS AF=0.151292;AO=42;DP=271;FAO=41;FDP=271;FR=.;FRO=230;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=104;FSRR=126;FWDB=0.0161772;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3287;QD=2.83933;RBI=0.087527;REFB=-0.00340347;REVB=0.0860191;RO=225;SAF=18;SAR=24;SRF=103;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380867;STB=0.511292;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0231338;OID=.;OPOS=824190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:225:230:42:41:0.151292:24:18:103:122:23:18:104:126 chr5 825280 . C T 1999.82 PASS AF=0.578616;AO=184;DP=322;FAO=184;FDP=318;FR=.;FRO=134;FSAF=86;FSAR=98;FSRF=65;FSRR=69;FWDB=0.0328328;FXX=0.012422;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.372;QD=25.155;RBI=0.0330335;REFB=-0.0139524;REVB=-0.00363549;RO=132;SAF=86;SAR=98;SRF=63;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00765416;STB=0.507475;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0103472;OID=.;OPOS=825280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:318:132:134:184:184:0.578616:98:86:63:69:98:86:65:69 chr5 840342 . A G 567.05 PASS AF=0.345178;AO=68;DP=197;FAO=68;FDP=197;FR=.;FRO=129;FSAF=49;FSAR=19;FSRF=62;FSRR=67;FWDB=-0.00626182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.032;QD=11.5136;RBI=0.0393025;REFB=-0.0173916;REVB=-0.0388005;RO=128;SAF=49;SAR=19;SRF=61;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293247;STB=0.666405;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0415153;OID=.;OPOS=840342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:128:129:68:68:0.345178:19:49:61:67:19:49:62:67 chr5 840506 . C T 315.57 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0722557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.811;QD=24.2743;RBI=0.0722653;REFB=-0.00597649;REVB=-0.00117941;RO=21;SAF=7;SAR=24;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379631;STB=0.520858;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0049707;OID=.;OPOS=840506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:24:7:4:17:24:7:4:17 chr5 843723 . C A 90.04 PASS AF=0.125749;AO=21;DP=168;FAO=21;FDP=167;FR=.;FRO=146;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=69;FSRR=77;FWDB=0.00878967;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.812;QD=2.15654;RBI=0.0246411;REFB=-0.0114716;REVB=-0.0230202;RO=145;SAF=11;SAR=10;SRF=69;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598552;STB=0.544636;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0522692;OID=.;OPOS=843723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:168:167:145:146:21:21:0.125749:10:11:69:76:10:11:69:77 chr5 843766 . C T 54.02 PASS AF=0.0955414;AO=15;DP=155;FAO=15;FDP=157;FR=.;FRO=142;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=65;FSRR=77;FWDB=0.0555242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.932;QD=1.37626;RBI=0.0556372;REFB=-0.00354806;REVB=-0.00354495;RO=139;SAF=5;SAR=10;SRF=65;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163083;STB=0.616581;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0298175;OID=.;OPOS=843766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:155:157:139:142:15:15:0.0955414:10:5:65:74:10:5:65:77 chr5 843815 . C T 214.7 PASS AF=0.285714;AO=28;DP=98;FAO=28;FDP=98;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.00215654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.292;QD=8.76334;RBI=0.00529115;REFB=-0.0106408;REVB=-0.00483173;RO=70;SAF=12;SAR=16;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203965;STB=0.620606;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0184822;OID=.;OPOS=843815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:70:70:28:28:0.285714:16:12:42:28:16:12:42:28 chr5 878525 . T A 611.17 PASS AF=0.340807;AO=76;DP=226;FAO=76;FDP=223;FR=.;FRO=147;FSAF=19;FSAR=57;FSRF=62;FSRR=85;FWDB=-0.0443873;FXX=0.0132737;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.53;QD=10.9626;RBI=0.0444528;REFB=-0.0037316;REVB=-0.0024117;RO=148;SAF=19;SAR=57;SRF=63;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23204;STB=0.631132;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00696846;OID=.;OPOS=878525;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:223:148:147:76:76:0.340807:57:19:63:85:57:19:62:85 chr5 891966 . T C 94.61 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0284039;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.451;QD=6.63902;RBI=0.0284128;REFB=-0.0119772;REVB=0.000710342;RO=43;SAF=4;SAR=10;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204763;STB=0.628223;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0428966;OID=.;OPOS=891966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:43:43:14:14:0.245614:10:4:19:24:10:4:19:24 chr5 981277 . C G 290.72 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0569525;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.597;QD=14.3567;RBI=0.0571308;REFB=-0.0111669;REVB=-0.00450985;RO=45;SAF=19;SAR=14;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133858;STB=0.581728;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.014603;OID=.;OPOS=981277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:48:33:33:0.407407:14:19:20:25:14:19:21:27 chr5 1009145 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.804;QD=33.4285;RBI=0.0145733;REFB=0;REVB=0.0145733;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440377;OID=.;OPOS=1009145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr5 1036900 . C T 190.1 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.000966781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.11;QD=10.8626;RBI=0.0054362;REFB=-0.0195168;REVB=-0.00534954;RO=43;SAF=15;SAR=10;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210896;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0371893;OID=.;OPOS=1036900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:45:25:25:0.357143:10:15:25:18:10:15:27:18 chr5 1036962 . C A 450.88 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541523;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6457;QD=58.1784;RBI=0.0912044;REFB=0;REVB=0.0733878;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015551;OID=.;OPOS=1036962;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:19:11:0:0:20:11:0:0 chr5 1038526 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.629;QD=44.689;RBI=0.0419922;REFB=0;REVB=0.0299756;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000937926;OID=.;OPOS=1038526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr5 1052360 . C T 1866.24 PASS AF=0.99187;AO=107;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0501935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.194;QD=60.6908;RBI=0.0608007;REFB=-0.0898984;REVB=0.0343123;RO=1;SAF=55;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855182;STB=0.504504;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000390401;OID=.;OPOS=1052360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:107:122:0.99187:52:55:1:0:67:55:1:0 chr5 1065399 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.316;QD=57.2377;RBI=0.0151419;REFB=0;REVB=0.0124289;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23011e-05;OID=.;OPOS=1065399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr5 1081767 . C T 1377.34 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0825329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.01;QD=62.6064;RBI=0.0832778;REFB=0;REVB=0.0111132;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274947;OID=.;OPOS=1081767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:49:39:0:0:49:39:0:0 chr5 1216775 . A G 704.62 PASS AF=0.483444;AO=73;DP=151;FAO=73;FDP=151;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.000576836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.97;QD=18.6654;RBI=0.0401298;REFB=-0.0572772;REVB=-0.0401257;RO=78;SAF=40;SAR=33;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00893809;STB=0.504938;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0455504;OID=.;OPOS=1216775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:78:78:73:73:0.483444:33:40:42:36:33:40:42:36 chr5 1216900 . G A 404.11 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00220948;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.559;QD=19.2434;RBI=0.0128432;REFB=-0.0131353;REVB=0.0126517;RO=43;SAF=12;SAR=29;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604931;STB=0.533725;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0177298;OID=.;OPOS=1216900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:43:43:41:41:0.488095:29:12:15:28:29:12:15:28 chr5 1225613 . G A 254.23 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0115331;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.953;QD=17.5334;RBI=0.0127288;REFB=-0.00941975;REVB=-0.00538604;RO=30;SAF=19;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262562;STB=0.64762;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0114476;OID=.;OPOS=1225613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:30:30:28:28:0.482759:9:19:12:18:9:19:12:18 chr5 1225626 . T A 288.83 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0211862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5814;QD=16.2719;RBI=0.0437034;REFB=-0.0130371;REVB=-0.0382248;RO=39;SAF=21;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195529;STB=0.610284;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.018357;OID=.;OPOS=1225626;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:11:21:18:21:11:21:18:21 chr5 1225687 . CT TC 410.48 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00964554;FXX=0.0454494;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.534;QD=19.5465;RBI=0.0196558;REFB=-0.0138503;REVB=0.0171265;RO=41;SAF=25;SAR=16;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112071;STB=0.551555;STBP=0.38;TYPE=mnp;VARB=0.0152387;OID=.;OPOS=1225687;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:84:41:43:41:41:0.488095:16:25:20:21:16:25:22:21 chr5 1225703 . A G 421.25 PASS AF=0.488636;AO=42;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0413453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.145;QD=19.1477;RBI=0.0446152;REFB=-0.0231312;REVB=-0.0167656;RO=46;SAF=24;SAR=18;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472004;STB=0.536464;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0248766;OID=.;OPOS=1225703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:45:42:43:0.488636:18:24:24:22:18:25:23:22 chr5 1268700 . C T 165.17 PASS AF=0.237624;AO=24;DP=101;FAO=24;FDP=101;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.0250018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.137;QD=6.54154;RBI=0.0340255;REFB=-0.0181775;REVB=-0.0230791;RO=76;SAF=13;SAR=11;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149134;STB=0.585515;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0549718;OID=.;OPOS=1268700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:76:77:24:24:0.237624:11:13:32:44:11:13:33:44 chr5 1279439 . G A 402.83 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00694177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.587;QD=19.1823;RBI=0.0316727;REFB=-0.0226042;REVB=0.0309027;RO=43;SAF=17;SAR=24;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689078;STB=0.538352;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0249458;OID=.;OPOS=1279439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:24:17:21:22:24:17:21:22 chr5 1294086 . C T 372.74 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00771604;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.991;QD=17.5407;RBI=0.0123465;REFB=-0.020985;REVB=0.00963836;RO=46;SAF=19;SAR=20;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719165;STB=0.540209;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0255822;OID=.;OPOS=1294086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:46:46:39:39:0.458824:20:19:19:27:20:19:19:27 chr5 1331969 . ATTTTT ATTTAA,ATTTT,ATTTTA 64.45 PASS AF=0.0465116,0.209302,0.0232558;AO=2,11,2;DP=43;FAO=2,9,1;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=2,6,1;FSAR=0,3,0;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0555323,-0.198179,-0.106849;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=61.0925,19.5817,31.7292;QD=5.99515;RBI=0.059127,0.199584,0.114227;REFB=-0.0112722,-0.0228425,-0.0228331;REVB=0.0203017,0.0236395,0.0403849;RO=27;SAF=2,7,2;SAR=0,4,0;SRF=13;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.479823,0.181336,0.479823;STB=0.994594,0.620415,0.989577;STBP=0.195,0.428,0.469;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.109263,0.0292638,0.057163;OID=.,.,.;OPOS=1331973,1331970,1331974;OREF=TT,T,T;OALT=AA,-,A;OMAPALT=ATTTAA,ATTTT,ATTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0465116,0.209302,0.0232558:2,11,2:43:2,9,1:43:31:2,6,1:0,3,0:16:15:46:27:2,7,2:0,4,0:13:14 chr5 1364617 . G C 1518.87 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0446325;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.1438;QD=62.6339;RBI=0.045136;REFB=-0.152487;REVB=0.00672295;RO=1;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998338;STB=0.505262;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.000552829;OID=.;OPOS=1364617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:47:49:0:1:47:49:0:1 chr5 1443034 . AT AG,A 41.89 PASS AF=0.0833333,0.125;AO=2,8;DP=50;FAO=4,6;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=4,4;FSAR=0,2;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0176886,0.0498332;FXX=0.039992;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=78.3524,15.4873;QD=3.49117;RBI=0.0193962,0.0571862;REFB=0.00148581,-0.000753735;REVB=0.00795789,0.028052;RO=35;SAF=2,5;SAR=0,3;SRF=19;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.416377,0.102099;STB=0.997037,0.602822;STBP=0.055,0.64;TYPE=snp,del;VARB=-0.00315324,0.0623509;OID=.,.;OPOS=1443035,1443035;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=AG,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0833333,0.125:2,8:50:4,6:48:38:4,4:0,2:21:17:19:35:2,5:0,3:19:16 chr5 1466919 . G A 469.26 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0072926;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.825;QD=20.1831;RBI=0.0351354;REFB=-0.00726592;REVB=0.0343702;RO=47;SAF=30;SAR=16;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034841;STB=0.51934;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00775396;OID=.;OPOS=1466919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:16:30:29:18:16:30:29:18 chr5 1466985 . G A 49.12 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.008461;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.79;QD=3.22075;RBI=0.0214137;REFB=-0.00321042;REVB=-0.0196712;RO=51;SAF=6;SAR=3;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506159;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0187103;OID=.;OPOS=1466985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:62:61:51:52:9:9:0.147541:3:6:34:17:3:6:35:17 chr5 1494909 . C T 349.24 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.0733846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.824;QD=20.246;RBI=0.0734096;REFB=-0.0179462;REVB=-0.00191561;RO=33;SAF=19;SAR=17;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24449;STB=0.634774;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0227379;OID=.;OPOS=1494909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:17:19:8:25:17:19:8:25 chr5 1708983 . G A 264.69 PASS AF=0.537037;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0133971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.744;QD=19.6066;RBI=0.0136697;REFB=-0.0341454;REVB=-0.00271666;RO=25;SAF=25;SAR=3;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437066;STB=0.75185;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0274999;OID=.;OPOS=1708983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:25:25:28:29:0.537037:3:25:14:11:3:26:14:11 chr5 1814495 . G A 175.2 PASS AF=0.27907;AO=24;DP=86;FAO=24;FDP=86;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0177061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6646;QD=8.14903;RBI=0.0368454;REFB=-0.00518577;REVB=0.0323122;RO=62;SAF=11;SAR=13;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114015;STB=0.506817;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0155593;OID=.;OPOS=1814495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:62:62:24:24:0.27907:13:11:29:33:13:11:29:33 chr5 1814783 . T C 69.63 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0631238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.024;QD=16.384;RBI=0.0631252;REFB=-0.00640159;REVB=0.000417427;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33014;STB=0.691889;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0154208;OID=.;OPOS=1814783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:2:6:3:6:2:6 chr5 1815992 . G A 97.96 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0149576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.139;QD=7.12419;RBI=0.0158443;REFB=-0.0082684;REVB=-0.00522614;RO=41;SAF=4;SAR=10;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255912;STB=0.659104;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.040378;OID=.;OPOS=1815992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:41:41:14:14:0.254545:10:4:20:21:10:4:20:21 chr5 1877638 . CAA C 440.58 PASS AF=0.561905;AO=59;DP=105;FAO=59;FDP=105;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00191831;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=196;QD=16.784;RBI=0.00515526;REFB=-0.00849416;REVB=-0.00478506;RO=46;SAF=27;SAR=32;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687682;STB=0.537629;STBP=0.401;TYPE=del;VARB=0.00644656;OID=.;OPOS=1877639;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.561905:59:105:59:105:46:27:32:25:21:99:46:27:32:25:21 chr5 1878212 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.025913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2416;QD=15.8388;RBI=0.109205;REFB=0.0139713;REVB=0.106086;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211985;STB=0.622369;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00118067;OID=.;OPOS=1878212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:6:1:3:5:6:1 chr5 3610450 . TGA T,TGT 396.39 PASS AF=0.314103,0.0384615;AO=44,8;DP=169;FAO=49,6;FDP=156;FR=.;FRO=101;FSAF=19,2;FSAR=30,4;FSRF=32;FSRR=69;FWDB=-0.0915283,-0.036419;FXX=0.0714243;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=65.924,54.4181;QD=10.1638;RBI=0.117595,0.114917;REFB=-0.0952615,-0.0436424;REVB=-0.0738319,-0.108994;RO=93;SAF=17,1;SAR=27,7;SRF=32;SRR=61;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0530294,-0.30237;STB=0.551431,0.517672;STBP=0.414,0.967;TYPE=del,snp;VARB=0.194256,0.182004;OID=.,.;OPOS=3610451,3610452;OREF=GA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314103,0.0384615:44,8:169:49,6:156:101:19,2:30,4:32:69:99:93:17,1:27,7:32:61 chr5 3610658 . T C 1044.34 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.645;QD=59.6767;RBI=0.0408709;REFB=0;REVB=0.0177175;RO=0;SAF=24;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026616;OID=.;OPOS=3610658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:45:24:0:0:45:25:0:0 chr5 5146335 . C G 561.55 PASS AF=0.55;AO=55;DP=98;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0737073;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3709;QD=22.4621;RBI=0.0882808;REFB=-0.0153763;REVB=-0.0485874;RO=43;SAF=32;SAR=23;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383398;STB=0.501866;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.010169;OID=.;OPOS=5146335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:43:45:55:55:0.55:23:32:23:20:23:32:26:19 chr5 5146377 . T C 277.14 PASS AF=0.455882;AO=29;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00388171;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.029;QD=16.3021;RBI=0.0108293;REFB=-0.00424968;REVB=-0.0101097;RO=39;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012674;STB=0.522229;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00499629;OID=.;OPOS=5146377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:37:29:31:0.455882:16:13:17:22:18:13:17:20 chr5 5146395 . A G 411.33 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00245744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.256;QD=21.0939;RBI=0.0159936;REFB=-0.0273226;REVB=-0.0158036;RO=37;SAF=15;SAR=26;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084208;STB=0.546626;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0193664;OID=.;OPOS=5146395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:26:15:17:20:26:15:17:20 chr5 5200281 . C T 353.65 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0120852;FXX=0.0519413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.3;QD=19.3781;RBI=0.0290588;REFB=-0.00782517;REVB=-0.0264266;RO=32;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236277;STB=0.520933;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00828154;OID=.;OPOS=5200281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:32:37:36:36:0.493151:17:19:16:16:17:19:18:19 chr5 5209210 . G A 478.05 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.0334914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.399;QD=19.7133;RBI=0.0383871;REFB=-0.0364984;REVB=-0.0187589;RO=50;SAF=23;SAR=24;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139484;STB=0.577247;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0471443;OID=.;OPOS=5209210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:24:23:17:33:24:23:17:33 chr5 5306809 . AGGGG AGGG,AGGGC 108.75 PASS AF=0.30303,0.0454545;AO=19,3;DP=65;FAO=20,3;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=2,0;FSAR=18,3;FSRF=9;FSRR=34;FWDB=-0.117746,-0.0391154;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.4224,27.1231;QD=6.59116;RBI=0.171947,0.0528491;REFB=-0.0407177,-0.00662762;REVB=-0.125306,0.0355389;RO=38;SAF=4,0;SAR=15,3;SRF=7;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0.358629,0;SSSB=0.0464298,-0.405213;STB=0.655442,0.994681;STBP=0.202,0.262;TYPE=del,snp;VARB=0.017652,-0.106377;OID=.,.;OPOS=5306810,5306813;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AGGG,AGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30303,0.0454545:19,3:65:20,3:66:43:2,0:18,3:9:34:92:38:4,0:15,3:7:31 chr5 5447607 . A G 1327.44 PASS AF=0.918367;AO=90;DP=98;FAO=90;FDP=98;FR=.;FRO=8;FSAF=59;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0326165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.638;QD=54.1814;RBI=0.0339591;REFB=-0.0643228;REVB=0.00945431;RO=6;SAF=59;SAR=31;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00145488;STB=0.502756;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00153877;OID=.;OPOS=5447607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:98:98:6:8:90:90:0.918367:31:59:4:2:31:59:5:3 chr5 5460569 . C T 871.24 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00218221;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.231;QD=58.0828;RBI=0.0208063;REFB=0;REVB=-0.0206916;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125525;OID=.;OPOS=5460569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr5 5460619 . G C 888.71 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0234371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.015;QD=56.4258;RBI=0.0298689;REFB=-0.0809015;REVB=0.0185163;RO=1;SAF=29;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159989;STB=0.508194;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000613573;OID=.;OPOS=5460619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:32:29:1:0:32:30:1:0 chr5 5462148 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.662;QD=56.1916;RBI=0.0386717;REFB=0;REVB=0.0191194;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340737;OID=.;OPOS=5462148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr5 5462607 . A G 958.78 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00681129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.714;QD=57.2406;RBI=0.0217563;REFB=-0.144868;REVB=0.0206626;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.000110557;OID=.;OPOS=5462607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:44:22:0:0:44:22:0:1 chr5 5462620 . G A,T 835.28 PASS AF=0.949153,0.0508475;AO=56,3;DP=59;FAO=56,3;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=39,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213644,-0.0172037;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=159.517,18.5866;QD=56.6292;RBI=0.0217486,0.0174912;REFB=0,0;REVB=-0.00407007,-0.00315799;RO=0;SAF=17,0;SAR=39,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.87981e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00163354,0.0382911;OID=.,.;OPOS=5462620,5462620;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:59:59:0:0:56,3:56,3:0.949153,0.0508475:39,3:17,0:0:0:39,3:17,0:0:0 chr5 5464412 . G A 215.67 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=-0.0242356;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.421;QD=10.7833;RBI=0.0259469;REFB=-0.00905357;REVB=0.00926699;RO=53;SAF=22;SAR=5;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186662;STB=0.610214;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0161671;OID=.;OPOS=5464412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:53:53:27:27:0.3375:5:22:37:16:5:22:37:16 chr5 5489383 . G A 1471.68 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0385335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.903;QD=58.2845;RBI=0.0410272;REFB=-0.102318;REVB=0.0140854;RO=0;SAF=58;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.000193407;OID=.;OPOS=5489383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:0:1:99:100:0.990099:41:58:0:0:42:58:1:0 chr5 6449240 . C T 52.04 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0438785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0366;QD=6.30847;RBI=0.0509099;REFB=-0.00820092;REVB=0.0258164;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232136;STB=0.636048;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0454058;OID=.;OPOS=6449240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:33:23:25:8:8:0.242424:4:4:7:16:4:4:8:17 chr5 6602544 . T C 553.93 PASS AF=0.533333;AO=56;DP=105;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.012162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7859;QD=21.1022;RBI=0.0216272;REFB=-0.015032;REVB=0.0178836;RO=48;SAF=31;SAR=25;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277222;STB=0.51081;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0124304;OID=.;OPOS=6602544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:48:49:56:56:0.533333:25:31:25:23:25:31:26:23 chr5 6604787 . C T 295.35 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.0160029;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.962;QD=15.3431;RBI=0.0162007;REFB=-0.0133468;REVB=0.00252433;RO=43;SAF=19;SAR=14;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291259;STB=0.656088;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0273901;OID=.;OPOS=6604787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:44:33:33:0.428571:14:19:12:31:14:19:13:31 chr5 6645016 . A G 201.65 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00299114;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.647;QD=13.9067;RBI=0.0138171;REFB=-0.00853369;REVB=0.0134894;RO=35;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740715;STB=0.534454;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0105397;OID=.;OPOS=6645016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:35:34:24:24:0.413793:12:12:20:15:12:12:19:15 chr5 6737737 . G A 388.63 PASS AF=0.235521;AO=61;DP=259;FAO=61;FDP=259;FR=.;FRO=198;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=69;FSRR=129;FWDB=-0.00101626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9798;QD=6.00199;RBI=0.0206435;REFB=0.00415574;REVB=-0.0206184;RO=197;SAF=26;SAR=35;SRF=69;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10067;STB=0.561846;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.0127796;OID=.;OPOS=6737737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:197:198:61:61:0.235521:35:26:69:128:35:26:69:129 chr5 6748659 . T C 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.775;QD=59.6788;RBI=0.0641277;REFB=0;REVB=-0.0576321;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000305797;OID=.;OPOS=6748659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr5 7047375 . T A 2656.63 PASS AF=0.500949;AO=263;DP=526;FAO=264;FDP=527;FR=.;FRO=263;FSAF=114;FSAR=150;FSRF=122;FSRR=141;FWDB=0.0187971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.949;QD=20.1642;RBI=0.0187975;REFB=-0.00945799;REVB=-0.000119384;RO=260;SAF=113;SAR=150;SRF=122;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364887;STB=0.516229;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00974448;OID=.;OPOS=7047375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:526:527:260:263:263:264:0.500949:150:113:122:138:150:114:122:141 chr5 7414804 . C T 537.4 PASS AF=0.283019;AO=75;DP=268;FAO=75;FDP=265;FR=.;FRO=190;FSAF=53;FSAR=22;FSRF=101;FSRR=89;FWDB=-0.0508306;FXX=0.0185178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.299;QD=8.11168;RBI=0.0544121;REFB=-0.00569221;REVB=-0.0194145;RO=193;SAF=53;SAR=22;SRF=104;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220257;STB=0.634522;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0198514;OID=.;OPOS=7414804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:265:193:190:75:75:0.283019:22:53:104:89:22:53:101:89 chr5 7826680 . T C 330.95 PASS AF=0.385417;AO=35;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.000707444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.917;QD=13.7895;RBI=0.0100097;REFB=-0.00636091;REVB=0.00998468;RO=57;SAF=18;SAR=17;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512567;STB=0.53429;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00891841;OID=.;OPOS=7826680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:59:35:37:0.385417:17:18:32:25:19:18:32:27 chr5 7828404 . C T 553.87 PASS AF=0.533333;AO=56;DP=105;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0291875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.6;QD=21.0997;RBI=0.0320351;REFB=-0.0160704;REVB=0.0132039;RO=49;SAF=33;SAR=23;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333097;STB=0.518318;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0106841;OID=.;OPOS=7828404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:49:49:56:56:0.533333:23:33:27:22:23:33:27:22 chr5 7835555 . C G 527.05 PASS AF=0.470588;AO=56;DP=119;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.00490462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0266;QD=17.716;RBI=0.0126228;REFB=0.00180684;REVB=0.011631;RO=63;SAF=25;SAR=31;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118835;STB=0.565975;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00181924;OID=.;OPOS=7835555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:63:63:56:56:0.470588:31:25:36:27:31:25:36:27 chr5 7866967 . G C 1695.22 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.744;QD=60.5436;RBI=0.0180677;REFB=0;REVB=0.00112637;RO=0;SAF=49;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7322e-05;OID=.;OPOS=7866967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:63:49:0:0:63:49:0:0 chr5 7868030 . T C 1542.14 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0022576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.332;QD=57.65;RBI=0.0116771;REFB=-0.135482;REVB=0.0114568;RO=1;SAF=49;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958663;STB=0.509998;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000226405;OID=.;OPOS=7868030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:1:2:105:105:0.981308:56:49:1:0:56:49:2:0 chr5 7870973 . A G 701.5 PASS AF=0.44186;AO=76;DP=172;FAO=76;FDP=172;FR=.;FRO=96;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=59;FSRR=37;FWDB=0.00249644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4592;QD=16.314;RBI=0.0173787;REFB=-0.0141299;REVB=-0.0171984;RO=96;SAF=34;SAR=42;SRF=59;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166444;STB=0.592512;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0135795;OID=.;OPOS=7870973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:96:96:76:76:0.44186:42:34:59:37:42:34:59:37 chr5 7878192 . T C 316.55 PASS AF=0.372549;AO=38;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0190119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.791;QD=12.4139;RBI=0.0195335;REFB=-0.0112049;REVB=-0.00448388;RO=64;SAF=19;SAR=19;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103073;STB=0.558793;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0168216;OID=.;OPOS=7878192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:64:64:38:38:0.372549:19:19:26:38:19:19:26:38 chr5 7885959 . A G 229.62 PASS AF=0.363636;AO=27;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0119835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3931;QD=11.9285;RBI=0.0731406;REFB=0.016673;REVB=0.0721523;RO=50;SAF=6;SAR=21;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364425;STB=0.680714;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0267626;OID=.;OPOS=7885959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:49:27:28:0.363636:21:6:26:24:21:7:25:24 chr5 7897191 . C T 261.19 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.016436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.447;QD=12.2914;RBI=0.0807535;REFB=-0.0132464;REVB=-0.0790631;RO=54;SAF=15;SAR=16;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168374;STB=0.596271;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0130232;OID=.;OPOS=7897191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:54:31:31:0.364706:16:15:18:36:16:15:18:36 chr5 7897283 . G A 106.24 PASS AF=0.217949;AO=17;DP=78;FAO=17;FDP=78;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.0115889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.081;QD=5.44832;RBI=0.0116423;REFB=-0.00761213;REVB=-0.00111418;RO=61;SAF=8;SAR=9;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139924;STB=0.587058;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0222167;OID=.;OPOS=7897283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:61:61:17:17:0.217949:9:8:22:39:9:8:22:39 chr5 7900712 . G A 437.3 PASS AF=0.372263;AO=51;DP=137;FAO=51;FDP=137;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=53;FSRR=33;FWDB=-0.000347201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.871;QD=12.7679;RBI=0.00842026;REFB=-0.00434319;REVB=0.0084131;RO=86;SAF=29;SAR=22;SRF=53;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541072;STB=0.530732;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0039727;OID=.;OPOS=7900712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:86:86:51:51:0.372263:22:29:53:33:22:29:53:33 chr5 8619227 . C T 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00657951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.515;QD=22.3967;RBI=0.0135667;REFB=-0.0645945;REVB=0.0118644;RO=23;SAF=16;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17961;STB=0.600601;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0148645;OID=.;OPOS=8619227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:9:16:10:13:9:16:10:13 chr5 8619258 . G A 304.29 PASS AF=0.574074;AO=28;DP=52;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00580075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.357;QD=22.5397;RBI=0.0069913;REFB=-0.0136109;REVB=0.00390251;RO=23;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111191;STB=0.562459;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0173505;OID=.;OPOS=8619258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:23:23:28:31:0.574074:12:16:10:13:13:18:10:13 chr5 9041924 . T C 505.5 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340853;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.743;QD=59.47;RBI=0.0527222;REFB=0;REVB=0.0402221;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.81335e-05;OID=.;OPOS=9041924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr5 9041935 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.369;QD=59.4353;RBI=0.0193733;REFB=0;REVB=-0.0166486;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43362e-05;OID=.;OPOS=9041935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr5 9053944 . GC G,GT 220.67 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,16;DP=18;FAO=1,17;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104147,0.100956;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.6386,89.5946;QD=49.0382;RBI=0.109652,0.105749;REFB=0,0;REVB=-0.0343089,-0.0314767;RO=0;SAF=2,8;SAR=0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.025031,0.00240462;OID=.,.;OPOS=9053945,9053945;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0555556,0.944444:2,16:18:1,17:18:0:1,9:0,8:0:0:3:0:2,8:0,8:0:0 chr5 9108333 . C T 194.04 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0087437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.102;QD=16.873;RBI=0.0124904;REFB=0.00757256;REVB=0.00891952;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162302;STB=0.592581;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00997841;OID=.;OPOS=9108333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:9:11:10:16:9:11:10:16 chr5 9122926 . C T 227.63 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00836438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.976;QD=17.1794;RBI=0.01757;REFB=-0.0489358;REVB=-0.0154513;RO=26;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875473;STB=0.525404;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.030297;OID=.;OPOS=9122926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:26:28:25:25:0.471698:14:11:9:17:14:11:11:17 chr5 9154803 . G A 74.05 PASS AF=0.183099;AO=13;DP=71;FAO=13;FDP=71;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=0.0323541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.345;QD=4.17186;RBI=0.0376035;REFB=-0.00191998;REVB=0.0191634;RO=58;SAF=6;SAR=7;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263279;STB=0.668554;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0133699;OID=.;OPOS=9154803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:71:71:58:58:13:13:0.183099:7:6:39:19:7:6:39:19 chr5 9190404 . G A 1153.54 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.478;QD=60.7127;RBI=0.0235442;REFB=0;REVB=-0.0152442;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38926e-06;OID=.;OPOS=9190404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:44:32:0:0:44:32:0:0 chr5 9238005 . G A 914.78 PASS AF=0.526316;AO=90;DP=171;FAO=90;FDP=171;FR=.;FRO=81;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.00271572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.404;QD=21.3984;RBI=0.00313752;REFB=-0.0117891;REVB=-0.00157126;RO=81;SAF=46;SAR=44;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049214;STB=0.52694;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0105076;OID=.;OPOS=9238005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:81:81:90:90:0.526316:44:46:46:35:44:46:46:35 chr5 9265602 . C T 2143.53 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00252574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.336;QD=62.1312;RBI=0.0102597;REFB=0.00458988;REVB=-0.00994398;RO=1;SAF=81;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00841357;STB=0.504424;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-1.83735e-05;OID=.;OPOS=9265602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:56:81:0:1:56:81:0:1 chr5 9280957 . C A 754.04 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.82;QD=56.9088;RBI=0.0388482;REFB=0;REVB=-0.012774;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166243;OID=.;OPOS=9280957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr5 9629529 . G A 236.62 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0432648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.091;QD=17.5277;RBI=0.0436884;REFB=-0.020351;REVB=0.00606893;RO=28;SAF=12;SAR=14;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166084;STB=0.59315;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0181594;OID=.;OPOS=9629529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:14:12:18:10:14:12:18:10 chr5 9629813 . C T 140.84 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0203475;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.061;QD=20.1198;RBI=0.0272595;REFB=-0.00599052;REVB=-0.0181401;RO=13;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175363;STB=0.599863;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00298528;OID=.;OPOS=9629813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:5:10:6:7:5:10:6:7 chr5 9630187 . T C 310.51 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00187982;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.848;QD=23.4346;RBI=0.0363488;REFB=0.00448942;REVB=0.0363002;RO=22;SAF=25;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218748;STB=0.621804;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00320696;OID=.;OPOS=9630187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:22:22:31:31:0.584906:6:25:13:9:6:25:13:9 chr5 10237036 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137604;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.564;QD=58.9627;RBI=0.0146486;REFB=0;REVB=-0.00502351;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16551e-05;OID=.;OPOS=10237036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr5 10239261 . G A 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.617;QD=63.3367;RBI=0.0220976;REFB=0;REVB=0.0207006;RO=0;SAF=53;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2926e-05;OID=.;OPOS=10239261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:40:53:0:0:40:53:0:0 chr5 10239278 . C T 1606.72 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.225;QD=60.0643;RBI=0.0206967;REFB=0;REVB=0.0175834;RO=0;SAF=51;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04897e-05;OID=.;OPOS=10239278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:55:51:0:0:56:51:0:0 chr5 10250430 . G A 1586.11 PASS AF=0.982456;AO=109;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0597961;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=38.112;QD=55.6531;RBI=0.14743;REFB=-0.204706;REVB=0.134759;RO=2;SAF=66;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215633;STB=0.501617;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00891028;OID=.;OPOS=10250430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:2:2:109:112:0.982456:43:66:0:2:46:66:1:1 chr5 10250443 . T C 2068.24 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00763416;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.702;QD=62.6738;RBI=0.0137471;REFB=0;REVB=0.0114326;RO=0;SAF=73;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.88567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84685e-06;OID=.;OPOS=10250443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:132:0:0:132:132:1:59:73:0:0:59:73:0:0 chr5 10254817 . A G 1546.35 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00603307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.339;QD=63.7672;RBI=0.0327469;REFB=0;REVB=0.0321863;RO=0;SAF=36;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78408e-05;OID=.;OPOS=10254817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:94:97:1:58:36:0:0:61:36:0:0 chr5 10256161 . T C 1617.62 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.855;QD=59.9118;RBI=0.0684092;REFB=0;REVB=0.00856715;RO=1;SAF=52;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090403;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232025;OID=.;OPOS=10256161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:1:0:107:108:1:55:52:1:0:55:53:0:0 chr5 10261966 . G A 834.39 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4409;QD=57.5439;RBI=0.0316867;REFB=0;REVB=-0.0174101;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76335e-05;OID=.;OPOS=10261966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:33:24:0:0:34:24:0:0 chr5 10448434 . C T 165.6 PASS AF=0.217742;AO=27;DP=124;FAO=27;FDP=124;FR=.;FRO=97;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=64;FWDB=0.0255316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0948;QD=5.34184;RBI=0.0264356;REFB=-0.0041333;REVB=0.00685419;RO=96;SAF=14;SAR=13;SRF=32;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23473;STB=0.638152;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00922403;OID=.;OPOS=10448434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:96:97:27:27:0.217742:13:14:32:64:13:14:33:64 chr5 10505585 . A G 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00629883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.815;QD=14.6686;RBI=0.0115583;REFB=-0.00249558;REVB=0.00969122;RO=32;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105096;STB=0.505983;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00223782;OID=.;OPOS=10505585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:11:13:17:15:11:13:17:15 chr5 10564846 . C T 953.8 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0351;QD=58.6955;RBI=0.0719185;REFB=0;REVB=0.0334987;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000954395;OID=.;OPOS=10564846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:39:24:0:0:39:26:0:0 chr5 10624887 . T C 403.66 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0279955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.839;QD=14.9505;RBI=0.0411488;REFB=-0.00384083;REVB=-0.0301574;RO=62;SAF=22;SAR=24;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879191;STB=0.549376;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00596283;OID=.;OPOS=10624887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:62:46:46:0.425926:24:22:35:27:24:22:35:27 chr5 10638180 . T C 612.72 PASS AF=0.559633;AO=57;DP=107;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00242944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.901;QD=22.4851;RBI=0.00563217;REFB=-0.00836624;REVB=-0.00508125;RO=48;SAF=29;SAR=28;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622129;STB=0.525989;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00558726;OID=.;OPOS=10638180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:48:48:57:61:0.559633:28:29:28:20:29:32:28:20 chr5 10649412 . G C 234.92 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0471451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.832;QD=15.4045;RBI=0.0478123;REFB=-0.0197477;REVB=-0.00795945;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184674;STB=0.603702;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0624254;OID=.;OPOS=10649412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:12:15:25:9:12:15:25:9 chr5 10649784 . G A 50.44 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0345737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1237;QD=16.8119;RBI=0.0827157;REFB=-0.0189227;REVB=0.0751436;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763028;STB=0.545316;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0108359;OID=.;OPOS=10649784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:6:1:1:4:6:1:1:4 chr5 10761182 . A G 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0689859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.389;QD=18.7441;RBI=0.0711671;REFB=-0.030104;REVB=-0.0174842;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149414;STB=0.58797;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0126252;OID=.;OPOS=10761182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:2:5:2:2:2:5:2:2 chr5 10973727 . G A 1101.58 PASS AF=0.455645;AO=112;DP=248;FAO=113;FDP=248;FR=.;FRO=135;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=62;FSRR=73;FWDB=-0.0089377;FXX=0.0040159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.143;QD=17.7674;RBI=0.0211149;REFB=-0.0166116;REVB=0.01913;RO=136;SAF=51;SAR=61;SRF=62;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000524053;STB=0.504355;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0181694;OID=.;OPOS=10973727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:136:135:112:113:0.455645:61:51:62:74:62:51:62:73 chr5 11117583 . C T 300.9 PASS AF=0.414634;AO=33;DP=80;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.103084;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.388;QD=14.6781;RBI=0.120614;REFB=-0.00703173;REVB=0.0626211;RO=47;SAF=14;SAR=19;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19778;STB=0.59454;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0129923;OID=.;OPOS=11117583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:47:48:33:34:0.414634:19:14:29:18:19:15:29:19 chr5 13701525 . T C 198.06 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0210151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.08;QD=11.158;RBI=0.0211001;REFB=-0.0120452;REVB=-0.00189137;RO=45;SAF=3;SAR=22;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510351;STB=0.808764;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0158803;OID=.;OPOS=13701525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:46:25:25:0.352113:22:3:22:23:22:3:23:23 chr5 13701536 . T C 183.07 PASS AF=0.4;AO=21;DP=54;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00364753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.621;QD=13.314;RBI=0.0152122;REFB=-0.0148723;REVB=0.0147684;RO=32;SAF=1;SAR=20;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.625811;STB=0.886848;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0161546;OID=.;OPOS=13701536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:33:21:22:0.4:20:1:13:19:21:1:14:19 chr5 13717530 . T G 275.35 PASS AF=0.227513;AO=43;DP=189;FAO=43;FDP=189;FR=.;FRO=146;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=81;FSRR=65;FWDB=0.0106315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.336;QD=5.82748;RBI=0.0106838;REFB=-0.00183816;REVB=0.00105591;RO=146;SAF=18;SAR=25;SRF=81;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171612;STB=0.604348;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00474729;OID=.;OPOS=13717530;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:146:146:43:43:0.227513:25:18:81:65:25:18:81:65 chr5 13719022 . T G 682.52 PASS AF=0.515385;AO=67;DP=131;FAO=67;FDP=130;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.00580959;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7101;QD=21.0006;RBI=0.0239467;REFB=0.017332;REVB=-0.0232313;RO=63;SAF=33;SAR=34;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415132;STB=0.52283;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.0119065;OID=.;OPOS=13719022;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:63:63:67:67:0.515385:34:33:34:29:34:33:34:29 chr5 13719089 . G A 687.54 PASS AF=0.519084;AO=65;DP=128;FAO=68;FDP=131;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.00533891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.09;QD=20.9935;RBI=0.00672734;REFB=-0.018515;REVB=0.00409307;RO=63;SAF=22;SAR=43;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186853;STB=0.584941;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0234612;OID=.;OPOS=13719089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:131:63:63:65:68:0.519084:43:22:34:29:43:25:34:29 chr5 13721116 . A G 279.64 PASS AF=0.310924;AO=37;DP=120;FAO=37;FDP=119;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=30;FWDB=0.0100288;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3696;QD=9.39979;RBI=0.0354348;REFB=-0.00225608;REVB=0.033986;RO=82;SAF=27;SAR=10;SRF=52;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131788;STB=0.577496;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00935917;OID=.;OPOS=13721116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:82:82:37:37:0.310924:10:27:52:30:10:27:52:30 chr5 13754347 . C A 163.14 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00830339;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.953;QD=9.06307;RBI=0.0265559;REFB=-0.00228517;REVB=0.0252244;RO=49;SAF=17;SAR=5;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173979;STB=0.614667;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0045876;OID=.;OPOS=13754347;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:49:50:22:22:0.305556:5:17:32:17:5:17:32:18 chr5 13788886 . C A 1212.59 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00601381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2398;QD=59.8808;RBI=0.0116036;REFB=-0.0665832;REVB=-0.00992364;RO=1;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119854;STB=0.506328;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00243246;OID=.;OPOS=13788886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:39:41:0:1:39:41:0:1 chr5 13811775 . T C 1572.64 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0175121;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8279;QD=58.7903;RBI=0.0238338;REFB=-0.100586;REVB=-0.0161672;RO=0;SAF=59;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000529372;OID=.;OPOS=13811775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:0:1:106:106:0.990654:47:59:0:0:47:59:1:0 chr5 13829799 . G A 1751.73 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0233553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.699;QD=59.8881;RBI=0.0235774;REFB=-0.0884194;REVB=-0.00322859;RO=1;SAF=55;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855652;STB=0.504504;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-4.06314e-05;OID=.;OPOS=13829799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:61:55:1:0:61:55:1:0 chr5 13845045 . G A 1590.79 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0198686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.382;QD=58.9181;RBI=0.0200152;REFB=-0.129138;REVB=0.00241752;RO=1;SAF=49;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811353;STB=0.504273;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00129265;OID=.;OPOS=13845045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:58:49:0:1:58:49:0:1 chr5 13900345 . A G 1885.28 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216467;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.683;QD=61.8125;RBI=0.0349677;REFB=0;REVB=0.027462;RO=0;SAF=67;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84887e-05;OID=.;OPOS=13900345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:122:122:1:55:67:0:0:55:67:0:0 chr5 13902220 . T C 410.97 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0904623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.561;QD=56.6857;RBI=0.0906429;REFB=0;REVB=0.00572006;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000611191;OID=.;OPOS=13902220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr5 13913885 . A G 3168.81 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.169;QD=64.0164;RBI=0.00445158;REFB=0;REVB=-0.00423401;RO=0;SAF=92;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.38106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.16972e-06;OID=.;OPOS=13913885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:198:0:0:197:198:1:105:92:0:0:105:93:0:0 chr5 13931340 . C T 871.25 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0175278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4341;QD=56.2096;RBI=0.0258794;REFB=-0.061495;REVB=0.01904;RO=1;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014984;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00150492;OID=.;OPOS=13931340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:31:30:0:1:31:30:0:1 chr5 13944512 . A C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5742;QD=63.2864;RBI=0.0275921;REFB=0;REVB=0.0240625;RO=0;SAF=35;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428357;OID=.;OPOS=13944512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:11:35:0:0:11:35:0:0 chr5 14184022 . G A,T 1146.02 PASS AF=0.986842,0.0131579;AO=74,3;DP=78;FAO=75,1;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0;FSAR=42,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00407084,0.0058876;FXX=0.0499937;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=182.008,15.2491;QD=60.3167;RBI=0.00981184,0.0593598;REFB=0,0;REVB=-0.00892752,-0.0590671;RO=0;SAF=33,1;SAR=41,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00216831,0.101943;OID=.,.;OPOS=14184022,14184022;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:78:76:0:0:74,3:75,1:0.986842,0.0131579:41,2:33,1:0:0:42,1:33,0:0:0 chr5 14184079 . GT AC,AT 1010.08 PASS AF=0.0289855,0.971014;AO=3,66;DP=69;FAO=2,67;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=2,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00701842,0.0255025;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=79.5385,95.42;QD=58.5556;RBI=0.0311497,0.0304408;REFB=0,0;REVB=-0.0303487,-0.0166211;RO=0;SAF=0,29;SAR=3,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0164581,0.000851067;OID=.,.;OPOS=14184079,14184079;OREF=GT,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:69:69:0:0:3,66:2,67:0.0289855,0.971014:3,37:0,29:0:0:2,38:0,29:0:0 chr5 14498679 . C T 101.42 PASS AF=0.254237;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0261062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.916;QD=6.87622;RBI=0.0520223;REFB=-0.00659656;REVB=-0.0449975;RO=44;SAF=8;SAR=7;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425674;STB=0.526161;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0192365;OID=.;OPOS=14498679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:44:44:15:15:0.254237:7:8:25:19:7:8:25:19 chr5 14709412 . A AT 333.28 PASS AF=1;AO=29;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0524218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.7517;QD=41.6595;RBI=0.164593;REFB=0;REVB=0.156021;RO=3;SAF=18;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052353;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00529304;OID=.;OPOS=14709413;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:32:32:32:0:19:13:0:0:6:3:18:11:1:2 chr5 14741984 . T C 1004.68 PASS AF=0.490476;AO=103;DP=213;FAO=103;FDP=210;FR=.;FRO=107;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=58;FSRR=49;FWDB=0.000657683;FXX=0.0140838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.36;QD=19.1367;RBI=0.0143465;REFB=-0.00807573;REVB=0.0143314;RO=110;SAF=56;SAR=47;SRF=61;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010265;STB=0.500838;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00966557;OID=.;OPOS=14741984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:210:110:107:103:103:0.490476:47:56:61:49:47:56:58:49 chr5 16451714 . A G 32.36 PASS AF=0.0787402;AO=10;DP=127;FAO=10;FDP=127;FR=.;FRO=117;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=58;FSRR=59;FWDB=-0.0066785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.267;QD=1.01912;RBI=0.0198179;REFB=-0.000914514;REVB=-0.0186587;RO=116;SAF=9;SAR=1;SRF=57;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465981;STB=0.888809;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0134686;OID=.;OPOS=16451714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:127:127:116:117:10:10:0.0787402:1:9:57:59:1:9:58:59 chr5 16666180 . A G 117.78 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0571181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0908;QD=13.8566;RBI=0.0779751;REFB=0.0142513;REVB=0.0530815;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27918;STB=0.663474;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.0144272;OID=.;OPOS=16666180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:4:10:9:11:4:10:9:11 chr5 16673975 . C G 238.98 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=50;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00921585;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.532;QD=19.5084;RBI=0.00932542;REFB=-0.00505553;REVB=-0.00142537;RO=25;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559706;STB=0.509796;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00428995;OID=.;OPOS=16673975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:25:24:24:25:0.510204:13:11:13:12:13:12:12:12 chr5 16769273 . G A 138.41 PASS AF=0.340426;AO=17;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.012655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4908;QD=11.7793;RBI=0.0242732;REFB=0.00154916;REVB=-0.0207133;RO=30;SAF=4;SAR=13;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00297254;STB=0.569627;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00171854;OID=.;OPOS=16769273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:31:17:16:0.340426:13:4:7:23:13:3:8:23 chr5 16794780 . G A 105.1 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00853894;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0201;QD=10.2537;RBI=0.036584;REFB=-0.0171717;REVB=0.0355736;RO=28;SAF=3;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258518;STB=0.657631;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.037572;OID=.;OPOS=16794780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:28:28:13:13:0.317073:10:3:12:16:10:3:12:16 chr5 16794916 . G A 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0105181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.289;QD=16.8974;RBI=0.0236831;REFB=0.00286605;REVB=0.0212193;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157971;STB=0.590739;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.00535744;OID=.;OPOS=16794916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:2:7:6:4:2:7 chr5 16815530 . G C 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00425247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3459;QD=20.8709;RBI=0.0446427;REFB=0.00986588;REVB=0.0444397;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110453;STB=0.562003;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.00584476;OID=.;OPOS=16815530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:7:13:11:10:7:13 chr5 19721490 . T C 2434.98 PASS AF=0.982036;AO=156;DP=163;FAO=164;FDP=167;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=95;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0207402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5296;QD=58.323;RBI=0.0253412;REFB=-0.0195029;REVB=0.014561;RO=3;SAF=62;SAR=94;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100629;STB=0.504525;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00456345;OID=.;OPOS=19721490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:163:167:3:3:156:164:0.982036:94:62:2:1:95:69:2:1 chr5 23972312 . A G 71.68 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00197729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.379;QD=7.96409;RBI=0.0176573;REFB=-0.0107238;REVB=0.0175462;RO=26;SAF=3;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282484;STB=0.675777;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0410781;OID=.;OPOS=23972312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:7:3:14:12:7:3:14:12 chr5 24910721 . C G 689.23 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.231;QD=62.6574;RBI=0.0304968;REFB=0;REVB=0.00552803;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342839;OID=.;OPOS=24910721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr5 26013029 . G A 285.89 PASS AF=0.37931;AO=32;DP=88;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0456244;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1841;QD=13.1443;RBI=0.0475876;REFB=-0.0109142;REVB=-0.0135275;RO=55;SAF=10;SAR=22;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281788;STB=0.672025;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0170536;OID=.;OPOS=26013029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:55:54:32:33:0.37931:22:10:31:24:23:10:31:23 chr5 26013072 . T A 309.43 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0154706;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.475;QD=13.4537;RBI=0.0154708;REFB=-0.006141;REVB=7.05692e-05;RO=57;SAF=10;SAR=25;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239388;STB=0.637501;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0071124;OID=.;OPOS=26013072;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:57:57:35:35:0.380435:25:10:28:29:25:10:28:29 chr5 26198575 . G T 2051.94 PASS AF=0.978417;AO=130;DP=134;FAO=136;FDP=139;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0380847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6996;QD=59.0485;RBI=0.0384456;REFB=0.0192745;REVB=0.00525538;RO=3;SAF=55;SAR=75;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106719;STB=0.505107;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.000700543;OID=.;OPOS=26198575;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:134:139:3:3:130:136:0.978417:75:55:2:1:77:59:2:1 chr5 26198591 . C T 2025.35 PASS AF=0.977778;AO=132;DP=136;FAO=132;FDP=135;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0137581;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.597;QD=60.0104;RBI=0.026596;REFB=-0.059733;REVB=0.022761;RO=2;SAF=53;SAR=79;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00290467;STB=0.501577;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.000601003;OID=.;OPOS=26198591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:136:135:2:3:132:132:0.977778:79:53:1:1:79:53:1:2 chr5 26885799 . T C 321.37 PASS AF=0.3;AO=42;DP=141;FAO=42;FDP=140;FR=.;FRO=98;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=55;FSRR=43;FWDB=0.00385013;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.969;QD=9.18193;RBI=0.0088153;REFB=-0.00593268;REVB=0.00793007;RO=96;SAF=18;SAR=24;SRF=55;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170702;STB=0.592249;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0108161;OID=.;OPOS=26885799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:96:98:42:42:0.3:24:18:55:41:24:18:55:43 chr5 27111712 . G A 327.75 PASS AF=0.472973;AO=34;DP=72;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0548151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0161;QD=17.716;RBI=0.0554507;REFB=-0.0119032;REVB=-0.00837124;RO=37;SAF=13;SAR=21;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998571;STB=0.576604;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.016664;OID=.;OPOS=27111712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:37:39:34:35:0.472973:21:13:18:19:22:13:20:19 chr5 31302288 . C T 1525.68 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.091;QD=59.8306;RBI=0.0258924;REFB=0;REVB=-0.0141208;RO=0;SAF=62;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29662e-05;OID=.;OPOS=31302288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:40:62:0:0:40:62:0:0 chr5 31317494 . C T 1453.26 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0965126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2089;QD=63.1853;RBI=0.0965128;REFB=0;REVB=-0.000221076;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000667104;OID=.;OPOS=31317494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:43:49:0:0:43:49:0:0 chr5 31317529 . A G 1562.41 PASS AF=1;AO=102;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00528836;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.734;QD=59.5203;RBI=0.0260793;REFB=0;REVB=0.0255375;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460262;OID=.;OPOS=31317529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:102:105:1:50:52:0:0:53:52:0:0 chr5 31317952 . T C 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0023618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.188;QD=60.8827;RBI=0.032286;REFB=0;REVB=0.0321995;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23123e-05;OID=.;OPOS=31317952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr5 31401447 . A G 372.86 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.000472268;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.697;QD=22.5976;RBI=0.00511691;REFB=-0.00695725;REVB=0.00509507;RO=29;SAF=22;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905999;STB=0.549973;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00626744;OID=.;OPOS=31401447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:29:29:37:37:0.560606:15:22:14:15:15:22:14:15 chr5 31401628 . G A 115.93 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0477145;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4411;QD=7.13408;RBI=0.0553811;REFB=-0.00298328;REVB=-0.0281141;RO=47;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317052;STB=0.68162;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0120001;OID=.;OPOS=31401628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:47:48:17:17:0.261538:7:10:15:32:7:10:16:32 chr5 31423007 . T C 629.54 PASS AF=0.529412;AO=60;DP=116;FAO=63;FDP=119;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0157881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.263;QD=21.1611;RBI=0.0162573;REFB=0.00130993;REVB=0.0038776;RO=55;SAF=22;SAR=38;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801599;STB=0.532153;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.00101159;OID=.;OPOS=31423007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:55:56:60:63:0.529412:38:22:25:30:39:24:25:31 chr5 32074392 . G A 534.1 PASS AF=0.597561;AO=49;DP=82;FAO=49;FDP=82;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0173485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.237;QD=26.0535;RBI=0.0174289;REFB=-0.01299;REVB=0.00167177;RO=33;SAF=25;SAR=24;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00364654;STB=0.501991;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0101164;OID=.;OPOS=32074392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:33:33:49:49:0.597561:24:25:17:16:24:25:17:16 chr5 32087253 . A G 1027.62 PASS AF=0.477477;AO=106;DP=222;FAO=106;FDP=222;FR=.;FRO=116;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=70;FSRR=46;FWDB=0.00922073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.053;QD=18.5157;RBI=0.0107146;REFB=-0.0240799;REVB=-0.00545724;RO=116;SAF=60;SAR=46;SRF=70;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362902;STB=0.519996;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0275225;OID=.;OPOS=32087253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:116:116:106:106:0.477477:46:60:70:46:46:60:70:46 chr5 32087374 . A G 584.59 PASS AF=0.427586;AO=62;DP=146;FAO=62;FDP=145;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.0108783;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7126;QD=16.1266;RBI=0.0108903;REFB=-0.0202665;REVB=0.000512646;RO=77;SAF=35;SAR=27;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322209;STB=0.505984;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0203798;OID=.;OPOS=32087374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:77:83:62:62:0.427586:27:35:41:36:27:35:46:37 chr5 32087802 . A G 141.82 PASS AF=0.6;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00781311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.752;QD=22.6915;RBI=0.0121954;REFB=-0.0109861;REVB=-0.00936386;RO=9;SAF=11;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550669;STB=0.516756;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00467139;OID=.;OPOS=32087802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:9:10:15:15:0.6:4:11:6:3:4:11:7:3 chr5 32126480 . G T 122.32 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00948831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.2;QD=8.4358;RBI=0.0150789;REFB=0.00353869;REVB=-0.0117195;RO=41;SAF=12;SAR=5;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266374;STB=0.660821;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0143397;OID=.;OPOS=32126480;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:5:12:20:21:5:12:20:21 chr5 32227959 . C T 240.43 PASS AF=0.30303;AO=30;DP=99;FAO=30;FDP=99;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0178008;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8199;QD=9.71451;RBI=0.0335459;REFB=-0.0115593;REVB=-0.0284334;RO=68;SAF=15;SAR=15;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869392;STB=0.545424;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0217269;OID=.;OPOS=32227959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:68:69:30:30:0.30303:15:15:29:39:15:15:30:39 chr5 32229677 . G A 132.11 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0117679;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.652;QD=13.9063;RBI=0.0176146;REFB=-0.00684514;REVB=-0.013107;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165628;STB=0.585254;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0148527;OID=.;OPOS=32229677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:24:23:15:15:0.394737:8:7:15:9:8:7:14:9 chr5 32403346 . C T 686.95 PASS AF=0.472603;AO=69;DP=146;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0289429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5072;QD=18.8204;RBI=0.0318236;REFB=-0.0144124;REVB=-0.0132307;RO=77;SAF=36;SAR=33;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00215396;STB=0.501193;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0133538;OID=.;OPOS=32403346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:77:77:69:69:0.472603:33:36:40:37:33:36:40:37 chr5 32712141 . G A 174.37 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0111034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.734;QD=9.82362;RBI=0.018958;REFB=-0.00535266;REVB=-0.0153663;RO=47;SAF=14;SAR=9;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100304;STB=0.503206;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0140464;OID=.;OPOS=32712141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:48:23:23:0.323944:9:14:29:18:9:14:29:19 chr5 32789852 . T C 191.61 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00758048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.154;QD=15.6417;RBI=0.00814366;REFB=0.00527976;REVB=0.00297583;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139375;STB=0.580042;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.0108337;OID=.;OPOS=32789852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:11:9:17:12:11:9:17:12 chr5 32790616 . T C 566.53 PASS AF=0.418301;AO=64;DP=151;FAO=64;FDP=153;FR=.;FRO=89;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=-0.0283282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.414;QD=14.8111;RBI=0.03064;REFB=-0.013293;REVB=-0.0116755;RO=84;SAF=25;SAR=39;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195685;STB=0.624784;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0129137;OID=.;OPOS=32790616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:153:84:89:64:64:0.418301:39:25:49:35:39:25:54:35 chr5 33278013 . A G 384.34 PASS AF=0.541667;AO=38;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0111461;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.395;QD=21.3521;RBI=0.0159056;REFB=-0.0152839;REVB=-0.0113469;RO=30;SAF=21;SAR=17;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658868;STB=0.505436;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0247621;OID=.;OPOS=33278013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:33:38:39:0.541667:17:21:19:11:17:22:19:14 chr5 33278049 . T C 1026.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.068;QD=59.5005;RBI=0.0211802;REFB=0;REVB=0.0138623;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99789e-05;OID=.;OPOS=33278049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:28:41:0:0:28:41:0:0 chr5 33461355 . G A 452.16 PASS AF=0.536585;AO=43;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00893855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.606;QD=22.0564;RBI=0.0165698;REFB=-0.0117762;REVB=-0.0139521;RO=38;SAF=26;SAR=17;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909282;STB=0.54287;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00731147;OID=.;OPOS=33461355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:43:44:0.536585:17:26:19:19:18:26:19:19 chr5 33462034 . G A 483.42 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=110;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00344574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.472;QD=17.5789;RBI=0.0401763;REFB=-0.00471589;REVB=-0.0400282;RO=56;SAF=33;SAR=19;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623695;STB=0.536571;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00368853;OID=.;OPOS=33462034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:58:52:52:0.472727:19:33:32:24:19:33:33:25 chr5 33535060 . G A 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0607666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3086;QD=59.8327;RBI=0.060771;REFB=0;REVB=0.000732513;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000612927;OID=.;OPOS=33535060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr5 33624430 . A G 316.39 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0144771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.68;QD=12.9141;RBI=0.0156837;REFB=-0.00579602;REVB=-0.00603266;RO=62;SAF=17;SAR=19;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839256;STB=0.54805;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00925502;OID=.;OPOS=33624430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:62:62:36:36:0.367347:19:17:34:28:19:17:34:28 chr5 33751454 . A T 272.47 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0137512;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.267;QD=19.4618;RBI=0.0637255;REFB=0.0097942;REVB=0.0622242;RO=27;SAF=24;SAR=5;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24276;STB=0.637061;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00426104;OID=.;OPOS=33751454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:5:24:17:10:5:24:17:10 chr5 33937067 . G A 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00618508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.202;QD=9.09982;RBI=0.0416897;REFB=-0.00313362;REVB=0.0412283;RO=19;SAF=7;SAR=2;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189901;STB=0.511602;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0267898;OID=.;OPOS=33937067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:2:7:15:4:2:7:15:4 chr5 33938447 . G A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.677;QD=57.2014;RBI=0.0612554;REFB=0;REVB=0.0574254;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302032;OID=.;OPOS=33938447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr5 33938975 . C A 189.26 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0313197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1083;QD=13.0522;RBI=0.033019;REFB=0.0236528;REVB=-0.0104561;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976283;STB=0.556005;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.0365708;OID=.;OPOS=33938975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:11:12:15:20:11:12:15:20 chr5 33954511 . T C 1422.84 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.285;QD=62.5424;RBI=0.0561437;REFB=0;REVB=0.0543232;RO=0;SAF=58;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53654e-05;OID=.;OPOS=33954511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:32:58:0:0:32:59:0:0 chr5 33963850 . G A 432.14 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.035838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.669;QD=17.8203;RBI=0.0371895;REFB=-0.00513956;REVB=-0.00993461;RO=53;SAF=33;SAR=11;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332561;STB=0.687061;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00504959;OID=.;OPOS=33963850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:11:33:23:30:11:33:23:30 chr5 33963870 . C T 626.24 PASS AF=0.54386;AO=62;DP=113;FAO=62;FDP=114;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.0375537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.284;QD=21.9734;RBI=0.0403095;REFB=-0.00355231;REVB=-0.0146482;RO=51;SAF=30;SAR=32;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166296;STB=0.594565;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00180076;OID=.;OPOS=33963870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:51:52:62:62:0.54386:32:30:35:16:32:30:36:16 chr5 33989518 . C T 1340.29 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.426;QD=62.3393;RBI=0.0521342;REFB=0;REVB=0.0370443;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46486e-05;OID=.;OPOS=33989518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:46:39:0:0:47:39:0:0 chr5 33994116 . A T 397.73 PASS AF=0.419643;AO=37;DP=102;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0118852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.856;QD=14.2046;RBI=0.0124175;REFB=-0.0196005;REVB=-0.00359691;RO=59;SAF=16;SAR=21;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824248;STB=0.510634;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.022556;OID=.;OPOS=33994116;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:112:59:65:37:47:0.419643:21:16:30:29:23:24:32:33 chr5 33998768 . C A 838.35 PASS AF=0.515337;AO=80;DP=162;FAO=84;FDP=163;FR=.;FRO=79;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=-0.0450159;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5285;QD=20.5731;RBI=0.10499;REFB=-0.015396;REVB=0.0948496;RO=78;SAF=41;SAR=39;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927506;STB=0.563878;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0185064;OID=.;OPOS=33998768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:78:79:80:84:0.515337:39:41:48:30:43:41:49:30 chr5 33998883 . A G 1508.95 PASS AF=0.97;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0516602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.661;QD=60.3579;RBI=0.0528913;REFB=0.141319;REVB=0.0113453;RO=3;SAF=44;SAR=53;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00690311;STB=0.503641;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.00346982;OID=.;OPOS=33998883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:100:100:3:3:97:97:0.97:53:44:1:2:53:44:1:2 chr5 34004707 . C T 288.82 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0342986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9011;QD=21.0052;RBI=0.0490667;REFB=0.0294874;REVB=0.0350877;RO=25;SAF=12;SAR=18;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195925;STB=0.608623;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0137437;OID=.;OPOS=34004707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:18:12:16:9:18:12:16:9 chr5 34008100 . C T 224.83 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.105628;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3389;QD=14.9886;RBI=0.109204;REFB=-0.038135;REVB=0.0277153;RO=34;SAF=10;SAR=15;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189858;STB=0.593041;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0546583;OID=.;OPOS=34008100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:25:26:0.433333:15:10:20:14:15:11:20:14 chr5 34038537 . A G 922.97 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00133785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.29;QD=56.798;RBI=0.0262226;REFB=-0.130515;REVB=-0.0261884;RO=1;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145314;STB=0.50769;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000365561;OID=.;OPOS=34038537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:32:32:0:1:32:32:0:1 chr5 34757666 . G A 144.58 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0210416;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=112.49;QD=15.63;RBI=0.0230987;REFB=-0.0180606;REVB=0.00952894;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141333;STB=0.517906;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0319885;OID=.;OPOS=34757666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:11:5:6:14:11:5:6:15 chr5 34802384 . A G 313.83 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0224823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.907;QD=14.5968;RBI=0.0227648;REFB=0.00336333;REVB=0.00357493;RO=51;SAF=22;SAR=13;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127699;STB=0.57256;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00642925;OID=.;OPOS=34802384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:13:22:26:25:13:22:26:25 chr5 34840841 . A G 172.11 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0318443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.618;QD=18.1167;RBI=0.0322868;REFB=-0.021911;REVB=0.00532732;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172572;STB=0.610988;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0404346;OID=.;OPOS=34840841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:11:7:11:8:11:7:12:8 chr5 34862125 . C T 743.67 PASS AF=0.583333;AO=70;DP=119;FAO=70;FDP=120;FR=.;FRO=50;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.030182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.123;QD=24.789;RBI=0.0309735;REFB=-0.00412208;REVB=0.00695749;RO=49;SAF=42;SAR=28;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220587;STB=0.615861;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0049821;OID=.;OPOS=34862125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:49:50:70:70:0.583333:28:42:15:34:28:42:16:34 chr5 34880290 . T C 323.1 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00023922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.962;QD=12.796;RBI=0.0208522;REFB=-0.00131998;REVB=0.0208509;RO=63;SAF=14;SAR=24;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172579;STB=0.598673;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00288864;OID=.;OPOS=34880290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:63:63:38:38:0.376238:24:14:33:30:24:14:33:30 chr5 34914857 . AT A 121.92 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=92;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0301125;FXX=0.0108684;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.3289;QD=5.35902;RBI=0.166251;REFB=0.0123019;REVB=0.163501;RO=56;SAF=18;SAR=13;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010536;STB=0.512187;STBP=0.881;TYPE=del;VARB=-0.00996344;OID=.;OPOS=34914858;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340659:31:92:31:91:60:17:14:34:26:99:56:18:13:32:24 chr5 34955135 . C G 212.48 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0253812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.796;QD=10.2402;RBI=0.026801;REFB=-0.00498084;REVB=0.00860743;RO=56;SAF=12;SAR=15;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00231678;STB=0.501354;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0150155;OID=.;OPOS=34955135;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:56:56:27:27:0.325301:15:12:25:31:15:12:25:31 chr5 34998877 . C A 1343.06 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00808774;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.304;QD=62.468;RBI=0.0187873;REFB=0;REVB=-0.0169573;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.73634e-05;OID=.;OPOS=34998877;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:40:46:0:0:40:46:0:0 chr5 35010138 . A G 2844.12 PASS AF=1;AO=171;DP=174;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481981;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.736;QD=62.5081;RBI=0.0483293;REFB=0;REVB=-0.00355858;RO=0;SAF=81;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91925e-05;OID=.;OPOS=35010138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:182:0:0:171:182:1:90:81:0:0:90:92:0:0 chr5 35033605 . G A 980.15 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0097459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.525;QD=57.6561;RBI=0.0230664;REFB=-0.112827;REVB=0.0209064;RO=1;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141052;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000598262;OID=.;OPOS=35033605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:68:68:1:0:67:68:1:33:34:0:1:34:34:0:0 chr5 35641582 . A C 1695.36 PASS AF=0.966387;AO=115;DP=119;FAO=115;FDP=119;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=65;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0344493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.387;QD=56.987;RBI=0.039814;REFB=-0.00673841;REVB=0.0199601;RO=3;SAF=50;SAR=65;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276372;STB=0.510747;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000352277;OID=.;OPOS=35641582;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:119:119:3:4:115:115:0.966387:65:50:3:0:65:50:3:1 chr5 35643615 . G A 929.8 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111693;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.794;QD=57.2184;RBI=0.0115939;REFB=-0.0540573;REVB=-0.00310883;RO=1;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136897;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.95564e-05;OID=.;OPOS=35643615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:65:1:0:64:65:1:34:30:0:1:35:30:0:0 chr5 35644621 . T C 981.78 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0292833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9621;QD=56.1015;RBI=0.036302;REFB=-0.215237;REVB=0.0214552;RO=2;SAF=44;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00866492;STB=0.504586;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00616022;OID=.;OPOS=35644621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:2:2:68:68:0.971429:24:44:1:1:24:44:1:1 chr5 35654711 . C T 3261.57 PASS AF=1;AO=209;DP=209;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156236;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.314;QD=62.1251;RBI=0.0165332;REFB=0;REVB=-0.00540835;RO=0;SAF=108;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166698;OID=.;OPOS=35654711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:210:0:0:209:210:1:101:108:0:0:101:109:0:0 chr5 35670303 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.099;QD=57.6807;RBI=0.0238164;REFB=0;REVB=0.0200204;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104587;OID=.;OPOS=35670303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr5 35692775 . T A 1792.58 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.759;QD=60.2547;RBI=0.00681539;REFB=0;REVB=0.00215461;RO=0;SAF=42;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7257e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11673e-06;OID=.;OPOS=35692775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:119:0:0:109:119:1:67:42:0:0:74:45:0:0 chr5 35695915 . A C 1550.09 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.488;QD=63.9213;RBI=0.0410828;REFB=0;REVB=0.026433;RO=0;SAF=41;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140827;OID=.;OPOS=35695915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:55:41:0:0:55:42:0:0 chr5 35709095 . C T 1774.35 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.327;QD=60.6615;RBI=0.0164821;REFB=0;REVB=0.00470605;RO=0;SAF=66;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.49054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139761;OID=.;OPOS=35709095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:115:117:1:49:66:0:0:51:66:0:0 chr5 35709184 . G C 1697.24 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159708;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1847;QD=60.6157;RBI=0.0162507;REFB=0;REVB=0.00300332;RO=0;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041174;OID=.;OPOS=35709184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:62:50:0:0:62:50:0:0 chr5 35764696 . C T 742.26 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.244;QD=63.1709;RBI=0.0222065;REFB=0;REVB=0.0147057;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001509;OID=.;OPOS=35764696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr5 35861068 . T C 1729.99 PASS AF=1;AO=114;DP=117;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00632278;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.908;QD=60.1735;RBI=0.0345303;REFB=0;REVB=0.0339465;RO=0;SAF=76;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018554;OID=.;OPOS=35861068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:117:115:0:0:114:115:1:38:76:0:0:39:76:0:0 chr5 35871190 . G A 1439.56 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0095433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.565;QD=61.9164;RBI=0.0117331;REFB=-0.149832;REVB=0.00682581;RO=1;SAF=50;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938747;STB=0.504949;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000613973;OID=.;OPOS=35871190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:42:50:1:0:42:50:1:0 chr5 35871273 . C T 515.77 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0554767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0758;QD=20.03;RBI=0.0574316;REFB=-0.0119612;REVB=-0.014857;RO=50;SAF=25;SAR=28;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024936;STB=0.513756;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00876406;OID=.;OPOS=35871273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:53:53:0.514563:28:25:25:25:28:25:25:25 chr5 35874575 . C T 676.8 PASS AF=0.414365;AO=75;DP=181;FAO=75;FDP=181;FR=.;FRO=106;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=54;FSRR=52;FWDB=-0.00708738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.393;QD=14.9568;RBI=0.0579331;REFB=-0.0109878;REVB=-0.0574979;RO=106;SAF=33;SAR=42;SRF=54;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728867;STB=0.540842;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0192134;OID=.;OPOS=35874575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:106:106:75:75:0.414365:42:33:54:52:42:33:54:52 chr5 35875593 . A T 1031.23 PASS AF=0.529412;AO=85;DP=174;FAO=99;FDP=187;FR=.;FRO=88;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.0533663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.931;QD=22.0584;RBI=0.0540753;REFB=-0.0242521;REVB=0.00872777;RO=88;SAF=35;SAR=50;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404159;STB=0.514283;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0184903;OID=.;OPOS=35875593;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:187:88:88:85:99:0.529412:50:35:40:48:51:48:40:48 chr5 35910529 . C T 218.97 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.00372986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.008;QD=23.6728;RBI=0.00374012;REFB=-0.00827813;REVB=0.000276815;RO=16;SAF=7;SAR=14;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263028;STB=0.644329;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00520606;OID=.;OPOS=35910529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:14:7:1:15:14:7:1:15 chr5 35962984 . A G 306.26 PASS AF=1;AO=18;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0825594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.873;QD=53.2633;RBI=0.102998;REFB=0;REVB=0.0615836;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057801;OID=.;OPOS=35962984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:18:23:1:15:3:0:0:19:4:0:0 chr5 35965970 . A C 147.16 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00803167;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.291;QD=15.9092;RBI=0.0110303;REFB=-0.00614215;REVB=-0.00756047;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108559;STB=0.575663;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00615578;OID=.;OPOS=35965970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:20:21:16:16:0.432432:9:7:11:9:9:7:12:9 chr5 36142648 . A G 250.2 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.000156037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.674;QD=26.3371;RBI=0.0181725;REFB=0.0128907;REVB=0.0181718;RO=15;SAF=11;SAR=12;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104034;STB=0.557554;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.00989598;OID=.;OPOS=36142648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:12:11:5:10:12:11:5:10 chr5 36143392 . C T 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00777813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4714;QD=11.9167;RBI=0.0171405;REFB=-0.000245553;REVB=0.0152741;RO=37;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114017;STB=0.566036;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00112575;OID=.;OPOS=36143392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:9:13:18:19:9:13:18:19 chr5 36155318 . C CTT,CTTT 517.37 PASS AF=1,0;AO=28,12;DP=52;FAO=45,0;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0717015,-0.0471858;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,3;MLLD=28.887,19.3078;QD=45.9886;RBI=0.199298,0.135952;REFB=0,0;REVB=-0.185953,-0.1275;RO=12;SAF=16,1;SAR=12,11;SRF=11;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.200767,-0.721541;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00608606,0.0144684;OID=.,.;OPOS=36155319,36155319;OREF=-,-;OALT=TT,TTT;OMAPALT=CTT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:28,12:52:45,0:45:0:21,0:24,0:0:0:9:12:16,1:12,11:11:1 chr5 36269551 . G C 1609.59 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773591;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.992;QD=60.1716;RBI=0.00869608;REFB=0;REVB=-0.00397209;RO=0;SAF=73;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38998e-06;OID=.;OPOS=36269551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:34:73:0:0:34:73:0:0 chr5 36984973 . TAAAAAAG TAAAAAG,TAAAAAGA 74.94 PASS AF=0.357143,0.0952381;AO=18,5;DP=44;FAO=15,4;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7,4;FSAR=8,0;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0660591,-0.0799823;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.32223,137.71;QD=7.13743;RBI=0.12082,0.0921509;REFB=-0.128103,-0.00650412;REVB=-0.101161,-0.0457669;RO=18;SAF=7,5;SAR=11,0;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.100257,0.693941;STB=0.507033,0.997231;STBP=0.948,0.038;TYPE=del,mnp;VARB=0.118176,0.0646746;OID=.,.;OPOS=36984974,36984979;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=TAAAAAG,TAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143,0.0952381:18,5:44:15,4:42:23:7,4:8,0:11:12:47:18:7,5:11,0:9:9 chr5 37036492 . C T 106.33 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00992731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.665;QD=11.8143;RBI=0.061202;REFB=-0.00411429;REVB=0.0603915;RO=23;SAF=11;SAR=1;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372289;STB=0.610919;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00674153;OID=.;OPOS=37036492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:23:23:12:13:0.361111:1:11:17:6:2:11:17:6 chr5 37107461 . T C 200.85 PASS AF=0.271028;AO=28;DP=106;FAO=29;FDP=107;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=0.0111139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.902;QD=7.50847;RBI=0.0121901;REFB=-0.011116;REVB=0.00500791;RO=77;SAF=16;SAR=12;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188863;STB=0.617511;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0362248;OID=.;OPOS=37107461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:77:78:28:29:0.271028:12:16:32:45:12:17:33:45 chr5 37169266 . C T 187.45 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00952239;FXX=0.0576812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.824;QD=15.3021;RBI=0.0170091;REFB=-0.0129897;REVB=0.0140938;RO=31;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579029;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0179582;OID=.;OPOS=37169266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:49:31:28:21:21:0.428571:9:12:16:15:9:12:16:12 chr5 37244479 . CATTTTTTA CAGGTTTTA,CAGTTTTTA,CATTTTTA,CATTTTTAG,TCATTTTTA 197.81 PASS AF=0.1,0.18,0.32,0.02,0;AO=3,4,12,2,3;DP=53;FAO=5,9,16,1,0;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=5,9,6,1,0;FSAR=0,0,10,0,0;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0530405,-0.104495,-0.186941,-0.145436,-0.00974689;FXX=0.0565931;HRUN=6,6,6,6,1;LEN=2,1,1,2,3;MLLD=91.3514,71.8656,10.9177,83.3605,24.9131;QD=15.8246;RBI=0.0536533,0.104833,0.242481,0.146248,0.0642735;REFB=-0.0133839,-0.0136642,-0.100518,-0.0116579,-0.0894393;REVB=-0.00808571,-0.00840401,-0.154434,-0.01539,-0.0635301;RO=16;SAF=3,4,6,2,0;SAR=0,0,6,0,3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0,0.33042,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.594791,0.648636,-0.0610571,0.510523,-0.63787;STB=0.997173,0.998333,0.638126,0.987286,0.5;STBP=0.05,0.012,0.162,0.483,1;TYPE=mnp,snp,del,mnp,mnp;VARB=0.0535533,-0.159072,0.0976928,-0.112812,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=37244481,37244481,37244481,37244486,37244479;OREF=TT,T,T,TA,CAT;OALT=GG,G,-,AG,TCA;OMAPALT=CAGGTTTTA,CAGTTTTTA,CATTTTTA,CATTTTTAG,TCATTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:70:53:50:16:19:3,4,12,2,3:5,9,16,1,0:0.1,0.18,0.32,0.02,0:0,0,6,0,3:3,4,6,2,0:9:7:0,0,10,0,0:5,9,6,1,0:12:7 chr5 37294473 . T C 597.05 PASS AF=0.431507;AO=63;DP=146;FAO=63;FDP=146;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=29;FWDB=0.00990178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.397;QD=16.3575;RBI=0.018371;REFB=-0.0055899;REVB=0.0154742;RO=81;SAF=33;SAR=30;SRF=52;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120365;STB=0.572723;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00935132;OID=.;OPOS=37294473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:81:83:63:63:0.431507:30:33:52:29:30:33:54:29 chr5 37309371 . TAGAA TA,TAGAG 119.17 PASS AF=0.387097,0.0645161;AO=12,2;DP=29;FAO=12,2;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8,2;FSAR=4,0;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00195112,0.0487867;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=201.256,49.4649;QD=15.3761;RBI=0.0259643,0.0773748;REFB=-0.000417501,-0.00861445;REVB=0.0258909,-0.060056;RO=14;SAF=8,2;SAR=4,0;SRF=10;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.050746,0.475704;STB=0.512799,0.993223;STBP=0.967,0.301;TYPE=del,snp;VARB=0.00474283,0.0404659;OID=.,.;OPOS=37309372,37309375;OREF=AGA,A;OALT=-,G;OMAPALT=TA,TAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097,0.0645161:12,2:29:12,2:31:17:8,2:4,0:11:6:99:14:8,2:4,0:10:4 chr5 37364443 . C T 362.75 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105757;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.177;QD=55.8078;RBI=0.0334057;REFB=0;REVB=-0.0316875;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100527;OID=.;OPOS=37364443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr5 37700516 . C T 2290.3 PASS AF=1;AO=149;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238429;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.472;QD=60.2711;RBI=0.023894;REFB=0;REVB=0.00156178;RO=0;SAF=88;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.92755e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261763;OID=.;OPOS=37700516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:149:152:1:61:88:0:0:61:91:0:0 chr5 37834803 . G A 114.02 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0249538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.626;QD=18.2433;RBI=0.0264831;REFB=-0.0240869;REVB=0.00886919;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167751;STB=0.596124;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.038965;OID=.;OPOS=37834803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:8:5:7:5:8:5:7:5 chr5 38370537 . T C 205.07 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00924066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.146;QD=15.7749;RBI=0.0198709;REFB=-0.0152148;REVB=-0.0175916;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899296;STB=0.540866;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0245801;OID=.;OPOS=38370537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:11:12:12:16:11:12:13:16 chr5 38475507 . G A 320.04 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00393178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9284;QD=13.6186;RBI=0.023924;REFB=0.0116267;REVB=-0.0235987;RO=58;SAF=21;SAR=15;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724335;STB=0.541344;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.0191224;OID=.;OPOS=38475507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:58:36:36:0.382979:15:21:30:28:15:21:30:28 chr5 38475538 . TA T 50.22 PASS AF=0.306306;AO=30;DP=111;FAO=34;FDP=111;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.208718;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.62719;QD=1.8099;RBI=0.227486;REFB=-0.0347819;REVB=0.0904801;RO=62;SAF=12;SAR=18;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135236;STB=0.601207;STBP=0.179;TYPE=del;VARB=-0.0626408;OID=.;OPOS=38475539;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.306306:30:111:34:111:77:14:20:43:34:50:62:12:18:32:30 chr5 38523533 . C T 156.5 PASS AF=0.230769;AO=24;DP=104;FAO=24;FDP=104;FR=.;FRO=80;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=-0.00812295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.162;QD=6.01908;RBI=0.0179717;REFB=-0.00626409;REVB=-0.0160312;RO=80;SAF=13;SAR=11;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17607;STB=0.607678;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0223907;OID=.;OPOS=38523533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:80:80:24:24:0.230769:11:13:32:48:11:13:32:48 chr5 38820695 . G A 159.9 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00777977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.773;QD=45.6865;RBI=0.00861734;REFB=0;REVB=0.00370591;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65148e-05;OID=.;OPOS=38820695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:7:6:0:0:8:6:0:0 chr5 38822040 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0508879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2869;QD=39.2068;RBI=0.0551816;REFB=0;REVB=0.0213407;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00177771;OID=.;OPOS=38822040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr5 38823254 . C T 789.11 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187728;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9522;QD=64.4173;RBI=0.0323584;REFB=0;REVB=0.0263562;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57753e-05;OID=.;OPOS=38823254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr5 38921788 . G A 1024.52 PASS AF=0.43295;AO=113;DP=263;FAO=113;FDP=261;FR=.;FRO=148;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=61;FSRR=87;FWDB=0.0107972;FXX=0.00760427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.861;QD=15.7014;RBI=0.0125131;REFB=-0.00897418;REVB=0.00632448;RO=150;SAF=50;SAR=63;SRF=61;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037395;STB=0.517488;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0114659;OID=.;OPOS=38921788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:261:150:148:113:113:0.43295:63:50:61:89:63:50:61:87 chr5 38941154 . ATTTT ATTTA,ATTT 1419.48 PASS AF=0.104938,0.895062;AO=24,38;DP=165;FAO=17,145;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=17,47;FSAR=0,98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0737282,-0.12052;FXX=0.0181807;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=171.617,11.2163;QD=35.0489;RBI=0.132003,0.868321;REFB=0,0;REVB=0.109494,0.859917;RO=85;SAF=24,29;SAR=0,9;SRF=2;SRR=83;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.897148,0.736427;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.140607,-0.0303326;OID=.,.;OPOS=38941158,38941155;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTA,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.104938,0.895062:24,38:165:17,145:162:0:17,47:0,98:0:0:66:85:24,29:0,9:2:83 chr5 38942090 . T C 1343.68 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00504815;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.722;QD=61.7783;RBI=0.0599388;REFB=0;REVB=0.0597259;RO=0;SAF=57;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8839e-05;OID=.;OPOS=38942090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:86:87:1:29:57:0:0:30:57:0:0 chr5 38950776 . G A 1120.7 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0374889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.093;QD=58.9842;RBI=0.0389735;REFB=-0.0516809;REVB=0.0106543;RO=1;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103994;STB=0.505493;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=7.69263e-05;OID=.;OPOS=38950776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:45:30:0:1:45:30:0:1 chr5 38954956 . G A 235.75 PASS AF=0.236486;AO=35;DP=148;FAO=35;FDP=148;FR=.;FRO=113;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=63;FWDB=-0.0163503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.694;QD=6.37166;RBI=0.0190789;REFB=-0.00407369;REVB=-0.00983212;RO=113;SAF=12;SAR=23;SRF=50;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131265;STB=0.580099;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0148198;OID=.;OPOS=38954956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:113:113:35:35:0.236486:23:12:50:63:23:12:50:63 chr5 39108309 . A G 969.86 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.182;QD=58.7793;RBI=0.030676;REFB=0;REVB=0.028266;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69455e-05;OID=.;OPOS=39108309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:36:29:0:0:36:30:0:0 chr5 39108322 . A G 889.74 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00348133;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.496;QD=58.3439;RBI=0.00443201;REFB=0;REVB=-0.00274283;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84049e-05;OID=.;OPOS=39108322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr5 39119723 . C A 279.37 PASS AF=0.595238;AO=24;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0052696;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.694;QD=26.6067;RBI=0.00701808;REFB=-0.0118177;REVB=0.00463517;RO=18;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980626;STB=0.551683;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00929583;OID=.;OPOS=39119723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:17:24:25:0.595238:13:11:6:12:13:12:6:11 chr5 39134417 . G A 265.27 PASS AF=0.333333;AO=34;DP=101;FAO=34;FDP=102;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0497206;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5835;QD=10.4027;RBI=0.0497208;REFB=-0.0114864;REVB=-0.000125133;RO=63;SAF=22;SAR=12;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126295;STB=0.551988;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.018026;OID=.;OPOS=39134417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:63:68:34:34:0.333333:12:22:34:29:12:22:39:29 chr5 40692940 . G A 509.5 PASS AF=0.421053;AO=56;DP=133;FAO=56;FDP=133;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.00775224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1623;QD=15.3232;RBI=0.0265094;REFB=0.0057794;REVB=-0.0253506;RO=77;SAF=27;SAR=29;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028543;STB=0.51601;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.00794894;OID=.;OPOS=40692940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:77:77:56:56:0.421053:29:27:35:42:29:27:35:42 chr5 40852451 . C G 1528.44 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2807;QD=63.6849;RBI=0.0301221;REFB=0;REVB=-0.025571;RO=0;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000261702;OID=.;OPOS=40852451;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:54:42:0:0:54:42:0:0 chr5 40853048 . C T 1259.47 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3139;QD=61.4377;RBI=0.0255927;REFB=0;REVB=-0.0222731;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.4579e-05;OID=.;OPOS=40853048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:82:0:0:77:82:1:37:40:0:0:39:43:0:0 chr5 40936541 . T C 283.56 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0232476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.77;QD=23.1477;RBI=0.0232502;REFB=-0.00486324;REVB=-0.000347305;RO=23;SAF=17;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224666;STB=0.625502;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00776343;OID=.;OPOS=40936541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:9:17:9:14:9:17:9:14 chr5 40955561 . G C 976.99 PASS AF=0.563636;AO=93;DP=165;FAO=93;FDP=165;FR=.;FRO=72;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0185087;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3345;QD=23.6847;RBI=0.0240596;REFB=-0.00885012;REVB=0.0153718;RO=72;SAF=45;SAR=48;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351668;STB=0.519151;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00694237;OID=.;OPOS=40955561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:72:72:93:93:0.563636:48:45:38:34:48:45:38:34 chr5 40959623 . G A 90.34 PASS AF=0.205479;AO=15;DP=73;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0491055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.816;QD=4.95036;RBI=0.0522096;REFB=0.00806644;REVB=-0.017734;RO=58;SAF=7;SAR=8;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448457;STB=0.528507;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.0526661;OID=.;OPOS=40959623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:73:73:58:58:15:15:0.205479:8:7:25:33:8:7:25:33 chr5 40964852 . A C 847.12 PASS AF=0.444444;AO=88;DP=198;FAO=88;FDP=198;FR=.;FRO=110;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=63;FWDB=0.0273841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3779;QD=17.1136;RBI=0.0273939;REFB=-0.00145414;REVB=-0.000730094;RO=110;SAF=54;SAR=34;SRF=47;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187066;STB=0.603989;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00209793;OID=.;OPOS=40964852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:110:110:88:88:0.444444:34:54:47:63:34:54:47:63 chr5 40972111 . C T 3761.95 PASS AF=1;AO=236;DP=237;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442343;FXX=0.00836785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.289;QD=63.4929;RBI=0.00856188;REFB=0;REVB=-0.00733069;RO=0;SAF=127;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.063e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.09662e-06;OID=.;OPOS=40972111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:237:237:0:0:236:237:1:109:127:0:0:110:127:0:0 chr5 40998196 . T C 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0106328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.685;QD=10.1407;RBI=0.0111917;REFB=-0.0182668;REVB=-0.00349252;RO=28;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927648;STB=0.555897;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0303621;OID=.;OPOS=40998196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:8:5:13:15:8:5:13:15 chr5 41000343 . G A 389.09 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0258789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.089;QD=18.7515;RBI=0.0263591;REFB=0.00106816;REVB=0.00500822;RO=43;SAF=13;SAR=27;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072259;STB=0.54034;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00156758;OID=.;OPOS=41000343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:27:13:17:26:27:13:17:26 chr5 41005641 . A C 410.2 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=62;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0418194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3701;QD=26.4642;RBI=0.0425532;REFB=0.00724429;REVB=0.00786846;RO=22;SAF=14;SAR=25;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295742;STB=0.504502;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.00249829;OID=.;OPOS=41005641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:22:23:39:39:0.629032:25:14:7:15:25:14:8:15 chr5 41008780 . A G 403.44 PASS AF=0.425926;AO=43;DP=105;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0039247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.794;QD=14.9424;RBI=0.00819873;REFB=-0.0219428;REVB=-0.00719833;RO=62;SAF=22;SAR=21;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012156;STB=0.512484;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0287548;OID=.;OPOS=41008780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:62:62:43:46:0.425926:21:22:31:31:22:24:31:31 chr5 41033163 . T C 246.45 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00187098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.756;QD=15.9;RBI=0.0617656;REFB=-0.0165222;REVB=0.0617373;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983069;STB=0.564471;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0237519;OID=.;OPOS=41033163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:27:28:0.451613:13:14:21:13:14:14:21:13 chr5 41042284 . G T 1268.25 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0645393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1196;QD=60.3928;RBI=0.0899931;REFB=-0.0480093;REVB=0.0627172;RO=1;SAF=31;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919621;STB=0.504761;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000379258;OID=.;OPOS=41042284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:1:1:82:83:0.988095:51:31:0:1:52:31:0:1 chr5 41048533 . C T 260.71 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00376975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.309;QD=15.1134;RBI=0.0100064;REFB=-0.00919226;REVB=-0.0092691;RO=39;SAF=12;SAR=17;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492419;STB=0.51615;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0127907;OID=.;OPOS=41048533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:29:30:0.434783:17:12:18:21:17:13:18:21 chr5 41049389 . T C 954.83 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4893;QD=58.7587;RBI=0.0482354;REFB=0;REVB=0.0419064;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397009;OID=.;OPOS=41049389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr5 41049397 . C T 894.5 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0642816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.119;QD=55.0458;RBI=0.0647024;REFB=-0.0809749;REVB=0.00736759;RO=1;SAF=28;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165659;STB=0.517236;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00059749;OID=.;OPOS=41049397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:1:2:63:63:0.969231:35:28:1:0:35:28:2:0 chr5 41054934 . A G 604.26 PASS AF=0.646341;AO=52;DP=81;FAO=53;FDP=82;FR=.;FRO=29;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0063356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.919;QD=29.4761;RBI=0.0064798;REFB=-0.0326116;REVB=-0.00135938;RO=29;SAF=29;SAR=23;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11302;STB=0.557753;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0128189;OID=.;OPOS=41054934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:29:29:52:53:0.646341:23:29:21:8:23:30:21:8 chr5 41061716 . A G 572.42 PASS AF=0.548077;AO=57;DP=104;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0046029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.629;QD=22.0163;RBI=0.0128382;REFB=-0.00204822;REVB=-0.0119847;RO=47;SAF=34;SAR=23;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107287;STB=0.558883;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00184971;OID=.;OPOS=41061716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:47:47:57:57:0.548077:23:34:22:25:23:34:22:25 chr5 41158863 . G A 1102.73 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00180768;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.26;QD=60.4235;RBI=0.027855;REFB=0;REVB=-0.0277963;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.28832e-05;OID=.;OPOS=41158863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr5 41199959 . G T 192.87 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0311606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.826;QD=23.3784;RBI=0.0514563;REFB=-0.0126941;REVB=-0.0409484;RO=14;SAF=13;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204321;STB=0.61474;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00781611;OID=.;OPOS=41199959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:6:13:6:8:6:13:6:8 chr5 41310957 . C G 327.34 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0214159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.218;QD=17.6942;RBI=0.021599;REFB=-0.0166024;REVB=0.00280665;RO=39;SAF=5;SAR=30;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465251;STB=0.764531;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00428179;OID=.;OPOS=41310957;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:30:5:21:18:30:5:21:18 chr5 41312164 . A C 391.61 PASS AF=0.364341;AO=47;DP=129;FAO=47;FDP=129;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.0221612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.812;QD=12.1428;RBI=0.0235882;REFB=-0.0206793;REVB=0.00807971;RO=80;SAF=35;SAR=12;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200897;STB=0.617752;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.03131;OID=.;OPOS=41312164;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:80:82:47:47:0.364341:12:35:47:33:12:35:48:34 chr5 42700044 . A G 1191.17 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.02;QD=61.0854;RBI=0.0572267;REFB=0;REVB=0.0354566;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269207;OID=.;OPOS=42700044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:38:38:0:0:40:38:0:0 chr5 42719239 . A C 781.41 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000102291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.132;QD=54.836;RBI=0.00338369;REFB=-0.0761419;REVB=-0.00338214;RO=1;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241545;STB=0.512816;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000265884;OID=.;OPOS=42719239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:57:1:1:54:56:0.982456:19:35:0:1:19:37:0:1 chr5 42720068 . T A,TA 687.7 PASS AF=0,0.957447;AO=3,42;DP=51;FAO=0,45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=0,29;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0150738,-0.000839408;FXX=0.040808;HRUN=6,2;LEN=1,1;MLLD=35.247,303.842;QD=58.5279;RBI=0.021151,0.00538433;REFB=-0.0847799,-0.0083039;REVB=0.0148373,0.0053185;RO=5;SAF=2,26;SAR=1,16;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.247694,0.0456178;STB=0.5,0.529399;STBP=1,0.081;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00625295;OID=.,.;OPOS=42720068,42720069;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:9:51:47:5:2:3,42:0,45:0,0.957447:1,16:2,26:2:3:0,16:0,29:0:2 chr5 42769776 . GA G 90.33 PASS AF=0.26383;AO=70;DP=240;FAO=62;FDP=235;FR=.;FRO=173;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=85;FSRR=88;FWDB=-0.0173872;FXX=0.0208325;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.49812;QD=1.53746;RBI=0.017723;REFB=-0.0526716;REVB=-0.003434;RO=135;SAF=34;SAR=36;SRF=60;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476194;STB=0.541348;STBP=0.44;TYPE=del;VARB=0.00363258;OID=.;OPOS=42769777;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26383:70:240:62:235:173:27:35:85:88:90:135:34:36:60:75 chr5 43120098 . A G 278.64 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304061;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.3949;QD=53.0733;RBI=0.0571725;REFB=0;REVB=-0.0484166;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544112;OID=.;OPOS=43120098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr5 43175369 . G T 769.32 PASS AF=0.414286;AO=86;DP=210;FAO=87;FDP=210;FR=.;FRO=123;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=58;FSRR=65;FWDB=-0.0101098;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.496;QD=14.6537;RBI=0.0120714;REFB=-0.00539127;REVB=0.00659627;RO=124;SAF=41;SAR=45;SRF=58;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00951368;STB=0.500165;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00820284;OID=.;OPOS=43175369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:124:123:86:87:0.414286:45:41:58:66:46:41:58:65 chr5 43175597 . A G 230.76 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0491033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.542;QD=17.7506;RBI=0.0491192;REFB=-0.0240097;REVB=0.00125029;RO=27;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355086;STB=0.519984;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0203546;OID=.;OPOS=43175597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:12:13:13:14:12:13:13:14 chr5 43297144 . A G 608.96 PASS AF=0.530435;AO=61;DP=115;FAO=61;FDP=115;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=0.0431904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.497;QD=21.181;RBI=0.0431907;REFB=-0.00433297;REVB=0.000150254;RO=53;SAF=33;SAR=28;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119404;STB=0.559981;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00267821;OID=.;OPOS=43297144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:53:54:61:61:0.530435:28:33:36:17:28:33:36:18 chr5 43492978 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.389;QD=54.5176;RBI=0.018338;REFB=0;REVB=0.0160971;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101583;OID=.;OPOS=43492978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr5 43505993 . A G 230.71 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.02103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.199;QD=14.4195;RBI=0.0211111;REFB=-0.00966259;REVB=-0.00184777;RO=37;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18933;STB=0.607516;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.016586;OID=.;OPOS=43505993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:11:16:15:22:11:16:15:22 chr5 43509348 . T A 1763.82 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00254645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.96;QD=60.3015;RBI=0.042991;REFB=0;REVB=0.0429155;RO=0;SAF=50;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00084553;OID=.;OPOS=43509348;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:115:117:1:65:50:0:0:67:50:0:0 chr5 43527135 . A C 1479.18 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144588;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.331;QD=58.5813;RBI=0.029341;REFB=-0.148937;REVB=0.0255311;RO=0;SAF=58;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000420679;OID=.;OPOS=43527135;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:101:0:1:100:100:0.990099:42:58:0:0:42:58:0:1 chr5 43609343 . C T 1378.29 PASS AF=0.491103;AO=137;DP=280;FAO=138;FDP=281;FR=.;FRO=143;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=45;FSRR=98;FWDB=-0.00253632;FXX=0.00354597;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.473;QD=19.6198;RBI=0.00621249;REFB=-0.0168073;REVB=0.00567116;RO=143;SAF=65;SAR=72;SRF=45;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150628;STB=0.580558;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0149985;OID=.;OPOS=43609343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:281:143:143:137:138:0.491103:72:65:45:98:73:65:45:98 chr5 43656778 . C T 933.5 PASS AF=0.513966;AO=92;DP=179;FAO=92;FDP=179;FR=.;FRO=87;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=-0.00672841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6886;QD=20.8604;RBI=0.0290918;REFB=0.00169006;REVB=0.028303;RO=86;SAF=51;SAR=41;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241904;STB=0.51572;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.0014002;OID=.;OPOS=43656778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:86:87:92:92:0.513966:41:51:50:36:41:51:51:36 chr5 44066732 . A G 1418.87 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120466;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4626;QD=63.0611;RBI=0.0125034;REFB=0;REVB=-0.00334893;RO=0;SAF=52;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.84214e-05;OID=.;OPOS=44066732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:38:52:0:0:38:52:0:0 chr5 44809162 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.856;QD=53.9111;RBI=0.104301;REFB=0;REVB=0.104199;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572138;OID=.;OPOS=44809162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr5 45262188 . C T 210.87 PASS AF=0.296703;AO=27;DP=91;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=46;FWDB=0.0397531;FXX=0.0421008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.14;QD=9.2688;RBI=0.0532029;REFB=-0.0128627;REVB=-0.0353588;RO=62;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289829;STB=0.664946;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0552621;OID=.;OPOS=45262188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:62:64:27:27:0.296703:13:14:17:45:13:14:18:46 chr5 45267313 . C T 155.73 PASS AF=0.208;AO=26;DP=126;FAO=26;FDP=125;FR=.;FRO=99;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=65;FSRR=34;FWDB=0.0128672;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.985;QD=4.98327;RBI=0.0159447;REFB=-0.00110869;REVB=-0.00941647;RO=100;SAF=8;SAR=18;SRF=66;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426527;STB=0.759355;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00438635;OID=.;OPOS=45267313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:100:99:26:26:0.208:18:8:66:34:18:8:65:34 chr5 45353250 . G T 71.84 PASS AF=0.193548;AO=11;DP=61;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0396217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9198;QD=4.63515;RBI=0.0499317;REFB=-0.00736067;REVB=-0.0303858;RO=50;SAF=4;SAR=7;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170539;STB=0.63713;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0386325;OID=.;OPOS=45353250;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:61:62:50:50:11:12:0.193548:7:4:25:25:8:4:25:25 chr5 45645373 . G A 92.86 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0251037;FXX=0.0645057;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8356;QD=6.40386;RBI=0.0264012;REFB=0.00351784;REVB=-0.00817485;RO=45;SAF=3;SAR=11;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384521;STB=0.773471;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.032436;OID=.;OPOS=45645373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:61:58:45:44:14:14:0.241379:11:3:23:22:11:3:25:19 chr5 50053015 . G A 840.98 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00971831;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.842;QD=57.9987;RBI=0.0099874;REFB=0;REVB=-0.00230274;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139789;OID=.;OPOS=50053015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:38:20:0:0:38:20:0:0 chr5 50057729 . G T 536.32 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00893207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.993;QD=55.0073;RBI=0.0140959;REFB=-0.0840854;REVB=-0.0109046;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301944;STB=0.505019;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00532207;OID=.;OPOS=50057729;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:1:2:37:37:0.948718:15:22:0:1:15:22:1:1 chr5 50685505 . A G 262.0 PASS AF=0.585366;AO=23;DP=40;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00825094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.427;QD=25.561;RBI=0.0383848;REFB=-0.0176152;REVB=-0.0374875;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624999;STB=0.541366;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0123953;OID=.;OPOS=50685505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:17:17:23:24:0.585366:9:14:9:8:9:15:9:8 chr5 52087584 . T TCA 418.64 PASS AF=1;AO=29;DP=34;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00918157;FXX=0.0644953;HRUN=0;LEN=2;MLLD=315.356;QD=57.7441;RBI=0.0107416;REFB=0;REVB=0.00557495;RO=4;SAF=6;SAR=23;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230099;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-7.93724e-06;OID=.;OPOS=52087585;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:34:29:29:0:6:23:0:0:4:4:6:23:4:0 chr5 52096889 . C A 1573.46 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0282763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.452;QD=58.8211;RBI=0.0382032;REFB=-0.0509917;REVB=0.0256892;RO=1;SAF=49;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958731;STB=0.50505;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00109342;OID=.;OPOS=52096889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:57:49:1:0:57:49:1:0 chr5 52193287 . C T 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0225355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8847;QD=14.7937;RBI=0.0233987;REFB=-0.0337894;REVB=-0.00629681;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982302;STB=0.556898;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.026327;OID=.;OPOS=52193287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:7:11:14:13:7:11:14:13 chr5 52248291 . T C 238.6 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00304545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.657;QD=16.1764;RBI=0.0166056;REFB=-0.00885711;REVB=0.0163239;RO=32;SAF=16;SAR=10;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426008;STB=0.515592;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00958861;OID=.;OPOS=52248291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:32:26:27:0.457627:10:16:21:11:10:17:21:11 chr5 52347369 . C T 400.18 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.0176243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6376;QD=18.6131;RBI=0.0227504;REFB=-0.0203343;REVB=-0.0143863;RO=44;SAF=14;SAR=27;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730848;STB=0.531175;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0105743;OID=.;OPOS=52347369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:45:41:41:0.476744:27:14:12:32:27:14:13:32 chr5 52351413 . G A 919.05 PASS AF=0.542683;AO=84;DP=159;FAO=89;FDP=164;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.0204202;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.666;QD=22.4159;RBI=0.0452729;REFB=0.00132807;REVB=0.0404061;RO=48;SAF=37;SAR=47;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110114;STB=0.510454;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00322161;OID=.;OPOS=52351413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:164:48:73:84:89:0.542683:47:37:29:19:52:37:32:41 chr5 52379277 . C T 396.44 PASS AF=0.379032;AO=47;DP=124;FAO=47;FDP=124;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.0364839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.037;QD=12.7883;RBI=0.0415384;REFB=-0.00505478;REVB=-0.0198586;RO=77;SAF=28;SAR=19;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182073;STB=0.603446;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.012346;OID=.;OPOS=52379277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:77:77:47:47:0.379032:19:28:33:44:19:28:33:44 chr5 52386351 . C T 141.33 PASS AF=0.238636;AO=21;DP=88;FAO=21;FDP=88;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0137125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.407;QD=6.42424;RBI=0.0542869;REFB=-0.00440912;REVB=-0.0525266;RO=65;SAF=11;SAR=10;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095676;STB=0.557658;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00667432;OID=.;OPOS=52386351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:65:67:21:21:0.238636:10:11:29:36:10:11:30:37 chr5 52389428 . A G 86.31 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.106792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3257;QD=12.3302;RBI=0.112282;REFB=0.0347332;REVB=0.0346809;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2224;STB=0.632838;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0125723;OID=.;OPOS=52389428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:8:3:8:9:8:3:8:9 chr5 52389455 . A G 120.32 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00451719;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.527;QD=13.3691;RBI=0.00508669;REFB=-0.00280042;REVB=0.00233867;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23878;STB=0.640815;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00316307;OID=.;OPOS=52389455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:22:22:14:14:0.388889:10:4:11:11:10:4:11:11 chr5 52389811 . T TAAAG 92.41 PASS AF=0.352941;AO=10;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0496912;FXX=0;HRUN=4;LEN=4;MLLD=199.14;QD=10.8719;RBI=0.0498215;REFB=-0.00216259;REVB=-0.00360199;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627527;STB=0.58319;STBP=0.554;TYPE=ins;VARB=0.00355416;OID=.;OPOS=52389812;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:10:34:12:34:22:8:4:12:10:92:22:6:4:12:10 chr5 52390026 . A AATTATATAAACAACTTTGTAGGACT,T 68.41 PASS AF=0.175,0.075;AO=6,3;DP=51;FAO=7,3;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=1,3;FSAR=6,0;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0126282,-0.0123135;FXX=0.111086;HRUN=2,2;LEN=25,1;MLLD=806.437,538.042;QD=6.84122;RBI=0.0146921,0.0129842;REFB=-0.00224101,-0.00549593;REVB=-0.00750908,-0.00411886;RO=41;SAF=0,3;SAR=6,0;SRF=20;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.640426,0.506699;STB=0.784121,0.996783;STBP=0.127,0.031;TYPE=ins,snp;VARB=0.00985983,0.0128861;OID=.,.;OPOS=52390027,52390026;OREF=-,A;OALT=ATTATATAAACAACTTTGTAGGACT,T;OMAPALT=AATTATATAAACAACTTTGTAGGACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:51:40:41:30:6,3:7,3:0.175,0.075:6,0:0,3:20:21:6,0:1,3:13:17 chr5 52404352 . C A 179.34 PASS AF=0.252525;AO=25;DP=99;FAO=25;FDP=99;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.026129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.184;QD=7.24588;RBI=0.0261896;REFB=-0.000415663;REVB=-0.00178066;RO=74;SAF=11;SAR=14;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907335;STB=0.554972;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00118193;OID=.;OPOS=52404352;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:74:74:25:25:0.252525:14:11:38:36:14:11:38:36 chr5 52776644 . C T 40.27 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0090216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.19;QD=2.51709;RBI=0.0186056;REFB=-0.00148903;REVB=-0.0162721;RO=54;SAF=5;SAR=3;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172101;STB=0.63919;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0129007;OID=.;OPOS=52776644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:54:56:8:8:0.125:3:5:26:28:3:5:26:30 chr5 52856504 . G C 328.59 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0234099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4986;QD=18.0048;RBI=0.0442879;REFB=-0.0219396;REVB=0.0375952;RO=38;SAF=16;SAR=19;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040048;STB=0.522375;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0172276;OID=.;OPOS=52856504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:19:16:19:19:19:16:19:19 chr5 52942083 . A C 601.39 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0450066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.312;QD=58.6719;RBI=0.045565;REFB=-0.0893527;REVB=0.00711211;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517233;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000391467;OID=.;OPOS=52942083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:26:14:0:0:26:14:1:0 chr5 52942197 . A G 1550.78 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.128;QD=63.9497;RBI=0.0397503;REFB=0;REVB=0.0361583;RO=0;SAF=39;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50559e-05;OID=.;OPOS=52942197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:57:39:0:0:58:39:0:0 chr5 52979097 . G A 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0188814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.703;QD=19.0233;RBI=0.0189595;REFB=-0.026928;REVB=-0.00171934;RO=35;SAF=20;SAR=15;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797105;STB=0.544279;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0202097;OID=.;OPOS=52979097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:15:20:23:12:15:20:23:12 chr5 53344135 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.722;QD=56.7066;RBI=0.046698;REFB=0;REVB=0.0147641;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225476;OID=.;OPOS=53344135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:22:7:0:0:22:7:0:0 chr5 53606295 . T C 2460.72 PASS AF=0.993827;AO=161;DP=163;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0682424;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4152;QD=60.7585;RBI=0.0869838;REFB=-0.0176701;REVB=-0.0539366;RO=1;SAF=87;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0063867;STB=0.503355;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000147378;OID=.;OPOS=53606295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:162:1:1:161:161:0.993827:74:87:0:1:74:87:0:1 chr5 53751901 . G A 158.13 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00298421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.872;QD=9.88291;RBI=0.00329633;REFB=-0.00849603;REVB=0.0014001;RO=43;SAF=7;SAR=14;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353987;STB=0.706881;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.011876;OID=.;OPOS=53751901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:14:7:28:15:14:7:28:15 chr5 53751988 . T C 549.67 PASS AF=0.5;AO=57;DP=114;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.021384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.962;QD=19.2865;RBI=0.0238551;REFB=-0.0153021;REVB=0.0105732;RO=57;SAF=24;SAR=33;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484015;STB=0.526751;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0123308;OID=.;OPOS=53751988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:57:57:57:57:0.5:33:24:27:30:33:24:27:30 chr5 53815495 . A C 595.04 PASS AF=0.525862;AO=61;DP=116;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.011328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0766;QD=20.5186;RBI=0.0135697;REFB=-0.0288495;REVB=-0.00747081;RO=54;SAF=25;SAR=36;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624518;STB=0.530472;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0248443;OID=.;OPOS=53815495;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:54:55:61:61:0.525862:36:25:26:28:36:25:26:29 chr5 53815721 . G C 399.01 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00991232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.032;QD=18.3452;RBI=0.0276035;REFB=-0.0139927;REVB=-0.0257624;RO=46;SAF=27;SAR=14;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136719;STB=0.576474;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0143775;OID=.;OPOS=53815721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:14:27:24:22:14:27:24:22 chr5 53815758 . CTGTT C 71.96 PASS AF=0.173333;AO=13;DP=75;FAO=13;FDP=75;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0178036;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=223.336;QD=3.83787;RBI=0.0251851;REFB=-0.00625631;REVB=-0.0178136;RO=62;SAF=7;SAR=6;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032873;STB=0.521706;STBP=0.884;TYPE=del;VARB=0.0263325;OID=.;OPOS=53815759;OREF=TGTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.173333:13:75:13:75:62:7:6:35:27:71:62:7:6:35:27 chr5 53815918 . A C 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00785075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.587;QD=16.4807;RBI=0.0113164;REFB=-0.00440626;REVB=-0.00815018;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675074;STB=0.548875;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00538132;OID=.;OPOS=53815918;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:25:19:19:0.431818:9:10:10:12:9:10:11:14 chr5 53816323 . C G 271.15 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0141454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.097;QD=30.1276;RBI=0.0633802;REFB=-0.0198794;REVB=-0.0617815;RO=11;SAF=18;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824285;STB=0.568905;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0159458;OID=.;OPOS=53816323;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:36:11:12:24:24:0.666667:6:18:7:4:6:18:7:5 chr5 53816341 . G A 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.0258739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.929;QD=3.07319;RBI=0.0455649;REFB=-0.00745077;REVB=-0.037506;RO=33;SAF=2;SAR=4;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447209;STB=0.804755;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0552906;OID=.;OPOS=53816341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:33:37:6:6:0.139535:4:2:24:9:4:2:27:10 chr5 53816782 . T C 301.97 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0122886;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=131.633;QD=14.7304;RBI=0.0145412;REFB=-0.0133731;REVB=-0.00777407;RO=45;SAF=13;SAR=21;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132447;STB=0.570443;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0115292;OID=.;OPOS=53816782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:45:48:34:34:0.414634:21:13:23:22:21:13:24:24 chr5 53840239 . GA AA,G,TG 130.69 PASS AF=0,0.549296,0;AO=3,26,3;DP=70;FAO=0,39,0;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=0,21,0;FSAR=0,18,0;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00926344,0.0364851,0.0200235;FXX=0;HRUN=1,8,1;LEN=1,1,2;MLLD=58.6528,7.45228,10.9813;QD=7.36277;RBI=0.0961538,0.115753,0.0422619;REFB=-0.00109294,-0.00143917,0.00110306;REVB=-0.0957066,0.109852,0.0372172;RO=31;SAF=2,15,3;SAR=1,11,0;SRF=11;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.313795,0.211353,0.609902;STB=0.5,0.545431,0.5;STBP=1,0.43,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.0453905,0;OID=.,.,.;OPOS=53840239,53840240,53840239;OREF=G,A,GA;OALT=A,-,TG;OMAPALT=AA,G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:85:70:71:31:32:3,26,3:0,39,0:0,0.549296,0:1,11,0:2,15,3:11:20:0,18,0:0,21,0:14:18 chr5 54252345 . T C 678.1 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457114;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.833;QD=63.0793;RBI=0.0580762;REFB=0;REVB=0.0358234;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360976;OID=.;OPOS=54252345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr5 54253555 . A G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0431147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5438;QD=61.3351;RBI=0.045679;REFB=0;REVB=-0.0150895;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00095101;OID=.;OPOS=54253555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr5 54253581 . A G 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0209974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.564;QD=54.8228;RBI=0.0277525;REFB=-0.0453238;REVB=0.018147;RO=1;SAF=33;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140538;STB=0.50746;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.000688506;OID=.;OPOS=54253581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:17:33:1:0:17:33:1:0 chr5 54281336 . C T 193.94 PASS AF=0.23622;AO=30;DP=127;FAO=30;FDP=127;FR=.;FRO=97;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=-0.0268577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.125;QD=6.10843;RBI=0.0280361;REFB=-0.00396939;REVB=0.00804288;RO=97;SAF=10;SAR=20;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243726;STB=0.648836;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.010344;OID=.;OPOS=54281336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:97:97:30:30:0.23622:20:10:51:46:20:10:51:46 chr5 54403957 . T C 719.25 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128021;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.7;QD=62.5438;RBI=0.060462;REFB=0;REVB=0.0590911;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438063;OID=.;OPOS=54403957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:19:26:0:0:20:26:0:0 chr5 54404015 . C T 1326.61 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327109;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5121;QD=62.4286;RBI=0.0369285;REFB=0;REVB=0.0171378;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260743;OID=.;OPOS=54404015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:42:43:0:0:42:43:0:0 chr5 54410120 . A C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0952;QD=57.1764;RBI=0.0142567;REFB=0;REVB=0.00151829;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119006;OID=.;OPOS=54410120;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr5 54433393 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.233;QD=63.2868;RBI=0.0155668;REFB=0;REVB=-0.003524;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08868e-05;OID=.;OPOS=54433393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr5 54439466 . G A 1201.5 PASS AF=0.975904;AO=80;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.013942;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.711;QD=57.9035;RBI=0.015279;REFB=-0.118202;REVB=0.00625031;RO=3;SAF=37;SAR=43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368479;STB=0.512817;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00077742;OID=.;OPOS=54439466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:83:83:3:2:80:81:0.975904:43:37:3:0:43:38:2:0 chr5 54459961 . A G 1126.55 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0116239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7679;QD=57.7717;RBI=0.05945;REFB=0.0443903;REVB=-0.0583026;RO=2;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210228;STB=0.511108;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.0130113;OID=.;OPOS=54459961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:44:32:0:2:44:32:0:2 chr5 54468124 . A T 1587.78 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7123;QD=64.1527;RBI=0.0259035;REFB=0;REVB=0.000781649;RO=0;SAF=46;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.35161e-05;OID=.;OPOS=54468124;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:53:46:0:0:53:46:0:0 chr5 54516521 . G A 1540.54 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.661;QD=59.8267;RBI=0.0433202;REFB=0;REVB=0.0412081;RO=0;SAF=46;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01676e-05;OID=.;OPOS=54516521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:57:46:0:0:57:46:0:0 chr5 54566257 . A T 542.01 PASS AF=0.311404;AO=71;DP=228;FAO=71;FDP=228;FR=.;FRO=157;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=67;FSRR=90;FWDB=0.0486086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7299;QD=9.50902;RBI=0.057926;REFB=-0.0052534;REVB=0.0315059;RO=156;SAF=27;SAR=44;SRF=67;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608677;STB=0.533393;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0125103;OID=.;OPOS=54566257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:156:157:71:71:0.311404:44:27:67:89:44:27:67:90 chr5 54830380 . A G 331.04 PASS AF=1;AO=22;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.0584;QD=49.043;RBI=0.10689;REFB=0;REVB=0.0899453;RO=0;SAF=19;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00357516;OID=.;OPOS=54830380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:22:27:1:3:19:0:0:4:23:0:0 chr5 54960609 . A G 2344.26 PASS AF=0.969512;AO=158;DP=164;FAO=159;FDP=164;FR=.;FRO=5;FSAF=70;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0142181;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.249;QD=57.177;RBI=0.0219415;REFB=-0.00591204;REVB=0.0167115;RO=3;SAF=70;SAR=88;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00394123;STB=0.501245;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.000120055;OID=.;OPOS=54960609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:164:164:3:5:158:159:0.969512:88:70:1:2:89:70:2:3 chr5 54960673 . C G 1116.4 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.631;QD=60.3462;RBI=0.0227723;REFB=0;REVB=-0.0136236;RO=0;SAF=21;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66544e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98429e-05;OID=.;OPOS=54960673;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:53:21:0:0:53:21:0:0 chr5 54960687 . C T 914.06 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.492;QD=58.0355;RBI=0.0282451;REFB=0;REVB=0.00476126;RO=0;SAF=16;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50785e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03935e-05;OID=.;OPOS=54960687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:46:16:0:0:46:17:0:0 chr5 54990005 . C T 512.09 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00368118;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.962;QD=56.8994;RBI=0.0237423;REFB=-0.0557534;REVB=0.0234552;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.509798;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-2.16401e-05;OID=.;OPOS=54990005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:36:0:1:35:35:0.972222:25:10:0:0:25:10:0:1 chr5 55110772 . C T 267.43 PASS AF=0.253165;AO=38;DP=156;FAO=40;FDP=158;FR=.;FRO=118;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=75;FSRR=43;FWDB=-0.0197856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6217;QD=6.77031;RBI=0.0200178;REFB=-0.0105326;REVB=0.00303989;RO=118;SAF=20;SAR=18;SRF=75;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139303;STB=0.601217;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0316503;OID=.;OPOS=55110772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:118:118:38:40:0.253165:18:20:75:43:20:20:75:43 chr5 55149407 . T C 2005.37 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.251;QD=62.1821;RBI=0.0227106;REFB=0;REVB=0.00347867;RO=0;SAF=64;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00369e-05;OID=.;OPOS=55149407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:128:129:1:64:64:0:0:64:65:0:0 chr5 55155402 . C T 1084.35 PASS AF=0.95;AO=75;DP=80;FAO=76;FDP=80;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0960195;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.5949;QD=54.2177;RBI=0.0998198;REFB=-0.128292;REVB=0.0272807;RO=4;SAF=38;SAR=37;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472382;STB=0.524384;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0139521;OID=.;OPOS=55155402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:80:80:4:4:75:76:0.95:37:38:4:0:37:39:4:0 chr5 55206444 . G A 521.2 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0228518;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2843;QD=18.2877;RBI=0.0243406;REFB=-0.0106125;REVB=-0.00838226;RO=60;SAF=27;SAR=28;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00712634;STB=0.508455;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.02021;OID=.;OPOS=55206444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:60:59:55:55:0.482456:28:27:29:31:28:27:28:31 chr5 55246001 . A G 577.02 PASS AF=0.97619;AO=37;DP=39;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00815833;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.3169;QD=54.9545;RBI=0.0647709;REFB=-0.142559;REVB=0.064255;RO=1;SAF=10;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445302;STB=0.51999;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0151621;OID=.;OPOS=55246001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:42:1:1:37:41:0.97619:27:10:1:0:29:12:1:0 chr5 55406952 . T C 755.8 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247322;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.105;QD=57.0418;RBI=0.0489882;REFB=0;REVB=0.0422866;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159711;OID=.;OPOS=55406952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr5 55407542 . C T 99.27 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.105551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.665;QD=14.7069;RBI=0.109853;REFB=-0.0220149;REVB=-0.0304426;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197057;STB=0.615187;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0136454;OID=.;OPOS=55407542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:8:4:8:7:8:4:8:7 chr5 55422841 . T C 239.73 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00599568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.241;QD=11.9864;RBI=0.00957833;REFB=3.17084e-05;REVB=0.00746969;RO=50;SAF=18;SAR=11;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178066;STB=0.608771;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=5.12245e-06;OID=.;OPOS=55422841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:51:29:29:0.3625:11:18:23:27:11:18:23:28 chr5 56242774 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.238;QD=57.2376;RBI=0.0166614;REFB=0;REVB=-0.002496;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21167e-05;OID=.;OPOS=56242774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr5 56526565 . G T 1192.02 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414598;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.562;QD=61.129;RBI=0.0476955;REFB=0;REVB=0.0235785;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32472e-05;OID=.;OPOS=56526565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:78:0:0:71:78:1:32:39:0:0:35:43:0:0 chr5 56526783 . G A 1286.52 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0271266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.97;QD=59.8382;RBI=0.0290564;REFB=-0.0285809;REVB=0.0104126;RO=2;SAF=42;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220196;STB=0.505746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0002777;OID=.;OPOS=56526783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:2:1:84:85:0.988372:42:42:2:0:42:43:1:0 chr5 57750267 . A C 1497.52 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.16;QD=61.7533;RBI=0.0142962;REFB=-0.103682;REVB=0.00941577;RO=1;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106552;STB=0.505493;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0013583;OID=.;OPOS=57750267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:95:96:0.989691:44:51:0:1:45:51:0:1 chr5 57750350 . C G 1469.39 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.682;QD=63.1996;RBI=0.01698;REFB=0;REVB=0.0113842;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08337e-05;OID=.;OPOS=57750350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:49:42:0:0:50:43:0:0 chr5 57754004 . C T 205.58 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0116243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.742;QD=15.8141;RBI=0.0161294;REFB=-0.0257965;REVB=0.0111817;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131848;STB=0.583954;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0129662;OID=.;OPOS=57754004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:28:29:23:23:0.442308:13:10:16:12:13:10:17:12 chr5 57754132 . G C 538.42 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00414488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.032;QD=59.8248;RBI=0.00454276;REFB=0;REVB=-0.0018592;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54309e-05;OID=.;OPOS=57754132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr5 57754808 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7953;QD=57.7124;RBI=0.0321312;REFB=0;REVB=-0.0274878;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000325817;OID=.;OPOS=57754808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr5 57755558 . TG T 66.37 PASS AF=0.625;AO=9;DP=17;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0141112;FXX=0.0587889;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.6869;QD=16.5927;RBI=0.0728776;REFB=-0.0997351;REVB=0.0714984;RO=7;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477578;STB=0.699599;STBP=0.068;TYPE=del;VARB=0.0841829;OID=.;OPOS=57755559;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:9:17:10:16:6:7:3:1:5:30:7:7:2:1:6 chr5 57755703 . C T 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0665833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.865;QD=24.0734;RBI=0.0689085;REFB=-0.0329699;REVB=0.0177495;RO=7;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11111;STB=0.562406;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0101248;OID=.;OPOS=57755703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:7:6:2:5:7:6:2:5 chr5 57792504 . G A 206.06 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0614499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1416;QD=16.8211;RBI=0.0680541;REFB=-0.00439211;REVB=0.0292449;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023807;STB=0.513606;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00479838;OID=.;OPOS=57792504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:10:11:14:14:10:11:14:14 chr5 57825920 . A G 137.86 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00509244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.655;QD=19.6949;RBI=0.0211291;REFB=0.00102399;REVB=0.0205063;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112427;STB=0.564015;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000300935;OID=.;OPOS=57825920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:10:5:6:7:10:5:6:7 chr5 58267557 . C T 1956.22 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=130;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00745123;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4408;QD=61.1319;RBI=0.011354;REFB=0.0351334;REVB=0.00856698;RO=1;SAF=66;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0071454;STB=0.503759;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000214689;OID=.;OPOS=58267557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:130:128:1:1:126:127:0.992188:60:66:1:0:61:66:1:0 chr5 58267723 . A C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.397;QD=40.7629;RBI=0.0209339;REFB=0;REVB=-0.0180764;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188014;OID=.;OPOS=58267723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr5 59984897 . A T 1233.01 PASS AF=0.976471;AO=82;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0234134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.53;QD=58.0239;RBI=0.0234201;REFB=-0.179834;REVB=0.000560407;RO=2;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242698;STB=0.512817;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000481805;OID=.;OPOS=59984897;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:82:83:0.976471:38:44:0:2:38:45:0:2 chr5 60241142 . G A 1301.24 PASS AF=1;AO=69;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0395371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8002;QD=61.9638;RBI=0.180886;REFB=0;REVB=0.176512;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123528;OID=.;OPOS=60241142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:69:84:1:35:34:0:0:50:34:0:0 chr5 60999701 . T C 437.6 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.00772167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.413;QD=15.6286;RBI=0.0226054;REFB=-0.0246834;REVB=-0.0212457;RO=62;SAF=28;SAR=21;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878905;STB=0.544969;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0266879;OID=.;OPOS=60999701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:62:63:49:49:0.4375:21:28:30:32:21:28:31:32 chr5 61645870 . A G 817.71 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.063;QD=57.3834;RBI=0.042889;REFB=0;REVB=0.0302907;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187254;OID=.;OPOS=61645870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:25:31:0:0:26:31:0:0 chr5 61681386 . G A 111.44 PASS AF=0.170732;AO=21;DP=121;FAO=21;FDP=123;FR=.;FRO=102;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=58;FSRR=44;FWDB=-0.0273417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.264;QD=3.62396;RBI=0.0301836;REFB=-0.00327027;REVB=0.0127858;RO=100;SAF=9;SAR=12;SRF=56;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165876;STB=0.614572;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0152775;OID=.;OPOS=61681386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:100:102:21:21:0.170732:12:9:56:44:12:9:58:44 chr5 61694379 . T C 834.32 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.664;QD=57.5391;RBI=0.0220736;REFB=0;REVB=0.017411;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47844e-05;OID=.;OPOS=61694379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr5 61697859 . C T 610.5 PASS AF=0.953488;AO=35;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0173515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.459;QD=56.7906;RBI=0.0353194;REFB=-0.121099;REVB=0.0307633;RO=2;SAF=14;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622358;STB=0.524988;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.000972799;OID=.;OPOS=61697859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:35:41:0.953488:21:14:2:0:22:19:2:0 chr5 61772591 . T C 1091.15 PASS AF=0.816327;AO=63;DP=95;FAO=80;FDP=98;FR=.;FRO=18;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0194855;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=103.126;QD=44.5366;RBI=0.0225993;REFB=0.00539677;REVB=0.0114474;RO=2;SAF=33;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277594;STB=0.5046;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.000216893;OID=.;OPOS=61772591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:2:18:63:80:0.816327:30:33:2:0:42:38:9:9 chr5 61847073 . G C 1105.84 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0083871;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.588;QD=58.9779;RBI=0.0509102;REFB=-0.119084;REVB=0.0502146;RO=1;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00995914;STB=0.505153;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00181405;OID=.;OPOS=61847073;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:73:74:0.986667:47:26:0:1:48:26:0:1 chr5 63905068 . A G 493.62 PASS AF=0.384106;AO=57;DP=151;FAO=58;FDP=151;FR=.;FRO=93;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=58;FSRR=35;FWDB=-0.0126577;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5592;QD=13.0761;RBI=0.0314003;REFB=-0.00605461;REVB=-0.0287361;RO=92;SAF=21;SAR=36;SRF=57;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270812;STB=0.659021;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00909049;OID=.;OPOS=63905068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:92:93:57:58:0.384106:36:21:57:35:37:21:58:35 chr5 64070617 . A AAATTATGAC 50.0 PASS AO=85;DP=137;LEN=9;RO=52;SAF=40;SAR=57;SRF=24;SRR=16;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=64070618;OREF=-;OALT=AATTATGAC;OMAPALT=AAATTATGAC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:137:52:85:57:40:24:16 chr5 64097145 . C G 1271.95 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0390216;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.343;QD=60.5692;RBI=0.0413472;REFB=0.0578118;REVB=0.0136714;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.505617;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000446074;OID=.;OPOS=64097145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:83:83:0.988095:39:44:0:0:39:44:1:0 chr5 64267595 . T C 607.83 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00443018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.618;QD=57.8887;RBI=0.0696517;REFB=-0.10263;REVB=0.0695107;RO=1;SAF=26;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176923;STB=0.509429;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000772504;OID=.;OPOS=64267595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:42:1:1:39:41:0.97619:13:26:1:0:15:26:1:0 chr5 64925553 . T A 305.86 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00516327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.374;QD=17.731;RBI=0.00527242;REFB=-0.00496063;REVB=-0.00106727;RO=36;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899286;STB=0.550234;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00556851;OID=.;OPOS=64925553;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:16:17:22:14:16:17:22:14 chr5 64926315 . G A 340.81 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00143822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.712;QD=20.6549;RBI=0.0024191;REFB=-0.00398525;REVB=-0.00194515;RO=31;SAF=24;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693582;STB=0.538514;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00362792;OID=.;OPOS=64926315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:11:24:19:12:11:24:19:12 chr5 64926553 . G C 344.63 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0775317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4433;QD=21.8815;RBI=0.0807375;REFB=0.0190108;REVB=0.0225253;RO=28;SAF=25;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247353;STB=0.637173;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0132407;OID=.;OPOS=64926553;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:10:25:12:16:10:25:12:16 chr5 65108215 . A G 549.65 PASS AF=0.5;AO=57;DP=114;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0088736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.785;QD=19.2859;RBI=0.0126268;REFB=-0.0076358;REVB=-0.00898309;RO=57;SAF=26;SAR=31;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159707;STB=0.508823;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00731407;OID=.;OPOS=65108215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:57:57:57:57:0.5:31:26:27:30:31:26:27:30 chr5 65317181 . C T 727.94 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.706;QD=57.0933;RBI=0.0394921;REFB=0;REVB=-0.0370406;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.87904e-05;OID=.;OPOS=65317181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:26:24:0:0:26:25:0:0 chr5 66166614 . G A 142.6 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.021375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.378;QD=14.2602;RBI=0.0522674;REFB=0.00255262;REVB=-0.0476969;RO=24;SAF=13;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253676;STB=0.64979;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00385784;OID=.;OPOS=66166614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:3:13:15:9:3:13:15:9 chr5 66283374 . C T 790.61 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.243;QD=56.4718;RBI=0.046849;REFB=0;REVB=0.033651;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83685e-05;OID=.;OPOS=66283374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:32:23:0:0:33:23:0:0 chr5 66459878 . G C 200.38 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0506687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9157;QD=28.6252;RBI=0.0562835;REFB=-0.0497235;REVB=0.0245053;RO=9;SAF=14;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311786;STB=0.517224;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0223383;OID=.;OPOS=66459878;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:5:14:7:2:5:14:7:2 chr5 66480004 . T C 754.13 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7696;QD=56.9156;RBI=0.0274766;REFB=0;REVB=0.00725354;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017622;OID=.;OPOS=66480004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr5 67494070 . A T 1517.56 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00683321;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3268;QD=62.5798;RBI=0.0731701;REFB=-0.0259889;REVB=0.0728504;RO=1;SAF=52;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903306;STB=0.504761;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00272409;OID=.;OPOS=67494070;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:44:52:1:0:44:52:1:0 chr5 67522722 . C T 1415.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00132777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.611;QD=62.9075;RBI=0.0262078;REFB=0;REVB=-0.0261742;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.20864e-05;OID=.;OPOS=67522722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:40:50:0:0:40:50:0:0 chr5 67589188 . C T 318.52 PASS AF=0.4;AO=32;DP=86;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.00217354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.182;QD=14.1564;RBI=0.004534;REFB=-0.00617692;REVB=0.00397905;RO=54;SAF=11;SAR=21;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309049;STB=0.659059;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.011371;OID=.;OPOS=67589188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:90:54:54:32:36:0.4:21:11:34:20:23:13:34:20 chr5 67596933 . C T 228.89 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0316067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.074;QD=16.0624;RBI=0.0337921;REFB=-0.0320137;REVB=-0.0119548;RO=29;SAF=18;SAR=8;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400045;STB=0.509427;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0405973;OID=.;OPOS=67596933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:29:31:26:26:0.45614:8:18:19:10:8:18:21:10 chr5 68266553 . A T 205.85 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0217973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.16;QD=23.5261;RBI=0.0372944;REFB=-0.0119035;REVB=0.0302613;RO=15;SAF=5;SAR=15;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168476;STB=0.509424;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00835259;OID=.;OPOS=68266553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:15:5:4:11:15:5:4:11 chr5 68396694 . C T 137.86 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0130438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.515;QD=10.0263;RBI=0.0146232;REFB=-0.0163681;REVB=0.00661039;RO=37;SAF=11;SAR=7;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512983;STB=0.530364;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0496931;OID=.;OPOS=68396694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:7:11:21:16:7:11:21:16 chr5 68417643 . C T 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.0306731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.501;QD=13.7478;RBI=0.0381588;REFB=-0.00950307;REVB=0.0226992;RO=32;SAF=6;SAR=16;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118872;STB=0.567511;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0143601;OID=.;OPOS=68417643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:16:6:6:26:16:6:6:26 chr5 68419054 . A T 198.35 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0124135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.179;QD=13.2236;RBI=0.0515469;REFB=0.0010555;REVB=-0.0500299;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101927;STB=0.550519;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00199142;OID=.;OPOS=68419054;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:36:24:24:0.4:10:14:17:18:10:14:18:18 chr5 68524133 . A G 327.91 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0143693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.377;QD=20.4946;RBI=0.016205;REFB=-0.00486308;REVB=0.00749159;RO=30;SAF=18;SAR=16;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00332685;STB=0.501844;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00287201;OID=.;OPOS=68524133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:16:18:16:14:16:18:16:14 chr5 68525027 . C T 207.73 PASS AF=0.403226;AO=27;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0108646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5885;QD=13.4021;RBI=0.025708;REFB=0.011816;REVB=-0.0232994;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00325867;STB=0.544712;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.0303293;OID=.;OPOS=68525027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:37:27:25:0.403226:12:15:19:15:12:13:22:15 chr5 68531253 . C T 321.97 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00383378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.083;QD=13.9987;RBI=0.028154;REFB=0.00116483;REVB=-0.0278917;RO=55;SAF=13;SAR=23;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198651;STB=0.60818;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00203112;OID=.;OPOS=68531253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:56:36:36:0.391304:23:13:30:25:23:13:30:26 chr5 68546706 . A G 238.14 PASS AF=0.405797;AO=29;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0127173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.487;QD=13.8051;RBI=0.0198562;REFB=-0.0093941;REVB=-0.0152492;RO=40;SAF=18;SAR=11;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222725;STB=0.501628;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0271308;OID=.;OPOS=68546706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:41:29:28:0.405797:11:18:24:16:11:17:25:16 chr5 68551507 . T G 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.039903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3341;QD=23.2355;RBI=0.0409114;REFB=0.0223598;REVB=-0.0090275;RO=11;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893454;STB=0.523783;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00434249;OID=.;OPOS=68551507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:11:13:18:18:0.580645:12:6:5:6:12:6:5:8 chr5 68609885 . G T 268.7 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0137057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.297;QD=22.3917;RBI=0.0179062;REFB=-0.0122615;REVB=-0.0115232;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548052;STB=0.540733;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0119094;OID=.;OPOS=68609885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:23:25:25:0.520833:12:13:10:12:12:13:10:13 chr5 68688608 . T C 263.53 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0177114;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2227;QD=19.521;RBI=0.0177842;REFB=0.0449439;REVB=-0.0016074;RO=27;SAF=10;SAR=18;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594376;STB=0.547305;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.0415025;OID=.;OPOS=68688608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:27:26:28:28:0.518519:18:10:8:19:18:10:7:19 chr5 68695940 . T G 549.32 PASS AF=0.548387;AO=49;DP=92;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0138445;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8762;QD=23.6265;RBI=0.0170747;REFB=-0.011028;REVB=0.00999369;RO=42;SAF=24;SAR=25;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714907;STB=0.54735;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0125073;OID=.;OPOS=68695940;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:42:42:49:51:0.548387:25:24:17:25:25:26:17:25 chr5 68720419 . T G 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0208416;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.042;QD=9.8303;RBI=0.0208746;REFB=-0.00099467;REVB=0.00117276;RO=26;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950042;STB=0.557426;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00230724;OID=.;OPOS=68720419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:5:7:13:13:5:7:13:13 chr5 68728492 . G A 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00822156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.299;QD=10.5421;RBI=0.00857947;REFB=-0.00813116;REVB=0.0024522;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237364;STB=0.51426;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0232445;OID=.;OPOS=68728492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:5:6:11:10:5:6:11:10 chr5 68775065 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.608;QD=46.848;RBI=0.0365348;REFB=0;REVB=0.0348961;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191884;OID=.;OPOS=68775065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr5 70308251 . C T 1026.97 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.884;QD=59.5342;RBI=0.0171261;REFB=0;REVB=-0.00252663;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72627e-05;OID=.;OPOS=70308251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:32:36:0:0:33:36:0:0 chr5 70751818 . T G 1589.02 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00553946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1937;QD=59.9631;RBI=0.0225548;REFB=0;REVB=0.021864;RO=0;SAF=49;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64455e-05;OID=.;OPOS=70751818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:57:49:0:0:57:49:0:0 chr5 70798460 . C T 97.96 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0107016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.03;QD=7.12421;RBI=0.0187393;REFB=-0.00764137;REVB=-0.015383;RO=40;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151238;STB=0.599863;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0302646;OID=.;OPOS=70798460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:40:41:14:14:0.254545:7:7:15:25:7:7:15:26 chr5 70800475 . C T 465.06 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0319892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.91;QD=19.5816;RBI=0.032406;REFB=-0.00720858;REVB=-0.00518085;RO=49;SAF=22;SAR=24;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863147;STB=0.547924;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00636557;OID=.;OPOS=70800475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:24:22:28:21:24:22:28:21 chr5 70800538 . G A 432.15 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00810943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.845;QD=17.8205;RBI=0.0133177;REFB=-0.00667295;REVB=-0.010564;RO=53;SAF=27;SAR=17;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122649;STB=0.568662;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0107098;OID=.;OPOS=70800538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:17:27:26:27:17:27:26:27 chr5 70805429 . T G 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00561817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.565;QD=13.5805;RBI=0.0483224;REFB=-0.00598133;REVB=-0.0479947;RO=28;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209137;STB=0.512181;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0135514;OID=.;OPOS=70805429;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:7:10:17:11:7:10:17:11 chr5 70806457 . G A 88.69 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0118015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.605;QD=14.7818;RBI=0.0394394;REFB=-0.0405526;REVB=-0.0376323;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777652;STB=0.545372;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0558969;OID=.;OPOS=70806457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:7:6:6:5:7:6 chr5 70806711 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9711;QD=45.8063;RBI=0.0284465;REFB=0;REVB=-0.0238283;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00036361;OID=.;OPOS=70806711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr5 70806958 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.994;QD=63.8717;RBI=0.0378804;REFB=0;REVB=-0.00419349;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166314;OID=.;OPOS=70806958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:33:15:0:0:33:15:0:0 chr5 70809169 . A G 507.14 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.000336636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.568;QD=23.0519;RBI=0.0140508;REFB=-0.0104328;REVB=0.0140467;RO=39;SAF=20;SAR=28;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584842;STB=0.538445;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00931903;OID=.;OPOS=70809169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:40:48:48:0.545455:28:20:19:20:28:20:20:20 chr5 70834926 . T C 140.1 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00659866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.898;QD=12.7366;RBI=0.0271408;REFB=-0.00692777;REVB=0.0263265;RO=28;SAF=7;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153937;STB=0.606611;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00446232;OID=.;OPOS=70834926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:15:16:0.363636:8:7:17:11:9:7:17:11 chr5 70837295 . A C 759.19 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0773209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6553;QD=53.2764;RBI=0.0838458;REFB=-0.149467;REVB=0.0324281;RO=2;SAF=28;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000601097;STB=0.500319;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00487924;OID=.;OPOS=70837295;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:27:28:1:1:27:28:1:1 chr5 70840233 . C T 492.7 PASS AF=0.505263;AO=47;DP=94;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0127141;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0944;QD=20.7452;RBI=0.0170084;REFB=-0.00370957;REVB=-0.0112976;RO=46;SAF=23;SAR=24;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289228;STB=0.515571;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00333253;OID=.;OPOS=70840233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:46:47:47:48:0.505263:24:23:24:22:25:23:24:23 chr5 70849021 . G T 218.94 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0186291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.455;QD=11.677;RBI=0.0278136;REFB=-0.0167082;REVB=-0.0206531;RO=47;SAF=9;SAR=18;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10893;STB=0.557648;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0260679;OID=.;OPOS=70849021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:48:27:27:0.36:18:9:20:27:18:9:20:28 chr5 70858194 . C T 483.56 PASS AF=0.49505;AO=49;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.044623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3213;QD=19.1507;RBI=0.0485159;REFB=-0.0159158;REVB=-0.0190415;RO=51;SAF=24;SAR=25;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176768;STB=0.50476;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0136516;OID=.;OPOS=70858194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:51:49:50:0.49505:25:24:24:27:26:24:24:27 chr5 70932002 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.238;QD=58.1417;RBI=0.035902;REFB=0;REVB=-0.0322763;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148391;OID=.;OPOS=70932002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr5 70945075 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.997;QD=56.7063;RBI=0.0606322;REFB=0;REVB=0.0400576;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558043;OID=.;OPOS=70945075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr5 71146757 . T C 672.69 PASS AF=0.854839;AO=53;DP=62;FAO=53;FDP=62;FR=.;FRO=9;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-2.82945e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6589;QD=43.3992;RBI=0.0133995;REFB=-0.00767127;REVB=-0.0133995;RO=9;SAF=32;SAR=21;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017937;STB=0.509575;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00162376;OID=.;OPOS=71146757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:9:9:53:53:0.854839:21:32:6:3:21:32:6:3 chr5 71146882 . T C 2302.39 PASS AF=0.909605;AO=161;DP=178;FAO=161;FDP=177;FR=.;FRO=16;FSAF=94;FSAR=67;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0113517;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.46;QD=52.0314;RBI=0.0181173;REFB=-0.0366922;REVB=0.01412;RO=16;SAF=95;SAR=66;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158998;STB=0.507778;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00171388;OID=.;OPOS=71146882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:178:177:16:16:161:161:0.909605:66:95:8:8:67:94:8:8 chr5 71146889 . A G 2167.0 PASS AF=0.905882;AO=152;DP=169;FAO=154;FDP=170;FR=.;FRO=16;FSAF=93;FSAR=61;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00611826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.369;QD=50.9883;RBI=0.0185139;REFB=-0.0358619;REVB=0.0174737;RO=16;SAF=92;SAR=60;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019783;STB=0.510175;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00199624;OID=.;OPOS=71146889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:169:170:16:16:152:154:0.905882:60:92:8:8:61:93:8:8 chr5 71490962 . A G 670.71 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7731;QD=62.392;RBI=0.0329174;REFB=0;REVB=0.0305228;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106848;OID=.;OPOS=71490962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:21:22:0:0 chr5 71495041 . T C 288.02 PASS AF=0.383721;AO=28;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.00434223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.448;QD=13.3964;RBI=0.0164006;REFB=-0.0404149;REVB=0.0158153;RO=40;SAF=17;SAR=11;SRF=33;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254398;STB=0.578267;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0313306;OID=.;OPOS=71495041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:53:28:33:0.383721:11:17:33:7:16:17:34:19 chr5 71616548 . A AT 97.36 PASS AF=0.268817;AO=24;DP=96;FAO=25;FDP=93;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.0635718;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.5936;QD=4.18747;RBI=0.108103;REFB=-0.0081601;REVB=0.0874345;RO=71;SAF=16;SAR=8;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134574;STB=0.540113;STBP=0.658;TYPE=ins;VARB=0.0306447;OID=.;OPOS=71616549;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.268817:24:96:25:93:68:16:9:40:28:97:71:16:8:40:31 chr5 71616625 . T TTTTA 95.48 PASS AF=0.307692;AO=10;DP=52;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0404824;FXX=0.0487686;HRUN=4;LEN=4;MLLD=212.017;QD=9.79238;RBI=0.0434782;REFB=-0.00732058;REVB=-0.0158596;RO=41;SAF=5;SAR=5;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448849;STB=0.506597;STBP=0.997;TYPE=ins;VARB=0.0157037;OID=.;OPOS=71616626;OREF=-;OALT=TTTA;OMAPALT=TTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:10:52:12:39:27:7:5:16:11:95:41:5:5:19:22 chr5 71756102 . G A 2283.7 PASS AF=1;AO=149;DP=151;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223032;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7439;QD=60.8988;RBI=0.0518671;REFB=0;REVB=0.046827;RO=1;SAF=81;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583604;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541113;OID=.;OPOS=71756102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:150:1:0:149:150:1:68:81:1:0:68:82:0:0 chr5 71756670 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.208;QD=49.5992;RBI=0.0221714;REFB=0;REVB=-0.00514825;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29414e-05;OID=.;OPOS=71756670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr5 72144209 . C T 448.33 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0120601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.895;QD=18.6803;RBI=0.0129352;REFB=-0.0109406;REVB=0.00467695;RO=51;SAF=18;SAR=27;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876861;STB=0.548914;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0123943;OID=.;OPOS=72144209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:27:18:25:26:27:18:25:26 chr5 72174432 . C G 1524.93 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5204;QD=59.8012;RBI=0.0444503;REFB=0;REVB=-0.0413287;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242249;OID=.;OPOS=72174432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:52:49:0:0:52:50:0:0 chr5 72184098 . C T 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.047035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.099;QD=60.5103;RBI=0.0526621;REFB=-0.119336;REVB=-0.0236855;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.515145;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00335047;OID=.;OPOS=72184098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:16:29:0:0:16:29:0:1 chr5 72347223 . A G 619.58 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00272216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.686;QD=59.0071;RBI=0.0162688;REFB=-0.0612076;REVB=0.0160394;RO=1;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184012;STB=0.509799;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0005765;OID=.;OPOS=72347223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:25:16:0:1:25:16:0:1 chr5 72351905 . A G 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=-0.0116931;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.24;QD=11.256;RBI=0.0978171;REFB=-0.00644364;REVB=0.0971157;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483216;STB=0.772303;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0208375;OID=.;OPOS=72351905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:12:0:3:5:12:0 chr5 72385914 . A G 920.56 PASS AF=0.917808;AO=66;DP=73;FAO=67;FDP=73;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00151666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.3408;QD=50.4417;RBI=0.0748719;REFB=-0.137692;REVB=0.0748566;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.52566;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.007884;OID=.;OPOS=72385914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:73:73:0:6:66:67:0.917808:34:32:0:0:35:32:1:5 chr5 72419410 . A G 1274.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145;QD=61.4334;RBI=0.0235441;REFB=0;REVB=-0.00251153;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13574e-05;OID=.;OPOS=72419410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:43:39:0:0:44:39:0:0 chr5 72419456 . C G 337.6 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0227315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8794;QD=20.1555;RBI=0.0497551;REFB=0.0156265;REVB=-0.0442588;RO=32;SAF=18;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122987;STB=0.506822;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.0140111;OID=.;OPOS=72419456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:17:18:16:16:17:18:16:16 chr5 72419617 . C A 322.6 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0197075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.055;QD=14.18;RBI=0.0197076;REFB=-0.0110478;REVB=5.12088e-05;RO=55;SAF=21;SAR=15;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990585;STB=0.556346;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0173254;OID=.;OPOS=72419617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:55:36:36:0.395604:15:21:27:28:15:21:27:28 chr5 72742882 . T C 154.75 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0364191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.871;QD=14.7385;RBI=0.0415376;REFB=-0.0138431;REVB=-0.0199755;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122584;STB=0.571341;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0214194;OID=.;OPOS=72742882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:12:5:10:15:12:5:10:15 chr5 72868447 . T C 284.05 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.00443344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2503;QD=15.1494;RBI=0.0312914;REFB=-0.00703459;REVB=0.0309757;RO=43;SAF=11;SAR=21;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205671;STB=0.511621;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0125465;OID=.;OPOS=72868447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:21:11:14:29:21:11:14:29 chr5 72874907 . A C 455.67 PASS AF=0.360544;AO=53;DP=147;FAO=53;FDP=147;FR=.;FRO=94;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=0.00192616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.915;QD=12.3993;RBI=0.00409833;REFB=-0.0152039;REVB=-0.00361749;RO=94;SAF=24;SAR=29;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648811;STB=0.537023;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0230054;OID=.;OPOS=72874907;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:94:94:53:53:0.360544:29:24:48:46:29:24:48:46 chr5 73144845 . A G 1555.6 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261671;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.471;QD=64.1483;RBI=0.0526726;REFB=0;REVB=0.045713;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13263e-05;OID=.;OPOS=73144845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:96:97:1:48:48:0:0:48:49:0:0 chr5 73207372 . T A 665.27 PASS AF=0.515625;AO=66;DP=128;FAO=66;FDP=128;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.00137566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.912;QD=20.7896;RBI=0.00392363;REFB=-0.00140767;REVB=0.00367456;RO=62;SAF=37;SAR=29;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820362;STB=0.545138;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00139989;OID=.;OPOS=73207372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:62:62:66:66:0.515625:29:37:29:33:29:37:29:33 chr5 73218954 . C T 700.03 PASS AF=0.407407;AO=77;DP=189;FAO=77;FDP=189;FR=.;FRO=112;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=72;FSRR=40;FWDB=0.0153844;FXX=0.00526288;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.138;QD=14.8153;RBI=0.0162196;REFB=-0.00526313;REVB=0.00513746;RO=103;SAF=47;SAR=30;SRF=65;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224117;STB=0.520403;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00656757;OID=.;OPOS=73218954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:103:112:77:77:0.407407:30:47:65:38:30:47:72:40 chr5 73471334 . G C 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2568;QD=62.762;RBI=0.0387516;REFB=0;REVB=-0.0121265;RO=0;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150752;OID=.;OPOS=73471334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:52:37:0:0:52:37:0:0 chr5 73613858 . A G 556.64 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.063;QD=60.1769;RBI=0.0329214;REFB=0;REVB=0.0268875;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177317;OID=.;OPOS=73613858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:23:13:0:0:24:13:0:0 chr5 73613972 . G C 1360.99 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341073;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.383;QD=62.5742;RBI=0.0343586;REFB=0;REVB=0.00414798;RO=0;SAF=28;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12406e-05;OID=.;OPOS=73613972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:85:87:1:57:28:0:0:58:29:0:0 chr5 73930751 . C T 999.54 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0101395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7875;QD=56.3123;RBI=0.016243;REFB=-0.0384976;REVB=0.0126896;RO=2;SAF=32;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00193837;STB=0.501026;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00801677;OID=.;OPOS=73930751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:2:2:69:69:0.971831:37:32:1:1:37:32:1:1 chr5 73931003 . G A 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00877977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2875;QD=10.4729;RBI=0.0185793;REFB=-0.00602282;REVB=0.0163739;RO=33;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159798;STB=0.510192;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00854007;OID=.;OPOS=73931003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:35:17:17:0.326923:8:9:17:16:8:9:18:17 chr5 73931246 . T C 453.6 PASS AF=1;AO=24;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287373;FXX=0.0605877;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.714;QD=58.5293;RBI=0.03107;REFB=0;REVB=0.0118114;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165271;OID=.;OPOS=73931246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:24:31:1:14:10:0:0:17:14:0:0 chr5 73931280 . A C 73.52 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0583423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.1548;QD=7.94772;RBI=0.0765085;REFB=-0.0399461;REVB=-0.0494946;RO=22;SAF=3;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355427;STB=0.71602;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.13397;OID=.;OPOS=73931280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:37:37:22:26:11:11:0.297297:8:3:13:9:8:3:15:11 chr5 73932315 . T C 946.49 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00131152;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.07;QD=57.363;RBI=0.0123274;REFB=-0.0466804;REVB=-0.0122574;RO=1;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122705;STB=0.506491;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000175537;OID=.;OPOS=73932315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:38:27:0:1:38:27:0:1 chr5 73981270 . T C 207.12 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.205;QD=48.7335;RBI=0.0530085;REFB=0;REVB=0.0319986;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.30721e-05;OID=.;OPOS=73981270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:5:11:0:0:6:11:0:0 chr5 73992881 . A G 772.7 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0355521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.901;QD=61.8158;RBI=0.0371744;REFB=-0.058915;REVB=0.0108619;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000308011;OID=.;OPOS=73992881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:26:23:0:0:26:23:1:0 chr5 74041654 . T C 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0191599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.76;QD=12.9224;RBI=0.0209924;REFB=-0.00933796;REVB=-0.00857776;RO=34;SAF=14;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537808;STB=0.531006;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0160064;OID=.;OPOS=74041654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:8:14:20:14:8:14:20:14 chr5 74323529 . G C 238.86 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0139304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5168;QD=11.7954;RBI=0.0144212;REFB=-0.0156125;REVB=0.00373012;RO=51;SAF=13;SAR=16;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465698;STB=0.53331;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0276851;OID=.;OPOS=74323529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:52:29:29:0.358025:16:13:25:26:16:13:26:26 chr5 74324548 . G A 477.66 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.00656544;FXX=0.0194156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.672;QD=18.9171;RBI=0.0298777;REFB=-0.00337192;REVB=-0.0291474;RO=51;SAF=25;SAR=25;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116349;STB=0.564331;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00404901;OID=.;OPOS=74324548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:51:51:50:50:0.49505:25:25:32:19:25:25:32:19 chr5 74400151 . A C 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00497023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.552;QD=16.6183;RBI=0.00936221;REFB=-0.00973216;REVB=0.00793396;RO=27;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631228;STB=0.543822;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0105844;OID=.;OPOS=74400151;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:13:10:10:17:13:10:10:18 chr5 74400400 . T C 698.99 PASS AF=0.50365;AO=69;DP=137;FAO=69;FDP=137;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=0.0219233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4267;QD=20.4084;RBI=0.0888809;REFB=-0.0117908;REVB=0.0861346;RO=66;SAF=38;SAR=31;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637838;STB=0.541269;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0138272;OID=.;OPOS=74400400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:66:68:69:69:0.50365:31:38:41:25:31:38:43:25 chr5 74442410 . G A 1078.91 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000232249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0259;QD=59.9395;RBI=0.00978599;REFB=0;REVB=-0.00978324;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.22795e-05;OID=.;OPOS=74442410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr5 74442920 . A G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.017;QD=59.3229;RBI=0.0362285;REFB=0;REVB=0.0361794;RO=0;SAF=45;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48102e-05;OID=.;OPOS=74442920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:23:45:0:0:23:45:0:0 chr5 74443132 . C T 2292.42 PASS AF=1;AO=150;DP=152;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0091921;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.674;QD=61.1311;RBI=0.0101317;REFB=0;REVB=-0.00426096;RO=0;SAF=94;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206947;OID=.;OPOS=74443132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:150:0:0:150:150:1:56:94:0:0:56:94:0:0 chr5 74491715 . TTCA T 979.67 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610251;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=3;MLLD=313.521;QD=48.379;RBI=0.0315159;REFB=0;REVB=0.0309194;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000219717;OID=.;OPOS=74491716;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:77:79:81:81:0:37:44:0:0:18:0:37:40:0:0 chr5 74491956 . T C 465.07 PASS AF=0.484211;AO=45;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.0145974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.116;QD=19.582;RBI=0.0204672;REFB=-0.0133143;REVB=0.0143465;RO=48;SAF=20;SAR=25;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185338;STB=0.611164;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0123836;OID=.;OPOS=74491956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:49:45:46:0.484211:25:20:31:17:26:20:32:17 chr5 74526442 . G A 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0118579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.231;QD=13.9478;RBI=0.0118758;REFB=-0.0112948;REVB=-0.000651793;RO=27;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133714;STB=0.578217;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0180792;OID=.;OPOS=74526442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:12:5:11:16:12:5:11:16 chr5 74656175 . G A 313.09 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.000794362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.156;QD=16.9236;RBI=0.00750497;REFB=-0.0112164;REVB=0.00746281;RO=40;SAF=20;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110012;STB=0.561761;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00783355;OID=.;OPOS=74656175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:14:20:19:21:14:20:19:21 chr5 74681773 . T C 951.78 PASS AF=0.479798;AO=94;DP=197;FAO=95;FDP=198;FR=.;FRO=103;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=-0.0324484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0488;QD=19.2278;RBI=0.0540153;REFB=-0.0115931;REVB=0.0431828;RO=103;SAF=59;SAR=35;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110834;STB=0.557203;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0131506;OID=.;OPOS=74681773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:103:103:94:95:0.479798:35:59:53:50:36:59:53:50 chr5 74877266 . C T 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0432122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.634;QD=19.1085;RBI=0.044417;REFB=0.0162343;REVB=0.0102749;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232701;STB=0.636032;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00679801;OID=.;OPOS=74877266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:7:2:3:3:7:2:3:3 chr5 74921686 . G A 466.83 PASS AF=0.5;AO=44;DP=90;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0226767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.34;QD=20.2971;RBI=0.0256924;REFB=-0.0101221;REVB=0.0120777;RO=45;SAF=23;SAR=21;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708411;STB=0.543707;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00829448;OID=.;OPOS=74921686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:45:46:44:46:0.5:21:23:27:18:22:24:28:18 chr5 74951901 . G A 450.55 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.070383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.269;QD=21.7132;RBI=0.0722412;REFB=-0.0182335;REVB=-0.0162799;RO=39;SAF=20;SAR=24;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15773;STB=0.586918;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0123234;OID=.;OPOS=74951901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:24:20:25:14:24:20:25:14 chr5 74970024 . T C 1622.68 PASS AF=0.949153;AO=112;DP=118;FAO=112;FDP=118;FR=.;FRO=6;FSAF=80;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0015194;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.249;QD=55.006;RBI=0.0357426;REFB=-0.108614;REVB=0.0357103;RO=6;SAF=80;SAR=32;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440386;STB=0.523252;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.000227475;OID=.;OPOS=74970024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:118:118:6:6:112:112:0.949153:32:80:2:4:32:80:2:4 chr5 74998598 . G A 290.41 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0321724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.591;QD=14.1664;RBI=0.0321938;REFB=-0.010636;REVB=-0.00117389;RO=49;SAF=11;SAR=22;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395388;STB=0.522509;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.011667;OID=.;OPOS=74998598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:22:11:18:31:22:11:18:31 chr5 74998606 . G A 475.0 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00606334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.048;QD=24.359;RBI=0.00611303;REFB=-0.0125225;REVB=-0.000777876;RO=33;SAF=15;SAR=30;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260311;STB=0.514279;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00775725;OID=.;OPOS=74998606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:33:45:45:0.576923:30:15:12:21:30:15:12:21 chr5 75003678 . T C 2996.63 PASS AF=0.984536;AO=189;DP=195;FAO=191;FDP=194;FR=.;FRO=3;FSAF=91;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00125074;FXX=0.020201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.791;QD=61.7862;RBI=0.0254743;REFB=-0.103314;REVB=0.0254436;RO=1;SAF=91;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520406;STB=0.502218;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.000949837;OID=.;OPOS=75003678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:195:194:1:3:189:191:0.984536:98:91:1:0:100:91:1:2 chr5 75008193 . T C 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.223;QD=57.1741;RBI=0.0452531;REFB=0;REVB=0.0425552;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193623;OID=.;OPOS=75008193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr5 75427935 . G A 324.73 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.013221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7982;QD=17.0912;RBI=0.0400593;REFB=0.00224931;REVB=0.0378147;RO=39;SAF=17;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470495;STB=0.525231;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00148299;OID=.;OPOS=75427935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:41:35:35:0.460526:18:17:17:22:18:17:18:23 chr5 75591710 . C G 351.08 PASS AF=0.388889;AO=41;DP=107;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0248447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0062;QD=13.003;RBI=0.0366941;REFB=-0.0288473;REVB=-0.0270037;RO=66;SAF=16;SAR=25;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121001;STB=0.574355;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.056575;OID=.;OPOS=75591710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:66:66:41:42:0.388889:25:16:33:33:26:16:33:33 chr5 75594743 . G A 564.64 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0117635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4141;QD=24.2857;RBI=0.0294909;REFB=0.0137381;REVB=-0.0270431;RO=41;SAF=26;SAR=26;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147383;STB=0.580615;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00537243;OID=.;OPOS=75594743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:41:52:52:0.55914:26:26:28:13:26:26:28:13 chr5 75884734 . G A 891.72 PASS AF=1;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00623528;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2148;QD=58.4736;RBI=0.047543;REFB=0;REVB=0.0471323;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243719;OID=.;OPOS=75884734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:33:28:0:0 chr5 75912391 . G T 254.07 PASS AF=0.29661;AO=35;DP=118;FAO=35;FDP=118;FR=.;FRO=83;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=-0.0309201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0381;QD=8.61248;RBI=0.030929;REFB=-0.0114037;REVB=0.000742727;RO=83;SAF=20;SAR=15;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219571;STB=0.6285;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0218288;OID=.;OPOS=75912391;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:83:83:35:35:0.29661:15:20:32:51:15:20:32:51 chr5 75923294 . T G 1811.19 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267076;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.745;QD=60.8804;RBI=0.0267501;REFB=0;REVB=-0.00150699;RO=0;SAF=76;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156228;OID=.;OPOS=75923294;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:109:119:0:0:109:119:1:33:76:0:0:33:86:0:0 chr5 75923307 . A G 1767.62 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=326.39;QD=60.9522;RBI=0.011566;REFB=0;REVB=-0.0104058;RO=0;SAF=83;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.08009e-06;OID=.;OPOS=75923307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:33:83:0:0:33:83:0:0 chr5 75960865 . T C 468.97 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113516;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.928;QD=58.6217;RBI=0.0235524;REFB=0;REVB=0.0206362;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220168;OID=.;OPOS=75960865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr5 76003253 . TA T,TT 1130.28 PASS AF=0.170213,0.829787;AO=21,61;DP=93;FAO=16,78;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=8,29;FSAR=8,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143031,0.134389;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=15.7983,20.418;QD=48.0971;RBI=0.247307,0.203232;REFB=-0.0210704,-0.0386855;REVB=0.20175,0.152456;RO=11;SAF=7,25;SAR=14,36;SRF=4;SRR=7;SSEN=0.317073,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0210027,0.013715;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0730001,0.0262865;OID=.,.;OPOS=76003254,76003254;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.170213,0.829787:21,61:93:16,78:94:0:8,29:8,49:0:0:28:11:7,25:14,36:4:7 chr5 76128521 . G A 332.89 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00958409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.875;QD=19.022;RBI=0.0345152;REFB=-0.00305024;REVB=-0.0331578;RO=35;SAF=26;SAR=9;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152952;STB=0.585648;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00312526;OID=.;OPOS=76128521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:9:26:21:14:9:26:21:14 chr5 76171252 . A C 202.07 PASS AF=0.442308;AO=21;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00363424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.144;QD=15.5441;RBI=0.0391618;REFB=-0.015663;REVB=-0.0389928;RO=21;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17663;STB=0.644614;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0575357;OID=.;OPOS=76171252;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:29:21:23:0.442308:7:14:10:11:9:14:10:19 chr5 76343999 . T C 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00665453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.755;QD=16.7316;RBI=0.00903191;REFB=0.00268556;REVB=0.00610677;RO=36;SAF=22;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136416;STB=0.576997;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00251006;OID=.;OPOS=76343999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:9:22:21:15:9:22:21:15 chr5 76704849 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00385067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.482;QD=58.7817;RBI=0.00824924;REFB=0;REVB=0.00729536;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01013e-06;OID=.;OPOS=76704849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr5 76708987 . A G,T 2361.08 PASS AF=0.889535,0.0639535;AO=152,13;DP=172;FAO=153,11;FDP=172;FR=.;FRO=8;FSAF=77,0;FSAR=76,11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00167769,-0.0135475;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=96.9953,20.1752;QD=54.9089;RBI=0.00879085,0.0431991;REFB=-0.000707841,-0.0160446;REVB=0.00862927,-0.0410199;RO=7;SAF=76,1;SAR=76,12;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0179199,-0.579995;STB=0.506049,0.998658;STBP=0.533,0;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00125998,0.141964;OID=.,.;OPOS=76708987,76708987;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:172:172:7:8:152,13:153,11:0.889535,0.0639535:76,12:76,1:5:2:76,11:77,0:5:3 chr5 76722442 . C T 410.18 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=62;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0283151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.049;QD=26.4634;RBI=0.0308525;REFB=0.00492933;REVB=0.0122527;RO=23;SAF=28;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151882;STB=0.583288;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00464709;OID=.;OPOS=76722442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:23:39:39:0.629032:11:28:12:11:11:28:12:11 chr5 76722880 . CATAAA C 101.73 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0225874;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=5;MLLD=269.799;QD=19.3775;RBI=0.0262275;REFB=0.00323634;REVB=0.0133301;RO=8;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258419;STB=0.646761;STBP=0.321;TYPE=del;VARB=-0.000687594;OID=.;OPOS=76722881;OREF=ATAAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:11:22:12:21:9:1:11:2:7:68:8:1:10:2:6 chr5 76926578 . T C 289.26 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215027;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.454;QD=52.5922;RBI=0.0245305;REFB=0;REVB=-0.0118059;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02776e-05;OID=.;OPOS=76926578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr5 77298619 . A T 876.13 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00200331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9442;QD=56.5243;RBI=0.0566993;REFB=0;REVB=0.0566639;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000917401;OID=.;OPOS=77298619;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:59:62:1:24:35:0:0:25:37:0:0 chr5 77412011 . A G 192.01 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00963571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.002;QD=11.8157;RBI=0.00963692;REFB=-0.00110316;REVB=0.000152632;RO=41;SAF=7;SAR=17;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228767;STB=0.632987;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00151228;OID=.;OPOS=77412011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:17:7:20:21:17:7:20:21 chr5 77425028 . A T 2869.32 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00621837;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.504;QD=62.7173;RBI=0.0062558;REFB=0;REVB=0.00068329;RO=0;SAF=81;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14517e-06;OID=.;OPOS=77425028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:182:183:0:0:182:183:1:101:81:0:0:101:82:0:0 chr5 77473165 . A G 131.08 PASS AF=0.384615;AO=13;DP=37;FAO=15;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00381279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.377;QD=13.4436;RBI=0.00756978;REFB=-0.00680684;REVB=0.00653943;RO=10;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.554087;STB=0.691075;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0227146;OID=.;OPOS=77473165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:10:24:13:15:0.384615:3:10:0:10:3:12:13:11 chr5 77745853 . C CA 425.26 PASS AF=1;AO=25;DP=41;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664911;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.1549;QD=45.9736;RBI=0.12021;REFB=0;REVB=0.100147;RO=15;SAF=15;SAR=10;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267069;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00602878;OID=.;OPOS=77745854;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:41:37:37:0:17:20:0:0:8:15:15:10:3:12 chr5 77745854 . A AAT 59.99 PASS AF=0.277778;AO=9;DP=43;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0382857;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=2;MLLD=30.7294;QD=6.66605;RBI=0.0410351;REFB=-0.0411438;REVB=0.0147676;RO=33;SAF=1;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.557928;STB=0.781029;STBP=0.047;TYPE=ins;VARB=0.17056;OID=.;OPOS=77745855;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=AAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277778:9:43:10:36:26:2:8:15:11:59:33:1:8:18:15 chr5 77781152 . TTACAA T 212.47 PASS AF=0.391304;AO=35;DP=98;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=0.000683078;FXX=0.0416623;HRUN=3;LEN=5;MLLD=248.428;QD=9.23797;RBI=0.012094;REFB=-0.0133218;REVB=0.0120747;RO=58;SAF=23;SAR=12;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018616;STB=0.50262;STBP=0.977;TYPE=del;VARB=0.0204579;OID=.;OPOS=77781153;OREF=TACAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:35:98:36:92:56:23:13:36:20:99:58:23:12:39:19 chr5 77781390 . G A 295.69 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0100977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.286;QD=17.9206;RBI=0.011458;REFB=-0.00604768;REVB=0.00541499;RO=34;SAF=7;SAR=25;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276764;STB=0.656286;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00330031;OID=.;OPOS=77781390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:25:7:16:18:25:7:16:18 chr5 77781785 . C CT 922.77 PASS AF=1;AO=83;DP=92;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441801;FXX=0.034087;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.3407;QD=43.4243;RBI=0.0951907;REFB=0;REVB=0.0843172;RO=7;SAF=41;SAR=42;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113765;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000750575;OID=.;OPOS=77781786;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:83:92:85:85:0:42:43:0:0:18:7:41:42:4:3 chr5 77784433 . T C 723.84 PASS AF=0.518248;AO=70;DP=137;FAO=71;FDP=137;FR=.;FRO=66;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.0075619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0265;QD=21.134;RBI=0.0174852;REFB=-0.00485435;REVB=-0.0157654;RO=66;SAF=38;SAR=32;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701909;STB=0.541872;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.006452;OID=.;OPOS=77784433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:66:66:70:71:0.518248:32:38:41:25:33:38:41:25 chr5 77784438 . T A 676.39 PASS AF=0.51145;AO=67;DP=130;FAO=67;FDP=131;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.0163869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.592;QD=20.6531;RBI=0.034553;REFB=-0.00702215;REVB=-0.03042;RO=63;SAF=36;SAR=31;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087204;STB=0.551128;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0109776;OID=.;OPOS=77784438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:63:64:67:67:0.51145:31:36:40:23:31:36:41:23 chr5 77784738 . A G 423.43 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0055194;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.967;QD=16.7695;RBI=0.0208897;REFB=0.00890302;REVB=0.0201473;RO=44;SAF=31;SAR=15;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591046;STB=0.585406;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00584932;OID=.;OPOS=77784738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:44:55:46:46:0.455446:15:31:27:17:15:31:29:26 chr5 77805682 . C T 428.39 PASS AF=0.344595;AO=50;DP=147;FAO=51;FDP=148;FR=.;FRO=97;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=0.0102183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.337;QD=11.578;RBI=0.0116558;REFB=-0.00859272;REVB=0.00560737;RO=96;SAF=24;SAR=26;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248715;STB=0.511178;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0141872;OID=.;OPOS=77805682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:96:97:50:51:0.344595:26:24:44:52:27:24:44:53 chr5 78181477 . C T 750.15 PASS AF=0.627273;AO=69;DP=110;FAO=69;FDP=110;FR=.;FRO=41;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.000236664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5294;QD=27.2783;RBI=0.0109406;REFB=-0.0225784;REVB=-0.0109381;RO=41;SAF=34;SAR=35;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0034034;STB=0.501844;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.016413;OID=.;OPOS=78181477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:41:41:69:69:0.627273:35:34:20:21:35:34:20:21 chr5 78320085 . T C 318.45 PASS AF=0.375;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.000143216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.796;QD=13.2686;RBI=0.00604481;REFB=-0.0161796;REVB=-0.00604311;RO=58;SAF=16;SAR=20;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417112;STB=0.524462;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0296832;OID=.;OPOS=78320085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:58:60:36:36:0.375:20:16:28:30:20:16:29:31 chr5 78340257 . C G 1677.4 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0006165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.359;QD=60.4469;RBI=0.00290248;REFB=0;REVB=-0.00283625;RO=0;SAF=54;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11937e-06;OID=.;OPOS=78340257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:57:54:0:0:57:54:0:0 chr5 78340286 . A G 1712.97 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.998;QD=60.6362;RBI=0.028445;REFB=0;REVB=0.019244;RO=0;SAF=54;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104893;OID=.;OPOS=78340286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:59:54:0:0:59:54:0:0 chr5 78351635 . GA G,GC 885.88 PASS AF=0.0461538,0.953846;AO=17,47;DP=65;FAO=3,62;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=3,34;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025732,0.0728567;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=29.1511,40.9482;QD=54.5159;RBI=0.0351963,0.0736887;REFB=0,0;REVB=0.0240134,0.0110422;RO=0;SAF=17,20;SAR=0,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0296767,0.0325026;OID=.,.;OPOS=78351636,78351636;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0461538,0.953846:17,47:65:3,62:65:0:3,34:0,28:0:0:6:0:17,20:0,27:0:0 chr5 78373312 . GA AT,GAT 31.03 PASS AF=0.0121951,0.109756;AO=4,22;DP=84;FAO=1,9;FDP=82;FR=.;FRO=72;FSAF=0,1;FSAR=1,8;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.0283703,-0.0610603;FXX=0.0120467;HRUN=2,0;LEN=2,1;MLLD=49.3267,36.1846;QD=1.51353;RBI=0.0283705,0.064074;REFB=-0.0207683,-0.0235101;REVB=-0.000107558,-0.0194196;RO=54;SAF=3,1;SAR=1,21;SRF=26;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.2689,-0.677678;STB=0.988478,0.831363;STBP=0.475,0.053;TYPE=mnp,ins;VARB=0.195109,0.0796037;OID=.,.;OPOS=78373312,78373314;OREF=GA,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:27:84:82:54:72:4,22:1,9:0.0121951,0.109756:1,21:3,1:26:28:1,8:0,1:30:42 chr5 78373431 . C T 612.57 PASS AF=0.578431;AO=59;DP=102;FAO=59;FDP=102;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0051529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.128;QD=24.0223;RBI=0.0147094;REFB=-0.00717953;REVB=-0.0137773;RO=43;SAF=22;SAR=37;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059281;STB=0.532311;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00512565;OID=.;OPOS=78373431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:43:43:59:59:0.578431:37:22:13:30:37:22:13:30 chr5 78379148 . G A 133.62 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00188288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4088;QD=7.9771;RBI=0.0403726;REFB=-0.00609303;REVB=0.0403287;RO=47;SAF=11;SAR=8;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156203;STB=0.600519;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0161505;OID=.;OPOS=78379148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:48:19:19:0.283582:8:11:21:26:8:11:21:27 chr5 78421959 . G A 669.97 PASS AF=0.528;AO=66;DP=125;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0370935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.848;QD=21.4391;RBI=0.0374564;REFB=-0.0211925;REVB=-0.00520165;RO=59;SAF=32;SAR=34;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639418;STB=0.535098;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0210319;OID=.;OPOS=78421959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:59:59:66:66:0.528:34:32:33:26:34:32:33:26 chr5 78423621 . C T 329.82 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=10;FWDB=0.00638872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.652;QD=15.7056;RBI=0.0179024;REFB=0.00430453;REVB=-0.0167237;RO=48;SAF=25;SAR=11;SRF=38;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123189;STB=0.56893;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.00660448;OID=.;OPOS=78423621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:11:25:38:10:11:25:38:10 chr5 78573790 . A T 543.21 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.00536023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.882;QD=18.414;RBI=0.0141739;REFB=-0.00871823;REVB=0.0131213;RO=61;SAF=26;SAR=31;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079142;STB=0.543844;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0106543;OID=.;OPOS=78573790;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:61:57:57:0.483051:31:26:33:28:31:26:33:28 chr5 78596044 . T C 2307.84 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00488835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.477;QD=61.1349;RBI=0.0216442;REFB=0;REVB=0.021085;RO=0;SAF=82;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42441e-05;OID=.;OPOS=78596044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:69:82:0:0:69:82:0:0 chr5 78610174 . A G 445.99 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.000744815;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8398;QD=23.1681;RBI=0.00245638;REFB=-0.0105105;REVB=-0.00234074;RO=34;SAF=26;SAR=17;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112927;STB=0.561865;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00970513;OID=.;OPOS=78610174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:34:34:43:43:0.558442:17:26:25:9:17:26:25:9 chr5 78617534 . T G 1157.68 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00798074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=358.812;QD=59.3683;RBI=0.0184932;REFB=-0.136852;REVB=0.0166825;RO=1;SAF=36;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129652;STB=0.506848;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000180778;OID=.;OPOS=78617534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:41:36:1:0:41:36:1:0 chr5 79025157 . A G 185.73 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0111574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.56;QD=19.0489;RBI=0.0119056;REFB=-0.00579122;REVB=-0.00415399;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214966;STB=0.512182;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00644647;OID=.;OPOS=79025157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:11:9:9:10:11:9 chr5 79026737 . C T 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00389915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.589;QD=12.785;RBI=0.0130044;REFB=-0.00129623;REVB=-0.0124061;RO=43;SAF=9;SAR=18;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124019;STB=0.571374;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00229033;OID=.;OPOS=79026737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:18:9:19:24:18:9:19:24 chr5 79028472 . C T 278.15 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00349705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.779;QD=16.1245;RBI=0.00796951;REFB=-0.00201539;REVB=0.00716127;RO=37;SAF=22;SAR=8;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212581;STB=0.596389;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00395663;OID=.;OPOS=79028472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:37:38:30:31:0.449275:8:22:20:17:9:22:21:17 chr5 79030045 . A G 263.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00213507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.275;QD=19.519;RBI=0.00539273;REFB=-0.00181674;REVB=-0.00495207;RO=26;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996706;STB=0.555516;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00194573;OID=.;OPOS=79030045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:14:14:16:10:14:14:16:10 chr5 79031558 . G A 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0105237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.608;QD=16.417;RBI=0.0112848;REFB=-0.0127952;REVB=-0.00407393;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0147698;OID=.;OPOS=79031558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:8:8:7:7:8:8 chr5 79031583 . C G 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.075539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7474;QD=17.2297;RBI=0.0785783;REFB=0.0395188;REVB=-0.0216428;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946669;STB=0.555414;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.0375316;OID=.;OPOS=79031583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:3:3:5:3:3:3 chr5 79033391 . G A 416.07 PASS AF=0.374046;AO=49;DP=131;FAO=49;FDP=131;FR=.;FRO=82;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=-0.00675032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.446;QD=12.7045;RBI=0.00721799;REFB=-0.00524473;REVB=-0.00255589;RO=82;SAF=24;SAR=25;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916481;STB=0.552078;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00747739;OID=.;OPOS=79033391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:82:82:49:49:0.374046:25:24:47:35:25:24:47:35 chr5 79034556 . C T 145.41 PASS AF=0.272727;AO=10;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00236899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.834;QD=10.5753;RBI=0.00404973;REFB=-0.0169987;REVB=0.00328454;RO=38;SAF=7;SAR=3;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336133;STB=0.515768;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0579516;OID=.;OPOS=79034556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:36:10:15:0.272727:3:7:16:22:8:7:16:20 chr5 79048562 . C T 575.58 PASS AF=0.557895;AO=50;DP=92;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00216418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.634;QD=24.2347;RBI=0.0195648;REFB=-0.00756839;REVB=0.0194447;RO=41;SAF=28;SAR=22;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00081175;STB=0.51687;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00519958;OID=.;OPOS=79048562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:41:42:50:53:0.557895:22:28:23:18:22:31:23:19 chr5 79286419 . C T 404.61 PASS AF=0.655172;AO=38;DP=58;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0138231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.008;QD=27.904;RBI=0.0144344;REFB=-0.0119633;REVB=0.00415607;RO=20;SAF=21;SAR=17;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220431;STB=0.619796;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00489969;OID=.;OPOS=79286419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:20:20:38:38:0.655172:17:21:4:16:17:21:4:16 chr5 79439630 . G A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00621314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.256;QD=14.1956;RBI=0.00631843;REFB=-0.0107655;REVB=0.0011487;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340922;STB=0.519829;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0112967;OID=.;OPOS=79439630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:11:11:8:7:11:11 chr5 79616083 . G C 173.22 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00326746;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.108;QD=12.8314;RBI=0.00693242;REFB=-0.00156538;REVB=0.00611409;RO=33;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412301;STB=0.523787;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00202728;OID=.;OPOS=79616083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:33:33:21:21:0.388889:10:11:16:17:10:11:16:17 chr5 79617628 . A T 220.4 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0263384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9552;QD=24.4885;RBI=0.0302531;REFB=0.0526001;REVB=0.0148842;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572686;STB=0.531885;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.0382675;OID=.;OPOS=79617628;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:11:10:6:9:11:10:6:9 chr5 79733079 . T C 223.45 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.824;QD=49.6556;RBI=0.0505766;REFB=0;REVB=0.0206586;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115789;OID=.;OPOS=79733079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:10:8:0:0 chr5 79734297 . T C 413.9 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052002;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8157;QD=57.0892;RBI=0.128208;REFB=0;REVB=0.117188;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253195;OID=.;OPOS=79734297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr5 79734409 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00816594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.541;QD=59.0183;RBI=0.0299745;REFB=0;REVB=0.0288408;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40399e-05;OID=.;OPOS=79734409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr5 79735858 . A G 1292.17 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.411;QD=61.5319;RBI=0.0420643;REFB=0;REVB=0.00565389;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130057;OID=.;OPOS=79735858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:43:40:0:0:43:41:0:0 chr5 79745469 . A G 1152.8 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4869;QD=60.6737;RBI=0.0520996;REFB=0;REVB=-0.049637;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000487953;OID=.;OPOS=79745469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:34:42:0:0:34:42:0:0 chr5 79815571 . G A 278.51 PASS AF=0.316239;AO=37;DP=117;FAO=37;FDP=117;FR=.;FRO=80;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.0260955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.383;QD=9.5218;RBI=0.0268056;REFB=-0.000764468;REVB=0.00612878;RO=80;SAF=22;SAR=15;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976061;STB=0.556931;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00152254;OID=.;OPOS=79815571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:80:80:37:37:0.316239:15:22:41:39:15:22:41:39 chr5 79815658 . T C 1324.55 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0233034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.236;QD=60.8988;RBI=0.0597078;REFB=-0.111304;REVB=0.0549724;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000873477;OID=.;OPOS=79815658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:0:1:86:86:0.988506:40:46:0:0:40:46:0:1 chr5 79855372 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.427;QD=53.2768;RBI=0.0534333;REFB=0;REVB=-0.0524592;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187826;OID=.;OPOS=79855372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr5 79950512 . A G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.010955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.797;QD=13.6308;RBI=0.0581355;REFB=-0.0104779;REVB=0.057094;RO=9;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291009;STB=0.517199;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0176414;OID=.;OPOS=79950512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:1:7:8:1:1:7:8:1 chr5 79952348 . C T 117.81 PASS AF=0.296296;AO=15;DP=53;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0175427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.716;QD=8.72676;RBI=0.0183687;REFB=0.00106604;REVB=-0.00544638;RO=38;SAF=12;SAR=3;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279407;STB=0.619405;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00271109;OID=.;OPOS=79952348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:38:38:15:16:0.296296:3:12:23:15:4:12:23:15 chr5 79966029 . G A 280.86 PASS AF=0.410256;AO=24;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00659636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.532;QD=14.4028;RBI=0.0636956;REFB=-0.0244228;REVB=-0.0633531;RO=40;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134099;STB=0.599938;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0263542;OID=.;OPOS=79966029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:46:24:32:0.410256:14:10:12:28:14:18:18:28 chr5 79970914 . CAA ACA,CA,C 272.65 PASS AF=0.00869565,0.356522,0.217391;AO=5,33,28;DP=117;FAO=1,41,25;FDP=115;FR=.;FRO=48;FSAF=0,20,7;FSAR=1,21,18;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.00272775,0.0952833,0.0437549;FXX=0.0170926;HRUN=1,8,8;LEN=2,1,2;MLLD=17.9128,6.8898,13.2374;QD=9.48334;RBI=0.065775,0.103985,0.0485991;REFB=-0.0607385,-0.129175,-0.0681561;REVB=-0.0657184,-0.0416411,-0.0211514;RO=43;SAF=3,13,9;SAR=2,20,19;SRF=13;SRR=30;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.334145,0.0987996,0.0234342;STB=0.986865,0.583661,0.54185;STBP=0.504,0.182,0.645;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.0252994,0.046758,0.046742;OID=.,.,.;OPOS=79970914,79970915,79970915;OREF=CA,A,AA;OALT=AC,-,-;OMAPALT=ACA,CA,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:71:117:115:43:48:5,33,28:1,41,25:0.00869565,0.356522,0.217391:2,20,19:3,13,9:13:30:1,21,18:0,20,7:16:32 chr5 80149981 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000707488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.539;QD=63.8719;RBI=0.00296702;REFB=0;REVB=0.00288143;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33818e-06;OID=.;OPOS=80149981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr5 80168937 . G A 221.67 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0144419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6614;QD=12.3147;RBI=0.0378903;REFB=-0.00518317;REVB=-0.0350301;RO=45;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124693;STB=0.571378;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00640026;OID=.;OPOS=80168937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:15:12:15:30:15:12:15:30 chr5 80409526 . T C 548.03 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.00574079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.839;QD=23.5711;RBI=0.0117205;REFB=-0.0112108;REVB=-0.0102183;RO=42;SAF=34;SAR=17;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00940392;OID=.;OPOS=80409526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:42:42:51:51:0.548387:17:34:28:14:17:34:28:14 chr5 80409729 . T C 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0563117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.749;QD=14.6525;RBI=0.0579134;REFB=0.0106144;REVB=0.0135259;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435573;STB=0.526224;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0150335;OID=.;OPOS=80409729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:1:4:5:1:1:4 chr5 80508322 . G A 231.01 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00333382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.755;QD=16.5008;RBI=0.0423225;REFB=-0.0102491;REVB=-0.042191;RO=30;SAF=7;SAR=19;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144885;STB=0.582191;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0143459;OID=.;OPOS=80508322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:19:7:12:18:19:7:12:18 chr5 80756848 . TAAAAAAA TAAAAAA,TAAAAAAT 1314.98 PASS AF=0.940959,0.0590406;AO=108,10;DP=283;FAO=255,16;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=120,16;FSAR=135,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712719,-0.0907208;FXX=0.0424013;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.59476,147.12;QD=19.4094;RBI=0.51521,0.0954735;REFB=0,0;REVB=0.510257,0.0297475;RO=90;SAF=53,10;SAR=55,0;SRF=16;SRR=74;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.264181,0.782122;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0118022,0.204232;OID=.,.;OPOS=80756849,80756855;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TAAAAAA,TAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.940959,0.0590406:108,10:283:255,16:271:0:120,16:135,0:0:0:26:90:53,10:55,0:16:74 chr5 81549216 . C T 1156.9 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307225;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.468;QD=60.8896;RBI=0.0307237;REFB=0;REVB=0.000263423;RO=0;SAF=21;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.465e-05;OID=.;OPOS=81549216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:55:21:0:0:55:21:0:0 chr5 81549240 . C A 868.17 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.462;QD=57.8782;RBI=0.0122387;REFB=0;REVB=-0.00652289;RO=0;SAF=13;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.74943e-05;OID=.;OPOS=81549240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:47:13:0:0:47:13:0:0 chr5 81572184 . G C 1358.55 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5005;QD=62.462;RBI=0.0394447;REFB=0;REVB=0.0133542;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232486;OID=.;OPOS=81572184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:40:47:0:0:40:47:0:0 chr5 82357720 . T C 128.22 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0119592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.942;QD=12.2117;RBI=0.0185362;REFB=-0.00769253;REVB=-0.0141622;RO=27;SAF=3;SAR=12;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933261;STB=0.555477;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0306521;OID=.;OPOS=82357720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:12:3:7:20:12:3:7:20 chr5 82648943 . G A 1044.18 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.621;QD=59.6672;RBI=0.0195666;REFB=0;REVB=0.00367781;RO=0;SAF=58;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.26833e-05;OID=.;OPOS=82648943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:12:58:0:0:12:58:0:0 chr5 82648973 . C T 183.14 PASS AF=0.271739;AO=25;DP=92;FAO=25;FDP=92;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=57;FSRR=10;FWDB=-0.0210502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.123;QD=7.9627;RBI=0.0327805;REFB=-0.0114514;REVB=-0.0251287;RO=67;SAF=16;SAR=9;SRF=57;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317581;STB=0.683547;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0254645;OID=.;OPOS=82648973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:67:67:25:25:0.271739:9:16:57:10:9:16:57:10 chr5 82648977 . T A,G 1295.23 PASS AF=0.0795455,0.909091;AO=7,78;DP=86;FAO=7,80;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=6,60;FSAR=1,20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000467699,0.00334796;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=175.441,215.145;QD=58.8741;RBI=0.0390981,0.0787567;REFB=0.0138667,0.00666607;REVB=0.0390953,0.0786855;RO=0;SAF=6,58;SAR=1,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.538356,0.504131;STBP=0.653,0.635;TYPE=snp,snp;VARB=0.0240757,-0.00237294;OID=.,.;OPOS=82648977,82648977;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:86:88:0:1:7,78:7,80:0.0795455,0.909091:1,20:6,58:0:0:1,20:6,60:1:0 chr5 82652551 . C G 1597.47 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.482;QD=63.8989;RBI=0.0640189;REFB=0;REVB=0.0633206;RO=0;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46679e-05;OID=.;OPOS=82652551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:47:52:0:0:48:52:0:0 chr5 82808072 . C T 365.95 PASS AF=0.365854;AO=43;DP=123;FAO=45;FDP=123;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.0100816;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0294;QD=11.9008;RBI=0.0563157;REFB=0.00564381;REVB=0.0554059;RO=77;SAF=20;SAR=23;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753629;STB=0.543459;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00888381;OID=.;OPOS=82808072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:77:78:43:45:0.365854:23:20:41:36:25:20:40:38 chr5 82815408 . G A 649.47 PASS AF=0.507812;AO=65;DP=128;FAO=65;FDP=128;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0593181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4069;QD=20.2958;RBI=0.0596773;REFB=-0.00905489;REVB=-0.00653715;RO=62;SAF=32;SAR=33;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217934;STB=0.507934;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.006691;OID=.;OPOS=82815408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:62:63:65:65:0.507812:33:32:29:33:33:32:30:33 chr5 82875800 . C T 1571.79 PASS AF=0.99;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0765975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.974;QD=62.8717;RBI=0.076976;REFB=-0.0402527;REVB=-0.00762462;RO=1;SAF=32;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145898;STB=0.507461;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.000446064;OID=.;OPOS=82875800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:100:1:1:98:99:0.99:66:32:1:0:66:33:1:0 chr5 83360520 . C T 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00283082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.158;QD=60.7157;RBI=0.00683295;REFB=0;REVB=-0.00621897;RO=0;SAF=50;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.29194e-06;OID=.;OPOS=83360520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:26:50:0:0:26:50:0:0 chr5 85582712 . T C 906.08 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0128002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.399;QD=56.6301;RBI=0.0484414;REFB=-0.0930275;REVB=0.0467196;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000453448;OID=.;OPOS=85582712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:34:29:0:0:34:29:0:1 chr5 85583507 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.812;QD=47.8221;RBI=0.0706593;REFB=0;REVB=-0.0692206;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00121558;OID=.;OPOS=85583507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr5 85586831 . C T 782.29 PASS AF=0.548148;AO=74;DP=135;FAO=74;FDP=135;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.0320278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.806;QD=23.1789;RBI=0.0348306;REFB=-0.0232208;REVB=-0.0136889;RO=61;SAF=35;SAR=39;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799342;STB=0.543664;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0187778;OID=.;OPOS=85586831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:61:61:74:74:0.548148:39:35:23:38:39:35:23:38 chr5 86513974 . A G 1794.2 PASS AF=0.931818;AO=122;DP=131;FAO=123;FDP=132;FR=.;FRO=9;FSAF=38;FSAR=85;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0578527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5241;QD=54.3697;RBI=0.0655766;REFB=-0.0561879;REVB=-0.0308766;RO=9;SAF=38;SAR=84;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687435;STB=0.536384;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00250158;OID=.;OPOS=86513974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:131:132:9:9:122:123:0.931818:84:38:7:2:85:38:7:2 chr5 86628436 . C G 383.44 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.00625483;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.223;QD=14.6072;RBI=0.013115;REFB=-0.0272234;REVB=0.0115273;RO=60;SAF=21;SAR=23;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176386;STB=0.593507;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0269669;OID=.;OPOS=86628436;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:60:61:44:44:0.419048:23:21:39:21:23:21:39:22 chr5 86672787 . G A 259.62 PASS AF=0.32381;AO=34;DP=105;FAO=34;FDP=105;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=0.023459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5207;QD=9.89021;RBI=0.0446911;REFB=0.0201284;REVB=-0.038039;RO=71;SAF=18;SAR=16;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123198;STB=0.571388;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.0424648;OID=.;OPOS=86672787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:71:71:34:34:0.32381:16:18:45:26:16:18:45:26 chr5 87497977 . C T 754.37 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0668969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.989;QD=56.9332;RBI=0.0696805;REFB=0;REVB=-0.0194979;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000310184;OID=.;OPOS=87497977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:31:21:0:0:32:21:0:0 chr5 87498849 . G A 2240.29 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247294;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.963;QD=63.5543;RBI=0.0269784;REFB=0;REVB=0.0107838;RO=0;SAF=89;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240139;OID=.;OPOS=87498849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:140:141:1:51:89:0:0:51:90:0:0 chr5 87502324 . GGAAAA G,GA,GAA,GAAAAA 768.09 PASS AF=0.517241,0.103448,0.362069,0.0172414;AO=11,16,9,17;DP=76;FAO=30,6,21,1;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=15,4,13,0;FSAR=15,2,8,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457359,0.0605441,0.0802106,-0.108419;FXX=0.0937354;HRUN=5,5,5,5;LEN=5,4,3,1;MLLD=25.7851,26.531,25.1474,11.7263;QD=52.9717;RBI=0.216886,0.270135,0.339816,0.567249;REFB=0,0,0,0;REVB=0.212009,0.263263,0.330214,-0.556791;RO=9;SAF=7,9,6,12;SAR=4,7,3,5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0666662,0.0045353,0.101784,0.106481;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.00882936,0.032628,0.118284,-0.180674;OID=.,.,.,.;OPOS=87502325,87502325,87502325,87502325;OREF=GAAAA,GAAA,GAA,G;OALT=-,-,-,A;OMAPALT=G,GA,GAA,GAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.517241,0.103448,0.362069,0.0172414:11,16,9,17:76:30,6,21,1:58:0:15,4,13,0:15,2,8,1:0:0:43:9:7,9,6,12:4,7,3,5:5:4 chr5 87536663 . T C 402.81 PASS AF=0.391667;AO=47;DP=121;FAO=47;FDP=120;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.00362248;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.294;QD=13.4271;RBI=0.0114008;REFB=-0.011652;REVB=0.01081;RO=72;SAF=20;SAR=27;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205895;STB=0.516413;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0199352;OID=.;OPOS=87536663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:72:73:47:47:0.391667:27:20:32:40:27:20:33:40 chr5 87968880 . G A 480.5 PASS AF=0.243243;AO=72;DP=296;FAO=72;FDP=296;FR=.;FRO=224;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=127;FSRR=97;FWDB=-0.0627998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9031;QD=6.49325;RBI=0.0704861;REFB=-0.016969;REVB=-0.0320073;RO=224;SAF=42;SAR=30;SRF=127;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211635;STB=0.512684;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0617568;OID=.;OPOS=87968880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:296:224:224:72:72:0.243243:30:42:127:97:30:42:127:97 chr5 89769728 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00667594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5957;QD=47.8206;RBI=0.00782919;REFB=0;REVB=0.00408999;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.2949e-05;OID=.;OPOS=89769728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr5 89943571 . G T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.47;QD=63.2859;RBI=0.110377;REFB=0;REVB=-0.0168687;RO=0;SAF=12;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294058;OID=.;OPOS=89943571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:34:12:0:0:34:12:0:0 chr5 89977183 . A G 515.98 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.00316009;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.155;QD=18.9352;RBI=0.0287253;REFB=-0.0207301;REVB=-0.028551;RO=53;SAF=30;SAR=24;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788971;STB=0.541651;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0202464;OID=.;OPOS=89977183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:53:55:54:54:0.495413:24:30:34:19:24:30:35:20 chr5 89979589 . G A 1493.07 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0113126;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.035;QD=58.5517;RBI=0.0214195;REFB=-0.122007;REVB=-0.0181885;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.504761;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.000359487;OID=.;OPOS=89979589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:0:1:100:101:0.990196:52:48:0:0:52:49:0:1 chr5 89979698 . C T 1035.85 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0114136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0277;QD=56.7591;RBI=0.0262511;REFB=-0.0735775;REVB=0.02364;RO=2;SAF=30;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304803;STB=0.516124;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00231554;OID=.;OPOS=89979698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:41:30:2:0:41:30:2:0 chr5 89985882 . A G 1271.45 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408304;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.225;QD=62.0219;RBI=0.0456636;REFB=0;REVB=0.0204462;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001094;OID=.;OPOS=89985882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:82:0:0:82:82:1:37:45:0:0:37:45:0:0 chr5 89988504 . A G 2444.59 PASS AF=0.993789;AO=160;DP=162;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=130;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102867;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4171;QD=60.7353;RBI=0.0321275;REFB=-0.087366;REVB=0.0304361;RO=1;SAF=130;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155927;STB=0.508196;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000278792;OID=.;OPOS=89988504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:161:1:1:160:160:0.993789:30:130:0:1:30:130:0:1 chr5 89989779 . G A 3550.97 PASS AF=1;AO=225;DP=226;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426004;FXX=0.00438577;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7933;QD=62.5722;RBI=0.043985;REFB=-0.0467266;REVB=0.0109494;RO=1;SAF=123;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00385843;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344933;OID=.;OPOS=89989779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:226:227:1:0:225:227:1:102:123:1:0:102:125:0:0 chr5 89990324 . A G 751.76 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0303842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2034;QD=61.3685;RBI=0.0349569;REFB=-0.1085;REVB=0.0172853;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507933;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00164952;OID=.;OPOS=89990324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:31:17:0:0:31:17:0:1 chr5 90020923 . T G 1739.99 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282057;FXX=0.0338954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.282;QD=61.0524;RBI=0.0403724;REFB=0;REVB=0.0288854;RO=0;SAF=48;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01356e-05;OID=.;OPOS=90020923;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:114:0:0:112:114:1:64:48:0:0:65:49:0:0 chr5 90024735 . G A 2122.95 PASS AF=1;AO=127;DP=129;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.567;QD=62.4397;RBI=0.0160654;REFB=0;REVB=-0.00524486;RO=0;SAF=43;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.82188e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75494e-06;OID=.;OPOS=90024735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:136:0:0:127:136:1:84:43:0:0:87:49:0:0 chr5 90052289 . G A 1125.42 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0728327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4635;QD=57.7139;RBI=0.0728398;REFB=-0.077455;REVB=0.00101987;RO=1;SAF=49;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172021;STB=0.50404;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00482188;OID=.;OPOS=90052289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:1:2:76:76:0.974359:27:49:0:1:27:49:1:1 chr5 90052372 . C T 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.122;QD=61.3754;RBI=0.011288;REFB=0;REVB=-0.0026283;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48031e-06;OID=.;OPOS=90052372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:39:41:0:0:39:41:0:0 chr5 90107108 . A G 1489.41 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.981;QD=58.9864;RBI=0.0617243;REFB=0;REVB=0.0400263;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70916e-05;OID=.;OPOS=90107108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:101:0:0:94:101:1:43:51:0:0:46:55:0:0 chr5 90119324 . G A 1400.2 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.005764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.102;QD=61.5473;RBI=0.0064661;REFB=-0.0740906;REVB=-0.00293031;RO=0;SAF=35;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504503;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=1.57776e-06;OID=.;OPOS=90119324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:55:35:0:0:55:35:0:1 chr5 90151589 . G A 1632.35 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0201254;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.631;QD=58.2983;RBI=0.0316578;REFB=-0.0475897;REVB=-0.0244374;RO=0;SAF=53;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509258;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000146016;OID=.;OPOS=90151589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:112:0:2:110:110:0.982143:57:53:0:0:57:53:2:0 chr5 90449154 . G A 290.34 PASS AF=0.345794;AO=37;DP=107;FAO=37;FDP=107;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=50;FWDB=0.0132521;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.279;QD=10.8539;RBI=0.0149034;REFB=-0.001417;REVB=-0.00681859;RO=70;SAF=17;SAR=20;SRF=20;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204101;STB=0.616522;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00601549;OID=.;OPOS=90449154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:70:70:37:37:0.345794:20:17:20:50:20:17:20:50 chr5 93731985 . A G 1641.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.147;QD=60.255;RBI=0.0315393;REFB=0;REVB=0.000359865;RO=0;SAF=45;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78583e-05;OID=.;OPOS=93731985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:64:45:0:0:64:45:0:0 chr5 93856052 . GA G 80.3 PASS AF=0.267442;AO=21;DP=87;FAO=23;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0554483;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.5734;QD=3.73477;RBI=0.0588647;REFB=-0.0123079;REVB=0.0197619;RO=62;SAF=10;SAR=11;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108105;STB=0.599113;STBP=0.268;TYPE=del;VARB=0.0507017;OID=.;OPOS=93856053;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.267442:21:87:23:86:63:10:13:36:27:80:62:10:11:35:27 chr5 93964580 . C T 112.32 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0373896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.527;QD=7.74641;RBI=0.0377604;REFB=0.00686496;REVB=0.00527853;RO=42;SAF=11;SAR=5;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333582;STB=0.701879;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0184359;OID=.;OPOS=93964580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:16:16:0.275862:5:11:17:25:5:11:17:25 chr5 93987532 . C A 854.16 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00718962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.138;QD=56.0107;RBI=0.0245139;REFB=-0.071421;REVB=-0.0234359;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000284336;OID=.;OPOS=93987532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:27:33:0:0:27:33:1:0 chr5 94206202 . C T 389.06 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=-0.0504041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5879;QD=18.7498;RBI=0.0691892;REFB=-0.0230366;REVB=-0.0473981;RO=43;SAF=12;SAR=28;SRF=33;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422096;STB=0.734153;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0336735;OID=.;OPOS=94206202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:28:12:33:10:28:12:33:10 chr5 94230426 . T C 487.31 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0106579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.714;QD=18.0484;RBI=0.0122602;REFB=-0.00689991;REVB=0.00605978;RO=55;SAF=27;SAR=25;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413071;STB=0.51785;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00719479;OID=.;OPOS=94230426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:56:52:52:0.481481:25:27:31:24:25:27:31:25 chr5 94278129 . T C 123.11 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0613788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.774;QD=16.4147;RBI=0.0624702;REFB=0.0145914;REVB=0.0116263;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414199;STB=0.523776;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.013346;OID=.;OPOS=94278129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:4:10:12:4:4:10:12:4 chr5 94749723 . G A 300.16 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.000401794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.763;QD=13.9609;RBI=0.0475444;REFB=-0.00118005;REVB=-0.0475427;RO=52;SAF=16;SAR=18;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00965072;STB=0.505491;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00126091;OID=.;OPOS=94749723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:18:16:24:28:18:16:24:28 chr5 94772540 . C T 1264.08 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0711;QD=61.6626;RBI=0.071242;REFB=0;REVB=-0.0285122;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029232;OID=.;OPOS=94772540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:38:43:0:0:39:43:0:0 chr5 94826655 . C A 462.71 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=44;FWDB=0.0125792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.912;QD=16.2354;RBI=0.0250774;REFB=-0.00489053;REVB=-0.0216943;RO=63;SAF=26;SAR=25;SRF=19;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206126;STB=0.614551;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00357011;OID=.;OPOS=94826655;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:51:51:0.447368:25:26:19:44:25:26:19:44 chr5 94833109 . C T 277.75 PASS AF=0.340206;AO=33;DP=97;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.0207736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.64;QD=11.4536;RBI=0.0219952;REFB=-0.0051697;REVB=0.00722811;RO=62;SAF=24;SAR=9;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168035;STB=0.589964;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0135077;OID=.;OPOS=94833109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:62:64:33:33:0.340206:9:24:37:25:9:24:39:25 chr5 94861118 . G C 219.07 PASS AF=0.307692;AO=28;DP=91;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0281225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0226;QD=9.62931;RBI=0.0297167;REFB=-0.000598837;REVB=-0.00960221;RO=63;SAF=18;SAR=10;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180984;STB=0.606664;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00208505;OID=.;OPOS=94861118;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:63:63:28:28:0.307692:10:18:31:32:10:18:31:32 chr5 94939193 . A G 361.11 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.0106337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.78;QD=15.2047;RBI=0.0131099;REFB=-0.0020824;REVB=-0.00766767;RO=56;SAF=18;SAR=21;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110793;STB=0.562469;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00231623;OID=.;OPOS=94939193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:21:18:20:36:21:18:20:36 chr5 94957676 . A T 164.73 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0458277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1622;QD=14.9753;RBI=0.0461916;REFB=-0.0267103;REVB=0.00578644;RO=26;SAF=5;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189509;STB=0.580553;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.038848;OID=.;OPOS=94957676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:26:26:17:18:0.409091:12:5:12:14:12:6:12:14 chr5 94994339 . A G 429.3 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0275566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.993;QD=19.7379;RBI=0.0733248;REFB=0.00652092;REVB=0.0679497;RO=44;SAF=28;SAR=15;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102076;STB=0.556791;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.0063505;OID=.;OPOS=94994339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:15:28:24:20:15:28:24:20 chr5 95084131 . G A 2030.59 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165065;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.327;QD=62.4797;RBI=0.0177813;REFB=0;REVB=-0.00661119;RO=0;SAF=49;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3659e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22624e-05;OID=.;OPOS=95084131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:129:130:1:80:49:0:0:81:49:0:0 chr5 95091194 . C T 2319.04 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00695891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.472;QD=61.0274;RBI=0.04114;REFB=0;REVB=0.0405472;RO=0;SAF=68;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56231e-05;OID=.;OPOS=95091194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:151:152:1:83:68:0:0:84:68:0:0 chr5 95091201 . A G 2337.52 PASS AF=0.987261;AO=155;DP=158;FAO=155;FDP=157;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0128118;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.426;QD=59.5546;RBI=0.0131073;REFB=-0.0460717;REVB=-0.0027673;RO=1;SAF=69;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00549992;STB=0.500707;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00103473;OID=.;OPOS=95091201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:158:157:1:2:155:155:0.987261:86:69:0:1:86:69:1:1 chr5 95194571 . T C 1513.26 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2519;QD=59.9312;RBI=0.0567403;REFB=0;REVB=-0.0537601;RO=0;SAF=42;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000445475;OID=.;OPOS=95194571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:59:42:0:0:59:42:0:0 chr5 95194593 . G T 1559.09 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.04;QD=63.6362;RBI=0.021121;REFB=0;REVB=-0.00943277;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000910717;OID=.;OPOS=95194593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:50:46:0:0:52:46:0:0 chr5 95222277 . C T 92.86 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00328347;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.631;QD=8.84367;RBI=0.0926672;REFB=-0.0170882;REVB=-0.0926091;RO=29;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217586;STB=0.644916;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0292949;OID=.;OPOS=95222277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:43:42:29:30:12:12:0.285714:4:8:14:15:4:8:14:16 chr5 95234350 . A G 119.2 PASS AF=0.3125;AO=13;DP=46;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00966171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.999;QD=9.93308;RBI=0.0243829;REFB=-0.0151762;REVB=-0.022387;RO=30;SAF=11;SAR=2;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.535741;STB=0.748993;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0460932;OID=.;OPOS=95234350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:30:33:13:15:0.3125:2:11:12:18:4:11:12:21 chr5 95234377 . C T 155.44 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0206393;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0169;QD=10.72;RBI=0.0207413;REFB=-0.0148301;REVB=0.00205397;RO=34;SAF=15;SAR=5;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454731;STB=0.786615;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0270607;OID=.;OPOS=95234377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:38:20:20:0.344828:5:15:11:23:5:15:11:27 chr5 95234392 . A C 149.95 PASS AF=0.283784;AO=21;DP=75;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=0.0228354;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.65;QD=8.10538;RBI=0.0323761;REFB=-0.0105967;REVB=-0.0229512;RO=49;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306306;STB=0.698716;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0286869;OID=.;OPOS=95234392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:49:53:21:21:0.283784:9:12:15:34:9:12:15:38 chr5 95236415 . G A 253.1 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00184889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.003;QD=15.1104;RBI=0.0451135;REFB=-0.0149403;REVB=-0.0450756;RO=38;SAF=19;SAR=10;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00302022;STB=0.501709;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0219253;OID=.;OPOS=95236415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:10:19:25:13:10:19:25:13 chr5 95236459 . C T 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0154494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.628;QD=16.6613;RBI=0.0236419;REFB=-0.0265315;REVB=-0.0178957;RO=32;SAF=18;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497671;STB=0.528041;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0322039;OID=.;OPOS=95236459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:10:18:19:13:10:18:19:13 chr5 95728898 . C G 694.22 PASS AF=0.584071;AO=66;DP=114;FAO=66;FDP=113;FR=.;FRO=47;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0394805;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6335;QD=24.574;RBI=0.0414686;REFB=-0.0324645;REVB=-0.0126861;RO=47;SAF=39;SAR=27;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377048;STB=0.52053;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0200045;OID=.;OPOS=95728898;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:47:47:66:66:0.584071:27:39:30:17:27:39:30:17 chr5 95728974 . G C 223.32 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0046154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.714;QD=20.7736;RBI=0.045552;REFB=-0.0233803;REVB=0.0453175;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1716;STB=0.584342;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0284535;OID=.;OPOS=95728974;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:21:22:0.511628:10:11:15:6:10:12:15:6 chr5 95865526 . G A 306.3 PASS AF=0.31746;AO=40;DP=126;FAO=40;FDP=126;FR=.;FRO=86;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=61;FWDB=0.0343798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.184;QD=9.7238;RBI=0.0601114;REFB=0.000487041;REVB=0.0493093;RO=86;SAF=20;SAR=20;SRF=25;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248404;STB=0.642792;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000135366;OID=.;OPOS=95865526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:86:86:40:40:0.31746:20:20:25:61:20:20:25:61 chr5 96079387 . C T 325.14 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00278252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7863;QD=22.4234;RBI=0.0162507;REFB=-0.0241138;REVB=-0.0160107;RO=25;SAF=6;SAR=27;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270434;STB=0.650961;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0131053;OID=.;OPOS=96079387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:27:6:11:14:27:6:11:14 chr5 96079402 . C T 335.08 PASS AF=0.576271;AO=33;DP=60;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0243376;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.747;QD=22.717;RBI=0.0264204;REFB=-0.0092743;REVB=0.0102819;RO=25;SAF=6;SAR=27;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235707;STB=0.634472;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00627356;OID=.;OPOS=96079402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:25:25:33:34:0.576271:27:6:10:15:28:6:10:15 chr5 96093222 . G A 2922.1 PASS AF=1;AO=183;DP=184;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5389;QD=63.1806;RBI=0.0475086;REFB=0;REVB=0.044368;RO=1;SAF=85;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556847;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97378e-05;OID=.;OPOS=96093222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:185:1:0:183:185:1:98:85:1:0:99:86:0:0 chr5 96118852 . G C 959.29 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.618;QD=56.4291;RBI=0.0103195;REFB=-0.128731;REVB=0.00141735;RO=2;SAF=52;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235572;STB=0.517236;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00747481;OID=.;OPOS=96118852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:2:1:66:67:0.985294:14:52:1:1:14:53:0:1 chr5 96121524 . C T 1960.83 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.046;QD=61.7585;RBI=0.0503627;REFB=0;REVB=0.00542551;RO=0;SAF=66;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107672;OID=.;OPOS=96121524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:127:0:0:123:127:1:57:66:0:0:59:68:0:0 chr5 96122260 . T A,G 1482.33 PASS AF=0.049505,0.950495;AO=6,95;DP=101;FAO=5,96;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=4,53;FSAR=1,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136944,0.0163028;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=163.011,97.2551;QD=58.7063;RBI=0.0140946,0.0308454;REFB=0,0;REVB=-0.00333496,0.0261851;RO=0;SAF=4,53;SAR=2,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.69587e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.18496,-0.000541246;OID=.,.;OPOS=96122260,96122260;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:101:101:0:0:6,95:5,96:0.049505,0.950495:2,42:4,53:0:0:1,43:4,53:0:0 chr5 96124330 . T C 3354.23 PASS AF=1;AO=214;DP=214;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00176266;FXX=0.00454525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9988;QD=61.2645;RBI=0.0803209;REFB=-0.0611889;REVB=0.0803016;RO=0;SAF=117;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069848;OID=.;OPOS=96124330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:214:219:0:0:214:219:1:97:117:0:0:101:118:0:0 chr5 96126308 . A G 1452.85 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3152;QD=63.1676;RBI=0.0793741;REFB=0;REVB=0.0744897;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383447;OID=.;OPOS=96126308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:48:44:0:0:48:44:0:0 chr5 96129512 . A G 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.145;QD=64.0214;RBI=0.0265121;REFB=0;REVB=0.0240345;RO=0;SAF=54;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58473e-06;OID=.;OPOS=96129512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:44:54:0:0:44:54:0:0 chr5 96130836 . T C 469.06 PASS AF=0.5;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0449727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.796;QD=20.3939;RBI=0.0458302;REFB=-0.0201946;REVB=0.00882377;RO=44;SAF=20;SAR=26;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231811;STB=0.511085;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0149418;OID=.;OPOS=96130836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:44:46:46:46:0.5:26:20:18:26:26:20:19:27 chr5 96139250 . C G 1828.28 PASS AF=0.991935;AO=108;DP=109;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00278939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.316;QD=58.9766;RBI=0.0363667;REFB=-0.129774;REVB=0.0362596;RO=1;SAF=51;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921638;STB=0.504132;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000218225;OID=.;OPOS=96139250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:109:124:1:1:108:123:0.991935:57:51:1:0:63:60:1:0 chr5 96139464 . C T 627.89 PASS AF=0.445205;AO=64;DP=148;FAO=65;FDP=146;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.00566672;FXX=0.0201329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.034;QD=17.2023;RBI=0.0115457;REFB=-0.015541;REVB=-0.0100594;RO=79;SAF=35;SAR=29;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00257129;STB=0.509551;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0198633;OID=.;OPOS=96139464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:146:79:81:64:65:0.445205:29:35:43:36:30:35:45:36 chr5 96231000 . G T 3366.3 PASS AF=1;AO=216;DP=216;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00514115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.081;QD=62.3389;RBI=0.00517948;REFB=0;REVB=-0.000628939;RO=0;SAF=115;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97424e-07;OID=.;OPOS=96231000;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:216:216:0:0:216:216:1:101:115:0:0:101:115:0:0 chr5 96232142 . T A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0816012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.265;QD=58.9622;RBI=0.0816031;REFB=0;REVB=-0.000553832;RO=0;SAF=15;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87412e-05;OID=.;OPOS=96232142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:51:15:0:0:51:15:0:0 chr5 96235896 . A G 857.33 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125566;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.008;QD=56.2186;RBI=0.020819;REFB=-0.0532033;REVB=0.0166061;RO=1;SAF=26;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017801;STB=0.509088;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000321299;OID=.;OPOS=96235896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:59:60:0.983607:33:26:1:0:33:27:1:0 chr5 96237326 . G A 2058.52 PASS AF=0.978102;AO=134;DP=137;FAO=134;FDP=137;FR=.;FRO=3;FSAF=79;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0446839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0229;QD=60.1029;RBI=0.0719003;REFB=0.0325135;REVB=0.0563294;RO=3;SAF=79;SAR=55;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252179;STB=0.513272;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.000188605;OID=.;OPOS=96237326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:137:137:3:3:134:134:0.978102:55:79:0:3:55:79:0:3 chr5 96245343 . C T 1113.81 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116967;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.923;QD=60.206;RBI=0.0195651;REFB=0;REVB=-0.0156838;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06979e-05;OID=.;OPOS=96245343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:30:43:0:0:30:44:0:0 chr5 96245439 . C T 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.537;QD=59.5018;RBI=0.0496718;REFB=0;REVB=0.0145087;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8353e-05;OID=.;OPOS=96245439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr5 96249115 . C T 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.054;QD=64.1539;RBI=0.014484;REFB=0;REVB=0.0100145;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97651e-05;OID=.;OPOS=96249115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:48:51:0:0:48:51:0:0 chr5 96315246 . CATAAA ACAATA,CACAAT,CATAA 122.05 PASS AF=0.0666667,0.266667,0.366667;AO=6,2,6;DP=37;FAO=2,8,11;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=0,0,10;FSAR=2,8,1;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0186949,0.0187588,0.180436;FXX=0.189138;HRUN=2,1,8;LEN=5,4,1;MLLD=101.948,110.321,6.75549;QD=16.2737;RBI=0.111007,0.0582303,0.194434;REFB=-0.00549306,-0.0101808,-0.112516;REVB=0.109421,0.055126,0.0724414;RO=12;SAF=0,0,6;SAR=6,2,0;SRF=11;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.830995,-0.773311,0.669333;STB=0.997267,0.998675,0.526265;STBP=0.016,0,0.908;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0.105903,0.101038,-0.0524607;OID=.,.,.;OPOS=96315246,96315248,96315249;OREF=CATAA,TAAA,A;OALT=ACAAT,CAAT,-;OMAPALT=ACAATA,CACAAT,CATAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:34:37:30:12:9:6,2,6:2,8,11:0.0666667,0.266667,0.366667:6,2,0:0,0,6:11:1:2,8,1:0,0,10:8:1 chr5 96350710 . G A 331.72 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00957132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.091;QD=12.6369;RBI=0.0193897;REFB=-0.0145492;REVB=-0.0168627;RO=64;SAF=26;SAR=14;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200142;STB=0.609915;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0179169;OID=.;OPOS=96350710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:65:40:40:0.380952:14:26:30:34:14:26:31:34 chr5 96498783 . G A 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.00662072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.361;QD=13.8995;RBI=0.00687852;REFB=-0.00880792;REVB=-0.00186551;RO=34;SAF=12;SAR=12;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18195;STB=0.603366;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0196161;OID=.;OPOS=96498783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:12:12:23:11:12:12:23:11 chr5 96503523 . C T 73.92 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0022261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.854;QD=10.9504;RBI=0.0024526;REFB=-0.0132913;REVB=0.00102942;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411477;STB=0.744218;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0309048;OID=.;OPOS=96503523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:27:27:17:17:10:10:0.37037:7:3:12:5:7:3:12:5 chr5 96512865 . T A 337.75 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0165347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.728;QD=15.0112;RBI=0.021399;REFB=-0.00883484;REVB=0.0135839;RO=53;SAF=14;SAR=23;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603351;STB=0.534193;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0119829;OID=.;OPOS=96512865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:23:14:23:30:23:14:23:30 chr5 96512871 . T A 337.75 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0149723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.962;QD=15.0113;RBI=0.029389;REFB=0.00390763;REVB=0.0252892;RO=53;SAF=14;SAR=23;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603351;STB=0.534193;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00623914;OID=.;OPOS=96512871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:23:14:23:30:23:14:23:30 chr5 96513471 . G C 243.17 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0346455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7659;QD=12.7986;RBI=0.0346506;REFB=-0.0346101;REVB=0.000598834;RO=47;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216756;STB=0.623909;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0389601;OID=.;OPOS=96513471;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:12:17:18:29:12:17:18:29 chr5 96518792 . T G 751.59 PASS AF=1;AO=41;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8017;QD=61.3541;RBI=0.111874;REFB=0;REVB=0.109134;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0102943;OID=.;OPOS=96518792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:41:49:1:22:19:0:0:30:19:0:0 chr5 96519225 . G A 93.06 PASS AF=0.186047;AO=16;DP=86;FAO=16;FDP=86;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.0432222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5582;QD=4.32824;RBI=0.0500582;REFB=-0.00139613;REVB=-0.025252;RO=70;SAF=6;SAR=10;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294201;STB=0.687979;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00471866;OID=.;OPOS=96519225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:86:86:70:70:16:16:0.186047:10:6:43:27:10:6:43:27 chr5 97014421 . T C 386.71 PASS AF=0.584615;AO=35;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0281366;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.8445;QD=23.7977;RBI=0.0311682;REFB=0.0171677;REVB=-0.0134085;RO=22;SAF=14;SAR=21;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268292;STB=0.526978;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.0128293;OID=.;OPOS=97014421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:22:27:35:38:0.584615:21:14:8:14:23:15:9:18 chr5 98115828 . A G 389.09 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00766773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.816;QD=18.7514;RBI=0.00780732;REFB=-0.0181211;REVB=-0.00146974;RO=42;SAF=13;SAR=27;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126552;STB=0.565781;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0244563;OID=.;OPOS=98115828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:43:40:40:0.481928:27:13:19:23:27:13:19:24 chr5 98131505 . A G 195.54 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0327421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.681;QD=12.6154;RBI=0.0346074;REFB=-0.016459;REVB=-0.0112083;RO=38;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896452;STB=0.551587;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0244366;OID=.;OPOS=98131505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:14:10:19:19:14:10:19:19 chr5 100068875 . C T 628.71 PASS AF=0.484848;AO=63;DP=131;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0219888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2246;QD=19.0519;RBI=0.0325717;REFB=-0.0234825;REVB=-0.0240293;RO=68;SAF=42;SAR=21;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231169;STB=0.630457;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0179379;OID=.;OPOS=100068875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:68:68:63:64:0.484848:21:42:29:39:21:43:29:39 chr5 100145388 . A C 817.64 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4415;QD=57.3781;RBI=0.0713343;REFB=0;REVB=0.0683392;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541442;OID=.;OPOS=100145388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr5 100145662 . A AACAC,C 259.95 PASS AF=0.560976,0;AO=19,3;DP=62;FAO=23,0;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=14,0;FSAR=9,0;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0071546,-0.0331066;FXX=0.163232;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=158.651,53.357;QD=25.3606;RBI=0.043348,0.0423451;REFB=-0.0914558,-0.023011;REVB=0.0427535,-0.0264019;RO=33;SAF=13,0;SAR=6,3;SRF=20;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0940035,-0.582085;STB=0.580579,0.5;STBP=0.3,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0621009,0;OID=.,.;OPOS=100145663,100145662;OREF=-,A;OALT=ACAC,C;OMAPALT=AACAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:41:33:18:19,3:23,0:0.560976,0:6,3:13,0:20:13:9,0:14,0:14:4 chr5 100146436 . T A 40.24 PASS AF=0.102273;AO=5;DP=84;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=24;FWDB=-0.00299317;FXX=0.0112347;HRUN=9;LEN=1;MLLD=184.156;QD=1.82931;RBI=0.0159284;REFB=0.000268779;REVB=-0.0156447;RO=73;SAF=0;SAR=5;SRF=54;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.651141;STB=0.932598;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0103754;OID=.;OPOS=100146436;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:84:88:73:79:5:9:0.102273:5:0:54:19:8:1:55:24 chr5 100146447 . G T 1585.15 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193272;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.905;QD=58.7092;RBI=0.0207777;REFB=0;REVB=-0.00762714;RO=0;SAF=39;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.73878e-06;OID=.;OPOS=100146447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:108:0:0:100:108:1:61:39:0:0:61:47:0:0 chr5 101599479 . C T 232.44 PASS AF=0.378378;AO=27;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.000157788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.294;QD=12.5644;RBI=0.0112631;REFB=-0.000828943;REVB=0.011262;RO=46;SAF=12;SAR=15;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372393;STB=0.508715;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00124351;OID=.;OPOS=101599479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:27:28:0.378378:15:12:22:24:15:13:22:24 chr5 101638381 . G A 211.82 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.017767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.848;QD=10.0866;RBI=0.0189134;REFB=-0.000686662;REVB=0.00648443;RO=56;SAF=11;SAR=16;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128177;STB=0.580985;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00132397;OID=.;OPOS=101638381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:56:57:27:27:0.321429:16:11:29:27:16:11:30:27 chr5 101816104 . G A 232.49 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.102529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3476;QD=17.8838;RBI=0.115083;REFB=-0.0176178;REVB=-0.0522676;RO=25;SAF=8;SAR=17;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401997;STB=0.550214;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0143094;OID=.;OPOS=101816104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:27:25:25:0.480769:17:8:9:16:17:8:11:16 chr5 102345546 . A C 345.23 PASS AF=0.375;AO=42;DP=112;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.0137013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.14;QD=12.3297;RBI=0.0165915;REFB=-0.00464266;REVB=-0.00935692;RO=70;SAF=23;SAR=19;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114489;STB=0.565223;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00682642;OID=.;OPOS=102345546;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:70:70:42:42:0.375:19:23:31:39:19:23:31:39 chr5 102365186 . G A 441.17 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00247824;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.173;QD=22.0584;RBI=0.0169404;REFB=-0.0124475;REVB=-0.0167581;RO=35;SAF=22;SAR=21;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488396;STB=0.538444;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.011548;OID=.;OPOS=102365186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:35:37:43:43:0.5375:21:22:20:15:21:22:22:15 chr5 102365426 . C CAG 399.33 PASS AF=0.42;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.00695553;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=275.525;QD=15.973;RBI=0.00760988;REFB=-0.00722758;REVB=-0.0030872;RO=59;SAF=24;SAR=18;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152335;STB=0.590866;STBP=0.123;TYPE=ins;VARB=0.00775407;OID=.;OPOS=102365427;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42:42:101:42:100:58:24:18:24:34:99:59:24:18:25:34 chr5 102433409 . G A 947.72 PASS AF=0.462963;AO=96;DP=212;FAO=100;FDP=216;FR=.;FRO=116;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=62;FSRR=54;FWDB=-0.00776825;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.439;QD=17.5505;RBI=0.0111421;REFB=-0.0175838;REVB=-0.00798755;RO=114;SAF=51;SAR=45;SRF=62;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124168;STB=0.508402;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0230145;OID=.;OPOS=102433409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:216:114:116:96:100:0.462963:45:51:62:52:45:55:62:54 chr5 102512570 . C CA 1224.93 PASS AF=1;AO=103;DP=107;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193115;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.4835;QD=46.6641;RBI=0.109956;REFB=0;REVB=-0.108247;RO=1;SAF=59;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106617;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00167018;OID=.;OPOS=102512571;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:103:107:105:105:0:60:45:0:0:23:1:59:44:0:1 chr5 102520400 . A C 228.76 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00210288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4256;QD=16.0531;RBI=0.0389279;REFB=-0.00872777;REVB=0.0388711;RO=31;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00367081;STB=0.502073;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00937068;OID=.;OPOS=102520400;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:11:15:18:13:11:15:18:13 chr5 102538752 . T C 1090.84 PASS AF=0.556757;AO=102;DP=184;FAO=103;FDP=185;FR=.;FRO=82;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0155175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7792;QD=23.5857;RBI=0.0802631;REFB=-0.0121965;REVB=0.0787488;RO=79;SAF=49;SAR=53;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208097;STB=0.50105;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0109302;OID=.;OPOS=102538752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:79:82:102:103:0.556757:53:49:40:39:53:50:40:42 chr5 102614327 . C T 954.97 PASS AF=0.378007;AO=109;DP=291;FAO=110;FDP=291;FR=.;FRO=181;FSAF=67;FSAR=43;FSRF=86;FSRR=95;FWDB=-0.0462178;FXX=0.00342454;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9867;QD=13.1267;RBI=0.0487776;REFB=-0.00441753;REVB=0.0155939;RO=181;SAF=66;SAR=43;SRF=86;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14556;STB=0.58425;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00748345;OID=.;OPOS=102614327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:181:181:109:110:0.378007:43:66:86:95:43:67:86:95 chr5 102891695 . A G 362.91 PASS AF=0.372881;AO=44;DP=118;FAO=44;FDP=118;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=0.0290938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.678;QD=12.302;RBI=0.0290949;REFB=-0.00724906;REVB=-0.000263033;RO=74;SAF=22;SAR=22;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134147;STB=0.576237;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0141928;OID=.;OPOS=102891695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:74:74:44:44:0.372881:22:22:28:46:22:22:28:46 chr5 102895913 . C T 275.64 PASS AF=0.305785;AO=38;DP=122;FAO=37;FDP=121;FR=.;FRO=84;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.00926302;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.702;QD=9.11191;RBI=0.012552;REFB=-0.00347654;REVB=-0.00847044;RO=83;SAF=18;SAR=20;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187273;STB=0.503369;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00812014;OID=.;OPOS=102895913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:83:84:38:37:0.305785:20:18:38:45:20:17:39:45 chr5 105889178 . T C 707.78 PASS AF=0.486111;AO=70;DP=139;FAO=70;FDP=144;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=51;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.00303435;FXX=0.00689608;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.434;QD=19.6605;RBI=0.00318211;REFB=-0.00895565;REVB=-0.000958401;RO=69;SAF=19;SAR=51;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247988;STB=0.65069;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0110305;OID=.;OPOS=105889178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:144:69:74:70:70:0.486111:51:19:36:33:51:19:40:34 chr5 108133967 . A G 508.85 PASS AF=0.5;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.02076;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.7319;QD=20.7694;RBI=0.0254572;REFB=-0.0102637;REVB=0.014734;RO=48;SAF=29;SAR=20;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834942;STB=0.541579;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00552111;OID=.;OPOS=108133967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:48:49:49:49:0.5:20:29:24:24:20:29:25:24 chr5 108672755 . T A 2080.17 PASS AF=0.992593;AO=133;DP=134;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138687;FXX=0.0073524;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.287;QD=61.6348;RBI=0.014961;REFB=-0.105753;REVB=-0.00561178;RO=1;SAF=52;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583254;STB=0.50303;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=8.7788e-05;OID=.;OPOS=108672755;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:135:1:1:133:134:0.992593:81:52:0:1:82:52:0:1 chr5 108672946 . C T 1102.16 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00119058;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.702;QD=60.3924;RBI=0.0292738;REFB=0;REVB=-0.0292496;RO=0;SAF=50;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.51353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175678;OID=.;OPOS=108672946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:23:50:0:0:23:50:0:0 chr5 109035301 . TT AG,TTAAAG,TTAGAG 735.5 PASS AF=0.0701754,0.526316,0.385965;AO=3,29,22;DP=57;FAO=4,30,22;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=4,13,8;FSAR=0,17,14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0158537,0.00165517,0.0121276;FXX=0;HRUN=2,1,1;LEN=2,4,4;MLLD=75.908,187.693,169.341;QD=51.6142;RBI=0.0359354,0.0181272,0.0210677;REFB=0.0478021,0.0455033,0.0659298;REVB=0.0322492,0.0180515,0.017227;RO=0;SAF=3,13,8;SAR=0,16,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.518506,0.529385;STBP=1,0.317,0.28;TYPE=mnp,ins,ins;VARB=0.0228472,0.00147138,-0.000924806;OID=.,.,.;OPOS=109035301,109035303,109035303;OREF=TT,-,-;OALT=AG,AAAG,AGAG;OMAPALT=AG,TTAAAG,TTAGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:57:57:0:1:3,29,22:4,30,22:0.0701754,0.526316,0.385965:0,16,14:3,13,8:0:0:0,17,14:4,13,8:1:0 chr5 109035330 . G A 304.84 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0369222;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.9803;QD=16.9357;RBI=0.0370204;REFB=-0.0160047;REVB=-0.00269454;RO=37;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103353;STB=0.541642;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.018139;OID=.;OPOS=109035330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:33:34:0.472222:16:17:15:22:17:17:16:22 chr5 109035496 . A G 400.43 PASS AF=0.633333;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0314743;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.879;QD=26.6955;RBI=0.035745;REFB=-0.0132142;REVB=-0.0169432;RO=23;SAF=18;SAR=20;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875328;STB=0.557492;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00479255;OID=.;OPOS=109035496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:23:22:38:38:0.633333:20:18:8:15:20:18:7:15 chr5 109117171 . A G 2756.06 PASS AF=0.988827;AO=176;DP=182;FAO=177;FDP=179;FR=.;FRO=2;FSAF=140;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00377264;FXX=0.0218567;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5574;QD=61.588;RBI=0.0347338;REFB=-0.0834196;REVB=0.0345283;RO=1;SAF=139;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126894;STB=0.513156;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00330507;OID=.;OPOS=109117171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:182:179:1:2:176:177:0.988827:37:139:0:1:37:140:0:2 chr5 109181682 . A T 1492.39 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.807;QD=63.5061;RBI=0.044765;REFB=0;REVB=0.0351368;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41721e-05;OID=.;OPOS=109181682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:91:94:1:49:42:0:0:50:44:0:0 chr5 109190935 . TCTC T 2369.47 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255756;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=3;MLLD=156.906;QD=63.6099;RBI=0.0282462;REFB=0;REVB=-0.011989;RO=0;SAF=69;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.07191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.34551e-05;OID=.;OPOS=109190936;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:144:145:149:149:0:71:78:0:0:13:0:69:75:0:0 chr5 110408597 . C T 1063.83 PASS AF=0.512563;AO=102;DP=199;FAO=102;FDP=199;FR=.;FRO=97;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=0.00179184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.892;QD=21.3835;RBI=0.0057886;REFB=-0.000214873;REVB=0.00550428;RO=97;SAF=39;SAR=63;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157242;STB=0.586293;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.000192882;OID=.;OPOS=110408597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:97:97:102:102:0.512563:63:39:54:43:63:39:54:43 chr5 110439509 . A G 479.43 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00438026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6633;QD=19.9763;RBI=0.0154407;REFB=-0.00281424;REVB=-0.0148064;RO=49;SAF=14;SAR=33;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210354;STB=0.617214;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00272478;OID=.;OPOS=110439509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:33:14:25:24:33:14:25:24 chr5 110456704 . A T 277.61 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00557183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.754;QD=16.0934;RBI=0.00626694;REFB=-0.0146661;REVB=0.00286867;RO=38;SAF=19;SAR=12;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236895;STB=0.633248;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0204696;OID=.;OPOS=110456704;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:12:19:14:24:12:19:14:24 chr5 110784822 . A G 2337.03 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=156;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0238176;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5513;QD=60.3105;RBI=0.0238364;REFB=-0.0947171;REVB=-0.00094583;RO=0;SAF=75;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503144;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000286794;OID=.;OPOS=110784822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:155:0:1:154:154:0.993548:79:75:0:0:79:75:0:1 chr5 110819753 . G C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=364.068;QD=58.0611;RBI=0.0165868;REFB=0;REVB=0.00686064;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95378e-05;OID=.;OPOS=110819753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr5 111500816 . C CTAAAA 947.56 PASS AF=0.528409;AO=89;DP=182;FAO=93;FDP=176;FR=.;FRO=83;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.00356884;FXX=0.0167588;HRUN=1;LEN=5;MLLD=254.74;QD=21.5354;RBI=0.00573789;REFB=-0.0153739;REVB=-0.00449296;RO=85;SAF=38;SAR=51;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102099;STB=0.558333;STBP=0.12;TYPE=ins;VARB=0.0128389;OID=.;OPOS=111500817;OREF=-;OALT=TAAAA;OMAPALT=CTAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.528409:89:182:93:176:83:39:54:45:38:99:85:38:51:46:39 chr5 111504479 . C T 2684.77 PASS AF=1;AO=171;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421282;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.314;QD=62.4365;RBI=0.0435644;REFB=0;REVB=0.0110937;RO=0;SAF=84;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42935e-05;OID=.;OPOS=111504479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:171:172:1:87:84:0:0:88:84:0:0 chr5 111506069 . G A 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.247;QD=60.5471;RBI=0.0226895;REFB=0;REVB=0.0112329;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60618e-05;OID=.;OPOS=111506069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:40:35:0:0:40:35:0:0 chr5 111519740 . T C 3318.14 PASS AF=1;AO=214;DP=217;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248959;FXX=0.0138242;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.173;QD=62.0213;RBI=0.0497961;REFB=-0.0818447;REVB=0.0431259;RO=0;SAF=124;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158447;OID=.;OPOS=111519740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:217:214:0:0:214:214:1:90:124:0:0:90:124:0:0 chr5 111530284 . A G 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6743;QD=56.954;RBI=0.0679795;REFB=0;REVB=0.0340654;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125226;OID=.;OPOS=111530284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr5 111545670 . C G 1541.07 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00532018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.433;QD=59.8473;RBI=0.0106146;REFB=0;REVB=-0.00918509;RO=0;SAF=43;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55001e-05;OID=.;OPOS=111545670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:59:43:0:0:59:44:0:0 chr5 112164561 . G A 360.76 PASS AF=0.390909;AO=43;DP=110;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.00871476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4337;QD=13.1186;RBI=0.0278394;REFB=0.00550894;REVB=0.0264402;RO=66;SAF=23;SAR=20;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211347;STB=0.507636;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.0101819;OID=.;OPOS=112164561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:66:67:43:43:0.390909:20:23:34:32:20:23:35:32 chr5 112175770 . G A 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.013015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.157;QD=16.9229;RBI=0.0206369;REFB=-0.00885032;REVB=-0.0160154;RO=34;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109163;STB=0.561142;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0148886;OID=.;OPOS=112175770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:16:14:12:22:16:14:12:22 chr5 112176325 . G A 231.83 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0252203;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.807;QD=16.5595;RBI=0.0596785;REFB=-0.0679028;REVB=-0.0540875;RO=18;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27948;STB=0.563331;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0501284;OID=.;OPOS=112176325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:18:30:25:26:0.464286:15:10:14:4:16:10:15:15 chr5 112176559 . T G 184.82 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0539211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.965;QD=12.1194;RBI=0.0544295;REFB=-0.0231846;REVB=0.00742193;RO=38;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707387;STB=0.540854;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0308704;OID=.;OPOS=112176559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:10:13:19:19:10:13:19:19 chr5 112176756 . T A 172.0 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.00941382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3893;QD=9.29727;RBI=0.0212921;REFB=0.00494388;REVB=0.019098;RO=51;SAF=12;SAR=11;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101483;STB=0.559712;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.0180083;OID=.;OPOS=112176756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:51:23:23:0.310811:11:12:31:20:11:12:31:20 chr5 112177171 . G A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00950997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.803;QD=20.8931;RBI=0.0328742;REFB=-0.0112289;REVB=0.0314686;RO=6;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066985;STB=0.538384;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00673524;OID=.;OPOS=112177171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:4:6:3:3:4:6:3:3 chr5 112179909 . C A 243.55 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0696352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3259;QD=15.4633;RBI=0.0748582;REFB=-0.0135722;REVB=-0.0274715;RO=35;SAF=9;SAR=18;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31937;STB=0.664314;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00660815;OID=.;OPOS=112179909;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:35:35:27:28:0.444444:18:9:23:12:18:10:23:12 chr5 112180257 . C T 96.37 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0617291;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1094;QD=20.2882;RBI=0.0864777;REFB=0.0378779;REVB=-0.0605632;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104359;STB=0.559889;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.0264447;OID=.;OPOS=112180257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:19:8:8:11:11:0.578947:7:4:4:4:7:4:4:4 chr5 112197082 . C T 150.31 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.034358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.501;QD=9.85668;RBI=0.03922;REFB=-0.0300877;REVB=-0.018914;RO=40;SAF=11;SAR=9;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285139;STB=0.509082;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0528423;OID=.;OPOS=112197082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:41:20:20:0.327869:9:11:21:19:9:11:22:19 chr5 112227799 . A G 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0122681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.25;QD=24.8187;RBI=0.0129606;REFB=-0.0148095;REVB=0.00417968;RO=18;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927516;STB=0.55168;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00901911;OID=.;OPOS=112227799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:16:8:8:10:16:8:8:10 chr5 112227939 . T C 354.15 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=113;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=-0.00151181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.42;QD=12.5362;RBI=0.0389618;REFB=-0.0252153;REVB=0.0389325;RO=70;SAF=23;SAR=20;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119607;STB=0.567819;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0403585;OID=.;OPOS=112227939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:70:70:43:43:0.380531:20:23:45:25:20:23:45:25 chr5 112228657 . C T 179.83 PASS AF=0.303797;AO=24;DP=79;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0141437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.322;QD=9.10541;RBI=0.0198896;REFB=-0.017038;REVB=-0.0139839;RO=55;SAF=13;SAR=11;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810528;STB=0.547905;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0418297;OID=.;OPOS=112228657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:55:55:24:24:0.303797:11:13:26:29:11:13:26:29 chr5 112228667 . GCCG ACCG,GCCA 998.52 PASS AF=0.467532,0.532468;AO=25,21;DP=78;FAO=36,41;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=18,19;FSAR=18,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264036,0.0570356;FXX=0.0128189;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.6793,59.7604;QD=51.8709;RBI=0.0358264,0.064461;REFB=0,0;REVB=0.0242152,0.030036;RO=0;SAF=7,0;SAR=18,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0735324,0.0268494;OID=.,.;OPOS=112228667,112228670;OREF=G,G;OALT=A,A;OMAPALT=ACCG,GCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:78:77:0:0:25,21:36,41:0.467532,0.532468:18,21:7,0:0:0:18,22:18,19:0:0 chr5 112228765 . C A 944.45 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053918;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.9137;QD=58.1197;RBI=0.0264025;REFB=0;REVB=-0.0258461;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000307509;OID=.;OPOS=112228765;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr5 112257908 . T C 469.18 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0080247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.384;QD=17.061;RBI=0.00848123;REFB=-0.0229636;REVB=0.00274507;RO=56;SAF=23;SAR=28;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965513;STB=0.566937;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0282228;OID=.;OPOS=112257908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:59:51:51:0.463636:28:23:31:25:28:23:34:25 chr5 112312528 . T C 128.94 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0775091;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3446;QD=11.9947;RBI=0.0924875;REFB=-0.0355357;REVB=-0.0504606;RO=28;SAF=12;SAR=3;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080407;STB=0.547878;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0697297;OID=.;OPOS=112312528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:28:28:15:15:0.348837:3:12:21:7:3:12:21:7 chr5 112312676 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.653;QD=57.8849;RBI=0.0420934;REFB=0;REVB=0.0190486;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30425e-05;OID=.;OPOS=112312676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr5 112321578 . C T 423.45 PASS AF=0.299465;AO=56;DP=187;FAO=56;FDP=187;FR=.;FRO=131;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=66;FSRR=65;FWDB=-0.00416644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.6;QD=9.0578;RBI=0.0113015;REFB=-0.00537108;REVB=0.0105054;RO=131;SAF=25;SAR=31;SRF=66;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691109;STB=0.540303;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0141509;OID=.;OPOS=112321578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:131:131:56:56:0.299465:31:25:66:65:31:25:66:65 chr5 112328377 . A G 284.56 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0160437;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.331;QD=15.1766;RBI=0.0179699;REFB=-0.00881096;REVB=0.00809408;RO=41;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432631;STB=0.524588;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00928508;OID=.;OPOS=112328377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:41:43:32:32:0.426667:15:17:20:21:15:17:21:22 chr5 112349070 . T C 141.97 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00101999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.041;QD=13.8504;RBI=0.0157449;REFB=-0.0010446;REVB=0.0157118;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127805;STB=0.574375;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0018508;OID=.;OPOS=112349070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:9:7:14:11:9:7:14:11 chr5 112349297 . T C 394.13 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0638115;FXX=0.028165;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3265;QD=22.8479;RBI=0.0681724;REFB=-0.0189969;REVB=-0.0239911;RO=31;SAF=10;SAR=29;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670059;STB=0.559197;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0145477;OID=.;OPOS=112349297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:31:30:39:39:0.565217:29:10:10:21:29:10:11:19 chr5 112351785 . TTA T,TTT 109.62 PASS AF=0.223529,0;AO=18,7;DP=98;FAO=19,0;FDP=85;FR=.;FRO=66;FSAF=4,0;FSAR=15,0;FSRF=53;FSRR=13;FWDB=0.119112,0.0188846;FXX=0.0860123;HRUN=5,7;LEN=2,1;MLLD=26.2849,18.8552;QD=5.15844;RBI=0.119927,0.0871697;REFB=-0.0242325,0.00611662;REVB=-0.0139588,-0.0850996;RO=53;SAF=3,1;SAR=15,6;SRF=42;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.673874,-0.667588;STB=0.883879,0.5;STBP=0.004,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0973814,0;OID=.,.;OPOS=112351786,112351787;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.223529,0:18,7:98:19,0:85:66:4,0:15,0:53:13:99:53:3,1:15,6:42:11 chr5 112357922 . T C 483.97 PASS AF=0.445378;AO=50;DP=119;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=0.00559944;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.403;QD=16.2679;RBI=0.0109746;REFB=-0.0016419;REVB=-0.00943868;RO=66;SAF=22;SAR=28;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095652;STB=0.569067;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00165756;OID=.;OPOS=112357922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:66:66:50:53:0.445378:28:22:23:43:28:25:23:43 chr5 112363022 . G T 843.14 PASS AF=0.43662;AO=91;DP=213;FAO=93;FDP=213;FR=.;FRO=120;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=60;FSRR=60;FWDB=0.0113136;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.559;QD=15.8336;RBI=0.021352;REFB=-0.00784145;REVB=0.0181083;RO=122;SAF=34;SAR=57;SRF=62;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141511;STB=0.571561;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00983702;OID=.;OPOS=112363022;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:122:120:91:93:0.43662:57:34:62:60:58:35:60:60 chr5 112384802 . G A 1572.58 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0718637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9579;QD=62.9034;RBI=0.0855535;REFB=-0.152114;REVB=0.046422;RO=0;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00177338;OID=.;OPOS=112384802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:0:1:99:99:0.99:45:54:0:0:45:54:0:1 chr5 112399791 . G A 291.65 PASS AF=0.362745;AO=34;DP=97;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.00593478;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2982;QD=11.4373;RBI=0.0279643;REFB=-0.0404811;REVB=-0.0273272;RO=61;SAF=21;SAR=13;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230433;STB=0.605607;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0978151;OID=.;OPOS=112399791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:102:61:65:34:37:0.362745:13:21:25:36:16:21:26:39 chr5 112406862 . G A 455.37 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0144559;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.81;QD=19.5857;RBI=0.0207881;REFB=-0.033232;REVB=0.0149389;RO=48;SAF=12;SAR=33;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119953;STB=0.566979;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0393707;OID=.;OPOS=112406862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:48:48:45:45:0.483871:33:12:18:30:33:12:18:30 chr5 112439941 . T C 1267.74 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0204;QD=60.3686;RBI=0.0493793;REFB=0.0654955;REVB=0.0483076;RO=1;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129728;STB=0.506848;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000441371;OID=.;OPOS=112439941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:1:1:82:83:0.988095:36:46:0:1:36:47:0:1 chr5 112479004 . T C 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.768;QD=59.6785;RBI=0.0182233;REFB=0;REVB=0.0104563;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74845e-05;OID=.;OPOS=112479004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr5 112823998 . C T 1540.99 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.115;QD=59.8443;RBI=0.0619731;REFB=0;REVB=0.0158019;RO=0;SAF=29;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93772e-05;OID=.;OPOS=112823998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:103:0:0:99:103:1:70:29:0:0:70:33:0:0 chr5 112824039 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0933227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.349;QD=43.4861;RBI=0.0991476;REFB=0;REVB=0.033483;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00270099;OID=.;OPOS=112824039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr5 112851001 . G A 208.2 PASS AF=0.179724;AO=37;DP=215;FAO=39;FDP=217;FR=.;FRO=178;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=109;FSRR=69;FWDB=-0.00261191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.669;QD=3.83777;RBI=0.0190163;REFB=-0.00237684;REVB=0.0188361;RO=174;SAF=23;SAR=14;SRF=107;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00910613;STB=0.519292;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0118969;OID=.;OPOS=112851001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:217:174:178:37:39:0.179724:14:23:107:67:16:23:109:69 chr5 113589389 . T A 1130.09 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00396022;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.754;QD=57.9532;RBI=0.00702956;REFB=-0.0422554;REVB=0.00580787;RO=2;SAF=43;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215001;STB=0.511361;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.000124129;OID=.;OPOS=113589389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:78:2:2:76:76:0.974359:33:43:2:0:33:43:2:0 chr5 113698544 . G C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00423305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.757;QD=49.5992;RBI=0.0251595;REFB=0;REVB=0.0248008;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107854;OID=.;OPOS=113698544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr5 113698631 . T TGCC 79.54 PASS AF=0.75;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0193441;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=3;MLLD=147.136;QD=26.5121;RBI=0.0249032;REFB=-0.0449303;REVB=0.0156837;RO=4;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300734;STB=0.555432;STBP=0.618;TYPE=ins;VARB=0.0142029;OID=.;OPOS=113698632;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=TGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:9:14:9:12:3:4:5:2:1:16:4:4:5:2:2 chr5 113829121 . A G 894.31 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00265545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.133;QD=55.0342;RBI=0.0207073;REFB=0.0175924;REVB=0.0205363;RO=1;SAF=25;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185128;STB=0.519225;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.000606856;OID=.;OPOS=113829121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:1:2:63:63:0.969231:38:25:1:0:38:25:2:0 chr5 114460539 . T C 861.59 PASS AF=0.580882;AO=79;DP=136;FAO=79;FDP=136;FR=.;FRO=57;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.00479378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.433;QD=25.3409;RBI=0.0109924;REFB=-0.00411307;REVB=0.00989209;RO=57;SAF=41;SAR=38;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483701;STB=0.526319;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00286953;OID=.;OPOS=114460539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:57:57:79:79:0.580882:38:41:26:31:38:41:26:31 chr5 114460580 . C G 605.0 PASS AF=0.403509;AO=69;DP=171;FAO=69;FDP=171;FR=.;FRO=102;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=0.0163925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7713;QD=14.152;RBI=0.0170664;REFB=-0.0125429;REVB=-0.0047487;RO=101;SAF=32;SAR=37;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226798;STB=0.515806;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0201018;OID=.;OPOS=114460580;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:101:102:69:69:0.403509:37:32:49:52:37:32:50:52 chr5 114462355 . C T 920.18 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.663;QD=58.424;RBI=0.0276865;REFB=0;REVB=0.00447024;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24658e-05;OID=.;OPOS=114462355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:30:32:0:0:30:33:0:0 chr5 114469724 . T C 700.03 PASS AF=0.539683;AO=68;DP=126;FAO=68;FDP=126;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0319479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.076;QD=22.2233;RBI=0.0327941;REFB=-0.00864716;REVB=0.00740132;RO=58;SAF=33;SAR=35;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268305;STB=0.514702;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00666304;OID=.;OPOS=114469724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:58:58:68:68:0.539683:35:33:30:28:35:33:30:28 chr5 114480364 . C T 982.1 PASS AF=0.505263;AO=96;DP=191;FAO=96;FDP=190;FR=.;FRO=94;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=-0.00140301;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.98;QD=20.6757;RBI=0.0143288;REFB=0.00852301;REVB=-0.0142599;RO=93;SAF=40;SAR=56;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612232;STB=0.531243;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00367437;OID=.;OPOS=114480364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:93:94:96:96:0.505263:56:40:45:48:56:40:45:49 chr5 114499229 . C T 380.93 PASS AF=0.305389;AO=50;DP=169;FAO=51;FDP=167;FR=.;FRO=116;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=67;FSRR=49;FWDB=0.0010454;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.328;QD=9.12418;RBI=0.0101943;REFB=0.000983811;REVB=-0.0101405;RO=117;SAF=25;SAR=25;SRF=68;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975757;STB=0.560558;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00244077;OID=.;OPOS=114499229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:167:117:116:50:51:0.305389:25:25:68:49:26:25:67:49 chr5 114505318 . C T 70.85 PASS AF=0.107955;AO=19;DP=176;FAO=19;FDP=176;FR=.;FRO=157;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=90;FSRR=67;FWDB=0.00542282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.19;QD=1.61033;RBI=0.00658796;REFB=-0.00406228;REVB=-0.00374088;RO=157;SAF=7;SAR=12;SRF=90;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245888;STB=0.677746;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0394461;OID=.;OPOS=114505318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:176:176:157:157:19:19:0.107955:12:7:90:67:12:7:90:67 chr5 114858437 . G T 449.23 PASS AF=0.564103;AO=37;DP=70;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0030909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.496;QD=23.0376;RBI=0.0540109;REFB=-0.0254308;REVB=0.0539224;RO=27;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098389;STB=0.560948;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0191511;OID=.;OPOS=114858437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:78:27:34:37:44:0.564103:17:20:18:9:23:21:21:13 chr5 114860161 . G A 597.16 PASS AF=0.5;AO=61;DP=122;FAO=61;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.00727005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.162;QD=19.5789;RBI=0.0392649;REFB=-0.00818148;REVB=-0.038586;RO=61;SAF=35;SAR=26;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133611;STB=0.573746;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00855237;OID=.;OPOS=114860161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:61:61:61:61:0.5:26:35:26:35:26:35:26:35 chr5 115176242 . G A 42.9 PASS AF=0.16;AO=7;DP=49;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00527491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.81;QD=3.43169;RBI=0.0966784;REFB=-0.0299375;REVB=-0.0965344;RO=42;SAF=5;SAR=2;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360651;STB=0.778181;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0841802;OID=.;OPOS=115176242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:49:50:42:42:7:8:0.16:2:5:17:25:2:6:17:25 chr5 115249271 . G A 361.84 PASS AF=0.267016;AO=51;DP=191;FAO=51;FDP=191;FR=.;FRO=140;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=67;FSRR=73;FWDB=0.00427198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5016;QD=7.57771;RBI=0.0179404;REFB=0.0012037;REVB=0.0174244;RO=140;SAF=30;SAR=21;SRF=67;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135841;STB=0.580574;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00362782;OID=.;OPOS=115249271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:140:140:51:51:0.267016:21:30:67:73:21:30:67:73 chr5 115298232 . G C 1585.05 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.614;QD=59.2543;RBI=0.0492934;REFB=0;REVB=0.00545555;RO=0;SAF=54;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77208e-05;OID=.;OPOS=115298232;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:106:107:0:0:106:107:1:52:54:0:0:52:55:0:0 chr5 115298244 . A C 574.12 PASS AF=0.486239;AO=42;DP=107;FAO=53;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0218913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.583;QD=21.0686;RBI=0.0264552;REFB=-0.031019;REVB=-0.0148542;RO=49;SAF=22;SAR=20;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720021;STB=0.551654;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0361404;OID=.;OPOS=115298244;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:49:50:42:53:0.486239:20:22:22:27:23:30:23:27 chr5 115298378 . C T 411.13 PASS AF=1;AO=17;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.842;QD=56.7069;RBI=0.0548308;REFB=0;REVB=-0.000541955;RO=0;SAF=15;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176901;OID=.;OPOS=115298378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:17:29:1:2:15:0:0:13:16:0:0 chr5 115298475 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5899;QD=53.2762;RBI=0.0251599;REFB=0;REVB=-0.00846405;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000428027;OID=.;OPOS=115298475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr5 115298518 . A G 337.63 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0157653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6435;QD=50.0187;RBI=0.0202586;REFB=-0.158153;REVB=0.0127227;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513503;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00218643;OID=.;OPOS=115298518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:0:1:25:26:0.962963:7:18:0:0:8:18:1:0 chr5 115298977 . C T 1020.03 PASS AF=0.473214;AO=105;DP=224;FAO=106;FDP=224;FR=.;FRO=118;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=70;FSRR=48;FWDB=0.0855429;FXX=0.00444425;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0897;QD=18.2147;RBI=0.0960866;REFB=0.00478014;REVB=0.0437613;RO=119;SAF=48;SAR=57;SRF=71;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133559;STB=0.568649;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00420903;OID=.;OPOS=115298977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:119:118:105:106:0.473214:57:48:71:48:57:49:70:48 chr5 115336862 . T C 457.81 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0419661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.792;QD=20.5757;RBI=0.0423171;REFB=-0.0122661;REVB=-0.00543904;RO=43;SAF=21;SAR=24;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220398;STB=0.506021;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0111346;OID=.;OPOS=115336862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:44:45:45:0.505618:24:21:19:24:24:21:20:24 chr5 115341611 . G T 2680.82 PASS AF=1;AO=171;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00574534;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.96;QD=62.3447;RBI=0.0136131;REFB=0;REVB=0.0123413;RO=0;SAF=92;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23547e-05;OID=.;OPOS=115341611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:171:172:1:79:92:0:0:79:93:0:0 chr5 115341638 . G C 2480.52 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179644;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1098;QD=61.6278;RBI=0.0179661;REFB=0;REVB=-0.000245251;RO=0;SAF=85;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98649e-05;OID=.;OPOS=115341638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:161:0:0:161:161:1:76:85:0:0:76:85:0:0 chr5 115362148 . A G 1394.44 PASS AF=0.93;AO=93;DP=100;FAO=93;FDP=100;FR=.;FRO=7;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0476445;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=79.384;QD=55.7775;RBI=0.0476501;REFB=-0.157738;REVB=0.000728482;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.536075;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00425385;OID=.;OPOS=115362148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:100:100:0:7:93:93:0.93:48:45:0:0:48:45:7:0 chr5 115394626 . G A 458.28 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0211819;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.628;QD=18.331;RBI=0.0250129;REFB=-0.01372;REVB=0.013303;RO=50;SAF=16;SAR=32;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215246;STB=0.611064;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0130011;OID=.;OPOS=115394626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:52:48:48:0.48:32:16:28:22:32:16:28:24 chr5 115428334 . G T 625.71 PASS AF=0.424242;AO=70;DP=164;FAO=70;FDP=165;FR=.;FRO=95;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=56;FWDB=-0.0442048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.243;QD=15.1688;RBI=0.0457857;REFB=0.000704343;REVB=0.0119274;RO=93;SAF=31;SAR=39;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356248;STB=0.518937;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.00160702;OID=.;OPOS=115428334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:93:95:70:70:0.424242:39:31:38:55:39:31:39:56 chr5 115428381 . T G 846.93 PASS AF=0.541096;AO=79;DP=146;FAO=79;FDP=146;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.00388891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.999;QD=23.2034;RBI=0.00845109;REFB=-0.0184482;REVB=0.00750315;RO=67;SAF=31;SAR=48;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170212;STB=0.509308;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0130652;OID=.;OPOS=115428381;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:67:67:79:79:0.541096:48:31:25:42:48:31:25:42 chr5 115469773 . C T 474.75 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0130526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.749;QD=21.5796;RBI=0.0159494;REFB=-0.00297715;REVB=-0.00916592;RO=42;SAF=27;SAR=19;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348034;STB=0.519222;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00259693;OID=.;OPOS=115469773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:19:27:23:19:19:27:23:19 chr5 115628201 . GTTTTTTTCA GTTTTTTCA,GTTTTTTCAT 37.81 PASS AF=0.294118,0.0588235;AO=11,2;DP=35;FAO=10,2;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4,2;FSAR=6,0;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.138499,0.0893786;FXX=0.0285633;HRUN=7,7;LEN=1,3;MLLD=9.12072,29.6223;QD=4.4488;RBI=0.163353,0.0902816;REFB=-0.0782408,-0.028413;REVB=-0.086616,-0.0127374;RO=18;SAF=5,2;SAR=6,0;SRF=8;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0106346,0.545442;STB=0.538384,0.995037;STBP=0.783,0.159;TYPE=del,mnp;VARB=0.0847983,0.0229659;OID=.,.;OPOS=115628202,115628208;OREF=T,TCA;OALT=-,CAT;OMAPALT=GTTTTTTCA,GTTTTTTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118,0.0588235:11,2:35:10,2:34:22:4,2:6,0:10:12:29:18:5,2:6,0:8:10 chr5 115628215 . G A 161.09 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0579238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4865;QD=17.899;RBI=0.0579781;REFB=-0.0248442;REVB=0.00250866;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024879;STB=0.501637;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0353864;OID=.;OPOS=115628215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:16:17:0.472222:8:8:9:10:9:8:9:10 chr5 115811220 . T C 549.16 PASS AF=0.644737;AO=49;DP=75;FAO=49;FDP=76;FR=.;FRO=27;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00388673;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.172;QD=28.903;RBI=0.0154612;REFB=-0.0156374;REVB=0.0149647;RO=26;SAF=30;SAR=19;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987744;STB=0.54785;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00526231;OID=.;OPOS=115811220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:26:27:49:49:0.644737:19:30:12:14:19:30:13:14 chr5 115813726 . A G 1974.47 PASS AF=0.992366;AO=128;DP=133;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0788261;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0051;QD=60.2892;RBI=0.0788633;REFB=-0.141782;REVB=0.00242215;RO=2;SAF=67;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153237;STB=0.503999;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00210542;OID=.;OPOS=115813726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:131:2:1:128:130:0.992366:61:67:0:2:62:68:0:1 chr5 115813744 . G T 261.22 PASS AF=0.290323;AO=36;DP=120;FAO=36;FDP=124;FR=.;FRO=88;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=0.00438632;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.854;QD=8.42649;RBI=0.0101521;REFB=-0.00343027;REVB=-0.00915556;RO=84;SAF=19;SAR=17;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755994;STB=0.559788;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00946424;OID=.;OPOS=115813744;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:124:84:88:36:36:0.290323:17:19:39:45:17:19:39:49 chr5 118468865 . G A 73.88 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=60;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0303099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3724;QD=4.84476;RBI=0.0314352;REFB=-0.00282054;REVB=0.0083358;RO=45;SAF=7;SAR=5;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895729;STB=0.559129;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0188507;OID=.;OPOS=118468865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:60:61:45:49:12:12:0.196721:5:7:23:22:5:7:25:24 chr5 118484804 . G A 770.0 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429827;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.081;QD=64.1667;RBI=0.0456407;REFB=0;REVB=-0.0153479;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52293e-05;OID=.;OPOS=118484804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr5 118513160 . G A 601.75 PASS AF=0.345622;AO=75;DP=217;FAO=75;FDP=217;FR=.;FRO=142;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=69;FSRR=73;FWDB=-0.00510962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.955;QD=11.0922;RBI=0.0398558;REFB=-0.000537121;REVB=-0.0395269;RO=141;SAF=37;SAR=38;SRF=68;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126555;STB=0.504854;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00101627;OID=.;OPOS=118513160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:141:142:75:75:0.345622:38:37:68:73:38:37:69:73 chr5 118811510 . A AT 32.44 PASS AF=0.205128;AO=18;DP=82;FAO=16;FDP=78;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.00954155;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.76447;QD=1.66346;RBI=0.106865;REFB=-0.00940172;REVB=-0.106438;RO=58;SAF=6;SAR=12;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210415;STB=0.588124;STBP=0.476;TYPE=ins;VARB=-0.0873661;OID=.;OPOS=118811511;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205128:18:82:16:78:62:6:10:30:32:32:58:6:12:29:29 chr5 118811533 . G A 1286.8 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156534;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.459;QD=62.0146;RBI=0.0165088;REFB=0;REVB=0.00524516;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82903e-05;OID=.;OPOS=118811533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:44:39:0:0:44:39:0:0 chr5 118845139 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3247;QD=46.8477;RBI=0.0345741;REFB=0;REVB=0.0320319;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211087;OID=.;OPOS=118845139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr5 118861713 . A G 772.59 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0259244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.975;QD=61.8071;RBI=0.0263325;REFB=-0.121677;REVB=-0.00461807;RO=1;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192048;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0027295;OID=.;OPOS=118861713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:24:25:0:1:24:25:0:1 chr5 118970342 . AGG AGA,AG 1318.36 PASS AF=0.0538922,0.946108;AO=13,58;DP=166;FAO=9,158;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=0,90;FSAR=9,68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0837506,0.754538;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=219.896,10.069;QD=31.5774;RBI=0.0838937,0.79681;REFB=-0.00559623,0.0424068;REVB=-0.00489906,0.256083;RO=90;SAF=0,21;SAR=13,37;SRF=68;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0.358629;SSSB=-0.776873,-0.405344;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.115851,0.00895461;OID=.,.;OPOS=118970344,118970343;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0538922,0.946108:13,58:166:9,158:167:0:0,90:9,68:0:0:20:90:0,21:13,37:68:22 chr5 120021688 . C T 216.42 PASS AF=0.276786;AO=31;DP=112;FAO=31;FDP=112;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.00199227;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.45;QD=7.7293;RBI=0.0188599;REFB=-0.00539805;REVB=0.0187544;RO=81;SAF=11;SAR=20;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172858;STB=0.603126;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0166464;OID=.;OPOS=120021688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:81:81:31:31:0.276786:20:11:40:41:20:11:40:41 chr5 120021819 . G A 695.64 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0351;QD=61.8343;RBI=0.0156818;REFB=0;REVB=-0.0113026;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161532;OID=.;OPOS=120021819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:16:28:0:0:16:29:0:0 chr5 121188181 . C T 233.46 PASS AF=0.257576;AO=34;DP=132;FAO=34;FDP=132;FR=.;FRO=98;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.0154827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.616;QD=7.07466;RBI=0.0172839;REFB=-0.000719479;REVB=-0.00768231;RO=97;SAF=18;SAR=16;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554019;STB=0.529395;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00183039;OID=.;OPOS=121188181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:97:98:34:34:0.257576:16:18:47:50:16:18:48:50 chr5 121488203 . G A 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0288182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.06;QD=38.2053;RBI=0.0547259;REFB=-0.041962;REVB=0.0465235;RO=2;SAF=13;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147635;STB=0.581968;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00199228;OID=.;OPOS=121488203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:2:13:1:1:2:13:1:1 chr5 121488635 . AT A 160.41 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0280435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.555;QD=17.3416;RBI=0.083036;REFB=0.0177445;REVB=0.0781572;RO=15;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510194;STBP=0.876;TYPE=del;VARB=-0.010483;OID=.;OPOS=121488636;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.567568:21:37:21:37:16:14:7:11:5:99:15:14:7:10:5 chr5 121518309 . G A 1035.67 PASS AF=0.45;AO=106;DP=239;FAO=108;FDP=240;FR=.;FRO=132;FSAF=71;FSAR=37;FSRF=72;FSRR=60;FWDB=0.00682882;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.913;QD=17.2611;RBI=0.0523737;REFB=-0.019474;REVB=-0.0519266;RO=132;SAF=69;SAR=37;SRF=72;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111416;STB=0.565516;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0215351;OID=.;OPOS=121518309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:240:132:132:106:108:0.45:37:69:72:60:37:71:72:60 chr5 121780299 . C T 292.79 PASS AF=0.349057;AO=37;DP=106;FAO=37;FDP=106;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.0038946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4935;QD=11.0486;RBI=0.0501347;REFB=-0.000463525;REVB=-0.0499832;RO=68;SAF=29;SAR=8;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296513;STB=0.678359;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.000395501;OID=.;OPOS=121780299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:68:69:37:37:0.349057:8:29:38:30:8:29:38:31 chr5 122165470 . TACACACACACACACAC TACACACACACACAC,TAC,T 176.97 PASS AF=0.133333,0.666667,0.2;AO=2,9,2;DP=18;FAO=2,10,3;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2,7,2;FSAR=0,3,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243286,0.0177727,-0.00544504;FXX=0.210416;HRUN=1,1,1;LEN=2,14,16;MLLD=35.6516,362.208,279.003;QD=47.1921;RBI=0.0308486,0.0262589,0.0191374;REFB=0,0,0;REVB=-0.0189673,0.0193302,0.0183464;RO=0;SAF=2,7,1;SAR=0,2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.136254,0.00496387,0.0306938;OID=.,.,.;OPOS=122165471,122165471,122165471;OREF=AC,ACACACACACACAC,ACACACACACACACAC;OALT=-,-,-;OMAPALT=TACACACACACACAC,TAC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.133333,0.666667,0.2:2,9,2:18:2,10,3:15:0:2,7,2:0,3,1:0:0:19:0:2,7,1:0,2,1:0:0 chr5 122435627 . G A 724.25 PASS AF=0.533835;AO=70;DP=133;FAO=71;FDP=133;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=51;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.00689171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1861;QD=21.7819;RBI=0.00689808;REFB=-0.0166704;REVB=0.000296372;RO=62;SAF=19;SAR=51;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23256;STB=0.620751;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0175645;OID=.;OPOS=122435627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:62:62:70:71:0.533835:51:19:32:30:51:20:32:30 chr5 122758268 . G C 1642.47 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.013;QD=60.2741;RBI=0.0575197;REFB=0;REVB=0.0166679;RO=0;SAF=46;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25791e-05;OID=.;OPOS=122758268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:109:0:0:105:109:1:59:46:0:0:59:50:0:0 chr5 122950330 . G C 1208.86 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0456231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2602;QD=61.208;RBI=0.0457287;REFB=0;REVB=0.00310488;RO=0;SAF=27;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000383655;OID=.;OPOS=122950330;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:52:27:0:0:52:27:0:0 chr5 122950911 . G A 907.24 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0365391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.344;QD=56.7028;RBI=0.0370425;REFB=-0.140452;REVB=0.00608616;RO=1;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140928;STB=0.50746;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000178226;OID=.;OPOS=122950911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:64:1:1:62:63:0.984375:33:29:0:1:33:30:0:1 chr5 122990902 . A T 395.22 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-7.60397e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.013;QD=22.9115;RBI=0.00200968;REFB=-1.49518e-05;REVB=0.00200824;RO=30;SAF=7;SAR=32;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375501;STB=0.70902;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=1.11424e-05;OID=.;OPOS=122990902;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:32:7:17:13:32:7:17:13 chr5 123984763 . C T 289.77 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.445;QD=52.686;RBI=0.13729;REFB=0;REVB=0.0225724;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101824;OID=.;OPOS=123984763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:15:6:0:0:15:7:0:0 chr5 125696140 . G A 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=331.351;QD=61.0492;RBI=0.0239356;REFB=0;REVB=0.0109619;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31005e-05;OID=.;OPOS=125696140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr5 125819263 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.042699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.747;QD=12.0156;RBI=0.0503542;REFB=0.00398544;REVB=-0.0266898;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215036;STB=0.631131;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0195006;OID=.;OPOS=125819263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:3:4:2:4:3:4 chr5 125828803 . A G 885.75 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.16;QD=58.0818;RBI=0.029072;REFB=0;REVB=0.0288372;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50264e-05;OID=.;OPOS=125828803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:24:36:0:0:25:36:0:0 chr5 125887715 . T G 252.7 PASS AF=0.319588;AO=31;DP=97;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0108443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3742;QD=10.4207;RBI=0.0123563;REFB=0.0086169;REVB=0.00592272;RO=64;SAF=9;SAR=22;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288744;STB=0.678894;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0133118;OID=.;OPOS=125887715;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:64:66:31:31:0.319588:22:9:34:30:22:9:36:30 chr5 126171999 . T C 529.98 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=0.0178371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.343;QD=18.119;RBI=0.0204507;REFB=-0.0110163;REVB=-0.0100036;RO=61;SAF=28;SAR=28;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177858;STB=0.598257;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0118293;OID=.;OPOS=126171999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:61:61:56:56:0.478632:28:28:19:42:28:28:19:42 chr5 126187511 . C T 174.2 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00137098;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.054;QD=9.54517;RBI=0.00153773;REFB=7.84859e-05;REVB=0.000696448;RO=50;SAF=15;SAR=8;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112793;STB=0.566691;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-7.57118e-06;OID=.;OPOS=126187511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:50:50:23:23:0.315068:8:15:28:22:8:15:28:22 chr5 126674869 . G A 529.38 PASS AF=0.411348;AO=57;DP=140;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=0.00157954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8919;QD=15.0179;RBI=0.00864532;REFB=-0.0113594;REVB=-0.0084998;RO=82;SAF=26;SAR=31;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833567;STB=0.547597;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0163075;OID=.;OPOS=126674869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:82:83:57:58:0.411348:31:26:31:51:31:27:32:51 chr5 126746277 . C T 1048.05 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1135;QD=58.2252;RBI=0.0489932;REFB=-0.00374565;REVB=-0.0464983;RO=1;SAF=22;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210058;STB=0.511108;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.000736078;OID=.;OPOS=126746277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:49:22:1:0:49:22:1:0 chr5 126792974 . T A 339.32 PASS AF=0.358974;AO=42;DP=117;FAO=42;FDP=117;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=-0.0194352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9084;QD=11.6006;RBI=0.0267754;REFB=-0.0165208;REVB=-0.0184172;RO=74;SAF=18;SAR=24;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183543;STB=0.608645;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0263273;OID=.;OPOS=126792974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:74:75:42:42:0.358974:24:18:44:30:24:18:45:30 chr5 126887569 . G A 404.8 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0400837;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.8217;QD=24.9106;RBI=0.0510563;REFB=-0.0369741;REVB=-0.0316235;RO=25;SAF=25;SAR=14;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283808;STB=0.661912;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0284722;OID=.;OPOS=126887569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:26:39:39:0.6:14:25:6:19:14:25:6:20 chr5 126890472 . C T 295.77 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0662852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4744;QD=20.3982;RBI=0.0808964;REFB=-0.0351234;REVB=-0.0463735;RO=27;SAF=18;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839894;STB=0.546651;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0168877;OID=.;OPOS=126890472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:13:18:13:14:13:18:13:14 chr5 126890541 . T C 222.67 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0277992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.307;QD=16.4942;RBI=0.0279489;REFB=-0.0101724;REVB=-0.00288856;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978671;STB=0.517074;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0167454;OID=.;OPOS=126890541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:29:24:25:0.462963:13:11:13:16:13:12:13:16 chr5 126993249 . G C 349.02 PASS AF=0.408602;AO=36;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0151096;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.991;QD=15.0117;RBI=0.038203;REFB=-0.0085773;REVB=-0.0350881;RO=51;SAF=20;SAR=16;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148102;STB=0.573657;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00995363;OID=.;OPOS=126993249;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:55:36:38:0.408602:16:20:21:30:16:22:25:30 chr5 126993263 . A T 317.12 PASS AF=0.367925;AO=39;DP=106;FAO=39;FDP=106;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0292108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.64;QD=11.9666;RBI=0.0292602;REFB=-0.00253165;REVB=0.00169908;RO=67;SAF=20;SAR=19;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10474;STB=0.559815;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0039838;OID=.;OPOS=126993263;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:67:67:39:39:0.367925:19:20:28:39:19:20:28:39 chr5 126993282 . G A 321.99 PASS AF=0.36036;AO=40;DP=112;FAO=40;FDP=111;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0198805;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8082;QD=11.6034;RBI=0.0283307;REFB=-0.00685686;REVB=-0.020184;RO=70;SAF=19;SAR=21;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679854;STB=0.533739;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0091223;OID=.;OPOS=126993282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:70:71:40:40:0.36036:21:19:29:41:21:19:30:41 chr5 126993958 . C T 294.2 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00620836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.49;QD=17.5642;RBI=0.00756687;REFB=-0.00429375;REVB=-0.00432595;RO=32;SAF=13;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854272;STB=0.571921;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00363215;OID=.;OPOS=126993958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:35:32:32:0.477612:19:13:16:16:19:13:19:16 chr5 127594414 . A T 585.7 PASS AF=0.423077;AO=66;DP=157;FAO=66;FDP=156;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=-0.00548274;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.625;QD=15.018;RBI=0.00648219;REFB=-0.00520538;REVB=-0.00345808;RO=90;SAF=32;SAR=34;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841955;STB=0.547097;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00761216;OID=.;OPOS=127594414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:90:90:66:66:0.423077:34:32:51:39:34:32:51:39 chr5 127597518 . G A 650.38 PASS AF=0.537815;AO=64;DP=120;FAO=64;FDP=119;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.00508687;FXX=0.00833264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.823;QD=21.8617;RBI=0.0137754;REFB=-0.00916946;REVB=-0.0128017;RO=55;SAF=33;SAR=31;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102318;STB=0.556037;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00756949;OID=.;OPOS=127597518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:55:55:64:64:0.537815:31:33:35:20:31:33:35:20 chr5 127614472 . A G 1438.36 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00019583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2761;QD=61.8649;RBI=0.00805447;REFB=-0.0537901;REVB=-0.00805209;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000503744;OID=.;OPOS=127614472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:91:92:0.989247:42:49:0:0:42:50:0:1 chr5 127622491 . T C 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.408;QD=60.2031;RBI=0.0251918;REFB=0;REVB=-0.0180668;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.04476e-05;OID=.;OPOS=127622491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr5 127624886 . G A 321.77 PASS AF=0.375;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0171779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.727;QD=12.3756;RBI=0.0171791;REFB=-0.018614;REVB=0.000199094;RO=64;SAF=26;SAR=13;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188882;STB=0.613274;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0327648;OID=.;OPOS=127624886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:64:65:39:39:0.375:13:26:32:32:13:26:32:33 chr5 127685135 . C T 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.295;QD=61.2129;RBI=0.0244638;REFB=0;REVB=-0.008014;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.07427e-05;OID=.;OPOS=127685135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:44:35:0:0:44:35:0:0 chr5 128351606 . G A 178.17 PASS AF=0.292683;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0173694;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0519;QD=8.69105;RBI=0.0186439;REFB=-0.00538822;REVB=-0.00677498;RO=56;SAF=10;SAR=14;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222222;STB=0.618377;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0184774;OID=.;OPOS=128351606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:56:58:24:24:0.292683:14:10:34:22:14:10:34:24 chr5 128430757 . T C 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.352;QD=59.1429;RBI=0.035732;REFB=0;REVB=0.0341635;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68818e-05;OID=.;OPOS=128430757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr5 128863471 . A G 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.802;QD=62.7621;RBI=0.0189986;REFB=0;REVB=0.0100588;RO=0;SAF=30;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85714e-05;OID=.;OPOS=128863471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:59:30:0:0:59:30:0:0 chr5 128956404 . C T 380.68 PASS AF=0.307229;AO=52;DP=165;FAO=51;FDP=166;FR=.;FRO=115;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=58;FSRR=57;FWDB=-0.0560704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129;QD=9.17295;RBI=0.0606512;REFB=-0.00694277;REVB=-0.0231233;RO=113;SAF=18;SAR=34;SRF=57;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191732;STB=0.622358;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.01482;OID=.;OPOS=128956404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:113:115:52:51:0.307229:34:18:57:56:34:17:58:57 chr5 129072943 . G T 1043.4 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0732552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5105;QD=55.6479;RBI=0.0739668;REFB=0.00468189;REVB=-0.0102355;RO=3;SAF=20;SAR=52;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265057;STB=0.514015;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00189858;OID=.;OPOS=129072943;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:75:75:3:3:72:72:0.96:52:20:0:3:52:20:0:3 chr5 129521126 . A G 834.56 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.73;QD=57.556;RBI=0.0262656;REFB=0;REVB=-0.00883405;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92985e-05;OID=.;OPOS=129521126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:21:36:0:0:21:37:0:0 chr5 130539955 . A G 562.33 PASS AF=0.36612;AO=66;DP=178;FAO=67;FDP=183;FR=.;FRO=116;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=57;FSRR=59;FWDB=0.0365697;FXX=0.00543449;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.4275;QD=12.2913;RBI=0.0409219;REFB=-0.0108615;REVB=0.0183646;RO=112;SAF=38;SAR=28;SRF=56;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846638;STB=0.55795;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0241905;OID=.;OPOS=130539955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:183:112:116:66:67:0.36612:28:38:56:56:28:39:57:59 chr5 130766662 . T C 956.13 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0116483;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.301;QD=57.0825;RBI=0.0498232;REFB=-0.12991;REVB=0.0484424;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.508194;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000838119;OID=.;OPOS=130766662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:65:66:0.985075:31:34:0:0:30:36:0:1 chr5 130808198 . T C 1471.51 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00517012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.935;QD=63.2908;RBI=0.0252405;REFB=0;REVB=0.0247053;RO=0;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35379e-05;OID=.;OPOS=130808198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:43:50:0:0:43:50:0:0 chr5 130970712 . G C 507.23 PASS AF=0.477876;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0117286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0659;QD=17.955;RBI=0.016907;REFB=-0.000364415;REVB=-0.0121773;RO=58;SAF=35;SAR=19;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175738;STB=0.602391;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00041815;OID=.;OPOS=130970712;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:58:59:54:54:0.477876:19:35:27:31:19:35:27:32 chr5 130979331 . GA G,GG 566.97 PASS AF=0.205128,0.794872;AO=10,29;DP=39;FAO=8,31;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=8,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109392,-0.0101209;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=187.133,200.645;QD=58.1507;RBI=0.039466,0.048599;REFB=0,0;REVB=0.0379196,0.0475335;RO=0;SAF=1,26;SAR=9,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.8593e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0394745,0.00238906;OID=.,.;OPOS=130979332,130979332;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.205128,0.794872:10,29:39:8,31:39:0:0,27:8,4:0:0:27:0:1,26:9,3:0:0 chr5 130979498 . C T 348.33 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0327883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.187;QD=17.4163;RBI=0.0460921;REFB=-0.0230354;REVB=-0.0323946;RO=41;SAF=18;SAR=19;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678289;STB=0.549126;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0218134;OID=.;OPOS=130979498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:43:37:37:0.4625:19:18:17:24:19:18:17:26 chr5 131008194 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00179804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.325;QD=55.0985;RBI=0.00905958;REFB=0;REVB=-0.00887936;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.65765e-05;OID=.;OPOS=131008194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr5 131008484 . C T 70.44 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0507485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7875;QD=7.04402;RBI=0.0787707;REFB=-0.010511;REVB=-0.0602446;RO=30;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119522;STB=0.574853;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0182535;OID=.;OPOS=131008484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:5:5:12:18:5:5:12:18 chr5 131066725 . C A 1135.2 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00663132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.872;QD=60.5442;RBI=0.00903787;REFB=0;REVB=0.00614074;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59407e-05;OID=.;OPOS=131066725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:31:44:0:0:31:44:0:0 chr5 131322494 . C T 1249.34 PASS AF=0.987952;AO=80;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0421876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.498;QD=60.2093;RBI=0.042854;REFB=-0.000757426;REVB=0.00752817;RO=1;SAF=41;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114082;STB=0.505881;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000140905;OID=.;OPOS=131322494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:1:1:80:82:0.987952:39:41:1:0:40:42:1:0 chr5 131324250 . C CTG 1163.66 PASS AF=0.952381;AO=72;DP=85;FAO=80;FDP=84;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0374846;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=2;MLLD=265.967;QD=55.4123;RBI=0.0378936;REFB=-0.120699;REVB=-0.00555259;RO=11;SAF=25;SAR=47;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146842;STB=0.529404;STBP=0.027;TYPE=ins;VARB=0.00189741;OID=.;OPOS=131324251;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.952381:72:85:80:84:4:32:48:4:0:11:11:25:47:10:1 chr5 131329839 . G A 248.17 PASS AF=0.300885;AO=34;DP=113;FAO=34;FDP=113;FR=.;FRO=79;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=0.0261456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.216;QD=8.7847;RBI=0.0261642;REFB=-0.0026858;REVB=-0.000987462;RO=78;SAF=21;SAR=13;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243612;STB=0.646401;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00449119;OID=.;OPOS=131329839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:78:79:34:34:0.300885:13:21:32:46:13:21:32:47 chr5 131549738 . C T 109.55 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00168251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0506;QD=8.11481;RBI=0.0123397;REFB=-0.0019812;REVB=-0.0122245;RO=39;SAF=7;SAR=8;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085065;STB=0.551655;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00565769;OID=.;OPOS=131549738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:8:7:21:18:8:7:21:18 chr5 131705949 . T C 561.32 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4303;QD=60.6835;RBI=0.0165193;REFB=0;REVB=-0.0158601;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000364072;OID=.;OPOS=131705949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:10:27:0:0:10:27:0:0 chr5 131721174 . A G 2105.56 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00306265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.014;QD=61.9283;RBI=0.0033557;REFB=0.0992666;REVB=-0.00137147;RO=1;SAF=75;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629643;STB=0.503311;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.0002603;OID=.;OPOS=131721174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:1:1:135:135:0.992647:60:75:1:0:60:75:1:0 chr5 131731304 . A T 435.84 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0369452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.548;QD=54.4802;RBI=0.0381654;REFB=0.00847008;REVB=0.0095733;RO=1;SAF=18;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252169;STB=0.513505;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=9.76533e-06;OID=.;OPOS=131731304;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:13:18:1:0:13:18:1:0 chr5 131755651 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00659863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.782;QD=61.6839;RBI=0.0163937;REFB=0;REVB=0.0150071;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18549e-05;OID=.;OPOS=131755651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:31:10:0:0:31:10:0:0 chr5 131796498 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.179;QD=51.9167;RBI=0.0200388;REFB=0;REVB=0.00161096;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65236e-05;OID=.;OPOS=131796498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr5 131805735 . C T 2319.39 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=148;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=107;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150866;FXX=0.0067563;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.81;QD=63.1126;RBI=0.0156437;REFB=-0.136974;REVB=0.00413779;RO=0;SAF=107;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05071e-08;STB=0.502325;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000122663;OID=.;OPOS=131805735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:147:0:1:146:146:0.993197:39:107:0:0:39:107:1:0 chr5 131819126 . C T 299.05 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00490852;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.754;QD=15.535;RBI=0.0271195;REFB=-0.0209405;REVB=0.0266716;RO=46;SAF=19;SAR=14;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03488;STB=0.50888;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0178535;OID=.;OPOS=131819126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:46:44:33:33:0.428571:14:19:28:18:14:19:26:18 chr5 131822055 . T C 190.18 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0190481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8179;QD=16.1859;RBI=0.0280075;REFB=-0.0437221;REVB=0.0205326;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134157;STB=0.599893;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0450626;OID=.;OPOS=131822055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:18:19:0.404255:11:7:13:12:12:7:14:12 chr5 131822072 . A G 141.52 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=40;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.055987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8914;QD=13.4783;RBI=0.0560309;REFB=-0.00682438;REVB=0.00221792;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128923;STB=0.538873;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0204031;OID=.;OPOS=131822072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:25:26:15:16:0.380952:9:6:13:12:9:7:13:13 chr5 131822133 . T C 142.1 PASS AF=0.432432;AO=14;DP=34;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0437449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.714;QD=15.3619;RBI=0.0448077;REFB=-0.0270293;REVB=-0.00970099;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078252;STB=0.575663;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0354544;OID=.;OPOS=131822133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:37:19:21:14:16:0.432432:7:7:8:11:7:9:9:12 chr5 131822224 . T C 155.98 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0181507;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.626;QD=13.8652;RBI=0.0196874;REFB=-0.00859461;REVB=-0.0076252;RO=27;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746002;STB=0.533294;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0155986;OID=.;OPOS=131822224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:28:17:17:0.377778:7:10:14:13:7:10:15:13 chr5 131892357 . C T 508.28 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4832;QD=58.0888;RBI=0.0213277;REFB=0;REVB=0.0141417;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105857;OID=.;OPOS=131892357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:14:20:0:0:14:21:0:0 chr5 131995964 . A G 237.82 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0250207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.694;QD=14.8637;RBI=0.0250852;REFB=-0.0132066;REVB=-0.00179817;RO=35;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264784;STB=0.646188;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0264328;OID=.;OPOS=131995964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:35:36:27:28:0.4375:12:15:10:25:12:16:11:25 chr5 131996500 . A C 319.01 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=11;FWDB=0.00770167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.709;QD=15.7533;RBI=0.0103327;REFB=-0.0066137;REVB=0.00688837;RO=46;SAF=25;SAR=10;SRF=35;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593029;STB=0.533315;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00916853;OID=.;OPOS=131996500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:10:25:35:11:10:25:35:11 chr5 132030414 . T A 582.11 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0711277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7304;QD=58.2107;RBI=0.0715229;REFB=0.0344261;REVB=-0.00750806;RO=1;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302234;STB=0.516121;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.0106525;OID=.;OPOS=132030414;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:15:24:0:1:15:24:0:1 chr5 132031972 . T C 620.86 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452961;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.1261;QD=57.7547;RBI=0.122548;REFB=-0.128416;REVB=0.11387;RO=2;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360683;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0179895;OID=.;OPOS=132031972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:43:43:2:0:41:43:1:25:16:0:2:27:16:0:0 chr5 132042146 . C T 2609.82 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00190499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.786;QD=61.7709;RBI=0.0212471;REFB=0;REVB=0.0211615;RO=0;SAF=74;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10158e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81401e-05;OID=.;OPOS=132042146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:169:0:0:166:169:1:92:74:0:0:94:75:0:0 chr5 132098242 . A G 1778.59 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198067;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.947;QD=61.3306;RBI=0.0198377;REFB=0;REVB=0.00110814;RO=0;SAF=67;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463342;OID=.;OPOS=132098242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:115:116:1:48:67:0:0:48:68:0:0 chr5 132099999 . A G 1511.52 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160525;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.972;QD=59.8623;RBI=0.0160851;REFB=0;REVB=0.00102354;RO=0;SAF=64;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.23393e-05;OID=.;OPOS=132099999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:36:64:0:0:36:65:0:0 chr5 132150552 . C T 136.14 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0081404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.913;QD=10.4726;RBI=0.00981019;REFB=-0.0203163;REVB=0.00547483;RO=35;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849863;STB=0.550399;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0644478;OID=.;OPOS=132150552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:7:10:18:17:7:10:18:17 chr5 132150948 . T G 1594.28 PASS AF=0.990741;AO=105;DP=107;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.040277;FXX=0.00917347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.797;QD=59.0475;RBI=0.0404874;REFB=-0.0798736;REVB=0.00412235;RO=0;SAF=45;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000179617;OID=.;OPOS=132150948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:108:0:1:105:107:0.990741:60:45:0:0:60:47:1:0 chr5 132918994 . G A 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.000489284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.318;QD=23.0939;RBI=0.00846216;REFB=-0.0327553;REVB=-0.008448;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230086;STB=0.62796;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0161046;OID=.;OPOS=132918994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:8:9:10:2:8:9:10:2 chr5 133186592 . G A 46.71 PASS AF=0.411765;AO=6;DP=16;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0621004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2048;QD=10.9916;RBI=0.0838135;REFB=-0.0374692;REVB=-0.0562871;RO=10;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195996;STB=0.510175;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0423232;OID=.;OPOS=133186592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:16:17:10:10:6:7:0.411765:1:5:7:3:2:5:7:3 chr5 133186603 . A C 198.36 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00940249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.138;QD=44.08;RBI=0.0330684;REFB=-0.133711;REVB=-0.0317035;RO=1;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830155;STB=0.545399;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0102436;OID=.;OPOS=133186603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:5:12:0:1:5:12:0:1 chr5 133477802 . C T 2280.85 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020433;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.755;QD=63.7999;RBI=0.0417732;REFB=0;REVB=-0.0364348;RO=0;SAF=86;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.29822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.32062e-05;OID=.;OPOS=133477802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:143:0:0:143:143:1:57:86:0:0:57:86:0:0 chr5 133481467 . G A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.857;QD=59.6793;RBI=0.0149229;REFB=0;REVB=0.00246922;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.747e-05;OID=.;OPOS=133481467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr5 133861426 . G T 772.98 PASS AF=0.559524;AO=55;DP=148;FAO=94;FDP=168;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=24;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.00677061;FXX=0.011764;HRUN=8;LEN=1;MLLD=9.95371;QD=18.4043;RBI=0.115412;REFB=0.018013;REVB=0.115213;RO=29;SAF=41;SAR=14;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111185;STB=0.557312;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0723579;OID=.;OPOS=133861426;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:148:168:29:24:55:94:0.559524:14:41:22:7:46:48:19:5 chr5 133909475 . G A 375.36 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0356404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5084;QD=15.8046;RBI=0.0656712;REFB=-0.00215188;REVB=0.0551586;RO=55;SAF=21;SAR=19;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00233863;STB=0.501319;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00363731;OID=.;OPOS=133909475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:55:40:40:0.421053:19:21:29:26:19:21:29:26 chr5 133914786 . C T 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=6;FWDB=0.00105036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.834;QD=12.9224;RBI=0.00843424;REFB=-0.0103677;REVB=-0.00836859;RO=34;SAF=18;SAR=4;SRF=28;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00954726;STB=0.50549;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0153799;OID=.;OPOS=133914786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:4:18:28:6:4:18:28:6 chr5 133956668 . G A 478.08 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.00359564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.574;QD=19.7145;RBI=0.00521376;REFB=-0.00175795;REVB=-0.00377555;RO=49;SAF=25;SAR=22;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187691;STB=0.598045;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0023053;OID=.;OPOS=133956668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:50:47:47:0.484536:22:25:16:33:22:25:17:33 chr5 134023891 . CA C 90.76 PASS AF=0.324324;AO=23;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0764825;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.7814;QD=4.9057;RBI=0.0853481;REFB=0.0354392;REVB=0.0378777;RO=47;SAF=12;SAR=11;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856144;STB=0.513502;STBP=0.888;TYPE=del;VARB=-0.047731;OID=.;OPOS=134023892;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.324324:23:74:24:74:50:12:12:24:26:90:47:12:11:21:26 chr5 134050741 . C T 196.48 PASS AF=0.292135;AO=26;DP=89;FAO=26;FDP=89;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.00484265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.694;QD=8.83065;RBI=0.0287286;REFB=-0.0091204;REVB=-0.0283175;RO=63;SAF=16;SAR=10;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2393;STB=0.641531;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0194869;OID=.;OPOS=134050741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:63:63:26:26:0.292135:10:16:26:37:10:16:26:37 chr5 134165859 . GAA AAG 60.71 PASS AF=0.692308;AO=2;DP=14;FAO=9;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.000969009;FXX=0.133244;HRUN=1;LEN=3;MLLD=23.9604;QD=18.6806;RBI=0.0261967;REFB=-0.105;REVB=-0.0261788;RO=3;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.699568;STBP=0.063;TYPE=mnp;VARB=0.0502271;OID=.;OPOS=134165859;OREF=GAA;OALT=AAG;OMAPALT=AAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:14:13:3:4:2:9:0.692308:2:0:0:3:3:6:0:4 chr5 134165883 . G GA 31.95 PASS AF=0.346154;AO=5;DP=28;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0170196;FXX=0.0714031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.773;QD=4.91521;RBI=0.151563;REFB=-0.110093;REVB=-0.150605;RO=20;SAF=4;SAR=1;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497279;STB=0.521691;STBP=0.924;TYPE=ins;VARB=0.118934;OID=.;OPOS=134165884;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154:5:28:9:26:17:4:5:7:10:31:20:4:1:7:13 chr5 134165887 . G A,GA 59.62 PASS AF=0.0714286,0.321429;AO=4,6;DP=28;FAO=2,9;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=2,1;FSAR=0,8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00713117,-0.0104927;FXX=0.0344709;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=63.8214,113.491;QD=8.51715;RBI=0.0127115,0.0189083;REFB=-0.0027916,-0.00373764;REVB=-0.0105227,-0.0157299;RO=18;SAF=1,1;SAR=3,5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.398544,-0.508956;STB=0.993223,0.871851;STBP=0.301,0.018;TYPE=snp,ins;VARB=0.159537,0.102394;OID=.,.;OPOS=134165887,134165888;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:28:28:18:17:4,6:2,9:0.0714286,0.321429:3,5:1,1:11:7:0,8:2,1:11:6 chr5 134192670 . C T 151.0 PASS AF=0.368421;AO=10;DP=62;FAO=21;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.122234;FXX=0.0172384;HRUN=5;LEN=1;MLLD=20.4978;QD=10.5964;RBI=0.154036;REFB=0.0157531;REVB=0.0937322;RO=15;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252639;STB=0.514509;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0599866;OID=.;OPOS=134192670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:57:15:28:10:21:0.368421:8:2:6:9:13:8:10:18 chr5 134235519 . T C 91.78 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00582375;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.181;QD=10.4896;RBI=0.0109309;REFB=-0.00169431;REVB=0.00925037;RO=18;SAF=2;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515146;STB=0.744731;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0114933;OID=.;OPOS=134235519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:36:35:18:22:11:11:0.314286:9:2:12:6:9:2:11:11 chr5 134235613 . A C 239.53 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0242667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.706;QD=14.3001;RBI=0.0266173;REFB=-0.00859854;REVB=-0.0109364;RO=39;SAF=11;SAR=17;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124612;STB=0.570913;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0170749;OID=.;OPOS=134235613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:17:11:20:19:17:11:20:19 chr5 134262271 . C A 288.25 PASS AF=0.349515;AO=36;DP=103;FAO=36;FDP=103;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0282119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4148;QD=11.1943;RBI=0.0299185;REFB=-0.0278296;REVB=-0.00996028;RO=67;SAF=15;SAR=21;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15281;STB=0.587996;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0416899;OID=.;OPOS=134262271;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:67:67:36:36:0.349515:21:15:37:30:21:15:37:30 chr5 134343661 . C T 451.88 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=0.0120678;FXX=0.0380916;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.083;QD=17.896;RBI=0.0125988;REFB=-0.00140544;REVB=0.00361911;RO=53;SAF=21;SAR=27;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207951;STB=0.615338;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00162863;OID=.;OPOS=134343661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:101:53:53:48:48:0.475248:27:21:35:18:27:21:35:18 chr5 134364518 . C G 43.86 PASS AF=0.352941;AO=5;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.3138;QD=10.32;RBI=0.0960812;REFB=-0.0234364;REVB=0.034948;RO=8;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.804526;STB=0.891803;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0597071;OID=.;OPOS=134364518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:17:17:8:10:5:6:0.352941:0:5:1:7:1:5:1:9 chr5 134690792 . C T 356.82 PASS AF=0.292398;AO=49;DP=171;FAO=50;FDP=171;FR=.;FRO=121;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=72;FSRR=49;FWDB=-0.0200706;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.306;QD=8.34655;RBI=0.0201188;REFB=0.00396642;REVB=-0.00139185;RO=115;SAF=33;SAR=16;SRF=68;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106759;STB=0.549563;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00992167;OID=.;OPOS=134690792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:115:121:49:50:0.292398:16:33:68:47:17:33:72:49 chr5 135178124 . T C 392.71 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0160496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2669;QD=19.6355;RBI=0.0570086;REFB=-0.0207472;REVB=0.0547027;RO=39;SAF=15;SAR=25;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214442;STB=0.624937;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0241984;OID=.;OPOS=135178124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:40:40:40:0.5:25:15:24:15:25:15:25:15 chr5 135207187 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0136257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.325;QD=13.486;RBI=0.0400341;REFB=-0.0211074;REVB=-0.037644;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171427;STB=0.599799;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0225096;OID=.;OPOS=135207187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:9:2:3:6:9:2 chr5 135207382 . C T 530.39 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0388779;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.762;QD=57.3395;RBI=0.0431691;REFB=-0.0110117;REVB=0.018764;RO=1;SAF=25;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183585;STB=0.509799;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.000214384;OID=.;OPOS=135207382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:37:1:1:36:36:0.972973:11:25:1:0:11:25:1:0 chr5 135276201 . AGTTGT AG,AGT 738.34 PASS AF=0.016129,0.983871;AO=14,45;DP=63;FAO=1,61;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=1,33;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134728,0.01069;FXX=0.0158705;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=254.385,266.925;QD=47.6348;RBI=0.0180334,0.0162542;REFB=0,0;REVB=-0.0119869,0.0122443;RO=0;SAF=3,28;SAR=11,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0607532,-0.000575911;OID=.,.;OPOS=135276203,135276202;OREF=TTGT,GTT;OALT=-,-;OMAPALT=AG,AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0.016129,0.983871:14,45:63:1,61:62:0:1,33:0,28:0:0:7:0:3,28:11,17:0:0 chr5 135276314 . C T 1087.32 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0144883;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.224;QD=58.7739;RBI=0.0179516;REFB=0.0297511;REVB=0.0105995;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.506847;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000653819;OID=.;OPOS=135276314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:0:1:73:73:0.986486:37:36:0:0:37:36:1:0 chr5 135276814 . G A 1046.82 PASS AF=0.514563;AO=105;DP=206;FAO=106;FDP=206;FR=.;FRO=100;FSAF=42;FSAR=64;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=0.00373627;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.83;QD=20.3265;RBI=0.00515184;REFB=-0.0211699;REVB=-0.00354708;RO=99;SAF=41;SAR=64;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1304;STB=0.570778;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.018623;OID=.;OPOS=135276814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:99:100:105:106:0.514563:64:41:53:46:64:42:54:46 chr5 135276847 . T C 2639.87 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000409785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.48;QD=62.1146;RBI=0.0223898;REFB=0;REVB=0.022386;RO=0;SAF=67;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09052e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16631e-05;OID=.;OPOS=135276847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:169:170:1:102:67:0:0:103:67:0:0 chr5 135282630 . C T 320.19 PASS AF=0.356522;AO=39;DP=113;FAO=41;FDP=115;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.0184653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.742;QD=11.1371;RBI=0.0190214;REFB=-0.0070004;REVB=-0.00456566;RO=69;SAF=20;SAR=19;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0062141;STB=0.507845;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0133469;OID=.;OPOS=135282630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:69:74:39:41:0.356522:19:20:35:34:20:21:37:37 chr5 135287029 . T C 488.33 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00877547;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.225;QD=21.0036;RBI=0.0170183;REFB=-0.0127013;REVB=0.0145813;RO=45;SAF=31;SAR=16;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177566;STB=0.593829;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0146146;OID=.;OPOS=135287029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:46:47:47:0.505376:16:31:21:24:16:31:22:24 chr5 135382989 . G C 458.78 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00556439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.389;QD=23.5269;RBI=0.0451271;REFB=-0.0106074;REVB=-0.0447828;RO=32;SAF=19;SAR=25;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171228;STB=0.593129;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0116605;OID=.;OPOS=135382989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:34:44:44:0.564103:25:19:21:11:25:19:22:12 chr5 135399452 . T G 674.29 PASS AF=0.453416;AO=73;DP=161;FAO=73;FDP=161;FR=.;FRO=88;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=-0.00423603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.841;QD=16.7525;RBI=0.00964098;REFB=-0.00920494;REVB=-0.00866052;RO=87;SAF=42;SAR=31;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576091;STB=0.535391;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0106189;OID=.;OPOS=135399452;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:87:88:73:73:0.453416:31:42:45:42:31:42:45:43 chr5 135508381 . A G 2273.16 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0313678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.629;QD=60.2163;RBI=0.0329144;REFB=-0.0614239;REVB=0.0099708;RO=1;SAF=65;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556335;STB=0.502924;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000128331;OID=.;OPOS=135508381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:1:1:150:150:0.993377:85:65:0:1:85:65:0:1 chr5 135513085 . T TC 1582.78 PASS AF=1;AO=104;DP=109;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345732;FXX=0.0275204;HRUN=0;LEN=1;MLLD=79.0373;QD=59.7277;RBI=0.0363009;REFB=0;REVB=-0.0110657;RO=2;SAF=56;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00138486;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.12133e-05;OID=.;OPOS=135513086;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:104:109:106:106:0:56:50:0:0:9:2:56:48:1:1 chr5 135514055 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131365;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.421;QD=58.2393;RBI=0.0226051;REFB=0;REVB=0.0183963;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26349e-05;OID=.;OPOS=135514055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr5 135514216 . A G 278.84 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0126982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0242;QD=21.8699;RBI=0.0133351;REFB=0.00760573;REVB=-0.0040718;RO=23;SAF=18;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13875;STB=0.577203;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00751676;OID=.;OPOS=135514216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:10:18:11:12:10:18:11:12 chr5 135517740 . T G 469.51 PASS AF=0.484536;AO=46;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=0.0183505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.711;QD=19.361;RBI=0.0185452;REFB=-0.0100221;REVB=-0.00268008;RO=50;SAF=19;SAR=27;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132345;STB=0.578481;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0107297;OID=.;OPOS=135517740;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:46:47:0.484536:27:19:14:36:27:20:14:36 chr5 135522878 . GT TA 1120.3 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374159;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.695;QD=60.5566;RBI=0.0377196;REFB=0;REVB=-0.00477728;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-8.45087e-05;OID=.;OPOS=135522878;OREF=GT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr5 135692575 . G A 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0119878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.045;QD=15.6443;RBI=0.0504283;REFB=-0.0206965;REVB=0.0489827;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171759;STB=0.509795;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0270545;OID=.;OPOS=135692575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:11:11:14:15:11:11:14:15 chr5 135692605 . G A 100.8 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0280144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.542;QD=8.22841;RBI=0.0306215;REFB=-0.00720943;REVB=0.0123641;RO=36;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106682;STB=0.565814;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0199035;OID=.;OPOS=135692605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:8:5:17:19:8:5:17:19 chr5 136313330 . A AG,G 286.21 PASS AF=0.435185,0.0185185;AO=40,4;DP=109;FAO=47,2;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=19,2;FSAR=28,0;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.080889,0.0390998;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=1,1;MLLD=14.998,32.9612;QD=10.6003;RBI=0.0857127,0.0430859;REFB=0.0180389,0.00793685;REVB=0.0283483,-0.0180999;RO=59;SAF=15,3;SAR=25,1;SRF=28;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.108126,0.268064;STB=0.501457,0.99577;STBP=0.983,0.115;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0358325,-0.0228057;OID=.,.;OPOS=136313331,136313330;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:59:59:40,4:47,2:0.435185,0.0185185:25,1:15,3:28:31:28,0:19,2:24:35 chr5 136953577 . T C 101.77 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0143325;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.498;QD=15.0768;RBI=0.0144939;REFB=0.000657655;REVB=0.00215706;RO=10;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345536;STB=0.558038;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.000665088;OID=.;OPOS=136953577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:10:15:11:12:0.444444:3:8:10:0:3:9:10:5 chr5 136954719 . T C 386.56 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00475063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.326;QD=18.1911;RBI=0.00562358;REFB=-0.00485085;REVB=0.00300936;RO=45;SAF=20;SAR=20;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949183;STB=0.552915;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00331519;OID=.;OPOS=136954719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:20:20:27:18:20:20:27:18 chr5 136955383 . G T 399.18 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=112;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0254031;FXX=0.0769165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.076;QD=14.7843;RBI=0.0281813;REFB=-0.0152862;REVB=0.0122012;RO=53;SAF=22;SAR=23;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563986;STB=0.51668;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0180634;OID=.;OPOS=136955383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:108:53:63:45:45:0.416667:23:22:29:24:23:22:29:34 chr5 136969729 . C T 91.44 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0445965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.008;QD=8.50644;RBI=0.0446397;REFB=-0.00868606;REVB=0.00196281;RO=31;SAF=7;SAR=5;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761071;STB=0.546483;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0736694;OID=.;OPOS=136969729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:5:7:20:11:5:7:20:11 chr5 136969793 . C T 263.06 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00940226;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.928;QD=17.2499;RBI=0.00947611;REFB=-0.0132933;REVB=0.00118075;RO=31;SAF=17;SAR=12;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254873;STB=0.521112;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0130375;OID=.;OPOS=136969793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:32:29:29:0.47541:12:17:19:12:12:17:20:12 chr5 137028029 . T C 1051.2 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00557237;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6452;QD=58.3998;RBI=0.0875444;REFB=0.0498854;REVB=0.0873668;RO=0;SAF=50;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93928e-08;STB=0.511625;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.000127973;OID=.;OPOS=137028029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:72:0:1:71:71:0.986111:21:50:0:0:21:50:0:1 chr5 137089765 . CCG C 47.43 PASS AF=0.409091;AO=6;DP=24;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.231289;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=20.7826;QD=8.62428;RBI=0.23695;REFB=-0.0763143;REVB=0.0514877;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.418741;SSSB=-0.38307;STB=0.685902;STBP=0.2;TYPE=del;VARB=0.108203;OID=.;OPOS=137089766;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:6:24:9:22:13:4:5:10:3:47:16:2:4:11:5 chr5 137206560 . A C 656.07 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0725866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6655;QD=59.6428;RBI=0.0740976;REFB=0.0680114;REVB=-0.014888;RO=1;SAF=19;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240734;STB=0.512815;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00777356;OID=.;OPOS=137206560;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:24:19:1:0:24:19:1:0 chr5 137244517 . G A 1475.92 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254283;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.574;QD=63.4804;RBI=0.0269939;REFB=0;REVB=-0.00905939;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.44616e-05;OID=.;OPOS=137244517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:92:93:1:45:47:0:0:46:47:0:0 chr5 137259179 . T C 3160.36 PASS AF=1;AO=196;DP=199;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222672;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7169;QD=63.8456;RBI=0.0232162;REFB=0;REVB=0.00657004;RO=1;SAF=90;SAR=106;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447192;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217398;OID=.;OPOS=137259179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:198:1:0:196:198:1:106:90:0:1:108:90:0:0 chr5 137347498 . G A 1510.82 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.321;QD=63.6135;RBI=0.0303131;REFB=0;REVB=0.0186775;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.30325e-06;OID=.;OPOS=137347498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:49:46:0:0:49:46:0:0 chr5 137372207 . A T 695.32 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0401218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.953;QD=60.4623;RBI=0.0551709;REFB=0.079312;REVB=0.0378692;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000713177;OID=.;OPOS=137372207;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:0:1:44:45:0.978261:26:18:0:0:26:19:0:1 chr5 137426447 . G A 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0500935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.544;QD=24.4116;RBI=0.050272;REFB=-0.0363466;REVB=0.00423293;RO=5;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134614;STB=0.576329;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0167545;OID=.;OPOS=137426447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:7:4:3:2:7:4:3:2 chr5 137475774 . GT G 63.14 PASS AF=0.247191;AO=25;DP=91;FAO=22;FDP=89;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-0.118014;FXX=0.0219756;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.9204;QD=2.83782;RBI=0.156633;REFB=-0.0264288;REVB=-0.102988;RO=61;SAF=14;SAR=11;SRF=21;SRR=40;SSEN=0.611765;SSEP=0;SSSB=0.254079;STB=0.669825;STBP=0.078;TYPE=del;VARB=0.00614795;OID=.;OPOS=137475775;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.247191:25:91:22:89:67:13:9:24:43:63:61:14:11:21:40 chr5 137475787 . C T 421.74 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.019462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.277;QD=18.1392;RBI=0.0219434;REFB=-0.0242703;REVB=-0.0101362;RO=50;SAF=19;SAR=24;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410927;STB=0.522925;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0245436;OID=.;OPOS=137475787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:24:19:20:30:24:19:20:30 chr5 137476416 . T C 1302.08 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4193;QD=62.0039;RBI=0.0448079;REFB=0;REVB=0.00082452;RO=0;SAF=52;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264125;OID=.;OPOS=137476416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:31:52:0:0:31:53:0:0 chr5 137488357 . C T 199.94 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0105754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.776;QD=11.5909;RBI=0.0254558;REFB=-0.0102934;REVB=-0.0231551;RO=44;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02614;STB=0.515139;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0161894;OID=.;OPOS=137488357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:17:8:15:29:17:8:15:29 chr5 137488440 . C T 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0527334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.924;QD=6.5735;RBI=0.0527415;REFB=-0.00972183;REVB=-0.000923313;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228049;STB=0.651596;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0219679;OID=.;OPOS=137488440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:5:1:5:11:5:1:5:11 chr5 137665323 . G A 253.92 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0428659;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3608;QD=19.5321;RBI=0.0458796;REFB=0.0109286;REVB=0.016354;RO=22;SAF=10;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211361;STB=0.535636;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00227134;OID=.;OPOS=137665323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:22:25:26:27:0.519231:16:10:9:13:16:11:12:13 chr5 137708434 . C T 1819.0 PASS AF=1;AO=118;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113434;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.678;QD=60.6334;RBI=0.0135149;REFB=0;REVB=0.00734708;RO=0;SAF=61;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217662;OID=.;OPOS=137708434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:118:120:1:57:61:0:0:57:63:0:0 chr5 137717213 . G A 162.69 PASS AF=0.375;AO=17;DP=53;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0136178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.212;QD=11.6204;RBI=0.0136393;REFB=-0.0246706;REVB=0.000764311;RO=35;SAF=7;SAR=10;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148793;STB=0.541556;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0421754;OID=.;OPOS=137717213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:35:35:17:21:0.375:10:7:19:16:11:10:19:16 chr5 137717265 . G A 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.79;QD=58.0587;RBI=0.059091;REFB=0;REVB=0.0111966;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197436;OID=.;OPOS=137717265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr5 137754695 . T C 1589.26 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4242;QD=59.9721;RBI=0.0179441;REFB=0;REVB=0.0123778;RO=0;SAF=55;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31709e-05;OID=.;OPOS=137754695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:51:55:0:0:51:55:0:0 chr5 137763001 . C T 195.88 PASS AF=0.288889;AO=26;DP=90;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0160004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4854;QD=8.70568;RBI=0.0167822;REFB=0.00628273;REVB=0.00506263;RO=64;SAF=13;SAR=13;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936719;STB=0.555513;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.0116275;OID=.;OPOS=137763001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:64:64:26:26:0.288889:13:13:37:27:13:13:37:27 chr5 137781792 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0662;QD=43.4862;RBI=0.013848;REFB=0;REVB=0.013848;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000696328;OID=.;OPOS=137781792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:12:0:0:0:12:0:0:0 chr5 137782578 . T C 186.75 PASS AF=0.423077;AO=19;DP=50;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00928843;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.054;QD=14.3656;RBI=0.00928899;REFB=-0.0168603;REVB=0.000101771;RO=30;SAF=16;SAR=3;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404459;STB=0.642716;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.026022;OID=.;OPOS=137782578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:30:30:19:22:0.423077:3:16:16:14:5:17:17:13 chr5 137892170 . G A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00575532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.194;QD=59.6792;RBI=0.023683;REFB=0;REVB=0.022973;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84103e-05;OID=.;OPOS=137892170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr5 137902339 . T C 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.889;QD=60.7158;RBI=0.0198634;REFB=0;REVB=0.0196336;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49016e-05;OID=.;OPOS=137902339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:33:43:0:0:33:43:0:0 chr5 138223182 . C T 109.85 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00313692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.638;QD=7.32359;RBI=0.00457726;REFB=-0.00238198;REVB=0.00333332;RO=44;SAF=7;SAR=9;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102409;STB=0.562422;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00621456;OID=.;OPOS=138223182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:44:44:16:16:0.266667:9:7:23:21:9:7:23:21 chr5 138240092 . C T 106.8 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0798708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8801;QD=6.89045;RBI=0.093401;REFB=-0.000655926;REVB=-0.048419;RO=46;SAF=8;SAR=8;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158927;STB=0.596658;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00182178;OID=.;OPOS=138240092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:46:46:16:16:0.258065:8:8:29:17:8:8:29:17 chr5 138260224 . C CA 59.48 PASS AF=0.28;AO=16;DP=51;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0453942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.6045;QD=4.75827;RBI=0.140406;REFB=-0.00207688;REVB=-0.132866;RO=35;SAF=9;SAR=7;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220797;STB=0.614308;STBP=0.382;TYPE=ins;VARB=-0.0253229;OID=.;OPOS=138260225;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:16:51:14:50:36:8:6:26:10:59:35:9:7:26:9 chr5 138266343 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0136057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.461;QD=12.3289;RBI=0.0166643;REFB=0.000585466;REVB=-0.00962204;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165255;STB=0.509786;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.000811811;OID=.;OPOS=138266343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:9:8:5:6:9:8 chr5 138632030 . G T 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00879995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.792;QD=15.9152;RBI=0.029058;REFB=-0.00554906;REVB=-0.0276935;RO=14;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18945;STB=0.599828;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00772375;OID=.;OPOS=138632030;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:11:2:4:10:11:2:4:11 chr5 138665756 . G A 411.04 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0160768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.413;QD=23.8282;RBI=0.0180217;REFB=-0.0100231;REVB=-0.00814355;RO=29;SAF=22;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252446;STB=0.513862;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00883867;OID=.;OPOS=138665756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:29:40:40:0.57971:18:22:15:14:18:22:15:14 chr5 138705188 . C CATT 1035.69 PASS AF=0.947368;AO=69;DP=78;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0132476;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=3;MLLD=297.884;QD=54.5101;RBI=0.0136872;REFB=0.0149674;REVB=0.00344114;RO=4;SAF=39;SAR=30;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194945;STB=0.511059;STBP=0.417;TYPE=ins;VARB=-0.000479586;OID=.;OPOS=138705189;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.947368:69:78:72:76:4:39:33:3:1:13:4:39:30:3:1 chr5 138713959 . A C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.102;QD=59.8385;RBI=0.0355868;REFB=0;REVB=0.0209417;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254879;OID=.;OPOS=138713959;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr5 138720108 . C T 386.81 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0135529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.137;QD=18.4193;RBI=0.118403;REFB=0.00599355;REVB=0.117625;RO=44;SAF=20;SAR=20;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213421;STB=0.511899;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.00569421;OID=.;OPOS=138720108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:20:20:23:21:20:20:23:21 chr5 138720156 . C T 535.08 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=115;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.00615993;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.875;QD=18.7747;RBI=0.0210278;REFB=-0.0233812;REVB=0.0201053;RO=57;SAF=32;SAR=24;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737567;STB=0.545438;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0225414;OID=.;OPOS=138720156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:57:58:56:56:0.491228:24:32:28:29:24:32:28:30 chr5 138728483 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.059;QD=53.911;RBI=0.0446587;REFB=0;REVB=0.019851;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000285487;OID=.;OPOS=138728483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr5 138728533 . C T 160.49 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0464585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4104;QD=18.3421;RBI=0.112441;REFB=-0.00124806;REVB=0.102394;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074462;STB=0.542324;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00430421;OID=.;OPOS=138728533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:8:9:11:7:8:9:11:7 chr5 138730364 . G A 127.8 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00610103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0797;QD=8.24532;RBI=0.0406569;REFB=-0.00227726;REVB=0.0401966;RO=43;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186857;STB=0.602725;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0063857;OID=.;OPOS=138730364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:44:18:18:0.290323:8:10:17:26:8:10:18:26 chr5 138730407 . C T 248.4 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0188603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.299;QD=13.9944;RBI=0.027772;REFB=-0.0261492;REVB=0.0203856;RO=41;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868813;STB=0.555077;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.029801;OID=.;OPOS=138730407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:41:42:29:29:0.408451:16:13:15:26:16:13:15:27 chr5 138732579 . C T 245.98 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00363672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.455;QD=11.1811;RBI=0.0360115;REFB=-0.0130391;REVB=0.0358274;RO=58;SAF=12;SAR=18;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191217;STB=0.610786;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.028434;OID=.;OPOS=138732579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:58:58:30:30:0.340909:18:12:33:25:18:12:33:25 chr5 138773090 . A G 379.25 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0303901;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4865;QD=18.9625;RBI=0.0307621;REFB=-0.0233648;REVB=-0.0047692;RO=41;SAF=24;SAR=15;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750099;STB=0.541811;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0255714;OID=.;OPOS=138773090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:41:41:39:39:0.4875:15:24:22:19:15:24:22:19 chr5 138857919 . T C 1914.98 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.146;QD=61.7737;RBI=0.0231991;REFB=0;REVB=0.0226286;RO=0;SAF=55;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46808e-05;OID=.;OPOS=138857919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:69:55:0:0:69:55:0:0 chr5 138861146 . C G 1583.5 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.248;QD=63.9797;RBI=0.0413607;REFB=0;REVB=-0.0138305;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122314;OID=.;OPOS=138861146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:50:49:0:0:50:49:0:0 chr5 139217320 . G C 462.72 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=19;FWDB=-0.00316673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.679;QD=16.2357;RBI=0.0311223;REFB=-0.013113;REVB=-0.0309608;RO=63;SAF=29;SAR=22;SRF=44;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134092;STB=0.574569;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0198542;OID=.;OPOS=139217320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:51:51:0.447368:22:29:44:19:22:29:44:19 chr5 139496174 . TC T 611.07 PASS AF=0.536585;AO=84;DP=163;FAO=88;FDP=164;FR=.;FRO=76;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=-0.00057338;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.8343;QD=14.9042;RBI=0.090716;REFB=0.0358146;REVB=-0.0907142;RO=72;SAF=42;SAR=42;SRF=44;SRR=28;SSEN=0.227205;SSEP=0;SSSB=-0.0938243;STB=0.554866;STBP=0.143;TYPE=del;VARB=-0.0338674;OID=.;OPOS=139496175;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.536585:84:163:88:164:76:44:44:47:29:99:72:42:42:44:28 chr5 139712548 . TAA TA,TAC 477.66 PASS AF=0.264706,0.735294;AO=9,24;DP=34;FAO=9,25;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9,16;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00563267,-0.0627708;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=29.0836,46.4336;QD=56.1954;RBI=0.0239384,0.064735;REFB=0,0;REVB=-0.0232663,0.0158253;RO=0;SAF=9,15;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0204858,-0.0161213;OID=.,.;OPOS=139712549,139712550;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=TA,TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.264706,0.735294:9,24:34:9,25:34:0:9,16:0,9:0:0:54:0:9,15:0,9:0:0 chr5 139745154 . T C 791.87 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0550336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.055;QD=53.6864;RBI=0.0551264;REFB=-0.0129965;REVB=0.00319764;RO=1;SAF=34;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136707;STB=0.503392;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.000401128;OID=.;OPOS=139745154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:1:2:57:57:0.966102:23:34:1:0:23:34:1:1 chr5 139876684 . G C 270.03 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0237107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8428;QD=22.9816;RBI=0.0264342;REFB=-0.00373812;REVB=-0.0116863;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206569;STB=0.614777;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00294949;OID=.;OPOS=139876684;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:12:13:6:16:12:13:6:16 chr5 139936760 . G T 673.87 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6064;QD=59.8991;RBI=0.133204;REFB=0;REVB=0.130485;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151072;OID=.;OPOS=139936760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:43:45:1:13:30:0:0:15:30:0:0 chr5 139936980 . A G 894.69 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000263003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.433;QD=57.7219;RBI=0.013569;REFB=0;REVB=-0.0135665;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01692e-05;OID=.;OPOS=139936980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:40:21:0:0:40:22:0:0 chr5 139940233 . G A 1240.19 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00704751;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.018;QD=59.7683;RBI=0.0133203;REFB=-0.0753348;REVB=-0.0113033;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.507245;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000531607;OID=.;OPOS=139940233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:0:1:81:82:0.987952:34:47:0:0:34:48:0:1 chr5 139940302 . G A 495.53 PASS AF=0.559524;AO=46;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0345451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.885;QD=23.5969;RBI=0.0356305;REFB=0.0010793;REVB=0.00872762;RO=37;SAF=24;SAR=22;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103773;STB=0.55195;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00106192;OID=.;OPOS=139940302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:37:46:47:0.559524:22:24:24:13:22:25:24:13 chr5 139941228 . A G 623.4 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0637183;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.4013;QD=59.3718;RBI=0.0652477;REFB=-0.0071941;REVB=0.0140439;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022873;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00172112;OID=.;OPOS=139941228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:1:1:40:41:0.97619:20:20:0:1:21:20:0:1 chr5 140011997 . C T 31.41 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.110777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2761;QD=2.41605;RBI=0.114474;REFB=-0.00121951;REVB=0.0288577;RO=46;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00950723;STB=0.507222;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00604199;OID=.;OPOS=140011997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:46:46:6:6:0.115385:4:2:15:31:4:2:15:31 chr5 140048267 . T C 1069.15 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00915593;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.107;QD=60.2338;RBI=0.0283595;REFB=0;REVB=0.0268409;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.51807e-06;OID=.;OPOS=140048267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:71:0:0:72:71:1:45:27:0:0:44:27:0:0 chr5 140090909 . A T 192.34 PASS AF=0.270833;AO=26;DP=96;FAO=26;FDP=96;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.00549464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.643;QD=8.01428;RBI=0.0173429;REFB=-0.00674162;REVB=-0.0164494;RO=69;SAF=21;SAR=5;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279269;STB=0.677267;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0121351;OID=.;OPOS=140090909;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:69:70:26:26:0.270833:5:21:43:26:5:21:43:27 chr5 140167319 . G A 236.5 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0216919;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0511;QD=11.1293;RBI=0.034864;REFB=-0.0150448;REVB=0.0272939;RO=56;SAF=18;SAR=11;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582916;STB=0.533875;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.043345;OID=.;OPOS=140167319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:56:29:29:0.341176:11:18:32:24:11:18:32:24 chr5 140167463 . C T 710.94 PASS AF=0.978723;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0965141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6596;QD=60.5057;RBI=0.0997452;REFB=-0.0927407;REVB=0.0251817;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.511623;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00207322;OID=.;OPOS=140167463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:47:0:1:44:46:0.978723:21:23:0:0:21:25:0:1 chr5 140168070 . A G 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2906;QD=62.3463;RBI=0.0502786;REFB=0;REVB=-0.0452042;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000431;OID=.;OPOS=140168070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr5 140168151 . G T 820.18 PASS AF=0.983051;AO=59;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0289532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.219;QD=55.6052;RBI=0.0424584;REFB=0.0241123;REVB=0.0310552;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.000599854;OID=.;OPOS=140168151;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:59:58:0.983051:29:30:0:0:28:30:0:1 chr5 140174622 . G A 1139.05 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.130087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6568;QD=59.1714;RBI=0.146363;REFB=-0.137439;REVB=0.0670793;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00359173;OID=.;OPOS=140174622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:76:76:0.987013:41:35:0:0:41:35:1:0 chr5 140174865 . G C 1282.09 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0469553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5637;QD=60.3337;RBI=0.0470678;REFB=0.0163525;REVB=0.00325152;RO=1;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108876;STB=0.505617;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000123283;OID=.;OPOS=140174865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:1:1:83:84:0.988235:43:40:0:1:44:40:0:1 chr5 140181734 . A G 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.437;QD=62.6689;RBI=0.021533;REFB=0;REVB=0.000265689;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014843;OID=.;OPOS=140181734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr5 140181892 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.732;QD=56.9383;RBI=0.0312319;REFB=0;REVB=-0.030419;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.84515e-05;OID=.;OPOS=140181892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr5 140182101 . G T 836.97 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0392712;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.083;QD=54.8832;RBI=0.0393872;REFB=-0.0669026;REVB=0.00301989;RO=1;SAF=33;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140845;STB=0.507244;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000915648;OID=.;OPOS=140182101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:62:61:1:1:59:60:0.983607:26:33:1:0:26:34:1:0 chr5 140182777 . G T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0140658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.194;QD=15.3791;RBI=0.0308295;REFB=-0.0299663;REVB=0.0274338;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095208;STB=0.555461;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0259494;OID=.;OPOS=140182777;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:4:8:8:6:4:8:8:6 chr5 140183058 . G A 392.38 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000249568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9704;QD=50.6293;RBI=0.0156363;REFB=-0.139055;REVB=0.0156343;RO=2;SAF=17;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517006;STB=0.527759;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00460532;OID=.;OPOS=140183058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:12:17:2:0:12:17:2:0 chr5 140186937 . G T 464.02 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.261;QD=58.0022;RBI=0.0388912;REFB=0;REVB=0.0175101;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251162;OID=.;OPOS=140186937;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr5 140186979 . GG AA 106.12 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462098;FXX=0.0908265;HRUN=3;LEN=2;MLLD=85.9361;QD=42.4476;RBI=0.0504155;REFB=0;REVB=-0.0201587;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000421356;OID=.;OPOS=140186979;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr5 140186982 . C A 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0002589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.567;QD=28.6826;RBI=0.0454962;REFB=-0.00493071;REVB=0.0454954;RO=2;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241727;STB=0.63963;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00404691;OID=.;OPOS=140186982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:8:1:1:1:8:1:1:1 chr5 140186983 . CG AC,CA 114.11 PASS AF=0.181818,0.818182;AO=2,9;DP=11;FAO=2,9;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1,1;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183789,0.0801243;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=231.775,202.532;QD=41.4947;RBI=0.0193867,0.0801371;REFB=0,0;REVB=0.00616922,-0.00143406;RO=0;SAF=1,1;SAR=1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0346466,0.000384193;OID=.,.;OPOS=140186983,140186984;OREF=CG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:11:11:0:0:2,9:2,9:0.181818,0.818182:1,8:1,1:0:0:1,8:1,1:0:0 chr5 140186988 . A G 90.0 PASS AF=1;AO=7;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135747;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.5;QD=40.0007;RBI=0.136608;REFB=0;REVB=0.0153125;RO=1;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576192;OID=.;OPOS=140186988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:10:9:1:0:7:9:1:7:0:0:1:7:2:0:0 chr5 140186990 . G A 76.82 PASS AF=0.9;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0739968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.161;QD=30.7288;RBI=0.0743842;REFB=-0.0149437;REVB=0.00758161;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286738;STB=0.666218;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0131652;OID=.;OPOS=140186990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:10:1:1:8:9:0.9:7:1:1:0:8:1:1:0 chr5 140187048 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00561566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.307;QD=56.1916;RBI=0.0252534;REFB=0;REVB=0.0246211;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39041e-05;OID=.;OPOS=140187048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr5 140187102 . A G 518.68 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00679121;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.522;QD=57.6305;RBI=0.0126673;REFB=-0.0755742;REVB=-0.0106929;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179945;OID=.;OPOS=140187102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:36:0:0:35:36:1:20:15:0:0:21:15:0:0 chr5 140187322 . C T 1792.51 PASS AF=0.983471;AO=118;DP=120;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0125226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.242;QD=59.2565;RBI=0.0149684;REFB=0.0130763;REVB=0.00819982;RO=2;SAF=52;SAR=66;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00190401;STB=0.500913;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-2.30694e-05;OID=.;OPOS=140187322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:121:2:2:118:119:0.983471:66:52:1:1:66:53:1:1 chr5 140188383 . T G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.063;QD=57.2024;RBI=0.0422367;REFB=0;REVB=0.00933153;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221944;OID=.;OPOS=140188383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr5 140188401 . A G 370.35 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0657547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7321;QD=54.8667;RBI=0.0839892;REFB=0;REVB=0.0522542;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000807609;OID=.;OPOS=140188401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:13:14:0:0 chr5 140188575 . G C 843.92 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0486755;FXX=0.0322529;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9733;QD=56.2615;RBI=0.0488396;REFB=-0.055871;REVB=0.00400087;RO=2;SAF=20;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448549;STB=0.511624;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00205579;OID=.;OPOS=140188575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:60:2:1:58:59:0.983333:38:20:2:0:38:21:1:0 chr5 140201420 . T C 1214.32 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00606548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.043;QD=59.9666;RBI=0.0241893;REFB=-0.1483;REVB=0.0234165;RO=1;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106396;STB=0.505617;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000666301;OID=.;OPOS=140201420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:81:1:1:80:80:0.987654:44:36:0:1:44:36:0:1 chr5 140203432 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.594;QD=55.6556;RBI=0.0518386;REFB=0;REVB=0.0481823;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207389;OID=.;OPOS=140203432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr5 140209467 . T G 428.91 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0671404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5345;QD=57.1884;RBI=0.103883;REFB=0;REVB=-0.0792712;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00363237;OID=.;OPOS=140209467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr5 140214381 . G A 841.08 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3068;QD=57.0226;RBI=0.0677808;REFB=0;REVB=-0.0660106;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000554107;OID=.;OPOS=140214381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:33:24:0:0:34:25:0:0 chr5 140215402 . G A 163.46 PASS AF=0.264368;AO=23;DP=87;FAO=23;FDP=87;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.00831881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.708;QD=7.5154;RBI=0.0330033;REFB=-0.010707;REVB=0.0319377;RO=64;SAF=14;SAR=9;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773202;STB=0.546721;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.030666;OID=.;OPOS=140215402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:64:64:23:23:0.264368:9:14:35:29:9:14:35:29 chr5 140221139 . G A 538.44 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00660388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.696;QD=59.8266;RBI=0.00665094;REFB=0;REVB=0.000789715;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.76394e-05;OID=.;OPOS=140221139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:13:22:0:0:14:22:0:0 chr5 140221195 . G C 47.26 PASS AF=0.126582;AO=10;DP=79;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=0.0556659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.5631;QD=2.39303;RBI=0.0636089;REFB=-0.00443146;REVB=0.0307799;RO=69;SAF=7;SAR=3;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120991;STB=0.588052;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0340645;OID=.;OPOS=140221195;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:79:79:69:69:10:10:0.126582:3:7:42:27:3:7:42:27 chr5 140222157 . A C 940.76 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371784;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.269;QD=58.7977;RBI=0.0552382;REFB=0;REVB=0.0408537;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95411e-05;OID=.;OPOS=140222157;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr5 140222641 . A G 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.18;QD=45.8034;RBI=0.0624167;REFB=0;REVB=-0.0454828;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.29166e-05;OID=.;OPOS=140222641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr5 140228164 . C A 637.58 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00550085;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.017;QD=60.7217;RBI=0.0716608;REFB=0;REVB=0.0714494;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520391;OID=.;OPOS=140228164;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:19:21:0:0:21:21:0:0 chr5 140229086 . C G 1880.93 PASS AF=0.991935;AO=121;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0555859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9574;QD=60.6753;RBI=0.067982;REFB=-0.127501;REVB=-0.0391376;RO=1;SAF=54;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087158;STB=0.504586;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00114921;OID=.;OPOS=140229086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:121:123:0.991935:67:54:1:0:69:54:1:0 chr5 140229368 . G C 971.83 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0249817;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.5902;QD=55.5329;RBI=0.0251749;REFB=-0.157916;REVB=0.00311279;RO=2;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314754;STB=0.516124;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00873936;OID=.;OPOS=140229368;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:2:2:67:68:0.971429:29:38:0:2:30:38:0:2 chr5 140229526 . T G 1607.11 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0433213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.767;QD=64.2843;RBI=0.054101;REFB=0;REVB=0.0324065;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51695e-05;OID=.;OPOS=140229526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:53:47:0:0:53:47:0:0 chr5 140229877 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.00606873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.754;QD=13.4417;RBI=0.0308732;REFB=-0.0330788;REVB=-0.0302709;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277947;STB=0.670322;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0268853;OID=.;OPOS=140229877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:12:13:10:10:0.434783:3:7:11:1:3:7:12:1 chr5 140230370 . AA CC 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655485;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=134.196;QD=61.5363;RBI=0.0127654;REFB=0;REVB=-0.010954;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-7.8404e-06;OID=.;OPOS=140230370;OREF=AA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr5 140231237 . T C 1226.42 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6186;QD=61.321;RBI=0.107674;REFB=0;REVB=0.105773;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000772325;OID=.;OPOS=140231237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:32:48:0:0:32:48:0:0 chr5 140232950 . G C 651.12 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3461;QD=62.011;RBI=0.0356308;REFB=0;REVB=0.0115099;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000770722;OID=.;OPOS=140232950;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr5 140236771 . G A 261.65 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.000700408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.058;QD=14.7406;RBI=0.00624839;REFB=-0.0241281;REVB=-0.00620901;RO=39;SAF=15;SAR=15;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384376;STB=0.507038;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0277089;OID=.;OPOS=140236771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:41:30:30:0.422535:15:15:21:18:15:15:21:20 chr5 140236950 . C G 298.47 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.011965;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.876;QD=18.3674;RBI=0.0139723;REFB=-0.00744078;REVB=0.00721559;RO=32;SAF=12;SAR=20;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143143;STB=0.588179;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0072299;OID=.;OPOS=140236950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:32:33:32:32:0.492308:20:12:17:15:20:12:18:15 chr5 140237109 . T G 1449.95 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0671367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4177;QD=63.0415;RBI=0.0673162;REFB=0;REVB=0.00491322;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00039761;OID=.;OPOS=140237109;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:44:48:0:0:44:48:0:0 chr5 140237184 . C T 69.04 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0119459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.794;QD=6.13718;RBI=0.0156369;REFB=-0.00882377;REVB=0.0100899;RO=34;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510356;STB=0.545363;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0476908;OID=.;OPOS=140237184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:34:35:10:10:0.222222:6:4:15:19:6:4:16:19 chr5 140237387 . T G 426.66 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9459;QD=56.8883;RBI=0.015829;REFB=0;REVB=0.00923594;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.42414e-05;OID=.;OPOS=140237387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:14:14:0:0:16:14:0:0 chr5 140237548 . A G 657.73 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170528;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.483;QD=62.6412;RBI=0.017992;REFB=0;REVB=-0.00573717;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472205;OID=.;OPOS=140237548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:19:22:0:0:19:23:0:0 chr5 140242451 . GC G 515.97 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0530073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.648;QD=46.9063;RBI=0.0622853;REFB=0;REVB=-0.0327061;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0024234;OID=.;OPOS=140242452;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:44:44:44:0:23:21:0:0:9:0:23:21:0:0 chr5 140242479 . T A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00752684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.627;QD=58.2396;RBI=0.0126095;REFB=0;REVB=0.0101167;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17712e-06;OID=.;OPOS=140242479;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr5 140242769 . C T 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00593949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.85;QD=6.8134;RBI=0.0286859;REFB=-0.0140429;REVB=0.0280643;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282546;STB=0.681284;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0361215;OID=.;OPOS=140242769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:5:2:10:9:5:2:10:9 chr5 140250252 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.887;QD=56.1915;RBI=0.0476014;REFB=0;REVB=0.00202334;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018919;OID=.;OPOS=140250252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr5 140255447 . G A 194.51 PASS AF=0.238095;AO=30;DP=126;FAO=30;FDP=126;FR=.;FRO=96;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.00158293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.116;QD=6.175;RBI=0.0161181;REFB=-0.00381305;REVB=-0.0160401;RO=94;SAF=18;SAR=12;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125836;STB=0.569085;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0101535;OID=.;OPOS=140255447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:94:96:30:30:0.238095:12:18:47:47:12:18:49:47 chr5 140255792 . C A 247.01 PASS AF=0.560976;AO=21;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.036335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.9235;QD=24.0986;RBI=0.184434;REFB=-0.0578619;REVB=-0.180819;RO=7;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193526;STB=0.527004;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0336078;OID=.;OPOS=140255792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:7:18:21:23:0.560976:12:9:6:1:14:9:6:12 chr5 140256988 . G A 374.35 PASS AF=0.375;AO=45;DP=120;FAO=45;FDP=120;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=0.00492615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.615;QD=12.4785;RBI=0.00644474;REFB=-0.0145837;REVB=-0.00415544;RO=75;SAF=19;SAR=26;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556031;STB=0.531607;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0271148;OID=.;OPOS=140256988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:75:75:45:45:0.375:26:19:28:47:26:19:28:47 chr5 140263290 . T G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.356;QD=57.7123;RBI=0.0362103;REFB=0;REVB=0.0192406;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135834;OID=.;OPOS=140263290;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr5 140307534 . G A 80.31 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0110154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.896;QD=5.18112;RBI=0.0397872;REFB=-0.00334029;REVB=0.0382319;RO=49;SAF=10;SAR=3;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421151;STB=0.768817;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00790918;OID=.;OPOS=140307534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:49:49:13:13:0.209677:3:10:21:28:3:10:21:28 chr5 140358537 . C T 144.16 PASS AF=0.283784;AO=19;DP=72;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=-0.0380465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.903;QD=7.79267;RBI=0.0382419;REFB=-0.00665816;REVB=-0.00386074;RO=53;SAF=9;SAR=10;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272451;STB=0.686406;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0246239;OID=.;OPOS=140358537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:53:53:19:21:0.283784:10:9:37:16:12:9:37:16 chr5 140432459 . G A 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.000653779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.87;QD=6.10493;RBI=0.0463265;REFB=-0.0102469;REVB=-0.0463218;RO=25;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261076;STB=0.651801;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0135628;OID=.;OPOS=140432459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:25:26:8:8:0.235294:5:3:15:10:5:3:15:11 chr5 140475980 . G A 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.101914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.659;QD=37.8922;RBI=0.101978;REFB=-0.0393388;REVB=-0.00359064;RO=1;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998765;STB=0.55546;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0137837;OID=.;OPOS=140475980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:4:8:0:1:4:8:0:1 chr5 140482483 . G A 214.38 PASS AF=0.666667;AO=19;DP=29;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00737334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.238;QD=28.5837;RBI=0.0295748;REFB=-0.016866;REVB=0.0286409;RO=10;SAF=13;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187834;STB=0.586717;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00347849;OID=.;OPOS=140482483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:30:10:10:19:20:0.666667:6:13:4:6:7:13:4:6 chr5 140502177 . G A 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0150532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.025;QD=19.2749;RBI=0.0173317;REFB=-0.00687559;REVB=0.00859009;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885263;STB=0.549957;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00464788;OID=.;OPOS=140502177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:11:12:16:10:11:12:16:10 chr5 140517174 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.587;QD=49.5992;RBI=0.038905;REFB=0;REVB=0.0357363;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215591;OID=.;OPOS=140517174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr5 140530529 . G A 381.77 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0131365;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.565;QD=25.0338;RBI=0.018654;REFB=-0.000951757;REVB=-0.013244;RO=23;SAF=26;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758928;STB=0.535511;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.000527572;OID=.;OPOS=140530529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:23:24:37:37:0.606557:11:26:14:9:11:26:15:9 chr5 140531175 . T C 628.75 PASS AF=1;AO=38;DP=44;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1235;QD=61.3412;RBI=0.106873;REFB=0;REVB=0.0317908;RO=0;SAF=7;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00302979;OID=.;OPOS=140531175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:41:0:0:38:41:1:31:7:0:0:28:13:0:0 chr5 140532420 . C G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00537546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.681;QD=16.417;RBI=0.00584328;REFB=-0.00296168;REVB=0.00229094;RO=14;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523776;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00209332;OID=.;OPOS=140532420;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:16:14:14:0.466667:10:4:4:10:10:4:4:12 chr5 140532871 . T A 248.06 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0820499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50;QD=16.5371;RBI=0.0891143;REFB=0.00771878;REVB=-0.0347733;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133679;STB=0.565172;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.0072527;OID=.;OPOS=140532871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:32:32:27:28:0.466667:13:14:21:11:13:15:21:11 chr5 140536496 . C T 229.53 PASS AF=0.244604;AO=34;DP=139;FAO=34;FDP=139;FR=.;FRO=105;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=-0.00432335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.15;QD=6.6053;RBI=0.00457052;REFB=-0.00615665;REVB=-0.00148268;RO=104;SAF=26;SAR=8;SRF=49;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381141;STB=0.734839;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0212511;OID=.;OPOS=140536496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:104:105:34:34:0.244604:8:26:49:55:8:26:49:56 chr5 140553581 . G C 380.24 PASS AF=0.606557;AO=36;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0120746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.655;QD=24.9339;RBI=0.0121165;REFB=0.00258308;REVB=0.00100631;RO=24;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102307;STB=0.560466;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00152641;OID=.;OPOS=140553581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:36:37:0.606557:17:19:16:8:18:19:16:8 chr5 140553856 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0309456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.319;QD=16.8228;RBI=0.0356204;REFB=0.0162207;REVB=-0.0176404;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935942;STB=0.55539;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.0157893;OID=.;OPOS=140553856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:2:3:5:2:2:3 chr5 140554006 . C G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0224146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.353;QD=10.034;RBI=0.0224246;REFB=-0.0283909;REVB=0.000667242;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274957;STB=0.517172;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0338756;OID=.;OPOS=140554006;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:3:4:3:2:3:4 chr5 140554481 . G T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0451152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5846;QD=14.1688;RBI=0.0618548;REFB=-0.000277281;REVB=0.0423158;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271484;STB=0.660047;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00280725;OID=.;OPOS=140554481;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:7:5:7:3:7:5 chr5 140554606 . T C 261.34 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0754849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3426;QD=17.137;RBI=0.0770711;REFB=-0.0139719;REVB=0.0155562;RO=32;SAF=12;SAR=17;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223811;STB=0.625333;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00516654;OID=.;OPOS=140554606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:17:12:21:11:17:12:21:11 chr5 140554808 . T A 614.0 PASS AF=0.525424;AO=61;DP=117;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.0161808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8336;QD=20.8136;RBI=0.0323303;REFB=-0.00997521;REVB=-0.0279898;RO=55;SAF=38;SAR=23;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223592;STB=0.628991;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00584448;OID=.;OPOS=140554808;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:55:56:61:62:0.525424:23:38:20:35:23:39:20:36 chr5 140555181 . T TTA 73.37 PASS AF=0.235294;AO=9;DP=59;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=35;FWDB=0.161502;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=22.1955;QD=5.75421;RBI=0.178224;REFB=-0.0417362;REVB=-0.0753704;RO=45;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293841;STB=0.768938;STBP=0.097;TYPE=ins;VARB=0.14028;OID=.;OPOS=140555182;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294:9:59:12:51:39:5:7:4:35:73:45:3:6:7:38 chr5 140559320 . G A 74.68 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0674311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.578;QD=22.98;RBI=0.0750384;REFB=-0.0115962;REVB=0.0329213;RO=4;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966199;STB=0.555429;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00452464;OID=.;OPOS=140559320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:6:3:2:2:6:3:2:2 chr5 140559571 . G A 34.95 PASS AF=0.4;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.015687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.941;QD=9.31885;RBI=0.0309312;REFB=-0.00998911;REVB=0.0266582;RO=9;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264433;STB=0.695017;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0206498;OID=.;OPOS=140559571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:14:15:9:9:5:6:0.4:2:3:3:6:2:4:3:6 chr5 140559596 . T G 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0259006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.348;QD=52.7696;RBI=0.0319428;REFB=-0.0327584;REVB=0.0186948;RO=1;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265944;STB=0.514276;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0012642;OID=.;OPOS=140559596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:17:11:0:1:17:11:0:1 chr5 140563579 . C T 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0214823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.078;QD=20.8931;RBI=0.0300298;REFB=-0.000262752;REVB=0.0209833;RO=6;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10769;STB=0.562362;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.000697337;OID=.;OPOS=140563579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:9:1:1:5:9:1:1:5 chr5 140564263 . C T 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0109324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.554;QD=18.6375;RBI=0.0158683;REFB=-0.0104831;REVB=-0.0115016;RO=16;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280067;STB=0.659796;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.010162;OID=.;OPOS=140564263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:5:11:6:10:5:11:6:10 chr5 140565168 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.064;QD=40.7629;RBI=0.127048;REFB=0;REVB=0.126334;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057554;OID=.;OPOS=140565168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr5 140567264 . G T 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.00369426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.376;QD=19.2753;RBI=0.0235207;REFB=-0.00796341;REVB=-0.0232288;RO=26;SAF=13;SAR=10;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342089;STB=0.691103;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00794237;OID=.;OPOS=140567264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:10:13:5:21:10:13:5:21 chr5 140567445 . A G 187.4 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0245342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.213;QD=14.698;RBI=0.0349403;REFB=-0.0121498;REVB=0.0248777;RO=30;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177517;STB=0.510194;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0166659;OID=.;OPOS=140567445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:15:6:9:21:15:6:9:21 chr5 140567608 . C T 220.24 PASS AF=0.454545;AO=21;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.21468;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.9677;QD=16.0177;RBI=0.225604;REFB=-0.0306087;REVB=-0.0693514;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106966;STB=0.514694;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0179828;OID=.;OPOS=140567608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:30:21:25:0.454545:10:11:8:12:11:14:16:14 chr5 140568026 . T C 434.8 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00698835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.013;QD=20.9544;RBI=0.0456302;REFB=-0.00322183;REVB=0.0450919;RO=40;SAF=19;SAR=24;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291444;STB=0.516122;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00230885;OID=.;OPOS=140568026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:24:19:19:21:24:19:19:21 chr5 140568034 . C CA 885.4 PASS AF=1;AO=74;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318178;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.8877;QD=44.2699;RBI=0.188949;REFB=0;REVB=-0.186251;RO=4;SAF=36;SAR=38;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00130996;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00174953;OID=.;OPOS=140568035;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:74:81:80:80:0:37:43:0:0:15:4:36:38:2:2 chr5 140572668 . C T 485.98 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00532381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8252;QD=23.999;RBI=0.0198594;REFB=0.00152175;REVB=0.0191325;RO=35;SAF=17;SAR=29;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953028;STB=0.552358;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000956122;OID=.;OPOS=140572668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:35:46:46:0.567901:29:17:17:18:29:17:17:18 chr5 140573439 . G C 292.72 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.066688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9934;QD=27.2299;RBI=0.067971;REFB=0.00606227;REVB=0.0131443;RO=17;SAF=11;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00829872;STB=0.504584;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.00701063;OID=.;OPOS=140573439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:15:11:7:10:15:11:7:10 chr5 140573442 . C G 266.99 PASS AF=0.609756;AO=24;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00638377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.102;QD=26.0474;RBI=0.006987;REFB=-0.035992;REVB=0.00284001;RO=16;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154142;STB=0.500989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0222576;OID=.;OPOS=140573442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:24:25:0.609756:14:10:7:9:14:11:7:9 chr5 140573754 . A C 35.72 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.062156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.129;QD=5.95294;RBI=0.0678124;REFB=-0.0297907;REVB=-0.0271136;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311994;STB=0.70205;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0547144;OID=.;OPOS=140573754;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:4:2:11:7:4:2:11:7 chr5 140574860 . T C 239.0 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0161335;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8672;QD=16.2036;RBI=0.0414117;REFB=-0.0122298;REVB=0.0381397;RO=32;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149431;STB=0.58432;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00981285;OID=.;OPOS=140574860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:32:32:27:27:0.457627:11:16:14:18:11:16:14:18 chr5 140575211 . G T 375.16 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00214166;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.785;QD=23.4476;RBI=0.00435873;REFB=-0.0169818;REVB=0.00379629;RO=26;SAF=14;SAR=23;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944958;STB=0.560942;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0118573;OID=.;OPOS=140575211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:27:37:37:0.578125:23:14:13:13:23:14:14:13 chr5 140580493 . T A 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00177565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.512;QD=14.262;RBI=0.0192712;REFB=-0.0115995;REVB=-0.0191893;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861018;STB=0.549938;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0158758;OID=.;OPOS=140580493;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:14:10:8:8:14:10 chr5 140580931 . C G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0318309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.05;QD=12.7918;RBI=0.0330208;REFB=-0.0071527;REVB=0.00878427;RO=23;SAF=2;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401627;STB=0.741863;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00812923;OID=.;OPOS=140580931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:12:2:10:13:12:2:10:13 chr5 140581510 . G T 117.73 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0124741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.561;QD=12.3923;RBI=0.0127912;REFB=-0.00766667;REVB=-0.00283038;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122639;OID=.;OPOS=140581510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:7:7:12:12:7:7:12:12 chr5 140591146 . G A 475.8 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0716237;FXX=0.0347796;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.854;QD=17.146;RBI=0.0726302;REFB=-0.0287194;REVB=-0.0120495;RO=58;SAF=20;SAR=31;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137851;STB=0.577333;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0274249;OID=.;OPOS=140591146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:58:60:51:51:0.459459:31:20:31:27:31:20:32:28 chr5 140594442 . A G 89.83 PASS AF=0.139706;AO=19;DP=138;FAO=19;FDP=136;FR=.;FRO=117;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=63;FSRR=54;FWDB=-0.00591682;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.235;QD=2.64194;RBI=0.00664169;REFB=-0.0032819;REVB=-0.00301717;RO=118;SAF=9;SAR=10;SRF=63;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755803;STB=0.555498;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.018236;OID=.;OPOS=140594442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:138:136:118:117:19:19:0.139706:10:9:63:55:10:9:63:54 chr5 140614988 . C T 54.5 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0139413;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.065;QD=7.78565;RBI=0.0350809;REFB=0.00029678;REVB=-0.0321918;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126165;OID=.;OPOS=140614988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:28:28:20:20:8:8:0.285714:4:4:10:10:4:4:10:10 chr5 140615194 . G A 217.81 PASS AF=0.279279;AO=31;DP=111;FAO=31;FDP=111;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.00768175;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.143;QD=7.8491;RBI=0.0211571;REFB=-0.00595386;REVB=-0.0197133;RO=79;SAF=14;SAR=17;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966655;STB=0.561699;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0151603;OID=.;OPOS=140615194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:79:80:31:31:0.279279:17:14:42:37:17:14:43:37 chr5 140615668 . C T 41.26 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0687419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.984;QD=16.5025;RBI=0.0724031;REFB=0.00162668;REVB=-0.0227327;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443891;STB=0.768234;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.000109495;OID=.;OPOS=140615668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:3:1:5:1:3:1 chr5 140625528 . G A 262.66 PASS AF=0.347826;AO=30;DP=90;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0053661;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.397;QD=11.4202;RBI=0.0120776;REFB=0.000145977;REVB=-0.0108201;RO=60;SAF=14;SAR=16;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133181;STB=0.554314;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.000369638;OID=.;OPOS=140625528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:60:60:30:32:0.347826:16:14:35:25:16:16:35:25 chr5 140626566 . A C 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0115796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.477;QD=19.646;RBI=0.0169166;REFB=-0.00523744;REVB=0.0123322;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932099;STB=0.553098;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00608624;OID=.;OPOS=140626566;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:7:4:2:6:7:4:2:6 chr5 140626571 . C A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0220808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5151;QD=18.4431;RBI=0.0454695;REFB=0.0008395;REVB=0.0397481;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124999;STB=0.571306;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00322106;OID=.;OPOS=140626571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:7:4:2:7:7:4:2:7 chr5 140626627 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.018315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.063;QD=12.1819;RBI=0.0189717;REFB=-0.0207209;REVB=0.0049483;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646038;STB=0.523317;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0266793;OID=.;OPOS=140626627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:14:15:10:10:0.4:7:3:5:9:7:3:5:10 chr5 140683265 . G A 324.83 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.022717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.002;QD=16.874;RBI=0.0227422;REFB=-0.0143514;REVB=-0.00106952;RO=40;SAF=14;SAR=21;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143851;STB=0.568382;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0150803;OID=.;OPOS=140683265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:42:35:35:0.454545:21:14:22:18:21:14:22:20 chr5 140710705 . G A 191.55 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00553916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.415;QD=22.5351;RBI=0.00681988;REFB=-0.00723912;REVB=-0.0039785;RO=15;SAF=18;SAR=1;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503062;STB=0.793689;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00630595;OID=.;OPOS=140710705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:1:18:10:5:1:18:10:5 chr5 140719808 . G A 112.15 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0880005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.79;QD=8.46447;RBI=0.089811;REFB=-0.00281386;REVB=-0.0179427;RO=38;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209556;STB=0.626699;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00192832;OID=.;OPOS=140719808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:6:9:16:22:6:9:16:22 chr5 140720516 . C G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00344796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.515;QD=12.0157;RBI=0.00883766;REFB=0.00697155;REVB=-0.00813731;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484388;STB=0.529316;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00955786;OID=.;OPOS=140720516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:5:2:2:4:5:2 chr5 140725828 . C T 348.88 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0405992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5139;QD=22.8777;RBI=0.0470157;REFB=-0.029312;REVB=0.0237104;RO=26;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110543;STB=0.506088;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0239661;OID=.;OPOS=140725828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:18:17:13:13:18:17:13:13 chr5 140739779 . C G 670.84 PASS AF=0.472222;AO=68;DP=144;FAO=68;FDP=144;FR=.;FRO=76;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.00602153;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=335.549;QD=18.6346;RBI=0.0126989;REFB=-0.0134828;REVB=-0.0111805;RO=75;SAF=42;SAR=26;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697822;STB=0.535704;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0142191;OID=.;OPOS=140739779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:75:76:68:68:0.472222:26:42:41:34:26:42:42:34 chr5 140750044 . T C 3625.12 PASS AF=0.991489;AO=232;DP=235;FAO=233;FDP=235;FR=.;FRO=2;FSAF=112;FSAR=121;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0361522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.359;QD=61.7041;RBI=0.0389152;REFB=-0.0545763;REVB=0.0144018;RO=2;SAF=111;SAR=121;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00850833;STB=0.504424;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000399765;OID=.;OPOS=140750044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:235:235:2:2:232:233:0.991489:121:111:2:0:121:112:2:0 chr5 140750076 . G A 565.37 PASS AF=0.300781;AO=74;DP=253;FAO=77;FDP=256;FR=.;FRO=179;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=84;FSRR=95;FWDB=0.032089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1747;QD=8.83394;RBI=0.0543243;REFB=0.00539621;REVB=0.043834;RO=178;SAF=38;SAR=36;SRF=83;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571785;STB=0.535054;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.0112685;OID=.;OPOS=140750076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:256:178:179:74:77:0.300781:36:38:83:95:37:40:84:95 chr5 140751128 . C G 318.12 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.031847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0452;QD=23.1359;RBI=0.0359645;REFB=-0.0131632;REVB=0.0167096;RO=23;SAF=21;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743881;STB=0.541078;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0551678;OID=.;OPOS=140751128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:11:21:13:10:11:21:13:10 chr5 140763029 . A G 333.69 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0508331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.0672;QD=24.2682;RBI=0.0635509;REFB=-0.0111761;REVB=0.0381408;RO=22;SAF=16;SAR=17;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220777;STB=0.512134;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00727596;OID=.;OPOS=140763029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:17:16:10:12:17:16:10:12 chr5 140763100 . C T 243.96 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0958332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1657;QD=18.7663;RBI=0.0965715;REFB=-0.0182086;REVB=0.0119186;RO=26;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103435;STB=0.557991;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0308551;OID=.;OPOS=140763100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:15:11:14:12:15:11:14:12 chr5 140773388 . G T 428.55 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0211288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.746;QD=22.2621;RBI=0.0215716;REFB=-0.0125001;REVB=0.00434823;RO=35;SAF=25;SAR=17;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536323;STB=0.529512;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00753068;OID=.;OPOS=140773388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:17:25:23:12:17:25:23:12 chr5 140774288 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00840324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.236;QD=51.9167;RBI=0.0303407;REFB=0;REVB=0.0291538;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287109;OID=.;OPOS=140774288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr5 140778256 . G A 42.18 PASS AF=0.189189;AO=8;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.000650038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.759;QD=4.5599;RBI=0.128904;REFB=0.00247362;REVB=-0.128902;RO=29;SAF=5;SAR=3;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856909;STB=0.545321;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.0130761;OID=.;OPOS=140778256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:29:30:8:7:0.189189:3:5:20:9:2:5:20:10 chr5 140783596 . C T 280.9 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0122157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.9;QD=14.4051;RBI=0.0302564;REFB=-0.0248054;REVB=-0.0276808;RO=46;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903964;STB=0.55125;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0338248;OID=.;OPOS=140783596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:16:16:19:27:16:16:19:27 chr5 140784055 . T C 159.66 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00884456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.345;QD=17.7402;RBI=0.0102799;REFB=-0.011382;REVB=0.00523921;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302351;STB=0.505045;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0112265;OID=.;OPOS=140784055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:19:17:17:0.472222:7:10:10:8:7:10:11:8 chr5 140784427 . T C 246.84 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0319637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.438;QD=31.8496;RBI=0.0363817;REFB=-0.0115343;REVB=0.0173767;RO=9;SAF=12;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534893;STB=0.529385;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00588223;OID=.;OPOS=140784427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:10:12:4:5:10:12:4:5 chr5 140788264 . C T 146.08 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=-0.0175931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.895;QD=8.98958;RBI=0.0190891;REFB=-0.00415369;REVB=0.00740789;RO=45;SAF=9;SAR=11;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326624;STB=0.690414;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00973847;OID=.;OPOS=140788264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:45:20:20:0.307692:11:9:33:12:11:9:33:12 chr5 140789933 . G A 494.3 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0185426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.681;QD=16.2065;RBI=0.0233444;REFB=-0.0116295;REVB=0.0141821;RO=68;SAF=13;SAR=41;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27729;STB=0.656166;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00904442;OID=.;OPOS=140789933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:68:54:54:0.442623:41:13:33:35:41:13:33:35 chr5 140793007 . A G 668.7 PASS AF=0.613861;AO=62;DP=101;FAO=62;FDP=101;FR=.;FRO=39;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0163635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.26;QD=26.4833;RBI=0.0217379;REFB=0.00264738;REVB=-0.0143098;RO=39;SAF=34;SAR=28;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011284;STB=0.506131;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00178006;OID=.;OPOS=140793007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:39:39:62:62:0.613861:28:34:22:17:28:34:22:17 chr5 140797630 . G T 870.22 PASS AF=0.707547;AO=74;DP=105;FAO=75;FDP=106;FR=.;FRO=31;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0209942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.144;QD=32.8385;RBI=0.0323781;REFB=-0.017932;REVB=0.0246492;RO=31;SAF=36;SAR=38;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104658;STB=0.557547;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00714945;OID=.;OPOS=140797630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:31:31:74:75:0.707547:38:36:21:10:39:36:21:10 chr5 140798936 . T G 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0135241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.374;QD=8.69804;RBI=0.0159319;REFB=0.00198771;REVB=-0.00842173;RO=14;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550754;STB=0.844052;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00741286;OID=.;OPOS=140798936;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:1:6:5:9:1:6:5:9 chr5 140801104 . T C 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.00759087;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=291.952;QD=10.9409;RBI=0.00873957;REFB=0.00168084;REVB=-0.00433114;RO=20;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314474;STB=0.518763;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00346035;OID=.;OPOS=140801104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:8:3:5:15:8:3:5:15 chr5 140801298 . C A 396.57 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.00329513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.777;QD=17.8233;RBI=0.0208701;REFB=-0.0118038;REVB=0.0206084;RO=48;SAF=18;SAR=23;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126484;STB=0.570425;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0107346;OID=.;OPOS=140801298;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:23:18:15:33:23:18:15:33 chr5 140803106 . TC T 149.3 PASS AF=0.346457;AO=36;DP=118;FAO=44;FDP=127;FR=.;FRO=83;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.0684303;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.1177;QD=4.70243;RBI=0.0842375;REFB=0.0191671;REVB=0.0491248;RO=76;SAF=17;SAR=19;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047728;STB=0.563962;STBP=0.302;TYPE=del;VARB=-0.0234105;OID=.;OPOS=140803107;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346457:36:118:44:127:83:18:26:42:41:99:76:17:19:39:37 chr5 140803241 . C A 131.3 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0150493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3069;QD=14.1943;RBI=0.0471555;REFB=-0.00803488;REVB=0.0446896;RO=22;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38823;STB=0.723857;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0134766;OID=.;OPOS=140803241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:5:10:6:16:5:10:6:16 chr5 140807256 . A C 242.45 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00454204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.358;QD=14.9202;RBI=0.0294495;REFB=-0.00341847;REVB=-0.0290971;RO=37;SAF=9;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175627;STB=0.599926;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.006804;OID=.;OPOS=140807256;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:19:9:18:19:19:9:18:19 chr5 140807648 . C T 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0171992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5127;QD=4.46122;RBI=0.0177908;REFB=0.00266088;REVB=-0.00455006;RO=25;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308584;STB=0.707668;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00456897;OID=.;OPOS=140807648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:4:2:15:10:4:2:15:10 chr5 140857798 . T C 276.99 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0287059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.817;QD=13.5116;RBI=0.0287728;REFB=-0.00509544;REVB=0.0019611;RO=50;SAF=23;SAR=9;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270925;STB=0.655436;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0146388;OID=.;OPOS=140857798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:9:23:24:26:9:23:24:26 chr5 140858245 . C T 699.61 PASS AF=0.6;AO=66;DP=110;FAO=66;FDP=110;FR=.;FRO=44;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00571459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.85;QD=25.4404;RBI=0.00650684;REFB=-0.0127556;REVB=-0.00311167;RO=44;SAF=33;SAR=33;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334237;STB=0.518176;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00950092;OID=.;OPOS=140858245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:44:44:66:66:0.6:33:33:20:24:33:33:20:24 chr5 140859053 . A T 499.56 PASS AF=0.504673;AO=41;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0574435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4985;QD=18.675;RBI=0.0773746;REFB=-0.0386037;REVB=0.051837;RO=53;SAF=16;SAR=25;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648352;STB=0.532491;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0527384;OID=.;OPOS=140859053;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:53:41:54:0.504673:25:16:24:29:26:28:24:29 chr5 140874430 . CGG CGC,CG,C 548.5 PASS AF=0.0657895,0.828947,0.0526316;AO=5,11,17;DP=77;FAO=5,63,4;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=0,37,0;FSAR=5,26,4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0935726,0.939315,0.483072;FXX=0.0129853;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,2;MLLD=139.247,11.7981,15.2244;QD=28.8683;RBI=0.131341,0.983254,0.505511;REFB=0.0528468,0.0586716,0.0341279;REVB=-0.0921669,-0.290647,-0.148938;RO=32;SAF=0,0,0;SAR=5,11,17;SRF=28;SRR=4;SSEN=0,0.567227,0.567227;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.806265,-0.8516,-0.867694;STB=0.5,0.535703,0.5;STBP=1,0.028,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0805747,-0.0236303,0.0792525;OID=.,.,.;OPOS=140874432,140874431,140874431;OREF=G,G,GG;OALT=C,-,-;OMAPALT=CGC,CG,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0657895,0.828947,0.0526316:5,11,17:77:5,63,4:76:4:0,37,0:5,26,4:0:4:20:32:0,0,0:5,11,17:28:4 chr5 141009658 . G A 69.16 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00141627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5699;QD=6.14716;RBI=0.0116702;REFB=-0.00290758;REVB=-0.011584;RO=35;SAF=2;SAR=8;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317361;STB=0.707875;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0110014;OID=.;OPOS=141009658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:8:2:15:20:8:2:15:20 chr5 141019123 . G A 155.98 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0537532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4133;QD=10.9459;RBI=0.056518;REFB=-0.0447619;REVB=0.0174606;RO=37;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675666;STB=0.539528;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0797253;OID=.;OPOS=141019123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:12:8:17:20:12:8:17:20 chr5 141021093 . T G 456.98 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=0.00164267;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.651;QD=22.5668;RBI=0.00947256;REFB=0.00696959;REVB=0.00932904;RO=37;SAF=33;SAR=11;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00750209;STB=0.50413;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.00600145;OID=.;OPOS=141021093;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:37:37:44:44:0.54321:11:33:28:9:11:33:28:9 chr5 141059649 . A G 91.25 PASS AF=0.470588;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0164356;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.302;QD=21.47;RBI=0.0496945;REFB=-0.0303298;REVB=-0.0468979;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197466;STB=0.655787;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0133293;OID=.;OPOS=141059649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:18:17:7:6:7:8:0.470588:1:6:5:2:1:7:4:2 chr5 141059868 . T C 256.41 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0246003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.718;QD=22.7916;RBI=0.128014;REFB=-0.0101473;REVB=0.125628;RO=21;SAF=17;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411944;STB=0.523057;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0133541;OID=.;OPOS=141059868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:7:17:14:7:7:17:14:7 chr5 141243646 . A G 3156.33 PASS AF=1;AO=197;DP=198;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107667;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.194;QD=64.088;RBI=0.0181258;REFB=0;REVB=0.0145816;RO=0;SAF=107;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59541e-05;OID=.;OPOS=141243646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:197:0:0:197:197:1:90:107:0:0:90:107:0:0 chr5 141313839 . G A 475.23 PASS AF=0.349112;AO=59;DP=170;FAO=59;FDP=169;FR=.;FRO=110;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=64;FSRR=46;FWDB=-0.0242723;FXX=0.00588201;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.981;QD=11.248;RBI=0.0245313;REFB=-0.0111158;REVB=0.00355555;RO=109;SAF=27;SAR=32;SRF=64;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146238;STB=0.580284;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0188501;OID=.;OPOS=141313839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:109:110:59:59:0.349112:32:27:64:45:32:27:64:46 chr5 141324954 . AC ACCTGCTGCTG,TG 586.85 PASS AF=0.718447,0.174757;AO=33,18;DP=102;FAO=74,18;FDP=103;FR=.;FRO=11;FSAF=56,17;FSAR=18,1;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.00889755,-0.0160306;FXX=0.00961446;HRUN=2,1;LEN=9,2;MLLD=116.282,160.396;QD=22.7905;RBI=0.0106761,0.0236741;REFB=0.00246468,-0.0177266;REVB=0.00590027,-0.0174208;RO=40;SAF=17,17;SAR=16,1;SRF=40;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.497258,-0.495309;STB=0.527524,0.557306;STBP=0.252,0.789;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0114732,0.0398642;OID=.,.;OPOS=141324956,141324954;OREF=-,AC;OALT=CTGCTGCTG,TG;OMAPALT=ACCTGCTGCTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:102:103:40:11:33,18:74,18:0.718447,0.174757:16,1:17,17:40:0:18,1:56,17:10:1 chr5 141325249 . T C 1704.91 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=116;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0118962;FXX=0.0172399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.9;QD=59.8212;RBI=0.0258632;REFB=-0.0487324;REVB=0.0229649;RO=1;SAF=37;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00620743;STB=0.503267;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.000507587;OID=.;OPOS=141325249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:114:1:1:113:113:0.991228:76:37:0:1:76:37:0:1 chr5 141334921 . C T 294.41 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0347048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.412;QD=28.0395;RBI=0.0555485;REFB=0.0340798;REVB=0.0433729;RO=16;SAF=18;SAR=8;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477794;STB=0.526296;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.0139603;OID=.;OPOS=141334921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:8:18:12:4:8:18:12:4 chr5 141335241 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000354402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.09;QD=56.956;RBI=0.00543016;REFB=0;REVB=0.00541858;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09087e-05;OID=.;OPOS=141335241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr5 141335284 . G A 971.01 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00783558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4853;QD=57.1183;RBI=0.0920261;REFB=-0.0698914;REVB=0.0916919;RO=1;SAF=33;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141005;STB=0.50746;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00252376;OID=.;OPOS=141335284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:68:1:1:65:67:0.985294:32:33:1:0:34:33:1:0 chr5 141336264 . G T 1007.53 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.198;QD=59.2666;RBI=0.0426574;REFB=0;REVB=0.00832722;RO=0;SAF=46;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20585e-05;OID=.;OPOS=141336264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:21:46:0:0:22:46:0:0 chr5 141337126 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0870328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.771;QD=58.6005;RBI=0.0938669;REFB=0;REVB=0.0351609;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691473;OID=.;OPOS=141337126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr5 141337225 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.758;QD=55.6559;RBI=0.0609869;REFB=0;REVB=0.0276799;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000768991;OID=.;OPOS=141337225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr5 141391532 . G A 791.98 PASS AF=0.603306;AO=73;DP=121;FAO=73;FDP=121;FR=.;FRO=48;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0120474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1221;QD=26.1813;RBI=0.0253044;REFB=0.0101289;REVB=0.0222525;RO=48;SAF=44;SAR=29;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122439;STB=0.566549;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00588991;OID=.;OPOS=141391532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:48:48:73:73:0.603306:29:44:21:27:29:44:21:27 chr5 141531735 . C T 769.73 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.556;QD=57.0169;RBI=0.0246595;REFB=0;REVB=0.0208512;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59682e-05;OID=.;OPOS=141531735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:30:23:0:0:31:23:0:0 chr5 141690056 . GT G 104.51 PASS AF=0.320755;AO=23;DP=108;FAO=34;FDP=106;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=-0.00521351;FXX=0.0363603;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.0257;QD=3.94386;RBI=0.0377211;REFB=0.0459301;REVB=0.0373591;RO=62;SAF=22;SAR=1;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.601955;STB=0.516236;STBP=0.839;TYPE=del;VARB=-0.138249;OID=.;OPOS=141690057;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.320755:23:108:34:106:72:22:12:45:27:99:62:22:1:41:21 chr5 141774019 . C T 699.78 PASS AF=0.313589;AO=90;DP=290;FAO=90;FDP=287;FR=.;FRO=197;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=89;FSRR=108;FWDB=-0.000428391;FXX=0.0103445;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.937;QD=9.75301;RBI=0.0188296;REFB=-0.00660503;REVB=0.0188248;RO=192;SAF=45;SAR=45;SRF=87;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554593;STB=0.533094;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0153561;OID=.;OPOS=141774019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:287:192:197:90:90:0.313589:45:45:87:105:45:45:89:108 chr5 141973349 . C G 648.0 PASS AF=0.528455;AO=64;DP=122;FAO=65;FDP=123;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.00482995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2569;QD=21.0733;RBI=0.0262935;REFB=-0.0161881;REVB=0.0258461;RO=55;SAF=25;SAR=39;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242292;STB=0.505927;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00667102;OID=.;OPOS=141973349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:55:58:64:65:0.528455:39:25:23:32:40:25:23:35 chr5 141973501 . T C 611.92 PASS AF=0.578947;AO=55;DP=95;FAO=55;FDP=95;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0132148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.589;QD=25.765;RBI=0.0252006;REFB=-0.0147946;REVB=0.0214579;RO=40;SAF=26;SAR=29;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175789;STB=0.509605;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00737245;OID=.;OPOS=141973501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:40:40:55:55:0.578947:29:26:18:22:29:26:18:22 chr5 142254679 . A G 1190.01 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.437;QD=61.0261;RBI=0.0174106;REFB=0;REVB=0.0102581;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.95086e-06;OID=.;OPOS=142254679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:40:38:0:0:40:38:0:0 chr5 142421415 . T G 1587.85 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00502623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.752;QD=64.1556;RBI=0.0130629;REFB=0;REVB=0.0120572;RO=0;SAF=32;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.04252e-06;OID=.;OPOS=142421415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:99:0:0:96:99:1:64:32:0:0:67:32:0:0 chr5 142593652 . C T 1071.31 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00726627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.07;QD=59.5173;RBI=0.0285746;REFB=0;REVB=0.0276353;RO=0;SAF=49;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182918;OID=.;OPOS=142593652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:22:49:0:0:22:50:0:0 chr5 143059433 . T C 1015.97 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000150054;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9579;QD=58.0556;RBI=0.048614;REFB=-0.122342;REVB=0.0486138;RO=2;SAF=51;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496621;STB=0.51351;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00306541;OID=.;OPOS=143059433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:70:2:1:69:69:0.985714:18:51:0:2:18:51:0:1 chr5 143200053 . C T 362.23 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0384553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.477;QD=23.3694;RBI=0.0772465;REFB=-0.0121146;REVB=-0.0669941;RO=26;SAF=17;SAR=19;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108785;STB=0.559788;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0130594;OID=.;OPOS=143200053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:19:17:16:10:19:17:16:10 chr5 145246085 . T G 3182.51 PASS AF=1;AO=205;DP=209;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223571;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.927;QD=60.6193;RBI=0.022663;REFB=-0.0946462;REVB=-0.003711;RO=2;SAF=103;SAR=102;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00924739;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68205e-05;OID=.;OPOS=145246085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:209:210:2:0:205:210:1:102:103:0:2:105:105:0:0 chr5 145393364 . C T 990.44 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00570578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.327;QD=59.1309;RBI=0.0172379;REFB=0;REVB=0.0162662;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50022e-05;OID=.;OPOS=145393364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr5 145439647 . T C 1246.06 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.218;QD=61.534;RBI=0.0173944;REFB=0;REVB=-0.00842699;RO=0;SAF=19;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.9885e-05;OID=.;OPOS=145439647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:62:19:0:0:62:19:0:0 chr5 145442133 . G A 147.6 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.000343872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.75;QD=11.3536;RBI=0.00585368;REFB=-0.0138132;REVB=0.00584357;RO=33;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657909;STB=0.545822;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0276427;OID=.;OPOS=145442133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:34:18:18:0.346154:11:7:11:22:11:7:11:23 chr5 145442203 . G C 196.9 PASS AF=0.393443;AO=26;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0526485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6225;QD=12.9113;RBI=0.0526628;REFB=0.00770249;REVB=0.00122475;RO=35;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450998;STB=0.558692;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.013333;OID=.;OPOS=145442203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:37:26:24:0.393443:16:10:12:23:14:10:12:25 chr5 145477855 . T C 621.56 PASS AF=0.57;AO=54;DP=97;FAO=57;FDP=100;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0285547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.676;QD=24.8622;RBI=0.0318861;REFB=-0.0299023;REVB=0.01419;RO=43;SAF=21;SAR=33;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175547;STB=0.594867;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0176779;OID=.;OPOS=145477855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:43:43:54:57:0.57:33:21:26:17:35:22:26:17 chr5 145483844 . A T 407.39 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00185079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8146;QD=17.1533;RBI=0.0127457;REFB=-0.0269972;REVB=-0.0126106;RO=51;SAF=16;SAR=26;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515652;STB=0.530875;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0217977;OID=.;OPOS=145483844;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:53:42:42:0.442105:26:16:22:29:26:16:23:30 chr5 145499996 . C T 593.04 PASS AF=0.42;AO=63;DP=150;FAO=63;FDP=150;FR=.;FRO=87;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=-0.0301585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1589;QD=15.8145;RBI=0.044105;REFB=0.0146189;REVB=-0.0321826;RO=85;SAF=35;SAR=28;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217897;STB=0.511275;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.0221548;OID=.;OPOS=145499996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:85:87:63:63:0.42:28:35:49:36:28:35:50:37 chr5 145508340 . A G 545.66 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.00926117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.45;QD=17.186;RBI=0.0101328;REFB=0.00476312;REVB=-0.00411155;RO=68;SAF=24;SAR=34;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113005;STB=0.566953;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00403974;OID=.;OPOS=145508340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:68:69:58:58:0.456693:34:24:36:32:34:24:37:32 chr5 145508636 . TA CC 487.88 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0297207;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=119.806;QD=21.6833;RBI=0.0302112;REFB=-0.0178982;REVB=0.00542173;RO=42;SAF=20;SAR=27;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144957;STB=0.574436;STBP=0.149;TYPE=mnp;VARB=0.0139334;OID=.;OPOS=145508636;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:43:47:47:0.522222:27:20:25:17:27:20:25:18 chr5 145519821 . G A 213.88 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0187272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.842;QD=20.8665;RBI=0.0229779;REFB=-0.0140387;REVB=0.0133145;RO=20;SAF=3;SAR=18;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410798;STB=0.735586;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00715499;OID=.;OPOS=145519821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:18:3:10:10:18:3:10:10 chr5 145523105 . G A 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.011656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8581;QD=19.9052;RBI=0.0245059;REFB=0.0416487;REVB=0.0215564;RO=27;SAF=17;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10425;STB=0.557992;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.0369303;OID=.;OPOS=145523105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:13:17:12:15:13:17:12:15 chr5 145539996 . T G 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0134911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.605;QD=19.3434;RBI=0.0218983;REFB=0.00236136;REVB=0.0172489;RO=18;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202772;STB=0.615253;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00112882;OID=.;OPOS=145539996;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:6:12:8:10:6:12:8:10 chr5 145543972 . G A 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.000155278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.848;QD=12.307;RBI=0.0842126;REFB=-0.00145744;REVB=-0.0842125;RO=41;SAF=8;SAR=17;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264998;STB=0.652911;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00403917;OID=.;OPOS=145543972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:17:8:23:18:17:8:23:18 chr5 145719580 . G A 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0187353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.076;QD=21.2674;RBI=0.0335166;REFB=-0.0209503;REVB=-0.0277912;RO=14;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121635;STB=0.568881;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.013847;OID=.;OPOS=145719580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:5:12:8:6:5:12:8:6 chr5 145890028 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.641;QD=58.9624;RBI=0.034268;REFB=0;REVB=0.0270699;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96312e-05;OID=.;OPOS=145890028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chr5 145895246 . G A 250.37 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0289853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8852;QD=20.0296;RBI=0.071008;REFB=0.0062306;REVB=0.0648228;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283487;STB=0.658375;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00469307;OID=.;OPOS=145895246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:13:11:20:6:13:11:20:6 chr5 145935658 . G A 2156.78 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00307157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.466;QD=62.9716;RBI=0.00477053;REFB=0;REVB=0.00365012;RO=1;SAF=73;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785622;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50727e-06;OID=.;OPOS=145935658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:134:137:1:0:133:137:1:60:73:0:1:64:73:0:0 chr5 145969730 . C T 340.57 PASS AF=0.257895;AO=49;DP=191;FAO=49;FDP=190;FR=.;FRO=141;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=79;FSRR=62;FWDB=-0.00634544;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.962;QD=7.1699;RBI=0.0133147;REFB=0.000223997;REVB=-0.0117054;RO=141;SAF=20;SAR=29;SRF=79;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188094;STB=0.611978;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.000977102;OID=.;OPOS=145969730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:141:141:49:49:0.257895:29:20:79:62:29:20:79:62 chr5 146092191 . TG T 149.14 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0624972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.3833;QD=9.62164;RBI=0.0797932;REFB=-0.0100106;REVB=0.049609;RO=37;SAF=14;SAR=11;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205197;STB=0.51174;STBP=0.898;TYPE=del;VARB=0.0153748;OID=.;OPOS=146092192;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.403226:25:62:25:62:37:14:11:20:17:99:37:14:11:20:17 chr5 146092291 . C G 391.02 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0276655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.54;QD=19.3096;RBI=0.027972;REFB=-0.00319338;REVB=0.00412978;RO=40;SAF=23;SAR=17;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937499;STB=0.543805;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00313552;OID=.;OPOS=146092291;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:40:41:40:40:0.493827:17:23:27:13:17:23:27:14 chr5 146460691 . T A 243.49 PASS AF=0.391892;AO=28;DP=75;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.00772344;FXX=0.0512755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4586;QD=13.1618;RBI=0.00807083;REFB=-0.00591601;REVB=0.00234237;RO=39;SAF=15;SAR=13;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136775;STB=0.577809;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0090399;OID=.;OPOS=146460691;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:39:45:28:29:0.391892:13:15:26:13:14:15:29:16 chr5 146619206 . G C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.541;QD=64.1536;RBI=0.0131595;REFB=0;REVB=-0.00393441;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87625e-05;OID=.;OPOS=146619206;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr5 146971253 . C T 153.17 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.693;QD=43.764;RBI=0.0135271;REFB=0;REVB=0.00770722;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000951427;OID=.;OPOS=146971253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:8:5:0:0:9:5:0:0 chr5 147012291 . G A 673.18 PASS AF=0.503759;AO=67;DP=133;FAO=67;FDP=133;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=18;FWDB=0.00166118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3397;QD=20.246;RBI=0.015026;REFB=-0.0101456;REVB=-0.0149339;RO=66;SAF=36;SAR=31;SRF=48;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175269;STB=0.596127;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00887377;OID=.;OPOS=147012291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:66:66:67:67:0.503759:31:36:48:18:31:36:48:18 chr5 147024476 . C A 856.01 PASS AF=0.620968;AO=77;DP=125;FAO=77;FDP=124;FR=.;FRO=47;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00728814;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.879;QD=27.6131;RBI=0.00791428;REFB=0.00286924;REVB=0.00308527;RO=48;SAF=44;SAR=33;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109962;STB=0.555541;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00210428;OID=.;OPOS=147024476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:48:47:77:77:0.620968:33:44:20:28:33:44:20:27 chr5 147024509 . C T 472.74 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0346417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9684;QD=17.5089;RBI=0.0640756;REFB=0.00627063;REVB=-0.0539039;RO=57;SAF=29;SAR=22;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573635;STB=0.531902;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.027993;OID=.;OPOS=147024509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:51:51:0.472222:22:29:29:28:22:29:29:28 chr5 147051240 . C T 157.15 PASS AF=0.213115;AO=26;DP=122;FAO=26;FDP=122;FR=.;FRO=96;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=0.00883804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.188;QD=5.15239;RBI=0.00883965;REFB=0.00148181;REVB=-0.000169161;RO=96;SAF=15;SAR=11;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715645;STB=0.544551;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.00541578;OID=.;OPOS=147051240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:96:96:26:26:0.213115:11:15:50:46:11:15:50:46 chr5 147286054 . G A 1262.41 PASS AF=0.965517;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00385756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.075;QD=58.0416;RBI=0.025753;REFB=-0.145918;REVB=0.0254624;RO=0;SAF=30;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51351;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00220281;OID=.;OPOS=147286054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:87:0:3:84:84:0.965517:54:30:0:0:54:30:0:3 chr5 147466001 . G A 411.34 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.00198135;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.862;QD=14.823;RBI=0.00713996;REFB=-0.00842138;REVB=0.00685954;RO=63;SAF=33;SAR=14;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113846;STB=0.555437;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0117565;OID=.;OPOS=147466001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:64:47:47:0.423423:14:33:38:25:15:32:38:26 chr5 147468614 . A G 493.89 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.0323225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.22;QD=16.1931;RBI=0.0349743;REFB=-0.0218334;REVB=-0.0133588;RO=68;SAF=27;SAR=27;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117542;STB=0.56555;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0376234;OID=.;OPOS=147468614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:68:54:54:0.442623:27:27:26:42:27:27:26:42 chr5 147475386 . A G 572.44 PASS AF=0.548077;AO=57;DP=104;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00310743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.466;QD=22.0171;RBI=0.0376092;REFB=-0.0091013;REVB=0.0374806;RO=47;SAF=39;SAR=18;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118539;STB=0.565194;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0104642;OID=.;OPOS=147475386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:47:47:57:57:0.548077:18:39:26:21:18:39:26:21 chr5 147477551 . C T 383.28 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0043538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.53;QD=14.601;RBI=0.0117735;REFB=-0.00850633;REVB=-0.0109389;RO=61;SAF=17;SAR=27;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773124;STB=0.543604;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0124071;OID=.;OPOS=147477551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:61:44:44:0.419048:27:17:28:33:27:17:28:33 chr5 147480027 . G A 320.17 PASS AF=0.492754;AO=33;DP=68;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0126055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.857;QD=18.5605;RBI=0.0283956;REFB=-0.0124547;REVB=0.0254442;RO=35;SAF=20;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086557;STB=0.538172;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0157659;OID=.;OPOS=147480027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:35:35:33:34:0.492754:13:20:18:17:14:20:18:17 chr5 147480080 . G A 460.37 PASS AF=0.517241;AO=44;DP=86;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0161668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1363;QD=21.1666;RBI=0.0217441;REFB=-0.0132745;REVB=-0.014541;RO=41;SAF=22;SAR=22;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106354;STB=0.505363;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.018267;OID=.;OPOS=147480080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:41:42:44:45:0.517241:22:22:21:20:23:22:21:21 chr5 147480112 . T C 347.78 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0096115;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.246;QD=16.7605;RBI=0.0159854;REFB=0.00533711;REVB=0.0127731;RO=45;SAF=17;SAR=20;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288826;STB=0.522522;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00665641;OID=.;OPOS=147480112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:46:37:37:0.445783:20:17:22:23:20:17:23:23 chr5 147480955 . A G 167.13 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0206764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.93;QD=15.194;RBI=0.0386394;REFB=-0.0197709;REVB=-0.0326419;RO=25;SAF=17;SAR=1;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.655412;STB=0.887507;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0208457;OID=.;OPOS=147480955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:18:18:0.409091:1:17:12:13:1:17:13:13 chr5 147481430 . A G 587.27 PASS AF=0.541284;AO=58;DP=106;FAO=59;FDP=109;FR=.;FRO=50;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0193061;FXX=0.0180164;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.5788;QD=21.5512;RBI=0.0570269;REFB=-0.0383114;REVB=0.0536595;RO=48;SAF=37;SAR=21;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152784;STB=0.587409;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0264133;OID=.;OPOS=147481430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:48:50:58:59:0.541284:21:37:22:26:21:38:23:27 chr5 147486677 . C A 660.13 PASS AF=0.465278;AO=66;DP=142;FAO=67;FDP=144;FR=.;FRO=77;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=0.00411348;FXX=0.0136977;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8105;QD=18.337;RBI=0.0695648;REFB=-0.0319603;REVB=-0.0694431;RO=76;SAF=37;SAR=29;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570765;STB=0.530855;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0343043;OID=.;OPOS=147486677;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:76:77:66:67:0.465278:29:37:47:29:29:38:48:29 chr5 147488367 . C T 228.28 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0255538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0572;QD=14.9691;RBI=0.0273732;REFB=-0.0274599;REVB=-0.0098132;RO=33;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00968786;STB=0.514528;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0539193;OID=.;OPOS=147488367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:33:34:26:27:0.442623:16:10:13:20:16:11:13:21 chr5 147492461 . T C 400.64 PASS AF=0.418182;AO=45;DP=109;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=44;FWDB=-0.011231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.81;QD=14.5689;RBI=0.0120549;REFB=-0.0138833;REVB=0.0043803;RO=64;SAF=20;SAR=25;SRF=20;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142212;STB=0.585656;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0163145;OID=.;OPOS=147492461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:64:64:45:46:0.418182:25:20:20:44:25:21:20:44 chr5 147498019 . G A 660.16 PASS AF=0.424419;AO=73;DP=172;FAO=73;FDP=172;FR=.;FRO=99;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=0.0083597;FXX=0.00578001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.28;QD=15.3525;RBI=0.0196036;REFB=-0.00479719;REVB=-0.0177318;RO=97;SAF=48;SAR=25;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172813;STB=0.603146;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00632427;OID=.;OPOS=147498019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:97:99:73:73:0.424419:25:48:48:49:25:48:48:51 chr5 147499616 . C T 331.32 PASS AF=0.454545;AO=34;DP=80;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00393102;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.686;QD=17.2116;RBI=0.00393402;REFB=-0.0176108;REVB=-0.000153609;RO=42;SAF=19;SAR=15;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150531;STB=0.590355;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0100981;OID=.;OPOS=147499616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:77:42:42:34:35:0.454545:15:19:17:25:15:20:17:25 chr5 147499670 . C T 336.67 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.033704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.039;QD=17.2652;RBI=0.0337167;REFB=0.0205827;REVB=-0.000925358;RO=42;SAF=20;SAR=16;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166586;STB=0.593169;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0240351;OID=.;OPOS=147499670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:16:20:16:26:16:20:16:26 chr5 147505116 . G A 225.87 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0315068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8708;QD=13.2862;RBI=0.0365439;REFB=-0.00301331;REVB=-0.0185141;RO=39;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00897579;STB=0.518259;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00345735;OID=.;OPOS=147505116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:39:41:27:27:0.397059:15:12:17:22:15:12:17:24 chr5 147510866 . T C 927.66 PASS AF=0.567568;AO=84;DP=148;FAO=84;FDP=148;FR=.;FRO=64;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=5.31166e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.552;QD=25.0719;RBI=0.0441871;REFB=-0.0106365;REVB=0.0441871;RO=64;SAF=50;SAR=34;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646333;STB=0.535235;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00708186;OID=.;OPOS=147510866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:64:64:84:84:0.567568:34:50:33:31:34:50:33:31 chr5 147516598 . T C 245.31 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0275179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.9;QD=13.2602;RBI=0.0282319;REFB=-0.0184463;REVB=-0.00630911;RO=41;SAF=13;SAR=16;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090944;STB=0.524819;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0194452;OID=.;OPOS=147516598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:74:41:45:29:29:0.391892:16:13:22:19:16:13:22:23 chr5 147554889 . A C 1016.13 PASS AF=0.413919;AO=112;DP=272;FAO=113;FDP=273;FR=.;FRO=160;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=86;FSRR=74;FWDB=0.0144144;FXX=0.0036495;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.018;QD=14.8883;RBI=0.0228028;REFB=-0.0164265;REVB=0.0176689;RO=159;SAF=54;SAR=58;SRF=85;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055041;STB=0.529727;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0252054;OID=.;OPOS=147554889;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:273:159:160:112:113:0.413919:58:54:85:74:58:55:86:74 chr5 147593497 . C A 703.92 PASS AF=0.482759;AO=70;DP=145;FAO=70;FDP=145;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.00401709;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.615;QD=19.4186;RBI=0.0198009;REFB=0.00361207;REVB=-0.0193891;RO=75;SAF=43;SAR=27;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528164;STB=0.529222;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00386745;OID=.;OPOS=147593497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:75:75:70:70:0.482759:27:43:42:33:27:43:42:33 chr5 147703416 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.733;QD=56.9379;RBI=0.0357332;REFB=0;REVB=-0.0312523;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.32726e-05;OID=.;OPOS=147703416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr5 147805120 . T C 446.99 PASS AF=0.431034;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.000623328;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.504;QD=15.4135;RBI=0.00113628;REFB=0.00413815;REVB=-0.000950044;RO=67;SAF=25;SAR=25;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685642;STB=0.534469;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.0047587;OID=.;OPOS=147805120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:67:66:50:50:0.431034:25:25:29:38:25:25:29:37 chr5 147822069 . A T 570.01 PASS AF=0.461538;AO=60;DP=130;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.0180902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.461;QD=17.5387;RBI=0.0186245;REFB=-0.0121538;REVB=-0.00442901;RO=70;SAF=32;SAR=28;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114905;STB=0.56382;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0144057;OID=.;OPOS=147822069;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:70:70:60:60:0.461538:28:32:29:41:28:32:29:41 chr5 147856333 . G A 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0136056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.588;QD=12.0713;RBI=0.0147781;REFB=0.00599294;REVB=-0.00576897;RO=40;SAF=15;SAR=9;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291471;STB=0.516793;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00907962;OID=.;OPOS=147856333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:9:15:26:14:9:15:26:14 chr5 148042230 . G T 584.18 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.514;QD=59.9157;RBI=0.021045;REFB=0;REVB=-0.00983824;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66043e-05;OID=.;OPOS=148042230;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:23:15:0:0:23:16:0:0 chr5 148206472 . G GC 340.28 PASS AF=1;AO=6;DP=53;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0026614;FXX=0.481392;HRUN=0;LEN=1;MLLD=164.429;QD=48.6111;RBI=0.00969828;REFB=0;REVB=0.00932597;RO=44;SAF=0;SAR=6;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.635685;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00785057;OID=.;OPOS=148206473;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:6:53:28:28:0:0:28:0:0:3:44:0:6:22:22 chr5 148206473 . G C 532.44 PASS AF=0.814815;AO=43;DP=54;FAO=44;FDP=54;FR=.;FRO=10;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.00570152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.111;QD=39.4397;RBI=0.0611658;REFB=-0.030043;REVB=0.0608995;RO=9;SAF=22;SAR=21;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128939;STB=0.574041;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00286493;OID=.;OPOS=148206473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:54:54:9:10:43:44:0.814815:21:22:1:8:22:22:1:9 chr5 148206646 . G A 1509.43 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443081;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.677;QD=59.1934;RBI=0.060597;REFB=0;REVB=0.0413376;RO=0;SAF=66;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113573;OID=.;OPOS=148206646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:100:102:1:34:66:0:0:35:67:0:0 chr5 148206917 . C A 1508.51 PASS AF=0.97;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00154856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.305;QD=60.3404;RBI=0.0133686;REFB=-0.0365286;REVB=0.0132786;RO=3;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265739;STB=0.514016;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000878597;OID=.;OPOS=148206917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:100:100:3:3:97:97:0.97:52:45:0:3:52:45:0:3 chr5 148207447 . G C 2071.61 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255757;FXX=0.0149243;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.317;QD=62.776;RBI=0.0262083;REFB=0;REVB=0.00572342;RO=0;SAF=61;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.76705e-05;OID=.;OPOS=148207447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:132:0:0:132:132:1:71:61:0:0:71:61:0:0 chr5 148207633 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.666;QD=54.5161;RBI=0.0410254;REFB=0;REVB=-0.0287633;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000435034;OID=.;OPOS=148207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr5 148207667 . C CCG,CG,G 233.7 PASS AF=0.105263,0.894737,0;AO=7,7,2;DP=21;FAO=2,17,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,0;FSAR=2,15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.116033,-0.207539,-0.246836;FXX=0;HRUN=11,0,11;LEN=2,1,1;MLLD=270.823,273.341,268.121;QD=49.1996;RBI=0.120635,0.210031,0.248763;REFB=0,0,0;REVB=-0.0330018,-0.0322592,-0.0309008;RO=2;SAF=0,0,1;SAR=7,7,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.782089,-0.782089,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.0139952,-0.000952206,0.00241605;OID=.,.,.;OPOS=148207668,148207668,148207667;OREF=-,-,C;OALT=CG,G,G;OMAPALT=CCG,CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:21:19:2:0:7,7,2:2,17,0:0.105263,0.894737,0:7,7,1:0,0,1:1:1:2,15,0:0,2,0:0:0 chr5 148386525 . T C 517.26 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=3;FWDB=-0.0351312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.729;QD=25.2324;RBI=0.0525956;REFB=-0.0349791;REVB=0.0391419;RO=34;SAF=30;SAR=18;SRF=31;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250305;STB=0.635368;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0247526;OID=.;OPOS=148386525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:34:34:48:48:0.585366:18:30:31:3:18:30:31:3 chr5 148406973 . G A 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.01189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.562;QD=12.4824;RBI=0.0137035;REFB=-0.00673598;REVB=-0.00681288;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114204;STB=0.567454;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00680596;OID=.;OPOS=148406973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:5:7:9:10:5:7:9:10 chr5 148407708 . A C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5189;QD=56.9558;RBI=0.0154887;REFB=0;REVB=0.00927696;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240717;OID=.;OPOS=148407708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr5 148407945 . C T 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00154272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.31;QD=16.755;RBI=0.00534238;REFB=-0.0115613;REVB=0.00511479;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570018;STB=0.503223;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0138313;OID=.;OPOS=148407945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:13:11:13:15:13:11:13:15 chr5 148425510 . GT G 38.4 PASS AF=0.5;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0193508;FXX=0.0370233;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.20625;QD=5.90724;RBI=0.0638888;REFB=-0.0138683;REVB=0.0608878;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171635;STB=0.596854;STBP=0.388;TYPE=del;VARB=-0.0150695;OID=.;OPOS=148425511;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:12:27:13:26:13:10:3:8:5:38:12:9:3:7:5 chr5 148578636 . T C 509.62 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00123772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.955;QD=21.0153;RBI=0.00936487;REFB=0.00271238;REVB=0.00928272;RO=47;SAF=22;SAR=27;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922939;STB=0.545895;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00231018;OID=.;OPOS=148578636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:47:48:49:49:0.505155:27:22:26:21:27:22:26:22 chr5 148610276 . C A 1122.86 PASS AF=0.540404;AO=101;DP=192;FAO=107;FDP=198;FR=.;FRO=91;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.00639361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.527;QD=22.684;RBI=0.00643685;REFB=-0.0259158;REVB=-0.000744804;RO=91;SAF=41;SAR=60;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590158;STB=0.537915;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0254077;OID=.;OPOS=148610276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:198:91:91:101:107:0.540404:60:41:43:48:65:42:43:48 chr5 148627252 . G A 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=-0.0206011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.46;QD=18.458;RBI=0.0206316;REFB=-0.00254251;REVB=-0.00112208;RO=41;SAF=16;SAR=22;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17541;STB=0.597135;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00190998;OID=.;OPOS=148627252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:22:16:10:31:22:16:10:31 chr5 148720087 . T G 487.41 PASS AF=0.418605;AO=54;DP=130;FAO=54;FDP=129;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=0.0649434;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.996;QD=15.1136;RBI=0.0677029;REFB=-0.0355255;REVB=0.0191324;RO=75;SAF=26;SAR=28;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708975;STB=0.539778;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0294068;OID=.;OPOS=148720087;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:75:75:54:54:0.418605:28:26:31:44:28:26:31:44 chr5 148989122 . C T 291.6 PASS AF=0.470588;AO=27;DP=63;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0128416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.157;QD=17.1531;RBI=0.0203731;REFB=-0.0222457;REVB=0.0158164;RO=36;SAF=7;SAR=20;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183894;STB=0.605193;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0219189;OID=.;OPOS=148989122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:68:36:36:27:32:0.470588:20:7:15:21:24:8:15:21 chr5 148996328 . G A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.019234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.107;QD=12.0517;RBI=0.0197908;REFB=0.00816927;REVB=0.00466128;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310814;STB=0.680515;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00606325;OID=.;OPOS=148996328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:2:11:5:4:2:11 chr5 149001551 . A C 238.81 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0122908;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.342;QD=19.9005;RBI=0.0124783;REFB=-0.00603406;REVB=0.00215491;RO=25;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710306;STB=0.540003;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00655405;OID=.;OPOS=149001551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:25:25:23:23:0.479167:10:13:16:9:10:13:16:9 chr5 149006837 . A G 149.75 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0173856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.168;QD=28.5241;RBI=0.0206153;REFB=-0.0141786;REVB=0.0110785;RO=6;SAF=8;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102291;STB=0.556886;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00588954;OID=.;OPOS=149006837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:7:8:2:4:7:8:2:4 chr5 149008403 . A G 1677.64 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00492926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.442;QD=58.8646;RBI=0.00497675;REFB=-0.086518;REVB=0.000685866;RO=2;SAF=69;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135623;STB=0.503545;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-3.09884e-05;OID=.;OPOS=149008403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:2:1:112:113:0.991228:43:69:2:0:43:70:1:0 chr5 149008467 . C A 673.94 PASS AF=0.503759;AO=67;DP=133;FAO=67;FDP=133;FR=.;FRO=66;FSAF=50;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0106089;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.547;QD=20.2687;RBI=0.0119914;REFB=-0.00953505;REVB=0.00558979;RO=62;SAF=50;SAR=17;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18724;STB=0.624148;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00706699;OID=.;OPOS=149008467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:62:66:67:67:0.503759:17:50:35:27:17:50:35:31 chr5 149008484 . G A 472.24 PASS AF=0.410853;AO=53;DP=129;FAO=53;FDP=129;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=54;FSRR=22;FWDB=-0.00142222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.49;QD=14.643;RBI=0.0039486;REFB=-0.0124856;REVB=0.00368358;RO=76;SAF=28;SAR=25;SRF=54;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19495;STB=0.608993;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0137442;OID=.;OPOS=149008484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:76:76:53:53:0.410853:25:28:54:22:25:28:54:22 chr5 149008521 . A G 1412.64 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.148;QD=62.7838;RBI=0.0177831;REFB=0;REVB=0.0164894;RO=0;SAF=56;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.40708e-05;OID=.;OPOS=149008521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:33:56:0:0:33:57:0:0 chr5 149212221 . G A 263.92 PASS AF=0.270073;AO=37;DP=136;FAO=37;FDP=137;FR=.;FRO=100;FSAF=32;FSAR=5;FSRF=88;FSRR=12;FWDB=-0.00409377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.178;QD=7.70561;RBI=0.0186726;REFB=-0.0227784;REVB=-0.0182184;RO=98;SAF=32;SAR=5;SRF=87;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636946;STB=0.524463;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0520765;OID=.;OPOS=149212221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:98:100:37:37:0.270073:5:32:87:11:5:32:88:12 chr5 149212430 . G A 355.14 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0146243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.887;QD=18.9409;RBI=0.0203044;REFB=-0.0160395;REVB=-0.0140853;RO=38;SAF=13;SAR=24;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926704;STB=0.551696;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0172557;OID=.;OPOS=149212430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:24:13:17:21:24:13:17:21 chr5 149212510 . C A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00151894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.558;QD=20.1601;RBI=0.00490021;REFB=-0.0014533;REVB=-0.00465885;RO=14;SAF=3;SAR=13;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194728;STB=0.61161;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00225261;OID=.;OPOS=149212510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:13:3:5:9:13:3:5:9 chr5 149216256 . C T 135.04 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0720012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3651;QD=17.425;RBI=0.0880527;REFB=-0.0212643;REVB=0.0506863;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182502;STB=0.622055;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0276648;OID=.;OPOS=149216256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:5:10:7:8:5:10:7:9 chr5 149216304 . C T 185.74 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.000607901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.323;QD=19.05;RBI=0.00642218;REFB=-0.0350312;REVB=0.00639335;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238133;STB=0.513499;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0342634;OID=.;OPOS=149216304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:10:10:9:10:10:10 chr5 149219636 . C T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00989435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.192;QD=16.1723;RBI=0.0118023;REFB=-0.00548115;REVB=-0.00643404;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238186;STB=0.637504;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00785764;OID=.;OPOS=149219636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:5:11:9:11:5:11:9:11 chr5 149264346 . G A 105.92 PASS AF=0.25;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00236692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.86;QD=6.61995;RBI=0.0323298;REFB=-0.00600217;REVB=0.032243;RO=48;SAF=11;SAR=5;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326689;STB=0.700524;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0133841;OID=.;OPOS=149264346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:48:48:16:16:0.25:5:11:20:28:5:11:20:28 chr5 149323772 . G A 222.83 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0279699;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.715;QD=18.569;RBI=0.0280113;REFB=-0.0189243;REVB=0.00152298;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105241;STB=0.570546;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0183904;OID=.;OPOS=149323772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:25:26:22:22:0.458333:13:9:13:12:13:9:14:12 chr5 149323905 . CT TG 339.16 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0381059;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=60.6609;QD=17.8504;RBI=0.0654256;REFB=0.00880001;REVB=-0.0531832;RO=40;SAF=10;SAR=26;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107445;STB=0.56031;STBP=0.362;TYPE=mnp;VARB=-0.0119808;OID=.;OPOS=149323905;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:26:10:15:25:26:10:15:25 chr5 149360877 . T C 1175.81 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0124542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4434;QD=59.5346;RBI=0.02499;REFB=-0.0487797;REVB=0.0216655;RO=1;SAF=26;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00901699;STB=0.504761;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0020601;OID=.;OPOS=149360877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:52:26:0:1:52:26:0:1 chr5 149374878 . TCTTG CTTGT,TCTG 413.17 PASS AF=0,0.655738;AO=3,39;DP=61;FAO=0,40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=0,25;FSAR=0,15;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0339127,-0.0374721;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=5,1;MLLD=137.952,29.0247;QD=27.093;RBI=0.0419586,0.0482284;REFB=-0.0472461,-0.0227097;REVB=-0.0247074,0.0303616;RO=12;SAF=3,24;SAR=0,15;SRF=1;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.798545,0.230891;STB=0.5,0.569585;STBP=1,0.146;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0107061;OID=.,.;OPOS=149374878,149374880;OREF=TCTTG,T;OALT=CTTGT,-;OMAPALT=CTTGT,TCTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:61:61:12:21:3,39:0,40:0,0.655738:0,15:3,24:1:11:0,15:0,25:9:12 chr5 149374932 . T C 468.12 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.036832;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.874;QD=22.5601;RBI=0.0368404;REFB=-0.0125966;REVB=-0.000789596;RO=38;SAF=27;SAR=18;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106678;STB=0.558797;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00743651;OID=.;OPOS=149374932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:18:27:18:20:18:27:18:20 chr5 149406271 . C T 275.17 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0149664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.056;QD=13.1035;RBI=0.023188;REFB=-0.0166863;REVB=-0.0177113;RO=52;SAF=19;SAR=13;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819793;STB=0.54694;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0295099;OID=.;OPOS=149406271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:52:32:32:0.380952:13:19:27:25:13:19:27:25 chr5 149450132 . T C 205.1 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.0409548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.531;QD=15.777;RBI=0.0416726;REFB=-0.01033;REVB=0.00770115;RO=28;SAF=9;SAR=14;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190003;STB=0.613171;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0167277;OID=.;OPOS=149450132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:14:9:6:22:14:9:6:23 chr5 149493472 . C T 1466.21 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161438;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.431;QD=59.8454;RBI=0.0595198;REFB=0;REVB=0.0572886;RO=0;SAF=65;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070746;OID=.;OPOS=149493472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:97:98:1:32:65:0:0:33:65:0:0 chr5 149495050 . T C 4415.59 PASS AF=0.992933;AO=281;DP=283;FAO=281;FDP=283;FR=.;FRO=2;FSAF=164;FSAR=117;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00355269;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=323.858;QD=62.4112;RBI=0.0123331;REFB=-0.04241;REVB=0.0118104;RO=2;SAF=164;SAR=117;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00115942;STB=0.500608;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=5.85841e-05;OID=.;OPOS=149495050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:283:283:2:2:281:281:0.992933:117:164:1:1:117:164:1:1 chr5 149563715 . T C 888.46 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.111217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.077;QD=56.4103;RBI=0.111374;REFB=0.128271;REVB=0.00590246;RO=1;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019264;STB=0.510201;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0156746;OID=.;OPOS=149563715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:24:38:0:1:24:38:0:1 chr5 149583300 . T C 393.1 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0951;QD=56.157;RBI=0.0124571;REFB=0;REVB=-0.000299311;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245282;OID=.;OPOS=149583300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr5 149583336 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.825;QD=52.6125;RBI=0.0436262;REFB=0;REVB=0.0343603;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000883106;OID=.;OPOS=149583336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr5 149585025 . A C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.833;QD=58.9623;RBI=0.0107689;REFB=0;REVB=8.53494e-05;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47656e-05;OID=.;OPOS=149585025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr5 149597160 . A G 1401.52 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196652;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2006;QD=62.9897;RBI=0.0201656;REFB=0;REVB=0.00446466;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4855e-05;OID=.;OPOS=149597160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:89:0:0:89:89:1:44:45:0:0:44:45:0:0 chr5 149644597 . T G 2438.86 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.838;QD=61.355;RBI=0.0357887;REFB=0;REVB=0.0168259;RO=0;SAF=65;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45385e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38332e-05;OID=.;OPOS=149644597;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:94:65:0:0:94:65:0:0 chr5 149652632 . G A 571.05 PASS AF=0.426573;AO=61;DP=143;FAO=61;FDP=143;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0109383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.13;QD=15.9734;RBI=0.0121454;REFB=-0.00198534;REVB=-0.00527883;RO=82;SAF=36;SAR=25;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105938;STB=0.55935;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00329145;OID=.;OPOS=149652632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:82:82:61:61:0.426573:25:36:40:42:25:36:40:42 chr5 149677112 . G A 107.75 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0130522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.759;QD=6.95183;RBI=0.0206815;REFB=-0.000931911;REVB=0.0160426;RO=46;SAF=6;SAR=10;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228707;STB=0.639827;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00261119;OID=.;OPOS=149677112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:46:46:16:16:0.258065:10:6:26:20:10:6:26:20 chr5 149677851 . A G 1273.03 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00512365;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.544;QD=61.3507;RBI=0.0334817;REFB=0;REVB=0.0330874;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127447;OID=.;OPOS=149677851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:37:45:0:0:38:45:0:0 chr5 149825159 . G C 424.54 PASS AF=0.597015;AO=39;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0348396;FXX=0.0147037;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.5016;QD=25.3455;RBI=0.0375648;REFB=-0.0716777;REVB=0.014047;RO=18;SAF=24;SAR=15;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139022;STB=0.53973;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0247628;OID=.;OPOS=149825159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:18:25:39:40:0.597015:15:24:15:3:15:25:18:7 chr5 149900943 . C T 495.24 PASS AF=0.324607;AO=62;DP=192;FAO=62;FDP=191;FR=.;FRO=129;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=74;FSRR=55;FWDB=-0.0797105;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.571;QD=10.3715;RBI=0.0798845;REFB=-0.00974143;REVB=-0.00527061;RO=129;SAF=25;SAR=37;SRF=74;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198426;STB=0.614252;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0283415;OID=.;OPOS=149900943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:129:129:62:62:0.324607:37:25:74:55:37:25:74:55 chr5 149919739 . G C 309.25 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0100712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.319;QD=13.4456;RBI=0.0189097;REFB=-0.0113489;REVB=-0.0160045;RO=55;SAF=24;SAR=11;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181055;STB=0.616126;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0154805;OID=.;OPOS=149919739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:55:57:35:35:0.380435:11:24:29:26:11:24:29:28 chr5 149932822 . C T 781.16 PASS AF=0.51634;AO=78;DP=154;FAO=79;FDP=153;FR=.;FRO=74;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=0.0161864;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.532;QD=20.4224;RBI=0.0255551;REFB=-0.0194498;REVB=0.0197754;RO=76;SAF=47;SAR=31;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219988;STB=0.506573;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0176132;OID=.;OPOS=149932822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:76:74:78:79:0.51634:31:47:44:32:31:48:44:30 chr5 149998128 . G A 346.06 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.008159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.838;QD=24.7186;RBI=0.0176973;REFB=-0.020191;REVB=-0.0157043;RO=21;SAF=15;SAR=19;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246305;STB=0.523291;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0112767;OID=.;OPOS=149998128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:22:34:34:0.607143:19:15:10:11:19:15:11:11 chr5 150051958 . T C 2409.34 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.856;QD=64.249;RBI=0.0345032;REFB=0;REVB=0.0268651;RO=0;SAF=74;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77941e-05;OID=.;OPOS=150051958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:150:0:0:149:150:1:75:74:0:0:75:75:0:0 chr5 150097883 . G C 156.25 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0311098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.329;QD=15.6247;RBI=0.031129;REFB=-0.0116767;REVB=-0.00109376;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288764;STB=0.529377;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0119084;OID=.;OPOS=150097883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:17:17:0.425:9:8:11:11:9:8:12:11 chr5 150136032 . A G 107.25 PASS AF=0.419355;AO=11;DP=29;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.136911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.5808;QD=13.8385;RBI=0.137896;REFB=-0.025323;REVB=0.016451;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191819;STB=0.60898;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0495479;OID=.;OPOS=150136032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:18:18:11:13:0.419355:6:5:5:13:7:6:5:13 chr5 150158164 . C G 257.6 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00864036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.747;QD=13.5577;RBI=0.0254307;REFB=-0.0051127;REVB=-0.0239179;RO=45;SAF=12;SAR=18;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118353;STB=0.561456;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0101048;OID=.;OPOS=150158164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:45:46:30:30:0.394737:18:12:23:22:18:12:23:23 chr5 150158199 . C T 210.99 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0845314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8587;QD=12.0563;RBI=0.0892174;REFB=-0.00374074;REVB=0.028534;RO=44;SAF=9;SAR=17;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197163;STB=0.613906;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00881158;OID=.;OPOS=150158199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:17:9:23:21:17:9:23:21 chr5 150158226 . A C 150.37 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0510489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.941;QD=12.2751;RBI=0.0566242;REFB=-0.0136994;REVB=-0.0245012;RO=31;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209653;STB=0.501203;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.032357;OID=.;OPOS=150158226;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:31:32:17:17:0.346939:9:8:14:17:9:8:15:17 chr5 150227966 . C A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0103482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.652;QD=18.8287;RBI=0.0201636;REFB=-0.0146312;REVB=0.0173056;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125132;STB=0.570663;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.014769;OID=.;OPOS=150227966;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:15:7:9:11:15:7 chr5 150227998 . C T 308.15 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.035348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6206;QD=28.0132;RBI=0.0578726;REFB=0.0111343;REVB=0.0458231;RO=17;SAF=17;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735494;STB=0.540605;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00506788;OID=.;OPOS=150227998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:10:17:9:8:10:17:9:8 chr5 150257616 . A G 217.39 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0392709;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.7186;QD=13.5872;RBI=0.0393333;REFB=-0.00570489;REVB=0.00221557;RO=38;SAF=5;SAR=21;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372831;STB=0.715725;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0123879;OID=.;OPOS=150257616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:21:5:19:19:21:5:19:19 chr5 150275787 . C T 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0236979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.455;QD=10.5421;RBI=0.0370816;REFB=-0.0129445;REVB=-0.0285211;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493524;STB=0.51721;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0370686;OID=.;OPOS=150275787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:20:21:11:11:0.34375:6:5:9:11:6:5:9:12 chr5 150282875 . G GC 43.26 PASS AF=0.130841;AO=19;DP=108;FAO=14;FDP=107;FR=.;FRO=93;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=58;FSRR=35;FWDB=0.00127899;FXX=0.0092584;HRUN=0;LEN=1;MLLD=44.7877;QD=1.61725;RBI=0.0602612;REFB=-0.0131459;REVB=-0.0602476;RO=86;SAF=0;SAR=19;SRF=59;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.795191;STB=0.940532;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.108698;OID=.;OPOS=150282876;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.130841:19:108:14:107:93:1:13:58:35:43:86:0:19:59:27 chr5 150311773 . T C 487.81 PASS AF=0.477477;AO=48;DP=108;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0433415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.529;QD=17.5788;RBI=0.0433847;REFB=-0.0213245;REVB=-0.00193394;RO=57;SAF=29;SAR=19;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603901;STB=0.528079;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0218046;OID=.;OPOS=150311773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:57:58:48:53:0.477477:19:29:31:26:21:32:32:26 chr5 150323428 . A G 555.11 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.018725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.387;QD=20.0041;RBI=0.0221166;REFB=-0.00862985;REVB=0.0117692;RO=54;SAF=29;SAR=28;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00860361;STB=0.504742;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00711618;OID=.;OPOS=150323428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:54:57:57:0.513514:28:29:28:26:28:29:28:26 chr5 150407456 . T C 3706.28 PASS AF=1;AO=232;DP=234;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00864585;FXX=0.00421923;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.463;QD=62.8182;RBI=0.0463154;REFB=0.0496674;REVB=0.0455013;RO=1;SAF=140;SAR=92;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00339206;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208469;OID=.;OPOS=150407456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:234:236:1:0:232:236:1:92:140:1:0:92:144:0:0 chr5 150409477 . T C 583.58 PASS AF=0.626506;AO=51;DP=82;FAO=52;FDP=83;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0195904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.736;QD=28.1245;RBI=0.0245349;REFB=-0.0110686;REVB=0.0147708;RO=31;SAF=19;SAR=32;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103418;STB=0.550649;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0040954;OID=.;OPOS=150409477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:31:31:51:52:0.626506:32:19:16:15:32:20:16:15 chr5 150410219 . C A 322.27 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0395127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2428;QD=28.0235;RBI=0.0471094;REFB=-0.0209866;REVB=0.0256523;RO=18;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054035;STB=0.529759;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0148533;OID=.;OPOS=150410219;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:13:15:11:7:13:15:11:7 chr5 150480518 . C T 201.63 PASS AF=0.258621;AO=30;DP=116;FAO=30;FDP=116;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.0266732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.888;QD=6.95266;RBI=0.0400324;REFB=-0.00340321;REVB=-0.0298519;RO=86;SAF=21;SAR=9;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307455;STB=0.68519;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0134404;OID=.;OPOS=150480518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:86:86:30:30:0.258621:9:21:39:47:9:21:39:47 chr5 150480520 . C T 456.27 PASS AF=0.439655;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.00344122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0113;QD=15.7334;RBI=0.0213804;REFB=-0.010472;REVB=-0.0211017;RO=65;SAF=34;SAR=17;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269792;STB=0.651103;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.016636;OID=.;OPOS=150480520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:65:65:51:51:0.439655:17:34:26:39:17:34:26:39 chr5 150489390 . A G 318.11 PASS AF=0.426829;AO=34;DP=81;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00192466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.154;QD=15.5177;RBI=0.0287319;REFB=-0.0123605;REVB=0.0286674;RO=46;SAF=13;SAR=21;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186969;STB=0.617043;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0172843;OID=.;OPOS=150489390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:46:47:34:35:0.426829:21:13:26:20:22:13:27:20 chr5 150518988 . G A 367.86 PASS AF=0.40566;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0220198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.782;QD=13.8815;RBI=0.0272343;REFB=-0.0100911;REVB=0.0160261;RO=63;SAF=18;SAR=25;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127611;STB=0.572149;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0132967;OID=.;OPOS=150518988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:63:43:43:0.40566:25:18:34:29:25:18:34:29 chr5 150565008 . C T 173.56 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0319908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9428;QD=20.4187;RBI=0.0680969;REFB=-0.0212533;REVB=0.0601147;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719337;STB=0.555494;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0378535;OID=.;OPOS=150565008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:18:18:0.529412:8:10:7:8:8:10:7:9 chr5 150578574 . A G 447.25 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00466293;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.93;QD=26.3085;RBI=0.00933782;REFB=-0.0254609;REVB=0.00809023;RO=24;SAF=23;SAR=19;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196631;STB=0.59093;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00876814;OID=.;OPOS=150578574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:24:26:42:42:0.617647:19:23:6:18:19:23:8:18 chr5 150639409 . A G 1756.17 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.591;QD=60.5575;RBI=0.0341789;REFB=0;REVB=-0.00204145;RO=0;SAF=59;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.85593e-05;OID=.;OPOS=150639409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:56:59:0:0:57:59:0:0 chr5 150639439 . A G 1572.43 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0118076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7359;QD=62.897;RBI=0.0151301;REFB=-0.137773;REVB=0.00946046;RO=0;SAF=57;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37041e-08;STB=0.505881;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00101716;OID=.;OPOS=150639439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:0:1:99:99:0.99:42:57:0:0:42:57:0:1 chr5 150647012 . A G 490.94 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.033811;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.224;QD=22.0649;RBI=0.0338565;REFB=-0.0281037;REVB=-0.00175429;RO=42;SAF=29;SAR=18;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407945;STB=0.522513;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0245593;OID=.;OPOS=150647012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:42:42:47:47:0.52809:18:29:24:18:18:29:24:18 chr5 150660654 . C T 190.54 PASS AF=0.232;AO=29;DP=126;FAO=29;FDP=125;FR=.;FRO=96;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=-0.0284039;FXX=0.045798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.035;QD=6.09743;RBI=0.0444482;REFB=-0.0043268;REVB=-0.0341886;RO=81;SAF=14;SAR=15;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149795;STB=0.545123;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0223492;OID=.;OPOS=150660654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:81:96:29:29:0.232:15:14:49:32:15:14:52:44 chr5 150667016 . T C 2197.76 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181306;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.008;QD=63.245;RBI=0.0182781;REFB=0;REVB=-0.00231773;RO=0;SAF=55;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55853e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.70162e-06;OID=.;OPOS=150667016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:84:55:0:0:84:55:0:0 chr5 150696447 . C T 1439.72 PASS AF=0.959184;AO=94;DP=98;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0428729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8786;QD=58.7643;RBI=0.109146;REFB=-0.0282287;REVB=-0.100374;RO=4;SAF=40;SAR=54;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450812;STB=0.523804;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00373084;OID=.;OPOS=150696447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:98:4:4:94:94:0.959184:54:40:4:0:54:40:4:0 chr5 150696498 . G A 1423.67 PASS AF=0.980198;AO=98;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0111384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176;QD=56.3829;RBI=0.0156538;REFB=-0.166503;REVB=0.010999;RO=3;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260889;STB=0.509089;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000675329;OID=.;OPOS=150696498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:101:101:3:2:98:99:0.980198:53:45:0:3:54:45:0:2 chr5 150696540 . C T 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.77;QD=61.3752;RBI=0.0497769;REFB=0;REVB=-0.045281;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.07583e-05;OID=.;OPOS=150696540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:45:35:0:0:45:35:0:0 chr5 150704975 . G A 527.3 PASS AF=0.4;AO=54;DP=142;FAO=58;FDP=145;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.0593645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4835;QD=14.5463;RBI=0.100338;REFB=-0.0233466;REVB=0.0808925;RO=86;SAF=31;SAR=23;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118377;STB=0.576107;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0306908;OID=.;OPOS=150704975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:145:86:87:54:58:0.4:23:31:40:46:24:34:40:47 chr5 150723806 . G A 1482.5 PASS AF=0.962617;AO=103;DP=107;FAO=103;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.010341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9414;QD=55.4206;RBI=0.0128823;REFB=0.00971813;REVB=-0.00768233;RO=4;SAF=34;SAR=69;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00643228;STB=0.503392;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00149612;OID=.;OPOS=150723806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:107:107:4:4:103:103:0.962617:69:34:1:3:69:34:1:3 chr5 150886725 . G A 1453.37 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8595;QD=63.1899;RBI=0.123543;REFB=0;REVB=-0.123082;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00072693;OID=.;OPOS=150886725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:46:46:0:0:46:46:0:0 chr5 150886882 . G A 3015.78 PASS AF=0.985149;AO=199;DP=202;FAO=199;FDP=202;FR=.;FRO=3;FSAF=93;FSAR=106;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0198178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.129;QD=59.7184;RBI=0.0266241;REFB=-0.0480074;REVB=0.0177792;RO=2;SAF=93;SAR=106;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00890082;STB=0.501999;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.000830327;OID=.;OPOS=150886882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:202:202:2:3:199:199:0.985149:106:93:0:2:106:93:1:2 chr5 150891733 . A G 804.75 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430718;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.458;QD=57.4821;RBI=0.0436842;REFB=0;REVB=-0.00728879;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011995;OID=.;OPOS=150891733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr5 150901111 . A G 1255.65 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.172;QD=61.2512;RBI=0.0103822;REFB=0;REVB=0.00917481;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550714;OID=.;OPOS=150901111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:39:42:0:0:39:43:0:0 chr5 150901261 . C T 612.8 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.938;QD=61.2801;RBI=0.0297385;REFB=0;REVB=-0.0118138;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4463e-05;OID=.;OPOS=150901261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr5 150901300 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00138586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.82;QD=59.8392;RBI=0.0283914;REFB=0;REVB=0.0283575;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167384;OID=.;OPOS=150901300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr5 150901613 . A G 672.34 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0354407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.1364;QD=57.2206;RBI=0.0371531;REFB=-0.0243141;REVB=0.0111496;RO=2;SAF=25;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036109;STB=0.519222;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000993633;OID=.;OPOS=150901613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:47:2:2:44:45:0.957447:19:25:2:0:20:25:2:0 chr5 150914184 . A T 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.836;QD=62.1619;RBI=0.0192938;REFB=0;REVB=-0.00437222;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50647e-05;OID=.;OPOS=150914184;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr5 150923405 . A G 954.67 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2297;QD=58.749;RBI=0.0615949;REFB=0;REVB=-0.0589576;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000778534;OID=.;OPOS=150923405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr5 150924769 . G A 144.69 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0321159;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5762;QD=11.1299;RBI=0.0352681;REFB=0.00418912;REVB=-0.0145743;RO=34;SAF=6;SAR=12;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341801;STB=0.699785;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0109308;OID=.;OPOS=150924769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:34:34:18:18:0.346154:12:6:22:12:12:6:22:12 chr5 150925144 . A G 140.29 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0166811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.42;QD=13.6867;RBI=0.0168366;REFB=0.000648797;REVB=-0.00228306;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179752;STB=0.584608;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00069011;OID=.;OPOS=150925144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:25:16:16:0.390244:5:11:12:11:5:11:14:11 chr5 150942919 . A G 728.94 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00878122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.044;QD=57.1715;RBI=0.0101184;REFB=0;REVB=0.00502722;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.26827e-06;OID=.;OPOS=150942919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr5 150946966 . G A 2185.3 PASS AF=0.966443;AO=137;DP=142;FAO=144;FDP=149;FR=.;FRO=5;FSAF=89;FSAR=55;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00935971;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.2809;QD=58.6657;RBI=0.0164947;REFB=0.0963715;REVB=0.0135821;RO=5;SAF=89;SAR=48;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259571;STB=0.513659;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000509415;OID=.;OPOS=150946966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:142:149:5:5:137:144:0.966443:48:89:5:0:55:89:5:0 chr5 150948016 . C T 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0352077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2303;QD=16.6183;RBI=0.050165;REFB=-0.00459534;REVB=0.0357343;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038358;STB=0.511935;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00566961;OID=.;OPOS=150948016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:12:11:14:13:12:11:14:14 chr5 151043103 . G C 209.3 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=0.085361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.3;QD=11.6279;RBI=0.0854262;REFB=-0.00156758;REVB=-0.0033376;RO=46;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242649;STB=0.63879;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00532795;OID=.;OPOS=151043103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:13:13:13:33:13:13:13:33 chr5 151083909 . T C 293.12 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0017759;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.738;QD=46.8986;RBI=0.0343934;REFB=-0.0076456;REVB=0.0343475;RO=2;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839258;STB=0.545415;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.000180464;OID=.;OPOS=151083909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:25:25:2:2:23:23:0.92:10:13:0:2:10:13:0:2 chr5 151084036 . T C 771.35 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023773;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.285;QD=57.1373;RBI=0.0358593;REFB=0;REVB=0.0268464;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273781;OID=.;OPOS=151084036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:23:30:0:0:24:30:0:0 chr5 151125847 . C CT 136.15 PASS AF=0.29078;AO=36;DP=143;FAO=41;FDP=141;FR=.;FRO=100;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=0.19235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.797;QD=3.86238;RBI=0.205787;REFB=-0.0109373;REVB=-0.0731426;RO=102;SAF=18;SAR=18;SRF=56;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605952;STB=0.502434;STBP=0.973;TYPE=ins;VARB=0.0184098;OID=.;OPOS=151125848;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.29078:36:143:41:141:100:22:19:54:46:99:102:18:18:56:46 chr5 151255217 . C T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0098631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.867;QD=58.5998;RBI=0.0145637;REFB=0;REVB=0.0107155;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71512e-06;OID=.;OPOS=151255217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr5 151771817 . C T 3019.32 PASS AF=0.994792;AO=190;DP=191;FAO=191;FDP=192;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0177649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.181;QD=62.9025;RBI=0.0345598;REFB=0.0288133;REVB=0.0296444;RO=0;SAF=92;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69201e-08;STB=0.502538;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-2.50078e-05;OID=.;OPOS=151771817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:191:192:0:1:190:191:0.994792:98:92:0:0:98:93:0:1 chr5 151784183 . G A 199.2 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00418484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.531;QD=13.9791;RBI=0.0137854;REFB=-0.0231974;REVB=-0.0131349;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855785;STB=0.543823;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0371896;OID=.;OPOS=151784183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:32:33:23:24:0.421053:11:12:14:18:12:12:14:19 chr5 153413390 . C T 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00165773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.384;QD=60.3764;RBI=0.0183128;REFB=0;REVB=-0.0182376;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.9112e-05;OID=.;OPOS=153413390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr5 153429459 . T C 1989.54 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8623;QD=62.173;RBI=0.0333819;REFB=0;REVB=0.0141593;RO=0;SAF=52;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.32173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130193;OID=.;OPOS=153429459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:76:52:0:0:76:52:0:0 chr5 153432733 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00742123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.283;QD=56.7053;RBI=0.00754373;REFB=0;REVB=-0.00135396;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05432e-05;OID=.;OPOS=153432733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr5 153432970 . C T 1120.76 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0140413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7761;QD=58.9876;RBI=0.0191721;REFB=-0.0725445;REVB=0.0130542;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000135751;OID=.;OPOS=153432970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:49:26:0:0:49:26:0:1 chr5 153729217 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.391;QD=57.3859;RBI=0.0116677;REFB=0;REVB=0.0113552;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62222e-05;OID=.;OPOS=153729217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr5 153760106 . C T 44.18 PASS AF=0.0833333;AO=14;DP=168;FAO=14;FDP=168;FR=.;FRO=154;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=93;FSRR=61;FWDB=0.0283185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5549;QD=1.05189;RBI=0.0425279;REFB=-0.003467;REVB=-0.0317283;RO=147;SAF=8;SAR=6;SRF=89;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406649;STB=0.530605;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0297865;OID=.;OPOS=153760106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:168:168:147:154:14:14:0.0833333:6:8:89:58:6:8:93:61 chr5 153783753 . C T 388.25 PASS AF=0.320755;AO=51;DP=160;FAO=51;FDP=159;FR=.;FRO=108;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=50;FSRR=58;FWDB=-0.0227855;FXX=0.00624961;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.105;QD=9.76717;RBI=0.0230932;REFB=-0.0174826;REVB=0.00375671;RO=106;SAF=22;SAR=29;SRF=48;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254329;STB=0.521731;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0315755;OID=.;OPOS=153783753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:106:108:51:51:0.320755:29:22:48:58:29:22:50:58 chr5 153788991 . G C 792.56 PASS AF=0.503106;AO=80;DP=160;FAO=81;FDP=161;FR=.;FRO=80;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.00053329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.215;QD=19.691;RBI=0.00181972;REFB=-0.000882472;REVB=-0.00173983;RO=80;SAF=51;SAR=29;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836515;STB=0.541495;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.000799654;OID=.;OPOS=153788991;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:80:80:80:81:0.503106:29:51:44:36:30:51:44:36 chr5 153796477 . A C 108.46 PASS AF=0.191489;AO=18;DP=94;FAO=18;FDP=94;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0353616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0263;QD=4.61542;RBI=0.0357937;REFB=-0.00204057;REVB=0.0055449;RO=76;SAF=8;SAR=10;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701873;STB=0.544974;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0043285;OID=.;OPOS=153796477;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:76:76:18:18:0.191489:10:8:38:38:10:8:38:38 chr5 153796482 . CTGTTT C 101.95 PASS AF=0.195402;AO=17;DP=90;FAO=17;FDP=87;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.0453298;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=303.258;QD=4.68734;RBI=0.0455844;REFB=-0.00508492;REVB=0.0048113;RO=70;SAF=8;SAR=9;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548981;STB=0.557884;STBP=0.643;TYPE=del;VARB=0.0190756;OID=.;OPOS=153796483;OREF=TGTTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.195402:17:90:17:87:70:8:9:38:32:99:70:8:9:36:34 chr5 154171530 . G C 342.14 PASS AF=0.48;AO=35;DP=74;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.0266308;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.901;QD=18.2475;RBI=0.0419474;REFB=-0.0151737;REVB=-0.0324097;RO=36;SAF=14;SAR=21;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205508;STB=0.602784;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0093953;OID=.;OPOS=154171530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:36:39:35:36:0.48:21:14:7:29:21:15:9:30 chr5 154209024 . A G 571.14 PASS AF=0.423611;AO=61;DP=145;FAO=61;FDP=144;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=59;FSRR=24;FWDB=-0.0161987;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.88;QD=15.865;RBI=0.0331535;REFB=-0.0265815;REVB=-0.0289267;RO=83;SAF=37;SAR=24;SRF=59;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116015;STB=0.564686;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0391899;OID=.;OPOS=154209024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:83:83:61:61:0.423611:24:37:59:24:24:37:59:24 chr5 154268902 . C T 1299.49 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.608;QD=61.8807;RBI=0.0642704;REFB=0;REVB=0.0624603;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170183;OID=.;OPOS=154268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:36:47:0:0:36:48:0:0 chr5 154271948 . G A 856.76 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00155763;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7656;QD=55.2749;RBI=0.00547478;REFB=-0.105937;REVB=-0.00524852;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.510201;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00125398;OID=.;OPOS=154271948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:0:1:60:61:0.983871:23:37:0:0:24:37:0:1 chr5 154275786 . G A 183.08 PASS AF=0.271739;AO=25;DP=92;FAO=25;FDP=92;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0379758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5755;QD=7.95991;RBI=0.0461765;REFB=0.0249351;REVB=0.02627;RO=65;SAF=14;SAR=11;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00753113;STB=0.505296;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.0261148;OID=.;OPOS=154275786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:65:67:25:25:0.271739:11:14:36:29:11:14:38:29 chr5 154282235 . T C 126.6 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00551086;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.53;QD=11.2532;RBI=0.0125766;REFB=0.00802783;REVB=-0.011305;RO=29;SAF=3;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3072;STB=0.66642;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.0143369;OID=.;OPOS=154282235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:30:16:15:0.333333:13:3:12:17:12:3:12:18 chr5 154291409 . C T 462.67 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0125586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.794;QD=19.0791;RBI=0.0137398;REFB=-0.00928255;REVB=0.00557343;RO=51;SAF=19;SAR=27;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397769;STB=0.522114;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0122492;OID=.;OPOS=154291409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:51:46:46:0.474227:27:19:19:32:27:19:19:32 chr5 154300940 . A C 501.62 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0118632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9855;QD=18.5784;RBI=0.03065;REFB=0.00225648;REVB=0.0282611;RO=54;SAF=22;SAR=31;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273998;STB=0.511107;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.00237208;OID=.;OPOS=154300940;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:55:53:53:0.490741:31:22:24:30:31:22:24:31 chr5 154306972 . T C 491.44 PASS AF=0.410448;AO=55;DP=134;FAO=55;FDP=134;FR=.;FRO=79;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=51;FSRR=28;FWDB=0.0173327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6282;QD=14.67;RBI=0.0173348;REFB=-0.0109299;REVB=0.000268069;RO=77;SAF=29;SAR=26;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1285;STB=0.570463;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0221328;OID=.;OPOS=154306972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:77:79:55:55:0.410448:26:29:50:27:26:29:51:28 chr5 154346259 . A G 462.59 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00402108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.058;QD=19.0759;RBI=0.00403854;REFB=-0.010872;REVB=-0.000375111;RO=51;SAF=23;SAR=23;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00925865;STB=0.505152;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0152387;OID=.;OPOS=154346259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:51:46:46:0.474227:23:23:26:25:23:23:26:25 chr5 154395158 . G T 282.27 PASS AF=0.52;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0379384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.245;QD=22.5818;RBI=0.0381293;REFB=-0.000481572;REVB=-0.0038106;RO=24;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271992;STB=0.635409;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=3.37668e-05;OID=.;OPOS=154395158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:24:25:26:0.52:17:8:15:9:17:9:15:9 chr5 154788140 . T C 128.88 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0158664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3015;QD=8.45085;RBI=0.0163498;REFB=-0.00539174;REVB=-0.0039461;RO=41;SAF=10;SAR=8;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507534;STB=0.531101;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.013853;OID=.;OPOS=154788140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:43:18:18:0.295082:8:10:21:20:8:10:22:21 chr5 155771579 . T C 547.21 PASS AF=0.478992;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00839313;FXX=0.0325177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.326;QD=18.3936;RBI=0.00926736;REFB=-0.0133249;REVB=0.00392929;RO=51;SAF=24;SAR=33;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430513;STB=0.533202;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0134862;OID=.;OPOS=155771579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:119:51:62:57:57:0.478992:33:24:19:32:33:24:30:32 chr5 156187774 . A G 267.34 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0169716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.382;QD=18.4372;RBI=0.0175507;REFB=-0.0114317;REVB=0.00447138;RO=27;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595766;STB=0.517649;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0111353;OID=.;OPOS=156187774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:29:29:29:0.5:17:12:13:14:17:12:13:16 chr5 156191515 . C T 175.75 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.039175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5726;QD=11.9155;RBI=0.0392009;REFB=0.00671542;REVB=0.001425;RO=37;SAF=8;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480378;STB=0.527843;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.010726;OID=.;OPOS=156191515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:14:8:15:22:14:8:15:22 chr5 156346464 . G A 568.3 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=112;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00869079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4716;QD=20.2963;RBI=0.0309598;REFB=-0.0158116;REVB=-0.029715;RO=51;SAF=30;SAR=28;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396974;STB=0.517235;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00859963;OID=.;OPOS=156346464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:51:54:58:58:0.517857:28:30:24:27:28:30:26:28 chr5 156346491 . C T 218.07 PASS AF=0.260163;AO=32;DP=122;FAO=32;FDP=123;FR=.;FRO=91;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=0.00309437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6772;QD=7.09185;RBI=0.0380697;REFB=-0.00569631;REVB=0.0379437;RO=90;SAF=13;SAR=19;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129751;STB=0.573942;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0213553;OID=.;OPOS=156346491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:90:91:32:32:0.260163:19:13:46:44:19:13:46:45 chr5 156376703 . A G 244.39 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259302;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.609;QD=51.451;RBI=0.0292147;REFB=0;REVB=0.0134582;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549583;OID=.;OPOS=156376703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr5 156479424 . A C 2568.39 PASS AF=1;AO=165;DP=167;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221808;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.342;QD=61.889;RBI=0.0469974;REFB=0;REVB=0.0414339;RO=0;SAF=97;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22402e-05;OID=.;OPOS=156479424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:166:0:0:165:166:1:68:97:0:0:68:98:0:0 chr5 156479426 . T C 678.09 PASS AF=0.440476;AO=74;DP=168;FAO=74;FDP=168;FR=.;FRO=94;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=55;FSRR=39;FWDB=0.00370253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.22;QD=16.1451;RBI=0.00401022;REFB=-0.0028645;REVB=-0.00154052;RO=94;SAF=43;SAR=31;SRF=55;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00415527;STB=0.502314;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00319104;OID=.;OPOS=156479426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:94:94:74:74:0.440476:31:43:55:39:31:43:55:39 chr5 156479508 . CAGAACAGTCGTTGTCGTTGGAATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTCATT C 50.0 PASS AO=47;DP=255;LEN=66;RO=208;SAF=30;SAR=54;SRF=102;SRR=69;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=156479509;OREF=AGAACAGTCGTTGTCGTTGGAATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTCATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:255:208:47:54:30:102:69 chr5 156479509 . A G 3585.69 PASS AF=1;AO=225;DP=225;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119623;FXX=0.00869527;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.223;QD=62.9068;RBI=0.0199493;REFB=0;REVB=0.0159649;RO=0;SAF=118;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179339;OID=.;OPOS=156479509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:228:0:0:225:228:1:107:118:0:0:109:119:0:0 chr5 156479557 . GTTGGAACAGTCGTCA G,GTTGGAACAGTCGTTGTCA,GTTGGAACAGTTGTCG 2011.56 PASS AF=0.309859,0.577465,0.112676;AO=43,74,15;DP=155;FAO=44,82,16;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=13,35,1;FSAR=31,47,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427908,0.0446996,-0.00623567;FXX=0.0718907;HRUN=2,1,1;LEN=15,3,5;MLLD=118.58,249.381,82.4269;QD=56.6636;RBI=0.0486228,0.0447117,0.0335857;REFB=0,0,0;REVB=-0.0230895,0.00104157,-0.0330017;RO=0;SAF=13,28,1;SAR=30,46,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,ins,mnp;VARB=0.0165036,0.0283273,0.039751;OID=.,.,.;OPOS=156479558,156479569,156479568;OREF=TTGGAACAGTCGTCA,-,CGTCA;OALT=-,GTT,TGTCG;OMAPALT=G,GTTGGAACAGTCGTTGTCA,GTTGGAACAGTTGTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.309859,0.577465,0.112676:43,74,15:155:44,82,16:142:0:13,35,1:31,47,15:0:0:99:0:13,28,1:30,46,14:0:0 chr5 156479596 . A ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCATTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA 50.0 PASS AO=65;DP=255;LEN=69;RO=190;SAF=30;SAR=54;SRF=102;SRR=69;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=156479596;OREF=-;OALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCATTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGA;OMAPALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCATTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:255:190:65:54:30:102:69 chr5 156482459 . G T 1607.1 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0502075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0425;QD=64.2842;RBI=0.0554565;REFB=0;REVB=-0.0235507;RO=0;SAF=41;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000479596;OID=.;OPOS=156482459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:59:41:0:0:59:41:0:0 chr5 156531736 . C A 943.61 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223208;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.946;QD=58.9756;RBI=0.0227987;REFB=0;REVB=0.00464321;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74467e-05;OID=.;OPOS=156531736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr5 156589901 . C T 73.77 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0223437;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.1439;QD=9.83563;RBI=0.0716565;REFB=-0.0138516;REVB=-0.0680839;RO=19;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201317;STB=0.538383;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0251242;OID=.;OPOS=156589901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:30:19:20:10:10:0.333333:3:7:13:6:3:7:13:7 chr5 156589937 . G A 115.17 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00546714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.249;QD=10.7137;RBI=0.0491188;REFB=-0.011782;REVB=-0.0488136;RO=29;SAF=11;SAR=3;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304287;STB=0.684536;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0349997;OID=.;OPOS=156589937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:3:11:16:13:3:11:16:13 chr5 156590335 . G A 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.041673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9467;QD=16.5358;RBI=0.0638465;REFB=-0.0169945;REVB=0.0483708;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427661;STB=0.524469;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0210195;OID=.;OPOS=156590335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:11:7:8:15:11:7:8:15 chr5 156626907 . C T 328.77 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00374267;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.766;QD=15.4716;RBI=0.00426707;REFB=-0.0120303;REVB=0.00204948;RO=49;SAF=22;SAR=14;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105303;STB=0.559538;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0160508;OID=.;OPOS=156626907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:14:22:25:24:14:22:25:24 chr5 156644939 . G A 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00650592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.317;QD=18.2508;RBI=0.00658609;REFB=-0.00667237;REVB=-0.00102449;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182502;STB=0.604508;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00675294;OID=.;OPOS=156644939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:10:5:8:7:10:5:8:7 chr5 156649922 . A G 188.85 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0409356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.118;QD=11.109;RBI=0.0428388;REFB=-0.0105257;REVB=-0.012627;RO=44;SAF=12;SAR=12;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126904;STB=0.573469;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0364323;OID=.;OPOS=156649922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:12:12:27:17:12:12:27:17 chr5 156715652 . G C 424.42 PASS AF=0.339623;AO=54;DP=159;FAO=54;FDP=159;FR=.;FRO=105;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=62;FSRR=43;FWDB=-0.0261123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.692;QD=10.6772;RBI=0.0264629;REFB=-0.0119513;REVB=0.00429362;RO=105;SAF=26;SAR=28;SRF=62;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125045;STB=0.571668;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0313557;OID=.;OPOS=156715652;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:105:105:54:54:0.339623:28:26:62:43:28:26:62:43 chr5 156721863 . T TC 1204.54 PASS AF=1;AO=103;DP=118;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0544553;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.5472;QD=43.0192;RBI=0.0596687;REFB=0;REVB=0.0243921;RO=13;SAF=56;SAR=47;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153128;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000409063;OID=.;OPOS=156721864;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:103:118:112:112:0:62:50:0:0:23:13:56:47:8:5 chr5 156747669 . A G 588.25 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=118;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0187887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.847;QD=19.9405;RBI=0.0276411;REFB=-0.0420906;REVB=0.0202735;RO=58;SAF=36;SAR=24;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127666;STB=0.50704;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0323393;OID=.;OPOS=156747669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:58:58:60:60:0.508475:24:36:34:24:24:36:34:24 chr5 156770209 . G A 323.6 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00638911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.789;QD=16.8103;RBI=0.0152415;REFB=-0.0148972;REVB=-0.0138377;RO=42;SAF=15;SAR=20;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929872;STB=0.552209;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0141365;OID=.;OPOS=156770209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:20:15:22:20:20:15:22:20 chr5 156898690 . A G 1647.57 PASS AF=1;AO=96;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.947;QD=59.9115;RBI=0.0350237;REFB=0;REVB=0.0323732;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000873639;OID=.;OPOS=156898690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:96:110:1:50:46:0:0:62:48:0:0 chr5 156899869 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0918348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.191;QD=43.4861;RBI=0.0922518;REFB=0;REVB=0.00876242;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000875937;OID=.;OPOS=156899869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr5 156904633 . C T 1324.76 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0335263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.35;QD=60.9083;RBI=0.0341812;REFB=0.00662224;REVB=-0.00665906;RO=1;SAF=34;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01373;STB=0.507245;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-5.85868e-05;OID=.;OPOS=156904633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:52:34:1:0:52:34:1:0 chr5 157078475 . C G 666.63 PASS AF=0.439759;AO=73;DP=167;FAO=73;FDP=166;FR=.;FRO=93;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=0.0190753;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2869;QD=16.0634;RBI=0.0530973;REFB=0.00946333;REVB=0.0495525;RO=89;SAF=37;SAR=36;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00121683;STB=0.512868;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0105084;OID=.;OPOS=157078475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:89:93:73:73:0.439759:36:37:45:44:36:37:45:48 chr5 157098756 . G T 366.31 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.0183102;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.419;QD=18.0895;RBI=0.0220814;REFB=-0.0165814;REVB=0.012342;RO=43;SAF=17;SAR=21;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21328;STB=0.618774;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0151911;OID=.;OPOS=157098756;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:43:43:38:38:0.469136:21:17:29:14:21:17:29:14 chr5 157102185 . A G 302.41 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00122796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.871;QD=17.0371;RBI=0.0222415;REFB=-0.0134599;REVB=0.0222076;RO=38;SAF=12;SAR=21;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207545;STB=0.616509;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0187369;OID=.;OPOS=157102185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:21:12:22:16:21:12:22:16 chr5 157106968 . C T 278.86 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00571565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.894;QD=21.8716;RBI=0.0163072;REFB=-0.0180847;REVB=0.0152727;RO=23;SAF=10;SAR=18;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825779;STB=0.504584;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0153434;OID=.;OPOS=157106968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:18:10:8:15:18:10:8:15 chr5 157164962 . T C 708.57 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0485179;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6608;QD=54.5051;RBI=0.0856171;REFB=-0.102052;REVB=0.0705429;RO=1;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136506;STB=0.507244;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00286177;OID=.;OPOS=157164962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:1:1:51:51:0.980769:34:17:0:1:34:17:0:1 chr5 157183739 . G A 803.11 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000217185;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.9903;QD=55.3867;RBI=0.00662217;REFB=-0.100829;REVB=0.00661861;RO=0;SAF=37;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65905e-08;STB=0.512816;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00138196;OID=.;OPOS=157183739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:0:1:56:57:0.982759:19:37:0:0:19:38:0:1 chr5 157183770 . C T 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00207886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4824;QD=61.334;RBI=0.0255901;REFB=0;REVB=-0.0255056;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000456758;OID=.;OPOS=157183770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr5 157213497 . A G 2741.31 PASS AF=0.98895;AO=176;DP=179;FAO=179;FDP=181;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0559426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.258;QD=60.5814;RBI=0.0615161;REFB=-0.140461;REVB=0.0255863;RO=3;SAF=85;SAR=91;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00586531;STB=0.500093;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000641891;OID=.;OPOS=157213497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:179:181:3:2:176:179:0.98895:91:85:2:1:91:88:1:1 chr5 158204425 . A G 1576.54 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0125297;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.377;QD=58.9361;RBI=0.012672;REFB=-0.0611834;REVB=0.00189368;RO=1;SAF=45;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104297;STB=0.505493;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-1.67848e-05;OID=.;OPOS=158204425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:61:45:1:0:61:45:1:0 chr5 159344461 . G A 411.65 PASS AF=0.393443;AO=48;DP=122;FAO=48;FDP=122;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0180158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.297;QD=13.4968;RBI=0.0189176;REFB=-0.0157315;REVB=0.00577135;RO=74;SAF=20;SAR=28;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147168;STB=0.583299;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0220164;OID=.;OPOS=159344461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:74:74:48:48:0.393443:28:20:41:33:28:20:41:33 chr5 159505208 . C A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.82;QD=63.5829;RBI=0.0192616;REFB=0;REVB=0.000609643;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31741e-05;OID=.;OPOS=159505208;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr5 159659273 . C T 304.06 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00116522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.718;QD=19.9384;RBI=0.00741662;REFB=-0.0175073;REVB=-0.00732451;RO=29;SAF=20;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955409;STB=0.553158;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0171928;OID=.;OPOS=159659273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:12:20:15:14:12:20:15:14 chr5 159665599 . G A 291.41 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.003125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.754;QD=14.3907;RBI=0.00360637;REFB=-0.0154297;REVB=0.00180007;RO=47;SAF=21;SAR=12;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00216549;STB=0.507242;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.017757;OID=.;OPOS=159665599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:48:33:33:0.407407:12:21:30:17:12:21:30:18 chr5 159679636 . C T 361.15 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0238749;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.368;QD=15.0479;RBI=0.0248402;REFB=-0.000707237;REVB=-0.00685733;RO=56;SAF=20;SAR=19;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425571;STB=0.528893;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.000922435;OID=.;OPOS=159679636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:56:57:39:39:0.40625:19:20:31:25:19:20:32:25 chr5 159680046 . T C 189.29 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0143272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5616;QD=14.286;RBI=0.0310599;REFB=-0.0215704;REVB=0.0275581;RO=29;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763129;STB=0.520814;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0138885;OID=.;OPOS=159680046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:31:22:22:0.415094:10:12:18:11:10:12:18:13 chr5 159686503 . G A 155.3 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.0063197;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.807;QD=14.7904;RBI=0.0253771;REFB=-0.00554434;REVB=0.0245776;RO=25;SAF=6;SAR=11;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436269;STB=0.748433;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0100977;OID=.;OPOS=159686503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:11:6:20:5:11:6:20:5 chr5 159696554 . A G 448.24 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0375055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6026;QD=24.561;RBI=0.0376016;REFB=-0.00288273;REVB=0.00268743;RO=30;SAF=22;SAR=21;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916382;STB=0.550137;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00125791;OID=.;OPOS=159696554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:21:22:19:11:21:22:19:11 chr5 159718987 . C T 444.25 PASS AF=0.423729;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.000117477;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=183.691;QD=15.0594;RBI=0.0121262;REFB=0.009225;REVB=0.0121256;RO=64;SAF=18;SAR=32;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235396;STB=0.616184;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00907585;OID=.;OPOS=159718987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:118:64:68:50:50:0.423729:32:18:38:26:32:18:38:30 chr5 159775741 . G A 2214.96 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3738;QD=63.2846;RBI=0.0606935;REFB=0;REVB=-0.0562108;RO=0;SAF=70;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101029;OID=.;OPOS=159775741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:70:70:0:0:70:70:0:0 chr5 159776047 . A G 185.22 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0101562;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.138;QD=13.7203;RBI=0.0277322;REFB=-0.0143764;REVB=-0.0258056;RO=31;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215718;STB=0.62952;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0181691;OID=.;OPOS=159776047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:11:11:9:22:11:11:9:23 chr5 159776637 . C T 300.18 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0615165;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=59.6917;QD=16.4481;RBI=0.0677799;REFB=-0.00534188;REVB=-0.0284575;RO=39;SAF=12;SAR=21;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123543;STB=0.577272;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00878218;OID=.;OPOS=159776637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:40:33:33:0.452055:21:12:19:20:21:12:20:20 chr5 159835658 . A G 674.39 PASS AF=0.453416;AO=72;DP=160;FAO=73;FDP=161;FR=.;FRO=88;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=0.00210419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.963;QD=16.7549;RBI=0.00240183;REFB=-0.023315;REVB=0.0011581;RO=87;SAF=38;SAR=34;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465027;STB=0.518678;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0283599;OID=.;OPOS=159835658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:87:88:72:73:0.453416:34:38:50:37:34:39:50:38 chr5 159839530 . TAAAAAAAAAAA TAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAG 436.25 PASS AF=0.59375,0.265625;AO=12,7;DP=83;FAO=38,17;FDP=64;FR=.;FRO=9;FSAF=26,10;FSAR=12,7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.09053,0.0389577;FXX=0.24703;HRUN=14,14;LEN=3,1;MLLD=13.7788,148.099;QD=27.2658;RBI=0.0905368,0.0431964;REFB=-0.149505,-0.0201468;REVB=-0.00110742,-0.0186608;RO=8;SAF=7,5;SAR=5,2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.231045,0.402505;STB=0.595129,0.624856;STBP=0.015,0.087;TYPE=del,snp;VARB=0.0837885,-0.00292192;OID=.,.;OPOS=159839531,159839541;OREF=AAA,A;OALT=-,G;OMAPALT=TAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.59375,0.265625:12,7:83:38,17:64:9:26,10:12,7:2:7:99:8:7,5:5,2:2:6 chr5 159901408 . C A 1119.47 PASS AF=0.835052;AO=79;DP=96;FAO=81;FDP=97;FR=.;FRO=16;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00282371;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.389;QD=46.1639;RBI=0.0169424;REFB=-0.053665;REVB=0.0167054;RO=16;SAF=44;SAR=35;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828017;STB=0.545091;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00927118;OID=.;OPOS=159901408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:96:97:16:16:79:81:0.835052:35:44:13:3:37:44:13:3 chr5 159912418 . C G 1044.34 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0734154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7054;QD=59.6764;RBI=0.0777169;REFB=0;REVB=-0.025497;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000832352;OID=.;OPOS=159912418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr5 160097496 . A G 1062.27 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00703095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.05;QD=59.8464;RBI=0.0271693;REFB=0;REVB=0.0262438;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69409e-05;OID=.;OPOS=160097496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:46:25:0:0:46:25:0:0 chr5 160097632 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.347;QD=63.2867;RBI=0.0261322;REFB=0;REVB=-0.00988585;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61207e-05;OID=.;OPOS=160097632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr5 160716376 . CTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTC 123.32 PASS AF=0.45,0;AO=21,3;DP=61;FAO=27,0;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=15,0;FSAR=12,0;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0421507,0.0861219;FXX=0.0163908;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=11.8817,13.8821;QD=8.22112;RBI=0.112605,0.168414;REFB=-0.00147306,-0.0459325;REVB=0.104419,-0.144729;RO=23;SAF=12,1;SAR=9,2;SRF=18;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.207598,-0.476965;STB=0.562693,0.5;STBP=0.424,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0231095,-0.00502084;OID=.,.;OPOS=160716377,160716383;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45,0:21,3:61:27,0:60:33:15,0:12,0:22:11:99:23:12,1:9,2:18:5 chr5 160716397 . ATTTTTTTTTT ATTTTTTTT,ATTTTTTTTT,ATTTTTTTTTC,TATTTTTTTTT 251.67 PASS AF=0.0294118,0.764706,0.102941,0;AO=9,21,4,3;DP=66;FAO=2,52,7,0;FDP=68;FR=.;FRO=7;FSAF=2,29,4,0;FSAR=0,23,3,0;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0464748,-0.073155,0.049156,-0.0263439;FXX=0;HRUN=10,10,10,1;LEN=2,1,1,2;MLLD=9.21012,6.45946,13.8204,172.063;QD=14.8043;RBI=0.071736,0.119349,0.0874165,0.0363181;REFB=-0.0359174,-0.0508172,-0.0714202,-0.00100691;REVB=0.0546457,0.0943005,0.0722865,-0.025;RO=17;SAF=6,14,2,0;SAR=3,7,2,3;SRF=6;SRR=11;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.330452,0.254735,0.169523,-0.562485;STB=0.994469,0.515465,0.571224,0.5;STBP=0.176,0.487,0.677,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=0.0509776,0.022122,-0.02126,0;OID=.,.,.,.;OPOS=160716398,160716398,160716407,160716397;OREF=TT,T,T,AT;OALT=-,-,C,TA;OMAPALT=ATTTTTTTT,ATTTTTTTTT,ATTTTTTTTTC,TATTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:29:66:68:17:7:9,21,4,3:2,52,7,0:0.0294118,0.764706,0.102941,0:3,7,2,3:6,14,2,0:6:11:0,23,3,0:2,29,4,0:3:4 chr5 161114522 . T C 435.68 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0205261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.122;QD=18.5395;RBI=0.021004;REFB=-0.00658887;REVB=-0.00445491;RO=50;SAF=31;SAR=13;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333848;STB=0.68643;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0068276;OID=.;OPOS=161114522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:13:31:18:32:13:31:18:32 chr5 161119071 . G T 1643.11 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00918726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8705;QD=59.2111;RBI=0.00948316;REFB=-0.0390765;REVB=-0.00235043;RO=1;SAF=54;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840219;STB=0.504424;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000316178;OID=.;OPOS=161119071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:56:54:0:1:56:54:0:1 chr5 161119125 . C G 1692.01 PASS AF=0.974359;AO=113;DP=116;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.026864;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1467;QD=57.8464;RBI=0.0274905;REFB=-0.0334948;REVB=0.00583572;RO=2;SAF=47;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01417;STB=0.502308;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00159831;OID=.;OPOS=161119125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:117:2:3:113:114:0.974359:66:47:0:2:66:48:1:2 chr5 161128761 . C G 1080.45 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0582037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5922;QD=60.0248;RBI=0.0666641;REFB=0;REVB=-0.0325028;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000755456;OID=.;OPOS=161128761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr5 161128914 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00752146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.856;QD=63.583;RBI=0.00762827;REFB=0;REVB=0.00127209;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4821e-05;OID=.;OPOS=161128914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr5 161281245 . T C 498.22 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=45;FWDB=0.0110378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.685;QD=16.7468;RBI=0.0112951;REFB=-0.00680576;REVB=-0.00239695;RO=64;SAF=29;SAR=25;SRF=20;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216759;STB=0.623612;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00783426;OID=.;OPOS=161281245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:64:65:54:54:0.453782:25:29:20:44:25:29:20:45 chr5 161325934 . A C 1105.32 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364429;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.796;QD=60.5657;RBI=0.0511639;REFB=0;REVB=0.0359118;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2565e-05;OID=.;OPOS=161325934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr5 161495057 . G C 245.26 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0273177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2066;QD=17.8372;RBI=0.0275229;REFB=-0.0404583;REVB=-0.00335418;RO=28;SAF=24;SAR=3;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463638;STB=0.766226;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0298624;OID=.;OPOS=161495057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:3:24:15:13:3:24:15:13 chr5 161528280 . C T 1080.19 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.005226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.717;QD=60.0106;RBI=0.00593299;REFB=0;REVB=-0.0028088;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19574e-05;OID=.;OPOS=161528280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:36:35:0:0:37:35:0:0 chr5 161582493 . CAT C 236.76 PASS AF=0.337209;AO=26;DP=90;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0126835;FXX=0.0444395;HRUN=1;LEN=2;MLLD=247.827;QD=11.0119;RBI=0.0164121;REFB=0.000692124;REVB=0.0104156;RO=58;SAF=7;SAR=19;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269019;STB=0.642941;STBP=0.069;TYPE=del;VARB=-0.000997542;OID=.;OPOS=161582494;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.337209:26:90:29:86:57:8:21:27:30:99:58:7:19:28:30 chr5 161904930 . A G 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.013422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.584;QD=18.8866;RBI=0.0366092;REFB=-0.0546318;REVB=-0.0340599;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128939;STB=0.574292;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0276071;OID=.;OPOS=161904930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:4:1:3:5:4:1 chr5 162210532 . A G 222.0 PASS AF=0.448276;AO=24;DP=56;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0124135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.482;QD=15.3105;RBI=0.0206798;REFB=-0.00980951;REVB=0.0165396;RO=32;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105096;STB=0.525587;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0101168;OID=.;OPOS=162210532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:32:32:24:26:0.448276:13:11:15:17:15:11:15:17 chr5 162870726 . C G 545.92 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0194608;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.712;QD=23.2305;RBI=0.0214095;REFB=0.0108321;REVB=-0.00892415;RO=43;SAF=21;SAR=30;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453835;STB=0.524958;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.0102911;OID=.;OPOS=162870726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:43:43:51:51:0.542553:30:21:20:23:30:21:20:23 chr5 162884088 . TAAAAAAAAAAC TAAAAAAAAAC,TAAAAAAAAACA,TAAAAAAAACAC 163.71 PASS AF=0.272727,0.5,0.227273;AO=6,2,2;DP=26;FAO=6,11,5;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4,2,5;FSAR=2,9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.380368,0.198571,0.0214131;FXX=0.153787;HRUN=10,10,10;LEN=1,2,1;MLLD=5.30571,17.5437,147.693;QD=29.7648;RBI=0.462382,0.200153,0.0327482;REFB=-0.186901,-0.153455,-0.0224474;REVB=-0.262901,0.0251098,-0.0247774;RO=3;SAF=2,1,2;SAR=4,1,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.365022,-0.473628,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.117249,-0.0175024,0.128603;OID=.,.,.;OPOS=162884089,162884098,162884097;OREF=A,AC,A;OALT=-,CA,C;OMAPALT=TAAAAAAAAAC,TAAAAAAAAACA,TAAAAAAAACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.272727,0.5,0.227273:6,2,2:26:6,11,5:22:0:4,2,5:2,9,0:0:0:35:3:2,1,2:4,1,0:3:0 chr5 162890953 . G A 1246.08 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0095199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.872;QD=61.5347;RBI=0.0138083;REFB=0;REVB=-0.010002;RO=0;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.17604e-05;OID=.;OPOS=162890953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:49:31:0:0:50:31:0:0 chr5 162902516 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.208;QD=57.1059;RBI=0.0208871;REFB=0;REVB=0.00943426;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56041e-05;OID=.;OPOS=162902516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr5 167553854 . G A 100.76 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=71;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0317259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.525;QD=5.67642;RBI=0.0361385;REFB=-0.00653661;REVB=-0.0173049;RO=55;SAF=6;SAR=10;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210335;STB=0.631415;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0168804;OID=.;OPOS=167553854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:55:55:16:16:0.225352:10:6:30:25:10:6:30:25 chr5 167645888 . T C 1557.01 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1589;QD=63.5516;RBI=0.0204945;REFB=0;REVB=-0.0160727;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012884;OID=.;OPOS=167645888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:48:48:0:0:48:50:0:0 chr5 167674151 . C T 341.64 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00408225;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=83.9815;QD=23.5612;RBI=0.00810931;REFB=-6.59954e-05;REVB=0.00700687;RO=21;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769907;STB=0.527934;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00087934;OID=.;OPOS=167674151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:21:24:34:34:0.586207:15:19:14:7:15:19:15:9 chr5 167674370 . C T 252.24 PASS AF=0.361446;AO=29;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.00834463;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.887;QD=12.156;RBI=0.00991253;REFB=-0.00837114;REVB=0.00535028;RO=54;SAF=13;SAR=16;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222227;STB=0.619083;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0176921;OID=.;OPOS=167674370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:54:53:29:30:0.361446:16:13:35:19:17:13:33:20 chr5 167850748 . A G 2718.43 PASS AF=0.994318;AO=171;DP=172;FAO=175;FDP=176;FR=.;FRO=1;FSAF=109;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0424657;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.183;QD=61.7825;RBI=0.045859;REFB=-0.0174245;REVB=0.0173122;RO=1;SAF=106;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726603;STB=0.503759;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=7.32239e-05;OID=.;OPOS=167850748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:172:176:1:1:171:175:0.994318:65:106:0:1:66:109:0:1 chr5 167855129 . C T 976.59 PASS AF=0.521978;AO=95;DP=182;FAO=95;FDP=182;FR=.;FRO=87;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.0116276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.454;QD=21.4635;RBI=0.0244286;REFB=-0.0323072;REVB=-0.0214838;RO=86;SAF=50;SAR=45;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631407;STB=0.537254;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0322581;OID=.;OPOS=167855129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:86:87:95:95:0.521978:45:50:39:47:45:50:39:48 chr5 167868779 . A G 603.97 PASS AF=0.574257;AO=58;DP=101;FAO=58;FDP=101;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0735932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.085;QD=23.9195;RBI=0.0737075;REFB=-0.0276728;REVB=0.00410326;RO=43;SAF=25;SAR=33;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993855;STB=0.554318;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.011861;OID=.;OPOS=167868779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:43:43:58:58:0.574257:33:25:24:19:33:25:24:19 chr5 167868809 . C T 399.49 PASS AF=0.526316;AO=39;DP=75;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0817042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.31;QD=21.0258;RBI=0.081721;REFB=-0.00691841;REVB=-0.00166006;RO=36;SAF=13;SAR=26;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152806;STB=0.574547;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0049726;OID=.;OPOS=167868809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:36:36:39:40:0.526316:26:13:18:18:26:14:18:18 chr5 167913510 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0071723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.805;QD=13.4559;RBI=0.0135781;REFB=-0.00932002;REVB=0.0115292;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829035;STB=0.562392;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00742811;OID=.;OPOS=167913510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:4:7:10:4:4:7:11:4 chr5 167943827 . G A 410.61 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0232042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.595;QD=14.6647;RBI=0.0239023;REFB=-0.00615978;REVB=-0.00573439;RO=65;SAF=24;SAR=23;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128369;STB=0.507221;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00757753;OID=.;OPOS=167943827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:65:65:47:47:0.419643:23:24:34:31:23:24:34:31 chr5 167957055 . G A 303.29 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0155688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.546;QD=25.8121;RBI=0.0156975;REFB=-0.0135166;REVB=-0.00200566;RO=20;SAF=1;SAR=26;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505065;STB=0.791567;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0179885;OID=.;OPOS=167957055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:26:1:5:15:26:1:5:15 chr5 168093522 . G A 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00516225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.953;QD=20.5464;RBI=0.0215855;REFB=-0.0208787;REVB=0.0209592;RO=21;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174248;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0259197;OID=.;OPOS=168093522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:22:22:0.5:9:13:12:9:9:13:13:9 chr5 168098463 . A G 952.22 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.715;QD=58.5979;RBI=0.0108778;REFB=0;REVB=-0.00455248;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73529e-06;OID=.;OPOS=168098463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr5 168176517 . A G 879.48 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223279;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4095;QD=57.6707;RBI=0.0462401;REFB=0;REVB=-0.0404921;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132738;OID=.;OPOS=168176517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr5 168180081 . C T 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00742993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.445;QD=13.7264;RBI=0.0240442;REFB=-0.0122667;REVB=0.0228674;RO=36;SAF=11;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119127;STB=0.568008;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0220343;OID=.;OPOS=168180081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:14:11:20:16:14:11:20:16 chr5 168212950 . GA G,GG 472.58 PASS AF=0.030303,0.969697;AO=4,29;DP=33;FAO=1,32;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0943383,0.210336;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.6375,82.3412;QD=57.2821;RBI=0.0959695,0.21066;REFB=0,0;REVB=0.0176192,0.0116731;RO=0;SAF=4,19;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.01119,0.00207861;OID=.,.;OPOS=168212951,168212951;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.030303,0.969697:4,29:33:1,32:33:0:1,22:0,10:0:0:4:0:4,19:0,10:0:0 chr5 168250350 . C G 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0657869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.995;QD=17.8402;RBI=0.0659898;REFB=-0.0103052;REVB=0.00517192;RO=14;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163346;STB=0.594448;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0123291;OID=.;OPOS=168250350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:11:3:5:9:11:3:5:9 chr5 168671698 . A T 498.12 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0152448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.11;QD=16.7435;RBI=0.0246029;REFB=0.0161538;REVB=-0.0193105;RO=64;SAF=20;SAR=34;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129955;STB=0.577165;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.0265354;OID=.;OPOS=168671698;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:64:65:54:54:0.453782:34:20:32:32:34:20:33:32 chr5 168678399 . G A 75.85 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.00170286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.552;QD=4.46185;RBI=0.00401422;REFB=-0.00134112;REVB=0.00363513;RO=55;SAF=6;SAR=7;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547129;STB=0.535415;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0056412;OID=.;OPOS=168678399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:55:55:13:13:0.191176:7:6:23:32:7:6:23:32 chr5 168690612 . A G 4149.09 PASS AF=1;AO=264;DP=264;FAO=267;FDP=267;FR=.;FRO=0;FSAF=150;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.129;QD=62.1587;RBI=0.0120778;REFB=0;REVB=-0.00389118;RO=0;SAF=147;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000751036;OID=.;OPOS=168690612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:264:267:0:0:264:267:1:117:147:0:0:117:150:0:0 chr5 168690635 . C T 1181.87 PASS AF=0.495833;AO=116;DP=236;FAO=119;FDP=240;FR=.;FRO=121;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=71;FSRR=50;FWDB=0.0300454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9496;QD=19.6978;RBI=0.0302687;REFB=-0.0244855;REVB=-0.00367038;RO=120;SAF=64;SAR=52;SRF=70;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296625;STB=0.516464;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.020766;OID=.;OPOS=168690635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:240:120:121:116:119:0.495833:52:64:70:50:53:66:71:50 chr5 169021610 . C T 994.97 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575323;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.174;QD=59.4013;RBI=0.0947663;REFB=0;REVB=0.0945915;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026004;OID=.;OPOS=169021610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:67:0:0:60:67:1:29:31:0:0:35:32:0:0 chr5 169028481 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00209411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.827;QD=58.0607;RBI=0.0463504;REFB=0;REVB=0.0463031;RO=0;SAF=43;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134128;OID=.;OPOS=169028481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:18:43:0:0:18:43:0:0 chr5 169031150 . T C 2178.43 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00418486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.825;QD=63.1429;RBI=0.0238504;REFB=0;REVB=0.0234804;RO=0;SAF=73;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09476e-05;OID=.;OPOS=169031150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:137:138:1:64:73:0:0:64:74:0:0 chr5 169129422 . A G 842.54 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0152641;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.506;QD=54.3576;RBI=0.0170548;REFB=-0.0117166;REVB=0.00760748;RO=2;SAF=30;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10185e-05;OID=.;OPOS=169129422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:2:2:60:60:0.967742:30:30:1:1:30:30:1:1 chr5 169310213 . A C 400.22 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=18;FWDB=0.0079875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.258;QD=14.5536;RBI=0.0289852;REFB=0.00497674;REVB=0.0278629;RO=63;SAF=24;SAR=22;SRF=46;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218453;STB=0.615953;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00679491;OID=.;OPOS=169310213;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:64:46:46:0.418182:22:24:46:17:22:24:46:18 chr5 169435713 . A C 622.21 PASS AF=0.467153;AO=64;DP=137;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=-0.000854305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.559;QD=18.1666;RBI=0.0202407;REFB=-0.0196213;REVB=-0.0202226;RO=73;SAF=32;SAR=32;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855598;STB=0.547431;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0286783;OID=.;OPOS=169435713;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:73:73:64:64:0.467153:32:32:43:30:32:32:43:30 chr5 169454941 . C G 214.31 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.000807693;FXX=0.0410903;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5962;QD=12.246;RBI=0.0565257;REFB=0.0185848;REVB=-0.05652;RO=44;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21372;STB=0.622469;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0139335;OID=.;OPOS=169454941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:12:14:15:29:12:14:15:29 chr5 169461547 . C T 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00212868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6649;QD=19.0782;RBI=0.0142349;REFB=-0.00862272;REVB=-0.0140749;RO=31;SAF=20;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127961;STB=0.571383;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0140722;OID=.;OPOS=169461547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:12:20:15:16:12:20:15:16 chr5 169510392 . G A 404.02 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00519974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2422;QD=19.4707;RBI=0.00548197;REFB=-0.000831729;REVB=-0.00173626;RO=41;SAF=17;SAR=24;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132268;STB=0.579466;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.000809906;OID=.;OPOS=169510392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:42:41:41:0.493976:24:17:23:18:24:17:24:18 chr5 169533240 . G A 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.401;QD=52.6066;RBI=0.0256813;REFB=0;REVB=0.017627;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270178;OID=.;OPOS=169533240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr5 169535522 . T C 1478.03 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0112104;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.95;QD=58.536;RBI=0.0159109;REFB=0.00995809;REVB=-0.0112909;RO=0;SAF=36;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-6.79875e-05;OID=.;OPOS=169535522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:101:0:1:100:100:0.990099:64:36:0:0:64:36:0:1 chr5 169661994 . G C 613.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00875988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.504;QD=61.3293;RBI=0.00876487;REFB=0;REVB=0.000295805;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14021e-05;OID=.;OPOS=169661994;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr5 169685163 . C T 1325.24 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00231561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.313;QD=60.9306;RBI=0.0349582;REFB=-0.0426216;REVB=0.0348814;RO=0;SAF=63;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76073e-08;STB=0.503936;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000132545;OID=.;OPOS=169685163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:87:0:1:85:86:0.988506:22:63:0:0:23:63:1:0 chr5 169693858 . G A 521.62 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.00576195;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.517;QD=23.4435;RBI=0.0197872;REFB=-0.0198794;REVB=-0.0189296;RO=40;SAF=27;SAR=22;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14669;STB=0.580279;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0169193;OID=.;OPOS=169693858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:40:49:49:0.550562:22:27:29:11:22:27:29:11 chr5 169715038 . A G 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1997;QD=57.7113;RBI=0.0381504;REFB=0;REVB=0.0222164;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.51857e-05;OID=.;OPOS=169715038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr5 169805956 . C G 153.53 PASS AF=0.571429;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00697915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.433;QD=21.9323;RBI=0.0084525;REFB=-0.0259059;REVB=-0.00476825;RO=11;SAF=4;SAR=11;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00578055;STB=0.545395;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0196458;OID=.;OPOS=169805956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:11:12:15:16:0.571429:11:4:3:8:12:4:4:8 chr5 169810796 . C T 371.35 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.151001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9279;QD=20.0729;RBI=0.152965;REFB=-0.0329225;REVB=0.0244301;RO=36;SAF=20;SAR=18;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231038;STB=0.512814;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0421797;OID=.;OPOS=169810796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:18:20:18:18:18:20:18:18 chr5 169910084 . G T 582.75 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0179783;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.4456;QD=58.2748;RBI=0.0264417;REFB=-0.186832;REVB=-0.0193893;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240334;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.005881;OID=.;OPOS=169910084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:19:20:0:1:19:20:0:1 chr5 170240990 . TAAAAAC ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC 1465.97 PASS AF=0,0,0,0.963731,0.0362694;AO=27,40,29,47,11;DP=192;FAO=0,0,0,186,7;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,108,0;FSAR=0,0,0,78,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.266384,-0.698416,-0.0337684,0.647854,0.0156435;FXX=0.0102559;HRUN=1,2,5,5,5;LEN=2,1,2,1,1;MLLD=6.37873,11.0698,5.77864,9.45182,150.346;QD=30.3829;RBI=0.420224,0.698471,0.0411331,0.650621,0.0500088;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.325003,0.00873209,-0.0234866,-0.0599471,-0.0474991;RO=27;SAF=0,40,28,9,0;SAR=27,0,1,38,11;SRF=24;SRR=3;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.881901,0.844672,0.317702,-0.498452,-0.85577;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,ins,mnp,del,snp;VARB=0,0,0,-0.00772678,0.0711603;OID=.,.,.,.,.;OPOS=170240990,170240997,170240995,170240991,170240992;OREF=TA,-,AC,A,A;OALT=AT,A,CA,-,T;OMAPALT=ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 4/5:10:192:193:27:0:27,40,29,47,11:0,0,0,186,7:0,0,0,0.963731,0.0362694:27,0,1,38,11:0,40,28,9,0:24:3:0,0,0,78,7:0,0,0,108,0:0:0 chr5 170294132 . G A 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00228173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.291;QD=16.7312;RBI=0.00254932;REFB=-0.00752626;REVB=-0.00113699;RO=36;SAF=10;SAR=21;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153053;STB=0.586292;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0105251;OID=.;OPOS=170294132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:21:10:17:19:21:10:17:19 chr5 170395512 . A T 489.5 PASS AF=0.425197;AO=54;DP=128;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=0.0299252;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.58;QD=15.4173;RBI=0.0322833;REFB=-0.021905;REVB=0.0121116;RO=73;SAF=27;SAR=27;SRF=26;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147815;STB=0.582647;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0204333;OID=.;OPOS=170395512;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:73:73:54:54:0.425197:27:27:26:47:27:27:26:47 chr5 170597190 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00329636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.77;QD=12.9748;RBI=0.0156418;REFB=-0.00533928;REVB=-0.0152905;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113436;STB=0.566558;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00634116;OID=.;OPOS=170597190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:7:11:6:6:7:11 chr5 170632770 . G T 80.48 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0150299;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3684;QD=14.6335;RBI=0.0192053;REFB=0.0147786;REVB=0.0119559;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160312;STB=0.509415;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00562611;OID=.;OPOS=170632770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:23:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:7:5:4:6:7:5 chr5 170883734 . G A 853.1 PASS AF=0.541935;AO=84;DP=155;FAO=84;FDP=155;FR=.;FRO=71;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.0328163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.74;QD=22.0154;RBI=0.0330626;REFB=-0.0020975;REVB=-0.00402822;RO=71;SAF=48;SAR=36;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00687469;STB=0.503758;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00162636;OID=.;OPOS=170883734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:71:71:84:84:0.541935:36:48:40:31:36:48:40:31 chr5 171341332 . C T 117.6 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0242884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.022;QD=7.58716;RBI=0.03951;REFB=-0.00778976;REVB=-0.0311627;RO=45;SAF=7;SAR=10;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119471;STB=0.572433;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0132735;OID=.;OPOS=171341332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:45:17:17:0.274194:10:7:23:22:10:7:23:22 chr5 171481606 . A G 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=-0.0231391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.627;QD=12.5624;RBI=0.028007;REFB=-0.0194986;REVB=-0.015779;RO=35;SAF=11;SAR=11;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293158;STB=0.666532;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0390196;OID=.;OPOS=171481606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:11:11:27:8:11:11:27:8 chr5 171523436 . G A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00323734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.492;QD=10.2403;RBI=0.00878414;REFB=-0.0127443;REVB=-0.00816582;RO=19;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144092;STB=0.587603;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0204186;OID=.;OPOS=171523436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:3:7:11:8:3:7:11:8 chr5 171533629 . A G 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.864;QD=60.204;RBI=0.00903262;REFB=0;REVB=0.0014843;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56983e-05;OID=.;OPOS=171533629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr5 171533656 . C T 1682.08 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184675;FXX=0.0176975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.424;QD=60.6155;RBI=0.0202174;REFB=0;REVB=0.00822764;RO=0;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3632e-06;OID=.;OPOS=171533656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:111:0:0:111:111:1:54:57:0:0:54:57:0:0 chr5 171636926 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00695121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.665;QD=60.9786;RBI=0.0215913;REFB=0;REVB=0.0204418;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01947e-05;OID=.;OPOS=171636926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr5 171639000 . C T 289.29 PASS AF=0.342593;AO=37;DP=108;FAO=37;FDP=108;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.0013339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.57;QD=10.7144;RBI=0.0119573;REFB=0.00317866;REVB=-0.0118827;RO=70;SAF=16;SAR=21;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188406;STB=0.612397;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.0112914;OID=.;OPOS=171639000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:70:71:37:37:0.342593:21:16:42:28:21:16:43:28 chr5 171766115 . T C 522.45 PASS AF=0.389262;AO=58;DP=149;FAO=58;FDP=149;FR=.;FRO=91;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=-0.0243987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.453;QD=14.0256;RBI=0.0267812;REFB=0.00150872;REVB=0.0110425;RO=91;SAF=23;SAR=35;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142676;STB=0.580715;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00255699;OID=.;OPOS=171766115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:91:91:58:58:0.389262:35:23:48:43:35:23:48:43 chr5 171849471 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=29;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.673;QD=60.9777;RBI=0.050464;REFB=0;REVB=0.0473286;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416439;OID=.;OPOS=171849471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:29:39:1:15:14:0:0:15:24:0:0 chr5 172113224 . G A 330.84 PASS AF=0.255319;AO=47;DP=184;FAO=48;FDP=188;FR=.;FRO=140;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=68;FSRR=72;FWDB=-0.0154265;FXX=0.0105258;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2386;QD=7.0392;RBI=0.0266703;REFB=-0.0161124;REVB=-0.0217561;RO=137;SAF=18;SAR=29;SRF=67;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134268;STB=0.584204;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.049407;OID=.;OPOS=172113224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:188:137:140:47:48:0.255319:29:18:67:70:30:18:68:72 chr5 172196711 . G T 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.36;QD=64.1501;RBI=0.0658993;REFB=0;REVB=0.0405277;RO=0;SAF=6;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253746;OID=.;OPOS=172196711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:43:6:0:0:43:6:0:0 chr5 172294194 . G T 1026.26 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00307485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.022;QD=59.4935;RBI=0.0148956;REFB=0;REVB=0.0145748;RO=0;SAF=48;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21544e-05;OID=.;OPOS=172294194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:21:48:0:0:21:48:0:0 chr5 172381973 . A AGGT 986.43 PASS AF=0.909091;AO=70;DP=79;FAO=70;FDP=77;FR=.;FRO=7;FSAF=48;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00386764;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=3;MLLD=247.798;QD=51.243;RBI=0.00386782;REFB=-0.0108416;REVB=-3.7445e-05;RO=7;SAF=48;SAR=22;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022495;STB=0.511942;STBP=0.528;TYPE=ins;VARB=0.00116154;OID=.;OPOS=172381974;OREF=-;OALT=GGT;OMAPALT=AGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091:70:79:70:77:7:48:22:4:3:28:7:48:22:4:3 chr5 172447762 . G A 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00486425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.342;QD=57.1743;RBI=0.0268284;REFB=0;REVB=-0.0263837;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.31116e-05;OID=.;OPOS=172447762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr5 172561753 . G A,GA 32.39 PASS AF=0.1,0.2;AO=2,3;DP=30;FAO=2,4;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2,2;FSAR=0,2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00700533,0.0627083;FXX=0.285612;HRUN=1,8;LEN=1,1;MLLD=199.298,9.96351;QD=6.47712;RBI=0.0121048,0.0630106;REFB=0.00452085,-0.00352752;REVB=0.00987181,0.00616384;RO=24;SAF=2,1;SAR=0,2;SRF=17;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.411833,-0.391192;STB=0.994416,0.5;STBP=0.162,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00889317,0.0656937;OID=.,.;OPOS=172561753,172561754;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:30:20:24:14:2,3:2,4:0.1,0.2:0,2:2,1:17:7:0,2:2,2:7:7 chr5 172561762 . GA AA,AG 66.06 PASS AF=0.264706,0;AO=4,3;DP=32;FAO=9,0;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=8,0;FSAR=1,0;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0191437,0.013065;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=183.792,46.5936;QD=7.77147;RBI=0.0196745,0.068933;REFB=0.000625366,0.030393;REVB=-0.00453943,0.0676836;RO=18;SAF=3,3;SAR=1,0;SRF=6;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.449394,0.671112;STB=0.847616,0.5;STBP=0.038,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000257223,0.0925031;OID=.,.;OPOS=172561762,172561762;OREF=G,GA;OALT=A,AG;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:32:34:18:25:4,3:9,0:0.264706,0:1,0:3,3:6:12:1,0:8,0:12:13 chr5 172631051 . T G 476.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.0516;QD=57.8142;RBI=0.0642451;REFB=0;REVB=0.0316682;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168975;OID=.;OPOS=172631051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:19:12:0:0:19:14:0:0 chr5 172660522 . AT A,AA,TA 335.81 PASS AF=1,0,0;AO=7,5,2;DP=37;FAO=32,0,0;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,0;FSAR=30,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243845,-0.0206364,-0.42956;FXX=0.157853;HRUN=1,1,14;LEN=1,1,2;MLLD=172.259,170.316,12.834;QD=41.9765;RBI=0.0648764,0.0641895,0.762007;REFB=0,0,0;REVB=0.0601194,0.0607819,0.62939;RO=23;SAF=0,1,0;SAR=7,4,2;SRF=3;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.644719,0.148012,-0.373398;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0730439,0.0446343,0;OID=.,.,.;OPOS=172660523,172660523,172660522;OREF=T,T,AT;OALT=-,A,TA;OMAPALT=A,AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:32:23:0:7,5,2:32,0,0:1,0,0:7,4,2:0,1,0:3:20:30,0,0:2,0,0:0:0 chr5 172660526 . AT A,AA 427.9 PASS AF=0.4375,0.5625;AO=8,21;DP=34;FAO=14,18;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=1,1;FSAR=13,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00121098,0.000154354;FXX=0.157853;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=238.017,237.766;QD=53.4872;RBI=0.0166862,0.0171784;REFB=0,0;REVB=0.0166422,0.0171777;RO=4;SAF=1,2;SAR=7,19;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.141787,-0.117045;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00142176,0.000488762;OID=.,.;OPOS=172660527,172660527;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.4375,0.5625:8,21:34:14,18:32:0:1,1:13,17:0:0:21:4:1,2:7,19:1:3 chr5 172662024 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00689335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.795;QD=44.6898;RBI=0.0723727;REFB=0;REVB=0.0720436;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527969;OID=.;OPOS=172662024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr5 172681229 . G A 319.11 PASS AF=0.382979;AO=35;DP=93;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00774712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3342;QD=13.579;RBI=0.0426665;REFB=0.00553592;REVB=-0.0419573;RO=58;SAF=22;SAR=13;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19805;STB=0.600894;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00903332;OID=.;OPOS=172681229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:58:58:35:36:0.382979:13:22:26:32:14:22:26:32 chr5 172750436 . G A 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0166812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7273;QD=11.9167;RBI=0.0177239;REFB=0.00540655;REVB=-0.00598951;RO=37;SAF=9;SAR=13;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255129;STB=0.64693;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00576961;OID=.;OPOS=172750436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:13:9:24:13:13:9:24:13 chr5 172752929 . C T 339.06 PASS AF=0.295302;AO=44;DP=148;FAO=44;FDP=149;FR=.;FRO=105;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=-0.0159604;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.756;QD=9.10229;RBI=0.0162508;REFB=-0.00687914;REVB=0.00305866;RO=103;SAF=24;SAR=20;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834413;STB=0.548758;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0168913;OID=.;OPOS=172752929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:103:105:44:44:0.295302:20:24:49:54:20:24:50:55 chr5 173383061 . G A 451.84 PASS AF=0.320442;AO=58;DP=181;FAO=58;FDP=181;FR=.;FRO=123;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=62;FSRR=61;FWDB=-0.0252012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.455;QD=9.98551;RBI=0.0257546;REFB=-0.0107005;REVB=0.00531022;RO=122;SAF=23;SAR=35;SRF=61;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122934;STB=0.573966;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0211708;OID=.;OPOS=173383061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:122:123:58:58:0.320442:35:23:61:61:35:23:62:61 chr5 173383859 . G A 310.57 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.019168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.135;QD=16.3455;RBI=0.0824097;REFB=0.0102894;REVB=-0.0801495;RO=42;SAF=15;SAR=19;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581115;STB=0.532691;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.0197137;OID=.;OPOS=173383859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:19:15:21:21:19:15:21:21 chr5 173385886 . GA G,GG 69.95 PASS AF=0.257426,0.039604;AO=32,5;DP=102;FAO=26,4;FDP=101;FR=.;FRO=71;FSAF=10,0;FSAR=16,4;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.0612158,-0.0265307;FXX=0.00980296;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.63612,25.9325;QD=2.77032;RBI=0.139828,0.0850831;REFB=-0.119046,-0.067853;REVB=0.125716,0.080841;RO=60;SAF=14,1;SAR=18,4;SRF=20;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.122099,-0.170316;STB=0.514323,0.996751;STBP=0.879,0.066;TYPE=del,snp;VARB=0.161943,0.0999483;OID=.,.;OPOS=173385887,173385887;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257426,0.039604:32,5:102:26,4:101:71:10,0:16,4:26:45:56:60:14,1:18,4:20:40 chr5 173534448 . G A 515.39 PASS AF=0.448;AO=56;DP=125;FAO=56;FDP=125;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=46;FWDB=0.000142742;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.403;QD=16.4926;RBI=0.00775356;REFB=-0.00637433;REVB=0.00775224;RO=68;SAF=27;SAR=29;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157769;STB=0.582705;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0077779;OID=.;OPOS=173534448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:68:69:56:56:0.448:29:27:22:46:29:27:23:46 chr5 173534801 . CTT C 367.9 PASS AF=0.51;AO=49;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.00641094;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=42.9467;QD=14.7159;RBI=0.00641295;REFB=0.0164533;REVB=-0.000160617;RO=47;SAF=21;SAR=28;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808654;STB=0.542644;STBP=0.421;TYPE=del;VARB=-0.0155857;OID=.;OPOS=173534802;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.51:49:100:51:100:49:22:29:17:32:99:47:21:28:16:31 chr5 174156168 . T C 788.24 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00796318;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.591;QD=57.3266;RBI=0.00899461;REFB=0;REVB=0.0041822;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482837;OID=.;OPOS=174156168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr5 174422374 . C T 577.57 PASS AF=0.508621;AO=59;DP=116;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.00126873;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.719;QD=19.9161;RBI=0.0250039;REFB=-0.0101702;REVB=-0.0249717;RO=55;SAF=33;SAR=26;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15464;STB=0.593012;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.013902;OID=.;OPOS=174422374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:55:57:59:59:0.508621:26:33:21:34:26:33:21:36 chr5 174868840 . T C 1263.45 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.117;QD=61.6318;RBI=0.014713;REFB=0;REVB=0.0098294;RO=0;SAF=51;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39098e-05;OID=.;OPOS=174868840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:31:51:0:0:31:51:0:0 chr5 174869905 . C T 152.26 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00288889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.693;QD=21.0013;RBI=0.0045329;REFB=-0.0287487;REVB=-0.00349307;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030493;STB=0.51722;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0307098;OID=.;OPOS=174869905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:8:8:6:7:8:8:6:7 chr5 174870150 . C T 805.04 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.942;QD=64.4033;RBI=0.00235152;REFB=0;REVB=-0.000950278;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.09038e-06;OID=.;OPOS=174870150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr5 174870196 . C T 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0108886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7078;QD=16.6184;RBI=0.0127797;REFB=-0.00198073;REVB=-0.00669024;RO=28;SAF=15;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471314;STB=0.526779;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00238721;OID=.;OPOS=174870196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:8:15:17:11:8:15:17:11 chr5 175110363 . G A 289.51 PASS AF=0.293233;AO=39;DP=133;FAO=39;FDP=133;FR=.;FRO=94;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.0106265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.889;QD=8.70718;RBI=0.01067;REFB=-0.012344;REVB=0.000961605;RO=94;SAF=20;SAR=19;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00262473;STB=0.501542;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0314765;OID=.;OPOS=175110363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:94:94:39:39:0.293233:19:20:48:46:19:20:48:46 chr5 175307256 . T C 149.08 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.033606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2055;QD=18.635;RBI=0.0369056;REFB=0.00588014;REVB=0.0152532;RO=16;SAF=13;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282245;STB=0.663036;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00656112;OID=.;OPOS=175307256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:3:13:9:7:3:13:9:7 chr5 175307373 . G A 634.69 PASS AF=0.608696;AO=56;DP=92;FAO=56;FDP=92;FR=.;FRO=36;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0334519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6008;QD=27.5953;RBI=0.0392923;REFB=-0.0244143;REVB=0.0206119;RO=35;SAF=38;SAR=18;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105193;STB=0.553063;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0196443;OID=.;OPOS=175307373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:35:36:56:56:0.608696:18:38:19:16:18:38:20:16 chr5 175308022 . A G 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00194879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.501;QD=9.83029;RBI=0.0208559;REFB=-0.00348789;REVB=-0.0207646;RO=26;SAF=2;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462866;STB=0.783797;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00710002;OID=.;OPOS=175308022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:10:2:14:12:10:2:14:12 chr5 175528118 . A G 570.53 PASS AF=0.62963;AO=51;DP=81;FAO=51;FDP=81;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0200973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.592;QD=28.1742;RBI=0.0320694;REFB=-0.00716322;REVB=-0.0249909;RO=30;SAF=27;SAR=24;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00267956;STB=0.501457;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00306373;OID=.;OPOS=175528118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:30:30:51:51:0.62963:24:27:16:14:24:27:16:14 chr5 175811094 . C CGT 849.17 PASS AF=0.953125;AO=57;DP=69;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0581423;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=2;MLLD=208.93;QD=53.0733;RBI=0.064325;REFB=-0.0680974;REVB=0.0275169;RO=11;SAF=32;SAR=25;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603113;STB=0.505935;STBP=0.723;TYPE=ins;VARB=0.00307477;OID=.;OPOS=175811095;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.953125:57:69:61:64:3:33:28:2:1:10:11:32:25:4:7 chr5 175953768 . TAAAAAAAAT AAAAAAAAAT,TAAAAAAAT,TAAAAAAATA 68.17 PASS AF=0.0181818,0.490909,0;AO=2,18,2;DP=55;FAO=1,27,0;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=1,17,0;FSAR=0,10,0;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00263977,0.10636,0.0215688;FXX=0;HRUN=2,8,8;LEN=1,1,2;MLLD=30.5644,6.54461,20.7767;QD=4.958;RBI=0.00465439,0.111976,0.0931295;REFB=0.056712,-0.101576,-0.0588626;REVB=-0.0038334,-0.0350161,-0.0905974;RO=28;SAF=2,12,0;SAR=0,6,2;SRF=14;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.46666,0.182115,-0.46666;STB=0.990864,0.594335,0.5;STBP=0.277,0.184,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0487529,0.12029,0;OID=.,.,.;OPOS=175953768,175953769,175953776;OREF=T,A,AT;OALT=A,-,TA;OMAPALT=AAAAAAAAAT,TAAAAAAAT,TAAAAAAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:67:55:55:28:27:2,18,2:1,27,0:0.0181818,0.490909,0:0,6,2:2,12,0:14:14:0,10,0:1,17,0:12:15 chr5 175954702 . C T 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0247172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.902;QD=18.7449;RBI=0.0300792;REFB=-0.0144016;REVB=0.0171412;RO=4;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31972;STB=0.691659;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0024555;OID=.;OPOS=175954702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:1:6:2:2:1:6:2:2 chr5 175955809 . C T 41.13 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0102698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3629;QD=16.4532;RBI=0.128044;REFB=0.0259086;REVB=-0.127631;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248791;STB=0.642482;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.0336886;OID=.;OPOS=175955809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:1:5:4:0:1:5:4:0 chr5 175955814 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.364;QD=39.2065;RBI=0.194819;REFB=0;REVB=0.194355;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00267525;OID=.;OPOS=175955814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr5 175956271 . A C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.541;QD=57.0008;RBI=0.0193366;REFB=0;REVB=-0.002291;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75074e-05;OID=.;OPOS=175956271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr5 175998246 . T C 495.42 PASS AF=0.489796;AO=46;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0155052;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.524;QD=20.2214;RBI=0.022182;REFB=-0.0175729;REVB=0.0158629;RO=50;SAF=23;SAR=23;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562023;STB=0.520043;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00943422;OID=.;OPOS=175998246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:46:48:0.489796:23:23:28:22:23:25:28:22 chr5 176002144 . A C 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.769;QD=62.3481;RBI=0.0985989;REFB=0;REVB=-0.0962034;RO=0;SAF=40;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023905;OID=.;OPOS=176002144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:3:40:0:0:3:40:0:0 chr5 176004476 . T C 235.79 PASS AF=1;AO=15;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9834;QD=49.6403;RBI=0.101804;REFB=0;REVB=0.093749;RO=1;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699995;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190763;OID=.;OPOS=176004476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:1:0:15:19:1:6:9:0:1:9:10:0:0 chr5 176005477 . C T 240.61 PASS AF=0.424242;AO=26;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00281965;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.093;QD=14.5822;RBI=0.0609489;REFB=-0.0119146;REVB=0.0608836;RO=37;SAF=10;SAR=16;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162119;STB=0.577795;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0186018;OID=.;OPOS=176005477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:37:38:26:28:0.424242:16:10:20:17:17:11:20:18 chr5 176011264 . T C 328.28 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00455739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.988;QD=20.8432;RBI=0.00728682;REFB=-0.0311889;REVB=0.00568576;RO=28;SAF=16;SAR=18;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00516447;STB=0.505615;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0155437;OID=.;OPOS=176011264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:29:34:34:0.539683:18:16:13:15:18:16:14:15 chr5 176017455 . C T 375.49 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0262294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.677;QD=18.3168;RBI=0.026795;REFB=-0.0232397;REVB=-0.00547639;RO=43;SAF=17;SAR=22;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497464;STB=0.527763;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0180072;OID=.;OPOS=176017455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:22:17:21:22:22:17:21:22 chr5 176017639 . C A 467.09 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.007754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.988;QD=16.8319;RBI=0.023605;REFB=-0.0270862;REVB=0.0222951;RO=60;SAF=17;SAR=34;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153788;STB=0.585953;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0259733;OID=.;OPOS=176017639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:60:51:51:0.459459:34:17:29:31:34:17:29:31 chr5 176024880 . C T 915.13 PASS AF=0.893333;AO=67;DP=75;FAO=67;FDP=75;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=50;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0203965;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.905;QD=48.8072;RBI=0.0253917;REFB=-0.0477058;REVB=0.0151235;RO=3;SAF=17;SAR=50;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763776;STB=0.580526;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000843902;OID=.;OPOS=176024880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:75:75:3:8:67:67:0.893333:50:17:3:0:50:17:7:1 chr5 176025938 . T C,G 764.57 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=46,2;DP=49;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=35,2;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00650394,-0.0108496;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.285,190.664;QD=62.4138;RBI=0.0277821,0.0468056;REFB=0,0;REVB=0.0270101,0.0455308;RO=0;SAF=35,2;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.31358e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-9.33342e-05,0.0309905;OID=.,.;OPOS=176025938,176025938;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:49:49:0:0:46,2:47,2:0.959184,0.0408163:11,0:35,2:0:0:12,0:35,2:0:0 chr5 176026119 . TCTCAAAGACCCAGGATCCTCCTTC T 48.99 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00665722;FXX=0.119952;HRUN=1;LEN=24;MLLD=441.21;QD=8.90795;RBI=0.00667257;REFB=-5.87511e-05;REVB=-0.000452435;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102163;STB=0.567382;STBP=0.717;TYPE=del;VARB=-3.48766e-06;OID=.;OPOS=176026120;OREF=CTCAAAGACCCAGGATCCTCCTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:7:25:7:22:15:3:4:5:10:48:12:3:4:4:8 chr5 176026146 . C T 89.74 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=41;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0508062;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.852;QD=9.2038;RBI=0.0508632;REFB=-0.0222304;REVB=-0.00240673;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159508;STB=0.650936;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0365692;OID=.;OPOS=176026146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:41:39:26:26:15:13:0.333333:7:8:10:16:5:8:10:16 chr5 176047761 . G A 91.79 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0278168;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.125;QD=30.5952;RBI=0.0289787;REFB=-0.0233814;REVB=-0.00812342;RO=2;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680994;STB=0.538382;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00363395;OID=.;OPOS=176047761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:7:3:1:1:7:3:1:1 chr5 176053622 . G A 182.42 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0143384;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9869;QD=16.2149;RBI=0.0208398;REFB=-0.0174901;REVB=0.015123;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785432;STB=0.544966;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.033963;OID=.;OPOS=176053622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:26:26:19:19:0.422222:11:8:9:17:11:8:9:17 chr5 176069831 . G A 1885.34 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9581;QD=61.312;RBI=0.022681;REFB=0;REVB=-0.00732852;RO=0;SAF=47;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57039e-05;OID=.;OPOS=176069831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:122:123:1:75:47:0:0:75:48:0:0 chr5 176081907 . C T 308.54 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0367632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8036;QD=13.4148;RBI=0.0500892;REFB=0.00379693;REVB=0.0340206;RO=55;SAF=16;SAR=19;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05579;STB=0.542833;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00584734;OID=.;OPOS=176081907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:57:35:35:0.380435:19:16:28:27:19:16:30:27 chr5 176295808 . C T 1124.72 PASS AF=0.511416;AO=112;DP=218;FAO=112;FDP=219;FR=.;FRO=107;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=77;FSRR=30;FWDB=0.0158305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.238;QD=20.5429;RBI=0.0158306;REFB=-0.0123774;REVB=3.49668e-05;RO=106;SAF=57;SAR=55;SRF=76;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186096;STB=0.603339;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.010966;OID=.;OPOS=176295808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:106:107:112:112:0.511416:55:57:76:30:55:57:77:30 chr5 176314459 . G A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.017756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.082;QD=15.7003;RBI=0.0392603;REFB=-0.00906893;REVB=-0.0350157;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248822;STB=0.627739;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00863765;OID=.;OPOS=176314459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:6:9:6:12:6:9:7:12 chr5 176314639 . G A 254.25 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0236647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.377;QD=19.1884;RBI=0.0273011;REFB=-0.0372181;REVB=-0.0136137;RO=25;SAF=21;SAR=6;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282033;STB=0.50602;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.042701;OID=.;OPOS=176314639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:26:27:27:0.509434:6:21:20:5:6:21:20:6 chr5 176334195 . C T 169.18 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0150452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2886;QD=13.0136;RBI=0.0189275;REFB=-0.00967955;REVB=-0.0114845;RO=32;SAF=8;SAR=12;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23617;STB=0.63623;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0157311;OID=.;OPOS=176334195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:12:8:20:12:12:8:20:12 chr5 176378574 . G T 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0117755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.538;QD=25.3158;RBI=0.0161744;REFB=0.00356788;REVB=-0.0110883;RO=13;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218446;STB=0.620579;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00255276;OID=.;OPOS=176378574;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:9:11:11:2:9:11:11:2 chr5 176402401 . G A 371.5 PASS AF=0.481481;AO=37;DP=78;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00574868;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.141;QD=18.3457;RBI=0.0823342;REFB=-0.0114224;REVB=-0.0821333;RO=41;SAF=17;SAR=20;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953171;STB=0.543593;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00999247;OID=.;OPOS=176402401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:41:42:37:39:0.481481:20:17:23:18:20:19:24:18 chr5 176492557 . G A 136.89 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00603142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.601;QD=13.6891;RBI=0.0101078;REFB=-0.00737848;REVB=0.00811107;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264141;STB=0.666433;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0197058;OID=.;OPOS=176492557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:14:14:0.35:9:5:14:9:9:5:15:9 chr5 176516631 . G A 1120.05 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236163;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.011;QD=58.1845;RBI=0.0502198;REFB=-0.00261659;REVB=0.0443204;RO=2;SAF=49;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00829112;STB=0.505049;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=9.46711e-05;OID=.;OPOS=176516631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:2:1:75:76:0.987013:26:49:1:1:27:49:1:0 chr5 176517170 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.952;QD=53.2771;RBI=0.0443013;REFB=0;REVB=0.0201001;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461309;OID=.;OPOS=176517170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr5 176517292 . A G 797.96 PASS AF=1;AO=50;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.559;QD=54.0991;RBI=0.0187818;REFB=0;REVB=0.00444803;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00368284;OID=.;OPOS=176517292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:50:59:1:32:18:0:0:39:20:0:0 chr5 176517326 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.621;QD=57.2377;RBI=0.0324234;REFB=0;REVB=0.0274664;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62571e-05;OID=.;OPOS=176517326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chr5 176517461 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.12;QD=51.1843;RBI=0.0437383;REFB=0;REVB=0.0375478;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103481;OID=.;OPOS=176517461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr5 176517797 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010591;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.829;QD=57.1775;RBI=0.0167609;REFB=0;REVB=0.0129907;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09825e-05;OID=.;OPOS=176517797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr5 176518784 . C T 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00811632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.126;QD=61.5363;RBI=0.00863553;REFB=0;REVB=-0.00294917;RO=0;SAF=27;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43312e-05;OID=.;OPOS=176518784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:54:27:0:0:54:27:0:0 chr5 176519957 . G A 176.47 PASS AF=0.25;AO=25;DP=106;FAO=27;FDP=108;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.021005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.783;QD=6.53598;RBI=0.0405415;REFB=-0.0231422;REVB=0.0346757;RO=81;SAF=12;SAR=13;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941117;STB=0.555363;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.071823;OID=.;OPOS=176519957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:81:81:25:27:0.25:13:12:45:36:14:13:45:36 chr5 176636882 . C T 318.4 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0290557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.356;QD=18.194;RBI=0.0313042;REFB=-0.00232572;REVB=-0.0116499;RO=36;SAF=24;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154061;STB=0.586413;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0028003;OID=.;OPOS=176636882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:10:24:20:16:10:24:20:16 chr5 176637149 . G A 305.89 PASS AF=0.459459;AO=33;DP=73;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0135422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.721;QD=16.5348;RBI=0.0136092;REFB=-0.00211679;REVB=0.00134881;RO=39;SAF=21;SAR=12;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242726;STB=0.646972;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00270221;OID=.;OPOS=176637149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:39:40:33:34:0.459459:12:21:15:24:12:22:15:25 chr5 176637240 . G T 300.56 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0114998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6514;QD=21.4689;RBI=0.0185099;REFB=0.00694726;REVB=0.0145041;RO=26;SAF=17;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882131;STB=0.563111;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.0050318;OID=.;OPOS=176637240;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:25:30:31:0.553571:13:17:12:14:13:18:11:14 chr5 176637576 . T C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.036087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.135;QD=12.0516;RBI=0.0572718;REFB=-0.00199388;REVB=0.0444723;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221924;STB=0.629382;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00999473;OID=.;OPOS=176637576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:11:2:3:6:11:2 chr5 176721198 . T C 225.88 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.001599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.186;QD=13.2873;RBI=0.00436483;REFB=-0.00581961;REVB=-0.0040614;RO=41;SAF=16;SAR=11;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602745;STB=0.534495;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00613303;OID=.;OPOS=176721198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:11:16:22:19:11:16:22:19 chr5 176728400 . G A 277.07 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0643026;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4743;QD=13.3528;RBI=0.0681445;REFB=0.00309363;REVB=0.0225575;RO=51;SAF=7;SAR=25;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206992;STB=0.632524;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00332346;OID=.;OPOS=176728400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:51:51:32:32:0.385542:25:7:19:32:25:7:20:31 chr5 176728458 . G T 306.12 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0385686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.35;QD=15.3057;RBI=0.0391296;REFB=-0.0210545;REVB=-0.00660225;RO=46;SAF=11;SAR=23;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278797;STB=0.515771;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0248413;OID=.;OPOS=176728458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:23:11:16:30:23:11:16:30 chr5 176733116 . A G 240.61 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=-0.00108826;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.842;QD=11.5958;RBI=0.00837262;REFB=-0.0132032;REVB=0.0083016;RO=54;SAF=10;SAR=19;SRF=15;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864144;STB=0.54973;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0167226;OID=.;OPOS=176733116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:54:54:29:29:0.349398:19:10:15:39:19:10:15:39 chr5 176733616 . T C 236.58 PASS AF=0.45;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.0691077;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.705;QD=15.7722;RBI=0.0698666;REFB=-0.0133099;REVB=0.0102698;RO=33;SAF=3;SAR=23;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138977;STB=0.534857;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0155465;OID=.;OPOS=176733616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:33:26:27:0.45:23:3:6:27:23:4:6:27 chr5 176737720 . A G 181.17 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0258572;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.142;QD=15.7542;RBI=0.0261507;REFB=-0.0259628;REVB=0.003907;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1184;STB=0.578864;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0318464;OID=.;OPOS=176737720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:26:27:19:19:0.413043:8:11:12:14:8:11:12:15 chr5 176815124 . T C 584.42 PASS AF=0.406061;AO=67;DP=165;FAO=67;FDP=165;FR=.;FRO=98;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=58;FWDB=-0.00403151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.151;QD=14.1678;RBI=0.0162625;REFB=-0.014717;REVB=-0.0157549;RO=98;SAF=41;SAR=26;SRF=40;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214562;STB=0.620505;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0257189;OID=.;OPOS=176815124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:98:98:67:67:0.406061:26:41:40:58:26:41:40:58 chr5 176831826 . C G 1945.9 PASS AF=0.992188;AO=125;DP=127;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00440593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.836;QD=60.8095;RBI=0.00996645;REFB=-0.0109738;REVB=0.00893969;RO=0;SAF=76;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503225;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=6.10009e-05;OID=.;OPOS=176831826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:128:0:1:125:127:0.992188:49:76:0:0:50:77:1:0 chr5 176836532 . A G 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0209115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.546;QD=18.0733;RBI=0.0210135;REFB=0.00922365;REVB=0.00206832;RO=31;SAF=17;SAR=13;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190649;STB=0.606417;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00904792;OID=.;OPOS=176836532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:13:17:11:20:13:17:11:20 chr5 176882144 . C A 187.25 PASS AF=0.294118;AO=25;DP=85;FAO=25;FDP=85;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0525928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.836;QD=8.8117;RBI=0.0528455;REFB=-0.001546;REVB=0.00516141;RO=56;SAF=13;SAR=12;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184694;STB=0.533055;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0047289;OID=.;OPOS=176882144;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:60:25:25:0.294118:12:13:30:26:12:13:34:26 chr5 176885178 . A G 340.62 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.967;QD=54.4985;RBI=0.0236926;REFB=0;REVB=-0.0105457;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131486;OID=.;OPOS=176885178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr5 176916516 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.863;QD=50.4132;RBI=0.0480701;REFB=0;REVB=0.018402;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080518;OID=.;OPOS=176916516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr5 176917078 . T C 699.05 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0217636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.94;QD=54.8276;RBI=0.0234834;REFB=-0.136438;REVB=-0.00882145;RO=1;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200269;STB=0.510634;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-4.81638e-05;OID=.;OPOS=176917078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:23:27:0:1:23:27:0:1 chr5 176917553 . C T 79.38 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.030509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.43;QD=7.93798;RBI=0.0330352;REFB=-0.0149735;REVB=0.01267;RO=29;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143044;STB=0.588621;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0534144;OID=.;OPOS=176917553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:40:40:29:29:11:11:0.275:7:4:14:15:7:4:14:15 chr5 176930135 . G A 1085.48 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0188104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.259;QD=58.6748;RBI=0.0537739;REFB=-0.110055;REVB=0.0503766;RO=1;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116777;STB=0.506022;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000590346;OID=.;OPOS=176930135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:1:1:72:73:0.986486:40:32:0:1:41:32:0:1 chr5 176930171 . AGAG A 287.02 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.00329595;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=3;MLLD=237.695;QD=12.8996;RBI=0.00565915;REFB=-0.0266222;REVB=0.0046003;RO=54;SAF=15;SAR=18;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518963;STB=0.516519;STBP=0.819;TYPE=del;VARB=0.0435804;OID=.;OPOS=176930172;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.370787:33:92:33:89:56:15:18:24:32:99:54:15:18:22:32 chr5 176936590 . T C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0528347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.171;QD=64.4142;RBI=0.0557927;REFB=0;REVB=-0.0179255;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161484;OID=.;OPOS=176936590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr5 176936650 . T C 494.69 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8527;QD=58.1987;RBI=0.0384103;REFB=0;REVB=-0.0128297;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000721029;OID=.;OPOS=176936650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:16:17:0:0:16:18:0:0 chr5 176936819 . C G 45.69 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0975661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4082;QD=26.1059;RBI=0.0983392;REFB=-0.121008;REVB=-0.0123067;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555378;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0133138;OID=.;OPOS=176936819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:7:0:1:5:6:0.857143:4:1:0:0:4:2:0:1 chr5 176951276 . A G 758.55 PASS AF=1;AO=40;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.557;QD=57.2491;RBI=0.0925683;REFB=0;REVB=0.0836081;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000612637;OID=.;OPOS=176951276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:40:53:1:15:25:0:0:20:33:0:0 chr5 177022652 . A G 665.91 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0441075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.304;QD=57.905;RBI=0.0621132;REFB=-0.0302689;REVB=0.043733;RO=0;SAF=39;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512494;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.015492;OID=.;OPOS=177022652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:0:2:44:44:0.956522:5:39:0:0:5:39:2:0 chr5 177031348 . T C 67.73 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0943084;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.196;QD=12.3147;RBI=0.0945031;REFB=-0.0275832;REVB=-0.00606319;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242158;STB=0.643262;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0334696;OID=.;OPOS=177031348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:9:4:5:4:9:4 chr5 177035964 . T C 1138.57 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223201;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.648;QD=60.7239;RBI=0.0324051;REFB=0;REVB=0.0234927;RO=0;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01735e-06;OID=.;OPOS=177035964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:46:29:0:0:46:29:0:0 chr5 177158620 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.997;QD=35.5759;RBI=0.0191048;REFB=0;REVB=0.00444574;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272562;OID=.;OPOS=177158620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr5 177161891 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9126;QD=35.5759;RBI=0.00196118;REFB=0;REVB=-0.00196118;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158297;OID=.;OPOS=177161891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr5 177180236 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.3663e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.922;QD=60.2046;RBI=0.0250491;REFB=0;REVB=-0.0250491;RO=0;SAF=57;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.69141e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16269e-05;OID=.;OPOS=177180236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:16:57:0:0:16:57:0:0 chr5 177422823 . C T 404.31 PASS AF=0.547945;AO=39;DP=72;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.012601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.036;QD=22.1537;RBI=0.0183098;REFB=-0.0176371;REVB=0.013284;RO=33;SAF=21;SAR=18;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194252;STB=0.504459;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0112096;OID=.;OPOS=177422823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:33:33:39:40:0.547945:18:21:17:16:19:21:17:16 chr5 177422876 . T C 1378.06 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242247;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.139;QD=62.6391;RBI=0.0256633;REFB=0;REVB=-0.0084717;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183802;OID=.;OPOS=177422876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr5 177422908 . A G 336.04 PASS AF=0.455696;AO=35;DP=78;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0247242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.315;QD=17.0147;RBI=0.0281991;REFB=-0.0315301;REVB=-0.0135611;RO=43;SAF=13;SAR=22;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239055;STB=0.507265;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0286176;OID=.;OPOS=177422908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:43:43:35:36:0.455696:22:13:15:28:23:13:15:28 chr5 177547247 . T A,C 1211.66 PASS AF=0.0864198,0.91358;AO=5,75;DP=80;FAO=7,74;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=7,15;FSAR=0,59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166322,-0.025366;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=45.8273,252.768;QD=59.8351;RBI=0.0282081,0.0257123;REFB=0,0;REVB=0.0227831,-0.00420564;RO=0;SAF=5,16;SAR=0,59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0110936,0.000287121;OID=.,.;OPOS=177547247,177547247;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:80:81:0:0:5,75:7,74:0.0864198,0.91358:0,59:5,16:0:0:0,59:7,15:0:0 chr5 177550723 . T C 311.74 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=32;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=0;FWDB=-0.014326;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.587;QD=18.6115;RBI=0.060959;REFB=-0.000614737;REVB=0.0592518;RO=33;SAF=32;SAR=1;SRF=33;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315807;STB=0.673398;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.000907715;OID=.;OPOS=177550723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:33:34:33:33:0.492537:1:32:33:0:1:32:34:0 chr5 177551154 . C T 134.84 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00929819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.415;QD=16.8551;RBI=0.011362;REFB=-0.00414482;REVB=0.00652987;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174048;STB=0.599867;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0117445;OID=.;OPOS=177551154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:6:9:7:10:6:9:7:10 chr5 177551169 . T C 187.94 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0147296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.864;QD=20.3177;RBI=0.02089;REFB=-0.038429;REVB=-0.0148132;RO=18;SAF=13;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261396;STB=0.647934;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0100904;OID=.;OPOS=177551169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:6:13:7:11:6:13:7:11 chr5 177551176 . T C 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0606118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.441;QD=21.2643;RBI=0.0652776;REFB=-0.0230818;REVB=-0.024236;RO=18;SAF=14;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272324;STB=0.653687;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0257151;OID=.;OPOS=177551176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:6:14:7:11:6:14:7:11 chr5 177612734 . T C 2412.24 PASS AF=0.987654;AO=158;DP=161;FAO=160;FDP=162;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0122437;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.04;QD=59.5614;RBI=0.0167829;REFB=-0.10368;REVB=0.0114786;RO=2;SAF=88;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133976;STB=0.506848;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=9.8876e-05;OID=.;OPOS=177612734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:161:162:2:2:158:160:0.987654:70:88:0:2:72:88:0:2 chr5 177612739 . G T 515.88 PASS AF=0.373494;AO=62;DP=165;FAO=62;FDP=166;FR=.;FRO=104;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=-0.0488315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2604;QD=12.4308;RBI=0.0578074;REFB=0.00514751;REVB=-0.0309384;RO=103;SAF=37;SAR=25;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113221;STB=0.567418;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00961652;OID=.;OPOS=177612739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:103:104:62:62:0.373494:25:37:51:52:25:37:51:53 chr5 177612744 . A G 2527.66 PASS AF=1;AO=162;DP=163;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.995;QD=61.6503;RBI=0.0239697;REFB=0;REVB=0.00553642;RO=0;SAF=84;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54815e-05;OID=.;OPOS=177612744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:164:0:0:162:164:1:78:84:0:0:78:86:0:0 chr5 177612983 . G A 312.88 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00647109;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.184;QD=19.2539;RBI=0.0321135;REFB=-0.0185515;REVB=0.0314548;RO=32;SAF=20;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177144;STB=0.59863;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0169949;OID=.;OPOS=177612983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:32:32:33:33:0.507692:13:20:13:19:13:20:13:19 chr5 177613123 . T C 994.16 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0324978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.0624;QD=57.6327;RBI=0.0653802;REFB=0.0418342;REVB=0.0567314;RO=1;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133132;STB=0.50704;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000318435;OID=.;OPOS=177613123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:35:33:0:1:35:33:0:1 chr5 177613168 . C T 359.53 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0245447;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2715;QD=16.9192;RBI=0.0260917;REFB=-0.00861915;REVB=0.00885079;RO=45;SAF=16;SAR=22;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193102;STB=0.596009;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00843421;OID=.;OPOS=177613168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:47:38:38:0.447059:22:16:28:17:22:16:28:19 chr5 177613296 . C T 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00688291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.909;QD=16.7316;RBI=0.0101736;REFB=0.00105735;REVB=0.0074919;RO=36;SAF=14;SAR=17;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125457;STB=0.570425;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00082646;OID=.;OPOS=177613296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:17:14:21:15:17:14:21:15 chr5 177614001 . T C 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0160171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.163;QD=16.4431;RBI=0.0180779;REFB=-0.00830563;REVB=-0.00838217;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262169;STB=0.640116;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00908296;OID=.;OPOS=177614001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:13:7:16:10:13:7:16:11 chr5 177614090 . G C 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0207082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.901;QD=11.8143;RBI=0.0208248;REFB=-0.0103974;REVB=-0.00220069;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174558;STB=0.602471;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0273703;OID=.;OPOS=177614090;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:6:7:16:7:6:7:16:7 chr5 177614094 . C G 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0224775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.39;QD=10.8239;RBI=0.0397013;REFB=-0.0185381;REVB=-0.0327254;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249809;STB=0.656907;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0183332;OID=.;OPOS=177614094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:6:6:16:6:6:6:17:6 chr5 177614137 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0237441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.188;QD=12.9749;RBI=0.0259249;REFB=-0.00954838;REVB=0.0104075;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129894;STB=0.552241;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00908209;OID=.;OPOS=177614137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:5:7:12:5:5:7:12:6 chr5 177614183 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.4;QD=45.8068;RBI=0.0584055;REFB=0;REVB=0.0170407;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540813;OID=.;OPOS=177614183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr5 177651727 . C T 175.26 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0157219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.528;QD=10.0146;RBI=0.0161389;REFB=-0.00900784;REVB=0.00364525;RO=47;SAF=16;SAR=7;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245937;STB=0.644863;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0394378;OID=.;OPOS=177651727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:7:16:23:24:7:16:23:24 chr5 177669413 . T G 1607.19 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.013;QD=64.2877;RBI=0.0160676;REFB=0;REVB=-0.0042769;RO=0;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90735e-06;OID=.;OPOS=177669413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:45:53:0:0:45:55:0:0 chr5 177683377 . T C 179.65 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0439761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5353;QD=15.6221;RBI=0.0445541;REFB=-0.00365806;REVB=-0.00715331;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420839;STB=0.524246;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00678654;OID=.;OPOS=177683377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:7:12:16:11:7:12:16:11 chr5 177689258 . G A 215.45 PASS AF=0.226027;AO=33;DP=145;FAO=33;FDP=146;FR=.;FRO=113;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=-0.000703447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.556;QD=5.90271;RBI=0.00308575;REFB=-0.0114165;REVB=0.0030045;RO=111;SAF=13;SAR=20;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140424;STB=0.586212;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0369373;OID=.;OPOS=177689258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:111:113:33:33:0.226027:20:13:56:55:20:13:57:56 chr5 177715581 . T C 188.63 PASS AF=0.287129;AO=20;DP=92;FAO=29;FDP=101;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.00454223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.651;QD=7.47033;RBI=0.00470738;REFB=-0.03154;REVB=0.00123598;RO=71;SAF=14;SAR=6;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373578;STB=0.652684;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0780059;OID=.;OPOS=177715581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:101:71:72:20:29:0.287129:6:14:28:43:11:18:29:43 chr5 178138657 . A ATTCATTTGTAT 112.43 PASS AF=0.25;AO=15;DP=71;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00574192;FXX=0;HRUN=0;LEN=11;MLLD=280.794;QD=6.61348;RBI=0.013344;REFB=-0.00698095;REVB=-0.0120454;RO=53;SAF=6;SAR=9;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181299;STB=0.619575;STBP=0.28;TYPE=ins;VARB=0.0221614;OID=.;OPOS=178138658;OREF=-;OALT=TTCATTTGTAT;OMAPALT=ATTCATTTGTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:15:71:17:68:51:6:11:26:25:99:53:6:9:29:24 chr5 178139186 . G A 103.85 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0174583;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.472;QD=6.19972;RBI=0.046291;REFB=-0.00466682;REVB=-0.0428727;RO=51;SAF=8;SAR=8;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361054;STB=0.52236;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0185522;OID=.;OPOS=178139186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:51:51:16:16:0.238806:8:8:27:24:8:8:27:24 chr5 178139442 . T G 481.63 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.000105274;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.203;QD=20.0678;RBI=0.010046;REFB=-0.0159189;REVB=-0.0100455;RO=49;SAF=31;SAR=16;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199861;STB=0.611139;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0161015;OID=.;OPOS=178139442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:16:31:22:27:16:31:22:27 chr5 178140090 . C T 399.06 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0170732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.477;QD=23.8242;RBI=0.0352942;REFB=-0.0438062;REVB=-0.0308898;RO=28;SAF=20;SAR=19;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174372;STB=0.509574;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0164939;OID=.;OPOS=178140090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:19:20:15:13:19:20:15:13 chr5 178359136 . A G 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=22;FWDB=0.00801385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.04;QD=13.753;RBI=0.0123912;REFB=-0.0065779;REVB=0.00945093;RO=23;SAF=4;SAR=11;SRF=1;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368685;STB=0.70569;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0148934;OID=.;OPOS=178359136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:11:4:1:22:11:4:1:22 chr5 178391860 . G A 641.15 PASS AF=0.629213;AO=56;DP=89;FAO=56;FDP=89;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0498406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9883;QD=28.8159;RBI=0.0622945;REFB=-0.0362473;REVB=-0.0373702;RO=33;SAF=29;SAR=27;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125605;STB=0.568149;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0165881;OID=.;OPOS=178391860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:33:33:56:56:0.629213:27:29:11:22:27:29:11:22 chr5 178391902 . A C 261.65 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0383533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.849;QD=14.7407;RBI=0.0438056;REFB=-0.0264786;REVB=0.0211649;RO=41;SAF=9;SAR=21;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252632;STB=0.643817;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0363231;OID=.;OPOS=178391902;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:21:9:22:19:21:9:22:19 chr5 178395850 . G C 2102.66 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.708;QD=62.7658;RBI=0.0220477;REFB=0;REVB=0.000898943;RO=0;SAF=72;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.19621e-05;OID=.;OPOS=178395850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:62:72:0:0:62:72:0:0 chr5 178410151 . C T 255.36 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0564414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.254;QD=13.2653;RBI=0.0564654;REFB=0.00310894;REVB=-0.00164773;RO=47;SAF=23;SAR=7;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327322;STB=0.688754;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00453777;OID=.;OPOS=178410151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:7:23:23:24:7:23:23:24 chr5 178410425 . G A 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0149376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.572;QD=13.3682;RBI=0.0155596;REFB=-0.00269012;REVB=0.00435533;RO=31;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116482;STB=0.567496;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00590851;OID=.;OPOS=178410425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:11:7:9:22:11:7:9:22 chr5 178412667 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0189013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.599;QD=14.6524;RBI=0.0285159;REFB=-0.0190283;REVB=0.0213518;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553146;STB=0.53322;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0177583;OID=.;OPOS=178412667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:3:2:2:4:3:2 chr5 178413816 . T C 1174.77 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.907;QD=60.2448;RBI=0.0321547;REFB=0;REVB=0.00905918;RO=0;SAF=52;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189436;OID=.;OPOS=178413816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:74:78:1:22:52:0:0:23:55:0:0 chr5 178413947 . T C 788.72 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000934005;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.178;QD=64.3854;RBI=0.0170494;REFB=0;REVB=0.0170238;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93603e-05;OID=.;OPOS=178413947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:25:24:0:0 chr5 178415937 . A G 383.42 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00716654;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.764;QD=56.8023;RBI=0.0538284;REFB=0;REVB=0.0533492;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302772;OID=.;OPOS=178415937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr5 178415982 . A G 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.805;QD=61.1861;RBI=0.0251024;REFB=0.026333;REVB=0.0161361;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000677586;OID=.;OPOS=178415982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:0:1:47:47:0.979167:22:25:0:0:22:25:1:0 chr5 178416063 . G A 761.26 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0197074;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.832;QD=53.4214;RBI=0.0231309;REFB=-0.0248647;REVB=0.0121103;RO=1;SAF=31;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149647;STB=0.515619;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=7.5149e-05;OID=.;OPOS=178416063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:57:1:2:55:55:0.964912:24:31:1:0:24:31:2:0 chr5 178416288 . G A 1485.88 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.243;QD=58.8467;RBI=0.0585723;REFB=0;REVB=0.0527922;RO=2;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019753;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129883;OID=.;OPOS=178416288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:2:0:98:101:1:47:51:0:2:50:51:0:0 chr5 178419278 . TG TGGCAAGGTCT,TGGGCAAGGTCT,T 108.7 PASS AF=0,0.818182,0.181818;AO=2,6,2;DP=11;FAO=0,9,2;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,2;FSAR=0,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141587,0.0156304,-0.0407495;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=9,10,1;MLLD=326.005,345.851,19.9282;QD=39.5275;RBI=0.038068,0.0454242,0.0691114;REFB=0,0,0;REVB=0.035337,0.0426503,-0.0558199;RO=0;SAF=0,3,2;SAR=2,3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,del;VARB=0,0.00449884,-0.0121494;OID=.,.,.;OPOS=178419280,178419280,178419279;OREF=-,-,G;OALT=GCAAGGTCT,GGCAAGGTCT,-;OMAPALT=TGGCAAGGTCT,TGGGCAAGGTCT,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.818182,0.181818:2,6,2:11:0,9,2:11:0:0,3,2:0,6,0:0:0:10:0:0,3,2:2,3,0:0:0 chr5 178419288 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00346308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.711;QD=42.1818;RBI=0.00463883;REFB=0;REVB=-0.0030864;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138559;OID=.;OPOS=178419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr5 178459283 . A G 628.84 PASS AF=0.460993;AO=65;DP=141;FAO=65;FDP=141;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=51;FWDB=0.00842541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0217;QD=17.8395;RBI=0.0130861;REFB=-0.0269408;REVB=-0.010013;RO=75;SAF=33;SAR=32;SRF=25;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168324;STB=0.596054;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0320835;OID=.;OPOS=178459283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:75:76:65:65:0.460993:32:33:25:50:32:33:25:51 chr5 178459426 . A C 574.68 PASS AF=0.504274;AO=58;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00885595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.734;QD=19.6471;RBI=0.00936147;REFB=-0.0153401;REVB=-0.00303469;RO=56;SAF=26;SAR=32;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143841;STB=0.503815;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0181095;OID=.;OPOS=178459426;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:56:58:58:59:0.504274:32:26:26:30:33:26:26:32 chr5 178507069 . T C 894.62 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00472651;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=188.917;QD=55.0538;RBI=0.0156473;REFB=0.0166437;REVB=0.0149164;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514701;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-7.45404e-05;OID=.;OPOS=178507069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:0:2:63:63:0.969231:30:33:0:0:30:33:2:0 chr5 178507090 . G A 772.68 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125114;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.114;QD=64.3896;RBI=0.0144915;REFB=0;REVB=0.00731231;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02841e-05;OID=.;OPOS=178507090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr5 178634592 . C T 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0263773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.005;QD=14.8515;RBI=0.0333752;REFB=-0.000839835;REVB=-0.0204485;RO=29;SAF=15;SAR=4;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953373;STB=0.555494;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00178836;OID=.;OPOS=178634592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:4:15:21:8:4:15:21:8 chr5 178634619 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.999;QD=57.5452;RBI=0.0222824;REFB=0;REVB=-0.00916407;RO=0;SAF=43;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63204e-05;OID=.;OPOS=178634619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:15:43:0:0:15:43:0:0 chr5 178634641 . C T 187.87 PASS AF=0.387097;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00546686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.071;QD=12.1204;RBI=0.00922515;REFB=-0.0374808;REVB=-0.0074308;RO=39;SAF=18;SAR=5;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194656;STB=0.569938;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0459293;OID=.;OPOS=178634641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:38:23:24:0.387097:5:18:25:14:6:18:25:13 chr5 178634672 . C T 159.26 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0312167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.673;QD=10.1114;RBI=0.041995;REFB=-0.0350992;REVB=-0.028091;RO=42;SAF=14;SAR=7;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877486;STB=0.551674;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0271627;OID=.;OPOS=178634672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:7:14:25:17:7:14:25:17 chr5 178949560 . AG GT 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00660748;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=178.597;QD=63.2868;RBI=0.0176936;REFB=0;REVB=-0.0164135;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000115785;OID=.;OPOS=178949560;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr5 178949781 . A G 379.46 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335965;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.009;QD=56.2156;RBI=0.0337727;REFB=0;REVB=-0.00344589;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186722;OID=.;OPOS=178949781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr5 178951598 . G A 332.91 PASS AF=0.928571;AO=24;DP=29;FAO=26;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0263526;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7389;QD=47.559;RBI=0.0365162;REFB=0.00860762;REVB=0.025278;RO=2;SAF=11;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770585;STB=0.538432;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00489059;OID=.;OPOS=178951598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:29:28:2:2:24:26:0.928571:13:11:2:0:14:12:2:0 chr5 179069468 . A G 65.96 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0648927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3716;QD=5.86341;RBI=0.0948009;REFB=-0.0200354;REVB=-0.0691098;RO=34;SAF=8;SAR=2;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416429;STB=0.761351;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0678624;OID=.;OPOS=179069468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:45:45:34:35:10:10:0.222222:2:8:16:18:2:8:17:18 chr5 179071866 . A G 494.06 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0110529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4509;QD=18.8214;RBI=0.0333601;REFB=-0.0225622;REVB=-0.0314758;RO=51;SAF=28;SAR=24;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783013;STB=0.552611;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0238018;OID=.;OPOS=179071866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:51:53:52:52:0.495238:24:28:23:28:24:28:23:30 chr5 179078940 . T C 1400.42 PASS AF=0.989011;AO=91;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.023464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.966;QD=61.5567;RBI=0.0282809;REFB=0.0314786;REVB=0.0157877;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-2.6933e-05;OID=.;OPOS=179078940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:91:90:0.989011:50:41:0:0:49:41:0:1 chr5 179079104 . G A 57.9 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0548206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9004;QD=13.6239;RBI=0.0549096;REFB=0.00925533;REVB=0.00312616;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128818;STB=0.620366;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.0153104;OID=.;OPOS=179079104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:6:2:3:5:6:2:4:5 chr5 179126090 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0265567;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.905;QD=14.9786;RBI=0.0283265;REFB=-0.0135359;REVB=-0.00985556;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305863;STB=0.679246;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0133379;OID=.;OPOS=179126090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:7:4:7:3:7:4 chr5 179192900 . A G 64.23 PASS AF=0.136842;AO=13;DP=95;FAO=13;FDP=95;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=-0.00198102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.892;QD=2.70444;RBI=0.00198532;REFB=0.00313725;REVB=0.000130608;RO=82;SAF=4;SAR=9;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322577;STB=0.722503;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.0328176;OID=.;OPOS=179192900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:95:95:82:82:13:13:0.136842:9:4:47:35:9:4:47:35 chr5 179203933 . A G 311.84 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0196798;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.15;QD=16.4128;RBI=0.0223015;REFB=-0.0132493;REVB=-0.010491;RO=42;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140699;STB=0.578902;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0154093;OID=.;OPOS=179203933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:17:17:15:27:17:17:15:27 chr5 179225054 . CT C 132.19 PASS AF=0.290698;AO=52;DP=172;FAO=50;FDP=172;FR=.;FRO=122;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=53;FSRR=69;FWDB=0.0806796;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.2889;QD=3.07429;RBI=0.0983407;REFB=-0.000855528;REVB=-0.0562289;RO=113;SAF=30;SAR=22;SRF=51;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147956;STB=0.616582;STBP=0.054;TYPE=del;VARB=0.00387593;OID=.;OPOS=179225055;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290698:52:172:50:172:122:30:20:53:69:99:113:30:22:51:62 chr5 179228584 . C T 254.35 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=96;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=52;FSRR=12;FWDB=0.0453631;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8968;QD=10.7093;RBI=0.0458518;REFB=-0.00971419;REVB=-0.00667622;RO=63;SAF=20;SAR=11;SRF=51;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226435;STB=0.632514;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.015404;OID=.;OPOS=179228584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:63:64:31:31:0.326316:11:20:51:12:11:20:52:12 chr5 179260153 . C T 853.6 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0266473;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.0392;QD=53.35;RBI=0.0362275;REFB=-0.0694936;REVB=-0.0245429;RO=3;SAF=29;SAR=32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169271;STB=0.508976;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.000719752;OID=.;OPOS=179260153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:3:3:61:61:0.953125:32:29:2:1:32:29:2:1 chr5 179260213 . G A 733.86 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0805368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8485;QD=61.1552;RBI=0.0816415;REFB=0.0592243;REVB=0.0133849;RO=1;SAF=19;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024107;STB=0.512815;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00048493;OID=.;OPOS=179260213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:28:19:1:0:28:19:1:0 chr5 179264731 . T C 2050.52 PASS AF=0.971014;AO=134;DP=139;FAO=134;FDP=138;FR=.;FRO=4;FSAF=80;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0129476;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.58;QD=59.4353;RBI=0.0160722;REFB=-0.0483624;REVB=0.00952234;RO=2;SAF=80;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00281619;STB=0.504615;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00127751;OID=.;OPOS=179264731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:139:138:2:4:134:134:0.971014:54:80:1:1:54:80:3:1 chr5 179267949 . T C 1044.18 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00861824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.926;QD=59.6676;RBI=0.0143141;REFB=0;REVB=-0.0114289;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03454e-05;OID=.;OPOS=179267949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr5 179280379 . T C 1693.02 PASS AF=0.991228;AO=110;DP=111;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0112505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.418;QD=59.4041;RBI=0.0147539;REFB=-0.087351;REVB=0.00954491;RO=1;SAF=64;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102081;STB=0.505154;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=6.51037e-05;OID=.;OPOS=179280379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:114:1:1:110:113:0.991228:46:64:0:1:48:65:0:1 chr5 179285752 . G A 866.78 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0614729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.829;QD=53.3405;RBI=0.120708;REFB=-0.180887;REVB=0.103882;RO=3;SAF=37;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0063283;STB=0.503355;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0100053;OID=.;OPOS=179285752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:3:3:62:62:0.953846:25:37:2:1:25:37:2:1 chr5 179287576 . C G 141.93 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00644499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.437;QD=9.62221;RBI=0.0127657;REFB=-0.00969081;REVB=0.0110193;RO=40;SAF=6;SAR=13;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756005;STB=0.544862;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0128104;OID=.;OPOS=179287576;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:13:6:15:25:13:6:15:25 chr5 179287585 . GC CT 133.42 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0102961;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=144.227;QD=9.20136;RBI=0.0190356;REFB=-0.0169377;REVB=-0.0160108;RO=37;SAF=6;SAR=12;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088613;STB=0.53161;STBP=0.763;TYPE=mnp;VARB=0.0250205;OID=.;OPOS=179287585;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:40:18:18:0.310345:12:6:15:22:12:6:15:25 chr5 179287597 . C G 116.7 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0414735;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.178;QD=8.48708;RBI=0.0457814;REFB=-0.00213005;REVB=-0.0193879;RO=39;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639385;STB=0.538414;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00508924;OID=.;OPOS=179287597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:39:39:16:16:0.290909:9:7:15:24:9:7:15:24 chr5 179287622 . G GTA 157.72 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00444359;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=2;MLLD=258.194;QD=11.2658;RBI=0.00445955;REFB=-0.0215105;REVB=0.000376997;RO=36;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258798;STB=0.650204;STBP=0.092;TYPE=ins;VARB=0.0330726;OID=.;OPOS=179287623;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:20:57:20:56:36:12:8:13:23:99:36:12:8:13:23 chr5 179290750 . C T 223.04 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0232661;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2526;QD=14.6255;RBI=0.0274037;REFB=0.000956363;REVB=0.0144794;RO=35;SAF=17;SAR=9;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586509;STB=0.533398;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.00165624;OID=.;OPOS=179290750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:35:35:26:26:0.42623:9:17:21:14:9:17:21:14 chr5 179290845 . T G 451.5 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.000759161;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.019;QD=17.2001;RBI=0.00655219;REFB=-0.025155;REVB=-0.00650806;RO=56;SAF=31;SAR=18;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105467;STB=0.50587;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0288782;OID=.;OPOS=179290845;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:49:49:0.466667:18:31:36:20:18:31:36:20 chr5 179555407 . T C 1377.52 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00368341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.103;QD=62.6144;RBI=0.00570566;REFB=0;REVB=0.00435742;RO=0;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98738e-06;OID=.;OPOS=179555407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:37:50:0:0:38:50:0:0 chr5 179563435 . T C 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0701769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4097;QD=16.5351;RBI=0.0805356;REFB=0.00202923;REVB=-0.0395119;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757583;STB=0.54343;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00630348;OID=.;OPOS=179563435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:8:10:11:12:8:10:11:12 chr5 179729519 . A G 1194.15 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0931157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7291;QD=59.7073;RBI=0.100743;REFB=0.0864985;REVB=0.038454;RO=1;SAF=33;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141287;STB=0.507461;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00671491;OID=.;OPOS=179729519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:46:33:1:0:46:33:1:0 chr5 179740827 . T C 649.89 PASS AF=0.457516;AO=70;DP=152;FAO=70;FDP=153;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=-0.0239248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5153;QD=16.9905;RBI=0.0327517;REFB=-0.013916;REVB=0.0223668;RO=82;SAF=26;SAR=44;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00687351;STB=0.508162;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0166925;OID=.;OPOS=179740827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:82:83:70:70:0.457516:44:26:31:51:44:26:32:51 chr5 179744009 . T G 243.54 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.016518;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.52;QD=14.9871;RBI=0.0165201;REFB=-0.00737459;REVB=0.000265103;RO=36;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166233;STB=0.584557;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00994036;OID=.;OPOS=179744009;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:14:14:12:24:14:14:13:24 chr5 179996111 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.99;QD=57.2376;RBI=0.00643801;REFB=0;REVB=0.00148628;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85868e-05;OID=.;OPOS=179996111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr5 180046344 . G C 1129.46 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00594582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3706;QD=57.9209;RBI=0.0243594;REFB=-0.118269;REVB=0.0236226;RO=1;SAF=50;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937153;STB=0.504853;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00406362;OID=.;OPOS=180046344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:78:78:1:1:76:77:0.987179:26:50:1:0:26:51:1:0 chr5 180046426 . C CTGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG 144.19 PASS AF=1;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000545393;FXX=0.449775;HRUN=0;LEN=22;MLLD=769.471;QD=52.4336;RBI=0.0152434;REFB=0;REVB=0.0152337;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079851;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.15489e-05;OID=.;OPOS=180046427;OREF=-;OALT=TGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG;OMAPALT=CTGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:11:23:11:11:0:5:6:0:0:3:11:5:6:4:7 chr5 180046492 . CAG C 609.89 PASS AF=1;AO=35;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166833;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=304.163;QD=60.9888;RBI=0.0236556;REFB=0;REVB=0.0167706;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.88026e-05;OID=.;OPOS=180046493;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:39:40:40:0:22:18:0:0:4:0:21:14:0:0 chr5 180046611 . C T 141.69 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=33;FWDB=0.00875195;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.362;QD=9.77192;RBI=0.00878608;REFB=-0.00115749;REVB=0.000773632;RO=37;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412585;STB=0.74448;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00373009;OID=.;OPOS=180046611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:39:19:19:0.327586:9:10:6:31:9:10:6:33 chr5 180051010 . C T 257.74 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00975905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6678;QD=23.4311;RBI=0.0190439;REFB=0.0102913;REVB=0.0163533;RO=20;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998414;STB=0.555511;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.00713797;OID=.;OPOS=180051010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:10:14:14:6:10:14:14:6 chr5 180120149 . T C 123.8 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.033167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5672;QD=8.68782;RBI=0.035063;REFB=-0.0220801;REVB=0.0113738;RO=40;SAF=9;SAR=8;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835862;STB=0.549942;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0205571;OID=.;OPOS=180120149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:8:9:24:16:8:9:24:16 chr5 180120192 . G T 397.62 PASS AF=0.698113;AO=36;DP=52;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0262958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.59;QD=30.0094;RBI=0.030154;REFB=-0.0250527;REVB=0.0147578;RO=16;SAF=22;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100692;STB=0.54826;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0135485;OID=.;OPOS=180120192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:16:16:36:37:0.698113:14:22:7:9:15:22:7:9 chr5 180166461 . C A,G 700.75 PASS AF=0.0425532,0.93617;AO=2,44;DP=47;FAO=2,44;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=1,21;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00430944,-0.011893;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.458,101.925;QD=59.6384;RBI=0.0165301,0.0233944;REFB=-0.174304,-0.101947;REVB=0.0159585,0.0201458;RO=1;SAF=1,21;SAR=1,23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.25849,0.0199884;STB=0.665164,0.510633;STBP=0.662,0.525;TYPE=snp,snp;VARB=0.0795684,0.00166939;OID=.,.;OPOS=180166461,180166461;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:47:47:1:1:2,44:2,44:0.0425532,0.93617:1,23:1,21:0:1:1,23:1,21:0:1 chr5 180218668 . A G 1525.1 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00682218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.181;QD=59.8079;RBI=0.0231433;REFB=0;REVB=0.0221149;RO=0;SAF=66;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53132e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43503e-05;OID=.;OPOS=180218668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:35:66:0:0:35:67:0:0 chr5 180276402 . C T 1525.59 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1825;QD=59.827;RBI=0.0334538;REFB=0;REVB=0.00634767;RO=0;SAF=67;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135517;OID=.;OPOS=180276402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:35:67:0:0:35:67:0:0 chr5 180278393 . C G 718.29 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2424;QD=62.4602;RBI=0.0559832;REFB=0;REVB=0.00258641;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346135;OID=.;OPOS=180278393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:13:31:0:0:13:33:0:0 chr5 180329359 . T C 973.48 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2477;QD=58.9988;RBI=0.117279;REFB=0;REVB=0.116666;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000784695;OID=.;OPOS=180329359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:35:30:0:0:36:30:0:0 chr5 180336849 . C T 1877.8 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.952;QD=61.5672;RBI=0.0224178;REFB=0;REVB=0.00203685;RO=0;SAF=70;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.42124e-05;OID=.;OPOS=180336849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:52:70:0:0:52:70:0:0 chr5 180338368 . A G 1506.23 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.711;QD=63.4202;RBI=0.106657;REFB=0;REVB=0.0139082;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173601;OID=.;OPOS=180338368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:41:53:0:0:42:53:0:0 chr5 180374534 . G A 2086.68 PASS AF=0.992593;AO=133;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00489031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8731;QD=61.8275;RBI=0.0229631;REFB=-0.100739;REVB=0.0224364;RO=1;SAF=76;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826592;STB=0.504347;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=3.54539e-05;OID=.;OPOS=180374534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:1:1:133:134:0.992593:57:76:0:1:57:77:0:1 chr5 180430869 . G A 378.36 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=11;FWDB=0.00481191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8574;QD=16.4506;RBI=0.01795;REFB=-0.0110633;REVB=-0.017293;RO=52;SAF=28;SAR=12;SRF=41;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111906;STB=0.562471;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00947841;OID=.;OPOS=180430869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:12:28:41:11:12:28:41:11 chr5 180432416 . C T 317.3 PASS AF=0.96;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114641;FXX=0.0384468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.132;QD=50.7682;RBI=0.0134197;REFB=-0.100357;REVB=0.00697584;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370602;STB=0.519983;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000529306;OID=.;OPOS=180432416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:25:1:1:24:24:0.96:12:12:0:1:12:12:0:1 chr5 180472498 . C T 734.33 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0378659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.774;QD=61.1945;RBI=0.0632688;REFB=-0.124079;REVB=-0.0506864;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.000791789;OID=.;OPOS=180472498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:24:23:0:0:24:23:1:0 chr5 180472513 . A G 822.08 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447339;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.883;QD=57.6899;RBI=0.050748;REFB=0;REVB=-0.0239633;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3393e-05;OID=.;OPOS=180472513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr5 180481275 . G A 329.91 PASS AF=0.270718;AO=48;DP=176;FAO=49;FDP=181;FR=.;FRO=132;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=61;FSRR=71;FWDB=-0.0114278;FXX=0.0163035;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.0231;QD=7.29075;RBI=0.0123265;REFB=-0.00303014;REVB=0.00462051;RO=127;SAF=17;SAR=31;SRF=60;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14991;STB=0.587672;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0160336;OID=.;OPOS=180481275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:181:127:132:48:49:0.270718:31:17:60:67:32:17:61:71 chr5 180482899 . C T 706.57 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00269783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.359;QD=55.4172;RBI=0.00563043;REFB=0;REVB=-0.00494201;RO=0;SAF=38;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532968;OID=.;OPOS=180482899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:49:51:1:11:38:0:0:12:39:0:0 chr5 180486247 . G T 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0110678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.46;QD=9.84394;RBI=0.0357406;REFB=-0.0094385;REVB=-0.0339837;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224862;STB=0.670883;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00675122;OID=.;OPOS=180486247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:18:20:10:10:0.333333:3:7:9:9:3:7:9:11 chr5 180551462 . G A 281.96 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0343853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1563;QD=14.6473;RBI=0.0446392;REFB=0.0266702;REVB=-0.0284658;RO=44;SAF=13;SAR=19;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120103;STB=0.561999;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.0411812;OID=.;OPOS=180551462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:45:32:32:0.415584:19:13:23:21:19:13:23:22 chr5 180582604 . A G 151.12 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00783849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.425;QD=10.0745;RBI=0.017873;REFB=-0.0492145;REVB=0.0160624;RO=39;SAF=16;SAR=4;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342211;STB=0.712944;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0482382;OID=.;OPOS=180582604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:40:20:20:0.333333:4:16:21:18:4:16:21:19 chr5 180596597 . A G 938.78 PASS AF=0.416327;AO=102;DP=242;FAO=102;FDP=245;FR=.;FRO=143;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=60;FSRR=83;FWDB=-0.0536348;FXX=0.00406488;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.7251;QD=15.327;RBI=0.0740749;REFB=-0.00682276;REVB=0.0510921;RO=140;SAF=51;SAR=51;SRF=57;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963961;STB=0.54693;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0102182;OID=.;OPOS=180596597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:245:140:143:102:102:0.416327:51:51:57:83:51:51:60:83 chr5 180600638 . T C 1716.29 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00734707;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.26;QD=60.7538;RBI=0.0532961;REFB=0;REVB=0.0527873;RO=0;SAF=53;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98454e-05;OID=.;OPOS=180600638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:60:53:0:0:60:53:0:0 chr5 180600702 . G C 535.9 PASS AF=0.549451;AO=49;DP=90;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.0131928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.555;QD=23.5562;RBI=0.0140186;REFB=-0.00241896;REVB=0.00474048;RO=40;SAF=15;SAR=34;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303827;STB=0.51428;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00226191;OID=.;OPOS=180600702;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:40:41:49:50:0.549451:34:15:11:29:34:16:12:29 chr5 180615933 . T C 331.59 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00917785;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.238;QD=15.7898;RBI=0.01066;REFB=-0.00533584;REVB=-0.00542243;RO=48;SAF=19;SAR=17;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780892;STB=0.543976;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00591484;OID=.;OPOS=180615933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:17:19:29:19:17:19:29:19 chr5 180618713 . A AC 1018.38 PASS AF=1;AO=87;DP=95;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0916233;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.5754;QD=44.2772;RBI=0.119769;REFB=0;REVB=-0.0771348;RO=8;SAF=40;SAR=47;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00643637;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00134074;OID=.;OPOS=180618714;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:87:95:92:92:0:42:50:0:0:18:8:40:47:4:4 chr5 180626927 . A G 678.51 PASS AF=0.478873;AO=68;DP=143;FAO=68;FDP=142;FR=.;FRO=74;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=56;FSRR=18;FWDB=0.00752557;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.206;QD=19.113;RBI=0.0170205;REFB=-0.0108923;REVB=0.0152664;RO=72;SAF=40;SAR=28;SRF=54;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161123;STB=0.593614;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0158487;OID=.;OPOS=180626927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:72:74:68:68:0.478873:28:40:54:18:28:40:56:18 chr6 203878 . C T 173.56 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0112089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.004;QD=9.64193;RBI=0.011386;REFB=-0.000722442;REVB=-0.00200057;RO=45;SAF=15;SAR=8;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089551;STB=0.558356;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0013042;OID=.;OPOS=203878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:49:23:23:0.319444:8:15:26:19:8:15:28:21 chr6 203909 . A G 283.93 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00406473;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.326;QD=14.376;RBI=0.00536284;REFB=-0.0221549;REVB=-0.00349829;RO=44;SAF=21;SAR=11;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143085;STB=0.565139;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0281678;OID=.;OPOS=203909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:44:47:32:32:0.405063:11:21:23:21:11:21:26:21 chr6 204072 . G T 307.77 PASS AF=0.348214;AO=39;DP=112;FAO=39;FDP=112;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.0182498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.834;QD=10.9918;RBI=0.0380249;REFB=-0.00857869;REVB=-0.0333593;RO=72;SAF=22;SAR=17;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149911;STB=0.590222;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0167741;OID=.;OPOS=204072;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:72:73:39:39:0.348214:17:22:31:41:17:22:31:42 chr6 335175 . A T 728.21 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.809;QD=57.1145;RBI=0.0164279;REFB=0;REVB=-0.0037576;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17284e-05;OID=.;OPOS=335175;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:20:29:0:0:22:29:0:0 chr6 348906 . G A 426.92 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0215221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.531;QD=21.8936;RBI=0.0219602;REFB=-0.0094257;REVB=0.00436477;RO=36;SAF=20;SAR=22;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00332718;STB=0.501835;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0105759;OID=.;OPOS=348906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:22:20:17:19:22:20:17:19 chr6 350829 . G A 259.96 PASS AF=0.256944;AO=37;DP=144;FAO=37;FDP=144;FR=.;FRO=107;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=61;FWDB=-0.00486786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.579;QD=7.22116;RBI=0.00727453;REFB=-0.00397361;REVB=-0.0054058;RO=107;SAF=19;SAR=18;SRF=46;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103566;STB=0.561929;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0105821;OID=.;OPOS=350829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:107:107:37:37:0.256944:18:19:46:61:18:19:46:61 chr6 350940 . T TA 306.14 PASS AF=0.462264;AO=43;DP=113;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0884354;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.8244;QD=11.5522;RBI=0.0887622;REFB=0.0328171;REVB=0.00760962;RO=65;SAF=19;SAR=24;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702141;STB=0.502317;STBP=0.973;TYPE=ins;VARB=-0.0394785;OID=.;OPOS=350941;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.462264:43:113:49:106:57:23:26:27:30:99:65:19:24:33:32 chr6 393359 . G C 259.35 PASS AF=0.416667;AO=21;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0051888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.102;QD=14.4082;RBI=0.0197624;REFB=-0.02518;REVB=0.0190691;RO=42;SAF=14;SAR=7;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246657;STB=0.508374;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0510326;OID=.;OPOS=393359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:21:30:0.416667:7:14:19:23:16:14:19:23 chr6 408012 . G A 1230.86 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0556125;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.007;QD=61.543;RBI=0.06351;REFB=0;REVB=0.030672;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108088;OID=.;OPOS=408012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr6 408079 . C T 521.9 PASS AF=0.422222;AO=57;DP=135;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.00104132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.436;QD=15.4637;RBI=0.0274148;REFB=-0.0197101;REVB=-0.027395;RO=76;SAF=27;SAR=30;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404936;STB=0.514482;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0256524;OID=.;OPOS=408079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:76:78:57:57:0.422222:30:27:33:43:30:27:35:43 chr6 556535 . A G 219.07 PASS AF=0.307692;AO=28;DP=91;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.026405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.624;QD=9.62937;RBI=0.0265468;REFB=-0.0136308;REVB=-0.00273934;RO=62;SAF=11;SAR=17;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108606;STB=0.569782;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0287888;OID=.;OPOS=556535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:62:63:28:28:0.307692:17:11:30:32:17:11:31:32 chr6 564145 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0265142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2966;QD=15.2623;RBI=0.0373377;REFB=0.00124191;REVB=0.0262888;RO=16;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553224;STB=0.531868;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.000280878;OID=.;OPOS=564145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:11:2:2:14:11:2:2:14 chr6 599209 . T C 329.54 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.00922855;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.252;QD=12.4354;RBI=0.013975;REFB=-0.00254372;REVB=0.0104945;RO=67;SAF=16;SAR=24;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183032;STB=0.59995;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00403241;OID=.;OPOS=599209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:67:66:40:40:0.377358:24:16:38:29:24:16:37:29 chr6 610088 . C T 682.41 PASS AF=0.527559;AO=67;DP=127;FAO=67;FDP=127;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0171342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9828;QD=21.4933;RBI=0.018103;REFB=-0.0160148;REVB=-0.00584265;RO=55;SAF=37;SAR=30;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154401;STB=0.571608;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0282229;OID=.;OPOS=610088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:55:60:67:67:0.527559:30:37:20:35:30:37:24:36 chr6 656143 . C A 291.41 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0591164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7842;QD=14.3908;RBI=0.064134;REFB=0.00577662;REVB=-0.0248683;RO=48;SAF=12;SAR=21;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034569;STB=0.519596;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.0103596;OID=.;OPOS=656143;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:21:12:16:32:21:12:16:32 chr6 656343 . T C 374.35 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.11209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.0454;QD=15.598;RBI=0.112186;REFB=0.00133138;REVB=0.00463466;RO=56;SAF=17;SAR=23;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168811;STB=0.595191;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00186962;OID=.;OPOS=656343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:56:40:40:0.416667:23:17:33:23:23:17:33:23 chr6 656810 . A G 163.44 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0039977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.695;QD=20.4295;RBI=0.0153865;REFB=-0.0227192;REVB=-0.0148581;RO=15;SAF=2;SAR=15;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23198;STB=0.633619;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0327815;OID=.;OPOS=656810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:15:2:4:11:15:2:4:11 chr6 1395043 . T C 796.62 PASS AF=0.431373;AO=88;DP=204;FAO=88;FDP=204;FR=.;FRO=116;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=63;FSRR=53;FWDB=-0.010437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.914;QD=15.62;RBI=0.0107669;REFB=-0.0043785;REVB=0.00264494;RO=114;SAF=48;SAR=40;SRF=62;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00162966;STB=0.501347;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00576368;OID=.;OPOS=1395043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:114:116:88:88:0.431373:40:48:62:52:40:48:63:53 chr6 1507626 . G A 328.39 PASS AF=0.428571;AO=35;DP=83;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0097335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.297;QD=15.6374;RBI=0.00979745;REFB=-0.0167823;REVB=0.00111761;RO=48;SAF=21;SAR=14;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207516;STB=0.606241;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0191486;OID=.;OPOS=1507626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:48:48:35:36:0.428571:14:21:19:29:15:21:19:29 chr6 1507808 . G T 642.31 PASS AF=0.409091;AO=72;DP=178;FAO=72;FDP=176;FR=.;FRO=104;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=56;FWDB=0.00966896;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.049;QD=14.598;RBI=0.0117084;REFB=-0.0012084;REVB=-0.00660283;RO=103;SAF=33;SAR=39;SRF=47;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00213769;STB=0.501906;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00175384;OID=.;OPOS=1507808;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:176:103:104:72:72:0.409091:39:33:47:56:39:33:48:56 chr6 1523145 . C G 610.03 PASS AF=0.903846;AO=47;DP=52;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0618095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6775;QD=46.9255;RBI=0.0631605;REFB=-0.0683366;REVB=0.0129938;RO=0;SAF=36;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.59255;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00411589;OID=.;OPOS=1523145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:52:52:0:5:47:47:0.903846:11:36:0:0:11:36:0:5 chr6 2623820 . G A 221.27 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0035183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4868;QD=25.2875;RBI=0.0955025;REFB=-0.0499861;REVB=0.0954376;RO=14;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034374;STB=0.519108;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0536067;OID=.;OPOS=2623820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:11:10:6:8:11:10:6:8 chr6 2624053 . T A 311.36 PASS AF=0.507692;AO=32;DP=64;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00282808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.543;QD=19.1608;RBI=0.00415444;REFB=-0.0104726;REVB=-0.00304324;RO=32;SAF=12;SAR=20;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301486;STB=0.526144;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00864718;OID=.;OPOS=2624053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:32:32:32:33:0.507692:20:12:11:21:20:13:11:21 chr6 2664375 . C A 205.99 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00591578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.022;QD=23.5411;RBI=0.00591804;REFB=-0.0135121;REVB=0.000163403;RO=15;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127962;STB=0.571359;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00740349;OID=.;OPOS=2664375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:10:10:10:5:10:10:10:5 chr6 2667031 . A G 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.000888465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.841;QD=12.6374;RBI=0.0178011;REFB=-0.0125036;REVB=0.0177789;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151548;STB=0.580526;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0195151;OID=.;OPOS=2667031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:21:13:13:0.382353:6:7:13:6:6:7:14:7 chr6 2679676 . G A 255.27 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00377782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.193;QD=13.261;RBI=0.0113956;REFB=-0.0127351;REVB=0.0107512;RO=44;SAF=11;SAR=19;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046937;STB=0.551189;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0112617;OID=.;OPOS=2679676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:47:30:30:0.38961:19:11:18:26:19:11:21:26 chr6 2749381 . C T 632.4 PASS AF=0.460993;AO=65;DP=141;FAO=65;FDP=141;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.00380823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.004;QD=17.9404;RBI=0.0126;REFB=-0.00386336;REVB=-0.0120107;RO=76;SAF=28;SAR=37;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143385;STB=0.57961;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00591658;OID=.;OPOS=2749381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:76:76:65:65:0.460993:37:28:44:32:37:28:44:32 chr6 2766465 . T C 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0200668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.572;QD=19.1085;RBI=0.0200913;REFB=-0.0389331;REVB=-0.000991796;RO=6;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102872;STB=0.559859;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0417188;OID=.;OPOS=2766465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:2:7:4:2:2:7:4:2 chr6 2955802 . T C 2008.44 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.59;QD=62.2771;RBI=0.0240197;REFB=0;REVB=-0.0188263;RO=0;SAF=65;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.12598e-06;OID=.;OPOS=2955802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:64:65:0:0:64:65:0:0 chr6 3010390 . C T 1442.68 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.055938;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.909;QD=62.0508;RBI=0.0565388;REFB=0.0375789;REVB=-0.00822093;RO=1;SAF=49;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957698;STB=0.505049;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00224927;OID=.;OPOS=3010390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:93:1:1:92:92:0.989247:43:49:1:0:43:49:1:0 chr6 3015790 . A G 1840.91 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.845;QD=61.3637;RBI=0.0334883;REFB=0;REVB=0.00523977;RO=0;SAF=55;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21679e-05;OID=.;OPOS=3015790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:65:55:0:0:65:55:0:0 chr6 3019927 . G C 223.69 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00299093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.741;QD=12.7823;RBI=0.0385763;REFB=-0.0109804;REVB=-0.0384602;RO=43;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121386;STB=0.569569;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0250416;OID=.;OPOS=3019927;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:12:15:19:24:12:15:19:24 chr6 3077141 . T C 2703.75 PASS AF=0.972678;AO=176;DP=187;FAO=178;FDP=183;FR=.;FRO=5;FSAF=73;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-7.10835e-05;FXX=0.0317444;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.186;QD=59.0984;RBI=0.0314252;REFB=-0.0332829;REVB=-0.0314252;RO=5;SAF=72;SAR=104;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223319;STB=0.511627;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000418784;OID=.;OPOS=3077141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:187:183:5:5:176:178:0.972678:104:72:0:5:105:73:0:5 chr6 3154871 . A C 64.11 PASS AF=0.109589;AO=16;DP=146;FAO=16;FDP=146;FR=.;FRO=130;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=53;FSRR=77;FWDB=0.000946431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.813;QD=1.75636;RBI=0.0298402;REFB=-0.00156849;REVB=-0.0298251;RO=128;SAF=14;SAR=2;SRF=52;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.54846;STB=0.891478;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0253328;OID=.;OPOS=3154871;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:146:146:128:130:16:16:0.109589:2:14:52:76:2:14:53:77 chr6 3225759 . C A 42.54 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0267783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.28;QD=2.83622;RBI=0.026827;REFB=-0.00724621;REVB=-0.00161523;RO=50;SAF=6;SAR=2;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34972;STB=0.736686;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0509868;OID=.;OPOS=3225759;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:50:52:8:8:0.133333:2:6:23:27:2:6:25:27 chr6 3255327 . G A 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00842537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2492;QD=62.465;RBI=0.0777048;REFB=0;REVB=-0.0772467;RO=0;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00033045;OID=.;OPOS=3255327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:37:50:0:0:37:50:0:0 chr6 3255340 . A C 1551.24 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119002;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.573;QD=63.9685;RBI=0.0127011;REFB=0;REVB=-0.00443891;RO=0;SAF=58;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30305e-05;OID=.;OPOS=3255340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:37:58:0:0:37:60:0:0 chr6 3264487 . T C 1357.24 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0959902;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.156;QD=60.9996;RBI=0.0993234;REFB=0;REVB=0.0255149;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110699;OID=.;OPOS=3264487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:86:89:1:47:39:0:0:48:41:0:0 chr6 3264502 . G C 1343.47 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0360337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.092;QD=61.0667;RBI=0.0366946;REFB=-0.00711435;REVB=0.00693265;RO=1;SAF=36;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129795;STB=0.506848;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=4.42677e-05;OID=.;OPOS=3264502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:51:36:1:0:51:36:1:0 chr6 3264526 . CT TC 726.31 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0813295;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=181.042;QD=41.5035;RBI=0.142489;REFB=-0.0838096;REVB=0.116999;RO=1;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129467;STB=0.506847;STBP=0.528;TYPE=mnp;VARB=0.00254432;OID=.;OPOS=3264526;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:67:69:0.985714:36:31:0:1:36:33:0:1 chr6 3285286 . A G 1677.28 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9605;QD=60.4425;RBI=0.0159946;REFB=0;REVB=-0.0133484;RO=0;SAF=56;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.68794e-05;OID=.;OPOS=3285286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:55:56:0:0:55:56:0:0 chr6 3287118 . T C 328.26 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322672;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.671;QD=54.7095;RBI=0.0174308;REFB=0;REVB=-0.0171296;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303586;OID=.;OPOS=3287118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr6 3438738 . G A 788.94 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170425;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.825;QD=64.4029;RBI=0.023215;REFB=0;REVB=0.0157636;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110745;OID=.;OPOS=3438738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr6 3439595 . G GA 575.17 PASS AF=1;AO=50;DP=57;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0968451;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.9113;QD=43.4091;RBI=0.200874;REFB=0;REVB=-0.175987;RO=7;SAF=24;SAR=26;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448572;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00167654;OID=.;OPOS=3439596;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:57:53:53:0:24:29:0:0:11:7:24:26:2:5 chr6 3851193 . C G 402.46 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00916957;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.959;QD=18.0883;RBI=0.0320231;REFB=-0.00422206;REVB=-0.0306822;RO=47;SAF=28;SAR=13;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923134;STB=0.547319;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00592548;OID=.;OPOS=3851193;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:89:47:48:41:41:0.460674:13:28:28:19:13:28:29:19 chr6 3983996 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0271813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.645;QD=13.2053;RBI=0.027239;REFB=-0.00101453;REVB=0.00177302;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168138;STB=0.599699;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00169798;OID=.;OPOS=3983996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:1:5:4:2:1:5 chr6 4031998 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.355;QD=50.4132;RBI=0.0688796;REFB=0;REVB=0.00394721;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402316;OID=.;OPOS=4031998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr6 4032973 . C T 186.78 PASS AF=0.254545;AO=28;DP=110;FAO=28;FDP=110;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=-0.0028603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5703;QD=6.79204;RBI=0.0206715;REFB=-0.00310629;REVB=-0.0204726;RO=82;SAF=11;SAR=17;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279463;STB=0.51688;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0112958;OID=.;OPOS=4032973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:82:82:28:28:0.254545:17:11:34:48:17:11:34:48 chr6 4069166 . C T 283.71 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0194601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8712;QD=19.9096;RBI=0.0454804;REFB=-0.0101659;REVB=-0.0411068;RO=27;SAF=14;SAR=16;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106873;STB=0.559401;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00694219;OID=.;OPOS=4069166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:16:14:16:11:16:14:16:11 chr6 4069685 . C T 231.34 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0212596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.039;QD=16.524;RBI=0.0308408;REFB=-0.00335143;REVB=0.0223425;RO=29;SAF=5;SAR=20;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435135;STB=0.758822;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00589142;OID=.;OPOS=4069685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:30:25:26:0.464286:20:5:18:11:21:5:19:11 chr6 4074612 . A C 1102.25 PASS AF=0.556757;AO=101;DP=183;FAO=103;FDP=185;FR=.;FRO=82;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.00295899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.544;QD=23.8324;RBI=0.00540155;REFB=-0.0143436;REVB=-0.00451898;RO=76;SAF=45;SAR=56;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328593;STB=0.524848;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0111935;OID=.;OPOS=4074612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:185:76:82:101:103:0.556757:56:45:37:39:56:47:42:40 chr6 4074634 . C A 486.33 PASS AF=0.36875;AO=59;DP=161;FAO=59;FDP=160;FR=.;FRO=101;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=0.00457425;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.102;QD=12.1581;RBI=0.00626528;REFB=-0.0277106;REVB=0.00428135;RO=99;SAF=30;SAR=29;SRF=45;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594868;STB=0.527198;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0227843;OID=.;OPOS=4074634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:99:101:59:59:0.36875:29:30:45:54:29:30:47:54 chr6 4079858 . C G 599.76 PASS AF=0.425;AO=68;DP=160;FAO=68;FDP=160;FR=.;FRO=92;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=87;FWDB=0.0358777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.758;QD=14.9941;RBI=0.0375453;REFB=-0.0248979;REVB=-0.0110652;RO=89;SAF=27;SAR=41;SRF=5;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405124;STB=0.724784;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0387203;OID=.;OPOS=4079858;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:89:92:68:68:0.425:41:27:5:84:41:27:5:87 chr6 4079875 . T C 611.58 PASS AF=0.415663;AO=69;DP=166;FAO=69;FDP=166;FR=.;FRO=97;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=8;FSRR=89;FWDB=0.00864426;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9324;QD=14.7368;RBI=0.0674554;REFB=-0.0163672;REVB=-0.0668993;RO=96;SAF=25;SAR=44;SRF=7;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371362;STB=0.696;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0195998;OID=.;OPOS=4079875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:96:97:69:69:0.415663:44:25:7:89:44:25:8:89 chr6 4087934 . G C 345.1 PASS AF=0.529412;AO=34;DP=66;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00011467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.416;QD=20.3002;RBI=0.00174537;REFB=-0.00364504;REVB=-0.0017416;RO=32;SAF=21;SAR=13;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00680176;STB=0.507051;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00338382;OID=.;OPOS=4087934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:32:32:34:36:0.529412:13:21:20:12:13:23:20:12 chr6 4115758 . C T 446.04 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0049537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.857;QD=18.2055;RBI=0.0125203;REFB=-0.0028012;REVB=-0.0114986;RO=53;SAF=20;SAR=25;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026625;STB=0.514868;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00374968;OID=.;OPOS=4115758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:25:20:25:28:25:20:25:28 chr6 4115816 . T C 81.24 PASS AF=0.157895;AO=15;DP=96;FAO=15;FDP=95;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.0150083;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.463;QD=3.42048;RBI=0.0150237;REFB=-0.00605713;REVB=0.000680066;RO=80;SAF=8;SAR=7;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135647;STB=0.590411;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0263929;OID=.;OPOS=4115816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:96:95:80:80:15:15:0.157895:7:8:34:46:7:8:34:46 chr6 4116262 . G A 157.08 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00248641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.13;QD=16.1102;RBI=0.0261175;REFB=0.00130201;REVB=-0.0259988;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05124;STB=0.516597;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00325585;OID=.;OPOS=4116262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:8:9:10:11:8:9:11:11 chr6 4122249 . C A 209.09 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00423844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5029;QD=13.7107;RBI=0.00993048;REFB=0.0101766;REVB=-0.00898054;RO=36;SAF=20;SAR=5;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333072;STB=0.692742;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0298688;OID=.;OPOS=4122249;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:5:20:19:17:5:20:19:17 chr6 4125501 . C T 241.67 PASS AF=0.319149;AO=30;DP=94;FAO=30;FDP=94;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0187459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.01;QD=10.2836;RBI=0.0187483;REFB=-0.00371565;REVB=0.00029811;RO=64;SAF=11;SAR=19;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210871;STB=0.623312;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.01683;OID=.;OPOS=4125501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:64:64:30:30:0.319149:19:11:35:29:19:11:35:29 chr6 4133855 . C T 519.96 PASS AF=0.416058;AO=57;DP=137;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.0226331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3454;QD=15.1814;RBI=0.040063;REFB=-0.00956619;REVB=-0.0330573;RO=79;SAF=22;SAR=35;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877798;STB=0.546135;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0121767;OID=.;OPOS=4133855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:79:80:57:57:0.416058:35:22:37:42:35:22:37:43 chr6 4428223 . C G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00332485;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.706;QD=12.8689;RBI=0.00962586;REFB=-0.0202063;REVB=-0.00903341;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457182;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0267397;OID=.;OPOS=4428223;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:8:8:5:6:8:8 chr6 5001339 . C T 251.65 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0155323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8666;QD=12.4271;RBI=0.0185639;REFB=-0.0238246;REVB=0.0101669;RO=49;SAF=11;SAR=19;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115146;STB=0.567845;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0463195;OID=.;OPOS=5001339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:51:30:30:0.37037:19:11:23:26:19:11:24:27 chr6 5086558 . C A 787.25 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320668;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.608;QD=57.2545;RBI=0.0605849;REFB=0;REVB=0.0514028;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222907;OID=.;OPOS=5086558;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:23:31:0:0:23:32:0:0 chr6 5139012 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.11258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4948;QD=51.9167;RBI=0.145201;REFB=0;REVB=-0.0917012;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00669943;OID=.;OPOS=5139012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr6 5260936 . A C 909.8 PASS AF=0.443439;AO=98;DP=222;FAO=98;FDP=221;FR=.;FRO=123;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=44;FSRR=79;FWDB=-0.000457761;FXX=0.00896821;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.583;QD=16.467;RBI=0.00443823;REFB=-0.0246489;REVB=-0.00441456;RO=122;SAF=40;SAR=58;SRF=43;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583572;STB=0.52936;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0245049;OID=.;OPOS=5260936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:221:122:123:98:98:0.443439:58:40:43:79:58:40:44:79 chr6 5431340 . A G 497.19 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0104757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.085;QD=23.6756;RBI=0.0144474;REFB=-0.00572328;REVB=0.00994931;RO=37;SAF=24;SAR=23;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843183;STB=0.546263;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00460077;OID=.;OPOS=5431340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:37:47:47:0.559524:23:24:15:22:23:24:15:22 chr6 6145726 . A G 2057.03 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.453;QD=62.3342;RBI=0.0194517;REFB=0;REVB=0.00942643;RO=0;SAF=67;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43213e-05;OID=.;OPOS=6145726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:132:0:0:130:132:1:63:67:0:0:65:67:0:0 chr6 6320808 . T G 1840.76 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6888;QD=61.3585;RBI=0.118775;REFB=0;REVB=-0.110155;RO=0;SAF=61;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000692901;OID=.;OPOS=6320808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:119:120:1:58:61:0:0:58:62:0:0 chr6 6938928 . C T 801.11 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.392;QD=57.2224;RBI=0.0428128;REFB=0;REVB=0.0424576;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336881;OID=.;OPOS=6938928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr6 7230113 . C T 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0173151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.251;QD=11.0866;RBI=0.0178341;REFB=-0.0195399;REVB=0.00427141;RO=25;SAF=2;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430031;STB=0.761917;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0297351;OID=.;OPOS=7230113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:11:2:12:13:11:2:12:13 chr6 7247248 . T C 184.06 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0108715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.841;QD=19.3743;RBI=0.0332795;REFB=-0.0271871;REVB=0.0314537;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526732;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0153088;OID=.;OPOS=7247248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:19:18:19:0.5:10:8:8:10:11:8:9:10 chr6 7248862 . C T 63.24 PASS AF=0.232558;AO=9;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0762361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.442;QD=5.88245;RBI=0.0956346;REFB=0.0170374;REVB=0.0577411;RO=33;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152821;STB=0.542771;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.0224551;OID=.;OPOS=7248862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:43:43:33:33:9:10:0.232558:6:3:15:18:6:4:15:18 chr6 7288544 . A C 191.0 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0603794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9258;QD=17.3636;RBI=0.08602;REFB=-0.0307963;REVB=0.061268;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876044;STB=0.54995;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0642243;OID=.;OPOS=7288544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:23:24:19:20:0.454545:10:9:13:10:11:9:13:11 chr6 7289957 . CCA C 306.9 PASS AF=0.588235;AO=39;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.000675585;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=238.991;QD=18.0531;RBI=0.0130278;REFB=-0.0218297;REVB=-0.0130103;RO=28;SAF=20;SAR=19;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174372;STB=0.504423;STBP=0.948;TYPE=del;VARB=0.0144631;OID=.;OPOS=7289958;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235:39:68:40:68:28:21:19:15:13:99:28:20:19:15:13 chr6 7295283 . T A 188.92 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0395392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4979;QD=20.9916;RBI=0.0398063;REFB=-0.0115141;REVB=0.00460344;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466785;STB=0.526288;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.025847;OID=.;OPOS=7295283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:10:9:9:8:10:9:9:8 chr6 7393452 . C T 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.726;QD=58.4175;RBI=0.026173;REFB=0;REVB=0.00114941;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165083;OID=.;OPOS=7393452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr6 7563983 . T G 3118.19 PASS AF=1;AO=202;DP=203;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536772;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0175;QD=61.7464;RBI=0.0151519;REFB=0;REVB=0.0141692;RO=0;SAF=105;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13887e-06;OID=.;OPOS=7563983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:202:0:0:202:202:1:97:105:0:0:97:105:0:0 chr6 7571732 . GAAAAT GAAAGT,GAAATG 30.25 PASS AF=0.08,0;AO=3,4;DP=54;FAO=4,0;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=1,0;FSAR=3,0;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0652,-0.0377739;FXX=0.0565931;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=76.8359,92.5287;QD=2.42014;RBI=0.0767656,0.118165;REFB=-0.0434376,-0.0346822;REVB=-0.0405205,-0.111965;RO=26;SAF=0,0;SAR=3,4;SRF=20;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697524,-0.736836;STB=0.838619,0.5;STBP=0.31,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0300672,0.0875067;OID=.,.;OPOS=7571736,7571736;OREF=A,AT;OALT=G,TG;OMAPALT=GAAAGT,GAAATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.08,0:3,4:54:4,0:50:40:1,0:3,0:27:13:16:26:0,0:3,4:20:6 chr6 7572262 . A G 227.98 PASS AF=0.35443;AO=26;DP=78;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.000220788;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.623;QD=11.5431;RBI=0.00104004;REFB=-0.009424;REVB=-0.00101633;RO=50;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705525;STB=0.511103;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0170265;OID=.;OPOS=7572262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:50:51:26:28:0.35443:14:12:20:30:16:12:21:30 chr6 7576527 . G A 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00996177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.258;QD=14.6979;RBI=0.0154212;REFB=0.000352515;REVB=-0.0117718;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942034;STB=0.554389;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00106143;OID=.;OPOS=7576527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:7:9:15:8:7:9:15:8 chr6 7577260 . C T 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0202703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3693;QD=12.3389;RBI=0.0285462;REFB=-0.0166514;REVB=-0.0200998;RO=39;SAF=8;SAR=16;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32607;STB=0.687346;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0167993;OID=.;OPOS=7577260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:16:8:25:14:16:8:25:14 chr6 7581636 . G A 387.27 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.000632515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.523;QD=23.8318;RBI=0.0384887;REFB=0.0301095;REVB=0.0384835;RO=27;SAF=12;SAR=26;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120464;STB=0.565783;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00834017;OID=.;OPOS=7581636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:26:12:5:22:26:12:5:22 chr6 7583837 . TTTGA T 39.93 PASS AF=0.168831;AO=12;DP=78;FAO=13;FDP=77;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.00739968;FXX=0.0374953;HRUN=3;LEN=4;MLLD=291.188;QD=2.07403;RBI=0.00778908;REFB=-0.00292611;REVB=-0.00243199;RO=61;SAF=10;SAR=2;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417646;STB=0.804368;STBP=0.02;TYPE=del;VARB=0.0210913;OID=.;OPOS=7583838;OREF=TTGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.168831:12:78:13:77:64:11:2:33:31:39:61:10:2:32:29 chr6 7585967 . G C 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0316054;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.248;QD=14.6579;RBI=0.0365759;REFB=-0.0292182;REVB=-0.0184092;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660375;STB=0.538402;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0415139;OID=.;OPOS=7585967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:8:9:6:7:8:9 chr6 7601720 . C T 319.63 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0270409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2534;QD=13.3179;RBI=0.0270696;REFB=-0.00696672;REVB=-0.00124489;RO=59;SAF=19;SAR=17;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717949;STB=0.534946;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00812498;OID=.;OPOS=7601720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:59:60:36:36:0.375:17:19:35:24:17:19:35:25 chr6 7862631 . G C 1229.17 PASS AF=1;AO=65;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0821515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.321;QD=60.6996;RBI=0.0841489;REFB=0;REVB=0.0182258;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00714139;OID=.;OPOS=7862631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:65:81:1:30:35:0:0:31:50:0:0 chr6 7883074 . G A 66.45 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0201939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.425;QD=4.50505;RBI=0.0418193;REFB=-0.00797809;REVB=-0.0366205;RO=48;SAF=8;SAR=3;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219589;STB=0.646184;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0110055;OID=.;OPOS=7883074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:59:48:48:11:11:0.186441:3:8:27:21:3:8:27:21 chr6 7986847 . G A 343.77 PASS AF=0.430233;AO=36;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0373342;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6948;QD=15.9892;RBI=0.0373511;REFB=-0.0300431;REVB=0.001122;RO=48;SAF=8;SAR=28;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281287;STB=0.648249;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0369402;OID=.;OPOS=7986847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:49:36:37:0.430233:28:8:22:26:28:9:23:26 chr6 7987560 . C T 392.92 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0495338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0569;QD=15.4086;RBI=0.0656855;REFB=-0.0277362;REVB=-0.0431392;RO=58;SAF=23;SAR=21;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047027;STB=0.526398;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0339219;OID=.;OPOS=7987560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:58:44:44:0.431373:21:23:33:25:21:23:33:25 chr6 7988189 . T C 374.91 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.00098417;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.685;QD=14.5595;RBI=0.00130096;REFB=-0.0148547;REVB=0.000850832;RO=59;SAF=18;SAR=25;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211841;STB=0.623274;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.027577;OID=.;OPOS=7988189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:60:43:43:0.417476:25:18:37:22:25:18:38:22 chr6 8015129 . T C 990.59 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.257;QD=59.1394;RBI=0.0274727;REFB=0;REVB=0.00960649;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56496e-05;OID=.;OPOS=8015129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr6 8413890 . A G 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.034409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.369;QD=19.666;RBI=0.0382245;REFB=-0.0177083;REVB=0.0166473;RO=32;SAF=13;SAR=21;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960201;STB=0.553161;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0157272;OID=.;OPOS=8413890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:21:13:9:23:21:13:9:23 chr6 8428136 . TA GT,TAAGT 534.26 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=2,30;DP=38;FAO=2,35;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=2,20;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00614495,0.00525802;FXX=0.0263089;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=68.6759,221.022;QD=57.7581;RBI=0.0947061,0.0119459;REFB=0,0;REVB=0.0945065,0.0107265;RO=0;SAF=2,18;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0598895,0.00258497;OID=.,.;OPOS=8428136,8428138;OREF=TA,-;OALT=GT,AGT;OMAPALT=GT,TAAGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:38:37:0:0:2,30:2,35:0.0540541,0.945946:0,12:2,18:0:0:0,15:2,20:0:0 chr6 8430049 . G A 1933.54 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6392;QD=61.8731;RBI=0.0255407;REFB=0;REVB=-0.0102062;RO=0;SAF=44;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106642;OID=.;OPOS=8430049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:81:44:0:0:81:44:0:0 chr6 9900599 . T TGAG 609.86 PASS AF=0.42953;AO=64;DP=149;FAO=64;FDP=149;FR=.;FRO=85;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=0.00442564;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=3;MLLD=241.011;QD=16.3721;RBI=0.0070379;REFB=-0.00174957;REVB=0.00547227;RO=85;SAF=24;SAR=40;SRF=51;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229155;STB=0.628101;STBP=0.013;TYPE=ins;VARB=0.00275031;OID=.;OPOS=9900600;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42953:64:149:64:149:85:24:40:51:34:99:85:24:40:51:34 chr6 9933492 . G A 281.6 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0216095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.044;QD=12.2435;RBI=0.0264786;REFB=-0.00721426;REVB=-0.0153019;RO=59;SAF=14;SAR=19;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395548;STB=0.522729;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0111549;OID=.;OPOS=9933492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:59:33:33:0.358696:19:14:23:36:19:14:23:36 chr6 10401034 . CAAG C 498.14 PASS AF=0.938776;AO=42;DP=46;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0358577;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=3;MLLD=323.407;QD=40.6642;RBI=0.0379335;REFB=0.00878483;REVB=0.0123765;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514382;STBP=0.48;TYPE=del;VARB=-0.000100697;OID=.;OPOS=10401035;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.938776:42:46:46:49:3:20:26:2:1:5:0:18:24:0:0 chr6 10587038 . C G 993.91 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00365883;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7618;QD=59.338;RBI=0.00563969;REFB=0;REVB=-0.00429174;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.63487e-05;OID=.;OPOS=10587038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr6 10634325 . G A 303.45 PASS AF=0.307692;AO=40;DP=130;FAO=40;FDP=130;FR=.;FRO=90;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=54;FSRR=36;FWDB=-0.0240753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.323;QD=9.33687;RBI=0.024327;REFB=0.00366385;REVB=0.00349089;RO=88;SAF=23;SAR=17;SRF=53;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033131;STB=0.517792;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.00873769;OID=.;OPOS=10634325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:88:90:40:40:0.307692:17:23:53:35:17:23:54:36 chr6 10729020 . C T 2210.15 PASS AF=0.97931;AO=141;DP=144;FAO=142;FDP=145;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=84;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0381433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6714;QD=60.9695;RBI=0.0397849;REFB=-0.0324746;REVB=-0.0113107;RO=3;SAF=58;SAR=83;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104173;STB=0.505516;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00115205;OID=.;OPOS=10729020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:144:145:3:3:141:142:0.97931:83:58:2:1:84:58:2:1 chr6 10753107 . T A 196.52 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00312306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.492;QD=10.7683;RBI=0.0352576;REFB=-0.00887248;REVB=0.035119;RO=47;SAF=14;SAR=11;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318281;STB=0.525946;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0196973;OID=.;OPOS=10753107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:48:25:25:0.342466:11:14:25:22:11:14:25:23 chr6 10763312 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000884335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.325;QD=56.9569;RBI=0.00609169;REFB=0;REVB=0.00602716;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.59254e-06;OID=.;OPOS=10763312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr6 10764727 . A G 1305.52 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130161;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.235;QD=62.1676;RBI=0.0135327;REFB=0;REVB=-0.00370342;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32002e-05;OID=.;OPOS=10764727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr6 10874451 . G A 100.86 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0205957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4404;QD=7.91038;RBI=0.0237488;REFB=-0.0218587;REVB=-0.0118247;RO=38;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902732;STB=0.555473;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0570624;OID=.;OPOS=10874451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:38:38:13:13:0.254902:8:5:12:26:8:5:12:26 chr6 10874846 . G A 161.51 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.00664421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.716;QD=10.5907;RBI=0.0240974;REFB=-0.00119664;REVB=-0.0231633;RO=40;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172683;STB=0.600225;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00279483;OID=.;OPOS=10874846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:11:10:13:27:11:10:13:27 chr6 10876134 . C T 172.61 PASS AF=0.217054;AO=28;DP=129;FAO=28;FDP=129;FR=.;FRO=101;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=-0.0304993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.242;QD=5.35213;RBI=0.0577854;REFB=-0.00948248;REVB=-0.049081;RO=97;SAF=13;SAR=15;SRF=39;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795831;STB=0.538305;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0289621;OID=.;OPOS=10876134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:97:101:28:28:0.217054:15:13:39:58:15:13:42:59 chr6 10891781 . C T 785.79 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00124803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.129;QD=64.1462;RBI=0.0096289;REFB=0;REVB=-0.00954768;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17926e-05;OID=.;OPOS=10891781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr6 10906256 . A G 1415.08 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.0927;QD=62.8925;RBI=0.0384816;REFB=0;REVB=-0.0233529;RO=0;SAF=53;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253438;OID=.;OPOS=10906256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:37:53:0:0:37:53:0:0 chr6 10955408 . C T 1155.14 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748779;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9502;QD=60.7969;RBI=0.0768502;REFB=0;REVB=0.017299;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000763663;OID=.;OPOS=10955408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:72:76:1:34:38:0:0:35:41:0:0 chr6 10981053 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.045;QD=51.9167;RBI=0.0115011;REFB=0;REVB=0.010739;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83096e-05;OID=.;OPOS=10981053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr6 11079286 . G A 408.55 PASS AF=0.384;AO=48;DP=125;FAO=48;FDP=125;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=-0.00415732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2048;QD=13.0734;RBI=0.00448371;REFB=0.00765908;REVB=0.00167938;RO=77;SAF=21;SAR=27;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185978;STB=0.605298;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0123264;OID=.;OPOS=11079286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:77:77:48:48:0.384:27:21:47:30:27:21:47:30 chr6 11185257 . A T 795.27 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0399562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0056;QD=54.8459;RBI=0.0604191;REFB=-0.131297;REVB=-0.0453207;RO=1;SAF=33;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140753;STB=0.507244;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00105658;OID=.;OPOS=11185257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:1:1:56:57:0.982759:23:33:1:0:23:34:1:0 chr6 11185533 . G A 1813.98 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00696868;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.598;QD=59.4749;RBI=0.0331455;REFB=-0.0103187;REVB=0.0324047;RO=2;SAF=72;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193774;STB=0.510202;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=4.07309e-05;OID=.;OPOS=11185533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:122:2:2:120:120:0.983607:48:72:0:2:48:72:0:2 chr6 11190626 . A G 1590.78 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00348963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.275;QD=58.9178;RBI=0.00526167;REFB=0.131961;REVB=-0.00393799;RO=1;SAF=59;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978547;STB=0.505154;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000466913;OID=.;OPOS=11190626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:48:59:0:1:48:59:0:1 chr6 11192575 . C T 1510.32 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0593758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7628;QD=63.5926;RBI=0.0614564;REFB=0;REVB=0.0158555;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184802;OID=.;OPOS=11192575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:43:51:0:0:43:52:0:0 chr6 11193860 . G A 609.39 PASS AF=0.388889;AO=70;DP=181;FAO=70;FDP=180;FR=.;FRO=110;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=64;FSRR=46;FWDB=0.00688454;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.401;QD=13.542;RBI=0.0187081;REFB=0.000164689;REVB=0.0173953;RO=109;SAF=35;SAR=35;SRF=63;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842872;STB=0.549986;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00031534;OID=.;OPOS=11193860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:109:110:70:70:0.388889:35:35:63:46:35:35:64:46 chr6 11213832 . T C 493.87 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0116738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.972;QD=22.9708;RBI=0.0119676;REFB=-0.0246819;REVB=-0.00263589;RO=39;SAF=21;SAR=26;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966773;STB=0.553169;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0176593;OID=.;OPOS=11213832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:39:47:47:0.546512:26:21:22:17:26:21:22:17 chr6 11576130 . T C 1445.84 PASS AF=0.944444;AO=102;DP=108;FAO=102;FDP=108;FR=.;FRO=6;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0378214;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.6369;QD=53.5496;RBI=0.0499269;REFB=-0.161608;REVB=0.0325919;RO=1;SAF=48;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978215;STB=0.520171;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00538144;OID=.;OPOS=11576130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:108:108:1:6:102:102:0.944444:54:48:1:0:54:48:5:1 chr6 11576175 . T C 525.56 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.0177517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.578;QD=21.6725;RBI=0.092139;REFB=-0.00711613;REVB=0.0904128;RO=47;SAF=24;SAR=26;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157074;STB=0.586513;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00812747;OID=.;OPOS=11576175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:26:24:31:16:26:24:31:16 chr6 11644302 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0138;QD=45.8053;RBI=0.040872;REFB=0;REVB=-0.00204172;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187094;OID=.;OPOS=11644302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr6 11644518 . C T 728.84 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7031;QD=57.1638;RBI=0.0611174;REFB=0;REVB=0.00841385;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069872;OID=.;OPOS=11644518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr6 11723636 . C T 785.64 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.239;QD=64.134;RBI=0.0615036;REFB=0;REVB=0.0207977;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343001;OID=.;OPOS=11723636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:16:33:0:0:16:33:0:0 chr6 12122645 . A G 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.065;QD=60.0288;RBI=0.0143738;REFB=0;REVB=-0.0131672;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.32373e-05;OID=.;OPOS=12122645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:27:45:0:0:27:45:0:0 chr6 12122671 . G A 128.88 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00783189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.607;QD=8.4511;RBI=0.0203305;REFB=-0.00471574;REVB=-0.0187614;RO=43;SAF=11;SAR=7;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503593;STB=0.530064;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0113168;OID=.;OPOS=12122671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:7:11:28:15:7:11:28:15 chr6 12122773 . T C 167.88 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0019137;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.689;QD=12.9141;RBI=0.012101;REFB=-0.00603121;REVB=-0.0119487;RO=32;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472756;STB=0.527317;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00895912;OID=.;OPOS=12122773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:32:32:20:20:0.384615:9:11:19:13:9:11:19:13 chr6 12124587 . C G 300.74 PASS AF=0.452055;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0436485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.436;QD=16.4791;RBI=0.0466364;REFB=-0.014987;REVB=0.0164244;RO=40;SAF=17;SAR=15;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169857;STB=0.586684;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0152649;OID=.;OPOS=12124587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:40:40:32:33:0.452055:15:17:28:12:15:18:28:12 chr6 12294258 . A G 1662.48 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00420485;FXX=0.0090082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.004;QD=60.4537;RBI=0.0080172;REFB=0;REVB=0.00682603;RO=0;SAF=60;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49535e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65566e-06;OID=.;OPOS=12294258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:110:110:1:50:60:0:0:50:60:0:0 chr6 12406931 . C A 253.23 PASS AF=0.294118;AO=35;DP=119;FAO=35;FDP=119;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.0110548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7547;QD=8.51204;RBI=0.0136122;REFB=0.00434148;REVB=-0.0079425;RO=84;SAF=18;SAR=17;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257353;STB=0.515143;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.0105174;OID=.;OPOS=12406931;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:84:84:35:35:0.294118:17:18:45:39:17:18:45:39 chr6 13053699 . G A 275.59 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0224149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2596;QD=18.0713;RBI=0.0406551;REFB=0.0469116;REVB=0.0339176;RO=31;SAF=3;SAR=27;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327822;STB=0.687744;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0490619;OID=.;OPOS=13053699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:27:3:9:22:27:3:9:22 chr6 13288648 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.916;QD=60.6102;RBI=0.00364343;REFB=0;REVB=0.00155598;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28648e-05;OID=.;OPOS=13288648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr6 13288679 . GCT G 379.23 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0981421;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=2;MLLD=249.257;QD=56.1825;RBI=0.105603;REFB=0;REVB=0.0389896;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000635506;OID=.;OPOS=13288680;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:28:27:27:0:9:18:0:0:4:0:8:18:0:0 chr6 13295502 . T C 1208.91 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00867781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.595;QD=61.2108;RBI=0.0151539;REFB=0;REVB=-0.0124232;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.11098e-06;OID=.;OPOS=13295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:32:47:0:0:32:47:0:0 chr6 13295515 . A C 1334.59 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.964;QD=62.0738;RBI=0.0254451;REFB=0;REVB=-0.000413453;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88687e-05;OID=.;OPOS=13295515;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:86:0:0:83:86:1:38:45:0:0:39:47:0:0 chr6 13295536 . C T 1363.35 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428307;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.8663;QD=61.2743;RBI=0.0501687;REFB=-0.0931469;REVB=0.0261234;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016989;OID=.;OPOS=13295536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:88:89:0:0:87:89:1:44:43:0:0:46:43:0:0 chr6 13361088 . A G 260.52 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00410261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.528;QD=14.4733;RBI=0.0322394;REFB=-0.0169554;REVB=-0.0319773;RO=42;SAF=18;SAR=12;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12846;STB=0.572985;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0246603;OID=.;OPOS=13361088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:12:18:20:22:12:18:20:22 chr6 13470113 . A T 801.26 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9677;QD=57.2328;RBI=0.0413213;REFB=0;REVB=0.0398908;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175578;OID=.;OPOS=13470113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr6 13547958 . C T 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8502;QD=57.7108;RBI=0.0421386;REFB=0;REVB=-0.00776606;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370593;OID=.;OPOS=13547958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr6 13548165 . A G 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.741;QD=53.362;RBI=0.0192872;REFB=-0.0358388;REVB=-0.0104197;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344827;STB=0.518506;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00024322;OID=.;OPOS=13548165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:16:13:1:0:16:13:1:0 chr6 13599303 . C T 575.39 PASS AF=0.438849;AO=61;DP=139;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.00359498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.177;QD=16.558;RBI=0.00542304;REFB=-0.00179842;REVB=-0.00406022;RO=78;SAF=31;SAR=30;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983647;STB=0.554857;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00143541;OID=.;OPOS=13599303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:78:78:61:61:0.438849:30:31:32:46:30:31:32:46 chr6 13622132 . T TC 68.22 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00314997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.089;QD=11.864;RBI=0.020163;REFB=-0.00867663;REVB=-0.0199154;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133539;STB=0.578788;STBP=0.519;TYPE=ins;VARB=0.00785354;OID=.;OPOS=13622133;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:10:23:10:23:13:4:6:7:6:68:13:4:6:7:6 chr6 13794147 . C T 676.41 PASS AF=0.977778;AO=45;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0270658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6163;QD=60.1252;RBI=0.0271093;REFB=0.0619891;REVB=-0.00153447;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.0023335;OID=.;OPOS=13794147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:45:44:0.977778:28:17:0:0:27:17:0:1 chr6 13978854 . G T 923.45 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.012965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.663;QD=56.8275;RBI=0.0185044;REFB=-0.0865037;REVB=-0.0132032;RO=1;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154834;STB=0.508194;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-5.2537e-05;OID=.;OPOS=13978854;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:30:34:0:1:30:34:0:1 chr6 13979526 . A G 545.27 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00687705;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=291.615;QD=57.397;RBI=0.00837907;REFB=-0.116521;REVB=0.00478697;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301944;STB=0.51612;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-8.75195e-06;OID=.;OPOS=13979526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:15:22:0:1:15:22:0:1 chr6 13979923 . GTTTTTTTAA GTTTTGTTAA,GTTTTTT,GTTTTTTAA,GTTTTTTAAA 39.52 PASS AF=0,0.24,0.32,0;AO=2,4,5,2;DP=28;FAO=0,6,8,0;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=0,2,7,0;FSAR=0,4,1,0;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0693674,-0.0193988,-0.310448,-0.229584;FXX=0.0740466;HRUN=7,7,7,7;LEN=1,3,1,1;MLLD=160.292,16.456,5.51438,7.82649;QD=6.32305;RBI=0.0709518,0.020198,0.363556,0.275682;REFB=-0.022442,-0.112928,-0.253377,-0.0634604;REVB=0.0149101,-0.00562519,0.189195,0.152617;RO=5;SAF=2,0,5,2;SAR=0,4,0,0;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.64233,-0.700982,0.755783,0.64233;STB=0.5,0.691681,0.71364,0.5;STBP=1,0.259,0.225,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0,0.147107,0.00748144,0;OID=.,.,.,.;OPOS=13979928,13979930,13979924,13979930;OREF=T,TAA,T,T;OALT=G,-,-,A;OMAPALT=GTTTTGTTAA,GTTTTTT,GTTTTTTAA,GTTTTTTAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.24,0.32,0:2,4,5,2:28:0,6,8,0:25:11:0,2,7,0:0,4,1,0:7:4:32:5:2,0,5,2:0,4,0,0:2:3 chr6 13980527 . G A 1283.42 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00177474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.264;QD=61.8517;RBI=0.023449;REFB=0;REVB=0.0233818;RO=0;SAF=51;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47161e-05;OID=.;OPOS=13980527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:32:51:0:0:32:51:0:0 chr6 14646772 . A G 866.64 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9572;QD=56.8286;RBI=0.0173134;REFB=0;REVB=0.0124466;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00766734;OID=.;OPOS=14646772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:59:61:1:34:25:0:0:35:26:0:0 chr6 15147371 . T A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0307448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.994;QD=17.8272;RBI=0.0358883;REFB=-0.00275107;REVB=-0.0185129;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126749;STB=0.572403;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00578659;OID=.;OPOS=15147371;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:5:7:8:3:5:7:8:3 chr6 15496377 . C T 216.53 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00786435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.212;QD=11.1043;RBI=0.0107875;REFB=-0.00354822;REVB=-0.00738391;RO=50;SAF=12;SAR=15;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400957;STB=0.517229;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00387642;OID=.;OPOS=15496377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:50:51:27:27:0.346154:15:12:24:26:15:12:24:27 chr6 15497273 . G A 213.32 PASS AF=0.283019;AO=30;DP=106;FAO=30;FDP=106;FR=.;FRO=76;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=58;FWDB=-0.00398042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.222;QD=8.04975;RBI=0.00561715;REFB=0.00384307;REVB=0.00396342;RO=76;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29118;STB=0.669153;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00740966;OID=.;OPOS=15497273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:76:76:30:30:0.283019:16:14:18:58:16:14:18:58 chr6 15513482 . G A 613.34 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0288;QD=61.3342;RBI=0.0490641;REFB=0;REVB=0.0461944;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000796208;OID=.;OPOS=15513482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:21:18:0:0:21:19:0:0 chr6 15586009 . G T 1567.44 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.178;QD=63.9773;RBI=0.0239517;REFB=0;REVB=0.0186541;RO=0;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65921e-05;OID=.;OPOS=15586009;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:54:44:0:0:54:44:0:0 chr6 16145325 . A G 1048.11 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000258425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.644;QD=58.2284;RBI=0.00803759;REFB=-0.125066;REVB=0.00803343;RO=1;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113932;STB=0.505881;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=4.7808e-06;OID=.;OPOS=16145325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:1:1:70:71:0.986111:41:29:0:1:42:29:0:1 chr6 16148330 . T C 188.79 PASS AF=0.262136;AO=27;DP=103;FAO=27;FDP=103;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.0123438;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=253.448;QD=7.33172;RBI=0.0230951;REFB=-0.00519619;REVB=-0.0195196;RO=76;SAF=17;SAR=10;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651095;STB=0.539245;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0146416;OID=.;OPOS=16148330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:76:76:27:27:0.262136:10:17:44:32:10:17:44:32 chr6 16148351 . A G 446.27 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0542793;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.938;QD=18.0312;RBI=0.0571255;REFB=-0.0148392;REVB=0.0178066;RO=54;SAF=23;SAR=22;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797847;STB=0.544535;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0170281;OID=.;OPOS=16148351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:54:54:45:45:0.454545:22:23:32:22:22:23:32:22 chr6 16205330 . T A,TA 54.67 PASS AF=0,0.183099;AO=5,11;DP=71;FAO=0,13;FDP=71;FR=.;FRO=58;FSAF=0,2;FSAR=0,11;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.0179836,0.00859057;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=198.986,65.6714;QD=3.07993;RBI=0.019419,0.0142375;REFB=-0.00448109,-0.00132735;REVB=-0.00732733,0.0113538;RO=55;SAF=3,0;SAR=2,11;SRF=36;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0631968,-0.7608;STB=0.5,0.869655;STBP=1,0.009;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0922413;OID=.,.;OPOS=16205330,16205331;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:55:71:71:55:58:5,11:0,13:0,0.183099:2,11:3,0:36:19:0,11:0,2:37:21 chr6 16279095 . CAT ACC,CAC 648.6 PASS AF=0,0.550847;AO=5,45;DP=119;FAO=0,65;FDP=118;FR=.;FRO=53;FSAF=0,32;FSAR=0,33;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0946667,-0.135076;FXX=0.00840265;HRUN=3,1;LEN=3,1;MLLD=49.7708,54.2701;QD=21.9863;RBI=0.0949967,0.135437;REFB=-0.0132249,-0.0366038;REVB=0.00791112,0.00987992;RO=40;SAF=5,13;SAR=0,32;SRF=8;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.752921,0.0968657;STB=0.5,0.551708;STBP=1,0.233;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0301087;OID=.,.;OPOS=16279095,16279097;OREF=CAT,T;OALT=ACC,C;OMAPALT=ACC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:119:118:40:53:5,45:0,65:0,0.550847:0,32:5,13:8:32:0,33:0,32:20:33 chr6 16290761 . T A 1491.85 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0342309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.505;QD=57.3789;RBI=0.0481991;REFB=-0.0335375;REVB=0.0339322;RO=1;SAF=60;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784264;STB=0.508195;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000144493;OID=.;OPOS=16290761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:1:2:102:102:0.980769:42:60:1:0:42:60:2:0 chr6 16306866 . G A 324.5 PASS AF=0.444444;AO=35;DP=80;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00486543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.325;QD=16.0248;RBI=0.00998245;REFB=-0.00344111;REVB=-0.00871646;RO=45;SAF=16;SAR=19;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163728;STB=0.582777;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00516696;OID=.;OPOS=16306866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:45:45:35:36:0.444444:19:16:28:17:19:17:28:17 chr6 16327059 . C T 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0650802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8586;QD=12.2129;RBI=0.0776101;REFB=-0.00652732;REVB=-0.0422836;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505469;STB=0.791618;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0114203;OID=.;OPOS=16327059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:4:9:4:18:4:9:4:18 chr6 16327330 . T C 196.34 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0234484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2451;QD=30.2064;RBI=0.0440762;REFB=-0.0273892;REVB=-0.0373214;RO=6;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336447;STB=0.687242;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00317491;OID=.;OPOS=16327330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:26:26:6:6:14:14:0.538462:5:9:0:6:5:9:0:6 chr6 16327534 . GGC G 33.61 PASS AF=0.55;AO=5;DP=21;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0863096;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=12.8045;QD=6.72298;RBI=0.121222;REFB=-0.165322;REVB=-0.0851198;RO=16;SAF=5;SAR=0;SRF=5;SRR=11;SSEN=0.418605;SSEP=0;SSSB=0.753745;STB=0.749499;STBP=0.031;TYPE=del;VARB=-0.00558603;OID=.;OPOS=16327535;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:5:21:11:20:9:9:2:3:6:33:16:5:0:5:11 chr6 16327615 . A G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.358;QD=58.5867;RBI=0.0247801;REFB=0;REVB=0.00970283;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112663;OID=.;OPOS=16327615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:9:24:0:0:9:24:0:0 chr6 16328068 . T C 157.79 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=0;FWDB=0.00459835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.74;QD=18.563;RBI=0.0330738;REFB=-0.010565;REVB=0.0327525;RO=17;SAF=14;SAR=2;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344896;STB=0.680705;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00894749;OID=.;OPOS=16328068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:17:16:17:0.5:2:14:17:0:2:15:17:0 chr6 17225346 . CA C 56.43 PASS AF=0.345455;AO=21;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0953997;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.0755;QD=4.10399;RBI=0.231575;REFB=-0.062842;REVB=-0.211012;RO=27;SAF=7;SAR=14;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356549;STB=0.707104;STBP=0.038;TYPE=del;VARB=0.0514373;OID=.;OPOS=17225347;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.345455:21:55:19:55:36:6:13:23:13:56:27:7:14:19:8 chr6 17292048 . G A 536.03 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.00187083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.146;QD=20.2274;RBI=0.0134995;REFB=-0.00514152;REVB=0.0133693;RO=50;SAF=32;SAR=23;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522338;STB=0.532585;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00970007;OID=.;OPOS=17292048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:50:51:55:55:0.518868:23:32:32:18:23:32:33:18 chr6 17543302 . A G 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.00893193;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=314.203;QD=18.0814;RBI=0.00905156;REFB=0.00551011;REVB=0.00146676;RO=46;SAF=17;SAR=24;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880916;STB=0.553463;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.00591619;OID=.;OPOS=17543302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:47:41:41:0.465909:24:17:15:31:24:17:15:32 chr6 17633061 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0688186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.296;QD=57.177;RBI=0.0700303;REFB=0;REVB=-0.0129707;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000318222;OID=.;OPOS=17633061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr6 17665479 . G C 972.88 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.06;QD=58.9625;RBI=0.0467244;REFB=0;REVB=-0.00584815;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146869;OID=.;OPOS=17665479;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:27:38:0:0:27:39:0:0 chr6 17764530 . C T 486.33 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.00603992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3346;QD=18.8865;RBI=0.0106312;REFB=-0.0271349;REVB=-0.00874886;RO=52;SAF=27;SAR=24;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097002;STB=0.553613;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0293798;OID=.;OPOS=17764530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:52:51:51:0.495146:24:27:33:19:24:27:33:19 chr6 17794494 . G A 590.49 PASS AF=0.428571;AO=66;DP=153;FAO=66;FDP=154;FR=.;FRO=88;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.00257825;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.474;QD=15.3374;RBI=0.00839782;REFB=-0.0153771;REVB=0.00799225;RO=86;SAF=35;SAR=31;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425072;STB=0.523821;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0200888;OID=.;OPOS=17794494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:86:88:66:66:0.428571:31:35:42:44:31:35:43:45 chr6 17799575 . A G 549.65 PASS AF=0.5;AO=57;DP=114;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.00329984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.072;QD=19.286;RBI=0.00507256;REFB=-0.0102859;REVB=-0.00385252;RO=56;SAF=34;SAR=23;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135752;STB=0.579458;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0220486;OID=.;OPOS=17799575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:56:57:57:57:0.5:23:34:25:31:23:34:25:32 chr6 17831419 . G A 350.71 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0102104;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7964;QD=20.331;RBI=0.0363405;REFB=-0.0108669;REVB=-0.0348766;RO=33;SAF=17;SAR=19;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890834;STB=0.54937;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0113959;OID=.;OPOS=17831419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:19:17:19:14:19:17:19:14 chr6 17834198 . T G 216.37 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0202639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.106;QD=11.096;RBI=0.0309954;REFB=-0.0211122;REVB=0.0234541;RO=51;SAF=16;SAR=11;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116306;STB=0.567543;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0351486;OID=.;OPOS=17834198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:51:27:27:0.346154:11:16:25:26:11:16:25:26 chr6 17834213 . T C 256.24 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0629903;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.8371;QD=11.2631;RBI=0.0653398;REFB=0.0110476;REVB=-0.0173644;RO=60;SAF=17;SAR=14;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111597;STB=0.564623;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0240806;OID=.;OPOS=17834213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:60:60:31:31:0.340659:14:17:27:33:14:17:27:33 chr6 17882140 . A T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0495681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6251;QD=35.5757;RBI=0.0846016;REFB=0;REVB=0.0685596;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161069;OID=.;OPOS=17882140;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr6 18130994 . G A 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.119799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.894;QD=18.7958;RBI=0.121023;REFB=-0.000870494;REVB=-0.0171704;RO=26;SAF=7;SAR=16;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452756;STB=0.540719;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-2.03878e-05;OID=.;OPOS=18130994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:27:23:23:0.46:16:7:9:17:16:7:10:17 chr6 18161563 . G A 205.3 PASS AF=0.337662;AO=25;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.00410694;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.932;QD=10.6648;RBI=0.00420829;REFB=-0.00597898;REVB=-0.000918031;RO=51;SAF=14;SAR=11;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103173;STB=0.561998;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0143963;OID=.;OPOS=18161563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:51:25:26:0.337662:11:14:33:18:11:15:34:17 chr6 18188091 . T C 447.3 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0295122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.636;QD=18.4453;RBI=0.0369196;REFB=-0.0160434;REVB=-0.022183;RO=51;SAF=31;SAR=14;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126093;STB=0.566467;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0189879;OID=.;OPOS=18188091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:52:45:45:0.463918:14:31:29:22:14:31:30:22 chr6 18215303 . T C 2883.92 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.391;QD=63.0365;RBI=0.0375096;REFB=0;REVB=-0.00333836;RO=0;SAF=80;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.13156e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11488e-05;OID=.;OPOS=18215303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:183:0:0:183:183:1:103:80:0:0:103:80:0:0 chr6 18273431 . G A 261.63 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0284296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8962;QD=14.7397;RBI=0.0451115;REFB=-0.00409462;REVB=-0.0350257;RO=41;SAF=13;SAR=17;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450154;STB=0.525488;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00437965;OID=.;OPOS=18273431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:17:13:16:25:17:13:16:25 chr6 18466677 . A T 1019.3 PASS AF=0.891566;AO=74;DP=83;FAO=74;FDP=83;FR=.;FRO=9;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.00901539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7644;QD=49.1231;RBI=0.0138399;REFB=-0.0231974;REVB=-0.0105007;RO=8;SAF=29;SAR=45;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114134;STB=0.567146;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0199539;OID=.;OPOS=18466677;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:83:83:8:9:74:74:0.891566:45:29:8:0:45:29:9:0 chr6 18466750 . C T 301.32 PASS AF=0.351852;AO=38;DP=108;FAO=38;FDP=108;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.0133237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.284;QD=11.16;RBI=0.0170556;REFB=-0.0123146;REVB=0.0106476;RO=70;SAF=19;SAR=19;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644262;STB=0.537018;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0214585;OID=.;OPOS=18466750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:70:70:38:38:0.351852:19:19:31:39:19:19:31:39 chr6 18467328 . C G 236.24 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00695859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7159;QD=17.4992;RBI=0.00789713;REFB=0.0147408;REVB=-0.00373398;RO=27;SAF=18;SAR=8;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269425;STB=0.529389;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.0321813;OID=.;OPOS=18467328;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:28:26:26:0.481481:8:18:18:9:8:18:18:10 chr6 18836419 . G C 166.43 PASS AF=0.4;AO=17;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0179101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.638;QD=14.7937;RBI=0.019178;REFB=0.0081901;REVB=-0.00685764;RO=27;SAF=7;SAR=10;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337591;STB=0.701921;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0123502;OID=.;OPOS=18836419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:17:18:0.4:10:7:20:7:11:7:20:7 chr6 20102560 . C T 221.33 PASS AF=0.225166;AO=34;DP=151;FAO=34;FDP=151;FR=.;FRO=117;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=61;FSRR=56;FWDB=0.00495664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.152;QD=5.86313;RBI=0.0723208;REFB=0.000104344;REVB=-0.0721508;RO=117;SAF=6;SAR=28;SRF=61;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464689;STB=0.788055;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00151655;OID=.;OPOS=20102560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:117:117:34:34:0.225166:28:6:61:56:28:6:61:56 chr6 20282269 . T C 213.44 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00223712;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.868;QD=47.4313;RBI=0.0658528;REFB=0;REVB=0.0658148;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000868119;OID=.;OPOS=20282269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:10:8:0:0 chr6 20492995 . T C 413.12 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00190435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.146;QD=21.4607;RBI=0.0088301;REFB=-0.0112358;REVB=-0.0086223;RO=33;SAF=27;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724839;STB=0.538125;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00832431;OID=.;OPOS=20492995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:33:36:41:41:0.532468:14:27:19:14:14:27:21:15 chr6 20599628 . C T 1859.12 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.716;QD=61.4585;RBI=0.0395732;REFB=0;REVB=0.0178809;RO=0;SAF=60;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61949e-05;OID=.;OPOS=20599628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:61:60:0:0:61:60:0:0 chr6 21000465 . CA AC,C 172.03 PASS AF=0.0232558,0.44186;AO=4,25;DP=86;FAO=2,38;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=0,4;FSAR=2,34;FSRF=35;FSRR=11;FWDB=0.0242435,0.104918;FXX=0.0114929;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=130.419,10.6752;QD=8.00162;RBI=0.0249962,0.176604;REFB=-0.00730125,-0.084336;REVB=-0.00608767,-0.14206;RO=38;SAF=1,3;SAR=3,22;SRF=32;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.615577,-0.708617;STB=0.997301,0.880267;STBP=0.027,0;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0276153,0.121931;OID=.,.;OPOS=21000465,21000466;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:86:86:38:46:4,25:2,38:0.0232558,0.44186:3,22:1,3:32:6:2,34:0,4:35:11 chr6 21065449 . CA TG 164.57 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00459776;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=2;MLLD=286.972;QD=11.1573;RBI=0.00474128;REFB=-0.0070916;REVB=-0.00115773;RO=38;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113255;STB=0.565854;STBP=0.469;TYPE=mnp;VARB=0.0149294;OID=.;OPOS=21065449;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:38:38:21:21:0.355932:10:11:16:22:10:11:16:22 chr6 21108618 . G GT,T 40.11 PASS AF=0.292683,0.0243902;AO=7,9;DP=40;FAO=12,1;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5,0;FSAR=7,1;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0623749,0.002661;FXX=0;HRUN=8,1;LEN=1,1;MLLD=8.85578,225.878;QD=3.91272;RBI=0.200416,0.0128851;REFB=-0.0347856,0.0041284;REVB=0.190463,0.0126073;RO=23;SAF=4,4;SAR=3,5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0993443,-0.236878;STB=0.654226,0.99251;STBP=0.231,0.244;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0367096,0.0682731;OID=.,.;OPOS=21108619,21108618;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:40:41:23:28:7,9:12,1:0.292683,0.0243902:3,5:4,4:15:8:7,1:5,0:18:10 chr6 21201493 . G A 226.02 PASS AF=0.295238;AO=31;DP=105;FAO=31;FDP=105;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.0159634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.233;QD=8.61024;RBI=0.0195461;REFB=0.00119396;REVB=0.0112792;RO=74;SAF=8;SAR=23;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363701;STB=0.715412;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00492587;OID=.;OPOS=21201493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:74:74:31:31:0.295238:23:8:41:33:23:8:41:33 chr6 22085852 . C T 363.98 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0277012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.325;QD=13.4807;RBI=0.0278177;REFB=-0.0104927;REVB=-0.00254322;RO=64;SAF=25;SAR=18;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868762;STB=0.544879;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0299714;OID=.;OPOS=22085852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:65:43:43:0.398148:18:25:32:32:18:25:33:32 chr6 22136879 . G T 539.32 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00713512;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.272;QD=23.7062;RBI=0.00713552;REFB=-0.0224068;REVB=7.56509e-05;RO=36;SAF=28;SAR=22;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462743;STB=0.53273;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0179826;OID=.;OPOS=22136879;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:36:41:50:50:0.549451:22:28:18:18:22:28:20:21 chr6 24147409 . C A 345.77 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0575753;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.8226;QD=19.4797;RBI=0.0593407;REFB=0.0123859;REVB=0.0143668;RO=35;SAF=18;SAR=18;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126658;STB=0.507038;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.010678;OID=.;OPOS=24147409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:18:18:18:17:18:18:18:17 chr6 24147483 . A G 504.33 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=82;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0342198;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.124;QD=24.9051;RBI=0.0352753;REFB=-0.0293852;REVB=0.00856483;RO=33;SAF=26;SAR=21;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00589387;STB=0.502391;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0178953;OID=.;OPOS=24147483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:33:34:47:47:0.580247:21:26:18:15:21:26:19:15 chr6 24174955 . G C 1713.22 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00388693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6559;QD=60.6451;RBI=0.00632337;REFB=0;REVB=0.00498766;RO=0;SAF=59;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90978e-06;OID=.;OPOS=24174955;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:54:59:0:0:54:59:0:0 chr6 24291203 . T C 957.51 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0335038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1686;QD=54.715;RBI=0.0522173;REFB=-0.102802;REVB=0.0400518;RO=3;SAF=41;SAR=26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333286;STB=0.511625;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0024385;OID=.;OPOS=24291203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:70:70:3:2:67:68:0.971429:26:41:3:0:26:42:2:0 chr6 24358202 . G A 246.85 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0242772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.465;QD=17.9526;RBI=0.0248326;REFB=-0.00805922;REVB=-0.00522289;RO=27;SAF=5;SAR=21;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217768;STB=0.589402;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0135086;OID=.;OPOS=24358202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:28:26:27:0.490909:21:5:10:17:21:6:10:18 chr6 24418348 . G A 404.79 PASS AF=0.372093;AO=48;DP=129;FAO=48;FDP=129;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.0140534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.72;QD=12.5515;RBI=0.0368224;REFB=-0.00707898;REVB=-0.0340352;RO=78;SAF=31;SAR=17;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217493;STB=0.62056;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00897921;OID=.;OPOS=24418348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:78:81:48:48:0.372093:17:31:35:43:17:31:37:44 chr6 24437377 . C T 202.01 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-8.94239e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.366;QD=12.06;RBI=0.0455573;REFB=-0.0251181;REVB=0.0455572;RO=42;SAF=17;SAR=8;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253377;STB=0.646506;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0360562;OID=.;OPOS=24437377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:8:17:19:23:8:17:19:23 chr6 24437445 . G A 1274.7 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.682;QD=61.4311;RBI=0.0411452;REFB=0;REVB=0.0314131;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155994;OID=.;OPOS=24437445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:42:40:0:0:42:41:0:0 chr6 24437458 . T C 185.65 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.020969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7821;QD=9.05595;RBI=0.0214517;REFB=-0.012921;REVB=-0.00452498;RO=56;SAF=11;SAR=14;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706119;STB=0.547907;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0315978;OID=.;OPOS=24437458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:56:57:25:25:0.304878:14:11:28:28:14:11:29:28 chr6 24445829 . G A 306.66 PASS AF=0.384615;AO=34;DP=90;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0203954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.763;QD=13.4797;RBI=0.0300386;REFB=-0.00998958;REVB=-0.0220533;RO=56;SAF=23;SAR=11;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200642;STB=0.600463;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0143014;OID=.;OPOS=24445829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:56:56:34:35:0.384615:11:23:28:28:12:23:28:28 chr6 24476450 . C T 154.34 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00665571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.556;QD=10.6444;RBI=0.030594;REFB=-0.0129356;REVB=-0.0298613;RO=37;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571453;STB=0.540107;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0179986;OID=.;OPOS=24476450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:38:20:20:0.344828:12:8:13:24:12:8:13:25 chr6 24505195 . C T 144.2 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.000897869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.61;QD=8.60871;RBI=0.0196464;REFB=-0.0253277;REVB=0.0196258;RO=46;SAF=13;SAR=7;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204377;STB=0.61515;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0421587;OID=.;OPOS=24505195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:47:20:20:0.298507:7:13:22:24:7:13:23:24 chr6 24515476 . G A 200.46 PASS AF=0.313253;AO=25;DP=83;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00510279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.965;QD=9.66049;RBI=0.00880016;REFB=-0.0166599;REVB=0.00716968;RO=57;SAF=14;SAR=11;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811354;STB=0.532443;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.034189;OID=.;OPOS=24515476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:57:57:25:26:0.313253:11:14:28:29:12:14:28:29 chr6 24596478 . T G 976.83 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302212;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4548;QD=59.2016;RBI=0.0379093;REFB=0;REVB=0.0228865;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423773;OID=.;OPOS=24596478;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr6 24653273 . G C 457.81 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00484121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.119;QD=17.7789;RBI=0.00897537;REFB=-0.00932509;REVB=0.00755778;RO=53;SAF=21;SAR=28;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937577;STB=0.55708;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00937572;OID=.;OPOS=24653273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:54:49:49:0.475728:28:21:28:25:28:21:29:25 chr6 24653376 . G A 1105.01 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.07;QD=59.73;RBI=0.0173917;REFB=0;REVB=0.00186283;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234047;OID=.;OPOS=24653376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:39:33:0:0:39:35:0:0 chr6 24698215 . G A 360.77 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0100079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.061;QD=17.5985;RBI=0.0230677;REFB=-0.00717825;REVB=-0.0207837;RO=41;SAF=19;SAR=19;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113451;STB=0.512189;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0129601;OID=.;OPOS=24698215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:44:38:38:0.463415:19:19:20:21:19:19:23:21 chr6 24780892 . A C 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0383719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.278;QD=54.823;RBI=0.0397805;REFB=-0.0737229;REVB=0.0104922;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513508;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00341161;OID=.;OPOS=24780892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:18:32:0:0:18:32:0:1 chr6 24804808 . G C 1071.39 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0425506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.735;QD=56.3889;RBI=0.060643;REFB=-0.144664;REVB=0.043209;RO=2;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337494;STB=0.517237;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0064377;OID=.;OPOS=24804808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:73:74:0.973684:27:46:0:2:28:46:0:2 chr6 24804860 . G T 1525.73 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00955728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.52;QD=59.8325;RBI=0.0141632;REFB=0;REVB=0.0104524;RO=0;SAF=72;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64702e-06;OID=.;OPOS=24804860;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:30:72:0:0:30:72:0:0 chr6 24818785 . A G 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.252;QD=60.3764;RBI=0.0261784;REFB=0;REVB=-0.0226882;RO=0;SAF=11;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08089e-05;OID=.;OPOS=24818785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:63:11:0:0:63:11:0:0 chr6 24825511 . A G 1309.26 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100106;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9775;QD=61.612;RBI=0.0316703;REFB=0;REVB=-0.0300465;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000435141;OID=.;OPOS=24825511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:51:33:0:0:52:33:0:0 chr6 24830846 . G T 228.14 PASS AF=0.194175;AO=40;DP=206;FAO=40;FDP=206;FR=.;FRO=166;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=87;FSRR=79;FWDB=-0.0138813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.149;QD=4.4299;RBI=0.0153859;REFB=-0.00811768;REVB=-0.00663582;RO=165;SAF=15;SAR=25;SRF=87;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195752;STB=0.620378;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0430618;OID=.;OPOS=24830846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:165:166:40:40:0.194175:25:15:87:78:25:15:87:79 chr6 25420344 . C G 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.889;QD=63.1953;RBI=0.0229241;REFB=0;REVB=-0.0222117;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05395e-05;OID=.;OPOS=25420344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:41:51:0:0:41:51:0:0 chr6 25600968 . G A 237.12 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00799602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9695;QD=19.7597;RBI=0.0399672;REFB=-0.064238;REVB=0.0391592;RO=24;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268513;STB=0.529386;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0465434;OID=.;OPOS=25600968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:15:8:9:15:15:8:10:15 chr6 25605091 . G A 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.015423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0466;QD=18.9018;RBI=0.0231356;REFB=0.022182;REVB=-0.0172449;RO=34;SAF=14;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803512;STB=0.544789;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.0231542;OID=.;OPOS=25605091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:20:14:17:17:20:14:17:17 chr6 25691362 . C T 1009.11 PASS AF=0.485981;AO=103;DP=213;FAO=104;FDP=214;FR=.;FRO=110;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=54;FSRR=56;FWDB=-0.0908098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.005;QD=18.8618;RBI=0.0945613;REFB=-0.00185654;REVB=-0.026371;RO=109;SAF=43;SAR=60;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651672;STB=0.540456;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00178928;OID=.;OPOS=25691362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:214:109:110:103:104:0.485981:60:43:53:56:61:43:54:56 chr6 25726675 . G A 591.46 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=97;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0175654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=330.393;QD=24.3902;RBI=0.0189722;REFB=-0.0223318;REVB=-0.00716933;RO=43;SAF=23;SAR=31;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644739;STB=0.535293;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0151907;OID=.;OPOS=25726675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:43:54:54:0.556701:31:23:15:28:31:23:15:28 chr6 25727265 . C T 416.12 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.00117162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.162;QD=16.16;RBI=0.00850108;REFB=-0.013936;REVB=-0.00841996;RO=56;SAF=19;SAR=27;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189434;STB=0.600964;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0171886;OID=.;OPOS=25727265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:56:57:46:46:0.446602:27:19:34:22:27:19:34:23 chr6 25727334 . C T 419.85 PASS AF=0.385827;AO=49;DP=127;FAO=49;FDP=127;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=0.0129812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4959;QD=13.2235;RBI=0.0372065;REFB=0.0106944;REVB=-0.0348685;RO=78;SAF=29;SAR=20;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120549;STB=0.506833;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.0114265;OID=.;OPOS=25727334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:78:78:49:49:0.385827:20:29:47:31:20:29:47:31 chr6 25727517 . G A 88.98 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0102403;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.138;QD=13.6888;RBI=0.0104071;REFB=-0.0106037;REVB=0.0018556;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771943;STB=0.545372;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0254827;OID=.;OPOS=25727517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:27:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:7:8:5:6:7:8 chr6 25769349 . T C 1207.48 PASS AF=0.964286;AO=82;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0589381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7355;QD=57.4989;RBI=0.0780136;REFB=0.0434602;REVB=-0.0511119;RO=2;SAF=38;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242698;STB=0.519476;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.0181914;OID=.;OPOS=25769349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:2:3:82:81:0.964286:44:38:2:0:44:37:3:0 chr6 25813150 . G A 1139.21 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.047664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.733;QD=59.18;RBI=0.0490046;REFB=-0.133074;REVB=-0.0113838;RO=1;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111331;STB=0.505746;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000613131;OID=.;OPOS=25813150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:75:76:0.987013:42:33:0:1:43:33:0:1 chr6 25849620 . A G 1492.93 PASS AF=0.969697;AO=96;DP=100;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00313878;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.775;QD=60.3206;RBI=0.0583986;REFB=-0.111393;REVB=0.0583142;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514283;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00402509;OID=.;OPOS=25849620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:100:99:0:3:96:96:0.969697:51:45:0:0:51:45:0:3 chr6 25914801 . G A 1166.84 PASS AF=0.975;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00119148;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.317;QD=58.3421;RBI=0.0423808;REFB=0.0083586;REVB=-0.0423641;RO=2;SAF=47;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.005059;STB=0.502673;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-8.04198e-05;OID=.;OPOS=25914801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:80:2:2:78:78:0.975:31:47:1:1:31:47:1:1 chr6 25914901 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.563;QD=59.5017;RBI=0.035833;REFB=0;REVB=0.00842405;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.62107e-05;OID=.;OPOS=25914901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr6 25916979 . C A,T 1386.62 PASS AF=0.0520833,0.916667;AO=6,87;DP=94;FAO=5,88;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=2,50;FSAR=3,38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000390823,-0.0134787;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.75,112.58;QD=57.7757;RBI=0.0187689,0.0340254;REFB=-0.0581543,-0.0749939;REVB=-0.0187648,0.0312418;RO=1;SAF=2,49;SAR=4,38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0962265,0.0123057;STB=0.666107,0.518983;STBP=0.34,0.08;TYPE=snp,snp;VARB=0.0729882,-0.00158091;OID=.,.;OPOS=25916979,25916979;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:94:96:1:3:6,87:5,88:0.0520833,0.916667:4,38:2,49:0:1:3,38:2,50:0:3 chr6 25967068 . C T 687.85 PASS AF=0.503704;AO=68;DP=136;FAO=68;FDP=135;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0162058;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.082;QD=20.3808;RBI=0.0197298;REFB=-0.013368;REVB=-0.0112534;RO=67;SAF=31;SAR=37;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867208;STB=0.547776;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0169706;OID=.;OPOS=25967068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:67:67:68:68:0.503704:37:31:37:30:37:31:37:30 chr6 26017773 . G A 176.16 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0360643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1128;QD=10.2121;RBI=0.0542903;REFB=-0.0131325;REVB=-0.0405809;RO=44;SAF=12;SAR=11;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784181;STB=0.543689;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0315994;OID=.;OPOS=26017773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:46:23:23:0.333333:11:12:26:18:11:12:27:19 chr6 26027433 . G A 615.81 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0354056;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.602;QD=57.285;RBI=0.0377325;REFB=-0.209383;REVB=-0.0130455;RO=2;SAF=18;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00539219;STB=0.502875;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00269956;OID=.;OPOS=26027433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:23:18:1:1:23:18:1:1 chr6 26033506 . G A 1170.11 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0021566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.413;QD=59.2461;RBI=0.0035016;REFB=0.133503;REVB=0.00275868;RO=1;SAF=43;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01088;STB=0.505746;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000617976;OID=.;OPOS=26033506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:1:1:77:78:0.987342:34:43:1:0:35:43:1:0 chr6 26044369 . A G 1491.65 PASS AF=0.980769;AO=101;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00648191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.845;QD=57.3712;RBI=0.0286537;REFB=-0.0499525;REVB=0.0279109;RO=2;SAF=58;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215516;STB=0.511361;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00173337;OID=.;OPOS=26044369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:2:2:101:102:0.980769:43:58:0:2:43:59:0:2 chr6 26045929 . T C 1343.06 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488943;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9999;QD=62.4679;RBI=0.0533781;REFB=0;REVB=-0.0214141;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000438932;OID=.;OPOS=26045929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:41:45:0:0:41:45:0:0 chr6 26056072 . G C 851.26 PASS AF=1;AO=26;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.672;QD=57.7124;RBI=0.0148809;REFB=0;REVB=0.014471;RO=0;SAF=2;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21284e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29313e-05;OID=.;OPOS=26056072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:26:59:1:24:2:0:0:25:34:0:0 chr6 26056285 . G A 330.47 PASS AF=0.38835;AO=38;DP=103;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=0.0173985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8363;QD=12.8338;RBI=0.0488751;REFB=-0.0111016;REVB=0.0456735;RO=63;SAF=15;SAR=23;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242052;STB=0.617096;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0278551;OID=.;OPOS=26056285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:63:38:40:0.38835:23:15:39:24:23:17:39:24 chr6 26056549 . A G 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.016;QD=63.1954;RBI=0.0104465;REFB=0;REVB=0.00574188;RO=0;SAF=59;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41507e-06;OID=.;OPOS=26056549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:33:59:0:0:33:59:0:0 chr6 26104280 . T C 1221.13 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00178703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7676;QD=61.0566;RBI=0.0504888;REFB=0;REVB=-0.0504571;RO=0;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000375304;OID=.;OPOS=26104280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:31:49:0:0:31:49:0:0 chr6 26108282 . C G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0159;QD=56.9373;RBI=0.0534494;REFB=0;REVB=0.032754;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00062338;OID=.;OPOS=26108282;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr6 26184102 . G A 1346.44 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.921;QD=61.2019;RBI=0.0817874;REFB=-0.115639;REVB=0.060829;RO=0;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531551;OID=.;OPOS=26184102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:88:88:0:0:87:88:1:39:48:0:0:40:48:0:0 chr6 26200083 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.757;QD=63.2867;RBI=0.012892;REFB=0;REVB=0.00644749;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17577e-05;OID=.;OPOS=26200083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr6 26200677 . A G 417.85 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0785993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.585;QD=53.9156;RBI=0.07936;REFB=0.075795;REVB=-0.0109618;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266361;STB=0.514276;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.000421714;OID=.;OPOS=26200677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:13:17:1:0:13:17:1:0 chr6 26205293 . G A 374.82 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.013572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.09;QD=49.9763;RBI=0.0140665;REFB=-0.0262605;REVB=0.00369696;RO=2;SAF=10;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191453;STB=0.510302;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00215978;OID=.;OPOS=26205293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:18:10:1:1:18:10:1:1 chr6 26285560 . A G 2333.87 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.981;QD=60.2289;RBI=0.0286492;REFB=-0.0707047;REVB=0.0254706;RO=1;SAF=65;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0053155;STB=0.502793;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=4.93005e-05;OID=.;OPOS=26285560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:155:1:1:154:154:0.993548:89:65:0:1:89:65:0:1 chr6 26285683 . T C 1345.65 PASS AF=1;AO=75;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.866;QD=62.5885;RBI=0.130088;REFB=0;REVB=0.015166;RO=0;SAF=8;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282891;OID=.;OPOS=26285683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:75:86:1:67:8:0:0:67:19:0:0 chr6 26286744 . C T 1097.38 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.029619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0802;QD=56.276;RBI=0.053489;REFB=-0.0540442;REVB=-0.0445397;RO=3;SAF=53;SAR=22;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260302;STB=0.513758;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00689953;OID=.;OPOS=26286744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:3:3:75:75:0.961538:22:53:3:0:22:53:3:0 chr6 26286748 . C G 307.24 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=11;FWDB=-0.00433335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.174;QD=15.5565;RBI=0.00861629;REFB=-0.00572922;REVB=-0.00744731;RO=45;SAF=21;SAR=13;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154466;STB=0.586499;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00565646;OID=.;OPOS=26286748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:13:21:34:11:13:21:34:11 chr6 26286838 . TTCT TT,TTC,TTCC,TTT,TTTC,TTTT 919.49 PASS AF=0.742424,0,0.0909091,0.151515,0.0151515,0;AO=10,7,8,10,5,5;DP=64;FAO=49,0,6,10,1,0;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0,6,3,1,0;FSAR=33,0,0,7,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657259,0.0635435,0.0605737,0.0550593,0.054428,0.0444394;FXX=0.0149231;HRUN=1,1,1,1,1,1;LEN=2,1,1,1,2,1;MLLD=196.455,194.859,188.366,194.29,192.676,188.629;QD=55.7268;RBI=0.0657259,0.0635868,0.0607451,0.0550788,0.0545416,0.0445003;REFB=0,0,0,0,0,0;REVB=-1.0604e-05,-0.00234653,-0.00456094,-0.00146443,-0.00351837,-0.00232746;RO=0;SAF=0,0,7,3,0,2;SAR=10,7,1,7,5,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=0,0,4.78849e-08,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,del,mnp,snp;VARB=-0.00358673,0.00301384,-0.0064008,-0.00630917,0.00018864,-0.00443335;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=26286839,26286841,26286841,26286840,26286840,26286840;OREF=TC,T,T,C,CT,C;OALT=-,-,C,-,TC,T;OMAPALT=TT,TTC,TTCC,TTT,TTTC,TTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.742424,0,0.0909091,0.151515,0.0151515,0:10,7,8,10,5,5:64:49,0,6,10,1,0:66:0:16,0,6,3,1,0:33,0,0,7,0,0:0:0:34:0:0,0,7,3,0,2:10,7,1,7,5,3:0:0 chr6 26299900 . C G,T 4419.89 PASS AF=0.0789474,0.911184;AO=23,269;DP=295;FAO=24,277;FDP=304;FR=.;FRO=3;FSAF=18,147;FSAR=6,130;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0130761,-0.0236807;FXX=0.0161807;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=193.797,52.6092;QD=58.1565;RBI=0.0248409,0.0404095;REFB=-0.0162655,-0.0518981;REVB=-0.0211208,-0.0327437;RO=3;SAF=17,147;SAR=6,122;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0197633,-0.00255025;STB=0.512185,0.501463;STBP=0.859,0.706;TYPE=snp,snp;VARB=0.0568479,0.00273228;OID=.,.;OPOS=26299900,26299900;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:65:295:304:3:3:23,269:24,277:0.0789474,0.911184:6,122:17,147:2:1:6,130:18,147:2:1 chr6 26305787 . C CGGCCACCTCGTCACAT 561.68 PASS AF=0.738462;AO=47;DP=67;FAO=48;FDP=65;FR=.;FRO=17;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00409646;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=16;MLLD=420.318;QD=34.5652;RBI=0.00704592;REFB=-0.00917003;REVB=-0.00573271;RO=18;SAF=27;SAR=20;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487724;STB=0.538446;STBP=0.312;TYPE=ins;VARB=0.00249923;OID=.;OPOS=26305788;OREF=-;OALT=GGCCACCTCGTCACAT;OMAPALT=CGGCCACCTCGTCACAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.738462:47:67:48:65:17:27:21:12:5:99:18:27:20:12:6 chr6 26305796 . C T 780.39 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0254505;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2903;QD=52.0259;RBI=0.0280375;REFB=0.0663528;REVB=0.0117632;RO=2;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324978;STB=0.525415;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000220479;OID=.;OPOS=26305796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:60:2:3:57:57:0.95:28:29:0:2:28:29:0:3 chr6 26305801 . C G 854.15 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344102;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.493;QD=57.9085;RBI=0.0412265;REFB=0;REVB=0.0227059;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142553;OID=.;OPOS=26305801;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr6 26327814 . T C 2454.93 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.801;QD=61.3732;RBI=0.0172025;REFB=0;REVB=0.00593509;RO=0;SAF=87;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32308e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6132e-06;OID=.;OPOS=26327814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:73:87:0:0:73:87:0:0 chr6 26328365 . A G 2644.25 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199539;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.071;QD=61.8538;RBI=0.0303423;REFB=-0.0920017;REVB=-0.0228582;RO=0;SAF=101;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07522e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17886e-05;OID=.;OPOS=26328365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:170:171:0:0:169:171:1:68:101:0:0:69:102:0:0 chr6 26353267 . CTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTT 138.76 PASS AF=0.688889,0.177778,0.0666667,0;AO=9,5,3,7;DP=43;FAO=31,8,3,0;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=10,3,0,0;FSAR=21,5,3,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.223432,-0.051166,-0.0623704,-0.133822;FXX=0;HRUN=11,11,1,1;LEN=1,1,12,2;MLLD=4.3941,13.6674,27.1594,16.2584;QD=12.3342;RBI=0.337352,0.0837165,0.0630931,0.138376;REFB=0.162988,0.0411072,0.05739,0.103817;REVB=0.252753,0.0662608,0.00952234,-0.0352078;RO=6;SAF=5,2,0,0;SAR=4,3,3,7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.152681,0.0621951,-0.637446,-0.758609;STB=0.565174,0.666261,0.996656,0.5;STBP=0.049,0.121,0.041,1;TYPE=del,snp,mnp,mnp;VARB=0.0424286,-0.0925059,0.0538165,-0.0399207;OID=.,.,.,.;OPOS=26353268,26353278,26353267,26353267;OREF=T,T,CTTTTTTTTTTT,CT;OALT=-,A,TCTTTTTTTTTA,TC;OMAPALT=CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:43:45:6:3:9,5,3,7:31,8,3,0:0.688889,0.177778,0.0666667,0:4,3,3,7:5,2,0,0:2:4:21,5,3,0:10,3,0,0:3:0 chr6 26412690 . G A 289.47 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.002569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9393;QD=25.7307;RBI=0.03572;REFB=0.000537169;REVB=-0.0356275;RO=18;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138919;STB=0.565987;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.00100982;OID=.;OPOS=26412690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:19:26:26:0.577778:15:11:11:7:15:11:11:8 chr6 26444344 . G A 97.5 PASS AF=0.302326;AO=14;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0860394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9609;QD=9.06969;RBI=0.0963881;REFB=0.00404385;REVB=0.0434498;RO=29;SAF=2;SAR=12;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236664;STB=0.783743;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00239948;OID=.;OPOS=26444344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:43:43:29:30:14:13:0.302326:12:2:8:21:12:1:9:21 chr6 26466225 . A C 1641.93 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0011212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6926;QD=60.2542;RBI=0.0331928;REFB=0;REVB=-0.0331738;RO=0;SAF=51;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114843;OID=.;OPOS=26466225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:58:51:0:0:58:51:0:0 chr6 26501897 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00578953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.714;QD=60.5473;RBI=0.00610983;REFB=0;REVB=0.00195228;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.68741e-06;OID=.;OPOS=26501897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:31:44:0:0:31:44:0:0 chr6 26505362 . GCGA AACG,ACGA 769.82 PASS AF=0.0363636,0.963636;AO=3,48;DP=55;FAO=2,53;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=2,22;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.072976,-0.109147;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=42.1643,75.6935;QD=55.9871;RBI=0.0740223,0.10956;REFB=0,0;REVB=0.0124014,-0.00950119;RO=0;SAF=3,19;SAR=0,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.111687,-0.00192954;OID=.,.;OPOS=26505362,26505362;OREF=GCGA,G;OALT=AACG,A;OMAPALT=AACG,ACGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:55:55:0:0:3,48:2,53:0.0363636,0.963636:0,29:3,19:0:0:0,31:2,22:0:0 chr6 26505403 . C A 556.98 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.595;QD=60.2136;RBI=0.0394456;REFB=0;REVB=0.0262101;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54444e-05;OID=.;OPOS=26505403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr6 26508194 . A C 533.81 PASS AF=0.4;AO=62;DP=155;FAO=62;FDP=155;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=60;FWDB=-0.0280394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8312;QD=13.7758;RBI=0.0578467;REFB=0.0135508;REVB=0.0505967;RO=93;SAF=27;SAR=35;SRF=33;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886853;STB=0.549824;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.0187007;OID=.;OPOS=26508194;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:93:93:62:62:0.4:35:27:33:60:35:27:33:60 chr6 26509330 . C G 940.95 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0327198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1742;QD=57.0273;RBI=0.0383424;REFB=0.0801288;REVB=0.0199889;RO=1;SAF=32;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014534;STB=0.50769;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.000566865;OID=.;OPOS=26509330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:33:32:1:0:33:32:1:0 chr6 26521435 . C G 1820.18 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.938;QD=61.1825;RBI=0.0190435;REFB=0;REVB=0.0135566;RO=0;SAF=55;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05701e-05;OID=.;OPOS=26521435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:63:55:0:0:63:56:0:0 chr6 26521520 . T C 1970.95 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.083;QD=62.0772;RBI=0.0283233;REFB=0;REVB=0.0229145;RO=0;SAF=40;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.11213e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72263e-05;OID=.;OPOS=26521520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:126:127:1:86:40:0:0:86:41:0:0 chr6 26538268 . T C 905.77 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162031;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.358;QD=58.4369;RBI=0.0995404;REFB=0;REVB=0.0982128;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115463;OID=.;OPOS=26538268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr6 26545632 . G A 701.8 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0669009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8346;QD=51.0399;RBI=0.0697111;REFB=-0.0890909;REVB=-0.0195936;RO=1;SAF=20;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229661;STB=0.53487;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0062048;OID=.;OPOS=26545632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:55:55:1:3:52:52:0.945455:32:20:1:0:32:20:3:0 chr6 26546048 . C T 884.57 PASS AF=0.927536;AO=64;DP=69;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00578861;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.011;QD=51.2794;RBI=0.0203184;REFB=-0.0316729;REVB=-0.0194763;RO=5;SAF=28;SAR=36;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224662;STB=0.511923;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00224848;OID=.;OPOS=26546048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:69:69:5:5:64:64:0.927536:36:28:3:2:36:28:3:2 chr6 26546808 . T C 1121.64 PASS AF=0.9625;AO=76;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0258442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.428;QD=56.0819;RBI=0.0289101;REFB=-0.0390514;REVB=0.0129565;RO=3;SAF=30;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449944;STB=0.523071;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00020636;OID=.;OPOS=26546808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:3:3:76:77:0.9625:46:30:3:0:46:31:3:0 chr6 26553815 . C G 714.86 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0202003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5598;QD=60.8392;RBI=0.0292003;REFB=-0.0102976;REVB=0.0210856;RO=1;SAF=22;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02089;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00130833;OID=.;OPOS=26553815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:24:22:1:0:24:22:1:0 chr6 26555484 . A G 1655.09 PASS AF=0.95;AO=113;DP=120;FAO=114;FDP=120;FR=.;FRO=6;FSAF=74;FSAR=40;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0201787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.7;QD=55.1695;RBI=0.0618081;REFB=-0.0590862;REVB=0.0584214;RO=4;SAF=73;SAR=40;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253051;STB=0.510169;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00159593;OID=.;OPOS=26555484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:120:120:4:6:113:114:0.95:40:73:4:0:40:74:5:1 chr6 26556769 . G T 2375.16 PASS AF=0.987421;AO=157;DP=160;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0336312;FXX=0.00624961;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.324;QD=59.7523;RBI=0.0431375;REFB=-0.0209875;REVB=0.0270145;RO=2;SAF=99;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00951382;STB=0.504999;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000126751;OID=.;OPOS=26556769;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:160:159:2:2:157:157:0.987421:58:99:2:0:58:99:2:0 chr6 26572165 . G T 1086.16 PASS AF=0.974026;AO=73;DP=76;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.03699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.058;QD=56.4239;RBI=0.0378976;REFB=-0.0342639;REVB=-0.0082441;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514702;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000505967;OID=.;OPOS=26572165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:77:0:2:73:75:0.974026:41:32:0:0:42:33:2:0 chr6 26575798 . CT CC,C 2441.73 PASS AF=0.0220994,0.977901;AO=8,156;DP=181;FAO=4,177;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=3,82;FSAR=1,95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0964051,-0.105771;FXX=0.0054942;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=5.80543,21.4637;QD=53.961;RBI=0.114282,0.169448;REFB=0,0;REVB=-0.0613722,-0.132382;RO=2;SAF=6,65;SAR=2,91;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.12621,-0.014411;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0818264,-0.00197356;OID=.,.;OPOS=26575799,26575799;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0.0220994,0.977901:8,156:181:4,177:181:0:3,82:1,95:0:0:3:2:6,65:2,91:2:0 chr6 26577326 . C A 3219.92 PASS AF=1;AO=209;DP=210;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273661;FXX=0.00476168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.206;QD=61.6252;RBI=0.0607629;REFB=0.0694292;REVB=0.0542516;RO=1;SAF=122;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0038889;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022771;OID=.;OPOS=26577326;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:210:209:1:0:209:209:1:87:122:1:0:87:122:0:0 chr6 26577370 . C T 3957.6 PASS AF=1;AO=245;DP=246;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197335;FXX=0.0040159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.329;QD=63.8323;RBI=0.0453731;REFB=-0.0521927;REVB=0.0408572;RO=1;SAF=136;SAR=109;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435283;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02354e-05;OID=.;OPOS=26577370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:246:248:1:0:245:248:1:109:136:0:1:109:139:0:0 chr6 26595168 . T C 1028.77 PASS AF=0.442688;AO=111;DP=252;FAO=112;FDP=253;FR=.;FRO=141;FSAF=40;FSAR=72;FSRF=58;FSRR=83;FWDB=0.0436407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4748;QD=16.2651;RBI=0.0445086;REFB=-0.0124051;REVB=-0.00874703;RO=138;SAF=39;SAR=72;SRF=56;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584344;STB=0.532281;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0170559;OID=.;OPOS=26595168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:253:138:141:111:112:0.442688:72:39:56:82:72:40:58:83 chr6 26597333 . A G 1530.05 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000678194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.67;QD=63.7519;RBI=0.0140623;REFB=0;REVB=0.0140459;RO=0;SAF=39;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44379e-05;OID=.;OPOS=26597333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:57:39:0:0:57:39:0:0 chr6 26598188 . A G 551.92 PASS AF=0.517544;AO=53;DP=114;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00343805;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=45.2933;QD=19.3658;RBI=0.0733146;REFB=-0.111299;REVB=0.0732339;RO=43;SAF=32;SAR=21;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611895;STB=0.506227;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0481779;OID=.;OPOS=26598188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:43:55:53:59:0.517544:21:32:29:14:25:34:31:24 chr6 26638503 . G A 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0171363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.843;QD=6.5736;RBI=0.0251356;REFB=-0.00455061;REVB=-0.0183888;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444666;STB=0.776992;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0351726;OID=.;OPOS=26638503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:4:2:12:4:4:2:12:4 chr6 26687509 . C T 118.07 PASS AF=0.123932;AO=28;DP=233;FAO=29;FDP=234;FR=.;FRO=205;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=137;FSRR=68;FWDB=-0.0304103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.659;QD=2.0183;RBI=0.0402419;REFB=-0.0035864;REVB=-0.0263557;RO=203;SAF=12;SAR=16;SRF=137;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30665;STB=0.712789;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0180796;OID=.;OPOS=26687509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:234:203:205:28:29:0.123932:16:12:137:66:17:12:137:68 chr6 26687522 . C T 86.37 PASS AF=0.105263;AO=24;DP=227;FAO=24;FDP=228;FR=.;FRO=204;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=133;FSRR=71;FWDB=-0.0560003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0868;QD=1.51532;RBI=0.058976;REFB=-0.00145003;REVB=-0.0184969;RO=201;SAF=15;SAR=9;SRF=131;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355215;STB=0.526045;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.013507;OID=.;OPOS=26687522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:227:228:201:204:24:24:0.105263:9:15:131:70:9:15:133:71 chr6 26745250 . A G 340.5 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00828057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.354;QD=18.1598;RBI=0.0216465;REFB=-0.0208697;REVB=0.0200001;RO=39;SAF=22;SAR=14;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295368;STB=0.516474;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00966536;OID=.;OPOS=26745250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:14:22:25:14:14:22:25:14 chr6 26745254 . C G 372.95 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00960992;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.051;QD=20.1594;RBI=0.0137694;REFB=-0.012146;REVB=0.00986134;RO=36;SAF=24;SAR=14;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191627;STB=0.510633;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0185226;OID=.;OPOS=26745254;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:36:36:38:38:0.513514:14:24:22:14:14:24:22:14 chr6 26745257 . G A 334.27 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0232191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.608;QD=16.7135;RBI=0.0295704;REFB=-0.072726;REVB=-0.0183107;RO=44;SAF=22;SAR=14;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206896;STB=0.511621;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0203147;OID=.;OPOS=26745257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:14:22:26:18:14:22:26:18 chr6 26745260 . A G 348.62 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0179779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.175;QD=17.4311;RBI=0.0181786;REFB=-0.00545783;REVB=0.00269392;RO=43;SAF=23;SAR=14;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405405;STB=0.522715;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0106643;OID=.;OPOS=26745260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:14:23:25:18:14:23:25:18 chr6 26745262 . T C 348.45 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.014375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.999;QD=17.4227;RBI=0.0430457;REFB=-0.00799219;REVB=0.0405745;RO=43;SAF=23;SAR=14;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405405;STB=0.522715;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0111894;OID=.;OPOS=26745262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:14:23:25:18:14:23:25:18 chr6 26745286 . A G 512.56 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0397666;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.499;QD=21.3568;RBI=0.0399179;REFB=0.000230738;REVB=-0.00347285;RO=47;SAF=25;SAR=24;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381295;STB=0.521064;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.000303867;OID=.;OPOS=26745286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:47:47:49:49:0.510417:24:25:26:21:24:25:26:21 chr6 26745289 . G A 479.33 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00249121;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.056;QD=18.9835;RBI=0.0218337;REFB=0.000406244;REVB=-0.0216911;RO=51;SAF=29;SAR=21;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648628;STB=0.535944;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.000603991;OID=.;OPOS=26745289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:51:50:50:0.49505:21:29:26:25:21:29:26:25 chr6 26758631 . AT GC 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0127806;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=164.049;QD=6.30288;RBI=0.0161337;REFB=0.000337068;REVB=-0.00984645;RO=39;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155669;STB=0.509418;STBP=0.948;TYPE=mnp;VARB=-0.00185145;OID=.;OPOS=26758631;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:39:41:12:12:0.226415:6:6:19:20:6:6:20:21 chr6 26758634 . ATGC TCAA 85.65 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00138211;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=249.751;QD=6.58821;RBI=0.00268072;REFB=-0.00268438;REVB=-0.00229696;RO=40;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304495;STB=0.519199;STBP=0.915;TYPE=mnp;VARB=0.00968915;OID=.;OPOS=26758634;OREF=ATGC;OALT=TCAA;OMAPALT=TCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:40:40:12:12:0.230769:6:6:19:21:6:6:19:21 chr6 27100503 . G A 417.38 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00204961;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.368;QD=15.4585;RBI=0.00403689;REFB=-0.0127424;REVB=0.00347787;RO=59;SAF=19;SAR=28;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713866;STB=0.550319;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.01322;OID=.;OPOS=27100503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:59:61:47:47:0.435185:28:19:28:31:28:19:30:31 chr6 27107610 . G A 156.21 PASS AF=0.297297;AO=21;DP=73;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.00406389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.143;QD=8.44367;RBI=0.00446921;REFB=-0.00693642;REVB=0.00185975;RO=52;SAF=18;SAR=3;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35958;STB=0.669729;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0253832;OID=.;OPOS=27107610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:52:52:21:22:0.297297:3:18:33:19:4:18:33:19 chr6 27107865 . G A 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0009292;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=210.539;QD=17.3782;RBI=0.0142836;REFB=0.00199917;REVB=-0.0142534;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455781;STB=0.526268;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00156656;OID=.;OPOS=27107865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:4:6:6:5:4:6 chr6 27114425 . G A 35.69 PASS AF=0.0862069;AO=10;DP=116;FAO=10;FDP=116;FR=.;FRO=106;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=63;FSRR=43;FWDB=0.00122666;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.641;QD=1.23061;RBI=0.0012967;REFB=-0.00437407;REVB=-0.000420402;RO=106;SAF=7;SAR=3;SRF=63;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12875;STB=0.605044;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0362455;OID=.;OPOS=27114425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:116:116:106:106:10:10:0.0862069:3:7:63:43:3:7:63:43 chr6 27181610 . G A 428.25 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.151;QD=57.0996;RBI=0.0497004;REFB=0;REVB=0.0358484;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306359;OID=.;OPOS=27181610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:26:30:1:17:9:0:0:19:11:0:0 chr6 27181619 . C T 191.57 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00341306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5333;QD=22.5372;RBI=0.0314453;REFB=0.0223869;REVB=-0.0312596;RO=15;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740321;STB=0.541622;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.0267608;OID=.;OPOS=27181619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:13:6:6:9:13:6:6:9 chr6 27181701 . T C 579.42 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00497189;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5619;QD=60.9919;RBI=0.00791786;REFB=0;REVB=0.00616221;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.0228e-05;OID=.;OPOS=27181701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr6 27203319 . C G 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0206523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.61;QD=18.4384;RBI=0.0207934;REFB=-0.0134327;REVB=0.00241772;RO=29;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618617;STB=0.534582;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0182508;OID=.;OPOS=27203319;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:13:16:14:15:13:16:14:15 chr6 27205435 . A G 387.82 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0055759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.641;QD=18.4675;RBI=0.0104214;REFB=0.00299826;REVB=0.00880421;RO=44;SAF=21;SAR=19;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108548;STB=0.560468;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00323185;OID=.;OPOS=27205435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:19:21:18:26:19:21:18:26 chr6 27217001 . C T 131.94 PASS AF=0.232558;AO=20;DP=86;FAO=20;FDP=86;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00565295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.873;QD=6.13675;RBI=0.0402052;REFB=-0.00907245;REVB=-0.0398058;RO=65;SAF=13;SAR=7;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180268;STB=0.617458;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0220116;OID=.;OPOS=27217001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:65:66:20:20:0.232558:7:13:33:32:7:13:33:33 chr6 27261700 . C G 917.33 PASS AF=0.567742;AO=88;DP=156;FAO=88;FDP=155;FR=.;FRO=67;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0119792;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.806;QD=23.6731;RBI=0.0136124;REFB=-0.0124483;REVB=0.0064649;RO=67;SAF=53;SAR=35;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147588;STB=0.580417;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00790415;OID=.;OPOS=27261700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:67:67:88:88:0.567742:35:53:28:39:35:53:28:39 chr6 27263252 . C T 511.96 PASS AF=0.551724;AO=47;DP=88;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0073823;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.947;QD=23.5385;RBI=0.00924966;REFB=-0.004079;REVB=0.00557296;RO=39;SAF=18;SAR=29;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192518;STB=0.598615;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0048265;OID=.;OPOS=27263252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:39:39:47:48:0.551724:29:18:24:15:29:19:24:15 chr6 27277402 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00758444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.032;QD=63.583;RBI=0.0164426;REFB=0;REVB=-0.0145889;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.70385e-05;OID=.;OPOS=27277402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr6 27277665 . G A 370.83 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0110373;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.567;QD=17.0496;RBI=0.0127311;REFB=-0.0189968;REVB=0.00634494;RO=48;SAF=16;SAR=23;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894618;STB=0.550213;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0327323;OID=.;OPOS=27277665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:48:48:39:39:0.448276:23:16:24:24:23:16:24:24 chr6 27279632 . C A 358.41 PASS AF=0.354839;AO=44;DP=122;FAO=44;FDP=124;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=-0.0308826;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0804;QD=11.5616;RBI=0.0565464;REFB=-0.0224908;REVB=-0.0473684;RO=78;SAF=19;SAR=25;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175162;STB=0.583904;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.042072;OID=.;OPOS=27279632;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:78:80:44:44:0.354839:25:19:46:32:25:19:45:35 chr6 27302765 . T C 500.75 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00432079;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.472;QD=21.7717;RBI=0.0218801;REFB=-4.89903e-05;REVB=0.0214493;RO=44;SAF=26;SAR=22;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632194;STB=0.534848;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=8.18837e-05;OID=.;OPOS=27302765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:22:26:27:17:22:26:27:17 chr6 27327349 . C G 480.56 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00401624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2644;QD=20.234;RBI=0.00402042;REFB=-0.0162306;REVB=0.00018329;RO=48;SAF=22;SAR=25;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291334;STB=0.516151;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0170543;OID=.;OPOS=27327349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:48:47:47:0.494737:25:22:24:24:25:22:24:24 chr6 27356867 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.92;QD=59.5016;RBI=0.0152986;REFB=0;REVB=0.00669111;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30262e-05;OID=.;OPOS=27356867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:35:33:0:0:35:34:0:0 chr6 27356902 . A G 186.86 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0525457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0954;QD=10.6778;RBI=0.0615727;REFB=0.00395993;REVB=-0.0320958;RO=46;SAF=8;SAR=16;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217908;STB=0.627342;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0155097;OID=.;OPOS=27356902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:16:8:24:22:16:8:24:22 chr6 27356925 . T G 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0474951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.426;QD=13.0537;RBI=0.0480332;REFB=-0.0210836;REVB=0.00716964;RO=31;SAF=7;SAR=16;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582431;STB=0.582707;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0287114;OID=.;OPOS=27356925;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:35:23:23:0.396552:16:7:11:20:16:7:15:20 chr6 27369873 . C T 59.13 PASS AF=0.15942;AO=11;DP=69;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.000565498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.969;QD=3.42801;RBI=0.000677857;REFB=-0.000751846;REVB=0.000373766;RO=58;SAF=9;SAR=2;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29344;STB=0.705462;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0178742;OID=.;OPOS=27369873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:69:69:58:58:11:11:0.15942:2:9:36:22:2:9:36:22 chr6 27369892 . C T 63.8 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.00739248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1252;QD=4.11609;RBI=0.0120092;REFB=0.00080951;REVB=-0.00946426;RO=51;SAF=9;SAR=2;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265105;STB=0.681445;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00790429;OID=.;OPOS=27369892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:51:51:11:11:0.177419:2:9:33:18:2:9:33:18 chr6 27370046 . T G 140.57 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0101874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9424;QD=9.37111;RBI=0.0643155;REFB=0.00113612;REVB=0.0635035;RO=41;SAF=8;SAR=11;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241982;STB=0.642467;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00176216;OID=.;OPOS=27370046;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:11:8:26:15:11:8:26:15 chr6 27370473 . T C 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00616523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3092;QD=22.5856;RBI=0.0147272;REFB=-0.00733767;REVB=-0.0133746;RO=6;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886587;STB=0.550468;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00339112;OID=.;OPOS=27370473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:7:4:3:3:7:4:3:3 chr6 27371011 . C T 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0268926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.365;QD=19.1095;RBI=0.0288211;REFB=-0.0196231;REVB=-0.0103655;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150773;STB=0.584084;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0127458;OID=.;OPOS=27371011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:13:14:9:17:13:14:9:17 chr6 27371193 . G A 573.61 PASS AF=0.495798;AO=59;DP=120;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0267581;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3813;QD=19.2809;RBI=0.027021;REFB=-0.0129941;REVB=0.00375974;RO=59;SAF=30;SAR=29;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153427;STB=0.51267;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0120141;OID=.;OPOS=27371193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:59:60:59:59:0.495798:29:30:29:30:29:30:29:31 chr6 27425185 . C A 624.08 PASS AF=0.565657;AO=56;DP=99;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00851552;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.363;QD=25.2153;RBI=0.0134124;REFB=-0.0109384;REVB=0.0103624;RO=43;SAF=20;SAR=36;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182386;STB=0.599964;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0100694;OID=.;OPOS=27425185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:43:43:56:56:0.565657:36:20:25:18:36:20:25:18 chr6 27435707 . G A 412.75 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0464433;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.0271;QD=24.6416;RBI=0.0636543;REFB=-0.00230236;REVB=0.0435304;RO=27;SAF=18;SAR=22;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505907;STB=0.527722;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00336414;OID=.;OPOS=27435707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:27:40:40:0.597015:22:18:14:13:22:18:14:13 chr6 27471515 . A G 284.66 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00102603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.78;QD=17.791;RBI=0.0182399;REFB=-0.0147004;REVB=-0.018211;RO=33;SAF=21;SAR=10;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424583;STB=0.523794;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0121204;OID=.;OPOS=27471515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:10:21:21:12:10:21:21:12 chr6 27473602 . C G 182.43 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0164573;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.21;QD=15.8638;RBI=0.025697;REFB=-0.0117744;REVB=0.0197356;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173884;STB=0.524246;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.015172;OID=.;OPOS=27473602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:26:27:19:19:0.413043:12:7:10:16:12:7:11:16 chr6 27487377 . C T 443.81 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.00253897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.572;QD=17.7522;RBI=0.00283215;REFB=-0.0018614;REVB=-0.00125487;RO=55;SAF=26;SAR=19;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208322;STB=0.616279;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00295635;OID=.;OPOS=27487377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:45:45:0.45:19:26:20:35:19:26:20:35 chr6 27515519 . A C 706.89 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.676;QD=62.8342;RBI=0.0417286;REFB=0;REVB=0.0375748;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183166;OID=.;OPOS=27515519;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr6 27551315 . AC A,AA,AG 2551.57 PASS AF=0.342697,0.0674157,0.589888;AO=45,31,77;DP=173;FAO=61,12,105;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=15,3,37;FSAR=46,9,68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630595,0.00527136,-0.00354039;FXX=0.00558628;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=194.912,195.033,102.85;QD=57.3386;RBI=0.00813215,0.00893787,0.00815867;REFB=0,0,0;REVB=-0.00513487,-0.00721792,0.00735048;RO=0;SAF=8,12,25;SAR=37,19,52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.30556e-08,-5.47712e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0040635,0.0207608,-0.00290354;OID=.,.,.;OPOS=27551316,27551316,27551316;OREF=C,C,C;OALT=-,A,G;OMAPALT=A,AA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.342697,0.0674157,0.589888:45,31,77:173:61,12,105:178:0:15,3,37:46,9,68:0:0:99:0:8,12,25:37,19,52:0:0 chr6 27560587 . A G 662.94 PASS AF=0.9;AO=45;DP=50;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0121949;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=258.369;QD=53.0351;RBI=0.0155041;REFB=0.00720443;REVB=-0.00957394;RO=4;SAF=21;SAR=24;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333812;STB=0.52687;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-4.69391e-05;OID=.;OPOS=27560587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:50:50:4:5:45:45:0.9:24:21:1:3:24:21:1:4 chr6 27573463 . G A 1302.66 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.578;QD=62.0316;RBI=0.03036;REFB=0;REVB=0.0144356;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90106e-05;OID=.;OPOS=27573463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:81:84:1:40:41:0:0:42:42:0:0 chr6 27694524 . G C 316.48 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0260878;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.5417;QD=15.252;RBI=0.0369155;REFB=-0.0163473;REVB=0.0261186;RO=46;SAF=17;SAR=18;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143856;STB=0.503788;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0271376;OID=.;OPOS=27694524;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:46:48:35:35:0.421687:18:17:23:23:18:17:23:25 chr6 27792221 . C T 714.3 PASS AF=0.963636;AO=52;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0625893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5066;QD=51.9494;RBI=0.0627782;REFB=-0.0915937;REVB=-0.0048666;RO=2;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269038;STB=0.51428;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00333;OID=.;OPOS=27792221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:2:2:52:53:0.963636:34:18:0:2:34:19:0:2 chr6 27792228 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000161153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.536;QD=57.1057;RBI=0.0107905;REFB=0;REVB=0.0107893;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73682e-05;OID=.;OPOS=27792228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr6 28219496 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0035429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.945;QD=12.9747;RBI=0.0035441;REFB=-0.0107711;REVB=-9.24596e-05;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382562;STB=0.723054;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.011276;OID=.;OPOS=28219496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:8:4:13:5:8:4:13:5 chr6 28227441 . C T 272.74 PASS AF=0.261745;AO=37;DP=147;FAO=39;FDP=149;FR=.;FRO=110;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=72;FWDB=-0.0238769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7382;QD=7.32183;RBI=0.0407993;REFB=-0.00671025;REVB=0.0330828;RO=109;SAF=20;SAR=17;SRF=38;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236909;STB=0.622802;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0241997;OID=.;OPOS=28227441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:109:110:37:39:0.261745:17:20:38:71:19:20:38:72 chr6 28228342 . A G 1084.34 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0219177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.141;QD=58.6132;RBI=0.0336745;REFB=0.0285883;REVB=0.0255654;RO=0;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1792e-08;STB=0.505375;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-1.43432e-05;OID=.;OPOS=28228342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:27:46:0:0:27:46:1:0 chr6 28239873 . A G 97.96 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0209189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.97;QD=7.12413;RBI=0.0210211;REFB=0.00232721;REVB=0.00207083;RO=41;SAF=7;SAR=7;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147145;STB=0.509078;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.0131954;OID=.;OPOS=28239873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:41:41:14:14:0.254545:7:7:20:21:7:7:20:21 chr6 28239932 . T TG 414.55 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149139;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.3121;QD=48.771;RBI=0.0178896;REFB=0;REVB=0.00987999;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239715;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000517267;OID=.;OPOS=28239933;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:35:34:34:0:15:19:0:0:7:1:15:19:0:1 chr6 28264681 . G A 443.47 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00837283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.669;QD=25.7085;RBI=0.0169875;REFB=-0.0318792;REVB=-0.0147808;RO=27;SAF=22;SAR=20;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303038;STB=0.516567;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0179242;OID=.;OPOS=28264681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:27:42:42:0.608696:20:22:13:14:20:22:13:14 chr6 28269407 . G A 379.32 PASS AF=0.47619;AO=39;DP=83;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0136807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.762;QD=18.063;RBI=0.0320545;REFB=-0.0103892;REVB=-0.0289884;RO=40;SAF=25;SAR=14;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221502;STB=0.636027;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0126166;OID=.;OPOS=28269407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:40:44:39:40:0.47619:14:25:16:24:15:25:16:28 chr6 28269663 . A G 726.95 PASS AF=0.518248;AO=71;DP=137;FAO=71;FDP=137;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00204645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.53;QD=21.2249;RBI=0.0302091;REFB=-0.0293203;REVB=0.0301397;RO=66;SAF=29;SAR=42;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081604;STB=0.544871;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0296166;OID=.;OPOS=28269663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:66:66:71:71:0.518248:42:29:33:33:42:29:33:33 chr6 28294550 . T C 586.67 PASS AF=0.504202;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0129088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.386;QD=19.7199;RBI=0.0157691;REFB=-0.00314229;REVB=0.00905694;RO=59;SAF=36;SAR=24;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686714;STB=0.537918;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00561158;OID=.;OPOS=28294550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:59:59:60:60:0.504202:24:36:31:28:24:36:31:28 chr6 28327371 . G C 154.06 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0385757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.706;QD=14.3311;RBI=0.0420841;REFB=-0.000265922;REVB=0.0168223;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306575;STB=0.517787;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00111398;OID=.;OPOS=28327371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:13:13:8:9:13:13 chr6 28328064 . C T 30.55 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=15;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0387098;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.496;QD=8.14777;RBI=0.0390343;REFB=-0.0125669;REVB=-0.00502261;RO=9;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339569;STB=0.59219;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0332325;OID=.;OPOS=28328064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:15:15:9:10:5:5:0.333333:4:1:2:7:4:1:3:7 chr6 28328292 . C T 145.06 PASS AF=0.219048;AO=23;DP=105;FAO=23;FDP=105;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.011648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1955;QD=5.52596;RBI=0.0250404;REFB=-0.000807507;REVB=-0.0221664;RO=81;SAF=11;SAR=12;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143354;STB=0.583125;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00484524;OID=.;OPOS=28328292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:81:82:23:23:0.219048:12:11:48:33:12:11:48:34 chr6 28359170 . A G 468.12 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0142973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.952;QD=22.8349;RBI=0.0188212;REFB=-0.0084675;REVB=0.0122402;RO=37;SAF=31;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156233;STB=0.586249;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00963555;OID=.;OPOS=28359170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:14:31:19:18:14:31:19:18 chr6 28359186 . C T 499.14 PASS AF=0.516129;AO=47;DP=92;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00458805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7125;QD=21.4683;RBI=0.0106761;REFB=0.00882692;REVB=0.00963992;RO=45;SAF=33;SAR=14;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123689;STB=0.559018;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00737305;OID=.;OPOS=28359186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:45:45:47:48:0.516129:14:33:26:19:15:33:26:19 chr6 28483482 . A C 837.78 PASS AF=0.641026;AO=72;DP=119;FAO=75;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0123192;FXX=0.0168053;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.749;QD=28.6422;RBI=0.0211145;REFB=-0.0272542;REVB=-0.0171482;RO=30;SAF=38;SAR=34;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069807;STB=0.525394;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0137778;OID=.;OPOS=28483482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:30:42:72:75:0.641026:34:38:12:18:34:41:20:22 chr6 28542424 . G A 282.88 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00925248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7568;QD=17.4077;RBI=0.0259082;REFB=-0.0252102;REVB=-0.0241997;RO=33;SAF=19;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925111;STB=0.560489;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0379452;OID=.;OPOS=28542424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:33:34:31:31:0.476923:12:19:17:16:12:19:17:17 chr6 28542520 . C T 409.92 PASS AF=0.5125;AO=40;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0167846;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.513;QD=20.4958;RBI=0.0191789;REFB=-0.00737605;REVB=0.00927947;RO=40;SAF=22;SAR=18;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022792;STB=0.513507;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00644526;OID=.;OPOS=28542520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:39:40:41:0.5125:18:22:23:17:19:22:22:17 chr6 28601934 . A T 868.2 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.606;QD=57.8797;RBI=0.0534151;REFB=0;REVB=0.0195622;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281701;OID=.;OPOS=28601934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr6 28616066 . T A 1008.43 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.42;QD=59.3195;RBI=0.0592134;REFB=0;REVB=0.0564691;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47747e-05;OID=.;OPOS=28616066;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr6 28626098 . G A 605.47 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.405;QD=60.5469;RBI=0.0241971;REFB=0;REVB=-0.0042061;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83068e-05;OID=.;OPOS=28626098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:38:40:1:25:13:0:0:25:15:0:0 chr6 28641689 . A G 200.91 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0137105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.912;QD=15.1627;RBI=0.0354631;REFB=-0.0029243;REVB=0.0327055;RO=30;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13075;STB=0.574404;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00385216;OID=.;OPOS=28641689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:13:10:17:13:13:10:17:13 chr6 28663703 . G GA 104.46 PASS AF=0.378049;AO=26;DP=85;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.163613;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.6326;QD=5.09555;RBI=0.190367;REFB=-0.0125217;REVB=-0.0973151;RO=53;SAF=14;SAR=12;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760747;STB=0.544995;STBP=0.573;TYPE=ins;VARB=0.0143634;OID=.;OPOS=28663704;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.378049:26:85:31:82:51:16:15:30:21:99:53:14:12:32:21 chr6 28663716 . A G 1362.62 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.802;QD=61.9373;RBI=0.0249711;REFB=0;REVB=-0.0151764;RO=1;SAF=42;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111481;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.66433e-05;OID=.;OPOS=28663716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:1:0:87:88:1:45:42:1:0:45:43:0:0 chr6 28663754 . T C 1356.04 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.754;QD=61.6381;RBI=0.0365822;REFB=0;REVB=0.0288578;RO=0;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259194;OID=.;OPOS=28663754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:52:36:0:0:52:36:0:0 chr6 28678357 . T C 817.69 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.886;QD=57.3816;RBI=0.0275867;REFB=0;REVB=-0.0178459;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21806e-05;OID=.;OPOS=28678357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr6 28687468 . AG AA,A 65.77 PASS AF=0,0.392857;AO=4,7;DP=28;FAO=0,11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=0,9;FSAR=0,2;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.140764,-0.172062;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.5017,18.8341;QD=9.39589;RBI=0.15091,0.193946;REFB=-0.00908615,-0.0138505;REVB=0.0543985,0.0894963;RO=17;SAF=4,5;SAR=0,2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.653209,0.220682;STB=0.5,0.713848;STBP=1,0.106;TYPE=snp,del;VARB=0.0400575,0.0185838;OID=.,.;OPOS=28687469,28687469;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.392857:4,7:28:0,11:28:17:0,9:0,2:9:8:58:17:4,5:0,2:9:8 chr6 28687542 . T C 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.633;QD=62.6695;RBI=0.0297639;REFB=0;REVB=-0.0083151;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125629;OID=.;OPOS=28687542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:13:31:0:0:13:31:0:0 chr6 28697082 . C T 442.74 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00754995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.587;QD=22.7046;RBI=0.0152347;REFB=-0.00426628;REVB=0.0132324;RO=35;SAF=30;SAR=13;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647206;STB=0.535697;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00343081;OID=.;OPOS=28697082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:13:30:22:13:13:30:22:13 chr6 28697086 . C T 321.2 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0305019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.856;QD=16.2632;RBI=0.0330585;REFB=-0.0181145;REVB=-0.0127476;RO=44;SAF=22;SAR=13;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326837;STB=0.518363;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0151463;OID=.;OPOS=28697086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:13:22:29:15:13:22:29:15 chr6 28703244 . T C 407.56 PASS AF=0.380952;AO=48;DP=126;FAO=48;FDP=126;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=-0.00161421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.119;QD=12.9383;RBI=0.0182266;REFB=-0.00384324;REVB=0.018155;RO=78;SAF=26;SAR=22;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673408;STB=0.538188;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00631812;OID=.;OPOS=28703244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:78:78:48:48:0.380952:22:26:47:31:22:26:47:31 chr6 28703281 . T C 364.31 PASS AF=0.343511;AO=45;DP=131;FAO=45;FDP=131;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=52;FSRR=34;FWDB=0.00250174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.62;QD=11.1239;RBI=0.00520881;REFB=0.00513888;REVB=0.0045687;RO=85;SAF=21;SAR=24;SRF=51;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150977;STB=0.58986;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00981678;OID=.;OPOS=28703281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:85:86:45:45:0.343511:24:21:51:34:24:21:52:34 chr6 28715604 . G C 497.96 PASS AF=0.419847;AO=54;DP=130;FAO=55;FDP=131;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.0298111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3452;QD=15.205;RBI=0.0306146;REFB=0.00207555;REVB=0.0069679;RO=75;SAF=30;SAR=24;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508801;STB=0.518822;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.00308653;OID=.;OPOS=28715604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:75:76:54:55:0.419847:24:30:38:37:25:30:39:37 chr6 28758580 . TTTG T 191.84 PASS AF=0.405063;AO=31;DP=80;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0119189;FXX=0.0246883;HRUN=3;LEN=3;MLLD=259.577;QD=9.71346;RBI=0.0191088;REFB=-0.00648567;REVB=0.0149361;RO=41;SAF=11;SAR=20;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895933;STB=0.565139;STBP=0.362;TYPE=del;VARB=0.00862408;OID=.;OPOS=28758581;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.405063:31:80:32:79:47:11:21:21:26:99:41:11:20:18:23 chr6 28770596 . A AC 220.52 PASS AF=0.555556;AO=31;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.119467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.232;QD=14.001;RBI=0.121235;REFB=-0.0389742;REVB=-0.0206285;RO=29;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178237;STB=0.573341;STBP=0.238;TYPE=ins;VARB=0.0332457;OID=.;OPOS=28770597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:31:63:35:63:28:18:17:19:9:99:29:15:16:20:9 chr6 28775664 . C T 671.9 PASS AF=0.592593;AO=63;DP=107;FAO=64;FDP=108;FR=.;FRO=44;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00133999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.412;QD=24.885;RBI=0.0128424;REFB=-0.0147031;REVB=0.0127723;RO=44;SAF=34;SAR=29;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813239;STB=0.54045;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0112305;OID=.;OPOS=28775664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:44:44:63:64:0.592593:29:34:19:25:30:34:19:25 chr6 28779933 . G A 340.76 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00957807;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.196;QD=20.6518;RBI=0.0132482;REFB=-0.00638616;REVB=0.00915289;RO=31;SAF=16;SAR=19;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00472255;STB=0.502616;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00738867;OID=.;OPOS=28779933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:31:31:35:35:0.530303:19:16:14:17:19:16:14:17 chr6 28785085 . C T 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0203309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.519;QD=55.41;RBI=0.0203808;REFB=-0.011495;REVB=0.0014256;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016546;STB=0.508769;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.000158748;OID=.;OPOS=28785085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:28:29:0:1:28:29:0:1 chr6 28791134 . G A 185.23 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0128963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.866;QD=10.2904;RBI=0.0199702;REFB=-0.00756964;REVB=-0.0152477;RO=48;SAF=8;SAR=16;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102173;STB=0.559949;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0173168;OID=.;OPOS=28791134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:16:8:20:28:16:8:20:28 chr6 28791150 . A C 213.2 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0382443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5998;QD=10.4001;RBI=0.0452426;REFB=0.0160904;REVB=0.0241716;RO=55;SAF=10;SAR=17;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577288;STB=0.533752;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.052788;OID=.;OPOS=28791150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:55:55:27:27:0.329268:17:10:23:32:17:10:23:32 chr6 28806218 . G A 136.41 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0120765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8263;QD=12.9918;RBI=0.0337926;REFB=-0.0134158;REVB=0.031561;RO=24;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243225;STB=0.64845;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0280016;OID=.;OPOS=28806218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:26:16:16:0.380952:12:4:11:13:12:4:12:14 chr6 28849157 . T C 713.91 PASS AF=0.442529;AO=77;DP=175;FAO=77;FDP=174;FR=.;FRO=97;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=67;FSRR=30;FWDB=0.00553172;FXX=0.00571396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.3153;QD=16.4117;RBI=0.0418274;REFB=0.00709959;REVB=-0.04146;RO=96;SAF=35;SAR=42;SRF=66;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22985;STB=0.629597;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00870577;OID=.;OPOS=28849157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:96:97:77:77:0.442529:42:35:66:30:42:35:67:30 chr6 28911802 . G A 309.88 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0441876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.912;QD=18.7805;RBI=0.0480202;REFB=-0.0152807;REVB=0.018799;RO=33;SAF=22;SAR=11;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309585;STB=0.517231;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0161578;OID=.;OPOS=28911802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:11:22:23:10:11:22:23:10 chr6 28912076 . C T 365.37 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00249831;FXX=0.0198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.023;QD=14.7623;RBI=0.00717582;REFB=-0.00481225;REVB=0.00672687;RO=57;SAF=22;SAR=19;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828222;STB=0.541585;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00767567;OID=.;OPOS=28912076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:57:58:41:41:0.414141:19:22:26:31:19:22:27:31 chr6 28945323 . G A 100.89 PASS AF=0.267857;AO=14;DP=53;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0171105;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=160.603;QD=7.20648;RBI=0.0171718;REFB=-0.0112141;REVB=0.0014495;RO=39;SAF=3;SAR=11;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.519716;STB=0.7729;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0557691;OID=.;OPOS=28945323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:39:41:14:15:0.267857:11:3:26:13:11:4:27:14 chr6 28945522 . C T 486.69 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0145015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.923;QD=16.6388;RBI=0.0159153;REFB=-0.00846287;REVB=-0.00655771;RO=64;SAF=22;SAR=31;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114666;STB=0.563978;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0115375;OID=.;OPOS=28945522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:64:64:53:53:0.452991:31:22:34:30:31:22:34:30 chr6 28963248 . T G 1243.73 PASS AF=0.492248;AO=127;DP=258;FAO=127;FDP=258;FR=.;FRO=131;FSAF=83;FSAR=44;FSRF=67;FSRR=64;FWDB=0.0149939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2973;QD=19.2826;RBI=0.0236797;REFB=-0.00308605;REVB=-0.0183279;RO=129;SAF=83;SAR=44;SRF=65;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143968;STB=0.575932;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00326333;OID=.;OPOS=28963248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:129:131:127:127:0.492248:44:83:65:64:44:83:67:64 chr6 29012067 . C T 620.13 PASS AF=0.392265;AO=70;DP=178;FAO=71;FDP=181;FR=.;FRO=110;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=57;FSRR=53;FWDB=-0.0202064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5755;QD=13.7045;RBI=0.0941916;REFB=0.0239718;REVB=-0.0919987;RO=108;SAF=47;SAR=23;SRF=56;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173384;STB=0.591797;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0359152;OID=.;OPOS=29012067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:181:108:110:70:71:0.392265:23:47:56:52:24:47:57:53 chr6 29012116 . G A 795.31 PASS AF=0.405405;AO=90;DP=222;FAO=90;FDP=222;FR=.;FRO=132;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=66;FSRR=66;FWDB=-0.00425981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.242;QD=14.33;RBI=0.0258474;REFB=-0.0111575;REVB=-0.025494;RO=132;SAF=51;SAR=39;SRF=66;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711876;STB=0.539918;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0172959;OID=.;OPOS=29012116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:132:132:90:90:0.405405:39:51:66:66:39:51:66:66 chr6 29068759 . C A 783.0 PASS AF=0.463277;AO=82;DP=177;FAO=82;FDP=177;FR=.;FRO=95;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.0495166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1553;QD=17.6949;RBI=0.0554101;REFB=0.00448018;REVB=-0.0248675;RO=95;SAF=44;SAR=38;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030427;STB=0.516856;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00551754;OID=.;OPOS=29068759;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:95:95:82:82:0.463277:38:44:48:47:38:44:48:47 chr6 29069016 . G A 1055.91 PASS AF=0.433962;AO=115;DP=265;FAO=115;FDP=265;FR=.;FRO=150;FSAF=45;FSAR=70;FSRF=74;FSRR=76;FWDB=0.00544719;FXX=0.00375926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.778;QD=15.9383;RBI=0.0156238;REFB=-0.00133764;REVB=0.0146435;RO=150;SAF=45;SAR=70;SRF=74;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106107;STB=0.55905;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00264665;OID=.;OPOS=29069016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:150:150:115:115:0.433962:70:45:74:76:70:45:74:76 chr6 29069264 . T C 724.68 PASS AF=0.359833;AO=86;DP=239;FAO=86;FDP=239;FR=.;FRO=153;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=74;FSRR=79;FWDB=0.000349562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.944;QD=12.1286;RBI=0.0110102;REFB=-0.0100057;REVB=0.0110046;RO=152;SAF=40;SAR=46;SRF=74;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245113;STB=0.511907;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0131936;OID=.;OPOS=29069264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:152:153:86:86:0.359833:46:40:74:78:46:40:74:79 chr6 29069299 . C T 733.85 PASS AF=0.356557;AO=87;DP=244;FAO=87;FDP=244;FR=.;FRO=157;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=83;FSRR=74;FWDB=-0.00245566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.046;QD=12.0303;RBI=0.0103131;REFB=-0.00956488;REVB=-0.0100165;RO=155;SAF=43;SAR=44;SRF=82;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392151;STB=0.522127;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0170883;OID=.;OPOS=29069299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:155:157:87:87:0.356557:44:43:82:73:44:43:83:74 chr6 29069337 . A T 799.1 PASS AF=0.364662;AO=93;DP=264;FAO=97;FDP=266;FR=.;FRO=169;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=95;FSRR=74;FWDB=-0.00312506;FXX=0.011152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.154;QD=12.0165;RBI=0.0146221;REFB=-0.00658823;REVB=0.0142843;RO=167;SAF=51;SAR=42;SRF=95;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234441;STB=0.523211;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0105019;OID=.;OPOS=29069337;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:266:167:169:93:97:0.364662:42:51:95:72:46:51:95:74 chr6 29079940 . G A 285.56 PASS AF=0.218605;AO=47;DP=215;FAO=47;FDP=215;FR=.;FRO=168;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=77;FSRR=91;FWDB=-0.013785;FXX=0.00921617;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.794;QD=5.31276;RBI=0.0194082;REFB=0.000336161;REVB=0.0136621;RO=166;SAF=27;SAR=20;SRF=76;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148035;STB=0.590271;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00141428;OID=.;OPOS=29079940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:166:168:47:47:0.218605:20:27:76:90:20:27:77:91 chr6 29080349 . A G 797.52 PASS AF=0.40724;AO=90;DP=221;FAO=90;FDP=221;FR=.;FRO=131;FSAF=60;FSAR=30;FSRF=66;FSRR=65;FWDB=0.00308918;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.514;QD=14.4347;RBI=0.0035659;REFB=-0.00873856;REVB=-0.00178119;RO=131;SAF=60;SAR=30;SRF=66;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180164;STB=0.601243;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0176823;OID=.;OPOS=29080349;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:131:131:90:90:0.40724:30:60:66:65:30:60:66:65 chr6 29080450 . G A 526.69 PASS AF=0.402778;AO=58;DP=144;FAO=58;FDP=144;FR=.;FRO=86;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.00932846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7797;QD=14.6303;RBI=0.0179253;REFB=-0.0222734;REVB=-0.0153068;RO=85;SAF=30;SAR=28;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119995;STB=0.503355;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0349766;OID=.;OPOS=29080450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:85:86:58:58:0.402778:28:30:43:42:28:30:44:42 chr6 29141632 . T C 1186.16 PASS AF=0.489627;AO=116;DP=241;FAO=118;FDP=241;FR=.;FRO=123;FSAF=66;FSAR=52;FSRF=73;FSRR=50;FWDB=-0.00323434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.927;QD=19.6873;RBI=0.0109194;REFB=-0.0213632;REVB=-0.0104294;RO=122;SAF=64;SAR=52;SRF=72;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363717;STB=0.517762;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0187162;OID=.;OPOS=29141632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:122:123:116:118:0.489627:52:64:72:50:52:66:73:50 chr6 29141743 . A G 4359.67 PASS AF=1;AO=277;DP=277;FAO=277;FDP=277;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0429;QD=62.9556;RBI=0.061366;REFB=0;REVB=0.0248374;RO=0;SAF=145;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157927;OID=.;OPOS=29141743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:277:277:0:0:277:277:1:132:145:0:0:132:145:0:0 chr6 29141772 . A G 874.81 PASS AF=0.374545;AO=103;DP=275;FAO=103;FDP=275;FR=.;FRO=172;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=101;FSRR=71;FWDB=-0.00542707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.215;QD=12.7245;RBI=0.00672565;REFB=-0.0146356;REVB=-0.00397256;RO=169;SAF=43;SAR=60;SRF=100;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190571;STB=0.605318;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0184184;OID=.;OPOS=29141772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:169:172:103:103:0.374545:60:43:100:69:60:43:101:71 chr6 29141849 . T C 845.13 PASS AF=0.432558;AO=93;DP=213;FAO=93;FDP=215;FR=.;FRO=122;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=59;FSRR=63;FWDB=-0.0204126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.199;QD=15.7233;RBI=0.0207118;REFB=-0.0259854;REVB=0.00350732;RO=117;SAF=39;SAR=54;SRF=55;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051703;STB=0.536978;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0323689;OID=.;OPOS=29141849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:215:117:122:93:93:0.432558:54:39:55:62:54:39:59:63 chr6 29142054 . C G 1138.95 PASS AF=0.473251;AO=115;DP=244;FAO=115;FDP=243;FR=.;FRO=128;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=68;FSRR=60;FWDB=0.0285095;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.489;QD=18.7482;RBI=0.0299198;REFB=0.00636198;REVB=0.00907745;RO=128;SAF=60;SAR=55;SRF=68;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0091042;STB=0.505021;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00546574;OID=.;OPOS=29142054;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:243:128:128:115:115:0.473251:55:60:68:60:55:60:68:60 chr6 29142064 . A G 1137.28 PASS AF=0.469388;AO=115;DP=247;FAO=115;FDP=245;FR=.;FRO=130;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=69;FSRR=61;FWDB=0.00461935;FXX=0.00809684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.094;QD=18.5678;RBI=0.00462302;REFB=-0.0243662;REVB=-0.000184208;RO=129;SAF=63;SAR=52;SRF=69;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124972;STB=0.509117;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0329184;OID=.;OPOS=29142064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:245:129:130:115:115:0.469388:52:63:69:60:52:63:69:61 chr6 29274486 . T C 703.83 PASS AF=0.518797;AO=69;DP=133;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0373707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8885;QD=21.1678;RBI=0.114548;REFB=-0.039919;REVB=0.108281;RO=57;SAF=33;SAR=36;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111913;STB=0.532975;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0406475;OID=.;OPOS=29274486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:57:64:69:69:0.518797:36:33:35:22:36:33:35:29 chr6 29274611 . G A 210.91 PASS AF=0.214724;AO=35;DP=163;FAO=35;FDP=163;FR=.;FRO=128;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=74;FSRR=54;FWDB=-0.0128159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.6;QD=5.17576;RBI=0.0155005;REFB=-0.0059208;REVB=-0.00871888;RO=128;SAF=15;SAR=20;SRF=74;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188479;STB=0.615852;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.033574;OID=.;OPOS=29274611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:128:128:35:35:0.214724:20:15:74:54:20:15:74:54 chr6 29323259 . G A 850.24 PASS AF=0.983607;AO=56;DP=56;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0159069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.884;QD=55.7534;RBI=0.103596;REFB=0.0224577;REVB=0.102367;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.000733229;OID=.;OPOS=29323259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:61:0:1:56:60:0.983607:21:35:0:0:26:34:1:0 chr6 29323905 . A C 202.41 PASS AF=0.413793;AO=23;DP=57;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0612054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0603;QD=13.9594;RBI=0.106164;REFB=-0.0166591;REVB=0.0867447;RO=34;SAF=15;SAR=8;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193481;STB=0.592028;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0333784;OID=.;OPOS=29323905;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:34:34:23:24:0.413793:8:15:16:18:9:15:16:18 chr6 29342236 . A G 866.63 PASS AF=0.475936;AO=88;DP=187;FAO=89;FDP=187;FR=.;FRO=98;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=54;FSRR=44;FWDB=0.0202806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.691;QD=18.5376;RBI=0.020281;REFB=-0.00398094;REVB=-0.000125292;RO=96;SAF=31;SAR=57;SRF=54;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202882;STB=0.602632;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00418785;OID=.;OPOS=29342236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:96:98:88:89:0.475936:57:31:54:42:57:32:54:44 chr6 29342815 . C T 222.42 PASS AF=0.28972;AO=31;DP=107;FAO=31;FDP=107;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.013329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.436;QD=8.31479;RBI=0.0406569;REFB=-0.00698449;REVB=-0.0384099;RO=73;SAF=19;SAR=12;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631382;STB=0.534687;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0155285;OID=.;OPOS=29342815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:73:76:31:31:0.28972:12:19:41:32:12:19:43:33 chr6 29364615 . G T 1093.23 PASS AF=0.474359;AO=110;DP=237;FAO=111;FDP=234;FR=.;FRO=123;FSAF=81;FSAR=30;FSRF=69;FSRR=54;FWDB=-0.00268486;FXX=0.016806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.531;QD=18.6877;RBI=0.0101989;REFB=-0.0245089;REVB=0.00983912;RO=127;SAF=80;SAR=30;SRF=73;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169487;STB=0.601891;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0281128;OID=.;OPOS=29364615;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:234:127:123:110:111:0.474359:30:80:73:54:30:81:69:54 chr6 29364643 . T C 694.17 PASS AF=0.419355;AO=76;DP=182;FAO=78;FDP=186;FR=.;FRO=108;FSAF=53;FSAR=25;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=0.0141192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0525;QD=14.9284;RBI=0.0699086;REFB=-0.0204523;REVB=0.068468;RO=106;SAF=51;SAR=25;SRF=54;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176909;STB=0.604889;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0366387;OID=.;OPOS=29364643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:186:106:108:76:78:0.419355:25:51:54:52:25:53:55:53 chr6 29364787 . C T 1647.81 PASS AF=0.974138;AO=110;DP=115;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0820141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4801;QD=56.8211;RBI=0.0856424;REFB=-0.091001;REVB=0.0246638;RO=5;SAF=63;SAR=47;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00229747;STB=0.502421;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0036453;OID=.;OPOS=29364787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:116:5:3:110:113:0.974138:47:63:3:2:48:65:2:1 chr6 29364815 . C G 449.63 PASS AF=0.442478;AO=48;DP=112;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.00679289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.688;QD=15.9161;RBI=0.00794261;REFB=-0.00419968;REVB=-0.00411603;RO=63;SAF=29;SAR=19;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115227;STB=0.573004;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00742591;OID=.;OPOS=29364815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:63:63:48:50:0.442478:19:29:31:32:19:31:31:32 chr6 29364835 . T G 460.02 PASS AF=0.409449;AO=52;DP=127;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.000498165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.271;QD=14.4888;RBI=0.00763413;REFB=-0.00547544;REVB=0.00761786;RO=75;SAF=29;SAR=23;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538124;STB=0.530314;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0113352;OID=.;OPOS=29364835;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:75:75:52:52:0.409449:23:29:38:37:23:29:38:37 chr6 29364838 . C G 469.83 PASS AF=0.40458;AO=53;DP=131;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0361366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0683;QD=14.346;RBI=0.0483089;REFB=0.00585285;REVB=0.0320607;RO=78;SAF=30;SAR=23;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566817;STB=0.531965;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.00847515;OID=.;OPOS=29364838;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:78:78:53:53:0.40458:23:30:40:38:23:30:40:38 chr6 29364951 . G A 532.27 PASS AF=0.384146;AO=63;DP=164;FAO=63;FDP=164;FR=.;FRO=101;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=-0.0108254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.815;QD=12.9823;RBI=0.0203259;REFB=-0.00884818;REVB=-0.0172033;RO=101;SAF=24;SAR=39;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838972;STB=0.547518;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0129451;OID=.;OPOS=29364951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:101:101:63:63:0.384146:39:24:46:55:39:24:46:55 chr6 29365241 . T C 802.31 PASS AF=0.5;AO=81;DP=164;FAO=82;FDP=164;FR=.;FRO=82;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=30;FWDB=0.0080856;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.81;QD=19.5685;RBI=0.0145461;REFB=-0.00975259;REVB=-0.0120918;RO=82;SAF=48;SAR=33;SRF=52;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396557;STB=0.519154;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0106798;OID=.;OPOS=29365241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:82:82:81:82:0.5:33:48:52:30:33:49:52:30 chr6 29365423 . A T 477.23 PASS AF=0.388489;AO=54;DP=140;FAO=54;FDP=139;FR=.;FRO=85;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=0.00524228;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.821;QD=13.7331;RBI=0.0059448;REFB=-0.0145786;REVB=-0.00280342;RO=86;SAF=16;SAR=38;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13429;STB=0.571573;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0219945;OID=.;OPOS=29365423;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:86:85:54:54:0.388489:38:16:35:51:38:16:34:51 chr6 29385237 . T C 748.17 PASS AF=0.529412;AO=71;DP=136;FAO=72;FDP=136;FR=.;FRO=64;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0186629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2217;QD=22.0049;RBI=0.021079;REFB=0.0193661;REVB=0.00979891;RO=65;SAF=44;SAR=27;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166597;STB=0.582758;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0148163;OID=.;OPOS=29385237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:65:64:71:72:0.529412:27:44:28:37:28:44:28:36 chr6 29407970 . T C 682.33 PASS AF=0.527559;AO=67;DP=127;FAO=67;FDP=127;FR=.;FRO=60;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00594282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0712;QD=21.4906;RBI=0.0292698;REFB=-0.0173027;REVB=-0.0286601;RO=60;SAF=39;SAR=28;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715964;STB=0.53933;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0205776;OID=.;OPOS=29407970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:60:60:67:67:0.527559:28:39:30:30:28:39:30:30 chr6 29408313 . C A 831.02 PASS AF=0.630252;AO=75;DP=119;FAO=75;FDP=119;FR=.;FRO=44;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0119244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.811;QD=27.9335;RBI=0.02573;REFB=-0.016589;REVB=0.0228;RO=43;SAF=43;SAR=32;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021632;STB=0.515294;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00859328;OID=.;OPOS=29408313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:43:44:75:75:0.630252:32:43:26:17:32:43:27:17 chr6 29408528 . A G 533.52 PASS AF=0.426471;AO=58;DP=135;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.00965293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.225;QD=15.6919;RBI=0.0235279;REFB=-0.014836;REVB=-0.0214565;RO=77;SAF=36;SAR=22;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145442;STB=0.578211;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0241013;OID=.;OPOS=29408528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:77:78:58:58:0.426471:22:36:37:40:22:36:38:40 chr6 29430007 . C T 528.9 PASS AF=0.316742;AO=69;DP=220;FAO=70;FDP=221;FR=.;FRO=151;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=94;FSRR=57;FWDB=-0.0157906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2863;QD=9.57286;RBI=0.0195499;REFB=0.0054354;REVB=-0.0115263;RO=149;SAF=41;SAR=28;SRF=92;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02872;STB=0.516124;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.0128816;OID=.;OPOS=29430007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:221:149:151:69:70:0.316742:28:41:92:57:28:42:94:57 chr6 29431698 . A G 411.42 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0204491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1046;QD=18.4906;RBI=0.0216327;REFB=-0.00836152;REVB=0.00705731;RO=47;SAF=19;SAR=23;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15493;STB=0.586258;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.011135;OID=.;OPOS=29431698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:42:42:0.47191:23:19:29:18:23:19:29:18 chr6 29455512 . C T 318.15 PASS AF=0.322835;AO=40;DP=126;FAO=41;FDP=127;FR=.;FRO=86;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=-0.0170973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.644;QD=10.0206;RBI=0.020594;REFB=-0.0222879;REVB=-0.0114801;RO=84;SAF=22;SAR=18;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112404;STB=0.522655;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0410982;OID=.;OPOS=29455512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:84:86:40:41:0.322835:18:22:47:37:19:22:49:37 chr6 29523676 . C G 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.561;QD=64.4134;RBI=0.0575118;REFB=0;REVB=-0.0470859;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013278;OID=.;OPOS=29523676;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr6 29555778 . A G 2490.39 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0094732;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7846;QD=61.4912;RBI=0.010096;REFB=0;REVB=-0.0034911;RO=0;SAF=93;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95728e-05;OID=.;OPOS=29555778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:162:0:0:160:162:1:67:93:0:0:68:94:0:0 chr6 29555809 . C T 2668.2 PASS AF=0.983051;AO=175;DP=177;FAO=174;FDP=177;FR=.;FRO=3;FSAF=95;FSAR=79;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0734183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3626;QD=60.2984;RBI=0.0796952;REFB=-0.0291557;REVB=0.0310014;RO=2;SAF=96;SAR=79;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00981283;STB=0.507771;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00242778;OID=.;OPOS=29555809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:177:177:2:3:175:174:0.983051:79:96:2:0:79:95:3:0 chr6 29599226 . C T 356.13 PASS AF=0.367521;AO=43;DP=119;FAO=43;FDP=117;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.0171686;FXX=0.0330551;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.623;QD=12.1753;RBI=0.0175605;REFB=0.00343581;REVB=-0.00368905;RO=72;SAF=23;SAR=20;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114172;STB=0.57292;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00350439;OID=.;OPOS=29599226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:72:74:43:43:0.367521:20:23:31:41:20:23:31:43 chr6 29625001 . A G 786.77 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0401709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9063;QD=55.2116;RBI=0.0402104;REFB=-0.184651;REVB=-0.00178227;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154549;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00429525;OID=.;OPOS=29625001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:55:56:0.982456:25:30:1:0:25:31:1:0 chr6 29634012 . A G 1535.49 PASS AF=1;AO=101;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00342157;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.979;QD=59.6306;RBI=0.0146676;REFB=0;REVB=0.014263;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157565;OID=.;OPOS=29634012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:101:103:1:46:55:0:0:48:55:0:0 chr6 29641220 . C T 388.63 PASS AF=0.286486;AO=53;DP=185;FAO=53;FDP=185;FR=.;FRO=132;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=66;FSRR=66;FWDB=0.0235258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6569;QD=8.40276;RBI=0.058213;REFB=-0.0152487;REVB=-0.0532475;RO=132;SAF=30;SAR=23;SRF=66;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806237;STB=0.547338;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0346599;OID=.;OPOS=29641220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:132:132:53:53:0.286486:23:30:66:66:23:30:66:66 chr6 29693011 . C T 594.18 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5136;QD=60.9419;RBI=0.0405698;REFB=0;REVB=0.0396981;RO=0;SAF=9;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000796884;OID=.;OPOS=29693011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:30:9:0:0:30:9:0:0 chr6 29695854 . G A 454.35 PASS AF=0.471154;AO=47;DP=102;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0394016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3342;QD=17.4749;RBI=0.0759106;REFB=0.0209069;REVB=0.064884;RO=55;SAF=25;SAR=22;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746893;STB=0.551;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.0178965;OID=.;OPOS=29695854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:55:55:47:49:0.471154:22:25:25:30:22:27:25:30 chr6 29718220 . G A 872.98 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438953;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7589;QD=58.1986;RBI=0.044488;REFB=0;REVB=-0.00723733;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185117;OID=.;OPOS=29718220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr6 29855580 . GCCCTGACCCT GCCCT,GCCCTGACCCA,GCCCTGGCCCT 1057.73 PASS AF=0.756757,0.175676,0.0675676;AO=53,11,5;DP=73;FAO=56,13,5;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=12,9,4;FSAR=44,4,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163718,0.051744,-0.123863;FXX=0.0512755;HRUN=1,1,1;LEN=6,1,1;MLLD=259.752,88.07,156.129;QD=57.1744;RBI=0.0166251,0.0517513,0.123905;REFB=0,0,0;REVB=0.00289075,-0.000870775,-0.00323319;RO=0;SAF=10,9,4;SAR=43,2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-2.98469e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00405242,-0.00520916,0.0363711;OID=.,.,.;OPOS=29855581,29855590,29855586;OREF=CCCTGA,T,A;OALT=-,A,G;OMAPALT=GCCCT,GCCCTGACCCA,GCCCTGGCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.756757,0.175676,0.0675676:53,11,5:73:56,13,5:74:0:12,9,4:44,4,1:0:0:77:0:10,9,4:43,2,1:0:0 chr6 29855849 . A C 439.13 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.274;QD=56.6621;RBI=0.0623074;REFB=0;REVB=0.0598616;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010169;OID=.;OPOS=29855849;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:10:20:0:0:11:20:0:0 chr6 29855856 . T C 279.22 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.241012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.06;QD=36.0285;RBI=0.280225;REFB=-0.0286217;REVB=-0.142967;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.133101;OID=.;OPOS=29855856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr6 29855858 . C A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00813619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.336;QD=57.6803;RBI=0.0340069;REFB=0;REVB=0.0330192;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276299;OID=.;OPOS=29855858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr6 29855862 . AGA GAT 447.14 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169183;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=249.388;QD=57.695;RBI=0.0418227;REFB=0;REVB=0.038248;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000180207;OID=.;OPOS=29855862;OREF=AGA;OALT=GAT;OMAPALT=GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:10:20:0:0:11:20:0:0 chr6 29855901 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.005213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.002;QD=60.9786;RBI=0.0285351;REFB=0;REVB=0.0280548;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66599e-05;OID=.;OPOS=29855901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr6 29856330 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.889;QD=62.0213;RBI=0.0184329;REFB=0;REVB=0.0103461;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163025;OID=.;OPOS=29856330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr6 29856347 . C T 671.55 PASS AF=0.978261;AO=43;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0147864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.238;QD=58.3958;RBI=0.0322506;REFB=-0.122267;REVB=0.0286612;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000984028;OID=.;OPOS=29856347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:43:45:0.978261:23:20:0:0:24:21:1:0 chr6 29856427 . G A 708.5 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.8082;QD=62.978;RBI=0.0493582;REFB=0;REVB=0.0433898;RO=0;SAF=10;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526583;OID=.;OPOS=29856427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:34:10:0:0:34:11:0:0 chr6 29856550 . C G 708.37 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.225;QD=62.9666;RBI=0.0269209;REFB=0;REVB=-0.00145907;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11605e-05;OID=.;OPOS=29856550;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr6 29856633 . T C 1298.66 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9343;QD=61.8411;RBI=0.0673419;REFB=0;REVB=0.0647009;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362158;OID=.;OPOS=29856633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:44:39:0:0:45:39:0:0 chr6 29856686 . C G 1480.84 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0223602;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.855;QD=62.3511;RBI=0.022597;REFB=-0.170433;REVB=-0.00326309;RO=1;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.009776;STB=0.505154;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=5.39149e-06;OID=.;OPOS=29856686;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:95:1:1:94:94:0.989474:48:46:0:1:48:46:0:1 chr6 29856693 . C T 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00282346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.953;QD=63.8873;RBI=0.0169821;REFB=0;REVB=0.0167458;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14575e-05;OID=.;OPOS=29856693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:53:44:0:0:53:44:0:0 chr6 29856718 . G C 1493.66 PASS AF=1;AO=101;DP=104;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00928568;FXX=0.0384578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0733;QD=59.7464;RBI=0.0238992;REFB=0;REVB=0.0220215;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05449e-05;OID=.;OPOS=29856718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:100:0:0:101:100:1:49:52:0:0:49:51:0:0 chr6 29910358 . C G 710.73 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000771886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0495;QD=54.6717;RBI=0.0484503;REFB=-0.131573;REVB=0.0484442;RO=1;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149495;STB=0.507933;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00310711;OID=.;OPOS=29910358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:31:20:0:1:31:20:0:1 chr6 29910378 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.789;QD=62.9829;RBI=0.0170452;REFB=0;REVB=0.00683327;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60894e-05;OID=.;OPOS=29910378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:28:16:0:0:29:16:0:0 chr6 29910604 . C A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.52;QD=40.7625;RBI=0.0201706;REFB=0;REVB=0.0185482;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426168;OID=.;OPOS=29910604;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr6 29910700 . G T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00857878;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.745;QD=43.486;RBI=0.0108877;REFB=0;REVB=0.00670419;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45977e-05;OID=.;OPOS=29910700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr6 29910716 . CA GG 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318365;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=269.269;QD=40.7629;RBI=0.0366337;REFB=0;REVB=0.0181236;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-7.31879e-05;OID=.;OPOS=29910716;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr6 29910730 . T A 101.99 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6363;QD=40.7962;RBI=0.0616885;REFB=0;REVB=0.0471805;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00554788;OID=.;OPOS=29910730;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:6:4:0:0 chr6 29910742 . G C 66.52 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0892808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3373;QD=26.609;RBI=0.0901325;REFB=-0.134439;REVB=-0.0123617;RO=2;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175673;STB=0.599759;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0432099;OID=.;OPOS=29910742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:4:4:0:2:4:4:0:2 chr6 29910752 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4276;QD=39.2068;RBI=0.0202487;REFB=0;REVB=0.000200154;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000996903;OID=.;OPOS=29910752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr6 29911056 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00387298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.364;QD=37.4885;RBI=0.00395786;REFB=0;REVB=-0.000815269;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99093e-05;OID=.;OPOS=29911056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr6 29911063 . TA GG 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188491;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=112.003;QD=37.4885;RBI=0.0670511;REFB=0;REVB=-0.0643472;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00236761;OID=.;OPOS=29911063;OREF=TA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr6 29911092 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.59;QD=42.1826;RBI=0.041698;REFB=0;REVB=0.0385859;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335139;OID=.;OPOS=29911092;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr6 29911114 . GG AC 175.68 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129435;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=144.829;QD=46.848;RBI=0.0207168;REFB=0;REVB=-0.0161757;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000365857;OID=.;OPOS=29911114;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:5:8:0:0:5:10:0:0 chr6 29911119 . G T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.404;QD=46.848;RBI=0.0287907;REFB=0;REVB=0.00409014;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627365;OID=.;OPOS=29911119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr6 29911154 . C A 223.36 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3699;QD=49.6344;RBI=0.123849;REFB=0;REVB=0.119049;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00528077;OID=.;OPOS=29911154;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:8:10:0:0 chr6 29911190 . G A 238.97 PASS AF=0.909091;AO=19;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0463086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6663;QD=43.4493;RBI=0.0783708;REFB=-0.0318537;REVB=0.0632258;RO=2;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101867;STB=0.54995;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00522773;OID=.;OPOS=29911190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:19:20:0.909091:8:11:0:2:9:11:0:2 chr6 29911198 . T C 340.24 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0188475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.775;QD=48.6055;RBI=0.0206773;REFB=-0.0170626;REVB=-0.00850425;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320266;STB=0.533308;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000838382;OID=.;OPOS=29911198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:1:2:26:26:0.928571:14:12:0:1:14:12:0:2 chr6 29911207 . G A 427.63 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00982261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.291;QD=51.8334;RBI=0.121468;REFB=-0.0729275;REVB=0.12107;RO=2;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517742;STB=0.52776;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00268427;OID=.;OPOS=29911207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:17:14:0:2:17:14:0:2 chr6 29911218 . G A 146.35 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0247917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.513;QD=16.7261;RBI=0.0363386;REFB=-0.0301646;REVB=0.0265681;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154651;STB=0.59988;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0405565;OID=.;OPOS=29911218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:8:8:6:12:8:8:6:13 chr6 29911228 . A T 196.64 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0254623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1268;QD=18.2919;RBI=0.072235;REFB=-0.0104359;REVB=0.0675986;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676175;STB=0.538423;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0140813;OID=.;OPOS=29911228;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:11:9:12:11:11:9:12:11 chr6 29911239 . TT CA,TG 240.28 PASS AF=0.0851064,0.425532;AO=4,20;DP=47;FAO=4,20;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=1,12;FSAR=3,8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00419299,-0.0103431;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=140.916,59.134;QD=20.4495;RBI=0.0055915,0.0296085;REFB=0.00362393,0.014651;REVB=0.00369915,-0.0277432;RO=23;SAF=1,12;SAR=3,8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.226378,0.156045;STB=0.672549,0.588696;STBP=0.533,0.287;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0109376,-0.0165823;OID=.,.;OPOS=29911239,29911240;OREF=TT,T;OALT=CA,G;OMAPALT=CA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:47:47:23:23:4,20:4,20:0.0851064,0.425532:3,8:1,12:10:13:3,8:1,12:10:13 chr6 29911256 . T G 738.1 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.578;QD=62.8173;RBI=0.040012;REFB=0;REVB=0.0305318;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220294;OID=.;OPOS=29911256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:26:20:0:0:26:21:0:0 chr6 29911296 . G A 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0180932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.476;QD=6.85054;RBI=0.02248;REFB=-0.00456203;REVB=0.0133411;RO=31;SAF=6;SAR=4;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239195;STB=0.515121;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0133357;OID=.;OPOS=29911296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:4:6:18:13:4:6:18:13 chr6 29911306 . C T 102.27 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.015264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.879;QD=9.09018;RBI=0.0320087;REFB=-0.0109498;REVB=-0.0281348;RO=31;SAF=8;SAR=5;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800431;STB=0.538946;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0388641;OID=.;OPOS=29911306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:32:13:13:0.288889:5:8:17:14:5:8:18:14 chr6 29911319 . G T 101.9 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0153238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.087;QD=8.86101;RBI=0.0171853;REFB=-0.009776;REVB=-0.00777924;RO=33;SAF=8;SAR=5;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084448;STB=0.551644;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0375416;OID=.;OPOS=29911319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:5:8:18:15:5:8:18:15 chr6 29912108 . G C 230.18 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.036355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8085;QD=46.0364;RBI=0.0376308;REFB=-0.092184;REVB=-0.00971541;RO=1;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130434;STB=0.571347;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00738488;OID=.;OPOS=29912108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:3:16:0:1:3:16:0:1 chr6 29912147 . C T 356.65 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.781;QD=54.8686;RBI=0.0464503;REFB=0;REVB=0.0455271;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105282;OID=.;OPOS=29912147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:6:19:0:0:6:20:0:0 chr6 29912280 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.155;QD=56.7053;RBI=0.00344059;REFB=0;REVB=0.000397742;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84606e-05;OID=.;OPOS=29912280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr6 29912333 . C T 563.64 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0124468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0398;QD=57.8096;RBI=0.0142584;REFB=0.0569497;REVB=0.00695565;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267628;STB=0.514278;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00264599;OID=.;OPOS=29912333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:17:21:0:1:17:21:0:1 chr6 29912368 . C T 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.555;QD=60.6088;RBI=0.0482832;REFB=0;REVB=0.0075292;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243159;OID=.;OPOS=29912368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr6 29912398 . A G 431.57 PASS AF=0.96875;AO=28;DP=30;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0163287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.89;QD=53.9464;RBI=0.0388836;REFB=-0.107277;REVB=0.0352889;RO=2;SAF=24;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840838;STB=0.545423;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0023361;OID=.;OPOS=29912398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:32:2:1:28:31:0.96875:4:24:1:1:5:26:0:1 chr6 29912413 . TG T 301.93 PASS AF=1;AO=27;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241885;FXX=0.0322477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.3327;QD=40.2577;RBI=0.093023;REFB=-0.0758401;REVB=0.0898232;RO=1;SAF=23;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.361702;SSEP=0;SSSB=-0.0197971;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0129767;OID=.;OPOS=29912414;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:31:30:30:0:25:5:0:0:4:1:23:4:1:0 chr6 29912830 . T C 1607.39 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.161;QD=64.2957;RBI=0.0464869;REFB=0;REVB=0.00864082;RO=0;SAF=57;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48888e-05;OID=.;OPOS=29912830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:100:0:0:97:100:1:40:57:0:0:40:60:0:0 chr6 29912852 . T C 1525.72 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000590518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.377;QD=59.8323;RBI=0.0373917;REFB=0;REVB=0.037387;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97751e-05;OID=.;OPOS=29912852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:46:56:0:0:46:56:0:0 chr6 29912856 . A T 1572.86 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7197;QD=59.9183;RBI=0.0453452;REFB=0;REVB=0.0103326;RO=0;SAF=55;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322626;OID=.;OPOS=29912856;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:50:55:0:0:50:55:0:0 chr6 29913042 . C T 1989.69 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00582014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.458;QD=62.1778;RBI=0.0185313;REFB=0;REVB=0.0175936;RO=0;SAF=56;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21615e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6391e-05;OID=.;OPOS=29913042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:72:56:0:0:72:56:0:0 chr6 29913067 . T C 1682.64 PASS AF=0.99115;AO=110;DP=112;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000438582;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0803;QD=59.5626;RBI=0.0195382;REFB=0.0134138;REVB=0.0195333;RO=0;SAF=54;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46761e-08;STB=0.504273;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=8.02483e-05;OID=.;OPOS=29913067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:113:0:1:110:112:0.99115:56:54:0:0:58:54:0:1 chr6 29913074 . A G 1482.35 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.23;QD=58.7071;RBI=0.0398709;REFB=0;REVB=0.0359791;RO=0;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00298425;OID=.;OPOS=29913074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:101:0:0:98:101:1:47:51:0:0:50:51:0:0 chr6 29913078 . A G 1537.3 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.71;QD=59.7011;RBI=0.0320628;REFB=0;REVB=-0.0209852;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17745e-06;OID=.;OPOS=29913078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:50:52:0:0:51:52:0:0 chr6 29976838 . A G 1457.31 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0246683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9778;QD=62.013;RBI=0.0442452;REFB=-0.0324781;REVB=-0.0367303;RO=1;SAF=54;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869954;STB=0.504586;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000382334;OID=.;OPOS=29976838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:39:54:1:0:39:54:1:0 chr6 30075843 . T C 1183.04 PASS AF=0.911111;AO=72;DP=89;FAO=82;FDP=90;FR=.;FRO=8;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0558871;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=155.397;QD=52.5796;RBI=0.055984;REFB=-0.140748;REVB=0.00329321;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523288;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000724352;OID=.;OPOS=30075843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:89:90:0:8:72:82:0.911111:36:36:0:0:42:40:6:2 chr6 30075864 . A G 1437.92 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117167;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.919;QD=63.2052;RBI=0.0259191;REFB=0;REVB=0.0231196;RO=0;SAF=52;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.82942e-05;OID=.;OPOS=30075864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:39:52:0:0:39:52:0:0 chr6 30075903 . C T 298.33 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00818825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.047;QD=13.5602;RBI=0.0211952;REFB=-0.0143398;REVB=-0.0195496;RO=54;SAF=19;SAR=15;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166697;STB=0.509505;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0223437;OID=.;OPOS=30075903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:54:34:34:0.386364:15:19:31:23:15:19:31:23 chr6 30114845 . T C 269.22 PASS AF=0.454545;AO=28;DP=64;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=-0.016801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.423;QD=16.3163;RBI=0.0175993;REFB=-0.0168813;REVB=-0.00524061;RO=36;SAF=13;SAR=15;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279232;STB=0.637445;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0241858;OID=.;OPOS=30114845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:36:36:28:30:0.454545:15:13:7:29:17:13:7:29 chr6 30114955 . C T 381.44 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0173904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.33;QD=22.4374;RBI=0.0175765;REFB=-0.0114828;REVB=0.00255108;RO=30;SAF=15;SAR=23;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320621;STB=0.517676;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00819913;OID=.;OPOS=30114955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:23:15:13:17:23:15:13:17 chr6 30115542 . G A 209.28 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0223627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7196;QD=13.7236;RBI=0.0574986;REFB=0.0269979;REVB=0.0529717;RO=36;SAF=18;SAR=7;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00285025;STB=0.501627;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.0391211;OID=.;OPOS=30115542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:7:18:26:10:7:18:26:10 chr6 30121460 . C T 490.73 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0294433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=327.027;QD=22.3058;RBI=0.0306249;REFB=-0.00440208;REVB=0.00842479;RO=41;SAF=24;SAR=23;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219569;STB=0.512096;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00364284;OID=.;OPOS=30121460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:23:24:22:19:23:24:22:19 chr6 30122154 . T C 1365.81 PASS AF=0.938144;AO=91;DP=97;FAO=91;FDP=97;FR=.;FRO=6;FSAF=56;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00981292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.511;QD=56.3222;RBI=0.0231367;REFB=-0.0347452;REVB=-0.0209527;RO=6;SAF=56;SAR=35;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481258;STB=0.525418;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00461705;OID=.;OPOS=30122154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:97:97:6:6:91:91:0.938144:35:56:6:0:35:56:6:0 chr6 30131546 . A G 501.25 PASS AF=0.510638;AO=47;DP=93;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0491928;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.664;QD=21.3296;RBI=0.0498741;REFB=-0.0106226;REVB=0.00821542;RO=41;SAF=21;SAR=26;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07606;STB=0.520153;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0107094;OID=.;OPOS=30131546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:41:46:47:48:0.510638:26:21:22:19:27:21:22:24 chr6 30139699 . G A 262.03 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0156287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.592;QD=12.4777;RBI=0.0207729;REFB=-0.0210279;REVB=0.0136841;RO=52;SAF=15;SAR=16;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017614;STB=0.516119;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0278316;OID=.;OPOS=30139699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:53:31:31:0.369048:16:15:26:26:16:15:27:26 chr6 30139759 . TCTC T 37.17 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0244588;FXX=0.0937207;HRUN=1;LEN=3;MLLD=353.432;QD=5.12709;RBI=0.0249673;REFB=-0.0136398;REVB=-0.00501357;RO=23;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169742;STB=0.610783;STBP=0.668;TYPE=del;VARB=0.048124;OID=.;OPOS=30139760;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206897:6:29:6:29:23:2:4:5:18:37:23:2:4:5:18 chr6 30140342 . T C 1607.07 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0076736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.306;QD=64.2828;RBI=0.0291163;REFB=0;REVB=0.0280869;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73496e-05;OID=.;OPOS=30140342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:52:48:0:0:52:48:0:0 chr6 30154199 . T C 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0117437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.537;QD=13.9481;RBI=0.0153228;REFB=-0.0255606;REVB=-0.00984243;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115119;STB=0.506695;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0332926;OID=.;OPOS=30154199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:8:9:14:13:8:9:14:13 chr6 30227583 . C G 140.59 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00515817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.459;QD=31.2416;RBI=0.0340744;REFB=-0.0180923;REVB=0.0336817;RO=4;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738428;STB=0.540926;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00786462;OID=.;OPOS=30227583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:6:8:3:1:6:8:3:1 chr6 30228230 . A C 379.36 PASS AF=0.4875;AO=37;DP=77;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00268179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.306;QD=18.9682;RBI=0.0191998;REFB=-0.0308115;REVB=0.0190116;RO=40;SAF=21;SAR=16;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634061;STB=0.500321;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0348681;OID=.;OPOS=30228230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:40:41:37:39:0.4875:16:21:20:20:19:20:21:20 chr6 30228379 . A G 285.44 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0192814;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.439;QD=23.3011;RBI=0.0622475;REFB=-0.0206773;REVB=-0.0591859;RO=23;SAF=15;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837099;STB=0.546715;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0157035;OID=.;OPOS=30228379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:23:23:26:26:0.530612:11:15:11:12:11:15:11:12 chr6 30228398 . CG C 91.58 PASS AF=0.461538;AO=19;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0984903;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.5644;QD=9.39288;RBI=0.125139;REFB=-0.0248752;REVB=0.0771979;RO=20;SAF=15;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350252;STB=0.68605;STBP=0.054;TYPE=del;VARB=0.0343613;OID=.;OPOS=30228399;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:19:39:18:39:21:14:4:10:11:91:20:15:4:9:11 chr6 30229013 . A G 129.29 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.017435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.113;QD=12.9293;RBI=0.0215473;REFB=-0.0198295;REVB=-0.0126614;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204886;STB=0.620525;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0297917;OID=.;OPOS=30229013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:10:5:13:12:10:5:13:12 chr6 30229034 . C CT 86.49 PASS AF=0.365854;AO=12;DP=42;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.060126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.3501;QD=8.43807;RBI=0.0627158;REFB=-0.0050412;REVB=0.0178364;RO=28;SAF=2;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433961;STB=0.586089;STBP=0.408;TYPE=ins;VARB=0.0148587;OID=.;OPOS=30229035;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365854:12:42:15:41:26:5:10:12:14:86:28:2:10:14:14 chr6 30229457 . C T 858.58 PASS AF=0.631148;AO=77;DP=122;FAO=77;FDP=122;FR=.;FRO=45;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0151342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5216;QD=28.1502;RBI=0.0295907;REFB=-0.0556536;REVB=-0.0254276;RO=45;SAF=42;SAR=35;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235398;STB=0.51274;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0364191;OID=.;OPOS=30229457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:45:45:77:77:0.631148:35:42:23:22:35:42:23:22 chr6 30229463 . G A 899.76 PASS AF=0.629921;AO=80;DP=127;FAO=80;FDP=127;FR=.;FRO=47;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0244253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.056;QD=28.339;RBI=0.0245373;REFB=-0.0279279;REVB=0.0023417;RO=47;SAF=45;SAR=35;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358445;STB=0.519398;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0141949;OID=.;OPOS=30229463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:47:47:80:80:0.629921:35:45:24:23:35:45:24:23 chr6 30230085 . T C 161.08 PASS AF=0.355932;AO=16;DP=54;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.0328187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.851;QD=10.921;RBI=0.0366992;REFB=-0.0397486;REVB=0.0164245;RO=38;SAF=3;SAR=13;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.579471;STB=0.703067;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0697948;OID=.;OPOS=30230085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:59:38:38:16:21:0.355932:13:3:27:11:13:8:27:11 chr6 30230128 . T G 48.68 PASS AF=0.258065;AO=5;DP=30;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0450358;FXX=0.114253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7288;QD=6.28183;RBI=0.0727495;REFB=0.0170428;REVB=-0.0571338;RO=21;SAF=0;SAR=5;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.751467;STB=0.697212;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00267244;OID=.;OPOS=30230128;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:30:31:21:23:5:8:0.258065:5:0:15:6:5:3:15:8 chr6 30231071 . G A 397.17 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.021948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5491;QD=14.1846;RBI=0.0219585;REFB=-0.00575274;REVB=0.000679715;RO=66;SAF=23;SAR=23;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158264;STB=0.508925;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00870418;OID=.;OPOS=30231071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:66:46:46:0.410714:23:23:32:34:23:23:32:34 chr6 30231108 . G T 502.38 PASS AF=0.433071;AO=55;DP=127;FAO=55;FDP=127;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0452749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9272;QD=15.8229;RBI=0.0477484;REFB=-0.0188335;REVB=0.015169;RO=72;SAF=28;SAR=27;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513717;STB=0.528745;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0246291;OID=.;OPOS=30231108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:72:72:55:55:0.433071:27:28:33:39:27:28:33:39 chr6 30297529 . T C 300.13 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.00288183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.959;QD=13.9597;RBI=0.00677813;REFB=-0.013568;REVB=-0.00613499;RO=52;SAF=15;SAR=19;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104094;STB=0.559038;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0183036;OID=.;OPOS=30297529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:19:15:18:34:19:15:18:34 chr6 30309508 . T C 399.83 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.00384747;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.22;QD=15.3779;RBI=0.0229282;REFB=-0.00959449;REVB=0.0226031;RO=58;SAF=17;SAR=28;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125753;STB=0.566373;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00990862;OID=.;OPOS=30309508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:59:45:45:0.432692:28:17:29:29:28:17:29:30 chr6 30309562 . C T 279.08 PASS AF=0.336449;AO=36;DP=108;FAO=36;FDP=107;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.000258751;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.125;QD=10.4328;RBI=0.0021899;REFB=-0.00884234;REVB=-0.00217456;RO=72;SAF=18;SAR=18;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639634;STB=0.542033;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.022871;OID=.;OPOS=30309562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:72:71:36:36:0.336449:18:18:32:40:18:18:31:40 chr6 30313268 . G A 228.6 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=67;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0314594;FXX=0.0596926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.255;QD=14.5139;RBI=0.0316407;REFB=-0.0155038;REVB=0.0033828;RO=36;SAF=11;SAR=15;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217391;STB=0.609677;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0157079;OID=.;OPOS=30313268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:63:36:36:26:27:0.428571:15:11:23:13:15:12:23:13 chr6 30314566 . TC GA 604.08 PASS AF=0.477273;AO=62;DP=131;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.00843302;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=289.57;QD=18.3054;RBI=0.00928391;REFB=-0.0218558;REVB=-0.00388267;RO=67;SAF=31;SAR=31;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770336;STB=0.538191;STBP=0.428;TYPE=mnp;VARB=0.0211477;OID=.;OPOS=30314566;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:67:69:62:63:0.477273:31:31:28:39:31:32:30:39 chr6 30457732 . T C 104.83 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0224272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.777;QD=11.0346;RBI=0.0500341;REFB=-0.0142813;REVB=-0.0447262;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738293;STB=0.615207;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0457997;OID=.;OPOS=30457732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:25:12:13:0.342105:4:8:11:4:5:8:11:14 chr6 30460232 . C T 621.01 PASS AF=0.559633;AO=61;DP=109;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0145059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2827;QD=22.7895;RBI=0.036285;REFB=-0.0295131;REVB=-0.0332593;RO=48;SAF=34;SAR=27;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464984;STB=0.525446;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0269126;OID=.;OPOS=30460232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:48:48:61:61:0.559633:27:34:24:24:27:34:24:24 chr6 30521137 . G A 332.83 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.000218866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.266;QD=16.6414;RBI=0.00552541;REFB=-0.0157815;REVB=-0.00552107;RO=44;SAF=23;SAR=13;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00267682;STB=0.501503;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0174783;OID=.;OPOS=30521137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:13:23:28:16:13:23:28:16 chr6 30530245 . T C 382.97 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0138191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.719;QD=17.4077;RBI=0.0145587;REFB=-0.0188888;REVB=0.00458148;RO=48;SAF=24;SAR=16;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00423108;STB=0.502368;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0237702;OID=.;OPOS=30530245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:16:24:29:19:16:24:29:19 chr6 30558477 . G GA 533.68 PASS AF=0.527027;AO=75;DP=153;FAO=78;FDP=148;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.102246;FXX=0.0263141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.1698;QD=14.4238;RBI=0.137673;REFB=-0.0131592;REVB=0.0921937;RO=77;SAF=32;SAR=43;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740013;STB=0.556632;STBP=0.161;TYPE=ins;VARB=0.0173992;OID=.;OPOS=30558478;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.527027:75:153:78:148:70:32:46:37:33:99:77:32:43:39:38 chr6 30575603 . A G 220.92 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0112632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1035;QD=18.0339;RBI=0.0588588;REFB=0.00480887;REVB=0.0577711;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620852;STB=0.535284;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.0038121;OID=.;OPOS=30575603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:10:12:13:14:10:12:13:14 chr6 30652872 . G A 594.71 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=135;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.0120409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.717;QD=17.6211;RBI=0.0166335;REFB=-0.0249156;REVB=0.0114755;RO=73;SAF=34;SAR=28;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11995;STB=0.566645;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0319766;OID=.;OPOS=30652872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:73:73:62:62:0.459259:28:34:31:42:28:34:31:42 chr6 30672117 . TGGGGA TGGGA,TGGGAG 37.3 PASS AF=0.25,0;AO=6,2;DP=37;FAO=9,0;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4,0;FSAR=5,0;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.007332,-0.0614516;FXX=0.0270197;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=15.1911,146.629;QD=4.14435;RBI=0.0380119,0.0739775;REFB=-0.0355604,-0.00256767;REVB=-0.0372981,-0.041187;RO=25;SAF=1,2;SAR=5,0;SRF=10;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0.342342,0;SSSB=-0.329936,0.529207;STB=0.556839,0.5;STBP=0.775,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0924778,0;OID=.,.;OPOS=30672118,30672121;OREF=G,GA;OALT=-,AG;OMAPALT=TGGGA,TGGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0:6,2:37:9,0:36:27:4,0:5,0:10:17:35:25:1,2:5,0:10:15 chr6 30711805 . C G 1169.89 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00260861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.531;QD=60.7734;RBI=0.051727;REFB=0;REVB=0.0516611;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98984e-05;OID=.;OPOS=30711805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:77:0:0:73:77:1:44:29:0:0:47:30:0:0 chr6 30782105 . T C 1568.73 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0215956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.995;QD=62.7491;RBI=0.0272213;REFB=-0.024463;REVB=-0.016572;RO=1;SAF=58;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114286;STB=0.506023;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000430087;OID=.;OPOS=30782105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:41:58:0:1:41:58:0:1 chr6 30782218 . C CTGTT 545.31 PASS AF=0.491379;AO=54;DP=122;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.0263012;FXX=0.0491763;HRUN=1;LEN=4;MLLD=256.615;QD=18.8038;RBI=0.0290673;REFB=-0.0187922;REVB=0.0123755;RO=62;SAF=27;SAR=27;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124199;STB=0.569082;STBP=0.142;TYPE=ins;VARB=0.019873;OID=.;OPOS=30782219;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491379:54:122:57:116:59:27:30:36:23:99:62:27:27:39:23 chr6 30782235 . G A 1653.67 PASS AF=0.965812;AO=112;DP=116;FAO=113;FDP=117;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0304955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.234;QD=56.5359;RBI=0.0342136;REFB=-0.00556063;REVB=0.015511;RO=4;SAF=60;SAR=52;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187571;STB=0.509954;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000238185;OID=.;OPOS=30782235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:116:117:4:4:112:113:0.965812:52:60:1:3:52:61:1:3 chr6 30782303 . C T 819.88 PASS AF=0.967213;AO=53;DP=56;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0275283;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.73;QD=53.7623;RBI=0.0329763;REFB=-0.042853;REVB=0.0181558;RO=3;SAF=18;SAR=35;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000706717;STB=0.512191;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00227184;OID=.;OPOS=30782303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:61:3:2:53:59:0.967213:35:18:1:2:40:19:0:2 chr6 30782360 . C T 274.91 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0421506;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.254;QD=19.9932;RBI=0.0435585;REFB=-0.0149139;REVB=-0.0109848;RO=26;SAF=11;SAR=18;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658471;STB=0.536561;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00707217;OID=.;OPOS=30782360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:26:26:29:29:0.527273:18:11:8:18:18:11:8:18 chr6 30782361 . G A 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0140793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.447;QD=16.5046;RBI=0.0147133;REFB=-0.0045731;REVB=-0.00427276;RO=30;SAF=8;SAR=18;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980875;STB=0.555511;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00703662;OID=.;OPOS=30782361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:18:8:12:18:18:8:12:18 chr6 30782407 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.925;QD=56.9383;RBI=0.0455971;REFB=0;REVB=0.0298537;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160213;OID=.;OPOS=30782407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr6 30857072 . G C 410.32 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.00680318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.512;QD=18.2364;RBI=0.00984411;REFB=0.00852611;REVB=-0.007115;RO=48;SAF=24;SAR=18;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224528;STB=0.624942;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00821609;OID=.;OPOS=30857072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:18:24:16:32:18:24:16:32 chr6 30858857 . C T 578.1 PASS AF=0.445255;AO=61;DP=137;FAO=61;FDP=137;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.0190455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7331;QD=16.8788;RBI=0.0198392;REFB=-0.0196171;REVB=0.00555546;RO=76;SAF=33;SAR=28;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144707;STB=0.580573;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0171338;OID=.;OPOS=30858857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:76:76:61:61:0.445255:28:33:30:46:28:33:30:46 chr6 30864829 . T C 454.57 PASS AF=0.38806;AO=52;DP=135;FAO=52;FDP=134;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.00954936;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.604;QD=13.5692;RBI=0.0150577;REFB=0.000204477;REVB=0.0116423;RO=82;SAF=35;SAR=17;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182621;STB=0.603772;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.000310503;OID=.;OPOS=30864829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:82:82:52:52:0.38806:17:35:42:40:17:35:42:40 chr6 30876238 . G A 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.00947224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.857;QD=15.7731;RBI=0.0134347;REFB=-0.033924;REVB=0.00952716;RO=33;SAF=10;SAR=17;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719322;STB=0.540511;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0462163;OID=.;OPOS=30876238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:17:10:10:23:17:10:10:23 chr6 30877760 . A C 534.87 PASS AF=0.543478;AO=49;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0123655;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.219;QD=23.2551;RBI=0.0334681;REFB=-0.00995786;REVB=-0.0311;RO=42;SAF=36;SAR=13;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702859;STB=0.5294;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00882626;OID=.;OPOS=30877760;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:42:49:50:0.543478:13:36:28:14:14:36:28:14 chr6 30879890 . G A 351.3 PASS AF=0.302013;AO=45;DP=149;FAO=45;FDP=149;FR=.;FRO=104;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=58;FSRR=46;FWDB=0.00153737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8862;QD=9.43085;RBI=0.03001;REFB=0.00202573;REVB=0.0299706;RO=104;SAF=26;SAR=19;SRF=58;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244651;STB=0.514297;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.00654453;OID=.;OPOS=30879890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:104:104:45:45:0.302013:19:26:58:46:19:26:58:46 chr6 30881122 . C T 134.21 PASS AF=0.235294;AO=20;DP=87;FAO=20;FDP=85;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00213963;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.436;QD=6.31591;RBI=0.0513274;REFB=-0.00698348;REVB=0.0512827;RO=63;SAF=15;SAR=5;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350688;STB=0.717566;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0148337;OID=.;OPOS=30881122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:63:65:20:20:0.235294:5:15:30:33:5:15:31:34 chr6 30887972 . C T 707.12 PASS AF=0.557377;AO=68;DP=122;FAO=68;FDP=122;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00485329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.818;QD=23.1844;RBI=0.00648493;REFB=-0.0226554;REVB=0.00430116;RO=53;SAF=36;SAR=32;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10646;STB=0.55383;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0169989;OID=.;OPOS=30887972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:53:54:68:68:0.557377:32:36:21:32:32:36:22:32 chr6 30888161 . T C 532.48 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=109;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.0221179;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6002;QD=19.7215;RBI=0.0222044;REFB=-0.000751368;REVB=0.00195702;RO=52;SAF=24;SAR=31;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20631;STB=0.608613;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0013659;OID=.;OPOS=30888161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:52:53:55:55:0.509259:31:24:35:17:31:24:35:18 chr6 30889389 . T C 207.46 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0211961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.474;QD=15.0878;RBI=0.021824;REFB=-0.0113192;REVB=0.00519708;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675675;STB=0.538429;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0174515;OID=.;OPOS=30889389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:10:14:16:15:10:14:16:15 chr6 30893127 . G A 353.78 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=0.0138427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3252;QD=18.62;RBI=0.0145327;REFB=-0.0192393;REVB=-0.00442484;RO=39;SAF=19;SAR=18;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236628;STB=0.631029;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0240823;OID=.;OPOS=30893127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:18:19:10:29:18:19:10:29 chr6 30893728 . C T 246.19 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.035128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2989;QD=15.8831;RBI=0.0550333;REFB=0.00210664;REVB=0.0423637;RO=34;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119945;STB=0.567613;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.00112129;OID=.;OPOS=30893728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:13:15:14:20:13:15:14:20 chr6 30900427 . T G 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0133102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.104;QD=19.1731;RBI=0.0438798;REFB=-0.00791877;REVB=0.0418123;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122613;STB=0.568204;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0107405;OID=.;OPOS=30900427;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:18:15:19:13:18:15:19:13 chr6 30919878 . G C 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0176546;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.272;QD=9.44486;RBI=0.0179889;REFB=-0.00645746;REVB=-0.00345178;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303669;STB=0.693701;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0118898;OID=.;OPOS=30919878;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:5:1:4:6:5:1:4:6 chr6 30993499 . C T 742.53 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.073531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8888;QD=53.0375;RBI=0.0947434;REFB=-0.0922832;REVB=0.0597453;RO=2;SAF=29;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00250439;STB=0.501329;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0130095;OID=.;OPOS=30993499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:25:29:1:1:25:29:1:1 chr6 30993567 . G T 768.98 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.505;QD=56.9616;RBI=0.047498;REFB=0;REVB=-0.0394438;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.56184e-05;OID=.;OPOS=30993567;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr6 30996487 . GACC G 130.54 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044511;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=147.41;QD=43.5127;RBI=0.0584148;REFB=0;REVB=0.0378294;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00107506;OID=.;OPOS=30996488;OREF=ACC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:12:12:12:0:6:6:0:0:4:0:5:6:0:0 chr6 31079889 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.903;QD=52.6128;RBI=0.0345586;REFB=0;REVB=-0.00390348;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168723;OID=.;OPOS=31079889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr6 31079894 . A G 309.38 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2597;QD=51.5637;RBI=0.104505;REFB=0;REVB=0.103122;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00238519;OID=.;OPOS=31079894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:7:16:0:0:8:16:0:0 chr6 31084075 . G C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.41;QD=43.4847;RBI=0.0909078;REFB=0;REVB=-0.0890393;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00316425;OID=.;OPOS=31084075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chr6 31084163 . A G 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.110238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.715;QD=46.9599;RBI=0.114339;REFB=-0.0035411;REVB=0.0303498;RO=1;SAF=13;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341449;STB=0.5185;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.000835368;OID=.;OPOS=31084163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:7:13:1:0:7:13:1:0 chr6 31084288 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.161;QD=39.2066;RBI=0.0633684;REFB=0;REVB=-0.0184707;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404398;OID=.;OPOS=31084288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr6 31084684 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.043;QD=45.8067;RBI=0.0652373;REFB=0;REVB=0.061682;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562104;OID=.;OPOS=31084684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr6 31084787 . A G 536.21 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00470686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.443;QD=54.9958;RBI=0.00857562;REFB=0.0284821;REVB=-0.00716845;RO=2;SAF=16;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00659507;STB=0.503524;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00222998;OID=.;OPOS=31084787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:21:16:1:1:21:16:1:1 chr6 31084792 . C T 576.44 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.924;QD=60.6781;RBI=0.0564882;REFB=0;REVB=0.0536531;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56138e-05;OID=.;OPOS=31084792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:20:16:0:0:22:16:0:0 chr6 31088202 . A G 986.68 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1178;QD=58.9063;RBI=0.0472681;REFB=0;REVB=-0.00390665;RO=0;SAF=20;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109029;OID=.;OPOS=31088202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:45:20:0:0:46:21:0:0 chr6 31097453 . T G 2075.93 PASS AF=0.965035;AO=135;DP=143;FAO=138;FDP=143;FR=.;FRO=5;FSAF=82;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0486025;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6343;QD=58.0679;RBI=0.0785934;REFB=-0.110839;REVB=0.0617634;RO=2;SAF=82;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175971;STB=0.514212;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00299368;OID=.;OPOS=31097453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:143:143:2:5:135:138:0.965035:53:82:0:2:56:82:1:4 chr6 31105891 . A G 62.33 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.142;QD=35.618;RBI=0.0370053;REFB=0;REVB=0.0311396;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478831;OID=.;OPOS=31105891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:5:7:1:1:4:0:0:2:5:0:0 chr6 31107428 . G T 132.11 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.010768;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.9405;QD=13.9058;RBI=0.0113878;REFB=0.00217799;REVB=-0.00370574;RO=23;SAF=13;SAR=2;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331722;STB=0.698609;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00683434;OID=.;OPOS=31107428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:23:23:15:15:0.394737:2:13:15:8:2:13:15:8 chr6 31107733 . C T 1425.46 PASS AF=0.978723;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0155112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.734;QD=60.6578;RBI=0.0269508;REFB=-0.070981;REVB=-0.0220397;RO=1;SAF=19;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0065393;STB=0.506755;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-2.12113e-05;OID=.;OPOS=31107733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:94:1:2:91:92:0.978723:72:19:0:1:73:19:0:2 chr6 31111180 . T C,G 1301.42 PASS AF=0.976744,0.0232558;AO=78,5;DP=84;FAO=84,2;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=56,0;FSAR=28,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295701,-0.0414691;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.0343,114.319;QD=60.5311;RBI=0.0295727,0.084996;REFB=0,0;REVB=0.00039297,-0.0741932;RO=0;SAF=52,2;SAR=26,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00105339,0.0466314;OID=.,.;OPOS=31111180,31111180;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:84:86:0:0:78,5:84,2:0.976744,0.0232558:26,3:52,2:0:0:28,2:56,0:0:0 chr6 31113030 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.226;QD=58.2395;RBI=0.0247119;REFB=0;REVB=0.0111213;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45605e-05;OID=.;OPOS=31113030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr6 31113052 . G A 739.28 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0191198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.069;QD=54.7617;RBI=0.0363453;REFB=-0.107161;REVB=0.0309097;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000525901;OID=.;OPOS=31113052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:27:26:0:0:27:26:1:0 chr6 31113213 . CC CA,TG 790.85 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=52,2;DP=57;FAO=54,2;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=31,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00805876,0.0200994;FXX=0.0175408;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=161.406,97.9959;QD=56.4892;RBI=0.0351103,0.0334294;REFB=0,0;REVB=0.0341729,0.0267121;RO=0;SAF=21,0;SAR=31,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.93989e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000777457,-0.0363221;OID=.,.;OPOS=31113214,31113213;OREF=C,CC;OALT=A,TG;OMAPALT=CA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:56:0:0:52,2:54,2:0.964286,0.0357143:31,2:21,0:0:0:31,2:23,0:0:0 chr6 31118511 . T G 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.619;QD=57.2344;RBI=0.0111445;REFB=-0.0224414;REVB=-0.000732129;RO=1;SAF=31;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149975;STB=0.507934;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000140843;OID=.;OPOS=31118511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:35:31:1:0:35:31:1:0 chr6 31118565 . C G 1218.84 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.988;QD=60.9422;RBI=0.0166638;REFB=0;REVB=-0.0114601;RO=0;SAF=49;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05603e-05;OID=.;OPOS=31118565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:30:49:0:0:30:50:0:0 chr6 31122315 . G C 857.48 PASS AF=0.939394;AO=61;DP=66;FAO=62;FDP=66;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0262518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9201;QD=51.9686;RBI=0.049507;REFB=0.0360189;REVB=-0.0419736;RO=4;SAF=8;SAR=53;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139338;STB=0.599964;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0184239;OID=.;OPOS=31122315;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:66:66:4:4:61:62:0.939394:53:8:3:1:54:8:4:0 chr6 31124849 . C T 1227.21 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7102;QD=61.3603;RBI=0.0294326;REFB=0;REVB=0.0214686;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337017;OID=.;OPOS=31124849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:39:41:0:0:39:41:0:0 chr6 31125158 . C T 1843.79 PASS AF=0.991803;AO=119;DP=120;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00943494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.652;QD=60.4521;RBI=0.0541522;REFB=0.00539935;REVB=0.053324;RO=1;SAF=62;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0075998;STB=0.503999;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=3.28642e-05;OID=.;OPOS=31125158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:122:1:1:119:121:0.991803:57:62:1:0:59:62:1:0 chr6 31129616 . A G 618.31 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.026872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.2195;QD=58.8867;RBI=0.039924;REFB=-0.0571036;REVB=-0.0295267;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.509799;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000364975;OID=.;OPOS=31129616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:25:16:0:0:25:16:0:1 chr6 31129642 . A C 704.09 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.663;QD=62.5859;RBI=0.0300719;REFB=0;REVB=0.0215869;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49791e-05;OID=.;OPOS=31129642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr6 31132414 . G A 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.813;QD=55.6492;RBI=0.0117426;REFB=0;REVB=-0.00594912;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101354;OID=.;OPOS=31132414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr6 31133943 . C A 1917.85 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122039;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.392;QD=61.8662;RBI=0.0136573;REFB=0;REVB=0.00613078;RO=0;SAF=59;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.45997e-05;OID=.;OPOS=31133943;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:65:59:0:0:65:59:0:0 chr6 31134087 . C G 1540.51 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5928;QD=59.8257;RBI=0.0389946;REFB=0;REVB=-0.0127764;RO=0;SAF=61;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97123e-05;OID=.;OPOS=31134087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:41:61:0:0:42:61:0:0 chr6 31134118 . C CGAG 1253.81 PASS AF=0.934066;AO=84;DP=93;FAO=85;FDP=91;FR=.;FRO=6;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00959126;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=3;MLLD=226.951;QD=55.1125;RBI=0.0263217;REFB=-0.0622269;REVB=0.0245121;RO=6;SAF=47;SAR=37;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351573;STB=0.518094;STBP=0.227;TYPE=ins;VARB=0.00390209;OID=.;OPOS=31134119;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=CGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.934066:84:93:85:91:6:48:37:5:1:19:6:47:37:5:1 chr6 31138371 . G A 2183.41 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134041;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.823;QD=63.2872;RBI=0.016717;REFB=0;REVB=-0.00998949;RO=0;SAF=58;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65362e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22978e-05;OID=.;OPOS=31138371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:138:0:0:136:138:1:78:58:0:0:78:60:0:0 chr6 31138377 . C T 2185.08 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=141;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164241;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.22;QD=62.431;RBI=0.0164488;REFB=-0.0455443;REVB=-0.000900869;RO=0;SAF=61;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=3.35353e-05;OID=.;OPOS=31138377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:140:0:1:139:139:0.992857:78:61:0:0:78:61:1:0 chr6 31165566 . T C 1565.19 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3683;QD=59.6262;RBI=0.0155457;REFB=0;REVB=0.0104316;RO=0;SAF=57;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39743e-06;OID=.;OPOS=31165566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:47:57:0:0:47:58:0:0 chr6 31165962 . G A 1479.38 PASS AF=0.971429;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0327888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.135;QD=56.3574;RBI=0.0331576;REFB=-0.125031;REVB=0.00493169;RO=1;SAF=37;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724422;STB=0.509341;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000434461;OID=.;OPOS=31165962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:105:1:3:102:102:0.971429:65:37:0:1:65:37:2:1 chr6 31170228 . G C 1472.4 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.738;QD=63.329;RBI=0.0517657;REFB=0;REVB=-0.000323923;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142641;OID=.;OPOS=31170228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:39:54:0:0:39:54:0:0 chr6 31170528 . A G 1152.33 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.681;QD=59.8614;RBI=0.0349777;REFB=0;REVB=-0.00715762;RO=0;SAF=17;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.45227e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057799;OID=.;OPOS=31170528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:73:77:1:56:17:0:0:59:18:0:0 chr6 31236853 . G A 508.38 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0120045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.242;QD=56.4867;RBI=0.0264046;REFB=0.0179576;REVB=-0.0235179;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509798;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00192488;OID=.;OPOS=31236853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:34:35:0.972222:10:24:0:0:10:25:1:0 chr6 31237124 . T C 594.46 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7348;QD=60.97;RBI=0.079042;REFB=0;REVB=0.0749703;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153646;OID=.;OPOS=31237124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr6 31237162 . C G 616.4 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159019;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6446;QD=61.6395;RBI=0.0245858;REFB=0;REVB=0.0187508;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557955;OID=.;OPOS=31237162;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:39:40:1:16:23:0:0:17:23:0:0 chr6 31237255 . G A 450.62 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00578979;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9467;QD=58.1445;RBI=0.0154783;REFB=0;REVB=0.0143546;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194082;OID=.;OPOS=31237255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr6 31237323 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1024;QD=52.6122;RBI=0.017403;REFB=0;REVB=0.0154318;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339296;OID=.;OPOS=31237323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr6 31237333 . T A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00287608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.128;QD=52.6132;RBI=0.0395812;REFB=0;REVB=0.0394766;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171592;OID=.;OPOS=31237333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr6 31237722 . CG AC,CA 119.45 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=2,10;DP=12;FAO=1,10;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221315,0.043117;FXX=0.0832639;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=58.537,62.0446;QD=43.4377;RBI=0.0250971,0.0432965;REFB=0,0;REVB=-0.0118347,-0.0039384;RO=0;SAF=2,2;SAR=0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0362493,0.00624936;OID=.,.;OPOS=31237722,31237723;OREF=CG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:12:11:0:0:2,10:1,10:0.0909091,0.909091:0,8:2,2:0:0:0,8:1,2:0:0 chr6 31237727 . T C 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0380902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4378;QD=37.8927;RBI=0.0514032;REFB=0.0104002;REVB=-0.0345171;RO=1;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998765;STB=0.55546;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0154555;OID=.;OPOS=31237727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:8:4:1:0:8:4:1:0 chr6 31237767 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6105;QD=33.4237;RBI=0.00467843;REFB=0;REVB=-0.00467843;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000445989;OID=.;OPOS=31237767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr6 31237769 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.984;QD=33.4285;RBI=0.00892739;REFB=0;REVB=-0.00892739;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224043;OID=.;OPOS=31237769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr6 31237802 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.536;QD=35.5759;RBI=0.0310227;REFB=0;REVB=-0.0153884;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000455545;OID=.;OPOS=31237802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr6 31238029 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.604;QD=37.4885;RBI=0.0541532;REFB=0;REVB=0.0483529;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401019;OID=.;OPOS=31238029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr6 31238053 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3158;QD=42.1822;RBI=0.0754053;REFB=0;REVB=0.0688588;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210804;OID=.;OPOS=31238053;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr6 31238068 . C T 95.47 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00441915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.332;QD=34.7174;RBI=0.0101409;REFB=-0.119483;REVB=0.00912735;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545364;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00282546;OID=.;OPOS=31238068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:10:10:0.909091:5:5:0:0:5:5:0:1 chr6 31238134 . G GA 156.43 PASS AF=1;AO=3;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188894;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=145.634;QD=39.1074;RBI=0.0391031;REFB=0;REVB=-0.0342381;RO=14;SAF=2;SAR=1;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402031;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.15359e-05;OID=.;OPOS=31238135;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:17:16:16:0:5:11:0:0:4:14:2:1:4:10 chr6 31238135 . G A,C 162.91 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=13,3;DP=16;FAO=15,1;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=10,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238679,-0.00418981;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=175.141,132.394;QD=40.7273;RBI=0.0395348,0.0127685;REFB=0,0;REVB=0.0315171,0.0120616;RO=0;SAF=3,2;SAR=10,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000598748,0.12349;OID=.,.;OPOS=31238135,31238135;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:16:16:0:0:13,3:15,1:0.9375,0.0625:10,1:3,2:0:0:10,1:5,0:0:0 chr6 31238138 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.268;QD=47.8224;RBI=0.0368829;REFB=0;REVB=-0.00635214;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176636;OID=.;OPOS=31238138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr6 31238155 . G A 256.5 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5919;QD=51.2998;RBI=0.100112;REFB=0;REVB=0.0967616;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221061;OID=.;OPOS=31238155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:18:20:1:9:9:0:0:11:9:0:0 chr6 31238230 . GGGGG CGGGA 234.04 PASS AF=1;AO=14;DP=21;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189776;FXX=0.142789;HRUN=5;LEN=5;MLLD=151.769;QD=52.0096;RBI=0.0324205;REFB=0;REVB=-0.0262858;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000881577;OID=.;OPOS=31238230;OREF=GGGGG;OALT=CGGGA;OMAPALT=CGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:21:18:0:0:14:18:1:6:8:0:0:9:9:0:0 chr6 31238259 . G T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211605;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.897;QD=53.2772;RBI=0.0264902;REFB=0;REVB=-0.0159362;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34288e-05;OID=.;OPOS=31238259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr6 31238490 . T C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.818;QD=64.1539;RBI=0.0176553;REFB=0;REVB=0.00524353;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60525e-05;OID=.;OPOS=31238490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr6 31238492 . C A 766.5 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00494816;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.116;QD=63.8752;RBI=0.0350971;REFB=0;REVB=0.0347466;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143012;OID=.;OPOS=31238492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:25:21:0:0:27:21:0:0 chr6 31238851 . T C 520.4 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.362;QD=59.4743;RBI=0.0523565;REFB=0;REVB=0.0283901;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322956;OID=.;OPOS=31238851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:13:20:0:0:14:21:0:0 chr6 31238930 . A C 358.73 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281643;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.058;QD=55.1885;RBI=0.0786705;REFB=0;REVB=-0.0734562;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000869161;OID=.;OPOS=31238930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:14:12:0:0 chr6 31238942 . G T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.396;QD=55.6552;RBI=0.0323511;REFB=0;REVB=0.0237506;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038975;OID=.;OPOS=31238942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr6 31238957 . A C 433.55 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4823;QD=55.9415;RBI=0.0226842;REFB=0;REVB=-0.00568517;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000987763;OID=.;OPOS=31238957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:16:15:0:0 chr6 31239050 . G T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.17;QD=58.5876;RBI=0.0255797;REFB=0;REVB=-0.00823246;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209072;OID=.;OPOS=31239050;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr6 31239101 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.868;QD=55.6557;RBI=0.0518129;REFB=0;REVB=0.00828565;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057922;OID=.;OPOS=31239101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr6 31239108 . T A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00772291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.33;QD=55.0982;RBI=0.0326479;REFB=0;REVB=0.0317213;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185816;OID=.;OPOS=31239108;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr6 31239378 . T G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00888645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5871;QD=57.5451;RBI=0.0103677;REFB=0;REVB=0.00534048;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.95315e-05;OID=.;OPOS=31239378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr6 31239430 . C T 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.649;QD=61.2126;RBI=0.0234828;REFB=0;REVB=0.00958002;RO=0;SAF=50;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128484;OID=.;OPOS=31239430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:29:50:0:0:29:50:0:0 chr6 31239491 . C T 68.21 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.0022944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.127;QD=5.56838;RBI=0.0165884;REFB=-0.0161803;REVB=-0.016429;RO=39;SAF=6;SAR=4;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159196;STB=0.601583;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0695776;OID=.;OPOS=31239491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:39:39:10:10:0.204082:4:6:28:11:4:6:28:11 chr6 31239493 . C T 80.64 PASS AF=0.232558;AO=9;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0258918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.922;QD=7.50103;RBI=0.0379021;REFB=-0.0560406;REVB=-0.0276801;RO=23;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011285;STB=0.543393;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0958508;OID=.;OPOS=31239493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:43:43:23:29:9:10:0.232558:4:5:13:10:4:6:19:10 chr6 31239497 . C T 69.55 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0282223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.041;QD=6.624;RBI=0.0344032;REFB=-0.00992477;REVB=-0.0196745;RO=32;SAF=6;SAR=4;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113625;STB=0.571293;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0595262;OID=.;OPOS=31239497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:4:6:22:10:4:6:22:10 chr6 31239506 . C G 60.87 PASS AF=0.230769;AO=7;DP=37;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00913944;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.88;QD=6.24263;RBI=0.0231379;REFB=-0.0169309;REVB=-0.0212564;RO=30;SAF=3;SAR=4;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242866;STB=0.561271;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0912446;OID=.;OPOS=31239506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:39:30:30:7:9:0.230769:4:3:19:11:4:5:19:11 chr6 31239510 . T G 66.76 PASS AF=0.195122;AO=7;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00274827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.472;QD=6.51327;RBI=0.0409865;REFB=-0.0522503;REVB=-0.0408943;RO=29;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227532;STB=0.615112;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0720237;OID=.;OPOS=31239510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:41:41:29:31:7:8:0.195122:4:3:18:11:4:4:20:11 chr6 31239513 . CCT ATC 45.83 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00600056;FXX=0.099975;HRUN=4;LEN=3;MLLD=132.713;QD=5.09248;RBI=0.0100968;REFB=-0.0118783;REVB=-0.00812025;RO=28;SAF=3;SAR=4;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211172;STB=0.650753;STBP=0.402;TYPE=mnp;VARB=0.0244889;OID=.;OPOS=31239513;OREF=CCT;OALT=ATC;OMAPALT=ATC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:40:36:28:29:7:7:0.194444:4:3:17:11:4:3:18:11 chr6 31239722 . A C 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.677;QD=42.1795;RBI=0.0544084;REFB=0;REVB=0.0395544;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687226;OID=.;OPOS=31239722;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr6 31239727 . C A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000300473;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.759;QD=42.1826;RBI=0.0605354;REFB=0;REVB=0.0605347;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033407;OID=.;OPOS=31239727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr6 31239733 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00038694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.338;QD=48.7373;RBI=0.052642;REFB=0;REVB=0.0526405;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252797;OID=.;OPOS=31239733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr6 31239752 . C T 632.14 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00656042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.417;QD=61.6717;RBI=0.111733;REFB=0;REVB=0.11154;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180189;OID=.;OPOS=31239752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:15:25:0:0:16:25:0:0 chr6 31239802 . C G 1126.91 PASS AF=0.951807;AO=73;DP=77;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0894016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1571;QD=54.3088;RBI=0.129158;REFB=-0.032256;REVB=0.0932161;RO=4;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650742;STB=0.528564;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0171228;OID=.;OPOS=31239802;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:77:83:4:4:73:79:0.951807:27:46:0:4:33:46:0:4 chr6 31239821 . G T 1295.52 PASS AF=0.977011;AO=83;DP=86;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0294835;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.304;QD=59.5643;RBI=0.0914886;REFB=-0.168571;REVB=0.0866076;RO=1;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141351;STB=0.514282;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00179238;OID=.;OPOS=31239821;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:86:87:1:2:83:85:0.977011:33:50:0:1:34:51:0:2 chr6 31239827 . C T 1309.36 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.069;QD=61.6168;RBI=0.0923934;REFB=0;REVB=0.090363;RO=0;SAF=50;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106566;OID=.;OPOS=31239827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:85:0:0:81:85:1:31:50:0:0:35:50:0:0 chr6 31322303 . C G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0669416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5176;QD=35.5728;RBI=0.0724235;REFB=0;REVB=0.0276403;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00316761;OID=.;OPOS=31322303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr6 31322470 . C G 340.59 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.078434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.722;QD=54.4943;RBI=0.0824902;REFB=0;REVB=0.0255489;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120255;OID=.;OPOS=31322470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:18:6:0:0:19:6:0:0 chr6 31322888 . A G 657.43 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00663232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.779;QD=59.7661;RBI=0.00840147;REFB=-0.14662;REVB=0.00515723;RO=1;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191664;STB=0.510199;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0038294;OID=.;OPOS=31322888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:24:19:0:1:24:19:0:1 chr6 31322911 . C T 833.72 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.629;QD=57.4982;RBI=0.0529944;REFB=0;REVB=0.0415136;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318821;OID=.;OPOS=31322911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr6 31322980 . C T 1194.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313967;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.618;QD=61.2617;RBI=0.0416888;REFB=0;REVB=0.0274263;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106986;OID=.;OPOS=31322980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:35:41:0:0:36:42:0:0 chr6 31322996 . C T 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.921;QD=61.6947;RBI=0.0319922;REFB=0;REVB=0.0299213;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116028;OID=.;OPOS=31322996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:39:43:0:0:39:43:0:0 chr6 31323233 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.192;QD=58.5878;RBI=0.0101524;REFB=0;REVB=-0.00978397;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.91552e-05;OID=.;OPOS=31323233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr6 31323296 . A G 712.69 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167183;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.896;QD=63.3499;RBI=0.0178476;REFB=0;REVB=0.00624791;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12051e-05;OID=.;OPOS=31323296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:15:30:0:0:15:30:0:0 chr6 31323353 . G A 745.72 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4642;QD=63.4656;RBI=0.0621492;REFB=0;REVB=0.0604696;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379526;OID=.;OPOS=31323353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr6 31323945 . A C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.896;QD=40.7629;RBI=0.0285725;REFB=0;REVB=0.0192442;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384118;OID=.;OPOS=31323945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr6 31323953 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0975836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.517;QD=42.1826;RBI=0.097608;REFB=0;REVB=0.0021809;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226139;OID=.;OPOS=31323953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr6 31323958 . T G 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00243007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.641;QD=34.6655;RBI=0.0073134;REFB=-0.0246233;REVB=-0.00689786;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990155;STB=0.555443;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000808269;OID=.;OPOS=31323958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:6:4:1:0:6:4:1:0 chr6 31323960 . G C 115.87 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.652;QD=42.1353;RBI=0.0157848;REFB=0;REVB=0.0146019;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416596;OID=.;OPOS=31323960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:6:4:0:0:6:5:0:0 chr6 31324003 . TC AG 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189455;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=192.89;QD=42.1826;RBI=0.0269123;REFB=0;REVB=0.0191138;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000795422;OID=.;OPOS=31324003;OREF=TC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr6 31324025 . G A 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000882619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1811;QD=32.3665;RBI=0.109676;REFB=-0.045174;REVB=0.109672;RO=2;SAF=4;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529323;STB=0.574349;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00989033;OID=.;OPOS=31324025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:2:3:13:13:0.8125:9:4:1:1:9:4:2:1 chr6 31324086 . G C 481.38 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0518441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6813;QD=53.4863;RBI=0.0817245;REFB=-0.0477683;REVB=-0.0631751;RO=2;SAF=13;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128728;STB=0.506892;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00109461;OID=.;OPOS=31324086;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:21:13:1:1:21:13:1:1 chr6 31324100 . G T 517.66 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0367467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.642;QD=54.4906;RBI=0.0574792;REFB=-0.012276;REVB=0.0441988;RO=2;SAF=13;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147385;STB=0.507882;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00116616;OID=.;OPOS=31324100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:23:13:1:1:23:13:1:1 chr6 31324144 . T G 445.47 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00904565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.78;QD=52.408;RBI=0.0235827;REFB=-0.0336257;REVB=0.0217789;RO=2;SAF=9;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029234;STB=0.515685;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0023901;OID=.;OPOS=31324144;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:23:9:1:1:23:9:1:1 chr6 31324200 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.047;QD=51.9167;RBI=0.013602;REFB=0;REVB=0.0107234;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262678;OID=.;OPOS=31324200;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr6 31324586 . C T 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0852821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.696;QD=33.4204;RBI=0.0875668;REFB=0;REVB=0.0198721;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0093748;OID=.;OPOS=31324586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr6 31324595 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.626;QD=35.5759;RBI=0.0618683;REFB=0;REVB=-0.0575902;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000865949;OID=.;OPOS=31324595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr6 31324599 . T G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.11;QD=35.5758;RBI=0.0652106;REFB=0;REVB=-0.0514402;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000453208;OID=.;OPOS=31324599;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr6 31324602 . TCT ATC 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163087;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=189.863;QD=35.5759;RBI=0.0707577;REFB=0;REVB=-0.0688526;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000996934;OID=.;OPOS=31324602;OREF=TCT;OALT=ATC;OMAPALT=ATC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr6 31324666 . A C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000120852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.699;QD=37.4884;RBI=0.0432902;REFB=0;REVB=0.0432901;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220364;OID=.;OPOS=31324666;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr6 31324702 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.112;QD=35.5759;RBI=0.0477163;REFB=0;REVB=0.0340464;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000830507;OID=.;OPOS=31324702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr6 31324705 . A C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00837737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.908;QD=35.5759;RBI=0.0122201;REFB=0;REVB=0.00889663;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28848e-05;OID=.;OPOS=31324705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr6 31324742 . T C 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00607959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8722;QD=39.2008;RBI=0.0241491;REFB=0;REVB=0.0233713;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119062;OID=.;OPOS=31324742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr6 31324788 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.665;QD=33.4285;RBI=0.0284698;REFB=0;REVB=0.00582914;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258874;OID=.;OPOS=31324788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 31324790 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0086395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.878;QD=33.4285;RBI=0.0183679;REFB=0;REVB=0.0162092;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181662;OID=.;OPOS=31324790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 31324829 . GG CA 120.58 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210539;FXX=0.0832639;HRUN=2;LEN=2;MLLD=178.846;QD=43.8474;RBI=0.0681074;REFB=0;REVB=0.0647715;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.43065e-05;OID=.;OPOS=31324829;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr6 31324891 . CG TC 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568895;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=145.975;QD=46.848;RBI=0.0676987;REFB=0;REVB=0.0366974;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00112883;OID=.;OPOS=31324891;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr6 31324925 . A G 160.22 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6196;QD=45.7759;RBI=0.0689842;REFB=0;REVB=0.0608022;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142567;OID=.;OPOS=31324925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr6 31324931 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.601;QD=44.6887;RBI=0.0302313;REFB=0;REVB=0.0272494;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199155;OID=.;OPOS=31324931;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr6 31371430 . T C 462.92 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0742796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.1859;QD=57.8648;RBI=0.0970444;REFB=0;REVB=0.0624512;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209479;OID=.;OPOS=31371430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr6 31378335 . G C 1025.88 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0952737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8006;QD=59.4711;RBI=0.0955128;REFB=0;REVB=0.00675409;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000452063;OID=.;OPOS=31378335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr6 31379115 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.193;QD=61.6951;RBI=0.0146538;REFB=0;REVB=-0.00252818;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49795e-05;OID=.;OPOS=31379115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:48:34:0:0:48:34:0:0 chr6 31380160 . TG T 348.71 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0728502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.5714;QD=46.4943;RBI=0.0867797;REFB=0;REVB=-0.0471547;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00112063;OID=.;OPOS=31380161;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:30:30:30:0:11:19:0:0:6:0:11:17:0:0 chr6 31382911 . A G 1591.82 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754822;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1083;QD=64.3158;RBI=0.0758633;REFB=0;REVB=-0.00759518;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056841;OID=.;OPOS=31382911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:51:48:0:0:51:48:0:0 chr6 31473546 . A G 1200.42 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0256456;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.891;QD=58.557;RBI=0.0290952;REFB=-0.0476385;REVB=0.0137417;RO=1;SAF=50;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937498;STB=0.503246;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.000209799;OID=.;OPOS=31473546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:1:2:79:80:0.97561:29:50:1:0:30:50:1:1 chr6 31477681 . A G 953.16 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104899;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4442;QD=58.6559;RBI=0.116178;REFB=0;REVB=-0.0499363;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018504;OID=.;OPOS=31477681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:64:65:1:35:29:0:0:35:30:0:0 chr6 31496925 . G A 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.485;QD=58.0592;RBI=0.0467911;REFB=0;REVB=0.0159319;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012914;OID=.;OPOS=31496925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:41:20:0:0:41:20:0:0 chr6 31497706 . C T 2857.25 PASS AF=1;AO=183;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.572;QD=60.471;RBI=0.141636;REFB=-0.110341;REVB=-0.00404921;RO=6;SAF=77;SAR=106;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356582;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000643699;OID=.;OPOS=31497706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:189:189:6:0:183:189:1:106:77:6:0:106:83:0:0 chr6 31506624 . T C 1166.87 PASS AF=0.975;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0120197;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.496;QD=58.3435;RBI=0.0153359;REFB=-0.0353733;REVB=0.00952461;RO=2;SAF=26;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178572;STB=0.509432;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=4.21911e-06;OID=.;OPOS=31506624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:80:2:2:78:78:0.975:52:26:0:2:52:26:0:2 chr6 31506648 . G T 1300.83 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1408;QD=61.9442;RBI=0.0345529;REFB=0;REVB=-0.0127027;RO=0;SAF=28;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136361;OID=.;OPOS=31506648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:56:28:0:0:56:28:0:0 chr6 31506691 . G A 1336.76 PASS AF=0.988764;AO=86;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00202096;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3066;QD=60.0791;RBI=0.0163654;REFB=-0.157967;REVB=-0.0162401;RO=2;SAF=31;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295825;STB=0.507691;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00536515;OID=.;OPOS=31506691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:2:1:86:88:0.988764:55:31:2:0:56:32:1:0 chr6 31509432 . G A 782.91 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.595;QD=56.9385;RBI=0.0302761;REFB=0;REVB=0.00586384;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162505;OID=.;OPOS=31509432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr6 31510105 . A G 1712.68 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.321;QD=60.6257;RBI=0.0303006;REFB=0;REVB=-0.0254883;RO=0;SAF=78;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31498e-05;OID=.;OPOS=31510105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:35:78:0:0:35:78:0:0 chr6 31514318 . C A 247.09 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00612101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.639;QD=15.9414;RBI=0.00654562;REFB=-0.00695112;REVB=-0.00231912;RO=33;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387593;STB=0.529049;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00582043;OID=.;OPOS=31514318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:33:34:28:28:0.451613:13:15:19:14:13:15:20:14 chr6 31525912 . C T 912.59 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=70;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0123781;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.143;QD=52.9036;RBI=0.0166131;REFB=-0.0678647;REVB=0.0110805;RO=3;SAF=32;SAR=33;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422473;STB=0.514931;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.000497831;OID=.;OPOS=31525912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:70:69:3:4:65:65:0.942029:33:32:3:0:33:32:3:1 chr6 31528326 . G C 982.34 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0320014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.374;QD=56.1336;RBI=0.040555;REFB=-0.0573691;REVB=0.0249123;RO=2;SAF=29;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.004054;STB=0.502145;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00059704;OID=.;OPOS=31528326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:39:29:1:1:39:29:1:1 chr6 31540784 . C A 393.23 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0939696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.218;QD=56.1749;RBI=0.108986;REFB=0;REVB=0.055205;RO=1;SAF=6;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713041;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00350459;OID=.;OPOS=31540784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:1:0:27:28:1:21:6:1:0:21:7:0:0 chr6 31555130 . A G 1534.02 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00465278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.557;QD=62.6131;RBI=0.0593387;REFB=-0.148546;REVB=0.059156;RO=1;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109017;STB=0.505746;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000877198;OID=.;OPOS=31555130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:43:54:0:1:43:54:0:1 chr6 31583155 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7546;QD=61.6839;RBI=0.0590514;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=41;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513726;OID=.;OPOS=31583155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:0:41:0:0:0:41:0:0 chr6 31590898 . C T 1708.2 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00746504;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7278;QD=60.4673;RBI=0.0257033;REFB=0;REVB=-0.0245954;RO=0;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.86557e-05;OID=.;OPOS=31590898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:112:113:1:59:53:0:0:59:54:0:0 chr6 31592064 . C T 340.28 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0636022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.44;QD=48.6111;RBI=0.0701869;REFB=0.0201619;REVB=0.0296808;RO=2;SAF=11;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772126;STB=0.541634;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.000430883;OID=.;OPOS=31592064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:15:11:2:0:15:11:2:0 chr6 31594628 . T A 1569.58 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00128138;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0663;QD=64.0643;RBI=0.00281388;REFB=0;REVB=-0.00250519;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281557;OID=.;OPOS=31594628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:48:49:0:0:49:49:0:0 chr6 31595882 . C A 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.54;QD=60.5473;RBI=0.0577144;REFB=0;REVB=0.0115165;RO=0;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112509;OID=.;OPOS=31595882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:48:27:0:0:48:27:0:0 chr6 31599754 . C T 93.95 PASS AF=0.190476;AO=16;DP=84;FAO=16;FDP=84;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.00619437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.768;QD=4.4739;RBI=0.00873463;REFB=-0.0140691;REVB=-0.00615821;RO=67;SAF=10;SAR=6;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203246;STB=0.635926;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0463023;OID=.;OPOS=31599754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:84:84:67:68:16:16:0.190476:6:10:31:36:6:10:31:37 chr6 31601344 . T C 723.68 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0204652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3766;QD=59.0755;RBI=0.02687;REFB=0.0125295;REVB=-0.0174118;RO=2;SAF=15;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586537;STB=0.531236;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0233595;OID=.;OPOS=31601344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:32:15:2:0:32:15:2:0 chr6 31604010 . C CA 219.61 PASS AF=1;AO=4;DP=24;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332369;FXX=0.130378;HRUN=0;LEN=1;MLLD=148.437;QD=43.9225;RBI=0.0332684;REFB=0;REVB=0.00144881;RO=18;SAF=0;SAR=4;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.555052;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000365492;OID=.;OPOS=31604011;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:24:20:20:0:1:19:0:0:3:18:0:4:2:16 chr6 31604011 . G A 155.59 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0660945;FXX=0.0869187;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.496;QD=29.6359;RBI=0.0662069;REFB=0.00100397;REVB=0.00385637;RO=6;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160997;STB=0.588134;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.000503772;OID=.;OPOS=31604011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:23:21:6:6:15:15:0.714286:14:1:0:6:14:1:0:6 chr6 31604044 . T G 538.02 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7968;QD=59.78;RBI=0.0543535;REFB=0;REVB=-0.0429192;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013536;OID=.;OPOS=31604044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr6 31610686 . A G 3036.02 PASS AF=1;AO=191;DP=195;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00750401;FXX=0.0256397;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.995;QD=63.9162;RBI=0.0888118;REFB=0;REVB=-0.0884942;RO=0;SAF=115;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69412e-05;OID=.;OPOS=31610686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:195:190:0:0:191:190:1:76:115:0:0:76:114:0:0 chr6 31627523 . C T 2636.4 PASS AF=0.977401;AO=173;DP=177;FAO=173;FDP=177;FR=.;FRO=4;FSAF=91;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0112;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.1257;QD=59.5796;RBI=0.0314364;REFB=-0.06335;REVB=0.0293735;RO=1;SAF=91;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520215;STB=0.50625;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00075283;OID=.;OPOS=31627523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:177:177:1:4:173:173:0.977401:82:91:1:0:82:91:1:3 chr6 31628216 . C T 2807.72 PASS AF=0.978495;AO=181;DP=185;FAO=182;FDP=186;FR=.;FRO=4;FSAF=93;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0189267;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.1267;QD=60.381;RBI=0.0427911;REFB=-0.0891983;REVB=-0.0383778;RO=3;SAF=92;SAR=89;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054306;STB=0.505613;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00061329;OID=.;OPOS=31628216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:185:186:3:4:181:182:0.978495:89:92:1:2:89:93:1:3 chr6 31630318 . C G 678.3 PASS AF=0.896552;AO=53;DP=59;FAO=52;FDP=58;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0067974;FXX=0.0169463;HRUN=7;LEN=1;MLLD=203.67;QD=46.7793;RBI=0.00861725;REFB=-0.0275615;REVB=-0.00529644;RO=4;SAF=19;SAR=34;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201616;STB=0.532993;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000205271;OID=.;OPOS=31630318;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:59:58:4:6:53:52:0.896552:34:19:2:2:33:19:4:2 chr6 31634758 . G A 2530.99 PASS AF=1;AO=162;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00460883;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.712;QD=61.7316;RBI=0.0206427;REFB=0;REVB=0.0201216;RO=0;SAF=95;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31634e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74617e-05;OID=.;OPOS=31634758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:162:164:1:67:95:0:0:69:95:0:0 chr6 31656857 . A G 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.000566599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.719;QD=10.2709;RBI=0.00781753;REFB=-0.0150591;REVB=-0.00779697;RO=35;SAF=10;SAR=6;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764673;STB=0.545399;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0309971;OID=.;OPOS=31656857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:6:10:24:11:6:10:24:11 chr6 31657413 . T C 1537.08 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0248835;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.075;QD=62.738;RBI=0.0674624;REFB=0.0399501;REVB=0.0627056;RO=1;SAF=56;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117078;STB=0.506172;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=1.84927e-05;OID=.;OPOS=31657413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:96:97:0.989796:40:56:0:1:40:57:0:1 chr6 31685392 . C T 1279.42 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0880984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8486;QD=60.2079;RBI=0.0895433;REFB=-0.021351;REVB=0.0160212;RO=1;SAF=29;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01605;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011438;OID=.;OPOS=31685392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:85:85:1:0:83:85:1:54:29:1:0:54:31:0:0 chr6 31687061 . G A 181.96 PASS AF=0.252252;AO=28;DP=111;FAO=28;FDP=111;FR=.;FRO=83;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.0103855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.95;QD=6.55727;RBI=0.0147267;REFB=-0.0241502;REVB=-0.0104412;RO=82;SAF=13;SAR=15;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890896;STB=0.549098;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0719743;OID=.;OPOS=31687061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:82:83:28:28:0.252252:15:13:44:38:15:13:44:39 chr6 31726927 . CTT C 98.94 PASS AF=0.213235;AO=29;DP=136;FAO=29;FDP=136;FR=.;FRO=107;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=-0.0132274;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=47.5674;QD=2.91006;RBI=0.0204575;REFB=-0.00860186;REVB=-0.0156059;RO=106;SAF=16;SAR=13;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113001;STB=0.566183;STBP=0.455;TYPE=del;VARB=0.0312954;OID=.;OPOS=31726928;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.213235:29:136:29:136:107:16:13:50:57:98:106:16:13:49:57 chr6 31868938 . C T 1396.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00485182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.725;QD=62.7615;RBI=0.0284278;REFB=0;REVB=-0.0280107;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.11109e-05;OID=.;OPOS=31868938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:51:38:0:0:51:38:0:0 chr6 31977391 . C T 1008.2 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.947;QD=59.3056;RBI=0.0787871;REFB=0;REVB=0.0600136;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249102;OID=.;OPOS=31977391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:29:39:0:0:29:39:0:0 chr6 31978755 . A G 799.47 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.761;QD=57.1047;RBI=0.0244264;REFB=0;REVB=0.0132953;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66217e-05;OID=.;OPOS=31978755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:23:32:0:0:23:33:0:0 chr6 32006317 . C T 164.94 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.0280609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5299;QD=9.70208;RBI=0.028926;REFB=-0.00605865;REVB=-0.00702151;RO=45;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244271;STB=0.632241;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0111084;OID=.;OPOS=32006317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:46:22:22:0.323529:11:11:13:32:11:11:14:32 chr6 32006337 . C A 92.68 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.0253017;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.9029;QD=6.39174;RBI=0.0579993;REFB=-0.00598727;REVB=0.0521895;RO=44;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118014;STB=0.572528;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0227045;OID=.;OPOS=32006337;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:58:58:44:44:14:14:0.241379:9:5:12:32:9:5:12:32 chr6 32006858 . C A 567.35 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.192;QD=58.1895;RBI=0.151984;REFB=-0.130351;REVB=0.141603;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240222;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00870387;OID=.;OPOS=32006858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:39:39:1:0:38:39:1:19:19:0:1:20:19:0:0 chr6 32023640 . C T 220.57 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00134778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.906;QD=14.2302;RBI=0.00563823;REFB=-0.0202587;REVB=0.00547477;RO=35;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144122;STB=0.516117;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0373944;OID=.;OPOS=32023640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:13:13:18:17:13:13:19:17 chr6 32023707 . G A 124.7 PASS AF=0.234568;AO=17;DP=75;FAO=19;FDP=81;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0241254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.57;QD=6.15777;RBI=0.0258102;REFB=-0.0299097;REVB=-0.00917242;RO=58;SAF=9;SAR=8;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142889;STB=0.541841;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0443842;OID=.;OPOS=32023707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:81:58:62:17:19:0.234568:8:9:24:34:10:9:26:36 chr6 32023721 . C T 107.32 PASS AF=0.223684;AO=17;DP=76;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0102401;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=284.994;QD=5.64861;RBI=0.0103469;REFB=-0.00524564;REVB=0.00148303;RO=58;SAF=8;SAR=9;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711835;STB=0.549942;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0222092;OID=.;OPOS=32023721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:58:59:17:17:0.223684:9:8:24:34:9:8:24:35 chr6 32023725 . G A 107.46 PASS AF=0.223684;AO=17;DP=75;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.00317702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.599;QD=5.65556;RBI=0.004248;REFB=-0.00173549;REVB=0.00281994;RO=58;SAF=7;SAR=10;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00259286;STB=0.509543;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0136179;OID=.;OPOS=32023725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:58:59:17:17:0.223684:10:7:24:34:10:7:25:34 chr6 32026107 . C T 296.97 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00448543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.765;QD=51.6466;RBI=0.00460769;REFB=0;REVB=-0.00105442;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00709e-05;OID=.;OPOS=32026107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:10:12:0:0:10:13:0:0 chr6 32029226 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.351;QD=58.9627;RBI=0.0185693;REFB=0;REVB=-0.00243837;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93104e-05;OID=.;OPOS=32029226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr6 32029415 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.082;QD=46.848;RBI=0.0301652;REFB=0;REVB=-0.0201978;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000625411;OID=.;OPOS=32029415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr6 32032743 . G A 1013.59 PASS AF=1;AO=50;DP=72;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368977;FXX=0.0555478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.986;QD=59.623;RBI=0.0436966;REFB=0;REVB=0.0234084;RO=0;SAF=14;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000705553;OID=.;OPOS=32032743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:72:68:0:0:50:68:1:36:14:0:0:36:32:0:0 chr6 32046936 . G A 190.43 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.00274494;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.538;QD=11.3687;RBI=0.0164976;REFB=-0.0211625;REVB=0.0162677;RO=40;SAF=11;SAR=13;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259182;STB=0.664917;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0295967;OID=.;OPOS=32046936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:40:43:24:24:0.358209:13:11:28:12:13:11:31:12 chr6 32050067 . T C 1722.5 PASS AF=1;AO=113;DP=116;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00552423;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.19;QD=60.9735;RBI=0.00942003;REFB=0;REVB=0.00763019;RO=0;SAF=67;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19992e-05;OID=.;OPOS=32050067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:116:113:0:0:113:113:1:46:67:0:0:46:67:0:0 chr6 32119898 . T C 5151.09 PASS AF=0.976471;AO=333;DP=341;FAO=332;FDP=340;FR=.;FRO=8;FSAF=170;FSAR=162;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00717076;FXX=0.00293247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.046;QD=60.6011;RBI=0.0220498;REFB=-0.0202638;REVB=0.0208512;RO=8;SAF=170;SAR=163;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00512383;STB=0.502659;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=1.15489e-05;OID=.;OPOS=32119898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:341:340:8:8:333:332:0.976471:163:170:5:3:162:170:5:3 chr6 32122386 . C G 830.51 PASS AF=1;AO=40;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.684;QD=57.2768;RBI=0.0792857;REFB=0;REVB=0.0650155;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109085;OID=.;OPOS=32122386;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:40:58:1:21:19:0:0:34:24:0:0 chr6 32151443 . C T 2274.25 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.486;QD=63.6154;RBI=0.0403423;REFB=0;REVB=0.0305829;RO=0;SAF=70;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32778e-05;OID=.;OPOS=32151443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:73:70:0:0:73:70:0:0 chr6 32151994 . A T 801.41 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.991;QD=57.2435;RBI=0.0425643;REFB=0;REVB=-0.0372279;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.66507e-05;OID=.;OPOS=32151994;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:26:29:0:0:26:30:0:0 chr6 32156489 . G C 1063.36 PASS AF=0.801887;AO=85;DP=106;FAO=85;FDP=106;FR=.;FRO=21;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=-0.00608606;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=209.382;QD=40.1269;RBI=0.00729826;REFB=-0.0271504;REVB=-0.00402796;RO=10;SAF=46;SAR=39;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875226;STB=0.578407;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00100879;OID=.;OPOS=32156489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:10:21:85:85:0.801887:39:46:1:9:39:46:3:18 chr6 32157562 . ACCCCCCCG ACCCCCCGC 35.44 PASS AF=0.315789;AO=5;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0257497;FXX=0;HRUN=7;LEN=2;MLLD=20.2105;QD=7.46195;RBI=0.0309896;REFB=-0.064109;REVB=-0.0172426;RO=10;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.574525;STB=0.860959;STBP=0.055;TYPE=mnp;VARB=0.158642;OID=.;OPOS=32157569;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=ACCCCCCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:5:19:6:19:12:5:1:3:9:29:10:4:1:2:8 chr6 32172065 . T G 2316.19 PASS AF=0.993506;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0125342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.315;QD=60.1607;RBI=0.0259823;REFB=-0.10669;REVB=-0.022759;RO=1;SAF=77;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613805;STB=0.503225;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-3.89598e-05;OID=.;OPOS=32172065;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:154:1:1:153:153:0.993506:76:77:1:0:76:77:1:0 chr6 32184705 . G A,T 761.49 PASS AF=0.979167,0.0208333;AO=46,2;DP=49;FAO=47,1;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0533757,-0.0553708;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.425,69.6079;QD=63.4574;RBI=0.0533792,0.0660789;REFB=0,0;REVB=0.000607574,-0.0360624;RO=0;SAF=25,2;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.85991e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000761593,0.053204;OID=.,.;OPOS=32184705,32184705;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:49:48:0:0:46,2:47,1:0.979167,0.0208333:21,0:25,2:0:0:21,0:26,1:0:0 chr6 32190390 . T G 990.33 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7553;QD=59.1241;RBI=0.0258839;REFB=0;REVB=-0.014291;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021323;OID=.;OPOS=32190390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr6 32190406 . A G 1029.9 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0441747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.289;QD=58.0224;RBI=0.0477724;REFB=0.0724149;REVB=0.0181877;RO=1;SAF=29;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160211;STB=0.508472;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.000341073;OID=.;OPOS=32190406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:69:70:0.985915:40:29:1:0:41:29:1:0 chr6 32190484 . G A 455.11 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00271436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.536;QD=18.0241;RBI=0.00474032;REFB=-0.0190439;REVB=-0.00388624;RO=53;SAF=30;SAR=18;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199358;STB=0.610926;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0217797;OID=.;OPOS=32190484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:48:48:0.475248:18:30:22:31:18:30:22:31 chr6 32191658 . TAGC T 903.99 PASS AF=1;AO=48;DP=70;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196661;FXX=0.11266;HRUN=1;LEN=3;MLLD=187.44;QD=57.3961;RBI=0.0662268;REFB=0;REVB=0.0632395;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.70571e-05;OID=.;OPOS=32191659;OREF=AGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:70:63:63:0:31:32:0:0:5:0:28:20:0:0 chr6 32223530 . CA C,CC 747.43 PASS AF=0.0192308,0.980769;AO=16,35;DP=51;FAO=1,51;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144588,0.166001;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=204.66,228.787;QD=57.4946;RBI=0.150844,0.170236;REFB=0,0;REVB=0.0429883,0.0377324;RO=0;SAF=16,7;SAR=0,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.152075,-0.00116168;OID=.,.;OPOS=32223531,32223531;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0192308,0.980769:16,35:51:1,51:52:0:1,23:0,28:0:0:4:0:16,7:0,28:0:0 chr6 32261771 . A G,T 1168.45 PASS AF=0.949367,0.0506329;AO=72,4;DP=77;FAO=75,4;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37,2;FSAR=38,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014338,0.0134227;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=235.513,201.327;QD=59.1619;RBI=0.0349815,0.0295794;REFB=0,0;REVB=0.0319081,0.0263586;RO=1;SAF=36,2;SAR=36,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0129566,0.166656;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000856147,0.0159845;OID=.,.;OPOS=32261771,32261771;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:77:79:1:0:72,4:75,4:0.949367,0.0506329:36,2:36,2:0:1:38,2:37,2:0:0 chr6 32268501 . A T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.397;QD=58.7815;RBI=0.032553;REFB=0;REVB=0.00651945;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51444e-05;OID=.;OPOS=32268501;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:42:23:0:0:42:23:0:0 chr6 32290927 . G T 2392.22 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7964;QD=60.9482;RBI=0.0263893;REFB=0;REVB=-0.0238057;RO=0;SAF=75;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51589e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132687;OID=.;OPOS=32290927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:157:0:0:155:157:1:80:75:0:0:80:77:0:0 chr6 32291270 . CAG C 885.74 PASS AF=1;AO=59;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239177;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=2;MLLD=256.612;QD=58.0811;RBI=0.042991;REFB=0;REVB=0.0357235;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.98908e-05;OID=.;OPOS=32291271;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:62:61:61:0:21:40:0:0:5:0:21:38:0:0 chr6 32291359 . T G 1098.71 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5559;QD=60.2033;RBI=0.0396845;REFB=0;REVB=-0.00720263;RO=2;SAF=36;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255447;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268986;OID=.;OPOS=32291359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:2:0:71:73:1:35:36:2:0:35:38:0:0 chr6 32298372 . A G 785.59 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.029;QD=64.13;RBI=0.0642145;REFB=0;REVB=0.00700274;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163612;OID=.;OPOS=32298372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr6 32301804 . G C 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.172;QD=63.4762;RBI=0.0294022;REFB=0;REVB=-0.00785693;RO=0;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87483e-05;OID=.;OPOS=32301804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:53:41:0:0:53:41:0:0 chr6 32303672 . T A 1301.56 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2998;QD=61.979;RBI=0.0201023;REFB=0;REVB=-0.0128595;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146372;OID=.;OPOS=32303672;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr6 32307260 . T G 1339.74 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.748;QD=62.3137;RBI=0.049471;REFB=0;REVB=0.0405107;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134529;OID=.;OPOS=32307260;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:53:33:0:0:53:33:0:0 chr6 32307382 . G A 916.88 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0672606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9401;QD=56.423;RBI=0.0686776;REFB=-0.0917866;REVB=0.013879;RO=1;SAF=33;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140954;STB=0.507244;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0016476;OID=.;OPOS=32307382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:1:1:63:64:0.984615:30:33:1:0:30:34:1:0 chr6 32310986 . C G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.502;QD=63.8715;RBI=0.0317256;REFB=0;REVB=-0.00907849;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65672e-05;OID=.;OPOS=32310986;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr6 32317922 . TTTTC T 818.84 PASS AF=0.821782;AO=77;DP=85;FAO=83;FDP=101;FR=.;FRO=18;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.041866;FXX=0.0288434;HRUN=4;LEN=4;MLLD=283.286;QD=32.4293;RBI=0.0420955;REFB=-0.0255323;REVB=-0.00438972;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.316456;SSSB=3.5078e-08;STB=0.515293;STBP=0.471;TYPE=del;VARB=0.00377159;OID=.;OPOS=32317923;OREF=TTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.821782:77:85:83:101:18:44:39:8:10:54:0:38:39:0:0 chr6 32333093 . A G 1536.28 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.925;QD=63.3516;RBI=0.0319295;REFB=0;REVB=0.00540873;RO=0;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6324e-05;OID=.;OPOS=32333093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:47:49:0:0:48:49:0:0 chr6 32333098 . C T 1511.18 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0141888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.632;QD=61.6809;RBI=0.0149807;REFB=-0.0965393;REVB=-0.00480626;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-4.9127e-06;OID=.;OPOS=32333098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:0:1:96:97:0.989796:48:48:0:0:48:49:1:0 chr6 32333955 . T C 1116.53 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2213;QD=60.3528;RBI=0.0981636;REFB=0;REVB=0.092342;RO=0;SAF=48;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000675187;OID=.;OPOS=32333955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:26:48:0:0:26:48:0:0 chr6 32334224 . C G 548.52 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00288122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.243;QD=59.2999;RBI=0.00473248;REFB=0;REVB=0.00375432;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1388e-05;OID=.;OPOS=32334224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:17:19:0:0:18:19:0:0 chr6 32336586 . A G 2314.04 PASS AF=1;AO=152;DP=155;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011054;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.74;QD=60.4979;RBI=0.0175706;REFB=0;REVB=0.0136578;RO=1;SAF=83;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569688;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042769;OID=.;OPOS=32336586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:155:153:1:0:152:153:1:69:83:1:0:69:84:0:0 chr6 32337686 . A G 1438.64 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0306618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.597;QD=61.8771;RBI=0.0431137;REFB=-0.133351;REVB=0.0303091;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000585423;OID=.;OPOS=32337686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:92:92:0.989247:44:48:0:0:44:48:1:0 chr6 32410987 . A G 1121.57 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217481;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.618;QD=60.6255;RBI=0.0221219;REFB=0;REVB=-0.0040493;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219391;OID=.;OPOS=32410987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr6 32411035 . A C 1524.06 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0152299;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.305;QD=61.5784;RBI=0.0223511;REFB=0.0171423;REVB=-0.0163592;RO=2;SAF=53;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017559;STB=0.509257;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00025612;OID=.;OPOS=32411035;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:99:2:2:97:97:0.979798:44:53:2:0:44:53:2:0 chr6 32411646 . T G 1861.54 PASS AF=0.99187;AO=120;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00390245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4318;QD=60.538;RBI=0.00563536;REFB=-0.10555;REVB=-0.00406549;RO=1;SAF=60;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785133;STB=0.503999;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000405081;OID=.;OPOS=32411646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:120:122:0.99187:60:60:1:0:60:62:1:0 chr6 32412480 . G A 1767.56 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.299;QD=60.9504;RBI=0.0283904;REFB=0;REVB=-0.0253429;RO=0;SAF=61;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.25756e-06;OID=.;OPOS=32412480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:55:61:0:0:55:61:0:0 chr6 32489749 . G C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.176;QD=61.6832;RBI=0.0254794;REFB=0;REVB=0.0192009;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103134;OID=.;OPOS=32489749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr6 32489791 . AG CT 439.01 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00254977;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.01;QD=56.6461;RBI=0.0173353;REFB=0;REVB=0.0171467;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000154321;OID=.;OPOS=32489791;OREF=AG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:17:14:0:0 chr6 32489794 . G A 399.92 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396034;FXX=0.096743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.493;QD=57.1308;RBI=0.039609;REFB=0;REVB=-0.000664617;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000957999;OID=.;OPOS=32489794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:28:0:0:29:28:1:17:12:0:0:17:11:0:0 chr6 32489825 . T A 296.21 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00464863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.723;QD=49.3689;RBI=0.00534623;REFB=-0.095868;REVB=0.00264052;RO=1;SAF=10;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440445;STB=0.523789;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00207099;OID=.;OPOS=32489825;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:13:10:1:0:13:10:1:0 chr6 32489853 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.389;QD=47.822;RBI=0.043257;REFB=0;REVB=-0.0129956;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000850695;OID=.;OPOS=32489853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr6 32489856 . C A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.150197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.703;QD=45.8052;RBI=0.151241;REFB=0;REVB=0.0177399;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00492426;OID=.;OPOS=32489856;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr6 32517807 . T C 191.93 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0356937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.978;QD=11.8112;RBI=0.0360941;REFB=-0.00261293;REVB=-0.00536093;RO=40;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190759;STB=0.603026;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00520577;OID=.;OPOS=32517807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:41:24:24:0.369231:9:15:18:22:9:15:19:22 chr6 32546743 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.368;QD=45.8068;RBI=0.0733603;REFB=0;REVB=-0.0665121;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000627403;OID=.;OPOS=32546743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr6 32546795 . T A 207.07 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.09;QD=48.7218;RBI=0.0302319;REFB=0;REVB=-0.0225012;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00058443;OID=.;OPOS=32546795;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr6 32546802 . CA AG 156.07 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00363984;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=123.265;QD=44.5913;RBI=0.0682423;REFB=0;REVB=0.0681451;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000757204;OID=.;OPOS=32546802;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:12:14:1:0:12:0:0:2:12:0:0 chr6 32546828 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.475;QD=50.4134;RBI=0.0263072;REFB=0;REVB=-0.016084;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000325614;OID=.;OPOS=32546828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr6 32546846 . C T 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1274;QD=51.1791;RBI=0.0128517;REFB=0;REVB=0.00525311;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342209;OID=.;OPOS=32546846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr6 32546854 . TG T 253.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.6854;QD=50.7784;RBI=0.0412823;REFB=0;REVB=-0.0263074;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.224771;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000357676;OID=.;OPOS=32546855;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:20:20:20:0:8:12:0:0:4:0:8:12:0:0 chr6 32546866 . T C 289.3 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7215;QD=52.6008;RBI=0.0678444;REFB=0;REVB=-0.0455594;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101928;OID=.;OPOS=32546866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr6 32547982 . G A 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=-0.0012117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.407;QD=15.2375;RBI=0.0329879;REFB=-0.0116618;REVB=-0.0329657;RO=35;SAF=12;SAR=16;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209376;STB=0.622562;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0102756;OID=.;OPOS=32547982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:16:12:8:27:16:12:8:28 chr6 32547988 . T C 329.76 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0113939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.48;QD=20.9368;RBI=0.0114134;REFB=-0.0112901;REVB=0.000666754;RO=29;SAF=7;SAR=27;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223234;STB=0.624767;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00575797;OID=.;OPOS=32547988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:27:7:12:17:27:7:12:17 chr6 32547990 . TG AA,TA 873.88 PASS AF=0.460317,0.539683;AO=29,34;DP=63;FAO=29,34;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=12,7;FSAR=17,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034621,-0.0163705;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=200.89,55.3071;QD=55.4842;RBI=0.0387578,0.0231386;REFB=0,0;REVB=0.017423,0.0163524;RO=0;SAF=12,7;SAR=17,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-6.0947e-08,-3.32246e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0144506,-0.00708648;OID=.,.;OPOS=32547990,32547991;OREF=TG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:63:63:0:0:29,34:29,34:0.460317,0.539683:17,27:12,7:0:0:17,27:12,7:0:0 chr6 32547997 . T G 247.64 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=-0.00124694;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.313;QD=15.977;RBI=0.00293147;REFB=-0.0202878;REVB=-0.00265305;RO=34;SAF=12;SAR=16;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231584;STB=0.629185;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0200713;OID=.;OPOS=32547997;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:34:34:28:28:0.451613:16:12:7:27:16:12:7:27 chr6 32548026 . G C 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0526338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.014;QD=18.4947;RBI=0.0552856;REFB=0.00787126;REVB=0.016917;RO=29;SAF=7;SAR=23;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161137;STB=0.603517;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00420921;OID=.;OPOS=32548026;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:30:30:30:0.5:23:7:11:18:23:7:12:18 chr6 32548066 . G T 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0222482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0365;QD=18.7955;RBI=0.0255857;REFB=0.00434689;REVB=-0.0126351;RO=27;SAF=7;SAR=16;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182214;STB=0.60368;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00279698;OID=.;OPOS=32548066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:16:7:13:14:16:7:13:14 chr6 32548520 . C T 408.9 PASS AF=0.443299;AO=42;DP=96;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0211839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.872;QD=16.862;RBI=0.0228489;REFB=-0.0128543;REVB=-0.00856257;RO=53;SAF=18;SAR=24;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136509;STB=0.586365;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0173415;OID=.;OPOS=32548520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:53:54:42:43:0.443299:24:18:30:23:25:18:31:23 chr6 32548534 . C T 66.61 PASS AF=0.130841;AO=14;DP=107;FAO=14;FDP=107;FR=.;FRO=93;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.0269054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0763;QD=2.4902;RBI=0.0758872;REFB=0.00166046;REVB=0.0709575;RO=93;SAF=5;SAR=9;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19702;STB=0.638356;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00966792;OID=.;OPOS=32548534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:107:107:93:93:14:14:0.130841:9:5:48:45:9:5:48:45 chr6 32548554 . G C 72.52 PASS AF=0.137615;AO=15;DP=109;FAO=15;FDP=109;FR=.;FRO=94;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=-0.0338286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7063;QD=2.66118;RBI=0.0338431;REFB=0.00786718;REVB=0.000993527;RO=94;SAF=6;SAR=9;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125101;STB=0.5866;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.0505017;OID=.;OPOS=32548554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:109:109:94:94:15:15:0.137615:9:6:47:47:9:6:47:47 chr6 32548556 . C T 64.95 PASS AF=0.127273;AO=14;DP=106;FAO=14;FDP=110;FR=.;FRO=96;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0260781;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.144;QD=2.36188;RBI=0.0260937;REFB=-0.00154923;REVB=-0.00090316;RO=92;SAF=5;SAR=9;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178294;STB=0.634272;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0064985;OID=.;OPOS=32548556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:106:110:92:96:14:14:0.127273:9:5:46:46:9:5:49:47 chr6 32548581 . A G 65.79 PASS AF=0.12963;AO=14;DP=109;FAO=14;FDP=108;FR=.;FRO=94;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=-0.016143;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.214;QD=2.43656;RBI=0.0194269;REFB=-0.00199291;REVB=0.0108076;RO=94;SAF=5;SAR=9;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152776;STB=0.607951;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0184549;OID=.;OPOS=32548581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:109:108:94:94:14:14:0.12963:9:5:45:49:9:5:45:49 chr6 32548632 . T A 389.91 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0182345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.116;QD=16.4174;RBI=0.0208252;REFB=-0.0233466;REVB=-0.0100594;RO=54;SAF=16;SAR=25;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113105;STB=0.563681;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0306366;OID=.;OPOS=32548632;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:54:41:41:0.431579:25:16:27:27:25:16:27:27 chr6 32549401 . T C 207.08 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9837;QD=48.7246;RBI=0.0428361;REFB=0;REVB=-0.0300533;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0022527;OID=.;OPOS=32549401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr6 32549416 . C T 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0198629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.391;QD=12.6371;RBI=0.0230341;REFB=-0.00801999;REVB=-0.0116633;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164083;STB=0.596268;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0161047;OID=.;OPOS=32549416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:6:7:8:13:6:7:8:13 chr6 32549452 . C G 443.51 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.000106995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.437;QD=25.7109;RBI=0.0332987;REFB=-0.00354085;REVB=0.0332985;RO=26;SAF=26;SAR=16;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862301;STB=0.54087;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00196545;OID=.;OPOS=32549452;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:26:27:42:42:0.608696:16:26:13:13:16:26:14:13 chr6 32549464 . T C 273.54 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00763257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.172;QD=12.7227;RBI=0.0190402;REFB=-0.00626562;REVB=-0.0174435;RO=54;SAF=16;SAR=16;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811597;STB=0.546483;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.012583;OID=.;OPOS=32549464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:54:32:32:0.372093:16:16:31:23:16:16:31:23 chr6 32549475 . T C 1418.18 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.738;QD=62.3376;RBI=0.032375;REFB=0;REVB=0.0295722;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4825e-05;OID=.;OPOS=32549475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:91:0:0:89:91:1:42:47:0:0:43:48:0:0 chr6 32549481 . C T 681.13 PASS AF=0.609524;AO=64;DP=104;FAO=64;FDP=105;FR=.;FRO=41;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00959589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.25;QD=25.9477;RBI=0.012945;REFB=-0.0212059;REVB=-0.00868863;RO=39;SAF=38;SAR=26;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577732;STB=0.522929;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0125453;OID=.;OPOS=32549481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:39:41:64:64:0.609524:26:38:20:19:26:38:22:19 chr6 32549497 . G A 751.73 PASS AF=0.572581;AO=71;DP=124;FAO=71;FDP=124;FR=.;FRO=53;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0053832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.551;QD=24.2494;RBI=0.0203896;REFB=-0.0152381;REVB=-0.0196661;RO=53;SAF=42;SAR=29;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357103;STB=0.519481;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0112475;OID=.;OPOS=32549497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:53:53:71:71:0.572581:29:42:29:24:29:42:29:24 chr6 32549501 . A C 2008.45 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00213144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229;QD=62.2775;RBI=0.0175369;REFB=0;REVB=0.0174069;RO=0;SAF=77;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28248e-05;OID=.;OPOS=32549501;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:52:77:0:0:52:77:0:0 chr6 32549548 . G A 898.72 PASS AF=0.471503;AO=91;DP=191;FAO=91;FDP=193;FR=.;FRO=102;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=57;FSRR=45;FWDB=-0.0147261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.07;QD=18.6263;RBI=0.0151256;REFB=-0.0110517;REVB=-0.00345346;RO=99;SAF=54;SAR=37;SRF=57;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171971;STB=0.518801;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0118591;OID=.;OPOS=32549548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:193:99:102:91:91:0.471503:37:54:57:42:37:54:57:45 chr6 32549557 . G C 201.32 PASS AF=0.180905;AO=36;DP=199;FAO=36;FDP=199;FR=.;FRO=163;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=99;FSRR=64;FWDB=-0.0150454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.665;QD=4.04663;RBI=0.015241;REFB=-0.00672104;REVB=0.002434;RO=163;SAF=19;SAR=17;SRF=99;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103949;STB=0.565832;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0295744;OID=.;OPOS=32549557;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:163:163:36:36:0.180905:17:19:99:64:17:19:99:64 chr6 32549589 . A C 785.18 PASS AF=0.436842;AO=83;DP=190;FAO=83;FDP=190;FR=.;FRO=107;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=63;FSRR=44;FWDB=-0.00501334;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.823;QD=16.5301;RBI=0.00901057;REFB=-0.0123357;REVB=-0.00748711;RO=105;SAF=46;SAR=37;SRF=63;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468046;STB=0.519779;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0182067;OID=.;OPOS=32549589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:105:107:83:83:0.436842:37:46:63:42:37:46:63:44 chr6 32549596 . T C 2922.83 PASS AF=1;AO=185;DP=185;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.472;QD=63.1964;RBI=0.012309;REFB=0;REVB=0.0112253;RO=0;SAF=104;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01404e-05;OID=.;OPOS=32549596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:185:0:0:185:185:1:81:104:0:0:81:104:0:0 chr6 32549607 . T G 863.02 PASS AF=0.5;AO=87;DP=174;FAO=87;FDP=174;FR=.;FRO=87;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=-0.0129889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.642;QD=19.8395;RBI=0.0244217;REFB=0.00414641;REVB=-0.0206811;RO=87;SAF=47;SAR=40;SRF=51;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422375;STB=0.523219;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00482342;OID=.;OPOS=32549607;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:87:87:87:87:0.5:40:47:51:36:40:47:51:36 chr6 32549611 . T A 2623.59 PASS AF=0.994152;AO=170;DP=171;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0227066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.502;QD=61.3705;RBI=0.0231738;REFB=0.0444235;REVB=-0.0046296;RO=1;SAF=96;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638833;STB=0.503355;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=1.84341e-05;OID=.;OPOS=32549611;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:171:1:1:170:170:0.994152:74:96:0:1:74:96:0:1 chr6 32551970 . T G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.849;QD=37.4885;RBI=0.100811;REFB=0;REVB=0.092201;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000753093;OID=.;OPOS=32551970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr6 32551995 . A C,G 86.81 PASS AF=0.666667,0.333333;AO=5,3;DP=9;FAO=6,3;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5,2;FSAR=1,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339295,-0.0329812;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.167,105.625;QD=38.5842;RBI=0.0420986,0.0626473;REFB=0,0;REVB=-0.0249215,-0.0532628;RO=0;SAF=4,2;SAR=1,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00166063,-0.0196454;OID=.,.;OPOS=32551995,32551995;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:9:9:0:0:5,3:6,3:0.666667,0.333333:1,1:4,2:0:0:1,1:5,2:0:0 chr6 32551998 . GT AG,AT 68.05 PASS AF=0.555556,0.333333;AO=5,2;DP=9;FAO=5,3;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4,2;FSAR=1,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00637389,0.00931;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=201.826,122.327;QD=30.243;RBI=0.0208205,0.0305808;REFB=-0.0519209,0.0217109;REVB=0.0198209,0.0291292;RO=1;SAF=4,1;SAR=1,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0951258,-0.25849;STB=0.555346,0.59939;STBP=0.649,0.681;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0249573,0.00353627;OID=.,.;OPOS=32551998,32551998;OREF=GT,G;OALT=AG,A;OMAPALT=AG,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:9:9:1:1:5,2:5,3:0.555556,0.333333:1,1:4,1:1:0:1,1:4,2:1:0 chr6 32552029 . A T 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00722299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.496;QD=24.8033;RBI=0.0102228;REFB=-0.0691576;REVB=0.00723427;RO=4;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381322;STB=0.521694;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00686207;OID=.;OPOS=32552029;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:2:8:3:1:2:8:3:1 chr6 32552059 . G A,T 148.62 PASS AF=0.466667,0.466667;AO=7,7;DP=15;FAO=7,7;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=5,6;FSAR=2,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0354428,-0.0225471;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=35.7869,55.448;QD=39.6326;RBI=0.0399838,0.0868469;REFB=0.079897,-0.0118653;REVB=-0.018507,-0.083869;RO=1;SAF=5,6;SAR=2,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.173072,0.2842;STB=0.599698,0.666107;STBP=0.283,0.137;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0134889,-0.00333199;OID=.,.;OPOS=32552059,32552059;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:47:15:15:1:1:7,7:7,7:0.466667,0.466667:2,1:5,6:0:1:2,1:5,6:0:1 chr6 32552075 . A G 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00474189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.629;QD=29.164;RBI=0.0116687;REFB=0.0230667;REVB=-0.0106617;RO=3;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141846;STB=0.578816;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.0137887;OID=.;OPOS=32552075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:3:8:3:0:3:8:3:0 chr6 32557506 . T C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0213416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4525;QD=16.1989;RBI=0.0609237;REFB=0.0256517;REVB=-0.0570634;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.0199904;OID=.;OPOS=32557506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:1:2:2:3:1:2 chr6 32605284 . G A 610.13 PASS AF=0.844828;AO=49;DP=58;FAO=49;FDP=58;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0451654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.978;QD=42.0782;RBI=0.0454545;REFB=0.00630437;REVB=-0.00511802;RO=8;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962493;STB=0.55694;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00206944;OID=.;OPOS=32605284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:58:58:8:9:49:49:0.844828:35:14:0:8:35:14:0:9 chr6 32605295 . C T 593.74 PASS AF=0.830508;AO=42;DP=59;FAO=49;FDP=59;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.00326495;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.1587;QD=40.2537;RBI=0.0216308;REFB=0.0287999;REVB=-0.0213829;RO=10;SAF=8;SAR=34;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119974;STB=0.562476;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00510684;OID=.;OPOS=32605295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:10:10:42:49:0.830508:34:8:0:10:35:14:0:10 chr6 32605309 . A G 603.46 PASS AF=0.833333;AO=49;DP=58;FAO=50;FDP=60;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.0302142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6357;QD=40.2306;RBI=0.0302872;REFB=0.000394542;REVB=0.00210197;RO=9;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11253;STB=0.564078;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.000646999;OID=.;OPOS=32605309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:60:9:10:49:50:0.833333:33:16:0:9:34:16:0:10 chr6 32606695 . T C 1602.8 PASS AF=0.948718;AO=111;DP=117;FAO=111;FDP=117;FR=.;FRO=6;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0326836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.644;QD=54.7965;RBI=0.072521;REFB=-0.0862464;REVB=0.0647386;RO=6;SAF=62;SAR=49;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576641;STB=0.503042;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00236454;OID=.;OPOS=32606695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:117:117:6:6:111:111:0.948718:49:62:3:3:49:62:3:3 chr6 32606701 . A G 1617.74 PASS AF=0.965517;AO=108;DP=114;FAO=112;FDP=116;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0597696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3543;QD=55.7841;RBI=0.0798585;REFB=-0.00936068;REVB=0.052962;RO=5;SAF=59;SAR=49;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00454545;STB=0.501551;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.000424718;OID=.;OPOS=32606701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:114:116:5:4:108:112:0.965517:49:59:3:2:51:61:2:2 chr6 32609097 . T C 153.06 PASS AF=0.255814;AO=22;DP=86;FAO=22;FDP=86;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=0.0331234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9435;QD=7.11913;RBI=0.0333121;REFB=0.0113858;REVB=-0.00353977;RO=63;SAF=17;SAR=5;SRF=43;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140462;STB=0.595594;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.0154134;OID=.;OPOS=32609097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:63:64:22:22:0.255814:5:17:43:20:5:17:43:21 chr6 32609105 . G A 195.26 PASS AF=0.285714;AO=26;DP=91;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=21;FWDB=-0.00873926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9396;QD=8.58266;RBI=0.0318652;REFB=-0.00465109;REVB=0.0306434;RO=64;SAF=20;SAR=6;SRF=43;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146838;STB=0.584346;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00512131;OID=.;OPOS=32609105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:64:65:26:26:0.285714:6:20:43:21:6:20:44:21 chr6 32609126 . T C 194.21 PASS AF=0.266667;AO=28;DP=105;FAO=28;FDP=105;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=23;FWDB=-0.0217223;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.712;QD=7.39827;RBI=0.021786;REFB=-0.00759277;REVB=-0.00166448;RO=77;SAF=22;SAR=6;SRF=54;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137;STB=0.583117;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0185154;OID=.;OPOS=32609126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:77:77:28:28:0.266667:6:22:54:23:6:22:54:23 chr6 32609173 . C G 1003.15 PASS AF=0.77551;AO=76;DP=98;FAO=76;FDP=98;FR=.;FRO=22;FSAF=53;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0193041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.397;QD=40.9448;RBI=0.0193282;REFB=-0.0218666;REVB=-0.000965773;RO=22;SAF=53;SAR=23;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381282;STB=0.520357;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00505702;OID=.;OPOS=32609173;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:22:22:76:76:0.77551:23:53:17:5:23:53:17:5 chr6 32609192 . A G 125.63 PASS AF=0.2;AO=20;DP=100;FAO=20;FDP=100;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=58;FSRR=22;FWDB=-0.00525368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.472;QD=5.02515;RBI=0.025634;REFB=-0.0025104;REVB=-0.0250899;RO=79;SAF=15;SAR=5;SRF=57;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462203;STB=0.525947;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0109243;OID=.;OPOS=32609192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:79:80:20:20:0.2:5:15:57:22:5:15:58:22 chr6 32609207 . C T 50.31 PASS AF=0.120879;AO=11;DP=91;FAO=11;FDP=91;FR=.;FRO=80;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=60;FSRR=20;FWDB=0.00901044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1701;QD=2.21164;RBI=0.0448927;REFB=-0.00215091;REVB=-0.0439791;RO=80;SAF=10;SAR=1;SRF=60;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318316;STB=0.749424;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0262702;OID=.;OPOS=32609207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:91:91:80:80:11:11:0.120879:1:10:60:20:1:10:60:20 chr6 32609806 . C T 39.74 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0213442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.354;QD=3.1167;RBI=0.0297079;REFB=-0.00652922;REVB=-0.0206635;RO=44;SAF=5;SAR=2;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185959;STB=0.635956;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0439295;OID=.;OPOS=32609806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:44:44:7:7:0.137255:2:5:25:19:2:5:25:19 chr6 32609813 . T C 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0338982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.948;QD=2.21244;RBI=0.0413867;REFB=-0.00329715;REVB=-0.0237439;RO=48;SAF=5;SAR=1;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380106;STB=0.805376;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0236812;OID=.;OPOS=32609813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:48:49:6:6:0.109091:1:5:25:23:1:5:25:24 chr6 32609952 . T C 108.48 PASS AF=0.189474;AO=18;DP=96;FAO=18;FDP=95;FR=.;FRO=77;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.056934;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0178;QD=4.56775;RBI=0.0621406;REFB=-0.00106926;REVB=0.0248992;RO=78;SAF=12;SAR=6;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120039;STB=0.581996;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00447591;OID=.;OPOS=32609952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:78:77:18:18:0.189474:6:12:45:33:6:12:44:33 chr6 32609969 . T G 138.89 PASS AF=0.225806;AO=19;DP=91;FAO=21;FDP=93;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.00179546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.687;QD=5.97385;RBI=0.00213275;REFB=0.000587397;REVB=0.00115105;RO=71;SAF=11;SAR=8;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162746;STB=0.52888;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.00143517;OID=.;OPOS=32609969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:71:72:19:21:0.225806:8:11:42:29:8:13:42:30 chr6 32609974 . T G 137.35 PASS AF=0.21875;AO=21;DP=96;FAO=21;FDP=96;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=0.00310137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.204;QD=5.72278;RBI=0.0486494;REFB=-0.00484241;REVB=-0.0485504;RO=75;SAF=13;SAR=8;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250919;STB=0.515643;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0178421;OID=.;OPOS=32609974;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:75:75:21:21:0.21875:8:13:45:30:8:13:45:30 chr6 32610002 . C A 159.47 PASS AF=0.231481;AO=25;DP=108;FAO=25;FDP=108;FR=.;FRO=83;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=54;FSRR=29;FWDB=-0.00661898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.205;QD=5.90638;RBI=0.0095631;REFB=0.00324388;REVB=0.00690231;RO=83;SAF=17;SAR=8;SRF=54;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413459;STB=0.52546;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00749553;OID=.;OPOS=32610002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:83:83:25:25:0.231481:8:17:54:29:8:17:54:29 chr6 32610009 . C A 166.76 PASS AF=0.236364;AO=26;DP=110;FAO=26;FDP=110;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=57;FSRR=27;FWDB=0.0140104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8952;QD=6.0641;RBI=0.0157627;REFB=-0.00204887;REVB=-0.00722288;RO=84;SAF=18;SAR=8;SRF=57;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199012;STB=0.512186;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00707369;OID=.;OPOS=32610009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:84:84:26:26:0.236364:8:18:57:27:8:18:57:27 chr6 32610044 . T C 184.64 PASS AF=0.25;AO=28;DP=112;FAO=28;FDP=112;FR=.;FRO=84;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=53;FSRR=31;FWDB=-0.00680212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6427;QD=6.5943;RBI=0.0134358;REFB=0.00727152;REVB=-0.0115867;RO=84;SAF=19;SAR=9;SRF=53;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654342;STB=0.539744;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.0250492;OID=.;OPOS=32610044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:84:84:28:28:0.25:9:19:53:31:9:19:53:31 chr6 32610047 . T C 175.51 PASS AF=0.243243;AO=27;DP=111;FAO=27;FDP=111;FR=.;FRO=84;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=31;FWDB=0.0273866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.657;QD=6.32484;RBI=0.0274174;REFB=-0.00397703;REVB=0.00129828;RO=83;SAF=19;SAR=8;SRF=53;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919875;STB=0.562594;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00975865;OID=.;OPOS=32610047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:83:84:27:27:0.243243:8:19:53:30:8:19:53:31 chr6 32610050 . T C 138.06 PASS AF=0.207207;AO=23;DP=104;FAO=23;FDP=111;FR=.;FRO=88;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=58;FSRR=30;FWDB=-0.00911159;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=220.079;QD=4.97516;RBI=0.0108267;REFB=-0.00233575;REVB=0.00584772;RO=81;SAF=14;SAR=9;SRF=51;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278362;STB=0.542677;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00474473;OID=.;OPOS=32610050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:111:81:88:23:23:0.207207:9:14:51:30:9:14:58:30 chr6 32610059 . T G 199.11 PASS AF=0.271845;AO=28;DP=103;FAO=28;FDP=103;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=50;FSRR=25;FWDB=-0.0167038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.185;QD=7.73239;RBI=0.0205891;REFB=-0.00392137;REVB=0.0120372;RO=74;SAF=19;SAR=9;SRF=50;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00402343;STB=0.509859;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0109541;OID=.;OPOS=32610059;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:74:75:28:28:0.271845:9:19:50:24:9:19:50:25 chr6 32610109 . A C 79.97 PASS AF=0.206349;AO=7;DP=64;FAO=13;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.072526;FXX=0.0156226;HRUN=5;LEN=1;MLLD=33.3174;QD=5.07722;RBI=0.0790848;REFB=0.0121255;REVB=0.031534;RO=38;SAF=3;SAR=4;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273446;STB=0.529366;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.0588007;OID=.;OPOS=32610109;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:64:63:38:50:7:13:0.206349:4:3:25:13:4:9:33:17 chr6 32610436 . TG CA,CG 1755.28 PASS AF=0.672131,0.319672;AO=80,38;DP=121;FAO=82,39;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=37,26;FSAR=45,13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109595,0.0469384;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=254.866,131.858;QD=57.5502;RBI=0.0563105,0.0709284;REFB=-0.0481733,-0.0721491;REVB=0.0552337,0.0531755;RO=1;SAF=35,25;SAR=45,13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0133348,-0.0183767;STB=0.506665,0.509429;STBP=0.318,0.606;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0154553,0.0174301;OID=.,.;OPOS=32610436,32610436;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:121:122:1:1:80,38:82,39:0.672131,0.319672:45,13:35,25:1:0:45,13:37,26:1:0 chr6 32610461 . A G 1918.31 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238747;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.271;QD=61.881;RBI=0.0345929;REFB=0;REVB=-0.0250333;RO=0;SAF=66;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.00867e-05;OID=.;OPOS=32610461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:123:124:1:57:66:0:0:57:67:0:0 chr6 32610495 . A G 236.7 PASS AF=0.303922;AO=31;DP=99;FAO=31;FDP=102;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.114471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.58;QD=9.28242;RBI=0.114747;REFB=0.00652484;REVB=-0.00795671;RO=68;SAF=19;SAR=12;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184515;STB=0.594068;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.020859;OID=.;OPOS=32610495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:68:71:31:31:0.303922:12:19:31:37:12:19:34:37 chr6 32610535 . A C 126.25 PASS AF=0.267606;AO=18;DP=70;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0305094;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.382;QD=7.11277;RBI=0.031245;REFB=-0.00389393;REVB=0.00674002;RO=52;SAF=12;SAR=6;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229824;STB=0.652804;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0146018;OID=.;OPOS=32610535;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:52:52:18:19:0.267606:6:12:25:27:6:13:25:27 chr6 32610704 . TG CC,CG 367.86 PASS AF=0.0740741,0.925926;AO=2,24;DP=27;FAO=2,25;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=1,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165034,0.0229593;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=40.757,154.391;QD=54.4977;RBI=0.017978,0.0236626;REFB=0,0;REVB=-0.00713061,-0.00572629;RO=0;SAF=1,16;SAR=1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0178364,0.00023887;OID=.,.;OPOS=32610704,32610704;OREF=TG,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:27:0:0:2,24:2,25:0.0740741,0.925926:1,8:1,16:0:0:1,9:1,16:0:0 chr6 32610757 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.031;QD=50.4134;RBI=0.0367376;REFB=0;REVB=0.0359668;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000835284;OID=.;OPOS=32610757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr6 32610769 . A C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.589;QD=49.5992;RBI=0.0308954;REFB=0;REVB=0.0304932;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379853;OID=.;OPOS=32610769;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr6 32627988 . A G 162.34 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0249018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7324;QD=38.1968;RBI=0.055534;REFB=-0.000529692;REVB=-0.049638;RO=2;SAF=10;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828326;STB=0.545396;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.000603087;OID=.;OPOS=32627988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:5:10:2:0:5:10:2:0 chr6 32627991 . C T 111.04 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0377543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8426;QD=26.1267;RBI=0.0761936;REFB=-0.00309196;REVB=0.0661821;RO=4;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199794;STB=0.631383;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0061508;OID=.;OPOS=32627991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:17:17:4:5:12:12:0.705882:5:7:4:0:5:7:5:0 chr6 32628001 . T C 177.45 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0357942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.147;QD=39.434;RBI=0.0870995;REFB=-0.125686;REVB=0.0794047;RO=2;SAF=9;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912511;STB=0.549939;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0115938;OID=.;OPOS=32628001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:7:9:2:0:7:9:2:0 chr6 32628057 . CA TT 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0363902;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=129.304;QD=50.134;RBI=0.0413929;REFB=-0.0310168;REVB=-0.0197263;RO=1;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237806;STB=0.51281;STBP=0.635;TYPE=mnp;VARB=0.00205434;OID=.;OPOS=32628057;OREF=CA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:19:5:0:1:19:5:0:1 chr6 32628602 . G GC 157.74 PASS AF=0.379747;AO=28;DP=80;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.115165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.8347;QD=7.98692;RBI=0.220122;REFB=0.0270093;REVB=0.187592;RO=52;SAF=11;SAR=17;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164129;STB=0.615438;STBP=0.112;TYPE=ins;VARB=-0.0271956;OID=.;OPOS=32628603;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.379747:28:80:30:79:49:11:19:27:22:99:52:11:17:28:24 chr6 32628621 . T C 277.93 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0169947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.377;QD=13.7249;RBI=0.0187124;REFB=-0.0075357;REVB=-0.00783143;RO=48;SAF=11;SAR=21;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213067;STB=0.627771;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0128821;OID=.;OPOS=32628621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:48:49:32:32:0.395062:21:11:26:22:21:11:27:22 chr6 32629129 . T C 516.05 PASS AF=0.880952;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0155567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.972;QD=49.1476;RBI=0.0291023;REFB=-0.0270496;REVB=0.0245954;RO=4;SAF=23;SAR=14;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250161;STB=0.522809;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00230737;OID=.;OPOS=32629129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:41:42:4:5:37:37:0.880952:14:23:3:1:14:23:4:1 chr6 32629155 . C A 563.21 PASS AF=0.882353;AO=44;DP=51;FAO=45;FDP=51;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.000623039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2711;QD=44.1736;RBI=0.0722309;REFB=-0.0636743;REVB=0.0722282;RO=7;SAF=23;SAR=21;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125189;STB=0.518316;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0425053;OID=.;OPOS=32629155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:7:6:44:45:0.882353:21:23:4:3:22:23:4:2 chr6 32629763 . GCT CTG,GTT 52.07 PASS AF=0,0.296296;AO=2,7;DP=27;FAO=0,8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=0,7;FSAR=0,1;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0248633,-0.0108946;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=3,1;MLLD=75.198,216.014;QD=7.71371;RBI=0.0342324,0.0493406;REFB=0.0227325,-0.0141763;REVB=0.0235303,-0.0481228;RO=15;SAF=0,6;SAR=2,1;SRF=13;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.736637,-0.021674;STB=0.5,0.666172;STBP=1,0.419;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0422918;OID=.,.;OPOS=32629763,32629764;OREF=GCT,C;OALT=CTG,T;OMAPALT=CTG,GTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:52:27:27:15:19:2,7:0,8:0,0.296296:2,1:0,6:13:2:0,1:0,7:14:5 chr6 32629802 . A G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0221099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.11;QD=17.4275;RBI=0.0229886;REFB=-0.0074572;REVB=-0.00629514;RO=23;SAF=13;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806656;STB=0.546169;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00746964;OID=.;OPOS=32629802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:6:13:14:9:6:13:14:9 chr6 32629809 . C T 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0251879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.83;QD=15.6259;RBI=0.0372808;REFB=-0.00251364;REVB=-0.027485;RO=27;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102876;STB=0.559429;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00256255;OID=.;OPOS=32629809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:6:13:16:11:6:13:16:11 chr6 32629847 . A G 769.16 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.9947;QD=56.9745;RBI=0.0443945;REFB=0;REVB=-0.0416052;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000398829;OID=.;OPOS=32629847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:20:34:0:0:20:34:0:0 chr6 32629859 . A G 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00086988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.56;QD=58.0583;RBI=0.00139866;REFB=0;REVB=-0.00109525;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04958e-07;OID=.;OPOS=32629859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:22:39:0:0:22:39:0:0 chr6 32629868 . A G 385.57 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0167842;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3824;QD=25.7045;RBI=0.0218746;REFB=0.00355029;REVB=0.0140282;RO=23;SAF=26;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109208;STB=0.559966;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000749845;OID=.;OPOS=32629868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:23:37:37:0.616667:11:26:13:10:11:26:13:10 chr6 32629891 . C T 113.76 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00104723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5228;QD=7.98285;RBI=0.0149418;REFB=0.00813246;REVB=-0.014905;RO=41;SAF=11;SAR=5;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131724;STB=0.580232;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.0183139;OID=.;OPOS=32629891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:5:11:24:17:5:11:24:17 chr6 32629904 . A G 123.79 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0246609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.063;QD=8.68715;RBI=0.0406588;REFB=-0.0216101;REVB=0.0323262;RO=40;SAF=11;SAR=6;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036334;STB=0.521714;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0611376;OID=.;OPOS=32629904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:6:11:27:13:6:11:27:13 chr6 32629931 . C G 430.17 PASS AF=0.730769;AO=38;DP=52;FAO=38;FDP=52;FR=.;FRO=14;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00117112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9038;QD=33.0904;RBI=0.00172272;REFB=-0.0183751;REVB=-0.00126343;RO=14;SAF=27;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807538;STB=0.543815;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00472745;OID=.;OPOS=32629931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:14:14:38:38:0.730769:11:27:8:6:11:27:8:6 chr6 32629935 . C G 98.64 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=-0.0110358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.382;QD=7.73674;RBI=0.028015;REFB=-0.00291024;REVB=-0.0257498;RO=37;SAF=7;SAR=6;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313917;STB=0.672669;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0534336;OID=.;OPOS=32629935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:50:51:37:38:13:13:0.254902:6:7:29:8:6:7:29:9 chr6 32629936 . C T 412.6 PASS AF=0.711538;AO=37;DP=52;FAO=37;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00939732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.762;QD=31.7384;RBI=0.0371926;REFB=0.00772648;REVB=-0.0359858;RO=15;SAF=29;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214098;STB=0.616952;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0177023;OID=.;OPOS=32629936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:15:15:37:37:0.711538:8:29:7:8:8:29:7:8 chr6 32629955 . C T 54.14 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.00552189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.06;QD=3.9371;RBI=0.0109628;REFB=0.000861897;REVB=0.00947054;RO=46;SAF=4;SAR=5;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253179;STB=0.668946;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00371762;OID=.;OPOS=32629955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:46:46:9:9:0.163636:5:4:30:16:5:4:30:16 chr6 32629963 . C T 591.03 PASS AF=0.84;AO=42;DP=50;FAO=42;FDP=50;FR=.;FRO=8;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.000891904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6488;QD=47.2825;RBI=0.0357631;REFB=0.0128028;REVB=-0.0357519;RO=8;SAF=29;SAR=13;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645881;STB=0.53469;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00338995;OID=.;OPOS=32629963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:8:8:42:42:0.84:13:29:4:4:13:29:4:4 chr6 32630028 . G A 382.48 PASS AF=0.935484;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0386725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0803;QD=49.3524;RBI=0.0388775;REFB=-0.00324066;REVB=-0.0039881;RO=2;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092715;STB=0.549964;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00535156;OID=.;OPOS=32630028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:31:2:2:28:29:0.935484:9:19:0:2:9:20:0:2 chr6 32632587 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0671761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8774;QD=35.5757;RBI=0.0677433;REFB=0;REVB=0.00874805;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00529446;OID=.;OPOS=32632587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr6 32632598 . A T 62.26 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0796955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4678;QD=35.5751;RBI=0.0985414;REFB=0;REVB=-0.0579571;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000782753;OID=.;OPOS=32632598;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:1:5:0:0:1:6:0:0 chr6 32632650 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00259777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.898;QD=17.2298;RBI=0.0164467;REFB=-0.0204704;REVB=0.0162402;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0163594;OID=.;OPOS=32632650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:3:3:4:4:3:3 chr6 32632687 . ATC GCT,GTC 178.29 PASS AF=0.235294,0.705882;AO=4,12;DP=17;FAO=4,12;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=2,4;FSAR=2,8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00347908,0.0136005;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=150.878,180.586;QD=41.9496;RBI=0.00859631,0.0146729;REFB=-0.0900682,-0.0206792;REVB=0.00786082,0.00550624;RO=1;SAF=2,4;SAR=2,8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.166656,-0.0998765;STB=0.599516,0.55546;STBP=0.533,0.283;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00239265,0.000119033;OID=.,.;OPOS=32632687,32632687;OREF=ATC,A;OALT=GCT,G;OMAPALT=GCT,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:17:17:1:1:4,12:4,12:0.235294,0.705882:2,8:2,4:1:0:2,8:2,4:1:0 chr6 32632694 . C G 124.06 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0234314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5867;QD=27.569;RBI=0.03186;REFB=-0.0351439;REVB=-0.0215876;RO=5;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157777;STB=0.588643;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0288759;OID=.;OPOS=32632694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:9:4:3:2:9:4:3:2 chr6 32632700 . T A 140.59 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0290675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.338;QD=31.2417;RBI=0.0406685;REFB=0.0100025;REVB=0.028443;RO=4;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608722;STB=0.533849;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00112348;OID=.;OPOS=32632700;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:9:5:2:2:9:5:2:2 chr6 32632714 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00131558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.135;QD=51.1846;RBI=0.0439617;REFB=0;REVB=0.043942;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168641;OID=.;OPOS=32632714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr6 32632724 . C T 169.59 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0187658;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=295.417;QD=33.9183;RBI=0.0338996;REFB=0.000332392;REVB=0.0282317;RO=4;SAF=5;SAR=11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763516;STB=0.542199;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=9.98527e-05;OID=.;OPOS=32632724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:11:5:2:2:11:5:2:2 chr6 32632744 . C T 137.86 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0507076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.339;QD=29.0221;RBI=0.0686592;REFB=0.0383112;REVB=0.0462907;RO=5;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218489;STB=0.512178;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.00444838;OID=.;OPOS=32632744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:9:5:2:3:9:5:2:3 chr6 32632770 . A G 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0521751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7228;QD=11.2559;RBI=0.0521784;REFB=-0.0219217;REVB=-0.000587274;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448594;STB=0.52696;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0287899;OID=.;OPOS=32632770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:4:8:5:3:4:8 chr6 32632781 . AGA CCC,TAA 202.03 PASS AF=0.352941,0.647059;AO=6,11;DP=17;FAO=6,11;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1,3;FSAR=5,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128618,0.0984107;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,2;MLLD=144.602,83.4917;QD=47.5374;RBI=0.0217442,0.0984329;REFB=0,0;REVB=-0.0175323,-0.00209033;RO=0;SAF=1,3;SAR=5,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00494744,-0.00249174;OID=.,.;OPOS=32632781,32632781;OREF=AGA,AG;OALT=CCC,TA;OMAPALT=CCC,TAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:17:17:0:0:6,11:6,11:0.352941,0.647059:5,8:1,3:0:0:5,8:1,3:0:0 chr6 32632818 . T G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.0554208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.806;QD=11.0198;RBI=0.0554654;REFB=-0.00336192;REVB=0.00222461;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389464;STB=0.721754;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00142038;OID=.;OPOS=32632818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:0:8:5:1:0:8 chr6 32632832 . A T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.269;QD=42.1823;RBI=0.0197182;REFB=0;REVB=-0.00668924;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278443;OID=.;OPOS=32632832;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr6 32634300 . G C 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.020959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1359;QD=10.8231;RBI=0.022008;REFB=0.00646775;REVB=-0.00671386;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383521;STB=0.726918;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.0204523;OID=.;OPOS=32634300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:4:8:7:16:4:8:7:16 chr6 32634302 . A G 356.86 PASS AF=0.944444;AO=10;DP=34;FAO=34;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0482488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.628;QD=39.6516;RBI=0.0942209;REFB=-0.0620199;REVB=0.0809298;RO=2;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680994;STB=0.505048;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0355007;OID=.;OPOS=32634302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:34:36:2:2:10:34:0.944444:3:7:1:1:20:14:1:1 chr6 32634306 . A T 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0299075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0123;QD=10.1418;RBI=0.0313662;REFB=-0.00309255;REVB=-0.0094543;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414208;STB=0.745391;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0100852;OID=.;OPOS=32634306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:4:8:7:18:4:8:7:18 chr6 32634313 . C G 286.79 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0148996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.051;QD=31.0044;RBI=0.0153004;REFB=-0.0241338;REVB=0.00347891;RO=12;SAF=7;SAR=18;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247835;STB=0.636677;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0104558;OID=.;OPOS=32634313;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:18:7:8:4:18:7:8:4 chr6 32634331 . G A 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00417832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.354;QD=8.8999;RBI=0.00487491;REFB=0.0129907;REVB=-0.00251126;RO=25;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307595;STB=0.696344;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0158475;OID=.;OPOS=32634331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:25:26:11:11:0.297297:4:7:9:16:4:7:9:17 chr6 32634341 . A G 62.56 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0270518;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.417;QD=7.36;RBI=0.0383321;REFB=-0.00920608;REVB=-0.0271579;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226365;STB=0.640728;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0364448;OID=.;OPOS=32634341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:34:34:25:25:9:9:0.264706:4:5:9:16:4:5:9:16 chr6 32634350 . T C 72.29 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00528864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0496;QD=8.50442;RBI=0.00529018;REFB=-0.00598092;REVB=-0.000127906;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29854;STB=0.681478;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0180309;OID=.;OPOS=32634350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:4:6:8:16:4:6:8:16 chr6 32634369 . C A 242.09 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0115413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.842;QD=29.3442;RBI=0.0127372;REFB=-0.001163;REVB=-0.00538837;RO=11;SAF=6;SAR=16;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187036;STB=0.603674;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00145895;OID=.;OPOS=32634369;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:16:6:6:5:16:6:6:5 chr6 32634373 . C T 61.66 PASS AF=0.272727;AO=5;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00879876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.895;QD=7.47438;RBI=0.0093063;REFB=-0.0157192;REVB=0.00303133;RO=24;SAF=1;SAR=4;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142332;STB=0.615148;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0538766;OID=.;OPOS=32634373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:33:33:24:24:5:9:0.272727:4:1:7:17:5:4:7:17 chr6 32634387 . C T 411.05 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.548;QD=56.6968;RBI=0.0262222;REFB=0;REVB=0.00360947;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308636;OID=.;OPOS=32634387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr6 32636040 . TG CG,CT 329.38 PASS AF=0.92,0.08;AO=22,2;DP=25;FAO=23,2;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15,1;FSAR=8,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00270912,0.00906787;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=135.96,113.629;QD=52.7009;RBI=0.00688976,0.01537;REFB=0,0;REVB=0.00633478,-0.0124102;RO=0;SAF=15,1;SAR=7,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.79751e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00399389,0.0496515;OID=.,.;OPOS=32636040,32636040;OREF=T,TG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:25:25:0:0:22,2:23,2:0.92,0.08:7,1:15,1:0:0:8,1:15,1:0:0 chr6 32636073 . A G 487.18 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281271;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.073;QD=59.0523;RBI=0.0315273;REFB=0;REVB=0.014242;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4422e-05;OID=.;OPOS=32636073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr6 32636093 . G A,C 619.54 PASS AF=0.95122,0.0487805;AO=39,2;DP=41;FAO=39,2;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25,1;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128011,0.00819116;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=257.817,44.1304;QD=60.4429;RBI=0.0194519,0.0391176;REFB=0,0;REVB=0.0146461,-0.0382504;RO=0;SAF=25,1;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000580998,0.0645873;OID=.,.;OPOS=32636093,32636093;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:41:41:0:0:39,2:39,2:0.95122,0.0487805:14,1:25,1:0:0:14,1:25,1:0:0 chr6 32636364 . G A 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0356875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8447;QD=18.0502;RBI=0.0365303;REFB=-0.00240768;REVB=0.00780154;RO=8;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167675;STB=0.597357;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.000189876;OID=.;OPOS=32636364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:3:7:4:4:3:7:4:4 chr6 32636376 . C G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0176334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5968;QD=12.7382;RBI=0.0360601;REFB=-0.0135993;REVB=-0.0314546;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187303;STB=0.610847;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.016389;OID=.;OPOS=32636376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:7:3:4:4:7:3 chr6 32636385 . A T 56.81 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.063824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9909;QD=11.959;RBI=0.115828;REFB=0.00228762;REVB=-0.0966568;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763832;STB=0.507025;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.0161061;OID=.;OPOS=32636385;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:19:10:11:8:8:0.421053:3:5:7:3:3:5:7:4 chr6 32636433 . A G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00948187;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=136.839;QD=8.81114;RBI=0.00963356;REFB=0.0453056;REVB=-0.00170285;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726992;STB=0.521666;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.00546656;OID=.;OPOS=32636433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:10:11:6:6:0.352941:2:4:6:4:2:4:7:4 chr6 32636434 . A G 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0214248;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.317;QD=19.3689;RBI=0.0296702;REFB=0.0109422;REVB=-0.0205256;RO=7;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871479;STB=0.549903;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.000773662;OID=.;OPOS=32636434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:4:6:5:2:4:6:5:2 chr6 32709309 . A G 1283.44 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.453;QD=61.8526;RBI=0.0374687;REFB=0;REVB=0.0312425;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44039e-05;OID=.;OPOS=32709309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:52:30:0:0:52:31:0:0 chr6 32713030 . T C 3906.53 PASS AF=0.980843;AO=256;DP=262;FAO=256;FDP=261;FR=.;FRO=5;FSAF=130;FSAR=126;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0452517;FXX=0.00381665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.665;QD=59.8702;RBI=0.0452551;REFB=-0.139047;REVB=0.000553147;RO=5;SAF=130;SAR=126;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179778;STB=0.509433;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00106935;OID=.;OPOS=32713030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:262:261:5:5:256:256:0.980843:126:130:5:0:126:130:5:0 chr6 32724258 . C T 960.22 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.966;QD=58.1948;RBI=0.041325;REFB=0;REVB=0.00607286;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224822;OID=.;OPOS=32724258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:27:38:0:0:28:38:0:0 chr6 32725062 . T A 1056.45 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364626;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.412;QD=59.5184;RBI=0.0955663;REFB=0;REVB=0.0883369;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217294;OID=.;OPOS=32725062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:31:38:0:0:32:39:0:0 chr6 32725559 . C T 37.41 PASS AF=0.114286;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0139668;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.046;QD=2.13787;RBI=0.020015;REFB=-0.00364962;REVB=-0.0143362;RO=62;SAF=4;SAR=4;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190729;STB=0.51425;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0261589;OID=.;OPOS=32725559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:70:62:62:8:8:0.114286:4:4:30:32:4:4:30:32 chr6 32725567 . C T 30.3 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=72;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00865451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.868;QD=1.68348;RBI=0.0115315;REFB=-0.00329903;REVB=-0.00762075;RO=59;SAF=3;SAR=4;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111911;STB=0.543874;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0211801;OID=.;OPOS=32725567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:72:72:59:65:7:7:0.0972222:4:3:31:28:4:3:31:34 chr6 32725596 . C G 33.08 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.007754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7346;QD=1.61374;RBI=0.0149244;REFB=-0.00401899;REVB=0.012752;RO=74;SAF=4;SAR=4;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624758;STB=0.54866;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0399095;OID=.;OPOS=32725596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:74:74:8:8:0.097561:4:4:33:41:4:4:33:41 chr6 32725619 . TG CA 975.88 PASS AF=0.876543;AO=71;DP=82;FAO=71;FDP=81;FR=.;FRO=10;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.025228;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=2;MLLD=137.179;QD=48.1915;RBI=0.035225;REFB=-0.0382976;REVB=-0.0245835;RO=10;SAF=34;SAR=37;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028143;STB=0.514957;STBP=0.426;TYPE=mnp;VARB=0.00861715;OID=.;OPOS=32725619;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:82:81:10:10:71:71:0.876543:37:34:6:4:37:34:6:4 chr6 32725625 . T C 1014.47 PASS AF=0.890244;AO=73;DP=82;FAO=73;FDP=82;FR=.;FRO=9;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0010114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.89;QD=49.4866;RBI=0.0159386;REFB=-0.0227891;REVB=0.0159065;RO=9;SAF=37;SAR=36;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033055;STB=0.517548;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00315404;OID=.;OPOS=32725625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:82:82:9:9:73:73:0.890244:36:37:6:3:36:37:6:3 chr6 32726803 . C T 2410.44 PASS AF=0.875622;AO=176;DP=203;FAO=176;FDP=201;FR=.;FRO=25;FSAF=82;FSAR=94;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0056497;FXX=0.00985173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.367;QD=47.969;RBI=0.0222193;REFB=0.00167676;REVB=0.021489;RO=24;SAF=82;SAR=94;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551163;STB=0.53161;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.000300439;OID=.;OPOS=32726803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:201:24:25:176:176:0.875622:94:82:17:7:94:82:18:7 chr6 32726838 . C T 3039.93 PASS AF=0.994819;AO=192;DP=193;FAO=192;FDP=193;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0476489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.31;QD=63.0036;RBI=0.0591497;REFB=-0.0459961;REVB=0.0350467;RO=1;SAF=90;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526194;STB=0.502762;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=9.64389e-05;OID=.;OPOS=32726838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:193:193:1:1:192:192:0.994819:102:90:1:0:102:90:1:0 chr6 32729459 . C T 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.682;QD=61.3751;RBI=0.0205477;REFB=0;REVB=0.0119392;RO=0;SAF=54;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122218;OID=.;OPOS=32729459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:26:54:0:0:26:54:0:0 chr6 32729642 . G C 1525.75 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.706;QD=59.8332;RBI=0.021004;REFB=0;REVB=0.0167659;RO=0;SAF=58;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26054e-06;OID=.;OPOS=32729642;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:44:58:0:0:44:58:0:0 chr6 32797809 . C T 247.97 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0234442;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.478;QD=15.9982;RBI=0.0289948;REFB=-0.00375255;REVB=0.0170606;RO=33;SAF=9;SAR=19;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137724;STB=0.571376;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00424685;OID=.;OPOS=32797809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:28:28:0.451613:19:9:15:18:19:9:15:19 chr6 32800412 . C T 1253.38 PASS AF=0.976471;AO=82;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0526168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.614;QD=58.9826;RBI=0.0726419;REFB=-0.13632;REVB=0.0500831;RO=2;SAF=46;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00278897;STB=0.501586;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00176885;OID=.;OPOS=32800412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:82:83:0.976471:36:46:1:1:36:47:1:1 chr6 32810766 . C T 354.42 PASS AF=0.303797;AO=48;DP=158;FAO=48;FDP=158;FR=.;FRO=110;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=0.0327037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8361;QD=8.97264;RBI=0.0341861;REFB=0.00298719;REVB=0.00995807;RO=110;SAF=24;SAR=24;SRF=55;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00681018;OID=.;OPOS=32810766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:110:110:48:48:0.303797:24:24:55:55:24:24:55:55 chr6 32825090 . G A 405.48 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00786833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5428;QD=19.7794;RBI=0.0230141;REFB=-0.032811;REVB=-0.0216273;RO=41;SAF=24;SAR=17;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17504;STB=0.597109;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0228569;OID=.;OPOS=32825090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:17:24:16:25:17:24:16:25 chr6 32826233 . A G 727.95 PASS AF=0.607143;AO=68;DP=112;FAO=68;FDP=112;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00979754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.367;QD=25.9981;RBI=0.0105676;REFB=-0.0298974;REVB=0.00396002;RO=43;SAF=30;SAR=38;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000494679;STB=0.505318;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0212125;OID=.;OPOS=32826233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:43:44:68:68:0.607143:38:30:19:24:38:30:20:24 chr6 32844922 . G A 253.92 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0297082;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2587;QD=17.215;RBI=0.0473733;REFB=-0.0161583;REVB=-0.0369005;RO=30;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00688529;STB=0.514491;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0210307;OID=.;OPOS=32844922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:31:28:28:0.474576:17:11:12:18:17:11:13:18 chr6 32939894 . G T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0319026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.523;QD=13.486;RBI=0.0341788;REFB=-0.00226102;REVB=0.0122644;RO=11;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272723;STB=0.666221;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00189192;OID=.;OPOS=32939894;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:8:1:3:8:8:1:3:8 chr6 32942302 . G A 536.06 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.0070574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.696;QD=20.2288;RBI=0.00908828;REFB=-0.0165481;REVB=-0.00572626;RO=51;SAF=30;SAR=25;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183664;STB=0.600983;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.013769;OID=.;OPOS=32942302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:51:55:55:0.518868:25:30:17:34:25:30:17:34 chr6 32945726 . G GA 103.66 PASS AF=0.297619;AO=25;DP=91;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0641495;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.1531;QD=4.93636;RBI=0.106771;REFB=0.0172164;REVB=0.085351;RO=63;SAF=10;SAR=15;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186097;STB=0.633698;STBP=0.129;TYPE=ins;VARB=-0.0405679;OID=.;OPOS=32945727;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297619:25:91:25:84:59:10:15:35:24:99:63:10:15:35:28 chr6 32946034 . T C 405.58 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0101718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.779;QD=17.2589;RBI=0.0165658;REFB=-0.0195471;REVB=0.0130752;RO=51;SAF=20;SAR=22;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247828;STB=0.518811;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0175632;OID=.;OPOS=32946034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:52:42:42:0.446809:22:20:23:28:22:20:23:29 chr6 32948804 . C T 463.79 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.00473463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0377;QD=14.961;RBI=0.00492381;REFB=-0.00336694;REVB=-0.00135173;RO=72;SAF=21;SAR=31;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212427;STB=0.619192;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00492622;OID=.;OPOS=32948804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:72:72:52:52:0.419355:31:21:44:28:31:21:44:28 chr6 32974934 . G A 1064.97 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554778;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.913;QD=59.9984;RBI=0.027673;REFB=0;REVB=0.0271112;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69139e-05;OID=.;OPOS=32974934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:70:71:1:28:42:0:0:29:42:0:0 chr6 32975014 . T C 1212.23 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000686525;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6962;QD=61.3787;RBI=0.0419706;REFB=0;REVB=0.041965;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129424;OID=.;OPOS=32975014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr6 32975257 . C T 2769.29 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4615;QD=62.5828;RBI=0.0417923;REFB=0;REVB=0.0380513;RO=0;SAF=86;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.40078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143093;OID=.;OPOS=32975257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:177:177:1:91:86:0:0:91:86:0:0 chr6 32975869 . G A 1262.63 PASS AF=1;AO=57;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3285;QD=60.125;RBI=0.174247;REFB=0;REVB=0.138106;RO=1;SAF=16;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028559;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00096788;OID=.;OPOS=32975869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:1:0:57:84:1:41:16:1:0:43:41:0:0 chr6 33036434 . GT G,GG 226.82 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=4,14;DP=19;FAO=1,18;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1,17;FSAR=0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014149,0.0152246;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=60.4313,67.2196;QD=47.7512;RBI=0.0816403,0.0725512;REFB=0,0;REVB=0.0804049,0.0709358;RO=0;SAF=4,13;SAR=0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0527556,0.0171739;OID=.,.;OPOS=33036435,33036435;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0526316,0.947368:4,14:19:1,18:19:0:1,17:0,1:0:0:6:0:4,13:0,1:0:0 chr6 33036505 . G C 800.32 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00296496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.577;QD=57.1655;RBI=0.0751812;REFB=0;REVB=0.0751227;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025708;OID=.;OPOS=33036505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:33:21:0:0:34:22:0:0 chr6 33036853 . A C 1772.72 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000867182;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.372;QD=61.1283;RBI=0.00416561;REFB=0;REVB=0.00407435;RO=0;SAF=45;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60082e-05;OID=.;OPOS=33036853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:71:45:0:0:71:45:0:0 chr6 33036950 . CA CG,TG 1483.52 PASS AF=0.320388,0.679612;AO=33,70;DP=103;FAO=33,70;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=16,33;FSAR=17,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00450586,0.00405428;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=78.0557,108.563;QD=57.6122;RBI=0.00559313,0.0106333;REFB=0,0;REVB=0.00331366,0.00983007;RO=0;SAF=16,33;SAR=17,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.60901e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00452653,-0.00397897;OID=.,.;OPOS=33036951,33036950;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:103:103:0:0:33,70:33,70:0.320388,0.679612:17,37:16,33:0:0:17,37:16,33:0:0 chr6 33036959 . G A 1525.66 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383215;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.262;QD=59.8298;RBI=0.0394073;REFB=0;REVB=0.00918686;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12729e-05;OID=.;OPOS=33036959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:53:49:0:0:53:49:0:0 chr6 33036971 . C T 1523.62 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0558556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.857;QD=58.6007;RBI=0.0575367;REFB=-0.0901532;REVB=-0.0138067;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.505262;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000194796;OID=.;OPOS=33036971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:103:103:0.990385:56:47:0:0:56:47:1:0 chr6 33036977 . G A 227.47 PASS AF=0.298969;AO=29;DP=97;FAO=29;FDP=97;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.020384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.309;QD=9.38034;RBI=0.0260988;REFB=-0.0017941;REVB=0.0162985;RO=68;SAF=14;SAR=15;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496065;STB=0.529224;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00334714;OID=.;OPOS=33036977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:68:68:29:29:0.298969:15:14:30:38:15:14:30:38 chr6 33036999 . T C 1123.72 PASS AF=0.928571;AO=78;DP=84;FAO=78;FDP=84;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0457641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9409;QD=53.5103;RBI=0.0541236;REFB=-0.0323673;REVB=0.0288965;RO=6;SAF=33;SAR=45;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786404;STB=0.541656;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0108164;OID=.;OPOS=33036999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:84:84:6:6:78:78:0.928571:45:33:6:0:45:33:6:0 chr6 33037061 . G C 264.69 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.088785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8342;QD=13.0709;RBI=0.0920043;REFB=0.0158425;REVB=0.0241249;RO=50;SAF=14;SAR=17;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126618;STB=0.507242;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.038072;OID=.;OPOS=33037061;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:17:14:22:28:17:14:22:28 chr6 33037080 . G A 877.58 PASS AF=0.940299;AO=63;DP=67;FAO=63;FDP=67;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0352946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.09;QD=52.393;RBI=0.0372352;REFB=-0.150965;REVB=0.0118639;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.525633;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000457324;OID=.;OPOS=33037080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:67:67:0:4:63:63:0.940299:37:26:0:0:37:26:0:4 chr6 33037419 . G A 1750.04 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00602952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.643;QD=59.8303;RBI=0.00603583;REFB=-0.0586447;REVB=-0.000275882;RO=0;SAF=74;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91839e-08;STB=0.505881;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.000252351;OID=.;OPOS=33037419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:117:0:1:115:116:0.991453:41:74:0:0:42:74:0:1 chr6 33037424 . T C 1936.68 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0167409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5985;QD=60.9978;RBI=0.067872;REFB=-0.100234;REVB=0.065775;RO=0;SAF=76;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50495;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00154518;OID=.;OPOS=33037424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:127:127:0:1:126:126:0.992126:50:76:0:0:50:76:0:1 chr6 33037522 . T C 2124.49 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0303219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.722;QD=62.0288;RBI=0.0334086;REFB=0.0445823;REVB=0.0140255;RO=1;SAF=65;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725767;STB=0.503816;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.000125701;OID=.;OPOS=33037522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:136:136:0.992701:71:65:1:0:71:65:1:0 chr6 33037557 . C T 620.41 PASS AF=0.529915;AO=60;DP=116;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0178111;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.63;QD=21.2106;RBI=0.0178518;REFB=-0.00249319;REVB=0.00120521;RO=56;SAF=25;SAR=35;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215615;STB=0.517032;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00258724;OID=.;OPOS=33037557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:56:55:60:62:0.529915:35:25:22:34:35:27:22:33 chr6 33037560 . G A 591.64 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0626555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.448;QD=20.4012;RBI=0.0627822;REFB=-0.00917994;REVB=-0.00398576;RO=56;SAF=27;SAR=33;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509215;STB=0.528012;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00256941;OID=.;OPOS=33037560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:56:56:60:60:0.517241:33:27:22:34:33:27:22:34 chr6 33037579 . AT TG 1525.71 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424528;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.813;QD=59.8316;RBI=0.0434526;REFB=0;REVB=0.00926777;RO=0;SAF=39;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.57643e-05;OID=.;OPOS=33037579;OREF=AT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:63:39:0:0:63:39:0:0 chr6 33037611 . C T 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00905288;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.629;QD=13.3343;RBI=0.0110764;REFB=-0.0114903;REVB=0.00638219;RO=39;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138055;STB=0.507892;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0175279;OID=.;OPOS=33037611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:15:11:16:23:15:11:16:23 chr6 33037626 . C G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.973;QD=57.2377;RBI=0.0261296;REFB=0;REVB=-0.00357225;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65295e-05;OID=.;OPOS=33037626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr6 33037639 . GC AT 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0227257;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=157.804;QD=17.588;RBI=0.0377344;REFB=-0.0212532;REVB=-0.0301236;RO=28;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534818;STB=0.530391;STBP=0.74;TYPE=mnp;VARB=0.0178429;OID=.;OPOS=33037639;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:13:9:10:18:13:9:10:18 chr6 33048457 . C G 377.9 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00098854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.158;QD=21.5944;RBI=0.00139846;REFB=0.0060812;REVB=0.000989174;RO=30;SAF=19;SAR=19;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187476;STB=0.58567;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0202426;OID=.;OPOS=33048457;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:32:38:38:0.542857:19:19:8:22:19:19:10:22 chr6 33048459 . TTT GCA 377.91 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00354683;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=296.072;QD=21.5951;RBI=0.00391371;REFB=-0.00146406;REVB=-0.00165442;RO=32;SAF=19;SAR=19;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155583;STB=0.58567;STBP=0.145;TYPE=mnp;VARB=0.00174717;OID=.;OPOS=33048459;OREF=TTT;OALT=GCA;OMAPALT=GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:19:19:10:22:19:19:10:22 chr6 33048464 . AGGG AGTT 505.64 PASS AF=0.547945;AO=38;DP=72;FAO=40;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.024791;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=116.961;QD=27.7064;RBI=0.0250766;REFB=-0.0451293;REVB=-0.00377372;RO=17;SAF=19;SAR=19;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837004;STB=0.517069;STBP=0.753;TYPE=mnp;VARB=0.00446554;OID=.;OPOS=33048466;OREF=GG;OALT=TT;OMAPALT=AGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.547945:38:72:40:73:23:21:19:11:12:99:17:19:19:11:6 chr6 33048538 . T C 320.1 PASS AF=0.4375;AO=34;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0113218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.551;QD=16.0052;RBI=0.0122672;REFB=-0.00277197;REVB=-0.0047225;RO=45;SAF=11;SAR=23;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240941;STB=0.62246;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00394484;OID=.;OPOS=33048538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:34:35:0.4375:23:11:25:20:23:12:25:20 chr6 33048542 . C T 1113.02 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170193;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.129;QD=60.1633;RBI=0.0302952;REFB=0;REVB=0.0250628;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325475;OID=.;OPOS=33048542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:73:74:1:40:33:0:0:41:33:0:0 chr6 33048599 . CT AG,AT 738.0 PASS AF=0.481481,0.518519;AO=26,28;DP=55;FAO=26,28;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=7,13;FSAR=19,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00943764,0.017326;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=171.326,126.729;QD=54.6667;RBI=0.030901,0.0238179;REFB=0,0;REVB=-0.0294245,-0.0163433;RO=0;SAF=7,13;SAR=19,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.63811e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00799711,0.0100423;OID=.,.;OPOS=33048599,33048599;OREF=CT,C;OALT=AG,A;OMAPALT=AG,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:55:54:0:0:26,28:26,28:0.481481,0.518519:19,15:7,13:0:0:19,15:7,13:0:0 chr6 33048602 . C A 277.59 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0342354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2498;QD=20.5625;RBI=0.0514536;REFB=-0.0229292;REVB=-0.0384111;RO=24;SAF=14;SAR=15;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122849;STB=0.575785;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0177559;OID=.;OPOS=33048602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:25:29:29:0.537037:15:14:8:16:15:14:8:17 chr6 33048606 . G C 263.35 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0341364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2916;QD=19.5075;RBI=0.0470186;REFB=-0.0386918;REVB=0.0323336;RO=26;SAF=14;SAR=14;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166499;STB=0.592529;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0370483;OID=.;OPOS=33048606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:14:14:8:18:14:14:8:18 chr6 33048628 . A C 217.84 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0163672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.222;QD=16.7565;RBI=0.0165969;REFB=-0.00848814;REVB=0.00275175;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150804;STB=0.595007;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0172468;OID=.;OPOS=33048628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:28:28:23:24:0.461538:13:10:8:20:13:11:8:20 chr6 33048640 . A G 306.34 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.10726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8344;QD=27.2298;RBI=0.130668;REFB=-0.0269996;REVB=-0.0746294;RO=18;SAF=9;SAR=18;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169186;STB=0.593678;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0113316;OID=.;OPOS=33048640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:18:9:10:8:18:9:10:8 chr6 33048661 . A G 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00467155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.752;QD=9.10002;RBI=0.0390244;REFB=-0.00494656;REVB=-0.0387438;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204999;STB=0.624732;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0067251;OID=.;OPOS=33048661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:4:5:7:12:4:5:7:12 chr6 33048663 . G A 63.69 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00514535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3179;QD=9.09834;RBI=0.0149399;REFB=-0.00316737;REVB=-0.0140259;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204999;STB=0.624732;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0211983;OID=.;OPOS=33048663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:4:5:7:12:4:5:7:12 chr6 33048686 . G A 44.78 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0159052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.332;QD=7.46346;RBI=0.0254013;REFB=-1.25385e-05;REVB=0.0198053;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192881;STB=0.51216;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00333102;OID=.;OPOS=33048686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:4:3:7:10:4:3:7:10 chr6 33048689 . G A 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00144326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.744;QD=6.25134;RBI=0.00187026;REFB=-0.00893541;REVB=0.00118949;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100585;STB=0.565004;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0367269;OID=.;OPOS=33048689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:7:10:3:3:7:10 chr6 33048694 . A G 38.61 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0028476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.808;QD=7.35458;RBI=0.0157532;REFB=-0.012706;REVB=-0.0154937;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370512;STB=0.52373;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0227848;OID=.;OPOS=33048694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:21:21:15:15:6:6:0.285714:3:3:7:8:3:3:7:8 chr6 33052736 . G A 197.29 PASS AF=0.295455;AO=26;DP=89;FAO=26;FDP=88;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0199677;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1694;QD=8.9679;RBI=0.0221259;REFB=-0.0051209;REVB=-0.00953132;RO=63;SAF=4;SAR=22;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505012;STB=0.799355;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0129497;OID=.;OPOS=33052736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:63:62:26:26:0.295455:22:4:34:29:22:4:33:29 chr6 33052743 . T C 220.09 PASS AF=0.307692;AO=28;DP=92;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.000832408;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.518;QD=9.67438;RBI=0.0117323;REFB=-0.00044064;REVB=-0.0117027;RO=62;SAF=4;SAR=24;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488322;STB=0.79681;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0028986;OID=.;OPOS=33052743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:62:63:28:28:0.307692:24:4:31:31:24:4:32:31 chr6 33052768 . T C 277.54 PASS AF=0.340206;AO=33;DP=96;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0233563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2058;QD=11.4449;RBI=0.0394516;REFB=0.000434756;REVB=-0.0317949;RO=63;SAF=6;SAR=27;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448872;STB=0.766976;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00281653;OID=.;OPOS=33052768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:63:64:33:33:0.340206:27:6:34:29:27:6:35:29 chr6 33052803 . G A 347.27 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.0154504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.145;QD=13.3564;RBI=0.0241033;REFB=0.00215778;REVB=0.0185;RO=61;SAF=16;SAR=25;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259242;STB=0.654497;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00269742;OID=.;OPOS=33052803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:63:41:41:0.394231:25:16:39:22:25:16:41:22 chr6 33052950 . T C 492.42 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0172167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.403;QD=20.0987;RBI=0.0287841;REFB=-0.0107248;REVB=-0.0230675;RO=50;SAF=19;SAR=29;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187737;STB=0.604123;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0107775;OID=.;OPOS=33052950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:29:19:30:20:29:19:30:20 chr6 33052958 . C T 448.3 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.0343461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.39;QD=17.5803;RBI=0.0438473;REFB=-0.00229235;REVB=0.0272568;RO=53;SAF=18;SAR=30;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233091;STB=0.634091;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00463169;OID=.;OPOS=33052958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:54:48:48:0.470588:30:18:33:20:30:18:34:20 chr6 33052986 . T C 476.8 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0210163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.245;QD=19.4613;RBI=0.0328988;REFB=0.00271751;REVB=-0.025311;RO=51;SAF=16;SAR=31;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21886;STB=0.621882;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0034306;OID=.;OPOS=33052986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:31:16:29:22:31:16:29:22 chr6 33053682 . G A 657.73 PASS AF=0.496241;AO=66;DP=132;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0554638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0976;QD=19.7813;RBI=0.0800985;REFB=-0.0135967;REVB=0.0577887;RO=66;SAF=38;SAR=28;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503267;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0162355;OID=.;OPOS=33053682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:66:67:66:66:0.496241:28:38:38:28:28:38:39:28 chr6 33053971 . T C 95.36 PASS AF=0.155738;AO=19;DP=122;FAO=19;FDP=122;FR=.;FRO=103;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=65;FSRR=38;FWDB=-0.000920522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.199;QD=3.12651;RBI=0.0458791;REFB=-0.00151146;REVB=0.0458699;RO=101;SAF=18;SAR=1;SRF=64;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.551508;STB=0.893735;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0118299;OID=.;OPOS=33053971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:122:122:101:103:19:19:0.155738:1:18:64:37:1:18:65:38 chr6 33053982 . G C 112.61 PASS AF=0.173554;AO=21;DP=120;FAO=21;FDP=121;FR=.;FRO=100;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=63;FSRR=37;FWDB=-0.0135644;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.406;QD=3.72265;RBI=0.0195918;REFB=0.00042693;REVB=-0.0141366;RO=98;SAF=20;SAR=1;SRF=61;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.583871;STB=0.901046;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00777107;OID=.;OPOS=33053982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:98:100:21:21:0.173554:1:20:61:37:1:20:63:37 chr6 33054046 . T G 124.8 PASS AF=0.185484;AO=19;DP=121;FAO=23;FDP=124;FR=.;FRO=101;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=69;FSRR=32;FWDB=0.00239497;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.317;QD=4.02593;RBI=0.0179089;REFB=0.000536251;REVB=-0.017748;RO=93;SAF=18;SAR=1;SRF=67;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493256;STB=0.723656;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00207584;OID=.;OPOS=33054046;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:93:101:19:23:0.185484:1:18:67:26:3:20:69:32 chr6 33054057 . G A 176.19 PASS AF=0.204225;AO=28;DP=141;FAO=29;FDP=142;FR=.;FRO=113;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=52;FWDB=0.0227543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.038;QD=4.96317;RBI=0.0287831;REFB=-0.0086469;REVB=-0.0176269;RO=112;SAF=20;SAR=8;SRF=61;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229493;STB=0.625872;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0227629;OID=.;OPOS=33054057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:112:113:28:29:0.204225:8:20:61:51:9:20:61:52 chr6 33138677 . G A 209.0 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0154129;FXX=0.058812;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.847;QD=17.4166;RBI=0.0244775;REFB=-0.00182972;REVB=-0.0190155;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292622;STB=0.655291;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00381077;OID=.;OPOS=33138677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:25:26:22:22:0.458333:14:8:17:8:14:8:17:9 chr6 33138954 . AG A,AA 930.36 PASS AF=0.015625,0.984375;AO=10,58;DP=68;FAO=1,63;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=1,43;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199936,0.0125574;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=226.404,247.847;QD=58.1472;RBI=0.0766594,0.081114;REFB=0,0;REVB=0.0740062,0.0801361;RO=0;SAF=1,47;SAR=9,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.8593e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0379698,4.76957e-05;OID=.,.;OPOS=33138955,33138955;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.015625,0.984375:10,58:68:1,63:64:0:1,43:0,20:0:0:3:0:1,47:9,11:0:0 chr6 33139328 . C T 515.37 PASS AF=0.482456;AO=53;DP=113;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.103612;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5037;QD=18.083;RBI=0.104484;REFB=-0.0109612;REVB=-0.013472;RO=59;SAF=27;SAR=26;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312624;STB=0.507842;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00969044;OID=.;OPOS=33139328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:59:59:53:55:0.482456:26:27:32:27:26:29:32:27 chr6 33141161 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=39;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.038;QD=62.9829;RBI=0.0360227;REFB=0;REVB=0.0197808;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.057e-05;OID=.;OPOS=33141161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:39:45:1:19:20:0:0:19:26:0:0 chr6 33141475 . C T 668.08 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00917477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7433;QD=62.1466;RBI=0.156232;REFB=0;REVB=0.155962;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138703;OID=.;OPOS=33141475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:15:27:0:0:16:27:0:0 chr6 33141920 . G C 303.92 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.831;QD=52.8549;RBI=0.0506991;REFB=0;REVB=0.0230819;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175345;OID=.;OPOS=33141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:19:3:0:0:20:3:0:0 chr6 33144243 . T A 456.91 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.000508823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.293;QD=16.7673;RBI=0.0154567;REFB=-0.0228861;REVB=-0.0154483;RO=57;SAF=23;SAR=27;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131606;STB=0.501292;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0218507;OID=.;OPOS=33144243;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:57:59:50:50:0.458716:27:23:27:30:27:23:27:32 chr6 33148754 . G A 352.09 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0369648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.026;QD=16.0041;RBI=0.0602889;REFB=-0.0178059;REVB=-0.0476273;RO=49;SAF=28;SAR=10;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124765;STB=0.566437;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.029387;OID=.;OPOS=33148754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:49:50:38:38:0.431818:10:28:31:18:10:28:32:18 chr6 33152835 . A T 106.56 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00922875;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0021;QD=18.532;RBI=0.00923262;REFB=-0.00576359;REVB=0.000267603;RO=10;SAF=9;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22735;STB=0.658254;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.042152;OID=.;OPOS=33152835;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:24:23:10:11:12:12:0.521739:3:9:5:5:3:9:5:6 chr6 33153528 . C T 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.039433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.041;QD=17.7315;RBI=0.041785;REFB=0.00256539;REVB=-0.0138213;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130349;STB=0.588131;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00201968;OID=.;OPOS=33153528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:10:7:10:8:10:7:11:8 chr6 33163451 . G A 1285.81 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.959;QD=61.9668;RBI=0.0796956;REFB=0;REVB=0.0752051;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107876;OID=.;OPOS=33163451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:83:0:0:76:83:1:34:42:0:0:38:45:0:0 chr6 33173616 . G A 171.62 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.071753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.285;QD=9.27675;RBI=0.072313;REFB=0.0112144;REVB=0.00898215;RO=49;SAF=15;SAR=8;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122744;STB=0.574717;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.0281185;OID=.;OPOS=33173616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:51:23:23:0.310811:8:15:27:22:8:15:28:23 chr6 33176958 . C T 538.91 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0270386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.964;QD=17.8153;RBI=0.0279256;REFB=-0.00829183;REVB=-0.00698261;RO=64;SAF=27;SAR=30;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114006;STB=0.563236;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0113324;OID=.;OPOS=33176958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:64:57:57:0.471074:30:27:38:26:30:27:38:26 chr6 33235755 . G A 2470.29 PASS AF=1;AO=159;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244352;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.069;QD=60.9949;RBI=0.0263712;REFB=0;REVB=0.00991775;RO=0;SAF=63;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.48925e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61389e-06;OID=.;OPOS=33235755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:159:162:1:96:63:0:0:96:66:0:0 chr6 33256471 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.874;QD=49.599;RBI=0.0446393;REFB=0;REVB=-0.00509773;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192952;OID=.;OPOS=33256471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr6 33263097 . T TC 39.11 PASS AF=0.115789;AO=14;DP=96;FAO=11;FDP=95;FR=.;FRO=84;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=32;FWDB=-0.10072;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=62.0396;QD=1.64694;RBI=0.102515;REFB=-0.00813753;REVB=-0.0190973;RO=80;SAF=2;SAR=12;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.5719;STB=0.925875;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.115112;OID=.;OPOS=33263098;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.115789:14:96:11:95:84:1:10:52:32:39:80:2:12:50:30 chr6 33272855 . G C 482.56 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0208884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3217;QD=23.256;RBI=0.0281174;REFB=0.00602875;REVB=0.0188219;RO=37;SAF=24;SAR=22;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723161;STB=0.539732;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.00489125;OID=.;OPOS=33272855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:22:24:16:21:22:24:16:21 chr6 33284712 . AC A 114.68 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.177985;FXX=0.0222173;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.6559;QD=10.4254;RBI=0.17817;REFB=-0.11685;REVB=0.00810986;RO=15;SAF=13;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110804;STB=0.52271;STBP=0.733;TYPE=del;VARB=0.077231;OID=.;OPOS=33284713;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.590909:26:45:26:44:18:13:13:8:10:64:15:13:13:5:10 chr6 33333446 . C T 167.96 PASS AF=0.9375;AO=13;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.036113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.673;QD=41.9894;RBI=0.0403767;REFB=-0.135333;REVB=-0.018059;RO=1;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100229;STB=0.53841;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0026768;OID=.;OPOS=33333446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:13:15:0.9375:4:9:0:1:6:9:0:1 chr6 33333916 . G T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.756;QD=57.2026;RBI=0.0194626;REFB=0;REVB=0.00936767;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50495e-05;OID=.;OPOS=33333916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr6 33373222 . T A 796.06 PASS AF=0.463687;AO=82;DP=178;FAO=83;FDP=179;FR=.;FRO=96;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=64;FWDB=-0.0192151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.333;QD=17.789;RBI=0.0585253;REFB=-0.0207182;REVB=0.0552811;RO=95;SAF=47;SAR=35;SRF=32;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22599;STB=0.622983;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0159222;OID=.;OPOS=33373222;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:95:96:82:83:0.463687:35:47:32:63:36:47:32:64 chr6 33382136 . TG T 82.3 PASS AF=0.387097;AO=25;DP=64;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=7;FWDB=-0.0349695;FXX=0.0312451;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.7197;QD=5.30989;RBI=0.0473933;REFB=-0.00914039;REVB=0.0319885;RO=30;SAF=23;SAR=2;SRF=24;SRR=6;SSEN=0.518519;SSEP=0;SSSB=0.278534;STB=0.651162;STBP=0.202;TYPE=del;VARB=-0.00212839;OID=.;OPOS=33382137;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097:25:64:24:62:38:22:2:31:7:82:30:23:2:24:6 chr6 33382288 . G A 1028.09 PASS AF=0.960526;AO=68;DP=72;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00853179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1873;QD=54.11;RBI=0.0221052;REFB=-0.126978;REVB=0.0203924;RO=3;SAF=16;SAR=52;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807351;STB=0.536575;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0218608;OID=.;OPOS=33382288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:72:76:3:3:68:73:0.960526:52:16:3:0:54:19:3:0 chr6 33382826 . G T 122.46 PASS AF=0.264706;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0023202;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.377;QD=7.20345;RBI=0.0140818;REFB=-0.0128749;REVB=-0.0138893;RO=50;SAF=11;SAR=7;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251513;STB=0.652079;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0306515;OID=.;OPOS=33382826;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:50:18:18:0.264706:7:11:20:30:7:11:20:30 chr6 33399776 . G A 258.25 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=46;FWDB=-0.02876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.099;QD=11.7388;RBI=0.0347217;REFB=-0.0149763;REVB=0.019454;RO=57;SAF=7;SAR=24;SRF=11;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547307;STB=0.531434;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0261829;OID=.;OPOS=33399776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:57:31:31:0.352273:24:7:11:46:24:7:11:46 chr6 33399982 . A G 85.04 PASS AF=0.173913;AO=15;DP=111;FAO=20;FDP=115;FR=.;FRO=95;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=-0.0784284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.8114;QD=2.95783;RBI=0.113963;REFB=-0.0250483;REVB=-0.0826831;RO=96;SAF=6;SAR=9;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738164;STB=0.605085;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.128982;OID=.;OPOS=33399982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:111:115:96:95:15:20:0.173913:9:6:44:52:13:7:45:50 chr6 33408542 . G A 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0151983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.094;QD=14.2415;RBI=0.04764;REFB=0.0106266;REVB=0.0451506;RO=31;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148746;STB=0.584831;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.0120681;OID=.;OPOS=33408542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:11:11:11:20:11:11:11:20 chr6 33420410 . GC G,GG 173.58 PASS AF=1,0;AO=10,5;DP=31;FAO=26,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135288,-0.0371554;FXX=0.212057;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=8.70054,6.3921;QD=26.7053;RBI=0.1826,0.0388599;REFB=-0.0138319,-0.0115286;REVB=-0.122637,-0.0113828;RO=2;SAF=9,5;SAR=1,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0896193,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00794151,0;OID=.,.;OPOS=33420411,33420411;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:10,5:31:26,0:26:0:24,0:2,0:0:0:4:2:9,5:1,0:2:0 chr6 33422976 . T G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.893;QD=57.2374;RBI=0.0865419;REFB=0;REVB=0.0854979;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000658571;OID=.;OPOS=33422976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr6 33541506 . AA AG,GG 654.05 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=40,2;DP=43;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=18,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260547,-0.0384603;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=194.688,52.47;QD=60.8422;RBI=0.0282892,0.039348;REFB=0,0;REVB=0.0110194,0.00831062;RO=0;SAF=22,0;SAR=18,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.19993e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00139147,-0.00112184;OID=.,.;OPOS=33541507,33541506;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:43:0:0:40,2:41,2:0.953488,0.0465116:18,2:22,0:0:0:18,2:23,0:0:0 chr6 33560896 . A G 425.2 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.94;QD=56.6936;RBI=0.0293195;REFB=0;REVB=0.0221869;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8462e-05;OID=.;OPOS=33560896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:13:16:0:0:13:17:0:0 chr6 33636907 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.224;QD=55.6561;RBI=0.0561102;REFB=0;REVB=0.0056625;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430811;OID=.;OPOS=33636907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr6 33638180 . C T 1062.46 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=74;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0950443;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.224;QD=58.2172;RBI=0.100485;REFB=-0.0802675;REVB=0.0326166;RO=2;SAF=31;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295294;STB=0.50769;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000554482;OID=.;OPOS=33638180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:73:2:1:71:72:0.986301:40:31:2:0:40:32:1:0 chr6 33641379 . T C 1549.21 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00443064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.918;QD=63.8851;RBI=0.00463656;REFB=0;REVB=0.00136642;RO=0;SAF=59;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04609e-05;OID=.;OPOS=33641379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:38:59:0:0:38:59:0:0 chr6 33648228 . C T 1349.77 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0139079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=328.067;QD=59.9896;RBI=0.0294287;REFB=-0.0246222;REVB=0.0259349;RO=1;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902668;STB=0.502087;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.000132786;OID=.;OPOS=33648228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:1:2:88:88:0.977778:52:36:0:1:52:36:1:1 chr6 33652425 . G A 104.37 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0266717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.206;QD=10.437;RBI=0.027547;REFB=-0.00193342;REVB=-0.00688877;RO=24;SAF=4;SAR=9;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41967;STB=0.771056;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00642255;OID=.;OPOS=33652425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:27:13:13:0.325:9:4:17:7:9:4:20:7 chr6 33653448 . C T 1171.86 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000787689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.003;QD=60.8758;RBI=0.0578003;REFB=0;REVB=0.0577949;RO=0;SAF=52;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70474e-05;OID=.;OPOS=33653448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:25:52:0:0:25:52:0:0 chr6 33659472 . C G 927.75 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2507;QD=57.9847;RBI=0.0273796;REFB=0;REVB=0.0264725;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019594;OID=.;OPOS=33659472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:64:0:0:58:64:1:30:28:0:0:34:30:0:0 chr6 33690796 . CA TG 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00639106;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=208.061;QD=61.3756;RBI=0.00786318;REFB=0;REVB=0.00458082;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.17372e-06;OID=.;OPOS=33690796;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:47:33:0:0:47:33:0:0 chr6 33739960 . A G 1476.22 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0455251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4815;QD=62.1568;RBI=0.045986;REFB=-0.0742683;REVB=0.0064938;RO=0;SAF=71;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510636;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0046853;OID=.;OPOS=33739960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:0:1:94:94:0.989474:23:71:0:0:23:71:0:1 chr6 33740025 . C T 366.67 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6135;QD=52.3809;RBI=0.0965487;REFB=-0.142202;REVB=0.0965487;RO=1;SAF=0;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0151018;OID=.;OPOS=33740025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:28:28:1:0:27:28:1:27:0:0:1:28:0:0:0 chr6 33768897 . A G 451.08 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123898;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.465;QD=58.2033;RBI=0.0135948;REFB=0;REVB=0.00559576;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99846e-05;OID=.;OPOS=33768897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr6 33990447 . T C 402.96 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.366;QD=55.5811;RBI=0.0420702;REFB=0;REVB=0.0376732;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202103;OID=.;OPOS=33990447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:18:10:0:0:19:10:0:0 chr6 34003685 . T C 260.5 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0327024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0043;QD=14.4722;RBI=0.0399667;REFB=0.00258281;REVB=-0.0229757;RO=42;SAF=17;SAR=13;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030031;STB=0.517034;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.00435882;OID=.;OPOS=34003685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:13:17:25:17:13:17:25:17 chr6 34008006 . A G 145.56 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0252652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.728;QD=16.1733;RBI=0.0351964;REFB=-0.025252;REVB=0.0245042;RO=20;SAF=12;SAR=3;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250154;STB=0.599867;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0179833;OID=.;OPOS=34008006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:15:16:0.444444:3:12:12:8:4:12:12:8 chr6 34008439 . C T 255.35 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00162949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.438;QD=13.2651;RBI=0.00654002;REFB=-0.0165565;REVB=-0.00633377;RO=47;SAF=11;SAR=19;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893911;STB=0.551189;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0277517;OID=.;OPOS=34008439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:19:11:21:26:19:11:21:26 chr6 34059617 . C T 232.29 PASS AF=0.235294;AO=36;DP=150;FAO=36;FDP=153;FR=.;FRO=117;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=63;FWDB=-0.00613784;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=183.537;QD=6.07288;RBI=0.00867438;REFB=-0.00573068;REVB=-0.00612959;RO=114;SAF=18;SAR=18;SRF=52;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550448;STB=0.529396;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0190937;OID=.;OPOS=34059617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:153:114:117:36:36:0.235294:18:18:52:62:18:18:54:63 chr6 34212743 . A G 309.88 PASS AF=1;AO=18;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6444;QD=53.8918;RBI=0.0128236;REFB=0;REVB=-0.0128236;RO=0;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000441304;OID=.;OPOS=34212743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:18:23:1:18:0:0:0:23:0:0:0 chr6 34213296 . T C 693.27 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00602245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.704;QD=60.2843;RBI=0.00741121;REFB=-0.061317;REVB=0.00431927;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.508471;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00202155;OID=.;OPOS=34213296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:16:29:0:0:16:29:1:0 chr6 34213868 . A G 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0285549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.8187;QD=33.978;RBI=0.0332686;REFB=-0.0395082;REVB=0.0170709;RO=2;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218866;STB=0.512175;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00275951;OID=.;OPOS=34213868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:5:7:1:1:5:7:1:1 chr6 34214322 . C G 742.85 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0200769;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=152.573;QD=53.0608;RBI=0.0206848;REFB=-0.0871859;REVB=-0.0049778;RO=2;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0012472;STB=0.500662;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000450877;OID=.;OPOS=34214322;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:28:26:1:1:28:26:1:1 chr6 34215228 . G A 97.73 PASS AF=0.55;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.000731512;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=175.618;QD=19.5463;RBI=0.06674;REFB=-0.0276018;REVB=0.066736;RO=6;SAF=9;SAR=1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224249;STB=0.642659;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0165609;OID=.;OPOS=34215228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:20:20:6:8:10:11:0.55:1:9:6:0:1:10:8:0 chr6 34502687 . T C 1547.61 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00432756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.268;QD=59.5236;RBI=0.0316392;REFB=0;REVB=0.0313418;RO=0;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61885e-05;OID=.;OPOS=34502687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:102:104:1:48:54:0:0:49:55:0:0 chr6 34557374 . A G 690.99 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720883;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.915;QD=62.8171;RBI=0.0111787;REFB=0;REVB=-0.00854379;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129579;OID=.;OPOS=34557374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:18:25:0:0:19:25:0:0 chr6 34653268 . T C 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0447918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.219;QD=20.8377;RBI=0.0508016;REFB=0.00376352;REVB=-0.0239688;RO=5;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12236;STB=0.571252;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00290923;OID=.;OPOS=34653268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:8:1:1:4:8:1:1:4 chr6 34725655 . G GTCA 81.08 PASS AF=0.229167;AO=10;DP=49;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00990137;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=3;MLLD=227.999;QD=6.75676;RBI=0.0308271;REFB=-0.0187618;REVB=-0.0291937;RO=37;SAF=7;SAR=3;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235395;STB=0.674367;STBP=0.199;TYPE=ins;VARB=0.0367204;OID=.;OPOS=34725656;OREF=-;OALT=TCA;OMAPALT=GTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.229167:10:49:11:48:37:8:3:19:18:81:37:7:3:19:18 chr6 34725658 . G T 108.63 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0749754;FXX=0.119976;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0029;QD=9.87567;RBI=0.075072;REFB=-0.0225608;REVB=-0.00380792;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348466;STB=0.548661;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.037921;OID=.;OPOS=34725658;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:44:29:31:13:13:0.295455:5:8:17:12:5:8:17:14 chr6 34760018 . C T 220.52 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0570569;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.896;QD=16.0377;RBI=0.057221;REFB=-0.0494963;REVB=-0.00433103;RO=30;SAF=13;SAR=11;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159228;STB=0.599043;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0256385;OID=.;OPOS=34760018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:24:25:0.454545:11:13:21:9:12:13:21:9 chr6 34803947 . C T 270.28 PASS AF=0.568182;AO=20;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0286422;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=197.186;QD=24.5709;RBI=0.0369349;REFB=-0.0241319;REVB=0.0233198;RO=11;SAF=11;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00293581;STB=0.577717;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00590951;OID=.;OPOS=34803947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:11:18:20:25:0.568182:9:11:6:5:13:12:12:6 chr6 34824107 . A C 517.26 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.00373857;FXX=0.00854628;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.195;QD=17.8367;RBI=0.0118047;REFB=-0.0275889;REVB=-0.0111971;RO=61;SAF=32;SAR=23;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147332;STB=0.581788;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0308181;OID=.;OPOS=34824107;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:61:61:55:55:0.474138:23:32:26:35:23:32:26:35 chr6 34824168 . CTCTT C 153.61 PASS AF=0.26506;AO=21;DP=84;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0314567;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=4;MLLD=230.569;QD=7.40293;RBI=0.0480182;REFB=-0.0111076;REVB=-0.0362798;RO=56;SAF=10;SAR=11;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717519;STB=0.554168;STBP=0.576;TYPE=del;VARB=0.027627;OID=.;OPOS=34824169;OREF=TCTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26506:21:84:22:83:61:11:11:35:26:99:56:10:11:30:26 chr6 34824636 . A G 178.68 PASS AF=0.4;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00231754;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.289;QD=14.2943;RBI=0.0127339;REFB=-0.0167735;REVB=0.0125212;RO=30;SAF=4;SAR=16;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224985;STB=0.631433;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0147513;OID=.;OPOS=34824636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:30:30:20:20:0.4:16:4:11:19:16:4:11:19 chr6 34831866 . G A 790.75 PASS AF=0.531915;AO=75;DP=141;FAO=75;FDP=141;FR=.;FRO=66;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=19;FSRR=47;FWDB=0.0210388;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.232;QD=22.4325;RBI=0.0223863;REFB=-0.00319503;REVB=-0.00764955;RO=66;SAF=35;SAR=40;SRF=19;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155633;STB=0.584993;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00272568;OID=.;OPOS=34831866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:66:66:75:75:0.531915:40:35:19:47:40:35:19:47 chr6 34977663 . C A 539.07 PASS AF=0.803571;AO=45;DP=56;FAO=45;FDP=56;FR=.;FRO=11;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00214525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.539;QD=38.505;RBI=0.00307769;REFB=-0.0155441;REVB=0.00220682;RO=11;SAF=29;SAR=16;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0032205;STB=0.501729;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00407338;OID=.;OPOS=34977663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:11:11:45:45:0.803571:16:29:7:4:16:29:7:4 chr6 35027927 . T C 2461.84 PASS AF=0.993827;AO=161;DP=163;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0046377;FXX=0.00613459;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.153;QD=60.7862;RBI=0.0231878;REFB=0.0233184;REVB=-0.0227193;RO=1;SAF=77;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563111;STB=0.502958;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000255194;OID=.;OPOS=35027927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:162:1:1:161:161:0.993827:84:77:0:1:84:77:0:1 chr6 35050506 . G A 764.56 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00315773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2003;QD=55.6042;RBI=0.00441266;REFB=0;REVB=-0.00308226;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000859312;OID=.;OPOS=35050506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:26:27:0:0:26:29:0:0 chr6 35203203 . T G 571.81 PASS AF=0.97561;AO=36;DP=38;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010854;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=212.073;QD=55.7864;RBI=0.0489789;REFB=-0.116237;REVB=0.0477611;RO=1;SAF=23;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199188;STB=0.509799;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00031149;OID=.;OPOS=35203203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:38:41:1:1:36:40:0.97561:13:23:1:0:15:25:1:0 chr6 35260503 . C T 840.51 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348565;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.959;QD=57.9661;RBI=0.0382056;REFB=0;REVB=0.0156428;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143408;OID=.;OPOS=35260503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr6 35260530 . C T 718.89 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1442;QD=56.3837;RBI=0.0638528;REFB=0;REVB=0.0531901;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142463;OID=.;OPOS=35260530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:22:28:0:0:22:29:0:0 chr6 35263555 . A G 754.41 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0533516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7552;QD=56.9364;RBI=0.0533715;REFB=0;REVB=0.00145901;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000566437;OID=.;OPOS=35263555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:23:29:0:0:24:29:0:0 chr6 35285720 . A C 418.24 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00279498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4209;QD=53.9666;RBI=0.0691099;REFB=-0.141359;REVB=-0.0690534;RO=1;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216881;STB=0.51162;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00406178;OID=.;OPOS=35285720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:21:9:0:1:21:9:0:1 chr6 35391787 . C T 740.95 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.331;QD=56.9962;RBI=0.042698;REFB=0;REVB=0.017642;RO=0;SAF=12;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91522e-05;OID=.;OPOS=35391787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:38:12:0:0:39:13:0:0 chr6 35395010 . C T 1721.18 PASS AF=0.959016;AO=117;DP=122;FAO=117;FDP=122;FR=.;FRO=5;FSAF=84;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0379809;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.367;QD=56.432;RBI=0.0473021;REFB=-0.106029;REVB=0.0281946;RO=3;SAF=84;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222926;STB=0.515862;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000547925;OID=.;OPOS=35395010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:122:122:3:5:117:117:0.959016:33:84:1:2:33:84:2:3 chr6 35395795 . G C 1385.47 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00703552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7115;QD=62.2682;RBI=0.0858361;REFB=0;REVB=0.0855473;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249559;OID=.;OPOS=35395795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:89:0:0:82:89:1:38:44:0:0:39:50:0:0 chr6 35423662 . A C 579.47 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471431;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.414;QD=60.9971;RBI=0.0471507;REFB=0;REVB=0.000846258;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90441e-05;OID=.;OPOS=35423662;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr6 35427135 . C T 153.49 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0223954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.209;QD=8.8982;RBI=0.0246462;REFB=-0.0141682;REVB=0.0102898;RO=47;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161227;STB=0.585695;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0368883;OID=.;OPOS=35427135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:48:21:21:0.304348:11:10:16:31:11:10:17:31 chr6 35441516 . CAAAAAA CAAAAA,CAAAAAT 715.49 PASS AF=0.944444,0.0493827;AO=78,13;DP=166;FAO=153,8;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=70,6;FSAR=83,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0906835,-0.0491561;FXX=0.0357122;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=6.35556,140.504;QD=17.6664;RBI=0.110467,0.0524593;REFB=0.154355,0.028849;REVB=0.0630838,-0.0183209;RO=38;SAF=22,11;SAR=56,2;SRF=26;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.263337,0.274629;STB=0.502994,0.599732;STBP=0.526,0.245;TYPE=del,snp;VARB=0.0220564,0.0272588;OID=.,.;OPOS=35441517,35441522;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAAAAA,CAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.944444,0.0493827:78,13:166:153,8:162:1:70,6:83,2:0:1:18:38:22,11:56,2:26:12 chr6 35477025 . C G 630.95 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00374762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.424;QD=61.5559;RBI=0.0649247;REFB=0;REVB=0.0648164;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421035;OID=.;OPOS=35477025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:25:15:0:0:26:15:0:0 chr6 35479574 . G C 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.639;QD=46.846;RBI=0.0396148;REFB=0;REVB=0.0355564;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228794;OID=.;OPOS=35479574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr6 35705892 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.353;QD=59.0184;RBI=0.0137344;REFB=0;REVB=-0.00247432;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.81625e-05;OID=.;OPOS=35705892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr6 35716501 . C T 190.28 PASS AF=0.261682;AO=28;DP=108;FAO=28;FDP=107;FR=.;FRO=79;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.00321738;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.249;QD=7.1133;RBI=0.0156608;REFB=-0.00542538;REVB=0.0153268;RO=79;SAF=20;SAR=8;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349733;STB=0.710305;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0154779;OID=.;OPOS=35716501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:79:79:28:28:0.261682:8:20:34:45:8:20:34:45 chr6 35745655 . C T 379.53 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0583715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.226;QD=22.0015;RBI=0.0593643;REFB=0.00439853;REVB=0.0108114;RO=31;SAF=20;SAR=18;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444881;STB=0.524527;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.00222433;OID=.;OPOS=35745655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:18:20:18:13:18:20:18:13 chr6 35748931 . T C 559.04 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0164983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3408;QD=23.2933;RBI=0.0339013;REFB=-0.0156577;REVB=-0.0296159;RO=43;SAF=23;SAR=29;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394357;STB=0.515479;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0172564;OID=.;OPOS=35748931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:43:44:52:52:0.541667:29:23:17:26:29:23:18:26 chr6 35755658 . A G 626.95 PASS AF=0.753623;AO=52;DP=71;FAO=52;FDP=69;FR=.;FRO=17;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.00960362;FXX=0.028165;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.789;QD=36.3448;RBI=0.0173931;REFB=-0.0312353;REVB=-0.0145014;RO=17;SAF=26;SAR=26;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17557;STB=0.594168;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00803631;OID=.;OPOS=35755658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:17:17:52:52:0.753623:26:26:15:2:26:26:15:2 chr6 35765001 . C T 60.75 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00111505;FXX=0.0249938;HRUN=5;LEN=1;MLLD=141.573;QD=6.23043;RBI=0.0195817;REFB=0.00264601;REVB=-0.0195499;RO=29;SAF=2;SAR=7;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434178;STB=0.78589;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00938392;OID=.;OPOS=35765001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:29:30:9:9:0.230769:7:2:17:12:7:2:18:12 chr6 35782382 . C T 151.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0421843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6172;QD=13.7666;RBI=0.0516629;REFB=-0.0327737;REVB=-0.0298252;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188284;STB=0.608575;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0681827;OID=.;OPOS=35782382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:8:9:19:8:8:9:19:8 chr6 35923246 . T C 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0102404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.641;QD=15.9151;RBI=0.0250179;REFB=-0.00408975;REVB=0.0228261;RO=33;SAF=19;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166943;STB=0.587806;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00677452;OID=.;OPOS=35923246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:28:28:0.451613:9:19:17:16:9:19:18:16 chr6 36098410 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.269;QD=33.4285;RBI=0.0357196;REFB=0;REVB=0.0357196;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458485;OID=.;OPOS=36098410;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr6 36168153 . G A 171.94 PASS AF=0.194631;AO=29;DP=152;FAO=29;FDP=149;FR=.;FRO=120;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=86;FWDB=-0.0121829;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.083;QD=4.61587;RBI=0.012233;REFB=-0.00316056;REVB=-0.00110623;RO=120;SAF=8;SAR=21;SRF=34;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118408;STB=0.507475;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.016024;OID=.;OPOS=36168153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:149:120:120:29:29:0.194631:21:8:34:86:21:8:34:86 chr6 36185729 . G A 302.76 PASS AF=0.305344;AO=40;DP=131;FAO=40;FDP=131;FR=.;FRO=91;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=57;FWDB=-0.0109954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.243;QD=9.24464;RBI=0.0110109;REFB=0.00020723;REVB=0.000584962;RO=90;SAF=20;SAR=20;SRF=34;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145476;STB=0.587744;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.000493754;OID=.;OPOS=36185729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:90:91:40:40:0.305344:20:20:34:56:20:20:34:57 chr6 36198577 . G C 385.54 PASS AF=0.506667;AO=37;DP=79;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00200328;FXX=0.0853554;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.573;QD=20.5619;RBI=0.0376989;REFB=-0.0160006;REVB=-0.0376457;RO=32;SAF=12;SAR=25;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103576;STB=0.561764;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0289162;OID=.;OPOS=36198577;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:75:32:37:37:38:0.506667:25:12:14:18:25:13:17:20 chr6 36260858 . C T 164.05 PASS AF=0.372549;AO=18;DP=50;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00637611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1997;QD=12.8663;RBI=0.085286;REFB=-0.00819966;REVB=0.0850473;RO=32;SAF=3;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368885;STB=0.726997;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0228291;OID=.;OPOS=36260858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:32:32:18:19:0.372549:15:3:14:18:16:3:14:18 chr6 36275458 . T C 727.76 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4981;QD=57.079;RBI=0.0799682;REFB=0;REVB=-0.0761752;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000749048;OID=.;OPOS=36275458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr6 36287312 . G C 331.12 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.010442;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.723;QD=21.0235;RBI=0.0104496;REFB=-0.0344535;REVB=0.000398777;RO=29;SAF=10;SAR=24;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256879;STB=0.64277;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0337692;OID=.;OPOS=36287312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:24:10:17:12:24:10:17:12 chr6 36393816 . A G 2008.38 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.576;QD=62.2753;RBI=0.0265655;REFB=0;REVB=0.012886;RO=0;SAF=61;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79138e-05;OID=.;OPOS=36393816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:68:61:0:0:68:61:0:0 chr6 36418781 . T TG 97.49 PASS AF=0.391304;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0385137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.8473;QD=8.47726;RBI=0.0417634;REFB=-0.00345296;REVB=0.0161517;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131506;STB=0.521715;STBP=0.845;TYPE=ins;VARB=0.00163594;OID=.;OPOS=36418782;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:17:46:18:46:28:9:9:13:15:97:29:8:9:14:15 chr6 36446975 . G C 438.18 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.04212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5725;QD=19.0514;RBI=0.0485895;REFB=-0.00501931;REVB=-0.0242248;RO=48;SAF=8;SAR=36;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477507;STB=0.767921;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00409711;OID=.;OPOS=36446975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:36:8:31:17:36:8:31:17 chr6 36455838 . C T 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0230365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.345;QD=17.6172;RBI=0.0282793;REFB=-0.0030753;REVB=0.0164023;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191926;STB=0.607757;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0020245;OID=.;OPOS=36455838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:12:12:19:8:12:12:19:8 chr6 36490133 . G A 290.38 PASS AF=0.455882;AO=29;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00810685;FXX=0.0144907;HRUN=7;LEN=1;MLLD=297.737;QD=17.0811;RBI=0.0118444;REFB=-0.0267481;REVB=-0.00863528;RO=22;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309802;STB=0.52776;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0138244;OID=.;OPOS=36490133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:22:35:29:31:0.455882:16:13:9:13:17:14:14:21 chr6 36651971 . C A 196.45 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.020194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6316;QD=17.8587;RBI=0.0509308;REFB=-0.0244654;REVB=0.0467562;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465133;STB=0.514272;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0239264;OID=.;OPOS=36651971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:24:19:20:0.454545:11:8:9:15:12:8:9:15 chr6 36653597 . C T 409.82 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00312495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.146;QD=20.7505;RBI=0.0140661;REFB=-0.00123054;REVB=0.0137146;RO=38;SAF=19;SAR=22;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167914;STB=0.59273;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00156665;OID=.;OPOS=36653597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:22:19:25:13:22:19:25:13 chr6 36713263 . A G 2707.75 PASS AF=1;AO=173;DP=175;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107688;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9543;QD=62.247;RBI=0.0108185;REFB=0;REVB=-0.00103555;RO=0;SAF=75;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346011;OID=.;OPOS=36713263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:174:0:0:173:174:1:98:75:0:0:98:76:0:0 chr6 36714341 . C T 183.54 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0402705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.147;QD=9.92112;RBI=0.0452729;REFB=0.000350184;REVB=-0.0206865;RO=47;SAF=17;SAR=7;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215048;STB=0.636355;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00194873;OID=.;OPOS=36714341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:47:50:24:24:0.324324:7:17:25:22:7:17:26:24 chr6 36766292 . C T 908.15 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.081255;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.95;QD=58.5903;RBI=0.0813906;REFB=0;REVB=0.00469559;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306177;OID=.;OPOS=36766292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr6 36882353 . A G 453.69 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0385409;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8169;QD=19.5137;RBI=0.0460341;REFB=-0.013814;REVB=-0.0251741;RO=48;SAF=18;SAR=27;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359494;STB=0.53096;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0135529;OID=.;OPOS=36882353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:48:48:45:45:0.483871:27:18:21:27:27:18:22:26 chr6 36895835 . C T 318.92 PASS AF=0.353982;AO=40;DP=113;FAO=40;FDP=113;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=-0.00970536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.221;QD=11.2892;RBI=0.00971156;REFB=-0.000402841;REVB=0.000346936;RO=66;SAF=26;SAR=14;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690532;STB=0.542159;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.000802725;OID=.;OPOS=36895835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:66:73:40:40:0.353982:14:26:39:27:14:26:43:30 chr6 36922684 . A C 839.92 PASS AF=0.526667;AO=77;DP=149;FAO=79;FDP=150;FR=.;FRO=71;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.000485185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3073;QD=22.3977;RBI=0.00165529;REFB=0.0100532;REVB=0.00158259;RO=70;SAF=41;SAR=36;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653459;STB=0.525635;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.0132378;OID=.;OPOS=36922684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:70:71:77:79:0.526667:36:41:32:38:38:41:33:38 chr6 36931162 . A G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00245788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.482;QD=11.4396;RBI=0.0454524;REFB=-0.00508707;REVB=0.0453859;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244315;STB=0.646728;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0111647;OID=.;OPOS=36931162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:8:6:6:3:8:6 chr6 36976637 . G C 510.47 PASS AF=0.424242;AO=56;DP=132;FAO=56;FDP=132;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.0179352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.045;QD=15.4688;RBI=0.0216306;REFB=-0.0161551;REVB=0.0120919;RO=73;SAF=26;SAR=30;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685784;STB=0.532775;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0252793;OID=.;OPOS=36976637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:73:76:56:56:0.424242:30:26:29:44:30:26:31:45 chr6 36978834 . A G 66.8 PASS AF=0.375;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00275533;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.328;QD=11.1339;RBI=0.00278049;REFB=-0.0270114;REVB=0.000373203;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160115;STB=0.59612;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0220452;OID=.;OPOS=36978834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:25:24:15:15:9:9:0.375:4:5:6:9:4:5:6:9 chr6 36982702 . G A 93.45 PASS AF=0.220588;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00108736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.905;QD=5.49697;RBI=0.0271519;REFB=-0.00161059;REVB=-0.0271301;RO=53;SAF=6;SAR=9;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158765;STB=0.599867;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00836992;OID=.;OPOS=36982702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:68:68:53:53:15:15:0.220588:9:6:28:25:9:6:28:25 chr6 36995222 . G A 226.99 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=8;FWDB=-0.00210078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.019;QD=13.5514;RBI=0.0255933;REFB=-0.00804416;REVB=-0.025507;RO=40;SAF=15;SAR=12;SRF=32;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271596;STB=0.652678;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0157128;OID=.;OPOS=36995222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:12:15:32:8:12:15:32:8 chr6 37013127 . G A 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00929133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.626;QD=6.92922;RBI=0.0206753;REFB=-0.00534074;REVB=-0.01847;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.633411;STB=0.889351;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0253955;OID=.;OPOS=37013127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:5:1:12:3:5:1:12:3 chr6 37180237 . G A 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00931388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0421;QD=58.599;RBI=0.0266905;REFB=0;REVB=0.0250127;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102511;OID=.;OPOS=37180237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr6 37180355 . G A 1044.95 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.132;QD=59.7116;RBI=0.0433332;REFB=0;REVB=0.00580698;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44177e-05;OID=.;OPOS=37180355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:39:30:0:0:39:31:0:0 chr6 37180523 . A G 1600.53 PASS AF=0.982143;AO=108;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0476677;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.5302;QD=57.1619;RBI=0.0529619;REFB=-0.177295;REVB=-0.0230814;RO=1;SAF=64;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735954;STB=0.507461;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00453672;OID=.;OPOS=37180523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:112:112:1:2:108:110:0.982143:44:64:1:0:44:66:2:0 chr6 37250112 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.199;QD=50.4133;RBI=0.0440699;REFB=0;REVB=0.00793871;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245527;OID=.;OPOS=37250112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr6 37252210 . C T 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.834;QD=56.935;RBI=0.0285521;REFB=0;REVB=0.0121908;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33397e-05;OID=.;OPOS=37252210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr6 37288036 . A G 1293.66 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.841;QD=61.603;RBI=0.0350343;REFB=0;REVB=0.0216354;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.57373e-06;OID=.;OPOS=37288036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:42:41:0:0:42:42:0:0 chr6 37349033 . G A 1513.31 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.587;QD=59.9331;RBI=0.0186313;REFB=0;REVB=-0.00238812;RO=0;SAF=60;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.07857e-05;OID=.;OPOS=37349033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:41:60:0:0:41:60:0:0 chr6 37450914 . T C 257.71 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00492611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.27;QD=19.8238;RBI=0.0233512;REFB=0.00769913;REVB=-0.0228257;RO=24;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440607;STB=0.535636;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.0062758;OID=.;OPOS=37450914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:25:27:27:0.519231:11:16:13:11:11:16:13:12 chr6 37603102 . TG CA,CG 697.1 PASS AF=0.529412,0.431373;AO=25,23;DP=51;FAO=27,22;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15,10;FSAR=12,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172459,-0.00286597;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=136.268,50.5954;QD=54.6741;RBI=0.0312629,0.0114034;REFB=0,0;REVB=0.0260758,0.0110374;RO=0;SAF=13,11;SAR=12,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.94263e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.03074,-0.0305339;OID=.,.;OPOS=37603102,37603102;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:51:51:0:0:25,23:27,22:0.529412,0.431373:12,12:13,11:0:0:12,12:15,10:0:0 chr6 37623566 . C T 683.58 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0462872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2791;QD=59.4421;RBI=0.0516795;REFB=-0.121721;REVB=0.0229841;RO=1;SAF=29;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015927;STB=0.508193;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00343469;OID=.;OPOS=37623566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:44:45:0.978261:15:29:1:0:15:30:1:0 chr6 37800789 . A C 276.28 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00271755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.024;QD=15.7876;RBI=0.0188292;REFB=-0.0095238;REVB=-0.0186321;RO=39;SAF=17;SAR=14;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210235;STB=0.618108;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00967697;OID=.;OPOS=37800789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:14:17:13:26:14:17:13:26 chr6 38110010 . G A 599.66 PASS AF=0.429487;AO=67;DP=156;FAO=67;FDP=156;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=60;FSRR=29;FWDB=0.000323444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.363;QD=15.376;RBI=0.000347808;REFB=-0.0170104;REVB=-0.000127885;RO=88;SAF=36;SAR=31;SRF=60;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150143;STB=0.579416;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0252719;OID=.;OPOS=38110010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:88:89:67:67:0.429487:31:36:60:28:31:36:60:29 chr6 38120660 . C T 78.58 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0625025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.745;QD=14.9679;RBI=0.0835827;REFB=-0.0259759;REVB=0.0554932;RO=11;SAF=1;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465938;STB=0.781906;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00906915;OID=.;OPOS=38120660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:9:1:5:6:9:1:5:6 chr6 38121211 . A G 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0104071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.699;QD=15.0636;RBI=0.0140433;REFB=-0.0127419;REVB=0.00942897;RO=35;SAF=9;SAR=18;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187626;STB=0.60666;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0109048;OID=.;OPOS=38121211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:18:9:18:17:18:9:18:17 chr6 38650628 . T G 398.97 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0139566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.077;QD=20.9982;RBI=0.0177611;REFB=-0.0171276;REVB=0.0109849;RO=36;SAF=19;SAR=21;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925544;STB=0.551156;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0145693;OID=.;OPOS=38650628;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:21:19:21:15:21:19:21:15 chr6 38670837 . G A 1195.16 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0651149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9274;QD=59.7581;RBI=0.0967925;REFB=-0.141826;REVB=0.0716159;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00368067;OID=.;OPOS=38670837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:46:33:0:0:46:33:0:1 chr6 38750888 . A G 624.39 PASS AF=0.53913;AO=62;DP=115;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0148123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.758;QD=21.7181;RBI=0.0148153;REFB=-0.011368;REVB=0.000300537;RO=53;SAF=33;SAR=29;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050891;STB=0.527917;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00909318;OID=.;OPOS=38750888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:53:53:62:62:0.53913:29:33:25:28:29:33:25:28 chr6 38773293 . G A 320.14 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.0242969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7708;QD=13.6231;RBI=0.0678788;REFB=0.0131597;REVB=-0.0633813;RO=58;SAF=13;SAR=23;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00112198;STB=0.50064;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.0221559;OID=.;OPOS=38773293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:58:36:36:0.382979:23:13:21:37:23:13:21:37 chr6 38781866 . C G 286.1 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0179712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5219;QD=22.0073;RBI=0.0196148;REFB=-0.010233;REVB=0.00785981;RO=23;SAF=20;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280191;STB=0.655628;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0141511;OID=.;OPOS=38781866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:9:20:8:15:9:20:8:15 chr6 38800164 . G A 284.32 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0270019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8808;QD=15.3686;RBI=0.0329736;REFB=0.00675049;REVB=0.018925;RO=42;SAF=14;SAR=18;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063165;STB=0.535692;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.00813375;OID=.;OPOS=38800164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:18:14:21:21:18:14:21:21 chr6 38825329 . C T 538.81 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0175297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6778;QD=21.7701;RBI=0.0240379;REFB=-0.0180468;REVB=-0.0164478;RO=47;SAF=19;SAR=32;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485421;STB=0.522604;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0250241;OID=.;OPOS=38825329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:47:48:51:51:0.515152:32:19:20:27:32:19:20:28 chr6 38841101 . G A 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0226259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.994;QD=15.1962;RBI=0.0254898;REFB=0.000158994;REVB=-0.0117387;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571009;STB=0.532958;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.000561018;OID=.;OPOS=38841101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:10:8:13:13:10:8:13:13 chr6 38843426 . C T 1193.16 PASS AF=0.593407;AO=107;DP=179;FAO=108;FDP=182;FR=.;FRO=74;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.01173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3623;QD=26.2233;RBI=0.0198945;REFB=-0.0307377;REVB=-0.0160685;RO=72;SAF=51;SAR=56;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03435;STB=0.521788;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0235668;OID=.;OPOS=38843426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:182:72:74:107:108:0.593407:56:51:31:41:57:51:31:43 chr6 38851669 . C T 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.014827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.429;QD=18.4265;RBI=0.0330931;REFB=-2.10634e-06;REVB=-0.0295857;RO=27;SAF=8;SAR=20;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283868;STB=0.65206;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.000768748;OID=.;OPOS=38851669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:20:8:16:11:20:8:16:12 chr6 38957853 . A G 603.86 PASS AF=0.44;AO=66;DP=151;FAO=66;FDP=150;FR=.;FRO=84;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=0.0304228;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.551;QD=16.1028;RBI=0.0307566;REFB=-0.00690597;REVB=-0.00451905;RO=82;SAF=30;SAR=36;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129561;STB=0.57829;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0128412;OID=.;OPOS=38957853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:82:84:66:66:0.44:36:30:48:34:36:30:50:34 chr6 39024212 . C T 469.09 PASS AF=0.401515;AO=52;DP=132;FAO=53;FDP=132;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=-0.0214288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.664;QD=14.2148;RBI=0.0321636;REFB=-0.0141228;REVB=-0.0239856;RO=77;SAF=32;SAR=20;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383849;STB=0.506558;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0174451;OID=.;OPOS=39024212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:77:79:52:53:0.401515:20:32:50:27:20:33:50:29 chr6 39033602 . A G 923.44 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0348408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.287;QD=56.827;RBI=0.0409268;REFB=-0.0168675;REVB=0.0214737;RO=1;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113801;STB=0.505881;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.000289377;OID=.;OPOS=39033602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:63:64:0.984615:41:22:0:1:42:22:0:1 chr6 39041502 . A C 621.79 PASS AF=0.5;AO=63;DP=126;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0140442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.919;QD=19.7394;RBI=0.0155843;REFB=-0.0175744;REVB=0.00675513;RO=63;SAF=27;SAR=36;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581509;STB=0.5321;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0141667;OID=.;OPOS=39041502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:63:63:63:63:0.5:36:27:31:32:36:27:31:32 chr6 39196745 . T TC 149.05 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=97;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0508714;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.7386;QD=6.27578;RBI=0.113844;REFB=0.0275345;REVB=-0.101846;RO=63;SAF=20;SAR=11;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197847;STB=0.610614;STBP=0.138;TYPE=ins;VARB=-0.0727128;OID=.;OPOS=39196746;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326316:31:97:31:95:64:20:11:31:33:99:63:20:11:30:33 chr6 39267267 . G T 400.24 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.0034901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=335.887;QD=14.5541;RBI=0.0278308;REFB=-0.0117162;REVB=-0.0276111;RO=64;SAF=32;SAR=14;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650217;STB=0.536702;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.014747;OID=.;OPOS=39267267;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:64:64:46:46:0.418182:14:32:41:23:14:32:41:23 chr6 39282806 . G T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.015089;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.033;QD=11.0924;RBI=0.018891;REFB=-0.021677;REVB=-0.0113663;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0153145;OID=.;OPOS=39282806;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:3:3:2:3:3:3 chr6 39283083 . G A 337.59 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0142793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8782;QD=20.1548;RBI=0.0193049;REFB=0.00899592;REVB=-0.0129915;RO=30;SAF=15;SAR=20;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142617;STB=0.593167;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00959657;OID=.;OPOS=39283083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:32:35:35:0.522388:20:15:18:12:20:15:20:12 chr6 39284050 . G T 347.67 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.000490434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.361;QD=19.8666;RBI=0.013922;REFB=-0.00107844;REVB=0.0139134;RO=33;SAF=19;SAR=17;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153031;STB=0.500796;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129298;OID=.;OPOS=39284050;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:34:36:36:0.514286:17:19:18:15:17:19:18:16 chr6 39284184 . A G 941.27 PASS AF=0.510989;AO=91;DP=182;FAO=93;FDP=182;FR=.;FRO=89;FSAF=60;FSAR=33;FSRF=53;FSRR=36;FWDB=-0.00309386;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.174;QD=20.6872;RBI=0.00415532;REFB=-0.0260697;REVB=-0.00277393;RO=88;SAF=60;SAR=31;SRF=53;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556694;STB=0.526109;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0222516;OID=.;OPOS=39284184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:88:89:91:93:0.510989:31:60:53:35:33:60:53:36 chr6 39290200 . C T 285.09 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0039831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.942;QD=23.7576;RBI=0.014853;REFB=-0.0113029;REVB=0.0143089;RO=21;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119491;STB=0.576864;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00930945;OID=.;OPOS=39290200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:26:26:0.541667:15:11:12:9:15:11:13:9 chr6 39325078 . A G 1128.17 PASS AF=0.491304;AO=113;DP=231;FAO=113;FDP=230;FR=.;FRO=117;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=56;FSRR=61;FWDB=-0.00300957;FXX=0.00862032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.307;QD=19.6204;RBI=0.00301014;REFB=-0.0149271;REVB=5.84407e-05;RO=116;SAF=53;SAR=60;SRF=55;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00472675;STB=0.504901;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0133929;OID=.;OPOS=39325078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:116:117:113:113:0.491304:60:53:55:61:60:53:56:61 chr6 39507889 . C T 392.83 PASS AF=0.431373;AO=42;DP=100;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0379423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.147;QD=15.4052;RBI=0.0480665;REFB=-0.0136181;REVB=-0.0295088;RO=57;SAF=32;SAR=10;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203107;STB=0.599952;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0176164;OID=.;OPOS=39507889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:57:58:42:44:0.431373:10:32:34:23:11:33:35:23 chr6 39828862 . A C 422.23 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00823462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.336;QD=20.8508;RBI=0.00861031;REFB=-0.0223424;REVB=0.00251566;RO=38;SAF=18;SAR=24;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845375;STB=0.553166;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0176577;OID=.;OPOS=39828862;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:39:42:42:0.518519:24:18:20:18:24:18:21:18 chr6 39851818 . G A 303.14 PASS AF=0.507937;AO=23;DP=65;FAO=32;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0212164;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=351.084;QD=19.2469;RBI=0.0230305;REFB=-0.00947816;REVB=-0.00895931;RO=30;SAF=4;SAR=19;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297898;STB=0.506325;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00880589;OID=.;OPOS=39851818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:30:31:23:32:0.507937:19:4:12:18:20:12:12:19 chr6 39864730 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00984905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.512;QD=13.4858;RBI=0.0282424;REFB=-0.0122392;REVB=0.0264694;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166665;STB=0.59976;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0239976;OID=.;OPOS=39864730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:2:7:7:4:2:7:7:4 chr6 39865047 . T C 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0123796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.632;QD=12.6376;RBI=0.0640166;REFB=-0.00828669;REVB=0.0628082;RO=21;SAF=12;SAR=1;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.574664;STB=0.850937;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00586881;OID=.;OPOS=39865047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:1:12:11:10:1:12:11:10 chr6 39869698 . G A 135.33 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.000808591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.551;QD=8.32825;RBI=0.000811016;REFB=-0.00651199;REVB=-6.26604e-05;RO=46;SAF=11;SAR=8;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144375;STB=0.586339;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0148174;OID=.;OPOS=39869698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:46:46:19:19:0.292308:8:11:21:25:8:11:21:25 chr6 39869952 . T A 166.07 PASS AF=0.38;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00243612;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.373;QD=13.2855;RBI=0.00409363;REFB=-0.0213332;REVB=-0.00328986;RO=31;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222789;STB=0.629815;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0257162;OID=.;OPOS=39869952;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:31:31:19:19:0.38:6:13:15:16:6:13:15:16 chr6 39895264 . G A 116.41 PASS AF=0.188679;AO=20;DP=106;FAO=20;FDP=106;FR=.;FRO=86;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=31;FWDB=-0.00483567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.939;QD=4.39285;RBI=0.0253759;REFB=-0.00511919;REVB=-0.0249109;RO=86;SAF=11;SAR=9;SRF=55;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117157;STB=0.574396;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0207467;OID=.;OPOS=39895264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:86:86:20:20:0.188679:9:11:55:31:9:11:55:31 chr6 40359991 . C T 306.06 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0496329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.174;QD=20.4041;RBI=0.0522409;REFB=-0.012813;REVB=0.0162997;RO=28;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125756;STB=0.569578;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0111382;OID=.;OPOS=40359991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:15:17:19:9:15:17:19:9 chr6 41029281 . C T 206.38 PASS AF=0.293478;AO=27;DP=91;FAO=27;FDP=92;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.031535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.838;QD=8.97283;RBI=0.0319244;REFB=-0.0195005;REVB=0.00497115;RO=63;SAF=17;SAR=10;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219429;STB=0.639609;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0387416;OID=.;OPOS=41029281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:63:65:27:27:0.293478:10:17:28:35:10:17:28:37 chr6 41129181 . G A 226.88 PASS AF=0.290909;AO=31;DP=109;FAO=32;FDP=110;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.0327018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.891;QD=8.25033;RBI=0.0384731;REFB=-0.0140658;REVB=0.0202675;RO=76;SAF=15;SAR=16;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050931;STB=0.527256;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0285327;OID=.;OPOS=41129181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:76:78:31:32:0.290909:16:15:40:36:16:16:42:36 chr6 41162518 . T C 506.38 PASS AF=0.356322;AO=60;DP=172;FAO=62;FDP=174;FR=.;FRO=112;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=53;FSRR=59;FWDB=0.0142848;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.216;QD=11.6409;RBI=0.0187682;REFB=-0.00695979;REVB=0.0121733;RO=111;SAF=24;SAR=36;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896576;STB=0.535179;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0126881;OID=.;OPOS=41162518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:174:111:112:60:62:0.356322:36:24:53:58:36:26:53:59 chr6 41166149 . A G 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0285478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.099;QD=8.6278;RBI=0.0287054;REFB=-0.0134788;REVB=0.00300384;RO=27;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221959;STB=0.636116;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0215014;OID=.;OPOS=41166149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:7:4:15:12:7:4:15:12 chr6 41166151 . A G 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0165949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.5;QD=8.62763;RBI=0.0537131;REFB=-0.00517532;REVB=-0.0510853;RO=27;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221959;STB=0.636116;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0225591;OID=.;OPOS=41166151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:7:4:15:12:7:4:15:12 chr6 41166154 . GT CC 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.005114;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=284.449;QD=9.1886;RBI=0.0199012;REFB=0.00411988;REVB=-0.0192329;RO=25;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223495;STB=0.636116;STBP=0.308;TYPE=mnp;VARB=-0.011246;OID=.;OPOS=41166154;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:7:4:14:11:7:4:14:11 chr6 41196156 . C T 743.01 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.148;QD=56.0763;RBI=0.0576048;REFB=0;REVB=0.0547385;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103052;OID=.;OPOS=41196156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:27:23:0:0:27:26:0:0 chr6 41196605 . T C 1317.9 PASS AF=0.977528;AO=80;DP=80;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0039199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.245;QD=59.2314;RBI=0.00520823;REFB=0.00273053;REVB=0.0034293;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.510636;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-7.0074e-05;OID=.;OPOS=41196605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:89:0:2:80:87:0.977528:45:35:0:0:46:41:0:2 chr6 41196727 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00705198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.22;QD=60.2303;RBI=0.0138758;REFB=0;REVB=-0.0119502;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.26007e-05;OID=.;OPOS=41196727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr6 41197785 . T C 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0268333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.743;QD=58.2429;RBI=0.0408206;REFB=-0.106366;REVB=0.0307619;RO=1;SAF=28;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164521;STB=0.508767;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00153203;OID=.;OPOS=41197785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:11:28:1:0:11:28:1:0 chr6 41197857 . C T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.058;QD=62.6699;RBI=0.0573085;REFB=0;REVB=0.0547908;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147798;OID=.;OPOS=41197857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr6 41250466 . T A 463.37 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=8;FWDB=0.0335782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.318;QD=21.8057;RBI=0.035278;REFB=-0.00643023;REVB=0.0108185;RO=40;SAF=24;SAR=21;SRF=32;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234083;STB=0.628153;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00389136;OID=.;OPOS=41250466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:21:24:32:8:21:24:32:8 chr6 41270223 . C T 805.15 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1999;QD=64.412;RBI=0.0627328;REFB=0;REVB=-0.0427756;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109366;OID=.;OPOS=41270223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr6 41303592 . T C 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6044;QD=59.0115;RBI=0.0264175;REFB=0;REVB=0.00466779;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000270954;OID=.;OPOS=41303592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr6 41303995 . A G 276.91 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0145663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8204;QD=16.2891;RBI=0.0167387;REFB=0.00153681;REVB=0.00824658;RO=35;SAF=12;SAR=19;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201124;STB=0.626686;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0023846;OID=.;OPOS=41303995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:37:31:31:0.455882:19:12:21:14:19:12:23:14 chr6 41309552 . T C 172.65 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00934054;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.783;QD=16.8438;RBI=0.0416142;REFB=-0.0167722;REVB=-0.0405524;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554787;STB=0.519104;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0194618;OID=.;OPOS=41309552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:24:23:18:18:0.439024:8:10:12:12:8:10:12:11 chr6 41318424 . T A 748.89 PASS AF=0.717647;AO=61;DP=87;FAO=61;FDP=85;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00892983;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.434;QD=35.2418;RBI=0.0166988;REFB=-0.0130105;REVB=0.0141106;RO=26;SAF=23;SAR=38;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269536;STB=0.52413;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00473782;OID=.;OPOS=41318424;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:26:24:61:61:0.717647:38:23:11:15:38:23:11:13 chr6 41318438 . A G 1362.71 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0459998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.013;QD=61.2453;RBI=0.048239;REFB=-0.088134;REVB=0.0145264;RO=1;SAF=35;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133461;STB=0.507041;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000122836;OID=.;OPOS=41318438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:53:35:1:0:53:35:1:0 chr6 41533579 . C A 502.49 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0139476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.549;QD=24.8141;RBI=0.0254059;REFB=-0.00869693;REVB=0.021235;RO=34;SAF=24;SAR=23;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306833;STB=0.5168;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00776809;OID=.;OPOS=41533579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:34:47:47:0.580247:23:24:16:18:23:24:16:18 chr6 41621618 . A G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00945387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9135;QD=54.5156;RBI=0.00945387;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=25;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119944;OID=.;OPOS=41621618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:0:25:0:0:0:25:0:0 chr6 41621625 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182456;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.282;QD=55.098;RBI=0.0182456;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=26;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45801e-05;OID=.;OPOS=41621625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:0:26:0:0:0:26:0:0 chr6 41708824 . C T 120.18 PASS AF=0.24359;AO=15;DP=80;FAO=19;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.00460199;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.202;QD=6.16317;RBI=0.0341973;REFB=-0.00568719;REVB=-0.0338862;RO=40;SAF=14;SAR=1;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429552;STB=0.660588;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.021327;OID=.;OPOS=41708824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:40:59:15:19:0.24359:1:14:30:10:5:14:32:27 chr6 41738031 . CAAAAAAAAC CAAAAAAACA 36.21 PASS AF=0.153846;AO=7;DP=57;FAO=8;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0304991;FXX=0.0714158;HRUN=8;LEN=2;MLLD=17.2871;QD=2.78525;RBI=0.184107;REFB=-0.0795686;REVB=-0.181563;RO=26;SAF=5;SAR=2;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849783;STB=0.776956;STBP=0.132;TYPE=mnp;VARB=0.0838834;OID=.;OPOS=41738039;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CAAAAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153846:7:57:8:52:40:7:1:25:15:25:26:5:2:20:6 chr6 41743346 . G A 119.59 PASS AF=0.25;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=72;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=1.42773e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.944;QD=6.64384;RBI=0.00547403;REFB=-0.00831766;REVB=0.00547402;RO=53;SAF=10;SAR=8;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147495;STB=0.596225;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.01874;OID=.;OPOS=41743346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:53:54:18:18:0.25:8:10:23:30:8:10:23:31 chr6 41754573 . C CCTT,T 449.85 PASS AF=0.75,0.25;AO=22,10;DP=33;FAO=24,8;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13,8;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172102,0.0273743;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=260.031,63.9582;QD=56.2315;RBI=0.0450933,0.100458;REFB=0,0;REVB=0.0416798,0.0966561;RO=0;SAF=13,9;SAR=9,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.2029e-08,3.8593e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00225469,-0.0339277;OID=.,.;OPOS=41754574,41754573;OREF=-,C;OALT=CTT,T;OMAPALT=CCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:52:33:32:0:0:22,10:24,8:0.75,0.25:9,1:13,9:0:0:11,0:13,8:0:0 chr6 41773576 . G C 358.07 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.58;QD=55.0874;RBI=0.0366357;REFB=0;REVB=0.0327466;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402025;OID=.;OPOS=41773576;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr6 41986208 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.43;QD=44.6898;RBI=0.0589231;REFB=0;REVB=-0.0559325;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000271283;OID=.;OPOS=41986208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr6 42044945 . G A 783.48 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0200595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.083;QD=54.0334;RBI=0.0236261;REFB=0.0109424;REVB=-0.0124823;RO=1;SAF=28;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165422;STB=0.508769;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.000448091;OID=.;OPOS=42044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:56:57:0.982759:28:28:1:0:28:29:0:1 chr6 42072989 . G A 435.04 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.00100789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.925;QD=15.3998;RBI=0.0178121;REFB=-0.0132212;REVB=0.0177836;RO=59;SAF=27;SAR=22;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250447;STB=0.515556;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.017352;OID=.;OPOS=42072989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:59:64:49:49:0.433628:22:27:34:25:22:27:37:27 chr6 42073575 . G GCTATGGC 120.98 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0159143;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=7;MLLD=333.403;QD=13.442;RBI=0.0357204;REFB=-0.0073207;REVB=0.0319794;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240834;STB=0.666455;STBP=0.123;TYPE=ins;VARB=0.0112941;OID=.;OPOS=42073576;OREF=-;OALT=CTATGGC;OMAPALT=GCTATGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:13:38:14:36:22:7:7:17:5:99:24:7:6:18:6 chr6 42073958 . C T 390.85 PASS AF=0.606061;AO=29;DP=67;FAO=40;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.071683;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0608;QD=23.6875;RBI=0.0726774;REFB=-0.0625149;REVB=-0.0119813;RO=25;SAF=9;SAR=20;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281714;STB=0.545432;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0436528;OID=.;OPOS=42073958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:25:26:29:40:0.606061:20:9:16:9:20:20:16:10 chr6 42074106 . A G 203.95 PASS AF=0.442308;AO=21;DP=50;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0250442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.297;QD=15.6883;RBI=0.0339451;REFB=-0.00676257;REVB=-0.0229142;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14578;STB=0.578967;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00696038;OID=.;OPOS=42074106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:29:29:21:23:0.442308:11:10:18:11:12:11:18:11 chr6 42123317 . A C 2237.93 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066108;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.69;QD=63.4875;RBI=0.0126532;REFB=0;REVB=0.0107889;RO=0;SAF=59;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10991e-05;OID=.;OPOS=42123317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:140:141:1:81:59:0:0:81:60:0:0 chr6 42232475 . G A 355.08 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0178718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0803;QD=18.9376;RBI=0.0242677;REFB=0.00760866;REVB=0.016417;RO=38;SAF=26;SAR=11;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100866;STB=0.556347;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.00552112;OID=.;OPOS=42232475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:11:26:23:15:11:26:23:15 chr6 42532102 . C T 147.44 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00639816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.261;QD=18.4303;RBI=0.0527189;REFB=-0.0206976;REVB=0.0523292;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230768;STB=0.622928;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0134889;OID=.;OPOS=42532102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:15:16:15:16:0.5:6:9:5:10:7:9:5:11 chr6 42600319 . A G 1606.71 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00681024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.881;QD=60.064;RBI=0.00734058;REFB=0;REVB=-0.00273946;RO=0;SAF=56;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.991e-06;OID=.;OPOS=42600319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:51:56:0:0:51:56:0:0 chr6 42627430 . C T 324.3 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0628865;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.8512;QD=19.6547;RBI=0.0635223;REFB=-0.00480381;REVB=-0.00896475;RO=32;SAF=16;SAR=18;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140077;STB=0.577573;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00897751;OID=.;OPOS=42627430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:18:16:10:22:18:16:10:22 chr6 42627434 . G A 322.85 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0513481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4802;QD=19.2748;RBI=0.0515082;REFB=0.00381034;REVB=-0.0040581;RO=33;SAF=16;SAR=18;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123188;STB=0.568344;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00867404;OID=.;OPOS=42627434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:18:16:11:22:18:16:11:22 chr6 42666061 . T C 513.4 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9842;QD=58.6748;RBI=0.10802;REFB=0;REVB=0.107583;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301269;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163841;OID=.;OPOS=42666061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:1:0:33:35:1:15:18:0:1:17:18:0:0 chr6 42666145 . C T 803.3 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0407171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5941;QD=55.4001;RBI=0.0733502;REFB=-0.189309;REVB=0.0610113;RO=1;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140785;STB=0.50746;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0215383;OID=.;OPOS=42666145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:33:24:0:1:33:24:0:1 chr6 42666164 . G C 769.48 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.857;QD=56.9988;RBI=0.0399143;REFB=0;REVB=0.0394377;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90666e-05;OID=.;OPOS=42666164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:30:23:0:0:31:23:0:0 chr6 42689755 . A G 231.43 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00556097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7963;QD=12.3431;RBI=0.0434146;REFB=-0.0124162;REVB=-0.043057;RO=45;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16875;STB=0.594835;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0192327;OID=.;OPOS=42689755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:45:47:28:28:0.373333:13:15:17:28:13:15:18:29 chr6 42713618 . A G 1175.86 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0147075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.82;QD=59.5373;RBI=0.0277525;REFB=0.00823994;REVB=0.0235349;RO=1;SAF=55;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201318;STB=0.510636;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-2.75898e-05;OID=.;OPOS=42713618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:23:55:0:1:23:55:0:1 chr6 42932200 . G T 773.83 PASS AF=0.450549;AO=81;DP=181;FAO=82;FDP=182;FR=.;FRO=100;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=64;FWDB=0.0305741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8614;QD=17.0071;RBI=0.0332197;REFB=0.00772472;REVB=0.0129914;RO=100;SAF=40;SAR=41;SRF=36;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133603;STB=0.570489;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00853016;OID=.;OPOS=42932200;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:100:100:81:82:0.450549:41:40:36:64:42:40:36:64 chr6 42932202 . C T 792.77 PASS AF=0.458564;AO=83;DP=181;FAO=83;FDP=181;FR=.;FRO=98;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=63;FWDB=-0.000886602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.436;QD=17.5198;RBI=0.00132858;REFB=-0.0130986;REVB=-0.000989481;RO=98;SAF=40;SAR=43;SRF=35;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122887;STB=0.567968;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0168419;OID=.;OPOS=42932202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:98:98:83:83:0.458564:43:40:35:63:43:40:35:63 chr6 42942779 . A G 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00625652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.621;QD=19.0234;RBI=0.0131448;REFB=-0.00997728;REVB=0.0115603;RO=35;SAF=16;SAR=19;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519785;STB=0.528909;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00871688;OID=.;OPOS=42942779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:19:16:14:21:19:16:14:21 chr6 42989057 . T C 754.32 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.106;QD=56.9301;RBI=0.0271359;REFB=0;REVB=0.00494528;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30455e-05;OID=.;OPOS=42989057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:32:20:0:0:33:20:0:0 chr6 43005647 . G C 177.28 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0293764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0358;QD=14.4717;RBI=0.0316013;REFB=-0.00846901;REVB=0.0116478;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841413;STB=0.548755;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0160755;OID=.;OPOS=43005647;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:8:11:15:15:8:11:15:15 chr6 43014298 . TT CC 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00717527;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=165.366;QD=45.8068;RBI=0.0507668;REFB=0;REVB=0.0502572;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000344444;OID=.;OPOS=43014298;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr6 43041625 . C T 105.19 PASS AF=0.2125;AO=17;DP=80;FAO=17;FDP=80;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.000146054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.097;QD=5.25949;RBI=0.00946979;REFB=-0.00534344;REVB=-0.00946867;RO=62;SAF=5;SAR=12;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264832;STB=0.673538;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0181261;OID=.;OPOS=43041625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:62:63:17:17:0.2125:12:5:31:31:12:5:32:31 chr6 43111231 . G A 205.0 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00583426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.831;QD=10.6494;RBI=0.00996412;REFB=-0.0181549;REVB=-0.00807744;RO=50;SAF=9;SAR=17;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264361;STB=0.64783;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0319528;OID=.;OPOS=43111231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:51:26:26:0.337662:17:9:29:21:17:9:29:22 chr6 43128530 . C T 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0587244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2777;QD=8.06712;RBI=0.0698445;REFB=-0.0242705;REVB=-0.0378114;RO=32;SAF=5;SAR=7;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277585;STB=0.656791;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0480662;OID=.;OPOS=43128530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:32:33:12:12:0.266667:7:5:21:11:7:5:21:12 chr6 43153836 . G A 118.31 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00297423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.57;QD=12.7905;RBI=0.0120493;REFB=-0.0153686;REVB=-0.0116764;RO=23;SAF=13;SAR=1;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457399;STB=0.781423;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0337027;OID=.;OPOS=43153836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:1:13:16:7:1:13:16:7 chr6 43154091 . C G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00455546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=318.894;QD=58.7817;RBI=0.0302208;REFB=0;REVB=0.0298755;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11415e-05;OID=.;OPOS=43154091;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr6 43167015 . G A 132.41 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=47;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0218659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.394;QD=11.0342;RBI=0.0232175;REFB=-0.0073614;REVB=0.00780591;RO=32;SAF=8;SAR=7;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106184;STB=0.542728;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0185851;OID=.;OPOS=43167015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:32:32:15:16:0.333333:7:8:20:12:7:9:20:12 chr6 43250710 . G C 99.98 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=-0.00193927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.77;QD=15.3811;RBI=0.0284998;REFB=-0.006431;REVB=-0.0284337;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26035;STB=0.646863;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0104817;OID=.;OPOS=43250710;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:1:13:9:3:1:13 chr6 43250725 . GGAA G 48.86 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0183067;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=3;MLLD=252.968;QD=11.4968;RBI=0.0321018;REFB=-0.0242759;REVB=0.0263702;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402505;STB=0.780525;STBP=0.089;TYPE=del;VARB=0.0400777;OID=.;OPOS=43250726;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:7:17:7:17:10:5:2:2:8:48:8:5:2:2:6 chr6 43251118 . C T 115.05 PASS AF=0.4;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0521159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.322;QD=13.1488;RBI=0.069604;REFB=-0.0306696;REVB=0.0461374;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33535;STB=0.666444;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0323934;OID=.;OPOS=43251118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:13:14:0.4:5:8:6:15:6:8:6:15 chr6 43269393 . C T 112.13 PASS AF=0.283019;AO=14;DP=52;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0309771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6922;QD=8.46242;RBI=0.0389457;REFB=0.00186128;REVB=0.0236048;RO=36;SAF=13;SAR=1;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543341;STB=0.769315;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00299425;OID=.;OPOS=43269393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:36:38:14:15:0.283019:1:13:22:14:2:13:22:16 chr6 43270097 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00735743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.026;QD=57.1058;RBI=0.0127458;REFB=0;REVB=0.0104079;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26314e-05;OID=.;OPOS=43270097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr6 43270151 . C T 202.75 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0086446;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.007;QD=20.7943;RBI=0.0273245;REFB=-0.0260128;REVB=0.0259211;RO=19;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679889;STB=0.538422;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0174713;OID=.;OPOS=43270151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:19:19:20:20:0.512821:6:14:12:7:6:14:12:7 chr6 43271894 . G T 228.02 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=0.0728061;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7629;QD=11.401;RBI=0.0730014;REFB=-0.0190365;REVB=0.00533571;RO=49;SAF=20;SAR=8;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502182;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0418808;OID=.;OPOS=43271894;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:52:28:28:0.35:8:20:35:14:8:20:37:15 chr6 43273604 . A G 573.25 PASS AF=0.554455;AO=56;DP=101;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00475942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.211;QD=22.7028;RBI=0.0142344;REFB=-0.0222472;REVB=0.0134151;RO=45;SAF=27;SAR=29;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415886;STB=0.522791;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0157619;OID=.;OPOS=43273604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:45:45:56:56:0.554455:29:27:24:21:29:27:24:21 chr6 43306346 . A G 1552.9 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231587;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.163;QD=64.0371;RBI=0.0428158;REFB=0;REVB=0.0360121;RO=0;SAF=64;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42434e-05;OID=.;OPOS=43306346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:33:64:0:0:33:64:0:0 chr6 43323499 . G A 104.29 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00110862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.983;QD=10.4293;RBI=0.0169514;REFB=-0.00504228;REVB=-0.0169151;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170118;STB=0.510188;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00413181;OID=.;OPOS=43323499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:8:5:10:17:8:5:10:17 chr6 43325441 . C T 188.21 PASS AF=0.241667;AO=29;DP=120;FAO=29;FDP=120;FR=.;FRO=91;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=-0.0104158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.762;QD=6.27349;RBI=0.0116434;REFB=-0.000545625;REVB=-0.00520366;RO=91;SAF=19;SAR=10;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255184;STB=0.655065;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00233232;OID=.;OPOS=43325441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:91:91:29:29:0.241667:10:19:41:50:10:19:41:50 chr6 43400532 . C T 214.11 PASS AF=0.382353;AO=25;DP=69;FAO=26;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.000935308;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1499;QD=12.5948;RBI=0.0166813;REFB=-0.0203867;REVB=0.0166551;RO=33;SAF=17;SAR=8;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152177;STB=0.538994;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0258806;OID=.;OPOS=43400532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:33:42:25:26:0.382353:8:17:22:11:9:17:25:17 chr6 43472708 . T C 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00176219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.066;QD=18.7118;RBI=0.0213073;REFB=-0.00924319;REVB=-0.0212343;RO=19;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148193;STB=0.584676;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0151026;OID=.;OPOS=43472708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:13:5:8:11:13:5:8:11 chr6 43496662 . A C 350.87 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0052539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.238;QD=15.4226;RBI=0.00693785;REFB=0.00439404;REVB=0.00453102;RO=53;SAF=16;SAR=22;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918287;STB=0.551898;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.00584392;OID=.;OPOS=43496662;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:22:16:27:26:22:16:27:26 chr6 43497064 . G A 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00348472;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.323;QD=17.8403;RBI=0.00357702;REFB=-0.0189686;REVB=0.000807346;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124945;STB=0.571329;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0147867;OID=.;OPOS=43497064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:5:9:7:7:5:9 chr6 43573049 . G A 212.14 PASS AF=0.325301;AO=26;DP=82;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00289859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4692;QD=10.2238;RBI=0.0235891;REFB=-0.0222495;REVB=-0.0234103;RO=56;SAF=19;SAR=7;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247196;STB=0.653345;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0320731;OID=.;OPOS=43573049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:56:56:26:27:0.325301:7:19:30:26:7:20:30:26 chr6 43581586 . G A 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.087565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.604;QD=16.7279;RBI=0.087666;REFB=-0.00336677;REVB=0.00420731;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227833;STB=0.629067;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00423588;OID=.;OPOS=43581586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:4:15:9:7:4:15 chr6 43582091 . A T 289.57 PASS AF=0.508197;AO=30;DP=60;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.000247758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.373;QD=18.9881;RBI=0.00915197;REFB=-0.0142912;REVB=0.00914862;RO=30;SAF=11;SAR=19;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320754;STB=0.681704;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0146618;OID=.;OPOS=43582091;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:30:30:30:31:0.508197:19:11:22:8:20:11:22:8 chr6 43590408 . G A 407.35 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.00328526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.055;QD=15.3717;RBI=0.0239077;REFB=-0.0032393;REVB=-0.0236809;RO=60;SAF=17;SAR=29;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148294;STB=0.508322;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00490868;OID=.;OPOS=43590408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:29:17:23:37:29:17:23:37 chr6 43596716 . CGGGGGGCAAA CGGGGGCAAAG,CGGGGGCAAA 141.23 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,8;DP=18;FAO=1,17;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072865,0.24244;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=5,1;MLLD=66.0105,12.1774;QD=31.3841;RBI=0.00752807,0.293415;REFB=-0.00338034,-0.0283366;REVB=0.00189175,0.165273;RO=1;SAF=0,8;SAR=2,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0.648649;SSSB=-0.697199,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.10858,0.0653535;OID=.,.;OPOS=43596722,43596717;OREF=GCAAA,G;OALT=CAAAG,-;OMAPALT=CGGGGGCAAAG,CGGGGGCAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0555556,0.944444:2,8:18:1,17:18:0:0,10:1,7:0:0:4:1:0,8:2,0:1:0 chr6 43640099 . A G 229.4 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0238465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.26;QD=14.3377;RBI=0.0247618;REFB=0.0138828;REVB=-0.00667001;RO=37;SAF=11;SAR=16;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136035;STB=0.577358;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.0140568;OID=.;OPOS=43640099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:16:11:20:17:16:11:20:17 chr6 43648803 . A G 435.89 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=5.68282e-05;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.299;QD=15.2944;RBI=0.0221609;REFB=0.00399017;REVB=0.0221608;RO=65;SAF=32;SAR=17;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106865;STB=0.560097;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00418984;OID=.;OPOS=43648803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:65:65:49:49:0.429825:17:32:36:29:17:32:36:29 chr6 43753880 . G A 34.14 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0472857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7539;QD=4.01591;RBI=0.0845112;REFB=-0.0190819;REVB=-0.0700444;RO=28;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160511;STB=0.611861;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0374445;OID=.;OPOS=43753880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:4:2:13:15:4:2:13:15 chr6 43968814 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.744;QD=64.415;RBI=0.0224374;REFB=0;REVB=0.00871366;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97721e-05;OID=.;OPOS=43968814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr6 43970827 . G A 430.0 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00387207;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.608;QD=19.5455;RBI=0.024978;REFB=0.000965535;REVB=0.0246761;RO=45;SAF=18;SAR=25;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024299;STB=0.513507;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.000492998;OID=.;OPOS=43970827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:25:18:20:25:25:18:20:25 chr6 44081718 . G A 1560.69 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1415;QD=59.4548;RBI=0.247835;REFB=0;REVB=0.247495;RO=2;SAF=62;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278678;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000729664;OID=.;OPOS=44081718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:97:105:2:0:95:105:1:33:62:0:2:42:63:0:0 chr6 44108129 . TCCCCA CTCCCA,TCCCA,TCCCAC 35.71 PASS AF=0,0.272727,0;AO=2,6,2;DP=34;FAO=0,9,0;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=0,8,0;FSAR=0,1,0;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.108331,0.0443854,-0.0998211;FXX=0;HRUN=1,4,4;LEN=2,1,2;MLLD=41.206,17.2398,145.509;QD=4.32822;RBI=0.110108,0.0546446,0.100794;REFB=-0.0160157,-0.0495499,0.00194064;REVB=-0.0197046,0.0318743,-0.0139681;RO=24;SAF=2,5,2;SAR=0,1,0;SRF=9;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.547397,0.523806,0.547397;STB=0.5,0.881889,0.5;STBP=1,0.009,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.0653365,0;OID=.,.,.;OPOS=44108129,44108130,44108133;OREF=TC,C,CA;OALT=CT,-,AC;OMAPALT=CTCCCA,TCCCA,TCCCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:34:33:24:24:2,6,2:0,9,0:0,0.272727,0:0,1,0:2,5,2:9:15:0,1,0:0,8,0:9:15 chr6 44115169 . G A 140.14 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0143319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.021;QD=10.3803;RBI=0.016365;REFB=0.000352481;REVB=-0.00789995;RO=36;SAF=10;SAR=8;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.000876699;OID=.;OPOS=44115169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:8:10:20:16:8:10:20:16 chr6 44117607 . C T 32.87 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0298031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4231;QD=4.24152;RBI=0.0572014;REFB=0.00780911;REVB=0.048824;RO=25;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132955;STB=0.592878;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.00811824;OID=.;OPOS=44117607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:31:31:25:25:6:6:0.193548:5:1:6:19:5:1:6:19 chr6 44117664 . C T 63.33 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=20;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.787;QD=8.73575;RBI=0.0212995;REFB=-0.0164548;REVB=0.0212995;RO=20;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0202703;OID=.;OPOS=44117664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:9:0:0:20:9:0:0:20 chr6 44119676 . A G 81.58 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0466864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2544;QD=9.8887;RBI=0.0593597;REFB=0.00548827;REVB=-0.03666;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138194;STB=0.593059;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00563334;OID=.;OPOS=44119676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:32:33:21:22:10:11:0.333333:6:4:6:15:6:5:7:15 chr6 44123216 . T C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0196037;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=268.658;QD=16.199;RBI=0.0262747;REFB=0.00345105;REVB=0.0174944;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281149;STB=0.713517;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00169313;OID=.;OPOS=44123216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:2:3:5:5:0.625:3:2:2:0:3:2:3:0 chr6 44137663 . A G 801.27 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5631;QD=57.2338;RBI=0.0358962;REFB=0;REVB=0.0253074;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.89012e-07;OID=.;OPOS=44137663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr6 44218120 . A G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020972;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=104.432;QD=46.8456;RBI=0.0245046;REFB=0;REVB=-0.0126747;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129446;OID=.;OPOS=44218120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr6 44222047 . G A 4154.17 PASS AF=1;AO=267;DP=270;FAO=267;FDP=267;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00310766;FXX=0.0111107;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.828;QD=62.2348;RBI=0.00411253;REFB=-0.0290063;REVB=0.00269358;RO=1;SAF=117;SAR=150;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405765;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.39396e-05;OID=.;OPOS=44222047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:270:267:1:0:267:267:1:150:117:1:0:150:117:0:0 chr6 44247951 . T G 1523.15 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0223857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.107;QD=58.5829;RBI=0.0466189;REFB=-0.136317;REVB=-0.0408926;RO=1;SAF=58;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811065;STB=0.504273;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.000308916;OID=.;OPOS=44247951;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:102:103:0.990385:44:58:1:0:45:58:1:0 chr6 44253749 . A G 424.72 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0927;QD=54.8028;RBI=0.0372872;REFB=-0.0695841;REVB=0.0177518;RO=1;SAF=18;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251989;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00684437;OID=.;OPOS=44253749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:31:1:0:30:31:1:12:18:1:0:12:19:0:0 chr6 44253765 . A G 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4438;QD=59.0144;RBI=0.0359726;REFB=0;REVB=-0.0350851;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000575574;OID=.;OPOS=44253765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr6 44268135 . C T 1568.2 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.709;QD=64.0083;RBI=0.0413268;REFB=0;REVB=0.00652226;RO=0;SAF=41;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103485;OID=.;OPOS=44268135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:57:41:0:0:57:41:0:0 chr6 44268371 . T C 1097.6 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00261805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.818;QD=60.1425;RBI=0.0390601;REFB=0;REVB=0.0389723;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16539e-05;OID=.;OPOS=44268371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:44:29:0:0:44:29:0:0 chr6 44275011 . T C 803.62 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0133005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.454;QD=55.4222;RBI=0.0133987;REFB=-0.12657;REVB=0.00161917;RO=1;SAF=19;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241716;STB=0.512816;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000348063;OID=.;OPOS=44275011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:38:19:1:0:38:19:1:0 chr6 44310854 . G A 1429.45 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=95;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00238755;FXX=0.0315756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.506;QD=62.1501;RBI=0.0390021;REFB=-0.0557387;REVB=0.038929;RO=1;SAF=57;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0082444;STB=0.504347;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=7.13907e-05;OID=.;OPOS=44310854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:92:1:1:91:91:0.98913:34:57:1:0:34:57:1:0 chr6 44371714 . C T 1342.84 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403153;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.944;QD=62.4575;RBI=0.0410342;REFB=0;REVB=0.00764755;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.27508e-05;OID=.;OPOS=44371714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:45:41:0:0:45:41:0:0 chr6 44403438 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.176;QD=61.3359;RBI=0.018276;REFB=0;REVB=0.00255404;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.09748e-05;OID=.;OPOS=44403438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr6 44413463 . T A 1329.21 PASS AF=0.914286;AO=96;DP=109;FAO=96;FDP=105;FR=.;FRO=9;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00537748;FXX=0.0366939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.442;QD=50.6366;RBI=0.0198514;REFB=-0.0838766;REVB=0.0191092;RO=7;SAF=46;SAR=50;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249442;STB=0.502981;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.000695153;OID=.;OPOS=44413463;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:109:105:7:9:96:96:0.914286:50:46:2:5:50:46:4:5 chr6 44982593 . G A 418.98 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0693574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.567;QD=15.663;RBI=0.0782854;REFB=0.026685;REVB=-0.0363064;RO=57;SAF=19;SAR=28;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521804;STB=0.526347;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.043406;OID=.;OPOS=44982593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:60:47:47:0.439252:28:19:26:31:28:19:27:33 chr6 45296162 . G A 160.32 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0158398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.233;QD=10.3432;RBI=0.0302392;REFB=-0.00597459;REVB=-0.0257588;RO=41;SAF=9;SAR=12;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148798;STB=0.587073;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.01489;OID=.;OPOS=45296162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:12:9:23:18:12:9:23:18 chr6 45516113 . TA T,TT 77.55 PASS AF=0.213235,0.0294118;AO=34,6;DP=135;FAO=29,4;FDP=136;FR=.;FRO=103;FSAF=12,1;FSAR=17,3;FSRF=58;FSRR=45;FWDB=0.0350108,0.0448118;FXX=0.0144917;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=11.9034,21.1289;QD=2.28087;RBI=0.151903,0.0605961;REFB=-0.02242,-0.0148075;REVB=-0.147813,-0.0407896;RO=82;SAF=15,1;SAR=19,5;SRF=47;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.15731,-0.408264;STB=0.615227,0.785323;STBP=0.181,0.322;TYPE=del,snp;VARB=-0.0419954,-0.000137823;OID=.,.;OPOS=45516114,45516114;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.213235,0.0294118:34,6:135:29,4:136:103:12,1:17,3:58:45:64:82:15,1:19,5:47:35 chr6 45866361 . A T 238.89 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.023711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.986;QD=11.7968;RBI=0.0237384;REFB=-0.00837461;REVB=0.00113981;RO=52;SAF=13;SAR=16;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163311;STB=0.594029;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.009331;OID=.;OPOS=45866361;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:52:29:29:0.358025:16:13:31:21:16:13:31:21 chr6 46108916 . C G 1062.37 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5622;QD=59.8519;RBI=0.0172725;REFB=0;REVB=0.00635334;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.19771e-05;OID=.;OPOS=46108916;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr6 46128745 . C T 360.75 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0268847;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2863;QD=17.3856;RBI=0.0612587;REFB=0.00282321;REVB=-0.055044;RO=43;SAF=18;SAR=20;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750075;STB=0.540209;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00588939;OID=.;OPOS=46128745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:43:45:38:38:0.457831:20:18:17:26:20:18:18:27 chr6 46190377 . A C 207.66 PASS AF=0.588235;AO=19;DP=33;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0210553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6327;QD=24.4302;RBI=0.0703127;REFB=-0.00743488;REVB=0.0670861;RO=14;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199634;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00543555;OID=.;OPOS=46190377;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:14:14:19:20:0.588235:9:10:7:7:10:10:7:7 chr6 46563817 . A T 259.48 PASS AF=0.416667;AO=28;DP=70;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00620467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.176;QD=14.4158;RBI=0.0197521;REFB=0.00404178;REVB=-0.0187523;RO=41;SAF=11;SAR=17;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497405;STB=0.55229;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.00570494;OID=.;OPOS=46563817;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:41:42:28:30:0.416667:17:11:18:23:19:11:19:23 chr6 46609905 . C T 339.76 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0148706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.555;QD=15.4435;RBI=0.0164421;REFB=-0.0117943;REVB=-0.00701485;RO=50;SAF=23;SAR=14;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146869;STB=0.577847;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0150858;OID=.;OPOS=46609905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:51:37:37:0.420455:14:23:24:26:14:23:25:26 chr6 46620252 . C G 551.1 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0346763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6206;QD=20.7962;RBI=0.0564024;REFB=0.0189708;REVB=-0.0444836;RO=50;SAF=24;SAR=32;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618673;STB=0.534048;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.0158506;OID=.;OPOS=46620252;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:50:50:56:56:0.528302:32:24:25:25:32:24:25:25 chr6 46623698 . T C 1466.58 PASS AF=1;AO=87;DP=90;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.499;QD=62.4076;RBI=0.0654832;REFB=0;REVB=0.0595728;RO=0;SAF=22;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000848911;OID=.;OPOS=46623698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:94:0:0:87:94:1:65:22:0:0:68:26:0:0 chr6 46657057 . A G 1230.73 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954798;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.163;QD=61.5367;RBI=0.0287417;REFB=0;REVB=0.0271094;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65459e-05;OID=.;OPOS=46657057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:79:80:1:45:34:0:0:46:34:0:0 chr6 46658905 . C G 376.16 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0112024;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0171;QD=20.6115;RBI=0.0488242;REFB=-0.00494317;REVB=-0.0475216;RO=35;SAF=13;SAR=25;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131292;STB=0.572917;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00974819;OID=.;OPOS=46658905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:35:35:38:38:0.520548:25:13:17:18:25:13:17:18 chr6 46672943 . A G 2890.6 PASS AF=0.989305;AO=185;DP=187;FAO=185;FDP=187;FR=.;FRO=2;FSAF=94;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0103062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.552;QD=61.831;RBI=0.0479598;REFB=-0.0307447;REVB=0.0468393;RO=2;SAF=94;SAR=91;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103483;STB=0.505434;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=7.39124e-05;OID=.;OPOS=46672943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:187:187:2:2:185:185:0.989305:91:94:0:2:91:94:0:2 chr6 46684222 . C T 599.07 PASS AF=0.508333;AO=61;DP=120;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0213598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5222;QD=19.9691;RBI=0.0764931;REFB=-0.0511966;REVB=-0.0734504;RO=58;SAF=31;SAR=30;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232696;STB=0.516812;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0470174;OID=.;OPOS=46684222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:58:59:61:61:0.508333:30:31:31:27:30:31:32:27 chr6 46766321 . TTA T,TTT 182.26 PASS AF=0.688525,0;AO=23,14;DP=79;FAO=42,0;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=35,0;FSAR=7,0;FSRF=18;FSRR=1;FWDB=-0.152403,-0.0879822;FXX=0.115925;HRUN=7,8;LEN=2,1;MLLD=10.311,6.31663;QD=11.9517;RBI=0.188061,0.154938;REFB=0.0437204,0.00575576;REVB=-0.110183,-0.127534;RO=25;SAF=21,3;SAR=2,11;SRF=23;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0206356,-0.668625;STB=0.569863,0.5;STBP=0.307,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00710381,0.122182;OID=.,.;OPOS=46766322,46766323;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.688525,0:23,14:79:42,0:61:19:35,0:7,0:18:1:59:25:21,3:2,11:23:2 chr6 46793175 . G A 195.52 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.000956034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.849;QD=12.6139;RBI=0.0112816;REFB=-0.00673219;REVB=-0.0112411;RO=34;SAF=14;SAR=10;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166703;STB=0.56492;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.010184;OID=.;OPOS=46793175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:38:24:24:0.387097:10:14:25:9:10:14:26:12 chr6 46801071 . G T 698.14 PASS AF=0.535433;AO=67;DP=126;FAO=68;FDP=127;FR=.;FRO=59;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0460274;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.9812;QD=21.9888;RBI=0.0649401;REFB=0.0144471;REVB=-0.0458116;RO=59;SAF=37;SAR=30;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207855;STB=0.508233;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.0128304;OID=.;OPOS=46801071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:59:59:67:68:0.535433:30:37:34:25:30:38:34:25 chr6 46802370 . G A 867.85 PASS AF=0.389961;AO=101;DP=259;FAO=101;FDP=259;FR=.;FRO=158;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=80;FSRR=78;FWDB=-0.0209349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.666;QD=13.403;RBI=0.0233665;REFB=-0.00673738;REVB=0.0103791;RO=158;SAF=59;SAR=42;SRF=80;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854191;STB=0.548063;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00920991;OID=.;OPOS=46802370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:158:158:101:101:0.389961:42:59:80:78:42:59:80:78 chr6 46806809 . C T 699.39 PASS AF=0.57265;AO=67;DP=117;FAO=67;FDP=117;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00367621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.343;QD=23.9109;RBI=0.0062203;REFB=-0.0297762;REVB=-0.00501773;RO=48;SAF=33;SAR=34;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694897;STB=0.545858;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0192218;OID=.;OPOS=46806809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:48:50:67:67:0.57265:34:33:28:20:34:33:30:20 chr6 46824448 . A G 619.28 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00349538;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.1317;QD=58.9792;RBI=0.052854;REFB=-0.0234345;REVB=-0.0527383;RO=1;SAF=30;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407439;STB=0.521728;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00019645;OID=.;OPOS=46824448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:11:30:0:1:11:30:0:1 chr6 46826508 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.335;QD=63.2862;RBI=0.0277256;REFB=0;REVB=-0.0193183;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.53065e-05;OID=.;OPOS=46826508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr6 46826715 . T A 1358.62 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00819817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.691;QD=62.4652;RBI=0.0120999;REFB=0;REVB=-0.00889933;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02262e-06;OID=.;OPOS=46826715;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:48:38:0:0:48:39:0:0 chr6 46826844 . T C 2320.52 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.852;QD=61.0663;RBI=0.0376106;REFB=0;REVB=0.023017;RO=0;SAF=78;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76105e-05;OID=.;OPOS=46826844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:152:0:0:151:152:1:73:78:0:0:73:79:0:0 chr6 46826910 . G A 2331.88 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.033;QD=63.8872;RBI=0.0203702;REFB=0;REVB=0.0174337;RO=0;SAF=85;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19225e-05;OID=.;OPOS=46826910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:61:85:0:0:61:85:0:0 chr6 46827073 . A G 3300.95 PASS AF=1;AO=213;DP=214;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.29;QD=61.6999;RBI=0.0320685;REFB=0;REVB=0.0166931;RO=1;SAF=101;SAR=112;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00469363;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34442e-05;OID=.;OPOS=46827073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:214:214:1:0:213:214:1:112:101:1:0:112:102:0:0 chr6 46827126 . C T 2368.77 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0071792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.718;QD=61.1295;RBI=0.0118678;REFB=0;REVB=0.00945006;RO=0;SAF=72;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11423e-06;OID=.;OPOS=46827126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:83:72:0:0:83:72:0:0 chr6 46832813 . G A 2014.95 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.461;QD=61.9984;RBI=0.0381997;REFB=0;REVB=0.0367491;RO=0;SAF=60;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03262e-05;OID=.;OPOS=46832813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:130:0:0:128:130:1:68:60:0:0:68:62:0:0 chr6 46834685 . G A 1552.59 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145488;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.268;QD=64.0244;RBI=0.0226169;REFB=0;REVB=0.0173163;RO=0;SAF=41;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.97977e-05;OID=.;OPOS=46834685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:56:41:0:0:56:41:0:0 chr6 46856100 . G A 1584.57 PASS AF=0.981818;AO=107;DP=111;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00302494;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.158;QD=57.6207;RBI=0.016201;REFB=-0.0250638;REVB=0.0159161;RO=2;SAF=67;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00468583;STB=0.502523;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=8.22119e-05;OID=.;OPOS=46856100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:111:110:2:2:107:108:0.981818:40:67:1:1:40:68:1:1 chr6 47563692 . C T 2064.13 PASS AF=1;AO=128;DP=131;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355963;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3316;QD=61.6158;RBI=0.0448828;REFB=0;REVB=0.027338;RO=0;SAF=60;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000780404;OID=.;OPOS=47563692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:134:0:0:128:134:1:68:60:0:0:68:66:0:0 chr6 47594302 . T C 1624.42 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.615;QD=60.1636;RBI=0.0113314;REFB=0;REVB=-0.000711354;RO=0;SAF=60;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31531e-06;OID=.;OPOS=47594302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:48:60:0:0:48:60:0:0 chr6 47624239 . A G 161.45 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00633594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.99;QD=18.9945;RBI=0.080241;REFB=0.00594526;REVB=-0.0799905;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284482;STB=0.529582;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00730272;OID=.;OPOS=47624239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:17:17:0.5:9:8:7:9:9:8:7:10 chr6 47624299 . A G 230.61 PASS AF=0.55;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0212457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9753;QD=23.0614;RBI=0.0246816;REFB=-0.0241077;REVB=-0.0125619;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194103;STB=0.59451;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.012135;OID=.;OPOS=47624299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:18:21:22:0.55:9:12:6:12:10:12:6:12 chr6 47626833 . C A 457.58 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.00709475;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.9229;QD=15.6438;RBI=0.0111629;REFB=0.000261336;REVB=-0.00861827;RO=63;SAF=33;SAR=18;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957341;STB=0.542901;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.000928269;OID=.;OPOS=47626833;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:66:51:51:0.435897:18:33:35:28:18:33:38:28 chr6 47646842 . A G 317.9 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0103527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.739;QD=15.5074;RBI=0.0122401;REFB=-0.00864214;REVB=-0.00653015;RO=46;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285786;STB=0.510632;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00992666;OID=.;OPOS=47646842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:46:47:35:35:0.426829:20:15:21:25:20:15:21:26 chr6 47649222 . T G 366.19 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=0.0150151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.031;QD=16.2751;RBI=0.0153283;REFB=-0.00874192;REVB=-0.00308234;RO=51;SAF=20;SAR=19;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176502;STB=0.598805;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00606604;OID=.;OPOS=47649222;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:19:20:35:16:19:20:35:16 chr6 47649265 . T A 525.92 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0105743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.922;QD=21.9131;RBI=0.031606;REFB=-0.0222895;REVB=-0.0297847;RO=46;SAF=36;SAR=14;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173196;STB=0.595986;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0182551;OID=.;OPOS=47649265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:46:50:50:0.520833:14:36:25:21:14:36:25:21 chr6 47649573 . CA TG 240.41 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0104149;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=221.204;QD=28.2832;RBI=0.0140373;REFB=0.00345924;REVB=0.00941147;RO=12;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00499533;STB=0.50276;STBP=0.988;TYPE=mnp;VARB=-0.00206861;OID=.;OPOS=47649573;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:9:13:7:5:9:13:7:5 chr6 47649694 . A G 863.61 PASS AF=0.572464;AO=78;DP=137;FAO=79;FDP=138;FR=.;FRO=59;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.00570313;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1415;QD=25.0322;RBI=0.0266628;REFB=-0.0159667;REVB=-0.0260457;RO=59;SAF=45;SAR=33;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108201;STB=0.56096;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0152681;OID=.;OPOS=47649694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:59:59:78:79:0.572464:33:45:26:33:33:46:26:33 chr6 47654742 . A T 472.55 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00573842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.792;QD=16.1556;RBI=0.00644726;REFB=-0.00693428;REVB=-0.00293899;RO=65;SAF=27;SAR=25;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072539;STB=0.540516;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0132202;OID=.;OPOS=47654742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:65:52:52:0.444444:25:27:29:36:25:27:29:36 chr6 47682604 . A C 2206.14 PASS AF=0.980132;AO=148;DP=151;FAO=148;FDP=151;FR=.;FRO=3;FSAF=78;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0428233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.233;QD=58.4408;RBI=0.0429929;REFB=0.0652338;REVB=0.00381547;RO=3;SAF=78;SAR=70;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00733497;STB=0.503857;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-3.98209e-05;OID=.;OPOS=47682604;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:151:151:3:3:148:148:0.980132:70:78:1:2:70:78:1:2 chr6 47684591 . G A 693.95 PASS AF=0.492857;AO=67;DP=140;FAO=69;FDP=140;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.0162211;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.876;QD=19.8271;RBI=0.0162377;REFB=-0.0101373;REVB=-0.000733534;RO=70;SAF=25;SAR=42;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944265;STB=0.554525;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0124553;OID=.;OPOS=47684591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:70:71:67:69:0.492857:42:25:33:37:44:25:33:38 chr6 47847179 . A G 1252.43 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0314026;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7259;QD=60.3581;RBI=0.0400467;REFB=-0.015614;REVB=0.0248518;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.507041;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00229129;OID=.;OPOS=47847179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:0:1:81:82:0.987952:47:34:0:0:47:35:1:0 chr6 47847401 . A G 1062.25 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.781;QD=59.8449;RBI=0.0179096;REFB=0;REVB=0.0105907;RO=0;SAF=22;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90794e-05;OID=.;OPOS=47847401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:47:22:0:0:48:23:0:0 chr6 49459978 . A G 885.17 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4601;QD=58.0442;RBI=0.0535194;REFB=0;REVB=-0.0147607;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155507;OID=.;OPOS=49459978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr6 49460152 . A G 714.9 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0424136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8645;QD=60.8427;RBI=0.0527966;REFB=-0.114326;REVB=0.0314415;RO=1;SAF=26;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177403;STB=0.50943;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00344513;OID=.;OPOS=49460152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:1:1:46:46:0.978723:20:26:1:0:20:26:1:0 chr6 49485266 . C A 1538.26 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00438619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.489;QD=59.7383;RBI=0.0154646;REFB=0;REVB=0.0148295;RO=0;SAF=35;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68365e-06;OID=.;OPOS=49485266;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:103:0:0:100:103:1:65:35:0:0:68:35:0:0 chr6 49518914 . C G 1853.42 PASS AF=1;AO=119;DP=122;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325352;FXX=0.070307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.504;QD=62.2999;RBI=0.0342015;REFB=0;REVB=0.0105454;RO=0;SAF=50;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166575;OID=.;OPOS=49518914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:119:0:0:119:119:1:69:50:0:0:69:50:0:0 chr6 49580194 . C T 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0170648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.927;QD=24.9293;RBI=0.0210977;REFB=-0.0416147;REVB=0.0124058;RO=19;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840438;STB=0.546523;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0228327;OID=.;OPOS=49580194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:9:16:14:5:9:16:14:5 chr6 49580247 . C T 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0101961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.279;QD=27.4996;RBI=0.012067;REFB=-0.0309485;REVB=-0.0064538;RO=10;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134459;STB=0.507455;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.017569;OID=.;OPOS=49580247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:8:11:6:4:8:11:6:4 chr6 49696473 . G T 389.19 PASS AF=0.386555;AO=45;DP=118;FAO=46;FDP=119;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=-0.0188576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0358;QD=13.0818;RBI=0.0284702;REFB=-0.00314244;REVB=-0.0213293;RO=73;SAF=25;SAR=20;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185507;STB=0.610061;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00478441;OID=.;OPOS=49696473;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:73:73:45:46:0.386555:20:25:28:45:20:26:28:45 chr6 49701523 . A G 292.37 PASS AF=0.516667;AO=26;DP=55;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00341524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.347;QD=19.4912;RBI=0.030257;REFB=-0.0147523;REVB=0.0300637;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052192;STB=0.564314;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0127624;OID=.;OPOS=49701523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:60:29:29:26:31:0.516667:14:12:15:14:19:12:15:14 chr6 50683145 . C T 187.68 PASS AF=0.297619;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0409513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6187;QD=8.93719;RBI=0.0427519;REFB=-0.0206014;REVB=0.0122764;RO=59;SAF=8;SAR=17;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249106;STB=0.647973;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0602098;OID=.;OPOS=50683145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:59:59:25:25:0.297619:17:8:31:28:17:8:31:28 chr6 51480486 . G T 178.15 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00334858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.998;QD=10.6358;RBI=0.00712141;REFB=-0.0178498;REVB=-0.00628503;RO=43;SAF=9;SAR=14;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136143;STB=0.572496;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0239389;OID=.;OPOS=51480486;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:43:44:23:23:0.343284:14:9:22:21:14:9:22:22 chr6 51483961 . T C 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0137632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.509;QD=15.1662;RBI=0.0153558;REFB=-0.00330749;REVB=-0.00680986;RO=30;SAF=7;SAR=16;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357661;STB=0.703407;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00729902;OID=.;OPOS=51483961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:16:7:20:10:16:7:20:10 chr6 51491884 . T C 335.27 PASS AF=0.430233;AO=36;DP=87;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00284377;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.973;QD=15.5939;RBI=0.00307988;REFB=-0.00187982;REVB=-0.00118263;RO=49;SAF=12;SAR=24;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126031;STB=0.576619;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00297444;OID=.;OPOS=51491884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:49:49:36:37:0.430233:24:12:22:27:25:12:22:27 chr6 51586771 . G A,T 773.32 PASS AF=0.963636,0.0363636;AO=53,2;DP=55;FAO=53,2;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35,1;FSAR=18,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00484362,-0.0162006;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.939,104.19;QD=56.2418;RBI=0.0171602,0.025206;REFB=0,0;REVB=0.0164624,-0.0193103;RO=0;SAF=35,1;SAR=18,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=2.55789e-05,0.105521;OID=.,.;OPOS=51586771,51586771;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:55:55:0:0:53,2:53,2:0.963636,0.0363636:18,1:35,1:0:0:18,1:35,1:0:0 chr6 51613177 . C T 305.52 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0113846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.8461;QD=47.0035;RBI=0.011385;REFB=-0.12191;REVB=9.32343e-05;RO=1;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440956;STB=0.545416;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00553485;OID=.;OPOS=51613177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:1:2:24:24:0.923077:10:14:0:1:10:14:0:2 chr6 51720838 . T C 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00621596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.54;QD=55.6054;RBI=0.00722586;REFB=-0.00594047;REVB=0.00368442;RO=1;SAF=20;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229992;STB=0.512191;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=1.75945e-05;OID=.;OPOS=51720838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:38:20:1:0:38:20:1:0 chr6 51875151 . C T 310.77 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0467485;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.302;QD=12.0686;RBI=0.0469149;REFB=-0.0142511;REVB=-0.00394865;RO=64;SAF=17;SAR=21;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236562;STB=0.509021;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0206795;OID=.;OPOS=51875151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:65:38:38:0.368932:21:17:30:34:21:17:30:35 chr6 51875250 . A C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.999;QD=56.9565;RBI=0.0326128;REFB=0;REVB=0.00267679;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23082e-05;OID=.;OPOS=51875250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr6 51924774 . A G 1264.72 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9628;QD=61.6936;RBI=0.0225278;REFB=0;REVB=-0.0169116;RO=0;SAF=50;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248521;OID=.;OPOS=51924774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:32:50:0:0:32:50:0:0 chr6 51947237 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00144399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.733;QD=61.6952;RBI=0.0323924;REFB=0;REVB=0.0323602;RO=0;SAF=62;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64145e-05;OID=.;OPOS=51947237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:20:62:0:0:20:62:0:0 chr6 52269547 . A G 640.12 PASS AF=0.516129;AO=64;DP=124;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0114847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.841;QD=20.6489;RBI=0.0147891;REFB=-0.00454689;REVB=0.00931769;RO=59;SAF=29;SAR=35;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033661;STB=0.514701;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00389891;OID=.;OPOS=52269547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:59:60:64:64:0.516129:35:29:29:30:35:29:29:31 chr6 52269685 . C A 202.26 PASS AF=0.488372;AO=19;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0261205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.719;QD=18.8146;RBI=0.030313;REFB=-0.0342117;REVB=-0.0153817;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751474;STB=0.512183;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0658646;OID=.;OPOS=52269685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:22:19:21:0.488372:11:8:11:11:11:10:11:11 chr6 52270544 . TTTG T 405.9 PASS AF=0.576087;AO=48;DP=95;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00994614;FXX=0.0416623;HRUN=4;LEN=3;MLLD=271.294;QD=17.6477;RBI=0.0186378;REFB=-0.00787543;REVB=0.015762;RO=40;SAF=23;SAR=25;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241729;STB=0.531136;STBP=0.483;TYPE=del;VARB=0.00566874;OID=.;OPOS=52270545;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.576087:48:95:53:92:39:27:26:17:22:99:40:23:25:18:22 chr6 52271204 . C T 493.96 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0101656;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.595;QD=19.5628;RBI=0.0103109;REFB=-0.00210162;REVB=-0.00172496;RO=49;SAF=26;SAR=25;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017744;STB=0.504852;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00167351;OID=.;OPOS=52271204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:49:50:51:51:0.50495:25:26:24:25:25:26:25:25 chr6 52271707 . G A 313.13 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=26;FWDB=-0.0167964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8693;QD=19.5709;RBI=0.0526616;REFB=-0.000973347;REVB=0.0499111;RO=31;SAF=18;SAR=15;SRF=5;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329585;STB=0.681342;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00136486;OID=.;OPOS=52271707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:15:18:5:26:15:18:5:26 chr6 52272033 . C T 308.22 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.00820127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9369;QD=18.4012;RBI=0.0456372;REFB=0.00310935;REVB=-0.0448942;RO=34;SAF=14;SAR=19;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277314;STB=0.653927;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00551909;OID=.;OPOS=52272033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:19:14:25:9:19:14:25:9 chr6 52272467 . C CTTGA 122.45 PASS AF=0.326087;AO=14;DP=56;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0200429;FXX=0.132051;HRUN=2;LEN=4;MLLD=217.869;QD=10.6474;RBI=0.0214372;REFB=-0.00920203;REVB=0.00760507;RO=39;SAF=7;SAR=7;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266059;STB=0.618759;STBP=0.281;TYPE=ins;VARB=0.0160237;OID=.;OPOS=52272468;OREF=-;OALT=TTGA;OMAPALT=CTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326087:14:56:15:46:31:7:8:20:11:99:39:7:7:28:11 chr6 52272471 . C A 30.41 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0240058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.934;QD=2.21145;RBI=0.0256429;REFB=-0.00144156;REVB=0.00901557;RO=49;SAF=5;SAR=1;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296802;STB=0.739835;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0167081;OID=.;OPOS=52272471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:49:49:6:6:0.109091:1:5:30:19:1:5:30:19 chr6 52272574 . C T 249.97 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0400226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.901;QD=12.0465;RBI=0.0720618;REFB=-0.0137609;REVB=-0.0599257;RO=53;SAF=19;SAR=11;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181697;STB=0.604827;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.020857;OID=.;OPOS=52272574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:11:19:25:28:11:19:25:28 chr6 52360283 . T A 404.37 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=0.0100667;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.117;QD=19.2555;RBI=0.0108853;REFB=-0.00108696;REVB=-0.00414143;RO=44;SAF=30;SAR=11;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219212;STB=0.523798;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00116507;OID=.;OPOS=52360283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:44:43:41:41:0.488095:11:30:33:11:11:30:33:10 chr6 52362844 . T A 271.03 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.00600338;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=47.49;QD=19.7116;RBI=0.00635496;REFB=-0.0280678;REVB=0.00208445;RO=23;SAF=23;SAR=6;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126387;STB=0.532722;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0142531;OID=.;OPOS=52362844;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:23:26:29:29:0.527273:6:23:18:5:7:22:21:5 chr6 52374319 . T TAC 742.05 PASS AF=0.5;AO=70;DP=147;FAO=73;FDP=146;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.00171713;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.303;QD=20.3302;RBI=0.00197126;REFB=-0.0054718;REVB=0.000968162;RO=72;SAF=34;SAR=36;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038629;STB=0.520542;STBP=0.636;TYPE=ins;VARB=0.00522536;OID=.;OPOS=52374320;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:70:147:73:146:73:35:38:38:35:99:72:34:36:38:34 chr6 52617731 . C G 661.47 PASS AF=0.471831;AO=66;DP=140;FAO=67;FDP=142;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.00457379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.014;QD=18.6329;RBI=0.00469688;REFB=0.000978232;REVB=-0.0010682;RO=74;SAF=25;SAR=41;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534996;STB=0.529754;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.00171736;OID=.;OPOS=52617731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:74:75:66:67:0.471831:41:25:32:42:42:25:32:43 chr6 52617738 . G A 745.22 PASS AF=0.521739;AO=72;DP=138;FAO=72;FDP=138;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=0.00176413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.073;QD=21.6004;RBI=0.0236913;REFB=-0.010591;REVB=-0.0236255;RO=66;SAF=31;SAR=41;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600344;STB=0.532924;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0118273;OID=.;OPOS=52617738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:66:66:72:72:0.521739:41:31:24:42:41:31:24:42 chr6 52658962 . T C 641.29 PASS AF=0.543103;AO=64;DP=117;FAO=63;FDP=116;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0926095;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1994;QD=22.1133;RBI=0.0945125;REFB=0.0103589;REVB=-0.0188703;RO=53;SAF=33;SAR=31;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207232;STB=0.507934;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00807869;OID=.;OPOS=52658962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:53:53:64:63:0.543103:31:33:26:27:31:32:26:27 chr6 52701143 . C T 246.73 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00368263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.861;QD=15.9182;RBI=0.00443884;REFB=-0.0122835;REVB=-0.00247821;RO=33;SAF=7;SAR=21;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335312;STB=0.684071;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0120719;OID=.;OPOS=52701143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:28:28:0.451613:21:7:19:14:21:7:19:15 chr6 52843131 . G T 1448.01 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3586;QD=62.9571;RBI=0.106047;REFB=0;REVB=0.103309;RO=0;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000736407;OID=.;OPOS=52843131;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:92:0:0:89:92:1:37:52:0:0:40:52:0:0 chr6 52844045 . G A 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000182008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.178;QD=60.3767;RBI=0.0567652;REFB=0;REVB=0.0567649;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108493;OID=.;OPOS=52844045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr6 52860581 . AGAG A 102.1 PASS AF=0.342105;AO=9;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00651581;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=3;MLLD=251.98;QD=10.747;RBI=0.0121126;REFB=-0.0102411;REVB=0.0102107;RO=23;SAF=7;SAR=2;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179616;STB=0.517215;STBP=0.884;TYPE=del;VARB=0.0216734;OID=.;OPOS=52860582;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342105:9:38:13:38:25:8:5:16:9:99:23:7:2:15:8 chr6 52963071 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00471952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.284;QD=61.336;RBI=0.0128054;REFB=0;REVB=0.0119039;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24275e-05;OID=.;OPOS=52963071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr6 53133897 . T C 623.55 PASS AF=0.617978;AO=55;DP=89;FAO=55;FDP=89;FR=.;FRO=34;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0103401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.696;QD=28.0249;RBI=0.042712;REFB=-0.000150789;REVB=0.0414415;RO=34;SAF=33;SAR=22;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129451;STB=0.50704;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000164536;OID=.;OPOS=53133897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:34:34:55:55:0.617978:22:33:21:13:22:33:21:13 chr6 53514946 . A G 269.3 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00368384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.305;QD=16.572;RBI=0.0691996;REFB=-0.028169;REVB=0.0691015;RO=35;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684038;STB=0.538436;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0267468;OID=.;OPOS=53514946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:15:15:15:20:15:15:15:20 chr6 53516876 . T G 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.106;QD=57.1749;RBI=0.0169061;REFB=0;REVB=-0.0149836;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56843e-05;OID=.;OPOS=53516876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr6 53517035 . G A 697.23 PASS AF=0.416216;AO=76;DP=186;FAO=77;FDP=185;FR=.;FRO=108;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=0.0775059;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.657;QD=15.0752;RBI=0.0804872;REFB=-0.0294648;REVB=0.0217031;RO=107;SAF=35;SAR=41;SRF=54;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461774;STB=0.532011;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0372033;OID=.;OPOS=53517035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:107:108:76:77:0.416216:41:35:54:53:42:35:55:53 chr6 53519062 . A G 410.59 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0159419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9467;QD=14.664;RBI=0.0173814;REFB=0.0249113;REVB=0.0069259;RO=65;SAF=23;SAR=24;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664488;STB=0.537366;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.0411168;OID=.;OPOS=53519062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:65:65:47:47:0.419643:24:23:36:29:24:23:36:29 chr6 53519605 . C T 2306.36 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176285;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.171;QD=61.0957;RBI=0.0191869;REFB=0;REVB=-0.00757457;RO=0;SAF=79;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70733e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143851;OID=.;OPOS=53519605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:72:79:0:0:72:79:0:0 chr6 53519857 . G A 528.17 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0141404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7331;QD=22.2387;RBI=0.059409;REFB=-0.0257746;REVB=-0.0577016;RO=45;SAF=25;SAR=25;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286436;STB=0.515783;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0221459;OID=.;OPOS=53519857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:45:50:50:0.526316:25:25:24:21:25:25:24:21 chr6 53989526 . G A 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00436527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9664;QD=60.376;RBI=0.0399978;REFB=0;REVB=0.0397588;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020782;OID=.;OPOS=53989526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr6 54025155 . T C 347.46 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=10;FWDB=0.0162026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.062;QD=17.1584;RBI=0.0194155;REFB=-0.0119854;REVB=-0.0106975;RO=44;SAF=23;SAR=14;SRF=34;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163818;STB=0.591065;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0138817;OID=.;OPOS=54025155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:14:23:34:10:14:23:34:10 chr6 54054686 . T A 1098.63 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.137;QD=60.1992;RBI=0.0537602;REFB=0;REVB=0.0307358;RO=0;SAF=46;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185158;OID=.;OPOS=54054686;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:26:46:0:0:27:46:0:0 chr6 54079968 . G A 2550.86 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108636;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.93;QD=61.8391;RBI=0.0142741;REFB=0;REVB=0.00925914;RO=0;SAF=83;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.87627e-06;OID=.;OPOS=54079968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:165:0:0:165:165:1:82:83:0:0:82:83:0:0 chr6 54186147 . T C 1404.17 PASS AF=0.960784;AO=98;DP=102;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0203848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6771;QD=55.0656;RBI=0.0204336;REFB=-0.130474;REVB=0.00141132;RO=2;SAF=54;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172414;STB=0.517853;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00482541;OID=.;OPOS=54186147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:102:102:2:4:98:98:0.960784:44:54:2:0:44:54:4:0 chr6 54191970 . T A 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0517906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6691;QD=64.4138;RBI=0.058852;REFB=0;REVB=-0.0279514;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00054296;OID=.;OPOS=54191970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr6 54254589 . A C 934.86 PASS AF=0.583333;AO=84;DP=144;FAO=84;FDP=144;FR=.;FRO=60;FSAF=56;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00152995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.672;QD=25.9684;RBI=0.00984352;REFB=-0.0134657;REVB=-0.0097239;RO=59;SAF=56;SAR=28;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128491;STB=0.567148;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00734301;OID=.;OPOS=54254589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:59:60:84:84:0.583333:28:56:30:29:28:56:31:29 chr6 55142337 . A G 1877.7 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.393;QD=61.5639;RBI=0.020266;REFB=0;REVB=0.00794982;RO=0;SAF=57;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8593e-05;OID=.;OPOS=55142337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:65:57:0:0:65:57:0:0 chr6 55196587 . C T 300.25 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0146844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.826;QD=16.452;RBI=0.0319249;REFB=-0.0173455;REVB=-0.0283472;RO=40;SAF=19;SAR=14;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127123;STB=0.571139;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0163737;OID=.;OPOS=55196587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:14:19:28:12:14:19:28:12 chr6 55266625 . T C 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.205;QD=60.9761;RBI=0.0259838;REFB=0;REVB=0.0189887;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75087e-06;OID=.;OPOS=55266625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr6 55360253 . G A 241.5 PASS AF=0.283333;AO=34;DP=119;FAO=34;FDP=120;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=-0.0181603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.594;QD=8.05011;RBI=0.0181747;REFB=-0.00856586;REVB=0.000722502;RO=85;SAF=21;SAR=13;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109121;STB=0.560952;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.02576;OID=.;OPOS=55360253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:85:86:34:34:0.283333:13:21:45:40:13:21:46:40 chr6 55428658 . A C 68.11 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0172514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.118;QD=9.08094;RBI=0.0325754;REFB=-0.00885705;REVB=-0.0276324;RO=20;SAF=8;SAR=1;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339117;STB=0.592391;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0251684;OID=.;OPOS=55428658;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:30:30:20:20:9:10:0.333333:1:8:14:6:2:8:14:6 chr6 55639028 . G A 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00912299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.075;QD=13.9482;RBI=0.0096047;REFB=0.00095098;REVB=-0.00300356;RO=27;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00474575;STB=0.502759;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.00141507;OID=.;OPOS=55639028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:10:7:11:16:10:7:11:16 chr6 55739553 . A G 536.2 PASS AF=0.463415;AO=56;DP=122;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.00831744;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.53;QD=17.4373;RBI=0.0102015;REFB=-0.00286699;REVB=-0.00590687;RO=64;SAF=23;SAR=33;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868737;STB=0.560742;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0034406;OID=.;OPOS=55739553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:64:66:56:57:0.463415:33:23:32:32:34:23:34:32 chr6 56044578 . T C 464.32 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.007386;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.069;QD=19.147;RBI=0.00879243;REFB=-0.00406905;REVB=0.00477011;RO=49;SAF=29;SAR=17;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153007;STB=0.575948;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00717082;OID=.;OPOS=56044578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:49:51:46:46:0.474227:17:29:23:26:17:29:25:26 chr6 56328683 . C CT 37.7 PASS AF=0.262295;AO=15;DP=64;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0199406;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.1007;QD=2.47231;RBI=0.0816199;REFB=-0.0200941;REVB=0.0791466;RO=44;SAF=4;SAR=11;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246426;STB=0.620235;STBP=0.302;TYPE=ins;VARB=-0.0270853;OID=.;OPOS=56328684;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.262295:15:64:16:61:45:5:11:21:24:37:44:4:11:20:24 chr6 56351972 . G C 887.24 PASS AF=0.52071;AO=87;DP=168;FAO=88;FDP=169;FR=.;FRO=81;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.0143657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.77;QD=20.9997;RBI=0.0626544;REFB=0.00205503;REVB=0.0609852;RO=81;SAF=51;SAR=36;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386432;STB=0.517762;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00126595;OID=.;OPOS=56351972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:81:81:87:88:0.52071:36:51:44:37:37:51:44:37 chr6 56380460 . GT G 50.22 PASS AF=0.350515;AO=36;DP=99;FAO=34;FDP=97;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.109348;FXX=0.0396;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.51702;QD=2.07093;RBI=0.129067;REFB=-0.119419;REVB=0.0685668;RO=53;SAF=24;SAR=12;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0.314286;SSSB=0.337775;STB=0.642012;STBP=0.038;TYPE=del;VARB=0.130692;OID=.;OPOS=56380461;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.350515:36:99:34:97:63:20:14:23:40:50:53:24:12:18:35 chr6 56391218 . T C 157.61 PASS AF=0.235294;AO=24;DP=105;FAO=24;FDP=102;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.00808426;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.701;QD=6.18083;RBI=0.01062;REFB=0.00118449;REVB=-0.00688693;RO=81;SAF=16;SAR=8;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161373;STB=0.602652;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00437645;OID=.;OPOS=56391218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:102:81:78:24:24:0.235294:8:16:44:37:8:16:42:36 chr6 56417282 . C T 1431.69 PASS AF=0.970588;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0267986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.758;QD=56.1447;RBI=0.0273414;REFB=0.0625283;REVB=0.00542109;RO=2;SAF=46;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175617;STB=0.513759;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00111579;OID=.;OPOS=56417282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:102:102:2:3:99:99:0.970588:53:46:0:2:53:46:0:3 chr6 56417545 . T C 888.46 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00689277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.367;QD=56.4103;RBI=0.00691016;REFB=-0.0436236;REVB=0.000489975;RO=1;SAF=41;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113779;STB=0.506022;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-1.05947e-05;OID=.;OPOS=56417545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:21:41:1:0:21:41:1:0 chr6 56810539 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.968;QD=46.848;RBI=0.0059681;REFB=0;REVB=-0.00168944;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41358e-05;OID=.;OPOS=56810539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr6 57244780 . G A 210.36 PASS AF=0.313953;AO=27;DP=86;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0217779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.035;QD=9.78408;RBI=0.0223788;REFB=-0.00806118;REVB=-0.00515106;RO=59;SAF=10;SAR=17;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257722;STB=0.650953;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.013036;OID=.;OPOS=57244780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:59:59:27:27:0.313953:17:10:35:24:17:10:35:24 chr6 57246847 . C T 437.49 PASS AF=0.274336;AO=62;DP=226;FAO=62;FDP=226;FR=.;FRO=164;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=107;FSRR=57;FWDB=-0.0188669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.832;QD=7.74317;RBI=0.0188927;REFB=-0.00745931;REVB=-0.000988572;RO=163;SAF=34;SAR=28;SRF=106;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129096;STB=0.577338;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0200525;OID=.;OPOS=57246847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:163:164:62:62:0.274336:28:34:106:57:28:34:107:57 chr6 57246884 . A G 735.8 PASS AF=0.355731;AO=90;DP=253;FAO=90;FDP=253;FR=.;FRO=163;FSAF=63;FSAR=27;FSRF=82;FSRR=81;FWDB=-0.00981081;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.098;QD=11.6332;RBI=0.0149969;REFB=-0.0081979;REVB=-0.0113427;RO=162;SAF=63;SAR=27;SRF=82;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232258;STB=0.63473;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0103877;OID=.;OPOS=57246884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:162:163:90:90:0.355731:27:63:82:80:27:63:82:81 chr6 57246969 . G A 588.91 PASS AF=0.305221;AO=76;DP=249;FAO=76;FDP=249;FR=.;FRO=173;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=73;FSRR=100;FWDB=-0.0231955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.696;QD=9.46036;RBI=0.0246737;REFB=-0.00879591;REVB=-0.00841196;RO=173;SAF=42;SAR=34;SRF=73;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155609;STB=0.590037;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0261813;OID=.;OPOS=57246969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:173:173:76:76:0.305221:34:42:73:100:34:42:73:100 chr6 57246982 . G T 518.05 PASS AF=0.3;AO=69;DP=231;FAO=69;FDP=230;FR=.;FRO=161;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=71;FSRR=90;FWDB=-0.038583;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.977;QD=9.00952;RBI=0.0387021;REFB=-0.00608134;REVB=0.00303415;RO=159;SAF=37;SAR=32;SRF=71;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107337;STB=0.566355;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0106336;OID=.;OPOS=57246982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:159:161:69:69:0.3:32:37:71:88:32:37:71:90 chr6 57254927 . A G 213.85 PASS AF=0.27193;AO=31;DP=114;FAO=31;FDP=114;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.00237401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.141;QD=7.50351;RBI=0.0237058;REFB=-0.0007927;REVB=0.0235867;RO=81;SAF=24;SAR=7;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390649;STB=0.734976;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00179415;OID=.;OPOS=57254927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:81:83:31:31:0.27193:7:24:38:43:7:24:39:44 chr6 57254950 . A AT 135.7 PASS AF=0.336842;AO=29;DP=100;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.128817;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.787;QD=5.71376;RBI=0.136834;REFB=-0.0499506;REVB=-0.0461504;RO=67;SAF=17;SAR=12;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132354;STB=0.515245;STBP=0.831;TYPE=ins;VARB=0.0618471;OID=.;OPOS=57254951;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.336842:29:100:32:95:63:19:13:36:27:99:67:17:12:40:27 chr6 57254955 . G A 182.64 PASS AF=0.264368;AO=21;DP=88;FAO=23;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0054515;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.293;QD=8.39736;RBI=0.0435151;REFB=-0.00590122;REVB=-0.0431723;RO=32;SAF=16;SAR=5;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274384;STB=0.69715;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0514656;OID=.;OPOS=57254955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:32:59:21:23:0.264368:5:16:17:15:5:18:32:27 chr6 57254986 . G A 155.34 PASS AF=0.268293;AO=22;DP=82;FAO=22;FDP=82;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0334702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8783;QD=7.57765;RBI=0.0932284;REFB=-0.00132364;REVB=-0.0870131;RO=59;SAF=18;SAR=4;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433908;STB=0.760935;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00258165;OID=.;OPOS=57254986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:59:60:22:22:0.268293:4:18:29:30:4:18:30:30 chr6 57255001 . C A 138.91 PASS AF=0.27027;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0277993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.408;QD=7.50871;RBI=0.0511872;REFB=0.00207883;REVB=-0.0429805;RO=53;SAF=16;SAR=4;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422198;STB=0.762728;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00607197;OID=.;OPOS=57255001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:53:54:20:20:0.27027:4:16:25:28:4:16:25:29 chr6 57372318 . T A 79.17 PASS AF=0.1;AO=23;DP=230;FAO=23;FDP=230;FR=.;FRO=207;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=114;FSRR=93;FWDB=0.0297991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7928;QD=1.37691;RBI=0.0446053;REFB=-0.00318393;REVB=0.033191;RO=207;SAF=13;SAR=10;SRF=114;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177312;STB=0.513212;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0341069;OID=.;OPOS=57372318;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:230:230:207:207:23:23:0.1:10:13:114:93:10:13:114:93 chr6 57372361 . C A 1436.76 PASS AF=0.721212;AO=119;DP=165;FAO=119;FDP=165;FR=.;FRO=46;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0430454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2947;QD=34.8305;RBI=0.0435643;REFB=0.0020981;REVB=-0.00670399;RO=46;SAF=64;SAR=55;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0084201;STB=0.504504;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.000815558;OID=.;OPOS=57372361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:46:46:119:119:0.721212:55:64:24:22:55:64:24:22 chr6 57393125 . A G 860.88 PASS AF=0.537975;AO=83;DP=156;FAO=85;FDP=158;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.0214643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.368;QD=21.7944;RBI=0.0324276;REFB=-0.0187241;REVB=0.024307;RO=73;SAF=38;SAR=45;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536996;STB=0.528571;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0170007;OID=.;OPOS=57393125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:73:73:83:85:0.537975:45:38:38:35:46:39:38:35 chr6 57393160 . G A 227.31 PASS AF=0.211111;AO=36;DP=178;FAO=38;FDP=180;FR=.;FRO=142;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=72;FSRR=70;FWDB=0.0353427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.937;QD=5.05122;RBI=0.0380314;REFB=-0.00532058;REVB=-0.0140458;RO=141;SAF=13;SAR=23;SRF=72;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192924;STB=0.610592;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0153087;OID=.;OPOS=57393160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:180:141:142:36:38:0.211111:23:13:72:69:24:14:72:70 chr6 57398154 . T C 550.4 PASS AF=0.380117;AO=65;DP=170;FAO=65;FDP=171;FR=.;FRO=106;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=0.0365131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5127;QD=12.8748;RBI=0.0384535;REFB=-0.00145549;REVB=-0.0120608;RO=105;SAF=34;SAR=31;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718917;STB=0.537634;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00267187;OID=.;OPOS=57398154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:105:106:65:65:0.380117:31:34:48:57:31:34:49:57 chr6 57398157 . A G 544.09 PASS AF=0.377907;AO=65;DP=172;FAO=65;FDP=172;FR=.;FRO=107;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=0.00023706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.468;QD=12.6532;RBI=0.00414227;REFB=-0.0119702;REVB=-0.00413548;RO=107;SAF=34;SAR=31;SRF=49;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714422;STB=0.540441;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0339594;OID=.;OPOS=57398157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:107:107:65:65:0.377907:31:34:49:58:31:34:49:58 chr6 57398163 . A G 603.04 PASS AF=0.384615;AO=69;DP=181;FAO=70;FDP=182;FR=.;FRO=112;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=53;FSRR=59;FWDB=-0.00664348;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.623;QD=13.2536;RBI=0.0144489;REFB=-0.00832511;REVB=-0.012831;RO=112;SAF=35;SAR=34;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372258;STB=0.516479;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0207512;OID=.;OPOS=57398163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:112:112:69:70:0.384615:34:35:53:59:35:35:53:59 chr6 57398186 . G GA 39.11 PASS AF=0.142157;AO=31;DP=207;FAO=29;FDP=204;FR=.;FRO=175;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=83;FSRR=92;FWDB=0.170222;FXX=0.00970827;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.3507;QD=0.766839;RBI=0.17024;REFB=-0.00495943;REVB=-0.00249261;RO=168;SAF=15;SAR=16;SRF=78;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251521;STB=0.507276;STBP=0.929;TYPE=ins;VARB=0.004114;OID=.;OPOS=57398187;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142157:31:207:29:204:175:14:15:83:92:39:168:15:16:78:90 chr6 57398201 . T C 830.05 PASS AF=0.406114;AO=93;DP=230;FAO=93;FDP=229;FR=.;FRO=136;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=63;FSRR=73;FWDB=-0.0396432;FXX=0.00434764;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.4247;QD=14.4987;RBI=0.0426332;REFB=0.000616083;REVB=-0.0156847;RO=136;SAF=44;SAR=49;SRF=63;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105119;STB=0.505889;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.00163174;OID=.;OPOS=57398201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:229:136:136:93:93:0.406114:49:44:63:73:49:44:63:73 chr6 57398207 . G T 218.13 PASS AF=0.175214;AO=40;DP=231;FAO=41;FDP=234;FR=.;FRO=193;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=88;FSRR=105;FWDB=-0.00187116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7667;QD=3.72865;RBI=0.0148963;REFB=-0.00417796;REVB=0.0147783;RO=190;SAF=23;SAR=17;SRF=87;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150233;STB=0.605909;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0212311;OID=.;OPOS=57398207;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:234:190:193:40:41:0.175214:17:23:87:103:17:24:88:105 chr6 57398226 . T G 395.9 PASS AF=0.305085;AO=52;DP=217;FAO=54;FDP=177;FR=.;FRO=123;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=60;FSRR=63;FWDB=-0.0375539;FXX=0.191772;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3804;QD=8.94697;RBI=0.0523396;REFB=-0.0104156;REVB=0.0364573;RO=124;SAF=24;SAR=28;SRF=61;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367104;STB=0.530292;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0184619;OID=.;OPOS=57398226;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:177:124:123:52:54:0.305085:28:24:61:63:30:24:60:63 chr6 57398264 . A G 905.45 PASS AF=0.46;AO=92;DP=200;FAO=92;FDP=200;FR=.;FRO=108;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=53;FSRR=55;FWDB=-0.0107148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.416;QD=18.109;RBI=0.0179027;REFB=-0.00787043;REVB=-0.0143423;RO=108;SAF=46;SAR=46;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902768;STB=0.504999;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0102421;OID=.;OPOS=57398264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:108:108:92:92:0.46:46:46:53:55:46:46:53:55 chr6 57398270 . C T 210.8 PASS AF=0.18593;AO=36;DP=199;FAO=37;FDP=199;FR=.;FRO=162;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=77;FSRR=85;FWDB=-0.0193858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.952;QD=4.23724;RBI=0.0377927;REFB=-0.00390549;REVB=-0.0324419;RO=161;SAF=22;SAR=14;SRF=77;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170934;STB=0.596963;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.017578;OID=.;OPOS=57398270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:161:162:36:37:0.18593:14:22:77:84:15:22:77:85 chr6 57467084 . A G 236.13 PASS AF=0.198068;AO=41;DP=207;FAO=41;FDP=207;FR=.;FRO=166;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=87;FSRR=79;FWDB=-0.00134134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.939;QD=4.56282;RBI=0.00513246;REFB=-0.00332787;REVB=-0.00495409;RO=165;SAF=27;SAR=14;SRF=86;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181023;STB=0.61134;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0118873;OID=.;OPOS=57467084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:165:166:41:41:0.198068:14:27:86:79:14:27:87:79 chr6 57467093 . A G 239.17 PASS AF=0.2;AO=41;DP=205;FAO=41;FDP=205;FR=.;FRO=164;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=87;FSRR=77;FWDB=0.0155999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.691;QD=4.66663;RBI=0.0170772;REFB=-0.0027454;REVB=0.00694798;RO=164;SAF=27;SAR=14;SRF=87;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169522;STB=0.606165;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00797442;OID=.;OPOS=57467093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:164:164:41:41:0.2:14:27:87:77:14:27:87:77 chr6 57467100 . G C 1276.75 PASS AF=0.582524;AO=120;DP=207;FAO=120;FDP=206;FR=.;FRO=86;FSAF=65;FSAR=55;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=0.00469147;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.696;QD=24.7912;RBI=0.00469195;REFB=-0.0151615;REVB=6.74415e-05;RO=85;SAF=65;SAR=55;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268715;STB=0.516746;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00951126;OID=.;OPOS=57467100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:206:85:86:120:120:0.582524:55:65:49:36:55:65:50:36 chr6 57467107 . C T 251.02 PASS AF=0.204762;AO=43;DP=210;FAO=43;FDP=210;FR=.;FRO=167;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=92;FSRR=75;FWDB=-0.0105231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.218;QD=4.78129;RBI=0.0439276;REFB=-0.00787864;REVB=-0.0426485;RO=166;SAF=27;SAR=16;SRF=91;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105266;STB=0.563373;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.042631;OID=.;OPOS=57467107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:166:167:43:43:0.204762:16:27:91:75:16:27:92:75 chr6 57467175 . A G 524.4 PASS AF=0.345946;AO=64;DP=185;FAO=64;FDP=185;FR=.;FRO=121;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=66;FSRR=55;FWDB=-0.00996862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.319;QD=11.3384;RBI=0.0165828;REFB=-0.00797696;REVB=-0.0132521;RO=120;SAF=36;SAR=28;SRF=65;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240505;STB=0.51129;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0158782;OID=.;OPOS=57467175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:120:121:64:64:0.345946:28:36:65:55:28:36:66:55 chr6 57512476 . G A 2408.19 PASS AF=0.522624;AO=231;DP=442;FAO=231;FDP=442;FR=.;FRO=211;FSAF=132;FSAR=99;FSRF=109;FSRR=102;FWDB=-0.002688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.555;QD=21.7936;RBI=0.00529439;REFB=-0.00894145;REVB=-0.00456127;RO=208;SAF=132;SAR=99;SRF=107;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050178;STB=0.52652;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00830883;OID=.;OPOS=57512476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:442:442:208:211:231:231:0.522624:99:132:107:101:99:132:109:102 chr6 57512510 . T G 2640.67 PASS AF=0.521561;AO=254;DP=486;FAO=254;FDP=487;FR=.;FRO=233;FSAF=145;FSAR=109;FSRF=120;FSRR=113;FWDB=-0.026283;FXX=0.0040899;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.138;QD=21.6893;RBI=0.0307878;REFB=-0.0261507;REVB=0.0160342;RO=231;SAF=145;SAR=109;SRF=119;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049289;STB=0.527055;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0203857;OID=.;OPOS=57512510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:486:487:231:233:254:254:0.521561:109:145:119:112:109:145:120:113 chr6 57512529 . C A 738.46 PASS AF=0.237996;AO=114;DP=484;FAO=114;FDP=479;FR=.;FRO=365;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=188;FSRR=177;FWDB=-0.00904649;FXX=0.0123709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.41;QD=6.1667;RBI=0.0385532;REFB=-0.00212917;REVB=-0.0374768;RO=370;SAF=62;SAR=52;SRF=193;SRR=177;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284541;STB=0.52202;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00568726;OID=.;OPOS=57512529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:484:479:370:365:114:114:0.237996:52:62:193:177:52:62:188:177 chr6 57512565 . T C 2012.57 PASS AF=0.519481;AO=177;DP=363;FAO=200;FDP=385;FR=.;FRO=185;FSAF=117;FSAR=83;FSRF=80;FSRR=105;FWDB=0.0418535;FXX=0.00259061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.526;QD=20.9098;RBI=0.0437134;REFB=-0.00212512;REVB=-0.0126153;RO=186;SAF=94;SAR=83;SRF=80;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940401;STB=0.573597;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0024075;OID=.;OPOS=57512565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:385:186:185:177:200:0.519481:83:94:80:106:83:117:80:105 chr6 57512678 . G A 404.56 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.00370577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7932;QD=17.034;RBI=0.0216739;REFB=-0.0205718;REVB=-0.0213548;RO=53;SAF=13;SAR=29;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554795;STB=0.531181;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0258995;OID=.;OPOS=57512678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:29:13:19:34:29:13:19:34 chr6 58141869 . C T 105.7 PASS AF=0.21519;AO=17;DP=79;FAO=17;FDP=79;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.0184785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.455;QD=5.35207;RBI=0.029071;REFB=-0.00118721;REVB=-0.0224425;RO=62;SAF=11;SAR=6;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873376;STB=0.555139;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00376914;OID=.;OPOS=58141869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:62:62:17:17:0.21519:6:11:36:26:6:11:36:26 chr6 58141876 . C T 852.57 PASS AF=0.795181;AO=65;DP=82;FAO=66;FDP=83;FR=.;FRO=17;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00637943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.8;QD=41.0878;RBI=0.0135175;REFB=-0.0119081;REVB=0.0119175;RO=17;SAF=37;SAR=28;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309069;STB=0.51501;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00737984;OID=.;OPOS=58141876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:17:17:65:66:0.795181:28:37:11:6:28:38:11:6 chr6 58141878 . A G 103.25 PASS AF=0.202381;AO=17;DP=84;FAO=17;FDP=84;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.00557874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.002;QD=4.91665;RBI=0.0135388;REFB=-0.00147674;REVB=-0.012336;RO=67;SAF=11;SAR=6;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104846;STB=0.56693;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0140385;OID=.;OPOS=58141878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:67:67:17:17:0.202381:6:11:38:29:6:11:38:29 chr6 58141886 . G C 1181.5 PASS AF=0.931034;AO=80;DP=86;FAO=81;FDP=87;FR=.;FRO=6;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00915553;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=287.024;QD=54.3219;RBI=0.0114755;REFB=-0.0276984;REVB=0.00691834;RO=6;SAF=48;SAR=32;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00916907;STB=0.505299;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.000706776;OID=.;OPOS=58141886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:86:87:6:6:80:81:0.931034:32:48:4:2:33:48:4:2 chr6 58141920 . G C 65.53 PASS AF=0.142857;AO=13;DP=91;FAO=13;FDP=91;FR=.;FRO=78;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.00672132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.138;QD=2.88041;RBI=0.00799167;REFB=-0.00691593;REVB=-0.00432325;RO=78;SAF=10;SAR=3;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248945;STB=0.675384;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0428489;OID=.;OPOS=58141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:91:91:78:78:13:13:0.142857:3:10:46:32:3:10:46:32 chr6 58141935 . T C 36.18 PASS AF=0.0967742;AO=9;DP=93;FAO=9;FDP=93;FR=.;FRO=84;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=0.0111349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0081;QD=1.55629;RBI=0.0790342;REFB=-0.00157706;REVB=-0.0782459;RO=84;SAF=8;SAR=1;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425325;STB=0.84593;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00963523;OID=.;OPOS=58141935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:93:93:84:84:9:9:0.0967742:1:8:47:37:1:8:47:37 chr6 58196684 . G A 813.58 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0285093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.289;QD=55.1578;RBI=0.0287458;REFB=0.0469902;REVB=0.00367966;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00033078;OID=.;OPOS=58196684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:57:58:0.983051:28:29:0:0:29:29:1:0 chr6 62282965 . C T 1767.45 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0577196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3175;QD=58.9149;RBI=0.066563;REFB=-0.0159187;REVB=0.0331524;RO=1;SAF=48;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673742;STB=0.501608;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00200626;OID=.;OPOS=62282965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:1:2:118:118:0.983333:70:48:0:1:70:48:1:1 chr6 62283016 . T G 1287.29 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0479233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.035;QD=60.5783;RBI=0.0479335;REFB=-0.0211393;REVB=0.000987088;RO=1;SAF=34;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137272;STB=0.507245;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000200879;OID=.;OPOS=62283016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:50:34:1:0:50:34:1:0 chr6 62284247 . T G 2370.04 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7269;QD=63.201;RBI=0.0788193;REFB=0;REVB=0.0780087;RO=1;SAF=71;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646993;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535083;OID=.;OPOS=62284247;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:145:150:1:0:144:150:1:73:71:0:1:79:71:0:0 chr6 62284487 . C T 1731.28 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00897839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3616;QD=60.7468;RBI=0.0212811;REFB=0;REVB=0.0192944;RO=0;SAF=78;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84094e-05;OID=.;OPOS=62284487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:113:114:1:35:78:0:0:35:79:0:0 chr6 62284512 . T C 1552.54 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00846713;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.027;QD=64.0225;RBI=0.029795;REFB=0;REVB=0.0285666;RO=0;SAF=69;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61219e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5602e-05;OID=.;OPOS=62284512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:96:97:1:27:69:0:0:27:70:0:0 chr6 62390916 . T C 2186.8 PASS AF=0.965986;AO=140;DP=147;FAO=142;FDP=147;FR=.;FRO=5;FSAF=74;FSAR=68;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00998555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.365;QD=59.5047;RBI=0.019699;REFB=-0.0261463;REVB=0.0169805;RO=4;SAF=72;SAR=68;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124562;STB=0.502688;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.000438615;OID=.;OPOS=62390916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:147:147:4:5:140:142:0.965986:68:72:3:1:68:74:3:2 chr6 62887099 . C T 1419.39 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0262829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.764;QD=61.7127;RBI=0.0335096;REFB=-0.0685017;REVB=-0.0207871;RO=1;SAF=34;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137366;STB=0.507245;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000547883;OID=.;OPOS=62887099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:57:34:1:0:57:34:1:0 chr6 63921853 . A G 1286.8 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341968;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.813;QD=62.0142;RBI=0.0381142;REFB=0;REVB=-0.0168307;RO=0;SAF=29;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58133e-05;OID=.;OPOS=63921853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:54:29:0:0:54:29:0:0 chr6 63921873 . A T 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.598;QD=60.5466;RBI=0.0125964;REFB=0;REVB=0.000543849;RO=0;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52911e-05;OID=.;OPOS=63921873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:46:29:0:0:46:29:0:0 chr6 63921924 . A G 1157.44 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0283965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.557;QD=59.356;RBI=0.030296;REFB=0.0880254;REVB=-0.0105586;RO=1;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122921;STB=0.506492;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00050855;OID=.;OPOS=63921924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:38:39:0:1:38:39:0:1 chr6 63922023 . C T 1489.96 PASS AF=0.979798;AO=92;DP=97;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0498748;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.583;QD=60.2005;RBI=0.0498762;REFB=-0.121256;REVB=-0.000363681;RO=2;SAF=43;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215361;STB=0.510202;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000791936;OID=.;OPOS=63922023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:97:99:2:2:92:97:0.979798:49:43:2:0:49:48:2:0 chr6 63922916 . T C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.461;QD=58.1399;RBI=0.0426407;REFB=0;REVB=0.0163013;RO=0;SAF=4;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386493;OID=.;OPOS=63922916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:28:4:0:0:28:4:0:0 chr6 64488023 . C A 282.4 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0267772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.383;QD=12.4132;RBI=0.026784;REFB=-0.00717485;REVB=0.000603944;RO=58;SAF=14;SAR=19;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159762;STB=0.591727;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00923303;OID=.;OPOS=64488023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:58:58:33:33:0.362637:19:14:33:25:19:14:33:25 chr6 64694354 . C T 551.4 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0166253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.871;QD=19.5186;RBI=0.0225759;REFB=-0.0183279;REVB=0.0152731;RO=56;SAF=30;SAR=27;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151188;STB=0.583305;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0224842;OID=.;OPOS=64694354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:56:57:57:0.504425:27:30:20:36:27:30:20:36 chr6 65016977 . TGA T,TGAGA 210.24 PASS AF=0.447368,0.105263;AO=16,4;DP=34;FAO=17,4;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=4,2;FSAR=13,2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0501845,-0.0304724;FXX=0.0256345;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=114.784,73.3529;QD=22.13;RBI=0.0584924,0.069451;REFB=-0.0937989,-0.0784869;REVB=0.0300479,-0.0624089;RO=11;SAF=4,2;SAR=12,2;SRF=3;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.02165,0.253419;STB=0.639167,0.523691;STBP=0.135,0.914;TYPE=del,ins;VARB=0.109164,0.16101;OID=.,.;OPOS=65016978,65016978;OREF=GA,-;OALT=-,GA;OMAPALT=T,TGAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447368,0.105263:16,4:34:17,4:38:17:4,2:13,2:8:9:99:11:4,2:12,2:3:8 chr6 65149185 . T A 553.34 PASS AF=0.52;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0806602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0342;QD=22.1334;RBI=0.0811934;REFB=-0.00163835;REVB=-0.00929027;RO=44;SAF=28;SAR=24;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.005868;STB=0.521731;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.000267165;OID=.;OPOS=65149185;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:100:44:48:52:52:0.52:24:28:24:20:24:28:28:20 chr6 65300143 . G C 209.54 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0177206;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.358;QD=17.8335;RBI=0.0677294;REFB=-0.0147621;REVB=0.0653701;RO=26;SAF=14;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942073;STB=0.553794;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0260458;OID=.;OPOS=65300143;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:7:14:15:11:7:14:15:11 chr6 65301167 . C T 210.99 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0656986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2893;QD=9.92899;RBI=0.0804344;REFB=-0.0272334;REVB=0.0464047;RO=58;SAF=12;SAR=15;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124412;STB=0.572863;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0586468;OID=.;OPOS=65301167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:58:58:27:27:0.317647:15:12:32:26:15:12:32:26 chr6 65301211 . T C 211.05 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.00644043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.626;QD=9.93171;RBI=0.0151645;REFB=-0.00745023;REVB=0.0137289;RO=57;SAF=10;SAR=17;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00242329;STB=0.506513;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0166871;OID=.;OPOS=65301211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:57:58:27:27:0.317647:17:10:21:36:17:10:22:36 chr6 65301217 . G A 234.31 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.0329423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9326;QD=10.7727;RBI=0.0331324;REFB=0.00370776;REVB=0.00354413;RO=57;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114272;STB=0.55876;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.0063323;OID=.;OPOS=65301217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:58:29:29:0.333333:16:13:20:37:16:13:21:37 chr6 65301408 . A G 436.76 PASS AF=0.433628;AO=48;DP=112;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=0.000870123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3387;QD=15.4604;RBI=0.0237907;REFB=-0.0181627;REVB=-0.0237748;RO=64;SAF=24;SAR=24;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15957;STB=0.593915;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0234744;OID=.;OPOS=65301408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:64:64:48:49:0.433628:24:24:22:42:24:25:22:42 chr6 65301504 . A G 487.31 PASS AF=0.421875;AO=53;DP=128;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=0.0133524;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.585;QD=15.2285;RBI=0.0210194;REFB=-0.00887375;REVB=0.0162335;RO=74;SAF=25;SAR=28;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083557;STB=0.552046;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0105903;OID=.;OPOS=65301504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:74:74:53:54:0.421875:28:25:29:45:28:26:29:45 chr6 65301679 . T C 187.88 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0333904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.203;QD=10.8916;RBI=0.0365481;REFB=0.00371859;REVB=-0.0148609;RO=45;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179432;STB=0.60423;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00452346;OID=.;OPOS=65301679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:10:14:19:26:10:14:19:26 chr6 65301734 . G A 278.47 PASS AF=0.34375;AO=33;DP=95;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.000344453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.714;QD=11.6031;RBI=0.021322;REFB=-0.00790828;REVB=-0.0213193;RO=62;SAF=16;SAR=17;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00110533;STB=0.505686;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0165562;OID=.;OPOS=65301734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:62:63:33:33:0.34375:17:16:30:32:17:16:30:33 chr6 65301787 . G C 219.72 PASS AF=0.311111;AO=28;DP=90;FAO=28;FDP=90;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0370925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3069;QD=9.76552;RBI=0.0498942;REFB=0.00542224;REVB=0.0333703;RO=62;SAF=12;SAR=16;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654144;STB=0.538434;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00765618;OID=.;OPOS=65301787;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:62:62:28:28:0.311111:16:12:30:32:16:12:30:32 chr6 65301824 . T C 167.09 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0185044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.809;QD=8.25128;RBI=0.0237478;REFB=-0.00313824;REVB=-0.0148844;RO=58;SAF=9;SAR=14;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090942;STB=0.554408;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00824551;OID=.;OPOS=65301824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:58:58:23:23:0.283951:14:9:27:31:14:9:27:31 chr6 65301854 . G A 107.44 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0199989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3895;QD=6.93146;RBI=0.0202177;REFB=-0.000169361;REVB=-0.00296692;RO=44;SAF=3;SAR=13;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368542;STB=0.732073;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-5.05481e-05;OID=.;OPOS=65301854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:46:16:16:0.258065:13:3:20:24:13:3:21:25 chr6 65303100 . T C 271.67 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=34;FWDB=-0.00932695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6341;QD=14.6847;RBI=0.0268363;REFB=-0.0202528;REVB=0.0251634;RO=43;SAF=7;SAR=24;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245921;STB=0.513915;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0186595;OID=.;OPOS=65303100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:24:7:9:34:24:7:9:34 chr6 65622463 . A G 828.92 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7316;QD=56.1981;RBI=0.0730022;REFB=0;REVB=0.0696614;RO=1;SAF=16;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111015;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130459;OID=.;OPOS=65622463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:59:1:0:58:59:1:42:16:0:1:43:16:0:0 chr6 66005888 . C T 2086.58 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.478;QD=61.8246;RBI=0.0356669;REFB=0.0565099;REVB=-0.0333677;RO=1;SAF=66;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.007148;STB=0.503759;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-4.62116e-05;OID=.;OPOS=66005888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:1:1:134:134:0.992593:68:66:1:0:68:66:1:0 chr6 66005970 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.222;QD=59.1432;RBI=0.0281894;REFB=0;REVB=-0.0115618;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53116e-05;OID=.;OPOS=66005970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr6 66063513 . G A 502.15 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.274;QD=59.0765;RBI=0.0231369;REFB=0;REVB=0.01366;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99068e-05;OID=.;OPOS=66063513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:19:14:0:0:20:14:0:0 chr6 66112409 . A G 499.32 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0307657;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.281;QD=21.2475;RBI=0.0395132;REFB=-0.0107569;REVB=0.0247945;RO=45;SAF=21;SAR=27;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12271;STB=0.572914;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00901596;OID=.;OPOS=66112409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:45:46:48:48:0.510638:27:21:26:19:27:21:27:19 chr6 66204945 . G A 271.14 PASS AF=0.666667;AO=23;DP=35;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.000290363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.083;QD=30.1262;RBI=0.0235974;REFB=-0.0275334;REVB=0.0235957;RO=10;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252471;STB=0.649883;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0224387;OID=.;OPOS=66204945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:36:10:12:23:24:0.666667:13:10:9:1:13:11:11:1 chr6 68599034 . G A 159.1 PASS AF=0.218487;AO=26;DP=119;FAO=26;FDP=119;FR=.;FRO=93;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=68;FSRR=25;FWDB=-0.0083793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.67;QD=5.3478;RBI=0.0405533;REFB=-0.00196969;REVB=0.0396782;RO=93;SAF=23;SAR=3;SRF=68;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313478;STB=0.702101;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00656875;OID=.;OPOS=68599034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:93:93:26:26:0.218487:3:23:68:25:3:23:68:25 chr6 68599166 . A G 104.05 PASS AF=0.165289;AO=20;DP=121;FAO=20;FDP=121;FR=.;FRO=101;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=65;FWDB=-0.0186836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.247;QD=3.43963;RBI=0.0210165;REFB=-0.00315197;REVB=-0.00962367;RO=98;SAF=7;SAR=13;SRF=36;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239155;STB=0.505876;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0206389;OID=.;OPOS=68599166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:98:101:20:20:0.165289:13:7:36:62:13:7:36:65 chr6 68599169 . A T 673.71 PASS AF=0.570175;AO=63;DP=112;FAO=65;FDP=114;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.00631527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.175;QD=23.639;RBI=0.0071869;REFB=-0.0279762;REVB=-0.00343059;RO=49;SAF=21;SAR=42;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121864;STB=0.504056;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.022558;OID=.;OPOS=68599169;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:49:49:63:65:0.570175:42:21:17:32:43:22:17:32 chr6 69666684 . A G 303.34 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=98;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0179285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7377;QD=12.3811;RBI=0.0247405;REFB=-0.010703;REVB=-0.0170488;RO=63;SAF=12;SAR=23;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223819;STB=0.628938;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.012145;OID=.;OPOS=69666684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:63:63:35:35:0.357143:23:12:34:29:23:12:34:29 chr6 70071173 . G A 616.35 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00332863;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.447;QD=61.6347;RBI=0.00526453;REFB=0;REVB=-0.00407866;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.05594e-06;OID=.;OPOS=70071173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr6 70407465 . A T 1877.86 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.326;QD=61.5692;RBI=0.0208016;REFB=0;REVB=0.00119761;RO=0;SAF=62;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64881e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4882e-05;OID=.;OPOS=70407465;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:60:62:0:0:60:62:0:0 chr6 70423547 . C T 155.62 PASS AF=0.261905;AO=21;DP=84;FAO=22;FDP=84;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=11;FWDB=-0.0107043;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.2;QD=7.41038;RBI=0.0184384;REFB=-0.0176401;REVB=-0.015013;RO=60;SAF=15;SAR=6;SRF=49;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169821;STB=0.596362;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0473457;OID=.;OPOS=70423547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:60:62:21:22:0.261905:6:15:49:11:6:16:51:11 chr6 70812123 . A G 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0080771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.589;QD=13.1195;RBI=0.0202388;REFB=0.00506503;REVB=0.0185572;RO=38;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078556;STB=0.504501;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.00607414;OID=.;OPOS=70812123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:14:11:17:21:14:11:17:21 chr6 70856535 . AC A,AT 1362.73 PASS AF=0.0222222,0.977778;AO=10,71;DP=90;FAO=2,88;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=1,47;FSAR=1,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00169575,0.00152385;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149.884,157.882;QD=60.5657;RBI=0.0567649,0.0758911;REFB=0,0;REVB=0.0567396,0.0758758;RO=0;SAF=4,38;SAR=6,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000329312,0.00060426;OID=.,.;OPOS=70856536,70856536;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0222222,0.977778:10,71:90:2,88:90:0:1,47:1,41:0:0:6:0:4,38:6,33:0:0 chr6 70866609 . C T 2083.77 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7589;QD=62.6698;RBI=0.0306928;REFB=0;REVB=-2.01906e-05;RO=0;SAF=75;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151879;OID=.;OPOS=70866609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:58:75:0:0:58:75:0:0 chr6 70916888 . A C 298.33 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0024419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.507;QD=13.5604;RBI=0.018606;REFB=-0.0136207;REVB=-0.0184451;RO=54;SAF=17;SAR=17;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997128;STB=0.556785;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0227521;OID=.;OPOS=70916888;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:54:34:34:0.386364:17:17:22:32:17:17:22:32 chr6 70917559 . A AT 301.94 PASS AF=1;AO=24;DP=33;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186668;FXX=0.0357015;HRUN=0;LEN=1;MLLD=145.687;QD=44.7314;RBI=0.0431301;REFB=0;REVB=-0.0388813;RO=8;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228688;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000261575;OID=.;OPOS=70917560;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:33:27:27:0:12:15:0:0:6:8:9:15:7:1 chr6 70944244 . T C 356.09 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0788187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.096;QD=16.5622;RBI=0.0805332;REFB=0.0096468;REVB=0.016529;RO=46;SAF=21;SAR=17;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938369;STB=0.541083;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00407551;OID=.;OPOS=70944244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:48:38:38:0.44186:17:21:21:25:17:21:23:25 chr6 70944285 . C T 300.26 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00285694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.086;QD=16.4525;RBI=0.0128485;REFB=-0.00569543;REVB=-0.0125269;RO=39;SAF=20;SAR=13;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164944;STB=0.59944;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00865896;OID=.;OPOS=70944285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:40:33:33:0.452055:13:20:17:22:13:20:17:23 chr6 70961833 . T C 342.46 PASS AF=0.571429;AO=30;DP=59;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.00110456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.499;QD=21.7435;RBI=0.0223832;REFB=-0.00245051;REVB=0.0223559;RO=25;SAF=22;SAR=8;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138504;STB=0.509972;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00255217;OID=.;OPOS=70961833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:25:27:30:36:0.571429:8:22:18:7:10:26:20:7 chr6 70962039 . C T 787.45 PASS AF=0.528169;AO=75;DP=142;FAO=75;FDP=142;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=0.0502882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7413;QD=22.1817;RBI=0.0570489;REFB=0.0290017;REVB=0.0269384;RO=67;SAF=34;SAR=41;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070179;STB=0.538437;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.0265697;OID=.;OPOS=70962039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:67:67:75:75:0.528169:41:34:25:42:41:34:25:42 chr6 70963124 . A C 324.51 PASS AF=0.37037;AO=37;DP=106;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=20;FWDB=0.0184427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.116;QD=12.0188;RBI=0.0189067;REFB=-0.0113837;REVB=0.004163;RO=68;SAF=13;SAR=24;SRF=48;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384229;STB=0.714439;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0150418;OID=.;OPOS=70963124;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:68:68:37:40:0.37037:24:13:48:20:26:14:48:20 chr6 70963156 . T G 580.77 PASS AF=0.569892;AO=53;DP=93;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0108335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8612;QD=24.9795;RBI=0.0598328;REFB=-0.0109578;REVB=0.0588439;RO=40;SAF=37;SAR=16;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319022;STB=0.674891;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00836524;OID=.;OPOS=70963156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:40:40:53:53:0.569892:16:37:12:28:16:37:12:28 chr6 70981786 . A G 352.98 PASS AF=0.37069;AO=43;DP=116;FAO=43;FDP=116;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.00650816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.006;QD=12.1717;RBI=0.0166866;REFB=-0.00506734;REVB=-0.0153651;RO=73;SAF=14;SAR=29;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264542;STB=0.651215;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00908896;OID=.;OPOS=70981786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:73:73:43:43:0.37069:29:14:41:32:29:14:41:32 chr6 70984436 . A G 2612.85 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453203;FXX=0.0174408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.553;QD=61.8425;RBI=0.0453571;REFB=0;REVB=-0.00182745;RO=0;SAF=84;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00987e-05;OID=.;OPOS=70984436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:169:0:0:167:169:1:83:84:0:0:83:86:0:0 chr6 70989703 . A G 2305.23 PASS AF=0.986486;AO=146;DP=149;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00302822;FXX=0.00671096;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.9316;QD=62.3034;RBI=0.00670453;REFB=0.0212946;REVB=0.00598169;RO=1;SAF=61;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556257;STB=0.505813;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.000582579;OID=.;OPOS=70989703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:148:1:2:146:146:0.986486:85:61:0:1:85:61:0:2 chr6 71238105 . A G 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.032322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.125;QD=19.941;RBI=0.0350395;REFB=-0.0301187;REVB=0.0135297;RO=29;SAF=13;SAR=19;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00667621;STB=0.503709;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0237886;OID=.;OPOS=71238105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:19:13:12:17:19:13:12:17 chr6 71546702 . C T 422.14 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=123;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.00517746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9935;QD=13.728;RBI=0.00933967;REFB=0.00495311;REVB=-0.00777325;RO=74;SAF=22;SAR=27;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178356;STB=0.510077;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00719599;OID=.;OPOS=71546702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:74:74:49:49:0.398374:27:22:32:42:27:22:32:42 chr6 71547572 . A T 316.9 PASS AF=0.347826;AO=39;DP=116;FAO=40;FDP=115;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.0906372;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9485;QD=11.0227;RBI=0.0908727;REFB=0.000964682;REVB=-0.00653833;RO=73;SAF=13;SAR=26;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14237;STB=0.606548;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00134415;OID=.;OPOS=71547572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:73:75:39:40:0.347826:26:13:33:40:27:13:36:39 chr6 71665986 . G A 169.03 PASS AF=0.833333;AO=13;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00851834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.257;QD=37.5615;RBI=0.0481178;REFB=-0.0393372;REVB=0.0473578;RO=1;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533084;STB=0.549935;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00908511;OID=.;OPOS=71665986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:18:18:1:2:13:15:0.833333:5:8:1:0:6:9:2:0 chr6 72006512 . T C 232.25 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=37;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0166553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.959;QD=23.8203;RBI=0.0255654;REFB=-0.0224508;REVB=0.0193956;RO=16;SAF=16;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238063;STB=0.629501;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0232951;OID=.;OPOS=72006512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:16:17:21:22:0.564103:5:16:8:8:5:17:9:8 chr6 72889471 . T TG 1367.1 PASS AF=1;AO=14;DP=118;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.163633;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=117.06;QD=48.3928;RBI=0.16388;REFB=0;REVB=0.00899907;RO=94;SAF=1;SAR=13;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.570177;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000146335;OID=.;OPOS=72889472;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:118:113:113:0:52:61:0:0:9:94:1:13:47:47 chr6 72889472 . A G 1282.71 PASS AF=0.858407;AO=96;DP=112;FAO=97;FDP=113;FR=.;FRO=16;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0137113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.91;QD=45.4055;RBI=0.0137479;REFB=-0.0187982;REVB=0.00100312;RO=15;SAF=48;SAR=48;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093452;STB=0.544932;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00516634;OID=.;OPOS=72889472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:112:113:15:16:96:97:0.858407:48:48:2:13:48:49:3:13 chr6 72892257 . A G 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.572;QD=53.9084;RBI=0.0428629;REFB=0;REVB=0.00523807;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379063;OID=.;OPOS=72892257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr6 74079024 . A G 610.11 PASS AF=0.572917;AO=55;DP=96;FAO=55;FDP=96;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0135458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.748;QD=25.4214;RBI=0.0139145;REFB=-0.00322241;REVB=-0.0031821;RO=41;SAF=23;SAR=32;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112197;STB=0.561381;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00260433;OID=.;OPOS=74079024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:41:41:55:55:0.572917:32:23:23:18:32:23:23:18 chr6 74079041 . A C 1546.27 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0271038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.169;QD=62.4757;RBI=0.0665497;REFB=0.00163867;REVB=0.0607803;RO=1;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903379;STB=0.504761;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000638041;OID=.;OPOS=74079041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:97:98:0.989899:52:45:0:1:52:46:0:1 chr6 74079414 . A T 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0574827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.661;QD=17.5586;RBI=0.0574907;REFB=-0.00666818;REVB=0.000957015;RO=21;SAF=13;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291993;STB=0.667479;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0136311;OID=.;OPOS=74079414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:5:13:9:12:5:13:9:12 chr6 74155346 . G T 433.18 PASS AF=0.393701;AO=50;DP=127;FAO=50;FDP=127;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=-0.00748959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.316;QD=13.6435;RBI=0.0182253;REFB=-0.0097302;REVB=-0.0166152;RO=77;SAF=30;SAR=20;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223323;STB=0.626118;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0140693;OID=.;OPOS=74155346;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:77:77:50:50:0.393701:20:30:30:47:20:30:30:47 chr6 74161503 . A G 62.37 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.675;QD=35.6383;RBI=0.0909601;REFB=0;REVB=0.0844753;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105244;OID=.;OPOS=74161503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:2:4:0:0:3:4:0:0 chr6 74161801 . G T 410.84 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0272;QD=56.6679;RBI=0.0722178;REFB=0;REVB=0.0708286;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018279;OID=.;OPOS=74161801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr6 74190448 . T C 278.82 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0383998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.749;QD=21.8679;RBI=0.0416118;REFB=0.0202507;REVB=0.0160311;RO=23;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883058;STB=0.548985;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.0255503;OID=.;OPOS=74190448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:14:14:14:9:14:14:14:9 chr6 74466377 . C T 1264.48 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.007;QD=61.6822;RBI=0.0250074;REFB=0;REVB=0.00210422;RO=0;SAF=27;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30022e-05;OID=.;OPOS=74466377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:55:27:0:0:55:27:0:0 chr6 74493432 . A C 934.25 PASS AF=0.440529;AO=100;DP=229;FAO=100;FDP=227;FR=.;FRO=127;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=72;FSRR=55;FWDB=-0.00167598;FXX=0.00873324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.236;QD=16.4625;RBI=0.00851092;REFB=-0.000228082;REVB=-0.00834427;RO=129;SAF=52;SAR=48;SRF=72;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387741;STB=0.526348;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00036831;OID=.;OPOS=74493432;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:227:129:127:100:100:0.440529:48:52:72:57:48:52:72:55 chr6 74497009 . A G 248.41 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00595369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.8978;QD=13.9951;RBI=0.0370316;REFB=-0.00844876;REVB=0.0365499;RO=42;SAF=24;SAR=5;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363094;STB=0.710069;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00963588;OID=.;OPOS=74497009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:5:24:23:19:5:24:23:19 chr6 74497152 . G A 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0270644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.779;QD=13.85;RBI=0.0270644;REFB=-0.011285;REVB=-3.60496e-05;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448387;STB=0.526121;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0215408;OID=.;OPOS=74497152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:9:7:12:13:9:7:12:13 chr6 74521947 . C T 335.96 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0370191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.992;QD=19.7625;RBI=0.0393878;REFB=-0.0168995;REVB=-0.013453;RO=33;SAF=21;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219379;STB=0.512188;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0139669;OID=.;OPOS=74521947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:14:21:19:14:14:21:19:14 chr6 74533192 . T G 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00882117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.233;QD=63.8712;RBI=0.0108784;REFB=0;REVB=-0.006366;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37346e-05;OID=.;OPOS=74533192;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr6 75825625 . A C 391.73 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=9;FWDB=-0.0644655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8611;QD=16.8485;RBI=0.0678152;REFB=-0.0151697;REVB=-0.0210499;RO=52;SAF=24;SAR=17;SRF=43;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263868;STB=0.645996;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0210624;OID=.;OPOS=75825625;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:17:24:43:9:17:24:43:9 chr6 75838071 . G T 421.54 PASS AF=0.392;AO=49;DP=125;FAO=49;FDP=125;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=25;FWDB=-0.035147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5615;QD=13.4894;RBI=0.0409547;REFB=-0.00700976;REVB=0.0210233;RO=76;SAF=29;SAR=20;SRF=51;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899611;STB=0.550754;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00960827;OID=.;OPOS=75838071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:76:76:49:49:0.392:20:29:51:25:20:29:51:25 chr6 75841722 . A T 2335.27 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014224;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.747;QD=63.9799;RBI=0.0219664;REFB=0;REVB=0.0167392;RO=0;SAF=85;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34911e-05;OID=.;OPOS=75841722;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:146:0:0:146:146:1:61:85:0:0:61:85:0:0 chr6 75890662 . G A 242.05 PASS AF=0.32967;AO=26;DP=90;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0107672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.585;QD=10.6394;RBI=0.0114705;REFB=-0.0137005;REVB=0.00395466;RO=61;SAF=17;SAR=9;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100608;STB=0.541992;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0331052;OID=.;OPOS=75890662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:61:61:26:30:0.32967:9:17:35:26:11:19:35:26 chr6 75893682 . G A 554.48 PASS AF=0.412903;AO=63;DP=155;FAO=64;FDP=155;FR=.;FRO=91;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=0.00139681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0504;QD=14.3092;RBI=0.0120922;REFB=-0.0156732;REVB=-0.0120113;RO=91;SAF=41;SAR=22;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135693;STB=0.586019;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.024312;OID=.;OPOS=75893682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:91:91:63:64:0.412903:22:41:48:43:22:42:47:44 chr6 76138146 . C CAG 384.36 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0108857;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=2;MLLD=310.934;QD=17.4709;RBI=0.0109556;REFB=-0.0125024;REVB=0.00123577;RO=48;SAF=21;SAR=19;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366995;STB=0.520538;STBP=0.759;TYPE=ins;VARB=0.0161858;OID=.;OPOS=76138147;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:40:89:40:88:48:21:19:27:21:99:48:21:19:27:21 chr6 76369054 . A G 1589.8 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.37;QD=59.9926;RBI=0.0308172;REFB=0;REVB=0.0166839;RO=0;SAF=59;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.14352e-05;OID=.;OPOS=76369054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:47:59:0:0:47:59:0:0 chr6 76425594 . A C 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00165187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.876;QD=11.1851;RBI=0.00364935;REFB=-0.00620158;REVB=-0.00325409;RO=35;SAF=9;SAR=10;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139355;STB=0.581311;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0136519;OID=.;OPOS=76425594;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:10:9:21:14:10:9:21:14 chr6 76625079 . T C 482.59 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0077695;FXX=0.00892777;HRUN=5;LEN=1;MLLD=303.527;QD=17.3906;RBI=0.00915225;REFB=0.00186539;REVB=-0.00483721;RO=59;SAF=31;SAR=21;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853167;STB=0.547491;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00217062;OID=.;OPOS=76625079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:59:59:52:52:0.468468:21:31:30:29:21:31:30:29 chr6 76631823 . C T 120.99 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00217853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.544;QD=8.20279;RBI=0.0072755;REFB=4.01294e-05;REVB=0.00694167;RO=42;SAF=4;SAR=13;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17514;STB=0.606744;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-5.92402e-05;OID=.;OPOS=76631823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:42:17:17:0.288136:13:4:15:27:13:4:15:27 chr6 76660551 . G C 262.9 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00728745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1819;QD=12.6697;RBI=0.0146736;REFB=-0.012785;REVB=-0.0127361;RO=52;SAF=16;SAR=15;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122389;STB=0.570056;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0154754;OID=.;OPOS=76660551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:52:31:31:0.373494:15:16:21:31:15:16:21:31 chr6 77267398 . G A 356.04 PASS AF=0.236052;AO=55;DP=233;FAO=55;FDP=233;FR=.;FRO=178;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=109;FSRR=69;FWDB=0.00165255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.032;QD=6.11228;RBI=0.0138634;REFB=-0.00129701;REVB=-0.0137646;RO=177;SAF=24;SAR=31;SRF=109;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224288;STB=0.632025;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0051083;OID=.;OPOS=77267398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:177:178:55:55:0.236052:31:24:109:68:31:24:109:69 chr6 78172260 . C G 188.7 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=0;FWDB=0.00211941;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.636;QD=12.7934;RBI=0.0207813;REFB=-0.00194939;REVB=-0.0206729;RO=36;SAF=20;SAR=3;SRF=36;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435766;STB=0.736723;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00302471;OID=.;OPOS=78172260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:36:36:23:23:0.389831:3:20:36:0:3:20:36:0 chr6 78172992 . G A 495.56 PASS AF=0.37037;AO=59;DP=161;FAO=60;FDP=162;FR=.;FRO=102;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=57;FWDB=0.0130734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.206;QD=12.236;RBI=0.0130736;REFB=-0.00971195;REVB=-6.91001e-05;RO=102;SAF=28;SAR=31;SRF=45;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373869;STB=0.51615;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0224857;OID=.;OPOS=78172992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:102:102:59:60:0.37037:31:28:45:57:32:28:45:57 chr6 79595097 . A G 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00572814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.155;QD=13.8496;RBI=0.00702375;REFB=-0.00312027;REVB=-0.00406466;RO=25;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147043;STB=0.585262;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00612028;OID=.;OPOS=79595097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:8:8:9:16:8:8:9:16 chr6 79595167 . A ACTTAT 205.91 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0439145;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=253.996;QD=31.6788;RBI=0.0461562;REFB=-0.0540366;REVB=-0.0142096;RO=7;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10313;STB=0.556901;STBP=0.325;TYPE=ins;VARB=0.0125368;OID=.;OPOS=79595168;OREF=-;OALT=CTTAT;OMAPALT=ACTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.730769:19:26:19:26:7:7:12:4:3:44:7:7:12:4:3 chr6 79612744 . CA C 247.96 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0139725;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.1605;QD=11.6686;RBI=0.101694;REFB=-0.0427508;REVB=0.100729;RO=44;SAF=29;SAR=12;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144998;STB=0.581083;STBP=0.173;TYPE=del;VARB=0.045008;OID=.;OPOS=79612745;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482353:41:86:41:85:44:29:12:25:19:99:44:29:12:25:19 chr6 79650639 . A G 546.11 PASS AF=0.390244;AO=64;DP=165;FAO=64;FDP=164;FR=.;FRO=100;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=0.00139152;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.05;QD=13.3196;RBI=0.00614727;REFB=-0.0087111;REVB=-0.0059877;RO=100;SAF=36;SAR=28;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10003;STB=0.556471;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0193858;OID=.;OPOS=79650639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:100:100:64:64:0.390244:28:36:47:53:28:36:47:53 chr6 79656562 . A T 336.25 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.00379273;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.88;QD=13.0583;RBI=0.00510657;REFB=-0.0153651;REVB=-0.0034194;RO=63;SAF=20;SAR=20;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768975;STB=0.543668;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0158145;OID=.;OPOS=79656562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:63:63:40:40:0.38835:20:20:27:36:20:20:27:36 chr6 79656570 . G A 300.97 PASS AF=0.364583;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0578994;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2516;QD=12.5406;RBI=0.0658482;REFB=0.0032423;REVB=-0.031363;RO=61;SAF=17;SAR=18;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844407;STB=0.54836;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00563641;OID=.;OPOS=79656570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:61:61:35:35:0.364583:18:17:25:36:18:17:25:36 chr6 79675701 . A G 594.75 PASS AF=0.568421;AO=54;DP=95;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=39;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00947436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4636;QD=25.042;RBI=0.0742207;REFB=0.0165282;REVB=0.0736135;RO=41;SAF=39;SAR=15;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166737;STB=0.591664;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.011462;OID=.;OPOS=79675701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:41:41:54:54:0.568421:15:39:22:19:15:39:22:19 chr6 79708000 . A C 1264.46 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00345012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3504;QD=61.6809;RBI=0.0140039;REFB=0;REVB=0.0135723;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26611e-05;OID=.;OPOS=79708000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:35:47:0:0:35:47:0:0 chr6 79918309 . G A 616.03 PASS AF=0.877193;AO=48;DP=57;FAO=50;FDP=57;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0980349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.2149;QD=43.2304;RBI=0.112332;REFB=-0.0777463;REVB=0.0548424;RO=9;SAF=19;SAR=29;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486856;STB=0.542652;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0131316;OID=.;OPOS=79918309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:57:57:9:7:48:50:0.877193:29:19:5:4:31:19:5:2 chr6 80196498 . T C 1071.81 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0325997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0316;QD=57.1634;RBI=0.0445506;REFB=-0.114773;REVB=0.0303648;RO=1;SAF=43;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108744;STB=0.502449;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00410802;OID=.;OPOS=80196498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:1:2:73:73:0.973333:30:43:1:0:30:43:1:1 chr6 80228541 . A G 3725.94 PASS AF=0.967871;AO=241;DP=249;FAO=241;FDP=249;FR=.;FRO=8;FSAF=130;FSAR=111;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0335349;FXX=0.00399984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.2;QD=59.8544;RBI=0.0383195;REFB=-0.197765;REVB=0.0185416;RO=2;SAF=130;SAR=111;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000622199;STB=0.510867;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00129826;OID=.;OPOS=80228541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:249:249:2:8:241:241:0.967871:111:130:1:1:111:130:7:1 chr6 80410956 . A G 564.69 PASS AF=0.508772;AO=58;DP=114;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0022735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.666;QD=19.8136;RBI=0.00682319;REFB=-0.0075479;REVB=0.00643328;RO=56;SAF=28;SAR=30;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153608;STB=0.508472;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00773951;OID=.;OPOS=80410956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:56:56:58:58:0.508772:30:28:28:28:30:28:28:28 chr6 80411572 . C A 207.63 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.00995137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4104;QD=15.1;RBI=0.0688623;REFB=-0.0081371;REVB=-0.0681395;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171468;STB=0.596823;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00826085;OID=.;OPOS=80411572;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:11:13:22:9:11:13:22:9 chr6 80513562 . TGAG CATC,TGAGCTCTCTGATATGCCATC 479.6 PASS AF=0.0769231,0.871795;AO=3,27;DP=41;FAO=3,34;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=3,28;FSAR=0,6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00833541,0.0163872;FXX=0.0487686;HRUN=1,1;LEN=4,17;MLLD=342.557,504.32;QD=49.1894;RBI=0.0414811,0.0606769;REFB=0.0295166,-0.0194312;REVB=0.040635,0.0584222;RO=5;SAF=3,23;SAR=0,4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0910511;STB=0.5,0.517231;STBP=1,0.616;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0173945,0.00095077;OID=.,.;OPOS=80513562,80513566;OREF=TGAG,-;OALT=CATC,CTCTCTGATATGCCATC;OMAPALT=CATC,TGAGCTCTCTGATATGCCATC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:41:39:5:2:3,27:3,34:0.0769231,0.871795:0,4:3,23:5:0:0,6:3,28:2:0 chr6 80513565 . G GCTCTCTGATATGCCATC 50.0 PASS AO=36;DP=58;LEN=17;RO=22;SAF=25;SAR=11;SRF=13;SRR=9;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=80513566;OREF=-;OALT=CTCTCTGATATGCCATC;OMAPALT=GCTCTCTGATATGCCATC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:58:22:36:11:25:13:9 chr6 80513614 . G A 203.26 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.000748129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5901;QD=14.2641;RBI=0.0299722;REFB=-0.00948693;REVB=0.0299628;RO=30;SAF=18;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272925;STB=0.636242;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0252312;OID=.;OPOS=80513614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:33:24:24:0.421053:6:18:15:15:6:18:18:15 chr6 80580038 . T G 1553.35 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.038507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.697;QD=62.7615;RBI=0.0472433;REFB=-0.0958288;REVB=0.0273703;RO=1;SAF=68;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00692504;STB=0.503649;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.000473074;OID=.;OPOS=80580038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:30:68:1:0:30:68:1:0 chr6 80626375 . T C 386.56 PASS AF=0.470588;AO=39;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0257651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6156;QD=18.1911;RBI=0.050229;REFB=-0.0166588;REVB=0.0431175;RO=45;SAF=17;SAR=22;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15636;STB=0.592113;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0174297;OID=.;OPOS=80626375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:39:40:0.470588:22:17:27:18:23:17:27:18 chr6 80715838 . T G 682.89 PASS AF=0.527559;AO=64;DP=125;FAO=67;FDP=127;FR=.;FRO=60;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.00729118;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.357;QD=21.5083;RBI=0.0240151;REFB=-0.0047871;REVB=0.0228815;RO=61;SAF=36;SAR=28;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399019;STB=0.516876;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00407114;OID=.;OPOS=80715838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:61:60:64:67:0.527559:28:36:37:24:28:39:37:23 chr6 80837253 . G T 231.75 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=29;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.138546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7315;QD=22.0717;RBI=0.139672;REFB=-0.0300121;REVB=0.0176922;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281499;STB=0.54758;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0318732;OID=.;OPOS=80837253;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:42:18:18:11:24:0.571429:4:7:11:7:12:12:11:7 chr6 82457147 . C G 275.59 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00620258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.432;QD=18.0717;RBI=0.0197664;REFB=-0.00970983;REVB=-0.018768;RO=31;SAF=9;SAR=20;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230107;STB=0.613559;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0122661;OID=.;OPOS=82457147;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:31:29:30:0.491803:20:9:17:14:20:10:17:14 chr6 82461874 . C A 123.94 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.126969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2834;QD=17.0951;RBI=0.127147;REFB=-0.0311811;REVB=0.00672216;RO=14;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232012;STB=0.62245;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0333465;OID=.;OPOS=82461874;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:3:11:8:6:3:11:9:6 chr6 83075914 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5814;QD=56.7044;RBI=0.0333824;REFB=0;REVB=-0.00597022;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333175;OID=.;OPOS=83075914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr6 83080386 . C CTTTG,G 567.4 PASS AF=0.578313,0.060241;AO=41,4;DP=83;FAO=48,5;FDP=83;FR=.;FRO=30;FSAF=23,1;FSAR=25,4;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0163855,-0.0143086;FXX=0.0119033;HRUN=3,1;LEN=4,1;MLLD=239.256,54.7783;QD=27.3444;RBI=0.0174772,0.0183235;REFB=-0.000525223,0.00798692;REVB=-0.00608018,-0.0114461;RO=28;SAF=22,0;SAR=19,4;SRF=17;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.05278,-0.656079;STB=0.533604,0.807777;STBP=0.455,0.193;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00136426,-0.00502134;OID=.,.;OPOS=83080387,83080386;OREF=-,C;OALT=TTTG,G;OMAPALT=CTTTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:28:30:41,4:48,5:0.578313,0.060241:19,4:22,0:17:11:25,4:23,1:17:13 chr6 83742046 . CAAA CA,CAAG 579.96 PASS AF=0.348571,0.0514286;AO=61,9;DP=177;FAO=61,9;FDP=175;FR=.;FRO=105;FSAF=32,6;FSAR=29,3;FSRF=43;FSRR=62;FWDB=0.0228286,-0.00661663;FXX=0.016853;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=42.732,236.049;QD=13.2563;RBI=0.0259223,0.0114644;REFB=0.0137146,0.000931134;REVB=0.0122809,-0.00936234;RO=101;SAF=32,6;SAR=29,3;SRF=41;SRR=60;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.130044,0.284872;STB=0.572416,0.725787;STBP=0.165,0.178;TYPE=del,snp;VARB=-0.0199161,0.00479473;OID=.,.;OPOS=83742047,83742049;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=CA,CAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348571,0.0514286:61,9:177:61,9:175:105:32,6:29,3:43:62:99:101:32,6:29,3:41:60 chr6 83892634 . C T 233.49 PASS AF=0.257576;AO=34;DP=132;FAO=34;FDP=132;FR=.;FRO=98;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=58;FWDB=0.00587933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.067;QD=7.0754;RBI=0.0181669;REFB=0.00543066;REVB=-0.0171893;RO=98;SAF=18;SAR=16;SRF=40;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149453;STB=0.589329;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.0152108;OID=.;OPOS=83892634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:98:98:34:34:0.257576:16:18:40:58:16:18:40:58 chr6 83921044 . G T 68.06 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00647851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.908;QD=5.55603;RBI=0.120122;REFB=-0.00158609;REVB=-0.119947;RO=37;SAF=5;SAR=5;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183254;STB=0.612032;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00954514;OID=.;OPOS=83921044;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:37:39:10:10:0.204082:5:5:24:13:5:5:25:14 chr6 84233831 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.237;QD=35.5759;RBI=0.0240785;REFB=0;REVB=0.0110217;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000809708;OID=.;OPOS=84233831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr6 84234144 . C T 179.04 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00914603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.243;QD=10.8511;RBI=0.0250549;REFB=-0.00282312;REVB=-0.0233259;RO=43;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935368;STB=0.55433;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00369779;OID=.;OPOS=84234144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:12:11:17:26:12:11:17:26 chr6 84300997 . A G 1248.24 PASS AF=0.52381;AO=119;DP=229;FAO=121;FDP=231;FR=.;FRO=110;FSAF=67;FSAR=54;FSRF=52;FSRR=58;FWDB=0.0175895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.97;QD=21.6145;RBI=0.0467767;REFB=-0.0237432;REVB=0.0433436;RO=109;SAF=65;SAR=54;SRF=52;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605793;STB=0.538687;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0209852;OID=.;OPOS=84300997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:231:109:110:119:121:0.52381:54:65:52:57:54:67:52:58 chr6 84303335 . C T 147.62 PASS AF=0.36;AO=17;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00998856;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6995;QD=11.8096;RBI=0.0407467;REFB=-0.0232893;REVB=0.0395035;RO=28;SAF=4;SAR=13;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160764;STB=0.572454;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0288451;OID=.;OPOS=84303335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:32:17:18:0.36:13:4:10:18:13:5:12:20 chr6 84303342 . T C,G 716.35 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=47,3;DP=50;FAO=48,3;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=14,2;FSAR=34,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181585,-0.0277414;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.432,67.7405;QD=56.1845;RBI=0.0382008,0.0278478;REFB=0,0;REVB=0.0336091,0.00243198;RO=0;SAF=13,2;SAR=34,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00044378,0.0732954;OID=.,.;OPOS=84303342,84303342;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:50:51:0:0:47,3:48,3:0.941176,0.0588235:34,1:13,2:0:0:34,1:14,2:0:0 chr6 84799185 . C T 228.83 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00875742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.449;QD=16.0579;RBI=0.00876352;REFB=-0.0108132;REVB=0.000327012;RO=28;SAF=7;SAR=19;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133909;STB=0.612811;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0172818;OID=.;OPOS=84799185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:31:26:26:0.45614:19:7:11:17:19:7:14:17 chr6 85473758 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025445;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.79;QD=56.7063;RBI=0.060824;REFB=0;REVB=0.0552459;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193815;OID=.;OPOS=85473758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:10:18:0:0:10:19:0:0 chr6 86303091 . G A 1348.29 PASS AF=0.977778;AO=86;DP=88;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0565308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9287;QD=59.9242;RBI=0.0593902;REFB=-0.235294;REVB=-0.0182059;RO=2;SAF=47;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197323;STB=0.510202;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0120016;OID=.;OPOS=86303091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:90:2:2:86:88:0.977778:39:47:2:0:40:48:2:0 chr6 87792960 . G A 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=-0.0243991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.779;QD=14.6688;RBI=0.02626;REFB=-0.0129112;REVB=-0.00970922;RO=32;SAF=16;SAR=8;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13718;STB=0.577405;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0158268;OID=.;OPOS=87792960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:8:16:25:7:8:16:25:7 chr6 87965528 . T C 542.53 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00914634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.536;QD=21.4862;RBI=0.024396;REFB=-0.00527079;REVB=-0.0226165;RO=47;SAF=29;SAR=25;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404196;STB=0.522226;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00572247;OID=.;OPOS=87965528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:47:47:54:54:0.534653:25:29:23:24:25:29:23:24 chr6 87968565 . A G 308.09 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0495155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8124;QD=20.8874;RBI=0.0611381;REFB=0.00132312;REVB=0.035862;RO=26;SAF=13;SAR=19;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182292;STB=0.517116;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.000242528;OID=.;OPOS=87968565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:27:32:32:0.542373:19:13:10:16:19:13:10:17 chr6 87969480 . G A 101.08 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0249393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.357;QD=8.42325;RBI=0.024988;REFB=0.00256749;REVB=0.00155843;RO=35;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197152;STB=0.620076;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00581023;OID=.;OPOS=87969480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:6:7:13:22:6:7:13:22 chr6 87969737 . C T 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0200105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.439;QD=16.1192;RBI=0.0212695;REFB=-0.00283311;REVB=-0.00720915;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297828;STB=0.517213;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00341228;OID=.;OPOS=87969737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:5:8:7:5:5:8 chr6 87970301 . C G 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0205075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.443;QD=9.11039;RBI=0.0255568;REFB=-0.00419724;REVB=0.0152509;RO=16;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.529846;STB=0.832408;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0206549;OID=.;OPOS=87970301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:1:7:7:9:1:7:7:9 chr6 87994015 . A G 63.34 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.113712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2799;QD=8.73683;RBI=0.151454;REFB=0.0321828;REVB=0.100039;RO=20;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274883;STB=0.675584;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0529351;OID=.;OPOS=87994015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:8:1:5:15:8:1:5:15 chr6 87994572 . G A 131.28 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0238584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.886;QD=14.1928;RBI=0.0282306;REFB=-0.00499899;REVB=-0.0150911;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38823;STB=0.723857;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0107525;OID=.;OPOS=87994572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:10:5:16:6:10:5:16:6 chr6 88049923 . G T 94.4 PASS AF=0.192771;AO=16;DP=83;FAO=16;FDP=83;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0134684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.609;QD=4.54934;RBI=0.0198827;REFB=-0.00228643;REVB=-0.0146261;RO=67;SAF=5;SAR=11;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33278;STB=0.712554;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0139615;OID=.;OPOS=88049923;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:83:83:67:67:16:16:0.192771:11:5:39:28:11:5:39:28 chr6 88108048 . AGAT A 308.32 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0364261;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=226.758;QD=28.0295;RBI=0.0364611;REFB=-0.0321746;REVB=0.0015974;RO=17;SAF=14;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115686;STB=0.563712;STBP=0.315;TYPE=del;VARB=0.0225637;OID=.;OPOS=88108049;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.613636:27:44:27:44:17:14:13:6:11:99:17:14:13:6:11 chr6 88144699 . CA C,CC 70.26 PASS AF=0.3125,0.0625;AO=17,3;DP=49;FAO=15,3;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=7,2;FSAR=8,1;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0568549,0.0103557;FXX=0.020404;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.98801,26.9765;QD=5.85488;RBI=0.0769659,0.0667279;REFB=-0.0686952,-0.0334636;REVB=-0.0518775,0.0659195;RO=25;SAF=7,2;SAR=10,1;SRF=15;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.192031,0.0753389;STB=0.54432,0.624152;STBP=0.704,0.691;TYPE=del,snp;VARB=0.0482873,0.0115867;OID=.,.;OPOS=88144700,88144700;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125,0.0625:17,3:49:15,3:48:30:7,2:8,1:16:14:53:25:7,2:10,1:15:10 chr6 88182704 . G C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0160634;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=301.314;QD=16.4544;RBI=0.0160634;REFB=-0.0245163;REVB=0;RO=4;SAF=6;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0146661;OID=.;OPOS=88182704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:0:6:4:0:0:6:4:0 chr6 88221892 . T G 342.08 PASS AF=0.48;AO=35;DP=76;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00791951;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.051;QD=18.2441;RBI=0.00954187;REFB=-0.0126094;REVB=-0.00532246;RO=39;SAF=17;SAR=18;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121943;STB=0.57402;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0131164;OID=.;OPOS=88221892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:39:39:35:36:0.48:18:17:24:15:19:17:24:15 chr6 88224164 . T C 250.32 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0153627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.4583;QD=20.0256;RBI=0.0155225;REFB=-0.0147615;REVB=0.00222199;RO=26;SAF=4;SAR=20;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149294;STB=0.585029;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0103255;OID=.;OPOS=88224164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:20:4:7:19:20:4:7:19 chr6 88231226 . T C 238.31 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.014031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.789;QD=16.1563;RBI=0.014611;REFB=-0.0159371;REVB=-0.00407603;RO=31;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738495;STB=0.550982;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0193182;OID=.;OPOS=88231226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:11:16:16:15:11:16:16:16 chr6 88315741 . TA T 264.66 PASS AF=0.424658;AO=60;DP=150;FAO=62;FDP=146;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=33;FWDB=0.0604658;FXX=0.0266649;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.1852;QD=7.25094;RBI=0.0606349;REFB=0.00327341;REVB=0.00452544;RO=77;SAF=29;SAR=31;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101515;STB=0.561624;STBP=0.21;TYPE=del;VARB=0.0240123;OID=.;OPOS=88315742;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424658:60:150:62:146:84:31:31:51:33:99:77:29:31:45:32 chr6 88366708 . C T 1394.82 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00659622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.007;QD=62.6884;RBI=0.039486;REFB=0;REVB=0.0389311;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012177;OID=.;OPOS=88366708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:39:49:0:0:39:50:0:0 chr6 88757705 . C T 214.3 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0501634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0948;QD=12.7938;RBI=0.050921;REFB=-0.0125129;REVB=0.00875126;RO=41;SAF=13;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130007;STB=0.507457;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0268985;OID=.;OPOS=88757705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:13:13:20:21:13:13:20:21 chr6 89388023 . T C 528.43 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0164066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.527;QD=17.913;RBI=0.0191294;REFB=-0.017087;REVB=0.00983645;RO=61;SAF=22;SAR=34;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016653;STB=0.514497;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0176522;OID=.;OPOS=89388023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:62:56:56:0.474576:34:22:25:36:34:22:26:36 chr6 89675684 . C A 542.69 PASS AF=0.588235;AO=49;DP=84;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0986118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3424;QD=25.5385;RBI=0.102013;REFB=0.00293824;REVB=0.0261237;RO=35;SAF=18;SAR=31;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137784;STB=0.578093;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.000294906;OID=.;OPOS=89675684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:35:35:49:50:0.588235:31:18:19:16:32:18:19:16 chr6 89676206 . T G 166.59 PASS AF=0.328358;AO=23;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0130334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5597;QD=9.9455;RBI=0.037672;REFB=0.013941;REVB=-0.0353456;RO=44;SAF=12;SAR=11;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151943;STB=0.611162;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.0284318;OID=.;OPOS=89676206;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:45:23:22:0.328358:11:12:17:27:10:12:17:28 chr6 89676343 . G C 176.07 PASS AF=0.372881;AO=18;DP=60;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0178709;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.162;QD=11.937;RBI=0.0188469;REFB=-0.00863164;REVB=-0.00598642;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313323;STB=0.603567;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0195551;OID=.;OPOS=89676343;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:25:37:18:22:0.372881:8:10:6:19:10:12:14:23 chr6 89676500 . G C 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0730957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8599;QD=24.4129;RBI=0.094627;REFB=-0.0062989;REVB=-0.060094;RO=5;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215005;STB=0.512173;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00356488;OID=.;OPOS=89676500;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:7:4:2:3:7:4:2:3 chr6 89790746 . A AC,C 55.77 PASS AF=0.235294,0;AO=10,4;DP=53;FAO=12,0;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=6,0;FSAR=6,0;FSRF=8;FSRR=31;FWDB=-0.0503244,-0.0639609;FXX=0.0192271;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=104.994,161.135;QD=4.37442;RBI=0.0514036,0.0670235;REFB=-0.00173544,0.000918741;REVB=-0.0104782,-0.0200288;RO=38;SAF=5,2;SAR=5,2;SRF=9;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.334374,0.312832;STB=0.725191,0.5;STBP=0.15,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.171041,0.0479932;OID=.,.;OPOS=89790747,89790746;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:53:51:38:39:10,4:12,0:0.235294,0:5,2:5,2:9:29:6,0:6,0:8:31 chr6 89793894 . G C 450.95 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00732695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.23;QD=19.1895;RBI=0.0077315;REFB=-0.00212605;REVB=0.00246816;RO=48;SAF=18;SAR=27;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243209;STB=0.517849;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00242592;OID=.;OPOS=89793894;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:49:45:45:0.478723:27:18:18:30:27:18:18:31 chr6 89794396 . G C 201.59 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.011732;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.849;QD=20.1589;RBI=0.0137602;REFB=-0.0085125;REVB=-0.00719055;RO=20;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495315;STB=0.527906;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0109279;OID=.;OPOS=89794396;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:20:20:20:20:0.5:7:13:14:6:7:13:14:6 chr6 89800665 . G A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0189611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0869;QD=19.0178;RBI=0.0324606;REFB=-0.0302515;REVB=0.026347;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282995;STB=0.516107;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0220542;OID=.;OPOS=89800665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:7:7:8:7:7:7 chr6 89800883 . T C 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00469916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.763;QD=21.0073;RBI=0.00742661;REFB=-0.0023152;REVB=-0.00575087;RO=16;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501753;STB=0.551914;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00414651;OID=.;OPOS=89800883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:19:19:0.527778:14:5:5:11:14:5:6:11 chr6 89806689 . T C 283.11 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0294699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.565;QD=17.4223;RBI=0.0295588;REFB=0.00261034;REVB=0.00229089;RO=34;SAF=12;SAR=19;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240905;STB=0.513505;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00154652;OID=.;OPOS=89806689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:19:12:14:20:19:12:14:20 chr6 89806992 . A C 135.87 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00899523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.187;QD=9.70513;RBI=0.0146639;REFB=-0.00712667;REVB=-0.0115809;RO=38;SAF=8;SAR=10;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936946;STB=0.555494;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0129653;OID=.;OPOS=89806992;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:10:8:20:18:10:8:20:18 chr6 89856014 . C G 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0139926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.19;QD=12.3961;RBI=0.0162402;REFB=-0.0222729;REVB=-0.00824322;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317065;STB=0.691596;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0214952;OID=.;OPOS=89856014;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:1:4:2:3:1:4 chr6 89868128 . A G 283.66 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00143381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.795;QD=19.9056;RBI=0.00207446;REFB=-0.00896026;REVB=-0.0014992;RO=27;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110502;STB=0.561363;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00625532;OID=.;OPOS=89868128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:15:15:17:10:15:15:17:10 chr6 89888744 . C T 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00343069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.207;QD=17.6715;RBI=0.0094131;REFB=0.0050326;REVB=0.00876566;RO=32;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307651;STB=0.51723;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.00548898;OID=.;OPOS=89888744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:14:16:16:16:14:16:16:16 chr6 89907873 . G A 1557.11 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.493;QD=59.8889;RBI=0.0350213;REFB=0;REVB=-0.0105019;RO=0;SAF=58;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74375e-05;OID=.;OPOS=89907873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:45:58:0:0:45:59:0:0 chr6 89913209 . C T 415.39 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0205992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.011;QD=15.2436;RBI=0.0207695;REFB=-0.00684148;REVB=-0.00265433;RO=62;SAF=17;SAR=30;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16065;STB=0.590322;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00784624;OID=.;OPOS=89913209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:62:47:47:0.431193:30:17:32:30:30:17:32:30 chr6 89913218 . T A 340.74 PASS AF=0.390476;AO=42;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0125435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3835;QD=12.9805;RBI=0.019744;REFB=-0.0288;REVB=-0.0152475;RO=61;SAF=17;SAR=25;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581729;STB=0.523956;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0171305;OID=.;OPOS=89913218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:64:42:41:0.390476:25:17:28:33:24:17:29:35 chr6 89926962 . T C 298.55 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0568484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5079;QD=15.9225;RBI=0.056909;REFB=-0.0116209;REVB=0.00262527;RO=41;SAF=13;SAR=20;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234007;STB=0.637368;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0150784;OID=.;OPOS=89926962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:42:33:33:0.44:20:13:26:15:20:13:27:15 chr6 89981413 . T C 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.00583827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.494;QD=16.7846;RBI=0.0322445;REFB=-0.0192441;REVB=-0.0317115;RO=33;SAF=18;SAR=11;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785306;STB=0.543999;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0321006;OID=.;OPOS=89981413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:11:18:23:10:11:18:23:10 chr6 90039670 . G C 168.45 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00480123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.439;QD=10.3664;RBI=0.00557748;REFB=0.000810699;REVB=-0.00283839;RO=43;SAF=8;SAR=14;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655518;STB=0.538426;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.00160639;OID=.;OPOS=90039670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:14:8:18:25:14:8:18:25 chr6 90315789 . A G 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.729;QD=57.176;RBI=0.0342618;REFB=0;REVB=0.0229087;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273216;OID=.;OPOS=90315789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr6 90327873 . G A 1362.41 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00748616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9761;QD=61.232;RBI=0.0390509;REFB=-0.0939519;REVB=0.0383266;RO=1;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977072;STB=0.505153;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00110236;OID=.;OPOS=90327873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:48:40:0:1:48:40:0:1 chr6 90333599 . A G 889.71 PASS AF=1;AO=59;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531166;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.077;QD=58.3419;RBI=0.0604564;REFB=0;REVB=0.0288723;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420513;OID=.;OPOS=90333599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:61:0:0:59:61:1:39:20:0:0:39:22:0:0 chr6 90338863 . C T 589.08 PASS AF=0.472868;AO=61;DP=130;FAO=61;FDP=129;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0297963;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7499;QD=18.2662;RBI=0.119332;REFB=-0.0140978;REVB=-0.115552;RO=67;SAF=35;SAR=26;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491713;STB=0.523728;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.012969;OID=.;OPOS=90338863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:67:68:61:61:0.472868:26:35:35:32:26:35:36:32 chr6 90340276 . G A 710.34 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000407073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.031;QD=54.6419;RBI=0.0125022;REFB=-0.0944189;REVB=0.0124956;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000965659;OID=.;OPOS=90340276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:19:32:0:0:19:32:0:1 chr6 90359781 . C T 165.74 PASS AF=0.194444;AO=28;DP=144;FAO=28;FDP=144;FR=.;FRO=116;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=63;FSRR=53;FWDB=0.0152337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.412;QD=4.60396;RBI=0.0473816;REFB=-0.00239656;REVB=-0.0448659;RO=112;SAF=22;SAR=6;SRF=63;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318256;STB=0.717753;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00511838;OID=.;OPOS=90359781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:112:116:28:28:0.194444:6:22:63:49:6:22:63:53 chr6 90362783 . A C 813.05 PASS AF=0.506173;AO=81;DP=164;FAO=82;FDP=162;FR=.;FRO=80;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=56;FSRR=24;FWDB=-0.00143795;FXX=0.0240949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.81;QD=20.0753;RBI=0.0150128;REFB=-0.00886039;REVB=0.0149437;RO=76;SAF=49;SAR=32;SRF=54;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999151;STB=0.553679;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0080592;OID=.;OPOS=90362783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:162:76:80:81:82:0.506173:32:49:54:22:33:49:56:24 chr6 90363934 . C T 307.93 PASS AF=0.29078;AO=41;DP=141;FAO=41;FDP=141;FR=.;FRO=100;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=64;FSRR=36;FWDB=-0.00756002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.806;QD=8.73572;RBI=0.00786401;REFB=-0.00780539;REVB=-0.00216533;RO=99;SAF=18;SAR=23;SRF=63;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234543;STB=0.639691;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0149702;OID=.;OPOS=90363934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:99:100:41:41:0.29078:23:18:63:36:23:18:64:36 chr6 90371202 . G A 2008.33 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3499;QD=62.2738;RBI=0.0348292;REFB=0;REVB=-0.0255332;RO=0;SAF=79;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.12199e-06;OID=.;OPOS=90371202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:50:79:0:0:50:79:0:0 chr6 90388368 . A AT,ATT 129.81 PASS AF=0.310811,0;AO=33,15;DP=150;FAO=46,0;FDP=148;FR=.;FRO=102;FSAF=30,0;FSAR=16,0;FSRF=25;FSRR=77;FWDB=-0.267832,-0.136207;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=13.3295,22.4113;QD=3.50823;RBI=0.269899,0.137245;REFB=-0.0119612,-0.00603948;REVB=-0.0333312,-0.016852;RO=100;SAF=16,15;SAR=17,0;SRF=26;SRR=74;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.289356,0.776904;STB=0.76012,0.5;STBP=0,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0714867,0.0417783;OID=.,.;OPOS=90388369,90388369;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310811,0:33,15:150:46,0:148:102:30,0:16,0:25:77:99:100:16,15:17,0:26:74 chr6 90390443 . C A 458.0 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.772;QD=55.5149;RBI=0.119281;REFB=-0.096968;REVB=0.043434;RO=1;SAF=18;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252169;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00269761;OID=.;OPOS=90390443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:33:1:0:31:33:1:13:18:1:0:13:20:0:0 chr6 90402482 . G A 1102.53 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00905553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.222;QD=58.8015;RBI=0.0312798;REFB=-0.112025;REVB=0.0299403;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.506848;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000570814;OID=.;OPOS=90402482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:38:36:0:0:38:36:1:0 chr6 90402840 . C G 255.83 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.183;QD=51.166;RBI=0.0204829;REFB=0;REVB=0.00628798;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259457;OID=.;OPOS=90402840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr6 90418262 . C T 2740.45 PASS AF=1;AO=175;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00328347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.389;QD=62.283;RBI=0.0266678;REFB=0;REVB=0.0264649;RO=0;SAF=93;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160288;OID=.;OPOS=90418262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:175:176:1:82:93:0:0:83:93:0:0 chr6 90425421 . C A 150.31 PASS AF=0.23913;AO=22;DP=93;FAO=22;FDP=92;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.0208384;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.259;QD=6.53503;RBI=0.0657071;REFB=-0.0198106;REVB=-0.0623152;RO=70;SAF=13;SAR=9;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250448;STB=0.652377;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.060733;OID=.;OPOS=90425421;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:70:70:22:22:0.23913:9:13:27:43:9:13:27:43 chr6 90448092 . C T 1310.64 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00018777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.713;QD=61.6773;RBI=0.0105599;REFB=0;REVB=0.0105583;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92146e-05;OID=.;OPOS=90448092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:35:49:0:0:35:50:0:0 chr6 90455084 . A G 747.03 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.015;QD=63.5774;RBI=0.0642474;REFB=0;REVB=0.0215649;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493901;OID=.;OPOS=90455084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr6 90459454 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.25;QD=57.1772;RBI=0.0435636;REFB=0;REVB=-0.0164287;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84464e-05;OID=.;OPOS=90459454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr6 90461123 . G A 231.18 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00100995;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.1;QD=16.5125;RBI=0.0203557;REFB=-0.0135255;REVB=-0.0203307;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144729;STB=0.56978;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00985365;OID=.;OPOS=90461123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:30:26:26:0.464286:14:12:9:20:14:12:10:20 chr6 90471375 . C T 226.62 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.026728;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9767;QD=10.9213;RBI=0.0479242;REFB=-0.0198806;REVB=-0.0397787;RO=55;SAF=15;SAR=13;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112795;STB=0.565506;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0376566;OID=.;OPOS=90471375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:55:55:28:28:0.337349:13:15:24:31:13:15:24:31 chr6 90482397 . T C 301.28 PASS AF=0.351852;AO=38;DP=108;FAO=38;FDP=108;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0049312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.604;QD=11.1584;RBI=0.0249847;REFB=-0.00593386;REVB=-0.0244932;RO=70;SAF=33;SAR=5;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.567083;STB=0.830225;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00614512;OID=.;OPOS=90482397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:70:70:38:38:0.351852:5:33:29:41:5:33:29:41 chr6 90497589 . A C 285.73 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0185039;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=45.6876;QD=21.9793;RBI=0.0203444;REFB=0.0304393;REVB=0.00845564;RO=23;SAF=12;SAR=17;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548739;STB=0.530366;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.0246832;OID=.;OPOS=90497589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:17:12:8:15:17:12:8:15 chr6 90500022 . C T 199.75 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0169224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.019;QD=9.51167;RBI=0.0194145;REFB=-0.00783734;REVB=-0.00951623;RO=58;SAF=20;SAR=6;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269882;STB=0.660846;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0205909;OID=.;OPOS=90500022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:58:58:26:26:0.309524:6:20:33:25:6:20:33:25 chr6 90565242 . A G 148.79 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00798804;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=51.805;QD=19.8385;RBI=0.0469897;REFB=-0.0171529;REVB=0.0463057;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129841;STB=0.573188;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.053923;OID=.;OPOS=90565242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:9:7:4:10:9:7:4:10 chr6 90577984 . C T 232.24 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0353648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.85;QD=23.8191;RBI=0.0369893;REFB=-0.00391707;REVB=0.0108413;RO=17;SAF=11;SAR=11;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30206;STB=0.666532;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00286887;OID=.;OPOS=90577984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:11:11:2:15:11:11:2:15 chr6 90637504 . A C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0168854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.856;QD=17.4273;RBI=0.0291242;REFB=0.000428339;REVB=0.0237298;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03751;STB=0.521388;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00111225;OID=.;OPOS=90637504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:10:13:10:9:10:13 chr6 90638390 . G A 120.99 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.063709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.961;QD=8.20239;RBI=0.0637606;REFB=-0.00189807;REVB=0.00256499;RO=42;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24131;STB=0.644367;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00603744;OID=.;OPOS=90638390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:42:17:17:0.288136:7:10:16:26:7:10:16:26 chr6 90638553 . T G 1103.05 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0986581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6236;QD=59.6245;RBI=0.0986608;REFB=0;REVB=-0.000732997;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000949768;OID=.;OPOS=90638553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:40:32:0:0:41:33:0:0 chr6 90640300 . G A 199.57 PASS AF=0.302326;AO=25;DP=85;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0110307;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.901;QD=9.28217;RBI=0.0471537;REFB=0.00309536;REVB=0.0458454;RO=60;SAF=8;SAR=17;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164223;STB=0.606851;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00805213;OID=.;OPOS=90640300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:60:60:25:26:0.302326:17:8:27:33:18:8:27:33 chr6 90642358 . G A 238.38 PASS AF=0.5;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00349621;FXX=0.061212;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.824;QD=20.729;RBI=0.00592351;REFB=-0.0074248;REVB=-0.00478168;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223253;STB=0.607385;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0146517;OID=.;OPOS=90642358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:21:23:22:23:0.5:12:10:15:6:13:10:15:8 chr6 90660754 . G A 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.0659658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.1465;QD=8.25457;RBI=0.0860285;REFB=0.00857016;REVB=0.0552215;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.470497;STB=0.777135;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00208446;OID=.;OPOS=90660754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:11:1:3:3:11:1 chr6 90661576 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.268;QD=37.4876;RBI=0.0353119;REFB=0;REVB=-0.0129453;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127703;OID=.;OPOS=90661576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr6 92449614 . GTC G,GATC 40.14 PASS AF=0.333333,0;AO=4,5;DP=23;FAO=7,0;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6,0;FSAR=1,0;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0167433,0.295828;FXX=0.0454339;HRUN=1,0;LEN=2,1;MLLD=144.43,97.0379;QD=7.64523;RBI=0.0468562,0.295847;REFB=-0.0155845,-0.00447666;REVB=-0.0437625,-0.00334874;RO=13;SAF=3,5;SAR=1,0;SRF=2;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.599318,0.803825;STB=0.887901,0.5;STBP=0.027,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0158565,0.0297184;OID=.,.;OPOS=92449615,92449615;OREF=TC,-;OALT=-,A;OMAPALT=G,GATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0:4,5:23:7,0:21:14:6,0:1,0:3:11:32:13:3,5:1,0:2:11 chr6 93952679 . A G 409.82 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0129996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.42;QD=20.7505;RBI=0.0143112;REFB=-0.00646273;REVB=0.00598495;RO=38;SAF=21;SAR=20;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562831;STB=0.531138;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00508846;OID=.;OPOS=93952679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:20:21:17:21:20:21:17:21 chr6 93967851 . C T 2068.11 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129352;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.48;QD=62.67;RBI=0.0153996;REFB=0;REVB=-0.00835639;RO=0;SAF=86;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31915e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.20529e-05;OID=.;OPOS=93967851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:46:86:0:0:46:86:0:0 chr6 93982124 . A G 1415.38 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.969;QD=62.9059;RBI=0.0504745;REFB=0;REVB=0.0102766;RO=0;SAF=52;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016619;OID=.;OPOS=93982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:38:52:0:0:38:52:0:0 chr6 94067981 . C T 1607.24 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00227877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.762;QD=64.2895;RBI=0.0461938;REFB=0;REVB=0.0461375;RO=0;SAF=66;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92902e-05;OID=.;OPOS=94067981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:33:66:0:0:33:67:0:0 chr6 96034355 . CT C 33.62 PASS AF=0.202381;AO=17;DP=84;FAO=17;FDP=84;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=18;FWDB=0.132053;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.3998;QD=1.60074;RBI=0.243341;REFB=0.0176981;REVB=0.204394;RO=57;SAF=11;SAR=6;SRF=43;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15622;STB=0.576838;STBP=0.528;TYPE=del;VARB=-0.0754163;OID=.;OPOS=96034356;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.202381:17:84:17:84:67:11:6:49:18:33:57:11:6:43:14 chr6 96034869 . G A 33.39 PASS AF=0.0714286;AO=13;DP=168;FAO=12;FDP=168;FR=.;FRO=156;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=116;FSRR=40;FWDB=-0.0791525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8218;QD=0.794998;RBI=0.184296;REFB=-0.00951294;REVB=-0.166433;RO=149;SAF=10;SAR=3;SRF=111;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03689;STB=0.624766;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0862417;OID=.;OPOS=96034869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:168:168:149:156:13:12:0.0714286:3:10:111:38:2:10:116:40 chr6 96034881 . A ATATG,ATGTG,G 2735.37 PASS AF=0.202703,0.283784,0.45045;AO=43,62,98;DP=255;FAO=45,63,100;FDP=222;FR=.;FRO=14;FSAF=30,47,69;FSAR=15,16,31;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.00427598,0.00744693,0.00265044;FXX=0.119043;HRUN=1,1,1;LEN=4,4,1;MLLD=116.438,102.783,83.946;QD=49.2859;RBI=0.00526955,0.0083535,0.0297105;REFB=-0.0965338,-0.0909183,0.0143801;REVB=0.00307964,-0.00378472,0.0295921;RO=41;SAF=29,46,69;SAR=14,16,29;SRF=36;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.224788,-0.140553,-0.121408;STB=0.573303,0.545751,0.535151;STBP=0.084,0.159,0.081;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.0407903,0.0315881,-0.010015;OID=.,.,.;OPOS=96034882,96034882,96034881;OREF=-,-,A;OALT=TATG,TGTG,G;OMAPALT=ATATG,ATGTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:255:222:41:14:43,62,98:45,63,100:0.202703,0.283784,0.45045:14,16,29:29,46,69:36:5:15,16,31:30,47,69:13:1 chr6 96034883 . G A 34.41 PASS AF=0.0615942;AO=17;DP=276;FAO=17;FDP=276;FR=.;FRO=259;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=174;FSRR=85;FWDB=-0.0141018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7155;QD=0.498747;RBI=0.0451615;REFB=-0.00210648;REVB=-0.0429034;RO=257;SAF=16;SAR=1;SRF=172;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379467;STB=0.878099;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0453467;OID=.;OPOS=96034883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:276:276:257:259:17:17:0.0615942:1:16:172:85:1:16:174:85 chr6 96035175 . T C 2133.37 PASS AF=0.985612;AO=137;DP=140;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00975639;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.835;QD=61.392;RBI=0.0453494;REFB=-0.018979;REVB=0.0442874;RO=2;SAF=74;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126742;STB=0.506666;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.000130111;OID=.;OPOS=96035175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:139:2:2:137:137:0.985612:63:74:2:0:63:74:2:0 chr6 96055915 . G C 5582.59 PASS AF=1;AO=355;DP=358;FAO=356;FDP=356;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=216;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466557;FXX=0.01385;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.95;QD=62.7257;RBI=0.0821465;REFB=0;REVB=0.0676113;RO=0;SAF=140;SAR=215;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220356;OID=.;OPOS=96055915;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:358:356:0:0:355:356:1:215:140:0:0:216:140:0:0 chr6 96386151 . G A 2183.96 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00851014;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.465;QD=62.8477;RBI=0.00861305;REFB=0;REVB=0.00132743;RO=0;SAF=68;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132797;OID=.;OPOS=96386151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:139:0:0:138:139:1:70:68:0:0:71:68:0:0 chr6 96651740 . A G 673.68 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1702;QD=61.2439;RBI=0.0574169;REFB=0;REVB=0.0498859;RO=1;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184156;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249738;OID=.;OPOS=96651740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:1:0:43:44:1:25:18:0:1:26:18:0:0 chr6 96652371 . T C 727.12 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0035581;FXX=0.0370302;HRUN=6;LEN=1;MLLD=211.317;QD=55.9325;RBI=0.00621902;REFB=0;REVB=0.00510059;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37434e-05;OID=.;OPOS=96652371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:16:34:0:0:17:35:0:0 chr6 96652582 . G T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00762594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.157;QD=62.6706;RBI=0.00860413;REFB=0;REVB=0.00398449;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56064e-05;OID=.;OPOS=96652582;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr6 96652706 . G A 735.1 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.7;QD=56.5465;RBI=0.0349717;REFB=0;REVB=0.0339802;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401445;OID=.;OPOS=96652706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:21:30:0:0:22:30:0:0 chr6 96653038 . T C 4575.22 PASS AF=0.986395;AO=245;DP=297;FAO=290;FDP=294;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=123;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775791;FXX=0.0199993;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4942;QD=62.2479;RBI=0.0976467;REFB=0.0168606;REVB=0.0592988;RO=1;SAF=115;SAR=130;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00365256;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112651;OID=.;OPOS=96653038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:297:294:1:0:245:290:0.986395:130:115:0:1:167:123:0:0 chr6 96653208 . C G 1246.06 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8982;QD=61.5337;RBI=0.031015;REFB=0;REVB=-0.00332096;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269037;OID=.;OPOS=96653208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr6 96661315 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.135;QD=49.5987;RBI=0.0510399;REFB=0;REVB=0.0419533;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00072121;OID=.;OPOS=96661315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr6 96661410 . A G 612.59 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.204;QD=61.2591;RBI=0.0389711;REFB=0;REVB=0.000892886;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187318;OID=.;OPOS=96661410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr6 96730731 . G C 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00186021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.929;QD=19.7024;RBI=0.00186834;REFB=0.00457447;REVB=-0.000174116;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131511;STB=0.574382;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00454854;OID=.;OPOS=96730731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:8:9:6:10:8:9:6:10 chr6 96999725 . C T 784.02 PASS AF=0.429293;AO=83;DP=196;FAO=85;FDP=198;FR=.;FRO=113;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=52;FSRR=61;FWDB=-0.052708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8172;QD=15.8388;RBI=0.0735052;REFB=-0.0208332;REVB=-0.0512336;RO=110;SAF=39;SAR=44;SRF=52;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00291982;STB=0.505965;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0194918;OID=.;OPOS=96999725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:198:110:113:83:85:0.429293:44:39:52:58:45:40:52:61 chr6 97053844 . G A 445.42 PASS AF=0.343373;AO=56;DP=165;FAO=57;FDP=166;FR=.;FRO=109;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=65;FWDB=-0.00187276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.307;QD=10.7329;RBI=0.0384541;REFB=-0.00863138;REVB=-0.0384085;RO=109;SAF=26;SAR=30;SRF=44;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706048;STB=0.54631;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0133699;OID=.;OPOS=97053844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:109:109:56:57:0.343373:30:26:44:65:30:27:44:65 chr6 97058553 . A G 509.58 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.00633033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.467;QD=21.0137;RBI=0.00671845;REFB=-0.00198331;REVB=-0.00225044;RO=48;SAF=25;SAR=24;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140812;STB=0.577672;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00187991;OID=.;OPOS=97058553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:24:25:32:16:24:25:32:16 chr6 97058574 . G A 509.13 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=39;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00193035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.112;QD=19.3955;RBI=0.0134125;REFB=-0.0264975;REVB=-0.0132729;RO=51;SAF=39;SAR=14;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19092;STB=0.612352;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0162562;OID=.;OPOS=97058574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:51:52:53:53:0.504762:14:39:28:23:14:39:28:24 chr6 97063522 . C G 609.86 PASS AF=0.466667;AO=63;DP=134;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.0185824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3138;QD=18.07;RBI=0.0287218;REFB=0.0253179;REVB=-0.0219006;RO=71;SAF=37;SAR=26;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507722;STB=0.524878;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.0297425;OID=.;OPOS=97063522;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:71:72:63:63:0.466667:26:37:38:33:26:37:39:33 chr6 97063555 . A G 669.42 PASS AF=0.459459;AO=68;DP=148;FAO=68;FDP=148;FR=.;FRO=80;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.0169814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.749;QD=18.0925;RBI=0.0175681;REFB=-0.000685092;REVB=0.00450215;RO=80;SAF=39;SAR=29;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233067;STB=0.512946;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.000973547;OID=.;OPOS=97063555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:80:80:68:68:0.459459:29:39:44:36:29:39:44:36 chr6 97339078 . A G 564.86 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0427166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.167;QD=21.1164;RBI=0.0475679;REFB=-0.0355288;REVB=0.0209284;RO=49;SAF=26;SAR=31;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456331;STB=0.529904;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0232456;OID=.;OPOS=97339078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:49:50:57:57:0.53271:31:26:25:24:31:26:26:24 chr6 97339088 . C T 1713.05 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0456606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6598;QD=60.6389;RBI=0.0526363;REFB=0;REVB=-0.0261856;RO=0;SAF=57;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000385169;OID=.;OPOS=97339088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:56:57:0:0:56:57:0:0 chr6 97362765 . A C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0170463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.063;QD=10.3792;RBI=0.0174241;REFB=-7.82795e-05;REVB=-0.00360879;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381346;STB=0.732786;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00019848;OID=.;OPOS=97362765;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:2:7:7:9:2:7:7:9 chr6 97561817 . C T 299.78 PASS AF=0.348624;AO=38;DP=109;FAO=38;FDP=109;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.00708055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.951;QD=11.0012;RBI=0.00708113;REFB=-2.50614e-05;REVB=9.0982e-05;RO=70;SAF=17;SAR=21;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755237;STB=0.538962;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=4.57777e-05;OID=.;OPOS=97561817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:70:71:38:38:0.348624:21:17:36:34:21:17:36:35 chr6 99284532 . T C 1196.9 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141293;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.152;QD=59.845;RBI=0.014998;REFB=0.016442;REVB=-0.00503022;RO=1;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106383;STB=0.505617;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000152982;OID=.;OPOS=99284532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:44:35:0:1:44:35:0:1 chr6 99285767 . A G 100.5 PASS AF=0.26;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0689057;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.7768;QD=8.04033;RBI=0.0689911;REFB=-0.00703166;REVB=0.00343152;RO=33;SAF=8;SAR=5;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084448;STB=0.541992;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0211363;OID=.;OPOS=99285767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:33:37:13:13:0.26:5:8:18:15:6:7:22:15 chr6 99724713 . G A 1157.4 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.804;QD=59.354;RBI=0.0245263;REFB=-0.0122935;REVB=0.010333;RO=1;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111359;STB=0.505881;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000104556;OID=.;OPOS=99724713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:42:35:0:1:42:35:0:1 chr6 99771540 . T C 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.42;QD=59.8552;RBI=0.0181047;REFB=0;REVB=-0.00795834;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.73338e-05;OID=.;OPOS=99771540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr6 99817419 . T TC 926.11 PASS AF=1;AO=61;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00824495;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=280.291;QD=57.8818;RBI=0.00867641;REFB=0;REVB=0.002702;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.83065e-05;OID=.;OPOS=99817420;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:64:64:64:0:38:26:0:0:5:0:35:26:0:0 chr6 99817601 . A G 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.94;QD=58.5994;RBI=0.024506;REFB=0;REVB=-0.00874752;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139136;OID=.;OPOS=99817601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr6 99819379 . T C 564.2 PASS AF=0.974359;AO=39;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0147561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0259;QD=57.8664;RBI=0.0772255;REFB=-0.0342979;REVB=0.0758026;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.514278;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00271154;OID=.;OPOS=99819379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:39:38:0.974359:21:18:0:0:21:17:1:0 chr6 99842056 . C A 693.45 PASS AF=1;AO=45;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.881;QD=57.7874;RBI=0.046686;REFB=-0.149626;REVB=0.0113275;RO=1;SAF=19;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240908;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025691;OID=.;OPOS=99842056;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:48:48:1:0:45:48:1:26:19:1:0:26:22:0:0 chr6 99883694 . T C 785.29 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.943;QD=57.1123;RBI=0.0315781;REFB=0;REVB=0.024367;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147133;OID=.;OPOS=99883694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:53:55:1:25:28:0:0:26:29:0:0 chr6 99883704 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00787578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.771;QD=56.9562;RBI=0.0219744;REFB=0;REVB=0.0205145;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160387;OID=.;OPOS=99883704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr6 99893938 . T C 632.05 PASS AF=0.580952;AO=61;DP=105;FAO=61;FDP=105;FR=.;FRO=44;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00790348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.876;QD=24.078;RBI=0.0153479;REFB=-0.00670972;REVB=-0.0131565;RO=44;SAF=33;SAR=28;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664149;STB=0.536238;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00452332;OID=.;OPOS=99893938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:44:44:61:61:0.580952:28:33:20:24:28:33:20:24 chr6 99956560 . T C 515.7 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.000637206;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.908;QD=20.027;RBI=0.0130217;REFB=-0.00924209;REVB=0.0130061;RO=50;SAF=35;SAR=18;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193866;STB=0.510687;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00863534;OID=.;OPOS=99956560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:53:53:0.514563:18:35:34:16:18:35:34:16 chr6 99999782 . TAAAAAAAAAAT TAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAT 182.45 PASS AF=0.270833,0.166667,0.291667;AO=9,9,9;DP=52;FAO=13,8,14;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=3,2,4;FSAR=10,6,10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.16486,-0.147798,0.133131;FXX=0.0769083;HRUN=3,3,10;LEN=1,1,1;MLLD=17.72,14.3809,6.67811;QD=15.2045;RBI=0.172679,0.151977,0.140234;REFB=0.069855,0.0209789,-0.106016;REVB=0.0513736,0.0353921,-0.0440657;RO=5;SAF=3,3,1;SAR=6,6,8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0455969,-0.0455969,-0.313638;STB=0.675383,0.6918,0.631986;STBP=0.104,0.179,0.161;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0458253,0.00647792,0.122013;OID=.,.,.;OPOS=99999793,99999793,99999783;OREF=T,T,A;OALT=A,-,-;OMAPALT=TAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.270833,0.166667,0.291667:9,9,9:52:13,8,14:48:13:3,2,4:10,6,10:7:6:53:5:3,3,1:6,6,8:2:3 chr6 100868721 . G A 2353.12 PASS AF=0.898936;AO=167;DP=203;FAO=169;FDP=188;FR=.;FRO=19;FSAF=96;FSAR=73;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.000222408;FXX=0.073888;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2416;QD=50.0663;RBI=0.000273735;REFB=-0.00214996;REVB=-0.000159579;RO=18;SAF=94;SAR=73;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632781;STB=0.536445;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00107713;OID=.;OPOS=100868721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:203:188:18:19:167:169:0.898936:73:94:4:14:73:96:4:15 chr6 100868722 . C A 44.23 PASS AF=0.0837438;AO=17;DP=203;FAO=17;FDP=203;FR=.;FRO=186;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=111;FSRR=75;FWDB=0.00355761;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.8366;QD=0.871511;RBI=0.0501252;REFB=-0.00633556;REVB=0.0499987;RO=186;SAF=4;SAR=13;SRF=111;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40124;STB=0.809087;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.228256;OID=.;OPOS=100868722;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:203:203:186:186:17:17:0.0837438:13:4:111:75:13:4:111:75 chr6 100868779 . G T 2343.77 PASS AF=0.931034;AO=165;DP=175;FAO=162;FDP=174;FR=.;FRO=12;FSAF=82;FSAR=80;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0208719;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3357;QD=53.8797;RBI=0.0263027;REFB=-0.0466138;REVB=0.0160061;RO=10;SAF=83;SAR=82;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220302;STB=0.511917;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.024861;OID=.;OPOS=100868779;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:175:174:10:12:165:162:0.931034:82:83:3:7:80:82:4:8 chr6 100897511 . G A 427.72 PASS AF=0.329341;AO=55;DP=168;FAO=55;FDP=167;FR=.;FRO=112;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=62;FWDB=0.00538813;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.963;QD=10.2447;RBI=0.0371813;REFB=0.00874978;REVB=0.0367889;RO=111;SAF=38;SAR=17;SRF=49;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294384;STB=0.667346;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0142335;OID=.;OPOS=100897511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:111:112:55:55:0.329341:17:38:49:62:17:38:50:62 chr6 100964147 . G C 598.75 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=0.00299374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.314;QD=19.7934;RBI=0.00372796;REFB=-0.00887492;REVB=0.00222154;RO=59;SAF=40;SAR=21;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392643;STB=0.524672;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0072222;OID=.;OPOS=100964147;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:59:60:61:61:0.504132:21:40:41:18:21:40:42:18 chr6 101094554 . A G 1747.28 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.724;QD=60.7751;RBI=0.0473229;REFB=0;REVB=0.04559;RO=0;SAF=52;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06111e-05;OID=.;OPOS=101094554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:115:0:0:111:115:1:59:52:0:0:63:52:0:0 chr6 101109778 . C T 388.17 PASS AF=0.305882;AO=52;DP=170;FAO=52;FDP=170;FR=.;FRO=118;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=68;FSRR=50;FWDB=-0.038158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.775;QD=9.1334;RBI=0.038845;REFB=-0.0102224;REVB=-0.00727359;RO=117;SAF=31;SAR=21;SRF=68;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183985;STB=0.514247;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0190948;OID=.;OPOS=101109778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:117:118:52:52:0.305882:21:31:68:49:21:31:68:50 chr6 101296389 . G A 478.82 PASS AF=0.438017;AO=51;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.00122971;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.711;QD=15.8288;RBI=0.00478168;REFB=-0.00313588;REVB=-0.00462086;RO=69;SAF=25;SAR=26;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717963;STB=0.525563;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00410873;OID=.;OPOS=101296389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:69:68:51:53:0.438017:26:25:29:40:28:25:29:39 chr6 101405050 . T G 253.12 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0156228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.996;QD=15.1114;RBI=0.0156612;REFB=-0.0126137;REVB=0.00109678;RO=38;SAF=14;SAR=15;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961661;STB=0.554378;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0124994;OID=.;OPOS=101405050;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:15:14:22:16:15:14:22:16 chr6 105300262 . C CAG,CAGA,G 432.51 PASS AF=0.741935,0.0645161,0.193548;AO=20,5,6;DP=32;FAO=23,2,6;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=6,2,2;FSAR=17,0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113589,0.00826341,-0.0126526;FXX=0.0605877;HRUN=3,3,1;LEN=2,3,1;MLLD=204.089,199.811,65.3178;QD=55.8071;RBI=0.01254,0.0100682,0.0183209;REFB=0,0,0;REVB=-0.005313,-0.00575194,0.0132502;RO=1;SAF=6,2,2;SAR=14,3,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0317962,0.121807,0.0962265;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.000162362,-0.000660096,0.0234878;OID=.,.,.;OPOS=105300263,105300263,105300262;OREF=-,-,C;OALT=AG,AGA,G;OMAPALT=CAG,CAGA,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:37:32:31:1:0:20,5,6:23,2,6:0.741935,0.0645161,0.193548:14,3,4:6,2,2:0:1:17,0,4:6,2,2:0:0 chr6 105530994 . GTA G,GTG 659.88 PASS AF=0.483051,0.0847458;AO=55,9;DP=123;FAO=57,10;FDP=118;FR=.;FRO=51;FSAF=32,7;FSAR=25,3;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0050839,0.0575494;FXX=0.00840265;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=266.622,54.8829;QD=22.3688;RBI=0.005678,0.0611597;REFB=-0.00800793,-0.0503204;REVB=0.00252857,-0.0207019;RO=57;SAF=30,6;SAR=25,3;SRF=25;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0980815,0.273313;STB=0.552245,0.70643;STBP=0.268,0.202;TYPE=del,snp;VARB=0.00803363,0.0438213;OID=.,.;OPOS=105530995,105530996;OREF=TA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483051,0.0847458:55,9:123:57,10:118:51:32,7:25,3:23:28:99:57:30,6:25,3:25:32 chr6 106352263 . C T 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00251168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.242;QD=9.84394;RBI=0.0367551;REFB=-0.000676883;REVB=-0.0366692;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21739;STB=0.63132;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.000901898;OID=.;OPOS=106352263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:12:8:6:4:12:8 chr6 106352349 . T C 982.35 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000377953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.269;QD=56.1342;RBI=0.0709473;REFB=-0.00117892;REVB=0.0709463;RO=1;SAF=32;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145412;STB=0.515147;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000225512;OID=.;OPOS=106352349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:70:1:2:68:68:0.971429:36:32:1:0:36:32:2:0 chr6 106555025 . G A 197.69 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0130924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5972;QD=18.8278;RBI=0.0131964;REFB=-0.0274761;REVB=-0.00165387;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041964;STB=0.523786;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0272893;OID=.;OPOS=106555025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:10:10:10:12:10:10:10:12 chr6 106959936 . G C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0299523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.779;QD=12.0157;RBI=0.0301786;REFB=0.00136387;REVB=-0.00368892;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215036;STB=0.631131;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.00364173;OID=.;OPOS=106959936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:3:4:2:4:3:4 chr6 106960204 . T C 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00578034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.982;QD=17.3776;RBI=0.0615639;REFB=-0.0178747;REVB=-0.0612919;RO=10;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791542;STB=0.545376;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0174715;OID=.;OPOS=106960204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:3:8:8:2:3:8:8:2 chr6 106987370 . A C 429.9 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0134067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.617;QD=17.3696;RBI=0.0158147;REFB=0.0115503;REVB=0.00838845;RO=55;SAF=25;SAR=19;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112802;STB=0.56319;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.0132947;OID=.;OPOS=106987370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:55:44:44:0.444444:19:25:25:30:19:25:25:30 chr6 106992464 . A G 1418.78 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960154;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.112;QD=63.0569;RBI=0.0177528;REFB=0;REVB=0.0149322;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41501e-06;OID=.;OPOS=106992464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:51:39:0:0:51:39:0:0 chr6 107016731 . T C 499.74 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0151299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.483;QD=18.3391;RBI=0.0191167;REFB=-0.00814056;REVB=0.0116848;RO=55;SAF=21;SAR=32;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020981;STB=0.517235;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00696822;OID=.;OPOS=107016731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:55:56:53:53:0.486239:32:21:23:32:32:21:24:32 chr6 107019880 . A G 288.96 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0129204;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.666;QD=15.6194;RBI=0.0175961;REFB=-0.00214145;REVB=-0.0119451;RO=42;SAF=12;SAR=20;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175512;STB=0.599252;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00420695;OID=.;OPOS=107019880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:20:12:23:19:20:12:23:19 chr6 107076783 . A T 722.44 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6036;QD=56.6616;RBI=0.021762;REFB=0;REVB=-0.00870347;RO=0;SAF=13;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.14619e-05;OID=.;OPOS=107076783;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:37:13:0:0:37:14:0:0 chr6 107100483 . C T 212.62 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0205555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5925;QD=20.2492;RBI=0.0263762;REFB=-0.0151424;REVB=-0.0165281;RO=19;SAF=17;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344049;STB=0.723169;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0136404;OID=.;OPOS=107100483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:21:21:21:0.5:4:17:9:10:4:17:9:12 chr6 107113715 . G A 472.49 PASS AF=0.370861;AO=56;DP=151;FAO=56;FDP=151;FR=.;FRO=95;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=-0.0367388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.576;QD=12.5163;RBI=0.036743;REFB=-0.0029004;REVB=-0.000550502;RO=92;SAF=27;SAR=29;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00766312;STB=0.507926;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00663334;OID=.;OPOS=107113715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:92:95:56:56:0.370861:29:27:45:47:29:27:47:48 chr6 107351293 . G T 214.1 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0175938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4811;QD=14.7653;RBI=0.0606903;REFB=-0.0484005;REVB=-0.0580841;RO=33;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452201;STB=0.52571;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0403427;OID=.;OPOS=107351293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:14:11:16:17:14:11:16:17 chr6 107388504 . C T 1511.14 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0028777;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.691;QD=59.8471;RBI=0.0130124;REFB=0;REVB=-0.0126902;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.16832e-05;OID=.;OPOS=107388504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:58:43:0:0:58:43:0:0 chr6 107391162 . G A 80.09 PASS AF=0.154639;AO=15;DP=96;FAO=15;FDP=97;FR=.;FRO=82;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.000713089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.216;QD=3.30255;RBI=0.00428389;REFB=-0.0139066;REVB=-0.00422412;RO=80;SAF=10;SAR=5;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24119;STB=0.671005;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0487426;OID=.;OPOS=107391162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:96:97:80:82:15:15:0.154639:5:10:38:42:5:10:38:44 chr6 107391396 . G A 181.18 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00668352;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.496;QD=15.7549;RBI=0.0323363;REFB=-0.00545989;REVB=0.0316381;RO=27;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999497;STB=0.557543;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00983179;OID=.;OPOS=107391396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:8:11:13:14:8:11:13:14 chr6 107420516 . A C 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.583;QD=58.9627;RBI=0.0152094;REFB=0;REVB=-0.0135281;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04134e-06;OID=.;OPOS=107420516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr6 107565060 . T C 780.03 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.099;QD=56.7297;RBI=0.0696891;REFB=0;REVB=0.00545543;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247281;OID=.;OPOS=107565060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:26:27:0:0:27:28:0:0 chr6 108026146 . C T 153.1 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0128178;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.139;QD=19.7542;RBI=0.0174368;REFB=-0.0166895;REVB=-0.0118214;RO=15;SAF=13;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354578;STB=0.704147;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0172127;OID=.;OPOS=108026146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:3:13:7:8:3:13:7:8 chr6 108026317 . G T 2808.25 PASS AF=0.994475;AO=176;DP=177;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=99;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.618;QD=62.0608;RBI=0.0453703;REFB=-0.00282039;REVB=0.0440149;RO=0;SAF=95;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502512;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=4.40384e-05;OID=.;OPOS=108026317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:177:181:0:1:176:180:0.994475:81:95:0:0:81:99:1:0 chr6 108026402 . A C 775.65 PASS AF=0.509677;AO=79;DP=155;FAO=79;FDP=155;FR=.;FRO=76;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=0.0190191;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=228.333;QD=20.0169;RBI=0.0192745;REFB=-0.0100677;REVB=-0.0031272;RO=73;SAF=42;SAR=37;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069587;STB=0.547665;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00577471;OID=.;OPOS=108026402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:73:76:79:79:0.509677:37:42:33:40:37:42:33:43 chr6 108026455 . A G 1635.92 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.06;QD=60.0337;RBI=0.0271606;REFB=0;REVB=0.0210011;RO=0;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112644;OID=.;OPOS=108026455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:109:0:0:106:109:1:50:56:0:0:53:56:0:0 chr6 108029091 . G A 260.54 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00544164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.862;QD=24.8133;RBI=0.00582997;REFB=-0.00587583;REVB=0.00209215;RO=18;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021915;STB=0.512185;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0041001;OID=.;OPOS=108029091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:10:14:10:8:10:14:10:8 chr6 108029109 . T C 711.66 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170523;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.304;QD=63.2583;RBI=0.0172545;REFB=0;REVB=-0.00263406;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.55981e-05;OID=.;OPOS=108029109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr6 108233929 . G A,T 738.1 PASS AF=0.924528,0.0754717;AO=49,4;DP=53;FAO=49,4;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=30,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00300701,-0.00359949;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.172,98.1152;QD=55.7059;RBI=0.00444723,0.0105524;REFB=0,0;REVB=0.00327655,-0.00991954;RO=0;SAF=19,1;SAR=30,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.48867e-08,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00519308,-0.0249053;OID=.,.;OPOS=108233929,108233929;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:53:53:0:0:49,4:49,4:0.924528,0.0754717:30,3:19,1:0:0:30,3:19,1:0:0 chr6 108277287 . C A 3475.84 PASS AF=0.99115;AO=220;DP=225;FAO=224;FDP=226;FR=.;FRO=2;FSAF=103;FSAR=121;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0201897;FXX=0.00440509;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.147;QD=61.5194;RBI=0.0218716;REFB=0.064623;REVB=0.00841085;RO=2;SAF=100;SAR=120;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000786706;STB=0.500358;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.000689185;OID=.;OPOS=108277287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:225:226:2:2:220:224:0.99115:120:100:1:1:121:103:1:1 chr6 108279120 . A G 583.29 PASS AF=0.430556;AO=62;DP=144;FAO=62;FDP=144;FR=.;FRO=82;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.00930493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.103;QD=16.2025;RBI=0.0511227;REFB=-0.0119478;REVB=-0.0502688;RO=80;SAF=37;SAR=25;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865569;STB=0.555993;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0197481;OID=.;OPOS=108279120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:80:82:62:62:0.430556:25:37:41:39:25:37:41:41 chr6 108364582 . T C 417.83 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00280103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.423;QD=22.5852;RBI=0.0136413;REFB=-0.0211027;REVB=0.0133506;RO=33;SAF=17;SAR=24;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057874;STB=0.531885;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0164314;OID=.;OPOS=108364582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:24:17:16:17:24:17:16:17 chr6 108496062 . C T 165.82 PASS AF=0.277108;AO=23;DP=83;FAO=23;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.0101113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0293;QD=7.99153;RBI=0.0112914;REFB=-0.00274281;REVB=0.00502566;RO=60;SAF=12;SAR=11;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206959;STB=0.622951;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00546036;OID=.;OPOS=108496062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:60:60:23:23:0.277108:11:12:21:39:11:12:21:39 chr6 108533427 . G A 60.42 PASS AF=0.164179;AO=11;DP=68;FAO=11;FDP=67;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.00437394;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.339;QD=3.60718;RBI=0.0205044;REFB=-0.00203005;REVB=-0.0200325;RO=55;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307594;STB=0.708737;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0103096;OID=.;OPOS=108533427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:68:67:55:56:11:11:0.164179:4:7:21:34:4:7:21:35 chr6 109583186 . A G 352.98 PASS AF=0.333333;AO=44;DP=133;FAO=44;FDP=132;FR=.;FRO=88;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=36;FWDB=-0.00179608;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.124;QD=10.6965;RBI=0.0208095;REFB=0.00548014;REVB=0.0207319;RO=87;SAF=22;SAR=22;SRF=52;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11272;STB=0.560579;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.0106264;OID=.;OPOS=109583186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:87:88:44:44:0.333333:22:22:52:35:22:22:52:36 chr6 109586062 . C T 583.58 PASS AF=0.495868;AO=60;DP=121;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=49;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=18;FWDB=-0.0109043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.31;QD=19.2919;RBI=0.0185894;REFB=-0.00836829;REVB=-0.0150553;RO=61;SAF=49;SAR=11;SRF=43;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150842;STB=0.584022;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00754416;OID=.;OPOS=109586062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:61:61:60:60:0.495868:11:49:43:18:11:49:43:18 chr6 109591433 . T C 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.020723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.791;QD=15.1971;RBI=0.0325174;REFB=-0.00120907;REVB=-0.0250587;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295851;STB=0.670813;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.000847404;OID=.;OPOS=109591433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:9:5:12:6:9:5:12:6 chr6 109621493 . AT A,AC 161.0 PASS AF=0.270833,0.104167;AO=14,8;DP=52;FAO=13,5;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10,1;FSAR=3,4;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0228417,0.0219604;FXX=0.058812;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.779,164.337;QD=13.417;RBI=0.0271121,0.0533665;REFB=-0.0337068,-0.0316076;REVB=-0.0146054,-0.0486387;RO=30;SAF=14,1;SAR=0,7;SRF=19;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.76963,-0.593177;STB=0.616546,0.840873;STBP=0.367,0.155;TYPE=del,snp;VARB=0.0342145,-0.0114494;OID=.,.;OPOS=109621494,109621494;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.270833,0.104167:14,8:52:13,5:48:30:10,1:3,4:19:11:98:30:14,1:0,7:19:11 chr6 109688057 . T G 422.32 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0123459;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.524;QD=20.8552;RBI=0.0222369;REFB=-0.00103298;REVB=0.0184949;RO=39;SAF=18;SAR=24;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00649878;STB=0.503595;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00110711;OID=.;OPOS=109688057;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:24:18:17:22:24:18:17:22 chr6 109752451 . T C 471.66 PASS AF=0.485437;AO=49;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0072103;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.389;QD=18.3168;RBI=0.0153776;REFB=-0.00582267;REVB=0.0135825;RO=53;SAF=31;SAR=18;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119375;STB=0.558647;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00445436;OID=.;OPOS=109752451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:53:49:50:0.485437:18:31:27:26:19:31:27:26 chr6 109764222 . G A 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0158006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.825;QD=10.1679;RBI=0.0168738;REFB=-0.00441923;REVB=-0.00592162;RO=37;SAF=7;SAR=12;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280223;STB=0.671305;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.011121;OID=.;OPOS=109764222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:38:19:19:0.333333:12:7:23:14:12:7:24:14 chr6 109767396 . G A 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00591339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.824;QD=9.11036;RBI=0.0831439;REFB=-0.0146074;REVB=-0.0829333;RO=16;SAF=7;SAR=1;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435579;STB=0.776955;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0211762;OID=.;OPOS=109767396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:1:7:9:7:1:7:9:7 chr6 109787108 . T C 57.08 PASS AF=0.150685;AO=11;DP=73;FAO=11;FDP=73;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0124725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3555;QD=3.12749;RBI=0.0124997;REFB=-0.00990181;REVB=0.000824408;RO=61;SAF=4;SAR=7;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179721;STB=0.616914;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0285081;OID=.;OPOS=109787108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:73:73:61:62:11:11:0.150685:7:4:31:30:7:4:31:31 chr6 109886005 . T C 711.07 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00219956;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.6739;QD=52.6719;RBI=0.0258318;REFB=0.0560305;REVB=0.025738;RO=2;SAF=25;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00134251;STB=0.500713;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00189804;OID=.;OPOS=109886005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:27:25:1:1:27:25:1:1 chr6 109894773 . T A 489.9 PASS AF=0.972222;AO=33;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.077492;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.216;QD=54.4333;RBI=0.0799346;REFB=-0.0708073;REVB=-0.0196096;RO=2;SAF=24;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373616;STB=0.509429;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00146112;OID=.;OPOS=109894773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:2:1:33:35:0.972222:9:24:2:0:9:26:1:0 chr6 109954252 . C A,T 1497.94 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=6,89;DP=97;FAO=6,90;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=2,40;FSAR=4,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00506135,0.0033896;FXX=0.0303;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=228.331,82.9972;QD=62.414;RBI=0.0104383,0.0247467;REFB=0,0;REVB=-0.00912916,-0.0245135;RO=0;SAF=2,40;SAR=4,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0190249,-0.00146656;OID=.,.;OPOS=109954252,109954252;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:97:96:0:0:6,89:6,90:0.0625,0.9375:4,49:2,40:0:0:4,50:2,40:0:0 chr6 109954518 . T C 724.02 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0713896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1188;QD=54.6428;RBI=0.0821325;REFB=-0.0719611;REVB=0.0406112;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00299601;OID=.;OPOS=109954518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:28:24:0:0:28:24:0:1 chr6 110106234 . A G 375.32 PASS AF=0.368852;AO=45;DP=122;FAO=45;FDP=122;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.0049796;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.941;QD=12.3056;RBI=0.0133554;REFB=-0.0154093;REVB=-0.0123924;RO=77;SAF=17;SAR=28;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15904;STB=0.590851;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0270031;OID=.;OPOS=110106234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:77:77:45:45:0.368852:28:17:40:37:28:17:40:37 chr6 110146303 . G A 664.31 PASS AF=0.58;AO=57;DP=102;FAO=58;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0181129;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.996;QD=26.5724;RBI=0.0199157;REFB=-0.0246008;REVB=0.00827992;RO=30;SAF=20;SAR=37;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845809;STB=0.535747;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0159318;OID=.;OPOS=110146303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:30:33:57:58:0.58:37:20:7:23:37:21:9:24 chr6 110301081 . G A 247.03 PASS AF=0.414286;AO=27;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0598521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.523;QD=14.1158;RBI=0.0603877;REFB=-0.0318916;REVB=0.00802522;RO=38;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998573;STB=0.55988;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0575615;OID=.;OPOS=110301081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:41:27:29:0.414286:13:14:16:22:14:15:17:24 chr6 110301266 . C T 119.77 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=0.0175395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.552;QD=7.9847;RBI=0.0259252;REFB=-0.0118769;REVB=-0.0190914;RO=42;SAF=6;SAR=11;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432987;STB=0.759736;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0450894;OID=.;OPOS=110301266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:43:17:17:0.283333:11:6:31:11:11:6:32:11 chr6 110301661 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.51;QD=58.0609;RBI=0.0514945;REFB=0;REVB=0.0287681;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.48486e-05;OID=.;OPOS=110301661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr6 110421361 . C T 948.85 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00677864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8218;QD=56.6475;RBI=0.018505;REFB=-0.0624351;REVB=-0.0172188;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.509088;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00206498;OID=.;OPOS=110421361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:0:1:65:66:0.985075:38:27:0:0:39:27:1:0 chr6 110536471 . GT G 51.16 PASS AF=0.202643;AO=75;DP=237;FAO=46;FDP=227;FR=.;FRO=181;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=76;FSRR=105;FWDB=-0.00478134;FXX=0.0421923;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.4436;QD=0.901499;RBI=0.0789882;REFB=-0.0766471;REVB=-0.0788434;RO=122;SAF=34;SAR=41;SRF=55;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00277951;STB=0.546801;STBP=0.501;TYPE=del;VARB=0.0703887;OID=.;OPOS=110536472;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.202643:75:237:46:227:181:22:24:76:105:51:122:34:41:55:67 chr6 110746526 . T C 518.56 PASS AF=0.504673;AO=52;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.030423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4247;QD=19.3854;RBI=0.0320847;REFB=-0.0123617;REVB=0.0101915;RO=53;SAF=31;SAR=21;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433787;STB=0.515946;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0117642;OID=.;OPOS=110746526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:53:52:54:0.504673:21:31:34:19:21:33:34:19 chr6 110777962 . A G 462.13 PASS AF=0.469388;AO=45;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0321442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.757;QD=18.8625;RBI=0.0323042;REFB=-0.0298338;REVB=-0.00321195;RO=52;SAF=23;SAR=22;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634004;STB=0.529399;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0291285;OID=.;OPOS=110777962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:45:46:0.469388:22:23:30:22:22:24:30:22 chr6 110778128 . T C 292.76 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00329912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.251;QD=17.2212;RBI=0.0069724;REFB=-0.0141499;REVB=-0.00614249;RO=36;SAF=12;SAR=20;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414206;STB=0.523241;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0211146;OID=.;OPOS=110778128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:20:12:15:21:20:12:15:21 chr6 110797707 . GGGG CACC,CCAC,CCCA 442.55 PASS AF=0.8125,0.0625,0.125;AO=26,2,4;DP=32;FAO=26,2,4;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1,3;FSAR=16,1,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243591,0.0253882,0.0239114;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=4,4,4;MLLD=163.927,140.801,118.31;QD=55.319;RBI=0.0277865,0.0296569,0.0281433;REFB=0,0,0;REVB=0.0133687,0.0153287,0.0148422;RO=0;SAF=10,1,3;SAR=16,1,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=7.71087e-08,0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,mnp;VARB=0.00406734,-0.0218776,-0.0151256;OID=.,.,.;OPOS=110797707,110797707,110797707;OREF=GGGG,GGGG,GGGG;OALT=CACC,CCAC,CCCA;OMAPALT=CACC,CCAC,CCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:20:32:32:0:0:26,2,4:26,2,4:0.8125,0.0625,0.125:16,1,1:10,1,3:0:0:16,1,1:10,1,3:0:0 chr6 110797713 . C T 362.79 PASS AF=0.875;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00114084;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.62;QD=45.3488;RBI=0.0241707;REFB=-0.00463992;REVB=0.0241438;RO=4;SAF=11;SAR=17;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848849;STB=0.545838;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000321707;OID=.;OPOS=110797713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:32:32:4:4:28:28:0.875:17:11:3:1:17:11:3:1 chr6 110964409 . G A 272.76 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00376512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.422;QD=24.2455;RBI=0.09529;REFB=-0.0144881;REVB=-0.0952155;RO=20;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128911;STB=0.571374;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0112267;OID=.;OPOS=110964409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:10:15:15:5:10:15:15:5 chr6 111283592 . C T 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0262807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.663;QD=19.9926;RBI=0.0769627;REFB=-0.000451521;REVB=-0.0723365;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180797;STB=0.510195;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.00118368;OID=.;OPOS=111283592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:10:12:13:10:10:12:13:10 chr6 111346685 . G A 480.0 PASS AF=0.376712;AO=53;DP=146;FAO=55;FDP=146;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=0.037786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.827;QD=13.1507;RBI=0.0387973;REFB=-0.00711139;REVB=-0.00880035;RO=90;SAF=24;SAR=29;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889903;STB=0.540895;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0123663;OID=.;OPOS=111346685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:90:91:53:55:0.376712:29:24:48:42:29:26:49:42 chr6 111368165 . C T 290.56 PASS AF=0.293233;AO=37;DP=132;FAO=39;FDP=133;FR=.;FRO=94;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=0.0177118;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.353;QD=8.73867;RBI=0.0281973;REFB=-0.0118308;REVB=-0.0219403;RO=92;SAF=20;SAR=17;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359543;STB=0.512189;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0311951;OID=.;OPOS=111368165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:92:94:37:39:0.293233:17:20:47:45:18:21:49:45 chr6 111498681 . G A 303.51 PASS AF=0.277419;AO=42;DP=155;FAO=43;FDP=155;FR=.;FRO=112;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=66;FSRR=46;FWDB=-0.0181228;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9538;QD=7.83261;RBI=0.0188279;REFB=-0.0140677;REVB=0.00510441;RO=113;SAF=26;SAR=16;SRF=66;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448892;STB=0.51155;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0279026;OID=.;OPOS=111498681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:113:112:42:43:0.277419:16:26:66:47:17:26:66:46 chr6 111587266 . T C 632.42 PASS AF=0.496124;AO=63;DP=128;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.00495109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.394;QD=19.6098;RBI=0.0189706;REFB=-0.00859147;REVB=0.0183131;RO=65;SAF=33;SAR=30;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562021;STB=0.527078;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00812487;OID=.;OPOS=111587266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:65:65:63:64:0.496124:30:33:38:27:30:34:38:27 chr6 111589293 . A C 223.42 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.00179137;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.458;QD=19.4275;RBI=0.0473566;REFB=-0.0299174;REVB=0.0473227;RO=24;SAF=6;SAR=16;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432802;STB=0.743969;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0611029;OID=.;OPOS=111589293;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:16:6:18:6:16:6:18:6 chr6 111620758 . G A 564.64 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0181918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.407;QD=57.912;RBI=0.0185687;REFB=-0.148291;REVB=0.00372242;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.515144;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=2.65185e-05;OID=.;OPOS=111620758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:39:39:0:1:37:38:0.974359:16:21:0:0:16:22:0:1 chr6 111652898 . T C 263.84 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00804355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2711;QD=12.8703;RBI=0.0421793;REFB=0.00494466;REVB=-0.0414053;RO=50;SAF=7;SAR=24;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291186;STB=0.675626;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00897407;OID=.;OPOS=111652898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:51:31:31:0.378049:24:7:23:27:24:7:24:27 chr6 111688681 . C T 226.25 PASS AF=0.3125;AO=22;DP=88;FAO=30;FDP=96;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=0.00166259;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.968;QD=9.42708;RBI=0.01889;REFB=-0.0119438;REVB=0.0188167;RO=64;SAF=13;SAR=9;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641252;STB=0.502244;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0242964;OID=.;OPOS=111688681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:96:64:66:22:30:0.3125:9:13:41:23:11:19:42:24 chr6 111695073 . C T 222.83 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0233295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.952;QD=18.964;RBI=0.0278999;REFB=-0.00259289;REVB=-0.0153016;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615519;STB=0.534852;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00545812;OID=.;OPOS=111695073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:10:12:12:13:10:12:12:13 chr6 111695268 . C T 416.12 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0268147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.235;QD=22.1932;RBI=0.0321051;REFB=-0.0324082;REVB=-0.0176553;RO=34;SAF=24;SAR=17;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469364;STB=0.525884;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0241343;OID=.;OPOS=111695268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:17:24:18:16:17:24:18:16 chr6 111695887 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=7;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0562594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.851;QD=15.3783;RBI=0.0563339;REFB=-0.0510584;REVB=0.00289607;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502138;STB=0.757095;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0443053;OID=.;OPOS=111695887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:7:12:0.461538:6:1:8:6:10:2:8:6 chr6 111696257 . G A 851.4 PASS AF=0.5;AO=84;DP=169;FAO=86;FDP=172;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=-0.010145;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7166;QD=19.8;RBI=0.0125724;REFB=0.0117443;REVB=-0.00742594;RO=85;SAF=34;SAR=50;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287528;STB=0.512096;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.0121554;OID=.;OPOS=111696257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:172:85:86:84:86:0.5:50:34:37:48:52:34:36:50 chr6 111696852 . T C 406.85 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0815995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.691;QD=20.0913;RBI=0.0817296;REFB=-0.0331638;REVB=0.00460983;RO=40;SAF=14;SAR=27;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234363;STB=0.630157;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0250026;OID=.;OPOS=111696852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:27:14:24:16:27:14:24:16 chr6 111901453 . G T 1135.44 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00860935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.658;QD=60.557;RBI=0.0138977;REFB=0;REVB=-0.0109098;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94015e-06;OID=.;OPOS=111901453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:37:37:0:0:37:38:0:0 chr6 112041139 . T G,TG 35.96 PASS AF=0,0.129412;AO=4,10;DP=85;FAO=0,11;FDP=85;FR=.;FRO=74;FSAF=0,4;FSAR=0,7;FSRF=49;FSRR=25;FWDB=-0.0179138,-0.00384092;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=218.466,45.9367;QD=1.69246;RBI=0.021815,0.0390339;REFB=5.29122e-05,-0.012575;REVB=-0.0124496,-0.0388444;RO=71;SAF=0,3;SAR=4,7;SRF=50;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.587314,-0.463256;STB=0.5,0.743098;STBP=1,0.126;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.160217;OID=.,.;OPOS=112041139,112041140;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:85:85:71:74:4,10:0,11:0,0.129412:4,7:0,3:50:21:0,7:0,4:49:25 chr6 112457390 . C T 1970.86 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00556597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.352;QD=62.0742;RBI=0.0117022;REFB=0;REVB=0.0102938;RO=0;SAF=62;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21802e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30265e-05;OID=.;OPOS=112457390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:65:62:0:0:65:62:0:0 chr6 112480041 . A G 821.79 PASS AF=0.529032;AO=82;DP=155;FAO=82;FDP=155;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.00687901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4319;QD=21.2074;RBI=0.00719984;REFB=-0.00411107;REVB=0.0021253;RO=73;SAF=39;SAR=43;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559006;STB=0.530605;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00349885;OID=.;OPOS=112480041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:73:73:82:82:0.529032:43:39:30:43:43:39:30:43 chr6 112493872 . A G 2274.19 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.049;QD=63.6138;RBI=0.0128844;REFB=0;REVB=0.00194096;RO=0;SAF=82;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21229e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.47076e-06;OID=.;OPOS=112493872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:61:82:0:0:61:82:0:0 chr6 112512905 . G A 268.49 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00779433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.456;QD=13.9474;RBI=0.00783365;REFB=0.00801688;REVB=0.000783915;RO=46;SAF=18;SAR=13;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626648;STB=0.535691;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.0121779;OID=.;OPOS=112512905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:13:18:24:22:13:18:24:22 chr6 112671933 . G A 437.54 PASS AF=0.518072;AO=42;DP=82;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0308983;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.331;QD=21.0861;RBI=0.0332096;REFB=-0.0286731;REVB=0.0121725;RO=40;SAF=14;SAR=28;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155164;STB=0.58967;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0194357;OID=.;OPOS=112671933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:40:40:42:43:0.518072:28:14:20:20:29:14:20:20 chr6 112672007 . A G 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0134535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.505;QD=17.5647;RBI=0.0341333;REFB=-0.0270977;REVB=0.0313701;RO=34;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529147;STB=0.521114;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0253907;OID=.;OPOS=112672007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:32:32:0.477612:17:15:14:20:17:15:15:20 chr6 114262015 . A C 340.09 PASS AF=0.736842;AO=28;DP=38;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0455995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.479;QD=35.7984;RBI=0.0461499;REFB=-0.0112679;REVB=-0.00710584;RO=10;SAF=20;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218998;STB=0.619745;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00630398;OID=.;OPOS=114262015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:10:10:28:28:0.736842:8:20:3:7:8:20:3:7 chr6 114292109 . C CCTG 32.09 PASS AF=0.2;AO=4;DP=38;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0208378;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=3;MLLD=168.147;QD=4.27839;RBI=0.0470798;REFB=-0.0303946;REVB=-0.0422172;RO=33;SAF=2;SAR=2;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502566;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.111629;OID=.;OPOS=114292110;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=CCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:4:38:6:30:24:3:3:12:12:32:33:2:2:18:15 chr6 114378970 . C T 358.0 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.023201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4738;QD=19.6163;RBI=0.0280822;REFB=0.0232196;REVB=-0.0158216;RO=36;SAF=17;SAR=20;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383771;STB=0.521305;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.0153631;OID=.;OPOS=114378970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:20:17:15:21:20:17:15:21 chr6 116262976 . G A 162.81 PASS AF=0.4;AO=17;DP=47;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.016513;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.663;QD=13.0249;RBI=0.0176294;REFB=0.00832485;REVB=-0.00617388;RO=28;SAF=5;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158385;STB=0.62777;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.0077729;OID=.;OPOS=116262976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:28:30:17:20:0.4:12:5:12:16:15:5:13:17 chr6 116263096 . G A 43.41 PASS AF=0.155556;AO=4;DP=43;FAO=7;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00259038;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.313;QD=3.85845;RBI=0.0165975;REFB=-0.00723302;REVB=-0.0163941;RO=24;SAF=2;SAR=2;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302208;STB=0.666223;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.032983;OID=.;OPOS=116263096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:45:24:38:4:7:0.155556:2:2:6:18:3:4:14:24 chr6 116263181 . T C 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.000239974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.666;QD=24.3828;RBI=0.0090154;REFB=-0.0144021;REVB=0.00901221;RO=21;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114436;STB=0.563709;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0113532;OID=.;OPOS=116263181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:16:10:11:10:16:10:11:10 chr6 116288844 . G A 381.0 PASS AF=0.307229;AO=51;DP=167;FAO=51;FDP=166;FR=.;FRO=115;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=67;FSRR=48;FWDB=-0.0292434;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.652;QD=9.18073;RBI=0.0371453;REFB=-0.00926878;REVB=-0.0229041;RO=115;SAF=22;SAR=29;SRF=67;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178633;STB=0.603703;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0165107;OID=.;OPOS=116288844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:115:115:51:51:0.307229:29:22:67:48:29:22:67:48 chr6 116289856 . A G 200.67 PASS AF=0.236641;AO=30;DP=130;FAO=31;FDP=131;FR=.;FRO=100;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=61;FWDB=-0.00696791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.731;QD=6.12727;RBI=0.017711;REFB=-0.00559542;REVB=0.0162827;RO=99;SAF=12;SAR=18;SRF=39;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0079439;STB=0.523164;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0221908;OID=.;OPOS=116289856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:99:100:30:31:0.236641:18:12:39:60:18:13:39:61 chr6 116325142 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.111;QD=57.5453;RBI=0.0160366;REFB=0;REVB=-0.00280846;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68698e-05;OID=.;OPOS=116325142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:38:20:0:0:38:20:0:0 chr6 116571255 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00878401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3689;QD=62.3498;RBI=0.0600345;REFB=0;REVB=-0.0593884;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000812982;OID=.;OPOS=116571255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr6 116574455 . G A 432.63 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165196;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7557;QD=57.684;RBI=0.0439589;REFB=0;REVB=0.0407368;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102403;OID=.;OPOS=116574455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr6 116575083 . C A 1027.52 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0863836;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.864;QD=59.5666;RBI=0.0881863;REFB=0;REVB=0.01774;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230536;OID=.;OPOS=116575083;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr6 116599665 . T C 726.9 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0395961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4762;QD=63.2089;RBI=0.0501948;REFB=0;REVB=0.0308491;RO=0;SAF=37;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.07649e-05;OID=.;OPOS=116599665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:9:37:0:0:9:37:0:0 chr6 116600465 . T TCAC 353.85 PASS AF=0.9;AO=25;DP=31;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0263954;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=3;MLLD=265.888;QD=47.1795;RBI=0.0477858;REFB=-0.0194796;REVB=0.0398343;RO=4;SAF=16;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381866;STB=0.531227;STBP=0.325;TYPE=ins;VARB=0.00375434;OID=.;OPOS=116600466;OREF=-;OALT=CAC;OMAPALT=TCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:25:31:27:30:3:17:10:1:2:14:4:16:9:2:2 chr6 116600774 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=368.938;QD=42.1826;RBI=0.0258629;REFB=0;REVB=0.00994534;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.14885e-05;OID=.;OPOS=116600774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr6 116600810 . G A 220.07 PASS AF=0.833333;AO=19;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0803268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4983;QD=36.679;RBI=0.103275;REFB=-0.0775801;REVB=0.06491;RO=5;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479404;STB=0.54995;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0230242;OID=.;OPOS=116600810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:24:24:5:4:19:20:0.833333:10:9:3:2:11:9:3:1 chr6 116600944 . C T 438.17 PASS AF=0.348101;AO=55;DP=158;FAO=55;FDP=158;FR=.;FRO=103;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=0.00482837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.669;QD=11.093;RBI=0.0122737;REFB=-0.0067786;REVB=0.011284;RO=102;SAF=31;SAR=24;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127622;STB=0.576022;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.011479;OID=.;OPOS=116600944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:102:103:55:55:0.348101:24:31:46:56:24:31:46:57 chr6 116757557 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.779;QD=51.1835;RBI=0.0278932;REFB=0;REVB=0.0189809;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620366;OID=.;OPOS=116757557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr6 116783330 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0138085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.82;QD=13.6309;RBI=0.0367772;REFB=-0.0199768;REVB=0.0340864;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149044;STB=0.588021;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0297435;OID=.;OPOS=116783330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:6:3:4:4:6:3 chr6 116875427 . G A 1937.12 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410978;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.79;QD=61.9879;RBI=0.0445057;REFB=0;REVB=0.0170802;RO=0;SAF=47;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9471e-05;OID=.;OPOS=116875427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:78:47:0:0:78:47:0:0 chr6 117086323 . G T 485.31 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=118;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0173336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.871;QD=16.4511;RBI=0.0244749;REFB=-0.00963509;REVB=0.0172791;RO=65;SAF=26;SAR=27;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438923;STB=0.524486;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0115485;OID=.;OPOS=117086323;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:65:65:53:53:0.449153:27:26:29:36:27:26:29:36 chr6 117121894 . G A 1273.41 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.073;QD=61.3691;RBI=0.0215022;REFB=0;REVB=-0.0167997;RO=0;SAF=48;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154427;OID=.;OPOS=117121894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:34:48:0:0:35:48:0:0 chr6 117243260 . T C 587.96 PASS AF=0.427586;AO=61;DP=144;FAO=62;FDP=145;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=52;FWDB=0.00461462;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.894;QD=16.2195;RBI=0.00579501;REFB=-0.0134117;REVB=0.00350534;RO=83;SAF=31;SAR=30;SRF=31;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138567;STB=0.572391;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0177153;OID=.;OPOS=117243260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:83:83:61:62:0.427586:30:31:31:52:31:31:31:52 chr6 117244374 . T C 676.05 PASS AF=0.479452;AO=66;DP=146;FAO=70;FDP=146;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=20;FSRR=56;FWDB=0.03403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.598;QD=18.5219;RBI=0.0375959;REFB=-0.0135258;REVB=0.0159816;RO=79;SAF=26;SAR=40;SRF=23;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108577;STB=0.59014;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0190861;OID=.;OPOS=117244374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:79:76:66:70:0.479452:40:26:23:56:40:30:20:56 chr6 117246719 . C T 255.35 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0028475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.787;QD=13.265;RBI=0.0052856;REFB=0.000342912;REVB=-0.00445301;RO=47;SAF=12;SAR=18;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743282;STB=0.542525;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000722788;OID=.;OPOS=117246719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:18:12:22:25:18:12:22:25 chr6 117248218 . T C 512.35 PASS AF=0.647887;AO=46;DP=74;FAO=46;FDP=71;FR=.;FRO=25;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0141497;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.998;QD=28.8648;RBI=0.0146966;REFB=-0.00701588;REVB=0.00397221;RO=27;SAF=34;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252083;STB=0.620731;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00403154;OID=.;OPOS=117248218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:71:27:25:46:46:0.647887:12:34:11:16:12:34:11:14 chr6 117248606 . A G 509.51 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0158016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8864;QD=21.0109;RBI=0.0493683;REFB=-0.00381929;REVB=-0.0467711;RO=48;SAF=20;SAR=29;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834942;STB=0.546214;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00275246;OID=.;OPOS=117248606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:29:20:24:24:29:20:24:24 chr6 117252672 . C A 167.14 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0238859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2289;QD=15.1942;RBI=0.0640704;REFB=0.00922622;REVB=-0.0594515;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145804;STB=0.521029;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.018603;OID=.;OPOS=117252672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:26:18:18:0.409091:11:7:9:15:11:7:11:15 chr6 117717348 . T C 433.24 PASS AF=0.393701;AO=50;DP=127;FAO=50;FDP=127;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.00369354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.193;QD=13.6453;RBI=0.0168597;REFB=0.00284283;REVB=0.0164501;RO=75;SAF=30;SAR=20;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142638;STB=0.573219;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00421034;OID=.;OPOS=117717348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:75:77:50:50:0.393701:20:30:35:40:20:30:37:40 chr6 117725578 . T A 421.58 PASS AF=0.443396;AO=46;DP=105;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=9.6159e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.131;QD=15.9088;RBI=0.00712245;REFB=0.00141513;REVB=0.0071218;RO=59;SAF=18;SAR=28;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136232;STB=0.580676;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00162707;OID=.;OPOS=117725578;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:59:59:46:47:0.443396:28:18:31:28:29:18:31:28 chr6 117730819 . G A 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00307006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.697;QD=16.7506;RBI=0.00915212;REFB=-0.0191839;REVB=-0.00862184;RO=39;SAF=17;SAR=16;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269695;STB=0.515142;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0251854;OID=.;OPOS=117730819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:16:17:19:20:16:17:19:20 chr6 117778925 . G A 142.59 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0210325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.292;QD=8.26629;RBI=0.0345095;REFB=-0.00998956;REVB=0.0273595;RO=49;SAF=11;SAR=9;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505219;STB=0.530162;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0229544;OID=.;OPOS=117778925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:49:20:20:0.289855:9:11:29:20:9:11:29:20 chr6 117842759 . CTG C 400.73 PASS AF=0.429907;AO=44;DP=109;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.018379;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=2;MLLD=195.461;QD=14.9804;RBI=0.0188282;REFB=-0.00164414;REVB=0.00408813;RO=58;SAF=22;SAR=22;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157567;STB=0.600442;STBP=0.094;TYPE=del;VARB=0.0020456;OID=.;OPOS=117842760;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.429907:44:109:46:107:61:22:24:40:21:99:58:22:22:38:20 chr6 117859953 . C T 195.12 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0692472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.847;QD=14.1903;RBI=0.0692555;REFB=-0.0073632;REVB=0.0010765;RO=32;SAF=5;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298869;STB=0.672733;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00761944;OID=.;OPOS=117859953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:18:5:15:17:18:5:15:17 chr6 117860508 . A G 790.79 PASS AF=0.479532;AO=82;DP=171;FAO=82;FDP=171;FR=.;FRO=89;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=0.0426596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3714;QD=18.4981;RBI=0.0433648;REFB=0.00686213;REVB=-0.00778865;RO=89;SAF=31;SAR=51;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483207;STB=0.526711;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00595318;OID=.;OPOS=117860508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:89:89:82:82:0.479532:51:31:38:51:51:31:38:51 chr6 117869491 . G A 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0242048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.8;QD=21.4745;RBI=0.0244493;REFB=-0.0142421;REVB=-0.00344929;RO=25;SAF=12;SAR=19;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141468;STB=0.578403;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.013372;OID=.;OPOS=117869491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:19:12:14:11:19:12:14:11 chr6 118786486 . T C 283.13 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0115125;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.036;QD=14.7082;RBI=0.0155271;REFB=-0.00327921;REVB=-0.0104189;RO=45;SAF=15;SAR=17;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14205;STB=0.580199;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00569924;OID=.;OPOS=118786486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:45:45:32:32:0.415584:17:15:15:30:17:15:15:30 chr6 118880493 . T C 525.55 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0204544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.822;QD=21.6723;RBI=0.0227677;REFB=0.00728581;REVB=0.00999944;RO=47;SAF=27;SAR=23;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116629;STB=0.506437;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.0108463;OID=.;OPOS=118880493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:23:27:26:21:23:27:26:21 chr6 118880640 . T G 462.29 PASS AF=0.49505;AO=47;DP=98;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=0.0255842;FXX=0.0380916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.868;QD=18.3086;RBI=0.0520138;REFB=-0.00321482;REVB=0.0452867;RO=51;SAF=17;SAR=30;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911783;STB=0.558077;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00283467;OID=.;OPOS=118880640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:51:51:47:50:0.49505:30:17:14:37:31:19:14:37 chr6 118881660 . G A 58.35 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.013162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.389;QD=4.76299;RBI=0.0132489;REFB=0.00439748;REVB=-0.00151476;RO=38;SAF=8;SAR=1;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362416;STB=0.742195;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0137679;OID=.;OPOS=118881660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:38:40:9:9:0.183673:1:8:26:12:1:8:28:12 chr6 118881822 . C T 579.5 PASS AF=0.462121;AO=60;DP=131;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0032562;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.981;QD=17.5605;RBI=0.0138427;REFB=-0.0115534;REVB=-0.0134543;RO=70;SAF=18;SAR=42;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180868;STB=0.59723;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0126732;OID=.;OPOS=118881822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:70:71:60:61:0.462121:42:18:33:37:42:19:34:37 chr6 118886961 . G T 352.42 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0646806;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.215;QD=23.4944;RBI=0.0704424;REFB=-0.0231358;REVB=-0.0279024;RO=25;SAF=19;SAR=16;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174002;STB=0.509573;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0203149;OID=.;OPOS=118886961;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:25:25:35:35:0.583333:16:19:13:12:16:19:13:12 chr6 118887303 . T C 432.25 PASS AF=0.390625;AO=50;DP=128;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.0129774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.062;QD=13.5077;RBI=0.0232792;REFB=-0.00633775;REVB=0.0193264;RO=78;SAF=26;SAR=24;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00608148;STB=0.503443;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0092664;OID=.;OPOS=118887303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:78:78:50:50:0.390625:24:26:41:37:24:26:41:37 chr6 118973953 . A G 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00893282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.304;QD=17.0892;RBI=0.0108083;REFB=-0.00759148;REVB=0.00608471;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140118;STB=0.569222;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00726476;OID=.;OPOS=118973953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:11:14:11:16:11:14:12:16 chr6 119136759 . A C 216.52 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0300706;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.091;QD=21.1236;RBI=0.030257;REFB=-0.0203783;REVB=-0.00335299;RO=17;SAF=6;SAR=15;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636072;STB=0.564452;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0161151;OID=.;OPOS=119136759;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:20:21:21:0.512195:15:6:6:11:15:6:8:12 chr6 119149149 . C G 261.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00453153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.754;QD=17.1662;RBI=0.00590793;REFB=-0.00495687;REVB=-0.00379063;RO=31;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922242;STB=0.559778;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00531223;OID=.;OPOS=119149149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:32:29:29:0.47541:16:13:17:14:16:13:18:14 chr6 119252727 . G A 419.99 PASS AF=0.337838;AO=50;DP=148;FAO=50;FDP=148;FR=.;FRO=98;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=58;FSRR=40;FWDB=-0.0207496;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2986;QD=11.351;RBI=0.0311988;REFB=0.0138009;REVB=-0.0232985;RO=97;SAF=20;SAR=30;SRF=57;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213622;STB=0.625619;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.012043;OID=.;OPOS=119252727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:97:98:50:50:0.337838:30:20:57:40:30:20:58:40 chr6 119327632 . C T 461.33 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0106954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5252;QD=18.8297;RBI=0.0701365;REFB=0.0107052;REVB=-0.0693162;RO=52;SAF=24;SAR=22;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207177;STB=0.51154;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.0165671;OID=.;OPOS=119327632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:22:24:26:26:22:24:26:26 chr6 119390287 . G A 1004.49 PASS AF=0.447674;AO=71;DP=175;FAO=77;FDP=172;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.00684824;FXX=0.0171419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8107;QD=23.3602;RBI=0.0942443;REFB=-0.0073007;REVB=-0.0939952;RO=49;SAF=23;SAR=48;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00221397;STB=0.504853;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0155548;OID=.;OPOS=119390287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:172:49:55:71:77:0.447674:48:23:16:33:51:26:18:37 chr6 119510941 . C A 1018.47 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0043793;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=118.793;QD=56.5819;RBI=0.00805301;REFB=-0.0842009;REVB=-0.00675815;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513885;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000201535;OID=.;OPOS=119510941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:0:2:70:70:0.972222:35:35:0:0:35:35:2:0 chr6 120583498 . G A 89.78 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00145207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.73;QD=7.48135;RBI=0.0164642;REFB=-0.00625384;REVB=-0.0164;RO=36;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198359;STB=0.623087;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00267499;OID=.;OPOS=120583498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:5:7:15:21:5:7:15:21 chr6 120583501 . T G 91.0 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0104028;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.386;QD=7.74493;RBI=0.0260684;REFB=0.00241245;REVB=0.0239028;RO=36;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198359;STB=0.633929;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00726142;OID=.;OPOS=120583501;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:48:47:36:35:12:12:0.255319:5:7:15:21:5:7:14:21 chr6 120583509 . A G 90.43 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0203946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.484;QD=7.86317;RBI=0.0206995;REFB=0.00041088;REVB=0.00353934;RO=34;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202385;STB=0.624796;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0011771;OID=.;OPOS=120583509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:5:7:14:20:5:7:14:20 chr6 120583521 . A T 91.1 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0221053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.929;QD=8.28163;RBI=0.038698;REFB=0.000374781;REVB=-0.031763;RO=32;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206716;STB=0.626659;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00905116;OID=.;OPOS=120583521;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:5:7:13:19:5:7:13:19 chr6 120583526 . C G 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0262237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.416;QD=7.48181;RBI=0.0269063;REFB=-0.0099106;REVB=0.00602211;RO=28;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355854;STB=0.721217;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00683198;OID=.;OPOS=120583526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:3:7:11:17:3:7:11:17 chr6 120583533 . A G 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0076032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.608;QD=7.03205;RBI=0.0112439;REFB=-0.002779;REVB=0.00828356;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324668;STB=0.703267;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00713517;OID=.;OPOS=120583533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:3:6:10:16:3:6:10:16 chr6 121451095 . C T 259.14 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0249307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8561;QD=24.1063;RBI=0.0251112;REFB=0.0202835;REVB=0.00300508;RO=19;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298626;STB=0.51662;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.016352;OID=.;OPOS=121451095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:13:11:8:11:13:11:8:11 chr6 121602785 . T A 314.61 PASS AF=0.492754;AO=33;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0670433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.034;QD=18.2384;RBI=0.0674327;REFB=-0.00994642;REVB=-0.00723623;RO=36;SAF=18;SAR=15;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621747;STB=0.521273;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0178961;OID=.;OPOS=121602785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:35:33:34:0.492754:15:18:22:14:15:19:21:14 chr6 121602795 . C T 233.67 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.013429;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.11;QD=16.9944;RBI=0.0174691;REFB=-0.0103985;REVB=-0.0111727;RO=29;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125;STB=0.507037;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0110438;OID=.;OPOS=121602795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:29:29:26:26:0.472727:12:14:16:13:12:14:16:13 chr6 121620608 . G T 767.3 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0628963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.773;QD=56.8373;RBI=0.0673591;REFB=0;REVB=-0.0241102;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000257586;OID=.;OPOS=121620608;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:18:35:0:0:19:35:0:0 chr6 121625945 . A G 262.17 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0136487;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=166.793;QD=25.5779;RBI=0.0147662;REFB=0.000419208;REVB=-0.00563523;RO=17;SAF=14;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128583;STB=0.571369;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000269703;OID=.;OPOS=121625945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:10:14:7:10:10:14:7:10 chr6 121632008 . T A 1598.78 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0413716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6094;QD=58.6707;RBI=0.0534294;REFB=-0.0965156;REVB=0.0338096;RO=0;SAF=46;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73491e-08;STB=0.504064;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000935563;OID=.;OPOS=121632008;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:109:0:1:107:108:0.990826:61:46:0:0:61:47:0:1 chr6 121638666 . G A 347.91 PASS AF=0.408602;AO=35;DP=90;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.0272929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.269;QD=14.9639;RBI=0.0339547;REFB=-0.0176979;REVB=-0.0201995;RO=55;SAF=21;SAR=14;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286318;STB=0.675407;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0276832;OID=.;OPOS=121638666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:55:55:35:38:0.408602:14:21:18:37:14:24:18:37 chr6 121638682 . G A 374.41 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.0010088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.136;QD=15.6002;RBI=0.0191476;REFB=0.000706719;REVB=-0.019121;RO=56;SAF=24;SAR=16;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247423;STB=0.639276;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00144735;OID=.;OPOS=121638682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:56:40:40:0.416667:16:24:20:36:16:24:20:36 chr6 121642790 . T C 779.55 PASS AF=0.455556;AO=82;DP=180;FAO=82;FDP=180;FR=.;FRO=98;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=0.0616265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0827;QD=17.3233;RBI=0.061819;REFB=0.00735394;REVB=-0.00487391;RO=98;SAF=40;SAR=42;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00195466;STB=0.501084;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.00870372;OID=.;OPOS=121642790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:98:98:82:82:0.455556:42:40:48:50:42:40:48:50 chr6 121642851 . C T 862.23 PASS AF=0.521212;AO=86;DP=165;FAO=86;FDP=165;FR=.;FRO=79;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.00723419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.49;QD=20.9026;RBI=0.00749005;REFB=0.00117235;REVB=-0.00194095;RO=79;SAF=39;SAR=47;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793349;STB=0.543496;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.0010146;OID=.;OPOS=121642851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:79:79:86:86:0.521212:47:39:43:36:47:39:43:36 chr6 121642916 . C T 609.1 PASS AF=0.56701;AO=55;DP=96;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0581915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.284;QD=25.1176;RBI=0.0587761;REFB=-0.013005;REVB=-0.00826887;RO=41;SAF=33;SAR=22;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14585;STB=0.585031;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0156973;OID=.;OPOS=121642916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:41:42:55:55:0.56701:22:33:17:24:22:33:17:25 chr6 121675600 . T C 217.82 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0423256;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.4152;QD=11.4644;RBI=0.0660703;REFB=-0.0107295;REVB=0.0507329;RO=49;SAF=19;SAR=8;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207156;STB=0.62056;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0273675;OID=.;OPOS=121675600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:49:27:27:0.355263:8:19:26:23:8:19:26:23 chr6 121699974 . GA G,GG 1728.0 PASS AF=0.0173913,0.982609;AO=16,98;DP=114;FAO=2,113;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=2,56;FSAR=0,57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224841,0.018964;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=247.392,270.359;QD=60.1044;RBI=0.0697807,0.0670471;REFB=0,0;REVB=0.0660591,0.0643092;RO=0;SAF=3,55;SAR=13,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.78418e-08,-4.423e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0136999,0.00286472;OID=.,.;OPOS=121699975,121699975;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0173913,0.982609:16,98:114:2,113:115:0:2,56:0,57:0:0:3:0:3,55:13,43:0:0 chr6 121770875 . C T 595.37 PASS AF=1;AO=32;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.967;QD=61.0632;RBI=0.0816895;REFB=0;REVB=0.0793983;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281267;OID=.;OPOS=121770875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:32:39:1:14:18:0:0:21:18:0:0 chr6 122734704 . G A 137.27 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.034736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1501;QD=8.7155;RBI=0.0377842;REFB=0.00729103;REVB=-0.0148678;RO=44;SAF=8;SAR=11;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119302;STB=0.571114;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.0124736;OID=.;OPOS=122734704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:44:19:19:0.301587:11:8:23:21:11:8:23:21 chr6 123066514 . T C 299.05 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0161837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.785;QD=16.1648;RBI=0.0261882;REFB=-0.00477699;REVB=0.020589;RO=40;SAF=14;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501436;STB=0.535633;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00835523;OID=.;OPOS=123066514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:41:33:33:0.445946:19:14:19:21:19:14:20:21 chr6 123066585 . G A 236.11 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.076002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7377;QD=19.2739;RBI=0.0764537;REFB=-0.0192653;REVB=0.00829848;RO=26;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085235;STB=0.548344;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0313019;OID=.;OPOS=123066585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:16:7:10:16:16:7:10:16 chr6 123101646 . GA G,GG 622.53 PASS AF=1,0;AO=22,17;DP=44;FAO=41,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462664,-0.050574;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=255.552,248.738;QD=60.7348;RBI=0.0664879,0.0636535;REFB=0,0;REVB=0.0477499,0.0386528;RO=4;SAF=7,14;SAR=15,3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.10853,0.358954;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00031819,-0.0115159;OID=.,.;OPOS=123101647,123101647;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:22,17:44:41,0:41:0:22,0:19,0:0:0:4:4:7,14:15,3:0:4 chr6 123110537 . C T 335.83 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0246027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.022;QD=22.3887;RBI=0.0406157;REFB=-0.0223002;REVB=-0.0323163;RO=25;SAF=23;SAR=11;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00310324;STB=0.511105;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0160539;OID=.;OPOS=123110537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:26:34:34:0.566667:11:23:17:8:11:23:17:9 chr6 123319131 . G A 180.5 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.00010881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.169;QD=9.25617;RBI=0.0066516;REFB=-0.00417357;REVB=-0.00665071;RO=50;SAF=9;SAR=15;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101042;STB=0.536882;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00984827;OID=.;OPOS=123319131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:54:24:24:0.307692:15:9:23:27:15:9:23:31 chr6 123594510 . T TA 2618.0 PASS AF=1;AO=240;DP=332;FAO=286;FDP=286;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=175;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126972;FXX=0.0205472;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.4468;QD=36.6154;RBI=0.133076;REFB=0.0255021;REVB=-0.0398426;RO=83;SAF=92;SAR=148;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496859;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00259858;OID=.;OPOS=123594511;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:240:332:286:286:0:111:175:0:0:40:83:92:148:40:43 chr6 123658825 . G T 4785.74 PASS AF=1;AO=307;DP=310;FAO=309;FDP=309;FR=.;FRO=0;FSAF=171;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181404;FXX=0.0032257;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4249;QD=61.9514;RBI=0.018292;REFB=-0.031315;REVB=0.00235029;RO=2;SAF=171;SAR=136;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000713049;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316305;OID=.;OPOS=123658825;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:310:309:2:0:307:309:1:136:171:1:1:138:171:0:0 chr6 123687288 . A C,T 2865.68 PASS AF=0.958333,0.0208333;AO=182,7;DP=192;FAO=184,4;FDP=192;FR=.;FRO=4;FSAF=97,1;FSAR=87,3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0258515,0.00998897;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=130.084,12.0827;QD=59.7018;RBI=0.0260352,0.0371096;REFB=0.0125705,0.00508839;REVB=0.00308747,-0.0357399;RO=2;SAF=99,0;SAR=83,7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00952017,-0.804017;STB=0.504757,0.748747;STBP=0.396,0.267;TYPE=snp,snp;VARB=0.000233588,0.0858216;OID=.,.;OPOS=123687288,123687288;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:192:192:2:4:182,7:184,4:0.958333,0.0208333:83,7:99,0:2:0:87,3:97,1:3:1 chr6 123702499 . G A 1907.74 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.792;QD=61.5401;RBI=0.0124763;REFB=0;REVB=0.0103108;RO=0;SAF=57;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49127e-05;OID=.;OPOS=123702499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:66:57:0:0:67:57:0:0 chr6 123758492 . C T 1624.13 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.789;QD=60.153;RBI=0.00208681;REFB=0;REVB=-0.000872244;RO=0;SAF=63;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.58649e-06;OID=.;OPOS=123758492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:44:63:0:0:44:64:0:0 chr6 123758543 . T G 36.52 PASS AF=0.127273;AO=5;DP=55;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00619757;FXX=0;HRUN=27;LEN=1;MLLD=160.213;QD=2.65598;RBI=0.0320273;REFB=-0.000167677;REVB=-0.0314219;RO=48;SAF=1;SAR=4;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392345;STB=0.860521;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.000919079;OID=.;OPOS=123758543;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:55:55:48:48:5:7:0.127273:4:1:27:21:6:1:27:21 chr6 123833457 . G C 2332.18 PASS AF=1;AO=144;DP=148;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000795481;FXX=0.0201329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.528;QD=63.8953;RBI=0.0106797;REFB=0;REVB=0.01065;RO=0;SAF=85;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48704e-05;OID=.;OPOS=123833457;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:146:0:0:144:146:1:59:85:0:0:61:85:0:0 chr6 124603378 . A G 361.36 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0216841;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.739;QD=15.0565;RBI=0.0222346;REFB=-0.019483;REVB=0.00491707;RO=56;SAF=17;SAR=22;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299308;STB=0.512176;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0279587;OID=.;OPOS=124603378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:56:57:39:39:0.40625:22:17:26:30:22:17:26:31 chr6 124603390 . A G 384.55 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0294355;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.8156;QD=15.382;RBI=0.0359222;REFB=-0.000188938;REVB=0.0205903;RO=57;SAF=18;SAR=23;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541966;STB=0.531189;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-1.88365e-05;OID=.;OPOS=124603390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:59:41:41:0.41:23:18:28:29:23:18:29:30 chr6 125284113 . C T 137.33 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0179473;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.746;QD=9.98785;RBI=0.0373771;REFB=-0.0207661;REVB=-0.0327863;RO=37;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480702;STB=0.528424;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0410337;OID=.;OPOS=125284113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:37:37:18:18:0.327273:8:10:19:18:8:10:19:18 chr6 125284457 . T C 1513.4 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00195279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.624;QD=59.9365;RBI=0.0228034;REFB=0;REVB=0.0227197;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72022e-05;OID=.;OPOS=125284457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:55:46:0:0:55:46:0:0 chr6 125475139 . G A 237.61 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0232852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.289;QD=13.7745;RBI=0.0239616;REFB=-0.0137867;REVB=-0.00565342;RO=41;SAF=7;SAR=21;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408058;STB=0.733163;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0118338;OID=.;OPOS=125475139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:21:7:26:15:21:7:26:15 chr6 125573194 . A G 268.53 PASS AF=0.402597;AO=30;DP=76;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00632464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.738;QD=13.9494;RBI=0.0285447;REFB=-0.0121479;REVB=-0.0278352;RO=45;SAF=18;SAR=12;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481271;STB=0.529597;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0197897;OID=.;OPOS=125573194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:45:46:30:31:0.402597:12:18:25:20:12:19:26:20 chr6 126080801 . T C 74.51 PASS AF=0.222222;AO=11;DP=50;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0196663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.187;QD=5.51938;RBI=0.158882;REFB=-0.00183508;REVB=-0.15766;RO=37;SAF=8;SAR=3;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366211;STB=0.520513;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0249715;OID=.;OPOS=126080801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:50:54:37:42:11:12:0.222222:3:8:26:11:4:8:27:15 chr6 126080841 . A AC 40.98 PASS AF=0.4;AO=5;DP=21;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.030054;FXX=0.0475964;HRUN=0;LEN=1;MLLD=24.3802;QD=8.19538;RBI=0.11366;REFB=-0.037754;REVB=0.109615;RO=14;SAF=1;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294624;STB=0.666222;STBP=0.289;TYPE=ins;VARB=0.141022;OID=.;OPOS=126080842;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:5:21:8:20:12:2:6:6:6:40:14:1:4:6:8 chr6 126210395 . T G 188.89 PASS AF=0.85;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0378137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7185;QD=37.7788;RBI=0.0413885;REFB=-0.100142;REVB=-0.0168265;RO=3;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119205;STB=0.565144;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0128794;OID=.;OPOS=126210395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:20:20:3:3:17:17:0.85:10:7:0:3:10:7:0:3 chr6 126250396 . TTT AAA,TAA,TTA 140.87 PASS AF=0.238095,0.238095,0.333333;AO=2,5,7;DP=21;FAO=5,5,7;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=1,0,1;FSAR=4,5,6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0847087,0.141164,0.251903;FXX=0;HRUN=13,13,13;LEN=3,2,1;MLLD=30.3498,25.8241,16.3365;QD=26.8325;RBI=0.0859493,0.141653,0.254391;REFB=0.00519415,0.00736639,-0.00714761;REVB=-0.01455,-0.0117558,-0.0354937;RO=3;SAF=0,0,1;SAR=2,5,6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0.175667;STB=0.666163,0.5,0.62471;STBP=0.725,1,0.671;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0.0653993,-0.105418,0.0350333;OID=.,.,.;OPOS=126250396,126250397,126250398;OREF=TTT,TT,T;OALT=AAA,AA,A;OMAPALT=AAA,TAA,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:35:21:21:3:4:2,5,7:5,5,7:0.238095,0.238095,0.333333:2,5,6:0,0,1:0:3:4,5,6:1,0,1:0:4 chr6 126278230 . G C 885.29 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5052;QD=58.0517;RBI=0.0612368;REFB=0;REVB=-0.0391096;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000966405;OID=.;OPOS=126278230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr6 126667455 . C T 211.23 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0154183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.197;QD=12.07;RBI=0.0301212;REFB=-0.00486901;REVB=-0.025876;RO=42;SAF=11;SAR=15;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833333;STB=0.548743;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00627681;OID=.;OPOS=126667455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:44:26:26:0.371429:15:11:21:21:15:11:22:22 chr6 127607858 . G A 224.28 PASS AF=0.278261;AO=32;DP=116;FAO=32;FDP=115;FR=.;FRO=83;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=-0.0119209;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.026;QD=7.80117;RBI=0.0139194;REFB=-0.00427852;REVB=0.00718618;RO=83;SAF=12;SAR=20;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289725;STB=0.517231;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0100885;OID=.;OPOS=127607858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:83:83:32:32:0.278261:20:12:33:50:20:12:33:50 chr6 127767595 . TC CT,T 50.16 PASS AF=0.0344828,0.298851;AO=7,34;DP=87;FAO=3,26;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=0,15;FSAR=3,11;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.00933242,-0.100479;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=120.585,7.69163;QD=2.30621;RBI=0.191657,0.183223;REFB=-0.014807,-0.152919;REVB=-0.19143,-0.153215;RO=40;SAF=0,22;SAR=7,12;SRF=15;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.636791,0.261984;STB=0.995985,0.611329;STBP=0.131,0.193;TYPE=mnp,del;VARB=0.155267,0.0649498;OID=.,.;OPOS=127767595,127767596;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:47:87:87:40:58:7,34:3,26:0.0344828,0.298851:7,12:0,22:15:25:3,11:0,15:24:34 chr6 127768472 . G A 339.24 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.017838;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8093;QD=17.623;RBI=0.0341978;REFB=0.00125889;REVB=-0.0291769;RO=42;SAF=18;SAR=18;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160683;STB=0.59735;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.000695421;OID=.;OPOS=127768472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:42:41:36:36:0.467532:18:18:28:14:18:18:28:13 chr6 127771349 . G A 128.87 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00575934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.95;QD=8.4507;RBI=0.00730723;REFB=-0.0122009;REVB=0.0044973;RO=42;SAF=8;SAR=10;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120414;STB=0.579622;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.023467;OID=.;OPOS=127771349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:43:18:18:0.295082:10:8:23:19:10:8:24:19 chr6 127796935 . C T 61.25 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0240869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4778;QD=6.8054;RBI=0.0354289;REFB=-0.00734498;REVB=-0.0259813;RO=27;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502144;STB=0.813305;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0390225;OID=.;OPOS=127796935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:2:7:9:18:2:7:9:18 chr6 127797101 . C T 243.81 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.019806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.201;QD=15.4798;RBI=0.0364126;REFB=-0.0260082;REVB=-0.0305549;RO=35;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650725;STB=0.536816;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0285772;OID=.;OPOS=127797101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:17:11:16:19:17:11:16:19 chr6 127797179 . G A 378.99 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00855568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.313;QD=33.688;RBI=0.0123288;REFB=-0.0155202;REVB=-0.00887685;RO=14;SAF=17;SAR=14;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132783;STB=0.507242;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00245555;OID=.;OPOS=127797179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:31:31:0.688889:14:17:8:6:14:17:8:6 chr6 127797374 . G A 612.37 PASS AF=0.473684;AO=63;DP=133;FAO=63;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.000730811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.893;QD=18.4172;RBI=0.0089275;REFB=-0.00747157;REVB=-0.00889753;RO=67;SAF=36;SAR=27;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244313;STB=0.50769;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00699697;OID=.;OPOS=127797374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:67:70:63:63:0.473684:27:36:40:27:27:36:41:29 chr6 128134555 . G C 252.75 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0452357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2625;QD=28.0836;RBI=0.0459972;REFB=-0.0125231;REVB=0.00833529;RO=13;SAF=17;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989252;STB=0.554846;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.011976;OID=.;OPOS=128134555;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:6:17:8:5:6:17:8:5 chr6 128312033 . A G 1396.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00580178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.553;QD=62.7612;RBI=0.00666666;REFB=0;REVB=-0.00328385;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.51462e-05;OID=.;OPOS=128312033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:42:47:0:0:42:47:0:0 chr6 128312441 . G A 88.42 PASS AF=0.192308;AO=15;DP=78;FAO=15;FDP=78;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0278403;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.126;QD=4.53426;RBI=0.030086;REFB=-0.000765894;REVB=-0.0114055;RO=62;SAF=11;SAR=4;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403875;STB=0.752593;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00479769;OID=.;OPOS=128312441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:78:78:62:63:15:15:0.192308:4:11:25:37:4:11:26:37 chr6 128388794 . G A 149.67 PASS AF=0.226804;AO=22;DP=94;FAO=22;FDP=97;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=56;FWDB=-0.0179872;FXX=0.029997;HRUN=6;LEN=1;MLLD=215.314;QD=6.17194;RBI=0.0196063;REFB=-0.00916502;REVB=-0.00780178;RO=68;SAF=7;SAR=15;SRF=16;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126294;STB=0.560264;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0219084;OID=.;OPOS=128388794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:68:75:22:22:0.226804:15:7:16:52:15:7:19:56 chr6 128403745 . A G 520.21 PASS AF=0.470588;AO=53;DP=117;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.00527981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2564;QD=17.4861;RBI=0.0160042;REFB=0.00991071;REVB=0.0151082;RO=64;SAF=22;SAR=31;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144731;STB=0.557701;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.0109438;OID=.;OPOS=128403745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:64:63:53:56:0.470588:31:22:36:28:31:25:35:28 chr6 128411045 . G A 302.36 PASS AF=0.231156;AO=46;DP=199;FAO=46;FDP=199;FR=.;FRO=153;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=77;FSRR=76;FWDB=-0.0173762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7915;QD=6.07757;RBI=0.0209789;REFB=-0.00229489;REVB=-0.0117551;RO=153;SAF=26;SAR=20;SRF=77;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078753;STB=0.547828;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00665891;OID=.;OPOS=128411045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:153:153:46:46:0.231156:20:26:77:76:20:26:77:76 chr6 129381026 . C A 1739.27 PASS AF=0.95935;AO=118;DP=123;FAO=118;FDP=123;FR=.;FRO=5;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.010053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.726;QD=56.5615;RBI=0.0107611;REFB=-0.0429553;REVB=-0.003839;RO=5;SAF=59;SAR=59;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385607;STB=0.520322;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00152478;OID=.;OPOS=129381026;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:123:123:5:5:118:118:0.95935:59:59:0:5:59:59:0:5 chr6 129511373 . T C 808.03 PASS AF=0.513333;AO=77;DP=150;FAO=77;FDP=150;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.011707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.52;QD=21.5474;RBI=0.0224977;REFB=-0.0142497;REVB=-0.0192118;RO=73;SAF=37;SAR=40;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374648;STB=0.520578;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0125822;OID=.;OPOS=129511373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:73:73:77:77:0.513333:40:37:32:41:40:37:32:41 chr6 129511388 . C T 307.61 PASS AF=0.263158;AO=45;DP=171;FAO=45;FDP=171;FR=.;FRO=126;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=59;FSRR=67;FWDB=0.00288335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.949;QD=7.19546;RBI=0.0364057;REFB=-0.00111487;REVB=-0.0362914;RO=126;SAF=19;SAR=26;SRF=59;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576944;STB=0.534372;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00437758;OID=.;OPOS=129511388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:126:126:45:45:0.263158:26:19:59:67:26:19:59:67 chr6 129612808 . A G 1084.54 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0123616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.575;QD=58.6235;RBI=0.0390749;REFB=-0.168806;REVB=0.037068;RO=1;SAF=37;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012613;STB=0.506665;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000505216;OID=.;OPOS=129612808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:36:37:1:0:36:37:1:0 chr6 129722389 . A G 748.92 PASS AF=0.948276;AO=54;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00435543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.946;QD=51.6495;RBI=0.0283342;REFB=-0.164469;REVB=0.0279974;RO=2;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348761;STB=0.527263;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00238118;OID=.;OPOS=129722389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:2:3:54:55:0.948276:26:28:0:2:26:29:0:3 chr6 129722425 . G A 902.48 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8468;QD=58.2242;RBI=0.075945;REFB=0;REVB=0.0642973;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252562;OID=.;OPOS=129722425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr6 129807629 . C T 443.48 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.000217037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.473;QD=25.7089;RBI=0.0149143;REFB=-0.0125928;REVB=-0.0149128;RO=26;SAF=25;SAR=17;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408541;STB=0.516007;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00726737;OID=.;OPOS=129807629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:26:27:42:42:0.608696:17:25:14:12:17:25:15:12 chr6 129807699 . G C 336.33 PASS AF=0.507246;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0165772;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.694;QD=19.4974;RBI=0.0234433;REFB=-0.0215363;REVB=-0.0165766;RO=33;SAF=20;SAR=14;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163382;STB=0.50847;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0130239;OID=.;OPOS=129807699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:34:34:35:0.507246:14:20:20:13:15:20:20:14 chr6 129807714 . G A 269.29 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00713256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.145;QD=16.5718;RBI=0.0105836;REFB=-0.00174688;REVB=0.00781912;RO=34;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00754039;STB=0.512999;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00071078;OID=.;OPOS=129807714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:35:30:30:0.461538:13:17:19:15:13:17:19:16 chr6 129813053 . A G 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0470026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.918;QD=17.4897;RBI=0.0498221;REFB=-0.0192148;REVB=0.0165226;RO=30;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307161;STB=0.517229;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0183704;OID=.;OPOS=129813053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:14:14:14:16:14:14:14:16 chr6 129814566 . G A 386.32 PASS AF=0.380165;AO=46;DP=121;FAO=46;FDP=121;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.00877067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.376;QD=12.7708;RBI=0.00878537;REFB=-0.00616901;REVB=-0.00050797;RO=75;SAF=22;SAR=24;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454835;STB=0.525851;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0109552;OID=.;OPOS=129814566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:75:75:46:46:0.380165:24:22:39:36:24:22:39:36 chr6 129835716 . C A 239.02 PASS AF=0.306122;AO=30;DP=98;FAO=30;FDP=98;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0215829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.463;QD=9.75574;RBI=0.0302812;REFB=-0.0125771;REVB=-0.0212398;RO=67;SAF=18;SAR=12;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195697;STB=0.619354;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0262454;OID=.;OPOS=129835716;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:67:68:30:30:0.306122:12:18:29:38:12:18:29:39 chr6 129927014 . A G 747.5 PASS AF=0.559055;AO=71;DP=127;FAO=71;FDP=127;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.000635239;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.956;QD=23.5432;RBI=0.0153673;REFB=-0.00330346;REVB=-0.0153541;RO=56;SAF=33;SAR=38;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044026;STB=0.524037;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00226087;OID=.;OPOS=129927014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:56:56:71:71:0.559055:38:33:23:33:38:33:23:33 chr6 130031215 . T C 2402.86 PASS AF=0.993711;AO=157;DP=158;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0292309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0425;QD=60.4493;RBI=0.0955788;REFB=-0.0402818;REVB=0.0909992;RO=0;SAF=87;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503496;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000435094;OID=.;OPOS=130031215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:159:0:1:157:158:0.993711:70:87:0:0:71:87:0:1 chr6 130152479 . T C 203.32 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0316207;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.358;QD=14.2681;RBI=0.0318937;REFB=-0.000170901;REVB=0.00416353;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206154;STB=0.502207;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.000343153;OID=.;OPOS=130152479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:33:23:24:0.421053:13:10:15:18:13:11:15:18 chr6 130152520 . A C 212.38 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00498853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.02;QD=14.3987;RBI=0.0135716;REFB=-0.0119503;REVB=-0.0126216;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694345;STB=0.539478;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0185834;OID=.;OPOS=130152520;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:13:12:14:20:13:12:14:20 chr6 130154686 . A G 227.43 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.0342155;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=112.951;QD=15.4193;RBI=0.0360115;REFB=-0.0084952;REVB=0.0112306;RO=28;SAF=16;SAR=10;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626577;STB=0.568132;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00399959;OID=.;OPOS=130154686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:33:26:26:0.440678:10:16:19:9:10:16:24:9 chr6 130374102 . C A 737.66 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00223384;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7799;QD=61.4714;RBI=0.0894243;REFB=0.114489;REVB=-0.0893964;RO=1;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019193;STB=0.5102;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.0176575;OID=.;OPOS=130374102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:1:1:47:47:0.979167:24:23:0:1:24:23:0:1 chr6 130381246 . T C 1642.37 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.794;QD=60.2706;RBI=0.0247111;REFB=0;REVB=0.0161393;RO=0;SAF=46;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68595e-05;OID=.;OPOS=130381246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:109:0:0:107:109:1:61:46:0:0:63:46:0:0 chr6 130535644 . A C 124.82 PASS AF=0.2375;AO=19;DP=80;FAO=19;FDP=80;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.00463915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.075;QD=6.2411;RBI=0.0229501;REFB=-0.0106967;REVB=0.0224763;RO=61;SAF=11;SAR=8;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265384;STB=0.661811;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0222714;OID=.;OPOS=130535644;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:61:61:19:19:0.2375:8:11:22:39:8:11:22:39 chr6 130537005 . G A 1098.63 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.517;QD=60.1988;RBI=0.0387777;REFB=0;REVB=-0.0320804;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.55611e-05;OID=.;OPOS=130537005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr6 130761798 . T C 500.14 PASS AF=0.457627;AO=53;DP=117;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.00890586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.89;QD=16.954;RBI=0.017151;REFB=-0.00987409;REVB=0.0146575;RO=64;SAF=16;SAR=37;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146839;STB=0.572925;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0200038;OID=.;OPOS=130761798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:64:64:53:54:0.457627:37:16:28:36:37:17:28:36 chr6 130761957 . A G 214.57 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00654632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.815;QD=20.9334;RBI=0.0103896;REFB=-0.00756259;REVB=0.00806776;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442434;STB=0.512808;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00512933;OID=.;OPOS=130761957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:20:20:21:0.512195:10:10:9:11:11:10:9:11 chr6 130764061 . G A 698.35 PASS AF=0.507246;AO=68;DP=137;FAO=70;FDP=138;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0103347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4364;QD=20.2422;RBI=0.0112356;REFB=-0.0359111;REVB=0.00440833;RO=63;SAF=25;SAR=43;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706575;STB=0.535873;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0116113;OID=.;OPOS=130764061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:63:68:68:70:0.507246:43:25:28:35:43:27:31:37 chr6 131156040 . G A 218.42 PASS AF=0.281818;AO=31;DP=111;FAO=31;FDP=110;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.000587071;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3737;QD=7.94236;RBI=0.0470288;REFB=-0.00271032;REVB=-0.0470251;RO=79;SAF=18;SAR=13;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120815;STB=0.571718;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00828726;OID=.;OPOS=131156040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:79:79:31:31:0.281818:13:18:38:41:13:18:38:41 chr6 131160876 . G T 1302.19 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000787026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.492;QD=62.0089;RBI=0.0525587;REFB=0;REVB=0.0525528;RO=0;SAF=54;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76029e-05;OID=.;OPOS=131160876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:29:54:0:0:30:54:0:0 chr6 131184819 . G A 104.28 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0235285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185;QD=6.31997;RBI=0.0283923;REFB=-0.0033647;REVB=-0.0158913;RO=50;SAF=4;SAR=12;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185049;STB=0.615916;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0116426;OID=.;OPOS=131184819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:50:50:16:16:0.242424:12:4:19:31:12:4:19:31 chr6 131603366 . AGT A 346.2 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0189069;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=2;MLLD=267.151;QD=16.4857;RBI=0.0300317;REFB=-0.0227204;REVB=0.023333;RO=46;SAF=16;SAR=21;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172668;STB=0.60224;STBP=0.099;TYPE=del;VARB=0.0294295;OID=.;OPOS=131603367;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.440476:37:85:37:84:47:16:21:29:18:99:46:16:21:28:18 chr6 131914028 . GTCA G 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0273748;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=241.094;QD=10.8228;RBI=0.0367149;REFB=-0.00739606;REVB=-0.0244664;RO=24;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191176;STB=0.627234;STBP=0.298;TYPE=del;VARB=0.014477;OID=.;OPOS=131914029;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342857:12:36:12:35:23:8:4:11:12:94:24:8:4:12:12 chr6 131995313 . A G 3533.18 PASS AF=1;AO=225;DP=225;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.152;QD=62.812;RBI=0.0252904;REFB=0;REVB=0.0218115;RO=0;SAF=141;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57829e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55582e-05;OID=.;OPOS=131995313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:225:0:0:225:225:1:84:141:0:0:84:141:0:0 chr6 132022419 . G A 305.8 PASS AF=0.961538;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00236144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.1;QD=47.0465;RBI=0.00309083;REFB=-0.091998;REVB=0.00199419;RO=1;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342828;STB=0.516116;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00120492;OID=.;OPOS=132022419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:26:1:1:23:25:0.961538:13:10:0:1:15:10:0:1 chr6 132179842 . G A 269.56 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00248101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.244;QD=14.1875;RBI=0.0352198;REFB=-0.0100933;REVB=-0.0351323;RO=45;SAF=17;SAR=14;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546321;STB=0.531015;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0141537;OID=.;OPOS=132179842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:14:17:27:18:14:17:27:18 chr6 132212742 . A C 476.24 PASS AF=0.417323;AO=53;DP=127;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.01134;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.392;QD=14.9997;RBI=0.0118075;REFB=-0.00911626;REVB=0.00328956;RO=74;SAF=25;SAR=28;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712763;STB=0.540044;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0125613;OID=.;OPOS=132212742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:74:74:53:53:0.417323:28:25:40:34:28:25:40:34 chr6 132212808 . C T 313.1 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0229657;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5907;QD=14.2316;RBI=0.0229807;REFB=-0.00854195;REVB=0.000831115;RO=51;SAF=12;SAR=23;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160567;STB=0.59289;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0100189;OID=.;OPOS=132212808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:51:53:35:35:0.397727:23:12:25:26:23:12:26:27 chr6 132271952 . G C 499.84 PASS AF=1;AO=29;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.497;QD=58.8052;RBI=0.0612226;REFB=0;REVB=-0.0276666;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.38087e-06;OID=.;OPOS=132271952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:29:34:1:12:17:0:0:13:21:0:0 chr6 132271959 . T G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.978;QD=58.1416;RBI=0.0164684;REFB=0;REVB=-0.00389724;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000345647;OID=.;OPOS=132271959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr6 132271980 . T G 445.87 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3092;QD=57.5313;RBI=0.089426;REFB=0;REVB=0.0777824;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000731371;OID=.;OPOS=132271980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:13:16:0:0:13:18:0:0 chr6 132859609 . T A 2744.51 PASS AF=0.994444;AO=173;DP=175;FAO=179;FDP=180;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0305212;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.615;QD=60.989;RBI=0.0402943;REFB=-0.170596;REVB=0.0263076;RO=0;SAF=87;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64744e-08;STB=0.502857;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.000425309;OID=.;OPOS=132859609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:175:180:0:1:173:179:0.994444:86:87:0:0:87:92:0:1 chr6 132938842 . C T 523.72 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333865;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0074;QD=59.8542;RBI=0.0412829;REFB=0;REVB=-0.0242821;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000499498;OID=.;OPOS=132938842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr6 132966348 . G A 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0207877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.4587;QD=16.5616;RBI=0.0451672;REFB=-0.00751413;REVB=-0.0400992;RO=31;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241713;STB=0.513609;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00324532;OID=.;OPOS=132966348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:15:12:13:18:15:12:13:18 chr6 133035098 . G A 575.46 PASS AF=0.53211;AO=58;DP=110;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.015583;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.313;QD=21.1176;RBI=0.0205329;REFB=0.00761398;REVB=-0.0133705;RO=51;SAF=28;SAR=30;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896286;STB=0.5401;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.00965992;OID=.;OPOS=133035098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:51:51:58:58:0.53211:30:28:30:21:30:28:29:22 chr6 133055731 . G A 71.99 PASS AF=0.145833;AO=14;DP=95;FAO=14;FDP=96;FR=.;FRO=82;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.0551975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0804;QD=2.99976;RBI=0.0802175;REFB=0.00402914;REVB=-0.0582072;RO=80;SAF=7;SAR=7;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782804;STB=0.541608;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.0271927;OID=.;OPOS=133055731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:95:96:80:82:14:14:0.145833:7:7:35:45:7:7:37:45 chr6 133070995 . G T 2140.28 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.833;QD=62.9494;RBI=0.0428889;REFB=0;REVB=0.0119647;RO=0;SAF=67;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.14238e-05;OID=.;OPOS=133070995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:69:67:0:0:69:67:0:0 chr6 133077073 . C T 227.0 PASS AF=0.229299;AO=36;DP=156;FAO=36;FDP=157;FR=.;FRO=121;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=63;FSRR=58;FWDB=-0.0418242;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7063;QD=5.78351;RBI=0.0620658;REFB=-0.0116139;REVB=-0.0458574;RO=116;SAF=24;SAR=12;SRF=60;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193749;STB=0.616674;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0332884;OID=.;OPOS=133077073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:116:121:36:36:0.229299:12:24:60:56:12:24:63:58 chr6 133135886 . A G 154.68 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00611469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.072;QD=14.7317;RBI=0.0185135;REFB=-0.0091949;REVB=0.0174745;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152274;STB=0.588131;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0210425;OID=.;OPOS=133135886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:7:10:11:14:7:10:11:14 chr6 133849966 . C T 1482.72 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00113315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.425;QD=61.143;RBI=0.00344948;REFB=0.0152083;REVB=0.00325805;RO=2;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185879;STB=0.509802;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=8.78437e-06;OID=.;OPOS=133849966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:2:2:95:95:0.979381:50:45:0:2:50:45:0:2 chr6 133850246 . AC A 1024.47 PASS AF=1;AO=83;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0985149;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.896;QD=46.5668;RBI=0.103396;REFB=0;REVB=-0.0313919;RO=3;SAF=41;SAR=42;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.414462;SSSB=-0.0333971;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000955125;OID=.;OPOS=133850247;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:83:89:88:88:0:44:44:0:0:18:3:41:42:3:0 chr6 134308784 . G A 78.55 PASS AF=0.116402;AO=22;DP=189;FAO=22;FDP=189;FR=.;FRO=167;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=62;FSRR=105;FWDB=-0.0522097;FXX=0.0156242;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6103;QD=1.66242;RBI=0.101697;REFB=-0.0188695;REVB=-0.0872716;RO=162;SAF=16;SAR=6;SRF=60;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423549;STB=0.791206;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.146453;OID=.;OPOS=134308784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:189:189:162:167:22:22:0.116402:6:16:60:102:6:16:62:105 chr6 134308786 . G A 146.45 PASS AF=0.15544;AO=31;DP=192;FAO=30;FDP=193;FR=.;FRO=163;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=59;FSRR=104;FWDB=-0.147539;FXX=0.0203035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7684;QD=3.03526;RBI=0.182195;REFB=-0.0236913;REVB=-0.106898;RO=158;SAF=22;SAR=9;SRF=55;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441019;STB=0.767055;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.185688;OID=.;OPOS=134308786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:158:163:31:30:0.15544:9:22:55:103:9:21:59:104 chr6 135263557 . C A 607.55 PASS AF=0.516949;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.00244717;FXX=0.0247913;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.289;QD=20.5948;RBI=0.00787423;REFB=-0.00915347;REVB=0.00748431;RO=56;SAF=35;SAR=26;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138299;STB=0.511253;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.01156;OID=.;OPOS=135263557;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:118:56:57:61:61:0.516949:26:35:33:23:26:35:34:23 chr6 135286230 . T C 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0255397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.525;QD=12.8968;RBI=0.0271699;REFB=-0.0118603;REVB=0.00926958;RO=30;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203122;STB=0.618674;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0217308;OID=.;OPOS=135286230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:10:7:18:12:10:7:18:12 chr6 135358567 . T G 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00390296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.703;QD=16.5359;RBI=0.00438129;REFB=-0.0163623;REVB=0.00199062;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159573;STB=0.591298;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0151205;OID=.;OPOS=135358567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:8:10:9:14:8:10:9:14 chr6 135358916 . G A 442.75 PASS AF=0.5375;AO=44;DP=82;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0214618;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2355;QD=22.1377;RBI=0.0218164;REFB=0.0116857;REVB=-0.00391744;RO=38;SAF=26;SAR=18;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356206;STB=0.519222;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00750183;OID=.;OPOS=135358916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:38:37:44:43:0.5375:18:26:24:14:18:25:23:14 chr6 135375762 . G A 252.55 PASS AF=0.474576;AO=26;DP=57;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0108754;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.439;QD=17.1218;RBI=0.0181126;REFB=0.00661844;REVB=-0.0144842;RO=31;SAF=19;SAR=7;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133254;STB=0.587562;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00542502;OID=.;OPOS=135375762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:31:31:26:28:0.474576:7:19:19:12:7:21:19:12 chr6 135523774 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.719;QD=58.6006;RBI=0.00704411;REFB=0;REVB=-0.0026724;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24599e-06;OID=.;OPOS=135523774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr6 135539911 . ATTTTTTTT ATTTTTTT,ATTTTTTTC 183.09 PASS AF=0.482143,0.0892857;AO=42,10;DP=119;FAO=54,10;FDP=112;FR=.;FRO=48;FSAF=16,10;FSAR=38,0;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.1334,0.114103;FXX=0.0588186;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.9963,21.7768;QD=6.53895;RBI=0.161292,0.132096;REFB=-0.17611,-0.103532;REVB=-0.0906621,-0.0665579;RO=49;SAF=8,10;SAR=34,0;SRF=27;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.400846,0.695931;STB=0.585056,0.998898;STBP=0.087,0;TYPE=del,snp;VARB=0.178152,0.0664398;OID=.,.;OPOS=135539912,135539919;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=ATTTTTTT,ATTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482143,0.0892857:42,10:119:54,10:112:48:16,10:38,0:22:26:99:49:8,10:34,0:27:22 chr6 136359280 . C CG 665.5 PASS AF=1;AO=67;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.120884;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.9095;QD=30.9537;RBI=0.134379;REFB=0.0194518;REVB=0.0586912;RO=13;SAF=37;SAR=30;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979782;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000213602;OID=.;OPOS=136359281;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:87:86:86:0:40:46:0:0:10:13:37:30:3:10 chr6 136359323 . T TAGC 94.95 PASS AF=0.259259;AO=9;DP=78;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0297867;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=3;MLLD=191.492;QD=7.03319;RBI=0.0317889;REFB=-0.0284252;REVB=-0.0111034;RO=66;SAF=4;SAR=5;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814234;STB=0.536984;STBP=0.746;TYPE=ins;VARB=0.0861761;OID=.;OPOS=136359324;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:9:78:14:54:40:7:7:18:22:94:66:4:5:25:41 chr6 136359446 . A C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.962;QD=51.9166;RBI=0.0473296;REFB=0;REVB=-0.015353;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242526;OID=.;OPOS=136359446;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr6 136512966 . C T 125.21 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.003625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.24;QD=10.4341;RBI=0.0435144;REFB=-0.0222338;REVB=0.0433632;RO=33;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133068;STB=0.579725;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0301961;OID=.;OPOS=136512966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:6:9:16:17:6:9:16:17 chr6 136581548 . C T 177.07 PASS AF=0.338235;AO=22;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.00795254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.317;QD=10.4161;RBI=0.00989993;REFB=-0.00950854;REVB=-0.00589625;RO=44;SAF=12;SAR=10;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105783;STB=0.554044;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0231909;OID=.;OPOS=136581548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:45:22:23:0.338235:10:12:28:16:10:13:29:16 chr6 136582401 . A T 39.41 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0104352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.648;QD=3.84481;RBI=0.0297881;REFB=-0.00438357;REVB=-0.0279005;RO=33;SAF=3;SAR=4;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175572;STB=0.606596;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0900832;OID=.;OPOS=136582401;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:41:41:33:34:7:7:0.170732:4:3:19:14:4:3:19:15 chr6 136582417 . G A 94.14 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.00668127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.982;QD=5.62042;RBI=0.0274534;REFB=-0.0079974;REVB=-0.026628;RO=52;SAF=6;SAR=9;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23885;STB=0.64893;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0355749;OID=.;OPOS=136582417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:67:67:52:52:15:15:0.223881:9:6:31:21:9:6:31:21 chr6 136582497 . G T 205.45 PASS AF=0.213836;AO=34;DP=159;FAO=34;FDP=159;FR=.;FRO=125;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=81;FSRR=44;FWDB=0.0104568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.325;QD=5.16861;RBI=0.0160025;REFB=-0.00779653;REVB=-0.0121134;RO=120;SAF=19;SAR=15;SRF=77;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108778;STB=0.57226;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0267377;OID=.;OPOS=136582497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:120:125:34:34:0.213836:15:19:77:43:15:19:81:44 chr6 136589449 . G A 78.65 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00253268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.101;QD=4.91592;RBI=0.0173903;REFB=-0.00390907;REVB=-0.0172049;RO=51;SAF=5;SAR=8;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225782;STB=0.644331;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0140036;OID=.;OPOS=136589449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:64:51:51:13:13:0.203125:8:5:29:22:8:5:29:22 chr6 136597004 . A G 85.48 PASS AF=0.154545;AO=14;DP=107;FAO=17;FDP=110;FR=.;FRO=93;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=0.000342856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.588;QD=3.10823;RBI=0.0357633;REFB=-0.00238858;REVB=0.0357617;RO=92;SAF=5;SAR=9;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152533;STB=0.666465;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0178088;OID=.;OPOS=136597004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:107:110:92:93:14:17:0.154545:9:5:44:48:12:5:45:48 chr6 136597262 . T C 279.08 PASS AF=0.336449;AO=36;DP=107;FAO=36;FDP=107;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=-0.00295653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.096;QD=10.4329;RBI=0.00525032;REFB=-0.023576;REVB=0.00433876;RO=70;SAF=10;SAR=26;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879793;STB=0.558249;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0300187;OID=.;OPOS=136597262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:70:71:36:36:0.336449:26:10:24:46:26:10:25:46 chr6 136597281 . A T 228.67 PASS AF=0.305263;AO=29;DP=95;FAO=29;FDP=95;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=-0.0129277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.146;QD=9.62801;RBI=0.0261826;REFB=-0.00619624;REVB=-0.0227684;RO=66;SAF=8;SAR=21;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100927;STB=0.559716;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0161376;OID=.;OPOS=136597281;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:66:66:29:29:0.305263:21:8:23:43:21:8:23:43 chr6 136597288 . A C 176.06 PASS AF=0.275862;AO=24;DP=89;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=-0.0181694;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.236;QD=8.09471;RBI=0.0216529;REFB=-0.00220577;REVB=-0.011778;RO=63;SAF=7;SAR=17;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369171;STB=0.522166;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0149259;OID=.;OPOS=136597288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:63:63:24:24:0.275862:17:7:20:43:17:7:20:43 chr6 136599393 . G C 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0163157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.093;QD=10.4728;RBI=0.0167193;REFB=-0.0103458;REVB=-0.00365154;RO=35;SAF=9;SAR=8;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153336;STB=0.50908;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0137067;OID=.;OPOS=136599393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:8:9:19:16:8:9:19:16 chr6 136599404 . T C 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.024523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.552;QD=10.936;RBI=0.0355197;REFB=-0.0314092;REVB=-0.0256958;RO=34;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137893;STB=0.581988;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.062571;OID=.;OPOS=136599404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:9:7:19:15:9:7:19:15 chr6 136599822 . C G 126.73 PASS AF=0.2;AO=21;DP=103;FAO=21;FDP=105;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=0.00330226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.248;QD=4.82787;RBI=0.00361806;REFB=-0.00674549;REVB=0.00147833;RO=82;SAF=11;SAR=10;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761195;STB=0.556908;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0321764;OID=.;OPOS=136599822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:82:84:21:21:0.2:10:11:38:44:10:11:38:46 chr6 136599836 . G A 91.04 PASS AF=0.160377;AO=17;DP=106;FAO=17;FDP=106;FR=.;FRO=89;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=-0.0464238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.121;QD=3.43553;RBI=0.0559935;REFB=-0.00157547;REVB=-0.0313067;RO=89;SAF=9;SAR=8;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865605;STB=0.557455;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0124338;OID=.;OPOS=136599836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:106:106:89:89:17:17:0.160377:8:9:41:48:8:9:41:48 chr6 136599842 . G A 88.9 PASS AF=0.157407;AO=17;DP=108;FAO=17;FDP=108;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.0912744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4279;QD=3.29263;RBI=0.0936645;REFB=-0.0134618;REVB=-0.0210245;RO=89;SAF=9;SAR=8;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583177;STB=0.54777;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0831349;OID=.;OPOS=136599842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:108:108:89:91:17:17:0.157407:8:9:43:46:8:9:43:48 chr6 136682172 . G A 673.94 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150532;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3857;QD=62.6917;RBI=0.117573;REFB=0;REVB=0.116606;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122499;OID=.;OPOS=136682172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr6 137026283 . GA G 159.66 PASS AF=0.361204;AO=103;DP=305;FAO=108;FDP=299;FR=.;FRO=191;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=103;FSRR=88;FWDB=0.199744;FXX=0.0196715;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.54037;QD=2.13585;RBI=0.205562;REFB=-0.0679445;REVB=0.0485598;RO=149;SAF=50;SAR=53;SRF=78;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040192;STB=0.530968;STBP=0.408;TYPE=del;VARB=0.031324;OID=.;OPOS=137026284;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361204:103:305:108:299:191:53:55:103:88:99:149:50:53:78:71 chr6 137113137 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0179939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.201;QD=19.1341;RBI=0.0389913;REFB=0.0038696;REVB=0.0345911;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190062;STB=0.614874;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.000444552;OID=.;OPOS=137113137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:1:1:1:4:1:1 chr6 137176884 . C T 346.65 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00525227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.51;QD=14.1489;RBI=0.00665326;REFB=-0.0120878;REVB=-0.00408406;RO=57;SAF=15;SAR=23;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479179;STB=0.534865;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0181166;OID=.;OPOS=137176884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:57:60:38:38:0.387755:23:15:25:32:23:15:27:33 chr6 137325847 . C T 990.28 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8404;QD=57.4074;RBI=0.06174;REFB=0;REVB=0.00279923;RO=0;SAF=18;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18913e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00460024;OID=.;OPOS=137325847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:69:0:0:63:69:1:45:18:0:0:45:24:0:0 chr6 138413269 . A G 808.78 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0223868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1003;QD=53.9188;RBI=0.0275119;REFB=-0.135544;REVB=0.0159917;RO=2;SAF=22;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00803624;STB=0.504262;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00304182;OID=.;OPOS=138413269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:36:22:1:1:36:22:1:1 chr6 138413333 . G C 646.42 PASS AF=0.924528;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0210013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.669;QD=48.7862;RBI=0.0391901;REFB=-0.0183613;REVB=0.0330879;RO=4;SAF=17;SAR=32;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237303;STB=0.512642;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000375321;OID=.;OPOS=138413333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:53:53:4:4:49:49:0.924528:32:17:2:2:32:17:2:2 chr6 138531138 . C T 141.86 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0139586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.005;QD=11.1263;RBI=0.0205833;REFB=-0.0100484;REVB=-0.0151271;RO=34;SAF=2;SAR=15;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323612;STB=0.697393;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0204222;OID=.;OPOS=138531138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:15:2:10:24:15:2:10:24 chr6 138539183 . A AG 165.91 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0130565;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.5647;QD=12.762;RBI=0.120147;REFB=0.0294567;REVB=0.119435;RO=25;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162916;STB=0.58144;STBP=0.265;TYPE=ins;VARB=-0.0297537;OID=.;OPOS=138539184;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.519231:26:52:27:52:25:15:12:18:7:99:25:14:12:18:7 chr6 138539315 . A G 664.16 PASS AF=0.45283;AO=71;DP=160;FAO=72;FDP=159;FR=.;FRO=87;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=-0.00538905;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3067;QD=16.7085;RBI=0.0274231;REFB=-0.0027933;REVB=0.0268884;RO=86;SAF=35;SAR=36;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985541;STB=0.55463;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00373172;OID=.;OPOS=138539315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:86:87:71:72:0.45283:36:35:51:35:37:35:51:36 chr6 138539556 . T C 311.8 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.058964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.609;QD=16.6291;RBI=0.0605616;REFB=-0.0206513;REVB=0.0138188;RO=40;SAF=17;SAR=17;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722745;STB=0.546639;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0287004;OID=.;OPOS=138539556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:41:34:34:0.453333:17:17:17:23:17:17:17:24 chr6 138584685 . T G 602.68 PASS AF=0.45;AO=62;DP=139;FAO=63;FDP=140;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.0212365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.66;QD=17.2193;RBI=0.0257935;REFB=-0.00959276;REVB=-0.0146395;RO=77;SAF=40;SAR=22;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181062;STB=0.594213;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0160637;OID=.;OPOS=138584685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:77:77:62:63:0.45:22:40:36:41:23:40:36:41 chr6 138608047 . G A 107.33 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0803858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1421;QD=12.6268;RBI=0.0844643;REFB=-0.0268369;REVB=0.0259294;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213434;STB=0.624816;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0317754;OID=.;OPOS=138608047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:7:6:14:7:7:6:14:7 chr6 138753337 . C T 614.06 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.458;QD=61.4055;RBI=0.0375767;REFB=0;REVB=0.033039;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2123e-05;OID=.;OPOS=138753337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:24:15:0:0:24:16:0:0 chr6 138754323 . A G 1510.86 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.825;QD=63.615;RBI=0.0155007;REFB=0;REVB=-0.00257928;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80316e-05;OID=.;OPOS=138754323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:52:43:0:0:52:43:0:0 chr6 139013015 . G A 269.55 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0146982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.655;QD=14.1869;RBI=0.0339168;REFB=-0.023546;REVB=-0.0305666;RO=44;SAF=21;SAR=10;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14613;STB=0.59122;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0420026;OID=.;OPOS=139013015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:44:45:31:31:0.407895:10:21:24:20:10:21:24:21 chr6 139013227 . TC T 252.66 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0442976;FXX=0.031741;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.4764;QD=16.5677;RBI=0.0626083;REFB=0.00168711;REVB=0.044244;RO=25;SAF=21;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0.329741;SSSB=0.0178318;STB=0.509798;STBP=0.88;TYPE=del;VARB=-0.00025281;OID=.;OPOS=139013228;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.590164:36:63:36:61:25:21:15:14:11:99:25:21:15:14:11 chr6 139013263 . A C 330.58 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00504479;FXX=0.062487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.883;QD=29.3852;RBI=0.00506112;REFB=-0.0118169;REVB=-0.000406162;RO=20;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15732;STB=0.552807;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00640657;OID=.;OPOS=139013263;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:45:20:17:28:28:0.622222:17:11:12:8:17:11:9:8 chr6 139013283 . T TC 177.98 PASS AF=0.71875;AO=18;DP=36;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0482939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.893;QD=22.2473;RBI=0.0543698;REFB=-0.0529656;REVB=0.0249756;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507894;STB=0.561904;STBP=0.289;TYPE=ins;VARB=0.0255883;OID=.;OPOS=139013284;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.71875:18:36:23:32:9:8:15:5:4:37:18:7:11:8:10 chr6 139017815 . A G 618.7 PASS AF=0.484848;AO=64;DP=131;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0102678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.365;QD=18.7485;RBI=0.0854803;REFB=-0.0207888;REVB=-0.0848613;RO=67;SAF=20;SAR=44;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219186;STB=0.618436;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0388231;OID=.;OPOS=139017815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:67:68:64:64:0.484848:44:20:36:31:44:20:36:32 chr6 139017832 . C T 526.93 PASS AF=0.466667;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.00673364;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.779;QD=17.5644;RBI=0.0153341;REFB=-0.00133952;REVB=0.0137765;RO=64;SAF=18;SAR=38;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196186;STB=0.609394;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00135381;OID=.;OPOS=139017832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:64:64:56:56:0.466667:38:18:33:31:38:18:33:31 chr6 139113869 . T TTAAC 257.11 PASS AF=0.529412;AO=25;DP=52;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00443094;FXX=0.0377287;HRUN=2;LEN=4;MLLD=250.234;QD=20.1658;RBI=0.0113702;REFB=-0.0133663;REVB=-0.0104713;RO=25;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716692;STB=0.547791;STBP=0.497;TYPE=ins;VARB=0.00922842;OID=.;OPOS=139113870;OREF=-;OALT=TAAC;OMAPALT=TTAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:25:52:27:51:24:13:14:14:10:99:25:13:12:15:10 chr6 139197609 . G A 201.99 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0116714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.341;QD=21.2621;RBI=0.0566372;REFB=-0.00646065;REVB=-0.0554216;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140643;STB=0.57887;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00344784;OID=.;OPOS=139197609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:10:10:12:6:10:10:12:6 chr6 139583903 . G A 165.3 PASS AF=0.237624;AO=24;DP=101;FAO=24;FDP=101;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=51;FWDB=-0.00586579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.627;QD=6.54643;RBI=0.0126978;REFB=-0.00877139;REVB=0.0112618;RO=75;SAF=11;SAR=13;SRF=26;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142639;STB=0.594018;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0248264;OID=.;OPOS=139583903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:75:77:24:24:0.237624:13:11:26:49:13:11:26:51 chr6 139694830 . CG C 30.56 PASS AF=0.375;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0104997;FXX=0.039984;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.6109;QD=5.09379;RBI=0.0426922;REFB=-0.0988758;REVB=-0.0413809;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0.625;SSEP=0;SSSB=-0.167732;STB=0.555432;STBP=0.742;TYPE=del;VARB=0.0778887;OID=.;OPOS=139694831;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:9:25:9:24:15:4:5:8:7:30:13:4:5:8:5 chr6 141004964 . G GT,T 2432.43 PASS AF=0.900585,0.0994152;AO=122,27;DP=187;FAO=154,17;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=62,16;FSAR=92,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00972351,-0.0737998;FXX=0.0228558;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=31.6513,13.9966;QD=56.8989;RBI=0.0178151,0.0814666;REFB=0,0;REVB=0.0149276,0.0345019;RO=18;SAF=32,26;SAR=90,1;SRF=12;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.118951,0.567882;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00102314,-0.00619829;OID=.,.;OPOS=141004965,141004964;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:187:171:18:0:122,27:154,17:0.900585,0.0994152:90,1:32,26:12:6:92,1:62,16:0:0 chr6 142718801 . G A 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.163;QD=62.6141;RBI=0.0411156;REFB=0;REVB=-0.00123234;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.68988e-05;OID=.;OPOS=142718801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:43:45:0:0:43:45:0:0 chr6 142758631 . A G 1264.71 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.81;QD=61.6932;RBI=0.0247715;REFB=0;REVB=-0.0213327;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.23947e-05;OID=.;OPOS=142758631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:48:34:0:0:48:34:0:0 chr6 143074700 . T C 1282.05 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1027;QD=61.0502;RBI=0.0263749;REFB=0;REVB=0.0227386;RO=0;SAF=54;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190321;OID=.;OPOS=143074700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:82:84:1:28:54:0:0:28:56:0:0 chr6 143090734 . T C 360.09 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0376035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8505;QD=15.0037;RBI=0.0501012;REFB=0.0133;REVB=-0.0331075;RO=57;SAF=21;SAR=18;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861874;STB=0.548775;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0198187;OID=.;OPOS=143090734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:57:39:39:0.40625:18:21:26:31:18:21:26:31 chr6 143091263 . A G 1159.09 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166698;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.812;QD=61.0045;RBI=0.00560848;REFB=0;REVB=0.00535501;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51705e-06;OID=.;OPOS=143091263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr6 143091769 . G A 267.16 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0674712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3837;QD=22.7366;RBI=0.0751049;REFB=0.0154244;REVB=-0.0329906;RO=22;SAF=8;SAR=16;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22596;STB=0.609963;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.0119833;OID=.;OPOS=143091769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:22:24:25:0.531915:16:8:13:9:16:9:13:9 chr6 143745915 . A G 1522.95 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00827394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4466;QD=58.5749;RBI=0.0414676;REFB=0.00517307;REVB=0.0406337;RO=1;SAF=39;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120104;STB=0.506328;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=5.73669e-05;OID=.;OPOS=143745915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:64:39:1:0:64:39:1:0 chr6 143792675 . T C 671.86 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0103079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.015;QD=52.6951;RBI=0.0237346;REFB=-0.0245719;REVB=-0.0213794;RO=2;SAF=21;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537235;STB=0.502856;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.000212674;OID=.;OPOS=143792675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:28:21:1:1:28:21:1:1 chr6 143816859 . C T 1245.82 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.761;QD=61.5222;RBI=0.023642;REFB=0;REVB=0.0152075;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.77898e-06;OID=.;OPOS=143816859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:32:49:0:0:32:49:0:0 chr6 143825361 . C T 192.2 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0524537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1209;QD=9.85653;RBI=0.0549538;REFB=-0.00750785;REVB=-0.0163867;RO=53;SAF=10;SAR=15;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275046;STB=0.516116;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0189661;OID=.;OPOS=143825361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:53:53:25:25:0.320513:15:10:20:33:15:10:20:33 chr6 144081768 . C A 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0304139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.045;QD=8.2549;RBI=0.0355695;REFB=-0.0220314;REVB=0.018444;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883056;STB=0.555373;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0355366;OID=.;OPOS=144081768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:5:7:3:3:5:7 chr6 144151314 . T A 36.27 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0882115;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=31.3494;QD=6.04461;RBI=0.094131;REFB=-0.00411217;REVB=-0.0328537;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65795e-08;STB=0.678486;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0147166;OID=.;OPOS=144151314;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:24:14:17:7:7:0.291667:4:3:6:8:5:2:9:8 chr6 144184235 . C T 100.44 PASS AF=0.186813;AO=17;DP=91;FAO=17;FDP=91;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.014528;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4354;QD=4.41502;RBI=0.0184755;REFB=-0.00654603;REVB=-0.0114142;RO=74;SAF=8;SAR=9;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138891;STB=0.589114;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0280111;OID=.;OPOS=144184235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:74:74:17:17:0.186813:9:8:43:31:9:8:43:31 chr6 144262783 . G T 225.35 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0111493;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.151;QD=27.3146;RBI=0.0222165;REFB=-0.0351524;REVB=0.0192163;RO=12;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101923;STB=0.556468;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.019047;OID=.;OPOS=144262783;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:12:9:7:5:12:9:7:5 chr6 144508078 . G A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.018599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.718;QD=15.6506;RBI=0.0204527;REFB=-0.0232918;REVB=0.00850837;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238186;STB=0.651374;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0292039;OID=.;OPOS=144508078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:5:11:9:11:5:11:9:12 chr6 144508698 . G A 150.99 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.000101673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.275;QD=20.1319;RBI=0.000234317;REFB=-0.0411627;REVB=-0.000211109;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747459;STB=0.504232;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.033608;OID=.;OPOS=144508698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:7:9:8:6:7:9:8:6 chr6 144509510 . T C 530.65 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=103;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0138205;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.8112;QD=20.6077;RBI=0.0212087;REFB=0.00128404;REVB=0.0160874;RO=49;SAF=28;SAR=26;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599994;STB=0.533034;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00123931;OID=.;OPOS=144509510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:49:54:54:0.524272:26:28:22:27:26:28:22:27 chr6 144537771 . T C 448.02 PASS AF=0.408;AO=51;DP=125;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=-0.00103106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.823;QD=14.3366;RBI=0.0055102;REFB=-0.00490503;REVB=0.00541288;RO=73;SAF=9;SAR=42;SRF=26;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257793;STB=0.644673;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00736863;OID=.;OPOS=144537771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:73:74:51:51:0.408:42:9:26:47:42:9:26:48 chr6 144665357 . T C 141.97 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00591297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.042;QD=10.3249;RBI=0.0160349;REFB=-0.00202105;REVB=-0.0149049;RO=36;SAF=12;SAR=7;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883871;STB=0.551944;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0051658;OID=.;OPOS=144665357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:7:12:20:16:7:12:20:16 chr6 144758799 . A G 267.86 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0390961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8987;QD=16.2342;RBI=0.0391157;REFB=0.00290778;REVB=-0.00123608;RO=36;SAF=12;SAR=18;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15143;STB=0.585309;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00271722;OID=.;OPOS=144758799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:18:12:20:16:18:12:20:16 chr6 144768370 . CGA CAA,CA,CG 401.16 PASS AF=0.12234,0.223404,0;AO=23,22,31;DP=185;FAO=23,42,0;FDP=188;FR=.;FRO=123;FSAF=22,6,0;FSAR=1,36,0;FSRF=47;FSRR=76;FWDB=-0.00892537,-0.0103944,-0.0897606;FXX=0;HRUN=1,1,5;LEN=1,1,1;MLLD=100.459,95.6502,11.2487;QD=8.53537;RBI=0.249633,0.0164783,0.511321;REFB=-0.0102923,-0.00637023,0.0629772;REVB=0.249473,0.0127864,-0.503381;RO=86;SAF=22,6,5;SAR=1,16,26;SRF=41;SRR=45;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.686845,-0.271489,-0.444188;STB=0.960482,0.739401,0.5;STBP=0,0.002,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0157439,-0.0171672,0;OID=.,.,.;OPOS=144768371,144768371,144768372;OREF=G,G,A;OALT=A,-,-;OMAPALT=CAA,CA,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.12234,0.223404,0:23,22,31:185:23,42,0:188:123:22,6,0:1,36,0:47:76:99:86:22,6,5:1,16,26:41:45 chr6 144852201 . G A 357.98 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.018862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.005;QD=19.6153;RBI=0.0287158;REFB=-0.0190488;REVB=-0.0216523;RO=36;SAF=14;SAR=23;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357345;STB=0.519864;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0201892;OID=.;OPOS=144852201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:23:14:15:21:23:14:15:21 chr6 144869785 . A G 1250.01 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00382584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.439;QD=60.2413;RBI=0.0142503;REFB=0.0776606;REVB=0.0137271;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.505617;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=9.64177e-06;OID=.;OPOS=144869785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:0:1:82:82:0.987952:44:38:0:0:44:38:0:1 chr6 144878337 . G T 763.4 PASS AF=0.536765;AO=68;DP=131;FAO=73;FDP=136;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0120038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.614;QD=22.4529;RBI=0.0275594;REFB=-0.0311885;REVB=0.0248078;RO=60;SAF=32;SAR=36;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607866;STB=0.536222;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0264041;OID=.;OPOS=144878337;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:136:60:63:68:73:0.536765:36:32:24:36:36:37:27:36 chr6 145051594 . G A 377.94 PASS AF=0.470588;AO=39;DP=84;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.030979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.469;QD=17.7856;RBI=0.0318033;REFB=-0.00396313;REVB=-0.0071938;RO=42;SAF=3;SAR=36;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.552607;STB=0.820429;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00305925;OID=.;OPOS=145051594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:42:45:39:40:0.470588:36:3:19:23:37:3:20:25 chr6 145167978 . C G 925.98 PASS AF=0.47549;AO=97;DP=205;FAO=97;FDP=204;FR=.;FRO=107;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=46;FSRR=61;FWDB=0.0181313;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.719;QD=18.1565;RBI=0.0238614;REFB=-0.0121218;REVB=0.0155121;RO=107;SAF=46;SAR=51;SRF=46;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423437;STB=0.52336;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0149493;OID=.;OPOS=145167978;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:107:107:97:97:0.47549:51:46:46:61:51:46:46:61 chr6 145172505 . A G 626.03 PASS AF=0.477612;AO=64;DP=134;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=-0.00701758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.754;QD=18.6876;RBI=0.0198746;REFB=0.00164715;REVB=0.0185944;RO=70;SAF=32;SAR=32;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121458;STB=0.567144;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00106352;OID=.;OPOS=145172505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:70:70:64:64:0.477612:32:32:44:26:32:32:44:26 chr6 145822992 . A G 428.35 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0435388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2483;QD=22.2518;RBI=0.0435394;REFB=-0.00762347;REVB=0.000237074;RO=35;SAF=20;SAR=22;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870819;STB=0.547923;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00761861;OID=.;OPOS=145822992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:22:20:13:22:22:20:13:22 chr6 145823642 . G A 300.21 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00844007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.904;QD=16.45;RBI=0.0154915;REFB=-0.010886;REVB=0.0129905;RO=40;SAF=22;SAR=11;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448216;STB=0.525237;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0139375;OID=.;OPOS=145823642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:11:22:25:15:11:22:25:15 chr6 145823661 . C A 169.77 PASS AF=0.298701;AO=22;DP=76;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.00152162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.519;QD=8.81931;RBI=0.00158027;REFB=-0.00560043;REVB=-0.000426504;RO=54;SAF=15;SAR=7;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691675;STB=0.552383;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.01023;OID=.;OPOS=145823661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:54:54:22:23:0.298701:7:15:34:20:7:16:34:20 chr6 145946834 . T C 775.11 PASS AF=0.434555;AO=81;DP=192;FAO=83;FDP=191;FR=.;FRO=108;FSAF=61;FSAR=22;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=0.00561542;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.926;QD=16.2326;RBI=0.00945006;REFB=-0.00572592;REVB=0.0076007;RO=108;SAF=61;SAR=20;SRF=51;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315174;STB=0.661637;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00799496;OID=.;OPOS=145946834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:108:108:81:83:0.434555:20:61:51:57:22:61:51:57 chr6 146112223 . A AT 46.14 PASS AF=0.5;AO=2;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.030193;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=161.27;QD=10.253;RBI=0.0380712;REFB=-0.0198038;REVB=0.0231905;RO=16;SAF=0;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.560396;STB=0.555432;STBP=0.711;TYPE=ins;VARB=0.0551337;OID=.;OPOS=146112224;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:2:18:9:18:9:4:5:5:4:46:16:0:2:9:7 chr6 146112224 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00809895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.571;QD=10.3911;RBI=0.0220885;REFB=-0.0061928;REVB=0.0205501;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116701;STB=0.571224;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0181944;OID=.;OPOS=146112224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:5:6:3:4:5:6 chr6 146112348 . T C 223.3 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8679;QD=49.622;RBI=0.092564;REFB=0;REVB=0.0911975;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00365241;OID=.;OPOS=146112348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:15:2:0:0:16:2:0:0 chr6 146121336 . C T 304.37 PASS AF=0.362745;AO=37;DP=102;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.00659579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.534;QD=11.936;RBI=0.0114437;REFB=-0.00140304;REVB=0.00935171;RO=63;SAF=19;SAR=18;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992587;STB=0.55529;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0022601;OID=.;OPOS=146121336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:65:37:37:0.362745:18:19:38:25:18:19:39:26 chr6 146126397 . G C 164.14 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00782856;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7913;QD=18.7591;RBI=0.0158989;REFB=-0.0132473;REVB=-0.013838;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807695;STB=0.54602;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0136549;OID=.;OPOS=146126397;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:18:18:17:17:0.485714:7:10:9:9:7:10:9:9 chr6 146185565 . G T 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.022311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.7547;QD=13.3678;RBI=0.0285478;REFB=-0.0170975;REVB=-0.0178099;RO=31;SAF=6;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269499;STB=0.657358;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0255207;OID=.;OPOS=146185565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:12:6:18:13:12:6:18:13 chr6 146207563 . A G 233.61 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0542911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.562;QD=16.9899;RBI=0.0632402;REFB=-0.0441394;REVB=0.0324316;RO=29;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176965;STB=0.606659;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0568825;OID=.;OPOS=146207563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:29:25:26:0.472727:10:15:12:17:10:16:12:17 chr6 146234644 . G A 1044.32 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0657568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.7017;QD=59.6757;RBI=0.068275;REFB=0;REVB=0.0183716;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000439085;OID=.;OPOS=146234644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr6 146275983 . T G 384.1 PASS AF=0.603175;AO=36;DP=61;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00974887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.951;QD=24.3873;RBI=0.0103589;REFB=-0.0206379;REVB=-0.00350221;RO=25;SAF=16;SAR=20;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064325;STB=0.52503;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0111191;OID=.;OPOS=146275983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:25:25:36:38:0.603175:20:16:9:16:22:16:9:16 chr6 146351092 . CT C,CC 124.17 PASS AF=0.283333,0.0166667;AO=10,6;DP=58;FAO=17,1;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=9,1;FSAR=8,0;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0101812,-0.0101037;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=340.036,340.13;QD=8.27777;RBI=0.0208477,0.0216114;REFB=-0.00208298,-0.00199592;REVB=-0.0181925,-0.0191041;RO=37;SAF=5,4;SAR=5,2;SRF=21;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0824745,0.122559;STB=0.513011,0.989066;STBP=0.933,0.473;TYPE=del,snp;VARB=0.0041815,0.0191872;OID=.,.;OPOS=146351093,146351093;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283333,0.0166667:10,6:58:17,1:60:42:9,1:8,0:23:19:88:37:5,4:5,2:21:16 chr6 146351277 . C T 252.67 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0230618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.431;QD=17.1298;RBI=0.0269601;REFB=-0.0367513;REVB=-0.0139643;RO=29;SAF=20;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22786;STB=0.63148;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0200174;OID=.;OPOS=146351277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:31:28:28:0.474576:8:20:14:15:8:20:15:16 chr6 146755140 . G A,C 886.16 PASS AF=0.951613,0.0483871;AO=56,4;DP=61;FAO=59,3;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32,3;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225884,5.36589e-05;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.5607,54.3211;QD=57.1715;RBI=0.0238285,0.00452978;REFB=0,0;REVB=0.00758683,-0.00452946;RO=0;SAF=29,4;SAR=27,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000838704,0.175107;OID=.,.;OPOS=146755140,146755140;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:61:62:0:0:56,4:59,3:0.951613,0.0483871:27,0:29,4:0:0:27,0:32,3:0:0 chr6 146755324 . T C 375.42 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0069599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.271;QD=55.6174;RBI=0.0160166;REFB=0;REVB=-0.0144254;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.36844e-05;OID=.;OPOS=146755324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr6 146755514 . GT G,GG 403.68 PASS AF=0.0344828,0.965517;AO=3,26;DP=29;FAO=1,28;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0069262,0.00144072;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=204.016,219.899;QD=55.6805;RBI=0.0144031,0.0104963;REFB=0,0;REVB=0.0126284,0.0103969;RO=0;SAF=1,10;SAR=2,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,7.71087e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0320238,-0.000513133;OID=.,.;OPOS=146755515,146755515;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0344828,0.965517:3,26:29:1,28:29:0:1,10:0,18:0:0:6:0:1,10:2,16:0:0 chr6 146755747 . G A 152.52 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0139788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4973;QD=8.71555;RBI=0.0360548;REFB=-0.0105518;REVB=0.0332346;RO=49;SAF=11;SAR=10;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878893;STB=0.552189;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0260233;OID=.;OPOS=146755747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:49:21:21:0.3:10:11:22:27:10:11:22:27 chr6 146755842 . C A 1554.72 PASS AF=0.916667;AO=110;DP=121;FAO=110;FDP=120;FR=.;FRO=10;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.054842;FXX=0.00826378;HRUN=5;LEN=1;MLLD=190.855;QD=51.824;RBI=0.0591634;REFB=-0.160041;REVB=0.022196;RO=5;SAF=52;SAR=58;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225794;STB=0.510623;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00113877;OID=.;OPOS=146755842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:121:120:5:10:110:110:0.916667:58:52:1:4:58:52:6:4 chr6 147062397 . C T 346.97 PASS AF=0.4;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0321815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.215;QD=14.6092;RBI=0.0329334;REFB=-0.0140161;REVB=-0.00699677;RO=56;SAF=11;SAR=27;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322882;STB=0.688284;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0198094;OID=.;OPOS=147062397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:56:57:38:38:0.4:27:11:33:23:27:11:34:23 chr6 147067093 . C T 1913.87 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8896;QD=61.7379;RBI=0.0419515;REFB=0;REVB=-0.0117844;RO=0;SAF=67;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278243;OID=.;OPOS=147067093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:57:67:0:0:57:67:0:0 chr6 147067128 . G A 206.45 PASS AF=0.27027;AO=30;DP=111;FAO=30;FDP=111;FR=.;FRO=81;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=0.000353746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.13;QD=7.43963;RBI=0.000547968;REFB=-0.00321719;REVB=0.000418489;RO=81;SAF=14;SAR=16;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138141;STB=0.582285;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00791639;OID=.;OPOS=147067128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:81:81:30:30:0.27027:16:14:47:34:16:14:47:34 chr6 147136212 . A T 2153.78 PASS AF=0.978873;AO=139;DP=142;FAO=139;FDP=142;FR=.;FRO=3;FSAF=71;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0372994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.442;QD=60.67;RBI=0.0373301;REFB=0.00235098;REVB=-0.00151173;RO=2;SAF=71;SAR=68;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137766;STB=0.50375;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-1.0892e-05;OID=.;OPOS=147136212;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:142:142:2:3:139:139:0.978873:68:71:0:2:68:71:1:2 chr6 147136244 . A G 1664.91 PASS AF=0.991304;AO=107;DP=111;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.103643;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2559;QD=57.9097;RBI=0.104202;REFB=0.0365914;REVB=0.0107743;RO=4;SAF=50;SAR=57;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019374;STB=0.504132;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00216421;OID=.;OPOS=147136244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:115:4:1:107:114:0.991304:57:50:3:1:60:54:0:1 chr6 147830073 . C T 1289.95 PASS AF=0.44127;AO=139;DP=315;FAO=139;FDP=315;FR=.;FRO=176;FSAF=57;FSAR=82;FSRF=81;FSRR=95;FWDB=0.0253269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.408;QD=16.3803;RBI=0.0257824;REFB=-0.0148034;REVB=-0.00482512;RO=175;SAF=57;SAR=82;SRF=80;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484055;STB=0.528657;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0151938;OID=.;OPOS=147830073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:315:175:176:139:139:0.44127:82:57:80:95:82:57:81:95 chr6 147886107 . C G 644.45 PASS AF=0.418605;AO=72;DP=172;FAO=72;FDP=172;FR=.;FRO=100;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=0.00292342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9698;QD=14.9872;RBI=0.00635425;REFB=-0.0315637;REVB=-0.00564182;RO=100;SAF=34;SAR=38;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127405;STB=0.507132;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.037306;OID=.;OPOS=147886107;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:100:100:72:72:0.418605:38:34:46:54:38:34:46:54 chr6 148792557 . A G 144.43 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0149034;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.7302;QD=15.6139;RBI=0.0206251;REFB=0.0207666;REVB=0.0142577;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792681;STB=0.555489;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.04636;OID=.;OPOS=148792557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:10:6:6:14:10:6:6:15 chr6 148854030 . G A 524.17 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0446314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.409;QD=21.3947;RBI=0.0480611;REFB=-0.0148307;REVB=0.0178301;RO=48;SAF=16;SAR=34;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546844;STB=0.530263;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00868086;OID=.;OPOS=148854030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:48:50:50:0.510204:34:16:18:30:34:16:18:30 chr6 149342593 . G A 149.67 PASS AF=0.283784;AO=21;DP=74;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0052895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.335;QD=8.0901;RBI=0.0207447;REFB=-0.00398205;REVB=-0.020059;RO=53;SAF=10;SAR=11;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107148;STB=0.564042;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0211967;OID=.;OPOS=149342593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:53:53:21:21:0.283784:11:10:30:23:11:10:30:23 chr6 149700491 . G A 189.26 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0196633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3294;QD=13.0522;RBI=0.0555071;REFB=-0.0197919;REVB=-0.0519076;RO=35;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101249;STB=0.558231;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0170692;OID=.;OPOS=149700491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:9:14:18:17:9:14:18:17 chr6 149721690 . G A 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.000987102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.148;QD=17.588;RBI=0.0456728;REFB=-0.00507064;REVB=-0.0456622;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079776;STB=0.545413;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00543741;OID=.;OPOS=149721690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:10:12:13:15:10:12:13:15 chr6 149721965 . T C 336.72 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00307824;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6224;QD=20.1028;RBI=0.00646531;REFB=-0.00245959;REVB=-0.00568548;RO=32;SAF=15;SAR=20;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350858;STB=0.519469;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00200197;OID=.;OPOS=149721965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:20:15:15:17:20:15:15:17 chr6 149722040 . A G 494.52 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0321538;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.751;QD=56.5162;RBI=0.0337659;REFB=-0.118112;REVB=-0.0103086;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252651;STB=0.513506;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00104029;OID=.;OPOS=149722040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:1:1:34:34:0.971429:16:18:1:0:16:18:1:0 chr6 149730846 . G A 372.74 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.017166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3174;QD=14.336;RBI=0.054869;REFB=-0.00794672;REVB=-0.0521146;RO=61;SAF=27;SAR=16;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274246;STB=0.654403;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00955694;OID=.;OPOS=149730846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:61:43:43:0.413462:16:27:22:39:16:27:22:39 chr6 149780831 . G A 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.0194484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.908;QD=8.37031;RBI=0.019711;REFB=-0.0124814;REVB=0.00320656;RO=28;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00639241;STB=0.50393;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0286806;OID=.;OPOS=149780831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:9:2:5:23:9:2:5:23 chr6 149953981 . C T 1770.5 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00727603;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.323;QD=61.0519;RBI=0.0152022;REFB=0;REVB=0.0133479;RO=0;SAF=59;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70797e-06;OID=.;OPOS=149953981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:57:59:0:0:57:59:0:0 chr6 149983216 . G A 847.94 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.079;QD=56.5293;RBI=0.022175;REFB=0;REVB=0.00604008;RO=1;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209528;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174602;OID=.;OPOS=149983216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:1:0:57:60:1:22:35:0:1:23:37:0:0 chr6 150004779 . A G 1365.31 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00778798;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.415;QD=61.3624;RBI=0.00842937;REFB=-0.0333581;REVB=0.00322517;RO=0;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57365e-08;STB=0.506848;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-5.68593e-05;OID=.;OPOS=150004779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:88:88:0.988764:36:52:0:0:36:52:0:1 chr6 150067675 . A G 972.08 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.363;QD=58.9141;RBI=0.0154195;REFB=0;REVB=0.00238169;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81191e-05;OID=.;OPOS=150067675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr6 150093678 . C T 881.69 PASS AF=0.984127;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00589541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.957;QD=55.9805;RBI=0.0209392;REFB=-0.0512426;REVB=0.0200922;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.508769;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=1.30634e-05;OID=.;OPOS=150093678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:63:0:1:59:62:0.984127:32:27:0:0:34:28:1:0 chr6 150093682 . C T 859.35 PASS AF=0.96875;AO=60;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00877128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.888;QD=53.7092;RBI=0.00910612;REFB=-0.0274717;REVB=0.00244665;RO=3;SAF=27;SAR=33;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196002;STB=0.501525;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0122131;OID=.;OPOS=150093682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:3:2:60:62:0.96875:33:27:2:1:34:28:1:1 chr6 150114745 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00813246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.766;QD=57.0006;RBI=0.0117912;REFB=0;REVB=-0.00853782;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63531e-06;OID=.;OPOS=150114745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:22:31:0:0:22:32:0:0 chr6 150209717 . C G 1117.68 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9167;QD=60.4152;RBI=0.0333211;REFB=0;REVB=0.0283207;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48524e-05;OID=.;OPOS=150209717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:39:34:0:0:40:34:0:0 chr6 150210681 . G A 1456.36 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0345557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.229;QD=61.9726;RBI=0.0378932;REFB=-0.0359504;REVB=-0.0155499;RO=1;SAF=60;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141488;STB=0.507461;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000513261;OID=.;OPOS=150210681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:33:60:0:1:33:60:0:1 chr6 150210685 . C T 1475.75 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103035;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.918;QD=63.4729;RBI=0.0356243;REFB=0;REVB=0.0341017;RO=0;SAF=58;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54661e-05;OID=.;OPOS=150210685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:34:58:0:0:34:59:0:0 chr6 150210723 . C T 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.000878039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.112;QD=13.9955;RBI=0.0100936;REFB=-0.00287895;REVB=-0.0100554;RO=42;SAF=18;SAR=11;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106799;STB=0.56047;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00528783;OID=.;OPOS=150210723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:11:18:30:12:11:18:30:12 chr6 150211100 . T C 357.86 PASS AF=0.383929;AO=43;DP=112;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.061708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.315;QD=12.7807;RBI=0.0619231;REFB=-0.00323407;REVB=0.00515653;RO=69;SAF=27;SAR=16;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385884;STB=0.521958;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0086887;OID=.;OPOS=150211100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:69:69:43:43:0.383929:16:27:41:28:16:27:41:28 chr6 150211123 . A T 1713.26 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.477;QD=60.6463;RBI=0.0313922;REFB=0;REVB=0.0177301;RO=0;SAF=63;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0472e-05;OID=.;OPOS=150211123;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:50:63:0:0:50:63:0:0 chr6 150212003 . C T 210.22 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0208216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7941;QD=11.8434;RBI=0.0235402;REFB=-0.0126429;REVB=0.0109819;RO=40;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264382;STB=0.549258;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0251185;OID=.;OPOS=150212003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:45:26:26:0.366197:13:13:21:19:13:13:26:19 chr6 150239330 . C T 275.77 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0163191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3964;QD=18.3845;RBI=0.0271936;REFB=0.0291189;REVB=0.0217526;RO=30;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471945;STB=0.53361;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.0282044;OID=.;OPOS=150239330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:30:29:30:0.5:16:13:15:15:17:13:15:15 chr6 150240829 . G C 536.46 PASS AF=0.395973;AO=59;DP=149;FAO=59;FDP=149;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=55;FSRR=35;FWDB=0.00207475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4295;QD=14.4017;RBI=0.0197666;REFB=-0.00945561;REVB=-0.0196574;RO=90;SAF=32;SAR=27;SRF=55;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747571;STB=0.542105;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0127261;OID=.;OPOS=150240829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:90:90:59:59:0.395973:27:32:55:35:27:32:55:35 chr6 150267527 . A C 868.65 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00679189;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0855;QD=55.1522;RBI=0.11478;REFB=-0.0180977;REVB=0.114579;RO=2;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262099;STB=0.506847;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00415289;OID=.;OPOS=150267527;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:64:63:2:1:61:62:0.984127:35:26:0:2:36:26:0:1 chr6 150342232 . G A 1163.92 PASS AF=0.545455;AO=108;DP=198;FAO=108;FDP=198;FR=.;FRO=90;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=53;FSRR=37;FWDB=-0.0158798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.205;QD=23.5134;RBI=0.0162675;REFB=-0.0262039;REVB=-0.00353043;RO=89;SAF=54;SAR=54;SRF=52;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698571;STB=0.540397;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0118035;OID=.;OPOS=150342232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:89:90:108:108:0.545455:54:54:52:37:54:54:53:37 chr6 150342275 . C A 345.03 PASS AF=0.34127;AO=43;DP=128;FAO=43;FDP=126;FR=.;FRO=83;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=52;FSRR=31;FWDB=-0.00259031;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.401;QD=10.9532;RBI=0.00950097;REFB=-0.000403813;REVB=0.00914105;RO=81;SAF=20;SAR=23;SRF=50;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171894;STB=0.605216;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.000695288;OID=.;OPOS=150342275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:81:83:43:43:0.34127:23:20:50:31:23:20:52:31 chr6 150346532 . T C 236.89 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0178103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.933;QD=19.3382;RBI=0.0552015;REFB=-0.0476739;REVB=-0.0522494;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864895;STB=0.555903;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.046085;OID=.;OPOS=150346532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:49:49:23:25:14:14:0.285714:9:5:10:13:9:5:11:14 chr6 150385730 . T G 642.09 PASS AF=0.456954;AO=69;DP=151;FAO=69;FDP=151;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=31;FWDB=-0.00420033;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.141;QD=17.0089;RBI=0.0357624;REFB=-0.0018717;REVB=0.0355149;RO=80;SAF=32;SAR=37;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155115;STB=0.585263;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00219344;OID=.;OPOS=150385730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:80:82:69:69:0.456954:37:32:50:30:37:32:51:31 chr6 150390149 . G C 234.16 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00202086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.073;QD=10.7661;RBI=0.00245667;REFB=-0.0155895;REVB=0.0013969;RO=58;SAF=12;SAR=17;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602485;STB=0.535085;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0309791;OID=.;OPOS=150390149;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:58:58:29:29:0.333333:17:12:27:31:17:12:27:31 chr6 150665226 . G A 152.72 PASS AF=0.313433;AO=20;DP=66;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.031339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.081;QD=9.11788;RBI=0.0337984;REFB=-0.0145572;REVB=-0.0126569;RO=46;SAF=8;SAR=12;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158438;STB=0.523078;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.032958;OID=.;OPOS=150665226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:46:46:20:21:0.313433:12:8:19:27:13:8:19:27 chr6 150665264 . A T 117.22 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00179696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.932;QD=8.52501;RBI=0.0205304;REFB=0.000689368;REVB=-0.0204516;RO=39;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074463;STB=0.544967;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.00225557;OID=.;OPOS=150665264;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:10:6:17:22:10:6:17:22 chr6 150665278 . A G 95.54 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00109087;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.773;QD=7.34929;RBI=0.00312154;REFB=0.00983462;REVB=0.00292473;RO=39;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639966;STB=0.539815;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.0310623;OID=.;OPOS=150665278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:8:5:17:22:8:5:17:22 chr6 150713490 . C T 293.74 PASS AF=0.25;AO=44;DP=177;FAO=44;FDP=176;FR=.;FRO=132;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=62;FSRR=70;FWDB=-0.0102942;FXX=0.0056494;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.181;QD=6.67591;RBI=0.0117724;REFB=-0.00649453;REVB=-0.00571114;RO=132;SAF=14;SAR=30;SRF=62;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198129;STB=0.619509;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0175184;OID=.;OPOS=150713490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:132:132:44:44:0.25:30:14:62:70:30:14:62:70 chr6 150716696 . T C 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.629;QD=51.5087;RBI=0.0231195;REFB=-0.0402058;REVB=0.0116599;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.533307;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0021087;OID=.;OPOS=150716696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:7:19:0:0:7:19:0:1 chr6 150722115 . G A 897.92 PASS AF=0.502793;AO=87;DP=176;FAO=90;FDP=179;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=-0.00452505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.005;QD=20.0652;RBI=0.0476375;REFB=-0.0267942;REVB=0.0474221;RO=89;SAF=35;SAR=52;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654694;STB=0.536689;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0192664;OID=.;OPOS=150722115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:179:89:89:87:90:0.502793:52:35:42:47:54:36:42:47 chr6 150722187 . TG CA,CG 2310.7 PASS AF=0.484277,0.509434;AO=77,80;DP=163;FAO=77,81;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=33,29;FSAR=44,52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.036841,0.0291636;FXX=0.0245384;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=165.168,127.259;QD=58.1308;RBI=0.0461812,0.051954;REFB=-0.0717677,-0.0669641;REVB=0.0278468,0.0429965;RO=1;SAF=33,29;SAR=44,51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0106357,0.00919411;STB=0.505617,0.504761;STBP=0.521,0.493;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0144194,0.010438;OID=.,.;OPOS=150722187,150722187;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:163:159:1:1:77,80:77,81:0.484277,0.509434:44,51:33,29:0:1:44,52:33,29:0:1 chr6 151055031 . C T 385.39 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0021256;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.905;QD=17.9249;RBI=0.0152308;REFB=-0.010388;REVB=0.0150818;RO=45;SAF=17;SAR=23;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10321;STB=0.552082;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0123929;OID=.;OPOS=151055031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:46:40:40:0.465116:23:17:24:21:23:17:24:22 chr6 151055189 . C G 217.83 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0174922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3325;QD=16.7562;RBI=0.0180042;REFB=-0.00140616;REVB=0.00426349;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00463463;STB=0.510301;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00113647;OID=.;OPOS=151055189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:28:24:24:0.461538:15:9:10:17:15:9:10:18 chr6 151121915 . G A 432.9 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00934647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.239;QD=16.183;RBI=0.00935062;REFB=-0.0165768;REVB=0.000278482;RO=59;SAF=22;SAR=26;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828214;STB=0.546284;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0224394;OID=.;OPOS=151121915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:59:48:48:0.448598:26:22:32:27:26:22:32:27 chr6 151152257 . A G 1589.82 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00813067;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=339.948;QD=59.9932;RBI=0.0145725;REFB=0;REVB=0.0120934;RO=0;SAF=63;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07559e-06;OID=.;OPOS=151152257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:43:63:0:0:43:63:0:0 chr6 151152656 . T C 969.73 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00583392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.068;QD=58.7718;RBI=0.00964042;REFB=0;REVB=0.00767484;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21139e-05;OID=.;OPOS=151152656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:32:31:0:0:33:33:0:0 chr6 151198895 . T C 710.73 PASS AF=0.534884;AO=69;DP=129;FAO=69;FDP=129;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.0693341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.846;QD=22.0383;RBI=0.0697053;REFB=-0.00287608;REVB=-0.00718458;RO=60;SAF=29;SAR=40;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768263;STB=0.542044;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00167675;OID=.;OPOS=151198895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:60:60:69:69:0.534884:40:29:20:40:40:29:20:40 chr6 151281426 . G A 325.48 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0675303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5803;QD=24.5645;RBI=0.0699508;REFB=-0.0052673;REVB=0.018242;RO=20;SAF=12;SAR=20;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569778;STB=0.538438;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00417455;OID=.;OPOS=151281426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:21:32:32:0.603774:20:12:6:14:20:12:6:15 chr6 151336739 . C G 3003.43 PASS AF=0.994792;AO=191;DP=193;FAO=191;FDP=192;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00948261;FXX=0.00518108;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.647;QD=62.5715;RBI=0.0303847;REFB=-0.0417151;REVB=-0.0288671;RO=1;SAF=95;SAR=96;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498638;STB=0.502618;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00177541;OID=.;OPOS=151336739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:193:192:1:1:191:191:0.994792:96:95:1:0:96:95:1:0 chr6 151422750 . A G 204.1 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0126368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.49;QD=10.4665;RBI=0.0217546;REFB=-0.0140385;REVB=-0.017708;RO=51;SAF=18;SAR=8;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175028;STB=0.597352;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.028316;OID=.;OPOS=151422750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:52:26:26:0.333333:8:18:28:23:8:18:29:23 chr6 151669874 . C CG 748.16 PASS AF=1;AO=7;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0837454;FXX=0.019996;HRUN=0;LEN=1;MLLD=132.524;QD=61.074;RBI=0.0886862;REFB=0;REVB=0.0291882;RO=42;SAF=7;SAR=0;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.654017;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00017382;OID=.;OPOS=151669875;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:50:49:49:0:30:19:0:0:4:42:7:0:23:19 chr6 151669875 . A G 597.19 PASS AF=0.857143;AO=42;DP=49;FAO=42;FDP=49;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00810619;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.797;QD=48.7505;RBI=0.0110868;REFB=-0.113071;REVB=0.00756357;RO=7;SAF=23;SAR=19;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12345;STB=0.566007;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00297402;OID=.;OPOS=151669875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:7:7:42:42:0.857143:19:23:7:0:19:23:7:0 chr6 151670057 . G A 173.14 PASS AF=0.328767;AO=21;DP=74;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0098755;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3205;QD=9.48693;RBI=0.00996292;REFB=-0.00291354;REVB=-0.00131687;RO=48;SAF=14;SAR=7;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535936;STB=0.573218;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00482154;OID=.;OPOS=151670057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:48:49:21:24:0.328767:7:14:30:18:7:17:30:19 chr6 151670172 . A C 98.68 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0253201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9567;QD=10.121;RBI=0.0275258;REFB=-0.00611273;REVB=-0.0107965;RO=27;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42867;STB=0.777788;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0199909;OID=.;OPOS=151670172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:39:39:27:26:12:13:0.333333:3:9:10:17:3:10:9:17 chr6 151670897 . T C 1380.63 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00320977;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.099;QD=62.756;RBI=0.0347334;REFB=0;REVB=0.0345848;RO=0;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50522e-06;OID=.;OPOS=151670897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:53:35:0:0:53:35:0:0 chr6 151671182 . C T 640.76 PASS AF=0.547826;AO=63;DP=115;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.0385385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.633;QD=22.2872;RBI=0.0436235;REFB=-0.0225725;REVB=0.0204401;RO=51;SAF=34;SAR=29;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890963;STB=0.543483;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0193074;OID=.;OPOS=151671182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:51:52:63:63:0.547826:29:34:33:18:29:34:33:19 chr6 151672812 . G A 172.78 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0187327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.482;QD=9.4673;RBI=0.020909;REFB=-0.00343357;REVB=-0.00928842;RO=49;SAF=12;SAR=11;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369292;STB=0.514886;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00774744;OID=.;OPOS=151672812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:50:23:23:0.315068:11:12:24:25:11:12:25:25 chr6 151674071 . C T 73.42 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0131203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.568;QD=9.47415;RBI=0.0325835;REFB=-0.0110184;REVB=-0.0298251;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48208;STB=0.786482;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0439189;OID=.;OPOS=151674071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:7:3:16:5:7:3:16:5 chr6 151674116 . T TGAG 349.85 PASS AF=0.777778;AO=27;DP=36;FAO=28;FDP=36;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00719574;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=3;MLLD=289.432;QD=38.872;RBI=0.0302707;REFB=-0.0341486;REVB=0.029403;RO=8;SAF=18;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195447;STB=0.513504;STBP=0.792;TYPE=ins;VARB=0.00799522;OID=.;OPOS=151674117;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:27:36:28:36:8:19:9:5:3:52:8:18:9:5:3 chr6 151674326 . A C 181.88 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0294498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6698;QD=16.9186;RBI=0.0391416;REFB=2.19702e-05;REVB=-0.0257832;RO=22;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561003;STB=0.550968;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.000150681;OID=.;OPOS=151674326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:24:19:19:0.44186:8:11:14:8:8:11:16:8 chr6 151674593 . G T 265.22 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0115321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0658;QD=15.6011;RBI=0.0115378;REFB=-0.0132136;REVB=0.0003617;RO=38;SAF=10;SAR=20;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664655;STB=0.537609;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0165637;OID=.;OPOS=151674593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:20:10:15:23:20:10:15:23 chr6 151686780 . T C 422.2 PASS AF=0.335404;AO=55;DP=161;FAO=54;FDP=161;FR=.;FRO=107;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=61;FSRR=46;FWDB=-0.0387791;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.324;QD=10.4894;RBI=0.0391199;REFB=-0.000202053;REVB=0.00515295;RO=106;SAF=31;SAR=24;SRF=60;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00280125;STB=0.502702;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.000102811;OID=.;OPOS=151686780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:106:107:55:54:0.335404:24:31:60:46:23:31:61:46 chr6 151694771 . ATTTTTTA ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAA 170.2 PASS AF=0.315789,0.447368,0;AO=10,8,11;DP=53;FAO=12,17,0;FDP=38;FR=.;FRO=9;FSAF=8,11,0;FSAR=4,6,0;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0209919,0.169701,0.204161;FXX=0.0256345;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=13.3523,9.04797,6.88406;QD=17.9153;RBI=0.239177,0.269013,0.206617;REFB=0.0061885,-0.15913,-0.17833;REVB=-0.238254,-0.208733,0.0317678;RO=15;SAF=6,6,10;SAR=4,2,1;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0.368421,0.368421,0;SSSB=0.20027,0.379089,0.599772;STB=0.551636,0.53394,0.5;STBP=0.625,0.676,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0142687,0.151843,0;OID=.,.,.;OPOS=151694777,151694772,151694777;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.315789,0.447368,0:10,8,11:53:12,17,0:38:9:8,11,0:4,6,0:5:4:42:15:6,6,10:4,2,1:6:9 chr6 151857532 . G A 206.09 PASS AF=0.248;AO=31;DP=125;FAO=31;FDP=125;FR=.;FRO=94;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=-0.0186795;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.221;QD=6.59483;RBI=0.0192439;REFB=0.00385565;REVB=-0.00462629;RO=93;SAF=14;SAR=17;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268597;STB=0.528479;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.0138942;OID=.;OPOS=151857532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:93:94:31:31:0.248:17:14:44:49:17:14:46:48 chr6 151859314 . A G 270.03 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0458545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.981;QD=22.9812;RBI=0.0464448;REFB=0.0189759;REVB=0.00738112;RO=21;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179302;STB=0.610082;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00991057;OID=.;OPOS=151859314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:15:10:13:8:15:10:14:8 chr6 151894505 . T C 830.37 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0292083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5524;QD=55.358;RBI=0.0557582;REFB=-0.0993636;REVB=-0.0474958;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159891;STB=0.508194;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00783159;OID=.;OPOS=151894505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:1:1:58:59:0.983333:29:29:0:1:30:29:0:1 chr6 151936677 . G A 301.32 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0095763;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.725;QD=16.5109;RBI=0.0304008;REFB=-0.018004;REVB=-0.0288531;RO=40;SAF=11;SAR=22;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709478;STB=0.539975;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0190208;OID=.;OPOS=151936677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:40:40:33:33:0.452055:22:11:16:24:22:11:16:24 chr6 151939181 . G A 298.76 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00236954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.446;QD=23.9005;RBI=0.0178531;REFB=-0.0153802;REVB=-0.0176952;RO=23;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104877;STB=0.558303;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0166493;OID=.;OPOS=151939181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:13:14:9:14:13:14:9:14 chr6 152201875 . T C 1532.02 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00547392;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.348;QD=63.1761;RBI=0.00765606;REFB=0;REVB=0.0053527;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552686;OID=.;OPOS=152201875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:95:97:1:49:46:0:0:49:48:0:0 chr6 152265522 . G C 1808.48 PASS AF=1;AO=101;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=71;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306937;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.563;QD=60.2828;RBI=0.0310492;REFB=0;REVB=0.00468493;RO=0;SAF=63;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00727487;OID=.;OPOS=152265522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:101:120:1:38:63:0:0:49:71:0:0 chr6 152422335 . C T 2389.02 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.205;QD=64.1348;RBI=0.00373266;REFB=0;REVB=0.00288189;RO=0;SAF=85;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7856e-07;OID=.;OPOS=152422335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:149:0:0:147:149:1:62:85:0:0:63:86:0:0 chr6 152423905 . T A 568.99 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=102;FAO=54;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00499279;FXX=0.0294089;HRUN=8;LEN=1;MLLD=227.221;QD=22.9894;RBI=0.00556638;REFB=-0.00648172;REVB=0.00246103;RO=27;SAF=17;SAR=19;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934321;STB=0.534429;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.000665109;OID=.;OPOS=152423905;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:99:27:40:36:54:0.545455:19:17:16:11:30:24:21:19 chr6 152442990 . TA T 373.45 PASS AF=0.591241;AO=135;DP=275;FAO=162;FDP=274;FR=.;FRO=112;FSAF=78;FSAR=84;FSRF=55;FSRR=57;FWDB=-0.0134908;FXX=0.0108299;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.5596;QD=5.45178;RBI=0.0860058;REFB=-0.0653871;REVB=0.0849411;RO=98;SAF=69;SAR=66;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323542;STB=0.503924;STBP=0.875;TYPE=del;VARB=0.107854;OID=.;OPOS=152442991;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.591241:135:275:162:274:112:78:84:55:57:99:98:69:66:46:52 chr6 152443756 . C T 242.74 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0444173;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.764;QD=18.6725;RBI=0.0549631;REFB=-0.0329333;REVB=-0.0323735;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346149;STB=0.519388;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0376332;OID=.;OPOS=152443756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:26:26:26:26:0.5:14:12:11:15:14:12:11:15 chr6 152446487 . C T 480.52 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00672484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2035;QD=20.2325;RBI=0.0210768;REFB=-0.0149009;REVB=-0.0199752;RO=47;SAF=19;SAR=28;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975025;STB=0.549249;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0148596;OID=.;OPOS=152446487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:48:47:47:0.494737:28:19:24:23:28:19:24:24 chr6 152489294 . T C 769.62 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.281;QD=57.0088;RBI=0.0447711;REFB=0;REVB=0.0328831;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267955;OID=.;OPOS=152489294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:30:24:0:0 chr6 152523013 . C T 323.89 PASS AF=0.311111;AO=42;DP=135;FAO=42;FDP=135;FR=.;FRO=93;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=-0.0375388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6706;QD=9.59687;RBI=0.0483912;REFB=0.00321761;REVB=0.0305377;RO=92;SAF=21;SAR=21;SRF=52;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769933;STB=0.540721;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.0144633;OID=.;OPOS=152523013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:92:93:42:42:0.311111:21:21:52:40:21:21:52:41 chr6 152540278 . A C 2148.18 PASS AF=0.952703;AO=141;DP=148;FAO=141;FDP=148;FR=.;FRO=7;FSAF=59;FSAR=82;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00566328;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=248.773;QD=58.0588;RBI=0.00959188;REFB=-0.0926833;REVB=-0.00774154;RO=7;SAF=59;SAR=82;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401782;STB=0.521166;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.000323244;OID=.;OPOS=152540278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:148:148:7:7:141:141:0.952703:82:59:6:1:82:59:6:1 chr6 152646279 . G C 655.44 PASS AF=0.455128;AO=71;DP=156;FAO=71;FDP=156;FR=.;FRO=85;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=0.00556343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.994;QD=16.8062;RBI=0.0102701;REFB=-0.0186286;REVB=0.00863266;RO=85;SAF=32;SAR=39;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542973;STB=0.530171;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0219846;OID=.;OPOS=152646279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:85:85:71:71:0.455128:39:32:43:42:39:32:43:42 chr6 152647681 . A T 2297.68 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00184017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8998;QD=60.8658;RBI=0.0474927;REFB=0;REVB=-0.047457;RO=0;SAF=65;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77232e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179624;OID=.;OPOS=152647681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:86:65:0:0:86:65:0:0 chr6 152651759 . C G 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0250489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.209;QD=13.9183;RBI=0.0309456;REFB=-0.0147014;REVB=0.0181709;RO=37;SAF=16;SAR=10;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668972;STB=0.538029;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0181115;OID=.;OPOS=152651759;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:10:16:25:12:10:16:25:12 chr6 152652034 . A T 1777.18 PASS AF=0.991597;AO=115;DP=117;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0306386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.279;QD=59.7372;RBI=0.0310076;REFB=-0.126158;REVB=0.00476915;RO=1;SAF=58;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825856;STB=0.504132;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000609167;OID=.;OPOS=152652034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:119:1:1:115:118:0.991597:57:58:0:1:60:58:0:1 chr6 152658142 . T C 773.92 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330761;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.0585;QD=63.1773;RBI=0.043926;REFB=0;REVB=0.0289044;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00282606;OID=.;OPOS=152658142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:48:49:1:24:24:0:0:24:25:0:0 chr6 152665261 . C A 609.02 PASS AF=0.525862;AO=61;DP=117;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.00472324;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.293;QD=21.0008;RBI=0.0221853;REFB=-0.00906263;REVB=-0.0216767;RO=55;SAF=39;SAR=22;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363391;STB=0.519993;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00793331;OID=.;OPOS=152665261;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:55:55:61:61:0.525862:22:39:33:22:22:39:33:22 chr6 152675854 . A G 2833.42 PASS AF=0.994536;AO=179;DP=181;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=106;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00854469;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.081;QD=61.9326;RBI=0.0152947;REFB=0.0733286;REVB=0.0126852;RO=1;SAF=104;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00630514;STB=0.503268;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-5.66803e-05;OID=.;OPOS=152675854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:181:183:1:1:179:182:0.994536:75:104:0:1:76:106:0:1 chr6 152683413 . G T 724.12 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00404595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.5;QD=54.6508;RBI=0.00451568;REFB=-0.0932811;REVB=0.00200541;RO=1;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200378;STB=0.510634;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00270696;OID=.;OPOS=152683413;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:23:29:0:1:23:29:0:1 chr6 152694184 . T C 738.81 PASS AF=0.446328;AO=79;DP=177;FAO=79;FDP=177;FR=.;FRO=98;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-5.98279e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.466;QD=16.6963;RBI=0.0463676;REFB=0.0050115;REVB=0.0463675;RO=98;SAF=50;SAR=29;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12631;STB=0.570352;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.003948;OID=.;OPOS=152694184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:98:98:79:79:0.446328:29:50:50:48:29:50:50:48 chr6 152708310 . G A 776.17 PASS AF=0.39207;AO=89;DP=227;FAO=89;FDP=227;FR=.;FRO=138;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=68;FSRR=70;FWDB=-0.00504153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.317;QD=13.6771;RBI=0.0085219;REFB=-0.00774315;REVB=0.00687064;RO=137;SAF=49;SAR=40;SRF=67;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664742;STB=0.535245;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0119717;OID=.;OPOS=152708310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:137:138:89:89:0.39207:40:49:67:70:40:49:68:70 chr6 152708453 . C G 176.6 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00462677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4254;QD=14.1276;RBI=0.030337;REFB=-0.00440767;REVB=0.0299821;RO=31;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924894;STB=0.553788;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00729259;OID=.;OPOS=152708453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:7:12:17:14:7:12:17:14 chr6 152763321 . C G 176.8 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0403099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.935;QD=18.1337;RBI=0.0424089;REFB=-0.0238844;REVB=-0.0131769;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138956;STB=0.58972;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0383062;OID=.;OPOS=152763321;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:20:18:19:0.487179:9:9:7:13:9:10:7:13 chr6 152772264 . A G 1573.0 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6506;QD=59.9237;RBI=0.0551046;REFB=0;REVB=0.0395845;RO=0;SAF=63;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67565e-06;OID=.;OPOS=152772264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:41:63:0:0:41:64:0:0 chr6 152776750 . G A 296.62 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0493628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4141;QD=13.3312;RBI=0.0512625;REFB=-0.00263534;REVB=0.0138262;RO=55;SAF=18;SAR=16;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571507;STB=0.532604;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00450716;OID=.;OPOS=152776750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:55:34:34:0.382022:16:18:32:23:16:18:32:23 chr6 152777819 . G A 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.94;QD=61.3755;RBI=0.0345503;REFB=0;REVB=0.0215741;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104769;OID=.;OPOS=152777819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr6 153019099 . GAGAT G 617.09 PASS AF=0.5;AO=61;DP=131;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00889684;FXX=0.0461503;HRUN=1;LEN=4;MLLD=278.648;QD=19.906;RBI=0.0117154;REFB=-0.00746692;REVB=0.00762214;RO=65;SAF=35;SAR=26;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334364;STB=0.540841;STBP=0.367;TYPE=del;VARB=0.007796;OID=.;OPOS=153019100;OREF=AGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:61:131:62:124:62:36:26:31:31:99:65:35:26:35:30 chr6 153296541 . G C 271.03 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0582001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3646;QD=16.9394;RBI=0.0584724;REFB=-0.0435635;REVB=-0.00563669;RO=34;SAF=13;SAR=17;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173058;STB=0.597043;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0162979;OID=.;OPOS=153296541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:17:13:21:13:17:13:21:13 chr6 153315695 . C T 535.28 PASS AF=0.402597;AO=61;DP=154;FAO=62;FDP=154;FR=.;FRO=92;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.00591653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.548;QD=13.9034;RBI=0.0115499;REFB=-0.0225474;REVB=-0.00991941;RO=92;SAF=39;SAR=22;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220013;STB=0.633135;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0387442;OID=.;OPOS=153315695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:92:92:61:62:0.402597:22:39:40:52:22:40:39:53 chr6 153315921 . G A 508.84 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00816836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.783;QD=58.1533;RBI=0.0193075;REFB=0;REVB=0.0174944;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101021;OID=.;OPOS=153315921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr6 153316326 . A G 470.99 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0449154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6401;QD=17.284;RBI=0.0477446;REFB=-0.00267883;REVB=0.016191;RO=57;SAF=20;SAR=31;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161812;STB=0.594606;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00258586;OID=.;OPOS=153316326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:57:58:51:51:0.46789:31:20:32:25:31:20:33:25 chr6 153323594 . C T 566.08 PASS AF=0.408805;AO=64;DP=159;FAO=65;FDP=159;FR=.;FRO=94;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=-0.00211849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.985;QD=14.2409;RBI=0.0128141;REFB=-0.0068034;REVB=-0.0126378;RO=94;SAF=33;SAR=31;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039843;STB=0.517866;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0102023;OID=.;OPOS=153323594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:94:94:64:65:0.408805:31:33:52:42:31:34:52:42 chr6 153365100 . A C 521.15 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0202684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.402;QD=19.6659;RBI=0.021514;REFB=-0.0105712;REVB=-0.00721412;RO=52;SAF=29;SAR=25;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168521;STB=0.592828;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.015835;OID=.;OPOS=153365100;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:52:54:54:0.509434:25:29:18:34:25:29:18:34 chr6 154414446 . A T 1061.04 PASS AF=0.552486;AO=100;DP=182;FAO=100;FDP=181;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=0.0121157;FXX=0.0054942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.104;QD=23.4483;RBI=0.0637886;REFB=-0.0196818;REVB=-0.0626275;RO=80;SAF=39;SAR=61;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152617;STB=0.580676;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0155156;OID=.;OPOS=154414446;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:80:81:100:100:0.552486:61:39:46:34:61:39:46:35 chr6 154428666 . C T 222.01 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00401537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.314;QD=14.5578;RBI=0.0197538;REFB=-0.00225653;REVB=-0.0193413;RO=35;SAF=19;SAR=7;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24051;STB=0.63765;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00607232;OID=.;OPOS=154428666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:7:19:18:17:7:19:18:17 chr6 154431565 . G A 81.22 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0240074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.6;QD=5.32583;RBI=0.0293685;REFB=-0.00330013;REVB=-0.0169159;RO=48;SAF=5;SAR=8;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21774;STB=0.638194;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0170186;OID=.;OPOS=154431565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:48:48:13:13:0.213115:8:5:27:21:8:5:27:21 chr6 154727408 . T C 441.17 PASS AF=0.6;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0255944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.993;QD=25.2099;RBI=0.026532;REFB=-0.026258;REVB=0.00699106;RO=28;SAF=25;SAR=17;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120708;STB=0.565817;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0136674;OID=.;OPOS=154727408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:28:42:42:0.6:17:25:21:7:17:25:21:7 chr6 154732091 . ATTTT ATT,ATTTG,ATTT 827.51 PASS AF=0,0.257143,0.742857;AO=19,13,18;DP=106;FAO=0,27,78;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27,37;FSAR=0,0,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.120108,-0.0450897,-0.230701;FXX=0.00943307;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=10.8662,149.494,9.66881;QD=31.5243;RBI=0.40926,0.0982923,0.815688;REFB=0.0174125,-0.0220195,0.0112542;REVB=0.391239,0.0873401,0.782384;RO=36;SAF=19,13,12;SAR=0,0,6;SRF=2;SRR=34;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.882899,0.87533,0.627086;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.0631865,0.0996046,-0.0496797;OID=.,.,.;OPOS=154732092,154732095,154732092;OREF=TT,T,T;OALT=-,G,-;OMAPALT=ATT,ATTTG,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.257143,0.742857:19,13,18:106:0,27,78:105:0:0,27,37:0,0,41:0:0:99:36:19,13,12:0,0,6:2:34 chr6 154771277 . A G 480.94 PASS AF=0.547619;AO=45;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0191864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2189;QD=22.9018;RBI=0.0192004;REFB=-0.0173924;REVB=-0.000733168;RO=38;SAF=25;SAR=20;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109991;STB=0.564846;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0135825;OID=.;OPOS=154771277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:45:46:0.547619:20:25:26:12:21:25:26:12 chr6 155485554 . G A 415.62 PASS AF=0.344828;AO=49;DP=146;FAO=50;FDP=145;FR=.;FRO=95;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=-0.00157375;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5422;QD=11.4654;RBI=0.059732;REFB=0.00790319;REVB=-0.0597113;RO=92;SAF=22;SAR=27;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119475;STB=0.563371;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.0218553;OID=.;OPOS=155485554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:92:95:49:50:0.344828:27:22:51:41:28:22:51:44 chr6 155490051 . G A 518.41 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0162868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.13;QD=22.787;RBI=0.019225;REFB=0.000926361;REVB=0.0102148;RO=42;SAF=25;SAR=24;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285127;STB=0.515689;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.00103291;OID=.;OPOS=155490051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:42:49:49:0.538462:24:25:20:22:24:25:20:22 chr6 155561760 . T C 1246.05 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000879648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.399;QD=61.5335;RBI=0.0509517;REFB=0;REVB=0.0509441;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.70878e-05;OID=.;OPOS=155561760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr6 155577823 . C T 620.04 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00484876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.563;QD=59.0517;RBI=0.0407841;REFB=-0.139241;REVB=0.0404948;RO=0;SAF=9;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40541e-08;STB=0.507689;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00163326;OID=.;OPOS=155577823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:32:9:0:0:32:9:0:1 chr6 155578592 . A AT 609.93 PASS AF=1;AO=13;DP=97;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104175;FXX=0.0208312;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.2371;QD=25.9545;RBI=0.205214;REFB=0;REVB=-0.176806;RO=82;SAF=6;SAR=7;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137832;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00304371;OID=.;OPOS=155578593;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:97:94:94:0:53:41:0:0:13:82:6:7:47:35 chr6 155578599 . A T 1398.71 PASS AF=0.980198;AO=91;DP=94;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.049305;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.8747;QD=55.3945;RBI=0.0549408;REFB=-0.0938888;REVB=0.0242386;RO=3;SAF=47;SAR=44;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00909194;STB=0.500703;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00135458;OID=.;OPOS=155578599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:101:3:2:91:99:0.980198:44:47:2:1:46:53:1:1 chr6 155578756 . A T 1030.04 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.83;QD=58.0306;RBI=0.0138044;REFB=-0.0811011;REVB=-0.00596239;RO=1;SAF=35;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133153;STB=0.506847;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00230762;OID=.;OPOS=155578756;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:69:70:0.985915:34:35:1:0:34:36:1:0 chr6 155596901 . T C 922.67 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150142;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.214;QD=57.6667;RBI=0.0474027;REFB=0;REVB=0.0449621;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504541;OID=.;OPOS=155596901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:59:64:1:21:38:0:0:26:38:0:0 chr6 155597147 . C T 378.93 PASS AF=0.411215;AO=44;DP=107;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.0133858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.238;QD=14.1656;RBI=0.0153097;REFB=-0.00279096;REVB=-0.0074302;RO=60;SAF=26;SAR=18;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635683;STB=0.546896;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00350132;OID=.;OPOS=155597147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:63:44:44:0.411215:18:26:39:21:18:26:42:21 chr6 155606325 . C T 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.201;QD=60.0307;RBI=0.0173265;REFB=0;REVB=0.0084918;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.76064e-06;OID=.;OPOS=155606325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr6 155750035 . C T 257.05 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0571321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8138;QD=16.0655;RBI=0.0609373;REFB=-0.00256075;REVB=-0.0211961;RO=35;SAF=18;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160799;STB=0.590746;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0107673;OID=.;OPOS=155750035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:11:18:16:19:11:18:16:19 chr6 155761246 . G T 292.12 PASS AF=0.555556;AO=29;DP=53;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00216477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.89;QD=21.6386;RBI=0.0192533;REFB=-0.00830934;REVB=0.0191312;RO=24;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140682;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00694621;OID=.;OPOS=155761246;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:24:24:29:30:0.555556:14:15:12:12:15:15:12:12 chr6 157801039 . AT AA,GA 739.82 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=50,2;DP=53;FAO=51,2;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=43,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318326,0.027609;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=237.532,178.303;QD=55.8358;RBI=0.0331379,0.0293771;REFB=0,0;REVB=-0.00920902,-0.0100379;RO=0;SAF=8,0;SAR=42,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.81061e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00080484,-0.0335444;OID=.,.;OPOS=157801040,157801039;OREF=T,AT;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:53:0:0:50,2:51,2:0.962264,0.0377358:42,2:8,0:0:0:43,2:8,0:0:0 chr6 157801186 . G A 262.98 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00795699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.731;QD=47.8145;RBI=0.00802127;REFB=-0.00409375;REVB=0.00101351;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061324;STB=0.533301;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000164473;OID=.;OPOS=157801186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:22:1:1:20:21:0.954545:13:7:1:0:14:7:1:0 chr6 157801516 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.556;QD=61.5363;RBI=0.0124836;REFB=0;REVB=0.0081835;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54534e-05;OID=.;OPOS=157801516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr6 158294184 . G C 345.06 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0469337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1202;QD=16.6294;RBI=0.0491881;REFB=-0.0091894;REVB=-0.0147206;RO=43;SAF=15;SAR=22;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359851;STB=0.516769;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0141755;OID=.;OPOS=158294184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:46:37:37:0.445783:22:15:19:24:22:15:20:26 chr6 158330765 . G A 596.17 PASS AF=0.357843;AO=72;DP=203;FAO=73;FDP=204;FR=.;FRO=131;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=53;FSRR=78;FWDB=0.00313673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2407;QD=11.6896;RBI=0.0145461;REFB=0.0195707;REVB=-0.0142038;RO=127;SAF=33;SAR=39;SRF=50;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736952;STB=0.539672;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.016785;OID=.;OPOS=158330765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:127:131:72:73:0.357843:39:33:50:77:39:34:53:78 chr6 158363936 . CT C 76.43 PASS AF=0.390805;AO=35;DP=89;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0994945;FXX=0.0224694;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.34206;QD=3.51404;RBI=0.102899;REFB=-0.0755755;REVB=-0.02625;RO=36;SAF=14;SAR=21;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167131;STB=0.575713;STBP=0.286;TYPE=del;VARB=0.107621;OID=.;OPOS=158363937;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390805:35:89:34:87:53:15:19:30:23:76:36:14:21:21:15 chr6 158497717 . T C 92.91 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0239805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8999;QD=7.01182;RBI=0.0262833;REFB=-0.00167222;REVB=-0.0107586;RO=40;SAF=9;SAR=4;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581596;STB=0.536367;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00919314;OID=.;OPOS=158497717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:40:40:13:13:0.245283:4:9:26:14:4:9:26:14 chr6 158499302 . G T 393.11 PASS AF=0.4;AO=45;DP=114;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.00421894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.056;QD=13.6732;RBI=0.0274492;REFB=-0.0101285;REVB=0.0271231;RO=68;SAF=21;SAR=24;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190571;STB=0.607431;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.025027;OID=.;OPOS=158499302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:68:69:45:46:0.4:24:21:44:24:25:21:44:25 chr6 158505088 . A G 437.09 PASS AF=0.465347;AO=46;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.000318335;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.395;QD=17.3103;RBI=0.00287293;REFB=-0.0101384;REVB=0.00285524;RO=54;SAF=25;SAR=21;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848136;STB=0.562874;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0105424;OID=.;OPOS=158505088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:46:47:0.465347:21:25:34:20:22:25:35:19 chr6 158507981 . G A 159.79 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0373246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0836;QD=11.6213;RBI=0.053513;REFB=-0.0334837;REVB=0.0383474;RO=34;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109787;STB=0.555499;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0171079;OID=.;OPOS=158507981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:34:35:20:20:0.363636:8:12:17:17:8:12:18:17 chr6 158509750 . A G 583.69 PASS AF=0.526786;AO=54;DP=108;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0801431;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4455;QD=20.8459;RBI=0.0956431;REFB=-0.0318156;REVB=-0.0521985;RO=53;SAF=23;SAR=31;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923702;STB=0.525415;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0284656;OID=.;OPOS=158509750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:112:53:53:54:59:0.526786:31:23:28:25:31:28:28:25 chr6 158517308 . A G 123.68 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0647054;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4881;QD=15.4595;RBI=0.0657173;REFB=0.00432962;REVB=-0.011488;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150708;STB=0.566911;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00908907;OID=.;OPOS=158517308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:19:18:14:14:0.4375:10:4:8:11:10:4:7:11 chr6 158567889 . G A 332.0 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0249057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.158;QD=16.1949;RBI=0.0323297;REFB=-0.0153608;REVB=-0.0206136;RO=46;SAF=11;SAR=25;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960733;STB=0.55425;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.019545;OID=.;OPOS=158567889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:25:11:18:28:25:11:18:28 chr6 158571501 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00111266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9802;QD=63.2863;RBI=0.032685;REFB=0;REVB=-0.032666;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302261;OID=.;OPOS=158571501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr6 158735087 . C T 919.0 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00308106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1702;QD=58.349;RBI=0.0230823;REFB=0;REVB=-0.0228758;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254311;OID=.;OPOS=158735087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:25:37:0:0:25:38:0:0 chr6 158735090 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000484103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.518;QD=58.4197;RBI=0.0113362;REFB=0;REVB=-0.0113259;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17841e-05;OID=.;OPOS=158735090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:25:37:0:0:25:38:0:0 chr6 158870081 . A G 269.49 PASS AF=0.407895;AO=30;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00181103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4364;QD=14.1836;RBI=0.0453022;REFB=0.0199299;REVB=-0.045266;RO=45;SAF=12;SAR=18;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118353;STB=0.554759;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.029238;OID=.;OPOS=158870081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:30:31:0.407895:18:12:23:22:18:13:23:22 chr6 158900956 . GCCCCCCCG GCCCCCCCGC,GCCCCCCG,GCCCCCG 30.59 PASS AF=0.0555556,0.444444,0;AO=2,7,2;DP=18;FAO=1,8,0;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=1,6,0;FSAR=0,2,0;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.153279,-0.266492,-0.146662;FXX=0;HRUN=2,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=18.5034,8.98811,18.5517;QD=6.7982;RBI=0.172825,0.268149,0.148167;REFB=-0.0388015,-0.124076,-0.0681407;REVB=-0.0798371,0.0297661,0.0210668;RO=4;SAF=2,4,2;SAR=0,3,0;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.623114,0.0448465,0.623114;STB=0.988208,0.620366,0.5;STBP=0.507,0.432,1;TYPE=ins,del,del;VARB=0.0466496,0.0598093,0.0537044;OID=.,.,.;OPOS=158900965,158900957,158900957;OREF=-,C,CC;OALT=C,-,-;OMAPALT=GCCCCCCCGC,GCCCCCCG,GCCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0555556,0.444444,0:2,7,2:18:1,8,0:18:9:1,6,0:0,2,0:5:4:26:4:2,4,2:0,3,0:2:2 chr6 158923434 . G C 1516.29 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3264;QD=62.5275;RBI=0.0216162;REFB=0;REVB=0.013753;RO=1;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159237;OID=.;OPOS=158923434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:96:97:1:0:95:97:1:43:52:0:1:44:53:0:0 chr6 158924088 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0026178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.35;QD=64.1535;RBI=0.114606;REFB=0;REVB=0.114576;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165554;OID=.;OPOS=158924088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr6 158927651 . A G 1143.78 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00956604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0377;QD=60.1989;RBI=0.0278609;REFB=0;REVB=0.0261672;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00312388;OID=.;OPOS=158927651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:28:46:0:0:30:46:0:0 chr6 158932817 . G C 385.24 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00239958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7048;QD=23.3478;RBI=0.0205992;REFB=-0.0161621;REVB=0.0204589;RO=28;SAF=20;SAR=18;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349726;STB=0.519221;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0113668;OID=.;OPOS=158932817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:18:20:16:12:18:20:16:12 chr6 159055990 . A T 57.34 PASS AF=0.163934;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=39;FWDB=0.00466533;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.3919;QD=3.75998;RBI=0.0161642;REFB=-0.0496282;REVB=0.0154763;RO=48;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157831;STB=0.543598;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0893367;OID=.;OPOS=159055990;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:61:48:51:10:10:0.163934:8:2:10:38:8:2:12:39 chr6 159065758 . C G 672.64 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422803;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.707;QD=62.5715;RBI=0.042955;REFB=0;REVB=0.00758358;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131096;OID=.;OPOS=159065758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:30:13:0:0:30:13:0:0 chr6 159178345 . C T 2098.44 PASS AF=0.985507;AO=132;DP=134;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0510589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1532;QD=60.8244;RBI=0.0524358;REFB=-0.0744576;REVB=0.0119374;RO=2;SAF=70;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00086272;STB=0.500536;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00247814;OID=.;OPOS=159178345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:138:2:2:132:136:0.985507:62:70:1:1:63:73:1:1 chr6 159188002 . G A 340.86 PASS AF=0.330769;AO=43;DP=131;FAO=43;FDP=130;FR=.;FRO=87;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=0.0396131;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7437;QD=10.488;RBI=0.0567118;REFB=-0.0183026;REVB=0.0405836;RO=87;SAF=25;SAR=18;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101553;STB=0.558732;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0273548;OID=.;OPOS=159188002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:87:87:43:43:0.330769:18:25:43:44:18:25:43:44 chr6 159398633 . T C 491.86 PASS AF=0.435484;AO=54;DP=124;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.00733633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.117;QD=15.8665;RBI=0.0119768;REFB=-0.0301781;REVB=0.00946689;RO=70;SAF=32;SAR=22;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00717169;STB=0.504013;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0482216;OID=.;OPOS=159398633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:70:70:54:54:0.435484:22:32:41:29:22:32:41:29 chr6 159398700 . C T 407.96 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.000931876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.368;QD=17.7375;RBI=0.00550697;REFB=0.0119581;REVB=-0.00542755;RO=50;SAF=27;SAR=15;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00301915;STB=0.501688;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.0142103;OID=.;OPOS=159398700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:15:27:32:18:15:27:32:18 chr6 159398764 . G A 266.26 PASS AF=0.336842;AO=32;DP=95;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.00256572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7216;QD=11.2109;RBI=0.0199892;REFB=-0.0094031;REVB=-0.0198238;RO=63;SAF=17;SAR=15;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832109;STB=0.548143;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0138853;OID=.;OPOS=159398764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:63:63:32:32:0.336842:15:17:38:25:15:17:38:25 chr6 159399348 . A G 337.91 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0697066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.933;QD=28.7587;RBI=0.0702662;REFB=7.61894e-05;REVB=-0.00885011;RO=18;SAF=16;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151069;STB=0.583034;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000447917;OID=.;OPOS=159399348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:13:16:6:12:13:16:6:12 chr6 159407446 . C T 341.8 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0042225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.193;QD=13.4039;RBI=0.00655556;REFB=0.00764254;REVB=-0.00501457;RO=62;SAF=22;SAR=18;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156079;STB=0.588478;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.0112048;OID=.;OPOS=159407446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:62:40:40:0.392157:18:22:25:37:18:22:25:37 chr6 159414899 . T C 525.18 PASS AF=0.615385;AO=48;DP=78;FAO=48;FDP=78;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00440324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.857;QD=26.9321;RBI=0.00869576;REFB=-0.0102209;REVB=0.00749851;RO=30;SAF=28;SAR=20;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360184;STB=0.519642;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00437395;OID=.;OPOS=159414899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:30:30:48:48:0.615385:20:28:16:14:20:28:16:14 chr6 159420574 . T C 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0350442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.816;QD=10.8229;RBI=0.0577588;REFB=-0.0144722;REVB=-0.0459128;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18246;STB=0.653587;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0381892;OID=.;OPOS=159420574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:20:23:12:12:0.342857:4:8:10:10:4:8:10:13 chr6 159457034 . T C 345.9 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00487609;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.419;QD=16.67;RBI=0.0310985;REFB=-0.00900749;REVB=-0.0307139;RO=45;SAF=20;SAR=17;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505925;STB=0.534531;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0132036;OID=.;OPOS=159457034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:46:37:37:0.445783:17:20:22:23:17:20:22:24 chr6 159650978 . A G 1821.43 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.316;QD=61.2245;RBI=0.0134547;REFB=0;REVB=-0.00595205;RO=0;SAF=67;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05036e-06;OID=.;OPOS=159650978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:52:67:0:0:52:67:0:0 chr6 159652931 . G C 1048.29 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00705517;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2489;QD=59.902;RBI=0.0152127;REFB=0;REVB=0.0134778;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472803;OID=.;OPOS=159652931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr6 159654487 . G C,T 1250.78 PASS AF=0.060241,0.939759;AO=5,78;DP=83;FAO=5,78;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=3,35;FSAR=2,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00897806,0.0637184;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.36,86.6094;QD=60.2785;RBI=0.0196334,0.0703263;REFB=0,0;REVB=-0.0174604,0.0297617;RO=0;SAF=3,35;SAR=2,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,6.91087e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.133103,-0.000677853;OID=.,.;OPOS=159654487,159654487;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:83:83:0:0:5,78:5,78:0.060241,0.939759:2,43:3,35:0:0:2,43:3,35:0:0 chr6 159654829 . G A 119.43 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108532;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0871;QD=43.4299;RBI=0.143137;REFB=0;REVB=0.0933231;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0091363;OID=.;OPOS=159654829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr6 159654913 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00724753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6586;QD=40.7628;RBI=0.0590344;REFB=0;REVB=0.0585878;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221333;OID=.;OPOS=159654913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr6 159654994 . A C 608.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.553;QD=60.8537;RBI=0.0152238;REFB=0;REVB=0.0146008;RO=0;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64794e-05;OID=.;OPOS=159654994;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:11:28:0:0:11:29:0:0 chr6 159655084 . C G 3452.65 PASS AF=0.986726;AO=222;DP=225;FAO=223;FDP=226;FR=.;FRO=3;FSAF=116;FSAR=107;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00596841;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2296;QD=61.1088;RBI=0.0108389;REFB=-0.0167688;REVB=0.00904767;RO=3;SAF=115;SAR=107;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00469673;STB=0.502484;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.000141322;OID=.;OPOS=159655084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:225:226:3:3:222:223:0.986726:107:115:1:2:107:116:1:2 chr6 159655102 . A G 3572.33 PASS AF=0.991379;AO=178;DP=238;FAO=230;FDP=232;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=120;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119847;FXX=0.0292875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.811;QD=61.5918;RBI=0.0520783;REFB=0;REVB=0.0506805;RO=1;SAF=93;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00509156;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000890082;OID=.;OPOS=159655102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:238:232:1:0:178:230:0.991379:85:93:1:0:110:120:0:0 chr6 159655103 . T G 103.88 PASS AF=0.152893;AO=37;DP=227;FAO=37;FDP=242;FR=.;FRO=205;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=102;FSRR=103;FWDB=-0.00345637;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=33.6805;QD=1.71703;RBI=0.0166579;REFB=-0.0249427;REVB=0.0162954;RO=190;SAF=22;SAR=15;SRF=98;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102327;STB=0.629509;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.223048;OID=.;OPOS=159655103;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:242:190:205:37:37:0.152893:15:22:98:92:13:24:102:103 chr6 159655326 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.624;QD=40.7629;RBI=0.00698071;REFB=0;REVB=-3.42614e-05;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32696e-05;OID=.;OPOS=159655326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr6 159655383 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.09;QD=50.4135;RBI=0.0412912;REFB=0;REVB=-0.0107948;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000329856;OID=.;OPOS=159655383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr6 159655402 . A G 441.36 PASS AF=1;AO=26;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.47;QD=56.9492;RBI=0.0536452;REFB=0;REVB=-0.030486;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207715;OID=.;OPOS=159655402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:26:31:1:21:5:0:0:22:9:0:0 chr6 159660879 . C A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.182;QD=37.4885;RBI=0.050776;REFB=0;REVB=0.050776;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306435;OID=.;OPOS=159660879;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr6 159672419 . G C 2147.91 PASS AF=0.985714;AO=138;DP=140;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0378068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.486;QD=61.3689;RBI=0.0407844;REFB=-0.0996323;REVB=0.0152974;RO=2;SAF=64;SAR=74;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000989097;STB=0.50052;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00219838;OID=.;OPOS=159672419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:140:2:2:138:138:0.985714:74:64:1:1:74:64:1:1 chr6 159672542 . C T 808.6 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0108982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.78;QD=53.9067;RBI=0.0275017;REFB=-0.0607082;REVB=0.0252502;RO=2;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037694;STB=0.519993;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00188437;OID=.;OPOS=159672542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:24:34:0:2:24:34:0:2 chr6 159682278 . C T 93.25 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0172461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.591;QD=9.81587;RBI=0.0191466;REFB=-0.0208708;REVB=0.00831649;RO=26;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275558;STB=0.666389;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0358024;OID=.;OPOS=159682278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:8:4:15:11:8:4:15:11 chr6 160148348 . C T 483.54 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=40;FSRF=12;FSRR=39;FWDB=0.0343621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6196;QD=19.15;RBI=0.0462388;REFB=-0.00390251;REVB=0.0309397;RO=50;SAF=10;SAR=40;SRF=12;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542342;STB=0.526935;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00517622;OID=.;OPOS=160148348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:51:50:50:0.49505:40:10:12:38:40:10:12:39 chr6 160174456 . T G 488.99 PASS AF=0.375796;AO=59;DP=157;FAO=59;FDP=157;FR=.;FRO=98;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=-0.00913848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.353;QD=12.4584;RBI=0.0213685;REFB=0.000407376;REVB=0.0193158;RO=98;SAF=30;SAR=29;SRF=43;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766411;STB=0.54344;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.000861019;OID=.;OPOS=160174456;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:98:98:59:59:0.375796:29:30:43:55:29:30:43:55 chr6 160196343 . A G 326.17 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0127147;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.569;QD=20.0721;RBI=0.0130435;REFB=-0.00956883;REVB=-0.0029102;RO=31;SAF=10;SAR=24;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121803;STB=0.56786;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00826713;OID=.;OPOS=160196343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:24:10:13:18:24:10:13:18 chr6 160201295 . C A 396.34 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00548305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.12;QD=25.9894;RBI=0.0464801;REFB=-0.0266651;REVB=-0.0461556;RO=23;SAF=20;SAR=18;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630409;STB=0.534465;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00886649;OID=.;OPOS=160201295;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:23:38:38:0.622951:18:20:10:13:18:20:10:13 chr6 160206631 . T C 129.04 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0219488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0514;QD=13.9502;RBI=0.0376668;REFB=0.00251278;REVB=-0.0306111;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198983;STB=0.629453;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00347772;OID=.;OPOS=160206631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:22:22:14:15:0.405405:9:5:12:10:10:5:12:10 chr6 160207000 . AT A 113.97 PASS AF=0.432099;AO=34;DP=82;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0692973;FXX=0.0121936;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.267;QD=5.62788;RBI=0.088115;REFB=-0.050029;REVB=-0.0544255;RO=42;SAF=12;SAR=22;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126627;STB=0.537756;STBP=0.576;TYPE=del;VARB=0.0372722;OID=.;OPOS=160207001;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432099:34:82:35:81:46:13:22:20:26:99:42:12:22:20:22 chr6 160211636 . G A 778.35 PASS AF=0.409302;AO=86;DP=216;FAO=88;FDP=215;FR=.;FRO=127;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=67;FSRR=60;FWDB=-0.00435464;FXX=0.00921617;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.543;QD=14.481;RBI=0.0230702;REFB=-0.0140045;REVB=0.0226555;RO=126;SAF=46;SAR=40;SRF=66;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117823;STB=0.50286;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0180779;OID=.;OPOS=160211636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:126:127:86:88:0.409302:40:46:66:60:42:46:67:60 chr6 160211645 . GGTT G 485.87 PASS AF=0.423469;AO=67;DP=189;FAO=83;FDP=196;FR=.;FRO=113;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=58;FSRR=55;FWDB=0.00697579;FXX=0.0392138;HRUN=5;LEN=3;MLLD=279.887;QD=9.91574;RBI=0.0134267;REFB=0.000796649;REVB=0.0114724;RO=107;SAF=39;SAR=28;SRF=56;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648308;STB=0.50418;STBP=0.92;TYPE=del;VARB=0.000103859;OID=.;OPOS=160211646;OREF=GTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423469:67:189:83:196:113:42:41:58:55:99:107:39:28:56:51 chr6 160224346 . T C 206.22 PASS AF=0.390625;AO=26;DP=65;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0175588;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.89;QD=12.8889;RBI=0.0259315;REFB=-0.0270707;REVB=0.0190822;RO=39;SAF=22;SAR=4;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383966;STB=0.768972;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0281344;OID=.;OPOS=160224346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:39:39:26:25:0.390625:4:22:22:17:3:22:22:17 chr6 160225012 . T G 561.44 PASS AF=0.401235;AO=65;DP=161;FAO=65;FDP=162;FR=.;FRO=97;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=0.0304189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.245;QD=13.8627;RBI=0.030488;REFB=-0.0191268;REVB=0.00205136;RO=93;SAF=33;SAR=32;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700248;STB=0.544665;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0311461;OID=.;OPOS=160225012;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:93:97:65:65:0.401235:32:33:41:52:32:33:42:55 chr6 160234625 . G C 2340.66 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349912;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9819;QD=64.1277;RBI=0.0710231;REFB=0;REVB=0.0618053;RO=0;SAF=61;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21229e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153115;OID=.;OPOS=160234625;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:146:0:0:143:146:1:82:61:0:0:85:61:0:0 chr6 160328620 . C T 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00525344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.168;QD=60.9763;RBI=0.0145222;REFB=0;REVB=-0.0135386;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.4358e-05;OID=.;OPOS=160328620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr6 160453978 . A G,T 919.36 PASS AF=0.953125,0.046875;AO=58,4;DP=63;FAO=61,3;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34,3;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00379806,-0.0367898;FXX=0.0153822;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.144,114.886;QD=57.4599;RBI=0.0205924,0.0379939;REFB=0,0;REVB=0.0202391,0.00948932;RO=0;SAF=32,4;SAR=26,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.09576e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000254714,0.0730074;OID=.,.;OPOS=160453978,160453978;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:63:64:0:0:58,4:61,3:0.953125,0.046875:26,0:32,4:0:0:27,0:34,3:0:0 chr6 160464289 . G A 2790.14 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.519;QD=62.6998;RBI=0.0372167;REFB=0;REVB=0.0219331;RO=0;SAF=70;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1059e-05;OID=.;OPOS=160464289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:178:0:0:178:178:1:108:70:0:0:108:70:0:0 chr6 160468278 . A G 1401.19 PASS AF=0.989899;AO=91;DP=95;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00557087;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8698;QD=56.6138;RBI=0.0557201;REFB=-0.0738953;REVB=0.0554409;RO=1;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977343;STB=0.504672;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00401146;OID=.;OPOS=160468278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:95:99:1:1:91:98:0.989899:48:43:0:1:53:45:0:1 chr6 160494409 . A G 1510.83 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.031;QD=63.6137;RBI=0.0243939;REFB=0;REVB=0.00778621;RO=0;SAF=38;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03417e-05;OID=.;OPOS=160494409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:57:38:0:0:57:38:0:0 chr6 160505199 . C G 1062.38 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.237;QD=59.8522;RBI=0.0601632;REFB=0;REVB=0.0136619;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183008;OID=.;OPOS=160505199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr6 160505207 . A G 907.13 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0238882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.058;QD=56.6955;RBI=0.0242198;REFB=-0.164803;REVB=-0.00399421;RO=1;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165659;STB=0.508769;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000689277;OID=.;OPOS=160505207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:28:35:0:1:28:35:0:1 chr6 160517481 . C T 687.82 PASS AF=0.466667;AO=69;DP=149;FAO=70;FDP=150;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=0.013193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.234;QD=18.3418;RBI=0.0154116;REFB=-0.00243661;REVB=-0.00796648;RO=80;SAF=28;SAR=41;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210429;STB=0.611331;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0015481;OID=.;OPOS=160517481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:80:80:69:70:0.466667:41:28:50:30:41:29:50:30 chr6 160524773 . T A 197.54 PASS AF=0.44186;AO=11;DP=45;FAO=19;FDP=43;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=18;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0158188;FXX=0.0444346;HRUN=9;LEN=1;MLLD=25.1431;QD=18.3756;RBI=0.172307;REFB=0.0236235;REVB=0.171579;RO=15;SAF=10;SAR=1;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239267;STB=0.507928;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.00671125;OID=.;OPOS=160524773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:15:18:11:19:0.44186:1:10:12:3:3:16:15:3 chr6 160526860 . G A 329.77 PASS AF=0.514706;AO=34;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=-0.0295089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.441;QD=19.3982;RBI=0.0295774;REFB=-0.0178554;REVB=-0.00201078;RO=33;SAF=16;SAR=18;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305498;STB=0.659917;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.015651;OID=.;OPOS=160526860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:34:35:0.514706:18:16:27:6:18:17:27:6 chr6 160526904 . TCAAA T 204.15 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.00986025;FXX=0.0943218;HRUN=1;LEN=4;MLLD=242.872;QD=17.0126;RBI=0.0145653;REFB=-0.00664151;REVB=0.0107202;RO=29;SAF=9;SAR=13;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370482;STB=0.687799;STBP=0.028;TYPE=del;VARB=0.00589157;OID=.;OPOS=160526905;OREF=CAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:22:53:22:48:26:9:13:20:6:99:29:9:13:23:6 chr6 160543123 . T C 368.77 PASS AF=0.408163;AO=15;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=13;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.287313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.9041;QD=30.1039;RBI=0.294075;REFB=-0.0646832;REVB=0.0627008;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222825;STB=0.636237;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0534852;OID=.;OPOS=160543123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:13:13:15:20:0.408163:9:6:2:11:10:10:2:11 chr6 160551204 . G C 1958.52 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0567302;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3828;QD=61.2036;RBI=0.0594758;REFB=-0.0659014;REVB=0.0178621;RO=1;SAF=60;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785408;STB=0.504132;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000209777;OID=.;OPOS=160551204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:128:1:1:127:127:0.992188:67:60:1:0:67:60:1:0 chr6 160557643 . C T 383.68 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.016068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.438;QD=20.1936;RBI=0.0179128;REFB=-0.0177945;REVB=0.00791748;RO=36;SAF=19;SAR=20;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107227;STB=0.565243;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0261888;OID=.;OPOS=160557643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:37:39:39:0.513158:20:19:22:14:20:19:23:14 chr6 160557645 . C T 160.7 PASS AF=0.297297;AO=22;DP=74;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.013604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.701;QD=8.68639;RBI=0.0190223;REFB=-0.0148979;REVB=-0.0132959;RO=52;SAF=11;SAR=11;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682321;STB=0.540504;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.02224;OID=.;OPOS=160557645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:52:52:22:22:0.297297:11:11:29:23:11:11:29:23 chr6 160560845 . A G 1542.23 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514824;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.501;QD=59.8926;RBI=0.0524794;REFB=0;REVB=0.0101812;RO=0;SAF=44;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38885e-05;OID=.;OPOS=160560845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:58:44:0:0:59:44:0:0 chr6 160560897 . CTGGTAAGT C 434.87 PASS AF=0.722222;AO=36;DP=41;FAO=39;FDP=54;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0206107;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=8;MLLD=295.113;QD=32.2122;RBI=0.0213578;REFB=0.00482979;REVB=-0.00559948;RO=0;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517312;STBP=0.709;TYPE=del;VARB=-0.00325171;OID=.;OPOS=160560898;OREF=TGGTAAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.722222:36:41:39:54:15:11:28:5:10:99:0:9:27:0:0 chr6 160645832 . C T 117.58 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00721452;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.974;QD=11.4715;RBI=0.0319805;REFB=-0.00197712;REVB=-0.0311562;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126888;STB=0.585247;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00567025;OID=.;OPOS=160645832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:26:27:14:14:0.341463:7:7:10:16:7:7:10:17 chr6 160670282 . A C 1093.41 PASS AF=0.394322;AO=125;DP=318;FAO=125;FDP=317;FR=.;FRO=192;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=99;FSRR=93;FWDB=-0.000393248;FXX=0.00314456;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.356;QD=13.7969;RBI=0.00944143;REFB=-0.0252294;REVB=-0.00943324;RO=191;SAF=58;SAR=67;SRF=99;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585812;STB=0.531284;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0327463;OID=.;OPOS=160670282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:317:191:192:125:125:0.394322:67:58:99:92:67:58:99:93 chr6 160858188 . G A 1933.59 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.952;QD=61.8748;RBI=0.0142469;REFB=0;REVB=0.00124863;RO=0;SAF=67;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15164e-05;OID=.;OPOS=160858188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:58:67:0:0:58:67:0:0 chr6 160872151 . C T 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.306;QD=63.3367;RBI=0.0216576;REFB=0;REVB=-0.010831;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45003e-05;OID=.;OPOS=160872151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:50:43:0:0:50:43:0:0 chr6 160969629 . A G 469.17 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.000985409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.007;QD=17.0608;RBI=0.00355405;REFB=-0.00796948;REVB=0.00341471;RO=58;SAF=26;SAR=25;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106481;STB=0.563079;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00691206;OID=.;OPOS=160969629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:58:59:51:51:0.463636:25:26:36:22:25:26:37:22 chr6 161026197 . G A 583.16 PASS AF=0.403614;AO=67;DP=166;FAO=67;FDP=166;FR=.;FRO=99;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=-0.0161118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.557;QD=14.0521;RBI=0.016141;REFB=-0.00517786;REVB=0.000969879;RO=98;SAF=33;SAR=34;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018667;STB=0.50746;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00933502;OID=.;OPOS=161026197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:98:99:67:67:0.403614:34:33:50:48:34:33:50:49 chr6 161085267 . C T 435.21 PASS AF=0.463158;AO=43;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.00102493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.558;QD=18.3246;RBI=0.00151736;REFB=-0.0096416;REVB=-0.00111888;RO=51;SAF=25;SAR=18;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200881;STB=0.616062;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00899436;OID=.;OPOS=161085267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:43:44:0.463158:18:25:19:32:18:26:19:32 chr6 161137779 . T C 180.92 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0434429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6743;QD=12.9226;RBI=0.0462746;REFB=0.00844717;REVB=-0.0159389;RO=34;SAF=14;SAR=8;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122317;STB=0.507036;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0130059;OID=.;OPOS=161137779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:8:14:22:12:8:14:22:12 chr6 161139480 . C T 370.89 PASS AF=0.493671;AO=38;DP=78;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0624881;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.9578;QD=18.779;RBI=0.073431;REFB=0.0115149;REVB=0.0385662;RO=40;SAF=22;SAR=16;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963812;STB=0.558735;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00902912;OID=.;OPOS=161139480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:40:40:38:39:0.493671:16:22:19:21:16:23:19:21 chr6 161173946 . T G 3574.34 PASS AF=1;AO=226;DP=227;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477535;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.424;QD=62.4338;RBI=0.010457;REFB=-0.0716046;REVB=-0.00930296;RO=0;SAF=119;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.16423e-05;OID=.;OPOS=161173946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:227:229:0:0:226:229:1:107:119:0:0:107:122:0:0 chr6 161469774 . G A 763.41 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.006035;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9074;QD=56.5492;RBI=0.023185;REFB=0;REVB=-0.0223858;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220581;OID=.;OPOS=161469774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:52:54:1:27:25:0:0:27:27:0:0 chr6 161557662 . G A 747.02 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.481;QD=63.5758;RBI=0.0271012;REFB=0;REVB=0.00597263;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60524e-05;OID=.;OPOS=161557662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr6 161567601 . G A 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0577958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.865;QD=10.9361;RBI=0.0602;REFB=-0.0217821;REVB=0.0168429;RO=33;SAF=4;SAR=12;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406872;STB=0.734395;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0305904;OID=.;OPOS=161567601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:34:16:16:0.32:12:4:20:13:12:4:20:14 chr6 162137099 . CATCTT C 206.25 PASS AF=0.419355;AO=21;DP=60;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00704165;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=300.715;QD=13.3067;RBI=0.00794916;REFB=-0.00872077;REVB=0.0036884;RO=35;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312681;STB=0.512648;STBP=0.878;TYPE=del;VARB=0.0114695;OID=.;OPOS=162137100;OREF=ATCTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:21:60:26:62:36:11:15:16:20:99:35:9:12:16:19 chr6 162622197 . C T 367.22 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0134575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.348;QD=19.0766;RBI=0.0171248;REFB=-0.0231268;REVB=0.0105903;RO=39;SAF=14;SAR=24;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403712;STB=0.522484;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0251025;OID=.;OPOS=162622197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:24:14:16:23:24:14:16:23 chr6 163587146 . C G 366.15 PASS AF=0.36;AO=43;DP=121;FAO=45;FDP=125;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.00142669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0359;QD=11.7167;RBI=0.00200102;REFB=-0.0186693;REVB=0.00140308;RO=78;SAF=26;SAR=17;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119351;STB=0.550193;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0285789;OID=.;OPOS=163587146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:125:78:80:43:45:0.36:17:26:39:39:19:26:40:40 chr6 163612783 . C A 325.2 PASS AF=0.515152;AO=33;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.175812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.418;QD=19.7089;RBI=0.190238;REFB=-0.013381;REVB=0.0726685;RO=33;SAF=11;SAR=22;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116619;STB=0.5437;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0119978;OID=.;OPOS=163612783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:32:33:34:0.515152:22:11:15:18:22:12:14:18 chr6 163736204 . T C 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.938;QD=56.9996;RBI=0.0246144;REFB=0;REVB=-0.0112523;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71124e-05;OID=.;OPOS=163736204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr6 165715545 . TC T 118.1 PASS AF=0.343434;AO=32;DP=100;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0808757;FXX=0.009999;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.493;QD=4.77169;RBI=0.103732;REFB=-0.0062448;REVB=-0.064958;RO=59;SAF=8;SAR=24;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363439;STB=0.675537;STBP=0.016;TYPE=del;VARB=0.0168471;OID=.;OPOS=165715546;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.343434:32:100:34:99:65:10:24:36:29:99:59:8:24:33:26 chr6 166307718 . T C 1926.79 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00411165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.781;QD=61.6572;RBI=0.0209306;REFB=0;REVB=0.0205228;RO=0;SAF=60;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95019e-05;OID=.;OPOS=166307718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:124:125:1:64:60:0:0:64:61:0:0 chr6 166308090 . AT TC 2558.45 PASS AF=1;AO=161;DP=164;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00324922;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=2;MLLD=296.028;QD=61.6493;RBI=0.060441;REFB=0;REVB=0.0603536;RO=0;SAF=87;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.15124e-05;OID=.;OPOS=166308090;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:166:0:0:161:166:1:74:87:0:0:78:88:0:0 chr6 166308584 . C A 1227.48 PASS AF=0.964706;AO=80;DP=83;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0978976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9354;QD=57.7639;RBI=0.0987048;REFB=-0.027687;REVB=-0.012597;RO=3;SAF=44;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311887;STB=0.515786;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00129193;OID=.;OPOS=166308584;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:83:85:3:3:80:82:0.964706:36:44:3:0:36:46:3:0 chr6 166308611 . G C 1084.31 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.4;QD=58.6114;RBI=0.0328031;REFB=-0.0114687;REVB=0.0205249;RO=1;SAF=40;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116794;STB=0.506171;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00026696;OID=.;OPOS=166308611;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:33:40:1:0:33:40:1:0 chr6 166308682 . G GAAAT 591.3 PASS AF=0.724638;AO=49;DP=72;FAO=50;FDP=69;FR=.;FRO=19;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00202283;FXX=0.0416609;HRUN=3;LEN=4;MLLD=301.22;QD=34.2783;RBI=0.00603865;REFB=-0.028547;REVB=0.00568977;RO=20;SAF=35;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240927;STB=0.63711;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.00675041;OID=.;OPOS=166308683;OREF=-;OALT=AAAT;OMAPALT=GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.724638:49:72:50:69:19:36:14:5:14:99:20:35:14:6:14 chr6 166308924 . G A 1213.25 PASS AF=0.987952;AO=80;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00106285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.746;QD=58.4699;RBI=0.0469105;REFB=-0.0131283;REVB=0.0468985;RO=1;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126242;STB=0.506328;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000228296;OID=.;OPOS=166308924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:80:82:0.987952:37:43:0:1:39:43:0:1 chr6 166309167 . G A 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.674;QD=59.3226;RBI=0.0313613;REFB=0;REVB=0.0137749;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19093e-05;OID=.;OPOS=166309167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:27:41:0:0:27:41:0:0 chr6 166309245 . A T 417.97 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.675;QD=53.9313;RBI=0.0131931;REFB=0.0255243;REVB=0.00618956;RO=1;SAF=17;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266159;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.000769855;OID=.;OPOS=166309245;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:29:30:0.967742:12:17:1:0:12:18:1:0 chr6 166309249 . G T 433.08 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149129;FXX=0.0322477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.0816;QD=57.7446;RBI=0.0170667;REFB=0;REVB=-0.00829918;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.65496e-05;OID=.;OPOS=166309249;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr6 166309288 . T C 784.97 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4444;QD=57.0889;RBI=0.0394116;REFB=0;REVB=-0.026986;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4482e-05;OID=.;OPOS=166309288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr6 166571157 . G A 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00944476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.282;QD=58.6002;RBI=0.0144648;REFB=0;REVB=-0.0109557;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.49177e-05;OID=.;OPOS=166571157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr6 166571164 . T G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312702;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.225;QD=58.7817;RBI=0.031412;REFB=0;REVB=0.00298189;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47766e-05;OID=.;OPOS=166571164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr6 166571935 . C T 415.06 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0294744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.96;QD=24.7797;RBI=0.0428544;REFB=-0.0362085;REVB=0.0311089;RO=25;SAF=15;SAR=25;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105469;STB=0.574675;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0257193;OID=.;OPOS=166571935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:27:40:40:0.597015:25:15:13:12:25:15:15:12 chr6 166571936 . G A 123.23 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00612755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.801;QD=7.35706;RBI=0.0446345;REFB=-0.0156071;REVB=0.0442119;RO=49;SAF=8;SAR=10;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00552815;STB=0.503352;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0315274;OID=.;OPOS=166571936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:49:49:18:18:0.268657:10:8:22:27:10:8:22:27 chr6 166572005 . T C 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0288559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.882;QD=13.6609;RBI=0.0442506;REFB=-0.0336975;REVB=-0.0335478;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154706;STB=0.589622;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0279656;OID=.;OPOS=166572005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:8:6:6:15:8:6:6:15 chr6 166579270 . C T 161.4 PASS AF=0.362069;AO=20;DP=56;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.00160882;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=172.56;QD=11.1312;RBI=0.0151243;REFB=0.00730053;REVB=-0.0150384;RO=36;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266108;STB=0.64273;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00722867;OID=.;OPOS=166579270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:36:37:20:21:0.362069:9:11:11:25:10:11:11:26 chr6 166721211 . G T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610761;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=155.82;QD=37.4885;RBI=0.0811944;REFB=0;REVB=0.0534998;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116166;OID=.;OPOS=166721211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr6 166721224 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000336224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=362.436;QD=37.4885;RBI=0.0484163;REFB=0;REVB=0.0484151;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460947;OID=.;OPOS=166721224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr6 166736362 . C T 205.37 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.000350426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.618;QD=14.669;RBI=0.0113972;REFB=-0.00163142;REVB=-0.0113918;RO=32;SAF=9;SAR=15;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159318;STB=0.590832;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00197716;OID=.;OPOS=166736362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:15:9:17:15:15:9:17:15 chr6 166739646 . T C 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00723108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.031;QD=5.21555;RBI=0.00777501;REFB=-0.000764412;REVB=0.00285696;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275267;STB=0.682326;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00279486;OID=.;OPOS=166739646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:4:2:12:9:4:2:12:9 chr6 166739684 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.566;QD=55.6544;RBI=0.0172721;REFB=0;REVB=0.0102219;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68454e-05;OID=.;OPOS=166739684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr6 166755975 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.196;QD=62.0214;RBI=0.0265374;REFB=0;REVB=0.00199293;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51711e-05;OID=.;OPOS=166755975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr6 166755979 . A C 650.71 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.437;QD=61.9723;RBI=0.01066;REFB=0;REVB=0.000887111;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09647e-05;OID=.;OPOS=166755979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr6 166778679 . T G 533.96 PASS AF=0.51;AO=50;DP=97;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.00238177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1525;QD=21.3585;RBI=0.0338644;REFB=-0.00465829;REVB=0.0337805;RO=47;SAF=23;SAR=27;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685052;STB=0.5417;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00799302;OID=.;OPOS=166778679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:47:49:50:51:0.51:27:23:18:29:28:23:18:31 chr6 166826304 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.821;QD=55.0983;RBI=0.0366709;REFB=0;REVB=-0.035023;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153963;OID=.;OPOS=166826304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr6 166864693 . G A 211.2 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0489483;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7963;QD=17.9745;RBI=0.0640606;REFB=-0.033193;REVB=0.0413259;RO=25;SAF=6;SAR=15;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344284;STB=0.687317;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0277552;OID=.;OPOS=166864693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:15:6:16:9:15:6:16:10 chr6 166873010 . C T 291.86 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.0232273;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8996;QD=16.4429;RBI=0.02801;REFB=-0.0213614;REVB=-0.0156541;RO=38;SAF=14;SAR=17;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19115;STB=0.588613;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0275724;OID=.;OPOS=166873010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:39:31:32:0.450704:17:14:10:28:18:14:11:28 chr6 166902342 . G A 147.83 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0670568;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5673;QD=9.23911;RBI=0.0670824;REFB=0.0134601;REVB=-0.00185387;RO=44;SAF=4;SAR=16;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341785;STB=0.705655;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0447425;OID=.;OPOS=166902342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:44:44:20:20:0.3125:16:4:20:24:16:4:20:24 chr6 166952264 . G A 1050.82 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213388;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7434;QD=60.0468;RBI=0.0214625;REFB=0;REVB=0.00230041;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000274961;OID=.;OPOS=166952264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr6 167271711 . T C 1827.24 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339668;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.225;QD=61.4199;RBI=0.0515038;REFB=0;REVB=0.0387156;RO=0;SAF=58;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266871;OID=.;OPOS=167271711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:61:58:0:0:61:58:0:0 chr6 167271716 . T C 478.56 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0113432;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.337;QD=16.6454;RBI=0.0180285;REFB=-0.0135783;REVB=-0.0140128;RO=66;SAF=28;SAR=24;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988356;STB=0.568549;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0168426;OID=.;OPOS=167271716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:115:66:63:52:52:0.452174:24:28:29:37:24:28:26:37 chr6 167343141 . G A 802.3 PASS AF=0.530201;AO=79;DP=150;FAO=79;FDP=149;FR=.;FRO=70;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0296824;FXX=0.0132442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.013;QD=21.5382;RBI=0.030841;REFB=-0.0315538;REVB=-0.00837404;RO=68;SAF=43;SAR=36;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375876;STB=0.514175;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0208591;OID=.;OPOS=167343141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:68:70:79:79:0.530201:36:43:34:34:36:43:36:34 chr6 167352104 . C A 1329.39 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00826446;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.949;QD=61.1212;RBI=0.0419215;REFB=-0.00603518;REVB=0.0410988;RO=1;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126324;STB=0.506665;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=3.46525e-05;OID=.;OPOS=167352104;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:87:1:1:86:86:0.988506:37:49:0:1:37:49:0:1 chr6 167571048 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.966;QD=59.1431;RBI=0.0271234;REFB=0;REVB=0.0159389;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174174;OID=.;OPOS=167571048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr6 167571430 . A T 709.42 PASS AF=0.45509;AO=76;DP=168;FAO=76;FDP=167;FR=.;FRO=91;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.0104353;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.838;QD=16.992;RBI=0.0233826;REFB=-0.0122663;REVB=0.0209249;RO=92;SAF=43;SAR=33;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546191;STB=0.527138;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0134178;OID=.;OPOS=167571430;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:92:91:76:76:0.45509:33:43:47:45:33:43:47:44 chr6 167590541 . G A 33.1 PASS AF=0.0849057;AO=9;DP=107;FAO=9;FDP=106;FR=.;FRO=97;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=66;FSRR=31;FWDB=0.00451561;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7211;QD=1.24896;RBI=0.0440993;REFB=-0.000821078;REVB=-0.0438675;RO=92;SAF=3;SAR=6;SRF=61;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364807;STB=0.788042;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0169109;OID=.;OPOS=167590541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:107:106:92:97:9:9:0.0849057:6:3:61:31:6:3:66:31 chr6 167590574 . G C 1223.46 PASS AF=0.987952;AO=79;DP=81;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0299511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8915;QD=58.962;RBI=0.0300767;REFB=0.0299726;REVB=-0.00274599;RO=1;SAF=55;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00853079;STB=0.509802;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00163366;OID=.;OPOS=167590574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:81:83:1:1:79:82:0.987952:24:55:1:0:25:57:0:1 chr6 167591904 . G A 62.79 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00174986;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.297;QD=7.38651;RBI=0.0343203;REFB=0.00180207;REVB=-0.0342757;RO=24;SAF=6;SAR=3;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115465;STB=0.545357;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00280096;OID=.;OPOS=167591904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:34:24:25:9:9:0.264706:3:6:18:6:3:6:18:7 chr6 167591954 . G A 633.97 PASS AF=0.448052;AO=69;DP=154;FAO=69;FDP=154;FR=.;FRO=85;FSAF=16;FSAR=53;FSRF=14;FSRR=71;FWDB=-0.0139682;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.494;QD=16.4667;RBI=0.0169796;REFB=-0.0325565;REVB=-0.00965382;RO=84;SAF=16;SAR=53;SRF=13;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115019;STB=0.555105;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0295748;OID=.;OPOS=167591954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:84:85:69:69:0.448052:53:16:13:71:53:16:14:71 chr6 167592524 . T C 1026.3 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.658;QD=59.4959;RBI=0.0433137;REFB=0;REVB=0.0375865;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89397e-05;OID=.;OPOS=167592524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr6 167592576 . G A 1325.0 PASS AF=0.977778;AO=87;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0429133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7617;QD=58.8888;RBI=0.051168;REFB=-0.089911;REVB=0.0278677;RO=1;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920098;STB=0.509432;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00382361;OID=.;OPOS=167592576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:1:2:87:88:0.977778:51:36:0:1:52:36:0:2 chr6 167728774 . T C 224.06 PASS AF=0.292453;AO=30;DP=106;FAO=31;FDP=106;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.00564613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.521;QD=8.45505;RBI=0.090864;REFB=-0.00574509;REVB=-0.0906884;RO=75;SAF=20;SAR=10;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259042;STB=0.636386;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00799527;OID=.;OPOS=167728774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:75:75:30:31:0.292453:10:20:34:41:11:20:34:41 chr6 167753691 . C T 909.21 PASS AF=0.471795;AO=92;DP=195;FAO=92;FDP=195;FR=.;FRO=103;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=0.0358602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5947;QD=18.6505;RBI=0.0363153;REFB=-0.0154585;REVB=0.00573114;RO=103;SAF=37;SAR=55;SRF=57;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145485;STB=0.580425;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0145035;OID=.;OPOS=167753691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:103:103:92:92:0.471795:55:37:57:46:55:37:57:46 chr6 167754661 . A G 260.18 PASS AF=0.4;AO=25;DP=75;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00415906;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.025;QD=13.0089;RBI=0.00800772;REFB=-0.015667;REVB=0.00684293;RO=48;SAF=11;SAR=14;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445565;STB=0.537712;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0236495;OID=.;OPOS=167754661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:80:48:48:25:32:0.4:14:11:23:25:18:14:24:24 chr6 167754702 . C T 400.25 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0210173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.308;QD=18.6162;RBI=0.038834;REFB=-0.00819791;REVB=-0.0326551;RO=45;SAF=12;SAR=29;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280063;STB=0.656655;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0112734;OID=.;OPOS=167754702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:29:12:26:19:29:12:26:19 chr6 167789493 . T C 1416.53 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296053;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8732;QD=62.957;RBI=0.053847;REFB=0;REVB=0.044978;RO=0;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566201;OID=.;OPOS=167789493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:89:90:1:37:52:0:0:37:53:0:0 chr6 167796280 . C T 483.42 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00212397;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.808;QD=20.7921;RBI=0.0239279;REFB=-0.0096068;REVB=0.0238334;RO=46;SAF=20;SAR=27;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144022;STB=0.579683;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00915359;OID=.;OPOS=167796280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:27:20:27:19:27:20:27:19 chr6 167796309 . C T 431.52 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0331666;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.432;QD=17.0899;RBI=0.0356382;REFB=-0.0173845;REVB=0.0130407;RO=53;SAF=21;SAR=25;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689548;STB=0.528688;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.019002;OID=.;OPOS=167796309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:55:46:46:0.455446:25:21:28:25:25:21:28:27 chr6 167796319 . T C 505.53 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.028289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.235;QD=20.2213;RBI=0.0287616;REFB=-0.00245804;REVB=0.00519269;RO=50;SAF=20;SAR=29;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139082;STB=0.572339;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0090866;OID=.;OPOS=167796319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:51:49:49:0.49:29:20:28:22:29:20:28:23 chr6 168323664 . A G 1153.53 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0378;QD=60.7119;RBI=0.0524155;REFB=0;REVB=-0.0275883;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000571814;OID=.;OPOS=168323664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:42:33:0:0:42:34:0:0 chr6 168343838 . T C 2082.18 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7753;QD=62.6218;RBI=0.0487455;REFB=0;REVB=0.00165405;RO=0;SAF=65;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.83182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137284;OID=.;OPOS=168343838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:67:65:0:0:67:66:0:0 chr6 168349011 . C T 345.55 PASS AF=0.475;AO=36;DP=76;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0509534;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.6328;QD=17.2773;RBI=0.0652743;REFB=-0.0445416;REVB=0.0407981;RO=40;SAF=20;SAR=16;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668248;STB=0.53477;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0491209;OID=.;OPOS=168349011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:80:40:42:36:38:0.475:16:20:25:15:16:22:27:15 chr6 168376866 . T C 115.53 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0796731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3417;QD=42.0116;RBI=0.0821886;REFB=0;REVB=0.0201784;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00367385;OID=.;OPOS=168376866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr6 168376869 . C T 95.38 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0329456;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.085;QD=34.6837;RBI=0.0336413;REFB=-0.093168;REVB=0.00680614;RO=1;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126911;STB=0.57128;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00232045;OID=.;OPOS=168376869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:7:3:1:0:7:3:1:0 chr6 168376881 . TGG GTT 61.44 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=121.596;QD=35.1064;RBI=0.0558101;REFB=0;REVB=0.0558101;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00231161;OID=.;OPOS=168376881;OREF=TGG;OALT=GTT;OMAPALT=GTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:6:0:0:0:7:0:0:0 chr6 168376892 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0345;QD=33.4285;RBI=0.0434841;REFB=0;REVB=-0.0434841;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00388814;OID=.;OPOS=168376892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr6 168442765 . G A 372.46 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00735862;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.491;QD=15.2023;RBI=0.0585468;REFB=-0.0389947;REVB=0.0580825;RO=53;SAF=21;SAR=19;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804166;STB=0.526141;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0605137;OID=.;OPOS=168442765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:58:40:40:0.408163:19:21:32:21:19:21:33:25 chr6 168457801 . A G 833.44 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00612703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.648;QD=57.4786;RBI=0.0219472;REFB=0;REVB=0.0210746;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07101e-05;OID=.;OPOS=168457801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:25:31:0:0:27:31:0:0 chr6 168457966 . G A 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0103398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.087;QD=21.0154;RBI=0.0119287;REFB=-0.0121995;REVB=-0.00594837;RO=13;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132778;STB=0.575126;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0117103;OID=.;OPOS=168457966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:6:10:6:7:6:10:6:7 chr6 168459790 . GGG TGA 542.47 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=-0.00504917;FXX=0.009999;HRUN=7;LEN=3;MLLD=219.957;QD=21.918;RBI=0.0315747;REFB=-0.0099162;REVB=-0.0311684;RO=32;SAF=28;SAR=23;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193095;STB=0.58971;STBP=0.082;TYPE=mnp;VARB=0.0112126;OID=.;OPOS=168459790;OREF=GGG;OALT=TGA;OMAPALT=TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:32:48:51:51:0.515152:23:28:26:6:23:28:35:13 chr6 168459845 . G C 2176.97 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.314;QD=63.1007;RBI=0.0488645;REFB=0;REVB=0.0437511;RO=0;SAF=63;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26311e-05;OID=.;OPOS=168459845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:75:63:0:0:75:63:0:0 chr6 168479562 . C T 236.13 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0121223;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.104;QD=19.276;RBI=0.0366431;REFB=-0.0224054;REVB=0.0345798;RO=26;SAF=8;SAR=15;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349981;STB=0.696909;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0305008;OID=.;OPOS=168479562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:15:8:19:7:15:8:19:7 chr6 168479568 . G A 253.45 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0154184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.261;QD=17.4795;RBI=0.0324808;REFB=-0.0130839;REVB=0.028588;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246274;STB=0.637587;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0335808;OID=.;OPOS=168479568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:16:12:21:9:16:12:21:9 chr6 168479604 . G A 1435.06 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.819;QD=63.0797;RBI=0.0721545;REFB=0;REVB=0.0665641;RO=0;SAF=53;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.17634e-05;OID=.;OPOS=168479604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:37:53:0:0:37:54:0:0 chr6 168482110 . C T 1895.34 PASS AF=1;AO=86;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.011;QD=61.1401;RBI=0.0947706;REFB=0;REVB=0.0682364;RO=0;SAF=57;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133056;OID=.;OPOS=168482110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:86:124:1:29:57:0:0:57:67:0:0 chr6 168694594 . C T 2334.49 PASS AF=0.987261;AO=155;DP=157;FAO=155;FDP=157;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0691115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1996;QD=59.4776;RBI=0.0743851;REFB=0.0150052;REVB=-0.0275091;RO=2;SAF=80;SAR=75;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000391294;STB=0.500206;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.00274652;OID=.;OPOS=168694594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:157:157:2:2:155:155:0.987261:75:80:1:1:75:80:1:1 chr6 168695309 . C T 2597.13 PASS AF=0.977143;AO=170;DP=175;FAO=171;FDP=175;FR=.;FRO=4;FSAF=124;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00110689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.4318;QD=59.363;RBI=0.00467614;REFB=-0.0392941;REVB=-0.00454324;RO=5;SAF=124;SAR=46;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00487048;STB=0.507936;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000629104;OID=.;OPOS=168695309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:175:175:5:4:170:171:0.977143:46:124:4:1:47:124:4:0 chr6 168695345 . G A 3463.24 PASS AF=1;AO=221;DP=223;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012268;FXX=0.00896821;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1539;QD=62.6832;RBI=0.0648669;REFB=0;REVB=0.0636962;RO=0;SAF=151;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00885e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.51891e-05;OID=.;OPOS=168695345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:221:0:0:221:221:1:70:151:0:0:70:151:0:0 chr6 168708751 . A G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00983073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.737;QD=11.1041;RBI=0.0238825;REFB=-0.00261136;REVB=0.0217653;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130818;STB=0.578732;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00320035;OID=.;OPOS=168708751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:3:7:4:3:3:7 chr6 168708793 . C G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00370273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.758;QD=18.4438;RBI=0.00961039;REFB=-0.0271813;REVB=-0.00886845;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258248;STB=0.514825;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0235788;OID=.;OPOS=168708793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:7:4:3:6:7:4:3:6 chr6 168708816 . T G 75.41 PASS AF=0.4;AO=8;DP=23;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0369031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.635;QD=12.0653;RBI=0.0369943;REFB=-0.0203588;REVB=0.00259636;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232378;STB=0.586045;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0215971;OID=.;OPOS=168708816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:23:25:15:15:8:10:0.4:6:2:4:11:6:4:4:11 chr6 168709385 . T C 634.68 PASS AF=0.563636;AO=62;DP=110;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0138748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.849;QD=23.0794;RBI=0.0139782;REFB=-0.016686;REVB=-0.00169717;RO=48;SAF=28;SAR=34;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104936;STB=0.557359;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0116661;OID=.;OPOS=168709385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:48:48:62:62:0.563636:34:28:28:20:34:28:28:20 chr6 169065126 . G A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0110104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.441;QD=20.838;RBI=0.0163735;REFB=-0.0226165;REVB=0.0121187;RO=5;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12236;STB=0.571252;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00904586;OID=.;OPOS=169065126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:8:1:1:4:8:1:1:4 chr6 169619933 . T TTTCCTTCC 89.99 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=65;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0286635;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=8;MLLD=258.902;QD=6.66593;RBI=0.0304515;REFB=-0.0113889;REVB=-0.010281;RO=51;SAF=3;SAR=10;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25457;STB=0.583804;STBP=0.536;TYPE=ins;VARB=0.0313471;OID=.;OPOS=169619934;OREF=-;OALT=TTCCTTCC;OMAPALT=TTTCCTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.240741:13:65:13:54:41:3:10:13:28:89:51:3:10:21:30 chr6 169621536 . A G 494.3 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.00426378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.337;QD=16.2064;RBI=0.00600672;REFB=-0.00797141;REVB=-0.00423094;RO=68;SAF=36;SAR=18;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115441;STB=0.564681;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0118458;OID=.;OPOS=169621536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:68:54:54:0.442623:18:36:38:30:18:36:38:30 chr6 169632219 . G A 348.4 PASS AF=0.436782;AO=37;DP=86;FAO=38;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0151524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4241;QD=16.0185;RBI=0.0350465;REFB=-0.0161609;REVB=-0.0316016;RO=30;SAF=17;SAR=20;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032998;STB=0.560408;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0312308;OID=.;OPOS=169632219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:30:49:37:38:0.436782:20:17:15:15:20:18:18:31 chr6 169637763 . G C 482.59 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=36;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0368279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3236;QD=23.2572;RBI=0.0494171;REFB=-0.00659173;REVB=-0.0329508;RO=37;SAF=36;SAR=10;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265044;STB=0.646913;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00793647;OID=.;OPOS=169637763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:10:36:19:18:10:36:19:18 chr6 170033086 . G A 1495.98 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0100668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.056;QD=62.3324;RBI=0.0119527;REFB=-0.108421;REVB=-0.00644409;RO=1;SAF=54;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870097;STB=0.504586;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000174609;OID=.;OPOS=170033086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:41:54:1:0:41:54:1:0 chr6 170047953 . C T 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.000657886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.459;QD=15.6193;RBI=0.010741;REFB=-0.0035463;REVB=0.0107209;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14173;STB=0.581307;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00382632;OID=.;OPOS=170047953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:9:9:9:16:9:9:9:16 chr6 170059627 . G A 556.88 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.282;QD=60.2037;RBI=0.0601852;REFB=0;REVB=0.0584971;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196516;OID=.;OPOS=170059627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr6 170068180 . A G 2205.91 PASS AF=0.992958;AO=140;DP=140;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0551792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.362;QD=62.1383;RBI=0.11638;REFB=0.0150263;REVB=-0.102468;RO=0;SAF=69;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.29942e-08;STB=0.503597;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000451245;OID=.;OPOS=170068180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:142:0:1:140:141:0.992958:71:69:0:0:72:69:1:0 chr6 170070723 . A G 731.39 PASS AF=1;AO=48;DP=54;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.626;QD=57.3636;RBI=0.049916;REFB=0;REVB=0.0237549;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210052;OID=.;OPOS=170070723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:51:0:0:48:51:1:19:29:0:0:16:35:0:0 chr6 170102267 . A G 115.94 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00625065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5286;QD=42.1611;RBI=0.0101528;REFB=0;REVB=-0.0080005;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687795;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000839215;OID=.;OPOS=170102267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:1:0:10:11:1:4:6:1:0:4:7:0:0 chr6 170103508 . G GT 400.19 PASS AF=1;AO=31;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00345458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.1089;QD=45.7359;RBI=0.0286061;REFB=0;REVB=-0.0283968;RO=5;SAF=12;SAR=19;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159803;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000994346;OID=.;OPOS=170103509;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:36:35:35:0:16:19:0:0:7:5:12:19:5:0 chr6 170104756 . T A 275.39 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.00537311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.885;QD=18.0583;RBI=0.00611641;REFB=-0.0144555;REVB=0.00292236;RO=31;SAF=20;SAR=10;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387667;STB=0.715653;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00712618;OID=.;OPOS=170104756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:10:20:7:24:10:20:7:24 chr6 170190200 . G A 2415.26 PASS AF=1;AO=154;DP=156;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2537;QD=60.0065;RBI=0.0723313;REFB=-0.0955513;REVB=0.0628281;RO=1;SAF=77;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613824;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126465;OID=.;OPOS=170190200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:156:161:1:0:154:161:1:77:77:0:1:81:80:0:0 chr6 170190659 . G T 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.072;QD=57.2005;RBI=0.033586;REFB=0;REVB=0.0143315;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487548;OID=.;OPOS=170190659;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr6 170592906 . G A 217.36 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0156976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.902;QD=31.0509;RBI=0.0157821;REFB=-0.0493104;REVB=0.00163056;RO=8;SAF=14;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246492;STB=0.636222;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0126077;OID=.;OPOS=170592906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:28:28:8:8:20:20:0.714286:6:14:2:6:6:14:2:6 chr6 170592945 . C T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.336;QD=62.67;RBI=0.0288371;REFB=0;REVB=0.00662959;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06532e-05;OID=.;OPOS=170592945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr6 170594673 . GC AG,G,GG 52.04 PASS AF=0.0454545,0.227273,0.0454545;AO=2,12,2;DP=43;FAO=2,10,2;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=2,6,1;FSAR=0,4,1;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0528095,-0.0553243,-0.00224316;FXX=0;HRUN=2,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=180.457,11.7133,30.2291;QD=4.73074;RBI=0.0530412,0.092877,0.0366012;REFB=-0.00806156,-0.063775,-0.0204133;REVB=-0.00495209,-0.0746014,-0.0365324;RO=26;SAF=2,7,1;SAR=0,5,1;SRF=10;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.53246,0.222004,0.108368;STB=0.995655,0.646773,0.592852;STBP=0.102,0.331,0.761;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.166909,0.00956591,0.118451;OID=.,.,.;OPOS=170594673,170594674,170594674;OREF=GC,C,C;OALT=AG,-,G;OMAPALT=AG,G,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:43:44:26:30:2,12,2:2,10,2:0.0454545,0.227273,0.0454545:0,5,1:2,7,1:10:16:0,4,1:2,6,1:12:18 chr6 170597305 . C T 1286.59 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0561521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9193;QD=59.8414;RBI=0.0720497;REFB=-0.0779724;REVB=0.0451453;RO=1;SAF=43;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108876;STB=0.505493;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00230962;OID=.;OPOS=170597305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:83:85:0.988372:40:43:1:0:40:45:1:0 chr6 170845354 . A G 834.34 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.961;QD=57.5403;RBI=0.0739098;REFB=0;REVB=0.0639057;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591029;OID=.;OPOS=170845354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr6 170862300 . G C 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00996092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.707;QD=59.9242;RBI=0.0162877;REFB=0;REVB=0.0128868;RO=0;SAF=40;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.02925e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45036e-06;OID=.;OPOS=170862300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:65:40:0:0:65:40:0:0 chr6 170878793 . T C 2351.06 PASS AF=0.975155;AO=157;DP=163;FAO=157;FDP=161;FR=.;FRO=4;FSAF=74;FSAR=83;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.021238;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.919;QD=58.4115;RBI=0.055747;REFB=-0.101814;REVB=0.0515429;RO=2;SAF=74;SAR=83;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126831;STB=0.513156;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00128144;OID=.;OPOS=170878793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:163:161:2:4:157:157:0.975155:83:74:2:0:83:74:4:0 chr6 170887693 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.689;QD=51.9158;RBI=0.00951301;REFB=0;REVB=-0.00313208;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93217e-05;OID=.;OPOS=170887693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr7 228527 . TG GT,T 358.18 PASS AF=0.525,0.375;AO=19,10;DP=39;FAO=21,15;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=0,6;FSAR=21,9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0565439,-0.0780145;FXX=0.0243843;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=47.1371,14.009;QD=35.8178;RBI=0.0583236,0.0914614;REFB=-0.118012,-0.127826;REVB=0.0142978,0.0477381;RO=6;SAF=0,3;SAR=19,7;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0.516484;SSSB=-0.838412,0.109864;STB=0.999065,0.53329;STBP=0.066,0.647;TYPE=mnp,del;VARB=0.0939288,0.0964829;OID=.,.;OPOS=228527,228528;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:88:39:40:6:4:19,10:21,15:0.525,0.375:19,7:0,3:1:5:21,9:0,6:1:3 chr7 299850 . G T 308.34 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00194426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.634;QD=15.8124;RBI=0.00828496;REFB=-0.0117399;REVB=-0.0080536;RO=44;SAF=14;SAR=20;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156441;STB=0.588183;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.016762;OID=.;OPOS=299850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:20:14:25:19:20:14:25:19 chr7 299881 . A G 162.33 PASS AF=0.328358;AO=21;DP=66;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0676215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9823;QD=9.69127;RBI=0.0684349;REFB=-0.0214691;REVB=-0.0105198;RO=45;SAF=10;SAR=11;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142562;STB=0.596688;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0407661;OID=.;OPOS=299881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:45:45:21:22:0.328358:11:10:27:18:12:10:27:18 chr7 470239 . A G 467.4 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.019282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.639;QD=20.103;RBI=0.0365243;REFB=0.00257875;REVB=-0.0310198;RO=47;SAF=16;SAR=30;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511179;STB=0.52829;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00257741;OID=.;OPOS=470239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:30:16:14:33:30:16:14:33 chr7 470281 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.513;QD=59.8394;RBI=0.017998;REFB=0;REVB=0.016203;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33086e-05;OID=.;OPOS=470281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr7 470316 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0206685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4067;QD=10.0339;RBI=0.052246;REFB=-0.0291045;REVB=-0.0479839;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378245;STB=0.7397;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.02878;OID=.;OPOS=470316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:4:3:4:1:4:3 chr7 540741 . G A 848.87 PASS AF=0.577778;AO=78;DP=135;FAO=78;FDP=135;FR=.;FRO=57;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0175988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.013;QD=25.1516;RBI=0.0176334;REFB=-0.0252473;REVB=0.0011044;RO=56;SAF=48;SAR=30;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774768;STB=0.538997;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0116264;OID=.;OPOS=540741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:56:57:78:78:0.577778:30:48:29:27:30:48:30:27 chr7 552046 . A G 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0124652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.042;QD=11.5764;RBI=0.0152765;REFB=-0.00575448;REVB=-0.00883111;RO=40;SAF=14;SAR=9;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108433;STB=0.562448;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00575694;OID=.;OPOS=552046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:9:14:28:12:9:14:28:12 chr7 590199 . A G 141.66 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00998165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.125;QD=14.1663;RBI=0.0100726;REFB=-0.00859348;REVB=0.00135082;RO=22;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283506;STB=0.687266;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0194992;OID=.;OPOS=590199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:24:16:16:0.4:11:5:13:9:11:5:15:9 chr7 624221 . T G 3657.84 PASS AF=1;AO=200;DP=252;FAO=239;FDP=239;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=104;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109221;FXX=0.0515853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.35;QD=61.2191;RBI=0.0200641;REFB=0;REVB=0.0168308;RO=0;SAF=81;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311444;OID=.;OPOS=624221;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:252:239:0:0:200:239:1:119:81:0:0:135:104:0:0 chr7 720260 . C T 420.16 PASS AF=0.413793;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=15;FWDB=0.0504234;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0697;QD=14.4883;RBI=0.0508063;REFB=-0.0251195;REVB=0.00622568;RO=67;SAF=42;SAR=6;SRF=52;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192333;STB=0.607387;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0394803;OID=.;OPOS=720260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:67:68:48:48:0.413793:6:42:52:15:6:42:53:15 chr7 772174 . G A 273.1 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.03307;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.106;QD=24.2753;RBI=0.0376193;REFB=-0.0235118;REVB=-0.017933;RO=20;SAF=9;SAR=16;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145851;STB=0.580585;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0204627;OID=.;OPOS=772174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:20:20:25:25:0.555556:16:9:4:16:16:9:4:16 chr7 808810 . C G 205.96 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0206745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.731;QD=16.8127;RBI=0.0208483;REFB=-0.0271316;REVB=0.00268668;RO=26;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809754;STB=0.569654;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0310414;OID=.;OPOS=808810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:28:21:21:0.428571:8:13:14:12:8:13:14:14 chr7 810219 . T C 713.97 PASS AF=0.47651;AO=71;DP=149;FAO=71;FDP=149;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0793945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4242;QD=19.167;RBI=0.0817017;REFB=-0.0233929;REVB=0.0192789;RO=78;SAF=36;SAR=35;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430272;STB=0.523803;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0233339;OID=.;OPOS=810219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:78:78:71:71:0.47651:35:36:36:42:35:36:36:42 chr7 814788 . G A 295.61 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0174917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6458;QD=22.31;RBI=0.0174964;REFB=-0.00917131;REVB=0.000405173;RO=23;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430673;STB=0.523794;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00766778;OID=.;OPOS=814788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:12:18:15:8:12:18:15:8 chr7 881668 . C T 232.09 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0173915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.87;QD=14.7361;RBI=0.029944;REFB=-0.0245236;REVB=-0.0243758;RO=36;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465607;STB=0.52642;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0335909;OID=.;OPOS=881668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:14:13:19:17:14:13:19:17 chr7 882895 . C G 108.08 PASS AF=0.291667;AO=13;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0116138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.415;QD=9.00699;RBI=0.0279358;REFB=-0.0150054;REVB=0.0254073;RO=34;SAF=10;SAR=3;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280011;STB=0.620734;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.049771;OID=.;OPOS=882895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:13:14:0.291667:3:10:19:15:4:10:19:15 chr7 897492 . A G 308.28 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.0220342;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.109;QD=18.1339;RBI=0.0225192;REFB=-0.00629773;REVB=0.00464832;RO=34;SAF=18;SAR=15;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178152;STB=0.604336;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00402703;OID=.;OPOS=897492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:34:35:33:33:0.485294:15:18:25:9:15:18:26:9 chr7 926810 . C T 191.14 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.06462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4203;QD=11.7623;RBI=0.0782111;REFB=-0.0205001;REVB=0.0440593;RO=41;SAF=14;SAR=10;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249487;STB=0.514424;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.057899;OID=.;OPOS=926810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:10:14:23:18:10:14:23:18 chr7 926827 . T C 756.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147016;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.597;QD=57.0893;RBI=0.0147537;REFB=0;REVB=0.00123886;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237076;OID=.;OPOS=926827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:17:36:0:0:17:36:0:0 chr7 940181 . C T 623.51 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0132136;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.662;QD=59.3822;RBI=0.0511969;REFB=-0.101319;REVB=0.0494623;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199652;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000991388;OID=.;OPOS=940181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:23:18:0:1:23:18:0:1 chr7 940258 . G GGGCAAAGGCA 114.91 PASS AF=0.318182;AO=9;DP=48;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0221295;FXX=0.0222173;HRUN=4;LEN=10;MLLD=298.084;QD=10.4462;RBI=0.0373918;REFB=-0.0119896;REVB=-0.0301402;RO=33;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266655;STB=0.72193;STBP=0.059;TYPE=ins;VARB=0.0351157;OID=.;OPOS=940259;OREF=-;OALT=GGCAAAGGCA;OMAPALT=GGGCAAAGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:9:48:14:44:30:9:5:9:21:99:33:5:4:11:22 chr7 959692 . G A 1501.0 PASS AF=0.568465;AO=136;DP=241;FAO=137;FDP=241;FR=.;FRO=104;FSAF=55;FSAR=82;FSRF=45;FSRR=59;FWDB=0.0135936;FXX=0.0122946;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.468;QD=24.9128;RBI=0.0251641;REFB=-0.0315655;REVB=0.0211766;RO=100;SAF=55;SAR=81;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366628;STB=0.513943;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0213547;OID=.;OPOS=959692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:100:104:136:137:0.568465:81:55:45:55:82:55:45:59 chr7 995003 . G C 414.6 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.023748;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.985;QD=24.3882;RBI=0.0237625;REFB=-0.0300968;REVB=-0.000831372;RO=28;SAF=19;SAR=21;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350067;STB=0.519193;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0181719;OID=.;OPOS=995003;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:28:40:40:0.588235:21:19:12:16:21:19:12:16 chr7 1023013 . C T 55.95 PASS AF=0.380952;AO=6;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0383898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1743;QD=10.6569;RBI=0.221667;REFB=-0.0271164;REVB=-0.218317;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45721;STB=0.829092;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0286457;OID=.;OPOS=1023013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:6:13:6:8:0.380952:1:5:2:4:2:6:2:11 chr7 1097892 . G A 92.76 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=-0.00487262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.668;QD=5.37753;RBI=0.069487;REFB=-0.00463218;REVB=-0.0693159;RO=52;SAF=11;SAR=4;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620116;STB=0.528807;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.016867;OID=.;OPOS=1097892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:69:52:54:15:15:0.217391:4:11:36:16:4:11:38:16 chr7 1098233 . CAGA C 180.17 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00597522;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=212.15;QD=23.2473;RBI=0.0323516;REFB=0.000584524;REVB=0.031795;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392056;STB=0.531563;STBP=0.695;TYPE=del;VARB=-0.000139205;OID=.;OPOS=1098234;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.580645:17:31:18:31:13:11:7:7:6:99:13:10:7:7:6 chr7 1132691 . C T 88.52 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0214672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.785;QD=14.7539;RBI=0.087388;REFB=-0.00540238;REVB=0.0847102;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777652;STB=0.545372;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0110023;OID=.;OPOS=1132691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:7:6:6:5:7:6 chr7 1132824 . TTC T 80.82 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00741741;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=223.247;QD=17.9602;RBI=0.0101598;REFB=0.00109179;REVB=-0.00694283;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238988;STB=0.65085;STBP=0.194;TYPE=del;VARB=-0.00187532;OID=.;OPOS=1132825;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:9:18:10:18:8:7:3:3:5:57:8:6:3:3:5 chr7 1133305 . C G 364.5 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0413487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1074;QD=18.4558;RBI=0.0434955;REFB=-0.00427249;REVB=0.0134962;RO=41;SAF=20;SAR=18;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148677;STB=0.582739;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00413436;OID=.;OPOS=1133305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:18:20:15:26:18:20:15:26 chr7 1481919 . C A 972.39 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106824;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.578;QD=58.9328;RBI=0.0296499;REFB=0;REVB=0.0276587;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75956e-05;OID=.;OPOS=1481919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:44:22:0:0:44:22:0:0 chr7 1481983 . G A 169.17 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=76;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00142005;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.207;QD=8.56556;RBI=0.0110233;REFB=-0.0199852;REVB=0.0109315;RO=53;SAF=10;SAR=13;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215233;STB=0.52114;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0478521;OID=.;OPOS=1481983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:53:56:23:23:0.291139:13:10:24:29:13:10:26:30 chr7 1482009 . G C 1190.42 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00197086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.394;QD=61.0472;RBI=0.0135421;REFB=0;REVB=-0.0133979;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35005e-05;OID=.;OPOS=1482009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:40:38:0:0:40:38:0:0 chr7 1484572 . A G 286.28 PASS AF=1;AO=14;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.186864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0773;QD=52.0512;RBI=0.200508;REFB=0;REVB=0.0727007;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111028;OID=.;OPOS=1484572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:14:22:1:4:10:0:0:10:12:0:0 chr7 1484683 . G T 158.56 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0114637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6332;QD=17.1419;RBI=0.0262522;REFB=-0.0408459;REVB=0.023617;RO=20;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180167;STB=0.601554;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0503745;OID=.;OPOS=1484683;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:5:12:17:3:5:12:17:3 chr7 1484808 . C T 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.00991044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.769;QD=17.5685;RBI=0.0202046;REFB=0.00665807;REVB=-0.0176071;RO=31;SAF=17;SAR=12;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153153;STB=0.58531;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00855108;OID=.;OPOS=1484808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:12:17:23:8:12:17:23:8 chr7 1513844 . GC G 43.93 PASS AF=0.257732;AO=31;DP=97;FAO=25;FDP=97;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0503713;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.1327;QD=1.81137;RBI=0.189842;REFB=-0.0657232;REVB=-0.183037;RO=59;SAF=6;SAR=25;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489225;STB=0.782746;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0283601;OID=.;OPOS=1513845;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257732:31:97:25:97:72:5:20:41:31:43:59:6:25:36:23 chr7 1533513 . A G 1419.99 PASS AF=0.968421;AO=92;DP=96;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0103933;FXX=0.0206164;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.418;QD=59.7892;RBI=0.0148124;REFB=-0.0586561;REVB=-0.0105539;RO=3;SAF=36;SAR=56;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172184;STB=0.509089;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00017552;OID=.;OPOS=1533513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:95:3:3:92:92:0.968421:56:36:2:1:56:36:2:1 chr7 1538614 . G A 1614.48 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107293;FXX=0.0180164;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.008;QD=59.2471;RBI=0.0193522;REFB=-0.150917;REVB=0.0161056;RO=1;SAF=61;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999205;STB=0.505262;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000182518;OID=.;OPOS=1538614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:47:61:0:1:47:61:0:1 chr7 1542697 . G A 757.44 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303437;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.153;QD=63.1199;RBI=0.0400483;REFB=0;REVB=0.0261366;RO=1;SAF=30;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015421;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218333;OID=.;OPOS=1542697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:1:0:47:48:1:17:30:1:0:17:31:0:0 chr7 1542814 . T C 426.62 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.072;QD=56.883;RBI=0.0795285;REFB=0;REVB=0.0743152;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565464;OID=.;OPOS=1542814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:26:30:1:7:19:0:0:11:19:0:0 chr7 1543981 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.723;QD=51.9167;RBI=0.0381759;REFB=0;REVB=0.0150041;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549261;OID=.;OPOS=1543981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr7 1586662 . T C 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0093753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1149;QD=37.4799;RBI=0.0291537;REFB=0;REVB=-0.0276051;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00094144;OID=.;OPOS=1586662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr7 1588391 . A G,T 98.37 PASS AF=0.8,0.2;AO=8,2;DP=10;FAO=8,2;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=5,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448593,0.021498;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=60.3539,34.5533;QD=39.3493;RBI=0.0543362,0.0586292;REFB=0,0;REVB=-0.0306604,0.0545455;RO=0;SAF=3,0;SAR=5,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0689702,0.146377;OID=.,.;OPOS=1588391,1588391;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:10:10:0:0:8,2:8,2:0.8,0.2:5,2:3,0:0:0:5,2:3,0:0:0 chr7 1588549 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.093;QD=39.2064;RBI=0.0744291;REFB=0;REVB=-0.0741084;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125555;OID=.;OPOS=1588549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr7 1588768 . G A 156.85 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.979;QD=41.8273;RBI=0.0754725;REFB=-0.0593879;REVB=-0.0285192;RO=1;SAF=5;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824047;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00389094;OID=.;OPOS=1588768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:15:15:1:0:14:15:1:9:5:1:0:9:6:0:0 chr7 1733102 . G T 293.22 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0385411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7157;QD=22.9974;RBI=0.0406398;REFB=-0.0186538;REVB=-0.0128909;RO=22;SAF=14;SAR=15;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129312;STB=0.57138;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0177978;OID=.;OPOS=1733102;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:15:14:7:15:15:14:7:15 chr7 1785738 . G A 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=0.00831111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.083;QD=23.6751;RBI=0.0129036;REFB=-0.00134596;REVB=-0.00987053;RO=16;SAF=19;SAR=2;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2727;STB=0.648043;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000836878;OID=.;OPOS=1785738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:2:19:16:0:2:19:16:0 chr7 1786659 . C T 368.54 PASS AF=0.357143;AO=45;DP=126;FAO=45;FDP=126;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.00571254;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.7;QD=11.6997;RBI=0.0176691;REFB=-0.00758778;REVB=-0.0167202;RO=81;SAF=31;SAR=14;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175352;STB=0.600866;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0129164;OID=.;OPOS=1786659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:81:81:45:45:0.357143:14:31:44:37:14:31:44:37 chr7 1878377 . A G 279.9 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0180342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.112;QD=14.1724;RBI=0.0264899;REFB=-0.0135899;REVB=-0.0194031;RO=46;SAF=9;SAR=23;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366186;STB=0.703009;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0143772;OID=.;OPOS=1878377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:47:32:32:0.405063:23:9:29:17:23:9:29:18 chr7 1878453 . T A 395.41 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.0545289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8295;QD=17.5738;RBI=0.0551618;REFB=-0.00368537;REVB=0.00833153;RO=49;SAF=19;SAR=22;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202767;STB=0.613023;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00643744;OID=.;OPOS=1878453;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:22:19:33:16:22:19:33:16 chr7 1886937 . C T 666.28 PASS AF=0.519685;AO=66;DP=127;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0105277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.518;QD=20.9851;RBI=0.0194258;REFB=-0.0118177;REVB=-0.0163257;RO=61;SAF=31;SAR=35;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336732;STB=0.518513;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0109654;OID=.;OPOS=1886937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:61:61:66:66:0.519685:35:31:31:30:35:31:31:30 chr7 1887037 . T C 820.53 PASS AF=0.460317;AO=85;DP=199;FAO=87;FDP=189;FR=.;FRO=102;FSAF=58;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=-0.0184108;FXX=0.0596985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.639;QD=17.3657;RBI=0.0338699;REFB=-0.0216901;REVB=-0.0284291;RO=87;SAF=56;SAR=29;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189382;STB=0.615357;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.019841;OID=.;OPOS=1887037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:189:87:102:85:87:0.460317:29:56:40:47:29:58:47:55 chr7 1887362 . G A 403.85 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.000233328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.955;QD=19.4628;RBI=0.0216076;REFB=-0.0197232;REVB=0.0216063;RO=42;SAF=15;SAR=26;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189971;STB=0.605682;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.029999;OID=.;OPOS=1887362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:26:15:24:18:26:15:24:18 chr7 1887376 . C T 252.54 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00566772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.974;QD=12.7867;RBI=0.0199364;REFB=-0.010233;REVB=-0.0191138;RO=46;SAF=17;SAR=13;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139375;STB=0.597425;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0267322;OID=.;OPOS=1887376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:49:30:30:0.379747:13:17:20:26:13:17:20:29 chr7 1976457 . C T 558.13 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00701265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.659;QD=23.0158;RBI=0.00718179;REFB=-0.0357047;REVB=0.00154945;RO=45;SAF=29;SAR=23;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207574;STB=0.511418;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0340293;OID=.;OPOS=1976457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:45:52:52:0.536082:23:29:24:21:23:29:24:21 chr7 2262322 . G A 137.98 PASS AF=0.213592;AO=22;DP=104;FAO=22;FDP=103;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.00787345;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1192;QD=5.35826;RBI=0.0354744;REFB=-0.0226406;REVB=0.0345896;RO=79;SAF=13;SAR=9;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596201;STB=0.547938;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0368468;OID=.;OPOS=2262322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:79:81:22:22:0.213592:9:13:43:36:9:13:43:38 chr7 2290522 . C T 470.45 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00879354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.179;QD=20.679;RBI=0.008832;REFB=-0.00833657;REVB=0.000823322;RO=45;SAF=29;SAR=17;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188424;STB=0.604414;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.012729;OID=.;OPOS=2290522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:17:29:19:26:17:29:19:26 chr7 2297006 . A G 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.01314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.601;QD=15.4187;RBI=0.0229212;REFB=-0.0151024;REVB=-0.0187809;RO=42;SAF=12;SAR=20;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15229;STB=0.586152;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.023136;OID=.;OPOS=2297006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:20:12:22:20:20:12:22:20 chr7 2303986 . T C 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0274141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7596;QD=17.9528;RBI=0.0339905;REFB=-0.00923775;REVB=0.0200954;RO=27;SAF=9;SAR=18;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767833;STB=0.527758;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0140323;OID=.;OPOS=2303986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:28:27:27:0.490909:18:9:7:20:18:9:8:20 chr7 2411405 . T A 187.66 PASS AF=0.266055;AO=29;DP=110;FAO=29;FDP=109;FR=.;FRO=80;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=29;FWDB=0.00378226;FXX=0.00909008;HRUN=8;LEN=1;MLLD=37.9889;QD=6.88661;RBI=0.0478103;REFB=-0.0123409;REVB=0.0476605;RO=78;SAF=18;SAR=11;SRF=49;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976262;STB=0.539299;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0681827;OID=.;OPOS=2411405;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:78:80:29:29:0.266055:11:18:49:29:12:17:51:29 chr7 2472403 . G A 142.98 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.0236444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.358;QD=10.7908;RBI=0.0323116;REFB=-0.00322985;REVB=-0.0220224;RO=35;SAF=15;SAR=3;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.63233;STB=0.866684;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0186842;OID=.;OPOS=2472403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:3:15:8:27:3:15:8:27 chr7 2472429 . C A 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00184953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.977;QD=17.6173;RBI=0.0326321;REFB=-0.023165;REVB=-0.0325797;RO=27;SAF=17;SAR=7;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383382;STB=0.716191;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0219643;OID=.;OPOS=2472429;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:7:17:8:19:7:17:8:19 chr7 2472455 . A T 205.07 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0668752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5178;QD=23.4362;RBI=0.0669413;REFB=-0.041982;REVB=-0.00297339;RO=15;SAF=14;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141707;STB=0.579535;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0349911;OID=.;OPOS=2472455;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:6:14:8:7:6:14:8:7 chr7 2552881 . A AGATG 175.83 PASS AF=0.395833;AO=18;DP=65;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00259207;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=228.381;QD=14.6522;RBI=0.00295592;REFB=-0.0470123;REVB=0.00142079;RO=45;SAF=5;SAR=13;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335697;STB=0.583241;STBP=0.396;TYPE=ins;VARB=0.0743304;OID=.;OPOS=2552882;OREF=-;OALT=GATG;OMAPALT=AGATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395833:18:65:19:48:29:5:14:11:18:99:45:5:13:25:20 chr7 2578246 . C T 184.52 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0372073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.82;QD=35.1475;RBI=0.106561;REFB=-0.0284332;REVB=0.0998547;RO=4;SAF=12;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185527;STB=0.510192;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00578897;OID=.;OPOS=2578246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:5:12:3:1:5:12:3:1 chr7 2611878 . T C 236.83 PASS AF=0.292035;AO=33;DP=113;FAO=33;FDP=113;FR=.;FRO=80;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.0128398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3667;QD=8.38324;RBI=0.0128938;REFB=-0.00815875;REVB=0.00117923;RO=80;SAF=22;SAR=11;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147605;STB=0.587445;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0162813;OID=.;OPOS=2611878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:80:80:33:33:0.292035:11:22:44:36:11:22:44:36 chr7 2613042 . G C 531.61 PASS AF=0.408451;AO=58;DP=144;FAO=58;FDP=142;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=53;FWDB=-0.0193793;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.887;QD=14.9749;RBI=0.0440191;REFB=-0.0252568;REVB=-0.0395237;RO=83;SAF=34;SAR=24;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232237;STB=0.626573;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0228699;OID=.;OPOS=2613042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:142:83:84:58:58:0.408451:24:34:30:53:24:34:31:53 chr7 2701295 . C T 250.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00315761;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.583;QD=25.7035;RBI=0.0138053;REFB=-0.0381512;REVB=0.0134394;RO=14;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206348;STB=0.640326;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0162169;OID=.;OPOS=2701295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:14:16:23:23:0.589744:15:8:9:5:15:8:11:5 chr7 2748758 . G C 723.84 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.033008;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.0491;QD=54.629;RBI=0.0359096;REFB=-0.131454;REVB=-0.0141411;RO=1;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136543;STB=0.507244;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00352229;OID=.;OPOS=2748758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:34:18:0:1:34:18:0:1 chr7 2748803 . C T 521.77 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0369075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.917;QD=50.9045;RBI=0.0528666;REFB=-0.180624;REVB=0.0378513;RO=3;SAF=12;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103604;STB=0.545826;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00311505;OID=.;OPOS=2748803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:41:41:3:4:37:37:0.902439:25:12:3:0:25:12:3:1 chr7 2771258 . G A 153.49 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0460642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2576;QD=8.89822;RBI=0.0509696;REFB=0.00289834;REVB=0.0218171;RO=48;SAF=16;SAR=5;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331438;STB=0.698594;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00691211;OID=.;OPOS=2771258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:5:16:24:24:5:16:24:24 chr7 2946338 . G A 581.43 PASS AF=0.451852;AO=62;DP=135;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=49;FWDB=0.0147955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4891;QD=17.2277;RBI=0.0186588;REFB=-0.00588624;REVB=-0.0113684;RO=73;SAF=37;SAR=25;SRF=24;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256562;STB=0.635908;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00556551;OID=.;OPOS=2946338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:73:74:62:61:0.451852:25:37:24:49:25:36:25:49 chr7 2946461 . T C 253.71 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.009;QD=50.7419;RBI=0.153549;REFB=0;REVB=0.01424;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247821;OID=.;OPOS=2946461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:0:0:18:20:1:10:8:0:0:10:10:0:0 chr7 2957005 . T C 308.04 PASS AF=0.542373;AO=31;DP=58;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.00956553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.581;QD=20.8843;RBI=0.00974705;REFB=-0.00105409;REVB=-0.00187229;RO=27;SAF=11;SAR=20;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127057;STB=0.577419;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00102773;OID=.;OPOS=2957005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:27:27:31:32:0.542373:20:11:6:21:20:12:6:21 chr7 2983911 . G A 187.92 PASS AF=0.259259;AO=28;DP=108;FAO=28;FDP=108;FR=.;FRO=80;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=0.00298425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.762;QD=6.95985;RBI=0.0195436;REFB=-0.0137864;REVB=0.0193144;RO=80;SAF=13;SAR=15;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120397;STB=0.572317;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0475813;OID=.;OPOS=2983911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:80:80:28:28:0.259259:15:13:45:35:15:13:45:35 chr7 2983971 . G A 243.33 PASS AF=0.288136;AO=34;DP=118;FAO=34;FDP=118;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=0.00432778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.162;QD=8.24847;RBI=0.0130878;REFB=-0.00372887;REVB=0.0123515;RO=84;SAF=20;SAR=14;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204781;STB=0.62062;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00785262;OID=.;OPOS=2983971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:84:84:34:34:0.288136:14:20:35:49:14:20:35:49 chr7 4011182 . AC A 44.17 PASS AF=0.209677;AO=15;DP=61;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0969867;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=19.3503;QD=2.84968;RBI=0.100864;REFB=0.00791406;REVB=0.0276956;RO=44;SAF=4;SAR=11;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165537;STB=0.646813;STBP=0.243;TYPE=del;VARB=-0.0133251;OID=.;OPOS=4011183;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.209677:15:61:13:62:49:3:10:19:30:44:44:4:11:17:27 chr7 4026944 . C G 401.06 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0919823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7162;QD=24.3064;RBI=0.0965785;REFB=-0.0436517;REVB=0.0294391;RO=27;SAF=18;SAR=21;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152059;STB=0.583291;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0269694;OID=.;OPOS=4026944;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:27:39:39:0.590909:21:18:18:9:21:18:18:9 chr7 4091377 . C T 425.67 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.0205566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.808;QD=15.3394;RBI=0.0206672;REFB=-0.0100786;REVB=0.00213617;RO=61;SAF=30;SAR=18;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153617;STB=0.506022;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.014495;OID=.;OPOS=4091377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:63:48:48:0.432432:18:30:39:22:18:30:40:23 chr7 4116715 . C G 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0078562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.391;QD=14.904;RBI=0.00889555;REFB=-0.0060928;REVB=-0.00417264;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502282;STB=0.528476;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00840369;OID=.;OPOS=4116715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:12:14:20:14:12:14:20:14 chr7 4189075 . G C 749.9 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0278094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9092;QD=54.5382;RBI=0.0534419;REFB=-0.00566745;REVB=0.0456364;RO=1;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149574;STB=0.507689;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000440471;OID=.;OPOS=4189075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:31:22:0:1:32:22:0:1 chr7 4213877 . T C,G 1516.73 PASS AF=0.990291,0.00970874;AO=98,4;DP=103;FAO=102,1;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=47,0;FSAR=55,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00556391,-0.0054697;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.722,157.029;QD=58.902;RBI=0.0292256,0.0152098;REFB=0,0;REVB=0.0286911,-0.0141923;RO=0;SAF=47,0;SAR=51,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0048706,-0.0270351;OID=.,.;OPOS=4213877,4213877;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:103:103:0:0:98,4:102,1:0.990291,0.00970874:51,4:47,0:0:0:55,1:47,0:0:0 chr7 4213940 . T C 1568.5 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.564;QD=64.0206;RBI=0.0331589;REFB=0;REVB=0.00213415;RO=0;SAF=39;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.84999e-05;OID=.;OPOS=4213940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:59:39:0:0:59:39:0:0 chr7 4213975 . A G 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00802392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.758;QD=59.854;RBI=0.0181871;REFB=0;REVB=0.0163214;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36054e-05;OID=.;OPOS=4213975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr7 4714912 . C T 1556.36 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0453;QD=59.8599;RBI=0.0129001;REFB=0;REVB=-0.00793446;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.86336e-05;OID=.;OPOS=4714912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:52:52:0:0:52:52:0:0 chr7 4780514 . G T 1983.28 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0708043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.644;QD=61.9776;RBI=0.0718965;REFB=0;REVB=0.0124844;RO=0;SAF=75;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174633;OID=.;OPOS=4780514;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:126:128:1:51:75:0:0:51:77:0:0 chr7 4800918 . C T 85.71 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.00604454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.725;QD=6.01452;RBI=0.0123682;REFB=-0.00336555;REVB=-0.0107906;RO=44;SAF=8;SAR=5;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273989;STB=0.517215;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00838642;OID=.;OPOS=4800918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:44:44:13:13:0.22807:5:8:28:16:5:8:28:16 chr7 4802029 . T G 340.92 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.383;QD=54.5477;RBI=0.0512374;REFB=0;REVB=0.00245121;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214488;OID=.;OPOS=4802029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:22:25:1:5:17:0:0:5:20:0:0 chr7 4827287 . C T 223.64 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.00364521;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.901;QD=26.3103;RBI=0.0213501;REFB=-0.023983;REVB=0.0210366;RO=11;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289223;STB=0.668364;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0117891;OID=.;OPOS=4827287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:11:13:20:21:0.617647:11:9:10:1:11:10:12:1 chr7 4839033 . G A 62.51 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0229418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1022;QD=4.54604;RBI=0.0430284;REFB=0.00287594;REVB=0.0364021;RO=45;SAF=5;SAR=5;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180215;STB=0.617959;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.00819566;OID=.;OPOS=4839033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:45:45:10:10:0.181818:5:5:29:16:5:5:29:16 chr7 4841470 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.116;QD=58.0611;RBI=0.0130404;REFB=0;REVB=0.0127116;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42792e-06;OID=.;OPOS=4841470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:28:32:0:0:28:33:0:0 chr7 4843266 . G A 90.04 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0187149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.468;QD=5.90447;RBI=0.0187262;REFB=-0.0103733;REVB=0.000650448;RO=47;SAF=5;SAR=9;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23977;STB=0.650136;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0216925;OID=.;OPOS=4843266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:61:61:47:47:14:14:0.229508:9:5:26:21:9:5:26:21 chr7 4856016 . G A 140.93 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0018827;FXX=0.0222173;HRUN=5;LEN=1;MLLD=88.4652;QD=12.8113;RBI=0.0235137;REFB=-0.000450547;REVB=0.0234382;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174988;STB=0.581292;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00122491;OID=.;OPOS=4856016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:26:28:16:16:0.363636:10:6:14:12:10:6:14:14 chr7 4874420 . GG CA,CG 465.63 PASS AF=0.283333,0.166667;AO=35,21;DP=118;FAO=34,20;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=16,11;FSAR=18,9;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.00612631,-0.0103618;FXX=0.0163921;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=219.774,134.056;QD=15.5209;RBI=0.0167361,0.015743;REFB=-0.00834811,-0.0115594;REVB=-0.0155745,-0.0118523;RO=60;SAF=16,11;SAR=19,10;SRF=29;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0289785,0.0493792;STB=0.520698,0.584212;STBP=0.776,0.434;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0150809,0.0112558;OID=.,.;OPOS=4874420,4874420;OREF=GG,G;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:60:66:35,21:34,20:0.283333,0.166667:19,10:16,11:29:31:18,9:16,11:29:37 chr7 4876057 . C T 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0355495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1905;QD=17.9562;RBI=0.0401518;REFB=-0.0102345;REVB=0.0186654;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915042;STB=0.544692;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00683128;OID=.;OPOS=4876057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:17:16:16:0.484848:7:9:10:5:7:9:11:6 chr7 4899882 . G A 134.45 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0536157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.9;QD=8.14843;RBI=0.0537461;REFB=0.00284694;REVB=-0.00374237;RO=46;SAF=10;SAR=9;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462751;STB=0.519211;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00808881;OID=.;OPOS=4899882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:47:19:19:0.287879:9:10:26:20:9:10:26:21 chr7 4900095 . A G 169.02 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0143916;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.348;QD=15.7231;RBI=0.0171597;REFB=-0.0134141;REVB=-0.00934539;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173408;STB=0.599888;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0132849;OID=.;OPOS=4900095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:25:25:18:18:0.418605:7:11:11:14:7:11:11:14 chr7 4900341 . G A 429.84 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00578899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.75;QD=22.623;RBI=0.00881341;REFB=0.00446703;REVB=-0.00664559;RO=34;SAF=27;SAR=15;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237136;STB=0.630619;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00498412;OID=.;OPOS=4900341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:15:27:12:22:15:27:12:22 chr7 4901385 . A C 254.32 PASS AF=0.534483;AO=23;DP=56;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0083641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4041;QD=17.539;RBI=0.0496202;REFB=-0.0533505;REVB=-0.0489102;RO=24;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210828;STB=0.556151;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0502692;OID=.;OPOS=4901385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:24:27:23:31:0.534483:14:9:15:9:14:17:18:9 chr7 5096958 . T C 183.03 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00849599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.676;QD=17.4313;RBI=0.013913;REFB=-0.0114529;REVB=-0.0110177;RO=22;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321382;STB=0.531773;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0218217;OID=.;OPOS=5096958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:23:19:19:0.452381:8:11:12:10:8:11:12:11 chr7 5097338 . G A 217.5 PASS AF=0.288462;AO=28;DP=104;FAO=30;FDP=104;FR=.;FRO=74;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=0.00383663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.609;QD=8.36527;RBI=0.00383731;REFB=-0.00639115;REVB=-7.22364e-05;RO=74;SAF=14;SAR=14;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148479;STB=0.563595;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0214297;OID=.;OPOS=5097338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:74:74:28:30:0.288462:14:14:28:46:16:14:28:46 chr7 5097369 . C T 182.13 PASS AF=0.254717;AO=27;DP=106;FAO=27;FDP=106;FR=.;FRO=79;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.0344899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.372;QD=6.87295;RBI=0.0360851;REFB=-0.00477911;REVB=-0.0106103;RO=77;SAF=10;SAR=17;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09084;STB=0.556321;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0168083;OID=.;OPOS=5097369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:77:79:27:27:0.254717:17:10:34:43:17:10:35:44 chr7 5104275 . G A 198.69 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0117601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.675;QD=19.3848;RBI=0.0128617;REFB=-0.000122482;REVB=-0.00520796;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110866;STB=0.56244;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000140449;OID=.;OPOS=5104275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:12:8:6:15:12:8:6:15 chr7 5104359 . G A 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00522398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.632;QD=12.0205;RBI=0.0257825;REFB=-0.00551917;REVB=-0.0252478;RO=25;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137756;STB=0.58163;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0151912;OID=.;OPOS=5104359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:5:9:13:12:5:9:13:12 chr7 5105133 . C T 37.55 PASS AF=0.625;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00274293;FXX=0.1998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.618;QD=18.7731;RBI=0.0262201;REFB=-0.00968934;REVB=-0.0260762;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23409;STB=0.635921;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00350495;OID=.;OPOS=5105133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:10:8:3:3:5:5:0.625:4:1:0:3:4:1:0:3 chr7 5112035 . C T 48.17 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0332562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1023;QD=12.8461;RBI=0.0718874;REFB=-0.0407129;REVB=0.0637324;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397415;STB=0.523743;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0281623;OID=.;OPOS=5112035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:2:5:6:2:2:5:6:2 chr7 5161512 . G T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.15;QD=53.9112;RBI=0.044585;REFB=0;REVB=0.0392103;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104313;OID=.;OPOS=5161512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr7 5161640 . G C 492.29 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0125293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.31;QD=22.6342;RBI=0.0263477;REFB=-0.0203849;REVB=-0.0231779;RO=39;SAF=25;SAR=22;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580064;STB=0.537618;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0116219;OID=.;OPOS=5161640;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:40:47:47:0.54023:22:25:18:21:22:25:18:22 chr7 5166500 . A G 157.57 PASS AF=0.372549;AO=18;DP=53;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0130516;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7814;QD=12.3582;RBI=0.0153599;REFB=0.00397337;REVB=0.00809834;RO=29;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275788;STB=0.529883;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=4.56246e-05;OID=.;OPOS=5166500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:29:32:18:19:0.372549:11:7:12:17:11:8:12:20 chr7 5254227 . C G 2075.07 PASS AF=0.992647;AO=134;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0664724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7819;QD=61.0315;RBI=0.0852631;REFB=-0.140603;REVB=0.0533967;RO=0;SAF=52;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502994;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00109139;OID=.;OPOS=5254227;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:136:136:0:1:134:135:0.992647:82:52:0:0:83:52:0:1 chr7 5265491 . G A 90.1 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0426519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.396;QD=7.66791;RBI=0.0427983;REFB=-0.00352982;REVB=-0.00353689;RO=35;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190131;STB=0.616837;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0117221;OID=.;OPOS=5265491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:6:6:12:23:6:6:12:23 chr7 5271656 . GCTTCC G 227.62 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0044809;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=5;MLLD=206.412;QD=13.7953;RBI=0.0281153;REFB=-0.00707266;REVB=-0.0277559;RO=31;SAF=17;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080499;STB=0.571209;STBP=0.355;TYPE=del;VARB=0.0097696;OID=.;OPOS=5271657;OREF=CTTCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:27:64:27:66:39:17:10:20:19:99:31:17:10:17:14 chr7 5346735 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.008;QD=35.5758;RBI=0.00741854;REFB=0;REVB=0.00612656;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.676e-05;OID=.;OPOS=5346735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr7 5347749 . G A 304.96 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0222068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.24;QD=26.5186;RBI=0.0302799;REFB=-0.0572999;REVB=-0.0205847;RO=18;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134155;STB=0.503223;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0532598;OID=.;OPOS=5347749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:18:19:27:27:0.586957:14:13:9:9:14:13:9:10 chr7 5372406 . G T 66.41 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353788;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.115;QD=37.9477;RBI=0.0540689;REFB=0;REVB=0.0408875;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162608;OID=.;OPOS=5372406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:2:4:0:0:2:5:0:0 chr7 5410425 . G C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0206836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.822;QD=12.0517;RBI=0.0240795;REFB=-0.00284445;REVB=-0.0123294;RO=13;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227484;STB=0.639632;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00369713;OID=.;OPOS=5410425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:8:1:3:10:8:1:3:10 chr7 5415832 . C T 137.82 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00215054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.184;QD=12.5291;RBI=0.00430157;REFB=-0.00689193;REVB=0.00372541;RO=28;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774906;STB=0.545398;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0161759;OID=.;OPOS=5415832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:8:8:12:16:8:8:12:16 chr7 5427517 . G A 323.6 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0488656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1124;QD=47.9407;RBI=0.107144;REFB=-0.0378739;REVB=0.0953522;RO=2;SAF=16;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545422;STB=0.529389;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00165872;OID=.;OPOS=5427517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:9:16:2:0:9:16:2:0 chr7 5427548 . C T 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.00192634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.112;QD=18.0354;RBI=0.025354;REFB=-0.000112634;REVB=0.0252807;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196825;STB=0.610686;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.000277648;OID=.;OPOS=5427548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:9:13:21:6:9:13:21:6 chr7 5427720 . A G 416.24 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0025424;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0201;QD=57.4125;RBI=0.0504145;REFB=0;REVB=-0.0503504;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242644;OID=.;OPOS=5427720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr7 5434135 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0797285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.9324;QD=59.434;RBI=0.104214;REFB=0;REVB=0.0671118;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106548;OID=.;OPOS=5434135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:12:22:0:0:13:22:0:0 chr7 5460550 . C T 1219.2 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0146679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.965;QD=58.7566;RBI=0.0247483;REFB=-0.175617;REVB=0.0199332;RO=1;SAF=42;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111412;STB=0.511625;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.000372545;OID=.;OPOS=5460550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:1:2:81:81:0.975904:39:42:1:0:39:42:2:0 chr7 5487422 . TC T,TG 671.06 PASS AF=0.0222222,0.977778;AO=7,34;DP=45;FAO=1,44;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=1,34;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631753,0.0655135;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=26.4953,36.4372;QD=59.6499;RBI=0.0799921,0.0892614;REFB=0,0;REVB=-0.0490675,-0.0606266;RO=0;SAF=6,27;SAR=1,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.32246e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0296204,0.00147554;OID=.,.;OPOS=5487423,5487423;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0222222,0.977778:7,34:45:1,44:45:0:1,34:0,10:0:0:5:0:6,27:1,7:0:0 chr7 5487458 . T G 478.88 PASS AF=1;AO=3;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103077;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.669;QD=56.3387;RBI=0.198726;REFB=0;REVB=0.169904;RO=0;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00550314;OID=.;OPOS=5487458;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:3:34:1:0:3:0:0:8:26:0:0 chr7 5515624 . T G 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00136647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.34;QD=63.3366;RBI=0.010547;REFB=0;REVB=-0.0104581;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39989e-05;OID=.;OPOS=5515624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:48:45:0:0:48:45:0:0 chr7 5518331 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1352;QD=45.8048;RBI=0.0769288;REFB=0;REVB=0.0718164;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00421634;OID=.;OPOS=5518331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr7 5518333 . A T 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0751204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.219;QD=24.8024;RBI=0.0809803;REFB=-0.0583756;REVB=-0.0302447;RO=3;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141327;STB=0.599827;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0509082;OID=.;OPOS=5518333;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:3:4:10:10:0.714286:8:2:0:3:8:2:0:4 chr7 5528883 . G A 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00996678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.564;QD=18.1185;RBI=0.0106535;REFB=-0.000442385;REVB=-0.00376297;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104911;STB=0.559813;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00041613;OID=.;OPOS=5528883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:11:7:10:10:11:7:10:10 chr7 5529758 . G A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0171144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.797;QD=11.6342;RBI=0.0177807;REFB=-0.0202268;REVB=-0.00482197;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26404;STB=0.671317;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0366699;OID=.;OPOS=5529758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:15:16:10:10:0.384615:6:4:10:5:6:4:11:5 chr7 5540769 . A C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3865;QD=62.6707;RBI=0.0137686;REFB=0;REVB=0.0076018;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186947;OID=.;OPOS=5540769;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr7 5541225 . C T 136.85 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.010863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0808;QD=18.2461;RBI=0.0140808;REFB=-0.0149009;REVB=-0.00895903;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230768;STB=0.631406;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0147051;OID=.;OPOS=5541225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:6:9:5:10:6:9:5:10 chr7 5541657 . G A 93.72 PASS AF=0.48;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0287081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2261;QD=14.9959;RBI=0.0307511;REFB=-0.0045009;REVB=0.0110217;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328516;STB=0.701774;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0161993;OID=.;OPOS=5541657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:24:25:13:13:11:12:0.48:3:8:5:8:3:9:5:8 chr7 5632690 . G A 44.78 PASS AF=0.28;AO=6;DP=24;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0127941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.335;QD=7.16406;RBI=0.0228515;REFB=-0.0168688;REVB=0.0189341;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.550146;STB=0.760171;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0498268;OID=.;OPOS=5632690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:25:18:18:6:7:0.28:5:1:12:6:5:2:12:6 chr7 5659756 . G A 113.83 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0388708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.969;QD=9.89824;RBI=0.0388733;REFB=-0.0140665;REVB=-0.000448127;RO=32;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38554;STB=0.731383;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0265296;OID=.;OPOS=5659756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:4:10:12:20:4:10:12:20 chr7 5983012 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.52;QD=51.9167;RBI=0.0418241;REFB=0;REVB=0.0383032;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295421;OID=.;OPOS=5983012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr7 6026775 . T C 347.62 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177489;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.064;QD=51.4992;RBI=0.025873;REFB=0.0223358;REVB=0.0188253;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.523791;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-6.43673e-06;OID=.;OPOS=6026775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:16:10:0:0:16:10:1:0 chr7 6026942 . G T 818.52 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.171;QD=55.4928;RBI=0.035975;REFB=-0.127741;REVB=0.0337927;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.507934;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000630468;OID=.;OPOS=6026942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:0:1:58:58:0.983051:31:27:0:0:31:27:0:1 chr7 6036980 . G C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4036;QD=51.1815;RBI=0.0747947;REFB=0;REVB=-0.0705386;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00148156;OID=.;OPOS=6036980;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr7 6043386 . G A 289.66 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0155045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.293;QD=18.9943;RBI=0.0163002;REFB=-0.0114504;REVB=-0.0050306;RO=30;SAF=18;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720245;STB=0.540167;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00996111;OID=.;OPOS=6043386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:13:18:15:15:13:18:15:15 chr7 6056530 . G A 235.48 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.00165894;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.927;QD=15.1922;RBI=0.0250047;REFB=0.00249129;REVB=-0.0249496;RO=35;SAF=21;SAR=6;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489858;STB=0.777572;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00131224;OID=.;OPOS=6056530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:35:35:27:27:0.435484:6:21:10:25:6:21:10:25 chr7 6063283 . C T 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00147716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.738;QD=21.7465;RBI=0.00621019;REFB=-0.00907368;REVB=0.00603195;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127519;STB=0.571365;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00694541;OID=.;OPOS=6063283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:11:11:7:13:11:11:7:13 chr7 6066450 . T C 347.59 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0234669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0863;QD=19.8624;RBI=0.0240435;REFB=0.0344994;REVB=0.00523391;RO=34;SAF=13;SAR=23;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297371;STB=0.664754;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0308129;OID=.;OPOS=6066450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:23:13:24:10:23:13:24:10 chr7 6066461 . T C 281.68 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0255193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.864;QD=17.0714;RBI=0.0299863;REFB=-0.00557535;REVB=-0.0157463;RO=34;SAF=11;SAR=20;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271575;STB=0.658813;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.006947;OID=.;OPOS=6066461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:31:31:0.469697:20:11:22:12:20:11:23:12 chr7 6071060 . G A 290.5 PASS AF=0.402439;AO=32;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0074617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.954;QD=14.1705;RBI=0.0157462;REFB=-0.0184841;REVB=-0.0138659;RO=49;SAF=14;SAR=18;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162727;STB=0.581449;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0198632;OID=.;OPOS=6071060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:32:33:0.402439:18:14:29:20:18:15:29:20 chr7 6075523 . G A 225.06 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00629596;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.924;QD=17.652;RBI=0.015829;REFB=-0.0020318;REVB=0.014523;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466067;STB=0.518119;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00195214;OID=.;OPOS=6075523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:27:24:24:0.470588:15:9:11:15:15:9:11:16 chr7 6075823 . A T 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00297003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.087;QD=18.0815;RBI=0.0120956;REFB=-0.0145776;REVB=-0.0117253;RO=47;SAF=13;SAR=28;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327441;STB=0.682838;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0176113;OID=.;OPOS=6075823;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:28:13:31:16:28:13:31:16 chr7 6087389 . C A 123.57 PASS AF=0.608696;AO=12;DP=21;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00643296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.174;QD=21.4911;RBI=0.0268639;REFB=0.0130432;REVB=0.0260823;RO=9;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902331;STB=0.50632;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.00924991;OID=.;OPOS=6087389;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:23:9:9:12:14:0.608696:4:8:5:4:6:8:5:4 chr7 6087400 . C A 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00352819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.213;QD=23.094;RBI=0.00549421;REFB=-0.0047002;REVB=-0.00421167;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399905;STB=0.522423;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0030701;OID=.;OPOS=6087400;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:9:8:5:7:9:8:5:7 chr7 6088420 . A G 137.76 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0516599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0843;QD=19.0014;RBI=0.0752138;REFB=-0.0199736;REVB=0.0546659;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282995;STB=0.516107;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0171062;OID=.;OPOS=6088420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:7:7:7:8:7:7 chr7 6189780 . T C 354.99 PASS AF=0.436782;AO=37;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0655675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0344;QD=16.3216;RBI=0.0733033;REFB=-0.0084258;REVB=-0.0327762;RO=45;SAF=18;SAR=19;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132536;STB=0.586163;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0119925;OID=.;OPOS=6189780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:49:37:38:0.436782:19:18:28:17:19:19:32:17 chr7 6190126 . G A 159.79 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00166984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.533;QD=11.6207;RBI=0.0129379;REFB=-0.00182285;REVB=-0.0128296;RO=35;SAF=16;SAR=4;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358628;STB=0.711631;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00279664;OID=.;OPOS=6190126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:4:16:18:17:4:16:18:17 chr7 6193464 . T G 181.69 PASS AF=0.44186;AO=20;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.015168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.492;QD=16.9015;RBI=0.0180358;REFB=-0.0131912;REVB=-0.00975817;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155872;STB=0.629411;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0144285;OID=.;OPOS=6193464;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:19:24:20:19:0.44186:11:9:12:7:10:9:17:7 chr7 6193521 . G C 145.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.01;QD=44.7531;RBI=0.0255673;REFB=0;REVB=0.0230559;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108848;OID=.;OPOS=6193521;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:6:6:0:0:6:7:0:0 chr7 6193597 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.117901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3052;QD=18.8862;RBI=0.121567;REFB=-0.011712;REVB=0.0296287;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376043;STB=0.71943;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0181126;OID=.;OPOS=6193597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:4:1:6:2:4:1 chr7 6194274 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00583768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.909;QD=59.0187;RBI=0.00679562;REFB=0;REVB=-0.00347878;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88252e-05;OID=.;OPOS=6194274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr7 6199072 . G C 388.43 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00598699;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.203;QD=20.4436;RBI=0.0152363;REFB=-0.0270984;REVB=0.0140107;RO=37;SAF=19;SAR=20;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941714;STB=0.565243;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0249971;OID=.;OPOS=6199072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:20:19:22:15:20:19:23:14 chr7 6202413 . T C 200.82 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.029441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8153;QD=20.5973;RBI=0.0299799;REFB=0.0181939;REVB=-0.00565858;RO=19;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173701;STB=0.509794;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.0189622;OID=.;OPOS=6202413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:13:7:7:12:13:7:7:12 chr7 6204999 . A C 654.84 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0559905;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.912;QD=62.3661;RBI=0.0681201;REFB=0;REVB=0.0387997;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.44391e-05;OID=.;OPOS=6204999;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr7 6252291 . G A 308.32 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00201921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.048;QD=28.0293;RBI=0.00235179;REFB=-0.0493243;REVB=-0.00120569;RO=17;SAF=16;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086828;STB=0.547909;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0343896;OID=.;OPOS=6252291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:11:16:8:9:11:16:8:9 chr7 6370194 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.016;QD=64.1531;RBI=0.01337;REFB=0;REVB=-0.00803053;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26369e-05;OID=.;OPOS=6370194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr7 6370305 . C G 622.79 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0779749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3768;QD=60.7601;RBI=0.0816778;REFB=0;REVB=-0.0243141;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00514787;OID=.;OPOS=6370305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:15:25:0:0:16:25:0:0 chr7 6370406 . C T 340.01 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.094;QD=52.3095;RBI=0.0467717;REFB=0;REVB=0.00151238;RO=1;SAF=9;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487725;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383084;OID=.;OPOS=6370406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:26:26:1:0:25:26:1:16:9:1:0:16:10:0:0 chr7 6442433 . C T 544.85 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0100523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.281;QD=22.9411;RBI=0.013341;REFB=0.000280859;REVB=0.0087712;RO=43;SAF=23;SAR=28;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312983;STB=0.512261;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.00024576;OID=.;OPOS=6442433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:44:51:51:0.536842:28:23:21:22:28:23:21:23 chr7 6443047 . A G 620.7 PASS AF=0.529915;AO=58;DP=113;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0110213;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.85;QD=21.2204;RBI=0.0116958;REFB=-0.0154698;REVB=0.00391426;RO=55;SAF=30;SAR=28;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041088;STB=0.522381;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0158932;OID=.;OPOS=6443047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:117:55:55:58:62:0.529915:28:30:31:24:30:32:31:24 chr7 6452461 . G A 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.00463189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.762;QD=11.5764;RBI=0.0336509;REFB=-0.019956;REVB=-0.0333306;RO=40;SAF=17;SAR=6;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198161;STB=0.511494;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0281427;OID=.;OPOS=6452461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:6:17:29:11:6:17:29:11 chr7 6456302 . C T 582.23 PASS AF=0.508621;AO=59;DP=120;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0169933;FXX=0.0333306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3131;QD=20.0769;RBI=0.0431161;REFB=-0.0399551;REVB=0.0396261;RO=51;SAF=33;SAR=26;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124314;STB=0.576226;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.043471;OID=.;OPOS=6456302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:116:51:57:59:59:0.508621:26:33:21:30:26:33:23:34 chr7 6502367 . T C 142.63 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0694252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8151;QD=22.82;RBI=0.0871027;REFB=0.00454401;REVB=0.0526024;RO=10;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267693;STB=0.646906;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=4.34687e-05;OID=.;OPOS=6502367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:12:3:0:10:12:3:0:10 chr7 6505901 . T C 241.5 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00564835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.624;QD=12.3848;RBI=0.0153243;REFB=-0.0017029;REVB=0.0142453;RO=49;SAF=11;SAR=18;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331279;STB=0.519056;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00438946;OID=.;OPOS=6505901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:18:11:20:29:18:11:20:29 chr7 6537821 . G C 561.96 PASS AF=0.491525;AO=59;DP=119;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=49;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=0.00392987;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.077;QD=19.0493;RBI=0.014068;REFB=-0.0216111;REVB=0.0135079;RO=60;SAF=10;SAR=49;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20085;STB=0.62873;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0109;OID=.;OPOS=6537821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:60:60:59:58:0.491525:49:10:19:41:49:9:19:41 chr7 6566322 . T G 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0125009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.246;QD=28.1411;RBI=0.0190936;REFB=-0.0660941;REVB=0.0144325;RO=7;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039064;STB=0.521712;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0322259;OID=.;OPOS=6566322;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:8:8:4:3:8:8:4:3 chr7 6621277 . G A 1381.47 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0262458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.491;QD=61.3985;RBI=0.0312811;REFB=-0.0243605;REVB=-0.0170197;RO=1;SAF=42;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111493;STB=0.505746;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-5.58957e-06;OID=.;OPOS=6621277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:90:1:1:88:89:0.988889:46:42:1:0:46:43:1:0 chr7 6647738 . T C 519.99 PASS AF=1;AO=26;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2626;QD=57.7767;RBI=0.0284158;REFB=0;REVB=-0.0166686;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0292923;OID=.;OPOS=6647738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:36:0:0:26:36:1:7:19:0:0:7:29:0:0 chr7 6656830 . G A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00024828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.169;QD=59.323;RBI=0.016403;REFB=0;REVB=0.0164011;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36573e-05;OID=.;OPOS=6656830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr7 6656897 . A G 876.92 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00331931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4065;QD=54.8072;RBI=0.0783714;REFB=0.00202739;REVB=-0.0783011;RO=2;SAF=27;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03369;STB=0.517851;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.000828069;OID=.;OPOS=6656897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:35:27:2:0:35:27:2:0 chr7 6713936 . C T 310.61 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00191079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.848;QD=23.4425;RBI=0.00606729;REFB=-0.0151786;REVB=-0.00575855;RO=22;SAF=21;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143645;STB=0.579448;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00693688;OID=.;OPOS=6713936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:10:21:11:11:10:21:11:11 chr7 6713940 . CAG C,CGG 242.64 PASS AF=0.534884,0;AO=23,4;DP=48;FAO=23,0;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=20,0;FSAR=3,0;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00163822,0.00424147;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=258.875,239.197;QD=22.5716;RBI=0.0232149,0.00474528;REFB=-0.0131948,-0.00704015;REVB=-0.023157,-0.00212783;RO=20;SAF=20,0;SAR=3,4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.425172,-0.648393;STB=0.762672,0.5;STBP=0.006,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00518998,0;OID=.,.;OPOS=6713941,6713941;OREF=AG,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.534884,0:23,4:48:23,0:43:20:20,0:3,0:9:11:99:20:20,0:3,4:10:10 chr7 6713985 . A G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.166;QD=56.7045;RBI=0.0426792;REFB=0;REVB=0.0277126;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334157;OID=.;OPOS=6713985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr7 6714028 . G A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00882049;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.467;QD=17.2298;RBI=0.0107541;REFB=-0.00863123;REVB=-0.00615221;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771948;STB=0.545336;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00587122;OID=.;OPOS=6714028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:2:6:4:2:2:6:4:2 chr7 6776956 . A G 313.85 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00651685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.724;QD=14.5977;RBI=0.0236977;REFB=-0.00967692;REVB=-0.0227841;RO=51;SAF=15;SAR=20;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650154;STB=0.536892;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0165021;OID=.;OPOS=6776956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:20:15:25:26:20:15:25:26 chr7 7283569 . G A 203.37 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0118442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5663;QD=10.2974;RBI=0.0207841;REFB=-0.0048592;REVB=-0.017079;RO=53;SAF=17;SAR=9;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19208;STB=0.612524;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00654595;OID=.;OPOS=7283569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:53:53:26:26:0.329114:9:17:26:27:9:17:26:27 chr7 7283688 . T A 578.53 PASS AF=0.551402;AO=57;DP=105;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0210614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.076;QD=21.6272;RBI=0.0227169;REFB=-0.00995971;REVB=0.0085132;RO=48;SAF=24;SAR=33;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839247;STB=0.543985;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00915175;OID=.;OPOS=7283688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:48:48:57:59:0.551402:33:24:25:23:34:25:25:23 chr7 7472161 . T G 667.0 PASS AF=0.519685;AO=65;DP=127;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00745131;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.804;QD=21.0078;RBI=0.0150592;REFB=-0.0100639;REVB=0.0130865;RO=61;SAF=40;SAR=25;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139969;STB=0.571683;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00734363;OID=.;OPOS=7472161;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:61:61:65:66:0.519685:25:40:28:33:26:40:28:33 chr7 7529062 . C T 535.57 PASS AF=0.316742;AO=70;DP=221;FAO=70;FDP=221;FR=.;FRO=151;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=69;FSRR=82;FWDB=-0.0454957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.053;QD=9.69365;RBI=0.0497085;REFB=-0.00509475;REVB=0.020027;RO=151;SAF=32;SAR=38;SRF=69;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000225449;STB=0.50013;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0126607;OID=.;OPOS=7529062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:151:151:70:70:0.316742:38:32:69:82:38:32:69:82 chr7 7571094 . G C 1710.81 PASS AF=0.991304;AO=112;DP=113;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00182412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.267;QD=59.5063;RBI=0.0347481;REFB=0.0179806;REVB=0.0347002;RO=1;SAF=54;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871142;STB=0.504586;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000121727;OID=.;OPOS=7571094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:115:1:1:112:114:0.991304:58:54:1:0:60:54:1:0 chr7 7646651 . G T 1491.77 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0120059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.372;QD=57.3758;RBI=0.0157224;REFB=0.110151;REVB=0.0101515;RO=2;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193561;STB=0.510202;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-3.83846e-06;OID=.;OPOS=7646651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:2:2:102:102:0.980769:48:54:0:2:48:54:0:2 chr7 7646687 . A G 668.12 PASS AF=0.472222;AO=66;DP=142;FAO=68;FDP=144;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0109616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.019;QD=18.5587;RBI=0.0144731;REFB=-0.00698269;REVB=-0.00945061;RO=75;SAF=35;SAR=31;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354917;STB=0.515544;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00523296;OID=.;OPOS=7646687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:75:76:66:68:0.472222:31:35:37:38:32:36:38:38 chr7 8110671 . C T 136.04 PASS AF=0.212121;AO=21;DP=99;FAO=21;FDP=99;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.0299445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5596;QD=5.49662;RBI=0.0352439;REFB=-0.00121078;REVB=0.0185865;RO=78;SAF=11;SAR=10;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460512;STB=0.528819;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00543654;OID=.;OPOS=8110671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:78:78:21:21:0.212121:10:11:38:40:10:11:38:40 chr7 8110699 . C A 102.27 PASS AF=0.193182;AO=17;DP=90;FAO=17;FDP=88;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.00733967;FXX=0.0222198;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.983;QD=4.64857;RBI=0.0107238;REFB=-0.00254833;REVB=0.00781849;RO=71;SAF=11;SAR=6;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262074;STB=0.667352;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.011277;OID=.;OPOS=8110699;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:71:71:17:17:0.193182:6:11:31:40:6:11:31:40 chr7 8125964 . C T 1867.23 PASS AF=0.947368;AO=126;DP=133;FAO=126;FDP=133;FR=.;FRO=7;FSAF=72;FSAR=54;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00100101;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.786;QD=56.1572;RBI=0.0441443;REFB=-0.0313832;REVB=0.044133;RO=7;SAF=72;SAR=54;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014592;STB=0.507691;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.000983098;OID=.;OPOS=8125964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:133:133:7:7:126:126:0.947368:54:72:5:2:54:72:5:2 chr7 8132252 . T C 1578.04 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0035379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.884;QD=59.5486;RBI=0.0301385;REFB=0;REVB=0.0299301;RO=0;SAF=64;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75198e-05;OID=.;OPOS=8132252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:41:64:0:0:41:65:0:0 chr7 8196529 . A T 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.845;QD=59.8536;RBI=0.010469;REFB=0;REVB=-0.00816523;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.90046e-06;OID=.;OPOS=8196529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr7 8792148 . T C 635.55 PASS AF=0.503937;AO=64;DP=127;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=0.0619502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.382;QD=20.0174;RBI=0.0663973;REFB=-0.0171183;REVB=0.0238909;RO=63;SAF=36;SAR=28;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21779;STB=0.61975;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0167623;OID=.;OPOS=8792148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:63:63:64:64:0.503937:28:36:20:43:28:36:20:43 chr7 10262558 . G A 53.39 PASS AF=0.151515;AO=10;DP=66;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.00743457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.07;QD=3.2356;RBI=0.00905255;REFB=-0.00113559;REVB=-0.00516487;RO=56;SAF=8;SAR=2;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450776;STB=0.808917;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0387645;OID=.;OPOS=10262558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:66:66:56:56:10:10:0.151515:2:8:24:32:2:8:24:32 chr7 10979697 . G A 404.87 PASS AF=0.5125;AO=39;DP=75;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.104354;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3731;QD=20.2436;RBI=0.105611;REFB=-0.0156886;REVB=0.016247;RO=35;SAF=19;SAR=20;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124115;STB=0.537879;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0138628;OID=.;OPOS=10979697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:80:35:39:39:41:0.5125:20:19:12:23:21:20:16:23 chr7 11101394 . GTTTTTTTTTTTG GTTTTTTTTTG,GTTTTTTTTTTG,GTTTTTTTTTTGT,TGTTTTTTTTTTG 476.13 PASS AF=0.146154,0.584615,0.269231,0;AO=16,24,17,7;DP=133;FAO=19,76,35,0;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=10,42,14,0;FSAR=9,34,21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426309,0.11481,0.0313276,0.0184366;FXX=0.0579668;HRUN=11,11,11,1;LEN=2,1,2,2;MLLD=8.15846,5.06626,7.57411,7.68871;QD=14.6503;RBI=0.150447,0.24908,0.171605,0.136842;REFB=0.0258358,-0.0034597,-0.00422346,-0.035664;REVB=-0.14428,-0.221042,-0.168721,-0.135595;RO=21;SAF=6,16,8,6;SAR=10,8,9,1;SRF=12;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.194315,0.0863188,-0.0968596,0.402521;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,mnp;VARB=0.018169,0.0296161,-0.0782435,0;OID=.,.,.,.;OPOS=11101395,11101395,11101405,11101394;OREF=TT,T,TG,GT;OALT=-,-,GT,TG;OMAPALT=GTTTTTTTTTG,GTTTTTTTTTTG,GTTTTTTTTTTGT,TGTTTTTTTTTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:133:130:21:0:16,24,17,7:19,76,35,0:0.146154,0.584615,0.269231,0:10,8,9,1:6,16,8,6:12:9:9,34,21,0:10,42,14,0:0:0 chr7 11521542 . T C 248.67 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00923606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1561;QD=16.3062;RBI=0.020756;REFB=-0.01437;REVB=0.0185878;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963337;STB=0.543828;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.016125;OID=.;OPOS=11521542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:29:33:27:28:0.459016:14:13:17:12:15:13:18:15 chr7 11581121 . T C 399.34 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0025323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.561;QD=18.1519;RBI=0.0181328;REFB=-0.0194884;REVB=-0.0179551;RO=47;SAF=22;SAR=19;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00448737;STB=0.502506;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0215376;OID=.;OPOS=11581121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:19:22:25:22:19:22:25:22 chr7 11581134 . T C 370.65 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0410333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.491;QD=17.2393;RBI=0.0418434;REFB=-0.0221107;REVB=-0.00819384;RO=47;SAF=19;SAR=20;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435989;STB=0.524421;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0115441;OID=.;OPOS=11581134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:20:19:25:22:20:19:25:22 chr7 11675855 . C T 388.38 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.119461;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.3;QD=15.8523;RBI=0.121817;REFB=-0.0142278;REVB=-0.0238378;RO=57;SAF=20;SAR=21;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508554;STB=0.528664;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0297016;OID=.;OPOS=11675855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:57:57:41:41:0.418367:21:20:25:32:21:20:25:32 chr7 11675950 . G A 217.52 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0327418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9392;QD=13.5951;RBI=0.032929;REFB=-0.00877074;REVB=0.00350658;RO=38;SAF=11;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909616;STB=0.561547;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00976695;OID=.;OPOS=11675950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:38:38:25:26:0.40625:14:11:20:18:15:11:20:18 chr7 12269417 . C G 1293.43 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0256686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.299;QD=59.4681;RBI=0.0298308;REFB=-0.0245536;REVB=0.0151986;RO=2;SAF=46;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00180469;STB=0.500953;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00050333;OID=.;OPOS=12269417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:85:85:0.977011:39:46:1:1:39:46:1:1 chr7 12270036 . G A 184.26 PASS AF=0.26;AO=26;DP=100;FAO=26;FDP=100;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.00789421;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.299;QD=7.37036;RBI=0.023787;REFB=-0.0114499;REVB=-0.0224389;RO=74;SAF=19;SAR=7;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382688;STB=0.730592;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0318714;OID=.;OPOS=12270036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:74:74:26:26:0.26:7:19:31:43:7:19:31:43 chr7 12271997 . G A 538.4 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.692;QD=59.8218;RBI=0.0481897;REFB=0;REVB=0.037002;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000944928;OID=.;OPOS=12271997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:17:18:0:0:18:18:0:0 chr7 12272026 . A G 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0235615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8524;QD=18.7956;RBI=0.0863224;REFB=0.00149653;REVB=0.0830447;RO=27;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15774;STB=0.589395;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00110243;OID=.;OPOS=12272026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:14:9:15:12:14:9:15:12 chr7 12370794 . T C 640.83 PASS AF=0.581633;AO=57;DP=98;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0265227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8651;QD=26.1564;RBI=0.0705067;REFB=0.00707149;REVB=0.065328;RO=41;SAF=28;SAR=29;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400385;STB=0.521856;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.00445103;OID=.;OPOS=12370794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:41:41:57:57:0.581633:29:28:18:23:29:28:18:23 chr7 12376811 . A C 544.49 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=119;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.00608396;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.352;QD=18.4572;RBI=0.00678994;REFB=-0.00144212;REVB=0.00301474;RO=61;SAF=34;SAR=23;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232638;STB=0.628661;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00227008;OID=.;OPOS=12376811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:61:61:57:57:0.483051:23:34:21:40:23:34:21:40 chr7 12391268 . T TA 226.85 PASS AF=0.397959;AO=36;DP=100;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0248966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.7722;QD=9.25916;RBI=0.0263802;REFB=0.000391936;REVB=-0.00872213;RO=61;SAF=18;SAR=18;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992019;STB=0.538281;STBP=0.554;TYPE=ins;VARB=-0.000121333;OID=.;OPOS=12391269;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.397959:36:100:39:98:59:20:19:34:25:99:61:18:18:36:25 chr7 12391319 . G T 276.64 PASS AF=0.390244;AO=31;DP=81;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00158031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.419;QD=13.4947;RBI=0.011687;REFB=-0.0113499;REVB=-0.0115797;RO=48;SAF=19;SAR=12;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556361;STB=0.521147;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.013917;OID=.;OPOS=12391319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:48:50:31:32:0.390244:12:19:27:21:13:19:28:22 chr7 12393966 . A G 182.11 PASS AF=0.254902;AO=26;DP=101;FAO=26;FDP=102;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.00178241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.184;QD=7.14159;RBI=0.0867231;REFB=-0.0157227;REVB=0.0867048;RO=75;SAF=16;SAR=10;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868821;STB=0.548249;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0480446;OID=.;OPOS=12393966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:75:76:26:26:0.254902:10:16:41:34:10:16:42:34 chr7 12393974 . A C 179.14 PASS AF=0.25;AO=27;DP=108;FAO=27;FDP=108;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.00326907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.864;QD=6.63497;RBI=0.0118154;REFB=-0.00668283;REVB=-0.0113541;RO=77;SAF=16;SAR=11;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590995;STB=0.52844;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0181884;OID=.;OPOS=12393974;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:77:81:27:27:0.25:11:16:42:35:11:16:45:36 chr7 12394053 . G T 232.62 PASS AF=0.303922;AO=30;DP=103;FAO=31;FDP=102;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.00534666;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.224;QD=9.12242;RBI=0.0373763;REFB=-0.00129433;REVB=-0.0369919;RO=70;SAF=20;SAR=10;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137792;STB=0.569868;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00260274;OID=.;OPOS=12394053;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:70:71:30:31:0.303922:10:20:39:31:11:20:39:32 chr7 12395813 . T C 453.68 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.000266353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9805;QD=22.404;RBI=0.00468463;REFB=-0.0061394;REVB=0.00467705;RO=37;SAF=30;SAR=14;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312564;STB=0.517233;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0121047;OID=.;OPOS=12395813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:14:30:24:13:14:30:24:13 chr7 12400783 . C T 475.02 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0188367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.206;QD=24.36;RBI=0.0191195;REFB=-0.0172888;REVB=0.0032764;RO=33;SAF=25;SAR=20;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147338;STB=0.580701;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0123214;OID=.;OPOS=12400783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:33:45:45:0.576923:20:25:12:21:20:25:12:21 chr7 12400837 . G A 1156.99 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0086881;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.357;QD=60.894;RBI=0.00869625;REFB=0;REVB=0.000376281;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18485e-07;OID=.;OPOS=12400837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr7 12401021 . C T 376.88 PASS AF=0.481481;AO=38;DP=78;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0334824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.171;QD=18.6112;RBI=0.0347652;REFB=-0.0308998;REVB=0.00935684;RO=39;SAF=19;SAR=19;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011665;STB=0.531293;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0265205;OID=.;OPOS=12401021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:39:42:38:39:0.481481:19:19:20:19:20:19:23:19 chr7 12406989 . C G 307.97 PASS AF=0.372549;AO=30;DP=94;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0101008;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.129;QD=12.0772;RBI=0.0569247;REFB=-0.0266936;REVB=0.0560214;RO=63;SAF=16;SAR=14;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102841;STB=0.512947;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0454448;OID=.;OPOS=12406989;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:102:63:64:30:38:0.372549:14:16:28:35:20:18:29:35 chr7 12409263 . C A 446.84 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=0.0039015;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.908;QD=17.5231;RBI=0.00624027;REFB=-0.0137973;REVB=0.00487024;RO=54;SAF=26;SAR=22;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139719;STB=0.577469;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0207063;OID=.;OPOS=12409263;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:54:48:48:0.470588:22:26:37:17:22:26:37:17 chr7 12409327 . C T 463.42 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=0.0722104;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2897;QD=18.9153;RBI=0.0726147;REFB=-0.00284696;REVB=-0.00765262;RO=52;SAF=22;SAR=24;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221316;STB=0.622641;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00324644;OID=.;OPOS=12409327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:24:22:37:15:24:22:37:15 chr7 12409522 . A G 249.71 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0125957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.552;QD=18.4974;RBI=0.0127045;REFB=-0.0158055;REVB=-0.00165945;RO=27;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331541;STB=0.518556;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0118923;OID=.;OPOS=12409522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:14:13:12:15:14:13:12:15 chr7 12409535 . A G 320.83 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00500068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.798;QD=21.3887;RBI=0.0155059;REFB=-0.0190568;REVB=-0.0146774;RO=27;SAF=12;SAR=21;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379703;STB=0.521023;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.013422;OID=.;OPOS=12409535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:21:12:11:16:21:12:11:16 chr7 12410112 . G A 497.17 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.277;QD=58.4907;RBI=0.0246492;REFB=0;REVB=0.0130408;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012172;OID=.;OPOS=12410112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:13:19:0:0:15:19:0:0 chr7 12410362 . C T 380.2 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0135536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=367.679;QD=14.91;RBI=0.0136871;REFB=-0.00837113;REVB=-0.00190753;RO=59;SAF=17;SAR=26;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152093;STB=0.585707;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0113138;OID=.;OPOS=12410362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:59:43:43:0.421569:26:17:32:27:26:17:32:27 chr7 12414725 . G A 863.54 PASS AF=0.544872;AO=84;DP=155;FAO=85;FDP=156;FR=.;FRO=71;FSAF=54;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.035599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6232;QD=22.142;RBI=0.039409;REFB=-0.0104778;REVB=-0.0169051;RO=71;SAF=53;SAR=31;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154707;STB=0.586389;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00692824;OID=.;OPOS=12414725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:71:71:84:85:0.544872:31:53:32:39:31:54:32:39 chr7 12417407 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00354337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.276;QD=57.1062;RBI=0.0112777;REFB=0;REVB=0.0107066;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31382e-05;OID=.;OPOS=12417407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr7 12419108 . A T 937.02 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.355;QD=58.5636;RBI=0.0178947;REFB=0;REVB=0.00189105;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73668e-05;OID=.;OPOS=12419108;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr7 12428529 . T G 177.07 PASS AF=0.396226;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0305546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7545;QD=13.364;RBI=0.112904;REFB=-0.0124296;REVB=0.108691;RO=31;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557524;STB=0.505489;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0287501;OID=.;OPOS=12428529;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:31:32:20:21:0.396226:8:12:17:14:9:12:18:14 chr7 12428803 . G A 600.25 PASS AF=0.5;AO=52;DP=117;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.00619918;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.171;QD=19.0554;RBI=0.00646413;REFB=-0.00984647;REVB=-0.0018317;RO=62;SAF=33;SAR=19;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557231;STB=0.571083;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00872626;OID=.;OPOS=12428803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:126:62:63:52:63:0.5:19:33:36:26:19:44:36:27 chr7 12433347 . C T 596.71 PASS AF=0.568421;AO=54;DP=95;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00252331;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.546;QD=25.1245;RBI=0.00429082;REFB=0.00623866;REVB=0.00347045;RO=41;SAF=19;SAR=35;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734195;STB=0.540243;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.00448067;OID=.;OPOS=12433347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:41:41:54:54:0.568421:35:19:18:23:35:19:18:23 chr7 12610594 . A G 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.064055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6389;QD=17.5421;RBI=0.0843536;REFB=-0.024717;REVB=-0.0548861;RO=15;SAF=3;SAR=12;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28767;STB=0.687223;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0196448;OID=.;OPOS=12610594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:12:3:7:8:12:3:8:8 chr7 12611252 . T C 742.64 PASS AF=0.484472;AO=77;DP=163;FAO=78;FDP=161;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=0.0165549;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.078;QD=18.4506;RBI=0.0312632;REFB=-0.0041874;REVB=0.0265202;RO=83;SAF=27;SAR=50;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475681;STB=0.521362;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00416224;OID=.;OPOS=12611252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:161:83:83:77:78:0.484472:50:27:33:50:50:28:33:50 chr7 12620804 . C T 613.47 PASS AF=0.477273;AO=63;DP=132;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.0223931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.157;QD=18.5898;RBI=0.0227528;REFB=-0.000790052;REVB=0.00402968;RO=69;SAF=35;SAR=28;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167449;STB=0.592625;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00121865;OID=.;OPOS=12620804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:69:69:63:63:0.477273:28:35:26:43:28:35:26:43 chr7 12636026 . T C 483.23 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1972;QD=58.5734;RBI=0.0523665;REFB=0;REVB=0.0433395;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000861074;OID=.;OPOS=12636026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr7 12683820 . CAAAAT CAAAT,CAAATA,CACAAT 326.15 PASS AF=0.851064,0,0.148936;AO=9,3,8;DP=48;FAO=40,0,7;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0,0;FSAR=7,0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.75886,0.326484,0.104129;FXX=0.020829;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=9.38829,12.2633,194.521;QD=27.7572;RBI=0.759125,0.326494,0.112878;REFB=-0.0444727,-0.0437784,0.00798989;REVB=0.0200546,0.00252083,-0.0435707;RO=25;SAF=5,3,0;SAR=4,0,8;SRF=24;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.56566,0.431525,-0.865289;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0208554,0,0.0481968;OID=.,.,.;OPOS=12683821,12683824,12683822;OREF=A,AT,A;OALT=-,TA,C;OMAPALT=CAAAT,CAAATA,CACAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.851064,0,0.148936:9,3,8:48:40,0,7:47:0:33,0,0:7,0,7:0:0:41:25:5,3,0:4,0,8:24:1 chr7 13934358 . A T 206.61 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0236213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.449;QD=11.0192;RBI=0.0240089;REFB=-0.0109909;REVB=0.00429664;RO=49;SAF=14;SAR=12;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886995;STB=0.505151;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0195867;OID=.;OPOS=13934358;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:49:26:26:0.346667:12:14:26:23:12:14:26:23 chr7 13935307 . C T 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0.0241526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=347.039;QD=26.3387;RBI=0.0266056;REFB=-0.00446195;REVB=0.0111584;RO=15;SAF=1;SAR=22;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23474;STB=0.627033;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00289397;OID=.;OPOS=13935307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:22:1:0:15:22:1:0:15 chr7 14025727 . C T 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.921;QD=61.5357;RBI=0.0128495;REFB=0;REVB=0.00935949;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18699e-05;OID=.;OPOS=14025727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr7 14025766 . T A 1607.05 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7938;QD=64.2821;RBI=0.014158;REFB=0;REVB=0.0014265;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.86618e-05;OID=.;OPOS=14025766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:53:47:0:0:53:47:0:0 chr7 14050371 . A G 261.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00640184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.52;QD=17.1665;RBI=0.00920063;REFB=-0.0124144;REVB=0.00660818;RO=32;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167668;STB=0.594073;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0152354;OID=.;OPOS=14050371;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:12:17:13:19:12:17:13:19 chr7 14187931 . T C 681.26 PASS AF=0.473684;AO=72;DP=153;FAO=72;FDP=152;FR=.;FRO=80;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=29;FWDB=0.0112639;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9637;QD=17.928;RBI=0.0182186;REFB=0.0118707;REVB=0.0143192;RO=80;SAF=38;SAR=34;SRF=51;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10551;STB=0.558287;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0126997;OID=.;OPOS=14187931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:80:80:72:72:0.473684:34:38:51:29:34:38:51:29 chr7 14758273 . C T 2161.63 PASS AF=0.992806;AO=137;DP=138;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0249413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6815;QD=62.2052;RBI=0.0293411;REFB=-0.0513985;REVB=-0.0154541;RO=1;SAF=51;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00922999;STB=0.504854;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000212365;OID=.;OPOS=14758273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:139:1:1:137:138:0.992806:86:51:1:0:87:51:1:0 chr7 15651692 . T C 144.48 PASS AF=0.307692;AO=19;DP=57;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0503333;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.602;QD=8.89104;RBI=0.0591355;REFB=-0.00845052;REVB=-0.0310414;RO=38;SAF=4;SAR=15;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19156;STB=0.652011;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0338417;OID=.;OPOS=15651692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:65:38:45:19:20:0.307692:15:4:13:25:15:5:20:25 chr7 15651770 . C T 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0466543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.623;QD=59.8354;RBI=0.0468882;REFB=0;REVB=0.00467703;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000530539;OID=.;OPOS=15651770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr7 15652068 . T G 689.25 PASS AF=0.441176;AO=75;DP=170;FAO=75;FDP=170;FR=.;FRO=95;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=56;FSRR=39;FWDB=-9.40361e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.003;QD=16.2176;RBI=0.0234318;REFB=-0.0217138;REVB=0.0234316;RO=94;SAF=50;SAR=25;SRF=55;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884488;STB=0.546996;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0242275;OID=.;OPOS=15652068;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:94:95:75:75:0.441176:25:50:55:39:25:50:56:39 chr7 16128994 . TG CA 34.74 PASS AF=0.714286;AO=3;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0162914;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.878;QD=19.8524;RBI=0.164133;REFB=-0.0867525;REVB=0.163322;RO=1;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.727144;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=mnp;VARB=0.0393027;OID=.;OPOS=16128994;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:7:7:1:2:3:5:0.714286:0:3:0:1:2:3:1:1 chr7 16129172 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.079731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.353;QD=37.4882;RBI=0.0800295;REFB=0;REVB=-0.00690556;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00327198;OID=.;OPOS=16129172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr7 16131425 . C A 182.78 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0430511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.014;QD=9.7483;RBI=0.0430716;REFB=-0.00538865;REVB=0.0013313;RO=50;SAF=11;SAR=13;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250518;STB=0.508373;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00853687;OID=.;OPOS=16131425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:51:24:24:0.32:13:11:24:26:13:11:24:27 chr7 16502213 . C T 326.09 PASS AF=0.318182;AO=42;DP=132;FAO=42;FDP=132;FR=.;FRO=90;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=-0.0264958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.892;QD=9.88161;RBI=0.0329667;REFB=-0.0185237;REVB=-0.0196157;RO=90;SAF=21;SAR=21;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391198;STB=0.522716;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0459724;OID=.;OPOS=16502213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:90:90:42:42:0.318182:21:21:48:42:21:21:48:42 chr7 16503932 . C G 497.86 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00426955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.724;QD=18.1039;RBI=0.0184457;REFB=-0.01062;REVB=-0.0179448;RO=57;SAF=23;SAR=30;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375343;STB=0.520825;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0116925;OID=.;OPOS=16503932;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:57:53:53:0.481818:30:23:27:30:30:23:27:30 chr7 16640569 . G A 136.69 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00169662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.289;QD=10.9352;RBI=0.0137426;REFB=0.00437851;REVB=-0.0136375;RO=34;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203467;STB=0.620543;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00771588;OID=.;OPOS=16640569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:7:9:13:21:7:9:13:21 chr7 16720939 . G A 302.24 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.00222873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1413;QD=12.2118;RBI=0.014474;REFB=-0.018035;REVB=-0.0143013;RO=63;SAF=18;SAR=17;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117968;STB=0.561705;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.028776;OID=.;OPOS=16720939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:63:64:35:35:0.353535:17:18:39:24:17:18:39:25 chr7 16823095 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.96;QD=61.6834;RBI=0.0570797;REFB=0;REVB=-0.0137505;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010886;OID=.;OPOS=16823095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr7 16834551 . C A 1541.09 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00342227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.002;QD=59.8483;RBI=0.0110798;REFB=0;REVB=-0.010538;RO=0;SAF=50;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.64897e-06;OID=.;OPOS=16834551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:52:50:0:0:52:51:0:0 chr7 16834597 . A G 1190.4 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9391;QD=61.0463;RBI=0.0149751;REFB=0;REVB=0.0148331;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75726e-05;OID=.;OPOS=16834597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr7 16899197 . C T 501.48 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0922177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.405;QD=58.9976;RBI=0.0923136;REFB=0;REVB=-0.00420627;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.09722e-05;OID=.;OPOS=16899197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr7 16913394 . A G 891.46 PASS AF=0.969697;AO=62;DP=65;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0577546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9992;QD=54.0279;RBI=0.0635076;REFB=-0.140122;REVB=0.0264124;RO=1;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154778;STB=0.51562;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00650592;OID=.;OPOS=16913394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:66:1:2:62:64:0.969697:30:32:0:1:31:33:0:2 chr7 17379110 . G A 316.07 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=71;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0124452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.876;QD=17.5594;RBI=0.0209368;REFB=-0.0187159;REVB=0.0168364;RO=38;SAF=16;SAR=17;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114673;STB=0.570691;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0203762;OID=.;OPOS=17379110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:38:33:34:0.472222:17:16:23:15:18:16:23:15 chr7 17831806 . C T 1589.82 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.395;QD=59.9933;RBI=0.0210575;REFB=0;REVB=-0.0141459;RO=0;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59653e-06;OID=.;OPOS=17831806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:50:56:0:0:50:56:0:0 chr7 17854532 . G T 473.86 PASS AF=0.448276;AO=51;DP=108;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0097207;FXX=0.0169477;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.356;QD=16.3398;RBI=0.0137087;REFB=-0.0160538;REVB=-0.00966622;RO=57;SAF=10;SAR=41;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353128;STB=0.670718;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0186019;OID=.;OPOS=17854532;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:116:57:64:51:52:0.448276:41:10:29:28:41:11:30:34 chr7 18066628 . G A 135.77 PASS AF=0.253165;AO=20;DP=79;FAO=20;FDP=79;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0175603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.798;QD=6.8746;RBI=0.0415408;REFB=-0.00565948;REVB=0.0376467;RO=59;SAF=9;SAR=11;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21501;STB=0.630012;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0258316;OID=.;OPOS=18066628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:59:59:20:20:0.253165:11:9:37:22:11:9:37:22 chr7 18067082 . A G 319.58 PASS AF=0.4375;AO=34;DP=79;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00588808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.438;QD=15.9789;RBI=0.00708938;REFB=-0.0110748;REVB=-0.00394838;RO=44;SAF=13;SAR=21;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142783;STB=0.580598;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0155163;OID=.;OPOS=18067082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:44:45:34:35:0.4375:21:13:23:21:22:13:23:22 chr7 18067479 . ACT A 772.16 PASS AF=1;AO=52;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000937031;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=2;MLLD=162.806;QD=57.1967;RBI=0.00519608;REFB=0;REVB=-0.00511089;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.6006e-05;OID=.;OPOS=18067480;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:55:54:54:0:28:26:0:0:4:0:26:26:0:0 chr7 18767343 . A G 1611.95 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543213;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.657;QD=60.2598;RBI=0.0545201;REFB=0;REVB=0.00465066;RO=0;SAF=40;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.02925e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1256e-05;OID=.;OPOS=18767343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:105:107:1:65:40:0:0:65:42:0:0 chr7 18993870 . C T 281.73 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.01307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.363;QD=17.0745;RBI=0.0134598;REFB=0.00246158;REVB=-0.00321601;RO=34;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134961;STB=0.583692;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00213755;OID=.;OPOS=18993870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:31:31:0.469697:19:12:18:16:19:12:19:16 chr7 19155074 . T C 397.76 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0145107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.687;QD=18.0801;RBI=0.0236698;REFB=-0.0157021;REVB=-0.0187002;RO=44;SAF=21;SAR=20;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535435;STB=0.512189;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0279093;OID=.;OPOS=19155074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:47:41:41:0.465909:20:21:20:24:20:21:23:24 chr7 19738023 . CTTTTTTTTC CTTTTTTTC,CTTTTTTTCT 87.78 PASS AF=0.384615,0;AO=31,7;DP=106;FAO=40,0;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=25,0;FSAR=15,0;FSRF=44;FSRR=20;FWDB=-0.0485695,-0.086353;FXX=0.0188661;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=7.98784,12.2913;QD=3.37613;RBI=0.0561398,0.132205;REFB=-0.0443862,-0.0480752;REVB=0.0281545,-0.100106;RO=47;SAF=23,1;SAR=8,6;SRF=33;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0531372,-0.601395;STB=0.541864,0.5;STBP=0.529,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0184868,0;OID=.,.;OPOS=19738024,19738031;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=CTTTTTTTC,CTTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615,0:31,7:106:40,0:104:64:25,0:15,0:44:20:89:47:23,1:8,6:33:14 chr7 19744987 . T A 99.22 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0226253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8364;QD=6.5064;RBI=0.0303701;REFB=-0.017138;REVB=0.0202592;RO=46;SAF=5;SAR=10;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374996;STB=0.728882;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0236847;OID=.;OPOS=19744987;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:46:46:15:15:0.245902:10:5:30:16:10:5:30:16 chr7 20178174 . GC G,GT 856.34 PASS AF=0.393443,0.606557;AO=26,31;DP=63;FAO=24,37;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=9,19;FSAR=15,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00216452,0.00214902;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=212.73,213.829;QD=56.1531;RBI=0.0210479,0.0226401;REFB=0,0;REVB=0.0209363,0.0225379;RO=0;SAF=11,15;SAR=15,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.01199,0.0101641;OID=.,.;OPOS=20178175,20178175;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.393443,0.606557:26,31:63:24,37:61:0:9,19:15,18:0:0:33:0:11,15:15,16:0:0 chr7 20180717 . C G 1358.6 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.089;QD=62.4644;RBI=0.0289485;REFB=0;REVB=0.0156599;RO=0;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06563e-05;OID=.;OPOS=20180717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:51:36:0:0:51:36:0:0 chr7 20198440 . G A 1982.51 PASS AF=0.992308;AO=127;DP=128;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0209665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.881;QD=61.0004;RBI=0.0299668;REFB=-0.0526013;REVB=0.0214107;RO=0;SAF=56;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=5.48065e-05;OID=.;OPOS=20198440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:130:0:1:127:129:0.992308:71:56:0:0:73:56:0:1 chr7 20201395 . G C 461.5 PASS AF=0.535714;AO=44;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00450118;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.195;QD=21.976;RBI=0.0283358;REFB=-0.00537835;REVB=-0.027976;RO=37;SAF=21;SAR=23;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825854;STB=0.538445;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00602372;OID=.;OPOS=20201395;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:39:44:45:0.535714:23:21:14:23:24:21:15:24 chr7 20418678 . C T 667.84 PASS AF=0.394737;AO=75;DP=190;FAO=75;FDP=190;FR=.;FRO=115;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=67;FSRR=48;FWDB=-0.0222755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.741;QD=14.0598;RBI=0.0232806;REFB=-0.0135079;REVB=-0.00676654;RO=114;SAF=40;SAR=35;SRF=67;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588709;STB=0.53007;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0197082;OID=.;OPOS=20418678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:114:115:75:75:0.394737:35:40:67:47:35:40:67:48 chr7 20421490 . T C 710.61 PASS AF=0.5;AO=70;DP=140;FAO=70;FDP=140;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.000604548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.193;QD=20.3031;RBI=0.0064857;REFB=-0.0134476;REVB=-0.00645747;RO=70;SAF=36;SAR=34;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911415;STB=0.55017;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.014062;OID=.;OPOS=20421490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:70:70:70:70:0.5:34:36:43:27:34:36:43:27 chr7 20666235 . G C 208.73 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0473973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.993;QD=18.1501;RBI=0.0475383;REFB=-0.0293752;REVB=0.00365927;RO=25;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165016;STB=0.594311;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0412341;OID=.;OPOS=20666235;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:15:6:11:14:15:6:11:14 chr7 20685484 . C A 531.93 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0666556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7888;QD=23.1274;RBI=0.0845277;REFB=0.0129999;REVB=-0.0519804;RO=42;SAF=24;SAR=26;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363688;STB=0.519992;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.0122704;OID=.;OPOS=20685484;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:42:50:50:0.543478:26:24:22:20:26:24:22:20 chr7 20698270 . A G 514.34 PASS AF=0.391892;AO=55;DP=145;FAO=58;FDP=148;FR=.;FRO=90;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=0.00273054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.871;QD=13.9012;RBI=0.0104912;REFB=-0.0191083;REVB=0.0101297;RO=89;SAF=19;SAR=36;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947286;STB=0.545707;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0312125;OID=.;OPOS=20698270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:148:89:90:55:58:0.391892:36:19:38:51:37:21:39:51 chr7 20768013 . G A 414.06 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0180112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.983;QD=19.0372;RBI=0.0249628;REFB=-0.00937708;REVB=-0.0172841;RO=45;SAF=22;SAR=20;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922339;STB=0.551244;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0104028;OID=.;OPOS=20768013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:20:22:28:17:20:22:28:17 chr7 20778646 . G A 541.49 PASS AF=0.453125;AO=47;DP=120;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.0223832;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.293;QD=16.9216;RBI=0.0229098;REFB=-0.0208509;REVB=-0.00488387;RO=72;SAF=24;SAR=23;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558602;STB=0.568942;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.019598;OID=.;OPOS=20778646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:128:72:70:47:58:0.453125:23:24:33:39:25:33:31:39 chr7 20822196 . A AC 825.03 PASS AF=1;AO=65;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.17418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.2531;QD=46.4803;RBI=0.213751;REFB=0;REVB=0.123898;RO=6;SAF=39;SAR=26;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390229;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00568415;OID=.;OPOS=20822197;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:71:71:71:0:44:27:0:0:15:6:39:26:5:1 chr7 20822304 . C CA 245.22 PASS AF=1;AO=20;DP=26;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.5528;QD=42.646;RBI=0.03897;REFB=0;REVB=0.0346107;RO=5;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549858;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00311717;OID=.;OPOS=20822305;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:26:23:23:0:9:14:0:0:5:5:9:11:3:2 chr7 20858986 . A G 181.72 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484141;FXX=0.062461;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.4822;QD=48.4598;RBI=0.0832495;REFB=0;REVB=-0.0677241;RO=1;SAF=8;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534678;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572642;OID=.;OPOS=20858986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:1:0:14:15:1:6:8:1:0:6:9:0:0 chr7 21598500 . A G 697.45 PASS AF=0.480263;AO=73;DP=152;FAO=73;FDP=152;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=0.0069029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.293;QD=18.3539;RBI=0.0188665;REFB=-0.00658313;REVB=0.0175583;RO=78;SAF=32;SAR=41;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069983;STB=0.5421;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0123462;OID=.;OPOS=21598500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:78:79:73:73:0.480263:41:32:40:38:41:32:41:38 chr7 21599233 . C T 1273.78 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290647;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.043;QD=62.1355;RBI=0.00785721;REFB=0;REVB=0.00729988;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291516;OID=.;OPOS=21599233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:41:41:0:0:41:41:0:0 chr7 21628197 . A G 2176.75 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225828;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.634;QD=63.0942;RBI=0.023368;REFB=0;REVB=0.00600666;RO=0;SAF=80;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08308e-05;OID=.;OPOS=21628197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:137:138:1:57:80:0:0:58:80:0:0 chr7 21628237 . C T 1873.16 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.961;QD=61.4152;RBI=0.0268509;REFB=0;REVB=0.00387292;RO=0;SAF=69;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04945e-05;OID=.;OPOS=21628237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:53:69:0:0:53:69:0:0 chr7 21628242 . C G 322.91 PASS AF=0.338843;AO=41;DP=121;FAO=41;FDP=121;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.00151769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.746;QD=10.6748;RBI=0.0248483;REFB=-0.0101439;REVB=-0.0248019;RO=80;SAF=27;SAR=14;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173605;STB=0.600453;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0158745;OID=.;OPOS=21628242;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:80:80:41:41:0.338843:14:27:41:39:14:27:41:39 chr7 21630982 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3164;QD=58.7814;RBI=0.0632939;REFB=0;REVB=-0.0310568;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143147;OID=.;OPOS=21630982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:22:43:0:0:22:43:0:0 chr7 21640405 . A G 1872.2 PASS AF=1;AO=122;DP=125;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263444;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2874;QD=60.8846;RBI=0.078699;REFB=-0.0790018;REVB=0.0741586;RO=0;SAF=54;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000892823;OID=.;OPOS=21640405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:125:123:0:0:122:123:1:68:54:0:0:69:54:0:0 chr7 21641218 . G A 465.03 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00930089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5737;QD=58.1285;RBI=0.00936981;REFB=0;REVB=-0.00113441;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163927;OID=.;OPOS=21641218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr7 21659645 . T C 1788.06 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.030356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7081;QD=60.1027;RBI=0.0441059;REFB=0.0521435;REVB=0.0319975;RO=1;SAF=58;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811878;STB=0.504273;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00339071;OID=.;OPOS=21659645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:60:58:1:0:60:58:1:0 chr7 21737768 . G A 729.27 PASS AF=0.450867;AO=78;DP=173;FAO=78;FDP=173;FR=.;FRO=95;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.0068651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6656;QD=16.8617;RBI=0.0126175;REFB=-0.0172836;REVB=0.0105864;RO=95;SAF=44;SAR=34;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586028;STB=0.532568;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0187893;OID=.;OPOS=21737768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:95:95:78:78:0.450867:34:44:48:47:34:44:48:47 chr7 21856151 . G A 1513.34 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00752192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.207;QD=59.9341;RBI=0.0210946;REFB=0;REVB=-0.0197079;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.87017e-05;OID=.;OPOS=21856151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:51:50:0:0:51:50:0:0 chr7 21893993 . G T 782.59 PASS AF=0.517241;AO=74;DP=142;FAO=75;FDP=145;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.00386815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.467;QD=21.5887;RBI=0.0167267;REFB=0.00327988;REVB=-0.0162733;RO=68;SAF=38;SAR=36;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653778;STB=0.538196;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.00319766;OID=.;OPOS=21893993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:145:68:70:74:75:0.517241:36:38:40:28:37:38:41:29 chr7 21901566 . T C 371.19 PASS AF=0.392857;AO=44;DP=112;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.0297421;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.78;QD=13.2569;RBI=0.029744;REFB=-0.0069898;REVB=0.000336759;RO=68;SAF=26;SAR=18;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175556;STB=0.585583;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0151763;OID=.;OPOS=21901566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:68:68:44:44:0.392857:18:26:29:39:19:25:29:39 chr7 21924014 . A G 416.67 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=39;FWDB=0.0237974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.739;QD=17.0071;RBI=0.0238033;REFB=-0.00963373;REVB=0.000528197;RO=54;SAF=18;SAR=25;SRF=15;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148345;STB=0.575391;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00940352;OID=.;OPOS=21924014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:55:43:43:0.438776:25:18:15:39:25:18:16:39 chr7 21932044 . C T 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0163383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.696;QD=17.4543;RBI=0.016387;REFB=-0.00634214;REVB=-0.00126143;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626766;STB=0.535167;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0058378;OID=.;OPOS=21932044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:14:13:12:17:14:13:12:17 chr7 21940816 . G A 208.39 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0367165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.307;QD=11.4184;RBI=0.0413302;REFB=-0.0114168;REVB=0.0189759;RO=47;SAF=4;SAR=22;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.561755;STB=0.82717;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0348527;OID=.;OPOS=21940816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:22:4:30:17:22:4:30:17 chr7 21941375 . CTCCAGTG C 1032.7 PASS AF=0.935065;AO=70;DP=75;FAO=72;FDP=77;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0150754;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=7;MLLD=309.143;QD=53.6467;RBI=0.0301328;REFB=-0.0323259;REVB=0.0260905;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.528082;STBP=0.078;TYPE=del;VARB=-1.66559e-05;OID=.;OPOS=21941376;OREF=TCCAGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.935065:70:75:72:77:5:42:30:5:0:17:0:41:29:0:0 chr7 21956405 . G A 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0461149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1529;QD=13.2238;RBI=0.0537922;REFB=-0.00390292;REVB=-0.0276951;RO=36;SAF=15;SAR=9;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190298;STB=0.609152;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00533276;OID=.;OPOS=21956405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:9:15:16:20:9:15:16:20 chr7 22158386 . G A 181.57 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0403633;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6196;QD=31.5769;RBI=0.0461993;REFB=-0.0466583;REVB=-0.0224762;RO=7;SAF=9;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530245;STB=0.507683;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0160312;OID=.;OPOS=22158386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:24:23:7:6:17:17:0.73913:8:9:3:4:8:9:3:3 chr7 22197507 . A G 1761.65 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00373347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8115;QD=59.7169;RBI=0.00978045;REFB=-0.12184;REVB=-0.00903982;RO=1;SAF=40;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117237;STB=0.506023;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000959146;OID=.;OPOS=22197507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:116:117:0.991525:76:40:1:0:76:41:1:0 chr7 22202117 . G A 387.49 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00547589;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.147;QD=15.6563;RBI=0.00954989;REFB=-0.00674898;REVB=-0.007824;RO=58;SAF=20;SAR=21;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231517;STB=0.513067;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00987138;OID=.;OPOS=22202117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:58:58:41:41:0.414141:21:20:27:31:21:20:27:31 chr7 22478207 . G T 1920.23 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0604766;FXX=0.0158718;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0334;QD=61.943;RBI=0.0689542;REFB=0;REVB=0.033125;RO=0;SAF=56;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024061;OID=.;OPOS=22478207;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:124:0:0:124:124:1:68:56:0:0:68:56:0:0 chr7 22532260 . A G 146.48 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00165434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.034;QD=10.463;RBI=0.00904195;REFB=0.00139689;REVB=0.00888931;RO=37;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497195;STB=0.529153;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.00161559;OID=.;OPOS=22532260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:11:8:14:23:11:8:14:23 chr7 22533452 . C T 101.53 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.060049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.629;QD=8.64038;RBI=0.0600504;REFB=-0.00884681;REVB=0.000417226;RO=34;SAF=7;SAR=6;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242507;STB=0.514829;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0305779;OID=.;OPOS=22533452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:6:7:19:15:6:7:19:15 chr7 22787205 . G T 1572.91 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.797;QD=59.9203;RBI=0.0316893;REFB=0;REVB=-0.0271812;RO=0;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11344e-05;OID=.;OPOS=22787205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:52:53:0:0:52:53:0:0 chr7 23015831 . T C 547.46 PASS AF=0.60241;AO=49;DP=83;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0040941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.314;QD=26.3837;RBI=0.0351375;REFB=-0.0158035;REVB=0.0348982;RO=32;SAF=15;SAR=34;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264119;STB=0.65233;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0210371;OID=.;OPOS=23015831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:32:33:49:50:0.60241:34:15:21:11:35:15:22:11 chr7 23157582 . A G 369.48 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=0.00984343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1259;QD=16.9874;RBI=0.0274399;REFB=-0.0223636;REVB=0.0256136;RO=48;SAF=17;SAR=22;SRF=36;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302881;STB=0.668498;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0207193;OID=.;OPOS=23157582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:22:17:36:12:22:17:36:12 chr7 23164526 . C G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9111;QD=57.8846;RBI=0.0042972;REFB=0;REVB=-0.000503515;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.44956e-05;OID=.;OPOS=23164526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr7 23164701 . C T 1098.98 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.896;QD=60.2182;RBI=0.0203541;REFB=0;REVB=0.00702464;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49521e-05;OID=.;OPOS=23164701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:30:42:0:0:31:42:0:0 chr7 23227618 . TATTTTTTAT ATTTTTTTAT,TATTTTTTTA,TATTTTTTTAT 44.09 PASS AF=0,0.015625,0.234375;AO=3,3,10;DP=70;FAO=0,1,15;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=0,0,2;FSAR=0,1,13;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=0.0363067,0.100891,0.0694136;FXX=0.0724533;HRUN=7,1,6;LEN=2,2,1;MLLD=15.5298,16.9761,10.1702;QD=2.75552;RBI=0.0919418,0.112866,0.161218;REFB=-0.0467488,-0.0507162,-0.0823192;REVB=-0.0844697,-0.050594,-0.145509;RO=41;SAF=0,0,2;SAR=3,3,8;SRF=27;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.581535,-0.581535,-0.531124;STB=0.5,0.993942,0.896083;STBP=1,0.15,0.002;TYPE=mnp,mnp,ins;VARB=0,0.0375831,0.0918964;OID=.,.,.;OPOS=23227618,23227626,23227620;OREF=TA,AT,-;OALT=AT,TA,T;OMAPALT=ATTTTTTTAT,TATTTTTTTA,TATTTTTTTAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:41:70:64:41:48:3,3,10:0,1,15:0,0.015625,0.234375:3,3,8:0,0,2:27:14:0,1,13:0,0,2:34:14 chr7 23286353 . CTG CTGT,TGT 447.85 PASS AF=0.582278,0;AO=42,3;DP=80;FAO=46,0;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=31,0;FSAR=15,0;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0537161,-0.0124486;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,3;MLLD=24.0739,22.1226;QD=22.6761;RBI=0.105132,0.138141;REFB=-0.0373812,-0.0289372;REVB=-0.0903736,-0.137579;RO=35;SAF=30,1;SAR=12,2;SRF=13;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.296546,-0.0414534;STB=0.633671,0.5;STBP=0.008,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0231959,0;OID=.,.;OPOS=23286356,23286353;OREF=-,CTG;OALT=T,TGT;OMAPALT=CTGT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:35:33:42,3:46,0:0.582278,0:12,2:30,1:13:22:15,0:31,0:12:21 chr7 23286525 . T C 690.67 PASS AF=0.515152;AO=68;DP=131;FAO=68;FDP=132;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.000687195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.32;QD=20.9294;RBI=0.0168466;REFB=-0.0159191;REVB=-0.0168326;RO=63;SAF=31;SAR=37;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523692;STB=0.52435;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0153385;OID=.;OPOS=23286525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:63:64:68:68:0.515152:37:31:25:38:37:31:26:38 chr7 23300255 . C T 969.51 PASS AF=0.507937;AO=91;DP=184;FAO=96;FDP=189;FR=.;FRO=93;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=-0.0029067;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7907;QD=20.5188;RBI=0.0253212;REFB=-0.0170091;REVB=0.0251538;RO=93;SAF=45;SAR=46;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295294;STB=0.528745;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0164989;OID=.;OPOS=23300255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:189:93:93:91:96:0.507937:46:45:43:50:46:50:43:50 chr7 23340617 . C T 519.51 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.00614429;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.99;QD=18.0697;RBI=0.00617981;REFB=-0.0384603;REVB=0.00066161;RO=36;SAF=23;SAR=32;SRF=29;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275753;STB=0.53452;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0301438;OID=.;OPOS=23340617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:36:60:55:55:0.478261:32:23:29:7:32:23:29:31 chr7 23351346 . CATT C 141.44 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.00126564;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=3;MLLD=320.007;QD=12.8577;RBI=0.0488179;REFB=0.000206717;REVB=0.0488015;RO=27;SAF=11;SAR=5;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119638;STB=0.547888;STBP=0.695;TYPE=del;VARB=-0.000202847;OID=.;OPOS=23351347;OREF=ATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:16:45:16:44:28:11:5:21:7:99:27:11:5:21:6 chr7 23351369 . CA C 44.21 PASS AF=0.389831;AO=21;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0734218;FXX=0.0166639;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.97343;QD=2.99717;RBI=0.158289;REFB=-0.113572;REVB=-0.140231;RO=31;SAF=16;SAR=5;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111675;STB=0.534165;STBP=0.736;TYPE=del;VARB=0.0809072;OID=.;OPOS=23351370;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.389831:21:59:23:59:36:17:6:25:11:44:31:16:5:21:10 chr7 23357321 . C T 406.93 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0223482;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.7;QD=19.3775;RBI=0.0223567;REFB=-0.0101745;REVB=0.000615587;RO=42;SAF=27;SAR=14;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255358;STB=0.647675;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0131187;OID=.;OPOS=23357321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:42:43:41:41:0.488095:14:27:16:26:14:27:16:27 chr7 23552560 . G A 100.26 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.051687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3586;QD=8.0211;RBI=0.0518332;REFB=0.00654171;REVB=-0.00389034;RO=35;SAF=10;SAR=3;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356986;STB=0.706731;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.0268942;OID=.;OPOS=23552560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:37:13:13:0.26:3:10:17:18:3:10:19:18 chr7 23624887 . G A 943.4 PASS AF=0.548193;AO=90;DP=164;FAO=91;FDP=166;FR=.;FRO=75;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.0166005;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.876;QD=22.7325;RBI=0.0376417;REFB=-0.0274376;REVB=-0.0337834;RO=74;SAF=48;SAR=42;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387776;STB=0.526457;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0205906;OID=.;OPOS=23624887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:166:74:75:90:91:0.548193:42:48:36:38:42:49:36:39 chr7 23751736 . A G 398.68 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=20;FWDB=-0.0187913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.09;QD=14.3669;RBI=0.0212722;REFB=-0.0150131;REVB=-0.00996972;RO=64;SAF=24;SAR=22;SRF=44;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173922;STB=0.600908;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0224048;OID=.;OPOS=23751736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:65:46:46:0.414414:22:24:44:20:22:24:45:20 chr7 23757162 . G C 487.72 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0632606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5564;QD=16.8178;RBI=0.0721931;REFB=-0.00796145;REVB=0.0347842;RO=62;SAF=27;SAR=26;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377574;STB=0.525072;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0119704;OID=.;OPOS=23757162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:62:63:53:53:0.456897:26:27:34:28:26:27:35:28 chr7 23934657 . A C 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00769026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.333;QD=11.6342;RBI=0.0114103;REFB=-0.00859838;REVB=0.00842936;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228926;STB=0.636097;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.013332;OID=.;OPOS=23934657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:10:6:6:4:10:6 chr7 24324901 . C T 218.27 PASS AF=0.36;AO=26;DP=76;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0349514;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.931;QD=11.6411;RBI=0.0351181;REFB=-0.0159573;REVB=-0.00341742;RO=48;SAF=9;SAR=17;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199764;STB=0.636261;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0184191;OID=.;OPOS=24324901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:48:48:26:27:0.36:17:9:25:23:18:9:26:22 chr7 24325009 . G A 230.48 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0352694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8694;QD=21.9508;RBI=0.0355122;REFB=-0.0485777;REVB=-0.00414566;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812719;STB=0.545413;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0323704;OID=.;OPOS=24325009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:18:20:22:22:0.52381:12:10:10:8:12:10:11:9 chr7 24329133 . C T 337.94 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0067267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.462;QD=26.5053;RBI=0.00677097;REFB=-0.0150709;REVB=0.000772979;RO=19;SAF=14;SAR=18;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113641;STB=0.506231;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0116535;OID=.;OPOS=24329133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:18:14:8:11:18:14:8:11 chr7 24703298 . G A 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.42;QD=61.8526;RBI=0.0569984;REFB=0;REVB=0.0508995;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29828e-05;OID=.;OPOS=24703298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:42:41:0:0:42:41:0:0 chr7 24758753 . C T 1415.36 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.907;QD=62.9049;RBI=0.0458107;REFB=0;REVB=0.00680977;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101442;OID=.;OPOS=24758753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:42:48:0:0:42:48:0:0 chr7 24758795 . T C 1275.44 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0801363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6881;QD=61.4672;RBI=0.0851217;REFB=0;REVB=0.0287035;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000409533;OID=.;OPOS=24758795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:81:83:1:40:41:0:0:41:42:0:0 chr7 24758818 . G T 1018.14 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0389435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.798;QD=56.5631;RBI=0.0486554;REFB=0.0636188;REVB=-0.0291676;RO=1;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126076;STB=0.513154;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.00103473;OID=.;OPOS=24758818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:1:2:70:70:0.972222:37:33:0:1:37:33:0:2 chr7 24854765 . G A 1952.24 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4602;QD=61.9759;RBI=0.0179093;REFB=0;REVB=-0.00730793;RO=0;SAF=71;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.97438e-05;OID=.;OPOS=24854765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:55:71:0:0:55:71:0:0 chr7 24874068 . G A 182.77 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00918365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.556;QD=9.74786;RBI=0.00930022;REFB=-0.00864403;REVB=0.00146785;RO=50;SAF=14;SAR=10;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274649;STB=0.52379;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.016896;OID=.;OPOS=24874068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:51:24:24:0.32:10:14:28:22:10:14:28:23 chr7 25181912 . T C 1422.38 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275497;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.585;QD=63.217;RBI=0.0334163;REFB=0;REVB=0.018912;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58125e-05;OID=.;OPOS=25181912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:46:44:0:0:46:44:0:0 chr7 25267934 . T C 237.56 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0129371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5408;QD=18.6318;RBI=0.0446997;REFB=0.0193854;REVB=0.0427866;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518425;STB=0.529111;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.0131669;OID=.;OPOS=25267934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:12:13:15:11:12:13:15:11 chr7 25267963 . G C 888.45 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00415482;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6485;QD=58.2592;RBI=0.0264289;REFB=0;REVB=0.0261003;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160057;OID=.;OPOS=25267963;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr7 25304395 . A G 357.18 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0417932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.773;QD=16.8086;RBI=0.0428586;REFB=0.000985026;REVB=-0.0094964;RO=47;SAF=18;SAR=20;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00553126;STB=0.503104;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00174207;OID=.;OPOS=25304395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:20:18:22:25:20:18:22:25 chr7 26245998 . GA G,GG 45.92 PASS AF=0.230769,0.0384615;AO=14,2;DP=52;FAO=12,2;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=5,2;FSAR=7,0;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0726093,-0.0438439;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.55429,27.1535;QD=3.53235;RBI=0.167029,0.0485562;REFB=-0.0568765,-0.0315961;REVB=-0.150421,-0.0208665;RO=28;SAF=8,2;SAR=6,0;SRF=9;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.274765,0.559993;STB=0.503419,0.995534;STBP=0.999,0.089;TYPE=del,snp;VARB=0.00700667,0.0237437;OID=.,.;OPOS=26245999,26245999;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769,0.0384615:14,2:52:12,2:52:38:5,2:7,0:16:22:40:28:8,2:6,0:9:19 chr7 26251843 . C T 81.1 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=55;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0272414;FXX=0.0645057;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.19;QD=5.59283;RBI=0.0305195;REFB=-0.0192811;REVB=0.0137602;RO=45;SAF=3;SAR=4;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722171;STB=0.51513;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0595367;OID=.;OPOS=26251843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:55:58:45:44:7:14:0.241379:4:3:22:23:8:6:18:26 chr7 26251869 . TAA TA,TAT 46.86 PASS AF=0.180723,0;AO=24,6;DP=85;FAO=15,0;FDP=83;FR=.;FRO=68;FSAF=2,0;FSAR=13,0;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.03756,-0.0254653;FXX=0.0459717;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.3353,155.24;QD=2.25809;RBI=0.236934,0.135988;REFB=-0.0362039,-0.00311988;REVB=-0.233938,-0.133583;RO=52;SAF=7,0;SAR=17,6;SRF=26;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.254617,-0.612661;STB=0.818045,0.5;STBP=0.012,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0166237,0;OID=.,.;OPOS=26251870,26251871;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.180723,0:24,6:85:15,0:83:68:2,0:13,0:32:36:45:52:7,0:17,6:26:26 chr7 26252932 . CTGG C 193.11 PASS AF=0.266667;AO=28;DP=112;FAO=28;FDP=105;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0261693;FXX=0.0454504;HRUN=1;LEN=3;MLLD=290.135;QD=7.35656;RBI=0.0264682;REFB=-0.0110506;REVB=-0.00396621;RO=79;SAF=18;SAR=10;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140958;STB=0.58386;STBP=0.309;TYPE=del;VARB=0.025677;OID=.;OPOS=26252933;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667:28:112:28:105:77:18:10:41:36:99:79:18:10:42:37 chr7 26678789 . C A 283.96 PASS AF=0.476923;AO=32;DP=64;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0945766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7801;QD=17.4746;RBI=0.100284;REFB=0.0148068;REVB=-0.0333501;RO=32;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840805;STB=0.522374;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.0213382;OID=.;OPOS=26678789;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:32:34:32:31:0.476923:16:16:13:19:16:15:15:19 chr7 26678856 . A G 902.9 PASS AF=1;AO=41;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.0495;QD=58.2518;RBI=0.235199;REFB=0;REVB=0.223534;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00327458;OID=.;OPOS=26678856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:41:62:1:22:19:0:0:43:19:0:0 chr7 26685934 . T C 2256.88 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00746834;FXX=0.0196066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5797;QD=60.1835;RBI=0.106961;REFB=-0.0645823;REVB=0.1067;RO=0;SAF=91;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150186;OID=.;OPOS=26685934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:150:150:0:0:150:150:1:59:91:0:0:59:91:0:0 chr7 26778406 . A G 400.18 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0249873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.039;QD=53.3568;RBI=0.0659752;REFB=-0.0383188;REVB=0.0610604;RO=1;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048951;STB=0.526297;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000743213;OID=.;OPOS=26778406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:9:20:0:1:9:20:0:1 chr7 27135314 . C T 358.03 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4754;QD=55.082;RBI=0.0168479;REFB=0;REVB=-0.00975329;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.70557e-05;OID=.;OPOS=27135314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:5:21:0:0:5:21:0:0 chr7 27169093 . T G 1480.22 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0142741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.022;QD=58.6225;RBI=0.0172493;REFB=-0.0566026;REVB=0.00968437;RO=1;SAF=59;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114294;STB=0.506023;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=3.42752e-05;OID=.;OPOS=27169093;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:41:59:0:1:41:59:0:1 chr7 27186985 . G A 539.69 PASS AF=0.355191;AO=64;DP=182;FAO=65;FDP=183;FR=.;FRO=118;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=68;FSRR=50;FWDB=-0.0122971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.474;QD=11.7964;RBI=0.0343111;REFB=-0.0188973;REVB=0.0320317;RO=117;SAF=43;SAR=21;SRF=68;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110991;STB=0.559028;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0333592;OID=.;OPOS=27186985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:117:118:64:65:0.355191:21:43:68:49:22:43:68:50 chr7 27196069 . A C 2701.44 PASS AF=0.988636;AO=174;DP=181;FAO=174;FDP=176;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=111;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0686499;FXX=0.0276228;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5477;QD=61.3964;RBI=0.0762414;REFB=-0.164971;REVB=0.0331653;RO=1;SAF=63;SAR=111;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00426931;STB=0.501695;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00121055;OID=.;OPOS=27196069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:181:176:1:2:174:174:0.988636:111:63:0:1:111:63:1:1 chr7 27196113 . C T 3349.16 PASS AF=1;AO=215;DP=216;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736892;FXX=0.00460808;HRUN=5;LEN=1;MLLD=58.4615;QD=62.0214;RBI=0.0807179;REFB=0.0915363;REVB=0.0329436;RO=1;SAF=85;SAR=130;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00365088;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103153;OID=.;OPOS=27196113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:216:216:1:0:215:216:1:130:85:0:1:130:86:0:0 chr7 27202289 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00950546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.214;QD=58.0609;RBI=0.00952046;REFB=0;REVB=-0.000534102;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4624e-05;OID=.;OPOS=27202289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr7 27203404 . A AG 261.92 PASS AF=0.372093;AO=58;DP=179;FAO=64;FDP=172;FR=.;FRO=108;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=0.0834446;FXX=0.0114936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.3964;QD=6.09105;RBI=0.126904;REFB=-0.0120522;REVB=0.0956121;RO=115;SAF=28;SAR=30;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015286;STB=0.508015;STBP=0.884;TYPE=ins;VARB=0.0176699;OID=.;OPOS=27203405;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372093:58:179:64:172:108:30:34:52:56:99:115:28:30:54:61 chr7 27210428 . A AG 278.85 PASS AF=0.380952;AO=37;DP=153;FAO=56;FDP=147;FR=.;FRO=91;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=0.138175;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.408;QD=7.58787;RBI=0.187554;REFB=0.0202676;REVB=0.126824;RO=110;SAF=24;SAR=13;SRF=54;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199438;STB=0.564117;STBP=0.266;TYPE=ins;VARB=-0.0217417;OID=.;OPOS=27210429;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:37:153:56:147:91:34:22:46:45:99:110:24:13:54:56 chr7 27570892 . A G 605.91 PASS AF=0.432432;AO=64;DP=148;FAO=64;FDP=148;FR=.;FRO=84;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=0.00764984;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0292;QD=16.3759;RBI=0.00894044;REFB=-0.0460894;REVB=-0.00462726;RO=84;SAF=28;SAR=36;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517929;STB=0.528952;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0488718;OID=.;OPOS=27570892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:84:84:64:64:0.432432:36:28:41:43:36:28:41:43 chr7 27702390 . C A 1400.35 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.913;QD=61.5541;RBI=0.0374683;REFB=-0.0902787;REVB=0.0310812;RO=1;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106505;STB=0.505617;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000628652;OID=.;OPOS=27702390;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:44:46:0:1:44:46:0:1 chr7 27886171 . A G 1503.6 PASS AF=0.989796;AO=89;DP=91;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0612603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.792;QD=61.3714;RBI=0.0899001;REFB=-0.102902;REVB=0.0657967;RO=1;SAF=32;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145785;STB=0.507461;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.000991914;OID=.;OPOS=27886171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:98:1:1:89:97:0.989796:57:32:1:0:64:33:1:0 chr7 28319007 . T A 235.17 PASS AF=0.465517;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00902709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.975;QD=16.2185;RBI=0.0618334;REFB=-0.00373312;REVB=0.0611709;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776654;STB=0.533309;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00388831;OID=.;OPOS=28319007;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:26:27:0.465517:13:13:13:18:14:13:13:18 chr7 28319234 . A C 242.58 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.0426039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9184;QD=14.7016;RBI=0.044572;REFB=-0.000896654;REVB=-0.0130985;RO=36;SAF=14;SAR=14;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194228;STB=0.621131;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00249886;OID=.;OPOS=28319234;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:38:28:28:0.424242:14:14:25:11:14:14:27:11 chr7 28449965 . T C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00745628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.7226;QD=11.1044;RBI=0.0711586;REFB=0.00830585;REVB=0.0707669;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125396;STB=0.576693;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00428094;OID=.;OPOS=28449965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:6:4:2:5:6:4 chr7 28843898 . TG TC,T 250.46 PASS AF=0,0.605634;AO=3,42;DP=73;FAO=0,43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=0,30;FSAR=0,13;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.130042,-0.135798;FXX=0.0273935;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=70.5267,11.4727;QD=14.1106;RBI=0.153052,0.181924;REFB=-0.0272963,-0.176726;REVB=-0.0807091,-0.121058;RO=23;SAF=3,24;SAR=0,18;SRF=5;SRR=18;SSEN=0,0.27422;SSEP=0,0;SSSB=0.713833,0.226981;STB=0.5,0.703489;STBP=1,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0319832,0.105023;OID=.,.;OPOS=28843899,28843899;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.605634:3,42:73:0,43:71:28:0,30:0,13:5:23:99:23:3,24:0,18:5:18 chr7 28848949 . G A 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00303825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4378;QD=9.18863;RBI=0.0504503;REFB=-0.0167814;REVB=-0.0503587;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110421;STB=0.566892;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0426842;OID=.;OPOS=28848949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:6:5:9:16:6:5:9:16 chr7 28996557 . C T 198.67 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00345568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.563;QD=19.3826;RBI=0.00436507;REFB=-0.0242284;REVB=-0.00266685;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238229;STB=0.634483;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0377074;OID=.;OPOS=28996557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:12:8:14:7:12:8:14:7 chr7 28996944 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.518;QD=48.7372;RBI=0.0492776;REFB=0;REVB=0.0134459;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465459;OID=.;OPOS=28996944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr7 28997141 . G C 285.95 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00849799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.306;QD=21.9963;RBI=0.0114203;REFB=-0.0203417;REVB=-0.00762943;RO=23;SAF=14;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108398;STB=0.559959;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0216383;OID=.;OPOS=28997141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:15:14:8:15:15:14:8:15 chr7 28997497 . GCCA GCA,GCAG,GGCA 670.59 PASS AF=0.978261,0.0217391,0;AO=35,5,4;DP=46;FAO=45,1,0;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1,0;FSAR=29,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00123298,-0.064191,-0.0502789;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,2,1;MLLD=22.5342,6.34285,4.89509;QD=58.3122;RBI=0.00883938,0.10561,0.120523;REFB=0,0,0;REVB=-0.00875297,-0.0838632,-0.109535;RO=0;SAF=12,3,0;SAR=23,2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.00232206,0.108268,0;OID=.,.,.;OPOS=28997498,28997499,28997498;OREF=C,CA,C;OALT=-,AG,G;OMAPALT=GCA,GCAG,GGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.978261,0.0217391,0:35,5,4:46:45,1,0:46:0:16,1,0:29,0,0:0:0:4:0:12,3,0:23,2,4:0:0 chr7 29070261 . CT C 74.92 PASS AF=0.45679;AO=35;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.041274;FXX=0.0121936;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.76049;QD=3.69957;RBI=0.0417787;REFB=-0.115463;REVB=-0.00647451;RO=35;SAF=19;SAR=16;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131257;STB=0.502687;STBP=0.972;TYPE=del;VARB=0.102997;OID=.;OPOS=29070262;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45679:35:81:37:81:44:20:17:24:20:74:35:19:16:24:11 chr7 29070320 . C T 296.76 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00427294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5584;QD=18.2623;RBI=0.00943898;REFB=-0.0404643;REVB=-0.00841644;RO=33;SAF=8;SAR=24;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345648;STB=0.694087;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0266747;OID=.;OPOS=29070320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:24:8:20:13:24:8:20:13 chr7 29186217 . G A 578.26 PASS AF=0.522124;AO=58;DP=114;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.00676171;FXX=0.00877116;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.638;QD=20.4694;RBI=0.0127141;REFB=-0.00807201;REVB=-0.0107669;RO=54;SAF=29;SAR=29;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097347;STB=0.549127;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.010041;OID=.;OPOS=29186217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:54:54:58:59:0.522124:29:29:33:21:29:30:33:21 chr7 29186256 . A G 403.97 PASS AF=0.467391;AO=38;DP=87;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0128812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.403;QD=17.5639;RBI=0.0154876;REFB=-0.00102027;REVB=-0.008599;RO=48;SAF=20;SAR=18;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674359;STB=0.558113;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00148395;OID=.;OPOS=29186256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:92:48:49:38:43:0.467391:18:20:22:26:19:24:22:27 chr7 29186576 . A G 1556.49 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0101491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.59;QD=58.7357;RBI=0.0223136;REFB=-0.0887406;REVB=0.0198719;RO=1;SAF=61;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0077163;STB=0.503999;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=1.56003e-05;OID=.;OPOS=29186576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:104:105:0.990566:43:61:1:0:43:62:1:0 chr7 29552213 . T C 435.57 PASS AF=0.366906;AO=51;DP=139;FAO=51;FDP=139;FR=.;FRO=88;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=0.0114676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.442;QD=12.5345;RBI=0.0201746;REFB=-0.0080527;REVB=0.0165985;RO=86;SAF=27;SAR=24;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318819;STB=0.51744;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0167586;OID=.;OPOS=29552213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:86:88:51:51:0.366906:24:27:48:38:24:27:49:39 chr7 29605975 . C G 262.9 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0290763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0679;QD=47.7997;RBI=0.0379744;REFB=-0.114393;REVB=0.0244259;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516114;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0163032;OID=.;OPOS=29605975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:22:0:1:21:21:0.954545:15:6:0:0:15:6:0:1 chr7 29606288 . C T 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0035864;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.493;QD=20.7383;RBI=0.0131775;REFB=-0.0101216;REVB=0.0126801;RO=16;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068284;STB=0.53842;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0104007;OID=.;OPOS=29606288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:7:11:11:5:7:11:11:5 chr7 29924072 . A G 121.77 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0305505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.0133;QD=15.7125;RBI=0.0319276;REFB=-0.0305532;REVB=0.00927541;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523331;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0353397;OID=.;OPOS=29924072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:31:14:17:14:14:0.451613:8:6:6:8:8:6:8:9 chr7 29927688 . C T 1176.16 PASS AF=0.508772;AO=116;DP=229;FAO=116;FDP=228;FR=.;FRO=112;FSAF=68;FSAR=48;FSRF=65;FSRR=47;FWDB=-0.00834155;FXX=0.00869527;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.962;QD=20.6344;RBI=0.00854259;REFB=-0.00436829;REVB=-0.0018424;RO=110;SAF=68;SAR=48;SRF=63;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123124;STB=0.502958;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00468157;OID=.;OPOS=29927688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:228:110:112:116:116:0.508772:48:68:63:47:48:68:65:47 chr7 29952207 . C G 414.77 PASS AF=0.371212;AO=49;DP=132;FAO=49;FDP=132;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.00143573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4253;QD=12.5689;RBI=0.0129603;REFB=-0.0226806;REVB=0.0128806;RO=83;SAF=21;SAR=28;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112329;STB=0.563965;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0385409;OID=.;OPOS=29952207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:83:83:49:49:0.371212:28:21:44:39:28:21:44:39 chr7 30102297 . AT A 108.94 PASS AF=0.349398;AO=30;DP=85;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.163276;FXX=0.0235266;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.4003;QD=5.25;RBI=0.164803;REFB=0.0265339;REVB=-0.0223857;RO=44;SAF=16;SAR=14;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821363;STB=0.580294;STBP=0.3;TYPE=del;VARB=-0.0285307;OID=.;OPOS=30102298;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.349398:30:85:29:83:54:17:12:25:29:99:44:16:14:20:24 chr7 30113706 . A G 1244.63 PASS AF=0.521552;AO=120;DP=232;FAO=121;FDP=232;FR=.;FRO=111;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=0.00105238;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.908;QD=21.4591;RBI=0.00557338;REFB=0.00175068;REVB=0.00547312;RO=109;SAF=66;SAR=54;SRF=59;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00765669;STB=0.502369;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.00151374;OID=.;OPOS=30113706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:109:111:120:121:0.521552:54:66:59:50:55:66:60:51 chr7 30177278 . C T 2714.53 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2409;QD=62.403;RBI=0.054121;REFB=0;REVB=0.0253084;RO=0;SAF=76;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.48639e-05;OID=.;OPOS=30177278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:174:174:1:98:76:0:0:98:76:0:0 chr7 30491311 . C T 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00853939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.25;QD=15.643;RBI=0.0133773;REFB=-0.0114928;REVB=-0.0102971;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887593;STB=0.55097;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0176859;OID=.;OPOS=30491311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:10:10:17:12:10:10:17:12 chr7 30491380 . C T 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0130609;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.948;QD=13.314;RBI=0.013316;REFB=-0.00758935;REVB=-0.00259411;RO=32;SAF=9;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950431;STB=0.564215;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0139998;OID=.;OPOS=30491380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:22:22:0.4:13:9:16:16:13:9:17:16 chr7 30492550 . G A 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0485855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.239;QD=8.08948;RBI=0.0489839;REFB=-0.0053721;REVB=-0.00623474;RO=22;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244319;STB=0.651833;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00886977;OID=.;OPOS=30492550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:3:6:10:12:3:6:10:12 chr7 30496382 . G C 398.95 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0286626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1963;QD=20.9976;RBI=0.0651263;REFB=-0.0187243;REVB=-0.0584798;RO=36;SAF=18;SAR=22;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903716;STB=0.549975;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.016176;OID=.;OPOS=30496382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:22:18:20:16:22:18:20:16 chr7 30538651 . T C 676.18 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0408505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.883;QD=60.1048;RBI=0.0912881;REFB=-0.134174;REVB=0.0816379;RO=1;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015927;STB=0.508471;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00122401;OID=.;OPOS=30538651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:29:15:0:1:29:15:0:1 chr7 30666661 . GT G 47.58 PASS AF=0.278261;AO=38;DP=117;FAO=32;FDP=115;FR=.;FRO=83;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=-0.0420808;FXX=0.0170926;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.92377;QD=1.65504;RBI=0.215808;REFB=-0.0404598;REVB=-0.211666;RO=56;SAF=18;SAR=20;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666988;STB=0.565177;STBP=0.401;TYPE=del;VARB=-0.0411035;OID=.;OPOS=30666662;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.278261:38:117:32:115:83:16:16:34:49:47:56:18:20:23:33 chr7 30791847 . C T 852.28 PASS AF=0.483333;AO=83;DP=176;FAO=87;FDP=180;FR=.;FRO=93;FSAF=57;FSAR=30;FSRF=57;FSRR=36;FWDB=0.0234068;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.208;QD=18.9396;RBI=0.0259952;REFB=-0.0273379;REVB=-0.011308;RO=92;SAF=53;SAR=30;SRF=56;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304436;STB=0.523804;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0341309;OID=.;OPOS=30791847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:180:92:93:83:87:0.483333:30:53:56:36:30:57:57:36 chr7 30795436 . T G 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0124162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.044;QD=17.588;RBI=0.0128119;REFB=-0.000608589;REVB=0.00315942;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286915;STB=0.661786;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00106741;OID=.;OPOS=30795436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:10:12:7:21:10:12:7:21 chr7 30831144 . C T 594.63 PASS AF=0.551402;AO=59;DP=107;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0117394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.442;QD=22.2291;RBI=0.0178436;REFB=-0.0302592;REVB=-0.013438;RO=45;SAF=23;SAR=36;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184568;STB=0.596716;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0231143;OID=.;OPOS=30831144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:45:48:59:59:0.551402:36:23:28:17:36:23:29:19 chr7 30915262 . CA TG 636.1 PASS AF=0.471014;AO=65;DP=138;FAO=65;FDP=138;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.0201159;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=174.933;QD=18.4377;RBI=0.0201185;REFB=-0.0149833;REVB=0.000327759;RO=73;SAF=21;SAR=44;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782219;STB=0.543465;STBP=0.377;TYPE=mnp;VARB=0.0192382;OID=.;OPOS=30915262;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:73:73:65:65:0.471014:44:21:29:44:44:21:29:44 chr7 30922572 . AC A 223.93 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.158598;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.254;QD=16.9;RBI=0.1782;REFB=0.0057371;REVB=0.0812516;RO=23;SAF=6;SAR=24;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239055;STB=0.633565;STBP=0.047;TYPE=del;VARB=0.00346163;OID=.;OPOS=30922573;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.566038:30:53:30:53:23:6:24:10:13:99:23:6:24:10:13 chr7 31011677 . C T 212.07 PASS AF=0.317647;AO=28;DP=85;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0331955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9836;QD=9.97992;RBI=0.0333086;REFB=-0.0121709;REVB=-0.00274209;RO=55;SAF=13;SAR=15;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00965505;STB=0.510909;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0276891;OID=.;OPOS=31011677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:58:28:27:0.317647:15:13:26:29:14:13:27:31 chr7 31592733 . C A 1089.11 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226248;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.341;QD=60.506;RBI=0.0263865;REFB=0;REVB=0.013578;RO=0;SAF=24;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473379;OID=.;OPOS=31592733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:48:24:0:0:48:24:0:0 chr7 31611758 . G T 419.92 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0153946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.18;QD=18.6629;RBI=0.0166145;REFB=0.000664419;REVB=-0.00624877;RO=46;SAF=27;SAR=16;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220335;STB=0.627847;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00146953;OID=.;OPOS=31611758;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:47:43:43:0.477778:16:27:18:28:16:27:18:29 chr7 31617733 . T C 647.84 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0218277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5416;QD=57.586;RBI=0.0482517;REFB=0.0295555;REVB=-0.0430322;RO=1;SAF=27;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170778;STB=0.506061;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.0149432;OID=.;OPOS=31617733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:45:45:1:2:43:43:0.955556:16:27:1:0:16:27:1:1 chr7 31618008 . A G 255.7 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0890659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.276;QD=51.1401;RBI=0.0927732;REFB=0;REVB=0.0259642;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127761;OID=.;OPOS=31618008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr7 31682453 . C T 1252.38 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.042296;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3686;QD=60.3556;RBI=0.0460625;REFB=0.0792327;REVB=0.0182429;RO=1;SAF=33;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141336;STB=0.507461;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.000424207;OID=.;OPOS=31682453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:49:33:1:0:49:33:1:0 chr7 31683410 . G A 1524.89 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.876;QD=59.7997;RBI=0.0328642;REFB=0;REVB=0.0324661;RO=0;SAF=61;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127009;OID=.;OPOS=31683410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:40:61:0:0:41:61:0:0 chr7 31855578 . G A,T 1140.95 PASS AF=0.960526,0.0394737;AO=73,3;DP=76;FAO=73,3;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46,2;FSAR=27,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436094,-0.014831;FXX=0.0256377;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.413,53.039;QD=60.0498;RBI=0.0468517,0.0191643;REFB=0,0;REVB=0.017126,0.0121372;RO=0;SAF=46,2;SAR=27,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.1792e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000229074,0.0944091;OID=.,.;OPOS=31855578,31855578;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:76:76:0:0:73,3:73,3:0.960526,0.0394737:27,1:46,2:0:0:27,1:46,2:0:0 chr7 32209425 . A G 1822.52 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00577669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.822;QD=61.2612;RBI=0.011174;REFB=0;REVB=0.00956491;RO=0;SAF=64;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72225e-06;OID=.;OPOS=32209425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:55:64:0:0:55:64:0:0 chr7 32209459 . C T 630.28 PASS AF=0.477941;AO=62;DP=133;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.0042662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.127;QD=18.5376;RBI=0.00484659;REFB=-0.00861582;REVB=-0.00229979;RO=71;SAF=33;SAR=29;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00285138;STB=0.501706;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00959714;OID=.;OPOS=32209459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:136:71:71:62:65:0.477941:29:33:38:33:30:35:38:33 chr7 32338337 . G A 1281.27 PASS AF=0.966292;AO=84;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0812549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2186;QD=57.585;RBI=0.0890625;REFB=-0.252104;REVB=0.0364659;RO=4;SAF=34;SAR=50;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0084821;STB=0.502955;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0062115;OID=.;OPOS=32338337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:89:89:4:3:84:86:0.966292:50:34:2:2:50:36:1:2 chr7 32529936 . G C 451.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0527748;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.1987;QD=58.1959;RBI=0.0545337;REFB=0;REVB=-0.0137383;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67016e-05;OID=.;OPOS=32529936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr7 32530105 . G C 1193.89 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0181935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.47;QD=59.6947;RBI=0.0256045;REFB=-0.041715;REVB=0.0180162;RO=1;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114055;STB=0.505881;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000304935;OID=.;OPOS=32530105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:1:1:78:79:0.9875:41:37:0:1:42:37:0:1 chr7 32530198 . AA TC 1047.68 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00351003;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=2;MLLD=108.978;QD=59.8676;RBI=0.0133127;REFB=0;REVB=-0.0128416;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.65874e-05;OID=.;OPOS=32530198;OREF=AA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr7 32908287 . T C 673.95 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00908392;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.502;QD=62.6925;RBI=0.00909119;REFB=0;REVB=0.000363532;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25532e-05;OID=.;OPOS=32908287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr7 33385852 . C T 1138.78 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00865456;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.745;QD=60.7349;RBI=0.0235381;REFB=0;REVB=-0.0218893;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57155e-05;OID=.;OPOS=33385852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr7 33979638 . GTTTTTTTTTT GTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTA 127.1 PASS AF=0.842105,0.157895;AO=14,5;DP=40;FAO=32,6;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17,6;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.304184,0.141749;FXX=0.0499875;HRUN=10,10;LEN=1,1;MLLD=4.85256,21.5529;QD=13.3791;RBI=0.309097,0.152584;REFB=-0.0207051,-0.0250413;REVB=-0.0548898,-0.0564718;RO=12;SAF=7,5;SAR=7,0;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.135393,0.682698;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0727637,-0.203579;OID=.,.;OPOS=33979639,33979648;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=GTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.842105,0.157895:14,5:40:32,6:38:0:17,6:15,0:0:0:24:12:7,5:7,0:8:4 chr7 34009946 . C T 953.57 PASS AF=0.497354;AO=94;DP=191;FAO=94;FDP=189;FR=.;FRO=95;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=34;FSRR=61;FWDB=-0.0611621;FXX=0.0104707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.069;QD=20.1814;RBI=0.068217;REFB=-0.0045399;REVB=-0.0302118;RO=94;SAF=43;SAR=51;SRF=34;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885732;STB=0.55083;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00501753;OID=.;OPOS=34009946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:189:94:95:94:94:0.497354:51:43:34:60:51:43:34:61 chr7 34118628 . G A 176.47 PASS AF=0.285714;AO=24;DP=84;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.0196613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.502;QD=8.40355;RBI=0.0236207;REFB=-0.00833593;REVB=0.0130909;RO=60;SAF=12;SAR=12;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120163;STB=0.57137;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.020567;OID=.;OPOS=34118628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:60:60:24:24:0.285714:12:12:36:24:12:12:36:24 chr7 34192762 . G C 2084.3 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.859;QD=62.6857;RBI=0.0600987;REFB=0;REVB=0.0471022;RO=1;SAF=82;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00941074;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144212;OID=.;OPOS=34192762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:1:0:132:133:1:50:82:0:1:51:82:0:0 chr7 34192801 . G A 397.51 PASS AF=0.306358;AO=53;DP=173;FAO=53;FDP=173;FR=.;FRO=120;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=69;FSRR=51;FWDB=-0.00541133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.159;QD=9.19091;RBI=0.00928865;REFB=-0.0117147;REVB=0.0075496;RO=120;SAF=27;SAR=26;SRF=69;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784292;STB=0.545557;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0212169;OID=.;OPOS=34192801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:120:120:53:53:0.306358:26:27:69:51:26:27:69:51 chr7 34685696 . A T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0213611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0676;QD=15.8812;RBI=0.034815;REFB=0.0331846;REVB=-0.0274916;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916023;STB=0.553088;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.0336685;OID=.;OPOS=34685696;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:3:7:6:4:3:7 chr7 34818113 . A T 939.04 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0114092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1376;QD=56.9118;RBI=0.0262782;REFB=-0.028509;REVB=-0.0236723;RO=1;SAF=33;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141005;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00265861;OID=.;OPOS=34818113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:32:33:1:0:32:33:1:0 chr7 34851393 . C G 414.37 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.00513088;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.397;QD=21.5254;RBI=0.0517303;REFB=-0.0273867;REVB=0.0514753;RO=36;SAF=16;SAR=25;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129178;STB=0.571003;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0207692;OID=.;OPOS=34851393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:36:36:41:41:0.532468:25:16:9:27:25:16:9:27 chr7 34889182 . A G 187.97 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00094688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.752;QD=20.3213;RBI=0.0274875;REFB=0.00186034;REVB=0.0274711;RO=17;SAF=14;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247509;STB=0.656076;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.000719166;OID=.;OPOS=34889182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:18:19:19:0.513514:5:14:8:9:5:14:8:10 chr7 34889222 . T C 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0097049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.632;QD=17.956;RBI=0.00977968;REFB=0.00652585;REVB=-0.00120709;RO=17;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228247;STB=0.631402;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0081232;OID=.;OPOS=34889222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:4:12:9:8:4:12:9:8 chr7 34917740 . C T 418.98 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0116119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3194;QD=15.6627;RBI=0.0116124;REFB=-0.010477;REVB=0.000108327;RO=60;SAF=21;SAR=26;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200463;STB=0.511231;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0260258;OID=.;OPOS=34917740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:60:47:47:0.439252:26:21:28:32:26:21:28:32 chr7 34932074 . G C 367.4 PASS AF=0.315068;AO=45;DP=146;FAO=46;FDP=146;FR=.;FRO=100;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=-0.0153491;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.505;QD=10.0659;RBI=0.0162179;REFB=0.000570327;REVB=-0.00523692;RO=98;SAF=21;SAR=24;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872591;STB=0.53538;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.000934646;OID=.;OPOS=34932074;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:98:100:45:46:0.315068:24:21:53:45:24:22:53:47 chr7 34932102 . G A 415.17 PASS AF=0.337838;AO=50;DP=148;FAO=50;FDP=148;FR=.;FRO=98;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=-0.00545801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.613;QD=11.2209;RBI=0.0141778;REFB=-0.00304741;REVB=-0.0130851;RO=98;SAF=21;SAR=29;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694153;STB=0.539962;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00175788;OID=.;OPOS=34932102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:98:98:50:50:0.337838:29:21:47:51:29:21:47:51 chr7 34932113 . T A 407.12 PASS AF=0.335484;AO=52;DP=155;FAO=52;FDP=155;FR=.;FRO=103;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=0.0127416;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.594;QD=10.5064;RBI=0.0140989;REFB=-0.0095795;REVB=0.00603588;RO=102;SAF=24;SAR=28;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104727;STB=0.502993;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0171379;OID=.;OPOS=34932113;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:102:103:52:52:0.335484:28:24:48:54:28:24:48:55 chr7 34968498 . A T 1442.03 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00330158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.735;QD=62.6972;RBI=0.0201343;REFB=0;REVB=0.0198617;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72027e-05;OID=.;OPOS=34968498;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:92:0:0:88:92:1:39:49:0:0:42:50:0:0 chr7 35057504 . C T 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0434363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7566;QD=6.39455;RBI=0.059406;REFB=-0.0210218;REVB=-0.040526;RO=29;SAF=6;SAR=3;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153032;STB=0.509782;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0576695;OID=.;OPOS=35057504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:3:6:19:10:3:6:19:10 chr7 35293193 . A G 352.24 PASS AF=0.513889;AO=35;DP=70;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00836244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.463;QD=19.569;RBI=0.0137336;REFB=-0.0188525;REVB=0.010894;RO=34;SAF=14;SAR=21;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141814;STB=0.581564;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0207934;OID=.;OPOS=35293193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:34:35:35:37:0.513889:21:14:19:15:23:14:19:16 chr7 35709842 . C T 464.54 PASS AF=0.422764;AO=52;DP=122;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0124241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2238;QD=15.1071;RBI=0.0374668;REFB=-0.00797244;REVB=-0.0353469;RO=70;SAF=19;SAR=33;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198464;STB=0.60777;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0135226;OID=.;OPOS=35709842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:70:71:52:52:0.422764:33:19:39:31:33:19:39:32 chr7 35709898 . C T 311.93 PASS AF=0.325397;AO=41;DP=126;FAO=41;FDP=126;FR=.;FRO=85;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=54;FWDB=-0.0321482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.814;QD=9.90253;RBI=0.0396775;REFB=-0.00938212;REVB=-0.0232551;RO=85;SAF=22;SAR=19;SRF=31;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198689;STB=0.614565;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0167051;OID=.;OPOS=35709898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:85:85:41:41:0.325397:19:22:31:54:19:22:31:54 chr7 35840898 . G C,GC 918.95 PASS AF=0.0606061,0.939394;AO=6,57;DP=69;FAO=4,62;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24;FSAR=3,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394583,0.0438641;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=84.8516,103.096;QD=55.6938;RBI=0.0669069,0.045766;REFB=0,0;REVB=-0.054033,-0.0130563;RO=5;SAF=1,23;SAR=5,34;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.392076,-0.0307467;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.079983,0.00261353;OID=.,.;OPOS=35840898,35840899;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:69:66:5:0:6,57:4,62:0.0606061,0.939394:5,34:1,23:3:2:3,38:1,24:0:0 chr7 36124292 . G A 407.89 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.000930041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2117;QD=17.7345;RBI=0.0191851;REFB=-0.00568624;REVB=-0.0191625;RO=50;SAF=21;SAR=21;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136343;STB=0.576052;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00419896;OID=.;OPOS=36124292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:21:21:32:18:21:21:32:18 chr7 36320821 . G A 2008.67 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.025;QD=62.2844;RBI=0.0363264;REFB=0;REVB=-0.000486793;RO=0;SAF=67;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14595e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33066e-05;OID=.;OPOS=36320821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:128:129:1:61:67:0:0:61:68:0:0 chr7 36338749 . T C 2043.31 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.283;QD=62.3912;RBI=0.0253642;REFB=0;REVB=0.0228041;RO=0;SAF=81;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.19503e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20042e-06;OID=.;OPOS=36338749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:50:81:0:0:50:81:0:0 chr7 36339269 . C G 579.15 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053325;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9007;QD=60.9632;RBI=0.0569009;REFB=0;REVB=0.0198536;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188375;OID=.;OPOS=36339269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:24:13:0:0:24:14:0:0 chr7 36373622 . TA T 284.79 PASS AF=0.52809;AO=85;DP=178;FAO=94;FDP=178;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.141926;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.42953;QD=6.39971;RBI=0.280618;REFB=-0.0638688;REVB=-0.242082;RO=69;SAF=35;SAR=50;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161609;STB=0.54676;STBP=0.196;TYPE=del;VARB=0.0549997;OID=.;OPOS=36373623;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52809:85:178:94:178:84:40:54:44:40:99:69:35:50:42:27 chr7 36438709 . C G 117.35 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0397062;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.889;QD=9.20426;RBI=0.0419925;REFB=-0.00118407;REVB=0.0136671;RO=36;SAF=5;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20058;STB=0.621456;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00214333;OID=.;OPOS=36438709;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:10:5:18:18:10:5:18:18 chr7 36445856 . G A 588.55 PASS AF=0.557692;AO=57;DP=103;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.016645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.539;QD=22.6366;RBI=0.0175716;REFB=-0.0187271;REVB=-0.00563088;RO=46;SAF=27;SAR=30;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109678;STB=0.555537;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0109265;OID=.;OPOS=36445856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:46:46:57:58:0.557692:30:27:28:18:30:28:28:18 chr7 36446121 . A G 598.15 PASS AF=0.434483;AO=61;DP=143;FAO=63;FDP=145;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=0.0252893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.139;QD=16.5007;RBI=0.0260577;REFB=-0.00461292;REVB=0.00628113;RO=82;SAF=37;SAR=24;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220077;STB=0.628718;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00967757;OID=.;OPOS=36446121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:82:82:61:63:0.434483:24:37:32:50:24:39:32:50 chr7 36447349 . A ACTT,T 306.98 PASS AF=0.450704,0.028169;AO=31,3;DP=71;FAO=32,2;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=14,2;FSAR=18,0;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00248029,0.039818;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=222.365,57.5497;QD=17.2949;RBI=0.0209691,0.0399509;REFB=-0.0345298,0.00302106;REVB=0.0208219,-0.00325592;RO=36;SAF=14,2;SAR=17,1;SRF=22;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.151585,0.0592265;STB=0.597785,0.99366;STBP=0.138,0.208;TYPE=ins,snp;VARB=0.0325735,-0.0232977;OID=.,.;OPOS=36447350,36447349;OREF=-,A;OALT=CTT,T;OMAPALT=ACTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:37:31,3:32,2:0.450704,0.028169:17,1:14,2:22:14:18,0:14,2:23:14 chr7 36493069 . G GT 53.99 PASS AF=0.270833;AO=10;DP=51;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.145597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.9159;QD=4.49924;RBI=0.192943;REFB=-0.00363721;REVB=-0.126604;RO=37;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233672;STB=0.545386;STBP=0.705;TYPE=ins;VARB=-0.0741418;OID=.;OPOS=36493070;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.270833:10:51:13:48:35:6:7:14:21:53:37:6:4:15:22 chr7 36552729 . A AT,ATT 819.87 PASS AF=1,0;AO=70,9;DP=85;FAO=83,0;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=49,0;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.285204,-0.138084;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=15.6589,7.64975;QD=39.5118;RBI=0.294597,0.143498;REFB=0,0;REVB=0.073797,0.0390456;RO=6;SAF=40,8;SAR=30,1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0108337,0.409156;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00222354,0;OID=.,.;OPOS=36552730,36552730;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:70,9:85:83,0:83:0:49,0:34,0:0:0:16:6:40,8:30,1:3:3 chr7 36552790 . G GT 1002.94 PASS AF=1;AO=83;DP=96;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00520054;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.825;QD=45.5881;RBI=0.04321;REFB=0;REVB=-0.0428959;RO=8;SAF=45;SAR=38;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559284;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000722306;OID=.;OPOS=36552791;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:83:96:88:88:0:49:39:0:0:19:8:45:38:7:1 chr7 36729757 . T C 1434.4 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.256;QD=63.0506;RBI=0.0411231;REFB=0;REVB=0.00292045;RO=0;SAF=53;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157144;OID=.;OPOS=36729757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:38:53:0:0:38:53:0:0 chr7 36763672 . C T 675.64 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562442;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.592;QD=62.8498;RBI=0.0684889;REFB=0;REVB=0.0390809;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113346;OID=.;OPOS=36763672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:27:15:0:0:28:15:0:0 chr7 36901253 . G A 141.02 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0106798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.003;QD=7.94493;RBI=0.0292393;REFB=-0.0160526;REVB=-0.0272191;RO=51;SAF=12;SAR=8;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132244;STB=0.579465;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0318278;OID=.;OPOS=36901253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:51:51:20:20:0.28169:8:12:25:26:8:12:25:26 chr7 37209284 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.17;QD=62.6711;RBI=0.0124077;REFB=0;REVB=-0.00484045;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04324e-05;OID=.;OPOS=37209284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr7 37355590 . C CT 549.95 PASS AF=1;AO=49;DP=55;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.6245;QD=42.3039;RBI=0.0914203;REFB=0;REVB=-0.0771374;RO=4;SAF=22;SAR=27;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428859;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000299826;OID=.;OPOS=37355591;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:55:52:52:0:23:29:0:0:11:4:22:27:3:1 chr7 37780799 . C A 502.48 PASS AF=0.433071;AO=55;DP=127;FAO=55;FDP=127;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.00959592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.743;QD=15.8261;RBI=0.011954;REFB=-0.00819195;REVB=-0.00712856;RO=70;SAF=24;SAR=31;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355087;STB=0.512615;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0100523;OID=.;OPOS=37780799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:70:72:55:55:0.433071:31:24:33:37:31:24:33:39 chr7 37907304 . T C 470.01 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0383677;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.801;QD=17.0913;RBI=0.0412802;REFB=-0.00707238;REVB=0.0152308;RO=58;SAF=20;SAR=31;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888048;STB=0.545437;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00752911;OID=.;OPOS=37907304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:58:59:51:51:0.463636:31:20:28:30:31:20:28:31 chr7 37916455 . A G 457.38 PASS AF=0.409449;AO=50;DP=127;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=0.00513319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.573;QD=14.4056;RBI=0.0472215;REFB=-0.00300438;REVB=0.0469417;RO=76;SAF=21;SAR=29;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168822;STB=0.607435;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00617364;OID=.;OPOS=37916455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:76:75:50:52:0.409449:29:21:44:32:31:21:44:31 chr7 37936530 . T C 385.4 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.00467681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.891;QD=13.8882;RBI=0.0158062;REFB=-0.00420929;REVB=-0.0150985;RO=66;SAF=21;SAR=24;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114412;STB=0.564565;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00721202;OID=.;OPOS=37936530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:66:66:45:45:0.405405:24:21:38:28:24:21:38:28 chr7 37947103 . C T 607.08 PASS AF=0.365;AO=75;DP=205;FAO=73;FDP=200;FR=.;FRO=127;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=66;FSRR=61;FWDB=-0.0021178;FXX=0.0243891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.348;QD=12.1416;RBI=0.00385537;REFB=-0.015029;REVB=-0.00322161;RO=130;SAF=41;SAR=34;SRF=68;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265072;STB=0.509276;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0277522;OID=.;OPOS=37947103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:200:130:127:75:73:0.365:34:41:68:62:34:39:66:61 chr7 37947164 . G T 461.83 PASS AF=0.35625;AO=57;DP=162;FAO=57;FDP=160;FR=.;FRO=103;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=58;FSRR=45;FWDB=-0.0226274;FXX=0.0123449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4479;QD=11.5459;RBI=0.032964;REFB=-0.00265155;REVB=-0.0239714;RO=100;SAF=30;SAR=27;SRF=55;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266007;STB=0.523801;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00375661;OID=.;OPOS=37947164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:160:100:103:57:57:0.35625:27:30:55:45:27:30:58:45 chr7 37951726 . G A 669.05 PASS AF=0.545455;AO=65;DP=121;FAO=66;FDP=121;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0118737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.918;QD=22.1175;RBI=0.0227907;REFB=-0.0168498;REVB=-0.0194533;RO=55;SAF=30;SAR=35;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100334;STB=0.557704;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0389434;OID=.;OPOS=37951726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:55:55:65:66:0.545455:35:30:32:23:36:30:32:23 chr7 37951735 . G A 615.01 PASS AF=0.473684;AO=63;DP=134;FAO=63;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0097814;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.932;QD=18.4964;RBI=0.0107048;REFB=-0.0129879;REVB=-0.0043494;RO=68;SAF=34;SAR=29;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648072;STB=0.535933;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0155631;OID=.;OPOS=37951735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:68:70:63:63:0.473684:29:34:32:36:29:34:33:37 chr7 37953840 . C T 673.34 PASS AF=0.453416;AO=72;DP=160;FAO=73;FDP=161;FR=.;FRO=88;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=-0.00730781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2418;QD=16.7289;RBI=0.0510316;REFB=-0.00339755;REVB=-0.0505057;RO=85;SAF=41;SAR=31;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163637;STB=0.502676;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00477909;OID=.;OPOS=37953840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:85:88:72:73:0.453416:31:41:47:38:32:41:49:39 chr7 37955981 . G A 212.39 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0132263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.485;QD=14.3994;RBI=0.0408348;REFB=-0.0117142;REVB=0.0386335;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241388;STB=0.633719;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.017514;OID=.;OPOS=37955981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:34:25:25:0.423729:14:11:22:10:14:11:23:11 chr7 37988589 . C G,T 1598.95 PASS AF=0.108108,0.891892;AO=12,92;DP=104;FAO=12,99;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=3,52;FSAR=9,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265655,0.0378892;FXX=0.0176975;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.546,160.469;QD=57.6197;RBI=0.0278418,0.0410382;REFB=0,0;REVB=0.0083332,0.0157654;RO=0;SAF=3,46;SAR=9,46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00750137,0.00579493;OID=.,.;OPOS=37988589,37988589;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:42:104:111:0:0:12,92:12,99:0.108108,0.891892:9,46:3,46:0:0:9,47:3,52:0:0 chr7 37991129 . C A 1598.53 PASS AF=1;AO=104;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177104;FXX=0.0360328;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.033;QD=59.7582;RBI=0.0184689;REFB=0;REVB=0.0052388;RO=0;SAF=67;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188705;OID=.;OPOS=37991129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:104:107:1:37:67:0:0:40:67:0:0 chr7 37991186 . C T 1763.59 PASS AF=0.96;AO=113;DP=121;FAO=120;FDP=125;FR=.;FRO=5;FSAF=70;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0426269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9889;QD=56.4349;RBI=0.0736372;REFB=-0.0354017;REVB=0.0600449;RO=5;SAF=70;SAR=43;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520693;STB=0.523805;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.000586886;OID=.;OPOS=37991186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:121:125:5:5:113:120:0.96:43:70:0:5:50:70:0:5 chr7 38268395 . C T 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0239869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.453;QD=14.2307;RBI=0.0250812;REFB=-0.0214068;REVB=-0.00732783;RO=36;SAF=19;SAR=7;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333635;STB=0.690757;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.037568;OID=.;OPOS=38268395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:7:19:15:21:7:19:15:21 chr7 38269675 . T C 485.99 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00649303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.388;QD=22.6042;RBI=0.0290914;REFB=-0.00497297;REVB=0.0283575;RO=39;SAF=24;SAR=23;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615605;STB=0.533846;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00421383;OID=.;OPOS=38269675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:39:47:47:0.546512:23:24:17:22:23:24:17:22 chr7 38284794 . C T 120.63 PASS AF=0.180328;AO=23;DP=122;FAO=22;FDP=122;FR=.;FRO=100;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=0.00718365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8781;QD=3.95505;RBI=0.00794786;REFB=-0.000392527;REVB=-0.00340054;RO=96;SAF=10;SAR=13;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435248;STB=0.512732;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.000785014;OID=.;OPOS=38284794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:96:100:23:22:0.180328:13:10:45:51:12:10:47:53 chr7 38284804 . T C 101.5 PASS AF=0.15873;AO=20;DP=126;FAO=20;FDP=126;FR=.;FRO=106;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=0.0300313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.721;QD=3.22218;RBI=0.0322091;REFB=-0.00633992;REVB=0.0116426;RO=106;SAF=8;SAR=12;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802722;STB=0.553344;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0413385;OID=.;OPOS=38284804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:106:106:20:20:0.15873:12:8:49:57:12:8:49:57 chr7 38284808 . A C 100.17 PASS AF=0.155039;AO=20;DP=129;FAO=20;FDP=129;FR=.;FRO=109;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=52;FSRR=57;FWDB=0.0293074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.866;QD=3.10594;RBI=0.0373906;REFB=-0.00365716;REVB=-0.0232193;RO=104;SAF=8;SAR=12;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127487;STB=0.565971;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0289615;OID=.;OPOS=38284808;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:104:109:20:20:0.155039:12:8:52:52:12:8:52:57 chr7 38284834 . A G 65.34 PASS AF=0.122951;AO=15;DP=120;FAO=15;FDP=122;FR=.;FRO=107;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=-0.0148491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.559;QD=2.14235;RBI=0.0253805;REFB=-0.00859859;REVB=-0.0205833;RO=105;SAF=9;SAR=6;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175209;STB=0.623214;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0457355;OID=.;OPOS=38284834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:120:122:105:107:15:15:0.122951:6:9:48:57:6:9:49:58 chr7 38284854 . C T 56.43 PASS AF=0.116071;AO=13;DP=112;FAO=13;FDP=112;FR=.;FRO=99;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=54;FWDB=0.00797704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.977;QD=2.01548;RBI=0.0215714;REFB=-0.00529799;REVB=-0.0200422;RO=98;SAF=8;SAR=5;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188896;STB=0.640221;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0351045;OID=.;OPOS=38284854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:112:112:98:99:13:13:0.116071:5:8:45:53:5:8:45:54 chr7 38289121 . C T 887.42 PASS AF=0.5;AO=87;DP=179;FAO=90;FDP=180;FR=.;FRO=90;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.0228022;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3415;QD=19.7205;RBI=0.0380761;REFB=-0.0247765;REVB=-0.0304934;RO=90;SAF=40;SAR=47;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026981;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0275057;OID=.;OPOS=38289121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:90:90:87:90:0.5:47:40:44:46:47:43:43:47 chr7 38295958 . C T 187.85 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0247257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1615;QD=20.3078;RBI=0.0476613;REFB=0.00780133;REVB=-0.0407461;RO=18;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141973;STB=0.579539;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00835589;OID=.;OPOS=38295958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:7:12:14:4:7:12:14:4 chr7 38299727 . T C 72.76 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0115927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1137;QD=4.77112;RBI=0.0118049;REFB=0.00311583;REVB=0.00222807;RO=45;SAF=8;SAR=4;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272333;STB=0.6442;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0136743;OID=.;OPOS=38299727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:45:49:12:12:0.196721:4:8:20:25:4:8:24:25 chr7 38305043 . T C 114.01 PASS AF=0.146341;AO=24;DP=164;FAO=24;FDP=164;FR=.;FRO=140;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=85;FSRR=55;FWDB=0.00215689;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.44;QD=2.78063;RBI=0.00230026;REFB=-0.00356759;REVB=0.000799381;RO=140;SAF=14;SAR=10;SRF=85;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313831;STB=0.521035;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0197781;OID=.;OPOS=38305043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:140:140:24:24:0.146341:10:14:85:55:10:14:85:55 chr7 38309102 . A C 269.59 PASS AF=0.340426;AO=32;DP=96;FAO=32;FDP=94;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=15;FWDB=-0.0241688;FXX=0.0208312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8216;QD=11.4717;RBI=0.0299577;REFB=0.00789688;REVB=0.0177012;RO=63;SAF=21;SAR=11;SRF=48;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142121;STB=0.578007;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0144246;OID=.;OPOS=38309102;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:63:62:32:32:0.340426:11:21:48:15:11:21:47:15 chr7 38331416 . C T 320.33 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0130213;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.786;QD=15.819;RBI=0.0146074;REFB=-0.00987857;REVB=-0.00661985;RO=46;SAF=17;SAR=18;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117746;STB=0.566228;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0134323;OID=.;OPOS=38331416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:46:46:35:35:0.432099:18:17:17:29:18:17:17:29 chr7 38356849 . C T 443.8 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0102753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.585;QD=17.7521;RBI=0.0102759;REFB=-0.00914261;REVB=0.000109632;RO=55;SAF=18;SAR=27;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0135119;OID=.;OPOS=38356849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:45:45:0.45:27:18:22:33:27:18:22:33 chr7 38356883 . G A 75.56 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=71;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0522351;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.943;QD=4.38007;RBI=0.0524185;REFB=0.00265492;REVB=-0.00438083;RO=52;SAF=6;SAR=7;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516753;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.00787774;OID=.;OPOS=38356883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:71:69:52:56:13:13:0.188406:7:6:24:28:7:6:27:29 chr7 38467842 . A G 834.36 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8001;QD=57.5421;RBI=0.0627553;REFB=0;REVB=0.0177786;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000903119;OID=.;OPOS=38467842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr7 38467923 . A G 668.69 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00296528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.027;QD=62.2041;RBI=0.0169301;REFB=0;REVB=0.0166684;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123373;OID=.;OPOS=38467923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr7 38468463 . C T 1301.97 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.637;QD=61.9987;RBI=0.0218592;REFB=0;REVB=-0.0125248;RO=0;SAF=57;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80802e-06;OID=.;OPOS=38468463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:27:57:0:0:27:57:0:0 chr7 38468695 . C T 175.57 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.06;QD=46.8175;RBI=0.0226521;REFB=0;REVB=0.00191247;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216436;OID=.;OPOS=38468695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr7 38469039 . C A 1171.78 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2639;QD=60.8715;RBI=0.0400071;REFB=0;REVB=0.00753825;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436615;OID=.;OPOS=38469039;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:46:31:0:0:46:31:0:0 chr7 38471840 . T C 233.52 PASS AF=0.41791;AO=27;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0117684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.437;QD=13.9416;RBI=0.0425139;REFB=-0.00653189;REVB=0.0408526;RO=39;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123599;STB=0.557876;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0127996;OID=.;OPOS=38471840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:27:28:0.41791:12:15:17:22:13:15:17:22 chr7 38725804 . C T 871.19 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00511939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.223;QD=56.2058;RBI=0.00544348;REFB=-0.11141;REVB=-0.00185022;RO=1;SAF=23;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200789;STB=0.510635;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000171378;OID=.;OPOS=38725804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:38:23:1:0:38:23:1:0 chr7 38780883 . C T 2944.3 PASS AF=1;AO=186;DP=187;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191013;FXX=0.00531887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.941;QD=62.9797;RBI=0.00213324;REFB=0.032505;REVB=-0.000949787;RO=0;SAF=92;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.89043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.3497e-07;OID=.;OPOS=38780883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:187:187:0:0:186:187:1:94:92:0:0:94:93:0:0 chr7 38780924 . T C 3828.96 PASS AF=0.991803;AO=242;DP=244;FAO=242;FDP=244;FR=.;FRO=2;FSAF=114;FSAR=128;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0236444;FXX=0.00408147;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.825;QD=62.7698;RBI=0.0298215;REFB=-0.0238318;REVB=0.0181733;RO=2;SAF=114;SAR=128;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00045346;STB=0.500238;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000135069;OID=.;OPOS=38780924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:244:244:2:2:242:242:0.991803:128:114:1:1:128:114:1:1 chr7 38796570 . G A 646.55 PASS AF=0.6;AO=57;DP=95;FAO=57;FDP=95;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0754145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.201;QD=27.223;RBI=0.0757167;REFB=-0.0103344;REVB=0.00675721;RO=37;SAF=27;SAR=30;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872245;STB=0.552468;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00507527;OID=.;OPOS=38796570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:37:38:57:57:0.6:30:27:22:15:30:27:23:15 chr7 39368609 . T C 590.07 PASS AF=0.446043;AO=62;DP=139;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=51;FSRR=26;FWDB=-0.00907213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.864;QD=16.9805;RBI=0.0147484;REFB=-0.010283;REVB=-0.0116281;RO=77;SAF=35;SAR=27;SRF=51;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100541;STB=0.555884;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0137107;OID=.;OPOS=39368609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:77:77:62:62:0.446043:27:35:51:26:27:35:51:26 chr7 39472708 . A G 375.95 PASS AF=0.386555;AO=41;DP=114;FAO=46;FDP=119;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.00233116;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.679;QD=12.6371;RBI=0.00298952;REFB=-0.0156512;REVB=0.00187162;RO=66;SAF=31;SAR=10;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22738;STB=0.598225;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0217812;OID=.;OPOS=39472708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:119:66:73:41:46:0.386555:10:31:38:28:13:33:42:31 chr7 39472846 . G A 135.11 PASS AF=0.27027;AO=20;DP=74;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0704998;FXX=0.0263123;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7151;QD=7.30338;RBI=0.114079;REFB=-0.0145853;REVB=-0.0896876;RO=53;SAF=12;SAR=8;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650967;STB=0.560378;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0383353;OID=.;OPOS=39472846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:53:54:20:20:0.27027:8:12:29:24:8:12:28:26 chr7 39991116 . C T 517.67 PASS AF=0.444444;AO=56;DP=126;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.0699898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9499;QD=16.4339;RBI=0.0704625;REFB=-0.0351125;REVB=-0.00814841;RO=70;SAF=18;SAR=38;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255371;STB=0.642888;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0550594;OID=.;OPOS=39991116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:70:70:56:56:0.444444:38:18:40:30:38:18:40:30 chr7 40134507 . A G 258.32 PASS AF=0.378049;AO=23;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00132415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.445;QD=12.6009;RBI=0.0255978;REFB=-0.0279814;REVB=0.0255635;RO=49;SAF=17;SAR=6;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241022;STB=0.511878;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.049954;OID=.;OPOS=40134507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:51:23:31:0.378049:6:17:27:22:14:17:27:24 chr7 40314165 . G A 475.38 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00855579;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.917;QD=21.6084;RBI=0.0169592;REFB=-0.0103011;REVB=0.0146429;RO=42;SAF=21;SAR=25;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244024;STB=0.513467;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0155218;OID=.;OPOS=40314165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:42:42:46:46:0.522727:25:21:18:24:25:21:18:24 chr7 40314243 . A G 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.02841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.132;QD=15.6034;RBI=0.0317276;REFB=-0.00920156;REVB=-0.0141248;RO=38;SAF=12;SAR=18;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151787;STB=0.585741;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0208978;OID=.;OPOS=40314243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:18:12:21:17:18:12:21:17 chr7 40899966 . CG C,CC 962.08 PASS AF=0.0151515,0.984848;AO=19,46;DP=65;FAO=1,65;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=1,44;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0808317,0.0816621;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=232.55,240.089;QD=58.3076;RBI=0.0814222,0.0822324;REFB=0,0;REVB=0.00978814,0.00966814;RO=0;SAF=14,30;SAR=5,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.31553e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0108311,0.00367116;OID=.,.;OPOS=40899967,40899967;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0151515,0.984848:19,46:65:1,65:66:0:1,44:0,21:0:0:5:0:14,30:5,16:0:0 chr7 42950640 . C T 1262.03 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0241768;FXX=0.0348797;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.8274;QD=60.8206;RBI=0.0243703;REFB=-0.060038;REVB=-0.00306516;RO=1;SAF=38;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122993;STB=0.506492;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000320998;OID=.;OPOS=42950640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:83:1:1:82:82:0.987952:44:38:1:0:44:38:1:0 chr7 42970733 . C T 1073.16 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029432;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5221;QD=59.62;RBI=0.0331994;REFB=0;REVB=0.015361;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209224;OID=.;OPOS=42970733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:71:72:1:43:28:0:0:43:29:0:0 chr7 42976789 . A G 2204.45 PASS AF=0.992908;AO=138;DP=140;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0194179;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.187;QD=62.5376;RBI=0.0356003;REFB=-0.104755;REVB=0.0298384;RO=0;SAF=64;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503268;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000346455;OID=.;OPOS=42976789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:141:0:1:138:140:0.992908:74:64:0:0:76:64:0:1 chr7 42977091 . G A 1120.01 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0396291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.36;QD=58.9479;RBI=0.0398604;REFB=-0.00996925;REVB=0.00428809;RO=1;SAF=40;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116825;STB=0.506171;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-6.2567e-05;OID=.;OPOS=42977091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:35:40:1:0:35:40:1:0 chr7 43484699 . G A 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00895553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7586;QD=7.71633;RBI=0.026367;REFB=-0.00538158;REVB=0.0247995;RO=27;SAF=6;SAR=4;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182535;STB=0.611561;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.022566;OID=.;OPOS=43484699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:4:6:20:7:4:6:20:7 chr7 43506059 . A G 242.6 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0317217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9793;QD=14.9294;RBI=0.0340649;REFB=-0.0117007;REVB=0.012416;RO=37;SAF=14;SAR=14;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950777;STB=0.553808;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0168105;OID=.;OPOS=43506059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:14:14:22:15:14:14:22:15 chr7 43506158 . T C 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0348419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.327;QD=12.0831;RBI=0.0377218;REFB=-0.00196081;REVB=0.0144561;RO=35;SAF=7;SAR=14;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342343;STB=0.697491;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00428354;OID=.;OPOS=43506158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:14:7:23:12:14:7:23:12 chr7 43519337 . T C 698.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.799;QD=62.0721;RBI=0.0307416;REFB=0;REVB=0.0235162;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11307e-05;OID=.;OPOS=43519337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:28:16:0:0:29:16:0:0 chr7 43664280 . A G 2102.7 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00757617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.775;QD=62.7672;RBI=0.0110664;REFB=0;REVB=0.00806646;RO=0;SAF=75;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38128e-05;OID=.;OPOS=43664280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:133:134:1:58:75:0:0:58:76:0:0 chr7 43664625 . G T 769.38 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.788;QD=56.991;RBI=0.0267614;REFB=0;REVB=0.00292774;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.3538e-05;OID=.;OPOS=43664625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr7 43664785 . C T 949.03 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.899;QD=58.4021;RBI=0.0455843;REFB=0;REVB=-0.00677514;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07439e-05;OID=.;OPOS=43664785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:37:27:0:0:38:27:0:0 chr7 43810764 . G A 1556.38 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0098452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.31;QD=58.7313;RBI=0.0237692;REFB=-0.0544352;REVB=0.0216344;RO=1;SAF=37;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703068;STB=0.503649;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00016179;OID=.;OPOS=43810764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:104:105:0.990566:67:37:0:1:68:37:0:1 chr7 43846603 . A G 1784.04 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.198;QD=60.9928;RBI=0.00894708;REFB=0;REVB=-0.000899676;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17716e-06;OID=.;OPOS=43846603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:61:56:0:0:61:56:0:0 chr7 43916128 . C CCT 398.99 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=126;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=-0.0154898;FXX=0.0341851;HRUN=3;LEN=2;MLLD=292.351;QD=14.1236;RBI=0.0154936;REFB=-0.00563536;REVB=-0.000344863;RO=79;SAF=17;SAR=29;SRF=53;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325391;STB=0.666722;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=0.00742748;OID=.;OPOS=43916129;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40708:46:126:46:113:67:17:29:44:23:99:79:17:29:53:26 chr7 43916138 . C G 471.26 PASS AF=0.440678;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=0.0200113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.398;QD=15.975;RBI=0.020976;REFB=-0.0102158;REVB=0.00628829;RO=66;SAF=22;SAR=30;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225501;STB=0.625755;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00754043;OID=.;OPOS=43916138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:66:66:52:52:0.440678:30:22:43:23:30:22:43:23 chr7 43916727 . T G 59.38 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0215368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3928;QD=15.8339;RBI=0.0218573;REFB=-0.0192598;REVB=-0.00372922;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379034;STB=0.72356;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00394698;OID=.;OPOS=43916727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:6:2:5:2:6:2:5:2 chr7 43917013 . G A 624.73 PASS AF=0.508065;AO=63;DP=124;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0424467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.104;QD=20.1526;RBI=0.0433497;REFB=-0.00523772;REVB=0.00880183;RO=61;SAF=35;SAR=28;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278796;STB=0.515366;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00594413;OID=.;OPOS=43917013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:61:61:63:63:0.508065:28:35:32:29:28:35:32:29 chr7 43917274 . A G 156.26 PASS AF=0.347826;AO=13;DP=47;FAO=16;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0592316;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4218;QD=13.5882;RBI=0.0682481;REFB=0.0118585;REVB=-0.033903;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147914;STB=0.54756;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.00157047;OID=.;OPOS=43917274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:18:26:13:16:0.347826:6:7:7:11:8:8:11:15 chr7 43982482 . A C 2083.72 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00321675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.703;QD=62.6683;RBI=0.0291211;REFB=0;REVB=0.0289429;RO=0;SAF=72;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24951e-05;OID=.;OPOS=43982482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:133:0:0:130:133:1:58:72:0:0:60:73:0:0 chr7 44027348 . A G 2319.75 PASS AF=0.986577;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0247985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5589;QD=62.2753;RBI=0.042434;REFB=-0.0797216;REVB=-0.0344337;RO=1;SAF=67;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704566;STB=0.507352;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000852405;OID=.;OPOS=44027348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:149:1:2:147:147:0.986577:80:67:1:0:80:67:2:0 chr7 44047066 . T C 737.7 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0196412;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.602;QD=61.4752;RBI=0.0239014;REFB=0.0585986;REVB=0.0136197;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208969;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.000586539;OID=.;OPOS=44047066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:1:1:47:47:0.979167:25:22:1:0:25:22:1:0 chr7 44114001 . G A 88.79 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0268176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.512;QD=6.45725;RBI=0.0354384;REFB=-0.0130124;REVB=-0.0231667;RO=42;SAF=5;SAR=8;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279916;STB=0.673657;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0474944;OID=.;OPOS=44114001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:42:42:13:13:0.236364:8:5:26:16:8:5:26:16 chr7 44147485 . C A 299.04 PASS AF=1;AO=18;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0923205;FXX=0.039984;HRUN=5;LEN=1;MLLD=103.065;QD=49.8392;RBI=0.0923311;REFB=0;REVB=-0.00140023;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00409669;OID=.;OPOS=44147485;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:18:24:1:9:9:0:0:12:12:0:0 chr7 44148553 . A G 1767.55 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.607;QD=60.9498;RBI=0.0579483;REFB=0;REVB=-0.00266011;RO=0;SAF=57;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100316;OID=.;OPOS=44148553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:116:0:0:113:116:1:56:57:0:0:56:60:0:0 chr7 44180079 . A AG 370.01 PASS AF=1;AO=33;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.2051;QD=41.1118;RBI=0.060059;REFB=0;REVB=-0.0388328;RO=1;SAF=11;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405767;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000645279;OID=.;OPOS=44180080;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:36:36:36:0:12:24:0:0:7:1:11:22:1:0 chr7 44258954 . T G 119.82 PASS AF=0.170543;AO=26;DP=101;FAO=22;FDP=129;FR=.;FRO=107;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=97;FSRR=10;FWDB=-0.0198215;FXX=0.0227256;HRUN=20;LEN=1;MLLD=195.736;QD=3.71549;RBI=0.0767959;REFB=-0.00453778;REVB=-0.0741938;RO=75;SAF=25;SAR=1;SRF=68;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287173;STB=0.661704;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00815961;OID=.;OPOS=44258954;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:129:75:107:26:22:0.170543:1:25:68:7:1:21:97:10 chr7 44258955 . T G 76.07 PASS AF=0.12782;AO=18;DP=103;FAO=17;FDP=133;FR=.;FRO=116;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=106;FSRR=10;FWDB=-0.0225517;FXX=0.00746213;HRUN=20;LEN=1;MLLD=204.955;QD=2.28771;RBI=0.0423295;REFB=0.000791913;REVB=-0.0358219;RO=84;SAF=17;SAR=1;SRF=78;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841978;STB=0.590481;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.00180532;OID=.;OPOS=44258955;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:103:133:84:116:18:17:0.12782:1:17:78:6:1:16:106:10 chr7 44259706 . G A 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0346155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.967;QD=12.3946;RBI=0.0351128;REFB=0.00667574;REVB=-0.00588877;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157235;STB=0.592888;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.01084;OID=.;OPOS=44259706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:9:5:12:12:9:5:12:12 chr7 44259810 . C T 154.11 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0325046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2647;QD=14.3355;RBI=0.0532822;REFB=0.0012349;REVB=0.0422189;RO=26;SAF=5;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189509;STB=0.610642;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.000774174;OID=.;OPOS=44259810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:12:5:12:14:12:5:12:14 chr7 44259871 . C T 100.96 PASS AF=0.317073;AO=12;DP=40;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0118888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.606;QD=9.85011;RBI=0.0254119;REFB=-0.00792307;REVB=-0.0224593;RO=28;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014035;STB=0.531201;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0194313;OID=.;OPOS=44259871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:28:28:12:13:0.317073:7:5:12:16:8:5:12:16 chr7 44282868 . A G 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0443912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.086;QD=11.9922;RBI=0.0445301;REFB=-0.0137113;REVB=-0.00351454;RO=33;SAF=8;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111228;STB=0.565145;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0158131;OID=.;OPOS=44282868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:10:8:18:15:10:8:18:15 chr7 44282877 . A G 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0149746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.182;QD=11.2962;RBI=0.0171702;REFB=-0.011851;REVB=-0.00840101;RO=33;SAF=8;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144127;STB=0.574386;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0165557;OID=.;OPOS=44282877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:34:18:18:0.346154:10:8:19:14:10:8:19:15 chr7 44282928 . G A 187.1 PASS AF=0.423077;AO=20;DP=50;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00153463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.705;QD=14.3924;RBI=0.0348143;REFB=-0.00866499;REVB=0.0347805;RO=30;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155102;STB=0.583259;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0121337;OID=.;OPOS=44282928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:30:30:20:22:0.423077:11:9:18:12:12:10:18:12 chr7 44284564 . A G 887.16 PASS AF=0.473684;AO=90;DP=190;FAO=90;FDP=190;FR=.;FRO=100;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=0.00673373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.811;QD=18.6769;RBI=0.00706881;REFB=-0.00264191;REVB=0.00215059;RO=100;SAF=41;SAR=49;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329586;STB=0.51821;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00299347;OID=.;OPOS=44284564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:100:100:90:90:0.473684:49:41:49:51:49:41:49:51 chr7 44442296 . A C 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.583;QD=61.3338;RBI=0.034378;REFB=0;REVB=-0.0210937;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59815e-05;OID=.;OPOS=44442296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr7 44555795 . G A 113.21 PASS AF=0.253731;AO=17;DP=67;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0135135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.003;QD=6.75889;RBI=0.0211172;REFB=-0.00267039;REVB=0.0162272;RO=48;SAF=5;SAR=12;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369401;STB=0.735678;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0191537;OID=.;OPOS=44555795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:50:17:17:0.253731:12:5:29:19:12:5:31:19 chr7 44606098 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0531275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.759;QD=45.8068;RBI=0.0573136;REFB=0;REVB=0.0215016;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000257861;OID=.;OPOS=44606098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr7 44608718 . C T 418.56 PASS AF=0.885714;AO=30;DP=36;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0404668;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5995;QD=47.8359;RBI=0.0837113;REFB=-0.0973642;REVB=0.0732804;RO=2;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388389;STB=0.578259;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0221471;OID=.;OPOS=44608718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:36:35:2:4:30:31:0.885714:23:7:0:2:24:7:3:1 chr7 44609451 . C T 231.45 PASS AF=0.300971;AO=31;DP=103;FAO=31;FDP=103;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.00874256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.719;QD=8.98845;RBI=0.00875506;REFB=-0.00634573;REVB=-0.00046756;RO=71;SAF=13;SAR=18;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104412;STB=0.566351;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0116636;OID=.;OPOS=44609451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:71:72:31:31:0.300971:18:13:36:35:18:13:37:35 chr7 44620836 . C A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.983;QD=61.684;RBI=0.0407728;REFB=0;REVB=0.0261615;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150269;OID=.;OPOS=44620836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:31:10:0:0:31:10:0:0 chr7 44747499 . G A 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.784;QD=50.4108;RBI=0.0658863;REFB=0;REVB=0.0490429;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00271772;OID=.;OPOS=44747499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr7 44748450 . C CA 188.74 PASS AF=1;AO=4;DP=39;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056005;FXX=0.358882;HRUN=0;LEN=1;MLLD=87.4876;QD=30.1977;RBI=0.0588161;REFB=0;REVB=0.017966;RO=33;SAF=1;SAR=3;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266352;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000152239;OID=.;OPOS=44748451;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:4:39:25:25:0:18:7:0:0:4:33:1:3:16:17 chr7 44748451 . G A,T 577.99 PASS AF=0.897436,0.102564;AO=33,4;DP=37;FAO=35,4;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17,1;FSAR=18,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310954,0.0112007;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.914,22.2091;QD=59.2807;RBI=0.0317253,0.0276706;REFB=0,0;REVB=0.00629034,-0.0253023;RO=0;SAF=16,1;SAR=17,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.60901e-08,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00160519,0.080038;OID=.,.;OPOS=44748451,44748451;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:37:39:0:0:33,4:35,4:0.897436,0.102564:17,3:16,1:0:0:18,3:17,1:0:0 chr7 44798931 . G A 100.81 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00297663;FXX=0.103413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9589;QD=15.5091;RBI=0.0389604;REFB=-0.064598;REVB=-0.0388465;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200253;STB=0.583194;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0337233;OID=.;OPOS=44798931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:26:14:14:11:12:0.461538:7:4:8:6:7:5:8:6 chr7 44836314 . A G 350.1 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0114374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.854;QD=17.7264;RBI=0.0123166;REFB=-0.022228;REVB=0.00456995;RO=42;SAF=19;SAR=18;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806325;STB=0.545058;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0265147;OID=.;OPOS=44836314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:18:19:18:24:18:19:18:24 chr7 44919200 . G A 97.78 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0368251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5375;QD=13.4873;RBI=0.0376368;REFB=0.0346645;REVB=-0.0077744;RO=17;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125735;STB=0.574337;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0451912;OID=.;OPOS=44919200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:9:3:6:11:9:3:6:11 chr7 44921237 . CT C 70.82 PASS AF=0.375;AO=34;DP=87;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0694188;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.89263;QD=3.21903;RBI=0.0700432;REFB=-0.0794118;REVB=-0.00933223;RO=47;SAF=20;SAR=14;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367817;STB=0.507731;STBP=0.937;TYPE=del;VARB=0.0215619;OID=.;OPOS=44921238;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:34:87:33:88:55:19:14:31:24:70:47:20:14:26:21 chr7 45004063 . T C 1250.89 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.94402e-05;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.773;QD=61.7726;RBI=0.00696434;REFB=0;REVB=0.00696423;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266148;OID=.;OPOS=45004063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:35:46:0:0:35:46:0:0 chr7 45009325 . G A 285.11 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0237276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.499;QD=15.4111;RBI=0.0643661;REFB=-0.0186363;REVB=0.0598331;RO=41;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432631;STB=0.53123;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0228717;OID=.;OPOS=45009325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:42:32:32:0.432432:15:17:20:21:15:17:20:22 chr7 45009341 . A G 701.12 PASS AF=0.725;AO=58;DP=80;FAO=58;FDP=80;FR=.;FRO=22;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0229139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8289;QD=35.0557;RBI=0.0768599;REFB=-0.0173284;REVB=-0.0733648;RO=22;SAF=32;SAR=26;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026626;STB=0.51433;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00579816;OID=.;OPOS=45009341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:22:22:58:58:0.725:26:32:11:11:26:32:11:11 chr7 45009723 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.719;QD=53.277;RBI=0.0331181;REFB=0;REVB=0.0197739;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205786;OID=.;OPOS=45009723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr7 45011343 . T A 456.81 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0118535;FXX=0.0530926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.435;QD=17.077;RBI=0.0139891;REFB=0.00297961;REVB=0.00742896;RO=58;SAF=21;SAR=28;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00244185;STB=0.501362;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.00189159;OID=.;OPOS=45011343;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:107:58:58:49:49:0.457944:28:21:25:33:28:21:25:33 chr7 45023503 . T A 269.56 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0148536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.504;QD=14.1875;RBI=0.0301139;REFB=-0.00478164;REVB=-0.0261958;RO=44;SAF=20;SAR=11;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351034;STB=0.514696;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00537231;OID=.;OPOS=45023503;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:45:31:31:0.407895:11:20:27:17:11:20:28:17 chr7 45113170 . G A 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00876608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.508;QD=11.4391;RBI=0.0110262;REFB=0.00983667;REVB=0.00668829;RO=24;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41967;STB=0.746681;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.027673;OID=.;OPOS=45113170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:4:9:7:17:4:9:7:17 chr7 45122464 . A C 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0007042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.164;QD=23.9648;RBI=0.00957307;REFB=-0.0188941;REVB=0.00954713;RO=18;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518098;STB=0.528883;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00940803;OID=.;OPOS=45122464;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:10:13:9:9:10:13:9:9 chr7 45122723 . G A 221.99 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0350308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3893;QD=16.4437;RBI=0.0521172;REFB=-0.0242813;REVB=0.0385882;RO=29;SAF=5;SAR=20;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185675;STB=0.605968;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0312911;OID=.;OPOS=45122723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:20:5:10:19:20:5:10:19 chr7 45123090 . G A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0146982;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.833;QD=21.3533;RBI=0.0299132;REFB=-0.00338217;REVB=0.0260531;RO=9;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109623;STB=0.5624;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00339139;OID=.;OPOS=45123090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:4:9:5:4:4:9:5:4 chr7 45124008 . T C 224.19 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00424666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.8455;QD=21.3514;RBI=0.0205649;REFB=0.00748929;REVB=0.0201216;RO=18;SAF=6;SAR=16;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594314;STB=0.516114;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00521457;OID=.;OPOS=45124008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:20:22:22:0.52381:16:6:6:12:16:6:6:14 chr7 45124286 . A G 189.5 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00120208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.134;QD=11.3131;RBI=0.0444195;REFB=-0.0142191;REVB=-0.0444032;RO=43;SAF=9;SAR=15;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128491;STB=0.574649;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0262471;OID=.;OPOS=45124286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:15:9:21:22:15:9:21:22 chr7 45124465 . A T 290.48 PASS AF=0.590909;AO=25;DP=43;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0190525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.978;QD=26.4074;RBI=0.0196441;REFB=-0.0164419;REVB=0.00478475;RO=18;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265795;STB=0.636266;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.010297;OID=.;OPOS=45124465;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:18:18:25:26:0.590909:13:12:15:3:13:13:15:3 chr7 45148667 . G A 319.74 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0102202;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.356;QD=18.2706;RBI=0.0229631;REFB=-0.0128124;REVB=-0.0205634;RO=36;SAF=14;SAR=20;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05676;STB=0.531714;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0149249;OID=.;OPOS=45148667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:36:36:34:34:0.485714:20:14:17:19:20:14:17:19 chr7 45148773 . C A 237.61 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0162433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.85;QD=13.7746;RBI=0.0368528;REFB=-0.0247968;REVB=-0.0330799;RO=40;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150688;STB=0.578456;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0287265;OID=.;OPOS=45148773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:41:28:28:0.405797:12:16:17:23:12:16:18:23 chr7 45703971 . G A 1325.96 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.028327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.783;QD=60.9635;RBI=0.0545213;REFB=-0.0461067;REVB=0.0465849;RO=1;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106464;STB=0.505617;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000330705;OID=.;OPOS=45703971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:1:1:86:86:0.988506:44:42:0:1:44:42:0:1 chr7 45765234 . G T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7429;QD=56.9562;RBI=0.0470385;REFB=0;REVB=-0.0231642;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105283;OID=.;OPOS=45765234;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr7 46732428 . A G 1428.16 PASS AF=0.970874;AO=99;DP=103;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.02186;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.506;QD=55.4624;RBI=0.0223907;REFB=-0.149189;REVB=0.00484599;RO=1;SAF=58;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810884;STB=0.502592;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00074396;OID=.;OPOS=46732428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:103:1:3:99:100:0.970874:41:58:1:0:42:58:2:1 chr7 47323456 . A G 791.04 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.506;QD=56.5032;RBI=0.0136099;REFB=0;REVB=0.00285106;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124219;OID=.;OPOS=47323456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:32:23:0:0:33:23:0:0 chr7 47344502 . G A 208.33 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00479469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.97;QD=11.4154;RBI=0.0147355;REFB=-0.0094772;REVB=0.0139337;RO=47;SAF=16;SAR=10;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714871;STB=0.541452;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0167932;OID=.;OPOS=47344502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:10:16:26:21:10:16:26:21 chr7 47481602 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.392;QD=62.0213;RBI=0.0193912;REFB=0;REVB=-0.0162217;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33179e-05;OID=.;OPOS=47481602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr7 47568719 . G A 327.62 PASS AF=0.373832;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.00998635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.165;QD=12.2476;RBI=0.0106397;REFB=-0.0135073;REVB=-0.00367105;RO=66;SAF=16;SAR=24;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273759;STB=0.521225;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0175553;OID=.;OPOS=47568719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:66:67:40:40:0.373832:24:16:28:38:24:16:29:38 chr7 47851623 . C T 185.88 PASS AF=0.433962;AO=20;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00752685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.244;QD=14.0285;RBI=0.0149219;REFB=-0.0111609;REVB=-0.0128845;RO=28;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046966;STB=0.539595;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0302436;OID=.;OPOS=47851623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:30:20:23:0.433962:13:7:11:17:13:10:11:19 chr7 47852837 . C T 402.07 PASS AF=0.44;AO=43;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.00296733;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.68;QD=16.0829;RBI=0.0180441;REFB=-0.000101993;REVB=-0.0177985;RO=56;SAF=14;SAR=29;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167097;STB=0.583294;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=9.02032e-05;OID=.;OPOS=47852837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:56:43:44:0.44:29:14:27:29:29:15:27:29 chr7 47854956 . C T 985.79 PASS AF=0.490291;AO=100;DP=210;FAO=101;FDP=206;FR=.;FRO=105;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=64;FSRR=41;FWDB=0.0241304;FXX=0.0283006;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.312;QD=19.1416;RBI=0.0460448;REFB=-0.0281012;REVB=0.0392154;RO=94;SAF=58;SAR=42;SRF=59;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436008;STB=0.518478;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0259137;OID=.;OPOS=47854956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:206:94:105:100:101:0.490291:42:58:59:35:43:58:64:41 chr7 47872845 . A G 1336.67 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3627;QD=62.1705;RBI=0.0357667;REFB=0;REVB=0.0305346;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266083;OID=.;OPOS=47872845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:86:0:0:82:86:1:45:37:0:0:48:38:0:0 chr7 47879049 . G A 1038.25 PASS AF=0.538043;AO=99;DP=184;FAO=99;FDP=184;FR=.;FRO=85;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=-0.00642758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.459;QD=22.5707;RBI=0.00854003;REFB=-0.00485568;REVB=-0.00562302;RO=84;SAF=54;SAR=45;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00183472;STB=0.501992;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00408148;OID=.;OPOS=47879049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:84:85:99:99:0.538043:45:54:46:38:45:54:46:39 chr7 47913579 . T C 1126.82 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0056482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.636;QD=57.7858;RBI=0.0186354;REFB=-0.0494053;REVB=0.0177589;RO=2;SAF=29;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315159;STB=0.516662;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.000303797;OID=.;OPOS=47913579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:47:29:2:0:47:29:2:0 chr7 47925331 . C G 1190.99 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.529;QD=61.0764;RBI=0.050524;REFB=0;REVB=0.0139203;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23084e-05;OID=.;OPOS=47925331;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:36:40:0:0:37:41:0:0 chr7 47968927 . C A 784.93 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00317498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.506;QD=64.0761;RBI=0.0354576;REFB=0;REVB=0.0353152;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20811e-05;OID=.;OPOS=47968927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:45:49:1:20:25:0:0:23:26:0:0 chr7 47971575 . A G 1487.42 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.949;QD=62.6282;RBI=0.0377512;REFB=0;REVB=0.0117422;RO=1;SAF=47;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998082;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204219;OID=.;OPOS=47971575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:1:0:93:95:1:46:47:1:0:46:49:0:0 chr7 48004962 . C T 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.566;QD=56.9553;RBI=0.0114519;REFB=0;REVB=0.00520051;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01513e-05;OID=.;OPOS=48004962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr7 48028462 . AT A 40.12 PASS AF=0.241071;AO=38;DP=112;FAO=27;FDP=112;FR=.;FRO=85;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=0.0270625;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.02743;QD=1.43272;RBI=0.118143;REFB=-0.0477673;REVB=-0.115002;RO=62;SAF=20;SAR=18;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594795;STB=0.560394;STBP=0.466;TYPE=del;VARB=-0.0273015;OID=.;OPOS=48028463;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.241071:38:112:27:112:85:17:10:47:38:40:62:20:18:36:26 chr7 48086077 . C T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.165;QD=58.5997;RBI=0.0180453;REFB=0;REVB=0.0178044;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08151e-05;OID=.;OPOS=48086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr7 48086161 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.209;QD=62.0205;RBI=0.0548477;REFB=0;REVB=0.03999;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32933e-05;OID=.;OPOS=48086161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr7 48089542 . T C 1035.88 PASS AF=1;AO=58;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646032;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1262;QD=59.1933;RBI=0.0646758;REFB=0;REVB=0.00306356;RO=0;SAF=40;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492475;OID=.;OPOS=48089542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:70:0:0:58:70:1:18:40:0:0:19:51:0:0 chr7 48089571 . C A 766.31 PASS AF=0.965517;AO=30;DP=55;FAO=56;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.136433;FXX=0.0491723;HRUN=7;LEN=1;MLLD=84.8618;QD=52.8487;RBI=0.138431;REFB=0.00945021;REVB=0.0234316;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508979;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.000104549;OID=.;OPOS=48089571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:58:0:2:30:56:0.965517:12:18:0:0:16:40:1:1 chr7 48092486 . T C 392.87 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.14;QD=56.1238;RBI=0.0615495;REFB=0;REVB=0.0411508;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397087;OID=.;OPOS=48092486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:14:13:0:0:14:14:0:0 chr7 48285485 . C T 1713.22 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.67;QD=60.6451;RBI=0.0183497;REFB=0;REVB=-0.00476689;RO=0;SAF=68;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11249e-05;OID=.;OPOS=48285485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:45:68:0:0:45:68:0:0 chr7 48312674 . G A 1332.91 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472051;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.682;QD=61.9956;RBI=0.00475215;REFB=0;REVB=-0.000547388;RO=0;SAF=34;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000869305;OID=.;OPOS=48312674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:51:34:0:0:51:35:0:0 chr7 48315796 . C A 979.7 PASS AF=1;AO=64;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024133;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.971;QD=59.3756;RBI=0.028793;REFB=0;REVB=0.0157046;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149288;OID=.;OPOS=48315796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:64:66:1:33:31:0:0:34:32:0:0 chr7 48318811 . C G,T 694.54 PASS AF=0.0444444,0.955556;AO=2,43;DP=45;FAO=2,43;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271174,-0.0163199;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=27.2339,183.109;QD=61.7369;RBI=0.0271901,0.0163474;REFB=0,0;REVB=0.00198763,-0.00094664;RO=0;SAF=1,24;SAR=1,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.092752,-0.00148332;OID=.,.;OPOS=48318811,48318811;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:45:45:0:0:2,43:2,43:0.0444444,0.955556:1,19:1,24:0:0:1,19:1,24:0:0 chr7 48321010 . G A 428.77 PASS AF=0.518072;AO=26;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00670385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4898;QD=20.6634;RBI=0.0579893;REFB=-0.0422163;REVB=0.0576005;RO=40;SAF=20;SAR=6;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386735;STB=0.575484;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0445496;OID=.;OPOS=48321010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:26:43:0.518072:6:20:17:23:18:25:17:23 chr7 48336844 . C T 1748.84 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0939872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.597;QD=60.8293;RBI=0.0945181;REFB=0;REVB=0.0100046;RO=0;SAF=52;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188598;OID=.;OPOS=48336844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:113:115:1:61:52:0:0:63:52:0:0 chr7 48443570 . G A 430.12 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0049954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.276;QD=22.6379;RBI=0.0276082;REFB=0.0195622;REVB=-0.0271525;RO=34;SAF=19;SAR=23;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334267;STB=0.518392;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.0151306;OID=.;OPOS=48443570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:23:19:14:20:23:19:14:20 chr7 48450157 . T C 475.36 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=115;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.000532772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.608;QD=16.5341;RBI=0.00734315;REFB=-0.0195271;REVB=-0.00732379;RO=63;SAF=30;SAR=22;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220829;STB=0.622894;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0244437;OID=.;OPOS=48450157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:63:63:52:52:0.452174:22:30:22:41:22:30:22:41 chr7 48494777 . G A 219.06 PASS AF=0.307692;AO=28;DP=91;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0208047;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.246;QD=9.62899;RBI=0.0358374;REFB=-0.026769;REVB=-0.0291802;RO=62;SAF=16;SAR=12;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305222;STB=0.511246;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0490672;OID=.;OPOS=48494777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:62:63:28:28:0.307692:12:16:37:25:12:16:37:26 chr7 48545976 . A G 1302.09 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00674223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.223;QD=62.0041;RBI=0.0175148;REFB=0;REVB=0.0161651;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54714e-05;OID=.;OPOS=48545976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:45:39:0:0:45:39:0:0 chr7 48964322 . G T 1296.91 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283915;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.605;QD=61.7576;RBI=0.0301141;REFB=0;REVB=0.010039;RO=1;SAF=46;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101845;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23117e-05;OID=.;OPOS=48964322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:1:0:82:84:1:36:46:1:0:36:48:0:0 chr7 48964751 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.661;QD=58.9623;RBI=0.0179419;REFB=0;REVB=-0.0141036;RO=0;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121145;OID=.;OPOS=48964751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:23:43:0:0:23:43:0:0 chr7 48965000 . G A 581.11 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381071;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.012;QD=59.6007;RBI=0.0416251;REFB=0;REVB=0.0167481;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153346;OID=.;OPOS=48965000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:38:39:1:17:21:0:0:18:21:0:0 chr7 48965426 . CA C,CG 114.4 PASS AF=0.727273,0.272727;AO=7,3;DP=11;FAO=8,3;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6,2;FSAR=2,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054945,0.00319872;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=99.9138,91.2758;QD=41.6013;RBI=0.0583113,0.0522981;REFB=0,0;REVB=0.0195257,-0.0522002;RO=0;SAF=6,2;SAR=1,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00173543,0.0202752;OID=.,.;OPOS=48965427,48965427;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.727273,0.272727:7,3:11:8,3:11:0:6,2:2,1:0:0:15:0:6,2:1,1:0:0 chr7 50173777 . A G 437.43 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00143498;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=211.846;QD=21.6018;RBI=0.0129508;REFB=0.00128572;REVB=0.012871;RO=38;SAF=29;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157928;STB=0.587435;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00113934;OID=.;OPOS=50173777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:14:29:19:19:14:29:19:19 chr7 50175681 . C T 713.45 PASS AF=0.507246;AO=70;DP=137;FAO=70;FDP=138;FR=.;FRO=68;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0132695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.224;QD=20.6798;RBI=0.0148541;REFB=-0.0168748;REVB=-0.0066757;RO=67;SAF=40;SAR=30;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173577;STB=0.51368;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.02497;OID=.;OPOS=50175681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:67:68:70:70:0.507246:30:40:37:30:30:40:37:31 chr7 50180972 . C T 478.94 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.000319152;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.336;QD=16.5152;RBI=0.0166465;REFB=-0.0130545;REVB=-0.0166434;RO=63;SAF=32;SAR=20;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925515;STB=0.547927;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0136438;OID=.;OPOS=50180972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:63:64:52:52:0.448276:20:32:33:30:20:32:34:30 chr7 50436033 . A G 327.35 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0212986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.222;QD=17.6943;RBI=0.0236384;REFB=0.000215479;REVB=-0.0102538;RO=39;SAF=13;SAR=22;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183807;STB=0.602916;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00032355;OID=.;OPOS=50436033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:22:13:22:17:22:13:22:17 chr7 50611735 . T C 2246.51 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000150335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4789;QD=62.8396;RBI=0.0121779;REFB=0;REVB=-0.012177;RO=1;SAF=69;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684167;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38214e-05;OID=.;OPOS=50611735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:143:143:1:0:142:143:1:73:69:1:0:73:70:0:0 chr7 50660438 . T C 1540.36 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.141;QD=59.8199;RBI=0.0433643;REFB=0;REVB=0.0386151;RO=0;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.04296e-05;OID=.;OPOS=50660438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:49:54:0:0:49:54:0:0 chr7 50673029 . T C 1250.16 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0266738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.761;QD=60.2487;RBI=0.0359755;REFB=-0.106648;REVB=0.02414;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000278253;OID=.;OPOS=50673029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:83:0:1:81:82:0.987952:44:37:0:0:45:37:1:0 chr7 51093013 . A T 59.34 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.102785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9819;QD=15.8245;RBI=0.108943;REFB=-0.129393;REVB=0.0361067;RO=7;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379034;STB=0.72356;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0678517;OID=.;OPOS=51093013;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:2:6:2:5:2:6:2:5 chr7 51096036 . G C 250.19 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.060008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4085;QD=26.3358;RBI=0.0634967;REFB=-0.0205153;REVB=0.0207577;RO=15;SAF=6;SAR=17;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392677;STB=0.718116;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.011389;OID=.;OPOS=51096036;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:17:6:12:3:17:6:12:3 chr7 51096974 . C T 901.98 PASS AF=0.526627;AO=88;DP=168;FAO=89;FDP=169;FR=.;FRO=80;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=0.00205143;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.974;QD=21.3486;RBI=0.00560441;REFB=-0.0105139;REVB=0.00521546;RO=80;SAF=49;SAR=39;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160401;STB=0.506355;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00947479;OID=.;OPOS=51096974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:80:80:88:89:0.526627:39:49:46:34:39:50:46:34 chr7 51097063 . T G 1690.1 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.463;QD=60.3607;RBI=0.0212468;REFB=0;REVB=0.0136553;RO=0;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13448e-05;OID=.;OPOS=51097063;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:112:0:0:109:112:1:55:54:0:0:55:57:0:0 chr7 51098567 . GTCT G 570.52 PASS AF=0.431655;AO=56;DP=148;FAO=60;FDP=139;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.000960066;FXX=0.0544181;HRUN=1;LEN=3;MLLD=241.275;QD=16.418;RBI=0.0158732;REFB=-0.0049821;REVB=0.0158441;RO=81;SAF=23;SAR=33;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139663;STB=0.556018;STBP=0.273;TYPE=del;VARB=0.00664822;OID=.;OPOS=51098568;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431655:56:148:60:139:79:26:34:42:37:99:81:23:33:44:37 chr7 51287470 . A G 955.15 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00894323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6523;QD=58.7787;RBI=0.0109256;REFB=0;REVB=0.006276;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33643e-05;OID=.;OPOS=51287470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr7 53103371 . G T 1138.03 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.110652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8242;QD=59.1186;RBI=0.122323;REFB=-0.0503541;REVB=0.0521465;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00209708;OID=.;OPOS=53103371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:0:1:75:76:0.987013:33:42:0:0:34:42:0:1 chr7 53103382 . G T 1256.08 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0394209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.276;QD=59.1098;RBI=0.045981;REFB=-0.0767608;REVB=0.0236695;RO=2;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242725;STB=0.512817;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00121085;OID=.;OPOS=53103382;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:38:45:0:2:38:45:0:2 chr7 53103673 . C A,G 599.98 PASS AF=0.869565,0.0434783;AO=40,2;DP=46;FAO=40,2;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=20,1;FSAR=20,1;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0164257,-0.0176715;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=169.685,40.9091;QD=52.1718;RBI=0.019013,0.0283286;REFB=-0.0822181,-0.0275597;REVB=0.00957541,0.0221411;RO=2;SAF=20,1;SAR=20,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.522716,0.665181;STBP=0.377,0.732;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00024823,0.0626859;OID=.,.;OPOS=53103673,53103673;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:46:46:2:4:40,2:40,2:0.869565,0.0434783:20,1:20,1:1:1:20,1:20,1:1:3 chr7 53103788 . G A 162.08 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.00656118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.487;QD=9.00461;RBI=0.0203666;REFB=-0.00647027;REVB=-0.0192808;RO=50;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163084;STB=0.595772;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00642833;OID=.;OPOS=53103788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:50:22:22:0.305556:12:10:16:34:12:10:16:34 chr7 53104078 . G A 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.374;QD=60.5464;RBI=0.0350623;REFB=0;REVB=0.0309003;RO=0;SAF=18;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8549e-05;OID=.;OPOS=53104078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:57:18:0:0:57:18:0:0 chr7 53557963 . A G 1438.53 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.019;QD=61.8724;RBI=0.0236441;REFB=-0.0897272;REVB=-0.000122067;RO=1;SAF=62;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00758573;STB=0.503999;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-1.13069e-05;OID=.;OPOS=53557963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:30:62:1:0:30:62:1:0 chr7 53558015 . G T 1570.63 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.13;QD=58.7153;RBI=0.0346739;REFB=-0.0521598;REVB=0.0315293;RO=1;SAF=64;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735807;STB=0.506023;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=4.48823e-05;OID=.;OPOS=53558015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:105:106:0.990654:41:64:1:0:41:65:0:1 chr7 55229255 . G A 576.78 PASS AF=0.462687;AO=60;DP=133;FAO=62;FDP=134;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0179545;FXX=0.00740686;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.841;QD=17.2174;RBI=0.0284386;REFB=-0.00126506;REVB=0.0220542;RO=73;SAF=29;SAR=31;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308896;STB=0.529841;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00270728;OID=.;OPOS=55229255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:73:72:60:62:0.462687:31:29:33:40:31:31:32:40 chr7 55238874 . T A 444.76 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0125658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.403;QD=20.4487;RBI=0.0197411;REFB=0.00349266;REVB=0.0152254;RO=41;SAF=29;SAR=15;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000537781;STB=0.504346;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.00522498;OID=.;OPOS=55238874;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:43:44:44:0.505747:15:29:27:14:15:29:28:15 chr7 55266417 . T C 1582.11 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.14;QD=59.7025;RBI=0.0206551;REFB=0;REVB=0.0180419;RO=0;SAF=58;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67641e-06;OID=.;OPOS=55266417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:47:58:0:0:47:59:0:0 chr7 55268916 . C T 457.56 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00500009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.05;QD=20.5646;RBI=0.00681286;REFB=-0.00182545;REVB=-0.00462754;RO=43;SAF=26;SAR=19;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385348;STB=0.516286;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00151265;OID=.;OPOS=55268916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:44:45:45:0.505618:19:26:23:20:19:26:24:20 chr7 55459563 . A G 300.48 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00262159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.276;QD=23.1137;RBI=0.00344894;REFB=-0.0197459;REVB=0.00224108;RO=22;SAF=16;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12937;STB=0.571381;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00858323;OID=.;OPOS=55459563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:14:16:8:14:14:16:8:14 chr7 55499058 . A G 711.63 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00650949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.447;QD=52.7133;RBI=0.031835;REFB=-0.142529;REVB=0.0311623;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.51666;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00113759;OID=.;OPOS=55499058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:0:2:52:52:0.962963:23:29:0:0:23:29:2:0 chr7 55540707 . G A 118.33 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0165655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.247;QD=12.7924;RBI=0.0454964;REFB=-0.0199507;REVB=-0.0423734;RO=23;SAF=11;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319567;STB=0.690285;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.020858;OID=.;OPOS=55540707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:3:11:12:11:3:11:12:11 chr7 55750390 . A G 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.777;QD=59.5018;RBI=0.0147384;REFB=0;REVB=0.00428969;RO=0;SAF=50;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.45441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27493e-05;OID=.;OPOS=55750390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:19:50:0:0:19:50:0:0 chr7 56007576 . C T 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0348428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.536;QD=22.7945;RBI=0.126084;REFB=-0.022224;REVB=-0.121174;RO=21;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655076;STB=0.536555;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0149124;OID=.;OPOS=56007576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:11:13:13:8:11:13:13:8 chr7 56047572 . C T 229.56 PASS AF=0.415385;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0560197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1653;QD=14.1266;RBI=0.0562132;REFB=-0.000535937;REVB=-0.00466058;RO=38;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12155;STB=0.578174;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00199766;OID=.;OPOS=56047572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:38:38:26:27:0.415385:12:14:16:22:12:15:16:22 chr7 56087374 . C T 32.62 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0320607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0315;QD=1.97682;RBI=0.0324017;REFB=-0.0220219;REVB=0.00468848;RO=59;SAF=3;SAR=4;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731514;STB=0.55636;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.045041;OID=.;OPOS=56087374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:59:59:7:7:0.106061:4:3:29:30:4:3:29:30 chr7 56087379 . T C 31.05 PASS AF=0.1;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0158521;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.925;QD=1.77414;RBI=0.0231043;REFB=-0.00546917;REVB=-0.0168083;RO=64;SAF=3;SAR=4;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994525;STB=0.571225;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0431816;OID=.;OPOS=56087379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:71:70:64:63:7:7:0.1:4:3:33:31:4:3:32:31 chr7 56087399 . G A 31.41 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=69;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0103534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.793;QD=1.82115;RBI=0.0519019;REFB=0.00227701;REVB=0.0508588;RO=62;SAF=2;SAR=5;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282354;STB=0.719541;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.0465824;OID=.;OPOS=56087399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:62:62:7:7:0.101449:5:2:33:29:5:2:33:29 chr7 56088780 . G A 64.86 PASS AF=0.139785;AO=13;DP=93;FAO=13;FDP=93;FR=.;FRO=80;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.0157761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.105;QD=2.78986;RBI=0.0405515;REFB=0.00116757;REVB=-0.0373569;RO=79;SAF=11;SAR=2;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447475;STB=0.812097;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00547667;OID=.;OPOS=56088780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:93:93:79:80:13:13:0.139785:2:11:40:39:2:11:41:39 chr7 56088786 . A T 72.33 PASS AF=0.147368;AO=14;DP=95;FAO=14;FDP=95;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.000873018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.27;QD=3.04543;RBI=0.0138916;REFB=-0.00258885;REVB=-0.0138641;RO=81;SAF=11;SAR=3;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364181;STB=0.75161;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0202981;OID=.;OPOS=56088786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:95:95:81:81:14:14:0.147368:3:11:41:40:3:11:41:40 chr7 56088789 . G A 71.71 PASS AF=0.145833;AO=14;DP=96;FAO=14;FDP=96;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.0141844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.084;QD=2.98807;RBI=0.0499542;REFB=0.00104956;REVB=-0.047898;RO=79;SAF=11;SAR=3;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339092;STB=0.748045;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00589137;OID=.;OPOS=56088789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:96:96:79:82:14:14:0.145833:3:11:42:37:3:11:42:40 chr7 56088811 . T C 71.77 PASS AF=0.145833;AO=14;DP=96;FAO=14;FDP=96;FR=.;FRO=82;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.0134924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.869;QD=2.99031;RBI=0.0157082;REFB=-0.00614967;REVB=0.00804383;RO=82;SAF=10;SAR=4;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29969;STB=0.705409;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0309989;OID=.;OPOS=56088811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:96:96:82:82:14:14:0.145833:4:10:39:43:4:10:39:43 chr7 56088825 . T A 71.35 PASS AF=0.14433;AO=14;DP=97;FAO=14;FDP=97;FR=.;FRO=83;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.00311831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.452;QD=2.94224;RBI=0.00722359;REFB=-0.00441156;REVB=0.00651586;RO=83;SAF=10;SAR=4;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292542;STB=0.701201;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0185994;OID=.;OPOS=56088825;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:97:97:83:83:14:14:0.14433:4:10:40:43:4:10:40:43 chr7 56088902 . C T 59.21 PASS AF=0.15942;AO=11;DP=69;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0227833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.702;QD=3.43229;RBI=0.0232464;REFB=-0.00657174;REVB=0.00461688;RO=58;SAF=5;SAR=6;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957016;STB=0.564402;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0343351;OID=.;OPOS=56088902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:69:69:58:58:11:11:0.15942:6:5:22:36:6:5:22:36 chr7 56088907 . GC CT 64.6 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=34;FWDB=-0.0321073;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=2;MLLD=268.505;QD=4.87538;RBI=0.0348963;REFB=-0.00902453;REVB=-0.0136703;RO=42;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303052;STB=0.671985;STBP=0.321;TYPE=mnp;VARB=0.032867;OID=.;OPOS=56088907;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:54:53:42:43:10:10:0.188679:6:4:8:34:6:4:9:34 chr7 56122076 . A T 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=6;FWDB=-0.0102677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.127;QD=13.224;RBI=0.0192547;REFB=-0.0152428;REVB=0.0162886;RO=36;SAF=18;SAR=6;SRF=30;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125926;STB=0.571374;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0231833;OID=.;OPOS=56122076;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:6:18:30:6:6:18:30:6 chr7 56126360 . T C 229.46 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0536621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0001;QD=14.1206;RBI=0.0536711;REFB=-0.0279726;REVB=-0.000987607;RO=38;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122997;STB=0.570063;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0487081;OID=.;OPOS=56126360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:11:16:18:20:11:16:18:20 chr7 56136260 . C A 2375.29 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000336004;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.909;QD=64.1969;RBI=0.0757032;REFB=0;REVB=0.0757025;RO=0;SAF=84;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.04697e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18741e-05;OID=.;OPOS=56136260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:148:0:0:146:148:1:62:84:0:0:64:84:0:0 chr7 56174115 . A C 734.31 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0549659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.335;QD=61.1923;RBI=0.0583768;REFB=-0.133721;REVB=-0.019662;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00138881;OID=.;OPOS=56174115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:23:24:0:0:23:24:1:0 chr7 56879552 . T C 363.07 PASS AF=0.30625;AO=49;DP=159;FAO=49;FDP=160;FR=.;FRO=111;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=63;FSRR=48;FWDB=-0.0129007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.41;QD=9.07671;RBI=0.0329885;REFB=-0.00925608;REVB=-0.0303614;RO=110;SAF=25;SAR=24;SRF=62;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636909;STB=0.539861;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0231343;OID=.;OPOS=56879552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:110:111:49:49:0.30625:24:25:62:48:24:25:63:48 chr7 57187595 . A C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.014;QD=45.8068;RBI=0.0443352;REFB=0;REVB=0.034819;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000794721;OID=.;OPOS=57187595;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr7 57238635 . G A 1464.4 PASS AF=0.989583;AO=89;DP=92;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0121002;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7578;QD=61.0165;RBI=0.0221707;REFB=-0.0655334;REVB=0.0185776;RO=1;SAF=40;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117006;STB=0.505746;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0030054;OID=.;OPOS=57238635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:96:1:1:89:95:0.989583:49:40:1:0:52:43:1:0 chr7 57242225 . T C 1277.25 PASS AF=0.911765;AO=97;DP=106;FAO=93;FDP=102;FR=.;FRO=9;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0105841;FXX=0.0377323;HRUN=8;LEN=1;MLLD=216.031;QD=50.0883;RBI=0.0342819;REFB=-0.0452261;REVB=0.0326072;RO=9;SAF=57;SAR=40;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131209;STB=0.508728;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.000195143;OID=.;OPOS=57242225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:106:102:9:9:97:93:0.911765:40:57:6:3:40:53:6:3 chr7 57255384 . C T 119.77 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0100553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.076;QD=7.98494;RBI=0.012987;REFB=-0.0127715;REVB=-0.00821906;RO=43;SAF=5;SAR=12;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317035;STB=0.69162;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0227027;OID=.;OPOS=57255384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:43:17:17:0.283333:12:5:24:19:12:5:24:19 chr7 57257162 . A C 1795.64 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.048;QD=60.869;RBI=0.0335782;REFB=0;REVB=-0.00113443;RO=0;SAF=65;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47649e-05;OID=.;OPOS=57257162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:52:65:0:0:53:65:0:0 chr7 57257957 . G A 118.59 PASS AF=0.204301;AO=19;DP=93;FAO=19;FDP=93;FR=.;FRO=74;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=27;FWDB=-0.0445694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.513;QD=5.10083;RBI=0.0515642;REFB=-0.00533743;REVB=-0.0259312;RO=74;SAF=13;SAR=6;SRF=47;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687582;STB=0.543679;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0278947;OID=.;OPOS=57257957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:74:74:19:19:0.204301:6:13:47:27:6:13:47:27 chr7 57260032 . GA G 1057.64 PASS AF=1;AO=68;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.014;QD=58.7579;RBI=0.0247917;REFB=0;REVB=0.0159956;RO=1;SAF=40;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116708;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.43258e-05;OID=.;OPOS=57260033;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:72:72:72:0:43:29:0:0:6:1:40:28:1:0 chr7 57528997 . T C 34.88 PASS AF=0.26087;AO=4;DP=21;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0540708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.55;QD=6.06628;RBI=0.054226;REFB=-0.0119877;REVB=-0.00409921;RO=17;SAF=4;SAR=0;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.620122;STB=0.516075;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0500067;OID=.;OPOS=57528997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:21:23:17:17:4:6:0.26087:0:4:11:6:2:4:11:6 chr7 57529392 . A C 109.09 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0340958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1805;QD=25.6682;RBI=0.0513174;REFB=-0.013208;REVB=0.0383529;RO=5;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198498;STB=0.611467;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0106921;OID=.;OPOS=57529392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:5:7:1:4:5:7:1:4 chr7 63225682 . A G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00313111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.159;QD=30.7902;RBI=0.0416333;REFB=0.0158505;REVB=0.0415154;RO=1;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978599;STB=0.555418;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000633362;OID=.;OPOS=63225682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:4:4:1:0:4:4:1:0 chr7 63225725 . C T 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0513524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.452;QD=30.5927;RBI=0.128063;REFB=-0.0848496;REVB=-0.117316;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687795;STB=0.517207;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0135274;OID=.;OPOS=63225725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:1:2:10:10:0.833333:4:6:1:0:4:6:1:1 chr7 63225803 . T A 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00445511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.602;QD=45.1039;RBI=0.0524809;REFB=-0.0759606;REVB=0.0522915;RO=1;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367456;STB=0.519978;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00747845;OID=.;OPOS=63225803;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:12:6:0:1:12:6:0:1 chr7 63225821 . A T 207.65 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0017626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.57;QD=48.8589;RBI=0.0844195;REFB=0;REVB=0.0844011;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012142;OID=.;OPOS=63225821;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:10:5:0:0:12:5:0:0 chr7 63225842 . A T 296.47 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.765;QD=51.5595;RBI=0.0248703;REFB=0;REVB=0.0211423;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221398;OID=.;OPOS=63225842;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:13:9:0:0:14:9:0:0 chr7 63225873 . C T 178.59 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0353603;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.149;QD=37.5974;RBI=0.0813079;REFB=-0.0423628;REVB=0.0732163;RO=3;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181457;STB=0.599873;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00230622;OID=.;OPOS=63225873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:20:19:3:3:16:16:0.842105:10:6:3:0:10:6:3:0 chr7 63529956 . G A 164.13 PASS AF=0.372549;AO=20;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0315911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.287;QD=12.8732;RBI=0.0321566;REFB=-0.00574492;REVB=-0.00600396;RO=31;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696766;STB=0.516511;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00621673;OID=.;OPOS=63529956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:32:20:19:0.372549:9:11:15:16:9:10:16:16 chr7 63537849 . G A 423.81 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.000823697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.69;QD=21.1906;RBI=0.00722584;REFB=-0.00442667;REVB=0.00717874;RO=38;SAF=20;SAR=22;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881088;STB=0.548671;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00351115;OID=.;OPOS=63537849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:22:20:22:16:22:20:22:16 chr7 63565953 . A C 225.88 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00344066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.294;QD=13.2872;RBI=0.00922701;REFB=-0.0163428;REVB=0.00856151;RO=41;SAF=12;SAR=15;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197996;STB=0.612822;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0366786;OID=.;OPOS=63565953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:15:12:26:15:15:12:26:15 chr7 63566387 . A ATGT 185.87 PASS AF=0.383333;AO=22;DP=63;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0124846;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=3;MLLD=200.228;QD=12.391;RBI=0.0137554;REFB=0.000577249;REVB=0.00577443;RO=39;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00774881;STB=0.501474;STBP=0.998;TYPE=ins;VARB=-0.000611739;OID=.;OPOS=63566388;OREF=-;OALT=TGT;OMAPALT=ATGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.383333:22:63:23:60:37:13:10:21:16:99:39:12:10:21:18 chr7 63568887 . A ATAACT 168.07 PASS AF=0.267442;AO=22;DP=93;FAO=23;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0135211;FXX=0.0652103;HRUN=1;LEN=5;MLLD=248.367;QD=7.81715;RBI=0.0269168;REFB=-0.0261062;REVB=-0.0232743;RO=65;SAF=13;SAR=9;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213273;STB=0.610296;STBP=0.218;TYPE=ins;VARB=0.0552232;OID=.;OPOS=63568888;OREF=-;OALT=TAACT;OMAPALT=ATAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.267442:22:93:23:86:63:13:10:26:37:99:65:13:9:27:38 chr7 63570733 . T C 623.6 PASS AF=0.564815;AO=60;DP=107;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.0186583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.979;QD=23.0964;RBI=0.0186604;REFB=-0.00958114;REVB=-0.000282223;RO=45;SAF=29;SAR=31;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143407;STB=0.582045;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00742744;OID=.;OPOS=63570733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:45:47:60:61:0.564815:31:29:30:15:31:30:32:15 chr7 63679733 . A G 403.07 PASS AF=0.44;AO=41;DP=97;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.00497842;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.766;QD=16.1227;RBI=0.0128839;REFB=-0.0103573;REVB=0.0118832;RO=55;SAF=21;SAR=20;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132522;STB=0.557667;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0146605;OID=.;OPOS=63679733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:55:56:41:44:0.44:20:21:21:34:23:21:21:35 chr7 63680133 . T A 163.71 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0211741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.74;QD=20.4643;RBI=0.0488942;REFB=-0.0261902;REVB=-0.0440716;RO=15;SAF=14;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412924;STB=0.73653;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00984692;OID=.;OPOS=63680133;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:3:14:6:9:3:14:6:9 chr7 63796744 . T C 588.91 PASS AF=0.43662;AO=62;DP=143;FAO=62;FDP=142;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=58;FWDB=0.020615;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.347;QD=16.589;RBI=0.0379538;REFB=-0.00545737;REVB=0.0318671;RO=80;SAF=25;SAR=37;SRF=22;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139131;STB=0.577273;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0121588;OID=.;OPOS=63796744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:80:80:62:62:0.43662:37:25:22:58:37:25:22:58 chr7 63808867 . C A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0383535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.663;QD=20.838;RBI=0.0482268;REFB=-0.0162888;REVB=-0.0292375;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17296;STB=0.599771;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00422561;OID=.;OPOS=63808867;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:6:3:3:2:6:3:3:2 chr7 63981563 . A G 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.141;QD=61.6769;RBI=0.0387711;REFB=0;REVB=0.0350421;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157704;OID=.;OPOS=63981563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr7 63986829 . G C 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00805034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.952;QD=15.1604;RBI=0.00812909;REFB=-0.00779511;REVB=-0.00112874;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172774;STB=0.509987;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0098128;OID=.;OPOS=63986829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:9:7:10:12:9:7:10:12 chr7 64167377 . C G 378.98 PASS AF=0.324138;AO=47;DP=145;FAO=47;FDP=145;FR=.;FRO=98;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=55;FSRR=43;FWDB=0.00542748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.794;QD=10.4547;RBI=0.00655784;REFB=-0.0128975;REVB=0.00368073;RO=98;SAF=21;SAR=26;SRF=55;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133055;STB=0.576902;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0452931;OID=.;OPOS=64167377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:98:98:47:47:0.324138:26:21:55:43:26:21:55:43 chr7 64168164 . A C 383.07 PASS AF=0.326667;AO=49;DP=152;FAO=49;FDP=150;FR=.;FRO=101;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=58;FWDB=-0.0017805;FXX=0.013157;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.8377;QD=10.2152;RBI=0.0320708;REFB=0.00616676;REVB=-0.0320214;RO=102;SAF=26;SAR=23;SRF=42;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138264;STB=0.57024;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00921195;OID=.;OPOS=64168164;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:150:102:101:49:49:0.326667:23:26:42:60:23:26:43:58 chr7 64169019 . G A 690.72 PASS AF=0.978261;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0161748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.581;QD=60.0628;RBI=0.0438226;REFB=-0.0782588;REVB=0.0407283;RO=1;SAF=8;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055118;STB=0.529398;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.000372605;OID=.;OPOS=64169019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:46:1:1:43:45:0.978261:35:8:1:0:37:8:1:0 chr7 64254901 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2588;QD=43.4853;RBI=0.0958976;REFB=0;REVB=-0.0904547;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00628441;OID=.;OPOS=64254901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chr7 64291333 . T A 1788.33 PASS AF=0.991597;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.387;QD=60.1119;RBI=0.0230583;REFB=0.0357572;REVB=-0.00612418;RO=1;SAF=61;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772249;STB=0.504064;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-1.26469e-05;OID=.;OPOS=64291333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:119:1:1:117:118:0.991597:56:61:1:0:57:61:1:0 chr7 64291987 . G A 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0231083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3401;QD=17.5594;RBI=0.0391826;REFB=0.00369454;REVB=-0.0316431;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299893;STB=0.670179;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00661716;OID=.;OPOS=64291987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:11:7:15:6:11:7:15:6 chr7 64291991 . T A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063294;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=321.593;QD=61.3364;RBI=0.00689255;REFB=0;REVB=0.00272872;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34001e-05;OID=.;OPOS=64291991;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr7 64438667 . G A 472.49 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00617106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.725;QD=55.5868;RBI=0.00619839;REFB=-0.161128;REVB=0.000581417;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252499;STB=0.513505;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000490524;OID=.;OPOS=64438667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:15:18:1:0:15:18:1:0 chr7 64439613 . T G 183.02 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00307235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.3561;QD=17.8552;RBI=0.0322246;REFB=-0.0102089;REVB=0.0320778;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250898;STB=0.642708;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0124207;OID=.;OPOS=64439613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:12:7:14:8:12:7:14:8 chr7 64439701 . C T 411.33 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00274959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.001;QD=21.0939;RBI=0.00709019;REFB=-0.00723803;REVB=0.00653533;RO=36;SAF=21;SAR=20;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338146;STB=0.524988;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00669001;OID=.;OPOS=64439701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:37:41:41:0.525641:20:21:17:19:20:21:17:20 chr7 64451656 . G A 442.51 PASS AF=0.536585;AO=43;DP=81;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0258479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6848;QD=21.586;RBI=0.0301152;REFB=-0.00799264;REVB=0.0154537;RO=38;SAF=23;SAR=20;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831944;STB=0.550758;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00797201;OID=.;OPOS=64451656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:38:38:43:44:0.536585:20:23:24:14:21:23:24:14 chr7 64451699 . T C 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.047;QD=62.1618;RBI=0.0123689;REFB=0;REVB=0.00564406;RO=0;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48927e-05;OID=.;OPOS=64451699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:37:48:0:0:37:48:0:0 chr7 64451963 . T C 1138.93 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0242661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.006;QD=59.1651;RBI=0.0498712;REFB=-0.171835;REVB=0.0435694;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00175446;OID=.;OPOS=64451963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:75:76:0.987013:32:43:0:0:32:44:0:1 chr7 64452830 . C T 643.41 PASS AF=0.52459;AO=64;DP=122;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=-0.0109098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.93;QD=21.0955;RBI=0.0320624;REFB=-0.0103921;REVB=-0.0301492;RO=58;SAF=32;SAR=32;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164512;STB=0.590137;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0161929;OID=.;OPOS=64452830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:58:58:64:64:0.52459:32:32:40:18:32:32:40:18 chr7 64453136 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00679864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.391;QD=62.0218;RBI=0.0247652;REFB=0;REVB=0.0238137;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75887e-05;OID=.;OPOS=64453136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr7 64453615 . T C 756.97 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0202351;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7466;QD=61.7931;RBI=0.0384825;REFB=-0.12671;REVB=0.0327329;RO=0;SAF=36;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506846;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00273815;OID=.;OPOS=64453615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:49:0:1:48:48:0.979592:12:36:0:0:12:36:1:0 chr7 64453634 . G A 369.3 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.00552355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.403;QD=25.0372;RBI=0.0525712;REFB=-0.0205523;REVB=0.0522802;RO=23;SAF=24;SAR=12;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134523;STB=0.573295;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0138523;OID=.;OPOS=64453634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:12:24:19:4:12:24:19:4 chr7 64483597 . T C 422.15 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00432059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7418;QD=20.8471;RBI=0.0596419;REFB=-0.0143623;REVB=0.0594852;RO=39;SAF=27;SAR=15;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727646;STB=0.540318;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0185135;OID=.;OPOS=64483597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:15:27:22:17:15:27:22:17 chr7 64863392 . C T 164.08 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00545338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.727;QD=15.2633;RBI=0.025095;REFB=-0.0179324;REVB=-0.0244953;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732477;STB=0.526287;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0263035;OID=.;OPOS=64863392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:25:25:17:18:0.418605:8:9:15:10:8:10:15:10 chr7 64864607 . G A 415.08 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00807655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.141;QD=24.7806;RBI=0.00901288;REFB=-0.0206084;REVB=-0.00400018;RO=27;SAF=13;SAR=27;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152208;STB=0.583624;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.01162;OID=.;OPOS=64864607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:27:40:40:0.597015:27:13:14:13:27:13:14:13 chr7 64864800 . A G 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0107668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0059;QD=12.8688;RBI=0.0772671;REFB=-0.0107822;REVB=0.0765133;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00781564;STB=0.505295;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0216099;OID=.;OPOS=64864800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:10:11:17:15:10:11:17:16 chr7 64864912 . A C 100.73 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0148511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.69;QD=16.1163;RBI=0.0149946;REFB=-2.45519e-05;REVB=-0.00206922;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259131;STB=0.647268;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.000221;OID=.;OPOS=64864912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:2:11:7:5:2:11 chr7 64865118 . A G 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00177237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.258;QD=15.6035;RBI=0.00474897;REFB=0.0024148;REVB=0.00440584;RO=38;SAF=12;SAR=18;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177013;STB=0.599933;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00224641;OID=.;OPOS=64865118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:18:12:22:16:18:12:22:16 chr7 64865280 . G A 826.45 PASS AF=0.455026;AO=86;DP=189;FAO=86;FDP=189;FR=.;FRO=103;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=61;FWDB=-0.0363733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.439;QD=17.4909;RBI=0.0366265;REFB=-0.00135169;REVB=-0.00429873;RO=103;SAF=44;SAR=42;SRF=42;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101928;STB=0.55647;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00188292;OID=.;OPOS=64865280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:103:103:86:86:0.455026:42:44:42:61:42:44:42:61 chr7 65159983 . A G 122.63 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00722531;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.366;QD=9.08383;RBI=0.0123265;REFB=-0.0125011;REVB=-0.00998687;RO=36;SAF=8;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12843;STB=0.566083;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0218526;OID=.;OPOS=65159983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:36:37:17:17:0.314815:9:8:21:15:9:8:21:16 chr7 65279676 . A T 361.36 PASS AF=0.287356;AO=50;DP=174;FAO=50;FDP=174;FR=.;FRO=124;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=64;FSRR=60;FWDB=0.00200311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.341;QD=8.30703;RBI=0.0499342;REFB=-0.0154951;REVB=-0.0498941;RO=124;SAF=25;SAR=25;SRF=64;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195739;STB=0.51149;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0458758;OID=.;OPOS=65279676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:124:124:50:50:0.287356:25:25:64:60:25:25:64:60 chr7 65279757 . A T 262.17 PASS AF=0.245902;AO=22;DP=135;FAO=30;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=86;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=4.5163e-06;FXX=0.140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.812;QD=8.59582;RBI=0.0169834;REFB=-0.0112136;REVB=0.0169834;RO=91;SAF=6;SAR=16;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35194;STB=0.583277;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0380868;OID=.;OPOS=65279757;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:122:91:86:22:30:0.245902:16:6:50:41:18:12:44:42 chr7 65425894 . A G 302.21 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00270386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1093;QD=19.4971;RBI=0.0126997;REFB=0.00350221;REVB=-0.0124085;RO=29;SAF=17;SAR=15;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158627;STB=0.594942;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00230346;OID=.;OPOS=65425894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:30:32:32:0.516129:15:17:10:19:15:17:10:20 chr7 65842543 . C CAT,T 133.38 PASS AF=0.254237,0.0677966;AO=14,4;DP=59;FAO=15,4;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=10,3;FSAR=5,1;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00618983,-0.00572027;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=212.298,80.7403;QD=9.0429;RBI=0.0222242,0.0527253;REFB=-0.00537238,0.00725483;REVB=0.0213448,0.0524141;RO=40;SAF=10,3;SAR=4,1;SRF=24;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.153126,0.176099;STB=0.55256,0.653026;STBP=0.648,0.59;TYPE=ins,snp;VARB=0.00854994,0.000501869;OID=.,.;OPOS=65842544,65842543;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:14,4:15,4:0.254237,0.0677966:4,1:10,3:24:16:5,1:10,3:24:16 chr7 65842545 . T C 141.92 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0178204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4041;QD=9.6219;RBI=0.0186777;REFB=0.00142746;REVB=0.00559356;RO=40;SAF=13;SAR=6;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105939;STB=0.562924;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.0048523;OID=.;OPOS=65842545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:6:13:24:16:6:13:24:16 chr7 65860213 . T TAGAG 91.98 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.009321;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=4;MLLD=304.73;QD=17.5199;RBI=0.00932359;REFB=-0.0160716;REVB=-0.000219534;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108107;STB=0.545376;STBP=0.747;TYPE=ins;VARB=0.0157737;OID=.;OPOS=65860214;OREF=-;OALT=AGAG;OMAPALT=TAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381:10:22:11:21:10:3:8:2:8:80:10:3:7:2:8 chr7 65860264 . CCATAT C 71.47 PASS AF=0.5;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0309899;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=5;MLLD=254.995;QD=15.8811;RBI=0.0334961;REFB=-0.0241038;REVB=0.0127127;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291009;STB=0.588061;STBP=0.633;TYPE=del;VARB=0.0176503;OID=.;OPOS=65860265;OREF=CATAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:8:19:9:18:9:2:7:1:8:67:9:1:7:1:8 chr7 66015630 . C G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.013563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.211;QD=18.3452;RBI=0.0150593;REFB=-0.0184899;REVB=0.00654409;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225993;STB=0.604203;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0167659;OID=.;OPOS=66015630;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:7:10:14:3:7:10:14:4 chr7 66104909 . G A 230.39 PASS AF=0.308511;AO=29;DP=96;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=45;FWDB=-0.0113081;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.011;QD=9.80382;RBI=0.0116364;REFB=0.00103533;REVB=-0.00274479;RO=65;SAF=11;SAR=18;SRF=20;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923243;STB=0.553921;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00187277;OID=.;OPOS=66104909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:65:65:29:29:0.308511:18:11:20:45:18:11:20:45 chr7 66105163 . C G 378.16 PASS AF=0.383333;AO=45;DP=120;FAO=46;FDP=120;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=51;FWDB=-0.0184871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.889;QD=12.6052;RBI=0.0226679;REFB=-0.0118028;REVB=0.0131172;RO=74;SAF=16;SAR=29;SRF=23;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544328;STB=0.525537;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0244281;OID=.;OPOS=66105163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:74:74:45:46:0.383333:29:16:23:51:30:16:23:51 chr7 66147057 . T C 1279.97 PASS AF=0.965909;AO=84;DP=88;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00727412;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.523;QD=58.1806;RBI=0.00820614;REFB=-0.125311;REVB=0.00379842;RO=3;SAF=38;SAR=46;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784722;STB=0.504309;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-8.3065e-05;OID=.;OPOS=66147057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:88:88:3:3:84:85:0.965909:46:38:1:2:46:39:1:2 chr7 66147101 . G A 457.97 PASS AF=0.666667;AO=42;DP=63;FAO=42;FDP=63;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.019369;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=259.047;QD=29.0773;RBI=0.0226617;REFB=-0.0197904;REVB=0.011764;RO=21;SAF=22;SAR=20;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292178;STB=0.515877;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00636042;OID=.;OPOS=66147101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:21:21:42:42:0.666667:20:22:10:11:20:22:10:11 chr7 66147110 . C A 445.64 PASS AF=0.714286;AO=36;DP=52;FAO=40;FDP=56;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0178262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.919;QD=31.8315;RBI=0.0247316;REFB=-0.0291654;REVB=0.0171429;RO=16;SAF=19;SAR=17;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157465;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0213667;OID=.;OPOS=66147110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:56:16:16:36:40:0.714286:17:19:8:8:20:20:8:8 chr7 66147149 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.326;QD=55.0986;RBI=0.037142;REFB=0;REVB=0.00920894;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31109e-05;OID=.;OPOS=66147149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr7 66147178 . C T 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0440262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7366;QD=16.4544;RBI=0.0739076;REFB=-0.0198291;REVB=-0.0593635;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921951;STB=0.555356;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0165079;OID=.;OPOS=66147178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:1:5:3:1:1:5:3:1 chr7 66147656 . G C 314.22 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.000784177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.457;QD=17.2177;RBI=0.00133838;REFB=-0.0131349;REVB=0.00108458;RO=39;SAF=17;SAR=17;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611141;STB=0.534227;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0151281;OID=.;OPOS=66147656;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:17:17:22:17:17:17:22:17 chr7 66147746 . C G 200.28 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00294391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3541;QD=15.1151;RBI=0.0215859;REFB=-0.0120525;REVB=-0.0213842;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115483;STB=0.506573;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0153166;OID=.;OPOS=66147746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:12:11:14:16:12:11:14:16 chr7 68527448 . C G 391.74 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.010715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.055;QD=19.345;RBI=0.0239551;REFB=-0.0156362;REVB=-0.0214251;RO=40;SAF=13;SAR=27;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167231;STB=0.600341;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0137811;OID=.;OPOS=68527448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:41:40:40:0.493827:27:13:20:20:27:13:21:20 chr7 68527587 . A G 95.43 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00164844;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.312;QD=11.5676;RBI=0.00682841;REFB=-0.00197315;REVB=-0.00662645;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035838;STB=0.507759;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00358057;OID=.;OPOS=68527587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:33:20:21:12:12:0.363636:7:5:9:11:7:5:9:12 chr7 68796377 . G A 1972.05 PASS AF=0.970149;AO=130;DP=134;FAO=130;FDP=134;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00567001;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.567;QD=58.8673;RBI=0.00574461;REFB=-0.0113012;REVB=0.000922765;RO=3;SAF=53;SAR=77;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018154;STB=0.512656;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000115984;OID=.;OPOS=68796377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:134:134:3:4:130:130:0.970149:77:53:0:3:77:53:0:4 chr7 70228020 . G T 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0436804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.492;QD=9.47552;RBI=0.0436955;REFB=-0.0130749;REVB=0.00114811;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327763;STB=0.51996;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0209846;OID=.;OPOS=70228020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:6:4:9:12:6:4:9:12 chr7 70597522 . C A 2488.87 PASS AF=0.993939;AO=161;DP=165;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0195519;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2822;QD=60.3363;RBI=0.0778717;REFB=-0.0897442;REVB=0.0753772;RO=1;SAF=84;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563111;STB=0.502958;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00104839;OID=.;OPOS=70597522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:165:1:1:161:164:0.993939:77:84:1:0:80:84:1:0 chr7 70597884 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.544;QD=56.7055;RBI=0.0518809;REFB=0;REVB=0.00289772;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261988;OID=.;OPOS=70597884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr7 70598059 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.501;QD=39.2066;RBI=0.0521092;REFB=0;REVB=-0.0439075;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000626852;OID=.;OPOS=70598059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr7 70885993 . C T 290.84 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0169104;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.311;QD=19.0713;RBI=0.0183985;REFB=-0.0128289;REVB=-0.00724864;RO=30;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163053;STB=0.509085;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0119661;OID=.;OPOS=70885993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:14:17:17:13:14:17:17:13 chr7 71150706 . A T 508.11 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.933;QD=56.4571;RBI=0.022725;REFB=-0.126152;REVB=-0.00481443;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346204;STB=0.518508;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00285044;OID=.;OPOS=71150706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:22:13:1:0:22:13:1:0 chr7 71248676 . C T 919.98 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0482685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3962;QD=57.4985;RBI=0.0542868;REFB=0;REVB=0.0248437;RO=1;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154807;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129848;OID=.;OPOS=71248676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:1:0:63:64:1:30:33:0:1:31:33:0:0 chr7 71571201 . C T 168.97 PASS AF=0.25;AO=24;DP=96;FAO=24;FDP=96;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.0280816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2016;QD=7.04043;RBI=0.039447;REFB=-0.00943703;REVB=-0.0277036;RO=72;SAF=9;SAR=15;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156361;STB=0.595158;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0159149;OID=.;OPOS=71571201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:72:72:24:24:0.25:15:9:36:36:15:9:36:36 chr7 71868288 . G C 31.33 PASS AF=0.122449;AO=8;DP=50;FAO=6;FDP=49;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=42;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.226126;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3462;QD=2.55722;RBI=0.231041;REFB=-0.029139;REVB=-0.0474054;RO=20;SAF=1;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.564898;STB=0.843481;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.204442;OID=.;OPOS=71868288;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:50:49:20:42:8:6:0.122449:7:1:12:8:5:1:24:18 chr7 72023789 . G A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0381201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.701;QD=10.2403;RBI=0.0397521;REFB=-0.00478931;REVB=-0.0112733;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143277;STB=0.58604;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.008152;OID=.;OPOS=72023789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:12:7:5:5:12:7 chr7 72081815 . A G 309.25 PASS AF=0.294964;AO=41;DP=138;FAO=41;FDP=139;FR=.;FRO=98;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=-0.0197552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.434;QD=8.89926;RBI=0.0215879;REFB=-0.0131835;REVB=-0.00870459;RO=96;SAF=21;SAR=20;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145879;STB=0.508595;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0305096;OID=.;OPOS=72081815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:96:98:41:41:0.294964:20:21:48:48:20:21:49:49 chr7 72093957 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.564;QD=57.2019;RBI=0.0468535;REFB=0;REVB=0.0207671;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112722;OID=.;OPOS=72093957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:11:18:0:0:11:19:0:0 chr7 72178756 . C A 301.87 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00593213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.327;QD=14.3747;RBI=0.00795624;REFB=-0.0276804;REVB=-0.00530203;RO=50;SAF=14;SAR=20;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114293;STB=0.564933;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0354796;OID=.;OPOS=72178756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:20:14:26:24:20:14:26:24 chr7 72193864 . T C 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.283;QD=62.3141;RBI=0.0351764;REFB=0;REVB=0.0334047;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30412e-05;OID=.;OPOS=72193864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:41:45:0:0:41:45:0:0 chr7 72193868 . G A 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.188;QD=62.4648;RBI=0.046837;REFB=0;REVB=0.00547721;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121121;OID=.;OPOS=72193868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:41:46:0:0:41:46:0:0 chr7 72209527 . CA C 374.26 PASS AF=0.518868;AO=54;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0340905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.8785;QD=14.1232;RBI=0.0733882;REFB=-0.00598365;REVB=-0.0649897;RO=51;SAF=26;SAR=28;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965489;STB=0.548582;STBP=0.31;TYPE=del;VARB=0.00396491;OID=.;OPOS=72209528;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.518868:54:106:55:106:51:26:29:19:32:99:51:26:28:19:32 chr7 72286028 . C T 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00024365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.047;QD=16.9415;RBI=0.00497828;REFB=-0.000370748;REVB=-0.00497231;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138984;STB=0.579127;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.000585271;OID=.;OPOS=72286028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:10:9:8:16:10:9:8:16 chr7 72413584 . G A 90.53 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0278828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3883;QD=8.04738;RBI=0.0481143;REFB=-0.0140652;REVB=0.0392114;RO=32;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303643;STB=0.676179;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0594739;OID=.;OPOS=72413584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:44:45:32:33:12:12:0.266667:4:8:13:19:4:8:14:19 chr7 72418992 . C T 362.6 PASS AF=0.536232;AO=36;DP=68;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0944243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5604;QD=21.02;RBI=0.10762;REFB=0.00263148;REVB=0.0516348;RO=32;SAF=22;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149254;STB=0.586874;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000474633;OID=.;OPOS=72418992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:32:32:36:37:0.536232:14:22:14:18:14:23:14:18 chr7 72717933 . C T 153.4 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0460825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1558;QD=13.945;RBI=0.0492343;REFB=-0.019439;REVB=-0.0173326;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277166;STB=0.51611;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.031898;OID=.;OPOS=72717933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:9:8:12:15:9:8:12:15 chr7 72727240 . C T 155.83 PASS AF=0.365385;AO=18;DP=53;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00508047;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.368;QD=11.9868;RBI=0.0296267;REFB=-0.0059791;REVB=0.0291878;RO=30;SAF=7;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258328;STB=0.666496;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0130477;OID=.;OPOS=72727240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:30:33:18:19:0.365385:11:7:19:11:12:7:21:12 chr7 72738749 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.997;QD=53.2767;RBI=0.0379811;REFB=0;REVB=-0.0107011;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272928;OID=.;OPOS=72738749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr7 72738762 . CA TG 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186374;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=137.297;QD=48.7365;RBI=0.0396012;REFB=0;REVB=0.0349414;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000626641;OID=.;OPOS=72738762;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr7 72884784 . G A 73.73 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0178673;FXX=0.0689536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5599;QD=5.46131;RBI=0.0203661;REFB=0.00695203;REVB=0.00977445;RO=35;SAF=2;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430617;STB=0.806326;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0132051;OID=.;OPOS=72884784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:58:54:35:43:11:11:0.203704:9:2:18:17:9:2:24:19 chr7 72951204 . G A 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0182978;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.391;QD=17.0333;RBI=0.0233433;REFB=-0.0201413;REVB=-0.0144948;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12534;STB=0.571352;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0241572;OID=.;OPOS=72951204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:8:10:15:7:8:10:15:7 chr7 72967998 . G GA 43.61 PASS AF=0.193182;AO=21;DP=89;FAO=17;FDP=88;FR=.;FRO=71;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=-0.0168072;FXX=0.0329634;HRUN=0;LEN=1;MLLD=61.0529;QD=1.98208;RBI=0.0815615;REFB=-0.004307;REVB=-0.079811;RO=66;SAF=3;SAR=18;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.609043;STB=0.945512;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0874298;OID=.;OPOS=72967999;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.193182:21:89:17:88:71:1:16:45:26:43:66:3:18:43:23 chr7 73020301 . T C 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00164391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.091;QD=64.0211;RBI=0.0257313;REFB=0;REVB=-0.0256787;RO=0;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.60162e-05;OID=.;OPOS=73020301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:54:44:0:0:54:44:0:0 chr7 73097948 . G C 105.18 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00167966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4654;QD=32.3623;RBI=0.0114712;REFB=-0.03448;REVB=0.0113476;RO=2;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012578;STB=0.507029;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0175016;OID=.;OPOS=73097948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:5:6:1:1:5:6:1:1 chr7 73115180 . CG C 53.07 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.147178;FXX=0.0294031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.2742;QD=6.43327;RBI=0.189768;REFB=-0.0229207;REVB=0.119795;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107692;STB=0.575652;STBP=0.475;TYPE=del;VARB=0.0509189;OID=.;OPOS=73115181;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242:13:33:14:33:19:7:7:7:12:53:17:6:7:6:11 chr7 73151644 . A G 194.85 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.038424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.921;QD=17.3201;RBI=0.0395175;REFB=-0.00286452;REVB=-0.00923188;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194604;STB=0.5111;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00317001;OID=.;OPOS=73151644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:10:10:13:12:10:10:13:12 chr7 73246461 . A G 137.79 PASS AF=0.263158;AO=19;DP=75;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0105912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.241;QD=7.2519;RBI=0.0178285;REFB=-0.0114319;REVB=0.0143416;RO=56;SAF=11;SAR=8;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940404;STB=0.521717;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0205257;OID=.;OPOS=73246461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:56:56:19:20:0.263158:8:11:32:24:8:12:32:24 chr7 73246496 . C T 234.97 PASS AF=0.303922;AO=31;DP=102;FAO=31;FDP=102;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.015735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.886;QD=9.21458;RBI=0.0313642;REFB=-0.00155118;REVB=0.0271316;RO=71;SAF=19;SAR=12;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775782;STB=0.545662;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00329135;OID=.;OPOS=73246496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:71:71:31:31:0.303922:12:19:39:32:12:19:39:32 chr7 73246555 . C G 302.38 PASS AF=0.333333;AO=39;DP=117;FAO=39;FDP=117;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=-0.0182171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.937;QD=10.3376;RBI=0.0203287;REFB=-0.0205369;REVB=-0.00902183;RO=78;SAF=26;SAR=13;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802574;STB=0.546559;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0394592;OID=.;OPOS=73246555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:78:78:39:39:0.333333:13:26:47:31:13:26:47:31 chr7 73249165 . T A 192.83 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.10647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3607;QD=23.3728;RBI=0.10649;REFB=-0.00419164;REVB=0.00203976;RO=14;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199634;STB=0.51117;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00129128;OID=.;OPOS=73249165;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:9:10:7:7:9:10:7:7 chr7 73249299 . G C 297.94 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0413613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.086;QD=29.7936;RBI=0.0425242;REFB=-0.0483717;REVB=0.00987674;RO=14;SAF=11;SAR=15;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433144;STB=0.523791;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.023895;OID=.;OPOS=73249299;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:15:11:5:9:15:11:5:9 chr7 73254792 . G A 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.092142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8606;QD=13.2121;RBI=0.108369;REFB=-0.0468825;REVB=0.0570411;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171974;STB=0.61096;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0900534;OID=.;OPOS=73254792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:14:14:0.388889:7:7:7:14:7:7:7:15 chr7 73254812 . T C 146.14 PASS AF=0.6;AO=14;DP=27;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00623418;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.504;QD=23.3831;RBI=0.0192296;REFB=-0.00807123;REVB=0.018191;RO=9;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018083;STB=0.515131;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00428853;OID=.;OPOS=73254812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:27:25:9:10:14:15:0.6:9:5:3:6:10:5:3:7 chr7 73275565 . T A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0171707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.381;QD=15.2589;RBI=0.0372299;REFB=-0.0253866;REVB=0.0330339;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414385;STB=0.744007;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0108018;OID=.;OPOS=73275565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:2:5:1:5:2:5:1:5 chr7 73279482 . T C 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00573426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.784;QD=18.6369;RBI=0.00778068;REFB=-0.038143;REVB=0.00525901;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117832;STB=0.562423;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0248441;OID=.;OPOS=73279482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:16:16:16:0.5:8:8:5:9:8:8:6:10 chr7 73497403 . C T 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0350362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6562;QD=14.262;RBI=0.0356445;REFB=0.00181976;REVB=0.00655722;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00369455;OID=.;OPOS=73497403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:6:10:15:9:6:10:15:9 chr7 73770774 . G A 296.62 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.000673662;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.136;QD=15.0188;RBI=0.00366827;REFB=-0.0287019;REVB=0.00360588;RO=46;SAF=18;SAR=15;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112211;STB=0.563343;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0326695;OID=.;OPOS=73770774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:46:46:33:33:0.417722:15:18:30:16:15:18:30:16 chr7 73814749 . G C 2278.72 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116363;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.586;QD=63.2977;RBI=0.119688;REFB=0;REVB=-0.0280147;RO=0;SAF=84;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409432;OID=.;OPOS=73814749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:144:0:0:134:144:1:50:84:0:0:50:94:0:0 chr7 73814762 . C T 363.66 PASS AF=0.308725;AO=46;DP=149;FAO=46;FDP=149;FR=.;FRO=103;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=68;FSRR=35;FWDB=0.0155103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.175;QD=9.76275;RBI=0.0165826;REFB=-0.0184515;REVB=-0.0058662;RO=102;SAF=27;SAR=19;SRF=67;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872003;STB=0.55315;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0357857;OID=.;OPOS=73814762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:102:103:46:46:0.308725:19:27:67:35:19:27:68:35 chr7 73944185 . T C 289.34 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00391107;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.721;QD=21.0431;RBI=0.00392987;REFB=0.00623789;REVB=0.000383991;RO=24;SAF=10;SAR=20;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107976;STB=0.552596;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00707356;OID=.;OPOS=73944185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:24:25:30:30:0.545455:20:10:11:13:20:10:11:14 chr7 73969541 . A G 171.22 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.021394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.434;QD=12.4526;RBI=0.0302755;REFB=-0.011021;REVB=0.0214221;RO=34;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375939;STB=0.521719;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0316712;OID=.;OPOS=73969541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:11:10:15:19:11:10:15:19 chr7 74193668 . G A 275.64 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0340734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.469;QD=32.428;RBI=0.0459599;REFB=-0.0197996;REVB=-0.0308433;RO=10;SAF=15;SAR=9;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277856;STB=0.652049;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0153468;OID=.;OPOS=74193668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:9:15:1:9:9:15:1:9 chr7 74582484 . G A 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.054824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7342;QD=10.9726;RBI=0.0653423;REFB=-0.0100665;REVB=0.035552;RO=30;SAF=2;SAR=13;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290467;STB=0.671092;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0347201;OID=.;OPOS=74582484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:31:15:15:0.326087:13:2:9:21:13:2:9:22 chr7 75051183 . G A 30.4 PASS AF=0.2;AO=5;DP=29;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00712853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3963;QD=4.05319;RBI=0.0321375;REFB=-0.0160167;REVB=0.0313369;RO=22;SAF=4;SAR=1;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36794;STB=0.791633;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.142638;OID=.;OPOS=75051183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:29:30:22:24:5:6:0.2:1:4:11:11:1:5:12:12 chr7 75130912 . C T 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00712181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.864;QD=6.57359;RBI=0.00909777;REFB=-0.0305961;REVB=0.0056612;RO=16;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361337;STB=0.739833;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0752099;OID=.;OPOS=75130912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:1:5:9:7:1:5:9:7 chr7 75145495 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00316866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.656;QD=10.1735;RBI=0.0336863;REFB=-0.0323467;REVB=-0.033537;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162993;STB=0.59968;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0338243;OID=.;OPOS=75145495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:6:3:3:3:6:3 chr7 75441111 . G T 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0273983;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.465;QD=45.1062;RBI=0.0609523;REFB=-0.0501506;REVB=0.0544474;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518498;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.000661295;OID=.;OPOS=75441111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:5:13:0:0:5:13:1:0 chr7 75442730 . T G 840.38 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00967288;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5208;QD=56.9747;RBI=0.0635777;REFB=0;REVB=-0.0628375;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000737446;OID=.;OPOS=75442730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:32:26:0:0:32:27:0:0 chr7 75513061 . C CG 401.46 PASS AF=1;AO=7;DP=67;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0861198;FXX=0.492464;HRUN=0;LEN=1;MLLD=77.6387;QD=47.2307;RBI=0.0861222;REFB=0;REVB=0.000648262;RO=60;SAF=5;SAR=2;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233632;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00105427;OID=.;OPOS=75513062;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:7:67:34:34:0:34:0:0:0:3:60:5:2:31:29 chr7 75513062 . A G 836.66 PASS AF=0.984615;AO=60;DP=67;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0454392;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.127;QD=51.4868;RBI=0.0518497;REFB=-0.162196;REVB=-0.0249733;RO=5;SAF=31;SAR=29;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070261;STB=0.50704;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00305145;OID=.;OPOS=75513062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:67:65:5:1:60:64:0.984615:29:31:5:0:29:35:1:0 chr7 75597545 . C T 671.94 PASS AF=0.923077;AO=45;DP=50;FAO=48;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0505103;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0086;QD=51.6874;RBI=0.0931877;REFB=-0.129463;REVB=0.0783113;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.51785;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00945552;OID=.;OPOS=75597545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:52:0:2:45:48:0.923077:25:20:0:0:27:21:0:2 chr7 75609677 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.201;QD=55.0979;RBI=0.0407453;REFB=0;REVB=-0.0197384;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128131;OID=.;OPOS=75609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr7 75614953 . T C 1264.03 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7515;QD=61.6599;RBI=0.0647063;REFB=0;REVB=0.0636821;RO=0;SAF=32;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316359;OID=.;OPOS=75614953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:49:32:0:0:50:32:0:0 chr7 75621827 . A G 602.38 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00997292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.965;QD=54.7622;RBI=0.0104935;REFB=-0.00058249;REVB=0.00326416;RO=2;SAF=23;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00539219;STB=0.515687;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000912063;OID=.;OPOS=75621827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:2:3:41:41:0.931818:18:23:1:1:18:23:1:2 chr7 75629778 . T C 1114.89 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.133;QD=60.2644;RBI=0.0439402;REFB=0;REVB=0.0353341;RO=0;SAF=49;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240853;OID=.;OPOS=75629778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:74:0:0:70:74:1:21:49:0:0:22:52:0:0 chr7 75630274 . T C 744.24 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0256938;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9025;QD=54.1264;RBI=0.0499523;REFB=-0.0622762;REVB=0.0428376;RO=1;SAF=35;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01327;STB=0.50704;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0290455;OID=.;OPOS=75630274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:52:54:0.981818:17:35:1:0:19:35:1:0 chr7 75659815 . T C 2317.81 PASS AF=0.993506;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0203599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.999;QD=60.203;RBI=0.0229909;REFB=-0.0553728;REVB=0.0106798;RO=1;SAF=57;SAR=96;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00827212;STB=0.504347;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000127346;OID=.;OPOS=75659815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:154:154:1:1:153:153:0.993506:96:57:1:0:96:57:1:0 chr7 75716765 . C T 33.41 PASS AF=0.0865385;AO=9;DP=104;FAO=9;FDP=104;FR=.;FRO=95;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=0.00221176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.518;QD=1.28507;RBI=0.0169548;REFB=-0.000106644;REVB=0.0168099;RO=94;SAF=8;SAR=1;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501787;STB=0.895413;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.000633589;OID=.;OPOS=75716765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:104:104:94:95:9:9:0.0865385:1:8:41:53:1:8:42:53 chr7 75914934 . G GC 1044.24 PASS AF=1;AO=83;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110808;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.1428;QD=41.356;RBI=0.282682;REFB=0;REVB=0.260059;RO=14;SAF=50;SAR=33;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684497;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00232815;OID=.;OPOS=75914935;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:83:102:101:101:0:59:42:0:0:20:14:50:33:5:9 chr7 75932766 . CAG C 81.14 PASS AF=0.9;AO=8;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=171.464;QD=32.4566;RBI=0.0228961;REFB=0.0105938;REVB=-0.0228961;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00172953;OID=.;OPOS=75932767;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:8:10:9:10:1:0:9:0:1:6:0:0:8:0:0 chr7 76019590 . C T 506.38 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0135059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.038;QD=53.3027;RBI=0.0135439;REFB=-0.139622;REVB=-0.00101322;RO=2;SAF=13;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666614;STB=0.533315;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00336745;OID=.;OPOS=76019590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:38:38:2:2:35:36:0.947368:22:13:2:0:22:14:2:0 chr7 76029760 . G A 629.29 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0645297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.434;QD=57.2082;RBI=0.0706689;REFB=-0.0892878;REVB=0.0288099;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218287;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000753344;OID=.;OPOS=76029760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:1:2:42:42:0.954545:21:21:0:1:21:21:1:1 chr7 76069811 . T C 1363.51 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.879;QD=61.9779;RBI=0.0366409;REFB=0;REVB=0.0287346;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62495e-05;OID=.;OPOS=76069811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:85:88:1:38:47:0:0:38:50:0:0 chr7 76112060 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.536;QD=56.1916;RBI=0.0335515;REFB=0;REVB=0.0175608;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160917;OID=.;OPOS=76112060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr7 76131645 . A G 1339.64 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0076124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.486;QD=62.3089;RBI=0.0169612;REFB=0;REVB=-0.015157;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.96445e-05;OID=.;OPOS=76131645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:47:38:0:0:48:38:0:0 chr7 76144455 . A C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.003;QD=56.1908;RBI=0.0321506;REFB=0;REVB=0.0154986;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.52054e-05;OID=.;OPOS=76144455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr7 76144560 . T C,G 272.66 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=19,2;DP=21;FAO=20,2;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6,2;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0972186,0.0350086;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=114.843,67.7963;QD=49.5747;RBI=0.0993675,0.0432511;REFB=0,0;REVB=0.0205537,0.025398;RO=0;SAF=5,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00123347,0.069538;OID=.,.;OPOS=76144560,76144560;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:21:22:0:0:19,2:20,2:0.909091,0.0909091:14,0:5,2:0:0:14,0:6,2:0:0 chr7 76239503 . G GC 136.43 PASS AF=0.863636;AO=15;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0342134;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.1544;QD=24.8054;RBI=0.0497505;REFB=0.00478057;REVB=-0.0361186;RO=6;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220378;STB=0.571354;STBP=0.113;TYPE=ins;VARB=0.0240921;OID=.;OPOS=76239504;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.863636:15:22:19:22:3:9:10:3:0:10:6:6:9:5:1 chr7 76240785 . CA C 902.67 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00199527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6736;QD=57.3122;RBI=0.00302296;REFB=0;REVB=0.00227095;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.42441e-06;OID=.;OPOS=76240786;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:62:63:63:0:43:20:0:0:5:0:40:20:0:0 chr7 76240888 . A G 1444.28 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.385;QD=62.1196;RBI=0.0582595;REFB=0;REVB=0.0483897;RO=0;SAF=58;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104175;OID=.;OPOS=76240888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:93:0:0:89:93:1:31:58:0:0:35:58:0:0 chr7 76241068 . C T 1343.65 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0277661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6705;QD=61.075;RBI=0.031498;REFB=0.00244679;REVB=-0.0148717;RO=1;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106475;STB=0.505617;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000309188;OID=.;OPOS=76241068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:44:43:0:1:44:43:0:1 chr7 76885769 . A G 454.76 PASS AF=0.891892;AO=33;DP=38;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0109312;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5774;QD=49.1631;RBI=0.0182151;REFB=-0.0627276;REVB=0.0145705;RO=1;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207674;STB=0.548989;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0194564;OID=.;OPOS=76885769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:38:37:1:4:33:33:0.891892:22:11:0:1:22:11:3:1 chr7 76888363 . GA G 77.08 PASS AF=0.393443;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0306106;FXX=0.0161264;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.6351;QD=5.05463;RBI=0.0828991;REFB=-0.0159557;REVB=0.0770406;RO=33;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=13;SSEN=0.419355;SSEP=0;SSSB=-0.0874586;STB=0.598026;STBP=0.246;TYPE=del;VARB=0.0223828;OID=.;OPOS=76888364;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393443:23:62:24:61:37:11:13:23:14:77:33:12:11:20:13 chr7 76941435 . G T 262.15 PASS AF=0.264286;AO=37;DP=139;FAO=37;FDP=140;FR=.;FRO=103;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=-0.035799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.841;QD=7.49006;RBI=0.0447991;REFB=-0.00751445;REVB=-0.026933;RO=93;SAF=23;SAR=14;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130372;STB=0.614816;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0228596;OID=.;OPOS=76941435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:93:103:37:37:0.264286:14:23:48:45:14:23:48:55 chr7 77035392 . T C 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.503;QD=57.2355;RBI=0.0811542;REFB=0;REVB=0.0420577;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357461;OID=.;OPOS=77035392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr7 77053084 . T C 246.19 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0366541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3855;QD=46.8931;RBI=0.0419174;REFB=-0.101895;REVB=0.0203358;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438656;STB=0.523786;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0139633;OID=.;OPOS=77053084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:10:10:0:1:10:10:0:1 chr7 77236573 . T C 169.54 PASS AF=0.228814;AO=27;DP=118;FAO=27;FDP=118;FR=.;FRO=91;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.0117969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.698;QD=5.74722;RBI=0.0741585;REFB=-0.00104115;REVB=0.0732142;RO=90;SAF=13;SAR=14;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371384;STB=0.526956;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00361624;OID=.;OPOS=77236573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:90:91:27:27:0.228814:14:13:46:44:14:13:47:44 chr7 77247821 . G A 1320.89 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00759254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0109;QD=62.1597;RBI=0.017304;REFB=0;REVB=-0.0155493;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50345e-05;OID=.;OPOS=77247821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:42:43:0:0:42:43:0:0 chr7 77256713 . A G 310.35 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0856067;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.669;QD=53.974;RBI=0.0856928;REFB=0;REVB=-0.0038405;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457166;OID=.;OPOS=77256713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:5:18:0:0:5:18:0:0 chr7 77552127 . G A 715.28 PASS AF=0.927273;AO=51;DP=55;FAO=51;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00245387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.678;QD=52.0203;RBI=0.016793;REFB=-0.0113303;REVB=0.0166127;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.506051;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.000236801;OID=.;OPOS=77552127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:0:2:51:51:0.927273:33:18:0:0:33:18:1:1 chr7 77648671 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.62;QD=35.5745;RBI=0.0179902;REFB=0;REVB=-0.0179902;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000337576;OID=.;OPOS=77648671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr7 77756580 . T C 874.1 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00729341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.496;QD=57.3183;RBI=0.0198373;REFB=0;REVB=0.0184479;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050742;OID=.;OPOS=77756580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:30:29:0:0:31:30:0:0 chr7 77756724 . C T 1352.54 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0332444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.366;QD=60.113;RBI=0.0334941;REFB=-0.0956659;REVB=0.0040827;RO=2;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172266;STB=0.504503;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00158766;OID=.;OPOS=77756724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:90:90:2:1:88:89:0.988889:54:34:0:2:55:34:0:1 chr7 78119109 . C T 1797.6 PASS AF=0.918519;AO=124;DP=136;FAO=124;FDP=135;FR=.;FRO=11;FSAF=62;FSAR=62;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00973721;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2175;QD=53.2622;RBI=0.00975986;REFB=0.00572898;REVB=0.00066454;RO=11;SAF=62;SAR=62;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00701413;STB=0.503703;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.0056481;OID=.;OPOS=78119109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:136:135:11:11:124:124:0.918519:62:62:5:6:62:62:5:6 chr7 80088041 . G A 1877.82 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.604;QD=61.5679;RBI=0.025849;REFB=0;REVB=-0.0175062;RO=0;SAF=74;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91599e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80286e-06;OID=.;OPOS=80088041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:48:74:0:0:48:74:0:0 chr7 80374342 . A G 2408.85 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8094;QD=64.236;RBI=0.0129497;REFB=0;REVB=0.00558432;RO=0;SAF=79;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27967e-05;OID=.;OPOS=80374342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:71:79:0:0:71:79:0:0 chr7 80374438 . T C 677.99 PASS AF=0.51145;AO=66;DP=131;FAO=67;FDP=131;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0126071;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.938;QD=20.7019;RBI=0.0276293;REFB=0.00615085;REVB=0.0245854;RO=61;SAF=29;SAR=37;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11727;STB=0.555994;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00753746;OID=.;OPOS=80374438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:61:64:66:67:0.51145:37:29:35:26:37:30:36:28 chr7 80378319 . G C 737.12 PASS AF=0.484277;AO=77;DP=160;FAO=77;FDP=159;FR=.;FRO=82;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=0.00610082;FXX=0.00624961;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.398;QD=18.544;RBI=0.0124925;REFB=-0.0074664;REVB=-0.0109015;RO=82;SAF=37;SAR=40;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120392;STB=0.566389;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00853076;OID=.;OPOS=80378319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:82:82:77:77:0.484277:40:37:50:32:40:37:50:32 chr7 80387766 . C T 532.0 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=109;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.0113814;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4694;QD=19.7037;RBI=0.0193229;REFB=0.0354445;REVB=-0.0156153;RO=52;SAF=25;SAR=30;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132613;STB=0.576565;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.0295813;OID=.;OPOS=80387766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:52:53:55:55:0.509259:30:25:16:36:30:25:16:37 chr7 80427530 . C T 1049.12 PASS AF=0.484163;AO=75;DP=224;FAO=107;FDP=221;FR=.,HEALED;FRO=114;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=52;FSRR=62;FWDB=0.0125757;FXX=0.0133923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.182;QD=18.9886;RBI=0.0126079;REFB=-0.0172037;REVB=0.000899939;RO=87;SAF=50;SAR=25;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096367;STB=0.510604;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0181063;OID=.;OPOS=80427530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:221:87:114:75:107:0.484163:25:50:50:37:56:51:52:62 chr7 80962963 . A T 820.68 PASS AF=0.405286;AO=92;DP=231;FAO=92;FDP=227;FR=.;FRO=135;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=53;FSRR=82;FWDB=-0.00282156;FXX=0.0173153;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.227;QD=14.4613;RBI=0.0214622;REFB=0.00477239;REVB=-0.021276;RO=135;SAF=55;SAR=37;SRF=53;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215977;STB=0.620883;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00797362;OID=.;OPOS=80962963;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:227:135:135:92:92:0.405286:37:55:53:82:37:55:53:82 chr7 81579714 . C T 508.58 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=122;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.00447422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.381;QD=16.6747;RBI=0.0129494;REFB=0.00141514;REVB=-0.0121519;RO=67;SAF=30;SAR=25;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00807462;STB=0.504503;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.00214334;OID=.;OPOS=81579714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:67:67:55:55:0.45082:25:30:36:31:25:30:36:31 chr7 82435033 . C T 286.26 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00411104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.932;QD=18.1751;RBI=0.015979;REFB=-0.0185903;REVB=0.0154411;RO=32;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156537;STB=0.587343;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0201377;OID=.;OPOS=82435033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:17:14:20:12:17:14:20:12 chr7 82453708 . A C 1774.6 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00152705;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.895;QD=61.1933;RBI=0.0152074;REFB=0;REVB=0.0151305;RO=0;SAF=43;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44429e-05;OID=.;OPOS=82453708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:116:0:0:116:116:1:73:43:0:0:73:43:0:0 chr7 82455895 . A G 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00881547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.411;QD=60.5459;RBI=0.0102053;REFB=0;REVB=0.00514159;RO=0;SAF=52;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66483e-06;OID=.;OPOS=82455895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:60:52:0:0:60:52:0:0 chr7 82545075 . GT G 66.54 PASS AF=0.36;AO=15;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00304895;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.5038;QD=5.32346;RBI=0.11913;REFB=-0.0227183;REVB=0.119091;RO=31;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132271;STB=0.555494;STBP=0.576;TYPE=del;VARB=0.0638484;OID=.;OPOS=82545076;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:15:50:18:50:32:8:10:17:15:66:31:6:9:16:15 chr7 82581488 . T TTCA 469.94 PASS AF=0.894737;AO=31;DP=40;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0090473;FXX=0.0256345;HRUN=5;LEN=3;MLLD=301.416;QD=49.467;RBI=0.00948762;REFB=-0.0388594;REVB=0.00285682;RO=6;SAF=15;SAR=16;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548693;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0029148;OID=.;OPOS=82581489;OREF=-;OALT=TCA;OMAPALT=TTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.894737:31:40:34:38:4:17:17:2:2:19:6:15:16:4:2 chr7 82764425 . C G 982.4 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00792944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.341;QD=58.6506;RBI=0.0345958;REFB=0;REVB=0.0336748;RO=0;SAF=19;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522277;OID=.;OPOS=82764425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:63:67:1:44:19:0:0:48:19:0:0 chr7 82764821 . G C 247.58 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0242615;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8968;QD=11.5155;RBI=0.0772269;REFB=-0.0219535;REVB=0.073317;RO=55;SAF=12;SAR=18;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419595;STB=0.519218;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0442578;OID=.;OPOS=82764821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:56:30:30:0.348837:18:12:24:31:18:12:24:32 chr7 82784832 . C G 73.33 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0197849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0998;QD=9.4618;RBI=0.0837609;REFB=-0.0249289;REVB=-0.0813907;RO=21;SAF=8;SAR=2;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301733;STB=0.687084;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0498513;OID=.;OPOS=82784832;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:2:8:12:9:2:8:12:9 chr7 83023587 . TAC T 1228.03 PASS AF=1;AO=71;DP=84;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469634;FXX=0.0697593;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.243;QD=61.4014;RBI=0.106809;REFB=0;REVB=0.0959301;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000226794;OID=.;OPOS=83023588;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:84:80:80:0:37:43:0:0:7:0:35:36:0:0 chr7 83029438 . C T 2402.22 PASS AF=0.993711;AO=157;DP=158;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.022672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.142;QD=60.4331;RBI=0.026579;REFB=0.0347486;REVB=0.0138717;RO=0;SAF=75;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.86153e-08;STB=0.502994;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-2.01198e-05;OID=.;OPOS=83029438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:159:0:1:157:158:0.993711:82:75:0:0:83:75:0:1 chr7 83034754 . T A 1779.76 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00580259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.264;QD=60.3309;RBI=0.00618242;REFB=0;REVB=0.00213359;RO=0;SAF=60;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158132;OID=.;OPOS=83034754;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:118:0:0:111:118:1:51:60:0:0:54:64:0:0 chr7 83037751 . C A 805.04 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00662205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4366;QD=64.4033;RBI=0.0216445;REFB=0;REVB=0.0206066;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133427;OID=.;OPOS=83037751;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr7 83246043 . CTTTTTT CTTTCTT,C,CT 148.36 PASS AF=0.25,0,0.5;AO=2,4,4;DP=22;FAO=5,0,10;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=1,0,7;FSAR=4,0,3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0161778,-0.0293706,-0.0351899;FXX=0.166597;HRUN=14,14,14;LEN=1,6,5;MLLD=143.987,26.0306,26.6435;QD=29.6712;RBI=0.0221694,0.036594,0.04239;REFB=-0.0397209,-0.109046,-0.12826;REVB=-0.0151578,-0.0218286,-0.0236344;RO=2;SAF=0,2,3;SAR=2,2,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.727176,-0.277405,-0.210252;STB=0.855915,0.5,0.631356;STBP=0.082,1,0.316;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0435617,0.0361483,0.0276767;OID=.,.,.;OPOS=83246047,83246044,83246044;OREF=T,TTTTTT,TTTTT;OALT=C,-,-;OMAPALT=CTTTCTT,C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.25,0,0.5:2,4,4:22:5,0,10:20:5:1,0,7:4,0,3:5:0:33:2:0,2,3:2,2,1:2:0 chr7 83590852 . T C 769.05 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0731;QD=54.9321;RBI=0.02362;REFB=-0.0935949;REVB=0.0208811;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511624;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00159085;OID=.;OPOS=83590852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:34:21:0:0:34:21:1:0 chr7 83606518 . G A 1200.25 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0365237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.874;QD=58.5487;RBI=0.0369235;REFB=-0.0300821;REVB=-0.00541882;RO=2;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193178;STB=0.510202;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00126283;OID=.;OPOS=83606518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:48:32:0:2:48:32:0:2 chr7 84628989 . T G 710.1 PASS AF=0.46875;AO=75;DP=164;FAO=75;FDP=160;FR=.;FRO=85;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=0.00795728;FXX=0.0243888;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.48;QD=17.7524;RBI=0.00817391;REFB=-0.0205778;REVB=0.00186935;RO=81;SAF=50;SAR=25;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881581;STB=0.545442;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0203605;OID=.;OPOS=84628989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:160:81:85:75:75:0.46875:25:50:47:34:25:50:50:35 chr7 86415918 . C T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0368828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.527;QD=8.81141;RBI=0.0373091;REFB=-0.0325419;REVB=-0.00562328;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132203;STB=0.583047;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0214204;OID=.;OPOS=86415918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:6:5:2:4:6:5 chr7 86469014 . A G 162.39 PASS AF=0.235849;AO=25;DP=103;FAO=25;FDP=106;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.0218705;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.927;QD=6.12792;RBI=0.0218739;REFB=-0.00440908;REVB=0.000384304;RO=78;SAF=13;SAR=12;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248422;STB=0.519984;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0087252;OID=.;OPOS=86469014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:78:81:25:25:0.235849:12:13:39:39:12:13:40:41 chr7 86509840 . CT C 103.05 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.056955;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.0026;QD=8.24417;RBI=0.142667;REFB=0.0577224;REVB=-0.130805;RO=27;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196221;STB=0.610066;STBP=0.193;TYPE=del;VARB=-0.0853221;OID=.;OPOS=86509841;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42:21:50:21:50:29:9:12:18:11:99:27:9:12:17:10 chr7 86577142 . AAT A 96.34 PASS AF=0.377358;AO=15;DP=62;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0976337;FXX=0.0701631;HRUN=3;LEN=2;MLLD=25.5739;QD=7.27095;RBI=0.138357;REFB=-0.110617;REVB=0.0980329;RO=39;SAF=10;SAR=5;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336967;STB=0.574396;STBP=0.424;TYPE=del;VARB=0.186059;OID=.;OPOS=86577143;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.377358:15:62:20:53:33:11:9:22:11:96:39:10:5:25:14 chr7 86800351 . A G 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.145;QD=62.6143;RBI=0.0456051;REFB=0;REVB=0.0423241;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08469e-05;OID=.;OPOS=86800351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:37:51:0:0:37:51:0:0 chr7 86811386 . CA C 72.78 PASS AF=0.320513;AO=51;DP=155;FAO=50;FDP=156;FR=.;FRO=106;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=51;FSRR=55;FWDB=0.139558;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.85324;QD=1.86604;RBI=0.151524;REFB=-0.0671091;REVB=0.0590168;RO=79;SAF=20;SAR=31;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12451;STB=0.528154;STBP=0.615;TYPE=del;VARB=0.0334175;OID=.;OPOS=86811387;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.320513:51:155:50:156:106:22:28:51:55:72:79:20:31:40:39 chr7 87082292 . G A 724.53 PASS AF=0.496644;AO=74;DP=151;FAO=74;FDP=149;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0137317;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4042;QD=19.4504;RBI=0.0181998;REFB=-0.00929047;REVB=-0.0119446;RO=73;SAF=34;SAR=40;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316939;STB=0.509873;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00949474;OID=.;OPOS=87082292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:73:75:74:74:0.496644:40:34:31:42:40:34:33:42 chr7 87138645 . A G 1596.22 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9139;QD=63.8489;RBI=0.0233067;REFB=0;REVB=-0.00744398;RO=0;SAF=38;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190784;OID=.;OPOS=87138645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:61:38:0:0:61:39:0:0 chr7 87160618 . A C 235.67 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0285636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.294;QD=11.0905;RBI=0.0306447;REFB=-0.00656179;REVB=0.0111002;RO=56;SAF=15;SAR=14;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398165;STB=0.523098;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0145895;OID=.;OPOS=87160618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:56:29:29:0.341176:14:15:27:29:14:15:27:29 chr7 87229501 . T C 1006.67 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.043389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4992;QD=55.1602;RBI=0.0473251;REFB=-0.148276;REVB=-0.0188962;RO=2;SAF=22;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192929;STB=0.500907;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00648918;OID=.;OPOS=87229501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:2:3:70:70:0.958904:48:22:0:2:48:22:1:2 chr7 87743979 . T C 398.8 PASS AF=0.405172;AO=46;DP=115;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.0127654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.348;QD=13.7518;RBI=0.0160801;REFB=-0.0131193;REVB=0.00977833;RO=69;SAF=18;SAR=28;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634536;STB=0.527494;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.021433;OID=.;OPOS=87743979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:69:69:46:47:0.405172:28:18:31:38:28:19:31:38 chr7 87813635 . C T 667.48 PASS AF=0.662791;AO=56;DP=87;FAO=57;FDP=86;FR=.;FRO=29;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0009113;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.84;QD=31.0455;RBI=0.00883076;REFB=-0.00547291;REVB=0.00878361;RO=29;SAF=31;SAR=25;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429989;STB=0.52622;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00324026;OID=.;OPOS=87813635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:29:29:56:57:0.662791:25:31:18:11:26:31:18:11 chr7 87913361 . C T 1139.11 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2182;QD=59.9531;RBI=0.0578171;REFB=0;REVB=0.0166727;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616486;OID=.;OPOS=87913361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:39:36:0:0:40:36:0:0 chr7 88956699 . A G 5979.04 PASS AF=1;AO=378;DP=380;FAO=379;FDP=379;FR=.;FRO=0;FSAF=194;FSAR=185;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248193;FXX=0.00524921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.054;QD=63.1033;RBI=0.0387177;REFB=-0.022945;REVB=0.0297164;RO=0;SAF=194;SAR=184;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105546;OID=.;OPOS=88956699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:380:379:0:0:378:379:1:184:194:0:0:185:194:0:0 chr7 88962723 . G T 365.27 PASS AF=0.315789;AO=48;DP=154;FAO=48;FDP=152;FR=.;FRO=104;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=-0.0295608;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6095;QD=9.61226;RBI=0.0494045;REFB=-0.0200697;REVB=-0.0395849;RO=101;SAF=27;SAR=21;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445764;STB=0.529838;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0426783;OID=.;OPOS=88962723;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:152:101:104:48:48:0.315789:21:27:53:48:21:27:54:50 chr7 88963039 . G A 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0705797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.028;QD=17.8394;RBI=0.0727443;REFB=-0.0344364;REVB=-0.0176138;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930297;STB=0.571326;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0239102;OID=.;OPOS=88963039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:14:14:0.5:8:6:7:6:8:6:8:6 chr7 88964000 . C T 103.92 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0322175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.309;QD=10.1387;RBI=0.0322485;REFB=-0.000114195;REVB=-0.00141425;RO=28;SAF=11;SAR=2;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353453;STB=0.718203;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000150992;OID=.;OPOS=88964000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:2:11:17:11:2:11:17:11 chr7 88964196 . T A 459.54 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00398387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.323;QD=17.179;RBI=0.00476;REFB=-0.0126741;REVB=-0.00260507;RO=55;SAF=25;SAR=25;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428441;STB=0.523355;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.013713;OID=.;OPOS=88964196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:55:57:50:50:0.46729:25:25:30:25:25:25:31:26 chr7 89797144 . G T 1842.37 PASS AF=1;AO=118;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285388;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.517;QD=60.4055;RBI=0.0509013;REFB=0;REVB=0.0421483;RO=0;SAF=80;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665752;OID=.;OPOS=89797144;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:118:122:1:38:80:0:0:41:81:0:0 chr7 89854446 . T G 692.3 PASS AF=0.485915;AO=69;DP=142;FAO=69;FDP=142;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.00177259;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=161.982;QD=19.5015;RBI=0.0272877;REFB=0.000295743;REVB=0.02723;RO=73;SAF=32;SAR=37;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782272;STB=0.543218;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.000327332;OID=.;OPOS=89854446;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:73:73:69:69:0.485915:37:32:40:33:37:32:40:33 chr7 89856608 . C T 555.16 PASS AF=0.384615;AO=65;DP=171;FAO=65;FDP=169;FR=.;FRO=104;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=0.0425631;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.856;QD=13.1398;RBI=0.0486911;REFB=-0.00553373;REVB=-0.0236474;RO=106;SAF=27;SAR=38;SRF=56;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124205;STB=0.564337;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00737485;OID=.;OPOS=89856608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:169:106:104:65:65:0.384615:38:27:56:50:38:27:54:50 chr7 89861832 . G A 365.54 PASS AF=0.544118;AO=36;DP=67;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0169623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.294;QD=21.5025;RBI=0.0296411;REFB=-0.00572631;REVB=0.0243079;RO=31;SAF=15;SAR=21;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571398;STB=0.52372;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00515179;OID=.;OPOS=89861832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:31:31:36:37:0.544118:21:15:15:16:21:16:15:16 chr7 89861890 . G T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.4095;QD=55.0977;RBI=0.0430309;REFB=0;REVB=-0.0189399;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439434;OID=.;OPOS=89861890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr7 89867446 . T TCTG 522.9 PASS AF=0.514019;AO=51;DP=123;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-3.6352e-05;FXX=0.0446389;HRUN=1;LEN=3;MLLD=238.455;QD=19.5476;RBI=0.00732982;REFB=-0.0446075;REVB=0.00732973;RO=67;SAF=30;SAR=21;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407561;STB=0.572891;STBP=0.126;TYPE=ins;VARB=0.0418668;OID=.;OPOS=89867447;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514019:51:123:55:107:52:30:25:36:16:99:67:30:21:42:25 chr7 89881239 . G C 443.35 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0120267;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.784;QD=20.1525;RBI=0.0289389;REFB=0.00689815;REVB=0.0263214;RO=44;SAF=21;SAR=23;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124257;STB=0.56872;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.00412517;OID=.;OPOS=89881239;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:23:21:15:29:23:21:15:29 chr7 89906609 . C T 708.89 PASS AF=0.474684;AO=75;DP=158;FAO=75;FDP=158;FR=.;FRO=83;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.00543963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.069;QD=17.9467;RBI=0.00640262;REFB=-0.0052088;REVB=-0.00337698;RO=81;SAF=40;SAR=35;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487487;STB=0.520705;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00538282;OID=.;OPOS=89906609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:81:83:75:75:0.474684:35:40:39:42:35:40:41:42 chr7 89912301 . G A,T 804.3 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=55,2;DP=57;FAO=55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34,1;FSAR=21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664854,-0.0200385;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=109.62,54.323;QD=56.442;RBI=0.0068321,0.0228609;REFB=0,0;REVB=-0.00157305,0.0110036;RO=0;SAF=34,1;SAR=21,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=2.46475e-05,0.00219008;OID=.,.;OPOS=89912301,89912301;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:57:0:0:55,2:55,2:0.964912,0.0350877:21,1:34,1:0:0:21,1:34,1:0:0 chr7 89938588 . C G 1358.63 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.031709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5725;QD=61.062;RBI=0.0464873;REFB=-0.0295815;REVB=0.0339942;RO=1;SAF=46;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101897;STB=0.505262;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0067215;OID=.;OPOS=89938588;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:87:88:0.988764:41:46:1:0:41:47:1:0 chr7 89938680 . C T 504.64 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0170698;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.652;QD=18.8649;RBI=0.0219576;REFB=-0.00490579;REVB=0.0138115;RO=54;SAF=23;SAR=30;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437928;STB=0.524242;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00751542;OID=.;OPOS=89938680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:54:54:53:53:0.495327:30:23:26:28:30:23:26:28 chr7 89969831 . A G 477.38 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0113077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.342;QD=18.0144;RBI=0.016013;REFB=-0.0239529;REVB=0.0113381;RO=55;SAF=23;SAR=28;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544968;STB=0.530252;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0319964;OID=.;OPOS=89969831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:51:51:0.481132:28:23:28:27:28:23:28:27 chr7 89969878 . A G 370.64 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0386055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2586;QD=17.2391;RBI=0.0389334;REFB=0.0109069;REVB=0.00504209;RO=47;SAF=17;SAR=22;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732834;STB=0.541071;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.0137206;OID=.;OPOS=89969878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:22:17:24:23:22:17:24:23 chr7 89983808 . T G 822.53 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953091;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.713;QD=57.7211;RBI=0.0284247;REFB=0;REVB=0.0267792;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30776e-05;OID=.;OPOS=89983808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr7 89984409 . A G 742.86 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.033051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.566;QD=53.0613;RBI=0.0412371;REFB=-0.0529197;REVB=0.0246603;RO=2;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0012472;STB=0.500662;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00358765;OID=.;OPOS=89984409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:28:26:1:1:28:26:1:1 chr7 90042675 . C T 63.7 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0238603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.277;QD=9.4368;RBI=0.0263418;REFB=-0.0102266;REVB=0.0111614;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509371;STB=0.799466;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0169569;OID=.;OPOS=90042675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:27:18:18:9:9:0.333333:3:6:3:15:3:6:3:15 chr7 90042857 . G T 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8186;QD=64.1528;RBI=0.052872;REFB=0;REVB=-0.0398445;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.48374e-05;OID=.;OPOS=90042857;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr7 90043182 . A G 1139.1 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0102187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.293;QD=59.1741;RBI=0.0111409;REFB=-0.0935461;REVB=-0.00443814;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.507461;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00010759;OID=.;OPOS=90043182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:76:76:0.987013:43:33:0:0:43:33:1:0 chr7 90043304 . C T 1022.64 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329723;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.631;QD=59.2835;RBI=0.0395688;REFB=0;REVB=-0.0218751;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90508e-05;OID=.;OPOS=90043304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:40:28:0:0:41:28:0:0 chr7 90043314 . C T 1191.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00838108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.8;QD=61.0768;RBI=0.00967527;REFB=0;REVB=-0.00483408;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53827e-06;OID=.;OPOS=90043314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:44:33:0:0:45:33:0:0 chr7 90236415 . A G 662.29 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0240304;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.184;QD=49.0581;RBI=0.0335611;REFB=-0.179869;REVB=0.0234284;RO=4;SAF=26;SAR=24;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670964;STB=0.5357;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00522883;OID=.;OPOS=90236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:54:54:4:4:50:50:0.925926:24:26:4:0:24:26:4:0 chr7 90836916 . C A 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.032447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.334;QD=12.9421;RBI=0.0345133;REFB=0.00296876;REVB=0.0117626;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128923;STB=0.575656;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00740556;OID=.;OPOS=90836916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:9:6:13:12:9:6:13:12 chr7 90837216 . G A 310.09 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0113591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.748;QD=13.7819;RBI=0.0143114;REFB=-0.0149593;REVB=0.00870555;RO=55;SAF=16;SAR=19;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751861;STB=0.542833;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0164514;OID=.;OPOS=90837216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:55:35:35:0.388889:19:16:29:26:19:16:29:26 chr7 90838866 . G A 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0422136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.793;QD=15.7383;RBI=0.0422272;REFB=-0.00441996;REVB=0.00107174;RO=36;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236646;STB=0.51336;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00490292;OID=.;OPOS=90838866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:16:13:17:19:16:13:17:19 chr7 90838869 . G C 955.52 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.14;QD=58.8013;RBI=0.0325524;REFB=0;REVB=0.00268485;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280144;OID=.;OPOS=90838869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:34:30:0:0:35:30:0:0 chr7 91503228 . C T 557.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.324;QD=60.2238;RBI=0.0368811;REFB=0;REVB=-0.00664434;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015507;OID=.;OPOS=91503228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:27:10:0:0:27:10:0:0 chr7 91632306 . C T 280.33 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0338708;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.201;QD=19.0052;RBI=0.0417068;REFB=-0.0292483;REVB=-0.0243357;RO=29;SAF=10;SAR=20;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139906;STB=0.57826;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0260151;OID=.;OPOS=91632306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:29:29:30:30:0.508475:20:10:14:15:20:10:14:15 chr7 91708898 . A G 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0115601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.159;QD=19.6684;RBI=0.0125357;REFB=-0.0237118;REVB=0.00484859;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147654;STB=0.583007;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.017389;OID=.;OPOS=91708898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:5:14:11:8:5:14 chr7 91714911 . C T 2537.29 PASS AF=0.988095;AO=166;DP=169;FAO=166;FDP=168;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0110294;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.153;QD=60.4116;RBI=0.0178913;REFB=-0.052702;REVB=0.0140872;RO=2;SAF=96;SAR=70;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00181829;STB=0.500955;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=3.0426e-06;OID=.;OPOS=91714911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:169:168:2:2:166:166:0.988095:70:96:1:1:70:96:1:1 chr7 92028039 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.955;QD=51.9164;RBI=0.0299294;REFB=0;REVB=0.00333653;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115902;OID=.;OPOS=92028039;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr7 92029302 . G A 2067.64 PASS AF=0.992537;AO=132;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00986133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7277;QD=61.7207;RBI=0.0195881;REFB=0.0568377;REVB=-0.0169248;RO=1;SAF=64;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693874;STB=0.503597;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00158939;OID=.;OPOS=92029302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:132:133:0.992537:68:64:0:1:69:64:0:1 chr7 92029575 . GA G 102.41 PASS AF=0.354037;AO=51;DP=160;FAO=57;FDP=161;FR=.;FRO=104;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=-0.0611559;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.6981;QD=2.54442;RBI=0.102268;REFB=-0.0284406;REVB=0.0819672;RO=86;SAF=32;SAR=19;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181208;STB=0.558322;STBP=0.285;TYPE=del;VARB=-0.0407092;OID=.;OPOS=92029576;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354037:51:160:57:161:104:32:25:49:55:99:86:32:19:40:46 chr7 92098776 . C T 874.3 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7469;QD=56.4062;RBI=0.0230101;REFB=-0.130974;REVB=0.00335387;RO=1;SAF=35;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132969;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143681;OID=.;OPOS=92098776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:62:62:1:0:61:62:1:26:35:1:0:26:36:0:0 chr7 92123671 . A G 354.21 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0856545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.79;QD=13.8908;RBI=0.086765;REFB=0.00470142;REVB=-0.0138369;RO=60;SAF=22;SAR=19;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209835;STB=0.507201;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.00915372;OID=.;OPOS=92123671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:60:61:41:41:0.401961:19:22:31:29:19:22:32:29 chr7 92131289 . G T 256.44 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.034967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.092;QD=11.272;RBI=0.0352685;REFB=-0.000986158;REVB=-0.00460155;RO=59;SAF=14;SAR=17;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713125;STB=0.53456;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00186519;OID=.;OPOS=92131289;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:59:60:31:31:0.340659:17:14:23:36:17:14:24:36 chr7 92158881 . T C 87.75 PASS AF=0.16;AO=16;DP=100;FAO=16;FDP=100;FR=.;FRO=84;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=0.0683673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.861;QD=3.51;RBI=0.073957;REFB=-0.00545189;REVB=-0.0282053;RO=82;SAF=10;SAR=6;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217225;STB=0.634161;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0330652;OID=.;OPOS=92158881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:100:100:82:84:16:16:0.16:6:10:37:45:6:10:39:45 chr7 92236829 . A G 443.43 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0391355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1188;QD=19.0722;RBI=0.0394312;REFB=-0.0147067;REVB=0.00481969;RO=48;SAF=21;SAR=24;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00777557;STB=0.504321;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0131878;OID=.;OPOS=92236829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:24:21:22:26:24:21:22:26 chr7 92237396 . A T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00186587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.519;QD=14.6657;RBI=0.00960306;REFB=-0.00847448;REVB=0.00942005;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263259;STB=0.651978;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.01259;OID=.;OPOS=92237396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:6:9:7:14:6:9:7:14 chr7 92241633 . G C 292.75 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00616016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.068;QD=27.2322;RBI=0.0217828;REFB=-0.0108705;REVB=0.0208936;RO=17;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147606;STB=0.581334;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00348489;OID=.;OPOS=92241633;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:13:13:12:5:13:13:12:5 chr7 92247462 . G C 679.87 PASS AF=0.554622;AO=63;DP=116;FAO=66;FDP=119;FR=.;FRO=53;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=10;FWDB=0.0297792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.96;QD=22.8529;RBI=0.0307254;REFB=-0.0328204;REVB=0.00756656;RO=53;SAF=37;SAR=26;SRF=43;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201388;STB=0.59975;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0128256;OID=.;OPOS=92247462;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:53:53:63:66:0.554622:26:37:43:10:26:40:43:10 chr7 92600509 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.785;QD=62.9829;RBI=0.0468967;REFB=0;REVB=0.027156;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222183;OID=.;OPOS=92600509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr7 92985305 . C G 283.92 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=-0.000818049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.689;QD=15.1424;RBI=0.00155983;REFB=-0.0165966;REVB=-0.00132811;RO=43;SAF=19;SAR=13;SRF=33;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191589;STB=0.607306;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0167118;OID=.;OPOS=92985305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:13:19:33:10:13:19:33:10 chr7 93054827 . C CTCTT,CTCTTT 1233.6 PASS AF=0.91,0;AO=75,12;DP=108;FAO=91,0;FDP=100;FR=.;FRO=9;FSAF=79,0;FSAR=12,0;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.011491,0.00904956;FXX=0.0476145;HRUN=1,1;LEN=4,5;MLLD=256.738,243.698;QD=49.344;RBI=0.0297071,0.039612;REFB=-0.0104728,-0.00556112;REVB=-0.0273947,-0.0385644;RO=12;SAF=70,5;SAR=5,7;SRF=11;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0170798,-0.419014;STB=0.504103,0.5;STBP=0.902,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00107684,0;OID=.,.;OPOS=93054828,93054828;OREF=-,-;OALT=TCTT,TCTTT;OMAPALT=CTCTT,CTCTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.91,0:75,12:108:91,0:100:9:79,0:12,0:8:1:34:12:70,5:5,7:11:1 chr7 93055344 . T G 277.56 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.029996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5128;QD=16.0907;RBI=0.0300046;REFB=0.00464409;REVB=-0.000714814;RO=38;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730923;STB=0.541172;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00506087;OID=.;OPOS=93055344;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:17:14:20:18:17:14:20:18 chr7 93055650 . G A 1122.84 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113994;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8089;QD=60.694;RBI=0.0148722;REFB=0;REVB=-0.00955175;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130986;OID=.;OPOS=93055650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:31:43:0:0:31:43:0:0 chr7 93055753 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.017;QD=57.1062;RBI=0.0367336;REFB=0;REVB=0.0318138;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136276;OID=.;OPOS=93055753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:18:37:0:0:18:37:0:0 chr7 93116299 . A G 169.42 PASS AF=0.370968;AO=20;DP=59;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0178658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.303;QD=10.9304;RBI=0.0184671;REFB=-0.00195167;REVB=-0.00467412;RO=38;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114441;STB=0.593139;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00293704;OID=.;OPOS=93116299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:38:39:20:23:0.370968:9:11:17:21:9:14:18:21 chr7 93515993 . T G 260.43 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00245885;FXX=0.017854;HRUN=6;LEN=1;MLLD=137.333;QD=18.9404;RBI=0.00449996;REFB=-0.00143847;REVB=0.00376878;RO=22;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122994;STB=0.580756;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0038084;OID=.;OPOS=93515993;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:27:28:28:0.509091:17:11:12:10:17:11:15:12 chr7 93518498 . G A 147.07 PASS AF=0.265823;AO=21;DP=80;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00695633;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.065;QD=7.44664;RBI=0.00754746;REFB=-0.00543546;REVB=0.00292809;RO=57;SAF=8;SAR=13;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936544;STB=0.563755;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0149632;OID=.;OPOS=93518498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:57:58:21:21:0.265823:13:8:26:31:13:8:27:31 chr7 93623458 . A G 622.52 PASS AF=0.565657;AO=55;DP=98;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00593128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.135;QD=25.1523;RBI=0.0104539;REFB=-0.00879982;REVB=0.00860833;RO=43;SAF=28;SAR=27;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072418;STB=0.543017;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00622117;OID=.;OPOS=93623458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:43:43:55:56:0.565657:27:28:18:25:27:29:18:25 chr7 94027699 . T C 1391.86 PASS AF=0.417344;AO=152;DP=368;FAO=154;FDP=369;FR=.;FRO=215;FSAF=90;FSAR=64;FSRF=127;FSRR=88;FWDB=-0.000860636;FXX=0.00270263;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.482;QD=15.088;RBI=0.00523142;REFB=-0.0173851;REVB=0.00516014;RO=212;SAF=88;SAR=64;SRF=124;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00639591;STB=0.503772;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0241918;OID=.;OPOS=94027699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:368:369:212:215:152:154:0.417344:64:88:124:88:64:90:127:88 chr7 94030899 . T C 2245.27 PASS AF=0.441341;AO=235;DP=535;FAO=237;FDP=537;FR=.;FRO=300;FSAF=148;FSAR=89;FSRF=199;FSRR=101;FWDB=0.00597591;FXX=0.00371051;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.613;QD=16.7245;RBI=0.0109734;REFB=-0.00832538;REVB=-0.00920345;RO=296;SAF=146;SAR=89;SRF=196;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443622;STB=0.523412;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0121292;OID=.;OPOS=94030899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:535:537:296:300:235:237:0.441341:89:146:196:100:89:148:199:101 chr7 94038934 . C T 787.26 PASS AF=0.408257;AO=89;DP=219;FAO=89;FDP=218;FR=.;FRO=129;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=90;FSRR=39;FWDB=-0.0441365;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2828;QD=14.4451;RBI=0.0463288;REFB=-0.0263529;REVB=-0.0140831;RO=129;SAF=39;SAR=50;SRF=90;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269567;STB=0.650104;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0302286;OID=.;OPOS=94038934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:129:129:89:89:0.408257:50:39:90:39:50:39:90:39 chr7 94039032 . C T 684.67 PASS AF=0.466216;AO=68;DP=148;FAO=69;FDP=148;FR=.;FRO=79;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=55;FSRR=24;FWDB=-0.00378591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.483;QD=18.5047;RBI=0.0349712;REFB=-0.0102563;REVB=0.0347657;RO=79;SAF=41;SAR=27;SRF=55;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096672;STB=0.55008;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.015348;OID=.;OPOS=94039032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:79:79:68:69:0.466216:27:41:55:24:27:42:55:24 chr7 94043239 . C G 527.07 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00632789;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=339.772;QD=21.961;RBI=0.00633341;REFB=-0.0057802;REVB=0.00026422;RO=46;SAF=24;SAR=26;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584287;STB=0.532205;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00544188;OID=.;OPOS=94043239;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:46:50:50:0.520833:26:24:19:27:26:24:19:27 chr7 94047050 . G T 673.85 PASS AF=0.472603;AO=67;DP=144;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.0476702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8612;QD=18.4617;RBI=0.0518366;REFB=-0.0476763;REVB=0.0203616;RO=76;SAF=34;SAR=33;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197588;STB=0.521733;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0596425;OID=.;OPOS=94047050;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:76:77:67:69:0.472603:33:34:37:39:33:36:37:40 chr7 94049710 . G A 269.78 PASS AF=0.215686;AO=44;DP=204;FAO=44;FDP=204;FR=.;FRO=160;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=82;FSRR=78;FWDB=0.000735435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.034;QD=5.28979;RBI=0.00124755;REFB=-0.0125568;REVB=0.00100773;RO=160;SAF=23;SAR=21;SRF=82;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013066;STB=0.508029;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0320647;OID=.;OPOS=94049710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:160:160:44:44:0.215686:21:23:82:78:21:23:82:78 chr7 94059899 . C T 237.68 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00441974;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.934;QD=13.7784;RBI=0.00637292;REFB=-0.00802491;REVB=0.00459129;RO=40;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627041;STB=0.528477;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00893509;OID=.;OPOS=94059899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:40:41:28:28:0.405797:13:15:19:21:13:15:20:21 chr7 94173803 . T C 911.4 PASS AF=0.520231;AO=90;DP=173;FAO=90;FDP=173;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.00391046;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.144;QD=21.0727;RBI=0.00688557;REFB=-0.00123312;REVB=0.00566739;RO=83;SAF=37;SAR=53;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948063;STB=0.552;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00108832;OID=.;OPOS=94173803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:83:83:90:90:0.520231:53:37:43:40:53:37:43:40 chr7 94174854 . T C 2336.85 PASS AF=0.9875;AO=156;DP=160;FAO=158;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=91;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00119335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.627;QD=58.4213;RBI=0.0553892;REFB=-0.180466;REVB=0.0553763;RO=3;SAF=91;SAR=65;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921208;STB=0.500971;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00170458;OID=.;OPOS=94174854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:160:160:3:2:156:158:0.9875:65:91:1:2:67:91:1:1 chr7 94185888 . G A 303.58 PASS AF=0.366337;AO=36;DP=100;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.00843085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.166;QD=12.0228;RBI=0.00959146;REFB=-0.0134515;REVB=0.00457348;RO=64;SAF=12;SAR=24;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175881;STB=0.587598;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0217303;OID=.;OPOS=94185888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:64:64:36:37:0.366337:24:12:31:33:24:13:31:33 chr7 94186068 . A G 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0101754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.994;QD=12.4668;RBI=0.0134482;REFB=-0.00662494;REVB=0.00879283;RO=33;SAF=15;SAR=5;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337059;STB=0.696762;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00755491;OID=.;OPOS=94186068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:5:15:15:18:5:15:15:18 chr7 94232643 . ATT A 69.02 PASS AF=0.276923;AO=11;DP=64;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0232998;FXX=0.0298463;HRUN=6;LEN=2;MLLD=21.8192;QD=4.24744;RBI=0.0240736;REFB=-0.00559758;REVB=0.00605469;RO=36;SAF=11;SAR=0;SRF=16;SRR=20;SSEN=0.396491;SSEP=0;SSSB=0.76555;STB=0.865233;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.026219;OID=.;OPOS=94232644;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.276923:11:64:18:65:47:16:2:20:27:69:36:11:0:16:20 chr7 94273994 . A G 280.81 PASS AF=0.402439;AO=31;DP=79;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.0115065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5354;QD=13.6979;RBI=0.0221002;REFB=-0.00401389;REVB=-0.0188685;RO=48;SAF=20;SAR=11;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252296;STB=0.524257;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0062404;OID=.;OPOS=94273994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:48:49:31:33:0.402439:11:20:32:16:12:21:33:16 chr7 94293636 . G A 203.94 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0523385;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.542;QD=12.3599;RBI=0.0524087;REFB=-0.0256996;REVB=-0.00271095;RO=41;SAF=14;SAR=11;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549337;STB=0.531574;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0395344;OID=.;OPOS=94293636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:41:41:25:25:0.378788:11:14:25:16:11:14:25:16 chr7 94294682 . C A 396.53 PASS AF=0.376;AO=47;DP=125;FAO=47;FDP=125;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=-0.0171312;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6045;QD=12.6889;RBI=0.0444497;REFB=-0.0142826;REVB=0.0410159;RO=78;SAF=22;SAR=25;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160706;STB=0.591178;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0318761;OID=.;OPOS=94294682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:78:78:47:47:0.376:25:22:48:30:25:22:48:30 chr7 94295146 . T C 659.56 PASS AF=0.492537;AO=66;DP=136;FAO=66;FDP=134;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=21;FWDB=-0.00496955;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.308;QD=19.6883;RBI=0.0193158;REFB=-0.0227781;REVB=0.0186656;RO=68;SAF=37;SAR=29;SRF=47;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124181;STB=0.568342;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0198705;OID=.;OPOS=94295146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:134:68:68:66:66:0.492537:29:37:47:21:29:37:47:21 chr7 94296769 . T C 222.94 PASS AF=0.385714;AO=26;DP=69;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00448006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.06;QD=12.7394;RBI=0.0161105;REFB=-0.00691427;REVB=0.0154751;RO=43;SAF=19;SAR=7;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209162;STB=0.627918;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0116802;OID=.;OPOS=94296769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:43:43:26:27:0.385714:7:19:24:19:7:20:24:19 chr7 94296793 . C T 208.34 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0151242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.675;QD=11.4157;RBI=0.0524264;REFB=-0.0106523;REVB=-0.0501975;RO=46;SAF=21;SAR=5;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278138;STB=0.672748;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0214492;OID=.;OPOS=94296793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:47:26:26:0.356164:5:21:28:18:5:21:28:19 chr7 94297293 . GT G 95.19 PASS AF=0.530864;AO=31;DP=80;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0525524;FXX=0.0121936;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.81627;QD=4.70053;RBI=0.173723;REFB=-0.0926673;REVB=-0.165583;RO=34;SAF=16;SAR=15;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179268;STB=0.591492;STBP=0.078;TYPE=del;VARB=0.0856882;OID=.;OPOS=94297294;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.530864:31:80:43:81:38:21:22:26:12:95:34:16:15:24:10 chr7 94298237 . TACAG T 402.2 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.0195268;FXX=0.0761832;HRUN=1;LEN=4;MLLD=251.772;QD=16.5857;RBI=0.0323679;REFB=-0.0208404;REVB=-0.0258144;RO=47;SAF=24;SAR=20;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150017;STB=0.611062;STBP=0.063;TYPE=del;VARB=0.0186855;OID=.;OPOS=94298238;OREF=ACAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.453608:44:97:44:97:53:24:20:18:35:99:47:24:20:18:29 chr7 94540416 . A G 411.38 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00693861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.108;QD=21.0964;RBI=0.0301037;REFB=-0.0115823;REVB=0.0292931;RO=36;SAF=16;SAR=25;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260805;STB=0.505926;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00933832;OID=.;OPOS=94540416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:37:41:41:0.525641:25:16:13:23:25:16:14:23 chr7 94898811 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0139907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.393;QD=15.2593;RBI=0.0782578;REFB=-0.0222768;REVB=-0.0769971;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183303;STB=0.609426;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0124892;OID=.;OPOS=94898811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:3:3:5:2:3:3 chr7 94903420 . G A 364.04 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0198342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.06;QD=18.6688;RBI=0.0222212;REFB=-0.016275;REVB=0.0100194;RO=40;SAF=13;SAR=25;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152308;STB=0.58506;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0153691;OID=.;OPOS=94903420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:25:13:20:20:25:13:20:20 chr7 94924538 . G T 374.8 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.000851885;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.445;QD=15.4555;RBI=0.00546822;REFB=0.0024029;REVB=-0.00540146;RO=58;SAF=19;SAR=21;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261742;STB=0.509546;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.00336268;OID=.;OPOS=94924538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:58:57:40:40:0.412371:21:19:29:29:21:19:28:29 chr7 94937446 . T C 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0262542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.678;QD=17.0591;RBI=0.0290513;REFB=-0.00164947;REVB=0.0124377;RO=38;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00690828;STB=0.503874;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00244095;OID=.;OPOS=94937446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:18:15:17:21:18:15:17:21 chr7 95001555 . C T 725.32 PASS AF=0.496732;AO=74;DP=152;FAO=76;FDP=153;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.05077;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.012;QD=18.9625;RBI=0.0508188;REFB=-0.0113531;REVB=0.00222654;RO=77;SAF=32;SAR=42;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689565;STB=0.529892;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0107673;OID=.;OPOS=95001555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:77:77:74:76:0.496732:42:32:39:38:42:34:39:38 chr7 95024046 . A G 328.94 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=0.0240415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.817;QD=12.8997;RBI=0.0243021;REFB=-0.00472397;REVB=-0.00354944;RO=62;SAF=21;SAR=18;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814808;STB=0.550433;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00574479;OID=.;OPOS=95024046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:63:39:39:0.382353:18:21:38:24:18:21:39:24 chr7 95034397 . T C 367.38 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0966559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.179;QD=16.8908;RBI=0.096656;REFB=0.00707509;REVB=-0.000116245;RO=48;SAF=17;SAR=22;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192863;STB=0.510812;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.00812922;OID=.;OPOS=95034397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:22:17:20:28:22:17:20:28 chr7 95213059 . G A 1095.99 PASS AF=1;AO=44;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00126305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.053;QD=60.8882;RBI=0.0630874;REFB=0;REVB=0.0630747;RO=0;SAF=33;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591131;OID=.;OPOS=95213059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:44:72:1:11:33:0:0:39:33:0:0 chr7 95213953 . A C 1625.8 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00487976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.19;QD=59.1201;RBI=0.0284025;REFB=-0.0186669;REVB=0.0279802;RO=1;SAF=48;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0077189;STB=0.504064;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=2.25841e-05;OID=.;OPOS=95213953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:61:48:0:1:61:48:0:1 chr7 95216394 . T G 728.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000891631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.704;QD=57.1722;RBI=0.0327296;REFB=0;REVB=0.0327174;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375622;OID=.;OPOS=95216394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr7 95499234 . A G 533.16 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00454664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4019;QD=23.1809;RBI=0.00780443;REFB=0.0125683;REVB=-0.00634329;RO=41;SAF=31;SAR=19;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131349;STB=0.578121;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00902025;OID=.;OPOS=95499234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:42:50:50:0.543478:19:31:19:22:19:31:19:23 chr7 95668664 . C A 2295.62 PASS AF=0.993151;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0255655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.39;QD=62.8937;RBI=0.0277011;REFB=-0.0796443;REVB=-0.0106657;RO=1;SAF=61;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00562817;STB=0.502958;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000215977;OID=.;OPOS=95668664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:146:1:1:145:145:0.993151:84:61:0:1:84:61:0:1 chr7 96640130 . C T 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.00558233;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=271.263;QD=22.7237;RBI=0.0061168;REFB=-0.0130207;REVB=-0.00250059;RO=16;SAF=4;SAR=16;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156662;STB=0.508763;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00957812;OID=.;OPOS=96640130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:16:4:3:13:16:4:3:13 chr7 96810485 . T C 79.26 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00240307;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.118;QD=6.47032;RBI=0.00489521;REFB=0.00188858;REVB=0.00426478;RO=38;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258758;STB=0.663941;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00143943;OID=.;OPOS=96810485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:50:49:38:38:11:11:0.22449:4:7:16:22:4:7:16:22 chr7 97488569 . A T 885.9 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.303;QD=58.092;RBI=0.0459813;REFB=0;REVB=0.0445818;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137807;OID=.;OPOS=97488569;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:31:29:0:0:32:29:0:0 chr7 97821855 . T C 336.9 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.00371392;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=85.3881;QD=14.8089;RBI=0.00791422;REFB=-0.00843889;REVB=0.00698868;RO=53;SAF=22;SAR=15;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223556;STB=0.620747;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.024726;OID=.;OPOS=97821855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:53:54:37:37:0.406593:15:22:20:33:15:22:21:33 chr7 97823125 . G A 199.44 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0108117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.43;QD=15.6427;RBI=0.0305967;REFB=0.00295614;REVB=-0.0286228;RO=29;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400021;STB=0.522831;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.00551309;OID=.;OPOS=97823125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:9:13:16:13:9:13:16:13 chr7 97823629 . A G 302.1 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0176571;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.781;QD=24.661;RBI=0.0188785;REFB=-0.0235026;REVB=-0.00668007;RO=22;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587174;STB=0.532601;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0215161;OID=.;OPOS=97823629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:13:14:13:9:13:14:13:9 chr7 97823798 . GC G 85.69 PASS AF=0.365385;AO=20;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0975377;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.3312;QD=6.59179;RBI=0.105998;REFB=-0.0114251;REVB=-0.0414964;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0.3125;SSSB=0.111039;STB=0.517727;STBP=0.846;TYPE=del;VARB=0.00938598;OID=.;OPOS=97823799;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365385:20:52:19:52:33:8:11:13:20:85:29:9:11:10:19 chr7 97854393 . G A 66.27 PASS AF=0.36;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00946012;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.675;QD=10.6029;RBI=0.0199597;REFB=0.000654955;REVB=0.0175755;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25384;STB=0.651856;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.000139908;OID=.;OPOS=97854393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:26:25:16:16:9:9:0.36:5:4:11:5:5:4:11:5 chr7 97863145 . G A 273.98 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0218697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.565;QD=21.4889;RBI=0.0299658;REFB=-0.00906019;REVB=0.0204857;RO=23;SAF=20;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17034;STB=0.599924;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00649822;OID=.;OPOS=97863145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:23:27:28:0.54902:7:20:13:10:7:21:13:10 chr7 97922851 . C T 822.66 PASS AF=0.580153;AO=76;DP=131;FAO=76;FDP=131;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=52;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0182528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.321;QD=25.1194;RBI=0.0218125;REFB=-0.0143767;REVB=0.0119423;RO=55;SAF=24;SAR=52;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419143;STB=0.522846;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0168035;OID=.;OPOS=97922851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:55:55:76:76:0.580153:52:24:20:35:52:24:20:35 chr7 97923420 . C T 638.48 PASS AF=0.568807;AO=62;DP=111;FAO=62;FDP=109;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0279487;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.816;QD=23.4306;RBI=0.0319682;REFB=-0.00829753;REVB=-0.0155188;RO=47;SAF=27;SAR=35;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251543;STB=0.523153;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00783505;OID=.;OPOS=97923420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:47:47:62:62:0.568807:35:27:19:28:35:27:18:29 chr7 97933601 . C T 252.5 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.032658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.426;QD=21.042;RBI=0.035008;REFB=-0.0283275;REVB=-0.01261;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183948;STB=0.603009;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0157833;OID=.;OPOS=97933601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:13:11:16:8:13:11:16:8 chr7 98258736 . G A 480.59 PASS AF=0.369128;AO=55;DP=149;FAO=55;FDP=149;FR=.;FRO=94;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=61;FSRR=33;FWDB=-0.019067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5886;QD=12.9017;RBI=0.0378745;REFB=-0.0105622;REVB=0.0327251;RO=93;SAF=37;SAR=18;SRF=61;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209067;STB=0.516838;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0233113;OID=.;OPOS=98258736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:93:94:55:55:0.369128:18:37:61:32:18:37:61:33 chr7 98460824 . C A 917.39 PASS AF=0.871795;AO=68;DP=78;FAO=68;FDP=78;FR=.;FRO=10;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0225449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4152;QD=47.0454;RBI=0.0344038;REFB=-0.0642681;REVB=0.0259875;RO=10;SAF=31;SAR=37;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107037;STB=0.505693;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0600402;OID=.;OPOS=98460824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:78:78:10:10:68:68:0.871795:37:31:5:5:37:31:5:5 chr7 98628239 . C T 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0249309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.485;QD=9.65115;RBI=0.0327225;REFB=-0.000653318;REVB=0.0211946;RO=33;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658857;STB=0.53982;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00267215;OID=.;OPOS=98628239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:8:6:16:17:8:6:16:17 chr7 98633328 . G A 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0174414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.746;QD=9.93232;RBI=0.0179638;REFB=-0.00171875;REVB=-0.00430092;RO=35;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287142;STB=0.669952;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00404638;OID=.;OPOS=98633328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:7:8:10:25:7:8:10:25 chr7 98650051 . G C 804.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00521318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3395;QD=64.3328;RBI=0.00802438;REFB=0;REVB=0.00610028;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14067e-05;OID=.;OPOS=98650051;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr7 98782750 . C T 1118.25 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0364114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.943;QD=58.8554;RBI=0.0405097;REFB=-0.0781862;REVB=-0.0177552;RO=1;SAF=38;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012289;STB=0.506492;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000422699;OID=.;OPOS=98782750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:37:38:1:0:37:38:1:0 chr7 98790684 . A G 198.03 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00168434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6424;QD=15.5317;RBI=0.0300145;REFB=-0.0125769;REVB=0.0299672;RO=28;SAF=4;SAR=17;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395435;STB=0.743557;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0208552;OID=.;OPOS=98790684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:21:22:0.431373:17:4:15:13:18:4:16:13 chr7 99123792 . G A 148.63 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0140348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.518;QD=10.8092;RBI=0.0245986;REFB=0.000896794;REVB=-0.0202018;RO=36;SAF=11;SAR=8;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149661;STB=0.587694;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.0034503;OID=.;OPOS=99123792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:8:11:16:20:8:11:16:20 chr7 99202020 . G A 329.82 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0227057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.911;QD=15.7059;RBI=0.0227063;REFB=-0.020744;REVB=-0.000158778;RO=46;SAF=21;SAR=15;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487802;STB=0.524678;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0201343;OID=.;OPOS=99202020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:48:36:36:0.428571:15:21:29:17:15:21:30:18 chr7 99217526 . C T 137.13 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.041527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.867;QD=11.1939;RBI=0.0415439;REFB=-0.0203443;REVB=-0.00118644;RO=33;SAF=3;SAR=13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490223;STB=0.792724;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0336479;OID=.;OPOS=99217526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:13:3:20:13:13:3:20:13 chr7 99260499 . G A 555.11 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.041512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.092;QD=20.004;RBI=0.0419588;REFB=-0.0106218;REVB=-0.0061064;RO=53;SAF=23;SAR=34;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238851;STB=0.507406;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.013233;OID=.;OPOS=99260499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:53:54:57:57:0.513514:34:23:20:33:34:23:21:33 chr7 99264589 . C T 218.15 PASS AF=0.262295;AO=32;DP=122;FAO=32;FDP=122;FR=.;FRO=90;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=-0.00038583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.06;QD=7.15233;RBI=0.0363398;REFB=-0.00667814;REVB=-0.0363378;RO=89;SAF=13;SAR=19;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176639;STB=0.609403;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.028058;OID=.;OPOS=99264589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:89:90:32:32:0.262295:19:13:49:40:19:13:50:40 chr7 99306685 . C G 1627.78 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409695;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1019;QD=60.2881;RBI=0.043609;REFB=0;REVB=0.0149415;RO=1;SAF=67;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070321;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392525;OID=.;OPOS=99306685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:1:0:107:108:1:40:67:1:0:40:68:0:0 chr7 99361626 . A G 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0133764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.606;QD=17.7107;RBI=0.0171092;REFB=-0.016766;REVB=-0.0106676;RO=36;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022056;STB=0.512344;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0163929;OID=.;OPOS=99361626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:20:13:15:21:20:13:15:21 chr7 99474427 . A G 273.37 PASS AF=0.442857;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00811356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.691;QD=15.6214;RBI=0.0092518;REFB=-0.0139468;REVB=0.00444589;RO=35;SAF=15;SAR=15;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15087;STB=0.558786;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0148754;OID=.;OPOS=99474427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:39:30:31:0.442857:15:15:23:12:16:15:23:16 chr7 99490036 . G A 315.35 PASS AF=0.376238;AO=37;DP=101;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.0418715;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.029;QD=12.489;RBI=0.0426156;REFB=-0.00483865;REVB=-0.00792862;RO=58;SAF=20;SAR=17;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874058;STB=0.562701;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00504516;OID=.;OPOS=99490036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:63:37:38:0.376238:17:20:36:22:17:21:41:22 chr7 99500899 . T C 219.81 PASS AF=0.36;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0504667;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.139;QD=11.7234;RBI=0.050559;REFB=-0.00596526;REVB=0.00305508;RO=48;SAF=16;SAR=11;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807486;STB=0.546699;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.025045;OID=.;OPOS=99500899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:48:48:27:27:0.36:11:16:25:23:11:16:25:23 chr7 99500911 . A G 219.85 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00331741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.429;QD=11.8835;RBI=0.0067835;REFB=-0.0136604;REVB=0.00591698;RO=47;SAF=15;SAR=12;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00263274;STB=0.501519;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0248757;OID=.;OPOS=99500911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:12:15:26:21:12:15:26:21 chr7 99569394 . G A 819.43 PASS AF=0.604839;AO=75;DP=124;FAO=75;FDP=124;FR=.;FRO=49;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.017591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.041;QD=26.4333;RBI=0.05929;REFB=-0.0281817;REVB=-0.0566203;RO=48;SAF=39;SAR=36;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156167;STB=0.512286;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0192077;OID=.;OPOS=99569394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:48:49:75:75:0.604839:36:39:26:22:36:39:27:22 chr7 99578411 . T C 755.76 PASS AF=0.457143;AO=80;DP=174;FAO=80;FDP=175;FR=.;FRO=95;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=-0.00312263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.279;QD=17.2746;RBI=0.00648033;REFB=-0.00822765;REVB=0.00567837;RO=94;SAF=30;SAR=50;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135438;STB=0.578311;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0133102;OID=.;OPOS=99578411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:94:95:80:80:0.457143:50:30:48:46:50:30:49:46 chr7 99580907 . C G 227.03 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0046216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.98;QD=13.5537;RBI=0.017357;REFB=-0.00697091;REVB=-0.0167304;RO=39;SAF=15;SAR=12;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360483;STB=0.527007;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00903056;OID=.;OPOS=99580907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:39:40:27:27:0.402985:12:15:23:16:12:15:24:16 chr7 99669802 . A G 817.69 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0353042;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.054;QD=55.4369;RBI=0.04121;REFB=0.0885206;REVB=0.0212573;RO=1;SAF=13;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349001;STB=0.518512;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.000181627;OID=.;OPOS=99669802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:1:1:58:58:0.983051:45:13:1:0:45:13:1:0 chr7 99709835 . AGGGGGC AGGGG,AGGGGC,AGGGGCC 813.04 PASS AF=0.968085,0,0;AO=38,22,15;DP=107;FAO=91,0,0;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=49,0,0;FSAR=42,0,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0677424,0.333484,0.289941;FXX=0.059994;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=16.0369,8.88544,5.32876;QD=34.5972;RBI=0.215269,0.339046,0.323156;REFB=-0.113551,-0.0671999,0.033321;REVB=0.204332,0.0611593,-0.142703;RO=21;SAF=16,16,15;SAR=22,6,0;SRF=15;SRR=6;SSEN=0.354167,0.354167,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.189858,0.0140998,0.787873;STB=0.506577,0.5,0.5;STBP=0.461,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00397817,0.0695269,0;OID=.,.,.;OPOS=99709840,99709836,99709840;OREF=GC,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC,AGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.968085,0,0:38,22,15:107:91,0,0:94:3:49,0,0:42,0,0:1:2:8:21:16,16,15:22,6,0:15:6 chr7 99772298 . A C 1236.86 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.571;QD=61.0795;RBI=0.0448798;REFB=0;REVB=0.0182939;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88148e-05;OID=.;OPOS=99772298;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:74:81:0:0:74:81:1:41:33:0:0:44:37:0:0 chr7 99816256 . C A 482.36 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.862;QD=58.4676;RBI=0.0627359;REFB=0;REVB=-0.0127937;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218121;OID=.;OPOS=99816256;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:9:24:0:0:9:24:0:0 chr7 99816272 . A G 393.09 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8517;QD=56.1563;RBI=0.0755332;REFB=0;REVB=0.0568885;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257325;OID=.;OPOS=99816272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:9:18:0:0:9:19:0:0 chr7 99816275 . G C 373.51 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.116;QD=55.3348;RBI=0.0417795;REFB=0;REVB=0.0335567;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00315207;OID=.;OPOS=99816275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:25:27:1:8:17:0:0:8:19:0:0 chr7 99817859 . A G 465.12 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6745;QD=58.1398;RBI=0.0256004;REFB=0;REVB=-0.00758757;RO=0;SAF=24;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000595512;OID=.;OPOS=99817859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:7:24:0:0:7:25:0:0 chr7 99821504 . C T 192.08 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0117018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.893;QD=11.8204;RBI=0.0119371;REFB=-0.0106623;REVB=-0.00235843;RO=40;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541551;STB=0.53843;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0176503;OID=.;OPOS=99821504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:40:41:24:24:0.369231:12:12:18:22:12:12:18:23 chr7 99821685 . C T 610.49 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.032081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.639;QD=56.79;RBI=0.0335374;REFB=-0.0608146;REVB=0.00977582;RO=1;SAF=15;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302497;STB=0.531235;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00177251;OID=.;OPOS=99821685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:1:2:41:41:0.953488:26:15:1:0:26:15:2:0 chr7 99954316 . C T 191.46 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.0127477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.847;QD=9.69395;RBI=0.0504565;REFB=-0.00446383;REVB=-0.0488196;RO=51;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127016;STB=0.575256;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00732156;OID=.;OPOS=99954316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:54:25:25:0.316456:14:11:17:34:14:11:18:36 chr7 99971313 . T C 1499.56 PASS AF=0.963964;AO=98;DP=101;FAO=107;FDP=111;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0742963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.2089;QD=54.0382;RBI=0.0843243;REFB=-0.0945504;REVB=0.039883;RO=3;SAF=46;SAR=52;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299275;STB=0.517854;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0137499;OID=.;OPOS=99971313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:101:111:3:4:98:107:0.963964:52:46:3:0:53:54:4:0 chr7 99971834 . A G 2456.87 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00873883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.547;QD=61.4217;RBI=0.0295277;REFB=0;REVB=0.028205;RO=0;SAF=66;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37442e-05;OID=.;OPOS=99971834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:160:0:0:159:160:1:93:66:0:0:93:67:0:0 chr7 99998669 . C T 209.46 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0227052;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.824;QD=13.7349;RBI=0.0530224;REFB=-0.0165561;REVB=0.047915;RO=37;SAF=17;SAR=7;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408138;STB=0.537705;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0282046;OID=.;OPOS=99998669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:36:24:25:0.409836:7:17:25:12:7:18:24:12 chr7 100065477 . CTTTTTC CCTTTTC,CTTTT,CTTTTC 484.32 PASS AF=0.106061,0,0.893939;AO=12,9,21;DP=66;FAO=7,0,59;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,28;FSAR=5,0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00196215,-0.0110061,0.169295;FXX=0.0149231;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=7.58711,172.447,9.52768;QD=29.3527;RBI=0.252999,0.026566,0.463079;REFB=0,0,0;REVB=0.252991,0.0241789,0.431023;RO=16;SAF=4,5,11;SAR=8,4,10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.023118,0.25384,0.162899;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.0898653,0,0.0206703;OID=.,.,.;OPOS=100065478,100065482,100065478;OREF=T,TC,T;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCTTTTC,CTTTT,CTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.106061,0,0.893939:12,9,21:66:7,0,59:66:0:2,0,28:5,0,31:0:0:17:16:4,5,11:8,4,10:5:11 chr7 100065639 . A AC 30.88 PASS AF=0.13913;AO=23;DP=118;FAO=16;FDP=115;FR=.;FRO=99;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=59;FWDB=-0.0237303;FXX=0.00861995;HRUN=0;LEN=1;MLLD=77.6861;QD=1.07406;RBI=0.0946941;REFB=-0.00139305;REVB=-0.0916725;RO=92;SAF=9;SAR=14;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143889;STB=0.526283;STBP=0.842;TYPE=ins;VARB=0.0335813;OID=.;OPOS=100065640;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.13913:23:118:16:115:99:6:10:40:59:30:92:9:14:37:55 chr7 100065678 . C G 652.38 PASS AF=0.601942;AO=60;DP=103;FAO=62;FDP=103;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0738125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.198;QD=25.3349;RBI=0.0741426;REFB=-0.0277683;REVB=0.00698879;RO=41;SAF=17;SAR=43;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519026;STB=0.532635;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0159007;OID=.;OPOS=100065678;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:41:41:60:62:0.601942:43:17:14:27:45:17:14:27 chr7 100175472 . GT G,GC 295.12 PASS AF=0.217391,0.782609;AO=6,16;DP=23;FAO=5,18;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=2,13;FSAR=3,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187272,0.0182759;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.712,153.52;QD=51.3247;RBI=0.0210898,0.0232928;REFB=0,0;REVB=0.00969905,0.0144411;RO=0;SAF=3,11;SAR=3,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.36667e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00854494,-0.000117794;OID=.,.;OPOS=100175473,100175473;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.217391,0.782609:6,16:23:5,18:23:0:2,13:3,5:0:0:15:0:3,11:3,5:0:0 chr7 100205717 . C T 253.54 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=95;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0250045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.316;QD=10.6755;RBI=0.0281564;REFB=-0.0198776;REVB=-0.0129444;RO=64;SAF=14;SAR=17;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199494;STB=0.51162;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0376416;OID=.;OPOS=100205717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:64:64:31:31:0.326316:17:14:30:34:17:14:30:34 chr7 100212754 . C T 257.87 PASS AF=0.55814;AO=20;DP=39;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.031797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.628;QD=23.9883;RBI=0.0323611;REFB=-0.0224159;REVB=0.00601612;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26582;STB=0.665907;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00938955;OID=.;OPOS=100212754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:43:19:19:20:24:0.55814:11:9:3:16:11:13:3:16 chr7 100225031 . G A 128.02 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.118042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5719;QD=20.4839;RBI=0.118481;REFB=0.0194201;REVB=0.0101851;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00546547;STB=0.503101;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00607098;OID=.;OPOS=100225031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:9:5:4:7:9:5:4:7 chr7 100278657 . A G 344.31 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373133;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3178;QD=55.0888;RBI=0.0375473;REFB=0;REVB=-0.00418526;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352682;OID=.;OPOS=100278657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr7 100280729 . G A 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00213205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.54;QD=9.91657;RBI=0.0216104;REFB=-0.0151479;REVB=0.0215049;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25384;STB=0.629974;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0241079;OID=.;OPOS=100280729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:5:4:11:5:5:4:11:6 chr7 100285476 . C T 286.11 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0449274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.291;QD=20.4365;RBI=0.0460145;REFB=-0.0105404;REVB=0.00994305;RO=26;SAF=8;SAR=22;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427534;STB=0.523793;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0086855;OID=.;OPOS=100285476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:22:8:8:18:22:8:8:18 chr7 100334216 . G A 929.21 PASS AF=0.762376;AO=76;DP=101;FAO=77;FDP=101;FR=.;FRO=24;FSAF=59;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0375367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6775;QD=36.8003;RBI=0.0391361;REFB=0.0214468;REVB=0.0110739;RO=24;SAF=58;SAR=18;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104592;STB=0.556964;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00679056;OID=.;OPOS=100334216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:24:24:76:77:0.762376:18:58:14:10:18:59:14:10 chr7 100348384 . T C 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5013;QD=56.936;RBI=0.0473034;REFB=0;REVB=-0.0393922;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108579;OID=.;OPOS=100348384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr7 100371358 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.316;QD=57.7123;RBI=0.0586141;REFB=0;REVB=0.037371;RO=0;SAF=40;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317501;OID=.;OPOS=100371358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:19:40:0:0:19:40:0:0 chr7 100371474 . G A 534.16 PASS AF=0.904762;AO=37;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0407009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.342;QD=50.8722;RBI=0.0424835;REFB=-0.098003;REVB=0.0121771;RO=3;SAF=23;SAR=14;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572614;STB=0.539979;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00269449;OID=.;OPOS=100371474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:42:42:3:4:37:38:0.904762:14:23:3:0:15:23:4:0 chr7 100371476 . T G,TG 529.48 PASS AF=0,1;AO=3,32;DP=38;FAO=0,36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219232,0.0326193;FXX=0.0270197;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=202.528,227.653;QD=58.831;RBI=0.0261379,0.0449627;REFB=0,0;REVB=0.0142325,0.0309456;RO=3;SAF=1,21;SAR=2,11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.255936,-0.00184338;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0230541,0.000419609;OID=.,.;OPOS=100371476,100371477;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:38:36:3:0:3,32:0,36:0,1:2,11:1,21:2:1:0,13:0,23:0:0 chr7 100373077 . C G 441.76 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8074;QD=57.0006;RBI=0.0149341;REFB=0;REVB=-0.00556877;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257413;OID=.;OPOS=100373077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:19:11:0:0:19:12:0:0 chr7 100373367 . G C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00120857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.67;QD=64.4151;RBI=0.00970601;REFB=0;REVB=-0.00963047;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.30618e-05;OID=.;OPOS=100373367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr7 100386900 . T C 1148.25 PASS AF=0.987179;AO=74;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0257942;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.855;QD=58.8844;RBI=0.0263074;REFB=0.0269502;REVB=-0.00517068;RO=1;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150156;STB=0.50769;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00529759;OID=.;OPOS=100386900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:74:77:0.987179:31:43:0:1:32:45:0:1 chr7 100391644 . T C 2350.67 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.029;QD=61.0564;RBI=0.0183264;REFB=0;REVB=-0.0042204;RO=0;SAF=81;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2797e-05;OID=.;OPOS=100391644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:153:154:1:72:81:0:0:73:81:0:0 chr7 100410597 . G A 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0189358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4352;QD=15.9162;RBI=0.0196043;REFB=-0.0117982;REVB=0.00507582;RO=15;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376485;STB=0.72223;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0175823;OID=.;OPOS=100410597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:11:2:7:8:11:2:7:8 chr7 100411278 . T C 240.58 PASS AF=0.424242;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0161332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6506;QD=14.5805;RBI=0.0255885;REFB=-0.0122206;REVB=0.0198618;RO=37;SAF=8;SAR=19;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15326;STB=0.588169;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0190508;OID=.;OPOS=100411278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:37:38:27:28:0.424242:19:8:16:21:20:8:16:22 chr7 100416139 . T C 274.42 PASS AF=0.4;AO=31;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.00492458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.019;QD=13.7209;RBI=0.00877943;REFB=-0.0183546;REVB=0.00726821;RO=47;SAF=9;SAR=22;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621333;STB=0.537359;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0354866;OID=.;OPOS=100416139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:48:31:32:0.4:22:9:16:31:23:9:16:32 chr7 100416250 . A G 398.68 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.0208189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.093;QD=14.3669;RBI=0.0226255;REFB=0.000760461;REVB=-0.0088594;RO=64;SAF=19;SAR=27;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423161;STB=0.519847;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.00127183;OID=.;OPOS=100416250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:65:46:46:0.414414:27:19:29:35:27:19:29:36 chr7 100424577 . GCCCCCCCCCG GCCCCCCCCCC,GCCCCCCCCG,GCCCCCCCG 422.39 PASS AF=0.287356,0.712644,0;AO=13,29,16;DP=90;FAO=25,62,0;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=7,31,0;FSAR=18,31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881623,-0.201568,-0.102383;FXX=0.0333296;HRUN=1,9,9;LEN=1,1,2;MLLD=237.325,5.61935,9.20602;QD=19.4202;RBI=0.0122769,0.203655,0.103363;REFB=0.0105212,0.0504917,0.0456765;REVB=-0.00854382,-0.0290827,-0.0141989;RO=12;SAF=3,12,10;SAR=10,17,6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.327611,-0.092024,0.0334215;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.00314379,0.0791991,0;OID=.,.,.;OPOS=100424587,100424578,100424578;OREF=G,C,CC;OALT=C,-,-;OMAPALT=GCCCCCCCCCC,GCCCCCCCCG,GCCCCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.287356,0.712644,0:13,29,16:90:25,62,0:87:0:7,31,0:18,31,0:0:0:99:12:3,12,10:10,17,6:7:5 chr7 100458795 . T C 1989.68 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.249;QD=62.1776;RBI=0.0240369;REFB=0;REVB=0.0216756;RO=0;SAF=73;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40693e-05;OID=.;OPOS=100458795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:55:73:0:0:55:73:0:0 chr7 100460331 . G A 372.89 PASS AF=0.42;AO=41;DP=102;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.00780218;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.063;QD=14.9155;RBI=0.0190581;REFB=-0.014579;REVB=0.0173879;RO=55;SAF=18;SAR=23;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215982;STB=0.508768;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0260302;OID=.;OPOS=100460331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:55:58:41:42:0.42:23:18:23:32:24:18:24:34 chr7 100465761 . C CG 33.92 PASS AF=0.0852273;AO=41;DP=181;FAO=15;FDP=176;FR=.;FRO=161;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=72;FSRR=89;FWDB=-0.168704;FXX=0.0056494;HRUN=0;LEN=1;MLLD=30.1957;QD=0.770796;RBI=0.168946;REFB=-0.00915737;REVB=-0.00903019;RO=139;SAF=29;SAR=12;SRF=52;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408835;STB=0.676129;STBP=0.177;TYPE=ins;VARB=0.137255;OID=.;OPOS=100465762;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0852273:41:181:15:176:161:4:11:72:89:33:139:29:12:52:87 chr7 100466441 . G A 714.39 PASS AF=0.417112;AO=78;DP=187;FAO=78;FDP=187;FR=.;FRO=109;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=-0.0105628;FXX=0.00531887;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.414;QD=15.281;RBI=0.0106653;REFB=-0.0232592;REVB=-0.00147477;RO=108;SAF=32;SAR=46;SRF=56;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113378;STB=0.56096;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.032929;OID=.;OPOS=100466441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:108:109:78:78:0.417112:46:32:56:52:46:32:56:53 chr7 100468284 . A G 2257.57 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0764251;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5243;QD=63.5935;RBI=0.0791074;REFB=0;REVB=-0.0204253;RO=0;SAF=50;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000421803;OID=.;OPOS=100468284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:92:50:0:0:92:50:0:0 chr7 100482026 . T C 594.28 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.151;QD=60.9513;RBI=0.102668;REFB=0;REVB=-0.0993662;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00207435;OID=.;OPOS=100482026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr7 100483916 . C T 184.38 PASS AF=0.280899;AO=25;DP=89;FAO=25;FDP=89;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0276911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.737;QD=8.28685;RBI=0.0279365;REFB=-0.0163;REVB=-0.00369457;RO=64;SAF=13;SAR=12;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240957;STB=0.514377;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0340369;OID=.;OPOS=100483916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:64:64:25:25:0.280899:12:13:32:32:12:13:32:32 chr7 100486656 . T G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.029;QD=59.4342;RBI=0.0646632;REFB=0;REVB=0.0223948;RO=0;SAF=5;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424843;OID=.;OPOS=100486656;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:30:5:0:0:30:5:0:0 chr7 100490206 . G A 141.89 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0195893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3686;QD=9.61969;RBI=0.0207033;REFB=-0.0305195;REVB=0.00669973;RO=39;SAF=11;SAR=8;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10499;STB=0.550134;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0478681;OID=.;OPOS=100490206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:40:19:19:0.322034:8:11:26:13:8:11:26:14 chr7 100494222 . G GC 1782.79 PASS AF=1;AO=143;DP=153;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284716;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.3846;QD=48.1834;RBI=0.0717279;REFB=0;REVB=0.0658352;RO=7;SAF=62;SAR=81;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000450499;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000278638;OID=.;OPOS=100494223;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:143:153:148:148:0:65:83:0:0:32:7:62:81:3:4 chr7 100549573 . G T 126.88 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.024715;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7855;QD=9.22785;RBI=0.0587392;REFB=-0.00584327;REVB=-0.0532866;RO=38;SAF=9;SAR=8;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340672;STB=0.520319;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00876457;OID=.;OPOS=100549573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:38:38:17:17:0.309091:8:9:19:19:8:9:19:19 chr7 100549583 . G A 159.19 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0220348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.474;QD=10.1075;RBI=0.0235564;REFB=-0.0133562;REVB=0.00832897;RO=42;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163797;STB=0.596238;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0207823;OID=.;OPOS=100549583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:8:13:20:22:8:13:20:22 chr7 100549592 . TT AA 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00349336;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=188.87;QD=11.8156;RBI=0.00853718;REFB=-0.00114125;REVB=0.00778973;RO=41;SAF=14;SAR=10;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104923;STB=0.560673;STBP=0.506;TYPE=mnp;VARB=0.00206151;OID=.;OPOS=100549592;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:10:14:20:21:10:14:20:21 chr7 100549650 . A G 403.99 PASS AF=0.401709;AO=47;DP=117;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.00968085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.454;QD=13.8115;RBI=0.0246636;REFB=-0.0197086;REVB=0.0226842;RO=69;SAF=26;SAR=21;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439594;STB=0.528485;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0264359;OID=.;OPOS=100549650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:69:70:47:47:0.401709:21:26:41:28:21:26:42:28 chr7 100549697 . A G 441.16 PASS AF=0.416667;AO=50;DP=120;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.00637422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.386;QD=14.7053;RBI=0.00925878;REFB=-0.0146483;REVB=-0.00671523;RO=69;SAF=26;SAR=24;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921487;STB=0.546898;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.050259;OID=.;OPOS=100549697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:69:70:50:50:0.416667:24:26:42:27:24:26:42:28 chr7 100549703 . C T 432.23 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=0.00642516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.923;QD=14.9046;RBI=0.0141798;REFB=-0.0251496;REVB=-0.0126406;RO=66;SAF=26;SAR=23;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093704;STB=0.556165;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0677121;OID=.;OPOS=100549703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:66:67:49:49:0.422414:23:26:41:25:23:26:42:25 chr7 100549787 . CA TG 257.47 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=92;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.00571216;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=2;MLLD=265.693;QD=11.3171;RBI=0.00775818;REFB=-0.000473515;REVB=-0.00524982;RO=60;SAF=15;SAR=16;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751194;STB=0.543496;STBP=0.593;TYPE=mnp;VARB=0.000814053;OID=.;OPOS=100549787;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:60:60:31:31:0.340659:16:15:33:27:16:15:33:27 chr7 100549840 . C T 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.000632978;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.664;QD=14.6688;RBI=0.00744372;REFB=-0.0123534;REVB=0.00741676;RO=32;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0145137;OID=.;OPOS=100549840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:12:12:16:16:12:12:16:16 chr7 100549873 . G A 120.26 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0180613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.489;QD=9.4319;RBI=0.0208882;REFB=-0.0336051;REVB=-0.0104932;RO=35;SAF=11;SAR=4;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209703;STB=0.639338;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0374764;OID=.;OPOS=100549873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:36:15:15:0.294118:4:11:20:15:4:11:20:16 chr7 100549884 . C T 112.63 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00881709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.585;QD=9.19401;RBI=0.0224054;REFB=-0.0108459;REVB=-0.0205976;RO=35;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15505;STB=0.594457;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.01279;OID=.;OPOS=100549884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:5:9:18:17:5:9:18:17 chr7 100549894 . T C 101.28 PASS AF=0.265306;AO=12;DP=48;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.000209378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.429;QD=8.26805;RBI=0.0173232;REFB=-0.014695;REVB=-0.017322;RO=36;SAF=7;SAR=5;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100741;STB=0.585854;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0283007;OID=.;OPOS=100549894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:36:36:12:13:0.265306:5:7:18:18:5:8:18:18 chr7 100549896 . G C 101.09 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0303753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.941;QD=8.42451;RBI=0.0524827;REFB=-0.0138666;REVB=-0.0427992;RO=34;SAF=8;SAR=5;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137978;STB=0.575046;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0212135;OID=.;OPOS=100549896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:35:13:13:0.270833:5:8:17:17:5:8:18:17 chr7 100549902 . C T 89.78 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00549388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.937;QD=7.4815;RBI=0.0165624;REFB=-0.0290872;REVB=0.0156247;RO=36;SAF=7;SAR=5;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100741;STB=0.562832;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0460904;OID=.;OPOS=100549902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:5:7:18:18:5:7:18:18 chr7 100549914 . G A 116.86 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00888252;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.054;QD=10.6241;RBI=0.0093071;REFB=-0.0171118;REVB=-0.00277904;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799514;STB=0.568086;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0357185;OID=.;OPOS=100549914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:28:30:14:14:0.318182:7:7:12:16:7:7:12:18 chr7 100549935 . T G 113.62 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00942895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.89;QD=9.46823;RBI=0.00992715;REFB=-0.0141237;REVB=0.00310535;RO=32;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222308;STB=0.519203;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0421556;OID=.;OPOS=100549935;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:32:34:14:14:0.291667:9:5:12:20:9:5:13:21 chr7 100549942 . T C 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0396129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.958;QD=10.4362;RBI=0.0401818;REFB=-0.0132991;REVB=0.0067378;RO=33;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440089;STB=0.526281;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0239689;OID=.;OPOS=100549942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:9:6:12:21:9:6:12:21 chr7 100549979 . C T 140.11 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0192561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.266;QD=12.7372;RBI=0.046683;REFB=-0.0255188;REVB=0.0425266;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903583;STB=0.53995;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0446898;OID=.;OPOS=100549979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:27:28:15:16:0.363636:9:6:13:14:9:7:14:14 chr7 100550032 . C CCCT 63.61 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0612025;FXX=0.0555401;HRUN=3;LEN=3;MLLD=232.81;QD=7.48342;RBI=0.0619762;REFB=-0.00525119;REVB=0.00976235;RO=28;SAF=3;SAR=6;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393572;STB=0.740251;STBP=0.117;TYPE=ins;VARB=0.014004;OID=.;OPOS=100550033;OREF=-;OALT=CCT;OMAPALT=CCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264706:9:37:9:34:25:3:6:17:8:63:28:3:6:19:9 chr7 100550079 . A C 143.41 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.00336079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.648;QD=8.43603;RBI=0.0144548;REFB=-0.00569776;REVB=-0.0140586;RO=46;SAF=10;SAR=10;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179512;STB=0.617536;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0152347;OID=.;OPOS=100550079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:48:20:20:0.294118:10:10:30:16:10:10:32:16 chr7 100550133 . A G 115.36 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0315984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.119;QD=8.2399;RBI=0.0316618;REFB=-0.0142074;REVB=-0.00200331;RO=39;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045242;STB=0.517835;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0449011;OID=.;OPOS=100550133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:39:40:16:16:0.285714:8:8:18:21:8:8:19:21 chr7 100550138 . C T 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00723122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.84;QD=7.52775;RBI=0.00825351;REFB=-0.0149738;REVB=0.00397868;RO=43;SAF=8;SAR=8;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696831;STB=0.54232;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.017907;OID=.;OPOS=100550138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:8:8:19:24:8:8:19:24 chr7 100550184 . C A 109.94 PASS AF=0.290909;AO=15;DP=56;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0426103;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0101;QD=7.9958;RBI=0.0438987;REFB=-0.0131093;REVB=0.0105571;RO=39;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515071;STB=0.51218;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0295009;OID=.;OPOS=100550184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:39:39:15:16:0.290909:9:6:14:25:10:6:14:25 chr7 100550191 . C T 434.97 PASS AF=0.701754;AO=39;DP=56;FAO=40;FDP=57;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.013938;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.927;QD=30.5241;RBI=0.0153068;REFB=-0.0274267;REVB=0.00632709;RO=17;SAF=16;SAR=23;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680915;STB=0.533317;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0137072;OID=.;OPOS=100550191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:17:17:39:40:0.701754:23:16:5:12:24:16:5:12 chr7 100550203 . T A 92.17 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0726271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.152;QD=6.2485;RBI=0.0763711;REFB=-0.00804943;REVB=-0.0236189;RO=44;SAF=4;SAR=10;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783699;STB=0.542794;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.034741;OID=.;OPOS=100550203;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:44:45:14:14:0.237288:10:4:15:29:10:4:15:30 chr7 100550205 . A C 93.5 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0361926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0124;QD=6.44861;RBI=0.0370598;REFB=0.00271916;REVB=0.00797021;RO=44;SAF=4;SAR=10;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783699;STB=0.54906;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.0099222;OID=.;OPOS=100550205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:44:44:14:14:0.241379:10:4:15:29:10:4:15:29 chr7 100550245 . G A 58.87 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.184593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1496;QD=5.23302;RBI=0.188554;REFB=-0.0177317;REVB=-0.0384479;RO=35;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128571;STB=0.568381;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0536174;OID=.;OPOS=100550245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:45:45:35:36:9:9:0.2:5:4:12:23:5:4:13:23 chr7 100550252 . A G 48.02 PASS AF=0.190476;AO=7;DP=41;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0147224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.178;QD=4.5738;RBI=0.0216297;REFB=-0.0102955;REVB=0.0158459;RO=34;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954854;STB=0.618767;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0422116;OID=.;OPOS=100550252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:41:42:34:34:7:8:0.190476:4:3:12:22:4:4:12:22 chr7 100551502 . A C 260.38 PASS AF=0.741935;AO=22;DP=30;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00656055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.789;QD=33.5975;RBI=0.0283371;REFB=-0.0325066;REVB=0.0275672;RO=8;SAF=6;SAR=16;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193836;STB=0.590687;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0085086;OID=.;OPOS=100551502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:31:8:8:22:23:0.741935:16:6:5:3:16:7:5:3 chr7 100551565 . AT GC 64.13 PASS AF=0.16;AO=12;DP=76;FAO=12;FDP=75;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.00884898;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=2;MLLD=211.172;QD=3.42015;RBI=0.0177647;REFB=-0.00450547;REVB=0.0154039;RO=63;SAF=10;SAR=2;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51303;STB=0.843598;STBP=0.01;TYPE=mnp;VARB=0.0156897;OID=.;OPOS=100551565;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:76:75:63:63:12:12:0.16:2:10:26:37:2:10:26:37 chr7 100551578 . T G 84.06 PASS AF=0.174419;AO=15;DP=86;FAO=15;FDP=86;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.0228149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2249;QD=3.90988;RBI=0.0261171;REFB=-0.00046132;REVB=-0.0127115;RO=71;SAF=9;SAR=6;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117653;STB=0.577361;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00182126;OID=.;OPOS=100551578;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:86:86:71:71:15:15:0.174419:6:9:36:35:6:9:36:35 chr7 100551626 . T C 126.86 PASS AF=0.206186;AO=20;DP=97;FAO=20;FDP=97;FR=.;FRO=77;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.00138555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0773;QD=5.23122;RBI=0.0156263;REFB=0.00112819;REVB=-0.0155648;RO=77;SAF=8;SAR=12;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134764;STB=0.584977;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00809361;OID=.;OPOS=100551626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:77:77:20:20:0.206186:12:8:39:38:12:8:39:38 chr7 100551637 . C CCAA 93.38 PASS AF=0.166667;AO=16;DP=103;FAO=17;FDP=102;FR=.;FRO=85;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=0.00511919;FXX=0.0097078;HRUN=4;LEN=3;MLLD=232.57;QD=3.66215;RBI=0.00731478;REFB=-0.0059249;REVB=-0.00522493;RO=86;SAF=7;SAR=9;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122102;STB=0.597587;STBP=0.408;TYPE=ins;VARB=0.0273226;OID=.;OPOS=100551638;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:16:103:17:102:85:7:10:45:40:93:86:7:9:46:40 chr7 100551646 . A G 126.44 PASS AF=0.2;AO=20;DP=107;FAO=21;FDP=105;FR=.;FRO=84;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=0.0271498;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.304;QD=4.81662;RBI=0.0280692;REFB=-0.00800988;REVB=0.00712512;RO=81;SAF=9;SAR=11;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101898;STB=0.594505;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0185676;OID=.;OPOS=100551646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:81:84:20:21:0.2:11:9:43:38:12:9:46:38 chr7 100551662 . C T 180.06 PASS AF=0.252336;AO=27;DP=107;FAO=27;FDP=107;FR=.;FRO=80;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=0.0277417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.861;QD=6.73121;RBI=0.0354269;REFB=-0.00578007;REVB=-0.0220333;RO=79;SAF=12;SAR=15;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138132;STB=0.587565;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0269585;OID=.;OPOS=100551662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:79:80:27:27:0.252336:15:12:44:35:15:12:45:35 chr7 100551666 . A T 168.41 PASS AF=0.245098;AO=25;DP=104;FAO=25;FDP=102;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.0364944;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.376;QD=6.60447;RBI=0.0366942;REFB=-0.00819085;REVB=-0.00382462;RO=77;SAF=10;SAR=15;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195208;STB=0.618583;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0238495;OID=.;OPOS=100551666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:77:77:25:25:0.245098:15:10:43:34:15:10:43:34 chr7 100551687 . T C 159.4 PASS AF=0.25;AO=22;DP=92;FAO=23;FDP=92;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0217979;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.141;QD=6.93057;RBI=0.0237616;REFB=-0.00190938;REVB=-0.00945851;RO=68;SAF=7;SAR=15;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264632;STB=0.642121;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00868092;OID=.;OPOS=100551687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:68:69:22:23:0.25:15:7:36:32:15:8:37:32 chr7 100551692 . C T 181.99 PASS AF=0.265957;AO=25;DP=94;FAO=25;FDP=94;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0220373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.317;QD=7.74442;RBI=0.0351784;REFB=0.000602458;REVB=-0.0274204;RO=69;SAF=9;SAR=16;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216091;STB=0.630032;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.000763575;OID=.;OPOS=100551692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:69:69:25:25:0.265957:16:9:37:32:16:9:37:32 chr7 100551719 . C T 175.37 PASS AF=0.275862;AO=24;DP=88;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0131421;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.828;QD=8.06314;RBI=0.0133294;REFB=0.000481922;REVB=-0.00222687;RO=63;SAF=8;SAR=16;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32112;STB=0.691573;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00175885;OID=.;OPOS=100551719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:63:63:24:24:0.275862:16:8:38:25:16:8:38:25 chr7 100551729 . C T 165.76 PASS AF=0.277108;AO=23;DP=83;FAO=23;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=0.00284582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.826;QD=7.9882;RBI=0.0174387;REFB=-0.00724253;REVB=0.0172049;RO=60;SAF=10;SAR=13;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255831;STB=0.651871;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0114694;OID=.;OPOS=100551729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:60:60:23:23:0.277108:13:10:39:21:13:10:39:21 chr7 100551773 . C A 178.44 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=-0.0288908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.294;QD=8.81184;RBI=0.0293135;REFB=-0.0144701;REVB=-0.00496048;RO=57;SAF=8;SAR=16;SRF=39;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399612;STB=0.734194;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0293875;OID=.;OPOS=100551773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:57:57:24:24:0.296296:16:8:39:18:16:8:39:18 chr7 100551778 . G A 207.02 PASS AF=0.296703;AO=27;DP=90;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=-0.0442154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7424;QD=9.09987;RBI=0.0482373;REFB=-0.015223;REVB=-0.0192829;RO=63;SAF=9;SAR=18;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381658;STB=0.727115;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0380431;OID=.;OPOS=100551778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:63:64:27:27:0.296703:18:9:42:21:18:9:43:21 chr7 100551793 . G T 111.34 PASS AF=0.206897;AO=18;DP=87;FAO=18;FDP=87;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.0478715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8692;QD=5.119;RBI=0.0536666;REFB=-0.00534001;REVB=-0.0242575;RO=69;SAF=9;SAR=9;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118708;STB=0.574632;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.023362;OID=.;OPOS=100551793;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:69:69:18:18:0.206897:9:9:41:28:9:9:41:28 chr7 100551840 . T A 100.51 PASS AF=0.283582;AO=34;DP=82;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.0209616;FXX=0.182905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.492;QD=6.00082;RBI=0.0256722;REFB=-0.0347869;REVB=-0.0148215;RO=48;SAF=16;SAR=18;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180102;STB=0.693907;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0610135;OID=.;OPOS=100551840;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:67:48:48:34:19:0.283582:18:16:31:17:3:16:31:17 chr7 100551842 . CT TC 305.29 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0314862;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=2;MLLD=94.9413;QD=14.8922;RBI=0.0493731;REFB=-0.00293519;REVB=-0.0380305;RO=48;SAF=19;SAR=15;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478485;STB=0.527071;STBP=0.704;TYPE=mnp;VARB=0.000576576;OID=.;OPOS=100551842;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:48:48:34:34:0.414634:15:19:29:19:15:19:29:19 chr7 100551849 . A T 382.43 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.000275037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.335;QD=17.3834;RBI=0.00198177;REFB=-0.0117627;REVB=0.00196259;RO=48;SAF=21;SAR=19;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777218;STB=0.543457;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.014404;OID=.;OPOS=100551849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:19:21:29:19:19:21:29:19 chr7 100552018 . T G 511.79 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.0391939;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0716;QD=23.8043;RBI=0.0617643;REFB=-0.0296445;REVB=0.0477354;RO=38;SAF=15;SAR=33;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341437;STB=0.687422;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0244827;OID=.;OPOS=100552018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:38:48:48:0.55814:33:15:28:10:33:15:28:10 chr7 100552020 . C T 490.72 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0106347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.281;QD=22.3055;RBI=0.0127939;REFB=-0.00601638;REVB=-0.00711241;RO=39;SAF=15;SAR=32;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3472;STB=0.680774;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00996223;OID=.;OPOS=100552020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:41:47:47:0.534091:32:15:29:10:32:15:29:12 chr7 100552044 . T G 391.87 PASS AF=0.526316;AO=39;DP=75;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=0.00608757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7858;QD=20.6249;RBI=0.00665326;REFB=-0.0172544;REVB=0.00268466;RO=36;SAF=13;SAR=26;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374837;STB=0.708606;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0154276;OID=.;OPOS=100552044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:36:36:39:40:0.526316:26:13:28:8:27:13:28:8 chr7 100552094 . G C 130.64 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0561376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0314;QD=10.246;RBI=0.0631492;REFB=0.00121;REVB=-0.0289205;RO=33;SAF=5;SAR=11;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330447;STB=0.695621;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00655732;OID=.;OPOS=100552094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:35:16:16:0.313725:11:5:20:13:11:5:21:14 chr7 100552117 . G T 109.21 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0347387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.07;QD=8.56573;RBI=0.0435596;REFB=-0.0146755;REVB=-0.0262805;RO=37;SAF=5;SAR=9;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18829;STB=0.615218;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0369478;OID=.;OPOS=100552117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:9:5:19:18:9:5:19:18 chr7 100552135 . T C 117.22 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0257951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0176;QD=8.52474;RBI=0.0257958;REFB=0.00159359;REVB=-0.000197788;RO=39;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587699;STB=0.535425;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.00394565;OID=.;OPOS=100552135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:9:7:19:20:9:7:19:20 chr7 100552251 . T C 314.82 PASS AF=0.382979;AO=33;DP=91;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00278419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.49;QD=13.3968;RBI=0.00824623;REFB=-0.00968669;REVB=-0.00776199;RO=57;SAF=15;SAR=18;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599141;STB=0.534423;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0170781;OID=.;OPOS=100552251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:57:58:33:36:0.382979:18:15:29:28:20:16:29:29 chr7 100552311 . C T 711.62 PASS AF=0.753247;AO=58;DP=77;FAO=58;FDP=77;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.0440035;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.32;QD=36.9673;RBI=0.044228;REFB=-0.0210503;REVB=0.0044505;RO=18;SAF=21;SAR=37;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153755;STB=0.571261;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00517395;OID=.;OPOS=100552311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:18:19:58:58:0.753247:37:21:1:17:37:21:2:17 chr7 100552338 . C T 325.99 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.0110453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.896;QD=17.3862;RBI=0.017694;REFB=-0.00121786;REVB=0.0138231;RO=40;SAF=13;SAR=22;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129134;STB=0.571873;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00156794;OID=.;OPOS=100552338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:22:13:10:30:22:13:10:30 chr7 100552358 . C G 276.93 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0673006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.422;QD=16.054;RBI=0.0698701;REFB=-0.0244501;REVB=0.0187743;RO=38;SAF=10;SAR=20;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196858;STB=0.523794;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0236113;OID=.;OPOS=100552358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:38:38:30:31:0.449275:20:10:12:26:20:11:12:26 chr7 100552371 . C G 243.34 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.00184108;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.677;QD=14.9745;RBI=0.00462864;REFB=-0.00314437;REVB=0.00424673;RO=37;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103513;STB=0.558401;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00350278;OID=.;OPOS=100552371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:37:37:28:28:0.430769:17:11:11:26:17:11:11:26 chr7 100552384 . A G 184.96 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0260638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.282;QD=12.1286;RBI=0.0260919;REFB=-0.0189137;REVB=0.00121176;RO=38;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164888;STB=0.594821;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0166647;OID=.;OPOS=100552384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:11:12:14:24:11:12:14:24 chr7 100552390 . T C 143.34 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.000104005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5923;QD=9.88517;RBI=0.00579355;REFB=-0.00579794;REVB=-0.00579261;RO=38;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148389;STB=0.577537;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0151986;OID=.;OPOS=100552390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:39:19:19:0.327586:9:10:15:23:9:10:16:23 chr7 100552412 . T C 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00174132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.78;QD=9.21735;RBI=0.00560604;REFB=-0.000765839;REVB=-0.00532874;RO=37;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119611;STB=0.571675;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00433159;OID=.;OPOS=100552412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:7:9:17:20:7:9:17:20 chr7 100552435 . TC AT 90.43 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0222169;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=145.358;QD=7.8632;RBI=0.0225362;REFB=-0.00350428;REVB=0.00378036;RO=34;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070201;STB=0.543406;STBP=0.723;TYPE=mnp;VARB=0.00320298;OID=.;OPOS=100552435;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:6:6:19:15:6:6:19:15 chr7 100552440 . C T 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00137503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.805;QD=10.4359;RBI=0.0181104;REFB=-0.00295371;REVB=0.0180581;RO=33;SAF=8;SAR=7;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491391;STB=0.529373;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0072471;OID=.;OPOS=100552440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:7:8:19:14:7:8:19:14 chr7 100552535 . GT AC 193.78 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=13;FWDB=-0.02349;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=121.815;QD=10.1987;RBI=0.0355959;REFB=0.005222;REVB=-0.0267449;RO=51;SAF=21;SAR=4;SRF=38;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171513;STB=0.601933;STBP=0.319;TYPE=mnp;VARB=-0.0112274;OID=.;OPOS=100552535;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:4:21:38:13:4:21:38:13 chr7 100552544 . TCCCCCT TCCCCAC 232.24 PASS AF=0.364865;AO=26;DP=77;FAO=27;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=-0.0376316;FXX=0.0133316;HRUN=5;LEN=2;MLLD=155.871;QD=12.5535;RBI=0.0441276;REFB=-0.0184164;REVB=0.0230456;RO=37;SAF=22;SAR=4;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292743;STB=0.590091;STBP=0.312;TYPE=mnp;VARB=0.0210739;OID=.;OPOS=100552549;OREF=CT;OALT=AC;OMAPALT=TCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.364865:26:77:27:74:46:22:5:33:13:99:37:22:4:24:13 chr7 100552644 . C A 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367719;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.288;QD=56.1883;RBI=0.0377593;REFB=0;REVB=0.00857846;RO=0;SAF=1;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.53598e-05;OID=.;OPOS=100552644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:27:1:0:0:27:1:0:0 chr7 100552657 . A G 64.06 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=18;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3211;QD=9.4907;RBI=0.025233;REFB=0.0271419;REVB=-0.025233;RO=18;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00986357;OID=.;OPOS=100552657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:9:0:0:18:9:0:0:18 chr7 100552659 . T C 84.88 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=-0.0604824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.692;QD=10.952;RBI=0.0611662;REFB=-0.00399381;REVB=0.00912037;RO=19;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155554;STB=0.599844;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0312121;OID=.;OPOS=100552659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:19:20:11:11:0.354839:9:2:2:17:9:2:2:18 chr7 100552673 . C T 94.65 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.00976405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8748;QD=10.8169;RBI=0.017169;REFB=-0.00433017;REVB=0.0141223;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218542;STB=0.627723;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0109026;OID=.;OPOS=100552673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:8:4:4:19:8:4:4:19 chr7 100552675 . C T 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.00178468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.625;QD=10.8236;RBI=0.00610679;REFB=0.00107198;REVB=0.00584019;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218542;STB=0.627723;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.000984907;OID=.;OPOS=100552675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:8:4:4:19:8:4:4:19 chr7 100552711 . T A 51.72 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0085408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.479;QD=5.91087;RBI=0.00978129;REFB=-0.00465074;REVB=-0.00476744;RO=27;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33703;STB=0.713796;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00865428;OID=.;OPOS=100552711;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:3:5:9:18:3:5:9:18 chr7 100552713 . A G 52.09 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0222042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8754;QD=6.31364;RBI=0.0318944;REFB=-0.00789581;REVB=0.0228959;RO=25;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30493;STB=0.692976;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0143831;OID=.;OPOS=100552713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:3:5:9:16:3:5:9:16 chr7 100552727 . G C 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0275619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.436;QD=7.27142;RBI=0.0364678;REFB=-0.0129107;REVB=-0.0238798;RO=25;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348376;STB=0.716524;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0370908;OID=.;OPOS=100552727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:3:6:9:16:3:6:9:16 chr7 100552738 . CA TG 60.04 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00367392;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=302.948;QD=5.85756;RBI=0.00534027;REFB=-0.0081063;REVB=0.00387567;RO=32;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240105;STB=0.655389;STBP=0.324;TYPE=mnp;VARB=0.0303352;OID=.;OPOS=100552738;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:32:32:9:9:0.219512:3:6:15:17:3:6:15:17 chr7 100552915 . A C 1767.59 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00984145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.398;QD=60.9515;RBI=0.0107355;REFB=0;REVB=0.00428923;RO=0;SAF=64;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.88405e-06;OID=.;OPOS=100552915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:52:64:0:0:52:64:0:0 chr7 100552978 . T C 333.7 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=106;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.000103154;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.434;QD=12.7123;RBI=0.00415669;REFB=-0.00375997;REVB=0.00415541;RO=63;SAF=24;SAR=16;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134351;STB=0.586164;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0102069;OID=.;OPOS=100552978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:63:65:40:40:0.380952:16:24:30:33:16:24:30:35 chr7 100552984 . T C 413.87 PASS AF=0.43;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0347353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.627;QD=16.5549;RBI=0.0421727;REFB=0.00997564;REVB=0.0239164;RO=57;SAF=25;SAR=18;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745349;STB=0.541922;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.0131009;OID=.;OPOS=100552984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:57:43:43:0.43:18:25:29:28:18:25:29:28 chr7 100553002 . A G 222.7 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=88;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0174355;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.49;QD=10.2389;RBI=0.0223777;REFB=-0.0105944;REVB=-0.0140273;RO=58;SAF=12;SAR=16;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141765;STB=0.588173;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0312421;OID=.;OPOS=100553002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:58:59:28:28:0.321839:16:12:32:26:16:12:33:26 chr7 100607851 . C G 255.33 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00784581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.109;QD=13.2637;RBI=0.00936421;REFB=-0.00946008;REVB=0.00511192;RO=47;SAF=16;SAR=14;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067358;STB=0.538436;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00924519;OID=.;OPOS=100607851;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:14:16:28:19:14:16:28:19 chr7 100607871 . C T 208.39 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00321765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.305;QD=11.4185;RBI=0.0273179;REFB=-0.0185694;REVB=0.0271277;RO=47;SAF=15;SAR=11;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02152;STB=0.51245;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0277872;OID=.;OPOS=100607871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:11:15:28:19:11:15:28:19 chr7 100608370 . A C 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0170448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.402;QD=14.119;RBI=0.0207312;REFB=-0.0100311;REVB=0.0118006;RO=38;SAF=9;SAR=18;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204813;STB=0.616932;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0101246;OID=.;OPOS=100608370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:18:9:20:18:18:9:20:18 chr7 100608375 . G A 257.11 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0157339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.314;QD=16.0692;RBI=0.0194544;REFB=0.00537089;REVB=0.0114419;RO=35;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429289;STB=0.524212;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00537376;OID=.;OPOS=100608375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:17:12:16:19:17:12:16:19 chr7 100608778 . TC CT 115.6 PASS AF=0.4;AO=33;DP=70;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0332617;FXX=0.154908;HRUN=1;LEN=2;MLLD=240.119;QD=7.70646;RBI=0.0335637;REFB=-0.0245793;REVB=0.00449227;RO=35;SAF=16;SAR=17;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105856;STB=0.508842;STBP=0.924;TYPE=mnp;VARB=0.0773919;OID=.;OPOS=100608778;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:60:35:36:33:24:0.4:17:16:21:14:9:15:22:14 chr7 100608823 . G T 350.37 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00772913;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.572;QD=20.6097;RBI=0.012082;REFB=-0.036663;REVB=-0.0092863;RO=31;SAF=17;SAR=19;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117229;STB=0.571505;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0217692;OID=.;OPOS=100608823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:31:32:36:36:0.529412:19:17:19:12:19:17:20:12 chr7 100608826 . C G 290.27 PASS AF=0.523077;AO=32;DP=64;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0599885;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.178;QD=17.8627;RBI=0.0977819;REFB=-0.0784676;REVB=0.0772184;RO=32;SAF=17;SAR=15;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113613;STB=0.584567;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0957407;OID=.;OPOS=100608826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:32:31:32:34:0.523077:15:17:21:11:17:17:21:10 chr7 100608868 . A G 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00996167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.468;QD=26.5139;RBI=0.0319513;REFB=-0.0221923;REVB=0.0303587;RO=19;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167303;STB=0.592524;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0132338;OID=.;OPOS=100608868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:16:11:12:7:16:11:12:7 chr7 100608884 . G A 275.73 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0485537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1376;QD=25.6492;RBI=0.0495052;REFB=-0.0213116;REVB=-0.00965944;RO=17;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192435;STB=0.594022;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0160972;OID=.;OPOS=100608884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:18:25:25:0.581395:14:11:12:5:14:11:12:6 chr7 100610069 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.919;QD=58.9623;RBI=0.0127952;REFB=0;REVB=-0.00603526;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7833e-06;OID=.;OPOS=100610069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr7 100612898 . T C 59.69 PASS AF=0.172414;AO=9;DP=57;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0111011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.864;QD=4.11638;RBI=0.0113528;REFB=-0.000642944;REVB=0.00237717;RO=44;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178169;STB=0.58604;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00407829;OID=.;OPOS=100612898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:57:58:44:48:9:10:0.172414:4:5:18:26:5:5:19:29 chr7 100612945 . C T 67.16 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.00198815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.653;QD=5.2675;RBI=0.0110574;REFB=-0.0109106;REVB=0.0108772;RO=41;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110163;STB=0.571293;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0432792;OID=.;OPOS=100612945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:41:41:10:10:0.196078:6:4:13:28:6:4:13:28 chr7 100612952 . G A 58.35 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0129551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.021;QD=4.76299;RBI=0.0135127;REFB=-0.00888185;REVB=-0.00384177;RO=40;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115307;STB=0.507675;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0676301;OID=.;OPOS=100612952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:40:40:9:9:0.183673:6:3:13:27:6:3:13:27 chr7 100612955 . A ACTG 49.22 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.000967138;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=302.811;QD=4.1017;RBI=0.0201511;REFB=-0.0100543;REVB=-0.0201278;RO=40;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667964;STB=0.545344;STBP=0.8;TYPE=ins;VARB=0.0606843;OID=.;OPOS=100612956;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=ACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:8:48:8:48:40:3:5:13:27:49:40:3:5:13:27 chr7 100612961 . G C 58.54 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0162555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.962;QD=4.87855;RBI=0.0245206;REFB=0.000606674;REVB=-0.0183581;RO=39;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00548298;OID=.;OPOS=100612961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:39:39:9:9:0.1875:6:3:13:26:6:3:13:26 chr7 100612969 . A G 58.75 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0233495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.148;QD=5.00001;RBI=0.0307149;REFB=-0.00171288;REVB=-0.0199551;RO=38;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244013;STB=0.516094;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.010495;OID=.;OPOS=100612969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:6:3:12:26:6:3:12:26 chr7 100615387 . C T 56.79 PASS AF=0.163934;AO=10;DP=61;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0213256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.5361;QD=3.7241;RBI=0.0392863;REFB=-0.00349461;REVB=0.0329945;RO=51;SAF=6;SAR=4;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397345;STB=0.526973;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0147897;OID=.;OPOS=100615387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:61:51:51:10:10:0.163934:4:6:29:22:4:6:29:22 chr7 100615445 . A G 42.78 PASS AF=0.123288;AO=9;DP=73;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.00558487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6567;QD=2.34411;RBI=0.0296818;REFB=0.00471611;REVB=-0.0291516;RO=64;SAF=6;SAR=3;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148945;STB=0.609274;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.0479502;OID=.;OPOS=100615445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:73:73:64:64:9:9:0.123288:3:6:35:29:3:6:35:29 chr7 100615449 . C G 43.66 PASS AF=0.126761;AO=9;DP=71;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0452887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0131;QD=2.45949;RBI=0.0453544;REFB=-0.00476912;REVB=-0.0024395;RO=62;SAF=6;SAR=3;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184833;STB=0.634311;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.048316;OID=.;OPOS=100615449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:71:71:62:62:9:9:0.126761:3:6:32:30:3:6:32:30 chr7 100624718 . G C 1439.97 PASS AF=0.959184;AO=94;DP=98;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0188999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5258;QD=58.7745;RBI=0.0783348;REFB=-0.125105;REVB=0.0760206;RO=3;SAF=58;SAR=36;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175081;STB=0.50504;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00499191;OID=.;OPOS=100624718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:98:3:4:94:94:0.959184:36:58:1:2:36:58:2:2 chr7 100634476 . C G 727.7 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7817;QD=63.2787;RBI=0.147545;REFB=0;REVB=0.0654186;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253889;OID=.;OPOS=100634476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr7 100634640 . T G 980.01 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0353314;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.545;QD=56.8121;RBI=0.051116;REFB=-0.209043;REVB=0.0369396;RO=2;SAF=40;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00551277;STB=0.509088;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000716116;OID=.;OPOS=100634640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:69:2:1:67:68:0.985507:27:40:1:1:27:41:0:1 chr7 100634964 . C A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.196;QD=57.6807;RBI=0.0310409;REFB=0;REVB=0.0133881;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159721;OID=.;OPOS=100634964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr7 100635375 . A C 520.0 PASS AF=1;AO=26;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.146447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.72;QD=59.429;RBI=0.146449;REFB=0;REVB=-0.000623977;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517696;OID=.;OPOS=100635375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:26:35:1:12:14:0:0:13:22:0:0 chr7 100635591 . C A 323.63 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.64;QD=51.7809;RBI=0.0319727;REFB=0;REVB=0.0126174;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413384;OID=.;OPOS=100635591;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:14:11:0:0 chr7 100635661 . T C 604.71 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254996;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.254;QD=58.9958;RBI=0.0270321;REFB=-0.0329614;REVB=-0.00897256;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199479;STB=0.510199;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000248345;OID=.;OPOS=100635661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:39:40:0.97561:23:16:0:1:24:16:0:1 chr7 100635679 . C G 676.42 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0361217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.372;QD=60.1265;RBI=0.0473074;REFB=0.078151;REVB=0.0305485;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191734;STB=0.510199;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000414466;OID=.;OPOS=100635679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:24:20:0:1:24:20:0:1 chr7 100638856 . A G 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1071;QD=59.3224;RBI=0.0583146;REFB=0;REVB=0.00260421;RO=0;SAF=44;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493736;OID=.;OPOS=100638856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:24:44:0:0:24:44:0:0 chr7 100639012 . C T 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.175192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.518;QD=55.6522;RBI=0.175405;REFB=0;REVB=0.00864622;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154799;OID=.;OPOS=100639012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr7 100639040 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.758;QD=51.9166;RBI=0.0594777;REFB=0;REVB=0.0126934;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244418;OID=.;OPOS=100639040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr7 100639049 . G C 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.082743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.948;QD=50.4064;RBI=0.0850734;REFB=0;REVB=-0.019776;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000746852;OID=.;OPOS=100639049;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr7 100639054 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.38;QD=46.8479;RBI=0.0303948;REFB=0;REVB=-0.0213669;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53459e-06;OID=.;OPOS=100639054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr7 100639066 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00116212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.941;QD=42.1826;RBI=0.0174225;REFB=0;REVB=0.0173837;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155745;OID=.;OPOS=100639066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr7 100643351 . C A 341.35 PASS AF=0.251232;AO=50;DP=202;FAO=51;FDP=203;FR=.;FRO=152;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=65;FSRR=87;FWDB=-0.00744415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.879;QD=6.72607;RBI=0.0191479;REFB=-0.0195898;REVB=-0.0176416;RO=149;SAF=25;SAR=25;SRF=64;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883009;STB=0.56138;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0620173;OID=.;OPOS=100643351;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:203:149:152:50:51:0.251232:25:25:64:85:25:26:65:87 chr7 100643477 . A C 2028.68 PASS AF=0.501259;AO=198;DP=397;FAO=199;FDP=397;FR=.;FRO=198;FSAF=104;FSAR=95;FSRF=103;FSRR=95;FWDB=-0.000540798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.456;QD=20.4401;RBI=0.00760872;REFB=-0.0169466;REVB=-0.00758948;RO=190;SAF=104;SAR=94;SRF=96;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179348;STB=0.501205;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0167567;OID=.;OPOS=100643477;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:397:397:190:198:198:199:0.501259:94:104:96:94:95:104:103:95 chr7 100643560 . G A 548.97 PASS AF=0.182948;AO=103;DP=565;FAO=103;FDP=563;FR=.;FRO=460;FSAF=69;FSAR=34;FSRF=291;FSRR=169;FWDB=-0.0142915;FXX=0.00705455;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.716;QD=3.90034;RBI=0.0153509;REFB=-0.000574422;REVB=-0.00560393;RO=453;SAF=69;SAR=34;SRF=285;SRR=168;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058189;STB=0.533654;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00246003;OID=.;OPOS=100643560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:565:563:453:460:103:103:0.182948:34:69:285:168:34:69:291:169 chr7 100643832 . C G 62.9 PASS AF=0.105263;AO=16;DP=154;FAO=16;FDP=152;FR=.;FRO=136;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=88;FWDB=-0.0804609;FXX=0.0129862;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0217;QD=1.65536;RBI=0.0881748;REFB=-0.00646922;REVB=0.0360671;RO=136;SAF=6;SAR=10;SRF=48;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288122;STB=0.52125;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0571848;OID=.;OPOS=100643832;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:154:152:136:136:16:16:0.105263:10:6:48:88:10:6:48:88 chr7 100643843 . G A 45.23 PASS AF=0.097561;AO=12;DP=116;FAO=12;FDP=123;FR=.;FRO=111;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=86;FWDB=-0.0712993;FXX=0.0159987;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.69;QD=1.47089;RBI=0.0769221;REFB=-0.00331842;REVB=-0.0288689;RO=102;SAF=3;SAR=9;SRF=20;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942663;STB=0.530677;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0394855;OID=.;OPOS=100643843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:116:123:102:111:12:12:0.097561:9:3:20:82:9:3:25:86 chr7 100643876 . C T 82.49 PASS AF=0.145299;AO=17;DP=117;FAO=17;FDP=117;FR=.;FRO=100;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=74;FWDB=0.0054431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5711;QD=2.82028;RBI=0.0120348;REFB=-0.0014264;REVB=0.0107336;RO=100;SAF=2;SAR=15;SRF=26;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281653;STB=0.702053;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00998356;OID=.;OPOS=100643876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:117:117:100:100:17:17:0.145299:15:2:26:74:15:2:26:74 chr7 100647875 . C A 680.62 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.02551;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.045;QD=60.4992;RBI=0.0289307;REFB=0.0554776;REVB=0.0136464;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516122;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00026808;OID=.;OPOS=100647875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:0:1:44:44:0.977778:15:29:0:0:15:29:0:1 chr7 100647920 . A C 638.76 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00390486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1081;QD=59.419;RBI=0.00470218;REFB=-0.0598874;REVB=0.00261964;RO=1;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323448;STB=0.517233;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000696399;OID=.;OPOS=100647920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:14:28:0:1:14:28:0:1 chr7 100648029 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9513;QD=50.4134;RBI=0.0126843;REFB=0;REVB=-0.00406336;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000361973;OID=.;OPOS=100648029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr7 100648117 . C G 303.92 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518215;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4961;QD=52.8547;RBI=0.0813827;REFB=0;REVB=0.0627509;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00298345;OID=.;OPOS=100648117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:12:11:0:0 chr7 100675376 . A C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=376.07;QD=37.4885;RBI=0.0239853;REFB=0;REVB=-0.00960509;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128607;OID=.;OPOS=100675376;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr7 100675512 . G A 272.68 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0169804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8483;QD=45.4458;RBI=0.0370612;REFB=0.129375;REVB=0.0329423;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.541629;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.0131464;OID=.;OPOS=100675512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:0:2:22:22:0.916667:11:11:0:0:11:11:2:0 chr7 100676409 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.592;QD=63.5828;RBI=0.0230118;REFB=0;REVB=-0.00430731;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14821e-05;OID=.;OPOS=100676409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr7 100677210 . C T 33.84 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00938261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.406;QD=3.65869;RBI=0.0570814;REFB=-0.00348703;REVB=-0.056305;RO=30;SAF=3;SAR=3;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20236;STB=0.621241;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0238801;OID=.;OPOS=100677210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:37:30:31:6:6:0.162162:3:3:20:10:3:3:20:11 chr7 100677279 . G C 61.0 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.101977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4257;QD=6.59471;RBI=0.104037;REFB=-0.0179956;REVB=-0.0205971;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152973;STB=0.596072;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0479896;OID=.;OPOS=100677279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:4:5:19:9:4:5:19:9 chr7 100677285 . G A 60.25 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.046434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7429;QD=6.02474;RBI=0.0541281;REFB=0.00233658;REVB=0.027816;RO=31;SAF=5;SAR=4;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153513;STB=0.597497;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00965703;OID=.;OPOS=100677285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:4:5:21:10:4:5:21:10 chr7 100677333 . C G 58.54 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00912629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.126;QD=5.32209;RBI=0.043333;REFB=0.00156751;REVB=0.0423611;RO=35;SAF=4;SAR=5;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256423;STB=0.664686;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00304457;OID=.;OPOS=100677333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:44:44:35:35:9:9:0.204545:5:4:23:12:5:4:23:12 chr7 100677378 . C A 87.15 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00674016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.997;QD=6.2252;RBI=0.0136412;REFB=-0.00601421;REVB=-0.0118597;RO=43;SAF=5;SAR=8;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21061;STB=0.631951;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0233689;OID=.;OPOS=100677378;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:8:5:24:19:8:5:24:19 chr7 100677405 . G A 100.16 PASS AF=0.222222;AO=16;DP=72;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0158351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.591;QD=5.5642;RBI=0.0193823;REFB=-0.00336878;REVB=-0.0111768;RO=54;SAF=9;SAR=7;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167487;STB=0.589544;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.014293;OID=.;OPOS=100677405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:54:56:16:16:0.222222:7:9:23:31:7:9:25:31 chr7 100677409 . G A 121.3 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0411042;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.175;QD=6.93121;RBI=0.0493137;REFB=-0.00170923;REVB=-0.027245;RO=50;SAF=10;SAR=8;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139037;STB=0.583504;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0118227;OID=.;OPOS=100677409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:50:52:18:18:0.257143:8:10:22:28:8:10:23:29 chr7 100677415 . T C 83.33 PASS AF=0.197183;AO=14;DP=71;FAO=14;FDP=71;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0183676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.986;QD=4.69468;RBI=0.0185618;REFB=-0.0061902;REVB=0.00267762;RO=57;SAF=3;SAR=11;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40196;STB=0.76062;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0210513;OID=.;OPOS=100677415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:71:71:57:57:14:14:0.197183:11:3:30:27:11:3:30:27 chr7 100677455 . G A 520.51 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0174839;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.873;QD=20.4121;RBI=0.0214201;REFB=-0.00472745;REVB=0.0123748;RO=48;SAF=26;SAR=27;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440588;STB=0.529009;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00337819;OID=.;OPOS=100677455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:48:49:53:53:0.519608:27:26:26:22:27:26:27:22 chr7 100677457 . G T 132.52 PASS AF=0.205882;AO=21;DP=102;FAO=21;FDP=102;FR=.;FRO=81;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=-0.0323594;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.285;QD=5.19676;RBI=0.0332384;REFB=-0.00111792;REVB=0.00759348;RO=81;SAF=9;SAR=12;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143971;STB=0.590444;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00501698;OID=.;OPOS=100677457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:81:81:21:21:0.205882:12:9:44:37:12:9:44:37 chr7 100677502 . G A 469.15 PASS AF=0.401515;AO=53;DP=131;FAO=53;FDP=132;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.00811852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.731;QD=14.2166;RBI=0.00982666;REFB=-0.0122982;REVB=0.0055365;RO=78;SAF=30;SAR=23;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123775;STB=0.566013;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0155073;OID=.;OPOS=100677502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:78:79:53:53:0.401515:23:30:35:43:23:30:36:43 chr7 100677516 . A G 227.0 PASS AF=0.264;AO=33;DP=125;FAO=33;FDP=125;FR=.;FRO=92;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=55;FSRR=37;FWDB=-0.0215017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.493;QD=7.26398;RBI=0.023729;REFB=-0.00234845;REVB=0.0100371;RO=89;SAF=13;SAR=20;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256232;STB=0.647224;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00623388;OID=.;OPOS=100677516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:89:92:33:33:0.264:20:13:54:35:20:13:55:37 chr7 100677519 . C T 217.39 PASS AF=0.258065;AO=32;DP=125;FAO=32;FDP=124;FR=.;FRO=92;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=55;FSRR=37;FWDB=0.0067683;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.716;QD=7.01275;RBI=0.0163981;REFB=-0.0115427;REVB=-0.0149361;RO=92;SAF=13;SAR=19;SRF=55;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233424;STB=0.639519;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00876913;OID=.;OPOS=100677519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:92:92:32:32:0.258065:19:13:55:37:19:13:55:37 chr7 100677523 . A C 801.65 PASS AF=0.618644;AO=73;DP=117;FAO=73;FDP=118;FR=.;FRO=45;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0212591;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.492;QD=27.1746;RBI=0.0213147;REFB=-0.0401262;REVB=0.00153787;RO=44;SAF=38;SAR=35;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331628;STB=0.521895;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0112415;OID=.;OPOS=100677523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:44:45:73:73:0.618644:35:38:25:19:35:38:26:19 chr7 100677526 . A C 853.45 PASS AF=0.626016;AO=73;DP=119;FAO=77;FDP=123;FR=.;FRO=46;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0221879;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.528;QD=27.7544;RBI=0.0223939;REFB=-0.0207431;REVB=0.00303077;RO=46;SAF=38;SAR=35;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063115;STB=0.523946;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0117696;OID=.;OPOS=100677526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:123:46:46:73:77:0.626016:35:38:28:18:35:42:28:18 chr7 100677556 . A C 324.61 PASS AF=0.350427;AO=39;DP=115;FAO=41;FDP=117;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.0133765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.659;QD=11.0976;RBI=0.0200289;REFB=-0.0162686;REVB=-0.0149073;RO=75;SAF=24;SAR=15;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808528;STB=0.56396;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0298162;OID=.;OPOS=100677556;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:75:76:39:41:0.350427:15:24:41:34:15:26:41:35 chr7 100677572 . A G 213.08 PASS AF=0.269565;AO=31;DP=115;FAO=31;FDP=115;FR=.;FRO=84;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=-0.011308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.106;QD=7.41133;RBI=0.015566;REFB=-0.00299827;REVB=0.0106971;RO=82;SAF=17;SAR=14;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457521;STB=0.534755;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0111217;OID=.;OPOS=100677572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:82:84:31:31:0.269565:14:17:48:34:14:17:50:34 chr7 100677586 . A G 339.63 PASS AF=0.330769;AO=43;DP=130;FAO=43;FDP=130;FR=.;FRO=87;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=0.00351247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.865;QD=10.4501;RBI=0.0239246;REFB=-0.0239935;REVB=-0.0236654;RO=86;SAF=23;SAR=20;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270407;STB=0.511338;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0494027;OID=.;OPOS=100677586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:86:87:43:43:0.330769:20:23:48:38:20:23:48:39 chr7 100677625 . G A 328.08 PASS AF=0.292517;AO=43;DP=144;FAO=43;FDP=147;FR=.;FRO=104;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=66;FSRR=38;FWDB=-0.0406178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1013;QD=8.92737;RBI=0.0425896;REFB=-0.00699175;REVB=0.012809;RO=101;SAF=20;SAR=23;SRF=64;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200696;STB=0.618459;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0140673;OID=.;OPOS=100677625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:147:101:104:43:43:0.292517:23:20:64:37:23:20:66:38 chr7 100677630 . C T 1012.45 PASS AF=0.611842;AO=93;DP=152;FAO=93;FDP=152;FR=.;FRO=59;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.0080167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9712;QD=26.6435;RBI=0.038403;REFB=0.0151478;REVB=0.0375569;RO=58;SAF=51;SAR=42;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771982;STB=0.537756;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00952447;OID=.;OPOS=100677630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:58:59:93:93:0.611842:42:51:38:20:42:51:38:21 chr7 100677645 . C A 348.68 PASS AF=0.294479;AO=47;DP=162;FAO=48;FDP=163;FR=.;FRO=115;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=71;FSRR=44;FWDB=-5.80168e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.467;QD=8.55651;RBI=0.00146882;REFB=-0.0068531;REVB=0.00146767;RO=115;SAF=24;SAR=23;SRF=71;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130076;STB=0.582789;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0184241;OID=.;OPOS=100677645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:115:115:47:48:0.294479:23:24:71:44:24:24:71:44 chr7 100677704 . C T 405.97 PASS AF=0.278607;AO=56;DP=201;FAO=56;FDP=201;FR=.;FRO=145;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=88;FSRR=57;FWDB=0.0451321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8126;QD=8.07905;RBI=0.0613441;REFB=-0.00182875;REVB=0.0415475;RO=138;SAF=28;SAR=28;SRF=83;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123517;STB=0.577088;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00558081;OID=.;OPOS=100677704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:138:145:56:56:0.278607:28:28:83:55:28:28:88:57 chr7 100677714 . C T 530.35 PASS AF=0.32243;AO=69;DP=213;FAO=69;FDP=214;FR=.;FRO=145;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=90;FSRR=55;FWDB=0.0107064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.773;QD=9.91303;RBI=0.0110758;REFB=-0.0192303;REVB=-0.00283668;RO=144;SAF=32;SAR=37;SRF=89;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179958;STB=0.605227;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0291931;OID=.;OPOS=100677714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:214:144:145:69:69:0.32243:37:32:89:55:37:32:90:55 chr7 100677816 . G A 692.06 PASS AF=0.37788;AO=82;DP=217;FAO=82;FDP=217;FR=.;FRO=135;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=76;FSRR=59;FWDB=0.0134347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.139;QD=12.7568;RBI=0.0169945;REFB=0.0110897;REVB=0.0104078;RO=135;SAF=45;SAR=37;SRF=76;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157936;STB=0.508921;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.0202802;OID=.;OPOS=100677816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:135:135:82:82:0.37788:37:45:76:59:37:45:76:59 chr7 100677944 . T C 975.07 PASS AF=0.639098;AO=85;DP=133;FAO=85;FDP=133;FR=.;FRO=48;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0731369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8413;QD=29.3254;RBI=0.0806732;REFB=0.0145474;REVB=-0.0340464;RO=48;SAF=35;SAR=50;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156526;STB=0.584568;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00977613;OID=.;OPOS=100677944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:48:48:85:85:0.639098:50:35:31:17:50:35:31:17 chr7 100677974 . A G 53.86 PASS AF=0.103704;AO=14;DP=135;FAO=14;FDP=135;FR=.;FRO=121;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=60;FSRR=61;FWDB=0.0104795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.199;QD=1.59572;RBI=0.012251;REFB=0.000876861;REVB=0.00634568;RO=119;SAF=7;SAR=7;SRF=59;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00504611;STB=0.503698;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00934603;OID=.;OPOS=100677974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:135:135:119:121:14:14:0.103704:7:7:59:60:7:7:60:61 chr7 100677988 . T A 339.82 PASS AF=0.328358;AO=43;DP=134;FAO=44;FDP=134;FR=.;FRO=90;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=-0.0182882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7017;QD=10.1438;RBI=0.0196923;REFB=-0.0107502;REVB=0.00730272;RO=90;SAF=29;SAR=14;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27154;STB=0.645481;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0348817;OID=.;OPOS=100677988;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:90:90:43:44:0.328358:14:29:40:50:15:29:40:50 chr7 100677995 . A G 69.64 PASS AF=0.124031;AO=16;DP=130;FAO=16;FDP=129;FR=.;FRO=113;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=58;FSRR=55;FWDB=0.0357446;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1409;QD=2.15942;RBI=0.0383193;REFB=0.00652356;REVB=0.0138092;RO=114;SAF=8;SAR=8;SRF=58;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010833;STB=0.511613;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0434;OID=.;OPOS=100677995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:130:129:114:113:16:16:0.124031:8:8:58:56:8:8:58:55 chr7 100678013 . G A 58.42 PASS AF=0.105634;AO=15;DP=142;FAO=15;FDP=142;FR=.;FRO=127;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=65;FSRR=62;FWDB=-0.0373656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8927;QD=1.64552;RBI=0.0377432;REFB=-0.000257924;REVB=-0.00532584;RO=125;SAF=6;SAR=9;SRF=64;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13526;STB=0.599867;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.000571815;OID=.;OPOS=100678013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:142:142:125:127:15:15:0.105634:9:6:64:61:9:6:65:62 chr7 100678029 . G C 37.46 PASS AF=0.0851064;AO=12;DP=136;FAO=12;FDP=141;FR=.;FRO=129;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=70;FSRR=59;FWDB=-0.077594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.443;QD=1.06282;RBI=0.0955127;REFB=-0.00304393;REVB=-0.0556942;RO=124;SAF=6;SAR=6;SRF=67;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465388;STB=0.538943;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0592463;OID=.;OPOS=100678029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:136:141:124:129:12:12:0.0851064:6:6:67:57:6:6:70:59 chr7 100678032 . T C 34.79 PASS AF=0.0791367;AO=11;DP=138;FAO=11;FDP=139;FR=.;FRO=128;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=69;FSRR=59;FWDB=-0.0181357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.248;QD=1.00126;RBI=0.0350953;REFB=-0.00304279;REVB=-0.0300462;RO=127;SAF=6;SAR=5;SRF=69;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00242241;STB=0.505918;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0232643;OID=.;OPOS=100678032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:138:139:127:128:11:11:0.0791367:5:6:69:58:5:6:69:59 chr7 100678075 . C T 70.27 PASS AF=0.125984;AO=16;DP=126;FAO=16;FDP=127;FR=.;FRO=111;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=63;FSRR=48;FWDB=-0.00491303;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1022;QD=2.21337;RBI=0.00987077;REFB=-0.00172655;REVB=-0.00856121;RO=109;SAF=8;SAR=8;SRF=61;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074199;STB=0.558982;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0130789;OID=.;OPOS=100678075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:126:127:109:111:16:16:0.125984:8:8:61:48:8:8:63:48 chr7 100678086 . T C 1924.46 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00603401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0259;QD=61.5827;RBI=0.0222719;REFB=0;REVB=-0.0214389;RO=0;SAF=69;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.30704e-05;OID=.;OPOS=100678086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:56:69:0:0:56:69:0:0 chr7 100678372 . T G 163.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00247602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.893;QD=13.3671;RBI=0.00553597;REFB=-0.0175258;REVB=-0.0049514;RO=30;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598383;STB=0.545404;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0302971;OID=.;OPOS=100678372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:31:18:18:0.367347:10:8:15:15:10:8:16:15 chr7 100678405 . T C 105.11 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00162525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.261;QD=12.0123;RBI=0.0293541;REFB=-0.00762989;REVB=-0.0293091;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492868;STB=0.552551;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0137144;OID=.;OPOS=100678405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:22:22:12:13:0.371429:6:6:12:10:7:6:12:10 chr7 100678407 . G A 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00308191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.503;QD=13.0909;RBI=0.0173287;REFB=-0.0052933;REVB=-0.0170524;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910385;STB=0.553406;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0338371;OID=.;OPOS=100678407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:7:6:11:9:7:6:11:9 chr7 100678421 . T A 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00631703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.6;QD=52.6088;RBI=0.0070646;REFB=0;REVB=-0.00316287;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2525e-05;OID=.;OPOS=100678421;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr7 100678527 . G T 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00707118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.873;QD=8.8117;RBI=0.0567724;REFB=-0.00367192;REVB=-0.0563303;RO=22;SAF=9;SAR=1;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.512177;STB=0.817411;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0138874;OID=.;OPOS=100678527;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:22:23:10:10:0.30303:1:9:12:10:1:9:13:10 chr7 100678560 . C A 109.55 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0205102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0827;QD=8.11462;RBI=0.0776274;REFB=0.000196689;REVB=0.0748688;RO=39;SAF=11;SAR=4;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1918;STB=0.617811;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00342875;OID=.;OPOS=100678560;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:4:11:23:16:4:11:23:16 chr7 100678568 . A T 112.15 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00858523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.896;QD=8.46438;RBI=0.0103559;REFB=-0.00667569;REVB=-0.00579116;RO=38;SAF=11;SAR=4;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20375;STB=0.624823;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0106433;OID=.;OPOS=100678568;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:4:11:22:16:4:11:22:16 chr7 100678610 . A T 103.82 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0125045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9822;QD=7.2858;RBI=0.0130304;REFB=-0.000673858;REVB=-0.00366451;RO=42;SAF=11;SAR=4;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215354;STB=0.633319;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000816427;OID=.;OPOS=100678610;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:42:42:15:15:0.263158:4:11:24:18:4:11:24:18 chr7 100678616 . G A 102.83 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0302586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5686;QD=7.09159;RBI=0.0551176;REFB=0.0120903;REVB=-0.0460692;RO=42;SAF=11;SAR=4;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242705;STB=0.659775;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0489791;OID=.;OPOS=100678616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:42:43:15:15:0.258621:4:11:23:19:4:11:23:20 chr7 100678622 . G A 103.15 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0100883;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2844;QD=7.11409;RBI=0.0771417;REFB=0.0054047;REVB=-0.0764792;RO=43;SAF=11;SAR=4;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231355;STB=0.643563;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.0199805;OID=.;OPOS=100678622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:43:43:15:15:0.258621:4:11:24:19:4:11:24:19 chr7 100678693 . T C 63.03 PASS AF=0.174603;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=63;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0102793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.834;QD=4.00164;RBI=0.0393832;REFB=-0.00908496;REVB=-0.038018;RO=52;SAF=7;SAR=4;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100863;STB=0.567442;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0397392;OID=.;OPOS=100678693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:63:63:52:52:11:11:0.174603:4:7:29:23:4:7:29:23 chr7 100678740 . T C 784.93 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.707;QD=57.0854;RBI=0.0200033;REFB=0;REVB=-0.0116809;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47574e-05;OID=.;OPOS=100678740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr7 100678820 . T C 686.93 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.957;QD=62.448;RBI=0.0445142;REFB=0;REVB=-0.0425039;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190015;OID=.;OPOS=100678820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:14:29:0:0:14:30:0:0 chr7 100679136 . T C 382.71 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0301035;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1757;QD=52.7874;RBI=0.0332866;REFB=0.0263665;REVB=-0.0142049;RO=1;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054642;STB=0.52939;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00305084;OID=.;OPOS=100679136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:29:29:1:1:28:28:0.965517:8:20:0:1:8:20:0:1 chr7 100679254 . A G 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00354952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.894;QD=5.12616;RBI=0.00397442;REFB=-0.00194718;REVB=0.00178798;RO=36;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034012;STB=0.512168;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0133824;OID=.;OPOS=100679254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:36:37:9:9:0.195652:4:5:19:17:4:5:20:17 chr7 100679296 . C T 74.7 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0124273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.406;QD=5.06438;RBI=0.0124285;REFB=-0.00560314;REVB=0.000169028;RO=47;SAF=8;SAR=4;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666471;STB=0.543136;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0205748;OID=.;OPOS=100679296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:59:47:47:12:12:0.20339:4:8:29:18:4:8:29:18 chr7 100679316 . T A 64.55 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0193738;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.306;QD=4.23266;RBI=0.0581679;REFB=0.000236579;REVB=-0.0548468;RO=49;SAF=8;SAR=3;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133734;STB=0.583174;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00130953;OID=.;OPOS=100679316;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:62:61:49:50:11:11:0.180328:3:8:31:18:3:8:32:18 chr7 100679318 . A C 56.05 PASS AF=0.16129;AO=11;DP=62;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.00119693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.744;QD=3.61594;RBI=0.0096277;REFB=-0.00247259;REVB=-0.00955301;RO=51;SAF=8;SAR=3;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140424;STB=0.687085;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0128322;OID=.;OPOS=100679318;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:62:62:51:52:11:10:0.16129:3:8:32:19:2:8:32:20 chr7 100679390 . A G 42.77 PASS AF=0.123288;AO=8;DP=72;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=47;FSRR=17;FWDB=-0.00395285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.6826;QD=2.34373;RBI=0.0158733;REFB=-0.00913569;REVB=-0.0153732;RO=64;SAF=6;SAR=2;SRF=47;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239453;STB=0.551746;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0292695;OID=.;OPOS=100679390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:72:73:64:64:8:9:0.123288:2:6:47:17:2:7:47:17 chr7 100679694 . C A 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0105287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2956;QD=12.4026;RBI=0.0199106;REFB=0.0212205;REVB=-0.0168991;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124746;STB=0.573316;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.0175535;OID=.;OPOS=100679694;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:7:9:13:16:7:9:13:16 chr7 100679752 . T C 286.98 PASS AF=0.774194;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00977384;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.036;QD=37.0291;RBI=0.0112952;REFB=-0.0140702;REVB=0.00566168;RO=7;SAF=12;SAR=12;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295634;STB=0.516116;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00449184;OID=.;OPOS=100679752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:32:31:7:7:24:24:0.774194:12:12:4:3:12:12:4:3 chr7 100679754 . C G 300.19 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0396851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5394;QD=37.524;RBI=0.0889341;REFB=-0.0337845;REVB=0.0795887;RO=7;SAF=12;SAR=13;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367153;STB=0.519984;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0134874;OID=.;OPOS=100679754;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:7:7:25:25:0.78125:13:12:4:3:13:12:4:3 chr7 100679809 . C T 557.65 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.419;QD=60.287;RBI=0.0577368;REFB=0;REVB=0.0513012;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452601;OID=.;OPOS=100679809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:19:18:0:0 chr7 100680370 . C T 305.28 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.628;QD=53.0914;RBI=0.0489145;REFB=0;REVB=0.0134418;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005716;OID=.;OPOS=100680370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr7 100680939 . C A 755.88 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224686;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.744;QD=57.0478;RBI=0.0401993;REFB=0;REVB=0.0333338;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145685;OID=.;OPOS=100680939;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr7 100680983 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.07;QD=63.5829;RBI=0.0240752;REFB=0;REVB=0.0070044;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38937e-05;OID=.;OPOS=100680983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr7 100681172 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.514;QD=60.2286;RBI=0.0489992;REFB=0;REVB=0.025401;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606726;OID=.;OPOS=100681172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr7 100681359 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2174;QD=47.8223;RBI=0.0521093;REFB=0;REVB=0.0369345;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76353e-06;OID=.;OPOS=100681359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr7 100681762 . A G 409.9 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0538085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.636;QD=51.2378;RBI=0.0590119;REFB=-0.0429583;REVB=0.0242291;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300657;STB=0.531229;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00171404;OID=.;OPOS=100681762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:1:2:30:30:0.9375:15:15:1:0:15:15:2:0 chr7 100682275 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.633;QD=47.8223;RBI=0.0268813;REFB=0;REVB=0.0237198;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406949;OID=.;OPOS=100682275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr7 100683036 . T C 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0239579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5189;QD=10.2704;RBI=0.024116;REFB=-0.0119629;REVB=0.00275713;RO=35;SAF=9;SAR=7;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228358;STB=0.513631;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0242564;OID=.;OPOS=100683036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:7:9:19:16:7:9:19:16 chr7 100683053 . A G 89.46 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0194697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.875;QD=7.30263;RBI=0.031172;REFB=-0.0150544;REVB=0.0243439;RO=37;SAF=6;SAR=6;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816724;STB=0.550936;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0576331;OID=.;OPOS=100683053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:6:6:21:16:6:6:21:16 chr7 100683067 . C T 67.17 PASS AF=0.196078;AO=11;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0690046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4739;QD=5.26843;RBI=0.070723;REFB=0.00859908;REVB=-0.0154956;RO=39;SAF=5;SAR=6;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195031;STB=0.588064;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.0150254;OID=.;OPOS=100683067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:39:41:11:10:0.196078:6:5:24:15:5:5:25:16 chr7 100683087 . T G 57.84 PASS AF=0.18;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0181474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5944;QD=4.62758;RBI=0.0187277;REFB=-0.00976238;REVB=0.0046259;RO=40;SAF=3;SAR=6;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318597;STB=0.71749;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0370518;OID=.;OPOS=100683087;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:49:50:40:41:9:9:0.18:6:3:24:16:6:3:25:16 chr7 100683099 . C G 32.72 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0269882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3403;QD=2.84481;RBI=0.0270128;REFB=-0.00393405;REVB=-0.00115248;RO=40;SAF=1;SAR=5;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.470584;STB=0.843957;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0414482;OID=.;OPOS=100683099;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:5:1:23:17:5:1:23:17 chr7 100683102 . C T 32.7 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0261988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.008;QD=2.84376;RBI=0.0287084;REFB=-0.00486056;REVB=0.0117385;RO=40;SAF=1;SAR=5;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.470584;STB=0.843957;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0348565;OID=.;OPOS=100683102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:5:1:23:17:5:1:23:17 chr7 100684550 . A G 734.21 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.05453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4148;QD=61.1844;RBI=0.0585694;REFB=0.137504;REVB=-0.0213741;RO=1;SAF=23;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200087;STB=0.510634;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00369906;OID=.;OPOS=100684550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:24:23:1:0:24:23:1:0 chr7 100684593 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.136;QD=62.9829;RBI=0.0194981;REFB=0;REVB=-0.00597975;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39776e-05;OID=.;OPOS=100684593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr7 100691337 . A G 217.14 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0187894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2446;QD=13.1599;RBI=0.0191571;REFB=-0.0160842;REVB=-0.00373546;RO=39;SAF=16;SAR=10;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136636;STB=0.571373;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.017552;OID=.;OPOS=100691337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:40:26:26:0.393939:10:16:19:20:10:16:20:20 chr7 100692680 . T G 1607.03 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00394987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.174;QD=60.076;RBI=0.0074663;REFB=0;REVB=-0.00633595;RO=0;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26823e-06;OID=.;OPOS=100692680;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:56:51:0:0:56:51:0:0 chr7 100695138 . G A 792.29 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.249;QD=63.3828;RBI=0.0435948;REFB=0;REVB=0.00418043;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127088;OID=.;OPOS=100695138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:25:24:0:0:26:24:0:0 chr7 100701313 . G A 141.86 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0124268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.765;QD=11.126;RBI=0.0358364;REFB=0.00284074;REVB=0.0336129;RO=34;SAF=14;SAR=3;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491026;STB=0.792739;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00263232;OID=.;OPOS=100701313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:3:14:14:20:3:14:14:20 chr7 100731505 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0808442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9954;QD=33.4279;RBI=0.0869482;REFB=0;REVB=-0.0320031;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0113953;OID=.;OPOS=100731505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr7 100731829 . T C 2869.12 PASS AF=1;AO=178;DP=184;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223887;FXX=0.0161282;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.826;QD=62.713;RBI=0.0631812;REFB=0;REVB=0.0590814;RO=0;SAF=83;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138327;OID=.;OPOS=100731829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:183:0:0:178:183:1:95:83:0:0:99:84:0:0 chr7 100732321 . C T 1203.43 PASS AF=1;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455277;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.448;QD=61.7141;RBI=0.0469494;REFB=0;REVB=-0.0114662;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136097;OID=.;OPOS=100732321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:77:78:1:37:40:0:0:37:41:0:0 chr7 100733100 . G A 115.99 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.59;QD=42.1786;RBI=0.106013;REFB=0;REVB=0.105434;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00274775;OID=.;OPOS=100733100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:8:2:0:0:9:2:0:0 chr7 100782368 . C CT,T 136.37 PASS AF=0.273973,0;AO=37,11;DP=153;FAO=40,0;FDP=146;FR=.;FRO=106;FSAF=17,0;FSAR=23,0;FSRF=45;FSRR=61;FWDB=-0.109384,0.000168595;FXX=0.0394711;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=11.1135,248.959;QD=3.73623;RBI=0.119349,0.00881912;REFB=-0.0076487,0.00124979;REVB=-0.0477426,-0.00881751;RO=100;SAF=20,2;SAR=17,9;SRF=44;SRR=56;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.122839,-0.330377;STB=0.50035,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0251215,0.0904302;OID=.,.;OPOS=100782369,100782368;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:146:100:106:37,11:40,0:0.273973,0:17,9:20,2:44:56:23,0:17,0:45:61 chr7 100802786 . A G 1070.71 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00806196;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.469;QD=58.6691;RBI=0.00923059;REFB=0.0018647;REVB=0.0044954;RO=1;SAF=56;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00837237;STB=0.504424;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00015245;OID=.;OPOS=100802786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:73:1:1:72:72:0.986301:16:56:1:0:16:56:1:0 chr7 100839401 . G A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9188;QD=47.821;RBI=0.153356;REFB=0;REVB=0.111901;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00906128;OID=.;OPOS=100839401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr7 100845754 . T G 221.32 PASS AF=0.291667;AO=28;DP=91;FAO=28;FDP=96;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0272334;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1277;QD=9.22168;RBI=0.0318025;REFB=-0.0208553;REVB=-0.0164238;RO=63;SAF=20;SAR=8;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34035;STB=0.678881;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.036948;OID=.;OPOS=100845754;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:96:63:68:28:28:0.291667:8:20:27:36:8:20:32:36 chr7 100850890 . G A 859.31 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173651;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.255;QD=57.2876;RBI=0.0358436;REFB=-0.0353197;REVB=0.0313563;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216072;OID=.;OPOS=100850890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr7 100859588 . C T 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0175151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.223;QD=5.57549;RBI=0.0302196;REFB=0.00227028;REVB=-0.0246262;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164658;STB=0.648245;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.0126559;OID=.;OPOS=100859588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:21:24:7:7:0.225806:4:3:12:9:4:3:15:9 chr7 101006376 . C T 230.45 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0795277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.412;QD=46.0899;RBI=0.0927702;REFB=-0.113398;REVB=0.0477667;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437955;STB=0.523785;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0034838;OID=.;OPOS=101006376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:1:1:19:19:0.95:9:10:1:0:9:10:1:0 chr7 101006382 . C T 256.69 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.180439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2076;QD=51.3371;RBI=0.212648;REFB=0;REVB=0.112521;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0097985;OID=.;OPOS=101006382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:17:20:1:8:9:0:0:9:11:0:0 chr7 101183292 . A G 93.34 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.029686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.163;QD=9.33402;RBI=0.0296977;REFB=-0.0188545;REVB=-0.000833566;RO=27;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323571;STB=0.508533;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0466895;OID=.;OPOS=101183292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:40:40:27:28:12:12:0.3:5:7:15:12:5:7:16:12 chr7 101196645 . C T 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0210391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.721;QD=7.96582;RBI=0.0219969;REFB=-0.0149758;REVB=-0.00642001;RO=26;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616111;STB=0.538383;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0264926;OID=.;OPOS=101196645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:7:3:9:17:7:3:9:17 chr7 101200669 . A AG 920.82 PASS AF=1;AO=85;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00269702;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.9086;QD=39.6052;RBI=0.0889734;REFB=0;REVB=-0.0889325;RO=7;SAF=65;SAR=20;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905687;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000635478;OID=.;OPOS=101200670;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:85:95:93:93:0:67:26:0:0:18:7:65:20:2:5 chr7 101200727 . G A 481.36 PASS AF=0.5;AO=49;DP=99;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=-0.0128308;FXX=0.0377323;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.77;QD=18.877;RBI=0.025329;REFB=-0.0238794;REVB=0.0218387;RO=46;SAF=29;SAR=20;SRF=35;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159199;STB=0.56202;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0200817;OID=.;OPOS=101200727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:46:51:49:51:0.5:20:29:35:11:21:30:36:15 chr7 101286843 . T C 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.678;QD=45.7973;RBI=0.154562;REFB=0;REVB=0.024701;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00319179;OID=.;OPOS=101286843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr7 101892833 . C T 1495.53 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0255212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5417;QD=62.3136;RBI=0.0263699;REFB=-0.0927783;REVB=-0.00663622;RO=1;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109;STB=0.505746;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0100698;OID=.;OPOS=101892833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:43:52:0:1:43:52:0:1 chr7 101892855 . GAAAAAAAAT AAAAAAAAAT,GAAAAAAAT,GAAAAAAATA 35.09 PASS AF=0,0.245614,0;AO=4,15,3;DP=60;FAO=0,14,0;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=0,9,0;FSAR=0,5,0;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.000232344,0.153904,-0.0219393;FXX=0.0338926;HRUN=1,8,8;LEN=1,1,2;MLLD=265.93,6.83307,117.644;QD=2.46277;RBI=0.00604567,0.153927,0.0219643;REFB=0.00143352,-0.0123144,-0.00492687;REVB=0.00604121,0.00266615,0.00104779;RO=29;SAF=3,9,2;SAR=1,6,1;SRF=14;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.302025,0.13133,0.190963;STB=0.5,0.584293,0.5;STBP=1,0.523,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.0423989,0.019141;OID=.,.,.;OPOS=101892855,101892856,101892863;OREF=G,A,AT;OALT=A,-,TA;OMAPALT=AAAAAAAAAT,GAAAAAAAT,GAAAAAAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:60:57:29:43:4,15,3:0,14,0:0,0.245614,0:1,6,1:3,9,2:14:15:0,5,0:0,9,0:23:20 chr7 101916647 . A G 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00577478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.965;QD=20.6013;RBI=0.0484073;REFB=-0.00428116;REVB=-0.0480616;RO=18;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328483;STB=0.538422;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00311999;OID=.;OPOS=101916647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:6:14:12:6:6:14:12:7 chr7 101917521 . G A 207.87 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0223958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.992;QD=17.6906;RBI=0.0803178;REFB=-0.00315795;REVB=0.0771322;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324837;STB=0.518501;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00573347;OID=.;OPOS=101917521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:12:9:12:14:12:9:12:14 chr7 101926302 . G A 248.2 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.00171794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.534;QD=16.2757;RBI=0.0370609;REFB=0.000885001;REVB=-0.0370211;RO=33;SAF=17;SAR=11;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926891;STB=0.552034;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00168698;OID=.;OPOS=101926302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:11:17:23:10:11:17:23:10 chr7 101952133 . G A 240.48 PASS AF=0.233129;AO=38;DP=163;FAO=38;FDP=163;FR=.;FRO=125;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=75;FSRR=50;FWDB=-0.0410733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.662;QD=5.90141;RBI=0.0411906;REFB=-0.00894166;REVB=-0.00310612;RO=125;SAF=24;SAR=14;SRF=75;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421166;STB=0.525654;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.030509;OID=.;OPOS=101952133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:125:125:38:38:0.233129:14:24:75:50:14:24:75:50 chr7 101977344 . T A 49.39 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=-0.0016519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.433;QD=4.20319;RBI=0.0160689;REFB=0.000814772;REVB=0.0159838;RO=39;SAF=1;SAR=7;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252449;STB=0.680875;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00273462;OID=.;OPOS=101977344;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:39:39:8:8:0.170213:7:1:10:29:7:1:10:29 chr7 102038153 . CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT 515.87 PASS AF=0.235294,0.764706,0,0;AO=6,4,6,15;DP=36;FAO=8,26,0,0;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23,0,0;FSAR=8,3,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0954295,0.156473,0.135499,0.100892;FXX=0.149963;HRUN=1,1,1,1;LEN=3,6,5,4;MLLD=85.4436,142.554,123.019,95.5281;QD=60.6905;RBI=0.0969161,0.161849,0.137346,0.107714;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0169098,-0.0413652,-0.022452,-0.0377262;RO=0;SAF=0,1,6,14;SAR=6,3,0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-4.86674e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=0.0450193,0.00852328,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=102038154,102038154,102038180,102038154;OREF=TGT,TGTGTG,TGTGT,TGTG;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.235294,0.764706,0,0:6,4,6,15:36:8,26,0,0:34:0:0,23,0,0:8,3,0,0:0:0:55:0:0,1,6,14:6,3,0,1:0:0 chr7 102063517 . A G 151.19 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0649896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5147;QD=20.158;RBI=0.0684177;REFB=0.000289744;REVB=0.0213852;RO=14;SAF=13;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32026;STB=0.683952;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00296204;OID=.;OPOS=102063517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:3:13:7:7:3:13:7:7 chr7 102063527 . G C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0493962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.067;QD=57.6807;RBI=0.049399;REFB=0;REVB=-0.000527097;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000415851;OID=.;OPOS=102063527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr7 102066539 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00568654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.476;QD=40.7603;RBI=0.0438115;REFB=0;REVB=0.0434409;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544454;OID=.;OPOS=102066539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr7 102087223 . C T 126.22 PASS AF=0.2;AO=20;DP=101;FAO=20;FDP=100;FR=.;FRO=80;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.0178774;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.983;QD=5.04896;RBI=0.0478388;REFB=-0.0066316;REVB=-0.0443728;RO=80;SAF=11;SAR=9;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39208e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0329779;OID=.;OPOS=102087223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:80:80:20:20:0.2:9:11:44:36:9:11:44:36 chr7 102098010 . G A 187.54 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0205989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6963;QD=18.754;RBI=0.0667165;REFB=-0.0387648;REVB=0.0634569;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277714;STB=0.670575;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0448882;OID=.;OPOS=102098010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:19:20:19:20:0.5:10:9:15:4:11:9:16:4 chr7 102106201 . G A 218.33 PASS AF=0.509434;AO=18;DP=51;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0190339;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.29;QD=16.4778;RBI=0.0194029;REFB=-0.033564;REVB=-0.0037663;RO=19;SAF=1;SAR=17;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.546001;STB=0.584464;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0371814;OID=.;OPOS=102106201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:19:26:18:27:0.509434:17:1:7:12:17:10:14:12 chr7 102108532 . G A 418.71 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.0109043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.043;QD=18.4046;RBI=0.0260072;REFB=-0.0241807;REVB=0.0236108;RO=44;SAF=28;SAR=16;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913031;STB=0.525153;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0325319;OID=.;OPOS=102108532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:44:47:44:44:0.483516:16:28:32:12:16:28:32:15 chr7 102108573 . C T 32.65 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=55;FWDB=0.0152862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0249;QD=1.74138;RBI=0.0175199;REFB=-0.00340042;REVB=0.00856026;RO=66;SAF=1;SAR=7;SRF=12;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124285;STB=0.594505;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0707289;OID=.;OPOS=102108573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:74:75:66:67:8:8:0.106667:7:1:12:54:7:1:12:55 chr7 102111936 . G A 483.56 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.00653754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.84;QD=19.1511;RBI=0.00691112;REFB=-0.0182219;REVB=-0.00224146;RO=49;SAF=23;SAR=27;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159856;STB=0.585422;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0174962;OID=.;OPOS=102111936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:51:50:50:0.49505:27:23:14:35:27:23:15:36 chr7 102119322 . T C 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0543312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.943;QD=14.6506;RBI=0.0593688;REFB=-0.0162021;REVB=-0.0239326;RO=29;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147856;STB=0.565161;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.019656;OID=.;OPOS=102119322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:31:23:23:0.425926:10:13:12:17:10:13:14:17 chr7 102212939 . G C 113.69 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0470324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.512;QD=7.97793;RBI=0.047959;REFB=-0.0125354;REVB=-0.0093816;RO=39;SAF=9;SAR=7;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955761;STB=0.571343;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0301857;OID=.;OPOS=102212939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:41:16:16:0.280702:7:9:25:14:7:9:27:14 chr7 102389833 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146363;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.103;QD=45.8068;RBI=0.0294765;REFB=0;REVB=0.0255859;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95756e-05;OID=.;OPOS=102389833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:7:5:0:0:7:7:0:0 chr7 102462636 . T C 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.742;QD=62.0078;RBI=0.026283;REFB=0;REVB=0.0118914;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03072e-05;OID=.;OPOS=102462636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr7 102462809 . C T 165.64 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00114671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.546;QD=14.4035;RBI=0.00146469;REFB=-0.000381596;REVB=-0.000911246;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552757;STB=0.531985;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.000942018;OID=.;OPOS=102462809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:8:10:17:11:8:10:17:11 chr7 102495249 . T C 358.56 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.000929389;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.354;QD=16.8735;RBI=0.0616025;REFB=-0.0319131;REVB=0.0615955;RO=47;SAF=22;SAR=16;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150834;STB=0.584628;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0324711;OID=.;OPOS=102495249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:47:47:38:38:0.447059:16:22:20:27:16:22:20:27 chr7 102497902 . T C 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0103505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.932;QD=21.3529;RBI=0.0635826;REFB=-0.0192745;REVB=0.0627345;RO=8;SAF=11;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112223;STB=0.617772;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.026612;OID=.;OPOS=102497902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:8:9:13:13:0.590909:2:11:6:2:2:11:6:3 chr7 102574715 . A G 442.21 PASS AF=0.637931;AO=35;DP=59;FAO=37;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.024974;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8636;QD=30.4972;RBI=0.0296108;REFB=0.0459476;REVB=-0.015909;RO=13;SAF=18;SAR=17;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245994;STB=0.621928;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0251858;OID=.;OPOS=102574715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:13:15:35:37:0.637931:17:18:13:0:18:19:14:1 chr7 102574795 . G A 179.04 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0410701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.757;QD=10.8511;RBI=0.0417152;REFB=0.000682595;REVB=-0.00730782;RO=43;SAF=11;SAR=12;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140973;STB=0.581844;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00285222;OID=.;OPOS=102574795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:12:11:26:17:12:11:26:17 chr7 102665620 . C G 1328.75 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.35068e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.76;QD=61.8021;RBI=0.00566824;REFB=0;REVB=-0.00566822;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65645e-05;OID=.;OPOS=102665620;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:43:42:0:0:43:43:0:0 chr7 102668001 . A C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.563;QD=61.5363;RBI=0.0257193;REFB=0;REVB=0.0144216;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98962e-05;OID=.;OPOS=102668001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr7 102696108 . A G 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00126952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.399;QD=62.9802;RBI=0.0105634;REFB=0;REVB=-0.0104868;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.79759e-05;OID=.;OPOS=102696108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr7 102715804 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0305607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.045;QD=23.2182;RBI=0.0420802;REFB=0.0477205;REVB=0.0289273;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0134773;OID=.;OPOS=102715804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr7 102740683 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.605;QD=61.3362;RBI=0.0146711;REFB=0;REVB=-0.00849654;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9284e-06;OID=.;OPOS=102740683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:29:11:0:0:29:11:0:0 chr7 102742144 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00943198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.437;QD=56.9569;RBI=0.0262601;REFB=0;REVB=0.0245077;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22643e-05;OID=.;OPOS=102742144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:19:33:0:0:19:33:0:0 chr7 102743893 . C T 750.02 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470741;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8998;QD=63.8314;RBI=0.057446;REFB=0;REVB=0.0329253;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000785315;OID=.;OPOS=102743893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr7 102952123 . G T 703.53 PASS AF=0.548387;AO=68;DP=124;FAO=68;FDP=124;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00150523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.332;QD=22.6946;RBI=0.0077922;REFB=0.0021646;REVB=0.00764543;RO=56;SAF=34;SAR=34;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589473;STB=0.532249;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.00164225;OID=.;OPOS=102952123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:56:56:68:68:0.548387:34:34:32:24:34:34:32:24 chr7 103007949 . A C 1542.4 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265767;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.857;QD=59.8992;RBI=0.0291297;REFB=0;REVB=0.0119256;RO=0;SAF=56;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89736e-05;OID=.;OPOS=103007949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:103:0:0:101:103:1:45:56:0:0:47:56:0:0 chr7 103020939 . G A 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00621269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.759;QD=7.52724;RBI=0.0440515;REFB=-0.00340335;REVB=-0.0436112;RO=43;SAF=9;SAR=7;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333903;STB=0.520317;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0109647;OID=.;OPOS=103020939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:7:9:23:20:7:9:23:20 chr7 103073964 . T C 112.15 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.013187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.733;QD=8.46436;RBI=0.0146466;REFB=-0.00333708;REVB=0.0063739;RO=37;SAF=8;SAR=7;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00851556;STB=0.505044;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.010284;OID=.;OPOS=103073964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:38:15:15:0.283019:7:8:20:17:7:8:20:18 chr7 103073979 . G C 107.42 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0142109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7436;QD=7.81256;RBI=0.0192792;REFB=-0.00352184;REVB=-0.0130284;RO=38;SAF=8;SAR=7;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394203;STB=0.506075;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0105739;OID=.;OPOS=103073979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:40:15:15:0.272727:7:8:19:19:7:8:21:19 chr7 103073993 . T C 109.55 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00492766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.831;QD=8.11473;RBI=0.0128646;REFB=-0.010242;REVB=-0.0118835;RO=37;SAF=7;SAR=8;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866633;STB=0.569932;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0205311;OID=.;OPOS=103073993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:39:15:15:0.277778:8:7:20:17:8:7:22:17 chr7 103124207 . T C 761.43 PASS AF=0.496644;AO=73;DP=149;FAO=74;FDP=149;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.00288191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.533;QD=20.4411;RBI=0.00418678;REFB=-0.0129268;REVB=0.00303706;RO=74;SAF=36;SAR=37;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431469;STB=0.530193;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0142619;OID=.;OPOS=103124207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:74:75:73:74:0.496644:37:36:33:41:37:37:33:42 chr7 103124785 . T C 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.018322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.501;QD=17.6718;RBI=0.0186589;REFB=-0.0123605;REVB=-0.00352959;RO=32;SAF=17;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619083;STB=0.534684;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0195965;OID=.;OPOS=103124785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:13:17:16:16:13:17:16:16 chr7 103124884 . G A 294.54 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00195346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3618;QD=15.1046;RBI=0.0434295;REFB=-0.00746581;REVB=-0.0433856;RO=45;SAF=13;SAR=20;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00645798;STB=0.503653;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00754693;OID=.;OPOS=103124884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:20:13:18:27:20:13:18:27 chr7 103151436 . T C 80.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0238872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0236;QD=7.89731;RBI=0.0273205;REFB=-0.0251806;REVB=-0.0132595;RO=30;SAF=2;SAR=9;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382416;STB=0.741781;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0300163;OID=.;OPOS=103151436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:9:2:14:16:9:2:14:16 chr7 103155705 . A G 303.41 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00195638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.781;QD=22.0658;RBI=0.00815376;REFB=0.00490731;REVB=-0.00791558;RO=24;SAF=20;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522917;STB=0.528948;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00281625;OID=.;OPOS=103155705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:11:20:14:10:11:20:14:10 chr7 103179595 . A G 594.26 PASS AF=0.491935;AO=61;DP=124;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.00246847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.16;QD=19.1696;RBI=0.0236763;REFB=-0.0035936;REVB=-0.0235473;RO=63;SAF=33;SAR=28;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304847;STB=0.516851;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00352273;OID=.;OPOS=103179595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:63:63:61:61:0.491935:28:33:32:31:28:33:32:31 chr7 103292224 . T C 291.39 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0396367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.331;QD=16.892;RBI=0.0400815;REFB=-0.00349844;REVB=0.00595483;RO=37;SAF=9;SAR=23;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163221;STB=0.592112;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00502259;OID=.;OPOS=103292224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:23:9:16:21:23:9:16:21 chr7 103557529 . G A 206.38 PASS AF=0.264957;AO=30;DP=115;FAO=31;FDP=117;FR=.;FRO=86;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.0173814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0998;QD=7.0558;RBI=0.0559703;REFB=-0.00971372;REVB=-0.053203;RO=83;SAF=14;SAR=16;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407208;STB=0.522374;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0344523;OID=.;OPOS=103557529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:83:86:30:31:0.264957:16:14:36:47:16:15:39:47 chr7 104110492 . C T 246.43 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=8;FWDB=0.000470721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.355;QD=13.503;RBI=0.101642;REFB=-0.0146854;REVB=-0.101641;RO=43;SAF=20;SAR=9;SRF=36;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198808;STB=0.597096;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0223995;OID=.;OPOS=104110492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:43:44:29:29:0.39726:9:20:36:7:9:20:36:8 chr7 104263425 . T C 483.47 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.539;QD=58.6018;RBI=0.0416851;REFB=0;REVB=0.0219832;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026869;OID=.;OPOS=104263425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:13:19:0:0:13:20:0:0 chr7 104717517 . C T 312.81 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00725711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.866;QD=21.9512;RBI=0.008828;REFB=-0.0204796;REVB=0.00502671;RO=25;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175113;STB=0.596433;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0133273;OID=.;OPOS=104717517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:16:16:18:7:16:16:18:7 chr7 104785779 . T G 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0145383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.319;QD=9.82172;RBI=0.0328358;REFB=-0.00493671;REVB=0.0294419;RO=23;SAF=3;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375094;STB=0.72686;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00861359;OID=.;OPOS=104785779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:8:3:14:9:8:3:14:9 chr7 105245754 . A G 1998.95 PASS AF=0.984848;AO=129;DP=132;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0210599;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.231;QD=60.5742;RBI=0.0210875;REFB=-0.1366;REVB=-0.00107949;RO=2;SAF=64;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146176;STB=0.507575;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-3.92153e-05;OID=.;OPOS=105245754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:132:2:2:129:130:0.984848:65:64:2:0:65:65:2:0 chr7 105245877 . G A 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00591576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.342;QD=57.4361;RBI=0.00760535;REFB=0.0388198;REVB=-0.00477966;RO=1;SAF=37;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126017;STB=0.506665;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000507603;OID=.;OPOS=105245877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:30:37:1:0:30:37:1:0 chr7 105254612 . G A 537.39 PASS AF=0.52381;AO=54;DP=104;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0233407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.597;QD=20.4719;RBI=0.029513;REFB=-0.0162017;REVB=0.0180617;RO=50;SAF=34;SAR=20;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116946;STB=0.557952;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0157559;OID=.;OPOS=105254612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:50:50:54:55:0.52381:20:34:25:25:21:34:25:25 chr7 105658451 . G A 87.23 PASS AF=0.21875;AO=13;DP=63;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0467732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.941;QD=5.45214;RBI=0.0467904;REFB=-0.00110101;REVB=0.00126772;RO=50;SAF=0;SAR=13;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.703794;STB=0.824022;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0029356;OID=.;OPOS=105658451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:63:64:50:50:13:14:0.21875:13:0:16:34:13:1:16:34 chr7 105662690 . T C 573.71 PASS AF=0.35;AO=70;DP=201;FAO=70;FDP=200;FR=.;FRO=130;FSAF=48;FSAR=22;FSRF=89;FSRR=41;FWDB=0.0255069;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1898;QD=11.4741;RBI=0.0259288;REFB=-0.0163535;REVB=-0.00465874;RO=130;SAF=48;SAR=22;SRF=89;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00145068;STB=0.500828;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0277181;OID=.;OPOS=105662690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:130:130:70:70:0.35:22:48:89:41:22:48:89:41 chr7 105848638 . T C 445.62 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00985785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.626;QD=26.213;RBI=0.00992914;REFB=-0.0282965;REVB=0.0011877;RO=26;SAF=22;SAR=20;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166844;STB=0.509112;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0137502;OID=.;OPOS=105848638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:26:42:42:0.617647:20:22:13:13:20:22:13:13 chr7 105903904 . T C 2339.18 PASS AF=0.986667;AO=148;DP=150;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00825673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8311;QD=62.3781;RBI=0.0312322;REFB=-0.0491234;REVB=0.030121;RO=2;SAF=80;SAR=68;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117407;STB=0.506172;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00613999;OID=.;OPOS=105903904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:150:2:2:148:148:0.986667:68:80:2:0:68:80:2:0 chr7 105917482 . A G 528.9 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0112536;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3545;QD=21.8102;RBI=0.0330771;REFB=0.00417304;REVB=0.0311039;RO=45;SAF=27;SAR=23;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911973;STB=0.537772;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00412858;OID=.;OPOS=105917482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:47:50:50:0.515464:23:27:29:16:23:27:29:18 chr7 106508533 . C T 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0183652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.393;QD=16.5039;RBI=0.0308665;REFB=-0.0238422;REVB=-0.0248085;RO=30;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091505;STB=0.551493;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0265311;OID=.;OPOS=106508533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:12:14:19:11:12:14:19:11 chr7 106508978 . A G 3967.03 PASS AF=1;AO=255;DP=256;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143744;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8794;QD=62.2279;RBI=0.0144458;REFB=0;REVB=0.00143434;RO=0;SAF=112;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024098;OID=.;OPOS=106508978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:256:255:0:0:255:255:1:143:112:0:0:143:112:0:0 chr7 106508987 . T C 4125.41 PASS AF=1;AO=263;DP=267;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00477928;FXX=0.0149807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4688;QD=62.7438;RBI=0.0135624;REFB=0;REVB=0.0126924;RO=0;SAF=115;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002191;OID=.;OPOS=106508987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:267:263:0:0:263:263:1:148:115:0:0:148:115:0:0 chr7 106799997 . G A 676.77 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00530946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.03;QD=60.1575;RBI=0.0117463;REFB=-0.0611511;REVB=0.0104779;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.513507;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000717723;OID=.;OPOS=106799997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:0:1:43:44:0.977778:18:25:0:0:18:26:0:1 chr7 106826381 . C T 281.26 PASS AF=0.296875;AO=38;DP=128;FAO=38;FDP=128;FR=.;FRO=90;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=0.00117556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.305;QD=8.7893;RBI=0.0210093;REFB=-0.0159917;REVB=-0.0209764;RO=89;SAF=16;SAR=22;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203741;STB=0.507181;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.04215;OID=.;OPOS=106826381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:89:90:38:38:0.296875:22:16:36:53:22:16:37:53 chr7 106842683 . A ATCTT 193.92 PASS AF=0.375;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00556715;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=4;MLLD=182.413;QD=12.1197;RBI=0.0277848;REFB=-0.00382947;REVB=-0.0272214;RO=40;SAF=12;SAR=12;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541551;STB=0.531224;STBP=0.705;TYPE=ins;VARB=0.00956612;OID=.;OPOS=106842684;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=ATCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:24:65:24:64:40:12:12:22:18:99:40:12:12:22:18 chr7 106897237 . A C 384.95 PASS AF=0.297143;AO=51;DP=175;FAO=52;FDP=175;FR=.;FRO=123;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=61;FSRR=62;FWDB=0.000470646;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0999;QD=8.79882;RBI=0.0289796;REFB=-0.00413854;REVB=0.0289758;RO=123;SAF=18;SAR=33;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176929;STB=0.608476;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00977386;OID=.;OPOS=106897237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:123:123:51:52:0.297143:33:18:61:62:34:18:61:62 chr7 107002806 . A G 2664.15 PASS AF=0.988571;AO=172;DP=174;FAO=173;FDP=175;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0336234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3096;QD=60.8948;RBI=0.0340592;REFB=-0.0971803;REVB=0.00543084;RO=1;SAF=84;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563282;STB=0.500099;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0019768;OID=.;OPOS=107002806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:174:175:1:2:172:173:0.988571:88:84:1:0:88:85:1:1 chr7 107188719 . G T 826.16 PASS AF=0.619835;AO=75;DP=120;FAO=75;FDP=121;FR=.;FRO=46;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0343935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6192;QD=27.311;RBI=0.0848406;REFB=-0.0180569;REVB=-0.0775565;RO=45;SAF=45;SAR=30;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786823;STB=0.547285;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00942742;OID=.;OPOS=107188719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:45:46:75:75:0.619835:30:45:22:23:30:45:22:24 chr7 107208250 . T C 121.52 PASS AF=0.25;AO=18;DP=76;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0140749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.38;QD=6.39583;RBI=0.0172154;REFB=-0.0092599;REVB=-0.00991301;RO=56;SAF=11;SAR=7;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222263;STB=0.655576;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.029571;OID=.;OPOS=107208250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:56:57:18:19:0.25:7:11:24:32:7:12:24:33 chr7 107259664 . A T 154.42 PASS AF=0.175758;AO=29;DP=165;FAO=29;FDP=165;FR=.;FRO=136;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=77;FSRR=59;FWDB=-0.0103704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.677;QD=3.74359;RBI=0.0180336;REFB=-0.00491557;REVB=-0.0147535;RO=136;SAF=9;SAR=20;SRF=77;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323817;STB=0.707387;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0263529;OID=.;OPOS=107259664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:136:136:29:29:0.175758:20:9:77:59:20:9:77:59 chr7 107259721 . T C 483.75 PASS AF=0.37415;AO=55;DP=148;FAO=55;FDP=147;FR=.;FRO=92;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=0.0312258;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4076;QD=13.1633;RBI=0.0452064;REFB=-0.0126904;REVB=0.0326889;RO=89;SAF=28;SAR=27;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405199;STB=0.53286;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0220935;OID=.;OPOS=107259721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:89:92:55:55:0.37415:27:28:42:47:27:28:42:50 chr7 107414419 . A G 1920.89 PASS AF=0.984615;AO=127;DP=131;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00158958;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.47;QD=59.1042;RBI=0.0133531;REFB=-0.139983;REVB=0.0132582;RO=0;SAF=63;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21543e-08;STB=0.507575;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=4.66657e-05;OID=.;OPOS=107414419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:130:0:2:127:128:0.984615:64:63:0:0:65:63:0:2 chr7 107423254 . C T 435.85 PASS AF=0.630769;AO=41;DP=65;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0207742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.263;QD=26.8215;RBI=0.0223281;REFB=-0.00448575;REVB=-0.00818406;RO=24;SAF=14;SAR=27;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114263;STB=0.562469;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00487524;OID=.;OPOS=107423254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:24:24:41:41:0.630769:27:14:12:12:27:14:12:12 chr7 107423280 . C T 234.4 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.000253496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.349;QD=13.0223;RBI=0.0187136;REFB=-0.0146512;REVB=-0.0187118;RO=44;SAF=11;SAR=17;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180622;STB=0.510345;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0256869;OID=.;OPOS=107423280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:17:11:18:26:17:11:18:26 chr7 107559911 . G A 698.18 PASS AF=0.535433;AO=68;DP=127;FAO=68;FDP=127;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0391098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9125;QD=21.9898;RBI=0.039377;REFB=-0.00492582;REVB=-0.00457991;RO=59;SAF=29;SAR=39;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171001;STB=0.509373;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0045341;OID=.;OPOS=107559911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:59:59:68:68:0.535433:39:29:24:35:39:29:24:35 chr7 107593989 . T C 109.55 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00973832;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.254;QD=12.8887;RBI=0.0207552;REFB=-0.0119151;REVB=0.0183288;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910385;STB=0.538402;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0185313;OID=.;OPOS=107593989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:7:6:11:9:7:6:11:10 chr7 107671407 . C G 414.19 PASS AF=0.317647;AO=54;DP=173;FAO=54;FDP=170;FR=.;FRO=116;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=70;FWDB=-0.00306401;FXX=0.01734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.22;QD=9.7456;RBI=0.0136737;REFB=-0.00801588;REVB=-0.013326;RO=114;SAF=21;SAR=33;SRF=44;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00361319;STB=0.505485;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0156237;OID=.;OPOS=107671407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:170:114:116:54:54:0.317647:33:21:44:70:33:21:46:70 chr7 107677984 . G A 425.55 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00244765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.637;QD=18.9132;RBI=0.00246451;REFB=-0.0136514;REVB=0.000287844;RO=45;SAF=13;SAR=30;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165393;STB=0.583484;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0192689;OID=.;OPOS=107677984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:45:47:43:43:0.477778:30:13:21:24:30:13:21:26 chr7 107818851 . T C 1194.33 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00997312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.208;QD=59.7166;RBI=0.0229457;REFB=-0.0506205;REVB=0.020665;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=4.71213e-05;OID=.;OPOS=107818851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:42:37:0:0:42:37:1:0 chr7 107824678 . A G 2647.62 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649544;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.571;QD=62.2969;RBI=0.0829266;REFB=0;REVB=0.0515533;RO=0;SAF=94;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40181e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016417;OID=.;OPOS=107824678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:170:0:0:160:170:1:66:94:0:0:66:104:0:0 chr7 107824889 . C G 805.72 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498055;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.644;QD=57.5511;RBI=0.0508117;REFB=0;REVB=0.0100618;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035113;OID=.;OPOS=107824889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:53:56:1:30:23:0:0:30:26:0:0 chr7 107834613 . G C 1418.44 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0838931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.998;QD=61.6714;RBI=0.0882315;REFB=-0.0419881;REVB=0.0273266;RO=1;SAF=48;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977343;STB=0.505154;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000658126;OID=.;OPOS=107834613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:43:48:1:0:43:48:1:0 chr7 107834734 . C T 1952.1 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.842;QD=61.9714;RBI=0.024371;REFB=0;REVB=0.0102517;RO=0;SAF=58;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66895e-05;OID=.;OPOS=107834734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:68:58:0:0:68:58:0:0 chr7 107838464 . G T 1822.49 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.642;QD=61.2602;RBI=0.0815043;REFB=0;REVB=-0.0803806;RO=0;SAF=46;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219417;OID=.;OPOS=107838464;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:73:46:0:0:73:46:0:0 chr7 107849908 . G A,T 2292.53 PASS AF=0.900621,0.0931677;AO=136,15;DP=152;FAO=145,15;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=82,12;FSAR=63,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00632101,-0.000705879;FXX=0.035926;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.468,164.923;QD=56.9574;RBI=0.00640066,0.0235352;REFB=-0.049598,-0.0688671;REVB=0.00100662,-0.0235246;RO=0;SAF=81,12;SAR=55,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.50303,0.519974;STBP=0.484,0.659;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00208668,0.0263044;OID=.,.;OPOS=107849908,107849908;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:50:152:161:0:1:136,15:145,15:0.900621,0.0931677:55,3:81,12:0:0:63,3:82,12:1:0 chr7 107849909 . T A 38.71 PASS AF=0.077381;AO=13;DP=169;FAO=13;FDP=168;FR=.;FRO=155;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=94;FSRR=61;FWDB=-0.00938032;FXX=0.00591681;HRUN=6;LEN=1;MLLD=86.6736;QD=0.921694;RBI=0.012229;REFB=0.000830848;REVB=0.00784586;RO=156;SAF=5;SAR=8;SRF=94;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240341;STB=0.696289;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00346948;OID=.;OPOS=107849909;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:169:168:156:155:13:13:0.077381:8:5:94:62:8:5:94:61 chr7 107872816 . G A 1408.36 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.77;QD=62.5936;RBI=0.042377;REFB=0;REVB=0.0344202;RO=0;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124786;OID=.;OPOS=107872816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:37:52:0:0:38:52:0:0 chr7 107875170 . T C 1982.33 PASS AF=0.970149;AO=130;DP=137;FAO=130;FDP=134;FR=.;FRO=4;FSAF=56;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00796504;FXX=0.0218962;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.733;QD=59.1741;RBI=0.00917714;REFB=0.0162074;REVB=0.00455829;RO=3;SAF=56;SAR=74;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00425964;STB=0.505509;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000323437;OID=.;OPOS=107875170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:137:134:3:4:130:130:0.970149:74:56:1:2:74:56:1:3 chr7 108212241 . CA C 91.84 PASS AF=0.271523;AO=46;DP=151;FAO=41;FDP=151;FR=.;FRO=110;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=72;FWDB=-0.0983856;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.3741;QD=2.43284;RBI=0.113127;REFB=-0.0249739;REVB=-0.0558384;RO=99;SAF=19;SAR=27;SRF=33;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990429;STB=0.534787;STBP=0.662;TYPE=del;VARB=0.0239458;OID=.;OPOS=108212242;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.271523:46:151:41:151:110:16:25:38:72:91:99:19:27:33:66 chr7 108214713 . G A 237.92 PASS AF=0.214286;AO=39;DP=182;FAO=39;FDP=182;FR=.;FRO=143;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=97;FWDB=0.0182973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.458;QD=5.22898;RBI=0.0210345;REFB=0.00114681;REVB=-0.010376;RO=143;SAF=12;SAR=27;SRF=46;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206759;STB=0.512764;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00325064;OID=.;OPOS=108214713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:143:143:39:39:0.214286:27:12:46:97:27:12:46:97 chr7 111366828 . CTT C,CT 139.63 PASS AF=0,0.886364;AO=6,22;DP=44;FAO=0,39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=0,26;FSAR=0,13;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0821332,0.16756;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=10.1588,6.50524;QD=12.6936;RBI=0.115466,0.235012;REFB=0.0516656,0.0858801;REVB=0.0811576,0.164786;RO=12;SAF=3,17;SAR=3,5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0883056,0.154849;STB=0.5,0.50847;STBP=1,0.867;TYPE=del,del;VARB=0.0763438,0.0419055;OID=.,.;OPOS=111366829,111366829;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.886364:6,22:44:0,39:44:5:0,26:0,13:3:2:8:12:3,17:3,5:7:5 chr7 111380163 . C T 31.42 PASS AF=0.137931;AO=3;DP=28;FAO=4;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00458056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.593;QD=4.33442;RBI=0.00915494;REFB=-0.000872606;REVB=-0.00792662;RO=20;SAF=0;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.613473;STB=0.734653;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.015235;OID=.;OPOS=111380163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:28:29:20:23:3:4:0.137931:3:0:11:9:3:1:12:11 chr7 111575537 . CAAAAAAAA CAAAAAAA,CAAAAAAAG 127.39 PASS AF=0.36,0.032;AO=43,5;DP=126;FAO=45,4;FDP=125;FR=.;FRO=76;FSAF=26,1;FSAR=19,3;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.0377209,0.0371145;FXX=0.00793588;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.32236,23.5365;QD=4.07647;RBI=0.173147,0.0643576;REFB=-0.0573081,-0.0283284;REVB=0.168988,0.0525777;RO=64;SAF=28,2;SAR=15,3;SRF=30;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.197363,-0.0720669;STB=0.55746,0.729594;STBP=0.339,0.404;TYPE=del,snp;VARB=0.0293935,0.0602679;OID=.,.;OPOS=111575538,111575545;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CAAAAAAA,CAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36,0.032:43,5:126:45,4:125:76:26,1:19,3:37:39:99:64:28,2:15,3:30:34 chr7 111981007 . G A 724.25 PASS AF=0.440678;AO=78;DP=177;FAO=78;FDP=177;FR=.;FRO=99;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=-0.0152442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.383;QD=16.3673;RBI=0.0208264;REFB=-0.0258494;REVB=0.0141899;RO=99;SAF=35;SAR=43;SRF=47;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263393;STB=0.514666;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.032041;OID=.;OPOS=111981007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:99:99:78:78:0.440678:43:35:47:52:43:35:47:52 chr7 112459803 . G A 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0545526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3836;QD=16.0648;RBI=0.0617402;REFB=-0.0158914;REVB=-0.0289114;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108824;STB=0.561357;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0158733;OID=.;OPOS=112459803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:13:13:19:12:13:13:19:12 chr7 112722278 . A AAC,AC,C 609.19 PASS AF=0,0.767442,0.232558;AO=9,15,24;DP=49;FAO=0,33,10;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21,6;FSAR=0,12,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517039,0.0471121,0.0223255;FXX=0.0227221;HRUN=9,0,9;LEN=2,1,1;MLLD=85.9234,90.6682,89.7395;QD=56.6686;RBI=0.0650758,0.0593075,0.0377068;REFB=0,0,0;REVB=-0.0395166,-0.0360254,-0.0303871;RO=1;SAF=5,9,14;SAR=4,6,10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.080744,-0.0479918,-0.0319609;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0,0.000424256,-0.00163776;OID=.,.,.;OPOS=112722279,112722279,112722278;OREF=-,-,A;OALT=AC,C,C;OMAPALT=AAC,AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:32:49:43:1:0:9,15,24:0,33,10:0,0.767442,0.232558:4,6,10:5,9,14:1:0:0,12,4:0,21,6:0:0 chr7 112723093 . T C 1443.31 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017689;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5014;QD=62.0777;RBI=0.0190748;REFB=-0.0500791;REVB=-0.00713778;RO=1;SAF=47;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998003;STB=0.505262;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00061207;OID=.;OPOS=112723093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:93:1:1:92:92:0.989247:45:47:1:0:45:47:1:0 chr7 112724417 . A G 1415.37 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.4763;QD=62.9054;RBI=0.0270784;REFB=0;REVB=0.0198289;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238834;OID=.;OPOS=112724417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:48:42:0:0:48:42:0:0 chr7 112724525 . A G 876.94 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00336057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.345;QD=54.8086;RBI=0.0281099;REFB=-0.0317612;REVB=0.0279083;RO=2;SAF=33;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277544;STB=0.514701;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00241373;OID=.;OPOS=112724525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:29:33:2:0:29:33:2:0 chr7 113518433 . TC CA,TA 619.53 PASS AF=0.0487805,0.95122;AO=2,39;DP=41;FAO=2,39;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=2,20;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383815,-0.0467709;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=108.191,80.9453;QD=60.4417;RBI=0.0555735,0.0494429;REFB=0,0;REVB=0.0401905,0.0160337;RO=0;SAF=2,20;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.3303e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0212892,-0.00591935;OID=.,.;OPOS=113518433,113518434;OREF=TC,C;OALT=CA,A;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:41:41:0:0:2,39:2,39:0.0487805,0.95122:0,19:2,20:0:0:0,19:2,20:0:0 chr7 113518498 . C A 1302.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.917;QD=62.0071;RBI=0.0156614;REFB=0;REVB=-0.0111342;RO=0;SAF=52;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.30563e-05;OID=.;OPOS=113518498;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:32:52:0:0:32:52:0:0 chr7 113518502 . A T 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.749;QD=62.1622;RBI=0.0142391;REFB=0;REVB=0.00537513;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59818e-05;OID=.;OPOS=113518502;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:32:53:0:0:32:53:0:0 chr7 113519719 . A T 1602.48 PASS AF=0.990826;AO=104;DP=105;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0142178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.735;QD=58.8066;RBI=0.0172315;REFB=-0.0117257;REVB=0.00973541;RO=1;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870688;STB=0.504504;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=2.7954e-05;OID=.;OPOS=113519719;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:109:1:1:104:108:0.990826:54:50:0:1:55:53:0:1 chr7 113519796 . C T 1300.05 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0196964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.554;QD=59.7724;RBI=0.0267131;REFB=-0.126166;REVB=0.0180455;RO=0;SAF=54;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11373e-08;STB=0.504586;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00223282;OID=.;OPOS=113519796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:85:86:0.988506:31:54:0:0:32:54:1:0 chr7 114296590 . A C 1517.11 PASS AF=0.99;AO=93;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=31;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.115955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.646;QD=60.6843;RBI=0.116564;REFB=-0.0557512;REVB=0.0119056;RO=1;SAF=25;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00692218;STB=0.503649;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.000997517;OID=.;OPOS=114296590;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:93:99:0.99:68:25:0:1:68:31:0:1 chr7 114298221 . C T 58.7 PASS AF=0.136364;AO=12;DP=88;FAO=12;FDP=88;FR=.;FRO=76;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=55;FWDB=-0.0111954;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.954;QD=2.66821;RBI=0.0114902;REFB=-0.000175604;REVB=-0.00258582;RO=73;SAF=2;SAR=10;SRF=19;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168804;STB=0.638627;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00113778;OID=.;OPOS=114298221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:88:88:73:76:12:12:0.136364:10:2:19:54:10:2:21:55 chr7 114619598 . C A 723.52 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0238037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.009;QD=54.6056;RBI=0.0241841;REFB=-0.0688187;REVB=-0.00427249;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000247335;OID=.;OPOS=114619598;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:51:52:0.981132:17:34:0:0:18:34:1:0 chr7 115578124 . G T 220.97 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0051495;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.861;QD=11.6298;RBI=0.0398789;REFB=-0.00133648;REVB=-0.039545;RO=48;SAF=9;SAR=18;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213585;STB=0.618092;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00227565;OID=.;OPOS=115578124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:49:27:27:0.355263:18:9:25:23:18:9:25:24 chr7 115892650 . T G 2640.34 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000702452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.383;QD=62.1257;RBI=0.00320178;REFB=0;REVB=0.00312377;RO=0;SAF=67;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33514e-06;OID=.;OPOS=115892650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:103:67:0:0:103:67:0:0 chr7 115897392 . G C 1788.86 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031956;FXX=0.00847386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.882;QD=61.1576;RBI=0.0328575;REFB=0;REVB=-0.00764393;RO=0;SAF=64;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09512e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23136e-05;OID=.;OPOS=115897392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:53:64:0:0:53:64:0:0 chr7 116140341 . C T 779.08 PASS AF=0.540146;AO=74;DP=137;FAO=74;FDP=137;FR=.;FRO=63;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0358816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5825;QD=22.7468;RBI=0.0359221;REFB=0.0327623;REVB=-0.00170579;RO=63;SAF=40;SAR=34;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261787;STB=0.514327;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.0296864;OID=.;OPOS=116140341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:63:63:74:74:0.540146:34:40:36:27:34:40:36:27 chr7 116165357 . C T 51.18 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=-0.00318127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.025;QD=2.9247;RBI=0.0277097;REFB=-0.000253167;REVB=-0.0275265;RO=60;SAF=7;SAR=3;SRF=42;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0038049;OID=.;OPOS=116165357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:70:60:60:10:10:0.142857:3:7:42:18:3:7:42:18 chr7 116165360 . A C,G 1030.27 PASS AF=0.873239,0.126761;AO=62,9;DP=71;FAO=62,9;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41,9;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0058687,0.0010326;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.898,197.499;QD=58.0432;RBI=0.00939369,0.0048798;REFB=0,0;REVB=-0.00733483,-0.00476929;RO=0;SAF=41,9;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=2.99858e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00979392,0.0496576;OID=.,.;OPOS=116165360,116165360;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:41:71:71:0:0:62,9:62,9:0.873239,0.126761:21,0:41,9:0:0:21,0:41,9:0:0 chr7 116165463 . T C 731.29 PASS AF=0.904762;AO=53;DP=59;FAO=57;FDP=63;FR=.;FRO=6;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0359709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4243;QD=46.431;RBI=0.0557181;REFB=-0.0286978;REVB=0.0425513;RO=6;SAF=39;SAR=14;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168293;STB=0.506171;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0241068;OID=.;OPOS=116165463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:59:63:6:6:53:57:0.904762:14:39:4:2:16:41:4:2 chr7 116364823 . CA C 446.92 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.000205671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.149;QD=23.2168;RBI=0.00757708;REFB=-0.0106151;REVB=-0.00757429;RO=33;SAF=28;SAR=16;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192441;STB=0.60572;STBP=0.043;TYPE=del;VARB=0.012233;OID=.;OPOS=116364824;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:44:77:44:77:33:28:16:13:20:99:33:28:16:13:20 chr7 116381121 . GTTTTTTTTTTTTT GGTGTTTTTTTTTT,GTTTTTTT,GTTTTTTTTTTGGT,GTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTTGG,GTTTTTTTTT 248.98 PASS AF=0,0.28,0.24,0.12,0,0.36;AO=2,7,2,3,2,4;DP=28;FAO=0,7,6,3,0,9;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6,2,1,0,6;FSAR=0,1,4,2,0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00180154,-0.0125085,-0.0151909,-0.016324,-0.0257029,-0.0182208;FXX=0.107105;HRUN=16,16,16,16,16,16;LEN=3,6,2,5,2,4;MLLD=111.036,16.7502,95.4093,15.4491,90.8065,13.4529;QD=39.8363;RBI=0.122391,0.103787,0.0521705,0.120118,0.0523996,0.165183;REFB=-0.0996296,-0.231304,-0.237029,-0.24583,-0.247943,-0.253857;REVB=-0.122378,-0.103031,-0.0499099,-0.119004,-0.0456627,-0.164175;RO=0;SAF=2,6,0,1,1,3;SAR=0,1,2,2,1,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,del,mnp,del;VARB=0,0.0313937,0.00212606,0.00629219,0,0.022709;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=116381122,116381122,116381132,116381122,116381133,116381122;OREF=TTT,TTTTTT,TT,TTTTT,TT,TTTT;OALT=GTG,-,GG,-,GG,-;OMAPALT=GGTGTTTTTTTTTT,GTTTTTTT,GTTTTTTTTTTGGT,GTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTTGG,GTTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/6:0,0.28,0.24,0.12,0,0.36:2,7,2,3,2,4:28:0,7,6,3,0,9:25:0:0,6,2,1,0,6:0,1,4,2,0,3:0:0:44:0:2,6,0,1,1,3:0,1,2,2,1,1:0:0 chr7 116395560 . C T 110.13 PASS AF=0.2;AO=18;DP=90;FAO=18;FDP=90;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.0913701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5299;QD=4.89444;RBI=0.0955521;REFB=-0.00915171;REVB=-0.027959;RO=72;SAF=9;SAR=9;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105199;STB=0.566594;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0480737;OID=.;OPOS=116395560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:72:72:18:18:0.2:9:9:30:42:9:9:30:42 chr7 116435768 . C T 1194.63 PASS AF=0.660377;AO=105;DP=159;FAO=105;FDP=159;FR=.;FRO=54;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0141368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.923;QD=30.0536;RBI=0.021635;REFB=-0.0115504;REVB=-0.0163776;RO=53;SAF=52;SAR=53;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00291293;STB=0.501617;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00607165;OID=.;OPOS=116435768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:53:54:105:105:0.660377:53:52:26:27:53:52:27:27 chr7 116436022 . G A 1355.2 PASS AF=0.642857;AO=113;DP=178;FAO=117;FDP=182;FR=.;FRO=65;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.0116034;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.682;QD=29.7846;RBI=0.0446222;REFB=-0.0258613;REVB=0.0430872;RO=64;SAF=64;SAR=49;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107599;STB=0.553254;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00765675;OID=.;OPOS=116436022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:182:64:65:113:117:0.642857:49:64:26:38:51:66:27:38 chr7 116436092 . G A 845.37 PASS AF=0.392562;AO=95;DP=243;FAO=95;FDP=242;FR=.;FRO=147;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=87;FSRR=60;FWDB=0.0101884;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7127;QD=13.973;RBI=0.0393829;REFB=-0.00651035;REVB=-0.0380422;RO=144;SAF=43;SAR=52;SRF=85;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146901;STB=0.583949;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00943534;OID=.;OPOS=116436092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:242:144:147:95:95:0.392562:52:43:85:59:52:43:87:60 chr7 116436097 . G A 1644.27 PASS AF=0.595918;AO=143;DP=242;FAO=146;FDP=245;FR=.;FRO=99;FSAF=86;FSAR=60;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.00962565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2678;QD=26.8453;RBI=0.0111981;REFB=-0.0192455;REVB=0.0057223;RO=99;SAF=84;SAR=59;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939442;STB=0.550962;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00862173;OID=.;OPOS=116436097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:245:99:99:143:146:0.595918:59:84:46:53:60:86:46:53 chr7 116437606 . G A 1423.01 PASS AF=0.59633;AO=130;DP=219;FAO=130;FDP=218;FR=.;FRO=88;FSAF=71;FSAR=59;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=-0.00239369;FXX=0.0090905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.782;QD=26.1103;RBI=0.00443027;REFB=-0.00899883;REVB=0.00372794;RO=88;SAF=71;SAR=59;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684295;STB=0.537037;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00667233;OID=.;OPOS=116437606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:88:88:130:130:0.59633:59:71:40:48:59:71:40:48 chr7 116528240 . C T 812.83 PASS AF=0.55;AO=76;DP=141;FAO=77;FDP=140;FR=.;FRO=63;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.00604455;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.189;QD=23.2237;RBI=0.00892732;REFB=-0.00587548;REVB=-0.00656966;RO=63;SAF=47;SAR=29;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185096;STB=0.596689;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00411693;OID=.;OPOS=116528240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:63:63:76:77:0.55:29:47:25:38:30:47:25:38 chr7 116596697 . A G 2240.48 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152795;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.55;QD=63.5599;RBI=0.015325;REFB=0;REVB=0.00117996;RO=0;SAF=61;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54353e-05;OID=.;OPOS=116596697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:140:141:1:79:61:0:0:80:61:0:0 chr7 116598724 . C T 333.95 PASS AF=0.283133;AO=47;DP=166;FAO=47;FDP=166;FR=.;FRO=119;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=63;FSRR=56;FWDB=0.0120316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.08;QD=8.04691;RBI=0.0217368;REFB=0.000486405;REVB=-0.0181032;RO=118;SAF=26;SAR=21;SRF=63;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236363;STB=0.517172;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0012081;OID=.;OPOS=116598724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:118:119:47:47:0.283133:21:26:63:55:21:26:63:56 chr7 116598735 . A G 1320.37 PASS AF=0.7;AO=112;DP=160;FAO=112;FDP=160;FR=.;FRO=48;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=3.55063e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9033;QD=33.0093;RBI=0.0430543;REFB=-0.0655725;REVB=0.0430543;RO=45;SAF=60;SAR=52;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106838;STB=0.501795;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0200193;OID=.;OPOS=116598735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:45:48:112:112:0.7:52:60:25:20:52:60:26:22 chr7 120380961 . ATTTG A 188.57 PASS AF=0.417722;AO=25;DP=74;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.041973;FXX=0.141289;HRUN=3;LEN=4;MLLD=155.819;QD=9.54782;RBI=0.0448816;REFB=-0.00506102;REVB=0.0158943;RO=22;SAF=17;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122693;STB=0.61357;STBP=0.093;TYPE=del;VARB=0.0147475;OID=.;OPOS=120380962;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.417722:25:74:33:79:46:18:15:16:30:99:22:17:8:12:10 chr7 120428799 . C A 2372.95 PASS AF=0.987421;AO=157;DP=160;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00824732;FXX=0.00624961;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.131;QD=59.6968;RBI=0.0109221;REFB=0.0310794;REVB=0.00716058;RO=2;SAF=89;SAR=68;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00162925;STB=0.500856;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=9.84101e-06;OID=.;OPOS=120428799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:160:159:2:2:157:157:0.987421:68:89:1:1:68:89:1:1 chr7 120704289 . C T 1245.61 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.579;QD=61.5114;RBI=0.0122176;REFB=0;REVB=0.00103881;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57143e-05;OID=.;OPOS=120704289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:37:44:0:0:37:44:0:0 chr7 120740103 . G T 3335.38 PASS AF=0.990783;AO=215;DP=224;FAO=215;FDP=217;FR=.;FRO=2;FSAF=113;FSAR=102;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00993415;FXX=0.0312486;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.754;QD=61.4817;RBI=0.0117494;REFB=-0.0398328;REVB=-0.0062738;RO=2;SAF=113;SAR=102;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00835692;STB=0.504386;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-1.07895e-06;OID=.;OPOS=120740103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:224:217:2:2:215:215:0.990783:102:113:2:0:102:113:2:0 chr7 120764477 . G C 660.74 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00436169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8789;QD=55.0614;RBI=0.043483;REFB=-0.0805678;REVB=0.0432637;RO=2;SAF=23;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391242;STB=0.509727;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0242042;OID=.;OPOS=120764477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:48:48:2:3:45:45:0.9375:22:23:2:0:22:23:2:1 chr7 120765954 . T C 1098.73 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.355;QD=60.2045;RBI=0.0183473;REFB=0;REVB=0.0167713;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79418e-05;OID=.;OPOS=120765954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:37:35:0:0:38:35:0:0 chr7 120773954 . A G 628.69 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0237493;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=105.897;QD=57.1536;RBI=0.0322523;REFB=-0.0835405;REVB=0.0218216;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501084;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.000855179;OID=.;OPOS=120773954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:0:2:42:42:0.954545:22:20:0:0:22:20:1:1 chr7 120776097 . C G 709.08 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.943;QD=63.0295;RBI=0.0193908;REFB=0;REVB=0.0143809;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64926e-05;OID=.;OPOS=120776097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:24:20:0:0:24:21:0:0 chr7 120901695 . G A 976.22 PASS AF=0.567073;AO=93;DP=164;FAO=93;FDP=164;FR=.;FRO=71;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.00376228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.341;QD=23.8102;RBI=0.00646584;REFB=-0.000488051;REVB=-0.00525854;RO=71;SAF=39;SAR=54;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594289;STB=0.532367;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.000445457;OID=.;OPOS=120901695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:71:71:93:93:0.567073:54:39:35:36:54:39:35:36 chr7 120965463 . GG CC,GGCACC 374.1 PASS AF=0.0428571,0.514286;AO=3,34;DP=70;FAO=3,36;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=3,14;FSAR=0,22;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00617015,0.00570448;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,4;MLLD=195.629,118.268;QD=21.3771;RBI=0.00630992,0.027652;REFB=-0.000604267,-0.0403581;REVB=0.00132074,-0.0270572;RO=32;SAF=3,12;SAR=0,22;SRF=15;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.551015,-0.106474;STB=0.996683,0.530104;STBP=0.072,0.628;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.012214,0.0333548;OID=.,.;OPOS=120965463,120965465;OREF=GG,-;OALT=CC,CACC;OMAPALT=CC,GGCACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:70:70:32:31:3,34:3,36:0.0428571,0.514286:0,22:3,12:15:17:0,22:3,14:14:17 chr7 120965464 . G GCACC 50.0 PASS AO=32;DP=78;LEN=4;RO=46;SAF=13;SAR=23;SRF=18;SRR=24;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=120965465;OREF=-;OALT=CACC;OMAPALT=GCACC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:78:46:32:23:13:18:24 chr7 121616250 . G A 2273.2 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0124447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.631;QD=60.2173;RBI=0.0128691;REFB=-0.0365319;REVB=0.00327774;RO=1;SAF=69;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684365;STB=0.503597;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-9.74059e-06;OID=.;OPOS=121616250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:1:1:150:150:0.993377:81:69:1:0:81:69:1:0 chr7 121741411 . T G 90.67 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0133963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5603;QD=6.71665;RBI=0.0149667;REFB=0.0104417;REVB=0.00667396;RO=41;SAF=8;SAR=5;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00720249;STB=0.504498;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.0328829;OID=.;OPOS=121741411;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:5:8:25:16:5:8:25:16 chr7 122078414 . T G 595.13 PASS AF=0.315353;AO=76;DP=242;FAO=76;FDP=241;FR=.;FRO=165;FSAF=53;FSAR=23;FSRF=79;FSRR=86;FWDB=-0.00856255;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.702;QD=9.87773;RBI=0.0306891;REFB=-0.00753469;REVB=0.0294704;RO=165;SAF=53;SAR=23;SRF=79;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268227;STB=0.655467;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0121665;OID=.;OPOS=122078414;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:241:165:165:76:76:0.315353:23:53:79:86:23:53:79:86 chr7 122635024 . C T 159.19 PASS AF=0.242105;AO=23;DP=95;FAO=23;FDP=95;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=-0.00668805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.911;QD=6.70287;RBI=0.0663036;REFB=-0.00522337;REVB=-0.0659654;RO=72;SAF=15;SAR=8;SRF=23;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395581;STB=0.737518;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0106064;OID=.;OPOS=122635024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:72:72:23:23:0.242105:8:15:23:49:8:15:23:49 chr7 122809234 . T C 169.79 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=0.0146902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.839;QD=8.82012;RBI=0.0228558;REFB=-0.0093434;REVB=0.0175096;RO=54;SAF=10;SAR=13;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269779;STB=0.658461;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0204998;OID=.;OPOS=122809234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:54:54:23:23:0.298701:13:10:36:18:13:10:36:18 chr7 123097468 . T C 2390.76 PASS AF=0.993711;AO=157;DP=159;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=130;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0239155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8727;QD=60.1448;RBI=0.0241948;REFB=0.0123348;REVB=-0.00366593;RO=0;SAF=129;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508771;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000197055;OID=.;OPOS=123097468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:159:0:1:157:158:0.993711:28:129:0:0:28:130:0:1 chr7 123119990 . T C 1683.42 PASS AF=0.982609;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00633493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.952;QD=58.5538;RBI=0.0117124;REFB=-0.00240536;REVB=0.0098513;RO=2;SAF=56;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000146096;STB=0.500077;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=3.7742e-05;OID=.;OPOS=123119990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:2:2:113:113:0.982609:57:56:1:1:57:56:1:1 chr7 123152019 . C T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5867;QD=62.6701;RBI=0.0272035;REFB=0;REVB=-0.0209015;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90897e-05;OID=.;OPOS=123152019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr7 123152035 . T C 871.67 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.218;QD=57.1586;RBI=0.0134056;REFB=0;REVB=-0.000883192;RO=1;SAF=31;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014981;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61131e-05;OID=.;OPOS=123152035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:1:0:60:61:1:29:31:1:0:29:32:0:0 chr7 123256427 . C T 1843.36 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.060614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3118;QD=60.4381;RBI=0.0631737;REFB=0.0154202;REVB=-0.0178005;RO=1;SAF=70;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00922324;STB=0.504854;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000510904;OID=.;OPOS=123256427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:121:121:0.991803:51:70:0:1:51:70:0:1 chr7 123264804 . C T 377.84 PASS AF=0.353846;AO=46;DP=130;FAO=46;FDP=130;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=0.00535037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7003;QD=11.6259;RBI=0.0117452;REFB=0.0030258;REVB=0.0104558;RO=84;SAF=20;SAR=26;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485005;STB=0.527747;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.00620114;OID=.;OPOS=123264804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:84:84:46:46:0.353846:26:20:33:51:26:20:33:51 chr7 123269118 . G C 1451.26 PASS AF=0.969072;AO=92;DP=97;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0152598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2357;QD=59.8459;RBI=0.0176584;REFB=-0.0116028;REVB=-0.00888576;RO=1;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920527;STB=0.506509;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00128788;OID=.;OPOS=123269118;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:97:1:3:92:94:0.969072:51:41:0:1:51:43:2:1 chr7 123301940 . A G 237.39 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.00255882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9749;QD=11.58;RBI=0.0597332;REFB=-0.00570417;REVB=0.0596783;RO=52;SAF=10;SAR=19;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3361;STB=0.687374;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0158125;OID=.;OPOS=123301940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:53:29:29:0.353659:19:10:34:18:19:10:34:19 chr7 123301994 . A AGAG 133.1 PASS AF=0.240964;AO=17;DP=98;FAO=20;FDP=83;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=44;FWDB=0.0202929;FXX=0.0674082;HRUN=1;LEN=3;MLLD=215.279;QD=6.41464;RBI=0.115134;REFB=-0.0155949;REVB=-0.113332;RO=75;SAF=17;SAR=0;SRF=23;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.796585;STB=0.91758;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0323902;OID=.;OPOS=123301995;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=AGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.240964:17:98:20:83:63:18:2:19:44:99:75:17:0:23:52 chr7 123321978 . C A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.817;QD=62.3509;RBI=0.0184247;REFB=0;REVB=0.0138168;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42109e-06;OID=.;OPOS=123321978;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr7 123336804 . G A 1050.15 PASS AF=0.614865;AO=91;DP=148;FAO=91;FDP=148;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=61;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.000918504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.495;QD=28.3825;RBI=0.00917847;REFB=-0.00978708;REVB=-0.00913239;RO=57;SAF=30;SAR=61;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169504;STB=0.50918;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00709113;OID=.;OPOS=123336804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:57:57:91:91:0.614865:61:30:20:37:61:30:20:37 chr7 123388732 . G A 642.45 PASS AF=0.411429;AO=72;DP=174;FAO=72;FDP=175;FR=.;FRO=103;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=55;FSRR=48;FWDB=0.00354581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.068;QD=14.6846;RBI=0.0144135;REFB=-0.0100716;REVB=-0.0139705;RO=102;SAF=26;SAR=46;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189575;STB=0.60386;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.012593;OID=.;OPOS=123388732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:102:103:72:72:0.411429:46:26:55:47:46:26:55:48 chr7 123672360 . G A 64.63 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00095296;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=114.449;QD=10.3405;RBI=0.0105496;REFB=0.0108048;REVB=-0.0105065;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119127;STB=0.586972;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.0238184;OID=.;OPOS=123672360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:4:5:10:5:4:5:11:5 chr7 124116470 . A G 103.43 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0140241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7539;QD=9.85021;RBI=0.0198492;REFB=-0.0109173;REVB=0.014047;RO=28;SAF=6;SAR=7;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244729;STB=0.631576;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0234125;OID=.;OPOS=124116470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:29:13:13:0.309524:7:6:19:9:7:6:19:10 chr7 124387092 . C G 711.53 PASS AF=0.666667;AO=60;DP=90;FAO=60;FDP=90;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0106252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6768;QD=31.6234;RBI=0.0576976;REFB=-0.0386038;REVB=0.0567108;RO=30;SAF=18;SAR=42;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137569;STB=0.574601;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0237108;OID=.;OPOS=124387092;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:30:30:60:60:0.666667:42:18:15:15:42:18:15:15 chr7 124387374 . A G 130.33 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4872;QD=43.4443;RBI=0.160705;REFB=0;REVB=-0.160365;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0105746;OID=.;OPOS=124387374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr7 124486980 . T C 300.37 PASS AF=0.282759;AO=31;DP=150;FAO=41;FDP=145;FR=.,HEALED;FRO=104;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=-0.0055231;FXX=0.0333311;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.949;QD=8.28601;RBI=0.054958;REFB=-0.0169362;REVB=0.0546798;RO=84;SAF=17;SAR=14;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156085;STB=0.568494;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0452854;OID=.;OPOS=124486980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:145:84:104:31:41:0.282759:14:17:45:39:17:24:51:53 chr7 124540841 . A C 300.67 PASS AF=0.55102;AO=26;DP=48;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00743294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.32;QD=24.5443;RBI=0.0135196;REFB=-0.0150657;REVB=-0.011293;RO=22;SAF=21;SAR=5;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986057;STB=0.560138;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00674257;OID=.;OPOS=124540841;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:22:22:26:27:0.55102:5:21:16:6:5:22:16:6 chr7 124540872 . C T 493.79 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=38;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00289571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.31;QD=22.9667;RBI=0.0119141;REFB=-0.010378;REVB=0.0115568;RO=38;SAF=38;SAR=9;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292993;STB=0.658884;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0200495;OID=.;OPOS=124540872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:39:47:47:0.546512:9:38:20:18:9:38:21:18 chr7 126542667 . A T 469.98 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0117197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.607;QD=15.7976;RBI=0.0127327;REFB=0.00109902;REVB=-0.00497701;RO=66;SAF=27;SAR=25;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192399;STB=0.50663;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.00123027;OID=.;OPOS=126542667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:66:67:52:52:0.436975:25:27:33:33:25:27:34:33 chr7 127222157 . G A 583.12 PASS AF=0.564356;AO=57;DP=103;FAO=57;FDP=101;FR=.;FRO=44;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00645188;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0861;QD=23.0938;RBI=0.01363;REFB=-0.0190791;REVB=0.0120063;RO=44;SAF=34;SAR=23;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460954;STB=0.502523;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0134724;OID=.;OPOS=127222157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:44:44:57:57:0.564356:23:34:26:18:23:34:26:18 chr7 127224286 . A G 646.13 PASS AF=0.6;AO=57;DP=95;FAO=57;FDP=95;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0141137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.747;QD=27.2054;RBI=0.0162645;REFB=-0.028671;REVB=-0.00808333;RO=38;SAF=26;SAR=31;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070881;STB=0.538619;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0101083;OID=.;OPOS=127224286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:38:38:57:57:0.6:31:26:21:17:31:26:21:17 chr7 127224414 . AGGC AG,AGC,AGTC 318.71 PASS AF=0,0.829787,0;AO=10,14,2;DP=47;FAO=0,39,0;FDP=47;FR=.;FRO=8;FSAF=0,17,0;FSAR=0,22,0;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0109307,0.139898,0.000509559;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=51.5384,13.7634,107.203;QD=27.1243;RBI=0.0597607,0.278686,0.00104548;REFB=-0.0374557,-0.255101,-0.0144362;REVB=-0.0587526,0.241028,-0.000912897;RO=21;SAF=0,9,0;SAR=10,5,2;SRF=17;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0.308901,0.308901,0;SSSB=-0.834872,-0.20183,-0.679093;STB=0.5,0.59519,0.5;STBP=1,0.004,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.169656,0;OID=.,.,.;OPOS=127224416,127224415,127224416;OREF=GC,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=AG,AGC,AGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.829787,0:10,14,2:47:0,39,0:47:8:0,17,0:0,22,0:8:0:26:21:0,9,0:10,5,2:17:4 chr7 127250907 . T C 241.44 PASS AF=0.313725;AO=29;DP=99;FAO=32;FDP=102;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.00316611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5251;QD=9.46814;RBI=0.0227448;REFB=-0.0264369;REVB=0.0225234;RO=69;SAF=16;SAR=13;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532105;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0486589;OID=.;OPOS=127250907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:69:70:29:32:0.313725:13:16:35:34:16:16:35:35 chr7 127251188 . T G 275.37 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0159093;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.536;QD=12.9585;RBI=0.017074;REFB=-0.018969;REVB=-0.006198;RO=52;SAF=19;SAR=13;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400434;STB=0.5057;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.026754;OID=.;OPOS=127251188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:52:53:32:32:0.376471:13:19:29:23:13:19:31:22 chr7 127894639 . C T 298.61 PASS AF=0.185567;AO=54;DP=291;FAO=54;FDP=291;FR=.;FRO=237;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=121;FSRR=116;FWDB=-0.0352497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5441;QD=4.10465;RBI=0.0384539;REFB=-0.00335311;REVB=0.0153673;RO=237;SAF=25;SAR=29;SRF=121;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614963;STB=0.538731;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0168033;OID=.;OPOS=127894639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:237:237:54:54:0.185567:29:25:121:116:29:25:121:116 chr7 127975972 . AAC A 280.16 PASS AF=0.431655;AO=52;DP=144;FAO=60;FDP=139;FR=.;FRO=79;FSAF=51;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=52;FWDB=-0.0641795;FXX=0.0211253;HRUN=5;LEN=2;MLLD=21.5945;QD=8.0622;RBI=0.0998692;REFB=-0.0591764;REVB=-0.076517;RO=73;SAF=44;SAR=8;SRF=23;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.577332;STB=0.81578;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0783591;OID=.;OPOS=127975973;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431655:52:144:60:139:79:51:9:27:52:99:73:44:8:23:50 chr7 127998755 . G A 75.55 PASS AF=0.162791;AO=14;DP=86;FAO=14;FDP=86;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=24;FWDB=-0.00100144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.84;QD=3.51375;RBI=0.012638;REFB=-0.0136122;REVB=-0.0125982;RO=72;SAF=7;SAR=7;SRF=48;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212903;STB=0.639351;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0704146;OID=.;OPOS=127998755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:86:86:72:72:14:14:0.162791:7:7:48:24:7:7:48:24 chr7 128038555 . C G 540.16 PASS AF=0.568182;AO=49;DP=87;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0525065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.658;QD=24.5526;RBI=0.0534481;REFB=-0.0415577;REVB=0.00998809;RO=38;SAF=25;SAR=24;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0081259;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0267332;OID=.;OPOS=128038555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:38:38:49:50:0.568182:24:25:19:19:25:25:19:19 chr7 128098071 . G A 451.18 PASS AF=0.414634;AO=51;DP=123;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.00304842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3247;QD=14.6725;RBI=0.0304274;REFB=0.00461734;REVB=0.0302743;RO=72;SAF=23;SAR=28;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222487;STB=0.512519;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00537257;OID=.;OPOS=128098071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:72:72:51:51:0.414634:28:23:34:38:28:23:34:38 chr7 128098198 . AT A 353.35 PASS AF=0.389381;AO=44;DP=118;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=53;FSRR=16;FWDB=0.0143418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.579;QD=12.5078;RBI=0.0243916;REFB=-0.0187116;REVB=0.0197297;RO=69;SAF=31;SAR=13;SRF=50;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263163;STB=0.548447;STBP=0.476;TYPE=del;VARB=0.0249937;OID=.;OPOS=128098199;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.389381:44:118:44:113:69:31:13:53:16:99:69:31:13:50:19 chr7 128098268 . GT G 112.01 PASS AF=0.287356;AO=25;DP=88;FAO=25;FDP=87;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=1;FSRF=58;FSRR=4;FWDB=0.0756556;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.0404;QD=5.14967;RBI=0.0789072;REFB=0.0213804;REVB=-0.0224181;RO=61;SAF=24;SAR=1;SRF=57;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158897;STB=0.593971;STBP=0.644;TYPE=del;VARB=-0.0486029;OID=.;OPOS=128098269;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.287356:25:88:25:87:62:24:1:58:4:99:61:24:1:57:4 chr7 128133984 . G A 1342.04 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.667;QD=61.7032;RBI=0.0497949;REFB=0;REVB=-0.0275424;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34845e-05;OID=.;OPOS=128133984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:48:38:0:0:48:39:0:0 chr7 128140982 . T C 843.64 PASS AF=0.565217;AO=78;DP=138;FAO=78;FDP=138;FR=.;FRO=60;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.00642731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.733;QD=24.4534;RBI=0.007153;REFB=-0.00971755;REVB=0.00313927;RO=59;SAF=50;SAR=28;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149884;STB=0.578683;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00994233;OID=.;OPOS=128140982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:59:60:78:78:0.565217:28:50:27:32:28:50:28:32 chr7 128141865 . T C 1750.69 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172886;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.916;QD=60.8934;RBI=0.0273116;REFB=0;REVB=-0.0211431;RO=0;SAF=50;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74698e-05;OID=.;OPOS=128141865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:114:115:1:64:50:0:0:65:50:0:0 chr7 128312450 . C T 78.15 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00170355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.497;QD=6.25194;RBI=0.00199171;REFB=-0.00528016;REVB=-0.00103191;RO=38;SAF=1;SAR=10;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491915;STB=0.836693;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0285282;OID=.;OPOS=128312450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:38:39:11:11:0.22:10:1:15:23:10:1:16:23 chr7 128358891 . C A 467.06 PASS AF=0.30303;AO=60;DP=198;FAO=60;FDP=198;FR=.;FRO=138;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=84;FSRR=54;FWDB=0.0126013;FXX=0.0099995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.052;QD=9.43555;RBI=0.0129699;REFB=-0.00463149;REVB=0.00307005;RO=136;SAF=40;SAR=20;SRF=84;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640387;STB=0.544103;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0105817;OID=.;OPOS=128358891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:136:138:60:60:0.30303:20:40:84:52:20:40:84:54 chr7 128363287 . G A 426.78 PASS AF=0.37037;AO=50;DP=136;FAO=50;FDP=135;FR=.;FRO=85;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=-0.0199615;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.398;QD=12.6455;RBI=0.0200394;REFB=-0.022266;REVB=-0.00176567;RO=86;SAF=21;SAR=29;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416705;STB=0.520653;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0367509;OID=.;OPOS=128363287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:86:85:50:50:0.37037:29:21:33:53:29:21:33:52 chr7 128369989 . G A 589.98 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=-0.00918333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0748;QD=20.1704;RBI=0.0218671;REFB=-0.00544697;REVB=0.0198453;RO=56;SAF=38;SAR=22;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432924;STB=0.52706;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00578248;OID=.;OPOS=128369989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:56:57:60:60:0.512821:22:38:38:18:22:38:39:18 chr7 128371206 . G A 725.95 PASS AF=0.484076;AO=76;DP=157;FAO=76;FDP=157;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=0.0193059;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.676;QD=18.4956;RBI=0.0195813;REFB=-0.0174592;REVB=-0.00327271;RO=80;SAF=28;SAR=48;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103017;STB=0.554219;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0185012;OID=.;OPOS=128371206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:80:81:76:76:0.484076:48:28:38:42:48:28:38:43 chr7 128394606 . C T 850.06 PASS AF=0.541935;AO=84;DP=155;FAO=84;FDP=155;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=56;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0353247;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5069;QD=21.937;RBI=0.061897;REFB=-0.0162874;REVB=-0.0508272;RO=70;SAF=28;SAR=56;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608968;STB=0.530798;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0139018;OID=.;OPOS=128394606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:70:71:84:84:0.541935:56:28:28:42:56:28:28:43 chr7 128401466 . A G 246.44 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0293406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4058;QD=31.7988;RBI=0.0373978;REFB=-0.0404029;REVB=0.0231889;RO=9;SAF=9;SAR=13;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104496;STB=0.557225;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0185287;OID=.;OPOS=128401466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:13:9:2:7:13:9:2:7 chr7 128415195 . T G 962.5 PASS AF=0.700855;AO=82;DP=117;FAO=82;FDP=117;FR=.;FRO=35;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0336753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.795;QD=32.9059;RBI=0.0375442;REFB=-0.00827553;REVB=-0.0165995;RO=35;SAF=31;SAR=51;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462146;STB=0.524846;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00380444;OID=.;OPOS=128415195;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:35:35:82:82:0.700855:51:31:16:19:51:31:16:19 chr7 128451352 . CC CCAGAGAGCCTGGGA,GA 929.2 PASS AF=0.939394,0.0606061;AO=57,4;DP=73;FAO=62,4;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28,4;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00998301,0.00458501;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=13,2;MLLD=427.562,78.4632;QD=56.3152;RBI=0.0197574,0.00794663;REFB=0,0;REVB=0.0170497,0.0064905;RO=7;SAF=24,4;SAR=33,0;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.119461,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00215009,0.0121406;OID=.,.;OPOS=128451354,128451352;OREF=-,CC;OALT=AGAGAGCCTGGGA,GA;OMAPALT=CCAGAGAGCCTGGGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:73:66:7:0:57,4:62,4:0.939394,0.0606061:33,0:24,4:7:0:34,0:28,4:0:0 chr7 128451353 . C CAGAGAGCCTGGGA 50.0 PASS AO=57;DP=76;LEN=13;RO=19;SAF=28;SAR=34;SRF=11;SRR=3;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=128451354;OREF=-;OALT=AGAGAGCCTGGGA;OMAPALT=CAGAGAGCCTGGGA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:76:19:57:34:28:11:3 chr7 128455767 . C G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.683;QD=57.1062;RBI=0.0557499;REFB=0;REVB=0.000695421;RO=0;SAF=11;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03858e-05;OID=.;OPOS=128455767;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:44:11:0:0:44:11:0:0 chr7 128487866 . T C 380.87 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.437;QD=54.4092;RBI=0.022372;REFB=0;REVB=0.0191788;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410364;OID=.;OPOS=128487866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:10:17:0:0:10:18:0:0 chr7 128499079 . G A 841.61 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.837;QD=57.058;RBI=0.0601139;REFB=0;REVB=0.00596493;RO=0;SAF=17;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193981;OID=.;OPOS=128499079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:41:17:0:0:41:18:0:0 chr7 128526544 . CG C 227.29 PASS AF=0.238411;AO=32;DP=152;FAO=36;FDP=151;FR=.;FRO=115;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=72;FSRR=43;FWDB=-0.0453033;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.064;QD=6.02089;RBI=0.0455648;REFB=-0.00950362;REVB=-0.00487429;RO=113;SAF=26;SAR=6;SRF=71;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28885;STB=0.611698;STBP=0.141;TYPE=del;VARB=0.0364196;OID=.;OPOS=128526545;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238411:32:152:36:151:115:27:9:72:43:99:113:26:6:71:42 chr7 128532980 . T C 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5369;QD=44.6874;RBI=0.0825222;REFB=0;REVB=0.0756308;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000916738;OID=.;OPOS=128532980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr7 128544133 . G T 481.48 PASS AF=0.608108;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.0729199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6632;QD=26.0259;RBI=0.0779139;REFB=-0.0379836;REVB=0.0274456;RO=29;SAF=16;SAR=29;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12133;STB=0.565959;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0252082;OID=.;OPOS=128544133;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:29:45:45:0.608108:29:16:6:23:29:16:6:23 chr7 128550680 . GCCCCCGA GCCCCGA,GCCCCGAC,GCCCCGGA 331.17 PASS AF=1,0,0;AO=22,2,2;DP=29;FAO=29,0,0;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0,0;FSAR=19,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.114584,-0.0972955,-0.198323;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,3,1;MLLD=16.514,87.402,9.61779;QD=45.678;RBI=0.121744,0.0993593,0.198928;REFB=0,0,0;REVB=0.0411374,-0.0201457,-0.015501;RO=0;SAF=7,0,2;SAR=15,2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.323529,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=5.79751e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.00170354,0,0;OID=.,.,.;OPOS=128550681,128550685,128550685;OREF=C,CGA,C;OALT=-,GAC,G;OMAPALT=GCCCCGA,GCCCCGAC,GCCCCGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:22,2,2:29:29,0,0:29:0:10,0,0:19,0,0:0:0:4:0:7,0,2:15,2,0:0:0 chr7 128588774 . TCC TC,TCT 635.09 PASS AF=0.859649,0.140351;AO=6,4;DP=58;FAO=49,8;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0;FSAR=11,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.748091,0.0641566;FXX=0.0172384;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=13.9627,202.908;QD=44.568;RBI=0.933204,0.105798;REFB=0,0;REVB=0.557879,0.0841257;RO=40;SAF=5,0;SAR=1,4;SRF=31;SRR=9;SSEN=0.227976,0;SSEP=0,0;SSSB=0.10673,-0.707862;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0496426,0.0995191;OID=.,.;OPOS=128588775,128588776;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TC,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.859649,0.140351:6,4:58:49,8:57:0:38,0:11,8:0:0:46:40:5,0:1,4:31:9 chr7 128607384 . G A 701.1 PASS AF=0.319149;AO=88;DP=280;FAO=90;FDP=282;FR=.;FRO=192;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=112;FSRR=80;FWDB=-0.0264066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7972;QD=9.94463;RBI=0.0304426;REFB=-0.00113495;REVB=-0.0151474;RO=191;SAF=50;SAR=38;SRF=112;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221088;STB=0.519226;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00217037;OID=.;OPOS=128607384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:282:191:192:88:90:0.319149:38:50:112:79:40:50:112:80 chr7 128630227 . C T 1556.45 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.156;QD=59.8634;RBI=0.00829282;REFB=0;REVB=0.00763804;RO=0;SAF=51;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00672e-05;OID=.;OPOS=128630227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:53:51:0:0:53:51:0:0 chr7 128641226 . G C 365.93 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0163772;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4712;QD=16.0848;RBI=0.0174135;REFB=-0.0260696;REVB=-0.00591735;RO=52;SAF=21;SAR=18;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196586;STB=0.511068;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0260887;OID=.;OPOS=128641226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:52:52:39:39:0.428571:18:21:29:23:18:21:29:23 chr7 128766902 . C T 526.2 PASS AF=0.4;AO=58;DP=145;FAO=58;FDP=145;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=0.019516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.562;QD=14.5157;RBI=0.0197477;REFB=-0.0052273;REVB=0.00301595;RO=86;SAF=34;SAR=24;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801317;STB=0.542014;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00768493;OID=.;OPOS=128766902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:86:87:58:58:0.4:24:34:44:42:24:34:45:42 chr7 128767250 . G A 829.24 PASS AF=0.532051;AO=81;DP=155;FAO=83;FDP=156;FR=.;FRO=73;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.0190092;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.208;QD=21.2624;RBI=0.0235361;REFB=-0.0198803;REVB=0.013878;RO=74;SAF=47;SAR=34;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941949;STB=0.540892;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0149001;OID=.;OPOS=128767250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:74:73:81:83:0.532051:34:47:35:39:36:47:35:38 chr7 128767410 . A G 396.57 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0238476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2728;QD=15.1073;RBI=0.0246876;REFB=-0.0237016;REVB=-0.00638528;RO=59;SAF=24;SAR=21;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00918012;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0268007;OID=.;OPOS=128767410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:59:60:45:45:0.428571:21:24:32:27:21:24:32:28 chr7 128767490 . T C 176.92 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0206322;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.745;QD=10.2561;RBI=0.022106;REFB=0.00075923;REVB=0.0079365;RO=44;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00339498;STB=0.514674;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00300423;OID=.;OPOS=128767490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:44:46:23:23:0.333333:13:10:19:25:13:10:21:25 chr7 128767506 . T G 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0155641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1592;QD=14.6162;RBI=0.0170594;REFB=-0.0125389;REVB=0.00698446;RO=38;SAF=14;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266812;STB=0.515141;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.012062;OID=.;OPOS=128767506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:14:14:20:18:14:14:20:18 chr7 128804780 . C G 1531.6 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.23;QD=58.9076;RBI=0.136919;REFB=0;REVB=0.00336927;RO=1;SAF=48;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978215;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000766986;OID=.;OPOS=128804780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:104:1:0:102:104:1:54:48:1:0:55:49:0:0 chr7 128846328 . G C 2531.57 PASS AF=0.993976;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=116;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00383789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.877;QD=61.0017;RBI=0.0276298;REFB=-0.0322729;REVB=0.027362;RO=0;SAF=116;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50505;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=3.07091e-05;OID=.;OPOS=128846328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:166:166:0:1:165:165:0.993976:49:116:0:0:49:116:0:1 chr7 129142694 . C G 604.88 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0623881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6113;QD=53.7674;RBI=0.0702721;REFB=-0.0992165;REVB=-0.0323403;RO=2;SAF=15;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132029;STB=0.52726;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00755307;OID=.;OPOS=129142694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:2:3:42:42:0.933333:27:15:1:1:26:16:0:3 chr7 129152223 . C T 118.56 PASS AF=0.197917;AO=18;DP=96;FAO=19;FDP=96;FR=.;FRO=77;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.0127587;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5047;QD=4.94016;RBI=0.0645342;REFB=0.00113466;REVB=0.0632604;RO=75;SAF=3;SAR=15;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458091;STB=0.760083;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00426216;OID=.;OPOS=129152223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:75:77:18:19:0.197917:15:3:38:37:15:4:40:37 chr7 129396174 . C G 845.83 PASS AF=0.628099;AO=76;DP=121;FAO=76;FDP=121;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0130068;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7803;QD=27.9614;RBI=0.0150053;REFB=-0.0498157;REVB=0.00748215;RO=45;SAF=32;SAR=44;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473701;STB=0.533972;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0152958;OID=.;OPOS=129396174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:45:45:76:76:0.628099:44:32:22:23:44:32:23:22 chr7 129474470 . G A 3017.89 PASS AF=1;AO=187;DP=188;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225851;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.975;QD=63.5345;RBI=0.0237531;REFB=0;REVB=0.00735707;RO=0;SAF=90;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.69431e-05;OID=.;OPOS=129474470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:190:0:0:187:190:1:97:90:0:0:100:90:0:0 chr7 129504866 . C G 1453.47 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00528854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.404;QD=63.1944;RBI=0.00740784;REFB=0;REVB=-0.00518723;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10122e-07;OID=.;OPOS=129504866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:53:39:0:0:53:39:0:0 chr7 129813738 . T C 346.22 PASS AF=0.318841;AO=44;DP=138;FAO=44;FDP=138;FR=.;FRO=94;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=0.027662;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8806;QD=10.0353;RBI=0.0552206;REFB=-0.0208766;REVB=0.0477926;RO=94;SAF=17;SAR=27;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17177;STB=0.599755;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0408209;OID=.;OPOS=129813738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:94:94:44:44:0.318841:27:17:50:44:27:17:50:44 chr7 129916515 . T C 1600.95 PASS AF=0.990826;AO=106;DP=108;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0210489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.388;QD=58.7506;RBI=0.0770547;REFB=-0.103337;REVB=0.0741241;RO=1;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797668;STB=0.504131;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000502347;OID=.;OPOS=129916515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:108:109:1:1:106:108:0.990826:59:47:0:1:60:48:0:1 chr7 129962360 . A G 1058.9 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060594;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.708;QD=59.6566;RBI=0.0622732;REFB=0;REVB=0.0143639;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.03303e-05;OID=.;OPOS=129962360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:72:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr7 129962682 . A G 2102.74 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.834;QD=62.7684;RBI=0.0422104;REFB=0;REVB=0.0381713;RO=0;SAF=78;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21424e-05;OID=.;OPOS=129962682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:56:78:0:0:56:78:0:0 chr7 129984274 . A G 784.76 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6744;QD=57.0733;RBI=0.0541748;REFB=0;REVB=-0.04039;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.16996e-05;OID=.;OPOS=129984274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr7 129986338 . C T 901.75 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00262172;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.402;QD=53.8357;RBI=0.0623931;REFB=-0.0676801;REVB=0.062338;RO=3;SAF=39;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243441;STB=0.512904;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000275244;OID=.;OPOS=129986338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:67:67:3:3:64:64:0.955224:25:39:1:2:25:39:1:2 chr7 129989878 . T C 1414.06 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.587;QD=62.8471;RBI=0.0289075;REFB=0;REVB=0.00292517;RO=0;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02131e-05;OID=.;OPOS=129989878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:37:52:0:0:37:53:0:0 chr7 130002317 . T C 435.84 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0963801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.458;QD=54.4799;RBI=0.103871;REFB=-0.0422748;REVB=0.0387294;RO=1;SAF=23;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019859;STB=0.510632;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00505835;OID=.;OPOS=130002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:8:23:1:0:8:23:1:0 chr7 130021488 . G C 3099.85 PASS AF=0.976526;AO=209;DP=213;FAO=208;FDP=213;FR=.;FRO=5;FSAF=102;FSAR=106;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0232204;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.1641;QD=58.2132;RBI=0.0596608;REFB=0.0165505;REVB=-0.0549566;RO=4;SAF=103;SAR=106;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000256684;STB=0.502574;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00109188;OID=.;OPOS=130021488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:213:213:4:5:209:208:0.976526:106:103:2:2:106:102:3:2 chr7 130023657 . TG T 433.56 PASS AF=0.642857;AO=57;DP=98;FAO=63;FDP=98;FR=.;FRO=35;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0599896;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.7121;QD=17.6964;RBI=0.163041;REFB=-0.0327632;REVB=0.151604;RO=36;SAF=31;SAR=26;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115146;STB=0.509112;STBP=0.811;TYPE=del;VARB=0.0216598;OID=.;OPOS=130023658;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.642857:57:98:63:98:35:34:29:18:17:99:36:31:26:19:17 chr7 130297115 . T C 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.000717473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.591;QD=13.7409;RBI=0.0127336;REFB=-0.0159374;REVB=-0.0127134;RO=43;SAF=15;SAR=14;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302308;STB=0.517229;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0250363;OID=.;OPOS=130297115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:14:15:21:22:14:15:21:22 chr7 131185995 . C A 708.93 PASS AF=0.616822;AO=66;DP=108;FAO=66;FDP=107;FR=.;FRO=41;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0237854;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.009;QD=26.502;RBI=0.029915;REFB=-0.0243901;REVB=-0.0181429;RO=41;SAF=40;SAR=26;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102811;STB=0.55586;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.015252;OID=.;OPOS=131185995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:41:41:66:66:0.616822:26:40:19:22:26:40:19:22 chr7 131195712 . G A 2667.25 PASS AF=1;AO=167;DP=169;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296695;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9341;QD=61.3161;RBI=0.125602;REFB=0;REVB=0.122048;RO=0;SAF=141;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100566;OID=.;OPOS=131195712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:174:0:0:167:174:1:26:141:0:0:34:140:0:0 chr7 131195959 . C T 1384.66 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7145;QD=61.5406;RBI=0.0426184;REFB=-0.0972538;REVB=-0.036737;RO=1;SAF=40;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117006;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239898;OID=.;OPOS=131195959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:90:90:1:0:89:90:1:49:40:1:0:49:41:0:0 chr7 131812922 . T C 1102.67 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255705;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8117;QD=60.4203;RBI=0.0310474;REFB=0;REVB=0.0176094;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328487;OID=.;OPOS=131812922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr7 131814185 . A G 2373.16 PASS AF=0.993333;AO=147;DP=148;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00455003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.464;QD=63.2843;RBI=0.0606626;REFB=-0.0324899;REVB=0.0604917;RO=1;SAF=82;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726061;STB=0.503703;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=5.66508e-05;OID=.;OPOS=131814185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:150:1:1:147:149:0.993333:65:82:0:1:67:82:0:1 chr7 131814192 . T C 172.34 PASS AF=0.177778;AO=32;DP=180;FAO=32;FDP=180;FR=.;FRO=148;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=72;FSRR=76;FWDB=-0.00124999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.849;QD=3.82982;RBI=0.0256421;REFB=-0.0074918;REVB=-0.0256116;RO=146;SAF=16;SAR=16;SRF=71;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01758;STB=0.511104;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0251255;OID=.;OPOS=131814192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:146:148:32:32:0.177778:16:16:71:75:16:16:72:76 chr7 131814529 . G A 671.96 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00854103;FXX=0.0217344;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.417;QD=59.73;RBI=0.036647;REFB=-0.0505312;REVB=0.0356378;RO=1;SAF=18;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253725;STB=0.513507;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000357856;OID=.;OPOS=131814529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:25:18:1:0:26:18:1:0 chr7 131815310 . A G 1754.89 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.36;QD=60.5133;RBI=0.0297812;REFB=0;REVB=0.000450227;RO=0;SAF=43;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000293557;OID=.;OPOS=131815310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:114:116:1:71:43:0:0:71:45:0:0 chr7 131859678 . G T 492.13 PASS AF=0.76;AO=36;DP=49;FAO=38;FDP=50;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.000981445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6533;QD=39.3703;RBI=0.0153432;REFB=0.00114656;REVB=-0.0153118;RO=12;SAF=11;SAR=25;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291076;STB=0.65845;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000185651;OID=.;OPOS=131859678;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:49:50:12:12:36:38:0.76:25:11:11:1:27:11:11:1 chr7 131864591 . T C 1472.57 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00338578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.457;QD=63.3365;RBI=0.0175694;REFB=0;REVB=0.0172401;RO=0;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80514e-05;OID=.;OPOS=131864591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:52:41:0:0:52:41:0:0 chr7 131912276 . C T 748.26 PASS AF=0.5;AO=77;DP=154;FAO=77;FDP=154;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.038625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1823;QD=19.4352;RBI=0.0395932;REFB=-0.0132313;REVB=-0.00870209;RO=75;SAF=34;SAR=43;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135668;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0133782;OID=.;OPOS=131912276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:75:77:77:77:0.5:43:34:32:43:43:34:34:43 chr7 132192295 . G A 462.09 PASS AF=0.795455;AO=35;DP=44;FAO=35;FDP=44;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0207349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.268;QD=42.0083;RBI=0.0301002;REFB=-0.0156679;REVB=0.0218194;RO=9;SAF=21;SAR=14;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102821;STB=0.555523;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00518933;OID=.;OPOS=132192295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:9:9:35:35:0.795455:14:21:3:6:14:21:3:6 chr7 132192849 . G A 598.01 PASS AF=0.389831;AO=68;DP=176;FAO=69;FDP=177;FR=.;FRO=108;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=62;FSRR=46;FWDB=0.0228344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.062;QD=13.5142;RBI=0.0231495;REFB=-0.0279324;REVB=0.00380645;RO=108;SAF=31;SAR=37;SRF=62;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127883;STB=0.575736;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0328876;OID=.;OPOS=132192849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:108:108:68:69:0.389831:37:31:62:46:38:31:62:46 chr7 132192949 . T C 953.66 PASS AF=0.590278;AO=85;DP=143;FAO=85;FDP=144;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.012719;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.159;QD=26.4906;RBI=0.0174112;REFB=-0.0193559;REVB=-0.0118902;RO=58;SAF=35;SAR=50;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671054;STB=0.533325;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0129365;OID=.;OPOS=132192949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:58:59:85:85:0.590278:50:35:29:29:50:35:29:30 chr7 132767617 . C A 143.93 PASS AF=0.875;AO=13;DP=15;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0360273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4292;QD=35.9818;RBI=0.102655;REFB=-0.042394;REVB=0.096125;RO=2;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00929408;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0262812;OID=.;OPOS=132767617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:16:2:2:13:14:0.875:6:7:1:1:7:7:1:1 chr7 133749164 . G A 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.366;QD=62.3147;RBI=0.0246609;REFB=0;REVB=0.0185558;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28017e-05;OID=.;OPOS=133749164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:38:48:0:0:38:48:0:0 chr7 133749275 . C T 250.21 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0569217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.589;QD=26.3383;RBI=0.0570378;REFB=0.0245965;REVB=-0.00363781;RO=15;SAF=13;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117573;STB=0.565161;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00989943;OID=.;OPOS=133749275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:10:13:6:9:10:13:6:9 chr7 133848257 . G T 839.93 PASS AF=0.384615;AO=95;DP=247;FAO=95;FDP=247;FR=.;FRO=152;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=73;FSRR=79;FWDB=0.00700783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3593;QD=13.602;RBI=0.0146561;REFB=0.00363726;REVB=0.0128721;RO=152;SAF=56;SAR=39;SRF=73;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120162;STB=0.567732;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00636295;OID=.;OPOS=133848257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:152:152:95:95:0.384615:39:56:73:79:39:56:73:79 chr7 133868507 . C T 2925.49 PASS AF=1;AO=186;DP=187;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=9.40537e-05;FXX=0.00534731;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.958;QD=62.9138;RBI=0.0160928;REFB=-0.0958847;REVB=0.0160925;RO=1;SAF=99;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00544155;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.12346e-06;OID=.;OPOS=133868507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:187:186:1:0:186:186:1:87:99:0:1:87:99:0:0 chr7 133906669 . C T 251.54 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0136343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.276;QD=12.4215;RBI=0.018093;REFB=-0.0129438;REVB=0.0118938;RO=51;SAF=7;SAR=23;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351663;STB=0.703726;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0154505;OID=.;OPOS=133906669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:51:30:30:0.37037:23:7:27:24:23:7:27:24 chr7 133979368 . C T 581.07 PASS AF=0.558824;AO=57;DP=102;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.00247141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.928;QD=22.7869;RBI=0.0149466;REFB=-0.0205957;REVB=-0.0147409;RO=44;SAF=27;SAR=30;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16486;STB=0.584586;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0148135;OID=.;OPOS=133979368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:44:45:57:57:0.558824:30:27:30:14:30:27:30:15 chr7 133979795 . T C 412.95 PASS AF=0.525641;AO=37;DP=74;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0228687;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.089;QD=21.177;RBI=0.039866;REFB=-0.0145113;REVB=0.0326546;RO=36;SAF=16;SAR=21;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604904;STB=0.559791;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0151683;OID=.;OPOS=133979795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:36:37:37:41:0.525641:21:16:18:18:25:16:19:18 chr7 133981227 . G A 1065.88 PASS AF=0.537234;AO=101;DP=189;FAO=101;FDP=188;FR=.;FRO=87;FSAF=36;FSAR=65;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.00427804;FXX=0.00529073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.76;QD=22.6784;RBI=0.00746221;REFB=-0.00493122;REVB=-0.00611416;RO=86;SAF=36;SAR=65;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155496;STB=0.582752;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00466739;OID=.;OPOS=133981227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:86:87:101:101:0.537234:65:36:46:40:65:36:46:41 chr7 133989543 . A G 353.55 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0778549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0402;QD=23.9695;RBI=0.0796074;REFB=0.0265507;REVB=0.0166117;RO=24;SAF=21;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106533;STB=0.558587;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.0164928;OID=.;OPOS=133989543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:14:21:11:13:14:21:11:13 chr7 134212741 . A G 359.47 PASS AF=0.387387;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0987611;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.534;QD=12.9539;RBI=0.0989603;REFB=-0.030848;REVB=-0.0062755;RO=52;SAF=30;SAR=13;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361282;STB=0.637384;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.044695;OID=.;OPOS=134212741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:52:68:43:43:0.387387:13:30:17:35:13:30:33:35 chr7 134215403 . T C 336.24 PASS AF=0.35;AO=42;DP=120;FAO=42;FDP=120;FR=.;FRO=78;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0208523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.556;QD=11.2079;RBI=0.0241048;REFB=-0.00535644;REVB=-0.0120922;RO=76;SAF=12;SAR=30;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242081;STB=0.633008;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00964114;OID=.;OPOS=134215403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:76:78:42:42:0.35:30:12:37:39:30:12:37:41 chr7 134221826 . A G 105.48 PASS AF=0.178218;AO=18;DP=101;FAO=18;FDP=101;FR=.;FRO=83;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.00100119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.337;QD=4.17741;RBI=0.0301634;REFB=-0.00876412;REVB=-0.0301468;RO=81;SAF=8;SAR=10;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155072;STB=0.589421;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0453188;OID=.;OPOS=134221826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:81:83:18:18:0.178218:10:8:46:35:10:8:46:37 chr7 134223010 . G A 291.43 PASS AF=0.24581;AO=44;DP=179;FAO=44;FDP=179;FR=.;FRO=135;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=70;FSRR=65;FWDB=-0.00467481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.016;QD=6.51234;RBI=0.0226796;REFB=-0.00321292;REVB=-0.0221926;RO=134;SAF=26;SAR=18;SRF=69;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961931;STB=0.555301;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0129388;OID=.;OPOS=134223010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:134:135:44:44:0.24581:18:26:69:65:18:26:70:65 chr7 134225788 . C T 557.94 PASS AF=1;AO=33;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.505;QD=60.3179;RBI=0.0231243;REFB=0;REVB=0.0113215;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106527;OID=.;OPOS=134225788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:33:37:1:11:22:0:0:14:23:0:0 chr7 134225827 . A G 769.44 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.873;QD=56.9955;RBI=0.0398333;REFB=0;REVB=0.0168357;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265972;OID=.;OPOS=134225827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr7 134261097 . C G 419.68 PASS AF=0.352113;AO=50;DP=142;FAO=50;FDP=142;FR=.;FRO=92;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=-0.00373384;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.143;QD=11.8221;RBI=0.021943;REFB=-0.014806;REVB=0.021623;RO=90;SAF=23;SAR=27;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119494;STB=0.560897;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0215813;OID=.;OPOS=134261097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:90:92:50:50:0.352113:27:23:51:39:27:23:51:41 chr7 134264286 . C T 126.61 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0299958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0505;QD=11.2542;RBI=0.052249;REFB=-0.017476;REVB=-0.0427809;RO=30;SAF=6;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113461;STB=0.567477;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0309098;OID=.;OPOS=134264286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:9:6:15:15:9:6:15:15 chr7 134346548 . G A 476.87 PASS AF=0.353293;AO=59;DP=167;FAO=59;FDP=167;FR=.;FRO=108;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=58;FSRR=50;FWDB=0.00649242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.267;QD=11.422;RBI=0.00649386;REFB=-0.010837;REVB=0.000136524;RO=108;SAF=36;SAR=23;SRF=58;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850209;STB=0.548626;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0208057;OID=.;OPOS=134346548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:108:108:59:59:0.353293:23:36:58:50:23:36:58:50 chr7 134576441 . T C 867.19 PASS AF=0.940299;AO=62;DP=65;FAO=63;FDP=67;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0108491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2191;QD=51.7725;RBI=0.061352;REFB=-0.0630944;REVB=0.0603851;RO=1;SAF=29;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016002;STB=0.528562;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000664661;OID=.;OPOS=134576441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:65:67:1:4:62:63:0.940299:33:29:1:0:33:30:0:4 chr7 134617815 . C T 809.53 PASS AF=0.516779;AO=77;DP=149;FAO=77;FDP=149;FR=.;FRO=72;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.00743796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.175;QD=21.7324;RBI=0.0116117;REFB=-0.00976652;REVB=-0.00891672;RO=72;SAF=45;SAR=32;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111748;STB=0.561397;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0103738;OID=.;OPOS=134617815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:72:72:77:77:0.516779:32:45:33:39:32:45:33:39 chr7 134618710 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.816;QD=52.6127;RBI=0.0248557;REFB=0;REVB=0.021613;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88831e-05;OID=.;OPOS=134618710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr7 134653930 . T C 386.69 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0045631;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.182;QD=26.2165;RBI=0.00934333;REFB=-0.0103659;REVB=0.00815328;RO=22;SAF=22;SAR=15;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217518;STB=0.618811;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0125445;OID=.;OPOS=134653930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:37:37:0.627119:15:22:6:16:15:22:6:16 chr7 134701856 . G C 3308.9 PASS AF=0.977477;AO=217;DP=222;FAO=217;FDP=222;FR=.;FRO=5;FSAF=120;FSAR=97;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00037951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.142;QD=59.6198;RBI=0.015809;REFB=-0.0130794;REVB=-0.0158045;RO=3;SAF=120;SAR=97;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576723;STB=0.501071;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.000116892;OID=.;OPOS=134701856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:222:222:3:5:217:217:0.977477:97:120:1:2:97:120:3:2 chr7 134719551 . C G 3158.66 PASS AF=1;AO=196;DP=197;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.49;QD=63.8114;RBI=0.0234455;REFB=0;REVB=0.00340592;RO=1;SAF=95;SAR=101;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0049869;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246859;OID=.;OPOS=134719551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:198:1:0:196:198:1:101:95:1:0:102:96:0:0 chr7 134849280 . T A 1916.03 PASS AF=0.984496;AO=126;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0150204;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.677;QD=59.4117;RBI=0.0357304;REFB=-0.0880196;REVB=0.0324199;RO=3;SAF=63;SAR=63;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736182;STB=0.500061;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000774595;OID=.;OPOS=134849280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:129:129:3:2:126:127:0.984496:63:63:2:1:63:64:1:1 chr7 134850465 . C T 1644.27 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191116;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.056;QD=60.3403;RBI=0.0694947;REFB=0;REVB=0.0668151;RO=0;SAF=63;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020967;OID=.;OPOS=134850465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:109:0:0:106:109:1:43:63:0:0:44:65:0:0 chr7 134850469 . A G 1659.54 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00933514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.438;QD=60.347;RBI=0.0132546;REFB=0;REVB=-0.0094096;RO=0;SAF=64;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02436e-07;OID=.;OPOS=134850469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:46:64:0:0:46:64:0:0 chr7 134871775 . C T 1543.9 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.494;QD=58.8151;RBI=0.0232071;REFB=-0.0806875;REVB=0.0196148;RO=1;SAF=49;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855017;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28247e-05;OID=.;OPOS=134871775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:105:105:1:0:104:105:1:55:49:0:1:56:49:0:0 chr7 134878008 . C A 180.77 PASS AF=0.260417;AO=25;DP=95;FAO=25;FDP=96;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=0.0175502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7848;QD=7.53206;RBI=0.0385309;REFB=-0.0184857;REVB=0.0343019;RO=69;SAF=14;SAR=11;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646538;STB=0.513136;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.048278;OID=.;OPOS=134878008;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:69:71:25:25:0.260417:11:14:39:30:11:14:41:30 chr7 134879830 . G A 1772.2 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00566884;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1817;QD=61.1103;RBI=0.00971306;REFB=0;REVB=-0.00788719;RO=0;SAF=53;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482872;OID=.;OPOS=134879830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:63:53:0:0:63:53:0:0 chr7 134889141 . G A 1525.06 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7264;QD=59.8061;RBI=0.0354714;REFB=0;REVB=0.00220993;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231939;OID=.;OPOS=134889141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:50:51:0:0:50:52:0:0 chr7 134925411 . G A 344.8 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0052957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4782;QD=21.8919;RBI=0.0438217;REFB=-0.00532182;REVB=-0.0435005;RO=28;SAF=13;SAR=22;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043672;STB=0.524077;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00295183;OID=.;OPOS=134925411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:22:13:9:19:22:13:9:19 chr7 134943159 . G A 670.97 PASS AF=0.528;AO=65;DP=125;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0419124;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4947;QD=21.471;RBI=0.0507222;REFB=-0.0284324;REVB=0.0285673;RO=58;SAF=36;SAR=29;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167825;STB=0.501466;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0249676;OID=.;OPOS=134943159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:58:59:65:66:0.528:29:36:31:27:30:36:32:27 chr7 135047703 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.104;QD=50.4131;RBI=0.0578624;REFB=0;REVB=0.00634382;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035777;OID=.;OPOS=135047703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr7 135078784 . G A 122.55 PASS AF=0.169118;AO=23;DP=136;FAO=23;FDP=136;FR=.;FRO=113;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=65;FSRR=48;FWDB=0.0306319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6069;QD=3.60447;RBI=0.031594;REFB=-0.00227956;REVB=-0.00773741;RO=112;SAF=10;SAR=13;SRF=65;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183963;STB=0.615044;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0115398;OID=.;OPOS=135078784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:112:113:23:23:0.169118:13:10:65:47:13:10:65:48 chr7 135095270 . A G 3255.42 PASS AF=1;AO=210;DP=210;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.766;QD=62.0079;RBI=0.0505949;REFB=0;REVB=0.0302529;RO=0;SAF=104;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68791e-05;OID=.;OPOS=135095270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:210:0:0:210:210:1:106:104:0:0:106:104:0:0 chr7 135279315 . A C 1342.81 PASS AF=0.988636;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0361823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.166;QD=61.0366;RBI=0.0373643;REFB=-0.0259686;REVB=0.0093239;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=9.62571e-05;OID=.;OPOS=135279315;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:88:0:1:85:87:0.988636:36:49:0:0:38:49:0:1 chr7 135304273 . G C 2764.39 PASS AF=0.994382;AO=177;DP=181;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127434;FXX=0.0165737;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.77;QD=62.1211;RBI=0.0152072;REFB=0.0170885;REVB=0.00829835;RO=1;SAF=84;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563354;STB=0.502958;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-3.50598e-05;OID=.;OPOS=135304273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:181:178:1:1:177:177:0.994382:93:84:1:0:93:84:1:0 chr7 135312770 . C T 822.07 PASS AF=0.467033;AO=84;DP=182;FAO=85;FDP=182;FR=.;FRO=97;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=0.0315029;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.52;QD=18.0674;RBI=0.0337462;REFB=-0.0177164;REVB=-0.0120984;RO=98;SAF=41;SAR=43;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611016;STB=0.527839;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0228493;OID=.;OPOS=135312770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:98:97:84:85:0.467033:43:41:54:44:43:42:53:44 chr7 135387656 . G A 924.5 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0063784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2404;QD=56.8922;RBI=0.035155;REFB=-0.176241;REVB=-0.0345715;RO=1;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145314;STB=0.50769;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00455299;OID=.;OPOS=135387656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:32:32:0:1:32:32:0:1 chr7 135392876 . T C 3346.01 PASS AF=1;AO=212;DP=212;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.074;QD=62.2514;RBI=0.0121087;REFB=0;REVB=0.0052544;RO=0;SAF=102;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79643e-06;OID=.;OPOS=135392876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:215:0:0:212:215:1:110:102:0:0:113:102:0:0 chr7 135406176 . A G 1514.83 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00823798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.77;QD=62.4672;RBI=0.0182983;REFB=-0.0580665;REVB=0.016339;RO=1;SAF=61;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133556;STB=0.507041;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000407455;OID=.;OPOS=135406176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:35:61:0:1:35:61:0:1 chr7 135413626 . C T 252.64 PASS AF=0.262774;AO=36;DP=137;FAO=36;FDP=137;FR=.;FRO=101;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=68;FSRR=33;FWDB=0.0023504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.081;QD=7.37634;RBI=0.0242998;REFB=-0.00409804;REVB=-0.0241859;RO=100;SAF=30;SAR=6;SRF=67;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274602;STB=0.665424;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0121155;OID=.;OPOS=135413626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:100:101:36:36:0.262774:6:30:67:33:6:30:68:33 chr7 135613262 . G A 1139.01 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0036616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.271;QD=59.1694;RBI=0.00479639;REFB=0.0141647;REVB=-0.00309808;RO=1;SAF=3;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00643999;STB=0.503401;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00020008;OID=.;OPOS=135613262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:73:3:0:1:73:3:0:1 chr7 136701563 . G C 637.52 PASS AF=0.710526;AO=54;DP=76;FAO=54;FDP=76;FR=.;FRO=22;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00461221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.933;QD=33.5537;RBI=0.0105203;REFB=-0.0202415;REVB=0.00945532;RO=22;SAF=26;SAR=28;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389681;STB=0.521009;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00821183;OID=.;OPOS=136701563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:22:22:54:54:0.710526:28:26:9:13:28:26:9:13 chr7 136703707 . C T 1641.93 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0026136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.766;QD=60.2543;RBI=0.00814055;REFB=0;REVB=-0.00770958;RO=0;SAF=44;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04108e-05;OID=.;OPOS=136703707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:65:44:0:0:65:44:0:0 chr7 137074760 . AT GC 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173245;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=321.018;QD=61.0492;RBI=0.0332207;REFB=0;REVB=0.0283457;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.6676e-05;OID=.;OPOS=137074760;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr7 137128830 . T C 2112.26 PASS AF=0.564103;AO=195;DP=349;FAO=198;FDP=351;FR=.;FRO=153;FSAF=92;FSAR=106;FSRF=88;FSRR=65;FWDB=0.00574448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5599;QD=24.0713;RBI=0.0409596;REFB=-0.0181855;REVB=0.0405547;RO=153;SAF=91;SAR=104;SRF=88;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087752;STB=0.548082;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0139142;OID=.;OPOS=137128830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:351:153:153:195:198:0.564103:104:91:88:65:106:92:88:65 chr7 137561008 . TCA T,TGT 808.22 PASS AF=0.948276,0.0517241;AO=51,3;DP=57;FAO=55,3;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34,3;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472965,0.0598434;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=198.353,62.1519;QD=55.7393;RBI=0.0516632,0.0687218;REFB=0,0;REVB=0.0207876,0.0337853;RO=0;SAF=32,3;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.2152e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000403301,0.0878634;OID=.,.;OPOS=137561009,137561009;OREF=CA,CA;OALT=-,GT;OMAPALT=T,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.948276,0.0517241:51,3:57:55,3:58:0:34,3:21,0:0:0:10:0:32,3:19,0:0:0 chr7 137563923 . A C 61.85 PASS AF=0.103896;AO=16;DP=153;FAO=16;FDP=154;FR=.;FRO=138;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=64;FSRR=74;FWDB=0.00322995;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=209.375;QD=1.60656;RBI=0.00713091;REFB=0.00115918;REVB=-0.00635746;RO=127;SAF=6;SAR=10;SRF=60;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120584;STB=0.581292;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00465292;OID=.;OPOS=137563923;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:153:154:127:138:16:16:0.103896:10:6:60:67:10:6:64:74 chr7 137563924 . AC AA,ACA,CA 669.83 PASS AF=0.00806452,0.435484,0.41129;AO=9,35,26;DP=138;FAO=1,54,51;FDP=124;FR=.;FRO=18;FSAF=0,15,20;FSAR=1,39,31;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00659078,-0.000726297,0.0363982;FXX=0.107906;HRUN=1,7,10;LEN=1,1,2;MLLD=194.327,6.44957,46.1629;QD=21.6073;RBI=0.00946718,0.15861,0.0414345;REFB=-0.00844239,-0.218992,-0.0361316;REVB=0.00679625,0.158608,0.0197987;RO=21;SAF=2,9,11;SAR=7,26,15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.269229,-0.141297,-0.00451556;STB=0.988646,0.549613,0.514212;STBP=0.471,0.172,0.722;TYPE=snp,ins,mnp;VARB=0.000710251,0.0792834,-0.008181;OID=.,.,.;OPOS=137563925,137563926,137563924;OREF=C,-,AC;OALT=A,A,CA;OMAPALT=AA,ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:138:124:21:18:9,35,26:1,54,51:0.00806452,0.435484,0.41129:7,26,15:2,9,11:9:12:1,39,31:0,15,20:8:10 chr7 137564501 . C G 2118.48 PASS AF=0.992701;AO=135;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0158474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7564;QD=61.8533;RBI=0.0239947;REFB=0.0618695;REVB=0.0180168;RO=1;SAF=58;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812536;STB=0.504273;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000169343;OID=.;OPOS=137564501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:135:136:0.992701:77:58:1:0:78:58:1:0 chr7 137600690 . C T 4184.2 PASS AF=1;AO=265;DP=266;FAO=268;FDP=268;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211027;FXX=0.00371733;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4375;QD=62.4507;RBI=0.0212254;REFB=0;REVB=-0.00227895;RO=0;SAF=132;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08129e-05;OID=.;OPOS=137600690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:266:268:0:0:265:268:1:133:132:0:0:133:135:0:0 chr7 137612913 . CTGG C 1385.31 PASS AF=0.933962;AO=99;DP=103;FAO=99;FDP=106;FR=.;FRO=7;FSAF=64;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00367017;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=299.581;QD=52.2759;RBI=0.0216486;REFB=-0.0477444;REVB=0.0213353;RO=0;SAF=64;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515352;STBP=0.259;TYPE=del;VARB=0.00191682;OID=.;OPOS=137612914;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933962:99:103:99:106:7:64:35:6:1:21:0:64:35:0:0 chr7 137773451 . G T 659.39 PASS AF=0.5;AO=66;DP=132;FAO=66;FDP=132;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.00685111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.039;QD=19.9815;RBI=0.0103983;REFB=-0.00784034;REVB=0.00782214;RO=66;SAF=28;SAR=38;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00777731;OID=.;OPOS=137773451;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:66:66:66:66:0.5:38:28:28:38:38:28:28:38 chr7 137801413 . A C 480.52 PASS AF=0.402985;AO=53;DP=133;FAO=54;FDP=134;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.0229009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.772;QD=14.344;RBI=0.02617;REFB=-0.0148511;REVB=0.0126656;RO=76;SAF=31;SAR=22;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144093;STB=0.588575;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0240029;OID=.;OPOS=137801413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:76:80:53:54:0.402985:22:31:34:42:23:31:34:46 chr7 138305806 . T C 645.58 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00253054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.497;QD=61.4839;RBI=0.0230113;REFB=0;REVB=0.0228718;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47716e-05;OID=.;OPOS=138305806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:20:21:0:0:21:21:0:0 chr7 138312122 . A C 720.82 PASS AF=0.526316;AO=70;DP=133;FAO=70;FDP=133;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0225746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.248;QD=21.6788;RBI=0.0236004;REFB=-0.012099;REVB=0.00688242;RO=61;SAF=34;SAR=36;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00517395;STB=0.504515;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0114489;OID=.;OPOS=138312122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:61:63:70:70:0.526316:36:34:30:31:36:34:30:33 chr7 138347869 . C T 352.16 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00466385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.337;QD=28.7479;RBI=0.0151802;REFB=-0.00109413;REVB=-0.014446;RO=19;SAF=17;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102842;STB=0.556579;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000668794;OID=.;OPOS=138347869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:13:17:8:11:13:17:8:11 chr7 138363767 . A G 1947.99 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00151418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.392;QD=61.8411;RBI=0.0334557;REFB=0;REVB=0.0334214;RO=0;SAF=60;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63436e-05;OID=.;OPOS=138363767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:126:0:0:123:126:1:63:60:0:0:65:61:0:0 chr7 138400572 . G T 1058.58 PASS AF=0.526042;AO=100;DP=192;FAO=101;FDP=192;FR=.;FRO=91;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=-0.00515127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.687;QD=22.0537;RBI=0.0108882;REFB=-0.0112901;REVB=-0.00959261;RO=91;SAF=48;SAR=52;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449304;STB=0.526876;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00869294;OID=.;OPOS=138400572;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:91:91:100:101:0.526042:52:48:39:52:52:49:39:52 chr7 138417718 . A G 454.76 PASS AF=0.347561;AO=56;DP=163;FAO=57;FDP=164;FR=.;FRO=107;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=73;FWDB=0.0594615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4588;QD=11.0916;RBI=0.0594868;REFB=-0.00830063;REVB=-0.00173398;RO=104;SAF=21;SAR=35;SRF=34;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593976;STB=0.547954;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0169927;OID=.;OPOS=138417718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:104:107:56:57:0.347561:35:21:34:70:35:22:34:73 chr7 138418910 . G A 249.75 PASS AF=0.509434;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00946466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.815;QD=18.8488;RBI=0.0165958;REFB=-0.00845146;REVB=0.0136323;RO=22;SAF=8;SAR=18;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17124;STB=0.652054;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0183023;OID=.;OPOS=138418910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:22:26:26:27:0.509434:18:8:11:11:20:7:14:12 chr7 138433937 . G A 669.95 PASS AF=0.528;AO=66;DP=125;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.011295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.437;QD=21.4385;RBI=0.0125918;REFB=-0.00902282;REVB=-0.00556568;RO=59;SAF=34;SAR=32;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020309;STB=0.511151;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0086478;OID=.;OPOS=138433937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:59:59:66:66:0.528:32:34:29:30:32:34:29:30 chr7 138486096 . G C 730.29 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.576;QD=56.1761;RBI=0.0337006;REFB=0;REVB=0.00512796;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556518;OID=.;OPOS=138486096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:34:16:0:0:34:18:0:0 chr7 138561175 . C G 785.33 PASS AF=0.897059;AO=57;DP=67;FAO=61;FDP=68;FR=.;FRO=7;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0110469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9355;QD=46.1956;RBI=0.0252888;REFB=-0.0132068;REVB=0.0227484;RO=7;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145783;STB=0.574443;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00380379;OID=.;OPOS=138561175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:68:7:7:57:61:0.897059:19:38:0:7:20:41:0:7 chr7 138583840 . C A 777.4 PASS AF=0.503356;AO=75;DP=149;FAO=75;FDP=149;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.0069189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.073;QD=20.8698;RBI=0.0122139;REFB=-0.00211542;REVB=0.0100652;RO=73;SAF=37;SAR=38;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370334;STB=0.523547;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00188964;OID=.;OPOS=138583840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:73:74:75:75:0.503356:38:37:33:40:38:37:33:41 chr7 138596064 . G A 184.39 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=6.90997e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.97;QD=10.1036;RBI=0.00661836;REFB=-0.00833316;REVB=-0.006618;RO=49;SAF=15;SAR=9;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224377;STB=0.63129;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0122614;OID=.;OPOS=138596064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:49:24:24:0.328767:9:15:21:28:9:15:21:28 chr7 138601826 . G A 493.15 PASS AF=0.380645;AO=59;DP=155;FAO=59;FDP=155;FR=.;FRO=96;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=0.00279614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.603;QD=12.7265;RBI=0.0065415;REFB=-0.00338556;REVB=0.00591378;RO=96;SAF=33;SAR=26;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132726;STB=0.575138;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.008089;OID=.;OPOS=138601826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:96:96:59:59:0.380645:26:33:42:54:26:33:42:54 chr7 138602417 . G A 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0198182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.124;QD=10.17;RBI=0.0327533;REFB=-0.0072123;REVB=-0.0260772;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349224;STB=0.705559;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0157242;OID=.;OPOS=138602417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:5:6:5:17:5:6:5:17 chr7 138602523 . T C 78.04 PASS AF=0.175;AO=14;DP=79;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.00254896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.418;QD=3.90175;RBI=0.0192244;REFB=-0.000823527;REVB=-0.0190546;RO=62;SAF=9;SAR=5;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254051;STB=0.519203;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00410859;OID=.;OPOS=138602523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:79:80:62:66:14:14:0.175:5:9:41:21:5:9:41:25 chr7 138602916 . G C 102.68 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00310178;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.378;QD=7.08116;RBI=0.00439784;REFB=-0.00519832;REVB=-0.00311768;RO=43;SAF=12;SAR=3;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447484;STB=0.776595;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0105344;OID=.;OPOS=138602916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:43:43:15:15:0.258621:3:12:19:24:3:12:19:24 chr7 138731687 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.644;QD=52.6123;RBI=0.0673053;REFB=0;REVB=0.0620973;RO=0;SAF=18;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020468;OID=.;OPOS=138731687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:4:18:0:0:4:18:0:0 chr7 138732457 . G A 1796.04 PASS AF=0.991667;AO=116;DP=117;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0128962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.76;QD=59.868;RBI=0.0641452;REFB=-0.0728325;REVB=0.0628354;RO=0;SAF=60;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000166177;OID=.;OPOS=138732457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:120:0:1:116:119:0.991667:56:60:0:0:59:60:0:1 chr7 138732497 . G A 1525.69 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.701;QD=59.8311;RBI=0.0347628;REFB=0;REVB=-0.032448;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103564;OID=.;OPOS=138732497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:50:52:0:0:50:52:0:0 chr7 138740037 . G C 2352.58 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166764;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2748;QD=61.106;RBI=0.0168377;REFB=0;REVB=0.00232534;RO=0;SAF=73;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.3138e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57051e-05;OID=.;OPOS=138740037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:152:154:1:79:73:0:0:80:74:0:0 chr7 138761034 . G C 454.11 PASS AF=0.355705;AO=53;DP=149;FAO=53;FDP=149;FR=.;FRO=96;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=0.00236024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.518;QD=12.1908;RBI=0.00947592;REFB=0.00554561;REVB=-0.00917727;RO=96;SAF=23;SAR=30;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396497;STB=0.522666;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.0109372;OID=.;OPOS=138761034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:96:96:53:53:0.355705:30:23:45:51:30:23:45:51 chr7 138764060 . G A 400.04 PASS AF=0.311765;AO=53;DP=170;FAO=53;FDP=170;FR=.;FRO=117;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=63;FSRR=54;FWDB=-0.0215232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.173;QD=9.41273;RBI=0.0215384;REFB=0.000600713;REVB=0.000809292;RO=116;SAF=26;SAR=27;SRF=62;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519333;STB=0.532922;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.0012628;OID=.;OPOS=138764060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:116:117:53:53:0.311765:27:26:62:54:27:26:63:54 chr7 138764145 . T C 266.86 PASS AF=0.340426;AO=32;DP=94;FAO=32;FDP=94;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.00394175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.928;QD=11.3559;RBI=0.012022;REFB=-0.000770201;REVB=0.0113574;RO=62;SAF=18;SAR=14;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143959;STB=0.583282;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00174274;OID=.;OPOS=138764145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:62:62:32:32:0.340426:14:18:27:35:14:18:27:35 chr7 138764233 . C T 211.29 PASS AF=0.371429;AO=25;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00341499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.142;QD=12.0737;RBI=0.00635553;REFB=-0.010576;REVB=0.00536009;RO=45;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122658;STB=0.553735;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0165917;OID=.;OPOS=138764233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:44:25:26:0.371429:14:11:15:30:15:11:15:29 chr7 138849887 . C T 844.35 PASS AF=0.442308;AO=92;DP=209;FAO=92;FDP=208;FR=.;FRO=116;FSAF=65;FSAR=27;FSRF=59;FSRR=57;FWDB=-0.020084;FXX=0.00478446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.68;QD=16.2374;RBI=0.0349497;REFB=-0.0133365;REVB=-0.0286027;RO=116;SAF=65;SAR=27;SRF=59;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2147;STB=0.619864;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0184463;OID=.;OPOS=138849887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:116:116:92:92:0.442308:27:65:59:57:27:65:59:57 chr7 138874416 . C G 1028.25 PASS AF=0.535519;AO=98;DP=186;FAO=98;FDP=183;FR=.;FRO=85;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=-0.000875147;FXX=0.0161282;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.215;QD=22.4754;RBI=0.00113191;REFB=-0.00319771;REVB=-0.00071787;RO=82;SAF=44;SAR=54;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732601;STB=0.542887;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00295917;OID=.;OPOS=138874416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:183:82:85:98:98:0.535519:54:44:44:38:54:44:46:39 chr7 138916599 . G A 882.94 PASS AF=0.583942;AO=79;DP=138;FAO=80;FDP=137;FR=.;FRO=57;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.00385346;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.636;QD=25.7793;RBI=0.0741309;REFB=-0.0267423;REVB=0.0740307;RO=56;SAF=35;SAR=44;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124849;STB=0.575145;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0187112;OID=.;OPOS=138916599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:56:57:79:80:0.583942:44:35:34:22:44:36:36:21 chr7 138960894 . G A 106.88 PASS AF=0.183673;AO=18;DP=98;FAO=18;FDP=98;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.013478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.797;QD=4.36249;RBI=0.0303297;REFB=0.000972404;REVB=-0.0271705;RO=80;SAF=8;SAR=10;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117174;STB=0.575537;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00542826;OID=.;OPOS=138960894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:80:80:18:18:0.183673:10:8:43:37:10:8:43:37 chr7 138988476 . T C 112.58 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0175767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.184;QD=9.18979;RBI=0.0228511;REFB=-0.00115681;REVB=0.0146026;RO=35;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15505;STB=0.594457;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0108178;OID=.;OPOS=138988476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:5:9:18:17:5:9:18:17 chr7 138992239 . A T 49.72 PASS AF=0.152542;AO=8;DP=59;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0305782;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=205.743;QD=3.37071;RBI=0.0310524;REFB=-0.00285803;REVB=0.00540619;RO=50;SAF=6;SAR=2;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408607;STB=0.716934;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0197696;OID=.;OPOS=138992239;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:59:59:50:50:8:9:0.152542:2:6:20:30:3:6:20:30 chr7 139246987 . C T 211.76 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.037699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.506;QD=10.0838;RBI=0.0419308;REFB=-0.0215728;REVB=-0.0183568;RO=57;SAF=15;SAR=12;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483893;STB=0.528281;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0514031;OID=.;OPOS=139246987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:57:57:27:27:0.321429:12:15:34:23:12:15:34:23 chr7 139252780 . T C 162.18 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0268388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.77;QD=9.01005;RBI=0.0269369;REFB=-0.0240886;REVB=0.00229724;RO=48;SAF=12;SAR=10;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287261;STB=0.51775;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0694332;OID=.;OPOS=139252780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:50:22:22:0.305556:10:12:25:23:10:12:26:24 chr7 139257273 . G A 554.36 PASS AF=0.406897;AO=34;DP=137;FAO=59;FDP=145;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=86;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=0.000241937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.202;QD=15.2926;RBI=0.00346531;REFB=-0.0131685;REVB=-0.00345685;RO=40;SAF=1;SAR=33;SRF=1;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389027;STB=0.51779;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0195323;OID=.;OPOS=139257273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:145:40:86:34:59:0.406897:33:1:1:39:36:23:36:50 chr7 139268736 . C CG 104.46 PASS AF=0.172662;AO=24;DP=148;FAO=24;FDP=139;FR=.;FRO=115;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=80;FWDB=0.0088639;FXX=0.0141834;HRUN=0;LEN=1;MLLD=98.2185;QD=3.00603;RBI=0.0267638;REFB=-0.00277063;REVB=-0.0252533;RO=118;SAF=19;SAR=5;SRF=43;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.517555;STB=0.940254;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0783006;OID=.;OPOS=139268737;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.172662:24:148:24:139:115:22:2:35:80:99:118:19:5:43:75 chr7 139281565 . C T 423.34 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0164878;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.5;QD=20.6508;RBI=0.0168133;REFB=-0.0273119;REVB=0.00329234;RO=40;SAF=20;SAR=22;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067539;STB=0.537366;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0325293;OID=.;OPOS=139281565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:40:40:42:42:0.512195:22:20:16:24:22:20:16:24 chr7 139415775 . G C 3059.2 PASS AF=0.994845;AO=193;DP=195;FAO=193;FDP=194;FR=.;FRO=1;FSAF=117;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0293304;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6524;QD=63.0763;RBI=0.0395568;REFB=-0.0954938;REVB=0.0265418;RO=1;SAF=117;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00622472;STB=0.503268;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00332645;OID=.;OPOS=139415775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:195:194:1:1:193:193:0.994845:76:117:0:1:76:117:0:1 chr7 139415943 . G A 1089.38 PASS AF=0.622642;AO=99;DP=159;FAO=99;FDP=159;FR=.;FRO=60;FSAF=59;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.00118994;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.29;QD=27.4058;RBI=0.00679504;REFB=-0.0157019;REVB=-0.00669004;RO=58;SAF=59;SAR=40;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137486;STB=0.574562;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00846228;OID=.;OPOS=139415943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:58:60:99:99:0.622642:40:59:23:35:40:59:24:36 chr7 139653196 . A C 1127.05 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00383966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8549;QD=57.7976;RBI=0.00743995;REFB=-0.15397;REVB=-0.00637258;RO=1;SAF=39;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119796;STB=0.512497;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00309942;OID=.;OPOS=139653196;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:1:2:76:76:0.974359:37:39:1:0:37:39:2:0 chr7 139724358 . G A 649.33 PASS AF=0.446541;AO=71;DP=159;FAO=71;FDP=159;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=0.00349108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.233;QD=16.3354;RBI=0.00477112;REFB=-0.0214634;REVB=0.00325207;RO=88;SAF=31;SAR=40;SRF=51;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141613;STB=0.578767;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0275694;OID=.;OPOS=139724358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:88:88:71:71:0.446541:40:31:51:37:40:31:51:37 chr7 139724530 . C T 169.32 PASS AF=0.183432;AO=31;DP=169;FAO=31;FDP=169;FR=.;FRO=138;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=56;FSRR=82;FWDB=-0.0362224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.618;QD=4.00755;RBI=0.0371151;REFB=-0.00272489;REVB=0.00809101;RO=137;SAF=15;SAR=16;SRF=55;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106694;STB=0.564042;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0108123;OID=.;OPOS=139724530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:137:138:31:31:0.183432:16:15:55:82:16:15:56:82 chr7 139724555 . C T 372.44 PASS AF=0.335766;AO=46;DP=137;FAO=46;FDP=137;FR=.;FRO=91;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=0.00131226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.218;QD=10.8741;RBI=0.0195885;REFB=-0.00789001;REVB=-0.0195445;RO=88;SAF=22;SAR=24;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507526;STB=0.52537;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0127396;OID=.;OPOS=139724555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:88:91:46:46:0.335766:24:22:46:42:24:22:47:44 chr7 139727135 . G A 312.56 PASS AF=0.336134;AO=39;DP=119;FAO=40;FDP=119;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.00727239;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.084;QD=10.5063;RBI=0.0195434;REFB=0.00168114;REVB=0.0181399;RO=78;SAF=22;SAR=17;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742273;STB=0.529099;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.00316829;OID=.;OPOS=139727135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:78:79:39:40:0.336134:17:22:39:39:18:22:40:39 chr7 139784641 . A G 1905.23 PASS AF=0.969466;AO=127;DP=131;FAO=127;FDP=131;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0146767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.624;QD=58.1748;RBI=0.0297366;REFB=-0.120672;REVB=0.0258623;RO=3;SAF=57;SAR=70;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00511866;STB=0.506142;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00107829;OID=.;OPOS=139784641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:131:131:3:4:127:127:0.969466:70:57:1:2:70:57:1:3 chr7 139797431 . G T 143.31 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0314389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.409;QD=9.88364;RBI=0.0380993;REFB=-0.00947253;REVB=-0.0215209;RO=37;SAF=7;SAR=12;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106;STB=0.547478;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0165954;OID=.;OPOS=139797431;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:39:19:19:0.327586:12:7:17:20:12:7:17:22 chr7 139801777 . T G 610.76 PASS AF=0.364532;AO=74;DP=202;FAO=74;FDP=203;FR=.;FRO=129;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=71;FSRR=58;FWDB=0.0114645;FXX=0.00490172;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.102;QD=12.0347;RBI=0.0120806;REFB=0.00567215;REVB=0.00380876;RO=128;SAF=36;SAR=38;SRF=70;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673606;STB=0.540537;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.0079172;OID=.;OPOS=139801777;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:203:128:129:74:74:0.364532:38:36:70:58:38:36:71:58 chr7 140051091 . G A 1589.75 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0817;QD=59.9907;RBI=0.030653;REFB=0;REVB=0.0245764;RO=0;SAF=60;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42221e-05;OID=.;OPOS=140051091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:46:60:0:0:46:60:0:0 chr7 140080087 . C G 1606.93 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3909;QD=60.0722;RBI=0.0549598;REFB=0;REVB=0.0549335;RO=0;SAF=51;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263409;OID=.;OPOS=140080087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:55:51:0:0:56:51:0:0 chr7 140258000 . T C 1377.48 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00653597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.001;QD=62.6127;RBI=0.00851884;REFB=0;REVB=0.00546366;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45404e-05;OID=.;OPOS=140258000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:86:88:1:49:37:0:0:50:38:0:0 chr7 140301427 . G A 351.16 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.00671459;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=275.89;QD=13.0058;RBI=0.0196889;REFB=-0.00985958;REVB=-0.0185085;RO=64;SAF=24;SAR=18;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00728856;STB=0.512189;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0148531;OID=.;OPOS=140301427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:66:42:42:0.388889:18:24:37:27:18:24:39:27 chr7 140301731 . G T 638.84 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.767;QD=59.4267;RBI=0.0143734;REFB=-0.0674643;REVB=0.0100226;RO=1;SAF=34;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136105;STB=0.507243;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.000344546;OID=.;OPOS=140301731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:8:34:1:0:8:34:1:0 chr7 140774467 . C G 255.85 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218939;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.5056;QD=51.1694;RBI=0.039352;REFB=0;REVB=0.0326993;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355582;OID=.;OPOS=140774467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr7 141176928 . G A 347.86 PASS AF=0.255102;AO=50;DP=196;FAO=50;FDP=196;FR=.;FRO=146;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=73;FSRR=73;FWDB=0.00693241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.931;QD=7.09911;RBI=0.0165801;REFB=-0.00761632;REVB=-0.0150612;RO=146;SAF=24;SAR=26;SRF=73;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024952;STB=0.514898;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0200893;OID=.;OPOS=141176928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:146:146:50:50:0.255102:26:24:73:73:26:24:73:73 chr7 141364712 . G A 695.53 PASS AF=0.393204;AO=81;DP=206;FAO=81;FDP=206;FR=.;FRO=125;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=60;FSRR=65;FWDB=0.00164729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3108;QD=13.5054;RBI=0.0280386;REFB=-0.0142061;REVB=0.0279902;RO=122;SAF=45;SAR=36;SRF=59;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771309;STB=0.545935;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0206302;OID=.;OPOS=141364712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:122:125:81:81:0.393204:36:45:59:63:36:45:60:65 chr7 141450139 . G A 247.13 PASS AF=0.37037;AO=28;DP=79;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0146979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.818;QD=12.204;RBI=0.0330636;REFB=-0.0140477;REVB=-0.0296171;RO=48;SAF=17;SAR=11;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229496;STB=0.640685;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0218077;OID=.;OPOS=141450139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:48:51:28:30:0.37037:11:17:19:29:12:18:19:32 chr7 141464765 . C T 1495.01 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358676;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.285;QD=63.6172;RBI=0.0379031;REFB=0;REVB=0.012254;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.19625e-05;OID=.;OPOS=141464765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:49:45:0:0:49:45:0:0 chr7 141478308 . T C 1269.27 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0528152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.003;QD=60.4416;RBI=0.0581187;REFB=-0.161445;REVB=0.0242557;RO=1;SAF=55;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00853463;STB=0.504503;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00322471;OID=.;OPOS=141478308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:84:1:1:83:83:0.988095:28:55:1:0:28:55:1:0 chr7 141478574 . G C 1785.18 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3817;QD=61.0319;RBI=0.0172093;REFB=0;REVB=0.00607838;RO=0;SAF=65;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115935;OID=.;OPOS=141478574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:51:65:0:0:51:66:0:0 chr7 141478800 . G A 1492.48 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00668044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.585;QD=58.5286;RBI=0.0181833;REFB=-0.0283174;REVB=-0.0169116;RO=0;SAF=61;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=7.63997e-05;OID=.;OPOS=141478800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:102:0:1:101:101:0.990196:40:61:0:0:40:61:1:0 chr7 141490238 . G T 1952.18 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.68;QD=61.9738;RBI=0.0668272;REFB=0;REVB=0.0645213;RO=0;SAF=73;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.426e-05;OID=.;OPOS=141490238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:53:73:0:0:53:73:0:0 chr7 141501943 . G C 1073.44 PASS AF=0.987013;AO=65;DP=69;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.116418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.7335;QD=55.7631;RBI=0.120536;REFB=-0.194821;REVB=0.0312353;RO=3;SAF=25;SAR=40;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533728;STB=0.507244;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0115042;OID=.;OPOS=141501943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:77:3:1:65:76:0.987013:40:25:3:0:42:34:1:0 chr7 141537735 . T G 3246.28 PASS AF=1;AO=200;DP=203;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000179702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.281;QD=61.5409;RBI=0.0103702;REFB=0;REVB=0.0103687;RO=0;SAF=73;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77062e-06;OID=.;OPOS=141537735;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:203:211:0:0:200:211:1:127:73:0:0:135:76:0:0 chr7 141537942 . T TCAA 589.19 PASS AF=0.589474;AO=53;DP=131;FAO=56;FDP=95;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0251313;FXX=0.095229;HRUN=1;LEN=3;MLLD=301.902;QD=24.808;RBI=0.0256204;REFB=-0.0340111;REVB=0.00498223;RO=77;SAF=14;SAR=39;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154615;STB=0.569674;STBP=0.143;TYPE=ins;VARB=0.0214767;OID=.;OPOS=141537943;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=TCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.589474:53:131:56:95:39:15:41:16:23:99:77:14:39:30:47 chr7 141537945 . T A 134.66 PASS AF=0.186047;AO=24;DP=129;FAO=24;FDP=129;FR=.;FRO=105;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=69;FWDB=-0.00982837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.778;QD=4.17546;RBI=0.0160124;REFB=-0.00684124;REVB=-0.0126411;RO=105;SAF=8;SAR=16;SRF=36;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135498;STB=0.508663;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0284887;OID=.;OPOS=141537945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:105:105:24:24:0.186047:16:8:36:69:16:8:36:69 chr7 141538741 . T C 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00547192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.696;QD=12.4026;RBI=0.00550836;REFB=0.00220432;REVB=-0.000632512;RO=29;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196835;STB=0.616368;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00322244;OID=.;OPOS=141538741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:5:11:15:14:5:11:15:14 chr7 141672604 . T C 389.0 PASS AF=0.677966;AO=19;DP=60;FAO=40;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.159234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.562;QD=26.3731;RBI=0.159328;REFB=-0.198034;REVB=0.00548148;RO=20;SAF=2;SAR=17;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420882;STB=0.566662;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0619155;OID=.;OPOS=141672604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:20:19:19:40:0.677966:17:2:8:12:17:23:7:12 chr7 141672705 . G A 118.5 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0213015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.216;QD=7.77046;RBI=0.023995;REFB=-0.0133205;REVB=-0.0110457;RO=44;SAF=8;SAR=9;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16993;STB=0.602178;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0187887;OID=.;OPOS=141672705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:9:8:27:17:9:8:27:17 chr7 141673345 . C G 349.26 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0675717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4723;QD=25.4008;RBI=0.0727507;REFB=-0.0117927;REVB=0.0269581;RO=21;SAF=13;SAR=21;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337382;STB=0.518508;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00896383;OID=.;OPOS=141673345;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:21:13:9:12:21:13:9:12 chr7 141747658 . A G 1552.85 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3377;QD=59.7252;RBI=0.0148229;REFB=0;REVB=0.00203942;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74865e-05;OID=.;OPOS=141747658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:46:57:0:0:47:57:0:0 chr7 141755358 . T C 528.72 PASS AF=0.394904;AO=61;DP=157;FAO=62;FDP=157;FR=.;FRO=95;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=0.0179762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0662;QD=13.4706;RBI=0.0199461;REFB=0.000231202;REVB=0.0086432;RO=95;SAF=34;SAR=27;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678137;STB=0.542454;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.000203157;OID=.;OPOS=141755358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:95:95:61:62:0.394904:27:34:47:48:27:35:47:48 chr7 141759676 . T C 544.89 PASS AF=0.367232;AO=64;DP=176;FAO=65;FDP=177;FR=.;FRO=112;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=54;FSRR=58;FWDB=-0.00221057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.2;QD=12.314;RBI=0.0147496;REFB=0.00156056;REVB=0.014583;RO=111;SAF=43;SAR=21;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223703;STB=0.617114;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00301199;OID=.;OPOS=141759676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:111:112:64:65:0.367232:21:43:53:58:22:43:54:58 chr7 141767153 . C T 303.28 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=98;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.000178723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.07;QD=12.3789;RBI=0.0303125;REFB=-0.012991;REVB=-0.030312;RO=63;SAF=24;SAR=11;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174306;STB=0.600691;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.020213;OID=.;OPOS=141767153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:63:63:35:35:0.357143:11:24:34:29:11:24:34:29 chr7 141780686 . C G 392.54 PASS AF=0.367188;AO=47;DP=128;FAO=47;FDP=128;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.011376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.808;QD=12.2669;RBI=0.0166877;REFB=-0.00780411;REVB=0.0122092;RO=81;SAF=30;SAR=17;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164141;STB=0.593816;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0137945;OID=.;OPOS=141780686;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:81:81:47:47:0.367188:17:30:40:41:17:30:40:41 chr7 141784326 . G C 1729.59 PASS AF=0.515244;AO=169;DP=330;FAO=169;FDP=328;FR=.;FRO=159;FSAF=91;FSAR=78;FSRF=86;FSRR=73;FWDB=0.000115308;FXX=0.00606042;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8602;QD=21.0925;RBI=0.0400962;REFB=-0.00346017;REVB=0.040096;RO=157;SAF=91;SAR=78;SRF=83;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00868353;STB=0.50118;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00368488;OID=.;OPOS=141784326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:328:157:159:169:169:0.515244:78:91:83:74:78:91:86:73 chr7 141794168 . G A 133.13 PASS AF=0.1625;AO=26;DP=160;FAO=26;FDP=160;FR=.;FRO=134;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=63;FSRR=71;FWDB=-0.0342123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8107;QD=3.32826;RBI=0.0347142;REFB=-0.00575163;REVB=-0.00588174;RO=134;SAF=17;SAR=9;SRF=63;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234674;STB=0.653728;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0138188;OID=.;OPOS=141794168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:134:134:26:26:0.1625:9:17:63:71:9:17:63:71 chr7 141796131 . G A 1085.94 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=79;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0198914;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.461;QD=56.4126;RBI=0.0203738;REFB=0.0611064;REVB=-0.00440713;RO=2;SAF=23;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181911;STB=0.514282;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00483922;OID=.;OPOS=141796131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:77:2:3:74:74:0.961039:51:23:0:2:51:23:0:3 chr7 141838362 . C G 289.27 PASS AF=0.259036;AO=43;DP=167;FAO=43;FDP=166;FR=.;FRO=123;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=71;FSRR=52;FWDB=-0.00922563;FXX=0.0119041;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.391;QD=6.97024;RBI=0.0271058;REFB=-0.0108922;REVB=-0.0254875;RO=121;SAF=15;SAR=28;SRF=70;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281681;STB=0.667329;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0358571;OID=.;OPOS=141838362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:121:123:43:43:0.259036:28:15:70:51:28:15:71:52 chr7 141857846 . A G 3318.13 PASS AF=1;AO=214;DP=216;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349909;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.657;QD=61.4469;RBI=0.0350415;REFB=-0.0262242;REVB=-0.00188147;RO=2;SAF=105;SAR=109;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00898719;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437924;OID=.;OPOS=141857846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:216:216:2:0:214:216:1:109:105:2:0:110:106:0:0 chr7 141896059 . A G 664.43 PASS AF=0.403226;AO=72;DP=188;FAO=75;FDP=186;FR=.;FRO=111;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=72;FWDB=0.0127513;FXX=0.0158722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.378;QD=14.2887;RBI=0.0137549;REFB=-0.00369957;REVB=-0.00515768;RO=110;SAF=42;SAR=30;SRF=39;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241945;STB=0.630181;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00490477;OID=.;OPOS=141896059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:186:110:111:72:75:0.403226:30:42:39:71:32:43:39:72 chr7 141898522 . T A 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.066;QD=60.6084;RBI=0.00984082;REFB=0;REVB=0.00566278;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02788e-05;OID=.;OPOS=141898522;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr7 141908052 . A ACTACATGCTT 566.27 PASS AF=0.418301;AO=61;DP=156;FAO=64;FDP=153;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=60;FSRR=29;FWDB=-0.0108487;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=10;MLLD=288.997;QD=14.8045;RBI=0.0108797;REFB=-0.0287724;REVB=-0.000821293;RO=89;SAF=32;SAR=29;SRF=61;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172508;STB=0.592816;STBP=0.062;TYPE=ins;VARB=0.033237;OID=.;OPOS=141908053;OREF=-;OALT=CTACATGCTT;OMAPALT=ACTACATGCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418301:61:156:64:153:89:33:31:60:29:99:89:32:29:61:28 chr7 141920789 . A G 39.64 PASS AF=0.0756757;AO=14;DP=184;FAO=14;FDP=185;FR=.;FRO=171;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=100;FSRR=71;FWDB=0.00606857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.802;QD=0.857029;RBI=0.00942384;REFB=-0.000898273;REVB=0.00720981;RO=170;SAF=10;SAR=4;SRF=100;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150572;STB=0.630057;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0193763;OID=.;OPOS=141920789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:184:185:170:171:14:14:0.0756757:4:10:100:70:4:10:100:71 chr7 141957504 . A G 151.56 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.000228258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.674;QD=10.1038;RBI=0.001475;REFB=-0.0127401;REVB=-0.00145723;RO=40;SAF=9;SAR=11;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849999;STB=0.54995;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0296526;OID=.;OPOS=141957504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:11:9:21:19:11:9:21:19 chr7 142001030 . A G 1896.4 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.909;QD=61.6716;RBI=0.0331276;REFB=0;REVB=0.0183721;RO=0;SAF=74;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91599e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33139e-05;OID=.;OPOS=142001030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:122:123:1:48:74:0:0:48:75:0:0 chr7 142008403 . C G 49.48 PASS AF=0.106195;AO=13;DP=113;FAO=12;FDP=113;FR=.;FRO=101;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=-0.0308189;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6749;QD=1.7515;RBI=0.0318658;REFB=0.00426387;REVB=-0.0081009;RO=100;SAF=5;SAR=8;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164159;STB=0.670305;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.0201879;OID=.;OPOS=142008403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:113:113:100:101:13:12:0.106195:8:5:52:48:8:4:53:48 chr7 142008408 . T G 62.22 PASS AF=0.122807;AO=14;DP=114;FAO=14;FDP=114;FR=.;FRO=100;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=-0.0284974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.643;QD=2.18301;RBI=0.0332187;REFB=-0.00359083;REVB=-0.0170699;RO=100;SAF=6;SAR=8;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112121;STB=0.579886;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0373386;OID=.;OPOS=142008408;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:114:114:100:100:14:14:0.122807:8:6:52:48:8:6:52:48 chr7 142013384 . G C 1547.99 PASS AF=0.990654;AO=102;DP=104;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0405677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9024;QD=57.8688;RBI=0.0460128;REFB=-0.0612766;REVB=0.0217127;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00244693;OID=.;OPOS=142013384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:107:0:1:102:106:0.990654:46:56:0:0:47:59:0:1 chr7 142045613 . G T 213.3 PASS AF=0.283019;AO=30;DP=106;FAO=30;FDP=106;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.00865594;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.642;QD=8.04916;RBI=0.0364223;REFB=-0.00602594;REVB=-0.0353788;RO=76;SAF=21;SAR=9;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294901;STB=0.675556;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0110936;OID=.;OPOS=142045613;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:76:76:30:30:0.283019:9:21:35:41:9:21:35:41 chr7 142045678 . ACT GTC 224.41 PASS AF=0.255814;AO=33;DP=129;FAO=33;FDP=129;FR=.;FRO=96;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=-0.00727663;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=263.366;QD=6.95858;RBI=0.023276;REFB=-0.00179458;REVB=-0.0221093;RO=96;SAF=21;SAR=12;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220766;STB=0.632688;STBP=0.085;TYPE=mnp;VARB=0.00654934;OID=.;OPOS=142045678;OREF=ACT;OALT=GTC;OMAPALT=GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:96:96:33:33:0.255814:12:21:44:52:12:21:44:52 chr7 142045683 . A G 255.01 PASS AF=0.270677;AO=36;DP=132;FAO=36;FDP=133;FR=.;FRO=97;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=0.00072712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.699;QD=7.66946;RBI=0.0108919;REFB=0.00429482;REVB=-0.0108676;RO=96;SAF=24;SAR=12;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257015;STB=0.656478;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0107574;OID=.;OPOS=142045683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:96:97:36:36:0.270677:12:24:44:52:12:24:44:53 chr7 142045690 . A G 265.75 PASS AF=0.276119;AO=37;DP=134;FAO=37;FDP=134;FR=.;FRO=97;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=54;FWDB=0.00179155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.151;QD=7.93279;RBI=0.0191086;REFB=0.00395824;REVB=-0.0190245;RO=97;SAF=25;SAR=12;SRF=43;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284776;STB=0.669008;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00714514;OID=.;OPOS=142045690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:97:97:37:37:0.276119:12:25:43:54:12:25:43:54 chr7 142045692 . AC GT 255.67 PASS AF=0.272727;AO=36;DP=132;FAO=36;FDP=132;FR=.;FRO=96;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=0.00289277;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=288.678;QD=7.74763;RBI=0.0100553;REFB=-0.00399971;REVB=-0.00963019;RO=96;SAF=25;SAR=11;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315823;STB=0.687871;STBP=0.014;TYPE=mnp;VARB=0.00632075;OID=.;OPOS=142045692;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:96:96:36:36:0.272727:11:25:42:54:11:25:42:54 chr7 142045802 . T C 471.34 PASS AF=0.37013;AO=57;DP=154;FAO=57;FDP=154;FR=.;FRO=97;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=57;FWDB=-0.0499308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6974;QD=12.2425;RBI=0.0509952;REFB=-0.0266604;REVB=0.0103647;RO=97;SAF=39;SAR=18;SRF=40;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303729;STB=0.672817;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0525197;OID=.;OPOS=142045802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:97:97:57:57:0.37013:18:39:40:57:18:39:40:57 chr7 142045848 . T C 1556.43 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.965;QD=59.8628;RBI=0.0279653;REFB=0;REVB=0.0260771;RO=0;SAF=43;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22047e-05;OID=.;OPOS=142045848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:60:43:0:0:61:43:0:0 chr7 142045897 . C T 424.11 PASS AF=0.488636;AO=42;DP=85;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.028769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.608;QD=19.2778;RBI=0.0290075;REFB=0.00110138;REVB=-0.00371172;RO=43;SAF=7;SAR=35;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289223;STB=0.683114;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.000579905;OID=.;OPOS=142045897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:43:45:42:43:0.488636:35:7:17:26:36:7:19:26 chr7 142045899 . A G 151.24 PASS AF=0.258824;AO=21;DP=84;FAO=22;FDP=85;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=50;FWDB=0.0265467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.476;QD=7.11729;RBI=0.0301229;REFB=0.00816245;REVB=0.014236;RO=63;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396734;STB=0.742092;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0286172;OID=.;OPOS=142045899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:63:63:21:22:0.258824:10:11:13:50:10:12:13:50 chr7 142045912 . A G 136.37 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=45;FWDB=-0.0103365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.396;QD=6.99328;RBI=0.0200153;REFB=-0.00375987;REVB=-0.0171397;RO=58;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395954;STB=0.733142;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0124907;OID=.;OPOS=142045912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:58:58:20:20:0.25641:9:11:13:45:9:11:13:45 chr7 142045924 . A G 665.42 PASS AF=0.794118;AO=54;DP=68;FAO=54;FDP=68;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=43;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0206897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.21;QD=39.1421;RBI=0.0214843;REFB=-0.0181254;REVB=0.00578915;RO=14;SAF=11;SAR=43;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28062;STB=0.651453;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00416804;OID=.;OPOS=142045924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:68:68:14:14:54:54:0.794118:43:11:11:3:43:11:11:3 chr7 142099484 . G C 128.69 PASS AF=0.188976;AO=24;DP=127;FAO=24;FDP=127;FR=.,HEALED;FRO=103;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=-0.122956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1525;QD=4.05336;RBI=0.1298;REFB=-0.0110214;REVB=0.0415895;RO=86;SAF=16;SAR=8;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320953;STB=0.634295;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0427566;OID=.;OPOS=142099484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:86:103:24:24:0.188976:8:16:35:51:8:16:52:51 chr7 142099512 . T G 131.06 PASS AF=0.176471;AO=24;DP=135;FAO=24;FDP=136;FR=.;FRO=112;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=57;FWDB=-0.0185782;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.743;QD=3.85465;RBI=0.0186554;REFB=0.00115531;REVB=0.00169545;RO=111;SAF=16;SAR=8;SRF=54;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23204;STB=0.646642;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00368179;OID=.;OPOS=142099512;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:111:112:24:24:0.176471:8:16:54:57:8:16:55:57 chr7 142099533 . T C 71.19 PASS AF=0.131387;AO=15;DP=135;FAO=18;FDP=137;FR=.;FRO=119;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=58;FSRR=61;FWDB=-0.0288656;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.931;QD=2.07845;RBI=0.0300296;REFB=-0.0017286;REVB=-0.00827955;RO=119;SAF=11;SAR=4;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310827;STB=0.759304;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0262024;OID=.;OPOS=142099533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:135:137:119:119:15:18:0.131387:4:11:57:62:4:14:58:61 chr7 142099537 . G T 61.7 PASS AF=0.113636;AO=15;DP=133;FAO=15;FDP=132;FR=.;FRO=117;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=55;FSRR=62;FWDB=-0.0237861;FXX=0.0149243;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.206;QD=1.86974;RBI=0.0237886;REFB=-0.00150284;REVB=0.000347692;RO=111;SAF=11;SAR=4;SRF=52;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324947;STB=0.733023;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00915119;OID=.;OPOS=142099537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:133:132:111:117:15:15:0.113636:4:11:52:59:4:11:55:62 chr7 142099541 . T C 73.6 PASS AF=0.123188;AO=17;DP=138;FAO=17;FDP=138;FR=.;FRO=121;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=58;FSRR=63;FWDB=-0.0203908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.928;QD=2.1334;RBI=0.0212518;REFB=-0.000617479;REVB=-0.00598781;RO=121;SAF=13;SAR=4;SRF=58;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357123;STB=0.75381;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00746866;OID=.;OPOS=142099541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:138:138:121:121:17:17:0.123188:4:13:58:63:4:13:58:63 chr7 142099548 . A G 66.12 PASS AF=0.115108;AO=16;DP=139;FAO=16;FDP=139;FR=.;FRO=123;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=58;FSRR=65;FWDB=-0.0133173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.729;QD=1.90278;RBI=0.0139981;REFB=-0.00123908;REVB=-0.00431244;RO=123;SAF=14;SAR=2;SRF=58;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503434;STB=0.866443;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0141498;OID=.;OPOS=142099548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:139:139:123:123:16:16:0.115108:2:14:58:65:2:14:58:65 chr7 142099571 . C T 43.24 PASS AF=0.0930233;AO=12;DP=129;FAO=12;FDP=129;FR=.;FRO=117;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=70;FSRR=47;FWDB=9.09334e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.401;QD=1.34075;RBI=0.0046372;REFB=-0.00335209;REVB=-0.00463631;RO=117;SAF=9;SAR=3;SRF=70;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194343;STB=0.654746;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0191356;OID=.;OPOS=142099571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:129:129:117:117:12:12:0.0930233:3:9:70:47:3:9:70:47 chr7 142119831 . G A 694.8 PASS AF=0.613208;AO=64;DP=105;FAO=65;FDP=106;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0203863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.002;QD=26.2189;RBI=0.044527;REFB=-0.00975745;REVB=0.039586;RO=41;SAF=27;SAR=37;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481224;STB=0.52855;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00678068;OID=.;OPOS=142119831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:41:41:64:65:0.613208:37:27:20:21:38:27:20:21 chr7 142124170 . C T 1613.2 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654219;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.628;QD=60.3065;RBI=0.0112596;REFB=0;REVB=0.00916395;RO=0;SAF=65;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167309;OID=.;OPOS=142124170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:107:0:0:107:107:1:42:65:0:0:42:65:0:0 chr7 142124424 . T G 2604.2 PASS AF=0.982759;AO=167;DP=170;FAO=171;FDP=174;FR=.;FRO=3;FSAF=80;FSAR=91;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000772347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.177;QD=59.8666;RBI=0.0165428;REFB=-0.0721736;REVB=0.0165247;RO=3;SAF=78;SAR=89;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00672777;STB=0.50344;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00123081;OID=.;OPOS=142124424;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:170:174:3:3:167:171:0.982759:89:78:2:1:91:80:2:1 chr7 142131832 . C T 48.71 PASS AF=0.120879;AO=10;DP=90;FAO=11;FDP=91;FR=.;FRO=80;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=56;FSRR=24;FWDB=-0.00680202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.514;QD=2.14129;RBI=0.0310726;REFB=-0.00206191;REVB=0.0303189;RO=80;SAF=1;SAR=9;SRF=56;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.639265;STB=0.943083;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0137621;OID=.;OPOS=142131832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:90:91:80:80:10:11:0.120879:9:1:56:24:10:1:56:24 chr7 142131836 . C G 51.26 PASS AF=0.125;AO=11;DP=88;FAO=11;FDP=88;FR=.;FRO=77;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=53;FSRR=24;FWDB=-0.050131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.473;QD=2.33003;RBI=0.0503977;REFB=-0.0093659;REVB=-0.00517773;RO=77;SAF=1;SAR=10;SRF=53;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.653158;STB=0.940126;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0198048;OID=.;OPOS=142131836;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:88:88:77:77:11:11:0.125:10:1:53:24:10:1:53:24 chr7 142131858 . C A 34.38 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=78;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=22;FWDB=0.0117489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.968;QD=1.76309;RBI=0.0310204;REFB=-0.00734865;REVB=-0.0287094;RO=69;SAF=1;SAR=7;SRF=47;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.589548;STB=0.921217;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0407703;OID=.;OPOS=142131858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:78:69:70:8:8:0.102564:7:1:47:22:7:1:48:22 chr7 142139348 . C T 1704.84 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00159454;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.679;QD=58.7875;RBI=0.0127461;REFB=0.0560195;REVB=0.012646;RO=2;SAF=64;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186122;STB=0.509802;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000226749;OID=.;OPOS=142139348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:2:2:114:114:0.982759:50:64:0:2:50:64:0:2 chr7 142139773 . C T 621.42 PASS AF=0.611111;AO=55;DP=90;FAO=55;FDP=90;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00502175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.561;QD=27.6186;RBI=0.025917;REFB=-0.0224635;REVB=0.0254259;RO=35;SAF=24;SAR=31;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156878;STB=0.585345;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00973452;OID=.;OPOS=142139773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:35:35:55:55:0.611111:31:24:23:12:31:24:23:12 chr7 142139783 . C A,G 1297.55 PASS AF=0.964706,0.0352941;AO=81,3;DP=85;FAO=82,3;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41,1;FSAR=41,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129849,-0.0241577;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=254.371,13.8852;QD=61.0612;RBI=0.014006,0.0349031;REFB=0,0;REVB=0.0052497,0.0251919;RO=0;SAF=41,1;SAR=40,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.17427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00216107,0.0508443;OID=.,.;OPOS=142139783,142139783;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:85:85:0:0:81,3:82,3:0.964706,0.0352941:40,2:41,1:0:0:41,2:41,1:0:0 chr7 142143804 . A C 3030.52 PASS AF=0.989796;AO=193;DP=196;FAO=194;FDP=196;FR=.;FRO=2;FSAF=122;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00655147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.361;QD=61.8474;RBI=0.0084691;REFB=-0.0133715;REVB=0.00536693;RO=2;SAF=122;SAR=71;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132232;STB=0.506849;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.000190497;OID=.;OPOS=142143804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:196:196:2:2:193:194:0.989796:71:122:0:2:72:122:0:2 chr7 142143879 . A T 94.5 PASS AF=0.106122;AO=26;DP=245;FAO=26;FDP=245;FR=.;FRO=219;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=118;FSRR=101;FWDB=0.00278383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6121;QD=1.54292;RBI=0.00476127;REFB=-0.0101408;REVB=0.00386264;RO=219;SAF=10;SAR=16;SRF=118;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187617;STB=0.636317;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0385424;OID=.;OPOS=142143879;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:245:245:219:219:26:26:0.106122:16:10:118:101:16:10:118:101 chr7 142143906 . GT CC 225.48 PASS AF=0.169231;AO=44;DP=261;FAO=44;FDP=260;FR=.;FRO=216;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=115;FSRR=101;FWDB=0.0089869;FXX=0.00383127;HRUN=1;LEN=2;MLLD=299.807;QD=3.46895;RBI=0.0139684;REFB=-0.000540379;REVB=0.0106936;RO=213;SAF=23;SAR=21;SRF=114;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016168;STB=0.508061;STBP=0.892;TYPE=mnp;VARB=0.00192681;OID=.;OPOS=142143906;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:260:213:216:44:44:0.169231:21:23:114:99:21:23:115:101 chr7 142143941 . T C 409.29 PASS AF=0.244;AO=61;DP=250;FAO=61;FDP=250;FR=.;FRO=189;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=107;FSRR=82;FWDB=0.00237819;FXX=0.00398391;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.192;QD=6.54859;RBI=0.0184026;REFB=-0.00612777;REVB=0.0182483;RO=189;SAF=29;SAR=32;SRF=107;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114077;STB=0.568272;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0186149;OID=.;OPOS=142143941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:189:189:61:61:0.244:32:29:107:82:32:29:107:82 chr7 142144019 . C T 92.85 PASS AF=0.117949;AO=23;DP=193;FAO=23;FDP=195;FR=.;FRO=172;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=89;FSRR=83;FWDB=-0.0128209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.071;QD=1.90458;RBI=0.0132459;REFB=-0.0038742;REVB=0.00332849;RO=170;SAF=8;SAR=15;SRF=87;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204508;STB=0.649713;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0594854;OID=.;OPOS=142144019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:193:195:170:172:23:23:0.117949:15:8:87:83:15:8:89:83 chr7 142144022 . T C 301.97 PASS AF=0.295699;AO=54;DP=186;FAO=55;FDP=186;FR=.;FRO=131;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=71;FSRR=60;FWDB=-0.0188276;FXX=0.0210515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.07;QD=6.49404;RBI=0.0206107;REFB=-0.0185409;REVB=0.00838584;RO=130;SAF=22;SAR=32;SRF=71;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167278;STB=0.574159;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0376246;OID=.;OPOS=142144022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:130:131:54:55:0.295699:32:22:71:59:31:24:71:60 chr7 142144059 . A C 231.25 PASS AF=0.241611;AO=30;DP=145;FAO=36;FDP=149;FR=.;FRO=113;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=61;FSRR=52;FWDB=-0.00316002;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.928;QD=6.20814;RBI=0.00864056;REFB=-0.00827556;REVB=-0.00804198;RO=115;SAF=6;SAR=24;SRF=62;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445045;STB=0.679914;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0211867;OID=.;OPOS=142144059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:149:115:113:30:36:0.241611:24:6:62:53:25:11:61:52 chr7 142144091 . GG AA 128.33 PASS AF=0.198198;AO=22;DP=111;FAO=22;FDP=111;FR=.;FRO=89;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=0.0223186;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=226.186;QD=4.62434;RBI=0.0234877;REFB=-0.00502493;REVB=-0.00731796;RO=88;SAF=6;SAR=16;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310479;STB=0.70133;STBP=0.036;TYPE=mnp;VARB=0.0156565;OID=.;OPOS=142144091;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:88:89:22:22:0.198198:16:6:45:43:16:6:46:43 chr7 142144101 . C T 117.8 PASS AF=0.185841;AO=21;DP=113;FAO=21;FDP=113;FR=.;FRO=92;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=-0.00583052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.268;QD=4.16974;RBI=0.00614767;REFB=-0.00766535;REVB=-0.00194906;RO=85;SAF=6;SAR=15;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286083;STB=0.688128;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0248418;OID=.;OPOS=142144101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:85:92:21:21:0.185841:15:6:43:42:15:6:47:45 chr7 142149071 . T G 487.13 PASS AF=0.29386;AO=65;DP=225;FAO=67;FDP=228;FR=.;FRO=161;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=76;FSRR=85;FWDB=-0.00199606;FXX=0.00869527;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.112;QD=8.54608;RBI=0.0134364;REFB=-0.00627484;REVB=0.0132873;RO=159;SAF=23;SAR=42;SRF=75;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14805;STB=0.583263;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.015632;OID=.;OPOS=142149071;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:228:159:161:65:67:0.29386:42:23:75:84:43:24:76:85 chr7 142149160 . T G 3186.55 PASS AF=1;AO=206;DP=206;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152284;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.863;QD=61.8748;RBI=0.0161957;REFB=0;REVB=0.00551331;RO=0;SAF=89;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0938e-05;OID=.;OPOS=142149160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:206:0:0:206:206:1:117:89:0:0:117:89:0:0 chr7 142149349 . A C 1791.5 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322376;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.734;QD=61.2479;RBI=0.0344876;REFB=0;REVB=-0.0122527;RO=0;SAF=48;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48347e-05;OID=.;OPOS=142149349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:69:48:0:0:69:48:0:0 chr7 142162001 . A C 4037.99 PASS AF=1;AO=259;DP=259;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00446206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.624;QD=62.3628;RBI=0.0109202;REFB=0;REVB=0.00996696;RO=0;SAF=130;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29921e-06;OID=.;OPOS=142162001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:259:259:0:0:259:259:1:129:130:0:0:129:130:0:0 chr7 142162148 . C T 3190.17 PASS AF=0.990476;AO=208;DP=210;FAO=208;FDP=210;FR=.;FRO=2;FSAF=119;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0186811;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.688;QD=60.7652;RBI=0.0218767;REFB=-0.0443861;REVB=-0.0113845;RO=2;SAF=119;SAR=89;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010583;STB=0.505555;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-1.01949e-06;OID=.;OPOS=142162148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:210:210:2:2:208:208:0.990476:89:119:0:2:89:119:0:2 chr7 142162306 . A G 1289.85 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00165815;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.297;QD=62.1617;RBI=0.0193035;REFB=0;REVB=0.0192322;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68996e-05;OID=.;OPOS=142162306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:48:34:0:0:49:34:0:0 chr7 142168429 . A G 2207.79 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082228;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.499;QD=63.5335;RBI=0.0108453;REFB=0;REVB=0.00707143;RO=0;SAF=70;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301142;OID=.;OPOS=142168429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:69:70:0:0:69:70:0:0 chr7 142168452 . C A 2516.59 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00876215;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.293;QD=61.7567;RBI=0.0125033;REFB=0;REVB=0.00891954;RO=0;SAF=80;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112878;OID=.;OPOS=142168452;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:163:0:0:162:163:1:82:80:0:0:82:81:0:0 chr7 142168662 . CG TC 1437.32 PASS AF=0.970874;AO=99;DP=106;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0242841;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.405;QD=55.8184;RBI=0.0506856;REFB=-0.158087;REVB=0.0444895;RO=3;SAF=32;SAR=67;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000643479;STB=0.50011;STBP=0.945;TYPE=mnp;VARB=0.00295025;OID=.;OPOS=142168662;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:103:3:3:99:100:0.970874:67:32:1:2:67:33:1:2 chr7 142168803 . C G 34.94 PASS AF=0.0918367;AO=9;DP=98;FAO=9;FDP=98;FR=.;FRO=89;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.0527038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.1058;QD=1.42611;RBI=0.0581107;REFB=-0.00205952;REVB=-0.0244777;RO=89;SAF=4;SAR=5;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095632;STB=0.575454;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0141009;OID=.;OPOS=142168803;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:98:98:89:89:9:9:0.0918367:5:4:47:42:5:4:47:42 chr7 142168818 . C T 38.11 PASS AF=0.104651;AO=9;DP=86;FAO=9;FDP=86;FR=.;FRO=77;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0179818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.674;QD=1.7727;RBI=0.0286051;REFB=-0.00820952;REVB=-0.0222466;RO=74;SAF=4;SAR=5;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973653;STB=0.578233;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0899232;OID=.;OPOS=142168818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:86:86:74:77:9:9:0.104651:5:4:39:35:5:4:41:36 chr7 142168819 . G A 1009.81 PASS AF=0.880952;AO=73;DP=85;FAO=74;FDP=84;FR=.;FRO=10;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0298725;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.853;QD=48.0864;RBI=0.0384637;REFB=-0.0694847;REVB=0.02423;RO=11;SAF=39;SAR=34;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196929;STB=0.516791;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0102302;OID=.;OPOS=142168819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:85:84:11:10:73:74:0.880952:34:39:5:6:34:40:4:6 chr7 142168825 . C A 39.09 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0289531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.555;QD=1.8838;RBI=0.0406147;REFB=-0.00380178;REVB=0.0284828;RO=74;SAF=4;SAR=5;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113186;STB=0.584919;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0518012;OID=.;OPOS=142168825;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:83:83:74:74:9:9:0.108434:5:4:40:34:5:4:40:34 chr7 142168835 . CA TG 39.13 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=84;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0211692;FXX=0.0235266;HRUN=3;LEN=2;MLLD=166.269;QD=1.88586;RBI=0.0229391;REFB=-0.000264425;REVB=-0.00883557;RO=70;SAF=4;SAR=5;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083062;STB=0.561361;STBP=0.741;TYPE=mnp;VARB=0.00208001;OID=.;OPOS=142168835;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:84:83:70:74:9:9:0.108434:5:4:36:34:5:4:38:36 chr7 142168839 . G T 38.15 PASS AF=0.104651;AO=9;DP=86;FAO=9;FDP=86;FR=.;FRO=77;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.0170324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.054;QD=1.77423;RBI=0.050816;REFB=-0.00304282;REVB=-0.0478765;RO=76;SAF=4;SAR=5;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654534;STB=0.543944;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0768984;OID=.;OPOS=142168839;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:86:86:76:77:9:9:0.104651:5:4:38:38:5:4:38:39 chr7 142168856 . C G 911.2 PASS AF=0.841463;AO=65;DP=79;FAO=69;FDP=82;FR=.;FRO=13;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0072567;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2263;QD=44.4486;RBI=0.00777022;REFB=0.00693151;REVB=0.00277788;RO=14;SAF=31;SAR=34;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03139;STB=0.51188;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00262233;OID=.;OPOS=142168856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:79:82:14:13:65:69:0.841463:34:31:8:6:37:32:7:6 chr7 142168862 . A G 39.75 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.0248654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4425;QD=1.96317;RBI=0.0299923;REFB=0.00124947;REVB=0.0167704;RO=72;SAF=4;SAR=5;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331396;STB=0.524806;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.00750949;OID=.;OPOS=142168862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:81:72:72:9:9:0.111111:5:4:34:38:5:4:34:38 chr7 142176378 . A G 1268.66 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00523283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.594;QD=60.4122;RBI=0.0247953;REFB=0.0271515;REVB=0.0242369;RO=1;SAF=42;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111436;STB=0.505881;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-4.22348e-05;OID=.;OPOS=142176378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:41:42:1:0:41:42:1:0 chr7 142180704 . G T 762.06 PASS AF=0.255708;AO=112;DP=438;FAO=112;FDP=438;FR=.;FRO=326;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=146;FSRR=180;FWDB=0.00410893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.331;QD=6.9594;RBI=0.00756399;REFB=-0.00395435;REVB=-0.00635064;RO=323;SAF=52;SAR=60;SRF=145;SRR=178;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194162;STB=0.512313;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00931911;OID=.;OPOS=142180704;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:438:438:323:326:112:112:0.255708:60:52:145:178:60:52:146:180 chr7 142180737 . T A 733.81 PASS AF=0.272251;AO=104;DP=382;FAO=104;FDP=382;FR=.;FRO=278;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=129;FSRR=149;FWDB=-0.00301159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.64;QD=7.6839;RBI=0.0166256;REFB=-0.00130117;REVB=-0.0163505;RO=277;SAF=46;SAR=58;SRF=128;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247354;STB=0.515959;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.013515;OID=.;OPOS=142180737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:382:277:278:104:104:0.272251:58:46:128:149:58:46:129:149 chr7 142180770 . T C 630.4 PASS AF=0.274691;AO=88;DP=324;FAO=89;FDP=324;FR=.;FRO=235;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=109;FSRR=126;FWDB=0.00119595;FXX=0.00307683;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.274;QD=7.78267;RBI=0.00119595;REFB=-0.00470987;REVB=9.78256e-07;RO=233;SAF=38;SAR=50;SRF=108;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396256;STB=0.518784;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0123736;OID=.;OPOS=142180770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:324:233:235:88:89:0.274691:50:38:108:125:50:39:109:126 chr7 142231625 . C A 423.04 PASS AF=0.538462;AO=39;DP=75;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=5;FWDB=-0.00764803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7589;QD=21.6945;RBI=0.0242483;REFB=-0.0101757;REVB=0.0230106;RO=36;SAF=19;SAR=20;SRF=31;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32497;STB=0.683631;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00907898;OID=.;OPOS=142231625;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:36:36:39:42:0.538462:20:19:31:5:23:19:31:5 chr7 142231701 . G T 471.76 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=41;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=16;FWDB=-0.0319153;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7634;QD=17.3124;RBI=0.0334745;REFB=-0.0145409;REVB=0.0100971;RO=59;SAF=41;SAR=10;SRF=42;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127423;STB=0.56221;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0132219;OID=.;OPOS=142231701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:59:58:51:51:0.46789:10:41:42:17:10:41:42:16 chr7 142242552 . G T 35.61 PASS AF=0.0722222;AO=13;DP=180;FAO=13;FDP=180;FR=.;FRO=167;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=100;FSRR=67;FWDB=-0.0211735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.276;QD=0.791353;RBI=0.0214081;REFB=-0.00244201;REVB=-0.00316089;RO=166;SAF=3;SAR=10;SRF=99;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387373;STB=0.81637;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0195618;OID=.;OPOS=142242552;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:180:180:166:167:13:13:0.0722222:10:3:99:67:10:3:100:67 chr7 142247134 . T C 1408.87 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00671349;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.371;QD=62.6163;RBI=0.0782477;REFB=0;REVB=0.0779591;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153777;OID=.;OPOS=142247134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:44:45:0:0:45:45:0:0 chr7 142247263 . G A 49.81 PASS AF=0.138889;AO=9;DP=72;FAO=10;FDP=72;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.00493473;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.701;QD=2.76749;RBI=0.0124106;REFB=-0.00106566;REVB=-0.0113874;RO=57;SAF=2;SAR=7;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228134;STB=0.692906;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0127897;OID=.;OPOS=142247263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:72:72:57:62:9:10:0.138889:7:2:22:35:8:2:24:38 chr7 142247270 . TG CA 54.13 PASS AF=0.151515;AO=10;DP=67;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0549349;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=2;MLLD=114.876;QD=3.28077;RBI=0.0557912;REFB=-0.0122537;REVB=-0.00973733;RO=52;SAF=3;SAR=7;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902352;STB=0.587067;STBP=0.582;TYPE=mnp;VARB=0.016118;OID=.;OPOS=142247270;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:67:66:52:56:10:10:0.151515:7:3:19:33:7:3:22:34 chr7 142247288 . T C 85.14 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0135883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.971;QD=5.08321;RBI=0.0281751;REFB=-0.00431612;REVB=-0.0246818;RO=53;SAF=3;SAR=11;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285619;STB=0.685495;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0179229;OID=.;OPOS=142247288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:67:67:53:53:14:14:0.208955:11:3:22:31:11:3:22:31 chr7 142247347 . AT CC 112.63 PASS AF=0.265625;AO=16;DP=63;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00850503;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=96.6398;QD=7.03957;RBI=0.0591789;REFB=-0.00800992;REVB=-0.0585646;RO=43;SAF=4;SAR=12;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200709;STB=0.573714;STBP=0.493;TYPE=mnp;VARB=0.0252263;OID=.;OPOS=142247347;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:43:47:16:17:0.265625:12:4:17:26:12:5:18:29 chr7 142247380 . T A 121.47 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0431663;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7349;QD=9.71794;RBI=0.0457911;REFB=0.00524701;REVB=-0.0152806;RO=35;SAF=4;SAR=11;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176439;STB=0.60721;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.00304025;OID=.;OPOS=142247380;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:11:4:14:21:11:4:14:21 chr7 142247396 . A T 110.43 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0257678;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.583;QD=8.83471;RBI=0.0552404;REFB=-0.000520265;REVB=-0.0488622;RO=36;SAF=3;SAR=11;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279653;STB=0.673198;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=6.22769e-05;OID=.;OPOS=142247396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:11:3:15:21:11:3:15:21 chr7 142250938 . T G 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.017;QD=63.1954;RBI=0.0362221;REFB=0;REVB=0.0105799;RO=0;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93458e-05;OID=.;OPOS=142250938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:55:37:0:0:55:37:0:0 chr7 142250988 . G A 1319.88 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7209;QD=62.1119;RBI=0.0287887;REFB=0;REVB=-0.0150185;RO=0;SAF=26;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69587e-05;OID=.;OPOS=142250988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:59:26:0:0:59:26:0:0 chr7 142251132 . G T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.009;QD=57.3858;RBI=0.0490905;REFB=0;REVB=0.0156068;RO=0;SAF=17;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115265;OID=.;OPOS=142251132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:40:17:0:0:40:17:0:0 chr7 142326607 . C T 1229.44 PASS AF=0.677852;AO=98;DP=146;FAO=101;FDP=149;FR=.;FRO=48;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00911529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.547;QD=33.005;RBI=0.0206842;REFB=-0.0289852;REVB=0.0185674;RO=48;SAF=48;SAR=50;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192429;STB=0.505464;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0144337;OID=.;OPOS=142326607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:149:48:48:98:101:0.677852:50:48:22:26:53:48:22:26 chr7 142326757 . G A 220.92 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.028438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.153;QD=18.0344;RBI=0.0310774;REFB=-0.0101292;REVB=-0.0125333;RO=26;SAF=8;SAR=14;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144194;STB=0.56426;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0107613;OID=.;OPOS=142326757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:27:22:22:0.44898:14:8:6:20:14:8:7:20 chr7 142326783 . A G 207.82 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0432362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.799;QD=17.6864;RBI=0.0465938;REFB=-0.00298696;REVB=0.0173672;RO=26;SAF=6;SAR=15;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257708;STB=0.514692;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00649968;OID=.;OPOS=142326783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:15:6:8:18:15:6:8:18 chr7 142326909 . C G 1573.2 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00317086;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1719;QD=64.2122;RBI=0.0636905;REFB=0;REVB=0.0636115;RO=0;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318152;OID=.;OPOS=142326909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:51:47:0:0:51:47:0:0 chr7 142334648 . A T 858.25 PASS AF=0.556338;AO=78;DP=141;FAO=79;FDP=142;FR=.;FRO=63;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0066296;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.78;QD=24.1761;RBI=0.0363578;REFB=-0.00278971;REVB=-0.0357482;RO=60;SAF=47;SAR=31;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969749;STB=0.5465;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00208989;OID=.;OPOS=142334648;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:60:63:78:79:0.556338:31:47:29:31:32:47:31:32 chr7 142334744 . C A 652.16 PASS AF=0.386139;AO=68;DP=193;FAO=78;FDP=202;FR=.;FRO=124;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=77;FSRR=47;FWDB=0.012204;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.468;QD=12.914;RBI=0.0122066;REFB=-0.0131285;REVB=-0.000254432;RO=125;SAF=29;SAR=39;SRF=77;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212712;STB=0.612155;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0164743;OID=.;OPOS=142334744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:202:125:124:68:78:0.386139:39:29:77:48:44:34:77:47 chr7 142334808 . A G 754.72 PASS AF=0.449438;AO=80;DP=180;FAO=80;FDP=178;FR=.;FRO=98;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=0.0050794;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.014;QD=16.96;RBI=0.00660175;REFB=-0.0191121;REVB=-0.00421696;RO=100;SAF=50;SAR=30;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157658;STB=0.581876;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0206132;OID=.;OPOS=142334808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:178:100:98:80:80:0.449438:30:50:47:53:30:50:47:51 chr7 142373010 . C T 275.53 PASS AF=0.33;AO=32;DP=100;FAO=33;FDP=100;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0209874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.511;QD=11.0213;RBI=0.0700004;REFB=-0.0154498;REVB=-0.0667801;RO=67;SAF=14;SAR=18;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814916;STB=0.535498;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0354798;OID=.;OPOS=142373010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:67:67:32:33:0.33:18:14:34:33:18:15:34:33 chr7 142374072 . C A 268.87 PASS AF=0.313043;AO=36;DP=115;FAO=36;FDP=115;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.0126619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.2046;QD=9.35203;RBI=0.0240408;REFB=-0.00890122;REVB=0.0204361;RO=79;SAF=24;SAR=12;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195296;STB=0.614393;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0154723;OID=.;OPOS=142374072;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:79:79:36:36:0.313043:12:24:40:39:12:24:40:39 chr7 142374083 . A G 300.48 PASS AF=0.336207;AO=39;DP=116;FAO=39;FDP=116;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.0159343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9154;QD=10.3614;RBI=0.0326323;REFB=-0.00659506;REVB=0.0284774;RO=76;SAF=27;SAR=12;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244784;STB=0.638313;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0149837;OID=.;OPOS=142374083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:76:77:39:39:0.336207:12:27:37:39:12:27:38:39 chr7 142378633 . G A 417.75 PASS AF=0.447917;AO=42;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00940249;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9408;QD=17.4063;RBI=0.0148764;REFB=-0.00249472;REVB=0.0115282;RO=52;SAF=22;SAR=20;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00452795;STB=0.501211;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0032773;OID=.;OPOS=142378633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:53:42:43:0.447917:20:22:27:25:21:22:27:26 chr7 142378831 . C G 1264.93 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00635514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.63;QD=61.7039;RBI=0.0478147;REFB=0;REVB=0.0473905;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25926e-05;OID=.;OPOS=142378831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:45:36:0:0:46:36:0:0 chr7 142423289 . C A 277.02 PASS AF=0.306452;AO=35;DP=121;FAO=38;FDP=124;FR=.;FRO=86;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=56;FWDB=0.0493366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0941;QD=8.93607;RBI=0.0566966;REFB=-0.00806292;REVB=0.0279357;RO=82;SAF=11;SAR=24;SRF=26;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00384933;STB=0.514698;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0157371;OID=.;OPOS=142423289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:82:86:35:38:0.306452:24:11:26:56:24:14:30:56 chr7 142423562 . C T 2351.64 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4224;QD=61.0815;RBI=0.0435152;REFB=0;REVB=0.0409561;RO=0;SAF=73;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103656;OID=.;OPOS=142423562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:81:73:0:0:81:73:0:0 chr7 142458409 . C G 101.59 PASS AF=0.0981013;AO=32;DP=317;FAO=31;FDP=316;FR=.;FRO=285;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=154;FSRR=131;FWDB=0.00133327;FXX=0.00315447;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2816;QD=1.28588;RBI=0.00611811;REFB=-0.000277509;REVB=0.00597107;RO=284;SAF=25;SAR=7;SRF=154;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308746;STB=0.7611;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00351081;OID=.;OPOS=142458409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:316:284:285:32:31:0.0981013:7:25:154:130:6:25:154:131 chr7 142458412 . C T 94.97 PASS AF=0.0940439;AO=30;DP=306;FAO=30;FDP=319;FR=.;FRO=289;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=157;FSRR=132;FWDB=-0.0141905;FXX=0.0031249;HRUN=5;LEN=1;MLLD=96.8597;QD=1.19087;RBI=0.0149437;REFB=-0.000287181;REVB=0.00468428;RO=275;SAF=24;SAR=6;SRF=145;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346619;STB=0.752889;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00250402;OID=.;OPOS=142458412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:306:319:275:289:30:30:0.0940439:6:24:145:130:6:24:157:132 chr7 142458414 . C T 104.89 PASS AF=0.0987654;AO=32;DP=324;FAO=32;FDP=324;FR=.;FRO=292;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=157;FSRR=135;FWDB=-0.0153583;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.843;QD=1.2949;RBI=0.0156856;REFB=-0.000970508;REVB=-0.00318771;RO=292;SAF=25;SAR=7;SRF=157;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311586;STB=0.735748;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00977805;OID=.;OPOS=142458414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:324:292:292:32:32:0.0987654:7:25:157:135:7:25:157:135 chr7 142458437 . C T 160.45 PASS AF=0.116992;AO=42;DP=361;FAO=42;FDP=359;FR=.;FRO=317;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=160;FSRR=157;FWDB=-0.0254181;FXX=0.00554001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0064;QD=1.7877;RBI=0.0254718;REFB=0.00252977;REVB=0.0016537;RO=313;SAF=33;SAR=9;SRF=158;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364786;STB=0.759123;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0280278;OID=.;OPOS=142458437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:359:313:317:42:42:0.116992:9:33:158:155:9:33:160:157 chr7 142458451 . A T 45.26 PASS AF=0.0623306;AO=23;DP=369;FAO=23;FDP=369;FR=.;FRO=346;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=176;FSRR=170;FWDB=-0.00734651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.925;QD=0.490624;RBI=0.00894925;REFB=8.96493e-05;REVB=0.00511056;RO=346;SAF=16;SAR=7;SRF=176;SRR=170;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200622;STB=0.678004;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00436145;OID=.;OPOS=142458451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:369:369:346:346:23:23:0.0623306:7:16:176:170:7:16:176:170 chr7 142458511 . G T 146.37 PASS AF=0.124138;AO=36;DP=291;FAO=36;FDP=290;FR=.;FRO=254;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=127;FSRR=127;FWDB=-0.00363906;FXX=0.00343631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1163;QD=2.01886;RBI=0.0420545;REFB=0.00652082;REVB=0.0418967;RO=254;SAF=27;SAR=9;SRF=126;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32703;STB=0.72585;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0460673;OID=.;OPOS=142458511;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:290:254:254:36:36:0.124138:9:27:126:128:9:27:127:127 chr7 142458677 . G A 38.31 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=69;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0104713;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.246;QD=2.25369;RBI=0.0115356;REFB=-0.00118265;REVB=0.00483949;RO=61;SAF=2;SAR=6;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225628;STB=0.663498;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0178111;OID=.;OPOS=142458677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:69:68:61:60:8:8:0.117647:6:2:26:35:6:2:25:35 chr7 142458684 . A T 35.43 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=75;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0142294;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.171;QD=1.88962;RBI=0.024244;REFB=0.002749;REVB=0.019629;RO=67;SAF=1;SAR=7;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405629;STB=0.822618;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0244407;OID=.;OPOS=142458684;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:75:75:67:67:8:8:0.106667:7:1:29:38:7:1:29:38 chr7 142458697 . T A 133.55 PASS AF=0.238095;AO=20;DP=85;FAO=20;FDP=84;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0277282;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.988;QD=6.35945;RBI=0.0299921;REFB=-0.0126135;REVB=-0.0114312;RO=64;SAF=5;SAR=15;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291989;STB=0.681625;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0260274;OID=.;OPOS=142458697;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:64:64:20:20:0.238095:15:5:30:34:15:5:30:34 chr7 142458700 . G T 132.58 PASS AF=0.232558;AO=20;DP=85;FAO=20;FDP=86;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0178501;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.175;QD=6.16641;RBI=0.0322943;REFB=-0.00290487;REVB=-0.0269127;RO=65;SAF=6;SAR=14;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193402;STB=0.626734;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0114827;OID=.;OPOS=142458700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:65:66:20:20:0.232558:14:6:29:36:14:6:30:36 chr7 142458719 . G A 72.03 PASS AF=0.152174;AO=14;DP=93;FAO=14;FDP=92;FR=.;FRO=78;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0267495;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0545;QD=3.13153;RBI=0.0273657;REFB=-0.00220238;REVB=0.00577427;RO=77;SAF=3;SAR=11;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352241;STB=0.729241;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0252057;OID=.;OPOS=142458719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:93:92:77:78:14:14:0.152174:11:3:37:40:11:3:36:42 chr7 142458737 . C G 73.71 PASS AF=0.153846;AO=14;DP=91;FAO=14;FDP=91;FR=.;FRO=77;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.004978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.628;QD=3.23998;RBI=0.00542767;REFB=1.58713e-05;REVB=-0.00216313;RO=76;SAF=5;SAR=9;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211629;STB=0.647677;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.000162532;OID=.;OPOS=142458737;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:91:91:76:77:14:14:0.153846:9:5:40:36:9:5:41:36 chr7 142458739 . T C 31.5 PASS AF=0.114943;AO=14;DP=92;FAO=10;FDP=87;FR=.;FRO=77;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.000983121;FXX=0.0645092;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.6;QD=1.44807;RBI=0.0083411;REFB=-0.0126662;REVB=0.00828297;RO=77;SAF=6;SAR=8;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113551;STB=0.892809;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.110492;OID=.;OPOS=142458739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:92:87:77:77:14:10:0.114943:8:6:40:37:9:1:41:36 chr7 142458768 . C T 69.29 PASS AF=0.135922;AO=14;DP=103;FAO=14;FDP=103;FR=.;FRO=89;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=53;FSRR=36;FWDB=0.00921343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.048;QD=2.69103;RBI=0.0281418;REFB=-0.0017598;REVB=-0.0265909;RO=88;SAF=4;SAR=10;SRF=53;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380852;STB=0.755623;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0133805;OID=.;OPOS=142458768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:103:103:88:89:14:14:0.135922:10:4:53:35:10:4:53:36 chr7 142458805 . T C 51.04 PASS AF=0.110092;AO=12;DP=110;FAO=12;FDP=109;FR=.;FRO=97;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=57;FSRR=40;FWDB=0.0182033;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5411;QD=1.87298;RBI=0.0209272;REFB=0.00100989;REVB=-0.0103241;RO=93;SAF=3;SAR=9;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389214;STB=0.785577;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0137993;OID=.;OPOS=142458805;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:110:109:93:97:12:12:0.110092:9:3:54:39:9:3:57:40 chr7 142458829 . A G 110.32 PASS AF=0.168;AO=21;DP=125;FAO=21;FDP=125;FR=.;FRO=104;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=61;FSRR=43;FWDB=-0.00462323;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.345;QD=3.53029;RBI=0.0268955;REFB=-0.00815532;REVB=-0.0264951;RO=104;SAF=8;SAR=13;SRF=61;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257066;STB=0.666761;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0380936;OID=.;OPOS=142458829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:104:104:21:21:0.168:13:8:61:43:13:8:61:43 chr7 142458836 . C A 32.9 PASS AF=0.08;AO=10;DP=125;FAO=10;FDP=125;FR=.;FRO=115;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=66;FSRR=49;FWDB=-0.0147009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.278;QD=1.0528;RBI=0.0150485;REFB=-0.00653732;REVB=-0.00321565;RO=112;SAF=3;SAR=7;SRF=63;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289558;STB=0.741477;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0348451;OID=.;OPOS=142458836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:125:125:112:115:10:10:0.08:7:3:63:49:7:3:66:49 chr7 142458837 . A T 94.38 PASS AF=0.153226;AO=19;DP=124;FAO=19;FDP=124;FR=.;FRO=105;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=62;FSRR=43;FWDB=-0.0104653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.806;QD=3.04446;RBI=0.0104988;REFB=-0.00325126;REVB=0.000838158;RO=105;SAF=7;SAR=12;SRF=62;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275522;STB=0.682421;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0260189;OID=.;OPOS=142458837;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:124:124:105:105:19:19:0.153226:12:7:62:43:12:7:62:43 chr7 142458841 . ATC AC,ACA 149.31 PASS AF=0.153226,0.0645161;AO=18,8;DP=124;FAO=19,8;FDP=124;FR=.;FRO=97;FSAF=7,3;FSAR=12,5;FSRF=59;FSRR=38;FWDB=0.0157181,-0.00598066;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=117.861,247.768;QD=4.81647;RBI=0.0212835,0.0083616;REFB=-0.000159907,0.00129195;REVB=0.0143502,0.00584363;RO=96;SAF=7,3;SAR=11,5;SRF=58;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.267049,-0.246697;STB=0.693327,0.705674;STBP=0.079,0.256;TYPE=del,mnp;VARB=0.0324089,0.00591506;OID=.,.;OPOS=142458842,142458842;OREF=T,TC;OALT=-,CA;OMAPALT=AC,ACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153226,0.0645161:18,8:124:19,8:124:97:7,3:12,5:59:38:97:96:7,3:11,5:58:38 chr7 142458972 . T C 32.4 PASS AF=0.0869565;AO=8;DP=89;FAO=8;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=84;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=-0.089741;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.3795;QD=1.40882;RBI=0.0897447;REFB=-0.0134748;REVB=0.000819256;RO=51;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342818;STB=0.539672;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0616842;OID=.;OPOS=142458972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:89:92:51:84:8:8:0.0869565:3:5:17:34:3:5:49:35 chr7 142459679 . G A 37.85 PASS AF=0.0760234;AO=13;DP=171;FAO=13;FDP=171;FR=.;FRO=158;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=70;FSRR=88;FWDB=-0.0157399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.761;QD=0.885348;RBI=0.0158363;REFB=0.000911487;REVB=-0.00174475;RO=157;SAF=6;SAR=7;SRF=69;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248444;STB=0.517215;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.00973465;OID=.;OPOS=142459679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:171:171:157:158:13:13:0.0760234:7:6:69:88:7:6:70:88 chr7 142460313 . T C 1954.18 PASS AF=0.585284;AO=174;DP=300;FAO=175;FDP=299;FR=.;FRO=124;FSAF=103;FSAR=72;FSRF=74;FSRR=50;FWDB=0.000383519;FXX=0.00333322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.297;QD=26.1429;RBI=0.00206087;REFB=-0.0106446;REVB=0.00202487;RO=124;SAF=102;SAR=72;SRF=74;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838656;STB=0.503516;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0074118;OID=.;OPOS=142460313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:299:124:124:174:175:0.585284:72:102:74:50:72:103:74:50 chr7 142460335 . A G 975.68 PASS AF=0.378738;AO=114;DP=301;FAO=114;FDP=301;FR=.;FRO=187;FSAF=68;FSAR=46;FSRF=102;FSRR=85;FWDB=-0.00750826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.868;QD=12.9658;RBI=0.0120185;REFB=-0.00165914;REVB=-0.00938457;RO=187;SAF=68;SAR=46;SRF=102;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576451;STB=0.532515;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0115198;OID=.;OPOS=142460335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:301:187:187:114:114:0.378738:46:68:102:85:46:68:102:85 chr7 142460339 . G A 89.33 PASS AF=0.0939597;AO=28;DP=298;FAO=28;FDP=298;FR=.;FRO=270;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=155;FSRR=115;FWDB=-0.00641602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9779;QD=1.1991;RBI=0.0265094;REFB=0.00355343;REVB=0.0257212;RO=269;SAF=11;SAR=17;SRF=154;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21282;STB=0.660161;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0452056;OID=.;OPOS=142460339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:298:298:269:270:28:28:0.0939597:17:11:154:115:17:11:155:115 chr7 142460369 . G A 609.45 PASS AF=0.287197;AO=82;DP=289;FAO=83;FDP=289;FR=.;FRO=206;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=113;FSRR=93;FWDB=0.0330067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.692;QD=8.43526;RBI=0.0334864;REFB=-0.00118191;REVB=-0.0056481;RO=206;SAF=44;SAR=38;SRF=113;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147263;STB=0.504579;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.003609;OID=.;OPOS=142460369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:206:206:82:83:0.287197:38:44:113:93:38:45:113:93 chr7 142460374 . A G 33.13 PASS AF=0.0588235;AO=17;DP=289;FAO=17;FDP=289;FR=.;FRO=272;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=154;FSRR=118;FWDB=-4.98753e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0181;QD=0.458537;RBI=0.0439839;REFB=-0.00546441;REVB=-0.0439839;RO=267;SAF=4;SAR=13;SRF=154;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345755;STB=0.796412;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0612733;OID=.;OPOS=142460374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:289:289:267:272:17:17:0.0588235:13:4:154:113:13:4:154:118 chr7 142460379 . C T 32.67 PASS AF=0.0600707;AO=16;DP=282;FAO=17;FDP=283;FR=.;FRO=266;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=151;FSRR=115;FWDB=-0.0314775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.842;QD=0.461724;RBI=0.0324658;REFB=-0.000905926;REVB=0.00794977;RO=263;SAF=3;SAR=13;SRF=149;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377467;STB=0.797058;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0124317;OID=.;OPOS=142460379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:282:283:263:266:16:17:0.0600707:13:3:149:114:13:4:151:115 chr7 142460394 . T C 272.53 PASS AF=0.189922;AO=49;DP=258;FAO=49;FDP=258;FR=.;FRO=209;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=114;FSRR=95;FWDB=0.0134011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5453;QD=4.22523;RBI=0.0393564;REFB=-0.00236931;REVB=-0.0370046;RO=209;SAF=30;SAR=19;SRF=114;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882262;STB=0.555533;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0122;OID=.;OPOS=142460394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:209:209:49:49:0.189922:19:30:114:95:19:30:114:95 chr7 142460412 . A C 193.88 PASS AF=0.173709;AO=37;DP=215;FAO=37;FDP=213;FR=.;FRO=176;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=100;FSRR=76;FWDB=-0.0277604;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.613;QD=3.6409;RBI=0.0296254;REFB=-0.00815136;REVB=-0.0103454;RO=177;SAF=21;SAR=16;SRF=102;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114405;STB=0.500517;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0281208;OID=.;OPOS=142460412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:213:177:176:37:37:0.173709:16:21:102:75:16:21:100:76 chr7 142460415 . T C 187.86 PASS AF=0.172414;AO=35;DP=203;FAO=35;FDP=203;FR=.;FRO=168;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=94;FSRR=74;FWDB=-0.0340228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.802;QD=3.70164;RBI=0.0399825;REFB=0.00138064;REVB=0.0210011;RO=168;SAF=21;SAR=14;SRF=94;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533672;STB=0.534393;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.0285749;OID=.;OPOS=142460415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:168:168:35:35:0.172414:14:21:94:74:14:21:94:74 chr7 142460865 . T C 1509.82 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.267;QD=63.5713;RBI=0.0153639;REFB=0;REVB=-0.0102707;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03552e-06;OID=.;OPOS=142460865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:49:46:0:0:49:46:0:0 chr7 142470290 . T C 1857.36 PASS AF=0.948148;AO=122;DP=137;FAO=128;FDP=135;FR=.;FRO=7;FSAF=50;FSAR=78;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0335917;FXX=0.0217376;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.084;QD=55.0328;RBI=0.0440115;REFB=-0.0693232;REVB=0.0284361;RO=7;SAF=44;SAR=78;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698041;STB=0.532705;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000714008;OID=.;OPOS=142470290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:137:135:7:7:122:128:0.948148:78:44:7:0:78:50:7:0 chr7 142478897 . T C 1189.95 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.609;QD=61.0232;RBI=0.0280938;REFB=0;REVB=-0.0273354;RO=0;SAF=14;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21584e-05;OID=.;OPOS=142478897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:64:14:0:0:64:14:0:0 chr7 142479912 . C G 98.95 PASS AF=0.103571;AO=29;DP=280;FAO=29;FDP=280;FR=.;FRO=251;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=112;FSRR=139;FWDB=-0.00124737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.338;QD=1.41354;RBI=0.0194473;REFB=-0.00230953;REVB=-0.0194072;RO=251;SAF=17;SAR=12;SRF=112;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169832;STB=0.623732;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.038105;OID=.;OPOS=142479912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:280:280:251:251:29:29:0.103571:12:17:112:139:12:17:112:139 chr7 142479915 . T C 531.78 PASS AF=0.266667;AO=72;DP=280;FAO=76;FDP=285;FR=.;FRO=209;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=94;FSRR=115;FWDB=-0.00385442;FXX=0.00349638;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.381;QD=7.46362;RBI=0.0232947;REFB=-0.00877875;REVB=-0.0229736;RO=204;SAF=37;SAR=35;SRF=92;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783666;STB=0.55595;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0153158;OID=.;OPOS=142479915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:285:204:209:72:76:0.266667:35:37:92:112:36:40:94:115 chr7 142479917 . C T 73.27 PASS AF=0.0862069;AO=25;DP=290;FAO=25;FDP=290;FR=.;FRO=265;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=121;FSRR=144;FWDB=-0.0128121;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.165;QD=1.01056;RBI=0.0214533;REFB=-0.000496236;REVB=-0.0172074;RO=265;SAF=15;SAR=10;SRF=121;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166882;STB=0.629326;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00487243;OID=.;OPOS=142479917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:290:290:265:265:25:25:0.0862069:10:15:121:144:10:15:121:144 chr7 142479940 . C T 2621.49 PASS AF=0.68652;AO=217;DP=319;FAO=219;FDP=319;FR=.;FRO=100;FSAF=96;FSAR=123;FSRF=56;FSRR=44;FWDB=-0.00470575;FXX=0.00623034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.25;QD=32.8713;RBI=0.00755745;REFB=-0.0156215;REVB=0.00591362;RO=99;SAF=95;SAR=122;SRF=56;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752776;STB=0.538352;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0115158;OID=.;OPOS=142479940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:319:99:100:217:219:0.68652:122:95:56:43:123:96:56:44 chr7 142479954 . C T 915.91 PASS AF=0.350158;AO=111;DP=332;FAO=111;FDP=317;FR=.;FRO=206;FSAF=65;FSAR=46;FSRF=84;FSRR=122;FWDB=0.0105586;FXX=0.0508967;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.681;QD=11.5573;RBI=0.0108829;REFB=0.00225189;REVB=0.00263707;RO=205;SAF=65;SAR=46;SRF=84;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19905;STB=0.61436;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00382424;OID=.;OPOS=142479954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:317:205:206:111:111:0.350158:46:65:84:121:46:65:84:122 chr7 142480002 . C A 1211.22 PASS AF=0.404192;AO=133;DP=329;FAO=135;FDP=334;FR=.;FRO=199;FSAF=80;FSAR=55;FSRF=89;FSRR=110;FWDB=0.00413993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.716;QD=14.5056;RBI=0.0152082;REFB=-0.014058;REVB=-0.0146339;RO=195;SAF=78;SAR=55;SRF=87;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14933;STB=0.586784;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0166461;OID=.;OPOS=142480002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:334:195:199:133:135:0.404192:55:78:87:108:55:80:89:110 chr7 142480012 . C T 2202.61 PASS AF=0.591045;AO=197;DP=335;FAO=198;FDP=335;FR=.;FRO=137;FSAF=86;FSAR=112;FSRF=81;FSRR=56;FWDB=0.0214914;FXX=0.0029761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.347;QD=26.2999;RBI=0.0223075;REFB=-0.0173077;REVB=0.00597865;RO=134;SAF=86;SAR=111;SRF=79;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114689;STB=0.564183;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00568794;OID=.;OPOS=142480012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:335:134:137:197:198:0.591045:111:86:79:55:112:86:81:56 chr7 142480034 . C A 1953.33 PASS AF=0.590164;AO=172;DP=297;FAO=180;FDP=305;FR=.;FRO=125;FSAF=84;FSAR=96;FSRF=76;FSRR=49;FWDB=0.0233176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.558;QD=25.6175;RBI=0.0244034;REFB=-0.0141616;REVB=0.00719801;RO=122;SAF=80;SAR=92;SRF=73;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101904;STB=0.557728;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00947834;OID=.;OPOS=142480034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:305:122:125:172:180:0.590164:92:80:73:49:96:84:76:49 chr7 142480067 . C T 558.33 PASS AF=0.317181;AO=72;DP=228;FAO=72;FDP=227;FR=.;FRO=155;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=70;FSRR=85;FWDB=0.0307302;FXX=0.00438577;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.282;QD=9.83843;RBI=0.0313103;REFB=0.00651849;REVB=0.00599927;RO=154;SAF=44;SAR=28;SRF=69;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192556;STB=0.608985;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00592245;OID=.;OPOS=142480067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:154:155:72:72:0.317181:28:44:69:85:28:44:70:85 chr7 142481234 . T C 1901.93 PASS AF=1;AO=123;DP=126;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231749;FXX=0.0158718;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.913;QD=61.3526;RBI=0.0432471;REFB=0;REVB=0.0365134;RO=0;SAF=63;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36312e-05;OID=.;OPOS=142481234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:124:0:0:123:124:1:60:63:0:0:60:64:0:0 chr7 142481352 . C T 124.65 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.046885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1587;QD=10.1757;RBI=0.0523193;REFB=-0.017976;REVB=0.0232187;RO=34;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723881;STB=0.54342;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0690385;OID=.;OPOS=142481352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:7:8:16:18:7:8:16:18 chr7 142481376 . T A 288.14 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.250723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.142;QD=52.389;RBI=0.266605;REFB=0;REVB=0.0906438;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0170848;OID=.;OPOS=142481376;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:18:22:1:16:2:0:0:18:4:0:0 chr7 142481807 . C T 2368.52 PASS AF=0.993631;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.885;QD=60.3444;RBI=0.0282438;REFB=-0.0886109;REVB=0.0175883;RO=1;SAF=84;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563026;STB=0.502958;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000174926;OID=.;OPOS=142481807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:1:1:156:156:0.993631:72:84:1:0:72:84:1:0 chr7 142481867 . C G 2182.0 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418516;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1902;QD=63.2463;RBI=0.0599821;REFB=0;REVB=-0.0429686;RO=0;SAF=72;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.69029e-06;OID=.;OPOS=142481867;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:138:0:0:138:138:1:66:72:0:0:66:72:0:0 chr7 142494043 . CAGAAA ACTGTG,GCGGGA 91.06 PASS AF=0.777778,0.222222;AO=2,2;DP=18;FAO=7,2;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7,2;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00231196,-0.0211798;FXX=0.499722;HRUN=2,2;LEN=6,5;MLLD=172.575,63.2402;QD=40.4717;RBI=0.00231196,0.0211798;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=2,2;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0360598,-0.021719;OID=.,.;OPOS=142494043,142494043;OREF=CAGAAA,CAGAA;OALT=ACTGTG,GCGGG;OMAPALT=ACTGTG,GCGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:18:9:0:0:2,2:7,2:0.777778,0.222222:0,0:2,2:0:0:0,0:7,2:0:0 chr7 142495126 . GG AT 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144721;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=185.622;QD=55.6561;RBI=0.0700837;REFB=0;REVB=0.0685732;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000351472;OID=.;OPOS=142495126;OREF=GG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr7 142498735 . A C 207.5 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.016979;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.181;QD=11.2163;RBI=0.0169793;REFB=-0.00524109;REVB=-9.913e-05;RO=47;SAF=15;SAR=11;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02152;STB=0.504261;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0102058;OID=.;OPOS=142498735;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:48:26:26:0.351351:11:15:28:19:11:15:28:20 chr7 142498738 . C G 231.47 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.01517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.024;QD=12.3448;RBI=0.015257;REFB=-0.000884974;REVB=-0.00162657;RO=47;SAF=16;SAR=12;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271797;STB=0.515614;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00163677;OID=.;OPOS=142498738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:12:16:28:19:12:16:28:19 chr7 142498813 . G A 740.78 PASS AF=0.510638;AO=72;DP=142;FAO=72;FDP=141;FR=.;FRO=69;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0241404;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4914;QD=21.0149;RBI=0.0245407;REFB=-0.00310129;REVB=-0.00441418;RO=69;SAF=45;SAR=27;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952635;STB=0.552471;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.002151;OID=.;OPOS=142498813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:69:69:72:72:0.510638:27:45:36:33:27:45:36:33 chr7 142498833 . A T 688.6 PASS AF=0.454545;AO=74;DP=164;FAO=75;FDP=165;FR=.;FRO=90;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=0.0265977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8046;QD=16.6934;RBI=0.066111;REFB=0.000282541;REVB=0.0605246;RO=86;SAF=39;SAR=35;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00366437;STB=0.507287;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000205984;OID=.;OPOS=142498833;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:86:90:74:75:0.454545:35:39:45:41:36:39:48:42 chr7 142498837 . C T 719.71 PASS AF=0.455621;AO=77;DP=168;FAO=77;FDP=169;FR=.;FRO=92;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=0.0260885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.9926;QD=17.0346;RBI=0.0271054;REFB=0.00230658;REVB=-0.00735492;RO=90;SAF=41;SAR=36;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116986;STB=0.500077;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0030001;OID=.;OPOS=142498837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:90:92:77:77:0.455621:36:41:49:41:36:41:49:43 chr7 142498897 . A G 648.07 PASS AF=0.44375;AO=70;DP=159;FAO=71;FDP=160;FR=.;FRO=89;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=0.00533949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.187;QD=16.2018;RBI=0.00876108;REFB=-0.024055;REVB=-0.00694597;RO=88;SAF=29;SAR=41;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640324;STB=0.534168;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0263361;OID=.;OPOS=142498897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:88:89:70:71:0.44375:41:29:42:46:41:30:43:46 chr7 142499071 . T C 1556.49 PASS AF=0.798701;AO=122;DP=154;FAO=123;FDP=154;FR=.;FRO=31;FSAF=51;FSAR=72;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0429457;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.27;QD=40.4282;RBI=0.0434577;REFB=-0.0262939;REVB=0.00665152;RO=31;SAF=51;SAR=71;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629363;STB=0.534016;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00397611;OID=.;OPOS=142499071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:31:31:122:123:0.798701:71:51:18:13:72:51:18:13 chr7 142510309 . A G 445.69 PASS AF=0.398438;AO=51;DP=128;FAO=51;FDP=128;FR=.;FRO=77;FSAF=39;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0544599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3326;QD=13.9277;RBI=0.058919;REFB=-0.00220027;REVB=0.0224849;RO=77;SAF=39;SAR=12;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295381;STB=0.668344;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00285575;OID=.;OPOS=142510309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:77:77:51:51:0.398438:12:39:40:37:12:39:40:37 chr7 142510350 . G A 570.68 PASS AF=0.389535;AO=66;DP=172;FAO=67;FDP=172;FR=.;FRO=105;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=0.0289301;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.48;QD=13.2715;RBI=0.0289859;REFB=-0.00149883;REVB=0.00179759;RO=101;SAF=44;SAR=22;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251961;STB=0.635394;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00428409;OID=.;OPOS=142510350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:101:105:66:67:0.389535:22:44:44:57:23:44:46:59 chr7 142510446 . G A 645.87 PASS AF=0.396739;AO=73;DP=183;FAO=73;FDP=184;FR=.;FRO=111;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=52;FSRR=59;FWDB=0.00744946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.401;QD=14.0407;RBI=0.00758831;REFB=-0.0149527;REVB=-0.00144499;RO=110;SAF=44;SAR=29;SRF=52;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14021;STB=0.581708;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0225084;OID=.;OPOS=142510446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:110:111:73:73:0.396739:29:44:52:58:29:44:52:59 chr7 142564300 . G A 458.61 PASS AF=0.33526;AO=58;DP=173;FAO=58;FDP=173;FR=.;FRO=115;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=54;FSRR=61;FWDB=-0.0177301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4367;QD=10.6038;RBI=0.0177415;REFB=-0.0035929;REVB=0.00063728;RO=111;SAF=29;SAR=29;SRF=52;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036134;STB=0.520224;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0093883;OID=.;OPOS=142564300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:111:115:58:58:0.33526:29:29:52:59:29:29:54:61 chr7 143017807 . G T 2273.74 PASS AF=0.934524;AO=157;DP=168;FAO=157;FDP=168;FR=.;FRO=11;FSAF=118;FSAR=39;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00237043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.334;QD=54.1366;RBI=0.00760921;REFB=-0.157024;REVB=0.00723057;RO=10;SAF=118;SAR=39;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00739857;STB=0.505872;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.000873696;OID=.;OPOS=143017807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:168:168:10:11:157:157:0.934524:39:118:8:2:39:118:9:2 chr7 143042837 . C T 1246.42 PASS AF=0.976471;AO=82;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0316284;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.538;QD=58.6552;RBI=0.0318697;REFB=-0.12534;REVB=0.0039138;RO=1;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902111;STB=0.509257;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00326447;OID=.;OPOS=143042837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:1:2:82:83:0.976471:52:30:0:1:53:30:0:2 chr7 143053260 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0064002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.521;QD=58.061;RBI=0.0180848;REFB=0;REVB=0.0169144;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89265e-05;OID=.;OPOS=143053260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr7 143088440 . G A 200.93 PASS AF=0.196629;AO=35;DP=178;FAO=35;FDP=178;FR=.;FRO=143;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=76;FSRR=67;FWDB=-0.0144766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.881;QD=4.5153;RBI=0.0581114;REFB=-0.0023729;REVB=0.0562794;RO=142;SAF=10;SAR=25;SRF=75;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31477;STB=0.70021;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0175845;OID=.;OPOS=143088440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:142:143:35:35:0.196629:25:10:75:67:25:10:76:67 chr7 143088823 . T C,G 656.96 PASS AF=0.930233,0.0697674;AO=38,3;DP=42;FAO=40,3;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23,3;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133253,0.00344371;FXX=0.0227221;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.701,124.682;QD=61.1127;RBI=0.0227584,0.0209522;REFB=0,0;REVB=0.0184494,-0.0206672;RO=0;SAF=22,3;SAR=16,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000948839,0.0897885;OID=.,.;OPOS=143088823,143088823;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:42:43:0:0:38,3:40,3:0.930233,0.0697674:16,0:22,3:0:0:17,0:23,3:0:0 chr7 143088867 . T C 465.65 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.861;QD=58.2056;RBI=0.0504722;REFB=0;REVB=-0.0504187;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146358;OID=.;OPOS=143088867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:12:19:0:0:12:20:0:0 chr7 143090852 . G A 1136.96 PASS AF=0.696296;AO=94;DP=135;FAO=94;FDP=135;FR=.;FRO=41;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0374944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7398;QD=33.6876;RBI=0.0565631;REFB=0.0176576;REVB=0.0423504;RO=41;SAF=45;SAR=49;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189482;STB=0.510173;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.00543265;OID=.;OPOS=143090852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:41:41:94:94:0.696296:49:45:21:20:49:45:21:20 chr7 143093538 . G A 2249.9 PASS AF=0.980519;AO=151;DP=154;FAO=151;FDP=154;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=84;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0249518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8647;QD=58.4388;RBI=0.0496418;REFB=-0.0359453;REVB=-0.0429152;RO=3;SAF=67;SAR=84;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00835652;STB=0.504394;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.000271665;OID=.;OPOS=143093538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:154:154:3:3:151:151:0.980519:84:67:2:1:84:67:2:1 chr7 143097100 . A G 754.63 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.06153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1595;QD=54.8823;RBI=0.0651408;REFB=-0.095743;REVB=0.0213867;RO=1;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149611;STB=0.507934;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00300466;OID=.;OPOS=143097100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:31:23:0:1:31:23:0:1 chr7 143140748 . G C 493.39 PASS AF=0.597403;AO=44;DP=77;FAO=46;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00810429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8042;QD=25.6306;RBI=0.0347524;REFB=-0.00713169;REVB=0.0337942;RO=30;SAF=22;SAR=22;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515248;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00695057;OID=.;OPOS=143140748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:31:44:46:0.597403:22:22:15:15:24:22:16:15 chr7 143141475 . T C 1065.5 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499731;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3821;QD=60.0283;RBI=0.0683224;REFB=0;REVB=0.04659;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007376;OID=.;OPOS=143141475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr7 143270172 . A G 964.14 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546146;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.1395;QD=58.4327;RBI=0.103702;REFB=0;REVB=-0.088155;RO=0;SAF=12;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192626;OID=.;OPOS=143270172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:53:12:0:0:54:12:0:0 chr7 143421544 . G T 50.11 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.1835;QD=18.2217;RBI=0.00223225;REFB=-0.0794704;REVB=-0.00223225;RO=3;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.028188;OID=.;OPOS=143421544;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:3:4:7:7:0.636364:7:0:0:3:7:0:0:4 chr7 143632618 . C T 2311.97 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.305;QD=63.7783;RBI=0.0390116;REFB=0;REVB=0.0323709;RO=0;SAF=85;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134622;OID=.;OPOS=143632618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:60:85:0:0:60:85:0:0 chr7 143633297 . A G 739.75 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.693;QD=56.9041;RBI=0.030534;REFB=0;REVB=-0.00365912;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112213;OID=.;OPOS=143633297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:32:19:0:0:32:20:0:0 chr7 143657801 . A G 2008.45 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.044;QD=62.2774;RBI=0.0353497;REFB=0;REVB=-0.0122806;RO=0;SAF=69;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43945e-05;OID=.;OPOS=143657801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:60:69:0:0:60:69:0:0 chr7 143701516 . C T 343.21 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00834587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.09;QD=24.085;RBI=0.0185708;REFB=-0.0242512;REVB=-0.0165898;RO=23;SAF=13;SAR=21;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168027;STB=0.592422;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0183631;OID=.;OPOS=143701516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:21:13:14:9:21:13:14:9 chr7 143701884 . C T 738.39 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0409837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5501;QD=54.6957;RBI=0.0412347;REFB=-0.0281276;REVB=-0.0045428;RO=1;SAF=20;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229721;STB=0.51219;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00129401;OID=.;OPOS=143701884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:33:20:1:0:33:20:1:0 chr7 143748364 . T C 1914.98 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.146;QD=61.7736;RBI=0.0347389;REFB=0;REVB=0.0339786;RO=0;SAF=67;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.60146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7138e-05;OID=.;OPOS=143748364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:123:124:1:56:67:0:0:56:68:0:0 chr7 143771408 . G C 1079.73 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.861;QD=59.1633;RBI=0.0272286;REFB=0;REVB=0.0250349;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506856;OID=.;OPOS=143771408;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:71:73:1:38:33:0:0:39:34:0:0 chr7 143771536 . G A 1827.12 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127529;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.563;QD=60.4007;RBI=0.0248134;REFB=-0.037883;REVB=0.0212854;RO=1;SAF=61;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772376;STB=0.504064;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000637001;OID=.;OPOS=143771536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:121:1:1:120:120:0.991736:59:61:1:0:59:61:1:0 chr7 143771557 . T C 888.8 PASS AF=0.606061;AO=80;DP=132;FAO=80;FDP=132;FR=.;FRO=52;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.000723536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.642;QD=26.9334;RBI=0.00286102;REFB=-0.00561501;REVB=0.00276802;RO=51;SAF=39;SAR=41;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300824;STB=0.520063;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00320215;OID=.;OPOS=143771557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:51:52:80:80:0.606061:41:39:27:24:41:39:28:24 chr7 143771937 . G C 1323.14 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171321;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.092;QD=61.5416;RBI=0.0178652;REFB=0;REVB=0.00506504;RO=0;SAF=32;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106034;OID=.;OPOS=143771937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:86:0:0:81:86:1:49:32:0:0:52:34:0:0 chr7 143792334 . T TG 214.1 PASS AF=0.346939;AO=43;DP=150;FAO=51;FDP=147;FR=.;FRO=96;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=-0.00493143;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.9729;QD=5.82574;RBI=0.186572;REFB=0.0221021;REVB=0.186507;RO=93;SAF=26;SAR=17;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679659;STB=0.571714;STBP=0.227;TYPE=ins;VARB=-0.0296578;OID=.;OPOS=143792335;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346939:43:150:51:147:96:32:19:50:46:99:93:26:17:51:42 chr7 143807515 . T G 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.938;QD=58.4178;RBI=0.0983215;REFB=0;REVB=0.0969829;RO=0;SAF=43;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165046;OID=.;OPOS=143807515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:20:43:0:0:20:43:0:0 chr7 143807518 . T C 920.84 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.113;QD=58.466;RBI=0.01588;REFB=0;REVB=0.013061;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1653e-05;OID=.;OPOS=143807518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:63:0:0:58:63:1:20:38:0:0:20:43:0:0 chr7 143826603 . G T 1249.45 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102695;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.661;QD=61.7011;RBI=0.00689954;REFB=0;REVB=-0.00682269;RO=0;SAF=54;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.32973e-05;OID=.;OPOS=143826603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:27:54:0:0:27:54:0:0 chr7 143826697 . C A,G 536.41 PASS AF=0.34375,0.421875;AO=22,27;DP=64;FAO=22,27;FDP=64;FR=.;FRO=15;FSAF=22,4;FSAR=0,23;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=0.0410759,-0.0312886;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=55.1209,51.6805;QD=33.5258;RBI=0.0410763,0.0318538;REFB=-0.203897,0.0124791;REVB=-0.000191671,0.00597363;RO=15;SAF=22,4;SAR=0,23;SRF=15;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.589529;STB=0.5,0.82583;STBP=1,0;TYPE=snp,snp;VARB=0.144288,0.0171073;OID=.,.;OPOS=143826697,143826697;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:64:64:15:15:22,27:22,27:0.34375,0.421875:0,23:22,4:15:0:0,23:22,4:15:0 chr7 143826729 . ACTT A 479.86 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431016;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=247.497;QD=58.165;RBI=0.0449987;REFB=0;REVB=0.0129281;RO=0;SAF=5;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000169147;OID=.;OPOS=143826730;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:32:33:33:0:6:27:0:0:4:0:5:27:0:0 chr7 143882673 . C T 201.29 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.020611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9658;QD=28.755;RBI=0.036551;REFB=0.0178341;REVB=-0.0301855;RO=9;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821641;STB=0.545407;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.0106466;OID=.;OPOS=143882673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:9:10:6:3:9:10:6:3 chr7 143884103 . G A 1376.5 PASS AF=0.651934;AO=114;DP=178;FAO=118;FDP=181;FR=.;FRO=63;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.029689;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.461;QD=30.4199;RBI=0.0307761;REFB=-0.0283048;REVB=0.0081075;RO=64;SAF=51;SAR=63;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562019;STB=0.52914;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0111137;OID=.;OPOS=143884103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:181:64:63:114:118:0.651934:63:51:34:30:66:52:33:30 chr7 143884139 . G A 375.54 PASS AF=0.275132;AO=52;DP=185;FAO=52;FDP=189;FR=.;FRO=137;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=64;FSRR=73;FWDB=-0.00795313;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.391;QD=7.94791;RBI=0.0233846;REFB=-0.00265904;REVB=0.0219906;RO=132;SAF=22;SAR=30;SRF=63;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668121;STB=0.532385;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00640908;OID=.;OPOS=143884139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:189:132:137:52:52:0.275132:30:22:63:69:30:22:64:73 chr7 144015434 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.433;QD=49.5976;RBI=0.0105066;REFB=0;REVB=0.0029369;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119212;OID=.;OPOS=144015434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:9:8:0:0:9:9:0:0 chr7 144015437 . C T 239.4 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.963;QD=50.4006;RBI=0.018942;REFB=0;REVB=0.0180023;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337966;OID=.;OPOS=144015437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:9:10:0:0 chr7 144060802 . C T 239.36 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.082;QD=50.3922;RBI=0.0171365;REFB=0;REVB=-0.00670712;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.01427e-05;OID=.;OPOS=144060802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr7 144095600 . A G 246.27 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00183936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1155;QD=46.9077;RBI=0.0158943;REFB=0.0188392;REVB=-0.0157875;RO=1;SAF=12;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368683;STB=0.51998;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.010439;OID=.;OPOS=144095600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:8:12:1:0:8:12:1:0 chr7 144096168 . C T 66.93 PASS AF=0.3;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.00746487;FXX=0.0908816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.442;QD=8.92429;RBI=0.0125437;REFB=-0.0265018;REVB=0.0100807;RO=21;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254235;STB=0.515754;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0255859;OID=.;OPOS=144096168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:33:30:21:21:9:9:0.3:7:2:5:16:7:2:5:16 chr7 144098992 . G A 1396.79 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0348864;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5003;QD=61.3974;RBI=0.0656045;REFB=0.0348101;REVB=0.0555597;RO=2;SAF=73;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556221;STB=0.514283;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.000354369;OID=.;OPOS=144098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:2:1:89:90:0.989011:16:73:0:2:17:73:0:1 chr7 144547012 . T C 387.3 PASS AF=0.304094;AO=52;DP=171;FAO=52;FDP=171;FR=.;FRO=119;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=56;FSRR=63;FWDB=-0.0149717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.242;QD=9.05968;RBI=0.0154422;REFB=0.000875989;REVB=0.00378278;RO=118;SAF=14;SAR=38;SRF=56;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2645;STB=0.652859;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0019031;OID=.;OPOS=144547012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:118:119:52:52:0.304094:38:14:56:62:38:14:56:63 chr7 146113454 . C T 1415.52 PASS AF=0.552301;AO=132;DP=239;FAO=132;FDP=239;FR=.;FRO=107;FSAF=81;FSAR=51;FSRF=68;FSRR=39;FWDB=0.0183214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.524;QD=23.6907;RBI=0.0278107;REFB=-0.0176858;REVB=-0.0209227;RO=106;SAF=81;SAR=51;SRF=68;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242162;STB=0.510375;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0133782;OID=.;OPOS=146113454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:106:107:132:132:0.552301:51:81:68:38:51:81:68:39 chr7 147528905 . G T 496.02 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0194972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.8925;QD=17.8746;RBI=0.0215827;REFB=0.0067997;REVB=-0.009256;RO=58;SAF=22;SAR=31;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129115;STB=0.571694;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00980975;OID=.;OPOS=147528905;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:58:53:53:0.477477:31:22:32:26:31:22:32:26 chr7 148113623 . ATAGTT A 926.89 PASS AF=1;AO=60;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453787;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=5;MLLD=296.064;QD=57.0393;RBI=0.0455647;REFB=0;REVB=-0.0041127;RO=0;SAF=17;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000467402;OID=.;OPOS=148113624;OREF=TAGTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:64:65:65:0:18:47:0:0:5:0:17:43:0:0 chr7 148131742 . G A 351.33 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0122791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.275;QD=23.4218;RBI=0.0244084;REFB=-0.0135719;REVB=0.0210949;RO=25;SAF=11;SAR=24;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105328;STB=0.558105;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0128747;OID=.;OPOS=148131742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:24:11:11:14:24:11:11:14 chr7 148143136 . A G 2474.71 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3327;QD=61.4834;RBI=0.0447482;REFB=0;REVB=-0.0266835;RO=0;SAF=88;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223471;OID=.;OPOS=148143136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:73:88:0:0:73:88:0:0 chr7 148481488 . G A 987.79 PASS AF=0.721739;AO=83;DP=115;FAO=83;FDP=115;FR=.;FRO=32;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=-0.00284027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.954;QD=34.358;RBI=0.00470436;REFB=-0.0166831;REVB=-0.00375018;RO=32;SAF=53;SAR=30;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100944;STB=0.553985;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00810096;OID=.;OPOS=148481488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:32:32:83:83:0.721739:30:53:26:6:30:53:26:6 chr7 148484179 . C T 34.26 PASS AF=0.09;AO=9;DP=99;FAO=9;FDP=100;FR=.;FRO=91;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=54;FWDB=-0.0272727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7123;QD=1.3703;RBI=0.0286317;REFB=-0.00701852;REVB=-0.00871627;RO=89;SAF=2;SAR=7;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231368;STB=0.690679;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0814235;OID=.;OPOS=148484179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:99:100:89:91:9:9:0.09:7:2:36:53:7:2:37:54 chr7 148506396 . A C 497.19 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00997894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.466;QD=23.6758;RBI=0.0132477;REFB=-0.0157156;REVB=0.00871334;RO=37;SAF=22;SAR=25;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058109;STB=0.531901;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0103717;OID=.;OPOS=148506396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:37:47:47:0.559524:25:22:20:17:25:22:20:17 chr7 148702351 . G A 411.55 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0188909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.918;QD=18.4965;RBI=0.037368;REFB=-0.0248936;REVB=-0.0322413;RO=45;SAF=23;SAR=19;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283734;STB=0.525761;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.033571;OID=.;OPOS=148702351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:47:42:42:0.47191:19:23:26:19:19:23:28:19 chr7 148769095 . G A 94.7 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0335631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.902;QD=6.64553;RBI=0.0370548;REFB=-0.0130468;REVB=0.0157028;RO=43;SAF=11;SAR=3;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470341;STB=0.791151;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0179832;OID=.;OPOS=148769095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:43:43:14:14:0.245614:3:11:17:26:3:11:17:26 chr7 148801091 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.58;QD=59.4342;RBI=0.0118054;REFB=0;REVB=-0.0114146;RO=0;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.13746e-06;OID=.;OPOS=148801091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:8:27:0:0:8:27:0:0 chr7 148801658 . C T 805.04 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.917;QD=64.4034;RBI=0.0294893;REFB=0;REVB=0.0272361;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70947e-05;OID=.;OPOS=148801658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr7 148801871 . G A 77.2 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00408474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.211;QD=4.67849;RBI=0.0229046;REFB=-0.00150214;REVB=0.0225374;RO=52;SAF=4;SAR=9;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266348;STB=0.678967;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00610194;OID=.;OPOS=148801871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:66:66:52:53:13:13:0.19697:9:4:27:25:9:4:28:25 chr7 148822810 . C T 3371.84 PASS AF=1;AO=216;DP=216;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.545;QD=62.1538;RBI=0.0681561;REFB=0;REVB=0.0159503;RO=0;SAF=106;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56213e-05;OID=.;OPOS=148822810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:216:217:0:0:216:217:1:110:106:0:0:110:107:0:0 chr7 148848358 . G A 756.87 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.016289;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.515;QD=61.7849;RBI=0.0393021;REFB=-0.109135;REVB=0.0357676;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165072;STB=0.508768;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00370098;OID=.;OPOS=148848358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:49:1:1:48:48:0.979592:28:20:0:1:28:20:0:1 chr7 148851213 . G A 972.38 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0150113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.783;QD=54.7821;RBI=0.0335671;REFB=-0.0732225;REVB=0.0300235;RO=3;SAF=33;SAR=35;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121383;STB=0.506427;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00278121;OID=.;OPOS=148851213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:3:3:68:68:0.957746:35:33:1:2:35:33:1:2 chr7 148909482 . C T 918.15 PASS AF=0.532544;AO=90;DP=169;FAO=90;FDP=169;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-4.78967e-06;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.979;QD=21.7314;RBI=0.0071998;REFB=-0.0106946;REVB=0.0071998;RO=79;SAF=38;SAR=52;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018162;STB=0.509939;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00907518;OID=.;OPOS=148909482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:79:79:90:90:0.532544:52:38:35:44:52:38:35:44 chr7 148910878 . C T 156.09 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0120577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7171;QD=9.4598;RBI=0.0315062;REFB=-0.00455272;REVB=-0.0291076;RO=45;SAF=10;SAR=11;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117001;STB=0.568901;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.011033;OID=.;OPOS=148910878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:11:10:26:19:11:10:26:19 chr7 148937136 . C A 190.64 PASS AF=0.263636;AO=27;DP=108;FAO=29;FDP=110;FR=.;FRO=81;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=0.00373332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.372;QD=6.9322;RBI=0.00938594;REFB=-0.00738635;REVB=0.00861152;RO=81;SAF=10;SAR=17;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016284;STB=0.523762;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0208451;OID=.;OPOS=148937136;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:81:81:27:29:0.263636:17:10:31:50:17:12:31:50 chr7 148947353 . C T 347.65 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00287639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.888;QD=19.866;RBI=0.00979971;REFB=-0.00314543;REVB=0.00936807;RO=34;SAF=25;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208928;STB=0.616429;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00220883;OID=.;OPOS=148947353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:11:25:16:18:11:25:16:18 chr7 148963763 . G A 316.58 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.016745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.396;QD=17.8355;RBI=0.0302066;REFB=-0.00945216;REVB=-0.0251405;RO=37;SAF=23;SAR=11;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136387;STB=0.576498;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00796212;OID=.;OPOS=148963763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:11:23:20:17:11:23:20:17 chr7 148979649 . G T 499.29 PASS AF=0.358824;AO=61;DP=170;FAO=61;FDP=170;FR=.;FRO=109;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=58;FWDB=-0.0110447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.567;QD=11.748;RBI=0.0195197;REFB=-0.013709;REVB=-0.0160946;RO=109;SAF=26;SAR=35;SRF=51;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474893;STB=0.527079;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0201053;OID=.;OPOS=148979649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:109:109:61:61:0.358824:35:26:51:58:35:26:51:58 chr7 149112306 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0035314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.052;QD=57.1059;RBI=0.0113294;REFB=0;REVB=-0.010765;RO=0;SAF=15;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62182e-05;OID=.;OPOS=149112306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:39:15:0:0:39:16:0:0 chr7 149129800 . G A 67.42 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00783856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.875;QD=13.4844;RBI=0.0660374;REFB=-0.0185558;REVB=0.0655705;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176743;STB=0.604168;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0404159;OID=.;OPOS=149129800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:4:7:4:5:4:7 chr7 149191319 . CGGGGG CGGGG,CGGGGC 61.99 PASS AF=0.25,0.0178571;AO=13,3;DP=56;FAO=14,1;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=5,1;FSAR=9,0;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0549979,-0.0379048;FXX=0.0175408;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.268,29.1507;QD=4.42794;RBI=0.10583,0.0518707;REFB=0.00623676,0.00413269;REVB=0.0904168,0.035409;RO=36;SAF=5,3;SAR=8,0;SRF=9;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.181303,0.65547;STB=0.533095,0.993409;STBP=0.809,0.232;TYPE=del,snp;VARB=-0.0499696,0.127468;OID=.,.;OPOS=149191320,149191324;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGGGG,CGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0.0178571:13,3:56:14,1:56:41:5,1:9,0:13:28:54:36:5,3:8,0:9:27 chr7 149191460 . G A 788.0 PASS AF=0.582677;AO=73;DP=126;FAO=74;FDP=127;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.00879141;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.044;QD=24.819;RBI=0.012332;REFB=-0.0107536;REVB=-0.00864814;RO=52;SAF=30;SAR=43;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362373;STB=0.526112;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00839904;OID=.;OPOS=149191460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:52:53:73:74:0.582677:43:30:19:33:43:31:19:34 chr7 149243619 . C T 91.86 PASS AF=0.217391;AO=14;DP=69;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.0125777;FXX=0.028165;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6056;QD=5.32521;RBI=0.0602182;REFB=-0.0111426;REVB=-0.05889;RO=53;SAF=4;SAR=10;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480744;STB=0.756453;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0434568;OID=.;OPOS=149243619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:69:69:53:54:14:15:0.217391:10:4:37:16:10:5:37:17 chr7 149317053 . T C 1394.02 PASS AF=0.560345;AO=130;DP=232;FAO=130;FDP=232;FR=.;FRO=102;FSAF=55;FSAR=75;FSRF=55;FSRR=47;FWDB=0.00853306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7448;QD=24.0348;RBI=0.0287032;REFB=-0.00636215;REVB=0.0274055;RO=102;SAF=55;SAR=75;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946244;STB=0.551463;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00366824;OID=.;OPOS=149317053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:102:102:130:130:0.560345:75:55:55:47:75:55:55:47 chr7 149317062 . C T 899.27 PASS AF=0.426087;AO=98;DP=231;FAO=98;FDP=230;FR=.;FRO=132;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=55;FSRR=77;FWDB=-0.00172285;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7327;QD=15.6395;RBI=0.0240471;REFB=-0.00408915;REVB=0.0239853;RO=131;SAF=51;SAR=47;SRF=55;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103003;STB=0.559337;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00738846;OID=.;OPOS=149317062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:131:132:98:98:0.426087:47:51:55:76:47:51:55:77 chr7 149318375 . C T 470.44 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00983154;FXX=0.0540395;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.719;QD=53.765;RBI=0.0124386;REFB=0.00453193;REVB=0.00761974;RO=2;SAF=12;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716814;STB=0.538438;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-1.49138e-05;OID=.;OPOS=149318375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:35:2:2:33:33:0.942857:21:12:2:0:21:12:2:0 chr7 149318409 . T C 68.67 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0428841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.298;QD=5.84385;RBI=0.0431716;REFB=-0.00737779;REVB=-0.00497482;RO=37;SAF=5;SAR=5;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164543;STB=0.510617;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.025233;OID=.;OPOS=149318409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:5:5:19:18:5:5:19:18 chr7 149318471 . C T 462.05 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0568514;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.6243;QD=24.3184;RBI=0.0928496;REFB=-0.0264784;REVB=0.0734095;RO=32;SAF=24;SAR=20;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828815;STB=0.545434;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0188796;OID=.;OPOS=149318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:32:44:44:0.578947:20:24:14:18:20:24:14:18 chr7 149332825 . C T 1136.63 PASS AF=0.771186;AO=91;DP=119;FAO=91;FDP=118;FR=.;FRO=27;FSAF=63;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=0.0232382;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.455;QD=38.5298;RBI=0.0288509;REFB=-0.00489308;REVB=0.0170985;RO=27;SAF=63;SAR=28;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831892;STB=0.544294;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00153798;OID=.;OPOS=149332825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:27:27:91:91:0.771186:28:63:23:4:28:63:23:4 chr7 149332843 . GCC GC,GCT 1226.18 PASS AF=0.12931,0.775862;AO=16,90;DP=119;FAO=15,90;FDP=116;FR=.;FRO=11;FSAF=15,62;FSAR=0,28;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0378277,-0.00628633;FXX=0.025208;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=7.77784,250.569;QD=42.2821;RBI=0.0385549,0.00756593;REFB=-0.132741,-0.0427505;REVB=-0.00745271,-0.00421016;RO=10;SAF=16,62;SAR=0,28;SRF=2;SRR=8;SSEN=0.34,0;SSEP=0,0;SSSB=0.855341,0.103024;STB=0.999076,0.550827;STBP=0,0.006;TYPE=del,snp;VARB=0.147919,0.0108129;OID=.,.;OPOS=149332844,149332845;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.12931,0.775862:16,90:119:15,90:116:11:15,62:0,28:3:8:45:10:16,62:0,28:2:8 chr7 149335542 . C T 864.8 PASS AF=0.718447;AO=74;DP=103;FAO=74;FDP=103;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=58;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00358631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4409;QD=33.5844;RBI=0.0289718;REFB=0.0192868;REVB=-0.0287489;RO=29;SAF=16;SAR=58;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260953;STB=0.641051;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00770712;OID=.;OPOS=149335542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:29:29:74:74:0.718447:58:16:18:11:58:16:18:11 chr7 149344105 . A G 314.61 PASS AF=0.96;AO=23;DP=26;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0247973;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.322;QD=50.3374;RBI=0.0250734;REFB=-0.0409572;REVB=0.0037107;RO=1;SAF=4;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102305;STB=0.555506;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000150876;OID=.;OPOS=149344105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:25:1:1:23:24:0.96:19:4:1:0:20:4:1:0 chr7 149388270 . CGG CCG,GCC 228.69 PASS AF=0.319149,0;AO=28,4;DP=94;FAO=30,0;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=24,0;FSAR=6,0;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0660038,0.0141172;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=1,3;MLLD=28.7678,45.4205;QD=9.73159;RBI=0.266899,0.282893;REFB=-0.0695588,-0.043062;REVB=-0.258609,-0.282541;RO=32;SAF=24,0;SAR=4,4;SRF=30;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.180851,-0.831995;STB=0.703368,0.5;STBP=0.007,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0459047,0;OID=.,.;OPOS=149388271,149388270;OREF=G,CGG;OALT=C,GCC;OMAPALT=CCG,GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:32:64:28,4:30,0:0.319149,0:4,4:24,0:30:2:6,0:24,0:35:29 chr7 149416721 . C T 212.8 PASS AF=0.267241;AO=31;DP=117;FAO=31;FDP=116;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=0.00488175;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.208;QD=7.33786;RBI=0.00828173;REFB=0.00559726;REVB=-0.00668996;RO=83;SAF=18;SAR=13;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179438;STB=0.503135;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.0192734;OID=.;OPOS=149416721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:83:85:31:31:0.267241:13:18:47:36:13:18:49:36 chr7 149422428 . G A 34.28 PASS AF=0.0698925;AO=13;DP=186;FAO=13;FDP=186;FR=.;FRO=173;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=92;FSRR=81;FWDB=-0.00209182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.898;QD=0.73718;RBI=0.0511474;REFB=-0.00105519;REVB=0.0511046;RO=173;SAF=6;SAR=7;SRF=92;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761852;STB=0.564975;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0149004;OID=.;OPOS=149422428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:186:186:173:173:13:13:0.0698925:7:6:92:81:7:6:92:81 chr7 149426305 . G GC 1018.55 PASS AF=1;AO=85;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.8853;QD=46.8297;RBI=0.0794787;REFB=0;REVB=0.0778855;RO=3;SAF=39;SAR=46;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000947158;OID=.;OPOS=149426306;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:85:89:87:87:0:40:47:0:0:19:3:39:46:2:1 chr7 149427409 . T G 1790.46 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.674;QD=59.6819;RBI=0.0887423;REFB=0;REVB=-0.0857564;RO=0;SAF=62;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07878e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120641;OID=.;OPOS=149427409;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:119:120:0:0:117:120:1:55:62:0:0:58:62:0:0 chr7 149462381 . C T 181.36 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00838319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.24;QD=32.9747;RBI=0.0184706;REFB=0.00786266;REVB=-0.0164585;RO=5;SAF=14;SAR=3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138711;STB=0.575678;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.000444327;OID=.;OPOS=149462381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:3:14:5:0:3:14:5:0 chr7 149462523 . C G 962.51 PASS AF=0.700855;AO=82;DP=117;FAO=82;FDP=117;FR=.;FRO=35;FSAF=73;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=0;FWDB=0.0120725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.013;QD=32.9063;RBI=0.0205429;REFB=-0.0204164;REVB=-0.0166213;RO=33;SAF=73;SAR=9;SRF=33;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17356;STB=0.596665;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00850414;OID=.;OPOS=149462523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:33:35:82:82:0.700855:9:73:33:0:9:73:35:0 chr7 149474393 . A G 373.22 PASS AF=0.454545;AO=39;DP=83;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=-0.0239015;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.9146;QD=16.9646;RBI=0.079113;REFB=-0.0112293;REVB=-0.0754161;RO=44;SAF=16;SAR=23;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163309;STB=0.575574;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0144613;OID=.;OPOS=149474393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:88:44:48:39:40:0.454545:23:16:11:33:24:16:13:35 chr7 149479335 . G C 1092.62 PASS AF=0.617284;AO=100;DP=162;FAO=100;FDP=162;FR=.;FRO=62;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0250368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.594;QD=26.9782;RBI=0.02504;REFB=-0.0159176;REVB=-0.000398706;RO=59;SAF=47;SAR=53;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437218;STB=0.519494;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00986069;OID=.;OPOS=149479335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:59:62:100:100:0.617284:53:47:24:35:53:47:26:36 chr7 149482819 . A C 137.92 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=27;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00499712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1884;QD=19.7022;RBI=0.00893421;REFB=-0.0504345;REVB=0.007406;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461491;STB=0.545395;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0263858;OID=.;OPOS=149482819;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:13:14:15:0.535714:9:5:4:9:9:6:4:9 chr7 149483237 . G A 602.16 PASS AF=0.437086;AO=66;DP=152;FAO=66;FDP=151;FR=.;FRO=85;FSAF=46;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=0.00712284;FXX=0.00657851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.907;QD=15.9512;RBI=0.0125497;REFB=-0.0229215;REVB=-0.0103324;RO=84;SAF=46;SAR=20;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175965;STB=0.602588;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0384203;OID=.;OPOS=149483237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:84:85:66:66:0.437086:20:46:45:39:20:46:45:40 chr7 149485059 . T C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0260863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.521;QD=10.6348;RBI=0.0346346;REFB=-0.0324744;REVB=-0.022783;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31536;STB=0.689206;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0427989;OID=.;OPOS=149485059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:4:9:3:5:4:9 chr7 149486294 . A G 895.54 PASS AF=0.620155;AO=80;DP=129;FAO=80;FDP=129;FR=.;FRO=49;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00290485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.606;QD=27.7685;RBI=0.0212625;REFB=-0.0434896;REVB=-0.0210631;RO=46;SAF=45;SAR=35;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278376;STB=0.520073;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0268563;OID=.;OPOS=149486294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:46:49:80:80:0.620155:35:45:24:22:35:45:25:24 chr7 149486382 . C G 619.39 PASS AF=0.584158;AO=59;DP=101;FAO=59;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0192371;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.177;QD=24.5304;RBI=0.0227016;REFB=-0.0185803;REVB=0.0120538;RO=42;SAF=41;SAR=18;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1249;STB=0.568354;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0115939;OID=.;OPOS=149486382;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:42:42:59:59:0.584158:18:41:23:19:18:41:23:19 chr7 149486719 . C G 191.42 PASS AF=0.363636;AO=23;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0249026;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.01;QD=11.6011;RBI=0.0249755;REFB=-0.022932;REVB=0.00190748;RO=42;SAF=17;SAR=6;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184175;STB=0.615968;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0482104;OID=.;OPOS=149486719;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:23:24:0.363636:6:17:25:17:6:18:25:17 chr7 149489491 . C T 501.79 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.00751363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.469;QD=24.7797;RBI=0.00951138;REFB=-0.0400639;REVB=0.00583196;RO=34;SAF=22;SAR=25;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158828;STB=0.586818;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0209382;OID=.;OPOS=149489491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:34:47:47:0.580247:25:22:23:11:25:22:23:11 chr7 149498893 . A G 675.04 PASS AF=0.637363;AO=58;DP=90;FAO=58;FDP=91;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0428419;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.358;QD=29.6719;RBI=0.0430475;REFB=-0.0277903;REVB=0.00420201;RO=31;SAF=30;SAR=28;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021459;STB=0.500758;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0152512;OID=.;OPOS=149498893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:31:33:58:58:0.637363:28:30:15:16:28:30:17:16 chr7 149498903 . T C 729.47 PASS AF=0.632653;AO=62;DP=98;FAO=62;FDP=98;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00422363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6749;QD=29.7742;RBI=0.00584703;REFB=-0.0227026;REVB=0.00404336;RO=35;SAF=31;SAR=31;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00950873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00930472;OID=.;OPOS=149498903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:35:36:62:62:0.632653:31:31:18:17:31:31:18:18 chr7 149498967 . C T 503.44 PASS AF=0.61039;AO=46;DP=76;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0678488;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.527;QD=26.1528;RBI=0.0688956;REFB=-0.0214444;REVB=0.0119643;RO=28;SAF=25;SAR=21;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797285;STB=0.533837;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0141154;OID=.;OPOS=149498967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:28:30:46:47:0.61039:21:25:12:16:21:26:14:16 chr7 149499284 . C T 496.1 PASS AF=0.709677;AO=44;DP=62;FAO=44;FDP=62;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0230521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.287;QD=32.0062;RBI=0.0256862;REFB=0.00379364;REVB=0.0113306;RO=18;SAF=17;SAR=27;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952679;STB=0.551401;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.00127826;OID=.;OPOS=149499284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:18:18:44:44:0.709677:27:17:4:14:27:17:4:14 chr7 149500809 . AGGGGG AGGGG,AGGGGC,GAGGGG 515.74 PASS AF=0.835294,0,0;AO=42,8,7;DP=86;FAO=71,0,0;FDP=85;FR=.;FRO=14;FSAF=50,0,0;FSAR=21,0,0;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0447077,0.0614349,-0.0155222;FXX=0.0229859;HRUN=5,5,1;LEN=1,1,2;MLLD=11.5402,11.7016,146.036;QD=24.2702;RBI=0.226386,0.0789644,0.0557288;REFB=-0.0988742,0.00242787,-0.012223;REVB=0.221927,-0.0496097,0.0535235;RO=19;SAF=39,0,7;SAR=3,8,0;SRF=10;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0.384615,0,0;SSSB=0.469348,-0.760413,0.732551;STB=0.525694,0.5,0.5;STBP=0.326,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0624839,0,0;OID=.,.,.;OPOS=149500810,149500814,149500809;OREF=G,G,AG;OALT=-,C,GA;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC,GAGGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:86:85:19:14:42,8,7:71,0,0:0.835294,0,0:3,8,0:39,0,7:10:9:21,0,0:50,0,0:8:6 chr7 149503843 . T G 1888.73 PASS AF=0.992063;AO=119;DP=120;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0108451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3723;QD=59.9597;RBI=0.0686368;REFB=-0.082628;REVB=-0.0677746;RO=1;SAF=53;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887767;STB=0.504201;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00344649;OID=.;OPOS=149503843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:126:1:1:119:125:0.992063:66:53:1:0:66:59:1:0 chr7 149503916 . GGATA G 1044.91 PASS AF=0.94;AO=82;DP=91;FAO=94;FDP=100;FR=.;FRO=6;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0410185;FXX=0.0384578;HRUN=3;LEN=4;MLLD=276.815;QD=41.7962;RBI=0.0547791;REFB=-0.0465497;REVB=0.0363076;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503888;STBP=0.778;TYPE=del;VARB=0.00316532;OID=.;OPOS=149503917;OREF=GATA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.94:82:91:94:100:6:41:53:3:3:5:0:37:45:0:0 chr7 149505378 . C T 245.3 PASS AF=0.229412;AO=39;DP=171;FAO=39;FDP=170;FR=.;FRO=131;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=60;FSRR=71;FWDB=0.0101042;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.592;QD=5.77166;RBI=0.0124574;REFB=-0.00765653;REVB=0.00728641;RO=130;SAF=19;SAR=20;SRF=61;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227093;STB=0.522503;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0259045;OID=.;OPOS=149505378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:130:131:39:39:0.229412:20:19:61:69:20:19:60:71 chr7 149506211 . G GC 3431.72 PASS AF=1;AO=281;DP=299;FAO=288;FDP=288;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0877978;FXX=0.0103089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.7986;QD=47.6628;RBI=0.0879787;REFB=-0.0181869;REVB=0.00563871;RO=15;SAF=158;SAR=123;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00369756;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000775338;OID=.;OPOS=149506212;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:281:299:288:288:0:162:126:0:0:57:15:158:123:9:6 chr7 149511984 . AA AG,GG 744.56 PASS AF=0.945455,0.0363636;AO=52,2;DP=55;FAO=52,2;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=20,2;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0230358,-0.0256756;FXX=0.017854;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=260.646,34.2175;QD=54.1501;RBI=0.0325307,0.0418392;REFB=-0.0652974,0.0666104;REVB=0.0229695,-0.0330346;RO=1;SAF=20,2;SAR=32,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0144938,0.697199;STB=0.507689,0.993266;STBP=0.511,0.227;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00216587,0.0557014;OID=.,.;OPOS=149511985,149511984;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:55:55:1:1:52,2:52,2:0.945455,0.0363636:32,0:20,2:0:1:32,0:20,2:0:1 chr7 149513152 . C T 84.71 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0978924;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.818;QD=19.9327;RBI=0.0989419;REFB=-0.000725994;REVB=-0.0143731;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051088;STB=0.529353;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00244867;OID=.;OPOS=149513152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:17:17:7:7:10:10:0.588235:5:5:3:4:5:5:3:4 chr7 149513560 . T C 1358.58 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.144;QD=62.4633;RBI=0.0287188;REFB=0;REVB=0.0273716;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40292e-05;OID=.;OPOS=149513560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:46:40:0:0:46:41:0:0 chr7 149515103 . C T 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.69;QD=59.1428;RBI=0.0533173;REFB=0;REVB=0.0334909;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06251e-05;OID=.;OPOS=149515103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr7 149515188 . TAA TA,TAC 310.79 PASS AF=1,0;AO=21,2;DP=24;FAO=25,0;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00167239,0.00132095;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.9988,7.49375;QD=49.726;RBI=0.0716393,0.097173;REFB=0,0;REVB=-0.0716198,-0.097164;RO=0;SAF=10,1;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.51176e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00337878,0.0368295;OID=.,.;OPOS=149515189,149515190;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=TA,TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:21,2:24:25,0:25:0:13,0:12,0:0:0:4:0:10,1:11,1:0:0 chr7 149515754 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.758;QD=62.9828;RBI=0.0219133;REFB=0;REVB=-0.0212244;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.3829e-05;OID=.;OPOS=149515754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr7 149515775 . C G 950.63 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390243;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.222;QD=58.5001;RBI=0.121224;REFB=0;REVB=0.114771;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137873;OID=.;OPOS=149515775;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:63:65:1:31:32:0:0:31:34:0:0 chr7 149515796 . C T 1138.59 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132649;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.015;QD=60.7251;RBI=0.0162053;REFB=0;REVB=0.0093089;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.41597e-06;OID=.;OPOS=149515796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr7 149516486 . A G 776.52 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.673;QD=63.389;RBI=0.0700844;REFB=0;REVB=0.0439332;RO=0;SAF=12;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174732;OID=.;OPOS=149516486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:46:49:1:34:12:0:0:34:15:0:0 chr7 149516881 . G T 1993.93 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514904;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.427;QD=62.3102;RBI=0.0599032;REFB=0;REVB=0.0306126;RO=0;SAF=79;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69612e-05;OID=.;OPOS=149516881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:128:0:0:126:128:1:47:79:0:0:47:81:0:0 chr7 149518148 . A G 411.45 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00840544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7005;QD=54.8605;RBI=0.0731174;REFB=0;REVB=-0.0726326;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00267254;OID=.;OPOS=149518148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:28:30:1:21:7:0:0:21:9:0:0 chr7 149518532 . TCCCA TCCA,TCCAC 1463.07 PASS AF=1,0;AO=98,5;DP=109;FAO=107,0;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=49,0;FSAR=58,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0639942,-0.0620643;FXX=0.0183469;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=22.6702,45.0897;QD=54.6944;RBI=0.123651,0.0799941;REFB=0,0;REVB=0.105803,0.0504686;RO=0;SAF=42,4;SAR=56,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.227976,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=8.10813e-05,0;OID=.,.;OPOS=149518533,149518535;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=TCCA,TCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:98,5:109:107,0:107:0:49,0:58,0:0:0:9:0:42,4:56,1:0:0 chr7 149518961 . T C 5331.11 PASS AF=0.985591;AO=329;DP=336;FAO=342;FDP=347;FR=.;FRO=5;FSAF=149;FSAR=193;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0222179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1901;QD=61.4537;RBI=0.0524326;REFB=0.0129013;REVB=0.0474925;RO=5;SAF=144;SAR=185;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012716;STB=0.506393;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.000383173;OID=.;OPOS=149518961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:336:347:5:5:329:342:0.985591:185:144:0:5:193:149:0:5 chr7 149519184 . C T 1510.3 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.899;QD=59.2274;RBI=0.039306;REFB=0;REVB=0.0289667;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113636;OID=.;OPOS=149519184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:100:102:1:50:50:0:0:51:51:0:0 chr7 149521183 . G A 2190.01 PASS AF=0.992958;AO=137;DP=139;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00906562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2127;QD=61.6904;RBI=0.0231377;REFB=-0.0878632;REVB=0.0212878;RO=0;SAF=78;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5753e-08;STB=0.504065;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000496051;OID=.;OPOS=149521183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:142:0:1:137:141:0.992958:59:78:0:0:61:80:0:1 chr7 149521544 . C T 1964.14 PASS AF=0.992424;AO=109;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=71;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.164134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.425;QD=59.5195;RBI=0.168341;REFB=-0.148266;REVB=0.0373996;RO=6;SAF=54;SAR=55;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498738;STB=0.503496;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00255742;OID=.;OPOS=149521544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:132:132:6:1:109:131:0.992424:55:54:6:0:60:71:1:0 chr7 149522162 . G T 5505.18 PASS AF=1;AO=342;DP=345;FAO=351;FDP=351;FR=.;FRO=0;FSAF=192;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212258;FXX=0.00847434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.693;QD=62.7371;RBI=0.0730087;REFB=0;REVB=0.0698551;RO=0;SAF=187;SAR=155;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.86889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4899e-05;OID=.;OPOS=149522162;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:345:351:0:0:342:351:1:155:187:0:0:159:192:0:0 chr7 149522366 . T G 1491.62 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00889316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.369;QD=63.4731;RBI=0.0101822;REFB=0;REVB=-0.00495868;RO=0;SAF=65;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.85568e-05;OID=.;OPOS=149522366;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:29:65:0:0:29:65:0:0 chr7 149523277 . A G 3838.5 PASS AF=1;AO=236;DP=237;FAO=243;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420449;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.101;QD=63.1851;RBI=0.0441542;REFB=0;REVB=0.0134838;RO=0;SAF=80;SAR=156;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39752e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361846;OID=.;OPOS=149523277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:237:243:0:0:236:243:1:156:80:0:0:157:86:0:0 chr7 149528262 . C T 1377.56 PASS AF=1;AO=82;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.9766;QD=59.8939;RBI=0.122146;REFB=0;REVB=0.0392237;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150121;OID=.;OPOS=149528262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:82:92:1:37:45:0:0:39:53:0:0 chr7 149530894 . G A 716.49 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00136572;FXX=0.0357079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.355;QD=53.0736;RBI=0.00832516;REFB=0.0685941;REVB=0.00821238;RO=2;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037641;STB=0.519992;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.000173589;OID=.;OPOS=149530894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:54:2:2:52:52:0.962963:24:28:0:2:24:28:0:2 chr7 149556518 . C T 1592.17 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.268;QD=58.9693;RBI=0.0378027;REFB=-0.133791;REVB=0.036394;RO=0;SAF=55;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000396309;OID=.;OPOS=149556518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:108:108:0:1:107:107:0.990741:52:55:0:0:52:55:0:1 chr7 149558167 . G A 177.78 PASS AF=0.292683;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=0.00766315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.296;QD=8.67196;RBI=0.04077;REFB=-0.0162186;REVB=-0.0400434;RO=58;SAF=8;SAR=16;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771986;STB=0.504583;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0403355;OID=.;OPOS=149558167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:58:58:24:24:0.292683:16:8:19:39:16:8:19:39 chr7 149558409 . G C 573.63 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.249;QD=60.382;RBI=0.0497886;REFB=0;REVB=0.0158439;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258745;OID=.;OPOS=149558409;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:23:14:0:0:23:15:0:0 chr7 149559273 . C T 1382.19 PASS AF=0.988889;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0130778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.306;QD=61.4309;RBI=0.0213386;REFB=-0.00258859;REVB=0.0168614;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=1.56784e-05;OID=.;OPOS=149559273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:90:0:1:87:89:0.988889:43:44:0:0:44:45:1:0 chr7 149559465 . C T 1405.68 PASS AF=0.960784;AO=98;DP=102;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=60;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0123673;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3603;QD=55.1248;RBI=0.0413704;REFB=-0.157867;REVB=0.0394786;RO=4;SAF=60;SAR=38;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281457;STB=0.514857;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00411224;OID=.;OPOS=149559465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:102:102:4:4:98:98:0.960784:38:60:1:3:38:60:1:3 chr7 149562627 . CCG C,CCA,CCC 648.11 PASS AF=1,0,0;AO=39,2,2;DP=43;FAO=42,0,0;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0,0;FSAR=6,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026579,0.0259961,0.0184126;FXX=0;HRUN=4,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=161.139,115.512,131.267;QD=61.7245;RBI=0.0458051,0.0983652,0.101335;REFB=0,0,0;REVB=-0.037305,-0.0948679,-0.0996483;RO=0;SAF=33,2,2;SAR=6,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.402516,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-4.75134e-05,0,0;OID=.,.,.;OPOS=149562628,149562629,149562629;OREF=CG,G,G;OALT=-,A,C;OMAPALT=C,CCA,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:39,2,2:43:42,0,0:42:0:36,0,0:6,0,0:0:0:4:0:33,2,2:6,0,0:0:0 chr7 149576818 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.056253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.875;QD=62.3509;RBI=0.0562673;REFB=0;REVB=-0.00126956;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179037;OID=.;OPOS=149576818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:21:22:0:0 chr7 149983565 . T C 711.97 PASS AF=0.486486;AO=69;DP=147;FAO=72;FDP=148;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=0.00985052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.59;QD=19.2425;RBI=0.011036;REFB=-0.00938122;REVB=-0.00497603;RO=72;SAF=37;SAR=32;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974799;STB=0.568843;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00968199;OID=.;OPOS=149983565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:72:76:69:72:0.486486:32:37:31:41:32:40:32:44 chr7 149990431 . G A 494.26 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0340917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5785;QD=16.2053;RBI=0.060943;REFB=-0.00724618;REVB=-0.0505154;RO=68;SAF=23;SAR=31;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059901;STB=0.533485;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00893827;OID=.;OPOS=149990431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:68:54:54:0.442623:31:23:33:35:31:23:33:35 chr7 150028958 . A G 388.63 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.00540315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.579;QD=17.8682;RBI=0.00542646;REFB=-0.00702349;REVB=-0.000502405;RO=45;SAF=24;SAR=17;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799738;STB=0.536824;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0135954;OID=.;OPOS=150028958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:46:41:41:0.471264:17:24:30:15:17:24:30:16 chr7 150034184 . T C 183.1 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0450144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.999;QD=25.2545;RBI=0.0450488;REFB=-0.0566083;REVB=0.00175906;RO=11;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927626;STB=0.551667;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0261016;OID=.;OPOS=150034184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:9:9:4:7:9:9:4:7 chr7 150034378 . A G 318.47 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0137391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.911;QD=23.1616;RBI=0.0141256;REFB=-0.0184784;REVB=-0.00328159;RO=23;SAF=12;SAR=20;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476644;STB=0.526299;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0135346;OID=.;OPOS=150034378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:20:12:10:13:20:12:10:13 chr7 150035183 . C T 356.15 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0146773;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.273;QD=21.9166;RBI=0.0187346;REFB=-0.0212932;REVB=0.011643;RO=29;SAF=18;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417992;STB=0.523064;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0168185;OID=.;OPOS=150035183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:18:18:13:16:18:18:13:16 chr7 150035459 . T G 131.45 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00227314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5171;QD=14.6052;RBI=0.015281;REFB=-0.0383629;REVB=-0.015111;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219383;STB=0.615227;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0587497;OID=.;OPOS=150035459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:21:15:15:0.416667:10:5:11:9:10:5:11:10 chr7 150035500 . C G 115.96 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.170776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0919;QD=12.8839;RBI=0.170925;REFB=-0.0405884;REVB=0.00712287;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156249;STB=0.562409;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0525346;OID=.;OPOS=150035500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:22:13:14:0.388889:9:4:5:12:9:5:10:12 chr7 150035526 . T G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0386478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.175;QD=14.6498;RBI=0.0536129;REFB=-0.0150453;REVB=-0.0371576;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067199;STB=0.539114;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0180942;OID=.;OPOS=150035526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:9:5:8:11:9:5:8:11 chr7 150037660 . A G 287.59 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0187853;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.16;QD=20.5419;RBI=0.0306846;REFB=-0.0492593;REVB=-0.0242623;RO=25;SAF=14;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763591;STB=0.533311;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0422165;OID=.;OPOS=150037660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:26:30:30:0.535714:16:14:14:11:16:14:14:12 chr7 150068371 . T C 417.21 PASS AF=0.606061;AO=39;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0312614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.868;QD=25.2854;RBI=0.0340638;REFB=-0.0162368;REVB=0.0135302;RO=25;SAF=13;SAR=26;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112588;STB=0.558745;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0114848;OID=.;OPOS=150068371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:26:39:40:0.606061:26:13:12:13:27:13:12:14 chr7 150068605 . G A 921.09 PASS AF=0.610294;AO=79;DP=136;FAO=83;FDP=136;FR=.;FRO=53;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.0508878;FXX=0.0215812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.73;QD=27.0909;RBI=0.0527405;REFB=-0.0203955;REVB=0.0138561;RO=54;SAF=34;SAR=45;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134903;STB=0.55672;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0127324;OID=.;OPOS=150068605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:54:53:79:83:0.610294:45:34:33:21:45:38:32:21 chr7 150068620 . C T 966.76 PASS AF=0.593103;AO=85;DP=141;FAO=86;FDP=145;FR=.;FRO=59;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.0886379;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.8819;QD=26.6693;RBI=0.08865;REFB=-0.0660073;REVB=-0.0014668;RO=56;SAF=40;SAR=45;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112691;STB=0.554122;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0333767;OID=.;OPOS=150068620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:145:56:59:85:86:0.593103:45:40:35:21:45:41:36:23 chr7 150068933 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00667796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.482;QD=14.0966;RBI=0.010093;REFB=-0.0232011;REVB=0.00756794;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435331;STB=0.525501;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0241316;OID=.;OPOS=150068933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:7:7:5:6:7:7 chr7 150068979 . AG A 40.15 PASS AF=0.375;AO=4;DP=14;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.14398;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.6856;QD=10.0384;RBI=0.169244;REFB=-0.0504628;REVB=0.0889569;RO=9;SAF=1;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422489;STB=0.832222;STBP=0.065;TYPE=del;VARB=0.0471844;OID=.;OPOS=150068980;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:4:14:6:16:10:1:5:7:3:39:9:1:3:6:3 chr7 150070630 . A G 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0136768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.583;QD=26.3128;RBI=0.0496281;REFB=0.00342663;REVB=0.0477064;RO=11;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177667;STB=0.609575;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00113422;OID=.;OPOS=150070630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:11:12:20:20:0.625:11:9:2:9:11:9:2:10 chr7 150070663 . T C 209.02 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00844701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.388;QD=25.3351;RBI=0.0100108;REFB=-0.0344427;REVB=-0.00537257;RO=13;SAF=9;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10307;STB=0.55722;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00904719;OID=.;OPOS=150070663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:11:9:4:9:11:9:4:9 chr7 150070814 . G A 1010.82 PASS AF=0.68254;AO=86;DP=125;FAO=86;FDP=126;FR=.;FRO=40;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0248782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9586;QD=32.0894;RBI=0.0315644;REFB=0.000673795;REVB=-0.0194265;RO=39;SAF=52;SAR=34;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244592;STB=0.509802;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.000643003;OID=.;OPOS=150070814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:39:40:86:86:0.68254:34:52:22:17:34:52:23:17 chr7 150093701 . A C 2002.35 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000367563;FXX=0.0303007;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.836;QD=62.5734;RBI=0.0132461;REFB=0;REVB=0.013241;RO=0;SAF=55;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000796656;OID=.;OPOS=150093701;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:126:128:1:71:55:0:0:72:56:0:0 chr7 150163837 . A G 286.5 PASS AF=0.349057;AO=37;DP=102;FAO=37;FDP=106;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0831587;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.5838;QD=10.8112;RBI=0.0979115;REFB=0.01215;REVB=-0.0516847;RO=65;SAF=17;SAR=20;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321976;STB=0.516203;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.0232296;OID=.;OPOS=150163837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:106:65:69:37:37:0.349057:20:17:28:37:20:17:30:39 chr7 150171710 . T C 231.45 PASS AF=0.228395;AO=37;DP=162;FAO=37;FDP=162;FR=.;FRO=125;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=56;FSRR=69;FWDB=0.0214287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.337;QD=5.71491;RBI=0.0218729;REFB=-0.00862219;REVB=0.00438564;RO=124;SAF=13;SAR=24;SRF=55;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121548;STB=0.577967;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0327437;OID=.;OPOS=150171710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:124:125:37:37:0.228395:24:13:55:69:24:13:56:69 chr7 150217089 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.507;QD=61.6952;RBI=0.0567072;REFB=0;REVB=0.0507893;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150818;OID=.;OPOS=150217089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr7 150217248 . A G 2255.08 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00479641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.623;QD=63.5233;RBI=0.0279101;REFB=0;REVB=0.0274948;RO=0;SAF=62;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.24749e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07169e-05;OID=.;OPOS=150217248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:80:62:0:0:80:62:0:0 chr7 150218002 . C T 1472.06 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00519704;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.461;QD=60.0842;RBI=0.00527503;REFB=0;REVB=-0.000903769;RO=0;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256748;OID=.;OPOS=150218002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:97:98:1:55:42:0:0:55:43:0:0 chr7 150324825 . C T 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.025742;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.257;QD=55.0093;RBI=0.0300985;REFB=-0.0126295;REVB=0.0155971;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282865;STB=0.515142;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000224203;OID=.;OPOS=150324825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:16:16:0:1:16:16:0:1 chr7 150326191 . A G 1327.67 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.148;QD=61.7519;RBI=0.0162901;REFB=0;REVB=0.0104089;RO=0;SAF=51;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9201e-05;OID=.;OPOS=150326191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:34:51:0:0:34:52:0:0 chr7 150327024 . C T 1855.69 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0392003;FXX=0.0317435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2367;QD=60.8422;RBI=0.0420617;REFB=0.00213448;REVB=0.0152488;RO=0;SAF=75;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04499e-08;STB=0.505375;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00183184;OID=.;OPOS=150327024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:122:0:1:121:121:0.991803:46:75:0:0:46:75:0:1 chr7 150389593 . T C 504.34 PASS AF=0.5875;AO=47;DP=80;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0180106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.48;QD=25.217;RBI=0.0203621;REFB=-0.0292266;REVB=0.00949921;RO=33;SAF=25;SAR=22;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810417;STB=0.544325;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.018454;OID=.;OPOS=150389593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:33:33:47:47:0.5875:22:25:14:19:22:25:14:19 chr7 150389856 . A G 1059.44 PASS AF=0.767857;AO=86;DP=113;FAO=86;FDP=112;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=60;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0192204;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.222;QD=37.837;RBI=0.0763667;REFB=-0.0193317;REVB=0.0739084;RO=26;SAF=26;SAR=60;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223432;STB=0.511943;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00770649;OID=.;OPOS=150389856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:26:26:86:86:0.767857:60:26:9:17:60:26:9:17 chr7 150439500 . C T 548.37 PASS AF=0.60241;AO=49;DP=83;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00723206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.71;QD=26.4277;RBI=0.0231742;REFB=-0.01887;REVB=0.0220168;RO=32;SAF=26;SAR=23;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222058;STB=0.521982;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0131635;OID=.;OPOS=150439500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:32:33:49:50:0.60241:23:26:16:16:23:27:16:17 chr7 150440043 . C T 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0413457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7127;QD=27.2214;RBI=0.0567788;REFB=0.0312082;REVB=0.0389148;RO=15;SAF=6;SAR=18;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128395;STB=0.571366;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.0196316;OID=.;OPOS=150440043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:18:6:6:9:18:6:6:9 chr7 150446936 . A G 244.03 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0179382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.36;QD=23.2411;RBI=0.0179718;REFB=-0.0160993;REVB=-0.00109748;RO=19;SAF=16;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106008;STB=0.559387;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0189916;OID=.;OPOS=150446936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:7:16:11:8:7:16:11:8 chr7 150447027 . T G 473.39 PASS AF=0.511111;AO=43;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.012031;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.85;QD=21.0396;RBI=0.0126845;REFB=-0.0225657;REVB=-0.00401866;RO=44;SAF=22;SAR=21;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932851;STB=0.555532;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0199925;OID=.;OPOS=150447027;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:43:46:0.511111:21:22:27:17:23:23:27:17 chr7 150488616 . A G 577.38 PASS AF=0.746269;AO=50;DP=67;FAO=50;FDP=67;FR=.;FRO=17;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0202185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.097;QD=34.4702;RBI=0.0218497;REFB=-0.0330831;REVB=-0.00828367;RO=17;SAF=25;SAR=25;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138585;STB=0.50746;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0122409;OID=.;OPOS=150488616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:17:17:50:50:0.746269:25:25:8:9:25:25:8:9 chr7 150490376 . C T 271.14 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0485679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1806;QD=30.1266;RBI=0.0579262;REFB=0.0349256;REVB=-0.031569;RO=12;SAF=12;SAR=12;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151769;STB=0.583266;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.016221;OID=.;OPOS=150490376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:12:12:3:9:12:12:3:9 chr7 150491084 . T G 291.04 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0228879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.859;QD=26.458;RBI=0.0417361;REFB=-0.0170405;REVB=0.0349005;RO=18;SAF=19;SAR=7;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101873;STB=0.556034;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0108018;OID=.;OPOS=150491084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:7:19:15:3:7:19:15:3 chr7 150493653 . G A 400.34 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.0318295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.873;QD=16.1753;RBI=0.0318302;REFB=-0.0211927;REVB=-0.000215678;RO=56;SAF=9;SAR=33;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12301;STB=0.578907;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0241187;OID=.;OPOS=150493653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:57:42:42:0.424242:33:9:17:39:33:9:18:39 chr7 150500729 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00756502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.889;QD=61.684;RBI=0.0165122;REFB=0;REVB=0.0146773;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82975e-05;OID=.;OPOS=150500729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr7 150501516 . A G 1846.86 PASS AF=1;AO=115;DP=118;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363663;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.69;QD=59.0994;RBI=0.0468035;REFB=0;REVB=0.0294628;RO=0;SAF=66;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.49054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00737867;OID=.;OPOS=150501516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:125:0:0:115:125:1:49:66:0:0:58:67:0:0 chr7 150554887 . G A 1461.12 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161572;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.037;QD=57.8661;RBI=0.0263062;REFB=0;REVB=0.0207596;RO=0;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140368;OID=.;OPOS=150554887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:101:0:0:93:101:1:41:52:0:0:49:52:0:0 chr7 150555915 . A G 3126.43 PASS AF=0.99;AO=197;DP=199;FAO=198;FDP=200;FR=.;FRO=2;FSAF=118;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000951787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.751;QD=62.5285;RBI=0.0143566;REFB=-0.0572067;REVB=0.014325;RO=2;SAF=118;SAR=79;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0019712;STB=0.500996;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=8.43481e-05;OID=.;OPOS=150555915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:199:200:2:2:197:198:0.99:79:118:1:1:80:118:1:1 chr7 150556002 . T C 2368.7 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00963909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.662;QD=61.1277;RBI=0.0158616;REFB=0;REVB=-0.0125967;RO=0;SAF=82;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.96915e-06;OID=.;OPOS=150556002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:73:82:0:0:73:82:0:0 chr7 150556055 . CG GC 1574.34 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258786;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=2;MLLD=182.823;QD=64.2587;RBI=0.025921;REFB=0;REVB=-0.00148154;RO=0;SAF=41;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000470468;OID=.;OPOS=150556055;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:57:41:0:0:57:41:0:0 chr7 150557622 . G A 1662.73 PASS AF=0.982609;AO=112;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0346861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.126;QD=57.8341;RBI=0.0363837;REFB=-0.122629;REVB=0.0109842;RO=2;SAF=68;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137587;STB=0.507142;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000642005;OID=.;OPOS=150557622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:2:2:112:113:0.982609:44:68:2:0:44:69:2:0 chr7 150557665 . C G 1174.0 PASS AF=0.963415;AO=71;DP=75;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0619931;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.147;QD=57.2681;RBI=0.0634488;REFB=-0.0417394;REVB=0.0135132;RO=1;SAF=36;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129547;STB=0.517643;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000102002;OID=.;OPOS=150557665;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:75:82:1:3:71:79:0.963415:35:36:1:0:38:41:3:0 chr7 150648198 . A G 1112.87 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5359;QD=60.1553;RBI=0.0460401;REFB=0;REVB=0.0440257;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268504;OID=.;OPOS=150648198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:40:33:0:0:40:34:0:0 chr7 150648789 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000245324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.456;QD=61.5361;RBI=0.00470706;REFB=0;REVB=-0.00470067;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.38645e-06;OID=.;OPOS=150648789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:39:41:0:0:39:42:0:0 chr7 150649531 . G A 2332.66 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00560251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.477;QD=63.4736;RBI=0.131947;REFB=0;REVB=0.131828;RO=0;SAF=85;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248789;OID=.;OPOS=150649531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:147:0:0:140:147:1:55:85:0:0:62:85:0:0 chr7 150649603 . G A 3572.66 PASS AF=1;AO=225;DP=225;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.573;QD=62.9543;RBI=0.0436956;REFB=0;REVB=0.0398982;RO=0;SAF=105;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01048e-05;OID=.;OPOS=150649603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:227:0:0:225:227:1:120:105:0:0:120:107:0:0 chr7 150656678 . TGGGGGGGCCCC TGGGGCCCC,TGGGGGCCCC,TGGGGGGGCCC,TGGGGGGGCCCG,TGGTGGGGCCCC 367.06 PASS AF=0.105882,0.270588,0.423529,0.0470588,0.0588235;AO=13,12,26,5,6;DP=89;FAO=9,23,36,4,5;FDP=85;FR=.;FRO=8;FSAF=0,1,36,4,0;FSAR=9,22,0,0,5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0069326,-0.0109474,0.0786663,0.0742386,-0.00947115;FXX=0.0449388;HRUN=7,7,4,4,7;LEN=3,2,1,1,1;MLLD=25.938,16.6242,12.2242,18.0562,186.111;QD=17.2732;RBI=0.140582,0.209267,0.0817619,0.0850902,0.114987;REFB=-0.257067,-0.375569,-0.0358299,-0.0244681,-0.0583138;REVB=-0.140411,-0.20898,0.022285,-0.0415809,-0.114597;RO=5;SAF=0,1,26,5,0;SAR=13,11,0,0,6;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0.435374,0,0;SSSB=-0.851553,-0.619384,0,0,-0.819749;STB=0.998429,0.840343,0.999479,0.996249,0.997538;STBP=0.003,0,0,0.108,0.017;TYPE=del,del,del,snp,snp;VARB=0.0703425,0.0208561,0.0958714,-0.0466726,0.209734;OID=.,.,.,.,.;OPOS=150656679,150656679,150656686,150656689,150656681;OREF=GGG,GG,C,C,G;OALT=-,-,-,G,T;OMAPALT=TGGGGCCCC,TGGGGGCCCC,TGGGGGGGCCC,TGGGGGGGCCCG,TGGTGGGGCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.105882,0.270588,0.423529,0.0470588,0.0588235:13,12,26,5,6:89:9,23,36,4,5:85:8:0,1,36,4,0:9,22,0,0,5:5:3:72:5:0,1,26,5,0:13,11,0,0,6:5:0 chr7 150695726 . T C 740.14 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2413;QD=56.9337;RBI=0.0331864;REFB=0;REVB=-0.0250615;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243432;OID=.;OPOS=150695726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr7 150696111 . T C,G 4640.43 PASS AF=0.11746,0.88254;AO=38,258;DP=296;FAO=37,278;FDP=315;FR=.;FRO=0;FSAF=0,164;FSAR=37,114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00270279,0.0195785;FXX=0.00630895;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.3029,107.293;QD=58.9261;RBI=0.0205997,0.0356414;REFB=0,0;REVB=-0.0204216,0.0297824;RO=0;SAF=1,145;SAR=37,113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.26946e-08,5.17983e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.131387,0.00335368;OID=.,.;OPOS=150696111,150696111;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:296:315:0:0:38,258:37,278:0.11746,0.88254:37,113:1,145:0:0:37,114:0,164:0:0 chr7 150699373 . A G 77.29 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00546041;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7854;QD=4.54642;RBI=0.0152379;REFB=-0.00159368;REVB=0.014226;RO=54;SAF=10;SAR=3;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350929;STB=0.724274;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00884696;OID=.;OPOS=150699373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:68:68:54:55:13:13:0.191176:3:10:27:27:3:10:28:27 chr7 150704250 . C G 1168.66 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.91;QD=60.7094;RBI=0.0948296;REFB=0;REVB=-0.0930971;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000599818;OID=.;OPOS=150704250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr7 150706506 . G A 205.31 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0111341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.075;QD=23.4644;RBI=0.152738;REFB=-0.030834;REVB=0.152332;RO=13;SAF=19;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.580934;STB=0.84868;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00668459;OID=.;OPOS=150706506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:15:20:20:0.571429:1:19:7:6:1:19:8:7 chr7 150714154 . G C 198.04 PASS AF=0.55814;AO=18;DP=36;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0533917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=22.531;QD=18.4221;RBI=0.0958612;REFB=-0.0864387;REVB=0.0796159;RO=18;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307624;STB=0.636056;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0802339;OID=.;OPOS=150714154;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:43:18:19:18:24:0.55814:13:5:11:7:17:7:11:8 chr7 150715817 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0680999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5764;QD=35.5752;RBI=0.0684096;REFB=0;REVB=-0.00650224;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00527949;OID=.;OPOS=150715817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr7 150733090 . GCCCCC GCCCCA,GCCCC 390.5 PASS AF=0.136986,0.863014;AO=14,11;DP=73;FAO=10,63;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=10,20;FSAR=0,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0094562,0.180401;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=171.338,6.48378;QD=21.3972;RBI=0.111827,1.07364;REFB=0,0;REVB=0.111426,1.05838;RO=40;SAF=14,8;SAR=0,3;SRF=6;SRR=34;SSEN=0,0.52381;SSEP=0,0.619048;SSSB=0.853115,0.63294;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.097042,0.0133871;OID=.,.;OPOS=150733095,150733091;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=GCCCCA,GCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.136986,0.863014:14,11:73:10,63:73:0:10,20:0,43:0:0:52:40:14,8:0,3:6:34 chr7 150751476 . A G 112.61 PASS AF=0.183486;AO=20;DP=110;FAO=20;FDP=109;FR=.;FRO=89;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=0.0254511;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.346;QD=4.13229;RBI=0.0275732;REFB=-0.0050217;REVB=0.0106077;RO=88;SAF=9;SAR=11;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148962;STB=0.599358;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0111688;OID=.;OPOS=150751476;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:88:89:20:20:0.183486:11:9:50:38:11:9:51:38 chr7 150752608 . T G 924.99 PASS AF=0.643411;AO=76;DP=121;FAO=83;FDP=129;FR=.;FRO=46;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0354578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7659;QD=28.682;RBI=0.0581032;REFB=-0.0499046;REVB=0.0460297;RO=44;SAF=26;SAR=50;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145123;STB=0.560822;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0245285;OID=.;OPOS=150752608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:129:44:46:76:83:0.643411:50:26:24:20:50:33:26:20 chr7 150761314 . G A 108.62 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0154642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.543;QD=13.5772;RBI=0.0159973;REFB=-0.0379356;REVB=-0.00409534;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309454;STB=0.686327;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0512466;OID=.;OPOS=150761314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:13:13:0.40625:6:7:15:3:6:7:16:3 chr7 150761680 . C A 551.18 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0097345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7209;QD=24.2278;RBI=0.0739635;REFB=-0.0259297;REVB=0.0733201;RO=40;SAF=32;SAR=19;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634046;STB=0.534696;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0270714;OID=.;OPOS=150761680;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:40:40:51:51:0.56044:19:32:28:12:19:32:28:12 chr7 150763655 . T A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0359018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1341;QD=13.5046;RBI=0.036935;REFB=-0.00378059;REVB=-0.00867478;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226981;STB=0.632553;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0039332;OID=.;OPOS=150763655;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:5:7:6:11:5:7:6:11 chr7 150765065 . T C 3829.29 PASS AF=1;AO=236;DP=239;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=150;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140819;FXX=0.0123452;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.081;QD=63.8215;RBI=0.0170477;REFB=0;REVB=0.00960856;RO=0;SAF=147;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08181e-05;OID=.;OPOS=150765065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:239:240:0:0:236:240:1:89:147:0:0:90:150:0:0 chr7 150768530 . C T 68.92 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0341696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.197;QD=5.99279;RBI=0.038005;REFB=-0.0165871;REVB=0.0166379;RO=36;SAF=7;SAR=3;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218889;STB=0.641907;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0472582;OID=.;OPOS=150768530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:3:7:19:17:3:7:19:17 chr7 150768695 . G A 166.35 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00657042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.065;QD=14.7868;RBI=0.0186617;REFB=-0.00617414;REVB=0.0174668;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460525;STB=0.511615;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0112927;OID=.;OPOS=150768695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:11:7:10:16:11:7:11:16 chr7 150768786 . G A 273.22 PASS AF=0.347368;AO=32;DP=95;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.00475426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.035;QD=11.5038;RBI=0.00582732;REFB=-0.0179926;REVB=-0.00336967;RO=61;SAF=12;SAR=20;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797021;STB=0.559963;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0187028;OID=.;OPOS=150768786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:61:62:32:33:0.347368:20:12:27:34:21:12:28:34 chr7 150773165 . C T 713.15 PASS AF=0.603604;AO=66;DP=110;FAO=67;FDP=111;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0212476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.225;QD=25.6992;RBI=0.0263271;REFB=-0.0457711;REVB=0.0155452;RO=44;SAF=29;SAR=37;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616598;STB=0.529848;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0248701;OID=.;OPOS=150773165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:44:44:66:67:0.603604:37:29:23:21:37:30:23:21 chr7 150773287 . T C 589.6 PASS AF=0.616279;AO=52;DP=85;FAO=53;FDP=86;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0693619;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0052;QD=27.4234;RBI=0.0698963;REFB=-0.0316037;REVB=0.00862607;RO=33;SAF=18;SAR=34;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148699;STB=0.594819;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0163974;OID=.;OPOS=150773287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:33:33:52:53:0.616279:34:18:18:15:35:18:19:14 chr7 150773807 . A C,T 1471.5 PASS AF=0.0206186,0.969072;AO=4,90;DP=96;FAO=2,94;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=0,57;FSAR=2,37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0244912,0.0154216;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=28.4465,158.348;QD=60.6804;RBI=0.0273836,0.0612088;REFB=0.0669112,0.0234992;REVB=0.0122491,0.0592342;RO=2;SAF=1,56;SAR=3,34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.161039,0.00534695;STB=0.993266,0.504347;STBP=0.232,0.521;TYPE=snp,snp;VARB=0.0981745,-0.000864534;OID=.,.;OPOS=150773807,150773807;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:96:97:2:1:4,90:2,94:0.0206186,0.969072:3,34:1,56:1:1:2,37:0,57:1:0 chr7 150774308 . G A 397.95 PASS AF=0.672727;AO=37;DP=55;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0608121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2619;QD=28.9421;RBI=0.081763;REFB=-0.053008;REVB=0.0546542;RO=18;SAF=20;SAR=17;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145799;STB=0.579117;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0176117;OID=.;OPOS=150774308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:18:37:37:0.672727:17:20:14:4:17:20:14:4 chr7 150783995 . GGC G,GG 31.3 PASS AF=0,0.409091;AO=3,5;DP=24;FAO=0,9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=0,4;FSAR=0,5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.123334,-0.143921;FXX=0;HRUN=3,7;LEN=2,1;MLLD=23.6725,10.4289;QD=5.69098;RBI=0.179305,0.144754;REFB=0.00441831,-0.0216149;REVB=-0.13015,-0.0155101;RO=14;SAF=0,3;SAR=3,2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.626624,0.112308;STB=0.5,0.510181;STBP=1,0.951;TYPE=del,del;VARB=0,0.00941732;OID=.,.;OPOS=150783996,150783997;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.409091:3,5:24:0,9:22:13:0,4:0,5:6:7:32:14:0,3:3,2:7:7 chr7 150864240 . G C 178.7 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0345739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1749;QD=22.3378;RBI=0.0390647;REFB=0.0385898;REVB=0.0181852;RO=14;SAF=3;SAR=15;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283339;STB=0.661559;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0266765;OID=.;OPOS=150864240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:15:3:6:8:15:3:6:8 chr7 150916228 . G A 482.95 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.000699477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.231;QD=20.7721;RBI=0.0122263;REFB=-0.0315532;REVB=-0.0122063;RO=46;SAF=26;SAR=21;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477856;STB=0.52645;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.028025;OID=.;OPOS=150916228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:21:26:23:23:21:26:23:23 chr7 150921950 . A G 1476.8 PASS AF=0.633166;AO=126;DP=199;FAO=126;FDP=199;FR=.;FRO=73;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.025083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.317;QD=29.6845;RBI=0.0284799;REFB=-0.0317192;REVB=-0.0134888;RO=73;SAF=59;SAR=67;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204562;STB=0.511026;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0145456;OID=.;OPOS=150921950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:73:73:126:126:0.633166:67:59:32:41:67:59:32:41 chr7 150931268 . C G 576.1 PASS AF=0.508621;AO=59;DP=116;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0399265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.834;QD=19.8656;RBI=0.0401803;REFB=0.0246682;REVB=0.00450883;RO=57;SAF=30;SAR=29;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000264987;STB=0.500146;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0233536;OID=.;OPOS=150931268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:57:57:59:59:0.508621:29:30:29:28:29:30:29:28 chr7 150933578 . G A 732.07 PASS AF=0.555556;AO=70;DP=126;FAO=70;FDP=126;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.0402912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.056;QD=23.2402;RBI=0.0403266;REFB=-0.0257313;REVB=0.00168787;RO=56;SAF=37;SAR=33;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064388;STB=0.535166;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0171956;OID=.;OPOS=150933578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:56:56:70:70:0.555556:33:37:34:22:33:37:34:22 chr7 150934975 . C G 565.69 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=102;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0143673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=337.553;QD=22.184;RBI=0.0195054;REFB=-0.0129132;REVB=-0.0131924;RO=46;SAF=23;SAR=33;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165389;STB=0.509068;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0115125;OID=.;OPOS=150934975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:46:46:56:56:0.54902:33:23:18:28:33:23:18:28 chr7 150972189 . G A 2711.98 PASS AF=0.931373;AO=189;DP=204;FAO=190;FDP=204;FR=.;FRO=14;FSAF=91;FSAR=99;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0818622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1187;QD=53.1761;RBI=0.0822167;REFB=-0.0322614;REVB=0.00762568;RO=10;SAF=90;SAR=99;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309509;STB=0.525941;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00946464;OID=.;OPOS=150972189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:204:204:10:14:189:190:0.931373:99:90:8:2:99:91:12:2 chr7 151046319 . TA T 43.59 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0391963;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=11.8151;QD=3.55814;RBI=0.0430976;REFB=-0.0107162;REVB=-0.0179179;RO=31;SAF=4;SAR=12;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2167;STB=0.660525;STBP=0.188;TYPE=del;VARB=0.00937747;OID=.;OPOS=151046320;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:16:49:14:49:35:3:11:14:21:43:31:4:12:13:18 chr7 151049231 . C T 1501.83 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00518303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.66;QD=61.2993;RBI=0.00600402;REFB=-0.0915044;REVB=-0.00303058;RO=1;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903306;STB=0.500856;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000312481;OID=.;OPOS=151049231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:1:2:96:96:0.979592:52:44:0:1:52:44:1:1 chr7 151064064 . C T 406.1 PASS AF=0.340278;AO=49;DP=145;FAO=49;FDP=144;FR=.;FRO=95;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=0.014428;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.512;QD=11.2806;RBI=0.0211232;REFB=-0.0123316;REVB=-0.015428;RO=94;SAF=30;SAR=19;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820371;STB=0.54416;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0218832;OID=.;OPOS=151064064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:94:95:49:49:0.340278:19:30:51:43:19:30:52:43 chr7 151071306 . G A 114.88 PASS AF=0.179487;AO=21;DP=117;FAO=21;FDP=117;FR=.;FRO=96;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=0.00185152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.136;QD=3.92737;RBI=0.0236138;REFB=-0.00738036;REVB=-0.0235411;RO=96;SAF=6;SAR=15;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206594;STB=0.634786;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0277315;OID=.;OPOS=151071306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:96:96:21:21:0.179487:15:6:42:54:15:6:42:54 chr7 151074296 . A G 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00167193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.739;QD=5.90506;RBI=0.0236893;REFB=-0.000558464;REVB=0.0236303;RO=27;SAF=1;SAR=7;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387278;STB=0.761593;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00937103;OID=.;OPOS=151074296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:7:1:10:17:7:1:10:17 chr7 151097323 . A G 1219.57 PASS AF=0.38843;AO=141;DP=359;FAO=141;FDP=363;FR=.;FRO=222;FSAF=75;FSAR=66;FSRF=104;FSRR=118;FWDB=-0.0168003;FXX=0.00274718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.881;QD=13.4388;RBI=0.0322765;REFB=-0.0139575;REVB=-0.0275594;RO=213;SAF=75;SAR=66;SRF=100;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670403;STB=0.538762;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0179937;OID=.;OPOS=151097323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:363:213:222:141:141:0.38843:66:75:100:113:66:75:104:118 chr7 151106066 . C T 2104.26 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00505507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.695;QD=62.3483;RBI=0.0303829;REFB=0;REVB=0.0299594;RO=0;SAF=61;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272137;OID=.;OPOS=151106066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:135:0:0:129:135:1:68:61:0:0:74:61:0:0 chr7 151134982 . G A 468.56 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00256606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.111;QD=18.0214;RBI=0.00326221;REFB=-0.013161;REVB=-0.00201429;RO=53;SAF=23;SAR=27;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00669537;STB=0.501547;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0126253;OID=.;OPOS=151134982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:54:50:50:0.480769:27:23:24:29:27:23:25:29 chr7 151168534 . G A 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00985716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.454;QD=59.9375;RBI=0.0108072;REFB=0;REVB=0.0044309;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66435e-06;OID=.;OPOS=151168534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:53:48:0:0:53:48:0:0 chr7 151253289 . T C 367.07 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=-0.0154652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.955;QD=14.3949;RBI=0.0257696;REFB=-0.0482061;REVB=0.0206132;RO=60;SAF=23;SAR=19;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145544;STB=0.581781;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.071497;OID=.;OPOS=151253289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:60:60:42:42:0.411765:19:23:41:19:19:23:41:19 chr7 151257669 . C A 140.64 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0160965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.03;QD=9.37628;RBI=0.0160968;REFB=-0.00765307;REVB=9.73826e-05;RO=41;SAF=9;SAR=10;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156342;STB=0.59224;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0135873;OID=.;OPOS=151257669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:10:9:25:16:10:9:25:16 chr7 151504499 . G A 398.8 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0110936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.955;QD=14.5018;RBI=0.0172508;REFB=-0.0197615;REVB=-0.0132107;RO=64;SAF=24;SAR=22;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260561;STB=0.514665;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0434453;OID=.;OPOS=151504499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:64:64:46:46:0.418182:22:24:35:29:22:24:35:29 chr7 151597368 . G A 127.91 PASS AF=0.253333;AO=19;DP=75;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0134539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2726;QD=6.82161;RBI=0.0666865;REFB=-0.0513615;REVB=-0.0653153;RO=56;SAF=7;SAR=12;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00861055;STB=0.505258;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.171445;OID=.;OPOS=151597368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:56:56:19:19:0.253333:12:7:21:35:12:7:21:35 chr7 151613438 . G A 299.54 PASS AF=0.325;AO=39;DP=120;FAO=39;FDP=120;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.00265711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.525;QD=9.98469;RBI=0.0291928;REFB=-0.0062671;REVB=-0.0290717;RO=81;SAF=15;SAR=24;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157356;STB=0.591392;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.016227;OID=.;OPOS=151613438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:81:81:39:39:0.325:24:15:42:39:24:15:42:39 chr7 151680175 . C T 2355.43 PASS AF=0.987342;AO=157;DP=159;FAO=156;FDP=158;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00462676;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.984;QD=59.6312;RBI=0.0367143;REFB=-0.0760628;REVB=0.0364216;RO=1;SAF=53;SAR=104;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00455307;STB=0.504807;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00044645;OID=.;OPOS=151680175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:159:158:1:2:157:156:0.987342:104:53:0:1:103:53:0:2 chr7 151722338 . G A 2119.83 PASS AF=0.56196;AO=195;DP=348;FAO=195;FDP=347;FR=.;FRO=152;FSAF=132;FSAR=63;FSRF=92;FSRR=60;FWDB=0.0223596;FXX=0.00287348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.004;QD=24.4361;RBI=0.0238786;REFB=-0.0118456;REVB=0.00838059;RO=152;SAF=132;SAR=63;SRF=92;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643963;STB=0.53499;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00946084;OID=.;OPOS=151722338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:347:152:152:195:195:0.56196:63:132:92:60:63:132:92:60 chr7 151722388 . A G 1947.14 PASS AF=0.574603;AO=177;DP=312;FAO=181;FDP=315;FR=.;FRO=134;FSAF=110;FSAR=71;FSRF=73;FSRR=61;FWDB=0.0018131;FXX=0.00943367;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.206;QD=24.7256;RBI=0.00553422;REFB=-0.0146215;REVB=0.0052288;RO=130;SAF=107;SAR=70;SRF=72;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410108;STB=0.527747;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0101454;OID=.;OPOS=151722388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:315:130:134:177:181:0.574603:70:107:72:58:71:110:73:61 chr7 151766087 . G T 516.48 PASS AF=0.326733;AO=66;DP=202;FAO=66;FDP=202;FR=.;FRO=136;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=72;FSRR=64;FWDB=-0.027919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1986;QD=10.2273;RBI=0.0291314;REFB=-0.0116238;REVB=-0.00831682;RO=134;SAF=29;SAR=37;SRF=71;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105388;STB=0.560588;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0137273;OID=.;OPOS=151766087;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:134:136:66:66:0.326733:37:29:71:63:37:29:72:64 chr7 151859683 . G A 1675.97 PASS AF=0.617647;AO=147;DP=238;FAO=147;FDP=238;FR=.;FRO=91;FSAF=95;FSAR=52;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=0.00621008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.295;QD=28.1675;RBI=0.0355702;REFB=-0.00579957;REVB=0.0350239;RO=90;SAF=95;SAR=52;SRF=53;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435216;STB=0.521814;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00335832;OID=.;OPOS=151859683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:90:91:147:147:0.617647:52:95:53:37:52:95:54:37 chr7 151932908 . T C 40.27 PASS AF=0.125;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0572191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.35;QD=2.51697;RBI=0.0595911;REFB=-0.00296958;REVB=-0.0166454;RO=55;SAF=7;SAR=1;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408279;STB=0.806806;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0290082;OID=.;OPOS=151932908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:64:55:56:8:8:0.125:1:7:32:23:1:7:33:23 chr7 151945007 . C T 918.38 PASS AF=0.375439;AO=107;DP=285;FAO=107;FDP=285;FR=.;FRO=178;FSAF=98;FSAR=9;FSRF=168;FSRR=10;FWDB=-0.0127369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.216;QD=12.8896;RBI=0.0623865;REFB=-0.00734591;REVB=-0.0610725;RO=176;SAF=98;SAR=9;SRF=168;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161874;STB=0.56249;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0146755;OID=.;OPOS=151945007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:285:176:178:107:107:0.375439:9:98:168:8:9:98:168:10 chr7 151945051 . A G 72.82 PASS AF=0.0628743;AO=41;DP=663;FAO=42;FDP=668;FR=.;FRO=626;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=305;FSRR=321;FWDB=0.00238614;FXX=0.00298503;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.379;QD=0.436068;RBI=0.0554511;REFB=2.52133e-05;REVB=-0.0553997;RO=586;SAF=11;SAR=30;SRF=293;SRR=293;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254693;STB=0.716605;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000870629;OID=.;OPOS=151945051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:663:668:586:626:41:42:0.0628743:30:11:293:293:31:11:305:321 chr7 151945071 . G GT 376.93 PASS AF=0.202744;AO=131;DP=670;FAO=133;FDP=656;FR=.;FRO=523;FSAF=59;FSAR=74;FSRF=236;FSRR=287;FWDB=0.0958788;FXX=0.0135336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.6588;QD=2.29834;RBI=0.116096;REFB=0.00648544;REVB=-0.0654645;RO=534;SAF=58;SAR=73;SRF=240;SRR=294;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00878819;STB=0.506155;STBP=0.894;TYPE=ins;VARB=-0.0249371;OID=.;OPOS=151945072;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.202744:131:670:133:656:523:59:74:236:287:99:534:58:73:240:294 chr7 151945101 . G C 93.31 PASS AF=0.0730435;AO=42;DP=574;FAO=42;FDP=575;FR=.;FRO=533;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=237;FSRR=296;FWDB=0.00850438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2814;QD=0.649096;RBI=0.0526814;REFB=-0.00419964;REVB=0.0519904;RO=532;SAF=9;SAR=33;SRF=236;SRR=296;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275408;STB=0.73262;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0631755;OID=.;OPOS=151945101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:574:575:532:533:42:42:0.0730435:33:9:236:296:33:9:237:296 chr7 151945140 . C T 453.82 PASS AF=0.209809;AO=77;DP=367;FAO=77;FDP=367;FR=.;FRO=290;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=108;FSRR=182;FWDB=-0.0664206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1926;QD=4.94623;RBI=0.0830564;REFB=-0.00796373;REVB=-0.0498664;RO=288;SAF=42;SAR=35;SRF=107;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222205;STB=0.63447;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0329287;OID=.;OPOS=151945140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:367:367:288:290:77:77:0.209809:35:42:107:181:35:42:108:182 chr7 151945167 . G T 536.69 PASS AF=0.330144;AO=69;DP=209;FAO=69;FDP=209;FR=.;FRO=140;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=70;FSRR=70;FWDB=-0.00146924;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.068;QD=10.2715;RBI=0.00311525;REFB=-0.00481854;REVB=-0.00274702;RO=136;SAF=38;SAR=31;SRF=66;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757944;STB=0.534084;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0102967;OID=.;OPOS=151945167;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:136:140:69:69:0.330144:31:38:66:70:31:38:70:70 chr7 151945204 . G A 257.75 PASS AF=0.344444;AO=30;DP=89;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0466402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5656;QD=11.4557;RBI=0.0556716;REFB=-0.0223876;REVB=0.0303977;RO=59;SAF=19;SAR=11;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146081;STB=0.592532;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0395355;OID=.;OPOS=151945204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:59:59:30:31:0.344444:11:19:30:29:11:20:30:29 chr7 151949740 . G T 581.54 PASS AF=0.508475;AO=59;DP=116;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.0185988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.803;QD=19.7132;RBI=0.0406635;REFB=-0.0254843;REVB=-0.0361608;RO=57;SAF=33;SAR=26;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659374;STB=0.544027;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.016304;OID=.;OPOS=151949740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:57:58:59:60:0.508475:26:33:36:21:27:33:37:21 chr7 151962176 . T A 99.55 PASS AF=0.117371;AO=25;DP=213;FAO=25;FDP=213;FR=.;FRO=188;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=78;FSRR=110;FWDB=-0.00928433;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.444;QD=1.86948;RBI=0.0283335;REFB=-0.0043969;REVB=-0.0267692;RO=184;SAF=15;SAR=10;SRF=75;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236466;STB=0.659218;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0381273;OID=.;OPOS=151962176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:184:188:25:25:0.117371:10:15:75:109:10:15:78:110 chr7 151970797 . A T 99.07 PASS AF=0.0842825;AO=36;DP=440;FAO=37;FDP=439;FR=.;FRO=402;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=221;FSRR=181;FWDB=0.00238566;FXX=0.00453504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.548;QD=0.902681;RBI=0.0160251;REFB=-0.00200526;REVB=-0.0158465;RO=402;SAF=26;SAR=10;SRF=221;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209711;STB=0.647472;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0232673;OID=.;OPOS=151970797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:440:439:402:402:36:37:0.0842825:10:26:221:181:11:26:221:181 chr7 151970856 . T A 2377.89 PASS AF=0.554187;AO=225;DP=406;FAO=225;FDP=406;FR=.;FRO=181;FSAF=117;FSAR=108;FSRF=97;FSRR=84;FWDB=-0.0210027;FXX=0.00245694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6302;QD=23.4275;RBI=0.0210655;REFB=-0.000323299;REVB=0.00162496;RO=178;SAF=117;SAR=108;SRF=97;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203599;STB=0.507108;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.000217324;OID=.;OPOS=151970856;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:406:406:178:181:225:225:0.554187:108:117:97:81:108:117:97:84 chr7 151970931 . G A 126.54 PASS AF=0.152047;AO=25;DP=173;FAO=26;FDP=171;FR=.;FRO=145;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=70;FSRR=75;FWDB=-0.0379442;FXX=0.0172404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2756;QD=2.95991;RBI=0.0419896;REFB=-0.000163686;REVB=-0.0179823;RO=148;SAF=11;SAR=14;SRF=72;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592752;STB=0.550981;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0015396;OID=.;OPOS=151970931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:171:148:145:25:26:0.152047:14:11:72:76:15:11:70:75 chr7 152099906 . T A 1179.39 PASS AF=0.568421;AO=108;DP=191;FAO=108;FDP=190;FR=.;FRO=82;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.02283;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.413;QD=24.8292;RBI=0.0251543;REFB=-0.0254741;REVB=0.0105608;RO=81;SAF=48;SAR=60;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502958;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0214513;OID=.;OPOS=152099906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:81:82:108:108:0.568421:60:48:36:45:60:48:37:45 chr7 152099917 . G A 1152.66 PASS AF=0.572973;AO=106;DP=185;FAO=106;FDP=185;FR=.;FRO=79;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.00378298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.978;QD=24.9224;RBI=0.0261467;REFB=-0.0085678;REVB=-0.0258716;RO=79;SAF=48;SAR=58;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00776914;STB=0.504222;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00519341;OID=.;OPOS=152099917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:79:79:106:106:0.572973:58:48:35:44:58:48:35:44 chr7 152099924 . T C 1136.32 PASS AF=0.564516;AO=104;DP=187;FAO=105;FDP=186;FR=.;FRO=81;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=0.00678555;FXX=0.00534731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.571;QD=24.437;RBI=0.00858779;REFB=-0.00880501;REVB=0.00526369;RO=81;SAF=49;SAR=55;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031588;STB=0.519277;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00585794;OID=.;OPOS=152099924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:81:81:104:105:0.564516:55:49:35:46:55:50:35:46 chr7 152099948 . C A 90.5 PASS AF=0.120879;AO=22;DP=182;FAO=22;FDP=182;FR=.;FRO=160;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=73;FSRR=87;FWDB=-0.0247217;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.107;QD=1.98906;RBI=0.0250431;REFB=-0.00402481;REVB=-0.00399878;RO=160;SAF=8;SAR=14;SRF=73;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118146;STB=0.583856;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0261445;OID=.;OPOS=152099948;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:182:182:160:160:22:22:0.120879:14:8:73:87:14:8:73:87 chr7 154429560 . C T 2315.94 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00538735;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.034;QD=63.8881;RBI=0.00638442;REFB=0;REVB=-0.00342596;RO=0;SAF=70;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06798e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05745e-06;OID=.;OPOS=154429560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:144:145:1:74:70:0:0:75:70:0:0 chr7 154461112 . A G 2852.91 PASS AF=0.994595;AO=183;DP=185;FAO=184;FDP=185;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0198571;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.8142;QD=61.6846;RBI=0.0456428;REFB=-0.155507;REVB=0.041097;RO=1;SAF=100;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00473751;STB=0.502994;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00111032;OID=.;OPOS=154461112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:185:185:1:1:183:184:0.994595:83:100:1:0:83:101:0:1 chr7 154667628 . A G 478.87 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00186351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1923;QD=22.5349;RBI=0.00712712;REFB=-0.0199216;REVB=-0.00687919;RO=37;SAF=23;SAR=23;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120718;STB=0.576438;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00965333;OID=.;OPOS=154667628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:39:46:46:0.541176:23:23:24:13:23:23:26:13 chr7 154672662 . C T 912.87 PASS AF=0.715596;AO=78;DP=109;FAO=78;FDP=109;FR=.;FRO=31;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00038718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.673;QD=33.4999;RBI=0.000449087;REFB=-0.0271736;REVB=-0.000227531;RO=31;SAF=44;SAR=34;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770983;STB=0.5414;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0114333;OID=.;OPOS=154672662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:31:31:78:78:0.715596:34:44:13:18:34:44:13:18 chr7 154679447 . G A 1970.94 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.921;QD=62.0767;RBI=0.0238416;REFB=0;REVB=-0.00434745;RO=0;SAF=55;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.75843e-05;OID=.;OPOS=154679447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:126:127:1:71:55:0:0:71:56:0:0 chr7 154680972 . G A 266.48 PASS AF=0.424658;AO=30;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0232453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6485;QD=14.6016;RBI=0.0346868;REFB=-0.0161092;REVB=-0.0257455;RO=42;SAF=12;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12846;STB=0.57984;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0099839;OID=.;OPOS=154680972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:30:31:0.424658:18:12:22:20:19:12:22:20 chr7 154681050 . C T 442.78 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0133406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.685;QD=22.7064;RBI=0.0154348;REFB=-0.00983054;REVB=0.00776282;RO=35;SAF=20;SAR=23;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300057;STB=0.516509;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00869371;OID=.;OPOS=154681050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:23:20:15:20:23:20:15:20 chr7 154681216 . G A 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00159325;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.642;QD=16.2716;RBI=0.0181107;REFB=-0.00134582;REVB=-0.0180404;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211742;STB=0.512179;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00181286;OID=.;OPOS=154681216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:10:8:7:8:10:8 chr7 154685612 . G T 124.92 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0418414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7076;QD=7.68745;RBI=0.0425146;REFB=0.0144034;REVB=0.0075355;RO=47;SAF=13;SAR=5;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378275;STB=0.728101;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.031002;OID=.;OPOS=154685612;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:47:18:18:0.276923:5:13:19:28:5:13:19:28 chr7 154760250 . G A 126.56 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0193269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3807;QD=11.2497;RBI=0.049153;REFB=-0.0117556;REVB=0.0451939;RO=30;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438412;STB=0.545393;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0292457;OID=.;OPOS=154760250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:30:30:14:15:0.333333:8:6:14:16:9:6:14:16 chr7 154760369 . A G 286.43 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.130536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6807;QD=52.0786;RBI=0.130849;REFB=0;REVB=-0.00904846;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00291664;OID=.;OPOS=154760369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr7 154989054 . C T 904.48 PASS AF=0.564935;AO=87;DP=155;FAO=87;FDP=154;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0255065;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9869;QD=23.493;RBI=0.0454545;REFB=0.0244502;REVB=-0.0376236;RO=67;SAF=35;SAR=52;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616509;STB=0.533611;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.0312886;OID=.;OPOS=154989054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:67:67:87:87:0.564935:52:35:32:35:52:35:32:35 chr7 154990003 . C T 508.59 PASS AF=0.5875;AO=46;DP=80;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0459899;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3983;QD=25.4293;RBI=0.0473383;REFB=-0.00383778;REVB=-0.011218;RO=32;SAF=19;SAR=27;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129611;STB=0.565697;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00310247;OID=.;OPOS=154990003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:32:33:46:47:0.5875:27:19:8:24:27:20:9:24 chr7 155100685 . G A 1181.35 PASS AF=0.597765;AO=107;DP=179;FAO=107;FDP=179;FR=.;FRO=72;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.0374584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.406;QD=26.3988;RBI=0.0400521;REFB=0.00525677;REVB=-0.0141788;RO=72;SAF=43;SAR=64;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000701403;STB=0.50038;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.00363979;OID=.;OPOS=155100685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:72:72:107:107:0.597765:64:43:29:43:64:43:29:43 chr7 155150390 . T C 725.23 PASS AF=0.663043;AO=61;DP=92;FAO=61;FDP=92;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00905567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.804;QD=31.5316;RBI=0.0123267;REFB=0.0237155;REVB=0.0083631;RO=31;SAF=23;SAR=38;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278281;STB=0.515055;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.00872225;OID=.;OPOS=155150390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:31:31:61:61:0.663043:38:23:13:18:38:23:13:18 chr7 155150472 . G A 310.92 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00656199;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.936;QD=16.1517;RBI=0.027212;REFB=-0.0205808;REVB=0.0264089;RO=43;SAF=23;SAR=11;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785634;STB=0.544352;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0193762;OID=.;OPOS=155150472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:43:43:34:34:0.441558:11:23:26:17:11:23:26:17 chr7 155150560 . A G 1495.78 PASS AF=0.945946;AO=105;DP=111;FAO=105;FDP=111;FR=.;FRO=6;FSAF=67;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0037188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.638;QD=53.902;RBI=0.00382624;REFB=-0.00854059;REVB=-0.000900362;RO=3;SAF=67;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00163035;STB=0.501673;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00320667;OID=.;OPOS=155150560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:111:111:3:6:105:105:0.945946:38:67:2:1:38:67:4:2 chr7 155150602 . T C 1447.76 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00139848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.024;QD=62.9462;RBI=0.0186892;REFB=0;REVB=0.0186368;RO=0;SAF=59;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09291e-06;OID=.;OPOS=155150602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:92:0:0:87:92:1:28:59:0:0:31:61:0:0 chr7 155150765 . C T 194.34 PASS AF=0.380952;AO=23;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.00949514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.299;QD=12.3389;RBI=0.0180359;REFB=-0.0116878;REVB=-0.0153342;RO=38;SAF=18;SAR=5;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140138;STB=0.584011;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0139328;OID=.;OPOS=155150765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:39:23:24:0.380952:5:18:26:12:5:19:27:12 chr7 155151018 . G A 141.58 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.108336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1122;QD=11.1045;RBI=0.13647;REFB=-0.00622168;REVB=0.08299;RO=34;SAF=11;SAR=6;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104511;STB=0.561969;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0201892;OID=.;OPOS=155151018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:6:11:19:15:6:11:19:15 chr7 155151194 . G A 290.42 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00387645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.071;QD=14.1668;RBI=0.0302726;REFB=-0.00508179;REVB=0.0300234;RO=48;SAF=11;SAR=22;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181506;STB=0.598229;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0105289;OID=.;OPOS=155151194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:49:33:33:0.402439:22:11:24:24:22:11:24:25 chr7 155151307 . A G 267.89 PASS AF=0.310345;AO=36;DP=116;FAO=36;FDP=116;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.00559228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.848;QD=9.23766;RBI=0.0232586;REFB=-0.0178687;REVB=-0.0225763;RO=80;SAF=16;SAR=20;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804297;STB=0.546999;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0300341;OID=.;OPOS=155151307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:80:80:36:36:0.310345:20:16:41:39:20:16:41:39 chr7 155151367 . G T 207.21 PASS AF=0.27027;AO=32;DP=113;FAO=30;FDP=111;FR=.;FRO=81;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=-0.00132729;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.39;QD=7.46717;RBI=0.00241748;REFB=-0.00881787;REVB=-0.00202053;RO=79;SAF=20;SAR=12;SRF=48;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221701;STB=0.52203;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0607999;OID=.;OPOS=155151367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:79:81:32:30:0.27027:12:20:48:31:11:19:49:32 chr7 155151369 . C T 210.18 PASS AF=0.277778;AO=30;DP=108;FAO=30;FDP=108;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.00367209;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.008;QD=7.78439;RBI=0.00793253;REFB=-0.00988414;REVB=0.00703142;RO=78;SAF=20;SAR=10;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10035;STB=0.559959;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0222736;OID=.;OPOS=155151369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:78:78:30:30:0.277778:10:20:46:32:10:20:46:32 chr7 155151433 . T C 89.04 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.026869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.453;QD=5.74435;RBI=0.0331128;REFB=-0.0133166;REVB=-0.0193523;RO=48;SAF=9;SAR=5;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153788;STB=0.597015;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0823765;OID=.;OPOS=155151433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:48:48:14:14:0.225806:5:9:25:23:5:9:25:23 chr7 155151437 . G A 82.21 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0313133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0798;QD=5.48085;RBI=0.0317622;REFB=-0.00232527;REVB=0.00532082;RO=47;SAF=8;SAR=5;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130769;STB=0.583204;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00947671;OID=.;OPOS=155151437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:47:47:13:13:0.216667:5:8:24:23:5:8:24:23 chr7 155151444 . G A 237.36 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00773946;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.094;QD=17.582;RBI=0.0204204;REFB=-0.0229798;REVB=0.0188969;RO=24;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125218;STB=0.594828;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0264249;OID=.;OPOS=155151444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:24:28:25:26:0.481481:10:15:11:13:11:15:11:17 chr7 155255385 . C T 359.74 PASS AF=0.625;AO=34;DP=58;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00068811;FXX=0.0819538;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.74;QD=25.6956;RBI=0.0013713;REFB=-0.0378566;REVB=0.00118616;RO=15;SAF=26;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162769;STB=0.634064;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0172721;OID=.;OPOS=155255385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:15:21:34:35:0.625:8:26:8:7:9:26:9:12 chr7 155503920 . A T 1241.06 PASS AF=1;AO=79;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116223;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8677;QD=61.2871;RBI=0.117007;REFB=0;REVB=-0.0135233;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144984;OID=.;OPOS=155503920;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:79:81:1:46:33:0:0:47:34:0:0 chr7 155567842 . G A 149.67 PASS AF=0.283784;AO=21;DP=74;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00499528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.594;QD=8.09034;RBI=0.0244313;REFB=0.000350927;REVB=0.0239151;RO=53;SAF=12;SAR=9;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119188;STB=0.571361;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.000520157;OID=.;OPOS=155567842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:53:53:21:21:0.283784:9:12:25:28:9:12:25:28 chr7 155755826 . A G 439.46 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0444509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.539;QD=15.8364;RBI=0.0481997;REFB=-0.015173;REVB=-0.0186367;RO=62;SAF=20;SAR=29;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768727;STB=0.543053;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0141008;OID=.;OPOS=155755826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:62:62:49:49:0.441441:29:20:30:32:29:20:30:32 chr7 155757502 . T C 1139.07 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.827;QD=59.1726;RBI=0.0139048;REFB=-0.0130373;REVB=0.00633267;RO=1;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145578;STB=0.50769;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000171002;OID=.;OPOS=155757502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:32:44:0:1:32:44:0:1 chr7 156468559 . T C 235.36 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0196669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.078;QD=25.4446;RBI=0.0429118;REFB=-0.0307696;REVB=0.0381396;RO=15;SAF=13;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430007;STB=0.523908;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0191256;OID=.;OPOS=156468559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:9:13:8:7:9:13:8:7 chr7 156469123 . G A 1572.86 PASS AF=0.564394;AO=146;DP=260;FAO=149;FDP=264;FR=.;FRO=115;FSAF=65;FSAR=84;FSRF=43;FSRR=72;FWDB=0.0283809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.482;QD=23.8313;RBI=0.0304201;REFB=-0.0147641;REVB=0.0109502;RO=114;SAF=64;SAR=82;SRF=42;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578096;STB=0.527791;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00889821;OID=.;OPOS=156469123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:264:114:115:146:149:0.564394:82:64:42:72:84:65:43:72 chr7 156469190 . A G 1036.8 PASS AF=0.649635;AO=87;DP=134;FAO=89;FDP=137;FR=.;FRO=48;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0118709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.077;QD=30.2715;RBI=0.0263274;REFB=-0.0277591;REVB=0.0234992;RO=46;SAF=45;SAR=42;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00288756;STB=0.512633;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0193992;OID=.;OPOS=156469190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:137:46:48:87:89:0.649635:42:45:24:22:44:45:26:22 chr7 156518192 . G A 717.91 PASS AF=0.552;AO=69;DP=125;FAO=69;FDP=125;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00179844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.609;QD=22.9731;RBI=0.00860569;REFB=0.000324245;REVB=-0.00841568;RO=56;SAF=37;SAR=32;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297532;STB=0.516274;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00110469;OID=.;OPOS=156518192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:56:56:69:69:0.552:32:37:28:28:32:37:28:28 chr7 156518195 . G A 717.65 PASS AF=0.552;AO=69;DP=125;FAO=69;FDP=125;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00945502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.432;QD=22.9646;RBI=0.021563;REFB=-0.0119639;REVB=-0.0193795;RO=56;SAF=37;SAR=32;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297532;STB=0.516274;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00812557;OID=.;OPOS=156518195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:56:56:69:69:0.552:32:37:28:28:32:37:28:28 chr7 156554830 . T C 735.63 PASS AF=0.693182;AO=61;DP=88;FAO=61;FDP=88;FR=.;FRO=27;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00662339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.316;QD=33.4378;RBI=0.0108036;REFB=-0.014574;REVB=-0.00853508;RO=27;SAF=33;SAR=28;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0083511;STB=0.504503;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00644002;OID=.;OPOS=156554830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:27:27:61:61:0.693182:28:33:15:12:28:33:15:12 chr7 156664783 . C T 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00308722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.384;QD=11.3359;RBI=0.0364378;REFB=-0.00651341;REVB=-0.0363068;RO=43;SAF=12;SAR=12;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643598;STB=0.537282;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00996708;OID=.;OPOS=156664783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:12:12:24:19:12:12:24:19 chr7 156664907 . T A 69.97 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0092131;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.807;QD=5.83043;RBI=0.0108898;REFB=-0.00163368;REVB=-0.00580581;RO=36;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101609;STB=0.541584;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00779816;OID=.;OPOS=156664907;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:48:48:36:38:10:10:0.208333:5:5:15:21:5:5:17:21 chr7 156761818 . G A 303.84 PASS AF=0.294118;AO=38;DP=136;FAO=40;FDP=136;FR=.;FRO=96;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=-0.023253;FXX=0.0555517;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.998;QD=8.93654;RBI=0.0437948;REFB=-0.0146042;REVB=-0.0371118;RO=85;SAF=19;SAR=19;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487241;STB=0.514699;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0325902;OID=.;OPOS=156761818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:85:96:38:40:0.294118:19:19:46:39:20:20:50:46 chr7 156762224 . G C 368.54 PASS AF=0.315789;AO=48;DP=152;FAO=48;FDP=152;FR=.;FRO=104;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=-0.01672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1349;QD=9.69848;RBI=0.0356025;REFB=-0.014023;REVB=-0.0314322;RO=104;SAF=24;SAR=24;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011334;STB=0.506576;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0298614;OID=.;OPOS=156762224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:104:104:48:48:0.315789:24:24:51:53:24:24:51:53 chr7 156762248 . G A 371.94 PASS AF=0.289773;AO=51;DP=176;FAO=51;FDP=176;FR=.;FRO=125;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=58;FSRR=67;FWDB=0.0106563;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.138;QD=8.4532;RBI=0.0114034;REFB=0.000600889;REVB=-0.00405944;RO=120;SAF=24;SAR=27;SRF=57;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00531551;STB=0.504696;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.00171742;OID=.;OPOS=156762248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:120:125:51:51:0.289773:27:24:57:63:27:24:58:67 chr7 157015900 . C T 1008.28 PASS AF=0.594937;AO=94;DP=159;FAO=94;FDP=158;FR=.;FRO=64;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0114146;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.988;QD=25.5262;RBI=0.048831;REFB=-0.02538;REVB=-0.0474782;RO=64;SAF=56;SAR=38;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963801;STB=0.552318;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0126361;OID=.;OPOS=157015900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:64:64:94:94:0.594937:38:56:30:34:38:56:30:34 chr7 157061474 . T C 172.08 PASS AF=0.215385;AO=28;DP=130;FAO=28;FDP=130;FR=.;FRO=102;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=52;FSRR=50;FWDB=0.0109099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.807;QD=5.29485;RBI=0.0155005;REFB=-0.00498429;REVB=0.0110109;RO=102;SAF=17;SAR=11;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124585;STB=0.577338;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.021644;OID=.;OPOS=157061474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:102:102:28:28:0.215385:11:17:52:50:11:17:52:50 chr7 157159248 . A T 328.43 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0077478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8026;QD=15.4553;RBI=0.0106445;REFB=-0.00456931;REVB=0.00729914;RO=48;SAF=13;SAR=23;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815173;STB=0.553234;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0071718;OID=.;OPOS=157159248;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:49:36:36:0.423529:23:13:21:27:23:13:22:27 chr7 157162068 . T C 438.68 PASS AF=0.355263;AO=54;DP=152;FAO=54;FDP=152;FR=.;FRO=98;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=0.0203488;FXX=0.00653552;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.253;QD=11.5442;RBI=0.0208109;REFB=-0.00230875;REVB=-0.00436157;RO=94;SAF=33;SAR=21;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905818;STB=0.553283;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00521027;OID=.;OPOS=157162068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:94:98:54:54:0.355263:21:33:50:44:21:33:52:46 chr7 157162103 . A G 419.11 PASS AF=0.34965;AO=50;DP=143;FAO=50;FDP=143;FR=.;FRO=93;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.00618461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0202;QD=11.7233;RBI=0.0104875;REFB=-0.0154354;REVB=-0.0084699;RO=92;SAF=31;SAR=19;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12622;STB=0.569269;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0299262;OID=.;OPOS=157162103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:92:93:50:50:0.34965:19:31:47:45:19:31:48:45 chr7 157162116 . G A 172.65 PASS AF=0.224;AO=27;DP=124;FAO=28;FDP=125;FR=.;FRO=97;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=0.0143507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9042;QD=5.5249;RBI=0.0358629;REFB=0.00496367;REVB=0.0328665;RO=96;SAF=18;SAR=9;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214731;STB=0.609022;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0163505;OID=.;OPOS=157162116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:96:97:27:28:0.224:9:18:48:48:10:18:49:48 chr7 157319423 . G C 346.85 PASS AF=0.352459;AO=43;DP=122;FAO=43;FDP=122;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=-0.0559725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.824;QD=11.3721;RBI=0.0560329;REFB=-0.00258374;REVB=-0.00260102;RO=78;SAF=22;SAR=21;SRF=49;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132028;STB=0.578831;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00381981;OID=.;OPOS=157319423;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:78:79:43:43:0.352459:21:22:49:29:21:22:50:29 chr7 157319667 . C T 543.29 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00021318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0795;QD=22.6369;RBI=0.000495853;REFB=-0.0175621;REVB=-0.000447687;RO=45;SAF=33;SAR=18;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229546;STB=0.512645;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0151903;OID=.;OPOS=157319667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:45:51:51:0.53125:18:33:28:17:18:33:28:17 chr7 157331828 . G T 140.44 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00640042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.41;QD=7.80208;RBI=0.0170084;REFB=0.0140852;REVB=0.0157582;RO=50;SAF=12;SAR=8;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143636;STB=0.5999;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.0374594;OID=.;OPOS=157331828;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:52:20:20:0.277778:8:12:24:26:8:12:24:28 chr7 157387954 . G A 59.0 PASS AF=0.107143;AO=15;DP=138;FAO=15;FDP=140;FR=.;FRO=125;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=90;FSRR=35;FWDB=-0.0111558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.217;QD=1.68585;RBI=0.0336869;REFB=-0.00545274;REVB=-0.0317861;RO=123;SAF=9;SAR=6;SRF=88;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156668;STB=0.616682;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0416477;OID=.;OPOS=157387954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:138:140:123:125:15:15:0.107143:6:9:88:35:6:9:90:35 chr7 157414097 . C T 1203.97 PASS AF=0.586022;AO=109;DP=186;FAO=109;FDP=186;FR=.;FRO=77;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=-0.00541598;FXX=0.00534731;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.085;QD=25.8918;RBI=0.00541658;REFB=-0.0297305;REVB=8.05966e-05;RO=77;SAF=48;SAR=61;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599093;STB=0.532467;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0211924;OID=.;OPOS=157414097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:77:77:109:109:0.586022:61:48:28:49:61:48:28:49 chr7 157903538 . A G 277.18 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00709073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.127;QD=18.4787;RBI=0.0885553;REFB=-0.013487;REVB=-0.0882709;RO=30;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0343866;OID=.;OPOS=157903538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:14:16:16:14:14:16:16:14 chr7 157931119 . A G 639.02 PASS AF=0.380208;AO=72;DP=191;FAO=73;FDP=192;FR=.;FRO=119;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=76;FWDB=-0.00671595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.553;QD=13.3129;RBI=0.0159068;REFB=-0.0168667;REVB=-0.0144195;RO=117;SAF=34;SAR=38;SRF=42;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125773;STB=0.565584;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0228639;OID=.;OPOS=157931119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:117:119:72:73:0.380208:38:34:42:75:39:34:43:76 chr7 157931144 . C T 349.5 PASS AF=0.28655;AO=48;DP=171;FAO=49;FDP=171;FR=.;FRO=122;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=82;FWDB=0.0361452;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3209;QD=8.1755;RBI=0.0381407;REFB=-0.0192809;REVB=-0.0121752;RO=112;SAF=29;SAR=19;SRF=40;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289643;STB=0.69488;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0130399;OID=.;OPOS=157931144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:112:122:48:49:0.28655:19:29:40:72:19:30:40:82 chr7 157959620 . C T 428.06 PASS AF=0.625;AO=38;DP=63;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00760206;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.862;QD=26.7537;RBI=0.00765622;REFB=-0.0115974;REVB=-0.000909051;RO=24;SAF=20;SAR=18;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130293;STB=0.578087;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00443574;OID=.;OPOS=157959620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:24:24:38:40:0.625:18:20:17:7:20:20:17:7 chr7 157959636 . G A 1070.49 PASS AF=0.986486;AO=69;DP=70;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00154248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.114;QD=57.8643;RBI=0.0686404;REFB=-0.04522;REVB=0.068623;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000516672;OID=.;OPOS=157959636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:74:0:1:69:73:0.986486:28:41:0:0:31:42:0:1 chr7 157959879 . C T 535.35 PASS AF=0.586207;AO=42;DP=89;FAO=51;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00838198;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.336;QD=24.6137;RBI=0.00846554;REFB=0.00299617;REVB=0.00118651;RO=37;SAF=28;SAR=14;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114908;STB=0.502731;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00141286;OID=.;OPOS=157959879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:37:36:42:51:0.586207:14:28:20:17:23:28:20:16 chr7 157959895 . C T 460.54 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0375076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7448;QD=23.9243;RBI=0.0611302;REFB=-0.0132633;REVB=0.0482709;RO=33;SAF=21;SAR=23;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100315;STB=0.555008;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0117408;OID=.;OPOS=157959895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:23:21:20:13:23:21:20:13 chr7 157959911 . A G 1013.87 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00515612;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8434;QD=59.6395;RBI=0.0575712;REFB=0;REVB=0.0573398;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210428;OID=.;OPOS=157959911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:62:68:0:0:62:68:1:31:31:0:0:37:31:0:0 chr7 157985149 . C G 120.98 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0130393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9697;QD=8.20204;RBI=0.0594239;REFB=-0.0054217;REVB=0.0579757;RO=42;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118806;STB=0.571346;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0140141;OID=.;OPOS=157985149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:42:17:17:0.288136:8:9:18:24:8:9:18:24 chr7 158263331 . T C 719.18 PASS AF=0.964912;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0219227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.5682;QD=50.4686;RBI=0.0334529;REFB=-0.0127353;REVB=0.0252684;RO=2;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392157;STB=0.519224;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00788592;OID=.;OPOS=158263331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:55:57:2:2:53:55:0.964912:23:30:0:2:25:30:0:2 chr7 158263336 . G C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.139;QD=57.3858;RBI=0.0331869;REFB=0;REVB=0.0273359;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87284e-05;OID=.;OPOS=158263336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr7 158263344 . T A 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.65;QD=57.2356;RBI=0.0653556;REFB=0;REVB=0.0106482;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169997;OID=.;OPOS=158263344;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr7 158384305 . CTGTG C,CTGTC 250.34 PASS AF=0.28866,0.0412371;AO=26,5;DP=98;FAO=28,4;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=13,1;FSAR=15,3;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.000560957,0.00333423;FXX=0.010203;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=280.629,68.0192;QD=10.3233;RBI=0.00301738,0.0175408;REFB=-0.00636805,-0.0104467;REVB=-0.00296478,-0.017221;RO=64;SAF=12,1;SAR=14,4;SRF=26;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0670941,-0.236086;STB=0.545423,0.657693;STBP=0.587,0.569;TYPE=del,snp;VARB=0.0197286,0.0777483;OID=.,.;OPOS=158384306,158384309;OREF=TGTG,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28866,0.0412371:26,5:98:28,4:97:65:13,1:15,3:26:39:99:64:12,1:14,4:26:38 chr7 158524504 . G A 166.97 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0245157;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.094;QD=7.95094;RBI=0.0268899;REFB=-0.00749212;REVB=-0.0110473;RO=59;SAF=12;SAR=11;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159594;STB=0.52172;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0214548;OID=.;OPOS=158524504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:59:61:23:23:0.27381:11:12:30:29:11:12:30:31 chr7 158526495 . G A 209.14 PASS AF=0.216561;AO=32;DP=156;FAO=34;FDP=157;FR=.;FRO=123;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=62;FSRR=61;FWDB=-0.012748;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3067;QD=5.32851;RBI=0.031888;REFB=-0.00593574;REVB=-0.029229;RO=123;SAF=12;SAR=20;SRF=62;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166008;STB=0.572677;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0254629;OID=.;OPOS=158526495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:123:123:32:34:0.216561:20:12:62:61:20:14:62:61 chr7 158526880 . G A 206.31 PASS AF=0.293478;AO=27;DP=92;FAO=27;FDP=92;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00609689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4516;QD=8.97008;RBI=0.00691963;REFB=-0.00679275;REVB=-0.00327248;RO=63;SAF=9;SAR=18;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157986;STB=0.60598;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0313806;OID=.;OPOS=158526880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:63:65:27:27:0.293478:18:9:29:34:18:9:31:34 chr7 158528233 . A G 369.53 PASS AF=0.389381;AO=44;DP=113;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0149556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7143;QD=13.0808;RBI=0.0169366;REFB=0.01032;REVB=0.00794856;RO=69;SAF=18;SAR=26;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756764;STB=0.542978;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.0131491;OID=.;OPOS=158528233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:69:69:44:44:0.389381:26:18:33:36:26:18:33:36 chr7 158534372 . G A 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0205198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.308;QD=12.5788;RBI=0.0215521;REFB=-0.0157359;REVB=-0.00659019;RO=31;SAF=12;SAR=5;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255817;STB=0.650978;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0237997;OID=.;OPOS=158534372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:5:12:15:16:5:12:15:16 chr7 158534381 . G C 125.71 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0251681;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=130.3;QD=10.699;RBI=0.0742589;REFB=-0.0129386;REVB=-0.0698638;RO=31;SAF=12;SAR=3;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422703;STB=0.763265;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0276918;OID=.;OPOS=158534381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:32:15:15:0.319149:3:12:14:17:3:12:14:18 chr7 158536267 . T C 138.32 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0324141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.634;QD=8.9241;RBI=0.0435352;REFB=-0.0105029;REVB=-0.0290626;RO=43;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35675;STB=0.711226;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0267017;OID=.;OPOS=158536267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:6:13:16:27:6:13:16:27 chr7 158536334 . G A 76.92 PASS AF=0.23913;AO=10;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0156518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.319;QD=6.68843;RBI=0.0257258;REFB=-0.00594153;REVB=0.0204166;RO=34;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292682;STB=0.691999;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0120641;OID=.;OPOS=158536334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:46:46:34:35:10:11:0.23913:5:5:9:25:5:6:10:25 chr7 158536345 . A G 80.26 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.067285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.7614;QD=7.6439;RBI=0.0950293;REFB=-0.0217878;REVB=-0.0671066;RO=29;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273809;STB=0.683246;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.054793;OID=.;OPOS=158536345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:40:42:29:31:11:11:0.261905:5:6:9:20:5:6:9:22 chr7 158536376 . A C 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00452323;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.449;QD=7.71728;RBI=0.0155993;REFB=-0.00486484;REVB=-0.0149291;RO=27;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387124;STB=0.73429;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0149435;OID=.;OPOS=158536376;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:4:6:7:20:4:6:7:20 chr7 158536388 . A C 52.31 PASS AF=0.25;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0483255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.272;QD=6.53889;RBI=0.0612833;REFB=0.000887151;REVB=-0.0376867;RO=22;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392758;STB=0.760324;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0222104;OID=.;OPOS=158536388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:32:22:24:8:8:0.25:3:5:6:16:3:5:6:18 chr7 158672476 . C G 820.58 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00314154;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.731;QD=57.5846;RBI=0.0224471;REFB=0;REVB=0.0222262;RO=0;SAF=11;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422994;OID=.;OPOS=158672476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:57:57:1:46:11:0:0:46:11:0:0 chr7 158672619 . A G 591.75 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00795471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.103;QD=56.3571;RBI=0.0455229;REFB=0.00793522;REVB=-0.0448225;RO=2;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000238629;OID=.;OPOS=158672619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:20:20:1:1:20:20:1:1 chr7 158715219 . A G 1660.43 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0696974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3153;QD=59.3011;RBI=0.073672;REFB=-0.0740562;REVB=0.0238713;RO=0;SAF=38;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7808e-08;STB=0.503401;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000356611;OID=.;OPOS=158715219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:0:1:111:111:0.991071:73:38:0:0:73:38:0:1 chr7 158719084 . C T 1135.8 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.962;QD=60.5762;RBI=0.0118293;REFB=0;REVB=0.00268347;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35323e-05;OID=.;OPOS=158719084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:75:0:0:72:75:1:28:44:0:0:28:47:0:0 chr7 158851234 . T G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.239;QD=60.6103;RBI=0.0401018;REFB=0;REVB=0.0390518;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42684e-05;OID=.;OPOS=158851234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr7 158896517 . G A 754.17 PASS AF=0.577236;AO=71;DP=123;FAO=71;FDP=123;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00820025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9387;QD=24.5257;RBI=0.0469927;REFB=-0.0380091;REVB=-0.0462717;RO=52;SAF=35;SAR=36;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203743;STB=0.511103;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0271352;OID=.;OPOS=158896517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:52:52:71:71:0.577236:36:35:27:25:36:35:27:25 chr8 195254 . C A 1245.65 PASS AF=0.606557;AO=109;DP=183;FAO=111;FDP=183;FR=.;FRO=72;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.00249711;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.074;QD=27.2274;RBI=0.00674527;REFB=-0.0109636;REVB=-0.00626603;RO=71;SAF=59;SAR=50;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558406;STB=0.530534;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00603365;OID=.;OPOS=195254;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:71:72:109:111:0.606557:50:59:33:38:50:61:34:38 chr8 196274 . T G 773.53 PASS AF=0.707865;AO=63;DP=90;FAO=63;FDP=89;FR=.;FRO=26;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0424542;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9318;QD=34.7653;RBI=0.0445778;REFB=0.0195173;REVB=-0.0135949;RO=26;SAF=29;SAR=34;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424992;STB=0.522883;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00599374;OID=.;OPOS=196274;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:26:26:63:63:0.707865:34:29:14:12:34:29:14:12 chr8 363192 . G A 513.99 PASS AF=0.466102;AO=54;DP=118;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00886968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.977;QD=17.4235;RBI=0.016576;REFB=0.000279273;REVB=-0.0140033;RO=62;SAF=27;SAR=27;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620095;STB=0.53447;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.000313175;OID=.;OPOS=363192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:63:54:55:0.466102:27:27:27:35:27:28:28:35 chr8 566618 . GAGAG GA,GGAG,GGGAG 155.64 PASS AF=0.142857,0.142857,0.714286;AO=2,4,12;DP=18;FAO=2,2,10;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,5;FSAR=2,2,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957403,0.0250833,0.0275966;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=197.143,232.986,240.508;QD=44.468;RBI=0.0550097,0.0579732,0.0547085;REFB=0,0,0;REVB=0.0541702,0.0522659,0.0472382;RO=0;SAF=0,0,5;SAR=2,4,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00834858,0.00847129,0.00860843;OID=.,.,.;OPOS=566620,566619,566619;OREF=GAG,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GA,GGAG,GGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.142857,0.142857,0.714286:2,4,12:18:2,2,10:14:0:0,0,5:2,2,5:0:0:10:0:0,0,5:2,4,7:0:0 chr8 577101 . A G 698.03 PASS AF=0.563025;AO=67;DP=120;FAO=67;FDP=119;FR=.;FRO=52;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00611309;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.411;QD=23.4633;RBI=0.030583;REFB=-0.00529035;REVB=-0.0299658;RO=52;SAF=43;SAR=24;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714123;STB=0.530286;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00404125;OID=.;OPOS=577101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:52:52:67:67:0.563025:24:43:29:23:24:43:30:22 chr8 607766 . C G 1696.29 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488247;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7793;QD=60.5817;RBI=0.0566439;REFB=0;REVB=-0.0287172;RO=0;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109318;OID=.;OPOS=607766;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:62:50:0:0:62:50:0:0 chr8 608018 . C T 623.87 PASS AF=0.90566;AO=48;DP=53;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0349063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.858;QD=47.0847;RBI=0.0364617;REFB=-0.0768187;REVB=0.0105359;RO=5;SAF=18;SAR=30;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114196;STB=0.56095;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000937516;OID=.;OPOS=608018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:53:53:5:5:48:48:0.90566:30:18:5:0:30:18:5:0 chr8 608034 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.483;QD=57.1773;RBI=0.0202675;REFB=0;REVB=0.0112135;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.76186e-06;OID=.;OPOS=608034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:27:23:0:0:28:23:0:0 chr8 609879 . AT CC 1502.27 PASS AF=1;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259723;FXX=0.0309246;HRUN=2;LEN=2;MLLD=150.463;QD=63.9262;RBI=0.0280334;REFB=0;REVB=0.0105502;RO=0;SAF=38;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-4.58327e-05;OID=.;OPOS=609879;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:94:0:0:94:94:1:56:38:0:0:56:38:0:0 chr8 618728 . A G 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00865082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.494;QD=62.0078;RBI=0.0221841;REFB=0;REVB=0.0204279;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62088e-05;OID=.;OPOS=618728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:38:46:0:0:38:46:0:0 chr8 623434 . CG CA,C 76.7 PASS AF=0,0.4;AO=3,10;DP=31;FAO=0,12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=0,1;FSAR=0,11;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0484327,-0.0618864;FXX=0.0322477;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=102.11,17.5642;QD=10.2269;RBI=0.150869,0.128597;REFB=0.00832425,0.0103017;REVB=-0.142884,-0.112726;RO=17;SAF=0,2;SAR=3,8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0.358508;SSEP=0,0;SSSB=-0.666655,-0.478032;STB=0.5,0.893025;STBP=1,0.004;TYPE=snp,del;VARB=0,-0.0215985;OID=.,.;OPOS=623435,623435;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.4:3,10:31:0,12:30:18:0,1:0,11:12:6:75:17:0,2:3,8:11:6 chr8 939076 . G C 176.66 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0785398;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1608;QD=16.4336;RBI=0.0835076;REFB=-0.029254;REVB=0.0283726;RO=24;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711626;STB=0.521175;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0190815;OID=.;OPOS=939076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:24:24:18:19:0.44186:7:11:13:11:8:11:13:11 chr8 943504 . G C 88.05 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0047429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.191;QD=14.0883;RBI=0.00685673;REFB=-0.0218943;REVB=-0.00495174;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169053;STB=0.599808;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0300203;OID=.;OPOS=943504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:8:3:6:8:8:3:6:8 chr8 1496914 . T C 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0443015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.197;QD=18.2508;RBI=0.0473659;REFB=-0.0188092;REVB=-0.0167602;RO=15;SAF=2;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281248;STB=0.663976;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0313572;OID=.;OPOS=1496914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:13:2:5:10:13:2:5:10 chr8 1514009 . C A 571.79 PASS AF=0.590909;AO=52;DP=88;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0172978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0019;QD=25.9905;RBI=0.0296868;REFB=0.00917288;REVB=-0.0241266;RO=36;SAF=26;SAR=26;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104129;STB=0.556797;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.0087048;OID=.;OPOS=1514009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:36:36:52:52:0.590909:26:26:13:23:26:26:13:23 chr8 1616718 . A G 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00255708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.793;QD=12.5695;RBI=0.00599865;REFB=-0.00833729;REVB=-0.00542634;RO=26;SAF=11;SAR=4;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147931;STB=0.587663;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0142909;OID=.;OPOS=1616718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:4:11:16:10:4:11:16:10 chr8 1649960 . G A 1169.97 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3648;QD=60.7776;RBI=0.0177332;REFB=0;REVB=-0.00947773;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01343e-05;OID=.;OPOS=1649960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:43:33:0:0:44:33:0:0 chr8 1650536 . A AAC,AC,C 923.9 PASS AF=0,0.985075,0;AO=9,38,22;DP=77;FAO=0,66,0;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=0,33,0;FSAR=0,33,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0168044,0.0219434,0.0259495;FXX=0.042851;HRUN=9,1,9;LEN=2,1,1;MLLD=196.4,201.872,195.155;QD=55.1584;RBI=0.0304726,0.0338611,0.0366611;REFB=-0.0881969,-0.0897193,-0.085362;REVB=0.0254202,0.0257889,0.025897;RO=4;SAF=8,20,4;SAR=1,18,18;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.158958,-0.03999,-0.225231;STB=0.5,0.50746,0.5;STBP=1,0.503,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.0295097,0.000734414,0;OID=.,.,.;OPOS=1650537,1650537,1650536;OREF=-,-,A;OALT=AC,C,C;OMAPALT=AAC,AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:4:77:67:4:1:9,38,22:0,66,0:0,0.985075,0:1,18,18:8,20,4:3:1:0,33,0:0,33,0:1:0 chr8 1651129 . G A 776.22 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.759;QD=63.3647;RBI=0.0302932;REFB=0;REVB=-0.00399748;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103132;OID=.;OPOS=1651129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr8 1817367 . G A 285.2 PASS AF=0.278571;AO=39;DP=138;FAO=39;FDP=140;FR=.;FRO=101;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=-0.0386428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7819;QD=8.14855;RBI=0.0423947;REFB=0.000160703;REVB=-0.017437;RO=99;SAF=20;SAR=19;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274062;STB=0.515766;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.00148221;OID=.;OPOS=1817367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:99:101:39:39:0.278571:19:20:53:46:19:20:54:47 chr8 1873540 . C T 368.06 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00486688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.374;QD=29.4446;RBI=0.00515895;REFB=-0.0218612;REVB=0.00171121;RO=19;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435672;STB=0.523917;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0175944;OID=.;OPOS=1873540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:15:16:11:8:15:16:11:8 chr8 1905132 . G A 468.42 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0011751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.89;QD=16.8801;RBI=0.0064933;REFB=-0.0111343;REVB=0.00638608;RO=60;SAF=27;SAR=24;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608148;STB=0.533885;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0119221;OID=.;OPOS=1905132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:60:51:51:0.459459:24:27:28:32:24:27:28:32 chr8 1906630 . G T 2476.08 PASS AF=0.993865;AO=162;DP=163;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000234668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.455;QD=60.7626;RBI=0.0356868;REFB=-0.0168827;REVB=0.035686;RO=1;SAF=88;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537681;STB=0.502825;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=4.27687e-05;OID=.;OPOS=1906630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:163:1:1:162:162:0.993865:74:88:1:0:74:88:1:0 chr8 1953194 . T G 911.86 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00112312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.282;QD=55.2643;RBI=0.0140135;REFB=-0.0463522;REVB=0.0139685;RO=2;SAF=42;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00987156;STB=0.505228;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.000415423;OID=.;OPOS=1953194;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:22:42:1:1:22:42:1:1 chr8 1953223 . C T 1409.04 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.372;QD=61.9359;RBI=0.0524197;REFB=0;REVB=0.0512311;RO=0;SAF=62;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139139;OID=.;OPOS=1953223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:84:91:0:0:84:91:1:22:62:0:0:29:62:0:0 chr8 1953567 . C A 1865.38 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.555;QD=60.6628;RBI=0.026056;REFB=0;REVB=-0.000292816;RO=0;SAF=74;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22492e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370262;OID=.;OPOS=1953567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:123:0:0:118:123:1:44:74:0:0:44:79:0:0 chr8 1953642 . CAGAG AACAG,CAG,CAGA,CAGAA 1130.19 PASS AF=0.0126582,0.835443,0.113924,0.0379747;AO=3,63,11,3;DP=80;FAO=1,66,9,3;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=1,46,8,1;FSAR=0,20,1,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163594,0.0128771,0.0102528,0.00810779;FXX=0;HRUN=1,1,1,1;LEN=3,2,1,1;MLLD=205.169,241.366,229.048,222.075;QD=57.2249;RBI=0.0322695,0.0308889,0.025248,0.0188488;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0278153,0.0280768,0.0230725,0.017016;RO=0;SAF=3,43,10,1;SAR=0,20,1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-3.00371e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=-0.0603483,-0.00200213,0.0108002,0.0181495;OID=.,.,.,.;OPOS=1953642,1953643,1953646,1953646;OREF=CAG,AG,G,G;OALT=AAC,-,-,A;OMAPALT=AACAG,CAG,CAGA,CAGAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:38:80:79:0:0:3,63,11,3:1,66,9,3:0.0126582,0.835443,0.113924,0.0379747:0,20,1,2:3,43,10,1:0:0:0,20,1,2:1,46,8,1:0:0 chr8 1953759 . A T 1183.03 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00985506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6222;QD=58.4214;RBI=0.0144272;REFB=-0.198634;REVB=0.0105367;RO=1;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108827;STB=0.511361;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00363814;OID=.;OPOS=1953759;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:81:81:1:2:79:79:0.975309:43:36:0:1:43:36:0:2 chr8 1954237 . G C 2784.87 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000640741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.18;QD=62.5814;RBI=0.0146222;REFB=0;REVB=0.0146081;RO=0;SAF=91;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54092e-05;OID=.;OPOS=1954237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:178:0:0:176:178:1:85:91:0:0:86:92:0:0 chr8 1954587 . G A 745.26 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00446197;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.544;QD=63.4266;RBI=0.00700976;REFB=0;REVB=0.00540625;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.65865e-05;OID=.;OPOS=1954587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:18:28:0:0:18:29:0:0 chr8 2000428 . G T 1175.35 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0374914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.536;QD=57.3344;RBI=0.0631571;REFB=-0.191019;REVB=0.0508253;RO=1;SAF=49;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0095643;STB=0.509801;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00130566;OID=.;OPOS=2000428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:82:82:1:2:79:80:0.97561:30:49:1:0:30:50:2:0 chr8 2017399 . C T 399.26 PASS AF=0.38843;AO=47;DP=121;FAO=47;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.00132956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.242;QD=13.1985;RBI=0.00422579;REFB=-0.00978035;REVB=-0.00401118;RO=73;SAF=22;SAR=25;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416534;STB=0.527785;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0140018;OID=.;OPOS=2017399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:73:74:47:47:0.38843:25:22:37:36:25:22:38:36 chr8 2017415 . T C 451.67 PASS AF=0.382353;AO=52;DP=136;FAO=52;FDP=136;FR=.;FRO=84;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.0073376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.193;QD=13.2845;RBI=0.0440249;REFB=-0.00698325;REVB=-0.0434092;RO=84;SAF=22;SAR=30;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844608;STB=0.547927;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00960841;OID=.;OPOS=2017415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:84:84:52:52:0.382353:30:22:42:42:30:22:42:42 chr8 2033446 . G A 496.95 PASS AF=0.416667;AO=55;DP=132;FAO=55;FDP=132;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.00931649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.267;QD=15.0592;RBI=0.012252;REFB=0.00301305;REVB=-0.00795706;RO=77;SAF=34;SAR=21;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118732;STB=0.566802;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00337124;OID=.;OPOS=2033446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:77:77:55:55:0.416667:21:34:39:38:21:34:39:38 chr8 2037833 . G C 458.44 PASS AF=0.4;AO=52;DP=130;FAO=52;FDP=130;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=0.0357255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2566;QD=14.106;RBI=0.11345;REFB=-0.00713747;REVB=0.107678;RO=78;SAF=34;SAR=18;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284897;STB=0.660716;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0111471;OID=.;OPOS=2037833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:78:78:52:52:0.4:18:34:30:48:18:34:30:48 chr8 2040337 . T C 2940.85 PASS AF=1;AO=186;DP=186;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0578586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8412;QD=63.2441;RBI=0.0630335;REFB=0;REVB=-0.0250121;RO=0;SAF=90;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221209;OID=.;OPOS=2040337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:186:0:0:186:186:1:96:90:0:0:96:90:0:0 chr8 2041860 . T C 520.4 PASS AF=0.380368;AO=62;DP=163;FAO=62;FDP=163;FR=.;FRO=101;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=0.00112924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.012;QD=12.7706;RBI=0.0243186;REFB=0.00716926;REVB=0.0242924;RO=101;SAF=32;SAR=30;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771324;STB=0.543645;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.00911465;OID=.;OPOS=2041860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:101:101:62:62:0.380368:30:32:45:56:30:32:45:56 chr8 2048811 . A C 1954.93 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00715921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.585;QD=61.0917;RBI=0.0470555;REFB=-0.10071;REVB=0.0465077;RO=1;SAF=54;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871838;STB=0.504586;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000196924;OID=.;OPOS=2048811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:1:1:127:127:0.992188:73:54:1:0:73:54:1:0 chr8 2048831 . A G 447.79 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=0.00580984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.764;QD=17.0585;RBI=0.0131339;REFB=-0.00636304;REVB=0.011779;RO=56;SAF=24;SAR=25;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162476;STB=0.590128;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00717327;OID=.;OPOS=2048831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:49:49:0.466667:25:24:18:38:25:24:18:38 chr8 2054171 . C T 559.8 PASS AF=0.5;AO=56;DP=115;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0155568;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6029;QD=19.3033;RBI=0.0175737;REFB=-0.0124508;REVB=0.00817428;RO=50;SAF=20;SAR=36;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110475;STB=0.527093;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00795423;OID=.;OPOS=2054171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:50:58:56:58:0.5:36:20:24:26:36:22:25:33 chr8 2092810 . G A 232.23 PASS AF=0.279661;AO=33;DP=118;FAO=33;FDP=118;FR=.;FRO=85;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.0817753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3309;QD=7.87215;RBI=0.0883082;REFB=-0.0133391;REVB=-0.0333338;RO=85;SAF=17;SAR=16;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682938;STB=0.540488;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0290087;OID=.;OPOS=2092810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:85:85:33:33:0.279661:16:17:39:46:16:17:39:46 chr8 2148550 . G A 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.855;QD=60.883;RBI=0.0284986;REFB=0;REVB=0.0188677;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114721;OID=.;OPOS=2148550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:45:32:0:0:45:32:0:0 chr8 2148771 . C T 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.298;QD=57.1046;RBI=0.0515166;REFB=0;REVB=-0.0226704;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16803e-05;OID=.;OPOS=2148771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr8 2795430 . T G 338.19 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0524229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1786;QD=17.5681;RBI=0.054635;REFB=0.00547219;REVB=-0.0153889;RO=40;SAF=22;SAR=14;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109681;STB=0.514321;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00744057;OID=.;OPOS=2795430;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:40:41:36:36:0.467532:14:22:24:16:14:22:24:17 chr8 2795835 . T C 1806.99 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145705;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.079;QD=61.254;RBI=0.0235116;REFB=0;REVB=0.0184526;RO=0;SAF=51;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000643768;OID=.;OPOS=2795835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:66:51:0:0:66:52:0:0 chr8 2820043 . G T 428.0 PASS AF=0.373134;AO=51;DP=134;FAO=50;FDP=134;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=52;FSRR=32;FWDB=0.00323151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6276;QD=12.7762;RBI=0.0618587;REFB=0.00305207;REVB=0.0617742;RO=82;SAF=26;SAR=25;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109169;STB=0.574598;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00517714;OID=.;OPOS=2820043;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:82:84:51:50:0.373134:25:26:50:32:25:25:52:32 chr8 2820745 . G C 2293.44 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0022868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.249;QD=63.7067;RBI=0.0386757;REFB=0;REVB=0.0386081;RO=0;SAF=77;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6372e-05;OID=.;OPOS=2820745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:67:77:0:0:67:77:0:0 chr8 2832139 . C G 2659.21 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.534;QD=62.2037;RBI=0.0360645;REFB=0;REVB=0.00018311;RO=0;SAF=61;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6722e-05;OID=.;OPOS=2832139;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:171:0:0:169:171:1:108:61:0:0:110:61:0:0 chr8 2909992 . G A 1889.45 PASS AF=1;AO=122;DP=125;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000473733;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.907;QD=61.9493;RBI=0.020989;REFB=0;REVB=-0.0209837;RO=0;SAF=75;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275041;OID=.;OPOS=2909992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:122:0:0:122:122:1:47:75:0:0:47:75:0:0 chr8 2910020 . A G 2074.49 PASS AF=0.992537;AO=132;DP=136;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0071152;FXX=0.0147048;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.52;QD=61.9251;RBI=0.0202709;REFB=-0.115265;REVB=0.0189812;RO=0;SAF=82;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.13233e-08;STB=0.504854;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-4.07844e-05;OID=.;OPOS=2910020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:134:0:1:132:133:0.992537:50:82:0:0:51:82:0:1 chr8 2965244 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.172;QD=60.3767;RBI=0.0109877;REFB=0;REVB=-0.00399715;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01412e-05;OID=.;OPOS=2965244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:29:45:0:0:29:45:0:0 chr8 3224561 . T C 280.92 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0153746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.482;QD=14.4061;RBI=0.0224162;REFB=-0.0079447;REVB=-0.0163128;RO=46;SAF=18;SAR=14;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259039;STB=0.514697;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.014926;OID=.;OPOS=3224561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:14:18:27:19:14:18:27:19 chr8 3351147 . G A 986.6 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.216;QD=58.0354;RBI=0.0210954;REFB=0;REVB=-0.0122219;RO=1;SAF=43;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108646;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105039;OID=.;OPOS=3351147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:1:0:67:68:1:24:43:1:0:24:44:0:0 chr8 3351195 . C A 1067.59 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0263478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.556;QD=58.4978;RBI=0.0263496;REFB=-0.0921267;REVB=-0.000306268;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000382239;OID=.;OPOS=3351195;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:73:0:1:71:72:0.986301:27:44:0:0:27:45:0:1 chr8 3558050 . G A 2011.45 PASS AF=0.970588;AO=131;DP=136;FAO=132;FDP=136;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0389023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.396;QD=59.1604;RBI=0.0395782;REFB=-0.137628;REVB=0.00728306;RO=3;SAF=48;SAR=83;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168667;STB=0.511763;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00170653;OID=.;OPOS=3558050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:136:136:3:4:131:132:0.970588:83:48:0:3:83:49:0:4 chr8 3807528 . C T 1162.17 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0216043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.359;QD=58.1087;RBI=0.083357;REFB=-0.0153432;REVB=0.0805086;RO=2;SAF=45;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00372466;STB=0.501968;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.000272467;OID=.;OPOS=3807528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:80:80:2:2:78:78:0.975:33:45:1:1:33:45:1:1 chr8 5768667 . A T 361.85 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.00256246;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.481;QD=14.0523;RBI=0.00364556;REFB=-0.0189291;REVB=-0.00259305;RO=60;SAF=17;SAR=25;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168604;STB=0.59986;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0360647;OID=.;OPOS=5768667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:60:61:42:42:0.407767:25:17:34:26:25:17:35:26 chr8 6272399 . G T 803.59 PASS AF=0.519231;AO=81;DP=155;FAO=81;FDP=156;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.0572865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5585;QD=20.6049;RBI=0.0582923;REFB=-0.00222266;REVB=0.0107817;RO=74;SAF=32;SAR=49;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216044;STB=0.515786;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00169021;OID=.;OPOS=6272399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:74:75:81:81:0.519231:49:32:31:43:49:32:32:43 chr8 6296550 . G T 1045.1 PASS AF=0.633803;AO=90;DP=142;FAO=90;FDP=142;FR=.;FRO=52;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0213863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7443;QD=29.4395;RBI=0.0245754;REFB=0.00210698;REVB=0.0121068;RO=52;SAF=39;SAR=51;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587406;STB=0.531746;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00146513;OID=.;OPOS=6296550;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:52:52:90:90:0.633803:51:39:27:25:51:39:27:25 chr8 6302183 . G C 318.23 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0284488;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0573;QD=24.9589;RBI=0.0304385;REFB=0.02205;REVB=-0.0108244;RO=20;SAF=19;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280727;STB=0.515426;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.0241336;OID=.;OPOS=6302183;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:20:20:31:31:0.607843:12:19:13:7:12:19:13:7 chr8 6302418 . A G 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.29;QD=60.0287;RBI=0.0783563;REFB=0;REVB=-0.0732954;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168101;OID=.;OPOS=6302418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr8 6302638 . CA C 227.54 PASS AF=0.754098;AO=36;DP=61;FAO=46;FDP=61;FR=.;FRO=15;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0129684;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.85881;QD=14.9208;RBI=0.0701941;REFB=-0.0291249;REVB=0.0689857;RO=18;SAF=21;SAR=15;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174093;STB=0.519279;STBP=0.623;TYPE=del;VARB=0.0397622;OID=.;OPOS=6302639;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.754098:36:61:46:61:15:28:18:8:7:35:18:21:15:10:8 chr8 6302671 . C T 176.93 PASS AF=0.353846;AO=21;DP=63;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=1.72511e-07;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.427;QD=10.8881;RBI=0.00991649;REFB=-0.00896171;REVB=-0.00991649;RO=42;SAF=13;SAR=8;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563013;STB=0.504084;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0171082;OID=.;OPOS=6302671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:42:42:21:23:0.353846:8:13:24:18:10:13:24:18 chr8 6319260 . T C 435.15 PASS AF=0.34375;AO=55;DP=160;FAO=55;FDP=160;FR=.;FRO=105;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=-0.0167941;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.9;QD=10.8786;RBI=0.034558;REFB=-0.0119806;REVB=-0.0302029;RO=105;SAF=24;SAR=31;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240736;STB=0.513807;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0205686;OID=.;OPOS=6319260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:105:105:55:55:0.34375:31:24:48:57:31:24:48:57 chr8 6319284 . T C 352.86 PASS AF=0.304054;AO=45;DP=149;FAO=45;FDP=148;FR=.;FRO=103;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=59;FSRR=44;FWDB=0.0261829;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.114;QD=9.53681;RBI=0.0361589;REFB=-0.0025759;REVB=0.0249384;RO=103;SAF=19;SAR=26;SRF=59;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178307;STB=0.603885;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00256023;OID=.;OPOS=6319284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:103:103:45:45:0.304054:26:19:59:44:26:19:59:44 chr8 6338366 . C T 568.42 PASS AF=0.346341;AO=71;DP=205;FAO=71;FDP=205;FR=.;FRO=134;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=86;FSRR=48;FWDB=-0.0377172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.876;QD=11.0911;RBI=0.0484751;REFB=-0.0185786;REVB=-0.0304507;RO=132;SAF=49;SAR=22;SRF=85;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597723;STB=0.535927;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0358564;OID=.;OPOS=6338366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:132:134:71:71:0.346341:22:49:85:47:22:49:86:48 chr8 6371315 . C T 121.71 PASS AF=0.154839;AO=24;DP=155;FAO=24;FDP=155;FR=.;FRO=131;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=72;FSRR=59;FWDB=-0.0214989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0006;QD=3.14078;RBI=0.0299973;REFB=-0.00047133;REVB=-0.0209197;RO=131;SAF=13;SAR=11;SRF=72;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102099;STB=0.506769;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00155165;OID=.;OPOS=6371315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:131:131:24:24:0.154839:11:13:72:59:11:13:72:59 chr8 6378784 . C A 594.95 PASS AF=0.425676;AO=63;DP=148;FAO=63;FDP=148;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=-0.0132519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.523;QD=16.0797;RBI=0.0396294;REFB=0.00215065;REVB=-0.037348;RO=85;SAF=29;SAR=34;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588672;STB=0.532951;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.00448035;OID=.;OPOS=6378784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:85:85:63:63:0.425676:34:29:44:41:34:29:44:41 chr8 6389889 . C G 925.95 PASS AF=0.494624;AO=91;DP=188;FAO=92;FDP=186;FR=.;FRO=94;FSAF=56;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=0.0279092;FXX=0.0106377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.903;QD=19.9129;RBI=0.0306651;REFB=-0.00300148;REVB=0.0127052;RO=95;SAF=56;SAR=35;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114547;STB=0.556235;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00360359;OID=.;OPOS=6389889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:186:95:94:91:92:0.494624:35:56:47:48:36:56:47:47 chr8 6474473 . C G 943.0 PASS AF=0.57047;AO=85;DP=149;FAO=85;FDP=149;FR=.;FRO=64;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.00938878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.023;QD=25.3156;RBI=0.0143303;REFB=-0.0112084;REVB=0.0108263;RO=64;SAF=44;SAR=41;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112251;STB=0.561069;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00934642;OID=.;OPOS=6474473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:64:64:85:85:0.57047:41:44:24:40:41:44:24:40 chr8 6478986 . C T 680.41 PASS AF=0.607477;AO=64;DP=106;FAO=65;FDP=107;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0812444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0636;QD=25.4359;RBI=0.0902163;REFB=-0.029881;REVB=0.0392215;RO=42;SAF=32;SAR=32;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694006;STB=0.534398;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0194881;OID=.;OPOS=6478986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:42:42:64:65:0.607477:32:32:25:17:32:33:25:17 chr8 6479042 . C T 845.69 PASS AF=0.633333;AO=76;DP=120;FAO=76;FDP=120;FR=.;FRO=44;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.101641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.422;QD=28.1895;RBI=0.102407;REFB=-0.0242105;REVB=0.0124993;RO=44;SAF=34;SAR=42;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513115;STB=0.52777;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0104073;OID=.;OPOS=6479042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:44:44:76:76:0.633333:42:34:23:21:42:34:23:21 chr8 6566351 . C G 3946.32 PASS AF=1;AO=253;DP=254;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=165;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123989;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.682;QD=61.6612;RBI=0.0124316;REFB=-0.0499771;REVB=-0.000901469;RO=0;SAF=90;SAR=163;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.78437e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123698;OID=.;OPOS=6566351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:254:256:0:0:253:256:1:163:90:0:0:165:91:0:0 chr8 6615663 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00663014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9541;QD=62.9821;RBI=0.0188021;REFB=0;REVB=0.0175943;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022255;OID=.;OPOS=6615663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr8 6673377 . CA C 759.34 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318779;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.434;QD=63.2786;RBI=0.0321664;REFB=0;REVB=0.00429823;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00016675;OID=.;OPOS=6673378;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:49:48:48:0:27:21:0:0:4:0:27:20:0:0 chr8 6690276 . T C 1672.12 PASS AF=0.99115;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0619511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7734;QD=59.1902;RBI=0.0620608;REFB=-0.113788;REVB=-0.00368773;RO=1;SAF=62;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959032;STB=0.50495;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00178315;OID=.;OPOS=6690276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:113:1:1:111:112:0.99115:49:62:0:1:50:62:0:1 chr8 6735300 . T A 1018.13 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0488964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.385;QD=56.5626;RBI=0.0540143;REFB=0.0226687;REVB=0.0229496;RO=1;SAF=30;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154986;STB=0.502024;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.000122378;OID=.;OPOS=6735300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:1:2:70:70:0.972222:40:30:1:0:40:30:1:1 chr8 6793540 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00529875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.207;QD=59.143;RBI=0.0156279;REFB=0;REVB=-0.0147022;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74114e-05;OID=.;OPOS=6793540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:25:42:0:0:25:42:0:0 chr8 6793581 . A G 235.72 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0612866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.365;QD=17.4606;RBI=0.0614872;REFB=-0.00728949;REVB=0.00496206;RO=28;SAF=8;SAR=18;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253039;STB=0.642744;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0100241;OID=.;OPOS=6793581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:18:8:16:12:18:8:16:12 chr8 6794249 . C A 243.77 PASS AF=0.32967;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.0336983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9165;QD=10.7153;RBI=0.0486773;REFB=0.0239753;REVB=0.035127;RO=60;SAF=17;SAR=13;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386398;STB=0.517435;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.0463004;OID=.;OPOS=6794249;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:60:61:30:30:0.32967:13:17:32:28:13:17:33:28 chr8 6913031 . G A 779.18 PASS AF=0.455556;AO=82;DP=180;FAO=82;FDP=180;FR=.;FRO=98;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=-0.0131897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.6;QD=17.3152;RBI=0.0173698;REFB=-0.00763546;REVB=-0.0113023;RO=98;SAF=44;SAR=38;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00588926;STB=0.503267;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00938529;OID=.;OPOS=6913031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:98:98:82:82:0.455556:38:44:52:46:38:44:52:46 chr8 7154617 . T A 106.12 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392426;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1282;QD=42.4466;RBI=0.0392929;REFB=0;REVB=-0.00198813;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00197252;OID=.;OPOS=7154617;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr8 7154917 . A C 888.26 PASS AF=0.458937;AO=95;DP=207;FAO=95;FDP=207;FR=.;FRO=112;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=53;FSRR=59;FWDB=-0.0709692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.663;QD=17.1645;RBI=0.0761245;REFB=-0.0109501;REVB=-0.0275373;RO=111;SAF=41;SAR=54;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451964;STB=0.522809;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00876064;OID=.;OPOS=7154917;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:111:112:95:95:0.458937:54:41:53:58:54:41:53:59 chr8 7215807 . C A 1204.75 PASS AF=0.629412;AO=107;DP=166;FAO=107;FDP=170;FR=.;FRO=63;FSAF=68;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0246649;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.252;QD=28.3471;RBI=0.033563;REFB=-0.00744883;REVB=-0.0227623;RO=59;SAF=68;SAR=39;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649508;STB=0.549644;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00459589;OID=.;OPOS=7215807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:170:59:63:107:107:0.629412:39:68:32:27:39:68:32:31 chr8 7308386 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0232;QD=56.7053;RBI=0.0611794;REFB=0;REVB=0.0264432;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137329;OID=.;OPOS=7308386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr8 7308729 . G C 1475.9 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296106;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.395;QD=63.4794;RBI=0.0323001;REFB=0;REVB=0.012904;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11046e-05;OID=.;OPOS=7308729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:49:44:0:0:49:44:0:0 chr8 7718266 . A T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.559;QD=39.2068;RBI=0.0407672;REFB=0;REVB=-0.00795787;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360447;OID=.;OPOS=7718266;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr8 8098577 . G A 605.37 PASS AF=0.585106;AO=53;DP=92;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0318854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.609;QD=25.7603;RBI=0.0323844;REFB=-0.00787393;REVB=0.005663;RO=36;SAF=19;SAR=34;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109938;STB=0.58391;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00605909;OID=.;OPOS=8098577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:36:39:53:55:0.585106:34:19:18:18:36:19:21:18 chr8 8099463 . CC TA 49.23 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0368919;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=227.971;QD=4.10215;RBI=0.0376034;REFB=0.00433607;REVB=0.00728062;RO=39;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227253;STB=0.643974;STBP=0.441;TYPE=mnp;VARB=-0.0268502;OID=.;OPOS=8099463;OREF=CC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:48:39:40:8:8:0.166667:3:5:17:22:3:5:18:22 chr8 8099514 . A G 63.88 PASS AF=0.16;AO=12;DP=75;FAO=12;FDP=75;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.00263294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.791;QD=3.40668;RBI=0.00747121;REFB=-0.00154645;REVB=-0.00699189;RO=63;SAF=5;SAR=7;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942387;STB=0.563652;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0106227;OID=.;OPOS=8099514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:75:75:63:63:12:12:0.16:7:5:31:32:7:5:31:32 chr8 8099554 . TGG CTA 37.28 PASS AF=0.114286;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.029762;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=3;MLLD=191.091;QD=2.13005;RBI=0.0324839;REFB=0.000325036;REVB=0.0130166;RO=61;SAF=3;SAR=5;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139457;STB=0.611231;STBP=0.557;TYPE=mnp;VARB=-0.00128461;OID=.;OPOS=8099554;OREF=TGG;OALT=CTA;OMAPALT=CTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:71:70:61:62:8:8:0.114286:5:3:30:31:5:3:31:31 chr8 8099618 . T C 38.75 PASS AF=0.119403;AO=8;DP=67;FAO=8;FDP=67;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0359866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.157;QD=2.31371;RBI=0.0360082;REFB=-0.0094454;REVB=0.00124655;RO=59;SAF=3;SAR=5;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216817;STB=0.658952;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0822648;OID=.;OPOS=8099618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:67:67:59:59:8:8:0.119403:5:3:33:26:5:3:33:26 chr8 8176221 . C T 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00225337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.656;QD=28.1263;RBI=0.00266821;REFB=-0.0309679;REVB=0.00142887;RO=14;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411789;STB=0.522709;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0205991;OID=.;OPOS=8176221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:10:14:9:5:10:14:9:5 chr8 8176554 . C T 1476.19 PASS AF=0.694915;AO=123;DP=177;FAO=123;FDP=177;FR=.;FRO=54;FSAF=79;FSAR=44;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0260881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.63;QD=33.3601;RBI=0.028391;REFB=-0.0328871;REVB=-0.011201;RO=54;SAF=79;SAR=44;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965192;STB=0.551796;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0124479;OID=.;OPOS=8176554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:54:54:123:123:0.694915:44:79:26:28:44:79:26:28 chr8 8234077 . G C 208.98 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0224411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5694;QD=20.388;RBI=0.0624628;REFB=0.0432513;REVB=0.0582923;RO=20;SAF=4;SAR=16;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359977;STB=0.67174;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0325714;OID=.;OPOS=8234077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:20:21:0.512195:16:4:11:9:16:5:11:9 chr8 8234113 . G A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0046046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.065;QD=13.5055;RBI=0.037383;REFB=-0.00787759;REVB=0.0370984;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170437;STB=0.599834;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00803663;OID=.;OPOS=8234113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:5:7:7:10:5:7:7:10 chr8 8234192 . G C 411.99 PASS AF=0.6875;AO=33;DP=48;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0190148;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7231;QD=34.3328;RBI=0.0354977;REFB=-0.0388533;REVB=-0.0299754;RO=15;SAF=19;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101357;STB=0.555239;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.017227;OID=.;OPOS=8234192;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:15:15:33:33:0.6875:14:19:6:9:14:19:6:9 chr8 8234218 . CG TA 366.68 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00582171;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.894;QD=24.0445;RBI=0.00706564;REFB=-0.0198821;REVB=0.00400388;RO=24;SAF=21;SAR=15;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507038;STBP=0.905;TYPE=mnp;VARB=0.0153213;OID=.;OPOS=8234218;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:24:25:36:36:0.590164:15:21:14:10:15:21:15:10 chr8 8234714 . C T 258.04 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00575043;FXX=0.039208;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.53;QD=21.0644;RBI=0.0297901;REFB=-0.0213953;REVB=-0.0292298;RO=19;SAF=19;SAR=7;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586802;STB=0.520532;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.020184;OID=.;OPOS=8234714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:19:23:26:26:0.530612:7:19:15:4:7:19:16:7 chr8 8234868 . C CGCCGCT,T 88.39 PASS AF=0.75,0.0833333;AO=8,2;DP=13;FAO=9,1;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=5,1;FSAR=4,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00182113,-0.00603681;FXX=0.199867;HRUN=1,1;LEN=6,1;MLLD=177.998,82.8286;QD=29.4647;RBI=0.00203294,0.0336929;REFB=-0.0250626,-0.015333;REVB=0.000903519,0.0331477;RO=3;SAF=4,2;SAR=4,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0790568,0.599865;STB=0.510181,0.986712;STBP=0.893,0.515;TYPE=ins,snp;VARB=0.00262485,0.0145512;OID=.,.;OPOS=8234869,8234868;OREF=-,C;OALT=GCCGCT,T;OMAPALT=CGCCGCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:13:12:3:2:8,2:9,1:0.75,0.0833333:4,0:4,2:2:1:4,0:5,1:1:1 chr8 8439879 . A G 400.4 PASS AF=0.633333;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0262681;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7006;QD=26.6931;RBI=0.0904077;REFB=0.0219336;REVB=-0.0865075;RO=22;SAF=25;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490216;STB=0.526806;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.0146931;OID=.;OPOS=8439879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:22:22:38:38:0.633333:13:25:13:9:13:25:13:9 chr8 8560602 . C T 123.03 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.105059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7585;QD=16.4045;RBI=0.11048;REFB=0.00634858;REVB=0.0341827;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09589;STB=0.555473;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00120518;OID=.;OPOS=8560602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:4:10:10:6:4:10:10:6 chr8 8560703 . C T 76.3 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00943777;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8591;QD=10.9001;RBI=0.0205214;REFB=-0.0017247;REVB=-0.0182224;RO=17;SAF=1;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352255;STB=0.749375;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00494981;OID=.;OPOS=8560703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:29:28:17:18:10:10:0.357143:9:1:5:12:9:1:6:12 chr8 8560909 . G C 579.71 PASS AF=0.662338;AO=51;DP=77;FAO=51;FDP=77;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0213123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.718;QD=30.1149;RBI=0.0218521;REFB=-0.0168149;REVB=0.00482725;RO=26;SAF=26;SAR=25;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101808;STB=0.555139;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0140928;OID=.;OPOS=8560909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:26:26:51:51:0.662338:25:26:9:17:25:26:9:17 chr8 8561182 . GT GG,G,GTT 39.79 PASS AF=0,0.361111,0;AO=2,11,4;DP=37;FAO=0,13,0;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=0,3,0;FSAR=0,10,0;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0246199,0.0439468,-0.0405667;FXX=0.0526177;HRUN=8,8,8;LEN=1,1,1;MLLD=22.414,9.20982,8.29746;QD=4.42145;RBI=0.0491315,0.0919488,0.0989727;REFB=-0.030422,-0.0294069,0.020179;REVB=0.0425178,0.0807667,-0.0902769;RO=17;SAF=0,4,2;SAR=2,7,2;SRF=6;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.474595,0.0118806,0.169523;STB=0.5,0.624792,0.5;STBP=1,0.315,1;TYPE=snp,del,ins;VARB=0.0437373,0.0784136,0;OID=.,.,.;OPOS=8561183,8561183,8561183;OREF=T,T,-;OALT=G,-,T;OMAPALT=GG,G,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.361111,0:2,11,4:37:0,13,0:36:23:0,3,0:0,10,0:9:14:42:17:0,4,2:2,7,2:6:11 chr8 8561391 . A AT 77.28 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=58;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0670361;FXX=0.017854;HRUN=5;LEN=1;MLLD=7.85413;QD=5.62062;RBI=0.069169;REFB=-0.0272524;REVB=0.0170445;RO=32;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107722;STB=0.540951;STBP=0.589;TYPE=ins;VARB=0.0174476;OID=.;OPOS=8561392;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:19:58:25:55:30:11:14:11:19:76:32:9:10:12:20 chr8 8561399 . G T 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00559566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.49;QD=18.9977;RBI=0.0109598;REFB=-0.00292208;REVB=0.00942369;RO=30;SAF=11;SAR=20;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736561;STB=0.541123;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00374112;OID=.;OPOS=8561399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:20:11:13:17:20:11:13:17 chr8 8561442 . A G 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0157328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1938;QD=18.9481;RBI=0.0170883;REFB=0.00659295;REVB=0.00666993;RO=26;SAF=10;SAR=18;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606427;STB=0.545421;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00709374;OID=.;OPOS=8561442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:18:10:11:15:18:10:12:15 chr8 8561452 . A G 264.75 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00744348;FXX=0.0357079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.2472;QD=19.6109;RBI=0.025713;REFB=0.00812933;REVB=0.0246121;RO=26;SAF=10;SAR=18;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948994;STB=0.553034;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.00389806;OID=.;OPOS=8561452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:18:10:12:14:18:10:12:14 chr8 8561536 . TG CA 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0497899;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.347;QD=27.4996;RBI=0.0501769;REFB=0.00615314;REVB=0.00621966;RO=10;SAF=2;SAR=17;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00875077;STB=0.504849;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00312376;OID=.;OPOS=8561536;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:17:2:1:9:17:2:1:9 chr8 8561552 . T C 221.11 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0364129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4848;QD=32.7567;RBI=0.0407296;REFB=-0.0281047;REVB=0.0182483;RO=7;SAF=2;SAR=18;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05325;STB=0.529381;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.012429;OID=.;OPOS=8561552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:7:7:20:20:0.740741:18:2:1:6:18:2:1:6 chr8 8643265 . C T 74.01 PASS AF=0.23913;AO=5;DP=41;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0194897;FXX=0.079984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.389;QD=6.43597;RBI=0.0198824;REFB=-0.01319;REVB=-0.00393208;RO=35;SAF=0;SAR=5;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.614969;STB=0.671942;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0538216;OID=.;OPOS=8643265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:41:46:35:35:5:11:0.23913:5:0:16:19:8:3:17:18 chr8 8643582 . C G 460.31 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.00922941;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4472;QD=20.688;RBI=0.0462085;REFB=0.00242191;REVB=-0.0452774;RO=44;SAF=23;SAR=22;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112347;STB=0.562097;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0033039;OID=.;OPOS=8643582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:44:44:45:45:0.505618:22:23:28:16:22:23:28:16 chr8 8747894 . A G 1806.7 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00490592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2278;QD=60.2234;RBI=0.0328909;REFB=-0.0194285;REVB=-0.032523;RO=0;SAF=64;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98352e-08;STB=0.503875;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.000132684;OID=.;OPOS=8747894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:0:1:119:119:0.991667:55:64:0:0:55:64:1:0 chr8 8819186 . T A 905.42 PASS AF=0.645161;AO=78;DP=122;FAO=80;FDP=124;FR=.;FRO=44;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00154635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.29;QD=29.2069;RBI=0.00522959;REFB=-0.0116729;REVB=-0.00499574;RO=44;SAF=50;SAR=28;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144663;STB=0.570521;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00615039;OID=.;OPOS=8819186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:44:44:78:80:0.645161:28:50:19:25:30:50:19:25 chr8 8860620 . T C 495.05 PASS AF=0.633803;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.016228;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.482;QD=27.8899;RBI=0.016315;REFB=-0.046322;REVB=0.00168265;RO=29;SAF=20;SAR=25;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00278164;STB=0.522283;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.027818;OID=.;OPOS=8860620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:71:29:26:45:45:0.633803:25:20:13:16:25:20:10:16 chr8 8887542 . TAAC T 353.47 PASS AF=0.495238;AO=51;DP=103;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00372098;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=273.984;QD=13.4656;RBI=0.00661327;REFB=0.00149895;REVB=0.00546715;RO=50;SAF=29;SAR=22;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115298;STB=0.553485;STBP=0.295;TYPE=del;VARB=-0.00137841;OID=.;OPOS=8887543;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.495238:51:103:52:105:53:30:22:25:28:99:50:29:22:22:28 chr8 9145082 . T C 1133.28 PASS AF=0.681159;AO=94;DP=139;FAO=94;FDP=138;FR=.;FRO=44;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=0.020362;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.703;QD=32.8487;RBI=0.0265515;REFB=-0.0113022;REVB=0.0170402;RO=43;SAF=36;SAR=58;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953817;STB=0.545809;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00527964;OID=.;OPOS=9145082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:43:44:94:94:0.681159:58:36:10:33:58:36:11:33 chr8 9414049 . G A 421.21 PASS AF=0.72549;AO=37;DP=51;FAO=37;FDP=51;FR=.;FRO=14;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.025264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.605;QD=33.036;RBI=0.0270457;REFB=-0.0205051;REVB=0.00965412;RO=13;SAF=29;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156106;STB=0.578302;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00814851;OID=.;OPOS=9414049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:13:14:37:37:0.72549:8:29:7:6:8:29:8:6 chr8 9414159 . G C 702.22 PASS AF=0.846154;AO=54;DP=65;FAO=55;FDP=65;FR=.;FRO=10;FSAF=48;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0452819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.764;QD=43.2133;RBI=0.0530138;REFB=-0.0320134;REVB=0.0275684;RO=9;SAF=47;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291435;STB=0.652996;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000839429;OID=.;OPOS=9414159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:65:65:9:10:54:55:0.846154:7:47:2:7:7:48:3:7 chr8 9414237 . C T 283.66 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0201329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.073;QD=19.9057;RBI=0.0213429;REFB=-0.00907873;REVB=0.00708416;RO=27;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126529;STB=0.507038;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0038878;OID=.;OPOS=9414237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:16:14:13:14:16:14:13:14 chr8 9414503 . T C 1486.5 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0513402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.646;QD=57.7281;RBI=0.0531661;REFB=-0.137967;REVB=0.0138137;RO=2;SAF=41;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00358884;STB=0.504131;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0021746;OID=.;OPOS=9414503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:103:2:1:101:102:0.990291:60:41:1:1:60:42:0:1 chr8 9414908 . CTTTTTTTTTTTTTTTG CTTTTTTTTTTTTTTTC,TTTTTTTTTTTTTTTTC 624.78 PASS AF=0.886364,0.113636;AO=2,2;DP=44;FAO=39,5;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=36,2;FSAR=3,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-8.75739e-05,-0.0632896;FXX=0.0222173;HRUN=1,1;LEN=1,17;MLLD=60.6545,161.718;QD=56.7985;RBI=0.143263,0.173026;REFB=0,0;REVB=0.143263,0.161036;RO=0;SAF=2,2;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00130082,0.0473298;OID=.,.;OPOS=9414924,9414908;OREF=G,CTTTTTTTTTTTTTTTG;OALT=C,TTTTTTTTTTTTTTTTC;OMAPALT=CTTTTTTTTTTTTTTTC,TTTTTTTTTTTTTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:44:44:0:0:2,2:39,5:0.886364,0.113636:0,0:2,2:0:0:3,3:36,2:0:0 chr8 9415168 . G A 1565.88 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00033815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.941;QD=63.9133;RBI=0.0154855;REFB=0;REVB=0.0154818;RO=0;SAF=64;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70195e-05;OID=.;OPOS=9415168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:33:64:0:0:33:65:0:0 chr8 9415390 . G A 728.65 PASS AF=0.48;AO=71;DP=150;FAO=72;FDP=150;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0148159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.741;QD=19.4306;RBI=0.0150251;REFB=-0.00700133;REVB=0.00249835;RO=78;SAF=32;SAR=39;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589368;STB=0.528389;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00859841;OID=.;OPOS=9415390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:78:78:71:72:0.48:39:32:40:38:39:33:40:38 chr8 9564437 . A G 401.89 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.00758889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.404;QD=14.7482;RBI=0.0122807;REFB=-0.0035583;REVB=-0.0096553;RO=63;SAF=21;SAR=25;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366461;STB=0.520616;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00423958;OID=.;OPOS=9564437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:63:46:46:0.422018:25:21:31:32:25:21:31:32 chr8 9567680 . G A 108.5 PASS AF=0.175439;AO=20;DP=115;FAO=20;FDP=114;FR=.;FRO=94;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=72;FSRR=22;FWDB=-0.0084362;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.518;QD=3.80713;RBI=0.0186721;REFB=-0.00364487;REVB=0.0166576;RO=90;SAF=10;SAR=10;SRF=69;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353243;STB=0.719121;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0223327;OID=.;OPOS=9567680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:90:94:20:20:0.175439:10:10:69:21:10:10:72:22 chr8 9577940 . T C 1933.52 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000717796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.443;QD=61.8725;RBI=0.00255763;REFB=0;REVB=-0.00245484;RO=0;SAF=65;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.46896e-06;OID=.;OPOS=9577940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:60:65:0:0:60:65:0:0 chr8 9635242 . C G 544.57 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0106586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7735;QD=22.9293;RBI=0.0183282;REFB=-0.0307992;REVB=0.0149103;RO=44;SAF=32;SAR=19;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287338;STB=0.515793;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0211998;OID=.;OPOS=9635242;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:44:51:51:0.536842:19:32:29:15:19:32:29:15 chr8 9734267 . A C 230.29 PASS AF=0.95;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0142627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.583;QD=46.0582;RBI=0.0277608;REFB=0.0765109;REVB=0.0238168;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483018;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.000297253;OID=.;OPOS=9734267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:1:1:18:19:0.95:9:9:0:1:9:10:0:1 chr8 9734284 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.777;QD=50.4135;RBI=0.0282141;REFB=0;REVB=0.0255683;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174832;OID=.;OPOS=9734284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr8 10211175 . C T 982.23 PASS AF=0.648855;AO=85;DP=132;FAO=85;FDP=131;FR=.;FRO=46;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00251046;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3542;QD=29.9918;RBI=0.00425191;REFB=-0.0171104;REVB=-0.00343166;RO=46;SAF=38;SAR=47;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910697;STB=0.549153;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0115742;OID=.;OPOS=10211175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:46:46:85:85:0.648855:47:38:27:19:47:38:27:19 chr8 10285775 . G A 37.84 PASS AF=0.115942;AO=8;DP=69;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0153433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.936;QD=2.19347;RBI=0.0176111;REFB=-0.00183081;REVB=-0.00864489;RO=61;SAF=4;SAR=4;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878751;STB=0.565057;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0116057;OID=.;OPOS=10285775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:69:69:61:61:8:8:0.115942:4:4:35:26:4:4:35:26 chr8 10285810 . T C 49.63 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0356806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.676;QD=4.51179;RBI=0.0356901;REFB=-0.0130155;REVB=0.000822835;RO=35;SAF=3;SAR=5;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332655;STB=0.7253;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0631473;OID=.;OPOS=10285810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:35:36:8:8:0.181818:5:3:23:12:5:3:24:12 chr8 10285825 . T G 276.68 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242595;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.083;QD=52.7;RBI=0.0259199;REFB=0;REVB=0.00912767;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72338e-05;OID=.;OPOS=10285825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr8 10333743 . C T 267.46 PASS AF=0.766667;AO=22;DP=29;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.021625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3304;QD=35.6619;RBI=0.0218451;REFB=0.00354682;REVB=-0.00309303;RO=7;SAF=19;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221732;STB=0.624875;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00165491;OID=.;OPOS=10333743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:30:7:7:22:23:0.766667:3:19:4:3:3:20:4:3 chr8 10333811 . C T 365.08 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00879681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.671;QD=52.1537;RBI=0.00973633;REFB=-0.0736298;REVB=0.00417281;RO=1;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545937;STB=0.52939;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00126238;OID=.;OPOS=10333811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:8:19:0:1:8:19:0:1 chr8 10383226 . C G 380.69 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0483179;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=113.477;QD=52.509;RBI=0.0483179;REFB=-0.0303312;REVB=-1.40107e-05;RO=0;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39272e-08;STB=0.510631;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.000290052;OID=.;OPOS=10383226;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:23:5:0:0:23:5:0:1 chr8 10390452 . C T 2100.05 PASS AF=0.978417;AO=136;DP=139;FAO=136;FDP=139;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00706777;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.17;QD=60.4331;RBI=0.0340211;REFB=-0.14904;REVB=-0.0332788;RO=3;SAF=61;SAR=75;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903328;STB=0.504753;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.000987107;OID=.;OPOS=10390452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:139:139:3:3:136:136:0.978417:75:61:2:1:75:61:2:1 chr8 10396054 . A C 1494.58 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205317;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7713;QD=59.7832;RBI=0.0350453;REFB=0;REVB=-0.0284011;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108421;OID=.;OPOS=10396054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:51:49:0:0:51:49:0:0 chr8 10464755 . C T 84.8 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0130827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.185;QD=10.9413;RBI=0.0149363;REFB=-0.00394086;REVB=-0.00720678;RO=20;SAF=9;SAR=2;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606762;STB=0.53602;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00661687;OID=.;OPOS=10464755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:2:9:17:3:2:9:17:3 chr8 10464885 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.012;QD=60.6102;RBI=0.036693;REFB=0;REVB=0.0266025;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001567;OID=.;OPOS=10464885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr8 10465771 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1522;QD=33.4279;RBI=0.0951584;REFB=0;REVB=0.0941011;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00824183;OID=.;OPOS=10465771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr8 10466978 . G A 285.31 PASS AF=0.346154;AO=36;DP=104;FAO=36;FDP=104;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0374248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.763;QD=10.9736;RBI=0.0491979;REFB=-0.014489;REVB=0.0319346;RO=67;SAF=13;SAR=23;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248843;STB=0.638812;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0380824;OID=.;OPOS=10466978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:67:68:36:36:0.346154:23:13:39:28:23:13:39:29 chr8 10467160 . G A 626.17 PASS AF=0.40113;AO=70;DP=178;FAO=71;FDP=177;FR=.;FRO=106;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=68;FSRR=38;FWDB=0.0433853;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3624;QD=14.1507;RBI=0.0434146;REFB=-0.00650181;REVB=-0.00159494;RO=105;SAF=46;SAR=24;SRF=68;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112194;STB=0.513567;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00917844;OID=.;OPOS=10467160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:105:106:70:71:0.40113:24:46:68:37:24:47:68:38 chr8 10467207 . C A 2417.29 PASS AF=1;AO=155;DP=157;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487248;FXX=0.0124992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9775;QD=61.1971;RBI=0.0923142;REFB=0;REVB=0.0784079;RO=0;SAF=98;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250953;OID=.;OPOS=10467207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:158:0:0:155:158:1:57:98:0:0:60:98:0:0 chr8 10467627 . T C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00920024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.536;QD=15.2589;RBI=0.0785974;REFB=-0.0203045;REVB=0.0780571;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364235;STB=0.521675;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0164737;OID=.;OPOS=10467627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:5:1:1:6:5:1 chr8 10467628 . GT GTTTC,TC 58.78 PASS AF=0.428571,0.142857;AO=6,2;DP=15;FAO=6,2;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5,2;FSAR=1,0;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00150063,-0.00734559;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=3,2;MLLD=196.02,186.092;QD=16.7949;RBI=0.0205789,0.0544462;REFB=-0.0578712,-0.0734906;REVB=0.0205242,0.0539484;RO=6;SAF=5,2;SAR=1,0;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.524163;STB=0.5,0.991203;STBP=1,0.467;TYPE=ins,mnp;VARB=0.036501,0.0418694;OID=.,.;OPOS=10467630,10467628;OREF=-,GT;OALT=TTC,TC;OMAPALT=GTTTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:15:14:6:6:6,2:6,2:0.428571,0.142857:1,0:5,2:5:1:1,0:5,2:5:1 chr8 10467637 . T C 109.77 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0215308;FXX=0.049975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.419;QD=23.1103;RBI=0.0216171;REFB=0.0264596;REVB=-0.00192974;RO=8;SAF=11;SAR=1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396222;STB=0.67311;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.0156781;OID=.;OPOS=10467637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:20:19:8:7:12:12:0.631579:1:11:5:3:1:11:5:2 chr8 10468172 . G A 120.99 PASS AF=0.288136;AO=16;DP=58;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0141673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.868;QD=8.20284;RBI=0.0199038;REFB=-0.0130691;REVB=0.0139804;RO=41;SAF=8;SAR=8;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724738;STB=0.571346;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0227689;OID=.;OPOS=10468172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:41:42:16:17:0.288136:8:8:23:18:9:8:24:18 chr8 10469030 . G A 106.31 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.000800391;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.659;QD=10.6313;RBI=0.0229181;REFB=-0.00635866;REVB=0.0229041;RO=24;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322518;STB=0.54775;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0123066;OID=.;OPOS=10469030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:27:13:13:0.325:4:9:16:8:4:9:17:10 chr8 10469340 . G A 293.8 PASS AF=0.302326;AO=39;DP=127;FAO=39;FDP=129;FR=.;FRO=90;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.00738134;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.764;QD=9.11019;RBI=0.0154145;REFB=-0.018967;REVB=0.0135323;RO=86;SAF=19;SAR=20;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123223;STB=0.522091;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0376598;OID=.;OPOS=10469340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:86:90:39:39:0.302326:20:19:41:45:20:19:41:49 chr8 10469817 . G A 891.43 PASS AF=0.375;AO=104;DP=282;FAO=105;FDP=280;FR=.;FRO=175;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=98;FSRR=77;FWDB=0.0128165;FXX=0.00709195;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.607;QD=12.7347;RBI=0.0181904;REFB=-0.0170456;REVB=0.0129085;RO=172;SAF=52;SAR=52;SRF=95;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578179;STB=0.534543;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0264433;OID=.;OPOS=10469817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:280:172:175:104:105:0.375:52:52:95:77:52:53:98:77 chr8 10474042 . T G 653.0 PASS AF=0.524194;AO=59;DP=119;FAO=65;FDP=124;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.00517552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.222;QD=21.0645;RBI=0.0107594;REFB=-0.0308252;REVB=0.0094328;RO=58;SAF=28;SAR=31;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08462;STB=0.539899;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.026283;OID=.;OPOS=10474042;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:124:58:59:59:65:0.524194:31:28:33:25:33:32:34:25 chr8 10480526 . G A 430.5 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0162535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.979;QD=20.0235;RBI=0.0791247;REFB=-0.0134528;REVB=0.0774374;RO=43;SAF=21;SAR=22;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418944;STB=0.523232;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0193416;OID=.;OPOS=10480526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:22:21:23:20:22:21:23:20 chr8 10524531 . A C 602.13 PASS AF=0.347222;AO=75;DP=216;FAO=75;FDP=216;FR=.;FRO=141;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=82;FSRR=59;FWDB=0.00743385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8157;QD=11.1505;RBI=0.00746605;REFB=-0.0278712;REVB=-0.000692664;RO=141;SAF=48;SAR=27;SRF=82;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707158;STB=0.540445;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0447553;OID=.;OPOS=10524531;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:141:141:75:75:0.347222:27:48:82:59:27:48:82:59 chr8 10530218 . C T 896.35 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2258;QD=57.8293;RBI=0.06066;REFB=0;REVB=0.021755;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348513;OID=.;OPOS=10530218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:27:34:0:0:27:35:0:0 chr8 10581702 . TTG T,TT 44.78 PASS AF=0,0.5;AO=3,6;DP=22;FAO=0,11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=0,9;FSAR=0,2;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0877115,0.11771;FXX=0;HRUN=3,5;LEN=2,1;MLLD=18.6679,10.0458;QD=8.14175;RBI=0.127468,0.215326;REFB=0.00303382,-0.0916826;REVB=-0.0924915,0.180304;RO=9;SAF=2,6;SAR=1,0;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.329465,0.693683;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.144853;OID=.,.;OPOS=10581703,10581704;OREF=TG,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5:3,6:22:0,11:22:11:0,9:0,2:9:2:41:9:2,6:1,0:8:1 chr8 10583951 . G A 32.24 PASS AF=0.0533333;AO=3;DP=74;FAO=4;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0190957;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5967;QD=1.71941;RBI=0.0444835;REFB=-0.0132661;REVB=0.0401763;RO=61;SAF=3;SAR=0;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446911;STB=0.753983;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0121387;OID=.;OPOS=10583951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:74:75:61:67:3:4:0.0533333:0:3:29:32:1:3:32:35 chr8 10691275 . GAA GA,GAC 88.82 PASS AF=0.214286,0.571429;AO=3,6;DP=14;FAO=3,8;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=2,3;FSAR=1,5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.096855,-0.0172081;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.5074,156.1;QD=25.3767;RBI=0.212161,0.0176629;REFB=-0.159987,-0.04803;REVB=-0.188762,0.00398234;RO=3;SAF=2,3;SAR=1,3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0.330986,0;SSSB=0,-0.0941184;STB=0.5,0.581188;STBP=1,0.447;TYPE=del,snp;VARB=0.104281,0.0302778;OID=.,.;OPOS=10691276,10691277;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=GA,GAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.214286,0.571429:3,6:14:3,8:14:3:2,3:1,5:2:1:17:3:2,3:1,3:2:1 chr8 10754473 . G A 226.6 PASS AF=0.188073;AO=41;DP=218;FAO=41;FDP=218;FR=.;FRO=177;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=98;FSRR=79;FWDB=-0.0164108;FXX=0.0090905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4262;QD=4.15785;RBI=0.0171965;REFB=-0.0107917;REVB=-0.00513862;RO=166;SAF=17;SAR=24;SRF=88;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147955;STB=0.611784;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0362493;OID=.;OPOS=10754473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:166:177:41:41:0.188073:24:17:88:78:24:17:98:79 chr8 10754511 . C T 2807.98 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.142;QD=62.7481;RBI=0.0554249;REFB=0;REVB=-0.00303507;RO=0;SAF=87;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143926;OID=.;OPOS=10754511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:179:179:1:92:87:0:0:92:87:0:0 chr8 10981569 . GCT G 31.65 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0280557;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=2;MLLD=161.132;QD=2.43465;RBI=0.0927587;REFB=-0.0286347;REVB=-0.0884141;RO=42;SAF=5;SAR=1;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542232;STB=0.887827;STBP=0.112;TYPE=del;VARB=0.125909;OID=.;OPOS=10981570;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.115385:6:53:6:52:46:5:1:15:31:31:42:5:1:14:28 chr8 11179074 . A C 2795.67 PASS AF=0.994444;AO=179;DP=181;FAO=179;FDP=180;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159019;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.191;QD=62.126;RBI=0.0165356;REFB=-0.106184;REVB=-0.0045339;RO=0;SAF=80;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33744e-08;STB=0.503105;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000364418;OID=.;OPOS=11179074;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:181:180:0:1:179:179:0.994444:99:80:0:0:99:80:1:0 chr8 11184844 . T C 833.2 PASS AF=0.38;AO=94;DP=250;FAO=95;FDP=250;FR=.;FRO=155;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=80;FSRR=75;FWDB=0.0203326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.391;QD=13.3311;RBI=0.0235001;REFB=-0.00161192;REVB=0.0117829;RO=155;SAF=59;SAR=35;SRF=80;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126501;STB=0.566851;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0030263;OID=.;OPOS=11184844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:155:155:94:95:0.38:35:59:80:75:36:59:80:75 chr8 11184937 . G A 1129.31 PASS AF=0.597701;AO=101;DP=175;FAO=104;FDP=174;FR=.;FRO=70;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.00664457;FXX=0.0169482;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5007;QD=25.9612;RBI=0.00823658;REFB=-0.0129043;REVB=0.00486734;RO=68;SAF=49;SAR=52;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546461;STB=0.526834;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0109416;OID=.;OPOS=11184937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:68:70:101:104:0.597701:52:49:38:30:53:51:39:31 chr8 11188624 . C T 179.01 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.024963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.7;QD=12.5624;RBI=0.0557005;REFB=-0.0115779;REVB=-0.0497935;RO=34;SAF=7;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108053;STB=0.573844;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0200506;OID=.;OPOS=11188624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:22:22:0.385965:15:7:14:20:15:7:15:20 chr8 11188743 . C T 612.12 PASS AF=0.62069;AO=54;DP=88;FAO=54;FDP=87;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0234399;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.828;QD=28.1434;RBI=0.0316127;REFB=-0.007892;REVB=0.0212117;RO=33;SAF=28;SAR=26;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188195;STB=0.510235;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00341863;OID=.;OPOS=11188743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:33:33:54:54:0.62069:26:28:18:15:26:28:18:15 chr8 11188752 . G A 747.18 PASS AF=0.636364;AO=63;DP=99;FAO=63;FDP=99;FR=.;FRO=36;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0178029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.202;QD=30.189;RBI=0.0346247;REFB=-0.0546115;REVB=0.0296972;RO=31;SAF=32;SAR=31;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444312;STB=0.517324;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0309604;OID=.;OPOS=11188752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:31:36:63:63:0.636364:31:32:18:13:31:32:20:16 chr8 11189316 . G C 471.3 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0710203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.193;QD=55.4472;RBI=0.0711154;REFB=-0.123247;REVB=0.00367556;RO=1;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373388;STB=0.519988;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00421713;OID=.;OPOS=11189316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:12:21:0:1:12:21:0:1 chr8 11189488 . T C 496.37 PASS AF=0.352601;AO=61;DP=173;FAO=61;FDP=173;FR=.;FRO=112;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=-0.00600502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.566;QD=11.4766;RBI=0.0206689;REFB=-0.00715241;REVB=-0.0197773;RO=108;SAF=29;SAR=32;SRF=50;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140095;STB=0.513026;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0123761;OID=.;OPOS=11189488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:108:112:61:61:0.352601:32:29:50:58:32:29:51:61 chr8 11189535 . T C 377.13 PASS AF=0.319444;AO=46;DP=142;FAO=46;FDP=144;FR=.;FRO=98;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=0.000436424;FXX=0.0270252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8361;QD=10.4758;RBI=0.0566756;REFB=-0.000904149;REVB=0.0566739;RO=96;SAF=25;SAR=21;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111249;STB=0.564052;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0083996;OID=.;OPOS=11189535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:96:98:46:46:0.319444:21:25:43:53:21:25:44:54 chr8 11204165 . C T 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00715486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.798;QD=17.7107;RBI=0.0108463;REFB=0.00366727;REVB=-0.00815175;RO=36;SAF=15;SAR=18;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170616;STB=0.595244;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00866875;OID=.;OPOS=11204165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:18:15:23:13:18:15:23:13 chr8 11204184 . G A 275.71 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0145198;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.376;QD=17.5051;RBI=0.0145749;REFB=-0.000283413;REVB=0.00126613;RO=36;SAF=14;SAR=16;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139223;STB=0.556924;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.000238754;OID=.;OPOS=11204184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:63:36:33:30:30:0.47619:16:14:22:14:16:14:19:14 chr8 11301753 . A C 4723.14 PASS AF=1;AO=292;DP=294;FAO=296;FDP=296;FR=.;FRO=0;FSAF=179;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273833;FXX=0.00336689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4309;QD=63.8263;RBI=0.027432;REFB=0;REVB=0.00163335;RO=0;SAF=175;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.14937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112084;OID=.;OPOS=11301753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:294:296:0:0:292:296:1:117:175:0:0:117:179:0:0 chr8 11414237 . T C 2134.47 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0839082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7335;QD=62.7784;RBI=0.084108;REFB=0;REVB=-0.00579386;RO=0;SAF=72;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000436416;OID=.;OPOS=11414237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:64:72:0:0:64:72:0:0 chr8 11418385 . G A 1733.37 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000519061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.199;QD=59.7712;RBI=0.0170465;REFB=0.0107936;REVB=0.0170385;RO=1;SAF=62;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759815;STB=0.503999;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-3.94909e-06;OID=.;OPOS=11418385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:53:62:1:0:53:62:1:0 chr8 11418773 . C T 1933.65 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748593;FXX=0.00793588;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.8786;QD=61.8768;RBI=0.0759032;REFB=0;REVB=0.0125452;RO=0;SAF=53;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112504;OID=.;OPOS=11418773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:71:53:0:0:72:53:0:0 chr8 11421793 . C T 1594.71 PASS AF=0.956522;AO=107;DP=115;FAO=110;FDP=115;FR=.;FRO=5;FSAF=62;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00135309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.095;QD=55.4683;RBI=0.0810578;REFB=-0.0690508;REVB=0.0810465;RO=5;SAF=61;SAR=46;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488391;STB=0.524748;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00024194;OID=.;OPOS=11421793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:115:115:5:5:107:110:0.956522:46:61:0:5:48:62:0:5 chr8 11619205 . C G 386.8 PASS AF=0.386555;AO=46;DP=119;FAO=46;FDP=119;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=24;FWDB=-0.0313158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.977;QD=13.0018;RBI=0.0381572;REFB=-0.0101827;REVB=-0.0218011;RO=73;SAF=24;SAR=22;SRF=49;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163987;STB=0.592581;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00729366;OID=.;OPOS=11619205;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:73:73:46:46:0.386555:22:24:49:24:22:24:49:24 chr8 11619261 . T A 2516.44 PASS AF=0.993939;AO=162;DP=164;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0273742;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8937;QD=61.0047;RBI=0.120393;REFB=-0.0970741;REVB=0.11724;RO=0;SAF=91;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502702;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00145713;OID=.;OPOS=11619261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:164:165:0:1:162:164:0.993939:71:91:0:0:72:92:1:0 chr8 11619334 . C T 1072.21 PASS AF=0.567416;AO=101;DP=178;FAO=101;FDP=178;FR=.;FRO=77;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.0201386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8468;QD=24.0947;RBI=0.0204493;REFB=-0.0190535;REVB=0.00355094;RO=76;SAF=43;SAR=58;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489144;STB=0.524052;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0130057;OID=.;OPOS=11619334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:76:77:101:101:0.567416:58:43:37:39:58:43:37:40 chr8 11619635 . T A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.00313579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.38;QD=19.5232;RBI=0.0136316;REFB=-0.00488083;REVB=0.013266;RO=12;SAF=11;SAR=3;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178529;STB=0.599876;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00527831;OID=.;OPOS=11619635;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:3:11:11:1:3:11:11:1 chr8 11619986 . C T 170.32 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0226522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.65;QD=17.0321;RBI=0.0312874;REFB=-0.00992093;REVB=0.0215819;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219509;STB=0.624151;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0180939;OID=.;OPOS=11619986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:8:10:17:5:8:10:17:5 chr8 11620077 . GAC CAG,G 271.33 PASS AF=0.782609,0.173913;AO=15,4;DP=33;FAO=18,4;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=6,4;FSAR=12,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0194176,-0.0117672;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=91.7253,83.1382;QD=47.1872;RBI=0.0855573,0.0660774;REFB=-0.168493,-0.183126;REVB=0.0833247,0.0650212;RO=12;SAF=7,2;SAR=8,2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.220688,-0.285016;STB=0.538418,0.5;STBP=0.288,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0349563,0.0414471;OID=.,.;OPOS=11620077,11620078;OREF=GAC,AC;OALT=CAG,-;OMAPALT=CAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:34:33:23:12:1:15,4:18,4:0.782609,0.173913:8,2:7,2:9:3:12,0:6,4:1:0 chr8 11620315 . T C 803.86 PASS AF=0.535211;AO=76;DP=142;FAO=76;FDP=142;FR=.;FRO=66;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.00602912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.312;QD=22.644;RBI=0.00605219;REFB=-0.0198284;REVB=0.00052791;RO=66;SAF=43;SAR=33;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175088;STB=0.509591;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0168663;OID=.;OPOS=11620315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:66:66:76:76:0.535211:33:43:36:30:33:43:36:30 chr8 11620792 . G A 833.23 PASS AF=0.382812;AO=98;DP=256;FAO=98;FDP=256;FR=.;FRO=158;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=84;FSRR=74;FWDB=0.00647424;FXX=0.0038909;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.726;QD=13.0193;RBI=0.00700114;REFB=-0.00526957;REVB=-0.00266462;RO=158;SAF=48;SAR=50;SRF=84;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458114;STB=0.525807;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00886816;OID=.;OPOS=11620792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:158:158:98:98:0.382812:50:48:84:74:50:48:84:74 chr8 11621351 . C G 770.14 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9733;QD=56.0105;RBI=0.0535916;REFB=0;REVB=0.0428108;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137726;OID=.;OPOS=11621351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:50:55:1:19:31:0:0:20:35:0:0 chr8 11621449 . C T 155.12 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0287809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7281;QD=9.40123;RBI=0.0301275;REFB=-0.000295621;REVB=-0.00890645;RO=44;SAF=12;SAR=9;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108327;STB=0.571361;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.000712305;OID=.;OPOS=11621449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:45:21:21:0.318182:9:12:21:23:9:12:21:24 chr8 11621450 . G A 371.68 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0665328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3615;QD=22.8726;RBI=0.0676801;REFB=0.00659669;REVB=-0.0124092;RO=25;SAF=17;SAR=20;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738532;STB=0.532871;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.00749142;OID=.;OPOS=11621450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:28:37:37:0.569231:20:17:14:11:20:17:15:13 chr8 11659512 . T A 251.52 PASS AF=0.309091;AO=34;DP=110;FAO=34;FDP=110;FR=.;FRO=76;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.00350067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.544;QD=9.14621;RBI=0.00573554;REFB=0.00322327;REVB=-0.00454331;RO=76;SAF=18;SAR=16;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502348;STB=0.529394;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.00756941;OID=.;OPOS=11659512;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:76:76:34:34:0.309091:16:18:37:39:16:18:37:39 chr8 11659928 . A G 207.5 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.187;QD=11.2161;RBI=0.0196915;REFB=-0.030073;REVB=0.018987;RO=48;SAF=15;SAR=11;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155331;STB=0.589993;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0513087;OID=.;OPOS=11659928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:11:15:21:27:11:15:21:27 chr8 11667307 . G A 43.85 PASS AF=0.0655738;AO=20;DP=306;FAO=20;FDP=305;FR=.;FRO=285;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=127;FSRR=158;FWDB=0.00556682;FXX=0.00326787;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.046;QD=0.575094;RBI=0.0067197;REFB=-0.000117833;REVB=0.00376362;RO=285;SAF=10;SAR=10;SRF=127;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588643;STB=0.550769;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00216694;OID=.;OPOS=11667307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:306:305:285:285:20:20:0.0655738:10:10:127:158:10:10:127:158 chr8 11683653 . T C 1973.7 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00142076;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=343.385;QD=61.2001;RBI=0.00409317;REFB=-0.148076;REVB=-0.00383869;RO=1;SAF=33;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141802;STB=0.507461;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-1.54398e-06;OID=.;OPOS=11683653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:1:1:128:128:0.992248:95:33:1:0:95:33:1:0 chr8 11689119 . G C 444.81 PASS AF=0.361111;AO=52;DP=143;FAO=52;FDP=144;FR=.;FRO=92;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=0.0429232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9025;QD=12.356;RBI=0.0452857;REFB=0.00558992;REVB=-0.0144358;RO=91;SAF=24;SAR=28;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25327e-08;STB=0.503758;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.00812307;OID=.;OPOS=11689119;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:91:92:52:52:0.361111:28:24:42:49:28:24:43:49 chr8 11695931 . C G 451.74 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0166933;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.824;QD=24.4186;RBI=0.0695855;REFB=-0.01534;REVB=0.0675535;RO=31;SAF=26;SAR=17;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032625;STB=0.517873;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0157051;OID=.;OPOS=11695931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:17:26:20:11:17:26:20:11 chr8 11696115 . C G 239.83 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0478337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9695;QD=18.1003;RBI=0.0542746;REFB=-0.00176166;REVB=0.0256451;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851628;STB=0.547789;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00314082;OID=.;OPOS=11696115;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:12:14:12:15:12:14:12:15 chr8 11701842 . A C 1694.38 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253927;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.359;QD=60.5137;RBI=0.0328803;REFB=0;REVB=0.0208884;RO=0;SAF=57;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.6906e-05;OID=.;OPOS=11701842;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:55:57:0:0:55:57:0:0 chr8 11702542 . T C 1572.13 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0504739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.635;QD=62.8851;RBI=0.0511051;REFB=-0.0781196;REVB=0.00800765;RO=1;SAF=47;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998571;STB=0.505262;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000129048;OID=.;OPOS=11702542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:52:47:1:0:52:47:1:0 chr8 11705751 . C T 521.86 PASS AF=0.550562;AO=48;DP=88;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0254878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.199;QD=23.4543;RBI=0.032585;REFB=-0.0324534;REVB=0.0203014;RO=39;SAF=19;SAR=29;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159211;STB=0.586362;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0221644;OID=.;OPOS=11705751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:39:40:48:49:0.550562:29:19:23:16:29:20:24:16 chr8 11705846 . G T 57.73 PASS AF=0.131868;AO=12;DP=91;FAO=12;FDP=91;FR=.;FRO=79;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=58;FWDB=-0.0162925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.568;QD=2.53765;RBI=0.0201395;REFB=-0.00369486;REVB=-0.0118387;RO=79;SAF=4;SAR=8;SRF=21;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099474;STB=0.568858;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0237317;OID=.;OPOS=11705846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:91:91:79:79:12:12:0.131868:8:4:21:58:8:4:21:58 chr8 11793447 . T C 2456.53 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6942;QD=61.4132;RBI=0.110063;REFB=0;REVB=0.0101823;RO=0;SAF=52;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290601;OID=.;OPOS=11793447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:108:52:0:0:108:52:0:0 chr8 11832079 . A G 1175.86 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00504142;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.503;QD=59.5372;RBI=0.00932122;REFB=-0.0227747;REVB=0.00784024;RO=1;SAF=49;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956315;STB=0.505049;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=1.17079e-05;OID=.;OPOS=11832079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:29:49:1:0:29:49:1:0 chr8 11841981 . G A 406.64 PASS AF=0.375;AO=48;DP=129;FAO=48;FDP=128;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.00151876;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.987;QD=12.7076;RBI=0.0286531;REFB=-0.00799982;REVB=-0.0286128;RO=80;SAF=27;SAR=21;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139153;STB=0.507917;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0130195;OID=.;OPOS=11841981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:80:80:48:48:0.375:21:27:44:36:21:27:44:36 chr8 11872239 . C A 220.43 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0752923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2573;QD=24.4917;RBI=0.0800354;REFB=-0.0234916;REVB=0.0271428;RO=15;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0199923;OID=.;OPOS=11872239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:14:7:5:10:14:7:5:10 chr8 11872560 . A G 122.04 PASS AF=0.684211;AO=12;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.000559318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.168;QD=25.6937;RBI=0.0117667;REFB=-0.0158443;REVB=0.0117534;RO=6;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274166;STB=0.620497;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00820175;OID=.;OPOS=11872560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:12:13:0.684211:9:3:4:2:9:4:4:2 chr8 11872601 . C T 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.000140842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.748;QD=24.8032;RBI=0.00576756;REFB=-0.00138359;REVB=0.00576584;RO=4;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200612;STB=0.61513;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000402078;OID=.;OPOS=11872601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:8:2:2:2:8:2:2:2 chr8 12042880 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8394;QD=35.5758;RBI=0.0738482;REFB=0;REVB=0.063606;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021353;OID=.;OPOS=12042880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr8 12042921 . T G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2655;QD=35.5736;RBI=0.0200289;REFB=0;REVB=-0.0157057;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000307651;OID=.;OPOS=12042921;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr8 12287914 . A G 126.59 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=25;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0411122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.905;QD=19.476;RBI=0.0411381;REFB=-0.0217635;REVB=-0.00146172;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583577;STB=0.555479;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0181977;OID=.;OPOS=12287914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:12:13:14:0.538462:9:4:3:9:9:5:3:9 chr8 12516729 . T G 587.55 PASS AF=0.975;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0135847;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.317;QD=58.7554;RBI=0.0375065;REFB=-0.0534097;REVB=0.0349599;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228628;STB=0.512189;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.012455;OID=.;OPOS=12516729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:40:1:1:39:39:0.975:20:19:0:1:20:19:0:1 chr8 12580049 . G A 712.08 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209605;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.214;QD=63.2957;RBI=0.0281388;REFB=0;REVB=-0.0187737;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267859;OID=.;OPOS=12580049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr8 12809667 . A T 1305.42 PASS AF=0.358621;AO=156;DP=435;FAO=156;FDP=435;FR=.;FRO=279;FSAF=85;FSAR=71;FSRF=150;FSRR=129;FWDB=0.00803929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.524;QD=12.0039;RBI=0.0108711;REFB=-0.00645047;REVB=-0.00731784;RO=276;SAF=85;SAR=71;SRF=148;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00982833;STB=0.504675;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00988992;OID=.;OPOS=12809667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:435:435:276:279:156:156:0.358621:71:85:148:128:71:85:150:129 chr8 12809700 . G A 1267.71 PASS AF=0.362559;AO=151;DP=422;FAO=153;FDP=422;FR=.;FRO=269;FSAF=82;FSAR=71;FSRF=138;FSRR=131;FWDB=-0.0144951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.274;QD=12.0162;RBI=0.0145502;REFB=-0.00811853;REVB=-0.00126466;RO=268;SAF=81;SAR=70;SRF=139;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201565;STB=0.514664;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0127;OID=.;OPOS=12809700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:422:422:268:269:151:153:0.362559:70:81:139:129:71:82:138:131 chr8 12809851 . C G 50.97 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0361664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.5544;QD=7.84125;RBI=0.0607258;REFB=-0.0016546;REVB=0.0487812;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097172;STB=0.576735;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0225834;OID=.;OPOS=12809851;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:26:26:17:18:8:8:0.307692:4:4:7:10:4:4:7:11 chr8 12878637 . A G 1740.62 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161226;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7927;QD=61.0745;RBI=0.0394468;REFB=0;REVB=-0.0360016;RO=0;SAF=59;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506116;OID=.;OPOS=12878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:114:0:0:113:114:1:54:59:0:0:55:59:0:0 chr8 12879198 . A T 613.24 PASS AF=0.548673;AO=54;DP=106;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0475687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.633;QD=21.7074;RBI=0.048311;REFB=-0.0259789;REVB=0.00843637;RO=52;SAF=12;SAR=42;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256516;STB=0.581908;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0168547;OID=.;OPOS=12879198;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:113:52:51:54:62:0.548673:42:12:24:28:44:18:23:28 chr8 12888743 . A G 560.23 PASS AF=0.593023;AO=51;DP=86;FAO=51;FDP=86;FR=.;FRO=35;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00551275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.798;QD=26.0571;RBI=0.00720455;REFB=-0.0077431;REVB=0.00463844;RO=34;SAF=32;SAR=19;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751411;STB=0.54803;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00536471;OID=.;OPOS=12888743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:34:35:51:51:0.593023:19:32:18:16:19:32:18:17 chr8 12888908 . T G 316.82 PASS AF=0.532258;AO=32;DP=61;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0372092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.431;QD=20.44;RBI=0.0372344;REFB=-0.00925541;REVB=0.0013707;RO=29;SAF=15;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176038;STB=0.502957;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00668002;OID=.;OPOS=12888908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:29:29:32:33:0.532258:17:15:13:16:18:15:13:16 chr8 12943065 . T C 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0266664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.281;QD=25.4947;RBI=0.0400093;REFB=-0.00872432;REVB=0.029827;RO=7;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168706;STB=0.59446;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00469209;OID=.;OPOS=12943065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:6:8:2:5:6:8:2:5 chr8 12957475 . C T 1559.17 PASS AF=0.981481;AO=105;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0179442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.77;QD=57.7472;RBI=0.0238952;REFB=-0.0926043;REVB=0.0157793;RO=2;SAF=37;SAR=68;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00572464;STB=0.503069;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.000454736;OID=.;OPOS=12957475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:108:2:2:105:106:0.981481:68:37:1:1:69:37:1:1 chr8 12958104 . G A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.018828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.094;QD=12.2127;RBI=0.0241904;REFB=0.00411509;REVB=0.0151881;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232535;STB=0.636165;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.00949963;OID=.;OPOS=12958104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:6:7:7:15:6:7:7:15 chr8 12960281 . T C 699.6 PASS AF=0.535433;AO=68;DP=127;FAO=68;FDP=127;FR=.;FRO=59;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.000456865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.679;QD=22.0347;RBI=0.00749347;REFB=-0.0278056;REVB=-0.00747953;RO=59;SAF=39;SAR=29;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319039;STB=0.517482;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0220615;OID=.;OPOS=12960281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:59:59:68:68:0.535433:29:39:36:23:29:39:36:23 chr8 12990422 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.406;QD=50.4126;RBI=0.0764936;REFB=0;REVB=0.0304091;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000764266;OID=.;OPOS=12990422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr8 12990518 . T A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.157;QD=39.2068;RBI=0.0147255;REFB=0;REVB=-0.00734362;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000891646;OID=.;OPOS=12990518;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr8 13072177 . C T 1677.09 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00253488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.174;QD=60.4357;RBI=0.0090413;REFB=0;REVB=0.00867868;RO=0;SAF=70;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74501e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98855e-06;OID=.;OPOS=13072177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:40:70:0:0:40:71:0:0 chr8 13356802 . G A 79.42 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0320023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9799;QD=6.90601;RBI=0.0366716;REFB=-0.00268788;REVB=-0.0179071;RO=35;SAF=5;SAR=6;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208483;STB=0.630124;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0138531;OID=.;OPOS=13356802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:6:5:22:13:6:5:22:13 chr8 13356818 . TT CG,CT 695.81 PASS AF=0.326087,0.673913;AO=15,31;DP=46;FAO=15,31;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=9,18;FSAR=6,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656793,0.0119538;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=169.708,228.538;QD=60.5049;RBI=0.0120035,0.012279;REFB=0,0;REVB=0.0100472,0.0028073;RO=0;SAF=9,18;SAR=6,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.33668e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00106292,0.00306375;OID=.,.;OPOS=13356818,13356818;OREF=TT,T;OALT=CG,C;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:46:46:0:0:15,31:15,31:0.326087,0.673913:6,13:9,18:0:0:6,13:9,18:0:0 chr8 13357340 . G C 324.67 PASS AF=0.313433;AO=42;DP=134;FAO=42;FDP=134;FR=.;FRO=92;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=-0.00464951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.9;QD=9.69175;RBI=0.0128811;REFB=0.00301304;REVB=-0.0120127;RO=92;SAF=21;SAR=21;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256386;STB=0.514918;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00559798;OID=.;OPOS=13357340;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:92:92:42:42:0.313433:21:21:48:44:21:21:48:44 chr8 13424583 . C T 1257.37 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.463;QD=61.3354;RBI=0.0180178;REFB=0;REVB=0.0126942;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00075651;OID=.;OPOS=13424583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:82:0:0:79:82:1:32:47:0:0:32:50:0:0 chr8 13424866 . G C 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0018142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.419;QD=16.0422;RBI=0.0140451;REFB=-0.00575644;REVB=0.0139274;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232505;STB=0.634001;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00899763;OID=.;OPOS=13424866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:13:6:14:12:13:6:14:12 chr8 13425353 . T A 1202.95 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0285529;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.647;QD=58.6805;RBI=0.0339272;REFB=-0.00891735;REVB=-0.0183246;RO=2;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262835;STB=0.513885;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000593849;OID=.;OPOS=13425353;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:82:2:2:80:80:0.97561:35:45:0:2:35:45:0:2 chr8 15977990 . C T 229.12 PASS AF=0.290909;AO=32;DP=110;FAO=32;FDP=110;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0095229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.037;QD=8.33173;RBI=0.0461263;REFB=-0.00824465;REVB=0.0451326;RO=75;SAF=13;SAR=19;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732518;STB=0.53083;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0275888;OID=.;OPOS=15977990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:75:78:32:32:0.290909:19:13:35:40:19:13:35:43 chr8 15978063 . C T 1568.4 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00612392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.648;QD=64.0163;RBI=0.0207658;REFB=0;REVB=0.0198423;RO=0;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65173e-05;OID=.;OPOS=15978063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:53:45:0:0:53:45:0:0 chr8 16043667 . C T 310.62 PASS AF=0.350877;AO=38;DP=113;FAO=40;FDP=114;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.00125868;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.381;QD=10.899;RBI=0.140988;REFB=-0.0110075;REVB=-0.140982;RO=70;SAF=21;SAR=17;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595097;STB=0.549975;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0196347;OID=.;OPOS=16043667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:70:74:38:40:0.350877:17:21:35:35:18:22:35:39 chr8 16927250 . A C 2389.37 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.499;QD=64.1443;RBI=0.0771364;REFB=0;REVB=0.00468431;RO=0;SAF=69;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116412;OID=.;OPOS=16927250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:80:69:0:0:80:69:0:0 chr8 16979116 . A C 295.3 PASS AF=0.312;AO=39;DP=124;FAO=39;FDP=125;FR=.;FRO=86;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=-0.00685953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.855;QD=9.44968;RBI=0.00737991;REFB=-0.00190932;REVB=0.00272212;RO=84;SAF=22;SAR=17;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00875145;STB=0.512128;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00338538;OID=.;OPOS=16979116;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:84:86:39:39:0.312:17:22:48:36:17:22:50:36 chr8 17078905 . GT AG,G 72.85 PASS AF=0,0.483871;AO=3,7;DP=29;FAO=0,15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=0,3;FSAR=0,12;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.133326,-0.154878;FXX=0.0312402;HRUN=1,8;LEN=2,1;MLLD=15.7866,9.04421;QD=9.40034;RBI=0.133327,0.162986;REFB=0.0408488,-0.00411233;REVB=-0.00051827,0.0507639;RO=12;SAF=0,1;SAR=3,6;SRF=2;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.549463,-0.0474209;STB=0.5,0.565138;STBP=1,0.665;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.00993862;OID=.,.;OPOS=17078905,17078906;OREF=GT,T;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:53:29:31:12:16:3,7:0,15:0,0.483871:3,6:0,1:2:10:0,12:0,3:2:14 chr8 17079358 . A G 522.09 PASS AF=0.563218;AO=48;DP=88;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00206426;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.935;QD=24.004;RBI=0.00304631;REFB=0.00208387;REVB=0.00224028;RO=32;SAF=27;SAR=21;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690537;STB=0.543029;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.00131341;OID=.;OPOS=17079358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:32:38:48:49:0.563218:21:27:15:17:21:28:18:20 chr8 17092164 . G T 2259.52 PASS AF=0.993377;AO=149;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00100081;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2155;QD=59.8548;RBI=0.00439339;REFB=0.0270317;REVB=-0.00427788;RO=1;SAF=86;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00549888;STB=0.503936;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000406319;OID=.;OPOS=17092164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:1:1:149:150:0.993377:63:86:1:0:63:87:0:1 chr8 17125768 . T C 471.76 PASS AF=0.619718;AO=44;DP=71;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0187266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.798;QD=26.578;RBI=0.0667865;REFB=-0.0259225;REVB=-0.0641074;RO=27;SAF=26;SAR=18;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515936;STB=0.528165;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0165855;OID=.;OPOS=17125768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:27:27:44:44:0.619718:18:26:14:13:18:26:14:13 chr8 17142065 . C T 429.12 PASS AF=0.5;AO=42;DP=85;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.000129101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.527;QD=19.9591;RBI=0.000316765;REFB=-0.0111835;REVB=0.000289262;RO=42;SAF=17;SAR=25;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273604;STB=0.647739;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0152306;OID=.;OPOS=17142065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:42:43:42:43:0.5:25:17:30:12:25:18:31:12 chr8 17152857 . T G 195.57 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0443091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.9654;QD=12.6174;RBI=0.046841;REFB=-0.00612734;REVB=0.0151918;RO=38;SAF=15;SAR=9;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514675;STB=0.529636;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0111243;OID=.;OPOS=17152857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:9:15:22:16:9:15:22:16 chr8 17157259 . G A 1002.79 PASS AF=0.635036;AO=86;DP=137;FAO=87;FDP=137;FR=.;FRO=50;FSAF=62;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00418848;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.472;QD=29.2784;RBI=0.00437719;REFB=-0.014004;REVB=0.00127139;RO=50;SAF=61;SAR=25;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187364;STB=0.602705;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00606901;OID=.;OPOS=17157259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:50:50:86:87:0.635036:25:61:23:27:25:62:23:27 chr8 17188773 . G A 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00323995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.579;QD=13.4055;RBI=0.0164598;REFB=-0.00563886;REVB=-0.0161378;RO=34;SAF=17;SAR=6;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181519;STB=0.604885;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00807321;OID=.;OPOS=17188773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:6:17:20:14:6:17:20:14 chr8 17228560 . C T 219.47 PASS AF=0.223602;AO=34;DP=158;FAO=36;FDP=161;FR=.,HEALED;FRO=125;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=56;FSRR=69;FWDB=-0.0060527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.629;QD=5.45258;RBI=0.0677615;REFB=-0.0133159;REVB=-0.0674906;RO=82;SAF=16;SAR=18;SRF=52;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195329;STB=0.518893;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0452775;OID=.;OPOS=17228560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:161:82:125:34:36:0.223602:18:16:52:30:19:17:56:69 chr8 17230644 . G C 2421.85 PASS AF=0.99375;AO=158;DP=159;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00398936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.977;QD=60.5461;RBI=0.00640586;REFB=0.0994619;REVB=0.00501199;RO=1;SAF=64;SAR=94;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503496;STB=0.502645;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=3.32822e-07;OID=.;OPOS=17230644;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:160:1:1:158:159:0.99375:94:64:0:1:94:65:0:1 chr8 17270759 . C T 476.93 PASS AF=0.637681;AO=44;DP=69;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00881474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.099;QD=27.6484;RBI=0.0116582;REFB=-0.0280697;REVB=-0.00762988;RO=25;SAF=11;SAR=33;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261929;STB=0.514279;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0239631;OID=.;OPOS=17270759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:25:25:44:44:0.637681:33:11:7:18:33:11:7:18 chr8 17270763 . G C 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=34;FWDB=0.00503697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.472;QD=10.6293;RBI=0.0254884;REFB=-0.0422871;REVB=-0.0249858;RO=40;SAF=6;SAR=17;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155875;STB=0.529387;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0505611;OID=.;OPOS=17270763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:44:23:23:0.343284:17:6:10:30:17:6:10:34 chr8 17270770 . T C 464.45 PASS AF=0.641791;AO=43;DP=67;FAO=43;FDP=67;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0145037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7614;QD=27.7286;RBI=0.0157509;REFB=-0.017875;REVB=0.0061428;RO=24;SAF=8;SAR=35;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660477;STB=0.536088;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0333383;OID=.;OPOS=17270770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:24:24:43:43:0.641791:35:8:6:18:35:8:6:18 chr8 17270787 . A G 1011.56 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149634;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.128;QD=59.5037;RBI=0.0149672;REFB=0;REVB=-0.00033658;RO=0;SAF=12;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62437e-05;OID=.;OPOS=17270787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:56:12:0:0:56:12:0:0 chr8 17407821 . C G 1581.04 PASS AF=0.637615;AO=139;DP=218;FAO=139;FDP=218;FR=.;FRO=79;FSAF=63;FSAR=76;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.0249095;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4833;QD=29.0099;RBI=0.0282025;REFB=-0.0223585;REVB=-0.0132249;RO=77;SAF=63;SAR=76;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440552;STB=0.519336;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.01353;OID=.;OPOS=17407821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:77:79:139:139:0.637615:76:63:40:37:76:63:40:39 chr8 17412140 . G C 1433.26 PASS AF=0.634021;AO=123;DP=194;FAO=123;FDP=194;FR=.;FRO=71;FSAF=70;FSAR=53;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.0081196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.467;QD=29.5517;RBI=0.0198022;REFB=-0.019708;REVB=-0.0180609;RO=71;SAF=70;SAR=53;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136786;STB=0.507375;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0107891;OID=.;OPOS=17412140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:71:71:123:123:0.634021:53:70:39:32:53:70:39:32 chr8 17419490 . C T 264.13 PASS AF=0.326531;AO=32;DP=98;FAO=32;FDP=98;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.00992348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.86;QD=10.781;RBI=0.0191035;REFB=-0.0118024;REVB=-0.0163239;RO=66;SAF=21;SAR=11;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252257;STB=0.514697;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0175299;OID=.;OPOS=17419490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:66:66:32:32:0.326531:11:21:42:24:11:21:42:24 chr8 17424920 . T C 485.53 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00627542;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.547;QD=55.4886;RBI=0.0248987;REFB=-0.173692;REVB=0.0240949;RO=2;SAF=16;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00161671;STB=0.515143;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=5.411e-05;OID=.;OPOS=17424920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:2:1:33:34:0.971429:17:16:1:1:18:16:1:0 chr8 17425296 . C T 584.67 PASS AF=0.430556;AO=61;DP=143;FAO=62;FDP=144;FR=.;FRO=82;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.000320031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.834;QD=16.2409;RBI=0.0108855;REFB=-0.0110096;REVB=-0.0108808;RO=81;SAF=41;SAR=20;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165704;STB=0.599967;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0101315;OID=.;OPOS=17425296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:81:82:61:62:0.430556:20:41:42:39:20:42:42:40 chr8 17486282 . T C 820.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275826;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.031;QD=57.5603;RBI=0.0276442;REFB=0;REVB=0.00184469;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29427e-05;OID=.;OPOS=17486282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:31:25:0:0:32:25:0:0 chr8 17500223 . T C 656.73 PASS AF=0.395722;AO=74;DP=187;FAO=74;FDP=187;FR=.;FRO=113;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=58;FSRR=55;FWDB=-0.024634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.2372;QD=14.0477;RBI=0.0258766;REFB=0.00511376;REVB=0.00792228;RO=112;SAF=38;SAR=36;SRF=58;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00465271;STB=0.500145;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00566178;OID=.;OPOS=17500223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:112:113:74:74:0.395722:36:38:58:54:36:38:58:55 chr8 17502900 . CTGAT C 273.02 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.00860378;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=4;MLLD=234.911;QD=16.801;RBI=0.014508;REFB=-0.0195703;REVB=-0.0116815;RO=32;SAF=16;SAR=14;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204968;STB=0.614991;STBP=0.124;TYPE=del;VARB=0.0259873;OID=.;OPOS=17502901;OREF=TGAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:30:68:30:65:35:16:14:26:9:99:32:16:14:24:8 chr8 17503125 . C T 2138.22 PASS AF=0.960784;AO=148;DP=153;FAO=147;FDP=153;FR=.;FRO=6;FSAF=96;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0314913;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.5508;QD=55.9011;RBI=0.0368375;REFB=-0.11016;REVB=0.0191126;RO=2;SAF=97;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182823;STB=0.506595;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00626921;OID=.;OPOS=17503125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:153:153:2:6:148:147:0.960784:51:97:0:2:51:96:3:3 chr8 17503205 . G A 735.63 PASS AF=0.569106;AO=65;DP=121;FAO=70;FDP=123;FR=.;FRO=53;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=-0.000637238;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.039;QD=23.9231;RBI=0.0166208;REFB=0.00448734;REVB=-0.0166085;RO=47;SAF=37;SAR=28;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717358;STB=0.562408;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00354056;OID=.;OPOS=17503205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:47:53:65:70:0.569106:28:37:31:16:31:39:37:16 chr8 17503270 . G C 842.65 PASS AF=0.941176;AO=57;DP=63;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00297424;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5786;QD=49.5677;RBI=0.0772941;REFB=-0.157723;REVB=0.0772369;RO=4;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648994;STB=0.528563;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0224813;OID=.;OPOS=17503270;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:63:68:4:4:57:64:0.941176:27:30:0:4:33:31:0:4 chr8 17503501 . G A 2219.18 PASS AF=0.581921;AO=205;DP=354;FAO=206;FDP=354;FR=.;FRO=148;FSAF=114;FSAR=92;FSRF=75;FSRR=73;FWDB=0.00270939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.178;QD=25.0755;RBI=0.0082443;REFB=-0.00501366;REVB=0.00778638;RO=149;SAF=113;SAR=92;SRF=76;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322201;STB=0.51964;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00357699;OID=.;OPOS=17503501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:354:149:148:205:206:0.581921:92:113:76:73:92:114:75:73 chr8 17541999 . T C 436.82 PASS AF=0.413223;AO=48;DP=118;FAO=50;FDP=121;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=0.00536225;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.393;QD=14.4403;RBI=0.00536993;REFB=-0.0140419;REVB=-0.000286972;RO=70;SAF=21;SAR=27;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198841;STB=0.615766;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0207761;OID=.;OPOS=17541999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:121:70:71:48:50:0.413223:27:21:44:26:29:21:44:27 chr8 17611886 . G A 1881.22 PASS AF=0.947761;AO=126;DP=134;FAO=127;FDP=134;FR=.;FRO=7;FSAF=74;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0116409;FXX=0.00740686;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.594;QD=56.1559;RBI=0.0228457;REFB=0.0376353;REVB=0.0196574;RO=7;SAF=73;SAR=53;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154008;STB=0.508253;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.000249535;OID=.;OPOS=17611886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:134:134:7:7:126:127:0.947761:53:73:3:4:53:74:3:4 chr8 17612456 . C T 821.94 PASS AF=0.873239;AO=62;DP=71;FAO=62;FDP=71;FR=.;FRO=9;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0254223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9491;QD=46.3066;RBI=0.027741;REFB=-0.0167726;REVB=-0.0111026;RO=8;SAF=38;SAR=24;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531183;STB=0.536711;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0181337;OID=.;OPOS=17612456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:71:71:8:9:62:62:0.873239:24:38:3:5:24:38:3:6 chr8 17612875 . A G 871.26 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000999314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.374;QD=56.2107;RBI=0.0378398;REFB=0.0786609;REVB=0.0378266;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.000592693;OID=.;OPOS=17612875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:32:29:0:0:32:29:1:0 chr8 17739538 . T C 1212.28 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00939357;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.631;QD=61.3812;RBI=0.0188495;REFB=0;REVB=-0.0163422;RO=0;SAF=51;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.3107e-05;OID=.;OPOS=17739538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:28:51:0:0:28:51:0:0 chr8 17743020 . G A 1208.55 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.257;QD=61.1923;RBI=0.0185933;REFB=0;REVB=0.0022097;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83271e-05;OID=.;OPOS=17743020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:43:36:0:0:43:36:0:0 chr8 17796382 . AC GT 1249.02 PASS AF=0.987654;AO=68;DP=92;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00111586;FXX=0.119552;HRUN=3;LEN=2;MLLD=217.95;QD=61.6801;RBI=0.0430319;REFB=0.00217466;REVB=0.0430174;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.506848;STBP=0.308;TYPE=mnp;VARB=-2.02052e-05;OID=.;OPOS=17796382;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:92:81:0:1:68:80:0.987654:32:36:0:0:44:36:1:0 chr8 17814915 . A G 1358.55 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00669515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.625;QD=62.4619;RBI=0.00669723;REFB=0;REVB=0.000166813;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.22482e-06;OID=.;OPOS=17814915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:41:46:0:0:41:46:0:0 chr8 17817553 . G T 1292.54 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00228816;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.587;QD=62.291;RBI=0.02043;REFB=0;REVB=0.0203015;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151501;OID=.;OPOS=17817553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:83:0:0:83:83:1:50:33:0:0:50:33:0:0 chr8 17820714 . A T 1562.07 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8973;QD=59.5072;RBI=0.0759382;REFB=0;REVB=0.0733005;RO=0;SAF=59;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049928;OID=.;OPOS=17820714;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:102:105:1:43:59:0:0:45:60:0:0 chr8 17885406 . C G 149.28 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0679871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.661;QD=19.9043;RBI=0.0772028;REFB=-0.00504152;REVB=0.036579;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518517;STB=0.529375;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00450563;OID=.;OPOS=17885406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:9:7:7:7:9:7:7:7 chr8 17918934 . A G 1627.24 PASS AF=0.316418;AO=211;DP=669;FAO=212;FDP=670;FR=.;FRO=458;FSAF=116;FSAR=96;FSRF=256;FSRR=202;FWDB=0.0126206;FXX=0.00297615;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5493;QD=9.71486;RBI=0.0142996;REFB=-0.0137163;REVB=-0.00672296;RO=455;SAF=116;SAR=95;SRF=255;SRR=200;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128631;STB=0.508138;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0219841;OID=.;OPOS=17918934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:669:670:455:458:211:212:0.316418:95:116:255:200:96:116:256:202 chr8 17927327 . T C 42.61 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.000240872;FXX=0.0238039;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.754;QD=4.15675;RBI=0.00399037;REFB=-0.00076516;REVB=-0.00398309;RO=31;SAF=1;SAR=6;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.596056;STB=0.883621;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00797975;OID=.;OPOS=17927327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:38:41:31:34:7:7:0.170732:6:1:21:10:6:1:22:12 chr8 17928811 . C T 565.4 PASS AF=0.297297;AO=76;DP=258;FAO=77;FDP=259;FR=.;FRO=182;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=77;FSRR=105;FWDB=0.0184304;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2514;QD=8.73205;RBI=0.0513467;REFB=-0.00424103;REVB=0.047925;RO=181;SAF=47;SAR=29;SRF=76;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238128;STB=0.639519;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00873435;OID=.;OPOS=17928811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:259:181:182:76:77:0.297297:29:47:76:105:29:48:77:105 chr8 18077007 . G C 1048.74 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0336428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.032;QD=58.2634;RBI=0.0376068;REFB=-0.0969438;REVB=0.0168056;RO=1;SAF=22;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210058;STB=0.511108;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00023199;OID=.;OPOS=18077007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:49:22:1:0:49:22:1:0 chr8 18080620 . A AAAT 204.93 PASS AF=0.47619;AO=18;DP=141;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00615315;FXX=0.0454442;HRUN=3;LEN=3;MLLD=238.07;QD=19.5171;RBI=0.00617063;REFB=-0.027371;REVB=0.000464101;RO=120;SAF=5;SAR=13;SRF=43;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11464;STB=0.511225;STBP=0.896;TYPE=ins;VARB=0.0364864;OID=.;OPOS=18080621;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=AAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:18:141:20:42:22:6:14:7:15:99:120:5:13:43:77 chr8 18080644 . A T 404.63 PASS AF=0.655172;AO=38;DP=58;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.000634704;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=183.721;QD=27.9052;RBI=0.00147052;REFB=-0.00503178;REVB=0.0013265;RO=20;SAF=20;SAR=18;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797624;STB=0.543455;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00233163;OID=.;OPOS=18080644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:20:20:38:38:0.655172:18:20:8:12:18:20:8:12 chr8 18080651 . A C 516.28 PASS AF=0.745763;AO=44;DP=62;FAO=44;FDP=59;FR=.;FRO=15;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0148683;FXX=0.063482;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.403;QD=35.0023;RBI=0.0170723;REFB=-0.0229557;REVB=-0.00839027;RO=14;SAF=26;SAR=18;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740397;STB=0.549273;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00465967;OID=.;OPOS=18080651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:59:14:15:44:44:0.745763:18:26:6:8:18:26:6:9 chr8 18080747 . T G 1122.21 PASS AF=0.686131;AO=61;DP=134;FAO=94;FDP=137;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0352649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1714;QD=32.7652;RBI=0.269951;REFB=-0.0394969;REVB=0.267638;RO=42;SAF=45;SAR=16;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204259;STB=0.506988;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0211719;OID=.;OPOS=18080747;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:137:42:43:61:94:0.686131:16:45:21:21:46:48:21:22 chr8 18080923 . G A 1572.22 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00696491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.839;QD=59.8943;RBI=0.00742535;REFB=0;REVB=-0.00257407;RO=0;SAF=62;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.78171e-05;OID=.;OPOS=18080923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:43:62:0:0:43:62:0:0 chr8 18257795 . C T 98.44 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=0.00575759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.888;QD=6.45521;RBI=0.0206152;REFB=0.00118419;REVB=-0.0197949;RO=46;SAF=4;SAR=11;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512277;STB=0.808787;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00471249;OID=.;OPOS=18257795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:61:61:46:46:15:15:0.245902:11:4:33:13:11:4:33:13 chr8 18258140 . G A 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.031078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.41;QD=18.0352;RBI=0.0361981;REFB=-0.0189801;REVB=-0.0185597;RO=27;SAF=5;SAR=17;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133056;STB=0.576197;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0236209;OID=.;OPOS=18258140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:17:5:9:18:17:5:9:18 chr8 18258316 . G A 1335.81 PASS AF=1;AO=71;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.222;QD=62.1308;RBI=0.0683382;REFB=0;REVB=0.0343903;RO=0;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542337;OID=.;OPOS=18258316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:71:86:1:45:26:0:0:50:36:0:0 chr8 18258370 . G A 158.65 PASS AF=0.239583;AO=23;DP=96;FAO=23;FDP=96;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.0285277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6322;QD=6.61025;RBI=0.0437638;REFB=-0.00480182;REVB=-0.0331879;RO=73;SAF=9;SAR=14;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0077423;STB=0.50474;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0146235;OID=.;OPOS=18258370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:73:73:23:23:0.239583:14:9:29:44:14:9:29:44 chr8 18388177 . T G 167.27 PASS AF=0.270588;AO=23;DP=85;FAO=23;FDP=85;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=0.00916491;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4555;QD=7.87165;RBI=0.0406307;REFB=0.00738183;REVB=0.0395835;RO=59;SAF=18;SAR=5;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184843;STB=0.613261;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.0211158;OID=.;OPOS=18388177;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:59:62:23:23:0.270588:5:18:39:20:5:18:41:21 chr8 18393011 . G A 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0250206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.22;QD=14.4116;RBI=0.0266772;REFB=-0.0145274;REVB=0.00925429;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552757;STB=0.531985;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0244551;OID=.;OPOS=18393011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:10:8:11:17:10:8:11:17 chr8 18457957 . A G 1345.08 PASS AF=0.962963;AO=81;DP=98;FAO=104;FDP=108;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00939474;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=48.9113;QD=49.8177;RBI=0.027947;REFB=0.0508787;REVB=0.0263206;RO=2;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205785;STB=0.501072;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.000860785;OID=.;OPOS=18457957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:98:108:2:4:81:104:0.962963:45:36:0:2:55:49:2:2 chr8 18620570 . T C 286.21 PASS AF=0.342593;AO=36;DP=108;FAO=37;FDP=108;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=0.02958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8858;QD=10.6005;RBI=0.0806611;REFB=-0.0132415;REVB=-0.0750416;RO=70;SAF=15;SAR=21;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885038;STB=0.55455;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0292321;OID=.;OPOS=18620570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:70:71:36:37:0.342593:21:15:24:46:21:16:25:46 chr8 18656805 . G A 204.03 PASS AF=0.27619;AO=29;DP=106;FAO=29;FDP=105;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=0.0029559;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.369;QD=7.77239;RBI=0.00313526;REFB=-0.0184248;REVB=0.00104524;RO=75;SAF=13;SAR=16;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596446;STB=0.539464;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0350121;OID=.;OPOS=18656805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:75:76:29:29:0.27619:16:13:30:45:16:13:30:46 chr8 18729459 . T C 1067.92 PASS AF=0.65;AO=91;DP=140;FAO=91;FDP=140;FR=.;FRO=49;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00208051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.316;QD=30.5121;RBI=0.00439863;REFB=-0.0414708;REVB=-0.00387549;RO=49;SAF=40;SAR=51;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195861;STB=0.510565;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0210914;OID=.;OPOS=18729459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:49:49:91:91:0.65:51:40:23:26:51:40:23:26 chr8 18729496 . G A 702.11 PASS AF=0.643564;AO=63;DP=100;FAO=65;FDP=101;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0148903;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.174;QD=27.8061;RBI=0.0162544;REFB=-0.0103483;REVB=-0.00651818;RO=36;SAF=24;SAR=39;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120157;STB=0.556434;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00623019;OID=.;OPOS=18729496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:36:36:63:65:0.643564:39:24:20:16:39:26:20:16 chr8 18729817 . GT AG 1623.2 PASS AF=0.957265;AO=111;DP=117;FAO=112;FDP=117;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=64;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0279721;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.884;QD=55.4939;RBI=0.0355157;REFB=-0.0234645;REVB=0.0218844;RO=5;SAF=48;SAR=63;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304604;STB=0.516126;STBP=0.098;TYPE=mnp;VARB=0.000200425;OID=.;OPOS=18729817;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:117:117:5:5:111:112:0.957265:63:48:4:1:64:48:4:1 chr8 19192332 . G T 449.7 PASS AF=0.573333;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0116837;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.092;QD=23.9842;RBI=0.0283774;REFB=-0.00635667;REVB=0.0258605;RO=32;SAF=20;SAR=23;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147776;STB=0.580986;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00492241;OID=.;OPOS=19192332;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:32:32:43:43:0.573333:23:20:21:11:23:20:21:11 chr8 19218766 . A G 335.84 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.031759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.615;QD=22.3891;RBI=0.0690724;REFB=0.0105522;REVB=0.0613381;RO=26;SAF=16;SAR=18;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988371;STB=0.554424;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00603579;OID=.;OPOS=19218766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:18:16:9:17:18:16:9:17 chr8 19252272 . GAAAGT G 74.63 PASS AF=0.3;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.035614;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=5;MLLD=233.217;QD=5.97009;RBI=0.0356311;REFB=-0.019389;REVB=0.00110421;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120419;STB=0.656049;STBP=0.164;TYPE=del;VARB=0.0315001;OID=.;OPOS=19252273;OREF=AAAGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:14:45:15:50:35:6:9:22:13:74:26:6:8:14:12 chr8 19315950 . T C 46.64 PASS AF=0.0792079;AO=16;DP=202;FAO=16;FDP=202;FR=.;FRO=186;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=106;FSRR=80;FWDB=-0.0136061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0536;QD=0.923599;RBI=0.02297;REFB=0.000317365;REVB=-0.0185066;RO=186;SAF=12;SAR=4;SRF=106;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217756;STB=0.680841;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.00671612;OID=.;OPOS=19315950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:202:202:186:186:16:16:0.0792079:4:12:106:80:4:12:106:80 chr8 19362768 . C T 510.26 PASS AF=0.61039;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0102417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.868;QD=26.5071;RBI=0.0184581;REFB=-0.0207442;REVB=0.0153561;RO=30;SAF=20;SAR=27;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538609;STB=0.529399;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0154392;OID=.;OPOS=19362768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:30:47:47:0.61039:27:20:15:15:27:20:15:15 chr8 19819724 . C G 675.53 PASS AF=0.570175;AO=65;DP=115;FAO=65;FDP=114;FR=.;FRO=49;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.00399829;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.894;QD=23.7026;RBI=0.0473011;REFB=-0.0208924;REVB=-0.0471318;RO=49;SAF=38;SAR=27;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00585807;STB=0.503198;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0164181;OID=.;OPOS=19819724;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:49:49:65:65:0.570175:27:38:29:20:27:38:29:20 chr8 19822810 . C T 784.66 PASS AF=0.587156;AO=58;DP=109;FAO=64;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.043855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.265;QD=28.795;RBI=0.0439752;REFB=-0.0158768;REVB=0.00324935;RO=37;SAF=29;SAR=29;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00967116;STB=0.522219;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.029678;OID=.;OPOS=19822810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:37:37:58:64:0.587156:29:29:18:19:29:35:18:19 chr8 19824626 . C CTT 546.99 PASS AF=0.452632;AO=85;DP=192;FAO=86;FDP=190;FR=.;FRO=104;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=61;FSRR=43;FWDB=-0.00954691;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=46.8179;QD=11.5156;RBI=0.0351295;REFB=-0.00504185;REVB=-0.0338073;RO=106;SAF=39;SAR=46;SRF=63;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134678;STB=0.566156;STBP=0.104;TYPE=ins;VARB=0.0057878;OID=.;OPOS=19824627;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452632:85:192:86:190:104:40:46:61:43:99:106:39:46:63:43 chr8 19824667 . C T 902.13 PASS AF=0.5;AO=90;DP=181;FAO=90;FDP=180;FR=.;FRO=90;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=-0.0244193;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.152;QD=20.0473;RBI=0.0268754;REFB=-0.00947146;REVB=-0.0112242;RO=91;SAF=39;SAR=51;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116214;STB=0.561188;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00888136;OID=.;OPOS=19824667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:91:90:90:90:0.5:51:39:51:40:51:39:50:40 chr8 20004786 . C T 112.62 PASS AF=0.183486;AO=19;DP=110;FAO=20;FDP=109;FR=.;FRO=89;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=0.0135453;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.383;QD=4.13298;RBI=0.0473394;REFB=-0.0193984;REVB=-0.0453601;RO=89;SAF=5;SAR=14;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29127;STB=0.702227;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0905033;OID=.;OPOS=20004786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:89:89:19:20:0.183486:14:5:43:46:15:5:43:46 chr8 20008206 . G A 131.05 PASS AF=0.301587;AO=18;DP=62;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.010279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.202;QD=8.32036;RBI=0.0149916;REFB=-0.00557005;REVB=0.0109129;RO=44;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151957;STB=0.609823;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0129358;OID=.;OPOS=20008206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:44:44:18:19:0.301587:11:7:12:32:11:8:12:32 chr8 20036713 . A G 540.87 PASS AF=0.41844;AO=59;DP=141;FAO=59;FDP=141;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.0316862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.386;QD=15.3438;RBI=0.0321388;REFB=-0.00582525;REVB=0.00537445;RO=81;SAF=31;SAR=28;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580309;STB=0.52895;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00775944;OID=.;OPOS=20036713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:81:82:59:59:0.41844:28:31:38:43:28:31:39:43 chr8 20068163 . T G 2567.81 PASS AF=1;AO=163;DP=164;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.859;QD=61.5045;RBI=0.0729367;REFB=0;REVB=0.0299304;RO=0;SAF=85;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1409e-05;OID=.;OPOS=20068163;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:167:0:0:163:167:1:78:85:0:0:80:87:0:0 chr8 20147748 . G T 372.03 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00313152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.388;QD=31.0021;RBI=0.00391572;REFB=-0.00835537;REVB=0.00235085;RO=17;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143144;STB=0.578264;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00507816;OID=.;OPOS=20147748;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:17:31:31:0.645833:16:15:12:5:16:15:12:5 chr8 21455978 . GT CG,G 545.07 PASS AF=0,1;AO=2,46;DP=52;FAO=0,52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236557,0.00641117;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=17.8488,14.2615;QD=41.9283;RBI=0.0828914,0.173713;REFB=0,0;REVB=-0.0794443,-0.173595;RO=1;SAF=2,33;SAR=0,13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0.375;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0140367;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.0034233;OID=.,.;OPOS=21455978,21455979;OREF=GT,T;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:52:52:1:0:2,46:0,52:0,1:0,13:2,33:1:0:0,15:0,37:0:0 chr8 21455993 . C T 702.85 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0481181;FXX=0.041658;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.755;QD=61.1177;RBI=0.0481206;REFB=0.0568207;REVB=0.000489112;RO=1;SAF=37;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551593;STB=0.529398;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.000953589;OID=.;OPOS=21455993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:46:1:1:45:45:0.978261:8:37:0:1:8:37:0:1 chr8 21456116 . G A 1274.08 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.044624;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.766;QD=59.2595;RBI=0.0559073;REFB=-0.134097;REVB=0.0336797;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509998;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00172349;OID=.;OPOS=21456116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:0:2:84:84:0.976744:49:35:0:0:49:35:0:2 chr8 21456138 . C T 629.65 PASS AF=0.622222;AO=56;DP=90;FAO=56;FDP=90;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00655701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.71;QD=27.9842;RBI=0.00900749;REFB=0.00439481;REVB=0.0061758;RO=34;SAF=22;SAR=34;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558236;STB=0.530367;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.00248813;OID=.;OPOS=21456138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:34:34:56:56:0.622222:34:22:16:18:34:22:16:18 chr8 21550800 . A T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.052;QD=57.2374;RBI=0.0483911;REFB=0;REVB=0.0460414;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194637;OID=.;OPOS=21550800;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr8 21608105 . C G 246.29 PASS AF=0.814815;AO=21;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0384061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1275;QD=36.4871;RBI=0.0644352;REFB=-0.000425385;REVB=0.0517385;RO=5;SAF=12;SAR=9;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102808;STB=0.510195;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.000589409;OID=.;OPOS=21608105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:5:5:21:22:0.814815:9:12:3:2:10:12:3:2 chr8 21640374 . C A 364.45 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=31;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0154756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.727;QD=23.8983;RBI=0.0328721;REFB=-0.0201952;REVB=-0.0290013;RO=25;SAF=31;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30288;STB=0.668955;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0119929;OID=.;OPOS=21640374;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:5:31:15:10:5:31:15:10 chr8 21766900 . G A 880.0 PASS AF=0.642276;AO=77;DP=123;FAO=79;FDP=123;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00558081;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1379;QD=28.6179;RBI=0.0104018;REFB=-0.0193257;REVB=0.00877797;RO=44;SAF=28;SAR=49;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111557;STB=0.558045;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00930525;OID=.;OPOS=21766900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:44:44:77:79:0.642276:49:28:23:21:50:29:23:21 chr8 21767275 . C G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=11;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0215665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.876;QD=14.9783;RBI=0.0227393;REFB=-0.00536625;REVB=-0.00720824;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3166;STB=0.666349;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00922163;OID=.;OPOS=21767275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:9:11:11:10:0.47619:7:4:7:2:6:4:8:3 chr8 21833965 . C T 614.52 PASS AF=0.635294;AO=54;DP=85;FAO=54;FDP=85;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0293097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.077;QD=28.9186;RBI=0.0293465;REFB=0.0104694;REVB=0.00146892;RO=31;SAF=25;SAR=29;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07894;STB=0.542866;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00456216;OID=.;OPOS=21833965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:31:31:54:54:0.635294:29:25:18:13:29:25:18:13 chr8 21846586 . G C 920.11 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.349;QD=58.4196;RBI=0.0396928;REFB=0;REVB=0.0364091;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.843e-05;OID=.;OPOS=21846586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:34:28:0:0:34:29:0:0 chr8 21862551 . A G 651.15 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00113974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2424;QD=62.0138;RBI=0.0152586;REFB=0;REVB=0.015216;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187943;OID=.;OPOS=21862551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr8 21926975 . GC G 56.09 PASS AF=0.323944;AO=28;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=0.0575068;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.2255;QD=3.15984;RBI=0.0797289;REFB=-0.09826;REVB=-0.0552238;RO=41;SAF=2;SAR=26;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.451979;STB=0.640883;STBP=0.201;TYPE=del;VARB=0.110053;OID=.;OPOS=21926976;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323944:28:71:23:71:48:3:20:12:36:56:41:2:26:12:29 chr8 21927460 . C G 1116.38 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00849247;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.75;QD=56.5257;RBI=0.00956401;REFB=0.059341;REVB=0.00439866;RO=1;SAF=40;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011684;STB=0.518068;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.000742762;OID=.;OPOS=21927460;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:1:3:76:76:0.962025:36:40:1:0:36:40:3:0 chr8 21939435 . C T 2081.81 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1199;QD=62.6109;RBI=0.0629478;REFB=0;REVB=0.0557926;RO=0;SAF=47;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032318;OID=.;OPOS=21939435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:86:47:0:0:86:47:0:0 chr8 21939784 . C A 99.34 PASS AF=0.177419;AO=9;DP=65;FAO=11;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.0513658;FXX=0.0461467;HRUN=7;LEN=1;MLLD=129.918;QD=6.40928;RBI=0.0513821;REFB=-0.0154039;REVB=-0.00129343;RO=23;SAF=9;SAR=0;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.854078;STB=0.941616;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0928128;OID=.;OPOS=21939784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:65:62:23:39:9:11:0.177419:0:9:2:21:1:10:9:30 chr8 21961834 . G A 1520.73 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.019744;FXX=0.0202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.12;QD=62.7103;RBI=0.0201998;REFB=-0.0342978;REVB=-0.0042671;RO=1;SAF=39;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012004;STB=0.506328;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-6.19353e-05;OID=.;OPOS=21961834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:97:1:1:96:96:0.989691:57:39:1:0:57:39:1:0 chr8 21965113 . T C 788.65 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0494679;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5799;QD=64.3794;RBI=0.0494765;REFB=0;REVB=0.000926367;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000538845;OID=.;OPOS=21965113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr8 21997738 . A T 260.44 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0168499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.367;QD=18.9407;RBI=0.0307067;REFB=-0.0194549;REVB=0.0256706;RO=26;SAF=19;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608347;STB=0.526988;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0192985;OID=.;OPOS=21997738;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:26:27:28:28:0.509091:9:19:16:10:9:19:17:10 chr8 22021037 . C A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0122129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.581;QD=17.2468;RBI=0.0356252;REFB=-0.0080036;REVB=0.0334663;RO=27;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208523;STB=0.618934;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00717398;OID=.;OPOS=22021037;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:8:13:11:16:8:13:11:16 chr8 22021517 . G A 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.00652409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.498;QD=9.18858;RBI=0.00920345;REFB=-0.00726574;REVB=-0.00649152;RO=25;SAF=1;SAR=10;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186519;STB=0.617034;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0175983;OID=.;OPOS=22021517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:10:1:4:21:10:1:4:21 chr8 22021883 . G A 191.63 PASS AF=0.268041;AO=25;DP=95;FAO=26;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0124475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.591;QD=7.9022;RBI=0.0124542;REFB=-0.0045989;REVB=-0.000410543;RO=47;SAF=17;SAR=8;SRF=36;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117293;STB=0.590499;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0156431;OID=.;OPOS=22021883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:47:71:25:26:0.268041:8:17:36:11:9:17:38:33 chr8 22021934 . G A 217.66 PASS AF=0.301075;AO=27;DP=93;FAO=28;FDP=93;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.0042708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2871;QD=9.36154;RBI=0.0414595;REFB=-0.00631112;REVB=0.0412389;RO=63;SAF=16;SAR=11;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229054;STB=0.64238;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0108723;OID=.;OPOS=22021934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:63:65:27:28:0.301075:11:16:25:38:11:17:26:39 chr8 22034561 . C T 1075.75 PASS AF=0.45679;AO=111;DP=244;FAO=111;FDP=243;FR=.;FRO=132;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=64;FSRR=68;FWDB=0.00942343;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0703;QD=17.7079;RBI=0.0384142;REFB=-0.00860449;REVB=0.0372404;RO=130;SAF=56;SAR=55;SRF=62;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268986;STB=0.510674;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00921542;OID=.;OPOS=22034561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:243:130:132:111:111:0.45679:55:56:62:68:55:56:64:68 chr8 22079355 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.821;QD=59.0183;RBI=0.0142128;REFB=0;REVB=0.0051878;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40683e-05;OID=.;OPOS=22079355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr8 22105502 . T C 475.03 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00848525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.856;QD=24.3606;RBI=0.00979572;REFB=-0.0138021;REVB=0.00489454;RO=32;SAF=27;SAR=18;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193924;STB=0.612195;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0126796;OID=.;OPOS=22105502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:33:45:45:0.576923:18:27:11:21:18:27:11:22 chr8 22108581 . C A 553.14 PASS AF=0.440299;AO=59;DP=135;FAO=59;FDP=134;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.000487882;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.821;QD=16.5117;RBI=0.00813585;REFB=-0.00521771;REVB=0.0081212;RO=75;SAF=31;SAR=28;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00795083;STB=0.504439;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00607694;OID=.;OPOS=22108581;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:75:75:59:59:0.440299:28:31:40:35:28:31:40:35 chr8 22108611 . A C 776.19 PASS AF=0.55303;AO=73;DP=135;FAO=73;FDP=132;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.057194;FXX=0.0222206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0711;QD=23.521;RBI=0.0732274;REFB=-0.0319293;REVB=0.0457286;RO=58;SAF=37;SAR=36;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503994;STB=0.531053;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0106582;OID=.;OPOS=22108611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:132:58:59:73:73:0.55303:36:37:33:25:36:37:34:25 chr8 22262321 . T C 2468.83 PASS AF=1;AO=157;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.044;QD=60.9587;RBI=0.0257703;REFB=0;REVB=-0.0236106;RO=0;SAF=79;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.06919e-05;OID=.;OPOS=22262321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:157:162:1:78:79:0:0:78:84:0:0 chr8 22262418 . A G 2084.55 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0363464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.139;QD=61.7644;RBI=0.0363849;REFB=-0.0995023;REVB=0.00167257;RO=1;SAF=58;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812502;STB=0.504273;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=3.57836e-05;OID=.;OPOS=22262418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:1:1:134:134:0.992593:76:58:1:0:76:58:1:0 chr8 22265829 . A G 225.11 PASS AF=0.215116;AO=37;DP=176;FAO=37;FDP=172;FR=.;FRO=135;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=73;FSRR=62;FWDB=-0.0244791;FXX=0.022726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.653;QD=5.23505;RBI=0.0245847;REFB=-0.00133682;REVB=-0.00227728;RO=139;SAF=18;SAR=19;SRF=73;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493297;STB=0.542494;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00485534;OID=.;OPOS=22265829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:172:139:135:37:37:0.215116:19:18:73:66:19:18:73:62 chr8 22279010 . G GGGA 1572.66 PASS AF=1;AO=103;DP=110;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309357;FXX=0.0545405;HRUN=3;LEN=3;MLLD=182.642;QD=60.4868;RBI=0.0328153;REFB=0;REVB=0.0109466;RO=5;SAF=45;SAR=58;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00329019;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.69965e-05;OID=.;OPOS=22279011;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:103:110:104:104:0:45:59:0:0:9:5:45:58:2:3 chr8 22428658 . T C 638.13 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0234496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.416;QD=59.3607;RBI=0.02943;REFB=-0.0878431;REVB=-0.0177832;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511622;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00129635;OID=.;OPOS=22428658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:21:21:0:0:21:21:1:0 chr8 22429892 . C T 95.66 PASS AF=0.230769;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0205156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.845;QD=5.88647;RBI=0.0281882;REFB=-0.0158898;REVB=-0.019331;RO=50;SAF=7;SAR=8;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655605;STB=0.540929;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0594045;OID=.;OPOS=22429892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:65:65:50:50:15:15:0.230769:8:7:26:24:8:7:26:24 chr8 22432377 . C A 68.62 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0625352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.366;QD=15.2497;RBI=0.0653178;REFB=-0.0334298;REVB=0.0188616;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240193;STB=0.615147;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.064493;OID=.;OPOS=22432377;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:7:9:9:9:0.5:5:4:1:6:5:4:2:7 chr8 22463623 . C T 505.79 PASS AF=0.280488;AO=69;DP=243;FAO=69;FDP=246;FR=.;FRO=177;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=94;FSRR=83;FWDB=-0.0132374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.7748;QD=8.22424;RBI=0.0157813;REFB=-0.014852;REVB=-0.00859184;RO=174;SAF=33;SAR=36;SRF=93;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686205;STB=0.537935;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0317579;OID=.;OPOS=22463623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:246:174:177:69:69:0.280488:36:33:93:81:36:33:94:83 chr8 22471824 . G A 409.6 PASS AF=0.384;AO=48;DP=127;FAO=48;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=77;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.00573695;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.054;QD=13.1072;RBI=0.03245;REFB=-1.52317e-06;REVB=0.0319389;RO=64;SAF=24;SAR=24;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127495;STB=0.511995;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00193736;OID=.;OPOS=22471824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:125:64:77:48:48:0.384:24:24:40:24:24:24:40:37 chr8 22473158 . C T 252.18 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.000568706;FXX=0.0235266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.408;QD=12.1532;RBI=0.00126634;REFB=-0.0039761;REVB=0.00113145;RO=49;SAF=13;SAR=17;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213169;STB=0.619083;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00877904;OID=.;OPOS=22473158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:49:53:30:30:0.361446:17:13:31:18:17:13:33:20 chr8 22473465 . T C 234.88 PASS AF=0.286957;AO=32;DP=115;FAO=33;FDP=115;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=0.00437484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.225;QD=8.16957;RBI=0.0216756;REFB=-0.014891;REVB=-0.0212295;RO=82;SAF=20;SAR=12;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238389;STB=0.648262;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0371629;OID=.;OPOS=22473465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:82:82:32:33:0.286957:12:20:35:47:12:21:35:47 chr8 22473850 . T C 51.47 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00200875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7021;QD=3.5498;RBI=0.00794269;REFB=0.00231849;REVB=0.00768449;RO=49;SAF=5;SAR=4;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00560812;STB=0.503867;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0169404;OID=.;OPOS=22473850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:49:49:9:9:0.155172:4:5:27:22:4:5:27:22 chr8 22477131 . ACAT A 379.25 PASS AF=0.493671;AO=38;DP=77;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.00164582;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=191.26;QD=19.2025;RBI=0.00404767;REFB=-0.0198537;REVB=0.00369796;RO=34;SAF=19;SAR=19;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150918;STB=0.595253;STBP=0.113;TYPE=del;VARB=0.0218258;OID=.;OPOS=22477132;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.493671:38:77:39:79:40:20:19:28:12:99:34:19:19:23:11 chr8 22477930 . G T 31.5 PASS AF=0.104651;AO=14;DP=72;FAO=9;FDP=86;FR=.;FRO=77;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=-0.0224319;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.8186;QD=1.46533;RBI=0.123816;REFB=-0.0128987;REVB=-0.121767;RO=28;SAF=11;SAR=3;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622254;STB=0.824963;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.142317;OID=.;OPOS=22477930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:72:86:28:77:14:9:0.104651:3:11:23:5:1:8:46:31 chr8 22481449 . A G 1397.05 PASS AF=0.384058;AO=119;DP=420;FAO=159;FDP=414;FR=.,HEALED;FRO=255;FSAF=75;FSAR=84;FSRF=104;FSRR=151;FWDB=-0.281612;FXX=0.0142854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.3768;QD=13.4981;RBI=0.282814;REFB=-0.0110089;REVB=-0.0260438;RO=197;SAF=39;SAR=80;SRF=54;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693317;STB=0.53963;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.01717;OID=.;OPOS=22481449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:420:414:197:255:119:159:0.384058:80:39:54:143:84:75:104:151 chr8 22482851 . A C 1043.71 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369969;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.6;QD=58.8004;RBI=0.0388856;REFB=0;REVB=0.0119715;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607618;OID=.;OPOS=22482851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:71:0:0:68:71:1:31:37:0:0:31:40:0:0 chr8 22491980 . G T 3266.55 PASS AF=0.990698;AO=211;DP=214;FAO=213;FDP=215;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=120;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0111545;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.674;QD=60.773;RBI=0.0157563;REFB=-0.00969181;REVB=0.0111282;RO=1;SAF=92;SAR=119;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00515004;STB=0.500599;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00022783;OID=.;OPOS=22491980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:214:215:1:2:211:213:0.990698:119:92:1:0:120:93:1:1 chr8 22492052 . G A 2421.22 PASS AF=0.922652;AO=165;DP=181;FAO=167;FDP=181;FR=.;FRO=14;FSAF=62;FSAR=105;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=0.0284745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.762;QD=53.5076;RBI=0.0291692;REFB=-0.135408;REVB=-0.00632783;RO=5;SAF=62;SAR=103;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368364;STB=0.550718;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000995873;OID=.;OPOS=22492052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:181:181:5:14:165:167:0.922652:103:62:5:0:105:62:14:0 chr8 22547992 . G A 39.6 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00565729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.501;QD=13.1994;RBI=0.0340774;REFB=-0.0180487;REVB=0.0336045;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168138;STB=0.599699;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0155364;OID=.;OPOS=22547992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:1:5:4:2:1:5 chr8 22864622 . T C 1577.71 PASS AF=0.973214;AO=108;DP=112;FAO=109;FDP=112;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0316798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9682;QD=56.3467;RBI=0.0319366;REFB=-0.00460027;REVB=-0.00404189;RO=4;SAF=76;SAR=32;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243258;STB=0.509552;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00412877;OID=.;OPOS=22864622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:112:112:4:3:108:109:0.973214:32:76:4:0:32:77:3:0 chr8 22864986 . C T 196.44 PASS AF=0.21831;AO=31;DP=142;FAO=31;FDP=142;FR=.;FRO=111;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=63;FWDB=0.00697205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.228;QD=5.53344;RBI=0.0261506;REFB=-0.000360895;REVB=-0.025204;RO=110;SAF=16;SAR=15;SRF=48;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100851;STB=0.565176;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.000951588;OID=.;OPOS=22864986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:110:111:31:31:0.21831:15:16:48:62:15:16:48:63 chr8 22875909 . A G 279.24 PASS AF=0.727273;AO=24;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00616764;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.496;QD=33.847;RBI=0.0197063;REFB=-0.0278355;REVB=0.0187162;RO=9;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227832;STB=0.624893;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0185112;OID=.;OPOS=22875909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:9:9:24:24:0.727273:16:8:7:2:16:8:7:2 chr8 22886020 . A G 1503.41 PASS AF=0.990291;AO=99;DP=100;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00291191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.248;QD=58.385;RBI=0.0151807;REFB=-0.0170763;REVB=0.0148988;RO=1;SAF=55;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854702;STB=0.504424;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=2.65162e-05;OID=.;OPOS=22886020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:103:1:1:99:102:0.990291:44:55:1:0:46:56:1:0 chr8 22926313 . G A 368.06 PASS AF=0.62;AO=30;DP=49;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0153137;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.038;QD=29.4446;RBI=0.0227691;REFB=-0.0295411;REVB=0.01685;RO=18;SAF=18;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107833;STB=0.54115;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0123201;OID=.;OPOS=22926313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:18:19:30:31:0.62:12:18:8:10:13:18:9:10 chr8 22960704 . G C 366.98 PASS AF=0.419048;AO=42;DP=107;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.0319284;FXX=0.0186898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1712;QD=13.9802;RBI=0.0408428;REFB=-0.0140787;REVB=-0.0254697;RO=65;SAF=18;SAR=24;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245587;STB=0.606117;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0098795;OID=.;OPOS=22960704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:65:61:42:44:0.419048:24:18:43:22:24:20:39:22 chr8 22960873 . G C 165.26 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=5;FWDB=-0.00361597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.227;QD=12.4724;RBI=0.01996;REFB=3.40123e-05;REVB=-0.0196297;RO=32;SAF=17;SAR=3;SRF=28;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547361;STB=0.501843;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218795;OID=.;OPOS=22960873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:3:17:28:4:3:17:28:5 chr8 22974325 . G A 73.96 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0308917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.976;QD=24.6531;RBI=0.0738944;REFB=-0.0715574;REVB=0.0671274;RO=3;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204298;STB=0.615147;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0289557;OID=.;OPOS=22974325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:12:12:3:3:9:9:0.75:4:5:3:0:4:5:3:0 chr8 22974450 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00311934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.939;QD=52.6124;RBI=0.00851469;REFB=0;REVB=0.00792273;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83699e-05;OID=.;OPOS=22974450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chr8 23001988 . A G 1246.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.087;QD=61.5355;RBI=0.0897535;REFB=0;REVB=-0.0882111;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278212;OID=.;OPOS=23001988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr8 23021346 . G A 1445.29 PASS AF=0.944444;AO=102;DP=108;FAO=102;FDP=108;FR=.;FRO=6;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0119634;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.627;QD=53.5293;RBI=0.0173265;REFB=0.00293342;REVB=-0.0125334;RO=4;SAF=49;SAR=53;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00140448;STB=0.508186;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.000142579;OID=.;OPOS=23021346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:108:108:4:6:102:102:0.944444:53:49:2:2:53:49:2:4 chr8 23049292 . C T 1377.58 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.61;QD=62.6173;RBI=0.0615398;REFB=0;REVB=0.0550031;RO=0;SAF=51;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.52439e-05;OID=.;OPOS=23049292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:85:88:1:34:51:0:0:37:51:0:0 chr8 23059324 . C G 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5121;QD=60.2036;RBI=0.0794973;REFB=0;REVB=0.0602254;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000764856;OID=.;OPOS=23059324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr8 23060256 . T C 2370.3 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9563;QD=64.0622;RBI=0.0236425;REFB=0;REVB=0.00764249;RO=0;SAF=63;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.44964e-05;OID=.;OPOS=23060256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:85:63:0:0:85:63:0:0 chr8 23104213 . G C 33.57 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00888982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.648;QD=3.62913;RBI=0.0224884;REFB=0.00105871;REVB=-0.0206567;RO=31;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432217;STB=0.808442;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.0226245;OID=.;OPOS=23104213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:5:1:16:15:5:1:16:15 chr8 23117740 . C T 533.74 PASS AF=0.338308;AO=71;DP=204;FAO=68;FDP=201;FR=.;FRO=133;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=63;FSRR=70;FWDB=-0.0122875;FXX=0.0147052;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.458;QD=10.6216;RBI=0.0159079;REFB=-0.00634381;REVB=-0.0101034;RO=133;SAF=35;SAR=36;SRF=63;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220185;STB=0.502055;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0121539;OID=.;OPOS=23117740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:201:133:133:71:68:0.338308:36:35:63:70:36:32:63:70 chr8 23118304 . C T 1433.35 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000116249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.203;QD=63.0045;RBI=0.0109211;REFB=0;REVB=0.0109205;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42083e-05;OID=.;OPOS=23118304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:45:46:0:0:45:46:0:0 chr8 23147564 . G A 1078.98 PASS AF=0.986842;AO=72;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0999045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.768;QD=56.7886;RBI=0.155043;REFB=-0.0848333;REVB=0.118564;RO=3;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358811;STB=0.506171;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00958786;OID=.;OPOS=23147564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:75:76:3:1:72:75:0.986842:38:34:0:3:40:35:0:1 chr8 23148930 . A G 2921.0 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00976771;FXX=0.0212755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.26;QD=63.5001;RBI=0.0172221;REFB=0;REVB=0.0141843;RO=0;SAF=94;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215676;OID=.;OPOS=23148930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:184:0:0:184:184:1:90:94:0:0:90:94:0:0 chr8 23148940 . G A 3139.61 PASS AF=1;AO=204;DP=204;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.891;QD=61.5609;RBI=0.0251588;REFB=0;REVB=0.0164017;RO=0;SAF=100;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11841e-05;OID=.;OPOS=23148940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:204:0:0:204:204:1:104:100:0:0:104:100:0:0 chr8 23150878 . T G 3087.16 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.836;QD=63.3263;RBI=0.0298529;REFB=0;REVB=0.0186725;RO=0;SAF=103;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61917e-05;OID=.;OPOS=23150878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:190:195:0:0:190:195:1:87:103:0:0:89:106:0:0 chr8 23152334 . A G 1710.46 PASS AF=0.991453;AO=114;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0225593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.25;QD=58.4772;RBI=0.0264322;REFB=-0.0608311;REVB=0.0137745;RO=2;SAF=47;SAR=67;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197742;STB=0.50505;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000241318;OID=.;OPOS=23152334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:117:117:2:1:114:116:0.991453:67:47:2:0:67:49:1:0 chr8 23153022 . T C 2305.85 PASS AF=1;AO=151;DP=153;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210622;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.347;QD=61.0821;RBI=0.0290524;REFB=0;REVB=0.0200106;RO=0;SAF=80;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41612e-05;OID=.;OPOS=23153022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:151:0:0:151:151:1:71:80:0:0:71:80:0:0 chr8 23154982 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00909106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.537;QD=55.0983;RBI=0.0324629;REFB=0;REVB=0.031164;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04084e-05;OID=.;OPOS=23154982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:6:20:0:0:6:20:0:0 chr8 23154989 . T G 594.49 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00473419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.081;QD=60.9733;RBI=0.0235602;REFB=0;REVB=-0.0230797;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115209;OID=.;OPOS=23154989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:17:21:0:0:17:22:0:0 chr8 23155130 . A C 307.54 PASS AF=0.722222;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00869179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.2556;QD=34.1713;RBI=0.0322709;REFB=-0.0297121;REVB=0.0310783;RO=10;SAF=9;SAR=17;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135689;STB=0.574266;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00400314;OID=.;OPOS=23155130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:10:10:26:26:0.722222:17:9:6:4:17:9:6:4 chr8 23167353 . T G 406.9 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0123049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.506;QD=20.0937;RBI=0.0265924;REFB=-0.0068793;REVB=-0.0235742;RO=38;SAF=17;SAR=24;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209386;STB=0.614963;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00743489;OID=.;OPOS=23167353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:40:41:41:0.506173:24:17:25:13:24:17:26:14 chr8 23174499 . G A 237.63 PASS AF=0.45;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0334249;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4039;QD=15.8418;RBI=0.0642373;REFB=0.0136283;REVB=0.0548562;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220442;STB=0.6243;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0133769;OID=.;OPOS=23174499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:33:33:27:27:0.45:11:16:12:21:11:16:12:21 chr8 23177562 . G A 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0408314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8881;QD=6.52617;RBI=0.041787;REFB=-0.028015;REVB=-0.00888507;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251837;STB=0.659364;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0863845;OID=.;OPOS=23177562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:4:3:13:7:4:3:13:7 chr8 23186007 . T C 699.42 PASS AF=0.616162;AO=59;DP=97;FAO=61;FDP=99;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.045661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.559;QD=28.2595;RBI=0.04575;REFB=-0.0161969;REVB=-0.00285219;RO=36;SAF=30;SAR=29;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446283;STB=0.513241;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0139501;OID=.;OPOS=23186007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:36:38:59:61:0.616162:29:30:16:20:30:31:18:20 chr8 23190926 . C T 209.66 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=0.0123814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.922;QD=9.63965;RBI=0.0243777;REFB=-0.0121954;REVB=-0.0209994;RO=60;SAF=21;SAR=6;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165792;STB=0.598605;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0440683;OID=.;OPOS=23190926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:60:60:27:27:0.310345:6:21:40:20:6:21:40:20 chr8 23190941 . T C 227.33 PASS AF=0.298969;AO=29;DP=97;FAO=29;FDP=97;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.00604391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.277;QD=9.3744;RBI=0.0817754;REFB=-0.011625;REVB=-0.0815518;RO=68;SAF=21;SAR=8;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163188;STB=0.597005;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0207939;OID=.;OPOS=23190941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:68:68:29:29:0.298969:8:21:41:27:8:21:41:27 chr8 23190995 . T C 135.66 PASS AF=0.253165;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=79;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=43;FWDB=-0.0477274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.392;QD=6.86902;RBI=0.071916;REFB=-0.00687269;REVB=-0.053796;RO=57;SAF=3;SAR=17;SRF=16;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240209;STB=0.641984;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0307189;OID=.;OPOS=23190995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:57:59:20:20:0.253165:17:3:16:41:17:3:16:43 chr8 23392733 . C T 209.92 PASS AF=0.3;AO=27;DP=90;FAO=27;FDP=90;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0726912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5554;QD=9.32991;RBI=0.0736009;REFB=-0.00902076;REVB=0.0115363;RO=61;SAF=16;SAR=11;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424693;STB=0.526562;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0288999;OID=.;OPOS=23392733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:61:63:27:27:0.3:11:16:34:27:11:16:35:28 chr8 23423669 . A G 556.58 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0206428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.744;QD=22.7175;RBI=0.0212466;REFB=0.00123613;REVB=-0.00502958;RO=45;SAF=31;SAR=21;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165694;STB=0.596117;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00112619;OID=.;OPOS=23423669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:45:46:52:52:0.530612:21:31:18:27:21:31:18:28 chr8 23423758 . G A 489.57 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00410402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.855;QD=17.0285;RBI=0.0118514;REFB=-0.00430283;REVB=-0.0111181;RO=61;SAF=31;SAR=22;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748091;STB=0.546374;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00641634;OID=.;OPOS=23423758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:62:53:53:0.46087:22:31:31:30:22:31:31:31 chr8 23431192 . G T 352.43 PASS AF=0.338462;AO=44;DP=130;FAO=44;FDP=130;FR=.;FRO=86;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0699168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8414;QD=10.844;RBI=0.0804331;REFB=0.00398014;REVB=0.0397632;RO=86;SAF=22;SAR=22;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133456;STB=0.507689;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.00805798;OID=.;OPOS=23431192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:86:86:44:44:0.338462:22:22:44:42:22:22:44:42 chr8 23431344 . C A 82.89 PASS AF=0.2;AO=14;DP=70;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0105888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1963;QD=4.73661;RBI=0.0226337;REFB=-0.00288381;REVB=-0.020004;RO=56;SAF=1;SAR=13;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.65755;STB=0.924065;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0532898;OID=.;OPOS=23431344;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:70:70:56:56:14:14:0.2:13:1:33:23:13:1:33:23 chr8 23431407 . A G 83.35 PASS AF=0.170455;AO=14;DP=88;FAO=15;FDP=88;FR=.;FRO=73;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.00936806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.658;QD=3.78865;RBI=0.0106053;REFB=-0.00510676;REVB=-0.00497115;RO=73;SAF=4;SAR=10;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341822;STB=0.686323;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0432651;OID=.;OPOS=23431407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:88:88:73:73:14:15:0.170455:10:4:41:32:10:5:41:32 chr8 23431700 . C G 270.37 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=94;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0420502;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.434;QD=11.8842;RBI=0.0422029;REFB=-0.0164478;REVB=0.00358641;RO=62;SAF=17;SAR=15;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722139;STB=0.558485;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0295627;OID=.;OPOS=23431700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:91:62:59:32:32:0.351648:15:17:29:33:15:17:26:33 chr8 23432033 . C A 391.12 PASS AF=0.393162;AO=45;DP=116;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0439298;FXX=0.00847386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.005;QD=13.3717;RBI=0.044384;REFB=-0.0188574;REVB=-0.0063338;RO=70;SAF=16;SAR=29;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189616;STB=0.608215;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0226579;OID=.;OPOS=23432033;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:70:71:45:46:0.393162:29:16:37:33:30:16:37:34 chr8 23432213 . T C 192.13 PASS AF=0.320513;AO=24;DP=77;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.0356299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.849;QD=9.85266;RBI=0.0366082;REFB=-0.0190792;REVB=-0.0084066;RO=52;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134681;STB=0.5838;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.03827;OID=.;OPOS=23432213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:52:53:24:25:0.320513:14:10:16:36:14:11:17:36 chr8 23432314 . T C 69.83 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0135804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.027;QD=4.98794;RBI=0.0145936;REFB=-0.00493544;REVB=-0.00534286;RO=44;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74283e-08;STB=0.512173;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0159529;OID=.;OPOS=23432314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:55:56:44:45:11:11:0.196429:7:4:16:28:7:4:17:28 chr8 23432326 . T A 854.16 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000791927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.892;QD=56.0102;RBI=0.000943386;REFB=-0.111663;REVB=-0.000512668;RO=1;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125858;STB=0.506664;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-3.19738e-05;OID=.;OPOS=23432326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:37:23:0:1:37:23:0:1 chr8 23432776 . A C 2121.69 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000675734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.258;QD=62.8648;RBI=0.0184543;REFB=0;REVB=0.0184419;RO=0;SAF=54;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31841e-05;OID=.;OPOS=23432776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:81:54:0:0:81:54:0:0 chr8 23563908 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.934;QD=57.1775;RBI=0.0220634;REFB=0;REVB=0.00119057;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49195e-05;OID=.;OPOS=23563908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr8 24208847 . G A 1000.64 PASS AF=0.565476;AO=94;DP=167;FAO=95;FDP=168;FR=.;FRO=73;FSAF=61;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.00274139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.054;QD=23.8248;RBI=0.0124183;REFB=-0.029888;REVB=-0.0121119;RO=73;SAF=61;SAR=33;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976222;STB=0.549539;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0170567;OID=.;OPOS=24208847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:73:73:94:95:0.565476:33:61:39:34:34:61:39:34 chr8 24211278 . C T 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.175;QD=62.3492;RBI=0.0175345;REFB=0;REVB=-0.0155853;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03754e-05;OID=.;OPOS=24211278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr8 24211331 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.053;QD=62.0216;RBI=0.0125931;REFB=0;REVB=-0.0103943;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.98523e-05;OID=.;OPOS=24211331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr8 24211869 . G T 84.33 PASS AF=0.139535;AO=18;DP=129;FAO=18;FDP=129;FR=.;FRO=111;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=54;FSRR=57;FWDB=-0.0248497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.928;QD=2.61499;RBI=0.0305572;REFB=-0.00994913;REVB=-0.0177829;RO=111;SAF=9;SAR=9;SRF=54;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169647;STB=0.511615;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0591355;OID=.;OPOS=24211869;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:129:129:111:111:18:18:0.139535:9:9:54:57:9:9:54:57 chr8 24211884 . A ATGTC 1064.08 PASS AF=0.72;AO=85;DP=128;FAO=90;FDP=125;FR=.;FRO=35;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0158974;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=4;MLLD=253.127;QD=34.0506;RBI=0.0188453;REFB=-0.0188939;REVB=0.0101203;RO=39;SAF=34;SAR=51;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156862;STB=0.55483;STBP=0.06;TYPE=ins;VARB=0.0066685;OID=.;OPOS=24211885;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=ATGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.72:85:128:90:125:35:39:51:22:13:99:39:34:51:26:13 chr8 24211889 . T TGTC 91.3 PASS AF=0.147287;AO=17;DP=136;FAO=19;FDP=129;FR=.;FRO=110;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=65;FWDB=-0.0171035;FXX=0;HRUN=0;LEN=3;MLLD=283.849;QD=2.83102;RBI=0.0171931;REFB=-0.00401686;REVB=0.00175369;RO=116;SAF=11;SAR=6;SRF=50;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264412;STB=0.768358;STBP=0.013;TYPE=ins;VARB=0.0182124;OID=.;OPOS=24211890;OREF=-;OALT=GTC;OMAPALT=TGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.147287:17:136:19:129:110:14:5:45:65:91:116:11:6:50:66 chr8 24774683 . C A 1262.86 PASS AF=0.955556;AO=83;DP=88;FAO=86;FDP=90;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00330613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8445;QD=56.127;RBI=0.0168936;REFB=-0.075552;REVB=-0.016567;RO=5;SAF=30;SAR=53;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072647;STB=0.529405;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00632379;OID=.;OPOS=24774683;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:88:90:5:4:83:86:0.955556:53:30:5:0:54:32:4:0 chr8 24776423 . C T 151.73 PASS AF=0.344262;AO=19;DP=59;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0164355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.275;QD=9.94963;RBI=0.0166259;REFB=-0.00664908;REVB=0.00250933;RO=40;SAF=8;SAR=11;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147427;STB=0.548241;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0122724;OID=.;OPOS=24776423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:40:40:19:21:0.344262:11:8:22:18:11:10:22:18 chr8 24810088 . T A 661.34 PASS AF=0.617021;AO=57;DP=94;FAO=58;FDP=94;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0165467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7508;QD=28.1423;RBI=0.0255001;REFB=-0.0323552;REVB=-0.0194026;RO=35;SAF=29;SAR=28;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639515;STB=0.53607;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.022917;OID=.;OPOS=24810088;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:35:36:57:58:0.617021:28:29:21:14:28:30:22:14 chr8 24811064 . AGG A,AG 725.49 PASS AF=0,1;AO=30,67;DP=103;FAO=0,103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=0,88;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0964562,-0.188996;FXX=0.00961446;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=8.85229,10.0468;QD=28.1745;RBI=0.111372,0.217061;REFB=0,0;REVB=-0.0556775,-0.106751;RO=2;SAF=23,62;SAR=7,5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.115888,0.156253;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00377067;OID=.,.;OPOS=24811065,24811065;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:30,67:103:0,103:103:0:0,88:0,15:0:0:14:2:23,62:7,5:0:2 chr8 25182969 . C T 380.72 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.00650904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.988;QD=14.93;RBI=0.00680782;REFB=-0.00821914;REVB=-0.0019947;RO=58;SAF=24;SAR=19;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180957;STB=0.596431;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00662958;OID=.;OPOS=25182969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:59:43:43:0.421569:19:24:22:36:19:24:23:36 chr8 25203022 . A G 1557.46 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.865;QD=59.9023;RBI=0.0400929;REFB=0;REVB=0.000910336;RO=0;SAF=60;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47692e-05;OID=.;OPOS=25203022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:104:0:0:101:104:1:41:60:0:0:42:62:0:0 chr8 25222165 . A G 543.24 PASS AF=0.620253;AO=49;DP=79;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0165935;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.169;QD=27.506;RBI=0.0173466;REFB=-0.0146165;REVB=-0.00505558;RO=30;SAF=29;SAR=20;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111694;STB=0.560874;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00770037;OID=.;OPOS=25222165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:30:30:49:49:0.620253:20:29:13:17:20:29:13:17 chr8 25230129 . C T 561.28 PASS AF=0.5;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00344795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.5;QD=19.3544;RBI=0.0199444;REFB=0.000524626;REVB=-0.0196441;RO=58;SAF=28;SAR=30;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312893;STB=0.517277;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.000685903;OID=.;OPOS=25230129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:58:58:58:58:0.5:30:28:26:32:30:28:26:32 chr8 25230168 . C T 1611.11 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2528;QD=59.1231;RBI=0.0240784;REFB=-0.0615966;REVB=0.021281;RO=1;SAF=53;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887197;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480138;OID=.;OPOS=25230168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:109:109:1:0:108:109:1:55:53:1:0:55:54:0:0 chr8 25234858 . A G 2629.72 PASS AF=0.982857;AO=172;DP=175;FAO=172;FDP=175;FR=.;FRO=3;FSAF=84;FSAR=88;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.084074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8475;QD=60.108;RBI=0.0841762;REFB=-0.0869953;REVB=-0.00414646;RO=2;SAF=84;SAR=88;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111965;STB=0.508771;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00740247;OID=.;OPOS=25234858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:175:175:2:3:172:172:0.982857:88:84:2:0:88:84:3:0 chr8 25267622 . A G 709.13 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.752;QD=63.0341;RBI=0.044219;REFB=0;REVB=-0.00323661;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176323;OID=.;OPOS=25267622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:27:17:0:0:27:18:0:0 chr8 25280800 . C G 1249.05 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0132724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.021;QD=60.1954;RBI=0.0132899;REFB=-0.028375;REVB=-0.000680941;RO=1;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106419;STB=0.505617;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000489762;OID=.;OPOS=25280800;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:44:38:0:1:44:38:0:1 chr8 25323777 . T C 959.35 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176956;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.887;QD=59.0367;RBI=0.0200135;REFB=0;REVB=0.00934916;RO=0;SAF=42;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47863e-05;OID=.;OPOS=25323777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:23:42:0:0:23:42:0:0 chr8 25325730 . T C 682.5 PASS AF=0.3;AO=89;DP=300;FAO=90;FDP=300;FR=.;FRO=210;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=111;FSRR=99;FWDB=-0.00116353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.376;QD=9.09995;RBI=0.0773068;REFB=0.00283466;REVB=0.077298;RO=211;SAF=37;SAR=52;SRF=111;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133778;STB=0.582399;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00767857;OID=.;OPOS=25325730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:300:211:210:89:90:0.3:52:37:111:100:53:37:111:99 chr8 25364025 . G T 62.3 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=64;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0127402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.511;QD=3.894;RBI=0.0141209;REFB=-0.000287355;REVB=-0.00608984;RO=53;SAF=10;SAR=1;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.563574;STB=0.885307;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0015497;OID=.;OPOS=25364025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:64:64:53:53:11:11:0.171875:1:10:26:27:1:10:26:27 chr8 25364834 . A T 667.16 PASS AF=0.453333;AO=68;DP=150;FAO=68;FDP=150;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.00103038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.778;QD=17.7909;RBI=0.00426188;REFB=-0.0209865;REVB=0.00413545;RO=82;SAF=33;SAR=35;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384175;STB=0.521358;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.026406;OID=.;OPOS=25364834;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:82:82:68:68:0.453333:35:33:43:39:35:33:43:39 chr8 25364960 . A G 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00363706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.409;QD=13.0145;RBI=0.00845968;REFB=0.00764738;REVB=0.00763794;RO=31;SAF=13;SAR=7;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777905;STB=0.557084;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00803227;OID=.;OPOS=25364960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:32:20:20:0.384615:7:13:18:13:7:13:18:14 chr8 26240646 . A G 2957.54 PASS AF=1;AO=185;DP=187;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776651;FXX=0.0209413;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.501;QD=63.263;RBI=0.02857;REFB=0;REVB=-0.0274941;RO=0;SAF=103;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4104e-05;OID=.;OPOS=26240646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:187:0:0:185:187:1:82:103:0:0:83:104:0:0 chr8 26269191 . C T 333.0 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0445227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.488;QD=16.4446;RBI=0.044529;REFB=-0.0105655;REVB=0.000751176;RO=45;SAF=22;SAR=14;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343159;STB=0.519302;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0111867;OID=.;OPOS=26269191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:14:22:26:19:14:22:26:19 chr8 26362201 . A T 1219.4 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00271933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.333;QD=58.7664;RBI=0.0276217;REFB=-0.00417494;REVB=0.0274875;RO=2;SAF=39;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236613;STB=0.512497;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00028067;OID=.;OPOS=26362201;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:2:2:81:81:0.975904:42:39:2:0:42:39:2:0 chr8 26481666 . C T 1337.93 PASS AF=0.644444;AO=116;DP=180;FAO=116;FDP=180;FR=.;FRO=64;FSAF=68;FSAR=48;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0149211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.103;QD=29.7318;RBI=0.0162918;REFB=-0.00762965;REVB=-0.00654095;RO=63;SAF=68;SAR=48;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104061;STB=0.553479;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00201331;OID=.;OPOS=26481666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:63:64:116:116:0.644444:48:68:27:36:48:68:28:36 chr8 26481697 . G A 541.57 PASS AF=0.361111;AO=65;DP=180;FAO=65;FDP=180;FR=.;FRO=115;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=62;FSRR=53;FWDB=0.00914801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6458;QD=12.0348;RBI=0.0287334;REFB=-0.0102936;REVB=0.0272383;RO=115;SAF=31;SAR=34;SRF=62;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069735;STB=0.53967;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0203989;OID=.;OPOS=26481697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:115:115:65:65:0.361111:34:31:62:53:34:31:62:53 chr8 26481771 . T C 2335.38 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5366;QD=61.0557;RBI=0.030206;REFB=0;REVB=0.0261693;RO=0;SAF=69;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4748e-05;OID=.;OPOS=26481771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:84:69:0:0:84:69:0:0 chr8 26510792 . T C 2934.48 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.602;QD=63.107;RBI=0.0548127;REFB=0;REVB=0.0452529;RO=0;SAF=122;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.77612e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95113e-05;OID=.;OPOS=26510792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:182:186:0:0:182:186:1:60:122:0:0:61:125:0:0 chr8 26513307 . TTTTTTG TTGTTTT 88.67 PASS AF=0.266667;AO=2;DP=15;FAO=4;FDP=15;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=4;FSAF=4;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0398255;FXX=0.062461;HRUN=13;LEN=5;MLLD=30.9197;QD=23.6459;RBI=0.040159;REFB=-0.131625;REVB=-0.00516453;RO=1;SAF=2;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.161286;OID=.;OPOS=26513309;OREF=TTTTG;OALT=GTTTT;OMAPALT=TTGTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667:2:15:4:15:4:4:0:4:0:22:1:2:0:1:0 chr8 26513315 . T G 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.00123352;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=169.924;QD=9.44617;RBI=0.0167711;REFB=-0.00424734;REVB=0.0167256;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486101;STB=0.777232;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.000630144;OID=.;OPOS=26513315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:10:0:2:4:10:0 chr8 26515138 . C T 787.11 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0285176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.135;QD=55.2356;RBI=0.0938887;REFB=-0.0330679;REVB=0.089453;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.50769;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0024505;OID=.;OPOS=26515138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:0:1:55:56:0.982456:23:32:0:0:24:32:1:0 chr8 26628028 . A G 1133.49 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.732;QD=60.4527;RBI=0.0373547;REFB=0;REVB=0.0240133;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47389e-05;OID=.;OPOS=26628028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:45:29:0:0:46:29:0:0 chr8 26636906 . T A 621.25 PASS AF=0.559633;AO=61;DP=109;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0584322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5;QD=22.7981;RBI=0.0590833;REFB=0.00125403;REVB=0.00874736;RO=47;SAF=30;SAR=31;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358431;STB=0.523931;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.000657552;OID=.;OPOS=26636906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:47:48:61:61:0.559633:31:30:21:26:31:30:21:27 chr8 26636925 . T C 1446.95 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=102;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.014222;FXX=0.0294089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0739;QD=58.4624;RBI=0.0293221;REFB=0.0350368;REVB=-0.0256422;RO=1;SAF=40;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117097;STB=0.506172;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00642079;OID=.;OPOS=26636925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:99:1:1:98:98:0.989899:58:40:1:0:58:40:1:0 chr8 26716715 . G A 287.5 PASS AF=0.286765;AO=39;DP=136;FAO=39;FDP=136;FR=.;FRO=97;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=71;FWDB=-0.00555131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.77;QD=8.45579;RBI=0.0384225;REFB=-0.00940978;REVB=-0.0380193;RO=95;SAF=15;SAR=24;SRF=25;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163187;STB=0.591488;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0183467;OID=.;OPOS=26716715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:95:97:39:39:0.286765:24:15:25:70:24:15:26:71 chr8 26944733 . G A 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.774;QD=59.8657;RBI=0.02901;REFB=0;REVB=-0.0253144;RO=0;SAF=49;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.28979e-06;OID=.;OPOS=26944733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:55:49:0:0:55:49:0:0 chr8 27099981 . C T 157.01 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00418172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6791;QD=9.66193;RBI=0.0217101;REFB=0.000983798;REVB=-0.0213036;RO=44;SAF=6;SAR=15;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374479;STB=0.720315;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00316177;OID=.;OPOS=27099981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:15:6:27:17:15:6:27:17 chr8 27101204 . T A 2539.38 PASS AF=0.924731;AO=170;DP=189;FAO=172;FDP=186;FR=.;FRO=14;FSAF=76;FSAR=96;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00233115;FXX=0.0312484;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.583;QD=54.6103;RBI=0.0111293;REFB=-0.0100788;REVB=0.0108824;RO=14;SAF=76;SAR=94;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236244;STB=0.511946;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00071946;OID=.;OPOS=27101204;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:189:186:14:14:170:172:0.924731:94:76:4:10:96:76:4:10 chr8 27101205 . T C 38.01 PASS AF=0.0729167;AO=9;DP=190;FAO=14;FDP=192;FR=.;FRO=178;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=83;FSRR=95;FWDB=-0.00444292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.118;QD=0.791953;RBI=0.0155777;REFB=-0.000976178;REVB=-0.0149307;RO=177;SAF=1;SAR=8;SRF=83;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350056;STB=0.82608;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0515724;OID=.;OPOS=27101205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:190:192:177:178:9:14:0.0729167:8:1:83:94:12:2:83:95 chr8 27101206 . A C 2751.68 PASS AF=0.95288;AO=177;DP=186;FAO=182;FDP=191;FR=.;FRO=9;FSAF=83;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.00871016;FXX=0.00520806;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.818;QD=57.6268;RBI=0.0309164;REFB=0.0560986;REVB=-0.029664;RO=9;SAF=83;SAR=94;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331082;STB=0.516425;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00915575;OID=.;OPOS=27101206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:186:191:9:9:177:182:0.95288:94:83:1:8:99:83:1:8 chr8 27315936 . A G 398.04 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0398209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3671;QD=17.8896;RBI=0.0583671;REFB=-0.0300238;REVB=-0.0426734;RO=48;SAF=20;SAR=21;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284679;STB=0.515909;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0280913;OID=.;OPOS=27315936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:21:20:22:26:21:20:22:26 chr8 27321253 . G A 147.8 PASS AF=0.183099;AO=27;DP=142;FAO=26;FDP=142;FR=.;FRO=116;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=69;FSRR=47;FWDB=-0.0210014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5567;QD=4.16331;RBI=0.038445;REFB=-0.00887595;REVB=0.0322019;RO=113;SAF=12;SAR=15;SRF=67;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187869;STB=0.637517;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0218439;OID=.;OPOS=27321253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:113:116:27:26:0.183099:15:12:67:46:15:11:69:47 chr8 27324822 . T C 1608.79 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010863;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.91;QD=60.1416;RBI=0.017524;REFB=0;REVB=0.0137509;RO=0;SAF=48;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15188e-06;OID=.;OPOS=27324822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:106:107:1:58:48:0:0:58:49:0:0 chr8 27324844 . G A 1591.96 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0854065;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5187;QD=60.0739;RBI=0.0923515;REFB=0;REVB=0.0351358;RO=0;SAF=45;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596654;OID=.;OPOS=27324844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:61:45:0:0:61:45:0:0 chr8 27328511 . G A 791.93 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000406274;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.418;QD=53.6902;RBI=0.00611523;REFB=-0.156716;REVB=0.00610172;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.502741;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-5.81332e-05;OID=.;OPOS=27328511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:0:2:57:57:0.966102:24:33:0:0:24:33:1:1 chr8 27373865 . G A 723.55 PASS AF=0.660377;AO=61;DP=97;FAO=70;FDP=106;FR=.;FRO=36;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0282601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.845;QD=27.3037;RBI=0.0311665;REFB=-0.0174607;REVB=-0.0131422;RO=36;SAF=35;SAR=26;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701507;STB=0.555228;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0104935;OID=.;OPOS=27373865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:106:36:36:61:70:0.660377:26:35:17:19:26:44:17:19 chr8 27401964 . A C 439.78 PASS AF=0.650794;AO=40;DP=62;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0695729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1062;QD=27.9223;RBI=0.0948719;REFB=-0.025526;REVB=0.0645004;RO=22;SAF=20;SAR=20;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295828;STB=0.520114;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.013821;OID=.;OPOS=27401964;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:22:22:40:41:0.650794:20:20:12:10:21:20:12:10 chr8 27507274 . G A 380.15 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-8.78614e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.828;QD=14.9078;RBI=0.00879739;REFB=-0.0365911;REVB=0.00879695;RO=59;SAF=19;SAR=24;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686869;STB=0.53869;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0539584;OID=.;OPOS=27507274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:59:43:43:0.421569:24:19:30:29:24:19:30:29 chr8 27591164 . C T 1218.3 PASS AF=0.987805;AO=75;DP=80;FAO=81;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0969707;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3594;QD=59.4294;RBI=0.0990374;REFB=0;REVB=-0.0201267;RO=0;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00386934;OID=.;OPOS=27591164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:82:0:0:75:81:0.987805:46:29:0:0:47:34:0:0 chr8 27592828 . G A 2922.32 PASS AF=0.994652;AO=184;DP=184;FAO=186;FDP=187;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0347807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7207;QD=62.5095;RBI=0.0752851;REFB=0.0293131;REVB=0.0667694;RO=0;SAF=91;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502702;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00010808;OID=.;OPOS=27592828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:184:187:0:1:184:186:0.994652:93:91:0:0:94:92:1:0 chr8 27631179 . A C 868.61 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.61;QD=57.9076;RBI=0.0729953;REFB=0;REVB=0.0602606;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301917;OID=.;OPOS=27631179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:29:29:0:0:30:30:0:0 chr8 27646414 . G A 159.86 PASS AF=0.2;AO=27;DP=135;FAO=27;FDP=135;FR=.;FRO=108;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=-0.00398264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.959;QD=4.73668;RBI=0.0219682;REFB=-0.000869957;REVB=0.0216041;RO=108;SAF=17;SAR=10;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166815;STB=0.605038;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00449331;OID=.;OPOS=27646414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:108:108:27:27:0.2:10:17:54:54:10:17:54:54 chr8 27668476 . TTCA T 138.92 PASS AF=0.387097;AO=21;DP=57;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0042008;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=3;MLLD=246.523;QD=8.96239;RBI=0.0104885;REFB=-0.0232009;REVB=-0.00961055;RO=27;SAF=16;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273263;STB=0.622532;STBP=0.145;TYPE=del;VARB=0.0315562;OID=.;OPOS=27668477;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097:21:57:24:62:38:18:6:22:16:99:27:16:5:14:13 chr8 27737198 . A G 566.45 PASS AF=0.513274;AO=58;DP=113;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0201004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.099;QD=20.0514;RBI=0.0287716;REFB=-0.0244318;REVB=-0.0205859;RO=55;SAF=34;SAR=24;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530517;STB=0.529255;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0192017;OID=.;OPOS=27737198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:55:55:58:58:0.513274:24:34:29:26:24:34:29:26 chr8 27767231 . C G 1419.79 PASS AF=0.970297;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.000236561;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.444;QD=56.2295;RBI=0.0396682;REFB=-0.0947999;REVB=0.0396675;RO=3;SAF=63;SAR=35;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220489;STB=0.511626;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.000149008;OID=.;OPOS=27767231;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:101:101:3:3:98:98:0.970297:35:63:3:0:35:63:3:0 chr8 27779545 . C CT,T 171.07 PASS AF=0.133333,0.866667;AO=2,12;DP=14;FAO=2,13;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=2,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00851514,0.110663;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=37.8876,41.5551;QD=45.6179;RBI=0.0796522,0.144379;REFB=0,0;REVB=0.0791957,0.0927309;RO=0;SAF=0,6;SAR=2,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0603397,0.00888998;OID=.,.;OPOS=27779546,27779545;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:14:15:0:0:2,12:2,13:0.133333,0.866667:2,6:0,6:0:0:2,7:0,6:0:0 chr8 27903069 . C T 1338.49 PASS AF=0.578704;AO=124;DP=213;FAO=125;FDP=216;FR=.;FRO=91;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=29;FSRR=62;FWDB=0.00595754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.936;QD=24.7868;RBI=0.00596406;REFB=-0.0184781;REVB=0.000278872;RO=89;SAF=62;SAR=62;SRF=28;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143102;STB=0.577969;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.014803;OID=.;OPOS=27903069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:216:89:91:124:125:0.578704:62:62:28:61:62:63:29:62 chr8 27915830 . T C 4467.48 PASS AF=0.979661;AO=285;DP=293;FAO=289;FDP=295;FR=.;FRO=6;FSAF=178;FSAR=111;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00352822;FXX=0.00673378;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.5835;QD=60.576;RBI=0.0255789;REFB=-0.040581;REVB=0.0253344;RO=7;SAF=175;SAR=110;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0048372;STB=0.504683;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00152377;OID=.;OPOS=27915830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:293:295:7:6:285:289:0.979661:110:175:5:2:111:178:5:1 chr8 27918057 . T C 1250.5 PASS AF=0.987952;AO=80;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00767044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.648;QD=60.2649;RBI=0.0374104;REFB=-0.0828993;REVB=0.0366156;RO=1;SAF=45;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104059;STB=0.505262;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=3.18199e-05;OID=.;OPOS=27918057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:1:1:80:82:0.987952:35:45:1:0:35:47:1:0 chr8 27927849 . C G 1434.32 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.175;QD=63.0469;RBI=0.0421744;REFB=0;REVB=0.0205391;RO=0;SAF=38;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105574;OID=.;OPOS=27927849;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:53:38:0:0:53:38:0:0 chr8 28196783 . C G 890.6 PASS AF=0.632;AO=79;DP=127;FAO=79;FDP=125;FR=.;FRO=46;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00975539;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.281;QD=28.4992;RBI=0.0270735;REFB=-0.0497357;REVB=0.0252548;RO=46;SAF=40;SAR=39;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338647;STB=0.518319;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0280112;OID=.;OPOS=28196783;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:125:46:46:79:79:0.632:39:40:21:25:39:40:21:25 chr8 28203189 . AT AA,A 88.47 PASS AF=0.190476,0.309524;AO=8,5;DP=39;FAO=8,13;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=1,8;FSAR=7,5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0719744,0.0407422;FXX=0.0454442;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=12.1707,9.56615;QD=8.4259;RBI=0.0780467,0.0461306;REFB=-0.0811374,-0.0506815;REVB=0.0301823,-0.0216358;RO=17;SAF=1,4;SAR=7,1;SRF=10;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.550255,0.281448;STB=0.83076,0.558049;STBP=0.054,0.677;TYPE=snp,del;VARB=-0.0467241,0.0555388;OID=.,.;OPOS=28203190,28203190;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.190476,0.309524:8,5:39:8,13:42:21:1,8:7,5:11:10:43:17:1,4:7,1:10:7 chr8 28286174 . T G 1153.43 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.727;QD=60.7067;RBI=0.0489613;REFB=0;REVB=0.034772;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78322e-07;OID=.;OPOS=28286174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr8 28304769 . C T 307.49 PASS AF=0.364583;AO=35;DP=97;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0331793;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.274;QD=12.8121;RBI=0.0333898;REFB=-0.0064665;REVB=-0.00374322;RO=61;SAF=17;SAR=18;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121245;STB=0.569339;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0100292;OID=.;OPOS=28304769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:61:61:35:35:0.364583:18:17:23:38:18:17:23:38 chr8 28384712 . A G 3317.18 PASS AF=1;AO=213;DP=213;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00410599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.549;QD=62.0033;RBI=0.0041484;REFB=0;REVB=-0.000591707;RO=0;SAF=112;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63016e-05;OID=.;OPOS=28384712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:214:0:0:213:214:1:101:112:0:0:101:113:0:0 chr8 28420903 . C G 365.83 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0049008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2869;QD=13.6759;RBI=0.0101893;REFB=-0.0133053;REVB=-0.00893336;RO=64;SAF=21;SAR=22;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122904;STB=0.506953;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00912086;OID=.;OPOS=28420903;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:64:43:43:0.401869:22:21:32:32:22:21:32:32 chr8 28574803 . G A 1804.12 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00155137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.057;QD=61.1567;RBI=0.0301406;REFB=0;REVB=0.0301007;RO=0;SAF=66;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72895e-05;OID=.;OPOS=28574803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:51:66:0:0:52:66:0:0 chr8 28821370 . C T 293.46 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.019038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.306;QD=14.8587;RBI=0.0190806;REFB=0.00715405;REVB=-0.00127394;RO=46;SAF=11;SAR=22;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111942;STB=0.563597;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.0110757;OID=.;OPOS=28821370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:22:11:20:26:22:11:20:26 chr8 28908874 . T TAACC 211.05 PASS AF=0.351351;AO=25;DP=119;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0200747;FXX=0.0512755;HRUN=2;LEN=4;MLLD=238.722;QD=11.4078;RBI=0.0201307;REFB=-0.00748198;REVB=-0.00149995;RO=93;SAF=3;SAR=22;SRF=34;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416545;STB=0.67058;STBP=0.069;TYPE=ins;VARB=0.013969;OID=.;OPOS=28908875;OREF=-;OALT=AACC;OMAPALT=TAACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.351351:25:119:26:74:48:4:22:16:32:99:93:3:22:34:59 chr8 28927615 . AG A 64.05 PASS AF=0.34;AO=15;DP=49;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0121923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.1824;QD=5.1239;RBI=0.0533287;REFB=-0.0398952;REVB=-0.0519163;RO=32;SAF=15;SAR=0;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.811094;STB=0.844054;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.068129;OID=.;OPOS=28927616;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34:15:49:17:50:33:15:2:14:19:64:32:15:0:13:19 chr8 28929243 . G A 72.62 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0115359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.002;QD=5.37925;RBI=0.0191126;REFB=-0.00469118;REVB=0.0152385;RO=43;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134425;STB=0.586057;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0153759;OID=.;OPOS=28929243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:43:43:11:11:0.203704:6:5:15:28:6:5:15:28 chr8 29005093 . A G 395.74 PASS AF=0.342857;AO=47;DP=140;FAO=48;FDP=140;FR=.,HEALED;FRO=92;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=54;FWDB=-0.0968279;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9554;QD=11.3068;RBI=0.0971203;REFB=-0.0225105;REVB=-0.00753138;RO=77;SAF=25;SAR=22;SRF=24;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238954;STB=0.58389;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0436436;OID=.;OPOS=29005093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:77:92:47:48:0.342857:22:25:24:53:22:26:38:54 chr8 29048477 . C T 290.58 PASS AF=0.346939;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.0128089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.592;QD=11.8604;RBI=0.0455322;REFB=-0.0112029;REVB=-0.0436934;RO=63;SAF=18;SAR=16;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148696;STB=0.589936;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0190755;OID=.;OPOS=29048477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:63:64:34:34:0.346939:16:18:25:38:16:18:25:39 chr8 29197672 . A G 716.69 PASS AF=1;AO=47;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.83;QD=56.2108;RBI=0.112157;REFB=0;REVB=-0.111009;RO=0;SAF=34;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25084e-05;OID=.;OPOS=29197672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:47:51:1:13:34:0:0:16:35:0:0 chr8 29927300 . C G 1839.77 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.469;QD=61.3256;RBI=0.0438061;REFB=0;REVB=-0.0233995;RO=0;SAF=48;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79505e-05;OID=.;OPOS=29927300;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:120:0:0:117:120:1:69:48:0:0:69:51:0:0 chr8 29927321 . A G 1497.91 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0463376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.883;QD=62.4131;RBI=0.0481857;REFB=-0.101854;REVB=0.0132168;RO=0;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00037391;OID=.;OPOS=29927321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:96:0:1:95:95:0.989583:56:39:0:0:56:39:1:0 chr8 29965519 . T C 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.613;QD=62.9797;RBI=0.0296121;REFB=0;REVB=0.0055142;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032554;OID=.;OPOS=29965519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr8 29989564 . A G 1413.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.573;QD=62.8195;RBI=0.0268132;REFB=0;REVB=0.0191999;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155678;OID=.;OPOS=29989564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:40:49:0:0:41:49:0:0 chr8 29996158 . A G 1099.83 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.301;QD=60.2646;RBI=0.0596036;REFB=0;REVB=0.0523724;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77628e-05;OID=.;OPOS=29996158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:30:41:0:0:31:42:0:0 chr8 29996256 . T C 804.85 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00692564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.672;QD=64.3878;RBI=0.0563574;REFB=0;REVB=0.0559302;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242643;OID=.;OPOS=29996256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr8 30423886 . C CAG 561.47 PASS AF=0.401235;AO=65;DP=164;FAO=65;FDP=162;FR=.;FRO=97;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=-0.00273805;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=209.227;QD=13.8634;RBI=0.00387576;REFB=-0.0105035;REVB=-0.0027431;RO=99;SAF=30;SAR=35;SRF=55;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100458;STB=0.550695;STBP=0.309;TYPE=ins;VARB=0.0157869;OID=.;OPOS=30423887;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.401235:65:164:65:162:97:30:35:53:44:99:99:30:35:55:44 chr8 30501232 . C T 228.32 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.012224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.018;QD=21.7445;RBI=0.0376589;REFB=-0.0106222;REVB=-0.0356197;RO=20;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122935;STB=0.568903;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0123393;OID=.;OPOS=30501232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:12:10:12:8:12:10:12:8 chr8 30503194 . T C 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0271178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.864;QD=8.24621;RBI=0.0314664;REFB=-0.0059358;REVB=0.0159612;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18924;STB=0.616134;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0233669;OID=.;OPOS=30503194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:3:4:11:4:3:4:11:4 chr8 30503255 . G A 231.02 PASS AF=0.605263;AO=16;DP=35;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0105658;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5574;QD=24.3181;RBI=0.0171537;REFB=-0.0520252;REVB=0.0135134;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985912;STB=0.536052;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0425485;OID=.;OPOS=30503255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:14:15:16:23:0.605263:11:5:3:11:15:8:4:11 chr8 30608976 . C T 2140.22 PASS AF=1;AO=133;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00531965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.976;QD=62.9476;RBI=0.00633243;REFB=0;REVB=0.00343527;RO=0;SAF=82;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.16125e-06;OID=.;OPOS=30608976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:133:136:1:51:82:0:0:54:82:0:0 chr8 30620840 . G GT 946.2 PASS AF=1;AO=82;DP=94;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0854823;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.2941;QD=42.0531;RBI=0.0878701;REFB=0;REVB=0.0203453;RO=8;SAF=37;SAR=45;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825421;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000659832;OID=.;OPOS=30620841;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:82:94:90:90:0:42:48:0:0:17:8:37:45:4:4 chr8 30695226 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8815;QD=48.7373;RBI=0.0817836;REFB=0;REVB=-0.0800423;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00219744;OID=.;OPOS=30695226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr8 30703466 . TCTC T 272.2 PASS AF=0.395062;AO=30;DP=83;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00502622;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=3;MLLD=247.104;QD=13.4421;RBI=0.0153528;REFB=-0.0132345;REVB=-0.0145067;RO=49;SAF=20;SAR=10;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24005;STB=0.627771;STBP=0.064;TYPE=del;VARB=0.0244548;OID=.;OPOS=30703467;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395062:30:83:32:81:49:21:11:22:27:99:49:20:10:22:27 chr8 30924557 . C T 1438.4 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00215641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.535;QD=61.8668;RBI=0.0256117;REFB=-0.205985;REVB=0.0255208;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00150151;OID=.;OPOS=30924557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:92:92:0.989247:46:46:0:0:46:46:0:1 chr8 30973957 . G T 784.13 PASS AF=0.645455;AO=71;DP=110;FAO=71;FDP=110;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0228302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8211;QD=28.5137;RBI=0.0230419;REFB=-0.0142497;REVB=-0.00311626;RO=39;SAF=33;SAR=38;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00214136;STB=0.501158;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00374645;OID=.;OPOS=30973957;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:39:39:71:71:0.645455:38:33:18:21:38:33:18:21 chr8 30999280 . G T 604.59 PASS AF=0.540541;AO=60;DP=111;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00547022;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.185;QD=21.7869;RBI=0.0138082;REFB=0.00203617;REVB=-0.0126784;RO=51;SAF=30;SAR=30;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739116;STB=0.540527;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00198947;OID=.;OPOS=30999280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:51:51:60:60:0.540541:30:30:21:30:30:30:21:30 chr8 31024638 . C T 500.93 PASS AF=0.377358;AO=60;DP=159;FAO=60;FDP=159;FR=.;FRO=99;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=0.00217698;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4189;QD=12.6021;RBI=0.0294072;REFB=0.0162648;REVB=-0.0293265;RO=98;SAF=31;SAR=29;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182502;STB=0.507235;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.0277408;OID=.;OPOS=31024638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:98:99:60:60:0.377358:29:31:49:49:29:31:50:49 chr8 32453358 . G A 438.1 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00520381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8992;QD=56.5295;RBI=0.0111979;REFB=0;REVB=0.00991533;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346781;OID=.;OPOS=32453358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:12:18:0:0:12:19:0:0 chr8 32505372 . G A 838.35 PASS AF=0.646552;AO=75;DP=116;FAO=75;FDP=116;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=0.0135269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.257;QD=28.9086;RBI=0.0299526;REFB=-0.0148133;REVB=0.0267242;RO=41;SAF=25;SAR=50;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675261;STB=0.536414;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00763399;OID=.;OPOS=32505372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:41:41:75:75:0.646552:50:25:10:31:50:25:10:31 chr8 32621844 . G T 284.63 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0372855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.159;QD=29.9611;RBI=0.0381011;REFB=0.0229559;REVB=0.00784124;RO=13;SAF=9;SAR=16;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357115;STB=0.519615;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.0166444;OID=.;OPOS=32621844;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:16:9:4:9:16:9:4:9 chr8 32663420 . A G 2369.37 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.364;QD=64.0371;RBI=0.0264366;REFB=0;REVB=-0.0135484;RO=0;SAF=67;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47834e-06;OID=.;OPOS=32663420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:145:148:0:0:145:148:1:78:67:0:0:78:70:0:0 chr8 33246538 . A G 1492.88 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0675011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.185;QD=58.5445;RBI=0.0675194;REFB=-0.150499;REVB=0.00157409;RO=1;SAF=51;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921191;STB=0.504853;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00076282;OID=.;OPOS=33246538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:1:1:101:101:0.990196:50:51:1:0:50:51:1:0 chr8 33246591 . G C 1067.93 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.312;QD=59.3295;RBI=0.0298865;REFB=0;REVB=-0.0025133;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51983e-05;OID=.;OPOS=33246591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:35:36:0:0:35:37:0:0 chr8 33246685 . G A 804.9 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7058;QD=64.3923;RBI=0.0495189;REFB=0;REVB=0.0261066;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156569;OID=.;OPOS=33246685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr8 33313329 . G A 1474.38 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00252624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.021;QD=62.079;RBI=0.027961;REFB=-0.101704;REVB=0.0278467;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.505617;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000397991;OID=.;OPOS=33313329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:0:1:93:94:0.989474:49:44:0:0:50:44:1:0 chr8 33356074 . A G 464.78 PASS AF=0.641791;AO=43;DP=67;FAO=43;FDP=67;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00642118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.588;QD=27.7481;RBI=0.00943777;REFB=-0.021345;REVB=-0.00691664;RO=24;SAF=10;SAR=33;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184332;STB=0.60099;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0123638;OID=.;OPOS=33356074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:24:24:43:43:0.641791:33:10:11:13:33:10:11:13 chr8 33369944 . T C 902.65 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2737;QD=58.2355;RBI=0.0642364;REFB=0;REVB=-0.0600901;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000860889;OID=.;OPOS=33369944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:21:41:0:0:21:41:0:0 chr8 33369994 . A G 846.16 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0131596;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9859;QD=56.4106;RBI=0.0132094;REFB=-0.0729964;REVB=0.00114673;RO=0;SAF=40;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.7823e-08;STB=0.506171;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-8.07971e-05;OID=.;OPOS=33369994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:62:60:0:1:59:59:0.983333:19:40:0:0:19:40:1:0 chr8 33371062 . C T 279.36 PASS AF=0.308943;AO=37;DP=122;FAO=38;FDP=123;FR=.;FRO=85;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=-0.0103674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.193;QD=9.08502;RBI=0.0164324;REFB=0.00180982;REVB=-0.0127492;RO=85;SAF=22;SAR=15;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174973;STB=0.590745;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00443557;OID=.;OPOS=33371062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:85:85:37:38:0.308943:15:22:38:47:16:22:38:47 chr8 33416189 . G A 954.71 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6774;QD=58.7512;RBI=0.0511404;REFB=0;REVB=0.047561;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288893;OID=.;OPOS=33416189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr8 33416222 . C T 1000.22 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0395041;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7127;QD=57.1555;RBI=0.0430843;REFB=-0.0780614;REVB=0.0171955;RO=1;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154939;STB=0.507934;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0129206;OID=.;OPOS=33416222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:71:70:1:1:68:69:0.985714:30:38:0:1:31:38:0:1 chr8 33437926 . C T 758.71 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.767;QD=56.2007;RBI=0.0249201;REFB=0;REVB=0.00244192;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116215;OID=.;OPOS=33437926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:22:31:0:0:23:31:0:0 chr8 33449593 . G A 398.05 PASS AF=0.379032;AO=47;DP=124;FAO=47;FDP=124;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=0.0149823;FXX=0.0158718;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.618;QD=12.8402;RBI=0.0194333;REFB=-0.0141288;REVB=-0.0123767;RO=77;SAF=20;SAR=27;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158676;STB=0.590126;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0154665;OID=.;OPOS=33449593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:77:77:47:47:0.379032:27:20:44:33:27:20:44:33 chr8 33573577 . A G 162.43 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0337514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.289;QD=19.689;RBI=0.0339939;REFB=-0.0118135;REVB=-0.0040533;RO=16;SAF=2;SAR=15;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.537231;STB=0.810383;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00416579;OID=.;OPOS=33573577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:15:2:10:6:15:2:10:6 chr8 37456438 . A G 60.28 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0130712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.699;QD=6.02751;RBI=0.0203895;REFB=-0.0122721;REVB=-0.0156484;RO=31;SAF=6;SAR=3;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701218;STB=0.545351;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0369942;OID=.;OPOS=37456438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:3:6:19:12:3:6:19:12 chr8 37611539 . C T 504.25 PASS AF=0.433071;AO=55;DP=127;FAO=55;FDP=127;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.0174556;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5504;QD=15.8818;RBI=0.0737384;REFB=-0.0394121;REVB=-0.0716425;RO=70;SAF=34;SAR=21;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263835;STB=0.512503;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0453986;OID=.;OPOS=37611539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:70:72:55:55:0.433071:21:34:45:25:21:34:46:26 chr8 37728017 . A G 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.765;QD=62.3146;RBI=0.0307891;REFB=0;REVB=0.0213633;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81668e-05;OID=.;OPOS=37728017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:42:44:0:0:42:44:0:0 chr8 37728019 . T G 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0518496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.683;QD=62.3142;RBI=0.0535765;REFB=0;REVB=0.0134928;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302255;OID=.;OPOS=37728019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:42:44:0:0:42:44:0:0 chr8 37979919 . G C 863.51 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0014787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.454;QD=57.5676;RBI=0.0148366;REFB=0;REVB=0.0147627;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29112e-05;OID=.;OPOS=37979919;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:23:36:0:0:24:36:0:0 chr8 37985897 . A G 1098.55 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.2543;QD=60.1947;RBI=0.0554945;REFB=0;REVB=-0.0512137;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000440002;OID=.;OPOS=37985897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr8 38005835 . T C 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.171;QD=60.8835;RBI=0.0416094;REFB=0;REVB=0.0269027;RO=0;SAF=55;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.29633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95729e-05;OID=.;OPOS=38005835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:22:55:0:0:22:55:0:0 chr8 38095662 . C T 254.97 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00535998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.685;QD=10.9662;RBI=0.0237036;REFB=-0.0125703;REVB=-0.0230897;RO=62;SAF=16;SAR=15;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554556;STB=0.532204;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0154458;OID=.;OPOS=38095662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:62:62:31:31:0.333333:15:16:29:33:15:16:29:33 chr8 38125908 . G A 39.74 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.0133479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3453;QD=3.11679;RBI=0.0181882;REFB=-0.0174412;REVB=-0.0123549;RO=44;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192955;STB=0.51385;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.10143;OID=.;OPOS=38125908;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:44:44:7:7:0.137255:5:2:12:32:5:2:12:32 chr8 38458552 . G GTCT 2698.34 PASS AF=0.994253;AO=173;DP=199;FAO=173;FDP=174;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00783541;FXX=0.0333315;HRUN=0;LEN=3;MLLD=213.208;QD=62.0308;RBI=0.0382062;REFB=0.00175794;REVB=0.0373941;RO=22;SAF=97;SAR=76;SRF=20;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763637;STB=0.502564;STBP=0.509;TYPE=ins;VARB=1.6794e-05;OID=.;OPOS=38458553;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=GTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.994253:173:199:173:174:1:97:76:1:0:10:22:97:76:20:2 chr8 38458659 . C T 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538993;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.399;QD=64.154;RBI=0.0539437;REFB=0;REVB=0.00218895;RO=0;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92752e-05;OID=.;OPOS=38458659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:47:52:0:0:47:52:0:0 chr8 38601582 . T G 828.38 PASS AF=0.625;AO=74;DP=119;FAO=75;FDP=120;FR=.;FRO=45;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0377088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0302;QD=27.6125;RBI=0.0658985;REFB=-0.0213023;REVB=0.0540432;RO=45;SAF=36;SAR=38;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605155;STB=0.53503;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0141095;OID=.;OPOS=38601582;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:45:45:74:75:0.625:38:36:18:27:38:37:18:27 chr8 38677932 . A G 156.21 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00058287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.168;QD=10.773;RBI=0.00349791;REFB=-0.0178287;REVB=-0.00344901;RO=37;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070609;STB=0.532839;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0297325;OID=.;OPOS=38677932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:38:20:20:0.344828:9:11:18:19:9:11:19:19 chr8 38678031 . C T 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00936782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.931;QD=16.0642;RBI=0.0105232;REFB=-0.0183925;REVB=0.00479388;RO=31;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834687;STB=0.547134;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0215238;OID=.;OPOS=38678031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:12:14:14:17:12:14:14:17 chr8 38684853 . T C 587.39 PASS AF=0.388571;AO=66;DP=173;FAO=68;FDP=175;FR=.;FRO=107;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=56;FWDB=0.0151841;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.267;QD=13.426;RBI=0.0152637;REFB=-0.0104516;REVB=-0.0015567;RO=106;SAF=38;SAR=28;SRF=50;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11378;STB=0.559476;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0123829;OID=.;OPOS=38684853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:175:106:107:66:68:0.388571:28:38:50:56:29:39:51:56 chr8 38695996 . T C 105.51 PASS AF=0.267857;AO=14;DP=55;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00148209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.298;QD=7.5363;RBI=0.0105384;REFB=-0.00631391;REVB=-0.0104337;RO=41;SAF=5;SAR=9;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298968;STB=0.697418;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0146427;OID=.;OPOS=38695996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:41:41:14:15:0.267857:9:5:25:16:10:5:25:16 chr8 38707452 . A T 352.29 PASS AF=0.377193;AO=43;DP=114;FAO=43;FDP=114;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=0.0171309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5547;QD=12.3609;RBI=0.0374116;REFB=-0.0134754;REVB=0.033259;RO=69;SAF=33;SAR=10;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191374;STB=0.603607;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0163896;OID=.;OPOS=38707452;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:69:71:43:43:0.377193:10:33:43:26:10:33:45:26 chr8 38827185 . GCCT GCT,GCTG 1813.32 PASS AF=0.992188,0.0078125;AO=107,15;DP=129;FAO=127,1;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=68,0;FSAR=59,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153539,-0.021526;FXX=0.00775134;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=23.275,175.185;QD=56.6662;RBI=0.146203,0.0390379;REFB=0,0;REVB=0.145394,-0.0325667;RO=1;SAF=65,0;SAR=42,15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.319864,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0072467,-0.844787;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00136661,0.102192;OID=.,.;OPOS=38827186,38827187;OREF=C,CT;OALT=-,TG;OMAPALT=GCT,GCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.992188,0.0078125:107,15:129:127,1:128:0:68,0:59,1:0:0:4:1:65,0:42,15:1:0 chr8 38835515 . G A 540.95 PASS AF=0.407895;AO=62;DP=145;FAO=62;FDP=152;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.013357;FXX=0.0129862;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.546;QD=14.2356;RBI=0.0139612;REFB=-0.0308186;REVB=-0.00406268;RO=81;SAF=38;SAR=24;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855861;STB=0.581188;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0381496;OID=.;OPOS=38835515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:152:81:90:62:62:0.407895:24:38:43:38:24:38:43:47 chr8 38835666 . T C 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00161996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.579;QD=57.2001;RBI=0.00265688;REFB=0;REVB=0.00210588;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75578e-06;OID=.;OPOS=38835666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr8 38848850 . C T 1617.29 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.655;QD=59.8996;RBI=0.026977;REFB=0;REVB=0.0248142;RO=0;SAF=59;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29814e-05;OID=.;OPOS=38848850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:108:0:0:103:108:1:44:59:0:0:46:62:0:0 chr8 38964647 . G A 1589.87 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.181;QD=59.995;RBI=0.0330675;REFB=0;REVB=0.00396544;RO=0;SAF=55;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15447e-05;OID=.;OPOS=38964647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:51:55:0:0:51:55:0:0 chr8 38965271 . C T 2159.47 PASS AF=0.915663;AO=151;DP=166;FAO=152;FDP=166;FR=.;FRO=14;FSAF=75;FSAR=77;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=0.022751;FXX=0.00598767;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.827;QD=52.0354;RBI=0.0478974;REFB=-0.0825869;REVB=0.0421492;RO=2;SAF=75;SAR=76;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125139;STB=0.542677;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000769788;OID=.;OPOS=38965271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:166:166:2:14:151:152:0.915663:76:75:2:0:77:75:14:0 chr8 39080632 . C G 2307.74 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.394;QD=61.1321;RBI=0.0254915;REFB=0;REVB=-0.0221273;RO=0;SAF=66;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04015e-05;OID=.;OPOS=39080632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:85:66:0:0:85:66:0:0 chr8 39091526 . T C 1382.58 PASS AF=0.445428;AO=144;DP=334;FAO=151;FDP=339;FR=.;FRO=188;FSAF=40;FSAR=111;FSRF=61;FSRR=127;FWDB=0.028571;FXX=0.00586493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.141;QD=16.3136;RBI=0.0340719;REFB=-0.014363;REVB=0.0185633;RO=187;SAF=33;SAR=111;SRF=60;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121631;STB=0.540779;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0161131;OID=.;OPOS=39091526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:339:187:188:144:151:0.445428:111:33:60:127:111:40:61:127 chr8 39128387 . C T 201.93 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=77;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00730741;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.834;QD=10.3551;RBI=0.0123559;REFB=-0.010073;REVB=0.00996342;RO=46;SAF=3;SAR=20;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.53675;STB=0.819124;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0255888;OID=.;OPOS=39128387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:46:52:23:26:0.333333:20:3:25:21:23:3:26:26 chr8 39311600 . C T 3796.96 PASS AF=0.980392;AO=250;DP=256;FAO=250;FDP=255;FR=.;FRO=5;FSAF=145;FSAR=105;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00299053;FXX=0.0039061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.05;QD=59.5601;RBI=0.0542069;REFB=0.0334245;REVB=-0.0541243;RO=2;SAF=145;SAR=105;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00124193;STB=0.503618;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.000327136;OID=.;OPOS=39311600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:256:255:2:5:250:250:0.980392:105:145:1:1:105:145:2:3 chr8 39312886 . G A 2377.23 PASS AF=1;AO=137;DP=158;FAO=157;FDP=157;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=90;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023826;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.796;QD=60.5663;RBI=0.0300607;REFB=0;REVB=0.0183295;RO=0;SAF=86;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109732;OID=.;OPOS=39312886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:157:0:0:137:157:1:51:86:0:0:67:90:0:0 chr8 39840234 . A G 247.18 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0107755;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1087;QD=13.5439;RBI=0.012619;REFB=-0.00748107;REVB=-0.00656703;RO=44;SAF=17;SAR=12;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439093;STB=0.525079;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0137695;OID=.;OPOS=39840234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:44:44:29:29:0.39726:12:17:24:20:12:17:24:20 chr8 39872866 . A C 1543.35 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4943;QD=63.6433;RBI=0.0457182;REFB=0;REVB=0.0164273;RO=0;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111026;OID=.;OPOS=39872866;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:43:54:0:0:43:54:0:0 chr8 39872935 . T A 177.87 PASS AF=0.289157;AO=24;DP=84;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0136711;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.249;QD=8.57225;RBI=0.0265736;REFB=-0.0129303;REVB=-0.0227872;RO=60;SAF=14;SAR=10;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120177;STB=0.5774;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0293436;OID=.;OPOS=39872935;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:60:59:24:24:0.289157:10:14:29:31:10:14:28:31 chr8 39873478 . T C 428.92 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0135785;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.42;QD=53.615;RBI=0.0235867;REFB=0.00495501;REVB=-0.0192862;RO=1;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321576;STB=0.51723;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000639593;OID=.;OPOS=39873478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:14:17:0:1:14:17:0:1 chr8 39873483 . TTAAAAAAC AAAAAAAAC,TTAAAAAAA 112.41 PASS AF=0.5,0;AO=11,2;DP=25;FAO=11,0;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=5,0;FSAR=6,0;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.013738,-0.00623962;FXX=0.0434594;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=178.29,131.213;QD=20.439;RBI=0.0183172,0.0366483;REFB=0.00939661,-0.0089759;REVB=-0.0121156,0.0361132;RO=7;SAF=5,0;SAR=6,2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0795615,-0.621371;STB=0.545372,0.5;STBP=0.688,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0121775,0;OID=.,.;OPOS=39873483,39873491;OREF=TT,C;OALT=AA,A;OMAPALT=AAAAAAAAC,TTAAAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:22:7:7:11,2:11,0:0.5,0:6,2:5,0:4:3:6,0:5,0:4:3 chr8 40011079 . G A 643.74 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0412788;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.313;QD=50.4895;RBI=0.0435981;REFB=-0.0177694;REVB=-0.0140303;RO=3;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803818;STB=0.542839;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.000806311;OID=.;OPOS=40011079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:51:3:3:48:48:0.941176:16:32:0:3:16:32:0:3 chr8 40012684 . C G 1052.18 PASS AF=0.629139;AO=94;DP=150;FAO=95;FDP=151;FR=.;FRO=56;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0213805;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.015;QD=27.8722;RBI=0.0225161;REFB=-0.00788781;REVB=0.00706031;RO=55;SAF=44;SAR=50;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404806;STB=0.520331;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00470196;OID=.;OPOS=40012684;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:55:56:94:95:0.629139:50:44:29:26:51:44:29:27 chr8 41132742 . A T 921.69 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.033;QD=57.6054;RBI=0.0392305;REFB=0;REVB=-0.00883001;RO=0;SAF=42;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00458e-05;OID=.;OPOS=41132742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:64:0:0:59:64:1:17:42:0:0:18:46:0:0 chr8 41391704 . A G 707.41 PASS AF=0.346939;AO=86;DP=246;FAO=85;FDP=245;FR=.;FRO=160;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=69;FSRR=91;FWDB=0.0155954;FXX=0.00406488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5874;QD=11.5496;RBI=0.0378518;REFB=-0.0144063;REVB=0.0344898;RO=159;SAF=43;SAR=43;SRF=69;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753195;STB=0.541092;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0313322;OID=.;OPOS=41391704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:245:159:160:86:85:0.346939:43:43:69:90:43:42:69:91 chr8 41391748 . C A 729.75 PASS AF=0.381579;AO=82;DP=220;FAO=87;FDP=228;FR=.;FRO=141;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=61;FSRR=80;FWDB=-0.018652;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.1319;QD=12.8026;RBI=0.0225038;REFB=0.00554448;REVB=-0.0125907;RO=137;SAF=42;SAR=40;SRF=61;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739603;STB=0.545169;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.011667;OID=.;OPOS=41391748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:228:137:141:82:87:0.381579:40:42:61:76:43:44:61:80 chr8 41512581 . CACAGCAGAGTCTAT C,CACAGCAGAGCCTAT 90.37 PASS AF=0.27027,0.0540541;AO=10,2;DP=37;FAO=10,2;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=1,2;FSAR=9,0;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0149023,0.00339987;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=14,1;MLLD=476.793,125.073;QD=9.76938;RBI=0.0195838,0.00451521;REFB=0.00503964,-0.0141436;REVB=-0.0127062,0.0029712;RO=23;SAF=1,2;SAR=9,0;SRF=14;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.614613,0.450372;STB=0.870147,0.99413;STBP=0.008,0.186;TYPE=del,snp;VARB=-0.00580124,0.0442965;OID=.,.;OPOS=41512582,41512591;OREF=ACAGCAGAGTCTAT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CACAGCAGAGCCTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27027,0.0540541:10,2:37:10,2:37:25:1,2:9,0:14:11:75:23:1,2:9,0:14:9 chr8 41512648 . GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC 198.66 PASS AF=0,1;AO=3,7;DP=21;FAO=0,15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0887107,0.121387;FXX=0.285578;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=123.32,139.527;QD=52.9763;RBI=0.0909936,0.126835;REFB=0,0;REVB=0.0202545,0.0367734;RO=0;SAF=3,0;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.00208266;OID=.,.;OPOS=41512671,41512649;OREF=GTC,GT;OALT=-,-;OMAPALT=GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,7:21:0,15:15:0:0,7:0,8:0:0:3:0:3,0:0,7:0:0 chr8 41517958 . A AG 1928.83 PASS AF=1;AO=179;DP=221;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0935208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=12.9079;QD=36.5654;RBI=0.0943927;REFB=0;REVB=-0.0128002;RO=33;SAF=90;SAR=89;SRF=28;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101814;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000595209;OID=.;OPOS=41517959;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:179:221:211:211:0:108:103:0:0:41:33:90:89:28:5 chr8 41519462 . A G 902.59 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0210552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.53;QD=56.4119;RBI=0.0577237;REFB=-0.0226157;REVB=0.0537466;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.509431;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00126783;OID=.;OPOS=41519462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:64:0:1:62:63:0.984375:36:26:0:0:37:26:1:0 chr8 41521663 . T C 595.21 PASS AF=0.574468;AO=54;DP=94;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00760382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7923;QD=25.3283;RBI=0.0221284;REFB=0.00229031;REVB=-0.0207809;RO=40;SAF=28;SAR=26;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00504958;STB=0.502761;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00148338;OID=.;OPOS=41521663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:40:40:54:54:0.574468:26:28:21:19:26:28:21:19 chr8 41553928 . C G 355.32 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0193239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2813;QD=21.866;RBI=0.0417174;REFB=0.00630244;REVB=0.036972;RO=29;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194336;STB=0.510724;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.00377775;OID=.;OPOS=41553928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:17:19:16:13:17:19:16:13 chr8 41585438 . G A 381.01 PASS AF=0.309091;AO=51;DP=165;FAO=51;FDP=165;FR=.;FRO=114;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=56;FSRR=58;FWDB=0.00708608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.729;QD=9.23648;RBI=0.00709236;REFB=-0.00602505;REVB=-0.000298393;RO=114;SAF=24;SAR=27;SRF=56;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245622;STB=0.51428;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0130425;OID=.;OPOS=41585438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:114:114:51:51:0.309091:27:24:56:58:27:24:56:58 chr8 41753923 . CCTT C 355.31 PASS AF=0.247423;AO=96;DP=395;FAO=96;FDP=388;FR=.;FRO=292;FSAF=61;FSAR=35;FSRF=152;FSRR=140;FWDB=-0.030364;FXX=0.015228;HRUN=2;LEN=3;MLLD=270.18;QD=3.663;RBI=0.0303829;REFB=-0.0127881;REVB=-0.00107203;RO=290;SAF=61;SAR=35;SRF=150;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152497;STB=0.588784;STBP=0.048;TYPE=del;VARB=0.039511;OID=.;OPOS=41753924;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.247423:96:395:96:388:292:61:35:152:140:99:290:61:35:150:140 chr8 41791283 . G A 623.53 PASS AF=0.564815;AO=61;DP=108;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00914927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5098;QD=23.0937;RBI=0.0245201;REFB=-0.0212753;REVB=0.0227492;RO=46;SAF=26;SAR=35;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028225;STB=0.519345;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0253816;OID=.;OPOS=41791283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:46:47:61:61:0.564815:35:26:18:28:35:26:18:29 chr8 41794796 . ATCT A 653.3 PASS AF=0.542373;AO=63;DP=122;FAO=64;FDP=118;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00647085;FXX=0.0406471;HRUN=1;LEN=3;MLLD=305.389;QD=22.1459;RBI=0.0284484;REFB=-0.0075817;REVB=0.0277027;RO=54;SAF=32;SAR=31;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401046;STB=0.509811;STBP=0.833;TYPE=del;VARB=0.00577218;OID=.;OPOS=41794797;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.542373:63:122:64:118:54:33:31:29:25:99:54:32:31:30:24 chr8 41798417 . C T 913.74 PASS AF=0.59854;AO=82;DP=137;FAO=82;FDP=137;FR=.;FRO=55;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.013615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.672;QD=26.6786;RBI=0.0222015;REFB=-0.0175695;REVB=-0.0175368;RO=53;SAF=43;SAR=39;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653909;STB=0.542552;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0121065;OID=.;OPOS=41798417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:53:55:82:82:0.59854:39:43:23:30:39:43:23:32 chr8 41801431 . C T 815.3 PASS AF=0.454545;AO=85;DP=184;FAO=85;FDP=187;FR=.;FRO=102;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=57;FWDB=0.00485682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.454;QD=17.4396;RBI=0.00871624;REFB=-0.00397745;REVB=-0.00723768;RO=99;SAF=50;SAR=35;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140138;STB=0.580423;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00485096;OID=.;OPOS=41801431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:187:99:102:85:85:0.454545:35:50:44:55:35:50:45:57 chr8 41906095 . A G 765.81 PASS AF=0.657143;AO=69;DP=105;FAO=69;FDP=105;FR=.;FRO=36;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00970879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6488;QD=29.1737;RBI=0.0243344;REFB=-0.0183174;REVB=0.0223138;RO=36;SAF=44;SAR=25;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127414;STB=0.568945;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0138216;OID=.;OPOS=41906095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:36:36:69:69:0.657143:25:44:16:20:25:44:16:20 chr8 42013563 . T TATG 1416.18 PASS AF=0.895652;AO=102;DP=116;FAO=103;FDP=115;FR=.;FRO=12;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00316058;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=3;MLLD=316.621;QD=49.2586;RBI=0.00317669;REFB=-0.0185555;REVB=0.000319548;RO=12;SAF=47;SAR=55;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244666;STB=0.512275;STBP=0.429;TYPE=ins;VARB=0.00126128;OID=.;OPOS=42013564;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.895652:102:116:103:115:12:48:55:7:5:48:12:47:55:7:5 chr8 42044954 . G A 517.29 PASS AF=0.466667;AO=55;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0236566;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.203;QD=17.243;RBI=0.0273983;REFB=-0.0101231;REVB=0.0138214;RO=64;SAF=26;SAR=29;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263879;STB=0.509526;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0134954;OID=.;OPOS=42044954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:64:64:55:56:0.466667:29:26:32:32:29:27:32:32 chr8 42166535 . C T 59.99 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0540157;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9337;QD=4.20969;RBI=0.0550499;REFB=-0.0127915;REVB=0.0106206;RO=44;SAF=2;SAR=8;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244816;STB=0.699558;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.050703;OID=.;OPOS=42166535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:57:44:47:10:10:0.175439:8:2:16:28:8:2:19:28 chr8 42176987 . TTTTCTC T,TTTTCTT 38.1 PASS AF=0.171429,0;AO=5,7;DP=45;FAO=6,0;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=2,0;FSAR=4,0;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0146151,-0.013339;FXX=0.222173;HRUN=5,1;LEN=6,1;MLLD=228.498,187.49;QD=4.35434;RBI=0.0162884,0.01546;REFB=0.00238344,0.00191225;REVB=-0.00719083,-0.00781553;RO=27;SAF=2,3;SAR=3,4;SRF=16;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.221792,-0.193675;STB=0.678655,0.5;STBP=0.394,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00678939,0;OID=.,.;OPOS=42176988,42176993;OREF=TTTCTC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTTTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171429,0:5,7:45:6,0:35:29:2,0:4,0:16:13:38:27:2,3:3,4:16:11 chr8 42855440 . A AT,T 48.99 PASS AF=0.142857,0;AO=47,10;DP=177;FAO=25,0;FDP=175;FR=.;FRO=150;FSAF=15,0;FSAR=10,0;FSRF=69;FSRR=81;FWDB=-0.176185,0.0149129;FXX=0.016853;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=9.99182,200.634;QD=1.11973;RBI=0.263952,0.016199;REFB=-0.111823,0.000288809;REVB=-0.196543,-0.00632553;RO=118;SAF=20,9;SAR=27,1;SRF=55;SRR=63;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0499387,0.480969;STB=0.618953,0.5;STBP=0.218,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.14837,0;OID=.,.;OPOS=42855441,42855440;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:177:175:118:150:47,10:25,0:0.142857,0:27,1:20,9:55:63:10,0:15,0:69:81 chr8 42863051 . G A 84.67 PASS AF=0.22807;AO=12;DP=56;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.00633024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.967;QD=5.94172;RBI=0.0116258;REFB=-0.0100228;REVB=-0.00975127;RO=44;SAF=6;SAR=6;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169259;STB=0.576809;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0323704;OID=.;OPOS=42863051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:56:57:44:44:12:13:0.22807:6:6:28:16:6:7:28:16 chr8 42882555 . A ATTTGT 2132.66 PASS AF=0.916168;AO=134;DP=169;FAO=153;FDP=167;FR=.;FRO=14;FSAF=92;FSAR=61;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00295405;FXX=0.017646;HRUN=3;LEN=5;MLLD=274.173;QD=51.0817;RBI=0.0202484;REFB=0.000117139;REVB=-0.0200317;RO=16;SAF=87;SAR=47;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019101;STB=0.502609;STBP=0.84;TYPE=ins;VARB=-0.00101317;OID=.;OPOS=42882556;OREF=-;OALT=TTTGT;OMAPALT=ATTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.916168:134:169:153:167:14:92:61:8:6:44:16:87:47:9:7 chr8 43008199 . GAAAAAAAAAAA AAGAAAAAAAAA,GAAAAAAAAAA,GAAAAAAAAAAG,GAAAAAAAAA 271.94 PASS AF=0.234375,0.640625,0.046875,0.0625;AO=7,14,3,6;DP=54;FAO=15,41,3,4;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=0,25,1,3;FSAR=15,16,2,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0279174,0.221748,0.263415,0.117661;FXX=0.0153822;HRUN=1,11,11,11;LEN=3,1,1,2;MLLD=22.5658,5.29389,16.701,8.90783;QD=16.9963;RBI=0.0357559,0.266801,0.265769,0.136745;REFB=-0.0382608,-0.140169,-0.118927,-0.0839296;REVB=-0.0223405,-0.14836,-0.0352965,-0.0696782;RO=14;SAF=0,10,1,5;SAR=7,4,2,1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.76724,0.14117,-0.257265,0.34828;STB=0.5,0.515144,0.59939,0.665771;STBP=1,0.303,0.681,0.288;TYPE=mnp,del,snp,del;VARB=0.0820902,-0.00355859,0.122304,-0.0344423;OID=.,.,.,.;OPOS=43008199,43008200,43008210,43008200;OREF=GAA,A,A,AA;OALT=AAG,-,G,-;OMAPALT=AAGAAAAAAAAA,GAAAAAAAAAA,GAAAAAAAAAAG,GAAAAAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:85:54:64:14:1:7,14,3,6:15,41,3,4:0.234375,0.640625,0.046875,0.0625:7,4,2,1:0,10,1,5:8:6:15,16,2,1:0,25,1,3:0:1 chr8 43054553 . T C 1415.4 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.119;QD=62.9067;RBI=0.0266513;REFB=0;REVB=0.00109879;RO=0;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42178e-05;OID=.;OPOS=43054553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:37:52:0:0:38:52:0:0 chr8 46951721 . C G 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4307;QD=62.6141;RBI=0.0221256;REFB=0;REVB=0.00437043;RO=0;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154553;OID=.;OPOS=46951721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:35:53:0:0:35:53:0:0 chr8 46951809 . G A 804.33 PASS AF=1;AO=43;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3955;QD=64.346;RBI=0.0858723;REFB=0;REVB=0.0698783;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012245;OID=.;OPOS=46951809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:43:50:1:26:17:0:0:28:22:0:0 chr8 46951813 . G T 751.86 PASS AF=0.98;AO=46;DP=47;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183271;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.795;QD=60.1486;RBI=0.0187206;REFB=-0.0122704;REVB=0.00381813;RO=1;SAF=20;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229252;STB=0.511107;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-9.68026e-05;OID=.;OPOS=46951813;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:50:1:1:46:49:0.98:26:20:1:0:27:22:1:0 chr8 46952132 . G A 32.2 PASS AF=0.0941176;AO=7;DP=84;FAO=8;FDP=85;FR=.;FRO=77;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=-0.0132131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.129;QD=1.51516;RBI=0.0141095;REFB=-0.000574891;REVB=-0.00494905;RO=77;SAF=3;SAR=4;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171298;STB=0.576284;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00602298;OID=.;OPOS=46952132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:84:85:77:77:7:8:0.0941176:4:3:45:32:4:4:45:32 chr8 46952145 . T C 34.06 PASS AF=0.101266;AO=8;DP=79;FAO=8;FDP=79;FR=.;FRO=71;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.0108287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7179;QD=1.72437;RBI=0.045102;REFB=-0.00764939;REVB=0.0437828;RO=71;SAF=4;SAR=4;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107206;STB=0.582079;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0375623;OID=.;OPOS=46952145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:79:79:71:71:8:8:0.101266:4:4:42:29:4:4:42:29 chr8 46952148 . G C 36.19 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0243306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.38;QD=1.98286;RBI=0.0353045;REFB=-0.000186558;REVB=-0.0255818;RO=63;SAF=4;SAR=4;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103838;STB=0.561492;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.000577322;OID=.;OPOS=46952148;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:73:73:63:65:8:8:0.109589:4:4:37:26:4:4:37:28 chr8 47979781 . G C 1556.42 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6924;QD=59.8622;RBI=0.0382384;REFB=0;REVB=-0.0354829;RO=0;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128806;OID=.;OPOS=47979781;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:50:54:0:0:50:54:0:0 chr8 48102786 . C T 1226.18 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4701;QD=61.3089;RBI=0.0355556;REFB=0;REVB=-0.0197372;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000321852;OID=.;OPOS=48102786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr8 48102987 . A G 1062.44 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.99;QD=59.8556;RBI=0.0311758;REFB=0;REVB=0.0287291;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120532;OID=.;OPOS=48102987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:34:36:0:0:34:37:0:0 chr8 48103328 . C T 772.88 PASS AF=0.524823;AO=74;DP=141;FAO=74;FDP=141;FR=.;FRO=67;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.00352025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.932;QD=21.9256;RBI=0.00352241;REFB=-0.0113943;REVB=-0.000123398;RO=67;SAF=50;SAR=24;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613557;STB=0.533723;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0112714;OID=.;OPOS=48103328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:67:67:74:74:0.524823:24:50:41:26:24:50:41:26 chr8 48104722 . G T 1592.41 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396746;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7248;QD=60.0909;RBI=0.0483193;REFB=0;REVB=-0.0275805;RO=0;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000515011;OID=.;OPOS=48104722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:50:56:0:0:50:56:0:0 chr8 48614555 . C T 229.98 PASS AF=0.300971;AO=31;DP=103;FAO=31;FDP=103;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.0492901;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3933;QD=8.93117;RBI=0.0530575;REFB=-0.00401092;REVB=-0.0196363;RO=71;SAF=22;SAR=9;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102863;STB=0.557125;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.010864;OID=.;OPOS=48614555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:71:72:31:31:0.300971:9:22:45:26:9:22:46:26 chr8 48801086 . G A 643.63 PASS AF=0.364486;AO=78;DP=214;FAO=78;FDP=214;FR=.;FRO=136;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=71;FSRR=65;FWDB=-0.0380051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.452;QD=12.0304;RBI=0.0380072;REFB=-0.0209505;REVB=0.000403754;RO=136;SAF=41;SAR=37;SRF=71;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0040203;STB=0.502281;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0372219;OID=.;OPOS=48801086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:136:136:78:78:0.364486:37:41:71:65:37:41:71:65 chr8 48805816 . A AG,G 741.56 PASS AF=0.727273,0.272727;AO=39,14;DP=61;FAO=40,15;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31,1;FSAR=9,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469499,-0.0167306;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=25.9788,21.9574;QD=53.9314;RBI=0.0881682,0.0336948;REFB=0,0;REVB=-0.0746281,0.0292477;RO=7;SAF=30,1;SAR=9,13;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0358652,-0.636317;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000429798,0.0268647;OID=.,.;OPOS=48805817,48805816;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:65:61:55:7:0:39,14:40,15:0.727273,0.272727:9,13:30,1:6:1:9,14:31,1:0:0 chr8 48885436 . T A 1727.95 PASS AF=0.975;AO=116;DP=121;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00587237;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.279;QD=57.5983;RBI=0.0239215;REFB=-0.0497225;REVB=0.0231895;RO=3;SAF=64;SAR=52;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556342;STB=0.503019;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00093403;OID=.;OPOS=48885436;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:121:120:3:3:116:117:0.975:52:64:2:1:53:64:2:1 chr8 48962514 . C T 173.69 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.000252936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.407;QD=12.8662;RBI=0.00185981;REFB=-0.000933415;REVB=0.00184253;RO=32;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149778;STB=0.597307;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00135897;OID=.;OPOS=48962514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:14:7:15:17:14:7:16:17 chr8 49375951 . T A 320.88 PASS AF=0.315385;AO=44;DP=134;FAO=41;FDP=130;FR=.;FRO=89;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=0.00251764;FXX=0.0370343;HRUN=14;LEN=1;MLLD=217.591;QD=9.87307;RBI=0.00253208;REFB=-0.00316729;REVB=-0.000269961;RO=88;SAF=26;SAR=18;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106019;STB=0.608338;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00596851;OID=.;OPOS=49375951;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:130:88:89:44:41:0.315385:18:26:44:44:14:27:45:44 chr8 49375958 . T C 2174.31 PASS AF=0.992806;AO=137;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000700929;FXX=0.0279701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.158;QD=62.5701;RBI=0.000812041;REFB=-0.0135774;REVB=0.00041001;RO=0;SAF=75;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.52807e-08;STB=0.503999;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=9.77087e-05;OID=.;OPOS=49375958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:0:1:137:138:0.992806:62:75:0:0:62:76:0:1 chr8 50242991 . G T 514.08 PASS AF=0.657143;AO=46;DP=71;FAO=46;FDP=70;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.000588538;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.163;QD=29.3762;RBI=0.00161211;REFB=-0.00611479;REVB=0.00150085;RO=22;SAF=16;SAR=30;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397136;STB=0.5102;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00282443;OID=.;OPOS=50242991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:22:24:46:46:0.657143:30:16:9:13:30:16:9:15 chr8 51571172 . G A 59.88 PASS AF=0.18;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.035463;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4077;QD=4.79032;RBI=0.0385109;REFB=0.0039278;REVB=0.0150155;RO=41;SAF=3;SAR=6;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193048;STB=0.648315;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.0080551;OID=.;OPOS=51571172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:52:50:41:41:9:9:0.18:6:3:20:21:6:3:21:20 chr8 52233408 . C T 1347.35 PASS AF=0.62766;AO=117;DP=187;FAO=118;FDP=188;FR=.;FRO=70;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.00849109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.888;QD=28.667;RBI=0.00864167;REFB=-0.0137206;REVB=-0.0016062;RO=70;SAF=53;SAR=64;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723246;STB=0.537081;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00705923;OID=.;OPOS=52233408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:70:70:117:118:0.62766:64:53:39:31:64:54:39:31 chr8 52321243 . T C 1896.79 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.041;QD=61.6842;RBI=0.0257452;REFB=0;REVB=0.00561228;RO=0;SAF=44;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00548e-05;OID=.;OPOS=52321243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:123:0:0:120:123:1:76:44:0:0:78:45:0:0 chr8 52336136 . C T 268.87 PASS AF=0.313043;AO=36;DP=115;FAO=36;FDP=115;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.00667035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.115;QD=9.35208;RBI=0.00911397;REFB=-0.0122777;REVB=0.00621055;RO=79;SAF=19;SAR=17;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698314;STB=0.54074;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0287575;OID=.;OPOS=52336136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:79:79:36:36:0.313043:17:19:37:42:17:19:37:42 chr8 52366200 . G A 1030.11 PASS AF=0.521053;AO=99;DP=191;FAO=99;FDP=190;FR=.;FRO=91;FSAF=65;FSAR=34;FSRF=53;FSRR=38;FWDB=0.0122131;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.137;QD=21.6865;RBI=0.0187939;REFB=-0.00449147;REVB=0.0142846;RO=91;SAF=65;SAR=34;SRF=53;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700388;STB=0.538418;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00362739;OID=.;OPOS=52366200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:91:91:99:99:0.521053:34:65:53:38:34:65:53:38 chr8 52730521 . C T 2267.49 PASS AF=0.986395;AO=143;DP=146;FAO=145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00206138;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6299;QD=61.7004;RBI=0.0167275;REFB=-0.0808723;REVB=0.0166;RO=1;SAF=68;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0062984;STB=0.500424;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00168448;OID=.;OPOS=52730521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:146:147:1:2:143:145:0.986395:75:68:0:1:77:68:1:1 chr8 52730864 . T C 711.27 PASS AF=0.753247;AO=58;DP=77;FAO=58;FDP=77;FR=.;FRO=19;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0253995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.585;QD=36.9493;RBI=0.0277611;REFB=-0.0249868;REVB=0.0112047;RO=18;SAF=35;SAR=23;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554877;STB=0.534872;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0102489;OID=.;OPOS=52730864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:18:19:58:58:0.753247:23:35:13:5:23:35:14:5 chr8 52731975 . C A 43.76 PASS AF=0.08;AO=6;DP=75;FAO=6;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0022124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.021;QD=2.3341;RBI=0.0140688;REFB=-0.00401704;REVB=0.0138937;RO=64;SAF=3;SAR=3;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171701;STB=0.507019;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.0108347;OID=.;OPOS=52731975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:75:75:64:65:6:6:0.08:3:3:31:33:3:3:32:33 chr8 52731980 . C G 48.45 PASS AF=0.131579;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.00211376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.563;QD=2.55002;RBI=0.0120026;REFB=0.000268984;REVB=0.011815;RO=66;SAF=3;SAR=7;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247425;STB=0.677058;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.0020436;OID=.;OPOS=52731980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:76:76:66:66:10:10:0.131579:7:3:33:33:7:3:33:33 chr8 52731999 . C T 51.7 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00452298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.404;QD=2.99715;RBI=0.00477062;REFB=0.000265373;REVB=0.00151705;RO=59;SAF=2;SAR=8;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358667;STB=0.754174;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00105882;OID=.;OPOS=52731999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:69:59:59:10:10:0.144928:8:2:28:31:8:2:28:31 chr8 52733050 . T A 569.08 PASS AF=0.666667;AO=50;DP=75;FAO=50;FDP=75;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.038438;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.569;QD=30.3507;RBI=0.0421971;REFB=-0.0295253;REVB=0.0174102;RO=25;SAF=17;SAR=33;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926427;STB=0.550296;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0154842;OID=.;OPOS=52733050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:25:25:50:50:0.666667:33:17:12:13:33:17:12:13 chr8 52746153 . C T 782.61 PASS AF=0.519481;AO=79;DP=155;FAO=80;FDP=154;FR=.;FRO=74;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.00674477;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.968;QD=20.3276;RBI=0.0501592;REFB=-0.0181726;REVB=-0.0497037;RO=74;SAF=47;SAR=32;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731951;STB=0.536201;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0146214;OID=.;OPOS=52746153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:74:74:79:80:0.519481:32:47:38:36:33:47:38:36 chr8 53084487 . G A 306.08 PASS AF=0.278912;AO=40;DP=148;FAO=41;FDP=147;FR=.;FRO=106;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=-0.00580284;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.207;QD=8.32872;RBI=0.00720691;REFB=-0.0149314;REVB=-0.00427393;RO=108;SAF=22;SAR=18;SRF=60;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00689717;STB=0.507678;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0339057;OID=.;OPOS=53084487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:108:106:40:41:0.278912:18:22:60:48:19:22:58:48 chr8 53540687 . C T 169.55 PASS AF=0.228814;AO=27;DP=118;FAO=27;FDP=118;FR=.;FRO=91;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.0159622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.225;QD=5.74752;RBI=0.0246355;REFB=-0.00477773;REVB=-0.0187647;RO=91;SAF=18;SAR=9;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233217;STB=0.64357;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.024862;OID=.;OPOS=53540687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:91:91:27:27:0.228814:9:18:44:47:9:18:44:47 chr8 53586706 . A G 714.1 PASS AF=0.622449;AO=61;DP=98;FAO=61;FDP=98;FR=.;FRO=37;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0133356;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.879;QD=29.147;RBI=0.0133369;REFB=-0.0243332;REVB=-0.00018519;RO=37;SAF=36;SAR=25;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353897;STB=0.519224;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0121804;OID=.;OPOS=53586706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:37:37:61:61:0.622449:25:36:20:17:25:36:20:17 chr8 54141939 . C T 169.12 PASS AF=0.375;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0112614;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5274;QD=12.08;RBI=0.020369;REFB=-0.00479358;REVB=-0.0169728;RO=35;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146005;STB=0.584693;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00672759;OID=.;OPOS=54141939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:35:35:21:21:0.375:8:13:17:18:8:13:17:18 chr8 54745538 . C G 1621.76 PASS AF=0.990909;AO=107;DP=108;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.032035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1245;QD=58.9732;RBI=0.0352743;REFB=-0.106697;REVB=0.0147659;RO=0;SAF=50;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67725e-08;STB=0.504347;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00134321;OID=.;OPOS=54745538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:110:0:1:107:109:0.990909:57:50:0:0:57:52:0:1 chr8 54963639 . GT G 91.27 PASS AF=0.259259;AO=34;DP=138;FAO=35;FDP=135;FR=.;FRO=100;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=61;FSRR=39;FWDB=0.00269231;FXX=0.0217376;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.9924;QD=2.70423;RBI=0.074569;REFB=0.0178839;REVB=0.0745204;RO=92;SAF=17;SAR=17;SRF=58;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0.3125;SSSB=-0.160681;STB=0.550509;STBP=0.493;TYPE=del;VARB=-0.055796;OID=.;OPOS=54963640;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:34:138:35:135:100:19:16:61:39:91:92:17:17:58:34 chr8 55049089 . C T 170.6 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0231423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.064;QD=10.8319;RBI=0.0264154;REFB=-0.0379926;REVB=0.0127361;RO=41;SAF=10;SAR=12;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225494;STB=0.630568;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0486025;OID=.;OPOS=55049089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:12:10:27:14:12:10:27:14 chr8 55371782 . G A 73.61 PASS AF=0.3125;AO=9;DP=31;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.015326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.551;QD=9.20169;RBI=0.016972;REFB=-0.011243;REVB=-0.00729138;RO=22;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472618;STB=0.794951;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.030555;OID=.;OPOS=55371782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:32:22:22:9:10:0.3125:3:6:5:17:3:7:5:17 chr8 55539057 . G A 472.85 PASS AF=0.759259;AO=41;DP=54;FAO=41;FDP=54;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0154749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.159;QD=35.0259;RBI=0.0178221;REFB=0.000948242;REVB=0.0088406;RO=13;SAF=14;SAR=27;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168524;STB=0.509086;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.000407822;OID=.;OPOS=55539057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:13:13:41:41:0.759259:27:14:4:9:27:14:4:9 chr8 55539466 . G A 360.23 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0374474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1282;QD=32.0208;RBI=0.0442871;REFB=0.0040464;REVB=-0.023644;RO=15;SAF=13;SAR=17;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206014;STB=0.511271;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00524359;OID=.;OPOS=55539466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:15:30:30:0.666667:17:13:7:8:17:13:7:8 chr8 55541450 . G A 632.81 PASS AF=0.558559;AO=61;DP=110;FAO=62;FDP=111;FR=.;FRO=49;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0327741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.142;QD=22.8039;RBI=0.0332383;REFB=-0.000855966;REVB=0.00553577;RO=49;SAF=37;SAR=24;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971357;STB=0.548132;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000811094;OID=.;OPOS=55541450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:49:49:61:62:0.558559:24:37:24:25:25:37:24:25 chr8 55541513 . T C 517.28 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00184793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.221;QD=25.2332;RBI=0.00672739;REFB=-0.00354791;REVB=0.00646861;RO=34;SAF=23;SAR=25;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603008;STB=0.532981;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00265838;OID=.;OPOS=55541513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:34:34:48:48:0.585366:25:23:19:15:25:23:19:15 chr8 55541617 . A G 180.11 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.000639699;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.456;QD=23.2394;RBI=0.0115701;REFB=-0.041061;REVB=0.0115524;RO=13;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103373;STB=0.558073;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0208344;OID=.;OPOS=55541617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:12:6:6:7:12:6:6:7 chr8 55592403 . CTT C 74.0 PASS AF=0.194915;AO=23;DP=120;FAO=23;FDP=118;FR=.;FRO=95;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=-0.011405;FXX=0.0166653;HRUN=2;LEN=2;MLLD=268.321;QD=2.50837;RBI=0.0122678;REFB=-0.0043056;REVB=-0.00451953;RO=94;SAF=11;SAR=12;SRF=54;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121902;STB=0.563822;STBP=0.542;TYPE=del;VARB=0.0157663;OID=.;OPOS=55592404;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.194915:23:120:23:118:95:11:12:53:42:73:94:11:12:54:40 chr8 55632762 . C T 526.4 PASS AF=0.349727;AO=64;DP=183;FAO=64;FDP=183;FR=.;FRO=119;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=60;FSRR=59;FWDB=-0.00461833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.916;QD=11.506;RBI=0.00473242;REFB=-0.00841076;REVB=-0.00103287;RO=119;SAF=28;SAR=36;SRF=60;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762446;STB=0.543569;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.016594;OID=.;OPOS=55632762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:119:119:64:64:0.349727:36:28:60:59:36:28:60:59 chr8 56651746 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00160031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.757;QD=10.1732;RBI=0.033173;REFB=-0.0112178;REVB=0.0331344;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27543;STB=0.666172;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0216735;OID=.;OPOS=56651746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:7:2:3:3:7:2 chr8 56652048 . CAT C 1088.21 PASS AF=0.331719;AO=138;DP=420;FAO=137;FDP=413;FR=.;FRO=276;FSAF=63;FSAR=74;FSRF=156;FSRR=120;FWDB=-0.00595886;FXX=0.0166663;HRUN=1;LEN=2;MLLD=252.67;QD=10.5396;RBI=0.0375934;REFB=-0.00954333;REVB=0.0371181;RO=270;SAF=63;SAR=75;SRF=153;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127321;STB=0.570062;STBP=0.043;TYPE=del;VARB=0.0216838;OID=.;OPOS=56652049;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.331719:138:420:137:413:276:63:74:156:120:99:270:63:75:153:117 chr8 56657801 . C T 218.81 PASS AF=0.287129;AO=29;DP=101;FAO=29;FDP=101;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=0.00576673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0782;QD=8.66565;RBI=0.00716071;REFB=0.0070059;REVB=0.00424506;RO=71;SAF=14;SAR=15;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181006;STB=0.600747;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.0120235;OID=.;OPOS=56657801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:71:72:29:29:0.287129:15:14:45:26:15:14:45:27 chr8 56686224 . T C 1824.52 PASS AF=0.991736;AO=119;DP=120;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4232;QD=60.3147;RBI=0.0107976;REFB=-0.11952;REVB=0.00244078;RO=1;SAF=70;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673779;STB=0.503496;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000962859;OID=.;OPOS=56686224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:121:1:1:119:120:0.991736:49:70:1:0:49:71:1:0 chr8 56699216 . G C 628.95 PASS AF=0.575472;AO=61;DP=106;FAO=61;FDP=106;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0291696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4449;QD=23.7338;RBI=0.0341134;REFB=-0.0126574;REVB=0.0176876;RO=45;SAF=28;SAR=33;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578506;STB=0.531588;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0263707;OID=.;OPOS=56699216;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:45:45:61:61:0.575472:33:28:24:21:33:28:24:21 chr8 56821700 . T G 1641.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00591107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.583;QD=60.255;RBI=0.0210185;REFB=0;REVB=0.0201701;RO=0;SAF=58;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28728e-05;OID=.;OPOS=56821700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:51:58:0:0:51:58:0:0 chr8 56821795 . T G 2224.21 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292454;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.304;QD=63.5489;RBI=0.03065;REFB=0;REVB=0.00917205;RO=0;SAF=67;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50677e-05;OID=.;OPOS=56821795;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:140:0:0:137:140:1:70:67:0:0:72:68:0:0 chr8 56821809 . C T 1981.36 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=132;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0096996;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.578;QD=60.4997;RBI=0.0100205;REFB=-0.00522464;REVB=-0.00251579;RO=2;SAF=64;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143963;STB=0.507575;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=8.84366e-06;OID=.;OPOS=56821809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:131:2:2:129:129:0.984733:65:64:0:2:65:64:0:2 chr8 56821945 . G A 1264.0 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00603369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5159;QD=61.6588;RBI=0.0483519;REFB=0;REVB=0.047974;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292386;OID=.;OPOS=56821945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:45:37:0:0:45:37:0:0 chr8 56922641 . C T 117.74 PASS AF=0.2;AO=19;DP=95;FAO=19;FDP=95;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=0.0163377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.782;QD=4.95745;RBI=0.0165296;REFB=-0.0028773;REVB=0.00251126;RO=76;SAF=7;SAR=12;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035129;STB=0.522329;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0100344;OID=.;OPOS=56922641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:76:76:19:19:0.2:12:7:30:46:12:7:30:46 chr8 57829649 . G T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00183573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.093;QD=10.8848;RBI=0.00183841;REFB=0.00143607;REVB=-9.9197e-05;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145524;STB=0.588033;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00829649;OID=.;OPOS=57829649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:3:6:8:7:3:6:8:7 chr8 57872679 . T C 283.72 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00966761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7883;QD=23.1604;RBI=0.0153485;REFB=-0.0251219;REVB=0.0119211;RO=23;SAF=8;SAR=18;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118587;STB=0.566381;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0165143;OID=.;OPOS=57872679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:18:8:10:13:18:8:10:13 chr8 59329438 . A G 1078.86 PASS AF=0.607362;AO=99;DP=163;FAO=99;FDP=163;FR=.;FRO=64;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.0281613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9726;QD=26.4752;RBI=0.0360665;REFB=-0.0144528;REVB=-0.0225329;RO=64;SAF=55;SAR=44;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166041;STB=0.508988;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00894209;OID=.;OPOS=59329438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:64:64:99:99:0.607362:44:55:37:27:44:55:37:27 chr8 59490761 . G A 107.61 PASS AF=0.1875;AO=18;DP=96;FAO=18;FDP=96;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.00475337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.399;QD=4.48358;RBI=0.00504779;REFB=-0.000858114;REVB=-0.00169872;RO=77;SAF=7;SAR=11;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165055;STB=0.60105;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00506528;OID=.;OPOS=59490761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:77:78:18:18:0.1875:11:7:40:37:11:7:40:38 chr8 59496490 . A G 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00587704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.343;QD=13.1192;RBI=0.0262034;REFB=-0.0181174;REVB=0.0255358;RO=37;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769111;STB=0.536369;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0237119;OID=.;OPOS=59496490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:38:25:25:0.396825:11:14:18:19:11:14:19:19 chr8 59512334 . G A 2184.9 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=141;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119157;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.78;QD=62.4257;RBI=0.0125477;REFB=-0.0790546;REVB=0.00393208;RO=1;SAF=53;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00549684;STB=0.50289;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=1.26837e-05;OID=.;OPOS=59512334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:140:1:1:139:139:0.992857:86:53:0:1:86:53:0:1 chr8 59547804 . C A 365.08 PASS AF=0.346154;AO=45;DP=130;FAO=45;FDP=130;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=-0.0179774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.198;QD=11.2333;RBI=0.0343499;REFB=-0.0185923;REVB=-0.0292699;RO=85;SAF=25;SAR=20;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00301025;STB=0.501729;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0302974;OID=.;OPOS=59547804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:85:85:45:45:0.346154:20:25:47:38:20:25:47:38 chr8 59719383 . G A 831.45 PASS AF=0.630252;AO=74;DP=119;FAO=75;FDP=119;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00957589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.475;QD=27.9478;RBI=0.0211589;REFB=-0.02235;REVB=0.0188681;RO=44;SAF=30;SAR=44;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665608;STB=0.537921;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0141087;OID=.;OPOS=59719383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:44:44:74:75:0.630252:44:30:22:22:45:30:22:22 chr8 61769092 . G A 417.52 PASS AF=0.531646;AO=38;DP=76;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00810656;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.96;QD=21.1402;RBI=0.0086139;REFB=0.00361191;REVB=0.00291254;RO=36;SAF=21;SAR=17;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463962;STB=0.518978;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00199497;OID=.;OPOS=61769092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:36:37:38:42:0.531646:17:21:18:18:21:21:20:17 chr8 62490978 . T C 608.25 PASS AF=0.58;AO=57;DP=100;FAO=58;FDP=100;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0188787;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.756;QD=24.3298;RBI=0.0257517;REFB=-0.0179214;REVB=0.0175141;RO=41;SAF=27;SAR=30;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103953;STB=0.554314;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00611391;OID=.;OPOS=62490978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:41:42:57:58:0.58:30:27:25:16:31:27:25:17 chr8 62491095 . C T 218.95 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0249075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.578;QD=23.6698;RBI=0.0361639;REFB=-0.0150681;REVB=0.0262191;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426487;STB=0.523787;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00804828;OID=.;OPOS=62491095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:9:12:10:6:9:12:10:6 chr8 62491107 . G A 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00164767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.659;QD=21.5459;RBI=0.00656697;REFB=-0.00688996;REVB=0.00635691;RO=10;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182643;STB=0.603508;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00416258;OID=.;OPOS=62491107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:9:5:6:4:9:5:6:4 chr8 62491793 . G A 280.83 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0508205;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4364;QD=21.1948;RBI=0.0795384;REFB=-0.0266795;REVB=0.0611853;RO=25;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069222;STB=0.530006;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0259174;OID=.;OPOS=62491793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:25:24:29:29:0.54717:15:14:10:15:15:14:10:14 chr8 62491943 . G A 229.57 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0346918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8189;QD=22.3973;RBI=0.0382767;REFB=-0.0438181;REVB=0.0161735;RO=19;SAF=7;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00228237;STB=0.501278;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0359874;OID=.;OPOS=62491943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:15:7:6:13:15:7:6:13 chr8 62491985 . A G 203.17 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0537419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.83;QD=21.964;RBI=0.0879994;REFB=-0.00875898;REVB=-0.0696829;RO=17;SAF=5;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159398;STB=0.590068;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00379121;OID=.;OPOS=62491985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:15:5:7:10:15:5:7:10 chr8 62544428 . G T 544.8 PASS AF=0.522936;AO=54;DP=106;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.0110207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.11;QD=19.9925;RBI=0.01574;REFB=-0.0111033;REVB=-0.011238;RO=52;SAF=23;SAR=31;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377875;STB=0.534583;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0147388;OID=.;OPOS=62544428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:52:52:54:57:0.522936:31:23:20:32:31:26:20:32 chr8 62595068 . C T 277.59 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0124524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.114;QD=16.0922;RBI=0.0126312;REFB=0.00163192;REVB=0.00211772;RO=38;SAF=11;SAR=20;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172269;STB=0.597238;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00153603;OID=.;OPOS=62595068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:20:11:20:18:20:11:20:18 chr8 63659610 . G A 3623.25 PASS AF=1;AO=229;DP=230;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105202;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.394;QD=63.0131;RBI=0.0268881;REFB=0;REVB=0.0247446;RO=0;SAF=119;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23825e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94911e-05;OID=.;OPOS=63659610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:230:230:0:0:229:230:1:110:119:0:0:111:119:0:0 chr8 63902715 . T G 162.24 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0243899;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=222.591;QD=20.9336;RBI=0.0247425;REFB=-0.0191096;REVB=-0.00416225;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164712;STB=0.612628;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0113517;OID=.;OPOS=63902715;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:31:31:10:13:15:16:0.516129:8:7:7:3:9:7:9:4 chr8 63978658 . TA T 410.55 PASS AF=1;AO=56;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473529;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.80973;QD=21.8958;RBI=0.109441;REFB=0.0153481;REVB=0.0986664;RO=7;SAF=23;SAR=33;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645658;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00673915;OID=.;OPOS=63978659;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:75:75:75:0:37:38:0:0:6:7:23:33:5:2 chr8 64098729 . A AG 2085.55 PASS AF=1;AO=131;DP=139;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153774;FXX=0.0220572;HRUN=0;LEN=1;MLLD=240.02;QD=62.7233;RBI=0.0298152;REFB=0;REVB=0.0255438;RO=5;SAF=75;SAR=56;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00196011;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000348991;OID=.;OPOS=64098730;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:131:139:133:133:0:77:56:0:0:11:5:75:56:3:2 chr8 64123124 . A G 63.87 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0157528;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.947;QD=7.51443;RBI=0.0242735;REFB=-0.0134749;REVB=-0.0184676;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328209;STB=0.53326;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0386796;OID=.;OPOS=64123124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:35:34:24:25:9:9:0.264706:4:5:14:10:4:5:15:10 chr8 65290650 . C T 369.06 PASS AF=0.644444;AO=27;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0451216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.758;QD=32.8049;RBI=0.0640509;REFB=-0.025103;REVB=0.0454594;RO=14;SAF=10;SAR=17;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128897;STB=0.564311;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0118197;OID=.;OPOS=65290650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:27:29:0.644444:17:10:8:6:18:11:8:6 chr8 65488962 . G A 1472.96 PASS AF=0.969388;AO=95;DP=99;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00402091;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.49;QD=60.1207;RBI=0.0243339;REFB=-0.167134;REVB=0.0239994;RO=0;SAF=68;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.69335e-08;STB=0.501845;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00154269;OID=.;OPOS=65488962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:99:98:0:3:95:95:0.969388:27:68:0:0:27:68:2:1 chr8 66515783 . G A 371.04 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0128667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5293;QD=15.1444;RBI=0.0134825;REFB=-0.0156597;REVB=-0.00402808;RO=58;SAF=20;SAR=20;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541256;STB=0.530597;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0308462;OID=.;OPOS=66515783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:58:40:40:0.408163:20:20:26:32:20:20:26:32 chr8 66516066 . T G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00715285;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=204.738;QD=16.9316;RBI=0.00715565;REFB=0.00620705;REVB=0.000199975;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00734698;OID=.;OPOS=66516066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:7:5:5:7:7:5:5:7 chr8 66516087 . G T 126.85 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00239586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.224;QD=19.5146;RBI=0.0206115;REFB=-0.00602935;REVB=-0.0204717;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799787;STB=0.545391;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0108308;OID=.;OPOS=66516087;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:4:8:8:6:4:8 chr8 66516490 . C T 367.16 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0151257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.986;QD=19.0734;RBI=0.0166538;REFB=-0.0148495;REVB=0.00696878;RO=38;SAF=21;SAR=17;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711685;STB=0.53327;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00541176;OID=.;OPOS=66516490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:39:38:38:0.493506:17:21:18:20:17:21:19:20 chr8 66517486 . C T 297.74 PASS AF=0.361905;AO=37;DP=109;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=0.00660406;FXX=0.0366939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7964;QD=11.3426;RBI=0.0407092;REFB=-0.0203903;REVB=-0.04017;RO=65;SAF=27;SAR=10;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165444;STB=0.603672;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0391419;OID=.;OPOS=66517486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:105:65:67:37:38:0.361905:10:27:39:26:10:28:40:27 chr8 66701147 . G A 217.15 PASS AF=0.294737;AO=28;DP=95;FAO=28;FDP=95;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0476571;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5756;QD=9.14319;RBI=0.0700109;REFB=-0.0104864;REVB=-0.0512867;RO=67;SAF=9;SAR=19;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293891;STB=0.66452;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0237237;OID=.;OPOS=66701147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:67:67:28:28:0.294737:19:9:38:29:19:9:37:30 chr8 67062594 . A G 325.85 PASS AF=0.373737;AO=36;DP=98;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0133591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3154;QD=13.1657;RBI=0.0966465;REFB=-0.0334812;REVB=0.0957187;RO=61;SAF=14;SAR=22;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20268;STB=0.616795;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.03922;OID=.;OPOS=67062594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:61:62:36:37:0.373737:22:14:35:26:23:14:35:27 chr8 67357511 . G A 451.65 PASS AF=0.300493;AO=61;DP=203;FAO=61;FDP=203;FR=.;FRO=142;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=73;FSRR=69;FWDB=0.00215803;FXX=0.00490172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.96;QD=8.89947;RBI=0.00882383;REFB=-0.00966561;REVB=0.00855587;RO=142;SAF=28;SAR=33;SRF=73;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661702;STB=0.538523;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0239675;OID=.;OPOS=67357511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:142:142:61:61:0.300493:33:28:73:69:33:28:73:69 chr8 67380528 . T C 345.51 PASS AF=0.349593;AO=43;DP=123;FAO=43;FDP=123;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=0.0151037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4917;QD=11.2361;RBI=0.0183031;REFB=-0.00355705;REVB=0.0103384;RO=80;SAF=19;SAR=24;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136053;STB=0.578059;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0154869;OID=.;OPOS=67380528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:80:80:43:43:0.349593:24:19:45:35:24:19:45:35 chr8 67514656 . G A 349.21 PASS AF=0.296296;AO=48;DP=162;FAO=48;FDP=162;FR=.;FRO=114;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=58;FWDB=-0.0229106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3786;QD=8.6226;RBI=0.0355535;REFB=-0.010453;REVB=-0.0271874;RO=112;SAF=30;SAR=18;SRF=54;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173068;STB=0.595571;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0197468;OID=.;OPOS=67514656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:112:114:48:48:0.296296:18:30:54:58:18:30:56:58 chr8 67590460 . C T 220.78 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0105465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.081;QD=12.0976;RBI=0.0110003;REFB=-0.0087325;REVB=-0.00312697;RO=44;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785478;STB=0.543291;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0178367;OID=.;OPOS=67590460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:44:46:27:27:0.369863:14:13:18:26:14:13:19:27 chr8 67592152 . T C 357.52 PASS AF=0.323741;AO=45;DP=139;FAO=45;FDP=139;FR=.;FRO=94;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=0.00894789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9052;QD=10.2884;RBI=0.0627274;REFB=0.000264724;REVB=0.0620859;RO=94;SAF=23;SAR=22;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129735;STB=0.507512;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.000535193;OID=.;OPOS=67592152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:94:94:45:45:0.323741:22:23:47:47:22:23:47:47 chr8 68864728 . G A 776.65 PASS AF=0.651376;AO=62;DP=100;FAO=71;FDP=109;FR=.;FRO=38;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0590239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.878;QD=28.501;RBI=0.0687057;REFB=-0.0372818;REVB=0.035166;RO=38;SAF=35;SAR=27;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455889;STB=0.537918;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.023141;OID=.;OPOS=68864728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:109:38:38:62:71:0.651376:27:35:19:19:28:43:19:19 chr8 68968166 . C A 487.47 PASS AF=0.35503;AO=60;DP=169;FAO=60;FDP=169;FR=.;FRO=109;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=55;FSRR=54;FWDB=-0.0168187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.942;QD=11.5377;RBI=0.0205497;REFB=-0.0105438;REVB=-0.0118077;RO=109;SAF=23;SAR=37;SRF=55;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139295;STB=0.579608;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.020536;OID=.;OPOS=68968166;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:109:109:60:60:0.35503:37:23:55:54:37:23:55:54 chr8 68968171 . G A 460.69 PASS AF=0.343195;AO=56;DP=170;FAO=58;FDP=169;FR=.;FRO=111;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=58;FSRR=53;FWDB=-0.0161283;FXX=0.0174408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.901;QD=10.9038;RBI=0.0161802;REFB=-0.00766678;REVB=0.00129548;RO=111;SAF=21;SAR=35;SRF=55;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142194;STB=0.583424;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0157773;OID=.;OPOS=68968171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:111:111:56:58:0.343195:35:21:55:56:35:23:58:53 chr8 68993013 . AT GC 1369.28 PASS AF=0.978261;AO=87;DP=91;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0133227;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=154.072;QD=59.5338;RBI=0.0359794;REFB=0.0326573;REVB=0.0334219;RO=2;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201537;STB=0.510202;STBP=0.204;TYPE=mnp;VARB=-0.000221458;OID=.;OPOS=68993013;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:92:2:2:87:90:0.978261:46:41:0:2:48:42:0:2 chr8 69009268 . C T 822.29 PASS AF=0.5;AO=83;DP=168;FAO=84;FDP=168;FR=.;FRO=84;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=0.00488012;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.739;QD=19.5784;RBI=0.0108785;REFB=-0.00605627;REVB=-0.00972241;RO=84;SAF=48;SAR=35;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147531;STB=0.577231;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00648085;OID=.;OPOS=69009268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:84:84:83:84:0.5:35:48:35:49:36:48:35:49 chr8 69012364 . G A 888.47 PASS AF=0.562914;AO=85;DP=151;FAO=85;FDP=151;FR=.;FRO=66;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.00519311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.972;QD=23.5356;RBI=0.024756;REFB=-0.0122838;REVB=-0.0242052;RO=66;SAF=51;SAR=34;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118247;STB=0.564501;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0101952;OID=.;OPOS=69012364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:66:66:85:85:0.562914:34:51:30:36:34:51:30:36 chr8 69020496 . T C 566.99 PASS AF=0.537736;AO=57;DP=106;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=44;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0201983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.006;QD=21.3959;RBI=0.0271634;REFB=0.00100137;REVB=0.0181626;RO=48;SAF=13;SAR=44;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156418;STB=0.583124;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00129459;OID=.;OPOS=69020496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:48:49:57:57:0.537736:44:13:18:30:44:13:18:31 chr8 69046409 . G A 395.04 PASS AF=0.317073;AO=52;DP=164;FAO=52;FDP=164;FR=.;FRO=112;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=66;FWDB=0.00320132;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8241;QD=9.63517;RBI=0.0269826;REFB=-0.00772122;REVB=0.026792;RO=112;SAF=29;SAR=23;SRF=47;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161619;STB=0.599359;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0268695;OID=.;OPOS=69046409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:112:112:52:52:0.317073:23:29:47:65:23:29:46:66 chr8 69104637 . G A 165.59 PASS AF=0.194444;AO=28;DP=144;FAO=28;FDP=144;FR=.;FRO=116;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=62;FSRR=54;FWDB=-0.021769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.8;QD=4.59961;RBI=0.024985;REFB=-0.00780396;REVB=-0.0122621;RO=116;SAF=18;SAR=10;SRF=62;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142194;STB=0.590098;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0265536;OID=.;OPOS=69104637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:116:116:28:28:0.194444:10:18:62:54:10:18:62:54 chr8 69730432 . G A 292.16 PASS AF=0.55102;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0596411;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5677;QD=23.8495;RBI=0.0969127;REFB=-0.0587855;REVB=-0.0763872;RO=22;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263791;STB=0.521723;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0406725;OID=.;OPOS=69730432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:22:22:26:27:0.55102:11:15:12:10:11:16:12:10 chr8 69730488 . G C 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0251361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.264;QD=21.4068;RBI=0.025184;REFB=-0.021069;REVB=-0.00155241;RO=26;SAF=15;SAR=17;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164701;STB=0.590755;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0219749;OID=.;OPOS=69730488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:17:15:7:19:17:15:7:19 chr8 70498703 . G A 1022.19 PASS AF=0.647059;AO=88;DP=136;FAO=88;FDP=136;FR=.;FRO=48;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00474963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0453;QD=30.0643;RBI=0.0233998;REFB=-0.00847625;REVB=-0.0229127;RO=47;SAF=45;SAR=43;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132738;STB=0.510704;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00449891;OID=.;OPOS=70498703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:47:48:88:88:0.647059:43:45:25:22:43:45:26:22 chr8 70514025 . CT C 355.93 PASS AF=0.521186;AO=111;DP=234;FAO=123;FDP=236;FR=.;FRO=113;FSAF=57;FSAR=66;FSRF=45;FSRR=68;FWDB=0.0190748;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.60822;QD=6.03269;RBI=0.146598;REFB=0.00870857;REVB=0.145351;RO=100;SAF=50;SAR=61;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355544;STB=0.531519;STBP=0.318;TYPE=del;VARB=0.0297724;OID=.;OPOS=70514026;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.521186:111:234:123:236:113:57:66:45:68:99:100:50:61:41:59 chr8 70571313 . G A 235.43 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00945666;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7533;QD=13.0794;RBI=0.0350688;REFB=-0.019155;REVB=-0.0337697;RO=43;SAF=10;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143783;STB=0.576391;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0200205;OID=.;OPOS=70571313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:43:44:28:28:0.388889:18:10:21:22:18:10:21:23 chr8 70571531 . G A 370.64 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0232383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.268;QD=17.239;RBI=0.0273163;REFB=-0.0145917;REVB=-0.0143582;RO=47;SAF=11;SAR=28;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221187;STB=0.624605;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0275599;OID=.;OPOS=70571531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:28:11:23:24:28:11:23:24 chr8 70573004 . G A 243.66 PASS AF=0.255474;AO=34;DP=136;FAO=35;FDP=137;FR=.;FRO=102;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=-0.013506;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.864;QD=7.11417;RBI=0.0135895;REFB=-0.0168175;REVB=-0.00150419;RO=102;SAF=18;SAR=16;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366153;STB=0.53195;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0470398;OID=.;OPOS=70573004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:102:102:34:35:0.255474:16:18:51:51:16:19:51:51 chr8 70602259 . T C 123.96 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00874458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.157;QD=17.0982;RBI=0.00968313;REFB=-0.0120031;REVB=-0.00415877;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946828;STB=0.554377;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00908344;OID=.;OPOS=70602259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:6:8:7:8:6:8:7:8 chr8 70602299 . A G 593.6 PASS AF=0.632184;AO=48;DP=80;FAO=55;FDP=87;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0136568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6957;QD=27.2919;RBI=0.0139875;REFB=-0.0321171;REVB=-0.00302377;RO=28;SAF=22;SAR=26;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405483;STB=0.504515;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0298347;OID=.;OPOS=70602299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:87:28:32:48:55:0.632184:26:22:13:15:32:23:13:19 chr8 70602341 . A G 3179.79 PASS AF=0.900398;AO=225;DP=251;FAO=226;FDP=251;FR=.;FRO=25;FSAF=112;FSAR=114;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00737536;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.487;QD=50.6739;RBI=0.0137558;REFB=-0.0141753;REVB=0.0116114;RO=25;SAF=112;SAR=113;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109629;STB=0.505536;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00121947;OID=.;OPOS=70602341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:251:251:25:25:225:226:0.900398:113:112:11:14:114:112:11:14 chr8 70602526 . A G 113.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0434737;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6238;QD=8.73199;RBI=0.0492353;REFB=0.000193839;REVB=-0.0231117;RO=36;SAF=5;SAR=10;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290677;STB=0.666444;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=6.82896e-05;OID=.;OPOS=70602526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:36:37:15:15:0.288462:10:5:21:15:10:5:21:16 chr8 70602529 . A G 50.8 PASS AF=0.177778;AO=7;DP=46;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0034246;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.962;QD=4.51595;RBI=0.00572544;REFB=-0.00367605;REVB=-0.00458833;RO=35;SAF=4;SAR=3;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354128;STB=0.549008;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00752783;OID=.;OPOS=70602529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:46:45:35:37:7:8:0.177778:3:4:21:14:3:5:21:16 chr8 70602538 . T A 372.6 PASS AF=0.731707;AO=30;DP=42;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0863132;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.698;QD=36.3516;RBI=0.0879595;REFB=-0.0298134;REVB=-0.0169384;RO=11;SAF=19;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922103;STB=0.550221;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0121208;OID=.;OPOS=70602538;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:41:11:11:30:30:0.731707:11:19:5:6:11:19:5:6 chr8 70602595 . G A 400.53 PASS AF=0.644068;AO=37;DP=58;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0408026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7196;QD=27.1543;RBI=0.0514867;REFB=-0.00523965;REVB=-0.0314011;RO=21;SAF=26;SAR=11;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287584;STB=0.64633;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.002691;OID=.;OPOS=70602595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:21:21:37:38:0.644068:11:26:6:15:12:26:6:15 chr8 70612637 . C A 643.26 PASS AF=0.651163;AO=55;DP=85;FAO=56;FDP=86;FR=.;FRO=30;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00328687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.832;QD=29.9192;RBI=0.00481319;REFB=0.00377143;REVB=0.00351615;RO=30;SAF=29;SAR=26;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394545;STB=0.524118;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.0019445;OID=.;OPOS=70612637;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:30:30:55:56:0.651163:26:29:14:16:26:30:14:16 chr8 70612687 . G GA 135.22 PASS AF=0.520833;AO=6;DP=54;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0377907;FXX=0.039992;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.9251;QD=11.2686;RBI=0.0845504;REFB=0.0170615;REVB=0.0756348;RO=47;SAF=4;SAR=2;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15949;STB=0.500834;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0155438;OID=.;OPOS=70612688;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.520833:6:54:25:48:23:13:12:12:11:99:47:4:2:25:22 chr8 70612692 . G A 248.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.000868114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3056;QD=19.8711;RBI=0.0177597;REFB=-0.015337;REVB=0.0177385;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354698;STB=0.519983;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0414957;OID=.;OPOS=70612692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:12:12:14:12:12:12:14:12 chr8 70964399 . A G 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00836768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.03;QD=58.7799;RBI=0.0262471;REFB=0;REVB=-0.0248775;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.4938e-05;OID=.;OPOS=70964399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr8 70967607 . T C 754.74 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0764673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1691;QD=54.8903;RBI=0.0895789;REFB=-0.140243;REVB=-0.0466598;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00268334;OID=.;OPOS=70967607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:30:24:0:0:30:24:0:1 chr8 70978690 . C T 1445.4 PASS AF=0.980583;AO=100;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0129441;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.4071;QD=56.1321;RBI=0.0129644;REFB=-0.200398;REVB=-0.00072523;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509257;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00253556;OID=.;OPOS=70978690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:0:2:100:101:0.980583:53:47:0:0:53:48:0:2 chr8 71575184 . A G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0227113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.3866;QD=9.76014;RBI=0.0725628;REFB=-0.00172977;REVB=0.068917;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182856;STB=0.61501;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0052226;OID=.;OPOS=71575184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:1:6:9:3:1:6:9:3 chr8 72111599 . A G 412.57 PASS AF=0.43;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0240632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8471;QD=16.5026;RBI=0.0371045;REFB=-0.0263025;REVB=-0.0282437;RO=53;SAF=25;SAR=18;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053194;STB=0.511656;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0360327;OID=.;OPOS=72111599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:57:43:43:0.43:18:25:28:25:18:25:32:25 chr8 72129009 . G A 349.42 PASS AF=0.314286;AO=44;DP=144;FAO=44;FDP=140;FR=.;FRO=96;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=55;FSRR=41;FWDB=-0.0327476;FXX=0.0277759;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0246;QD=9.98355;RBI=0.0329576;REFB=-0.00440593;REVB=0.00371493;RO=93;SAF=19;SAR=25;SRF=53;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160686;STB=0.595962;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0124017;OID=.;OPOS=72129009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:140:93:96:44:44:0.314286:25:19:53:40:25:19:55:41 chr8 72246578 . A G 165.39 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0171533;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.425;QD=13.5014;RBI=0.0177325;REFB=0.00714496;REVB=0.00449506;RO=30;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012088;STB=0.504582;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00771873;OID=.;OPOS=72246578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:30:31:18:18:0.367347:10:8:13:17:10:8:14:17 chr8 72383124 . T C 329.75 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0164193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.772;QD=20.9364;RBI=0.0224956;REFB=-0.0193817;REVB=0.0153772;RO=29;SAF=23;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112848;STB=0.562653;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0134734;OID=.;OPOS=72383124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:11:23:16:13:11:23:16:13 chr8 72914433 . CTTTTTT CTTTCTT,CTTTTCT,C,CT 398.16 PASS AF=0.282609,0.0869565,0,0.543478;AO=6,3,6,11;DP=48;FAO=13,4,0,25;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=6,0,0,23;FSAR=7,4,0,2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0175941,0.0189494,0.05874,0.0717007;FXX=0.079984;HRUN=16,16,16,16;LEN=1,1,6,5;MLLD=196.846,187.428,10.5079,10.8449;QD=34.6225;RBI=0.045303,0.0420699,0.0835799,0.0989719;REFB=-0.0331958,-0.0362151,-0.103594,-0.125361;REVB=-0.041747,-0.0375606,-0.0594577,-0.0682235;RO=2;SAF=3,1,5,11;SAR=3,2,1,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.215133,-0.39997,-0.144764,0;STB=0.624816,0.997494,0.5,0.53997;STBP=0.097,0.005,1,0.633;TYPE=snp,snp,del,del;VARB=0.00718673,0.0348929,0.109902,0.047757;OID=.,.,.,.;OPOS=72914437,72914438,72914434,72914434;OREF=T,T,TTTTTT,TTTTT;OALT=C,C,-,-;OMAPALT=CTTTCTT,CTTTTCT,C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.282609,0.0869565,0,0.543478:6,3,6,11:48:13,4,0,25:46:4:6,0,0,23:7,4,0,2:4:0:83:2:3,1,5,11:3,2,1,0:2:0 chr8 72935008 . C T 490.93 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0157086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.76;QD=19.2521;RBI=0.0189188;REFB=-0.00996724;REVB=0.0105434;RO=51;SAF=26;SAR=25;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710505;STB=0.539276;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00776205;OID=.;OPOS=72935008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:51:51:51:0.5:25:26:30:21:25:26:30:21 chr8 72935039 . C T 756.99 PASS AF=0.52518;AO=71;DP=138;FAO=73;FDP=139;FR=.;FRO=66;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=0.00278985;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.345;QD=21.7839;RBI=0.00571409;REFB=-0.00526859;REVB=0.00498674;RO=66;SAF=39;SAR=32;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915398;STB=0.556361;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00576009;OID=.;OPOS=72935039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:66:66:71:73:0.52518:32:39:43:23:34:39:43:23 chr8 72935045 . G C 815.47 PASS AF=0.532895;AO=80;DP=152;FAO=81;FDP=152;FR=.;FRO=71;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=0.000688402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7155;QD=21.4596;RBI=0.0126465;REFB=-0.0187496;REVB=-0.0126278;RO=70;SAF=43;SAR=37;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910859;STB=0.555232;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0153908;OID=.;OPOS=72935045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:70:71:80:81:0.532895:37:43:45:25:38:43:46:25 chr8 72936145 . T C 583.96 PASS AF=0.526786;AO=58;DP=111;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.0318492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.021;QD=20.8558;RBI=0.0642735;REFB=-0.0253786;REVB=0.0558275;RO=53;SAF=29;SAR=29;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155886;STB=0.588561;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0162343;OID=.;OPOS=72936145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:53:53:58:59:0.526786:29:29:17:36:29:30:17:36 chr8 72942210 . G T 740.43 PASS AF=1;AO=45;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3484;QD=56.9561;RBI=0.0463374;REFB=0;REVB=0.00747606;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319223;OID=.;OPOS=72942210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:45:52:1:20:25:0:0:27:25:0:0 chr8 72964965 . G A 514.92 PASS AF=0.348066;AO=63;DP=181;FAO=63;FDP=181;FR=.;FRO=118;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=65;FWDB=-0.0162691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.605;QD=11.3795;RBI=0.0166632;REFB=-0.00116588;REVB=0.00360284;RO=118;SAF=25;SAR=38;SRF=53;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613371;STB=0.535103;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0020971;OID=.;OPOS=72964965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:118:118:63:63:0.348066:38:25:53:65:38:25:53:65 chr8 72966002 . G A 1933.32 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7612;QD=61.8661;RBI=0.0324037;REFB=0;REVB=-0.0265004;RO=0;SAF=66;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.15105e-05;OID=.;OPOS=72966002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:59:66:0:0:59:66:0:0 chr8 72975801 . T G 2086.01 PASS AF=0.971631;AO=134;DP=141;FAO=137;FDP=141;FR=.;FRO=4;FSAF=74;FSAR=63;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.018496;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=313.314;QD=59.1775;RBI=0.0194012;REFB=-0.0605958;REVB=-0.00585693;RO=1;SAF=73;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646745;STB=0.505997;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.000134716;OID=.;OPOS=72975801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:141:141:1:4:134:137:0.971631:61:73:1:0:63:74:3:1 chr8 72981327 . A G 3108.8 PASS AF=0.98995;AO=196;DP=197;FAO=197;FDP=199;FR=.;FRO=2;FSAF=112;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00357971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.865;QD=62.4885;RBI=0.0107625;REFB=-0.0621972;REVB=-0.0101497;RO=1;SAF=112;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563592;STB=0.505813;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0001373;OID=.;OPOS=72981327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:197:199:1:2:196:197:0.98995:84:112:0:1:85:112:0:2 chr8 72984041 . C G 822.55 PASS AF=0.61157;AO=74;DP=127;FAO=74;FDP=121;FR=.;FRO=47;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0320031;FXX=0.0546832;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7864;QD=27.1917;RBI=0.0462274;REFB=0.00482939;REVB=0.0333583;RO=44;SAF=36;SAR=38;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405716;STB=0.509381;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.00305218;OID=.;OPOS=72984041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:121:44:47:74:74:0.61157:38:36:24:20:38:36:24:23 chr8 72987638 . G A 497.51 PASS AF=0.613333;AO=45;DP=75;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00574385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.927;QD=26.534;RBI=0.00577572;REFB=-0.0377416;REVB=0.00060595;RO=28;SAF=26;SAR=19;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805706;STB=0.53215;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0196658;OID=.;OPOS=72987638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:28:29:45:46:0.613333:19:26:13:15:20:26:14:15 chr8 73849090 . G A 192.98 PASS AF=0.254386;AO=29;DP=114;FAO=29;FDP=114;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=-0.00339344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.61;QD=6.77124;RBI=0.00660039;REFB=-0.00742964;REVB=0.00566125;RO=85;SAF=20;SAR=9;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22169;STB=0.634422;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0208534;OID=.;OPOS=73849090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:85:85:29:29:0.254386:9:20:44:41:9:20:44:41 chr8 73925128 . A G 298.8 PASS AF=0.5;AO=33;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.04683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8028;QD=18.6752;RBI=0.0717862;REFB=-0.000316773;REVB=0.0544078;RO=29;SAF=7;SAR=26;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305826;STB=0.681694;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.000480469;OID=.;OPOS=73925128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:32:33:32:0.5:26:7:15:14:25:7:17:15 chr8 73932942 . C T 65.56 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.000726551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.08;QD=4.37063;RBI=0.0152033;REFB=-0.00505759;REVB=-0.0151859;RO=49;SAF=7;SAR=4;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230191;STB=0.651379;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0261393;OID=.;OPOS=73932942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:60:60:49:49:11:11:0.183333:4:7:22:27:4:7:22:27 chr8 73944312 . A G 233.7 PASS AF=0.578947;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00144642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.157;QD=24.5995;RBI=0.00485962;REFB=0.0131805;REVB=-0.00463938;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198455;STB=0.616009;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00774223;OID=.;OPOS=73944312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:21:22:0.578947:12:9:11:5:13:9:11:5 chr8 74234193 . G A 418.57 PASS AF=0.374046;AO=44;DP=125;FAO=49;FDP=131;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.112734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.395;QD=12.7809;RBI=0.113789;REFB=-0.0294709;REVB=0.0154613;RO=75;SAF=27;SAR=17;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177932;STB=0.58653;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0566057;OID=.;OPOS=74234193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:131:75:82:44:49:0.374046:17:27:34:41:19:30:39:43 chr8 74527996 . C T 164.36 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=8.95194e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.693;QD=9.52835;RBI=0.0348147;REFB=-0.0090069;REVB=-0.0348146;RO=47;SAF=9;SAR=13;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693508;STB=0.540902;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0186714;OID=.;OPOS=74527996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:47:22:22:0.318841:13:9:22:25:13:9:22:25 chr8 74581290 . A AG 1633.57 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=113;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0283398;FXX=0.0265463;HRUN=0;LEN=1;MLLD=227.796;QD=59.4024;RBI=0.0350185;REFB=-0.0976844;REVB=0.0205706;RO=3;SAF=59;SAR=49;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00622909;STB=0.50505;STBP=0.299;TYPE=ins;VARB=0.000645566;OID=.;OPOS=74581291;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.990909:108:113:109:110:1:60:49:0:1:5:3:59:49:2:1 chr8 74706388 . A T 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0657825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.365;QD=26.0488;RBI=0.0657839;REFB=-0.0163781;REVB=-0.000415947;RO=5;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096601;STB=0.554364;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00832701;OID=.;OPOS=74706388;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:5:7:2:3:5:7:2:3 chr8 74893880 . C T 368.85 PASS AF=0.631579;AO=35;DP=58;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=-0.000798307;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.059;QD=25.8839;RBI=0.0137167;REFB=0.0085558;REVB=0.0136935;RO=21;SAF=29;SAR=6;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353804;STB=0.51612;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.00539894;OID=.;OPOS=74893880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:21:21:35:36:0.631579:6:29:18:3:6:30:18:3 chr8 74917084 . A G 2317.52 PASS AF=0.993506;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00578801;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.6512;QD=60.1953;RBI=0.0091216;REFB=-0.12576;REVB=-0.00705;RO=0;SAF=66;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67317e-08;STB=0.502857;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000762687;OID=.;OPOS=74917084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:154:154:0:1:153:153:0.993506:87:66:0:0:87:66:0:1 chr8 75262798 . G C 1589.98 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316869;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0892;QD=59.9994;RBI=0.0627989;REFB=0;REVB=0.0542185;RO=0;SAF=54;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119109;OID=.;OPOS=75262798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:52:54:0:0:52:54:0:0 chr8 75460784 . T G,TG 2679.95 PASS AF=0.0112994,0.988701;AO=10,153;DP=276;FAO=2,175;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=0,90;FSAR=2,85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584228,-0.0939649;FXX=0.0166657;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=14.4533,28.6361;QD=60.5637;RBI=0.0607201,0.0942461;REFB=0,0;REVB=0.016544,0.00727495;RO=103;SAF=4,75;SAR=6,78;SRF=96;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.694641,-0.32957;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.046261,-0.00133744;OID=.,.;OPOS=75460784,75460785;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:276:177:103:0:10,153:2,175:0.0112994,0.988701:6,78:4,75:96:7:2,85:0,90:0:0 chr8 75460789 . A AG 1681.69 PASS AF=1;AO=156;DP=173;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735741;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.2059;QD=39.8034;RBI=0.0786836;REFB=0;REVB=-0.027892;RO=17;SAF=80;SAR=76;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140551;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000526032;OID=.;OPOS=75460790;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:156:173:169:169:0:87:82:0:0:34:17:80:76:10:7 chr8 75614617 . A G 220.76 PASS AF=0.369863;AO=26;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0592654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7994;QD=12.0965;RBI=0.0713622;REFB=-0.00641816;REVB=0.0397514;RO=46;SAF=18;SAR=8;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507119;STB=0.510196;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00865539;OID=.;OPOS=75614617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:26:27:0.369863:8:18:30:16:9:18:30:16 chr8 75664694 . CA C 347.12 PASS AF=0.480519;AO=36;DP=78;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0140833;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.594;QD=18.032;RBI=0.0157103;REFB=-0.0225972;REVB=0.00696221;RO=41;SAF=19;SAR=17;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611795;STB=0.532942;STBP=0.579;TYPE=del;VARB=0.026321;OID=.;OPOS=75664695;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.480519:36:78:37:77:40:19:18:18:22:99:41:19:17:19:22 chr8 75737667 . C T 673.1 PASS AF=0.532258;AO=67;DP=125;FAO=66;FDP=124;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0105037;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3078;QD=21.713;RBI=0.0105462;REFB=-0.0106206;REVB=-0.000946255;RO=58;SAF=34;SAR=33;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037483;STB=0.524186;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00825537;OID=.;OPOS=75737667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:58:58:67:66:0.532258:33:34:32:26:33:33:32:26 chr8 76452313 . G A 707.1 PASS AF=0.603604;AO=59;DP=103;FAO=67;FDP=111;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0400078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0726;QD=25.4809;RBI=0.0602657;REFB=-0.0272345;REVB=0.0450703;RO=44;SAF=27;SAR=32;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745896;STB=0.516306;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0203904;OID=.;OPOS=76452313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:111:44:44:59:67:0.603604:32:27:16:28:40:27:16:28 chr8 76468282 . G A 1875.46 PASS AF=0.544343;AO=178;DP=329;FAO=178;FDP=327;FR=.;FRO=149;FSAF=83;FSAR=95;FSRF=84;FSRR=65;FWDB=-0.0553796;FXX=0.00607884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9062;QD=22.9413;RBI=0.0567718;REFB=-0.0219256;REVB=-0.0124957;RO=143;SAF=83;SAR=95;SRF=81;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820048;STB=0.544342;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0169111;OID=.;OPOS=76468282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:327:143:149:178:178:0.544343:95:83:81:62:95:83:84:65 chr8 76476396 . G A 601.2 PASS AF=0.411765;AO=68;DP=170;FAO=70;FDP=170;FR=.;FRO=100;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=0.0228735;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9852;QD=14.1458;RBI=0.0717924;REFB=0.0030959;REVB=-0.0680511;RO=101;SAF=24;SAR=44;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197158;STB=0.604101;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00540087;OID=.;OPOS=76476396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:101:100:68:70:0.411765:44:24:54:47:45:25:53:47 chr8 76476457 . G A 566.34 PASS AF=0.409396;AO=61;DP=149;FAO=61;FDP=149;FR=.;FRO=88;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=-0.0411679;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.529;QD=15.2038;RBI=0.044423;REFB=-0.00236452;REVB=0.0166915;RO=88;SAF=21;SAR=40;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122445;STB=0.569007;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0028995;OID=.;OPOS=76476457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:88:88:61:61:0.409396:40:21:40:48:40:21:40:48 chr8 76478768 . C T 3472.11 PASS AF=0.511211;AO=340;DP=667;FAO=342;FDP=669;FR=.;FRO=327;FSAF=188;FSAR=154;FSRF=175;FSRR=152;FWDB=-0.00989412;FXX=0.00298058;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.186;QD=20.76;RBI=0.0167345;REFB=-0.00953728;REVB=0.0134963;RO=323;SAF=186;SAR=154;SRF=172;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013092;STB=0.507167;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00896594;OID=.;OPOS=76478768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:667:669:323:327:340:342:0.511211:154:186:172:151:154:188:175:152 chr8 77048621 . C A 2351.05 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.976;QD=61.0662;RBI=0.0216494;REFB=0;REVB=-0.0102857;RO=0;SAF=62;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93315e-05;OID=.;OPOS=77048621;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:153:154:1:91:62:0:0:92:62:0:0 chr8 77618821 . G A 175.27 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0178127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7751;QD=10.0154;RBI=0.0202476;REFB=0.0179137;REVB=-0.00962658;RO=47;SAF=11;SAR=12;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856144;STB=0.550142;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.0383262;OID=.;OPOS=77618821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:12:11:26:21:12:11:26:21 chr8 77690563 . T C 3781.82 PASS AF=1;AO=237;DP=238;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000588551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.747;QD=63.56;RBI=0.000978169;REFB=0;REVB=-0.000781296;RO=0;SAF=134;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07222e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.90941e-07;OID=.;OPOS=77690563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:238:238:0:0:237:238:1:103:134:0:0:103:135:0:0 chr8 77745635 . G A 806.67 PASS AF=0.606557;AO=74;DP=122;FAO=74;FDP=122;FR=.;FRO=48;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0346243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.603;QD=26.4481;RBI=0.0348376;REFB=-0.00664709;REVB=-0.00384909;RO=48;SAF=35;SAR=39;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106464;STB=0.505779;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00446549;OID=.;OPOS=77745635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:48:48:74:74:0.606557:39:35:22:26:39:35:22:26 chr8 77754904 . G A 1113.74 PASS AF=0.549738;AO=104;DP=190;FAO=105;FDP=191;FR=.;FRO=86;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.0236076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6684;QD=23.3244;RBI=0.0294038;REFB=-0.0205104;REVB=0.0175291;RO=85;SAF=51;SAR=53;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224852;STB=0.511667;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0197732;OID=.;OPOS=77754904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:85:86:104:105:0.549738:53:51:44:41:54:51:44:42 chr8 77764207 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0654358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.787;QD=11.4398;RBI=0.0705781;REFB=-0.0235282;REVB=-0.0264465;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868934;STB=0.552509;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0288992;OID=.;OPOS=77764207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:7:2:4:10:7:2:4:10 chr8 77767797 . C T 409.72 PASS AF=0.6875;AO=33;DP=48;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00545357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2786;QD=34.1429;RBI=0.00545417;REFB=-0.0142574;REVB=-8.12629e-05;RO=15;SAF=27;SAR=6;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417458;STB=0.729574;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00720522;OID=.;OPOS=77767797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:15:15:33:33:0.6875:6:27:3:12:6:27:3:12 chr8 77768290 . C A 895.91 PASS AF=0.57047;AO=85;DP=150;FAO=85;FDP=149;FR=.;FRO=64;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=0.00194963;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.359;QD=24.0512;RBI=0.0310703;REFB=-0.00545285;REVB=0.0310091;RO=63;SAF=42;SAR=43;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110078;STB=0.56283;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00531807;OID=.;OPOS=77768290;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:63:64:85:85:0.57047:43:42:40:23:43:42:41:23 chr8 77777735 . C G 139.79 PASS AF=0.222222;AO=21;DP=112;FAO=22;FDP=99;FR=.;FRO=77;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=0.00796707;FXX=0.123883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.414;QD=5.64822;RBI=0.0432636;REFB=-0.00173254;REVB=-0.0425237;RO=48;SAF=11;SAR=10;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951229;STB=0.530699;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00533687;OID=.;OPOS=77777735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:99:48:77:21:22:0.222222:10:11:29:19:10:12:45:32 chr8 77778744 . CT C 173.58 PASS AF=0.387978;AO=70;DP=186;FAO=71;FDP=183;FR=.;FRO=112;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=58;FSRR=54;FWDB=0.0923853;FXX=0.0161282;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.0851;QD=3.79409;RBI=0.194888;REFB=-0.00141462;REVB=0.1716;RO=93;SAF=41;SAR=29;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0.311828;SSSB=0.0500612;STB=0.545869;STBP=0.364;TYPE=del;VARB=0.00755609;OID=.;OPOS=77778745;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387978:70:186:71:183:112:42:29:58:54:99:93:41:29:50:43 chr8 77779044 . AG AA,AGAA,AGA,GA 193.52 PASS AF=0,0.107143,0.678571,0.214286;AO=4,4,7,2;DP=29;FAO=0,3,19,6;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,8,1;FSAR=0,3,11,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02268,0.0862139,0.15195,0.0799141;FXX=0.0344709;HRUN=1,8,8,10;LEN=1,2,1,2;MLLD=172.808,9.83459,8.96722,40.5505;QD=27.646;RBI=0.0259789,0.0952154,0.172609,0.0919068;REFB=0.0143378,-0.102766,-0.123351,-0.0423117;REVB=0.0126696,0.0404122,0.0818843,0.0453939;RO=5;SAF=0,0,0,0;SAR=4,4,7,2;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.804028,-0.804028,-0.826071,-0.78221;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,ins,ins,mnp;VARB=0,0.209644,-0.0877168,-0.00149601;OID=.,.,.,.;OPOS=77779045,77779046,77779046,77779044;OREF=G,-,-,AG;OALT=A,AA,A,GA;OMAPALT=AA,AGAA,AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:40:29:28:5:0:4,4,7,2:0,3,19,6:0,0.107143,0.678571,0.214286:4,4,7,2:0,0,0,0:5:0:0,3,11,5:0,0,8,1:0:0 chr8 77779291 . T G 376.6 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0277018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9067;QD=18.5977;RBI=0.0283088;REFB=-0.027537;REVB=0.0058309;RO=41;SAF=18;SAR=21;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690537;STB=0.544569;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0164121;OID=.;OPOS=77779291;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:42:39:39:0.481481:21:18:22:19:21:18:23:19 chr8 77895865 . A G 1265.44 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00684077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.879;QD=61.7289;RBI=0.0255115;REFB=0;REVB=0.0245773;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60241e-05;OID=.;OPOS=77895865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:38:43:0:0:39:43:0:0 chr8 79514627 . T A 35.44 PASS AF=0.075;AO=12;DP=160;FAO=12;FDP=160;FR=.;FRO=148;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=79;FSRR=69;FWDB=-0.00741673;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.55;QD=0.885938;RBI=0.00788747;REFB=-0.00141543;REVB=-0.0026841;RO=146;SAF=9;SAR=3;SRF=78;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247799;STB=0.710161;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0146291;OID=.;OPOS=79514627;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:160:160:146:148:12:12:0.075:3:9:78:68:3:9:79:69 chr8 79610710 . A G 1329.32 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155247;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.706;QD=62.5564;RBI=0.0242296;REFB=0;REVB=0.0186027;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37999e-05;OID=.;OPOS=79610710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr8 80678427 . T C 590.51 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0149757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3823;QD=20.1885;RBI=0.0214786;REFB=-0.0252969;REVB=-0.0153967;RO=56;SAF=33;SAR=27;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907902;STB=0.554209;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0220525;OID=.;OPOS=80678427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:56:57:60:60:0.512821:27:33:25:31:27:33:25:32 chr8 80941997 . T C 386.44 PASS AF=0.584615;AO=35;DP=64;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0647663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5208;QD=23.7808;RBI=0.0667286;REFB=-0.0728704;REVB=0.0160636;RO=28;SAF=9;SAR=26;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223454;STB=0.621004;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0592802;OID=.;OPOS=80941997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:28:27:35:38:0.584615:26:9:14:14:28:10:14:13 chr8 80949457 . C T 741.7 PASS AF=0.578512;AO=70;DP=121;FAO=70;FDP=121;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00137979;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.678;QD=24.519;RBI=0.00837197;REFB=-0.000304247;REVB=-0.00825749;RO=51;SAF=29;SAR=41;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176923;STB=0.509638;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.000210751;OID=.;OPOS=80949457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:51:51:70:70:0.578512:41:29:20:31:41:29:20:31 chr8 81116920 . G C 223.97 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0372852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5455;QD=10.665;RBI=0.0372869;REFB=0.00848027;REVB=-0.000352336;RO=56;SAF=12;SAR=16;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209433;STB=0.512186;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.0170843;OID=.;OPOS=81116920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:56:56:28:28:0.333333:16:12:23:33:16:12:23:33 chr8 81399259 . C A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0203622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.771;QD=19.1341;RBI=0.024174;REFB=-0.00251625;REVB=0.0130293;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171367;STB=0.59965;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00194502;OID=.;OPOS=81399259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:0:2:4:1:0:2 chr8 81431919 . A T 39.61 PASS AF=0.136364;AO=8;DP=43;FAO=6;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.158184;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=70.7559;QD=3.60063;RBI=0.158641;REFB=-0.000704725;REVB=-0.0120261;RO=31;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.664334;STB=0.868465;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0409856;OID=.;OPOS=81431919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:43:44:31:36:8:6:0.136364:1:7:8:23:1:5:13:23 chr8 81431927 . T A 37.41 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=42;FWDB=-0.016759;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=166.766;QD=2.67222;RBI=0.017503;REFB=-0.00152119;REVB=-0.00504863;RO=49;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.638238;STB=0.901018;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0132056;OID=.;OPOS=81431927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:49:49:7:7:0.125:2:5:7:42:2:5:7:42 chr8 81905397 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.157;QD=56.937;RBI=0.0375564;REFB=0;REVB=-0.00520422;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136552;OID=.;OPOS=81905397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr8 82355621 . A G 203.1 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00590839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6794;QD=21.9568;RBI=0.0221414;REFB=-0.00743529;REVB=-0.0213385;RO=17;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810706;STB=0.54541;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0148982;OID=.;OPOS=82355621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:11:9:6:11:11:9:6:11 chr8 82357112 . T C 1357.05 PASS AF=0.607143;AO=119;DP=196;FAO=119;FDP=196;FR=.;FRO=77;FSAF=67;FSAR=52;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.000126006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.513;QD=27.6948;RBI=0.00618887;REFB=-0.00528953;REVB=-0.00618759;RO=77;SAF=67;SAR=52;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319908;STB=0.517304;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00362708;OID=.;OPOS=82357112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:77:77:119:119:0.607143:52:67:40:37:52:67:40:37 chr8 82392807 . C T 82.42 PASS AF=0.145299;AO=17;DP=117;FAO=17;FDP=117;FR=.;FRO=100;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=0.00733455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.293;QD=2.81793;RBI=0.0278027;REFB=-0.00351827;REVB=0.0268178;RO=100;SAF=6;SAR=11;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186558;STB=0.62714;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0227341;OID=.;OPOS=82392807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:117:117:100:100:17:17:0.145299:11:6:50:50:11:6:50:50 chr8 82606782 . A G 330.08 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.0155572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.928;QD=13.4725;RBI=0.0158232;REFB=0.00210813;REVB=0.00288909;RO=61;SAF=21;SAR=16;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293636;STB=0.516769;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00361054;OID=.;OPOS=82606782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:61:37:37:0.377551:16:21:33:28:16:21:33:28 chr8 82607752 . G C 153.06 PASS AF=0.255814;AO=22;DP=86;FAO=22;FDP=86;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.00624623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6158;QD=7.119;RBI=0.00728842;REFB=-0.00882068;REVB=-0.00375575;RO=64;SAF=16;SAR=6;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239201;STB=0.646511;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0280285;OID=.;OPOS=82607752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:64:64:22:22:0.255814:6:16:35:29:6:16:35:29 chr8 82608238 . A T 581.07 PASS AF=0.455224;AO=61;DP=134;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.0306606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8667;QD=17.3452;RBI=0.0334513;REFB=0.00281243;REVB=-0.0133759;RO=73;SAF=37;SAR=24;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178547;STB=0.599378;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00264853;OID=.;OPOS=82608238;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:73:73:61:61:0.455224:24:37:31:42:24:37:31:42 chr8 82633452 . C G 383.09 PASS AF=0.558824;AO=40;DP=67;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0332449;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.988;QD=22.5346;RBI=0.0366026;REFB=-0.0241753;REVB=0.0153142;RO=26;SAF=19;SAR=21;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00971494;STB=0.514698;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.020226;OID=.;OPOS=82633452;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:26:30:40:38:0.558824:21:19:12:14:19:19:14:16 chr8 82670790 . AT A 218.93 PASS AF=0.482759;AO=41;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0510335;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.6467;QD=10.0658;RBI=0.120402;REFB=-0.0169364;REVB=-0.109052;RO=42;SAF=23;SAR=18;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774995;STB=0.518064;STBP=0.769;TYPE=del;VARB=0.0162566;OID=.;OPOS=82670791;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759:41:87:42:87:45:22:20:22:23:99:42:23:18:20:22 chr8 82727569 . T C 295.64 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0515816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6645;QD=22.3126;RBI=0.0518933;REFB=-0.028301;REVB=0.00567937;RO=23;SAF=12;SAR=18;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130923;STB=0.57247;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0197691;OID=.;OPOS=82727569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:18:12:13:10:18:12:13:10 chr8 85833157 . C T 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.00425397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.569;QD=18.0081;RBI=0.0265094;REFB=-0.0091474;REVB=0.0261658;RO=41;SAF=21;SAR=16;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137282;STB=0.576329;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0127258;OID=.;OPOS=85833157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:16:21:29:12:16:21:29:12 chr8 86041588 . CAA CA,GAC 130.5 PASS AF=0.451613,0.0483871;AO=22,3;DP=63;FAO=28,3;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=11,0;FSAR=17,3;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.23833,0.0189262;FXX=0.0158705;HRUN=6,1;LEN=1,3;MLLD=9.82498,211.664;QD=8.41917;RBI=0.252215,0.0271834;REFB=-0.112403,-0.00881929;REVB=-0.0825303,-0.0195125;RO=32;SAF=8,0;SAR=14,3;SRF=19;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.237585,-0.579947;STB=0.598957,0.996877;STBP=0.15,0.037;TYPE=del,mnp;VARB=0.10334,0.0111527;OID=.,.;OPOS=86041589,86041588;OREF=A,CAA;OALT=-,GAC;OMAPALT=CA,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:32:31:22,3:28,3:0.451613,0.0483871:14,3:8,0:19:13:17,3:11,0:18:13 chr8 86050477 . A G 195.34 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.00054862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.653;QD=10.5591;RBI=0.000667735;REFB=-0.00261607;REVB=-0.000380638;RO=49;SAF=10;SAR=15;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145337;STB=0.508468;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00371207;OID=.;OPOS=86050477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:49:25:25:0.337838:15:10:19:30:15:10:19:30 chr8 86057703 . A C 397.83 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0182764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.298;QD=16.2381;RBI=0.0183843;REFB=-0.0124757;REVB=-0.00198859;RO=47;SAF=19;SAR=23;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668643;STB=0.544984;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0114619;OID=.;OPOS=86057703;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:56:42:42:0.428571:23:19:18:29:23:19:21:35 chr8 86057894 . GTATT G 948.2 PASS AF=0.970588;AO=64;DP=70;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0149249;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=4;MLLD=255.559;QD=55.7762;RBI=0.0179427;REFB=-0.0448406;REVB=0.00995922;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504891;STBP=0.767;TYPE=del;VARB=0.00183504;OID=.;OPOS=86057895;OREF=TATT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.970588:64:70:66:68:2:43:23:1:1:6:0:42:22:0:0 chr8 86089787 . C G 43.66 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.012204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3902;QD=21.8303;RBI=0.0174229;REFB=-0.00943422;REVB=-0.0124347;RO=2;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209294;STB=0.624528;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0438693;OID=.;OPOS=86089787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:1:5:1:1:1:5:1:1 chr8 86126827 . C CAACATT,T 1658.79 PASS AF=0.896,0.04;AO=107,8;DP=127;FAO=112,5;FDP=125;FR=.;FRO=8;FSAF=52,1;FSAR=60,4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0104129,-0.041223;FXX=0.00793588;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=273.556,63.8209;QD=53.0814;RBI=0.0168867,0.0425551;REFB=0.000825502,0.00759845;REVB=0.013294,0.0105639;RO=9;SAF=49,3;SAR=58,5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.030776,-0.256503;STB=0.51909,0.822299;STBP=0.127,0.109;TYPE=ins,snp;VARB=0.000558687,0.0524669;OID=.,.;OPOS=86126828,86126827;OREF=-,C;OALT=AACATT,T;OMAPALT=CAACATT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:127:125:9:8:107,8:112,5:0.896,0.04:58,5:49,3:6:3:60,4:52,1:6:2 chr8 86129528 . A T 96.97 PASS AF=0.1875;AO=22;DP=89;FAO=18;FDP=96;FR=.;FRO=78;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=-0.00576914;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.1955;QD=4.04034;RBI=0.0672562;REFB=-0.0233992;REVB=-0.0670083;RO=67;SAF=4;SAR=18;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.563277;STB=0.946104;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.129863;OID=.;OPOS=86129528;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:89:96:67:78:22:18:0.1875:18:4:44:23:17:1:48:30 chr8 86193472 . G A 197.1 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0467714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9962;QD=10.9502;RBI=0.0562618;REFB=-0.00242024;REVB=-0.0312702;RO=47;SAF=15;SAR=10;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171946;STB=0.59992;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00458431;OID=.;OPOS=86193472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:10:15:21:26:10:15:21:26 chr8 86351997 . G A 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00715359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.347;QD=60.0766;RBI=0.0074049;REFB=0;REVB=0.00191281;RO=0;SAF=59;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37436e-06;OID=.;OPOS=86351997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:48:59:0:0:48:59:0:0 chr8 86389403 . T C 3039.47 PASS AF=0.989796;AO=193;DP=195;FAO=194;FDP=196;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=107;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0171646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1067;QD=62.0299;RBI=0.0396151;REFB=-0.0040993;REVB=-0.0357034;RO=2;SAF=87;SAR=106;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000970765;STB=0.500532;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.000214894;OID=.;OPOS=86389403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:195:196:2:2:193:194:0.989796:106:87:1:1:107:87:1:1 chr8 87076520 . C A 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00491575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.862;QD=20.563;RBI=0.0116971;REFB=-0.00957112;REVB=0.010614;RO=31;SAF=16;SAR=19;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227615;STB=0.512612;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00957474;OID=.;OPOS=87076520;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:19:16:15:16:19:16:15:16 chr8 87241847 . G A 365.94 PASS AF=0.312925;AO=46;DP=148;FAO=46;FDP=147;FR=.;FRO=101;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=-0.0505633;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9546;QD=9.95744;RBI=0.0654744;REFB=-0.00689832;REVB=-0.0415963;RO=101;SAF=22;SAR=24;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019853;STB=0.51154;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0136711;OID=.;OPOS=87241847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:101:101:46:46:0.312925:24:22:50:51:24:22:50:51 chr8 87242353 . C T 346.19 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.05833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.915;QD=16.8872;RBI=0.0589393;REFB=-0.0124159;REVB=0.00845273;RO=45;SAF=19;SAR=18;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110838;STB=0.562097;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0313614;OID=.;OPOS=87242353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:18:19:18:27:18:19:18:27 chr8 87666251 . T G 1827.68 PASS AF=0.98374;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0197702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.442;QD=59.4367;RBI=0.0201515;REFB=-0.18227;REVB=0.00390138;RO=2;SAF=58;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150747;STB=0.507935;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00063441;OID=.;OPOS=87666251;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:122:123:2:2:120:121:0.98374:62:58:0:2:62:59:0:2 chr8 87679303 . A C 2648.9 PASS AF=0.994318;AO=173;DP=176;FAO=175;FDP=176;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0217232;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.0964;QD=60.2022;RBI=0.0244128;REFB=-0.103043;REVB=0.0111395;RO=2;SAF=76;SAR=97;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0013399;STB=0.502538;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00242517;OID=.;OPOS=87679303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:176:176:2:1:173:175:0.994318:97:76:1:1:98:77:0:1 chr8 88622043 . T G 1165.29 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.715;QD=60.5348;RBI=0.0539632;REFB=0;REVB=0.0494456;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228825;OID=.;OPOS=88622043;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:39:37:0:0:39:38:0:0 chr8 89053202 . GT GG,G 60.4 PASS AF=0.0253165,0.227848;AO=4,19;DP=78;FAO=2,18;FDP=79;FR=.;FRO=59;FSAF=1,8;FSAR=1,10;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0508914,-0.0867135;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=27.4344,12.1512;QD=3.05804;RBI=0.122533,0.247021;REFB=-0.0145985,-0.0169823;REVB=0.111465,0.231301;RO=46;SAF=1,12;SAR=3,7;SRF=28;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.361069,0.0287502;STB=0.54058,0.57463;STBP=0.872,0.472;TYPE=snp,del;VARB=0.0103264,-0.0102912;OID=.,.;OPOS=89053203,89053203;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0253165,0.227848:4,19:78:2,18:79:59:1,8:1,10:32:27:50:46:1,12:3,7:28:18 chr8 89081730 . T C 1774.64 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.132286;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.989;QD=60.1572;RBI=0.132301;REFB=-0.0295654;REVB=-0.00195472;RO=1;SAF=33;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141723;STB=0.507461;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000849974;OID=.;OPOS=89081730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:119:118:1:1:117:117:0.991525:84:33:1:0:84:33:1:0 chr8 89340162 . G C 299.03 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00945784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.49;QD=13.5921;RBI=0.0291518;REFB=-0.0218419;REVB=-0.0275749;RO=48;SAF=16;SAR=18;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11609;STB=0.540697;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0300262;OID=.;OPOS=89340162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:88:48:54:34:34:0.386364:18:16:28:20:18:16:29:25 chr8 90949255 . TA T 60.63 PASS AF=0.230769;AO=20;DP=79;FAO=18;FDP=78;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.027279;FXX=0.0126566;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.8656;QD=3.10941;RBI=0.0290048;REFB=-0.00942474;REVB=0.00985566;RO=52;SAF=14;SAR=6;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249692;STB=0.619333;STBP=0.31;TYPE=del;VARB=0.0408176;OID=.;OPOS=90949256;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769:20:79:18:78:60:12:6:31:29:60:52:14:6:26:26 chr8 90958422 . T C 780.37 PASS AF=0.570312;AO=73;DP=129;FAO=73;FDP=128;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0162484;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.853;QD=24.3866;RBI=0.0277866;REFB=-0.00701549;REVB=0.0225407;RO=54;SAF=30;SAR=43;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128071;STB=0.573807;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00500233;OID=.;OPOS=90958422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:54:55:73:73:0.570312:43:30:31:23:43:30:32:23 chr8 90960042 . C T 247.33 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0219123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.802;QD=13.7406;RBI=0.0221189;REFB=-0.00210272;REVB=0.00301625;RO=43;SAF=16;SAR=13;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177843;STB=0.510138;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00349752;OID=.;OPOS=90960042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:13:16:23:20:13:16:23:20 chr8 90967711 . A G 1143.46 PASS AF=0.576923;AO=105;DP=183;FAO=105;FDP=182;FR=.;FRO=77;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.0368158;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.755;QD=25.1309;RBI=0.0368297;REFB=-0.000170524;REVB=0.00101034;RO=77;SAF=56;SAR=49;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03108;STB=0.516884;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000444507;OID=.;OPOS=90967711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:77:77:105:105:0.576923:49:56:38:39:49:56:38:39 chr8 90990479 . C G 1560.02 PASS AF=0.574803;AO=145;DP=255;FAO=146;FDP=254;FR=.;FRO=108;FSAF=81;FSAR=65;FSRF=63;FSRR=45;FWDB=-0.0182589;FXX=0.00392141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7979;QD=24.5673;RBI=0.0220803;REFB=0.000835158;REVB=-0.0124158;RO=104;SAF=81;SAR=64;SRF=61;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218856;STB=0.512314;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00072786;OID=.;OPOS=90990479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:254:104:108:145:146:0.574803:64:81:61:43:65:81:63:45 chr8 90995019 . C T 766.95 PASS AF=0.636364;AO=70;DP=110;FAO=70;FDP=110;FR=.;FRO=40;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00771836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.088;QD=27.8891;RBI=0.00798571;REFB=-0.001574;REVB=-0.00204904;RO=40;SAF=33;SAR=37;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102852;STB=0.555655;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000869039;OID=.;OPOS=90995019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:40:40:70:70:0.636364:37:33:25:15:37:33:25:15 chr8 91031074 . G A 251.91 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0185811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6176;QD=27.2335;RBI=0.0250328;REFB=-0.00821739;REVB=-0.0167746;RO=13;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894256;STB=0.535181;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00582903;OID=.;OPOS=91031074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:14:23:23:0.621622:12:11:8:5:12:11:8:6 chr8 91940446 . C T 836.98 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0104916;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.746;QD=55.7986;RBI=0.0145599;REFB=-0.115821;REVB=0.0100954;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154685;STB=0.508194;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-7.75863e-06;OID=.;OPOS=91940446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:29:30:1:0:29:30:1:0 chr8 92083424 . A G 702.29 PASS AF=0.577586;AO=67;DP=116;FAO=67;FDP=116;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0238802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0663;QD=24.217;RBI=0.0299735;REFB=-0.00615593;REVB=0.0181148;RO=48;SAF=34;SAR=33;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581891;STB=0.535676;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00414513;OID=.;OPOS=92083424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:48:49:67:67:0.577586:33:34:28:20:33:34:29:20 chr8 92136728 . C T 917.7 PASS AF=0.576389;AO=83;DP=144;FAO=83;FDP=144;FR=.;FRO=61;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.00268928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.765;QD=25.4917;RBI=0.00544683;REFB=-0.00107735;REVB=-0.00473663;RO=60;SAF=49;SAR=34;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580448;STB=0.528498;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00068904;OID=.;OPOS=92136728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:60:61:83:83:0.576389:34:49:31:29:34:49:32:29 chr8 92971404 . GTTTTT GTTTT,GTTTTA 513.31 PASS AF=0.906977,0.0232558;AO=34,2;DP=45;FAO=39,1;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=17,1;FSAR=22,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.215412,-0.109989;FXX=0.0444346;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=20.8905,8.60672;QD=47.7494;RBI=0.244488,0.126679;REFB=-0.0296922,0.0394843;REVB=-0.115636,-0.0628479;RO=3;SAF=14,1;SAR=20,1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0394625,-0.142842;STB=0.516679,0.985111;STBP=0.474,0.519;TYPE=del,snp;VARB=-0.00870567,0.0453242;OID=.,.;OPOS=92971405,92971409;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=GTTTT,GTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.906977,0.0232558:34,2:45:39,1:43:3:17,1:22,0:2:1:12:3:14,1:20,1:2:1 chr8 94146620 . G A 41.7 PASS AF=0.075;AO=15;DP=200;FAO=15;FDP=200;FR=.;FRO=185;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=103;FSRR=82;FWDB=-0.0117057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.328;QD=0.834074;RBI=0.0146614;REFB=-0.00698345;REVB=0.00882797;RO=183;SAF=6;SAR=9;SRF=101;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168503;STB=0.642251;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0686545;OID=.;OPOS=94146620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:200:200:183:185:15:15:0.075:9:6:101:82:9:6:103:82 chr8 94746698 . G T 56.76 PASS AF=0.32;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0164435;FXX=0.0740466;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.143;QD=9.0817;RBI=0.0166081;REFB=-0.00648612;REVB=0.00233249;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748347;STB=0.51348;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00632602;OID=.;OPOS=94746698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:27:25:15:17:8:8:0.32:2:6:12:3:2:6:13:4 chr8 94794620 . C T 243.78 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.000386962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.9;QD=15.2365;RBI=0.00720487;REFB=-0.00952486;REVB=-0.00719447;RO=35;SAF=18;SAR=10;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159077;STB=0.598552;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0123711;OID=.;OPOS=94794620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:10:18:17:18:10:18:17:19 chr8 94808165 . A G 382.29 PASS AF=0.365079;AO=46;DP=127;FAO=46;FDP=126;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=50;FWDB=0.0069883;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8291;QD=12.1362;RBI=0.0276096;REFB=0.00388815;REVB=-0.0267105;RO=80;SAF=24;SAR=22;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162664;STB=0.592553;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00450429;OID=.;OPOS=94808165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:80:80:46:46:0.365079:22:24:30:50:22:24:30:50 chr8 94827660 . A C 194.06 PASS AF=0.27957;AO=26;DP=93;FAO=26;FDP=93;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0474344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.008;QD=8.34669;RBI=0.0479133;REFB=-0.00552381;REVB=-0.00675737;RO=65;SAF=15;SAR=11;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120195;STB=0.5821;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0169189;OID=.;OPOS=94827660;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:65:67:26:26:0.27957:11:15:31:34:11:15:31:36 chr8 94934593 . C T 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0125206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6375;QD=23.094;RBI=0.0721701;REFB=-0.0215119;REVB=-0.0710757;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217112;STB=0.512181;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00696238;OID=.;OPOS=94934593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:8:9:6:6:8:9:6:6 chr8 94935937 . T C 164.08 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.017491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.719;QD=11.1243;RBI=0.031116;REFB=-0.0121388;REVB=0.0257347;RO=38;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325981;STB=0.688304;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0401237;OID=.;OPOS=94935937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:8:13:12:26:8:13:12:26 chr8 94936532 . G C 203.7 PASS AF=0.27551;AO=27;DP=99;FAO=27;FDP=98;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.00546852;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.77;QD=8.31419;RBI=0.0115282;REFB=0.00115704;REVB=-0.0101486;RO=71;SAF=13;SAR=14;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480428;STB=0.52868;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.00561671;OID=.;OPOS=94936532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:71:71:27:27:0.27551:14:13:37:34:14:13:37:34 chr8 95143172 . T G 261.74 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00597878;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.675;QD=52.3478;RBI=0.0284502;REFB=0;REVB=0.0278149;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571403;OID=.;OPOS=95143172;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr8 95143186 . C G 272.32 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.85;QD=51.8711;RBI=0.0433431;REFB=0;REVB=0.0331731;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78979e-05;OID=.;OPOS=95143186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr8 95158382 . C T 1329.77 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.015717;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.099;QD=61.1387;RBI=0.0324273;REFB=-0.100293;REVB=0.0283638;RO=1;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106464;STB=0.505617;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000128381;OID=.;OPOS=95158382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:87:1:1:86:86:0.988506:44:42:0:1:44:42:0:1 chr8 95186382 . G A 384.27 PASS AF=0.314815;AO=51;DP=162;FAO=51;FDP=162;FR=.;FRO=111;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=51;FSRR=60;FWDB=0.00404668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.696;QD=9.48821;RBI=0.0265865;REFB=0.00213692;REVB=0.0262768;RO=111;SAF=21;SAR=30;SRF=51;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573922;STB=0.53332;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.00436297;OID=.;OPOS=95186382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:111:111:51:51:0.314815:30:21:51:60:30:21:51:60 chr8 95188850 . T C 1334.32 PASS AF=0.463576;AO=139;DP=302;FAO=140;FDP=302;FR=.;FRO=162;FSAF=83;FSAR=57;FSRF=81;FSRR=81;FWDB=-0.00422173;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.08;QD=17.673;RBI=0.00531005;REFB=-0.000323422;REVB=0.00322081;RO=160;SAF=82;SAR=57;SRF=81;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824178;STB=0.550613;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.000403884;OID=.;OPOS=95188850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:302:160:162:139:140:0.463576:57:82:81:79:57:83:81:81 chr8 95272598 . C T 563.06 PASS AF=0.55914;AO=51;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.025425;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.846;QD=24.2174;RBI=0.0343698;REFB=-0.0241138;REVB=-0.0231268;RO=41;SAF=25;SAR=26;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376474;STB=0.516123;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0158174;OID=.;OPOS=95272598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:41:51:52:0.55914:26:25:22:19:26:26:22:19 chr8 95416309 . T A 282.59 PASS AF=0.306452;AO=37;DP=123;FAO=38;FDP=124;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=33;FWDB=0.00798585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7943;QD=9.11569;RBI=0.0276884;REFB=-0.017436;REVB=0.0265117;RO=86;SAF=25;SAR=12;SRF=53;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778876;STB=0.55238;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0899426;OID=.;OPOS=95416309;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:86:86:37:38:0.306452:12:25:53:33:12:26:53:33 chr8 95419698 . A G 3073.27 PASS AF=0.985366;AO=202;DP=208;FAO=202;FDP=205;FR=.;FRO=3;FSAF=101;FSAR=101;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00255959;FXX=0.0144224;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.118;QD=59.9662;RBI=0.00563426;REFB=-0.100241;REVB=0.0050193;RO=3;SAF=101;SAR=101;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00464496;STB=0.502439;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-2.04484e-05;OID=.;OPOS=95419698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:208:205:3:3:202:202:0.985366:101:101:1:2:101:101:1:2 chr8 95531419 . T C 1183.49 PASS AF=0.644172;AO=105;DP=163;FAO=105;FDP=163;FR=.;FRO=58;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00324136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.287;QD=29.0427;RBI=0.0268694;REFB=-0.0182666;REVB=0.0266732;RO=58;SAF=58;SAR=47;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348086;STB=0.518768;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00966002;OID=.;OPOS=95531419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:58:58:105:105:0.644172:47:58:29:29:47:58:29:29 chr8 95538468 . T C 336.08 PASS AF=0.634615;AO=32;DP=51;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00897345;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.681;QD=25.852;RBI=0.0245509;REFB=-0.0027542;REVB=0.0228522;RO=18;SAF=13;SAR=19;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995066;STB=0.549551;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00454269;OID=.;OPOS=95538468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:18:19:32:33:0.634615:19:13:10:8:20:13:10:9 chr8 95541302 . A G 100.26 PASS AF=0.26;AO=12;DP=49;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.017295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5648;QD=8.02062;RBI=0.0199692;REFB=-0.00217007;REVB=0.00998257;RO=36;SAF=5;SAR=7;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262661;STB=0.688155;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00739142;OID=.;OPOS=95541302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:36:37:12:13:0.26:7:5:23:13:8:5:24:13 chr8 95541371 . T A 1091.2 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0157799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.092;QD=57.4316;RBI=0.0412429;REFB=-0.173305;REVB=0.0381048;RO=1;SAF=45;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010398;STB=0.510867;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00190438;OID=.;OPOS=95541371;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:76:1:2:74:74:0.973684:29:45:1:0:29:45:2:0 chr8 95559092 . T C 1054.09 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0179584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.367;QD=56.9778;RBI=0.0181123;REFB=-0.0555333;REVB=-0.00235633;RO=0;SAF=49;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505587;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.000277342;OID=.;OPOS=95559092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:74:0:2:72:72:0.972973:23:49:0:0:23:49:1:1 chr8 95680229 . C T 1531.75 PASS AF=0.981308;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0451066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6374;QD=57.2615;RBI=0.0565228;REFB=-0.0801655;REVB=-0.034062;RO=2;SAF=57;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0017368;STB=0.50099;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00600557;OID=.;OPOS=95680229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:106:107:2:2:104:105:0.981308:47:57:1:1:47:58:1:1 chr8 95690579 . T C 1624.42 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.796;QD=60.1636;RBI=0.0678235;REFB=0;REVB=-0.0508575;RO=0;SAF=48;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23818e-05;OID=.;OPOS=95690579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:60:48:0:0:60:48:0:0 chr8 95719387 . A T 718.1 PASS AF=0.634615;AO=66;DP=104;FAO=66;FDP=104;FR=.;FRO=38;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0227996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9462;QD=27.6193;RBI=0.0519756;REFB=-0.031882;REVB=-0.046708;RO=38;SAF=43;SAR=23;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147228;STB=0.50798;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.020044;OID=.;OPOS=95719387;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:38:38:66:66:0.634615:23:43:24:14:23:43:24:14 chr8 95877787 . T C 1028.17 PASS AF=0.588957;AO=96;DP=162;FAO=96;FDP=163;FR=.;FRO=67;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.000886964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.012;QD=25.2312;RBI=0.00726487;REFB=-0.0256583;REVB=0.00721053;RO=65;SAF=42;SAR=54;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296843;STB=0.516676;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0143651;OID=.;OPOS=95877787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:65:67:96:96:0.588957:54:42:31:34:54:42:32:35 chr8 95888307 . C T 461.06 PASS AF=0.564103;AO=45;DP=79;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.021207;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4303;QD=23.6439;RBI=0.118398;REFB=-0.0143234;REVB=-0.116483;RO=29;SAF=20;SAR=25;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17455;STB=0.583296;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00873986;OID=.;OPOS=95888307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:29:34:45:44:0.564103:25:20:20:9:24:20:22:12 chr8 95918288 . C T 864.61 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.597;QD=57.6404;RBI=0.0408466;REFB=0;REVB=0.038747;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102068;OID=.;OPOS=95918288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:26:33:0:0:26:34:0:0 chr8 95938422 . C A 1320.88 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.219;QD=62.1591;RBI=0.0143098;REFB=0;REVB=0.00420225;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56887e-05;OID=.;OPOS=95938422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:35:50:0:0:35:50:0:0 chr8 95939382 . A G 654.07 PASS AF=0.577982;AO=63;DP=110;FAO=63;FDP=109;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00925153;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.5657;QD=24.0025;RBI=0.0133668;REFB=-0.02786;REVB=-0.00964778;RO=46;SAF=32;SAR=31;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275057;STB=0.515005;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0180136;OID=.;OPOS=95939382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:46:46:63:63:0.577982:31:32:25:21:31:32:25:21 chr8 95942244 . G A 1290.31 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321226;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.278;QD=62.1836;RBI=0.0397736;REFB=0;REVB=0.0234538;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164611;OID=.;OPOS=95942244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:36:46:0:0:36:47:0:0 chr8 95951916 . GTGAC G 267.08 PASS AF=0.333333;AO=33;DP=101;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0185682;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=4;MLLD=295.885;QD=10.7912;RBI=0.0197836;REFB=-0.00582021;REVB=0.00682737;RO=67;SAF=15;SAR=18;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129291;STB=0.570342;STBP=0.338;TYPE=del;VARB=0.0119018;OID=.;OPOS=95951917;OREF=TGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:33:101:33:99:66:15:18:37:29:99:67:15:18:38:29 chr8 96053782 . GCT G 1458.93 PASS AF=1;AO=92;DP=106;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758252;FXX=0.0565984;HRUN=1;LEN=2;MLLD=274.754;QD=58.3573;RBI=0.0199675;REFB=0;REVB=0.0184718;RO=0;SAF=62;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.40424e-05;OID=.;OPOS=96053783;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:92:106:100:100:0:69:31:0:0:8:0:62:30:0:0 chr8 97251726 . G A 118.28 PASS AF=0.127273;AO=27;DP=224;FAO=28;FDP=220;FR=.;FRO=192;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=129;FSRR=63;FWDB=-0.0119281;FXX=0.0178563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.196;QD=2.1505;RBI=0.0300633;REFB=0.00122742;REVB=-0.0275957;RO=163;SAF=23;SAR=4;SRF=116;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253436;STB=0.672838;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00530555;OID=.;OPOS=97251726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:220:163:192:27:28:0.127273:4:23:116:47:5:23:129:63 chr8 97614625 . G A 370.63 PASS AF=0.632653;AO=30;DP=48;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0031203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.308;QD=30.2552;RBI=0.0704747;REFB=-0.0139515;REVB=0.0704056;RO=17;SAF=16;SAR=14;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757798;STB=0.55552;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0123409;OID=.;OPOS=97614625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:17:18:30:31:0.632653:14:16:11:6:15:16:12:6 chr8 97847203 . A G 610.02 PASS AF=0.440789;AO=67;DP=153;FAO=67;FDP=152;FR=.;FRO=85;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=0.0146906;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.645;QD=16.053;RBI=0.0161397;REFB=0.00687643;REVB=-0.00668413;RO=85;SAF=34;SAR=33;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220255;STB=0.512278;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.00777822;OID=.;OPOS=97847203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:85:85:67:67:0.440789:33:34:45:40:33:34:45:40 chr8 97847358 . G T 2450.34 PASS AF=0.981928;AO=162;DP=165;FAO=163;FDP=166;FR=.;FRO=3;FSAF=98;FSAR=65;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0384798;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.1504;QD=59.0443;RBI=0.0477011;REFB=-0.116145;REVB=-0.0281905;RO=3;SAF=98;SAR=64;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143415;STB=0.507537;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00153775;OID=.;OPOS=97847358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:165:166:3:3:162:163:0.981928:64:98:3:0:65:98:3:0 chr8 98289986 . C T 414.95 PASS AF=0.403361;AO=48;DP=119;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.00683007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.446;QD=13.9478;RBI=0.00688809;REFB=-0.0146923;REVB=0.000892169;RO=68;SAF=16;SAR=32;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120141;STB=0.574818;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0256488;OID=.;OPOS=98289986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:68:71:48:48:0.403361:32:16:30:38:32:16:32:39 chr8 98787994 . A G 728.09 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.485;QD=63.3121;RBI=0.0293537;REFB=0;REVB=0.00616281;RO=0;SAF=5;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119134;OID=.;OPOS=98787994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:40:5:0:0:41:5:0:0 chr8 98827531 . G A 222.99 PASS AF=1;AO=14;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.248;QD=49.5526;RBI=0.0257005;REFB=0;REVB=0.025629;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000826342;OID=.;OPOS=98827531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:14:18:1:7:7:0:0:10:8:0:0 chr8 98943446 . T C 202.62 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00952353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1739;QD=10.1309;RBI=0.0114914;REFB=-0.00492261;REVB=0.00643069;RO=50;SAF=8;SAR=18;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227865;STB=0.636255;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0125443;OID=.;OPOS=98943446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:54:26:26:0.325:18:8:25:25:18:8:27:27 chr8 98943545 . A G 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0148419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.783;QD=18.4268;RBI=0.0220474;REFB=-0.0111229;REVB=-0.0163035;RO=28;SAF=8;SAR=20;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750935;STB=0.542138;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0149663;OID=.;OPOS=98943545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:20:8:10:18:20:8:10:18 chr8 98943598 . C T 182.87 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00255474;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.927;QD=16.6244;RBI=0.0614146;REFB=-0.0072846;REVB=-0.0613615;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497194;STB=0.519064;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0172175;OID=.;OPOS=98943598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:24:25:19:19:0.431818:12:7:10:14:12:7:10:15 chr8 98954012 . T C 851.19 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000334287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8436;QD=57.7078;RBI=0.0148287;REFB=0;REVB=-0.014825;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153601;OID=.;OPOS=98954012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr8 99115144 . A G 702.2 PASS AF=0.605505;AO=66;DP=109;FAO=66;FDP=109;FR=.;FRO=43;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0148043;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.186;QD=25.7689;RBI=0.018522;REFB=-0.0288494;REVB=-0.011131;RO=43;SAF=38;SAR=28;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641791;STB=0.534899;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0142457;OID=.;OPOS=99115144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:43:43:66:66:0.605505:28:38:21:22:28:38:21:22 chr8 99142281 . C G 353.18 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0791068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3389;QD=26.1616;RBI=0.0836984;REFB=-0.0339151;REVB=-0.0273413;RO=20;SAF=24;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155218;STB=0.585313;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.017983;OID=.;OPOS=99142281;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:10:24:10:10:10:24:10:10 chr8 99168467 . TA T 108.73 PASS AF=0.527473;AO=43;DP=92;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0573949;FXX=0.0108684;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.3237;QD=4.77939;RBI=0.0762726;REFB=-0.0786075;REVB=0.0502329;RO=34;SAF=34;SAR=9;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261028;STB=0.645869;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.121755;OID=.;OPOS=99168468;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.527473:43:92:48:91:43:37:11:22:21:99:34:34:9:18:16 chr8 99205612 . C T 2792.44 PASS AF=0.994444;AO=179;DP=180;FAO=179;FDP=180;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0198758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.181;QD=62.0542;RBI=0.027678;REFB=-0.038833;REVB=0.0192621;RO=1;SAF=84;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0056338;STB=0.502958;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=8.93209e-05;OID=.;OPOS=99205612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:180:180:1:1:179:179:0.994444:95:84:1:0:95:84:1:0 chr8 99208190 . A C 1321.66 PASS AF=0.977778;AO=84;DP=87;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0342961;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.917;QD=58.7403;RBI=0.0549631;REFB=-0.0478048;REVB=0.0429502;RO=3;SAF=56;SAR=28;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480807;STB=0.516663;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00067058;OID=.;OPOS=99208190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:90:3:2:84:88:0.977778:28:56:0:3:29:59:0:2 chr8 99234772 . T G 530.01 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=37;FWDB=0.0201908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.656;QD=22.7962;RBI=0.022729;REFB=-0.0693709;REVB=0.0104374;RO=42;SAF=15;SAR=35;SRF=6;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168212;STB=0.595007;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0757186;OID=.;OPOS=99234772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:42:43:50:50:0.537634:35:15:6:36:35:15:6:37 chr8 99440599 . A C 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0176428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.806;QD=2.21231;RBI=0.0209684;REFB=-0.00712976;REVB=-0.0113315;RO=49;SAF=5;SAR=1;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421723;STB=0.827116;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0763675;OID=.;OPOS=99440599;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:49:49:6:6:0.109091:1:5:23:26:1:5:23:26 chr8 99441904 . G T 1601.62 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00453175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.615;QD=64.0648;RBI=0.0297621;REFB=0;REVB=0.0294151;RO=0;SAF=61;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72233e-05;OID=.;OPOS=99441904;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:100:0:0:95:100:1:34:61:0:0:37:63:0:0 chr8 100133706 . T G 713.09 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00899684;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.967;QD=63.3859;RBI=0.0371041;REFB=0;REVB=0.0359968;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171067;OID=.;OPOS=100133706;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr8 100844758 . T C 373.81 PASS AF=0.4;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.00736323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.242;QD=13.593;RBI=0.00750742;REFB=-0.0182485;REVB=-0.00146433;RO=65;SAF=30;SAR=14;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20956;STB=0.623859;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0265666;OID=.;OPOS=100844758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:65:66:44:44:0.4:14:30:32:33:14:30:32:34 chr8 100866130 . C T 43.59 PASS AF=0.09375;AO=12;DP=128;FAO=12;FDP=128;FR=.;FRO=116;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=58;FSRR=58;FWDB=-0.00937216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.822;QD=1.36231;RBI=0.0192231;REFB=0.000219242;REVB=-0.0167836;RO=113;SAF=10;SAR=2;SRF=57;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398954;STB=0.814672;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00250447;OID=.;OPOS=100866130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:128:128:113:116:12:12:0.09375:2:10:57:56:2:10:58:58 chr8 100871657 . G A 183.68 PASS AF=0.274725;AO=25;DP=91;FAO=25;FDP=91;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.0113592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.541;QD=8.07402;RBI=0.0242463;REFB=-0.000669742;REVB=0.0214208;RO=66;SAF=14;SAR=11;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054637;STB=0.532717;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00175656;OID=.;OPOS=100871657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:66:66:25:25:0.274725:11:14:34:32:11:14:34:32 chr8 100975002 . A G 615.44 PASS AF=0.90566;AO=47;DP=52;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00268786;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=156.124;QD=46.4484;RBI=0.0322784;REFB=-0.10296;REVB=0.0321663;RO=5;SAF=20;SAR=27;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682313;STB=0.536726;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00188382;OID=.;OPOS=100975002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:52:53:5:5:47:48:0.90566:27:20:4:1:28:20:4:1 chr8 101153024 . G A 622.75 PASS AF=0.529915;AO=62;DP=118;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.000491271;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.9;QD=21.2907;RBI=0.00947565;REFB=-0.000396991;REVB=-0.00946291;RO=54;SAF=37;SAR=25;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00368006;STB=0.507281;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.000285422;OID=.;OPOS=101153024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:54:55:62:62:0.529915:25:37:32:22:25:37:32:23 chr8 101157967 . C T 93.3 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0634303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8085;QD=19.6426;RBI=0.0653529;REFB=-0.0290819;REVB=-0.0157354;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335209;STB=0.519196;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0270729;OID=.;OPOS=101157967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:5:6:4:4:5:6:4:4 chr8 101252680 . T C 638.11 PASS AF=0.553571;AO=61;DP=111;FAO=62;FDP=112;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0323458;FXX=0.0344798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.958;QD=22.7896;RBI=0.0330089;REFB=-0.0227312;REVB=0.00658295;RO=49;SAF=30;SAR=31;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0016333;STB=0.50173;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0127827;OID=.;OPOS=101252680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:49:50:61:62:0.553571:31:30:24:25:32:30:24:26 chr8 101253184 . G A 589.91 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0103692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.687;QD=20.168;RBI=0.0103726;REFB=-0.00427809;REVB=0.000267073;RO=57;SAF=33;SAR=27;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025931;STB=0.514281;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00390913;OID=.;OPOS=101253184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:57:60:60:0.512821:27:33:33:24:27:33:33:24 chr8 101648164 . C G 306.6 PASS AF=0.286713;AO=40;DP=143;FAO=41;FDP=143;FR=.;FRO=102;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=0.0220255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2099;QD=8.57629;RBI=0.0281878;REFB=-0.00695655;REVB=0.0175905;RO=101;SAF=14;SAR=26;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168852;STB=0.590864;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0172734;OID=.;OPOS=101648164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:101:102:40:41:0.286713:26:14:49:52:26:15:50:52 chr8 101670026 . G T 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=19;FWDB=-0.0227176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.9048;QD=17.7318;RBI=0.0500043;REFB=0.00559772;REVB=0.0445459;RO=19;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354627;STB=0.693726;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00351715;OID=.;OPOS=101670026;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:15:2:0:19:15:2:0:19 chr8 101721812 . G A 51.0 PASS AF=0.0659341;AO=24;DP=364;FAO=24;FDP=364;FR=.;FRO=340;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=157;FSRR=183;FWDB=-0.0186794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.539;QD=0.560427;RBI=0.0308033;REFB=-0.00340515;REVB=0.0244933;RO=338;SAF=14;SAR=10;SRF=156;SRR=182;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131671;STB=0.612328;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0289572;OID=.;OPOS=101721812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:364:364:338:340:24:24:0.0659341:10:14:156:182:10:14:157:183 chr8 101721817 . T C 46.07 PASS AF=0.0630137;AO=23;DP=365;FAO=23;FDP=365;FR=.;FRO=342;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=156;FSRR=186;FWDB=0.0406771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2572;QD=0.50483;RBI=0.0412924;REFB=0.00123097;REVB=-0.00710208;RO=340;SAF=15;SAR=8;SRF=156;SRR=184;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204837;STB=0.680071;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0184331;OID=.;OPOS=101721817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:365:365:340:342:23:23:0.0630137:8:15:156:184:8:15:156:186 chr8 101721839 . C A 51.89 PASS AF=0.0668524;AO=24;DP=360;FAO=24;FDP=359;FR=.;FRO=335;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=152;FSRR=183;FWDB=-0.00557167;FXX=0.0027777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.303;QD=0.57812;RBI=0.00661032;REFB=-0.000482536;REVB=-0.00355709;RO=334;SAF=15;SAR=9;SRF=153;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180556;STB=0.656956;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00535435;OID=.;OPOS=101721839;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:360:359:334:335:24:24:0.0668524:9:15:153:181:9:15:152:183 chr8 101721870 . G A 41.25 PASS AF=0.0628931;AO=20;DP=318;FAO=20;FDP=318;FR=.;FRO=298;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=133;FSRR=165;FWDB=0.00366068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.96;QD=0.518835;RBI=0.0182805;REFB=-0.00101551;REVB=-0.0179102;RO=294;SAF=12;SAR=8;SRF=129;SRR=165;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170835;STB=0.641395;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0159124;OID=.;OPOS=101721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:318:318:294:298:20:20:0.0628931:8:12:129:165:8:12:133:165 chr8 101721899 . C A 32.19 PASS AF=0.0576271;AO=17;DP=295;FAO=17;FDP=295;FR=.;FRO=278;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=124;FSRR=154;FWDB=-0.0229256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0272;QD=0.436429;RBI=0.0419269;REFB=7.67812e-05;REVB=-0.0351039;RO=273;SAF=13;SAR=4;SRF=122;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322348;STB=0.789066;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00420338;OID=.;OPOS=101721899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:295:295:273:278:17:17:0.0576271:4:13:122:151:4:13:124:154 chr8 102209357 . A T 1189.75 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0213575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.628;QD=57.3376;RBI=0.0558287;REFB=-0.107473;REVB=-0.051582;RO=2;SAF=40;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230823;STB=0.518068;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000778022;OID=.;OPOS=102209357;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:83:83:2:3:80:80:0.963855:40:40:2:0:40:40:3:0 chr8 102504974 . C G 193.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0157296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.259;QD=14.0505;RBI=0.0166888;REFB=-0.0195227;REVB=-0.00557651;RO=30;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132106;STB=0.565164;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0288547;OID=.;OPOS=102504974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:32:23:23:0.418182:15:8:7:23:15:8:8:24 chr8 102631911 . G A 936.13 PASS AF=0.5625;AO=90;DP=160;FAO=90;FDP=160;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0215271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.682;QD=23.4032;RBI=0.021551;REFB=-0.00979268;REVB=-0.00101427;RO=70;SAF=35;SAR=55;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103147;STB=0.556255;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00548879;OID=.;OPOS=102631911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:70:70:90:90:0.5625:55:35:36:34:55:35:36:34 chr8 102680499 . CA C 785.16 PASS AF=0.587302;AO=68;DP=128;FAO=74;FDP=126;FR=.;FRO=52;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00672766;FXX=0.038165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.805;QD=24.9257;RBI=0.0302901;REFB=-0.00278714;REVB=-0.0295335;RO=50;SAF=45;SAR=23;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691041;STB=0.540182;STBP=0.319;TYPE=del;VARB=0.00218861;OID=.;OPOS=102680500;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.587302:68:128:74:126:52:48:26:29:23:99:50:45:23:29:21 chr8 102681337 . C T 931.83 PASS AF=0.619403;AO=81;DP=131;FAO=83;FDP=134;FR=.;FRO=51;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00322811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2304;QD=27.8159;RBI=0.0392117;REFB=-0.010503;REVB=0.0390785;RO=50;SAF=33;SAR=48;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200811;STB=0.511561;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00655223;OID=.;OPOS=102681337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:134:50:51:81:83:0.619403:48:33:19:31:48:35:20:31 chr8 102700636 . A T 717.26 PASS AF=0.663043;AO=59;DP=90;FAO=61;FDP=92;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0035076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.47;QD=31.1851;RBI=0.0127218;REFB=-0.0156686;REVB=0.0122287;RO=31;SAF=28;SAR=31;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352925;STB=0.518963;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00766617;OID=.;OPOS=102700636;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:31:31:59:61:0.663043:31:28:13:18:32:29:13:18 chr8 102859580 . C T 825.4 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.195;QD=54.1247;RBI=0.0654288;REFB=0;REVB=0.0625084;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001778;OID=.;OPOS=102859580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:61:0:0:55:61:1:25:30:0:0:30:31:0:0 chr8 103137693 . T C 5108.48 PASS AF=0.976879;AO=317;DP=328;FAO=338;FDP=346;FR=.;FRO=8;FSAF=193;FSAR=145;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0248565;FXX=0.00288176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.315;QD=59.0576;RBI=0.0263101;REFB=-0.0610786;REVB=-0.00862414;RO=9;SAF=175;SAR=142;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238946;STB=0.510152;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0176651;OID=.;OPOS=103137693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:328:346:9:8:317:338:0.976879:142:175:9:0:145:193:8:0 chr8 103250986 . T C 240.32 PASS AF=0.3125;AO=29;DP=95;FAO=30;FDP=96;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.00781886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.267;QD=10.0134;RBI=0.0279036;REFB=-0.00835451;REVB=-0.0267857;RO=65;SAF=14;SAR=15;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293397;STB=0.522933;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0178017;OID=.;OPOS=103250986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:65:66:29:30:0.3125:15:14:33:32:16:14:33:33 chr8 103298802 . T C 473.52 PASS AF=0.377622;AO=54;DP=143;FAO=54;FDP=143;FR=.;FRO=89;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=0.0116356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.575;QD=13.2452;RBI=0.0151968;REFB=-0.00790734;REVB=0.0097752;RO=89;SAF=31;SAR=23;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137246;STB=0.507791;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0126938;OID=.;OPOS=103298802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:89:89:54:54:0.377622:23:31:50:39:23:31:50:39 chr8 103572992 . C G 582.85 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.049001;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.9435;QD=55.5093;RBI=0.0497739;REFB=-0.134277;REVB=0.00873765;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533316;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00276019;OID=.;OPOS=103572992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:0:2:40:40:0.952381:14:26:0:0:14:26:0:2 chr8 103573001 . C G 272.89 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.015535;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.068;QD=25.9893;RBI=0.0233162;REFB=-0.0246631;REVB=0.017387;RO=16;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209862;STB=0.599924;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0173848;OID=.;OPOS=103573001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:17:25:25:0.595238:12:13:13:3:12:13:13:4 chr8 103573006 . G A 356.28 PASS AF=0.638298;AO=29;DP=48;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0482053;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.632;QD=30.3217;RBI=0.0581886;REFB=-0.044748;REVB=0.0325908;RO=17;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16822;STB=0.58496;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00751961;OID=.;OPOS=103573006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:17:17:29:30:0.638298:14:15:13:4:14:16:13:4 chr8 103573010 . CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 30.46 PASS AF=0.166667;AO=5;DP=35;FAO=5;FDP=30;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00736102;FXX=0.16662;HRUN=1;LEN=27;MLLD=459.367;QD=4.06078;RBI=0.0257114;REFB=-0.00870917;REVB=-0.0246352;RO=18;SAF=4;SAR=1;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463705;STB=0.776628;STBP=0.225;TYPE=del;VARB=0.0425968;OID=.;OPOS=103573011;OREF=TGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:5:35:5:30:25:4:1:12:13:30:18:4:1:7:11 chr8 103840360 . G A 248.31 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0191481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.07;QD=11.685;RBI=0.0191497;REFB=-0.00114812;REVB=-0.000242496;RO=55;SAF=15;SAR=15;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917514;STB=0.552906;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00166533;OID=.;OPOS=103840360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:55:30:30:0.352941:15:15:32:23:15:15:32:23 chr8 103845372 . G A 1121.1 PASS AF=0.63125;AO=101;DP=160;FAO=101;FDP=160;FR=.;FRO=59;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0080727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.911;QD=28.0275;RBI=0.00981815;REFB=-0.00667513;REVB=-0.00558816;RO=59;SAF=50;SAR=51;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670129;STB=0.536171;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00434624;OID=.;OPOS=103845372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:59:59:101:101:0.63125:51:50:35:24:51:50:35:24 chr8 103851052 . T C 288.54 PASS AF=0.319328;AO=38;DP=119;FAO=38;FDP=119;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=-0.00108999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.718;QD=9.69879;RBI=0.00944879;REFB=-0.00911419;REVB=-0.00938571;RO=79;SAF=21;SAR=17;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977879;STB=0.506473;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0192366;OID=.;OPOS=103851052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:79:81:38:38:0.319328:17:21:43:36:17:21:44:37 chr8 103876780 . C T 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0226533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.437;QD=21.0157;RBI=0.0226574;REFB=0.00247896;REVB=0.00042822;RO=13;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645261;STB=0.536539;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00125229;OID=.;OPOS=103876780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:5:11:8:5:5:11:8:5 chr8 104064973 . T C 684.65 PASS AF=0.674419;AO=58;DP=86;FAO=58;FDP=86;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0291779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.337;QD=31.844;RBI=0.0474473;REFB=-0.0173416;REVB=0.0374152;RO=28;SAF=20;SAR=38;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206623;STB=0.611852;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00805179;OID=.;OPOS=104064973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:28:28:58:58:0.674419:38:20:19:9:38:20:19:9 chr8 104075374 . G A 262.79 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00908762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.26;QD=15.0164;RBI=0.0325132;REFB=-0.00292551;REVB=-0.0312174;RO=37;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985292;STB=0.533311;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00688112;OID=.;OPOS=104075374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:40:30:30:0.428571:14:16:16:21:14:16:19:21 chr8 104081198 . TAAAAAAAT TAAAAAAAAT,TAAAAAAT,TAAAAAATA 41.1 PASS AF=0.0235294,0.329412,0.0117647;AO=11,27,5;DP=85;FAO=2,28,1;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=1,13,0;FSAR=1,15,1;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0693301,-0.0548681,-0.026938;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=5.98364,7.81323,57.0765;QD=1.93401;RBI=0.20507,0.197928,0.0683241;REFB=0.00870274,-0.0093957,-0.0132958;REVB=0.192995,-0.19017,-0.0627895;RO=36;SAF=7,12,0;SAR=4,15,5;SRF=19;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.134744,-0.0839832,-0.636999;STB=0.535362,0.547792,0.99071;STBP=0.861,0.56,0.284;TYPE=ins,del,mnp;VARB=-0.0605712,0.0452129,0.077437;OID=.,.,.;OPOS=104081199,104081199,104081205;OREF=-,A,AT;OALT=A,-,TA;OMAPALT=TAAAAAAAAT,TAAAAAAT,TAAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0235294,0.329412,0.0117647:11,27,5:85:2,28,1:85:54:1,13,0:1,15,1:29:25:46:36:7,12,0:4,15,5:19:17 chr8 104081226 . A G 599.02 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=112;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00448792;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.359;QD=21.3934;RBI=0.00522546;REFB=-0.00982941;REVB=0.00267657;RO=51;SAF=36;SAR=24;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936988;STB=0.556345;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00748324;OID=.;OPOS=104081226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:51:52:60:60:0.535714:24:36:25:26:24:36:25:27 chr8 104082307 . C T 746.77 PASS AF=0.621622;AO=69;DP=111;FAO=69;FDP=111;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0139127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.355;QD=26.9107;RBI=0.0140953;REFB=-0.00541801;REVB=-0.00226164;RO=41;SAF=34;SAR=35;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803978;STB=0.547717;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00362267;OID=.;OPOS=104082307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:41:42:69:69:0.621622:35:34:25:16:35:34:26:16 chr8 104098842 . ATAGT A 186.71 PASS AF=0.358209;AO=22;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0140719;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=4;MLLD=291.743;QD=11.1469;RBI=0.0158927;REFB=-0.00640742;REVB=0.00738637;RO=42;SAF=15;SAR=7;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380721;STB=0.698868;STBP=0.02;TYPE=del;VARB=0.0116267;OID=.;OPOS=104098843;OREF=TAGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358209:22:67:24:67:43:16:8:15:28:99:42:15:7:14:28 chr8 104098889 . G T 43.66 PASS AF=0.126761;AO=9;DP=71;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.00519676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.776;QD=2.45961;RBI=0.0212558;REFB=-0.000843651;REVB=-0.0206108;RO=62;SAF=6;SAR=3;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274781;STB=0.696822;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0130264;OID=.;OPOS=104098889;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:71:71:62:62:9:9:0.126761:3:6:27:35:3:6:27:35 chr8 104100865 . G A 629.13 PASS AF=0.726027;AO=54;DP=73;FAO=53;FDP=73;FR=.;FRO=20;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.000425176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.628;QD=34.4727;RBI=0.013361;REFB=0.0282323;REVB=0.0133542;RO=19;SAF=30;SAR=24;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142914;STB=0.518318;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.00224277;OID=.;OPOS=104100865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:19:20:54:53:0.726027:24:30:10:9:23:30:10:10 chr8 104100875 . AG A 542.61 PASS AF=0.75641;AO=50;DP=73;FAO=59;FDP=78;FR=.;FRO=19;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0360162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.6022;QD=27.8263;RBI=0.0394558;REFB=0.0213826;REVB=0.016112;RO=16;SAF=26;SAR=24;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902207;STB=0.525415;STBP=0.432;TYPE=del;VARB=-0.00827886;OID=.;OPOS=104100876;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75641:50:73:59:78:19:31:28:8:11:70:16:26:24:8:8 chr8 104100919 . G A 851.18 PASS AF=0.681818;AO=74;DP=113;FAO=75;FDP=110;FR=.;FRO=35;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.013292;FXX=0.0265463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.731;QD=30.9521;RBI=0.0165389;REFB=-0.0295459;REVB=-0.00984161;RO=35;SAF=37;SAR=37;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595946;STB=0.529718;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0143773;OID=.;OPOS=104100919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:110:35:35:74:75:0.681818:37:37:14:21:38:37:14:21 chr8 104312341 . A G 1510.86 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00659851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.991;QD=63.615;RBI=0.0158665;REFB=0;REVB=0.0144294;RO=0;SAF=56;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10189e-06;OID=.;OPOS=104312341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:39:56:0:0:39:56:0:0 chr8 104337096 . A G 2566.98 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.811;QD=61.8549;RBI=0.0336528;REFB=0;REVB=-0.0151683;RO=0;SAF=90;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03298e-05;OID=.;OPOS=104337096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:166:0:0:165:166:1:75:90:0:0:75:91:0:0 chr8 104337367 . A C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7107;QD=57.1772;RBI=0.0461537;REFB=0;REVB=0.0433343;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187063;OID=.;OPOS=104337367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr8 104343686 . G A 1830.21 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0502992;FXX=0.0165276;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.251;QD=61.5197;RBI=0.0543268;REFB=0;REVB=0.0205276;RO=0;SAF=64;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14518e-05;OID=.;OPOS=104343686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:119:0:0:119:119:1:55:64:0:0:55:64:0:0 chr8 104343822 . A G 1250.51 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00432638;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.27;QD=61.7535;RBI=0.0130332;REFB=0;REVB=-0.0122942;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254438;OID=.;OPOS=104343822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr8 104394744 . T C 4570.2 PASS AF=0.99;AO=296;DP=300;FAO=297;FDP=300;FR=.;FRO=3;FSAF=143;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0453728;FXX=0.00332215;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9462;QD=60.936;RBI=0.0794422;REFB=-0.0704803;REVB=0.0652102;RO=2;SAF=142;SAR=154;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00615299;STB=0.504823;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.000402281;OID=.;OPOS=104394744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:300:300:2:3:296:297:0.99:154:142:0:2:154:143:0:3 chr8 104394854 . CT C 257.57 PASS AF=0.508108;AO=83;DP=187;FAO=94;FDP=185;FR=.;FRO=91;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=33;FSRR=58;FWDB=-0.0264612;FXX=0.0106946;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.21525;QD=5.56917;RBI=0.122317;REFB=-0.0201768;REVB=0.11942;RO=77;SAF=34;SAR=49;SRF=26;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662181;STB=0.516067;STBP=0.675;TYPE=del;VARB=0.044204;OID=.;OPOS=104394855;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.508108:83:187:94:185:91:37:57:33:58:99:77:34:49:26:51 chr8 105261725 . G A 320.26 PASS AF=0.330645;AO=41;DP=124;FAO=41;FDP=124;FR=.;FRO=83;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=0.01416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1761;QD=10.331;RBI=0.0316994;REFB=0.0104552;REVB=-0.028361;RO=83;SAF=19;SAR=22;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118552;STB=0.568487;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0209323;OID=.;OPOS=105261725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:83:83:41:41:0.330645:22:19:47:36:22:19:47:36 chr8 105263979 . C T 219.85 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0277686;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.675;QD=11.8835;RBI=0.0279718;REFB=-0.015095;REVB=-0.00336505;RO=47;SAF=11;SAR=16;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137608;STB=0.579418;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0290538;OID=.;OPOS=105263979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:16:11:25:22:16:11:25:22 chr8 105478933 . G A 160.68 PASS AF=0.252747;AO=24;DP=91;FAO=23;FDP=91;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=0.00647706;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.2793;QD=7.06287;RBI=0.0540487;REFB=-0.0109721;REVB=0.0536592;RO=64;SAF=15;SAR=9;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398415;STB=0.507036;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0348682;OID=.;OPOS=105478933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:64:68:24:23:0.252747:9:15:38:26:9:14:42:26 chr8 105503738 . C T 211.85 PASS AF=0.188776;AO=37;DP=196;FAO=37;FDP=196;FR=.;FRO=159;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=85;FSRR=74;FWDB=-0.0135289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.583;QD=4.3235;RBI=0.0189601;REFB=-0.00684775;REVB=-0.0132837;RO=159;SAF=19;SAR=18;SRF=85;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271349;STB=0.517118;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0348386;OID=.;OPOS=105503738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:159:159:37:37:0.188776:18:19:85:74:18:19:85:74 chr8 106815994 . GGTTAT G 122.77 PASS AF=0.277228;AO=27;DP=111;FAO=28;FDP=101;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.000741192;FXX=0.121729;HRUN=2;LEN=5;MLLD=258.546;QD=4.86222;RBI=0.0428454;REFB=-0.006837;REVB=0.042839;RO=47;SAF=12;SAR=15;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730315;STB=0.517229;STBP=0.834;TYPE=del;VARB=0.0174267;OID=.;OPOS=106815995;OREF=GTTAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277228:27:111:28:101:73:12:16:33:40:99:47:12:15:24:23 chr8 107710044 . T A 2304.06 PASS AF=0.986577;AO=146;DP=148;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0613464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.682;QD=61.8539;RBI=0.0619072;REFB=0.0354023;REVB=-0.0083134;RO=2;SAF=78;SAR=68;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120369;STB=0.506328;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.000241534;OID=.;OPOS=107710044;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:148:149:2:2:146:147:0.986577:68:78:2:0:69:78:2:0 chr8 107718725 . GCTC G 101.52 PASS AF=0.193182;AO=17;DP=88;FAO=17;FDP=88;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=50;FSRR=21;FWDB=-0.03984;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=250.687;QD=4.61437;RBI=0.0604453;REFB=-0.0077996;REVB=-0.0454578;RO=63;SAF=14;SAR=3;SRF=44;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21482;STB=0.636183;STBP=0.31;TYPE=del;VARB=0.0363312;OID=.;OPOS=107718726;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.193182:17:88:17:88:71:14:3:50:21:99:63:14:3:44:19 chr8 107764454 . GT G,GTA 1261.67 PASS AF=0.979381,0.0206186;AO=5,2;DP=10;FAO=95,2;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=61,0;FSAR=34,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435114,0.0017975;FXX=0.0202;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=200.604,61.2495;QD=52.0275;RBI=0.137491,0.0199852;REFB=0,0;REVB=0.130425,-0.0199042;RO=3;SAF=4,0;SAR=1,2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.116878,-0.666583;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0.00342254,0.0174884;OID=.,.;OPOS=107764455,107764456;OREF=T,-;OALT=-,A;OMAPALT=G,GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.979381,0.0206186:5,2:10:95,2:97:0:61,0:34,2:0:0:4:3:4,0:1,2:2:1 chr8 107782065 . A G 177.9 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0073073;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3256;QD=14.522;RBI=0.0351201;REFB=-0.0419868;REVB=-0.0343515;RO=29;SAF=14;SAR=5;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409498;STB=0.744426;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0303421;OID=.;OPOS=107782065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:29:30:19:19:0.387755:5:14:10:19:5:14:10:20 chr8 107782395 . G A 83.05 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0825205;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2019;QD=8.10271;RBI=0.0935789;REFB=-0.0110937;REVB=0.0441292;RO=30;SAF=4;SAR=7;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417079;STB=0.75167;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0348915;OID=.;OPOS=107782395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:43:41:30:30:11:11:0.268293:7:4:22:8:7:4:22:8 chr8 108970367 . A G 647.07 PASS AF=0.371859;AO=74;DP=200;FAO=74;FDP=199;FR=.;FRO=125;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=64;FSRR=61;FWDB=-0.00319592;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.062;QD=13.0065;RBI=0.00508092;REFB=0.00245826;REVB=-0.00394992;RO=125;SAF=42;SAR=32;SRF=63;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709587;STB=0.535206;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.00446924;OID=.;OPOS=108970367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:125:125:74:74:0.371859:32:42:63:62:32:42:64:61 chr8 109455863 . C T 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0245142;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.912;QD=21.7444;RBI=0.0330375;REFB=-0.0416961;REVB=0.0221479;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232282;STB=0.6314;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0301156;OID=.;OPOS=109455863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:10:5:7:4:10:5:7:4 chr8 110255497 . AAT A,ATT 175.93 PASS AF=0.509804,0;AO=19,7;DP=67;FAO=26,0;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=6,0;FSAR=20,0;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.114848,-0.227759;FXX=0.13557;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=17.8114,11.2781;QD=13.7983;RBI=0.155359,0.259746;REFB=-0.121455,0.025728;REVB=-0.104624,-0.124875;RO=33;SAF=2,7;SAR=17,0;SRF=13;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.456493,0.728503;STB=0.603688,0.5;STBP=0.17,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0887944,0;OID=.,.;OPOS=110255498,110255498;OREF=AT,A;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509804,0:19,7:67:26,0:51:25:6,0:20,0:10:15:99:33:2,7:17,0:13:20 chr8 110510955 . G T 252.46 PASS AF=0.188285;AO=45;DP=237;FAO=45;FDP=239;FR=.;FRO=194;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=90;FSRR=104;FWDB=-0.0530999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.617;QD=4.22527;RBI=0.0673972;REFB=-0.00750141;REVB=-0.0415063;RO=191;SAF=24;SAR=21;SRF=89;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866098;STB=0.556149;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.033177;OID=.;OPOS=110510955;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:239:191:194:45:45:0.188285:21:24:89:102:21:24:90:104 chr8 110587924 . T C 252.73 PASS AF=0.26087;AO=36;DP=139;FAO=36;FDP=138;FR=.;FRO=102;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=55;FSRR=47;FWDB=0.0293988;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.547;QD=7.32548;RBI=0.0324219;REFB=0.00464142;REVB=0.0136707;RO=101;SAF=19;SAR=17;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00851103;STB=0.508484;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.0196817;OID=.;OPOS=110587924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:101:102:36:36:0.26087:17:19:54:47:17:19:55:47 chr8 110657514 . G A 1030.06 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.51;QD=58.0316;RBI=0.033044;REFB=0.00976576;REVB=0.0268662;RO=0;SAF=21;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0379e-08;STB=0.505049;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=3.44864e-05;OID=.;OPOS=110657514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:49:21:0:0:49:21:0:1 chr8 110984500 . G T 495.36 PASS AF=0.51;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00400354;FXX=0.0565984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.829;QD=19.8143;RBI=0.026188;REFB=-0.00566451;REVB=0.0258802;RO=46;SAF=32;SAR=19;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240015;STB=0.627401;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00363184;OID=.;OPOS=110984500;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:100:46:49:51:51:0.51:19:32:16:30:19:32:18:31 chr8 111946844 . G C 1029.12 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093041;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3562;QD=59.6589;RBI=0.0152885;REFB=0;REVB=0.0121314;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020566;OID=.;OPOS=111946844;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:25:43:0:0:25:44:0:0 chr8 113241088 . T G 1287.38 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.765;QD=60.5827;RBI=0.0247303;REFB=-0.0376398;REVB=0.0136846;RO=1;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997231;STB=0.505262;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000114214;OID=.;OPOS=113241088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:47:37:0:1:47:37:0:1 chr8 113299453 . G A 143.76 PASS AF=0.193798;AO=25;DP=129;FAO=25;FDP=129;FR=.;FRO=104;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=63;FSRR=41;FWDB=-0.0808848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.223;QD=4.45755;RBI=0.0811321;REFB=-0.00284834;REVB=-0.00633021;RO=102;SAF=13;SAR=12;SRF=61;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100309;STB=0.56959;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0121034;OID=.;OPOS=113299453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:102:104:25:25:0.193798:12:13:61:41:12:13:63:41 chr8 113323089 . T C 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0438304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.927;QD=22.6;RBI=0.0672861;REFB=-0.024478;REVB=-0.0510521;RO=20;SAF=16;SAR=7;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367358;STB=0.705234;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0127696;OID=.;OPOS=113323089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:7:16:5:15:7:16:5:15 chr8 113331119 . G A 149.9 PASS AF=0.222222;AO=24;DP=108;FAO=24;FDP=108;FR=.;FRO=84;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.0418245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4452;QD=5.55193;RBI=0.058403;REFB=-0.000557866;REVB=-0.040763;RO=82;SAF=15;SAR=9;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113681;STB=0.571368;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00108357;OID=.;OPOS=113331119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:82:84:24:24:0.222222:9:15:44:38:9:15:45:39 chr8 113332153 . G A 279.54 PASS AF=0.220588;AO=45;DP=204;FAO=45;FDP=204;FR=.;FRO=159;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=91;FSRR=68;FWDB=-0.019971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.881;QD=5.48123;RBI=0.0232839;REFB=-0.00352325;REVB=-0.0119707;RO=159;SAF=27;SAR=18;SRF=91;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03633;STB=0.522257;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0150806;OID=.;OPOS=113332153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:159:159:45:45:0.220588:18:27:91:68:18:27:91:68 chr8 113364696 . A G 491.09 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0574568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5324;QD=25.1843;RBI=0.0728036;REFB=-0.0279152;REVB=0.0447111;RO=32;SAF=29;SAR=17;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537453;STB=0.529433;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0211476;OID=.;OPOS=113364696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:32:46:46:0.589744:17:29:18:14:17:29:18:14 chr8 113516207 . CTGA ACTA,CT,CTA,CTAA 993.47 PASS AF=0,0.449275,0.463768,0.0869565;AO=5,34,16,35;DP=92;FAO=0,31,32,6;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12,14,3;FSAR=0,19,18,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000908785,0.00346137,0.00224999,0.0014793;FXX=0.0416609;HRUN=1,1,1,1;LEN=3,2,1,1;MLLD=166.582,178.788,179.783,175.987;QD=57.5927;RBI=0.00586954,0.00698249,0.0105379,0.0125162;REFB=0,0,0,0;REVB=0.00579876,0.00606416,0.0102949,0.0124285;RO=0;SAF=5,12,6,10;SAR=0,22,10,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-4.75716e-08,0,5.03206e-08;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0,-0.00812703,0.0042733,-0.00242223;OID=.,.,.,.;OPOS=113516207,113516209,113516209,113516209;OREF=CTG,GA,G,G;OALT=ACT,-,-,A;OMAPALT=ACTA,CT,CTA,CTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:52:92:69:0:0:5,34,16,35:0,31,32,6:0,0.449275,0.463768,0.0869565:0,22,10,25:5,12,6,10:0:0:0,19,18,3:0,12,14,3:0:0 chr8 113655752 . T C 858.18 PASS AF=0.536913;AO=80;DP=149;FAO=80;FDP=149;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=0.0177626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.1759;QD=23.0385;RBI=0.0227353;REFB=-0.00586294;REVB=-0.014191;RO=69;SAF=33;SAR=47;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189489;STB=0.603644;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00406743;OID=.;OPOS=113655752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:69:69:80:80:0.536913:47:33:44:25:47:33:44:25 chr8 113988139 . T C 1278.39 PASS AF=0.510288;AO=124;DP=243;FAO=124;FDP=243;FR=.;FRO=119;FSAF=98;FSAR=26;FSRF=91;FSRR=28;FWDB=0.00396979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.295;QD=21.0434;RBI=0.0227493;REFB=-0.00687781;REVB=0.0224002;RO=119;SAF=98;SAR=26;SRF=91;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337418;STB=0.518515;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00646376;OID=.;OPOS=113988139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:119:119:124:124:0.510288:26:98:91:28:26:98:91:28 chr8 114186003 . T C 1249.38 PASS AF=0.660606;AO=107;DP=163;FAO=109;FDP=165;FR=.;FRO=56;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0122589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.103;QD=30.288;RBI=0.0137587;REFB=-0.0170137;REVB=0.00624661;RO=56;SAF=59;SAR=48;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361038;STB=0.522585;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00745825;OID=.;OPOS=114186003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:56:56:107:109:0.660606:48:59:34:22:50:59:34:22 chr8 116423424 . T A,C 1377.73 PASS AF=0.0454545,0.890909;AO=6,97;DP=111;FAO=5,98;FDP=110;FR=.;FRO=7;FSAF=2,56;FSAR=3,42;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0148666,0.0200748;FXX=0.0090082;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=147.889,179.432;QD=50.0992;RBI=0.0154816,0.0221747;REFB=-0.0198496,0.018235;REVB=-0.00432013,0.00941926;RO=4;SAF=3,55;SAR=3,42;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.168827,0.0241337;STB=0.517172,0.509693;STBP=0.955,0.502;TYPE=snp,snp;VARB=0.151179,-0.000405834;OID=.,.;OPOS=116423424,116423424;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:111:110:4:7:6,97:5,98:0.0454545,0.890909:3,42:3,55:1:3:3,42:2,56:3:4 chr8 116423490 . A T 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.751;QD=60.0767;RBI=0.0587904;REFB=0;REVB=0.0551897;RO=0;SAF=46;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38778e-05;OID=.;OPOS=116423490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:61:46:0:0:61:46:0:0 chr8 116424270 . A AC,C 1109.86 PASS AF=0.68,0.32;AO=39,33;DP=78;FAO=51,24;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=24,18;FSAR=27,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160105,-0.0182124;FXX=0.0259707;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=216.854,214.883;QD=59.1924;RBI=0.0169942,0.0194234;REFB=0,0;REVB=0.00569786,0.00675105;RO=2;SAF=19,21;SAR=20,12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0468167,-0.0424416;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00770958,-0.0140849;OID=.,.;OPOS=116424271,116424270;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:47:78:75:2:0:39,33:51,24:0.68,0.32:20,12:19,21:2:0:27,6:24,18:0:0 chr8 116616231 . C T 278.58 PASS AF=0.218905;AO=44;DP=201;FAO=44;FDP=201;FR=.;FRO=157;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=63;FSRR=94;FWDB=0.0207671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.436;QD=5.54384;RBI=0.0223257;REFB=-0.00333461;REVB=-0.00819519;RO=156;SAF=24;SAR=20;SRF=63;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179129;STB=0.611211;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0115089;OID=.;OPOS=116616231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:156:157:44:44:0.218905:20:24:63:93:20:24:63:94 chr8 116635872 . T TA 655.07 PASS AF=0.567742;AO=85;DP=159;FAO=88;FDP=155;FR=.;FRO=67;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=-0.000118654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.1977;QD=16.9051;RBI=0.00150845;REFB=0.0218667;REVB=-0.00150378;RO=71;SAF=50;SAR=35;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138573;STB=0.582668;STBP=0.023;TYPE=ins;VARB=-0.0164646;OID=.;OPOS=116635873;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.567742:85:159:88:155:67:51:37:26:41:99:71:50:35:30:41 chr8 117035009 . C T 2258.11 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=151;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0116971;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.601;QD=60.2163;RBI=0.0117909;REFB=-0.0894842;REVB=-0.00148449;RO=1;SAF=77;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00656034;STB=0.503448;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000703337;OID=.;OPOS=117035009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:150:1:1:149:149:0.993333:72:77:0:1:72:77:0:1 chr8 117791733 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.575;QD=63.2867;RBI=0.0411326;REFB=0;REVB=0.0309857;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224464;OID=.;OPOS=117791733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:13:33:0:0:13:33:0:0 chr8 117858389 . G A 2617.37 PASS AF=1;AO=168;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.843;QD=61.9495;RBI=0.0168115;REFB=0;REVB=-0.0133398;RO=0;SAF=94;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8424e-06;OID=.;OPOS=117858389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:168:169:1:74:94:0:0:74:95:0:0 chr8 117864217 . A G 1377.52 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00432376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.723;QD=62.6146;RBI=0.00901164;REFB=0;REVB=-0.00790662;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.87186e-06;OID=.;OPOS=117864217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:48:39:0:0:48:40:0:0 chr8 117950768 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=378.781;QD=37.4885;RBI=0.0042312;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.70377e-05;OID=.;OPOS=117950768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr8 118030465 . C G 166.26 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0758907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.666;QD=14.7788;RBI=0.0762377;REFB=-0.021538;REVB=0.00726516;RO=27;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161308;STB=0.593643;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0323597;OID=.;OPOS=118030465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:12:6:13:14:12:6:13:14 chr8 118184783 . C T 1293.43 PASS AF=0.94;AO=93;DP=103;FAO=94;FDP=100;FR=.;FRO=6;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0166171;FXX=0.0291234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.83;QD=51.7374;RBI=0.0235852;REFB=0.0470595;REVB=0.0167371;RO=7;SAF=51;SAR=42;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222222;STB=0.517623;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00182929;OID=.;OPOS=118184783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:103:100:7:6:93:94:0.94:42:51:5:2:43:51:5:1 chr8 118819578 . C T 1011.89 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.514;QD=58.6601;RBI=0.0441949;REFB=0;REVB=0.0275416;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84203e-05;OID=.;OPOS=118819578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:62:69:0:0:61:69:1:32:29:0:0:33:36:0:0 chr8 119964016 . G A 803.71 PASS AF=0.431472;AO=84;DP=195;FAO=85;FDP=197;FR=.;FRO=112;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=53;FSRR=59;FWDB=0.00771638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.447;QD=16.319;RBI=0.00985008;REFB=-0.0156081;REVB=0.00612221;RO=111;SAF=47;SAR=37;SRF=52;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931042;STB=0.552175;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0174969;OID=.;OPOS=119964016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:197:111:112:84:85:0.431472:37:47:52:59:37:48:53:59 chr8 119964052 . G C 4770.51 PASS AF=1;AO=305;DP=305;FAO=305;FDP=305;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000336268;FXX=0.00651445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.116;QD=62.564;RBI=0.0226518;REFB=0;REVB=0.0226493;RO=0;SAF=166;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57016e-05;OID=.;OPOS=119964052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:305:305:0:0:305:305:1:139:166:0:0:139:166:0:0 chr8 120079625 . C T 182.54 PASS AF=0.268817;AO=25;DP=93;FAO=25;FDP=93;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.0150606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.834;QD=7.85123;RBI=0.0257176;REFB=-0.0129028;REVB=-0.0208464;RO=67;SAF=15;SAR=10;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225107;STB=0.508921;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0352902;OID=.;OPOS=120079625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:67:68:25:25:0.268817:10:15:39:28:10:15:40:28 chr8 120429050 . GCCCCCG GCCCC,GCCCCG 30.03 PASS AF=0.285714,0;AO=6,3;DP=21;FAO=6,0;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1,0;FSAR=5,0;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.189943,-0.18419;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=24.8142,11.748;QD=5.7197;RBI=0.19022,0.184785;REFB=-0.0725129,-0.10033;REVB=0.0102448,-0.0148205;RO=11;SAF=1,3;SAR=5,0;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.359862,0.657411;STB=0.818575,0.5;STBP=0.072,1;TYPE=del,del;VARB=0.156942,0;OID=.,.;OPOS=120429055,120429051;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714,0:6,3:21:6,0:21:15:1,0:5,0:9:6:29:11:1,3:5,0:5:6 chr8 120569877 . T G 976.78 PASS AF=0.58125;AO=93;DP=160;FAO=93;FDP=160;FR=.;FRO=67;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.00129493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.961;QD=24.4195;RBI=0.00955825;REFB=-0.00819361;REVB=0.00947013;RO=66;SAF=50;SAR=43;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288487;STB=0.512679;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00775442;OID=.;OPOS=120569877;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:66:67:93:93:0.58125:43:50:33:33:43:50:34:33 chr8 120596023 . A G 1005.87 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171798;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.008;QD=59.169;RBI=0.0181422;REFB=0;REVB=0.00583042;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54657e-05;OID=.;OPOS=120596023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:33:34:0:0:34:34:0:0 chr8 120724209 . T C 596.54 PASS AF=0.526316;AO=58;DP=114;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0169959;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.883;QD=20.9313;RBI=0.0193798;REFB=-0.00663265;REVB=0.00931221;RO=56;SAF=27;SAR=31;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331497;STB=0.510585;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00551457;OID=.;OPOS=120724209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:56:54:58:60:0.526316:31:27:24:32:32:28:24:30 chr8 120790304 . T C 738.54 PASS AF=0.6;AO=69;DP=115;FAO=69;FDP=115;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00246538;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.334;QD=25.6882;RBI=0.00294273;REFB=-0.0151408;REVB=0.00160672;RO=46;SAF=29;SAR=40;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434073;STB=0.523607;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00895297;OID=.;OPOS=120790304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:46:46:69:69:0.6:40:29:22:24:40:29:22:24 chr8 120803637 . C G 948.19 PASS AF=0.602837;AO=84;DP=141;FAO=85;FDP=141;FR=.;FRO=56;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0311833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.72;QD=26.899;RBI=0.0375776;REFB=-0.0095159;REVB=-0.0209685;RO=56;SAF=45;SAR=39;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526938;STB=0.530585;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00686368;OID=.;OPOS=120803637;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:56:56:84:85:0.602837:39:45:26:30:39:46:26:30 chr8 120818627 . T A,TA 51.99 PASS AF=0.0238095,0.166667;AO=4,9;DP=86;FAO=2,14;FDP=84;FR=.;FRO=68;FSAF=2,11;FSAR=0,3;FSRF=19;FSRR=49;FWDB=0.0161703,0.0122591;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=275.194,17.2193;QD=2.47575;RBI=0.016612,0.0733153;REFB=-0.00224606,-0.0594527;REVB=0.00380529,-0.0722832;RO=69;SAF=3,8;SAR=1,1;SRF=19;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.434079,0.647191;STB=0.997014,0.86363;STBP=0.042,0.005;TYPE=snp,ins;VARB=0.193338,0.113714;OID=.,.;OPOS=120818627,120818628;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:86:84:69:68:4,9:2,14:0.0238095,0.166667:1,1:3,8:19:50:0,3:2,11:19:49 chr8 120847078 . C G 643.46 PASS AF=0.636364;AO=56;DP=88;FAO=56;FDP=88;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=2.93054e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.346;QD=29.2481;RBI=0.00778119;REFB=-0.0143379;REVB=0.00778113;RO=32;SAF=27;SAR=29;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178819;STB=0.596819;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00877386;OID=.;OPOS=120847078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:32:32:56:56:0.636364:29:27:24:8:29:27:24:8 chr8 120847123 . C T 845.91 PASS AF=0.633333;AO=76;DP=120;FAO=76;FDP=120;FR=.;FRO=44;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.0129383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.435;QD=28.1969;RBI=0.0136796;REFB=-0.0121781;REVB=-0.00444222;RO=44;SAF=36;SAR=40;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140426;STB=0.575897;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00527144;OID=.;OPOS=120847123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:44:44:76:76:0.633333:40:36:30:14:40:36:30:14 chr8 120847188 . T C 680.58 PASS AF=0.580357;AO=65;DP=113;FAO=65;FDP=112;FR=.;FRO=47;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.00924513;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.898;QD=24.3063;RBI=0.00991241;REFB=-0.0248748;REVB=0.00357538;RO=47;SAF=38;SAR=27;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258022;STB=0.514062;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0177094;OID=.;OPOS=120847188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:47:47:65:65:0.580357:27:38:29:18:27:38:29:18 chr8 120903471 . C CA 1498.59 PASS AF=1;AO=96;DP=110;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025006;FXX=0.0291234;HRUN=0;LEN=1;MLLD=205.721;QD=59.9436;RBI=0.0465411;REFB=0;REVB=0.0392527;RO=10;SAF=58;SAR=38;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558439;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.30467e-05;OID=.;OPOS=120903472;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:96:110:100:100:0:61:39:0:0:8:10:58:38:9:1 chr8 121013770 . A G 1568.31 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.369;QD=62.7322;RBI=0.0193065;REFB=-0.0204034;REVB=0.000131176;RO=1;SAF=56;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839581;STB=0.504424;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000457499;OID=.;OPOS=121013770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:43:56:1:0:43:56:1:0 chr8 121061879 . G A 2780.76 PASS AF=0.98895;AO=178;DP=181;FAO=179;FDP=181;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.056038;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.289;QD=61.4532;RBI=0.0651316;REFB=-0.135873;REVB=0.0331945;RO=2;SAF=89;SAR=89;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500031;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00137357;OID=.;OPOS=121061879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:181:181:2:2:178:179:0.98895:89:89:1:1:89:90:1:1 chr8 121210069 . T C 1434.36 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.964;QD=63.049;RBI=0.0546916;REFB=0;REVB=-0.000893432;RO=0;SAF=37;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167044;OID=.;OPOS=121210069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:54:37:0:0:54:37:0:0 chr8 121215991 . T C 1896.28 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.609;QD=61.6677;RBI=0.00817794;REFB=0;REVB=-0.0067225;RO=0;SAF=39;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05299e-06;OID=.;OPOS=121215991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:84:39:0:0:84:39:0:0 chr8 121228679 . A C 2984.62 PASS AF=0.962264;AO=201;DP=211;FAO=204;FDP=212;FR=.;FRO=8;FSAF=103;FSAR=101;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0595119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0358;QD=56.3136;RBI=0.0995751;REFB=-0.0560261;REVB=0.0798345;RO=10;SAF=101;SAR=100;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092359;STB=0.504901;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00582062;OID=.;OPOS=121228679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:211:212:10:8:201:204:0.962264:100:101:4:6:101:103:3:5 chr8 121256150 . T C 1113.56 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0827323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.923;QD=60.1926;RBI=0.112639;REFB=0;REVB=-0.0764391;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00131364;OID=.;OPOS=121256150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:32:42:0:0:32:42:0:0 chr8 121259862 . G A 3445.23 PASS AF=0.965812;AO=226;DP=236;FAO=226;FDP=234;FR=.;FRO=8;FSAF=135;FSAR=91;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00496416;FXX=0.0209196;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.188;QD=58.8928;RBI=0.0142593;REFB=-0.00869998;REVB=0.0133673;RO=8;SAF=135;SAR=91;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00657525;STB=0.503454;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=8.47791e-06;OID=.;OPOS=121259862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:236:234:8:8:226:226:0.965812:91:135:4:4:91:135:4:4 chr8 121383048 . T C 150.35 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0333429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5455;QD=12.2737;RBI=0.0333645;REFB=-0.00463014;REVB=-0.00119991;RO=32;SAF=2;SAR=15;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411179;STB=0.749643;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00951802;OID=.;OPOS=121383048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:15:2:12:20:15:2:12:20 chr8 121530190 . A G 434.3 PASS AF=0.396825;AO=50;DP=126;FAO=50;FDP=126;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.0115397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.274;QD=13.7874;RBI=0.0139503;REFB=-0.00571443;REVB=0.00783886;RO=75;SAF=25;SAR=25;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035407;STB=0.5238;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0121835;OID=.;OPOS=121530190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:75:76:50:50:0.396825:25:25:35:40:25:25:35:41 chr8 121705998 . C T 620.58 PASS AF=0.444444;AO=67;DP=154;FAO=68;FDP=153;FR=.;FRO=85;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=0.00466322;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.869;QD=16.2242;RBI=0.0166262;REFB=0.00140547;REVB=-0.0159588;RO=83;SAF=46;SAR=21;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155273;STB=0.597386;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00175619;OID=.;OPOS=121705998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:83:85:67:68:0.444444:21:46:45:38:21:47:45:40 chr8 123682765 . GAA G 603.74 PASS AF=0.465863;AO=89;DP=218;FAO=116;FDP=249;FR=.;FRO=133;FSAF=40;FSAR=76;FSRF=39;FSRR=94;FWDB=-0.0606582;FXX=0.00399984;HRUN=8;LEN=2;MLLD=16.7351;QD=9.6986;RBI=0.0895586;REFB=-0.0350946;REVB=-0.0658888;RO=85;SAF=34;SAR=55;SRF=24;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965566;STB=0.531079;STBP=0.41;TYPE=del;VARB=0.0382747;OID=.;OPOS=123682766;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465863:89:218:116:249:133:40:76:39:94:99:85:34:55:24:61 chr8 123964431 . G A 331.36 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.017959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.567;QD=21.7286;RBI=0.0388575;REFB=-0.0047326;REVB=0.0344583;RO=23;SAF=14;SAR=20;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237054;STB=0.596097;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00559107;OID=.;OPOS=123964431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:27:34:34:0.557377:20:14:17:6:20:14:17:10 chr8 123964953 . C T 448.14 PASS AF=0.573333;AO=43;DP=75;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00222588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7855;QD=23.9008;RBI=0.0164059;REFB=0.009188;REVB=-0.0162542;RO=32;SAF=23;SAR=20;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461585;STB=0.525317;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.00752479;OID=.;OPOS=123964953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:32:43:43:0.573333:20:23:19:13:20:23:19:13 chr8 123965740 . A G 687.36 PASS AF=0.540323;AO=66;DP=122;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.00740941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.573;QD=22.1729;RBI=0.0230955;REFB=-0.0287903;REVB=-0.0218747;RO=56;SAF=38;SAR=28;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138198;STB=0.582065;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0197683;OID=.;OPOS=123965740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:56:57:66:67:0.540323:28:38:23:33:28:39:23:34 chr8 123966085 . G A 347.81 PASS AF=0.323529;AO=42;DP=134;FAO=44;FDP=136;FR=.;FRO=92;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=-0.0189889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.515;QD=10.2298;RBI=0.0251138;REFB=-0.0212794;REVB=0.0164355;RO=90;SAF=17;SAR=25;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138517;STB=0.568151;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0450868;OID=.;OPOS=123966085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:90:92:42:44:0.323529:25:17:47:43:25:19:49:43 chr8 123966159 . G C 315.8 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0301163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8846;QD=15.038;RBI=0.101697;REFB=0.0027266;REVB=0.097135;RO=49;SAF=10;SAR=25;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143005;STB=0.581347;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00182159;OID=.;OPOS=123966159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:25:10:20:29:25:10:20:29 chr8 124027562 . C T 893.99 PASS AF=0.647541;AO=79;DP=122;FAO=79;FDP=122;FR=.;FRO=43;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00593331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.919;QD=29.3113;RBI=0.00618702;REFB=-0.0191566;REVB=0.00175357;RO=42;SAF=44;SAR=35;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522546;STB=0.532546;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0143993;OID=.;OPOS=124027562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:42:43:79:79:0.647541:35:44:20:22:35:44:20:23 chr8 124027628 . T C 597.72 PASS AF=0.675325;AO=52;DP=77;FAO=52;FDP=77;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0442226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.623;QD=31.0504;RBI=0.0540914;REFB=-0.0191669;REVB=0.0311487;RO=25;SAF=25;SAR=27;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714094;STB=0.538639;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00585248;OID=.;OPOS=124027628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:25:25:52:52:0.675325:27:25:15:10:27:25:15:10 chr8 124156984 . C T 1027.49 PASS AF=0.459227;AO=106;DP=233;FAO=107;FDP=233;FR=.;FRO=126;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=76;FSRR=50;FWDB=-0.014366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.351;QD=17.6394;RBI=0.0546548;REFB=0.00733725;REVB=-0.0527329;RO=126;SAF=47;SAR=59;SRF=76;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155839;STB=0.583026;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0116596;OID=.;OPOS=124156984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:126:126:106:107:0.459227:59:47:76:50:59:48:76:50 chr8 124169554 . G A 2294.26 PASS AF=0.945783;AO=157;DP=168;FAO=157;FDP=166;FR=.;FRO=9;FSAF=80;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0061857;FXX=0.0119041;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.876;QD=55.2835;RBI=0.00619056;REFB=0.0735653;REVB=0.000245121;RO=8;SAF=80;SAR=77;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239;STB=0.515573;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-5.21636e-06;OID=.;OPOS=124169554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:168:166:8:9:157:157:0.945783:77:80:2:6:77:80:2:7 chr8 124206324 . G A 1037.3 PASS AF=0.6;AO=96;DP=161;FAO=96;FDP=160;FR=.;FRO=64;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=0.00682156;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.123;QD=25.9326;RBI=0.0088862;REFB=0.00538704;REVB=0.00569482;RO=62;SAF=48;SAR=48;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818419;STB=0.543741;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.00474772;OID=.;OPOS=124206324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:62:64:96:96:0.6:48:48:38:24:48:48:39:25 chr8 124250060 . G A 162.3 PASS AF=0.207692;AO=27;DP=130;FAO=27;FDP=130;FR=.;FRO=103;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=65;FSRR=38;FWDB=-0.0129116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.271;QD=4.99396;RBI=0.0132769;REFB=-0.0025915;REVB=0.00309303;RO=99;SAF=21;SAR=6;SRF=65;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189118;STB=0.641552;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0126563;OID=.;OPOS=124250060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:99:103:27:27:0.207692:6:21:65:34:6:21:65:38 chr8 124275173 . TAAAAAAAAAA TAAAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAAAAAG 203.64 PASS AF=0.6875,0.125,0.1875;AO=8,4,4;DP=34;FAO=22,4,6;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9,2,4;FSAR=13,2,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111316,-0.0103981,-0.012401;FXX=0.0588062;HRUN=13,13,13;LEN=2,3,1;MLLD=18.0784,20.9024,175.055;QD=25.4543;RBI=0.0831073,0.0545879,0.0126063;REFB=0.0924075,0.0754007,0.00887778;REVB=0.0823584,0.0535884,0.00226609;RO=3;SAF=2,3,3;SAR=6,1,1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0509198,0.305979,0.305979;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0100751,0.0153655,0.00684152;OID=.,.,.;OPOS=124275174,124275174,124275183;OREF=AA,AAA,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=TAAAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.6875,0.125,0.1875:8,4,4:34:22,4,6:32:0:9,2,4:13,2,2:0:0:35:3:2,3,3:6,1,1:1:2 chr8 124358396 . G A 577.77 PASS AF=0.442029;AO=61;DP=138;FAO=61;FDP=138;FR=.;FRO=77;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=54;FWDB=0.000799922;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3292;QD=16.7468;RBI=0.0678539;REFB=-0.0157227;REVB=-0.0678492;RO=76;SAF=39;SAR=22;SRF=23;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327453;STB=0.684785;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0107586;OID=.;OPOS=124358396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:76:77:61:61:0.442029:22:39:23:53:22:39:23:54 chr8 124382158 . TTCATCATCATCATCATCATCATCA TTCATCATCATCATCATCATCA,TTCATCATCATCATCATCATCATCG 183.84 PASS AF=0.327586,0.0689655;AO=18,4;DP=58;FAO=19,4;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=8,2;FSAR=11,2;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0196037,0.0440359;FXX=0.0333278;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=100.779,120.749;QD=12.6783;RBI=0.031816,0.0445194;REFB=-0.069018,-0.0286476;REVB=-0.025059,0.00654376;RO=30;SAF=8,2;SAR=10,2;SRF=12;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0486333,0.112807;STB=0.514041,0.589311;STBP=0.894,0.691;TYPE=del,snp;VARB=0.133709,0.0304645;OID=.,.;OPOS=124382159,124382182;OREF=TCA,A;OALT=-,G;OMAPALT=TTCATCATCATCATCATCATCA,TTCATCATCATCATCATCATCATCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.327586,0.0689655:18,4:58:19,4:58:35:8,2:11,2:14:21:99:30:8,2:10,2:12:18 chr8 124525483 . C T 2291.65 PASS AF=0.987179;AO=147;DP=151;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.012417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6205;QD=58.7604;RBI=0.0506516;REFB=-0.130847;REVB=0.049106;RO=3;SAF=81;SAR=66;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00835686;STB=0.500418;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000767343;OID=.;OPOS=124525483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:151:156:3:2:147:154:0.987179:66:81:1:2:72:82:1:1 chr8 124594546 . T C 474.23 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364562;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.504;QD=59.2781;RBI=0.0428575;REFB=0;REVB=-0.0225324;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56176e-05;OID=.;OPOS=124594546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:24:8:0:0:24:8:0:0 chr8 124658210 . C T 682.42 PASS AF=0.756757;AO=56;DP=74;FAO=56;FDP=74;FR=.;FRO=18;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.010463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.154;QD=36.8878;RBI=0.0121381;REFB=-0.0489765;REVB=0.00615295;RO=18;SAF=28;SAR=28;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503179;STB=0.527017;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.01204;OID=.;OPOS=124658210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:18:18:56:56:0.756757:28:28:7:11:28:28:7:11 chr8 124663895 . G A 250.81 PASS AF=0.313131;AO=31;DP=99;FAO=31;FDP=99;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0089478;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.431;QD=10.1338;RBI=0.0298935;REFB=-0.00447896;REVB=-0.028523;RO=68;SAF=20;SAR=11;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190977;STB=0.612036;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0105406;OID=.;OPOS=124663895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:68:68:31:31:0.313131:11:20:33:35:11:20:33:35 chr8 124663987 . C G 61.56 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0104809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.75;QD=7.03594;RBI=0.0330524;REFB=-0.0235726;REVB=0.0313466;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324668;STB=0.703267;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0478315;OID=.;OPOS=124663987;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:3:6:10:16:3:6:10:16 chr8 124664042 . G T 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00440386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.062;QD=14.3349;RBI=0.0259323;REFB=-0.0136256;REVB=-0.0255557;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229786;STB=0.632285;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0224131;OID=.;OPOS=124664042;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:9:8:18:8:9:8:18:8 chr8 124664130 . C T 589.94 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=0.0191294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2132;QD=20.1687;RBI=0.0209119;REFB=-0.00978007;REVB=-0.00844834;RO=53;SAF=28;SAR=32;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164367;STB=0.604932;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00898178;OID=.;OPOS=124664130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:53:57:60:60:0.512821:32:28:35:18:32:28:39:18 chr8 124664167 . T C 813.51 PASS AF=0.554745;AO=76;DP=137;FAO=76;FDP=137;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.0215444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.566;QD=23.7522;RBI=0.0289481;REFB=-0.00451989;REVB=0.0193346;RO=61;SAF=33;SAR=43;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140097;STB=0.576498;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00383132;OID=.;OPOS=124664167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:61:61:76:76:0.554745:43:33:37:24:43:33:37:24 chr8 124664792 . C T 587.08 PASS AF=0.569892;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00222854;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.618;QD=25.2506;RBI=0.026072;REFB=-0.0202102;REVB=-0.0259765;RO=40;SAF=37;SAR=16;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209359;STB=0.615003;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0170747;OID=.;OPOS=124664792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:93:40:40:53:53:0.569892:16:37:18:22:16:37:18:22 chr8 124664873 . AT GC 623.57 PASS AF=0.564815;AO=61;DP=108;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0288369;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=260.211;QD=23.0953;RBI=0.030734;REFB=-0.00469321;REVB=-0.0106308;RO=47;SAF=37;SAR=24;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12904;STB=0.570612;STBP=0.114;TYPE=mnp;VARB=0.00419657;OID=.;OPOS=124664873;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:47:47:61:61:0.564815:24:37:21:26:24:37:21:26 chr8 124696867 . C T 2300.51 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.572;QD=60.144;RBI=0.0170922;REFB=-0.0934179;REVB=0.00702064;RO=0;SAF=92;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504132;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000132046;OID=.;OPOS=124696867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:153:0:1:152:152:0.993464:60:92:0:0:60:92:0:1 chr8 124710729 . C T 319.03 PASS AF=0.371429;AO=39;DP=105;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0229676;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.601;QD=12.1534;RBI=0.0230043;REFB=-0.00446985;REVB=-0.00129808;RO=64;SAF=15;SAR=24;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12807;STB=0.58329;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00850634;OID=.;OPOS=124710729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:66:39:39:0.371429:24:15:32:32:24:15:34:32 chr8 124714892 . G A 136.64 PASS AF=0.214286;AO=21;DP=97;FAO=21;FDP=98;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.0283269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.529;QD=5.57693;RBI=0.0289276;REFB=-0.000762468;REVB=0.00586448;RO=73;SAF=10;SAR=11;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823977;STB=0.537599;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00357697;OID=.;OPOS=124714892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:73:77:21:21:0.214286:11:10:30:43:11:10:33:44 chr8 124749610 . C T 1577.05 PASS AF=0.990826;AO=105;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0650473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6792;QD=57.8734;RBI=0.0688121;REFB=0.0589875;REVB=-0.0224492;RO=1;SAF=59;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0079761;STB=0.504201;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00042038;OID=.;OPOS=124749610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:105:108:0.990826:46:59:1:0:49:59:1:0 chr8 124824826 . G A 1677.31 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2145;QD=60.4435;RBI=0.0354234;REFB=0;REVB=0.0338225;RO=0;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74188e-05;OID=.;OPOS=124824826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:54:57:0:0:54:57:0:0 chr8 124987478 . T C 1695.21 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.091;QD=60.5431;RBI=0.0215038;REFB=0;REVB=0.0149208;RO=0;SAF=49;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03915e-05;OID=.;OPOS=124987478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:63:49:0:0:63:49:0:0 chr8 125035788 . G C 545.4 PASS AF=1;AO=12;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0027627;FXX=0.0243843;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.666;QD=54.5401;RBI=0.102426;REFB=-0.0703048;REVB=0.102389;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525768;OID=.;OPOS=125035788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:40:0:0:12:40:1:3:9:0:0:28:12:0:0 chr8 125061895 . G A 764.42 PASS AF=0.338078;AO=94;DP=280;FAO=95;FDP=281;FR=.;FRO=186;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=84;FSRR=102;FWDB=0.0108881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.699;QD=10.8814;RBI=0.0140827;REFB=-0.00547126;REVB=-0.00893141;RO=184;SAF=43;SAR=51;SRF=84;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00107915;STB=0.507691;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0107858;OID=.;OPOS=125061895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:281:184:186:94:95:0.338078:51:43:84:100:51:44:84:102 chr8 125072426 . T C 300.1 PASS AF=0.390805;AO=32;DP=86;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0135249;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.063;QD=13.7979;RBI=0.0265855;REFB=-0.0180415;REVB=0.0228881;RO=53;SAF=18;SAR=14;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119187;STB=0.575713;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.024994;OID=.;OPOS=125072426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:53:53:32:34:0.390805:14:18:24:29:15:19:23:30 chr8 125076589 . T G 463.78 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.0215382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1574;QD=14.9605;RBI=0.0479447;REFB=-0.0183252;REVB=0.0428346;RO=72;SAF=29;SAR=23;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031186;STB=0.517526;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.044511;OID=.;OPOS=125076589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:72:72:52:52:0.419355:23:29:38:34:23:29:38:34 chr8 125107201 . G A 359.4 PASS AF=0.282486;AO=50;DP=177;FAO=50;FDP=177;FR=.;FRO=127;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=58;FSRR=69;FWDB=-0.00930525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.323;QD=8.12198;RBI=0.0174202;REFB=0.00600616;REVB=0.0147267;RO=126;SAF=18;SAR=32;SRF=57;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116937;STB=0.572206;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0114977;OID=.;OPOS=125107201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:126:127:50:50:0.282486:32:18:57:69:32:18:58:69 chr8 125107207 . C T 362.05 PASS AF=0.285714;AO=50;DP=176;FAO=50;FDP=175;FR=.;FRO=125;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=55;FSRR=70;FWDB=0.00746391;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.114;QD=8.27533;RBI=0.0155416;REFB=-0.00110401;REVB=-0.013632;RO=124;SAF=19;SAR=31;SRF=55;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079817;STB=0.544487;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00571791;OID=.;OPOS=125107207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:124:125:50:50:0.285714:31:19:55:69:31:19:55:70 chr8 125568175 . T C 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00297968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.595;QD=9.33554;RBI=0.0179933;REFB=-0.00240835;REVB=-0.0177449;RO=31;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211774;STB=0.627399;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0122769;OID=.;OPOS=125568175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:6:7:11:20:6:7:11:20 chr8 125568623 . A G 678.94 PASS AF=0.695122;AO=58;DP=83;FAO=57;FDP=82;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0199675;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.838;QD=33.1188;RBI=0.0200081;REFB=-0.0147886;REVB=0.00127363;RO=25;SAF=20;SAR=38;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104263;STB=0.554728;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00652158;OID=.;OPOS=125568623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:25:25:58:57:0.695122:38:20:13:12:37:20:13:12 chr8 125579973 . C T 227.11 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.0502641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.711;QD=11.3557;RBI=0.055106;REFB=-0.00919126;REVB=-0.0225874;RO=50;SAF=13;SAR=15;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215697;STB=0.62161;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0165735;OID=.;OPOS=125579973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:52:28:28:0.35:15:13:33:17:15:13:34:18 chr8 125579990 . C T 345.12 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0100372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.401;QD=14.2316;RBI=0.0558501;REFB=-0.00759894;REVB=-0.0549407;RO=59;SAF=20;SAR=18;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721626;STB=0.540962;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00932799;OID=.;OPOS=125579990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:59:59:38:38:0.391753:18:20:35:24:18:20:35:24 chr8 125989970 . G A 399.3 PASS AF=0.42;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00195348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.067;QD=15.972;RBI=0.0187274;REFB=-0.00785242;REVB=0.0186252;RO=57;SAF=22;SAR=20;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153933;STB=0.513816;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0106621;OID=.;OPOS=125989970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:57:58:42:42:0.42:20:22:29:28:20:22:29:29 chr8 126142476 . G C 895.59 PASS AF=0.591241;AO=81;DP=137;FAO=81;FDP=137;FR=.;FRO=56;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=0.0423631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4992;QD=26.1486;RBI=0.0428217;REFB=-0.0349326;REVB=-0.00625028;RO=56;SAF=42;SAR=39;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107714;STB=0.558442;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0200704;OID=.;OPOS=126142476;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:56:56:81:81:0.591241:39:42:37:19:39:42:37:19 chr8 126283111 . G T 487.3 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127709;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.832;QD=59.0668;RBI=0.0301438;REFB=0;REVB=0.0273048;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16996e-05;OID=.;OPOS=126283111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr8 126448497 . C T 475.04 PASS AF=0.494949;AO=48;DP=100;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0282003;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.097;QD=19.1933;RBI=0.0282013;REFB=-0.0128856;REVB=-0.00023306;RO=52;SAF=12;SAR=36;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228487;STB=0.60225;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0122958;OID=.;OPOS=126448497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:52:50:48:49:0.494949:36:12:24:28:36:13:22:28 chr8 126449406 . C T 566.51 PASS AF=0.409396;AO=61;DP=150;FAO=61;FDP=149;FR=.;FRO=88;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=-0.0229994;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.039;QD=15.2084;RBI=0.0264677;REFB=-0.0188625;REVB=0.0130983;RO=88;SAF=33;SAR=28;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00728447;STB=0.504094;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.021436;OID=.;OPOS=126449406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:88:88:61:61:0.409396:28:33:47:41:28:33:47:41 chr8 126450286 . ATTTTG A 148.84 PASS AF=0.304762;AO=29;DP=99;FAO=32;FDP=105;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=0.017421;FXX=0.0624944;HRUN=4;LEN=5;MLLD=252.885;QD=5.66992;RBI=0.0273322;REFB=0.0108099;REVB=0.0210608;RO=42;SAF=11;SAR=18;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128185;STB=0.530078;STBP=0.725;TYPE=del;VARB=-0.0202145;OID=.;OPOS=126450287;OREF=TTTTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304762:29:99:32:105:73:11:21:28:45:99:42:11:18:21:21 chr8 127565184 . A G 778.93 PASS AF=0.633929;AO=71;DP=112;FAO=71;FDP=112;FR=.;FRO=41;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0143169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.128;QD=27.819;RBI=0.016993;REFB=-0.0190145;REVB=-0.00915357;RO=40;SAF=41;SAR=30;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326204;STB=0.521395;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0104404;OID=.;OPOS=127565184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:40:41:71:71:0.633929:30:41:25:15:30:41:26:15 chr8 127683850 . T C 2371.49 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489222;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.021;QD=64.0942;RBI=0.0555889;REFB=0;REVB=0.0263959;RO=0;SAF=84;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123365;OID=.;OPOS=127683850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:148:0:0:148:148:1:64:84:0:0:64:84:0:0 chr8 128428638 . G A 829.83 PASS AF=0.340067;AO=101;DP=297;FAO=101;FDP=297;FR=.;FRO=196;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=111;FSRR=85;FWDB=0.00958568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.924;QD=11.1761;RBI=0.0116555;REFB=-0.00384288;REVB=-0.00663062;RO=196;SAF=49;SAR=52;SRF=111;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937191;STB=0.553439;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00738861;OID=.;OPOS=128428638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:196:196:101:101:0.340067:52:49:111:85:52:49:111:85 chr8 128428795 . G A 402.99 PASS AF=0.363636;AO=48;DP=133;FAO=48;FDP=132;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=-0.0143701;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6358;QD=12.2119;RBI=0.0189405;REFB=-0.00143677;REVB=-0.0123385;RO=85;SAF=18;SAR=30;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123296;STB=0.566378;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00289459;OID=.;OPOS=128428795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:85:84:48:48:0.363636:30:18:41:44:30:18:40:44 chr8 128428823 . G C 354.15 PASS AF=0.341085;AO=44;DP=130;FAO=44;FDP=129;FR=.;FRO=85;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=-0.0111568;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.865;QD=10.9812;RBI=0.0111724;REFB=-0.00279838;REVB=-0.00059082;RO=86;SAF=21;SAR=23;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274016;STB=0.519977;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00504425;OID=.;OPOS=128428823;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:86:85:44:44:0.341085:23:21:39:47:23:21:38:47 chr8 128429262 . G C 724.83 PASS AF=0.901639;AO=55;DP=61;FAO=55;FDP=61;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=47;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0364827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4316;QD=47.5299;RBI=0.0376674;REFB=-0.0709282;REVB=0.00937231;RO=3;SAF=8;SAR=47;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147754;STB=0.636307;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00517292;OID=.;OPOS=128429262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:61:61:3:6:55:55:0.901639:47:8:3:0:47:8:6:0 chr8 128429455 . AG GA 52.31 PASS AF=0.7;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.000253;FXX=0;HRUN=16;LEN=2;MLLD=76.832;QD=20.9249;RBI=0.00446467;REFB=0.0838183;REVB=-0.00445749;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789211;STB=0.615098;STBP=0.403;TYPE=mnp;VARB=-0.00194842;OID=.;OPOS=128429455;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:1:3:6:7:0.7:1:5:1:0:2:5:3:0 chr8 128429510 . G A 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00326663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.388;QD=57.2349;RBI=0.116286;REFB=0;REVB=0.11624;RO=0;SAF=37;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00062595;OID=.;OPOS=128429510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:19:37:0:0:19:37:0:0 chr8 128429519 . G A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00533989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.814;QD=57.5452;RBI=0.0272124;REFB=0;REVB=0.0266833;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60525e-05;OID=.;OPOS=128429519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:20:38:0:0:20:38:0:0 chr8 128429660 . T C 1509.61 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0119535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0076;QD=57.5091;RBI=0.0264765;REFB=-0.0178986;REVB=0.0236246;RO=2;SAF=53;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000526678;STB=0.500278;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00149695;OID=.;OPOS=128429660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:105:105:2:2:103:103:0.980952:50:53:1:1:50:53:1:1 chr8 128429721 . T C 958.34 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10092;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2104;QD=58.9745;RBI=0.100923;REFB=0;REVB=0.000720263;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607589;OID=.;OPOS=128429721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr8 128429732 . C T 766.27 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.325;QD=63.8555;RBI=0.0186214;REFB=0;REVB=-0.0136477;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.37395e-06;OID=.;OPOS=128429732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:26:22:0:0 chr8 128430478 . G T 248.27 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0070302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.132;QD=49.6548;RBI=0.0948445;REFB=0;REVB=0.0945836;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159439;OID=.;OPOS=128430478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr8 128430807 . C A 974.08 PASS AF=0.847059;AO=72;DP=85;FAO=72;FDP=85;FR=.;FRO=13;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00383119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.871;QD=45.839;RBI=0.00614369;REFB=0.00170831;REVB=0.0048028;RO=13;SAF=35;SAR=37;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371215;STB=0.519759;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.000148086;OID=.;OPOS=128430807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:85:85:13:13:72:72:0.847059:37:35:8:5:37:35:8:5 chr8 128430872 . A AATG 436.97 PASS AF=0.941176;AO=28;DP=36;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0086628;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=277.909;QD=51.4081;RBI=0.0135078;REFB=-0.078259;REVB=-0.0103642;RO=3;SAF=19;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00244695;STB=0.520821;STBP=0.432;TYPE=ins;VARB=0.00196895;OID=.;OPOS=128430873;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=AATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.941176:28:36:32:34:2:23:9:2:0:9:3:19:9:2:1 chr8 128431694 . A G 605.91 PASS AF=0.654321;AO=53;DP=81;FAO=53;FDP=81;FR=.;FRO=28;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0163966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.364;QD=29.9213;RBI=0.021804;REFB=-0.0188245;REVB=0.0143724;RO=28;SAF=31;SAR=22;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383271;STB=0.520765;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0108026;OID=.;OPOS=128431694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:28:28:53:53:0.654321:22:31:18:10:22:31:18:10 chr8 128432206 . C A 285.72 PASS AF=0.4125;AO=32;DP=78;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=39;FWDB=-0.00519668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.443;QD=14.2862;RBI=0.0164461;REFB=-0.0222019;REVB=0.0156035;RO=44;SAF=2;SAR=30;SRF=7;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288363;STB=0.688742;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0330662;OID=.;OPOS=128432206;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:44:47:32:33:0.4125:30:2:7:37:31:2:8:39 chr8 129011513 . T C 1062.32 PASS AF=0.484305;AO=108;DP=226;FAO=108;FDP=223;FR=.;FRO=115;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=48;FSRR=67;FWDB=0.0287335;FXX=0.0261997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3037;QD=19.055;RBI=0.0338625;REFB=0.00310881;REVB=0.017918;RO=105;SAF=56;SAR=52;SRF=45;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807;STB=0.552012;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00278012;OID=.;OPOS=129011513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:223:105:115:108:108:0.484305:52:56:45:60:52:56:48:67 chr8 129021179 . G A,T 1304.66 PASS AF=0.905263,0.0315789;AO=82,7;DP=95;FAO=86,3;FDP=95;FR=.;FRO=6;FSAF=46,2;FSAR=40,1;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00857738,-0.0490423;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=190.384,30.0611;QD=54.9332;RBI=0.00909524,0.0504366;REFB=-0.0230671,-0.045565;REVB=0.00302522,-0.0117773;RO=6;SAF=42,6;SAR=40,1;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.044485,0.563064;STB=0.524045,0.798396;STBP=0.087,0.402;TYPE=snp,snp;VARB=0.00198152,0.0856635;OID=.,.;OPOS=129021179,129021179;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:95:95:6:6:82,7:86,3:0.905263,0.0315789:40,1:42,6:1:5:40,1:46,2:1:5 chr8 129022785 . T C 941.49 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194329;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.779;QD=58.843;RBI=0.0252937;REFB=0;REVB=0.0161905;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115861;OID=.;OPOS=129022785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr8 129022816 . G A 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.251;QD=59.8559;RBI=0.0153473;REFB=0;REVB=-0.00249514;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49116e-05;OID=.;OPOS=129022816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr8 129022818 . T A 1062.32 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.359;QD=59.8488;RBI=0.02703;REFB=0;REVB=0.023275;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78337e-05;OID=.;OPOS=129022818;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:31:39:0:0:32:39:0:0 chr8 129162433 . G T 149.34 PASS AF=0.432432;AO=14;DP=38;FAO=16;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0260407;FXX=0.0263089;HRUN=7;LEN=1;MLLD=29.6246;QD=16.1445;RBI=0.0834102;REFB=0.0108192;REVB=0.0792411;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973626;STB=0.558751;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.0495318;OID=.;OPOS=129162433;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:13:18:14:16:0.432432:7:7:5:8:8:8:7:11 chr8 130496382 . A G 290.9 PASS AF=0.345794;AO=36;DP=106;FAO=37;FDP=107;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=21;FWDB=-0.0017092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.054;QD=10.8749;RBI=0.00170931;REFB=-0.00597368;REVB=-1.94493e-05;RO=70;SAF=18;SAR=18;SRF=49;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2306;STB=0.622839;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0110867;OID=.;OPOS=130496382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:70:70:36:37:0.345794:18:18:49:21:18:19:49:21 chr8 130760850 . A G 972.79 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.233;QD=58.957;RBI=0.0138872;REFB=0;REVB=0.00465572;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81414e-05;OID=.;OPOS=130760850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr8 130762291 . G A 922.19 PASS AF=0.552147;AO=89;DP=162;FAO=90;FDP=163;FR=.;FRO=73;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=-0.00253412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.3;QD=22.6305;RBI=0.0123364;REFB=-0.0173272;REVB=-0.0120733;RO=70;SAF=45;SAR=44;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968013;STB=0.563098;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0101516;OID=.;OPOS=130762291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:70:73:89:90:0.552147:44:45:27:43:44:46:27:46 chr8 131124559 . T C 1494.76 PASS AF=0.990196;AO=99;DP=103;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173017;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.626;QD=58.618;RBI=0.0310411;REFB=-0.0458603;REVB=0.0257721;RO=0;SAF=20;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.311e-08;STB=0.512193;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.000201967;OID=.;OPOS=131124559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:102:0:1:99:101:0.990196:79:20:0:0:81:20:1:0 chr8 131138260 . A AC 188.18 PASS AF=0.407767;AO=37;DP=108;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.148116;FXX=0.0190458;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.9663;QD=7.30813;RBI=0.180681;REFB=0.0150348;REVB=-0.103476;RO=63;SAF=19;SAR=18;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13475;STB=0.559152;STBP=0.361;TYPE=ins;VARB=-0.021052;OID=.;OPOS=131138261;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407767:37:108:42:103:61:22:20:38:23:99:63:19:18:40:23 chr8 131353139 . T C 258.66 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0777194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.347;QD=16.4231;RBI=0.0777861;REFB=-0.00256636;REVB=-0.00321982;RO=34;SAF=21;SAR=8;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409472;STB=0.730277;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00614362;OID=.;OPOS=131353139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:8:21:10:24:8:21:10:24 chr8 131921956 . A G 2964.15 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00593419;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.995;QD=63.4042;RBI=0.00747463;REFB=0;REVB=0.00454483;RO=0;SAF=128;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.60053e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.56878e-07;OID=.;OPOS=131921956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:187:0:0:187:187:1:59:128:0:0:59:128:0:0 chr8 132947786 . C T 1130.65 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187387;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.56;QD=60.3016;RBI=0.0396931;REFB=0;REVB=-0.0349914;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120393;OID=.;OPOS=132947786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:73:75:1:43:30:0:0:45:30:0:0 chr8 132968018 . C T 649.45 PASS AF=0.590476;AO=62;DP=106;FAO=62;FDP=105;FR=.;FRO=43;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00259076;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.402;QD=24.7409;RBI=0.02073;REFB=-0.0261868;REVB=-0.0205675;RO=40;SAF=33;SAR=29;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233139;STB=0.527504;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0190409;OID=.;OPOS=132968018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:40:43:62:62:0.590476:29:33:20:20:29:33:20:23 chr8 133048593 . C T 562.01 PASS AF=0.869565;AO=40;DP=46;FAO=40;FDP=46;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0428741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9754;QD=48.8702;RBI=0.0466867;REFB=-0.000297425;REVB=-0.0184786;RO=6;SAF=32;SAR=8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207133;STB=0.611703;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000468059;OID=.;OPOS=133048593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:6:6:40:40:0.869565:8:32:1:5:8:32:1:5 chr8 133048619 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0044152;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.925;QD=56.9569;RBI=0.0133431;REFB=0;REVB=0.0125914;RO=0;SAF=37;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20797e-05;OID=.;OPOS=133048619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:15:37:0:0:15:37:0:0 chr8 133053309 . T C 920.63 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233312;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.31;QD=58.4524;RBI=0.0264981;REFB=0;REVB=0.012562;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158551;OID=.;OPOS=133053309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:32:30:0:0:32:31:0:0 chr8 133053318 . T C 919.13 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.673;QD=57.4454;RBI=0.0133759;REFB=0;REVB=-0.0125286;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154807;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05723e-05;OID=.;OPOS=133053318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:1:0:63:64:1:33:30:1:0:33:31:0:0 chr8 133067315 . G A 658.37 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.203;QD=59.8522;RBI=0.042007;REFB=-0.177024;REVB=0.0399688;RO=1;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253725;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000870553;OID=.;OPOS=133067315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:1:1:43:43:0.977273:18:25:0:1:18:25:0:1 chr8 133089975 . A G 2102.66 PASS AF=0.953947;AO=144;DP=153;FAO=145;FDP=152;FR=.;FRO=7;FSAF=67;FSAR=78;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0161338;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.449;QD=55.3331;RBI=0.0859378;REFB=-0.0151121;REVB=-0.0844098;RO=7;SAF=66;SAR=78;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226399;STB=0.51166;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00174155;OID=.;OPOS=133089975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:153:152:7:7:144:145:0.953947:78:66:5:2:78:67:5:2 chr8 133092053 . C A 230.31 PASS AF=0.226994;AO=37;DP=163;FAO=37;FDP=163;FR=.;FRO=126;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=74;FWDB=0.000717627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.936;QD=5.65184;RBI=0.0218001;REFB=-0.00663692;REVB=-0.0217882;RO=125;SAF=18;SAR=19;SRF=52;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896483;STB=0.557227;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0232103;OID=.;OPOS=133092053;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:125:126:37:37:0.226994:19:18:52:73:19:18:52:74 chr8 133101818 . G A 666.67 PASS AF=0.482014;AO=67;DP=140;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.00656293;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.127;QD=19.1849;RBI=0.0106296;REFB=-0.00694717;REVB=-0.00836159;RO=72;SAF=38;SAR=29;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763738;STB=0.542258;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00906466;OID=.;OPOS=133101818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:72:72:67:67:0.482014:29:38:35:37:29:38:35:37 chr8 133107830 . T C 569.48 PASS AF=0.356021;AO=67;DP=191;FAO=68;FDP=191;FR=.;FRO=123;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=66;FSRR=57;FWDB=0.0175673;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.869;QD=11.9263;RBI=0.0180276;REFB=-0.00341983;REVB=0.00404781;RO=123;SAF=44;SAR=23;SRF=67;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133734;STB=0.574446;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00647384;OID=.;OPOS=133107830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:123:123:67:68:0.356021:23:44:67:56:24:44:66:57 chr8 133112392 . G A 181.44 PASS AF=0.263158;AO=25;DP=95;FAO=25;FDP=95;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.0102554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.105;QD=7.63975;RBI=0.0105714;REFB=-0.00576643;REVB=-0.00256542;RO=69;SAF=15;SAR=10;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250658;STB=0.644516;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0151645;OID=.;OPOS=133112392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:69:70:25:25:0.263158:10:15:27:42:10:15:28:42 chr8 133113531 . A T 221.5 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0473807;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.599;QD=12.1371;RBI=0.0540607;REFB=-0.0147424;REVB=-0.0260314;RO=43;SAF=7;SAR=20;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314741;STB=0.678198;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.024236;OID=.;OPOS=133113531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:46:27:27:0.369863:20:7:23:20:20:7:24:22 chr8 133175736 . T C 220.55 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0265139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7312;QD=14.2288;RBI=0.0409737;REFB=0.00472748;REVB=0.0312387;RO=36;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00670139;STB=0.503814;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0049243;OID=.;OPOS=133175736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:15:11:15:21:15:11:15:21 chr8 133187824 . A G 204.98 PASS AF=0.246032;AO=31;DP=126;FAO=31;FDP=126;FR=.;FRO=95;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=60;FSRR=35;FWDB=-0.0025527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.359;QD=6.50727;RBI=0.00361739;REFB=-0.00528065;REVB=-0.00256306;RO=94;SAF=17;SAR=14;SRF=59;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101135;STB=0.564062;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0170351;OID=.;OPOS=133187824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:94:95:31:31:0.246032:14:17:59:35:14:17:60:35 chr8 133627318 . C T 707.45 PASS AF=0.397129;AO=81;DP=207;FAO=83;FDP=209;FR=.;FRO=126;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=72;FSRR=54;FWDB=-0.00155307;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.56;QD=13.5398;RBI=0.0084455;REFB=-0.0181105;REVB=0.00830147;RO=125;SAF=46;SAR=35;SRF=71;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000108455;STB=0.504248;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0305537;OID=.;OPOS=133627318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:209:125:126:81:83:0.397129:35:46:71:54:35:48:72:54 chr8 133723166 . A G 2772.1 PASS AF=1;AO=174;DP=175;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00533745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.387;QD=62.6464;RBI=0.00785074;REFB=0;REVB=0.00575724;RO=0;SAF=90;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21699e-06;OID=.;OPOS=133723166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:177:0:0:174:177:1:84:90:0:0:84:93:0:0 chr8 133769554 . TGA T 1296.94 PASS AF=0.585859;AO=111;DP=198;FAO=116;FDP=198;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=81;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=0.0301247;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=2;MLLD=151.842;QD=26.2008;RBI=0.0303305;REFB=-0.0226624;REVB=-0.00352741;RO=80;SAF=34;SAR=77;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606688;STB=0.536417;STBP=0.266;TYPE=del;VARB=0.017604;OID=.;OPOS=133769555;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.585859:111:198:116:198:82:35:81:31:51:99:80:34:77:30:50 chr8 133844508 . C T 996.57 PASS AF=0.521505;AO=96;DP=185;FAO=97;FDP=186;FR=.;FRO=89;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.00106713;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.345;QD=21.4317;RBI=0.00540292;REFB=0.00105379;REVB=-0.00529649;RO=86;SAF=58;SAR=38;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111952;STB=0.545292;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00108641;OID=.;OPOS=133844508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:86:89:96:97:0.521505:38:58:41:45:40:57:44:45 chr8 133858712 . G A 1401.78 PASS AF=0.652174;AO=120;DP=184;FAO=120;FDP=184;FR=.;FRO=64;FSAF=49;FSAR=71;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.00479351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.353;QD=30.4735;RBI=0.00608216;REFB=-0.0103655;REVB=0.00374365;RO=64;SAF=49;SAR=71;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029765;STB=0.516024;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00669903;OID=.;OPOS=133858712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:64:64:120:120:0.652174:71:49:29:35:71:49:29:35 chr8 133859871 . T A 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0124544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.696;QD=12.0714;RBI=0.0138944;REFB=-0.00282101;REVB=0.00615958;RO=40;SAF=15;SAR=9;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138287;STB=0.579932;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00324598;OID=.;OPOS=133859871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:9:15:20:20:9:15:20:20 chr8 133859877 . G T 484.88 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0384268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1905;QD=26.5685;RBI=0.0441992;REFB=0.0113237;REVB=0.0218392;RO=27;SAF=20;SAR=25;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101877;STB=0.548759;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00470381;OID=.;OPOS=133859877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:27:28:45:45:0.616438:25:20:16:11:25:20:16:12 chr8 133900252 . T G 689.37 PASS AF=0.6;AO=59;DP=99;FAO=60;FDP=100;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00111262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.273;QD=27.5746;RBI=0.0142386;REFB=-0.029996;REVB=0.0141951;RO=40;SAF=27;SAR=32;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105307;STB=0.55986;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0233001;OID=.;OPOS=133900252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:40:40:59:60:0.6:32:27:24:16:33:27:24:16 chr8 133900386 . T C 312.8 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0174004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.979;QD=21.951;RBI=0.0183428;REFB=-0.0153834;REVB=0.00580397;RO=25;SAF=13;SAR=19;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916485;STB=0.550693;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0132037;OID=.;OPOS=133900386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:19:13:13:12:19:13:13:12 chr8 133909974 . A G 436.81 PASS AF=0.472527;AO=29;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=44;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00062597;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.307;QD=19.2005;RBI=0.021608;REFB=-0.0339701;REVB=0.021599;RO=30;SAF=0;SAR=29;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.8365;STB=0.653767;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0547925;OID=.;OPOS=133909974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:30:44:29:43:0.472527:29:0:11:19:34:9:20:24 chr8 133920518 . A G 1110.27 PASS AF=0.639456;AO=92;DP=146;FAO=94;FDP=147;FR=.;FRO=53;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0245703;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.52;QD=30.2115;RBI=0.0263065;REFB=-0.0208443;REVB=0.00939852;RO=53;SAF=42;SAR=50;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112089;STB=0.563245;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0117853;OID=.;OPOS=133920518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:53:53:92:94:0.639456:50:42:33:20:52:42:33:20 chr8 133931748 . T C 441.13 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00734478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.982;QD=17.4706;RBI=0.00755808;REFB=-0.00727172;REVB=-0.00178292;RO=54;SAF=25;SAR=22;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493449;STB=0.50275;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00663965;OID=.;OPOS=133931748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:47:47:0.465347:22:25:29:25:22:25:29:25 chr8 133975283 . G A 392.29 PASS AF=0.622951;AO=29;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0265151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.467;QD=25.724;RBI=0.0298788;REFB=-0.0124713;REVB=0.013773;RO=23;SAF=6;SAR=23;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268799;STB=0.580601;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00938491;OID=.;OPOS=133975283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:23:29:38:0.622951:23:6:11:12:27:11:11:12 chr8 134108453 . C T 962.91 PASS AF=0.583333;AO=91;DP=156;FAO=91;FDP=156;FR=.;FRO=65;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.00937139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6659;QD=24.69;RBI=0.0178568;REFB=-0.00120342;REVB=0.0152001;RO=64;SAF=49;SAR=42;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424456;STB=0.519399;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00106617;OID=.;OPOS=134108453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:64:65:91:91:0.583333:42:49:38:26:42:49:38:27 chr8 134108546 . T C 1281.92 PASS AF=0.603175;AO=113;DP=194;FAO=114;FDP=189;FR=.;FRO=75;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.0117793;FXX=0.0257719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.511;QD=27.1305;RBI=0.0122426;REFB=0.000137536;REVB=-0.00333598;RO=74;SAF=46;SAR=67;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128304;STB=0.564437;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.000301856;OID=.;OPOS=134108546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:189:74:75:113:114:0.603175:67:46:43:31:67:47:43:32 chr8 134114771 . C T 374.99 PASS AF=0.68;AO=34;DP=51;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.000559688;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.398;QD=29.9992;RBI=0.0108915;REFB=-0.00896585;REVB=-0.0108771;RO=16;SAF=14;SAR=20;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155419;STB=0.50847;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00715735;OID=.;OPOS=134114771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:16:16:34:34:0.68:20:14:7:9:20:14:7:9 chr8 134125682 . G A 539.89 PASS AF=0.636364;AO=48;DP=76;FAO=49;FDP=77;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00363871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.141;QD=28.046;RBI=0.00365472;REFB=-0.00737246;REVB=0.000341725;RO=28;SAF=26;SAR=22;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694619;STB=0.533967;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00511287;OID=.;OPOS=134125682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:28:28:48:49:0.636364:22:26:18:10:22:27:18:10 chr8 134260948 . A G 219.36 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0165707;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.7442;QD=17.5488;RBI=0.0372294;REFB=-0.00314953;REVB=-0.0333382;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159552;STB=0.590826;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00226437;OID=.;OPOS=134260948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:9:13:12:16:9:13:12:16 chr8 134292516 . A G 771.03 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0624979;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.2445;QD=52.2733;RBI=0.0691148;REFB=-0.139418;REVB=0.0295105;RO=3;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532799;STB=0.528292;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.010698;OID=.;OPOS=134292516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:59:59:3:3:56:56:0.949153:25:31:0:3:25:31:0:3 chr8 134310668 . G A 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.058281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.189;QD=19.698;RBI=0.0606308;REFB=-0.00832245;REVB=0.0167156;RO=22;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199077;STB=0.612793;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0153701;OID=.;OPOS=134310668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:7:14:10:12:7:14:10:12 chr8 135612595 . A G 632.17 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.399;QD=61.675;RBI=0.0512978;REFB=0;REVB=0.0512696;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246527;OID=.;OPOS=135612595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr8 135614221 . C T 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.0218979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.187;QD=12.785;RBI=0.0242811;REFB=-0.00718259;REVB=-0.0104907;RO=42;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997781;STB=0.562017;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00582867;OID=.;OPOS=135614221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:43:27:27:0.385714:17:10:12:30:17:10:12:31 chr8 135614705 . A G 1488.98 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.083;QD=63.3609;RBI=0.0452165;REFB=0;REVB=-0.0434911;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000370295;OID=.;OPOS=135614705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:45:49:0:0:45:49:0:0 chr8 136659426 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.273;QD=62.6711;RBI=0.0202595;REFB=0;REVB=-0.00328897;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32254e-05;OID=.;OPOS=136659426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr8 138117675 . C T 72.46 PASS AF=0.175676;AO=13;DP=74;FAO=13;FDP=74;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0148327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.697;QD=3.9167;RBI=0.0152484;REFB=-0.00627101;REVB=-0.00353628;RO=60;SAF=9;SAR=4;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391294;STB=0.746681;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0280333;OID=.;OPOS=138117675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:74:74:60:61:13:13:0.175676:4:9:22:38:4:9:23:38 chr8 139143942 . A G 1062.33 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00898924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.0343;QD=59.8498;RBI=0.0127241;REFB=0;REVB=-0.00900528;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.84327e-05;OID=.;OPOS=139143942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr8 139144914 . G A 520.26 PASS AF=0.380368;AO=62;DP=163;FAO=62;FDP=163;FR=.;FRO=101;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.00507066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.821;QD=12.7672;RBI=0.008074;REFB=-0.0289408;REVB=0.00628315;RO=101;SAF=32;SAR=30;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555185;STB=0.531425;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0338501;OID=.;OPOS=139144914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:101:101:62:62:0.380368:30:32:47:54:30:32:47:54 chr8 139164192 . G A 463.51 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00369959;FXX=0.0114929;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.142;QD=21.5584;RBI=0.0071257;REFB=0.0098309;REVB=0.00609004;RO=41;SAF=25;SAR=20;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261414;STB=0.514429;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00869988;OID=.;OPOS=139164192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:41:45:45:0.523256:20:25:24:17:20:25:24:17 chr8 139164570 . C T 64.62 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00507032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.35;QD=4.23769;RBI=0.00572974;REFB=-0.0030087;REVB=-0.00266866;RO=46;SAF=6;SAR=5;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246786;STB=0.52092;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00901718;OID=.;OPOS=139164570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:46:50:11:11:0.180328:5:6:26:20:5:6:26:24 chr8 139165068 . C T 120.55 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0177413;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.992;QD=24.1103;RBI=0.0183923;REFB=-0.0213834;REVB=-0.00484978;RO=7;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11111;STB=0.562406;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00770982;OID=.;OPOS=139165068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:20:20:7:7:13:13:0.65:6:7:5:2:6:7:5:2 chr8 139165272 . TG CA,CG 1524.47 PASS AF=0.59,0.41;AO=58,41;DP=100;FAO=59,41;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=35,20;FSAR=24,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166175,0.0277227;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=155.003,185.402;QD=60.9787;RBI=0.0180688,0.0308748;REFB=0,0;REVB=-0.00709505,0.0135905;RO=0;SAF=35,20;SAR=23,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.02085e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.000698481,0.00126363;OID=.,.;OPOS=139165272,139165272;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:100:100:0:0:58,41:59,41:0.59,0.41:23,21:35,20:0:0:24,21:35,20:0:0 chr8 139165289 . T C 1510.53 PASS AF=0.971963;AO=104;DP=107;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0173612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1368;QD=56.4686;RBI=0.0774044;REFB=-0.113063;REVB=0.0754323;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513041;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00125582;OID=.;OPOS=139165289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:107:0:3:104:104:0.971963:48:56:0:0:48:56:3:0 chr8 139626176 . C G 2260.01 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6543;QD=63.2171;RBI=0.0392664;REFB=0;REVB=-0.00571803;RO=0;SAF=66;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100706;OID=.;OPOS=139626176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:142:143:1:76:66:0:0:76:67:0:0 chr8 139647262 . A G 443.83 PASS AF=0.470588;AO=45;DP=100;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0124868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.631;QD=17.4053;RBI=0.0129653;REFB=-0.0150483;REVB=-0.00348995;RO=48;SAF=32;SAR=13;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213435;STB=0.612197;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0176398;OID=.;OPOS=139647262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:48:54:45:48:0.470588:13:32:24:24:16:32:25:29 chr8 139658915 . C A 41.3 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0227632;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.914;QD=3.7542;RBI=0.0419251;REFB=-0.0119915;REVB=-0.0352072;RO=37;SAF=1;SAR=6;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468399;STB=0.832325;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.049571;OID=.;OPOS=139658915;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:6:1:19:18:6:1:19:18 chr8 139672671 . T C 993.17 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144431;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.577;QD=59.2938;RBI=0.0145243;REFB=0;REVB=-0.00153368;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.52773e-05;OID=.;OPOS=139672671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr8 139691922 . G GA 33.02 PASS AF=0.291667;AO=6;DP=49;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.0265695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.6101;QD=2.75168;RBI=0.174892;REFB=-0.0473243;REVB=-0.172862;RO=42;SAF=5;SAR=1;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273452;STB=0.726997;STBP=0.072;TYPE=ins;VARB=0.0418216;OID=.;OPOS=139691923;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667:6:49:14:48:34:6:8:26:8:33:42:5:1:27:15 chr8 139691926 . G A 126.67 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=-0.0118399;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3868;QD=10.7804;RBI=0.0498275;REFB=0.00572;REVB=-0.0484004;RO=32;SAF=5;SAR=10;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508978;STB=0.794552;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0205719;OID=.;OPOS=139691926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:10:5:26:6:10:5:26:6 chr8 139697478 . T C 2718.54 PASS AF=0.531187;AO=260;DP=502;FAO=264;FDP=497;FR=.;FRO=233;FSAF=115;FSAR=149;FSRF=104;FSRR=129;FWDB=0.0163217;FXX=0.0177862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.489;QD=21.8796;RBI=0.0163923;REFB=-0.0233214;REVB=0.00151959;RO=220;SAF=113;SAR=147;SRF=94;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00630541;STB=0.505116;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0147765;OID=.;OPOS=139697478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:502:497:220:233:260:264:0.531187:147:113:94:126:149:115:104:129 chr8 139701209 . G T 441.42 PASS AF=0.339394;AO=56;DP=165;FAO=56;FDP=165;FR=.;FRO=109;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=54;FSRR=55;FWDB=-0.000261638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.892;QD=10.7011;RBI=0.00859311;REFB=-0.0062506;REVB=-0.00858913;RO=107;SAF=28;SAR=28;SRF=53;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00534918;STB=0.503029;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0260801;OID=.;OPOS=139701209;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:107:109:56:56:0.339394:28:28:53:54:28:28:54:55 chr8 139712323 . A G 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.691;QD=62.314;RBI=0.0232208;REFB=0;REVB=-0.0056685;RO=0;SAF=54;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75995e-05;OID=.;OPOS=139712323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:32:54:0:0:32:54:0:0 chr8 139749799 . G T 523.58 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0396916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8464;QD=19.946;RBI=0.0577085;REFB=0.00134227;REVB=-0.0418909;RO=50;SAF=26;SAR=28;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683953;STB=0.542238;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.00164406;OID=.;OPOS=139749799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:50:51:54:54:0.514286:28:26:28:22:28:26:29:22 chr8 139768085 . G A 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1393;QD=58.5813;RBI=0.0351465;REFB=0;REVB=-0.0177796;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103632;OID=.;OPOS=139768085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr8 139824057 . G A 834.05 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0402385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.998;QD=52.9558;RBI=0.0538552;REFB=-0.178371;REVB=0.0357945;RO=2;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314361;STB=0.524582;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00249337;OID=.;OPOS=139824057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:63:63:2:3:60:60:0.952381:29:31:0:2:29:31:0:3 chr8 139838912 . T C 1569.34 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.747;QD=64.0547;RBI=0.0517852;REFB=0;REVB=0.0473505;RO=0;SAF=57;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175441;OID=.;OPOS=139838912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:40:57:0:0:41:57:0:0 chr8 140630966 . G A 199.31 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0354801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.449;QD=15.3313;RBI=0.0354918;REFB=-0.010225;REVB=0.000909826;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515473;STB=0.516764;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0134625;OID=.;OPOS=140630966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:22:23:0.442308:11:11:16:13:11:12:16:13 chr8 140945449 . G A 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0167685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.928;QD=13.088;RBI=0.0242506;REFB=0.00044947;REVB=-0.0175188;RO=27;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138951;STB=0.580551;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.00161012;OID=.;OPOS=140945449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:10:6:7:20:10:6:7:20 chr8 140945896 . G A 519.16 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0170299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.031;QD=25.6376;RBI=0.0408636;REFB=-0.0229359;REVB=-0.0371458;RO=33;SAF=33;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208067;STB=0.614072;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0141245;OID=.;OPOS=140945896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:33:48:48:0.592593:15:33:14:19:15:33:14:19 chr8 141310644 . G A 727.8 PASS AF=0.340824;AO=91;DP=268;FAO=91;FDP=267;FR=.;FRO=176;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=90;FSRR=86;FWDB=0.0146245;FXX=0.0037312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.218;QD=10.9033;RBI=0.0149744;REFB=0.00469374;REVB=-0.00321813;RO=172;SAF=49;SAR=42;SRF=89;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241967;STB=0.517915;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.0116472;OID=.;OPOS=141310644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:267:172:176:91:91:0.340824:42:49:89:83:42:49:90:86 chr8 141461062 . G A 1026.16 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7248;QD=59.4874;RBI=0.0953736;REFB=0;REVB=0.0521987;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125605;OID=.;OPOS=141461062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:32:36:0:0:32:37:0:0 chr8 141461185 . A G 541.22 PASS AF=1;AO=28;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.701;QD=54.1221;RBI=0.045845;REFB=0;REVB=0.0454548;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00560582;OID=.;OPOS=141461185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:28:40:1:10:18:0:0:22:18:0:0 chr8 141461266 . A G 1504.29 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.262;QD=59.576;RBI=0.0148928;REFB=0;REVB=-0.00554688;RO=1;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104245;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322672;OID=.;OPOS=141461266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:1:0:99:101:1:45:54:0:1:47:54:0:0 chr8 141559358 . G A 1476.88 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00929494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.533;QD=62.1845;RBI=0.0224018;REFB=-0.0865359;REVB=0.0203824;RO=1;SAF=56;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123135;STB=0.506492;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-5.16108e-05;OID=.;OPOS=141559358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:38:56:0:1:38:56:0:1 chr8 141566311 . C T 1451.41 PASS AF=0.989474;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0187867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.672;QD=61.1122;RBI=0.0270792;REFB=-0.0356324;REVB=0.0195024;RO=0;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000442144;OID=.;OPOS=141566311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:95:0:1:92:94:0.989474:55:37:0:0:55:39:1:0 chr8 141568622 . G A 2512.88 PASS AF=1;AO=163;DP=167;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00673318;FXX=0.0239507;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2733;QD=61.6657;RBI=0.00910083;REFB=0;REVB=-0.00612286;RO=0;SAF=61;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.78569e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212737;OID=.;OPOS=141568622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:163:0:0:163:163:1:102:61:0:0:102:61:0:0 chr8 141679817 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000545192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.332;QD=56.9372;RBI=0.0123244;REFB=0;REVB=0.0123123;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11778e-05;OID=.;OPOS=141679817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr8 141762399 . G A 40.53 PASS AF=0.092437;AO=11;DP=119;FAO=11;FDP=119;FR=.;FRO=108;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=0.00163217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.907;QD=1.3623;RBI=0.00859957;REFB=-0.000828281;REVB=0.00844326;RO=108;SAF=5;SAR=6;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633993;STB=0.549528;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00816925;OID=.;OPOS=141762399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:119:119:108:108:11:11:0.092437:6:5:55:53:6:5:55:53 chr8 141771320 . G A 109.62 PASS AF=0.148649;AO=22;DP=147;FAO=22;FDP=148;FR=.;FRO=126;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=69;FSRR=57;FWDB=-0.0548973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0914;QD=2.96274;RBI=0.0674637;REFB=-0.00866014;REVB=-0.0392127;RO=125;SAF=11;SAR=11;SRF=68;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558884;STB=0.540504;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0416538;OID=.;OPOS=141771320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:125:126:22:22:0.148649:11:11:68:57:11:11:69:57 chr8 142146708 . T C 1434.42 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.748;QD=63.0515;RBI=0.0231489;REFB=0;REVB=0.00382476;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54793e-05;OID=.;OPOS=142146708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:42:49:0:0:42:49:0:0 chr8 142152442 . A G 2511.13 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.206;QD=61.6228;RBI=0.0492119;REFB=0;REVB=0.0454716;RO=0;SAF=75;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141561;OID=.;OPOS=142152442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:163:0:0:162:163:1:87:75:0:0:88:75:0:0 chr8 142154291 . G A 2493.82 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027714;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.962;QD=61.5759;RBI=0.00280583;REFB=0;REVB=-0.000438205;RO=0;SAF=83;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000875828;OID=.;OPOS=142154291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:162:0:0:159:162:1:76:83:0:0:78:84:0:0 chr8 142160968 . T C 37.88 PASS AF=0.0820896;AO=11;DP=135;FAO=11;FDP=134;FR=.;FRO=123;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=76;FSRR=47;FWDB=-0.0118509;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.481;QD=1.13063;RBI=0.0118525;REFB=-0.0019127;REVB=-0.00019194;RO=124;SAF=5;SAR=6;SRF=77;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188445;STB=0.646887;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0200479;OID=.;OPOS=142160968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:135:134:124:123:11:11:0.0820896:6:5:77:47:6:5:76:47 chr8 142161032 . A C 1788.96 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00022686;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.687;QD=61.1611;RBI=0.00495348;REFB=0;REVB=-0.00494828;RO=0;SAF=66;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.91073e-06;OID=.;OPOS=142161032;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:116:117:1:50:66:0:0:51:66:0:0 chr8 142161873 . C T 675.21 PASS AF=0.944444;AO=48;DP=53;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0735332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0501;QD=50.0158;RBI=0.0736612;REFB=-0.0425928;REVB=0.00434081;RO=3;SAF=11;SAR=37;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366353;STB=0.51898;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.000970558;OID=.;OPOS=142161873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:54:3:3:48:51:0.944444:37:11:0:3:38:13:0:3 chr8 142161888 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.226;QD=60.977;RBI=0.0177098;REFB=0;REVB=-0.0025431;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.18075e-05;OID=.;OPOS=142161888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:28:11:0:0:28:11:0:0 chr8 142200467 . G A 1495.07 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.535;QD=62.2947;RBI=0.0263108;REFB=-0.0978276;REVB=0.0170616;RO=0;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=3.38773e-05;OID=.;OPOS=142200467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:0:1:95:95:0.989583:56:39:0:0:56:39:1:0 chr8 142202856 . CG GC,TG 728.5 PASS AF=0.0212766,0.978723;AO=2,43;DP=47;FAO=1,46;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472144,0.0791121;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=161.701,211.167;QD=61.9997;RBI=0.0489122,0.0809196;REFB=0,0;REVB=0.0127749,0.0170076;RO=0;SAF=1,21;SAR=1,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0338491,-9.13921e-05;OID=.,.;OPOS=142202856,142202856;OREF=CG,C;OALT=GC,T;OMAPALT=GC,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:47:47:0:0:2,43:1,46:0.0212766,0.978723:1,22:1,21:0:0:1,24:0,22:0:0 chr8 142202884 . T C 808.47 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00852157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.601;QD=53.8982;RBI=0.0294965;REFB=0.0251204;REVB=0.0282388;RO=1;SAF=22;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209573;STB=0.521732;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00133259;OID=.;OPOS=142202884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:1:2:58:58:0.966667:36:22:1:0:36:22:2:0 chr8 142202902 . C T 101.53 PASS AF=0.231884;AO=16;DP=69;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=0.0180733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.837;QD=5.88579;RBI=0.0544847;REFB=-0.0185909;REVB=0.0513998;RO=53;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469393;STB=0.784106;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0360672;OID=.;OPOS=142202902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:53:53:16:16:0.231884:5:11:15:38:5:11:15:38 chr8 142204326 . C G 483.69 PASS AF=1;AO=21;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0039897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.024;QD=58.6289;RBI=0.0407172;REFB=0;REVB=0.0405213;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40384e-05;OID=.;OPOS=142204326;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:21:33:1:4:17:0:0:13:20:0:0 chr8 142218024 . AC A 61.69 PASS AF=0.327273;AO=21;DP=54;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.139134;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=12.4343;QD=4.48638;RBI=0.14769;REFB=-0.0258249;REVB=-0.0495389;RO=31;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913326;STB=0.567488;STBP=0.564;TYPE=del;VARB=0.0364569;OID=.;OPOS=142218025;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.327273:21:54:18:55:37:4:14:11:26:61:31:7:14:8:23 chr8 142218119 . G A 794.51 PASS AF=0.951613;AO=57;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0219985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9875;QD=51.2585;RBI=0.100898;REFB=-0.150931;REVB=0.0984706;RO=5;SAF=25;SAR=32;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247685;STB=0.528292;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00567949;OID=.;OPOS=142218119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:62:62:5:3:57:59:0.951613:32:25:3:2:34:25:3:0 chr8 142221361 . C G 598.68 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.755;QD=59.8676;RBI=0.0272831;REFB=0;REVB=0.0215792;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5857e-05;OID=.;OPOS=142221361;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:14:24:0:0:15:25:0:0 chr8 142222374 . A G 2738.22 PASS AF=1;AO=174;DP=181;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159613;FXX=0.0386719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7895;QD=62.9475;RBI=0.0397254;REFB=0;REVB=-0.0363778;RO=0;SAF=78;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95595e-05;OID=.;OPOS=142222374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:174:0:0:174:174:1:96:78:0:0:96:78:0:0 chr8 142222445 . T C 3034.1 PASS AF=1;AO=195;DP=201;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419856;FXX=0.0149246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5346;QD=61.295;RBI=0.0460735;REFB=0;REVB=0.0189732;RO=0;SAF=84;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.47585e-05;OID=.;OPOS=142222445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:198:0:0:195:198:1:111:84:0:0:112:86:0:0 chr8 142228809 . T C 575.63 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5073;QD=59.0391;RBI=0.0265834;REFB=0;REVB=-0.0222309;RO=1;SAF=27;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170418;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000244886;OID=.;OPOS=142228809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:1:0:38:39:1:11:27:1:0:11:28:0:0 chr8 142228909 . G A 403.14 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0371813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.274;QD=48.8658;RBI=0.0568186;REFB=-0.0400294;REVB=0.0429639;RO=3;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899482;STB=0.548355;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00457617;OID=.;OPOS=142228909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:3:3:30:30:0.909091:14:16:0:3:14:16:0:3 chr8 142229891 . A G 3288.6 PASS AF=0.990741;AO=212;DP=214;FAO=214;FDP=216;FR=.;FRO=2;FSAF=104;FSAR=110;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.035622;FXX=0.00460808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.366;QD=60.9;RBI=0.0361438;REFB=-0.134437;REVB=0.00611903;RO=0;SAF=102;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77498e-08;STB=0.504761;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000163873;OID=.;OPOS=142229891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:214:216:0:2:212:214:0.990741:110:102:0:0:110:104:2:0 chr8 142266691 . A C 2714.9 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.085;QD=62.4115;RBI=0.0518798;REFB=0;REVB=0.0352181;RO=0;SAF=100;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06095e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.46291e-06;OID=.;OPOS=142266691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:169:174:0:0:169:174:1:69:100:0:0:74:100:0:0 chr8 142367335 . T C 123.79 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0420983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5516;QD=8.68703;RBI=0.0707682;REFB=-0.00102143;REVB=-0.0568847;RO=38;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.003594;STB=0.503102;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00145587;OID=.;OPOS=142367335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:40:17:17:0.298246:9:8:18:20:9:8:19:21 chr8 142367400 . G A 163.84 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0190382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.236;QD=9.36204;RBI=0.0300396;REFB=-0.0121902;REVB=0.0232362;RO=48;SAF=10;SAR=12;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287261;STB=0.516956;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0246141;OID=.;OPOS=142367400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:48:48:22:22:0.314286:12:10:23:25:12:10:23:25 chr8 142367559 . G A 85.1 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0124001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.468;QD=11.3462;RBI=0.0124993;REFB=0.00220211;REVB=0.0015722;RO=19;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284072;STB=0.670643;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00607906;OID=.;OPOS=142367559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:8:3:10:9:8:3:10:9 chr8 142446923 . C T 633.21 PASS AF=0.415205;AO=71;DP=172;FAO=71;FDP=171;FR=.;FRO=100;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=61;FSRR=39;FWDB=0.0216585;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3863;QD=14.8119;RBI=0.0252505;REFB=-0.0165965;REVB=0.0129805;RO=98;SAF=43;SAR=28;SRF=59;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00389142;STB=0.502675;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0261664;OID=.;OPOS=142446923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:98:100:71:71:0.415205:28:43:59:39:28:43:61:39 chr8 142458039 . C T 1086.81 PASS AF=0.714286;AO=89;DP=126;FAO=90;FDP=126;FR=.;FRO=36;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0164696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5276;QD=34.502;RBI=0.0493049;REFB=-0.040029;REVB=-0.0464728;RO=37;SAF=49;SAR=40;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352755;STB=0.523973;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.029958;OID=.;OPOS=142458039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:37:36:89:90:0.714286:40:49:18:19:40:50:17:19 chr8 142458053 . A G 190.25 PASS AF=0.178295;AO=22;DP=131;FAO=23;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=93;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=-0.021271;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2431;QD=5.89916;RBI=0.0273286;REFB=-0.0120971;REVB=0.0171579;RO=91;SAF=14;SAR=8;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574776;STB=0.560805;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0642904;OID=.;OPOS=142458053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:91:93:22:23:0.178295:8:14:54:37:8:15:54:39 chr8 142459814 . C T 2483.33 PASS AF=0.982036;AO=164;DP=167;FAO=164;FDP=167;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=87;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00796002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.584;QD=59.481;RBI=0.00965139;REFB=-0.0276355;REVB=0.00545779;RO=3;SAF=77;SAR=87;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00676;STB=0.503553;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-3.79005e-05;OID=.;OPOS=142459814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:167:167:3:3:164:164:0.982036:87:77:2:1:87:77:2:1 chr8 142488837 . G A 548.58 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.00282603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.319;QD=20.5078;RBI=0.0104072;REFB=-0.0149373;REVB=0.0100161;RO=51;SAF=34;SAR=22;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365578;STB=0.520106;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0102146;OID=.;OPOS=142488837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:51:56:56:0.523364:22:34:33:18:22:34:33:18 chr8 142489410 . A G 1393.95 PASS AF=0.560345;AO=130;DP=231;FAO=130;FDP=232;FR=.;FRO=102;FSAF=45;FSAR=85;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=-0.0346843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.14;QD=24.0336;RBI=0.0353168;REFB=-0.0259533;REVB=-0.00665379;RO=101;SAF=45;SAR=85;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102099;STB=0.558254;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0214131;OID=.;OPOS=142489410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:232:101:102:130:130:0.560345:85:45:47:54:85:45:48:54 chr8 142490079 . G A 2161.44 PASS AF=0.992857;AO=100;DP=139;FAO=139;FDP=140;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=81;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550726;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.343;QD=61.7555;RBI=0.0563711;REFB=0;REVB=0.0120294;RO=0;SAF=61;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000906861;OID=.;OPOS=142490079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:139:140:0:0:100:139:0.992857:39:61:0:0:58:81:0:0 chr8 142490080 . T A 139.44 PASS AF=0.173611;AO=25;DP=143;FAO=25;FDP=144;FR=.;FRO=119;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=75;FSRR=44;FWDB=-0.00731802;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=80.4566;QD=3.8734;RBI=0.0129881;REFB=-0.00172551;REVB=0.0107302;RO=118;SAF=9;SAR=16;SRF=74;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331431;STB=0.713217;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00373551;OID=.;OPOS=142490080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:118:119:25:25:0.173611:16:9:74:44:16:9:75:44 chr8 142490120 . G T 1687.14 PASS AF=0.991304;AO=113;DP=116;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0129845;FXX=0.0170926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3184;QD=58.6833;RBI=0.0210813;REFB=-0.00374622;REVB=0.0166079;RO=0;SAF=64;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34554e-08;STB=0.50495;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000235971;OID=.;OPOS=142490120;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:116:115:0:1:113:114:0.991304:49:64:0:0:50:64:0:1 chr8 142505038 . T C 299.24 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00510137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.044;QD=13.758;RBI=0.0184318;REFB=-0.0259046;REVB=-0.0177118;RO=53;SAF=12;SAR=22;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049708;STB=0.528367;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0355763;OID=.;OPOS=142505038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:22:12:21:32:22:12:21:32 chr8 142505578 . C A 590.94 PASS AF=0.393064;AO=68;DP=175;FAO=68;FDP=173;FR=.;FRO=105;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=-0.0623108;FXX=0.0114279;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0714;QD=13.6632;RBI=0.0665439;REFB=-0.00668999;REVB=0.023355;RO=103;SAF=26;SAR=42;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133586;STB=0.570115;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0141614;OID=.;OPOS=142505578;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:173:103:105:68:68:0.393064:42:26:52:51:42:26:52:53 chr8 142506461 . A G 484.3 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0169782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.02;QD=23.6245;RBI=0.0289264;REFB=-0.0224621;REVB=-0.0234196;RO=35;SAF=18;SAR=28;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536664;STB=0.536676;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0151244;OID=.;OPOS=142506461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:36:46:46:0.560976:28:18:16:19:28:18:17:19 chr8 143329060 . G A 339.29 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0106024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.425;QD=20.5629;RBI=0.0222804;REFB=-0.0140508;REVB=-0.019596;RO=31;SAF=19;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647068;STB=0.541461;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0111091;OID=.;OPOS=143329060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:31:31:34:35:0.530303:15:19:15:16:15:20:15:16 chr8 143413136 . C T 650.66 PASS AF=0.407821;AO=72;DP=178;FAO=73;FDP=179;FR=.;FRO=106;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=62;FWDB=-0.00317297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.739;QD=14.5398;RBI=0.0178667;REFB=0.00543307;REVB=0.0175827;RO=105;SAF=38;SAR=34;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114514;STB=0.562216;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00653422;OID=.;OPOS=143413136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:105:106:72:73:0.407821:34:38:44:61:35:38:44:62 chr8 143425539 . C T 412.88 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0376225;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5243;QD=21.1734;RBI=0.0395505;REFB=-0.0361488;REVB=0.0121977;RO=37;SAF=19;SAR=22;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975721;STB=0.55384;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.032582;OID=.;OPOS=143425539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:37:37:41:41:0.525641:22:19:13:24:22:19:13:24 chr8 143425720 . T C 219.75 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0392443;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.378;QD=13.9524;RBI=0.0393385;REFB=-0.0192089;REVB=-0.00272177;RO=37;SAF=8;SAR=18;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820263;STB=0.546924;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0299084;OID=.;OPOS=143425720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:37:37:26:26:0.412698:18:8:14:23:18:8:14:23 chr8 143427178 . C G 254.14 PASS AF=0.301724;AO=29;DP=109;FAO=35;FDP=116;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=50;FSRR=31;FWDB=0.0173467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.636;QD=8.76359;RBI=0.0558741;REFB=-0.016444;REVB=0.0531131;RO=77;SAF=15;SAR=14;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163152;STB=0.610455;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0319721;OID=.;OPOS=143427178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:116:77:81:29:35:0.301724:14:15:50:27:19:16:50:31 chr8 143436034 . A G 280.8 PASS AF=0.354839;AO=32;DP=92;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=42;FWDB=-0.0113961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.184;QD=12.0773;RBI=0.0122747;REFB=-0.00347492;REVB=0.0045604;RO=60;SAF=9;SAR=23;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257794;STB=0.521726;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00710616;OID=.;OPOS=143436034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:60:60:32:33:0.354839:23:9:18:42:24:9:18:42 chr8 143603418 . G C 1411.9 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0543436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9572;QD=62.7513;RBI=0.0610327;REFB=0;REVB=0.0277807;RO=0;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020356;OID=.;OPOS=143603418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:39:51:0:0:39:51:0:0 chr8 143623372 . C A 417.57 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=-0.0142517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.082;QD=15.3238;RBI=0.019602;REFB=-0.025106;REVB=-0.0134583;RO=61;SAF=24;SAR=23;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147184;STB=0.576771;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0291387;OID=.;OPOS=143623372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:62:47:47:0.431193:23:24:40:21:23:24:40:22 chr8 143694775 . G C 1339.56 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.111;QD=62.3052;RBI=0.0543951;REFB=0;REVB=0.0273176;RO=1;SAF=45;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104093;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108193;OID=.;OPOS=143694775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:1:0:83:86:1:38:45:1:0:38:48:0:0 chr8 143695678 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0812526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.591;QD=37.488;RBI=0.0812747;REFB=0;REVB=-0.00189688;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00145443;OID=.;OPOS=143695678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr8 143695681 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.306;QD=37.4885;RBI=0.14226;REFB=0;REVB=0.0290091;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0053871;OID=.;OPOS=143695681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr8 143746087 . CCA C 660.77 PASS AF=0.898551;AO=60;DP=65;FAO=62;FDP=69;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.000132426;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=272.613;QD=38.3052;RBI=0.00877855;REFB=-0.0252461;REVB=0.00877755;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.543004;STBP=0.046;TYPE=del;VARB=0.000926018;OID=.;OPOS=143746088;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.898551:60:65:62:69:7:27:35:6:1:14:0:26:34:0:0 chr8 143747464 . G A 605.04 PASS AF=0.521368;AO=60;DP=116;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0031253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.409;QD=20.6853;RBI=0.00509971;REFB=-0.0232798;REVB=0.00402983;RO=56;SAF=26;SAR=34;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136426;STB=0.57792;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0247729;OID=.;OPOS=143747464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:56:56:60:61:0.521368:34:26:33:23:35:26:33:23 chr8 143808951 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.163;QD=39.2068;RBI=0.0516796;REFB=0;REVB=-0.00858889;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694229;OID=.;OPOS=143808951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr8 143818247 . C T 983.17 PASS AF=0.248731;AO=147;DP=589;FAO=147;FDP=591;FR=.;FRO=444;FSAF=63;FSAR=84;FSRF=171;FSRR=273;FWDB=-0.0248825;FXX=0.00505042;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.099;QD=6.65425;RBI=0.0298934;REFB=-0.0135294;REVB=-0.0165673;RO=434;SAF=63;SAR=84;SRF=162;SRR=272;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722403;STB=0.533628;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0368082;OID=.;OPOS=143818247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:589:591:434:444:147:147:0.248731:84:63:162:272:84:63:171:273 chr8 143845950 . A G 84.01 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.379;QD=37.3362;RBI=0.0265132;REFB=0;REVB=0.0231827;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00597982;OID=.;OPOS=143845950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:4:4:0:0:5:4:0:0 chr8 143845953 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.941;QD=39.2068;RBI=0.0303019;REFB=0;REVB=0.0229185;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301987;OID=.;OPOS=143845953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr8 143845982 . T C 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0102804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.215;QD=18.7678;RBI=0.0102804;REFB=0.0010045;REVB=0;RO=3;SAF=6;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000653886;OID=.;OPOS=143845982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:0:6:3:0:0:6:3:0 chr8 143867905 . C T 406.81 PASS AF=0.698113;AO=37;DP=53;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.00461969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.247;QD=30.7029;RBI=0.00663456;REFB=0.00363108;REVB=0.00476192;RO=16;SAF=13;SAR=24;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103558;STB=0.55604;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00155641;OID=.;OPOS=143867905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:16:16:37:37:0.698113:24:13:3:13:24:13:3:13 chr8 143922620 . C T 752.11 PASS AF=0.603448;AO=70;DP=116;FAO=70;FDP=116;FR=.;FRO=46;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00252973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9065;QD=25.9348;RBI=0.0256737;REFB=-0.019646;REVB=-0.0255488;RO=46;SAF=37;SAR=33;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749835;STB=0.540703;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0153485;OID=.;OPOS=143922620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:46:46:70:70:0.603448:33:37:29:17:33:37:29:17 chr8 143956693 . G A 80.31 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0189077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.56;QD=5.18108;RBI=0.0207215;REFB=-0.0111611;REVB=-0.00847817;RO=49;SAF=9;SAR=4;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23237;STB=0.649248;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0290573;OID=.;OPOS=143956693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:49:49:13:13:0.209677:4:9:25:24:4:9:25:24 chr8 143957163 . C G 267.18 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0371224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9579;QD=20.1642;RBI=0.0540582;REFB=-0.0139356;REVB=-0.0392966;RO=25;SAF=16;SAR=12;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27535;STB=0.652528;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0150321;OID=.;OPOS=143957163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:12:16:6:19:12:16:6:19 chr8 143959188 . G T 408.64 PASS AF=0.493976;AO=40;DP=82;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00552224;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.419;QD=19.6937;RBI=0.0131121;REFB=-0.019856;REVB=0.0118926;RO=41;SAF=32;SAR=8;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358995;STB=0.660369;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0152074;OID=.;OPOS=143959188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:41:42:40:41:0.493976:8:32:19:22:10:31:20:22 chr8 143959250 . T C 1448.83 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.021091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2604;QD=57.3796;RBI=0.0490938;REFB=-0.0448288;REVB=-0.0443325;RO=1;SAF=48;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977988;STB=0.5003;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-6.0459e-05;OID=.;OPOS=143959250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:1:2:99:99:0.980198:51:48:1:0:51:48:1:1 chr8 143960597 . G A 84.8 PASS AF=0.225806;AO=12;DP=61;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0457632;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0196;QD=5.47092;RBI=0.0871241;REFB=-0.0174375;REVB=0.0741373;RO=49;SAF=8;SAR=4;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336334;STB=0.75187;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0795682;OID=.;OPOS=143960597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:61:62:49:48:12:14:0.225806:4:8:19:30:4:10:18:30 chr8 143961005 . T C 784.74 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.866;QD=57.0717;RBI=0.0197616;REFB=0;REVB=0.0167;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07743e-06;OID=.;OPOS=143961005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:18:36:0:0:18:37:0:0 chr8 143961102 . C T 267.96 PASS AF=0.54;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.000913703;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.688;QD=21.4369;RBI=0.0497656;REFB=0.00776041;REVB=-0.0497572;RO=20;SAF=20;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171986;STB=0.616346;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0039964;OID=.;OPOS=143961102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:20:23:27:27:0.54:7:20:11:9:7:20:12:11 chr8 143961141 . C T 219.75 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.003283;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.351;QD=23.1311;RBI=0.00596432;REFB=-0.0270223;REVB=-0.00497946;RO=17;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062401;STB=0.534851;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0202737;OID=.;OPOS=143961141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:17:17:21:21:0.552632:9:12:11:6:9:12:11:6 chr8 143994041 . C T 796.18 PASS AF=0.517007;AO=76;DP=147;FAO=76;FDP=147;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.000321097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.826;QD=21.6649;RBI=0.0122958;REFB=-0.00600089;REVB=0.0122916;RO=71;SAF=32;SAR=44;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137659;STB=0.575607;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00769786;OID=.;OPOS=143994041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:71:71:76:76:0.517007:44:32:41:30:44:32:41:30 chr8 143994702 . G T 365.42 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.7;QD=52.2029;RBI=0.0555519;REFB=-0.0862959;REVB=0.0541037;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.518505;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.000851552;OID=.;OPOS=143994702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:13:14:0:0:13:14:0:1 chr8 143995761 . C T 526.09 PASS AF=0.389937;AO=62;DP=158;FAO=62;FDP=159;FR=.;FRO=97;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=58;FWDB=-0.00976734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.095;QD=13.2349;RBI=0.00977412;REFB=-0.015512;REVB=0.000363999;RO=96;SAF=32;SAR=30;SRF=39;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118063;STB=0.569327;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0217855;OID=.;OPOS=143995761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:96:97:62:62:0.389937:30:32:39:57:30:32:39:58 chr8 143996539 . T C 455.89 PASS AF=0.36129;AO=56;DP=158;FAO=56;FDP=155;FR=.;FRO=99;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=63;FWDB=-0.0155204;FXX=0.0189861;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5508;QD=11.7648;RBI=0.0509322;REFB=-0.00168939;REVB=-0.0485098;RO=102;SAF=35;SAR=21;SRF=39;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270525;STB=0.66345;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00114199;OID=.;OPOS=143996539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:155:102:99:56:56:0.36129:21:35:39:63:21:35:36:63 chr8 143996553 . G A 495.88 PASS AF=0.386207;AO=53;DP=142;FAO=56;FDP=145;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=0.0212917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.515;QD=13.6793;RBI=0.0218183;REFB=-0.007362;REVB=-0.00476443;RO=88;SAF=31;SAR=22;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203768;STB=0.612415;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0102834;OID=.;OPOS=143996553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:145:88:89:53:56:0.386207:22:31:35:53:23:33:36:53 chr8 143997877 . C G 156.47 PASS AF=0.237624;AO=23;DP=102;FAO=24;FDP=101;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.0138901;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.382;QD=6.19681;RBI=0.0335276;REFB=-0.0120805;REVB=-0.030515;RO=79;SAF=10;SAR=13;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381568;STB=0.543061;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0438123;OID=.;OPOS=143997877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:79:77:23:24:0.237624:13:10:32:47:13:11:31:46 chr8 143998589 . G A 435.72 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0164537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.785;QD=18.5414;RBI=0.016457;REFB=-0.0235379;REVB=0.000330265;RO=48;SAF=21;SAR=23;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00177844;STB=0.512095;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0336436;OID=.;OPOS=143998589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:48:50:44:44:0.468085:23:21:23:25:23:21:25:25 chr8 144124609 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00900078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.401;QD=55.656;RBI=0.0386949;REFB=0;REVB=0.0376335;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191975;OID=.;OPOS=144124609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr8 144239859 . A G 763.68 PASS AF=0.506494;AO=78;DP=154;FAO=78;FDP=154;FR=.;FRO=76;FSAF=53;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.0157157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9475;QD=19.8358;RBI=0.0258677;REFB=-0.0161052;REVB=0.0205464;RO=76;SAF=53;SAR=25;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159934;STB=0.588233;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0152806;OID=.;OPOS=144239859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:76:76:78:78:0.506494:25:53:39:37:25:53:39:37 chr8 144240257 . C G 1368.05 PASS AF=0.603015;AO=120;DP=199;FAO=120;FDP=199;FR=.;FRO=79;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.0021347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7957;QD=27.4985;RBI=0.0252032;REFB=0.021392;REVB=0.0251126;RO=77;SAF=54;SAR=66;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504452;STB=0.527507;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.0129629;OID=.;OPOS=144240257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:77:79:120:120:0.603015:66:54:40:37:66:54:41:38 chr8 144295154 . C T 164.82 PASS AF=0.548387;AO=18;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00473314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.796;QD=21.2674;RBI=0.0115416;REFB=-0.0138705;REVB=0.0105264;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129189;STB=0.519062;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0201694;OID=.;OPOS=144295154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:14:18:17:0.548387:8:10:7:6:8:9:8:6 chr8 144295782 . G T 402.24 PASS AF=0.317365;AO=53;DP=167;FAO=53;FDP=167;FR=.;FRO=114;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=53;FSRR=61;FWDB=0.0852862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2212;QD=9.63437;RBI=0.140627;REFB=0.000239527;REVB=0.111813;RO=114;SAF=18;SAR=35;SRF=53;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15451;STB=0.589806;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0020803;OID=.;OPOS=144295782;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:114:114:53:53:0.317365:35:18:53:61:35:18:53:61 chr8 144332012 . T C 1135.11 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0646535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.867;QD=60.5394;RBI=0.067773;REFB=0;REVB=0.0203249;RO=0;SAF=25;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000287739;OID=.;OPOS=144332012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:50:25:0:0:50:25:0:0 chr8 144332082 . T C 744.0 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600485;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.979;QD=57.231;RBI=0.0611597;REFB=0;REVB=-0.0116056;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478509;OID=.;OPOS=144332082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr8 144333315 . G A 2585.9 PASS AF=0.988304;AO=168;DP=171;FAO=169;FDP=171;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0279164;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.555;QD=60.4888;RBI=0.0340205;REFB=0.00704607;REVB=0.0194441;RO=2;SAF=92;SAR=76;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00107579;STB=0.500594;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-5.54306e-05;OID=.;OPOS=144333315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:171:171:2:2:168:169:0.988304:76:92:1:1:76:93:1:1 chr8 144333404 . TG CT,TC 42.83 PASS AF=0.0789474,0.0350877;AO=10,4;DP=114;FAO=9,4;FDP=114;FR=.;FRO=101;FSAF=1,1;FSAR=8,3;FSRF=55;FSRR=46;FWDB=-0.048106,-0.0143563;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=61.4372,78.9417;QD=1.50289;RBI=0.0913093,0.0472967;REFB=-0.00323616,0.00412883;REVB=-0.0776093,-0.0450652;RO=95;SAF=1,1;SAR=9,3;SRF=55;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.538515,-0.266304;STB=0.891572,0.772878;STBP=0.023,0.366;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0744585,-0.00526316;OID=.,.;OPOS=144333404,144333405;OREF=TG,G;OALT=CT,C;OMAPALT=CT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:114:114:95:101:10,4:9,4:0.0789474,0.0350877:9,3:1,1:55:40:8,3:1,1:55:46 chr8 144333434 . G A,C 970.78 PASS AF=0.917808,0.0684932;AO=65,4;DP=73;FAO=67,5;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=31,5;FSAR=36,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.113887,0.135368;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=160.984,24.2884;QD=53.1933;RBI=0.115194,0.135646;REFB=-0.0857165,-0.215153;REVB=0.017305,-0.00868252;RO=0;SAF=29,4;SAR=36,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.507934,0.5;STBP=0.294,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000235253,0.0883369;OID=.,.;OPOS=144333434,144333434;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:73:73:0:1:65,4:67,5:0.917808,0.0684932:36,0:29,4:0:0:36,0:31,5:1:0 chr8 144351632 . A G 1938.18 PASS AF=1;AO=96;DP=124;FAO=126;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.491;QD=61.5295;RBI=0.0548629;REFB=0;REVB=0.0531937;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000740817;OID=.;OPOS=144351632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:126:0:0:96:126:1:51:45:0:0:77:49:0:0 chr8 144357213 . G C 733.59 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00169422;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.118;QD=56.4302;RBI=0.00938259;REFB=0;REVB=0.00922835;RO=0;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002538;OID=.;OPOS=144357213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:16:35:0:0:16:36:0:0 chr8 144378184 . C G 289.33 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.943;QD=52.605;RBI=0.050632;REFB=0;REVB=0.0489897;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432155;OID=.;OPOS=144378184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:19:22:1:6:13:0:0:8:14:0:0 chr8 144378868 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2996;QD=44.6897;RBI=0.0623717;REFB=0;REVB=0.057618;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149725;OID=.;OPOS=144378868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr8 144391924 . CT TC 318.46 PASS AF=0.96;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0293935;FXX=0.0740466;HRUN=2;LEN=2;MLLD=131.737;QD=50.9543;RBI=0.0314417;REFB=-0.0857721;REVB=-0.0111626;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515139;STBP=0.617;TYPE=mnp;VARB=0.00165197;OID=.;OPOS=144391924;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:27:25:0:1:24:24:0.96:16:8:0:0:16:8:0:1 chr8 144391930 . G A 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.378;QD=55.6519;RBI=0.0147486;REFB=0;REVB=0.00184887;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.54877e-05;OID=.;OPOS=144391930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr8 144392368 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.769;QD=42.1826;RBI=0.0755553;REFB=0;REVB=-0.00373627;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000875294;OID=.;OPOS=144392368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr8 144409934 . C A 4959.41 PASS AF=0.967164;AO=324;DP=335;FAO=324;FDP=335;FR=.;FRO=11;FSAF=191;FSAR=133;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0135039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.64;QD=59.2169;RBI=0.0149256;REFB=-0.0111667;REVB=0.00635757;RO=11;SAF=191;SAR=133;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207439;STB=0.510883;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000874167;OID=.;OPOS=144409934;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:335:335:11:11:324:324:0.967164:133:191:10:1:133:191:10:1 chr8 144409938 . A AG 3649.96 PASS AF=1;AO=273;DP=326;FAO=303;FDP=303;FR=.;FRO=0;FSAF=187;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371509;FXX=0.0098036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.0321;QD=48.1844;RBI=0.0695637;REFB=0;REVB=-0.0588126;RO=34;SAF=170;SAR=103;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027235;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000482254;OID=.;OPOS=144409939;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:273:326:303:303:0:187:116:0:0:66:34:170:103:17:17 chr8 144550598 . G A 423.79 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.015269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.205;QD=21.1895;RBI=0.0615188;REFB=-0.0114328;REVB=0.0595938;RO=38;SAF=14;SAR=28;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196078;STB=0.608642;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0125144;OID=.;OPOS=144550598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:28:14:21:17:28:14:21:17 chr8 144589994 . G A 1060.42 PASS AF=0.452675;AO=110;DP=243;FAO=110;FDP=243;FR=.;FRO=133;FSAF=74;FSAR=36;FSRF=90;FSRR=43;FWDB=0.0242387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2753;QD=17.4554;RBI=0.0385606;REFB=-0.0196109;REVB=0.0299901;RO=131;SAF=74;SAR=36;SRF=89;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00745202;STB=0.502468;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0191087;OID=.;OPOS=144589994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:131:133:110:110:0.452675:36:74:89:42:36:74:90:43 chr8 144620183 . T C 834.04 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.245;QD=57.5196;RBI=0.0299935;REFB=0;REVB=0.0280457;RO=0;SAF=41;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.92381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140827;OID=.;OPOS=144620183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:16:41:0:0:16:42:0:0 chr8 144621234 . GC G 101.14 PASS AF=0.507937;AO=27;DP=65;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00918981;FXX=0.0307645;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.31592;QD=6.42133;RBI=0.0487066;REFB=-0.0865929;REVB=-0.0478318;RO=29;SAF=9;SAR=18;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238207;STB=0.570526;STBP=0.296;TYPE=del;VARB=0.0845113;OID=.;OPOS=144621235;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507937:27:65:32:63:31:13:19:17:14:85:29:9:18:17:12 chr8 144623574 . T C 2999.09 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.957;QD=63.4728;RBI=0.0385244;REFB=0;REVB=-0.0282436;RO=0;SAF=90;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74754e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.19807e-05;OID=.;OPOS=144623574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:189:0:0:189:189:1:99:90:0:0:99:90:0:0 chr8 144642178 . T C 1589.19 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00638456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.849;QD=59.9693;RBI=0.00961366;REFB=0;REVB=0.00718747;RO=0;SAF=15;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7106e-07;OID=.;OPOS=144642178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:91:15:0:0:91:15:0:0 chr8 144642596 . T C 247.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0622644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1051;QD=47.1507;RBI=0.066953;REFB=-0.146306;REVB=-0.0246139;RO=1;SAF=13;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341449;STB=0.5185;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0143299;OID=.;OPOS=144642596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:21:21:1:1:20:20:0.952381:7:13:1:0:7:13:1:0 chr8 144642626 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.432;QD=55.0974;RBI=0.0503634;REFB=0;REVB=-0.0488905;RO=0;SAF=22;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219936;OID=.;OPOS=144642626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:4:22:0:0:4:22:0:0 chr8 144649968 . C T 2288.23 PASS AF=0.993464;AO=150;DP=154;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222995;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6816;QD=59.823;RBI=0.0761783;REFB=-0.0264248;REVB=0.0728413;RO=2;SAF=79;SAR=71;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132083;STB=0.503401;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000300929;OID=.;OPOS=144649968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:153:2:1:150:152:0.993464:71:79:0:2:73:79:0:1 chr8 144650342 . G A 358.94 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00956262;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.844;QD=19.9413;RBI=0.024331;REFB=-0.011613;REVB=-0.022373;RO=32;SAF=14;SAR=23;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232188;STB=0.608407;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0131068;OID=.;OPOS=144650342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:32:35:37:37:0.513889:23:14:21:11:23:14:21:14 chr8 144654249 . G A 1648.11 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0502956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.067;QD=58.3403;RBI=0.0503143;REFB=-0.123887;REVB=-0.0013708;RO=0;SAF=62;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507935;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000493659;OID=.;OPOS=144654249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:0:2:111:111:0.982301:49:62:0:0:49:62:2:0 chr8 144654255 . A G 1952.11 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00938881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8086;QD=61.9716;RBI=0.0520068;REFB=0;REVB=-0.0511523;RO=0;SAF=75;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149158;OID=.;OPOS=144654255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:51:75:0:0:51:75:0:0 chr8 144654594 . G T 546.81 PASS AF=0.886364;AO=39;DP=44;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00906043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.952;QD=49.7099;RBI=0.00997953;REFB=-0.0193297;REVB=-0.00418325;RO=4;SAF=25;SAR=14;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264041;STB=0.505048;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0480448;OID=.;OPOS=144654594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:44:44:4:5:39:39:0.886364:14:25:2:2:14:25:3:2 chr8 144654693 . G C 1350.87 PASS AF=0.96;AO=94;DP=99;FAO=96;FDP=100;FR=.;FRO=4;FSAF=71;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00289202;FXX=0.00990001;HRUN=5;LEN=1;MLLD=141.727;QD=54.0349;RBI=0.0712073;REFB=-0.178819;REVB=0.0711486;RO=5;SAF=71;SAR=23;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690184;STB=0.52481;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00160766;OID=.;OPOS=144654693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:99:100:5:4:94:96:0.96:23:71:1:4:25:71:1:3 chr8 144658711 . G A 1501.03 PASS AF=0.938053;AO=105;DP=111;FAO=106;FDP=113;FR=.;FRO=7;FSAF=40;FSAR=66;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0306096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7031;QD=53.1337;RBI=0.0640514;REFB=-0.0656474;REVB=0.0562639;RO=6;SAF=39;SAR=66;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676054;STB=0.540222;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00357871;OID=.;OPOS=144658711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:111:113:6:7:105:106:0.938053:66:39:6:0:66:40:7:0 chr8 144662353 . G A 1010.97 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0232034;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.043;QD=57.7698;RBI=0.0298987;REFB=-0.0518242;REVB=0.0188556;RO=1;SAF=26;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178302;STB=0.509088;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000845568;OID=.;OPOS=144662353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:68:69:0.985714:42:26:1:0:42:27:1:0 chr8 144671244 . C A 989.77 PASS AF=0.933333;AO=70;DP=75;FAO=70;FDP=75;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00784348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.091;QD=52.7879;RBI=0.0408366;REFB=-0.071453;REVB=0.0400762;RO=2;SAF=21;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124299;STB=0.523358;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00216312;OID=.;OPOS=144671244;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:75:75:2:5:70:70:0.933333:49:21:1:1:49:21:3:2 chr8 144671685 . G C 456.26 PASS AF=0.894737;AO=33;DP=38;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0274544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.76;QD=48.027;RBI=0.0707866;REFB=-0.0569239;REVB=0.0652457;RO=4;SAF=29;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306092;STB=0.64276;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00382553;OID=.;OPOS=144671685;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:38:38:4:4:33:34:0.894737:4:29:0:4:5:29:0:4 chr8 144671922 . G A 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2281;QD=53.9042;RBI=0.0435567;REFB=0;REVB=0.0165777;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000593082;OID=.;OPOS=144671922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr8 144681777 . G T 2345.09 PASS AF=0.988024;AO=150;DP=155;FAO=165;FDP=167;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0443603;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=49.7909;QD=56.1698;RBI=0.0665968;REFB=-0.118221;REVB=0.0496719;RO=5;SAF=78;SAR=72;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00491316;STB=0.500182;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00906101;OID=.;OPOS=144681777;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:155:167:5:2:150:165:0.988024:72:78:3:2:80:85:1:1 chr8 144682311 . G C 4495.56 PASS AF=0.976898;AO=296;DP=304;FAO=296;FDP=303;FR=.;FRO=7;FSAF=170;FSAR=126;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.013212;FXX=0.00328937;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.227;QD=59.3474;RBI=0.0184872;REFB=-0.0264907;REVB=0.0129313;RO=7;SAF=170;SAR=126;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655598;STB=0.50344;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=4.43172e-06;OID=.;OPOS=144682311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:304:303:7:7:296:296:0.976898:126:170:3:4:126:170:3:4 chr8 144688736 . C G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.496;QD=57.0002;RBI=0.0228266;REFB=0;REVB=0.0216204;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104943;OID=.;OPOS=144688736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr8 144694890 . G C 260.96 PASS AF=0.5;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0316114;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4289;QD=17.9972;RBI=0.0395376;REFB=-0.00994953;REVB=0.0237474;RO=30;SAF=15;SAR=13;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122847;STB=0.569331;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.019256;OID=.;OPOS=144694890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:29:28:29:0.5:13:15:20:10:14:15:19:10 chr8 144732363 . T C 1157.68 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.601;QD=59.3683;RBI=0.0514571;REFB=-0.033079;REVB=0.0503584;RO=1;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111346;STB=0.505881;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00051278;OID=.;OPOS=144732363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:76:77:0.987179:42:34:0:1:42:35:0:1 chr8 144732418 . A G 1190.41 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.468;QD=61.0464;RBI=0.0204523;REFB=0;REVB=0.000544723;RO=0;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49025e-05;OID=.;OPOS=144732418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:48:30:0:0:48:30:0:0 chr8 144735977 . T C 1336.67 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0299077;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.152;QD=60.0748;RBI=0.03178;REFB=-0.133934;REVB=0.0107471;RO=2;SAF=41;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0012271;STB=0.500648;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000569977;OID=.;OPOS=144735977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:90:89:2:2:87:87:0.977528:46:41:1:1:46:41:1:1 chr8 144774233 . T C 389.83 PASS AF=0.541667;AO=37;DP=70;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.028533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.113;QD=21.6574;RBI=0.0335244;REFB=-0.0219973;REVB=0.0175998;RO=33;SAF=18;SAR=19;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758999;STB=0.552212;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0122891;OID=.;OPOS=144774233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:33:33:37:39:0.541667:19:18:19:14:21:18:19:14 chr8 144775871 . C A 519.15 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0108596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.791;QD=25.6369;RBI=0.0113827;REFB=-0.00307012;REVB=0.00341086;RO=33;SAF=23;SAR=25;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161706;STB=0.588199;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0112101;OID=.;OPOS=144775871;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:33:48:48:0.592593:25:23:23:10:25:23:23:10 chr8 144776093 . G A 69.52 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0146724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.658;QD=6.78209;RBI=0.0496141;REFB=-0.0127303;REVB=0.0473949;RO=31;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966674;STB=0.560856;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0276766;OID=.;OPOS=144776093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:41:41:31:31:10:10:0.243902:5:5:13:18:5:5:13:18 chr8 144776109 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.622;QD=59.435;RBI=0.0170742;REFB=0;REVB=-0.00967492;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217023;OID=.;OPOS=144776109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr8 144802735 . AG CC 1540.56 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197803;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=2;MLLD=186.129;QD=64.1902;RBI=0.0736865;REFB=0;REVB=0.0709819;RO=0;SAF=52;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000108099;OID=.;OPOS=144802735;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:96:0:0:96:96:1:44:52:0:0:43:53:0:0 chr8 144809804 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.481;QD=35.5758;RBI=0.064036;REFB=0;REVB=0.0630139;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245468;OID=.;OPOS=144809804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr8 144811338 . C G 1076.32 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.8;QD=58.1794;RBI=0.0427115;REFB=-0.112794;REVB=0.0380405;RO=0;SAF=51;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84448e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613222;OID=.;OPOS=144811338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:72:74:0:0:72:74:1:21:51:0:0:21:53:0:0 chr8 144822037 . G T 2660.08 PASS AF=0.951872;AO=175;DP=185;FAO=178;FDP=187;FR=.;FRO=9;FSAF=97;FSAR=81;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0192066;FXX=0.0209413;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.137;QD=56.9001;RBI=0.037574;REFB=-0.192716;REVB=0.0322942;RO=9;SAF=94;SAR=81;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00865792;STB=0.504871;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0014264;OID=.;OPOS=144822037;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:185:187:9:9:175:178:0.951872:81:94:4:5:81:97:4:5 chr8 144885580 . A G 2759.49 PASS AF=0.994565;AO=174;DP=176;FAO=183;FDP=184;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.110401;FXX=0.0107521;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6505;QD=59.9888;RBI=0.114302;REFB=-0.0546438;REVB=-0.0296045;RO=2;SAF=90;SAR=84;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111971;STB=0.502732;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00672067;OID=.;OPOS=144885580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:176:184:2:1:174:183:0.994565:84:90:0:2:91:92:0:1 chr8 144889172 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.597;QD=58.4197;RBI=0.0684915;REFB=0;REVB=0.0149946;RO=0;SAF=20;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123296;OID=.;OPOS=144889172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:43:20:0:0:43:20:0:0 chr8 144890873 . A T 1085.22 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.928;QD=60.2899;RBI=0.0175346;REFB=0;REVB=0.0175346;RO=0;SAF=0;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180495;OID=.;OPOS=144890873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:72:0:0:0:72:0:0:0 chr8 144894496 . G A 1361.03 PASS AF=0.967391;AO=88;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0298682;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.434;QD=59.1751;RBI=0.0324229;REFB=-0.110542;REVB=0.0126147;RO=3;SAF=42;SAR=46;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00900814;STB=0.504534;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00121221;OID=.;OPOS=144894496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:92:3:3:88:89:0.967391:46:42:1:2:47:42:1:2 chr8 144895553 . G A 848.21 PASS AF=0.925373;AO=62;DP=67;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0633022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3722;QD=50.6391;RBI=0.0635195;REFB=-0.0550593;REVB=-0.00524951;RO=2;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448908;STB=0.539602;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0211143;OID=.;OPOS=144895553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:67:67:2:5:62:62:0.925373:20:42:0:2:20:42:1:4 chr8 144904690 . A G 742.94 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00664271;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.806;QD=57.1493;RBI=0.00828586;REFB=0;REVB=-0.00495276;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477747;OID=.;OPOS=144904690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:27:24:0:0:28:24:0:0 chr8 144921243 . G A 208.39 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0381505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.447;QD=11.4185;RBI=0.0430575;REFB=-0.0168029;REVB=-0.0199622;RO=47;SAF=14;SAR=12;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645085;STB=0.537285;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0256528;OID=.;OPOS=144921243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:12:14:28:19:12:14:28:19 chr8 144940222 . A C 851.94 PASS AF=0.453608;AO=88;DP=194;FAO=88;FDP=194;FR=.;FRO=106;FSAF=16;FSAR=72;FSRF=40;FSRR=66;FWDB=0.0135978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.934;QD=17.5658;RBI=0.0303711;REFB=-0.0260014;REVB=-0.027157;RO=106;SAF=16;SAR=72;SRF=40;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260282;STB=0.646117;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0233879;OID=.;OPOS=144940222;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:106:106:88:88:0.453608:72:16:40:66:72:16:40:66 chr8 144940230 . G C 1123.76 PASS AF=0.506787;AO=112;DP=221;FAO=112;FDP=221;FR=.;FRO=109;FSAF=23;FSAR=89;FSRF=40;FSRR=69;FWDB=-0.00968883;FXX=0.0045043;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.028;QD=20.3396;RBI=0.0244156;REFB=-0.0318614;REVB=0.0224109;RO=109;SAF=23;SAR=89;SRF=40;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193058;STB=0.606732;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0339015;OID=.;OPOS=144940230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:109:109:112:112:0.506787:89:23:40:69:89:23:40:69 chr8 144940290 . C G 86.24 PASS AF=0.0909091;AO=27;DP=306;FAO=28;FDP=308;FR=.;FRO=280;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=92;FSRR=188;FWDB=-0.0219686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.721;QD=1.12001;RBI=0.0357218;REFB=-0.00450146;REVB=-0.0281679;RO=279;SAF=6;SAR=21;SRF=91;SRR=188;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149346;STB=0.631045;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0470239;OID=.;OPOS=144940290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:306:308:279:280:27:28:0.0909091:21:6:91:188:22:6:92:188 chr8 144940300 . G A 2379.92 PASS AF=0.666667;AO=204;DP=306;FAO=204;FDP=306;FR=.;FRO=102;FSAF=57;FSAR=147;FSRF=37;FSRR=65;FWDB=0.00868738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.978;QD=31.1101;RBI=0.00952237;REFB=-0.014687;REVB=-0.00389937;RO=102;SAF=57;SAR=147;SRF=37;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623278;STB=0.533469;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00912746;OID=.;OPOS=144940300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:306:102:102:204:204:0.666667:147:57:37:65:147:57:37:65 chr8 144940331 . C T 309.53 PASS AF=0.18125;AO=58;DP=320;FAO=58;FDP=320;FR=.;FRO=262;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=80;FSRR=182;FWDB=-0.00268625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.272;QD=3.86908;RBI=0.00501564;REFB=-0.0041813;REVB=-0.00423565;RO=257;SAF=20;SAR=38;SRF=75;SRR=182;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788499;STB=0.536573;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.024687;OID=.;OPOS=144940331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:320:257:262:58:58:0.18125:38:20:75:182:38:20:80:182 chr8 144940558 . G A 31.03 PASS AF=0.1;AO=7;DP=69;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0868126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.812;QD=1.77329;RBI=0.0885363;REFB=-0.00408093;REVB=-0.0173856;RO=62;SAF=2;SAR=5;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199075;STB=0.664747;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0203386;OID=.;OPOS=144940558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:70:62:63:7:7:0.1:5:2:28:34:5:2:29:34 chr8 144944867 . C T 101.1 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=72;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0084675;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.215;QD=5.69587;RBI=0.0484001;REFB=-0.0146467;REVB=-0.0476536;RO=54;SAF=10;SAR=6;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655292;STB=0.535011;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0357389;OID=.;OPOS=144944867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:54:55:16:16:0.225352:6:10:31:23:6:10:32:23 chr8 144990415 . G A 66.47 PASS AF=0.8;AO=4;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0100678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3365;QD=26.5885;RBI=0.0664243;REFB=-0.000853967;REVB=0.0656568;RO=2;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210252;STB=0.562356;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00248153;OID=.;OPOS=144990415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:4:8:0.8:3:1:0:2:7:1:0:2 chr8 144994566 . G A 1998.12 PASS AF=0.68;AO=170;DP=254;FAO=170;FDP=250;FR=.;FRO=80;FSAF=91;FSAR=79;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.00456963;FXX=0.0196071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0315;QD=31.97;RBI=0.0778723;REFB=-0.0246476;REVB=0.0777381;RO=77;SAF=91;SAR=79;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00924627;STB=0.500709;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00950396;OID=.;OPOS=144994566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:250:77:80:170:170:0.68:79:91:40:37:79:91:43:37 chr8 144999656 . G A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0178352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1156;QD=20.8959;RBI=0.0466009;REFB=0.0324705;REVB=0.0430528;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788369;STB=0.545344;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.0157867;OID=.;OPOS=144999656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:5:3:1:3:5:3:1:3 chr8 145027872 . G C 640.66 PASS AF=0.361111;AO=78;DP=215;FAO=78;FDP=216;FR=.;FRO=138;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=67;FSRR=71;FWDB=-0.0131916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9459;QD=11.864;RBI=0.0777066;REFB=-0.0141943;REVB=-0.0765787;RO=137;SAF=46;SAR=32;SRF=67;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113939;STB=0.567136;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0246255;OID=.;OPOS=145027872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:216:137:138:78:78:0.361111:32:46:67:70:32:46:67:71 chr8 145059276 . G A 263.43 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0480971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0452;QD=17.5618;RBI=0.0482393;REFB=-0.0328186;REVB=0.0037003;RO=29;SAF=4;SAR=25;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612748;STB=0.5838;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0251366;OID=.;OPOS=145059276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:31:29:29:0.483333:25:4:5:24:25:4:7:24 chr8 145066886 . A G 960.14 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00257904;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.707;QD=59.0853;RBI=0.00702156;REFB=0;REVB=-0.00653076;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149871;OID=.;OPOS=145066886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:25:40:0:0:25:40:0:0 chr8 145107795 . G A 1577.05 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00982609;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.923;QD=59.5112;RBI=0.0198286;REFB=0;REVB=0.0172227;RO=0;SAF=61;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044344;OID=.;OPOS=145107795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:105:106:1:44:61:0:0:44:62:0:0 chr8 145150832 . A G 670.12 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.983;QD=62.3368;RBI=0.0597117;REFB=0;REVB=0.0343961;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289795;OID=.;OPOS=145150832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr8 145160646 . T C 1064.1 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.948;QD=59.1167;RBI=0.0246681;REFB=0;REVB=0.0102167;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017652;OID=.;OPOS=145160646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:33:38:0:0:34:38:0:0 chr8 145161823 . G A 274.64 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113502;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.41;QD=49.9346;RBI=0.0744416;REFB=0;REVB=0.0735712;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111206;OID=.;OPOS=145161823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:8:12:0:0:10:12:0:0 chr8 145161895 . CT CC,C 809.36 PASS AF=0.982759,0.0172414;AO=49,6;DP=58;FAO=57,1;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=43,0;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0862598,-0.00930183;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=38.6794,21.0141;QD=55.8181;RBI=0.112707,0.0718836;REFB=0,0;REVB=-0.0725407,-0.0712792;RO=0;SAF=35,6;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.22152e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00215377,-0.00998214;OID=.,.;OPOS=145161896,145161896;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.982759,0.0172414:49,6:58:57,1:58:0:43,0:14,1:0:0:4:0:35,6:14,0:0:0 chr8 145163414 . C G 1153.45 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6673;QD=60.7081;RBI=0.0265554;REFB=0;REVB=-0.0171963;RO=0;SAF=53;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248478;OID=.;OPOS=145163414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:23:53:0:0:23:53:0:0 chr8 145163478 . GC G,GG 432.87 PASS AF=0.93617,0.0638298;AO=29,4;DP=42;FAO=44,3;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=14,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0982982,0.0555932;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=11.7737,5.17839;QD=36.8401;RBI=0.1851,0.258426;REFB=0,0;REVB=0.156842,0.252376;RO=9;SAF=21,1;SAR=8,3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0.533333,0;SSSB=-0.029719,-0.512143;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0135345,-0.0632689;OID=.,.;OPOS=145163479,145163479;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.93617,0.0638298:29,4:42:44,3:47:0:30,0:14,3:0:0:6:9:21,1:8,3:7:2 chr8 145163647 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.158;QD=44.6898;RBI=0.0203918;REFB=0;REVB=-0.00591493;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141038;OID=.;OPOS=145163647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr8 145164847 . A G 382.45 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0341962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9032;QD=52.752;RBI=0.0921994;REFB=-0.0105439;REVB=-0.0856234;RO=0;SAF=23;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39272e-08;STB=0.510631;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00194394;OID=.;OPOS=145164847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:5:23:0:0:5:23:1:0 chr8 145166197 . G T 106.9 PASS AF=0.183673;AO=18;DP=98;FAO=18;FDP=98;FR=.;FRO=80;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=-0.0218485;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.269;QD=4.36322;RBI=0.022108;REFB=-0.0137318;REVB=-0.00337743;RO=80;SAF=13;SAR=5;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139031;STB=0.590803;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0569573;OID=.;OPOS=145166197;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:80:80:18:18:0.183673:5:13:50:30:5:13:50:30 chr8 145168611 . A G 1276.41 PASS AF=0.888889;AO=88;DP=100;FAO=88;FDP=99;FR=.;FRO=11;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0197337;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.727;QD=51.5722;RBI=0.032513;REFB=-0.000485041;REVB=0.0258394;RO=11;SAF=56;SAR=32;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998373;STB=0.552974;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-2.28688e-05;OID=.;OPOS=145168611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:100:99:11:11:88:88:0.888889:32:56:2:9:32:56:2:9 chr8 145170440 . A C,G 1670.5 PASS AF=0.965217,0.026087;AO=108,6;DP=115;FAO=111,3;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=43,2;FSAR=68,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150327,-0.0535226;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=136.452,11.6732;QD=58.1044;RBI=0.0150405,0.062259;REFB=-0.0226697,-0.00342605;REVB=0.000482094,-0.0318042;RO=0;SAF=40,5;SAR=68,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.85373e-08,-3.18042e-08;STB=0.503649,0.665547;STBP=0.48,0.558;TYPE=snp,snp;VARB=0.000287202,0.142111;OID=.,.;OPOS=145170440,145170440;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:115:115:0:1:108,6:111,3:0.965217,0.026087:68,1:40,5:0:0:68,1:43,2:0:1 chr8 145170704 . A T 414.91 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586178;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2699;QD=57.2284;RBI=0.0587423;REFB=0;REVB=0.00382205;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104696;OID=.;OPOS=145170704;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:28:29:1:15:13:0:0:16:13:0:0 chr8 145223288 . C T 519.85 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.545;QD=59.411;RBI=0.10271;REFB=0;REVB=0.0174062;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000724043;OID=.;OPOS=145223288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr8 145540914 . T C 81.01 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0685617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9415;QD=5.31245;RBI=0.0704224;REFB=-0.0068911;REVB=0.0160815;RO=45;SAF=9;SAR=4;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151438;STB=0.593257;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0229422;OID=.;OPOS=145540914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:45:48:13:13:0.213115:4:9:26:19:4:9:28:20 chr8 145578296 . A G 956.25 PASS AF=0.664;AO=82;DP=123;FAO=83;FDP=125;FR=.;FRO=42;FSAF=60;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0057603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.911;QD=30.6001;RBI=0.0804053;REFB=-0.000745968;REVB=-0.0801986;RO=41;SAF=60;SAR=22;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142171;STB=0.577679;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000150619;OID=.;OPOS=145578296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:41:42:82:83:0.664:22:60:22:19:23:60:22:20 chr8 145603114 . A C 467.19 PASS AF=0.651515;AO=43;DP=66;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0010569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.43;QD=28.3148;RBI=0.00250655;REFB=-0.0371615;REVB=0.00227283;RO=23;SAF=19;SAR=24;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514966;STB=0.528021;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.017126;OID=.;OPOS=145603114;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:23:23:43:43:0.651515:24:19:12:11:24:19:12:11 chr8 145618597 . G A 351.14 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0362439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.996;QD=46.8192;RBI=0.0364295;REFB=-0.0213661;REVB=0.00367214;RO=3;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795453;STB=0.542826;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.000444601;OID=.;OPOS=145618597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:3:3:27:27:0.9:16:11:0:3:16:11:0:3 chr8 145623963 . G A 493.69 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0579475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.355;QD=22.9622;RBI=0.0646388;REFB=-0.0319299;REVB=0.0286403;RO=39;SAF=19;SAR=28;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910281;STB=0.550104;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0302625;OID=.;OPOS=145623963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:39:47:47:0.546512:28:19:20:19:28:19:20:19 chr8 145639726 . T C 1557.81 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0222964;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1731;QD=58.7851;RBI=0.067163;REFB=-0.109545;REVB=0.0633541;RO=0;SAF=56;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8178e-08;STB=0.50505;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00118232;OID=.;OPOS=145639726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:106:0:1:105:105:0.990566:49:56:0:0:49:56:0:1 chr8 145640411 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.6;QD=59.1431;RBI=0.0198801;REFB=0;REVB=0.0102089;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.16877e-06;OID=.;OPOS=145640411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr8 145661320 . G A 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00571503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.171;QD=19.697;RBI=0.0146758;REFB=-0.0141953;REVB=-0.0135173;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606693;STB=0.534214;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.013766;OID=.;OPOS=145661320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:9:12:14:8:9:12:14:8 chr8 145661675 . G A 125.88 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0532091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2472;QD=18.6496;RBI=0.0729923;REFB=-0.0136789;REVB=0.0499667;RO=13;SAF=12;SAR=2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226104;STB=0.631363;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0160862;OID=.;OPOS=145661675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:2:12:9:4:2:12:9:4 chr8 145665516 . T C 168.45 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00415194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.017;QD=10.3664;RBI=0.0457244;REFB=-0.00544451;REVB=-0.0455355;RO=42;SAF=18;SAR=4;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363684;STB=0.711124;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0198972;OID=.;OPOS=145665516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:43:22:22:0.338462:4:18:23:19:4:18:24:19 chr8 145665567 . G A 94.89 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=66;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00328643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1336;QD=5.75069;RBI=0.0213422;REFB=-0.00683478;REVB=0.0210877;RO=51;SAF=9;SAR=6;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159538;STB=0.599867;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0172027;OID=.;OPOS=145665567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:66:66:51:51:15:15:0.227273:6:9:24:27:6:9:24:27 chr8 145689915 . G A 1464.69 PASS AF=0.959596;AO=95;DP=100;FAO=95;FDP=99;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0432388;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.904;QD=59.1796;RBI=0.0687859;REFB=-0.122623;REVB=0.0534968;RO=4;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326695;STB=0.517238;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0019113;OID=.;OPOS=145689915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:100:99:4:4:95:95:0.959596:56:39:0:4:56:39:0:4 chr8 145690308 . C T 2231.69 PASS AF=0.986207;AO=142;DP=145;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00559142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.611;QD=61.5638;RBI=0.027804;REFB=-0.154192;REVB=0.027236;RO=1;SAF=69;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684167;STB=0.507142;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00277643;OID=.;OPOS=145690308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:145:145:1:2:142:143:0.986207:73:69:1:0:74:69:2:0 chr8 145690348 . G A 2372.27 PASS AF=1;AO=129;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=69;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8605;QD=63.685;RBI=0.150466;REFB=0;REVB=0.147015;RO=0;SAF=65;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00096181;OID=.;OPOS=145690348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:129:149:1:64:65:0:0:80:69:0:0 chr8 145690396 . A C 2046.58 PASS AF=0.971014;AO=134;DP=138;FAO=134;FDP=138;FR=.;FRO=4;FSAF=66;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0468476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5974;QD=59.3211;RBI=0.0483548;REFB=-0.0851506;REVB=0.0119789;RO=1;SAF=66;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693937;STB=0.500216;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00157122;OID=.;OPOS=145690396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:138:138:1:4:134:134:0.971014:68:66:0:1:68:66:2:2 chr8 145692385 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3889;QD=50.4131;RBI=0.0246241;REFB=0;REVB=0.00880964;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637926;OID=.;OPOS=145692385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr8 145693720 . A G 4568.3 PASS AF=0.993127;AO=288;DP=290;FAO=289;FDP=291;FR=.;FRO=2;FSAF=164;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00451905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.969;QD=62.7945;RBI=0.020975;REFB=0.0173547;REVB=0.0204824;RO=2;SAF=163;SAR=125;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00756812;STB=0.503968;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.000122446;OID=.;OPOS=145693720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:290:291:2:2:288:289:0.993127:125:163:0:2:125:164:0:2 chr8 145724275 . T C 343.24 PASS AF=0.387755;AO=37;DP=97;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0118864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9327;QD=14.0097;RBI=0.0163328;REFB=-0.00428724;REVB=-0.0112015;RO=60;SAF=20;SAR=17;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620675;STB=0.526302;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00600515;OID=.;OPOS=145724275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:60:60:37:38:0.387755:17:20:29:31:18:20:29:31 chr8 145729727 . C A 771.99 PASS AF=0.425641;AO=80;DP=193;FAO=83;FDP=195;FR=.;FRO=112;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=48;FSRR=64;FWDB=0.00774519;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.829;QD=15.8356;RBI=0.00895001;REFB=-0.0331426;REVB=-0.00448493;RO=105;SAF=41;SAR=39;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563;STB=0.537596;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0462874;OID=.;OPOS=145729727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:195:105:112:80:83:0.425641:39:41:48:57:42:41:48:64 chr8 145737323 . C T 2212.33 PASS AF=0.601824;AO=197;DP=328;FAO=198;FDP=329;FR=.;FRO=131;FSAF=111;FSAR=87;FSRF=55;FSRR=76;FWDB=0.054577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.698;QD=26.8976;RBI=0.0546904;REFB=-0.0332994;REVB=-0.00352022;RO=128;SAF=111;SAR=86;SRF=55;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978875;STB=0.556103;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0250138;OID=.;OPOS=145737323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:329:128:131:197:198:0.601824:86:111:55:73:87:111:55:76 chr8 145737636 . A G 1536.19 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7199;QD=62.7015;RBI=0.0551397;REFB=0.11594;REVB=-0.0523942;RO=0;SAF=56;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000697292;OID=.;OPOS=145737636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:98:98:0:0:97:98:1:41:56:0:0:42:56:0:0 chr8 145737813 . GCCC GCC,GCCT 255.72 PASS AF=0.3125,0.5;AO=8,15;DP=32;FAO=10,16;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=10,11;FSAR=0,5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0781069,-0.0275268;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=18.1777,110.255;QD=31.9649;RBI=0.084326,0.0481853;REFB=-0.101327,-0.0498741;REVB=0.0317834,0.0395487;RO=7;SAF=8,10;SAR=0,5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0.295057,0;SSSB=0.793549,0.143879;STB=0.998496,0.603524;STBP=0.003,0.154;TYPE=del,snp;VARB=0.140784,0.059283;OID=.,.;OPOS=145737814,145737816;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=GCC,GCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.3125,0.5:8,15:32:10,16:32:6:10,11:0,5:2:4:71:7:8,10:0,5:3:4 chr8 145738767 . CG CC,C 741.68 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=3,52;DP=58;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=2,25;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0739679,0.0158092;FXX=0.0344768;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=6.36006,22.0046;QD=52.9772;RBI=0.0816712,0.0974085;REFB=0,0;REVB=-0.0346258,-0.0961171;RO=0;SAF=2,25;SAR=1,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00145813,-0.00249143;OID=.,.;OPOS=145738768,145738768;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0357143,0.964286:3,52:58:2,54:56:0:2,25:0,29:0:0:6:0:2,25:1,27:0:0 chr8 145741371 . C T 109.06 PASS AF=0.232877;AO=17;DP=73;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0148457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.881;QD=5.97606;RBI=0.014863;REFB=-0.017106;REVB=0.000718054;RO=56;SAF=13;SAR=4;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40011;STB=0.749289;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0341752;OID=.;OPOS=145741371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:56:56:17:17:0.232877:4:13:25:31:4:13:25:31 chr8 145741702 . C G 293.01 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0340121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.549;QD=17.758;RBI=0.0368524;REFB=-0.0164626;REVB=-0.0141873;RO=34;SAF=12;SAR=19;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524063;STB=0.535692;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0148878;OID=.;OPOS=145741702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:34:31:32:0.484848:19:12:15:19:20:12:15:19 chr8 145742514 . A G 3700.68 PASS AF=1;AO=230;DP=232;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153221;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.722;QD=63.2595;RBI=0.0193272;REFB=0;REVB=0.0117803;RO=0;SAF=110;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.08309e-06;OID=.;OPOS=145742514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:232:234:0:0:230:234:1:120:110:0:0:123:111:0:0 chr8 145742879 . T C 34.29 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.147754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8345;QD=5.27468;RBI=0.179663;REFB=-0.0384514;REVB=-0.102212;RO=19;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295833;STB=0.688931;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.10701;OID=.;OPOS=145742879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:25:26:19:20:6:6:0.230769:1:5:12:7:1:5:13:7 chr8 145745182 . T C 1647.79 PASS AF=0.991071;AO=108;DP=109;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00557704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8374;QD=58.8497;RBI=0.0114324;REFB=-0.0232421;REVB=-0.00997985;RO=1;SAF=68;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00692987;STB=0.503496;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00103996;OID=.;OPOS=145745182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:112:1:1:108:111:0.991071:40:68:1:0:40:71:1:0 chr8 145750009 . CTGT C 45.86 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0151421;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=199.128;QD=8.73507;RBI=0.0151747;REFB=-0.00610171;REVB=0.000994892;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439197;STB=0.81719;STBP=0.052;TYPE=del;VARB=0.012552;OID=.;OPOS=145750010;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:21:7:21:14:6:1:6:8:45:12:6:1:6:6 chr8 145755228 . GGCCCCCA GCCCCA,GGCCCC,GGCCCCA,GGGCCCCA 151.78 PASS AF=0,0,1,0;AO=5,3,6,5;DP=25;FAO=0,0,21,0;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,4,0;FSAR=0,0,17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0905258,-0.086726,0.0627544,-0.0192937;FXX=0.124948;HRUN=5,5,5,5;LEN=2,2,1,1;MLLD=10.1389,263.868,9.96593,3.61856;QD=28.9095;RBI=0.160773,0.0871775,0.245493,0.399345;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.132865,0.0088609,0.237337,0.398879;RO=4;SAF=1,0,3,0;SAR=4,3,3,5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0.305263,0,0,0;SSEP=0,0.326531,0.326531,0;SSSB=0.28673,0,0.344363,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.0219152,0,0.01744,0;OID=.,.,.,.;OPOS=145755229,145755234,145755230,145755230;OREF=GC,CA,C,C;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=GCCCCA,GGCCCC,GGCCCCA,GGGCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,1,0:5,3,6,5:25:0,0,21,0:21:0:0,0,4,0:0,0,17,0:0:0:3:4:1,0,3,0:4,3,3,5:0:4 chr8 145756170 . G A 1683.49 PASS AF=0.704663;AO=136;DP=194;FAO=136;FDP=193;FR=.;FRO=57;FSAF=73;FSAR=63;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0183332;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.929;QD=34.8911;RBI=0.0676194;REFB=-0.0371324;REVB=0.0650867;RO=52;SAF=73;SAR=63;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000883007;STB=0.502107;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00808016;OID=.;OPOS=145756170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:52:57:136:136:0.704663:63:73:28:24:63:73:31:26 chr8 146010776 . T C 432.55 PASS AF=0.47;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0100082;FXX=0.0291234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.489;QD=17.3021;RBI=0.0104621;REFB=-0.0269787;REVB=-0.0030479;RO=53;SAF=25;SAR=22;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110819;STB=0.561653;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0204762;OID=.;OPOS=146010776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:53:53:47:47:0.47:22:25:22:31:22:25:22:31 chr8 146010817 . C A 442.14 PASS AF=0.420168;AO=50;DP=119;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=49;FWDB=-0.00473005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.114;QD=14.8618;RBI=0.0275812;REFB=-0.00358022;REVB=-0.0271726;RO=65;SAF=24;SAR=26;SRF=18;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208458;STB=0.611371;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00360283;OID=.;OPOS=146010817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:65:69:50:50:0.420168:26:24:18:47:26:24:20:49 chr8 146045868 . T C 370.13 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=-0.0116226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.044;QD=14.1003;RBI=0.0200622;REFB=-0.000797889;REVB=-0.0163525;RO=61;SAF=28;SAR=15;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00524295;STB=0.506605;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00100943;OID=.;OPOS=146045868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:62:43:43:0.409524:15:28:40:21:15:28:41:21 chr8 146063427 . G T 234.68 PASS AF=0.261538;AO=34;DP=130;FAO=34;FDP=130;FR=.;FRO=96;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=0.00590143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.579;QD=7.22088;RBI=0.051787;REFB=-0.000602066;REVB=0.0514497;RO=96;SAF=15;SAR=19;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017674;STB=0.510573;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00261699;OID=.;OPOS=146063427;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:96:96:34:34:0.261538:19:15:41:55:19:15:41:55 chr8 146067054 . G A 188.0 PASS AF=0.297619;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=0.0212687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.253;QD=8.95226;RBI=0.0356747;REFB=-0.0143278;REVB=-0.0286414;RO=59;SAF=12;SAR=13;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190982;STB=0.612043;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0370879;OID=.;OPOS=146067054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:59:59:25:25:0.297619:13:12:19:40:13:12:19:40 chr8 146068322 . C T 385.4 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.00928407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.15;QD=13.8882;RBI=0.0130366;REFB=-0.00771047;REVB=0.00915198;RO=66;SAF=23;SAR=22;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276289;STB=0.515606;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00869047;OID=.;OPOS=146068322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:66:66:45:45:0.405405:22:23:32:34:22:23:32:34 chr8 146068594 . T C 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8943;QD=62.9788;RBI=0.0774896;REFB=0;REVB=0.067122;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000784945;OID=.;OPOS=146068594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr8 146076708 . C T 627.86 PASS AF=0.398907;AO=71;DP=179;FAO=73;FDP=183;FR=.;FRO=110;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=60;FSRR=50;FWDB=0.0350775;FXX=0.0108102;HRUN=5;LEN=1;MLLD=60.0874;QD=13.7238;RBI=0.0518652;REFB=-0.00444194;REVB=0.0382043;RO=108;SAF=31;SAR=40;SRF=59;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117451;STB=0.556038;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0083057;OID=.;OPOS=146076708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:183:108:110:71:73:0.398907:40:31:59:49:40:33:60:50 chr8 146115367 . A G 1569.07 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179682;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0693;QD=58.6568;RBI=0.0575368;REFB=0;REVB=0.0546592;RO=0;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00832892;OID=.;OPOS=146115367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:107:0:0:99:107:1:43:56:0:0:50:57:0:0 chr8 146115588 . A G 94.71 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00350046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.283;QD=6.64649;RBI=0.0046769;REFB=-0.0111401;REVB=-0.00310165;RO=42;SAF=11;SAR=3;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270506;STB=0.664394;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0249592;OID=.;OPOS=146115588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:56:57:42:43:14:14:0.245614:3:11:25:17:3:11:26:17 chr8 146156247 . C A 543.42 PASS AF=0.581395;AO=50;DP=86;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0105807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.535;QD=25.2751;RBI=0.0222007;REFB=-0.029815;REVB=0.0195172;RO=35;SAF=25;SAR=25;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032281;STB=0.523247;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0210867;OID=.;OPOS=146156247;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:35:36:50:50:0.581395:25:25:19:16:25:25:20:16 chr8 146157339 . T C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0109833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.545;QD=18.8865;RBI=0.0115494;REFB=-0.00189558;REVB=-0.00357164;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47997;STB=0.777112;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.000214967;OID=.;OPOS=146157339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:5:0:6:2:5:0 chr8 146171437 . A G 519.99 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.00667592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.003;QD=23.1107;RBI=0.0138985;REFB=-0.0226061;REVB=-0.0121902;RO=40;SAF=29;SAR=20;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1382;STB=0.567554;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0168668;OID=.;OPOS=146171437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:41:49:49:0.544444:20:29:30:10:20:29:30:11 chr8 146203412 . A G 806.79 PASS AF=0.606557;AO=74;DP=122;FAO=74;FDP=122;FR=.;FRO=48;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0073456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.617;QD=26.4521;RBI=0.0460985;REFB=-0.00783114;REVB=0.0455095;RO=48;SAF=48;SAR=26;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186758;STB=0.510142;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00442867;OID=.;OPOS=146203412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:48:48:74:74:0.606557:26:48:30:18:26:48:30:18 chr8 146229161 . T A,G 922.79 PASS AF=0.898551,0.0724638;AO=61,3;DP=69;FAO=62,5;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=37,0;FSAR=25,5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0273635,0.00175808;FXX=0.0142837;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.679,148.92;QD=53.495;RBI=0.0274162,0.0024126;REFB=0.004514,-0.0830786;REVB=-0.00169852,-0.00165221;RO=3;SAF=36,0;SAR=25,3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0533346,0;STB=0.519225,0.5;STBP=0.138,1;TYPE=snp,snp;VARB=-6.70384e-05,0.0288019;OID=.,.;OPOS=146229161,146229161;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:69:69:3:2:61,3:62,5:0.898551,0.0724638:25,3:36,0:0:3:25,5:37,0:0:2 chr9 154795 . T C 2034.99 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.917;QD=62.1371;RBI=0.0343143;REFB=0;REVB=0.0277974;RO=1;SAF=57;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826485;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1844e-05;OID=.;OPOS=154795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:1:0:130:131:1:73:57:1:0:73:58:0:0 chr9 162405 . C G 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00163954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.4977;QD=59.4286;RBI=0.01452;REFB=0;REVB=0.0144272;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146273;OID=.;OPOS=162405;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr9 163985 . A G 329.0 PASS AF=0.372727;AO=41;DP=110;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.0312669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.092;QD=11.9635;RBI=0.0330226;REFB=-0.015568;REVB=0.0106242;RO=67;SAF=11;SAR=30;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202127;STB=0.627424;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0216975;OID=.;OPOS=163985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:67:69:41:41:0.372727:30:11:29:38:30:11:31:38 chr9 164038 . C G 48.86 PASS AF=0.114583;AO=11;DP=96;FAO=11;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=-0.034759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.321;QD=2.03577;RBI=0.0350903;REFB=-0.00257427;REVB=0.00481049;RO=85;SAF=3;SAR=8;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154096;STB=0.615163;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0234423;OID=.;OPOS=164038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:96:96:85:85:11:11:0.114583:8:3:33:52:8:3:33:52 chr9 214533 . G A 118.3 PASS AF=0.134715;AO=26;DP=191;FAO=26;FDP=193;FR=.;FRO=167;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=102;FSRR=65;FWDB=0.0328955;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.331;QD=2.45184;RBI=0.0347581;REFB=-0.00364727;REVB=0.0112254;RO=165;SAF=16;SAR=10;SRF=101;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435416;STB=0.504198;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0250596;OID=.;OPOS=214533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:193:165:167:26:26:0.134715:10:16:101:64:10:16:102:65 chr9 215269 . A C 1510.0 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.311;QD=63.5788;RBI=0.0425933;REFB=0;REVB=0.0407638;RO=0;SAF=57;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22389e-05;OID=.;OPOS=215269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:37:57:0:0:37:58:0:0 chr9 215534 . C T 1812.57 PASS AF=0.96063;AO=122;DP=127;FAO=122;FDP=127;FR=.;FRO=5;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00185366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.935;QD=57.0887;RBI=0.0142448;REFB=-0.0837492;REVB=0.0141236;RO=0;SAF=66;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518245;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=1.60282e-05;OID=.;OPOS=215534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:127:127:0:5:122:122:0.96063:56:66:0:0:56:66:5:0 chr9 271638 . C T 1107.36 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0313;QD=59.8572;RBI=0.0483771;REFB=0;REVB=-0.0170111;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167871;OID=.;OPOS=271638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:33:40:0:0:33:41:0:0 chr9 286593 . C A 2104.03 PASS AF=0.971631;AO=136;DP=140;FAO=137;FDP=141;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=92;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0435896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9739;QD=59.6887;RBI=0.0436097;REFB=-0.0097849;REVB=0.00132259;RO=4;SAF=45;SAR=91;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103251;STB=0.505494;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00116624;OID=.;OPOS=286593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:140:141:4:4:136:137:0.971631:91:45:2:2:92:45:2:2 chr9 421032 . C G 189.76 PASS AF=0.301205;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=43;FWDB=-0.0108246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.253;QD=9.14492;RBI=0.0418984;REFB=-0.0164629;REVB=-0.0404759;RO=57;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285208;STB=0.65678;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0297819;OID=.;OPOS=421032;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:57:58:25:25:0.301205:13:12:14:43:13:12:15:43 chr9 429719 . T C 1446.25 PASS AF=0.980392;AO=99;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0002708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.2333;QD=56.7157;RBI=0.0409432;REFB=-0.0840663;REVB=0.0409423;RO=3;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031944;STB=0.511109;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00310288;OID=.;OPOS=429719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:3:2:99:100:0.980392:43:56:0:3:44:56:0:2 chr9 433978 . A G 1520.81 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00233005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.264;QD=61.4467;RBI=0.0273443;REFB=0.039714;REVB=-0.0272448;RO=1;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109017;STB=0.511361;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.000371948;OID=.;OPOS=433978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:1:2:97:97:0.979798:43:54:0:1:43:54:0:2 chr9 441952 . G A 1329.44 PASS AF=0.977778;AO=85;DP=88;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0112356;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.14;QD=59.0861;RBI=0.0168865;REFB=0.0342406;REVB=0.0126061;RO=1;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108899;STB=0.500506;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000473223;OID=.;OPOS=441952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:90:1:2:85:88:0.977778:43:42:0:1:46:42:1:1 chr9 742342 . A G 498.66 PASS AF=1;AO=33;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.068845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.408;QD=53.9093;RBI=0.125171;REFB=0;REVB=0.104537;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00949956;OID=.;OPOS=742342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:33:37:1:13:20:0:0:17:20:0:0 chr9 744666 . A G 157.26 PASS AF=0.278481;AO=22;DP=79;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0324159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9286;QD=7.96263;RBI=0.0414037;REFB=0.00403101;REVB=-0.025758;RO=56;SAF=10;SAR=12;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753742;STB=0.550306;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.0138732;OID=.;OPOS=744666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:56:57:22:22:0.278481:12:10:22:34:12:10:22:35 chr9 841847 . C T 328.79 PASS AF=0.423529;AO=35;DP=84;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.000706165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.118;QD=15.4723;RBI=0.00336018;REFB=-0.0191715;REVB=-0.00328514;RO=46;SAF=9;SAR=26;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205876;STB=0.62257;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0203032;OID=.;OPOS=841847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:46:49:35:36:0.423529:26:9:20:26:26:10:23:26 chr9 841971 . T A 134.41 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00764057;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.334;QD=44.8032;RBI=0.0306182;REFB=0;REVB=0.0296496;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001218;OID=.;OPOS=841971;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr9 990840 . C T 44.59 PASS AF=0.233333;AO=6;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00238052;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.921;QD=5.94535;RBI=0.0317906;REFB=-0.0141449;REVB=0.0317013;RO=24;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104477;STB=0.50484;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0498052;OID=.;OPOS=990840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:30:30:24:23:6:7:0.233333:2:4:14:10:3:4:13:10 chr9 991114 . A G 1227.13 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0567197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1046;QD=61.3567;RBI=0.0730167;REFB=0;REVB=-0.0459817;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000737452;OID=.;OPOS=991114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:47:33:0:0:47:33:0:0 chr9 1056728 . G C 289.3 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0298014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.129;QD=13.942;RBI=0.0358151;REFB=-0.00980509;REVB=-0.0198645;RO=50;SAF=8;SAR=25;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282387;STB=0.662146;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0130356;OID=.;OPOS=1056728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:25:8:24:26:25:8:24:26 chr9 1056959 . G C 515.12 PASS AF=0.692308;AO=45;DP=68;FAO=45;FDP=65;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=42;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00680918;FXX=0.0579626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.799;QD=31.6994;RBI=0.00684332;REFB=-0.0262113;REVB=0.000682716;RO=20;SAF=3;SAR=42;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.598508;STB=0.831973;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00524191;OID=.;OPOS=1056959;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:65:20:20:45:45:0.692308:42:3:14:6:42:3:14:6 chr9 1057555 . T C 484.96 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=71;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0101598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.776;QD=26.5734;RBI=0.0297273;REFB=-0.0253382;REVB=-0.0279373;RO=26;SAF=20;SAR=25;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376274;STB=0.521463;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0159078;OID=.;OPOS=1057555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:26:28:45:45:0.616438:25:20:13:13:25:20:14:14 chr9 2032972 . C T 436.72 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0180343;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.944;QD=17.2958;RBI=0.0472684;REFB=0.00753263;REVB=-0.0436928;RO=54;SAF=27;SAR=20;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178356;STB=0.509935;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00804046;OID=.;OPOS=2032972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:54:54:47:47:0.465347:20:27:32:22:20:27:32:22 chr9 2056721 . C T 416.68 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00624786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.93;QD=19.6084;RBI=0.010598;REFB=-0.0258175;REVB=0.00856046;RO=42;SAF=19;SAR=23;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430792;STB=0.518301;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0214448;OID=.;OPOS=2056721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:43:42:42:0.494118:23:19:21:21:23:19:21:22 chr9 2101545 . T A 426.41 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0562763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8744;QD=21.8671;RBI=0.0623753;REFB=-0.0204166;REVB=0.0269009;RO=35;SAF=32;SAR=10;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13852;STB=0.572281;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.016988;OID=.;OPOS=2101545;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:36:42:42:0.538462:10:32:22:13:10:32:23:13 chr9 2161878 . G A 171.25 PASS AF=0.258065;AO=24;DP=93;FAO=24;FDP=93;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0993727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1487;QD=7.36566;RBI=0.100568;REFB=-0.0168579;REVB=-0.0154579;RO=69;SAF=18;SAR=6;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377391;STB=0.729086;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0484632;OID=.;OPOS=2161878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:69:69:24:24:0.258065:6:18:31:38:6:18:31:38 chr9 2191309 . C G 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0033437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.731;QD=21.0081;RBI=0.00933207;REFB=-0.00803572;REVB=-0.00871248;RO=25;SAF=15;SAR=15;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819671;STB=0.545424;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00673175;OID=.;OPOS=2191309;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:15:15:10:15:15:15:10:15 chr9 2717922 . C G 878.78 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.849;QD=57.6246;RBI=0.0468612;REFB=0;REVB=0.0356822;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45762e-05;OID=.;OPOS=2717922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:28:32:0:0:28:33:0:0 chr9 2718534 . C G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00203172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3943;QD=61.3346;RBI=0.0261633;REFB=0;REVB=-0.0260843;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000280613;OID=.;OPOS=2718534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr9 2718659 . T G 513.36 PASS AF=0.666667;AO=45;DP=69;FAO=46;FDP=69;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0116483;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.899;QD=29.7602;RBI=0.0237093;REFB=-0.0491484;REVB=0.0206506;RO=24;SAF=23;SAR=22;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195645;STB=0.514532;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0274371;OID=.;OPOS=2718659;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:24:23:45:46:0.666667:22:23:13:11:22:24:13:10 chr9 2811505 . G A 426.68 PASS AF=0.34;AO=51;DP=150;FAO=51;FDP=150;FR=.;FRO=99;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.0335269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.765;QD=11.3782;RBI=0.0335624;REFB=-0.0181452;REVB=-0.0015437;RO=98;SAF=24;SAR=27;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131176;STB=0.503935;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0372761;OID=.;OPOS=2811505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:98:99:51:51:0.34:27:24:45:53:27:24:46:53 chr9 2828765 . C G 144.96 PASS AF=0.256098;AO=21;DP=82;FAO=21;FDP=82;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.0131547;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.783;QD=7.0713;RBI=0.0193796;REFB=-0.0061569;REVB=-0.014231;RO=57;SAF=8;SAR=13;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161705;STB=0.50308;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0180166;OID=.;OPOS=2828765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:57:61:21:21:0.256098:13:8:21:36:13:8:23:38 chr9 4118208 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.709;QD=35.5758;RBI=0.0665519;REFB=0;REVB=-0.051804;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117054;OID=.;OPOS=4118208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr9 4386423 . A G 1829.37 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00107997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.678;QD=59.4916;RBI=0.0625082;REFB=-0.0758894;REVB=0.0624988;RO=0;SAF=63;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74998e-08;STB=0.507811;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.000626689;OID=.;OPOS=4386423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:0:2:121:121:0.98374:58:63:0:0:58:63:2:0 chr9 4564432 . G A 1738.35 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0223223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.87;QD=58.9272;RBI=0.022346;REFB=-0.126725;REVB=0.00102865;RO=2;SAF=54;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172617;STB=0.509089;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0010692;OID=.;OPOS=4564432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:2:2:116:116:0.983051:62:54:2:0:62:54:2:0 chr9 4576680 . T C 2187.01 PASS AF=1;AO=138;DP=140;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157728;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.224;QD=63.3916;RBI=0.0446413;REFB=0;REVB=0.041762;RO=0;SAF=62;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124457;OID=.;OPOS=4576680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:138:0:0:138:138:1:76:62:0:0:76:62:0:0 chr9 4664749 . C T 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00510975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1404;QD=5.12627;RBI=0.0600432;REFB=0.00190232;REVB=-0.0598254;RO=36;SAF=2;SAR=7;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327471;STB=0.710727;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.0187703;OID=.;OPOS=4664749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:45:46:36:37:9:9:0.195652:7:2:17:19:7:2:17:20 chr9 4685008 . C T 297.56 PASS AF=0.359223;AO=37;DP=103;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=-0.000639725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9195;QD=11.5559;RBI=0.0138495;REFB=-0.015977;REVB=-0.0138347;RO=64;SAF=22;SAR=15;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206657;STB=0.626876;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0302662;OID=.;OPOS=4685008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:66:37:37:0.359223:15:22:26:38:15:22:26:40 chr9 4706214 . C T 168.24 PASS AF=0.242718;AO=25;DP=95;FAO=25;FDP=103;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=53;FWDB=-0.00896861;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.032;QD=6.53362;RBI=0.0336077;REFB=-0.0125897;REVB=-0.0323889;RO=68;SAF=13;SAR=12;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18534;STB=0.64939;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0212998;OID=.;OPOS=4706214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:103:68:78:25:25:0.242718:12:13:25:43:12:13:25:53 chr9 4711440 . T A 268.27 PASS AF=0.333333;AO=35;DP=105;FAO=35;FDP=105;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=23;FWDB=-0.0344617;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0452;QD=10.2198;RBI=0.0459953;REFB=-0.0145436;REVB=0.0304625;RO=69;SAF=11;SAR=24;SRF=46;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392095;STB=0.729053;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0431321;OID=.;OPOS=4711440;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:69:70:35:35:0.333333:24:11:46:23:24:11:47:23 chr9 4860300 . A G 1033.37 PASS AF=0.596273;AO=95;DP=160;FAO=96;FDP=161;FR=.;FRO=65;FSAF=68;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=0.0272957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2868;QD=25.6738;RBI=0.0839948;REFB=-0.00411604;REVB=0.079436;RO=64;SAF=68;SAR=27;SRF=42;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528668;STB=0.529621;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00356043;OID=.;OPOS=4860300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:64:65:95:96:0.596273:27:68:42:22:28:68:42:23 chr9 5050706 . C T 519.96 PASS AF=0.336842;AO=63;DP=190;FAO=64;FDP=190;FR=.;FRO=126;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=82;FSRR=44;FWDB=-0.00871978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7337;QD=10.9464;RBI=0.139145;REFB=-0.00182227;REVB=-0.138871;RO=123;SAF=39;SAR=24;SRF=81;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490093;STB=0.529207;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00218297;OID=.;OPOS=5050706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:123:126:63:64:0.336842:24:39:81:42:25:39:82:44 chr9 5081780 . G A 1655.02 PASS AF=0.90625;AO=115;DP=127;FAO=116;FDP=128;FR=.;FRO=12;FSAF=70;FSAR=46;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.00552515;FXX=0.022899;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.7287;QD=51.7193;RBI=0.00808888;REFB=-0.0209347;REVB=0.00590785;RO=12;SAF=70;SAR=45;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747632;STB=0.539467;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00126916;OID=.;OPOS=5081780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:127:128:12:12:115:116:0.90625:45:70:12:0:46:70:12:0 chr9 5092466 . G A 509.78 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=123;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.00249118;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.728;QD=16.714;RBI=0.00256508;REFB=0.00836696;REVB=0.000611273;RO=66;SAF=21;SAR=34;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219054;STB=0.618139;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0121989;OID=.;OPOS=5092466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:66:67:55:55:0.45082:34:21:40:26:34:21:40:27 chr9 5094034 . G A 357.23 PASS AF=0.4;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.00531147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.213;QD=13.6088;RBI=0.0099625;REFB=-0.00727571;REVB=-0.0084285;RO=62;SAF=29;SAR=13;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306604;STB=0.678044;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0116873;OID=.;OPOS=5094034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:62:63:42:42:0.4:13:29:25:37:13:29:25:38 chr9 5095049 . ATAGAG A 433.93 PASS AF=0.645161;AO=38;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=33;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00830015;FXX=0.0605969;HRUN=1;LEN=5;MLLD=304.312;QD=27.9952;RBI=0.00832718;REFB=-0.0167925;REVB=0.000670414;RO=20;SAF=31;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154597;STB=0.621109;STBP=0.031;TYPE=del;VARB=0.00765507;OID=.;OPOS=5095050;OREF=TAGAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.645161:38:62:40:62:22:33:7:13:9:99:20:31:7:13:7 chr9 5095095 . A C 226.12 PASS AF=0.292929;AO=29;DP=99;FAO=29;FDP=99;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.0127378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.201;QD=9.13607;RBI=0.0134785;REFB=0.00697081;REVB=-0.00440683;RO=69;SAF=17;SAR=12;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278072;STB=0.51008;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.00868454;OID=.;OPOS=5095095;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:69:70:29:29:0.292929:12:17:42:27:12:17:42:28 chr9 5095167 . A C 152.54 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00444989;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.906;QD=8.59388;RBI=0.0147645;REFB=-0.0128367;REVB=-0.014078;RO=50;SAF=7;SAR=14;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603506;STB=0.536047;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0235668;OID=.;OPOS=5095167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:50:50:21:21:0.295775:14:7:19:31:14:7:19:31 chr9 5095191 . T A 124.06 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.012756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.321;QD=7.51879;RBI=0.0198135;REFB=-0.0117111;REVB=-0.0151611;RO=48;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138687;STB=0.583245;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.041064;OID=.;OPOS=5095191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:48:18:18:0.272727:10:8:16:32:10:8:16:32 chr9 5096433 . A G 237.04 PASS AF=0.304762;AO=32;DP=105;FAO=32;FDP=105;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.000557615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.606;QD=9.03009;RBI=0.0406638;REFB=-0.00987653;REVB=0.04066;RO=72;SAF=21;SAR=11;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141537;STB=0.57926;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.015058;OID=.;OPOS=5096433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:72:73:32:32:0.304762:11:21:39:33:11:21:40:33 chr9 5098223 . T C 250.17 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00265371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6707;QD=14.2953;RBI=0.00621305;REFB=0.00939995;REVB=0.00561782;RO=40;SAF=20;SAR=9;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154645;STB=0.596945;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0210245;OID=.;OPOS=5098223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:40:41:29:29:0.414286:9:20:22:18:9:20:22:19 chr9 5109431 . G A 523.16 PASS AF=0.510204;AO=49;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0675854;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9016;QD=21.3535;RBI=0.0689335;REFB=0.00156046;REVB=0.0135662;RO=48;SAF=25;SAR=24;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468595;STB=0.5306;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00534598;OID=.;OPOS=5109431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:48:49:50:0.510204:24:25:27:21:25:25:27:21 chr9 5109485 . G T 307.73 PASS AF=0.6;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00328397;FXX=0.107124;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.672;QD=24.6182;RBI=0.00429183;REFB=-0.00438678;REVB=0.00276321;RO=20;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109005;STB=0.559961;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00396694;OID=.;OPOS=5109485;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:50:20:20:30:30:0.6:15:15:13:7:15:15:13:7 chr9 5231712 . T A 99.22 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0188265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1667;QD=14.6994;RBI=0.0412994;REFB=-0.0186469;REVB=-0.0367587;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.475613;STB=0.768436;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0237105;OID=.;OPOS=5231712;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:1:14:5:7:1:14 chr9 5557672 . T C 3131.2 PASS AF=1;AO=204;DP=204;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00219765;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3339;QD=61.396;RBI=0.0342767;REFB=-0.0696914;REVB=-0.0342062;RO=0;SAF=100;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217539;OID=.;OPOS=5557672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:204:204:0:0:204:204:1:104:100:0:0:104:100:0:0 chr9 5732483 . T C 2827.47 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.022;QD=62.8326;RBI=0.114386;REFB=0;REVB=0.113858;RO=0;SAF=92;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22177e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111815;OID=.;OPOS=5732483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:180:180:1:88:92:0:0:88:92:0:0 chr9 5753613 . CA C 222.49 PASS AF=0.492063;AO=55;DP=127;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0310329;FXX=0.0078734;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.4907;QD=7.06313;RBI=0.033248;REFB=-0.00418609;REVB=-0.0119325;RO=60;SAF=29;SAR=26;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134822;STB=0.555538;STBP=0.245;TYPE=del;VARB=0.00682157;OID=.;OPOS=5753614;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.492063:55:127:62:126:64:31:31:25:39:99:60:29:26:23:37 chr9 5763201 . G A 206.18 PASS AF=0.21519;AO=34;DP=159;FAO=34;FDP=158;FR=.;FRO=124;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=77;FSRR=47;FWDB=-0.00932507;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.222;QD=5.21961;RBI=0.0190595;REFB=-0.00136349;REVB=-0.0166225;RO=125;SAF=22;SAR=12;SRF=78;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316639;STB=0.522111;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00573255;OID=.;OPOS=5763201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:125:124:34:34:0.21519:12:22:78:47:12:22:77:47 chr9 5774225 . T G 1147.91 PASS AF=0.508929;AO=114;DP=223;FAO=114;FDP=224;FR=.;FRO=110;FSAF=46;FSAR=68;FSRF=49;FSRR=61;FWDB=-0.0212344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.029;QD=20.4985;RBI=0.0313323;REFB=-0.013761;REVB=0.0230394;RO=109;SAF=46;SAR=68;SRF=48;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338819;STB=0.521216;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0128901;OID=.;OPOS=5774225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:109:110:114:114:0.508929:68:46:48:61:68:46:49:61 chr9 6007767 . C A 31.58 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0137861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.54;QD=14.0357;RBI=0.0152454;REFB=-0.0145518;REVB=-0.0065089;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554117;STB=0.832095;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0307725;OID=.;OPOS=6007767;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:4:0:4:1:4:0 chr9 6012734 . A C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00267442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.361;QD=55.0985;RBI=0.0058652;REFB=0;REVB=0.00521997;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0648e-05;OID=.;OPOS=6012734;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr9 6015011 . T C 2615.07 PASS AF=1;AO=168;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00796081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.213;QD=61.8953;RBI=0.0221686;REFB=0;REVB=0.0206899;RO=0;SAF=106;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21347e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57545e-05;OID=.;OPOS=6015011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:168:169:1:62:106:0:0:62:107:0:0 chr9 6253571 . C T 1641.92 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0294;QD=60.254;RBI=0.0148645;REFB=0;REVB=0.00323267;RO=0;SAF=40;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.09435e-05;OID=.;OPOS=6253571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:69:40:0:0:69:40:0:0 chr9 6328947 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00187685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.345;QD=59.8378;RBI=0.0187786;REFB=0;REVB=0.0186846;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80022e-05;OID=.;OPOS=6328947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr9 6329888 . A G 1607.08 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.718;QD=64.2833;RBI=0.112821;REFB=0;REVB=0.0353151;RO=0;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158704;OID=.;OPOS=6329888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:54:46:0:0:54:46:0:0 chr9 6330380 . A C 1504.53 PASS AF=0.989691;AO=94;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000360691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.43;QD=62.0426;RBI=0.000400198;REFB=-0.226526;REVB=-0.00017338;RO=1;SAF=70;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193425;STB=0.509802;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000611139;OID=.;OPOS=6330380;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:94:96:0.989691:24:70:0:1:25:71:0:1 chr9 6330915 . G A 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00623091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.776;QD=59.6784;RBI=0.0147658;REFB=0;REVB=0.0133867;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50098e-05;OID=.;OPOS=6330915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr9 6469657 . GGT G 216.92 PASS AF=0.254386;AO=50;DP=233;FAO=58;FDP=228;FR=.;FRO=170;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=82;FSRR=88;FWDB=-0.121148;FXX=0.0806419;HRUN=2;LEN=2;MLLD=101.421;QD=3.80567;RBI=0.140404;REFB=-0.039706;REVB=-0.070967;RO=119;SAF=27;SAR=23;SRF=64;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00264607;STB=0.538832;STBP=0.485;TYPE=del;VARB=0.147843;OID=.;OPOS=6469658;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.254386:50:233:58:228:170:31:27:82:88:99:119:27:23:64:55 chr9 6469904 . A C 463.2 PASS AF=0.345238;AO=58;DP=168;FAO=58;FDP=168;FR=.;FRO=110;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=65;FWDB=0.0311912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.171;QD=11.0286;RBI=0.0311912;REFB=-0.0070158;REVB=5.38154e-05;RO=109;SAF=29;SAR=29;SRF=45;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09953;STB=0.559504;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0142195;OID=.;OPOS=6469904;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:109:110:58:58:0.345238:29:29:45:64:29:29:45:65 chr9 6595046 . C T 411.0 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0436556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0856;QD=23.8262;RBI=0.0436792;REFB=-0.0410342;REVB=0.00143729;RO=29;SAF=22;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252446;STB=0.513862;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0237177;OID=.;OPOS=6595046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:29:40:40:0.57971:18:22:15:14:18:22:15:14 chr9 6984172 . G A 109.87 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0427008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.045;QD=7.3246;RBI=0.0427541;REFB=-0.00473088;REVB=-0.00213409;RO=43;SAF=9;SAR=7;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517678;STB=0.538414;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0104228;OID=.;OPOS=6984172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:43:44:16:16:0.266667:7:9:26:17:7:9:27:17 chr9 7046901 . C G 195.64 PASS AF=0.256637;AO=29;DP=113;FAO=29;FDP=113;FR=.;FRO=84;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.00698007;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.299;QD=6.92522;RBI=0.0113362;REFB=-0.00705949;REVB=-0.00893242;RO=83;SAF=13;SAR=16;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859496;STB=0.556059;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0149765;OID=.;OPOS=7046901;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:83:84:29:29:0.256637:16:13:43:40:16:13:44:40 chr9 7076463 . G A 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0108092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.696;QD=13.741;RBI=0.0258948;REFB=-0.00414824;REVB=-0.0235308;RO=43;SAF=11;SAR=18;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342494;STB=0.519494;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00460338;OID=.;OPOS=7076463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:18:11:15:28:18:11:15:28 chr9 7798435 . C T 1340.01 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.687;QD=62.3261;RBI=0.0138728;REFB=0;REVB=-0.00101637;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04988e-05;OID=.;OPOS=7798435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:45:40:0:0:45:41:0:0 chr9 7798518 . G C 2143.06 PASS AF=0.992754;AO=136;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0378344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6248;QD=62.1178;RBI=0.0836089;REFB=0.00498922;REVB=0.0745588;RO=1;SAF=66;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714856;STB=0.503703;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000315725;OID=.;OPOS=7798518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:136:137:0.992754:70:66:1:0:70:67:1:0 chr9 7799606 . C A 1061.78 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.523;QD=59.8185;RBI=0.0164134;REFB=0;REVB=0.0055775;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7747e-05;OID=.;OPOS=7799606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:35:34:0:0:37:34:0:0 chr9 7799653 . G T 852.54 PASS AF=0.9;AO=63;DP=70;FAO=63;FDP=70;FR=.;FRO=7;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00575549;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=103.043;QD=48.7164;RBI=0.0181178;REFB=-0.067181;REVB=0.0171793;RO=1;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017815;STB=0.516274;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00325964;OID=.;OPOS=7799653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:70:70:1:7:63:63:0.9:26:37:0:1:26:37:3:4 chr9 8389364 . C G 2662.83 PASS AF=1;AO=171;DP=172;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320502;FXX=0.0172404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.512;QD=62.2885;RBI=0.0349388;REFB=0;REVB=0.0139106;RO=0;SAF=94;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98864e-05;OID=.;OPOS=8389364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:172:171:0:0:171:171:1:77:94:0:0:77:94:0:0 chr9 8454566 . T C 169.69 PASS AF=0.298701;AO=22;DP=75;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0245118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2841;QD=8.81512;RBI=0.02622;REFB=-0.00221781;REVB=-0.00930919;RO=53;SAF=9;SAR=13;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119773;STB=0.558772;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00348731;OID=.;OPOS=8454566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:53:54:22:23:0.298701:13:9:27:26:13:10:28:26 chr9 8465598 . A G 555.88 PASS AF=0.368715;AO=66;DP=179;FAO=66;FDP=179;FR=.;FRO=113;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=61;FSRR=52;FWDB=0.0279554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.543;QD=12.4219;RBI=0.0292076;REFB=-7.60078e-05;REVB=0.00846025;RO=113;SAF=40;SAR=26;SRF=61;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756023;STB=0.542973;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.000201846;OID=.;OPOS=8465598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:113:113:66:66:0.368715:26:40:61:52:26:40:61:52 chr9 8504327 . C T 485.15 PASS AF=0.235294;AO=76;DP=323;FAO=76;FDP=323;FR=.;FRO=247;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=109;FSRR=138;FWDB=0.0118533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.39;QD=6.00808;RBI=0.0165577;REFB=-0.00522469;REVB=-0.011561;RO=247;SAF=33;SAR=43;SRF=109;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00914319;STB=0.505504;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0133864;OID=.;OPOS=8504327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:323:247:247:76:76:0.235294:43:33:109:138:43:33:109:138 chr9 8518052 . G C 1140.13 PASS AF=0.549223;AO=104;DP=193;FAO=106;FDP=193;FR=.;FRO=87;FSAF=70;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=-0.0131601;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.044;QD=23.6296;RBI=0.0316934;REFB=-0.00245336;REVB=-0.028832;RO=87;SAF=69;SAR=35;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100474;STB=0.552738;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00165176;OID=.;OPOS=8518052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:87:87:104:106:0.549223:35:69:48:39:36:70:48:39 chr9 8518143 . T C 1199.36 PASS AF=0.558252;AO=115;DP=206;FAO=115;FDP=206;FR=.;FRO=91;FSAF=76;FSAR=39;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.051333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.217;QD=23.2886;RBI=0.0520032;REFB=-0.0122926;REVB=-0.00832175;RO=87;SAF=76;SAR=39;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148904;STB=0.577855;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0130511;OID=.;OPOS=8518143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:87:91:115:115:0.558252:39:76:42:45:39:76:45:46 chr9 8528506 . A G 391.42 PASS AF=0.679245;AO=36;DP=53;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0104365;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=58.9415;QD=29.5412;RBI=0.0271158;REFB=-0.068948;REVB=0.0250269;RO=15;SAF=15;SAR=21;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468376;STB=0.501617;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0152867;OID=.;OPOS=8528506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:15:17:36:36:0.679245:21:15:5:10:21:15:7:10 chr9 9442211 . G A 106.81 PASS AF=0.253968;AO=16;DP=63;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00384095;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.523;QD=6.78133;RBI=0.0155017;REFB=-0.0155993;REVB=-0.0150184;RO=47;SAF=7;SAR=9;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014799;STB=0.50908;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.031054;OID=.;OPOS=9442211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:47:47:16:16:0.253968:9:7:20:27:9:7:20:27 chr9 12702410 . TACAA T 241.54 PASS AF=0.212766;AO=38;DP=193;FAO=40;FDP=188;FR=.;FRO=148;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=81;FSRR=67;FWDB=-0.0123522;FXX=0.015706;HRUN=1;LEN=4;MLLD=330.64;QD=5.13904;RBI=0.0178091;REFB=-0.00502766;REVB=0.0128291;RO=139;SAF=15;SAR=23;SRF=81;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236328;STB=0.634854;STBP=0.061;TYPE=del;VARB=0.0206043;OID=.;OPOS=12702411;OREF=ACAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.212766:38:193:40:188:148:15:25:81:67:99:139:15:23:81:58 chr9 12764879 . C T 392.58 PASS AF=0.255507;AO=58;DP=228;FAO=58;FDP=227;FR=.;FRO=169;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=70;FSRR=99;FWDB=-0.0128138;FXX=0.00438577;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.511;QD=6.91767;RBI=0.0261533;REFB=-0.0111841;REVB=-0.0227992;RO=169;SAF=24;SAR=34;SRF=70;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000525295;STB=0.500313;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0458614;OID=.;OPOS=12764879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:169:169:58:58:0.255507:34:24:70:99:34:24:70:99 chr9 12775889 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.978;QD=50.4131;RBI=0.0913774;REFB=0;REVB=0.085928;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182931;OID=.;OPOS=12775889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr9 13105959 . T G 1784.43 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00302158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4169;QD=61.006;RBI=0.0380367;REFB=0;REVB=0.0379165;RO=0;SAF=55;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180116;OID=.;OPOS=13105959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:115:117:1:60:55:0:0:61:56:0:0 chr9 13112116 . A G 3725.91 PASS AF=1;AO=236;DP=237;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235545;FXX=0.00421923;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.809;QD=63.1511;RBI=0.0433978;REFB=-0.119072;REVB=-0.0364494;RO=1;SAF=96;SAR=140;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493853;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395822;OID=.;OPOS=13112116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:237:236:1:0:236:236:1:140:96:1:0:140:96:0:0 chr9 13150531 . T C 579.89 PASS AF=0.341121;AO=73;DP=212;FAO=73;FDP=214;FR=.;FRO=141;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=86;FSRR=55;FWDB=0.008135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.319;QD=10.8391;RBI=0.0105167;REFB=-0.00629123;REVB=0.00666511;RO=139;SAF=45;SAR=28;SRF=86;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00275124;STB=0.504524;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0136515;OID=.;OPOS=13150531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:214:139:141:73:73:0.341121:28:45:86:53:28:45:86:55 chr9 13176312 . C T 511.09 PASS AF=0.390728;AO=59;DP=151;FAO=59;FDP=151;FR=.;FRO=92;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=0.00141027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.824;QD=13.5388;RBI=0.00859415;REFB=-0.00796488;REVB=-0.00847765;RO=91;SAF=33;SAR=26;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116695;STB=0.56907;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0167813;OID=.;OPOS=13176312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:91:92:59:59:0.390728:26:33:41:50:26:33:41:51 chr9 14082769 . TAAAAAAAAAAAAAAG TAAAAAAAAAAAAAGA,TAAAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAAAGAA,TAAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAAGAAA 681.04 PASS AF=0.0344828,0.0574713,0.103448,0.781609,0.0229885;AO=5,10,13,14,5;DP=93;FAO=3,5,9,68,2;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4,4,35,1;FSAR=3,1,5,33,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259441,0.0723266,-0.00832078,0.0414097,0.000163433;FXX=0.0543419;HRUN=14,14,14,14,14;LEN=2,2,3,3,4;MLLD=5.46243,8.2877,8.86971,11.8835,11.2675;QD=31.3123;RBI=0.0276267,0.0777972,0.00859341,0.0463535,0.000370576;REFB=0.0896586,0.157761,0.0826688,0.135995,0.0642516;REVB=0.00949397,0.0286577,0.00214739,0.0208298,0.00033259;RO=1;SAF=1,7,8,8,3;SAR=4,3,5,6,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.277405,-0.0596689,-0.0533084,-0.0534678,-0.121807;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,del,mnp;VARB=0.130754,0.156366,0.0208747,0.0431171,-0.114471;OID=.,.,.,.,.;OPOS=14082783,14082770,14082782,14082770,14082781;OREF=AG,AA,AAG,AAA,AAAG;OALT=GA,-,GAA,-,GAAA;OMAPALT=TAAAAAAAAAAAAAGA,TAAAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAAAGAA,TAAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAAGAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0.0344828,0.0574713,0.103448,0.781609,0.0229885:5,10,13,14,5:93:3,5,9,68,2:87:0:0,4,4,35,1:3,1,5,33,1:0:0:25:1:1,7,8,8,3:4,3,5,6,2:1:0 chr9 14086266 . TA AA,TAA,T 43.15 PASS AF=0.0515464,0,0.123711;AO=4,10,24;DP=94;FAO=5,0,12;FDP=97;FR=.;FRO=80;FSAF=5,0,3;FSAR=0,0,9;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=-0.0756141,-0.21168,0.22495;FXX=0;HRUN=2,8,8;LEN=1,1,1;MLLD=30.8003,8.29225,6.73516;QD=1.77918;RBI=0.0849893,0.228241,0.243911;REFB=0.0327424,0.0475512,-0.0425062;REVB=-0.0388031,0.0853553,-0.094287;RO=46;SAF=4,7,4;SAR=0,3,20;SRF=16;SRR=30;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.619562,0.414641,-0.280141;STB=0.99845,0.5,0.603711;STBP=0.003,1,0.489;TYPE=snp,ins,del;VARB=0.0976962,-0.0168086,0.116037;OID=.,.,.;OPOS=14086266,14086267,14086267;OREF=T,-,A;OALT=A,A,-;OMAPALT=AA,TAA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:23:94:97:46:80:4,10,24:5,0,12:0.0515464,0,0.123711:0,3,20:4,7,4:16:30:0,0,9:5,0,3:28:52 chr9 14086792 . TG GT,TT 41.89 PASS AF=0.037037,0.12963;AO=6,4;DP=52;FAO=2,7;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=1,3;FSAR=1,4;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.146943,0.019593;FXX=0.0181785;HRUN=13,1;LEN=2,1;MLLD=17.6985,156.506;QD=3.10275;RBI=0.147364,0.0218874;REFB=-0.107354,-0.00550965;REVB=-0.0111348,-0.00975566;RO=40;SAF=3,2;SAR=3,2;SRF=21;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0293755,-0.0267856;STB=0.5316,0.589908;STBP=0.865,0.629;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0280448,0.0427121;OID=.,.;OPOS=14086792,14086793;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:52:54:40:45:6,4:2,7:0.037037,0.12963:3,2:3,2:21:19:1,4:1,3:24:21 chr9 14618856 . C T 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0142236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.607;QD=19.9988;RBI=0.0165954;REFB=0.000162782;REVB=-0.00854951;RO=30;SAF=11;SAR=22;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179486;STB=0.599938;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.000241302;OID=.;OPOS=14618856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:22:11:16:14:22:11:16:14 chr9 14737506 . T G 765.59 PASS AF=0.601695;AO=71;DP=119;FAO=71;FDP=118;FR=.;FRO=47;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0523101;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2063;QD=25.9521;RBI=0.0648344;REFB=0.00992549;REVB=-0.0383034;RO=48;SAF=35;SAR=36;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036118;STB=0.523973;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.00884796;OID=.;OPOS=14737506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:48:47:71:71:0.601695:36:35:26:22:36:35:26:21 chr9 14747412 . A G 359.76 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=-0.012298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.87;QD=13.8367;RBI=0.0131243;REFB=-0.0113578;REVB=-0.00458322;RO=62;SAF=22;SAR=20;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211171;STB=0.618821;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0163837;OID=.;OPOS=14747412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:62:62:42:42:0.403846:20:22:20:42:20:22:20:42 chr9 14770658 . G T 5159.49 PASS AF=1;AO=325;DP=327;FAO=326;FDP=326;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295012;FXX=0.00305801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.014;QD=63.3066;RBI=0.0435589;REFB=0;REVB=0.0320477;RO=0;SAF=155;SAR=170;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22677e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96464e-05;OID=.;OPOS=14770658;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:327:326:0:0:325:326:1:170:155:0:0:171:155:0:0 chr9 14775853 . A G 1624.35 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.2;QD=60.161;RBI=0.0143142;REFB=0;REVB=0.00384883;RO=0;SAF=56;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79646e-05;OID=.;OPOS=14775853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:52:56:0:0:52:56:0:0 chr9 14775859 . G A 1663.72 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0330421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.726;QD=58.3763;RBI=0.0356885;REFB=-0.0737623;REVB=0.0134865;RO=2;SAF=59;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000894586;STB=0.500471;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0023734;OID=.;OPOS=14775859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:2:2:112:112:0.982456:53:59:1:1:53:59:1:1 chr9 14776027 . C T 521.16 PASS AF=0.416058;AO=57;DP=138;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=0.0155268;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.737;QD=15.2163;RBI=0.019701;REFB=-0.00697265;REVB=0.0121263;RO=80;SAF=25;SAR=32;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166653;STB=0.593464;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00893102;OID=.;OPOS=14776027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:80:80:57:57:0.416058:32:25:48:32:32:25:48:32 chr9 14776140 . C T 544.16 PASS AF=0.588235;AO=50;DP=85;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0290389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.855;QD=25.6076;RBI=0.0446198;REFB=-0.0124529;REVB=0.0338772;RO=35;SAF=23;SAR=27;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456866;STB=0.524954;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00632443;OID=.;OPOS=14776140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:35:35:50:50:0.588235:27:23:14:21:27:23:14:21 chr9 14819370 . G T 588.52 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=106;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0163636;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7606;QD=22.6352;RBI=0.0186469;REFB=0.00118253;REVB=0.00894076;RO=45;SAF=21;SAR=37;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135113;STB=0.50358;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.000876301;OID=.;OPOS=14819370;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:45:46:58:58:0.557692:37:21:17:28:37:21:17:29 chr9 14819438 . C A 575.24 PASS AF=0.64557;AO=50;DP=78;FAO=51;FDP=79;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0159932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.002;QD=29.1259;RBI=0.0160892;REFB=-0.00679592;REVB=-0.00175448;RO=28;SAF=21;SAR=29;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184618;STB=0.513961;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00432898;OID=.;OPOS=14819438;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:28:28:50:51:0.64557:29:21:11:17:29:22:11:17 chr9 14859356 . T C 581.43 PASS AF=0.522124;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0570149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2672;QD=20.5814;RBI=0.0571834;REFB=-0.00949892;REVB=-0.00438718;RO=53;SAF=21;SAR=38;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882128;STB=0.554022;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00557956;OID=.;OPOS=14859356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:53:54:59:59:0.522124:38:21:24:29:38:21:25:29 chr9 15188106 . T C 2166.15 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=140;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00691786;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.327;QD=62.3352;RBI=0.0080258;REFB=-0.111438;REVB=0.00406899;RO=0;SAF=66;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503448;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0004096;OID=.;OPOS=15188106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:139:0:1:138:138:0.992806:72:66:0:0:72:66:0:1 chr9 15464898 . C A 859.59 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0734787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3262;QD=54.5774;RBI=0.134539;REFB=-0.166867;REVB=-0.112702;RO=2;SAF=33;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277491;STB=0.514701;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00451618;OID=.;OPOS=15464898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:28:33:2:0:28:33:2:0 chr9 15591372 . T A 166.51 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0359825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.617;QD=9.94069;RBI=0.0379942;REFB=-0.0153246;REVB=0.0121994;RO=45;SAF=7;SAR=15;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275266;STB=0.661919;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0294805;OID=.;OPOS=15591372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:15:7:25:20:15:7:25:20 chr9 15784631 . A G 539.83 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0127053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.244;QD=24.5379;RBI=0.019815;REFB=-0.00222527;REVB=0.0152056;RO=38;SAF=19;SAR=31;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319732;STB=0.517503;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00180444;OID=.;OPOS=15784631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:38:38:50:50:0.568182:31:19:13:25:31:19:13:25 chr9 15922137 . A G 1677.47 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.598;QD=60.4493;RBI=0.0437665;REFB=0;REVB=0.040874;RO=0;SAF=78;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14258e-05;OID=.;OPOS=15922137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:32:78:0:0:32:79:0:0 chr9 16410956 . G C 318.97 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.111;QD=53.1623;RBI=0.107665;REFB=0;REVB=0.00522422;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145596;OID=.;OPOS=16410956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:14:9:0:0:14:10:0:0 chr9 16411463 . G T 1472.38 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2769;QD=63.3284;RBI=0.104121;REFB=0;REVB=-0.022063;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000834858;OID=.;OPOS=16411463;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:51:42:0:0:51:42:0:0 chr9 16417431 . G A 3437.15 PASS AF=1;AO=219;DP=219;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0090359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9662;QD=62.4936;RBI=0.0151802;REFB=0;REVB=-0.012198;RO=0;SAF=102;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.99592e-05;OID=.;OPOS=16417431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:220:0:0:219:220:1:117:102:0:0:118:102:0:0 chr9 16418440 . TGGCCCCTCAA T 892.91 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00858641;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=10;MLLD=294.514;QD=49.6063;RBI=0.00864023;REFB=0;REVB=0.000962878;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-4.06048e-06;OID=.;OPOS=16418441;OREF=GGCCCCTCAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:72:74:72:72:0:38:34:0:0:16:0:38:34:0:0 chr9 16418658 . C T 97.64 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0337903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.67;QD=11.1588;RBI=0.0488966;REFB=-0.0161643;REVB=-0.0353425;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168049;STB=0.59984;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0372205;OID=.;OPOS=16418658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:35:35:22:22:13:13:0.371429:4:9:12:10:4:9:12:10 chr9 16418662 . CTGTG C,CTGTGTG 88.47 PASS AF=0.227273,0.318182;AO=5,6;DP=23;FAO=5,7;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5,6;FSAR=0,1;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0622143,0.0763717;FXX=0.0434594;HRUN=1,1;LEN=4,2;MLLD=130.083,60.9538;QD=16.0863;RBI=0.0848747,0.078739;REFB=-0.0561143,-0.106327;REVB=-0.057733,-0.0191623;RO=9;SAF=5,5;SAR=0,1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.761805,0.503774;STB=0.997601,0.806717;STBP=0.015,0.073;TYPE=del,ins;VARB=0.0972098,0.159093;OID=.,.;OPOS=16418663,16418663;OREF=TGTG,-;OALT=-,TG;OMAPALT=C,CTGTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.227273,0.318182:5,6:23:5,7:22:10:5,6:0,1:4:6:45:9:5,5:0,1:3:6 chr9 16685539 . T C 58.33 PASS AF=0.36;AO=7;DP=23;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0561542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4644;QD=9.33331;RBI=0.0694923;REFB=-0.0386569;REVB=-0.0409375;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147359;STB=0.504494;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0488904;OID=.;OPOS=16685539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:23:25:16:16:7:9:0.36:4:3:9:7:4:5:9:7 chr9 17001122 . C A 2200.19 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179792;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6035;QD=63.3147;RBI=0.0179829;REFB=0;REVB=0.000368606;RO=0;SAF=110;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154693;OID=.;OPOS=17001122;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:139:139:1:29:110:0:0:29:110:0:0 chr9 17001200 . C A 3102.57 PASS AF=0.990338;AO=204;DP=207;FAO=205;FDP=207;FR=.;FRO=2;FSAF=138;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00760992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.707;QD=59.953;RBI=0.0251037;REFB=-0.0892412;REVB=0.0239225;RO=2;SAF=137;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140035;STB=0.507352;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000368399;OID=.;OPOS=17001200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:207:207:2:2:204:205:0.990338:67:137:0:2:67:138:0:2 chr9 17001216 . A C 3153.02 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.515;QD=64.0207;RBI=0.0303947;REFB=0;REVB=0.00813211;RO=0;SAF=130;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8589e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43363e-05;OID=.;OPOS=17001216;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:197:0:0:197:197:1:67:130:0:0:67:130:0:0 chr9 17053994 . G A 1216.25 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115286;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.523;QD=61.5821;RBI=0.0482876;REFB=0;REVB=0.0468912;RO=0;SAF=27;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209869;OID=.;OPOS=17053994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:79:0:0:79:79:1:52:27:0:0:52:27:0:0 chr9 17054142 . A G 1782.66 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9363;QD=60.4293;RBI=0.0160128;REFB=0;REVB=-0.00924457;RO=0;SAF=60;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188052;OID=.;OPOS=17054142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:118:0:0:116:118:1:56:60:0:0:57:61:0:0 chr9 17135115 . C T 643.55 PASS AF=0.72973;AO=54;DP=74;FAO=54;FDP=74;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0435954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9425;QD=34.7867;RBI=0.0440333;REFB=0.0133121;REVB=0.00619429;RO=20;SAF=20;SAR=34;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683335;STB=0.536828;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00286983;OID=.;OPOS=17135115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:20:20:54:54:0.72973:34:20:10:10:34:20:10:10 chr9 17342383 . C T 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00701342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.802;QD=61.3749;RBI=0.0270214;REFB=0;REVB=0.0260954;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04087e-05;OID=.;OPOS=17342383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:32:48:0:0:32:48:0:0 chr9 17394536 . C T 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00726573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.617;QD=53.2745;RBI=0.0266882;REFB=0;REVB=0.0256802;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021011;OID=.;OPOS=17394536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr9 17394996 . T C 1500.75 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00240784;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.621;QD=62.5311;RBI=0.0473558;REFB=-0.0953249;REVB=0.0472946;RO=1;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839311;STB=0.504424;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000307852;OID=.;OPOS=17394996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:96:1:1:95:95:0.989583:56:39:0:1:56:39:0:1 chr9 17409366 . G A 1755.9 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0138485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.885;QD=59.0218;RBI=0.0192481;REFB=-0.0191472;REVB=0.0133681;RO=2;SAF=46;SAR=71;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00357;STB=0.50188;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.000463918;OID=.;OPOS=17409366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:2:2:117:117:0.983193:71:46:1:1:71:46:1:1 chr9 18504916 . T A 409.86 PASS AF=0.417391;AO=46;DP=114;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.00701634;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.597;QD=14.256;RBI=0.0143441;REFB=-0.00944303;REVB=0.012511;RO=63;SAF=27;SAR=19;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146594;STB=0.583146;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0166425;OID=.;OPOS=18504916;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:63:67:46:48:0.417391:19:27:28:35:19:29:31:36 chr9 18651156 . C T 136.97 PASS AF=0.25974;AO=20;DP=77;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=41;FSRR=16;FWDB=9.62697e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.65;QD=7.11529;RBI=0.00307896;REFB=-0.00323208;REVB=0.00307746;RO=57;SAF=19;SAR=1;SRF=41;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.529049;STB=0.842867;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0128181;OID=.;OPOS=18651156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:57:57:20:20:0.25974:1:19:41:16:1:19:41:16 chr9 18651282 . A G 378.7 PASS AF=0.356589;AO=46;DP=129;FAO=46;FDP=129;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=0.00526123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.184;QD=11.7426;RBI=0.015466;REFB=-1.52496e-05;REVB=-0.0145436;RO=83;SAF=31;SAR=15;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183845;STB=0.605636;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-1.71697e-05;OID=.;OPOS=18651282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:83:83:46:46:0.356589:15:31:43:40:15:31:43:40 chr9 18681821 . A G 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.313;QD=61.0487;RBI=0.0215953;REFB=0;REVB=0.0153114;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97916e-05;OID=.;OPOS=18681821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:31:47:0:0:31:47:0:0 chr9 18775810 . C A 836.21 PASS AF=0.612903;AO=76;DP=124;FAO=76;FDP=124;FR=.;FRO=48;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0510162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.947;QD=26.9744;RBI=0.0510677;REFB=-0.0140853;REVB=-0.00229114;RO=46;SAF=39;SAR=37;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997747;STB=0.545327;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0117644;OID=.;OPOS=18775810;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:46:48:76:76:0.612903:37:39:17:29:37:39:19:29 chr9 18776840 . A C 769.51 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0035694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.18;QD=57.0006;RBI=0.0204053;REFB=0;REVB=-0.0200907;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.61371e-05;OID=.;OPOS=18776840;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:19:34:0:0:20:34:0:0 chr9 18777225 . G A 48.15 PASS AF=0.157895;AO=8;DP=56;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0129787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.352;QD=3.37891;RBI=0.022194;REFB=-0.0046125;REVB=0.0180035;RO=48;SAF=2;SAR=6;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244317;STB=0.702571;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0367042;OID=.;OPOS=18777225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:56:57:48:48:8:9:0.157895:6:2:21:27:7:2:21:27 chr9 18777368 . T C 1044.33 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.941;QD=59.676;RBI=0.0316377;REFB=0;REVB=-0.011436;RO=0;SAF=50;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29971e-05;OID=.;OPOS=18777368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:20:50:0:0:20:50:0:0 chr9 18887908 . G C 765.66 PASS AF=0.452514;AO=80;DP=179;FAO=81;FDP=179;FR=.;FRO=98;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=-0.0240843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.633;QD=17.1098;RBI=0.0281178;REFB=-0.00808092;REVB=-0.0145105;RO=97;SAF=41;SAR=39;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131107;STB=0.507794;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0114438;OID=.;OPOS=18887908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:97:98:80:81:0.452514:39:41:51:46:40:41:51:47 chr9 18908508 . T C 149.05 PASS AF=0.188406;AO=26;DP=137;FAO=26;FDP=138;FR=.;FRO=112;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=57;FSRR=55;FWDB=-0.0290873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.5955;QD=4.32035;RBI=0.0401562;REFB=0.00958698;REVB=-0.0276848;RO=111;SAF=13;SAR=13;SRF=57;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172322;STB=0.507241;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.0428011;OID=.;OPOS=18908508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:111:112:26:26:0.188406:13:13:57:54:13:13:57:55 chr9 19087138 . C A 197.9 PASS AF=0.295455;AO=26;DP=89;FAO=26;FDP=88;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=17;FWDB=-0.00990878;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2183;QD=8.99562;RBI=0.00997465;REFB=-0.000656426;REVB=-0.00114438;RO=62;SAF=16;SAR=10;SRF=45;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145658;STB=0.585351;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00130993;OID=.;OPOS=19087138;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:62:62:26:26:0.295455:10:16:45:17:10:16:45:17 chr9 19345978 . G A 296.53 PASS AF=0.386364;AO=33;DP=87;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00136125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4106;QD=13.4785;RBI=0.00347854;REFB=-0.015239;REVB=-0.00320114;RO=53;SAF=19;SAR=14;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924631;STB=0.536269;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.012984;OID=.;OPOS=19345978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:53:54:33:34:0.386364:14:19:26:27:15:19:27:27 chr9 19358036 . C T 684.67 PASS AF=0.406417;AO=76;DP=187;FAO=76;FDP=187;FR=.;FRO=111;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=59;FSRR=52;FWDB=0.00040627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.297;QD=14.6453;RBI=0.0445147;REFB=-0.0070341;REVB=-0.0445129;RO=111;SAF=27;SAR=49;SRF=59;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190478;STB=0.607088;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0145411;OID=.;OPOS=19358036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:111:111:76:76:0.406417:49:27:59:52:49:27:59:52 chr9 19576949 . T G 2255.67 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0157404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.646;QD=62.6575;RBI=0.0375035;REFB=-0.118326;REVB=0.0340405;RO=1;SAF=66;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715052;STB=0.503759;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000261842;OID=.;OPOS=19576949;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:144:1:1:143:143:0.993056:77:66:1:0:77:66:1:0 chr9 19622268 . T C 403.14 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0238449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7834;QD=48.8656;RBI=0.0339391;REFB=9.16739e-05;REVB=0.0241512;RO=3;SAF=13;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172477;STB=0.509272;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-1.9921e-06;OID=.;OPOS=19622268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:3:3:30:30:0.909091:17:13:1:2:17:13:1:2 chr9 19786217 . G A 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0255093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1041;QD=28.0161;RBI=0.0874561;REFB=0.0309355;REVB=-0.0836531;RO=19;SAF=20;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181211;STB=0.611035;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0281798;OID=.;OPOS=19786217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:20:30:30:0.6:10:20:8:11:10:20:8:12 chr9 20413754 . A T 897.14 PASS AF=0.546584;AO=88;DP=162;FAO=88;FDP=161;FR=.;FRO=73;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0158192;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.437;QD=22.2892;RBI=0.0171319;REFB=-0.0306176;REVB=-0.00657686;RO=73;SAF=50;SAR=38;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514587;STB=0.528112;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.024971;OID=.;OPOS=20413754;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:73:73:88:88:0.546584:38:50:37:36:38:50:37:36 chr9 20418323 . T C 348.17 PASS AF=0.4;AO=37;DP=96;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.0041385;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.59;QD=14.6596;RBI=0.00724344;REFB=-0.0111547;REVB=-0.00594476;RO=57;SAF=17;SAR=20;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182226;STB=0.594011;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0155906;OID=.;OPOS=20418323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:57:57:37:38:0.4:20:17:36:21:20:18:36:21 chr9 20866974 . C G 2403.31 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00129555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3696;QD=61.2308;RBI=0.0195207;REFB=0;REVB=0.0194776;RO=0;SAF=75;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.86153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89558e-05;OID=.;OPOS=20866974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:157:157:1:82:75:0:0:82:75:0:0 chr9 20988426 . A G 1540.58 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.883;QD=59.8285;RBI=0.0174135;REFB=0;REVB=0.00126443;RO=0;SAF=35;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22926e-05;OID=.;OPOS=20988426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:67:35:0:0:68:35:0:0 chr9 21029330 . T C 1019.81 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275677;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.516;QD=59.1194;RBI=0.0367436;REFB=0;REVB=0.0242922;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36976e-05;OID=.;OPOS=21029330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:37:30:0:0:39:30:0:0 chr9 21077716 . G A 300.28 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.010264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.945;QD=16.4536;RBI=0.0108194;REFB=-0.016884;REVB=0.0034219;RO=40;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147654;STB=0.508301;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0178533;OID=.;OPOS=21077716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:17:16:20:20:17:16:20:20 chr9 21187121 . T A 304.87 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00491622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7748;QD=26.5107;RBI=0.0391641;REFB=-0.0154819;REVB=0.0388543;RO=19;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220304;STB=0.512186;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0117477;OID=.;OPOS=21187121;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:15:12:9:10:15:12:9:10 chr9 21187222 . G A 424.19 PASS AF=0.625;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0169605;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.601;QD=26.5116;RBI=0.0245526;REFB=-0.0298596;REVB=-0.0177531;RO=24;SAF=24;SAR=16;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155318;STB=0.584863;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0198172;OID=.;OPOS=21187222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:24:40:40:0.625:16:24:9:15:16:24:9:15 chr9 21187311 . C T 1779.84 PASS AF=0.97541;AO=119;DP=122;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00717883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.163;QD=58.3555;RBI=0.0155286;REFB=-0.0349179;REVB=0.0137696;RO=3;SAF=61;SAR=58;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00837279;STB=0.504409;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00219911;OID=.;OPOS=21187311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:122:122:3:3:119:119:0.97541:58:61:1:2:58:61:1:2 chr9 21206763 . G T 527.26 PASS AF=0.509259;AO=50;DP=103;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0260264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3098;QD=19.5281;RBI=0.0353767;REFB=-0.0216741;REVB=0.0239612;RO=53;SAF=27;SAR=23;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633773;STB=0.554516;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0180629;OID=.;OPOS=21206763;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:108:53:53:50:55:0.509259:23:27:25:28:23:32:25:28 chr9 21207000 . C G 221.74 PASS AF=0.375;AO=26;DP=71;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00733335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.279;QD=12.3186;RBI=0.0200219;REFB=-0.00634157;REVB=-0.0186306;RO=44;SAF=15;SAR=11;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156639;STB=0.528281;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00998528;OID=.;OPOS=21207000;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:44:45:26:27:0.375:11:15:26:18:12:15:27:18 chr9 21207005 . C G 218.95 PASS AF=0.380282;AO=26;DP=70;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.011896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.099;QD=12.3351;RBI=0.0119083;REFB=-0.0243232;REVB=-0.000541127;RO=43;SAF=16;SAR=10;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122254;STB=0.501079;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0277519;OID=.;OPOS=21207005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:43:44:26:27:0.380282:10:16:26:17:11:16:26:18 chr9 21207031 . T C 155.41 PASS AF=0.275;AO=21;DP=79;FAO=22;FDP=80;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0119278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.94;QD=7.77029;RBI=0.0169602;REFB=-0.0159324;REVB=-0.0120572;RO=58;SAF=14;SAR=7;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146897;STB=0.563922;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0219637;OID=.;OPOS=21207031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:58:58:21:22:0.275:7:14:32:26:8:14:32:26 chr9 21207037 . A T 211.8 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=86;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00690477;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.665;QD=9.96692;RBI=0.032754;REFB=-0.0174507;REVB=-0.0320179;RO=58;SAF=17;SAR=10;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941395;STB=0.555312;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0399259;OID=.;OPOS=21207037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:58:58:27:27:0.317647:10:17:32:26:10:17:32:26 chr9 21207104 . T C 517.92 PASS AF=0.410072;AO=57;DP=139;FAO=57;FDP=139;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.00461044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.311;QD=14.9041;RBI=0.0413439;REFB=-0.00472683;REVB=0.041086;RO=82;SAF=32;SAR=25;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647628;STB=0.536436;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00366797;OID=.;OPOS=21207104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:82:82:57:57:0.410072:25:32:41:41:25:32:41:41 chr9 21227622 . A C 333.06 PASS AF=0.350427;AO=41;DP=117;FAO=41;FDP=117;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.0394856;FXX=0.0487765;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4626;QD=11.3868;RBI=0.047811;REFB=0.00269271;REVB=0.0269588;RO=59;SAF=25;SAR=16;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194145;STB=0.613761;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00498175;OID=.;OPOS=21227622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:59:76:41:41:0.350427:16:25:25:34:16:25:33:43 chr9 21227651 . A G 131.29 PASS AF=0.205882;AO=21;DP=103;FAO=21;FDP=102;FR=.;FRO=81;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=53;FWDB=0.00402841;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.439;QD=5.14864;RBI=0.00422481;REFB=-0.00464348;REVB=-0.00127315;RO=81;SAF=10;SAR=11;SRF=27;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184942;STB=0.60482;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0198119;OID=.;OPOS=21227651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:81:81:21:21:0.205882:11:10:27:54:11:10:28:53 chr9 21227942 . G T 1109.51 PASS AF=0.647059;AO=98;DP=152;FAO=99;FDP=153;FR=.;FRO=54;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=13;FSRR=41;FWDB=0.0287659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6604;QD=29.0067;RBI=0.028766;REFB=-0.0275011;REVB=3.74828e-05;RO=53;SAF=51;SAR=47;SRF=13;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178371;STB=0.596355;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0106083;OID=.;OPOS=21227942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:53:54:98:99:0.647059:47:51:13:40:48:51:13:41 chr9 21228040 . C G 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00529529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.449;QD=18.902;RBI=0.0124234;REFB=-0.00304815;REVB=-0.0112384;RO=34;SAF=19;SAR=15;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794179;STB=0.544245;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00314096;OID=.;OPOS=21228040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:15:19:16:18:15:19:16:18 chr9 21228182 . GC TG 788.02 PASS AF=0.571429;AO=88;DP=163;FAO=92;FDP=161;FR=.;FRO=69;FSAF=59;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.0200234;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.386;QD=19.5781;RBI=0.0492634;REFB=-0.0629165;REVB=0.0450104;RO=64;SAF=58;SAR=30;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202139;STB=0.603266;STBP=0.005;TYPE=mnp;VARB=0.0448638;OID=.;OPOS=21228182;OREF=GC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:161:64:69:88:92:0.571429:30:58:26:38:33:59:28:41 chr9 21304803 . G A 564.65 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0100593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.033;QD=24.2858;RBI=0.0166316;REFB=-0.0132788;REVB=0.0132447;RO=41;SAF=23;SAR=29;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15338;STB=0.584021;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.01002;OID=.;OPOS=21304803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:41:52:52:0.55914:29:23:26:15:29:23:26:15 chr9 21331914 . C T 259.84 PASS AF=0.208531;AO=44;DP=211;FAO=44;FDP=211;FR=.;FRO=167;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=111;FSRR=56;FWDB=-0.00483924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.576;QD=4.92584;RBI=0.0178866;REFB=-0.00246571;REVB=-0.0172195;RO=165;SAF=27;SAR=17;SRF=110;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733744;STB=0.543414;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00966683;OID=.;OPOS=21331914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:165:167:44:44:0.208531:17:27:110:55:17:27:111:56 chr9 21350620 . G A 626.39 PASS AF=0.666667;AO=54;DP=82;FAO=54;FDP=81;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00929775;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.647;QD=30.933;RBI=0.0098613;REFB=-0.00337107;REVB=-0.00328589;RO=27;SAF=21;SAR=33;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120276;STB=0.50651;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0021327;OID=.;OPOS=21350620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:27:27:54:54:0.666667:33:21:10:17:33:21:10:17 chr9 21441116 . C T 591.54 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0131839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.379;QD=20.3978;RBI=0.0449449;REFB=-0.0098072;REVB=-0.0429678;RO=56;SAF=18;SAR=42;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205831;STB=0.613766;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0148666;OID=.;OPOS=21441116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:56:56:60:60:0.517241:42:18:29:27:42:18:29:27 chr9 21441143 . T C 812.61 PASS AF=0.55;AO=75;DP=139;FAO=77;FDP=140;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=55;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0123283;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0505;QD=23.2174;RBI=0.0383528;REFB=-0.00198096;REVB=0.0363173;RO=64;SAF=22;SAR=53;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229416;STB=0.631893;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00693448;OID=.;OPOS=21441143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:64:63:75:77:0.55:53:22:35:29:55:22:35:28 chr9 21699406 . G A 1116.79 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4347;QD=60.3669;RBI=0.0178908;REFB=0;REVB=0.0178044;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132605;OID=.;OPOS=21699406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr9 21699444 . C T 1629.88 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00585113;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6445;QD=60.366;RBI=0.0240021;REFB=0;REVB=-0.023278;RO=0;SAF=56;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000475515;OID=.;OPOS=21699444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:108:0:0:108:108:1:52:56:0:0:52:56:0:0 chr9 21816758 . G A 1492.86 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000871188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.057;QD=58.5435;RBI=0.0208874;REFB=-0.175337;REVB=0.0208692;RO=1;SAF=51;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921125;STB=0.504853;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.000345905;OID=.;OPOS=21816758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:1:1:100:101:0.990196:49:51:1:0:50:51:1:0 chr9 21968147 . G A 199.75 PASS AF=0.305882;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=1;FSRF=55;FSRR=4;FWDB=0.00607434;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=79.7161;QD=9.39978;RBI=0.00739092;REFB=-0.00378681;REVB=0.00421047;RO=58;SAF=25;SAR=1;SRF=54;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185845;STB=0.609655;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0150688;OID=.;OPOS=21968147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:58:59:26:26:0.305882:1:25:54:4:1:25:55:4 chr9 21968199 . C G 2279.73 PASS AF=0.979866;AO=146;DP=148;FAO=146;FDP=149;FR=.;FRO=3;FSAF=78;FSAR=68;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.019349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1758;QD=61.2008;RBI=0.0398717;REFB=0.0724637;REVB=-0.0348621;RO=1;SAF=78;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605839;STB=0.509433;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0113037;OID=.;OPOS=21968199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:148:149:1:3:146:146:0.979866:68:78:1:0:68:78:3:0 chr9 21968712 . C A 307.27 PASS AF=0.288732;AO=41;DP=142;FAO=41;FDP=142;FR=.;FRO=101;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=62;FSRR=39;FWDB=0.0154451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.069;QD=8.65558;RBI=0.0174057;REFB=0.00142949;REVB=-0.00802551;RO=101;SAF=21;SAR=20;SRF=62;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123807;STB=0.572577;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00321915;OID=.;OPOS=21968712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:101:101:41:41:0.288732:20:21:62:39:20:21:62:39 chr9 21971163 . G C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.000605709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.003;QD=14.2623;RBI=0.0437721;REFB=-0.0421167;REVB=-0.0437679;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107476;STB=0.562422;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0623523;OID=.;OPOS=21971163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:9:7:13:11:9:7:13:11 chr9 22029445 . G A 1491.23 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.752;QD=63.4566;RBI=0.0392127;REFB=0;REVB=-0.0344282;RO=0;SAF=57;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.97553e-05;OID=.;OPOS=22029445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:37:57:0:0:37:57:0:0 chr9 22447655 . T A 222.49 PASS AF=0.375;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00950539;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.459;QD=12.3605;RBI=0.00996313;REFB=-0.0154431;REVB=-0.00298523;RO=45;SAF=12;SAR=15;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965287;STB=0.555514;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0246185;OID=.;OPOS=22447655;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:45:45:27:27:0.375:15:12:24:21:15:12:24:21 chr9 23701514 . G A 503.83 PASS AF=0.227666;AO=78;DP=345;FAO=79;FDP=347;FR=.;FRO=268;FSAF=22;FSAR=57;FSRF=115;FSRR=153;FWDB=0.0383627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.371;QD=5.80785;RBI=0.0394639;REFB=-0.0065747;REVB=0.00925777;RO=267;SAF=22;SAR=56;SRF=115;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206753;STB=0.628254;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.019807;OID=.;OPOS=23701514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:347:267:268:78:79:0.227666:56:22:115:152:57:22:115:153 chr9 24543732 . C T 331.4 PASS AF=0.381443;AO=35;DP=95;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.126714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0532;QD=13.6659;RBI=0.127592;REFB=-0.0047735;REVB=-0.0149388;RO=60;SAF=15;SAR=20;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134224;STB=0.526746;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00744283;OID=.;OPOS=24543732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:60:60:35:37:0.381443:20:15:25:35:20:17:25:35 chr9 24545513 . G A 1803.2 PASS AF=1;AO=119;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111839;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.23;QD=59.1215;RBI=0.0237237;REFB=-0.0558877;REVB=0.0209222;RO=0;SAF=58;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09057e-05;OID=.;OPOS=24545513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:122:122:0:0:119:122:1:61:58:0:0:64:58:0:0 chr9 24905556 . A G 1609.55 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126129;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.115;QD=60.1701;RBI=0.0127939;REFB=0;REVB=0.0021446;RO=0;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99684e-05;OID=.;OPOS=24905556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:59:48:0:0:59:48:0:0 chr9 25677953 . T C 50.11 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.13;QD=33.4048;RBI=0.0338993;REFB=0;REVB=0.0295554;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242723;OID=.;OPOS=25677953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr9 25678640 . T A 1541.08 PASS AF=0.98;AO=97;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0794196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.85;QD=61.6433;RBI=0.0825189;REFB=-0.116216;REVB=0.0224032;RO=0;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50877;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000482351;OID=.;OPOS=25678640;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:0:2:97:98:0.98:42:55:0:0:42:56:2:0 chr9 26116150 . G T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.105;QD=58.5877;RBI=0.041821;REFB=0;REVB=0.0118188;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81064e-05;OID=.;OPOS=26116150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr9 26116157 . G A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0023752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9484;QD=57.2017;RBI=0.0159674;REFB=0;REVB=-0.0157898;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0003058;OID=.;OPOS=26116157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr9 26892654 . G A 743.09 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000218042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.607;QD=59.4468;RBI=0.0220536;REFB=-0.105489;REVB=0.0220525;RO=1;SAF=22;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209034;STB=0.52173;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00408825;OID=.;OPOS=26892654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:1:2:48:48:0.96:26:22:1:0:26:22:2:0 chr9 26895808 . A G 1245.95 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.482;QD=61.5282;RBI=0.0416603;REFB=0;REVB=-0.039063;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2634e-05;OID=.;OPOS=26895808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr9 26978170 . A G 2809.2 PASS AF=1;AO=163;DP=164;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.697;QD=61.0696;RBI=0.0400389;REFB=0;REVB=0.0330205;RO=1;SAF=95;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694636;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00027292;OID=.;OPOS=26978170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:164:184:1:0:163:184:1:68:95:0:1:86:98:0:0 chr9 26978259 . A G 2273.2 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00839589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.61;QD=60.2172;RBI=0.0181324;REFB=-0.0344245;REVB=0.0160715;RO=1;SAF=61;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531475;STB=0.502793;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00018134;OID=.;OPOS=26978259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:1:1:150:150:0.993377:89:61:0:1:89:61:0:1 chr9 27158025 . TAAAAAAG TAAAAAG,TAAAAAGT 47.18 PASS AF=0.10559,0.0124224;AO=39,7;DP=161;FAO=17,2;FDP=161;FR=.;FRO=142;FSAF=11,0;FSAR=6,2;FSRF=50;FSRR=92;FWDB=0.0773133,-0.000931418;FXX=0.00617246;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=10.8322,29.9242;QD=1.1722;RBI=0.246678,0.0938627;REFB=-0.0511179,-0.0201706;REVB=-0.234249,-0.0938581;RO=100;SAF=12,0;SAR=27,7;SRF=45;SRR=55;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.184829,-0.515535;STB=0.746281,0.993557;STBP=0.04,0.214;TYPE=del,mnp;VARB=0.032488,0.11331;OID=.,.;OPOS=27158026,27158031;OREF=A,AG;OALT=-,GT;OMAPALT=TAAAAAG,TAAAAAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.10559,0.0124224:39,7:161:17,2:161:142:11,0:6,2:50:92:44:100:12,0:27,7:45:55 chr9 27183463 . A C 1043.78 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000501827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.674;QD=59.6446;RBI=0.00685468;REFB=0;REVB=-0.00683628;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.21636e-06;OID=.;OPOS=27183463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr9 27296705 . A G 159.97 PASS AF=0.293333;AO=21;DP=75;FAO=22;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00519181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.651;QD=8.53177;RBI=0.00663105;REFB=-0.00406359;REVB=0.00412504;RO=51;SAF=10;SAR=11;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166348;STB=0.5388;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00738614;OID=.;OPOS=27296705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:51:53:21:22:0.293333:11:10:25:26:12:10:27:26 chr9 27328886 . C A 1118.59 PASS AF=0.538095;AO=92;DP=190;FAO=113;FDP=210;FR=.;FRO=97;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=59;FSRR=38;FWDB=0.0250384;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.743;QD=21.3064;RBI=0.0254132;REFB=-0.0101188;REVB=-0.00434885;RO=98;SAF=39;SAR=53;SRF=59;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165921;STB=0.555994;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00984552;OID=.;OPOS=27328886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:210:98:97:92:113:0.538095:53:39:59:39:58:55:59:38 chr9 27328964 . C T 4355.44 PASS AF=1;AO=275;DP=275;FAO=276;FDP=276;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.033;QD=63.1223;RBI=0.0283729;REFB=0;REVB=-0.00309058;RO=0;SAF=127;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14968e-05;OID=.;OPOS=27328964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:275:276:0:0:275:276:1:148:127:0:0:148:128:0:0 chr9 27455340 . C T 767.66 PASS AF=0.431579;AO=82;DP=190;FAO=82;FDP=190;FR=.;FRO=108;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=62;FSRR=46;FWDB=-0.01018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.888;QD=16.1612;RBI=0.0125783;REFB=0.00259523;REVB=0.00738794;RO=107;SAF=48;SAR=34;SRF=61;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159253;STB=0.506595;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00345508;OID=.;OPOS=27455340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:107:108:82:82:0.431579:34:48:61:46:34:48:62:46 chr9 27524558 . A G 229.94 PASS AF=0.311828;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.00744989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8248;QD=9.88972;RBI=0.0112888;REFB=-0.00355982;REVB=0.00848148;RO=63;SAF=22;SAR=7;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285146;STB=0.674829;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00928278;OID=.;OPOS=27524558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:63:64:29:29:0.311828:7:22:34:29:7:22:34:30 chr9 27524731 . A G 1406.08 PASS AF=0.951923;AO=99;DP=104;FAO=99;FDP=104;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.012132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6236;QD=54.08;RBI=0.0386301;REFB=-0.13046;REVB=0.0366756;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524267;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00311218;OID=.;OPOS=27524731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:104:104:0:5:99:99:0.951923:49:50:0:0:49:50:0:5 chr9 27550639 . A G 213.33 PASS AF=0.283019;AO=30;DP=106;FAO=30;FDP=106;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.00695844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.418;QD=8.04999;RBI=0.015001;REFB=0.00482275;REVB=-0.0132894;RO=76;SAF=12;SAR=18;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153003;STB=0.590848;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.012833;OID=.;OPOS=27550639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:76:76:30:30:0.283019:18:12:40:36:18:12:40:36 chr9 32069857 . T G 728.95 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1315;QD=57.1724;RBI=0.0794749;REFB=0;REVB=-0.0762512;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000670953;OID=.;OPOS=32069857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:22:28:0:0:23:28:0:0 chr9 32425910 . A G 1605.43 PASS AF=0.598326;AO=143;DP=240;FAO=143;FDP=239;FR=.;FRO=96;FSAF=80;FSAR=63;FSRF=33;FSRR=63;FWDB=0.0114431;FXX=0.00416649;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8466;QD=26.8691;RBI=0.0190341;REFB=-0.0155327;REVB=-0.0152103;RO=94;SAF=80;SAR=63;SRF=32;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159777;STB=0.586069;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0118996;OID=.;OPOS=32425910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:239:94:96:143:143:0.598326:63:80:32:62:63:80:33:63 chr9 32436014 . A G 601.77 PASS AF=0.477273;AO=62;DP=134;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=20;FWDB=0.00882165;FXX=0.0149243;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.295;QD=18.2354;RBI=0.0195337;REFB=-0.0118116;REVB=-0.0174282;RO=68;SAF=44;SAR=18;SRF=48;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00433644;STB=0.507319;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0190073;OID=.;OPOS=32436014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:68:69:62:63:0.477273:18:44:48:20:19:44:49:20 chr9 32450187 . T C 777.15 PASS AF=0.765432;AO=61;DP=80;FAO=62;FDP=81;FR=.;FRO=19;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0122938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.298;QD=38.3777;RBI=0.0123054;REFB=-0.0151282;REVB=0.000534238;RO=19;SAF=44;SAR=17;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482076;STB=0.521814;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00408726;OID=.;OPOS=32450187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:19:19:61:62:0.765432:17:44:12:7:18:44:12:7 chr9 32459450 . T G 784.06 PASS AF=0.473988;AO=78;DP=169;FAO=82;FDP=173;FR=.;FRO=91;FSAF=53;FSAR=29;FSRF=58;FSRR=33;FWDB=0.00482691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.905;QD=18.1285;RBI=0.0106025;REFB=-0.016352;REVB=0.00944006;RO=91;SAF=50;SAR=28;SRF=58;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00385948;STB=0.505149;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0193123;OID=.;OPOS=32459450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:173:91:91:78:82:0.473988:28:50:58:33:29:53:58:33 chr9 32485280 . A G 262.37 PASS AF=0.71875;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0293136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.491;QD=32.7961;RBI=0.0296239;REFB=-0.00270407;REVB=0.00427631;RO=9;SAF=6;SAR=17;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114199;STB=0.562857;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000781516;OID=.;OPOS=32485280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:9:9:23:23:0.71875:17:6:4:5:17:6:4:5 chr9 32487521 . T C 1270.0 PASS AF=0.649123;AO=111;DP=171;FAO=111;FDP=171;FR=.;FRO=60;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.00939956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.571;QD=29.7076;RBI=0.0100673;REFB=0.000900947;REVB=0.00360529;RO=60;SAF=59;SAR=52;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023016;STB=0.512394;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.000547464;OID=.;OPOS=32487521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:60:60:111:111:0.649123:52:59:34:26:52:59:34:26 chr9 32492529 . G A 687.8 PASS AF=0.594595;AO=60;DP=105;FAO=66;FDP=111;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.0526916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.091;QD=24.7857;RBI=0.0536527;REFB=-0.0288245;REVB=-0.0101093;RO=44;SAF=30;SAR=30;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15885;STB=0.591277;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.025016;OID=.;OPOS=32492529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:111:44:45:60:66:0.594595:30:30:13:31:32:34:13:32 chr9 32498291 . A G 1255.03 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152395;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.163;QD=61.221;RBI=0.0370222;REFB=0;REVB=0.0337402;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016235;OID=.;OPOS=32498291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:37:43:0:0:38:44:0:0 chr9 32568024 . A G 58.62 PASS AF=0.5;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0302683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.845;QD=14.6538;RBI=0.0304009;REFB=-0.0143205;REVB=0.00283642;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196457;STB=0.64255;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0148264;OID=.;OPOS=32568024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:15:16:8:8:7:8:0.5:5:2:1:7:5:3:1:7 chr9 32568168 . A T 650.45 PASS AF=0.658824;AO=56;DP=85;FAO=56;FDP=85;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00555312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.163;QD=30.6092;RBI=0.0116517;REFB=-0.00405663;REVB=-0.0102433;RO=29;SAF=25;SAR=31;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429989;STB=0.523272;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00220115;OID=.;OPOS=32568168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:29:29:56:56:0.658824:31:25:11:18:31:25:11:18 chr9 32630472 . T C 741.15 PASS AF=0.399061;AO=77;DP=214;FAO=85;FDP=213;FR=.,HEALED;FRO=128;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=64;FSRR=64;FWDB=-0.00674833;FXX=0.00467268;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.978;QD=13.9183;RBI=0.0355301;REFB=-0.0143761;REVB=-0.0348834;RO=99;SAF=40;SAR=37;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583682;STB=0.517695;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.018592;OID=.;OPOS=32630472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:213:99:128:77:85:0.399061:37:40:52:47:40:45:64:64 chr9 32631369 . C T 967.44 PASS AF=0.315522;AO=124;DP=393;FAO=124;FDP=393;FR=.;FRO=269;FSAF=53;FSAR=71;FSRF=137;FSRR=132;FWDB=-0.008309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.819;QD=9.84673;RBI=0.020515;REFB=-0.00193708;REVB=-0.0187571;RO=267;SAF=53;SAR=71;SRF=135;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933409;STB=0.556302;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00380971;OID=.;OPOS=32631369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:393:267:269:124:124:0.315522:71:53:135:132:71:53:137:132 chr9 32633024 . CT C 224.15 PASS AF=0.445055;AO=71;DP=182;FAO=81;FDP=182;FR=.;FRO=101;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=0.166017;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.69292;QD=4.9264;RBI=0.235129;REFB=-0.0248924;REVB=0.166506;RO=92;SAF=38;SAR=33;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194893;STB=0.510299;STBP=0.797;TYPE=del;VARB=0.0443755;OID=.;OPOS=32633025;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.445055:71:182:81:182:101:44:37:53:48:99:92:38:33:51:41 chr9 32784838 . T C 333.7 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0308437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.343;QD=21.8822;RBI=0.0469427;REFB=-0.00433196;REVB=-0.0353875;RO=27;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867016;STB=0.547917;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00428092;OID=.;OPOS=32784838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:20:14:14:13:20:14:14:13 chr9 32785399 . C T 3940.98 PASS AF=1;AO=253;DP=253;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00705883;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.825;QD=61.8193;RBI=0.0607213;REFB=0;REVB=-0.0603096;RO=0;SAF=128;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30355e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8253e-05;OID=.;OPOS=32785399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:253:255:0:0:253:255:1:125:128:0:0:127:128:0:0 chr9 32785888 . G C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=334.6;QD=59.0182;RBI=0.0192125;REFB=0;REVB=0.00793536;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63129e-05;OID=.;OPOS=32785888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr9 32786553 . T C 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.418;QD=56.6222;RBI=0.0164464;REFB=-0.000253003;REVB=-0.00534081;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=2.84139e-05;OID=.;OPOS=32786553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:34:29:0:0:34:29:1:0 chr9 32786586 . G T 734.76 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.804;QD=56.52;RBI=0.0243528;REFB=0;REVB=0.0124484;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49307e-05;OID=.;OPOS=32786586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:24:27:0:0:25:27:0:0 chr9 32786653 . G T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.617;QD=57.2377;RBI=0.0226942;REFB=0;REVB=-0.00472929;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48627e-05;OID=.;OPOS=32786653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr9 32786762 . T C 307.22 PASS AF=0.361905;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.00327314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.361;QD=11.7036;RBI=0.0119005;REFB=-0.0128712;REVB=0.0114415;RO=66;SAF=19;SAR=19;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084019;STB=0.552354;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0233816;OID=.;OPOS=32786762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:66:67:38:38:0.361905:19:19:38:28:19:19:39:28 chr9 32820257 . C T 1848.22 PASS AF=1;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143958;FXX=0.0163921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.759;QD=61.6073;RBI=0.0152868;REFB=0;REVB=0.00514246;RO=0;SAF=62;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.84183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104975;OID=.;OPOS=32820257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:120:0:0:120:120:1:58:62:0:0:58:62:0:0 chr9 33026572 . T C 192.23 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0115073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.0639;QD=9.85793;RBI=0.0223038;REFB=-0.00439454;REVB=-0.0191061;RO=52;SAF=11;SAR=14;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473157;STB=0.534544;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00976819;OID=.;OPOS=33026572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:52:53:25:25:0.320513:14:11:25:27:14:11:26:27 chr9 33062128 . G A 154.79 PASS AF=0.26506;AO=22;DP=83;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0213806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.193;QD=7.45985;RBI=0.0268276;REFB=-0.00359843;REVB=-0.0162045;RO=61;SAF=9;SAR=13;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197898;STB=0.511935;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0114612;OID=.;OPOS=33062128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:61:61:22:22:0.26506:13:9:24:37:13:9:24:37 chr9 33240225 . G A,C 2252.54 PASS AF=0.931507,0.0684932;AO=136,9;DP=146;FAO=136,10;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=60,0;FSAR=76,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250002,-0.0170553;FXX=0.00680226;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=166.177,58.2926;QD=61.7135;RBI=0.0404094,0.0252407;REFB=0,0;REVB=0.0317475,0.0186067;RO=0;SAF=60,0;SAR=76,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000770169,0.242385;OID=.,.;OPOS=33240225,33240225;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:146:146:0:0:136,9:136,10:0.931507,0.0684932:76,9:60,0:0:0:76,10:60,0:0:0 chr9 33386167 . G C 31.91 PASS AF=0.0930233;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=28;FWDB=-0.014559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8532;QD=1.484;RBI=0.0261622;REFB=-0.00338517;REVB=-0.0217371;RO=78;SAF=1;SAR=7;SRF=50;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.54774;STB=0.909845;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0306331;OID=.;OPOS=33386167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:86:78:78:8:8:0.0930233:7:1:50:28:7:1:50:28 chr9 33386469 . C T 134.92 PASS AF=0.201754;AO=23;DP=115;FAO=23;FDP=114;FR=.;FRO=91;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=-0.0227727;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.792;QD=4.73411;RBI=0.0253042;REFB=-0.00577466;REVB=0.011032;RO=89;SAF=10;SAR=13;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331044;STB=0.51275;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0281945;OID=.;OPOS=33386469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:89:91:23:23:0.201754:13:10:41:48:13:10:41:50 chr9 33395196 . A G 708.45 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.781;QD=62.9732;RBI=0.0107135;REFB=0;REVB=0.0105227;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26844e-05;OID=.;OPOS=33395196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr9 33442952 . G A 346.71 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00958079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0414;QD=17.1215;RBI=0.0127847;REFB=-0.000212571;REVB=0.0084651;RO=44;SAF=17;SAR=20;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944531;STB=0.552818;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00023307;OID=.;OPOS=33442952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:20:17:16:28:20:17:16:28 chr9 33447424 . C G 1035.32 PASS AF=0.325183;AO=133;DP=409;FAO=133;FDP=409;FR=.;FRO=276;FSAF=75;FSAR=58;FSRF=131;FSRR=145;FWDB=-0.00135599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.302;QD=10.1254;RBI=0.0111046;REFB=-0.0089822;REVB=-0.0110215;RO=274;SAF=75;SAR=58;SRF=130;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105256;STB=0.56029;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0163124;OID=.;OPOS=33447424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:409:409:274:276:133:133:0.325183:58:75:130:144:58:75:131:145 chr9 33461567 . A G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0353962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.867;QD=7.46507;RBI=0.0404444;REFB=-0.0154911;REVB=0.0195666;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220682;STB=0.640604;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0276208;OID=.;OPOS=33461567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:5:2:8:9:5:2:8:9 chr9 33463913 . C T 237.61 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0219141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.976;QD=13.7745;RBI=0.0258889;REFB=-0.00414152;REVB=0.0137844;RO=41;SAF=18;SAR=10;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179035;STB=0.510197;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00582463;OID=.;OPOS=33463913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:10:18:27:14:10:18:27:14 chr9 33465783 . C T 139.61 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.0198488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.11;QD=7.64996;RBI=0.0255908;REFB=-0.00809983;REVB=-0.0161528;RO=53;SAF=13;SAR=7;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111789;STB=0.50674;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0202483;OID=.;OPOS=33465783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:53:53:20:20:0.273973:7:13:34:19:7:13:34:19 chr9 33524684 . G A 1172.43 PASS AF=1;AO=63;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.672;QD=60.9056;RBI=0.0477618;REFB=0;REVB=0.0368076;RO=0;SAF=19;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340991;OID=.;OPOS=33524684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:63:77:1:44:19:0:0:54:23:0:0 chr9 33618358 . A G 2744.93 PASS AF=0.988827;AO=177;DP=181;FAO=177;FDP=179;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=92;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0206618;FXX=0.0110491;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.18;QD=61.3392;RBI=0.0206621;REFB=-0.0136465;REVB=-0.000122444;RO=2;SAF=85;SAR=92;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110677;STB=0.505813;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=3.29725e-05;OID=.;OPOS=33618358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:181:179:2:2:177:177:0.988827:92:85:2:0:92:85:2:0 chr9 33618460 . A T 1456.86 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240249;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.111;QD=63.3416;RBI=0.0317281;REFB=0;REVB=0.0207239;RO=0;SAF=34;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.16718e-06;OID=.;OPOS=33618460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:58:34:0:0:58:34:0:0 chr9 33618497 . G A 1026.97 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7057;QD=58.6842;RBI=0.0234223;REFB=0;REVB=-0.0103916;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000809296;OID=.;OPOS=33618497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:70:0:0:69:70:1:43:26:0:0:43:27:0:0 chr9 33625185 . C T 2321.09 PASS AF=0.986577;AO=145;DP=145;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0317563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.475;QD=62.3111;RBI=0.0355875;REFB=-0.0677249;REVB=0.0160626;RO=0;SAF=72;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00959e-08;STB=0.506666;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.000638121;OID=.;OPOS=33625185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:145:149:0:2:145:147:0.986577:73:72:0:0:73:74:2:0 chr9 33662413 . G A 678.03 PASS AF=0.48227;AO=68;DP=140;FAO=68;FDP=141;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.0459052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.276;QD=19.235;RBI=0.0459072;REFB=-0.0044079;REVB=-0.000434258;RO=72;SAF=33;SAR=35;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901407;STB=0.545727;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00584236;OID=.;OPOS=33662413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:72:73:68:68:0.48227:35:33:28:44:35:33:29:44 chr9 33750845 . G C 119.52 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.012902;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=155.423;QD=8.85343;RBI=0.0238476;REFB=-0.00760981;REVB=-0.0200561;RO=36;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386221;STB=0.738869;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0139853;OID=.;OPOS=33750845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:38:16:16:0.296296:6:10:10:26:6:10:10:28 chr9 33794789 . G A 31.92 PASS AF=0.0854701;AO=10;DP=117;FAO=10;FDP=117;FR=.;FRO=107;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=63;FSRR=44;FWDB=0.0351151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9672;QD=1.09126;RBI=0.0477365;REFB=0.00826446;REVB=-0.0323372;RO=107;SAF=8;SAR=2;SRF=63;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265151;STB=0.721084;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0874452;OID=.;OPOS=33794789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:117:117:107:107:10:10:0.0854701:2:8:63:44:2:8:63:44 chr9 33794797 . TGA T 150.96 PASS AF=0.213675;AO=25;DP=117;FAO=25;FDP=117;FR=.;FRO=92;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=52;FSRR=40;FWDB=-0.0236348;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=269.339;QD=5.16085;RBI=0.0657685;REFB=-0.0234588;REVB=-0.061375;RO=89;SAF=22;SAR=3;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485574;STB=0.809643;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.0484441;OID=.;OPOS=33794798;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.213675:25:117:25:117:92:22:3:52:40:99:89:22:3:50:39 chr9 33794809 . G A 307.64 PASS AF=0.322581;AO=39;DP=123;FAO=40;FDP=124;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.0422386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.53;QD=9.924;RBI=0.0422405;REFB=0.008824;REVB=0.000392983;RO=84;SAF=33;SAR=6;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470745;STB=0.781451;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00642772;OID=.;OPOS=33794809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:84:84:39:40:0.322581:6:33:42:42:6:34:42:42 chr9 33794811 . GG AT,GT 294.04 PASS AF=0.12,0.208;AO=15,26;DP=125;FAO=15,26;FDP=125;FR=.;FRO=84;FSAF=12,23;FSAR=3,3;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.018861,-0.000517213;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=210.118,129.61;QD=9.40914;RBI=0.0190135,0.00306547;REFB=-0.0051632,-0.00483114;REVB=0.0024036,0.00302152;RO=83;SAF=12,23;SAR=3,3;SRF=41;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.398822,0.550342;STB=0.768854,0.841168;STBP=0.026,0;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0176765,0.00718496;OID=.,.;OPOS=33794811,33794812;OREF=GG,G;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:125:125:83:84:15,26:15,26:0.12,0.208:3,3:12,23:41:42:3,3:12,23:42:42 chr9 33794840 . G A 85.49 PASS AF=0.141732;AO=18;DP=127;FAO=18;FDP=127;FR=.;FRO=109;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=67;FSRR=42;FWDB=-0.053017;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3409;QD=2.6927;RBI=0.0531209;REFB=-0.00664168;REVB=0.00332101;RO=108;SAF=12;SAR=6;SRF=67;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632217;STB=0.548516;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0383967;OID=.;OPOS=33794840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:127:127:108:109:18:18:0.141732:6:12:67:41:6:12:67:42 chr9 33794877 . C T 85.61 PASS AF=0.142857;AO=18;DP=126;FAO=18;FDP=126;FR=.;FRO=108;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=67;FSRR=41;FWDB=0.0238965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.212;QD=2.71772;RBI=0.025236;REFB=-0.000237775;REVB=-0.00811257;RO=108;SAF=12;SAR=6;SRF=67;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632217;STB=0.543303;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00157499;OID=.;OPOS=33794877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:126:126:108:108:18:18:0.142857:6:12:67:41:6:12:67:41 chr9 33796672 . TG CA 42.04 PASS AF=0.0727273;AO=16;DP=221;FAO=16;FDP=220;FR=.;FRO=204;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=107;FSRR=97;FWDB=0.00606776;FXX=0.00452468;HRUN=2;LEN=2;MLLD=249.894;QD=0.764382;RBI=0.00661798;REFB=0.00039318;REVB=-0.00264194;RO=199;SAF=9;SAR=7;SRF=104;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446447;STB=0.535425;STBP=0.762;TYPE=mnp;VARB=-0.00935984;OID=.;OPOS=33796672;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:221:220:199:204:16:16:0.0727273:7:9:104:95:7:9:107:97 chr9 33796777 . A G 77.95 PASS AF=0.0982906;AO=23;DP=234;FAO=23;FDP=234;FR=.;FRO=211;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=100;FSRR=111;FWDB=-0.0432298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.753;QD=1.33253;RBI=0.0573268;REFB=-0.00182327;REVB=-0.0376504;RO=209;SAF=12;SAR=11;SRF=98;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636772;STB=0.542989;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0316312;OID=.;OPOS=33796777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:234:234:209:211:23:23:0.0982906:11:12:98:111:11:12:100:111 chr9 33796785 . C G 90.04 PASS AF=0.112745;AO=20;DP=201;FAO=23;FDP=204;FR=.;FRO=181;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=87;FSRR=94;FWDB=0.00634556;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.533;QD=1.76546;RBI=0.00933625;REFB=-0.00439997;REVB=-0.00684832;RO=181;SAF=12;SAR=8;SRF=87;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143222;STB=0.574765;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0387109;OID=.;OPOS=33796785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:201:204:181:181:20:23:0.112745:8:12:87:94:10:13:87:94 chr9 33796799 . A T 173.97 PASS AF=0.191358;AO=31;DP=163;FAO=31;FDP=162;FR=.;FRO=131;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=54;FSRR=77;FWDB=-0.00958293;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.197;QD=4.29542;RBI=0.0128016;REFB=-0.00491568;REVB=-0.00848809;RO=130;SAF=14;SAR=17;SRF=54;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471408;STB=0.532342;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0216753;OID=.;OPOS=33796799;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:130:131:31:31:0.191358:17:14:54:76:17:14:54:77 chr9 33797962 . A G 35.61 PASS AF=0.0862069;AO=10;DP=116;FAO=10;FDP=116;FR=.;FRO=106;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=57;FSRR=49;FWDB=-0.0219583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.362;QD=1.228;RBI=0.0219925;REFB=-0.00341353;REVB=0.00122472;RO=106;SAF=5;SAR=5;SRF=57;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429491;STB=0.534414;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0419942;OID=.;OPOS=33797962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:116:116:106:106:10:10:0.0862069:5:5:57:49:5:5:57:49 chr9 33798016 . CA CG,TG 964.58 PASS AF=0.813953,0.0465116;AO=66,5;DP=89;FAO=70,4;FDP=86;FR=.;FRO=12;FSAF=38,2;FSAR=32,2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0188616,0.0016637;FXX=0.0337041;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=87.6822,121.956;QD=44.8641;RBI=0.02688,0.00398865;REFB=-0.016143,-0.00527124;REVB=0.0191514,0.00362511;RO=12;SAF=35,3;SAR=31,2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00877414,0.109349;STB=0.50631,0.5;STBP=0.818,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00647591,0.0252554;OID=.,.;OPOS=33798017,33798016;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:89:86:12:12:66,5:70,4:0.813953,0.0465116:31,2:35,3:6:6:32,2:38,2:6:6 chr9 33798037 . T C 36.5 PASS AF=0.0967742;AO=10;DP=93;FAO=9;FDP=93;FR=.;FRO=84;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=-0.0202144;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.575;QD=1.57006;RBI=0.0236809;REFB=-0.00119789;REVB=-0.0123354;RO=82;SAF=7;SAR=3;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159828;STB=0.590701;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0163818;OID=.;OPOS=33798037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:93:93:82:84:10:9:0.0967742:3:7:47:35:3:6:48:36 chr9 33798042 . G C 42.27 PASS AF=0.105263;AO=10;DP=95;FAO=10;FDP=95;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.0335682;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.253;QD=1.77987;RBI=0.0363594;REFB=-0.000301526;REVB=0.0139707;RO=81;SAF=6;SAR=4;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392466;STB=0.521695;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00700091;OID=.;OPOS=33798042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:95:95:81:85:10:10:0.105263:4:6:46:35:4:6:49:36 chr9 33798052 . C T 73.08 PASS AF=0.152174;AO=14;DP=92;FAO=14;FDP=92;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=29;FWDB=-0.0172397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.048;QD=3.17724;RBI=0.0394397;REFB=-0.00360314;REVB=-0.0354723;RO=76;SAF=6;SAR=8;SRF=49;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267549;STB=0.664433;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0506546;OID=.;OPOS=33798052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:92:92:76:78:14:14:0.152174:8:6:49:27:8:6:49:29 chr9 33798075 . T C 142.91 PASS AF=0.247059;AO=21;DP=85;FAO=21;FDP=85;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.00196801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.092;QD=6.72531;RBI=0.00824951;REFB=-0.00530019;REVB=-0.00801133;RO=63;SAF=10;SAR=11;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13629;STB=0.587891;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0143219;OID=.;OPOS=33798075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:63:64:21:21:0.247059:11:10:37:26:11:10:38:26 chr9 33798079 . T C 60.14 PASS AF=0.142857;AO=12;DP=84;FAO=12;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.00965479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.115;QD=2.86368;RBI=0.01825;REFB=-0.00422784;REVB=-0.015487;RO=72;SAF=6;SAR=6;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103691;STB=0.571312;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0276144;OID=.;OPOS=33798079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:84:84:72:72:12:12:0.142857:6:6:42:30:6:6:42:30 chr9 33798574 . G A 51.38 PASS AF=0.0914634;AO=15;DP=164;FAO=15;FDP=164;FR=.;FRO=149;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=75;FSRR=74;FWDB=0.0270929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.205;QD=1.25311;RBI=0.02885;REFB=-0.000707316;REVB=-0.0099146;RO=147;SAF=12;SAR=3;SRF=73;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363579;STB=0.779362;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0152795;OID=.;OPOS=33798574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:164:164:147:149:15:15:0.0914634:3:12:73:74:3:12:75:74 chr9 33798596 . T C 78.55 PASS AF=0.123288;AO=18;DP=146;FAO=18;FDP=146;FR=.;FRO=128;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=75;FWDB=0.00907449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3704;QD=2.15202;RBI=0.0472454;REFB=0.00212703;REVB=-0.0463657;RO=127;SAF=12;SAR=6;SRF=52;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311831;STB=0.71343;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0198323;OID=.;OPOS=33798596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:146:146:127:128:18:18:0.123288:6:12:52:75:6:12:53:75 chr9 33917484 . CTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTA 75.06 PASS AF=0.428571,0.0952381;AO=7,4;DP=43;FAO=18,4;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=8,4;FSAR=10,0;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0830302,-0.0434614;FXX=0.0666519;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.06453,8.49825;QD=7.14903;RBI=0.199548,0.254767;REFB=-0.0426758,-0.0660318;REVB=0.181453,0.251033;RO=16;SAF=6,4;SAR=1,0;SRF=4;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.626861,0.74999;STB=0.634012,0.998334;STBP=0.169,0.002;TYPE=del,snp;VARB=0.0206829,0.029005;OID=.,.;OPOS=33917485,33917491;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571,0.0952381:7,4:43:18,4:42:20:8,4:10,0:4:16:44:16:6,4:1,0:4:12 chr9 33923478 . TGGGGGGGC TGGGGGGC,TGGGGGGCA,TGGGGGGCG 302.49 PASS AF=0.883333,0.116667,0;AO=20,4,4;DP=61;FAO=53,7,0;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=12,5,0;FSAR=41,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.396908,0.21003,0.125566;FXX=0.0624902;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,2;MLLD=7.12057,19.5666,20.4036;QD=20.1658;RBI=0.404325,0.210186,0.126637;REFB=0.039487,0.0523709,-0.010085;REVB=0.0770883,-0.00811526,0.0164303;RO=15;SAF=0,4,2;SAR=20,0,2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.835477,0.701367,0.113234;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0286134,-0.106387,0.0078758;OID=.,.,.;OPOS=33923479,33923485,33923485;OREF=G,GC,GC;OALT=-,CA,CG;OMAPALT=TGGGGGGC,TGGGGGGCA,TGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.883333,0.116667,0:20,4,4:61:53,7,0:60:0:12,5,0:41,2,0:0:0:28:15:0,4,2:20,0,2:6:9 chr9 33927899 . G A 2217.94 PASS AF=0.972789;AO=143;DP=147;FAO=143;FDP=147;FR=.;FRO=4;FSAF=70;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0248293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.134;QD=60.3522;RBI=0.0491744;REFB=-0.128043;REVB=0.0424455;RO=4;SAF=70;SAR=73;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253397;STB=0.513331;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0031422;OID=.;OPOS=33927899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:147:147:4:4:143:143:0.972789:73:70:0:4:73:70:0:4 chr9 33935736 . A G 1120.73 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00888952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.726;QD=58.9857;RBI=0.0417887;REFB=-0.0727365;REVB=0.0408322;RO=1;SAF=42;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111331;STB=0.505881;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000517855;OID=.;OPOS=33935736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:33:42:1:0:33:42:1:0 chr9 33971740 . A G 1377.79 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00590436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.666;QD=62.6269;RBI=0.0384081;REFB=0;REVB=0.0379516;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04328e-05;OID=.;OPOS=33971740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:40:47:0:0:41:47:0:0 chr9 34017106 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.323;QD=59.8556;RBI=0.0262639;REFB=0;REVB=-0.00706815;RO=0;SAF=20;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83892e-05;OID=.;OPOS=34017106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:51:20:0:0:51:20:0:0 chr9 34088022 . G GAAAGA 327.39 PASS AF=1;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000777051;FXX=0.039984;HRUN=0;LEN=5;MLLD=357.099;QD=54.5655;RBI=0.0045137;REFB=0;REVB=0.00444632;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440956;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.20545e-05;OID=.;OPOS=34088023;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=GAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:26:24:24:0:10:14:0:0:4:1:10:14:1:0 chr9 34106451 . G A 453.82 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.040197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.985;QD=22.4106;RBI=0.0462876;REFB=-0.0288052;REVB=-0.0229509;RO=36;SAF=19;SAR=25;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123853;STB=0.562085;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0206214;OID=.;OPOS=34106451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:37:44:44:0.54321:25:19:21:15:25:19:21:16 chr9 34107505 . C T 643.48 PASS AF=0.636364;AO=56;DP=88;FAO=56;FDP=88;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0181707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.476;QD=29.249;RBI=0.0209413;REFB=0.0171548;REVB=0.0104098;RO=31;SAF=26;SAR=30;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552777;STB=0.524382;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00791297;OID=.;OPOS=34107505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:31:32:56:56:0.636364:30:26:17:14:30:26:17:15 chr9 34220956 . C T 299.78 PASS AF=0.348624;AO=38;DP=109;FAO=38;FDP=109;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0169964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6299;QD=11.0011;RBI=0.0469051;REFB=-0.0089434;REVB=-0.0437174;RO=71;SAF=21;SAR=17;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285182;STB=0.516405;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0130657;OID=.;OPOS=34220956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:71:71:38:38:0.348624:17:21:41:30:17:21:41:30 chr9 34251943 . G C 274.94 PASS AF=0.380952;AO=31;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=11;FWDB=-0.0767712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5747;QD=13.0925;RBI=0.0896858;REFB=-0.00860903;REVB=-0.0463652;RO=52;SAF=19;SAR=12;SRF=41;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216138;STB=0.630995;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0105735;OID=.;OPOS=34251943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:52:31:32:0.380952:12:19:41:11:13:19:41:11 chr9 34252466 . GCTAA G 1044.92 PASS AF=1;AO=62;DP=73;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543142;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=4;MLLD=313.529;QD=58.8686;RBI=0.010993;REFB=0;REVB=0.00955748;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000359459;OID=.;OPOS=34252467;OREF=CTAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:73:71:71:0:36:35:0:0:6:0:30:32:0:0 chr9 34256347 . C T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0168707;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=296.007;QD=14.0792;RBI=0.0177151;REFB=-0.01107;REVB=-0.00540395;RO=16;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377878;STB=0.72184;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0186315;OID=.;OPOS=34256347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:3:9:6:10:3:9:6:10 chr9 34257979 . C T 487.81 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=31;FWDB=-0.0215264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.094;QD=24.3904;RBI=0.0216301;REFB=-0.0170132;REVB=0.00211606;RO=34;SAF=18;SAR=28;SRF=3;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26515;STB=0.643582;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.013983;OID=.;OPOS=34257979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:28:18:3:31:28:18:3:31 chr9 34310927 . T C 470.92 PASS AF=0.429752;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.00828333;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.028;QD=15.5677;RBI=0.0280924;REFB=0.00197312;REVB=0.0268435;RO=69;SAF=16;SAR=36;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243169;STB=0.636795;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00221439;OID=.;OPOS=34310927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:121:69:69:52:52:0.429752:36:16:37:32:36:16:37:32 chr9 34370020 . T A 403.4 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.183804;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7099;QD=53.7872;RBI=0.200409;REFB=-0.0715745;REVB=0.0798733;RO=1;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037234;STB=0.519986;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.007855;OID=.;OPOS=34370020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:30:1:1:29:29:0.966667:12:17:0:1:12:17:0:1 chr9 34371788 . A T 1412.39 PASS AF=0.687861;AO=119;DP=172;FAO=119;FDP=173;FR=.;FRO=54;FSAF=68;FSAR=51;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00464333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.941;QD=32.6565;RBI=0.0133405;REFB=-0.0554728;REVB=0.0125063;RO=52;SAF=68;SAR=51;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300789;STB=0.522609;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0191215;OID=.;OPOS=34371788;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:52:54:119:119:0.687861:51:68:27:25:51:68:27:27 chr9 34372783 . G C 923.24 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195376;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.949;QD=58.6182;RBI=0.040647;REFB=0;REVB=0.0356435;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28757e-05;OID=.;OPOS=34372783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr9 34372873 . C G 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00613526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.691;QD=60.7152;RBI=0.00676441;REFB=0;REVB=0.00284881;RO=0;SAF=57;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.2739e-06;OID=.;OPOS=34372873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:19:57:0:0:19:57:0:0 chr9 34382726 . A G 2859.2 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7639;QD=62.8396;RBI=0.0292167;REFB=0;REVB=-0.0164601;RO=0;SAF=75;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10192e-05;OID=.;OPOS=34382726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:182:0:0:181:182:1:106:75:0:0:107:75:0:0 chr9 34397545 . A G 266.35 PASS AF=0.242604;AO=41;DP=169;FAO=41;FDP=169;FR=.;FRO=128;FSAF=33;FSAR=8;FSRF=93;FSRR=35;FWDB=-0.0270274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.558;QD=6.3042;RBI=0.0295134;REFB=0.00342213;REVB=-0.0118558;RO=128;SAF=33;SAR=8;SRF=93;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138292;STB=0.584628;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0172402;OID=.;OPOS=34397545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:128:128:41:41:0.242604:8:33:93:35:8:33:93:35 chr9 34401022 . G A 638.31 PASS AF=0.474453;AO=64;DP=135;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.0233855;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9179;QD=18.6366;RBI=0.0337247;REFB=-0.0254371;REVB=0.0242996;RO=70;SAF=34;SAR=30;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245606;STB=0.509797;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0159671;OID=.;OPOS=34401022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:70:72:64:65:0.474453:30:34:39:31:31:34:39:33 chr9 34521148 . G A 1607.12 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.184;QD=64.285;RBI=0.0158906;REFB=0;REVB=0.00915489;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08952e-05;OID=.;OPOS=34521148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:53:47:0:0:53:47:0:0 chr9 34557903 . G A 306.58 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0264253;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.063;QD=27.2513;RBI=0.0265539;REFB=-0.0383909;REVB=0.00261047;RO=17;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746571;STB=0.529583;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.024005;OID=.;OPOS=34557903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:18:27:27:0.6:14:13:10:7:14:13:10:8 chr9 34622032 . C T 466.33 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0303188;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.0741;QD=19.8436;RBI=0.0364554;REFB=-0.000596191;REVB=0.0202426;RO=46;SAF=23;SAR=23;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588569;STB=0.542535;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00104419;OID=.;OPOS=34622032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:48:46:46:0.489362:23:23:26:20:23:23:28:20 chr9 34622389 . A C 1285.61 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.01838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1688;QD=60.4992;RBI=0.0282375;REFB=-0.0533246;REVB=-0.0214367;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00187907;OID=.;OPOS=34622389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:0:1:84:84:0.988235:35:49:0:0:36:48:1:0 chr9 34627766 . G C 137.9 PASS AF=0.221154;AO=22;DP=103;FAO=23;FDP=104;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=-0.0412934;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.2333;QD=5.30373;RBI=0.0414459;REFB=-0.00835981;REVB=-0.00355224;RO=80;SAF=10;SAR=12;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181737;STB=0.588454;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0328593;OID=.;OPOS=34627766;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:80:81:22:23:0.221154:12:10:48:32:12:11:48:33 chr9 34649442 . A G 248.59 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0655055;FXX=0.0677851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4708;QD=18.0794;RBI=0.0655322;REFB=-0.0189966;REVB=0.00186929;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202969;STB=0.599661;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0190357;OID=.;OPOS=34649442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:55:31:28:26:27:0.490909:13:13:22:9:14:13:19:9 chr9 34661994 . G A 267.21 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.027235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.051;QD=28.1268;RBI=0.0350955;REFB=-0.00919027;REVB=0.0221349;RO=14;SAF=6;SAR=18;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334324;STB=0.68555;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00219838;OID=.;OPOS=34661994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:18:6:10:4:18:6:10:4 chr9 34709541 . G C 71.13 PASS AF=0.166667;AO=14;DP=84;FAO=14;FDP=84;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=0.0106991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.632;QD=3.38707;RBI=0.0453428;REFB=-0.00268455;REVB=-0.0440624;RO=67;SAF=7;SAR=7;SRF=22;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21929;STB=0.618887;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.107899;OID=.;OPOS=34709541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:84:84:67:70:14:14:0.166667:7:7:22:45:7:7:25:45 chr9 34709543 . C G 57.36 PASS AF=0.1625;AO=11;DP=77;FAO=13;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=0.0943113;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.2061;QD=2.86792;RBI=0.119326;REFB=-0.0303355;REVB=-0.0731026;RO=44;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946858;STB=0.61401;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.173448;OID=.;OPOS=34709543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:77:80:44:67:11:13:0.1625:7:4:13:31:7:6:22:45 chr9 34725047 . C T 449.02 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00194108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.699;QD=16.9441;RBI=0.0140359;REFB=-0.00240236;REVB=0.013901;RO=57;SAF=30;SAR=19;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068199;STB=0.538047;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00226588;OID=.;OPOS=34725047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:57:49:49:0.462264:19:30:31:26:19:30:31:26 chr9 34725112 . C T 225.97 PASS AF=0.46;AO=21;DP=48;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00756863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8616;QD=18.0778;RBI=0.0146449;REFB=-0.0280677;REVB=0.0125374;RO=27;SAF=15;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245586;STB=0.653704;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0337494;OID=.;OPOS=34725112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:27:27:21:23:0.46:6:15:13:14:6:17:13:14 chr9 34725742 . T C 30.02 PASS AF=0.172414;AO=5;DP=29;FAO=5;FDP=29;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0106566;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.387;QD=4.14034;RBI=0.0434164;REFB=-0.0179672;REVB=-0.0420883;RO=22;SAF=3;SAR=2;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103425;STB=0.558597;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.023243;OID=.;OPOS=34725742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:29:29:22:24:5:5:0.172414:2:3:15:7:2:3:16:8 chr9 34726155 . C T 571.8 PASS AF=0.548077;AO=57;DP=104;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.000605626;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.529;QD=21.9922;RBI=0.0155831;REFB=-0.0179245;REVB=-0.0155713;RO=47;SAF=29;SAR=28;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.001538;STB=0.500843;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0137523;OID=.;OPOS=34726155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:47:47:57:57:0.548077:28:29:24:23:28:29:24:23 chr9 34726182 . A G 802.67 PASS AF=0.526316;AO=80;DP=152;FAO=80;FDP=152;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.014314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.229;QD=21.1229;RBI=0.0159849;REFB=-0.0180388;REVB=-0.00711516;RO=72;SAF=38;SAR=42;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216257;STB=0.511855;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0163423;OID=.;OPOS=34726182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:72:72:80:80:0.526316:42:38:36:36:42:38:36:36 chr9 34726418 . T C 199.71 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.0130611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2318;QD=9.50997;RBI=0.0566294;REFB=-0.0165525;REVB=-0.0551026;RO=58;SAF=19;SAR=7;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149318;STB=0.588603;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0334104;OID=.;OPOS=34726418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:58:58:26:26:0.309524:7:19:36:22:7:19:36:22 chr9 34726524 . G A 1443.92 PASS AF=0.629442;AO=122;DP=196;FAO=124;FDP=197;FR=.;FRO=73;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0297302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.579;QD=29.3181;RBI=0.039416;REFB=-0.0126067;REVB=0.0258792;RO=73;SAF=53;SAR=69;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411945;STB=0.521606;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00749431;OID=.;OPOS=34726524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:73:73:122:124:0.629442:69:53:36:37:70:54:36:37 chr9 34726671 . G A 636.9 PASS AF=0.422619;AO=71;DP=169;FAO=71;FDP=168;FR=.;FRO=97;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=0.0125932;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.548;QD=15.1643;RBI=0.0139522;REFB=0.000888665;REVB=0.0060062;RO=95;SAF=44;SAR=27;SRF=40;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203957;STB=0.608401;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00159748;OID=.;OPOS=34726671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:95:97:71:71:0.422619:27:44:40:55:27:44:42:55 chr9 34726821 . A C 1023.89 PASS AF=0.614379;AO=94;DP=153;FAO=94;FDP=153;FR=.;FRO=59;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0106429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.444;QD=26.7683;RBI=0.0106586;REFB=-0.0205348;REVB=0.000576959;RO=58;SAF=53;SAR=41;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00866722;STB=0.508391;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00916758;OID=.;OPOS=34726821;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:58:59:94:94:0.614379:41:53:32:26:41:53:32:27 chr9 34834391 . G A 44.22 PASS AF=0.0952381;AO=12;DP=127;FAO=12;FDP=126;FR=.;FRO=114;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=71;FSRR=43;FWDB=0.00482395;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.182;QD=1.40366;RBI=0.0542659;REFB=-0.00230346;REVB=0.054051;RO=113;SAF=5;SAR=7;SRF=70;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236095;STB=0.680029;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0441519;OID=.;OPOS=34834391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:127:126:113:114:12:12:0.0952381:7:5:70:43:7:5:71:43 chr9 34834880 . A C 76.68 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0217612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.466;QD=12.7801;RBI=0.0251514;REFB=-0.0151572;REVB=0.0126112;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302009;STB=0.677085;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0134382;OID=.;OPOS=34834880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:4:10:4:6:4:10 chr9 34835217 . C T 834.69 PASS AF=0.608;AO=76;DP=125;FAO=76;FDP=125;FR=.;FRO=49;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00410308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.601;QD=26.71;RBI=0.0145735;REFB=-0.0254265;REVB=-0.013984;RO=49;SAF=40;SAR=36;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851825;STB=0.546206;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0176231;OID=.;OPOS=34835217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:49:49:76:76:0.608:36:40:20:29:36:40:20:29 chr9 34835861 . C G 475.3 PASS AF=0.68254;AO=43;DP=63;FAO=43;FDP=63;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0216203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2259;QD=30.1778;RBI=0.0249073;REFB=0.00590854;REVB=0.0123667;RO=20;SAF=18;SAR=25;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722912;STB=0.539153;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.00375573;OID=.;OPOS=34835861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:20:20:43:43:0.68254:25:18:6:14:25:18:6:14 chr9 34976632 . G A 156.5 PASS AF=0.230769;AO=24;DP=104;FAO=24;FDP=104;FR=.;FRO=80;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.0226534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.953;QD=6.01914;RBI=0.0278029;REFB=-0.000473679;REVB=0.0161191;RO=80;SAF=11;SAR=13;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098725;STB=0.560652;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00111758;OID=.;OPOS=34976632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:80:80:24:24:0.230769:13:11:43:37:13:11:43:37 chr9 34978431 . G A 413.08 PASS AF=0.362963;AO=48;DP=135;FAO=49;FDP=135;FR=.;FRO=86;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=-0.0025615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.915;QD=12.2396;RBI=0.00391906;REFB=-0.00651041;REVB=0.00296609;RO=86;SAF=22;SAR=26;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111659;STB=0.569249;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0170422;OID=.;OPOS=34978431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:86:86:48:49:0.362963:26:22:48:38:27:22:48:38 chr9 35043291 . G T 286.6 PASS AF=0.34;AO=33;DP=99;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.0540542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0714;QD=11.464;RBI=0.0550106;REFB=-0.00355742;REVB=-0.0102133;RO=66;SAF=15;SAR=18;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696608;STB=0.54891;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00601869;OID=.;OPOS=35043291;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:66:66:33:34:0.34:18:15:34:32:19:15:34:32 chr9 35044493 . T A 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0234716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.543;QD=11.8143;RBI=0.0234789;REFB=-0.0137126;REVB=-0.000583782;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411408;STB=0.738637;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0147595;OID=.;OPOS=35044493;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:5:8:5:18:5:8:5:18 chr9 35049508 . C T 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.000684998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.209;QD=19.6682;RBI=0.00867934;REFB=-0.0133425;REVB=0.00865226;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472314;STB=0.526732;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.018964;OID=.;OPOS=35049508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:8:11:10:9:8:11:10:9 chr9 35062972 . C T 240.57 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.010539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.212;QD=12.1807;RBI=0.0123974;REFB=-0.00612743;REVB=-0.00652881;RO=50;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165614;STB=0.595091;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00830694;OID=.;OPOS=35062972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:13:16:20:30:13:16:20:30 chr9 35089403 . G A 238.72 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0124232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7514;QD=14.0423;RBI=0.0273357;REFB=0.0129003;REVB=0.0243497;RO=40;SAF=17;SAR=11;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750246;STB=0.542571;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0105152;OID=.;OPOS=35089403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:11:17:27:13:11:17:27:13 chr9 35089431 . AAG AA,A 355.72 PASS AF=0.976744,0;AO=24,9;DP=47;FAO=42,0;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21,0;FSAR=21,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0467591,-0.0133116;FXX=0.0850883;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=13.8421,8.1447;QD=33.0899;RBI=0.153655,0.28461;REFB=0.156665,0.0637673;REVB=-0.146368,-0.284298;RO=2;SAF=16,3;SAR=8,6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.285418,0;SSSB=-0.054487,-0.219794;STB=0.511622,0.5;STBP=0.502,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00277641,0;OID=.,.;OPOS=35089433,35089432;OREF=G,AG;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.976744,0:24,9:47:42,0:43:1:21,0:21,0:1:0:4:2:16,3:8,6:2:0 chr9 35105257 . G A 722.06 PASS AF=0.387097;AO=83;DP=216;FAO=84;FDP=217;FR=.;FRO=133;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=76;FSRR=57;FWDB=0.00474334;FXX=0.00458695;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.269;QD=13.3098;RBI=0.0144821;REFB=-0.00593641;REVB=0.0136832;RO=133;SAF=46;SAR=37;SRF=76;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190618;STB=0.507413;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00723744;OID=.;OPOS=35105257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:133:133:83:84:0.387097:37:46:76:57:37:47:76:57 chr9 35107858 . C T 724.09 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00488239;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.261;QD=54.6485;RBI=0.00499067;REFB=-0.0463862;REVB=0.00103392;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.510634;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=6.99335e-05;OID=.;OPOS=35107858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:23:29:0:0:23:29:0:1 chr9 35295838 . G T 80.82 PASS AF=0.109375;AO=21;DP=191;FAO=21;FDP=192;FR=.;FRO=171;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=93;FSRR=78;FWDB=-0.0352764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.627;QD=1.68366;RBI=0.0441541;REFB=-0.00442197;REVB=-0.0265548;RO=167;SAF=11;SAR=10;SRF=92;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334843;STB=0.517911;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0447753;OID=.;OPOS=35295838;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:191:192:167:171:21:21:0.109375:10:11:92:75:10:11:93:78 chr9 35381717 . G A 435.68 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0323607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.858;QD=18.5396;RBI=0.0326044;REFB=-0.0153033;REVB=0.00397916;RO=49;SAF=14;SAR=30;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153884;STB=0.581723;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0185832;OID=.;OPOS=35381717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:50:44:44:0.468085:30:14:23:26:30:14:23:27 chr9 35480564 . T C 2084.48 PASS AF=0.626298;AO=180;DP=287;FAO=181;FDP=289;FR=.;FRO=108;FSAF=80;FSAR=101;FSRF=58;FSRR=50;FWDB=0.0138012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.685;QD=28.851;RBI=0.0170747;REFB=-0.0278828;REVB=0.0100536;RO=106;SAF=80;SAR=100;SRF=57;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645092;STB=0.535702;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.013429;OID=.;OPOS=35480564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:289:106:108:180:181:0.626298:100:80:57:49:101:80:58:50 chr9 35546735 . A G 634.88 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00233246;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.642;QD=60.4643;RBI=0.00357299;REFB=0;REVB=-0.00270664;RO=1;SAF=30;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153811;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185242;OID=.;OPOS=35546735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:42:1:0:40:42:1:10:30:1:0:11:31:0:0 chr9 35560413 . G A 79.1 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00331422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.139;QD=6.87836;RBI=0.0385112;REFB=-0.0119189;REVB=0.0383683;RO=35;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720151;STB=0.545372;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0298464;OID=.;OPOS=35560413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:5:6:17:18:5:6:17:18 chr9 35562387 . GCCCCCA GCCCCA,GCCCCCATAGT 120.83 PASS AF=0.142857,0.371429;AO=9,10;DP=36;FAO=5,13;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=1,10;FSAR=4,3;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.033497,-0.0152781;FXX=0.0277701;HRUN=5,1;LEN=1,4;MLLD=13.6767,255.094;QD=13.8089;RBI=0.198916,0.0159939;REFB=-0.178645,-0.0226766;REVB=-0.196076,0.0047311;RO=12;SAF=3,10;SAR=6,0;SRF=12;SRR=0;SSEN=0.478673,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.586787,0;STB=0.913251,0.599866;STBP=0.217,0.519;TYPE=del,ins;VARB=0.127738,0.0258271;OID=.,.;OPOS=35562388,35562394;OREF=C,-;OALT=-,TAGT;OMAPALT=GCCCCA,GCCCCCATAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.142857,0.371429:9,10:36:5,13:35:17:1,10:4,3:15:2:99:12:3,10:6,0:12:0 chr9 35618084 . G A 242.48 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0182745;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.476;QD=18.652;RBI=0.0234287;REFB=-0.000538661;REVB=0.0146611;RO=26;SAF=19;SAR=7;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446994;STB=0.524981;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.000896195;OID=.;OPOS=35618084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:26:26:26:26:0.5:7:19:20:6:7:19:20:6 chr9 35660990 . A G 1157.6 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0200958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.294;QD=59.3641;RBI=0.0206254;REFB=-0.0447649;REVB=-0.00464414;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.507461;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00156913;OID=.;OPOS=35660990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:0:1:76:77:0.987179:33:43:0:0:33:44:0:1 chr9 35662251 . T C 357.33 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0187148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.029;QD=14.4377;RBI=0.019679;REFB=-0.0154019;REVB=-0.00608459;RO=58;SAF=17;SAR=22;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0052191;STB=0.508666;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0227575;OID=.;OPOS=35662251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:60:39:39:0.393939:22:17:25:33:22:17:27:33 chr9 35663228 . G C 243.09 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00951046;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.191;QD=14.7327;RBI=0.0117197;REFB=-0.0224704;REVB=0.00684853;RO=37;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597565;STB=0.525091;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0306635;OID=.;OPOS=35663228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:37:38:28:28:0.424242:15:13:15:22:15:13:16:22 chr9 35674053 . G A 565.98 PASS AF=0.614458;AO=51;DP=83;FAO=51;FDP=83;FR=.;FRO=32;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0226148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.605;QD=27.2763;RBI=0.0229328;REFB=-0.0285907;REVB=0.00380585;RO=31;SAF=34;SAR=17;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157952;STB=0.581164;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0201849;OID=.;OPOS=35674053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:31:32:51:51:0.614458:17:34:14:17:17:34:15:17 chr9 35705759 . G A 1652.03 PASS AF=0.684466;AO=141;DP=206;FAO=141;FDP=206;FR=.;FRO=65;FSAF=74;FSAR=67;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0652454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.279;QD=32.0782;RBI=0.06543;REFB=-0.0102679;REVB=0.00491141;RO=64;SAF=74;SAR=67;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00375403;STB=0.500552;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00561455;OID=.;OPOS=35705759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:64:65:141:141:0.684466:67:74:34:30:67:74:34:31 chr9 35706862 . G A 403.73 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0169673;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5551;QD=21.5325;RBI=0.0218266;REFB=0.0022388;REVB=-0.0137299;RO=34;SAF=26;SAR=14;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292742;STB=0.52524;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.00214435;OID=.;OPOS=35706862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:34:35:40:40:0.533333:14:26:21:13:14:26:21:14 chr9 35712003 . G A 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0108444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.705;QD=7.3276;RBI=0.030456;REFB=-0.011925;REVB=-0.0284599;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137469;STB=0.585998;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0311226;OID=.;OPOS=35712003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:4:4:8:13:4:4:8:13 chr9 35719608 . C T 215.73 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0256674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.686;QD=15.1387;RBI=0.0256742;REFB=0.00383024;REVB=-0.00059358;RO=31;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278056;STB=0.506324;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00545173;OID=.;OPOS=35719608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:32:25:25:0.438596:13:12:14:17:13:12:15:17 chr9 35749845 . G C 969.16 PASS AF=0.666667;AO=75;DP=118;FAO=84;FDP=126;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=62;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00578557;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.826;QD=30.7669;RBI=0.0205647;REFB=-0.0287231;REVB=0.0197341;RO=43;SAF=20;SAR=55;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122246;STB=0.558157;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0151957;OID=.;OPOS=35749845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:126:43:42:75:84:0.666667:55:20:18:25:62:22:17:25 chr9 35752124 . G A 256.72 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0496323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.508;QD=16.0449;RBI=0.0521825;REFB=-0.0453994;REVB=-0.0161136;RO=34;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055441;STB=0.524212;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0545979;OID=.;OPOS=35752124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:34:35:29:29:0.453125:12:17:18:16:12:17:19:16 chr9 35846936 . C T 528.16 PASS AF=0.392405;AO=62;DP=159;FAO=62;FDP=158;FR=.;FRO=96;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=0.00135795;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.018;QD=13.3712;RBI=0.00844201;REFB=0.00106862;REVB=-0.00833208;RO=95;SAF=28;SAR=34;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124815;STB=0.504117;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.00188703;OID=.;OPOS=35846936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:95:96:62:62:0.392405:34:28:44:51:34:28:44:52 chr9 35853513 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0241943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7301;QD=9.44465;RBI=0.128751;REFB=-0.00433899;REVB=0.126457;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173695;STB=0.608323;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0222854;OID=.;OPOS=35853513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:5:5:4:2:5:5 chr9 35870001 . T C 336.7 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5986;QD=53.8719;RBI=0.0277022;REFB=0;REVB=-0.0160681;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0101572;OID=.;OPOS=35870001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:23:25:1:17:6:0:0:17:8:0:0 chr9 35906475 . G A 391.79 PASS AF=0.389831;AO=46;DP=114;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.00268655;FXX=0.00840265;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.566;QD=13.281;RBI=0.0026869;REFB=-0.0144856;REVB=-4.31071e-05;RO=68;SAF=23;SAR=23;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465778;STB=0.516942;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0219947;OID=.;OPOS=35906475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:118:68:72:46:46:0.389831:23:23:37:31:23:23:38:34 chr9 36066899 . T C 516.73 PASS AF=0.635135;AO=47;DP=74;FAO=47;FDP=74;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0108737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.697;QD=27.9314;RBI=0.040902;REFB=-0.0183309;REVB=0.0394301;RO=27;SAF=20;SAR=27;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129346;STB=0.507039;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0106198;OID=.;OPOS=36066899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:27:27:47:47:0.635135:27:20:12:15:27:20:12:15 chr9 36085307 . C T 356.08 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0175753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.809;QD=16.5617;RBI=0.0176787;REFB=-0.0219946;REVB=0.00190934;RO=47;SAF=15;SAR=23;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529327;STB=0.524702;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0256656;OID=.;OPOS=36085307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:48:38:38:0.44186:23:15:21:26:23:15:21:27 chr9 36087876 . G A 1429.61 PASS AF=0.571429;AO=129;DP=227;FAO=132;FDP=231;FR=.;FRO=99;FSAF=70;FSAR=62;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=0.0405091;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.372;QD=24.7551;RBI=0.0407061;REFB=-0.0398806;REVB=-0.00400001;RO=97;SAF=67;SAR=62;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112554;STB=0.515177;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0196202;OID=.;OPOS=36087876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:231:97:99:129:132:0.571429:62:67:49:48:62:70:49:50 chr9 36105264 . A G 466.22 PASS AF=0.392593;AO=53;DP=135;FAO=53;FDP=135;FR=.;FRO=82;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.00951742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.443;QD=13.8139;RBI=0.0101897;REFB=-0.0132283;REVB=0.00363977;RO=82;SAF=24;SAR=29;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768998;STB=0.54348;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0206101;OID=.;OPOS=36105264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:82:82:53:53:0.392593:29:24:43:39:29:24:43:39 chr9 36110063 . T A 327.34 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00725553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0377;QD=17.6939;RBI=0.0145628;REFB=0.00861867;REVB=-0.0126266;RO=38;SAF=18;SAR=17;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622685;STB=0.527762;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.00705696;OID=.;OPOS=36110063;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:35:35:0.472973:17:18:17:21:17:18:18:21 chr9 36169598 . T C 243.33 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.000570163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.268;QD=12.8071;RBI=0.0194496;REFB=-0.0009805;REVB=-0.0194413;RO=47;SAF=16;SAR=13;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215322;STB=0.512343;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00359163;OID=.;OPOS=36169598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:13:16:25:22:13:16:25:22 chr9 36204077 . G A 129.61 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00912065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.422;QD=9.60053;RBI=0.0284894;REFB=-0.0245851;REVB=-0.02699;RO=37;SAF=11;SAR=6;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316234;STB=0.518845;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0415168;OID=.;OPOS=36204077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:6:11:23:14:6:11:23:14 chr9 36674842 . C T 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00902217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.142;QD=59.8546;RBI=0.0400197;REFB=0;REVB=-0.0389894;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143241;OID=.;OPOS=36674842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr9 36823518 . C T 128.76 PASS AF=0.167832;AO=24;DP=143;FAO=24;FDP=143;FR=.;FRO=119;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=71;FSRR=48;FWDB=-0.0137512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.925;QD=3.60167;RBI=0.0138679;REFB=-0.0030378;REVB=0.00179467;RO=118;SAF=10;SAR=14;SRF=70;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222428;STB=0.646405;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0133203;OID=.;OPOS=36823518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:118:119:24:24:0.167832:14:10:70:48:14:10:71:48 chr9 36840623 . G A 787.72 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7166;QD=54.3255;RBI=0.147224;REFB=-0.0262989;REVB=0.0892447;RO=2;SAF=27;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00134251;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00463373;OID=.;OPOS=36840623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:58:2:0:52:58:1:25:27:1:1:30:28:0:0 chr9 36882049 . CG C 42.49 PASS AF=0.252874;AO=30;DP=87;FAO=22;FDP=87;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.0406001;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.64502;QD=1.95347;RBI=0.22082;REFB=-0.0421918;REVB=-0.217056;RO=46;SAF=13;SAR=17;SRF=36;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36176;STB=0.542551;STBP=0.689;TYPE=del;VARB=0.0374178;OID=.;OPOS=36882050;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.252874:30:87:22:87:65:15:7:41:24:42:46:13:17:36:10 chr9 37429814 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.19;QD=62.3509;RBI=0.0131719;REFB=0;REVB=0.006638;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31957e-05;OID=.;OPOS=37429814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:30:13:0:0:30:13:0:0 chr9 37439785 . G GAAAC 808.6 PASS AF=0.936508;AO=54;DP=64;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00120433;FXX=0.0307645;HRUN=3;LEN=4;MLLD=298.956;QD=51.3395;RBI=0.00158201;REFB=0.0104342;REVB=-0.00102584;RO=4;SAF=31;SAR=23;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426666;STB=0.519819;STBP=0.257;TYPE=ins;VARB=-0.000920861;OID=.;OPOS=37439786;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=GAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.936508:54:64:59:63:4:33:26:1:3:15:4:31:23:1:3 chr9 37441808 . A G 785.82 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.177;QD=64.1487;RBI=0.0511161;REFB=0;REVB=0.000254788;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002494;OID=.;OPOS=37441808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr9 37492367 . C T 2385.96 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.799;QD=61.1785;RBI=0.0213559;REFB=0;REVB=-0.0141644;RO=0;SAF=84;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.48831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06296e-06;OID=.;OPOS=37492367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:72:84:0:0:72:84:0:0 chr9 37492679 . G T 2473.23 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.03;QD=61.4467;RBI=0.0168007;REFB=0;REVB=0.00655051;RO=0;SAF=91;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.72236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53178e-05;OID=.;OPOS=37492679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:160:161:1:69:91:0:0:70:91:0:0 chr9 37493588 . C T 1424.72 PASS AF=0.970874;AO=99;DP=104;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00489094;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.095;QD=55.3288;RBI=0.051736;REFB=-0.0492924;REVB=0.0515043;RO=4;SAF=64;SAR=35;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511768;STB=0.519996;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.000303805;OID=.;OPOS=37493588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:103:4:3:99:100:0.970874:35:64:0:4:36:64:0:3 chr9 37495948 . G A 248.22 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.014116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.622;QD=16.2764;RBI=0.0606133;REFB=-0.00578833;REVB=-0.0589467;RO=31;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152448;STB=0.588736;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0103425;OID=.;OPOS=37495948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:33:27:28:0.459016:13:14:21:10:13:15:23:10 chr9 37500895 . T C 1492.68 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00535078;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5007;QD=58.5366;RBI=0.0647604;REFB=-0.115861;REVB=-0.0645389;RO=1;SAF=41;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114303;STB=0.506023;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000807934;OID=.;OPOS=37500895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:102:1:1:101:101:0.990196:60:41:1:0:60:41:1:0 chr9 37501844 . G A 801.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.003;QD=57.2316;RBI=0.0146315;REFB=0;REVB=-0.00266069;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45915e-05;OID=.;OPOS=37501844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr9 37503087 . G A 2653.66 PASS AF=0.994286;AO=169;DP=171;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8189;QD=60.6551;RBI=0.0933356;REFB=-0.0802787;REVB=0.0924267;RO=2;SAF=92;SAR=77;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000995673;STB=0.502702;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00158302;OID=.;OPOS=37503087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:171:175:2:1:169:174:0.994286:77:92:1:1:82:92:1:0 chr9 37503124 . G A 2408.06 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1652;QD=60.9636;RBI=0.0491204;REFB=0;REVB=0.0216504;RO=0;SAF=82;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6227e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264575;OID=.;OPOS=37503124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:158:0:0:153:158:1:71:82:0:0:72:86:0:0 chr9 37529191 . G A 225.43 PASS AF=0.228758;AO=35;DP=153;FAO=35;FDP=153;FR=.;FRO=118;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=55;FSRR=63;FWDB=-0.0117908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.102;QD=5.89349;RBI=0.025601;REFB=-0.0012819;REVB=-0.0227242;RO=118;SAF=22;SAR=13;SRF=55;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205357;STB=0.625443;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0050464;OID=.;OPOS=37529191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:118:118:35:35:0.228758:13:22:55:63:13:22:55:63 chr9 37692654 . A C 627.88 PASS AF=0.445205;AO=65;DP=145;FAO=65;FDP=146;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=59;FSRR=22;FWDB=-0.00116086;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.959;QD=17.2021;RBI=0.00952731;REFB=-0.0034037;REVB=-0.00945632;RO=79;SAF=33;SAR=32;SRF=57;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212836;STB=0.622902;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00535477;OID=.;OPOS=37692654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:79:81:65:65:0.445205:32:33:57:22:32:33:59:22 chr9 37707440 . C T 365.13 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.000748791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.884;QD=16.0498;RBI=0.00142819;REFB=-0.0152274;REVB=-0.00121616;RO=51;SAF=22;SAR=17;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127904;STB=0.564324;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0238232;OID=.;OPOS=37707440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:52:39:39:0.428571:17:22:35:16:17:22:35:17 chr9 37729786 . C T 659.46 PASS AF=0.376884;AO=75;DP=199;FAO=75;FDP=199;FR=.;FRO=124;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=64;FSRR=60;FWDB=0.0500176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.8948;QD=13.2555;RBI=0.0501664;REFB=-0.00669185;REVB=0.00386083;RO=124;SAF=49;SAR=26;SRF=64;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157231;STB=0.589181;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.019008;OID=.;OPOS=37729786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:124:124:75:75:0.376884:26:49:64:60:26:49:64:60 chr9 37740637 . T C 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0121006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.875;QD=11.6231;RBI=0.019145;REFB=-9.60861e-05;REVB=-0.014836;RO=38;SAF=13;SAR=9;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10828;STB=0.562445;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-4.48635e-05;OID=.;OPOS=37740637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:9:13:26:12:9:13:26:12 chr9 37745413 . G A 75.6 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00388737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.483;QD=11.6309;RBI=0.00670708;REFB=-0.0142697;REVB=-0.00546565;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277675;STB=0.666325;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0179023;OID=.;OPOS=37745413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:3:7:7:9:3:7:7:9 chr9 37782111 . C T 204.97 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00265751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.274;QD=10.648;RBI=0.0105579;REFB=-0.00714702;REVB=0.010218;RO=51;SAF=13;SAR=13;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12291;STB=0.571375;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0108421;OID=.;OPOS=37782111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:51:26:26:0.337662:13:13:31:20:13:13:31:20 chr9 37919620 . C T 161.77 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00426452;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3385;QD=17.0281;RBI=0.0355449;REFB=-0.0130036;REVB=-0.0352882;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00304274;STB=0.516759;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0147068;OID=.;OPOS=37919620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:6:11:13:7:6:11:13:8 chr9 37919893 . G A 467.66 PASS AF=0.210106;AO=79;DP=376;FAO=79;FDP=376;FR=.;FRO=297;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=155;FSRR=142;FWDB=0.0369273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7763;QD=4.97513;RBI=0.0423271;REFB=-0.00904049;REVB=0.020687;RO=296;SAF=39;SAR=40;SRF=154;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034241;STB=0.522272;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.04116;OID=.;OPOS=37919893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:376:376:296:297:79:79:0.210106:40:39:154:142:40:39:155:142 chr9 37974743 . T C 961.11 PASS AF=0.669355;AO=82;DP=123;FAO=83;FDP=124;FR=.;FRO=41;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0151029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.827;QD=31.0037;RBI=0.022563;REFB=-0.0139367;REVB=0.0167628;RO=40;SAF=38;SAR=44;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527504;STB=0.530113;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00640591;OID=.;OPOS=37974743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:40:41:82:83:0.669355:44:38:22:18:44:39:23:18 chr9 38395928 . C T 967.24 PASS AF=0.641221;AO=84;DP=134;FAO=84;FDP=131;FR=.;FRO=47;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.00747384;FXX=0.0223864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.773;QD=29.534;RBI=0.021114;REFB=-0.0028753;REVB=0.0197469;RO=46;SAF=49;SAR=35;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768606;STB=0.544478;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00178679;OID=.;OPOS=38395928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:131:46:47:84:84:0.641221:35:49:32:14:35:49:33:14 chr9 38395940 . TG CG,TC 1973.65 PASS AF=0.904412,0.0735294;AO=115,10;DP=136;FAO=123,10;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=82,0;FSAR=41,10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0612663,-0.0499694;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=80.0151,45.3802;QD=58.0485;RBI=0.091984,0.0662274;REFB=-0.121157,-0.162175;REVB=0.0686112,0.0434641;RO=1;SAF=81,0;SAR=34,10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0137603,0;STB=0.517644,0.5;STBP=0.03,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00129407,0.0603145;OID=.,.;OPOS=38395940,38395941;OREF=T,G;OALT=C,C;OMAPALT=CG,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:30:136:136:1:3:115,10:123,10:0.904412,0.0735294:34,10:81,0:0:1:41,10:82,0:0:3 chr9 38396002 . C T 825.8 PASS AF=0.675926;AO=73;DP=108;FAO=73;FDP=108;FR=.;FRO=35;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0392335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.866;QD=30.5852;RBI=0.0410536;REFB=-0.0254583;REVB=-0.0120883;RO=35;SAF=46;SAR=27;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551656;STB=0.529696;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00887312;OID=.;OPOS=38396002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:35:35:73:73:0.675926:27:46:25:10:27:46:25:10 chr9 38396052 . C T 151.95 PASS AF=0.25;AO=22;DP=88;FAO=22;FDP=88;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.0120053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.319;QD=6.90691;RBI=0.0159291;REFB=-0.0187483;REVB=-0.0104694;RO=64;SAF=12;SAR=10;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366987;STB=0.522801;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0370525;OID=.;OPOS=38396052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:64:66:22:22:0.25:10:12:33:31:10:12:34:32 chr9 38396065 . G T 223.23 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.013747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5804;QD=10.5048;RBI=0.0345453;REFB=-0.00297062;REVB=0.0316923;RO=57;SAF=15;SAR=13;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310391;STB=0.5181;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00609487;OID=.;OPOS=38396065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:57:57:28:28:0.329412:13:15:29:28:13:15:29:28 chr9 38396502 . G A 1358.47 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0264;QD=62.4585;RBI=0.0231507;REFB=0;REVB=0.0152246;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125607;OID=.;OPOS=38396502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:36:51:0:0:36:51:0:0 chr9 38397355 . G C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00279997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.62;QD=60.2302;RBI=0.00802583;REFB=0;REVB=0.00752158;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21318e-05;OID=.;OPOS=38397355;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr9 38397915 . G A 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0612822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.708;QD=8.51136;RBI=0.0628707;REFB=-0.00349899;REVB=0.0140435;RO=24;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00751002;OID=.;OPOS=38397915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:5:5:12:12:5:5:12:12 chr9 38398150 . G C 1029.26 PASS AF=0.6;AO=90;DP=150;FAO=90;FDP=150;FR=.;FRO=60;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.000154783;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.63;QD=27.4469;RBI=0.00910631;REFB=-0.0185096;REVB=0.009105;RO=60;SAF=51;SAR=39;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125378;STB=0.506798;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0101929;OID=.;OPOS=38398150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:60:60:90:90:0.6:39:51:35:25:39:51:35:25 chr9 38398311 . CT TC 35.38 PASS AF=0.171429;AO=4;DP=32;FAO=6;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0497294;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=20.0585;QD=4.04352;RBI=0.102408;REFB=-0.152422;REVB=0.0895235;RO=23;SAF=3;SAR=1;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394319;STB=0.587951;STBP=0.619;TYPE=mnp;VARB=-0.0282155;OID=.;OPOS=38398311;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:32:35:23:28:4:6:0.171429:1:3:9:14:3:3:11:17 chr9 38528531 . T C 1428.64 PASS AF=0.978723;AO=91;DP=95;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000236333;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.43;QD=60.7932;RBI=0.0199361;REFB=-0.061556;REVB=0.0199347;RO=2;SAF=49;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00157658;STB=0.500932;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-2.3978e-05;OID=.;OPOS=38528531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:94:2:2:91:92:0.978723:42:49:1:1:42:50:1:1 chr9 38615698 . C T 1361.87 PASS AF=0.568889;AO=126;DP=225;FAO=128;FDP=225;FR=.;FRO=97;FSAF=81;FSAR=47;FSRF=59;FSRR=38;FWDB=-0.0183018;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4978;QD=24.211;RBI=0.0566963;REFB=-0.00638602;REVB=-0.0536611;RO=95;SAF=80;SAR=46;SRF=58;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206883;STB=0.511324;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00443113;OID=.;OPOS=38615698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:95:97:126:128:0.568889:46:80:58:37:47:81:59:38 chr9 38621344 . G A 395.57 PASS AF=0.692308;AO=36;DP=52;FAO=36;FDP=52;FR=.;FRO=16;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0255887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.847;QD=30.4285;RBI=0.0358234;REFB=-0.0250166;REVB=0.0250706;RO=15;SAF=26;SAR=10;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539589;STB=0.535695;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0108961;OID=.;OPOS=38621344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:15:16:36:36:0.692308:10:26:12:3:10:26:13:3 chr9 39109164 . G A 533.45 PASS AF=0.456;AO=57;DP=125;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.00685744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.455;QD=17.0704;RBI=0.0292845;REFB=-0.020244;REVB=0.0284703;RO=68;SAF=33;SAR=24;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120613;STB=0.567178;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0192299;OID=.;OPOS=39109164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:68:68:57:57:0.456:24:33:31:37:24:33:31:37 chr9 39118196 . C A 322.04 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9791;QD=53.6737;RBI=0.0629198;REFB=0;REVB=0.0137208;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193679;OID=.;OPOS=39118196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:7:16:0:0:7:17:0:0 chr9 39118205 . G T 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00923258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.35;QD=56.1888;RBI=0.00961975;REFB=0;REVB=0.00270167;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38094e-05;OID=.;OPOS=39118205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:7:21:0:0:7:21:0:0 chr9 39118207 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9827;QD=56.1906;RBI=0.0457011;REFB=0;REVB=-0.026955;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222271;OID=.;OPOS=39118207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:7:21:0:0:7:21:0:0 chr9 39287976 . C T 370.38 PASS AF=0.852941;AO=29;DP=34;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0869908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.264;QD=43.5735;RBI=0.0874492;REFB=-0.0293002;REVB=-0.0089421;RO=5;SAF=12;SAR=17;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106167;STB=0.557337;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00161298;OID=.;OPOS=39287976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:34:34:5:5:29:29:0.852941:17:12:4:1:17:12:4:1 chr9 40503085 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.346;QD=56.7065;RBI=0.0374316;REFB=0;REVB=0.0132729;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.74588e-05;OID=.;OPOS=40503085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr9 40503105 . G C 58.57 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0137791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.405;QD=4.88054;RBI=0.0546197;REFB=0.00708845;REVB=0.0528531;RO=39;SAF=3;SAR=6;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100233;STB=0.567011;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.0163815;OID=.;OPOS=40503105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:39:39:9:9:0.1875:6:3:16:23:6:3:16:23 chr9 40774051 . T A 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00681657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.259;QD=18.9418;RBI=0.0219657;REFB=-0.0192433;REVB=-0.0208812;RO=37;SAF=21;SAR=16;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216024;STB=0.612752;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.022326;OID=.;OPOS=40774051;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:38:37:37:0.493333:16:21:12:25:16:21:13:25 chr9 40784183 . A G 1111.33 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.066;QD=60.0721;RBI=0.0734491;REFB=0;REVB=0.00713103;RO=0;SAF=19;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.6764e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143691;OID=.;OPOS=40784183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:74:0:0:67:74:1:48:19:0:0:49:25:0:0 chr9 43685298 . G T 274.54 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0171893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2737;QD=19.9664;RBI=0.0205514;REFB=-0.024243;REVB=0.0112645;RO=26;SAF=5;SAR=24;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129222;STB=0.57251;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0222771;OID=.;OPOS=43685298;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:24:5:7:19:24:5:7:19 chr9 43685357 . C A 116.8 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=25;FWDB=-0.0334279;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.188;QD=11.1237;RBI=0.0347557;REFB=-0.0116807;REVB=-0.00951466;RO=27;SAF=1;SAR=12;SRF=3;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11675;STB=0.577652;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0212019;OID=.;OPOS=43685357;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:28:13:14:0.333333:12:1:3:24:13:1:3:25 chr9 43818062 . T A 726.91 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00792624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.438;QD=52.8664;RBI=0.0202384;REFB=-0.135812;REVB=0.0186217;RO=1;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209328;STB=0.521731;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000674231;OID=.;OPOS=43818062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:1:2:53:53:0.963636:22:31:0:1:22:31:0:2 chr9 43822668 . C T 129.27 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00921424;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.379;QD=19.8882;RBI=0.0279323;REFB=-0.0109692;REVB=-0.0263687;RO=12;SAF=12;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246078;STB=0.642621;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0158563;OID=.;OPOS=43822668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:12:12:14:14:0.538462:2:12:8:4:2:12:8:4 chr9 43822686 . C A 77.12 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0110865;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.874;QD=11.8643;RBI=0.015087;REFB=0.00338147;REVB=0.0102327;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16979;STB=0.588075;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00352742;OID=.;OPOS=43822686;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:27:26:17:16:10:10:0.384615:3:7:14:3:3:7:13:3 chr9 43822704 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00609761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.886;QD=11.4398;RBI=0.0357958;REFB=-0.00368636;REVB=0.0352726;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145537;STB=0.586031;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00538;OID=.;OPOS=43822704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:11:3:3:6:11:3 chr9 43822762 . C T 39.32 PASS AF=0.375;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00299576;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.588;QD=9.82877;RBI=0.0110185;REFB=0.00853496;REVB=-0.0106035;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383856;STB=0.523731;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.0104447;OID=.;OPOS=43822762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:17:16:10:10:6:6:0.375:2:4:7:3:2:4:7:3 chr9 43849817 . A G 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0478402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8965;QD=20.2092;RBI=0.0488443;REFB=0.00487175;REVB=0.00985299;RO=10;SAF=12;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523477;STB=0.808372;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00303021;OID=.;OPOS=43849817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:1:12:5:5:1:12:5:5 chr9 44850313 . C T 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00134377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.555;QD=6.57359;RBI=0.0347925;REFB=-0.0127797;REVB=-0.0347665;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257618;STB=0.666111;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0354047;OID=.;OPOS=44850313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:4:2:9:7:4:2:9:7 chr9 66457018 . C T 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00362432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3538;QD=5.21553;RBI=0.00450046;REFB=0.00665681;REVB=-0.00266805;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22433;STB=0.649495;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.0415142;OID=.;OPOS=66457018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:10:11:2:4:10:11 chr9 66457019 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00941365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.353;QD=12.3289;RBI=0.0127165;REFB=-0.0037509;REVB=0.00854936;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383176;STB=0.726859;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0188479;OID=.;OPOS=66457019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:8:3:11:6:8:3:11:6 chr9 66457027 . T A 47.85 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0106894;FXX=0.128991;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.854;QD=7.08914;RBI=0.0111802;REFB=-0.00440003;REVB=0.00327633;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405765;STB=0.756882;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0573491;OID=.;OPOS=66457027;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:31:27:20:20:7:7:0.259259:5:2:13:7:5:2:13:7 chr9 66457051 . G A 44.0 PASS AF=0.172414;AO=5;DP=33;FAO=5;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0438173;FXX=0.121175;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.079;QD=6.06929;RBI=0.0451947;REFB=0.00370239;REVB=-0.0110727;RO=22;SAF=2;SAR=3;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322225;STB=0.717536;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.000929937;OID=.;OPOS=66457051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:33:29:22:22:5:5:0.172414:3:2:15:7:3:2:15:7 chr9 66457076 . T C 59.71 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.00930263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4493;QD=5.68658;RBI=0.0247641;REFB=-0.00216657;REVB=0.0229504;RO=33;SAF=2;SAR=7;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.560724;STB=0.849819;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0249548;OID=.;OPOS=66457076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:7:2:24:9:7:2:24:9 chr9 66457127 . G A 71.01 PASS AF=0.14;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.04545;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.644;QD=5.68105;RBI=0.0460103;REFB=-0.00384075;REVB=-0.00715887;RO=33;SAF=2;SAR=5;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435454;STB=0.809314;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0312829;OID=.;OPOS=66457127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:51:50:33:39:7:7:0.14:5:2:22:11:5:2:27:12 chr9 66457313 . G A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0130524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.036;QD=13.9591;RBI=0.0244174;REFB=-0.0356926;REVB=-0.020636;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161108;STB=0.594352;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0392027;OID=.;OPOS=66457313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:6:1:2:5:6:1 chr9 66457388 . T G 204.31 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.00502478;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.449;QD=22.088;RBI=0.0671555;REFB=-0.0167157;REVB=0.0669672;RO=18;SAF=19;SAR=0;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.802616;STB=0.626219;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0165862;OID=.;OPOS=66457388;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:17:19:20:0.540541:0:19:16:2:1:19:15:2 chr9 66457465 . T G 228.08 PASS AF=0.337349;AO=29;DP=85;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=0.0074409;FXX=0.0348797;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.588;QD=10.9919;RBI=0.0217928;REFB=-0.0134081;REVB=-0.0204831;RO=55;SAF=13;SAR=16;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230402;STB=0.646365;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0360747;OID=.;OPOS=66457465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:55:55:29:28:0.337349:16:13:36:19:16:12:36:19 chr9 66457467 . GTTTTTTTC GTTTTTTC,GTTTTTTT,GTTTTTTTT 409.52 PASS AF=0.263889,0.347222,0.194444;AO=14,18,13;DP=76;FAO=19,25,14;FDP=72;FR=.;FRO=14;FSAF=5,13,9;FSAR=14,12,5;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0195032,0.0269278,0.00528665;FXX=0.0526247;HRUN=7,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=7.79221,19.9096,23.4881;QD=22.751;RBI=0.154953,0.0294466,0.0641029;REFB=-0.223507,-0.00386588,0.116806;REVB=-0.153721,-0.0119162,0.0638846;RO=15;SAF=3,7,10;SAR=11,11,3;SRF=13;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.559034,-0.371779,-0.139881;STB=0.74817,0.622315,0.624843;STBP=0.006,0.063,0.263;TYPE=del,del,snp;VARB=0.15509,-0.0041748,-0.0294355;OID=.,.,.;OPOS=66457468,66457475,66457475;OREF=T,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GTTTTTTC,GTTTTTTT,GTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.263889,0.347222,0.194444:14,18,13:76:19,25,14:72:14:5,13,9:14,12,5:12:2:96:15:3,7,10:11,11,3:13:2 chr9 66457498 . G T 30.34 PASS AF=0.0803571;AO=9;DP=115;FAO=9;FDP=112;FR=.;FRO=103;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=-0.0136631;FXX=0.0260847;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.688;QD=1.08341;RBI=0.032988;REFB=-0.00187063;REVB=-0.0300255;RO=103;SAF=2;SAR=7;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263998;STB=0.723609;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0193658;OID=.;OPOS=66457498;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:115:112:103:103:9:9:0.0803571:7:2:46:57:7:2:46:57 chr9 66457585 . G T 34.92 PASS AF=0.0753425;AO=11;DP=146;FAO=11;FDP=146;FR=.;FRO=135;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=81;FWDB=-0.031145;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.77;QD=0.956795;RBI=0.0348601;REFB=-0.0040499;REVB=-0.0156595;RO=135;SAF=5;SAR=6;SRF=54;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616891;STB=0.551239;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0459034;OID=.;OPOS=66457585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:146:146:135:135:11:11:0.0753425:6:5:54:81:6:5:54:81 chr9 66457588 . T C 310.44 PASS AF=0.287671;AO=41;DP=145;FAO=42;FDP=146;FR=.;FRO=104;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=66;FWDB=0.00661827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.679;QD=8.50522;RBI=0.0148454;REFB=-0.0129223;REVB=-0.0132885;RO=103;SAF=20;SAR=21;SRF=37;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157664;STB=0.579673;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0499432;OID=.;OPOS=66457588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:103:104:41:42:0.287671:21:20:37:66:22:20:38:66 chr9 66457594 . A G 1051.1 PASS AF=0.666667;AO=83;DP=125;FAO=90;FDP=135;FR=.;FRO=45;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0115697;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.405;QD=31.1438;RBI=0.035352;REFB=-0.0340037;REVB=0.0334051;RO=39;SAF=36;SAR=47;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298282;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0168109;OID=.;OPOS=66457594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:135:39:45:83:90:0.666667:47:36:15:24:54:36:18:27 chr9 66457605 . C T 37.66 PASS AF=0.0859375;AO=11;DP=128;FAO=11;FDP=128;FR=.;FRO=117;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=70;FWDB=-0.030821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.998;QD=1.17677;RBI=0.0346784;REFB=-0.00120793;REVB=-0.0158953;RO=116;SAF=3;SAR=8;SRF=47;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164014;STB=0.630664;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0194793;OID=.;OPOS=66457605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:128:128:116:117:11:11:0.0859375:8:3:47:69:8:3:47:70 chr9 66457628 . G A 154.02 PASS AF=0.230769;AO=22;DP=101;FAO=24;FDP=104;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=55;FWDB=0.128348;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2338;QD=5.92367;RBI=0.129187;REFB=-0.00179983;REVB=-0.0146989;RO=74;SAF=15;SAR=7;SRF=25;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411315;STB=0.754302;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0173447;OID=.;OPOS=66457628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:74:80:22:24:0.230769:7:15:25:49:8:16:25:55 chr9 66457652 . C T 59.01 PASS AF=0.137931;AO=12;DP=88;FAO=12;FDP=87;FR=.;FRO=75;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.102368;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.198;QD=2.71289;RBI=0.103892;REFB=-0.00447011;REVB=-0.017729;RO=75;SAF=4;SAR=8;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710939;STB=0.549915;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.036251;OID=.;OPOS=66457652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:88:87:75:75:12:12:0.137931:8:4:29:46:8:4:29:46 chr9 66458150 . C T 40.87 PASS AF=0.0769231;AO=13;DP=181;FAO=14;FDP=182;FR=.;FRO=168;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=101;FSRR=67;FWDB=3.30249e-05;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.37;QD=0.898199;RBI=0.000996564;REFB=-0.00147381;REVB=-0.000996017;RO=164;SAF=5;SAR=8;SRF=98;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231945;STB=0.714857;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0399949;OID=.;OPOS=66458150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:181:182:164:168:13:14:0.0769231:8:5:98:66:9:5:101:67 chr9 66458183 . A G 43.31 PASS AF=0.078125;AO=13;DP=190;FAO=15;FDP=192;FR=.;FRO=177;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=92;FSRR=85;FWDB=0.00757074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7872;QD=0.902211;RBI=0.0148302;REFB=0.00229713;REVB=-0.0127522;RO=170;SAF=8;SAR=5;SRF=88;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107464;STB=0.638111;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.0181458;OID=.;OPOS=66458183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:190:192:170:177:13:15:0.078125:5:8:88:82:5:10:92:85 chr9 66458195 . TC GA,GC 136.48 PASS AF=0.0652174,0.0978261;AO=12,18;DP=185;FAO=12,18;FDP=184;FR=.;FRO=154;FSAF=5,11;FSAR=7,7;FSRF=75;FSRR=79;FWDB=-0.0248355,-0.0078139;FXX=0.0107521;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=164.211,73.5158;QD=2.96704;RBI=0.0254792,0.0081796;REFB=-0.00239595,-0.00717702;REVB=0.00569127,-0.00241843;RO=152;SAF=5,11;SAR=7,7;SRF=74;SRR=78;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0773231,0.150688;STB=0.565547,0.610988;STBP=0.677,0.319;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00593879,0.0365457;OID=.,.;OPOS=66458195,66458195;OREF=TC,T;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:66:185:184:152:154:12,18:12,18:0.0652174,0.0978261:7,7:5,11:74:78:7,7:5,11:75:79 chr9 66458231 . GC G 960.99 PASS AF=0.773723;AO=99;DP=142;FAO=106;FDP=137;FR=.;FRO=31;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00993047;FXX=0.0986777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.7381;QD=28.0581;RBI=0.0104149;REFB=-0.096183;REVB=-0.00313935;RO=29;SAF=48;SAR=51;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044936;STB=0.523437;STBP=0.319;TYPE=del;VARB=0.0326943;OID=.;OPOS=66458232;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.773723:99:142:106:137:31:52:54:12:19:82:29:48:51:11:18 chr9 68415338 . A C 112.83 PASS AF=0.137363;AO=25;DP=182;FAO=25;FDP=182;FR=.;FRO=157;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=65;FSRR=92;FWDB=-0.0535824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0267;QD=2.47979;RBI=0.0541084;REFB=-0.00536663;REVB=-0.00752641;RO=157;SAF=16;SAR=9;SRF=65;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280493;STB=0.688981;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0188633;OID=.;OPOS=68415338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:157:157:25:25:0.137363:9:16:65:92:9:16:65:92 chr9 68415353 . T G 71.01 PASS AF=0.110429;AO=18;DP=163;FAO=18;FDP=163;FR=.;FRO=145;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=65;FSRR=80;FWDB=-0.0147497;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.728;QD=1.74269;RBI=0.0147606;REFB=-0.000541144;REVB=-0.000568131;RO=144;SAF=7;SAR=11;SRF=64;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695467;STB=0.554173;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00349498;OID=.;OPOS=68415353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:163:163:144:145:18:18:0.110429:11:7:64:80:11:7:65:80 chr9 68415354 . GC GT,TA 93.38 PASS AF=0.105263,0.0394737;AO=16,6;DP=161;FAO=16,6;FDP=152;FR=.;FRO=130;FSAF=8,4;FSAR=8,2;FSRF=55;FSRR=75;FWDB=-0.0216466,-0.00882468;FXX=0.0617246;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=72.3605,143.488;QD=2.45724;RBI=0.0420441,0.0216696;REFB=0.00019945,-0.00507448;REVB=-0.0360435,-0.0197913;RO=127;SAF=8,4;SAR=8,2;SRF=53;SRR=74;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.10146,0.219671;STB=0.568409,0.722308;STBP=0.588,0.293;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00755938,-0.000923472;OID=.,.;OPOS=68415355,68415354;OREF=C,GC;OALT=T,TA;OMAPALT=GT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:161:152:127:130:16,6:16,6:0.105263,0.0394737:8,2:8,4:53:74:8,2:8,4:55:75 chr9 68415386 . G A 390.06 PASS AF=0.45098;AO=41;DP=105;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.00743766;FXX=0.0467246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3529;QD=15.2966;RBI=0.0217276;REFB=-0.0266418;REVB=-0.0204149;RO=64;SAF=15;SAR=26;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180389;STB=0.602552;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0292643;OID=.;OPOS=68415386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:102:64:56:41:46:0.45098:26:15:34:30:29:17:31:25 chr9 68415387 . GA AT,GT 471.52 PASS AF=0.0744681,0.43617;AO=7,40;DP=94;FAO=7,41;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=2,22;FSAR=5,19;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0771038,-0.0754618;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=93.6005,130.157;QD=20.0649;RBI=0.0771611,0.077365;REFB=0.00789561,-0.0146283;REVB=0.00297348,0.0170548;RO=45;SAF=2,21;SAR=5,19;SRF=17;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.12223,0.139081;STB=0.602103,0.576329;STBP=0.666,0.197;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0028601,0.0166157;OID=.,.;OPOS=68415387,68415388;OREF=GA,A;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:94:94:45:46:7,40:7,41:0.0744681,0.43617:5,19:2,21:17:28:5,19:2,22:18:28 chr9 68415397 . T C 78.0 PASS AF=0.175;AO=13;DP=79;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0145466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.137;QD=3.90008;RBI=0.0159486;REFB=-0.00861914;REVB=-0.0065386;RO=66;SAF=6;SAR=7;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291757;STB=0.512482;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0243962;OID=.;OPOS=68415397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:79:80:66:66:13:14:0.175:7:6:32:34:7:7:32:34 chr9 69002294 . C T 123.8 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0360024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.679;QD=8.68787;RBI=0.0406733;REFB=-0.011756;REVB=-0.0189248;RO=38;SAF=10;SAR=7;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204415;STB=0.52685;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0361653;OID=.;OPOS=69002294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:40:17:17:0.298246:7:10:23:15:7:10:25:15 chr9 69002304 . C A,G 165.4 PASS AF=0.186441,0.186441;AO=11,11;DP=59;FAO=11,11;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=6,8;FSAR=5,3;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0045309,0.0254684;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=45.8764,85.1164;QD=11.2134;RBI=0.00889556,0.0254733;REFB=0.0109625,-0.0148224;REVB=0.00765518,0.000497449;RO=33;SAF=6,8;SAR=5,3;SRF=18;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.234517;STB=0.538393,0.615163;STBP=0.79,0.436;TYPE=snp,snp;VARB=0.0119198,-0.0094617;OID=.,.;OPOS=69002304,69002304;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:59:59:33:37:11,11:11,11:0.186441,0.186441:5,3:6,8:18:15:5,3:6,8:22:15 chr9 69002317 . T C 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0383887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.581;QD=12.071;RBI=0.0427263;REFB=-0.00787158;REVB=-0.0187576;RO=40;SAF=15;SAR=9;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286013;STB=0.516515;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0121996;OID=.;OPOS=69002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:9:15:24:16:9:15:24:16 chr9 69181556 . T G 98.15 PASS AF=0.245902;AO=11;DP=57;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=9;FWDB=0.00797681;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.574;QD=6.43586;RBI=0.00959592;REFB=-0.0172543;REVB=-0.00533406;RO=42;SAF=8;SAR=3;SRF=35;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187698;STB=0.505148;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0458774;OID=.;OPOS=69181556;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:57:61:42:46:11:15:0.245902:3:8:35:7:3:12:37:9 chr9 69181562 . A T 106.2 PASS AF=0.25;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=9;FWDB=0.0336885;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8453;QD=6.63768;RBI=0.035972;REFB=-0.036278;REVB=-0.0126123;RO=48;SAF=13;SAR=3;SRF=39;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.55685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0442259;OID=.;OPOS=69181562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:48:48:16:16:0.25:3:13:39:9:3:13:39:9 chr9 69256816 . G A 1618.83 PASS AF=0.582329;AO=144;DP=249;FAO=145;FDP=249;FR=.;FRO=104;FSAF=57;FSAR=88;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=-0.00414989;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.101;QD=26.0053;RBI=0.00881478;REFB=0.00546117;REVB=-0.00777681;RO=103;SAF=57;SAR=87;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633114;STB=0.533664;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00431102;OID=.;OPOS=69256816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:103:104:144:145:0.582329:87:57:49:54:88:57:49:55 chr9 70919323 . A G 36.49 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0158024;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.21;QD=5.83828;RBI=0.0162029;REFB=-0.00576928;REVB=0.00358017;RO=19;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235388;STB=0.659768;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0171415;OID=.;OPOS=70919323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:25:25:19:19:6:6:0.24:1:5:13:6:1:5:13:6 chr9 70999315 . T C 468.48 PASS AF=0.398496;AO=53;DP=132;FAO=53;FDP=133;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=0.00161907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.233;QD=14.0896;RBI=0.00620791;REFB=-0.00199298;REVB=0.00599306;RO=78;SAF=25;SAR=28;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110791;STB=0.569305;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00186094;OID=.;OPOS=70999315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:78:80:53:53:0.398496:28:25:45:33:28:25:47:33 chr9 71396746 . A G 849.99 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.083411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.458;QD=57.6263;RBI=0.0842101;REFB=0;REVB=0.0115731;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417062;OID=.;OPOS=71396746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr9 71397734 . A G 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.27;QD=57.1754;RBI=0.0343886;REFB=0;REVB=0.00599313;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111654;OID=.;OPOS=71397734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr9 71397747 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.285;QD=56.7065;RBI=0.0328709;REFB=0;REVB=0.000776121;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238169;OID=.;OPOS=71397747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr9 71628207 . G C 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00111998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.785;QD=25.2441;RBI=0.0118591;REFB=-0.00928416;REVB=0.0118061;RO=22;SAF=19;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377415;STB=0.520953;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00720932;OID=.;OPOS=71628207;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:9:19:14:8:9:19:14:8 chr9 71687539 . G A 198.63 PASS AF=0.266055;AO=29;DP=109;FAO=29;FDP=109;FR=.;FRO=80;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.0148644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.623;QD=7.28932;RBI=0.0155532;REFB=-0.0133681;REVB=0.00457736;RO=78;SAF=12;SAR=17;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105862;STB=0.554664;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0241723;OID=.;OPOS=71687539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:78:80:29:29:0.266055:17:12:39:39:17:12:39:41 chr9 71841018 . A G 601.01 PASS AF=0.37234;AO=70;DP=188;FAO=70;FDP=188;FR=.;FRO=118;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=67;FWDB=0.0166416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.824;QD=12.7874;RBI=0.0169617;REFB=-0.00611993;REVB=0.00327972;RO=117;SAF=36;SAR=34;SRF=50;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958836;STB=0.551396;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0101747;OID=.;OPOS=71841018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:117:118:70:70:0.37234:34:36:50:67:34:36:51:67 chr9 71843023 . C A 571.8 PASS AF=0.557692;AO=55;DP=97;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=9;FWDB=0.0223382;FXX=0.0188661;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.3681;QD=21.9921;RBI=0.0634295;REFB=-0.0831326;REVB=0.0593659;RO=41;SAF=24;SAR=31;SRF=33;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282398;STB=0.654071;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.034886;OID=.;OPOS=71843023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:104:41:46:55:58:0.557692:31:24:33:8:32:26:37:9 chr9 71844094 . C A 979.73 PASS AF=0.527778;AO=95;DP=180;FAO=95;FDP=180;FR=.;FRO=85;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=55;FSRR=30;FWDB=-0.0170726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.752;QD=21.7718;RBI=0.0184472;REFB=-0.00620313;REVB=0.00698754;RO=85;SAF=52;SAR=43;SRF=55;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877088;STB=0.547924;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00498109;OID=.;OPOS=71844094;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:85:85:95:95:0.527778:43:52:55:30:43:52:55:30 chr9 71862975 . C T 428.71 PASS AF=0.348684;AO=53;DP=152;FAO=53;FDP=152;FR=.;FRO=99;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=54;FWDB=-0.0110513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.137;QD=11.2819;RBI=0.0116558;REFB=-0.00609875;REVB=0.00370489;RO=99;SAF=21;SAR=32;SRF=45;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680758;STB=0.539036;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0135632;OID=.;OPOS=71862975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:99:99:53:53:0.348684:32:21:45:54:32:21:45:54 chr9 71862987 . G A 417.59 PASS AF=0.344828;AO=50;DP=144;FAO=50;FDP=145;FR=.;FRO=95;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=57;FWDB=-0.0145381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.227;QD=11.5196;RBI=0.0158582;REFB=-0.0090606;REVB=0.00633441;RO=94;SAF=21;SAR=29;SRF=37;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310155;STB=0.5135;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0162585;OID=.;OPOS=71862987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:94:95:50:50:0.344828:29:21:37:57:29:21:38:57 chr9 71992373 . G A 199.62 PASS AF=0.268519;AO=29;DP=108;FAO=29;FDP=108;FR=.;FRO=79;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.0741851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5468;QD=7.39318;RBI=0.0746544;REFB=-0.000824174;REVB=-0.0083575;RO=76;SAF=10;SAR=19;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13052;STB=0.575704;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.000381898;OID=.;OPOS=71992373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:76:79:29:29:0.268519:19:10:34:42:19:10:35:44 chr9 72131577 . A C 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.109;QD=63.8698;RBI=0.0395777;REFB=0;REVB=-0.0161161;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204783;OID=.;OPOS=72131577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr9 72373624 . A G 3485.55 PASS AF=1;AO=222;DP=222;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.317;QD=62.5211;RBI=0.00950152;REFB=0;REVB=-0.00482901;RO=0;SAF=94;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96925e-05;OID=.;OPOS=72373624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:222:223:0:0:222:223:1:128:94:0:0:129:94:0:0 chr9 72472831 . C T 518.47 PASS AF=0.391026;AO=61;DP=156;FAO=61;FDP=156;FR=.;FRO=95;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=0.0102822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.992;QD=13.294;RBI=0.0105632;REFB=0.0138696;REVB=0.00241999;RO=94;SAF=34;SAR=27;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733262;STB=0.538303;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.0215883;OID=.;OPOS=72472831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:94:95:61:61:0.391026:27:34:46:48:27:34:47:48 chr9 72741247 . C T 210.11 PASS AF=0.277778;AO=30;DP=108;FAO=30;FDP=108;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.0145116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.278;QD=7.7817;RBI=0.0211902;REFB=-0.00553083;REVB=-0.0154414;RO=78;SAF=17;SAR=13;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050228;STB=0.529905;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.012821;OID=.;OPOS=72741247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:78:78:30:30:0.277778:13:17:41:37:13:17:41:37 chr9 72741298 . G A 152.01 PASS AF=0.25;AO=22;DP=87;FAO=22;FDP=88;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.0244667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.089;QD=6.90936;RBI=0.0252411;REFB=-0.00600048;REVB=-0.00620451;RO=65;SAF=13;SAR=9;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273462;STB=0.523284;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0206517;OID=.;OPOS=72741298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:65:66:22:22:0.25:9:13:37:28:9:13:37:29 chr9 72741312 . G A 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.47;QD=62.314;RBI=0.0304689;REFB=0;REVB=0.027287;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157507;OID=.;OPOS=72741312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:38:48:0:0:38:48:0:0 chr9 72755128 . TAAA T 145.74 PASS AF=0.325581;AO=27;DP=94;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.0475364;FXX=0.0947269;HRUN=3;LEN=3;MLLD=133.901;QD=6.77874;RBI=0.0494484;REFB=0.00273225;REVB=-0.0136174;RO=56;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305532;STB=0.671657;STBP=0.029;TYPE=del;VARB=-0.00691083;OID=.;OPOS=72755129;OREF=AAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325581:27:94:28:86:58:17:11:20:38:99:56:16:11:18:38 chr9 72841360 . A T 545.22 PASS AF=0.625;AO=47;DP=77;FAO=50;FDP=80;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0487227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.6226;QD=27.2611;RBI=0.0487609;REFB=-0.0507237;REVB=-0.00192763;RO=30;SAF=18;SAR=29;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110212;STB=0.559254;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0301993;OID=.;OPOS=72841360;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:30:30:47:50:0.625:29:18:16:14:31:19:16:14 chr9 72897434 . G A 2566.24 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.391;QD=61.837;RBI=0.0220697;REFB=0;REVB=0.0154871;RO=0;SAF=87;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35785e-07;OID=.;OPOS=72897434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:79:87:0:0:79:87:0:0 chr9 72897440 . T C 560.63 PASS AF=0.37931;AO=66;DP=174;FAO=66;FDP=174;FR=.;FRO=108;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=61;FSRR=47;FWDB=-0.00180352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.878;QD=12.888;RBI=0.00821763;REFB=0.000779877;REVB=0.00801728;RO=108;SAF=33;SAR=33;SRF=61;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071117;STB=0.540218;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00150236;OID=.;OPOS=72897440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:108:108:66:66:0.37931:33:33:61:47:33:33:61:47 chr9 73150984 . C T 2321.24 PASS AF=1;AO=145;DP=149;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210641;FXX=0.0201329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1348;QD=63.5956;RBI=0.0210932;REFB=0;REVB=0.0011072;RO=0;SAF=59;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0986e-05;OID=.;OPOS=73150984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:149:146:0:0:145:146:1:86:59:0:0:86:60:0:0 chr9 73151715 . C T 2072.18 PASS AF=0.985294;AO=133;DP=136;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00970675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.66;QD=60.9464;RBI=0.0104251;REFB=-0.0966295;REVB=-0.00380292;RO=1;SAF=48;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00555973;STB=0.505746;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-1.4329e-05;OID=.;OPOS=73151715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:136:1:2:133:134:0.985294:85:48:0:1:86:48:0:2 chr9 73151970 . C T 1970.95 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.006713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.815;QD=62.0773;RBI=0.0330169;REFB=0;REVB=0.0323272;RO=0;SAF=72;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09064e-05;OID=.;OPOS=73151970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:126:127:1:54:72:0:0:55:72:0:0 chr9 73376414 . G T 689.2 PASS AF=0.544715;AO=67;DP=123;FAO=67;FDP=123;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.019977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.6;QD=22.4131;RBI=0.0235023;REFB=0.00996474;REVB=-0.0123806;RO=56;SAF=25;SAR=42;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017428;STB=0.509548;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.0089151;OID=.;OPOS=73376414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:56:56:67:67:0.544715:42:25:22:34:42:25:22:34 chr9 73391369 . T C 691.56 PASS AF=0.606061;AO=60;DP=99;FAO=60;FDP=99;FR=.;FRO=39;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0089353;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=283.953;QD=27.9418;RBI=0.0138561;REFB=-0.0237447;REVB=0.0105902;RO=38;SAF=37;SAR=23;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00857795;STB=0.500534;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0156009;OID=.;OPOS=73391369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:38:39:60:60:0.606061:23:37:23:15:23:37:24:15 chr9 73391409 . C CA,CAA 352.27 PASS AF=1,0;AO=40,8;DP=68;FAO=62,0;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140625,0.0763369;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.28534,8.57397;QD=22.7268;RBI=0.294649,0.1525;REFB=-0.00706725,-0.0045466;REVB=-0.258926,-0.132019;RO=18;SAF=23,2;SAR=17,6;SRF=15;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.155506,-0.587409;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00281118,-0.0397366;OID=.,.;OPOS=73391410,73391410;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=CA,CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:40,8:68:62,0:62:0:37,0:25,0:0:0:5:18:23,2:17,6:15:3 chr9 73408518 . T G 6246.75 PASS AF=1;AO=401;DP=406;FAO=401;FDP=401;FR=.;FRO=0;FSAF=224;FSAR=177;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403576;FXX=0.012315;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.004;QD=62.3117;RBI=0.0424177;REFB=-0.0477522;REVB=0.0130587;RO=1;SAF=224;SAR=177;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00212597;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307677;OID=.;OPOS=73408518;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:406:401:1:0:401:401:1:177:224:1:0:177:224:0:0 chr9 74347399 . G A 251.52 PASS AF=0.309091;AO=34;DP=109;FAO=34;FDP=110;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.0938516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.127;QD=9.14606;RBI=0.0942194;REFB=-0.00132719;REVB=-0.00831776;RO=75;SAF=12;SAR=22;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214786;STB=0.621667;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00183169;OID=.;OPOS=74347399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:75:76:34:34:0.309091:22:12:40:35:22:12:40:36 chr9 74360096 . C T 613.63 PASS AF=0.666667;AO=53;DP=81;FAO=54;FDP=81;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0237985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.177;QD=30.3029;RBI=0.0251769;REFB=-0.025654;REVB=-0.00821623;RO=25;SAF=20;SAR=33;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390473;STB=0.506472;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0155504;OID=.;OPOS=74360096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:25:27:53:54:0.666667:33:20:11:14:33:21:11:16 chr9 74360209 . G C 962.4 PASS AF=0.700855;AO=82;DP=117;FAO=82;FDP=117;FR=.;FRO=35;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00228318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.014;QD=32.9026;RBI=0.00715125;REFB=-0.0164897;REVB=-0.00677698;RO=35;SAF=42;SAR=40;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489834;STB=0.526309;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00642485;OID=.;OPOS=74360209;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:35:35:82:82:0.700855:40:42:21:14:40:42:21:14 chr9 74834384 . C T 565.69 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=102;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00366794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.509;QD=22.184;RBI=0.00369694;REFB=-0.00831446;REVB=-0.000462226;RO=43;SAF=30;SAR=26;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744181;STB=0.545438;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00613003;OID=.;OPOS=74834384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:43:46:56:56:0.54902:26:30:19:24:26:30:20:26 chr9 74846104 . A G 912.28 PASS AF=0.564626;AO=82;DP=146;FAO=83;FDP=147;FR=.;FRO=64;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.0111564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.716;QD=24.8239;RBI=0.0112867;REFB=-0.00465805;REVB=-0.00171052;RO=64;SAF=45;SAR=37;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139016;STB=0.57239;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00487381;OID=.;OPOS=74846104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:64:64:82:83:0.564626:37:45:24:40:38:45:24:40 chr9 74975136 . T C 2147.43 PASS AF=0.985714;AO=138;DP=140;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0190253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7245;QD=61.3551;RBI=0.0304928;REFB=-0.0769691;REVB=0.0238296;RO=2;SAF=56;SAR=82;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00265109;STB=0.501394;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00205279;OID=.;OPOS=74975136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:140:2:2:138:138:0.985714:82:56:1:1:82:56:1:1 chr9 74979391 . G C 104.64 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0107489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.334;QD=19.9319;RBI=0.0614263;REFB=-0.0110236;REVB=-0.0604785;RO=9;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186247;STB=0.606124;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00271294;OID=.;OPOS=74979391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:5:7:3:6:5:7:3:6 chr9 75303653 . C T 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0260809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.691;QD=19.44;RBI=0.0262261;REFB=-0.00209982;REVB=-0.00275546;RO=29;SAF=17;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00292445;STB=0.501628;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0018852;OID=.;OPOS=75303653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:14:17:16:13:14:17:16:13 chr9 75315438 . G A 755.83 PASS AF=0.653061;AO=52;DP=99;FAO=64;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0103902;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.761;QD=30.8503;RBI=0.0570818;REFB=-0.0412561;REVB=0.0561282;RO=34;SAF=29;SAR=23;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126801;STB=0.546135;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0250817;OID=.;OPOS=75315438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:34:34:52:64:0.653061:23:29:13:21:31:33:13:21 chr9 75545882 . G A 444.94 PASS AF=0.345679;AO=56;DP=162;FAO=56;FDP=162;FR=.;FRO=106;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=59;FSRR=47;FWDB=0.00511585;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=326.425;QD=10.9861;RBI=0.00848433;REFB=-0.00178201;REVB=0.00676845;RO=106;SAF=32;SAR=24;SRF=59;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017226;STB=0.509871;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00370829;OID=.;OPOS=75545882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:106:106:56:56:0.345679:24:32:59:47:24:32:59:47 chr9 77257565 . C T 244.91 PASS AF=0.293103;AO=34;DP=116;FAO=34;FDP=116;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.00563314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.655;QD=8.44521;RBI=0.00592143;REFB=-0.00654244;REVB=0.00182512;RO=82;SAF=21;SAR=13;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404619;STB=0.523871;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0150523;OID=.;OPOS=77257565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:82:82:34:34:0.293103:13:21:48:34:13:21:48:34 chr9 77376647 . T C 786.45 PASS AF=0.408257;AO=89;DP=218;FAO=89;FDP=218;FR=.;FRO=129;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=77;FSRR=52;FWDB=-0.00240796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.214;QD=14.4304;RBI=0.00241989;REFB=-0.009348;REVB=0.000240013;RO=129;SAF=40;SAR=49;SRF=77;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154808;STB=0.586597;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0121321;OID=.;OPOS=77376647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:129:129:89:89:0.408257:49:40:77:52:49:40:77:52 chr9 77377410 . C T 183.41 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.033425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8005;QD=11.8328;RBI=0.0335817;REFB=0.00476686;REVB=-0.00323969;RO=39;SAF=16;SAR=7;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677194;STB=0.539291;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0054747;OID=.;OPOS=77377410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:7:16:25:14:7:16:25:14 chr9 77391060 . T C 252.57 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.000178749;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.219;QD=12.6284;RBI=0.0297798;REFB=-0.00237016;REVB=-0.0297793;RO=50;SAF=12;SAR=18;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459183;STB=0.526298;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00335377;OID=.;OPOS=77391060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:18:12:18:32:18:12:18:32 chr9 77397519 . T C 363.82 PASS AF=0.292398;AO=50;DP=171;FAO=50;FDP=171;FR=.;FRO=121;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=61;FSRR=60;FWDB=0.012832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.771;QD=8.51029;RBI=0.0130088;REFB=9.98949e-05;REVB=-0.00213732;RO=120;SAF=27;SAR=23;SRF=60;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483099;STB=0.525429;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.000213835;OID=.;OPOS=77397519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:120:121:50:50:0.292398:23:27:60:60:23:27:61:60 chr9 77407636 . C T 920.43 PASS AF=0.576159;AO=86;DP=150;FAO=87;FDP=151;FR=.;FRO=64;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.00361457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.236;QD=24.3823;RBI=0.016464;REFB=-0.00641688;REVB=-0.0160623;RO=64;SAF=54;SAR=32;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164659;STB=0.585754;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00457714;OID=.;OPOS=77407636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:64:64:86:87:0.576159:32:54:27:37:33:54:27:37 chr9 77415000 . T C 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0131242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.766;QD=10.542;RBI=0.0142797;REFB=-0.00590494;REVB=0.00562709;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792063;STB=0.547855;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0104166;OID=.;OPOS=77415000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:8:3:7:14:8:3:7:14 chr9 77415284 . A C 390.99 PASS AF=0.328767;AO=48;DP=146;FAO=48;FDP=146;FR=.;FRO=98;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=0.0137691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.53;QD=10.7122;RBI=0.0175358;REFB=-0.000628965;REVB=-0.0108588;RO=98;SAF=23;SAR=25;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360668;STB=0.520825;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.000942339;OID=.;OPOS=77415284;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:98:98:48:48:0.328767:25:23:50:48:25:23:50:48 chr9 77472604 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.95;QD=53.9111;RBI=0.0330579;REFB=0;REVB=0.0189971;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272445;OID=.;OPOS=77472604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr9 77518062 . C G 291.99 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00896637;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.54;QD=19.7961;RBI=0.0223445;REFB=-0.0238345;REVB=-0.0204666;RO=28;SAF=24;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21314;STB=0.619482;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0145259;OID=.;OPOS=77518062;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:7:24:16:12:7:24:16:12 chr9 77684690 . A C 724.44 PASS AF=0.565574;AO=69;DP=122;FAO=69;FDP=122;FR=.;FRO=53;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0362538;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5796;QD=23.7522;RBI=0.0533857;REFB=-0.0288438;REVB=0.0391881;RO=53;SAF=45;SAR=24;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073555;STB=0.540218;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0199791;OID=.;OPOS=77684690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:53:53:69:69:0.565574:24:45:30:23:24:45:30:23 chr9 78291861 . G T 717.13 PASS AF=0.542636;AO=60;DP=118;FAO=70;FDP=129;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.000665785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.388;QD=22.2365;RBI=0.0124192;REFB=-0.00983801;REVB=0.0124013;RO=58;SAF=34;SAR=26;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135979;STB=0.549058;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00918882;OID=.;OPOS=78291861;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:129:58:59:60:70:0.542636:26:34:24:34:34:36:24:35 chr9 78773924 . C T 470.97 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0486689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.841;QD=17.2834;RBI=0.0675451;REFB=-0.0272902;REVB=-0.0468367;RO=58;SAF=32;SAR=19;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924158;STB=0.551497;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0342191;OID=.;OPOS=78773924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:58:51:51:0.46789:19:32:31:27:19:32:31:27 chr9 78773953 . G A 1380.81 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184463;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.302;QD=62.7643;RBI=0.0202804;REFB=0;REVB=0.00842789;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12589e-05;OID=.;OPOS=78773953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:51:37:0:0:51:37:0:0 chr9 78790133 . G A 236.02 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0219081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.194;QD=17.483;RBI=0.0362438;REFB=-0.0291962;REVB=0.028873;RO=28;SAF=9;SAR=17;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148161;STB=0.583516;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.030821;OID=.;OPOS=78790133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:17:9:14:14:17:9:14:14 chr9 78790138 . A G 267.32 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00850139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.632;QD=21.8224;RBI=0.0169559;REFB=-0.0430757;REVB=-0.0146707;RO=24;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772338;STB=0.550733;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0318845;OID=.;OPOS=78790138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:24:25:0.510204:15:9:11:13:16:9:11:13 chr9 78790153 . A G 496.15 PASS AF=0.878049;AO=35;DP=40;FAO=36;FDP=41;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0242507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7123;QD=48.4049;RBI=0.0251084;REFB=-0.0539208;REVB=-0.00650687;RO=5;SAF=11;SAR=24;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746849;STB=0.540935;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0083013;OID=.;OPOS=78790153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:40:41:5:5:35:36:0.878049:24:11:3:2:25:11:3:2 chr9 78790182 . G C 36.27 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0389491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.412;QD=6.9082;RBI=0.041048;REFB=-0.00914069;REVB=-0.0129578;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265793;STB=0.666173;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0211359;OID=.;OPOS=78790182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:3:3:4:11:3:3:4:11 chr9 78790187 . G C 135.53 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.041751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5223;QD=27.1065;RBI=0.0571582;REFB=-0.159198;REVB=0.0390372;RO=5;SAF=5;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083154;STB=0.507801;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.070633;OID=.;OPOS=78790187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:5:6:14:14:0.7:9:5:1:4:9:5:2:4 chr9 78790202 . C A 40.31 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0069937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.947;QD=14.6588;RBI=0.0155438;REFB=-0.0401075;REVB=-0.0138816;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553146;STB=0.53322;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0164648;OID=.;OPOS=78790202;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:2:3:4:2:2:3 chr9 79009106 . A C 613.76 PASS AF=0.913043;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0726098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.575;QD=53.3703;RBI=0.0726692;REFB=0.0120267;REVB=-0.00293624;RO=3;SAF=23;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269296;STB=0.525975;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.000279572;OID=.;OPOS=79009106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:46:46:3:4:42:42:0.913043:19:23:1:2:19:23:1:3 chr9 79118661 . A G 469.77 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00269712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.651;QD=23.1986;RBI=0.0139986;REFB=-0.0139102;REVB=-0.0137363;RO=36;SAF=30;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120396;STB=0.566341;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0135193;OID=.;OPOS=79118661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:36:45:45:0.555556:15:30:19:17:15:30:19:17 chr9 79119752 . C T 290.33 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0332655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.375;QD=14.1623;RBI=0.0362361;REFB=-0.00671328;REVB=-0.0143687;RO=49;SAF=19;SAR=14;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112136;STB=0.563759;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0122236;OID=.;OPOS=79119752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:14:19:23:26:14:19:23:26 chr9 79120475 . A T 267.51 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0128226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.179;QD=21.8372;RBI=0.0131163;REFB=-0.0117387;REVB=-0.00275995;RO=24;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015115;STB=0.508468;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0157858;OID=.;OPOS=79120475;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:10:15:14:10:10:15:14:10 chr9 79120552 . C CAGT 38.59 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00765983;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=202.787;QD=11.0258;RBI=0.00802195;REFB=-0.00702414;REVB=-0.00238299;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413635;STB=0.734403;STBP=0.195;TYPE=ins;VARB=0.0311585;OID=.;OPOS=79120553;OREF=-;OALT=AGT;OMAPALT=CAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:6:14:6:14:8:5:1:4:4:38:7:5:1:3:4 chr9 79121085 . G T 3511.3 PASS AF=0.991228;AO=225;DP=227;FAO=226;FDP=228;FR=.;FRO=2;FSAF=127;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0178911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7479;QD=61.6017;RBI=0.0181991;REFB=0.00132675;REVB=-0.00333416;RO=2;SAF=126;SAR=99;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00102194;STB=0.500552;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000132987;OID=.;OPOS=79121085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:227:228:2:2:225:226:0.991228:99:126:1:1:99:127:1:1 chr9 79121906 . C T 639.64 PASS AF=0.670732;AO=55;DP=82;FAO=55;FDP=82;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0198097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.282;QD=31.2021;RBI=0.0370346;REFB=-0.019259;REVB=-0.0312911;RO=27;SAF=23;SAR=32;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106913;STB=0.557869;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0110488;OID=.;OPOS=79121906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:27:27:55:55:0.670732:32:23:16:11:32:23:16:11 chr9 79186729 . T C 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0281761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.887;QD=27.3839;RBI=0.0285272;REFB=-0.00519775;REVB=0.00446237;RO=2;SAF=9;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24836;STB=0.729154;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0225846;OID=.;OPOS=79186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:2:3:10:10:0.769231:1:9:1:1:1:9:1:2 chr9 79186750 . G T 223.94 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00689521;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.286;QD=34.4523;RBI=0.0158343;REFB=-0.0325603;REVB=0.0142542;RO=6;SAF=15;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205761;STB=0.613515;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00877781;OID=.;OPOS=79186750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:6:6:20:20:0.769231:5:15:2:4:5:15:2:4 chr9 79186765 . C G 310.3 PASS AF=0.742857;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0253791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.802;QD=35.463;RBI=0.0257421;REFB=-0.0605001;REVB=-0.00430789;RO=9;SAF=20;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130225;STB=0.57137;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.012712;OID=.;OPOS=79186765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:9:9:26:26:0.742857:6:20:5:4:6:20:5:4 chr9 79186781 . T C 384.95 PASS AF=0.789474;AO=30;DP=39;FAO=30;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00742909;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4662;QD=40.521;RBI=0.0246437;REFB=-0.01407;REVB=-0.0234973;RO=8;SAF=25;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257564;STB=0.640919;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0129945;OID=.;OPOS=79186781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:39:38:8:8:30:30:0.789474:5:25:3:5:5:25:3:5 chr9 79186787 . C T 257.74 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0040733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.404;QD=23.4311;RBI=0.0333026;REFB=-0.021939;REVB=-0.0330526;RO=20;SAF=21;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393182;STB=0.723913;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0150524;OID=.;OPOS=79186787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:3:21:11:9:3:21:11:9 chr9 79186820 . A C 446.12 PASS AF=0.672131;AO=40;DP=61;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=33;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0166788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8501;QD=29.254;RBI=0.0575883;REFB=-2.50455e-05;REVB=-0.0551201;RO=21;SAF=32;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293199;STB=0.667925;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00104087;OID=.;OPOS=79186820;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:21:20:40:41:0.672131:8:32:9:12:8:33:8:12 chr9 79186886 . C G 95.09 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.020961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5006;QD=11.1873;RBI=0.0233635;REFB=0.00338968;REVB=0.0103193;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408843;STB=0.740373;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00234172;OID=.;OPOS=79186886;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:4:8:6:16:4:8:6:16 chr9 79318375 . GGTGACAGCCTGCAAC G 50.0 PASS AO=141;DP=174;LEN=15;RO=33;SAF=75;SAR=50;SRF=36;SRR=13;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=79318376;OREF=GTGACAGCCTGCAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 1/1:99:174:33:141:50:75:36:13 chr9 79318471 . C T 1531.19 PASS AF=0.98;AO=97;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0113696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.636;QD=61.2477;RBI=0.0202537;REFB=-0.00517412;REVB=-0.0167614;RO=0;SAF=59;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66457e-08;STB=0.502127;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=7.16603e-05;OID=.;OPOS=79318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:0:2:97:98:0.98:38:59:0:0:39:59:1:1 chr9 79318677 . T C 2806.49 PASS AF=0.973822;AO=181;DP=187;FAO=186;FDP=191;FR=.;FRO=5;FSAF=96;FSAR=90;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0375259;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.4024;QD=58.7746;RBI=0.0429344;REFB=-0.166488;REVB=0.0208608;RO=6;SAF=92;SAR=89;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000505926;STB=0.503042;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00465056;OID=.;OPOS=79318677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:187:191:6:5:181:186:0.973822:89:92:3:3:90:96:2:3 chr9 79318921 . A G 205.48 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0302209;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.495;QD=10.6742;RBI=0.0303882;REFB=-0.0199879;REVB=-0.00318464;RO=49;SAF=10;SAR=16;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209494;STB=0.609134;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0344949;OID=.;OPOS=79318921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:49:51:26:26:0.337662:16:10:28:21:16:10:28:23 chr9 79318998 . A G 655.81 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283314;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5748;QD=62.4579;RBI=0.0323443;REFB=0;REVB=0.0156041;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000893562;OID=.;OPOS=79318998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr9 79320095 . T G 613.0 PASS AF=0.520661;AO=60;DP=118;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.00867701;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.492;QD=20.2645;RBI=0.00959577;REFB=-0.0214264;REVB=-0.00409736;RO=57;SAF=31;SAR=29;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998555;STB=0.560127;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0229422;OID=.;OPOS=79320095;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:121:57:58:60:63:0.520661:29:31:23:34:29:34:24:34 chr9 79320640 . C T 1884.65 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127327;FXX=0.0317435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.888;QD=61.7918;RBI=0.0409585;REFB=0;REVB=0.0389291;RO=0;SAF=66;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198222;OID=.;OPOS=79320640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:121:122:1:55:66:0:0:56:66:0:0 chr9 79320847 . G C 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00650949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.282;QD=23.2632;RBI=0.00694678;REFB=-0.0131882;REVB=0.00242577;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123796;STB=0.569013;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0130959;OID=.;OPOS=79320847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:12:11:12:7:12:11:12:7 chr9 79321276 . T C 1116.91 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4167;QD=60.3736;RBI=0.0715797;REFB=0;REVB=0.0634959;RO=0;SAF=23;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585627;OID=.;OPOS=79321276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:51:23:0:0:51:23:0:0 chr9 79321769 . C T 361.41 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0229113;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.566;QD=17.4171;RBI=0.0230833;REFB=0.00145139;REVB=0.00281206;RO=44;SAF=24;SAR=14;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255437;STB=0.637096;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.000902822;OID=.;OPOS=79321769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:44:45:38:38:0.457831:14:24:16:28:14:24:17:28 chr9 79321871 . C T 286.76 PASS AF=0.31405;AO=38;DP=121;FAO=38;FDP=121;FR=.;FRO=83;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=29;FWDB=-0.0195521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.929;QD=9.47982;RBI=0.0209373;REFB=-0.0155589;REVB=-0.00748884;RO=82;SAF=17;SAR=21;SRF=53;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230855;STB=0.636839;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0332557;OID=.;OPOS=79321871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:82:83:38:38:0.31405:21:17:53:29:21:17:54:29 chr9 79322068 . G T 280.71 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0426484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1904;QD=14.3951;RBI=0.054124;REFB=0.0311884;REVB=-0.0333245;RO=46;SAF=21;SAR=11;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168501;STB=0.595932;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.054834;OID=.;OPOS=79322068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:11:21:23:23:11:21:23:23 chr9 79322674 . A G 1713.2 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0517;QD=60.6444;RBI=0.107271;REFB=0;REVB=0.0197909;RO=0;SAF=46;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439674;OID=.;OPOS=79322674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:66:46:0:0:66:47:0:0 chr9 79322720 . A G 1079.81 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0116963;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.688;QD=56.0943;RBI=0.0117208;REFB=0.0474155;REVB=0.000758189;RO=2;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189179;STB=0.500196;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.000233506;OID=.;OPOS=79322720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:2:3:74:74:0.961039:49:25:0:2:49:25:1:2 chr9 79324179 . G A 48.94 PASS AF=0.195122;AO=7;DP=40;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0160512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.915;QD=4.77419;RBI=0.0167593;REFB=-0.00108146;REVB=0.00482006;RO=33;SAF=3;SAR=4;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104072;STB=0.512165;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00397197;OID=.;OPOS=79324179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:40:41:33:33:7:8:0.195122:4:3:17:16:4:4:17:16 chr9 79324439 . A G 667.63 PASS AF=0.519685;AO=64;DP=126;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.012746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.922;QD=21.0276;RBI=0.0127807;REFB=-0.0148432;REVB=0.000941116;RO=59;SAF=33;SAR=31;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855632;STB=0.504538;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0115499;OID=.;OPOS=79324439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:59:61:64:66:0.519685:31:33:31:28:32:34:32:29 chr9 79324741 . T C 533.3 PASS AF=0.42029;AO=58;DP=138;FAO=58;FDP=138;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.0110931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2756;QD=15.458;RBI=0.0609556;REFB=-0.0223607;REVB=0.0599377;RO=78;SAF=35;SAR=23;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107732;STB=0.568216;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0246612;OID=.;OPOS=79324741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:78:80:58:58:0.42029:23:35:39:39:23:35:39:41 chr9 79324955 . C T 327.92 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00300812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.461;QD=30.5041;RBI=0.00338737;REFB=-0.0127201;REVB=0.00155739;RO=15;SAF=11;SAR=17;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914342;STB=0.550219;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00802946;OID=.;OPOS=79324955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:17:11:8:7:17:11:8:7 chr9 79325297 . T G 1556.0 PASS AF=0.568548;AO=141;DP=250;FAO=141;FDP=248;FR=.;FRO=107;FSAF=82;FSAR=59;FSRF=67;FSRR=40;FWDB=0.0102363;FXX=0.00799968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.515;QD=25.0968;RBI=0.0328916;REFB=-0.00773417;REVB=0.0312582;RO=106;SAF=82;SAR=59;SRF=67;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413666;STB=0.519898;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00550516;OID=.;OPOS=79325297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:248:106:107:141:141:0.568548:59:82:67:39:59:82:67:40 chr9 79325558 . G C 241.59 PASS AF=0.302752;AO=33;DP=109;FAO=33;FDP=109;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0213897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.015;QD=8.86584;RBI=0.030206;REFB=0.00145611;REVB=-0.021328;RO=75;SAF=13;SAR=20;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134846;STB=0.574926;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00394992;OID=.;OPOS=79325558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:75:76:33:33:0.302752:20:13:38:37:20:13:38:38 chr9 79325615 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0629438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1937;QD=62.0216;RBI=0.0667029;REFB=0;REVB=-0.0220762;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00120488;OID=.;OPOS=79325615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr9 79325759 . C T 327.84 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0581429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2279;QD=23.0063;RBI=0.0855191;REFB=-0.0153944;REVB=-0.0627131;RO=24;SAF=17;SAR=16;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433677;STB=0.523896;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0133359;OID=.;OPOS=79325759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:16:17:11:13:16:17:11:13 chr9 79328522 . C T 128.24 PASS AF=0.210526;AO=20;DP=96;FAO=20;FDP=95;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=0.00880971;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.014;QD=5.39956;RBI=0.0142477;REFB=-0.00217267;REVB=0.0111976;RO=74;SAF=7;SAR=13;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301367;STB=0.682623;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00665165;OID=.;OPOS=79328522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:74:75:20:20:0.210526:13:7:44:30:13:7:44:31 chr9 79471995 . T C 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.648;QD=56.0119;RBI=0.025198;REFB=-0.0598475;REVB=-0.00266771;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022804;STB=0.512188;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00145905;OID=.;OPOS=79471995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:14:20:1:0:14:20:1:0 chr9 79836218 . TA T 135.79 PASS AF=0.464286;AO=72;DP=169;FAO=78;FDP=168;FR=.;FRO=90;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=0.108938;FXX=0.00591681;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.60892;QD=3.23318;RBI=0.117161;REFB=-0.0837705;REVB=-0.0431184;RO=73;SAF=29;SAR=43;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1214;STB=0.54053;STBP=0.346;TYPE=del;VARB=0.0782963;OID=.;OPOS=79836219;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286:72:169:78:168:90:34:44:46:44:99:73:29:43:39:34 chr9 79999547 . G GTGA 35.94 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0154573;FXX=0.0789266;HRUN=1;LEN=3;MLLD=186.679;QD=4.10705;RBI=0.0499614;REFB=-0.0263567;REVB=-0.0475101;RO=45;SAF=1;SAR=5;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312965;STB=0.666033;STBP=0.461;TYPE=ins;VARB=0.121515;OID=.;OPOS=79999548;OREF=-;OALT=TGA;OMAPALT=GTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171429:6:52:6:35:29:1:5:9:20:35:45:1:5:18:27 chr9 80049298 . C T 2105.77 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000481076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.579;QD=61.9345;RBI=0.0257849;REFB=-0.0526401;REVB=0.0257805;RO=1;SAF=60;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629643;STB=0.503311;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=8.59248e-05;OID=.;OPOS=80049298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:1:1:135:135:0.992647:75:60:0:1:75:60:0:1 chr9 80144078 . C T 414.24 PASS AF=0.232143;AO=65;DP=280;FAO=65;FDP=280;FR=.;FRO=215;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=111;FSRR=104;FWDB=0.00210285;FXX=0.00355859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.411;QD=5.91767;RBI=0.0204764;REFB=-0.0131287;REVB=-0.0203681;RO=213;SAF=35;SAR=30;SRF=112;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161151;STB=0.528993;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0420233;OID=.;OPOS=80144078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:213:215:65:65:0.232143:30:35:112:101:29:36:111:104 chr9 80250143 . C T 715.13 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0528683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.168;QD=60.8625;RBI=0.0655562;REFB=-0.0345181;REVB=0.0387629;RO=1;SAF=9;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493711;STB=0.523799;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000494957;OID=.;OPOS=80250143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:1:1:45:46:0.978723:36:9:1:0:36:10:1:0 chr9 80335438 . A C 313.71 PASS AF=0.364486;AO=39;DP=107;FAO=39;FDP=107;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.015558;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=58.2261;QD=11.7273;RBI=0.0168082;REFB=-0.0124215;REVB=-0.0063613;RO=67;SAF=13;SAR=26;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134394;STB=0.582738;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0449359;OID=.;OPOS=80335438;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:67:68:39:39:0.364486:26:13:30:37:26:13:31:37 chr9 80780470 . C T 389.21 PASS AF=0.311765;AO=53;DP=170;FAO=53;FDP=170;FR=.;FRO=117;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=69;FSRR=48;FWDB=0.0588703;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.8264;QD=9.15785;RBI=0.0592344;REFB=-0.0145487;REVB=-0.00655707;RO=110;SAF=34;SAR=19;SRF=65;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628122;STB=0.537884;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0295408;OID=.;OPOS=80780470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:110:117:53:53:0.311765:19:34:65:45:19:34:69:48 chr9 80851350 . G C 853.94 PASS AF=0.723404;AO=68;DP=94;FAO=68;FDP=94;FR=.;FRO=26;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0292733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1058;QD=36.3377;RBI=0.0294986;REFB=0.0202066;REVB=0.0036385;RO=26;SAF=42;SAR=26;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198305;STB=0.510649;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.0135845;OID=.;OPOS=80851350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:26:26:68:68:0.723404:26:42:17:9:26:42:17:9 chr9 80912115 . G C 553.59 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.718;QD=59.8474;RBI=0.0230745;REFB=0;REVB=0.0180189;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028208;OID=.;OPOS=80912115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr9 80919756 . T G 792.8 PASS AF=0.569231;AO=74;DP=131;FAO=74;FDP=130;FR=.;FRO=56;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00418908;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.37;QD=24.394;RBI=0.00847649;REFB=-0.0110303;REVB=0.00736902;RO=57;SAF=40;SAR=34;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812334;STB=0.54053;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0062576;OID=.;OPOS=80919756;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:57:56:74:74:0.569231:34:40:25:32:34:40:25:31 chr9 82187750 . A G 1548.53 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000116937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.683;QD=63.8569;RBI=0.00454626;REFB=0;REVB=-0.00454475;RO=0;SAF=70;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98657e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.26893e-06;OID=.;OPOS=82187750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:95:97:1:25:70:0:0:25:72:0:0 chr9 82335174 . G A 159.93 PASS AF=0.222222;AO=26;DP=117;FAO=26;FDP=117;FR=.;FRO=91;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=-0.0122623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.53;QD=5.46761;RBI=0.0265696;REFB=0.00355827;REVB=0.0235707;RO=91;SAF=12;SAR=14;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279226;STB=0.517228;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.0134388;OID=.;OPOS=82335174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:91:91:26:26:0.222222:14:12:40:51:14:12:40:51 chr9 82341457 . GAAAA G 50.0 PASS AO=61;DP=115;LEN=4;RO=54;SAF=42;SAR=47;SRF=11;SRR=15;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=82341458;OREF=AAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:115:54:61:47:42:11:15 chr9 84267147 . T C 966.52 PASS AF=0.651163;AO=84;DP=129;FAO=84;FDP=129;FR=.;FRO=45;FSAF=57;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00727416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1915;QD=29.9698;RBI=0.0152871;REFB=-0.0118537;REVB=0.0134455;RO=45;SAF=57;SAR=27;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132975;STB=0.571927;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0108554;OID=.;OPOS=84267147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:45:45:84:84:0.651163:27:57:22:23:27:57:22:23 chr9 84530567 . C T 257.89 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.0089286;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.252;QD=13.9401;RBI=0.015367;REFB=-0.0079711;REVB=0.012507;RO=42;SAF=8;SAR=22;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383743;STB=0.504584;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0160052;OID=.;OPOS=84530567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:44:30:30:0.405405:22:8:10:32:22:8:12:32 chr9 84607758 . T A 1462.12 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0483016;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.695;QD=57.338;RBI=0.0531449;REFB=-0.0751176;REVB=0.0221662;RO=2;SAF=38;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150561;STB=0.507935;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00167552;OID=.;OPOS=84607758;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:102:2:2:100:100:0.980392:62:38:0:2:62:38:0:2 chr9 85627408 . G A 237.5 PASS AF=0.227545;AO=38;DP=166;FAO=38;FDP=167;FR=.;FRO=129;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=58;FSRR=71;FWDB=0.00212864;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.771;QD=5.6887;RBI=0.0048666;REFB=-0.00388593;REVB=-0.00437638;RO=124;SAF=25;SAR=13;SRF=53;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287625;STB=0.660501;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0138528;OID=.;OPOS=85627408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:124:129:38:38:0.227545:13:25:53:71:13:25:58:71 chr9 86278817 . C A 812.53 PASS AF=0.52381;AO=77;DP=147;FAO=77;FDP=147;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.00266433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.036;QD=22.1096;RBI=0.00582737;REFB=-0.00795185;REVB=0.00518262;RO=70;SAF=34;SAR=43;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137024;STB=0.57513;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00721313;OID=.;OPOS=86278817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:70:70:77:77:0.52381:43:34:42:28:43:34:42:28 chr9 86284178 . C A 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00557771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.522;QD=59.8657;RBI=0.00564025;REFB=0;REVB=-0.000837554;RO=0;SAF=53;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25212e-06;OID=.;OPOS=86284178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:51:53:0:0:51:53:0:0 chr9 86327898 . C T 1826.31 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167865;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.835;QD=61.3885;RBI=0.0181058;REFB=0;REVB=0.0067848;RO=0;SAF=52;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.3416e-05;OID=.;OPOS=86327898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:67:52:0:0:67:52:0:0 chr9 86414186 . C T 502.48 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.0740694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.184;QD=24.8139;RBI=0.0781865;REFB=-0.0238831;REVB=-0.0250371;RO=34;SAF=26;SAR=21;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167893;STB=0.591512;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00939487;OID=.;OPOS=86414186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:34:47:47:0.580247:21:26:26:8:21:26:26:8 chr9 86468715 . A T 1438.96 PASS AF=0.959596;AO=94;DP=98;FAO=95;FDP=99;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00932734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.768;QD=58.1396;RBI=0.04608;REFB=-0.0496271;REVB=0.0451261;RO=4;SAF=43;SAR=51;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420827;STB=0.521735;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.000350982;OID=.;OPOS=86468715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:99:4:4:94:95:0.959596:51:43:4:0:51:44:4:0 chr9 86474092 . A AT 198.03 PASS AF=0.436975;AO=51;DP=119;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0866586;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.8518;QD=6.6564;RBI=0.119747;REFB=0.00821252;REVB=-0.0826411;RO=62;SAF=33;SAR=18;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118409;STB=0.577807;STBP=0.162;TYPE=ins;VARB=-0.0161567;OID=.;OPOS=86474093;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.436975:51:119:52:119:67:34:18:35:32:99:62:33:18:33:29 chr9 86474115 . T C 1063.99 PASS AF=0.621795;AO=97;DP=156;FAO=97;FDP=156;FR=.;FRO=59;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.000102357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.033;QD=27.2819;RBI=0.0052785;REFB=-0.0067257;REVB=0.00527751;RO=57;SAF=56;SAR=41;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233859;STB=0.513482;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00487742;OID=.;OPOS=86474115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:57:59:97:97:0.621795:41:56:31:26:41:56:32:27 chr9 86518796 . T C 349.86 PASS AF=0.603448;AO=34;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0586851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1123;QD=24.1283;RBI=0.0586981;REFB=-0.0114641;REVB=0.00123353;RO=23;SAF=20;SAR=14;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117288;STB=0.558791;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0112255;OID=.;OPOS=86518796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:34:35:0.603448:14:20:17:6:14:21:17:6 chr9 86585776 . A T 268.55 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00245992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.747;QD=13.9504;RBI=0.00732974;REFB=-0.00333198;REVB=-0.00690463;RO=46;SAF=15;SAR=16;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169266;STB=0.509633;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00417991;OID=.;OPOS=86585776;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:16:15:23:23:16:15:23:23 chr9 86591903 . T C 449.23 PASS AF=0.292453;AO=61;DP=213;FAO=62;FDP=212;FR=.;FRO=150;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=84;FSRR=66;FWDB=0.00777146;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.646;QD=8.47606;RBI=0.0754511;REFB=0.00372129;REVB=0.0750498;RO=147;SAF=28;SAR=33;SRF=81;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110962;STB=0.564979;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00766275;OID=.;OPOS=86591903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:147:150:61:62:0.292453:33:28:81:66:33:29:84:66 chr9 86617265 . A G 1528.87 PASS AF=0.972222;AO=105;DP=108;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00749872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.129;QD=56.6248;RBI=0.0271744;REFB=-0.105875;REVB=0.0261193;RO=2;SAF=55;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169423;STB=0.503978;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00173151;OID=.;OPOS=86617265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:108:2:3:105:105:0.972222:50:55:2:0:50:55:2:1 chr9 86618233 . C A,T 1116.89 PASS AF=0.926829,0.0609756;AO=67,5;DP=74;FAO=76,5;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=42,3;FSAR=34,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0060816,-0.00873169;FXX=0.0120467;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=52.1087,37.9057;QD=54.4826;RBI=0.0245981,0.0598835;REFB=-0.127098,-0.0249226;REVB=0.0238344,-0.0592435;RO=0;SAF=36,3;SAR=31,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.505881,0.571154;STBP=0.496,0.62;TYPE=snp,snp;VARB=0.00814472,0.0128661;OID=.,.;OPOS=86618233,86618233;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:74:82:0:1:67,5:76,5:0.926829,0.0609756:31,2:36,3:0:0:34,2:42,3:1:0 chr9 86618699 . ACAT A 294.08 PASS AF=0.330435;AO=36;DP=112;FAO=38;FDP=115;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.00903005;FXX=0.0336106;HRUN=1;LEN=3;MLLD=312.516;QD=10.2288;RBI=0.0124963;REFB=-0.011101;REVB=-0.00863798;RO=68;SAF=25;SAR=11;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183139;STB=0.616587;STBP=0.078;TYPE=del;VARB=0.0226895;OID=.;OPOS=86618700;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.330435:36:112:38:115:77:26:12:40:37:99:68:25:11:37:31 chr9 86895771 . G A 433.31 PASS AF=0.359155;AO=52;DP=142;FAO=51;FDP=142;FR=.;FRO=91;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=-0.0362325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.861;QD=12.206;RBI=0.0368963;REFB=-0.00408274;REVB=-0.00696701;RO=89;SAF=23;SAR=29;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427579;STB=0.509026;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00594433;OID=.;OPOS=86895771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:89:91:52:51:0.359155:29:23:36:53:29:22:38:53 chr9 86900926 . G A 1176.69 PASS AF=0.657718;AO=97;DP=148;FAO=98;FDP=149;FR=.;FRO=51;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.00682474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.638;QD=31.5891;RBI=0.00694509;REFB=-0.0203278;REVB=-0.00128734;RO=51;SAF=50;SAR=47;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845347;STB=0.543568;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00603871;OID=.;OPOS=86900926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:51:51:97:98:0.657718:47:50:33:18:47:51:33:18 chr9 86907537 . C A 178.36 PASS AF=0.254902;AO=26;DP=103;FAO=26;FDP=102;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0649644;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4127;QD=6.99456;RBI=0.0671617;REFB=-0.00136187;REVB=-0.0170389;RO=76;SAF=13;SAR=13;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811894;STB=0.539186;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00899622;OID=.;OPOS=86907537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:76:76:26:26:0.254902:13:13:43:33:13:13:42:34 chr9 86920236 . T C 1749.42 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.867;QD=60.8496;RBI=0.0130998;REFB=0;REVB=-0.00016925;RO=0;SAF=52;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22615e-05;OID=.;OPOS=86920236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:63:52:0:0:63:52:0:0 chr9 87359971 . G A 251.67 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.000692468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.34;QD=12.4281;RBI=0.000856954;REFB=0.00204209;REVB=-0.000504836;RO=51;SAF=15;SAR=15;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118407;STB=0.567857;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0197454;OID=.;OPOS=87359971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:51:30:30:0.37037:15:15:20:31:15:15:20:31 chr9 88275838 . T A 1473.48 PASS AF=0.555102;AO=136;DP=245;FAO=136;FDP=245;FR=.;FRO=109;FSAF=85;FSAR=51;FSRF=52;FSRR=57;FWDB=0.0073961;FXX=0.0120963;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3841;QD=24.0568;RBI=0.0226535;REFB=-0.0314086;REVB=0.0214122;RO=109;SAF=85;SAR=51;SRF=52;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124523;STB=0.567813;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0250464;OID=.;OPOS=88275838;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:109:109:136:136:0.555102:51:85:52:57:51:85:52:57 chr9 88642697 . C T 257.63 PASS AF=0.320755;AO=33;DP=104;FAO=34;FDP=106;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.00463698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.923;QD=9.72185;RBI=0.052915;REFB=-0.0144804;REVB=-0.0527114;RO=71;SAF=20;SAR=13;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682109;STB=0.553233;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.023781;OID=.;OPOS=88642697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:71:72:33:34:0.320755:13:20:39:32:13:21:39:33 chr9 88692336 . C T 246.27 PASS AF=0.32967;AO=30;DP=94;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=15;FWDB=0.029716;FXX=0.0319115;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2296;QD=10.8251;RBI=0.0385785;REFB=0.0152365;REVB=0.0246021;RO=62;SAF=16;SAR=14;SRF=45;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230192;STB=0.651562;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0354015;OID=.;OPOS=88692336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:91:62:61:30:30:0.32967:14:16:45:17:14:16:46:15 chr9 88694179 . G T 252.23 PASS AF=0.426471;AO=28;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0402329;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.556;QD=14.8368;RBI=0.0464831;REFB=-0.0486374;REVB=-0.0232807;RO=37;SAF=12;SAR=16;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270308;STB=0.623295;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0745989;OID=.;OPOS=88694179;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:39:28:29:0.426471:16:12:26:11:16:13:26:13 chr9 88937851 . ATTTTT ATT,ATTTTC 1201.74 PASS AF=0.963415,0.0365854;AO=71,3;DP=83;FAO=79,3;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47,3;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129436,-0.0165216;FXX=0.0238067;HRUN=7,7;LEN=3,1;MLLD=30.5163,181.64;QD=58.6216;RBI=0.0553742,0.0198273;REFB=0,0;REVB=0.0538402,0.0109618;RO=0;SAF=41,3;SAR=30,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.21646e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00228107,0.0184635;OID=.,.;OPOS=88937852,88937856;OREF=TTT,T;OALT=-,C;OMAPALT=ATT,ATTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.963415,0.0365854:71,3:83:79,3:82:0:47,3:32,0:0:0:8:0:41,3:30,0:0:0 chr9 88959938 . C T 2200.44 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0193512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.395;QD=62.4239;RBI=0.0321527;REFB=-0.0728734;REVB=-0.0256774;RO=0;SAF=98;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502538;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.000135749;OID=.;OPOS=88959938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:0:1:140:140:0.992908:42:98:0:0:42:98:1:0 chr9 89559823 . CA C 200.3 PASS AF=0.45098;AO=41;DP=103;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0504189;FXX=0.0097078;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.6178;QD=7.85473;RBI=0.0526507;REFB=0.00826419;REVB=0.0151668;RO=57;SAF=23;SAR=18;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125884;STB=0.562845;STBP=0.257;TYPE=del;VARB=-5.20998e-05;OID=.;OPOS=89559824;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45098:41:103:46:102:56:25:21:24:32:99:57:23:18:25:32 chr9 89772284 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.552;QD=60.6099;RBI=0.0187609;REFB=0;REVB=-0.00108148;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92298e-05;OID=.;OPOS=89772284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr9 90321583 . C T 161.41 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0961606;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.883;QD=17.9341;RBI=0.0980642;REFB=-0.021737;REVB=0.0192282;RO=19;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116975;STB=0.56693;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0149335;OID=.;OPOS=90321583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:19:19:17:17:0.472222:11:6:9:10:11:6:9:10 chr9 90322023 . G A 1562.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.797;QD=63.1222;RBI=0.0226036;REFB=0;REVB=0.0225198;RO=0;SAF=60;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.7108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011845;OID=.;OPOS=90322023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:97:99:0:0:97:99:1:37:60:0:0:39:60:0:0 chr9 90343780 . A C 1163.09 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00271088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.545;QD=58.1544;RBI=0.00364299;REFB=-0.0118711;REVB=0.00243362;RO=2;SAF=32;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286624;STB=0.515148;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=9.52855e-05;OID=.;OPOS=90343780;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:2:2:78:78:0.975:46:32:2:0:46:32:2:0 chr9 90388539 . T A 1818.8 PASS AF=0.991736;AO=119;DP=120;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0498554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.565;QD=60.1255;RBI=0.0523923;REFB=-0.067943;REVB=0.0161059;RO=1;SAF=68;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693438;STB=0.503597;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000179685;OID=.;OPOS=90388539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:121:1:1:119:120:0.991736:51:68:1:0:51:69:1:0 chr9 90396135 . G A 306.81 PASS AF=0.361905;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.0310099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.299;QD=11.6881;RBI=0.036069;REFB=-0.00367315;REVB=-0.0184217;RO=66;SAF=33;SAR=5;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40391;STB=0.734239;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00917405;OID=.;OPOS=90396135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:66:67:38:38:0.361905:5:33:40:26:5:33:41:26 chr9 90500405 . A C 210.22 PASS AF=0.260504;AO=29;DP=117;FAO=31;FDP=119;FR=.;FRO=88;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=0.00528497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.644;QD=7.0663;RBI=0.0110498;REFB=-0.00845709;REVB=-0.00970397;RO=88;SAF=16;SAR=13;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00639987;STB=0.517974;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0244094;OID=.;OPOS=90500405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:88:88:29:31:0.260504:13:16:49:39:13:18:49:39 chr9 90501448 . C A 783.88 PASS AF=0.410138;AO=85;DP=213;FAO=89;FDP=217;FR=.;FRO=128;FSAF=56;FSAR=33;FSRF=64;FSRR=64;FWDB=0.00426938;FXX=0.0225215;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.169;QD=14.4495;RBI=0.0119204;REFB=-0.0215895;REVB=-0.0111297;RO=119;SAF=52;SAR=33;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140459;STB=0.578347;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0307423;OID=.;OPOS=90501448;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:217:119:128:85:89:0.410138:33:52:57:62:33:56:64:64 chr9 90501805 . C A 34.64 PASS AF=0.0669856;AO=14;DP=209;FAO=14;FDP=209;FR=.;FRO=195;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=115;FSRR=80;FWDB=-0.0229879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.102;QD=0.66295;RBI=0.0323757;REFB=-0.000892865;REVB=-0.0227978;RO=195;SAF=9;SAR=5;SRF=115;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597736;STB=0.55227;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0209255;OID=.;OPOS=90501805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:209:209:195:195:14:14:0.0669856:5:9:115:80:5:9:115:80 chr9 90502458 . T A 251.82 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0241156;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2075;QD=14.5983;RBI=0.0371286;REFB=-0.0189047;REVB=-0.0282307;RO=40;SAF=11;SAR=18;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175886;STB=0.59993;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.030951;OID=.;OPOS=90502458;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:40:40:29:29:0.42029:18:11:22:18:18:11:22:18 chr9 90502819 . T C 365.38 PASS AF=0.294118;AO=50;DP=171;FAO=50;FDP=170;FR=.;FRO=120;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=64;FSRR=56;FWDB=-0.0202059;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.164;QD=8.59719;RBI=0.0492587;REFB=-0.0148683;REVB=-0.0449237;RO=118;SAF=31;SAR=19;SRF=63;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106275;STB=0.562928;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0412797;OID=.;OPOS=90502819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:118:120:50:50:0.294118:19:31:63:55:19:31:64:56 chr9 90503007 . A G 271.99 PASS AF=0.359551;AO=31;DP=87;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0107354;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9467;QD=12.2242;RBI=0.0224503;REFB=-0.0234784;REVB=-0.0197172;RO=53;SAF=16;SAR=15;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280685;STB=0.559096;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0200741;OID=.;OPOS=90503007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:53:57:31:32:0.359551:15:16:26:27:15:17:25:32 chr9 90503451 . G A 254.95 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00740662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3122;QD=10.9658;RBI=0.0171646;REFB=-0.00282167;REVB=0.0154843;RO=62;SAF=22;SAR=9;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253989;STB=0.64839;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00702305;OID=.;OPOS=90503451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:62:62:31:31:0.333333:9:22:31:31:9:22:31:31 chr9 90538288 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0860566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.337;QD=60.9781;RBI=0.086139;REFB=0;REVB=0.00376723;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000756926;OID=.;OPOS=90538288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr9 90749692 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00821056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.506;QD=9.76024;RBI=0.0125995;REFB=-0.00427451;REVB=0.00955695;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240999;STB=0.646658;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00565647;OID=.;OPOS=90749692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:4:8:3:4:4:8 chr9 91652414 . A T 1072.79 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.637;QD=59.5994;RBI=0.0334261;REFB=0;REVB=0.00369679;RO=0;SAF=24;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123746;OID=.;OPOS=91652414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:69:72:1:45:24:0:0:47:25:0:0 chr9 91656963 . T C 2166.27 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=140;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00979629;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.293;QD=62.3386;RBI=0.0101095;REFB=-0.0355923;REVB=0.00249675;RO=1;SAF=74;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737074;STB=0.503875;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=5.90631e-05;OID=.;OPOS=91656963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:139:1:1:138:138:0.992806:64:74:0:1:64:74:0:1 chr9 91692783 . C T 345.1 PASS AF=0.375;AO=42;DP=112;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.00512496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.375;QD=12.3249;RBI=0.0155863;REFB=-0.0193018;REVB=0.0147197;RO=70;SAF=22;SAR=20;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135274;STB=0.576952;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0179403;OID=.;OPOS=91692783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:70:70:42:42:0.375:20:22:28:42:20:22:28:42 chr9 92003679 . C T 2352.93 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01924;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6391;QD=61.1152;RBI=0.0276291;REFB=0;REVB=0.019829;RO=0;SAF=81;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67918e-05;OID=.;OPOS=92003679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:153:154:1:72:81:0:0:73:81:0:0 chr9 92221010 . C T 431.25 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=23;FWDB=-0.0490507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0974;QD=25.7465;RBI=0.056495;REFB=0.0238041;REVB=-0.0280306;RO=25;SAF=2;SAR=39;SRF=2;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103697;STB=0.61122;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.0179367;OID=.;OPOS=92221010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:26:41:41:0.61194:39:2:2:23:39:2:3:23 chr9 93629630 . T C 1220.52 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.748;QD=61.0259;RBI=0.0272835;REFB=0;REVB=0.0199527;RO=0;SAF=51;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77349e-05;OID=.;OPOS=93629630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:28:51:0:0:29:51:0:0 chr9 93637015 . C T 2269.24 PASS AF=0.980645;AO=152;DP=157;FAO=152;FDP=155;FR=.;FRO=3;FSAF=81;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0286242;FXX=0.012738;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.211;QD=58.561;RBI=0.0356579;REFB=-0.0721742;REVB=0.0212636;RO=2;SAF=81;SAR=71;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115992;STB=0.502601;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.000599173;OID=.;OPOS=93637015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:157:155:2:3:152:152:0.980645:71:81:2:0:71:81:2:1 chr9 93639973 . G C 3186.81 PASS AF=1;AO=206;DP=206;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216782;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.283;QD=61.8799;RBI=0.0350627;REFB=0;REVB=0.0275582;RO=0;SAF=98;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34997e-06;OID=.;OPOS=93639973;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:206:0:0:206:206:1:108:98:0:0:108:98:0:0 chr9 93640009 . G A 3293.86 PASS AF=1;AO=212;DP=213;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182003;FXX=0.00467268;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.539;QD=61.8565;RBI=0.0421344;REFB=-0.111792;REVB=0.0380008;RO=1;SAF=101;SAR=111;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427271;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.7717e-05;OID=.;OPOS=93640009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:213:213:1:0:212:213:1:111:101:0:1:112:101:0:0 chr9 93641175 . C T 3362.94 PASS AF=1;AO=215;DP=215;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00427173;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.053;QD=62.2767;RBI=0.0158862;REFB=0;REVB=-0.0153011;RO=0;SAF=103;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043932;OID=.;OPOS=93641175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:216:0:0:215:216:1:112:103:0:0:112:104:0:0 chr9 93641199 . T C 2928.67 PASS AF=0.989418;AO=186;DP=189;FAO=187;FDP=189;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=103;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0118548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.352;QD=61.9824;RBI=0.0133605;REFB=0.0282061;REVB=0.00616166;RO=2;SAF=84;SAR=102;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112003;STB=0.505882;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=1.92582e-06;OID=.;OPOS=93641199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:189:189:2:2:186:187:0.989418:102:84:2:0:103:84:2:0 chr9 94456643 . G C 452.66 PASS AF=0.646154;AO=42;DP=65;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.048411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.625;QD=27.8557;RBI=0.0486549;REFB=-0.0239069;REVB=-0.00486534;RO=23;SAF=13;SAR=29;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604714;STB=0.532983;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0160844;OID=.;OPOS=94456643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:23:23:42:42:0.646154:29:13:9:14:29:13:9:14 chr9 94456702 . ATTTA ATT,ATTA,ATTAA 306.51 PASS AF=0.0754717,0.528302,0.0754717;AO=6,17,11;DP=55;FAO=4,28,4;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=3,6,0;FSAR=1,22,4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0471978,-0.0481379,-0.100468;FXX=0.0185151;HRUN=3,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=17.237,17.5533,16.0615;QD=23.133;RBI=0.191241,0.0937696,0.142641;REFB=0.0145409,-0.044085,-0.0614106;REVB=0.185325,0.0804703,-0.101255;RO=10;SAF=3,6,2;SAR=3,11,9;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.203317,0.0389577,-0.144334;STB=0.766141,0.59825,0.996677;STBP=0.29,0.129,0.074;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0779203,0.0352038,-0.18274;OID=.,.,.;OPOS=94456705,94456703,94456705;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATT,ATTA,ATTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0754717,0.528302,0.0754717:6,17,11:55:4,28,4:53:17:3,6,0:1,22,4:7:10:99:10:3,6,2:3,11,9:3:7 chr9 94456714 . C T 417.05 PASS AF=0.703704;AO=35;DP=52;FAO=38;FDP=54;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00942897;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.813;QD=30.8928;RBI=0.0115785;REFB=-0.0064794;REVB=0.0067199;RO=17;SAF=9;SAR=26;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113573;STB=0.553406;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00290861;OID=.;OPOS=94456714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:17:16:35:38:0.703704:26:9:7:10:29:9:6:10 chr9 94479599 . G A 129.79 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.023264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.682;QD=7.21059;RBI=0.0326847;REFB=-0.00774296;REVB=0.0229581;RO=52;SAF=13;SAR=6;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139697;STB=0.579531;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0186185;OID=.;OPOS=94479599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:52:53:19:19:0.263889:6:13:30:22:6:13:31:22 chr9 94486321 . C T 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0106576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.097;QD=23.7581;RBI=0.0107629;REFB=0.00469427;REVB=0.00150233;RO=22;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106116;STB=0.55906;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00349082;OID=.;OPOS=94486321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:12:14:9:13:12:14:9:13 chr9 94488870 . A C 598.59 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=112;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0431941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.495;QD=21.3782;RBI=0.043318;REFB=-0.0144807;REVB=0.00327499;RO=51;SAF=23;SAR=37;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108717;STB=0.555775;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0133826;OID=.;OPOS=94488870;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:51:52:60:60:0.535714:37:23:26:25:37:23:26:26 chr9 94518328 . C T 437.4 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0118068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4501;QD=20.1105;RBI=0.016363;REFB=-0.00490197;REVB=-0.0113291;RO=43;SAF=22;SAR=22;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114263;STB=0.56319;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00407037;OID=.;OPOS=94518328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:22:22:27:16:22:22:27:16 chr9 95068118 . TA T 235.16 PASS AF=0.45977;AO=73;DP=173;FAO=80;FDP=174;FR=.;FRO=94;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=-0.0667476;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.9385;QD=5.40587;RBI=0.0677288;REFB=-0.00703558;REVB=0.0114873;RO=81;SAF=29;SAR=44;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00218232;STB=0.54717;STBP=0.269;TYPE=del;VARB=0.00997028;OID=.;OPOS=95068119;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45977:73:173:80:174:94:26:54:38:56:99:81:29:44:32:49 chr9 95078111 . TAGA T 217.39 PASS AF=0.210526;AO=36;DP=178;FAO=36;FDP=171;FR=.;FRO=135;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=83;FSRR=52;FWDB=-0.00904648;FXX=0.0228558;HRUN=1;LEN=3;MLLD=287.645;QD=5.08526;RBI=0.0222117;REFB=-0.00851554;REVB=-0.020286;RO=131;SAF=13;SAR=23;SRF=85;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354129;STB=0.693583;STBP=0.015;TYPE=del;VARB=0.0306181;OID=.;OPOS=95078112;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.210526:36:178:36:171:135:13:23:83:52:99:131:13:23:85:46 chr9 95219248 . A G 2291.85 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769488;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6574;QD=61.116;RBI=0.0812195;REFB=0;REVB=0.0259902;RO=0;SAF=69;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230193;OID=.;OPOS=95219248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:150:0:0:150:150:1:81:69:0:0:81:69:0:0 chr9 95219597 . G A 1049.93 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.054;QD=59.1509;RBI=0.0337426;REFB=0;REVB=-0.0242277;RO=0;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.38526e-07;OID=.;OPOS=95219597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:44:26:0:0:44:27:0:0 chr9 95237024 . CTCATCA C,CTCA 434.87 PASS AF=0.463415,0.390244;AO=14,12;DP=38;FAO=19,16;FDP=41;FR=.;FRO=6;FSAF=6,3;FSAR=13,13;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0219135,0.00122601;FXX=0.0238039;HRUN=1,1;LEN=6,3;MLLD=160.671,115.791;QD=42.4259;RBI=0.0222098,0.0125958;REFB=-0.112399,-0.168015;REVB=0.00361587,0.012536;RO=6;SAF=6,2;SAR=8,10;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.127659,-0.372859;STB=0.59081,0.66888;STBP=0.154,0.036;TYPE=del,del;VARB=0.0645828,-0.00124797;OID=.,.;OPOS=95237025,95237025;OREF=TCATCA,TCA;OALT=-,-;OMAPALT=C,CTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.463415,0.390244:14,12:38:19,16:41:6:6,3:13,13:4:2:99:6:6,2:8,10:4:2 chr9 95284982 . T G 2466.67 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383151;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.829;QD=61.6667;RBI=0.0409111;REFB=0;REVB=0.0143413;RO=0;SAF=83;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28412e-05;OID=.;OPOS=95284982;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:160:0:0:159:160:1:76:83:0:0:76:84:0:0 chr9 95380726 . G A,T 357.07 PASS AF=0.892857,0.0714286;AO=25,2;DP=28;FAO=25,2;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15,0;FSAR=10,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0210054,0.0217633;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.723,163.684;QD=51.0098;RBI=0.0227145,0.0230277;REFB=-0.0885657,-0.121315;REVB=-0.00864414,0.00752536;RO=1;SAF=15,0;SAR=10,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0299354,-0.697199;STB=0.516116,0.993266;STBP=0.512,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00642352,0.0450993;OID=.,.;OPOS=95380726,95380726;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:28:28:1:1:25,2:25,2:0.892857,0.0714286:10,2:15,0:1:0:10,2:15,0:1:0 chr9 95475352 . G A 313.37 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0202686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5183;QD=50.1397;RBI=0.0559814;REFB=-0.124197;REVB=0.0521833;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319609;STB=0.517227;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00543119;OID=.;OPOS=95475352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:14:10:0:1:14:10:0:1 chr9 95485053 . C T 592.43 PASS AF=0.452555;AO=62;DP=137;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=-0.00167645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.765;QD=17.2972;RBI=0.0123657;REFB=-0.00716411;REVB=0.0122515;RO=74;SAF=36;SAR=26;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140443;STB=0.510914;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00889652;OID=.;OPOS=95485053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:74:75:62:62:0.452555:26:36:44:30:26:36:45:30 chr9 95609564 . C T 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00742316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.191;QD=62.908;RBI=0.014899;REFB=0;REVB=0.012918;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93735e-05;OID=.;OPOS=95609564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:49:41:0:0:49:41:0:0 chr9 95780465 . A G 2997.14 PASS AF=0.994949;AO=196;DP=198;FAO=197;FDP=198;FR=.;FRO=1;FSAF=105;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00218473;FXX=0.019801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.376;QD=60.5484;RBI=0.0203818;REFB=-0.0165382;REVB=0.0202644;RO=2;SAF=104;SAR=92;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000591086;STB=0.502702;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000242132;OID=.;OPOS=95780465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:198:198:2:1:196:197:0.994949:92:104:1:1:92:105:0:1 chr9 95887320 . G T 994.14 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0721938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0545;QD=57.6311;RBI=0.0789566;REFB=-0.107774;REVB=0.0319718;RO=1;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141074;STB=0.50746;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00852699;OID=.;OPOS=95887320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:33:35:0:1:33:35:0:1 chr9 95888884 . C T 289.6 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0203203;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2649;QD=13.7907;RBI=0.0203774;REFB=-0.00887962;REVB=0.00152462;RO=50;SAF=13;SAR=20;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930601;STB=0.547713;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0223565;OID=.;OPOS=95888884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:50:51:33:33:0.392857:20:13:24:26:20:13:24:27 chr9 96000547 . C T 186.06 PASS AF=0.259615;AO=27;DP=104;FAO=27;FDP=104;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0168393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.044;QD=7.15625;RBI=0.0356891;REFB=-0.0155783;REVB=-0.0314666;RO=77;SAF=11;SAR=16;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153659;STB=0.592524;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0401169;OID=.;OPOS=96000547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:77:77:27:27:0.259615:16:11:41:36:16:11:41:36 chr9 96015256 . C T 521.1 PASS AF=0.6;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0592053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.84;QD=26.0548;RBI=0.0592177;REFB=-0.030786;REVB=0.00121061;RO=32;SAF=17;SAR=31;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202455;STB=0.610709;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0132764;OID=.;OPOS=96015256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:32:32:48:48:0.6:31:17:20:12:31:17:20:12 chr9 96021312 . G A 486.77 PASS AF=0.704918;AO=42;DP=62;FAO=43;FDP=61;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0913456;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.622;QD=31.919;RBI=0.0941984;REFB=-0.0405149;REVB=0.023007;RO=18;SAF=11;SAR=31;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288624;STB=0.521226;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0110194;OID=.;OPOS=96021312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:18:18:42:43:0.704918:31:11:4:14:31:12:4:14 chr9 96024371 . G A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0145617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.073;QD=11.6345;RBI=0.0187578;REFB=-0.0369832;REVB=-0.0118241;RO=16;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754431;STB=0.545359;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0465179;OID=.;OPOS=96024371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:8:2:4:12:8:2:4:12 chr9 96051521 . A G 337.84 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00313884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.816;QD=50.0507;RBI=0.00327823;REFB=-0.0285881;REVB=-0.000945766;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513503;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00121291;OID=.;OPOS=96051521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:25:26:0.962963:17:8:0:0:18:8:0:1 chr9 96051839 . C A 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0164768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9559;QD=4.81087;RBI=0.0826182;REFB=0.014248;REVB=0.0809585;RO=23;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321363;STB=0.723786;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.0440726;OID=.;OPOS=96051839;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:5:1:9:14:5:1:9:14 chr9 96097747 . C T 487.12 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316209;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.021;QD=59.0454;RBI=0.0552694;REFB=0;REVB=0.0453302;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149968;OID=.;OPOS=96097747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr9 96209943 . T C 482.77 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0164656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.008;QD=18.5681;RBI=0.0194203;REFB=-0.0267027;REVB=0.0102972;RO=52;SAF=31;SAR=20;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473608;STB=0.531969;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0293869;OID=.;OPOS=96209943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:53:51:51:0.490385:20:31:29:23:20:31:29:24 chr9 96214357 . C A 232.0 PASS AF=0.322222;AO=29;DP=90;FAO=29;FDP=90;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.00466826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.604;QD=10.3112;RBI=0.0179496;REFB=-0.00279775;REVB=-0.0173319;RO=61;SAF=24;SAR=5;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379323;STB=0.725722;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00797719;OID=.;OPOS=96214357;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:61:61:29:29:0.322222:5:24:34:27:5:24:34:27 chr9 96214928 . G A 211.63 PASS AF=0.666667;AO=17;DP=28;FAO=18;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.017235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.657;QD=31.3521;RBI=0.0391193;REFB=-0.0182705;REVB=0.035118;RO=7;SAF=9;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127666;STB=0.559934;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00568238;OID=.;OPOS=96214928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:28:27:7:7:17:18:0.666667:8:9:2:5:9:9:2:5 chr9 96238578 . C T 347.86 PASS AF=0.381818;AO=42;DP=110;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.0184055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.044;QD=12.6495;RBI=0.0398325;REFB=-0.00599205;REVB=-0.0353251;RO=67;SAF=18;SAR=24;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149306;STB=0.580273;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0127353;OID=.;OPOS=96238578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:67:68:42:42:0.381818:24:18:38:29:24:18:38:30 chr9 96278460 . G A 181.8 PASS AF=0.265957;AO=25;DP=92;FAO=25;FDP=94;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=22;FWDB=-0.0252372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.692;QD=7.73632;RBI=0.025253;REFB=-0.0194942;REVB=0.000892437;RO=67;SAF=16;SAR=9;SRF=45;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423923;STB=0.53337;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0548576;OID=.;OPOS=96278460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:67:69:25:25:0.265957:9:16:45:22:9:16:47:22 chr9 96407983 . C T 662.91 PASS AF=0.406593;AO=74;DP=183;FAO=74;FDP=182;FR=.;FRO=108;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=40;FSRR=68;FWDB=0.0401483;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.523;QD=14.5694;RBI=0.0460418;REFB=-0.00463462;REVB=0.022538;RO=106;SAF=25;SAR=49;SRF=39;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348165;STB=0.521271;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0061247;OID=.;OPOS=96407983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:106:108:74:74:0.406593:49:25:39:67:49:25:40:68 chr9 96441750 . C T 175.94 PASS AF=0.282353;AO=23;DP=84;FAO=24;FDP=85;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0109244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.956;QD=8.27943;RBI=0.0161601;REFB=-0.00229295;REVB=0.0119083;RO=61;SAF=10;SAR=13;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513597;STB=0.517227;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0047849;OID=.;OPOS=96441750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:61:61:23:24:0.282353:13:10:24:37:14:10:24:37 chr9 96714491 . C G 246.34 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0320198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4141;QD=25.9301;RBI=0.0414919;REFB=-0.021853;REVB=0.0263878;RO=13;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177353;STB=0.514007;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.019108;OID=.;OPOS=96714491;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:13:15:23:23:0.605263:13:10:6:7:13:10:6:9 chr9 96860722 . T A 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0668752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.717;QD=7.27376;RBI=0.0670889;REFB=-0.00310065;REVB=0.00535007;RO=33;SAF=8;SAR=3;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443235;STB=0.527867;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00419207;OID=.;OPOS=96860722;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:3:8:23:10:3:8:23:10 chr9 97055310 . C T 374.27 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=32;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=4;FWDB=-0.034138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4424;QD=20.7928;RBI=0.0429611;REFB=0.0127128;REVB=-0.0260816;RO=33;SAF=32;SAR=6;SRF=30;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116119;STB=0.537554;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0169957;OID=.;OPOS=97055310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:34:38:38:0.527778:6:32:30:3:6:32:30:4 chr9 97080923 . G T 32.6 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=34;FWDB=0.0397098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0734;QD=2.77405;RBI=0.0404364;REFB=0.000841984;REVB=0.0076308;RO=41;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.566365;STB=0.866724;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.00106004;OID=.;OPOS=97080923;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:41:41:6:6:0.12766:2:4:7:34:2:4:7:34 chr9 97080926 . TCTTGGA T,TCTTGG 32.73 PASS AF=0.12766,0;AO=6,5;DP=48;FAO=6,0;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=4,0;FSAR=2,0;FSRF=6;FSRR=35;FWDB=0.008936,0.0180752;FXX=0.020829;HRUN=1,1;LEN=6,1;MLLD=302.562,43.7585;QD=2.78528;RBI=0.0308227,0.213807;REFB=-0.00410476,-0.013727;REVB=-0.029499,-0.213042;RO=34;SAF=4,0;SAR=2,5;SRF=6;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.55825,-0.535535;STB=0.880238,0.5;STBP=0.242,1;TYPE=del,del;VARB=0.0448312,0;OID=.,.;OPOS=97080927,97080932;OREF=CTTGGA,A;OALT=-,-;OMAPALT=T,TCTTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.12766,0:6,5:48:6,0:47:41:4,0:2,0:6:35:32:34:4,0:2,5:6:28 chr9 97080944 . GAGA G 640.48 PASS AF=1;AO=39;DP=49;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128628;FXX=0.19996;HRUN=1;LEN=3;MLLD=213.624;QD=64.0484;RBI=0.0165015;REFB=0;REVB=-0.0103368;RO=8;SAF=7;SAR=32;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153044;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.36387e-05;OID=.;OPOS=97080945;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:49:40:40:0:7:33:0:0:3:8:7:32:4:4 chr9 97080948 . A G 74.14 PASS AF=0.22;AO=9;DP=48;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=32;FWDB=-0.0096238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.299;QD=5.93157;RBI=0.0235044;REFB=-0.0123573;REVB=-0.0214439;RO=39;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366857;STB=0.669278;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.154252;OID=.;OPOS=97080948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:48:50:39:39:9:11:0.22:5:4:7:32:7:4:7:32 chr9 97080953 . A C 57.48 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=35;FWDB=0.000705354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.679;QD=4.50862;RBI=0.0369928;REFB=-0.0101497;REVB=-0.0369861;RO=41;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383033;STB=0.743794;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0392583;OID=.;OPOS=97080953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:41:42:9:9:0.176471:5:4:7:34:5:4:7:35 chr9 97081010 . T G 59.6 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=0.0252298;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.881;QD=5.07234;RBI=0.0301162;REFB=-0.00886629;REVB=-0.0164451;RO=38;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316953;STB=0.699643;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0410529;OID=.;OPOS=97081010;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:47:47:38:38:9:9:0.191489:5:4:8:30:5:4:8:30 chr9 97081252 . G C 136.14 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.00673132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.07;QD=10.4724;RBI=0.0169728;REFB=-0.00643345;REVB=-0.0155809;RO=34;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445763;STB=0.519976;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0162719;OID=.;OPOS=97081252;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:35:17:17:0.326923:13:4:9:25:13:4:9:26 chr9 97081263 . G C 139.98 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.0240641;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=172.952;QD=10.3689;RBI=0.0240924;REFB=-0.0112262;REVB=0.00116828;RO=33;SAF=4;SAR=14;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314802;STB=0.525982;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0428266;OID=.;OPOS=97081263;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:33:36:18:18:0.333333:14:4:8:25:14:4:9:27 chr9 97221466 . G A 188.42 PASS AF=0.237705;AO=29;DP=122;FAO=29;FDP=122;FR=.;FRO=93;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=0.00187337;FXX=0.0317435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.99;QD=6.17775;RBI=0.0452756;REFB=-0.00311122;REVB=-0.0452368;RO=86;SAF=18;SAR=11;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151328;STB=0.612862;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0110892;OID=.;OPOS=97221466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:86:93:29:29:0.237705:11:18:43:43:11:18:44:49 chr9 97270084 . G C 119.17 PASS AF=0.619048;AO=12;DP=20;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0581911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.972;QD=22.6984;RBI=0.0617259;REFB=-0.0616571;REVB=0.0205885;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146341;STB=0.592449;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0440313;OID=.;OPOS=97270084;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:8:8:12:13:0.619048:7:5:5:3:8:5:5:3 chr9 97349666 . C G 1811.4 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.191;QD=60.38;RBI=0.032986;REFB=-0.0415736;REVB=0.0306676;RO=1;SAF=70;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673779;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76873e-05;OID=.;OPOS=97349666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:120:120:1:0:119:120:1:49:70:1:0:49:71:0:0 chr9 97365720 . T C 1733.51 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0077496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.788;QD=60.2958;RBI=0.0109533;REFB=0;REVB=0.00774076;RO=0;SAF=72;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25761e-05;OID=.;OPOS=97365720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:109:115:0:0:109:115:1:37:72:0:0:39:76:0:0 chr9 97369149 . C T 2102.26 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8841;QD=62.7542;RBI=0.0430307;REFB=0;REVB=0.0187543;RO=0;SAF=81;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.11681e-05;OID=.;OPOS=97369149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:53:81:0:0:53:81:0:0 chr9 97369151 . G A 2159.62 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00671047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.099;QD=63.0546;RBI=0.0126719;REFB=0;REVB=0.0107493;RO=0;SAF=84;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71512e-06;OID=.;OPOS=97369151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:53:84:0:0:53:84:0:0 chr9 97768286 . T C 1489.37 PASS AF=0.979381;AO=94;DP=99;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00116701;FXX=0.0202;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.958;QD=61.4173;RBI=0.036134;REFB=-0.152835;REVB=0.0361151;RO=1;SAF=48;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.009776;STB=0.500326;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000240408;OID=.;OPOS=97768286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:97:1:2:94:95:0.979381:46:48:1:0:46:49:1:1 chr9 97849090 . A G 885.97 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00332457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.516;QD=58.0963;RBI=0.00519627;REFB=0;REVB=0.00399356;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67965e-05;OID=.;OPOS=97849090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:24:36:0:0:25:36:0:0 chr9 98206386 . GTTTTTTTTTTTTT GATTTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTTTA 218.55 PASS AF=0,0.805556,0,0.194444;AO=2,6,7,2;DP=36;FAO=0,29,0,7;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7,0,1;FSAR=0,22,0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255632,0.16154,0.288264,0.124447;FXX=0.0270197;HRUN=13,13,13,13;LEN=1,2,1,1;MLLD=41.0007,7.79942,4.66172,8.2238;QD=24.2837;RBI=0.0466057,0.192654,0.347776,0.188851;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0389694,0.104979,0.194556,0.142048;RO=2;SAF=1,2,0,0;SAR=1,4,7,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.390188,-0.284202,-0.804017,-0.727176;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0,0.0489497,0.051498,0.0234123;OID=.,.,.,.;OPOS=98206387,98206387,98206387,98206399;OREF=T,TT,T,T;OALT=A,-,-,A;OMAPALT=GATTTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.805556,0,0.194444:2,6,7,2:36:0,29,0,7:36:0:0,7,0,1:0,22,0,6:0:0:30:2:1,2,0,0:1,4,7,2:2:0 chr9 98209594 . G A 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126487;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=320.363;QD=61.1862;RBI=0.0294613;REFB=0.00551096;REVB=0.0266078;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=3.1486e-05;OID=.;OPOS=98209594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:21:26:0:0:21:26:1:0 chr9 98268792 . GT G 302.52 PASS AF=0.700935;AO=64;DP=106;FAO=75;FDP=107;FR=.;FRO=32;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.111752;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.55389;QD=11.3091;RBI=0.199433;REFB=0.0628107;REVB=0.165182;RO=31;SAF=27;SAR=37;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418385;STB=0.523731;STBP=0.448;TYPE=del;VARB=0.0570456;OID=.;OPOS=98268793;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.700935:64:106:75:107:32:34:41:12:20:56:31:27:37:11:20 chr9 98638288 . A G 249.14 PASS AF=0.303571;AO=34;DP=112;FAO=34;FDP=112;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=29;FWDB=-0.0108497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.833;QD=8.8977;RBI=0.0120188;REFB=-0.00509913;REVB=-0.00517061;RO=78;SAF=18;SAR=16;SRF=49;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119098;STB=0.569567;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0143513;OID=.;OPOS=98638288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:78:78:34:34:0.303571:16:18:49:29:16:18:49:29 chr9 98638306 . C T 838.83 PASS AF=0.617886;AO=76;DP=123;FAO=76;FDP=123;FR=.;FRO=47;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0122358;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.595;QD=27.2792;RBI=0.0122383;REFB=-0.0219479;REVB=0.000248785;RO=45;SAF=48;SAR=28;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132666;STB=0.564814;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0120356;OID=.;OPOS=98638306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:45:47:76:76:0.617886:28:48:20:25:28:48:22:25 chr9 98729382 . A C 1090.7 PASS AF=0.598802;AO=99;DP=166;FAO=100;FDP=167;FR=.;FRO=67;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.073111;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8283;QD=26.1244;RBI=0.0735824;REFB=-0.0352717;REVB=-0.00831639;RO=65;SAF=43;SAR=56;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541616;STB=0.533262;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0277428;OID=.;OPOS=98729382;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:65:67:99:100:0.598802:56:43:33:32:56:44:35:32 chr9 98734241 . C T 271.73 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0442007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.776;QD=12.3512;RBI=0.0468644;REFB=0.00123218;REVB=0.0155748;RO=55;SAF=9;SAR=23;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320874;STB=0.690215;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00259611;OID=.;OPOS=98734241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:55:56:32:32:0.363636:23:9:31:24:23:9:32:24 chr9 98775459 . G A 186.15 PASS AF=0.259615;AO=27;DP=104;FAO=27;FDP=104;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0191007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.946;QD=7.15944;RBI=0.0193988;REFB=-0.00962054;REVB=-0.00338731;RO=76;SAF=15;SAR=12;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361091;STB=0.526862;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0252207;OID=.;OPOS=98775459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:76:77:27:27:0.259615:12:15:40:36:12:15:40:37 chr9 98997810 . C T 303.48 PASS AF=0.336207;AO=38;DP=115;FAO=39;FDP=116;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.00892499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.267;QD=10.4647;RBI=0.0133449;REFB=-0.00966746;REVB=-0.00992118;RO=76;SAF=14;SAR=24;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032204;STB=0.512528;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0280903;OID=.;OPOS=98997810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:76:77:38:39:0.336207:24:14:30:46:24:15:31:46 chr9 99157146 . C T 422.95 PASS AF=0.392;AO=49;DP=126;FAO=49;FDP=125;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.00925218;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.97;QD=13.5343;RBI=0.0159346;REFB=-0.00205426;REVB=-0.0129734;RO=76;SAF=30;SAR=19;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122765;STB=0.569591;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00419428;OID=.;OPOS=99157146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:76:76:49:49:0.392:19:30:38:38:19:30:38:38 chr9 99284853 . T C 158.13 PASS AF=0.183007;AO=28;DP=154;FAO=28;FDP=153;FR=.;FRO=125;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=54;FSRR=71;FWDB=-0.0394178;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.166;QD=4.1342;RBI=0.0394253;REFB=-0.00275161;REVB=0.000768363;RO=124;SAF=13;SAR=15;SRF=53;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476723;STB=0.526594;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0172486;OID=.;OPOS=99284853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:124:125:28:28:0.183007:15:13:53:71:15:13:54:71 chr9 99521928 . C T 362.67 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.00385462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.49;QD=20.7238;RBI=0.0112429;REFB=-0.00495757;REVB=0.0105615;RO=33;SAF=19;SAR=18;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183898;STB=0.601346;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00304037;OID=.;OPOS=99521928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:18:19:24:9:18:19:24:9 chr9 99525909 . T C 252.6 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0329781;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.973;QD=19.0641;RBI=0.0330318;REFB=-0.0189427;REVB=0.00188382;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499385;STB=0.527912;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.016876;OID=.;OPOS=99525909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:26:26:27:27:0.509434:14:13:14:12:14:13:14:12 chr9 99537071 . T C 1127.71 PASS AF=0.639241;AO=101;DP=159;FAO=101;FDP=158;FR=.;FRO=57;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.00937318;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.268;QD=28.5496;RBI=0.0320018;REFB=-0.0171354;REVB=0.0305983;RO=57;SAF=59;SAR=42;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513627;STB=0.527723;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0168696;OID=.;OPOS=99537071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:57:57:101:101:0.639241:42:59:29:28:42:59:29:28 chr9 99538365 . G A 571.56 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0208949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.135;QD=23.0934;RBI=0.032641;REFB=-0.0139277;REVB=0.0250767;RO=46;SAF=28;SAR=25;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498836;STB=0.527416;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0117244;OID=.;OPOS=99538365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:46:53:53:0.535354:25:28:27:19:25:28:27:19 chr9 99581811 . C T 611.91 PASS AF=0.578947;AO=55;DP=95;FAO=55;FDP=95;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0116818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.504;QD=25.7648;RBI=0.0117019;REFB=0.00100094;REVB=-0.000685124;RO=40;SAF=27;SAR=28;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262549;STB=0.514346;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.000863056;OID=.;OPOS=99581811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:40:40:55:55:0.578947:28:27:21:19:28:27:21:19 chr9 99581916 . C G 366.44 PASS AF=0.47561;AO=37;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00489117;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.945;QD=17.8752;RBI=0.0195244;REFB=-0.000260842;REVB=-0.0189018;RO=43;SAF=10;SAR=27;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274565;STB=0.643166;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00174786;OID=.;OPOS=99581916;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:37:39:0.47561:27:10:23:20:28:11:23:20 chr9 99691351 . T G 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0287903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.328;QD=12.5791;RBI=0.0388314;REFB=0.00737105;REVB=0.0260575;RO=31;SAF=4;SAR=13;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162194;STB=0.596209;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0259551;OID=.;OPOS=99691351;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:13:4:11:20:13:4:11:20 chr9 99694397 . C G 108.38 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00965474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5057;QD=13.9848;RBI=0.0829473;REFB=-0.00526208;REVB=0.0823835;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147914;STB=0.586076;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0148286;OID=.;OPOS=99694397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:11:7:7:6:11:7 chr9 100043849 . G A 1737.99 PASS AF=0.656388;AO=149;DP=227;FAO=149;FDP=227;FR=.;FRO=78;FSAF=77;FSAR=72;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.0350335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0503;QD=30.6253;RBI=0.0363972;REFB=-0.032438;REVB=0.00986956;RO=78;SAF=77;SAR=72;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0056746;STB=0.503049;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0174784;OID=.;OPOS=100043849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:78:78:149:149:0.656388:72:77:41:37:72:77:41:37 chr9 100087345 . A G 438.93 PASS AF=0.745098;AO=38;DP=51;FAO=38;FDP=51;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0705128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7104;QD=34.4262;RBI=0.0757072;REFB=-0.0667963;REVB=-0.0275596;RO=13;SAF=20;SAR=18;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421982;STB=0.52281;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0225992;OID=.;OPOS=100087345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:13:13:38:38:0.745098:18:20:8:5:18:20:8:5 chr9 100092917 . G GC 153.87 PASS AF=0.586207;AO=7;DP=46;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.141386;FXX=0.19439;HRUN=0;LEN=1;MLLD=203.54;QD=21.2235;RBI=0.143084;REFB=-0.0681121;REVB=0.0219777;RO=38;SAF=7;SAR=0;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.68929;STB=0.797457;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0226242;OID=.;OPOS=100092918;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.586207:7:46:17:29:12:15:2:4:8:99:38:7:0:18:20 chr9 100092918 . G C 189.02 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0145505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.26;QD=19.8972;RBI=0.0228419;REFB=-0.021437;REVB=0.0176079;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915077;STB=0.578864;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0148886;OID=.;OPOS=100092918;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:19:19:19:0.5:11:8:9:8:11:8:11:8 chr9 100105735 . T C 832.19 PASS AF=0.57037;AO=77;DP=135;FAO=77;FDP=135;FR=.;FRO=58;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0108025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.72;QD=24.6573;RBI=0.018043;REFB=-0.00577066;REVB=0.0144518;RO=57;SAF=41;SAR=36;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365482;STB=0.52325;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00481845;OID=.;OPOS=100105735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:57:58:77:77:0.57037:36:41:33:24:36:41:34:24 chr9 100133973 . G A 1004.87 PASS AF=0.606897;AO=88;DP=146;FAO=88;FDP=145;FR=.;FRO=57;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0646677;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9844;QD=27.7206;RBI=0.0647432;REFB=0.00128336;REVB=-0.00312513;RO=56;SAF=51;SAR=37;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109041;STB=0.562633;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0023522;OID=.;OPOS=100133973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:56:57:88:88:0.606897:37:51:24:32:37:51:24:33 chr9 100139161 . A G 149.13 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.074062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5593;QD=9.6213;RBI=0.0763958;REFB=0.0272786;REVB=-0.0187387;RO=42;SAF=4;SAR=16;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286393;STB=0.671809;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0418859;OID=.;OPOS=100139161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:16:4:17:25:16:4:17:25 chr9 100190780 . A G 513.87 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00628374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.056;QD=21.8666;RBI=0.00862883;REFB=-0.00345874;REVB=0.00591365;RO=44;SAF=32;SAR=17;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118195;STB=0.56086;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00324654;OID=.;OPOS=100190780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:45:49:49:0.521277:17:32:23:21:17:32:24:21 chr9 100194406 . T C 900.91 PASS AF=0.56129;AO=87;DP=155;FAO=87;FDP=155;FR=.;FRO=68;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.00742992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.141;QD=23.2492;RBI=0.02025;REFB=-0.0141278;REVB=0.0188377;RO=68;SAF=45;SAR=42;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573487;STB=0.531243;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0107544;OID=.;OPOS=100194406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:68:68:87:87:0.56129:42:45:40:28:42:45:40:28 chr9 100201551 . A G 1096.81 PASS AF=0.488987;AO=111;DP=227;FAO=111;FDP=227;FR=.;FRO=116;FSAF=73;FSAR=38;FSRF=69;FSRR=47;FWDB=-0.00447508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.719;QD=19.3271;RBI=0.00947769;REFB=-0.00361302;REVB=0.00835466;RO=115;SAF=73;SAR=38;SRF=68;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664861;STB=0.534861;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0035804;OID=.;OPOS=100201551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:115:116:111:111:0.488987:38:73:68:47:38:73:69:47 chr9 100243142 . A G 615.53 PASS AF=0.31746;AO=79;DP=252;FAO=80;FDP=252;FR=.;FRO=172;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=74;FSRR=98;FWDB=0.0012464;FXX=0.00395241;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.556;QD=9.77028;RBI=0.00229682;REFB=-0.00491213;REVB=0.00192921;RO=172;SAF=41;SAR=38;SRF=74;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105143;STB=0.564411;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0120158;OID=.;OPOS=100243142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:172:172:79:80:0.31746:38:41:74:98:38:42:74:98 chr9 100331261 . G A 574.73 PASS AF=0.39645;AO=66;DP=169;FAO=67;FDP=169;FR=.;FRO=102;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=-0.0114392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.789;QD=13.6031;RBI=0.0302247;REFB=-0.0125582;REVB=-0.0279764;RO=101;SAF=38;SAR=28;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872517;STB=0.555935;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0204906;OID=.;OPOS=100331261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:101:102:66:67:0.39645:28:38:50:51:28:39:50:52 chr9 100388119 . G T 638.1 PASS AF=0.380208;AO=72;DP=191;FAO=73;FDP=192;FR=.;FRO=119;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=63;FSRR=56;FWDB=0.0113024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.462;QD=13.2937;RBI=0.0116533;REFB=-0.0023376;REVB=0.00283828;RO=119;SAF=35;SAR=37;SRF=63;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476394;STB=0.522459;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00371897;OID=.;OPOS=100388119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:119:119:72:73:0.380208:37:35:63:56:37:36:63:56 chr9 100616583 . T C 375.6 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00153883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.39;QD=55.6445;RBI=0.0328464;REFB=0;REVB=-0.0328104;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225685;OID=.;OPOS=100616583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr9 100617375 . T C 3133.95 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00149513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.92;QD=63.9583;RBI=0.0085593;REFB=0;REVB=0.0084277;RO=0;SAF=99;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18773e-06;OID=.;OPOS=100617375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:196:0:0:194:196:1:95:99:0:0:97:99:0:0 chr9 100617479 . G T 1287.29 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0618094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.34;QD=60.5782;RBI=0.0664981;REFB=-0.101389;REVB=-0.0245276;RO=0;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06517e-08;STB=0.504949;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000550098;OID=.;OPOS=100617479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:84:84:0.988235:34:50:0:0:34:50:1:0 chr9 100617583 . T C 1035.49 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00191041;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.327;QD=59.171;RBI=0.00566159;REFB=0;REVB=-0.00532954;RO=1;SAF=37;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126057;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39653e-05;OID=.;OPOS=100617583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:1:0:69:70:1:32:37:1:0:32:38:0:0 chr9 100672338 . C T 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.738;QD=60.5472;RBI=0.027795;REFB=0;REVB=-0.00839145;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00099e-05;OID=.;OPOS=100672338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:45:30:0:0:45:30:0:0 chr9 100823084 . T C 386.01 PASS AF=0.312883;AO=51;DP=163;FAO=51;FDP=163;FR=.;FRO=112;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=57;FSRR=55;FWDB=-0.00139556;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.601;QD=9.47255;RBI=0.0245062;REFB=-0.00497926;REVB=-0.0244664;RO=112;SAF=25;SAR=26;SRF=57;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022165;STB=0.512865;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0101813;OID=.;OPOS=100823084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:112:112:51:51:0.312883:26:25:57:55:26:25:57:55 chr9 100823135 . G C 602.6 PASS AF=0.358852;AO=75;DP=209;FAO=75;FDP=209;FR=.;FRO=134;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=64;FSRR=70;FWDB=0.0158921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.03;QD=11.533;RBI=0.0310955;REFB=-0.00474339;REVB=0.0267277;RO=134;SAF=40;SAR=35;SRF=64;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627919;STB=0.535705;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00880703;OID=.;OPOS=100823135;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:134:134:75:75:0.358852:35:40:64:70:35:40:64:70 chr9 100843417 . A G 374.06 PASS AF=0.411215;AO=41;DP=104;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.00182926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.742;QD=13.9834;RBI=0.0267759;REFB=-0.0152441;REVB=0.0267133;RO=61;SAF=19;SAR=22;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572006;STB=0.521105;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0225735;OID=.;OPOS=100843417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:61:63:41:44:0.411215:22:19:25:36:25:19:25:38 chr9 100854765 . C G 236.19 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=34;FWDB=0.0163665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1302;QD=13.3063;RBI=0.0189715;REFB=0.00407917;REVB=0.00959458;RO=43;SAF=7;SAR=21;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596851;STB=0.533957;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.00782125;OID=.;OPOS=100854765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:21:7:9:34:21:7:9:34 chr9 101051309 . A G 298.52 PASS AF=0.345455;AO=38;DP=109;FAO=38;FDP=110;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.00842907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.347;QD=10.8554;RBI=0.0107814;REFB=-0.00563442;REVB=0.00672231;RO=71;SAF=18;SAR=20;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536395;STB=0.535354;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00789888;OID=.;OPOS=101051309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:71:72:38:38:0.345455:20:18:37:34:20:18:38:34 chr9 101051879 . G A 336.95 PASS AF=0.296774;AO=47;DP=155;FAO=46;FDP=155;FR=.;FRO=109;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=65;FWDB=-0.0374906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9743;QD=8.69547;RBI=0.0827338;REFB=-0.00274612;REVB=-0.0737519;RO=108;SAF=18;SAR=29;SRF=44;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305649;STB=0.509087;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00647092;OID=.;OPOS=101051879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:108:109:47:46:0.296774:29:18:44:64:28:18:44:65 chr9 101056122 . T C 717.94 PASS AF=0.312925;AO=93;DP=295;FAO=92;FDP=294;FR=.;FRO=202;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=107;FSRR=95;FWDB=0.0215666;FXX=0.00338972;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.524;QD=9.76795;RBI=0.0244281;REFB=-0.0091347;REVB=-0.0114723;RO=202;SAF=45;SAR=48;SRF=107;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543971;STB=0.52785;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0200135;OID=.;OPOS=101056122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:294:202:202:93:92:0.312925:48:45:107:95:47:45:107:95 chr9 101068406 . C T 574.64 PASS AF=0.568627;AO=49;DP=93;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0129914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4312;QD=22.5349;RBI=0.0881901;REFB=-0.0509327;REVB=0.087228;RO=44;SAF=34;SAR=15;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19928;STB=0.563652;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0355735;OID=.;OPOS=101068406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:102:44:44:49:58:0.568627:15:34:21:23:22:36:21:23 chr9 101068580 . G A 534.09 PASS AF=0.327014;AO=69;DP=211;FAO=69;FDP=211;FR=.;FRO=142;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=86;FSRR=56;FWDB=0.00165203;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.494;QD=10.125;RBI=0.0212489;REFB=-0.0126367;REVB=0.0211846;RO=142;SAF=38;SAR=31;SRF=86;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654938;STB=0.537612;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0238852;OID=.;OPOS=101068580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:142:142:69:69:0.327014:31:38:86:56:31:38:86:56 chr9 101533220 . C T 1282.86 PASS AF=0.977528;AO=82;DP=85;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0442379;FXX=0.0219756;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.556;QD=57.6567;RBI=0.0443045;REFB=-0.159194;REVB=0.00242769;RO=3;SAF=15;SAR=67;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016604;STB=0.507351;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00268558;OID=.;OPOS=101533220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:89:3:2:82:87:0.977528:67:15:1:2:67:20:0:2 chr9 101611335 . G C 1503.72 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0020897;FXX=0.0309246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5984;QD=63.988;RBI=0.0246692;REFB=0;REVB=-0.0245805;RO=0;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233459;OID=.;OPOS=101611335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:94:0:0:94:94:1:39:55:0:0:39:55:0:0 chr9 101611545 . A G 1993.31 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.135;QD=61.3328;RBI=0.035766;REFB=-0.0856922;REVB=0.0154464;RO=1;SAF=56;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841068;STB=0.504424;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000267386;OID=.;OPOS=101611545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:1:1:129:129:0.992308:73:56:1:0:73:56:1:0 chr9 101765841 . C T 265.38 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00793287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.432;QD=17.9916;RBI=0.0171112;REFB=-0.0105168;REVB=-0.0151612;RO=29;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12306;STB=0.5594;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00793454;OID=.;OPOS=101765841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:30:29:29:0.491525:14:15:11:18:14:15:12:18 chr9 101778265 . G T 1465.13 PASS AF=0.969388;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0282719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4208;QD=59.8011;RBI=0.030334;REFB=-0.05657;REVB=-0.0109933;RO=2;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172373;STB=0.503067;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0127352;OID=.;OPOS=101778265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:98:2:3:95:95:0.969388:54:41:0:2:54:41:1:2 chr9 101796881 . A G 68.82 PASS AF=0.092511;AO=17;DP=122;FAO=21;FDP=227;FR=.;FRO=206;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=162;FWDB=-0.0659539;FXX=0.00873324;HRUN=28;LEN=1;MLLD=134.083;QD=1.21266;RBI=0.0668461;REFB=-0.000638698;REVB=-0.0108845;RO=98;SAF=8;SAR=9;SRF=31;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202299;STB=0.744233;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0020743;OID=.;OPOS=101796881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:122:227:98:206:17:21:0.092511:9:8:31:67:11:10:44:162 chr9 101947879 . ATGT A 199.47 PASS AF=0.256198;AO=29;DP=122;FAO=31;FDP=121;FR=.;FRO=90;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=58;FWDB=-0.0046035;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=3;MLLD=269.846;QD=6.59402;RBI=0.00895093;REFB=3.96112e-05;REVB=-0.00767639;RO=83;SAF=18;SAR=11;SRF=28;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338614;STB=0.662764;STBP=0.042;TYPE=del;VARB=-0.00105073;OID=.;OPOS=101947880;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.256198:29:122:31:121:90:18:13:32:58:99:83:18:11:28:55 chr9 102067887 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.122;QD=43.4861;RBI=0.0318531;REFB=0;REVB=0.0286503;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430013;OID=.;OPOS=102067887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chr9 102068344 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0434;QD=45.8056;RBI=0.0377566;REFB=0;REVB=-0.0326342;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00225353;OID=.;OPOS=102068344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr9 102068770 . T C 2044.22 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00115428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.264;QD=62.419;RBI=0.0395587;REFB=0;REVB=0.0395418;RO=0;SAF=79;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20675e-05;OID=.;OPOS=102068770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:52:79:0:0:52:79:0:0 chr9 102068832 . G A 3148.82 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0997827;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4119;QD=63.9355;RBI=0.112147;REFB=0;REVB=0.0511896;RO=0;SAF=105;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503038;OID=.;OPOS=102068832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:197:0:0:194:197:1:89:105:0:0:90:107:0:0 chr9 102590682 . GC G 91.3 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.0781714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.9363;QD=14.6081;RBI=0.082183;REFB=-0.0289854;REVB=-0.0253631;RO=11;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=11;SSEN=0.376019;SSEP=0;SSSB=0.57384;STB=0.832888;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.0281107;OID=.;OPOS=102590683;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52:13:25:13:25:12:10:3:0:12:77:11:10:3:0:11 chr9 102595685 . C T 2331.89 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.327;QD=63.8873;RBI=0.024378;REFB=0;REVB=0.00612389;RO=0;SAF=59;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.94436e-06;OID=.;OPOS=102595685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:87:59:0:0:87:59:0:0 chr9 102713580 . G A 440.98 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0125575;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.513;QD=19.3838;RBI=0.0143665;REFB=-0.0174014;REVB=0.00697896;RO=46;SAF=24;SAR=20;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121371;STB=0.561725;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.015611;OID=.;OPOS=102713580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:46:47:44:44:0.483516:20:24:19:27:20:24:20:27 chr9 102732237 . T C 454.57 PASS AF=0.740741;AO=40;DP=54;FAO=40;FDP=54;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.036036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.761;QD=33.6716;RBI=0.0372036;REFB=-0.03986;REVB=0.00924744;RO=14;SAF=16;SAR=24;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084006;STB=0.545432;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0093188;OID=.;OPOS=102732237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:14:14:40:40:0.740741:24:16:8:6:24:16:8:6 chr9 102736844 . A G 356.62 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=9.05297e-05;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.31;QD=19.0195;RBI=0.00153511;REFB=-0.0105232;REVB=-0.00153244;RO=38;SAF=21;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109522;STB=0.560978;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0122886;OID=.;OPOS=102736844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:38:38:37:37:0.493333:16:21:17:21:16:21:17:21 chr9 103054951 . T C 346.26 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.012372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.971;QD=32.2107;RBI=0.0123743;REFB=-0.0199814;REVB=-0.000240377;RO=14;SAF=11;SAR=18;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746375;STB=0.540873;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00891574;OID=.;OPOS=103054951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:18:11:7:7:18:11:7:7 chr9 103060386 . T G 345.6 PASS AF=0.316547;AO=44;DP=139;FAO=44;FDP=139;FR=.;FRO=95;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=0.0117215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6922;QD=9.94539;RBI=0.0243157;REFB=-0.00494027;REVB=0.021304;RO=94;SAF=20;SAR=24;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782955;STB=0.541866;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0114617;OID=.;OPOS=103060386;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:94:95:44:44:0.316547:24:20:49:45:24:20:49:46 chr9 103064530 . G A 328.04 PASS AF=0.418605;AO=35;DP=85;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0350439;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.38;QD=15.2575;RBI=0.0354148;REFB=-0.00260724;REVB=-0.00511152;RO=49;SAF=24;SAR=11;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844234;STB=0.561559;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00300465;OID=.;OPOS=103064530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:49:50:35:36:0.418605:11:24:30:19:11:25:30:20 chr9 103348063 . C T 50.78 PASS AF=0.140845;AO=10;DP=72;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=15;FWDB=0.0125733;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.933;QD=2.86091;RBI=0.0329209;REFB=0.000709955;REVB=-0.0304253;RO=61;SAF=5;SAR=5;SRF=46;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32917;STB=0.717957;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.00376564;OID=.;OPOS=103348063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:72:71:61:61:10:10:0.140845:5:5:46:15:5:5:46:15 chr9 104133628 . C T 708.91 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00439369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.578;QD=63.0141;RBI=0.0928076;REFB=0;REVB=0.0927036;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345883;OID=.;OPOS=104133628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:22:22:0:0:23:22:0:0 chr9 104302625 . A G 1029.19 PASS AF=0.631206;AO=89;DP=141;FAO=89;FDP=141;FR=.;FRO=52;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0165231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3755;QD=29.1969;RBI=0.0191188;REFB=-0.00540501;REVB=0.00961863;RO=51;SAF=48;SAR=41;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00672145;STB=0.507447;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00286328;OID=.;OPOS=104302625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:51:52:89:89:0.631206:41:48:27:24:41:48:27:25 chr9 104333172 . C T 899.31 PASS AF=0.54321;AO=88;DP=162;FAO=88;FDP=162;FR=.;FRO=74;FSAF=57;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.00482089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8912;QD=22.2051;RBI=0.017029;REFB=-0.018768;REVB=-0.0163324;RO=74;SAF=57;SAR=31;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478545;STB=0.526174;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0119036;OID=.;OPOS=104333172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:74:74:88:88:0.54321:31:57:44:30:31:57:44:30 chr9 104335586 . T A 1329.32 PASS AF=0.507634;AO=133;DP=262;FAO=133;FDP=262;FR=.;FRO=129;FSAF=76;FSAR=57;FSRF=70;FSRR=59;FWDB=0.0170441;FXX=0.00380214;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.8;QD=20.295;RBI=0.0219822;REFB=-0.0223798;REVB=0.0138822;RO=127;SAF=76;SAR=57;SRF=68;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032604;STB=0.51441;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0256914;OID=.;OPOS=104335586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:127:129:133:133:0.507634:57:76:68:59:57:76:70:59 chr9 104335690 . C T 1756.48 PASS AF=0.518182;AO=170;DP=330;FAO=171;FDP=330;FR=.;FRO=159;FSAF=82;FSAR=89;FSRF=73;FSRR=86;FWDB=1.54214e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.821;QD=21.2907;RBI=0.0155084;REFB=-0.0116475;REVB=-0.0155084;RO=157;SAF=82;SAR=88;SRF=73;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153127;STB=0.509858;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0107274;OID=.;OPOS=104335690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:330:157:159:170:171:0.518182:88:82:73:84:89:82:73:86 chr9 104432873 . T G 632.87 PASS AF=0.586538;AO=60;DP=104;FAO=61;FDP=104;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0456626;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.896;QD=24.341;RBI=0.0456686;REFB=-0.0255918;REVB=0.000738886;RO=43;SAF=28;SAR=32;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699277;STB=0.534162;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0158466;OID=.;OPOS=104432873;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:43:43:60:61:0.586538:32:28:24:19:32:29:24:19 chr9 104433034 . A G 555.12 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00959102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.908;QD=22.4292;RBI=0.0181839;REFB=-0.0216684;REVB=0.0154488;RO=45;SAF=22;SAR=30;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562658;STB=0.54201;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0182012;OID=.;OPOS=104433034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:45:47:52:52:0.525253:30:22:22:23:30:22:24:23 chr9 104433235 . C T 650.33 PASS AF=0.542373;AO=64;DP=118;FAO=64;FDP=118;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0047209;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=281.847;QD=22.0451;RBI=0.00737091;REFB=-0.00862666;REVB=0.0056607;RO=52;SAF=29;SAR=35;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699695;STB=0.54686;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00689306;OID=.;OPOS=104433235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:52:54:64:64:0.542373:35:29:28:24:35:29:30:24 chr9 104433347 . G A 259.14 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0197851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.249;QD=24.1063;RBI=0.0198127;REFB=0.000625095;REVB=0.00104516;RO=19;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243928;STB=0.635726;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.000569921;OID=.;OPOS=104433347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:15:9:13:6:15:9:13:6 chr9 104449063 . C T 397.55 PASS AF=0.317073;AO=52;DP=162;FAO=52;FDP=164;FR=.;FRO=112;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=62;FSRR=50;FWDB=-0.0503741;FXX=0.017963;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.92;QD=9.69638;RBI=0.0512469;REFB=-0.00382725;REVB=-0.00941819;RO=109;SAF=27;SAR=25;SRF=60;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366944;STB=0.52352;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00981742;OID=.;OPOS=104449063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:109:112:52:52:0.317073:25:27:60:49:25:27:62:50 chr9 104449294 . G A 892.56 PASS AF=0.550633;AO=87;DP=158;FAO=87;FDP=158;FR=.;FRO=71;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=0.0219747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.145;QD=22.5964;RBI=0.0221557;REFB=0.00100701;REVB=-0.00282691;RO=71;SAF=38;SAR=49;SRF=23;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958194;STB=0.552198;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.000546417;OID=.;OPOS=104449294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:71:71:87:87:0.550633:49:38:23:48:49:38:23:48 chr9 104499575 . T C 3255.37 PASS AF=1;AO=209;DP=211;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294843;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9786;QD=61.4221;RBI=0.0345715;REFB=-0.0521168;REVB=-0.0180517;RO=1;SAF=120;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00395347;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406334;OID=.;OPOS=104499575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:211:212:1:0:209:212:1:89:120:1:0:89:123:0:0 chr9 105018910 . A C 153.55 PASS AF=0.358491;AO=18;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0157944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.155;QD=11.5885;RBI=0.017599;REFB=-0.013088;REVB=0.00776274;RO=35;SAF=15;SAR=3;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419711;STB=0.76341;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0128648;OID=.;OPOS=105018910;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:34:18:19:0.358491:3:15:18:17:3:16:17:17 chr9 105340650 . C A 201.75 PASS AF=0.27;AO=27;DP=100;FAO=27;FDP=100;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0173419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.925;QD=8.06992;RBI=0.0220044;REFB=-0.00898672;REVB=-0.0135444;RO=73;SAF=9;SAR=18;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232091;STB=0.639351;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0314653;OID=.;OPOS=105340650;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:73:73:27:27:0.27:18:9:38:35:18:9:38:35 chr9 105340677 . G A 180.9 PASS AF=0.260417;AO=25;DP=96;FAO=25;FDP=96;FR=.;FRO=71;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.0124616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.713;QD=7.53767;RBI=0.017575;REFB=-0.001614;REVB=0.0123932;RO=71;SAF=8;SAR=17;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267141;STB=0.661459;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0023197;OID=.;OPOS=105340677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:71:71:25:25:0.260417:17:8:38:33:17:8:38:33 chr9 105405415 . G A 84.47 PASS AF=0.205882;AO=14;DP=68;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.014415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.604;QD=4.96869;RBI=0.0343117;REFB=-0.00359714;REVB=-0.0311368;RO=54;SAF=8;SAR=6;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997973;STB=0.563231;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0149182;OID=.;OPOS=105405415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:68:68:54:54:14:14:0.205882:6:8:35:19:6:8:35:19 chr9 105780618 . G A 3798.13 PASS AF=0.987805;AO=242;DP=245;FAO=243;FDP=246;FR=.;FRO=3;FSAF=135;FSAR=108;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0586422;FXX=0.00404842;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9428;QD=61.7582;RBI=0.0766586;REFB=-0.0889006;REVB=0.0493724;RO=3;SAF=134;SAR=108;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00266746;STB=0.501372;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00469791;OID=.;OPOS=105780618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:245:246:3:3:242:243:0.987805:108:134:2:1:108:135:2:1 chr9 107266596 . T C 202.52 PASS AF=0.236641;AO=32;DP=132;FAO=31;FDP=131;FR=.;FRO=100;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=66;FSRR=34;FWDB=-0.00857276;FXX=0.00757518;HRUN=6;LEN=1;MLLD=266.865;QD=6.18388;RBI=0.00858118;REFB=-0.00308206;REVB=0.000380153;RO=98;SAF=15;SAR=17;SRF=65;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2417;STB=0.63335;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00876004;OID=.;OPOS=107266596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:98:100:32:31:0.236641:17:15:65:33:16:15:66:34 chr9 107266774 . C G 376.2 PASS AF=0.32;AO=48;DP=151;FAO=48;FDP=150;FR=.;FRO=102;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=-0.027384;FXX=0.00662208;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.32;QD=10.0321;RBI=0.0333132;REFB=-0.0158737;REVB=-0.0189707;RO=102;SAF=27;SAR=21;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507239;STB=0.529399;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0345532;OID=.;OPOS=107266774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:102:102:48:48:0.32:21:27:53:49:21:27:53:49 chr9 107266844 . A G 397.56 PASS AF=0.360902;AO=47;DP=132;FAO=48;FDP=133;FR=.;FRO=85;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.0135484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.849;QD=11.9567;RBI=0.0139717;REFB=-0.00573203;REVB=-0.00341326;RO=85;SAF=30;SAR=17;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204164;STB=0.62133;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0149003;OID=.;OPOS=107266844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:85:85:47:48:0.360902:17:30:39:46:17:31:39:46 chr9 107266943 . G A 413.87 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0207416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.063;QD=19.0287;RBI=0.0224607;REFB=0.00194676;REVB=0.00861803;RO=45;SAF=21;SAR=21;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309736;STB=0.517233;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00182847;OID=.;OPOS=107266943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:21:21:21:24:21:21:21:24 chr9 107267304 . C T 616.7 PASS AF=0.37;AO=74;DP=201;FAO=74;FDP=200;FR=.;FRO=126;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=63;FSRR=63;FWDB=-0.0401927;FXX=0.0196069;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.113;QD=12.334;RBI=0.0511971;REFB=-0.0069106;REVB=-0.0317126;RO=122;SAF=38;SAR=36;SRF=59;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328978;STB=0.508514;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0119704;OID=.;OPOS=107267304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:122:126:74:74:0.37:36:38:59:63:36:38:63:63 chr9 107331504 . C A 1824.99 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0131422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.329;QD=60.3304;RBI=0.013424;REFB=-0.032307;REVB=-0.00273613;RO=1;SAF=71;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664388;STB=0.503496;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=3.86025e-05;OID=.;OPOS=107331504;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:49:71:1:0:49:71:1:0 chr9 107331659 . G A 214.96 PASS AF=0.251969;AO=32;DP=126;FAO=32;FDP=127;FR=.;FRO=95;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=54;FWDB=-0.0135554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.855;QD=6.77046;RBI=0.0186144;REFB=-0.00164386;REVB=-0.0127571;RO=93;SAF=18;SAR=14;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162681;STB=0.597013;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00534776;OID=.;OPOS=107331659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:93:95:32:32:0.251969:14:18:40:53:14:18:41:54 chr9 107360768 . GT G 378.83 PASS AF=0.329032;AO=44;DP=155;FAO=51;FDP=155;FR=.;FRO=104;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=59;FSRR=45;FWDB=0.0166029;FXX=0.0189861;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.129;QD=9.77618;RBI=0.0169364;REFB=-0.0121029;REVB=-0.00334414;RO=104;SAF=25;SAR=19;SRF=62;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344178;STB=0.514414;STBP=0.825;TYPE=del;VARB=0.0258628;OID=.;OPOS=107360769;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.329032:44:155:51:155:104:30:21:59:45:99:104:25:19:62:42 chr9 107360826 . A G 363.17 PASS AF=0.308176;AO=49;DP=159;FAO=49;FDP=159;FR=.;FRO=110;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=64;FSRR=46;FWDB=0.0101182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4027;QD=9.13631;RBI=0.0344594;REFB=-0.00364275;REVB=0.0329404;RO=110;SAF=25;SAR=24;SRF=64;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854663;STB=0.549645;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.013304;OID=.;OPOS=107360826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:110:110:49:49:0.308176:24:25:64:46:24:25:64:46 chr9 107360851 . T C 358.65 PASS AF=0.29878;AO=49;DP=164;FAO=49;FDP=164;FR=.;FRO=115;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=70;FSRR=45;FWDB=-0.0182753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.621;QD=8.74765;RBI=0.0524753;REFB=-0.0133713;REVB=0.0491902;RO=114;SAF=26;SAR=23;SRF=70;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101321;STB=0.55531;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0323581;OID=.;OPOS=107360851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:114:115:49:49:0.29878:23:26:70:44:23:26:70:45 chr9 107360922 . A G 2553.79 PASS AF=0.994012;AO=165;DP=167;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0147581;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6702;QD=61.1687;RBI=0.0208053;REFB=-0.0480011;REVB=0.0146649;RO=0;SAF=86;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.21542e-08;STB=0.502857;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000245618;OID=.;OPOS=107360922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:167:0:1:165:166:0.994012:79:86:0:0:79:87:1:0 chr9 107361129 . C T 442.36 PASS AF=0.353741;AO=52;DP=147;FAO=52;FDP=147;FR=.;FRO=95;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=57;FWDB=-0.00903665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8832;QD=12.037;RBI=0.0249626;REFB=-0.00373734;REVB=-0.0232695;RO=93;SAF=31;SAR=21;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208949;STB=0.625244;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00695437;OID=.;OPOS=107361129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:93:95:52:52:0.353741:21:31:38:55:21:31:38:57 chr9 107361312 . T C 599.13 PASS AF=0.901961;AO=32;DP=51;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0165052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.706;QD=46.9904;RBI=0.0194312;REFB=-0.0471105;REVB=0.0102542;RO=3;SAF=12;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489573;STB=0.52355;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00537719;OID=.;OPOS=107361312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:51:51:3:5:32:46:0.901961:20:12:2:1:20:26:4:1 chr9 107361439 . G C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.688;QD=62.0211;RBI=0.0435393;REFB=0;REVB=-0.0401619;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.79494e-05;OID=.;OPOS=107361439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr9 107361451 . GC AG 390.68 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101502;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=203.291;QD=52.0907;RBI=0.19744;REFB=0;REVB=0.169351;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000343748;OID=.;OPOS=107361451;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr9 107361460 . G A 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6706;QD=57.198;RBI=0.056843;REFB=0;REVB=0.0321948;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152497;OID=.;OPOS=107361460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr9 107361490 . A T 160.32 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.095;QD=45.8068;RBI=0.0289962;REFB=0;REVB=0.0259412;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070743;OID=.;OPOS=107361490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:8:5:0:0:8:6:0:0 chr9 107361599 . G C 256.43 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.000375476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2869;QD=11.2715;RBI=0.0470218;REFB=-0.0251385;REVB=-0.0470203;RO=59;SAF=18;SAR=13;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825224;STB=0.553613;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0304795;OID=.;OPOS=107361599;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:59:60:31:31:0.340659:13:18:30:29:13:18:30:30 chr9 107361642 . G A 917.35 PASS AF=0.616541;AO=80;DP=131;FAO=82;FDP=133;FR=.;FRO=51;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00213857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.163;QD=27.5894;RBI=0.0168429;REFB=0.00449165;REVB=0.0167066;RO=50;SAF=42;SAR=38;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392203;STB=0.524593;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00291656;OID=.;OPOS=107361642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:50:51:80:82:0.616541:38:42:29:21:39:43:30:21 chr9 107361710 . G A 467.55 PASS AF=0.353659;AO=58;DP=164;FAO=58;FDP=164;FR=.;FRO=106;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=56;FWDB=-0.0660627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.797;QD=11.4036;RBI=0.066722;REFB=-0.00382917;REVB=-0.00935675;RO=104;SAF=30;SAR=28;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626195;STB=0.529402;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00694712;OID=.;OPOS=107361710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:104:106:58:58:0.353659:28:30:48:56:28:30:50:56 chr9 107367008 . T C 708.67 PASS AF=0.432584;AO=77;DP=178;FAO=77;FDP=178;FR=.;FRO=101;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=-0.00918562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.258;QD=15.9252;RBI=0.018866;REFB=-0.0150413;REVB=0.0164788;RO=98;SAF=45;SAR=32;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858912;STB=0.551278;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.016996;OID=.;OPOS=107367008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:98:101:77:77:0.432584:32:45:49:49:32:45:50:51 chr9 107367132 . G A 596.94 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=112;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0999856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4464;QD=21.3193;RBI=0.102341;REFB=-0.0517185;REVB=-0.0218303;RO=52;SAF=28;SAR=32;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371297;STB=0.520377;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0445443;OID=.;OPOS=107367132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:52:52:60:60:0.535714:32:28:22:30:32:28:22:30 chr9 107367322 . T C 162.11 PASS AF=0.226087;AO=25;DP=114;FAO=26;FDP=115;FR=.;FRO=89;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=56;FWDB=0.0224396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.865;QD=5.63864;RBI=0.0322005;REFB=-0.0104438;REVB=-0.0230941;RO=89;SAF=15;SAR=10;SRF=33;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282828;STB=0.68292;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0383424;OID=.;OPOS=107367322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:89:89:25:26:0.226087:10:15:33:56:10:16:33:56 chr9 107367392 . TGTTA T 116.23 PASS AF=0.222222;AO=18;DP=81;FAO=18;FDP=81;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.00617898;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=4;MLLD=263.248;QD=5.73952;RBI=0.0120428;REFB=-0.00724062;REVB=-0.0103368;RO=63;SAF=6;SAR=12;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219907;STB=0.513746;STBP=0.903;TYPE=del;VARB=0.027226;OID=.;OPOS=107367393;OREF=GTTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222:18:81:18:81:63:6:12:22:41:99:63:6:12:22:41 chr9 107367431 . A T 43.22 PASS AF=0.125;AO=9;DP=72;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.00564973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3918;QD=2.40112;RBI=0.0282235;REFB=-0.00112176;REVB=0.0276522;RO=61;SAF=5;SAR=4;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175166;STB=0.636075;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0136952;OID=.;OPOS=107367431;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:72:61:63:9:9:0.125:4:5:25:36:4:5:25:38 chr9 107367612 . C T 183.11 PASS AF=0.271739;AO=25;DP=92;FAO=25;FDP=92;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.0249433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.486;QD=7.96135;RBI=0.0295931;REFB=2.44105e-05;REVB=0.0159244;RO=67;SAF=7;SAR=18;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220937;STB=0.63357;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.000291854;OID=.;OPOS=107367612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:67:67:25:25:0.271739:18:7:30:37:18:7:30:37 chr9 107367664 . AGC A,AGT 63.93 PASS AF=0.155556,0.0666667;AO=7,3;DP=46;FAO=7,3;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=1,0;FSAR=6,3;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0102868,-0.0293866;FXX=0.0217344;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=161.09,112.948;QD=5.68239;RBI=0.019618,0.0450837;REFB=-0.00376309,0.00454498;REVB=0.0167048,-0.0341902;RO=35;SAF=1,0;SAR=6,3;SRF=11;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.283195,-0.456245;STB=0.705191,0.995298;STBP=0.349,0.157;TYPE=del,snp;VARB=0.0232268,0.0438022;OID=.,.;OPOS=107367665,107367666;OREF=GC,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.155556,0.0666667:7,3:46:7,3:45:35:1,0:6,3:11:24:43:35:1,0:6,3:11:24 chr9 107367841 . A T 276.22 PASS AF=0.330275;AO=36;DP=109;FAO=36;FDP=109;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.00559917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.807;QD=10.1366;RBI=0.0056013;REFB=-0.000290232;REVB=-0.00015464;RO=73;SAF=21;SAR=15;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00946934;STB=0.505491;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.000444974;OID=.;OPOS=107367841;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:73:73:36:36:0.330275:15:21:42:31:15:21:42:31 chr9 107379895 . G T 434.5 PASS AF=0.630769;AO=41;DP=65;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0214014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.32;QD=26.7387;RBI=0.0226168;REFB=-0.0080624;REVB=0.00731427;RO=23;SAF=17;SAR=24;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716941;STB=0.547505;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00454937;OID=.;OPOS=107379895;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:23:24:41:41:0.630769:24:17:12:11:24:17:13:11 chr9 107380177 . A G 182.49 PASS AF=0.2;AO=29;DP=150;FAO=30;FDP=150;FR=.;FRO=120;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=71;FSRR=49;FWDB=-0.00962231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.068;QD=4.8665;RBI=0.00962231;REFB=-0.00648367;REVB=-1.06239e-05;RO=120;SAF=15;SAR=14;SRF=71;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958931;STB=0.547139;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0331254;OID=.;OPOS=107380177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:120:120:29:30:0.2:14:15:71:49:14:16:71:49 chr9 107380215 . T A 164.96 PASS AF=0.216;AO=27;DP=125;FAO=27;FDP=125;FR=.;FRO=98;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=-0.00990057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.06;QD=5.27882;RBI=0.0252387;REFB=0.0023039;REVB=0.0232157;RO=98;SAF=12;SAR=15;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108686;STB=0.567326;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.00384568;OID=.;OPOS=107380215;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:98:98:27:27:0.216:15:12:52:46:15:12:52:46 chr9 107380396 . T G 525.08 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00801279;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.333;QD=23.599;RBI=0.0163932;REFB=-0.0173239;REVB=0.0143015;RO=40;SAF=22;SAR=27;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826876;STB=0.545351;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0155294;OID=.;OPOS=107380396;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:40:40:49:49:0.550562:27:22:14:26:27:22:14:26 chr9 107380414 . C A 401.73 PASS AF=0.4375;AO=40;DP=94;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0134656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4111;QD=16.7386;RBI=0.0304603;REFB=-0.0113478;REVB=-0.0273223;RO=54;SAF=15;SAR=25;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348587;STB=0.53024;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0180399;OID=.;OPOS=107380414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:54:54:40:42:0.4375:25:15:22:32:27:15:22:32 chr9 107456933 . C A,T 987.12 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=4,64;DP=68;FAO=4,64;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=4,25;FSAR=0,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244161,-0.0120156;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.1691,134.32;QD=58.0661;RBI=0.0304534,0.0197799;REFB=0,0;REVB=-0.0182006,-0.0157121;RO=0;SAF=4,25;SAR=0,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.30166e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0614543,-0.00113277;OID=.,.;OPOS=107456933,107456933;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:68:68:0:0:4,64:4,64:0.0588235,0.941176:0,39:4,25:0:0:0,39:4,25:0:0 chr9 107457532 . C T 752.13 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00962338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3227;QD=56.7649;RBI=0.0115113;REFB=0;REVB=-0.00631672;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131263;OID=.;OPOS=107457532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:30:23:0:0 chr9 107457725 . G A 1065.73 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033784;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.22;QD=60.0413;RBI=0.0247058;REFB=0;REVB=0.0244737;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100899;OID=.;OPOS=107457725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr9 107510145 . G C 64.03 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0518809;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.6337;QD=9.48601;RBI=0.131816;REFB=0.0256696;REVB=-0.121177;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.52951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0561468;OID=.;OPOS=107510145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:8:10:5:4:8:10 chr9 107531152 . G C 320.61 PASS AF=0.330645;AO=41;DP=123;FAO=41;FDP=124;FR=.;FRO=83;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.00746829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.044;QD=10.3422;RBI=0.00859494;REFB=-0.00120812;REVB=-0.00425414;RO=82;SAF=18;SAR=23;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284251;STB=0.512733;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00314795;OID=.;OPOS=107531152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:82:83:41:41:0.330645:23:18:38:44:23:18:38:45 chr9 107533175 . C G 501.94 PASS AF=0.305936;AO=67;DP=219;FAO=67;FDP=219;FR=.;FRO=152;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=72;FSRR=80;FWDB=-0.0232877;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.811;QD=9.1678;RBI=0.0491982;REFB=-0.00318595;REVB=-0.0433376;RO=150;SAF=42;SAR=25;SRF=72;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177145;STB=0.607406;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00786098;OID=.;OPOS=107533175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:150:152:67:67:0.305936:25:42:72:78:25:42:72:80 chr9 107562804 . T C 217.21 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.00238907;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=329.698;QD=11.2835;RBI=0.00287825;REFB=0.000114904;REVB=-0.00160521;RO=50;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199744;STB=0.615009;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.000251784;OID=.;OPOS=107562804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:13:14:17:33:13:14:17:33 chr9 107583754 . C T 151.37 PASS AF=0.287671;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.025626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.72;QD=8.29427;RBI=0.0296394;REFB=-0.00448576;REVB=-0.0148931;RO=52;SAF=10;SAR=11;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405629;STB=0.524223;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0134601;OID=.;OPOS=107583754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:52:52:21:21:0.287671:11:10:23:29:11:10:23:29 chr9 107586753 . T C 1587.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00889923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.757;QD=64.1535;RBI=0.00910934;REFB=0;REVB=0.00194517;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23412e-05;OID=.;OPOS=107586753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:50:49:0:0:50:49:0:0 chr9 107588033 . C T 1573.42 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.147;QD=58.8195;RBI=0.0161431;REFB=-0.0127588;REVB=-0.0117435;RO=1;SAF=75;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00628634;STB=0.503311;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-8.49849e-06;OID=.;OPOS=107588033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:107:1:1:105:106:0.990654:30:75:1:0:31:75:1:0 chr9 107591272 . G T 2277.54 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152903;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.914;QD=63.7075;RBI=0.0155189;REFB=0;REVB=-0.00265352;RO=0;SAF=55;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20128e-05;OID=.;OPOS=107591272;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:88:55:0:0:88:55:0:0 chr9 108152199 . G A 2027.07 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.14;QD=62.3714;RBI=0.0117166;REFB=0;REVB=-0.00313936;RO=0;SAF=67;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19315e-06;OID=.;OPOS=108152199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:63:67:0:0:63:67:0:0 chr9 108292884 . C T 158.84 PASS AF=0.23301;AO=24;DP=101;FAO=24;FDP=103;FR=.;FRO=79;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=-0.0143498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.555;QD=6.16866;RBI=0.0411236;REFB=-0.0060772;REVB=-0.0385388;RO=77;SAF=10;SAR=14;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180909;STB=0.519247;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0160281;OID=.;OPOS=108292884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:77:79:24:24:0.23301:14:10:31:46:14:10:31:48 chr9 108398331 . T G 1118.02 PASS AF=0.688889;AO=92;DP=135;FAO=93;FDP=135;FR=.;FRO=42;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0239281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1652;QD=33.1266;RBI=0.0374588;REFB=-0.0147737;REVB=0.0288203;RO=42;SAF=48;SAR=44;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542936;STB=0.527215;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00720387;OID=.;OPOS=108398331;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:42:42:92:93:0.688889:44:48:18:24:45:48:18:24 chr9 108536426 . AT A 689.72 PASS AF=1;AO=61;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361762;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.3982;QD=42.4442;RBI=0.135906;REFB=0;REVB=-0.131003;RO=1;SAF=27;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171613;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00166758;OID=.;OPOS=108536427;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:65:65:65:0:30:35:0:0:13:1:27:34:1:0 chr9 109622659 . G A 3185.34 PASS AF=1;AO=207;DP=209;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04056;FXX=0.00956892;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.388;QD=61.5525;RBI=0.0424116;REFB=-0.0376676;REVB=0.0123946;RO=1;SAF=132;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00359538;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15324e-05;OID=.;OPOS=109622659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:209:207:1:0:207:207:1:75:132:1:0:75:132:0:0 chr9 109771874 . G A 453.73 PASS AF=0.438596;AO=49;DP=119;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.0188695;FXX=0.0499958;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.787;QD=15.9203;RBI=0.0213773;REFB=-0.00914297;REVB=0.0100465;RO=61;SAF=30;SAR=19;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112129;STB=0.506308;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00974355;OID=.;OPOS=109771874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:114:61:64:49:50:0.438596:19:30:38:23:19:31:39:25 chr9 110068823 . C T 315.54 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00475518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.043;QD=24.2726;RBI=0.0334995;REFB=-0.0209184;REVB=0.0331603;RO=21;SAF=17;SAR=14;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884878;STB=0.548642;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0165687;OID=.;OPOS=110068823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:14:17:14:7:14:17:14:7 chr9 111617151 . G A 162.3 PASS AF=0.207692;AO=27;DP=130;FAO=27;FDP=130;FR=.;FRO=103;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=-0.00458443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.919;QD=4.99397;RBI=0.00461009;REFB=-0.00824734;REVB=0.000485724;RO=102;SAF=17;SAR=10;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117789;STB=0.570283;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0303924;OID=.;OPOS=111617151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:102:103:27:27:0.207692:10:17:55:47:10:17:56:47 chr9 111617341 . A G 833.67 PASS AF=0.539474;AO=82;DP=152;FAO=82;FDP=152;FR=.;FRO=70;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0107175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.073;QD=21.9386;RBI=0.0125457;REFB=0.00220108;REVB=-0.00652163;RO=69;SAF=41;SAR=41;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605541;STB=0.506577;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00194829;OID=.;OPOS=111617341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:69:70:82:82:0.539474:41:41:35:34:41:41:36:34 chr9 111617650 . G A 410.95 PASS AF=0.443299;AO=42;DP=96;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0090222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7683;QD=16.9464;RBI=0.0690196;REFB=-0.0232529;REVB=0.0684274;RO=54;SAF=17;SAR=25;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205267;STB=0.619287;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0492343;OID=.;OPOS=111617650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:54:54:42:43:0.443299:25:17:33:21:26:17:33:21 chr9 111618163 . G A 228.83 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00121014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.24;QD=16.0584;RBI=0.00604276;REFB=-0.0123226;REVB=0.00592035;RO=31;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00367081;STB=0.502073;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0132858;OID=.;OPOS=111618163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:11:15:18:13:11:15:18:13 chr9 111618602 . A G 1062.26 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3413;QD=59.8457;RBI=0.055389;REFB=0;REVB=-0.0305309;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20237e-05;OID=.;OPOS=111618602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr9 111618796 . C T 205.38 PASS AF=0.267857;AO=29;DP=112;FAO=30;FDP=112;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.00718351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.992;QD=7.33515;RBI=0.00983172;REFB=-0.0053184;REVB=0.00671267;RO=82;SAF=11;SAR=18;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250273;STB=0.65776;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0171597;OID=.;OPOS=111618796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:82:82:29:30:0.267857:18:11:48:34:19:11:48:34 chr9 111618926 . A G 1157.98 PASS AF=0.647799;AO=102;DP=157;FAO=103;FDP=159;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=72;FSRF=16;FSRR=40;FWDB=0.00736466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.625;QD=29.1315;RBI=0.0211998;REFB=-0.0229959;REVB=-0.0198795;RO=55;SAF=30;SAR=72;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00251418;STB=0.506416;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0134607;OID=.;OPOS=111618926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:55:56:102:103:0.647799:72:30:16:39:72:31:16:40 chr9 111625913 . A G 1659.6 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.355;QD=60.3489;RBI=0.0189414;REFB=0;REVB=0.0143022;RO=0;SAF=47;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57384e-05;OID=.;OPOS=111625913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:63:47:0:0:63:47:0:0 chr9 111637188 . C T 88.2 PASS AF=0.194805;AO=15;DP=77;FAO=15;FDP=77;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00271673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.079;QD=4.58168;RBI=0.00296123;REFB=-0.000275698;REVB=-0.00117825;RO=62;SAF=4;SAR=11;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302454;STB=0.695932;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.000923169;OID=.;OPOS=111637188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:77:77:62:62:15:15:0.194805:11:4:31:31:11:4:31:31 chr9 111644396 . G A 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00703218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.231;QD=15.4994;RBI=0.0139555;REFB=-0.00121243;REVB=-0.0120542;RO=40;SAF=18;SAR=13;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812701;STB=0.545926;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00177128;OID=.;OPOS=111644396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:13:18:20:20:13:18:20:20 chr9 111659439 . T C 858.28 PASS AF=0.568345;AO=78;DP=138;FAO=79;FDP=139;FR=.;FRO=60;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=0.0060961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.6235;QD=24.6986;RBI=0.00918024;REFB=-0.00288736;REVB=0.00686399;RO=59;SAF=47;SAR=31;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345174;STB=0.519348;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00287022;OID=.;OPOS=111659439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:59:60:78:79:0.568345:31:47:38:21:31:48:39:21 chr9 111659483 . T G 934.16 PASS AF=0.566038;AO=89;DP=158;FAO=90;FDP=159;FR=.;FRO=69;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=24;FWDB=0.0314241;FXX=0.0245384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.604;QD=23.5008;RBI=0.0318062;REFB=-0.0117069;REVB=0.00491517;RO=69;SAF=57;SAR=32;SRF=45;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102355;STB=0.508842;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0104412;OID=.;OPOS=111659483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:69:69:89:90:0.566038:32:57:45:24:33:57:45:24 chr9 111660851 . C T 268.44 PASS AF=0.5;AO=28;DP=58;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0206614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.699;QD=17.8958;RBI=0.0592314;REFB=-0.00422814;REVB=0.055511;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127236;STB=0.583836;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00803847;OID=.;OPOS=111660851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:30:30:28:30:0.5:16:12:17:13:18:12:17:13 chr9 111674597 . C T 590.07 PASS AF=0.480315;AO=61;DP=127;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.00642822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.763;QD=18.585;RBI=0.00909324;REFB=-0.0118292;REVB=0.00643156;RO=66;SAF=27;SAR=34;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113157;STB=0.506268;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0130465;OID=.;OPOS=111674597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:66:66:61:61:0.480315:34:27:30:36:34:27:30:36 chr9 111679872 . G A 871.92 PASS AF=0.567376;AO=80;DP=141;FAO=80;FDP=141;FR=.;FRO=61;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.0306779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5325;QD=24.7353;RBI=0.0313205;REFB=0.00896053;REVB=-0.00631187;RO=61;SAF=41;SAR=39;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748948;STB=0.54079;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00589468;OID=.;OPOS=111679872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:61:61:80:80:0.567376:39:41:37:24:39:41:37:24 chr9 111712816 . C T 268.55 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.00639965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.155;QD=11.6762;RBI=0.0113866;REFB=-0.0154831;REVB=-0.00941807;RO=60;SAF=16;SAR=16;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151059;STB=0.586904;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0270316;OID=.;OPOS=111712816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:60:32:32:0.347826:16:16:22:38:16:16:22:38 chr9 111754288 . T C 1806.63 PASS AF=0.991667;AO=117;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0203388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.608;QD=60.2209;RBI=0.0239389;REFB=-0.0216652;REVB=0.0126255;RO=0;SAF=53;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09512e-08;STB=0.503875;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=5.22217e-05;OID=.;OPOS=111754288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:0:1:117:119:0.991667:64:53:0:0:64:55:0:1 chr9 111782670 . G A 333.47 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0941157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6711;QD=21.8667;RBI=0.108358;REFB=-0.0127036;REVB=0.0536998;RO=27;SAF=21;SAR=13;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211185;STB=0.511668;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00970274;OID=.;OPOS=111782670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:13:21:16:11:13:21:16:11 chr9 111938926 . C T 651.37 PASS AF=0.496183;AO=64;DP=133;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00628075;FXX=0.0223864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.592;QD=19.889;RBI=0.0264832;REFB=-0.0142739;REVB=-0.0257276;RO=63;SAF=35;SAR=29;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494777;STB=0.534654;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0174044;OID=.;OPOS=111938926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:63:66:64:65:0.496183:29:35:31:32:30:35:31:35 chr9 111945049 . T G 1657.67 PASS AF=0.648649;AO=143;DP=222;FAO=144;FDP=222;FR=.;FRO=78;FSAF=72;FSAR=72;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.0011688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6467;QD=29.8679;RBI=0.0125583;REFB=-0.00131179;REVB=-0.0125038;RO=78;SAF=72;SAR=71;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566247;STB=0.531527;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.000561908;OID=.;OPOS=111945049;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:78:78:143:144:0.648649:71:72:46:32:72:72:46:32 chr9 112069477 . T A 324.29 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0559227;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.258;QD=19.3605;RBI=0.055932;REFB=-0.0122986;REVB=-0.00102099;RO=32;SAF=25;SAR=9;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115502;STB=0.575869;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0235501;OID=.;OPOS=112069477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:32:33:34:34:0.507463:9:25:20:12:9:25:20:13 chr9 112166747 . G A 51.19 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.0131335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.516;QD=2.92523;RBI=0.02016;REFB=-0.00973094;REVB=-0.015295;RO=60;SAF=1;SAR=9;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409495;STB=0.804131;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0334298;OID=.;OPOS=112166747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:70:60:60:10:10:0.142857:9:1:21:39:9:1:21:39 chr9 112629397 . G A 283.88 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0466413;FXX=0.0850883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.513;QD=26.407;RBI=0.0496429;REFB=-0.00647783;REVB=-0.0170002;RO=15;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362204;STB=0.508373;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00179792;OID=.;OPOS=112629397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:43:15:18:25:25:0.581395:13:12:8:7:13:12:9:9 chr9 112629858 . A G 1337.32 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00491447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.523;QD=62.2011;RBI=0.0304534;REFB=0;REVB=0.0300542;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7815e-05;OID=.;OPOS=112629858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr9 112687381 . G T 470.74 PASS AF=0.37013;AO=57;DP=154;FAO=57;FDP=154;FR=.;FRO=97;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=62;FWDB=-0.049288;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9393;QD=12.2271;RBI=0.0502683;REFB=-0.01327;REVB=-0.00987903;RO=97;SAF=21;SAR=36;SRF=35;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00906906;STB=0.505153;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0167509;OID=.;OPOS=112687381;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:97:97:57:57:0.37013:36:21:35:62:36:21:35:62 chr9 112713075 . C A,CA 427.41 PASS AF=0.025,0.975;AO=2,33;DP=43;FAO=1,39;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=1,26;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179129,-0.0448376;FXX=0.0476077;HRUN=2,4;LEN=1,1;MLLD=15.7961,14.758;QD=42.7405;RBI=0.0335456,0.0671021;REFB=0,0;REVB=-0.0283626,-0.0499227;RO=5;SAF=2,20;SAR=0,13;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.589598,0.00155118;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0343509,0.00555145;OID=.,.;OPOS=112713075,112713076;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:43:40:5:0:2,33:1,39:0.025,0.975:0,13:2,20:3:2:0,13:1,26:0:0 chr9 112899361 . A C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.868;QD=56.9383;RBI=0.0413254;REFB=0;REVB=0.039116;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83417e-05;OID=.;OPOS=112899361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr9 112900480 . GGGCCCCCCCAG GCCCCCAG,GGCCCCCAG,GGGCCCCCAG,GGGCCCCCCAG,GGGCCCCCGAGC 528.39 PASS AF=0,0,1,0,0;AO=7,6,7,9,2;DP=48;FAO=0,0,48,0,0;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,31,0,0;FSAR=0,0,17,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187238,0.0266754,0.106367,0.194517,-0.00967019;FXX=0.058812;HRUN=5,5,7,7,7;LEN=4,3,2,1,4;MLLD=14.2906,9.1474,14.4968,9.09707,122.226;QD=44.0322;RBI=0.35827,0.199253,0.248233,0.456897,0.0591702;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.357781,-0.197459,0.224289,0.413422,-0.0583747;RO=0;SAF=0,4,7,9,2;SAR=7,2,0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.354167,0.354167,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del,mnp;VARB=0,0,0.0135854,-0.0249834,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=112900481,112900482,112900483,112900483,112900488;OREF=GGCC,GCC,CC,C,CCAG;OALT=-,-,-,-,GAGC;OMAPALT=GCCCCCAG,GGCCCCCAG,GGGCCCCCAG,GGGCCCCCCAG,GGGCCCCCGAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1,0,0:7,6,7,9,2:48:0,0,48,0,0:48:0:0,0,31,0,0:0,0,17,0,0:0:0:3:0:0,4,7,9,2:7,2,0,0,0:0:0 chr9 112900785 . A G 393.24 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7287;QD=56.1771;RBI=0.06624;REFB=0;REVB=0.048504;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207673;OID=.;OPOS=112900785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr9 112918754 . C T 50.75 PASS AF=0.104;AO=13;DP=125;FAO=13;FDP=125;FR=.;FRO=112;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=-0.0330724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.588;QD=1.62401;RBI=0.0330827;REFB=-0.000985684;REVB=-0.000825862;RO=112;SAF=4;SAR=9;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270845;STB=0.702131;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00918409;OID=.;OPOS=112918754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:125:125:112:112:13:13:0.104:9:4:60:52:9:4:60:52 chr9 112931646 . G A 1394.58 PASS AF=1;AO=90;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.403;QD=58.719;RBI=0.0631199;REFB=-0.138536;REVB=0.0401481;RO=4;SAF=56;SAR=34;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525555;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00805717;OID=.;OPOS=112931646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:95:95:4:0:90:95:1:34:56:0:4:39:56:0:0 chr9 112932329 . G A 1914.99 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.978;QD=61.774;RBI=0.0127149;REFB=0;REVB=0.00526878;RO=0;SAF=66;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11334e-05;OID=.;OPOS=112932329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:58:66:0:0:58:66:0:0 chr9 112932540 . GTTTTTTA GTTTTT,GTTTTTA 53.38 PASS AF=0.244444,0.133333;AO=6,12;DP=48;FAO=11,6;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=4,6;FSAR=7,0;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.117324,-0.28189;FXX=0.081616;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=14.6621,8.14123;QD=4.74478;RBI=0.179985,0.287045;REFB=-0.0325787,-0.0744976;REVB=0.136491,0.0541585;RO=17;SAF=2,8;SAR=4,4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0.371429,0.371429;SSSB=-0.225245,0.144712;STB=0.647881,0.997848;STBP=0.267,0.014;TYPE=del,del;VARB=0.10668,-0.00554883;OID=.,.;OPOS=112932546,112932541;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=GTTTTT,GTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.244444,0.133333:6,12:48:11,6:45:28:4,6:7,0:16:12:27:17:2,8:4,4:9:8 chr9 112960869 . A G 2745.53 PASS AF=1;AO=175;DP=177;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147448;FXX=0.016853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.813;QD=62.755;RBI=0.0165731;REFB=0;REVB=-0.00756712;RO=0;SAF=83;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189856;OID=.;OPOS=112960869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:175:0:0:175:175:1:92:83:0:0:92:83:0:0 chr9 112963504 . A G 2356.99 PASS AF=0.993631;AO=154;DP=155;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00842901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.605;QD=60.0508;RBI=0.00851515;REFB=-0.0284805;REVB=0.0012081;RO=1;SAF=95;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00799444;STB=0.504201;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-2.55057e-06;OID=.;OPOS=112963504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:155:157:1:1:154:156:0.993631:59:95:0:1:59:97:0:1 chr9 113006420 . A G 1642.13 PASS AF=1;AO=74;DP=115;FAO=113;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=103;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00735827;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8061;QD=58.1284;RBI=0.0619906;REFB=0;REVB=0.0615523;RO=0;SAF=68;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0031395;OID=.;OPOS=113006420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:113:0:0:74:113:1:6:68:0:0:10:103:0:0 chr9 113006421 . T G 329.05 PASS AF=0.356522;AO=40;DP=114;FAO=41;FDP=115;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=4;FSRF=68;FSRR=6;FWDB=-0.0161116;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.717;QD=11.4452;RBI=0.0579341;REFB=-0.0630848;REVB=0.0556487;RO=74;SAF=37;SAR=3;SRF=68;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240836;STB=0.531631;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00571341;OID=.;OPOS=113006421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:74:74:40:41:0.356522:3:37:68:6:4:37:68:6 chr9 113128561 . TGAGGGTAG T 51.08 PASS AF=0.104;AO=13;DP=129;FAO=13;FDP=125;FR=.;FRO=112;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=61;FSRR=51;FWDB=0.00381653;FXX=0.0384586;HRUN=1;LEN=8;MLLD=350.009;QD=1.63469;RBI=0.0201464;REFB=-0.00162471;REVB=-0.0197816;RO=110;SAF=7;SAR=6;SRF=61;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194498;STB=0.505568;STBP=0.971;TYPE=del;VARB=0.016704;OID=.;OPOS=113128562;OREF=GAGGGTAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.104:13:129:13:125:112:7:6:61:51:51:110:7:6:61:49 chr9 113131955 . T C 625.97 PASS AF=0.457746;AO=64;DP=141;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.00898944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.916;QD=17.6328;RBI=0.0488247;REFB=-0.0242989;REVB=0.04799;RO=77;SAF=28;SAR=36;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169505;STB=0.513093;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0295715;OID=.;OPOS=113131955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:77:77:64:65:0.457746:36:28:35:42:37:28:35:42 chr9 113166697 . T A 590.73 PASS AF=0.428571;AO=66;DP=153;FAO=66;FDP=154;FR=.;FRO=88;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=-0.0275656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.154;QD=15.3436;RBI=0.0294963;REFB=-0.00649053;REVB=0.0104963;RO=87;SAF=33;SAR=33;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526461;STB=0.525966;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00878155;OID=.;OPOS=113166697;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:87:88:66:66:0.428571:33:33:39:48:33:33:40:48 chr9 113169630 . TG CA 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0133797;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.639;QD=11.8818;RBI=0.0212258;REFB=-0.0127708;REVB=0.0164779;RO=27;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01619;STB=0.501556;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0190637;OID=.;OPOS=113169630;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:28:15:15:0.348837:7:8:14:13:7:8:15:13 chr9 113173830 . G A 329.33 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00812335;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.77;QD=17.8014;RBI=0.0187044;REFB=-0.00165194;REVB=-0.0168483;RO=39;SAF=25;SAR=10;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254567;STB=0.643068;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00304943;OID=.;OPOS=113173830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:10:25:18:21:10:25:18:21 chr9 113192655 . T G 1311.2 PASS AF=0.664706;AO=113;DP=172;FAO=113;FDP=170;FR=.;FRO=57;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.000743464;FXX=0.0116272;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.369;QD=30.8518;RBI=0.0154733;REFB=-0.00888342;REVB=0.0154554;RO=57;SAF=65;SAR=48;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750071;STB=0.540348;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00488378;OID=.;OPOS=113192655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:170:57:57:113:113:0.664706:48:65:26:31:48:65:26:31 chr9 113208250 . T G 471.38 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=119;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.0200461;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.32;QD=15.8448;RBI=0.0203236;REFB=-0.00935567;REVB=-0.00334663;RO=65;SAF=18;SAR=34;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196401;STB=0.610735;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0109666;OID=.;OPOS=113208250;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:65:67:52:52:0.436975:34:18:35:30:34:18:36:31 chr9 113220820 . C T 1066.0 PASS AF=0.61745;AO=92;DP=149;FAO=92;FDP=149;FR=.;FRO=57;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00321437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5174;QD=28.6173;RBI=0.00527981;REFB=-0.020784;REVB=-0.00418858;RO=57;SAF=40;SAR=52;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278549;STB=0.515077;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0142579;OID=.;OPOS=113220820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:57:57:92:92:0.61745:52:40:27:30:52:40:27:30 chr9 113233720 . G A 1179.07 PASS AF=0.568421;AO=108;DP=191;FAO=108;FDP=190;FR=.;FRO=82;FSAF=63;FSAR=45;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.0148414;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.602;QD=24.8224;RBI=0.0150656;REFB=-0.0164956;REVB=0.00258923;RO=82;SAF=63;SAR=45;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378847;STB=0.520605;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0104076;OID=.;OPOS=113233720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:82:82:108:108:0.568421:45:63:44:38:45:63:44:38 chr9 113261483 . C T 693.82 PASS AF=0.396907;AO=76;DP=195;FAO=77;FDP=194;FR=.;FRO=117;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=74;FWDB=0.00555928;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.411;QD=14.3055;RBI=0.0417233;REFB=-0.0131813;REVB=-0.0413513;RO=116;SAF=37;SAR=39;SRF=43;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125568;STB=0.576125;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0152828;OID=.;OPOS=113261483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:116:117:76:77:0.396907:39:37:43:73:39:38:43:74 chr9 113457799 . A G 496.34 PASS AF=0.373418;AO=59;DP=157;FAO=59;FDP=158;FR=.;FRO=99;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=54;FSRR=45;FWDB=0.00737354;FXX=0.0246898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.717;QD=12.5657;RBI=0.0212391;REFB=-0.0123315;REVB=0.0199181;RO=98;SAF=30;SAR=29;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468815;STB=0.523188;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.024051;OID=.;OPOS=113457799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:98:99:59:59:0.373418:29:30:54:44:29:30:54:45 chr9 113459655 . C T 345.19 PASS AF=0.375;AO=42;DP=112;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.01525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.872;QD=12.3281;RBI=0.018864;REFB=-0.00254053;REVB=-0.0111035;RO=70;SAF=21;SAR=21;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469854;STB=0.526773;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00455719;OID=.;OPOS=113459655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:70:70:42:42:0.375:21:21:38:32:21:21:38:32 chr9 113524511 . AT A 376.05 PASS AF=0.588235;AO=61;DP=119;FAO=70;FDP=119;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.110544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.3356;QD=12.6404;RBI=0.143802;REFB=-0.0675817;REVB=0.0919731;RO=49;SAF=32;SAR=29;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944942;STB=0.526207;STBP=0.533;TYPE=del;VARB=0.0655849;OID=.;OPOS=113524512;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235:61:119:70:119:49:33:37:20:29:99:49:32:29:20:29 chr9 113636353 . T G 246.87 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0141408;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.138;QD=17.9542;RBI=0.0142156;REFB=-0.00924108;REVB=-0.00145706;RO=24;SAF=19;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367853;STB=0.536023;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00700424;OID=.;OPOS=113636353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:28:27:27:0.490909:8:19:16:8:8:19:18:10 chr9 113636379 . C T 407.54 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00718868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4338;QD=25.8758;RBI=0.0222249;REFB=0.00751027;REVB=-0.0210302;RO=24;SAF=29;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101992;STB=0.555974;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000729121;OID=.;OPOS=113636379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:24:39:39:0.619048:10:29:15:9:10:29:15:9 chr9 114124116 . C T 161.46 PASS AF=0.344262;AO=20;DP=56;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.028974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.018;QD=10.5878;RBI=0.0429711;REFB=-0.0202429;REVB=-0.0317336;RO=36;SAF=16;SAR=4;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399527;STB=0.746668;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0253988;OID=.;OPOS=114124116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:61:36:40:20:21:0.344262:4:16:17:19:4:17:19:21 chr9 114146832 . C T 2029.9 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00771824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.347;QD=61.512;RBI=0.021235;REFB=0.041913;REVB=-0.0197826;RO=1;SAF=57;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00637979;STB=0.503355;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.000285513;OID=.;OPOS=114146832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:74:57:0:1:74:57:0:1 chr9 114174384 . C T 2140.64 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00489721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.585;QD=62.9601;RBI=0.0141908;REFB=0;REVB=-0.0133191;RO=0;SAF=75;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.95416e-05;OID=.;OPOS=114174384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:61:75:0:0:61:75:0:0 chr9 114174415 . T C 1733.58 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00199302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.532;QD=59.7786;RBI=0.0404567;REFB=-0.0720523;REVB=0.0404076;RO=0;SAF=63;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20366e-08;STB=0.504761;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000179004;OID=.;OPOS=114174415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:116:0:1:115:115:0.991379:52:63:0:0:52:63:0:1 chr9 114182353 . C T 1695.22 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.575;QD=60.5435;RBI=0.02186;REFB=0;REVB=-0.0151894;RO=0;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45636e-07;OID=.;OPOS=114182353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:59:53:0:0:59:53:0:0 chr9 114184477 . C T 936.43 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5455;QD=58.527;RBI=0.0208637;REFB=0;REVB=-0.00951222;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08429e-05;OID=.;OPOS=114184477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr9 114304203 . C T 57.98 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0188336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.071;QD=4.63857;RBI=0.0200696;REFB=-0.0026723;REVB=0.00693433;RO=41;SAF=3;SAR=6;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382549;STB=0.7495;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0127322;OID=.;OPOS=114304203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:41:41:9:9:0.18:6:3:27:14:6:3:27:14 chr9 114304578 . A G 108.56 PASS AF=0.175439;AO=20;DP=114;FAO=20;FDP=114;FR=.;FRO=94;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=0.0361094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1833;QD=3.80898;RBI=0.047775;REFB=0.0038762;REVB=0.0312819;RO=93;SAF=12;SAR=8;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160748;STB=0.608284;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0134092;OID=.;OPOS=114304578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:93:94:20:20:0.175439:8:12:44:49:8:12:44:50 chr9 114326505 . T G 301.68 PASS AF=0.25;AO=45;DP=179;FAO=45;FDP=180;FR=.;FRO=135;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=57;FSRR=78;FWDB=0.0116015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.747;QD=6.70391;RBI=0.0241565;REFB=-0.00614678;REVB=0.0211882;RO=134;SAF=15;SAR=30;SRF=57;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12236;STB=0.571396;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0198533;OID=.;OPOS=114326505;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:134:135:45:45:0.25:30:15:57:77:30:15:57:78 chr9 114359624 . C A 2401.76 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00239053;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.065;QD=61.1914;RBI=0.0160411;REFB=0;REVB=-0.015862;RO=0;SAF=97;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9817e-05;OID=.;OPOS=114359624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:157:0:0:156:157:1:59:97:0:0:59:98:0:0 chr9 114366094 . G C 165.22 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.00665971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.13;QD=7.86767;RBI=0.0097779;REFB=0.000794458;REVB=-0.00715931;RO=61;SAF=12;SAR=11;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115261;STB=0.569013;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.00188357;OID=.;OPOS=114366094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:61:61:23:23:0.27381:11:12:26:35:11:12:26:35 chr9 114371322 . T A 465.65 PASS AF=0.459459;AO=50;DP=110;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.0469656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9458;QD=16.7801;RBI=0.0954425;REFB=-0.018329;REVB=0.0830873;RO=60;SAF=26;SAR=24;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133207;STB=0.578473;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0278075;OID=.;OPOS=114371322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:60:60:50:51:0.459459:24:26:23:37:24:27:23:37 chr9 114371493 . C T 672.46 PASS AF=0.507576;AO=64;DP=130;FAO=67;FDP=132;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=47;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0281658;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.234;QD=20.3775;RBI=0.0297355;REFB=-0.00506704;REVB=0.00953375;RO=60;SAF=20;SAR=44;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162442;STB=0.596684;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00436797;OID=.;OPOS=114371493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:60:65:64:67:0.507576:44:20:29:31:47:20:31:34 chr9 114411945 . G T 1497.54 PASS AF=0.971698;AO=104;DP=107;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0191969;FXX=0.00934492;HRUN=6;LEN=1;MLLD=186.977;QD=56.511;RBI=0.0192188;REFB=-0.0866327;REVB=0.000916948;RO=3;SAF=61;SAR=43;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319555;STB=0.517238;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.000183917;OID=.;OPOS=114411945;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:106:3:3:104:103:0.971698:43:61:0:3:42:61:0:3 chr9 114454544 . T C 1803.06 PASS AF=0.953125;AO=122;DP=128;FAO=122;FDP=128;FR=.;FRO=6;FSAF=69;FSAR=53;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0109523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.519;QD=56.3455;RBI=0.0147152;REFB=-0.0895584;REVB=0.00982777;RO=5;SAF=69;SAR=53;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178663;STB=0.512812;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00392707;OID=.;OPOS=114454544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:128:128:5:6:122:122:0.953125:53:69:4:1:53:69:5:1 chr9 114454580 . A G 1921.55 PASS AF=0.984375;AO=126;DP=128;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00973599;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.423;QD=60.0484;RBI=0.010837;REFB=0.00129276;REVB=0.00475922;RO=0;SAF=71;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506943;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.000149271;OID=.;OPOS=114454580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:128:128:0:2:126:126:0.984375:55:71:0:0:55:71:2:0 chr9 114456644 . TA T 77.47 PASS AF=0.571429;AO=15;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0519743;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.28881;QD=11.0665;RBI=0.18668;REFB=-0.0624451;REVB=0.179298;RO=11;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880825;STB=0.545395;STBP=0.645;TYPE=del;VARB=0.100979;OID=.;OPOS=114456645;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:15:28:16:28:12:4:12:4:8:31:11:4:11:4:7 chr9 114462322 . A G 2659.58 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.395;QD=62.2124;RBI=0.0631015;REFB=0;REVB=0.0366302;RO=0;SAF=65;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54975e-05;OID=.;OPOS=114462322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:171:0:0:170:171:1:105:65:0:0:105:66:0:0 chr9 114464487 . T C 1247.31 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287278;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7007;QD=61.5955;RBI=0.0808546;REFB=0;REVB=0.0755789;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426405;OID=.;OPOS=114464487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr9 114470127 . A G 295.94 PASS AF=0.309524;AO=38;DP=127;FAO=39;FDP=126;FR=.;FRO=87;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.00410205;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1313;QD=9.39504;RBI=0.0771837;REFB=0.00220289;REVB=0.0770746;RO=79;SAF=11;SAR=27;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223548;STB=0.620222;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00154928;OID=.;OPOS=114470127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:79:87:38:39:0.309524:27:11:37:42:27:12:41:46 chr9 114490308 . T C 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00151845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.229;QD=59.5009;RBI=0.00317631;REFB=0;REVB=0.00278985;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0232e-06;OID=.;OPOS=114490308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr9 114500650 . G A 140.87 PASS AF=0.182482;AO=25;DP=137;FAO=25;FDP=137;FR=.;FRO=112;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=64;FSRR=48;FWDB=-0.00614865;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.941;QD=4.11299;RBI=0.0685978;REFB=-0.00119447;REVB=-0.0683217;RO=108;SAF=16;SAR=9;SRF=61;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998099;STB=0.558776;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00363176;OID=.;OPOS=114500650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:108:112:25:25:0.182482:9:16:61:47:9:16:64:48 chr9 114694486 . A G 637.02 PASS AF=0.568807;AO=62;DP=109;FAO=62;FDP=109;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00682588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.6;QD=23.377;RBI=0.0325445;REFB=-0.0111578;REVB=0.0318206;RO=47;SAF=32;SAR=30;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378963;STB=0.520703;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0066315;OID=.;OPOS=114694486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:47:47:62:62:0.568807:30:32:22:25:30:32:22:25 chr9 114825259 . C T 217.69 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00736518;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.56;QD=15.5496;RBI=0.00739762;REFB=-0.0103302;REVB=-0.000692057;RO=31;SAF=17;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106232;STB=0.56039;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0174402;OID=.;OPOS=114825259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:31:31:25:25:0.446429:8:17:18:13:8:17:18:13 chr9 115095743 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.542;QD=62.3509;RBI=0.0378715;REFB=0;REVB=0.0355039;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9933e-05;OID=.;OPOS=115095743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr9 115248746 . C T 666.28 PASS AF=0.570175;AO=65;DP=114;FAO=65;FDP=114;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00654465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9858;QD=23.3784;RBI=0.00668236;REFB=-0.0203226;REVB=-0.0013496;RO=49;SAF=33;SAR=32;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180501;STB=0.509854;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0197307;OID=.;OPOS=115248746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:49:49:65:65:0.570175:32:33:26:23:32:33:26:23 chr9 115567184 . T C 1633.69 PASS AF=0.957265;AO=111;DP=118;FAO=112;FDP=117;FR=.;FRO=5;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0298523;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.589;QD=55.8525;RBI=0.0549086;REFB=-0.0818264;REVB=0.0460847;RO=4;SAF=52;SAR=59;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0020883;STB=0.50543;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00409844;OID=.;OPOS=115567184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:118:117:4:5:111:112:0.957265:59:52:2:2:59:53:3:2 chr9 115580008 . G C 1671.5 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.339;QD=60.2341;RBI=0.0302044;REFB=0;REVB=-0.00248608;RO=0;SAF=59;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60151e-05;OID=.;OPOS=115580008;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:51:59:0:0:52:59:0:0 chr9 115600848 . T C 2338.35 PASS AF=0.993243;AO=146;DP=149;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00812229;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.363;QD=63.1985;RBI=0.0109918;REFB=-0.0786399;REVB=-0.00740593;RO=1;SAF=53;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00508673;STB=0.502673;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-8.77317e-05;OID=.;OPOS=115600848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:148:1:1:146:147:0.993243:93:53:0:1:93:54:0:1 chr9 115617061 . T C 1587.81 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.001217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.264;QD=59.9173;RBI=0.00130962;REFB=0;REVB=-0.000483732;RO=0;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86233e-07;OID=.;OPOS=115617061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:104:106:1:50:54:0:0:52:54:0:0 chr9 115632969 . A G 2407.49 PASS AF=0.993711;AO=158;DP=160;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0269015;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.65;QD=60.5658;RBI=0.0391171;REFB=-0.113708;REVB=0.0283982;RO=1;SAF=76;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00621924;STB=0.503268;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000298997;OID=.;OPOS=115632969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:160:159:1:1:158:158:0.993711:82:76:1:0:82:76:1:0 chr9 115635641 . C G 2455.1 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.051;QD=61.3774;RBI=0.0344985;REFB=0;REVB=0.00188798;RO=0;SAF=88;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22228e-05;OID=.;OPOS=115635641;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:72:88:0:0:72:88:0:0 chr9 115637050 . G GT,GTT 582.37 PASS AF=1,0;AO=74,24;DP=118;FAO=112,0;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=60,0;FSAR=52,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.222499,-0.114686;FXX=0.0588186;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.50039,8.11162;QD=20.799;RBI=0.242038,0.125577;REFB=0,0;REVB=-0.0952716,-0.0511532;RO=17;SAF=40,16;SAR=34,8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0657556,0.239639;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00188066,-0.0140149;OID=.,.;OPOS=115637051,115637051;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=GT,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:74,24:118:112,0:112:0:60,0:52,0:0:0:10:17:40,16:34,8:6:11 chr9 115652836 . G A 287.94 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0134543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.448;QD=18.5768;RBI=0.020612;REFB=-0.0163701;REVB=0.0156153;RO=31;SAF=19;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891329;STB=0.549807;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0138113;OID=.;OPOS=115652836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:12:19:16:15:12:19:16:15 chr9 115652881 . G T 85.48 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.019698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.981;QD=11.3972;RBI=0.0202498;REFB=-0.0207688;REVB=-0.00469518;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092771;STB=0.555457;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0358054;OID=.;OPOS=115652881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:30:17:19:10:11:0.366667:5:5:10:7:5:6:12:7 chr9 115818949 . A T 428.83 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0364998;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4417;QD=21.9911;RBI=0.0442174;REFB=-0.00835971;REVB=0.0249588;RO=35;SAF=21;SAR=21;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129815;STB=0.576887;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0093486;OID=.;OPOS=115818949;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:35:36:42:42:0.538462:21:21:23:12:21:21:24:12 chr9 115873890 . G C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00398197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.289;QD=57.2026;RBI=0.0413959;REFB=0;REVB=0.041204;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09796e-05;OID=.;OPOS=115873890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr9 115926197 . TG T 1613.04 PASS AF=1;AO=127;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0549337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.1256;QD=48.1506;RBI=0.120249;REFB=0;REVB=-0.106968;RO=0;SAF=71;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.677419;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00202143;OID=.;OPOS=115926198;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:127:134:134:134:0:72:62:0:0:29:0:71:56:0:0 chr9 115926263 . C G 265.55 PASS AF=0.276119;AO=37;DP=134;FAO=37;FDP=134;FR=.;FRO=97;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=-0.0183325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4805;QD=7.92693;RBI=0.0353479;REFB=-0.0119317;REVB=-0.0302224;RO=97;SAF=21;SAR=16;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388582;STB=0.523058;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0305083;OID=.;OPOS=115926263;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:97:97:37:37:0.276119:16:21:52:45:16:21:52:45 chr9 115928275 . T C 1476.55 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0110082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.199;QD=62.1705;RBI=0.0253042;REFB=-0.0340878;REVB=0.0227843;RO=1;SAF=55;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123125;STB=0.506328;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000532805;OID=.;OPOS=115928275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:93:94:0.989474:38:55:0:1:39:55:0:1 chr9 115931703 . G A 279.35 PASS AF=0.26;AO=39;DP=150;FAO=39;FDP=150;FR=.;FRO=111;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=72;FWDB=0.023755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.923;QD=7.44925;RBI=0.0310655;REFB=-0.00863912;REVB=0.0200191;RO=111;SAF=23;SAR=16;SRF=39;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288962;STB=0.671005;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0290818;OID=.;OPOS=115931703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:111:111:39:39:0.26:16:23:39:72:16:23:39:72 chr9 115950706 . A C 195.25 PASS AF=0.285714;AO=26;DP=91;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0033708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.267;QD=8.58242;RBI=0.0180007;REFB=-0.0020724;REVB=-0.0176822;RO=63;SAF=16;SAR=10;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185396;STB=0.610085;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00573519;OID=.;OPOS=115950706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:63:65:26:26:0.285714:10:16:29:34:10:16:30:35 chr9 115983540 . G A 1832.41 PASS AF=0.644628;AO=154;DP=240;FAO=156;FDP=242;FR=.;FRO=86;FSAF=102;FSAR=54;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.00371647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.748;QD=30.2878;RBI=0.0272231;REFB=0.00537171;REVB=0.0269682;RO=86;SAF=100;SAR=54;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894175;STB=0.549687;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00240205;OID=.;OPOS=115983540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:242:86:86:154:156:0.644628:54:100:45:41:54:102:45:41 chr9 115985499 . G C 326.18 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00956824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.712;QD=18.6386;RBI=0.0200386;REFB=-0.00761723;REVB=-0.0176066;RO=34;SAF=18;SAR=16;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105263;STB=0.57104;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0076494;OID=.;OPOS=115985499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:34:35:34:35:0.5:16:18:14:20:16:19:14:21 chr9 116044998 . A G 235.24 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.012597;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.49;QD=25.4317;RBI=0.0244321;REFB=-0.00598647;REVB=0.0209343;RO=14;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320014;STB=0.504946;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00327428;OID=.;OPOS=116044998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:15:22:22:0.594595:10:12:7:7:10:12:8:7 chr9 116060124 . T C 215.93 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0305918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8387;QD=15.1527;RBI=0.0372254;REFB=-0.0319644;REVB=0.0212102;RO=32;SAF=8;SAR=17;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38391;STB=0.71684;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0202234;OID=.;OPOS=116060124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:17:8:23:9:17:8:23:9 chr9 116060221 . C T 264.46 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00497147;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8548;QD=17.6307;RBI=0.0341797;REFB=-0.0269455;REVB=0.0338162;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027027;STB=0.515141;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0319595;OID=.;OPOS=116060221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:31:31:29:29:0.483333:13:16:18:13:13:16:18:13 chr9 116060487 . T C 317.05 PASS AF=0.5625;AO=31;DP=61;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0556113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.2227;QD=19.8157;RBI=0.0734471;REFB=-0.0641984;REVB=-0.0479776;RO=25;SAF=14;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230316;STB=0.512167;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0530114;OID=.;OPOS=116060487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:25:28:31:36:0.5625:17:14:12:13:17:19:14:14 chr9 116061628 . T C 464.69 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0491867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6822;QD=22.1283;RBI=0.0546397;REFB=-0.0494027;REVB=0.0237942;RO=39;SAF=26;SAR=19;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203864;STB=0.612196;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0415866;OID=.;OPOS=116061628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:19:26:13:26:19:26:13:26 chr9 116061671 . C T 398.97 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.000769375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.75;QD=20.9982;RBI=0.00120152;REFB=-0.0113261;REVB=0.000922886;RO=36;SAF=23;SAR=17;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204834;STB=0.613078;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0126543;OID=.;OPOS=116061671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:17:23:12:24:17:23:12:24 chr9 116122954 . A G 243.06 PASS AF=0.326087;AO=30;DP=92;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.000584003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.186;QD=10.5677;RBI=0.0219977;REFB=-0.0226566;REVB=-0.02199;RO=62;SAF=19;SAR=11;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19332;STB=0.612827;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0373471;OID=.;OPOS=116122954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:62:62:30:30:0.326087:11:19:29:33:11:19:29:33 chr9 116136198 . C T 231.32 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00510182;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=233.482;QD=30.842;RBI=0.00548827;REFB=-0.0274882;REVB=-0.00202301;RO=9;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699998;STB=0.538426;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0117005;OID=.;OPOS=116136198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:7:14:7:2:7:14:7:2 chr9 116152735 . G A 206.93 PASS AF=0.252033;AO=31;DP=123;FAO=31;FDP=123;FR=.;FRO=92;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=-0.0404381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.562;QD=6.7293;RBI=0.0405164;REFB=-0.00685681;REVB=-0.00251781;RO=89;SAF=16;SAR=15;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147837;STB=0.512341;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0188432;OID=.;OPOS=116152735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:89:92:31:31:0.252033:15:16:47:42:15:16:49:43 chr9 116153848 . G A 187.98 PASS AF=0.256881;AO=28;DP=109;FAO=28;FDP=109;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=-0.00884882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.241;QD=6.89846;RBI=0.00897355;REFB=-0.000821923;REVB=-0.00149094;RO=81;SAF=16;SAR=12;SRF=51;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744169;STB=0.544684;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00364876;OID=.;OPOS=116153848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:81:81:28:28:0.256881:12:16:51:30:12:16:51:30 chr9 116245283 . CTG C 123.01 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=78;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.06412;FXX=0.077912;HRUN=1;LEN=2;MLLD=183.681;QD=6.93003;RBI=0.0797397;REFB=-0.0380079;REVB=-0.047403;RO=53;SAF=9;SAR=9;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221525;STB=0.619593;STBP=0.271;TYPE=del;VARB=0.0998919;OID=.;OPOS=116245284;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.253521:18:78:18:71:53:9:9:35:18:99:53:9:9:36:17 chr9 116260330 . TGGGGAC TGGGAC,TGGGACG 36.05 PASS AF=0.206897,0.0689655;AO=4,2;DP=31;FAO=6,2;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=1,2;FSAR=5,0;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.148052,-0.00536711;FXX=0.0333222;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=17.6038,52.3747;QD=4.97243;RBI=0.181666,0.0163385;REFB=-0.0151351,-0.00301462;REVB=0.105277,0.0154318;RO=22;SAF=0,2;SAR=4,0;SRF=3;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0.30131,0;SSSB=-0.536351,0.7208;STB=0.534773,0.997825;STBP=0.93,0.006;TYPE=del,mnp;VARB=0.0530599,0.129541;OID=.,.;OPOS=116260331,116260334;OREF=G,GAC;OALT=-,ACG;OMAPALT=TGGGAC,TGGGACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206897,0.0689655:4,2:31:6,2:29:21:1,2:5,0:3:18:26:22:0,2:4,0:3:19 chr9 116356373 . G C 722.55 PASS AF=0.640777;AO=66;DP=103;FAO=66;FDP=103;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=47;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0259973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.103;QD=28.0602;RBI=0.0496534;REFB=-0.0248738;REVB=-0.0423037;RO=37;SAF=19;SAR=47;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143432;STB=0.507762;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0142963;OID=.;OPOS=116356373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:37:37:66:66:0.640777:47:19:10:27:47:19:10:27 chr9 116356516 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.997;QD=52.6128;RBI=0.012452;REFB=0;REVB=0.00478482;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189199;OID=.;OPOS=116356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr9 116356529 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=383.149;QD=48.7373;RBI=0.0532708;REFB=0;REVB=0.0522817;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.04511e-05;OID=.;OPOS=116356529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr9 116731456 . C T 268.03 PASS AF=0.307692;AO=35;DP=111;FAO=36;FDP=117;FR=.;FRO=81;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=56;FWDB=-0.00383945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.959;QD=9.16345;RBI=0.014414;REFB=-0.0197879;REVB=0.0138932;RO=75;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335515;STB=0.666581;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0230316;OID=.;OPOS=116731456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:117:75:81:35:36:0.307692:16:19:19:56:16:20:25:56 chr9 116764283 . C T 668.09 PASS AF=0.555556;AO=65;DP=117;FAO=65;FDP=117;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0132188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.681;QD=22.8405;RBI=0.0132508;REFB=-0.00866307;REVB=0.000920096;RO=52;SAF=28;SAR=37;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546508;STB=0.529864;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00517581;OID=.;OPOS=116764283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:52:52:65:65:0.555556:37:28:19:33:37:28:19:33 chr9 116764883 . C CCT,T 40.44 PASS AF=0.315789,0;AO=4,2;DP=24;FAO=6,0;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4,0;FSAR=2,0;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.0200309,-0.00963646;FXX=0.0951928;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=148.009,158.956;QD=8.51457;RBI=0.0600708,0.0620912;REFB=-0.0547181,-0.0408537;REVB=0.0566327,0.0613389;RO=16;SAF=4,2;SAR=0,0;SRF=14;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.571394,0.417587;STB=0.726748,0.5;STBP=0.431,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0806583,0;OID=.,.;OPOS=116764884,116764883;OREF=-,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:24:19:16:13:4,2:6,0:0.315789,0:0,0:4,2:14:2:2,0:4,0:12:1 chr9 116764896 . CT CTC,C 50.44 PASS AF=0.296296,0.037037;AO=6,5;DP=27;FAO=8,1;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=7,1;FSAR=1,0;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0660918,-0.0993827;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,1;MLLD=140.264,12.6562;QD=7.47307;RBI=0.0789337,0.131976;REFB=-0.0225294,-0.166377;REVB=-0.0431556,-0.0868369;RO=15;SAF=6,3;SAR=0,2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.724028,0.0763349;STB=0.786654,0.988646;STBP=0.087,0.468;TYPE=ins,del;VARB=0.0539757,0.107409;OID=.,.;OPOS=116764898,116764897;OREF=-,T;OALT=C,-;OMAPALT=CTC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296,0.037037:6,5:27:8,1:27:18:7,1:1,0:10:8:46:15:6,3:0,2:8:7 chr9 116770776 . C T 685.01 PASS AF=0.734177;AO=54;DP=75;FAO=58;FDP=79;FR=.;FRO=21;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0297094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.311;QD=34.6839;RBI=0.0317815;REFB=-0.0267264;REVB=0.0112878;RO=21;SAF=29;SAR=25;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179912;STB=0.505299;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0143021;OID=.;OPOS=116770776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:79:21:21:54:58:0.734177:25:29:12:9:26:32:12:9 chr9 116770785 . G A 688.55 PASS AF=0.730769;AO=57;DP=78;FAO=57;FDP=78;FR=.;FRO=21;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0242041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.577;QD=35.3101;RBI=0.0263662;REFB=-0.0257652;REVB=0.0104565;RO=21;SAF=35;SAR=22;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02798;STB=0.515045;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00670351;OID=.;OPOS=116770785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:21:21:57:57:0.730769:22:35:14:7:22:35:14:7 chr9 116779054 . C T 237.82 PASS AF=0.243056;AO=35;DP=144;FAO=35;FDP=144;FR=.;FRO=109;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=61;FSRR=48;FWDB=0.00251264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.385;QD=6.60599;RBI=0.0206905;REFB=-0.00430775;REVB=-0.0205374;RO=109;SAF=22;SAR=13;SRF=61;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894964;STB=0.554285;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0156447;OID=.;OPOS=116779054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:109:109:35:35:0.243056:13:22:61:48:13:22:61:48 chr9 116811356 . G A 263.52 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.00567904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.637;QD=17.5678;RBI=0.0321404;REFB=-0.014829;REVB=-0.0316347;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214106;STB=0.618972;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0143942;OID=.;OPOS=116811356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:13:16:24:7:13:16:24:7 chr9 116813001 . T C 791.97 PASS AF=0.582677;AO=74;DP=126;FAO=74;FDP=127;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0864882;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8834;QD=24.9441;RBI=0.0977238;REFB=-0.0326686;REVB=-0.0454943;RO=52;SAF=31;SAR=43;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477427;STB=0.530396;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0166515;OID=.;OPOS=116813001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:52:53:74:74:0.582677:43:31:25:27:43:31:26:27 chr9 116822510 . G A 2856.52 PASS AF=0.567452;AO=264;DP=467;FAO=265;FDP=467;FR=.;FRO=202;FSAF=140;FSAR=125;FSRF=95;FSRR=107;FWDB=0.0104435;FXX=0.00213671;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.949;QD=24.467;RBI=0.011247;REFB=-0.00494837;REVB=0.00417469;RO=202;SAF=139;SAR=125;SRF=95;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044998;STB=0.525097;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00590822;OID=.;OPOS=116822510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:467:467:202:202:264:265:0.567452:125:139:95:107:125:140:95:107 chr9 116854854 . G A 744.14 PASS AF=0.577236;AO=71;DP=123;FAO=71;FDP=123;FR=.;FRO=52;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=11;FWDB=-0.00423052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0225;QD=24.1996;RBI=0.0053185;REFB=-0.0297612;REVB=0.00322322;RO=50;SAF=41;SAR=30;SRF=39;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162547;STB=0.594035;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0172664;OID=.;OPOS=116854854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:50:52:71:71:0.577236:30:41:39:11:30:41:41:11 chr9 116931099 . G A 121.29 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.06087;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4101;QD=23.1025;RBI=0.0688292;REFB=0.0182608;REVB=0.0321293;RO=8;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180069;STB=0.510188;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.00645213;OID=.;OPOS=116931099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:22:21:8:8:13:13:0.619048:10:3:2:6:10:3:2:6 chr9 116940594 . A G 933.1 PASS AF=0.582781;AO=88;DP=152;FAO=88;FDP=151;FR=.;FRO=63;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0498892;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.93;QD=24.7178;RBI=0.0503052;REFB=-0.0389367;REVB=-0.00645656;RO=62;SAF=45;SAR=43;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651419;STB=0.531738;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0227487;OID=.;OPOS=116940594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:62:63:88:88:0.582781:43:45:37:25:43:45:37:26 chr9 116958216 . C T 2067.79 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00848429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.435;QD=61.725;RBI=0.00872799;REFB=-0.0441658;REVB=0.00204811;RO=1;SAF=90;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109246;STB=0.505746;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=4.41297e-05;OID=.;OPOS=116958216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:133:133:0.992537:43:90:0:1:43:90:0:1 chr9 116967405 . G T 1197.83 PASS AF=0.57672;AO=107;DP=187;FAO=109;FDP=189;FR=.;FRO=80;FSAF=69;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.0902132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.571;QD=25.3509;RBI=0.0902277;REFB=-0.00218279;REVB=0.00162139;RO=80;SAF=67;SAR=40;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929914;STB=0.553335;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00115062;OID=.;OPOS=116967405;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:189:80:80:107:109:0.57672:40:67:41:39:40:69:41:39 chr9 116967438 . A G 405.43 PASS AF=0.405172;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0114867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.81;QD=13.9803;RBI=0.0211177;REFB=-0.0380625;REVB=-0.0177204;RO=68;SAF=21;SAR=26;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866334;STB=0.553169;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0495393;OID=.;OPOS=116967438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:68:69:47:47:0.405172:26:21:36:32:26:21:37:32 chr9 116968512 . C T 423.32 PASS AF=0.346939;AO=47;DP=147;FAO=51;FDP=147;FR=.;FRO=96;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=0.0649884;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.82;QD=11.5189;RBI=0.0912825;REFB=-0.0245524;REVB=-0.0641015;RO=78;SAF=30;SAR=17;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998258;STB=0.55148;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0450809;OID=.;OPOS=116968512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:78:96:47:51:0.346939:17:30:43:35:21:30:49:47 chr9 116980052 . C T 369.73 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0472764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5435;QD=19.9853;RBI=0.0484936;REFB=-0.0211911;REVB=-0.0107966;RO=36;SAF=23;SAR=15;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166217;STB=0.592226;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.033533;OID=.;OPOS=116980052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:15:23:15:21:15:23:15:21 chr9 116980089 . T C 258.72 PASS AF=0.491525;AO=26;DP=56;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.020405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.435;QD=17.54;RBI=0.0210272;REFB=-0.011651;REVB=-0.00507736;RO=30;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112134;STB=0.526421;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0133739;OID=.;OPOS=116980089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:30:30:26:29:0.491525:16:10:15:15:16:13:15:15 chr9 117002517 . C T 814.68 PASS AF=0.506098;AO=82;DP=164;FAO=83;FDP=164;FR=.;FRO=81;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.0605738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.184;QD=19.8702;RBI=0.0606559;REFB=0.000971;REVB=0.00315519;RO=82;SAF=44;SAR=38;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111265;STB=0.511738;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.000890867;OID=.;OPOS=117002517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:82:81:82:83:0.506098:38:44:43:39:38:45:42:39 chr9 117033028 . T C 275.89 PASS AF=0.308333;AO=37;DP=120;FAO=37;FDP=120;FR=.;FRO=83;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.00138381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.837;QD=9.19616;RBI=0.0199592;REFB=-0.0236057;REVB=-0.0199111;RO=82;SAF=20;SAR=17;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00469456;STB=0.507243;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0410729;OID=.;OPOS=117033028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:82:83:37:37:0.308333:17:20:44:38:17:20:44:39 chr9 117044751 . T C 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.889;QD=59.1424;RBI=0.0183426;REFB=0;REVB=0.0182962;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17177e-05;OID=.;OPOS=117044751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr9 117050998 . G A 864.79 PASS AF=0.7;AO=69;DP=99;FAO=70;FDP=100;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0266005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5469;QD=34.5915;RBI=0.0343498;REFB=-0.0443042;REVB=0.0217329;RO=30;SAF=27;SAR=42;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345408;STB=0.516702;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0235136;OID=.;OPOS=117050998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:30:30:69:70:0.7:42:27:10:20:43:27:10:20 chr9 117051020 . A G 230.11 PASS AF=0.298969;AO=28;DP=98;FAO=29;FDP=97;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.0168502;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.883;QD=9.48906;RBI=0.0209953;REFB=-0.00900549;REVB=0.012525;RO=68;SAF=9;SAR=19;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803231;STB=0.567328;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0206543;OID=.;OPOS=117051020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:68:68:28:29:0.298969:19:9:26:42:20:9:27:41 chr9 117051586 . C G 411.11 PASS AF=0.45098;AO=30;DP=106;FAO=46;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0470832;FXX=0.0467246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.5853;QD=16.1219;RBI=0.0610866;REFB=-0.0259464;REVB=0.0389198;RO=45;SAF=21;SAR=9;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360725;STB=0.583748;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0822902;OID=.;OPOS=117051586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:102:45:50:30:46:0.45098:9:21:16:29:22:24:18:32 chr9 117063685 . A C 53.25 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=22;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.0444438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.736;QD=8.8743;RBI=0.0445516;REFB=-0.0132403;REVB=0.00309786;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314748;STB=0.624739;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0193112;OID=.;OPOS=117063685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:22:24:16:16:6:8:0.333333:2:4:14:2:2:6:14:2 chr9 117064405 . C G 374.62 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.010077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9183;QD=20.8122;RBI=0.0192089;REFB=-0.000968542;REVB=-0.0163535;RO=33;SAF=19;SAR=19;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636957;STB=0.541645;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000733696;OID=.;OPOS=117064405;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:34:38:38:0.527778:19:19:19:14:19:19:20:14 chr9 117085526 . G A 781.64 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0186436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.279;QD=52.1093;RBI=0.0208052;REFB=-0.0542105;REVB=-0.00923414;RO=3;SAF=39;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00191009;STB=0.501014;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00574719;OID=.;OPOS=117085526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:60:3:3:57:57:0.95:18:39:2:1:18:39:2:1 chr9 117085635 . T C 789.07 PASS AF=0.970149;AO=45;DP=59;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0739018;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.3497;QD=47.1085;RBI=0.0791367;REFB=-0.173397;REVB=0.0283045;RO=0;SAF=9;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502597;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00686806;OID=.;OPOS=117085635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:59:67:0:2:45:65:0.970149:36:9:0:0:38:27:1:1 chr9 117092366 . A C 227.4 PASS AF=0.251852;AO=33;DP=136;FAO=34;FDP=135;FR=.;FRO=101;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=63;FWDB=-0.0116215;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.017;QD=6.73788;RBI=0.0121023;REFB=-0.0117091;REVB=0.0033771;RO=101;SAF=8;SAR=25;SRF=37;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183569;STB=0.597296;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.030359;OID=.;OPOS=117092366;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:101:101:33:34:0.251852:25:8:37:64:25:9:38:63 chr9 117103973 . A G 1226.52 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00620238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.341;QD=61.3259;RBI=0.0151543;REFB=0;REVB=-0.0138269;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04036e-05;OID=.;OPOS=117103973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr9 117108971 . C T 367.02 PASS AF=0.382609;AO=44;DP=115;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=0.00271495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.232;QD=12.7659;RBI=0.0049434;REFB=-0.0150058;REVB=-0.00413113;RO=71;SAF=21;SAR=23;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108521;STB=0.561611;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0240901;OID=.;OPOS=117108971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:71:71:44:44:0.382609:23:21:41:30:23:21:41:30 chr9 117110112 . T C 43.59 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0151081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.931;QD=6.01273;RBI=0.0684363;REFB=-0.00134546;REVB=-0.0667479;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826548;STB=0.519943;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00125364;OID=.;OPOS=117110112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:29:20:22:7:7:0.241379:3:4:10:10:3:4:12:10 chr9 117110180 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0221857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1022;QD=16.8838;RBI=0.0513349;REFB=0.00929094;REVB=0.0462932;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00364105;STB=0.502089;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00480292;OID=.;OPOS=117110180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:8:9:8:7:8:9 chr9 117120333 . G A 788.91 PASS AF=0.384615;AO=90;DP=234;FAO=90;FDP=234;FR=.;FRO=144;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=77;FSRR=67;FWDB=0.013217;FXX=0.00847422;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5569;QD=13.4857;RBI=0.034232;REFB=-0.00657404;REVB=0.0315776;RO=139;SAF=49;SAR=41;SRF=77;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103606;STB=0.506023;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00723048;OID=.;OPOS=117120333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:139:144:90:90:0.384615:41:49:77:62:41:49:77:67 chr9 117136363 . G A 462.69 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=47;FWDB=0.0110414;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.55;QD=18.8852;RBI=0.0119609;REFB=-0.00970947;REVB=-0.00459884;RO=52;SAF=18;SAR=28;SRF=5;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323945;STB=0.676968;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00566919;OID=.;OPOS=117136363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:52:52:46:46:0.469388:28:18:5:47:28:18:5:47 chr9 117138269 . G A 68.5 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0576311;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.129;QD=12.4541;RBI=0.0587667;REFB=-0.00935652;REVB=-0.0114969;RO=11;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141412;STB=0.557999;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0235785;OID=.;OPOS=117138269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:23:22:11:13:9:9:0.409091:8:1:2:9:8:1:2:11 chr9 117138846 . G T 219.22 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0054136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.801;QD=13.9186;RBI=0.0787887;REFB=-0.00416025;REVB=0.0786025;RO=37;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022457;STB=0.512811;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00671227;OID=.;OPOS=117138846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:16:10:15:22:16:10:15:22 chr9 117166206 . G T 720.38 PASS AF=0.564516;AO=64;DP=119;FAO=70;FDP=124;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=0.119506;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4077;QD=23.238;RBI=0.134146;REFB=-0.0516188;REVB=0.0609391;RO=54;SAF=25;SAR=39;SRF=14;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118892;STB=0.576902;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0518213;OID=.;OPOS=117166206;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:124:54:54:64:70:0.564516:39:25:14:40:40:30:14:40 chr9 117166246 . A G 631.23 PASS AF=0.592233;AO=60;DP=101;FAO=61;FDP=103;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=0.0257508;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.359;QD=24.5139;RBI=0.0292746;REFB=-0.0105496;REVB=-0.0139247;RO=41;SAF=23;SAR=37;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113386;STB=0.56827;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00836719;OID=.;OPOS=117166246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:41:42:60:61:0.592233:37:23:10:31:37:24:10:32 chr9 117166338 . G C 820.14 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0374402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.75;QD=55.6027;RBI=0.0488893;REFB=-0.0469046;REVB=0.0314388;RO=1;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125779;STB=0.506491;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000295112;OID=.;OPOS=117166338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:57:58:0.983051:37:20:0:1:38:20:0:1 chr9 117169033 . A G 1592.02 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113516;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0057;QD=60.0762;RBI=0.0163414;REFB=0;REVB=0.0117551;RO=0;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89413e-07;OID=.;OPOS=117169033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:53:53:0:0:53:53:0:0 chr9 117186677 . A G 1899.63 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00228168;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.371;QD=61.7766;RBI=0.0207271;REFB=0;REVB=0.0206012;RO=0;SAF=44;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25879e-05;OID=.;OPOS=117186677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:79:44:0:0:79:44:0:0 chr9 117186712 . C T 705.6 PASS AF=0.631068;AO=65;DP=103;FAO=65;FDP=103;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=50;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00184534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.177;QD=27.402;RBI=0.017461;REFB=-0.0242857;REVB=0.0173632;RO=36;SAF=15;SAR=50;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19678;STB=0.611074;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0123744;OID=.;OPOS=117186712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:36:38:65:65:0.631068:50:15:17:19:50:15:18:20 chr9 117188566 . C T 2356.84 PASS AF=0.99359;AO=153;DP=158;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0028507;FXX=0.031054;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.431;QD=60.4319;RBI=0.0320626;REFB=-0.0934311;REVB=0.0319356;RO=1;SAF=92;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0051429;STB=0.502702;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=8.64233e-05;OID=.;OPOS=117188566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:156:1:1:153:155:0.99359:61:92:1:0:63:92:1:0 chr9 117266965 . C T 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0448058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.276;QD=28.5377;RBI=0.0537747;REFB=-0.0045044;REVB=0.0297348;RO=1;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796435;STB=0.54533;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00410446;OID=.;OPOS=117266965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:5:2:0:1:5:2:0:1 chr9 117377843 . G C 1039.32 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.642;QD=59.3898;RBI=0.0386516;REFB=0;REVB=0.0370503;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388057;OID=.;OPOS=117377843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:40:28:0:0:41:29:0:0 chr9 117401003 . G A 232.44 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00815283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.108;QD=12.5644;RBI=0.0200705;REFB=-0.0173835;REVB=0.01834;RO=46;SAF=18;SAR=10;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396693;STB=0.522805;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.032944;OID=.;OPOS=117401003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:10:18:28:18:10:18:28:18 chr9 117429019 . A G 969.57 PASS AF=0.971831;AO=66;DP=70;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.070559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.663;QD=54.6238;RBI=0.0773311;REFB=0.0133953;REVB=0.0316468;RO=3;SAF=26;SAR=40;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514463;STB=0.517852;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000344439;OID=.;OPOS=117429019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:71:3:2:66:69:0.971831:40:26:3:0:42:27:2:0 chr9 117430611 . A T 1731.29 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00566607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.633;QD=60.7471;RBI=0.0617113;REFB=0;REVB=-0.0614506;RO=0;SAF=67;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3323e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.76057e-05;OID=.;OPOS=117430611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:47:67:0:0:47:67:0:0 chr9 117552885 . T C 3172.15 PASS AF=1;AO=193;DP=197;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.967;QD=64.0838;RBI=0.0408812;REFB=0;REVB=0.00117366;RO=0;SAF=119;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35773e-05;OID=.;OPOS=117552885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:198:0:0:193:198:1:74:119:0:0:78:120:0:0 chr9 117553249 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0886687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.906;QD=64.1536;RBI=0.0887655;REFB=0;REVB=0.00414386;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213001;OID=.;OPOS=117553249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr9 117554069 . A G 498.0 PASS AF=0.312796;AO=66;DP=211;FAO=66;FDP=211;FR=.;FRO=145;FSAF=18;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=101;FWDB=0.00302665;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.88;QD=9.44075;RBI=0.00840762;REFB=-0.0137882;REVB=-0.00784395;RO=145;SAF=18;SAR=48;SRF=44;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447518;STB=0.525973;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0321607;OID=.;OPOS=117554069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:145:145:66:66:0.312796:48:18:44:101:48:18:44:101 chr9 117668142 . C T 1421.21 PASS AF=0.611374;AO=129;DP=211;FAO=129;FDP=211;FR=.;FRO=82;FSAF=69;FSAR=60;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=0.0010206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.702;QD=26.9424;RBI=0.00617774;REFB=-0.00685667;REVB=0.00609285;RO=82;SAF=69;SAR=60;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188868;STB=0.510202;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00429494;OID=.;OPOS=117668142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:82:82:129:129:0.611374:60:69:46:36:60:69:46:36 chr9 117783543 . C T 79.64 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00583151;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.39;QD=5.79221;RBI=0.0203472;REFB=-0.00577364;REVB=-0.0194937;RO=42;SAF=1;SAR=11;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.553645;STB=0.862021;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0364622;OID=.;OPOS=117783543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:42:43:12:12:0.218182:11:1:19:23:11:1:19:24 chr9 117792583 . C G 642.16 PASS AF=0.579439;AO=62;DP=107;FAO=62;FDP=107;FR=.;FRO=45;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0142476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0648;QD=24.0058;RBI=0.0333757;REFB=-0.00530037;REVB=0.0301819;RO=45;SAF=38;SAR=24;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010448;STB=0.505702;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00369226;OID=.;OPOS=117792583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:45:45:62:62:0.579439:24:38:27:18:24:38:27:18 chr9 117797597 . T C 413.51 PASS AF=0.482759;AO=38;DP=83;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00896829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.097;QD=19.0119;RBI=0.0154307;REFB=-0.0107697;REVB=0.0125569;RO=44;SAF=21;SAR=17;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724197;STB=0.554429;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0118993;OID=.;OPOS=117797597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:44:45:38:42:0.482759:17:21:21:23:18:24:21:24 chr9 117827000 . G A 166.82 PASS AF=0.221311;AO=27;DP=122;FAO=27;FDP=122;FR=.;FRO=95;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=60;FSRR=35;FWDB=-0.0203102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.164;QD=5.4695;RBI=0.0230768;REFB=-0.00490274;REVB=-0.0109561;RO=95;SAF=14;SAR=13;SRF=60;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144687;STB=0.588676;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0261547;OID=.;OPOS=117827000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:95:95:27:27:0.221311:13:14:60:35:13:14:60:35 chr9 117835931 . G A 1165.17 PASS AF=0.659864;AO=97;DP=146;FAO=97;FDP=147;FR=.;FRO=50;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.00564021;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.49;QD=31.7052;RBI=0.0136306;REFB=-0.0228505;REVB=0.0124089;RO=49;SAF=42;SAR=55;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419423;STB=0.51844;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0136456;OID=.;OPOS=117835931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:49:50:97:97:0.659864:55:42:18:31:55:42:19:31 chr9 117846570 . C T 995.54 PASS AF=0.630435;AO=86;DP=137;FAO=87;FDP=138;FR=.;FRO=51;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.01833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.759;QD=28.8562;RBI=0.0184133;REFB=-0.0195909;REVB=-0.00174976;RO=51;SAF=48;SAR=38;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625765;STB=0.531733;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0107203;OID=.;OPOS=117846570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:51:51:86:87:0.630435:38:48:33:18:38:49:33:18 chr9 117848201 . T C 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00975053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.983;QD=12.9421;RBI=0.0137324;REFB=-0.0136283;REVB=0.00966988;RO=25;SAF=11;SAR=4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117931;STB=0.569624;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0145052;OID=.;OPOS=117848201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:4:11:16:9:4:11:16:9 chr9 117848394 . T C 1226.53 PASS AF=0.987805;AO=67;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0710042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.418;QD=59.8309;RBI=0.0739088;REFB=-0.0271228;REVB=0.0205162;RO=1;SAF=28;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165774;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=7.59265e-05;OID=.;OPOS=117848394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:67:81:0.987805:39:28:1:0:40:41:1:0 chr9 118163563 . C T 3358.12 PASS AF=0.982063;AO=218;DP=222;FAO=219;FDP=223;FR=.;FRO=4;FSAF=104;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0215282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1289;QD=60.2354;RBI=0.0313103;REFB=-0.0793042;REVB=0.0227348;RO=4;SAF=103;SAR=115;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162802;STB=0.508546;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-7.63481e-05;OID=.;OPOS=118163563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:222:223:4:4:218:219:0.982063:115:103:0:4:115:104:0:4 chr9 119106881 . C A 2168.46 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411637;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.198;QD=63.3127;RBI=0.0552043;REFB=0;REVB=0.0367839;RO=0;SAF=73;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.64415e-05;OID=.;OPOS=119106881;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:137:0:0:137:137:1:64:73:0:0:64:73:0:0 chr9 119158814 . T C 182.4 PASS AF=0.243478;AO=28;DP=114;FAO=28;FDP=115;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=-0.00296478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.816;QD=6.34423;RBI=0.00692816;REFB=-0.00464449;REVB=-0.00626175;RO=86;SAF=21;SAR=7;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26331;STB=0.66654;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.014355;OID=.;OPOS=119158814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:86:87:28:28:0.243478:7:21:48:38:7:21:48:39 chr9 119162545 . C A 1260.92 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00763616;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.296;QD=60.7672;RBI=0.00822668;REFB=0;REVB=0.00306061;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000959216;OID=.;OPOS=119162545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:83:0:0:79:83:1:35:44:0:0:38:45:0:0 chr9 119163067 . T C 397.08 PASS AF=0.573529;AO=38;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00701539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7994;QD=23.3577;RBI=0.0129006;REFB=0.0111611;REVB=-0.0108263;RO=29;SAF=20;SAR=18;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882739;STB=0.55302;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.00893245;OID=.;OPOS=119163067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:38:39:0.573529:18:20:12:17:18:21:12:17 chr9 119164061 . CA C 448.94 PASS AF=0.492013;AO=142;DP=315;FAO=154;FDP=313;FR=.;FRO=159;FSAF=80;FSAR=74;FSRF=71;FSRR=88;FWDB=-0.139968;FXX=0.0126179;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.36172;QD=5.73726;RBI=0.181551;REFB=-0.0404216;REVB=0.115627;RO=134;SAF=76;SAR=66;SRF=57;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972629;STB=0.536997;STBP=0.184;TYPE=del;VARB=0.0487411;OID=.;OPOS=119164062;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.492013:142:315:154:313:159:80:74:71:88:99:134:76:66:57:77 chr9 119187839 . C T 180.0 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0197398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.029;QD=23.2261;RBI=0.0559291;REFB=9.78299e-06;REVB=0.0523298;RO=13;SAF=12;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271049;STB=0.652003;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0010586;OID=.;OPOS=119187839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:6:12:4:9:6:12:4:9 chr9 119188190 . C T 377.08 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=0.00441815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.494;QD=13.9661;RBI=0.0455101;REFB=-0.00622065;REVB=-0.0452952;RO=62;SAF=22;SAR=22;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184904;STB=0.601807;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00909772;OID=.;OPOS=119188190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:64:44:44:0.407407:22:22:42:20:22:22:43:21 chr9 119199820 . C G 1660.55 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0528274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3792;QD=59.3054;RBI=0.0566717;REFB=0.0292668;REVB=-0.0205172;RO=1;SAF=37;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00637314;STB=0.503355;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.00184634;OID=.;OPOS=119199820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:74:37:0:1:74:37:0:1 chr9 119462112 . C T 1161.14 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0787392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.585;QD=60.3191;RBI=0.079307;REFB=0;REVB=0.00947352;RO=0;SAF=25;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119788;OID=.;OPOS=119462112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:51:25:0:0:51:26:0:0 chr9 119463189 . T C 328.93 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.0111348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.323;QD=12.8993;RBI=0.0116025;REFB=-0.0129738;REVB=0.00326099;RO=60;SAF=19;SAR=20;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120236;STB=0.571393;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.016605;OID=.;OPOS=119463189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:60:63:39:39:0.382353:20:19:36:24:20:19:38:25 chr9 119491303 . C T 370.25 PASS AF=0.3125;AO=49;DP=158;FAO=50;FDP=160;FR=.;FRO=110;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=0.00016369;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.243;QD=9.25623;RBI=0.0278084;REFB=-0.0164103;REVB=-0.0278079;RO=109;SAF=21;SAR=28;SRF=54;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079807;STB=0.54142;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0364658;OID=.;OPOS=119491303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:109:110:49:50:0.3125:28:21:54:55:28:22:55:55 chr9 119495697 . T C 2640.36 PASS AF=1;AO=168;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=347.591;QD=62.1261;RBI=0.00975038;REFB=0;REVB=0.0088381;RO=0;SAF=82;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.98948e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50998e-06;OID=.;OPOS=119495697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:168:170:1:86:82:0:0:88:82:0:0 chr9 119770419 . C T 224.2 PASS AF=0.2;AO=38;DP=190;FAO=38;FDP=190;FR=.;FRO=152;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=78;FSRR=74;FWDB=-0.00128804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.209;QD=4.72007;RBI=0.0055193;REFB=-0.00600309;REVB=0.0053669;RO=151;SAF=20;SAR=18;SRF=77;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210076;STB=0.510538;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0240764;OID=.;OPOS=119770419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:151:152:38:38:0.2:18:20:77:74:18:20:78:74 chr9 119770480 . C T 2780.44 PASS AF=0.936585;AO=191;DP=206;FAO=192;FDP=205;FR=.;FRO=13;FSAF=90;FSAR=102;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0144015;FXX=0.0144224;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.743;QD=54.2525;RBI=0.0151662;REFB=-0.024471;REVB=0.00475523;RO=12;SAF=90;SAR=101;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343965;STB=0.515178;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.000657635;OID=.;OPOS=119770480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:206:205:12:13:191:192:0.936585:101:90:2:10:102:90:3:10 chr9 120039299 . T C 2444.16 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00711563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.665;QD=61.1041;RBI=0.0308316;REFB=0;REVB=0.0299992;RO=0;SAF=88;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131859;OID=.;OPOS=120039299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:160:0:0:156:160:1:68:88:0:0:70:90:0:0 chr9 120053674 . G A 597.17 PASS AF=0.426752;AO=67;DP=157;FAO=67;FDP=157;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.0333206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.948;QD=15.2146;RBI=0.0346094;REFB=-0.00984265;REVB=0.00935694;RO=88;SAF=36;SAR=31;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199701;STB=0.504112;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0145454;OID=.;OPOS=120053674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:88:90:67:67:0.426752:31:36:49:39:31:36:49:41 chr9 120053695 . G A 760.87 PASS AF=0.484663;AO=79;DP=164;FAO=79;FDP=163;FR=.;FRO=84;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.0221322;FXX=0.0121205;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.969;QD=18.6716;RBI=0.0263774;REFB=-0.0108035;REVB=0.0143503;RO=84;SAF=46;SAR=33;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554986;STB=0.53065;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0220716;OID=.;OPOS=120053695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:84:84:79:79:0.484663:33:46:44:40:33:46:44:40 chr9 120053776 . T C 1917.65 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.657;QD=60.8778;RBI=0.0142219;REFB=-0.0367791;REVB=0.00637336;RO=0;SAF=58;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000439415;OID=.;OPOS=120053776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:0:1:125:125:0.992063:67:58:0:0:67:58:0:1 chr9 120470358 . G A 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.32;QD=61.3754;RBI=0.0348295;REFB=0;REVB=0.0157973;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134896;OID=.;OPOS=120470358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr9 121928928 . T G 443.41 PASS AF=0.608696;AO=41;DP=68;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.000518981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.637;QD=25.705;RBI=0.0751794;REFB=-0.00412172;REVB=0.0751776;RO=26;SAF=26;SAR=15;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206634;STB=0.608827;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00211213;OID=.;OPOS=121928928;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:26:27:41:42:0.608696:15:26:9:17:15:27:10:17 chr9 122001000 . G A 386.43 PASS AF=0.345588;AO=46;DP=135;FAO=47;FDP=136;FR=.;FRO=89;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=57;FSRR=32;FWDB=-0.0170465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.952;QD=11.3656;RBI=0.0204888;REFB=-0.00358064;REVB=0.011367;RO=89;SAF=20;SAR=26;SRF=57;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232471;STB=0.637869;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00714056;OID=.;OPOS=122001000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:89:89:46:47:0.345588:26:20:57:32:27:20:57:32 chr9 123170733 . C G 439.71 PASS AF=0.846154;AO=33;DP=39;FAO=33;FDP=39;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0235555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3969;QD=45.0986;RBI=0.0830586;REFB=-0.227725;REVB=0.0796484;RO=4;SAF=19;SAR=14;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887502;STB=0.514368;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0179371;OID=.;OPOS=123170733;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:39:39:4:6:33:33:0.846154:14:19:4:0:14:19:4:2 chr9 123220829 . A G 892.71 PASS AF=0.578571;AO=81;DP=141;FAO=81;FDP=140;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0111748;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.492;QD=25.5059;RBI=0.0117437;REFB=-0.020653;REVB=-0.00361108;RO=57;SAF=37;SAR=44;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119052;STB=0.55734;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0128647;OID=.;OPOS=123220829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:57:59:81:81:0.578571:44:37:35:22:44:37:35:24 chr9 123291036 . C G 446.75 PASS AF=0.392308;AO=51;DP=130;FAO=51;FDP=130;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=-0.0203911;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.567;QD=13.7463;RBI=0.0203959;REFB=-0.0177831;REVB=-0.000446226;RO=77;SAF=28;SAR=23;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523683;STB=0.536182;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0311342;OID=.;OPOS=123291036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:77:79:51:51:0.392308:23:28:46:31:23:28:48:31 chr9 123301346 . T G 716.86 PASS AF=0.609091;AO=67;DP=110;FAO=67;FDP=110;FR=.;FRO=43;FSAF=49;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.0243468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.364;QD=26.0676;RBI=0.0265135;REFB=-0.0232693;REVB=0.0104975;RO=40;SAF=49;SAR=18;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270873;STB=0.505153;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0148784;OID=.;OPOS=123301346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:40:43:67:67:0.609091:18:49:28:12:18:49:31:12 chr9 123342259 . C A 972.61 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.689;QD=58.9458;RBI=0.0369917;REFB=0;REVB=0.0247253;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120769;OID=.;OPOS=123342259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr9 123342275 . A G 865.64 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.419;QD=57.7091;RBI=0.0210973;REFB=0;REVB=-0.0177115;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00894e-05;OID=.;OPOS=123342275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:30:28:0:0:31:29:0:0 chr9 123583192 . A G 239.35 PASS AF=0.307692;AO=32;DP=104;FAO=32;FDP=104;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.0481098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.33;QD=9.20583;RBI=0.0487231;REFB=-0.00377292;REVB=0.00770607;RO=72;SAF=20;SAR=12;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134074;STB=0.578768;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00734768;OID=.;OPOS=123583192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:72:72:32:32:0.307692:12:20:37:35:12:20:37:35 chr9 123586737 . T G 638.3 PASS AF=0.427711;AO=71;DP=166;FAO=71;FDP=166;FR=.;FRO=95;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=59;FSRR=36;FWDB=-0.0196915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.025;QD=15.3808;RBI=0.0196955;REFB=-0.00517383;REVB=-0.000398626;RO=94;SAF=29;SAR=42;SRF=58;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210904;STB=0.620309;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0110333;OID=.;OPOS=123586737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:94:95:71:71:0.427711:42:29:58:36:42:29:59:36 chr9 123618971 . A G 279.97 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.00390536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.87;QD=11.9134;RBI=0.0326255;REFB=-0.000150785;REVB=0.0323909;RO=61;SAF=14;SAR=19;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202965;STB=0.616735;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00093924;OID=.;OPOS=123618971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:61:61:33:33:0.351064:19:14:37:24:19:14:37:24 chr9 123632003 . T C 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00941634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.349;QD=13.4057;RBI=0.00967434;REFB=0.0019617;REVB=-0.00221933;RO=34;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128709;STB=0.573756;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.00244673;OID=.;OPOS=123632003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:10:13:15:19:10:13:15:19 chr9 123632045 . A G 249.15 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0415834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.102;QD=14.2372;RBI=0.0418406;REFB=-0.0237478;REVB=-0.00463225;RO=39;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00368893;STB=0.514276;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0317277;OID=.;OPOS=123632045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:39:41:29:29:0.414286:17:12:16:23:17:12:16:25 chr9 123671520 . G A 700.92 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.008357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9712;QD=60.9498;RBI=0.0567516;REFB=-0.000157348;REVB=-0.0561329;RO=1;SAF=14;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323695;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000893485;OID=.;OPOS=123671520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:46:1:0:44:46:1:30:14:1:0:30:16:0:0 chr9 123675801 . G A 129.88 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0327748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.735;QD=13.3211;RBI=0.0332311;REFB=-0.0174863;REVB=-0.00548818;RO=24;SAF=4;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265523;STB=0.656496;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0209396;OID=.;OPOS=123675801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:11:4:12:12:11:4:12:12 chr9 123725971 . C T 257.36 PASS AF=0.304348;AO=35;DP=115;FAO=35;FDP=115;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=0.00592159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.185;QD=8.95176;RBI=0.010508;REFB=-0.00727571;REVB=-0.00868057;RO=80;SAF=15;SAR=20;SRF=28;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971191;STB=0.55667;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0154804;OID=.;OPOS=123725971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:80:80:35:35:0.304348:20:15:28:52:20:15:28:52 chr9 123731408 . G A 1697.33 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00314922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.914;QD=59.5555;RBI=0.00473885;REFB=0.0169813;REVB=0.00354107;RO=0;SAF=51;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31804e-08;STB=0.503999;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-6.2777e-05;OID=.;OPOS=123731408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:114:0:1:113:113:0.991228:62:51:0:0:62:51:0:1 chr9 123734287 . GAAAC G 51.78 PASS AF=0.24;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00491538;FXX=0.0565931;HRUN=3;LEN=4;MLLD=298.75;QD=4.142;RBI=0.00501241;REFB=-0.0056699;REVB=0.000981485;RO=35;SAF=2;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454298;STB=0.796571;STBP=0.024;TYPE=del;VARB=0.0167402;OID=.;OPOS=123734288;OREF=AAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.24:12:51:12:50:38:2:10:20:18:51:35:2:10:18:17 chr9 123739070 . T C 542.97 PASS AF=0.333333;AO=65;DP=197;FAO=66;FDP=198;FR=.;FRO=132;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=78;FSRR=54;FWDB=0.00829417;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.128;QD=10.9692;RBI=0.0106641;REFB=-0.0125228;REVB=0.00670299;RO=129;SAF=30;SAR=35;SRF=77;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15591;STB=0.590137;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0231843;OID=.;OPOS=123739070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:129:132:65:66:0.333333:35:30:77:52:36:30:78:54 chr9 123783934 . T C 1302.65 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.357;QD=62.0309;RBI=0.0304031;REFB=0;REVB=0.000825292;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21343e-05;OID=.;OPOS=123783934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:46:37:0:0:46:38:0:0 chr9 123800218 . C T 383.17 PASS AF=0.322581;AO=50;DP=154;FAO=50;FDP=155;FR=.;FRO=105;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=-0.00558216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8855;QD=9.88827;RBI=0.050293;REFB=-0.00780493;REVB=-0.0499823;RO=103;SAF=26;SAR=24;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289692;STB=0.523211;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0316151;OID=.;OPOS=123800218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:103:105:50:50:0.322581:24:26:51:52:24:26:51:54 chr9 123880640 . A G 395.01 PASS AF=0.319018;AO=52;DP=163;FAO=52;FDP=163;FR=.;FRO=111;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=68;FWDB=0.00828928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.66;QD=9.69352;RBI=0.00958272;REFB=-0.00690386;REVB=0.00480794;RO=111;SAF=24;SAR=28;SRF=43;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886269;STB=0.551177;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0144963;OID=.;OPOS=123880640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:111:111:52:52:0.319018:28:24:43:68:28:24:43:68 chr9 123886324 . C T 979.0 PASS AF=0.598684;AO=91;DP=152;FAO=91;FDP=152;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=59;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=0.000363784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.118;QD=25.7632;RBI=0.00614883;REFB=-0.00541684;REVB=0.00613806;RO=59;SAF=32;SAR=59;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514578;STB=0.517862;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0048426;OID=.;OPOS=123886324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:59:61:91:91:0.598684:59:32:17:42:59:32:19:42 chr9 123933546 . G A 347.19 PASS AF=0.40625;AO=38;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=-0.0193554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.841;QD=14.4661;RBI=0.0259408;REFB=0.00331894;REVB=-0.0172712;RO=57;SAF=21;SAR=17;SRF=16;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283346;STB=0.663813;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0035914;OID=.;OPOS=123933546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:57:38:39:0.40625:17:21:16:41:17:22:16:41 chr9 124043867 . C T 571.66 PASS AF=0.554455;AO=55;DP=100;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0104225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.578;QD=22.64;RBI=0.102512;REFB=-0.000658513;REVB=0.101981;RO=44;SAF=33;SAR=22;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266975;STB=0.515432;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.000587637;OID=.;OPOS=124043867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:44:45:55:56:0.554455:22:33:25:19:23:33:25:20 chr9 124044236 . GAA GA,G 358.48 PASS AF=0.964286,0;AO=43,11;DP=86;FAO=81,0;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=32,0;FSAR=49,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.161974,-0.0818188;FXX=0.0232531;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=8.44205,9.81638;QD=17.0706;RBI=0.162387,0.0820856;REFB=-0.0784311,-0.0429657;REVB=-0.0115836,-0.00661257;RO=17;SAF=21,1;SAR=22,10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0711297,-0.435505;STB=0.522382,0.5;STBP=0.054,1;TYPE=del,del;VARB=0.0397511,0;OID=.,.;OPOS=124044237,124044237;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=GA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.964286,0:43,11:86:81,0:84:3:32,0:49,0:3:0:6:17:21,1:22,10:6:11 chr9 124044995 . C T 833.43 PASS AF=0.75;AO=66;DP=88;FAO=66;FDP=88;FR=.;FRO=22;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00401382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.97;QD=37.8831;RBI=0.00718054;REFB=-0.018804;REVB=-0.00595394;RO=20;SAF=40;SAR=26;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00275287;STB=0.515755;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00820851;OID=.;OPOS=124044995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:20:22:66:66:0.75:26:40:12:8:26:40:12:10 chr9 124045949 . GTTCA G 430.43 PASS AF=0.642105;AO=36;DP=88;FAO=61;FDP=95;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=45;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.024863;FXX=0.208316;HRUN=2;LEN=4;MLLD=145.619;QD=18.1233;RBI=0.0298019;REFB=-0.0505997;REVB=0.0164312;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599481;STBP=0.02;TYPE=del;VARB=0.0430171;OID=.;OPOS=124045950;OREF=TTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.642105:36:88:61:95:34:16:45:17:17:99:0:15:21:0:0 chr9 124046691 . G T 338.1 PASS AF=0.41573;AO=35;DP=87;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.00102612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.553;QD=15.1953;RBI=0.0229177;REFB=-0.0319701;REVB=0.0228947;RO=52;SAF=20;SAR=15;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214283;STB=0.601269;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.047292;OID=.;OPOS=124046691;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:52:52:35:37:0.41573:15:20:19:33:17:20:19:33 chr9 124046722 . C T 352.9 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0267509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.897;QD=21.0689;RBI=0.0287562;REFB=-0.0119141;REVB=-0.0105504;RO=28;SAF=17;SAR=19;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634442;STB=0.539661;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0178196;OID=.;OPOS=124046722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:28:31:36:36:0.537313:19:17:11:17:19:17:12:19 chr9 124046830 . CTTA CCTA,CTA,CTAG 773.6 PASS AF=0,1,0;AO=8,45,3;DP=58;FAO=0,58,0;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28,0;FSAR=0,30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226426,0.0122751,-0.030458;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=5.36996,24.774,72.6331;QD=53.3519;RBI=0.023082,0.145708,0.0899135;REFB=0,0,0;REVB=0.00448202,-0.14519,-0.0845976;RO=1;SAF=3,24,0;SAR=5,21,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.125393,-0.0191802,-0.727144;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,-0.00272885,0;OID=.,.,.;OPOS=124046831,124046831,124046832;OREF=T,T,TA;OALT=C,-,AG;OMAPALT=CCTA,CTA,CTAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:8,45,3:58:0,58,0:58:0:0,28,0:0,30,0:0:0:4:1:3,24,0:5,21,3:1:0 chr9 124047246 . A C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.933;QD=46.8477;RBI=0.0217764;REFB=0;REVB=-0.00581344;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05455e-05;OID=.;OPOS=124047246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr9 124073060 . C T 776.03 PASS AF=0.443243;AO=82;DP=187;FAO=82;FDP=185;FR=.;FRO=103;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=61;FSRR=42;FWDB=0.0116319;FXX=0.0106946;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.187;QD=16.779;RBI=0.0130936;REFB=-0.0204086;REVB=0.00601179;RO=103;SAF=46;SAR=36;SRF=61;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319127;STB=0.517738;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0231759;OID=.;OPOS=124073060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:185:103:103:82:82:0.443243:36:46:61:42:36:46:61:42 chr9 124089725 . C G 101.09 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=69;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0385834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4022;QD=5.77658;RBI=0.0387107;REFB=-0.0102489;REVB=0.00313659;RO=53;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225727;STB=0.644933;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.037;OID=.;OPOS=124089725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:53:54:16:16:0.228571:7:9:20:33:7:9:20:34 chr9 124218133 . C T 444.01 PASS AF=0.351351;AO=52;DP=148;FAO=52;FDP=148;FR=.;FRO=96;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=-0.0119925;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.636;QD=12.0004;RBI=0.0120237;REFB=-0.0113154;REVB=-0.000866346;RO=94;SAF=23;SAR=29;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771784;STB=0.537583;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0143987;OID=.;OPOS=124218133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:94:96:52:52:0.351351:29:23:48:46:29:23:48:48 chr9 124257091 . C T 115.5 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0794194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6313;QD=8.88449;RBI=0.0893754;REFB=-0.00288216;REVB=-0.0409941;RO=37;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172017;STB=0.603003;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00916218;OID=.;OPOS=124257091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:8:7:12:25:8:7:12:25 chr9 124547609 . C T 341.52 PASS AF=0.365217;AO=42;DP=115;FAO=42;FDP=115;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.00519318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.95;QD=11.8788;RBI=0.00731337;REFB=-0.00224124;REVB=-0.0051494;RO=73;SAF=26;SAR=16;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127211;STB=0.572846;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00352094;OID=.;OPOS=124547609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:73:73:42:42:0.365217:16:26:37:36:16:26:37:36 chr9 124751792 . G A 204.41 PASS AF=0.2;AO=35;DP=176;FAO=35;FDP=175;FR=.;FRO=140;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=59;FSRR=81;FWDB=-0.00143057;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.886;QD=4.67211;RBI=0.00261401;REFB=-0.00416942;REVB=-0.00218781;RO=138;SAF=10;SAR=25;SRF=59;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196545;STB=0.619318;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0216378;OID=.;OPOS=124751792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:138:140:35:35:0.2:25:10:59:79:25:10:59:81 chr9 124914613 . C T 152.51 PASS AF=0.291667;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.00265282;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.683;QD=8.47251;RBI=0.0127453;REFB=0.00247718;REVB=-0.0124661;RO=51;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197389;STB=0.602317;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00404915;OID=.;OPOS=124914613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:51:51:21:21:0.291667:11:10:16:35:11:10:17:34 chr9 124966449 . C T 719.58 PASS AF=0.655914;AO=61;DP=93;FAO=61;FDP=93;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.028176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.878;QD=30.9495;RBI=0.0861255;REFB=-0.0289543;REVB=-0.0813862;RO=32;SAF=24;SAR=37;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109632;STB=0.559376;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0144507;OID=.;OPOS=124966449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:32:32:61:61:0.655914:37:24:18:14:37:24:18:14 chr9 124975982 . CGGGG CGG,CGGGC,CGGG 180.54 PASS AF=0.148148,0.185185,0.666667;AO=4,3,14;DP=30;FAO=4,5,18;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=4,5,14;FSAR=0,0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0027779,-0.0126889,-0.00596053;FXX=0.0999667;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=15.0299,163.612,9.2214;QD=26.7462;RBI=0.15704,0.0137212,0.252925;REFB=-0.0730496,0.000168865,-0.0802026;REVB=0.157016,0.00522138,0.252855;RO=3;SAF=4,3,11;SAR=0,0,3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.705357,0.664835,0.0541738;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.0270494,0.0694721,-0.0512883;OID=.,.,.;OPOS=124975983,124975986,124975983;OREF=GG,G,G;OALT=-,C,-;OMAPALT=CGG,CGGGC,CGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.148148,0.185185,0.666667:4,3,14:30:4,5,18:27:0:4,5,14:0,0,4:0:0:27:3:4,3,11:0,0,3:2:1 chr9 124975989 . GCCCCCG GCCCCG,GCCCCGC,GCCCGCG,GCGCCCG,GGCCCCG 95.94 PASS AF=0.433333,0.2,0.0333333,0,0;AO=5,3,2,2,2;DP=30;FAO=13,6,1,0,0;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=10,6,1,0,0;FSAR=3,0,0,0,0;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00685294,-0.0887546,-0.0852821,-0.0499336,-0.0398596;FXX=0.0908816;HRUN=5,5,5,5,5;LEN=1,2,1,1,1;MLLD=9.73253,73.0007,100.259,130.356,14.8536;QD=12.7917;RBI=0.125398,0.0997131,0.0901698,0.0573907,0.0401855;REFB=-0.0754442,-0.0203541,0.00110184,-0.00904448,-0.00553869;REVB=-0.125211,-0.0454459,-0.0292844,-0.0282902,0.00510722;RO=7;SAF=3,3,2,1,2;SAR=2,0,0,1,0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.115149,0.618996,0.539624,-0.224092,0.539624;STB=0.519202,0.997066,0.983977,0.5,0.5;STBP=0.893,0.159,0.548,1,1;TYPE=del,mnp,snp,snp,snp;VARB=0.0352851,0.0466225,0.0484515,0,0.0145232;OID=.,.,.,.,.;OPOS=124975990,124975994,124975993,124975991,124975990;OREF=C,CG,C,C,C;OALT=-,GC,G,G,G;OMAPALT=GCCCCG,GCCCCGC,GCCCGCG,GCGCCCG,GGCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333,0.2,0.0333333,0,0:5,3,2,2,2:30:13,6,1,0,0:30:10:10,6,1,0,0:3,0,0,0,0:8:2:49:7:3,3,2,1,2:2,0,0,1,0:5:2 chr9 124976152 . G C 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0724547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.825;QD=27.5919;RBI=0.0754345;REFB=-0.0187651;REVB=0.0209926;RO=5;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156425;STB=0.586092;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0113738;OID=.;OPOS=124976152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:12:1:0:5:12:1:0:5 chr9 125133479 . T C 1280.31 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.419;QD=61.7015;RBI=0.0293006;REFB=0;REVB=0.00736133;RO=0;SAF=24;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91385e-05;OID=.;OPOS=125133479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:58:24:0:0:58:25:0:0 chr9 125239253 . T C 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0143473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.642;QD=15.7842;RBI=0.0498566;REFB=-0.0116089;REVB=-0.0477477;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139967;STB=0.580533;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0188917;OID=.;OPOS=125239253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:11:6:7:7:11:6 chr9 125289083 . A G 341.27 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00791769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.087;QD=25.7563;RBI=0.00958466;REFB=-0.0326405;REVB=0.00540147;RO=20;SAF=16;SAR=17;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104276;STB=0.505717;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0246474;OID=.;OPOS=125289083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:20:33:33:0.622642:17:16:10:10:17:16:10:10 chr9 125289521 . G A 261.87 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0386025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.977;QD=19.0449;RBI=0.0391697;REFB=0.00486733;REVB=0.00664186;RO=27;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112426;STB=0.562868;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00918233;OID=.;OPOS=125289521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:17:11:14:13:17:11:14:13 chr9 125315542 . C T 447.46 PASS AF=0.463918;AO=44;DP=98;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.00486492;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.011;QD=18.4521;RBI=0.0144157;REFB=-0.00449692;REVB=-0.01357;RO=54;SAF=26;SAR=18;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249659;STB=0.62235;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00523859;OID=.;OPOS=125315542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:54:52:44:45:0.463918:18:26:18:36:19:26:18:34 chr9 125315557 . T C 520.58 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.00719658;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5564;QD=19.6446;RBI=0.00733303;REFB=-0.00903375;REVB=-0.00140807;RO=51;SAF=37;SAR=17;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343191;STB=0.693197;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00686179;OID=.;OPOS=125315557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:52:54:54:0.509434:17:37:15:36:17:37:15:37 chr9 125315778 . G C 585.03 PASS AF=0.556604;AO=58;DP=105;FAO=59;FDP=106;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0723513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9906;QD=22.0765;RBI=0.0726745;REFB=-0.0238616;REVB=0.00684652;RO=47;SAF=25;SAR=33;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655804;STB=0.538971;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0245062;OID=.;OPOS=125315778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:47:47:58:59:0.556604:33:25:24:23:34:25:24:23 chr9 125316033 . T C 411.03 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.00587508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.09;QD=23.8279;RBI=0.0282762;REFB=-0.00941696;REVB=0.0276591;RO=29;SAF=23;SAR=17;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276281;STB=0.651025;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0080059;OID=.;OPOS=125316033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:29:40:40:0.57971:17:23:6:23:17:23:6:23 chr9 125316042 . T C 455.24 PASS AF=0.632353;AO=41;DP=67;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0179359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.056;QD=26.7785;RBI=0.0230837;REFB=0.00973989;REVB=-0.0145313;RO=25;SAF=22;SAR=19;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231172;STB=0.629397;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00329793;OID=.;OPOS=125316042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:25:25:41:43:0.632353:19:22:5:20:19:24:5:20 chr9 125316179 . T G 374.18 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0339908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7474;QD=18.0327;RBI=0.0382281;REFB=-0.00779117;REVB=0.0174931;RO=44;SAF=19;SAR=20;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940845;STB=0.505254;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0103137;OID=.;OPOS=125316179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:20:19:21:23:20:19:21:23 chr9 125316350 . C T 1226.48 PASS AF=0.546296;AO=116;DP=216;FAO=118;FDP=216;FR=.;FRO=98;FSAF=66;FSAR=52;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.0265775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4844;QD=22.7127;RBI=0.0504767;REFB=-0.0192155;REVB=-0.0429131;RO=96;SAF=64;SAR=52;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605029;STB=0.531748;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0165546;OID=.;OPOS=125316350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:96:98:116:118:0.546296:52:64:46:50:52:66:48:50 chr9 125316455 . C T 750.18 PASS AF=0.572581;AO=71;DP=123;FAO=71;FDP=124;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.104746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.066;QD=24.1992;RBI=0.108712;REFB=-0.0114649;REVB=-0.0290981;RO=50;SAF=32;SAR=39;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101449;STB=0.5567;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0107731;OID=.;OPOS=125316455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:50:53:71:71:0.572581:39:32:16:34:39:32:17:36 chr9 125330125 . C G 149.5 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0231019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4858;QD=19.2909;RBI=0.0267461;REFB=-0.0159907;REVB=0.013478;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516109;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00725832;OID=.;OPOS=125330125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:15:15:15:16:0.516129:7:8:8:7:8:8:8:7 chr9 125330184 . A C 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.100237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8938;QD=14.3342;RBI=0.100274;REFB=-0.0169717;REVB=0.00269611;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133598;STB=0.578146;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00966587;OID=.;OPOS=125330184;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:3:7:5:4:3:7 chr9 125330325 . C G 362.01 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.00153371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.411;QD=23.3552;RBI=0.0804593;REFB=-0.0373169;REVB=-0.0804447;RO=26;SAF=15;SAR=21;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118476;STB=0.564937;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0197483;OID=.;OPOS=125330325;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:21:15:7:19:21:15:7:19 chr9 125330678 . T G 1728.44 PASS AF=0.610895;AO=156;DP=256;FAO=157;FDP=257;FR=.;FRO=100;FSAF=86;FSAR=71;FSRF=61;FSRR=39;FWDB=-0.0080714;FXX=0.00387582;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.963;QD=26.9018;RBI=0.0142223;REFB=-0.0159629;REVB=0.0117101;RO=100;SAF=86;SAR=70;SRF=61;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431599;STB=0.524548;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00818048;OID=.;OPOS=125330678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:257:100:100:156:157:0.610895:70:86:61:39:71:86:61:39 chr9 125330739 . G A 1781.11 PASS AF=0.622568;AO=159;DP=256;FAO=160;FDP=257;FR=.;FRO=97;FSAF=78;FSAR=82;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=0.00186472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.379;QD=27.7216;RBI=0.00393499;REFB=-0.00791887;REVB=0.00346511;RO=97;SAF=78;SAR=81;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392172;STB=0.522214;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00481234;OID=.;OPOS=125330739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:257:97:97:159:160:0.622568:81:78:53:44:82:78:53:44 chr9 125330752 . T C 600.52 PASS AF=0.326271;AO=77;DP=236;FAO=77;FDP=236;FR=.;FRO=159;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=77;FSRR=82;FWDB=-0.00486238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3358;QD=10.1784;RBI=0.0269712;REFB=-0.024658;REVB=0.0265292;RO=159;SAF=37;SAR=40;SRF=77;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00440827;STB=0.502534;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0497016;OID=.;OPOS=125330752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:159:159:77:77:0.326271:40:37:77:82:40:37:77:82 chr9 125377087 . A G 1243.95 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.7561;QD=61.4295;RBI=0.0261746;REFB=0;REVB=-0.00488173;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105176;OID=.;OPOS=125377087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr9 125377375 . A G 90.08 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00387821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.768;QD=7.66647;RBI=0.0159592;REFB=-0.00199395;REVB=-0.0154808;RO=35;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565258;STB=0.534998;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0116557;OID=.;OPOS=125377375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:7:5:13:22:7:5:13:22 chr9 125377505 . A G 726.1 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.871;QD=61.7959;RBI=0.0420438;REFB=0;REVB=0.0381475;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021131;OID=.;OPOS=125377505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:29:15:0:0:32:15:0:0 chr9 125377734 . A G 141.78 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0318152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.346;QD=11.1202;RBI=0.0318734;REFB=-0.00695216;REVB=0.00192509;RO=32;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369366;STB=0.519698;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0113512;OID=.;OPOS=125377734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:34:17:17:0.333333:9:8:14:18:9:8:15:19 chr9 125378014 . T G 135.11 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0112627;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.956;QD=15.8955;RBI=0.0126584;REFB=-0.0137979;REVB=0.005778;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100239;STB=0.571332;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0205856;OID=.;OPOS=125378014;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:20:19:15:15:0.441176:6:9:10:10:6:9:9:10 chr9 125390874 . A C 1677.32 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.604;QD=60.4439;RBI=0.0251305;REFB=0;REVB=0.0097854;RO=0;SAF=56;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29906e-05;OID=.;OPOS=125390874;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:111:0:0:107:111:1:51:56:0:0:51:60:0:0 chr9 125391026 . A C 1559.81 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.997;QD=63.6658;RBI=0.0670911;REFB=0;REVB=0.0620569;RO=1;SAF=50;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939059;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.967e-05;OID=.;OPOS=125391026;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:1:0:96:98:1:46:50:1:0:46:52:0:0 chr9 125391127 . C T 667.04 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.084;QD=62.0502;RBI=0.031209;REFB=0;REVB=0.0159156;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204134;OID=.;OPOS=125391127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr9 125391241 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.816;QD=63.5829;RBI=0.0290383;REFB=0;REVB=0.0239833;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168896;OID=.;OPOS=125391241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr9 125391369 . A G 295.68 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00151246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.737;QD=20.3916;RBI=0.012999;REFB=-0.016746;REVB=-0.0129107;RO=27;SAF=15;SAR=16;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121924;STB=0.567584;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0199401;OID=.;OPOS=125391369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:16:15:17:10:16:15:17:10 chr9 125391677 . T C 488.36 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00435972;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.437;QD=21.4663;RBI=0.0159136;REFB=-0.0309358;REVB=0.0153048;RO=44;SAF=26;SAR=21;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666433;STB=0.536821;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0241987;OID=.;OPOS=125391677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:44:44:47:47:0.516484:21:26:21:23:21:26:21:23 chr9 125437611 . T C 249.14 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00258549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.245;QD=11.864;RBI=0.00561214;REFB=-0.00916098;REVB=-0.00498109;RO=54;SAF=13;SAR=17;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155961;STB=0.589846;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0148927;OID=.;OPOS=125437611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:54:30:30:0.357143:17:13:31:23:17:13:31:23 chr9 125486968 . G A 3386.1 PASS AF=0.990991;AO=218;DP=221;FAO=220;FDP=222;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0850141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.898;QD=61.0109;RBI=0.0855673;REFB=-0.0165827;REVB=0.00971459;RO=3;SAF=71;SAR=147;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000225107;STB=0.503355;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.000113557;OID=.;OPOS=125486968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:221:222:3:2:218:220:0.990991:147:71:1:2:148:72:0:2 chr9 125512193 . C A 1571.48 PASS AF=0.989796;AO=84;DP=97;FAO=97;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2588;QD=64.1419;RBI=0.158426;REFB=0;REVB=0.0684931;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114446;OID=.;OPOS=125512193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:97:98:0:0:84:97:0.989796:47:37:0:0:47:50:0:0 chr9 125512575 . G A 632.71 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00911987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.229;QD=61.7278;RBI=0.0102826;REFB=0;REVB=0.00474966;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77986e-05;OID=.;OPOS=125512575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:19:21:0:0:20:21:0:0 chr9 125512770 . T C 1339.44 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.396;QD=62.2996;RBI=0.0390023;REFB=0;REVB=0.0221587;RO=0;SAF=9;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76185e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.85976e-05;OID=.;OPOS=125512770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:77:9:0:0:77:9:0:0 chr9 125512788 . G A 1513.53 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8969;QD=59.9418;RBI=0.0644513;REFB=0;REVB=0.0552989;RO=0;SAF=14;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485913;OID=.;OPOS=125512788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:101:0:0:94:101:1:80:14:0:0:86:15:0:0 chr9 125512795 . G C 1770.98 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.103576;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.663;QD=61.0682;RBI=0.105515;REFB=0;REVB=-0.0201371;RO=0;SAF=24;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126571;OID=.;OPOS=125512795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:92:24:0:0:92:24:0:0 chr9 125512826 . G A 2368.28 PASS AF=0.987421;AO=157;DP=159;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=115;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0807768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.259;QD=59.5795;RBI=0.0824535;REFB=-0.112781;REVB=0.0165435;RO=2;SAF=42;SAR=115;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00707247;STB=0.503718;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0015909;OID=.;OPOS=125512826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:159:159:2:2:157:157:0.987421:115:42:1:1:115:42:1:1 chr9 125524280 . C T 797.26 PASS AF=0.510067;AO=76;DP=150;FAO=76;FDP=149;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=52;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.00941885;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.555;QD=21.4029;RBI=0.0096539;REFB=-0.000424999;REVB=-0.0021173;RO=73;SAF=24;SAR=52;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229159;STB=0.626356;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00086303;OID=.;OPOS=125524280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:73:73:76:76:0.510067:52:24:41:32:52:24:41:32 chr9 125524836 . A G 1594.12 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0132638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.284;QD=57.9679;RBI=0.0230061;REFB=0.0407069;REVB=0.0187977;RO=1;SAF=53;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887197;STB=0.509258;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.000300549;OID=.;OPOS=125524836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:110:110:1:2:108:108:0.981818:55:53:1:0:55:53:2:0 chr9 125582173 . C T 632.75 PASS AF=0.602151;AO=55;DP=92;FAO=56;FDP=93;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-2.54023e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0357;QD=27.215;RBI=0.0126374;REFB=-0.0078891;REVB=0.0126373;RO=37;SAF=29;SAR=26;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01017;STB=0.508863;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0066479;OID=.;OPOS=125582173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:37:37:55:56:0.602151:26:29:19:18:26:30:19:18 chr9 125582381 . C T 136.74 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0110056;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.667;QD=8.54637;RBI=0.0153794;REFB=-0.0102763;REVB=-0.0107426;RO=46;SAF=14;SAR=5;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17399;STB=0.610882;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0316281;OID=.;OPOS=125582381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:46:45:19:19:0.296875:5:14:28:18:5:14:27:18 chr9 125611808 . TAAAAAAA TAAAAA,TAAAAAAT,TTAAAAAA,TTAAAAAT,TTTAAAAA 458.0 PASS AF=0.824561,0.105263,0,0.0350877,0;AO=8,5,6,3,6;DP=36;FAO=47,6,0,2,0;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=24,1,0,0,0;FSAR=23,5,0,2,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0855843,0.00334779,0.480472,0.0777802,0.236922;FXX=0.0338926;HRUN=8,8,8,8,8;LEN=2,1,1,7,2;MLLD=13.84,143.75,4.82115,147.17,7.21786;QD=32.1402;RBI=0.0910103,0.025239,0.486847,0.081385,0.241973;REFB=-0.0924251,-0.00887106,-0.185703,-0.00968455,-0.108592;REVB=-0.0309547,-0.025016,0.0785291,-0.0239534,0.0491805;RO=4;SAF=3,1,2,0,0;SAR=5,4,4,3,6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.0749496,-0.268008,-0.119263,-0.683038,-0.764666;STB=0.520824,0.583085,0.5,0.5,0.5;STBP=0.252,0.681,1,1,1;TYPE=del,snp,snp,mnp,mnp;VARB=0.000168389,0.0221687,0.0287539,0.044356,0.109242;OID=.,.,.,.,.;OPOS=125611809,125611815,125611809,125611809,125611809;OREF=AA,A,A,AAAAAAA,AA;OALT=-,T,T,TAAAAAT,TT;OMAPALT=TAAAAA,TAAAAAAT,TTAAAAAA,TTAAAAAT,TTTAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.824561,0.105263,0,0.0350877,0:8,5,6,3,6:36:47,6,0,2,0:57:2:24,1,0,0,0:23,5,0,2,0:0:2:28:4:3,1,2,0,0:5,4,4,3,6:2:2 chr9 125637471 . A T 1080.06 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00535449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.264;QD=60.0035;RBI=0.0246227;REFB=0;REVB=0.0240334;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63287e-05;OID=.;OPOS=125637471;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr9 125637648 . T C 725.14 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00705966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2562;QD=63.0556;RBI=0.00728434;REFB=0;REVB=-0.00179521;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102533;OID=.;OPOS=125637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:24:21:0:0:24:22:0:0 chr9 125652757 . G A 753.77 PASS AF=0.544776;AO=71;DP=133;FAO=73;FDP=134;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.00356491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.085;QD=22.5007;RBI=0.0251426;REFB=-0.0168126;REVB=-0.0248886;RO=60;SAF=37;SAR=34;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142645;STB=0.573858;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0161147;OID=.;OPOS=125652757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:60:61:71:73:0.544776:34:37:21:39:36:37:21:40 chr9 125672326 . G A 218.62 PASS AF=0.345679;AO=26;DP=79;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.001787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4635;QD=10.7961;RBI=0.0252951;REFB=0.00475804;REVB=-0.0252319;RO=52;SAF=16;SAR=10;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233685;STB=0.547412;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.0109282;OID=.;OPOS=125672326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:52:53:26:28:0.345679:10:16:33:19:12:16:34:19 chr9 125782641 . G A 159.4 PASS AF=0.198529;AO=27;DP=136;FAO=27;FDP=136;FR=.;FRO=109;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=-0.0113917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.48;QD=4.68821;RBI=0.0126512;REFB=-0.000341267;REVB=0.00550297;RO=109;SAF=14;SAR=13;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410772;STB=0.525838;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0011641;OID=.;OPOS=125782641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:109:109:27:27:0.198529:13:14:53:56:13:14:53:56 chr9 125782663 . A G 517.94 PASS AF=0.444444;AO=56;DP=126;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.00222575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.941;QD=16.4424;RBI=0.0109917;REFB=-0.00152864;REVB=-0.010764;RO=69;SAF=29;SAR=27;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820604;STB=0.549473;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00184101;OID=.;OPOS=125782663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:69:70:56:56:0.444444:27:29:30:39:27:29:30:40 chr9 125866070 . G C 407.54 PASS AF=0.380952;AO=48;DP=126;FAO=48;FDP=126;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=54;FSRR=24;FWDB=0.0162915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.526;QD=12.9378;RBI=0.0171105;REFB=-0.00545605;REVB=0.00523015;RO=78;SAF=28;SAR=20;SRF=54;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125668;STB=0.571002;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00816321;OID=.;OPOS=125866070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:78:78:48:48:0.380952:20:28:54:24:20:28:54:24 chr9 126028395 . C G 1553.61 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00510785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.127;QD=62.7723;RBI=0.0353313;REFB=-0.140141;REVB=0.0349602;RO=1;SAF=60;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123176;STB=0.506492;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000408851;OID=.;OPOS=126028395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:38:60:0:1:38:60:0:1 chr9 126125318 . C A 1933.58 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00437716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.263;QD=61.8746;RBI=0.0823264;REFB=0;REVB=0.08221;RO=0;SAF=58;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385453;OID=.;OPOS=126125318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:66:58:0:0:66:59:0:0 chr9 126128211 . T C 1526.33 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.131;QD=59.8559;RBI=0.0538354;REFB=0;REVB=0.00769367;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109313;OID=.;OPOS=126128211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:53:48:0:0:53:49:0:0 chr9 126128253 . G C 951.32 PASS AF=0.92;AO=69;DP=75;FAO=69;FDP=75;FR=.;FRO=6;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0340903;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.6855;QD=50.7372;RBI=0.0770504;REFB=-0.223638;REVB=0.0690986;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.539462;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0189136;OID=.;OPOS=126128253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:75:75:0:6:69:69:0.92:35:34:0:0:35:34:0:6 chr9 126129545 . C T 1513.69 PASS AF=0.664921;AO=127;DP=191;FAO=127;FDP=191;FR=.;FRO=64;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.00470487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.258;QD=31.7004;RBI=0.0100429;REFB=-0.0217033;REVB=0.00887262;RO=64;SAF=56;SAR=71;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857846;STB=0.546101;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00995716;OID=.;OPOS=126129545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:64:64:127:127:0.664921:71:56:37:27:71:56:37:27 chr9 126129904 . C T 7287.51 PASS AF=0.975309;AO=470;DP=483;FAO=474;FDP=486;FR=.;FRO=12;FSAF=236;FSAR=238;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0299287;FXX=0.00409828;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8573;QD=59.9795;RBI=0.0349577;REFB=-0.166471;REVB=-0.0180643;RO=7;SAF=233;SAR=237;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101222;STB=0.50211;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00285577;OID=.;OPOS=126129904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:483:486:7:12:470:474:0.975309:237:233:6:1:238:236:7:5 chr9 126131161 . G A 1325.08 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0344592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.343;QD=60.9231;RBI=0.0453376;REFB=-0.0942741;REVB=0.0294628;RO=1;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976784;STB=0.505049;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00032525;OID=.;OPOS=126131161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:1:1:85:86:0.988506:48:37:0:1:49:37:0:1 chr9 126133547 . T C 407.31 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.163801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.013;QD=54.3087;RBI=0.16841;REFB=-0.0414757;REVB=0.0391297;RO=1;SAF=18;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251798;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00283178;OID=.;OPOS=126133547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:30:1:0:29:30:1:11:18:1:0:11:19:0:0 chr9 126134542 . G A 2157.11 PASS AF=0.978873;AO=139;DP=142;FAO=139;FDP=142;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=85;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0502092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.226;QD=60.7636;RBI=0.0506429;REFB=-0.166454;REVB=-0.00661337;RO=0;SAF=54;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58833e-08;STB=0.513512;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000842919;OID=.;OPOS=126134542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:142:142:0:3:139:139:0.978873:85:54:0:0:85:54:3:0 chr9 126140187 . C T 311.3 PASS AF=0.225225;AO=50;DP=223;FAO=50;FDP=222;FR=.;FRO=172;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=71;FSRR=101;FWDB=-0.00561456;FXX=0.00892817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.029;QD=5.60901;RBI=0.0259857;REFB=-0.0106884;REVB=-0.0253719;RO=167;SAF=15;SAR=35;SRF=71;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171754;STB=0.596;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0340563;OID=.;OPOS=126140187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:167:172:50:50:0.225225:35:15:71:96:35:15:71:101 chr9 126144746 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00731216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.3387;QD=42.1822;RBI=0.0632148;REFB=0;REVB=-0.0627904;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00300202;OID=.;OPOS=126144746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr9 126144758 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.424;QD=42.1826;RBI=0.031527;REFB=0;REVB=-0.00130222;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000287712;OID=.;OPOS=126144758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr9 126520068 . T C 586.86 PASS AF=0.365079;AO=69;DP=189;FAO=69;FDP=189;FR=.;FRO=120;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=51;FSRR=69;FWDB=0.00159641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1076;QD=12.4203;RBI=0.0212013;REFB=0.00447597;REVB=0.0211412;RO=120;SAF=28;SAR=41;SRF=51;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221317;STB=0.512577;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.00863081;OID=.;OPOS=126520068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:120:120:69:69:0.365079:41:28:51:69:41:28:51:69 chr9 126770250 . C G 1502.27 PASS AF=0.562738;AO=126;DP=241;FAO=148;FDP=263;FR=.;FRO=115;FSAF=82;FSAR=66;FSRF=57;FSRR=58;FWDB=0.0206426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.988;QD=22.8482;RBI=0.0247507;REFB=-0.021795;REVB=0.0136557;RO=115;SAF=62;SAR=64;SRF=57;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00313278;STB=0.525692;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0174736;OID=.;OPOS=126770250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:263:115:115:126:148:0.562738:64:62:57:58:66:82:57:58 chr9 126783433 . G C 903.85 PASS AF=0.627907;AO=79;DP=127;FAO=81;FDP=129;FR=.;FRO=48;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0327479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.155;QD=28.0264;RBI=0.0347723;REFB=-0.0161264;REVB=-0.0116913;RO=48;SAF=33;SAR=46;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437028;STB=0.517752;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00871472;OID=.;OPOS=126783433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:48:48:79:81:0.627907:46:33:23:25:46:35:23:25 chr9 127076271 . A G 157.96 PASS AF=0.313433;AO=20;DP=66;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0158112;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.461;QD=9.43049;RBI=0.0522119;REFB=-0.032914;REVB=-0.0497603;RO=45;SAF=10;SAR=10;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388655;STB=0.513539;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0704341;OID=.;OPOS=127076271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:45:46:20:21:0.313433:10:10:21:24:11:10:21:25 chr9 127101924 . C T 2082.37 PASS AF=0.845304;AO=153;DP=178;FAO=153;FDP=181;FR=.;FRO=28;FSAF=73;FSAR=80;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.00305392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0289;QD=46.0192;RBI=0.0456827;REFB=-0.00722823;REVB=-0.0455805;RO=25;SAF=73;SAR=80;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525846;STB=0.535318;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00152578;OID=.;OPOS=127101924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:181:25:28:153:153:0.845304:80:73:7:18:80:73:7:21 chr9 127113660 . A G 1067.63 PASS AF=0.596386;AO=98;DP=165;FAO=99;FDP=166;FR=.;FRO=67;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.00515386;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.929;QD=25.7261;RBI=0.00804342;REFB=-0.00518169;REVB=-0.0061753;RO=66;SAF=49;SAR=49;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675035;STB=0.531111;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00340844;OID=.;OPOS=127113660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:66:67:98:99:0.596386:49:49:39:27:49:50:39:28 chr9 127113732 . C T 387.19 PASS AF=0.380165;AO=46;DP=122;FAO=46;FDP=121;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0171498;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.334;QD=12.7995;RBI=0.0172858;REFB=-0.00541765;REVB=-0.00216445;RO=74;SAF=24;SAR=22;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821348;STB=0.550516;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0214668;OID=.;OPOS=127113732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:74:75:46:46:0.380165:22:24:33:41:22:24:33:42 chr9 127214450 . C T 293.96 PASS AF=0.333333;AO=38;DP=115;FAO=38;FDP=114;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.00172203;FXX=0.0086949;HRUN=6;LEN=1;MLLD=219.262;QD=10.3144;RBI=0.0381715;REFB=-0.00290384;REVB=-0.0381327;RO=75;SAF=20;SAR=18;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531372;STB=0.535037;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00464155;OID=.;OPOS=127214450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:75:76:38:38:0.333333:18:20:36:39:18:20:36:40 chr9 127216839 . C T 767.3 PASS AF=0.377119;AO=89;DP=236;FAO=89;FDP=236;FR=.;FRO=147;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=82;FSRR=65;FWDB=0.0326281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.456;QD=13.0051;RBI=0.0364538;REFB=0.00115526;REVB=0.016257;RO=147;SAF=40;SAR=49;SRF=82;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119169;STB=0.567265;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00126765;OID=.;OPOS=127216839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:147:147:89:89:0.377119:49:40:82:65:49:40:82:65 chr9 127220952 . T C 648.54 PASS AF=0.606383;AO=57;DP=94;FAO=57;FDP=94;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.011813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.755;QD=27.5976;RBI=0.0119337;REFB=-0.0104425;REVB=0.00169316;RO=36;SAF=25;SAR=32;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063839;STB=0.529711;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00611049;OID=.;OPOS=127220952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:36:37:57:57:0.606383:32:25:19:17:32:25:19:18 chr9 127228596 . A G 501.5 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00244617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.361;QD=58.9998;RBI=0.0310839;REFB=0;REVB=-0.0309875;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013756;OID=.;OPOS=127228596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr9 127230813 . G A 634.64 PASS AF=0.533898;AO=63;DP=118;FAO=63;FDP=118;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.028057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.356;QD=21.5132;RBI=0.0327936;REFB=-0.031204;REVB=0.0169772;RO=54;SAF=31;SAR=32;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244985;STB=0.517496;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0278154;OID=.;OPOS=127230813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:54:55:63:63:0.533898:32:31:25:29:32:31:25:30 chr9 127230891 . G A 318.64 PASS AF=0.293706;AO=42;DP=143;FAO=42;FDP=143;FR=.;FRO=101;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=-0.00257977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.086;QD=8.91293;RBI=0.00333966;REFB=-0.00854745;REVB=0.00212087;RO=101;SAF=12;SAR=30;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329304;STB=0.693784;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0232849;OID=.;OPOS=127230891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:101:101:42:42:0.293706:30:12:56:45:30:12:56:45 chr9 127231503 . G A 331.51 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0307433;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4356;QD=23.6792;RBI=0.0745702;REFB=-0.0261611;REVB=0.067938;RO=23;SAF=14;SAR=19;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200544;STB=0.610213;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0325142;OID=.;OPOS=127231503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:23:23:33:33:0.589286:19:14:16:7:19:14:16:7 chr9 127231774 . C G 884.79 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00179264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8771;QD=58.0189;RBI=0.0313192;REFB=0;REVB=-0.0312679;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302415;OID=.;OPOS=127231774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr9 127369679 . C T 275.49 PASS AF=0.455882;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00584236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.48;QD=16.2056;RBI=0.00654742;REFB=-0.0339357;REVB=-0.00295559;RO=35;SAF=16;SAR=14;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064468;STB=0.525489;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0369098;OID=.;OPOS=127369679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:35:37:30:31:0.455882:14:16:21:14:14:17:22:15 chr9 127561748 . C T 82.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00985597;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.826;QD=8.2284;RBI=0.0404191;REFB=-0.0160482;REVB=-0.0391991;RO=28;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121025;STB=0.563863;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0634207;OID=.;OPOS=127561748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:40:40:28:29:11:11:0.275:7:4:13:15:7:4:13:16 chr9 127563364 . G A 727.71 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0301063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.04;QD=52.9242;RBI=0.098294;REFB=-0.0574126;REVB=0.0935699;RO=2;SAF=27;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000646073;STB=0.500343;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00290444;OID=.;OPOS=127563364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:2:2:53:53:0.963636:26:27:1:1:26:27:1:1 chr9 127566378 . A C,G 715.47 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=2,49;DP=51;FAO=3,48;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=3,34;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00122239,-0.0165892;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=114.698,137.564;QD=56.1149;RBI=0.00530578,0.036561;REFB=0,0;REVB=-0.00516305,-0.0325808;RO=0;SAF=2,35;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.22152e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0454371,-0.0109091;OID=.,.;OPOS=127566378,127566378;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:51:51:0:0:2,49:3,48:0.0588235,0.941176:0,14:2,35:0:0:0,14:3,34:0:0 chr9 127616537 . A G 612.29 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5267;QD=61.2285;RBI=0.0485872;REFB=0;REVB=-0.0417504;RO=1;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302234;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000238985;OID=.;OPOS=127616537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:1:0:39:40:1:15:24:0:1:16:24:0:0 chr9 127618776 . A G 640.38 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00929639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5409;QD=60.9885;RBI=0.0384041;REFB=0;REVB=0.0372619;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185332;OID=.;OPOS=127618776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:14:27:0:0:15:27:0:0 chr9 127618839 . C G 1025.38 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00492495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6486;QD=59.442;RBI=0.0154824;REFB=0;REVB=-0.0146782;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188663;OID=.;OPOS=127618839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:28:40:0:0:29:40:0:0 chr9 127619625 . G GC,GCC 100.13 PASS AF=0.536585,0.121951;AO=12,7;DP=42;FAO=22,5;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=16,2;FSAR=6,3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.043997,0.0191094;FXX=0.0238039;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=6.75077,10.8575;QD=9.76873;RBI=0.0877111,0.0412915;REFB=-0.201801,-0.111618;REVB=-0.0758782,-0.0366035;RO=22;SAF=7,5;SAR=5,2;SRF=16;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.16764,-0.0188175;STB=0.53984,0.672814;STBP=0.593,0.439;TYPE=ins,ins;VARB=0.0572947,0.0139918;OID=.,.;OPOS=127619626,127619626;OREF=-,-;OALT=C,CC;OMAPALT=GC,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.536585,0.121951:12,7:42:22,5:41:14:16,2:6,3:9:5:19:22:7,5:5,2:16:6 chr9 127637450 . C T 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00851129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.505;QD=16.065;RBI=0.0215268;REFB=-0.00171218;REVB=-0.0197728;RO=24;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662078;STB=0.538173;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00271762;OID=.;OPOS=127637450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:13:5:8:16:13:5:8:16 chr9 127641725 . GGA G 102.16 PASS AF=0.410256;AO=14;DP=47;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=-0.00610673;FXX=0.0487686;HRUN=3;LEN=2;MLLD=104.602;QD=10.478;RBI=0.0882933;REFB=-0.026892;REVB=-0.0880818;RO=27;SAF=14;SAR=0;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.771585;STB=0.631379;STBP=0.432;TYPE=del;VARB=0.0311349;OID=.;OPOS=127641726;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410256:14:47:16:39:23:15:1:20:3:99:27:14:0:18:9 chr9 127643456 . T C 937.47 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00513093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2369;QD=58.5922;RBI=0.00752982;REFB=0;REVB=0.00551105;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4725e-06;OID=.;OPOS=127643456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:30:33:0:0:30:34:0:0 chr9 127661645 . G A 1508.28 PASS AF=1;AO=99;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604185;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9561;QD=59.734;RBI=0.0612801;REFB=0;REVB=0.0102397;RO=0;SAF=59;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335648;OID=.;OPOS=127661645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:99:101:1:40:59:0:0:42:59:0:0 chr9 127674200 . A C,T 1474.9 PASS AF=0.941748,0.0485437;AO=97,5;DP=103;FAO=97,5;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=48,5;FSAR=49,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0141702,-0.00184674;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=168.031,114.982;QD=57.2777;RBI=0.0145966,0.0199897;REFB=-0.116054,0.0235476;REVB=-0.00350241,-0.0199042;RO=0;SAF=48,5;SAR=49,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.505154,0.5;STBP=0.537,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00102557,0.0834589;OID=.,.;OPOS=127674200,127674200;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:103:103:0:1:97,5:97,5:0.941748,0.0485437:49,0:48,5:0:0:49,0:48,5:1:0 chr9 127818276 . C T 1217.74 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472843;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.949;QD=61.6577;RBI=0.0482939;REFB=0;REVB=-0.00982313;RO=0;SAF=28;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110623;OID=.;OPOS=127818276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:51:28:0:0:51:28:0:0 chr9 127951863 . G A 347.6 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00675007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9234;QD=51.496;RBI=0.011092;REFB=-0.0440157;REVB=0.00880167;RO=1;SAF=25;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303346;STB=0.6665;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00831128;OID=.;OPOS=127951863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:1:25:0:1:1:25:0:1 chr9 127962916 . G A 620.96 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.03069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.233;QD=59.1392;RBI=0.0614628;REFB=-0.139463;REVB=0.0532523;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00121785;OID=.;OPOS=127962916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:0:1:41:41:0.97619:23:18:0:0:23:18:0:1 chr9 128064947 . C A 340.21 PASS AF=0.362069;AO=42;DP=116;FAO=42;FDP=116;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=49;FWDB=-0.0206294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.17;QD=11.7313;RBI=0.0271293;REFB=-0.01315;REVB=-0.0176189;RO=74;SAF=16;SAR=26;SRF=25;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517637;STB=0.529554;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.022215;OID=.;OPOS=128064947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:74:74:42:42:0.362069:26:16:25:49:26:16:25:49 chr9 128074807 . T C 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.782;QD=59.8549;RBI=0.0279981;REFB=0;REVB=-0.00761889;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189521;OID=.;OPOS=128074807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr9 128230352 . G A 911.28 PASS AF=0.447489;AO=98;DP=218;FAO=98;FDP=219;FR=.;FRO=121;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=50;FSRR=71;FWDB=0.0206055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.35;QD=16.6443;RBI=0.0216162;REFB=-0.00548826;REVB=0.00653243;RO=119;SAF=48;SAR=50;SRF=49;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774066;STB=0.54239;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00730547;OID=.;OPOS=128230352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:119:121:98:98:0.447489:50:48:49:70:50:48:50:71 chr9 128246786 . G A 217.28 PASS AF=0.279279;AO=31;DP=112;FAO=31;FDP=111;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0029728;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.441;QD=7.82996;RBI=0.028702;REFB=0.00146745;REVB=-0.0285476;RO=79;SAF=16;SAR=15;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424563;STB=0.529598;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.00397038;OID=.;OPOS=128246786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:79:80:31:31:0.279279:15:16:38:41:15:16:38:42 chr9 129102840 . G A 564.64 PASS AF=0.552083;AO=52;DP=94;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00199468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.692;QD=23.5268;RBI=0.00199776;REFB=-0.00157729;REVB=-0.000110932;RO=40;SAF=27;SAR=25;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746607;STB=0.530232;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00313234;OID=.;OPOS=129102840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:40:43:52:53:0.552083:25:27:17:23:26:27:19:24 chr9 129102907 . G A 491.52 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0313161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.712;QD=25.2061;RBI=0.0313225;REFB=-0.0153394;REVB=0.000634603;RO=31;SAF=18;SAR=28;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325423;STB=0.507039;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0120915;OID=.;OPOS=129102907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:32:46:46:0.589744:28:18:12:19:28:18:12:20 chr9 129143435 . A G 770.26 PASS AF=0.746988;AO=62;DP=83;FAO=62;FDP=83;FR=.;FRO=21;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00140414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.772;QD=37.1209;RBI=0.00140471;REFB=-0.0200656;REVB=4.00338e-05;RO=19;SAF=37;SAR=25;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101529;STB=0.543455;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00439781;OID=.;OPOS=129143435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:19:21:62:62:0.746988:25:37:7:12:25:37:9:12 chr9 129265715 . C G 2096.34 PASS AF=0.992647;AO=134;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0240736;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3755;QD=61.6572;RBI=0.0691679;REFB=-0.0709981;REVB=0.0648434;RO=0;SAF=77;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79559e-08;STB=0.504347;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000674254;OID=.;OPOS=129265715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:136:136:0:1:134:135:0.992647:57:77:0:0:57:78:0:1 chr9 129453229 . A G 219.46 PASS AF=0.307692;AO=25;DP=87;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0313396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.201;QD=9.64679;RBI=0.0395334;REFB=-0.0302177;REVB=-0.0240981;RO=59;SAF=15;SAR=10;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899739;STB=0.511174;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0676429;OID=.;OPOS=129453229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:91:59:63:25:28:0.307692:10:15:31:28:12:16:35:28 chr9 129455587 . G C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0246443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.549;QD=13.4559;RBI=0.0248534;REFB=-0.0223513;REVB=-0.0032169;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263079;STB=0.651929;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0241172;OID=.;OPOS=129455587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:3:12:6:5:3:12 chr9 129460914 . A G 315.57 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0306738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.018;QD=24.2749;RBI=0.03159;REFB=-0.00997507;REVB=-0.00755262;RO=20;SAF=17;SAR=14;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279802;STB=0.660098;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00562084;OID=.;OPOS=129460914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:21:31:31:0.596154:14:17:3:17:14:17:3:18 chr9 129595895 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.369;QD=61.3364;RBI=0.0311573;REFB=0;REVB=0.0248956;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013028;OID=.;OPOS=129595895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr9 129600121 . T C 43.55 PASS AF=0.291667;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00060585;FXX=0.0768935;HRUN=16;LEN=1;MLLD=138.697;QD=7.25837;RBI=0.0444002;REFB=-0.00694809;REVB=-0.0443961;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439476;STB=0.809831;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0226728;OID=.;OPOS=129600121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:21:24:13:17:6:7:0.291667:5:1:7:6:6:1:9:8 chr9 129641810 . T A 490.03 PASS AF=0.6875;AO=44;DP=64;FAO=44;FDP=64;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0160474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.986;QD=30.6267;RBI=0.0160555;REFB=-0.0102137;REVB=0.000511509;RO=20;SAF=21;SAR=23;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131174;STB=0.507109;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00592427;OID=.;OPOS=129641810;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:20:20:44:44:0.6875:23:21:10:10:23:21:10:10 chr9 129642467 . C T 123.57 PASS AF=0.306122;AO=14;DP=50;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0185327;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.275;QD=10.0872;RBI=0.0204328;REFB=-0.0165943;REVB=-0.00860455;RO=34;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151459;STB=0.60961;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0310813;OID=.;OPOS=129642467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:34:34:14:15:0.306122:6:8:15:19:6:9:15:19 chr9 129643535 . G A 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00572381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.085;QD=58.7811;RBI=0.012612;REFB=0;REVB=0.0112383;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90495e-05;OID=.;OPOS=129643535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr9 129644258 . C G 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.059;QD=53.273;RBI=0.0225399;REFB=0;REVB=0.0159915;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09587e-05;OID=.;OPOS=129644258;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr9 129644688 . C G 1044.24 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4688;QD=59.6706;RBI=0.0364814;REFB=0;REVB=0.0266125;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30929e-05;OID=.;OPOS=129644688;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr9 129645391 . A C 2055.12 PASS AF=0.985294;AO=122;DP=125;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0097995;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1609;QD=60.4447;RBI=0.070366;REFB=-0.187874;REVB=0.0696803;RO=2;SAF=74;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126657;STB=0.506409;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00460682;OID=.;OPOS=129645391;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:125:136:2:2:122:134:0.985294:48:74:2:0:57:77:2:0 chr9 129645610 . C T 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5207;QD=52.6078;RBI=0.0110233;REFB=0;REVB=-0.00828262;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.08633e-05;OID=.;OPOS=129645610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr9 129646773 . TTA GTT,TTG 1659.67 PASS AF=0.173913,0.775362;AO=7,35;DP=149;FAO=24,107;FDP=138;FR=.;FRO=7;FSAF=24,16;FSAR=0,91;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0452329,-0.00939004;FXX=0.086087;HRUN=11,3;LEN=3,1;MLLD=134.992,130.528;QD=48.1064;RBI=0.0462173,0.0116675;REFB=-0.0794574,-0.157235;REVB=0.0094878,0.0069252;RO=0;SAF=7,9;SAR=0,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.999175,0.576265;STBP=0.121,0.001;TYPE=mnp,snp;VARB=0.133299,0.000711218;OID=.,.;OPOS=129646773,129646775;OREF=TTA,A;OALT=GTT,G;OMAPALT=GTT,TTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:149:138:0:7:7,35:24,107:0.173913,0.775362:0,26:7,9:0:0:0,91:24,16:6:1 chr9 129647034 . A G 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.274;QD=58.0583;RBI=0.0571165;REFB=0;REVB=-0.0128668;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95274e-05;OID=.;OPOS=129647034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr9 129647580 . TG T 501.84 PASS AF=0.633663;AO=57;DP=101;FAO=64;FDP=101;FR=.;FRO=37;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0379679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.1823;QD=19.8747;RBI=0.0585361;REFB=0.00822636;REVB=-0.0445523;RO=36;SAF=33;SAR=24;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135406;STB=0.582252;STBP=0.035;TYPE=del;VARB=-0.00834325;OID=.;OPOS=129647581;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.633663:57:101:64:101:37:40:24:15:22:99:36:33:24:14:22 chr9 129831658 . T TA 1533.87 PASS AF=1;AO=14;DP=139;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598186;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.58;QD=48.3108;RBI=0.0970041;REFB=0;REVB=-0.0763645;RO=125;SAF=5;SAR=9;SRF=70;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238622;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00246992;OID=.;OPOS=129831659;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:139:127:127:0:68:59:0:0:28:125:5:9:70:55 chr9 129831659 . T A 1717.35 PASS AF=0.889706;AO=122;DP=137;FAO=121;FDP=136;FR=.;FRO=15;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0016829;FXX=0.00729874;HRUN=9;LEN=1;MLLD=231.312;QD=50.5103;RBI=0.00620211;REFB=-0.124134;REVB=-0.00596942;RO=15;SAF=67;SAR=55;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310815;STB=0.516126;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00054384;OID=.;OPOS=129831659;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:137:136:15:15:122:121:0.889706:55:67:6:9:55:66:6:9 chr9 129851338 . G A 710.13 PASS AF=0.432584;AO=77;DP=179;FAO=77;FDP=178;FR=.;FRO=101;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=0.0146105;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.613;QD=15.9579;RBI=0.0168312;REFB=7.70874e-05;REVB=-0.00835605;RO=101;SAF=47;SAR=30;SRF=42;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197884;STB=0.610361;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0002748;OID=.;OPOS=129851338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:101:101:77:77:0.432584:30:47:42:59:30:47:42:59 chr9 129870935 . C T 100.15 PASS AF=0.222222;AO=16;DP=72;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0175213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.663;QD=5.56368;RBI=0.0176145;REFB=0.00492339;REVB=0.00180983;RO=56;SAF=4;SAR=12;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343929;STB=0.71711;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0118032;OID=.;OPOS=129870935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:56:56:16:16:0.222222:12:4:29:27:12:4:29:27 chr9 129946247 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.315;QD=57.6803;RBI=0.0829786;REFB=0;REVB=0.0762131;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445733;OID=.;OPOS=129946247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr9 129958862 . G T 1589.0 PASS AF=1;AO=94;DP=108;FAO=106;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142766;FXX=0.0185168;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.104;QD=59.9621;RBI=0.0150494;REFB=0;REVB=0.00476079;RO=0;SAF=56;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421327;OID=.;OPOS=129958862;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:106:0:0:94:106:1:38:56:0:0:50:56:0:0 chr9 130104554 . C T 336.78 PASS AF=0.23348;AO=53;DP=228;FAO=53;FDP=227;FR=.;FRO=174;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=87;FSRR=87;FWDB=-0.00888195;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.96;QD=5.93448;RBI=0.017766;REFB=-0.00185416;REVB=-0.0153864;RO=172;SAF=19;SAR=34;SRF=87;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189058;STB=0.610495;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00490422;OID=.;OPOS=130104554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:172:174:53:53:0.23348:34:19:87:85:34:19:87:87 chr9 130164957 . G A 292.91 PASS AF=0.534483;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.09214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8758;QD=20.2007;RBI=0.11855;REFB=0.000398483;REVB=0.0745947;RO=27;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157623;STB=0.516119;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00408646;OID=.;OPOS=130164957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:27:27:30:31:0.534483:15:15:13:14:15:16:13:14 chr9 130169874 . A G 236.38 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0287456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.846;QD=11.2562;RBI=0.035837;REFB=-0.00762371;REVB=-0.0214006;RO=54;SAF=16;SAR=13;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467335;STB=0.519986;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.014841;OID=.;OPOS=130169874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:55:29:29:0.345238:13:16:32:22:13:16:32:23 chr9 130191186 . C T 1603.24 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00218298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4348;QD=64.1297;RBI=0.00459961;REFB=0;REVB=0.00404858;RO=0;SAF=40;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52032e-05;OID=.;OPOS=130191186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:59:40:0:0:59:41:0:0 chr9 130197414 . A G 2735.55 PASS AF=0.99435;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00131545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7562;QD=61.8203;RBI=0.0456306;REFB=-0.114706;REVB=-0.0456116;RO=0;SAF=87;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502793;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000562369;OID=.;OPOS=130197414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:177:177:0:1:176:176:0.99435:89:87:0:0:89:87:0:1 chr9 130206762 . C T 244.49 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0228135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.907;QD=17.4635;RBI=0.0249725;REFB=-0.00390806;REVB=0.0101573;RO=27;SAF=15;SAR=12;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228556;STB=0.607765;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0028109;OID=.;OPOS=130206762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:29:27:27:0.482143:12:15:8:19:12:15:10:19 chr9 130213575 . T TG 295.67 PASS AF=0.452555;AO=57;DP=141;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.106788;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.6926;QD=8.63254;RBI=0.111476;REFB=0.0346933;REVB=0.0319878;RO=82;SAF=30;SAR=27;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403969;STB=0.518242;STBP=0.702;TYPE=ins;VARB=-0.046386;OID=.;OPOS=130213576;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452555:57:141:62:137:75:31:31:35:40:99:82:30:27:40:42 chr9 130219669 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.101;QD=58.5878;RBI=0.0143098;REFB=0;REVB=-0.0016167;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15846e-05;OID=.;OPOS=130219669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:9:23:0:0:10:23:0:0 chr9 130242166 . A G 1496.48 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289177;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0108;QD=59.8594;RBI=0.0410999;REFB=0;REVB=0.0292055;RO=0;SAF=54;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385301;OID=.;OPOS=130242166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:46:54:0:0:46:54:0:0 chr9 130259618 . A C 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0578128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5251;QD=61.3748;RBI=0.071422;REFB=0;REVB=-0.0419378;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000788595;OID=.;OPOS=130259618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:42:38:0:0:42:38:0:0 chr9 130267777 . C G 648.55 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00234468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.184;QD=61.767;RBI=0.0572875;REFB=0;REVB=0.0572395;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84251e-05;OID=.;OPOS=130267777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:19:22:0:0:20:22:0:0 chr9 130270451 . C T 673.28 PASS AF=0.536585;AO=66;DP=123;FAO=66;FDP=123;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0151858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.059;QD=21.8952;RBI=0.0184985;REFB=-0.00194959;REVB=-0.0105634;RO=57;SAF=26;SAR=40;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113886;STB=0.562512;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00157528;OID=.;OPOS=130270451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:57:57:66:66:0.536585:40:26:30:27:40:26:30:27 chr9 130279255 . G A 635.99 PASS AF=0.701299;AO=54;DP=77;FAO=54;FDP=77;FR=.;FRO=23;FSAF=41;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.045587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5938;QD=33.0386;RBI=0.0575517;REFB=-0.0596731;REVB=0.0351286;RO=22;SAF=41;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197707;STB=0.616495;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0196838;OID=.;OPOS=130279255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:22:23:54:54:0.701299:13:41:10:12:13:41:10:13 chr9 130279279 . T C 408.92 PASS AF=0.72;AO=36;DP=51;FAO=36;FDP=50;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00567234;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6978;QD=32.7137;RBI=0.00767714;REFB=-0.0260817;REVB=-0.00517331;RO=14;SAF=21;SAR=15;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438574;STB=0.523796;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0173829;OID=.;OPOS=130279279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:14:14:36:36:0.72:15:21:7:7:15:21:7:7 chr9 130457332 . TTGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGA ATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGA,TTGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGA,TTGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGG,TTGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGGTGA 169.96 PASS AF=0.0277778,0.361111,0.0555556,0.0833333;AO=2,10,2,2;DP=42;FAO=1,13,2,3;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=0,7,0,3;FSAR=1,6,2,0;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00889643,0.0487124,0.00688705,-0.0562201;FXX=0.142823;HRUN=2,1,1,1;LEN=1,3,1,1;MLLD=29.3876,80.4486,116.202,73.3322;QD=18.8846;RBI=0.0658539,0.0488392,0.0173049,0.0568677;REFB=-0.0292742,-0.106901,-0.0483271,-0.0254858;REVB=-0.0652502,-0.00351718,-0.0158754,-0.00855818;RO=16;SAF=0,5,0,2;SAR=2,5,2,0;SRF=7;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.510523,0.0644098,-0.510523,0.560396;STB=0.989094,0.538402,0.994258,0.996349;STBP=0.436,0.748,0.179,0.066;TYPE=snp,del,snp,snp;VARB=0.0749511,0.111426,-0.0115839,0.148598;OID=.,.,.,.;OPOS=130457332,130457333,130457371,130457368;OREF=T,TGA,A,A;OALT=A,-,G,G;OMAPALT=ATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGA,TTGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGA,TTGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGG,TTGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGGTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:42:36:16:17:2,10,2,2:1,13,2,3:0.0277778,0.361111,0.0555556,0.0833333:2,5,2,0:0,5,0,2:7:9:1,6,2,0:0,7,0,3:8:9 chr9 130457374 . G A 58.55 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0693097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.944;QD=4.87894;RBI=0.0883113;REFB=-0.0174992;REVB=-0.0547271;RO=39;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269889;STB=0.67532;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0860346;OID=.;OPOS=130457374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:39:39:9:9:0.1875:4:5:13:26:4:5:13:26 chr9 130494957 . T C 2477.67 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320015;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.408;QD=61.5569;RBI=0.0460147;REFB=0;REVB=0.0330644;RO=0;SAF=83;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2469e-05;OID=.;OPOS=130494957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:161:0:0:161:161:1:78:83:0:0:78:83:0:0 chr9 130536451 . T C 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0258489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.234;QD=7.67868;RBI=0.0259854;REFB=0.000588212;REVB=-0.00265995;RO=31;SAF=8;SAR=3;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299409;STB=0.687429;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00247912;OID=.;OPOS=130536451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:3:8:15:16:3:8:15:16 chr9 130536717 . G A 1572.6 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.805;QD=59.9087;RBI=0.0402362;REFB=0;REVB=0.0306179;RO=0;SAF=31;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03272e-05;OID=.;OPOS=130536717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:73:31:0:0:74:31:0:0 chr9 130551564 . C T 624.33 PASS AF=0.654762;AO=54;DP=85;FAO=55;FDP=84;FR=.;FRO=29;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0603182;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.54;QD=29.73;RBI=0.0603194;REFB=-0.0213953;REVB=-0.00038614;RO=29;SAF=29;SAR=25;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145267;STB=0.580616;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0153146;OID=.;OPOS=130551564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:29:29:54:55:0.654762:25:29:9:20:25:30:9:20 chr9 130630639 . A G 2062.43 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00819398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.167;QD=62.028;RBI=0.114284;REFB=0;REVB=0.113989;RO=0;SAF=66;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205128;OID=.;OPOS=130630639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:133:0:0:121:133:1:55:66:0:0:66:67:0:0 chr9 130647583 . T C 1752.86 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826532;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8762;QD=60.9692;RBI=0.0418613;REFB=0;REVB=-0.0410372;RO=0;SAF=39;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127896;OID=.;OPOS=130647583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:76:39:0:0:76:39:0:0 chr9 130648680 . G A 626.94 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.33;QD=61.1647;RBI=0.0270217;REFB=0;REVB=0.0220728;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63105e-05;OID=.;OPOS=130648680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:12:29:0:0:12:29:0:0 chr9 130670310 . A G 393.37 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00152726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.685;QD=56.195;RBI=0.0643502;REFB=0;REVB=0.064332;RO=0;SAF=22;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46851e-05;OID=.;OPOS=130670310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:5:22:0:0:6:22:0:0 chr9 130672291 . G T 72.99 PASS AF=0.178082;AO=13;DP=71;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0203588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.388;QD=3.99962;RBI=0.0356358;REFB=-0.00688296;REVB=-0.0292477;RO=57;SAF=10;SAR=3;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202472;STB=0.661495;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0477249;OID=.;OPOS=130672291;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:71:73:57:60:13:13:0.178082:3:10:36:21:3:10:36:24 chr9 130690412 . G C 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.000326161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.965;QD=22.3969;RBI=0.00487948;REFB=-0.0300565;REVB=-0.00486857;RO=23;SAF=2;SAR=23;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283546;STB=0.662391;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0282307;OID=.;OPOS=130690412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:23:2:5:18:23:2:5:18 chr9 130698029 . G C 854.12 PASS AF=0.620968;AO=77;DP=124;FAO=77;FDP=124;FR=.;FRO=47;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00747492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.134;QD=27.5524;RBI=0.0366538;REFB=-0.0255349;REVB=-0.0358835;RO=45;SAF=47;SAR=30;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069869;STB=0.539051;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0238756;OID=.;OPOS=130698029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:45:47:77:77:0.620968:30:47:23:22:30:47:24:23 chr9 130698043 . A G 804.45 PASS AF=0.601626;AO=73;DP=122;FAO=74;FDP=123;FR=.;FRO=49;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0322172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.786;QD=26.1608;RBI=0.0377822;REFB=-0.0317964;REVB=0.0197368;RO=47;SAF=44;SAR=29;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682589;STB=0.548396;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0196971;OID=.;OPOS=130698043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:47:49:73:74:0.601626:29:44:24:23:29:45:24:25 chr9 130703789 . G A 585.2 PASS AF=0.531532;AO=59;DP=110;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00388107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6512;QD=21.0884;RBI=0.016167;REFB=-0.0103473;REVB=0.0156943;RO=49;SAF=29;SAR=30;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352332;STB=0.50504;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00835238;OID=.;OPOS=130703789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:49:52:59:59:0.531532:30:29:22:27:30:29:25:27 chr9 130703852 . A AAAC 79.12 PASS AF=0.354839;AO=9;DP=39;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0277726;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=3;MLLD=241.927;QD=10.2091;RBI=0.0285806;REFB=0.00483549;REVB=-0.00674762;RO=29;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297737;STB=0.561292;STBP=0.652;TYPE=ins;VARB=-0.0108942;OID=.;OPOS=130703853;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354839:9:39:11:31:20:6:5:9:11:79:29:6:3:12:17 chr9 130705524 . TGAGA T 531.07 PASS AF=0.509259;AO=54;DP=111;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.00515734;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=4;MLLD=279.982;QD=19.6693;RBI=0.0128347;REFB=-0.00886981;REVB=-0.011753;RO=50;SAF=15;SAR=39;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652822;STB=0.539862;STBP=0.437;TYPE=del;VARB=0.00720388;OID=.;OPOS=130705525;OREF=GAGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509259:54:111:55:108:53:15:40:18:35:99:50:15:39:17:33 chr9 130707081 . A G 840.14 PASS AF=0.678899;AO=74;DP=109;FAO=74;FDP=109;FR=.;FRO=35;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0167478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.387;QD=30.8308;RBI=0.0230959;REFB=-0.0291283;REVB=-0.0159037;RO=35;SAF=39;SAR=35;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781654;STB=0.542082;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00870046;OID=.;OPOS=130707081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:35:35:74:74:0.678899:35:39:23:12:35:39:23:12 chr9 130826028 . G A 68.68 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0301636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.708;QD=5.84503;RBI=0.0399464;REFB=-0.00565141;REVB=0.0261891;RO=37;SAF=7;SAR=3;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10637;STB=0.569234;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00704422;OID=.;OPOS=130826028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:3:7:23:14:3:7:23:14 chr9 130829039 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.321;QD=49.5991;RBI=0.0470983;REFB=0;REVB=-0.0135844;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000577664;OID=.;OPOS=130829039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr9 130860866 . T C 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.144;QD=59.9374;RBI=0.0252482;REFB=0;REVB=0.0187587;RO=0;SAF=53;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4564e-05;OID=.;OPOS=130860866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:48:53:0:0:48:53:0:0 chr9 130864676 . T C 1053.78 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0138511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.73;QD=56.9609;RBI=0.0295312;REFB=-0.0604367;REVB=0.0260814;RO=2;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219878;STB=0.511625;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000770602;OID=.;OPOS=130864676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:42:30:0:2:42:30:0:2 chr9 130869499 . A T 1448.69 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=102;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.018591;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.774;QD=58.5329;RBI=0.022581;REFB=-0.0869843;REVB=0.0128171;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.000842571;OID=.;OPOS=130869499;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:99:0:1:97:98:0.989899:49:48:0:0:49:49:1:0 chr9 130883511 . C T 3094.44 PASS AF=1;AO=193;DP=194;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.858;QD=63.8028;RBI=0.0294379;REFB=0;REVB=0.0188861;RO=0;SAF=108;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58708e-05;OID=.;OPOS=130883511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:194:0:0:193:194:1:85:108:0:0:86:108:0:0 chr9 130891351 . C T 813.64 PASS AF=0.679245;AO=72;DP=106;FAO=72;FDP=106;FR=.;FRO=34;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00922494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9506;QD=30.7032;RBI=0.0206852;REFB=-0.00716727;REVB=0.0185143;RO=34;SAF=40;SAR=32;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00196917;STB=0.501061;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00421274;OID=.;OPOS=130891351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:34:34:72:72:0.679245:32:40:19:15:32:40:19:15 chr9 130931946 . C T 556.54 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00399731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.946;QD=22.7158;RBI=0.0155191;REFB=-0.00496534;REVB=0.0149955;RO=46;SAF=16;SAR=36;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213705;STB=0.618043;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00680009;OID=.;OPOS=130931946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:46:52:52:0.530612:36:16:25:21:36:16:25:21 chr9 130984755 . C T 642.17 PASS AF=0.579439;AO=62;DP=107;FAO=62;FDP=107;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0162312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.426;QD=24.0065;RBI=0.0226136;REFB=-0.00710972;REVB=0.0157456;RO=45;SAF=25;SAR=37;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152397;STB=0.58318;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00365296;OID=.;OPOS=130984755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:45:45:62:62:0.579439:37:25:27:18:37:25:27:18 chr9 131019738 . T C 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.033893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.266;QD=13.2874;RBI=0.0362324;REFB=0.00050858;REVB=-0.0128084;RO=41;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161834;STB=0.592524;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00107005;OID=.;OPOS=131019738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:11:16:18:23:11:16:18:23 chr9 131027963 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.728;QD=62.0218;RBI=0.0308874;REFB=0;REVB=0.0185692;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.38784e-05;OID=.;OPOS=131027963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr9 131028226 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.437;QD=57.2023;RBI=0.0187594;REFB=0;REVB=-0.014299;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012506;OID=.;OPOS=131028226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr9 131085373 . G C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.936;QD=60.9786;RBI=0.0285858;REFB=0;REVB=-0.00375781;RO=0;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.5797e-05;OID=.;OPOS=131085373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:29:10:0:0:29:10:0:0 chr9 131105405 . G T 112.45 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=14;FWDB=-0.0268691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.566;QD=6.6149;RBI=0.0268721;REFB=-0.0106002;REVB=-0.000404721;RO=51;SAF=12;SAR=5;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293266;STB=0.51795;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0323777;OID=.;OPOS=131105405;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:51:51:17:17:0.25:5:12:37:14:5:12:37:14 chr9 131105522 . C T 52.57 PASS AF=0.113208;AO=12;DP=106;FAO=12;FDP=106;FR=.;FRO=94;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=-0.0357076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.708;QD=1.98396;RBI=0.0388123;REFB=-0.00033199;REVB=-0.0152106;RO=93;SAF=1;SAR=11;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.494736;STB=0.877598;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00212338;OID=.;OPOS=131105522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:106:106:93:94:12:12:0.113208:11:1:41:52:11:1:41:53 chr9 131235321 . A G 644.46 PASS AF=1;AO=39;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0741857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.841;QD=61.3773;RBI=0.0757812;REFB=0;REVB=0.0154688;RO=0;SAF=3;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138454;OID=.;OPOS=131235321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:39:42:1:36:3:0:0:39:3:0:0 chr9 131346218 . A C 2289.23 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.957;QD=63.5897;RBI=0.0239512;REFB=0;REVB=0.0141098;RO=0;SAF=57;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19632e-05;OID=.;OPOS=131346218;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:144:0:0:138:144:1:81:57:0:0:85:59:0:0 chr9 131360750 . C T 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.111;QD=59.8657;RBI=0.0603451;REFB=0;REVB=0.0516568;RO=0;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1276e-05;OID=.;OPOS=131360750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:54:50:0:0:54:50:0:0 chr9 131375701 . A G 1453.35 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00134568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.578;QD=63.1891;RBI=0.0100506;REFB=0;REVB=0.00996014;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43438e-05;OID=.;OPOS=131375701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:44:48:0:0:44:48:0:0 chr9 131378102 . C T 123.47 PASS AF=0.268657;AO=17;DP=66;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00141549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.525;QD=7.37123;RBI=0.00141922;REFB=-0.0149072;REVB=-0.000102793;RO=48;SAF=7;SAR=10;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181178;STB=0.592004;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0318296;OID=.;OPOS=131378102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:48:49:17:18:0.268657:10:7:27:21:10:8:28:21 chr9 131379967 . C T 1513.41 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.888;QD=59.937;RBI=0.0408578;REFB=0;REVB=0.0166034;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38127e-05;OID=.;OPOS=131379967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:53:48:0:0:53:48:0:0 chr9 131397479 . G A 2594.9 PASS AF=0.971591;AO=171;DP=176;FAO=171;FDP=176;FR=.;FRO=5;FSAF=90;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0208038;FXX=0.0112353;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.324;QD=58.975;RBI=0.0208346;REFB=-0.0521176;REVB=-0.00113335;RO=3;SAF=90;SAR=81;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00461868;STB=0.503597;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=1.78139e-05;OID=.;OPOS=131397479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:176:176:3:5:171:171:0.971591:81:90:2:1:81:90:2:3 chr9 131398636 . C T 833.09 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0889391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.963;QD=57.4544;RBI=0.090573;REFB=0;REVB=0.017126;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480512;OID=.;OPOS=131398636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:26:29:0:0:29:29:0:0 chr9 131399277 . C T 198.42 PASS AF=0.27;AO=27;DP=101;FAO=27;FDP=100;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=0.00722904;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.097;QD=7.93697;RBI=0.0136188;REFB=-0.00946183;REVB=0.0115418;RO=72;SAF=11;SAR=16;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227813;STB=0.639899;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0224844;OID=.;OPOS=131399277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:72:73:27:27:0.27:16:11:43:29:16:11:44:29 chr9 131403096 . A G 745.58 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.053;QD=63.4534;RBI=0.0359587;REFB=0;REVB=0.000875871;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120318;OID=.;OPOS=131403096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr9 131465167 . A G 445.76 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.04725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7758;QD=57.5173;RBI=0.0538653;REFB=0;REVB=0.0258634;RO=1;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266361;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250631;OID=.;OPOS=131465167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:1:0:30:31:1:17:13:0:1:18:13:0:0 chr9 131479023 . T C 1185.56 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0210469;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.626;QD=58.5463;RBI=0.0241221;REFB=-0.22381;REVB=0.0117858;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514702;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0011205;OID=.;OPOS=131479023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:0:2:79:79:0.975309:33:46:0:0:33:46:0:2 chr9 131483551 . T A 617.81 PASS AF=0.588235;AO=59;DP=102;FAO=60;FDP=102;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00621837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.496;QD=24.2278;RBI=0.0155372;REFB=-0.0323111;REVB=0.0142385;RO=41;SAF=35;SAR=24;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806916;STB=0.544687;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0181751;OID=.;OPOS=131483551;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:41:42:59:60:0.588235:24:35:20:21:25:35:20:22 chr9 131483749 . T A 805.08 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.262;QD=64.4065;RBI=0.0284791;REFB=0;REVB=0.026283;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109377;OID=.;OPOS=131483749;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr9 131484081 . G A 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0525513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.602;QD=21.2665;RBI=0.0561773;REFB=-0.0106463;REVB=0.0198557;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717644;STB=0.540492;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0119588;OID=.;OPOS=131484081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:10:7:7:7:10:7:7:7 chr9 131492850 . T C 411.03 PASS AF=1;AO=24;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.637;QD=56.6932;RBI=0.0697766;REFB=0;REVB=-0.00158897;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012633;OID=.;OPOS=131492850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:24:29:1:11:13:0:0:11:18:0:0 chr9 131515718 . G A 77.41 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=14;FWDB=-0.0100921;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.698;QD=4.6917;RBI=0.0108604;REFB=-0.00716875;REVB=0.0040121;RO=53;SAF=9;SAR=4;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661369;STB=0.54231;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0305305;OID=.;OPOS=131515718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:66:66:53:53:13:13:0.19697:4:9:39:14:4:9:39:14 chr9 131553884 . C T 59.79 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0246874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.05;QD=6.29324;RBI=0.108825;REFB=-0.00345745;REVB=-0.105988;RO=27;SAF=5;SAR=4;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23435;STB=0.633878;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0280475;OID=.;OPOS=131553884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:36:38:27:29:9:9:0.236842:4:5:20:7:4:5:21:8 chr9 131565554 . T C 871.57 PASS AF=0.629032;AO=78;DP=124;FAO=78;FDP=124;FR=.;FRO=46;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0216545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.452;QD=28.1152;RBI=0.0218844;REFB=-0.0283281;REVB=0.00316361;RO=46;SAF=43;SAR=35;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247808;STB=0.513408;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.014113;OID=.;OPOS=131565554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:46:46:78:78:0.629032:35:43:27:19:35:43:27:19 chr9 131570274 . C T 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0283863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.9417;QD=12.213;RBI=0.0290672;REFB=-0.0253659;REVB=0.00625428;RO=22;SAF=4;SAR=9;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427439;STB=0.749643;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0205137;OID=.;OPOS=131570274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:9:4:16:6:9:4:16:6 chr9 131581340 . G T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0102374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.771;QD=16.2022;RBI=0.0231822;REFB=-0.0972469;REVB=0.0207993;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0297336;OID=.;OPOS=131581340;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:1:2:2:3:1:2 chr9 131583071 . C A 189.79 PASS AF=0.358209;AO=23;DP=66;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.00302411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.092;QD=11.3309;RBI=0.00778593;REFB=-0.0093307;REVB=0.00717464;RO=43;SAF=6;SAR=17;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431079;STB=0.726311;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0196882;OID=.;OPOS=131583071;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:43:43:23:24:0.358209:17:6:28:15:17:7:28:15 chr9 131585069 . A G 62.66 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0684918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.184;QD=8.08563;RBI=0.068551;REFB=-0.00416823;REVB=-0.00284863;RO=22;SAF=6;SAR=3;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810958;STB=0.549893;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0110626;OID=.;OPOS=131585069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:3:6:16:6:3:6:16:6 chr9 131586374 . G A 207.35 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0576108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8408;QD=18.0307;RBI=0.0618016;REFB=-0.0208203;REVB=0.0223705;RO=25;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222482;STB=0.626742;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0347268;OID=.;OPOS=131586374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:14:7:14:11:14:7:14:11 chr9 131588652 . T C 850.98 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7233;QD=57.6936;RBI=0.064147;REFB=0;REVB=-0.055405;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153719;OID=.;OPOS=131588652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:24:33:0:0:26:33:0:0 chr9 131588888 . G C 662.87 PASS AF=0.743243;AO=55;DP=74;FAO=55;FDP=74;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.017481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2119;QD=35.8306;RBI=0.0496762;REFB=-0.0154036;REVB=-0.0464988;RO=19;SAF=17;SAR=38;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167321;STB=0.590218;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0127592;OID=.;OPOS=131588888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:19:19:55:55:0.743243:38:17:12:7:38:17:12:7 chr9 131591092 . GT G 201.11 PASS AF=0.591837;AO=51;DP=99;FAO=58;FDP=98;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.100958;FXX=0.0101;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.89237;QD=8.20855;RBI=0.103758;REFB=-0.00440605;REVB=0.023943;RO=35;SAF=27;SAR=24;SRF=7;SRR=28;SSEN=0.364486;SSEP=0;SSSB=0.243579;STB=0.598288;STBP=0.023;TYPE=del;VARB=0.00725172;OID=.;OPOS=131591093;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.591837:51:99:58:98:40:30:28:11:29:99:35:27:24:7:28 chr9 131670919 . T C 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0461647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.806;QD=7.9536;RBI=0.0471024;REFB=-0.016877;REVB=-0.00935183;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890944;STB=0.555418;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0463102;OID=.;OPOS=131670919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:11:8:4:4:11:8 chr9 131689361 . G A 821.81 PASS AF=0.669725;AO=72;DP=108;FAO=73;FDP=109;FR=.;FRO=36;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0174782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.265;QD=30.1583;RBI=0.0221941;REFB=-0.0416803;REVB=0.0136782;RO=36;SAF=39;SAR=33;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608372;STB=0.53488;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0170003;OID=.;OPOS=131689361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:36:36:72:73:0.669725:33:39:23:13:34:39:23:13 chr9 131702891 . A G 598.22 PASS AF=0.530435;AO=60;DP=112;FAO=61;FDP=115;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0835439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7896;QD=20.8077;RBI=0.0988112;REFB=-0.00843518;REVB=-0.0527643;RO=52;SAF=30;SAR=30;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325185;STB=0.512539;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00706672;OID=.;OPOS=131702891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:115:52:54:60:61:0.530435:30:30:28:24:31:30:28:26 chr9 131767668 . A C 262.22 PASS AF=0.557692;AO=25;DP=46;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0136453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.718;QD=20.1711;RBI=0.0322353;REFB=-0.0871151;REVB=-0.0292048;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074737;STB=0.555518;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0605857;OID=.;OPOS=131767668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:52:21:23:25:29:0.557692:13:12:12:9:15:14:14:9 chr9 131771505 . C T 370.86 PASS AF=0.47561;AO=38;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0199743;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=159.591;QD=18.0908;RBI=0.0231621;REFB=-0.0174328;REVB=0.0117264;RO=42;SAF=22;SAR=16;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526315;STB=0.529397;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0231251;OID=.;OPOS=131771505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:43:38:39:0.47561:16:22:22:20:16:23:23:20 chr9 131772126 . C T 49.98 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00940965;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0559;QD=3.2772;RBI=0.0236655;REFB=-0.0100703;REVB=0.0217144;RO=53;SAF=6;SAR=3;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151039;STB=0.613378;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0283072;OID=.;OPOS=131772126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:62:61:53:52:9:9:0.147541:3:6:29:24:3:6:28:24 chr9 131774576 . G A 220.07 PASS AF=0.375;AO=26;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=11;FWDB=0.00967841;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.33;QD=12.2263;RBI=0.0133115;REFB=-0.0164265;REVB=0.00913921;RO=45;SAF=19;SAR=7;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353063;STB=0.540099;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0296627;OID=.;OPOS=131774576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:26:27:0.375:7:19:34:11:8:19:34:11 chr9 131823611 . T C 236.48 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0210628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1514;QD=33.7834;RBI=0.0645504;REFB=0.0319363;REVB=-0.0610173;RO=7;SAF=16;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111369;STB=0.561342;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.0141885;OID=.;OPOS=131823611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:7:7:21:21:0.75:5:16:4:3:5:16:4:3 chr9 131832212 . C T 200.6 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0322691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.154;QD=15.1394;RBI=0.0323459;REFB=-0.00474436;REVB=-0.00222735;RO=30;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334398;STB=0.519067;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00906488;OID=.;OPOS=131832212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:16:7:10:20:16:7:10:20 chr9 131846957 . T C 387.78 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00620754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.36;QD=18.4656;RBI=0.0591361;REFB=-0.0346233;REVB=0.0588094;RO=43;SAF=22;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574874;STB=0.526303;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.031081;OID=.;OPOS=131846957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:44:40:40:0.47619:18:22:21:22:18:22:22:22 chr9 131860901 . G T 1724.47 PASS AF=0.930233;AO=119;DP=131;FAO=120;FDP=129;FR=.;FRO=9;FSAF=65;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0126651;FXX=0.0227256;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.112;QD=53.4718;RBI=0.0159021;REFB=-0.15992;REVB=0.00961617;RO=10;SAF=65;SAR=54;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036323;STB=0.514598;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00135543;OID=.;OPOS=131860901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:131:129:10:9:119:120:0.930233:54:65:3:7:55:65:3:6 chr9 132377900 . C T 86.7 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0118395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2087;QD=5.41855;RBI=0.0764586;REFB=-0.00927357;REVB=-0.0755364;RO=48;SAF=11;SAR=3;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415261;STB=0.7635;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0405542;OID=.;OPOS=132377900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:64:64:48:50:14:14:0.21875:3:11:22:26:3:11:23:27 chr9 132400480 . G A 455.05 PASS AF=0.76087;AO=35;DP=46;FAO=35;FDP=46;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0144007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.443;QD=39.5697;RBI=0.0161186;REFB=-0.0367655;REVB=0.00724082;RO=11;SAF=18;SAR=17;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137891;STB=0.507458;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0150408;OID=.;OPOS=132400480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:11:11:35:35:0.76087:17:18:6:5:17:18:6:5 chr9 132400558 . G A 464.58 PASS AF=0.42623;AO=51;DP=122;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.00495784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5435;QD=15.2322;RBI=0.0719994;REFB=-0.0107223;REVB=0.0718285;RO=67;SAF=25;SAR=26;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174894;STB=0.5274;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0197082;OID=.;OPOS=132400558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:67:70:51:52:0.42623:26:25:34:33:27:25:37:33 chr9 132402908 . C G 1771.07 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00527227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2544;QD=60.5495;RBI=0.013609;REFB=0;REVB=0.0125463;RO=0;SAF=54;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61089e-05;OID=.;OPOS=132402908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:62:54:0:0:63:54:0:0 chr9 132404257 . G T 278.51 PASS AF=0.287879;AO=38;DP=132;FAO=38;FDP=132;FR=.;FRO=94;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=0.00301405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.585;QD=8.43977;RBI=0.0133124;REFB=-0.00352354;REVB=0.0129667;RO=94;SAF=13;SAR=25;SRF=38;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805933;STB=0.547655;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00686816;OID=.;OPOS=132404257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:94:94:38:38:0.287879:25:13:38:56:25:13:38:56 chr9 132596000 . CAAAAAAAAA CAAAAAAAA,CAAAAAAAAG 79.69 PASS AF=0.608696,0.217391;AO=8,4;DP=24;FAO=14,5;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=3,3;FSAR=11,2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.083953,-0.0135411;FXX=0.079968;HRUN=10,10;LEN=1,1;MLLD=4.97011,190.517;QD=13.8593;RBI=0.0841674,0.0214702;REFB=-0.187224,-0.0192431;REVB=0.00600254,-0.0166615;RO=6;SAF=1,2;SAR=7,2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.392868,0;STB=0.584975,0.54527;STBP=0.275,0.922;TYPE=del,snp;VARB=0.182579,0.00383829;OID=.,.;OPOS=132596001,132596009;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CAAAAAAAA,CAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.608696,0.217391:8,4:24:14,5:23:4:3,3:11,2:2:2:30:6:1,2:7,2:3:3 chr9 132618578 . T C 816.64 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.045;QD=57.3078;RBI=0.0489974;REFB=0;REVB=0.00985749;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12095e-05;OID=.;OPOS=132618578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:36:19:0:0:36:21:0:0 chr9 132620364 . T C 975.84 PASS AF=1;AO=59;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0788522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.017;QD=58.2592;RBI=0.0803367;REFB=0;REVB=0.0153726;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126289;OID=.;OPOS=132620364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:59:67:1:31:28:0:0:31:36:0:0 chr9 132623293 . C T 638.79 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0162854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5328;QD=59.4225;RBI=0.0495514;REFB=-0.0672222;REVB=0.0467988;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199732;STB=0.510633;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00169035;OID=.;OPOS=132623293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:23:19:0:1:23:19:0:1 chr9 132623868 . T C 1627.18 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0181616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2065;QD=59.1701;RBI=0.0385396;REFB=-0.0986034;REVB=0.033992;RO=1;SAF=57;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904146;STB=0.504761;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000548412;OID=.;OPOS=132623868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:110:110:1:1:109:109:0.990909:52:57:0:1:52:57:0:1 chr9 132631680 . T C,G 755.14 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=52,2;DP=54;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25,1;FSAR=27,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00254178,-0.0741553;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=161.531,9.7537;QD=55.9361;RBI=0.0293987,0.0966233;REFB=0,0;REVB=0.0292886,-0.061944;RO=0;SAF=25,1;SAR=27,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00137154,0.199833;OID=.,.;OPOS=132631680,132631680;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:54:54:0:0:52,2:52,2:0.962963,0.037037:27,1:25,1:0:0:27,1:25,1:0:0 chr9 132636031 . A G 278.58 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.016;QD=50.6503;RBI=0.0702941;REFB=0;REVB=0.000670249;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000740054;OID=.;OPOS=132636031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:13:8:0:0:13:9:0:0 chr9 132636033 . T C 265.46 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139377;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.765;QD=53.0926;RBI=0.0403262;REFB=0;REVB=0.037841;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000597034;OID=.;OPOS=132636033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr9 132637683 . G A 201.44 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0141752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.161;QD=13.8923;RBI=0.0365193;REFB=0.00436665;REVB=0.0336559;RO=34;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428441;STB=0.524475;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00483471;OID=.;OPOS=132637683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:13:11:17:17:13:11:17:17 chr9 132649662 . A G,T 1743.35 PASS AF=0.849206,0.119048;AO=105,15;DP=122;FAO=107,15;FDP=126;FR=.;FRO=4;FSAF=54,13;FSAR=53,2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00170228,-0.00487641;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=200.718,160.199;QD=55.3444;RBI=0.0375194,0.0392;REFB=0.0169252,0.0163675;REVB=0.0374808,0.0388955;RO=1;SAF=53,13;SAR=52,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0088702,-0.0338159;STB=0.517854,0.566586;STBP=0.064,0.644;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00535858,0.0213481;OID=.,.;OPOS=132649662,132649662;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:56:122:126:1:4:105,15:107,15:0.849206,0.119048:52,2:53,13:1:0:53,2:54,13:4:0 chr9 132651363 . G C 51.54 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00659489;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=198.311;QD=18.7431;RBI=0.0161082;REFB=-0.00997099;REVB=-0.0146963;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429216;STB=0.749316;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0135593;OID=.;OPOS=132651363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:4:0:5:2:4:0 chr9 132662786 . C T 773.24 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0706163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0547;QD=61.8595;RBI=0.0822942;REFB=-0.145516;REVB=0.0422573;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.510634;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00664291;OID=.;OPOS=132662786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:49:50:0:1:48:49:0.98:22:26:0:0:23:26:0:1 chr9 132671357 . CAT ATG,CATG 341.78 PASS AF=0,1;AO=3,28;DP=44;FAO=0,44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0993106,0.153216;FXX=0;HRUN=2,6;LEN=3,1;MLLD=9.33097,10.8147;QD=31.0712;RBI=0.120385,0.178431;REFB=-0.0599854,-0.0422372;REVB=-0.0680443,0.0914462;RO=11;SAF=0,18;SAR=3,10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.657411,0.0538304;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.0235288;OID=.,.;OPOS=132671357,132671360;OREF=CAT,-;OALT=ATG,G;OMAPALT=ATG,CATG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:5:44:44:11:0:3,28:0,44:0,1:3,10:0,18:6:5:0,19:0,25:0:0 chr9 132686186 . A G 1590.66 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0079014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.47;QD=58.9134;RBI=0.0137951;REFB=-0.0557839;REVB=-0.0113081;RO=1;SAF=48;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978547;STB=0.505154;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-5.48719e-06;OID=.;OPOS=132686186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:59:48:1:0:59:48:1:0 chr9 132872686 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6371;QD=59.1424;RBI=0.0325926;REFB=0;REVB=0.0100529;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241587;OID=.;OPOS=132872686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:28:39:0:0:28:39:0:0 chr9 132883161 . C CCTT 1924.44 PASS AF=0.90411;AO=129;DP=153;FAO=132;FDP=146;FR=.;FRO=14;FSAF=60;FSAR=72;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0147004;FXX=0.0201329;HRUN=3;LEN=3;MLLD=243.863;QD=52.7244;RBI=0.0407321;REFB=-0.0585234;REVB=0.0379869;RO=21;SAF=57;SAR=72;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848569;STB=0.518145;STBP=0.207;TYPE=ins;VARB=0.00559087;OID=.;OPOS=132883162;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.90411:129:153:132:146:14:60:72:9:5:51:21:57:72:16:5 chr9 132982045 . G A 652.65 PASS AF=0.446667;AO=66;DP=149;FAO=67;FDP=150;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.0121797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.124;QD=17.4041;RBI=0.0184412;REFB=0.0016508;REVB=-0.0138467;RO=83;SAF=33;SAR=33;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00601928;STB=0.500796;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.00230095;OID=.;OPOS=132982045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:83:83:66:67:0.446667:33:33:41:42:34:33:41:42 chr9 132988709 . T G 284.62 PASS AF=0.327586;AO=36;DP=115;FAO=38;FDP=116;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0302576;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8549;QD=9.81451;RBI=0.0348991;REFB=-0.0106335;REVB=-0.0173903;RO=78;SAF=23;SAR=13;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224028;STB=0.623453;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0220881;OID=.;OPOS=132988709;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:78:78:36:38:0.327586:13:23:35:43:14:24:35:43 chr9 132996075 . AAT A,AA,ATT 210.94 PASS AF=1,0,0;AO=21,10,14;DP=85;FAO=44,0,0;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0,0;FSAR=10,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.082496,-0.349978,0.356164;FXX=0.169779;HRUN=8,12,8;LEN=2,1,1;MLLD=8.56195,3.87534,4.57546;QD=19.1762;RBI=0.24074,0.587763,0.868515;REFB=0.0836068,0.0876789,-0.0659314;REVB=-0.226164,-0.472209,0.792127;RO=26;SAF=19,4,13;SAR=2,6,1;SRF=20;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.275166,-0.415998,0.376303;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.026662,0.121799,-0.0997783;OID=.,.,.;OPOS=132996076,132996077,132996076;OREF=AT,T,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=A,AA,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0,0:21,10,14:85:44,0,0:44:0:34,0,0:10,0,0:0:0:6:26:19,4,13:2,6,1:20:6 chr9 133048501 . G A 1572.84 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.708;QD=59.9177;RBI=0.0311584;REFB=0;REVB=0.0082151;RO=0;SAF=60;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73475e-05;OID=.;OPOS=133048501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:45:60:0:0:45:60:0:0 chr9 133068439 . C A 261.16 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00714773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.234;QD=18.9932;RBI=0.0140601;REFB=-0.0154923;REVB=0.0121077;RO=27;SAF=17;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556242;STB=0.531013;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0126459;OID=.;OPOS=133068439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:11:17:18:9:11:17:18:9 chr9 133224410 . C A 313.16 PASS AF=0.361111;AO=39;DP=109;FAO=39;FDP=108;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.021931;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2844;QD=11.5984;RBI=0.130249;REFB=-0.00188789;REVB=0.128389;RO=68;SAF=24;SAR=15;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13035;STB=0.57056;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00630806;OID=.;OPOS=133224410;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:68:69:39:39:0.361111:15:24:34:34:15:24:35:34 chr9 133278687 . G T 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.00767191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.197;QD=17.7108;RBI=0.0313327;REFB=-0.00413451;REVB=0.030379;RO=35;SAF=17;SAR=16;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211013;STB=0.622966;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00366347;OID=.;OPOS=133278687;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:36:33:33:0.478261:16:17:10:25:16:17:10:26 chr9 133284310 . G A 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0734475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.943;QD=21.2268;RBI=0.081173;REFB=-0.0160968;REVB=0.0345619;RO=24;SAF=7;SAR=22;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398646;STB=0.722138;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00888806;OID=.;OPOS=133284310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:22:7:17:7:22:7:17:7 chr9 133294244 . G A 147.05 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00804906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.432;QD=9.19053;RBI=0.0141798;REFB=-0.0184222;REVB=0.0116739;RO=41;SAF=11;SAR=9;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984177;STB=0.528543;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.070771;OID=.;OPOS=133294244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:44:20:20:0.3125:9:11:26:15:9:11:26:18 chr9 133346920 . A G 2236.22 PASS AF=0.993056;AO=139;DP=140;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0591392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.888;QD=62.1173;RBI=0.0592477;REFB=0.0116528;REVB=-0.00358373;RO=1;SAF=48;SAR=91;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00980147;STB=0.504854;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=1.43568e-05;OID=.;OPOS=133346920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:140:144:1:1:139:143:0.993056:91:48:1:0:92:51:1:0 chr9 133553993 . C T 390.27 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.00584753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.478;QD=14.4542;RBI=0.011723;REFB=-0.0260192;REVB=-0.0101605;RO=60;SAF=24;SAR=21;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685131;STB=0.531742;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0247524;OID=.;OPOS=133553993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:60:63:45:45:0.416667:21:24:36:24:21:24:37:26 chr9 133558282 . A G 1795.07 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.969;QD=60.8498;RBI=0.0257608;REFB=0;REVB=0.00941681;RO=0;SAF=61;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16457e-05;OID=.;OPOS=133558282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:56:61:0:0:57:61:0:0 chr9 133576256 . T C 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0119122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.046;QD=17.0331;RBI=0.0145201;REFB=8.28889e-05;REVB=0.00830262;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673869;STB=0.549945;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.000170377;OID=.;OPOS=133576256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:9:9:12:9:9:9:13:9 chr9 133710804 . T C 753.5 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0160193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.616;QD=61.5102;RBI=0.018701;REFB=-0.0585124;REVB=-0.00964941;RO=1;SAF=39;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551974;STB=0.526304;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00026608;OID=.;OPOS=133710804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:47:48:0.979592:8:39:0:1:9:39:0:1 chr9 133710819 . T C,TC 983.77 PASS AF=0,1;AO=3,65;DP=69;FAO=0,69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=0,51;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179781,0.0879906;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=17.1037,31.5434;QD=57.0299;RBI=0.0597258,0.0893789;REFB=0,0;REVB=-0.0569558,0.0156921;RO=1;SAF=3,48;SAR=0,17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.727144,0.0269723;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0311164,0.00174744;OID=.,.;OPOS=133710819,133710820;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:69:69:1:0:3,65:0,69:0,1:0,17:3,48:0:1:0,18:0,51:0:0 chr9 133761001 . A G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0633629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.992;QD=11.8309;RBI=0.0634595;REFB=-0.0224045;REVB=-0.00349984;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162248;STB=0.596102;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0353638;OID=.;OPOS=133761001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:11:7:6:5:11:7 chr9 133787225 . A G 227.19 PASS AF=0.264;AO=31;DP=124;FAO=33;FDP=125;FR=.;FRO=92;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=-0.0351758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.39;QD=7.27016;RBI=0.0379882;REFB=-0.0132591;REVB=-0.0143446;RO=89;SAF=10;SAR=21;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307519;STB=0.661795;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0337139;OID=.;OPOS=133787225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:89:92:31:33:0.264:21:10:51:38:21:12:54:38 chr9 133884820 . T G 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0395891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4419;QD=11.2585;RBI=0.04335;REFB=-0.0241468;REVB=-0.0176613;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0338658;OID=.;OPOS=133884820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:2:6:9:3:2:6:9:3 chr9 133901819 . CC AG 148.98 PASS AF=0.28;AO=21;DP=75;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00366719;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=226.823;QD=7.9454;RBI=0.0207007;REFB=-0.00447044;REVB=0.0203733;RO=53;SAF=13;SAR=8;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065757;STB=0.533742;STBP=0.739;TYPE=mnp;VARB=0.0101837;OID=.;OPOS=133901819;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:53:54:21:21:0.28:8:13:30:23:8:13:31:23 chr9 133901943 . C T 186.02 PASS AF=0.287356;AO=25;DP=87;FAO=25;FDP=87;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.063383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1964;QD=8.55265;RBI=0.0897714;REFB=-0.00421524;REVB=0.0635729;RO=61;SAF=19;SAR=6;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17388;STB=0.612806;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.013152;OID=.;OPOS=133901943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:61:62:25:25:0.287356:6:19:39:22:6:19:39:23 chr9 133911598 . A G 1514.38 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110589;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.744;QD=62.4486;RBI=0.0172778;REFB=-0.0981983;REVB=0.0132749;RO=0;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67486e-08;STB=0.504761;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000266245;OID=.;OPOS=133911598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:95:96:0.989691:43:52:0:0:44:52:1:0 chr9 133911706 . C T 1171.28 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0409175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.51;QD=57.1357;RBI=0.0665007;REFB=-0.143559;REVB=0.0524223;RO=3;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399503;STB=0.521121;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00137713;OID=.;OPOS=133911706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:82:82:3:3:79:79:0.963415:34:45:0:3:34:45:0:3 chr9 133936571 . C G 144.2 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0360489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7355;QD=8.6092;RBI=0.046229;REFB=0.00217455;REVB=-0.0289413;RO=45;SAF=12;SAR=8;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6902e-08;STB=0.512488;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.00590197;OID=.;OPOS=133936571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:47:20:20:0.298507:8:12:27:18:8:12:29:18 chr9 133946909 . G A 226.87 PASS AF=0.285714;AO=32;DP=112;FAO=32;FDP=112;FR=.;FRO=80;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.0119169;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.608;QD=8.10253;RBI=0.0141966;REFB=-0.00361412;REVB=-0.00771568;RO=77;SAF=13;SAR=19;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901841;STB=0.558786;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.020988;OID=.;OPOS=133946909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:77:80:32:32:0.285714:19:13:37:40:19:13:39:41 chr9 133946915 . C G 268.17 PASS AF=0.318584;AO=35;DP=112;FAO=36;FDP=113;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.00219874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.602;QD=9.49286;RBI=0.0372765;REFB=-0.00550263;REVB=-0.0372116;RO=77;SAF=16;SAR=19;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122971;STB=0.503205;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0190389;OID=.;OPOS=133946915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:77:77:35:36:0.318584:19:16:36:41:19:17:36:41 chr9 133948049 . A G 514.44 PASS AF=0.362573;AO=60;DP=171;FAO=62;FDP=171;FR=.;FRO=109;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=59;FSRR=50;FWDB=-0.0290741;FXX=0.0172404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.984;QD=12.0338;RBI=0.0306113;REFB=-0.0272263;REVB=-0.00957834;RO=109;SAF=23;SAR=37;SRF=60;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189527;STB=0.609688;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0489623;OID=.;OPOS=133948049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:109:109:60:62:0.362573:37:23:60:49:39:23:59:50 chr9 133951243 . G A 424.1 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=112;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.00800187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.86;QD=15.1465;RBI=0.0199479;REFB=-0.0470286;REVB=-0.0182727;RO=64;SAF=28;SAR=20;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209909;STB=0.617599;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0417728;OID=.;OPOS=133951243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:64:64:48:48:0.428571:20:28:24:40:20:28:24:40 chr9 133952647 . G A 37.3 PASS AF=0.0900901;AO=10;DP=111;FAO=10;FDP=111;FR=.;FRO=101;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=0.00218963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.443;QD=1.3441;RBI=0.00934058;REFB=-0.00229257;REVB=-0.00908031;RO=101;SAF=5;SAR=5;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398244;STB=0.531469;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0239122;OID=.;OPOS=133952647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:111:111:101:101:10:10:0.0900901:5:5:54:47:5:5:54:47 chr9 133963008 . G A 275.68 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.011446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.287;QD=18.0771;RBI=0.0188147;REFB=-0.0493551;REVB=-0.0149326;RO=29;SAF=14;SAR=16;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445914;STB=0.508766;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0571073;OID=.;OPOS=133963008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:29:31:30:30:0.491803:16:14:15:14:16:14:15:16 chr9 133986980 . T G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.968;QD=59.4356;RBI=0.00580634;REFB=0;REVB=0.000736323;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69828e-05;OID=.;OPOS=133986980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr9 133987060 . G A 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0275029;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.524;QD=52.7696;RBI=0.0311086;REFB=0.00954378;REVB=0.0145373;RO=1;SAF=9;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489106;STB=0.526297;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.000357037;OID=.;OPOS=133987060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:19:9:1:0:19:9:1:0 chr9 133996460 . T G 732.93 PASS AF=0.833333;AO=59;DP=72;FAO=60;FDP=72;FR=.;FRO=12;FSAF=44;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0128766;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.8354;QD=40.7181;RBI=0.0162603;REFB=0.0247946;REVB=-0.00992924;RO=13;SAF=44;SAR=15;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256415;STB=0.622598;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00164838;OID=.;OPOS=133996460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:72:72:13:12:59:60:0.833333:15:44:1:12:16:44:1:11 chr9 133996503 . T A 1269.46 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0402815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.455;QD=60.4505;RBI=0.0422926;REFB=0.0220577;REVB=0.0128866;RO=1;SAF=48;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137242;STB=0.507041;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=4.55173e-06;OID=.;OPOS=133996503;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:1:1:82:83:0.988095:34:48:0:1:35:48:0:1 chr9 134002977 . C T 177.6 PASS AF=0.207143;AO=29;DP=141;FAO=29;FDP=140;FR=.;FRO=111;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=65;FSRR=46;FWDB=-0.023472;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.392;QD=5.0742;RBI=0.0245247;REFB=-0.000151492;REVB=-0.00710819;RO=110;SAF=19;SAR=10;SRF=64;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986882;STB=0.558782;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.000555937;OID=.;OPOS=134002977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:110:111:29:29:0.207143:10:19:64:46:10:19:65:46 chr9 134020092 . C T 651.14 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00790874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.079;QD=62.0132;RBI=0.0444063;REFB=0;REVB=0.0436964;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289902;OID=.;OPOS=134020092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr9 134133539 . G T 1574.91 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.35;QD=59.4305;RBI=0.0411538;REFB=0;REVB=0.0126196;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49786e-05;OID=.;OPOS=134133539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:106:0:0:102:106:1:54:48:0:0:54:52:0:0 chr9 134136515 . A G 2485.25 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184686;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.645;QD=61.3641;RBI=0.0695321;REFB=0;REVB=-0.0670345;RO=0;SAF=82;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7585e-05;OID=.;OPOS=134136515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:162:0:0:160:162:1:78:82:0:0:79:83:0:0 chr9 134136677 . A G 858.06 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.348;QD=57.2037;RBI=0.0330254;REFB=0;REVB=-0.0288663;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40758e-06;OID=.;OPOS=134136677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:29:30:0:0:29:31:0:0 chr9 134334588 . A G 984.18 PASS AF=0.627737;AO=86;DP=137;FAO=86;FDP=137;FR=.;FRO=51;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0687214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8171;QD=28.7352;RBI=0.0699799;REFB=0.0184629;REVB=-0.0132118;RO=50;SAF=40;SAR=46;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446625;STB=0.527391;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.0136359;OID=.;OPOS=134334588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:50:51:86:86:0.627737:46:40:20:30:46:40:20:31 chr9 134346315 . T C 1014.89 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0774326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0563;QD=58.8342;RBI=0.0795594;REFB=0;REVB=-0.0182727;RO=1;SAF=27;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171824;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368597;OID=.;OPOS=134346315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:1:0:68:69:1:41:27:1:0:41:28:0:0 chr9 134350323 . C G 536.25 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0263518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.193;QD=55.0004;RBI=0.0608517;REFB=-0.138187;REVB=0.0548499;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.522715;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00135533;OID=.;OPOS=134350323;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:0:2:37:37:0.948718:16:21:0:0:16:21:2:0 chr9 134350458 . C T 1514.83 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0076709;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.572;QD=62.4672;RBI=0.0445078;REFB=0.232648;REVB=0.0438418;RO=1;SAF=36;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00783911;STB=0.504131;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000400166;OID=.;OPOS=134350458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:60:36:0:1:60:36:0:1 chr9 134350647 . T C 1009.5 PASS AF=0.972222;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0311819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.483;QD=56.0831;RBI=0.0345472;REFB=-0.105695;REVB=0.0148727;RO=2;SAF=38;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242294;STB=0.512496;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00179166;OID=.;OPOS=134350647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:72:2:2:69:70:0.972222:31:38:2:0:31:39:2:0 chr9 134350851 . T C 61.8 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0186554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.551;QD=7.27089;RBI=0.0252106;REFB=-0.0101716;REVB=-0.0169573;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134386;STB=0.58423;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0598879;OID=.;OPOS=134350851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:4:5:11:14:4:5:11:14 chr9 134351065 . G T 727.47 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702501;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.1361;QD=63.2582;RBI=0.103032;REFB=0;REVB=0.075369;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212379;OID=.;OPOS=134351065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr9 134351343 . C T 352.06 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0324786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2066;QD=21.0184;RBI=0.0360753;REFB=-0.0326309;REVB=0.0157025;RO=31;SAF=19;SAR=17;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992047;STB=0.554782;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0289043;OID=.;OPOS=134351343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:17:19:20:11:17:19:20:11 chr9 134373770 . G C 746.38 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0430757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.413;QD=63.5221;RBI=0.0928398;REFB=0;REVB=-0.0822417;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00173627;OID=.;OPOS=134373770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr9 134385436 . A G 1749.12 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0077293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.892;QD=60.8389;RBI=0.0344335;REFB=0;REVB=-0.0335548;RO=0;SAF=45;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101475;OID=.;OPOS=134385436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:70:45:0:0:70:45:0:0 chr9 134386744 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000294545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.266;QD=59.5017;RBI=0.0313852;REFB=0;REVB=0.0313838;RO=0;SAF=20;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53568e-05;OID=.;OPOS=134386744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:49:20:0:0:49:20:0:0 chr9 134387488 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.936;QD=57.1771;RBI=0.0222982;REFB=0;REVB=-0.02187;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.97203e-05;OID=.;OPOS=134387488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr9 134401335 . C T 714.92 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0118639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.396;QD=60.8442;RBI=0.0551357;REFB=0.101024;REVB=0.0538441;RO=1;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02089;STB=0.511106;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.000700064;OID=.;OPOS=134401335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:22:24:0:1:22:24:0:1 chr9 134406071 . C G 574.83 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.512;QD=60.5085;RBI=0.0180383;REFB=0;REVB=-0.00420866;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71414e-05;OID=.;OPOS=134406071;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:17:21:0:0 chr9 134497257 . C T 242.46 PASS AF=0.236025;AO=38;DP=161;FAO=38;FDP=161;FR=.;FRO=123;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=66;FSRR=57;FWDB=-0.00356599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4876;QD=6.02377;RBI=0.0085963;REFB=0.00149798;REVB=0.00782177;RO=123;SAF=28;SAR=10;SRF=66;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271109;STB=0.666101;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00515644;OID=.;OPOS=134497257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:123:123:38:38:0.236025:10:28:66:57:10:28:66:57 chr9 134497321 . C T 1259.48 PASS AF=0.585492;AO=113;DP=194;FAO=113;FDP=193;FR=.;FRO=80;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=57;FSRR=23;FWDB=-0.0366163;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.594;QD=26.1033;RBI=0.0424289;REFB=-0.0440718;REVB=0.0214349;RO=80;SAF=61;SAR=52;SRF=57;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134678;STB=0.572857;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0260412;OID=.;OPOS=134497321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:80:80:113:113:0.585492:52:61:57:23:52:61:57:23 chr9 134501721 . C T 110.56 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0284197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.907;QD=7.49545;RBI=0.0284216;REFB=-0.000874845;REVB=-0.000321748;RO=42;SAF=9;SAR=7;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992856;STB=0.54896;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00417517;OID=.;OPOS=134501721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:43:16:16:0.271186:7:9:27:15:7:9:27:16 chr9 134658234 . G A 528.68 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.000489099;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.515;QD=22.0284;RBI=0.0199275;REFB=-0.0166178;REVB=0.0199215;RO=47;SAF=24;SAR=26;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455366;STB=0.530379;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0145311;OID=.;OPOS=134658234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:47:46:50:50:0.520833:26:24:25:22:26:24:25:21 chr9 135073877 . C T 434.06 PASS AF=0.331361;AO=50;DP=166;FAO=56;FDP=169;FR=.;FRO=113;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=61;FSRR=52;FWDB=-0.0121446;FXX=0.0174408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.236;QD=10.2736;RBI=0.0207747;REFB=-0.00588235;REVB=0.0168552;RO=114;SAF=29;SAR=21;SRF=61;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543773;STB=0.502761;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0115259;OID=.;OPOS=135073877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:169:114:113:50:56:0.331361:21:29:61:53:26:30:61:52 chr9 135102254 . C T 529.3 PASS AF=0.330097;AO=68;DP=206;FAO=68;FDP=206;FR=.;FRO=138;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=73;FSRR=65;FWDB=-0.0234805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.443;QD=10.2776;RBI=0.0260284;REFB=-0.0151675;REVB=-0.0112313;RO=138;SAF=35;SAR=33;SRF=73;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166659;STB=0.509577;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0314802;OID=.;OPOS=135102254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:138:138:68:68:0.330097:33:35:73:65:33:35:73:65 chr9 135105944 . G A 562.59 PASS AF=0.586207;AO=49;DP=91;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0291865;FXX=0.0439512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.992;QD=25.8661;RBI=0.0476522;REFB=-0.0328375;REVB=0.0376681;RO=36;SAF=26;SAR=23;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193897;STB=0.510865;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0271597;OID=.;OPOS=135105944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:87:36:36:49:51:0.586207:23:26:20:16:24:27:20:16 chr9 135105964 . A G 1370.03 PASS AF=1;AO=72;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00115731;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1258;QD=61.5743;RBI=0.00837582;REFB=0;REVB=-0.00829548;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00238595;OID=.;OPOS=135105964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:72:89:1:45:27:0:0:46:43:0:0 chr9 135139901 . T C 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0173051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4113;QD=9.47554;RBI=0.0200746;REFB=-0.0142166;REVB=0.0101745;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189567;STB=0.615156;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0273339;OID=.;OPOS=135139901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:6:4:12:9:6:4:12:9 chr9 135172412 . A G 321.45 PASS AF=0.36036;AO=40;DP=111;FAO=40;FDP=111;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=0.00191324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.455;QD=11.5839;RBI=0.00749412;REFB=-0.00495323;REVB=-0.00724578;RO=71;SAF=21;SAR=19;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106889;STB=0.561079;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00802701;OID=.;OPOS=135172412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:71:71:40:40:0.36036:19:21:44:27:19:21:44:27 chr9 135173685 . T C 264.36 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0317978;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.705;QD=12.4406;RBI=0.0422138;REFB=-0.00978922;REVB=-0.0277652;RO=54;SAF=7;SAR=24;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299516;STB=0.674154;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.03372;OID=.;OPOS=135173685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:54:31:31:0.364706:24:7:25:29:24:7:25:29 chr9 135202829 . T C 548.18 PASS AF=0.609756;AO=50;DP=82;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0416875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.93;QD=26.7403;RBI=0.0417495;REFB=-0.0107187;REVB=0.00227419;RO=31;SAF=16;SAR=34;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148594;STB=0.588631;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00494879;OID=.;OPOS=135202829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:31:32:50:50:0.609756:34:16:16:15:34:16:17:15 chr9 135203231 . C T 509.36 PASS AF=0.454545;AO=54;DP=120;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00438054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4416;QD=16.8383;RBI=0.00510387;REFB=-0.00921137;REVB=-0.00261922;RO=61;SAF=30;SAR=24;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454802;STB=0.534955;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0151404;OID=.;OPOS=135203231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:61:66:54:55:0.454545:24:30:31:30:24:31:33:33 chr9 135203354 . G A 395.83 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.00487483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.226;QD=14.0117;RBI=0.0255432;REFB=0.0042851;REVB=-0.0250737;RO=66;SAF=23;SAR=23;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633402;STB=0.539806;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.0113282;OID=.;OPOS=135203354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:66:67:46:46:0.40708:23:23:37:29:23:23:38:29 chr9 135203409 . A C 649.39 PASS AF=0.551724;AO=64;DP=116;FAO=64;FDP=116;FR=.;FRO=52;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0150751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.119;QD=22.3928;RBI=0.0236175;REFB=-0.0312843;REVB=0.0181804;RO=49;SAF=40;SAR=24;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107615;STB=0.513694;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0263903;OID=.;OPOS=135203409;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:49:52:64:64:0.551724:24:40:30:19:24:40:31:21 chr9 135203530 . A C 192.01 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.00922927;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.872;QD=11.8157;RBI=0.0103696;REFB=-0.00175614;REVB=-0.00472748;RO=41;SAF=11;SAR=13;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321725;STB=0.683218;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00180859;OID=.;OPOS=135203530;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:13:11:31:10:13:11:31:10 chr9 135205006 . G C 199.99 PASS AF=0.352113;AO=24;DP=72;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0233543;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.647;QD=11.2672;RBI=0.0250635;REFB=-0.00207604;REVB=0.00909719;RO=45;SAF=8;SAR=16;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18149;STB=0.608502;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00399836;OID=.;OPOS=135205006;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:45:46:24:25:0.352113:16:8:22:23:17:8:22:24 chr9 135206460 . A G 300.22 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0718581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.411;QD=30.7922;RBI=0.0719107;REFB=-0.0186468;REVB=0.00275089;RO=12;SAF=18;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172108;STB=0.584348;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0112527;OID=.;OPOS=135206460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:38:39:12:13:26:26:0.666667:8:18:5:7:8:18:6:7 chr9 135263573 . G T 303.96 PASS AF=0.35514;AO=38;DP=109;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0320311;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.128;QD=11.363;RBI=0.0468403;REFB=-0.00753395;REVB=-0.0341763;RO=69;SAF=15;SAR=23;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127851;STB=0.573527;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0188558;OID=.;OPOS=135263573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:69:69:38:38:0.35514:23:15:35:34:23:15:35:34 chr9 135273607 . C G 2238.86 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0531182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.395;QD=62.6255;RBI=0.0542663;REFB=-0.0352788;REVB=-0.0111038;RO=1;SAF=81;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583467;STB=0.503067;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-6.75569e-06;OID=.;OPOS=135273607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:143:1:1:142:142:0.993007:61:81:1:0:61:81:1:0 chr9 135277007 . C T 601.02 PASS AF=0.540541;AO=60;DP=111;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0153843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.762;QD=21.6582;RBI=0.0157585;REFB=-0.0114739;REVB=0.00341378;RO=51;SAF=36;SAR=24;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102345;STB=0.505616;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00777113;OID=.;OPOS=135277007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:51:51:60:60:0.540541:24:36:30:21:24:36:30:21 chr9 135277130 . C A 306.15 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0065846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.691;QD=15.3075;RBI=0.0223054;REFB=-0.00125164;REVB=0.0213113;RO=45;SAF=19;SAR=15;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708374;STB=0.534004;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00197456;OID=.;OPOS=135277130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:46:34:34:0.425:15:19:22:23:15:19:23:23 chr9 135296997 . TGAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG T 50.0 PASS AO=100;DP=93;LEN=76;RO=0;SAF=24;SAR=65;SRF=6;SRR=0;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=135296998;OREF=GAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 1/1:99:93:0:100:65:24:6:0 chr9 135297013 . T C,TTCTC 146.69 PASS AF=0,1;AO=2,11;DP=51;FAO=0,11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0.475964;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=86.9724,140.134;QD=53.3418;RBI=0.0121915,0.020788;REFB=0,0;REVB=-0.0121915,-0.020788;RO=37;SAF=0,0;SAR=2,11;SRF=30;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.628406,-0.831217;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.000120278;OID=.,.;OPOS=135297013,135297014;OREF=T,-;OALT=C,TCTC;OMAPALT=C,TTCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:3:51:11:37:0:2,11:0,11:0,1:2,11:0,0:30:7:0,11:0,0:0:0 chr9 135297016 . T G 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.006;QD=27.592;RBI=0.019686;REFB=0.0992981;REVB=0.019686;RO=5;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00978952;OID=.;OPOS=135297016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:13:0:0:5:13:0:0:5 chr9 135297019 . TC T 120.19 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.669;QD=43.7065;RBI=0.0125031;REFB=0;REVB=0.0125031;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000106775;OID=.;OPOS=135297020;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:12:11:11:0:0:11:0:0:4:0:0:11:0:0 chr9 135297022 . G C 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.839;QD=36.3483;RBI=0.0193552;REFB=0.00183723;REVB=0.0193552;RO=1;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.47752e-05;OID=.;OPOS=135297022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:11:0:0:1:11:0:0:1 chr9 135297024 . T TGACA 64.41 PASS AF=1;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.3996;HRUN=0;LEN=4;MLLD=209.209;QD=42.9396;RBI=0.0148987;REFB=0;REVB=-0.0148987;RO=5;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000193722;OID=.;OPOS=135297025;OREF=-;OALT=GACA;OMAPALT=TGACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:6:12:6:6:0:0:6:0:0:3:5:0:6:0:5 chr9 135448320 . C A 1450.89 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=103;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00960069;FXX=0.0288434;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.658;QD=57.4608;RBI=0.0120641;REFB=-0.070001;REVB=-0.00730549;RO=1;SAF=41;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810884;STB=0.504273;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-9.53002e-05;OID=.;OPOS=135448320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:103:101:1:1:99:100:0.990099:58:41:0:1:58:42:0:1 chr9 135470414 . T C 577.0 PASS AF=0.367568;AO=68;DP=184;FAO=68;FDP=185;FR=.;FRO=117;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=53;FSRR=64;FWDB=-0.0112084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.025;QD=12.4757;RBI=0.0142925;REFB=-0.00178619;REVB=-0.0088683;RO=116;SAF=28;SAR=40;SRF=52;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414844;STB=0.52665;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00294633;OID=.;OPOS=135470414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:116:117:68:68:0.367568:40:28:52:64:40:28:53:64 chr9 135553767 . C T 60.39 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0146422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8803;QD=4.23805;RBI=0.0485543;REFB=0.000735767;REVB=-0.0462939;RO=47;SAF=6;SAR=4;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162033;STB=0.608176;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.0058485;OID=.;OPOS=135553767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:47:47:10:10:0.175439:4:6:22:25:4:6:22:25 chr9 135763816 . C T 430.89 PASS AF=0.45283;AO=46;DP=103;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0067299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.648;QD=16.2599;RBI=0.00869892;REFB=-0.0253618;REVB=0.00551178;RO=57;SAF=13;SAR=33;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173122;STB=0.58115;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.044511;OID=.;OPOS=135763816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:57:58:46:48:0.45283:33:13:25:32:33:15:26:32 chr9 135766693 . C A 208.49 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0133812;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.954;QD=13.0305;RBI=0.0699626;REFB=0.00983398;REVB=-0.0686711;RO=39;SAF=19;SAR=6;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241037;STB=0.639704;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.0108383;OID=.;OPOS=135766693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:39:39:25:25:0.390625:6:19:22:17:6:19:22:17 chr9 135771325 . TGGGGGGGA TGGGGGGA,TGGGGGGG,TGGGGGGGG 397.17 PASS AF=0.219512,0.682927,0;AO=10,20,2;DP=42;FAO=9,28,0;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=8,22,0;FSAR=1,6,0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0441114,-0.043099,-0.0454318;FXX=0.0238039;HRUN=7,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=13.7462,23.6849,21.1966;QD=38.7481;RBI=0.454621,0.0651285,0.260373;REFB=0.0843373,-0.0502209,-0.07629;REVB=-0.452476,0.0488282,0.256378;RO=4;SAF=8,18,2;SAR=2,2,0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.179009,-0.092147,0;STB=0.599811,0.541638,0.5;STBP=0.668,0.346,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0650415,0.0041093,0.0286525;OID=.,.,.;OPOS=135771326,135771333,135771333;OREF=G,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=TGGGGGGA,TGGGGGGG,TGGGGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.219512,0.682927,0:10,20,2:42:9,28,0:41:4:8,22,0:1,6,0:4:0:57:4:8,18,2:2,2,0:4:0 chr9 135956966 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0110813;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.139;QD=14.6525;RBI=0.0831209;REFB=0.00886569;REVB=-0.082379;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229845;STB=0.635942;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.0132706;OID=.;OPOS=135956966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:4:1:3:3:4:1 chr9 135957091 . A G 954.08 PASS AF=0.594406;AO=85;DP=143;FAO=85;FDP=143;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0241717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.106;QD=26.6876;RBI=0.0318248;REFB=-0.016862;REVB=-0.0207014;RO=58;SAF=32;SAR=53;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294376;STB=0.515991;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0125358;OID=.;OPOS=135957091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:58:58:85:85:0.594406:53:32:24:34:53:32:24:34 chr9 135961809 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00333913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.709;QD=58.7817;RBI=0.00895505;REFB=0;REVB=-0.00830922;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56405e-05;OID=.;OPOS=135961809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr9 135968511 . C CTG 260.24 PASS AF=0.253333;AO=37;DP=151;FAO=38;FDP=150;FR=.;FRO=112;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=63;FWDB=-0.00731374;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=2;MLLD=265.453;QD=6.93966;RBI=0.0143412;REFB=-0.00466163;REVB=-0.0123361;RO=111;SAF=19;SAR=18;SRF=49;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089736;STB=0.546642;STBP=0.527;TYPE=ins;VARB=0.0132021;OID=.;OPOS=135968512;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.253333:37:151:38:150:112:19:19:49:63:99:111:19:18:49:62 chr9 135974079 . G C 270.43 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.00801258;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.182;QD=11.8871;RBI=0.038701;REFB=-0.00557611;REVB=0.0378624;RO=59;SAF=13;SAR=19;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202459;STB=0.511687;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0149889;OID=.;OPOS=135974079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:59:59:32:32:0.351648:19:13:25:34:19:13:25:34 chr9 135974100 . G A 281.62 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0279416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.137;QD=12.2444;RBI=0.0327439;REFB=-0.00438182;REVB=0.0170714;RO=58;SAF=14;SAR=19;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271261;STB=0.521755;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0071753;OID=.;OPOS=135974100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:58:59:33:33:0.358696:19:14:26:32:19:14:27:32 chr9 135976698 . G A 63.95 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0389327;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.342;QD=8.82104;RBI=0.0395933;REFB=-0.0146516;REVB=0.0072021;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170594;STB=0.531181;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0336158;OID=.;OPOS=135976698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:29:13:20:9:9:0.310345:4:5:7:6:4:5:12:8 chr9 135982087 . CAG C 444.59 PASS AF=0.434783;AO=44;DP=115;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.00705599;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=2;MLLD=187.843;QD=15.4639;RBI=0.0244332;REFB=-0.0201753;REVB=-0.0233922;RO=63;SAF=14;SAR=30;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25469;STB=0.599257;STBP=0.079;TYPE=del;VARB=0.03991;OID=.;OPOS=135982088;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:44:115:50:115:65:19:31:36:29:99:63:14:30:35:28 chr9 135985796 . C T 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00736462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4263;QD=11.6207;RBI=0.0162116;REFB=-0.00936491;REVB=-0.0144423;RO=35;SAF=12;SAR=8;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322414;STB=0.518778;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00920561;OID=.;OPOS=135985796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:8:12:20:15:8:12:20:15 chr9 135985812 . G A 82.34 PASS AF=0.235294;AO=11;DP=50;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0202758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2028;QD=6.45804;RBI=0.0236996;REFB=-0.00724213;REVB=-0.0122706;RO=39;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122933;STB=0.534825;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0106971;OID=.;OPOS=135985812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:50:51:39:39:11:12:0.235294:4:7:21:18:5:7:21:18 chr9 136004699 . G A 785.57 PASS AF=0.548148;AO=74;DP=136;FAO=74;FDP=135;FR=.;FRO=61;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00435169;FXX=0.0145975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.405;QD=23.276;RBI=0.00867327;REFB=-0.00911832;REVB=0.00750255;RO=61;SAF=40;SAR=34;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268284;STB=0.514672;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00711036;OID=.;OPOS=136004699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:61:61:74:74:0.548148:34:40:31:30:34:40:31:30 chr9 136031346 . A G 423.83 PASS AF=0.525;AO=40;DP=78;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0187373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.932;QD=21.1912;RBI=0.0329806;REFB=-0.032752;REVB=0.0271411;RO=38;SAF=17;SAR=23;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666368;STB=0.546094;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0316729;OID=.;OPOS=136031346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:38:38:40:42:0.525:23:17:19:19:25:17:19:19 chr9 136036927 . TAAAAAAAAG TAAAAAAAG,TAAAAAAAGA,TAAAAAAGAA 83.34 PASS AF=0.404255,0.0425532,0.0212766;AO=16,2,2;DP=47;FAO=19,2,1;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=5,1,1;FSAR=14,1,0;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.165529,-0.0495844,-0.0188805;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,3;MLLD=8.78706,10.9575,23.9667;QD=7.09312;RBI=0.178258,0.082196,0.0379057;REFB=-0.0530305,-0.0495837,-0.0258917;REVB=-0.0661508,-0.0655558,-0.032869;RO=19;SAF=5,1,1;SAR=11,1,1;SRF=5;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0557722,0.252086,0.252086;STB=0.512182,0.702014,0.993903;STBP=0.922,0.708,0.15;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.030234,-0.134999,0.0646611;OID=.,.,.;OPOS=136036928,136036935,136036934;OREF=A,AG,AAG;OALT=-,GA,GAA;OMAPALT=TAAAAAAAG,TAAAAAAAGA,TAAAAAAGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404255,0.0425532,0.0212766:16,2,2:47:19,2,1:47:25:5,1,1:14,1,0:7:18:63:19:5,1,1:11,1,1:5:14 chr9 136037742 . G A 588.97 PASS AF=0.545455;AO=58;DP=108;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00246129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5908;QD=21.417;RBI=0.0741459;REFB=-0.0350758;REVB=0.074105;RO=49;SAF=28;SAR=30;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738782;STB=0.551373;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0342574;OID=.;OPOS=136037742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:49:50:58:60:0.545455:30:28:28:21:32:28:29:21 chr9 136083580 . T G 530.04 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=0.000602471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7442;QD=18.1208;RBI=0.01196;REFB=-0.00250738;REVB=0.0119448;RO=61;SAF=29;SAR=27;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130755;STB=0.572325;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00234489;OID=.;OPOS=136083580;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:61:61:56:56:0.478632:27:29:40:21:27:29:40:21 chr9 136083940 . G A 72.76 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0466286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.326;QD=4.77109;RBI=0.047616;REFB=-0.00298178;REVB=0.00964687;RO=48;SAF=7;SAR=5;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128788;STB=0.575217;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0162383;OID=.;OPOS=136083940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:48:49:12:12:0.196721:5:7:23:25:5:7:24:25 chr9 136131289 . C T 1189.53 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0164141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.519;QD=57.3269;RBI=0.0221915;REFB=-0.164437;REVB=0.0149345;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.516125;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00149616;OID=.;OPOS=136131289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:83:83:0:3:80:80:0.963855:35:45:0:0:35:45:3:0 chr9 136131347 . G A 1814.12 PASS AF=0.991736;AO=118;DP=120;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00420914;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.125;QD=59.9711;RBI=0.0150272;REFB=-0.0348944;REVB=0.0144257;RO=2;SAF=63;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00107783;STB=0.504424;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=4.79775e-05;OID=.;OPOS=136131347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:121:2:1:118:120:0.991736:55:63:1:1:56:64:0:1 chr9 136131437 . C T 1432.09 PASS AF=0.970588;AO=99;DP=103;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0255852;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7769;QD=56.1604;RBI=0.0283354;REFB=-0.149612;REVB=0.0121775;RO=2;SAF=45;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00172095;STB=0.503596;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00398854;OID=.;OPOS=136131437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:102:2:3:99:99:0.970588:54:45:1:1:54:45:1:2 chr9 136131472 . A T 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.137;QD=61.8524;RBI=0.0200081;REFB=0;REVB=-0.0141187;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.69608e-05;OID=.;OPOS=136131472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:44:39:0:0:44:39:0:0 chr9 136132873 . T C 2331.87 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.234;QD=63.8869;RBI=0.0252903;REFB=0;REVB=-0.00491412;RO=0;SAF=74;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06798e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17035e-05;OID=.;OPOS=136132873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:146:0:0:144:146:1:70:74:0:0:70:76:0:0 chr9 136177993 . G A 2062.6 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00146586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.409;QD=62.503;RBI=0.0296556;REFB=0;REVB=0.0296194;RO=0;SAF=49;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2364e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73505e-05;OID=.;OPOS=136177993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:82:49:0:0:82:50:0:0 chr9 136218179 . C T 135.91 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00422336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.228;QD=17.5361;RBI=0.00427229;REFB=0.0402527;REVB=-0.000644727;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511692;STB=0.529372;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.0214687;OID=.;OPOS=136218179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:11:4:5:11:11:4:5:11 chr9 136219448 . C G 1289.2 PASS AF=0.676829;AO=111;DP=164;FAO=111;FDP=164;FR=.;FRO=53;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0239865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.139;QD=31.4438;RBI=0.0240515;REFB=-0.0169971;REVB=0.00176705;RO=53;SAF=55;SAR=56;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764618;STB=0.541055;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0085734;OID=.;OPOS=136219448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:53:53:111:111:0.676829:56:55:33:20:56:55:33:20 chr9 136227260 . A G 2559.07 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.891;QD=61.6643;RBI=0.0748273;REFB=0;REVB=0.0688278;RO=0;SAF=73;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.82236e-05;OID=.;OPOS=136227260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:166:0:0:162:166:1:89:73:0:0:92:74:0:0 chr9 136237783 . C A 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.429;QD=62.1623;RBI=0.0329854;REFB=0;REVB=0.0170132;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27161e-05;OID=.;OPOS=136237783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:47:38:0:0:47:38:0:0 chr9 136268038 . C T 2752.02 PASS AF=0.983425;AO=176;DP=182;FAO=178;FDP=181;FR=.;FRO=3;FSAF=90;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0433735;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2978;QD=60.8181;RBI=0.0759484;REFB=-0.109833;REVB=0.062345;RO=3;SAF=88;SAR=88;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159485;STB=0.508379;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00380216;OID=.;OPOS=136268038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:182:181:3:3:176:178:0.983425:88:88:0:3:88:90:0:3 chr9 136277480 . A G 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.229;QD=58.5993;RBI=0.0474347;REFB=0;REVB=0.0332358;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0915e-06;OID=.;OPOS=136277480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr9 136291063 . C T 1577.31 PASS AF=0.956522;AO=109;DP=116;FAO=110;FDP=115;FR=.;FRO=5;FSAF=67;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.000233071;FXX=0.00861995;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.75;QD=54.8631;RBI=0.0383982;REFB=-0.0481715;REVB=0.0383975;RO=6;SAF=67;SAR=42;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119314;STB=0.500415;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.000212612;OID=.;OPOS=136291063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:116:115:6:5:109:110:0.956522:42:67:3:3:43:67:3:2 chr9 136295290 . A C 1842.54 PASS AF=1;AO=106;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436989;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.2963;QD=58.4934;RBI=0.0657156;REFB=0;REVB=0.0490811;RO=1;SAF=51;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921514;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080923;OID=.;OPOS=136295290;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:126:1:0:106:126:1:55:51:1:0:72:54:0:0 chr9 136304497 . A G 1274.41 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.799;QD=61.4175;RBI=0.0360106;REFB=0;REVB=-0.024032;RO=0;SAF=51;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83394e-06;OID=.;OPOS=136304497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:81:83:1:30:51:0:0:31:52:0:0 chr9 136308542 . C G,T 1516.04 PASS AF=0.0380952,0.952381;AO=4,99;DP=104;FAO=4,100;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=4,51;FSAR=0,49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-2.99365e-05,0.0485657;FXX=0.00943307;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.556,76.7782;QD=57.754;RBI=7.5681e-05,0.0494588;REFB=-0.0891079,-0.0653699;REVB=-6.95085e-05,0.00935646;RO=0;SAF=4,50;SAR=0,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.504853;STBP=1,0.47;TYPE=snp,snp;VARB=0.117064,0.00182569;OID=.,.;OPOS=136308542,136308542;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:104:105:0:1:4,99:4,100:0.0380952,0.952381:0,49:4,50:0:0:0,49:4,51:1:0 chr9 136308556 . G A 202.14 PASS AF=0.273585;AO=29;DP=105;FAO=29;FDP=106;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=-0.0163556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.17;QD=7.62781;RBI=0.0431914;REFB=-0.00943773;REVB=-0.0399749;RO=76;SAF=7;SAR=22;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452127;STB=0.771992;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0393438;OID=.;OPOS=136308556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:76:77:29:29:0.273585:22:7:47:29:22:7:48:29 chr9 136320670 . G A 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0160897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.354;QD=11.1852;RBI=0.017529;REFB=-0.0260677;REVB=0.00695622;RO=35;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449356;STB=0.526288;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0335309;OID=.;OPOS=136320670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:10:9:18:17:10:9:18:17 chr9 136328657 . T C 1189.92 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.067733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.206;QD=61.0215;RBI=0.0740834;REFB=0;REVB=0.0300098;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.74514e-05;OID=.;OPOS=136328657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:31:47:0:0:31:47:0:0 chr9 136340200 . T G 1442.81 PASS AF=0.98913;AO=79;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015013;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.885;QD=62.7311;RBI=0.0622352;REFB=0;REVB=0.0603973;RO=1;SAF=52;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172084;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000749439;OID=.;OPOS=136340200;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:93:92:1:0:79:91:0.98913:27:52:0:1:35:56:0:0 chr9 136379890 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.776;QD=58.7814;RBI=0.020947;REFB=0;REVB=-0.0125409;RO=0;SAF=19;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05196e-05;OID=.;OPOS=136379890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:46:19:0:0:46:19:0:0 chr9 136412170 . C T 380.91 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.00840083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.935;QD=14.374;RBI=0.00841896;REFB=-0.0080837;REVB=0.000552239;RO=62;SAF=25;SAR=19;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169974;STB=0.595702;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0127991;OID=.;OPOS=136412170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:62:62:44:44:0.415094:19:25:25:37:19:25:25:37 chr9 136412236 . A T 372.27 PASS AF=0.365854;AO=45;DP=124;FAO=45;FDP=123;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=0.0225094;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.783;QD=12.1063;RBI=0.0225467;REFB=-0.0058079;REVB=-0.00129675;RO=78;SAF=27;SAR=18;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410888;STB=0.523479;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0104579;OID=.;OPOS=136412236;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:78:78:45:45:0.365854:18:27:44:34:18:27:44:34 chr9 136412255 . A C 400.54 PASS AF=0.391667;AO=47;DP=120;FAO=47;FDP=120;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.00796474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.486;QD=13.3514;RBI=0.0131272;REFB=0.00883611;REVB=-0.0104349;RO=73;SAF=29;SAR=18;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767323;STB=0.543531;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.0130717;OID=.;OPOS=136412255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:73:73:47:47:0.391667:18:29:40:33:18:29:40:33 chr9 136419629 . G A 981.69 PASS AF=0.618705;AO=86;DP=140;FAO=86;FDP=139;FR=.;FRO=53;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.0257003;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.416;QD=28.2501;RBI=0.032186;REFB=-0.0279648;REVB=0.0193761;RO=51;SAF=39;SAR=47;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926708;STB=0.557175;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0100579;OID=.;OPOS=136419629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:51:53:86:86:0.618705:47:39:30:21:47:39:32:21 chr9 136419671 . C T 97.68 PASS AF=0.168224;AO=18;DP=107;FAO=18;FDP=107;FR=.;FRO=89;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=0.00231069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.405;QD=3.65167;RBI=0.0102101;REFB=-0.00656625;REVB=-0.00994516;RO=88;SAF=12;SAR=6;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21403;STB=0.636788;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0382761;OID=.;OPOS=136419671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:107:107:88:89:18:18:0.168224:6:12:44:44:6:12:45:44 chr9 136419770 . G A 304.96 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0758907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.348;QD=32.9684;RBI=0.0817068;REFB=-0.00574007;REVB=0.0302754;RO=11;SAF=14;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456574;STB=0.524981;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00369026;OID=.;OPOS=136419770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:11:11:26:26:0.702703:12:14:5:6:12:14:5:6 chr9 136433778 . G A 571.06 PASS AF=0.426573;AO=61;DP=143;FAO=61;FDP=143;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=-0.000809601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.447;QD=15.9737;RBI=0.0239182;REFB=-0.01903;REVB=0.0239045;RO=81;SAF=39;SAR=22;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375391;STB=0.518203;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0290225;OID=.;OPOS=136433778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:81:82:61:61:0.426573:22:39:49:32:22:39:50:32 chr9 136434598 . A G 978.82 PASS AF=0.354354;AO=117;DP=332;FAO=118;FDP=333;FR=.;FRO=215;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=103;FSRR=112;FWDB=0.0147541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.051;QD=11.7576;RBI=0.0149241;REFB=-0.0138532;REVB=0.00224632;RO=212;SAF=60;SAR=57;SRF=102;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359748;STB=0.518975;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0110104;OID=.;OPOS=136434598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:333:212:215:117:118:0.354354:57:60:102:110:58:60:103:112 chr9 136434610 . C G 861.89 PASS AF=0.346278;AO=106;DP=311;FAO=107;FDP=309;FR=.;FRO=202;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=101;FSRR=101;FWDB=-0.0131571;FXX=0.00643066;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.344;QD=11.1572;RBI=0.0154574;REFB=-0.0117061;REVB=-0.00811308;RO=202;SAF=53;SAR=53;SRF=101;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503054;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0208531;OID=.;OPOS=136434610;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:309:202:202:106:107:0.346278:53:53:101:101:53:54:101:101 chr9 136507353 . G A 301.99 PASS AF=0.231527;AO=47;DP=203;FAO=47;FDP=203;FR=.;FRO=156;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=91;FSRR=65;FWDB=0.0391009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.177;QD=5.95056;RBI=0.0417558;REFB=-0.00226714;REVB=0.0146515;RO=156;SAF=24;SAR=23;SRF=91;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925561;STB=0.555999;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00799362;OID=.;OPOS=136507353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:156:156:47:47:0.231527:23:24:91:65:23:24:91:65 chr9 136518097 . A G 1155.89 PASS AF=0.56383;AO=106;DP=188;FAO=106;FDP=188;FR=.;FRO=82;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=-0.00456721;FXX=0.015706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.028;QD=24.5935;RBI=0.0150354;REFB=-0.0105382;REVB=-0.0143249;RO=82;SAF=49;SAR=57;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484448;STB=0.526343;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00907471;OID=.;OPOS=136518097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:82:82:106:106:0.56383:57:49:33:49:57:49:33:49 chr9 136521635 . C CG 88.31 PASS AF=0.222222;AO=25;DP=126;FAO=28;FDP=126;FR=.;FRO=98;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=57;FSRR=41;FWDB=-0.0288192;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=18.7847;QD=2.80356;RBI=0.0561195;REFB=-0.0491789;REVB=-0.0481545;RO=99;SAF=3;SAR=22;SRF=56;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.582975;STB=0.883108;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.125974;OID=.;OPOS=136521636;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222:25:126:28:126:98:3:25:57:41:88:99:3:22:56:43 chr9 136536679 . G A 441.74 PASS AF=0.544304;AO=41;DP=77;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00445796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.061;QD=22.3664;RBI=0.0688249;REFB=-0.00806278;REVB=0.0686804;RO=36;SAF=15;SAR=26;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253742;STB=0.645322;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00959176;OID=.;OPOS=136536679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:36:36:41:43:0.544304:26:15:24:12:28:15:24:12 chr9 136536793 . C G 880.62 PASS AF=0.588235;AO=80;DP=136;FAO=80;FDP=136;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=57;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0433361;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.1151;QD=25.9004;RBI=0.0476369;REFB=0.0080159;REVB=0.0197802;RO=55;SAF=23;SAR=57;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251618;STB=0.634305;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00337736;OID=.;OPOS=136536793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:55:56:80:80:0.588235:57:23:33:22:57:23:33:23 chr9 136573412 . G A 2862.8 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.173;QD=62.9187;RBI=0.0711122;REFB=0;REVB=0.0486328;RO=0;SAF=85;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138185;OID=.;OPOS=136573412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:182:0:0:181:182:1:96:85:0:0:97:85:0:0 chr9 136597625 . G A 766.73 PASS AF=0.429319;AO=82;DP=191;FAO=82;FDP=191;FR=.;FRO=109;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=57;FSRR=52;FWDB=0.000422376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9535;QD=16.0572;RBI=0.0142661;REFB=-0.0189241;REVB=0.0142598;RO=105;SAF=50;SAR=32;SRF=53;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108156;STB=0.550879;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0168861;OID=.;OPOS=136597625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:105:109:82:82:0.429319:32:50:53:52:32:50:57:52 chr9 136599146 . C T 2029.6 PASS AF=0.568389;AO=187;DP=333;FAO=187;FDP=329;FR=.;FRO=142;FSAF=96;FSAR=91;FSRF=76;FSRR=66;FWDB=0.0257268;FXX=0.0120117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5371;QD=24.676;RBI=0.061129;REFB=-0.00729213;REVB=0.0554517;RO=143;SAF=96;SAR=91;SRF=75;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00888363;STB=0.509438;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00669867;OID=.;OPOS=136599146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:329:143:142:187:187:0.568389:91:96:75:68:91:96:76:66 chr9 136628770 . TG CG,GC 1909.15 PASS AF=0.968254,0.031746;AO=111,5;DP=117;FAO=122,4;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=51,3;FSAR=71,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00996465,-0.00609839;FXX=0.0078734;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=172.054,143.324;QD=60.6078;RBI=0.041689,0.0184532;REFB=0,0;REVB=0.0404805,0.0174164;RO=0;SAF=46,4;SAR=65,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000363059,0.0200517;OID=.,.;OPOS=136628770,136628770;OREF=T,TG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:117:126:0:0:111,5:122,4:0.968254,0.031746:65,1:46,4:0:0:71,1:51,3:0:0 chr9 136643961 . C T 916.94 PASS AF=0.58;AO=86;DP=153;FAO=87;FDP=150;FR=.;FRO=63;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.0209181;FXX=0.0259723;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.013;QD=24.4516;RBI=0.0213086;REFB=-0.0151919;REVB=0.00406096;RO=53;SAF=38;SAR=48;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327224;STB=0.535572;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00987894;OID=.;OPOS=136643961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:150:53:63:86:87:0.58:48:38:21:32:48:39:23:40 chr9 136898627 . A G 407.49 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0210622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.282;QD=23.2851;RBI=0.0210834;REFB=-0.00169603;REVB=0.00094336;RO=30;SAF=21;SAR=19;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713616;STB=0.53921;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00282948;OID=.;OPOS=136898627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:30:40:40:0.571429:19:21:13:17:19:21:13:17 chr9 136907005 . G A 614.32 PASS AF=0.771429;AO=47;DP=70;FAO=54;FDP=70;FR=.;FRO=16;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0305621;FXX=0.0140825;HRUN=5;LEN=1;MLLD=63.2496;QD=35.1042;RBI=0.0345486;REFB=-0.0400698;REVB=-0.0161109;RO=13;SAF=21;SAR=26;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371991;STB=0.51428;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0252505;OID=.;OPOS=136907005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:70:70:13:16:47:54:0.771429:26:21:7:6:27:27:7:9 chr9 136913355 . T C 595.9 PASS AF=0.602273;AO=52;DP=89;FAO=53;FDP=88;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00685956;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.47;QD=27.0865;RBI=0.0217043;REFB=-0.0233589;REVB=0.0205918;RO=34;SAF=27;SAR=25;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565392;STB=0.532122;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.012711;OID=.;OPOS=136913355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:34:35:52:53:0.602273:25:27:15:19:26:27:15:20 chr9 136915508 . C T 30.41 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=14;FAO=5;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00488738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4281;QD=8.68774;RBI=0.0338955;REFB=-0.0182133;REVB=0.0335413;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621951;STB=0.5996;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0398056;OID=.;OPOS=136915508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:6:9:5:5:0.357143:2:3:4:2:2:3:4:5 chr9 137005023 . C T 852.73 PASS AF=0.52795;AO=84;DP=161;FAO=85;FDP=161;FR=.;FRO=76;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.0404615;FXX=0.00617246;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.339;QD=21.1858;RBI=0.0418688;REFB=-0.0484106;REVB=0.0107638;RO=74;SAF=51;SAR=33;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822291;STB=0.541657;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0388969;OID=.;OPOS=137005023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:74:76:84:85:0.52795:33:51:38:36:33:52:40:36 chr9 137271318 . C A 496.95 PASS AF=0.413534;AO=55;DP=129;FAO=55;FDP=133;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.0183176;FXX=0.00746213;HRUN=5;LEN=1;MLLD=82.0529;QD=14.9458;RBI=0.0214138;REFB=-0.0042034;REVB=0.0110914;RO=73;SAF=28;SAR=27;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816288;STB=0.524765;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00313979;OID=.;OPOS=137271318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:133:73:78:55:55:0.413534:27:28:43:30:27:28:43:35 chr9 137293761 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00431955;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.8819;QD=11.0922;RBI=0.00431955;REFB=-0.0129329;REVB=0;RO=6;SAF=5;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0699606;OID=.;OPOS=137293761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:0:5:6:0:0:5:6:0 chr9 137323819 . G A 273.85 PASS AF=0.223958;AO=43;DP=192;FAO=43;FDP=192;FR=.;FRO=149;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=83;FSRR=66;FWDB=0.016873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2953;QD=5.70524;RBI=0.0337582;REFB=-0.00671361;REVB=-0.0292389;RO=148;SAF=23;SAR=20;SRF=83;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331903;STB=0.517317;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0389091;OID=.;OPOS=137323819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:148:149:43:43:0.223958:20:23:83:65:20:23:83:66 chr9 137330560 . C T 789.71 PASS AF=0.759036;AO=54;DP=83;FAO=63;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.06474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.658;QD=38.058;RBI=0.0658388;REFB=-0.0308788;REVB=0.0119783;RO=20;SAF=12;SAR=42;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119275;STB=0.522562;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00862823;OID=.;OPOS=137330560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:20:20:54:63:0.759036:42:12:8:12:43:20:8:12 chr9 137332311 . T G 1947.21 PASS AF=0.618705;AO=172;DP=278;FAO=172;FDP=278;FR=.;FRO=106;FSAF=77;FSAR=95;FSRF=39;FSRR=67;FWDB=-0.0072383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.468;QD=28.0174;RBI=0.0373481;REFB=-0.0308916;REVB=0.03664;RO=106;SAF=77;SAR=95;SRF=39;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05744;STB=0.530941;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0189187;OID=.;OPOS=137332311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:106:106:172:172:0.618705:95:77:39:67:95:77:39:67 chr9 137630587 . T C 770.47 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0558523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8801;QD=55.0336;RBI=0.0598792;REFB=0.0319833;REVB=0.0215879;RO=1;SAF=23;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020053;STB=0.510634;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=5.61482e-05;OID=.;OPOS=137630587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:32:23:1:0:32:23:1:0 chr9 137686906 . C T 1157.45 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0235793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.068;QD=59.3565;RBI=0.0284128;REFB=0.0878546;REVB=-0.0158527;RO=1;SAF=39;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119811;STB=0.506327;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=6.96158e-06;OID=.;OPOS=137686906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:38:39:1:0:38:39:1:0 chr9 137690318 . A G,T 1000.39 PASS AF=0.0724638,0.927536;AO=4,63;DP=67;FAO=5,64;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=4,20;FSAR=1,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00199458,0.0833066;FXX=0.028165;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.7208,65.2129;QD=57.9937;RBI=0.0477255,0.0895459;REFB=0,0;REVB=0.0476838,0.0328403;RO=0;SAF=4,19;SAR=0,44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.08994e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.098982,-0.00159791;OID=.,.;OPOS=137690318,137690318;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:67:69:0:0:4,63:5,64:0.0724638,0.927536:0,44:4,19:0:0:1,44:4,20:0:0 chr9 137698080 . G A 135.24 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00563006;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.148;QD=9.66024;RBI=0.00682423;REFB=-0.0089261;REVB=0.00385649;RO=37;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07867;STB=0.555494;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0116311;OID=.;OPOS=137698080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:38:18:18:0.321429:8:10:18:19:8:10:18:20 chr9 137705840 . C T 1684.77 PASS AF=0.509202;AO=166;DP=326;FAO=166;FDP=326;FR=.;FRO=160;FSAF=107;FSAR=59;FSRF=89;FSRR=71;FWDB=0.0138238;FXX=0.00305801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0682;QD=20.672;RBI=0.0138908;REFB=-0.0146834;REVB=0.0013619;RO=158;SAF=107;SAR=59;SRF=89;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770565;STB=0.546041;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0140858;OID=.;OPOS=137705840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:326:158:160:166:166:0.509202:59:107:89:69:59:107:89:71 chr9 137708934 . T G 182.15 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=79;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.000232143;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.459;QD=9.34099;RBI=0.0220402;REFB=-0.00263305;REVB=-0.022039;RO=53;SAF=10;SAR=14;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108898;STB=0.558141;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00723758;OID=.;OPOS=137708934;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:53:54:24:24:0.307692:14:10:27:26:14:10:27:27 chr9 137711997 . G C 174.03 PASS AF=0.272727;AO=24;DP=88;FAO=24;FDP=88;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0416994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8796;QD=7.91054;RBI=0.0427176;REFB=0.00118302;REVB=0.00927126;RO=64;SAF=12;SAR=12;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568431;STB=0.534063;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.00508151;OID=.;OPOS=137711997;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:64:64:24:24:0.272727:12:12:35:29:12:12:35:29 chr9 137735232 . GCTAT G 531.54 PASS AF=0.336683;AO=67;DP=197;FAO=67;FDP=199;FR=.;FRO=132;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=62;FSRR=70;FWDB=0.00790968;FXX=0.0197035;HRUN=1;LEN=4;MLLD=298.22;QD=10.6841;RBI=0.0167685;REFB=-0.0104928;REVB=-0.0147858;RO=122;SAF=25;SAR=42;SRF=58;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119224;STB=0.56614;STBP=0.191;TYPE=del;VARB=0.0213455;OID=.;OPOS=137735233;OREF=CTAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.336683:67:197:67:199:132:25:42:62:70:99:122:25:42:58:64 chr9 137735274 . A T 406.63 PASS AF=0.298343;AO=54;DP=181;FAO=54;FDP=181;FR=.;FRO=127;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=55;FSRR=72;FWDB=-0.033448;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.164;QD=8.98622;RBI=0.064857;REFB=-0.000847991;REVB=-0.0555668;RO=118;SAF=16;SAR=38;SRF=51;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175572;STB=0.605163;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00178832;OID=.;OPOS=137735274;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:118:127:54:54:0.298343:38:16:51:67:38:16:55:72 chr9 137742597 . A G 98.67 PASS AF=0.785714;AO=10;DP=13;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0611095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.6558;QD=28.1903;RBI=0.237186;REFB=-0.031261;REVB=0.229178;RO=3;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285311;STB=0.526268;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0170008;OID=.;OPOS=137742597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:13:14:3:3:10:11:0.785714:4:6:2:1:5:6:2:1 chr9 137775139 . A G 260.97 PASS AF=0.260563;AO=37;DP=140;FAO=37;FDP=142;FR=.;FRO=105;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=63;FSRR=42;FWDB=-0.0654799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.111;QD=7.35124;RBI=0.119834;REFB=0.00139162;REVB=-0.100363;RO=103;SAF=19;SAR=18;SRF=62;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109802;STB=0.564186;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.00729248;OID=.;OPOS=137775139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:103:105:37:37:0.260563:18:19:62:41:18:19:63:42 chr9 137775155 . T C 234.27 PASS AF=0.255639;AO=35;DP=134;FAO=34;FDP=133;FR=.;FRO=99;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=60;FSRR=39;FWDB=0.00318053;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.677;QD=7.04579;RBI=0.00892143;REFB=0.000830309;REVB=-0.00833524;RO=96;SAF=18;SAR=17;SRF=57;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982669;STB=0.578902;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00543438;OID=.;OPOS=137775155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:96:99:35:34:0.255639:17:18:57:39:17:17:60:39 chr9 137775212 . G A 718.05 PASS AF=0.689655;AO=60;DP=87;FAO=60;FDP=87;FR=.;FRO=27;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00647957;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.7425;QD=33.0137;RBI=0.0941596;REFB=-0.00554847;REVB=0.0939364;RO=24;SAF=36;SAR=24;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320007;STB=0.537723;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00299563;OID=.;OPOS=137775212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:24:27:60:60:0.689655:24:36:13:11:24:36:13:14 chr9 137801314 . A G 1352.95 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000710482;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.238;QD=60.131;RBI=0.00321571;REFB=-0.0507331;REVB=0.00313624;RO=2;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215283;STB=0.511361;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00348071;OID=.;OPOS=137801314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:90:2:2:88:88:0.977778:43:45:0:2:43:45:0:2 chr9 137801416 . T C 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.855;QD=56.9349;RBI=0.0468145;REFB=0;REVB=-0.00412502;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166895;OID=.;OPOS=137801416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr9 137801800 . T C 2253.22 PASS AF=0.986842;AO=149;DP=151;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00688039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3225;QD=59.2953;RBI=0.0156859;REFB=0.0570358;REVB=0.0140964;RO=2;SAF=74;SAR=75;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125131;STB=0.506578;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00477347;OID=.;OPOS=137801800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:151:152:2:2:149:150:0.986842:75:74:0:2:75:75:0:2 chr9 137804360 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4325;QD=55.6558;RBI=0.0580344;REFB=0;REVB=-0.0548717;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00079289;OID=.;OPOS=137804360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr9 137804881 . G A 108.77 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0615511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.02;QD=7.13213;RBI=0.0616312;REFB=-0.00699141;REVB=-0.00314191;RO=43;SAF=6;SAR=10;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00371662;STB=0.515399;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.020573;OID=.;OPOS=137804881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:45:16:16:0.262295:10:6:16:27:10:6:16:29 chr9 137809685 . C A 1013.17 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00785501;FXX=0.0405351;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.486;QD=57.0801;RBI=0.0387263;REFB=-0.227465;REVB=0.0379213;RO=2;SAF=45;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00889957;STB=0.504709;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00109373;OID=.;OPOS=137809685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:71:2:2:69:69:0.971831:24:45:1:1:24:45:1:1 chr9 137968919 . G GAA 2573.89 PASS AF=1;AO=160;DP=177;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230157;FXX=0.0462401;HRUN=0;LEN=2;MLLD=270.661;QD=62.3974;RBI=0.0299562;REFB=0;REVB=0.0191742;RO=9;SAF=84;SAR=76;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256664;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.24681e-05;OID=.;OPOS=137968920;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:160:177:165:165:0:89:76:0:0:14:9:84:76:7:2 chr9 137978552 . A G 398.94 PASS AF=0.526316;AO=39;DP=75;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0253961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.933;QD=20.9966;RBI=0.0282501;REFB=-0.0140839;REVB=-0.0123737;RO=36;SAF=16;SAR=23;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304048;STB=0.521728;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00989641;OID=.;OPOS=137978552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:36:36:39:40:0.526316:23:16:16:20:24:16:16:20 chr9 137982127 . T C 938.81 PASS AF=0.628788;AO=82;DP=131;FAO=83;FDP=132;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00183432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.681;QD=28.4487;RBI=0.0121178;REFB=-0.0186364;REVB=0.0119782;RO=48;SAF=33;SAR=49;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966943;STB=0.550463;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0109949;OID=.;OPOS=137982127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:48:49:82:83:0.628788:49:33:26:22:50:33:26:23 chr9 138011654 . G A 41.96 PASS AF=0.131148;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0068088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.472;QD=2.75145;RBI=0.0166397;REFB=-0.00293995;REVB=0.0151829;RO=53;SAF=4;SAR=4;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149385;STB=0.606303;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0169317;OID=.;OPOS=138011654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:61:53:53:8:8:0.131148:4:4:20:33:4:4:20:33 chr9 138236031 . A G 1286.59 PASS AF=0.605263;AO=92;DP=155;FAO=92;FDP=152;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=29;FSAR=63;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.0150815;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.11;QD=33.8576;RBI=0.0161898;REFB=-0.032065;REVB=-0.00588716;RO=35;SAF=29;SAR=63;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000555152;STB=0.528227;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0163363;OID=.;OPOS=138236031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:152:35:35:92:92:0.605263:63:29:11:24:63:29:8:27 chr9 138236212 . T G 1087.41 PASS AF=0.636986;AO=92;DP=145;FAO=93;FDP=146;FR=.;FRO=53;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.0158178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.628;QD=29.7921;RBI=0.0237295;REFB=0.0134946;REVB=0.0176885;RO=52;SAF=40;SAR=52;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876603;STB=0.548102;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00583072;OID=.;OPOS=138236212;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:52:53:92:93:0.636986:52:40:16:36:53:40:16:37 chr9 138376649 . T C 1411.35 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3527;QD=62.7265;RBI=0.0414896;REFB=0;REVB=0.0356038;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102544;OID=.;OPOS=138376649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:43:46:0:0:43:47:0:0 chr9 138376972 . A G 727.67 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.918;QD=63.2757;RBI=0.046298;REFB=0;REVB=-0.0361582;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.32714e-05;OID=.;OPOS=138376972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr9 138377657 . T C 2354.32 PASS AF=1;AO=146;DP=148;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0074715;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.565;QD=64.0633;RBI=0.0427223;REFB=0;REVB=0.0420639;RO=0;SAF=100;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77006e-05;OID=.;OPOS=138377657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:147:0:0:146:147:1:46:100:0:0:46:101:0:0 chr9 138377853 . A G 1993.81 PASS AF=0.992248;AO=114;DP=130;FAO=128;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00334921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.061;QD=61.8237;RBI=0.0456928;REFB=0;REVB=0.0455699;RO=0;SAF=66;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31232e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114191;OID=.;OPOS=138377853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:130:129:0:0:114:128:0.992248:48:66:0:0:62:66:0:0 chr9 138377915 . G A 1138.98 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9922;QD=59.168;RBI=0.0546492;REFB=-0.0636845;REVB=0.0495118;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.506848;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00126812;OID=.;OPOS=138377915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:76:76:0.987013:40:36:0:0:40:36:1:0 chr9 138378856 . A G 2197.64 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.03;QD=63.2415;RBI=0.0453618;REFB=0;REVB=-0.0360918;RO=0;SAF=58;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05284e-05;OID=.;OPOS=138378856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:81:58:0:0:81:58:0:0 chr9 138379002 . T G 742.82 PASS AF=0.96;AO=47;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0245873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.835;QD=59.4258;RBI=0.0247436;REFB=-0.102836;REVB=-0.00277718;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51785;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=3.99588e-05;OID=.;OPOS=138379002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:0:2:47:48:0.96:21:26:0:0:21:27:2:0 chr9 138379059 . G T 1452.58 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6979;QD=63.1555;RBI=0.100734;REFB=0;REVB=0.0981372;RO=0;SAF=54;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000801407;OID=.;OPOS=138379059;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:37:54:0:0:37:55:0:0 chr9 138380334 . T C 1105.04 PASS AF=0.986842;AO=71;DP=73;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00816431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.741;QD=58.16;RBI=0.0178713;REFB=-0.119068;REVB=0.0158974;RO=1;SAF=38;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122822;STB=0.506327;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000352354;OID=.;OPOS=138380334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:76:1:1:71:75:0.986842:33:38:1:0:36:39:1:0 chr9 138380425 . A G 511.44 PASS AF=0.666667;AO=46;DP=69;FAO=46;FDP=69;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0136702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5628;QD=29.6489;RBI=0.0136792;REFB=-0.0153455;REVB=-0.000494618;RO=23;SAF=28;SAR=18;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282255;STB=0.515306;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00742686;OID=.;OPOS=138380425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:23:23:46:46:0.666667:18:28:15:8:18:28:15:8 chr9 138387278 . C T 79.88 PASS AF=0.184211;AO=14;DP=76;FAO=14;FDP=76;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0181035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.17;QD=4.2041;RBI=0.0354492;REFB=0.000200211;REVB=-0.030478;RO=62;SAF=8;SAR=6;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188531;STB=0.622052;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00487936;OID=.;OPOS=138387278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:76:76:62:62:14:14:0.184211:6:8:26:36:6:8:26:36 chr9 138394124 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=29;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383848;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=211.545;QD=59.4356;RBI=0.0385427;REFB=0;REVB=0.0034853;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5128e-05;OID=.;OPOS=138394124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:29:35:1:16:13:0:0:22:13:0:0 chr9 138395122 . G A 1478.67 PASS AF=0.979381;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00831765;FXX=0.010203;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.788;QD=60.9759;RBI=0.00914035;REFB=-0.195583;REVB=0.00378983;RO=2;SAF=47;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500108;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-3.00494e-05;OID=.;OPOS=138395122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:97:2:2:94:95:0.979381:47:47:1:1:48:47:1:1 chr9 138440525 . C G 2078.03 PASS AF=0.971429;AO=135;DP=139;FAO=136;FDP=140;FR=.;FRO=4;FSAF=70;FSAR=66;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0279269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.562;QD=59.3723;RBI=0.0540811;REFB=-0.0452207;REVB=0.0463126;RO=3;SAF=69;SAR=66;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202161;STB=0.513887;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.000959704;OID=.;OPOS=138440525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:139:140:3:4:135:136:0.971429:66:69:3:0:66:70:4:0 chr9 138440527 . T C 2066.12 PASS AF=0.971223;AO=135;DP=139;FAO=135;FDP=139;FR=.;FRO=4;FSAF=70;FSAR=65;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.018708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.277;QD=59.4566;RBI=0.0187813;REFB=-0.04628;REVB=0.00165854;RO=3;SAF=70;SAR=65;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199337;STB=0.506673;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00114159;OID=.;OPOS=138440527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:139:139:3:4:135:135:0.971223:65:70:3:0:65:70:3:1 chr9 138440641 . T C 1544.97 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.651;QD=58.856;RBI=0.0428191;REFB=-0.0571626;REVB=0.0223973;RO=1;SAF=58;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811129;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38173e-05;OID=.;OPOS=138440641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:105:105:1:0:103:105:1:45:58:1:0:45:60:0:0 chr9 138456155 . C A 746.11 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.238;QD=56.3104;RBI=0.0406098;REFB=0;REVB=0.00947783;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70695e-05;OID=.;OPOS=138456155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:25:26:0:0:26:27:0:0 chr9 138457209 . C G 1361.2 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00164223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1414;QD=61.1774;RBI=0.0557126;REFB=-0.13967;REVB=0.0556884;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000865903;OID=.;OPOS=138457209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:88:88:0.988764:46:42:0:0:46:42:0:1 chr9 138457475 . CT C,CC 1051.2 PASS AF=0.958904,0.0410959;AO=67,3;DP=73;FAO=70,3;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=19,3;FSAR=51,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0856577,0.098073;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=295.994,279.995;QD=57.5999;RBI=0.0856775,0.0980775;REFB=0,0;REVB=0.00184056,0.000933583;RO=1;SAF=16,3;SAR=51,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.028614,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000152003,0.011793;OID=.,.;OPOS=138457476,138457476;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.958904,0.0410959:67,3:73:70,3:73:0:19,3:51,0:0:0:6:1:16,3:51,0:1:0 chr9 138458462 . C T 3881.17 PASS AF=1;AO=239;DP=241;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531419;FXX=0.00809684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1744;QD=63.3661;RBI=0.0546742;REFB=-0.0702094;REVB=0.0128531;RO=2;SAF=91;SAR=148;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010358;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000800603;OID=.;OPOS=138458462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:241:245:2:0:239:245:1:148:91:2:0:149:96:0:0 chr9 138458500 . C T 1030.35 PASS AF=0.420664;AO=114;DP=272;FAO=114;FDP=271;FR=.;FRO=157;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=83;FSRR=74;FWDB=0.0133073;FXX=0.00367634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1158;QD=15.2081;RBI=0.035109;REFB=-0.0215854;REVB=-0.0324894;RO=157;SAF=57;SAR=57;SRF=83;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297816;STB=0.516602;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0300596;OID=.;OPOS=138458500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:271:157:157:114:114:0.420664:57:57:83:74:57:57:83:74 chr9 138458570 . C T 4361.08 PASS AF=1;AO=276;DP=278;FAO=279;FDP=279;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122914;FXX=0.0035713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.021;QD=62.5245;RBI=0.048837;REFB=-0.0385334;REVB=0.047265;RO=1;SAF=165;SAR=111;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427633;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136113;OID=.;OPOS=138458570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:278:279:1:0:276:279:1:111:165:0:1:113:166:0:0 chr9 138516345 . CCA C,CC,CCC 1037.64 PASS AF=0,1,0;AO=17,50,3;DP=70;FAO=0,70,0;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29,0;FSAR=0,41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147761,0.158394,0.150401;FXX=0;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=229.852,251.606,236.66;QD=59.294;RBI=0.147824,0.158415,0.150406;REFB=0,0,0;REVB=0.00430417,0.00257671,0.00125232;RO=0;SAF=17,10,2;SAR=0,40,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.00051972,0;OID=.,.,.;OPOS=138516346,138516347,138516347;OREF=CA,A,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:17,50,3:70:0,70,0:70:0:0,29,0:0,41,0:0:0:6:0:17,10,2:0,40,1:0:0 chr9 138518010 . A G 2402.52 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.863;QD=64.0672;RBI=0.0161521;REFB=0;REVB=-0.0023036;RO=0;SAF=86;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100806;OID=.;OPOS=138518010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:150:0:0:147:150:1:61:86:0:0:61:89:0:0 chr9 138523332 . C A 1658.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.616;QD=60.2929;RBI=0.0263523;REFB=0;REVB=0.0252374;RO=0;SAF=53;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37179e-05;OID=.;OPOS=138523332;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:110:0:0:107:110:1:54:53:0:0:54:56:0:0 chr9 138586198 . G A 775.15 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784615;FXX=0.039992;HRUN=6;LEN=1;MLLD=257.481;QD=64.5956;RBI=0.0233738;REFB=0;REVB=0.0220176;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26749e-05;OID=.;OPOS=138586198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr9 138586966 . GC AA 2337.2 PASS AF=1;AO=152;DP=156;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237882;FXX=0.0192295;HRUN=4;LEN=2;MLLD=166.552;QD=61.1033;RBI=0.029327;REFB=0;REVB=0.017152;RO=0;SAF=78;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.87675e-05;OID=.;OPOS=138586966;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:153:0:0:152:153:1:74:78:0:0:74:79:0:0 chr9 138590928 . C T 174.69 PASS AF=0.392857;AO=13;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.0121602;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.839;QD=12.4779;RBI=0.020834;REFB=-0.0246957;REVB=-0.0169171;RO=28;SAF=8;SAR=5;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220845;STB=0.529386;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0390694;OID=.;OPOS=138590928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:34:13:22:0.392857:5:8:22:6:6:16:26:8 chr9 138591266 . A G 1053.81 PASS AF=0.617834;AO=85;DP=144;FAO=97;FDP=157;FR=.;FRO=60;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=0.0157966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.33;QD=26.8487;RBI=0.0181388;REFB=-0.0336919;REVB=-0.00891536;RO=58;SAF=32;SAR=53;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233547;STB=0.594924;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0205898;OID=.;OPOS=138591266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:157:58:60:85:97:0.617834:53:32:40:18:55:42:41:19 chr9 138644203 . T C 240.6 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0219931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.386;QD=12.182;RBI=0.0452671;REFB=-0.00637019;REVB=0.0395653;RO=49;SAF=17;SAR=12;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529386;STB=0.535495;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0148792;OID=.;OPOS=138644203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:50:29:29:0.367089:12:17:31:18:12:17:32:18 chr9 138662273 . G A 1478.51 PASS AF=0.642157;AO=131;DP=203;FAO=131;FDP=204;FR=.;FRO=73;FSAF=59;FSAR=72;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.030013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.317;QD=28.9904;RBI=0.0303468;REFB=-0.025671;REVB=0.00448814;RO=72;SAF=59;SAR=72;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224922;STB=0.509313;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0142871;OID=.;OPOS=138662273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:72:73:131:131:0.642157:72:59:30:42:72:59:31:42 chr9 138669261 . G A 1434.12 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6659;QD=63.0381;RBI=0.0714904;REFB=0;REVB=0.0673062;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481182;OID=.;OPOS=138669261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:40:51:0:0:40:51:0:0 chr9 138712896 . C T 613.11 PASS AF=0.435897;AO=68;DP=156;FAO=68;FDP=156;FR=.;FRO=88;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=0.0124411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.361;QD=15.7208;RBI=0.0164551;REFB=-0.0210928;REVB=-0.0107698;RO=88;SAF=29;SAR=39;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109145;STB=0.560921;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0241151;OID=.;OPOS=138712896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:88:88:68:68:0.435897:39:29:47:41:39:29:47:41 chr9 138714620 . G A 500.19 PASS AF=0.721311;AO=44;DP=61;FAO=44;FDP=61;FR=.;FRO=17;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.021504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0974;QD=32.7991;RBI=0.0503149;REFB=0.00218791;REVB=0.0454881;RO=17;SAF=27;SAR=17;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106743;STB=0.557739;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=1.55511e-05;OID=.;OPOS=138714620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:17:17:44:44:0.721311:17:27:7:10:17:27:7:10 chr9 138719314 . CG C 199.96 PASS AF=0.440559;AO=59;DP=147;FAO=63;FDP=143;FR=.;FRO=80;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.101285;FXX=0.027209;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.2022;QD=5.59322;RBI=0.102416;REFB=-0.00160255;REVB=0.0151769;RO=67;SAF=37;SAR=22;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0.59375;SSSB=0.118176;STB=0.554315;STBP=0.285;TYPE=del;VARB=-0.0184799;OID=.;OPOS=138719315;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.440559:59:147:63:143:80:39:24:42:38:99:67:37:22:34:33 chr9 138838140 . T C 1264.71 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.755;QD=61.6931;RBI=0.0152583;REFB=0;REVB=0.00564376;RO=0;SAF=51;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39164e-05;OID=.;OPOS=138838140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:30:51:0:0:30:52:0:0 chr9 138898893 . C G 2514.09 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105686;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.245;QD=61.6956;RBI=0.0147695;REFB=0;REVB=-0.0103172;RO=0;SAF=76;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12152e-06;OID=.;OPOS=138898893;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:87:76:0:0:87:76:0:0 chr9 138899253 . G GCA 125.53 PASS AF=0.684211;AO=12;DP=22;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00888907;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.867;QD=26.4278;RBI=0.0130315;REFB=-0.0668948;REVB=0.00952913;RO=9;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253577;STB=0.639787;STBP=0.105;TYPE=ins;VARB=0.0210084;OID=.;OPOS=138899254;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.684211:12:22:13:19:6:5:8:5:1:36:9:4:8:6:3 chr9 138903671 . A G 419.75 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.985;QD=55.9667;RBI=0.063119;REFB=0;REVB=-0.00517098;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00312297;OID=.;OPOS=138903671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:20:9:0:0:20:10:0:0 chr9 138905136 . C T 2394.68 PASS AF=1;AO=157;DP=159;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011023;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.696;QD=60.6249;RBI=0.055141;REFB=-0.100981;REVB=0.054028;RO=1;SAF=77;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613879;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039457;OID=.;OPOS=138905136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:159:158:1:0:157:158:1:80:77:1:0:80:78:0:0 chr9 138905793 . G A 99.22 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0689095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.152;QD=6.50607;RBI=0.0693151;REFB=-0.0100117;REVB=-0.00748762;RO=46;SAF=5;SAR=10;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130719;STB=0.581284;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0314724;OID=.;OPOS=138905793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:46:46:15:15:0.245902:10:5:20:26:10:5:20:26 chr9 138908250 . C T 483.52 PASS AF=0.589744;AO=45;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0365854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2838;QD=24.796;RBI=0.0512873;REFB=-0.0247439;REVB=0.0359429;RO=32;SAF=32;SAR=13;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270323;STB=0.626277;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0400829;OID=.;OPOS=138908250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:32:45:46:0.589744:13:32:12:20:14:32:13:19 chr9 139006647 . T G 298.73 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0011123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9555;QD=23.8983;RBI=0.0557192;REFB=0.0430089;REVB=-0.0557081;RO=23;SAF=11;SAR=16;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515799;STB=0.528661;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.039342;OID=.;OPOS=139006647;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:16:11:8:15:16:11:8:15 chr9 139110654 . C T 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0547398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.691;QD=17.8005;RBI=0.0564114;REFB=-0.00241576;REVB=0.013631;RO=24;SAF=4;SAR=16;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469648;STB=0.768948;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00611734;OID=.;OPOS=139110654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:16:4:16:8:16:4:16:8 chr9 139142710 . G A 292.27 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.909;QD=50.8288;RBI=0.0912327;REFB=0;REVB=0.0810292;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369717;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029096;OID=.;OPOS=139142710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:1:0:22:23:1:12:10:0:1:13:10:0:0 chr9 139142808 . T C 1071.25 PASS AF=0.973333;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00345074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3743;QD=57.1331;RBI=0.0381454;REFB=-0.0330983;REVB=0.037989;RO=2;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262533;STB=0.513885;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0153987;OID=.;OPOS=139142808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:75:2:2:71:73:0.973333:35:36:0:2:35:38:0:2 chr9 139228913 . G A 814.32 PASS AF=0.477273;AO=84;DP=176;FAO=84;FDP=176;FR=.;FRO=92;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=38;FSRR=54;FWDB=-0.00896019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.173;QD=18.5072;RBI=0.0089602;REFB=-0.00707818;REVB=1.3015e-05;RO=91;SAF=35;SAR=49;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0097759;STB=0.501949;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00796807;OID=.;OPOS=139228913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:91:92:84:84:0.477273:49:35:37:54:49:35:38:54 chr9 139252495 . G A 3985.9 PASS AF=1;AO=254;DP=261;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522615;FXX=0.0267165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.598;QD=62.5239;RBI=0.076068;REFB=0;REVB=0.0552727;RO=0;SAF=120;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23676e-05;OID=.;OPOS=139252495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:261:255:0:0:254:255:1:134:120:0:0:134:121:0:0 chr9 139273402 . C T 741.51 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184421;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.592;QD=57.039;RBI=0.0576324;REFB=0;REVB=0.0546021;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.5176e-05;OID=.;OPOS=139273402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:17:35:0:0:17:35:0:0 chr9 139277994 . CGCT C 249.48 PASS AF=0.474576;AO=23;DP=65;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=0.0523972;FXX=0.0922935;HRUN=1;LEN=3;MLLD=169.631;QD=16.9137;RBI=0.0768469;REFB=-0.0899785;REVB=-0.0562138;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359671;STB=0.691465;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.0549176;OID=.;OPOS=139277995;OREF=GCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.474576:23:65:28:59:31:16:12:6:25:99:24:12:11:3:21 chr9 139286442 . C T 207.88 PASS AF=0.178899;AO=39;DP=218;FAO=39;FDP=218;FR=.;FRO=179;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=98;FSRR=81;FWDB=-0.00667431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.73;QD=3.81436;RBI=0.0116226;REFB=-0.00724102;REVB=0.00951516;RO=178;SAF=23;SAR=16;SRF=97;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587113;STB=0.535379;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0327801;OID=.;OPOS=139286442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:178:179:39:39:0.178899:16:23:97:81:16:23:98:81 chr9 139301806 . C T 1150.57 PASS AF=0.472441;AO=120;DP=257;FAO=120;FDP=254;FR=.;FRO=134;FSAF=76;FSAR=44;FSRF=84;FSRR=50;FWDB=-0.00090967;FXX=0.0116727;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.304;QD=18.1193;RBI=0.0411973;REFB=-0.0204478;REVB=0.0411872;RO=129;SAF=76;SAR=44;SRF=84;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018167;STB=0.503666;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0176778;OID=.;OPOS=139301806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:254:129:134:120:120:0.472441:44:76:84:45:44:76:84:50 chr9 139340132 . G A 403.11 PASS AF=0.333333;AO=49;DP=147;FAO=49;FDP=147;FR=.;FRO=98;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=-0.00448697;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.171;QD=10.9689;RBI=0.0142258;REFB=-0.0114181;REVB=-0.0134997;RO=98;SAF=27;SAR=22;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106013;STB=0.561072;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0240077;OID=.;OPOS=139340132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:98:98:49:49:0.333333:22:27:45:53:22:27:45:53 chr9 139343719 . C T 1222.48 PASS AF=1;AO=55;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.207678;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.118;QD=61.8978;RBI=0.207685;REFB=0;REVB=0.00169348;RO=0;SAF=6;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154032;OID=.;OPOS=139343719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:79:0:0:55:79:1:49:6:0:0:50:29:0:0 chr9 139369282 . G A 449.81 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00392694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.443;QD=24.3139;RBI=0.0146075;REFB=-0.0122159;REVB=-0.0140698;RO=31;SAF=25;SAR=18;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999509;STB=0.554825;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0108495;OID=.;OPOS=139369282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:18:25:14:17:18:25:14:17 chr9 139391636 . G A 3935.63 PASS AF=1;AO=245;DP=246;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00787899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.52;QD=63.994;RBI=0.0180853;REFB=0;REVB=0.0162788;RO=0;SAF=139;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74368e-06;OID=.;OPOS=139391636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:246:246:0:0:245:246:1:106:139:0:0:107:139:0:0 chr9 139391738 . G A 408.98 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.000812115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.214;QD=15.4332;RBI=0.00307812;REFB=-0.0133185;REVB=0.00296906;RO=60;SAF=18;SAR=28;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00845787;STB=0.504743;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.018603;OID=.;OPOS=139391738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:28:18:23:37:28:18:23:37 chr9 139397707 . G A 1158.05 PASS AF=0.962963;AO=76;DP=79;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0414049;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.088;QD=57.1874;RBI=0.0723409;REFB=-0.170081;REVB=0.0593197;RO=2;SAF=35;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262709;STB=0.508142;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00230248;OID=.;OPOS=139397707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:79:81:2:3:76:78:0.962963:41:35:2:0:43:35:2:1 chr9 139405127 . G A 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0216284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.852;QD=12.6197;RBI=0.0216286;REFB=-0.00758658;REVB=-8.92199e-05;RO=37;SAF=7;SAR=17;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248213;STB=0.651857;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0110319;OID=.;OPOS=139405127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:38:24:24:0.387097:17:7:19:18:17:7:20:18 chr9 139407932 . A G 1324.42 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245913;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.766;QD=62.3254;RBI=0.0261662;REFB=0;REVB=-0.00894063;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78875e-05;OID=.;OPOS=139407932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:32:53:0:0:32:53:0:0 chr9 139410127 . C T 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0204297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.039;QD=16.7543;RBI=0.0204662;REFB=-0.0154494;REVB=0.00122248;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680146;STB=0.53843;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0243537;OID=.;OPOS=139410127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:12:12:12:16:12:12:12:16 chr9 139418260 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0054572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.689;QD=53.9111;RBI=0.0202586;REFB=0;REVB=-0.0195097;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.71979e-05;OID=.;OPOS=139418260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr9 139510820 . G A 255.77 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00381089;FXX=0.0289813;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.186;QD=15.2697;RBI=0.0177177;REFB=-0.0179678;REVB=-0.017303;RO=35;SAF=20;SAR=9;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154545;STB=0.599928;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0224424;OID=.;OPOS=139510820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:35:38:29:29:0.432836:9:20:19:16:9:20:20:18 chr9 139510938 . T C 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00920539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.498;QD=8.73783;RBI=0.018858;REFB=-0.00245929;REVB=-0.0164585;RO=20;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385455;STB=0.739278;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00515275;OID=.;OPOS=139510938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:2:7:9:11:2:7:9:11 chr9 139616742 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.932;QD=56.9568;RBI=0.0420287;REFB=0;REVB=0.00222925;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12566e-05;OID=.;OPOS=139616742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr9 139621326 . G A 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00708734;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.774;QD=11.6171;RBI=0.00728937;REFB=-0.00437032;REVB=-0.00170424;RO=34;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061122;STB=0.535677;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00646651;OID=.;OPOS=139621326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:10:9:18:16:10:9:18:16 chr9 139634495 . G A 207.05 PASS AF=0.296703;AO=27;DP=91;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0126173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.381;QD=9.10089;RBI=0.0435907;REFB=-0.0163932;REVB=-0.0417248;RO=64;SAF=17;SAR=10;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10189;STB=0.560394;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0379172;OID=.;OPOS=139634495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:64:64:27:27:0.296703:10:17:35:29:10:17:35:29 chr9 139635430 . C T 293.33 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0232568;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.827;QD=26.0735;RBI=0.0245462;REFB=-0.0113087;REVB=0.00785082;RO=19;SAF=2;SAR=24;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.479988;STB=0.773918;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00857269;OID=.;OPOS=139635430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:19:19:26:26:0.577778:24:2:8:11:24:2:8:11 chr9 139648918 . T G 146.86 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=3;FWDB=-0.0110222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.051;QD=11.2967;RBI=0.0294651;REFB=-0.0157457;REVB=-0.0273259;RO=34;SAF=16;SAR=2;SRF=31;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691078;STB=0.540188;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0259227;OID=.;OPOS=139648918;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:2:16:31:3:2:16:31:3 chr9 139649580 . G A 457.13 PASS AF=0.623188;AO=42;DP=68;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0736333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9863;QD=26.5002;RBI=0.079295;REFB=-0.0048223;REVB=0.0294251;RO=26;SAF=30;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168445;STB=0.582484;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00474367;OID=.;OPOS=139649580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:26:26:42:43:0.623188:12:30:13:13:13:30:13:13 chr9 139649612 . C A 334.89 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.00223724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.826;QD=14.4037;RBI=0.00497546;REFB=-0.0188705;REVB=-0.00444409;RO=56;SAF=19;SAR=18;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138256;STB=0.57823;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0270095;OID=.;OPOS=139649612;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:37:37:0.397849:18:19:36:20:18:19:36:20 chr9 139650060 . C A 947.13 PASS AF=0.617647;AO=74;DP=137;FAO=84;FDP=136;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0372427;FXX=0.00729874;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.8856;QD=27.8568;RBI=0.0739993;REFB=-0.00909988;REVB=0.0639443;RO=38;SAF=31;SAR=43;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684497;STB=0.53724;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00309628;OID=.;OPOS=139650060;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:38:52:74:84:0.617647:43:31:20:18:50:34:26:26 chr9 139652329 . G C 329.74 PASS AF=0.300699;AO=43;DP=145;FAO=43;FDP=143;FR=.;FRO=100;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=0.0276454;FXX=0.0137922;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.909;QD=9.2236;RBI=0.0280263;REFB=-0.0041873;REVB=0.00460515;RO=99;SAF=27;SAR=16;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161178;STB=0.59797;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0162867;OID=.;OPOS=139652329;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:143:99:100:43:43:0.300699:16:27:49:50:16:27:49:51 chr9 139652338 . C G 957.22 PASS AF=0.631579;AO=84;DP=133;FAO=84;FDP=133;FR=.;FRO=49;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.000193384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.1;QD=28.7886;RBI=0.0112727;REFB=0.00372129;REVB=0.0112711;RO=49;SAF=41;SAR=43;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983452;STB=0.553141;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00164917;OID=.;OPOS=139652338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:49:49:84:84:0.631579:43:41:31:18:43:41:31:18 chr9 139656670 . T C 2862.01 PASS AF=0.978947;AO=183;DP=191;FAO=186;FDP=190;FR=.;FRO=4;FSAF=134;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0327697;FXX=0.0104161;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.789;QD=60.2529;RBI=0.0559061;REFB=-0.0282161;REVB=0.045295;RO=3;SAF=131;SAR=52;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266704;STB=0.51216;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00277842;OID=.;OPOS=139656670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:191:190:3:4:183:186:0.978947:52:131:0:3:52:134:1:3 chr9 139656706 . A C 3638.86 PASS AF=1;AO=228;DP=228;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00508369;FXX=0.0168769;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.399;QD=62.4698;RBI=0.00723945;REFB=0;REVB=-0.00515419;RO=0;SAF=148;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000701847;OID=.;OPOS=139656706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:228:233:0:0:228:233:1:80:148:0:0:81:152:0:0 chr9 139657834 . G C 1369.72 PASS AF=0.916667;AO=99;DP=109;FAO=99;FDP=108;FR=.;FRO=9;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00137572;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.462;QD=50.7302;RBI=0.028893;REFB=-0.0296755;REVB=0.0288602;RO=8;SAF=50;SAR=49;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016969;STB=0.504209;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00417132;OID=.;OPOS=139657834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:109:108:8:9:99:99:0.916667:49:50:5:3:49:50:5:4 chr9 139690840 . G A 1767.47 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.61;QD=60.9472;RBI=0.0423946;REFB=0;REVB=0.0405169;RO=0;SAF=57;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21522e-05;OID=.;OPOS=139690840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:116:0:0:112:116:1:55:57:0:0:58:58:0:0 chr9 139693596 . T C 1506.25 PASS AF=0.378495;AO=176;DP=466;FAO=176;FDP=465;FR=.;FRO=289;FSAF=93;FSAR=83;FSRF=137;FSRR=152;FWDB=-0.0318189;FXX=0.00641012;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4725;QD=12.957;RBI=0.0347304;REFB=-0.00500502;REVB=-0.0139198;RO=284;SAF=93;SAR=83;SRF=133;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659974;STB=0.533761;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00707586;OID=.;OPOS=139693596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:466:465:284:289:176:176:0.378495:83:93:133:151:83:93:137:152 chr9 139694521 . T G 443.96 PASS AF=0.302083;AO=58;DP=192;FAO=58;FDP=192;FR=.;FRO=134;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=66;FSRR=68;FWDB=-0.0160862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0646;QD=9.24912;RBI=0.019965;REFB=-0.015503;REVB=-0.0118252;RO=131;SAF=33;SAR=25;SRF=66;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781721;STB=0.553553;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.021762;OID=.;OPOS=139694521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:131:134:58:58:0.302083:25:33:66:65:25:33:66:68 chr9 139694569 . A C 165.11 PASS AF=0.237624;AO=24;DP=101;FAO=24;FDP=101;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.0328084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.813;QD=6.53888;RBI=0.0429326;REFB=-0.00399937;REVB=-0.0276915;RO=76;SAF=14;SAR=10;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199711;STB=0.625914;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0182808;OID=.;OPOS=139694569;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:76:77:24:24:0.237624:10:14:32:44:10:14:32:45 chr9 139700605 . T C 1358.35 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0033028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4283;QD=62.453;RBI=0.0194903;REFB=0;REVB=0.0192084;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36645e-05;OID=.;OPOS=139700605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:41:46:0:0:41:46:0:0 chr9 139701108 . A C 941.0 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.148204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5716;QD=57.0301;RBI=0.166442;REFB=0.0236065;REVB=-0.0757529;RO=1;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014995;STB=0.507934;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00498416;OID=.;OPOS=139701108;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:31:34:0:1:31:34:0:1 chr9 139726239 . A G 1759.26 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355736;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.621;QD=59.6358;RBI=0.0671854;REFB=0;REVB=-0.0569948;RO=2;SAF=50;SAR=64;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186122;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854132;OID=.;OPOS=139726239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:116:118:2:0:114:118:1:64:50:2:0:64:54:0:0 chr9 139732331 . G C 2735.77 PASS AF=0.99435;AO=175;DP=176;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0392191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.456;QD=61.8252;RBI=0.0417836;REFB=0.141819;REVB=0.0144127;RO=1;SAF=96;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493296;STB=0.50259;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000329546;OID=.;OPOS=139732331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:177:1:1:175:176:0.99435:79:96:1:0:80:96:1:0 chr9 139739643 . T C 393.04 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.114;QD=54.212;RBI=0.0517918;REFB=0;REVB=0.0110516;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517639;OID=.;OPOS=139739643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:13:14:0:0:14:15:0:0 chr9 139749067 . C T 885.37 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.645;QD=58.0568;RBI=0.0552012;REFB=0;REVB=0.0129314;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343764;OID=.;OPOS=139749067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr9 139751848 . C T 167.93 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0147001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.302;QD=15.6215;RBI=0.0384606;REFB=-0.0450687;REVB=0.0355404;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116321;STB=0.566936;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.04267;OID=.;OPOS=139751848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:11:14:8:10:11:14 chr9 139752897 . CCTG C,CCG,CCGG 785.23 PASS AF=0.0172414,0,0.982759;AO=7,8,40;DP=57;FAO=1,0,57;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,26;FSAR=0,0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030436,0.0705908,0.0649088;FXX=0.0333278;HRUN=2,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=63.6552,84.9876,97.4519;QD=54.1535;RBI=0.0304436,0.0753794,0.0786472;REFB=0,0,0;REVB=0.000677784,0.0264385,0.0444098;RO=0;SAF=6,1,16;SAR=1,7,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.23208,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0893335,0.0173069,0.0213824;OID=.,.,.;OPOS=139752898,139752899,139752899;OREF=CTG,T,T;OALT=-,-,G;OMAPALT=C,CCG,CCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0172414,0,0.982759:7,8,40:57:1,0,57:58:0:1,0,26:0,0,31:0:0:3:0:6,1,16:1,7,24:0:0 chr9 139753246 . C T 201.07 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.022976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.304;QD=10.5825;RBI=0.0302108;REFB=-0.015411;REVB=0.0196162;RO=49;SAF=13;SAR=13;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114732;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0275242;OID=.;OPOS=139753246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:49:50:26:26:0.342105:13:13:24:25:13:13:25:25 chr9 139839904 . T G 755.37 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.437;QD=55.9532;RBI=0.0305619;REFB=0;REVB=-0.00952545;RO=0;SAF=9;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000631405;OID=.;OPOS=139839904;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:44:9:0:0:44:10:0:0 chr9 139840543 . A G 464.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.54;QD=58.0151;RBI=0.0499243;REFB=0;REVB=0.0431989;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142499;OID=.;OPOS=139840543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr9 139848304 . CG C 336.14 PASS AF=0.576087;AO=47;DP=90;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=43;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0276265;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.1164;QD=14.6147;RBI=0.0949447;REFB=0.0334052;REVB=0.0908365;RO=39;SAF=8;SAR=39;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226959;STB=0.602761;STBP=0.047;TYPE=del;VARB=-0.0206585;OID=.;OPOS=139848305;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.576087:47:90:53:92:39:10:43:14:25:99:39:8:39:14:25 chr9 139848688 . C T 2591.38 PASS AF=0.994118;AO=166;DP=172;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0130078;FXX=0.0229872;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.737;QD=60.9737;RBI=0.0138613;REFB=0.0331605;REVB=0.00478899;RO=1;SAF=93;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00508994;STB=0.502645;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-4.89808e-05;OID=.;OPOS=139848688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:172:170:1:1:166:169:0.994118:73:93:1:0:75:94:1:0 chr9 139872048 . A G 3517.32 PASS AF=1;AO=225;DP=226;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00577309;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.579;QD=62.5302;RBI=0.011089;REFB=-0.0137056;REVB=-0.0094677;RO=1;SAF=133;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0051512;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.25305e-05;OID=.;OPOS=139872048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:226:225:1:0:225:225:1:92:133:0:1:92:133:0:0 chr9 139878317 . C T 409.05 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=62;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0314676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.451;QD=26.3902;RBI=0.0322641;REFB=-0.0287282;REVB=0.00712481;RO=22;SAF=21;SAR=18;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127149;STB=0.559164;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0194354;OID=.;OPOS=139878317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:22:23:39:39:0.629032:18:21:16:6:18:21:16:7 chr9 139878622 . T C 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0632436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.531;QD=7.32293;RBI=0.063705;REFB=-0.0310241;REVB=-0.00765303;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289152;STB=0.518456;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0539674;OID=.;OPOS=139878622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:5:9:4:2:5:9 chr9 139878828 . T C 559.58 PASS AF=0.690141;AO=49;DP=71;FAO=49;FDP=71;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00270545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.27;QD=31.5256;RBI=0.00378377;REFB=-0.0114606;REVB=0.00264528;RO=21;SAF=23;SAR=26;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00378768;STB=0.504617;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00620726;OID=.;OPOS=139878828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:21:22:49:49:0.690141:26:23:10:11:26:23:10:12 chr9 139879170 . G A 87.16 PASS AF=0.307692;AO=11;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.047673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9279;QD=8.93904;RBI=0.0924884;REFB=-0.010538;REVB=0.0792552;RO=27;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00838598;STB=0.533279;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0173272;OID=.;OPOS=139879170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:39:39:27:27:11:12:0.307692:4:7:17:10:5:7:17:10 chr9 139887665 . C T 299.72 PASS AF=0.563636;AO=27;DP=56;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0569081;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6339;QD=21.7976;RBI=0.0571346;REFB=-0.0157601;REVB=-0.00508245;RO=16;SAF=17;SAR=10;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138393;STB=0.524984;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0118155;OID=.;OPOS=139887665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:16:24:27:31:0.563636:10:17:13:3:12:19:16:8 chr9 139902166 . G A 355.11 PASS AF=0.326087;AO=45;DP=137;FAO=45;FDP=138;FR=.;FRO=93;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=57;FWDB=-0.0429508;FXX=0.00719373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.794;QD=10.293;RBI=0.0463938;REFB=-0.0120236;REVB=-0.0175388;RO=92;SAF=20;SAR=25;SRF=36;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631028;STB=0.539456;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.040152;OID=.;OPOS=139902166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:92:93:45:45:0.326087:25:20:36:56:25:20:36:57 chr9 139902214 . A G 2178.81 PASS AF=1;AO=138;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199619;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4888;QD=62.6995;RBI=0.0626148;REFB=0;REVB=-0.0593476;RO=1;SAF=60;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785783;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.51896e-05;OID=.;OPOS=139902214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:140:139:1:0:138:139:1:78:60:1:0:78:61:0:0 chr9 139904037 . A G 435.58 PASS AF=0.825;AO=33;DP=39;FAO=33;FDP=40;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0261271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.081;QD=43.558;RBI=0.0300879;REFB=-0.00960331;REVB=0.0149217;RO=6;SAF=17;SAR=16;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00432944;STB=0.509857;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00130014;OID=.;OPOS=139904037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:39:40:6:7:33:33:0.825:16:17:3:3:16:17:4:3 chr9 139904494 . G A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0140542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.736;QD=11.8302;RBI=0.0156323;REFB=0.00212904;REVB=0.00684452;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345893;STB=0.520511;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00327168;OID=.;OPOS=139904494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:6:12:7:4:6:12 chr9 139906359 . G A 627.79 PASS AF=0.726027;AO=53;DP=73;FAO=53;FDP=73;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0114633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.334;QD=34.3996;RBI=0.0469174;REFB=-0.0225279;REVB=0.0454955;RO=20;SAF=24;SAR=29;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150226;STB=0.580863;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00849034;OID=.;OPOS=139906359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:20:20:53:53:0.726027:29:24:15:5:29:24:15:5 chr9 139912484 . A G 608.8 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.015;QD=60.8803;RBI=0.0473773;REFB=0;REVB=0.0278762;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040018;OID=.;OPOS=139912484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:17:22:0:0:17:23:0:0 chr9 139913239 . T G 2925.0 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.615;QD=62.9032;RBI=0.0443633;REFB=0;REVB=0.0413668;RO=0;SAF=113;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75146e-05;OID=.;OPOS=139913239;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:181:186:0:0:181:186:1:68:113:0:0:71:115:0:0 chr9 139923265 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.519;QD=60.5473;RBI=0.0312151;REFB=0;REVB=0.026451;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86343e-05;OID=.;OPOS=139923265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr9 139926402 . T C 743.05 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0584321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.61;QD=59.4438;RBI=0.0605071;REFB=-0.0160503;REVB=-0.0157097;RO=2;SAF=21;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427126;STB=0.522718;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000489686;OID=.;OPOS=139926402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:27:21:2:0:27:21:2:0 chr9 139934263 . C T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00781013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.252;QD=16.0424;RBI=0.00863968;REFB=0.00198166;REVB=-0.00369404;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986702;STB=0.54605;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00217253;OID=.;OPOS=139934263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:11:8:13:12:11:8:13:13 chr9 139935632 . GCCCCCGC GCCCCCG,GCCCCGC 114.83 PASS AF=0,0.730769;AO=3,8;DP=26;FAO=0,19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=0,6;FSAR=0,13;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.195297,0.104873;FXX=0.103413;HRUN=2,5;LEN=1,1;MLLD=14.1054,13.5717;QD=17.6658;RBI=0.474313,0.108546;REFB=0.0830984,-0.125075;REVB=-0.43224,0.0279979;RO=6;SAF=0,3;SAR=3,5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0.226548,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.711122,-0.213494;STB=0.5,0.53421;STBP=1,0.626;TYPE=del,del;VARB=0,0.0675106;OID=.,.;OPOS=139935639,139935633;OREF=C,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCCCG,GCCCCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.730769:3,8:26:0,19:26:7:0,6:0,13:3:4:29:6:0,3:3,5:4:2 chr9 139937795 . T C 1695.51 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.097;QD=60.5539;RBI=0.0379137;REFB=0;REVB=0.0268351;RO=0;SAF=35;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71729e-06;OID=.;OPOS=139937795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:76:35:0:0:77:35:0:0 chr9 139937799 . G A 1643.49 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0232838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.251;QD=59.2249;RBI=0.0235181;REFB=-0.0954524;REVB=-0.00331173;RO=0;SAF=37;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000414188;OID=.;OPOS=139937799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:0:1:110:110:0.990991:73:37:0:0:73:37:0:1 chr9 139943112 . A G 1164.21 PASS AF=0.951807;AO=79;DP=84;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00877079;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.738;QD=56.1065;RBI=0.0272998;REFB=-0.0848045;REVB=0.0258525;RO=4;SAF=48;SAR=31;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378284;STB=0.519995;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.000537596;OID=.;OPOS=139943112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:84:83:4:4:79:79:0.951807:31:48:4:0:31:48:4:0 chr9 139943549 . G A 559.5 PASS AF=0.928571;AO=38;DP=41;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0641994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.761;QD=53.2854;RBI=0.0712028;REFB=-0.100072;REVB=0.0307941;RO=3;SAF=15;SAR=23;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849107;STB=0.542835;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00110106;OID=.;OPOS=139943549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:42:3:3:38:39:0.928571:23:15:3:0:23:16:3:0 chr9 139944736 . C G 1135.19 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.292;QD=60.5437;RBI=0.0230801;REFB=0;REVB=0.0197494;RO=0;SAF=54;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36221e-06;OID=.;OPOS=139944736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:21:54:0:0:21:54:0:0 chr9 139945363 . G A 1256.59 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00516292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1675;QD=59.1337;RBI=0.115165;REFB=-0.161793;REVB=0.11505;RO=1;SAF=56;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172162;STB=0.517853;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00236351;OID=.;OPOS=139945363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:1:2:83:83:0.976471:27:56:0:1:27:56:0:2 chr9 139981627 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.889;QD=63.2867;RBI=0.021254;REFB=0;REVB=0.00784317;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.79709e-05;OID=.;OPOS=139981627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr9 139996099 . G A 401.17 PASS AF=0.360902;AO=48;DP=133;FAO=48;FDP=133;FR=.;FRO=85;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=32;FWDB=-0.00579264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.135;QD=12.0653;RBI=0.0059409;REFB=-0.00682162;REVB=0.00131895;RO=85;SAF=30;SAR=18;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00175328;STB=0.501002;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0126108;OID=.;OPOS=139996099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:85:85:48:48:0.360902:18:30:53:32:18:30:53:32 chr9 140002136 . G A 227.14 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0312662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.064;QD=36.3419;RBI=0.0768417;REFB=-0.0256818;REVB=0.0701931;RO=5;SAF=10;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365233;STB=0.51998;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00658839;OID=.;OPOS=140002136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:5:5:20:20:0.8:10:10:2:3:10:10:2:3 chr9 140005112 . T C,TC 31.48 PASS AF=0.0125,0.125;AO=3,10;DP=84;FAO=1,10;FDP=80;FR=.;FRO=69;FSAF=1,8;FSAR=0,2;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0259153,0.00854143;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.1353,16.2905;QD=1.57421;RBI=0.0510497,0.0697554;REFB=-0.00722139,-0.0786552;REVB=-0.0439826,-0.0692305;RO=70;SAF=3,9;SAR=0,1;SRF=36;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.405018,0.504672;STB=0.989636,0.760317;STBP=0.522,0.088;TYPE=snp,ins;VARB=0.0844391,0.192165;OID=.,.;OPOS=140005112,140005113;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:84:80:70:69:3,10:1,10:0.0125,0.125:0,1:3,9:36:34:0,2:1,8:36:33 chr9 140008750 . G C 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00627196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.777;QD=14.9771;RBI=0.00823136;REFB=-0.0382767;REVB=0.00533084;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204937;STB=0.618823;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.047676;OID=.;OPOS=140008750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:8:3:5:5:8:3 chr9 140100317 . C G 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0361975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.979;QD=16.8738;RBI=0.0362985;REFB=-0.0154528;REVB=-0.00270518;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139818;STB=0.579364;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0201619;OID=.;OPOS=140100317;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:12:8:7:19:12:8:7:19 chr9 140108857 . T C 140.91 PASS AF=0.230769;AO=22;DP=92;FAO=21;FDP=91;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=23;FWDB=0.00774695;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.152;QD=6.19401;RBI=0.00794312;REFB=-0.0116982;REVB=-0.00175436;RO=68;SAF=9;SAR=13;SRF=45;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305399;STB=0.680693;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0228888;OID=.;OPOS=140108857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:68:70:22:21:0.230769:13:9:45:23:12:9:47:23 chr9 140108868 . G A 729.4 PASS AF=0.714286;AO=60;DP=84;FAO=60;FDP=84;FR=.;FRO=24;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0127955;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.543;QD=34.7332;RBI=0.0258413;REFB=-0.0224953;REVB=0.022451;RO=23;SAF=40;SAR=20;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172856;STB=0.588205;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00523233;OID=.;OPOS=140108868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:23:24:60:60:0.714286:20:40:8:15:20:40:9:15 chr9 140109141 . C T 241.99 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.011809;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.585;QD=21.5103;RBI=0.0322557;REFB=-0.0113607;REVB=0.0300163;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174177;STB=0.597617;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00935974;OID=.;OPOS=140109141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:22:22:23:23:0.511111:13:10:14:8:13:10:14:8 chr9 140114737 . T C 160.51 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0193306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.244;QD=18.344;RBI=0.0233304;REFB=-0.0203607;REVB=-0.0130629;RO=18;SAF=13;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320338;STB=0.683978;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0309648;OID=.;OPOS=140114737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:4:13:8:10:4:13:8:10 chr9 140115243 . AG AC,A,GA 71.09 PASS AF=0,0.392857,0.142857;AO=2,4,2;DP=29;FAO=0,11,4;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=0,2,4;FSAR=0,9,0;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00218926,0.159387,0.0271228;FXX=0.0344709;HRUN=4,4,1;LEN=1,1,2;MLLD=58.0723,10.9531,26.0816;QD=10.1556;RBI=0.122848,0.174044,0.108936;REFB=-0.0221026,-0.0941952,-0.0312024;REVB=-0.122829,0.0699074,-0.105505;RO=14;SAF=0,0,1;SAR=2,4,1;SRF=12;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.388889,0;SSSB=-0.731324,-0.792716,-0.431702;STB=0.5,0.84114,0.995576;STBP=1,0.011,0.296;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.175443,-0.172258;OID=.,.,.;OPOS=140115244,140115244,140115243;OREF=G,G,AG;OALT=C,-,GA;OMAPALT=AC,A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:29:28:14:13:2,4,2:0,11,4:0,0.392857,0.142857:2,4,1:0,0,1:12:2:0,9,0:0,2,4:11:2 chr9 140119572 . C T 1638.57 PASS AF=0.586345;AO=146;DP=249;FAO=146;FDP=249;FR=.;FRO=103;FSAF=78;FSAR=68;FSRF=32;FSRR=71;FWDB=0.00905421;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.254;QD=26.3225;RBI=0.0103658;REFB=-0.0184746;REVB=-0.00504684;RO=103;SAF=78;SAR=68;SRF=32;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169689;STB=0.591735;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0133473;OID=.;OPOS=140119572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:103:103:146:146:0.586345:68:78:32:71:68:78:32:71 chr9 140123132 . C G 94.75 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0330458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2174;QD=11.147;RBI=0.0399049;REFB=-0.0139679;REVB=-0.0223691;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0253669;OID=.;OPOS=140123132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:34:22:22:12:12:0.352941:6:6:11:11:6:6:11:11 chr9 140128644 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0558777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4346;QD=18.7441;RBI=0.0727219;REFB=-0.0135556;REVB=0.0465419;RO=4;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31972;STB=0.691659;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0177116;OID=.;OPOS=140128644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:6:1:2:2:6:1:2:2 chr9 140130606 . A T 1372.07 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0143588;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8677;QD=60.3106;RBI=0.0161384;REFB=-0.0511431;REVB=0.00736692;RO=2;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220304;STB=0.511625;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000545748;OID=.;OPOS=140130606;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:2:2:89:89:0.978022:42:47:0:2:42:47:0:2 chr9 140139184 . A G 397.94 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0284094;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.988;QD=24.8709;RBI=0.0325832;REFB=-0.0115014;REVB=0.0159552;RO=23;SAF=22;SAR=17;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000769603;STB=0.501628;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00882672;OID=.;OPOS=140139184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:23:25:39:39:0.609375:17:22:13:10:17:22:14:11 chr9 140139615 . G A 138.87 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00441628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5962;QD=12.0754;RBI=0.00549726;REFB=-0.0142517;REVB=-0.00327358;RO=29;SAF=12;SAR=4;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24463;STB=0.658325;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0235119;OID=.;OPOS=140139615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:4:12:16:13:4:12:16:14 chr9 140139757 . G A 651.17 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.104;QD=62.0164;RBI=0.0948898;REFB=0;REVB=0.0941116;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530339;OID=.;OPOS=140139757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:22:19:0:0:22:20:0:0 chr9 140147273 . C T 392.59 PASS AF=0.30814;AO=47;DP=162;FAO=53;FDP=172;FR=.;FRO=119;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=64;FSRR=55;FWDB=-0.00580856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.248;QD=9.13003;RBI=0.0192122;REFB=-0.0271363;REVB=0.0183131;RO=112;SAF=22;SAR=25;SRF=58;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598515;STB=0.51965;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0529245;OID=.;OPOS=140147273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:172:112:119:47:53:0.30814:25:22:58:54:26:27:64:55 chr9 140175422 . C T 281.06 PASS AF=0.641026;AO=24;DP=38;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0708953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6358;QD=28.8267;RBI=0.0809489;REFB=-0.0121142;REVB=0.0390713;RO=14;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04765;STB=0.518504;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.010217;OID=.;OPOS=140175422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:14:14:24:25:0.641026:12:12:6:8:13:12:6:8 chr9 140177040 . A T 2253.72 PASS AF=0.993333;AO=148;DP=151;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0373154;FXX=0.013157;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6816;QD=60.0992;RBI=0.0652992;REFB=-0.0656615;REVB=-0.0535869;RO=2;SAF=71;SAR=77;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000514825;STB=0.503225;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=6.1296e-05;OID=.;OPOS=140177040;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:150:2:1:148:149:0.993333:77:71:1:1:77:72:0:1 chr9 140201604 . C T 399.06 PASS AF=0.633333;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00738976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3337;QD=26.6038;RBI=0.0231493;REFB=-0.0538207;REVB=-0.0219381;RO=18;SAF=13;SAR=25;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303594;STB=0.561764;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.021593;OID=.;OPOS=140201604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:18:22:38:38:0.633333:25:13:7:11:25:13:11:11 chr9 140243844 . C T 192.92 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0418384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.666;QD=13.7798;RBI=0.0461714;REFB=-0.025161;REVB=-0.0195279;RO=33;SAF=9;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189783;STB=0.608601;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0486862;OID=.;OPOS=140243844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:14:9:19:14:14:9:19:14 chr9 140243968 . C T 141.32 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0158701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.07;QD=21.7419;RBI=0.0180585;REFB=-0.0387307;REVB=0.00861698;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976611;STB=0.549931;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0252424;OID=.;OPOS=140243968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:10:11:14:15:0.576923:10:4:4:6:11:4:4:7 chr9 140247143 . T G 1264.54 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0689;QD=61.6851;RBI=0.0285412;REFB=0;REVB=-0.0257977;RO=0;SAF=52;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45212e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000285607;OID=.;OPOS=140247143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:29:52:0:0:30:52:0:0 chr9 140250818 . C G,T 1627.24 PASS AF=0.108108,0.891892;AO=12,99;DP=111;FAO=12,99;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=8,60;FSAR=4,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223527,-0.0400666;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.5091,131.134;QD=58.6392;RBI=0.0238845,0.0406381;REFB=0,0;REVB=0.0084157,0.00679125;RO=0;SAF=8,60;SAR=4,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.47126e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0357424,-0.00217283;OID=.,.;OPOS=140250818,140250818;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:49:111:111:0:0:12,99:12,99:0.108108,0.891892:4,39:8,60:0:0:4,39:8,60:0:0 chr9 140262426 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0144136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.933;QD=11.6343;RBI=0.0161538;REFB=-0.0150628;REVB=0.0072933;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329711;STB=0.69198;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0114744;OID=.;OPOS=140262426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:5:5:13:3:5:5:13:3 chr9 140330976 . T C 1572.91 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.078633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.649;QD=59.9203;RBI=0.119087;REFB=0;REVB=-0.0894352;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129323;OID=.;OPOS=140330976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:48:57:0:0:48:57:0:0 chr9 140332478 . A G 1349.2 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0244965;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.969;QD=61.3272;RBI=0.0247148;REFB=-0.00186267;REVB=0.00327785;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000872065;OID=.;OPOS=140332478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:0:1:86:87:0.988636:46:40:0:0:47:40:0:1 chr9 140342743 . G A 71.0 PASS AF=0.5;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0199528;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.484;QD=15.7774;RBI=0.0354628;REFB=-0.0344247;REVB=0.0293172;RO=9;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192123;STB=0.615087;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0373576;OID=.;OPOS=140342743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:18:9:9:9:9:0.5:8:1:2:7:8:1:2:7 chr9 140356422 . G C 982.38 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0111841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.837;QD=56.1361;RBI=0.047645;REFB=-0.0895366;REVB=0.0463138;RO=2;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325587;STB=0.516662;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00151761;OID=.;OPOS=140356422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:67:68:0.971429:28:39:0:2:29:39:0:2 chr9 140357972 . A G 1227.37 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.33;QD=61.3686;RBI=0.0281155;REFB=0;REVB=-0.0173159;RO=0;SAF=29;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94928e-05;OID=.;OPOS=140357972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:51:29:0:0:51:29:0:0 chr9 140374861 . A G 1242.5 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.093;QD=61.3582;RBI=0.0342582;REFB=0;REVB=0.0198406;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286353;OID=.;OPOS=140374861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:78:81:1:30:48:0:0:31:50:0:0 chr9 140392616 . G A 320.77 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00660493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.481;QD=18.8686;RBI=0.0109438;REFB=-0.00393478;REVB=0.00872597;RO=33;SAF=11;SAR=22;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884589;STB=0.546933;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00129979;OID=.;OPOS=140392616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:33:34:33:34:0.5:22:11:14:19:22:12:15:19 chr9 140414410 . C T 759.79 PASS AF=0.521429;AO=73;DP=140;FAO=73;FDP=140;FR=.;FRO=67;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.00670889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.425;QD=21.7084;RBI=0.0145404;REFB=-0.020735;REVB=0.0129002;RO=66;SAF=40;SAR=33;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04167;STB=0.519475;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0146088;OID=.;OPOS=140414410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:66:67:73:73:0.521429:33:40:33:33:33:40:34:33 chr9 140773613 . T C 33.13 PASS AF=0.12766;AO=7;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.0660384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1023;QD=2.81979;RBI=0.0813564;REFB=-0.0155114;REVB=-0.0475163;RO=37;SAF=1;SAR=6;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.671157;STB=0.913319;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0740693;OID=.;OPOS=140773613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:47:47:37:41:7:6:0.12766:6:1:29:8:5:1:31:10 chr9 140777306 . C G 308.18 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00563574;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2749;QD=12.9759;RBI=0.0261577;REFB=-0.0144083;REVB=-0.0255434;RO=60;SAF=14;SAR=21;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750925;STB=0.543079;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0217513;OID=.;OPOS=140777306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:60:60:35:35:0.368421:21:14:28:32:21:14:28:32 chr9 140786918 . T C 329.6 PASS AF=0.359649;AO=41;DP=114;FAO=41;FDP=114;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=-0.0408507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.9028;QD=11.5649;RBI=0.0408713;REFB=-0.0141866;REVB=-0.00129812;RO=73;SAF=28;SAR=13;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825108;STB=0.547425;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0221497;OID=.;OPOS=140786918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:73:73:41:41:0.359649:13:28:45:28:13:28:45:28 chr9 140811696 . C T 175.77 PASS AF=0.247525;AO=25;DP=101;FAO=25;FDP=101;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.0102474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6561;QD=6.96123;RBI=0.0174941;REFB=-0.00214868;REVB=0.0141787;RO=76;SAF=7;SAR=18;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354946;STB=0.715817;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00784897;OID=.;OPOS=140811696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:76:76:25:25:0.247525:18:7:43:33:18:7:43:33 chr9 140881314 . A C 232.01 PASS AF=0.341176;AO=27;DP=83;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0125027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.877;QD=10.9181;RBI=0.0165833;REFB=-0.0251435;REVB=0.0108943;RO=56;SAF=13;SAR=14;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14473;STB=0.603461;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0447488;OID=.;OPOS=140881314;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:56:56:27:29:0.341176:14:13:34:22:16:13:34:22 chr9 140911670 . C T 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0351132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.92;QD=14.8338;RBI=0.0448409;REFB=-0.00781676;REVB=-0.0278884;RO=30;SAF=15;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12628;STB=0.572451;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0116977;OID=.;OPOS=140911670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:7:15:17:13:7:15:17:13 chr9 141016178 . C A 453.38 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00463323;FXX=0.00884877;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.094;QD=16.1923;RBI=0.00749936;REFB=-0.00847359;REVB=-0.00589692;RO=62;SAF=35;SAR=15;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227729;STB=0.627809;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0116507;OID=.;OPOS=141016178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:62:62:50:50:0.446429:15:35:30:32:15:35:30:32 chr9 141016262 . T G 2197.61 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0094798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3391;QD=63.2405;RBI=0.0102119;REFB=0;REVB=0.003797;RO=0;SAF=105;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.67542e-05;OID=.;OPOS=141016262;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:34:105:0:0:34:105:0:0 chr9 141069563 . A G 339.35 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000819022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8198;QD=54.2958;RBI=0.0488988;REFB=0;REVB=0.048892;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461669;OID=.;OPOS=141069563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:18:6:0:0:19:6:0:0 chr9 141069905 . C T 257.75 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.0291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.485;QD=30.3237;RBI=0.0293837;REFB=-0.0263744;REVB=0.00407336;RO=11;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235543;STB=0.627812;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00838452;OID=.;OPOS=141069905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:11:11:23:23:0.676471:16:7:0:11:16:7:0:11 chr9 141070283 . T C 868.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.163;QD=57.8829;RBI=0.0280759;REFB=0;REVB=0.0197624;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42833e-07;OID=.;OPOS=141070283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr9 141070335 . T G 575.79 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00123949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.547;QD=60.6094;RBI=0.0140113;REFB=0;REVB=-0.0139564;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.71473e-05;OID=.;OPOS=141070335;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:21:17:0:0 chr9 141070916 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=13;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0601311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.48;QD=49.599;RBI=0.08434;REFB=0;REVB=0.0591396;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22225e-05;OID=.;OPOS=141070916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:13:18:1:8:5:0:0:13:5:0:0 chr9 141071019 . A G 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00997468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1628;QD=26.0262;RBI=0.0141565;REFB=0.0709855;REVB=-0.0100456;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281147;STB=0.666027;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0187232;OID=.;OPOS=141071019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:5:1:1:0:5:1:1:0 chr9 141071438 . A G 1929.3 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.398;QD=61.7376;RBI=0.116629;REFB=0;REVB=0.0126882;RO=1;SAF=54;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871627;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32503e-05;OID=.;OPOS=141071438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:1:0:122:125:1:68:54:1:0:68:57:0:0 chr9 141071475 . C G 2303.62 PASS AF=0.993197;AO=145;DP=146;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0518435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9251;QD=62.6836;RBI=0.0565472;REFB=0.0215604;REVB=-0.0225795;RO=1;SAF=70;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629883;STB=0.503268;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00216116;OID=.;OPOS=141071475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:147:1:1:145:146:0.993197:75:70:0:1:76:70:0:1 chr9 141107536 . GGCAGCAGCAGCA G 435.6 PASS AF=0.662338;AO=51;DP=56;FAO=51;FDP=77;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0132854;FXX=0.0493766;HRUN=2;LEN=12;MLLD=338.734;QD=22.6286;RBI=0.0306042;REFB=-0.0179868;REVB=0.0275702;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.58094;STBP=0.053;TYPE=del;VARB=0.00859161;OID=.;OPOS=141107537;OREF=GCAGCAGCAGCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.662338:51:56:51:77:26:23:28:18:8:99:0:23:28:0:0 chr10 93711 . C T 40.45 PASS AF=0.113924;AO=9;DP=79;FAO=9;FDP=79;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=19;FWDB=-0.0294548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6065;QD=2.04805;RBI=0.0346385;REFB=-0.00303452;REVB=-0.0182274;RO=69;SAF=5;SAR=4;SRF=50;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220497;STB=0.660458;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00871885;OID=.;OPOS=93711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:79:79:69:70:9:9:0.113924:4:5:50:19:4:5:51:19 chr10 93714 . A C 32.78 PASS AF=0.0963855;AO=8;DP=83;FAO=8;FDP=83;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=54;FSRR=21;FWDB=-0.0121228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.8;QD=1.57979;RBI=0.0139302;REFB=-0.00325599;REVB=0.00686209;RO=74;SAF=5;SAR=3;SRF=54;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140232;STB=0.595739;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.029426;OID=.;OPOS=93714;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:83:83:74:75:8:8:0.0963855:3:5:54:20:3:5:54:21 chr10 93945 . G A 284.3 PASS AF=0.324561;AO=36;DP=116;FAO=37;FDP=114;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0166525;FXX=0.0172399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0746;QD=9.97556;RBI=0.0369534;REFB=-0.0299773;REVB=0.0329886;RO=77;SAF=16;SAR=20;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727604;STB=0.550235;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0490417;OID=.;OPOS=93945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:77:77:36:37:0.324561:20:16:39:38:21:16:39:38 chr10 94018 . T C 34.74 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0308018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6042;QD=2.35545;RBI=0.0313089;REFB=-0.00435601;REVB=-0.0056117;RO=51;SAF=2;SAR=5;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114346;STB=0.579871;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0600765;OID=.;OPOS=94018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:59:59:51:52:7:7:0.118644:5:2:19:32:5:2:19:33 chr10 94026 . G A 81.62 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0549164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.888;QD=6.04601;RBI=0.0555352;REFB=0.00678782;REVB=0.00826779;RO=42;SAF=1;SAR=11;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480371;STB=0.821752;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0169337;OID=.;OPOS=94026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:42:42:12:12:0.222222:11:1:15:27:11:1:15:27 chr10 94545 . C T 343.19 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0377338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.806;QD=21.4492;RBI=0.0458208;REFB=-0.00531765;REVB=0.0259945;RO=28;SAF=19;SAR=16;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148598;STB=0.588967;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00458123;OID=.;OPOS=94545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:29:35:35:0.546875:16:19:10:18:16:19:10:19 chr10 294531 . C T 319.24 PASS AF=0.371429;AO=39;DP=105;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0037603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.27;QD=12.1617;RBI=0.00592592;REFB=-0.031034;REVB=-0.00458003;RO=66;SAF=12;SAR=27;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190531;STB=0.60939;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0368947;OID=.;OPOS=294531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:66:66:39:39:0.371429:27:12:31:35:27:12:31:35 chr10 294953 . A G 582.38 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9249;QD=58.2379;RBI=0.044814;REFB=-0.0464528;REVB=0.0295189;RO=1;SAF=30;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153742;STB=0.508193;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00578155;OID=.;OPOS=294953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:9:30:1:0:9:30:1:0 chr10 370931 . C T 390.74 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0468152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.967;QD=32.5614;RBI=0.0479232;REFB=-0.0287932;REVB=0.0102455;RO=16;SAF=11;SAR=21;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212898;STB=0.511621;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0141805;OID=.;OPOS=370931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:16:32:32:0.666667:21:11:5:11:21:11:5:11 chr10 403873 . G A 39.45 PASS AF=0.118421;AO=8;DP=75;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=-0.0145252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.512;QD=2.07626;RBI=0.0223415;REFB=-0.00683514;REVB=0.0169753;RO=66;SAF=2;SAR=6;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967197;STB=0.50494;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0568624;OID=.;OPOS=403873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:75:76:66:67:8:9:0.118421:6:2:21:45:6:3:22:45 chr10 429977 . G A 246.73 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00257075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.586;QD=31.8359;RBI=0.0278982;REFB=-0.0372113;REVB=-0.0277795;RO=8;SAF=10;SAR=12;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101449;STB=0.568802;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0127764;OID=.;OPOS=429977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:8:9:22:22:0.709677:12:10:2:6:12:10:2:7 chr10 445061 . C T 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.434;QD=53.9047;RBI=0.0607758;REFB=0;REVB=0.0589522;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000742506;OID=.;OPOS=445061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr10 459940 . G A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0239754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.048;QD=15.6504;RBI=0.0239798;REFB=-0.0256711;REVB=0.000462335;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851303;STB=0.549091;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0443716;OID=.;OPOS=459940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:9:7:11:10:9:7:11:10 chr10 696237 . G A 529.49 PASS AF=0.631579;AO=48;DP=76;FAO=48;FDP=76;FR=.;FRO=28;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.010837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.966;QD=27.8677;RBI=0.0186881;REFB=-0.0403513;REVB=0.0152252;RO=28;SAF=34;SAR=14;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00488633;STB=0.502658;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0196615;OID=.;OPOS=696237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:28:28:48:48:0.631579:14:34:20:8:14:34:20:8 chr10 855694 . C A 592.23 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0447231;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6416;QD=20.0755;RBI=0.048392;REFB=-0.0262848;REVB=0.0184833;RO=55;SAF=24;SAR=36;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127861;STB=0.575317;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0336454;OID=.;OPOS=855694;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:55:58:60:60:0.508475:36:24:30:25:36:24:32:26 chr10 1018585 . T G 1513.38 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.799;QD=59.9358;RBI=0.0273384;REFB=0;REVB=0.0165816;RO=0;SAF=66;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53132e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66808e-05;OID=.;OPOS=1018585;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:35:66:0:0:35:66:0:0 chr10 1042082 . C T 132.4 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0111725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2665;QD=9.99258;RBI=0.0306808;REFB=0.000660778;REVB=-0.0285742;RO=36;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101744;STB=0.560466;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.00276686;OID=.;OPOS=1042082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:10:7:18:18:10:7:18:18 chr10 1046712 . G A 2010.15 PASS AF=0.957143;AO=132;DP=141;FAO=134;FDP=140;FR=.;FRO=6;FSAF=73;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00528412;FXX=0.0140835;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.339;QD=57.4328;RBI=0.0753215;REFB=-0.196807;REVB=0.0751359;RO=1;SAF=72;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785583;STB=0.523434;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00261411;OID=.;OPOS=1046712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:141:140:1:6:132:134:0.957143:60:72:0:1:61:73:0:6 chr10 1089616 . T C 879.1 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352093;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.487;QD=57.6457;RBI=0.0352592;REFB=0;REVB=-0.00187528;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118562;OID=.;OPOS=1089616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:30:30:0:0:31:30:0:0 chr10 1142208 . T C 1434.55 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0420187;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.393;QD=57.3821;RBI=0.0449776;REFB=-0.0133105;REVB=0.0160441;RO=2;SAF=51;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182351;STB=0.509613;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000365592;OID=.;OPOS=1142208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:47:51:2:0:47:51:2:0 chr10 1175939 . C T 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.749;QD=64.154;RBI=0.0269027;REFB=0;REVB=0.0084453;RO=0;SAF=38;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56156e-05;OID=.;OPOS=1175939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:61:38:0:0:61:38:0:0 chr10 1230968 . C T 858.7 PASS AF=0.475676;AO=87;DP=185;FAO=88;FDP=185;FR=.;FRO=97;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=0.0562993;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.899;QD=18.5665;RBI=0.0563198;REFB=-0.02495;REVB=0.00151706;RO=96;SAF=38;SAR=49;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604605;STB=0.533359;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0191433;OID=.;OPOS=1230968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:96:97:87:88:0.475676:49:38:48:48:50:38:48:49 chr10 1233758 . G T 475.07 PASS AF=0.576923;AO=44;DP=77;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00279147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.01;QD=24.3627;RBI=0.0824855;REFB=-0.00980178;REVB=0.0824383;RO=33;SAF=30;SAR=14;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135514;STB=0.510872;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.011438;OID=.;OPOS=1233758;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:33:33:44:45:0.576923:14:30:22:11:14:31:22:11 chr10 3143643 . A C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.403;QD=62.3507;RBI=0.0338843;REFB=0;REVB=0.0327209;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161702;OID=.;OPOS=3143643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr10 3149417 . GA G 61.21 PASS AF=0.258065;AO=41;DP=155;FAO=40;FDP=155;FR=.;FRO=115;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=59;FSRR=56;FWDB=-0.145577;FXX=0.00640985;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.0065;QD=1.57963;RBI=0.151439;REFB=-0.0383607;REVB=0.041727;RO=93;SAF=20;SAR=21;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463985;STB=0.52753;STBP=0.703;TYPE=del;VARB=-0.0518565;OID=.;OPOS=3149418;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258065:41:155:40:155:115:22:18:59:56:61:93:20:21:49:44 chr10 3155620 . A G 1269.46 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00613383;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7087;QD=61.9251;RBI=0.00617112;REFB=0;REVB=0.000677427;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624308;OID=.;OPOS=3155620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr10 3159006 . C T 390.34 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.00566138;FXX=0.0377323;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.876;QD=15.3074;RBI=0.00756411;REFB=-0.00123866;REVB=0.00501642;RO=56;SAF=16;SAR=28;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243126;STB=0.627182;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00197256;OID=.;OPOS=3159006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:102:56:58:44:44:0.431373:28:16:34:22:28:16:34:24 chr10 3174554 . C T 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.000852489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.043;QD=14.7417;RBI=0.01163;REFB=0.00605585;REVB=-0.0115987;RO=25;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357912;STB=0.70883;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0108442;OID=.;OPOS=3174554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:4:13:11:14:4:13:11:14 chr10 3179758 . G A 790.67 PASS AF=0.5;AO=81;DP=162;FAO=81;FDP=162;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=-0.0113362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5954;QD=19.5227;RBI=0.0113468;REFB=-0.0149445;REVB=0.000489719;RO=81;SAF=33;SAR=48;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157313;STB=0.586596;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0172799;OID=.;OPOS=3179758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:81:81:81:81:0.5:48:33:47:34:48:33:47:34 chr10 3180227 . T C 1453.37 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9338;QD=63.1899;RBI=0.038054;REFB=0;REVB=0.000565825;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250101;OID=.;OPOS=3180227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:40:52:0:0:40:52:0:0 chr10 3180316 . T C 377.9 PASS AF=0.427083;AO=39;DP=95;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0220648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.123;QD=15.7458;RBI=0.0230846;REFB=-0.0200163;REVB=0.00678526;RO=54;SAF=21;SAR=18;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964904;STB=0.543358;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.027241;OID=.;OPOS=3180316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:54:55:39:41:0.427083:18:21:24:30:20:21:24:31 chr10 3181003 . A G 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.757;QD=58.0593;RBI=0.0445988;REFB=0;REVB=0.0385658;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41927e-05;OID=.;OPOS=3181003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr10 3181107 . G A 692.5 PASS AF=0.553719;AO=67;DP=121;FAO=67;FDP=121;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0354607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9768;QD=22.8927;RBI=0.0409005;REFB=0.0280377;REVB=0.020381;RO=54;SAF=28;SAR=39;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679346;STB=0.537179;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.0200566;OID=.;OPOS=3181107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:54:54:67:67:0.553719:39:28:27:27:39:28:27:27 chr10 3181157 . G C 396.34 PASS AF=0.379032;AO=47;DP=124;FAO=47;FDP=124;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.0204138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0401;QD=12.785;RBI=0.0478149;REFB=0.00970768;REVB=0.0432381;RO=77;SAF=22;SAR=25;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000606018;STB=0.500344;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.015928;OID=.;OPOS=3181157;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:77:77:47:47:0.379032:25:22:36:41:25:22:36:41 chr10 3186526 . G C 356.63 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00146651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.818;QD=19.2771;RBI=0.00565228;REFB=-0.00201314;REVB=0.00545872;RO=37;SAF=19;SAR=18;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731467;STB=0.540638;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00165811;OID=.;OPOS=3186526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:18:19:22:15:18:19:22:15 chr10 3189380 . C T 1033.12 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00490743;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.759;QD=59.8913;RBI=0.042025;REFB=0;REVB=-0.0417375;RO=0;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74023e-05;OID=.;OPOS=3189380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:69:0:0:69:69:1:25:44:0:0:25:44:0:0 chr10 3190265 . A G 375.64 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0674896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6893;QD=23.8502;RBI=0.0916838;REFB=-0.0145755;REVB=0.0620571;RO=26;SAF=24;SAR=13;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257158;STB=0.641303;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0183937;OID=.;OPOS=3190265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:13:24:8:18:13:24:8:18 chr10 3200292 . G A 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0138863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.886;QD=16.9234;RBI=0.0241166;REFB=-0.00126676;REVB=-0.0197175;RO=39;SAF=25;SAR=9;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305354;STB=0.66685;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00143678;OID=.;OPOS=3200292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:40:34:34:0.459459:9:25:17:22:9:25:18:22 chr10 3202065 . T C 750.95 PASS AF=0.528986;AO=69;DP=134;FAO=73;FDP=138;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.00739568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.566;QD=21.7667;RBI=0.0309573;REFB=-0.0178833;REVB=0.0300609;RO=65;SAF=33;SAR=36;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110709;STB=0.547096;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0182438;OID=.;OPOS=3202065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:138:65:65:69:73:0.528986:36:33:23:42:40:33:23:42 chr10 3206027 . A G 740.1 PASS AF=0.541985;AO=70;DP=130;FAO=71;FDP=131;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0090945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.818;QD=22.5986;RBI=0.0355431;REFB=-0.0238791;REVB=0.0343598;RO=60;SAF=30;SAR=40;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183657;STB=0.512834;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0141219;OID=.;OPOS=3206027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:60:60:70:71:0.541985:40:30:27:33:41:30:27:33 chr10 3208557 . A G 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0114648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.215;QD=16.034;RBI=0.0161978;REFB=-0.0135266;REVB=0.0114423;RO=28;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046966;STB=0.527;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0163149;OID=.;OPOS=3208557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:7:13:17:11:7:13:17:11 chr10 3214369 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00656567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.827;QD=63.2865;RBI=0.0253686;REFB=0;REVB=0.0245042;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48992e-05;OID=.;OPOS=3214369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr10 3821638 . C T 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0113853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.118;QD=11.257;RBI=0.0729133;REFB=-0.00165731;REVB=0.072019;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448594;STB=0.52696;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00668772;OID=.;OPOS=3821638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:8:4:3:5:8:4 chr10 5019959 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.902;QD=61.336;RBI=0.0386739;REFB=0;REVB=0.0328282;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179387;OID=.;OPOS=5019959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr10 5032239 . A AG 52.27 PASS AF=0.36;AO=4;DP=26;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.000953106;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.4975;QD=8.36313;RBI=0.0301421;REFB=0.0213971;REVB=0.0301271;RO=21;SAF=2;SAR=2;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194534;STB=0.586972;STBP=0.534;TYPE=ins;VARB=-0.0334236;OID=.;OPOS=5032240;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:4:26:9:25:16:5:4:11:5:52:21:2:2:14:7 chr10 5042664 . C T 535.25 PASS AF=0.426471;AO=58;DP=136;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.00150518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.061;QD=15.7427;RBI=0.0176715;REFB=-0.00322941;REVB=-0.0176073;RO=78;SAF=36;SAR=22;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139424;STB=0.578211;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00382719;OID=.;OPOS=5042664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:78:78:58:58:0.426471:22:36:38:40:22:36:38:40 chr10 5046957 . A T 267.4 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0354853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.962;QD=42.7836;RBI=0.036941;REFB=-0.0561261;REVB=0.0102681;RO=3;SAF=7;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855124;STB=0.546515;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00561056;OID=.;OPOS=5046957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:15:7:2:1:15:7:2:1 chr10 5120157 . G T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.983;QD=56.7065;RBI=0.0174232;REFB=0;REVB=0.00390759;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.92311e-05;OID=.;OPOS=5120157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr10 5136651 . C G 2131.0 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00927519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.828;QD=62.6765;RBI=0.0149542;REFB=0;REVB=0.0117303;RO=0;SAF=72;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70341e-05;OID=.;OPOS=5136651;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:63:72:0:0:64:72:0:0 chr10 5139685 . G A 1090.33 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=369.667;QD=59.744;RBI=0.0224418;REFB=0;REVB=-0.00114515;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81371e-05;OID=.;OPOS=5139685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:73:0:0:67:73:1:36:31:0:0:37:36:0:0 chr10 5149703 . G A 507.18 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0154653;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.803;QD=30.7381;RBI=0.0167545;REFB=-0.0204595;REVB=0.00644513;RO=14;SAF=15;SAR=23;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175859;STB=0.572719;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00676922;OID=.;OPOS=5149703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:14:17:38:38:0.575758:23:15:1:13:23:15:3:14 chr10 5197881 . A G 202.66 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0239764;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1469;QD=20.7856;RBI=0.0298877;REFB=-0.0214027;REVB=0.017844;RO=19;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139667;STB=0.578098;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0129004;OID=.;OPOS=5197881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:19:19:20:20:0.512821:7:13:15:4:7:13:15:4 chr10 5199934 . G C 391.46 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0392323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4194;QD=50.5107;RBI=0.0672274;REFB=-0.120121;REVB=0.0545926;RO=2;SAF=21;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423286;STB=0.522712;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0104757;OID=.;OPOS=5199934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:8:21:2:0:8:21:2:0 chr10 5202060 . C T 306.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245773;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.5442;QD=53.2671;RBI=0.0250313;REFB=0;REVB=0.00474596;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000555593;OID=.;OPOS=5202060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr10 5202104 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7212;QD=51.9166;RBI=0.0409521;REFB=0;REVB=0.00577497;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108519;OID=.;OPOS=5202104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr10 5202145 . T A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000243137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.989;QD=42.1827;RBI=0.0171052;REFB=0;REVB=0.0171035;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422358;OID=.;OPOS=5202145;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr10 5244441 . A G 216.9 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0133252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.239;QD=10.3286;RBI=0.0180092;REFB=-0.00361674;REVB=-0.0121149;RO=52;SAF=12;SAR=15;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19177;STB=0.582712;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0147664;OID=.;OPOS=5244441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:56:27:28:0.333333:15:12:32:20:15:13:33:23 chr10 5246584 . C A 352.94 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=107;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=-0.0724109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.859;QD=13.1938;RBI=0.0724931;REFB=-0.00203357;REVB=-0.00344986;RO=65;SAF=17;SAR=25;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573587;STB=0.532477;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0028442;OID=.;OPOS=5246584;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:65:65:42:42:0.392523:25:17:23:42:25:17:23:42 chr10 5255025 . A G 1127.89 PASS AF=0.974026;AO=50;DP=84;FAO=75;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0618991;FXX=0.0833234;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.192;QD=58.5916;RBI=0.0984157;REFB=-0.123003;REVB=-0.0765124;RO=15;SAF=12;SAR=38;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156686;STB=0.514702;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0020166;OID=.;OPOS=5255025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:77:15:2:50:75:0.974026:38:12:8:7:42:33:2:0 chr10 5415727 . TGGGGGGC TGGGGC,TGGGGGG 106.64 PASS AF=0.266667,0.316667;AO=8,15;DP=62;FAO=16,19;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=0,18;FSAR=16,1;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.0336123,-0.0744823;FXX=0.130416;HRUN=6,4;LEN=2,1;MLLD=19.9867,10.8157;QD=7.10935;RBI=0.360804,0.0866488;REFB=-0.0436899,-0.0922725;REVB=-0.359235,0.0442764;RO=15;SAF=0,14;SAR=8,1;SRF=15;SRR=0;SSEN=0.470588,0;SSEP=0.533333,0.452381;SSSB=-0.863919,-0.318176;STB=0.99936,0.739385;STBP=0,0.074;TYPE=del,del;VARB=-0.00465613,0.108742;OID=.,.;OPOS=5415728,5415734;OREF=GG,C;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGGC,TGGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.266667,0.316667:8,15:62:16,19:60:25:0,18:16,1:20:5:62:15:0,14:8,1:15:0 chr10 5415954 . A G 286.6 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0103852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.582;QD=16.8589;RBI=0.0156361;REFB=-0.0142538;REVB=-0.0116892;RO=36;SAF=22;SAR=9;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164017;STB=0.597649;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0206307;OID=.;OPOS=5415954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:36:36:31:32:0.470588:9:22:20:16:9:23:20:16 chr10 5435918 . G A 1415.28 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4234;QD=62.9013;RBI=0.0529027;REFB=0;REVB=0.0464546;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567668;OID=.;OPOS=5435918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:51:38:0:0:52:38:0:0 chr10 5436260 . A G 1482.91 PASS AF=1;AO=78;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0799082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.507;QD=62.4384;RBI=0.0799189;REFB=0;REVB=-0.00131008;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00536716;OID=.;OPOS=5436260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:78:95:1:43:35:0:0:43:52:0:0 chr10 5437365 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.55;QD=57.1767;RBI=0.0335345;REFB=0;REVB=-0.0315847;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.57186e-05;OID=.;OPOS=5437365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr10 5446794 . C T 868.21 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1796;QD=57.8804;RBI=0.0403757;REFB=0;REVB=-0.00865338;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000375876;OID=.;OPOS=5446794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr10 5471200 . C T 2367.54 PASS AF=0.993631;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00331748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7959;QD=60.3196;RBI=0.010008;REFB=-0.126737;REVB=0.00944212;RO=0;SAF=66;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.55173e-08;STB=0.503759;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00089784;OID=.;OPOS=5471200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:157:157:0:1:156:156:0.993631:90:66:0:0:90:66:1:0 chr10 5495218 . T C 892.32 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00594123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.754;QD=56.6552;RBI=0.0147919;REFB=-0.114161;REVB=0.0135463;RO=1;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185094;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033681;OID=.;OPOS=5495218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:63:1:0:62:63:1:25:37:0:1:26:37:0:0 chr10 5499703 . ATA AT,ATT,TAT 1097.28 PASS AF=0.986486,0.0135135,0;AO=45,39,10;DP=113;FAO=73,1,0;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39,1,0;FSAR=34,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127707,-0.0176199,-0.0204431;FXX=0.159073;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,3;MLLD=149.032,144.264,136.489;QD=59.3124;RBI=0.170534,0.089675,0.0981576;REFB=0,0,0;REVB=0.170055,0.0879269,0.0960051;RO=10;SAF=13,23,9;SAR=32,16,1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0448221,0.0731716,0.548441;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0013507,-0.0419839,0.0688786;OID=.,.,.;OPOS=5499705,5499705,5499703;OREF=A,A,ATA;OALT=-,T,TAT;OMAPALT=AT,ATT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:113:74:10:0:45,39,10:73,1,0:0.986486,0.0135135,0:32,16,1:13,23,9:4:6:34,0,0:39,1,0:0:0 chr10 5541299 . C T 267.41 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0258038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.912;QD=14.2619;RBI=0.027402;REFB=-0.027381;REVB=-0.00922131;RO=44;SAF=23;SAR=8;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296302;STB=0.669368;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0462679;OID=.;OPOS=5541299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:8:23:21:23:8:23:21:23 chr10 5567366 . G A 694.6 PASS AF=0.485915;AO=69;DP=141;FAO=69;FDP=142;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.000420505;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6198;QD=19.5662;RBI=0.027064;REFB=-0.0200185;REVB=-0.0270607;RO=72;SAF=39;SAR=30;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479209;STB=0.530275;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0202784;OID=.;OPOS=5567366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:72:73:69:69:0.485915:30:39:37:35:30:39:37:36 chr10 5567695 . G A 1733.71 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597215;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.721;QD=60.3031;RBI=0.0661641;REFB=0;REVB=0.0284787;RO=0;SAF=74;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142023;OID=.;OPOS=5567695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:115:0:0:113:115:1:39:74:0:0:41:74:0:0 chr10 5567967 . G T 471.01 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00230208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.46;QD=17.2847;RBI=0.00704489;REFB=-0.0133101;REVB=0.00665815;RO=58;SAF=23;SAR=28;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799017;STB=0.544455;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0154832;OID=.;OPOS=5567967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:58:51:51:0.46789:28:23:31:27:28:23:31:27 chr10 5673528 . G A 187.3 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0134794;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.561;QD=14.6904;RBI=0.0147508;REFB=-0.00236363;REVB=0.00599102;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925042;STB=0.553022;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00309602;OID=.;OPOS=5673528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:10:11:13:17:10:11:13:17 chr10 5684544 . TT AA,AT 40.83 PASS AF=0.173913,0.26087;AO=4,6;DP=21;FAO=4,6;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=1,3;FSAR=3,3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0115485,0.00591516;FXX=0;HRUN=9,9;LEN=2,1;MLLD=38.8773,32.7237;QD=7.10041;RBI=0.019275,0.0135924;REFB=-0.0649914,-0.0439283;REVB=0.0154323,0.0122378;RO=11;SAF=1,3;SAR=3,3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.328321,-0.0469701;STB=0.726108,0.526228;STBP=0.339,0.941;TYPE=mnp,snp;VARB=0.250859,0.126224;OID=.,.;OPOS=5684544,5684544;OREF=TT,T;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:18:21:23:11:13:4,6:4,6:0.173913,0.26087:3,3:1,3:6:5:3,3:1,3:7:6 chr10 5684553 . A T 51.88 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0192524;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=25.7454;QD=9.02225;RBI=0.0324233;REFB=-0.0467825;REVB=0.0260887;RO=7;SAF=0;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.793549;STB=0.73781;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.142867;OID=.;OPOS=5684553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:15:23:7:14:8:9:0.391304:8:0:4:3:8:1:5:9 chr10 5765637 . C T 1037.35 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00197635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7523;QD=59.2771;RBI=0.0293231;REFB=0;REVB=0.0292565;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018845;OID=.;OPOS=5765637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:70:0:0:63:70:1:36:27:0:0:41:29:0:0 chr10 5781628 . T G 1397.16 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00320241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6672;QD=61.4135;RBI=0.0613907;REFB=0.0378625;REVB=-0.0613071;RO=1;SAF=52;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00902834;STB=0.504761;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00374146;OID=.;OPOS=5781628;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:38:52:1:0:38:52:1:0 chr10 5781969 . A T 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8616;QD=60.974;RBI=0.0370845;REFB=0;REVB=0.0347147;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276478;OID=.;OPOS=5781969;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr10 5788608 . G C 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.556;QD=46.8457;RBI=0.0178389;REFB=0;REVB=0.0165804;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335183;OID=.;OPOS=5788608;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr10 5789966 . CCTGCCTCAG C 444.34 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00597065;FXX=0;HRUN=2;LEN=9;MLLD=368.839;QD=49.3714;RBI=0.00628067;REFB=0;REVB=-0.00194887;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.32174e-05;OID=.;OPOS=5789967;OREF=CTGCCTCAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:36:36:36:0:19:17:0:0:8:0:19:17:0:0 chr10 5790420 . T C 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00594814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.9;QD=51.9116;RBI=0.0622699;REFB=0;REVB=0.0619852;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444818;OID=.;OPOS=5790420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr10 5790616 . A G 785.02 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.589;QD=57.0921;RBI=0.0264607;REFB=0;REVB=0.0206297;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195183;OID=.;OPOS=5790616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:31:24:0:0 chr10 5791160 . G A 86.8 PASS AF=0.215385;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.00925675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.744;QD=5.34174;RBI=0.053339;REFB=-0.00143275;REVB=-0.0525297;RO=50;SAF=4;SAR=10;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461052;STB=0.789108;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00617607;OID=.;OPOS=5791160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:64:65:50:51:14:14:0.215385:10:4:34:16:10:4:35:16 chr10 5804531 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.229;QD=58.6005;RBI=0.012289;REFB=0;REVB=0.0113901;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01012e-06;OID=.;OPOS=5804531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr10 5920121 . T C 524.07 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.328;QD=58.23;RBI=0.0691872;REFB=0;REVB=0.0641233;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329547;OID=.;OPOS=5920121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:36:0:0:31:36:1:17:14:0:0:21:15:0:0 chr10 5925971 . C A 544.46 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0179602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.503;QD=57.3119;RBI=0.018005;REFB=-0.150141;REVB=-0.00127014;RO=1;SAF=22;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208029;STB=0.511105;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0016773;OID=.;OPOS=5925971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:1:1:36:37:0.973684:14:22:1:0:15:22:1:0 chr10 5951017 . C T 431.42 PASS AF=0.337423;AO=55;DP=163;FAO=55;FDP=163;FR=.;FRO=108;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=0.00144564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.505;QD=10.5869;RBI=0.00854566;REFB=-0.0019195;REVB=-0.00842249;RO=107;SAF=29;SAR=26;SRF=54;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026021;STB=0.518082;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00393503;OID=.;OPOS=5951017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:107:108:55:55:0.337423:26:29:54:53:26:29:54:54 chr10 6008172 . C T 267.7 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0115288;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.178;QD=15.9822;RBI=0.0129966;REFB=-0.0122919;REVB=-0.00599976;RO=36;SAF=18;SAR=12;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22891;STB=0.635206;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0172291;OID=.;OPOS=6008172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:36:37:30:30:0.447761:12:18:13:23:12:18:13:24 chr10 6008296 . G A 239.74 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.039226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.948;QD=11.9872;RBI=0.0408058;REFB=-0.0053685;REVB=-0.0112444;RO=51;SAF=15;SAR=14;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00822943;STB=0.504742;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00977874;OID=.;OPOS=6008296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:51:29:29:0.3625:14:15:26:25:14:15:26:25 chr10 6191733 . G A 240.13 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0123929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4287;QD=16.8509;RBI=0.0124127;REFB=-0.00930282;REVB=0.000700918;RO=30;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124969;STB=0.570417;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0135404;OID=.;OPOS=6191733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:17:10:15:15:17:10:15:15 chr10 6191735 . T C 776.84 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.891;QD=56.4971;RBI=0.0171183;REFB=0;REVB=0.00128903;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237491;OID=.;OPOS=6191735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:31:23:0:0:32:23:0:0 chr10 6257205 . G A 79.42 PASS AF=0.125874;AO=18;DP=143;FAO=18;FDP=143;FR=.;FRO=125;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=80;FSRR=45;FWDB=0.00985845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8029;QD=2.22146;RBI=0.0131139;REFB=-0.00301869;REVB=-0.0086479;RO=123;SAF=15;SAR=3;SRF=79;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293797;STB=0.716144;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0223789;OID=.;OPOS=6257205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:143:143:123:125:18:18:0.125874:3:15:79:44:3:15:80:45 chr10 6287695 . G A 49.76 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0275528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.21;QD=8.65472;RBI=0.0286123;REFB=-0.0138029;REVB=0.00771414;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277775;STB=0.529339;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0523698;OID=.;OPOS=6287695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:21:23:13:15:7:8:0.347826:5:2:4:9:5:3:5:10 chr10 6392848 . G A 700.9 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00881968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.451;QD=62.3022;RBI=0.0327717;REFB=0;REVB=0.0315626;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108102;OID=.;OPOS=6392848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:15:29:0:0:15:30:0:0 chr10 6393009 . A G 490.04 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000323781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8095;QD=56.0049;RBI=0.00678369;REFB=-0.0103773;REVB=-0.00677596;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252651;STB=0.513506;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000360553;OID=.;OPOS=6393009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:16:18:1:0:16:18:1:0 chr10 6393260 . C G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.864;QD=57.6805;RBI=0.0245305;REFB=0;REVB=0.0199602;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44828e-05;OID=.;OPOS=6393260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr10 6393706 . ACAGGCAGGCAGGCA ACAGGCAGGCAG,ACAGGCAGGCA 325.7 PASS AF=0,1;AO=3,19;DP=29;FAO=0,28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00827113,-0.00217221;FXX=0.0344709;HRUN=2,2;LEN=3,4;MLLD=161.997,182.932;QD=46.5282;RBI=0.0200552,0.0461305;REFB=0,0;REVB=0.0182701,0.0460794;RO=0;SAF=0,10;SAR=3,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.269962,0.269962;SSSB=0,-3.33753e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000370307;OID=.,.;OPOS=6393718,6393707;OREF=GCA,CAGG;OALT=-,-;OMAPALT=ACAGGCAGGCAG,ACAGGCAGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,19:29:0,28:28:0:0,10:0,18:0:0:6:0:0,10:3,9:0:0 chr10 6498722 . C T 154.55 PASS AF=0.208;AO=26;DP=125;FAO=26;FDP=125;FR=.;FRO=99;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=-0.0359852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7157;QD=4.94549;RBI=0.0541038;REFB=-0.00782488;REVB=-0.0404016;RO=99;SAF=14;SAR=12;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00396055;STB=0.502473;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0334585;OID=.;OPOS=6498722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:99:99:26:26:0.208:12:14:53:46:12:14:53:46 chr10 6527143 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.55;QD=58.9625;RBI=0.0250462;REFB=0;REVB=0.0150667;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17454e-05;OID=.;OPOS=6527143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr10 7239639 . G A 253.99 PASS AF=0.246667;AO=36;DP=149;FAO=37;FDP=150;FR=.;FRO=113;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=62;FWDB=0.0191713;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8716;QD=6.77306;RBI=0.0267504;REFB=0.00371234;REVB=0.0186561;RO=113;SAF=16;SAR=20;SRF=51;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871817;STB=0.506169;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.0206255;OID=.;OPOS=7239639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:113:113:36:37:0.246667:20:16:51:62:20:17:51:62 chr10 7269848 . G A 202.04 PASS AF=0.258621;AO=30;DP=116;FAO=30;FDP=116;FR=.;FRO=86;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.00347232;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4647;QD=6.96701;RBI=0.022509;REFB=-0.00838638;REVB=0.0222396;RO=77;SAF=13;SAR=17;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888332;STB=0.583469;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0243797;OID=.;OPOS=7269848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:77:86:30:30:0.258621:17:13:39:38:17:13:47:39 chr10 7285632 . A G 871.44 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0258762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.168;QD=56.2217;RBI=0.0260101;REFB=-0.139208;REVB=0.00263565;RO=1;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125883;STB=0.506664;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00104166;OID=.;OPOS=7285632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:37:24:0:1:37:24:0:1 chr10 7528721 . A C 1010.88 PASS AF=0.582822;AO=93;DP=162;FAO=95;FDP=163;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0138599;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.51;QD=24.8069;RBI=0.0341661;REFB=-0.037815;REVB=0.0312285;RO=66;SAF=34;SAR=59;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107077;STB=0.558446;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.023654;OID=.;OPOS=7528721;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:66:68:93:95:0.582822:59:34:33:33:59:36:35:33 chr10 7528738 . G A 2370.27 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.024;QD=64.0615;RBI=0.0348581;REFB=0;REVB=0.0180873;RO=0;SAF=66;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.79046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27382e-05;OID=.;OPOS=7528738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:82:66:0:0:82:66:0:0 chr10 7605067 . C T 789.46 PASS AF=0.935484;AO=58;DP=62;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0104943;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.397;QD=50.9327;RBI=0.032295;REFB=-0.0919452;REVB=0.0305423;RO=3;SAF=34;SAR=24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039821;STB=0.510928;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.000872847;OID=.;OPOS=7605067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:62:62:3:4:58:58:0.935484:24:34:3:0:24:34:3:1 chr10 7605077 . TC T 756.4 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403889;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.6416;QD=48.0255;RBI=0.098077;REFB=0;REVB=-0.0893747;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.213368;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00264028;OID=.;OPOS=7605078;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:64:63:63:0:36:27:0:0:14:0:36:27:0:0 chr10 7605101 . A G 1128.71 PASS AF=0.974359;AO=73;DP=75;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.116069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7988;QD=57.8826;RBI=0.116886;REFB=0.0574821;REVB=-0.0137956;RO=2;SAF=33;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00243926;STB=0.500676;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.0108076;OID=.;OPOS=7605101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:75:78:2:2:73:76:0.974359:40:33:1:1:40:36:1:1 chr10 7618501 . A G 202.17 PASS AF=0.27451;AO=27;DP=100;FAO=28;FDP=102;FR=.;FRO=74;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0161495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.664;QD=7.92831;RBI=0.0469225;REFB=-0.0097578;REVB=-0.0440558;RO=71;SAF=14;SAR=13;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139247;STB=0.509797;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.019196;OID=.;OPOS=7618501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:71:74:27:28:0.27451:13:14:36:35:14:14:38:36 chr10 7618686 . T G 176.19 PASS AF=0.37931;AO=19;DP=55;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0294209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.612;QD=12.1507;RBI=0.0311223;REFB=-0.0198702;REVB=0.0101492;RO=36;SAF=11;SAR=8;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037092;STB=0.516763;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0368498;OID=.;OPOS=7618686;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:36:36:19:22:0.37931:8:11:22:14:8:14:22:14 chr10 7627995 . C T 314.83 PASS AF=0.294872;AO=43;DP=153;FAO=46;FDP=156;FR=.;FRO=110;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=52;FSRR=58;FWDB=0.00951188;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.632;QD=8.07251;RBI=0.0133772;REFB=-0.0210516;REVB=-0.00940604;RO=110;SAF=22;SAR=21;SRF=52;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473511;STB=0.549811;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0122182;OID=.;OPOS=7627995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:156:110:110:43:46:0.294872:21:22:52:58:21:25:52:58 chr10 7679393 . C T 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.081298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3502;QD=15.6258;RBI=0.0834811;REFB=0.0320567;REVB=-0.0189667;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26226;STB=0.648411;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0438702;OID=.;OPOS=7679393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:7:10:19:4:7:10:19:4 chr10 7763661 . A G 1482.54 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0286265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.288;QD=61.1355;RBI=0.0292844;REFB=-0.0605423;REVB=0.00617268;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500544;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00162563;OID=.;OPOS=7763661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:0:2:95:95:0.979381:45:50:0:0:45:50:1:1 chr10 7797903 . C CAACT 704.23 PASS AF=0.958333;AO=45;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00648264;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=297.39;QD=58.686;RBI=0.0100511;REFB=-0.100161;REVB=0.00768109;RO=2;SAF=30;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303064;STB=0.515618;STBP=0.424;TYPE=ins;VARB=-8.40652e-06;OID=.;OPOS=7797904;OREF=-;OALT=AACT;OMAPALT=CAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.958333:45:48:46:48:2:31:15:2:0:9:2:30:15:2:0 chr10 7798030 . CAAA CAA,CAAT 672.64 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=6,35;DP=43;FAO=1,43;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=1,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0640545,-0.0841964;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=23.6234,36.39;QD=61.1488;RBI=0.0943945,0.212093;REFB=0,0;REVB=0.069335,0.194664;RO=0;SAF=0,13;SAR=6,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.39865e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0163595,0.0036758;OID=.,.;OPOS=7798031,7798033;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAA,CAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0227273,0.977273:6,35:43:1,43:44:0:0,15:1,28:0:0:4:0:0,13:6,22:0:0 chr10 7817764 . TA T 73.13 PASS AF=0.350877;AO=45;DP=114;FAO=40;FDP=114;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.0352531;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.05983;QD=2.56609;RBI=0.0493015;REFB=-0.0908534;REVB=-0.0344653;RO=52;SAF=28;SAR=17;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138842;STB=0.548363;STBP=0.484;TYPE=del;VARB=0.0957245;OID=.;OPOS=7817765;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.350877:45:114:40:114:74:24:16:39:35:73:52:28:17:25:27 chr10 8006798 . A G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.542;QD=57.3849;RBI=0.0152187;REFB=0;REVB=0.00983778;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5164e-05;OID=.;OPOS=8006798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr10 8007559 . GT CC 581.01 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529336;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=2;MLLD=145.658;QD=61.159;RBI=0.0617049;REFB=0;REVB=0.0317102;RO=0;SAF=7;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000458039;OID=.;OPOS=8007559;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:31:7:0:0:31:7:0:0 chr10 11371137 . G A 203.13 PASS AF=0.278351;AO=27;DP=95;FAO=27;FDP=97;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0129288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.083;QD=8.37653;RBI=0.0359946;REFB=-0.00453956;REVB=-0.0335925;RO=68;SAF=19;SAR=8;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170869;STB=0.604609;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0154497;OID=.;OPOS=11371137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:68:70:27:27:0.278351:8:19:39:29:8:19:40:30 chr10 11373418 . A ATC 1077.68 PASS AF=0.710938;AO=81;DP=132;FAO=91;FDP=128;FR=.;FRO=37;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.00114167;FXX=0.0303007;HRUN=1;LEN=2;MLLD=234.466;QD=33.6776;RBI=0.0229615;REFB=-0.00408403;REVB=-0.0229331;RO=37;SAF=38;SAR=43;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852653;STB=0.52796;STBP=0.333;TYPE=ins;VARB=0.000789618;OID=.;OPOS=11373419;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=ATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.710938:81:132:91:128:37:38:53:12:25:99:37:38:43:12:25 chr10 11373420 . G C 112.05 PASS AF=0.165354;AO=21;DP=136;FAO=21;FDP=127;FR=.;FRO=106;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=64;FWDB=0.0246682;FXX=0.0729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1712;QD=3.52901;RBI=0.0648272;REFB=-0.00264167;REVB=-0.0599504;RO=99;SAF=11;SAR=10;SRF=41;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139242;STB=0.605558;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00361451;OID=.;OPOS=11373420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:127:99:106:21:21:0.165354:10:11:41:58:10:11:42:64 chr10 11504313 . C T 919.83 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7711;QD=58.4016;RBI=0.0428472;REFB=0;REVB=0.0189407;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184379;OID=.;OPOS=11504313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr10 11789382 . G A 1044.24 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1646;QD=59.671;RBI=0.04031;REFB=0;REVB=-0.0387453;RO=0;SAF=48;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000383952;OID=.;OPOS=11789382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:22:48:0:0:22:48:0:0 chr10 11789405 . G A 1226.68 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.483;QD=61.3342;RBI=0.0157276;REFB=0;REVB=0.00219204;RO=0;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85965e-05;OID=.;OPOS=11789405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:31:49:0:0:31:49:0:0 chr10 11797436 . T C 971.72 PASS AF=0.957746;AO=67;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0362466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5644;QD=54.745;RBI=0.0429171;REFB=-0.152791;REVB=-0.0229795;RO=3;SAF=34;SAR=33;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398855;STB=0.521121;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00505492;OID=.;OPOS=11797436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:71:71:3:3:67:68:0.957746:33:34:3:0:34:34:3:0 chr10 11797467 . G A 1012.13 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00617466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.262;QD=57.8358;RBI=0.0852044;REFB=-0.131669;REVB=0.0849804;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000761762;OID=.;OPOS=11797467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:29:40:0:0:29:40:0:1 chr10 11805339 . C T 275.17 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0314875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.922;QD=13.1035;RBI=0.0316955;REFB=-0.0220419;REVB=-0.00362568;RO=52;SAF=10;SAR=22;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645293;STB=0.537013;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0369527;OID=.;OPOS=11805339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:52:32:32:0.380952:22:10:19:33:22:10:19:33 chr10 11805354 . A G 241.62 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0334602;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.588;QD=12.2339;RBI=0.0405642;REFB=-0.0148695;REVB=-0.0229318;RO=48;SAF=7;SAR=22;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150771;STB=0.606496;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0220238;OID=.;OPOS=11805354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:50:29:29:0.367089:22:7:17:31:22:7:19:31 chr10 11805357 . G A 239.77 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.00934485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9303;QD=11.9884;RBI=0.0478129;REFB=0.00103611;REVB=0.0468908;RO=51;SAF=8;SAR=21;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124348;STB=0.572097;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.000944444;OID=.;OPOS=11805357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:51:29:29:0.3625:21:8:19:32:21:8:19:32 chr10 11894164 . G A 160.23 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0094663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3839;QD=10.3376;RBI=0.0114657;REFB=-0.0109099;REVB=-0.00646929;RO=41;SAF=9;SAR=12;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121847;STB=0.571361;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.040391;OID=.;OPOS=11894164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:12:9:22:19:12:9:22:19 chr10 11963092 . C T 171.19 PASS AF=0.258065;AO=23;DP=93;FAO=24;FDP=93;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.000633184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.219;QD=7.36317;RBI=0.0204458;REFB=-0.00797244;REVB=-0.020436;RO=69;SAF=14;SAR=9;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109013;STB=0.578446;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0245006;OID=.;OPOS=11963092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:69:69:23:24:0.258065:9:14:36:33:9:15:36:33 chr10 11990443 . T A 132.54 PASS AF=0.326923;AO=16;DP=54;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00672384;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.836;QD=10.1951;RBI=0.0356939;REFB=-0.0288473;REVB=0.0350548;RO=31;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15959;STB=0.531141;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0348131;OID=.;OPOS=11990443;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:31:35:16:17:0.326923:6:10:15:16:7:10:19:16 chr10 12111090 . T C 1141.92 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0365398;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0703;QD=59.3204;RBI=0.0478548;REFB=0.0258413;REVB=0.0309018;RO=2;SAF=46;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201293;STB=0.505375;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00231821;OID=.;OPOS=12111090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:2:1:76:76:0.987013:30:46:2:0:30:46:1:0 chr10 12129648 . G A 326.98 PASS AF=0.288591;AO=43;DP=149;FAO=43;FDP=149;FR=.;FRO=106;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=51;FSRR=55;FWDB=-0.0149272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.383;QD=8.77786;RBI=0.0379918;REFB=-0.00681636;REVB=-0.0349365;RO=106;SAF=20;SAR=23;SRF=51;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194296;STB=0.511426;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.018579;OID=.;OPOS=12129648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:106:106:43:43:0.288591:23:20:51:55:23:20:51:55 chr10 12131081 . T G 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00258698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.359;QD=60.5468;RBI=0.0094212;REFB=0;REVB=0.00905905;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47832e-05;OID=.;OPOS=12131081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr10 12131197 . C T 101.61 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.062879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.143;QD=16.9352;RBI=0.0666497;REFB=-0.00991449;REVB=-0.0221001;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214087;STB=0.623086;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00897003;OID=.;OPOS=12131197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:5:7:4:8:5:7:4:8 chr10 12143105 . C G 1245.94 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00946672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.613;QD=61.5278;RBI=0.0496989;REFB=0;REVB=-0.048789;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164279;OID=.;OPOS=12143105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr10 12148259 . A C 856.97 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.05;QD=57.1311;RBI=0.00635257;REFB=0;REVB=0.00175305;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77695e-06;OID=.;OPOS=12148259;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:34:24:0:0:36:24:0:0 chr10 12148286 . T C 1018.06 PASS AF=0.959459;AO=70;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0106532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.124;QD=55.0304;RBI=0.0459402;REFB=0.0506489;REVB=0.0446879;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505358;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00344653;OID=.;OPOS=12148286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:0:3:70:71:0.959459:38:32:0:0:38:33:1:2 chr10 12149939 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00125715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.46;QD=59.0185;RBI=0.00792904;REFB=0;REVB=0.00782875;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65082e-05;OID=.;OPOS=12149939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr10 12212186 . T A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.274;QD=61.3363;RBI=0.0300356;REFB=0;REVB=-0.0043613;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62724e-05;OID=.;OPOS=12212186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr10 12292344 . A G 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.00977998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.757;QD=19.9755;RBI=0.00985244;REFB=-0.010215;REVB=-0.00119269;RO=20;SAF=13;SAR=7;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383795;STB=0.71511;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0117521;OID=.;OPOS=12292344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:7:13:4:16:7:13:4:16 chr10 12292454 . A G 248.16 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00593656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9395;QD=16.2729;RBI=0.00981009;REFB=-0.0139888;REVB=0.00780994;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189961;STB=0.606485;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0130047;OID=.;OPOS=12292454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:14:14:10:23:14:14:10:23 chr10 12620763 . T G 400.35 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0117632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1894;QD=16.1759;RBI=0.0128205;REFB=0.00492952;REVB=-0.00509816;RO=57;SAF=22;SAR=20;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104787;STB=0.558937;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00467523;OID=.;OPOS=12620763;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:57:42:42:0.424242:20:22:24:33:20:22:24:33 chr10 12867598 . C G 188.52 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0723926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9716;QD=15.0813;RBI=0.0750609;REFB=-0.00248911;REVB=0.0198357;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208877;STB=0.637661;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00285185;OID=.;OPOS=12867598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:30:20:20:0.4:12:8:17:11:12:8:19:11 chr10 12940455 . A G 393.78 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00903483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.89;QD=52.5039;RBI=0.0266135;REFB=-0.0155544;REVB=0.025033;RO=1;SAF=18;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251595;STB=0.513504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00127592;OID=.;OPOS=12940455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:1:1:28:29:0.966667:10:18:1:0:11:18:1:0 chr10 13151224 . G A 715.51 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386489;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.594;QD=57.2405;RBI=0.0388272;REFB=0;REVB=0.00371654;RO=0;SAF=2;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69049e-05;OID=.;OPOS=13151224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:48:2:0:0:48:2:0:0 chr10 13158262 . C T 347.32 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0040328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.867;QD=51.4554;RBI=0.0491812;REFB=-0.0121717;REVB=0.0490155;RO=1;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054487;STB=0.526295;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000213622;OID=.;OPOS=13158262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:1:1:25:26:0.962963:8:17:0:1:9:17:0:1 chr10 13166076 . A G 740.4 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549604;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.475;QD=63.0126;RBI=0.0566888;REFB=0;REVB=-0.0138914;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177021;OID=.;OPOS=13166076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:33:12:0:0:35:12:0:0 chr10 13206233 . A T 1396.31 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000292464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.448;QD=62.7556;RBI=0.0226753;REFB=0;REVB=0.0226734;RO=0;SAF=53;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56152e-05;OID=.;OPOS=13206233;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:36:53:0:0:36:53:0:0 chr10 13230950 . C T 308.8 PASS AF=0.435897;AO=33;DP=77;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00931968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.385;QD=15.8358;RBI=0.016186;REFB=-0.0115032;REVB=0.0132337;RO=44;SAF=15;SAR=18;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137201;STB=0.567528;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0156317;OID=.;OPOS=13230950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:44:44:33:34:0.435897:18:15:26:18:18:16:26:18 chr10 13275553 . T G 538.26 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.902;QD=59.8069;RBI=0.037438;REFB=0;REVB=0.0353428;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113364;OID=.;OPOS=13275553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:19:16:0:0:20:16:0:0 chr10 13337588 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.312;QD=63.2867;RBI=0.0174065;REFB=0;REVB=-0.00774395;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4078e-05;OID=.;OPOS=13337588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:26:20:0:0 chr10 13375906 . T C 450.6 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0134185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.16;QD=21.7157;RBI=0.0156111;REFB=-0.00245989;REVB=0.00797814;RO=39;SAF=14;SAR=30;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198169;STB=0.609704;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00271835;OID=.;OPOS=13375906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:30:14:21:18:30:14:21:18 chr10 13534851 . A G 795.62 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.438;QD=63.6496;RBI=0.0455196;REFB=0;REVB=0.0186893;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46971e-05;OID=.;OPOS=13534851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:50:0:0:46:50:1:28:18:0:0:32:18:0:0 chr10 13633835 . A G 1540.34 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.409;QD=59.8192;RBI=0.0774466;REFB=0;REVB=-0.0445303;RO=0;SAF=72;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101347;OID=.;OPOS=13633835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:31:72:0:0:31:72:0:0 chr10 13652046 . G A 123.2 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0267394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9459;QD=7.3554;RBI=0.0532178;REFB=0.00421304;REVB=-0.0460124;RO=48;SAF=8;SAR=10;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214681;STB=0.620785;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.012168;OID=.;OPOS=13652046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:48:49:18:18:0.268657:10:8:30:18:10:8:30:19 chr10 13685766 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.029;QD=60.9785;RBI=0.0335508;REFB=0;REVB=-0.0318855;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.37452e-05;OID=.;OPOS=13685766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr10 13687890 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.39;QD=62.0218;RBI=0.0251658;REFB=0;REVB=-0.00550496;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.67889e-05;OID=.;OPOS=13687890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr10 13769842 . A G 260.12 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00663887;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.79;QD=13.1707;RBI=0.0187081;REFB=-0.0170128;REVB=0.0174905;RO=47;SAF=18;SAR=13;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164387;STB=0.501677;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0262462;OID=.;OPOS=13769842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:48:31:31:0.392405:13:18:28:19:13:18:28:20 chr10 14425192 . C T 267.55 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0132238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.497;QD=13.7204;RBI=0.0205178;REFB=-0.0151558;REVB=-0.0156879;RO=47;SAF=18;SAR=13;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748478;STB=0.542686;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0254104;OID=.;OPOS=14425192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:13:18:24:23:13:18:24:23 chr10 14425204 . T A 1207.01 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000561255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.436;QD=61.1146;RBI=0.0246782;REFB=0;REVB=0.0246718;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123031;OID=.;OPOS=14425204;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:37:42:0:0:37:42:0:0 chr10 14705417 . T C 298.57 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00920656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9372;QD=18.6609;RBI=0.0153575;REFB=0.0051796;REVB=-0.0122919;RO=32;SAF=20;SAR=12;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19741;STB=0.610167;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00853068;OID=.;OPOS=14705417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:12:20:13:19:12:20:13:19 chr10 14976414 . G A 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00826992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.891;QD=22.3968;RBI=0.0121652;REFB=-0.00420751;REVB=0.00892186;RO=23;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109959;STB=0.561413;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00399091;OID=.;OPOS=14976414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:13:12:14:9:13:12:14:9 chr10 15180451 . G A 444.43 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0331457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.203;QD=23.0872;RBI=0.0332375;REFB=-0.0015658;REVB=0.00246884;RO=34;SAF=26;SAR=17;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178885;STB=0.598379;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00182502;OID=.;OPOS=15180451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:34:43:43:0.558442:17:26:13:21:17:26:13:21 chr10 15255631 . GC G 47.91 PASS AF=0.421053;AO=6;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0383393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.4863;QD=10.0866;RBI=0.170218;REFB=-0.0591042;REVB=0.165844;RO=10;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=8;SSEN=0.478659;SSEP=0;SSSB=0.597745;STB=0.804188;STBP=0.04;TYPE=del;VARB=0.0965402;OID=.;OPOS=15255632;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:6:19:8:19:11:6:2:2:9:47:10:5:1:2:8 chr10 15573050 . A G 816.87 PASS AF=0.534722;AO=77;DP=144;FAO=77;FDP=144;FR=.;FRO=67;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.0168064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.871;QD=22.6907;RBI=0.0240288;REFB=-0.0239385;REVB=0.0171735;RO=67;SAF=45;SAR=32;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408489;STB=0.522382;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0200262;OID=.;OPOS=15573050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:67:67:77:77:0.534722:32:45:36:31:32:45:36:31 chr10 16547058 . A G 621.8 PASS AF=0.5;AO=63;DP=126;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.00782222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.191;QD=19.7396;RBI=0.0160413;REFB=-0.00650473;REVB=0.0140048;RO=63;SAF=33;SAR=30;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431394;STB=0.523802;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00559263;OID=.;OPOS=16547058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:63:63:63:63:0.5:30:33:30:33:30:33:30:33 chr10 16556596 . G A 105.09 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0473988;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0929;QD=10.2523;RBI=0.047399;REFB=-0.0311997;REVB=0.000106753;RO=28;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00313347;STB=0.501884;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0214749;OID=.;OPOS=16556596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:28:28:13:13:0.317073:7:6:13:15:7:6:13:15 chr10 16562600 . G A 1689.3 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671524;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.222;QD=60.3322;RBI=0.0714245;REFB=0;REVB=0.0243312;RO=0;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131084;OID=.;OPOS=16562600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:109:112:1:55:54:0:0:56:56:0:0 chr10 16796919 . C A 1000.78 PASS AF=0.609272;AO=91;DP=150;FAO=92;FDP=151;FR=.;FRO=59;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00953328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.788;QD=26.5106;RBI=0.014379;REFB=-0.0116199;REVB=0.0107644;RO=59;SAF=40;SAR=51;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627043;STB=0.535686;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00676763;OID=.;OPOS=16796919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:59:59:91:92:0.609272:51:40:31:28:52:40:31:28 chr10 16858993 . T C 449.01 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.00942359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.383;QD=16.9436;RBI=0.0220428;REFB=0.0024175;REVB=0.0199269;RO=57;SAF=23;SAR=26;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122173;STB=0.568006;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00222066;OID=.;OPOS=16858993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:57:49:49:0.462264:26:23:34:23:26:23:34:23 chr10 16882518 . T C 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.166;QD=63.4763;RBI=0.0376639;REFB=0;REVB=0.0329207;RO=0;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98466e-05;OID=.;OPOS=16882518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:46:48:0:0:46:48:0:0 chr10 16916402 . GG TA 306.22 PASS AF=0.366337;AO=37;DP=102;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00556117;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=2;MLLD=277.4;QD=12.1274;RBI=0.0100619;REFB=0.00300614;REVB=-0.00838547;RO=62;SAF=18;SAR=19;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148049;STB=0.518449;STBP=0.824;TYPE=mnp;VARB=-0.00441577;OID=.;OPOS=16916402;OREF=GG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:62:64:37:37:0.366337:19:18:31:31:19:18:33:31 chr10 16916405 . G A 304.37 PASS AF=0.362745;AO=37;DP=102;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.00189356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.752;QD=11.9362;RBI=0.0184921;REFB=0.00142464;REVB=0.0183949;RO=65;SAF=18;SAR=19;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023558;STB=0.513506;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00200194;OID=.;OPOS=16916405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:65:65:37:37:0.362745:19:18:33:32:19:18:33:32 chr10 16918972 . A G 641.27 PASS AF=0.485075;AO=64;DP=133;FAO=65;FDP=134;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.00792458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.051;QD=19.1423;RBI=0.00804084;REFB=-0.00701569;REVB=0.00136237;RO=68;SAF=36;SAR=28;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12645;STB=0.55383;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00843671;OID=.;OPOS=16918972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:68:69:64:65:0.485075:28:36:29:39:29:36:31:38 chr10 16943371 . G C 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.334;QD=62.0082;RBI=0.0240425;REFB=0;REVB=0.012405;RO=0;SAF=27;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.6462e-06;OID=.;OPOS=16943371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:57:27:0:0:57:27:0:0 chr10 16967401 . C T 874.33 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00310559;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.593;QD=56.4081;RBI=0.00311578;REFB=-0.0254277;REVB=-0.000251786;RO=1;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014984;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000132384;OID=.;OPOS=16967401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:31:30:0:1:31:30:0:1 chr10 16967586 . C G 412.87 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00595172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.709;QD=21.4476;RBI=0.00861966;REFB=0.00130886;REVB=0.00623503;RO=36;SAF=25;SAR=16;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.001205;STB=0.500665;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00351964;OID=.;OPOS=16967586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:16:25:22:14:16:25:22:14 chr10 16979606 . G T 217.72 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.02574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1334;QD=16.7477;RBI=0.0634683;REFB=-0.0303608;REVB=0.0580145;RO=28;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122249;STB=0.569248;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0325792;OID=.;OPOS=16979606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:15:9:14:14:15:9:14:14 chr10 16979661 . T C 1157.73 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0205999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.275;QD=59.3708;RBI=0.0216921;REFB=0.0711848;REVB=-0.00679627;RO=1;SAF=28;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016599;STB=0.50877;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.000204979;OID=.;OPOS=16979661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:76:77:0.987179:48:28:1:0:49:28:1:0 chr10 16982061 . C T 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0189774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.983;QD=17.9426;RBI=0.0413265;REFB=-0.0118251;REVB=-0.0367115;RO=29;SAF=18;SAR=10;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122239;STB=0.506844;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0155308;OID=.;OPOS=16982061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:10:18:19:10:10:18:19:10 chr10 16990552 . G A 517.38 PASS AF=0.5;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.0701637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0937;QD=19.162;RBI=0.0782384;REFB=-0.0173223;REVB=0.0346164;RO=52;SAF=26;SAR=28;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121258;STB=0.574559;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0213009;OID=.;OPOS=16990552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:52:54:54:54:0.5:28:26:18:34:28:26:18:36 chr10 17113563 . C T 590.77 PASS AF=0.416149;AO=67;DP=162;FAO=67;FDP=161;FR=.;FRO=94;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=-0.0246257;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4943;QD=14.6776;RBI=0.0259508;REFB=-0.0149572;REVB=-0.00818648;RO=94;SAF=28;SAR=39;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140992;STB=0.579041;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0191516;OID=.;OPOS=17113563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:94:94:67:67:0.416149:39:28:52:42:39:28:52:42 chr10 17147521 . G T 594.62 PASS AF=0.469697;AO=61;DP=133;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.0082282;FXX=0.0149243;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2563;QD=18.0188;RBI=0.039155;REFB=-0.00676014;REVB=-0.0382807;RO=69;SAF=41;SAR=20;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110734;STB=0.569355;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0191185;OID=.;OPOS=17147521;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:69:70:61:62:0.469697:20:41:39:30:20:42:39:31 chr10 17156096 . G A 289.34 PASS AF=0.343434;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=47;FWDB=-0.0111108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.213;QD=11.6906;RBI=0.0409826;REFB=-0.0110663;REVB=-0.0394477;RO=64;SAF=19;SAR=15;SRF=18;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308706;STB=0.67965;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0164346;OID=.;OPOS=17156096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:64:65:34:34:0.343434:15:19:18:46:15:19:18:47 chr10 17156151 . A G 233.5 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0137047;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.877;QD=15.0642;RBI=0.0137205;REFB=-0.00313987;REVB=0.000658227;RO=35;SAF=8;SAR=19;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203629;STB=0.615993;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00358146;OID=.;OPOS=17156151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:19:8:17:18:19:8:17:18 chr10 17187661 . C G 417.26 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00680487;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5553;QD=19.1843;RBI=0.0224229;REFB=-0.00574981;REVB=0.0213654;RO=44;SAF=22;SAR=20;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126046;STB=0.575128;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00402953;OID=.;OPOS=17187661;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:45:42:42:0.482759:20:22:17:27:20:22:17:28 chr10 17194026 . A G 296.87 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0277707;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.3468;QD=22.4054;RBI=0.068655;REFB=0.00341109;REVB=-0.0627877;RO=21;SAF=8;SAR=22;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142332;STB=0.564909;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00394374;OID=.;OPOS=17194026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:21:23:30:30:0.566038:22:8:9:12:22:8:9:14 chr10 17194110 . A G 38.58 PASS AF=0.15;AO=5;DP=41;FAO=6;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.0363247;FXX=0.0476077;HRUN=9;LEN=1;MLLD=25.5708;QD=3.85822;RBI=0.0924273;REFB=-0.0330377;REVB=-0.0849901;RO=18;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.553938;STB=0.911185;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.11342;OID=.;OPOS=17194110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:41:40:18:34:5:6:0.15:1:4:5:13:1:5:8:26 chr10 17196670 . T C 406.84 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.00983608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.892;QD=15.9544;RBI=0.015649;REFB=-0.00343223;REVB=0.0121715;RO=57;SAF=24;SAR=21;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636134;STB=0.535604;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00538506;OID=.;OPOS=17196670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:57:45:45:0.441176:21:24:34:23:21:24:34:23 chr10 17199778 . C A 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0214326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.309;QD=20.0306;RBI=0.0232541;REFB=0.0061551;REVB=0.00902208;RO=26;SAF=16;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896956;STB=0.550681;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00923059;OID=.;OPOS=17199778;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:8:16:15:11:8:16:15:11 chr10 17204187 . G A 460.08 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0857209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2789;QD=18.5892;RBI=0.0863244;REFB=0.000995446;REVB=-0.0101894;RO=53;SAF=26;SAR=20;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178934;STB=0.599609;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00260777;OID=.;OPOS=17204187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:53:46:46:0.464646:20:26:20:33:20:26:20:33 chr10 17204246 . TAAAAAAAAAAAA GTAAAAAACAAAC,TAAAAAACAAACA 397.15 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=2,5;DP=45;FAO=28,2;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=9,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305901,-0.0015073;FXX=0.444362;HRUN=1,15;LEN=13,5;MLLD=238.143,229.559;QD=52.9537;RBI=0.00401687,0.00500038;REFB=0,0;REVB=-0.00260341,-0.0047678;RO=0;SAF=2,5;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0068417,-0.027091;OID=.,.;OPOS=17204246,17204253;OREF=TAAAAAAAAAAAA,AAAAA;OALT=GTAAAAAACAAAC,CAAAC;OMAPALT=GTAAAAAACAAAC,TAAAAAACAAACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:45:30:0:0:2,5:28,2:0.933333,0.0666667:0,0:2,5:0:0:9,1:19,1:0:0 chr10 17210822 . A C 159.6 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00156689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.764;QD=17.733;RBI=0.0328387;REFB=-0.0186089;REVB=0.0328013;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08752;STB=0.538415;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0179824;OID=.;OPOS=17210822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:11:6:8:10:11:6:8:11 chr10 17210881 . A G 211.38 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0246242;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.992;QD=18.7893;RBI=0.028768;REFB=0.00648769;REVB=0.0148743;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771839;STB=0.552583;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00549725;OID=.;OPOS=17210881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:24:21:21:0.466667:12:9:8:15:12:9:8:16 chr10 17216556 . C T 493.41 PASS AF=0.652174;AO=44;DP=68;FAO=45;FDP=69;FR=.;FRO=24;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0684543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6404;QD=28.6037;RBI=0.10732;REFB=0.0439715;REVB=0.0826539;RO=24;SAF=33;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101695;STB=0.546078;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.0229376;OID=.;OPOS=17216556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:24:24:44:45:0.652174:11:33:15:9:12:33:15:9 chr10 17256276 . AT TA 117.53 PASS AF=0.158228;AO=24;DP=162;FAO=25;FDP=158;FR=.;FRO=133;FSAF=24;FSAR=1;FSRF=84;FSRR=49;FWDB=-0.0294074;FXX=0.0246898;HRUN=5;LEN=2;MLLD=35.0268;QD=2.97548;RBI=0.0547694;REFB=-0.0108054;REVB=0.0462049;RO=124;SAF=24;SAR=0;SRF=77;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.699787;STB=0.916995;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.0434826;OID=.;OPOS=17256276;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:158:124:133:24:25:0.158228:0:24:77:47:1:24:84:49 chr10 17256354 . ATT ATA,AT 1682.01 PASS AF=0.156398,0.843602;AO=31,92;DP=211;FAO=33,178;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=0,75;FSAR=33,103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733628,0.991897;FXX=0.00938923;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=214.908,11.0802;QD=31.8864;RBI=0.0733645,0.994838;REFB=-0.00937088,-0.0547905;REVB=0.000492657,0.0764416;RO=69;SAF=0,10;SAR=31,82;SRF=56;SRR=13;SSEN=0,0.448276;SSEP=0,0;SSSB=-0.868,-0.637825;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0361913,0.00969629;OID=.,.;OPOS=17256356,17256355;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.156398,0.843602:31,92:211:33,178:211:0:0,75:33,103:0:0:99:69:0,10:31,82:56:13 chr10 17747667 . C T 344.97 PASS AF=0.314286;AO=44;DP=140;FAO=44;FDP=140;FR=.;FRO=96;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=64;FWDB=-0.00733094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.66;QD=9.85618;RBI=0.00742426;REFB=-0.0133061;REVB=-0.00117342;RO=96;SAF=18;SAR=26;SRF=32;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946315;STB=0.55477;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0301372;OID=.;OPOS=17747667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:96:96:44:44:0.314286:26:18:32:64:26:18:32:64 chr10 17756596 . T C 288.8 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.000348686;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9832;QD=16.0444;RBI=0.0206626;REFB=-0.0103833;REVB=0.0206597;RO=40;SAF=24;SAR=8;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4043;STB=0.728425;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0101674;OID=.;OPOS=17756596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:40:40:32:32:0.444444:8:24:14:26:8:24:14:26 chr10 17891705 . A G 594.46 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.504;QD=60.9703;RBI=0.0304028;REFB=0;REVB=0.000481313;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133494;OID=.;OPOS=17891705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr10 17891731 . T C 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0229895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0017;QD=56.4864;RBI=0.0371167;REFB=-0.0700213;REVB=0.02914;RO=1;SAF=16;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283378;STB=0.515143;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00243285;OID=.;OPOS=17891731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:19:16:1:0:19:16:1:0 chr10 18122716 . A G 148.03 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=13;FWDB=0.0761533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4704;QD=7.79087;RBI=0.0776735;REFB=0.0022523;REVB=0.015292;RO=55;SAF=7;SAR=14;SRF=42;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485648;STB=0.783774;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00317038;OID=.;OPOS=18122716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:55:55:21:21:0.276316:14:7:42:13:14:7:42:13 chr10 18138639 . A G 442.21 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8027;QD=57.0598;RBI=0.105922;REFB=0;REVB=0.00595492;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00241586;OID=.;OPOS=18138639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:23:7:0:0:23:8:0:0 chr10 18242304 . T C 689.29 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3568;QD=62.663;RBI=0.0457202;REFB=0;REVB=0.028998;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365143;OID=.;OPOS=18242304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:15:29:0:0:15:29:0:0 chr10 18254606 . C A 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0254598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.795;QD=16.6612;RBI=0.0262165;REFB=-0.00326627;REVB=-0.00625309;RO=32;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148471;STB=0.583275;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00350467;OID=.;OPOS=18254606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:14:14:11:21:14:14:11:21 chr10 18266989 . G A 61.55 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0088506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.923;QD=7.46013;RBI=0.0218028;REFB=0.00398161;REVB=-0.0199256;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112516;STB=0.570314;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.0150255;OID=.;OPOS=18266989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:33:24:24:9:9:0.272727:4:5:11:13:4:5:11:13 chr10 18828371 . C T 180.84 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.00720326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.396;QD=13.9106;RBI=0.0228172;REFB=-0.00674394;REVB=-0.0216503;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187701;STB=0.606842;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00802675;OID=.;OPOS=18828371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:12:9:8:23:12:9:8:23 chr10 18829222 . A ATGT 226.64 PASS AF=0.337349;AO=27;DP=87;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0101792;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=3;MLLD=241.402;QD=10.9223;RBI=0.011738;REFB=-0.00770856;REVB=0.00584501;RO=56;SAF=14;SAR=13;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103597;STB=0.566219;STBP=0.389;TYPE=ins;VARB=0.0159966;OID=.;OPOS=18829223;OREF=-;OALT=TGT;OMAPALT=ATGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.337349:27:87:28:83:55:14:14:22:33:99:56:14:13:24:32 chr10 18829981 . A ATGTT 1210.73 PASS AF=0.859813;AO=88;DP=109;FAO=92;FDP=107;FR=.;FRO=15;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00618403;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=4;MLLD=228.285;QD=45.2608;RBI=0.00642863;REFB=-0.0254181;REVB=-0.00175641;RO=17;SAF=48;SAR=40;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678031;STB=0.536457;STBP=0.078;TYPE=ins;VARB=0.00288737;OID=.;OPOS=18829982;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=ATGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.859813:88:109:92:107:15:50:42:12:3:73:17:48:40:13:4 chr10 18965160 . G A 540.84 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0112739;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.795;QD=24.3073;RBI=0.0280651;REFB=-0.00448791;REVB=-0.0257012;RO=39;SAF=29;SAR=21;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545185;STB=0.52991;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00367059;OID=.;OPOS=18965160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:39:39:50:50:0.561798:21:29:20:19:21:29:20:19 chr10 18965960 . G T 851.68 PASS AF=0.417391;AO=94;DP=228;FAO=96;FDP=230;FR=.;FRO=134;FSAF=63;FSAR=33;FSRF=72;FSRR=62;FWDB=-0.00862976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5212;QD=14.8118;RBI=0.0263625;REFB=0.0105931;REVB=0.02491;RO=133;SAF=63;SAR=31;SRF=71;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151745;STB=0.57326;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0176691;OID=.;OPOS=18965960;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:230:133:134:94:96:0.417391:31:63:71:62:33:63:72:62 chr10 18966490 . C T 266.1 PASS AF=0.47619;AO=28;DP=62;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0139707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.345;QD=16.8953;RBI=0.0142689;REFB=0.00444017;REVB=-0.00290231;RO=33;SAF=17;SAR=11;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00108806;STB=0.521113;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.00326247;OID=.;OPOS=18966490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:33:33:28:30:0.47619:11:17:20:13:13:17:20:13 chr10 19492832 . A C 1114.29 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.851;QD=60.232;RBI=0.0738512;REFB=0;REVB=0.00899364;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152633;OID=.;OPOS=19492832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:43:29:0:0:44:30:0:0 chr10 19498278 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.115;QD=61.6953;RBI=0.0149912;REFB=0;REVB=0.00363847;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13893e-05;OID=.;OPOS=19498278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:45:37:0:0:45:37:0:0 chr10 19569067 . C T 179.22 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=16;FWDB=-0.0097957;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.93;QD=8.85017;RBI=0.0300261;REFB=-0.0172735;REVB=-0.0283832;RO=57;SAF=18;SAR=6;SRF=41;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469848;STB=0.527976;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0380415;OID=.;OPOS=19569067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:57:57:24:24:0.296296:6:18:41:16:6:18:41:16 chr10 19676553 . A G 574.42 PASS AF=0.4125;AO=65;DP=159;FAO=66;FDP=160;FR=.;FRO=94;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=70;FSRR=24;FWDB=-0.0100237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.289;QD=14.3604;RBI=0.0107128;REFB=-0.00850409;REVB=0.00378016;RO=92;SAF=39;SAR=26;SRF=68;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157754;STB=0.588452;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0198543;OID=.;OPOS=19676553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:92:94:65:66:0.4125:26:39:68:24:26:40:70:24 chr10 19676561 . G A 596.79 PASS AF=0.409639;AO=68;DP=166;FAO=68;FDP=166;FR=.;FRO=98;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=70;FSRR=28;FWDB=0.0142308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.399;QD=14.3804;RBI=0.0199488;REFB=0.0156917;REVB=0.0139799;RO=98;SAF=42;SAR=26;SRF=70;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111238;STB=0.562145;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00638537;OID=.;OPOS=19676561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:98:98:68:68:0.409639:26:42:70:28:26:42:70:28 chr10 19678286 . C T 1952.11 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.746;QD=61.9718;RBI=0.0334337;REFB=0;REVB=0.00931317;RO=0;SAF=55;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09334e-05;OID=.;OPOS=19678286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:125:126:1:70:55:0:0:70:56:0:0 chr10 19678449 . A G 444.92 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00491732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.524;QD=17.9767;RBI=0.00564836;REFB=0.00140624;REVB=-0.00277921;RO=53;SAF=19;SAR=26;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116242;STB=0.512368;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00169814;OID=.;OPOS=19678449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:54:45:45:0.454545:26:19:23:30:26:19:24:30 chr10 19678497 . G A 1190.43 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00537878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.307;QD=61.0477;RBI=0.0119729;REFB=0;REVB=0.0106967;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5337e-05;OID=.;OPOS=19678497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:41:37:0:0:41:37:0:0 chr10 19777889 . CGGGGGC CGGGGC,CGGGGCG 963.73 PASS AF=0.510204,0.0233236;AO=157,13;DP=348;FAO=175,8;FDP=343;FR=.;FRO=160;FSAF=116,8;FSAR=59,0;FSRF=50;FSRR=110;FWDB=-0.0399004,-0.0472117;FXX=0.011527;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=11.969,18.3571;QD=11.2388;RBI=0.0683058,0.0497119;REFB=-0.0859965,-0.0475484;REVB=0.0554404,0.0155667;RO=146;SAF=103,13;SAR=54,0;SRF=41;SRR=105;SSEN=0.355072,0;SSEP=0,0;SSSB=0.326307,0.704068;STB=0.666829,0.999138;STBP=0,0.001;TYPE=del,mnp;VARB=0.0792337,0.147514;OID=.,.;OPOS=19777890,19777894;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=CGGGGC,CGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.510204,0.0233236:157,13:348:175,8:343:160:116,8:59,0:50:110:99:146:103,13:54,0:41:105 chr10 19778072 . A G 1695.29 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00383332;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.724;QD=60.5459;RBI=0.00400597;REFB=0;REVB=-0.00116337;RO=0;SAF=37;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78011e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2425e-06;OID=.;OPOS=19778072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:75:37:0:0:75:37:0:0 chr10 19780543 . C T 232.58 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.051381;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2297;QD=12.4043;RBI=0.0514129;REFB=-0.0147039;REVB=-0.00181016;RO=48;SAF=17;SAR=11;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314809;STB=0.674858;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0343631;OID=.;OPOS=19780543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:48:47:28:28:0.373333:11:17:15:33:11:17:15:32 chr10 19787418 . T G 221.77 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.00309052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.227;QD=10.1963;RBI=0.0430184;REFB=-0.00863253;REVB=-0.0429072;RO=58;SAF=20;SAR=8;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164868;STB=0.604317;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.018247;OID=.;OPOS=19787418;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:58:59:28:28:0.321839:8:20:34:24:8:20:34:25 chr10 19896830 . C A 369.68 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00825265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.983;QD=22.4051;RBI=0.00889058;REFB=-0.00981451;REVB=0.00330701;RO=26;SAF=17;SAR=20;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569102;STB=0.504948;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00787033;OID=.;OPOS=19896830;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:26:29:37:37:0.560606:20:17:10:16:20:17:13:16 chr10 20357183 . A G 258.37 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00899418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.628;QD=13.9657;RBI=0.012467;REFB=0.00055264;REVB=0.00863318;RO=41;SAF=11;SAR=19;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176005;STB=0.594779;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.000877657;OID=.;OPOS=20357183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:44:30:30:0.405405:19:11:22:19:19:11:23:21 chr10 20500592 . T C 569.57 PASS AF=0.491667;AO=59;DP=120;FAO=59;FDP=120;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.00782908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.584;QD=18.9856;RBI=0.0149664;REFB=-0.0204354;REVB=0.0127553;RO=61;SAF=39;SAR=20;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148022;STB=0.582061;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0223307;OID=.;OPOS=20500592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:61:61:59:59:0.491667:20:39:31:30:20:39:31:30 chr10 20506418 . G A 617.47 PASS AF=0.453901;AO=64;DP=140;FAO=64;FDP=141;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0255938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.793;QD=17.5169;RBI=0.0256866;REFB=0.00933483;REVB=-0.00218174;RO=76;SAF=28;SAR=36;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742288;STB=0.544955;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.0115899;OID=.;OPOS=20506418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:76:77:64:64:0.453901:36:28:39:37:36:28:40:37 chr10 20534333 . A G 375.94 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.0026161;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4716;QD=13.796;RBI=0.0193822;REFB=-0.0055532;REVB=0.0192049;RO=65;SAF=27;SAR=17;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191553;STB=0.510821;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00849079;OID=.;OPOS=20534333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:65:65:44:44:0.40367:17:27:41:24:17:27:41:24 chr10 21071191 . G C 140.14 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.011526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.361;QD=10.3808;RBI=0.0195423;REFB=-0.00852936;REVB=-0.0157814;RO=35;SAF=16;SAR=2;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396631;STB=0.75437;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0159792;OID=.;OPOS=21071191;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:36:18:18:0.333333:2:16:23:12:2:16:23:13 chr10 21074344 . A G 801.24 PASS AF=0.56391;AO=75;DP=133;FAO=75;FDP=133;FR=.;FRO=58;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0226493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1185;QD=24.0974;RBI=0.0980084;REFB=-0.00372677;REVB=0.0953554;RO=58;SAF=45;SAR=30;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256771;STB=0.514015;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00543664;OID=.;OPOS=21074344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:58:58:75:75:0.56391:30:45:33:25:30:45:33:25 chr10 21074455 . T C 778.93 PASS AF=0.512987;AO=79;DP=154;FAO=79;FDP=154;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=-0.00203104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.806;QD=20.232;RBI=0.0182628;REFB=-0.00437133;REVB=0.0181496;RO=75;SAF=38;SAR=41;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12876;STB=0.570639;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00441508;OID=.;OPOS=21074455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:75:75:79:79:0.512987:41:38:47:28:41:38:47:28 chr10 21414892 . C G 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00972115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.993;QD=16.072;RBI=0.0129561;REFB=-0.0136917;REVB=-0.00856508;RO=34;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497927;STB=0.536191;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0165967;OID=.;OPOS=21414892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:35:29:29:0.453125:16:13:17:17:16:13:18:17 chr10 21415006 . T C 901.4 PASS AF=0.56129;AO=87;DP=155;FAO=87;FDP=155;FR=.;FRO=68;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.00893395;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.83;QD=23.262;RBI=0.013372;REFB=-0.0110884;REVB=-0.00994963;RO=68;SAF=49;SAR=38;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513154;STB=0.534431;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00811296;OID=.;OPOS=21415006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:68:68:87:87:0.56129:38:49:34:34:38:49:33:35 chr10 21435340 . ACACT A 186.08 PASS AF=0.324324;AO=23;DP=77;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0149783;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=4;MLLD=233.097;QD=10.0582;RBI=0.0195601;REFB=-0.0104212;REVB=-0.0125796;RO=48;SAF=15;SAR=8;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132935;STB=0.590399;STBP=0.308;TYPE=del;VARB=0.0225301;OID=.;OPOS=21435341;OREF=CACT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.324324:23:77:24:74:50:16:8:27:23:99:48:15:8:26:22 chr10 21461381 . C T 105.04 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.020817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.601;QD=6.46425;RBI=0.0243792;REFB=-0.00563934;REVB=0.0126886;RO=49;SAF=7;SAR=9;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211156;STB=0.629334;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0244064;OID=.;OPOS=21461381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:49:49:16:16:0.246154:9:7:30:19:9:7:30:19 chr10 21804721 . C A 208.39 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0415549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6403;QD=11.4184;RBI=0.0471862;REFB=0.0107116;REVB=-0.0223546;RO=47;SAF=13;SAR=13;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118234;STB=0.506844;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0332746;OID=.;OPOS=21804721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:13:13:23:24:13:13:23:24 chr10 21805480 . T C 59.55 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=29;FWDB=-0.0674367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6328;QD=6.10771;RBI=0.16982;REFB=-0.034063;REVB=-0.155856;RO=27;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.582811;STB=0.844346;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0681427;OID=.;OPOS=21805480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:36:39:27:30:9:9:0.230769:5:4:1:26:5:4:1:29 chr10 21807000 . TTA T,TT,TTT 150.26 PASS AF=0.703704,0,0;AO=5,5,8;DP=31;FAO=19,0,0;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=5,0,0;FSAR=14,0,0;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0205935,0.306742,0.34793;FXX=0.0357015;HRUN=7,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=17.5453,8.62513,5.7414;QD=22.2606;RBI=0.0838208,0.337736,0.356369;REFB=-0.084421,-0.228393,-0.178371;REVB=0.0812517,0.141333,0.0770942;RO=8;SAF=0,0,0;SAR=5,5,8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.732891,-0.732891,-0.783984;STB=0.541018,0.5,0.5;STBP=0.612,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0454245,0.0517701,0;OID=.,.,.;OPOS=21807001,21807002,21807002;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.703704,0,0:5,5,8:31:19,0,0:27:8:5,0,0:14,0,0:3:5:31:8:0,0,0:5,5,8:4:4 chr10 21950592 . A G 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.022584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.58;QD=17.5598;RBI=0.0280812;REFB=0.00826177;REVB=0.0166889;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271402;STB=0.654999;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00392184;OID=.;OPOS=21950592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:6:12:8:13:6:12:8:13 chr10 21959388 . G A 162.8 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0339051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.353;QD=10.8531;RBI=0.0377059;REFB=-0.00318021;REVB=-0.016498;RO=39;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371991;STB=0.521718;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00545845;OID=.;OPOS=21959388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:12:9:18:21:12:9:18:21 chr10 22031811 . G A 96.23 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00834002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.718;QD=6.87346;RBI=0.0117626;REFB=0.0119666;REVB=0.00829476;RO=42;SAF=8;SAR=6;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296171;STB=0.518299;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.0315208;OID=.;OPOS=22031811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:56:56:42:42:14:14:0.25:6:8:25:17:6:8:25:17 chr10 22048330 . C T 229.77 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0620947;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.658;QD=18.0211;RBI=0.0627389;REFB=-0.00609956;REVB=0.00896781;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173553;STB=0.510196;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00935475;OID=.;OPOS=22048330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:26:24:25:0.490196:12:12:13:14:12:13:13:13 chr10 22498749 . A T 2408.26 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2934;QD=64.2202;RBI=0.0524763;REFB=0;REVB=0.0220866;RO=0;SAF=87;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236858;OID=.;OPOS=22498749;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:150:0:0:149:150:1:62:87:0:0:62:88:0:0 chr10 22825596 . C T 393.52 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00715048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6132;QD=56.2168;RBI=0.0171673;REFB=0;REVB=0.0156072;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149483;OID=.;OPOS=22825596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:11:16:0:0:12:16:0:0 chr10 22862282 . T C 221.73 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00165188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.267;QD=12.3182;RBI=0.0290623;REFB=0.00132263;REVB=0.0290153;RO=45;SAF=9;SAR=18;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267634;STB=0.65409;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00386235;OID=.;OPOS=22862282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:18:9:26:19:18:9:26:19 chr10 22880636 . G A 130.63 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0518882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.469;QD=13.751;RBI=0.0522591;REFB=-0.026433;REVB=-0.00621462;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214495;STB=0.624835;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0323257;OID=.;OPOS=22880636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:9:6:14:9:9:6:14:9 chr10 23003226 . A G 359.57 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0369311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.504;QD=17.3287;RBI=0.0394455;REFB=-0.0217002;REVB=-0.0138579;RO=45;SAF=13;SAR=25;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060775;STB=0.534096;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0201289;OID=.;OPOS=23003226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:25:13:18:27:25:13:18:27 chr10 23297301 . C T 1223.96 PASS AF=0.449664;AO=131;DP=304;FAO=134;FDP=298;FR=.;FRO=164;FSAF=31;FSAR=103;FSRF=62;FSRR=102;FWDB=-0.0158477;FXX=0.029315;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.492;QD=16.429;RBI=0.0404714;REFB=-0.0127817;REVB=-0.0372396;RO=155;SAF=30;SAR=101;SRF=54;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149778;STB=0.601151;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0180933;OID=.;OPOS=23297301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:298:155:164:131:134:0.449664:101:30:54:101:103:31:62:102 chr10 23393091 . A G 521.73 PASS AF=0.505051;AO=49;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00128879;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.931;QD=21.08;RBI=0.00522139;REFB=-0.0149628;REVB=0.00505983;RO=49;SAF=28;SAR=21;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926415;STB=0.544994;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0135485;OID=.;OPOS=23393091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:49:50:0.505051:21:28:23:26:22:28:23:26 chr10 23456007 . T C 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0468853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.008;QD=5.39763;RBI=0.0661946;REFB=-0.0119641;REVB=-0.0467279;RO=35;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326623;STB=0.706917;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0548399;OID=.;OPOS=23456007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:4:5:10:25:4:5:10:25 chr10 23482634 . GT G,GC 128.36 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=5,7;DP=12;FAO=11,1;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4,1;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0683535,-0.041099;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=187.907,183.372;QD=42.7875;RBI=0.0746467,0.0411969;REFB=0,0;REVB=0.0299987,0.00283873;RO=0;SAF=4,1;SAR=1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0040272,0.0199673;OID=.,.;OPOS=23482635,23482635;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.916667,0.0833333:5,7:12:11,1:12:0:4,1:7,0:0:0:5:0:4,1:1,6:0:0 chr10 23556110 . A G 1334.12 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.039808;FXX=0.0111099;HRUN=6;LEN=1;MLLD=148.785;QD=59.9605;RBI=0.0536629;REFB=-0.118848;REVB=0.0359865;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.510202;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.000648076;OID=.;OPOS=23556110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:89:0:2:87:87:0.977528:48:39:0:0:48:39:0:2 chr10 23633566 . C A 1933.61 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.986;QD=61.8755;RBI=0.052834;REFB=0;REVB=0.0511446;RO=0;SAF=54;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42098e-05;OID=.;OPOS=23633566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:71:54:0:0:71:54:0:0 chr10 23688521 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.208;QD=37.4885;RBI=0.0418628;REFB=0;REVB=0.0418628;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001054;OID=.;OPOS=23688521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr10 23688542 . T A 75.05 PASS AF=1;AO=5;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.8507;QD=37.525;RBI=0.183393;REFB=0;REVB=0.183393;RO=0;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.015521;OID=.;OPOS=23688542;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:5:8:1:5:0:0:0:8:0:0:0 chr10 24564653 . C T 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0165294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.897;QD=16.119;RBI=0.0320246;REFB=0.00201273;REVB=0.0274291;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244233;STB=0.639785;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.000906364;OID=.;OPOS=24564653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:3:10:6:6:3:10 chr10 24813550 . G A 169.48 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0330681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.955;QD=16.5345;RBI=0.0345339;REFB=-0.00245683;REVB=0.00995432;RO=23;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620941;STB=0.535674;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00398504;OID=.;OPOS=24813550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:12:6:9:14:12:6:9:14 chr10 24832821 . C T 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00317873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.68;QD=7.27164;RBI=0.00363942;REFB=-0.00927848;REVB=-0.00177231;RO=25;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28753;STB=0.683766;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0323269;OID=.;OPOS=24832821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:7:2:11:14:7:2:11:14 chr10 24832885 . C T 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00273488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.856;QD=21.5109;RBI=0.0198067;REFB=-0.00810492;REVB=0.019617;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811402;STB=0.545635;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00595451;OID=.;OPOS=24832885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:8:13:10:9:8:13:10:9 chr10 24873369 . C G 868.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000425047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.388;QD=57.8843;RBI=0.0254653;REFB=0;REVB=0.0254618;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48602e-05;OID=.;OPOS=24873369;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:27:32:0:0:28:32:0:0 chr10 24879281 . A G 1325.43 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00447745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.879;QD=60.9395;RBI=0.00838039;REFB=0;REVB=0.00708403;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.26309e-06;OID=.;OPOS=24879281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:87:0:0:80:87:1:40:40:0:0:44:43:0:0 chr10 24908686 . T C 246.28 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0122824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7284;QD=13.4948;RBI=0.0306459;REFB=-0.028591;REVB=-0.0280769;RO=44;SAF=12;SAR=17;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139244;STB=0.57949;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0388491;OID=.;OPOS=24908686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:17:12:24:20:17:12:24:20 chr10 24929141 . G A 3013.68 PASS AF=0.994792;AO=190;DP=193;FAO=191;FDP=192;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143692;FXX=0.00518108;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.263;QD=62.785;RBI=0.0337479;REFB=-0.00631347;REVB=0.030536;RO=1;SAF=77;SAR=113;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00419563;STB=0.502202;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=2.38129e-05;OID=.;OPOS=24929141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:193:192:1:1:190:191:0.994792:113:77:0:1:113:78:0:1 chr10 25312689 . A G 988.9 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8752;QD=59.0389;RBI=0.0411525;REFB=0;REVB=-0.0399046;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000486814;OID=.;OPOS=25312689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:31:35:0:0:32:35:0:0 chr10 25313818 . C T 450.34 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000821943;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4983;QD=58.1079;RBI=0.0037098;REFB=0;REVB=0.0036176;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03741e-05;OID=.;OPOS=25313818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:20:10:0:0:20:11:0:0 chr10 25314538 . A C 832.77 PASS AF=1;AO=33;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.276527;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7689;QD=58.44;RBI=0.293399;REFB=0;REVB=0.0980625;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00407173;OID=.;OPOS=25314538;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:33:57:1:16:17:0:0:18:39:0:0 chr10 25314637 . G C 1679.34 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145002;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.945;QD=59.4456;RBI=0.0165512;REFB=0.0874042;REVB=0.0079804;RO=1;SAF=75;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126579;STB=0.506665;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=1.55104e-05;OID=.;OPOS=25314637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:37:75:0:1:37:75:0:1 chr10 25701341 . C G 575.7 PASS AF=0.47619;AO=60;DP=124;FAO=60;FDP=126;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.00128613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7333;QD=18.2762;RBI=0.0145538;REFB=-0.00121186;REVB=-0.0144969;RO=64;SAF=28;SAR=32;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016557;STB=0.517492;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00166336;OID=.;OPOS=25701341;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:64:66:60:60:0.47619:32:28:31:33:32:28:33:33 chr10 25888180 . A G 190.9 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114;QD=47.7247;RBI=0.049578;REFB=0;REVB=0.00557346;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000853012;OID=.;OPOS=25888180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:3:12:0:0:3:13:0:0 chr10 26355906 . G A 269.53 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=62;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0256672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5937;QD=17.113;RBI=0.0430705;REFB=-0.00419674;REVB=-0.034587;RO=33;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030655;STB=0.507931;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00752083;OID=.;OPOS=26355906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:33:33:29:30:0.47619:15:14:17:16:15:15:17:16 chr10 26355992 . A G 125.69 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0173122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.7968;QD=9.66821;RBI=0.0299978;REFB=-0.0182446;REVB=-0.0244981;RO=35;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397536;STB=0.537995;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0209893;OID=.;OPOS=26355992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:36:16:16:0.307692:11:5:12:23:11:5:13:23 chr10 26357747 . CG TA 255.34 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0122494;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.296;QD=17.6098;RBI=0.0231794;REFB=-0.00695348;REVB=-0.0196783;RO=28;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638041;STB=0.518505;STBP=0.744;TYPE=mnp;VARB=0.00700008;OID=.;OPOS=26357747;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:28:30:28:28:0.482759:13:15:13:15:13:15:15:15 chr10 26446312 . G A 1396.4 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00120499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.473;QD=62.7593;RBI=0.0168935;REFB=0;REVB=-0.0168504;RO=0;SAF=54;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10289e-05;OID=.;OPOS=26446312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:35:54:0:0:35:54:0:0 chr10 26462790 . G A 704.6 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0903891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4944;QD=58.7165;RBI=0.0933833;REFB=-0.172709;REVB=0.0234577;RO=2;SAF=24;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00170451;STB=0.500907;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00693449;OID=.;OPOS=26462790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:48:2:2:46:46:0.958333:22:24:1:1:22:24:1:1 chr10 26463043 . A T 255.18 PASS AF=1;AO=15;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402808;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=262.761;QD=51.0363;RBI=0.0407507;REFB=0;REVB=0.00617061;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162615;OID=.;OPOS=26463043;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:15:20:1:10:5:0:0:12:8:0:0 chr10 26463130 . C A 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.044799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.616;QD=58.6483;RBI=0.0448616;REFB=-0.0567758;REVB=0.00236893;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022873;STB=0.512189;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000288103;OID=.;OPOS=26463130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:20:20:1:0:20:20:1:0 chr10 26505822 . G A 1331.99 PASS AF=0.915888;AO=96;DP=106;FAO=98;FDP=107;FR=.;FRO=9;FSAF=67;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.107602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3734;QD=49.7942;RBI=0.125929;REFB=-0.119585;REVB=0.0654212;RO=10;SAF=66;SAR=30;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970446;STB=0.553473;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0121799;OID=.;OPOS=26505822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:106:107:10:9:96:98:0.915888:30:66:2:8:31:67:1:8 chr10 26991067 . CG AC,C 80.11 PASS AF=0,0.297297;AO=2,9;DP=38;FAO=0,11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=0,3;FSAR=0,8;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0386259,-0.0375285;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=75.0948,62.4059;QD=8.66096;RBI=0.0394918,0.0387624;REFB=0.00245617,-0.00272861;REVB=-0.00822442,-0.0097025;RO=26;SAF=1,2;SAR=1,7;SRF=8;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.188589,-0.129911;STB=0.5,0.5031;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.00655664;OID=.,.;OPOS=26991067,26991068;OREF=CG,G;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:80:38:37:26:26:2,9:0,11:0,0.297297:1,7:1,2:8:18:0,8:0,3:7:19 chr10 26991136 . A G 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00884913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.699;QD=6.52608;RBI=0.0088522;REFB=-0.000867483;REVB=0.000233293;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052215;STB=0.533241;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00177814;OID=.;OPOS=26991136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:5:2:5:15:5:2:5:15 chr10 26993597 . AT A 143.92 PASS AF=0.433333;AO=20;DP=61;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.033524;FXX=0.0322529;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.4152;QD=9.59471;RBI=0.168894;REFB=0.00391903;REVB=0.165534;RO=35;SAF=16;SAR=4;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169491;STB=0.555514;STBP=0.499;TYPE=del;VARB=0.0219721;OID=.;OPOS=26993598;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:20:61:26:60:34:16:10:24:10:99:35:16:4:24:11 chr10 26998637 . T G 669.49 PASS AF=0.459459;AO=68;DP=148;FAO=68;FDP=148;FR=.;FRO=80;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.00907215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.511;QD=18.0944;RBI=0.0111055;REFB=-0.00109224;REVB=0.00640527;RO=79;SAF=32;SAR=36;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101195;STB=0.502392;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00118158;OID=.;OPOS=26998637;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:79:80:68:68:0.459459:36:32:38:41:36:32:38:42 chr10 27303605 . A T 325.55 PASS AF=0.37;AO=36;DP=96;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0553047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4419;QD=13.0221;RBI=0.0581368;REFB=-0.0250163;REVB=0.0179242;RO=60;SAF=16;SAR=20;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971469;STB=0.58705;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0352447;OID=.;OPOS=27303605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:100:60:63:36:37:0.37:20:16:32:28:21:16:36:27 chr10 27317840 . C T 235.43 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0412458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8222;QD=13.2635;RBI=0.0419013;REFB=-0.0112874;REVB=0.00738281;RO=42;SAF=14;SAR=14;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500401;STB=0.535186;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0171326;OID=.;OPOS=27317840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:43:28:28:0.394366:14:14:23:19:14:14:24:19 chr10 27324405 . G A 685.67 PASS AF=0.531746;AO=67;DP=126;FAO=67;FDP=126;FR=.;FRO=59;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=-0.010077;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3207;QD=21.7674;RBI=0.0184771;REFB=-0.0136577;REVB=-0.0154873;RO=55;SAF=47;SAR=20;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045164;STB=0.522215;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0129785;OID=.;OPOS=27324405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:55:59:67:67:0.531746:20:47:36:19:20:47:39:20 chr10 27353007 . T C 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0253889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1167;QD=23.0879;RBI=0.0380226;REFB=-0.0328751;REVB=0.0283041;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213279;STB=0.61873;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0279845;OID=.;OPOS=27353007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:12:10:13:5:12:10:13:5 chr10 27381349 . T C 268.54 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.0238506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.867;QD=13.95;RBI=0.0273104;REFB=-0.00370877;REVB=0.0133044;RO=45;SAF=15;SAR=16;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236592;STB=0.625547;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00718874;OID=.;OPOS=27381349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:46:31:31:0.402597:16:15:32:13:16:15:32:14 chr10 27389197 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000583606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.1;QD=48.7366;RBI=0.0267785;REFB=0;REVB=0.0267721;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019077;OID=.;OPOS=27389197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr10 27400524 . T C 31.83 PASS AF=0.0775194;AO=10;DP=129;FAO=10;FDP=129;FR=.;FRO=119;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=48;FSRR=71;FWDB=0.00348829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.311;QD=0.986969;RBI=0.0206444;REFB=-7.96249e-05;REVB=-0.0203476;RO=118;SAF=7;SAR=3;SRF=48;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316814;STB=0.757942;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.000336621;OID=.;OPOS=27400524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:129:129:118:119:10:10:0.0775194:3:7:48:70:3:7:48:71 chr10 27400861 . G A 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.000976605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4555;QD=17.0887;RBI=0.00665847;REFB=-0.00508331;REVB=-0.00658646;RO=28;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152095;STB=0.585519;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00675699;OID=.;OPOS=27400861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:12:13:10:18:12:13:10:18 chr10 27434483 . G A 677.84 PASS AF=0.515385;AO=67;DP=130;FAO=67;FDP=130;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0142739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.589;QD=20.8567;RBI=0.0172506;REFB=-0.00594375;REVB=-0.00968711;RO=62;SAF=22;SAR=45;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116443;STB=0.561078;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00432227;OID=.;OPOS=27434483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:62:63:67:67:0.515385:45:22:28:34:45:22:28:35 chr10 27458898 . C A 259.75 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=40;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0274516;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.24;QD=24.7378;RBI=0.0505547;REFB=-0.0368509;REVB=0.0424522;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904798;STB=0.506324;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0309784;OID=.;OPOS=27458898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:20:18:20:24:0.571429:11:9:7:13:15:9:7:11 chr10 27459301 . C T 62.79 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00429822;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.511;QD=7.38656;RBI=0.0381322;REFB=-0.012896;REVB=-0.0378892;RO=25;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441306;STB=0.777161;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0118844;OID=.;OPOS=27459301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:35:34:25:25:9:9:0.264706:2:7:10:15:2:7:10:15 chr10 27497191 . G A 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.017591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.477;QD=19.3429;RBI=0.0224752;REFB=0.00361725;REVB=-0.013989;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332977;STB=0.687305;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0014665;OID=.;OPOS=27497191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:7:11:4:14:7:11:4:14 chr10 27499771 . G A 491.55 PASS AF=0.456897;AO=51;DP=114;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=17;FWDB=-0.0177466;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.965;QD=16.95;RBI=0.0190883;REFB=0.00154425;REVB=0.00702983;RO=61;SAF=30;SAR=21;SRF=44;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13844;STB=0.592911;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00143306;OID=.;OPOS=27499771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:61:63:51:53:0.456897:21:30:44:17:23:30:46:17 chr10 27499804 . T C 622.15 PASS AF=0.467153;AO=64;DP=137;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=23;FWDB=-0.00561297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.065;QD=18.1648;RBI=0.017094;REFB=-0.0195014;REVB=-0.0161462;RO=71;SAF=37;SAR=27;SRF=48;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971041;STB=0.559401;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0196355;OID=.;OPOS=27499804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:71:73:64:64:0.467153:27:37:48:23:27:37:50:23 chr10 27499979 . G T 417.72 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0754199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.154;QD=22.5793;RBI=0.0760536;REFB=0.0178454;REVB=0.00979727;RO=33;SAF=15;SAR=26;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125195;STB=0.569049;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.0134458;OID=.;OPOS=27499979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:26:15:17:16:26:15:17:16 chr10 27506961 . G A 460.8 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0315633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.862;QD=17.2261;RBI=0.031577;REFB=-0.00838657;REVB=0.000929635;RO=52;SAF=21;SAR=29;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109552;STB=0.584513;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00860624;OID=.;OPOS=27506961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:107:52:57:50:50:0.46729:29:21:28:24:29:21:33:24 chr10 27508755 . G A 119.13 PASS AF=0.204301;AO=19;DP=94;FAO=19;FDP=93;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.0022959;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.516;QD=5.12394;RBI=0.00920536;REFB=-0.00425988;REVB=-0.00891445;RO=72;SAF=8;SAR=11;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649507;STB=0.541766;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0171549;OID=.;OPOS=27508755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:72:74:19:19:0.204301:11:8:34:38:11:8:35:39 chr10 27538071 . TG CA 324.45 PASS AF=0.38;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.0122242;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=2;MLLD=267.423;QD=12.9779;RBI=0.0159941;REFB=-0.00351239;REVB=0.0103141;RO=62;SAF=15;SAR=23;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272317;STB=0.515513;STBP=0.829;TYPE=mnp;VARB=0.00519347;OID=.;OPOS=27538071;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:62:62:38:38:0.38:23:15:23:39:23:15:23:39 chr10 27538204 . T C 404.58 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00850319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.533;QD=17.0349;RBI=0.00899331;REFB=-0.0188417;REVB=0.00292837;RO=52;SAF=24;SAR=18;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108754;STB=0.555865;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0212611;OID=.;OPOS=27538204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:53:42:42:0.442105:18:24:24:28:18:24:25:28 chr10 27538550 . G T 317.18 PASS AF=0.285714;AO=41;DP=146;FAO=42;FDP=147;FR=.;FRO=105;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=-0.0221842;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2368;QD=8.63078;RBI=0.0293588;REFB=-0.00329966;REVB=0.0192302;RO=105;SAF=24;SAR=17;SRF=46;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178234;STB=0.59455;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00871477;OID=.;OPOS=27538550;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:105:105:41:42:0.285714:17:24:46:59:18:24:46:59 chr10 27538569 . G A 727.2 PASS AF=0.483221;AO=69;DP=146;FAO=72;FDP=149;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.0464011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5979;QD=19.5221;RBI=0.0464507;REFB=0.0117777;REVB=0.00214527;RO=76;SAF=34;SAR=35;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680087;STB=0.529799;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00776546;OID=.;OPOS=27538569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:149:76:77:69:72:0.483221:35:34:32:44:37:35:33:44 chr10 27538735 . G A 306.14 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0352365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4736;QD=15.3071;RBI=0.0376346;REFB=-0.00549669;REVB=0.0132193;RO=46;SAF=24;SAR=10;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203007;STB=0.615314;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00789605;OID=.;OPOS=27538735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:10:24:24:22:10:24:24:22 chr10 27539137 . T C 178.83 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00208894;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.076;QD=13.7561;RBI=0.00296401;REFB=-0.000535872;REVB=0.00210278;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283682;STB=0.504583;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.000603894;OID=.;OPOS=27539137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:29:31:21:21:0.403846:10:11:16:13:10:11:16:15 chr10 27539166 . G A 90.62 PASS AF=0.342857;AO=11;DP=34;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00991184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.935;QD=10.3566;RBI=0.0112774;REFB=-0.0103899;REVB=0.0053791;RO=23;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123092;STB=0.542786;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0224146;OID=.;OPOS=27539166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:34:35:23:23:11:12:0.342857:6:5:13:10:6:6:13:10 chr10 27624494 . G A 450.36 PASS AF=0.374101;AO=50;DP=137;FAO=52;FDP=139;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.0114642;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8196;QD=12.96;RBI=0.0593958;REFB=-0.0204567;REVB=0.0582789;RO=85;SAF=28;SAR=22;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111769;STB=0.55627;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0227494;OID=.;OPOS=27624494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:85:87:50:52:0.374101:22:28:39:46:24:28:39:48 chr10 27687225 . A G 527.51 PASS AF=0.524752;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0133008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.116;QD=20.8915;RBI=0.0162139;REFB=-0.0126118;REVB=0.00927265;RO=47;SAF=21;SAR=32;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170981;STB=0.58944;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0089809;OID=.;OPOS=27687225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:47:48:53:53:0.524752:32:21:28:19:32:21:28:20 chr10 27687534 . C CT,CTT 135.41 PASS AF=0.9375,0;AO=18,4;DP=32;FAO=30,0;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=18,0;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.133055,0.0693915;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.58888,9.47668;QD=16.9257;RBI=0.215276,0.117743;REFB=-0.115107,-0.0751142;REVB=-0.169234,-0.0951216;RO=10;SAF=7,3;SAR=11,1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.260071,-0.0756169;STB=0.538436,0.5;STBP=0.144,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0369177,-0.0269985;OID=.,.;OPOS=27687535,27687535;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9375,0:18,4:32:30,0:32:2:18,0:12,0:0:2:9:10:7,3:11,1:8:2 chr10 27687775 . T C 1044.33 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00711941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.201;QD=59.6758;RBI=0.0155543;REFB=0;REVB=-0.0138293;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.2769e-05;OID=.;OPOS=27687775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr10 27687965 . A G 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.123816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.891;QD=21.3766;RBI=0.123817;REFB=-0.0118671;REVB=0.00043361;RO=22;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177586;STB=0.599911;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0127999;OID=.;OPOS=27687965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:15:8:12:10:15:8:12:10 chr10 27687994 . A G 171.15 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0326652;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.629;QD=24.4503;RBI=0.0354371;REFB=-0.00520603;REVB=0.0137393;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138279;STB=0.576838;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00817172;OID=.;OPOS=27687994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:28:28:11:11:17:17:0.607143:11:6:2:9:11:6:2:9 chr10 27692279 . A G 488.1 PASS AF=0.390071;AO=55;DP=141;FAO=55;FDP=141;FR=.;FRO=86;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=0.0004789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.91;QD=13.8467;RBI=0.011644;REFB=-0.00420548;REVB=0.0116342;RO=86;SAF=32;SAR=23;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138511;STB=0.578335;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0105323;OID=.;OPOS=27692279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:86:86:55:55:0.390071:23:32:39:47:23:32:39:47 chr10 27702310 . G A 318.42 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0393451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.37;QD=15.7246;RBI=0.0581532;REFB=-0.003963;REVB=0.0428223;RO=46;SAF=15;SAR=20;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725022;STB=0.540902;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00524645;OID=.;OPOS=27702310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:20:15:23:23:20:15:23:23 chr10 27702624 . G T 62.0 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00684697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.084;QD=7.51512;RBI=0.00726806;REFB=-0.0182549;REVB=0.00243797;RO=24;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347202;STB=0.720065;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0484322;OID=.;OPOS=27702624;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:33:24:24:9:9:0.272727:7:2:12:12:7:2:12:12 chr10 27794104 . T G 236.41 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.00455817;FXX=0.0624922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.373;QD=12.6087;RBI=0.00616659;REFB=-0.000166427;REVB=0.0041533;RO=50;SAF=13;SAR=15;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117872;STB=0.578842;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000251078;OID=.;OPOS=27794104;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:75:50:47:28:28:0.373333:15:13:18:32:15:13:16:31 chr10 28023512 . C T 458.07 PASS AF=0.246429;AO=69;DP=282;FAO=69;FDP=280;FR=.;FRO=211;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=114;FSRR=97;FWDB=-0.0714906;FXX=0.0106003;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.949;QD=6.54386;RBI=0.071763;REFB=-0.00593753;REVB=-0.00624628;RO=212;SAF=27;SAR=42;SRF=116;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195854;STB=0.612061;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0143257;OID=.;OPOS=28023512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:280:212:211:69:69:0.246429:42:27:116:96:42:27:114:97 chr10 28101455 . C A 652.83 PASS AF=0.47482;AO=66;DP=141;FAO=66;FDP=139;FR=.;FRO=73;FSAF=47;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.00226405;FXX=0.0141834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9437;QD=18.7865;RBI=0.00810833;REFB=0.0055792;REVB=-0.00778583;RO=73;SAF=47;SAR=19;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186594;STB=0.603846;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00604503;OID=.;OPOS=28101455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:139:73:73:66:66:0.47482:19:47:39:34:19:47:39:34 chr10 28224075 . G A 491.52 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00354553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.509;QD=25.2061;RBI=0.0244823;REFB=0.000438572;REVB=0.0242242;RO=31;SAF=31;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149679;STB=0.576796;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.000219811;OID=.;OPOS=28224075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:32:46:46:0.589744:15:31:15:16:15:31:16:16 chr10 28228865 . A G,T 1104.23 PASS AF=0.96,0.04;AO=72,3;DP=75;FAO=72,3;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0;FSAR=36,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567129,0.00230268;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=205.378,89.7102;QD=58.8924;RBI=0.0176257,0.00272952;REFB=0,0;REVB=0.0166884,-0.00146559;RO=0;SAF=36,0;SAR=36,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00168068,0.232022;OID=.,.;OPOS=28228865,28228865;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:75:75:0:0:72,3:72,3:0.96,0.04:36,3:36,0:0:0:36,3:36,0:0:0 chr10 28228926 . C T 230.58 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.011858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.393;QD=12.1356;RBI=0.0220774;REFB=-0.0035672;REVB=-0.0186225;RO=47;SAF=12;SAR=16;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020205;STB=0.505743;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00637901;OID=.;OPOS=28228926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:48:28:28:0.368421:16:12:21:26:16:12:21:27 chr10 28260151 . A G 669.19 PASS AF=0.422857;AO=74;DP=175;FAO=74;FDP=175;FR=.;FRO=101;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=64;FSRR=37;FWDB=-0.0175705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.378;QD=15.2957;RBI=0.0185706;REFB=-0.00531821;REVB=-0.00601225;RO=98;SAF=37;SAR=37;SRF=63;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146183;STB=0.577123;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00819556;OID=.;OPOS=28260151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:98:101:74:74:0.422857:37:37:63:35:37:37:64:37 chr10 28378613 . G A 2280.38 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0012283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.202;QD=63.3439;RBI=0.00774102;REFB=0;REVB=0.00764295;RO=0;SAF=90;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50162e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172142;OID=.;OPOS=28378613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:144:0:0:142:144:1:52:90:0:0:54:90:0:0 chr10 28378758 . T C 2072.22 PASS AF=0.985294;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00554626;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.608;QD=60.9478;RBI=0.00792404;REFB=-0.0172997;REVB=0.00565945;RO=2;SAF=63;SAR=71;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000837286;STB=0.50044;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-4.24586e-07;OID=.;OPOS=28378758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:136:2:2:134:134:0.985294:71:63:1:1:71:63:1:1 chr10 28909299 . GTT GT,GTA 990.01 PASS AF=1,0;AO=65,3;DP=71;FAO=70,0;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127679,-0.0687262;FXX=0.0140825;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.1691,5.02875;QD=56.5718;RBI=0.067879,0.0818818;REFB=0,0;REVB=-0.0666674,-0.0445121;RO=1;SAF=28,3;SAR=37,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0125975,0.727144;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00138588,0;OID=.,.;OPOS=28909300,28909301;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=GT,GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:65,3:71:70,0:70:0:31,0:39,0:0:0:5:1:28,3:37,0:0:1 chr10 28970487 . C T 617.01 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055778;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.668;QD=61.7009;RBI=0.00897682;REFB=0;REVB=-0.00703359;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.18371e-06;OID=.;OPOS=28970487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr10 28971525 . CTTTT CTTT,CTTTA 226.07 PASS AF=1,0;AO=16,2;DP=21;FAO=21,0;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.154142,-0.151109;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=16.644,7.6045;QD=43.0599;RBI=0.188436,0.162568;REFB=0,0;REVB=0.10839,-0.0599549;RO=0;SAF=9,0;SAR=7,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0035891,0.0327884;OID=.,.;OPOS=28971526,28971529;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=CTTT,CTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:16,2:21:21,0:21:0:11,0:10,0:0:0:4:0:9,0:7,2:0:0 chr10 29163413 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.34822e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.207;QD=55.6559;RBI=0.00934528;REFB=0;REVB=-0.00934491;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.65905e-05;OID=.;OPOS=29163413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr10 29578084 . A G 836.79 PASS AF=0.983333;AO=60;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0247504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3112;QD=55.7857;RBI=0.0480772;REFB=0.00765611;REVB=-0.0412169;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00191459;OID=.;OPOS=29578084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:60:59:0.983333:26:34:0:0:26:33:1:0 chr10 29746346 . C CTGTT 392.51 PASS AF=0.455556;AO=38;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00979561;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=4;MLLD=283.563;QD=17.4449;RBI=0.026122;REFB=-0.00399365;REVB=0.0242158;RO=49;SAF=19;SAR=19;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306453;STB=0.523282;STBP=0.699;TYPE=ins;VARB=0.00506282;OID=.;OPOS=29746347;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.455556:38:90:41:90:49:20:21:26:23:99:49:19:19:26:23 chr10 29747417 . C T 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.000806718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.686;QD=15.4996;RBI=0.00410734;REFB=-0.0163716;REVB=0.00402733;RO=37;SAF=14;SAR=17;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111826;STB=0.555318;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0198063;OID=.;OPOS=29747417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:40:31:31:0.43662:17:14:21:16:17:14:22:18 chr10 29754609 . T C 438.17 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00606527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.903;QD=19.0509;RBI=0.00801069;REFB=0.0018282;REVB=-0.00523295;RO=48;SAF=31;SAR=13;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148367;STB=0.582925;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00185882;OID=.;OPOS=29754609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:13:31:27:21:13:31:27:21 chr10 29759225 . A G 691.08 PASS AF=0.607477;AO=65;DP=107;FAO=65;FDP=107;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.000103431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6171;QD=25.8347;RBI=0.00146022;REFB=-0.0178788;REVB=0.00145655;RO=42;SAF=30;SAR=35;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413974;STB=0.522489;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00964582;OID=.;OPOS=29759225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:42:42:65:65:0.607477:35:30:17:25:35:30:17:25 chr10 29760115 . TCCCCCCCT TCCCCCCT,TCCCCCCTG 100.4 PASS AF=0.315385,0.0307692;AO=37,7;DP=130;FAO=41,4;FDP=130;FR=.;FRO=85;FSAF=18,1;FSAR=23,3;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=-0.0431323,0.0263573;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=8.13536,26.9209;QD=3.08908;RBI=0.050041,0.03038;REFB=-0.0425437,-0.0184184;REVB=-0.0253715,-0.0151074;RO=73;SAF=18,1;SAR=19,6;SRF=29;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.102994,-0.32773;STB=0.502555,0.689906;STBP=0.976,0.502;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0290119,0.0706484;OID=.,.;OPOS=29760116,29760122;OREF=C,CT;OALT=-,TG;OMAPALT=TCCCCCCT,TCCCCCCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315385,0.0307692:37,7:130:41,4:130:85:18,1:23,3:37:48:86:73:18,1:19,6:29:44 chr10 29779936 . G A 320.47 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0352394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.662;QD=27.2743;RBI=0.0384973;REFB=-0.00526514;REVB=0.0154991;RO=19;SAF=13;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110431;STB=0.56082;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00396751;OID=.;OPOS=29779936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:15:13:6:13:15:13:6:13 chr10 29783885 . A G 941.63 PASS AF=0.774194;AO=72;DP=93;FAO=72;FDP=93;FR=.;FRO=21;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00722189;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.687;QD=40.5002;RBI=0.0072219;REFB=-0.0158585;REVB=-6.51381e-06;RO=21;SAF=37;SAR=35;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105199;STB=0.556206;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00216958;OID=.;OPOS=29783885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:21:21:72:72:0.774194:35:37:16:5:35:37:16:5 chr10 29783908 . A G 214.69 PASS AF=0.285714;AO=28;DP=98;FAO=28;FDP=98;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0238883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.238;QD=8.76267;RBI=0.0332719;REFB=-0.0108119;REVB=-0.0231596;RO=69;SAF=17;SAR=11;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12147;STB=0.567459;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0475855;OID=.;OPOS=29783908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:69:70:28:28:0.285714:11:17:35:34:11:17:36:34 chr10 29784072 . G C 924.31 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00356984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.974;QD=54.3714;RBI=0.0479445;REFB=-0.191901;REVB=0.0478114;RO=3;SAF=37;SAR=28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199599;STB=0.501808;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00169786;OID=.;OPOS=29784072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:68:3:2:65:66:0.970588:28:37:1:2:29:37:1:1 chr10 29784114 . T C 789.44 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601097;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.141;QD=64.4443;RBI=0.0608069;REFB=0;REVB=-0.00918197;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034966;OID=.;OPOS=29784114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:26:22:0:0:27:22:0:0 chr10 29812602 . G T 1349.7 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0101743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.23;QD=59.9865;RBI=0.0144547;REFB=-0.0560408;REVB=-0.0102675;RO=2;SAF=50;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185764;STB=0.509802;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00633227;OID=.;OPOS=29812602;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:2:2:88:88:0.977778:38:50:2:0:38:50:2:0 chr10 29812889 . G A 323.19 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0320057;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.451;QD=26.9323;RBI=0.0439304;REFB=-0.00788783;REVB=-0.0300917;RO=19;SAF=9;SAR=19;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121234;STB=0.580326;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00383655;OID=.;OPOS=29812889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:19:20:28:28:0.583333:19:9:9:10:19:9:10:10 chr10 29821089 . C T 2054.38 PASS AF=0.951049;AO=136;DP=143;FAO=136;FDP=143;FR=.;FRO=7;FSAF=78;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0202421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.675;QD=57.4652;RBI=0.0304684;REFB=-0.158416;REVB=0.0227724;RO=3;SAF=78;SAR=58;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100528;STB=0.521409;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0017053;OID=.;OPOS=29821089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:143:143:3:7:136:136:0.951049:58:78:1:2:58:78:1:6 chr10 29821523 . T C 1174.77 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010744;FXX=0.0128189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.7467;QD=61.027;RBI=0.0229823;REFB=0;REVB=-0.0203163;RO=0;SAF=53;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309659;OID=.;OPOS=29821523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:24:53:0:0:24:53:0:0 chr10 29822032 . C T 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5061;QD=60.2263;RBI=0.0251126;REFB=0;REVB=-0.0249331;RO=0;SAF=31;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195057;OID=.;OPOS=29822032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:6:31:0:0:6:31:0:0 chr10 29822159 . T C 1513.4 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.887;QD=59.9367;RBI=0.0158882;REFB=0;REVB=-0.00888603;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54939e-06;OID=.;OPOS=29822159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:46:55:0:0:46:55:0:0 chr10 29833998 . A G 358.02 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0202841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.41;QD=19.6177;RBI=0.020444;REFB=-0.00932598;REVB=-0.00255204;RO=36;SAF=23;SAR=14;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230485;STB=0.627975;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0133424;OID=.;OPOS=29833998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:14:23:13:23:14:23:13:23 chr10 29834003 . G A 330.06 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00738203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.483;QD=18.3368;RBI=0.00786339;REFB=-0.0365767;REVB=0.00270896;RO=37;SAF=21;SAR=14;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20301;STB=0.613195;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0104062;OID=.;OPOS=29834003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:14:21:14:23:14:21:14:23 chr10 29839787 . A G 451.74 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00183703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.2;QD=24.7528;RBI=0.0209842;REFB=-0.00709689;REVB=0.0209037;RO=30;SAF=29;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14052;STB=0.577176;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00310846;OID=.;OPOS=29839787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:14:29:15:15:14:29:15:15 chr10 29839798 . A G 241.85 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.0178495;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.553;QD=12.2454;RBI=0.0260007;REFB=-0.0158762;REVB=-0.0189059;RO=50;SAF=16;SAR=13;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145828;STB=0.583428;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0221984;OID=.;OPOS=29839798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:13:16:34:16:13:16:34:16 chr10 29839864 . A C 1993.08 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283276;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5715;QD=62.2837;RBI=0.048262;REFB=0;REVB=-0.0390738;RO=0;SAF=82;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000454032;OID=.;OPOS=29839864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:46:82:0:0:46:82:0:0 chr10 29839895 . CTTTTT CTTTT,CTTTTC 198.64 PASS AF=0.239437,0.0915493;AO=37,13;DP=143;FAO=34,13;FDP=142;FR=.;FRO=95;FSAF=21,12;FSAR=13,1;FSRF=60;FSRR=35;FWDB=9.83674e-05,-0.0442462;FXX=0.00699252;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=14.9716,29.4705;QD=5.59547;RBI=0.187394,0.0764443;REFB=-0.017162,-0.00685986;REVB=-0.187393,-0.0623378;RO=89;SAF=22,12;SAR=15,1;SRF=56;SRR=33;SSEN=0.326733,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0435983,0.470268;STB=0.510911,0.856463;STBP=0.886,0.018;TYPE=del,snp;VARB=0.0108639,0.0347085;OID=.,.;OPOS=29839896,29839900;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTTT,CTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.239437,0.0915493:37,13:143:34,13:142:95:21,12:13,1:60:35:99:89:22,12:15,1:56:33 chr10 29840038 . A G 515.69 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0243557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.141;QD=20.0269;RBI=0.0253933;REFB=-0.00538186;REVB=-0.00718441;RO=50;SAF=27;SAR=26;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445533;STB=0.524569;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00633896;OID=.;OPOS=29840038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:53:53:0.514563:26:27:28:22:26:27:28:22 chr10 29840164 . A G 30.51 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0246029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.131;QD=11.0939;RBI=0.024608;REFB=-0.0128072;REVB=0.000497826;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429493;STB=0.7681;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00511958;OID=.;OPOS=29840164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:4:2:4:1:4:2 chr10 29843833 . C T 216.34 PASS AF=0.4;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0147607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8018;QD=13.3133;RBI=0.0415619;REFB=0.00635455;REVB=-0.0388524;RO=38;SAF=12;SAR=14;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148572;STB=0.59148;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00909806;OID=.;OPOS=29843833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:38:39:26:26:0.4:14:12:23:15:14:12:24:15 chr10 30306804 . G A 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0278237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.166;QD=14.0542;RBI=0.0313397;REFB=-0.00344143;REVB=-0.0144228;RO=35;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102519;STB=0.558254;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00510673;OID=.;OPOS=30306804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:14:11:12:23:14:11:12:23 chr10 30316072 . C G 320.43 PASS AF=0.439024;AO=35;DP=81;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0558186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5425;QD=15.6305;RBI=0.0601743;REFB=-0.0130058;REVB=-0.0224773;RO=44;SAF=23;SAR=12;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117207;STB=0.568464;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0235875;OID=.;OPOS=30316072;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:44:46:35:36:0.439024:12:23:24:20:13:23:24:22 chr10 30316403 . G A 104.25 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.000216481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.565;QD=6.31799;RBI=0.0275459;REFB=-0.00443798;REVB=-0.0275451;RO=50;SAF=9;SAR=7;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151122;STB=0.592411;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0160676;OID=.;OPOS=30316403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:50:50:16:16:0.242424:7:9:34:16:7:9:34:16 chr10 30317949 . C T 372.79 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0415372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.311;QD=20.427;RBI=0.0418847;REFB=-0.00660144;REVB=0.0053841;RO=34;SAF=26;SAR=12;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909419;STB=0.545137;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00487121;OID=.;OPOS=30317949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:35:38:38:0.520548:12:26:20:14:12:26:21:14 chr10 30318186 . A AG,G 40.35 PASS AF=0.388889,0;AO=4,2;DP=20;FAO=7,0;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2,0;FSAR=5,0;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0679983,0.0571375;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=22.8612,41.7301;QD=8.96773;RBI=0.0891419,0.0574678;REFB=-0.00804557,-0.0202411;REVB=0.0576412,-0.00615169;RO=14;SAF=2,0;SAR=2,2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0800868,-0.521257;STB=0.555391,0.5;STBP=0.769,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0478648,0;OID=.,.;OPOS=30318187,30318186;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:20:18:14:11:4,2:7,0:0.388889,0:2,2:2,0:6:8:5,0:2,0:4:7 chr10 30629226 . G A 245.2 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=0.00671321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.486;QD=15.5681;RBI=0.00868926;REFB=0.00770595;REVB=0.00551689;RO=35;SAF=18;SAR=10;SRF=28;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17969;STB=0.600457;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00676658;OID=.;OPOS=30629226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:10:18:28:7:10:18:28:7 chr10 30728101 . T C 620.34 PASS AF=0.492188;AO=63;DP=127;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.00605257;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.731;QD=19.3858;RBI=0.0279067;REFB=-0.00738543;REVB=0.0272424;RO=64;SAF=27;SAR=36;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355683;STB=0.514869;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00773057;OID=.;OPOS=30728101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:64:65:63:63:0.492188:36:27:25:39:36:27:26:39 chr10 30728250 . A G 762.79 PASS AF=0.5;AO=74;DP=148;FAO=74;FDP=148;FR=.;FRO=74;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=-0.0096298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.943;QD=20.616;RBI=0.00964983;REFB=-0.0199488;REVB=-0.000621443;RO=72;SAF=36;SAR=38;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112996;STB=0.567847;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0182865;OID=.;OPOS=30728250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:72:74:74:74:0.5:38:36:26:46:38:36:26:48 chr10 30901756 . G A 357.95 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0295183;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.863;QD=24.6862;RBI=0.0295184;REFB=-0.032768;REVB=-6.57877e-05;RO=20;SAF=4;SAR=31;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330076;STB=0.69112;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0135973;OID=.;OPOS=30901756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:20:23:35:35:0.603448:31:4:8:12:31:4:9:14 chr10 30918549 . G C 546.91 PASS AF=0.410959;AO=56;DP=145;FAO=60;FDP=146;FR=.;FRO=86;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=58;FSRR=28;FWDB=0.00970432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.193;QD=14.9839;RBI=0.0206233;REFB=-0.00699468;REVB=-0.0181974;RO=86;SAF=35;SAR=21;SRF=58;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575623;STB=0.546497;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00859623;OID=.;OPOS=30918549;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:86:86:56:60:0.410959:21:35:58:28:24:36:58:28 chr10 30918597 . T C 217.48 PASS AF=0.262295;AO=32;DP=122;FAO=32;FDP=122;FR=.;FRO=90;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=36;FWDB=-0.026338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2119;QD=7.13036;RBI=0.0309228;REFB=0.00506131;REVB=-0.0162028;RO=90;SAF=14;SAR=18;SRF=54;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198067;STB=0.61811;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0144171;OID=.;OPOS=30918597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:90:90:32:32:0.262295:18:14:54:36:18:14:54:36 chr10 30989188 . G C 1222.56 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0730492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.954;QD=61.128;RBI=0.0730594;REFB=0;REVB=-0.00121962;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39718e-05;OID=.;OPOS=30989188;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:76:80:1:40:36:0:0:41:39:0:0 chr10 30993381 . C T 127.39 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=78;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.00916378;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.985;QD=6.5328;RBI=0.00918142;REFB=-0.0110793;REVB=-0.000568843;RO=59;SAF=11;SAR=8;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06661;STB=0.54094;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0600778;OID=.;OPOS=30993381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:59:59:19:19:0.24359:8:11:31:28:8:11:31:28 chr10 30993404 . G A 434.62 PASS AF=0.488889;AO=43;DP=89;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0323753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6968;QD=19.3165;RBI=0.0352459;REFB=0.0194546;REVB=0.0139326;RO=46;SAF=19;SAR=24;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341114;STB=0.51219;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.0129426;OID=.;OPOS=30993404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:46:46:43:44:0.488889:24:19:22:24:24:20:22:24 chr10 30993413 . T G 473.28 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.000433891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.315;QD=21.2712;RBI=0.00223857;REFB=-0.00513628;REVB=0.00219611;RO=43;SAF=22;SAR=24;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115177;STB=0.506364;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00484397;OID=.;OPOS=30993413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:43:46:46:0.516854:24:22:20:23:24:22:20:23 chr10 30993448 . G A 1510.83 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.348;QD=63.6138;RBI=0.0467106;REFB=0;REVB=0.0294484;RO=0;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143538;OID=.;OPOS=30993448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:50:45:0:0:50:45:0:0 chr10 31001494 . A C 152.31 PASS AF=0.344828;AO=16;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0962132;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=57.6805;QD=10.5039;RBI=0.101905;REFB=-0.0101343;REVB=0.0335815;RO=25;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626859;STB=0.505698;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0153073;OID=.;OPOS=31001494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:38:16:20:0.344828:6:10:17:8:7:13:25:13 chr10 31651824 . T C 158.64 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.000401881;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.612;QD=16.2708;RBI=0.00842174;REFB=-0.0156029;REVB=-0.00841215;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359294;STB=0.50908;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.016333;OID=.;OPOS=31651824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:23:22:17:17:0.435897:9:8:10:13:9:8:10:12 chr10 31816596 . C T 380.15 PASS AF=0.52;AO=38;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0419724;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0293;QD=20.2746;RBI=0.0528573;REFB=-0.0144676;REVB=-0.0321281;RO=35;SAF=22;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814803;STB=0.517638;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0137093;OID=.;OPOS=31816596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:36:38:39:0.52:16:22:17:18:17:22:19:17 chr10 32045045 . A C 557.24 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.545;QD=60.2417;RBI=0.0335959;REFB=0;REVB=0.0170921;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139427;OID=.;OPOS=32045045;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:23:13:0:0:24:13:0:0 chr10 32095666 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.912;QD=58.0611;RBI=0.0182164;REFB=0;REVB=-0.00601895;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19856e-05;OID=.;OPOS=32095666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr10 32120678 . C T 689.6 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.4461;QD=61.2978;RBI=0.0862746;REFB=0;REVB=0.0817942;RO=1;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191513;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171623;OID=.;OPOS=32120678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:1:0:41:45:1:24:17:0:1:28:17:0:0 chr10 32128611 . A G 704.89 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00964291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.027;QD=58.741;RBI=0.0129134;REFB=-0.079499;REVB=0.00858899;RO=2;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031325;STB=0.516659;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00182443;OID=.;OPOS=32128611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:29:17:0:2:29:17:0:2 chr10 32141460 . T C 1048.69 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0140035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.245;QD=58.2604;RBI=0.0539306;REFB=-0.109688;REVB=0.0520808;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.507244;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000450594;OID=.;OPOS=32141460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:34:37:0:0:34:37:0:1 chr10 32345710 . G A 2825.71 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.461;QD=62.7936;RBI=0.0136897;REFB=0;REVB=-0.01332;RO=0;SAF=85;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17733e-05;OID=.;OPOS=32345710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:180:180:1:95:85:0:0:95:85:0:0 chr10 32974969 . A G 607.3 PASS AF=0.893617;AO=42;DP=47;FAO=42;FDP=47;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00223511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6455;QD=51.6854;RBI=0.0669257;REFB=-0.0844948;REVB=0.0668883;RO=1;SAF=22;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208598;STB=0.529518;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0105609;OID=.;OPOS=32974969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:47:47:1:5:42:42:0.893617:20:22:1:0:20:22:4:1 chr10 33018351 . G C 2298.03 PASS AF=0.993464;AO=153;DP=156;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0113179;FXX=0.0192295;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.77;QD=60.0793;RBI=0.0114894;REFB=0.150421;REVB=-0.00197785;RO=1;SAF=71;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576617;STB=0.50303;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=8.92979e-05;OID=.;OPOS=33018351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:153:1:1:153:152:0.993464:82:71:0:1:82:70:0:1 chr10 33123824 . G C 739.54 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.005;QD=54.7804;RBI=0.0254335;REFB=-0.16166;REVB=0.0187925;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000651843;OID=.;OPOS=33123824;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:29:24:0:0:29:24:0:1 chr10 33143396 . G A 726.68 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00206836;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8772;QD=56.9948;RBI=0.012046;REFB=0;REVB=-0.0118671;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.02041e-05;OID=.;OPOS=33143396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:35:16:0:0:35:16:0:0 chr10 33190285 . G A 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.64;QD=43.4826;RBI=0.0271643;REFB=0;REVB=0.0207882;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054037;OID=.;OPOS=33190285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr10 33190567 . C A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.456;QD=57.1775;RBI=0.0182766;REFB=0;REVB=0.0103678;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04503e-05;OID=.;OPOS=33190567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr10 33209266 . G T 1785.84 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.447;QD=61.0543;RBI=0.0124414;REFB=0;REVB=0.0119128;RO=0;SAF=62;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07878e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13169e-05;OID=.;OPOS=33209266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:55:62:0:0:55:62:0:0 chr10 33214802 . A G 1008.23 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0281;QD=59.3076;RBI=0.0968932;REFB=0;REVB=0.0826984;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477916;OID=.;OPOS=33214802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr10 33466566 . C T 1044.14 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.541;QD=59.6649;RBI=0.0140697;REFB=0;REVB=0.00386951;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26463e-05;OID=.;OPOS=33466566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:33:36:0:0:33:37:0:0 chr10 33466843 . T C 501.59 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1179;QD=59.0111;RBI=0.123601;REFB=0;REVB=0.118043;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264088;OID=.;OPOS=33466843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:18:15:0:0:18:16:0:0 chr10 33468014 . T C 715.01 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0243517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.178;QD=60.8518;RBI=0.0469426;REFB=0.042341;REVB=0.0401323;RO=1;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218604;STB=0.511623;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-9.68616e-05;OID=.;OPOS=33468014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:21:25:0:1:21:25:0:1 chr10 33469181 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.776;QD=63.583;RBI=0.0420246;REFB=0;REVB=0.0268494;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177988;OID=.;OPOS=33469181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr10 33495267 . C T 1079.95 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.263;QD=59.9974;RBI=0.0554659;REFB=0;REVB=0.01282;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49317e-05;OID=.;OPOS=33495267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:35:35:0:0:37:35:0:0 chr10 33502162 . C A 125.4 PASS AF=0.240506;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0233267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.927;QD=6.34934;RBI=0.0274315;REFB=-0.0183165;REVB=0.0144344;RO=60;SAF=8;SAR=11;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15832;STB=0.597249;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0397262;OID=.;OPOS=33502162;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:60:60:19:19:0.240506:11:8:33:27:11:8:33:27 chr10 33502240 . C T 1769.26 PASS AF=0.991525;AO=115;DP=116;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0541628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0116;QD=59.9749;RBI=0.05603;REFB=-0.0588421;REVB=-0.0143441;RO=1;SAF=69;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102112;STB=0.505375;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000498848;OID=.;OPOS=33502240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:118:1:1:115:117:0.991525:46:69:0:1:46:71:0:1 chr10 33510663 . G A 1386.73 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000726895;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.168;QD=61.6323;RBI=0.0185819;REFB=-0.0842654;REVB=0.0185677;RO=1;SAF=42;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111493;STB=0.505746;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000514493;OID=.;OPOS=33510663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:88:89:0.988889:46:42:1:0:46:43:1:0 chr10 33510768 . G A 1263.77 PASS AF=1;AO=59;DP=83;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191835;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.706;QD=58.1042;RBI=0.0760944;REFB=0;REVB=0.0736366;RO=0;SAF=42;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00301054;OID=.;OPOS=33510768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:87:0:0:59:87:1:17:42:0:0:43:44:0:0 chr10 33552695 . CA CG,TG 1601.79 PASS AF=0.522124,0.469027;AO=59,55;DP=114;FAO=59,53;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=31,30;FSAR=28,23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128257,-0.0119151;FXX=0.00877116;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=61.1059,265.637;QD=56.7005;RBI=0.0258443,0.0137793;REFB=-0.0792852,-0.066928;REVB=0.0224373,0.00692102;RO=0;SAF=31,31;SAR=28,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.507934,0.508194;STBP=0.519,0.522;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000672926,-0.000577963;OID=.,.;OPOS=33552696,33552695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:114:113:0:1:59,55:59,53:0.522124,0.469027:28,24:31,31:0:0:28,23:31,30:1:0 chr10 33623251 . G A 39.58 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00831839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.741;QD=13.1935;RBI=0.026744;REFB=-0.00408318;REVB=0.0254174;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280783;STB=0.666171;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00694646;OID=.;OPOS=33623251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:5:1:3:3:5:1 chr10 34591402 . C T 754.51 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.029693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8546;QD=54.8738;RBI=0.0660082;REFB=-0.094604;REVB=-0.0589526;RO=1;SAF=28;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165343;STB=0.508769;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0131545;OID=.;OPOS=34591402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:26:28:1:0:26:28:1:0 chr10 34620220 . C T 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0530075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.314;QD=59.3225;RBI=0.0534688;REFB=0;REVB=0.00700843;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102283;OID=.;OPOS=34620220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr10 34626230 . G A 247.28 PASS AF=0.242038;AO=38;DP=160;FAO=38;FDP=157;FR=.;FRO=119;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=71;FSRR=48;FWDB=-0.00807151;FXX=0.0187488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.292;QD=6.30016;RBI=0.0179311;REFB=-0.00430972;REVB=-0.0160117;RO=116;SAF=19;SAR=19;SRF=70;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129793;STB=0.573211;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00916621;OID=.;OPOS=34626230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:157:116:119:38:38:0.242038:19:19:70:46:19:19:71:48 chr10 34666941 . GCCCCCC CGCCCCC,GCCCCC,GCCCCCG 108.66 PASS AF=0,0.365854,0.0365854;AO=4,26,4;DP=83;FAO=0,30,3;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=0,20,3;FSAR=0,10,0;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.052943,0.148278,0.0173685;FXX=0.0120467;HRUN=1,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=22.6152,9.17131,12.8992;QD=5.30032;RBI=0.114526,0.20214,0.0205934;REFB=-0.0261252,-0.0933217,-0.0793226;REVB=-0.101555,-0.137382,0.0110645;RO=31;SAF=1,18,4;SAR=3,8,0;SRF=13;SRR=18;SSEN=0,0.714286,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.204028,0.270961,0.634046;STB=0.5,0.672155,0.997192;STBP=1,0.013,0.029;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0325687,0.110151,-0.0553716;OID=.,.,.;OPOS=34666941,34666942,34666947;OREF=GC,C,C;OALT=CG,-,G;OMAPALT=CGCCCCC,GCCCCC,GCCCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:96:83:82:31:49:4,26,4:0,30,3:0,0.365854,0.0365854:3,8,0:1,18,4:13:18:0,10,0:0,20,3:19:30 chr10 34688287 . G A 1249.42 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119813;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4245;QD=61.6999;RBI=0.0361165;REFB=0;REVB=-0.0340712;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00036421;OID=.;OPOS=34688287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr10 35215790 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9514;QD=35.5758;RBI=0.115354;REFB=0;REVB=-0.0445347;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0116611;OID=.;OPOS=35215790;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr10 35302705 . C T 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0355674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.158;QD=11.267;RBI=0.0357556;REFB=-0.00260313;REVB=0.0036635;RO=36;SAF=7;SAR=13;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366986;STB=0.712129;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00523464;OID=.;OPOS=35302705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:13:7:25:11:13:7:25:11 chr10 35321414 . C T 206.64 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00671366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.491;QD=11.0205;RBI=0.0175553;REFB=0.000516019;REVB=-0.0162208;RO=48;SAF=8;SAR=18;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225674;STB=0.625986;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00235286;OID=.;OPOS=35321414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:49:26:26:0.346667:18:8:24:24:18:8:24:25 chr10 35338699 . G A 447.28 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0237591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.947;QD=18.4443;RBI=0.0242001;REFB=0.00313225;REVB=0.00459903;RO=52;SAF=23;SAR=22;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634004;STB=0.535338;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00512339;OID=.;OPOS=35338699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:22:23:30:22:22:23:30:22 chr10 35362977 . A G 269.29 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0032012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.378;QD=18.8978;RBI=0.0491106;REFB=-0.0245627;REVB=-0.0490062;RO=28;SAF=21;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186819;STB=0.604862;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0294547;OID=.;OPOS=35362977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:8:21:15:13:8:21:15:13 chr10 35426755 . A G 496.68 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0726427;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.59;QD=18.0611;RBI=0.0728155;REFB=-0.00954201;REVB=0.00501275;RO=57;SAF=25;SAR=28;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673336;STB=0.53734;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00845881;OID=.;OPOS=35426755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:57:53:53:0.481818:28:25:31:26:28:25:31:26 chr10 35464778 . C T 365.14 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00495389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.708;QD=16.0503;RBI=0.0129496;REFB=-0.00447856;REVB=-0.0119646;RO=52;SAF=22;SAR=17;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654453;STB=0.536871;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00618136;OID=.;OPOS=35464778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:52:39:39:0.428571:17:22:26:26:17:22:26:26 chr10 35772402 . G A 324.04 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00926028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.93;QD=28.8038;RBI=0.046254;REFB=-0.0276615;REVB=-0.0453175;RO=16;SAF=10;SAR=18;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567567;STB=0.545421;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.032506;OID=.;OPOS=35772402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:16:17:28:28:0.622222:18:10:7:9:18:10:8:9 chr10 35896977 . C T 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00580724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.006;QD=17.6421;RBI=0.0324025;REFB=-0.0209282;REVB=-0.0318778;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955156;STB=0.555432;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0382688;OID=.;OPOS=35896977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:3:4:4:5:3:4 chr10 36723415 . C A,T 1163.21 PASS AF=0.935897,0.0641026;AO=73,5;DP=78;FAO=73,5;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0;FSAR=32,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000674402,-0.00370627;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.865,92.8617;QD=59.6516;RBI=0.0468541,0.0596107;REFB=0,0;REVB=-0.0468492,-0.0594953;RO=0;SAF=41,0;SAR=32,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00114344,0.124119;OID=.,.;OPOS=36723415,36723415;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:78:78:0:0:73,5:73,5:0.935897,0.0641026:32,5:41,0:0:0:32,5:41,0:0:0 chr10 36812362 . C T 2198.71 PASS AF=0.972603;AO=142;DP=146;FAO=142;FDP=146;FR=.;FRO=4;FSAF=72;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00245444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.004;QD=60.2387;RBI=0.00804858;REFB=-0.0214683;REVB=-0.0076652;RO=4;SAF=72;SAR=70;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133822;STB=0.507041;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00141794;OID=.;OPOS=36812362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:146:146:4:4:142:142:0.972603:70:72:1:3:70:72:1:3 chr10 37414926 . G A 434.06 PASS AF=0.262712;AO=61;DP=242;FAO=62;FDP=236;FR=.;FRO=174;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=95;FSRR=79;FWDB=-0.0125246;FXX=0.0247924;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6023;QD=7.357;RBI=0.0148797;REFB=-0.0106081;REVB=-0.0080336;RO=168;SAF=31;SAR=30;SRF=92;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489421;STB=0.533887;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0355241;OID=.;OPOS=37414926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:236:168:174:61:62:0.262712:30:31:92:76:31:31:95:79 chr10 37447358 . T G 442.15 PASS AF=0.420168;AO=50;DP=119;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.00165155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.616;QD=14.862;RBI=0.0123747;REFB=0.00185462;REVB=0.012264;RO=69;SAF=27;SAR=23;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078572;STB=0.544154;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.00246045;OID=.;OPOS=37447358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:69:69:50:50:0.420168:23:27:32:37:23:27:32:37 chr10 37451617 . T C 1295.66 PASS AF=0.512295;AO=125;DP=246;FAO=125;FDP=244;FR=.;FRO=119;FSAF=76;FSAR=49;FSRF=65;FSRR=54;FWDB=0.0109482;FXX=0.00812975;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.09;QD=21.2404;RBI=0.0110775;REFB=-0.0178413;REVB=0.00168787;RO=116;SAF=76;SAR=49;SRF=63;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590027;STB=0.531175;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0136379;OID=.;OPOS=37451617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:244:116:119:125:125:0.512295:49:76:63:53:49:76:65:54 chr10 37488689 . G C 728.69 PASS AF=0.487179;AO=74;DP=155;FAO=76;FDP=156;FR=.;FRO=80;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.0428554;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.784;QD=18.6843;RBI=0.043167;REFB=-0.0292083;REVB=-0.00517703;RO=80;SAF=31;SAR=43;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112087;STB=0.560066;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0232557;OID=.;OPOS=37488689;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:80:80:74:76:0.487179:43:31:43:37:44:32:43:37 chr10 37505141 . G A 253.18 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00805539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.569;QD=19.1081;RBI=0.0148911;REFB=-0.0246118;REVB=-0.0125242;RO=25;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170425;STB=0.584084;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0132827;OID=.;OPOS=37505141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:25:26:27:27:0.509434:14:13:17:8:14:13:17:9 chr10 37505192 . C T 457.15 PASS AF=0.479167;AO=45;DP=95;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0154343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.433;QD=19.0478;RBI=0.0192723;REFB=-0.0127155;REVB=-0.0115413;RO=49;SAF=20;SAR=25;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174943;STB=0.595646;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0123946;OID=.;OPOS=37505192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:49:50:45:46:0.479167:25:20:31:18:26:20:31:19 chr10 37508450 . A C 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0631522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.33;QD=16.1155;RBI=0.0632608;REFB=0.00352034;REVB=0.00370573;RO=29;SAF=8;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152367;STB=0.586592;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00339513;OID=.;OPOS=37508450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:16:8:14:15:16:8:14:15 chr10 37890955 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00755484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.939;QD=14.0959;RBI=0.0450619;REFB=-0.0108219;REVB=0.0444241;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250796;STB=0.514679;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0150446;OID=.;OPOS=37890955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:6:5:6:8:6:5:6:8 chr10 37891465 . G T 159.73 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0311219;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1646;QD=12.5278;RBI=0.0343743;REFB=-0.000504404;REVB=0.0145952;RO=32;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273115;STB=0.658373;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=8.59799e-05;OID=.;OPOS=37891465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:32:32:19:19:0.372549:7:12:12:20:7:12:12:20 chr10 37891576 . G A 383.68 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0213904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.594;QD=20.1935;RBI=0.0355138;REFB=0.0267481;REVB=0.0283492;RO=37;SAF=30;SAR=9;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286773;STB=0.660288;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0247687;OID=.;OPOS=37891576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:9:30:18:19:9:30:18:19 chr10 38344700 . C G 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00292545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.605;QD=18.9664;RBI=0.00646226;REFB=-0.00394275;REVB=-0.00576217;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074684;STB=0.551135;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00482705;OID=.;OPOS=38344700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:12:10:9:15:12:10:9:16 chr10 38407519 . A G 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00198548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.008;QD=25.2554;RBI=0.00876834;REFB=-0.0175778;REVB=-0.00854059;RO=10;SAF=11;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10284;STB=0.557534;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0101159;OID=.;OPOS=38407519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:6:11:5:5:6:11:5:5 chr10 38645403 . T C 420.58 PASS AF=0.385827;AO=49;DP=127;FAO=49;FDP=127;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0308081;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.771;QD=13.2466;RBI=0.0322905;REFB=-0.0302495;REVB=-0.00967139;RO=75;SAF=16;SAR=33;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144767;STB=0.58844;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0444546;OID=.;OPOS=38645403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:75:78:49:49:0.385827:33:16:34:41:33:16:36:42 chr10 38672144 . A C 162.17 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0228805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9167;QD=9.00919;RBI=0.0261361;REFB=-0.0175862;REVB=0.0126325;RO=50;SAF=12;SAR=10;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123092;STB=0.572799;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0632351;OID=.;OPOS=38672144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:50:22:22:0.305556:10:12:22:28:10:12:22:28 chr10 38740000 . T C 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.0282831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.17;QD=16.1191;RBI=0.0283481;REFB=-0.00975575;REVB=0.00191933;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390022;STB=0.719704;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0119931;OID=.;OPOS=38740000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:1:12:6:6:1:12 chr10 38740353 . T C 164.64 PASS AF=0.270588;AO=23;DP=85;FAO=23;FDP=85;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=-0.0823834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5187;QD=7.74763;RBI=0.082613;REFB=-0.00138367;REVB=-0.006155;RO=62;SAF=17;SAR=6;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13488;STB=0.581832;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00302913;OID=.;OPOS=38740353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:62:62:23:23:0.270588:6:17:40:22:6:17:40:22 chr10 38740382 . T C 104.68 PASS AF=0.209877;AO=17;DP=81;FAO=17;FDP=81;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0293325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.402;QD=5.16959;RBI=0.0480084;REFB=-0.00655009;REVB=-0.0380054;RO=61;SAF=8;SAR=9;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107815;STB=0.57217;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0273769;OID=.;OPOS=38740382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:61:64:17:17:0.209877:9:8:34:27:9:8:36:28 chr10 38740546 . G T 104.0 PASS AF=0.318182;AO=12;DP=42;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0421362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.602;QD=9.4548;RBI=0.0421562;REFB=-0.0371356;REVB=-0.00130156;RO=30;SAF=1;SAR=11;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387769;STB=0.549925;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0518145;OID=.;OPOS=38740546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:30:30:12:14:0.318182:11:1:8:22:11:3:8:22 chr10 42907201 . G A 481.36 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0115081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.794;QD=15.9128;RBI=0.0129726;REFB=-0.00609434;REVB=-0.00598762;RO=67;SAF=28;SAR=25;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00592188;STB=0.500626;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00840467;OID=.;OPOS=42907201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:67:68:53:53:0.438017:25:28:35:32:25:28:36:32 chr10 42907260 . T C 269.34 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0280876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.945;QD=11.8392;RBI=0.0303553;REFB=-0.00804017;REVB=0.0115121;RO=58;SAF=16;SAR=16;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115898;STB=0.560402;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0187259;OID=.;OPOS=42907260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:58:59:32:32:0.351648:16:16:35:23:16:16:35:24 chr10 42920832 . G A 177.62 PASS AF=0.37931;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.014772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.333;QD=12.2496;RBI=0.0155809;REFB=-0.0091864;REVB=0.00495508;RO=35;SAF=11;SAR=10;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210198;STB=0.612808;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0140652;OID=.;OPOS=42920832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:35:36:21:22:0.37931:10:11:25:10:10:12:26:10 chr10 42920884 . C T 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0144879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.081;QD=11.2609;RBI=0.0170313;REFB=-0.00410291;REVB=0.00895348;RO=30;SAF=7;SAR=8;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298089;STB=0.674209;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0137302;OID=.;OPOS=42920884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:8:7:22:8:8:7:22:8 chr10 42941685 . T A,TA 53.43 PASS AF=0,0.55;AO=2,8;DP=25;FAO=0,11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=0,5;FSAR=0,6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00486138,0.0213609;FXX=0.0475964;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=318.628,10.9065;QD=10.686;RBI=0.00487479,0.0300046;REFB=-0.00398034,0.0299425;REVB=-0.000361284,-0.021071;RO=14;SAF=2,2;SAR=0,6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.521257,-0.34871;STB=0.5,0.594426;STBP=1,0.367;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00508645;OID=.,.;OPOS=42941685,42941686;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:25:20:14:9:2,8:0,11:0,0.55:0,6:2,2:8:6:0,6:0,5:6:3 chr10 42949664 . A T 456.32 PASS AF=0.706897;AO=40;DP=57;FAO=41;FDP=58;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0145609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7359;QD=31.4703;RBI=0.0562479;REFB=-0.0138432;REVB=0.0543305;RO=16;SAF=17;SAR=23;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170552;STB=0.585324;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0106798;OID=.;OPOS=42949664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:16:17:40:41:0.706897:23:17:12:4:24:17:12:5 chr10 42965636 . C T 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.019486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.031;QD=18.4261;RBI=0.0510956;REFB=-0.0123169;REVB=-0.0472341;RO=26;SAF=8;SAR=20;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150767;STB=0.545424;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0356932;OID=.;OPOS=42965636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:28:28:28:0.5:20:8:4:22:20:8:6:22 chr10 43279941 . C T 96.19 PASS AF=0.375;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0190558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.462;QD=12.0244;RBI=0.0308177;REFB=0.00315305;REVB=0.0242199;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102486;STB=0.531198;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.00505897;OID=.;OPOS=43279941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:20:20:11:12:0.375:6:5:11:9:6:6:11:9 chr10 43281089 . T C 341.05 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0192612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.35;QD=15.6804;RBI=0.0305751;REFB=-0.00164664;REVB=-0.0237455;RO=48;SAF=20;SAR=17;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144362;STB=0.568918;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000865304;OID=.;OPOS=43281089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:48:50:37:37:0.425287:17:20:19:29:17:20:21:29 chr10 43292647 . A G 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0627678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9873;QD=23.3999;RBI=0.0751573;REFB=0.025723;REVB=0.0413379;RO=3;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156255;STB=0.588042;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00349744;OID=.;OPOS=43292647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:7:1:0:3:7:1:0:3 chr10 43606687 . A G 3880.11 PASS AF=1;AO=245;DP=245;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217105;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.714;QD=60.8645;RBI=0.0218904;REFB=0;REVB=-0.00280087;RO=0;SAF=117;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000754295;OID=.;OPOS=43606687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:245:255:0:0:245:255:1:128:117:0:0:128:127:0:0 chr10 43620412 . G T 178.0 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0459593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2372;QD=10.6271;RBI=0.0489039;REFB=-0.0108787;REVB=0.0167134;RO=44;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784181;STB=0.545653;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0164077;OID=.;OPOS=43620412;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:12:11:18:26:12:11:18:26 chr10 43690189 . G A 1955.72 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.46;QD=61.5973;RBI=0.0241871;REFB=0;REVB=0.00497583;RO=0;SAF=71;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47672e-05;OID=.;OPOS=43690189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:126:127:1:55:71:0:0:55:72:0:0 chr10 43691691 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.356;QD=61.6837;RBI=0.0584555;REFB=0;REVB=0.0197545;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107782;OID=.;OPOS=43691691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr10 43837352 . A G 768.2 PASS AF=0.9;AO=53;DP=57;FAO=54;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00574272;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.444;QD=51.2133;RBI=0.0137843;REFB=-0.0245888;REVB=0.0125311;RO=2;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336247;STB=0.508769;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.00074038;OID=.;OPOS=43837352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:60:2:3:53:54:0.9:27:26:0:2:27:27:1:2 chr10 43978087 . A G 868.19 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7663;QD=57.8791;RBI=0.0178521;REFB=0;REVB=-0.0136532;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26132e-05;OID=.;OPOS=43978087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr10 44285777 . T C 274.8 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0337242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.152;QD=14.2752;RBI=0.0349709;REFB=-0.0025104;REVB=0.00925424;RO=45;SAF=16;SAR=16;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149306;STB=0.584364;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00177502;OID=.;OPOS=44285777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:16:16:29:16:16:16:29:16 chr10 44788758 . G A 838.89 PASS AF=0.477778;AO=86;DP=180;FAO=86;FDP=180;FR=.;FRO=94;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=61;FSRR=33;FWDB=-0.00453236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.569;QD=18.642;RBI=0.0218037;REFB=-0.00430225;REVB=0.0213274;RO=94;SAF=53;SAR=33;SRF=61;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329489;STB=0.518178;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00512895;OID=.;OPOS=44788758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:94:94:86:86:0.477778:33:53:61:33:33:53:61:33 chr10 44793299 . C T 432.15 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.0529947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.617;QD=17.8204;RBI=0.0658024;REFB=-0.02006;REVB=-0.0390066;RO=53;SAF=22;SAR=22;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13859;STB=0.577285;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0237761;OID=.;OPOS=44793299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:22:22:19:34:22:22:19:34 chr10 44865770 . T C 197.83 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.005166;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.172;QD=14.6543;RBI=0.0413961;REFB=0.000961164;REVB=-0.0410725;RO=30;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353687;STB=0.528029;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00195461;OID=.;OPOS=44865770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:30:31:23:23:0.425926:13:10:12:18:13:10:12:19 chr10 44868430 . A C 348.05 PASS AF=0.330827;AO=44;DP=133;FAO=44;FDP=133;FR=.;FRO=89;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=-0.01622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.662;QD=10.4677;RBI=0.0274875;REFB=-0.0118645;REVB=-0.0221917;RO=89;SAF=19;SAR=25;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858434;STB=0.549617;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0289995;OID=.;OPOS=44868430;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:89:89:44:44:0.330827:25:19:45:44:25:19:45:44 chr10 45427454 . G A 136.36 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0143906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3432;QD=6.99263;RBI=0.0183198;REFB=-0.00692628;REVB=0.0113369;RO=58;SAF=14;SAR=6;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193628;STB=0.618661;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0234316;OID=.;OPOS=45427454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:58:58:20:20:0.25641:6:14:32:26:6:14:32:26 chr10 45430462 . C T 242.2 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.048217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.897;QD=14.9047;RBI=0.0517326;REFB=-0.00951022;REVB=-0.0187452;RO=36;SAF=22;SAR=6;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376108;STB=0.722457;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0149907;OID=.;OPOS=45430462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:6:22:16:20:6:22:16:21 chr10 45467099 . C T 596.5 PASS AF=0.575758;AO=57;DP=100;FAO=57;FDP=99;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0112334;FXX=0.0198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.644;QD=24.101;RBI=0.0124909;REFB=-0.0159229;REVB=-0.00546212;RO=41;SAF=27;SAR=30;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141022;STB=0.581367;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0114898;OID=.;OPOS=45467099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:41:42:57:57:0.575758:30:27:27:14:30:27:28:14 chr10 45473317 . C T 462.28 PASS AF=0.443478;AO=51;DP=115;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0295513;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.55;QD=16.0793;RBI=0.0318219;REFB=-0.0243725;REVB=0.011805;RO=63;SAF=32;SAR=19;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902916;STB=0.546795;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0309399;OID=.;OPOS=45473317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:63:64:51:51:0.443478:19:32:34:29:19:32:35:29 chr10 45479539 . TGA T 162.69 PASS AF=0.264368;AO=22;DP=87;FAO=23;FDP=87;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.0061149;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=2;MLLD=228.085;QD=7.48008;RBI=0.0429408;REFB=-0.0194277;REVB=-0.0425032;RO=58;SAF=15;SAR=7;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815615;STB=0.570728;STBP=0.461;TYPE=del;VARB=0.0474268;OID=.;OPOS=45479540;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264368:22:87:23:87:64:16:7:39:25:99:58:15:7:36:22 chr10 45496120 . A T 1593.73 PASS AF=0.927419;AO=113;DP=124;FAO=115;FDP=124;FR=.;FRO=9;FSAF=43;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00693234;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.8752;QD=51.4108;RBI=0.0111335;REFB=-0.110187;REVB=0.00871189;RO=4;SAF=41;SAR=72;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256465;STB=0.511826;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0227447;OID=.;OPOS=45496120;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:124:124:4:9:113:115:0.927419:72:41:0:4:72:43:2:7 chr10 45499799 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00599087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.189;QD=53.9111;RBI=0.0280371;REFB=0;REVB=-0.0273896;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000546677;OID=.;OPOS=45499799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr10 45499886 . TC T 103.24 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.000111553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.628;QD=19.665;RBI=0.00367993;REFB=-0.00116724;REVB=-0.00367824;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258248;STB=0.537129;STBP=0.757;TYPE=del;VARB=0.000890439;OID=.;OPOS=45499887;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:11:21:12:21:9:7:5:6:3:66:9:7:4:6:3 chr10 45499897 . A AAAAATT 138.34 PASS AF=1;AO=10;DP=20;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00122057;FXX=0.142755;HRUN=6;LEN=6;MLLD=286.566;QD=46.1118;RBI=0.0173973;REFB=0;REVB=-0.0173545;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193381;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-7.08326e-05;OID=.;OPOS=45499898;OREF=-;OALT=AAAATT;OMAPALT=AAAAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:20:12:12:0:7:5:0:0:3:8:5:5:6:2 chr10 45500221 . A G 486.24 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00243125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.852;QD=21.3732;RBI=0.00378949;REFB=-0.00591919;REVB=0.00290677;RO=44;SAF=18;SAR=29;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852467;STB=0.547149;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00518281;OID=.;OPOS=45500221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:29:18:21:23:29:18:21:23 chr10 46135871 . TAAAAAAAAAAAAA TAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAC,TAAAAAA 145.31 PASS AF=0.2,0.4,0.4;AO=4,3,2;DP=16;FAO=3,6,6;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1,6,1;FSAR=2,0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.174886,-0.0921059,-0.152202;FXX=0.062461;HRUN=19,19,19;LEN=6,1,7;MLLD=20.4811,139.337,22.3398;QD=38.7505;RBI=0.360483,0.117213,0.310452;REFB=0,0,0;REVB=0.315219,0.072494,0.270582;RO=1;SAF=0,3,2;SAR=4,0,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.727144,0.697199;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0.0701866,0.0190316,0.0468604;OID=.,.,.;OPOS=46135872,46135884,46135872;OREF=AAAAAA,A,AAAAAAA;OALT=-,C,-;OMAPALT=TAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAC,TAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.2,0.4,0.4:4,3,2:16:3,6,6:15:0:1,6,1:2,0,5:0:0:31:1:0,3,2:4,0,0:0:1 chr10 46965018 . C G 95.26 PASS AF=0.155738;AO=19;DP=122;FAO=19;FDP=122;FR=.;FRO=103;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=0.0125941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.794;QD=3.12326;RBI=0.0364613;REFB=-0.00167113;REVB=-0.0342172;RO=102;SAF=11;SAR=8;SRF=56;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384717;STB=0.530205;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00962084;OID=.;OPOS=46965018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:122:122:102:103:19:19:0.155738:8:11:56:46:8:11:56:47 chr10 46965727 . G A 218.32 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0014866;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.154;QD=22.3915;RBI=0.0668059;REFB=-0.0220748;REVB=-0.0667894;RO=18;SAF=16;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294619;STB=0.666496;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0164292;OID=.;OPOS=46965727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:18:18:21:21:0.538462:5:16:8:10:5:16:8:10 chr10 46967672 . C T 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.000320498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.284;QD=25.2443;RBI=0.0296409;REFB=-0.00889781;REVB=0.0296392;RO=22;SAF=15;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100176;STB=0.555516;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00652556;OID=.;OPOS=46967672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:13:15:9:13:13:15:9:13 chr10 46968710 . G A 32.06 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0364167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.323;QD=2.56502;RBI=0.0513639;REFB=-0.00474902;REVB=0.0362225;RO=44;SAF=3;SAR=3;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106766;STB=0.579741;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0362299;OID=.;OPOS=46968710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:3:3:18:26:3:3:18:26 chr10 46970792 . G C 85.27 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.019811;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.026;QD=11.3695;RBI=0.034966;REFB=-0.0114683;REVB=-0.0288123;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487512;STB=0.512173;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0209693;OID=.;OPOS=46970792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:30:18:19:10:11:0.366667:4:6:10:8:5:6:10:9 chr10 46998894 . G A 455.85 PASS AF=0.714286;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=56;FR=.;FRO=16;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00249695;FXX=0.0967586;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9374;QD=32.5606;RBI=0.112255;REFB=0.00145936;REVB=0.112228;RO=16;SAF=26;SAR=14;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974488;STB=0.552606;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000478283;OID=.;OPOS=46998894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:56:16:16:40:40:0.714286:14:26:13:3:14:26:13:3 chr10 46998995 . C G 491.46 PASS AF=0.521739;AO=47;DP=91;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.008102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.284;QD=21.3677;RBI=0.0213921;REFB=-0.056803;REVB=0.0197984;RO=44;SAF=31;SAR=16;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106726;STB=0.562473;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0415453;OID=.;OPOS=46998995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:44:44:47:48:0.521739:16:31:24:20:16:32:24:20 chr10 46998999 . G A 425.68 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.0294643;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6594;QD=18.919;RBI=0.037565;REFB=-0.0238363;REVB=0.023302;RO=47;SAF=24;SAR=19;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11881;STB=0.565928;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0332647;OID=.;OPOS=46998999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:47:47:43:43:0.477778:19:24:32:15:19:24:32:15 chr10 46999019 . G A 309.58 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0177184;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6963;QD=18.4824;RBI=0.0215744;REFB=-0.0287914;REVB=0.012309;RO=34;SAF=20;SAR=13;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394283;STB=0.521975;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0188948;OID=.;OPOS=46999019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:34:34:33:33:0.492537:13:20:22:12:13:20:22:12 chr10 46999030 . C T 274.44 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0070251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.798;QD=17.7055;RBI=0.0287268;REFB=-0.0277733;REVB=0.0278546;RO=31;SAF=19;SAR=10;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042394;STB=0.523793;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0395683;OID=.;OPOS=46999030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:32:29:30:0.483871:10:19:19:12:10:20:20:12 chr10 46999151 . T C 244.88 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00600601;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.465;QD=22.7796;RBI=0.0144244;REFB=-0.0202508;REVB=-0.0131145;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01133;STB=0.516515;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0090848;OID=.;OPOS=46999151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:19:20:23:23:0.534884:13:10:8:11:13:10:8:12 chr10 46999178 . A C 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00459936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.845;QD=13.6998;RBI=0.00499468;REFB=-0.00158449;REVB=-0.00194748;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182975;STB=0.52081;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00170329;OID=.;OPOS=46999178;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:30:18:18:0.375:9:9:15:14:9:9:16:14 chr10 46999189 . CA CG,TG 731.15 PASS AF=0.375,0.625;AO=18,30;DP=48;FAO=18,30;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=9,16;FSAR=9,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00923272,0.0427282;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=98.7472,163.992;QD=60.9289;RBI=0.0189532,0.0441325;REFB=0,0;REVB=-0.0165524,-0.0110446;RO=0;SAF=9,16;SAR=9,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.56309e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000127983,0.00468156;OID=.,.;OPOS=46999190,46999189;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:48:48:0:0:18,30:18,30:0.375,0.625:9,14:9,16:0:0:9,14:9,16:0:0 chr10 46999198 . G T 342.08 PASS AF=0.612245;AO=28;DP=48;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00302656;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.932;QD=27.9248;RBI=0.00958094;REFB=-0.0274595;REVB=0.00909035;RO=20;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269778;STB=0.50273;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0217105;OID=.;OPOS=46999198;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:20:19:28:30:0.612245:13:15:10:10:14:16:10:9 chr10 46999465 . A G 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.000650386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.732;QD=14.6581;RBI=0.0186278;REFB=-0.0557662;REVB=0.0186164;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252748;STB=0.503592;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0245123;OID=.;OPOS=46999465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:10:3:4:12:10:3:4:13 chr10 46999484 . G T 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0200419;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=335.099;QD=22.831;RBI=0.0225448;REFB=-0.024162;REVB=0.0103243;RO=10;SAF=2;SAR=13;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936203;STB=0.553115;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0154415;OID=.;OPOS=46999484;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:13:2:2:8:13:2:2:8 chr10 46999577 . G T 93.31 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0554011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.79;QD=19.6433;RBI=0.0601838;REFB=-0.0520531;REVB=0.0235119;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214898;STB=0.622427;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0532008;OID=.;OPOS=46999577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:6:2:6:5:6:2 chr10 46999596 . G A 123.94 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0315875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8566;QD=17.0948;RBI=0.143359;REFB=-0.00223742;REVB=0.139836;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336217;STB=0.689423;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00997278;OID=.;OPOS=46999596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:7:7:13:2:7:7:13:2 chr10 46999604 . A G 351.92 PASS AF=0.870968;AO=23;DP=33;FAO=27;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.000769479;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.945;QD=45.4084;RBI=0.0766875;REFB=-0.00670093;REVB=0.0766837;RO=4;SAF=18;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129488;STB=0.512186;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00175129;OID=.;OPOS=46999604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:33:31:4:4:23:27:0.870968:5:18:3:1:9:18:3:1 chr10 46999669 . G A 69.88 PASS AF=0.137255;AO=14;DP=102;FAO=14;FDP=102;FR=.;FRO=88;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=56;FSRR=32;FWDB=0.0252473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.502;QD=2.74021;RBI=0.0551915;REFB=-0.00481899;REVB=0.0490782;RO=87;SAF=12;SAR=2;SRF=56;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336755;STB=0.749584;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0359165;OID=.;OPOS=46999669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:102:102:87:88:14:14:0.137255:2:12:56:31:2:12:56:32 chr10 46999732 . G A 800.14 PASS AF=0.512658;AO=81;DP=161;FAO=81;FDP=158;FR=.;FRO=77;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=53;FSRR=24;FWDB=0.00257148;FXX=0.0186324;HRUN=6;LEN=1;MLLD=182.379;QD=20.2568;RBI=0.00817219;REFB=-0.0124425;REVB=0.00775707;RO=74;SAF=51;SAR=30;SRF=53;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829195;STB=0.531147;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0108899;OID=.;OPOS=46999732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:158:74:77:81:81:0.512658:30:51:53:21:30:51:53:24 chr10 46999747 . T C 633.91 PASS AF=0.440252;AO=70;DP=158;FAO=70;FDP=159;FR=.;FRO=89;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.00432967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9192;QD=15.9474;RBI=0.0237805;REFB=-0.0142994;REVB=-0.0233831;RO=88;SAF=45;SAR=25;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102353;STB=0.554487;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.025182;OID=.;OPOS=46999747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:88:89:70:70:0.440252:25:45:48:40:25:45:49:40 chr10 46999897 . G A 48.32 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00752263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.46;QD=3.79001;RBI=0.011353;REFB=-0.00554487;REVB=0.00850301;RO=43;SAF=3;SAR=5;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111631;STB=0.577692;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0355213;OID=.;OPOS=46999897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:43:43:8:8:0.156863:5:3:20:23:5:3:20:23 chr10 46999922 . G T 162.64 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00335061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.167;QD=19.7139;RBI=0.0287645;REFB=-0.0202497;REVB=0.0285687;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552398;STB=0.514269;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0227929;OID=.;OPOS=46999922;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:16:16:16:17:0.515152:7:9:8:8:8:9:8:8 chr10 47000004 . T C 770.9 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200687;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7145;QD=57.1037;RBI=0.0431455;REFB=0;REVB=-0.038194;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221843;OID=.;OPOS=47000004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr10 47000071 . G A 362.6 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0224714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.135;QD=18.1301;RBI=0.0291757;REFB=-0.00743992;REVB=-0.0186081;RO=42;SAF=16;SAR=22;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860655;STB=0.547921;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0279137;OID=.;OPOS=47000071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:22:16:14:28:22:16:14:28 chr10 47000079 . T C 406.92 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00429642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.239;QD=20.0949;RBI=0.0166575;REFB=-0.023096;REVB=-0.0160939;RO=40;SAF=14;SAR=27;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566831;STB=0.53148;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0198438;OID=.;OPOS=47000079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:27:14:16:24:27:14:16:24 chr10 47000146 . C T 304.21 PASS AF=0.543478;AO=22;DP=47;FAO=25;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0205227;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.344;QD=26.4531;RBI=0.022584;REFB=-0.0572649;REVB=0.0094265;RO=15;SAF=4;SAR=18;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062298;STB=0.543967;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0380702;OID=.;OPOS=47000146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:15:18:22:25:0.543478:18:4:2:13:19:6:3:15 chr10 47000188 . A G 259.93 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00324651;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.209;QD=51.985;RBI=0.00348691;REFB=0;REVB=0.00127228;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81155e-05;OID=.;OPOS=47000188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr10 47000239 . C T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0123876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.316;QD=11.257;RBI=0.0127623;REFB=-0.0185709;REVB=0.00306969;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252187;STB=0.649658;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0253147;OID=.;OPOS=47000239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:9:3:4:4:9:3 chr10 47000321 . G A 329.81 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=-0.00949577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.388;QD=15.7054;RBI=0.0421247;REFB=-0.00701732;REVB=0.0410405;RO=46;SAF=19;SAR=17;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170457;STB=0.604643;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0148131;OID=.;OPOS=47000321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:48:36:36:0.428571:17:19:32:14:17:19:34:14 chr10 47000340 . C T 41.73 PASS AF=0.111111;AO=10;DP=90;FAO=10;FDP=90;FR=.;FRO=80;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=0.00230772;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.7731;QD=1.85488;RBI=0.0662629;REFB=-0.00138125;REVB=0.0662227;RO=80;SAF=7;SAR=3;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114124;STB=0.586027;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0160059;OID=.;OPOS=47000340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:90:90:80:80:10:10:0.111111:3:7:49:31:3:7:49:31 chr10 47000366 . C G 337.5 PASS AF=0.383838;AO=37;DP=97;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.0216377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6061;QD=13.6364;RBI=0.044591;REFB=0.00593658;REVB=0.0389894;RO=59;SAF=17;SAR=20;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179543;STB=0.601214;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00871683;OID=.;OPOS=47000366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:59:61:37:38:0.383838:20:17:37:22:20:18:39:22 chr10 47000374 . T C 383.19 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.0428014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.256;QD=14.5976;RBI=0.0453057;REFB=0.00642476;REVB=-0.0148541;RO=61;SAF=23;SAR=21;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121571;STB=0.568281;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00803471;OID=.;OPOS=47000374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:61:44:44:0.419048:21:23:39:22:21:23:39:22 chr10 47000381 . T C 1659.38 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.171;QD=60.341;RBI=0.0194942;REFB=0;REVB=0.00777247;RO=0;SAF=64;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39779e-05;OID=.;OPOS=47000381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:45:64:0:0:45:65:0:0 chr10 47000426 . T C 2260.9 PASS AF=0.986395;AO=139;DP=141;FAO=145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0285829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2797;QD=61.5212;RBI=0.0355517;REFB=0.00979471;REVB=0.0211411;RO=1;SAF=70;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674392;STB=0.500047;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.00011056;OID=.;OPOS=47000426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:141:147:1:2:139:145:0.986395:69:70:1:0:72:73:1:1 chr10 47000487 . G A 490.88 PASS AF=0.432;AO=54;DP=125;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.00588161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.506;QD=15.7082;RBI=0.00698783;REFB=-0.00410386;REVB=0.00377312;RO=71;SAF=23;SAR=31;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018179;STB=0.510176;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00485084;OID=.;OPOS=47000487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:71:71:54:54:0.432:31:23:29:42:31:23:29:42 chr10 47000547 . G T 411.81 PASS AF=0.518519;AO=40;DP=80;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.000912279;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.373;QD=20.3364;RBI=0.0208532;REFB=0.0067002;REVB=-0.0208332;RO=40;SAF=15;SAR=25;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473186;STB=0.502741;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00537242;OID=.;OPOS=47000547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:40:39:40:42:0.518519:25:15:17:23:25:17:16:23 chr10 47000728 . T C 534.28 PASS AF=0.486957;AO=54;DP=114;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00478324;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.92;QD=18.5838;RBI=0.00716073;REFB=-0.0139309;REVB=-0.00532885;RO=59;SAF=24;SAR=30;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921949;STB=0.54865;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0152185;OID=.;OPOS=47000728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:59:59:54:56:0.486957:30:24:32:27:30:26:33:26 chr10 47000863 . A G 1398.58 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542911;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.823;QD=62.8576;RBI=0.0545053;REFB=0;REVB=0.00482778;RO=0;SAF=29;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04906e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200928;OID=.;OPOS=47000863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:59:29:0:0:59:30:0:0 chr10 47000873 . T A,G 1228.94 PASS AF=0.518072,0.481928;AO=43,38;DP=81;FAO=43,40;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=20,10;FSAR=23,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170744,-0.0218153;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=47.7025,156.881;QD=59.2261;RBI=0.0335267,0.0218209;REFB=0,0;REVB=0.0288531,0.00049288;RO=0;SAF=20,10;SAR=23,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0119752,0.0257491;OID=.,.;OPOS=47000873,47000873;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:81:83:0:0:43,38:43,40:0.518072,0.481928:23,28:20,10:0:0:23,30:20,10:0:0 chr10 47000898 . C T 428.0 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0321201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.86;QD=19.4545;RBI=0.0366838;REFB=-0.0245675;REVB=-0.01772;RO=45;SAF=10;SAR=33;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143875;STB=0.580474;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0355005;OID=.;OPOS=47000898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:33:10:16:29:33:10:16:29 chr10 47001032 . G A 365.74 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0213891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.526;QD=18.9992;RBI=0.0215749;REFB=-0.0394248;REVB=0.00282543;RO=38;SAF=22;SAR=16;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243832;STB=0.505615;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0386254;OID=.;OPOS=47001032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:39:38:38:0.493506:16:22:23:15:16:22:23:16 chr10 47001098 . C T 380.85 PASS AF=0.513158;AO=38;DP=73;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=-0.0110028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.201;QD=20.0449;RBI=0.0261448;REFB=-0.0161566;REVB=-0.0237168;RO=35;SAF=20;SAR=18;SRF=29;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268916;STB=0.622349;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.011028;OID=.;OPOS=47001098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:35:37:38:39:0.513158:18:20:29:6:18:21:29:8 chr10 47001371 . C G 1935.66 PASS AF=0.992126;AO=125;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0112765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.051;QD=60.9657;RBI=0.014471;REFB=-0.115374;REVB=0.00906921;RO=1;SAF=67;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703919;STB=0.503649;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000170251;OID=.;OPOS=47001371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:127:127:1:1:125:126:0.992126:58:67:1:0:58:68:1:0 chr10 47001409 . G A 1526.19 PASS AF=0.794702;AO=120;DP=151;FAO=120;FDP=151;FR=.;FRO=31;FSAF=71;FSAR=49;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0191445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.201;QD=40.4288;RBI=0.0259707;REFB=-0.0164326;REVB=0.017549;RO=31;SAF=71;SAR=49;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678629;STB=0.536115;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00237526;OID=.;OPOS=47001409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:31:31:120:120:0.794702:49:71:13:18:49:71:13:18 chr10 47001485 . A T 887.16 PASS AF=0.486339;AO=89;DP=185;FAO=89;FDP=183;FR=.;FRO=94;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.00180096;FXX=0.0161282;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.089;QD=19.3915;RBI=0.00399332;REFB=-0.00752237;REVB=-0.00356415;RO=93;SAF=47;SAR=42;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289418;STB=0.51845;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00787395;OID=.;OPOS=47001485;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:183:93:94:89:89:0.486339:42:47:52:41:42:47:53:41 chr10 47001504 . G T 724.0 PASS AF=0.45614;AO=71;DP=164;FAO=78;FDP=171;FR=.;FRO=93;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=0.0388765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.861;QD=16.9358;RBI=0.0398486;REFB=-0.00790617;REVB=0.00874794;RO=93;SAF=31;SAR=40;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102755;STB=0.527413;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0143912;OID=.;OPOS=47001504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:171:93:93:71:78:0.45614:40:31:50:43:40:38:50:43 chr10 47001543 . C T 749.07 PASS AF=0.467456;AO=79;DP=169;FAO=79;FDP=169;FR=.;FRO=90;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=-0.00347821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.577;QD=17.7295;RBI=0.00377992;REFB=-0.0135407;REVB=0.00147981;RO=90;SAF=42;SAR=37;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837207;STB=0.54634;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0102051;OID=.;OPOS=47001543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:90:90:79:79:0.467456:37:42:40:50:37:42:40:50 chr10 47001786 . A C 283.14 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.00461167;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.497;QD=14.7085;RBI=0.00540207;REFB=-0.0201763;REVB=0.00281333;RO=45;SAF=18;SAR=14;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135467;STB=0.576425;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0174699;OID=.;OPOS=47001786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:45:45:32:32:0.415584:14:18:31:14:14:18:31:14 chr10 47001946 . T C 143.85 PASS AF=0.298507;AO=18;DP=65;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0120357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.599;QD=8.58796;RBI=0.0124809;REFB=-0.00669128;REVB=0.00330377;RO=47;SAF=5;SAR=13;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290674;STB=0.654046;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0157421;OID=.;OPOS=47001946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:47:47:18:20:0.298507:13:5:24:23:14:6:24:23 chr10 47001954 . C T 255.34 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0254607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3255;QD=15.7129;RBI=0.0440951;REFB=-0.0251183;REVB=-0.0360018;RO=35;SAF=8;SAR=21;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30213;STB=0.678802;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0482402;OID=.;OPOS=47001954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:21:8:20:15:21:8:21:15 chr10 47001984 . G A 791.34 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0230116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.518;QD=53.6504;RBI=0.0419721;REFB=-0.155493;REVB=0.0351016;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517851;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00193688;OID=.;OPOS=47001984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:0:2:57:57:0.966102:30:27:0:0:30:27:2:0 chr10 47002079 . T C 505.01 PASS AF=0.490741;AO=50;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.0196316;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6705;QD=18.7041;RBI=0.0401443;REFB=-0.0252446;REVB=0.0350167;RO=52;SAF=23;SAR=27;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194343;STB=0.592622;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0238167;OID=.;OPOS=47002079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:52:55:50:53:0.490741:27:23:35:17:29:24:35:20 chr10 47002118 . T A 659.78 PASS AF=0.466667;AO=69;DP=151;FAO=70;FDP=150;FR=.;FRO=80;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=0.00132714;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.167;QD=17.594;RBI=0.0547941;REFB=-0.0234705;REVB=0.054778;RO=76;SAF=43;SAR=26;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18088;STB=0.616;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0224054;OID=.;OPOS=47002118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:76:80:69:70:0.466667:26:43:33:43:26:44:33:47 chr10 47002127 . T C,G 2410.43 PASS AF=0.9625,0.0375;AO=153,6;DP=159;FAO=154,6;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=75,3;FSAR=79,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172495,0.0123201;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.345,99.8347;QD=60.2606;RBI=0.0415346,0.0261689;REFB=0,0;REVB=0.0377833,0.0230873;RO=0;SAF=74,3;SAR=79,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.60783e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000181074,0.214196;OID=.,.;OPOS=47002127,47002127;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:159:160:0:0:153,6:154,6:0.9625,0.0375:79,3:74,3:0:0:79,3:75,3:0:0 chr10 47002135 . A G 933.08 PASS AF=0.519774;AO=91;DP=177;FAO=92;FDP=177;FR=.;FRO=85;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=-0.0229486;FXX=0.0111726;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.853;QD=21.0865;RBI=0.0795703;REFB=-0.0175593;REVB=-0.0761892;RO=84;SAF=41;SAR=50;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13651;STB=0.568584;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.017761;OID=.;OPOS=47002135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:84:85:91:92:0.519774:50:41:51:33:50:42:51:34 chr10 47002501 . T A 182.88 PASS AF=0.4;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0143466;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.539;QD=13.3004;RBI=0.0164363;REFB=-0.0113959;REVB=-0.0080204;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791366;STB=0.545414;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0259233;OID=.;OPOS=47002501;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:33:33:22:22:0.4:11:11:14:19:11:11:14:19 chr10 47002529 . C G 107.48 PASS AF=0.220779;AO=17;DP=78;FAO=17;FDP=77;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00128103;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.501;QD=5.58312;RBI=0.028827;REFB=-0.00510372;REVB=0.0287985;RO=60;SAF=6;SAR=11;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224992;STB=0.628904;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0219867;OID=.;OPOS=47002529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:60:60:17:17:0.220779:11:6:32:28:11:6:31:29 chr10 47002542 . C A 1301.91 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.099;QD=61.9955;RBI=0.029383;REFB=0;REVB=-0.00482349;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.67793e-05;OID=.;OPOS=47002542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr10 47002606 . G A 433.16 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.026137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8515;QD=18.2381;RBI=0.0268239;REFB=-0.0226329;REVB=-0.00603162;RO=51;SAF=22;SAR=22;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00942743;STB=0.505261;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0246578;OID=.;OPOS=47002606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:22:22:26:25:22:22:26:25 chr10 47002617 . T C 475.07 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0175266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.076;QD=17.7595;RBI=0.0400917;REFB=-0.00171971;REVB=-0.0360577;RO=56;SAF=27;SAR=24;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00595952;STB=0.50331;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00132314;OID=.;OPOS=47002617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:51:51:0.476636:24:27:30:26:24:27:30:26 chr10 47002724 . G A 459.3 PASS AF=0.529412;AO=44;DP=86;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0544271;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.878;QD=21.614;RBI=0.0546281;REFB=-0.0371744;REVB=-0.00468174;RO=40;SAF=20;SAR=24;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393333;STB=0.515716;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0350919;OID=.;OPOS=47002724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:40:40:44:45:0.529412:24:20:20:20:24:21:20:20 chr10 47002757 . A G 1111.49 PASS AF=0.987013;AO=70;DP=71;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0344828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9735;QD=57.74;RBI=0.0554174;REFB=-0.0308199;REVB=-0.0433823;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00154863;OID=.;OPOS=47002757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:77:0:1:70:76:0.987013:39:31:0:0:38:38:0:1 chr10 47002792 . T C 262.77 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0382839;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4014;QD=14.8041;RBI=0.0383919;REFB=-0.00469883;REVB=-0.00287784;RO=39;SAF=9;SAR=21;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201257;STB=0.63054;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00975361;OID=.;OPOS=47002792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:39:41:30:30:0.422535:21:9:19:20:21:9:21:20 chr10 47002911 . A AC 586.76 PASS AF=1;AO=8;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406084;FXX=0.0142837;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.9287;QD=34.0149;RBI=0.0952321;REFB=0.001024;REVB=-0.08614;RO=62;SAF=2;SAR=6;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412173;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.001963;OID=.;OPOS=47002912;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:71:69:69:0:39:30:0:0:10:62:2:6:38:24 chr10 47002917 . T C 918.43 PASS AF=0.930556;AO=65;DP=70;FAO=67;FDP=72;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0641574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7;QD=51.024;RBI=0.0799795;REFB=-0.0843163;REVB=-0.0477551;RO=5;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826014;STB=0.543846;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00339456;OID=.;OPOS=47002917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:70:72:5:5:65:67:0.930556:26:39:0:5:26:41:0:5 chr10 47002937 . A G 334.82 PASS AF=0.492958;AO=36;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0286725;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.672;QD=18.8631;RBI=0.0387456;REFB=-0.0273013;REVB=-0.0260598;RO=34;SAF=23;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10034;STB=0.538829;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0282954;OID=.;OPOS=47002937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:34:36:36:35:0.492958:13:23:18:16:13:22:20:16 chr10 47002942 . C G 313.44 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0644783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0692;QD=17.4135;RBI=0.0645286;REFB=0.00292908;REVB=-0.00254743;RO=37;SAF=21;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487098;STB=0.521391;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00350726;OID=.;OPOS=47002942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:34:34:0.472222:13:21:21:16:13:21:22:16 chr10 47003115 . C T 566.82 PASS AF=0.422819;AO=52;DP=149;FAO=63;FDP=149;FR=.,HEALED;FRO=86;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=23;FSRR=63;FWDB=-0.028282;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9312;QD=15.2166;RBI=0.0395647;REFB=-0.0144381;REVB=-0.0276675;RO=66;SAF=18;SAR=34;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312643;STB=0.534129;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0214085;OID=.;OPOS=47003115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:66:86:52:63:0.422819:34:18:21:45:43:20:23:63 chr10 47003177 . A G 413.71 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=47;FWDB=0.0184419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.686;QD=15.0439;RBI=0.0197474;REFB=-0.0162439;REVB=0.00706086;RO=63;SAF=19;SAR=28;SRF=16;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165894;STB=0.592479;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0110631;OID=.;OPOS=47003177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:63:47:47:0.427273:28:19:16:47:28:19:16:47 chr10 47003215 . T C 292.35 PASS AF=0.352941;AO=36;DP=102;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=48;FWDB=0.011425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.092;QD=11.4647;RBI=0.0114606;REFB=-0.00847502;REVB=0.000902834;RO=66;SAF=18;SAR=18;SRF=18;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258394;STB=0.646984;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0143313;OID=.;OPOS=47003215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:66:66:36:36:0.352941:18:18:18:48:18:18:18:48 chr10 47003229 . C G 264.31 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=37;FWDB=0.0300908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.407;QD=13.0525;RBI=0.0311724;REFB=-0.00181468;REVB=0.00814012;RO=49;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17647;STB=0.604333;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00453694;OID=.;OPOS=47003229;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:50:31:31:0.382716:18:13:13:36:18:13:13:37 chr10 47003250 . C T 176.32 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.0242411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.129;QD=10.2216;RBI=0.0242812;REFB=-0.00418974;REVB=-0.00139599;RO=45;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238219;STB=0.643276;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0121346;OID=.;OPOS=47003250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:46:23:23:0.333333:11:12:14:31:11:12:14:32 chr10 47003615 . C T 339.51 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00607326;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.521;QD=19.9714;RBI=0.0205385;REFB=-0.020117;REVB=-0.01962;RO=32;SAF=19;SAR=16;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100521;STB=0.501269;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0203155;OID=.;OPOS=47003615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:32:33:35:35:0.514706:16:19:17:15:16:19:18:15 chr10 47003896 . C T 416.16 PASS AF=0.482759;AO=41;DP=86;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0178302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.408;QD=19.1336;RBI=0.0178302;REFB=-0.0121053;REVB=3.86446e-05;RO=43;SAF=22;SAR=19;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199729;STB=0.52804;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00719188;OID=.;OPOS=47003896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:43:45:41:42:0.482759:19:22:24:19:20:22:26:19 chr10 47004068 . T C 393.1 PASS AF=0.5;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.01478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.612;QD=19.655;RBI=0.0186146;REFB=-0.0210455;REVB=-0.011316;RO=38;SAF=22;SAR=18;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00233647;STB=0.512588;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0112153;OID=.;OPOS=47004068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:38:40:40:40:0.5:18:22:21:17:18:22:21:19 chr10 47004182 . G A 909.32 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0166744;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.7004;QD=52.7141;RBI=0.0224844;REFB=-0.208099;REVB=0.0150835;RO=1;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160106;STB=0.503155;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00423142;OID=.;OPOS=47004182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:69:69:1:4:65:65:0.942029:29:36:0:1:29:36:2:2 chr10 47004217 . T C 258.49 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00815492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.052;QD=16.4121;RBI=0.0212588;REFB=-0.0123661;REVB=0.0196324;RO=34;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268883;STB=0.515141;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0135859;OID=.;OPOS=47004217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:17:12:15:19:17:12:15:19 chr10 47004289 . C T 91.0 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00948785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4291;QD=6.06662;RBI=0.0266139;REFB=-0.0027824;REVB=-0.0248652;RO=44;SAF=9;SAR=5;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150215;STB=0.595449;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0132728;OID=.;OPOS=47004289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:59:60:44:46:14:14:0.233333:5:9:23:21:5:9:24:22 chr10 47004355 . C CA 216.15 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00456942;FXX=0.0172384;HRUN=0;LEN=1;MLLD=189.418;QD=15.1685;RBI=0.00571541;REFB=-0.00836668;REVB=-0.00343311;RO=33;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246152;STB=0.63177;STBP=0.105;TYPE=ins;VARB=0.0141387;OID=.;OPOS=47004356;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.438596:25:58:25:57:32:16:9:13:19:99:33:16:9:13:20 chr10 47004362 . C T 248.26 PASS AF=0.459016;AO=29;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0244184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.043;QD=16.2792;RBI=0.0245384;REFB=0.00808861;REVB=-0.00242335;RO=32;SAF=17;SAR=12;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223811;STB=0.645468;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00379243;OID=.;OPOS=47004362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:33:29:28:0.459016:12:17:11:21:11:17:11:22 chr10 47004463 . G A 118.32 PASS AF=0.243243;AO=18;DP=74;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=41;FWDB=0.0401133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.378;QD=6.39563;RBI=0.0404272;REFB=0.0011713;REVB=-0.0050281;RO=56;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292043;STB=0.675505;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00508356;OID=.;OPOS=47004463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:56:56:18:18:0.243243:9:9:15:41:9:9:15:41 chr10 47004633 . CA TG 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0156795;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=143.089;QD=14.0975;RBI=0.0217836;REFB=-0.0107196;REVB=-0.0151221;RO=18;SAF=2;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421697;STB=0.751109;STBP=0.044;TYPE=mnp;VARB=0.0110712;OID=.;OPOS=47004633;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:11:2:9:9:11:2:9:9 chr10 47004702 . A G 131.75 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0137621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0843;QD=16.4688;RBI=0.0663022;REFB=-0.00594871;REVB=-0.0648582;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133846;STB=0.559923;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0167611;OID=.;OPOS=47004702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:14:15:0.46875:6:8:12:5:6:9:12:5 chr10 47004971 . A G 364.48 PASS AF=0.544118;AO=36;DP=67;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0281524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.859;QD=21.4399;RBI=0.0294735;REFB=-0.0115887;REVB=0.00872536;RO=29;SAF=27;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218778;STB=0.64389;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0133415;OID=.;OPOS=47004971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:29:31:36:37:0.544118:9:27:15:14:9:28:15:16 chr10 47004994 . A G 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.015255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.124;QD=20.0308;RBI=0.0555506;REFB=-0.0244746;REVB=-0.0534149;RO=26;SAF=18;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325468;STB=0.684619;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0147914;OID=.;OPOS=47004994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:6:18:11:15:6:18:11:15 chr10 47005224 . C T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.015224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.954;QD=17.0333;RBI=0.040354;REFB=-0.0230604;REVB=-0.0373721;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131387;STB=0.574919;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0233019;OID=.;OPOS=47005224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:9:9:14:8:9:9:14:8 chr10 47005267 . C T 230.54 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=57;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00138944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.228;QD=15.6298;RBI=0.00594533;REFB=0.00343113;REVB=0.00578069;RO=31;SAF=17;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199529;STB=0.61168;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00280317;OID=.;OPOS=47005267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:31:32:26:27:0.457627:9:17:14:17:9:18:15:17 chr10 47005466 . C T 1205.72 PASS AF=0.552381;AO=116;DP=210;FAO=116;FDP=210;FR=.;FRO=94;FSAF=75;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=0.0277651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.432;QD=22.9661;RBI=0.0294054;REFB=-0.0126255;REVB=-0.00968368;RO=92;SAF=75;SAR=41;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160015;STB=0.583119;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0158783;OID=.;OPOS=47005466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:92:94:116:116:0.552381:41:75:42:50:41:75:44:50 chr10 47005504 . T C 1200.19 PASS AF=0.48062;AO=124;DP=254;FAO=124;FDP=258;FR=.;FRO=134;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=84;FSRR=50;FWDB=-0.000311075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.183;QD=18.6077;RBI=0.0193603;REFB=-0.017769;REVB=0.0193578;RO=130;SAF=66;SAR=58;SRF=81;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855163;STB=0.549651;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0174158;OID=.;OPOS=47005504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:258:130:134:124:124:0.48062:58:66:81:49:58:66:84:50 chr10 47005575 . C T 1245.12 PASS AF=0.5;AO=121;DP=244;FAO=122;FDP=244;FR=.;FRO=122;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=64;FSRR=58;FWDB=-0.00818217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.789;QD=20.4118;RBI=0.0146138;REFB=-0.00237368;REVB=0.0121085;RO=122;SAF=54;SAR=67;SRF=64;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718169;STB=0.536969;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00236958;OID=.;OPOS=47005575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:122:122:121:122:0.5:67:54:64:58:67:55:64:58 chr10 47005611 . CAGA C 299.95 PASS AF=0.257143;AO=41;DP=171;FAO=45;FDP=175;FR=.;FRO=130;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=65;FSRR=65;FWDB=0.0042078;FXX=0.016853;HRUN=1;LEN=3;MLLD=269.289;QD=6.85602;RBI=0.0146707;REFB=-0.00201063;REVB=-0.0140543;RO=122;SAF=18;SAR=23;SRF=62;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864087;STB=0.508251;STBP=0.896;TYPE=del;VARB=0.00486077;OID=.;OPOS=47005612;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257143:41:171:45:175:130:22:23:65:65:99:122:18:23:62:60 chr10 47086915 . C T 367.38 PASS AF=0.194611;AO=65;DP=333;FAO=65;FDP=334;FR=.;FRO=269;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=157;FSRR=112;FWDB=-0.0276747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.304;QD=4.39981;RBI=0.0282822;REFB=-0.00555518;REVB=-0.0058304;RO=265;SAF=32;SAR=33;SRF=155;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119824;STB=0.57339;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.034549;OID=.;OPOS=47086915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:334:265:269:65:65:0.194611:33:32:155:110:33:32:157:112 chr10 47086978 . G A 322.3 PASS AF=0.181269;AO=60;DP=330;FAO=60;FDP=331;FR=.;FRO=271;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=145;FSRR=126;FWDB=-0.0265048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.712;QD=3.89483;RBI=0.0272514;REFB=-0.000142958;REVB=0.00633496;RO=269;SAF=23;SAR=37;SRF=143;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191654;STB=0.623742;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000548579;OID=.;OPOS=47086978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:331:269:271:60:60:0.181269:37:23:143:126:37:23:145:126 chr10 47087474 . C T 2735.66 PASS AF=0.99435;AO=176;DP=176;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00326098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6683;QD=61.8229;RBI=0.0166446;REFB=0.0870984;REVB=0.016322;RO=0;SAF=84;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502958;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00111938;OID=.;OPOS=47087474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:177:0:1:176:176:0.99435:92:84:0:0:92:84:1:0 chr10 47087608 . TG CA,CG 1848.79 PASS AF=0.251969,0.748031;AO=30,89;DP=127;FAO=32,95;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=17,46;FSAR=15,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124678,0.00549603;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=66.0468,115.013;QD=58.2297;RBI=0.0481995,0.0749232;REFB=0,0;REVB=0.0465591,0.0747214;RO=2;SAF=17,46;SAR=13,43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0664522,0.0215303;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.034266,0.00836465;OID=.,.;OPOS=47087608,47087608;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:127:127:2:0:30,89:32,95:0.251969,0.748031:13,43:17,46:0:2:15,49:17,46:0:0 chr10 47087680 . C T 1620.28 PASS AF=1;AO=108;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512301;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2822;QD=58.3886;RBI=0.0719066;REFB=-0.139837;REVB=0.0504582;RO=2;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160847;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00769608;OID=.;OPOS=47087680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:111:111:2:0:108:111:1:58:50:0:2:61:50:0:0 chr10 47087731 . C T 1404.26 PASS AF=0.939394;AO=92;DP=99;FAO=93;FDP=99;FR=.;FRO=6;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.121018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2612;QD=56.7379;RBI=0.121205;REFB=-0.183239;REVB=0.00672427;RO=6;SAF=40;SAR=52;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065975;STB=0.534084;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00619953;OID=.;OPOS=47087731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:99:99:6:6:92:93:0.939394:52:40:6:0:52:41:6:0 chr10 47087830 . G A 1000.38 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0270449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.395;QD=56.3593;RBI=0.0281846;REFB=-0.00755451;REVB=0.00793355;RO=1;SAF=37;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126057;STB=0.513154;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=5.9417e-05;OID=.;OPOS=47087830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:1:2:69:69:0.971831:32:37:1:0:32:37:2:0 chr10 47151438 . C G 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00814535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8106;QD=37.478;RBI=0.0626852;REFB=0;REVB=-0.0621538;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.004482;OID=.;OPOS=47151438;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr10 47416908 . A G 7343.35 PASS AF=0.655602;AO=625;DP=964;FAO=632;FDP=964;FR=.;FRO=332;FSAF=424;FSAR=208;FSRF=158;FSRR=174;FWDB=-0.00441565;FXX=0.00103626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.228;QD=30.4703;RBI=0.0744073;REFB=-0.0137429;REVB=0.0742762;RO=331;SAF=424;SAR=201;SRF=158;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140653;STB=0.572274;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00455412;OID=.;OPOS=47416908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:964:964:331:332:625:632:0.655602:201:424:158:173:208:424:158:174 chr10 47756065 . C T 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0245587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.137;QD=24.0303;RBI=0.034482;REFB=-0.00631383;REVB=0.0242048;RO=9;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593147;STB=0.533289;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00159722;OID=.;OPOS=47756065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:7:8:4:5:7:8:4:5 chr10 47911590 . GT AG 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869776;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=252.866;QD=46.848;RBI=0.0122248;REFB=0;REVB=0.00859041;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.88763e-05;OID=.;OPOS=47911590;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr10 48370595 . G A 278.73 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0571039;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.5364;QD=13.2729;RBI=0.0836743;REFB=-0.0216511;REVB=0.0611599;RO=47;SAF=14;SAR=18;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120856;STB=0.550714;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0303956;OID=.;OPOS=48370595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:47:52:32:32:0.380952:18:14:26:21:18:14:27:25 chr10 48389368 . C T 234.36 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00595254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.811;QD=13.0202;RBI=0.0173241;REFB=-0.0155287;REVB=0.0162693;RO=43;SAF=10;SAR=18;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944116;STB=0.548284;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0258925;OID=.;OPOS=48389368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:44:28:28:0.388889:18:10:19:24:18:10:19:25 chr10 48389465 . C T 135.88 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0225362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.046;QD=9.70538;RBI=0.0229406;REFB=0.00754353;REVB=0.004288;RO=38;SAF=10;SAR=8;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00338631;STB=0.502006;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00917777;OID=.;OPOS=48389465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:8:10:21:17:8:10:21:17 chr10 48390672 . G A 173.81 PASS AF=0.272727;AO=24;DP=88;FAO=24;FDP=88;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.000215342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.798;QD=7.90049;RBI=0.0280307;REFB=-0.0261692;REVB=-0.0280298;RO=63;SAF=9;SAR=15;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674956;STB=0.547297;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0616051;OID=.;OPOS=48390672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:63:64:24:24:0.272727:15:9:27:36:15:9:28:36 chr10 48428941 . T C 227.14 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00537766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.996;QD=36.3421;RBI=0.00689813;REFB=-0.0515111;REVB=-0.0043203;RO=5;SAF=11;SAR=9;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184848;STB=0.510111;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.017229;OID=.;OPOS=48428941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:5:5:20:20:0.8:9:11:3:2:9:11:3:2 chr10 49420008 . T C 479.59 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0160319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5974;QD=17.1281;RBI=0.0214968;REFB=-0.00791911;REVB=0.014321;RO=60;SAF=30;SAR=22;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022842;STB=0.512707;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00974384;OID=.;OPOS=49420008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:60:52:52:0.464286:22:30:36:24:22:30:36:24 chr10 49446130 . C T 60.28 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00754756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.281;QD=5.88072;RBI=0.013076;REFB=-8.12995e-05;REVB=0.0106778;RO=31;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362499;STB=0.737975;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000210974;OID=.;OPOS=49446130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:31:32:9:9:0.219512:3:6:11:20:3:6:11:21 chr10 49450337 . G T 224.14 PASS AF=0.253846;AO=33;DP=131;FAO=33;FDP=130;FR=.;FRO=97;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=60;FWDB=-0.0473295;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.134;QD=6.89657;RBI=0.0473303;REFB=-0.00620713;REVB=-0.00027664;RO=97;SAF=12;SAR=21;SRF=37;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236359;STB=0.514234;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0176901;OID=.;OPOS=49450337;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:97:97:33:33:0.253846:21:12:37:60:21:12:37:60 chr10 49659083 . GC G,GG 520.89 PASS AF=0.654545,0.254545;AO=35,14;DP=55;FAO=36,14;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=31,0;FSAR=5,14;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.180268,0.0908944;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=14.8013,18.0634;QD=37.8828;RBI=0.212762,0.156641;REFB=-0.0750623,-0.0681592;REVB=0.113009,0.127572;RO=6;SAF=30,0;SAR=5,14;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.170768,-0.831669;STB=0.600421,0.99871;STBP=0.025,0.017;TYPE=del,snp;VARB=0.0175663,0.0531755;OID=.,.;OPOS=49659084,49659084;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.654545,0.254545:35,14:55:36,14:55:5:31,0:5,14:2:3:72:6:30,0:5,14:3:3 chr10 49659111 . G A 154.03 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0235125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.063;QD=10.6226;RBI=0.0320614;REFB=-0.0208827;REVB=-0.0217967;RO=38;SAF=11;SAR=9;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328457;STB=0.519212;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0342357;OID=.;OPOS=49659111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:9:11:22:16:9:11:22:16 chr10 49659559 . C T 981.26 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0364646;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.924;QD=57.7212;RBI=0.0523896;REFB=-0.10094;REVB=0.0376165;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.506847;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000322948;OID=.;OPOS=49659559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:0:1:66:67:0.985294:35:31:0:0:36:31:0:1 chr10 49659637 . T C 172.65 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0431886;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1692;QD=17.7079;RBI=0.0433756;REFB=-0.010792;REVB=0.00402392;RO=21;SAF=3;SAR=15;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368602;STB=0.714013;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.01827;OID=.;OPOS=49659637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:21:21:18:18:0.461538:15:3:10:11:15:3:10:11 chr10 49659644 . A G 172.82 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0493244;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.212;QD=20.9474;RBI=0.0657993;REFB=-0.00786766;REVB=-0.0435506;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364953;STB=0.696785;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0116902;OID=.;OPOS=49659644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:33:14:15:17:18:0.545455:8:9:1:13:9:9:1:14 chr10 49667795 . T C 949.61 PASS AF=1;AO=62;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103121;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.502;QD=58.4375;RBI=0.0222948;REFB=0;REVB=0.0197666;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119348;OID=.;OPOS=49667795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:62:65:1:33:29:0:0:34:31:0:0 chr10 49860258 . A G 286.4 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00983117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.104;QD=20.4571;RBI=0.0159927;REFB=-0.00692364;REVB=0.0126141;RO=26;SAF=18;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390015;STB=0.511104;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00586846;OID=.;OPOS=49860258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:26:29:30:0.535714:11:18:15:11:12:18:15:11 chr10 49933974 . T C 537.11 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=19;FWDB=0.00602399;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.884;QD=18.6822;RBI=0.0248585;REFB=-0.01574;REVB=-0.0241175;RO=59;SAF=35;SAR=21;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531887;STB=0.529401;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0166259;OID=.;OPOS=49933974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:59:59:56:56:0.486957:21:35:40:19:21:35:40:19 chr10 49998780 . G A 483.64 PASS AF=0.445378;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.00635602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.219;QD=16.2568;RBI=0.084394;REFB=-0.0090638;REVB=0.0841543;RO=65;SAF=29;SAR=24;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00866086;STB=0.509418;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0146633;OID=.;OPOS=49998780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:65:66:53:53:0.445378:24:29:35:30:24:29:35:31 chr10 50004372 . C T 674.24 PASS AF=0.453416;AO=73;DP=161;FAO=73;FDP=161;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.017536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.652;QD=16.7513;RBI=0.0842222;REFB=0.000805298;REVB=-0.0823764;RO=88;SAF=31;SAR=42;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748318;STB=0.541598;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.00192661;OID=.;OPOS=50004372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:88:88:73:73:0.453416:42:31:44:44:42:31:44:44 chr10 50013402 . T C 422.78 PASS AF=0.512195;AO=41;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0221229;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.176;QD=20.6234;RBI=0.0254124;REFB=-0.0223977;REVB=-0.0125048;RO=40;SAF=22;SAR=19;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770139;STB=0.559647;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0171924;OID=.;OPOS=50013402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:41:42:0.512195:19:22:18:22:19:23:17:23 chr10 50025396 . G A 814.57 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.568;QD=57.1625;RBI=0.0318449;REFB=0;REVB=-0.00181959;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213369;OID=.;OPOS=50025396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:54:57:1:34:20:0:0:34:23:0:0 chr10 50038800 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.401;QD=57.3853;RBI=0.0231299;REFB=0;REVB=0.000344825;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49804e-05;OID=.;OPOS=50038800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr10 50083111 . T C 2016.57 PASS AF=0.957143;AO=134;DP=139;FAO=134;FDP=140;FR=.;FRO=6;FSAF=64;FSAR=70;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.000533951;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.6481;QD=57.6164;RBI=0.00826079;REFB=-0.0751545;REVB=0.00824352;RO=3;SAF=64;SAR=70;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217567;STB=0.508112;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00302252;OID=.;OPOS=50083111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:139:140:3:6:134:134:0.957143:70:64:3:0:70:64:4:2 chr10 50109902 . G A 866.32 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348311;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3945;QD=57.7549;RBI=0.0349278;REFB=0;REVB=-0.0025978;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107904;OID=.;OPOS=50109902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:23:37:0:0:23:37:0:0 chr10 50121784 . T C 2071.37 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257165;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6617;QD=62.7689;RBI=0.0880626;REFB=0;REVB=0.084224;RO=0;SAF=65;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.83182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407923;OID=.;OPOS=50121784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:132:0:0:132:132:1:67:65:0:0:67:65:0:0 chr10 50122181 . C A 1090.33 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00852899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.85;QD=57.3859;RBI=0.009382;REFB=-0.0177805;REVB=-0.00390876;RO=2;SAF=28;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00642201;STB=0.503395;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.000847566;OID=.;OPOS=50122181;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:46:28:1:1:46:28:1:1 chr10 50167798 . C T 277.09 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00927239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.588;QD=13.5166;RBI=0.0191843;REFB=-0.0106922;REVB=0.0167946;RO=49;SAF=15;SAR=17;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210957;STB=0.517627;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.021965;OID=.;OPOS=50167798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:49:50:32:32:0.390244:17:15:22:27:17:15:22:28 chr10 50184949 . C T 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0114538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.592;QD=14.196;RBI=0.0114736;REFB=0.00780887;REVB=0.000673056;RO=32;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0097023;STB=0.505542;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0109059;OID=.;OPOS=50184949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:12:11:15:17:12:11:15:17 chr10 50186415 . C T 274.59 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0177982;FXX=0.0136968;HRUN=5;LEN=1;MLLD=161.259;QD=15.2547;RBI=0.0190478;REFB=-0.00651929;REVB=-0.00678553;RO=41;SAF=18;SAR=13;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302712;STB=0.517103;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00649404;OID=.;OPOS=50186415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:41:41:31:31:0.430556:13:18:25:16:13:18:25:16 chr10 50227785 . T C 1510.81 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459629;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.092;QD=59.834;RBI=0.0484629;REFB=0;REVB=0.0153643;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104422;OID=.;OPOS=50227785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:52:48:0:0:53:48:0:0 chr10 50531214 . C G 271.68 PASS AF=0.538462;AO=27;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0280764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0199;QD=20.8986;RBI=0.0289014;REFB=-0.00647081;REVB=-0.00685624;RO=24;SAF=11;SAR=16;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250096;STB=0.643143;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00301457;OID=.;OPOS=50531214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:27:28:0.538462:16:11:17:7:17:11:17:7 chr10 50531549 . G T 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0034491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.765;QD=17.4544;RBI=0.00617472;REFB=-0.00878911;REVB=0.0051216;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130195;STB=0.573069;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0138186;OID=.;OPOS=50531549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:15:12:17:12:15:12:17:12 chr10 50531604 . T C 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000353293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4318;QD=59.832;RBI=0.00555288;REFB=0;REVB=0.00554163;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8507e-05;OID=.;OPOS=50531604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr10 50531606 . C A 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0103591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.116;QD=17.7318;RBI=0.0313805;REFB=-0.0124457;REVB=0.0296214;RO=19;SAF=3;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387982;STB=0.724801;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0123487;OID=.;OPOS=50531606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:14:3:10:9:14:3:10:9 chr10 50531972 . A C 85.0 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.047504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.515;QD=10.3027;RBI=0.0619649;REFB=-0.00799475;REVB=-0.0397871;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503109;STB=0.530331;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0174091;OID=.;OPOS=50531972;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:33:33:22:22:11:11:0.333333:6:5:11:11:6:5:11:11 chr10 50532227 . A G 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0171162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.486;QD=9.25791;RBI=0.0177178;REFB=-0.0039419;REVB=0.00457768;RO=28;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136904;STB=0.583194;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0161194;OID=.;OPOS=50532227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:7:5:15:13:7:5:15:13 chr10 50532683 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1278;QD=44.6887;RBI=0.0261478;REFB=0;REVB=-0.0233168;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0005409;OID=.;OPOS=50532683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr10 50533496 . G A 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0118856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.378;QD=9.53691;RBI=0.0268627;REFB=-0.0093957;REVB=-0.0240902;RO=27;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13415;STB=0.581678;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0141539;OID=.;OPOS=50533496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:4:8:15:12:4:8:15:12 chr10 50533617 . T C 171.18 PASS AF=0.565217;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0177923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1599;QD=29.771;RBI=0.0273023;REFB=-0.0327253;REVB=-0.0207087;RO=5;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212555;STB=0.620497;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0523318;OID=.;OPOS=50533617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:23:23:5:6:12:13:0.565217:9:3:3:2:9:4:4:2 chr10 50534267 . A C 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00329623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.316;QD=7.048;RBI=0.00701611;REFB=-0.004449;REVB=-0.0061936;RO=22;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975603;STB=0.562336;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00713156;OID=.;OPOS=50534267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:6:2:7:15:6:2:7:15 chr10 50534646 . C T 97.9 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0406276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.974;QD=13.503;RBI=0.0507137;REFB=-0.020367;REVB=0.0303525;RO=17;SAF=9;SAR=3;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198333;STB=0.511609;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0424756;OID=.;OPOS=50534646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:3:9:13:4:3:9:13:4 chr10 50534862 . T C 1791.03 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392804;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.814;QD=61.2318;RBI=0.0538502;REFB=0;REVB=0.036836;RO=0;SAF=50;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263315;OID=.;OPOS=50534862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:67:50:0:0:67:50:0:0 chr10 50535186 . C T 733.2 PASS AF=0.685393;AO=61;DP=89;FAO=61;FDP=89;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.087805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.708;QD=32.9528;RBI=0.0881476;REFB=-0.0464963;REVB=0.0077643;RO=26;SAF=21;SAR=40;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966049;STB=0.546585;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.017058;OID=.;OPOS=50535186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:26:28:61:61:0.685393:40:21:5:21:40:21:6:22 chr10 50723684 . G A 1313.25 PASS AF=1;AO=83;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000309792;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.846;QD=61.8;RBI=0.00291928;REFB=0;REVB=0.00290279;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290056;OID=.;OPOS=50723684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:83:85:1:46:37:0:0:46:39:0:0 chr10 50724016 . C T 751.15 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.363;QD=56.6902;RBI=0.0168587;REFB=0;REVB=0.0148474;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24651e-05;OID=.;OPOS=50724016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:24:28:0:0:25:28:0:0 chr10 50732280 . C T 931.54 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0587888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.111;QD=55.6146;RBI=0.0786452;REFB=-0.0734852;REVB=0.0522393;RO=1;SAF=45;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103839;STB=0.510866;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00224513;OID=.;OPOS=50732280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:67:67:1:2:65:65:0.970149:20:45:1:0:20:45:2:0 chr10 50736560 . TA AT,TT 39.99 PASS AF=0.0396825,0.0634921;AO=6,8;DP=126;FAO=5,8;FDP=126;FR=.;FRO=113;FSAF=4,7;FSAR=1,1;FSRF=36;FSRR=77;FWDB=0.00888157,0.00594555;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=2,1;MLLD=87.7688,165.811;QD=1.26938;RBI=0.00925106,0.00777419;REFB=-0.00647172,-0.00224874;REVB=0.00258841,-0.00500884;RO=110;SAF=4,7;SAR=2,1;SRF=34;SRR=76;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.337607,0.546921;STB=0.885205,0.926192;STBP=0.216,0.057;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0289266,0.152794;OID=.,.;OPOS=50736560,50736561;OREF=TA,A;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:22:126:126:110:113:6,8:5,8:0.0396825,0.0634921:2,1:4,7:34:76:1,1:4,7:36:77 chr10 50740600 . C T 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.366;QD=60.0303;RBI=0.0250473;REFB=0;REVB=-0.0114092;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46641e-05;OID=.;OPOS=50740600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:28:44:0:0:28:44:0:0 chr10 50819182 . T C 406.84 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0106095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.71;QD=20.0908;RBI=0.0223485;REFB=-0.0286775;REVB=0.0196696;RO=40;SAF=23;SAR=18;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583783;STB=0.532332;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0397916;OID=.;OPOS=50819182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:18:23:25:15:18:23:25:15 chr10 50820345 . C A 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.674;QD=59.855;RBI=0.0482031;REFB=0;REVB=0.00866615;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13814e-05;OID=.;OPOS=50820345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr10 50820424 . G T 284.64 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.00860264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0573;QD=17.7898;RBI=0.0232048;REFB=-0.0166121;REVB=0.0215513;RO=32;SAF=8;SAR=23;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270578;STB=0.509772;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0167712;OID=.;OPOS=50820424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:33:31:31:0.484375:23:8:9:23:23:8:9:24 chr10 50820693 . G T 346.28 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00962698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.921;QD=16.8917;RBI=0.013726;REFB=-0.0222264;REVB=-0.00978382;RO=44;SAF=20;SAR=17;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083243;STB=0.552603;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0289577;OID=.;OPOS=50820693;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:45:37:37:0.45122:17:20:20:24:17:20:20:25 chr10 50824117 . G A 230.97 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0035959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.312;QD=14.6645;RBI=0.0077293;REFB=-0.0267834;REVB=-0.00684189;RO=36;SAF=14;SAR=12;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104207;STB=0.548701;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.036532;OID=.;OPOS=50824117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:36:26:27:0.428571:12:14:23:13:12:15:23:13 chr10 50824619 . G A 388.97 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0782047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.71;QD=15.1058;RBI=0.0787836;REFB=-0.0274086;REVB=-0.00953265;RO=59;SAF=18;SAR=26;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679535;STB=0.538236;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0297382;OID=.;OPOS=50824619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:59:44:44:0.427184:26:18:28:31:26:18:28:31 chr10 50856652 . G A 766.43 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.574;QD=63.8693;RBI=0.0388785;REFB=0;REVB=0.0359844;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60581e-05;OID=.;OPOS=50856652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:17:30:0:0:18:30:0:0 chr10 50863147 . T C 1548.96 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.749;QD=63.8746;RBI=0.0268544;REFB=0;REVB=0.0218359;RO=0;SAF=65;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39504e-05;OID=.;OPOS=50863147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:31:65:0:0:31:66:0:0 chr10 50901938 . C T 392.94 PASS AF=0.370079;AO=46;DP=126;FAO=47;FDP=127;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=-0.0177263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.854;QD=12.3761;RBI=0.0260896;REFB=-0.0114913;REVB=0.0191428;RO=80;SAF=21;SAR=25;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638083;STB=0.530001;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0179412;OID=.;OPOS=50901938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:80:80:46:47:0.370079:25:21:32:48:26:21:32:48 chr10 50916484 . A G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.376;QD=61.2132;RBI=0.0267679;REFB=0;REVB=0.0237239;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4943e-05;OID=.;OPOS=50916484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:37:42:0:0:37:42:0:0 chr10 50942763 . C T 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8304;QD=58.7806;RBI=0.0679915;REFB=0;REVB=-0.0614815;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000834624;OID=.;OPOS=50942763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr10 50960209 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.06;QD=63.583;RBI=0.0601533;REFB=0;REVB=0.0585514;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38911e-05;OID=.;OPOS=50960209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr10 51465552 . A T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00167232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.088;QD=56.1913;RBI=0.00208795;REFB=0;REVB=0.00125016;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36663e-06;OID=.;OPOS=51465552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr10 51549545 . G T 1157.36 PASS AF=1;AO=71;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00324293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.734;QD=60.1226;RBI=0.00330472;REFB=0;REVB=-0.000636033;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233763;OID=.;OPOS=51549545;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:71:77:1:37:34:0:0:41:36:0:0 chr10 51631812 . A G 108.82 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0281284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.5702;QD=14.0407;RBI=0.0281762;REFB=-0.0382373;REVB=-0.00164139;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223717;STB=0.630343;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0542557;OID=.;OPOS=51631812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:8:5:11:7:8:5:11:7 chr10 51748684 . G A 341.84 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0362793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.389;QD=18.4778;RBI=0.0403285;REFB=-0.0119935;REVB=0.0176125;RO=38;SAF=17;SAR=19;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719384;STB=0.540069;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0136858;OID=.;OPOS=51748684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:19:17:15:23:19:17:15:23 chr10 51827763 . A G 445.16 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.287;QD=57.4395;RBI=0.0397983;REFB=0;REVB=0.0188467;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183883;OID=.;OPOS=51827763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:11:18:0:0:11:20:0:0 chr10 52002980 . T G 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0112802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.909;QD=13.9183;RBI=0.0113543;REFB=-0.0155745;REVB=0.00129527;RO=37;SAF=15;SAR=11;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768408;STB=0.543693;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0156042;OID=.;OPOS=52002980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:11:15:24:13:11:15:24:13 chr10 52005153 . A G 630.6 PASS AF=0.454545;AO=64;DP=142;FAO=65;FDP=143;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=29;FWDB=-0.0309046;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.455;QD=17.6391;RBI=0.0344598;REFB=-0.0298862;REVB=-0.0152441;RO=77;SAF=38;SAR=26;SRF=48;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303488;STB=0.516124;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0416349;OID=.;OPOS=52005153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:77:78:64:65:0.454545:26:38:48:29:26:39:49:29 chr10 52103707 . A G 582.86 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=134;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=0.0116454;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.062;QD=17.2699;RBI=0.0142064;REFB=-0.014393;REVB=-0.00813672;RO=72;SAF=38;SAR=23;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545355;STB=0.531796;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.020705;OID=.;OPOS=52103707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:72:74:61:61:0.451852:23:38:41:31:23:38:42:32 chr10 53059406 . T C 364.3 PASS AF=0.351145;AO=43;DP=131;FAO=46;FDP=131;FR=.;FRO=85;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=0.0106426;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.479;QD=11.1237;RBI=0.036756;REFB=-0.0168837;REVB=0.0351815;RO=86;SAF=17;SAR=26;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135582;STB=0.597794;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0285361;OID=.;OPOS=53059406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:86:85:43:46:0.351145:26:17:44:42:29:17:44:41 chr10 54011412 . G A 224.05 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00248449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.758;QD=17.5722;RBI=0.00662421;REFB=-0.0230242;REVB=-0.00614064;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735483;STB=0.551344;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0216972;OID=.;OPOS=54011412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:27:27:23:24:0.470588:12:11:15:12:13:11:15:12 chr10 54053817 . C T 348.66 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0199247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.988;QD=17.4328;RBI=0.0199461;REFB=-0.0136337;REVB=0.000923432;RO=43;SAF=20;SAR=17;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108197;STB=0.560408;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0163358;OID=.;OPOS=54053817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:17:20:28:15:17:20:28:15 chr10 54074757 . A G 529.91 PASS AF=0.445312;AO=55;DP=126;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=24;FWDB=-0.00124805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.433;QD=16.5598;RBI=0.0229995;REFB=-0.00672339;REVB=-0.0229656;RO=71;SAF=26;SAR=29;SRF=47;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189645;STB=0.603554;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00716014;OID=.;OPOS=54074757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:71:71:55:57:0.445312:29:26:47:24:30:27:47:24 chr10 54405572 . A G 575.68 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.248;QD=60.5982;RBI=0.0284321;REFB=0;REVB=-0.0262024;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.22981e-05;OID=.;OPOS=54405572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr10 54528266 . G C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00442326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.595;QD=59.838;RBI=0.0259758;REFB=0;REVB=0.0255964;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102381;OID=.;OPOS=54528266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr10 55568972 . T G 385.22 PASS AF=0.377049;AO=46;DP=122;FAO=46;FDP=122;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.0285512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.886;QD=12.6303;RBI=0.0343267;REFB=-0.0317925;REVB=0.0190566;RO=74;SAF=22;SAR=24;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967398;STB=0.562473;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0662035;OID=.;OPOS=55568972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:74:76:46:46:0.377049:24:22:42:32:24:22:44:32 chr10 55582200 . A T 58.69 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00581747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.776;QD=14.6734;RBI=0.0533799;REFB=-0.0250723;REVB=-0.053062;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0239214;OID=.;OPOS=55582200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:16:16:8:8:8:8:0.5:2:6:6:2:2:6:6:2 chr10 55582905 . G T 447.51 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00289545;FXX=0.0101;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.659;QD=18.2656;RBI=0.019049;REFB=-0.00440143;REVB=-0.0188277;RO=53;SAF=34;SAR=11;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21587;STB=0.621447;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00465977;OID=.;OPOS=55582905;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:53:53:45:45:0.459184:11:34:30:23:11:34:30:23 chr10 55590946 . CAGAC TAGAT 1118.51 PASS AF=1;AO=5;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.198504;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=5;MLLD=66.0531;QD=55.9255;RBI=0.238272;REFB=0;REVB=0.131793;RO=0;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00309365;OID=.;OPOS=55590946;OREF=CAGAC;OALT=TAGAT;OMAPALT=TAGAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:0:0:5:80:1:5:0:0:0:48:32:0:0 chr10 55755491 . C T 245.67 PASS AF=0.42029;AO=27;DP=67;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0014022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.064;QD=14.2415;RBI=0.0381561;REFB=-0.022433;REVB=-0.0381304;RO=40;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074322;STB=0.562772;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0122837;OID=.;OPOS=55755491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:40:40:27:29:0.42029:15:12:15:25:15:14:15:25 chr10 55949151 . G A 465.75 PASS AF=0.47619;AO=49;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0156771;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0064;QD=17.7428;RBI=0.0543695;REFB=-0.0271899;REVB=-0.0520603;RO=55;SAF=28;SAR=21;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128347;STB=0.575323;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0242359;OID=.;OPOS=55949151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:49:50:0.47619:21:28:24:31:21:29:24:31 chr10 55955444 . T G 546.25 PASS AF=0.518519;AO=55;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0123497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.648;QD=20.2313;RBI=0.0540197;REFB=-0.0175973;REVB=0.0525891;RO=51;SAF=27;SAR=28;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864652;STB=0.537835;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0150314;OID=.;OPOS=55955444;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:51:52:55:56:0.518519:28:27:20:31:29:27:21:31 chr10 55955485 . A G 535.2 PASS AF=0.426471;AO=58;DP=136;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.00443004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1264;QD=15.7412;RBI=0.0674559;REFB=-0.000877996;REVB=0.0673102;RO=77;SAF=21;SAR=37;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16441;STB=0.59612;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00189855;OID=.;OPOS=55955485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:77:78:58:58:0.426471:37:21:40:37:37:21:41:37 chr10 55955610 . C T 628.69 PASS AF=0.484848;AO=64;DP=132;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0227903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.584;QD=19.0511;RBI=0.0228798;REFB=-0.0192918;REVB=-0.00202228;RO=68;SAF=18;SAR=46;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223392;STB=0.624176;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0205491;OID=.;OPOS=55955610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:68:68:64:64:0.484848:46:18:34:34:46:18:34:34 chr10 56287569 . T C 318.39 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00845769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.186;QD=18.1937;RBI=0.0149171;REFB=-0.0137909;REVB=0.0122877;RO=35;SAF=19;SAR=15;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116399;STB=0.512813;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0142245;OID=.;OPOS=56287569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:36:34:34:0.485714:15:19:20:15:15:19:21:15 chr10 56335031 . A G 206.47 PASS AF=0.287234;AO=27;DP=94;FAO=27;FDP=94;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=0.0192692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.135;QD=8.786;RBI=0.0199015;REFB=-0.00135655;REVB=0.00497677;RO=67;SAF=15;SAR=12;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216589;STB=0.627816;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00659969;OID=.;OPOS=56335031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:67:67:27:27:0.287234:12:15:25:42:12:15:25:42 chr10 56335060 . TAAAAAAA TAAAAA,TAAAAAAG 970.09 PASS AF=0.491803,0.401639;AO=33,42;DP=119;FAO=60,49;FDP=122;FR=.;FRO=13;FSAF=27,22;FSAR=33,27;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0244776,-0.0264903;FXX=0.0239981;HRUN=11,11;LEN=2,1;MLLD=10.6731,202.591;QD=31.8061;RBI=0.0259106,0.0269772;REFB=-0.0675216,-0.0180948;REVB=-0.00849736,-0.0051024;RO=12;SAF=16,18;SAR=17,24;SRF=2;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.15763,0.11244;STB=0.539736,0.546657;STBP=0.142,0.183;TYPE=del,snp;VARB=0.0748237,0.00117318;OID=.,.;OPOS=56335061,56335067;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=TAAAAA,TAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.491803,0.401639:33,42:119:60,49:122:13:27,22:33,27:3:10:99:12:16,18:17,24:2:10 chr10 56345303 . T C 282.89 PASS AF=0.52;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.014557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.089;QD=22.6314;RBI=0.015024;REFB=-0.0165918;REVB=-0.00371691;RO=23;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915079;STB=0.521722;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0144018;OID=.;OPOS=56345303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:23:24:26:26:0.52:13:13:9:14:14:12:10:14 chr10 56345335 . T C 285.09 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0398013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2277;QD=23.7574;RBI=0.0431849;REFB=-0.0253487;REVB=0.0167568;RO=22;SAF=14;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690176;STB=0.538432;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0160766;OID=.;OPOS=56345335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:12:14:10:12:12:14:10:12 chr10 57357632 . GCA AAC,ACA 510.41 PASS AF=0.0285714,0.971429;AO=2,31;DP=35;FAO=1,34;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=1,12;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0556263,-0.0405261;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=22.5441,56.1505;QD=58.3331;RBI=0.0839489,0.0946002;REFB=0,0;REVB=-0.0628739,-0.08548;RO=0;SAF=1,12;SAR=1,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.47712e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0443675,-0.00604362;OID=.,.;OPOS=57357632,57357632;OREF=GCA,G;OALT=AAC,A;OMAPALT=AAC,ACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:35:35:0:0:2,31:1,34:0.0285714,0.971429:1,19:1,12:0:0:0,22:1,12:0:0 chr10 57358664 . C A 876.61 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00202406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.479;QD=54.7883;RBI=0.019009;REFB=0.115727;REVB=-0.018901;RO=2;SAF=38;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00782079;STB=0.50371;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00384378;OID=.;OPOS=57358664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:61:62:0.96875:23:38:1:1:24:38:1:1 chr10 57358667 . G A 920.06 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.833;QD=58.4162;RBI=0.0152631;REFB=0;REVB=0.00363778;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76013e-05;OID=.;OPOS=57358667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:22:39:0:0:23:40:0:0 chr10 57359727 . G A 267.32 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00305873;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.759;QD=15.7245;RBI=0.00326424;REFB=-0.0114158;REVB=-0.00113993;RO=38;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848967;STB=0.547913;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0135959;OID=.;OPOS=57359727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:16:14:21:17:16:14:21:17 chr10 58118630 . T C 1353.51 PASS AF=0.988764;AO=85;DP=87;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0297288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6754;QD=60.8319;RBI=0.0334676;REFB=-0.0437913;REVB=-0.0153713;RO=1;SAF=29;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160535;STB=0.508195;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00202507;OID=.;OPOS=58118630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:89:1:1:85:88:0.988764:56:29:1:0:58:30:1:0 chr10 59956041 . C T 468.6 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0109392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1417;QD=18.5586;RBI=0.0464559;REFB=-0.00864059;REVB=-0.0451496;RO=51;SAF=29;SAR=20;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094771;STB=0.557897;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00844692;OID=.;OPOS=59956041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:52:49:49:0.485149:20:29:25:26:20:29:25:27 chr10 60128583 . A G 118.12 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0141652;FXX=0.0689536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.405;QD=8.74983;RBI=0.0175636;REFB=-0.0036208;REVB=0.010384;RO=35;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299319;STB=0.654564;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0104565;OID=.;OPOS=60128583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:54:35:38:16:16:0.296296:5:11:15:20:5:11:18:20 chr10 60573753 . G T 905.32 PASS AF=0.502762;AO=88;DP=178;FAO=91;FDP=181;FR=.;FRO=90;FSAF=61;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=-0.000930096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.279;QD=20.0071;RBI=0.0350312;REFB=-0.0266947;REVB=0.0350188;RO=86;SAF=60;SAR=28;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164238;STB=0.589922;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0224545;OID=.;OPOS=60573753;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:181:86:90:88:91:0.502762:28:60:44:42:30:61:45:45 chr10 60577393 . T C 537.72 PASS AF=0.5;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0421641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4441;QD=19.2043;RBI=0.0596901;REFB=-0.00512167;REVB=0.0422504;RO=55;SAF=32;SAR=24;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236918;STB=0.509088;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00527277;OID=.;OPOS=60577393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:55:56:56:56:0.5:24:32:30:25:24:32:31:25 chr10 60588553 . T C 496.04 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0130812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.1;QD=17.8754;RBI=0.0190435;REFB=-0.007361;REVB=-0.0138397;RO=58;SAF=27;SAR=26;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575189;STB=0.531917;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00580088;OID=.;OPOS=60588553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:58:53:53:0.477477:26:27:26:32:26:27:26:32 chr10 61005244 . G C 1377.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2344;QD=62.6134;RBI=0.0718916;REFB=0;REVB=0.0705639;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349771;OID=.;OPOS=61005244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:40:48:0:0:40:48:0:0 chr10 61122268 . T TTA 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660631;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=193.242;QD=49.5992;RBI=0.0849932;REFB=0;REVB=0.0534743;RO=2;SAF=9;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916027;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000882677;OID=.;OPOS=61122269;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:20:18:18:0:9:9:0:0:4:2:9:9:2:0 chr10 61414011 . G T 581.55 PASS AF=0.469231;AO=58;DP=127;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=0.00548819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.079;QD=17.8937;RBI=0.0137493;REFB=-0.00262203;REVB=0.0126064;RO=69;SAF=29;SAR=29;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636709;STB=0.530293;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00283137;OID=.;OPOS=61414011;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:130:69:69:58:61:0.469231:29:29:39:30:30:31:39:30 chr10 61549657 . AT A 872.58 PASS AF=1;AO=72;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0683929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.1082;QD=46.5378;RBI=0.101657;REFB=0;REVB=0.0752101;RO=2;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214887;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00270535;OID=.;OPOS=61549658;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:72:75:75:75:0:30:45:0:0:16:2:29:43:0:2 chr10 61551428 . T C 138.44 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00240703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.585;QD=11.7817;RBI=0.00419185;REFB=0.00143122;REVB=0.00343189;RO=30;SAF=7;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178133;STB=0.593552;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00173389;OID=.;OPOS=61551428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:31:16:16:0.340426:9:7:18:12:9:7:18:13 chr10 61552692 . G T 306.15 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00933674;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.415;QD=15.3077;RBI=0.0132116;REFB=-0.00805126;REVB=-0.00934723;RO=45;SAF=16;SAR=18;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409046;STB=0.516927;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0114135;OID=.;OPOS=61552692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:46:34:34:0.425:18:16:23:22:18:16:23:23 chr10 61552774 . C T 230.77 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.0316208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.167;QD=17.7514;RBI=0.0325084;REFB=0.00258048;REVB=-0.00754454;RO=27;SAF=21;SAR=4;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416597;STB=0.523526;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00238261;OID=.;OPOS=61552774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:4:21:22:5:4:21:22:5 chr10 61665886 . C A 775.52 PASS AF=0.503145;AO=78;DP=157;FAO=80;FDP=159;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=0.0124766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.976;QD=19.5098;RBI=0.0126663;REFB=-0.0287164;REVB=-0.00218371;RO=69;SAF=32;SAR=46;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133473;STB=0.547546;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0235293;OID=.;OPOS=61665886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:69:79:78:80:0.503145:46:32:39:30:48:32:39:40 chr10 61719159 . C T 532.48 PASS AF=0.478632;AO=54;DP=115;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0115281;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.98;QD=18.2043;RBI=0.0142487;REFB=-0.0118039;REVB=-0.00837423;RO=59;SAF=39;SAR=15;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237309;STB=0.614736;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0157472;OID=.;OPOS=61719159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:59:61:54:56:0.478632:15:39:29:30:17:39:30:31 chr10 61719232 . A AT 877.91 PASS AF=1;AO=81;DP=95;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267812;FXX=0.0217368;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.9733;QD=39.0183;RBI=0.0680369;REFB=0;REVB=-0.0625442;RO=11;SAF=46;SAR=35;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514711;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000908622;OID=.;OPOS=61719233;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:81:95:90:90:0:53:37:0:0:17:11:46:35:6:5 chr10 61719385 . T G 227.84 PASS AF=0.435484;AO=26;DP=61;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00129461;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.079;QD=14.6996;RBI=0.0542478;REFB=-0.0197323;REVB=0.0542323;RO=33;SAF=12;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826887;STB=0.555514;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0236237;OID=.;OPOS=61719385;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:33:35:26:27:0.435484:14:12:18:15:15:12:19:16 chr10 61819556 . G A 387.51 PASS AF=0.301136;AO=53;DP=175;FAO=53;FDP=176;FR=.;FRO=123;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=78;FSRR=45;FWDB=-0.0233296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5299;QD=8.80712;RBI=0.0243452;REFB=-0.00291154;REVB=-0.00695823;RO=122;SAF=30;SAR=23;SRF=78;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090814;STB=0.549054;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00210969;OID=.;OPOS=61819556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:122:123:53:53:0.301136:23:30:78:44:23:30:78:45 chr10 61840347 . G A 219.83 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0306978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.729;QD=11.8825;RBI=0.0409525;REFB=-0.00770648;REVB=0.0271064;RO=46;SAF=9;SAR=18;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234535;STB=0.642095;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0193546;OID=.;OPOS=61840347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:47:27:27:0.364865:18:9:25:21:18:9:26:21 chr10 61841573 . CTTTTC CTTT,CTTTC 838.85 PASS AF=0,1;AO=12,64;DP=80;FAO=0,80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=0,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.209319,-0.128278;FXX=0.0123442;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=6.68854,18.2877;QD=41.9425;RBI=0.241919,0.189981;REFB=0,0;REVB=-0.121286,-0.140134;RO=0;SAF=10,15;SAR=2,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.422397,0.422397;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00423259;OID=.,.;OPOS=61841577,61841574;OREF=TC,T;OALT=-,-;OMAPALT=CTTT,CTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:12,64:80:0,80:80:0:0,28:0,52:0:0:16:0:10,15:2,49:0:0 chr10 61932125 . C T 240.99 PASS AF=0.315789;AO=30;DP=95;FAO=30;FDP=95;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0416403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.267;QD=10.1469;RBI=0.0470368;REFB=-0.0169311;REVB=0.0218757;RO=63;SAF=17;SAR=13;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130924;STB=0.501786;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0316627;OID=.;OPOS=61932125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:63:65:30:30:0.315789:13:17:35:28:13:17:37:28 chr10 62645873 . A G 260.45 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0435717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9541;QD=18.9417;RBI=0.0526561;REFB=-0.0242909;REVB=0.0295663;RO=27;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470588;STB=0.526297;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0281727;OID=.;OPOS=62645873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:12:16:14:13:12:16:14:13 chr10 63172694 . A G 730.48 PASS AF=0.518248;AO=71;DP=137;FAO=71;FDP=137;FR=.;FRO=66;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.0195654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7413;QD=21.3278;RBI=0.0257184;REFB=0.0187069;REVB=-0.0166923;RO=65;SAF=38;SAR=33;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103988;STB=0.560524;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.0134587;OID=.;OPOS=63172694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:65:66:71:71:0.518248:33:38:27:38:33:38:27:39 chr10 63422754 . G GGGCCGACCCCGGCA,GGGGCCGACCCCGGCA 874.02 PASS AF=0,0.711538;AO=43,23;DP=111;FAO=0,74;FDP=104;FR=.;FRO=30;FSAF=0,56;FSAR=0,18;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0063415,0.0180973;FXX=0.079639;HRUN=5,5;LEN=14,15;MLLD=226.717,236.029;QD=33.616;RBI=0.0109497,0.0194079;REFB=-0.0372916,-0.0363943;REVB=-0.00892642,-0.00701115;RO=34;SAF=41,7;SAR=2,16;SRF=25;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.480258,-0.430831;STB=0.5,0.509088;STBP=1,0.809;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.0129409;OID=.,.;OPOS=63422755,63422755;OREF=-,-;OALT=GGCCGACCCCGGCA,GGGCCGACCCCGGCA;OMAPALT=GGGCCGACCCCGGCA,GGGGCCGACCCCGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.711538:43,23:111:0,74:104:30:0,56:0,18:22:8:99:34:41,7:2,16:25:9 chr10 63450379 . G A 309.6 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0105077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1541;QD=19.0524;RBI=0.0250647;REFB=-0.0151078;REVB=-0.0227558;RO=32;SAF=20;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399079;STB=0.52223;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0188873;OID=.;OPOS=63450379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:13:20:18:14:13:20:18:14 chr10 63520698 . T C 2091.39 PASS AF=0.985401;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00437347;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.107;QD=61.0625;RBI=0.0176663;REFB=-0.0358865;REVB=0.0171164;RO=2;SAF=63;SAR=72;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000929087;STB=0.500489;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=5.31407e-05;OID=.;OPOS=63520698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:137:2:2:135:135:0.985401:72:63:1:1:72:63:1:1 chr10 63851034 . G A 286.16 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00267973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.407;QD=22.0123;RBI=0.0145617;REFB=-0.0668035;REVB=0.014313;RO=22;SAF=16;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405312;STB=0.51336;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.042555;OID=.;OPOS=63851034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:23:29:29:0.557692:13:16:11:11:13:16:12:11 chr10 63852308 . G T 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00997095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.148;QD=5.69647;RBI=0.0159496;REFB=0.00197272;REVB=-0.0124487;RO=33;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625864;STB=0.540452;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00871219;OID=.;OPOS=63852308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:5:4:13:20:5:4:13:20 chr10 63958112 . T C 1175.33 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687491;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.899;QD=61.0562;RBI=0.0694224;REFB=0;REVB=0.00964491;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250763;OID=.;OPOS=63958112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr10 63995983 . C T 2143.54 PASS AF=0.992754;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00696461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.933;QD=62.1316;RBI=0.0284423;REFB=-0.105174;REVB=-0.0275764;RO=0;SAF=60;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503225;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-5.84944e-05;OID=.;OPOS=63995983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:138:0:1:136:137:0.992754:76:60:0:0:77:60:0:1 chr10 64000878 . T G 464.69 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0636;QD=58.086;RBI=0.0423916;REFB=0;REVB=0.0236823;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714804;OID=.;OPOS=64000878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:10:21:0:0:10:22:0:0 chr10 64110037 . C T 717.13 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03808;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2331;QD=63.7447;RBI=0.0515995;REFB=0;REVB=-0.0348199;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00331695;OID=.;OPOS=64110037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr10 64159333 . G T 118.89 PASS AF=0.8;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0182352;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.777;QD=31.7034;RBI=0.0225456;REFB=0.0336249;REVB=-0.0132582;RO=3;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.004413;OID=.;OPOS=64159333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:16:15:3:3:12:12:0.8:4:8:2:1:4:8:2:1 chr10 64415184 . A G 1675.44 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.866;QD=60.3761;RBI=0.0628825;REFB=0;REVB=0.0254371;RO=0;SAF=61;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123908;OID=.;OPOS=64415184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:50:61:0:0:50:61:0:0 chr10 64565011 . G A 405.39 PASS AF=0.477273;AO=41;DP=87;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0216278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2525;QD=18.4267;RBI=0.0358343;REFB=-0.0262981;REVB=-0.0285716;RO=46;SAF=25;SAR=16;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438167;STB=0.516175;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0298028;OID=.;OPOS=64565011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:46:46:41:42:0.477273:16:25:26:20:17:25:26:20 chr10 64566572 . T C 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.517;QD=61.6812;RBI=0.0242736;REFB=0;REVB=0.0144652;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48075e-05;OID=.;OPOS=64566572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr10 64567364 . C T 2640.21 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0094;QD=62.1226;RBI=0.0152545;REFB=0;REVB=-0.0112065;RO=0;SAF=92;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.85488e-06;OID=.;OPOS=64567364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:78:92:0:0:78:92:0:0 chr10 64567938 . C T 837.23 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0015287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.814;QD=56.7614;RBI=0.0223538;REFB=0;REVB=0.0223015;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348357;OID=.;OPOS=64567938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:57:59:1:34:23:0:0:35:24:0:0 chr10 64572037 . ATT A,AT 488.93 PASS AF=0,0.987654;AO=10,57;DP=82;FAO=0,80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=0,59;FSAR=0,21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.041894,-0.0848605;FXX=0.0240935;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=9.17352,8.9798;QD=24.1449;RBI=0.122131,0.241533;REFB=0.0633821,0.0640756;REVB=0.114721,0.226135;RO=10;SAF=9,45;SAR=1,12;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.599995,0.181663;STB=0.5,0.504201;STBP=1,0.606;TYPE=del,del;VARB=0,0.00640506;OID=.,.;OPOS=64572038,64572038;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,0.987654:10,57:82:0,80:81:1:0,59:0,21:1:0:6:10:9,45:1,12:3:7 chr10 64572093 . T C 389.09 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=6;FWDB=-0.0337255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.449;QD=18.7514;RBI=0.0372798;REFB=-0.0121309;REVB=0.0158864;RO=43;SAF=22;SAR=18;SRF=37;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305785;STB=0.667852;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0103604;OID=.;OPOS=64572093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:18:22:37:6:18:22:37:6 chr10 64573312 . T G 306.15 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.048692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.638;QD=15.3074;RBI=0.0579309;REFB=-0.0240408;REVB=-0.0313859;RO=45;SAF=19;SAR=15;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181118;STB=0.595426;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0345815;OID=.;OPOS=64573312;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:46:34:34:0.425:15:19:17:28:15:19:18:28 chr10 64573333 . G A 147.49 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0532377;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.219;QD=9.21811;RBI=0.0782761;REFB=-0.00312753;REVB=0.0573838;RO=43;SAF=6;SAR=14;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302763;STB=0.6729;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0108607;OID=.;OPOS=64573333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:43:44:20:20:0.3125:14:6:24:19:14:6:24:20 chr10 64573771 . C T 787.48 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410064;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.082;QD=57.2712;RBI=0.0455618;REFB=0;REVB=0.0198583;RO=0;SAF=48;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130856;OID=.;OPOS=64573771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:7:48:0:0:7:48:0:0 chr10 64869942 . A G 189.29 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0130481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2609;QD=13.0543;RBI=0.0660851;REFB=-0.00644684;REVB=0.0647842;RO=34;SAF=12;SAR=11;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100636;STB=0.547471;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0162002;OID=.;OPOS=64869942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:11:12:21:13:11:12:21:14 chr10 64914016 . T TA 802.66 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.3721;QD=46.5309;RBI=0.0995709;REFB=0;REVB=-0.0995415;RO=1;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171769;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00194255;OID=.;OPOS=64914017;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:68:69:69:0:39:30:0:0:15:1:39:27:0:1 chr10 64914518 . CATA C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214355;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=224.579;QD=58.4197;RBI=0.0264253;REFB=0;REVB=0.0154537;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.42066e-05;OID=.;OPOS=64914519;OREF=ATA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:63:63:63:0:37:26:0:0:5:0:37:26:0:0 chr10 64927823 . C G 871.21 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.120309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.689;QD=56.2068;RBI=0.128097;REFB=-0.0105522;REVB=0.0439847;RO=1;SAF=20;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230088;STB=0.511624;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000653231;OID=.;OPOS=64927823;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:60:61:0.983871:40:20:1:0:40:21:1:0 chr10 64945364 . G A 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4727;QD=57.1766;RBI=0.0356334;REFB=0;REVB=-0.00553203;RO=0;SAF=38;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022539;OID=.;OPOS=64945364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:13:38:0:0:13:38:0:0 chr10 64967043 . C G 127.35 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00684797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.784;QD=9.26201;RBI=0.00960902;REFB=-0.0053397;REVB=-0.00674082;RO=38;SAF=9;SAR=8;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340672;STB=0.520319;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00737022;OID=.;OPOS=64967043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:8:9:19:19:8:9:19:19 chr10 64967445 . A T 1317.39 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9031;QD=61.995;RBI=0.0274362;REFB=0;REVB=0.00231681;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149939;OID=.;OPOS=64967445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:47:38:0:0:47:38:0:0 chr10 64967975 . GT G 34.06 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.01434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.724;QD=3.68194;RBI=0.0538259;REFB=0.00569046;REVB=-0.0518806;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361421;STB=0.722126;STBP=0.178;TYPE=del;VARB=-0.0267213;OID=.;OPOS=64967976;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243243:9:37:9:37:28:5:4:7:21:34:28:5:4:7:21 chr10 64974537 . A T 868.5 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.759;QD=57.8997;RBI=0.028838;REFB=0;REVB=-4.96569e-05;RO=0;SAF=44;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89026e-05;OID=.;OPOS=64974537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:14:44:0:0:14:46:0:0 chr10 68685929 . G C 499.58 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00998526;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.659;QD=54.0085;RBI=0.0134768;REFB=0.0370488;REVB=0.00905084;RO=2;SAF=23;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038958;STB=0.520822;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00033403;OID=.;OPOS=68685929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:12:23:2:0:12:23:2:0 chr10 69676830 . T C 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.000143288;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.222;QD=19.941;RBI=0.0111192;REFB=-0.00134697;REVB=-0.0111183;RO=29;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709013;STB=0.539382;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00108509;OID=.;OPOS=69676830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:17:15:16:13:17:15:16:13 chr10 69773841 . G A 2313.48 PASS AF=0.986577;AO=147;DP=150;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0995128;FXX=0.00666622;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.6339;QD=62.1068;RBI=0.0996802;REFB=-0.00865123;REVB=-0.0057749;RO=1;SAF=64;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569593;STB=0.505952;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.000268036;OID=.;OPOS=69773841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:149:1:2:147:147:0.986577:83:64:0:1:83:64:0:2 chr10 69785435 . T TA,TAA 108.82 PASS AF=0.674419,0;AO=20,5;DP=45;FAO=29,0;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=6,0;FSAR=23,0;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0458702,-0.0293096;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.51539,10.739;QD=10.1229;RBI=0.0476839,0.0295193;REFB=-0.049264,-0.0284357;REVB=-0.0130261,-0.00351167;RO=19;SAF=3,1;SAR=17,4;SRF=6;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.226228,-0.173399;STB=0.532973,0.5;STBP=0.696,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0417815,-0.0114762;OID=.,.;OPOS=69785436,69785436;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=TA,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.674419,0:20,5:45:29,0:43:14:6,0:23,0:2:12:23:19:3,1:17,4:6:13 chr10 69793770 . C T 142.19 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=0;FSRF=40;FSRR=0;FWDB=-0.019852;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.898;QD=9.63998;RBI=0.019852;REFB=-0.000280261;REVB=0;RO=40;SAF=19;SAR=0;SRF=40;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726586;OID=.;OPOS=69793770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:40:40:19:19:0.322034:0:19:40:0:0:19:40:0 chr10 69917921 . C T 1973.46 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0268109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.2319;QD=61.1926;RBI=0.0311196;REFB=-0.0907749;REVB=-0.0157988;RO=1;SAF=75;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629447;STB=0.503311;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000411016;OID=.;OPOS=69917921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:1:1:128:128:0.992248:53:75:1:0:53:75:1:0 chr10 69917925 . T C 1963.96 PASS AF=0.962963;AO=131;DP=136;FAO=130;FDP=135;FR=.;FRO=5;FSAF=78;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00645674;FXX=0.0073524;HRUN=5;LEN=1;MLLD=300.208;QD=58.1915;RBI=0.0103384;REFB=-0.0251488;REVB=-0.00807426;RO=5;SAF=79;SAR=52;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147525;STB=0.507691;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00033195;OID=.;OPOS=69917925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:136:135:5:5:131:130:0.962963:52:79:2:3:52:78:2:3 chr10 69926097 . T C 748.9 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319149;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5026;QD=63.7362;RBI=0.0393988;REFB=0;REVB=0.023102;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19218e-05;OID=.;OPOS=69926097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:18:28:0:0:18:29:0:0 chr10 69926319 . C A 650.76 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4979;QD=61.9774;RBI=0.0410134;REFB=0;REVB=-0.0268138;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00086343;OID=.;OPOS=69926319;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr10 69926325 . C T 616.99 PASS AF=1;AO=26;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000853168;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.215;QD=61.699;RBI=0.00167031;REFB=0;REVB=0.00143598;RO=0;SAF=25;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47887e-06;OID=.;OPOS=69926325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:26:40:1:1:25:0:0:15:25:0:0 chr10 69948844 . T C 1825.03 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00659294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.302;QD=60.3315;RBI=0.0165869;REFB=-0.0904845;REVB=-0.0152203;RO=1;SAF=66;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714322;STB=0.503759;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000408445;OID=.;OPOS=69948844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:54:66:1:0:54:66:1:0 chr10 69991749 . T G 544.29 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00874528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.155;QD=57.2937;RBI=0.0121919;REFB=-0.0452177;REVB=-0.00849485;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.51612;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0028892;OID=.;OPOS=69991749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:0:1:37:37:0.973684:15:22:0:0:15:22:0:1 chr10 70044031 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0599048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5358;QD=55.0985;RBI=0.0646374;REFB=0;REVB=0.0242778;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000881152;OID=.;OPOS=70044031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr10 70051810 . A G 523.47 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.00393464;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=268.702;QD=18.6955;RBI=0.00515794;REFB=-0.000143163;REVB=-0.00333511;RO=57;SAF=19;SAR=36;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405503;STB=0.52247;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.000129795;OID=.;OPOS=70051810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:57:57:55:55:0.491071:36:19:22:35:36:19:22:35 chr10 70051928 . A G 567.1 PASS AF=0.483607;AO=59;DP=122;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.0129247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.194;QD=18.5935;RBI=0.0129252;REFB=-0.0243736;REVB=0.000114532;RO=63;SAF=32;SAR=27;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103018;STB=0.556918;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0257195;OID=.;OPOS=70051928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:63:63:59:59:0.483607:27:32:41:22:27:32:41:22 chr10 70102936 . T A 1463.21 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0813887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8058;QD=61.6088;RBI=0.0826224;REFB=-0.0274196;REVB=0.0142246;RO=1;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920605;STB=0.504761;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00119364;OID=.;OPOS=70102936;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:1:1:93:94:0.989474:51:42:0:1:52:42:0:1 chr10 70103272 . G C 323.79 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0167204;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3873;QD=16.6047;RBI=0.0199805;REFB=-0.0177021;REVB=-0.0109384;RO=42;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600825;STB=0.539846;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0369936;OID=.;OPOS=70103272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:17:18:19:23:17:18:19:24 chr10 70103958 . A G 125.84 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0128094;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.673;QD=18.6433;RBI=0.0190559;REFB=-0.00435781;REVB=0.0141084;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930297;STB=0.553115;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00171752;OID=.;OPOS=70103958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:7:6:8:6:7:6 chr10 70105178 . C T 658.04 PASS AF=0.488889;AO=66;DP=136;FAO=66;FDP=135;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0306849;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2389;QD=19.4974;RBI=0.0338785;REFB=-0.00707076;REVB=-0.0143594;RO=69;SAF=33;SAR=33;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033512;STB=0.518513;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00800259;OID=.;OPOS=70105178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:69:69:66:66:0.488889:33:33:32:37:33:33:32:37 chr10 70105247 . A T 47.03 PASS AF=0.103448;AO=12;DP=116;FAO=12;FDP=116;FR=.;FRO=104;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=42;FSRR=62;FWDB=-0.0438958;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.002;QD=1.62156;RBI=0.0456702;REFB=4.82318e-05;REVB=0.0126065;RO=97;SAF=11;SAR=1;SRF=35;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.618736;STB=0.928293;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000119894;OID=.;OPOS=70105247;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:116:116:97:104:12:12:0.103448:1:11:35:62:1:11:42:62 chr10 70105286 . C A 440.99 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0176439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0219;QD=17.465;RBI=0.0270196;REFB=-0.0059361;REVB=-0.0204634;RO=54;SAF=20;SAR=27;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721229;STB=0.540213;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0102198;OID=.;OPOS=70105286;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:47:47:0.465347:27:20:27:27:27:20:27:27 chr10 70105560 . G A 227.86 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0167199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.922;QD=13.8096;RBI=0.052155;REFB=-0.0209214;REVB=-0.0494023;RO=38;SAF=8;SAR=19;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00843295;STB=0.508015;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0239318;OID=.;OPOS=70105560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:38:39:27:27:0.409091:19:8:11:27:19:8:12:27 chr10 70221267 . T C 230.34 PASS AF=0.421875;AO=26;DP=63;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0264694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7188;QD=14.3961;RBI=0.0395364;REFB=0.00240584;REVB=0.0293684;RO=36;SAF=11;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107205;STB=0.54004;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00174054;OID=.;OPOS=70221267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:36:37:26:27:0.421875:15:11:19:17:15:12:19:18 chr10 70225504 . G T 392.0 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0122589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7368;QD=16.8601;RBI=0.0299927;REFB=0.0148296;REVB=0.027373;RO=52;SAF=17;SAR=24;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476421;STB=0.526753;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.0252925;OID=.;OPOS=70225504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:24:17:24:28:24:17:24:28 chr10 70230336 . A C 146.73 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=41;FAO=14;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0129853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.568;QD=13.9744;RBI=0.0411654;REFB=0.00101853;REVB=0.0390637;RO=23;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741239;STB=0.555903;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00774319;OID=.;OPOS=70230336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:41:42:23:25:10:14:0.333333:5:5:10:13:9:5:11:14 chr10 70230366 . G A 117.63 PASS AF=0.341463;AO=13;DP=42;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0335451;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=317.793;QD=11.4762;RBI=0.034929;REFB=-0.00197363;REVB=-0.0097344;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268377;STB=0.514265;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00369637;OID=.;OPOS=70230366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:27:27:13:14:0.341463:8:5:11:16:8:6:11:16 chr10 70405539 . A G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0290983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.128;QD=16.8982;RBI=0.0397169;REFB=0.00151323;REVB=0.027032;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130908;STB=0.576311;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.000421354;OID=.;OPOS=70405539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:3:7:5:4:3:7:5:4 chr10 70405855 . A G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0510757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9613;QD=12.7287;RBI=0.0848927;REFB=-0.0114387;REVB=0.0678088;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243311;STB=0.644834;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0332736;OID=.;OPOS=70405855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:5:7:3:6:5:7 chr10 70442645 . G A 264.02 PASS AF=0.321101;AO=35;DP=109;FAO=35;FDP=109;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=0.0028995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7128;QD=9.68869;RBI=0.0195404;REFB=-0.00906664;REVB=0.0193241;RO=72;SAF=19;SAR=16;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113741;STB=0.554341;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0224979;OID=.;OPOS=70442645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:72:74:35:35:0.321101:16:19:46:26:16:19:46:28 chr10 70495544 . T C 692.71 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0035298;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7583;QD=62.974;RBI=0.0514672;REFB=0;REVB=0.0513461;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437237;OID=.;OPOS=70495544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr10 70502288 . G A 1203.41 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.007442;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.418;QD=60.9323;RBI=0.0116355;REFB=0;REVB=-0.00894441;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002916;OID=.;OPOS=70502288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:77:79:1:47:30:0:0:47:32:0:0 chr10 70513637 . C T 124.92 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0707747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.088;QD=7.68763;RBI=0.0712791;REFB=-0.000724996;REVB=-0.00846445;RO=44;SAF=14;SAR=4;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356371;STB=0.69976;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00230587;OID=.;OPOS=70513637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:47:18:18:0.276923:4:14:22:22:4:14:25:22 chr10 70534744 . A C 227.37 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316012;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.376;QD=50.5257;RBI=0.0182983;REFB=0;REVB=0.0180233;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.3071e-05;OID=.;OPOS=70534744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr10 70641860 . T C 919.31 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0437454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6058;QD=54.077;RBI=0.0458684;REFB=-0.185808;REVB=-0.0137932;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522381;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00588474;OID=.;OPOS=70641860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:68:68:0:3:65:65:0.955882:33:32:0:0:33:32:3:0 chr10 70696713 . C T 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.341;QD=64.1539;RBI=0.0338029;REFB=0;REVB=0.0278995;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00911e-05;OID=.;OPOS=70696713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr10 70700944 . A G 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3049;QD=53.2695;RBI=0.0259288;REFB=0;REVB=0.0183145;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.246e-06;OID=.;OPOS=70700944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr10 70856852 . G A 589.77 PASS AF=0.546296;AO=58;DP=107;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0145616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.117;QD=21.8433;RBI=0.0157323;REFB=-0.0125708;REVB=0.00595515;RO=49;SAF=31;SAR=27;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203179;STB=0.506916;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0112542;OID=.;OPOS=70856852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:49:49:58:59:0.546296:27:31:25:24:28:31:25:24 chr10 70863699 . C T 727.89 PASS AF=0.538462;AO=70;DP=131;FAO=70;FDP=130;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0194167;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.44;QD=22.3967;RBI=0.0198353;REFB=-0.0365612;REVB=-0.00405356;RO=59;SAF=38;SAR=32;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712155;STB=0.542845;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0296888;OID=.;OPOS=70863699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:59:60:70:70:0.538462:32:38:27:32:32:38:27:33 chr10 70958202 . T C 158.91 PASS AF=0.207407;AO=25;DP=133;FAO=28;FDP=135;FR=.;FRO=107;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=62;FSRR=45;FWDB=0.00373219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.59;QD=4.70851;RBI=0.00378038;REFB=-0.00504257;REVB=-0.000601648;RO=104;SAF=7;SAR=18;SRF=60;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372925;STB=0.729006;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0202059;OID=.;OPOS=70958202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:104:107:25:28:0.207407:18:7:60:44:20:8:62:45 chr10 70992664 . C T 342.4 PASS AF=0.38;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0200488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4383;QD=13.6959;RBI=0.0205819;REFB=0.00603635;REVB=0.00465437;RO=61;SAF=19;SAR=19;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115454;STB=0.569964;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00722215;OID=.;OPOS=70992664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:61:62:38:38:0.38:19:19:24:37:19:19:24:38 chr10 71007277 . G T 186.64 PASS AF=0.290698;AO=25;DP=86;FAO=25;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0174395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.087;QD=8.68091;RBI=0.0178403;REFB=-0.00233066;REVB=-0.00376018;RO=61;SAF=14;SAR=11;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120239;STB=0.571372;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00900313;OID=.;OPOS=71007277;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:61:61:25:25:0.290698:11:14:28:33:11:14:28:33 chr10 71008286 . G A 671.86 PASS AF=0.304498;AO=88;DP=289;FAO=88;FDP=289;FR=.;FRO=201;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=100;FSRR=101;FWDB=-0.0114449;FXX=0.00344816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.37;QD=9.29907;RBI=0.0424158;REFB=-0.00562969;REVB=0.0408425;RO=200;SAF=43;SAR=45;SRF=99;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00763417;STB=0.506173;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0126563;OID=.;OPOS=71008286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:200:201:88:88:0.304498:45:43:99:101:45:43:100:101 chr10 71018660 . T C 1749.64 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0086655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.839;QD=60.857;RBI=0.0117617;REFB=0;REVB=0.00795272;RO=0;SAF=35;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.051e-07;OID=.;OPOS=71018660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:79:35:0:0:80:35:0:0 chr10 71026510 . C A 394.51 PASS AF=0.450549;AO=40;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0292377;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9721;QD=17.3412;RBI=0.0335325;REFB=-0.029737;REVB=0.016419;RO=49;SAF=15;SAR=25;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251141;STB=0.635528;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0292334;OID=.;OPOS=71026510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:50:40:41:0.450549:25:15:31:18:25:16:32:18 chr10 71027231 . G C 611.99 PASS AF=0.432432;AO=64;DP=149;FAO=64;FDP=148;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=-0.00357511;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.605;QD=16.5402;RBI=0.0251076;REFB=-0.0285298;REVB=0.0248518;RO=81;SAF=34;SAR=30;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135803;STB=0.578062;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0370895;OID=.;OPOS=71027231;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:81:84:64:64:0.432432:30:34:32:49:30:34:33:51 chr10 71055459 . T C 97.15 PASS AF=1;AO=3;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155498;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=46.1291;QD=38.8591;RBI=0.156392;REFB=0;REVB=-0.0166964;RO=0;SAF=2;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0487576;OID=.;OPOS=71055459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:3:10:1:1:2:0:0:2:8:0:0 chr10 71060610 . A G 575.64 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.544;QD=60.5941;RBI=0.0146107;REFB=0;REVB=0.00704259;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71571e-05;OID=.;OPOS=71060610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr10 71060621 . C T 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00839141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.365;QD=10.5421;RBI=0.0107953;REFB=-0.00689585;REVB=0.0067913;RO=21;SAF=10;SAR=1;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.545038;STB=0.838946;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00536995;OID=.;OPOS=71060621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:1:10:11:10:1:10:11:10 chr10 71060634 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00976072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.105;QD=56.7053;RBI=0.0193159;REFB=0;REVB=0.0166683;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8046e-05;OID=.;OPOS=71060634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr10 71098295 . T A 399.24 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=42;FWDB=0.00505751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.72;QD=15.3553;RBI=0.0134506;REFB=0.000807758;REVB=0.0124636;RO=59;SAF=26;SAR=19;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286681;STB=0.659941;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00143073;OID=.;OPOS=71098295;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:59:45:45:0.432692:19:26:17:42:19:26:17:42 chr10 71098376 . T G 390.33 PASS AF=0.482353;AO=38;DP=83;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.00687041;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.791;QD=18.3687;RBI=0.00760835;REFB=-0.0108199;REVB=-0.00326871;RO=41;SAF=13;SAR=25;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261314;STB=0.540095;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0135603;OID=.;OPOS=71098376;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:41:44:38:41:0.482353:25:13:13:28:26:15:13:31 chr10 71129194 . C T 522.92 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=39;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00451393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.449;QD=21.1282;RBI=0.00571526;REFB=-0.00944363;REVB=-0.00350552;RO=49;SAF=39;SAR=11;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303799;STB=0.669454;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00743805;OID=.;OPOS=71129194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:11:39:24:25:11:39:24:25 chr10 71142420 . G A 238.18 PASS AF=0.394737;AO=25;DP=71;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0264554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1745;QD=12.536;RBI=0.0426631;REFB=-0.0186937;REVB=0.0334701;RO=45;SAF=2;SAR=23;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551395;STB=0.697523;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0386997;OID=.;OPOS=71142420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:76:45:46:25:30:0.394737:23:2:19:26:25:5:19:27 chr10 71168685 . A T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.077;QD=57.1773;RBI=0.0654315;REFB=0;REVB=0.0639023;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21759e-05;OID=.;OPOS=71168685;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr10 71168727 . C T 512.41 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0450672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1621;QD=21.8046;RBI=0.0729744;REFB=0.0188751;REVB=0.0573953;RO=45;SAF=21;SAR=28;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722236;STB=0.539861;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.0155829;OID=.;OPOS=71168727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:28:21:23:22:28:21:23:22 chr10 71258046 . G A 203.25 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0208337;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.6;QD=15.6343;RBI=0.0436273;REFB=-0.0176221;REVB=0.0383315;RO=29;SAF=5;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334538;STB=0.692126;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0152677;OID=.;OPOS=71258046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:29:29:23:23:0.442308:18:5:15:14:18:5:15:14 chr10 71390392 . C T 854.01 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318387;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.893;QD=57.8989;RBI=0.0329766;REFB=0;REVB=0.00858811;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230444;OID=.;OPOS=71390392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr10 71392557 . C T 505.14 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00199864;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.795;QD=59.4282;RBI=0.00339279;REFB=0;REVB=0.00274161;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.00291e-07;OID=.;OPOS=71392557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr10 71392692 . T C 1573.0 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0609043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.638;QD=59.9239;RBI=0.0668829;REFB=0;REVB=0.0276404;RO=0;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.86133e-05;OID=.;OPOS=71392692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:57:48:0:0:57:48:0:0 chr10 71562437 . G A 142.6 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00589482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.192;QD=14.2603;RBI=0.00706119;REFB=-0.0149291;REVB=0.00388737;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481099;STB=0.538414;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0382671;OID=.;OPOS=71562437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:9:7:9:14:9:7:9:15 chr10 71582188 . C T 657.53 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000547192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.432;QD=59.7755;RBI=0.0168505;REFB=-0.0699643;REVB=0.0168416;RO=1;SAF=31;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375223;STB=0.519991;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00288574;OID=.;OPOS=71582188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:12:31:0:1:12:31:0:1 chr10 71620403 . G A 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00965203;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.731;QD=22.7947;RBI=0.0154867;REFB=-0.0215312;REVB=-0.012111;RO=21;SAF=17;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411944;STB=0.523057;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0205502;OID=.;OPOS=71620403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:7:17:14:7:7:17:14:7 chr10 71620436 . A AC,C 712.58 PASS AF=1,0;AO=41,2;DP=51;FAO=50,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211781,-0.0468423;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.8841,6.13873;QD=57.0066;RBI=0.184404,0.170098;REFB=0,0;REVB=-0.183184,-0.163521;RO=3;SAF=23,1;SAR=18,1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0573596,-0.473628;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00412299,0;OID=.,.;OPOS=71620437,71620436;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:3:0:41,2:50,0:1,0:18,1:23,1:3:0:22,0:28,0:0:0 chr10 71657272 . A G 767.88 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0155854;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.012;QD=52.0596;RBI=0.0300798;REFB=-0.11626;REVB=-0.0257273;RO=3;SAF=29;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463114;STB=0.524581;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.000751421;OID=.;OPOS=71657272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:59:3:3:56:56:0.949153:27:29:3:0:27:29:3:0 chr10 71658512 . G A 1249.33 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000359225;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.885;QD=61.6953;RBI=0.00426078;REFB=0;REVB=-0.00424561;RO=0;SAF=52;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45212e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.71719e-06;OID=.;OPOS=71658512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:29:52:0:0:29:52:0:0 chr10 71678058 . C G 566.08 PASS AF=0.42;AO=63;DP=151;FAO=63;FDP=150;FR=.;FRO=87;FSAF=46;FSAR=17;FSRF=63;FSRR=24;FWDB=-0.0046108;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9843;QD=15.0955;RBI=0.0336293;REFB=0.0249634;REVB=-0.0333117;RO=87;SAF=46;SAR=17;SRF=62;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226964;STB=0.504412;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.0419533;OID=.;OPOS=71678058;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:87:87:63:63:0.42:17:46:62:25:17:46:63:24 chr10 71872410 . C T 1572.99 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.818;QD=59.9233;RBI=0.0118182;REFB=0;REVB=0.0110746;RO=0;SAF=44;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20654e-05;OID=.;OPOS=71872410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:61:44:0:0:61:44:0:0 chr10 71874683 . G A 937.4 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.623;QD=58.5875;RBI=0.0318899;REFB=0;REVB=0.0293793;RO=0;SAF=44;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144673;OID=.;OPOS=71874683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:20:44:0:0:20:44:0:0 chr10 71874734 . G A 1472.19 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1642;QD=63.3199;RBI=0.0618901;REFB=0;REVB=0.0518631;RO=0;SAF=64;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503594;OID=.;OPOS=71874734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:29:64:0:0:29:64:0:0 chr10 71874784 . C T 1568.48 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00589033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1289;QD=64.0197;RBI=0.0122809;REFB=0;REVB=-0.0107761;RO=0;SAF=60;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.333e-05;OID=.;OPOS=71874784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:38:60:0:0:38:60:0:0 chr10 71880858 . A G 382.6 PASS AF=0.409091;AO=44;DP=108;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0189318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3047;QD=13.9125;RBI=0.018933;REFB=-0.0318558;REVB=0.000212574;RO=64;SAF=26;SAR=18;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306021;STB=0.518789;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0457758;OID=.;OPOS=71880858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:64:65:44:45:0.409091:18:26:36:28:18:27:37:28 chr10 71905569 . C A 88.36 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.337;QD=39.2723;RBI=0.0929338;REFB=0;REVB=0.0811007;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169022;OID=.;OPOS=71905569;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:1:7:0:0:2:7:0:0 chr10 72043389 . T G 541.23 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.95;QD=58.5117;RBI=0.0243797;REFB=0;REVB=0.0210216;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505023;OID=.;OPOS=72043389;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:22:12:0:0:23:14:0:0 chr10 72043460 . T G 99.22 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0269652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.946;QD=14.6992;RBI=0.0284731;REFB=-0.0197962;REVB=-0.00914315;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300428;STB=0.670902;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0211769;OID=.;OPOS=72043460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:2:13:7:5:2:13 chr10 72163076 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0303992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.202;QD=12.3961;RBI=0.033314;REFB=-0.0113563;REVB=-0.0136277;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20967;STB=0.630995;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0134581;OID=.;OPOS=72163076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:2:3:4:1:2:3 chr10 72179746 . C T 98.53 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.00600454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.513;QD=14.0764;RBI=0.0106156;REFB=-0.0161365;REVB=0.00875423;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376145;STB=0.713994;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0178568;OID=.;OPOS=72179746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:2:14:6:6:2:14 chr10 72181460 . G T 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0676677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0067;QD=61.68;RBI=0.115752;REFB=0;REVB=-0.0939127;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00257429;OID=.;OPOS=72181460;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr10 72195439 . T C 770.8 PASS AF=0.982143;AO=41;DP=54;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00962291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5806;QD=55.0569;RBI=0.0280147;REFB=-0.104067;REVB=0.0263102;RO=1;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159086;STB=0.508471;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00132651;OID=.;OPOS=72195439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:56:1:1:41:55:0.982143:29:12:0:1:29:26:0:1 chr10 72289701 . G A 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.553;QD=58.137;RBI=0.063661;REFB=0;REVB=0.0628227;RO=0;SAF=26;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222975;OID=.;OPOS=72289701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:6:26:0:0:6:26:0:0 chr10 72289728 . G A 37.91 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0420747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5096;QD=2.75685;RBI=0.0443716;REFB=-0.00338775;REVB=0.0140909;RO=48;SAF=4;SAR=3;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401283;STB=0.529329;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0110932;OID=.;OPOS=72289728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:48:48:7:7:0.127273:3:4:29:19:3:4:29:19 chr10 72307101 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.934;QD=57.8847;RBI=0.054213;REFB=0;REVB=0.00453805;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146819;OID=.;OPOS=72307101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr10 72324143 . A G 1913.24 PASS AF=0.941606;AO=128;DP=136;FAO=129;FDP=137;FR=.;FRO=8;FSAF=47;FSAR=82;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00964874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4378;QD=55.8609;RBI=0.0319776;REFB=0.0186001;REVB=-0.0304872;RO=8;SAF=47;SAR=81;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306639;STB=0.516283;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00519706;OID=.;OPOS=72324143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:136:137:8:8:128:129:0.941606:81:47:5:3:82:47:5:3 chr10 72358341 . C T 106.88 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.028629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.727;QD=12.2144;RBI=0.0287531;REFB=-0.0257131;REVB=-0.00266895;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280608;STB=0.663562;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0229963;OID=.;OPOS=72358341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:6:7:6:16:6:7:6:16 chr10 72358577 . G A 511.46 PASS AF=0.458333;AO=54;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=-0.00185337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1503;QD=17.0485;RBI=0.0428269;REFB=-0.00326306;REVB=0.0427868;RO=65;SAF=30;SAR=24;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195696;STB=0.602662;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0047668;OID=.;OPOS=72358577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:65:65:54:55:0.458333:24:30:23:42:25:30:23:42 chr10 72498660 . C T 266.25 PASS AF=0.326531;AO=32;DP=98;FAO=32;FDP=98;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.00137636;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.444;QD=10.8672;RBI=0.0146188;REFB=-0.0141806;REVB=-0.0145539;RO=66;SAF=21;SAR=11;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16911;STB=0.598743;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0355295;OID=.;OPOS=72498660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:66:66:32:32:0.326531:11:21:34:32:11:21:34:32 chr10 72500762 . CT C,CC 1015.27 PASS AF=0.152778,0.847222;AO=11,57;DP=69;FAO=11,61;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=11,13;FSAR=0,48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0051464,0.0637478;FXX=0.0136968;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=214.437,233.796;QD=56.404;RBI=0.0140639,0.0662701;REFB=0,0;REVB=-0.0130884,-0.0181091;RO=0;SAF=11,9;SAR=0,48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.95838e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0688519,0.0043559;OID=.,.;OPOS=72500763,72500763;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.152778,0.847222:11,57:69:11,61:72:0:11,13:0,48:0:0:13:0:11,9:0,48:0:0 chr10 72500863 . C G 564.51 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0347428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.667;QD=24.28;RBI=0.0415774;REFB=-0.00388633;REVB=0.0228389;RO=41;SAF=13;SAR=39;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159999;STB=0.588199;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00301321;OID=.;OPOS=72500863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:41:52:52:0.55914:39:13:17:24:39:13:17:24 chr10 72503344 . G A 553.05 PASS AF=0.4;AO=64;DP=156;FAO=64;FDP=160;FR=.;FRO=96;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=56;FSRR=40;FWDB=0.0072961;FXX=0.00621079;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.157;QD=13.8263;RBI=0.0106382;REFB=-0.00657687;REVB=-0.00774199;RO=92;SAF=43;SAR=21;SRF=54;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097008;STB=0.557829;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00994277;OID=.;OPOS=72503344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:160:92:96:64:64:0.4:21:43:54:38:21:43:56:40 chr10 72505208 . A G 206.73 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0298733;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.149;QD=27.5642;RBI=0.0318313;REFB=-0.0155845;REVB=0.0109918;RO=11;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148936;STB=0.583241;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00522548;OID=.;OPOS=72505208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:30:11:11:19:19:0.633333:14:5:5:6:14:5:5:6 chr10 72513635 . C A 1012.43 PASS AF=0.515789;AO=98;DP=190;FAO=98;FDP=190;FR=.;FRO=92;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=55;FSRR=37;FWDB=-0.00143688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.627;QD=21.3143;RBI=0.0317644;REFB=0.00221104;REVB=0.0317319;RO=91;SAF=47;SAR=51;SRF=55;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10939;STB=0.557067;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00152492;OID=.;OPOS=72513635;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:91:92:98:98:0.515789:51:47:55:36:51:47:55:37 chr10 72513682 . C T 742.86 PASS AF=0.503311;AO=76;DP=153;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.0837713;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8895;QD=19.6783;RBI=0.0858185;REFB=-0.0327772;REVB=0.0186329;RO=73;SAF=37;SAR=39;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909337;STB=0.542881;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0365863;OID=.;OPOS=72513682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:151:73:75:76:76:0.503311:39:37:43:30:39:37:43:32 chr10 72517837 . C G,T 644.95 PASS AF=0.0454545,0.931818;AO=2,41;DP=44;FAO=2,41;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=1,26;FSAR=1,15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000984148,0.00916603;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=16.3113,163.344;QD=58.6321;RBI=0.0885592,0.010601;REFB=-0.159488,-0.177509;REVB=-0.0885537,0.00532583;RO=0;SAF=1,26;SAR=1,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.665164,0.509429;STBP=0.662,0.53;TYPE=snp,snp;VARB=0.0264345,0.00153449;OID=.,.;OPOS=72517837,72517837;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:0:1:2,41:2,41:0.0454545,0.931818:1,15:1,26:0:0:1,15:1,26:1:0 chr10 72520330 . A G 377.64 PASS AF=0.384615;AO=44;DP=116;FAO=45;FDP=117;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=24;FWDB=0.0294021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.342;QD=12.9106;RBI=0.0296156;REFB=-0.00813525;REVB=0.00354947;RO=72;SAF=31;SAR=13;SRF=48;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483728;STB=0.532359;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0130784;OID=.;OPOS=72520330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:72:72:44:45:0.384615:13:31:48:24:13:32:48:24 chr10 72520567 . A G 253.15 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00733949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6842;QD=19.1059;RBI=0.105384;REFB=-0.0112775;REVB=-0.105128;RO=25;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389473;STB=0.529893;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0118102;OID=.;OPOS=72520567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:26:27:27:0.509434:12:15:15:10:12:15:16:10 chr10 72520835 . C T 237.26 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00322062;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=120.351;QD=19.7719;RBI=0.00343143;REFB=-0.00781753;REVB=-0.0011842;RO=20;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771309;STB=0.50474;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0108588;OID=.;OPOS=72520835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:25:22:23:0.479167:14:8:9:11:14:9:10:15 chr10 72532037 . C T 560.51 PASS AF=0.460938;AO=59;DP=129;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.0443607;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.186;QD=17.5158;RBI=0.0453119;REFB=-0.0161164;REVB=-0.00923563;RO=69;SAF=23;SAR=36;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198071;STB=0.610132;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0164858;OID=.;OPOS=72532037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:69:69:59:59:0.460938:36:23:41:28:36:23:41:28 chr10 72535007 . C T 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.035834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.303;QD=12.5792;RBI=0.0362059;REFB=0.00759514;REVB=0.00517585;RO=31;SAF=9;SAR=8;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166308;STB=0.596906;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.0137793;OID=.;OPOS=72535007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:8:9:21:10:8:9:21:10 chr10 72536936 . A G 146.89 PASS AF=0.516129;AO=14;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0198048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.632;QD=18.9537;RBI=0.0958609;REFB=-0.0427712;REVB=-0.0937927;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106175;STB=0.612769;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0375289;OID=.;OPOS=72536936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:15:14:16:0.516129:6:8:9:4:8:8:11:4 chr10 72541754 . C T 141.17 PASS AF=0.235955;AO=21;DP=90;FAO=21;FDP=89;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=0.0140384;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0612;QD=6.34464;RBI=0.0195444;REFB=-0.00290489;REVB=-0.013598;RO=68;SAF=12;SAR=9;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249373;STB=0.6519;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0240934;OID=.;OPOS=72541754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:68:68:21:21:0.235955:9:12:25:43:9:12:25:43 chr10 72619205 . C T 2072.36 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359506;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.047;QD=62.3265;RBI=0.0433164;REFB=0;REVB=0.0241632;RO=0;SAF=52;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037882;OID=.;OPOS=72619205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:131:133:1:79:52:0:0:80:53:0:0 chr10 73046617 . A G 163.73 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.013384;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.985;QD=10.3955;RBI=0.0329494;REFB=-0.0147629;REVB=-0.0301086;RO=40;SAF=6;SAR=15;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114772;STB=0.572844;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0286929;OID=.;OPOS=73046617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:42:21:21:0.333333:15:6:15:25:15:6:16:26 chr10 73046625 . C T 162.8 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00342821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.39;QD=10.853;RBI=0.00355702;REFB=-0.0100991;REVB=-0.000948578;RO=38;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738927;STB=0.53655;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0254929;OID=.;OPOS=73046625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:39:21:21:0.35:14:7:15:23:14:7:15:24 chr10 73050693 . C T 41.37 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=43;FSRR=11;FWDB=-0.0334195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.801;QD=2.66934;RBI=0.0393341;REFB=-0.0111102;REVB=-0.0207438;RO=53;SAF=6;SAR=2;SRF=42;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728312;STB=0.556686;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0913973;OID=.;OPOS=73050693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:62:62:53:54:8:8:0.129032:2:6:42:11:2:6:43:11 chr10 73051388 . T C 845.3 PASS AF=0.587786;AO=77;DP=133;FAO=77;FDP=131;FR=.;FRO=54;FSAF=52;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0066794;FXX=0.0223864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.361;QD=25.8108;RBI=0.00996198;REFB=-0.0315805;REVB=0.00739099;RO=47;SAF=52;SAR=25;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109366;STB=0.585612;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0168568;OID=.;OPOS=73051388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:47:54:77:77:0.587786:25:52:25:22:25:52:26:28 chr10 73057755 . G C 967.49 PASS AF=0.505319;AO=95;DP=188;FAO=95;FDP=188;FR=.;FRO=93;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=0.00179691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.957;QD=20.5849;RBI=0.0267147;REFB=-0.00749875;REVB=-0.0266542;RO=92;SAF=36;SAR=59;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920943;STB=0.55369;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00900362;OID=.;OPOS=73057755;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:92:93:95:95:0.505319:59:36:44:48:59:36:45:48 chr10 73104054 . C T 198.33 PASS AF=0.4;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0682604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.677;QD=13.2219;RBI=0.0684391;REFB=-0.0254275;REVB=-0.00494304;RO=36;SAF=6;SAR=17;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329143;STB=0.665075;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.030225;OID=.;OPOS=73104054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:36:36:23:24:0.4:17:6:20:16:17:7:20:16 chr10 73104056 . A G 849.21 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.132;QD=57.5736;RBI=0.042829;REFB=0;REVB=0.0167138;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147743;OID=.;OPOS=73104056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:32:26:0:0:32:27:0:0 chr10 73111408 . C T 558.73 PASS AF=0.457364;AO=58;DP=130;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0395022;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1294;QD=17.3249;RBI=0.0409315;REFB=0.0138849;REVB=0.010722;RO=72;SAF=29;SAR=29;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275753;STB=0.527827;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.0167145;OID=.;OPOS=73111408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:72:70:58:59:0.457364:29:29:34:38:29:30:32:38 chr10 73115941 . TG CA 1583.16 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020231;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.623;QD=59.742;RBI=0.0250348;REFB=0;REVB=0.0147461;RO=0;SAF=46;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.79051e-05;OID=.;OPOS=73115941;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:105:106:1:59:46:0:0:59:47:0:0 chr10 73121913 . A G 690.73 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.119;QD=62.7939;RBI=0.116086;REFB=0;REVB=-0.00170119;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312451;OID=.;OPOS=73121913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:44:0:0:40:44:1:16:24:0:0:17:27:0:0 chr10 73121945 . T C 669.49 PASS AF=1;AO=37;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.961;QD=62.278;RBI=0.0217595;REFB=0;REVB=0.0066253;RO=0;SAF=31;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.43131e-05;OID=.;OPOS=73121945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:37:43:1:6:31:0:0:12:31:0:0 chr10 73270906 . T C 385.99 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.00985455;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.591;QD=17.545;RBI=0.0153694;REFB=-0.0101683;REVB=0.0117943;RO=47;SAF=18;SAR=22;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200415;STB=0.616535;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0137644;OID=.;OPOS=73270906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:47:48:40:40:0.454545:22:18:31:16:22:18:32:16 chr10 73270982 . G A 163.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.016577;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.624;QD=20.4552;RBI=0.0173544;REFB=0.027092;REVB=0.00513614;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155953;STB=0.588131;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00984988;OID=.;OPOS=73270982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:10:7:9:6:10:7:9:6 chr10 73434888 . G C 153.42 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0206103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.618;QD=13.947;RBI=0.0222422;REFB=0.00615408;REVB=-0.00836236;RO=27;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00276109;STB=0.501606;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0114096;OID=.;OPOS=73434888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:12:5:8:19:12:5:8:19 chr10 73455201 . T C 589.97 PASS AF=0.602273;AO=53;DP=86;FAO=53;FDP=88;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0985649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.76;QD=26.8168;RBI=0.0992761;REFB=-0.00817565;REVB=-0.0118616;RO=33;SAF=25;SAR=28;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142273;STB=0.563235;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00661581;OID=.;OPOS=73455201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:33:35:53:53:0.602273:28:25:9:24:28:25:11:24 chr10 73455273 . T C 449.72 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0174061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.241;QD=24.3091;RBI=0.0288517;REFB=0.0031593;REVB=0.0230097;RO=31;SAF=21;SAR=22;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152356;STB=0.583296;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00245743;OID=.;OPOS=73455273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:22:21:9:22:22:21:9:22 chr10 73472553 . G A 269.69 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0276728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2897;QD=22.9526;RBI=0.0836353;REFB=-0.0162242;REVB=0.0789246;RO=22;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130674;STB=0.572824;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0164541;OID=.;OPOS=73472553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:13:12:14:8:13:12:14:8 chr10 73472868 . C G 162.21 PASS AF=0.283582;AO=14;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.00425505;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.188;QD=9.68386;RBI=0.0434177;REFB=-0.0064351;REVB=0.0432087;RO=46;SAF=9;SAR=5;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016449;STB=0.618773;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0207838;OID=.;OPOS=73472868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:45:14:19:0.283582:5:9:29:17:10:9:29:16 chr10 73472882 . C T 204.57 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.00966121;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.771;QD=10.3578;RBI=0.0096666;REFB=-0.000667958;REVB=0.000322888;RO=52;SAF=13;SAR=13;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15446;STB=0.594866;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000880808;OID=.;OPOS=73472882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:53:26:26:0.329114:13:13:33:19:13:13:34:19 chr10 73492079 . A G 322.92 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0132203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5921;QD=21.8926;RBI=0.0134233;REFB=-0.0390459;REVB=-0.00232555;RO=26;SAF=25;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141016;STB=0.578356;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0432307;OID=.;OPOS=73492079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:8:25:16:10:8:25:16:10 chr10 73501556 . G A 306.83 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0445538;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1864;QD=22.7278;RBI=0.0524639;REFB=-0.0120163;REVB=0.0277023;RO=23;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291936;STB=0.516119;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0149949;OID=.;OPOS=73501556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:23:23:31:31:0.574074:16:15:12:11:16:15:12:11 chr10 73520632 . A C 1752.38 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173188;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2676;QD=60.9525;RBI=0.0515809;REFB=0;REVB=0.0485865;RO=0;SAF=57;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169957;OID=.;OPOS=73520632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:58:57:0:0:58:57:0:0 chr10 73521578 . G A 1031.13 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00638311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.803;QD=58.0916;RBI=0.047429;REFB=-0.167718;REVB=0.0469975;RO=1;SAF=34;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137031;STB=0.507244;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000877877;OID=.;OPOS=73521578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:36:34:1:0:36:34:1:0 chr10 73544093 . C G 1302.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.077;QD=62.0073;RBI=0.0623476;REFB=0;REVB=-0.0609884;RO=0;SAF=54;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.73981e-05;OID=.;OPOS=73544093;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:30:54:0:0:30:54:0:0 chr10 73550117 . C G 1381.46 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0305487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.141;QD=61.3982;RBI=0.0360452;REFB=0.0110328;REVB=0.0191321;RO=1;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117006;STB=0.506171;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=4.14923e-05;OID=.;OPOS=73550117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:40:49:0:1:40:49:0:1 chr10 73576307 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.296;QD=57.2025;RBI=0.0570756;REFB=0;REVB=0.0419533;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283221;OID=.;OPOS=73576307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr10 73585526 . A G 837.08 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00950551;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.464;QD=55.8052;RBI=0.0169822;REFB=0.011001;REVB=0.0140727;RO=1;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192526;STB=0.510201;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000224989;OID=.;OPOS=73585526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:24:35:0:1:24:35:0:1 chr10 73767329 . C T 202.63 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.015379;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.296;QD=15.5872;RBI=0.018101;REFB=-0.0123291;REVB=-0.00954633;RO=29;SAF=14;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484937;STB=0.527508;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0133192;OID=.;OPOS=73767329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:29:29:23:23:0.442308:9:14:19:10:9:14:19:10 chr10 73819046 . T C 151.21 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0107031;FXX=0.020404;HRUN=6;LEN=1;MLLD=133.638;QD=12.6008;RBI=0.0296373;REFB=-0.00801351;REVB=0.0276372;RO=30;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267588;STB=0.646886;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.010069;OID=.;OPOS=73819046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:30:31:17:17:0.354167:6:11:12:18:6:11:13:18 chr10 73822343 . T C 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00290898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.092;QD=16.9794;RBI=0.00935275;REFB=-0.0204637;REVB=-0.00888885;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494418;STB=0.523791;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0172829;OID=.;OPOS=73822343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:29:26:26:0.472727:11:15:17:10:11:15:18:11 chr10 74237247 . C CT 356.71 PASS AF=0.572816;AO=52;DP=102;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.0237034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.2932;QD=13.8526;RBI=0.0674792;REFB=-0.0207559;REVB=-0.063179;RO=49;SAF=24;SAR=28;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220163;STB=0.590715;STBP=0.035;TYPE=ins;VARB=0.0164941;OID=.;OPOS=74237248;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.572816:52:102:59:103:44:29:30:31:13:99:49:24:28:35:14 chr10 74830335 . A G 132.0 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0116905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.163;QD=7.65202;RBI=0.0148229;REFB=-0.000378822;REVB=0.00911315;RO=50;SAF=10;SAR=9;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103369;STB=0.562245;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00107012;OID=.;OPOS=74830335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:50:50:19:19:0.275362:9:10:22:28:9:10:22:28 chr10 74834651 . T C 419.39 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00959585;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.415;QD=22.6695;RBI=0.0306505;REFB=-0.0464183;REVB=-0.0291097;RO=30;SAF=21;SAR=20;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162813;STB=0.512189;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0476867;OID=.;OPOS=74834651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:30:33:41:41:0.554054:20:21:16:14:20:21:16:17 chr10 74894375 . T C 542.03 PASS AF=0.398734;AO=63;DP=159;FAO=63;FDP=158;FR=.;FRO=95;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=0.0194035;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.206;QD=13.7224;RBI=0.0602784;REFB=0.00612514;REVB=0.0570701;RO=93;SAF=26;SAR=37;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07653;STB=0.537317;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00807664;OID=.;OPOS=74894375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:93:95:63:63:0.398734:37:26:45:48:37:26:45:50 chr10 74896664 . T C 285.09 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0186893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1363;QD=23.7575;RBI=0.019437;REFB=0.00992786;REVB=-0.00533934;RO=22;SAF=8;SAR=18;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806365;STB=0.544714;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.00777105;OID=.;OPOS=74896664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:18:8:5:17:18:8:5:17 chr10 74897816 . C T 404.66 PASS AF=0.837838;AO=31;DP=37;FAO=31;FDP=37;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0259236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5033;QD=43.7472;RBI=0.0371438;REFB=-0.0279384;REVB=0.0266013;RO=6;SAF=13;SAR=18;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791267;STB=0.542623;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00891217;OID=.;OPOS=74897816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:6:6:31:31:0.837838:18:13:1:5:18:13:1:5 chr10 74899111 . A G 162.39 PASS AF=0.428571;AO=13;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0758239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.2471;QD=15.4658;RBI=0.185585;REFB=-0.0595625;REVB=-0.169388;RO=14;SAF=12;SAR=1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.559849;STB=0.526286;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0298948;OID=.;OPOS=74899111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:24:13:18:0.428571:1:12:7:7:6:12:15:9 chr10 74899134 . C G 246.81 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0391506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2025;QD=17.95;RBI=0.0457287;REFB=-0.00658828;REVB=-0.0236292;RO=28;SAF=16;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137136;STB=0.507687;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00814933;OID=.;OPOS=74899134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:11:16:17:11:11:16:17:11 chr10 74916173 . T A 315.33 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.024013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9381;QD=25.226;RBI=0.0373732;REFB=-0.0273556;REVB=-0.028638;RO=22;SAF=16;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158147;STB=0.508766;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.03208;OID=.;OPOS=74916173;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:12:16:13:9:12:16:13:9 chr10 74923562 . C T 573.87 PASS AF=0.46875;AO=60;DP=128;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0258346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.715;QD=17.9335;RBI=0.0262977;REFB=0.000940419;REVB=0.00491393;RO=66;SAF=32;SAR=28;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458448;STB=0.517739;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.00142912;OID=.;OPOS=74923562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:66:68:60:60:0.46875:28:32:32:34:28:32:34:34 chr10 74934442 . C T 169.17 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0013753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.734;QD=12.0835;RBI=0.0259955;REFB=-0.0283958;REVB=-0.0259591;RO=33;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12369;STB=0.588748;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0209464;OID=.;OPOS=74934442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:35:21:21:0.375:9:12:15:18:9:12:15:20 chr10 74995086 . C T 528.48 PASS AF=0.576471;AO=49;DP=85;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0188657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.062;QD=24.8696;RBI=0.0245811;REFB=-0.0216073;REVB=-0.015758;RO=36;SAF=24;SAR=25;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351199;STB=0.519223;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0162752;OID=.;OPOS=74995086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:36:36:49:49:0.576471:25:24:16:20:25:24:16:20 chr10 75000698 . T C 219.55 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.000518257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.172;QD=14.8848;RBI=0.0156983;REFB=-0.00711251;REVB=-0.0156897;RO=33;SAF=18;SAR=7;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1941;STB=0.617334;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0101414;OID=.;OPOS=75000698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:33:25:26:0.440678:7:18:18:15:7:19:18:15 chr10 75000739 . G A 177.29 PASS AF=0.37931;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00964271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.802;QD=12.2267;RBI=0.013356;REFB=-0.0120615;REVB=-0.00924128;RO=36;SAF=14;SAR=7;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977291;STB=0.566947;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0275912;OID=.;OPOS=75000739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:36:36:21:22:0.37931:7:14:21:15:7:15:21:15 chr10 75006804 . A G 38.43 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00904343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.543;QD=10.9791;RBI=0.0462009;REFB=-0.0154513;REVB=-0.0453072;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271446;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0149551;OID=.;OPOS=75006804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:3:5:2:4:3:5 chr10 75009107 . T A 102.27 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00259112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.756;QD=9.09076;RBI=0.00458039;REFB=-0.0129933;REVB=0.00377704;RO=32;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264441;STB=0.516104;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.017446;OID=.;OPOS=75009107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:8:5:13:19:8:5:13:19 chr10 75035257 . T C 361.06 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0217475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0855;QD=20.3414;RBI=0.0660706;REFB=0.0270589;REVB=0.0623889;RO=34;SAF=22;SAR=15;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207471;STB=0.511493;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.0238212;OID=.;OPOS=75035257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:15:22:21:13:15:22:21:13 chr10 75056863 . A C 341.45 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.00226185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.159;QD=13.3902;RBI=0.00303119;REFB=-0.00481939;REVB=-0.00201796;RO=61;SAF=23;SAR=17;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191169;STB=0.516459;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00790747;OID=.;OPOS=75056863;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:61:62:40:40:0.392157:17:23:34:27:17:23:34:28 chr10 75095253 . G A 363.26 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0578751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.089;QD=18.1628;RBI=0.0582999;REFB=-0.00382726;REVB=-0.0070246;RO=42;SAF=19;SAR=19;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671861;STB=0.53748;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00302557;OID=.;OPOS=75095253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:19:19:18:24:19:19:18:24 chr10 75148116 . A G 392.18 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0151162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.262;QD=16.8678;RBI=0.0186695;REFB=-0.0120609;REVB=-0.0109567;RO=51;SAF=21;SAR=20;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991545;STB=0.549714;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0139932;OID=.;OPOS=75148116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:51:52:41:41:0.44086:20:21:21:30:20:21:22:30 chr10 75289359 . C A 233.46 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0177063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.7;QD=16.9793;RBI=0.0177076;REFB=-0.0213907;REVB=-0.000210064;RO=29;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120689;STB=0.56797;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0215621;OID=.;OPOS=75289359;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:15:11:16:13:15:11:16:13 chr10 75451768 . A G 109.37 PASS AF=0.165354;AO=21;DP=127;FAO=21;FDP=127;FR=.;FRO=106;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=72;FWDB=0.0199619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.158;QD=3.44465;RBI=0.0199847;REFB=-0.00197917;REVB=0.000954587;RO=106;SAF=6;SAR=15;SRF=34;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525955;STB=0.534725;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00829737;OID=.;OPOS=75451768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:106:106:21:21:0.165354:15:6:34:72:15:6:34:72 chr10 75579321 . C T 186.91 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0445335;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0974;QD=10.5299;RBI=0.0456047;REFB=-0.0164135;REVB=0.00982598;RO=47;SAF=14;SAR=10;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591967;STB=0.534577;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0370834;OID=.;OPOS=75579321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:47:47:24:24:0.338028:10:14:25:22:10:14:25:22 chr10 75632760 . C T 1454.65 PASS AF=0.989362;AO=90;DP=91;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.177;QD=61.9002;RBI=0.0220845;REFB=-0.052284;REVB=-0.00719664;RO=0;SAF=33;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000120644;OID=.;OPOS=75632760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:94:0:1:90:93:0.989362:57:33:0:0:57:36:0:1 chr10 75673101 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.965;QD=58.5874;RBI=0.0145228;REFB=0;REVB=-0.00725871;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81173e-05;OID=.;OPOS=75673101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr10 75673437 . CGGGGGGGC CGGGGGGC,CGGGGGGCG 259.37 PASS AF=0.269091,0.00181818;AO=177,23;DP=559;FAO=148,1;FDP=550;FR=.;FRO=401;FSAF=83,0;FSAR=65,1;FSRF=215;FSRR=186;FWDB=0.087957,0.0385714;FXX=0.0160999;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.54667,38.4879;QD=1.88634;RBI=0.10207,0.0386918;REFB=-0.0935897,-0.0205322;REVB=0.0517859,0.00305075;RO=270;SAF=97,0;SAR=80,23;SRF=172;SRR=98;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0982102,-0.663237;STB=0.518193,0.990861;STBP=0.58,0.288;TYPE=del,mnp;VARB=0.0552524,0.0689892;OID=.,.;OPOS=75673438,75673444;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=CGGGGGGC,CGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269091,0.00181818:177,23:559:148,1:550:401:83,0:65,1:215:186:99:270:97,0:80,23:172:98 chr10 75849894 . C T 227.01 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0214858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.73;QD=13.5526;RBI=0.0477319;REFB=-0.0169265;REVB=-0.0426227;RO=40;SAF=10;SAR=17;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138948;STB=0.579486;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.016221;OID=.;OPOS=75849894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:17:10:20:20:17:10:20:20 chr10 76158251 . G A 236.31 PASS AF=0.238095;AO=35;DP=147;FAO=35;FDP=147;FR=.;FRO=112;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=69;FWDB=-0.00135894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.747;QD=6.43022;RBI=0.0269655;REFB=-0.00541588;REVB=-0.0269312;RO=110;SAF=20;SAR=15;SRF=42;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234293;STB=0.639923;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0139884;OID=.;OPOS=76158251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:110:112:35:35:0.238095:15:20:42:68:15:20:43:69 chr10 76781905 . GGAA AGAG,G 498.57 PASS AF=0.0454545,0.795455;AO=2,35;DP=45;FAO=2,35;FDP=44;FR=.;FRO=7;FSAF=1,8;FSAR=1,27;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0171164,0.0201654;FXX=0.0434688;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=104.525,191.81;QD=45.3247;RBI=0.0903903,0.083315;REFB=-0.0564503,-0.101949;REVB=0.0887549,0.0808378;RO=0;SAF=1,9;SAR=1,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.775849,0.520698;STBP=0.753,0.695;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0341288,0.0225833;OID=.,.;OPOS=76781905,76781906;OREF=GGAA,GAA;OALT=AGAG,-;OMAPALT=AGAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:43:45:44:0:7:2,35:2,35:0.0454545,0.795455:1,26:1,9:0:0:1,27:1,8:1:6 chr10 76788860 . C T 510.19 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00299609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.379;QD=23.7299;RBI=0.0150014;REFB=-0.0219573;REVB=0.0146991;RO=38;SAF=26;SAR=22;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336513;STB=0.518475;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0179877;OID=.;OPOS=76788860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:38:48:48:0.55814:22:26:19:19:22:26:19:19 chr10 76789077 . G A 463.91 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0287323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.954;QD=19.3297;RBI=0.0288701;REFB=-0.0305463;REVB=0.00281783;RO=50;SAF=18;SAR=28;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852662;STB=0.547465;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.022456;OID=.;OPOS=76789077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:50:46:46:0.479167:28:18:24:26:28:18:24:26 chr10 76790612 . TG T 304.23 PASS AF=1;AO=29;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.0427;QD=38.0286;RBI=0.10266;REFB=0;REVB=0.0949068;RO=2;SAF=17;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.464789;SSSB=0.0106369;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0039684;OID=.;OPOS=76790613;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:32:32:32:0:18:14:0:0:5:2:17:12:1:1 chr10 76803567 . T G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.829;QD=57.0007;RBI=0.0406526;REFB=0;REVB=0.0399012;RO=0;SAF=42;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184933;OID=.;OPOS=76803567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:12:42:0:0:12:42:0:0 chr10 76854564 . C T 1453.41 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.303;QD=63.1919;RBI=0.0523741;REFB=0;REVB=0.00831632;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121491;OID=.;OPOS=76854564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:49:42:0:0:49:43:0:0 chr10 76855412 . G A 405.53 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00462839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.358;QD=22.5294;RBI=0.016558;REFB=-0.0110157;REVB=0.015898;RO=32;SAF=17;SAR=23;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415777;STB=0.522879;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00838452;OID=.;OPOS=76855412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:23:17:12:20:23:17:12:20 chr10 76855421 . G A 283.97 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0153576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7731;QD=15.1448;RBI=0.0403092;REFB=0.0257785;REVB=0.037269;RO=43;SAF=12;SAR=20;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706958;STB=0.540044;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.0342703;OID=.;OPOS=76855421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:20:12:19:24:20:12:19:24 chr10 76861680 . T C 947.19 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3297;QD=58.2887;RBI=0.0636469;REFB=0;REVB=-0.0477084;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62665e-05;OID=.;OPOS=76861680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:30:34:0:0:30:35:0:0 chr10 76867899 . T C 186.19 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0214561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5001;QD=12.4128;RBI=0.0307609;REFB=-7.27127e-05;REVB=-0.0220424;RO=37;SAF=6;SAR=17;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208466;STB=0.62115;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00106988;OID=.;OPOS=76867899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:17:6:16:21:17:6:16:21 chr10 76935941 . G A 448.83 PASS AF=0.313514;AO=58;DP=185;FAO=58;FDP=185;FR=.;FRO=127;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=66;FSRR=61;FWDB=-0.00167812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.215;QD=9.7045;RBI=0.0182834;REFB=-0.0124627;REVB=-0.0182062;RO=125;SAF=22;SAR=36;SRF=65;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167819;STB=0.597476;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0265285;OID=.;OPOS=76935941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:125:127:58:58:0.313514:36:22:65:60:36:22:66:61 chr10 76990776 . A G 199.46 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0794467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.967;QD=15.6437;RBI=0.0801023;REFB=-0.00894877;REVB=-0.0102271;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120507;STB=0.568566;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0188702;OID=.;OPOS=76990776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:11:11:11:18:11:11:11:18 chr10 77807027 . T C 568.69 PASS AF=0.46875;AO=59;DP=128;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=-0.0174476;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1993;QD=17.7717;RBI=0.0201725;REFB=-0.00920033;REVB=-0.0101247;RO=68;SAF=22;SAR=37;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00539974;STB=0.508847;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0101364;OID=.;OPOS=77807027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:68:68:59:60:0.46875:37:22:25:43:37:23:25:43 chr10 78629795 . C G 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00395313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.866;QD=24.383;RBI=0.0301915;REFB=-0.0131737;REVB=0.0299316;RO=20;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692378;STB=0.527847;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0100858;OID=.;OPOS=78629795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:21:26:26:0.553191:14:12:11:9:14:12:11:10 chr10 78944590 . G A 286.22 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0172931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.83;QD=18.1724;RBI=0.0762394;REFB=-0.00326631;REVB=0.0742522;RO=32;SAF=13;SAR=18;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101816;STB=0.55671;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00439968;OID=.;OPOS=78944590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:18:13:10:22:18:13:10:22 chr10 79553803 . C T 265.36 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0879693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.673;QD=17.9907;RBI=0.0880239;REFB=-0.0304473;REVB=-0.00310004;RO=30;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156619;STB=0.508766;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0305463;OID=.;OPOS=79553803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:14:15:15:15:14:15:15:15 chr10 79569449 . G A 437.17 PASS AF=0.276786;AO=61;DP=223;FAO=62;FDP=224;FR=.;FRO=162;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=61;FSRR=101;FWDB=-0.00496767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.157;QD=7.80652;RBI=0.0126756;REFB=-0.00886887;REVB=0.0116616;RO=153;SAF=25;SAR=36;SRF=53;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816146;STB=0.532108;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0183882;OID=.;OPOS=79569449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:153:162:61:62:0.276786:36:25:53:100:36:26:61:101 chr10 79584178 . G C 130.7 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=37;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0363627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.246;QD=13.7577;RBI=0.0371726;REFB=-0.0214061;REVB=-0.00771715;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23312;STB=0.610968;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0264864;OID=.;OPOS=79584178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:23:23:14:15:0.394737:8:6:15:8:8:7:15:8 chr10 79616605 . T C 1900.21 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277204;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.093;QD=61.7954;RBI=0.0323183;REFB=0;REVB=0.0166148;RO=0;SAF=52;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24306e-05;OID=.;OPOS=79616605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:71:52:0:0:71:52:0:0 chr10 79628875 . A G 137.88 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=4;FWDB=-0.0122909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.53;QD=11.4902;RBI=0.016895;REFB=-0.00790821;REVB=0.0115921;RO=32;SAF=7;SAR=9;SRF=28;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484365;STB=0.775604;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0185881;OID=.;OPOS=79628875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:9:7:28:4:9:7:28:4 chr10 79628961 . G A 325.75 PASS AF=0.38835;AO=39;DP=103;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=0.124949;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.3483;QD=12.6505;RBI=0.126894;REFB=-0.0122353;REVB=0.0221364;RO=61;SAF=15;SAR=24;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301587;STB=0.659015;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0302197;OID=.;OPOS=79628961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:63:39:40:0.38835:24:15:41:20:24:16:42:21 chr10 79741241 . C T 248.03 PASS AF=0.300885;AO=34;DP=113;FAO=34;FDP=113;FR=.;FRO=79;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.00922297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3703;QD=8.77976;RBI=0.0330291;REFB=0.0061716;REVB=0.0317153;RO=79;SAF=11;SAR=23;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307096;STB=0.680226;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0149447;OID=.;OPOS=79741241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:79:79:34:34:0.300885:23:11:46:33:23:11:46:33 chr10 79814709 . A C 531.51 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0673217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.537;QD=22.8605;RBI=0.0678295;REFB=-0.0112857;REVB=-0.00828427;RO=43;SAF=32;SAR=18;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189722;STB=0.604527;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0107636;OID=.;OPOS=79814709;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:43:50:50:0.537634:18:32:18:25:18:32:18:25 chr10 80310465 . T C 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0351124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.795;QD=17.2298;RBI=0.0371516;REFB=0.0121209;REVB=-0.0121392;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861157;STB=0.549882;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00559556;OID=.;OPOS=80310465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:2:6:5:1:2:6:5:1 chr10 80310636 . G A 959.8 PASS AF=0.465438;AO=101;DP=217;FAO=101;FDP=217;FR=.;FRO=116;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=67;FSRR=49;FWDB=0.00228194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.882;QD=17.6922;RBI=0.0104469;REFB=-0.00783912;REVB=-0.0101946;RO=116;SAF=54;SAR=47;SRF=67;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418652;STB=0.52313;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00743013;OID=.;OPOS=80310636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:116:116:101:101:0.465438:47:54:67:49:47:54:67:49 chr10 81045207 . T C 198.4 PASS AF=0.302326;AO=26;DP=86;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0194109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.682;QD=9.22791;RBI=0.0225476;REFB=-0.00883604;REVB=-0.011472;RO=54;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107143;STB=0.51984;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0231727;OID=.;OPOS=81045207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:60:26:26:0.302326:14:12:20:34:14:12:26:34 chr10 81045280 . T C 439.74 PASS AF=0.375;AO=51;DP=137;FAO=51;FDP=136;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.0573009;FXX=0.00729874;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1001;QD=12.9336;RBI=0.0582461;REFB=0.00238666;REVB=0.0104508;RO=86;SAF=29;SAR=22;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101634;STB=0.554119;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00284874;OID=.;OPOS=81045280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:86:85:51:51:0.375:22:29:41:45:22:29:41:44 chr10 81053475 . G A 350.56 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0423965;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0411;QD=27.4945;RBI=0.044724;REFB=-0.0162259;REVB=0.0142398;RO=18;SAF=16;SAR=17;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813283;STB=0.544457;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0125595;OID=.;OPOS=81053475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:18:18:33:33:0.647059:17:16:11:7:17:16:11:7 chr10 81145701 . G C 304.4 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0122213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3419;QD=27.0577;RBI=0.0701889;REFB=-0.00431062;REVB=-0.0691167;RO=18;SAF=25;SAR=2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452805;STB=0.757326;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00262737;OID=.;OPOS=81145701;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:2:25:11:7:2:25:11:7 chr10 81192413 . G T 162.22 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0165159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.204;QD=9.01203;RBI=0.0225153;REFB=-0.00471329;REVB=-0.0153024;RO=50;SAF=10;SAR=12;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766906;STB=0.545413;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00915643;OID=.;OPOS=81192413;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:50:22:22:0.305556:12:10:26:24:12:10:26:24 chr10 81270253 . A G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0380912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.993;QD=7.46419;RBI=0.0381261;REFB=0.0145526;REVB=-0.00163046;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305792;STB=0.689165;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0122635;OID=.;OPOS=81270253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:4:3:12:5:4:3:12:5 chr10 81270319 . T A 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0113807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.527;QD=6.81336;RBI=0.0281371;REFB=0.000118312;REVB=-0.0257328;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229193;STB=0.644765;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.000864894;OID=.;OPOS=81270319;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:3:4:7:12:3:4:7:12 chr10 81274062 . C T 34.01 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0346236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9885;QD=3.88665;RBI=0.0379996;REFB=-0.0094074;REVB=0.0156582;RO=28;SAF=2;SAR=4;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431897;STB=0.771151;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0665369;OID=.;OPOS=81274062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:28:29:6:6:0.171429:4:2:20:8:4:2:20:9 chr10 81319423 . C T 784.37 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0518542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.687;QD=64.03;RBI=0.0587046;REFB=0;REVB=0.0275204;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112924;OID=.;OPOS=81319423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:27:22:0:0 chr10 81319483 . A G 655.2 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00623487;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.906;QD=62.3999;RBI=0.0196283;REFB=0;REVB=0.0186117;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147264;OID=.;OPOS=81319483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr10 81471458 . A C 101.29 PASS AF=0.254237;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0288999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2123;QD=6.86693;RBI=0.0291906;REFB=-0.00255398;REVB=-0.00410916;RO=43;SAF=5;SAR=10;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192817;STB=0.611612;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0114521;OID=.;OPOS=81471458;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:44:15:15:0.254237:10:5:21:22:10:5:21:23 chr10 81471528 . C T 168.83 PASS AF=0.226891;AO=27;DP=119;FAO=27;FDP=119;FR=.;FRO=92;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=0.00844998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.606;QD=5.6748;RBI=0.0391194;REFB=-0.000908982;REVB=-0.0381959;RO=92;SAF=5;SAR=22;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327213;STB=0.705711;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0043856;OID=.;OPOS=81471528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:92:92:27:27:0.226891:22:5:37:55:22:5:37:55 chr10 81701722 . T C 321.98 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0734279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.005;QD=13.999;RBI=0.0759635;REFB=-0.00285928;REVB=-0.0194629;RO=54;SAF=18;SAR=18;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137314;STB=0.565182;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00688661;OID=.;OPOS=81701722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:56:36:36:0.391304:18:18:20:34:18:18:22:34 chr10 81841692 . G T 304.07 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00319108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.725;QD=14.8328;RBI=0.00568215;REFB=-0.0118063;REVB=0.00470147;RO=48;SAF=12;SAR=22;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15715;STB=0.589232;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.017742;OID=.;OPOS=81841692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:22:12:24:24:22:12:24:24 chr10 81915136 . T C 1026.17 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9062;QD=59.4881;RBI=0.0476697;REFB=0;REVB=0.0117014;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000340588;OID=.;OPOS=81915136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:26:43:0:0:26:43:0:0 chr10 81917708 . A G 280.94 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0189941;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.025;QD=21.2028;RBI=0.0205826;REFB=-0.00869456;REVB=-0.00792908;RO=24;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105233;STB=0.558435;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00873161;OID=.;OPOS=81917708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:24:24:29:29:0.54717:17:12:13:11:17:12:13:11 chr10 81926702 . G A 1068.16 PASS AF=0.464135;AO=110;DP=237;FAO=110;FDP=237;FR=.;FRO=127;FSAF=77;FSAR=33;FSRF=94;FSRR=33;FWDB=-0.00324914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.499;QD=18.0281;RBI=0.017872;REFB=-0.00088136;REVB=0.0175742;RO=123;SAF=77;SAR=33;SRF=91;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463912;STB=0.526149;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0011547;OID=.;OPOS=81926702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:123:127:110:110:0.464135:33:77:91:32:33:77:94:33 chr10 82012748 . G A 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.019566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3974;QD=16.1187;RBI=0.0309024;REFB=-0.0362973;REVB=-0.0239192;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233662;STB=0.513491;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0381912;OID=.;OPOS=82012748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:3:9:10:3:3:9:10:3 chr10 82012954 . A G 254.53 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=73;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00411486;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.18;QD=14.1406;RBI=0.00843515;REFB=-0.0109642;REVB=-0.0073634;RO=42;SAF=18;SAR=11;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128185;STB=0.580098;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0293114;OID=.;OPOS=82012954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:42:42:29:30:0.416667:11:18:21:21:11:19:21:21 chr10 82012967 . G T 248.42 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00368651;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.709;QD=13.801;RBI=0.0150686;REFB=-0.0323652;REVB=-0.0146107;RO=44;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919855;STB=0.558953;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0484407;OID=.;OPOS=82012967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:44:43:29:29:0.402778:12:17:22:22:12:17:21:22 chr10 82013119 . G A 433.3 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0023081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.136;QD=18.0541;RBI=0.0228085;REFB=-0.0238277;REVB=-0.0226914;RO=51;SAF=32;SAR=12;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134155;STB=0.571395;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0252268;OID=.;OPOS=82013119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:51:52:44:44:0.458333:12:32:31:20:12:32:32:20 chr10 82013134 . C T 497.41 PASS AF=0.509804;AO=51;DP=101;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=0.0122554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.027;QD=19.5062;RBI=0.0221035;REFB=-0.0103308;REVB=0.0183948;RO=50;SAF=29;SAR=22;SRF=36;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141685;STB=0.573433;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00830235;OID=.;OPOS=82013134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:50:50:51:52:0.509804:22:29:36:14:22:30:36:14 chr10 82013146 . T C 476.51 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.0143269;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.025;QD=18.6868;RBI=0.0219533;REFB=-0.0111749;REVB=0.0166339;RO=52;SAF=29;SAR=21;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706796;STB=0.528914;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00284957;OID=.;OPOS=82013146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:52:50:50:0.490196:21:29:34:18:20:30:34:18 chr10 82033594 . G A 447.86 PASS AF=0.404762;AO=51;DP=126;FAO=51;FDP=126;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.019096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.589;QD=14.2176;RBI=0.0239525;REFB=-0.0247505;REVB=-0.014459;RO=75;SAF=30;SAR=21;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590376;STB=0.53332;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0403755;OID=.;OPOS=82033594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:75:75:51:51:0.404762:21:30:40:35:21:30:40:35 chr10 82034842 . A G 1434.12 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9363;QD=63.0384;RBI=0.060075;REFB=0;REVB=0.0505024;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065252;OID=.;OPOS=82034842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:41:48:0:0:42:49:0:0 chr10 82034854 . T C 1262.7 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00256137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.614;QD=60.8532;RBI=0.0463543;REFB=0;REVB=0.0462835;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218094;OID=.;OPOS=82034854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:81:83:1:37:44:0:0:37:46:0:0 chr10 82040052 . A G 1245.64 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5952;QD=61.513;RBI=0.0148578;REFB=0;REVB=-0.00987235;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57498e-06;OID=.;OPOS=82040052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr10 82095968 . T G 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0228095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.44;QD=49.3978;RBI=0.0234754;REFB=-0.0130862;REVB=0.00555145;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.526293;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000422616;OID=.;OPOS=82095968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:23:23:0.958333:14:9:0:0:14:9:1:0 chr10 82192713 . T A 427.98 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.034;QD=57.0634;RBI=0.0525538;REFB=0;REVB=-0.0390208;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98313e-05;OID=.;OPOS=82192713;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:16:12:0:0:16:14:0:0 chr10 82363340 . C A 579.17 PASS AF=0.424837;AO=65;DP=154;FAO=65;FDP=153;FR=.;FRO=88;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=54;FSRR=34;FWDB=0.00985089;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.752;QD=15.1417;RBI=0.0216617;REFB=-0.0246013;REVB=-0.0192921;RO=87;SAF=36;SAR=29;SRF=54;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698805;STB=0.535045;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0296525;OID=.;OPOS=82363340;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:87:88:65:65:0.424837:29:36:54:33:29:36:54:34 chr10 82363404 . A G 629.4 PASS AF=0.445161;AO=69;DP=155;FAO=69;FDP=155;FR=.;FRO=86;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=61;FSRR=25;FWDB=-0.0257565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9755;QD=16.2426;RBI=0.0310445;REFB=-0.0240953;REVB=-0.0173311;RO=86;SAF=41;SAR=28;SRF=61;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122458;STB=0.567887;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0282617;OID=.;OPOS=82363404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:86:86:69:69:0.445161:28:41:61:25:28:41:61:25 chr10 82369219 . T A 517.34 PASS AF=0.538462;AO=48;DP=90;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0164193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5012;QD=22.7402;RBI=0.10089;REFB=-0.0294853;REVB=0.0995455;RO=42;SAF=25;SAR=23;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633493;STB=0.53931;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0278191;OID=.;OPOS=82369219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:42:42:48:49:0.538462:23:25:25:17:24:25:25:17 chr10 84745256 . C T 629.67 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4002;QD=61.4315;RBI=0.0407504;REFB=0;REVB=-0.0141957;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383007;OID=.;OPOS=84745256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr10 85960395 . A G 166.4 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00635216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7585;QD=14.7913;RBI=0.00886433;REFB=-0.00666362;REVB=-0.00618275;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192366;STB=0.600384;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0218486;OID=.;OPOS=85960395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:11:7:15:11:11:7:15:12 chr10 85972043 . A G 234.65 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=3;FWDB=0.0385404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5917;QD=15.3871;RBI=0.0436489;REFB=-0.0061919;REVB=-0.0204905;RO=34;SAF=24;SAR=3;SRF=31;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603997;STB=0.533957;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0153219;OID=.;OPOS=85972043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:3:24:31:3:3:24:31:3 chr10 85974236 . T C 602.37 PASS AF=0.48062;AO=62;DP=129;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0063024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.391;QD=18.678;RBI=0.00914123;REFB=-0.0163691;REVB=-0.00662132;RO=67;SAF=28;SAR=34;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385706;STB=0.521361;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.018504;OID=.;OPOS=85974236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:67:67:62:62:0.48062:34:28:33:34:34:28:33:34 chr10 85978939 . G A 310.07 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0319257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7148;QD=13.7808;RBI=0.0516619;REFB=-0.00726965;REVB=-0.0406165;RO=55;SAF=14;SAR=21;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212812;STB=0.621077;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00865967;OID=.;OPOS=85978939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:55:35:35:0.388889:21:14:33:22:21:14:33:22 chr10 85981801 . T G 93.61 PASS AF=0.315789;AO=11;DP=37;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0296681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.313;QD=9.8536;RBI=0.0300292;REFB=0.000586224;REVB=-0.00464266;RO=24;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115879;STB=0.640759;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00107902;OID=.;OPOS=85981801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:38:24:26:11:12:0.315789:9:2:6:18:10:2:8:18 chr10 85984423 . C T 359.58 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00528724;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.738;QD=17.3291;RBI=0.00634786;REFB=-0.0189632;REVB=0.00351289;RO=44;SAF=14;SAR=24;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21455;STB=0.614536;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.023826;OID=.;OPOS=85984423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:45:38:38:0.457831:24:14:26:18:24:14:26:19 chr10 85984723 . G A 236.54 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00542527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.555;QD=15.7692;RBI=0.00554278;REFB=-0.00165712;REVB=-0.00113527;RO=33;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915618;STB=0.551686;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00234971;OID=.;OPOS=85984723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:13:14:14:19:13:14:14:19 chr10 85992478 . T C 384.12 PASS AF=0.465116;AO=39;DP=85;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0156817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.364;QD=17.8663;RBI=0.023395;REFB=-0.00920858;REVB=0.0173612;RO=46;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753536;STB=0.54812;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00960778;OID=.;OPOS=85992478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:46:46:39:40:0.465116:19:20:20:26:19:21:20:26 chr10 85992511 . T C 393.14 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0072021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6545;QD=17.0929;RBI=0.0119685;REFB=0.00396757;REVB=0.00955897;RO=49;SAF=21;SAR=20;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101073;STB=0.566335;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00601615;OID=.;OPOS=85992511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:51:41:41:0.445652:20:21:20:29:20:21:20:31 chr10 85993836 . A G 754.47 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.338;QD=56.9408;RBI=0.0162533;REFB=0;REVB=0.0115513;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7203e-05;OID=.;OPOS=85993836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:22:30:0:0:22:31:0:0 chr10 85993910 . G A 208.88 PASS AF=0.356164;AO=25;DP=72;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0179155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.718;QD=11.4455;RBI=0.0252674;REFB=-0.0117326;REVB=0.0178178;RO=47;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343892;STB=0.506844;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0287766;OID=.;OPOS=85993910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:47:47:25:26:0.356164:12:13:23:24:13:13:23:24 chr10 87359678 . A T 363.19 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=51;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=0;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=0;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2507;QD=28.4854;RBI=0.082274;REFB=-0.178741;REVB=-0.082274;RO=17;SAF=0;SAR=34;SRF=0;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0969012;OID=.;OPOS=87359678;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:17:34:34:0.666667:34:0:0:17:34:0:0:17 chr10 87362144 . G A 223.04 PASS AF=0.273504;AO=32;DP=118;FAO=32;FDP=117;FR=.;FRO=85;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=60;FWDB=0.037336;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2791;QD=7.62527;RBI=0.0373494;REFB=-0.000888572;REVB=0.00100341;RO=85;SAF=9;SAR=23;SRF=25;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191802;STB=0.511438;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00359828;OID=.;OPOS=87362144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:85:85:32:32:0.273504:23:9:25:60:23:9:25:60 chr10 88126072 . G A 272.43 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9193;QD=51.8918;RBI=0.0450889;REFB=0;REVB=-0.0422007;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000410422;OID=.;OPOS=88126072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr10 88203068 . T C 989.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.908;QD=59.0812;RBI=0.0524616;REFB=0;REVB=0.0405719;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215646;OID=.;OPOS=88203068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr10 88248288 . T C 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00911621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.974;QD=10.3903;RBI=0.0240721;REFB=-0.0041159;REVB=-0.0222792;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205271;STB=0.624653;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00559582;OID=.;OPOS=88248288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:7:4:4:3:7:4 chr10 88414570 . G A 276.11 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=-0.00129921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7764;QD=26.2965;RBI=0.00814226;REFB=-0.0203616;REVB=0.00803794;RO=16;SAF=1;SAR=24;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926853;STB=0.545415;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0149038;OID=.;OPOS=88414570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:17:25:25:0.595238:24:1:1:15:24:1:1:16 chr10 88422116 . C T 813.88 PASS AF=0.497006;AO=83;DP=166;FAO=83;FDP=167;FR=.;FRO=84;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=26;FSRR=58;FWDB=0.0196992;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.701;QD=19.4941;RBI=0.0207827;REFB=-0.0097494;REVB=0.00662277;RO=81;SAF=36;SAR=47;SRF=26;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104929;STB=0.56467;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00641278;OID=.;OPOS=88422116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:81:84:83:83:0.497006:47:36:26:55:47:36:26:58 chr10 88422151 . C A 857.13 PASS AF=0.488764;AO=87;DP=178;FAO=87;FDP=178;FR=.;FRO=91;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=60;FWDB=0.0401086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.078;QD=19.2614;RBI=0.0403075;REFB=-0.00946347;REVB=0.00399916;RO=88;SAF=44;SAR=43;SRF=29;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161103;STB=0.584228;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0151753;OID=.;OPOS=88422151;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:88:91:87:87:0.488764:43:44:29:59:43:44:31:60 chr10 88439899 . G A 283.39 PASS AF=0.526316;AO=28;DP=55;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0238061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.711;QD=19.8867;RBI=0.0274812;REFB=0.000897821;REVB=0.0137292;RO=27;SAF=19;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11762;STB=0.576418;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.000238414;OID=.;OPOS=88439899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:27:27:28:30:0.526316:9:19:15:12:9:21:15:12 chr10 88683890 . T A 651.74 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00283948;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.094;QD=60.627;RBI=0.00499435;REFB=0;REVB=0.00410863;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00517152;OID=.;OPOS=88683890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:22:19:0:0:22:21:0:0 chr10 88702350 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0778384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6803;QD=56.1914;RBI=0.0888968;REFB=0;REVB=0.0429398;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165837;OID=.;OPOS=88702350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr10 88717140 . T A 1980.6 PASS AF=1;AO=124;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0051049;FXX=0.0230751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4431;QD=62.3811;RBI=0.0386063;REFB=0;REVB=0.0382673;RO=0;SAF=93;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00511e-05;OID=.;OPOS=88717140;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:124:127:1:31:93:0:0:34:93:0:0 chr10 88717154 . C T 1907.35 PASS AF=0.976923;AO=125;DP=130;FAO=127;FDP=130;FR=.;FRO=3;FSAF=91;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0206744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.833;QD=58.6877;RBI=0.047398;REFB=-0.128613;REVB=0.0426514;RO=4;SAF=91;SAR=34;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526768;STB=0.519997;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.000614955;OID=.;OPOS=88717154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:130:130:4:3:125:127:0.976923:34:91:0:4:36:91:0:3 chr10 88730106 . C T 255.58 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3215;QD=51.1152;RBI=0.146088;REFB=0;REVB=0.0382643;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00577514;OID=.;OPOS=88730106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr10 88730177 . A G 408.8 PASS AF=1;AO=24;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.999;QD=56.3856;RBI=0.079473;REFB=0;REVB=0.0783805;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00484584;OID=.;OPOS=88730177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:24:29:1:15:9:0:0:19:10:0:0 chr10 88730312 . T C 778.41 PASS AF=1;AO=54;DP=57;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408966;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4813;QD=56.6116;RBI=0.0320026;REFB=0;REVB=0.0317402;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617647;OID=.;OPOS=88730312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:55:0:0:54:55:1:25:29:0:0:26:29:0:0 chr10 88768253 . A G 809.88 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00149399;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.675;QD=57.8488;RBI=0.0289539;REFB=0;REVB=0.0289154;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322009;OID=.;OPOS=88768253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr10 88768657 . C T 1472.52 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3824;QD=63.334;RBI=0.0406068;REFB=0;REVB=0.00724959;RO=0;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265755;OID=.;OPOS=88768657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:52:41:0:0:52:41:0:0 chr10 88782084 . A G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7857;QD=55.0947;RBI=0.0543471;REFB=0;REVB=-0.00936156;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000669175;OID=.;OPOS=88782084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr10 88820520 . G A 347.77 PASS AF=0.303226;AO=48;DP=156;FAO=47;FDP=155;FR=.;FRO=108;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=58;FSRR=50;FWDB=0.0042315;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.983;QD=8.97469;RBI=0.0304224;REFB=0.00285643;REVB=0.0301266;RO=108;SAF=26;SAR=22;SRF=58;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00553866;STB=0.503584;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00704523;OID=.;OPOS=88820520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:108:108:48:47:0.303226:22:26:58:50:22:25:58:50 chr10 88820789 . T C 1580.98 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0574555;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.201;QD=59.6595;RBI=0.0587164;REFB=0;REVB=0.0121029;RO=0;SAF=62;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44306e-05;OID=.;OPOS=88820789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:43:62:0:0:43:63:0:0 chr10 88917856 . C T 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0840896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8375;QD=18.4834;RBI=0.104775;REFB=0.0121138;REVB=-0.0625032;RO=21;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955612;STB=0.554319;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.0169833;OID=.;OPOS=88917856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:8:11:10:11:8:11:10:11 chr10 88988115 . G A 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00581849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.133;QD=18.251;RBI=0.0145561;REFB=-0.0255551;REVB=-0.0133426;RO=14;SAF=9;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318287;STB=0.692071;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0354878;OID=.;OPOS=88988115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:6:9:3:11:6:9:3:12 chr10 89265041 . C T 190.27 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0177306;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.436;QD=9.28134;RBI=0.0427359;REFB=-0.00743951;REVB=0.0388842;RO=57;SAF=10;SAR=15;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286988;STB=0.668118;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0275094;OID=.;OPOS=89265041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:57:57:25:25:0.304878:15:10:37:20:15:10:37:20 chr10 89267957 . C T 2034.51 PASS AF=0.985075;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0154086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.787;QD=60.7318;RBI=0.0173536;REFB=-0.0864089;REVB=-0.00798257;RO=2;SAF=70;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133849;STB=0.507041;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=5.02813e-06;OID=.;OPOS=89267957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:134:2:2:132:132:0.985075:62:70:2:0:62:70:2:0 chr10 89420789 . A G 465.62 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0310136;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.582;QD=16.482;RBI=0.0310144;REFB=-0.00904679;REVB=-0.000224915;RO=62;SAF=20;SAR=31;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763765;STB=0.542677;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0111068;OID=.;OPOS=89420789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:62:62:51:51:0.451327:31:20:29:33:31:20:29:33 chr10 89527413 . T G 238.18 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0188703;FXX=0.0119033;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.665;QD=11.4783;RBI=0.0211577;REFB=-0.0132824;REVB=-0.00956867;RO=53;SAF=10;SAR=19;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062014;STB=0.543797;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.02137;OID=.;OPOS=89527413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:53:54:29:29:0.349398:19:10:21:32:19:10:22:32 chr10 89720811 . CA CAA,C 242.25 PASS AF=0.209184,0.387755;AO=47,72;DP=200;FAO=41,76;FDP=196;FR=.;FRO=79;FSAF=16,31;FSAR=25,45;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=-0.0931682,0.0918605;FXX=0.019999;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.87526,9.94186;QD=4.94394;RBI=0.108479,0.108558;REFB=-0.063187,0.0633486;REVB=0.0555652,-0.0578481;RO=68;SAF=19,27;SAR=28,45;SRF=30;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0.378906;SSSB=-0.0397875,-0.0612334;STB=0.527413,0.511808;STBP=0.682,0.78;TYPE=ins,del;VARB=0.0220768,0.0313068;OID=.,.;OPOS=89720812,89720812;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=CAA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.209184,0.387755:47,72:200:41,76:196:79:16,31:25,45:34:45:99:68:19,27:28,45:30:38 chr10 89720907 . T G 1099.48 PASS AF=0.448669;AO=117;DP=261;FAO=118;FDP=263;FR=.;FRO=145;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=65;FSRR=80;FWDB=0.0414713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9267;QD=16.7221;RBI=0.0416103;REFB=0.000517323;REVB=-0.00339872;RO=144;SAF=49;SAR=68;SRF=65;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331045;STB=0.518623;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.000604439;OID=.;OPOS=89720907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:263:144:145:117:118:0.448669:68:49:65:79:69:49:65:80 chr10 90305177 . C T 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0427287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.283;QD=4.81045;RBI=0.0461194;REFB=-0.0157389;REVB=-0.0173568;RO=23;SAF=1;SAR=5;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.609472;STB=0.890032;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0278608;OID=.;OPOS=90305177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:5:1:17:6:5:1:17:6 chr10 90342837 . C G 2591.39 PASS AF=0.982659;AO=170;DP=173;FAO=170;FDP=173;FR=.;FRO=3;FSAF=84;FSAR=86;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0503856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2328;QD=59.9166;RBI=0.0537607;REFB=-0.0616123;REVB=0.0187485;RO=2;SAF=84;SAR=86;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000130223;STB=0.502992;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00130306;OID=.;OPOS=90342837;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:173:173:2:3:170:170:0.982659:86:84:1:1:86:84:2:1 chr10 90356598 . A G 1472.43 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00774135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9168;QD=63.3302;RBI=0.0281607;REFB=0;REVB=-0.0270757;RO=0;SAF=25;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.91306e-05;OID=.;OPOS=90356598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:67:25:0:0:67:26:0:0 chr10 90425327 . T C 467.7 PASS AF=0.408;AO=51;DP=125;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=41;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.0244009;FXX=0.0808764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.374;QD=14.9664;RBI=0.0244707;REFB=-0.00726939;REVB=0.0018464;RO=74;SAF=41;SAR=10;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319715;STB=0.68246;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0160121;OID=.;OPOS=90425327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:74:74:51:51:0.408:10:41:41:33:10:41:41:33 chr10 90429652 . A G 292.39 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00533154;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.57;QD=14.6194;RBI=0.00543422;REFB=-0.00982717;REVB=-0.00105138;RO=47;SAF=17;SAR=16;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151079;STB=0.585316;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00873735;OID=.;OPOS=90429652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:16:17:31:16:16:17:31:16 chr10 90433345 . T A 353.73 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.00347058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.17;QD=18.6176;RBI=0.010131;REFB=-0.0031656;REVB=-0.00951801;RO=39;SAF=22;SAR=15;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12127;STB=0.567287;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00390292;OID=.;OPOS=90433345;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:15:22:28:11:15:22:28:11 chr10 90438207 . A G 515.73 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0235275;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.327;QD=20.0282;RBI=0.0258852;REFB=-0.0110549;REVB=0.0107934;RO=47;SAF=33;SAR=20;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152925;STB=0.571079;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0125747;OID=.;OPOS=90438207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:47:50:53:53:0.514563:20:33:21:26:20:33:24:26 chr10 90490921 . G A 245.27 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0108943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.03;QD=13.2581;RBI=0.0135807;REFB=-0.00700063;REVB=-0.00810861;RO=44;SAF=7;SAR=22;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302699;STB=0.669339;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00858316;OID=.;OPOS=90490921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:45:29:29:0.391892:22:7:22:22:22:7:22:23 chr10 90503075 . T C 338.13 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00460466;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.35;QD=14.8628;RBI=0.00612963;REFB=-0.00251371;REVB=0.00404591;RO=55;SAF=19;SAR=18;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00466195;STB=0.502971;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00418797;OID=.;OPOS=90503075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:55:54:37:37:0.406593:18:19:28:27:18:19:28:26 chr10 90512306 . G C 429.33 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0537018;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.869;QD=22.017;RBI=0.060313;REFB=-0.0076433;REVB=0.0274549;RO=36;SAF=21;SAR=21;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930241;STB=0.551258;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00511236;OID=.;OPOS=90512306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:21:21:14:22:21:21:14:22 chr10 90524237 . T C 440.84 PASS AF=0.530864;AO=40;DP=80;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00107273;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.507;QD=21.7701;RBI=0.0279931;REFB=-0.0103599;REVB=0.0279725;RO=37;SAF=10;SAR=30;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187715;STB=0.60932;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0092694;OID=.;OPOS=90524237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:37:38:40:43:0.530864:30:10:16:21:33:10:16:22 chr10 90530660 . C A 579.95 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=135;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.103284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5678;QD=17.1836;RBI=0.109091;REFB=0.024532;REVB=-0.0351168;RO=74;SAF=32;SAR=29;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109203;STB=0.506081;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.0393774;OID=.;OPOS=90530660;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:74:74:61:61:0.451852:29:32:38:36:29:32:38:36 chr10 90537942 . C T 676.5 PASS AF=0.540984;AO=66;DP=123;FAO=66;FDP=122;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0300035;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5348;QD=22.1804;RBI=0.030027;REFB=0.0163916;REVB=0.0011888;RO=57;SAF=32;SAR=34;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0053936;STB=0.501243;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.0118905;OID=.;OPOS=90537942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:57:56:66:66:0.540984:34:32:28:29:34:32:27:29 chr10 90749256 . G A 1271.99 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153815;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.236;QD=61.3009;RBI=0.0372247;REFB=0;REVB=0.0338982;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29574e-05;OID=.;OPOS=90749256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:81:83:1:32:49:0:0:33:50:0:0 chr10 90771829 . T C 539.29 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0162616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.916;QD=55.3119;RBI=0.0388996;REFB=-0.143286;REVB=-0.0353375;RO=1;SAF=15;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301944;STB=0.531233;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00490726;OID=.;OPOS=90771829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:38:39:1:2:37:37:0.948718:22:15:1:0:22:15:2:0 chr10 90966546 . C T 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0371853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.766;QD=20.2681;RBI=0.0401428;REFB=-0.0399393;REVB=0.0151226;RO=21;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252247;STB=0.64113;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0273043;OID=.;OPOS=90966546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:11:10:16:5:11:10:16:5 chr10 90966996 . C G 117.73 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0474939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9103;QD=12.3929;RBI=0.0532571;REFB=-0.00766067;REVB=-0.0240968;RO=24;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363284;STB=0.71398;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0151666;OID=.;OPOS=90966996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:4:10:9:15:4:10:9:15 chr10 91007339 . C T 284.1 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0711093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.047;QD=15.1522;RBI=0.0775489;REFB=-0.00689118;REVB=0.0309403;RO=42;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055294;STB=0.537861;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00427866;OID=.;OPOS=91007339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:43:32:32:0.426667:15:17:20:22:15:17:20:23 chr10 91007360 . T G 308.85 PASS AF=0.533333;AO=28;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0217553;FXX=0.0624902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.892;QD=20.5902;RBI=0.0218446;REFB=-0.0210118;REVB=-0.00197257;RO=31;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117192;STB=0.51265;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0135196;OID=.;OPOS=91007360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:28:28:32:0.533333:17:11:16:15:18:14:13:15 chr10 91066380 . C T 149.53 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00969045;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4806;QD=9.49414;RBI=0.0139713;REFB=-0.00395454;REVB=-0.0100644;RO=43;SAF=13;SAR=7;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265872;STB=0.657032;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0110299;OID=.;OPOS=91066380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:43:43:20:20:0.31746:7:13:18:25:7:13:18:25 chr10 91066460 . T A 958.4 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0074084;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.69;QD=58.9787;RBI=0.00986785;REFB=0;REVB=0.00651844;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39514e-06;OID=.;OPOS=91066460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr10 91066769 . C A 1008.45 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.924;QD=59.3207;RBI=0.0159446;REFB=0;REVB=-0.00244547;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43587e-05;OID=.;OPOS=91066769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr10 91067595 . C G 2198.64 PASS AF=1;AO=124;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=84;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.127;QD=62.8182;RBI=0.027489;REFB=0;REVB=-7.05321e-05;RO=0;SAF=72;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580047;OID=.;OPOS=91067595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:124:140:1:52:72:0:0:56:84:0:0 chr10 91099943 . C G 1133.01 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.597;QD=60.4272;RBI=0.053811;REFB=0;REVB=0.0523854;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152506;OID=.;OPOS=91099943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:31:43:0:0:32:43:0:0 chr10 91100068 . C A 426.79 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.614;QD=56.9059;RBI=0.0336198;REFB=0;REVB=0.02862;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189968;OID=.;OPOS=91100068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:15:13:0:0:16:14:0:0 chr10 91143529 . T A 1396.42 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.097;QD=62.7606;RBI=0.0276147;REFB=0;REVB=0.0273171;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00505e-05;OID=.;OPOS=91143529;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:41:48:0:0:41:48:0:0 chr10 91162497 . A G 503.28 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438183;FXX=0.0285633;HRUN=6;LEN=1;MLLD=283.3;QD=59.2099;RBI=0.0459927;REFB=0;REVB=0.0139742;RO=0;SAF=7;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54276e-05;OID=.;OPOS=91162497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:27:7:0:0:27:7:0:0 chr10 91162566 . C T 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0940442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4846;QD=10.9407;RBI=0.0942061;REFB=-0.014988;REVB=-0.00552151;RO=20;SAF=2;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296904;STB=0.681445;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0456433;OID=.;OPOS=91162566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:9:2:8:12:9:2:8:12 chr10 91162677 . C T 556.8 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00207489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1397;QD=60.194;RBI=0.036249;REFB=0;REVB=-0.0361895;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220465;OID=.;OPOS=91162677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr10 91172555 . AAG A,AA,AAA 444.34 PASS AF=0,1,0;AO=6,22,3;DP=31;FAO=0,31,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15,0;FSAR=0,16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175965,0.0213,0.0222083;FXX=0;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=231.234,246.471,235.532;QD=57.3346;RBI=0.0269933,0.0306911,0.0298123;REFB=0,0,0;REVB=0.0204695,0.0220964,0.0198888;RO=0;SAF=2,13,0;SAR=4,9,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-5.2029e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.00058153,-0.0555052;OID=.,.,.;OPOS=91172556,91172557,91172557;OREF=AG,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:6,22,3:31:0,31,0:31:0:0,15,0:0,16,0:0:0:4:0:2,13,0:4,9,3:0:0 chr10 91178000 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.749;QD=56.9382;RBI=0.0257891;REFB=0;REVB=-0.00369244;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35888e-05;OID=.;OPOS=91178000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr10 91222287 . A C 271.75 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.000559879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9909;QD=12.4942;RBI=0.0213494;REFB=-0.0189482;REVB=-0.0213421;RO=55;SAF=13;SAR=19;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133963;STB=0.576958;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0325885;OID=.;OPOS=91222287;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:32:32:0.367816:19:13:29:26:19:13:29:26 chr10 91352966 . G A 1826.3 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303884;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9518;QD=61.3881;RBI=0.045838;REFB=0;REVB=0.0343171;RO=0;SAF=70;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0618e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89604e-05;OID=.;OPOS=91352966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:49:70:0:0:49:70:0:0 chr10 91404448 . C G 49.31 PASS AF=0.538462;AO=6;DP=12;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00470979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.459;QD=15.1726;RBI=0.0444683;REFB=-0.0481799;REVB=0.0442182;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45721;STB=0.788535;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0542134;OID=.;OPOS=91404448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:12:13:6:6:6:7:0.538462:5:1:4:2:6:1:4:2 chr10 91468925 . C G 185.67 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0092462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.58;QD=20.0721;RBI=0.0117213;REFB=-0.00494799;REVB=0.00720391;RO=18;SAF=4;SAR=14;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674884;STB=0.509081;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00379756;OID=.;OPOS=91468925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:18:19:0.513514:14:4:5:13:14:5:5:13 chr10 91470834 . A C 162.78 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0636235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9134;QD=13.0226;RBI=0.0757413;REFB=-0.029156;REVB=0.0410949;RO=32;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00471816;STB=0.502759;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0638614;OID=.;OPOS=91470834;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:13:5:9:23:13:5:9:23 chr10 91484780 . G A 508.21 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0120573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.11;QD=20.7433;RBI=0.0142174;REFB=-0.00867861;REVB=-0.00753357;RO=49;SAF=23;SAR=26;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0103584;OID=.;OPOS=91484780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:26:23:23:26:26:23:23:26 chr10 91487649 . A T 364.28 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0126702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0667;QD=21.1179;RBI=0.0180086;REFB=-0.028992;REVB=0.0127975;RO=32;SAF=20;SAR=17;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138099;STB=0.576283;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0206096;OID=.;OPOS=91487649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:17:20:12:20:17:20:12:20 chr10 91488979 . A T 393.46 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0170224;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.826;QD=14.7087;RBI=0.01725;REFB=-0.01283;REVB=0.00279272;RO=62;SAF=24;SAR=21;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149754;STB=0.584122;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0138756;OID=.;OPOS=91488979;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:62:62:45:45:0.420561:21:24:24:38:21:24:24:38 chr10 91497631 . T A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00684497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.715;QD=17.8276;RBI=0.00751685;REFB=0.00899306;REVB=-0.00310635;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279912;STB=0.516102;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.00852248;OID=.;OPOS=91497631;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:8:4:4:7:8:4:4:7 chr10 91497902 . C CTAAAAG 548.35 PASS AF=0.392638;AO=63;DP=165;FAO=64;FDP=163;FR=.;FRO=99;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=-0.0010406;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=6;MLLD=279.273;QD=13.4565;RBI=0.00113886;REFB=-0.0133906;REVB=-0.000462765;RO=100;SAF=21;SAR=42;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167189;STB=0.594399;STBP=0.057;TYPE=ins;VARB=0.0162081;OID=.;OPOS=91497903;OREF=-;OALT=TAAAAG;OMAPALT=CTAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392638:63:165:64:163:99:21:43:47:52:99:100:21:42:48:52 chr10 91498127 . T C 632.81 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4068;QD=61.7374;RBI=0.0636841;REFB=0;REVB=-0.00703343;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588994;OID=.;OPOS=91498127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:16:24:0:0:16:25:0:0 chr10 91498254 . A G 308.27 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0326151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.083;QD=28.0247;RBI=0.0330898;REFB=-0.000376963;REVB=0.00558501;RO=16;SAF=15;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121677;STB=0.577832;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00104923;OID=.;OPOS=91498254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:17:27:27:0.613636:12:15:6:10:12:15:6:11 chr10 91498318 . A G 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0265185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.982;QD=26.3988;RBI=0.026638;REFB=-0.00654409;REVB=-0.00252116;RO=10;SAF=12;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299269;STB=0.666481;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00742128;OID=.;OPOS=91498318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:6:12:2:8:6:12:2:8 chr10 91503660 . A G 315.16 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0050454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.567;QD=25.2127;RBI=0.00590811;REFB=-0.00300416;REVB=0.00307405;RO=22;SAF=19;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152;STB=0.584553;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00344661;OID=.;OPOS=91503660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:9:19:11:11:9:19:11:11 chr10 91738556 . C A 1552.19 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0545794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0348;QD=58.0259;RBI=0.0547463;REFB=-0.0259967;REVB=0.00427081;RO=1;SAF=44;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771683;STB=0.505617;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00197757;OID=.;OPOS=91738556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:105:106:0.990654:61:44:0:1:62:44:1:0 chr10 91923501 . G A 1270.09 PASS AF=0.988095;AO=84;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0156769;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2107;QD=60.4805;RBI=0.0433396;REFB=0.105098;REVB=-0.040405;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.505375;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000162005;OID=.;OPOS=91923501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:0:1:84:83:0.988095:47:37:0:0:46:37:0:1 chr10 92456074 . C T 1511.29 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798129;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.473;QD=59.8532;RBI=0.0283833;REFB=0;REVB=-0.027238;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167184;OID=.;OPOS=92456074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:99:101:1:51:48:0:0:53:48:0:0 chr10 92456132 . T C 1705.96 PASS AF=0.967742;AO=116;DP=124;FAO=120;FDP=124;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0260574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.751;QD=55.031;RBI=0.0320532;REFB=-0.147741;REVB=0.0186661;RO=2;SAF=52;SAR=64;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179125;STB=0.506276;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00142139;OID=.;OPOS=92456132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:124:124:2:4:116:120:0.967742:64:52:2:0:67:53:1:3 chr10 92508827 . C T 195.77 PASS AF=0.387097;AO=23;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0114255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1595;QD=12.6301;RBI=0.0194697;REFB=0.000124653;REVB=0.0157647;RO=38;SAF=13;SAR=10;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423775;STB=0.509452;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.000121753;OID=.;OPOS=92508827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:38:38:23:24:0.387097:10:13:20:18:11:13:20:18 chr10 92654561 . T C 267.08 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0261359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2942;QD=20.1569;RBI=0.0269242;REFB=-0.017569;REVB=-0.00646749;RO=25;SAF=18;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176122;STB=0.598266;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00771089;OID=.;OPOS=92654561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:10:18:11:14:10:18:11:14 chr10 93667635 . C T 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.444;QD=60.5473;RBI=0.0352256;REFB=0;REVB=0.0117935;RO=0;SAF=50;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65682e-05;OID=.;OPOS=93667635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:25:50:0:0:25:50:0:0 chr10 93809657 . GA G 83.76 PASS AF=0.319149;AO=44;DP=141;FAO=45;FDP=141;FR=.;FRO=96;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0215873;FXX=0.013985;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.05472;QD=2.37614;RBI=0.0354182;REFB=-0.0304146;REVB=0.0280791;RO=74;SAF=25;SAR=19;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148719;STB=0.515633;STBP=0.83;TYPE=del;VARB=-0.00767152;OID=.;OPOS=93809658;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.319149:44:141:45:141:96:24:21:49:47:83:74:25:19:32:42 chr10 93841227 . A G 1339.78 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.042;QD=62.3155;RBI=0.124565;REFB=0;REVB=0.0281408;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275916;OID=.;OPOS=93841227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:52:33:0:0:53:33:0:0 chr10 93999850 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.004;QD=33.4285;RBI=0.0891405;REFB=0;REVB=0.0878622;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00091919;OID=.;OPOS=93999850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr10 94397295 . A T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.024304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.478;QD=14.6657;RBI=0.0247705;REFB=0.00736899;REVB=-0.00478467;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385756;STB=0.522358;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.00909468;OID=.;OPOS=94397295;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:7:8:12:9:7:8:12:9 chr10 94594565 . G A 343.97 PASS AF=0.440476;AO=36;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0417782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6627;QD=16.3794;RBI=0.0417783;REFB=0.0062125;REVB=-9.55387e-05;RO=46;SAF=18;SAR=18;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216625;STB=0.513506;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0114781;OID=.;OPOS=94594565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:47:36:37:0.440476:18:18:22:24:18:19:23:24 chr10 94695617 . C T 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.931;QD=59.1422;RBI=0.00497805;REFB=0;REVB=0.00286815;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33018e-05;OID=.;OPOS=94695617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr10 95072906 . T C 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.25;QD=62.3138;RBI=0.0232453;REFB=0;REVB=0.00574853;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1638e-05;OID=.;OPOS=95072906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:40:46:0:0:40:46:0:0 chr10 95168634 . A G 346.84 PASS AF=0.352459;AO=43;DP=122;FAO=43;FDP=122;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.0180577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3472;QD=11.3717;RBI=0.0207216;REFB=-0.0126471;REVB=-0.0101639;RO=79;SAF=23;SAR=20;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179939;STB=0.510324;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0326818;OID=.;OPOS=95168634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:79:79:43:43:0.352459:20:23:41:38:20:23:41:38 chr10 95237963 . A G 3066.06 PASS AF=0.984848;AO=195;DP=198;FAO=195;FDP=198;FR=.;FRO=3;FSAF=78;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0274804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2025;QD=61.9407;RBI=0.0363487;REFB=0.00925005;REVB=-0.0237919;RO=3;SAF=78;SAR=117;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012053;STB=0.506328;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.000936093;OID=.;OPOS=95237963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:198:198:3:3:195:195:0.984848:117:78:0:3:117:78:0:3 chr10 95259979 . C G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0780096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6866;QD=12.7913;RBI=0.0818476;REFB=-0.006602;REVB=-0.0247696;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277372;STB=0.661437;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00606146;OID=.;OPOS=95259979;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:6:8:7:16:6:8:7:16 chr10 95262981 . A G 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4667;QD=60.226;RBI=0.125742;REFB=0;REVB=0.114684;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024992;OID=.;OPOS=95262981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr10 95276742 . G C 1269.73 PASS AF=0.287356;AO=74;DP=266;FAO=75;FDP=261;FR=.,HEALED;FRO=126;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=81;FSRR=45;FWDB=0.00391776;FXX=0.0150938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.846;QD=19.4594;RBI=0.0285275;REFB=0.00493386;REVB=0.0282572;RO=127;SAF=39;SAR=35;SRF=82;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134113;STB=0.569585;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00326784;OID=.;OPOS=95276742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:261:127:126:74:75:0.287356:35:39:82:45:35:40:81:45 chr10 95276744 . A C 362.63 PASS AF=0.227106;AO=62;DP=245;FAO=62;FDP=273;FR=.;FRO=211;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=127;FSRR=84;FWDB=-0.028085;FXX=0.0036495;HRUN=7;LEN=1;MLLD=35.2158;QD=5.31329;RBI=0.0290465;REFB=-0.0110668;REVB=0.00741193;RO=183;SAF=34;SAR=28;SRF=101;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00445959;STB=0.542074;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0540364;OID=.;OPOS=95276744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:273:183:211:62:62:0.227106:28:34:101:82:28:34:127:84 chr10 95279653 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00618567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.253;QD=56.9567;RBI=0.0396878;REFB=0;REVB=0.0392028;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254461;OID=.;OPOS=95279653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr10 95288874 . A G 484.81 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00204348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.322;QD=21.0789;RBI=0.0253931;REFB=-0.0100109;REVB=0.0253108;RO=45;SAF=26;SAR=21;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177222;STB=0.5098;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00994127;OID=.;OPOS=95288874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:21:26:24:21:21:26:24:21 chr10 95326676 . C T 212.28 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0431527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.196;QD=27.391;RBI=0.0564749;REFB=-0.0104729;REVB=0.0364316;RO=11;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873047;STB=0.548339;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00215783;OID=.;OPOS=95326676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:10:10:7:4:10:10:7:4 chr10 95381773 . T A 1208.08 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196909;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.089;QD=61.1687;RBI=0.0251749;REFB=0;REVB=0.0156858;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1879e-05;OID=.;OPOS=95381773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr10 95389041 . G A 1362.0 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102553;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.103;QD=62.6205;RBI=0.0102687;REFB=0;REVB=-0.00052439;RO=0;SAF=53;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19873e-05;OID=.;OPOS=95389041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:34:53:0:0:34:53:0:0 chr10 95389083 . A G 1172.01 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.494;QD=60.8835;RBI=0.018351;REFB=0;REVB=0.00841996;RO=0;SAF=51;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94701e-05;OID=.;OPOS=95389083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:25:51:0:0:25:52:0:0 chr10 95395364 . C G 638.9 PASS AF=0.907407;AO=49;DP=54;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00252937;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.746;QD=47.3256;RBI=0.00647395;REFB=0.033753;REVB=0.00595939;RO=5;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10895;STB=0.558115;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00222997;OID=.;OPOS=95395364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:54:54:5:5:49:49:0.907407:19:30:0:5:19:30:0:5 chr10 95431668 . A G 214.35 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0200681;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.856;QD=12.7967;RBI=0.020296;REFB=-0.00417089;REVB=-0.00303268;RO=41;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130811;STB=0.574711;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0490685;OID=.;OPOS=95431668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:14:12:14:27:14:12:14:27 chr10 95433124 . A G 113.56 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=0.000344877;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.926;QD=7.96896;RBI=0.00382496;REFB=-0.00394105;REVB=0.00380938;RO=41;SAF=2;SAR=14;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202469;STB=0.625834;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00791248;OID=.;OPOS=95433124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:41:41:16:16:0.280702:14:2:9:32:14:2:9:32 chr10 95454681 . G C 367.83 PASS AF=0.40566;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.016096;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.809;QD=13.8802;RBI=0.0288472;REFB=-0.0163479;REVB=-0.0239392;RO=63;SAF=12;SAR=31;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176809;STB=0.600547;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0312473;OID=.;OPOS=95454681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:63:63:43:43:0.40566:31:12:27:36:31:12:27:36 chr10 95458141 . A G 545.27 PASS AF=0.588235;AO=49;DP=85;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.000258824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.008;QD=25.6596;RBI=0.00164533;REFB=-0.0184595;REVB=0.00162485;RO=35;SAF=19;SAR=30;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548402;STB=0.524262;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0177845;OID=.;OPOS=95458141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:35:35:49:50:0.588235:30:19:16:19:30:20:16:19 chr10 95459817 . C T 782.75 PASS AF=0.439153;AO=83;DP=189;FAO=83;FDP=189;FR=.;FRO=106;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=53;FSRR=53;FWDB=-0.00556402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2288;QD=16.5661;RBI=0.0223742;REFB=-0.0265309;REVB=-0.0216713;RO=106;SAF=41;SAR=42;SRF=53;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606947;STB=0.503378;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0242242;OID=.;OPOS=95459817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:106:106:83:83:0.439153:42:41:53:53:42:41:53:53 chr10 95552653 . T C 1036.05 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00894436;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.436;QD=56.7698;RBI=0.0282052;REFB=-0.154685;REVB=0.0267494;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511108;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00197142;OID=.;OPOS=95552653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:0:2:71:71:0.972603:44:27:0:0:44:27:0:2 chr10 95791613 . T C 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00391306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.883;QD=10.4741;RBI=0.00429823;REFB=0.00183761;REVB=-0.0017784;RO=37;SAF=9;SAR=10;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447508;STB=0.526288;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00288724;OID=.;OPOS=95791613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:10:9:19:18:10:9:19:18 chr10 95791763 . G A 454.37 PASS AF=0.471154;AO=48;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.000307726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.833;QD=17.4758;RBI=0.00621982;REFB=-0.00576813;REVB=-0.0062122;RO=54;SAF=33;SAR=15;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321299;STB=0.673399;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00786777;OID=.;OPOS=95791763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:55:48:49:0.471154:15:33:19:35:16:33:19:36 chr10 95849027 . C T 215.21 PASS AF=0.267241;AO=31;DP=117;FAO=31;FDP=116;FR=.;FRO=85;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.0363997;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.877;QD=7.42115;RBI=0.0397776;REFB=-0.0149713;REVB=-0.0160412;RO=85;SAF=13;SAR=18;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491207;STB=0.529393;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0356338;OID=.;OPOS=95849027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:85:85:31:31:0.267241:18:13:39:46:18:13:39:46 chr10 96039597 . G C 1161.75 PASS AF=1;AO=61;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.089;QD=61.1448;RBI=0.15118;REFB=0;REVB=0.149928;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554422;OID=.;OPOS=96039597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:61:76:1:30:31:0:0:45:31:0:0 chr10 96058298 . C T 373.41 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0254768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.531;QD=15.3984;RBI=0.0261639;REFB=-0.00289829;REVB=0.00595683;RO=57;SAF=19;SAR=21;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533234;STB=0.530124;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00491465;OID=.;OPOS=96058298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:57:40:40:0.412371:21:19:30:27:21:19:30:27 chr10 96066341 . A G 501.79 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.00447939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.114;QD=18.5847;RBI=0.00981418;REFB=0.0077034;REVB=0.00873231;RO=55;SAF=27;SAR=26;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11723;STB=0.564797;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00746485;OID=.;OPOS=96066341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:26:27:35:20:26:27:35:20 chr10 96106240 . G C 235.93 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00759695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.406;QD=17.4765;RBI=0.0182081;REFB=-0.0322486;REVB=-0.0165475;RO=28;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953341;STB=0.561356;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00843956;OID=.;OPOS=96106240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:25:26:0.481481:15:10:14:14:16:10:14:14 chr10 96122543 . A G 382.72 PASS AF=0.616667;AO=36;DP=59;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.013642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4858;QD=25.5148;RBI=0.0262929;REFB=-0.00242699;REVB=0.0224769;RO=23;SAF=22;SAR=14;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217329;STB=0.610505;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00214683;OID=.;OPOS=96122543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:23:23:36:37:0.616667:14:22:7:16:15:22:7:16 chr10 96352263 . GA AG,G 69.09 PASS AF=0,0.428571;AO=6,30;DP=73;FAO=0,30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=0,15;FSAR=0,15;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0793824,0.0604948;FXX=0.0666578;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=17.2067,6.91973;QD=3.94777;RBI=0.256689,0.239952;REFB=-0.0479961,-0.157497;REVB=-0.244106,-0.232201;RO=30;SAF=2,15;SAR=4,15;SRF=18;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.309522,-0.0895679;STB=0.5,0.514276;STBP=1,0.859;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.156314;OID=.,.;OPOS=96352263,96352264;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:69:73:70:30:40:6,30:0,30:0,0.428571:4,15:2,15:18:12:0,15:0,15:21:19 chr10 96493058 . C T 425.81 PASS AF=0.538462;AO=41;DP=77;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0207477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.177;QD=21.8362;RBI=0.0507027;REFB=-0.000460129;REVB=-0.0462634;RO=35;SAF=20;SAR=21;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117295;STB=0.574692;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.000445198;OID=.;OPOS=96493058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:35:36:41:42:0.538462:21:20:22:13:22:20:23:13 chr10 96541616 . G A 301.85 PASS AF=0.5;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0136026;FXX=0.0447694;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.114;QD=18.8659;RBI=0.02179;REFB=-0.0291639;REVB=-0.0170228;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328008;STB=0.638112;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0252745;OID=.;OPOS=96541616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:27:32:32:32:0.5:19:13:22:5:19:13:22:10 chr10 96602622 . C T 453.53 PASS AF=0.48913;AO=44;DP=91;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=0.00655193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.907;QD=19.7187;RBI=0.0091134;REFB=-0.0233066;REVB=0.00633453;RO=45;SAF=28;SAR=16;SRF=35;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146235;STB=0.568744;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0232189;OID=.;OPOS=96602622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:45:47:44:45:0.48913:16:28:35:10:17:28:35:12 chr10 96827178 . T C 299.04 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.00820681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.061;QD=16.1642;RBI=0.0285635;REFB=-0.0134923;REVB=0.0273591;RO=41;SAF=21;SAR=12;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105117;STB=0.55887;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0155344;OID=.;OPOS=96827178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:12:21:30:11:12:21:30:11 chr10 97072008 . T C 190.64 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00308905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.299;QD=15.251;RBI=0.0157359;REFB=-0.0060206;REVB=0.0154298;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346842;STB=0.51998;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0157935;OID=.;OPOS=97072008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:10:10:14:16:10:10:14:16 chr10 97106165 . T C 372.56 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.00814023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.239;QD=15.2066;RBI=0.0188621;REFB=-0.00361577;REVB=0.0170152;RO=58;SAF=25;SAR=15;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980042;STB=0.555527;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00582868;OID=.;OPOS=97106165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:58:40:40:0.408163:15:25:31:27:15:25:31:27 chr10 97116219 . C T 169.17 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0406244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4459;QD=12.0834;RBI=0.0588113;REFB=0.00579762;REVB=0.0425256;RO=35;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928427;STB=0.553795;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.0098405;OID=.;OPOS=97116219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:12:9:18:17:12:9:18:17 chr10 97116981 . C T 292.74 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0818109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.253;QD=27.2315;RBI=0.0818996;REFB=-0.0137377;REVB=-0.0038114;RO=16;SAF=13;SAR=13;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129661;STB=0.558095;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0137122;OID=.;OPOS=97116981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:17:26:26:0.604651:13:13:5:11:13:13:6:11 chr10 97127462 . C A 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0165993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.511;QD=13.4591;RBI=0.0201536;REFB=-0.0137502;REVB=0.0114294;RO=25;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226393;STB=0.622483;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0186689;OID=.;OPOS=97127462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:16:16:0.380952:11:5:13:12:11:5:13:13 chr10 97141523 . G A 616.24 PASS AF=0.584158;AO=59;DP=102;FAO=59;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0126345;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.112;QD=24.4056;RBI=0.0127242;REFB=-0.00891669;REVB=0.00150774;RO=41;SAF=39;SAR=20;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100471;STB=0.56113;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00823175;OID=.;OPOS=97141523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:41:42:59:59:0.584158:20:39:22:19:20:39:22:20 chr10 97175715 . C T 176.01 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00857944;FXX=0.0273935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.06;QD=9.91584;RBI=0.00864954;REFB=-0.0134462;REVB=-0.00109903;RO=48;SAF=14;SAR=9;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150223;STB=0.588303;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0256136;OID=.;OPOS=97175715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:48:48:23:23:0.323944:9:14:23:25:9:14:23:25 chr10 97192324 . A G 2987.29 PASS AF=1;AO=189;DP=190;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00143431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0505;QD=62.8903;RBI=0.0057563;REFB=-0.060565;REVB=-0.00557474;RO=1;SAF=98;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00520406;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494989;OID=.;OPOS=97192324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:190:190:1:0:189:190:1:91:98:0:1:92:98:0:0 chr10 97447373 . A T 2886.6 PASS AF=0.994595;AO=184;DP=185;FAO=184;FDP=185;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0243041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.949;QD=62.413;RBI=0.0550181;REFB=-0.0886137;REVB=0.0493589;RO=0;SAF=87;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502564;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000130631;OID=.;OPOS=97447373;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:185:185:0:1:184:184:0.994595:97:87:0:0:97:87:0:1 chr10 97599508 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0091035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.156;QD=14.6579;RBI=0.00921215;REFB=-0.035743;REVB=0.00141067;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332251;STB=0.662901;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0219963;OID=.;OPOS=97599508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:17:13:13:0.433333:9:4:10:5:9:4:10:7 chr10 97684602 . G A 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.010112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.552;QD=14.6657;RBI=0.010756;REFB=0.00697673;REVB=0.00366591;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308023;STB=0.677197;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.0136593;OID=.;OPOS=97684602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:15:6:9:6:15:6 chr10 97698370 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.652;QD=59.1432;RBI=0.0190663;REFB=0;REVB=-0.00807799;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25087e-05;OID=.;OPOS=97698370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:41:26:0:0:41:26:0:0 chr10 97784683 . C T 841.62 PASS AF=0.460317;AO=87;DP=189;FAO=87;FDP=189;FR=.;FRO=102;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=69;FSRR=33;FWDB=-0.00516508;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.73;QD=17.812;RBI=0.00674977;REFB=-0.0151563;REVB=0.00434527;RO=102;SAF=48;SAR=39;SRF=69;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124975;STB=0.569008;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0176861;OID=.;OPOS=97784683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:102:102:87:87:0.460317:39:48:69:33:39:48:69:33 chr10 97810065 . G A 68.44 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0213836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.742;QD=5.70362;RBI=0.0215161;REFB=-0.000681849;REVB=0.00238365;RO=38;SAF=1;SAR=9;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419964;STB=0.786788;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00270958;OID=.;OPOS=97810065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:9:1:13:25:9:1:13:25 chr10 97817650 . G T 395.43 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00160716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.82;QD=17.5745;RBI=0.028813;REFB=-0.0193425;REVB=0.0287681;RO=48;SAF=16;SAR=25;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677639;STB=0.544367;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0219874;OID=.;OPOS=97817650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:49:41:41:0.455556:25:16:22:26:25:16:23:26 chr10 97818692 . T C 129.87 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0149652;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=99.1816;QD=22.5865;RBI=0.0425148;REFB=-0.00403857;REVB=0.0397938;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011206;STB=0.50632;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00800861;OID=.;OPOS=97818692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:6:8:5:4:6:8:5:4 chr10 97920062 . G A 260.55 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0116627;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.609;QD=14.2767;RBI=0.0190439;REFB=-0.00338062;REVB=-0.0150549;RO=43;SAF=15;SAR=15;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361361;STB=0.520534;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00397179;OID=.;OPOS=97920062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:43:43:30:30:0.410959:15:15:20:23:15:15:20:23 chr10 97920099 . T TC 863.99 PASS AF=1;AO=71;DP=76;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0069444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.7276;QD=47.3419;RBI=0.112851;REFB=0;REVB=0.112637;RO=3;SAF=35;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388183;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00180702;OID=.;OPOS=97920100;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:76:73:73:0:36:37:0:0:16:3:35:36:3:0 chr10 97987163 . C CG 58.8 PASS AF=0.302326;AO=12;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.107415;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=46.7717;QD=5.46936;RBI=0.10844;REFB=0.00537206;REVB=0.0148759;RO=31;SAF=11;SAR=1;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.635144;STB=0.812713;STBP=0.017;TYPE=ins;VARB=-0.0614701;OID=.;OPOS=97987164;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.302326:12:43:13:43:30:11:2:13:17:58:31:11:1:13:18 chr10 98078127 . C T 1366.58 PASS AF=0.958763;AO=89;DP=96;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00522828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.075;QD=56.3538;RBI=0.0167901;REFB=-0.026701;REVB=0.0159554;RO=7;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668489;STB=0.519604;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00044995;OID=.;OPOS=98078127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:96:97:7:4:89:93:0.958763:46:43:0:7:49:44:0:4 chr10 98078239 . A G 1337.51 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00253479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8357;QD=62.2098;RBI=0.0225465;REFB=0;REVB=0.0224036;RO=0;SAF=29;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163064;OID=.;OPOS=98078239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:57:29:0:0:57:29:0:0 chr10 98082401 . A T 691.87 PASS AF=0.584071;AO=66;DP=112;FAO=66;FDP=113;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00760085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.503;QD=24.4909;RBI=0.00864914;REFB=-0.0143894;REVB=-0.00412732;RO=46;SAF=31;SAR=35;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882452;STB=0.543494;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0113271;OID=.;OPOS=98082401;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:46:47:66:66:0.584071:35:31:27:19:35:31:27:20 chr10 98126627 . CA C 109.66 PASS AF=0.283019;AO=30;DP=107;FAO=30;FDP=106;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=-0.0336512;FXX=0.00934492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.4337;QD=4.13829;RBI=0.103211;REFB=-0.00444291;REVB=0.0975711;RO=75;SAF=21;SAR=9;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099598;STB=0.565912;STBP=0.418;TYPE=del;VARB=0.0241482;OID=.;OPOS=98126628;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283019:30:107:30:106:76:21:9:47:29:99:75:21:9:47:28 chr10 98146740 . C T 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0224718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.906;QD=14.7665;RBI=0.0290744;REFB=-0.00908558;REVB=-0.0184482;RO=33;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351646;STB=0.519984;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00872913;OID=.;OPOS=98146740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:12:13:16:17:12:13:16:17 chr10 98157017 . G A 87.93 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00228231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.131;QD=6.39514;RBI=0.0197859;REFB=-0.00860347;REVB=-0.0196539;RO=42;SAF=7;SAR=6;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13053;STB=0.581077;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0312735;OID=.;OPOS=98157017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:55:55:42:42:13:13:0.236364:6:7:27:15:6:7:27:15 chr10 98287261 . G C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144706;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=228;QD=60.9786;RBI=0.0261103;REFB=0;REVB=0.0217336;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6557e-05;OID=.;OPOS=98287261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr10 98380277 . C T 734.91 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2226;QD=62.5458;RBI=0.0178212;REFB=0;REVB=-0.0113847;RO=1;SAF=29;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159381;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17506e-05;OID=.;OPOS=98380277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:1:0:46:47:1:17:29:1:0:17:30:0:0 chr10 98386558 . G A 1572.78 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00262417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3687;QD=62.911;RBI=0.0262545;REFB=-0.140188;REVB=-0.0261231;RO=1;SAF=48;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977988;STB=0.505154;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00186246;OID=.;OPOS=98386558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:100:1:1:99:99:0.99:51:48:1:0:51:48:1:0 chr10 98405294 . G A 442.92 PASS AF=0.341463;AO=56;DP=164;FAO=56;FDP=164;FR=.;FRO=108;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=63;FWDB=-0.00499929;FXX=0.00606024;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.004;QD=10.803;RBI=0.0126947;REFB=0.00122375;REVB=0.0116688;RO=108;SAF=28;SAR=28;SRF=45;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957787;STB=0.554859;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.0019428;OID=.;OPOS=98405294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:108:108:56:56:0.341463:28:28:45:63:28:28:45:63 chr10 98469507 . C A 384.0 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0488955;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.002;QD=34.1335;RBI=0.0491525;REFB=-0.0302249;REVB=0.00501963;RO=14;SAF=15;SAR=16;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171612;STB=0.593379;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00745081;OID=.;OPOS=98469507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:14:14:31:31:0.688889:16:15:11:3:16:15:11:3 chr10 98808746 . G A 162.77 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.0100386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.589;QD=9.04257;RBI=0.0786157;REFB=-0.0109179;REVB=0.0779722;RO=49;SAF=16;SAR=6;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754747;STB=0.555838;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0417153;OID=.;OPOS=98808746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:49:50:22:22:0.305556:6:16:33:16:6:16:33:17 chr10 98808866 . C G 741.07 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.619;QD=57.0052;RBI=0.0283163;REFB=0;REVB=0.0153937;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41864e-05;OID=.;OPOS=98808866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:27:22:0:0:27:25:0:0 chr10 98819317 . A G 958.39 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598095;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.112;QD=58.9779;RBI=0.0599575;REFB=0;REVB=0.00420985;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72809e-05;OID=.;OPOS=98819317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:64:65:1:33:31:0:0:34:31:0:0 chr10 98901433 . C T 4763.27 PASS AF=1;AO=305;DP=307;FAO=306;FDP=306;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00164024;FXX=0.00325722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8543;QD=62.265;RBI=0.01134;REFB=-0.0660213;REVB=0.0112207;RO=1;SAF=148;SAR=157;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00302833;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.52407e-05;OID=.;OPOS=98901433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:307:306:1:0:305:306:1:157:148:0:1:158:148:0:0 chr10 98985612 . C T 320.51 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0273799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.451;QD=27.2772;RBI=0.0372092;REFB=-0.0115391;REVB=-0.0251966;RO=19;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838059;STB=0.546249;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00712207;OID=.;OPOS=98985612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:15:13:11:8:15:13:11:8 chr10 99019177 . A G 516.13 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00341851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.621;QD=20.8538;RBI=0.00955511;REFB=-0.00660446;REVB=-0.00892266;RO=49;SAF=32;SAR=18;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192736;STB=0.606717;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00558978;OID=.;OPOS=99019177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:18:32:21:28:18:32:21:28 chr10 99057275 . C T 281.28 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00800674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.856;QD=21.2288;RBI=0.0117404;REFB=-0.00734783;REVB=0.00858656;RO=24;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762923;STB=0.542344;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00680623;OID=.;OPOS=99057275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:16:13:13:11:16:13:13:11 chr10 99080246 . CT C 320.58 PASS AF=0.482456;AO=53;DP=113;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.059634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.8181;QD=11.2485;RBI=0.090289;REFB=0.0290832;REVB=0.067793;RO=57;SAF=30;SAR=23;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459712;STB=0.533968;STBP=0.505;TYPE=del;VARB=-0.0239421;OID=.;OPOS=99080247;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482456:53:113:55:114:59:30:25:36:23:99:57:30:23:35:22 chr10 99080585 . C T 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0584244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.623;QD=26.6016;RBI=0.0586402;REFB=0.00290024;REVB=0.00502628;RO=2;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108557;STB=0.562335;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.00442334;OID=.;OPOS=99080585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:6:2:1:1:6:2:1:1 chr10 99125949 . C T 486.47 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0398648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.735;QD=18.8921;RBI=0.0399833;REFB=-0.0251495;REVB=-0.00307612;RO=51;SAF=21;SAR=30;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182141;STB=0.50588;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0239346;OID=.;OPOS=99125949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:52:51:51:0.495146:30:21:22:29:30:21:22:30 chr10 99160965 . A G 307.96 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0440144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9902;QD=18.3858;RBI=0.066171;REFB=-0.0321628;REVB=-0.0494099;RO=33;SAF=17;SAR=16;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217124;STB=0.626163;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0268957;OID=.;OPOS=99160965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:34:33:33:0.492537:16:17:9:24:16:17:9:25 chr10 99181008 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0260357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.774;QD=16.6273;RBI=0.0384657;REFB=0.0217563;REVB=-0.0283152;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207446;STB=0.631394;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.0372758;OID=.;OPOS=99181008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:7:6:3:10:7:6:3:11 chr10 99205686 . A G 475.41 PASS AF=0.68254;AO=41;DP=61;FAO=43;FDP=63;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0346604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.518;QD=30.185;RBI=0.0346668;REFB=-0.018159;REVB=-0.000666213;RO=20;SAF=26;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115472;STB=0.558593;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0150767;OID=.;OPOS=99205686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:20:20:41:43:0.68254:15:26:9:11:16:27:9:11 chr10 99219885 . G A 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00455488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.43;QD=19.4668;RBI=0.0127254;REFB=-0.00429884;REVB=-0.0118823;RO=24;SAF=5;SAR=17;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359898;STB=0.70504;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00572713;OID=.;OPOS=99219885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:17:5:14:10:17:5:14:10 chr10 99220707 . C T 124.45 PASS AF=0.319149;AO=14;DP=46;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.00692657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8839;QD=10.5911;RBI=0.0286502;REFB=-0.0326512;REVB=0.0278003;RO=32;SAF=12;SAR=2;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247694;STB=0.664857;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0700423;OID=.;OPOS=99220707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:32:32:14:15:0.319149:2:12:23:9:2:13:23:9 chr10 99229394 . G A 166.46 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00330523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.477;QD=9.93793;RBI=0.0504583;REFB=-0.0101735;REVB=0.0503499;RO=44;SAF=11;SAR=11;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507456;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0205938;OID=.;OPOS=99229394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:44:45:22:22:0.328358:11:11:22:22:11:11:23:22 chr10 99240048 . C T 314.22 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0428334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.6118;QD=17.2176;RBI=0.0435371;REFB=-0.0131139;REVB=-0.00779622;RO=38;SAF=25;SAR=9;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597098;STB=0.528684;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0189844;OID=.;OPOS=99240048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:9:25:26:12:9:25:27:12 chr10 99240758 . G C 2335.69 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.515;QD=61.0637;RBI=0.0261309;REFB=0;REVB=0.0159613;RO=0;SAF=80;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61154e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56061e-05;OID=.;OPOS=99240758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:73:80:0:0:73:80:0:0 chr10 99330667 . CA AC 57.38 PASS AF=0.164384;AO=14;DP=74;FAO=12;FDP=73;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.0698061;FXX=0.0135117;HRUN=5;LEN=2;MLLD=93.197;QD=3.14433;RBI=0.0702751;REFB=-0.00793694;REVB=-0.00810504;RO=54;SAF=12;SAR=2;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.638233;STB=0.864426;STBP=0.012;TYPE=mnp;VARB=0.196495;OID=.;OPOS=99330667;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:74:73:54:61:14:12:0.164384:2:12:16:38:2:10:22:39 chr10 99332488 . A C 117.24 PASS AF=0.293103;AO=13;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.0169718;FXX=0.0645057;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.476;QD=8.08534;RBI=0.0669277;REFB=-0.00992983;REVB=-0.0647401;RO=27;SAF=13;SAR=0;SRF=27;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50837;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0415293;OID=.;OPOS=99332488;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:41:13:17:0.293103:0:13:27:0:4:13:31:10 chr10 99337572 . G A 361.98 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0225866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1943;QD=17.8756;RBI=0.0236045;REFB=-0.0200535;REVB=0.0068567;RO=43;SAF=17;SAR=21;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10506;STB=0.558697;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0231585;OID=.;OPOS=99337572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:21:17:24:19:21:17:24:19 chr10 99371277 . G A 209.34 PASS AF=0.230216;AO=32;DP=139;FAO=32;FDP=139;FR=.;FRO=107;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=72;FSRR=35;FWDB=-0.0275623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.05;QD=6.02414;RBI=0.0399918;REFB=-0.0134282;REVB=0.0289769;RO=103;SAF=21;SAR=11;SRF=69;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191317;STB=0.51432;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0354232;OID=.;OPOS=99371277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:103:107:32:32:0.230216:11:21:69:34:11:21:72:35 chr10 99371344 . C A 2017.44 PASS AF=0.963768;AO=133;DP=138;FAO=133;FDP=138;FR=.;FRO=5;FSAF=79;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0366866;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.63;QD=58.4766;RBI=0.0407295;REFB=-0.0548949;REVB=0.0176914;RO=4;SAF=79;SAR=54;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00898589;STB=0.507759;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00105299;OID=.;OPOS=99371344;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:138:138:4:5:133:133:0.963768:54:79:3:1:54:79:4:1 chr10 99376092 . T C 620.93 PASS AF=0.463768;AO=64;DP=138;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=48;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=-0.0718063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6016;QD=17.9979;RBI=0.0753965;REFB=0.000339203;REVB=0.022989;RO=74;SAF=16;SAR=48;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135876;STB=0.575868;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.000811593;OID=.;OPOS=99376092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:74:74:64:64:0.463768:48:16:27:47:48:16:27:47 chr10 99376152 . A G 615.36 PASS AF=0.492308;AO=61;DP=127;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=-0.000684378;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.721;QD=18.9341;RBI=0.0148263;REFB=-0.00763006;REVB=-0.0148105;RO=59;SAF=19;SAR=42;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452703;STB=0.512816;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00759233;OID=.;OPOS=99376152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:130:59:66:61:64:0.492308:42:19:21:38:45:19:21:45 chr10 99410790 . T C 369.65 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0410412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3778;QD=19.7146;RBI=0.0631464;REFB=0.00219789;REVB=0.0479905;RO=37;SAF=17;SAR=21;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134372;STB=0.507459;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00289689;OID=.;OPOS=99410790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:21:17:16:21:21:17:16:21 chr10 99434760 . C T 147.93 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00975835;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.883;QD=16.9064;RBI=0.018328;REFB=-0.0244193;REVB=0.0155142;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079858;STB=0.503812;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0217874;OID=.;OPOS=99434760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:19:16:16:0.457143:10:6:5:12:10:6:7:12 chr10 99439541 . G C 213.27 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0224046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5194;QD=12.5456;RBI=0.0582168;REFB=0.0201313;REVB=0.053733;RO=41;SAF=16;SAR=10;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188575;STB=0.601288;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.0306303;OID=.;OPOS=99439541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:42:26:26:0.382353:10:16:18:23:10:16:19:23 chr10 99473729 . C G 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00287136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.106;QD=6.92899;RBI=0.0254665;REFB=-0.00298343;REVB=0.0253041;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323033;STB=0.71347;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00776311;OID=.;OPOS=99473729;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:1:5:9:6:1:5:9:6 chr10 99498234 . G A 366.03 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0348532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9041;QD=21.5311;RBI=0.0365481;REFB=0.0211628;REVB=-0.0110009;RO=31;SAF=21;SAR=16;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110084;STB=0.506079;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0157394;OID=.;OPOS=99498234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:16:21:18:13:16:21:18:13 chr10 99504630 . G T 353.73 PASS AF=0.725;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0122631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1587;QD=35.3731;RBI=0.0124116;REFB=0.0573029;REVB=-0.00191456;RO=11;SAF=7;SAR=22;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134967;STB=0.573859;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0183295;OID=.;OPOS=99504630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:11:11:29:29:0.725:22:7:5:6:22:7:5:6 chr10 99969475 . A C 344.07 PASS AF=0.555556;AO=34;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0316539;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.786;QD=21.8455;RBI=0.0366215;REFB=0.00500619;REVB=0.0184165;RO=29;SAF=12;SAR=22;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142211;STB=0.589691;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00307507;OID=.;OPOS=99969475;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:28:34:35:0.555556:22:12:15:14:23:12:15:13 chr10 99991408 . A G 1560.35 PASS AF=1;AO=102;DP=106;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335268;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.29;QD=60.0135;RBI=0.0346377;REFB=0;REVB=0.00870195;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122383;OID=.;OPOS=99991408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:104:0:0:102:104:1:46:56:0:0:48:56:0:0 chr10 99995224 . G A 153.08 PASS AF=0.255814;AO=22;DP=86;FAO=22;FDP=86;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.00565809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.231;QD=7.11976;RBI=0.0143358;REFB=-0.00839756;REVB=-0.013172;RO=64;SAF=12;SAR=10;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211239;STB=0.512809;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0272699;OID=.;OPOS=99995224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:64:64:22:22:0.255814:10:12:36:28:10:12:36:28 chr10 100013438 . C T 623.94 PASS AF=0.565657;AO=56;DP=100;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0126722;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.869;QD=25.2098;RBI=0.0362059;REFB=-0.00775844;REVB=-0.0339158;RO=43;SAF=32;SAR=24;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665422;STB=0.53643;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00521327;OID=.;OPOS=100013438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:43:43:56:56:0.565657:24:32:21:22:24:32:21:22 chr10 100017453 . T G 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00417083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.756;QD=21.1299;RBI=0.0386604;REFB=-0.015012;REVB=-0.0384348;RO=21;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610948;STB=0.53441;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00950744;OID=.;OPOS=100017453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:7:15:13:8:7:15:13:8 chr10 100018844 . G A 228.26 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00885062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6199;QD=16.0179;RBI=0.0929164;REFB=-0.0254155;REVB=0.0924939;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737818;STB=0.53349;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0289442;OID=.;OPOS=100018844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:31:26:26:0.45614:11:15:15:15:11:15:16:15 chr10 100144782 . C T 214.29 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0121561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.804;QD=12.7932;RBI=0.0152369;REFB=-0.0163502;REVB=-0.00918654;RO=40;SAF=17;SAR=9;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168475;STB=0.6049;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0430082;OID=.;OPOS=100144782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:41:26:26:0.38806:9:17:20:20:9:17:20:21 chr10 100147060 . A G 258.92 PASS AF=0.418919;AO=29;DP=71;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00311082;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.4756;QD=13.9958;RBI=0.0138784;REFB=-0.0061271;REVB=-0.0135253;RO=42;SAF=13;SAR=16;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00430745;STB=0.51336;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00330062;OID=.;OPOS=100147060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:42:43:29:31:0.418919:16:13:19:23:18:13:19:24 chr10 100148176 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9811;QD=56.9561;RBI=0.027701;REFB=0;REVB=0.0164527;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227223;OID=.;OPOS=100148176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:35:17:0:0:35:17:0:0 chr10 100167396 . G A 1194.78 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00637635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.462;QD=59.7392;RBI=0.0257135;REFB=-0.103005;REVB=0.0249104;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.50704;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-7.56053e-05;OID=.;OPOS=100167396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:35:44:0:0:35:44:0:1 chr10 100179851 . T C 353.97 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0243347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.37;QD=16.0896;RBI=0.0275876;REFB=-0.00891588;REVB=-0.0129962;RO=46;SAF=18;SAR=20;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168223;STB=0.514962;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0112163;OID=.;OPOS=100179851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:50:38:38:0.431818:20:18:21:25:20:18:25:25 chr10 100183570 . G C 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00757042;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.248;QD=25.7315;RBI=0.00844674;REFB=-0.0111758;REVB=0.00374648;RO=19;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188894;STB=0.60473;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0103969;OID=.;OPOS=100183570;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:16:10:12:7:16:10:12:7 chr10 100184062 . CC AG 218.66 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0291446;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=196.979;QD=17.8499;RBI=0.0305096;REFB=-0.00685701;REVB=-0.00902356;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159191;STB=0.519982;STBP=0.847;TYPE=mnp;VARB=0.00953544;OID=.;OPOS=100184062;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:21:22:0.44898:9:12:15:12:9:13:15:12 chr10 100190920 . G A 312.9 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0159835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.22;QD=16.9136;RBI=0.0403864;REFB=-0.0239222;REVB=0.037089;RO=40;SAF=22;SAR=12;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048737;STB=0.527381;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0202997;OID=.;OPOS=100190920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:12:22:24:16:12:22:24:16 chr10 100219314 . G A 1529.47 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0690739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.449;QD=57.7157;RBI=0.0726323;REFB=-0.133068;REVB=0.0224554;RO=1;SAF=51;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092139;STB=0.504672;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000892575;OID=.;OPOS=100219314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:106:106:1:1:104:105:0.990566:53:51:1:0:53:52:0:1 chr10 100219374 . T A 941.34 PASS AF=1;AO=55;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00521498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.519;QD=58.8335;RBI=0.0579902;REFB=0;REVB=0.0577552;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129171;OID=.;OPOS=100219374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:55:64:1:27:28:0:0:36:28:0:0 chr10 101090428 . T G 1249.22 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0530648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0659;QD=60.2033;RBI=0.0561471;REFB=-0.00284115;REVB=-0.0183473;RO=1;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119881;STB=0.506328;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000200854;OID=.;OPOS=101090428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:39:43:0:1:39:43:0:1 chr10 101464675 . A G 354.0 PASS AF=0.317881;AO=43;DP=145;FAO=48;FDP=151;FR=.;FRO=103;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=0.0050363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.265;QD=9.37742;RBI=0.0769977;REFB=-0.00211223;REVB=-0.0768328;RO=102;SAF=29;SAR=14;SRF=56;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159372;STB=0.572883;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00205519;OID=.;OPOS=101464675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:151:102:103:43:48:0.317881:14:29:56:46:17:31:56:47 chr10 101473218 . A G 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0591194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0243;QD=15.7839;RBI=0.0596355;REFB=0.0462785;REVB=0.00782804;RO=17;SAF=11;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231906;STB=0.635625;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.0545336;OID=.;OPOS=101473218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:3:11:10:7:3:11:10:7 chr10 101542578 . C T 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.000199906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.605;QD=6.48163;RBI=0.00323849;REFB=-0.00477191;REVB=-0.00323231;RO=33;SAF=8;SAR=2;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457498;STB=0.79186;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0256054;OID=.;OPOS=101542578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:2:8:14:19:2:8:14:19 chr10 101544447 . A T 1822.92 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.208;QD=61.2745;RBI=0.0372735;REFB=0;REVB=0.00551295;RO=0;SAF=58;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97007e-05;OID=.;OPOS=101544447;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:60:58:0:0:61:58:0:0 chr10 101590129 . G A 114.88 PASS AF=0.225;AO=18;DP=80;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0018153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.154;QD=5.74378;RBI=0.0103856;REFB=-0.00522289;REVB=-0.0102257;RO=60;SAF=10;SAR=8;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170846;STB=0.592185;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.029726;OID=.;OPOS=101590129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:60:62:18:18:0.225:8:10:25:35:8:10:27:35 chr10 101604207 . C T 372.06 PASS AF=0.481481;AO=37;DP=80;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0346121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.485;QD=18.3733;RBI=0.0358529;REFB=0.0127021;REVB=-0.00935053;RO=40;SAF=17;SAR=20;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130233;STB=0.568963;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.0109842;OID=.;OPOS=101604207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:40:42:37:39:0.481481:20:17:24:16:21:18:25:17 chr10 101639796 . G A 592.9 PASS AF=0.42;AO=63;DP=150;FAO=63;FDP=150;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.00611431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.139;QD=15.8108;RBI=0.0209864;REFB=-0.0249454;REVB=0.020076;RO=81;SAF=30;SAR=33;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177879;STB=0.530447;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0318351;OID=.;OPOS=101639796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:81:87:63:63:0.42:33:30:40:41:33:30:46:41 chr10 101639877 . A C 406.99 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00484354;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.445;QD=16.1184;RBI=0.0176943;REFB=-0.0058049;REVB=0.0170185;RO=57;SAF=19;SAR=26;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087028;STB=0.553413;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00722726;OID=.;OPOS=101639877;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:57:56:45:45:0.445545:26:19:29:28:26:19:29:27 chr10 101645498 . T C 292.98 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0741819;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.767;QD=16.9843;RBI=0.0744572;REFB=0.000860786;REVB=-0.00639688;RO=37;SAF=14;SAR=17;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214418;STB=0.625592;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.000249876;OID=.;OPOS=101645498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:37:37:31:32:0.463768:17:14:25:12:18:14:25:12 chr10 101657880 . G A 301.08 PASS AF=0.404762;AO=33;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00560989;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.699;QD=14.3371;RBI=0.0386762;REFB=-0.00463634;REVB=-0.0382672;RO=49;SAF=25;SAR=8;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228197;STB=0.631407;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00739814;OID=.;OPOS=101657880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:50:33:34:0.404762:8:25:28:21:8:26:29:21 chr10 101673723 . A G 224.7 PASS AF=0.391304;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00909259;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.126;QD=13.026;RBI=0.0111369;REFB=-0.0263675;REVB=0.00643088;RO=42;SAF=9;SAR=17;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145851;STB=0.566616;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0355271;OID=.;OPOS=101673723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:42:42:26:27:0.391304:17:9:20:22:17:10:20:22 chr10 101689378 . G C 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.00161416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.332;QD=15.914;RBI=0.00306216;REFB=-0.0134469;REVB=-0.00260217;RO=35;SAF=9;SAR=21;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390172;STB=0.730286;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0155103;OID=.;OPOS=101689378;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:37:30:30:0.447761:21:9:25:10:21:9:27:10 chr10 101690379 . A G 437.66 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0417586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4963;QD=21.6127;RBI=0.0448844;REFB=0.00718387;REVB=0.0164569;RO=38;SAF=19;SAR=24;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182006;STB=0.600295;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00329036;OID=.;OPOS=101690379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:24:19:25:13:24:19:25:13 chr10 101715899 . G A 1988.35 PASS AF=0.930556;AO=134;DP=144;FAO=134;FDP=144;FR=.;FRO=10;FSAF=59;FSAR=75;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00174654;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.317;QD=55.2318;RBI=0.0104244;REFB=-0.0551776;REVB=0.0102771;RO=6;SAF=59;SAR=75;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226517;STB=0.504201;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.000423141;OID=.;OPOS=101715899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:144:144:6:10:134:134:0.930556:75:59:1:5:75:59:5:5 chr10 101824954 . G A 79.27 PASS AF=0.5;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00698024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.33;QD=15.8536;RBI=0.0156136;REFB=-0.00966403;REVB=0.0139664;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650008;STB=0.556701;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00839288;OID=.;OPOS=101824954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:19:20:10:10:9:10:0.5:6:3:4:6:7:3:4:6 chr10 101923801 . CA AT 37.23 PASS AF=0.122807;AO=8;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.130095;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=56.96;QD=2.61228;RBI=0.132948;REFB=-0.00630952;REVB=-0.0273947;RO=38;SAF=5;SAR=3;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795239;STB=0.512784;STBP=0.979;TYPE=mnp;VARB=0.0879231;OID=.;OPOS=101923801;OREF=CA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:57:57:38:47:8:7:0.122807:3:5:26:12:2:5:33:14 chr10 101953129 . C T 84.15 PASS AF=0.174419;AO=15;DP=86;FAO=15;FDP=86;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0115165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.536;QD=3.91381;RBI=0.0115461;REFB=-0.00552755;REVB=0.000826107;RO=71;SAF=12;SAR=3;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347263;STB=0.732647;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0202599;OID=.;OPOS=101953129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:86:86:71:71:15:15:0.174419:3:12:39:32:3:12:39:32 chr10 102107251 . C G 386.24 PASS AF=0.380165;AO=46;DP=121;FAO=46;FDP=121;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0307606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9518;QD=12.7682;RBI=0.0775562;REFB=0.00218537;REVB=0.0711951;RO=75;SAF=30;SAR=16;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164367;STB=0.593685;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00352856;OID=.;OPOS=102107251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:75:75:46:46:0.380165:16:30:38:37:16:30:38:37 chr10 102116311 . A C 807.83 PASS AF=0.509317;AO=82;DP=161;FAO=82;FDP=161;FR=.;FRO=79;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.0215497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.768;QD=20.0702;RBI=0.0293805;REFB=-0.0205775;REVB=-0.0199706;RO=79;SAF=46;SAR=36;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604812;STB=0.533244;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.016504;OID=.;OPOS=102116311;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:79:79:82:82:0.509317:36:46:39:40:36:46:39:40 chr10 102222957 . G C 265.14 PASS AF=0.483333;AO=30;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0426296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4427;QD=17.676;RBI=0.0444456;REFB=-0.0325126;REVB=0.0125748;RO=29;SAF=11;SAR=19;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208509;STB=0.505699;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0312025;OID=.;OPOS=102222957;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:31:30:29:0.483333:19:11:10:19:19:10:11:20 chr10 102247408 . C A 689.16 PASS AF=0.511278;AO=68;DP=133;FAO=68;FDP=133;FR=.;FRO=65;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00428654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.015;QD=20.7266;RBI=0.0119501;REFB=-0.0114131;REVB=-0.0111548;RO=64;SAF=40;SAR=28;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927137;STB=0.555042;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0114478;OID=.;OPOS=102247408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:64:65:68:68:0.511278:28:40:31:33:28:40:31:34 chr10 102247526 . G C 840.54 PASS AF=0.477778;AO=86;DP=181;FAO=86;FDP=180;FR=.;FRO=94;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=57;FWDB=-0.0193643;FXX=0.00552456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.712;QD=18.6786;RBI=0.0193659;REFB=-0.0142807;REVB=0.000248898;RO=94;SAF=46;SAR=40;SRF=37;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13299;STB=0.573358;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0145008;OID=.;OPOS=102247526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:94:94:86:86:0.477778:40:46:37:57:40:46:37:57 chr10 102265183 . G A 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0274271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.908;QD=21.4069;RBI=0.0355301;REFB=-0.00873136;REVB=0.0225863;RO=26;SAF=14;SAR=18;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760436;STB=0.54201;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00771141;OID=.;OPOS=102265183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:18:14:9:17:18:14:9:17 chr10 102265815 . A G 236.11 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0118452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7748;QD=19.2745;RBI=0.0428658;REFB=0.0194154;REVB=0.0411967;RO=26;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203315;STB=0.614614;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.0191557;OID=.;OPOS=102265815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:10:13:9:17:10:13:9:17 chr10 102265847 . A C 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0257728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.794;QD=17.5006;RBI=0.0354277;REFB=-0.00962046;REVB=-0.0243081;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218318;STB=0.612591;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0106564;OID=.;OPOS=102265847;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:28:26:26:0.481481:11:15:9:18:11:15:10:18 chr10 102269085 . C A 436.83 PASS AF=0.52439;AO=42;DP=81;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0151246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.271;QD=21.3089;RBI=0.015606;REFB=0.00296106;REVB=-0.00384637;RO=39;SAF=30;SAR=12;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148087;STB=0.571032;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00240263;OID=.;OPOS=102269085;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:39:39:42:43:0.52439:12:30:22:17:13:30:22:17 chr10 102269206 . A G 476.82 PASS AF=0.637681;AO=44;DP=69;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0180184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.851;QD=27.6419;RBI=0.0198986;REFB=0.00586713;REVB=0.00844339;RO=25;SAF=20;SAR=24;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174381;STB=0.594554;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00483429;OID=.;OPOS=102269206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:25:25:44:44:0.637681:24:20:5:20:24:20:5:20 chr10 102295836 . C G 631.9 PASS AF=0.503937;AO=64;DP=126;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0257097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.114;QD=19.9023;RBI=0.093444;REFB=-0.0343321;REVB=-0.0898376;RO=62;SAF=35;SAR=29;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993249;STB=0.550759;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0352834;OID=.;OPOS=102295836;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:62:63:64:64:0.503937:29:35:27:35:29:35:28:35 chr10 102309220 . G C 369.63 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0115136;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.988;QD=16.8014;RBI=0.0116959;REFB=-0.00035509;REVB=-0.0020572;RO=46;SAF=20;SAR=19;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296831;STB=0.532694;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.000208186;OID=.;OPOS=102309220;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:46:49:39:39:0.443182:19:20:25:21:19:20:28:21 chr10 102313607 . A G 240.87 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00280811;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.225;QD=16.6114;RBI=0.01078;REFB=-0.00566261;REVB=0.0104079;RO=31;SAF=21;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290025;STB=0.665025;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00882093;OID=.;OPOS=102313607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:31:31:27:27:0.465517:6:21:16:15:6:21:16:15 chr10 102506070 . G C 3904.92 PASS AF=0.979839;AO=188;DP=249;FAO=243;FDP=248;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=116;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.242214;FXX=0.0040159;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4285;QD=62.9826;RBI=0.243058;REFB=0;REVB=-0.0202346;RO=1;SAF=62;SAR=126;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00761771;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133376;OID=.;OPOS=102506070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:249:248:1:0:188:243:0.979839:126:62:1:0:127:116:0:0 chr10 102722602 . G A 52.02 PASS AF=0.277778;AO=4;DP=28;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0217569;FXX=0.142823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.2015;QD=5.78007;RBI=0.0321027;REFB=-0.108288;REVB=0.0236056;RO=24;SAF=2;SAR=2;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951266;STB=0.527722;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.28509;OID=.;OPOS=102722602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:28:36:24:26:4:10:0.277778:2:2:10:14:5:5:12:14 chr10 102734778 . C G 298.33 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.000497353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.769;QD=13.5606;RBI=0.0560127;REFB=0.000264175;REVB=-0.0560105;RO=53;SAF=16;SAR=18;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101742;STB=0.55197;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.000526711;OID=.;OPOS=102734778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:53:54:34:34:0.386364:18:16:30:23:18:16:30:24 chr10 102745062 . G T 593.17 PASS AF=0.421384;AO=67;DP=160;FAO=67;FDP=159;FR=.;FRO=92;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=0.00190764;FXX=0.00624961;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.4013;QD=14.9225;RBI=0.075079;REFB=-0.0110243;REVB=-0.0750547;RO=90;SAF=29;SAR=38;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919685;STB=0.551644;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0325651;OID=.;OPOS=102745062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:90:92:67:67:0.421384:38:29:47:43:38:29:48:44 chr10 102746503 . C T 185.8 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00228091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.558;QD=19.0563;RBI=0.0193018;REFB=-0.0146124;REVB=0.0191666;RO=20;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238533;STB=0.636211;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0223275;OID=.;OPOS=102746503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:14:5:10:10:14:5:10:10 chr10 102750623 . T C 491.81 PASS AF=0.484848;AO=47;DP=98;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.0148396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.741;QD=19.8711;RBI=0.0215672;REFB=0.00239956;REVB=0.0156503;RO=51;SAF=18;SAR=29;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300016;STB=0.523313;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.00217489;OID=.;OPOS=102750623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:51:51:47:48:0.484848:29:18:18:33:29:19:18:33 chr10 102750783 . C A 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0252422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.122;QD=23.2362;RBI=0.0353254;REFB=-0.0341043;REVB=0.0247127;RO=12;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516111;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0285465;OID=.;OPOS=102750783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:12:13:18:18:0.580645:9:9:6:6:9:9:6:7 chr10 102766574 . A G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00955966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.004;QD=14.6578;RBI=0.0128307;REFB=-0.0178637;REVB=-0.00855809;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112273;STB=0.56561;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0214366;OID=.;OPOS=102766574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:7:10:9:4:7:10 chr10 102770082 . T G 809.68 PASS AF=0.440191;AO=82;DP=199;FAO=92;FDP=209;FR=.;FRO=117;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=61;FSRR=56;FWDB=-0.0117032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4883;QD=15.4963;RBI=0.0206856;REFB=-0.0198135;REVB=0.0170566;RO=116;SAF=43;SAR=39;SRF=60;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00749517;STB=0.531055;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0275041;OID=.;OPOS=102770082;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:209:116:117:82:92:0.440191:39:43:60:56:39:53:61:56 chr10 102770327 . A G 96.57 PASS AF=0.387097;AO=13;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0377254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.999;QD=12.4607;RBI=0.129254;REFB=-0.0274814;REVB=-0.123626;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257155;STB=0.612725;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0578338;OID=.;OPOS=102770327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:13:12:0.387097:7:6:13:5:6:6:13:6 chr10 102826129 . C T 694.28 PASS AF=0.468354;AO=74;DP=158;FAO=74;FDP=158;FR=.;FRO=84;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=54;FSRR=30;FWDB=0.019474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.25;QD=17.5767;RBI=0.0198979;REFB=-0.0283959;REVB=0.0040857;RO=84;SAF=42;SAR=32;SRF=54;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745383;STB=0.541215;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0284603;OID=.;OPOS=102826129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:84:84:74:74:0.468354:32:42:54:30:32:42:54:30 chr10 102896388 . T C 269.61 PASS AF=0.313043;AO=36;DP=116;FAO=36;FDP=115;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.0335094;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.9;QD=9.37756;RBI=0.0405;REFB=-0.0193983;REVB=-0.0227458;RO=66;SAF=25;SAR=11;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245802;STB=0.675577;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0467312;OID=.;OPOS=102896388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:66:79:36:36:0.313043:11:25:32:34:11:25:35:44 chr10 102925957 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.164;QD=54.5176;RBI=0.0383617;REFB=0;REVB=0.0234503;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446244;OID=.;OPOS=102925957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr10 103124606 . A G 6391.52 PASS AF=0.86064;AO=456;DP=535;FAO=457;FDP=531;FR=.;FRO=74;FSAF=108;FSAR=349;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.00637447;FXX=0.0074765;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.465;QD=48.1471;RBI=0.00676298;REFB=0.00847726;REVB=-0.0022592;RO=76;SAF=108;SAR=348;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843852;STB=0.54595;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000286468;OID=.;OPOS=103124606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:535:531:76:74:456:457:0.86064:348:108:36:40:349:108:36:38 chr10 103124633 . T C 47.51 PASS AF=0.0555556;AO=31;DP=558;FAO=31;FDP=558;FR=.;FRO=527;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=145;FSRR=382;FWDB=0.0103411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.516;QD=0.340604;RBI=0.0136554;REFB=0.00103088;REVB=0.00891798;RO=526;SAF=9;SAR=22;SRF=145;SRR=381;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186128;STB=0.517643;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.0256042;OID=.;OPOS=103124633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:558:558:526:527:31:31:0.0555556:22:9:145:381:22:9:145:382 chr10 103124635 . C A 47.89 PASS AF=0.0556553;AO=31;DP=557;FAO=31;FDP=557;FR=.;FRO=526;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=145;FSRR=381;FWDB=0.036429;FXX=0.00179208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2933;QD=0.343907;RBI=0.0389837;REFB=0.00122358;REVB=0.0138801;RO=526;SAF=9;SAR=22;SRF=145;SRR=381;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186128;STB=0.517024;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.0227659;OID=.;OPOS=103124635;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:557:557:526:526:31:31:0.0556553:22:9:145:381:22:9:145:381 chr10 103124647 . A G 6469.29 PASS AF=0.852995;AO=470;DP=550;FAO=470;FDP=551;FR=.;FRO=81;FSAF=113;FSAR=357;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.00695092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.384;QD=46.964;RBI=0.00937392;REFB=-0.0044153;REVB=0.00628929;RO=79;SAF=113;SAR=357;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725302;STB=0.539377;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000550031;OID=.;OPOS=103124647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:550:551:79:81:470:470:0.852995:357:113:35:44:357:113:36:45 chr10 103124696 . T C 5006.97 PASS AF=0.841014;AO=357;DP=429;FAO=365;FDP=434;FR=.;FRO=69;FSAF=95;FSAR=270;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0326637;FXX=0.00458705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.789;QD=46.1472;RBI=0.0326955;REFB=-0.0342558;REVB=0.00144125;RO=69;SAF=94;SAR=263;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654386;STB=0.534821;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00237116;OID=.;OPOS=103124696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:429:434:69:69:357:365:0.841014:263:94:30:39:270:95:30:39 chr10 103124708 . T C 35.19 PASS AF=0.055409;AO=21;DP=379;FAO=21;FDP=379;FR=.;FRO=358;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=115;FSRR=243;FWDB=-0.0183466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.467;QD=0.371398;RBI=0.0183595;REFB=0.00167384;REVB=0.000687199;RO=358;SAF=3;SAR=18;SRF=115;SRR=243;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229604;STB=0.730392;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0157396;OID=.;OPOS=103124708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:379:379:358:358:21:21:0.055409:18:3:115:243:18:3:115:243 chr10 103124715 . A G 3797.92 PASS AF=0.817664;AO=275;DP=339;FAO=287;FDP=351;FR=.;FRO=64;FSAF=84;FSAR=203;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.060847;FXX=0.00284083;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.4;QD=43.2812;RBI=0.0616888;REFB=-0.0391635;REVB=0.0101563;RO=64;SAF=75;SAR=200;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713799;STB=0.531064;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00474256;OID=.;OPOS=103124715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:351:64:64:275:287:0.817664:200:75:28:36:203:84:28:36 chr10 103124726 . A G 2972.18 PASS AF=0.79021;AO=222;DP=282;FAO=226;FDP=286;FR=.;FRO=60;FSAF=81;FSAR=145;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0379593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.122;QD=41.569;RBI=0.0418029;REFB=-0.0308711;REVB=0.0175093;RO=59;SAF=77;SAR=145;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404079;STB=0.516924;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00429773;OID=.;OPOS=103124726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:286:59:60:222:226:0.79021:145:77:26:33:145:81:26:34 chr10 103124736 . C T 2225.66 PASS AF=0.759657;AO=169;DP=226;FAO=177;FDP=233;FR=.;FRO=56;FSAF=63;FSAR=114;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.00893322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.849;QD=38.2088;RBI=0.0135178;REFB=-0.0258309;REVB=0.0101453;RO=56;SAF=61;SAR=108;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160781;STB=0.509623;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00889292;OID=.;OPOS=103124736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:233:56:56:169:177:0.759657:108:61:22:34:114:63:22:34 chr10 103124746 . G A 1527.79 PASS AF=0.703911;AO=123;DP=177;FAO=126;FDP=179;FR=.;FRO=53;FSAF=41;FSAR=85;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0108358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.189;QD=34.1405;RBI=0.0157969;REFB=-0.0213838;REVB=-0.0114947;RO=53;SAF=38;SAR=85;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560442;STB=0.523489;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00626272;OID=.;OPOS=103124746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:179:53:53:123:126:0.703911:85:38:21:32:85:41:21:32 chr10 103339432 . G A 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00714873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.953;QD=18.0733;RBI=0.00733322;REFB=-0.0220936;REVB=0.00163455;RO=31;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129524;STB=0.507242;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0211179;OID=.;OPOS=103339432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:17:13:13:18:17:13:13:18 chr10 103344566 . C CG 48.8 PASS AF=0.15;AO=16;DP=81;FAO=12;FDP=80;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=47;FWDB=0.000776453;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=76.1692;QD=2.43976;RBI=0.0130797;REFB=-0.00805997;REVB=-0.0130566;RO=65;SAF=15;SAR=1;SRF=18;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.739812;STB=0.94225;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.153453;OID=.;OPOS=103344567;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15:16:81:12:80:68:11:1:21:47:48:65:15:1:18:47 chr10 103530135 . G A 53.99 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.000629731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6053;QD=8.30611;RBI=0.027111;REFB=-0.0351669;REVB=-0.0271037;RO=18;SAF=7;SAR=1;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195026;STB=0.624639;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0783473;OID=.;OPOS=103530135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:1:7:14:4:1:7:14:4 chr10 103825864 . C T 352.41 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.0407445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.982;QD=16.0184;RBI=0.0432995;REFB=0.013039;REVB=0.014654;RO=48;SAF=22;SAR=16;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910324;STB=0.559969;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0117415;OID=.;OPOS=103825864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:50:38:38:0.431818:16:22:32:16:16:22:34:16 chr10 103827737 . T G 284.31 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00730915;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.946;QD=17.496;RBI=0.0273728;REFB=-0.0198692;REVB=0.0263789;RO=35;SAF=12;SAR=19;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226756;STB=0.634492;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0169409;OID=.;OPOS=103827737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:35:34:31:31:0.476923:19:12:22:13:19:12:22:12 chr10 103867896 . C T 147.54 PASS AF=0.226804;AO=22;DP=97;FAO=22;FDP=97;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.0147495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.947;QD=6.08407;RBI=0.0196588;REFB=-0.0137757;REVB=-0.012997;RO=73;SAF=10;SAR=12;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099118;STB=0.570832;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0445455;OID=.;OPOS=103867896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:73:75:22:22:0.226804:12:10:39:34:12:10:41:34 chr10 103899049 . G A 66.45 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0160453;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.86;QD=4.50538;RBI=0.0229841;REFB=-0.00697066;REVB=-0.0164565;RO=48;SAF=3;SAR=8;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243554;STB=0.661942;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0234327;OID=.;OPOS=103899049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:59:48:48:11:11:0.186441:8:3:22:26:8:3:22:26 chr10 103900676 . A AC 49.02 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=-0.114901;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=15.6364;QD=2.88327;RBI=0.128196;REFB=-0.0241317;REVB=-0.0568512;RO=51;SAF=3;SAR=10;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.52739;STB=0.826002;STBP=0.024;TYPE=ins;VARB=0.0659136;OID=.;OPOS=103900677;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.191176:13:68:13:68:55:3:10:37:18:49:51:3:10:35:16 chr10 103904763 . TC T 93.56 PASS AF=0.555556;AO=27;DP=62;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0650086;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.08088;QD=5.94046;RBI=0.237902;REFB=-0.0321375;REVB=0.228848;RO=23;SAF=18;SAR=9;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692868;STB=0.541644;STBP=0.493;TYPE=del;VARB=0.059964;OID=.;OPOS=103904764;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:27:62:35:63:28:22:13:20:8:63:23:18:9:17:6 chr10 103920690 . G T 63.87 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0218291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.439;QD=9.46253;RBI=0.0305363;REFB=-0.0192076;REVB=-0.0213531;RO=18;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431551;STB=0.764106;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0382728;OID=.;OPOS=103920690;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:27:18:18:9:9:0.333333:2:7:7:11:2:7:7:11 chr10 103921879 . C T 117.57 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00019663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.434;QD=7.58543;RBI=0.0198345;REFB=-0.0164205;REVB=-0.0198335;RO=43;SAF=8;SAR=9;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103658;STB=0.561365;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.020207;OID=.;OPOS=103921879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:45:17:17:0.274194:9:8:24:19:9:8:25:20 chr10 103991381 . G A 317.13 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00723388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9156;QD=17.8664;RBI=0.0804535;REFB=-0.00101942;REVB=0.0801276;RO=36;SAF=21;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136447;STB=0.583775;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00283474;OID=.;OPOS=103991381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:37:34:34:0.478873:13:21:17:19:13:21:17:20 chr10 104136469 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00263323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.172;QD=57.2376;RBI=0.0363441;REFB=0;REVB=0.0362486;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108604;OID=.;OPOS=104136469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr10 104140341 . C CGTGCATCT,T 138.05 PASS AF=0.333333,0.0444444;AO=10,4;DP=48;FAO=15,2;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8,2;FSAR=7,0;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0154725,-0.00400594;FXX=0.062487;HRUN=4,1;LEN=8,1;MLLD=310.451,104.53;QD=12.2713;RBI=0.0179133,0.0190486;REFB=0.00114101,0.0144892;REVB=0.00902711,-0.0186226;RO=28;SAF=5,4;SAR=5,0;SRF=18;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.169718,0.565342;STB=0.572233,0.993405;STBP=0.484,0.296;TYPE=ins,snp;VARB=-0.002311,-0.017482;OID=.,.;OPOS=104140342,104140341;OREF=-,C;OALT=GTGCATCT,T;OMAPALT=CGTGCATCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:45:28:28:10,4:15,2:0.333333,0.0444444:5,0:5,4:18:10:7,0:8,2:18:10 chr10 104160434 . A G 770.37 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690733;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.764;QD=64.1977;RBI=0.021653;REFB=0;REVB=-0.0205218;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134043;OID=.;OPOS=104160434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr10 104174895 . G A 500.86 PASS AF=0.580247;AO=45;DP=79;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.126425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.063;QD=24.7337;RBI=0.132358;REFB=-0.054338;REVB=0.0391839;RO=34;SAF=19;SAR=26;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805462;STB=0.53564;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0429672;OID=.;OPOS=104174895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:34:34:45:47:0.580247:26:19:11:23:28:19:11:23 chr10 104176759 . C T 94.64 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0325597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.741;QD=10.8156;RBI=0.0325638;REFB=-0.0075354;REVB=-0.000511086;RO=23;SAF=10;SAR=2;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404059;STB=0.746662;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0268716;OID=.;OPOS=104176759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:2:10:12:11:2:10:12:11 chr10 104184953 . C G 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0152106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.389;QD=18.6417;RBI=0.022166;REFB=-0.0265193;REVB=0.0161235;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171704;STB=0.587013;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0360849;OID=.;OPOS=104184953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:8:13:10:13:8:13:11:13 chr10 104214048 . A T 270.56 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0321349;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.332;QD=22.5469;RBI=0.0344564;REFB=-0.0168111;REVB=0.0124334;RO=23;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107227;STB=0.559952;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0144408;OID=.;OPOS=104214048;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:23:23:25:25:0.520833:14:11:13:10:14:11:13:10 chr10 104229785 . C T 243.34 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0399373;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=299.231;QD=12.8074;RBI=0.040092;REFB=-0.014286;REVB=0.00351869;RO=46;SAF=11;SAR=18;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876783;STB=0.540248;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0255688;OID=.;OPOS=104229785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:47:29:29:0.381579:18:11:14:32:18:11:15:32 chr10 104231054 . A G 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00188138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.947;QD=13.9183;RBI=0.0553694;REFB=-0.0347665;REVB=-0.0553375;RO=37;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148428;STB=0.584588;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0357331;OID=.;OPOS=104231054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:11:15:16:21:11:15:16:21 chr10 104236457 . C T 740.92 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211666;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7739;QD=56.9939;RBI=0.0468524;REFB=0;REVB=-0.0417986;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126856;OID=.;OPOS=104236457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:36:16:0:0:36:16:0:0 chr10 104239100 . T C 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0161087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.793;QD=15.4997;RBI=0.0291567;REFB=-0.0179858;REVB=0.0243027;RO=40;SAF=21;SAR=10;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186482;STB=0.605699;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0193363;OID=.;OPOS=104239100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:10:21:20:20:10:21:20:20 chr10 104386934 . T C 458.71 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.0304128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3226;QD=16.9891;RBI=0.0314381;REFB=0.0133433;REVB=-0.00796313;RO=57;SAF=34;SAR=16;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270383;STB=0.655266;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0153556;OID=.;OPOS=104386934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:58:50:50:0.462963:16:34:23:34:16:34:23:35 chr10 104389932 . T G 1899.7 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488094;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.014;QD=61.779;RBI=0.0555469;REFB=0;REVB=0.026516;RO=0;SAF=47;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.8673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61446e-05;OID=.;OPOS=104389932;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:123:0:0:112:123:1:65:47:0:0:68:55:0:0 chr10 104435746 . C T 1139.51 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171208;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.491;QD=60.7737;RBI=0.0199584;REFB=0;REVB=-0.0102574;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152127;OID=.;OPOS=104435746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:34:40:0:0:34:41:0:0 chr10 104436620 . C T 221.73 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0168241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.421;QD=12.3184;RBI=0.0280377;REFB=-0.00694474;REVB=-0.022429;RO=44;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196588;STB=0.605859;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0120675;OID=.;OPOS=104436620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:45:27:27:0.375:11:16:18:26:11:16:19:26 chr10 104436641 . C T 257.14 PASS AF=0.518519;AO=25;DP=52;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00714235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.897;QD=19.0472;RBI=0.00953642;REFB=-0.0167989;REVB=0.00631903;RO=26;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123881;STB=0.571378;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0240914;OID=.;OPOS=104436641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:26:26:25:28:0.518519:11:14:11:15:12:16:11:15 chr10 104595102 . A C 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0358508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0084;QD=13.8304;RBI=0.0656985;REFB=-0.0296556;REVB=-0.0550546;RO=39;SAF=17;SAR=10;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157371;STB=0.508975;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0437425;OID=.;OPOS=104595102;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:10:17:24:15:10:17:24:15 chr10 104596924 . C A 1884.3 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315736;FXX=0.0161277;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.681;QD=61.7803;RBI=0.00632589;REFB=0;REVB=0.0054816;RO=0;SAF=61;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65532e-06;OID=.;OPOS=104596924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:122:0:0:122:122:1:61:61:0:0:61:61:0:0 chr10 104596981 . G A 2334.61 PASS AF=0.993548;AO=152;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00514238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1091;QD=60.2481;RBI=0.0359902;REFB=-0.0599813;REVB=0.0356209;RO=0;SAF=63;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000209771;OID=.;OPOS=104596981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:155:155:0:1:152:154:0.993548:89:63:0:0:91:63:1:0 chr10 104638723 . T C 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0205575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.77;QD=22.9824;RBI=0.0205687;REFB=0.000661108;REVB=0.00067687;RO=22;SAF=9;SAR=16;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172187;STB=0.595261;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.000443103;OID=.;OPOS=104638723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:16:9:4:18:16:9:4:18 chr10 104661484 . T C 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00781228;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=354.02;QD=12.3074;RBI=0.0192398;REFB=-0.00561663;REVB=-0.0175823;RO=41;SAF=13;SAR=12;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151403;STB=0.58673;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0112491;OID=.;OPOS=104661484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:12:13:27:14:12:13:27:14 chr10 104679598 . G A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0152032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.202;QD=11.831;RBI=0.0167147;REFB=-0.00339448;REVB=0.00694566;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35761;STB=0.712982;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00425935;OID=.;OPOS=104679598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:8:3:11:7:8:3:11:7 chr10 104814162 . T C 2015.9 PASS AF=0.984962;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.014437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7277;QD=60.6286;RBI=0.0483577;REFB=-0.0776904;REVB=0.0461524;RO=1;SAF=71;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785553;STB=0.508195;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000966189;OID=.;OPOS=104814162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:133:1:2:131:131:0.984962:60:71:0:1:60:71:0:2 chr10 104836940 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.025758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9159;QD=12.8602;RBI=0.038448;REFB=-0.018416;REVB=0.0285443;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639024;STB=0.538351;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0490285;OID=.;OPOS=104836940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:4:4:3:4:4:4 chr10 104837816 . G A 1485.76 PASS AF=1;AO=94;DP=97;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603368;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.006;QD=62.5582;RBI=0.0604968;REFB=-0.104977;REVB=0.00439724;RO=0;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137472;OID=.;OPOS=104837816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:97:95:0:0:94:95:1:51:43:0:0:51:44:0:0 chr10 104849468 . G A 497.87 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00282576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.367;QD=21.1859;RBI=0.00291411;REFB=-0.0275155;REVB=-0.000712092;RO=46;SAF=27;SAR=21;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749247;STB=0.541426;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0256011;OID=.;OPOS=104849468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:46:48:48:0.510638:21:27:22:24:21:27:22:24 chr10 104851396 . G T 1179.66 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0459102;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.481;QD=59.7294;RBI=0.0495579;REFB=-0.0606181;REVB=0.0186612;RO=0;SAF=16;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514282;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000194761;OID=.;OPOS=104851396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:0:1:77:78:0.987342:61:16:0:0:61:17:1:0 chr10 104855670 . G A 738.99 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00852703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.447;QD=54.7403;RBI=0.0494563;REFB=-0.0618566;REVB=-0.0487157;RO=1;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285241;STB=0.515146;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.000267368;OID=.;OPOS=104855670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:52:53:0.981481:16:36:0:1:16:37:0:1 chr10 104934709 . T C 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0147574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.157;QD=19.9927;RBI=0.0151218;REFB=0.00344565;REVB=0.00329984;RO=23;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145295;STB=0.508189;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.0051838;OID=.;OPOS=104934709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:7:15:16:7:7:15:16:7 chr10 105037862 . G A 146.65 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0214808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.69;QD=11.7316;RBI=0.0229597;REFB=-0.01215;REVB=-0.00810697;RO=33;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180265;STB=0.510626;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0254511;OID=.;OPOS=105037862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:9:8:15:18:9:8:15:18 chr10 105049105 . C G 1345.64 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0167881;FXX=0.0219756;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.917;QD=60.4782;RBI=0.0311247;REFB=-0.027679;REVB=0.026209;RO=1;SAF=49;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957246;STB=0.504949;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000201755;OID=.;OPOS=105049105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:89:1:1:87:88:0.988764:38:49:1:0:38:50:1:0 chr10 105151973 . GT G 72.47 PASS AF=0.397959;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=14;FWDB=0.015069;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.66395;QD=2.95787;RBI=0.110589;REFB=-0.0600728;REVB=0.109558;RO=50;SAF=24;SAR=15;SRF=39;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183668;STB=0.597874;STBP=0.166;TYPE=del;VARB=0.0401813;OID=.;OPOS=105151974;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.397959:39:97:39:98:59:24:15:45:14:72:50:24:15:39:11 chr10 105154089 . A G 687.11 PASS AF=0.523077;AO=68;DP=130;FAO=68;FDP=130;FR=.;FRO=62;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.027309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5678;QD=21.1419;RBI=0.0332866;REFB=-0.0223489;REVB=-0.019032;RO=61;SAF=39;SAR=29;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000212199;STB=0.503471;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0157065;OID=.;OPOS=105154089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:61:62:68:68:0.523077:29:39:35:26:29:39:36:26 chr10 105174796 . T C 643.71 PASS AF=0.451613;AO=70;DP=156;FAO=70;FDP=155;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=-0.0129115;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.168;QD=16.6119;RBI=0.0144548;REFB=-0.0160044;REVB=0.00649874;RO=85;SAF=35;SAR=35;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870845;STB=0.548373;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0196566;OID=.;OPOS=105174796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:85:85:70:70:0.451613:35:35:35:50:35:35:35:50 chr10 105174869 . G A 733.07 PASS AF=0.458824;AO=78;DP=170;FAO=78;FDP=170;FR=.;FRO=92;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=0.00991324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.702;QD=17.2487;RBI=0.0359774;REFB=-0.0101017;REVB=0.0345847;RO=91;SAF=35;SAR=43;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00179709;STB=0.504263;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0113627;OID=.;OPOS=105174869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:91:92:78:78:0.458824:43:35:41:50:43:35:42:50 chr10 105194086 . C T 472.21 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0712509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7768;QD=55.554;RBI=0.0763076;REFB=-0.120718;REVB=-0.0273158;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.512813;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00421009;OID=.;OPOS=105194086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:14:19:0:0:14:19:1:0 chr10 105205302 . A C 279.1 PASS AF=0.54902;AO=26;DP=49;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0256091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0337;QD=21.8905;RBI=0.0574971;REFB=-0.0315553;REVB=0.0514791;RO=23;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798965;STB=0.556199;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0301565;OID=.;OPOS=105205302;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:23:23:26:28:0.54902:9:17:13:10:9:19:13:10 chr10 105215016 . A G 799.48 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.524;QD=63.9588;RBI=0.0254326;REFB=0;REVB=0.00381454;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116236;OID=.;OPOS=105215016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:23:26:0:0:23:27:0:0 chr10 105218252 . A G 1945.81 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.009;QD=60.8064;RBI=0.0340819;REFB=0;REVB=0.00537153;RO=1;SAF=61;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772532;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71726e-05;OID=.;OPOS=105218252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:125:128:1:0:124:128:1:63:61:1:0:64:64:0:0 chr10 105218359 . T C 1343.82 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00255639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.874;QD=61.0827;RBI=0.00395728;REFB=-0.136205;REVB=-0.00302075;RO=1;SAF=59;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166196;STB=0.50877;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.000571421;OID=.;OPOS=105218359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:87:87:0.988636:28:59:0:1:28:59:0:1 chr10 105233110 . C T 449.55 PASS AF=0.672131;AO=38;DP=59;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0322354;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2729;QD=29.4787;RBI=0.0998532;REFB=-0.0538209;REVB=0.0945069;RO=21;SAF=18;SAR=20;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0016387;STB=0.520958;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0328067;OID=.;OPOS=105233110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:21:20:38:41:0.672131:20:18:10:11:22:19:8:12 chr10 105236269 . C T 113.68 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00522947;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.378;QD=8.1203;RBI=0.0139614;REFB=-0.00347379;REVB=-0.012945;RO=39;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166945;STB=0.589178;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0128082;OID=.;OPOS=105236269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:40:16:16:0.285714:8:8:14:25:8:8:15:25 chr10 105359988 . C T 641.93 PASS AF=0.552632;AO=63;DP=114;FAO=63;FDP=114;FR=.;FRO=51;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0149104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.444;QD=22.5239;RBI=0.015367;REFB=-0.0208433;REVB=-0.00371827;RO=50;SAF=37;SAR=26;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226641;STB=0.508588;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0193686;OID=.;OPOS=105359988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:50:51:63:63:0.552632:26:37:28:22:26:37:29:22 chr10 105361816 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0743447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3772;QD=45.8058;RBI=0.0777027;REFB=0;REVB=-0.0225958;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00099229;OID=.;OPOS=105361816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr10 105362104 . G A 124.28 PASS AF=0.405405;AO=12;DP=35;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0140076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.848;QD=13.436;RBI=0.0287676;REFB=-0.00833152;REVB=0.0251269;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249809;STB=0.652294;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00978585;OID=.;OPOS=105362104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:22:22:12:15:0.405405:6:6:16:6:8:7:16:6 chr10 105362179 . G A 300.32 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0174934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.191;QD=24.5158;RBI=0.0195145;REFB=-0.0275071;REVB=0.00864859;RO=22;SAF=17;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584047;STB=0.503244;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0242268;OID=.;OPOS=105362179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:10:17:14:8:10:17:14:8 chr10 105362209 . T C 657.86 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.772;QD=61.1966;RBI=0.0707188;REFB=0;REVB=-0.0616367;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114025;OID=.;OPOS=105362209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:13:29:0:0:13:30:0:0 chr10 105362287 . C G 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00285655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8621;QD=19.9281;RBI=0.0110335;REFB=0.00129586;REVB=-0.0106573;RO=9;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102793;OID=.;OPOS=105362287;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:4:8:6:3:4:8:6:3 chr10 105657316 . G C 857.19 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0278335;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.156;QD=56.2091;RBI=0.0357859;REFB=-0.154026;REVB=0.0224928;RO=1;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184984;STB=0.509431;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000703218;OID=.;OPOS=105657316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:1:1:59:60:0.983607:25:34:0:1:26:34:0:1 chr10 105657363 . C G 258.31 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.00600891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7236;QD=13.9628;RBI=0.026158;REFB=-0.00237809;REVB=0.0254585;RO=44;SAF=14;SAR=16;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223134;STB=0.626254;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0028573;OID=.;OPOS=105657363;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:16:14:30:14:16:14:30:14 chr10 105659826 . T C 1339.45 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.682;QD=62.2999;RBI=0.056558;REFB=0;REVB=0.0271174;RO=0;SAF=53;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188645;OID=.;OPOS=105659826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:33:53:0:0:33:53:0:0 chr10 105659844 . G A 275.4 PASS AF=0.33;AO=32;DP=99;FAO=33;FDP=100;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0254626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9873;QD=11.0158;RBI=0.0289401;REFB=-0.0125567;REVB=0.0137543;RO=64;SAF=18;SAR=14;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182742;STB=0.535034;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0249957;OID=.;OPOS=105659844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:64:67:32:33:0.33:14:18:37:27:15:18:40:27 chr10 105758670 . A G 576.31 PASS AF=0.442029;AO=61;DP=139;FAO=61;FDP=138;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.00137013;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.125;QD=16.7045;RBI=0.0021692;REFB=0.00904861;REVB=0.00168172;RO=77;SAF=34;SAR=27;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00107868;STB=0.500602;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.0073422;OID=.;OPOS=105758670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:77:77:61:61:0.442029:27:34:43:34:27:34:43:34 chr10 105778656 . G A 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0294307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.22;QD=7.03217;RBI=0.0455212;REFB=-0.0109443;REVB=-0.0347278;RO=26;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24387;STB=0.651856;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0414135;OID=.;OPOS=105778656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:5:4:17:9:5:4:17:9 chr10 105793750 . T C 258.63 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.020844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.374;QD=16.421;RBI=0.02891;REFB=-0.0104685;REVB=-0.0200328;RO=34;SAF=19;SAR=10;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236396;STB=0.63324;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.013814;OID=.;OPOS=105793750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:10:19:14:20:10:19:14:20 chr10 105796819 . A G 785.14 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00437753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5151;QD=57.1008;RBI=0.0479523;REFB=0;REVB=-0.0477521;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000620491;OID=.;OPOS=105796819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr10 105798872 . T C 1973.3 PASS AF=0.970149;AO=128;DP=133;FAO=130;FDP=134;FR=.;FRO=4;FSAF=67;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00951837;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.244;QD=58.9045;RBI=0.0285173;REFB=-0.0882304;REVB=0.0268819;RO=4;SAF=66;SAR=62;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000899958;STB=0.50046;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00272936;OID=.;OPOS=105798872;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:133:134:4:4:128:130:0.970149:62:66:2:2:63:67:2:2 chr10 105799216 . G T 1637.19 PASS AF=1;AO=105;DP=108;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.966;QD=58.9979;RBI=0.027231;REFB=0;REVB=0.0251639;RO=3;SAF=70;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240139;OID=.;OPOS=105799216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:111:3:0:105:111:1:35:70:2:1:37:74:0:0 chr10 105801253 . G A 663.06 PASS AF=0.980392;AO=32;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0536523;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4938;QD=52.0043;RBI=0.156749;REFB=-0.141298;REVB=0.147281;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0171127;OID=.;OPOS=105801253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:51:0:1:32:50:0.980392:18:14:0:0:21:29:0:1 chr10 105805497 . C T 615.26 PASS AF=0.43871;AO=68;DP=155;FAO=68;FDP=155;FR=.;FRO=87;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=-0.00148764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.264;QD=15.8776;RBI=0.0279625;REFB=0.0114741;REVB=-0.0279229;RO=87;SAF=47;SAR=21;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129177;STB=0.572306;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0140476;OID=.;OPOS=105805497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:87:87:68:68:0.43871:21:47:50:37:21:47:50:37 chr10 105810400 . T C 706.91 PASS AF=0.452381;AO=76;DP=168;FAO=76;FDP=168;FR=.;FRO=92;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=0.0118872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.543;QD=16.8313;RBI=0.0124433;REFB=-0.00939274;REVB=0.00367815;RO=92;SAF=45;SAR=31;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490765;STB=0.52728;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0137953;OID=.;OPOS=105810400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:92:92:76:76:0.452381:31:45:50:42:31:45:50:42 chr10 105816916 . C T 2206.07 PASS AF=1;AO=139;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00057845;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0398;QD=62.5835;RBI=0.0098998;REFB=-0.0775562;REVB=0.00988289;RO=1;SAF=70;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674392;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26146e-05;OID=.;OPOS=105816916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:141:141:1:0:139:141:1:69:70:1:0:70:71:0:0 chr10 105817891 . G A 321.97 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-4.84867e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.415;QD=13.9987;RBI=0.0158849;REFB=0.00526843;REVB=-0.0158849;RO=56;SAF=18;SAR=18;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114788;STB=0.565182;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.00706564;OID=.;OPOS=105817891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:18:18:34:22:18:18:34:22 chr10 105819405 . C T 205.43 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.013392;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3802;QD=9.33763;RBI=0.0157488;REFB=-0.00492902;REVB=0.00828742;RO=61;SAF=13;SAR=14;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127684;STB=0.599927;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0106581;OID=.;OPOS=105819405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:61:61:27:27:0.306818:14:13:36:25:15:12:36:25 chr10 105819956 . G A 739.4 PASS AF=0.472727;AO=76;DP=162;FAO=78;FDP=165;FR=.;FRO=87;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=-0.0197414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9056;QD=17.9248;RBI=0.0252872;REFB=-0.0179084;REVB=-0.0158026;RO=85;SAF=42;SAR=34;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111722;STB=0.559464;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0211167;OID=.;OPOS=105819956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:165:85:87:76:78:0.472727:34:42:37:48:36:42:37:50 chr10 105824333 . G A 187.67 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00609594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.12;QD=12.7232;RBI=0.00877912;REFB=-0.0142097;REVB=-0.00631764;RO=36;SAF=7;SAR=16;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686023;STB=0.539594;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0309769;OID=.;OPOS=105824333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:16:7:13:23:16:7:13:23 chr10 105957714 . A G 643.37 PASS AF=0.435583;AO=71;DP=164;FAO=71;FDP=163;FR=.;FRO=92;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=-0.00167306;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0022;QD=15.7883;RBI=0.025764;REFB=-7.84406e-05;REVB=0.0257096;RO=92;SAF=26;SAR=45;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161045;STB=0.589981;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.000413188;OID=.;OPOS=105957714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:92:92:71:71:0.435583:45:26:48:44:45:26:48:44 chr10 105963553 . A G 94.24 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00548864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.732;QD=10.4716;RBI=0.0398412;REFB=-0.000164819;REVB=0.0394613;RO=24;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191176;STB=0.615187;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00222475;OID=.;OPOS=105963553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:4:8:12:12:4:8:12:12 chr10 106022789 . C A 615.67 PASS AF=0.516667;AO=62;DP=120;FAO=62;FDP=120;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0151698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.356;QD=20.5222;RBI=0.0165337;REFB=-0.0221912;REVB=0.00657587;RO=58;SAF=26;SAR=36;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131669;STB=0.572483;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0189087;OID=.;OPOS=106022789;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:58:58:62:62:0.516667:36:26:33:25:36:26:33:25 chr10 106028154 . G A 191.48 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0342007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.959;QD=9.69509;RBI=0.0342547;REFB=-0.00663689;REVB=-0.00192304;RO=53;SAF=2;SAR=23;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.604266;STB=0.869268;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0174448;OID=.;OPOS=106028154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:53:54:25:25:0.316456:23:2:26:27:23:2:27:27 chr10 106028157 . G T 179.88 PASS AF=0.316456;AO=22;DP=77;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.062425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.503;QD=9.10781;RBI=0.0650319;REFB=-0.0099931;REVB=0.0182281;RO=54;SAF=2;SAR=20;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.587765;STB=0.869268;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0362125;OID=.;OPOS=106028157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:54:54:22:25:0.316456:20:2:27:27:23:2:27:27 chr10 106039185 . A G 561.41 PASS AF=0.527778;AO=57;DP=108;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0178025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.545;QD=20.793;RBI=0.0243034;REFB=-0.00929915;REVB=-0.0165446;RO=51;SAF=26;SAR=31;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079717;STB=0.543844;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00987648;OID=.;OPOS=106039185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:51:51:57:57:0.527778:31:26:28:23:31:26:28:23 chr10 106602537 . C T 257.89 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00395604;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.596;QD=16.1182;RBI=0.00521335;REFB=-0.0254191;REVB=0.00339541;RO=35;SAF=17;SAR=12;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720445;STB=0.540513;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0226247;OID=.;OPOS=106602537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:35:35:29:29:0.453125:12:17:23:12:12:17:23:12 chr10 106907440 . C T 632.82 PASS AF=0.4375;AO=68;DP=162;FAO=70;FDP=160;FR=.,HEALED;FRO=90;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=-0.0701493;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.296;QD=15.8205;RBI=0.0776825;REFB=-0.0265681;REVB=0.0333715;RO=72;SAF=28;SAR=40;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311751;STB=0.593958;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0396882;OID=.;OPOS=106907440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:160:72:90:68:70:0.4375:40:28:32:40:42:28:51:39 chr10 106982992 . C T 300.32 PASS AF=0.231884;AO=45;DP=204;FAO=48;FDP=207;FR=.;FRO=159;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=85;FSRR=74;FWDB=-0.0672364;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.498;QD=5.80328;RBI=0.0675229;REFB=-0.00754824;REVB=0.0062144;RO=157;SAF=30;SAR=15;SRF=84;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174048;STB=0.571398;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0291425;OID=.;OPOS=106982992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:207:157:159:45:48:0.231884:15:30:84:73:18:30:85:74 chr10 107023823 . C T 65.51 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0221464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.271;QD=4.367;RBI=0.0237106;REFB=-0.00744181;REVB=-0.00846925;RO=49;SAF=10;SAR=1;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.554206;STB=0.876422;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0280054;OID=.;OPOS=107023823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:60:60:49:49:11:11:0.183333:1:10:25:24:1:10:25:24 chr10 108380213 . G A 748.66 PASS AF=0.5;AO=77;DP=154;FAO=77;FDP=154;FR=.;FRO=77;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=-0.0145178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.814;QD=19.4457;RBI=0.0199255;REFB=-0.00833597;REVB=-0.0136477;RO=76;SAF=45;SAR=32;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182143;STB=0.596952;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0144084;OID=.;OPOS=108380213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:76:77:77:77:0.5:32:45:29:47:32:45:30:47 chr10 108389111 . A G 407.54 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.00775799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.146;QD=14.2998;RBI=0.0078519;REFB=-0.00487628;REVB=0.00121074;RO=67;SAF=21;SAR=26;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109729;STB=0.561822;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00837427;OID=.;OPOS=108389111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:67:67:47:47:0.412281:26:21:37:30:26:21:37:30 chr10 108432720 . C T 120.97 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0332512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.147;QD=6.91254;RBI=0.0332915;REFB=-0.00806779;REVB=-0.00163653;RO=52;SAF=7;SAR=11;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136644;STB=0.583508;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0163468;OID=.;OPOS=108432720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:52:52:18:18:0.257143:11:7:26:26:11:7:26:26 chr10 108489874 . TAA ATA,TA,T 224.61 PASS AF=0.0941176,0.541176,0.0117647;AO=9,30,9;DP=85;FAO=8,46,1;FDP=85;FR=.;FRO=30;FSAF=0,21,0;FSAR=8,25,1;FSRF=26;FSRR=4;FWDB=0.0103787,0.135991,0.0686485;FXX=0;HRUN=1,6,6;LEN=2,1,2;MLLD=198.511,8.11607,16.7069;QD=10.5698;RBI=0.0831471,0.280251,0.143062;REFB=-0.00667751,-0.0955599,-0.0483904;REVB=-0.0824968,-0.245045,-0.125515;RO=30;SAF=0,15,0;SAR=9,15,9;SRF=27;SRR=3;SSEN=0,0.358974,0.358974;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.850913,-0.364025,-0.850913;STB=0.99921,0.658569,0.99678;STBP=0,0.003,0.061;TYPE=mnp,del,del;VARB=-0.0281903,0.0357128,0.0609373;OID=.,.,.;OPOS=108489874,108489875,108489875;OREF=TA,A,AA;OALT=AT,-,-;OMAPALT=ATA,TA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:86:85:85:30:30:9,30,9:8,46,1:0.0941176,0.541176,0.0117647:9,15,9:0,15,0:27:3:8,25,1:0,21,0:26:4 chr10 108716283 . C A 99.22 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0391814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.916;QD=6.50623;RBI=0.0505609;REFB=-0.0110296;REVB=-0.0319565;RO=46;SAF=8;SAR=7;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932735;STB=0.557447;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0322336;OID=.;OPOS=108716283;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:46:46:15:15:0.245902:7:8:28:18:7:8:28:18 chr10 108729824 . C T 1511.13 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177791;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8439;QD=59.8466;RBI=0.0201794;REFB=0;REVB=-0.00954526;RO=0;SAF=61;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236646;OID=.;OPOS=108729824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:40:61:0:0:40:61:0:0 chr10 108924008 . G A 78.63 PASS AF=0.275;AO=10;DP=39;FAO=11;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0396765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.931;QD=7.86342;RBI=0.040514;REFB=-0.002843;REVB=-0.00819482;RO=24;SAF=8;SAR=2;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338027;STB=0.562044;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0101893;OID=.;OPOS=108924008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:39:40:24:29:10:11:0.275:2:8:13:11:3:8:19:10 chr10 109221364 . G A 871.28 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0311265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.11;QD=56.2117;RBI=0.0319932;REFB=-0.0392324;REVB=-0.00739619;RO=1;SAF=15;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304239;STB=0.516124;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00181566;OID=.;OPOS=109221364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:46:15:1:0:46:15:1:0 chr10 111647848 . C T 339.26 PASS AF=0.298701;AO=46;DP=154;FAO=46;FDP=154;FR=.;FRO=108;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=68;FWDB=0.0190564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.779;QD=8.8119;RBI=0.0273359;REFB=-0.0186038;REVB=-0.0195986;RO=108;SAF=22;SAR=24;SRF=40;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131018;STB=0.576278;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0452095;OID=.;OPOS=111647848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:108:108:46:46:0.298701:24:22:40:68:24:22:40:68 chr10 111893124 . AG CT 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00979456;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=120.14;QD=16.0718;RBI=0.0110077;REFB=-0.00938978;REVB=0.0050235;RO=35;SAF=11;SAR=18;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187556;STB=0.60579;STBP=0.137;TYPE=mnp;VARB=0.0100412;OID=.;OPOS=111893124;OREF=AG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:18:11:20:15:18:11:20:15 chr10 112044841 . TTAAAAC T,TT 135.84 PASS AF=0.0181818,0.363636;AO=4,15;DP=32;FAO=1,20;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=1,8;FSAR=0,12;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.018695,0.0194728;FXX=0.0833194;HRUN=3,4;LEN=6,5;MLLD=144.376,147.015;QD=9.87944;RBI=0.0266639,0.0239904;REFB=-0.0107732,-0.0111963;REVB=0.0190121,0.0140124;RO=0;SAF=4,3;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.31058;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.987714,0.634904;STBP=0.466,0.135;TYPE=del,del;VARB=-0.0270149,0.0143112;OID=.,.;OPOS=112044842,112044843;OREF=TAAAAC,AAAAC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0181818,0.363636:4,15:32:1,20:55:34:1,8:0,12:21:13:99:0:4,3:0,12:0:0 chr10 112266771 . C T 346.27 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=38;FWDB=0.00889734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8618;QD=16.891;RBI=0.0753973;REFB=0.00483502;REVB=0.0748705;RO=44;SAF=2;SAR=35;SRF=6;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273053;STB=0.683169;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00422275;OID=.;OPOS=112266771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:45:37:37:0.45122:35:2:6:38:35:2:7:38 chr10 112266822 . GC AT 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227697;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.504;QD=59.5018;RBI=0.0237589;REFB=0;REVB=-0.00678426;RO=0;SAF=2;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.04628e-05;OID=.;OPOS=112266822;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:67:2:0:0:67:2:0:0 chr10 112271241 . GGTT G 198.75 PASS AF=0.363636;AO=33;DP=86;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.00101973;FXX=0.0294089;HRUN=2;LEN=3;MLLD=244.799;QD=8.03048;RBI=0.0112704;REFB=-0.0105764;REVB=0.0112241;RO=42;SAF=12;SAR=21;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00698372;STB=0.524281;STBP=0.725;TYPE=del;VARB=0.0167417;OID=.;OPOS=112271242;OREF=GTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:33:86:36:99:63:13:23:25:38:99:42:12:21:15:27 chr10 112361870 . A G 1306.04 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0834862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6722;QD=60.7458;RBI=0.0932683;REFB=0.0141157;REVB=0.0415817;RO=1;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938023;STB=0.504853;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000353079;OID=.;OPOS=112361870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:1:1:84:85:0.988372:50:34:0:1:51:34:0:1 chr10 112402492 . G T 1693.83 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.923;QD=60.494;RBI=0.0283669;REFB=0;REVB=-0.0210671;RO=0;SAF=46;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08749e-06;OID=.;OPOS=112402492;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:65:46:0:0:65:47:0:0 chr10 112572458 . G C 1396.32 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00900856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.4022;QD=62.7558;RBI=0.0303904;REFB=0;REVB=0.0290245;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120296;OID=.;OPOS=112572458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:46:42:0:0:47:42:0:0 chr10 112595719 . G C 965.83 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00441699;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.345;QD=59.4354;RBI=0.111338;REFB=0;REVB=0.111251;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165932;OID=.;OPOS=112595719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:24:40:0:0:25:40:0:0 chr10 112641053 . A G 685.43 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017686;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.373;QD=54.8345;RBI=0.138441;REFB=-0.0643668;REVB=0.137307;RO=1;SAF=40;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116232;STB=0.50617;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000768726;OID=.;OPOS=112641053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:50:1:1:49:49:0.98:9:40:1:0:9:40:1:0 chr10 112658060 . G A 524.12 PASS AF=0.531915;AO=48;DP=92;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0103453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4716;QD=22.3032;RBI=0.0104738;REFB=-0.018603;REVB=-0.00163578;RO=44;SAF=22;SAR=26;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00330589;STB=0.50257;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0125275;OID=.;OPOS=112658060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:44:44:48:50:0.531915:26:22:20:24:27:23:20:24 chr10 112838892 . C A 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00878464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.995;QD=21.7465;RBI=0.0147991;REFB=-0.0227869;REVB=0.0119098;RO=20;SAF=18;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202261;STB=0.614791;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0158059;OID=.;OPOS=112838892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:4:18:13:7:4:18:13:7 chr10 112840171 . A G 745.05 PASS AF=0.456647;AO=79;DP=174;FAO=79;FDP=173;FR=.;FRO=94;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=-0.0094914;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.739;QD=17.2266;RBI=0.0146869;REFB=-0.00303579;REVB=-0.0112079;RO=92;SAF=44;SAR=35;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344724;STB=0.513742;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00533373;OID=.;OPOS=112840171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:92:94:79:79:0.456647:35:44:48:44:35:44:50:44 chr10 113913222 . T C 308.44 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0174833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.149;QD=16.4503;RBI=0.0212966;REFB=-0.0131867;REVB=0.0121605;RO=40;SAF=14;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501436;STB=0.525676;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0125145;OID=.;OPOS=113913222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:40:41:33:34:0.453333:19:14:19:21:19:15:20:21 chr10 113917085 . T A 540.44 PASS AF=0.504425;AO=56;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0112488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.431;QD=19.1306;RBI=0.0113281;REFB=-0.00855782;REVB=-0.00133836;RO=56;SAF=26;SAR=30;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162146;STB=0.5042;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0105617;OID=.;OPOS=113917085;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:56:56:57:0.504425:30:26:27:29:30:27:27:29 chr10 113920465 . G A 1023.42 PASS AF=0.486239;AO=105;DP=217;FAO=106;FDP=218;FR=.;FRO=112;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=0.00211645;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.102;QD=18.7784;RBI=0.0279365;REFB=-0.0177767;REVB=0.0278562;RO=111;SAF=50;SAR=55;SRF=59;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516257;STB=0.528018;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0192692;OID=.;OPOS=113920465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:111:112:105:106:0.486239:55:50:59:52:55:51:60:52 chr10 113935379 . T C 156.24 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0839207;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.7874;QD=16.8912;RBI=0.0952838;REFB=0.00909194;REVB=0.0451256;RO=19;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211913;STB=0.60899;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0130544;OID=.;OPOS=113935379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:11:6:11:8:11:6:11:9 chr10 113940329 . T C 577.34 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=109;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0451227;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.46;QD=21.3828;RBI=0.0512528;REFB=-0.0336632;REVB=0.0243061;RO=50;SAF=23;SAR=35;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155712;STB=0.585556;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0242202;OID=.;OPOS=113940329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:50:50:58:58:0.537037:35:23:29:21:35:23:29:21 chr10 114053546 . C G 913.81 PASS AF=0.476684;AO=92;DP=193;FAO=92;FDP=193;FR=.;FRO=101;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=-0.0033617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9641;QD=18.9391;RBI=0.0393875;REFB=0.00711621;REVB=0.0392438;RO=101;SAF=51;SAR=41;SRF=42;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130828;STB=0.572182;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0104598;OID=.;OPOS=114053546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:101:101:92:92:0.476684:41:51:42:59:41:51:42:59 chr10 114059330 . TCTCTGTTTTC T 220.15 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0107325;FXX=0.104145;HRUN=1;LEN=10;MLLD=329.874;QD=20.479;RBI=0.0107766;REFB=-0.00588901;REVB=0.00097389;RO=16;SAF=13;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221394;STB=0.629833;STBP=0.095;TYPE=del;VARB=0.00500714;OID=.;OPOS=114059331;OREF=CTCTGTTTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488372:20:43:21:43:22:13:8:8:14:99:16:13:7:6:10 chr10 114186624 . G A 1493.7 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000748905;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6445;QD=58.5765;RBI=0.00854;REFB=0.0995014;REVB=0.0085071;RO=1;SAF=47;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998727;STB=0.505262;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000506731;OID=.;OPOS=114186624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:54:47:1:0:54:47:1:0 chr10 114200355 . G A 199.62 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.041168;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9574;QD=11.4071;RBI=0.0550729;REFB=0.00546311;REVB=-0.0365817;RO=46;SAF=17;SAR=8;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232515;STB=0.641393;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0115434;OID=.;OPOS=114200355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:46:45:25:25:0.357143:8:17:22:24:8:17:21:24 chr10 114831434 . A T 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0114148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.801;QD=16.2364;RBI=0.013672;REFB=-0.0137763;REVB=0.00752494;RO=36;SAF=11;SAR=19;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229849;STB=0.51295;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0187407;OID=.;OPOS=114831434;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:19:11:14:22:19:11:14:22 chr10 114925436 . G A 125.6 PASS AF=0.340909;AO=13;DP=43;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=27;FWDB=-0.00873384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8924;QD=11.4178;RBI=0.0104071;REFB=-1.07455e-06;REVB=0.00565939;RO=29;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229304;STB=0.605943;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-1.30038e-05;OID=.;OPOS=114925436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:29:29:13:15:0.340909:11:2:2:27:13:2:2:27 chr10 115334124 . C T 730.14 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0560191;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8608;QD=53.1008;RBI=0.0562441;REFB=-0.0906269;REVB=-0.00502602;RO=2;SAF=31;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597873;STB=0.503175;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.002425;OID=.;OPOS=115334124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:55:2:2:53:53:0.963636:22:31:1:1:22:31:1:1 chr10 115370254 . A G 1529.64 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.466;QD=63.735;RBI=0.0361186;REFB=0;REVB=-0.0310622;RO=0;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.62948e-05;OID=.;OPOS=115370254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:54:42:0:0:54:42:0:0 chr10 115370274 . T C 1399.58 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00335174;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6621;QD=62.9023;RBI=0.0119022;REFB=0;REVB=0.0114205;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302488;OID=.;OPOS=115370274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:48:41:0:0:48:41:0:0 chr10 115377290 . T C 411.95 PASS AF=0.525641;AO=39;DP=76;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0175451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2673;QD=21.1254;RBI=0.0260937;REFB=0.00856281;REVB=0.0193145;RO=37;SAF=22;SAR=17;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18517;STB=0.60999;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0079491;OID=.;OPOS=115377290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:37:37:39:41:0.525641:17:22:13:24:17:24:13:24 chr10 115381747 . G A 989.17 PASS AF=0.452174;AO=104;DP=229;FAO=104;FDP=230;FR=.;FRO=126;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=52;FSRR=74;FWDB=-0.00491206;FXX=0.00432882;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.085;QD=17.2029;RBI=0.00952299;REFB=-0.0103599;REVB=0.00815837;RO=125;SAF=48;SAR=56;SRF=52;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453393;STB=0.527022;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0101863;OID=.;OPOS=115381747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:230:125:126:104:104:0.452174:56:48:52:73:56:48:52:74 chr10 115389356 . G A 274.89 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0379601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6056;QD=15.4866;RBI=0.0384797;REFB=-0.0131584;REVB=0.00630263;RO=40;SAF=20;SAR=11;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149891;STB=0.58485;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0201489;OID=.;OPOS=115389356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:11:20:20:20:11:20:20:20 chr10 115389366 . G A 336.6 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0481888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8098;QD=17.2617;RBI=0.0556622;REFB=0.0023758;REVB=-0.0278589;RO=41;SAF=21;SAR=15;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217757;STB=0.51964;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.00504897;OID=.;OPOS=115389366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:36:36:0.461538:15:21:23:18:15:21:23:19 chr10 115405615 . T C 433.29 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0179151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.633;QD=18.0539;RBI=0.0185577;REFB=-0.000222376;REVB=0.004841;RO=51;SAF=30;SAR=14;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248733;STB=0.634779;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000311061;OID=.;OPOS=115405615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:52:44:44:0.458333:14:30:22:29:14:30:23:29 chr10 115405664 . C T 407.96 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0080455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.399;QD=17.7374;RBI=0.0342027;REFB=-0.0282012;REVB=-0.033243;RO=49;SAF=30;SAR=12;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214805;STB=0.627055;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0264029;OID=.;OPOS=115405664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:50:42:42:0.456522:12:30:25:24:12:30:25:25 chr10 115411614 . A G 167.6 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0197055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8485;QD=11.7616;RBI=0.0219956;REFB=0.00945541;REVB=-0.00977233;RO=36;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146297;STB=0.584639;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.0277531;OID=.;OPOS=115411614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:10:11:14:22:10:11:14:22 chr10 115417289 . G A 437.07 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=46;FWDB=-0.0336853;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.45;QD=15.4717;RBI=0.0341909;REFB=0.00266086;REVB=-0.0058583;RO=63;SAF=24;SAR=25;SRF=18;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207239;STB=0.618691;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00435787;OID=.;OPOS=115417289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:63:64:49:49:0.433628:25:24:18:45:25:24:18:46 chr10 115422474 . A G 276.38 PASS AF=0.442857;AO=29;DP=69;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0226155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.763;QD=15.7932;RBI=0.0259545;REFB=-0.0156768;REVB=0.0127347;RO=38;SAF=16;SAR=13;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259164;STB=0.615314;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0218859;OID=.;OPOS=115422474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:38:39:29:31:0.442857:13:16:11:27:15:16:12:27 chr10 115439569 . C T 367.22 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.003803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.168;QD=16.5043;RBI=0.0134788;REFB=-0.0134408;REVB=0.0129312;RO=46;SAF=27;SAR=12;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445689;STB=0.50806;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0155276;OID=.;OPOS=115439569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:46:50:39:39:0.438202:12:27:30:16:12:27:34:16 chr10 115439640 . CTT C 319.23 PASS AF=0.5375;AO=41;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0844628;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=2;MLLD=37.3067;QD=15.9617;RBI=0.0866299;REFB=0.0223111;REVB=-0.0192557;RO=32;SAF=28;SAR=13;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792099;STB=0.526303;STBP=0.63;TYPE=del;VARB=-0.020496;OID=.;OPOS=115439641;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5375:41:80:43:80:37:30:13:24:13:99:32:28:13:19:13 chr10 115457264 . T G 1244.54 PASS AF=0.52381;AO=121;DP=231;FAO=121;FDP=231;FR=.;FRO=110;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=69;FSRR=41;FWDB=0.00468729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.941;QD=21.5505;RBI=0.0978989;REFB=-0.0197014;REVB=-0.0977866;RO=108;SAF=60;SAR=61;SRF=68;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115487;STB=0.562503;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.01798;OID=.;OPOS=115457264;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:108:110:121:121:0.52381:61:60:68:40:61:60:69:41 chr10 115525175 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00520033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.501;QD=57.5452;RBI=0.0084847;REFB=0;REVB=0.00670423;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19938e-05;OID=.;OPOS=115525175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr10 115529576 . T A 1044.38 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.79;QD=59.6791;RBI=0.0411394;REFB=0;REVB=0.0303837;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141839;OID=.;OPOS=115529576;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:68:70:1:35:33:0:0:35:35:0:0 chr10 115535599 . T C 1044.91 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.952;QD=59.7093;RBI=0.0513161;REFB=0;REVB=0.0183377;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70644e-05;OID=.;OPOS=115535599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:29:38:0:0:30:40:0:0 chr10 115540411 . T C 1153.6 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.89;QD=60.7159;RBI=0.0196989;REFB=0;REVB=-0.00244423;RO=0;SAF=53;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6476e-05;OID=.;OPOS=115540411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:22:53:0:0:23:53:0:0 chr10 115609830 . TTAAAAAAA TAAAAAA,TTAAAAAA,TTAAAAAAC 97.59 PASS AF=0.206186,0,0.0206186;AO=12,18,6;DP=100;FAO=20,0,2;FDP=97;FR=.;FRO=75;FSAF=17,0,1;FSAR=3,0,1;FSRF=49;FSRR=26;FWDB=-0.1483,-0.248749,-0.0756756;FXX=0.0202;HRUN=6,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=20.0464,10.3228,29.1019;QD=4.02435;RBI=0.161697,0.24995,0.0758821;REFB=-0.0215777,-0.0182536,-0.00316981;REVB=0.0644433,-0.0244676,-0.00559485;RO=50;SAF=10,11,5;SAR=2,7,1;SRF=31;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.326054,-0.0113455,0.288238;STB=0.71321,0.5,0.648001;STBP=0.055,1,0.746;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0540582,0.0221537,0.0948314;OID=.,.,.;OPOS=115609831,115609832,115609838;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=TAAAAAA,TTAAAAAA,TTAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206186,0,0.0206186:12,18,6:100:20,0,2:97:75:17,0,1:3,0,1:49:26:85:50:10,11,5:2,7,1:31:19 chr10 115609915 . C G 1113.09 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00265773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.193;QD=60.1671;RBI=0.01252;REFB=0;REVB=-0.0122347;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76182e-05;OID=.;OPOS=115609915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:41:32:0:0:42:32:0:0 chr10 115612669 . G A 159.47 PASS AF=0.231481;AO=25;DP=108;FAO=25;FDP=108;FR=.;FRO=83;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.00463681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.767;QD=5.90632;RBI=0.00857422;REFB=-0.00787839;REVB=-0.0072123;RO=83;SAF=13;SAR=12;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429956;STB=0.526373;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0281077;OID=.;OPOS=115612669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:83:83:25:25:0.231481:12:13:46:37:12:13:46:37 chr10 115644040 . G A 314.71 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.00288186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.766;QD=14.81;RBI=0.00915095;REFB=-0.0147324;REVB=-0.00868532;RO=50;SAF=24;SAR=11;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300058;STB=0.670201;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0292533;OID=.;OPOS=115644040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:11:24:20:30:11:24:20:30 chr10 115668149 . A G 637.11 PASS AF=0.503937;AO=64;DP=128;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0141989;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.372;QD=20.0664;RBI=0.0218246;REFB=0.0112484;REVB=0.0165742;RO=63;SAF=27;SAR=37;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049627;STB=0.527373;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.0143035;OID=.;OPOS=115668149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:63:63:64:64:0.503937:37:27:30:33:37:27:30:33 chr10 115675025 . G A 753.63 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0471407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9897;QD=56.8776;RBI=0.0479008;REFB=0;REVB=0.0084996;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000330454;OID=.;OPOS=115675025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr10 115804546 . G A 240.64 PASS AF=0.233129;AO=38;DP=164;FAO=38;FDP=163;FR=.;FRO=125;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=74;FSRR=51;FWDB=0.0134494;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.861;QD=5.90527;RBI=0.0152347;REFB=-0.0100428;REVB=-0.00715622;RO=125;SAF=27;SAR=11;SRF=74;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164761;STB=0.601021;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0269579;OID=.;OPOS=115804546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:125:125:38:38:0.233129:11:27:74:51:11:27:74:51 chr10 115805056 . G C 152.39 PASS AF=0.933333;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0275065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.541;QD=40.6374;RBI=0.0326133;REFB=-0.0536174;REVB=-0.017522;RO=1;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394551;STB=0.519972;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00310556;OID=.;OPOS=115805056;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:15:1:1:13:14:0.933333:11:2:0:1:12:2:0:1 chr10 116032519 . A G 429.07 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0559306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6454;QD=25.2395;RBI=0.084334;REFB=0.0189473;REVB=-0.0631189;RO=27;SAF=22;SAR=19;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935041;STB=0.551156;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0140593;OID=.;OPOS=116032519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:27:41:41:0.602941:19:22:11:16:19:22:11:16 chr10 116038536 . C T 140.98 PASS AF=0.233333;AO=21;DP=92;FAO=21;FDP=90;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.0303591;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.163;QD=6.26575;RBI=0.0303603;REFB=0.000891501;REVB=0.000269077;RO=71;SAF=11;SAR=10;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496662;STB=0.520703;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00327512;OID=.;OPOS=116038536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:71:69:21:21:0.233333:10:11:40:31:10:11:38:31 chr10 116045995 . G A 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0237736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3935;QD=5.57558;RBI=0.0422474;REFB=0.00878662;REVB=0.0349236;RO=24;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291349;STB=0.682738;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.0117395;OID=.;OPOS=116045995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:4:3:5:19:4:3:5:19 chr10 116050008 . A G 243.47 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.033631;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4671;QD=14.983;RBI=0.0340899;REFB=-0.0119611;REVB=0.00557463;RO=38;SAF=14;SAR=14;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106901;STB=0.569182;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0195321;OID=.;OPOS=116050008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:38:37:28:28:0.430769:14:14:23:15:14:14:23:14 chr10 116060387 . T C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00861865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.292;QD=12.3289;RBI=0.0132871;REFB=-0.00464615;REVB=0.0101127;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332324;STB=0.697616;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00692914;OID=.;OPOS=116060387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:8:3:10:7:8:3:10:7 chr10 116073696 . C T 1731.21 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.236;QD=60.7443;RBI=0.0102819;REFB=0;REVB=-0.00142655;RO=0;SAF=61;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.1291e-05;OID=.;OPOS=116073696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:53:61:0:0:53:61:0:0 chr10 116085784 . C CCCG 529.11 PASS AF=1;AO=34;DP=43;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133288;FXX=0.0540395;HRUN=3;LEN=3;MLLD=166.113;QD=60.4695;RBI=0.0171365;REFB=0;REVB=-0.0107704;RO=8;SAF=13;SAR=21;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132589;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000392166;OID=.;OPOS=116085785;OREF=-;OALT=CCG;OMAPALT=CCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:43:35:35:0:14:21:0:0:4:8:13:21:6:2 chr10 116417836 . G A 328.99 PASS AF=0.356522;AO=41;DP=115;FAO=41;FDP=115;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.00261781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.88;QD=11.443;RBI=0.00283217;REFB=-0.00715403;REVB=0.00108087;RO=74;SAF=29;SAR=12;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260554;STB=0.650148;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0143213;OID=.;OPOS=116417836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:74:74:41:41:0.356522:12:29:36:38:12:29:36:38 chr10 116593175 . C T 164.16 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0336747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.922;QD=11.1295;RBI=0.0379599;REFB=-0.0134707;REVB=-0.0175205;RO=38;SAF=5;SAR=16;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205894;STB=0.621235;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0219251;OID=.;OPOS=116593175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:16:5:15:23:16:5:15:23 chr10 116602805 . A G 527.54 PASS AF=0.524752;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00233493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.662;QD=20.8927;RBI=0.00409839;REFB=-0.00293871;REVB=-0.00336821;RO=47;SAF=23;SAR=30;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477816;STB=0.521731;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00243944;OID=.;OPOS=116602805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:47:48:53:53:0.524752:30:23:23:24:30:23:23:25 chr10 116621893 . A C 68.44 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0727048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.35;QD=5.7034;RBI=0.0728868;REFB=-0.00166377;REVB=0.00514804;RO=38;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129245;STB=0.583171;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00811298;OID=.;OPOS=116621893;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:5:5:15:23:5:5:15:23 chr10 116623277 . G C 421.93 PASS AF=0.382812;AO=49;DP=131;FAO=49;FDP=128;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=0.0149474;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9329;QD=13.1852;RBI=0.0151075;REFB=-0.0198281;REVB=-0.00219373;RO=79;SAF=24;SAR=25;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867265;STB=0.549168;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0307145;OID=.;OPOS=116623277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:128:79:79:49:49:0.382812:25:24:45:34:25:24:45:34 chr10 116659253 . A G 388.57 PASS AF=0.427083;AO=40;DP=95;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0153762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3677;QD=16.1905;RBI=0.0258152;REFB=-0.0219082;REVB=-0.0207364;RO=55;SAF=21;SAR=19;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00233863;STB=0.505357;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0320089;OID=.;OPOS=116659253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:55:55:40:41:0.427083:19:21:29:26:19:22:29:26 chr10 116931101 . C CTT,T 589.06 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=32,6;DP=44;FAO=37,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22,2;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00580481,-0.0304891;FXX=0.0487686;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=42.6185,235.57;QD=60.4165;RBI=0.010857,0.0430079;REFB=0,0;REVB=0.00917486,-0.030333;RO=6;SAF=17,6;SAR=15,0;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0399218,0.740222;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00277364,0.0193777;OID=.,.;OPOS=116931102,116931101;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:39:6:0:32,6:37,2:0.948718,0.0512821:15,0:17,6:4:2:15,0:22,2:0:0 chr10 117075175 . G A 1302.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.03;QD=62.007;RBI=0.0267076;REFB=0;REVB=0.00343624;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5349e-05;OID=.;OPOS=117075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:50:34:0:0:50:34:0:0 chr10 117823739 . A G 663.9 PASS AF=0.53719;AO=65;DP=121;FAO=65;FDP=121;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00164681;FXX=0.0162588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.3929;QD=21.9469;RBI=0.00224317;REFB=-0.00296829;REVB=0.00152309;RO=55;SAF=26;SAR=39;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157749;STB=0.505153;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00274599;OID=.;OPOS=117823739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:55:56:65:65:0.53719:39:26:23:32:39:26:23:33 chr10 117884950 . G A 391.84 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=117;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.00703055;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.5;QD=13.3963;RBI=0.013321;REFB=-0.00814943;REVB=0.0113146;RO=69;SAF=19;SAR=27;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131203;STB=0.566051;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0136571;OID=.;OPOS=117884950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:69:71:46:46:0.393162:27:19:37:32:27:19:37:34 chr10 118228763 . T C 3365.0 PASS AF=0.977778;AO=217;DP=224;FAO=220;FDP=225;FR=.;FRO=5;FSAF=133;FSAR=87;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0489619;FXX=0.00442458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2345;QD=59.8221;RBI=0.0531602;REFB=-0.16764;REVB=-0.020706;RO=5;SAF=130;SAR=87;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179682;STB=0.509224;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00307473;OID=.;OPOS=118228763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:224:225:5:5:217:220:0.977778:87:130:5:0:87:133:5:0 chr10 118231305 . A G 1677.28 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.721;QD=60.4425;RBI=0.0200959;REFB=0;REVB=0.0200113;RO=0;SAF=55;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80925e-05;OID=.;OPOS=118231305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:56:55:0:0:56:55:0:0 chr10 118231360 . G A 1513.33 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00908217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.184;QD=59.9338;RBI=0.0176718;REFB=0;REVB=0.0151594;RO=0;SAF=42;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04335e-05;OID=.;OPOS=118231360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:58:42:0:0:58:43:0:0 chr10 118231363 . A G 1471.79 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.177;QD=58.2888;RBI=0.0409284;REFB=0;REVB=0.0356014;RO=0;SAF=35;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168145;OID=.;OPOS=118231363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:101:0:0:91:101:1:56:35:0:0:58:43:0:0 chr10 118363642 . T C 2584.71 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.421;QD=61.9093;RBI=0.014086;REFB=0;REVB=0.00783603;RO=0;SAF=80;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24854e-05;OID=.;OPOS=118363642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:87:80:0:0:87:80:0:0 chr10 118380511 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.573;QD=44.6898;RBI=0.022106;REFB=0;REVB=0.0124099;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018583;OID=.;OPOS=118380511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr10 118383461 . AGA AGAG,GAG 1974.75 PASS AF=1,0;AO=120,9;DP=131;FAO=131,0;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=54,0;FSAR=77,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.150687,0.0466866;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,3;MLLD=28.2753,8.61864;QD=60.2977;RBI=0.161693,0.0468427;REFB=0,0;REVB=0.0586337,-0.00382057;RO=1;SAF=50,3;SAR=70,6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00940532,-0.126211;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00209266,0;OID=.,.;OPOS=118383464,118383461;OREF=-,AGA;OALT=G,GAG;OMAPALT=AGAG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:1:0:120,9:131,0:1,0:70,6:50,3:1:0:77,0:54,0:0:0 chr10 118387282 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0631471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.479;QD=56.1914;RBI=0.0632157;REFB=0;REVB=0.00294437;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000357413;OID=.;OPOS=118387282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr10 118439031 . G A 300.25 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0226985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1634;QD=16.4521;RBI=0.032415;REFB=-0.0028572;REVB=-0.023141;RO=40;SAF=18;SAR=15;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444348;STB=0.524985;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00208963;OID=.;OPOS=118439031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:15:18:20:20:15:18:20:20 chr10 118616110 . C T 442.99 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.637;QD=53.696;RBI=0.0760333;REFB=-0.0682054;REVB=0.0727394;RO=2;SAF=16;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00182271;STB=0.515142;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00118765;OID=.;OPOS=118616110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:2:1:31:32:0.969697:15:16:1:1:16:16:1:0 chr10 118733406 . ATTCATT ATCATT,ATTACTA,ATTCAT 562.15 PASS AF=0.75,0.211538,0.0384615;AO=8,3,7;DP=61;FAO=39,11,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=39,0,0;FSAR=0,11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.617711,-0.0402504,-0.165397;FXX=0.147517;HRUN=2,1,5;LEN=1,4,1;MLLD=16.3394,181.839,12.04;QD=43.2424;RBI=0.620469,0.0502431,0.170247;REFB=0,0,0;REVB=0.0584391,0.0300711,-0.0403449;RO=23;SAF=8,0,6;SAR=0,3,1;SRF=23;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0.257632,0,0;SSSB=0,-0.869309,-0.587578;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.0243867,0.0861371,-0.174385;OID=.,.,.;OPOS=118733407,118733409,118733411;OREF=T,CATT,T;OALT=-,ACTA,-;OMAPALT=ATCATT,ATTACTA,ATTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.75,0.211538,0.0384615:8,3,7:61:39,11,2:52:0:39,0,0:0,11,2:0:0:72:23:8,0,6:0,3,1:23:0 chr10 118890573 . T C 1069.53 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8117;QD=59.4185;RBI=0.0909055;REFB=0;REVB=-0.0631428;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35627e-05;OID=.;OPOS=118890573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:69:72:1:39:30:0:0:39:33:0:0 chr10 119026566 . T C 619.68 PASS AF=0.460432;AO=64;DP=139;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.01144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.488;QD=17.8325;RBI=0.0286809;REFB=-0.00452719;REVB=0.0263006;RO=73;SAF=25;SAR=39;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152611;STB=0.578083;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0051257;OID=.;OPOS=119026566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:73:75:64:64:0.460432:39:25:40:33:39:25:40:35 chr10 119133968 . G C 729.66 PASS AF=0.40201;AO=80;DP=199;FAO=80;FDP=199;FR=.;FRO=119;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=55;FSRR=64;FWDB=0.00566681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.227;QD=14.6665;RBI=0.0208675;REFB=-0.00311052;REVB=-0.0200833;RO=118;SAF=48;SAR=32;SRF=54;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151981;STB=0.582975;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00483035;OID=.;OPOS=119133968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:118:119:80:80:0.40201:32:48:54:64:32:48:55:64 chr10 119134058 . T C 602.96 PASS AF=0.42236;AO=68;DP=160;FAO=68;FDP=161;FR=.;FRO=93;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.0716145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1759;QD=14.9803;RBI=0.073414;REFB=-0.00453924;REVB=-0.0161546;RO=92;SAF=39;SAR=29;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131423;STB=0.576543;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00554312;OID=.;OPOS=119134058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:92:93:68:68:0.42236:29:39:41:51:29:39:41:52 chr10 119768551 . C T 1518.65 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148014;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.75;QD=62.6249;RBI=0.0228895;REFB=0;REVB=-0.0174599;RO=0;SAF=59;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153941;OID=.;OPOS=119768551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:94:97:1:35:59:0:0:35:62:0:0 chr10 120069611 . T C 617.01 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00505676;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.087;QD=61.7012;RBI=0.00744984;REFB=0;REVB=0.00547076;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55253e-07;OID=.;OPOS=120069611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:17:22:0:0:17:23:0:0 chr10 120070427 . G T 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.05024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.71;QD=22.6785;RBI=0.0506669;REFB=0.0158734;REVB=0.00656308;RO=5;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139199;STB=0.580463;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.021929;OID=.;OPOS=120070427;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:9:1:1:4:9:1:1:4 chr10 120353910 . T C 469.0 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153297;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.493;QD=58.6246;RBI=0.0353414;REFB=0;REVB=0.0318436;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204685;OID=.;OPOS=120353910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:14:18:0:0 chr10 120791060 . A C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.393;QD=55.6527;RBI=0.0301332;REFB=0;REVB=0.0170958;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168234;OID=.;OPOS=120791060;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:21:6:0:0:21:6:0:0 chr10 120791778 . TAAATACC T 656.47 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00104593;FXX=0.036357;HRUN=3;LEN=7;MLLD=307.987;QD=49.5445;RBI=0.0013843;REFB=0;REVB=0.00090681;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.60401e-05;OID=.;OPOS=120791779;OREF=AAATACC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:52:53:53:0:27:26:0:0:11:0:25:25:0:0 chr10 120792297 . G GCTA 713.21 PASS AF=0.835821;AO=56;DP=67;FAO=56;FDP=67;FR=.;FRO=11;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00123435;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=314.724;QD=42.5796;RBI=0.0037673;REFB=-0.0489357;REVB=0.00355934;RO=11;SAF=24;SAR=32;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784106;STB=0.541836;STBP=0.138;TYPE=ins;VARB=0.00349266;OID=.;OPOS=120792298;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=GCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.835821:56:67:56:67:11:24:32:2:9:56:11:24:32:2:9 chr10 120792684 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.457;QD=53.9112;RBI=0.0518223;REFB=0;REVB=0.0490977;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299451;OID=.;OPOS=120792684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr10 120792703 . C A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00579204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.987;QD=58.1417;RBI=0.0129865;REFB=0;REVB=0.0116233;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22866e-05;OID=.;OPOS=120792703;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr10 120817631 . C T 50.08 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.011173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.382;QD=4.65898;RBI=0.0274312;REFB=-0.00569886;REVB=-0.0250526;RO=35;SAF=7;SAR=1;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.607487;STB=0.897493;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0158454;OID=.;OPOS=120817631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:35:35:8:8:0.186047:1:7:12:23:1:7:12:23 chr10 120820528 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00809668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.387;QD=52.6129;RBI=0.0431598;REFB=0;REVB=0.0423935;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282967;OID=.;OPOS=120820528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr10 120828969 . A G 708.67 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.284;QD=62.9927;RBI=0.0520709;REFB=0;REVB=0.0460796;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267719;OID=.;OPOS=120828969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:15:29:0:0:15:30:0:0 chr10 120896027 . G A 1349.35 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00605461;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3784;QD=62.0389;RBI=0.083762;REFB=0;REVB=-0.0835429;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222742;OID=.;OPOS=120896027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:85:87:1:41:44:0:0:41:46:0:0 chr10 120900497 . C T 92.18 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0635754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.203;QD=8.99351;RBI=0.0647119;REFB=-0.0118623;REVB=-0.0120746;RO=29;SAF=7;SAR=5;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045013;STB=0.527381;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0464896;OID=.;OPOS=120900497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:5:7:18:11:5:7:18:11 chr10 120909785 . C T 1630.42 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000695864;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.267;QD=60.386;RBI=0.00583545;REFB=0;REVB=0.00579381;RO=0;SAF=64;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.8948e-05;OID=.;OPOS=120909785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:108:0:0:108:108:1:44:64:0:0:44:64:0:0 chr10 120917445 . G A 771.36 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00757398;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6899;QD=57.138;RBI=0.0570448;REFB=0;REVB=0.0565398;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202205;OID=.;OPOS=120917445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:55:54:1:21:34:0:0:20:34:0:0 chr10 120919246 . T C,G 404.68 PASS AF=0.903226,0.0645161;AO=28,2;DP=30;FAO=28,2;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=8,0;FSAR=20,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00205333,0.00785037;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.6633,136.811;QD=52.2173;RBI=0.00373541,0.026215;REFB=0.0382616,0.0138686;REVB=-0.00312044,-0.025012;RO=0;SAF=8,0;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-7.75204e-08,0;STB=0.52939,0.993266;STBP=0.166,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=0.0010361,0.056215;OID=.,.;OPOS=120919246,120919246;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:31:0:1:28,2:28,2:0.903226,0.0645161:20,2:8,0:0:0:20,2:8,0:1:0 chr10 120920588 . T C 435.76 PASS AF=0.96875;AO=32;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0044851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4019;QD=54.4702;RBI=0.0376072;REFB=-0.0741737;REVB=-0.0373388;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0170367;OID=.;OPOS=120920588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:32:31:0.96875:18:14:0:0:17:14:0:1 chr10 120928033 . G T 445.72 PASS AF=0.47;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00603945;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.696;QD=17.8287;RBI=0.0184638;REFB=-0.00979796;REVB=-0.0174481;RO=53;SAF=23;SAR=24;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0011465;STB=0.500638;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0106965;OID=.;OPOS=120928033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:53:53:47:47:0.47:24:23:26:27:24:23:26:27 chr10 120933324 . G A 453.72 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.027854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.125;QD=54.9957;RBI=0.0335151;REFB=-0.0551632;REVB=0.0186391;RO=1;SAF=1;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305177;STB=0.66653;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00103809;OID=.;OPOS=120933324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:31:1:1:0:31:1:1:0 chr10 121196335 . G A 1571.81 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178006;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.768;QD=64.1556;RBI=0.0192972;REFB=0;REVB=0.00745128;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82151e-05;OID=.;OPOS=121196335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:97:98:1:52:45:0:0:52:46:0:0 chr10 121203237 . C T 98.96 PASS AF=0.216216;AO=16;DP=74;FAO=16;FDP=74;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.027793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.241;QD=5.34936;RBI=0.0282678;REFB=-0.0080711;REVB=0.00515883;RO=56;SAF=8;SAR=8;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442977;STB=0.526993;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0304269;OID=.;OPOS=121203237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:74:74:56:58:16:16:0.216216:8:8:30:26:8:8:31:27 chr10 121336637 . G A 175.86 PASS AF=0.282353;AO=24;DP=85;FAO=24;FDP=85;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0116429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.56;QD=8.27588;RBI=0.0189549;REFB=-0.00186195;REVB=-0.0149576;RO=60;SAF=12;SAR=12;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100035;STB=0.552898;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00449501;OID=.;OPOS=121336637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:60:61:24:24:0.282353:12:12:35:25:12:12:35:26 chr10 121337193 . AT A 49.24 PASS AF=0.233333;AO=22;DP=90;FAO=21;FDP=90;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.0991172;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=12.461;QD=2.18842;RBI=0.10269;REFB=-0.00320256;REVB=0.0268513;RO=62;SAF=8;SAR=14;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111279;STB=0.576143;STBP=0.423;TYPE=del;VARB=-0.0242152;OID=.;OPOS=121337194;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233333:22:90:21:90:69:8:13:33:36:49:62:8:14:28:34 chr10 121582674 . G C 194.11 PASS AF=0.288889;AO=25;DP=89;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00199234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.119;QD=8.62699;RBI=0.00316477;REFB=-0.00670603;REVB=0.00245894;RO=63;SAF=15;SAR=10;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13065;STB=0.555035;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0168275;OID=.;OPOS=121582674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:63:64:25:26:0.288889:10:15:31:32:11:15:32:32 chr10 121589402 . T G 1461.21 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0104714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.4757;QD=57.3022;RBI=0.0104794;REFB=-0.0735589;REVB=0.000408372;RO=2;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185951;STB=0.509802;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000465293;OID=.;OPOS=121589402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:2:2:100:100:0.980392:50:50:0:2:50:50:0:2 chr10 121679013 . A G 2273.55 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00709396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.75;QD=60.2264;RBI=0.0070947;REFB=-0.0582127;REVB=0.000103015;RO=0;SAF=78;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=3.95418e-05;OID=.;OPOS=121679013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:0:1:150:150:0.993377:72:78:0:0:72:78:1:0 chr10 122216862 . C T 2320.37 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.703;QD=61.0623;RBI=0.0609856;REFB=0;REVB=-0.00542115;RO=0;SAF=76;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.88169e-05;OID=.;OPOS=122216862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:152:0:0:149:152:1:73:76:0:0:73:79:0:0 chr10 122358342 . G C 1415.26 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6426;QD=62.9006;RBI=0.0508194;REFB=0;REVB=0.040259;RO=0;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330811;OID=.;OPOS=122358342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:53:37:0:0:53:37:0:0 chr10 122358604 . C T 456.0 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0247818;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.134;QD=50.6663;RBI=0.0258488;REFB=-0.106202;REVB=0.00735003;RO=3;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755813;STB=0.540516;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00397861;OID=.;OPOS=122358604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:3:3:33:33:0.916667:17:16:0:3:17:16:0:3 chr10 122358876 . TGA T 273.91 PASS AF=0.571429;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00523507;FXX=0.124978;HRUN=1;LEN=2;MLLD=233.449;QD=22.3602;RBI=0.0111669;REFB=-0.0377485;REVB=0.00986379;RO=20;SAF=10;SAR=17;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14158;STB=0.594526;STBP=0.133;TYPE=del;VARB=0.0301518;OID=.;OPOS=122358877;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:27:50:28:49:21:10:18:12:9:99:20:10:17:11:9 chr10 122359040 . A G 188.33 PASS AF=0.411765;AO=20;DP=50;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0259546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2807;QD=14.7711;RBI=0.0259546;REFB=-0.0029514;REVB=9.38432e-06;RO=30;SAF=11;SAR=9;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161656;STB=0.60482;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00206874;OID=.;OPOS=122359040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:30:30:20:21:0.411765:9:11:21:9:10:11:21:9 chr10 122359580 . C A 303.41 PASS AF=0.425;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00530219;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.941;QD=15.1706;RBI=0.00735989;REFB=-0.00818312;REVB=0.00510439;RO=47;SAF=11;SAR=23;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221615;STB=0.619159;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0097659;OID=.;OPOS=122359580;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:47:46:34:34:0.425:23:11:25:22:23:11:24:22 chr10 122624679 . G A 533.63 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0309486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8134;QD=18.5611;RBI=0.0326351;REFB=-0.0126047;REVB=0.0103551;RO=58;SAF=34;SAR=22;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364362;STB=0.516478;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0146539;OID=.;OPOS=122624679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:58:59:56:56:0.486957:22:34:33:25:22:34:34:25 chr10 122625211 . C T 208.76 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0204544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1186;QD=9.48913;RBI=0.020462;REFB=-0.0335673;REVB=0.000557496;RO=60;SAF=18;SAR=9;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104948;STB=0.569053;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0796705;OID=.;OPOS=122625211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:60:61:27:27:0.306818:9:18:35:25:9:18:35:26 chr10 122645376 . A T 255.83 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=64;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.077263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.096;QD=15.7431;RBI=0.0773032;REFB=-0.0325804;REVB=-0.00249557;RO=36;SAF=14;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275947;STB=0.505841;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0427914;OID=.;OPOS=122645376;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:36:28:29:0.446154:14:14:19:17:14:15:19:17 chr10 122663585 . G A 550.98 PASS AF=0.471545;AO=58;DP=123;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00943896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.195;QD=17.9181;RBI=0.029638;REFB=0.00729787;REVB=-0.0280947;RO=64;SAF=33;SAR=25;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080492;STB=0.548898;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00864207;OID=.;OPOS=122663585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:64:65:58:58:0.471545:25:33:31:33:25:33:31:34 chr10 122665459 . C G 440.33 PASS AF=0.337349;AO=56;DP=165;FAO=56;FDP=166;FR=.;FRO=110;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=61;FWDB=-0.0353266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.111;QD=10.6103;RBI=0.0364484;REFB=-0.0123778;REVB=0.0089731;RO=108;SAF=23;SAR=33;SRF=48;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396263;STB=0.52357;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0228394;OID=.;OPOS=122665459;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:108:110:56:56:0.337349:33:23:48:60:33:23:49:61 chr10 123298158 . T C 3781.95 PASS AF=1;AO=237;DP=238;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.212;QD=63.5622;RBI=0.0294811;REFB=0;REVB=0.0287539;RO=0;SAF=111;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0318e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63118e-05;OID=.;OPOS=123298158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:238:238:0:0:237:238:1:126:111:0:0:127:111:0:0 chr10 123310871 . A G 411.6 PASS AF=0.360294;AO=49;DP=136;FAO=49;FDP=136;FR=.;FRO=87;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.0216574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1583;QD=12.1058;RBI=0.0309537;REFB=-0.003678;REVB=-0.0221153;RO=86;SAF=25;SAR=24;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243565;STB=0.517545;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0111444;OID=.;OPOS=123310871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:86:87:49:49:0.360294:24:25:42:44:24:25:42:45 chr10 123549691 . T G 176.24 PASS AF=0.708333;AO=16;DP=23;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00350538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.572;QD=29.3737;RBI=0.0132246;REFB=0.011313;REVB=-0.0127516;RO=7;SAF=10;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110844;STB=0.56693;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00126786;OID=.;OPOS=123549691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:24:7:7:16:17:0.708333:6:10:3:4:6:11:3:4 chr10 123596254 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0800004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2661;QD=55.0969;RBI=0.0878723;REFB=0;REVB=0.0363522;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193229;OID=.;OPOS=123596254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr10 123673339 . T C 1009.31 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165998;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.966;QD=56.0728;RBI=0.0611061;REFB=-0.169097;REVB=0.0588081;RO=1;SAF=47;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02011;STB=0.509801;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00269368;OID=.;OPOS=123673339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:1:1:70:71:0.986111:23:47:0:1:25:46:0:1 chr10 123810060 . G A 184.57 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0512398;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3811;QD=15.7076;RBI=0.0516373;REFB=-0.0238898;REVB=-0.00639503;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842517;STB=0.548482;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.034597;OID=.;OPOS=123810060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:28:28:19:19:0.404255:9:10:17:11:9:10:17:11 chr10 123842825 . C G 217.65 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0144146;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=199.804;QD=22.911;RBI=0.0150495;REFB=-0.0203974;REVB=0.00432546;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244979;STB=0.646925;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0121915;OID=.;OPOS=123842825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:17:21:21:0.552632:12:9:12:4:12:9:13:4 chr10 123845322 . T C 739.01 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00883083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8934;QD=62.8942;RBI=0.0103882;REFB=0;REVB=-0.00547086;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340112;OID=.;OPOS=123845322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:13:33:0:0:13:34:0:0 chr10 123846490 . C T 788.83 PASS AF=0.438776;AO=86;DP=203;FAO=86;FDP=196;FR=.;FRO=110;FSAF=27;FSAR=59;FSRF=40;FSRR=70;FWDB=-0.00544317;FXX=0.0344811;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.293;QD=16.0987;RBI=0.0055034;REFB=-0.0121687;REVB=0.000812003;RO=109;SAF=27;SAR=59;SRF=39;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499848;STB=0.531596;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0157389;OID=.;OPOS=123846490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:196:109:110:86:86:0.438776:59:27:39:70:59:27:40:70 chr10 123848113 . G A 191.95 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00292029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.988;QD=11.8124;RBI=0.00412776;REFB=-0.00440142;REVB=-0.00291725;RO=40;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099022;STB=0.564442;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00590358;OID=.;OPOS=123848113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:41:24:24:0.369231:11:13:18:22:11:13:18:23 chr10 123970530 . T C 527.09 PASS AF=0.403846;AO=60;DP=155;FAO=63;FDP=156;FR=.;FRO=93;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=-0.0668413;FXX=0.031054;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.726;QD=13.5152;RBI=0.0668731;REFB=-0.0130906;REVB=-0.00206188;RO=91;SAF=36;SAR=24;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13737;STB=0.565117;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0295679;OID=.;OPOS=123970530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:91:93:60:63:0.403846:24:36:43:48:27:36:43:50 chr10 123970587 . C T 943.33 PASS AF=0.458716;AO=100;DP=219;FAO=100;FDP=218;FR=.;FRO=118;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=50;FSRR=68;FWDB=0.0397655;FXX=0.004566;HRUN=6;LEN=1;MLLD=71.427;QD=17.3089;RBI=0.0407993;REFB=-0.00276022;REVB=0.00912646;RO=110;SAF=50;SAR=50;SRF=44;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950212;STB=0.541276;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0032062;OID=.;OPOS=123970587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:110:118:100:100:0.458716:50:50:44:66:50:50:50:68 chr10 123976391 . C A 1372.31 PASS AF=0.95098;AO=96;DP=103;FAO=97;FDP=102;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=61;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0525666;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1129;QD=53.8161;RBI=0.0589031;REFB=-0.120741;REVB=0.0265767;RO=5;SAF=36;SAR=60;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614353;STB=0.532461;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00240035;OID=.;OPOS=123976391;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:103:102:5:5:96:97:0.95098:60:36:5:0:61:36:5:0 chr10 123996934 . G A 225.87 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0140518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.813;QD=13.2865;RBI=0.0279786;REFB=-0.0100817;REVB=-0.0241939;RO=40;SAF=9;SAR=18;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156043;STB=0.597863;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0121191;OID=.;OPOS=123996934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:41:27:27:0.397059:18:9:19:21:18:9:20:21 chr10 124066731 . T G 381.43 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=0.00967455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.038;QD=22.4371;RBI=0.0204614;REFB=-0.0159503;REVB=0.0180298;RO=29;SAF=23;SAR=15;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161212;STB=0.593389;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.015578;OID=.;OPOS=124066731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:30:38:38:0.558824:15:23:23:6:15:23:24:6 chr10 124089036 . G A 1012.11 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0242259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.322;QD=57.8351;RBI=0.0247279;REFB=-0.0504593;REVB=-0.0049572;RO=1;SAF=40;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116725;STB=0.506171;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00134154;OID=.;OPOS=124089036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:29:40:1:0:29:40:1:0 chr10 124089075 . G A 270.74 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00101915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0695;QD=16.9215;RBI=0.0124565;REFB=-0.00841051;REVB=0.0124147;RO=34;SAF=19;SAR=10;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691128;STB=0.545424;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00911411;OID=.;OPOS=124089075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:29:30:0.46875:10:19:20:14:10:20:20:14 chr10 124094467 . T C 564.55 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0105837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.706;QD=24.2816;RBI=0.016613;REFB=-0.0293424;REVB=0.0128053;RO=41;SAF=22;SAR=30;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919598;STB=0.550439;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0214005;OID=.;OPOS=124094467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:41:52:52:0.55914:30:22:22:19:30:22:22:19 chr10 124096035 . T C 128.96 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00295004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.018;QD=13.9412;RBI=0.0049169;REFB=-0.00996527;REVB=-0.0039336;RO=22;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198983;STB=0.58684;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0114261;OID=.;OPOS=124096035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:22:22:14:15:0.405405:5:9:10:12:6:9:10:12 chr10 124096041 . T C 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0219578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.183;QD=15.626;RBI=0.02307;REFB=-0.0451632;REVB=-0.00707664;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509977;STB=0.529377;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.020002;OID=.;OPOS=124096041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:8:9:11:12:8:9:11:12 chr10 124096061 . A C 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00499679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.867;QD=16.0426;RBI=0.00528454;REFB=-0.00322489;REVB=0.00172003;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264839;STB=0.515206;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00473107;OID=.;OPOS=124096061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:9:10:13:13:9:10:13:13 chr10 124183698 . T G 125.05 PASS AF=0.157233;AO=22;DP=164;FAO=25;FDP=159;FR=.;FRO=134;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=77;FSRR=57;FWDB=-0.00314059;FXX=0.0304859;HRUN=22;LEN=1;MLLD=139.527;QD=3.14596;RBI=0.0226134;REFB=0.000944974;REVB=-0.0223942;RO=134;SAF=12;SAR=10;SRF=77;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037415;STB=0.579307;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.00303002;OID=.;OPOS=124183698;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:159:134:134:22:25:0.157233:10:12:77:57:13:12:77:57 chr10 124183699 . T G 209.46 PASS AF=0.212121;AO=35;DP=167;FAO=35;FDP=165;FR=.;FRO=130;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=75;FSRR=55;FWDB=-0.00389971;FXX=0.0119753;HRUN=22;LEN=1;MLLD=157.393;QD=5.07769;RBI=0.0155057;REFB=-0.00112397;REVB=-0.0150073;RO=130;SAF=15;SAR=20;SRF=75;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187213;STB=0.61532;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00268573;OID=.;OPOS=124183699;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:165:130:130:35:35:0.212121:20:15:75:55:20:15:75:55 chr10 124183700 . T G 46.09 PASS AF=0.0838323;AO=16;DP=170;FAO=14;FDP=167;FR=.;FRO=153;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=84;FSRR=69;FWDB=-0.00329006;FXX=0.017646;HRUN=22;LEN=1;MLLD=156.809;QD=1.10399;RBI=0.0262919;REFB=0.000920042;REVB=-0.0260853;RO=153;SAF=7;SAR=9;SRF=84;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131316;STB=0.544847;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.00744574;OID=.;OPOS=124183700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:170:167:153:153:16:14:0.0838323:9:7:84:69:7:7:84:69 chr10 124183732 . T C 5029.37 PASS AF=1;AO=319;DP=320;FAO=321;FDP=321;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=168;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00476498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8579;QD=62.6713;RBI=0.0318879;REFB=0;REVB=-0.0315299;RO=0;SAF=153;SAR=166;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34728e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233855;OID=.;OPOS=124183732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:320:321:0:0:319:321:1:166:153:0:0:168:153:0:0 chr10 124189197 . A G 1091.37 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0489706;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.309;QD=58.9928;RBI=0.0586635;REFB=-0.0392207;REVB=0.0322999;RO=1;SAF=56;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027006;STB=0.514282;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.000463762;OID=.;OPOS=124189197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:73:73:0.986486:17:56:0:1:17:56:0:1 chr10 124214355 . C T 1234.94 PASS AF=0.521739;AO=120;DP=231;FAO=120;FDP=230;FR=.;FRO=110;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=57;FSRR=53;FWDB=-0.00957227;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.507;QD=21.4772;RBI=0.0122603;REFB=-0.0408949;REVB=0.00766076;RO=110;SAF=59;SAR=61;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231812;STB=0.512677;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0367702;OID=.;OPOS=124214355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:110:110:120:120:0.521739:61:59:57:53:61:59:57:53 chr10 124214448 . G T 303.58 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00595685;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.958;QD=14.1202;RBI=0.0241335;REFB=-0.00901208;REVB=-0.0233868;RO=55;SAF=24;SAR=10;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169423;STB=0.61071;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0180505;OID=.;OPOS=124214448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:86:55:52:34:34:0.395349:10:24:31:24:10:24:28:24 chr10 124329672 . TC CT 435.26 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.15395;FXX=0.0908884;HRUN=1;LEN=2;MLLD=183.343;QD=43.5255;RBI=0.159754;REFB=0;REVB=0.0426695;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000114383;OID=.;OPOS=124329672;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:40:0:0:43:40:1:15:28:0:0:11:29:0:0 chr10 124329710 . C A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.838;QD=60.9769;RBI=0.0414438;REFB=0;REVB=-0.0237439;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8365e-05;OID=.;OPOS=124329710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr10 124329746 . A T 481.47 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00977454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.315;QD=53.4964;RBI=0.00977656;REFB=-0.012308;REVB=-0.000198666;RO=2;SAF=17;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518702;STB=0.527761;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000293177;OID=.;OPOS=124329746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:17:17:2:0:17:17:2:0 chr10 124330427 . C T 1569.17 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0321657;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2504;QD=58.1176;RBI=0.0336714;REFB=-0.0748143;REVB=-0.0099564;RO=2;SAF=63;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148271;STB=0.507811;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00157597;OID=.;OPOS=124330427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:108:108:2:2:106:106:0.981481:43:63:2:0:43:63:2:0 chr10 124331867 . C T 2386.15 PASS AF=0.993671;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00395624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.649;QD=60.4089;RBI=0.00437666;REFB=-0.0104169;REVB=-0.0018717;RO=1;SAF=58;SAR=99;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00813181;STB=0.504273;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=3.25825e-05;OID=.;OPOS=124331867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:158:1:1:157:157:0.993671:99:58:1:0:99:58:1:0 chr10 124339332 . T C 1692.0 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.365;QD=60.4284;RBI=0.0402438;REFB=0;REVB=0.0109213;RO=0;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.60303e-05;OID=.;OPOS=124339332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:59:53:0:0:59:53:0:0 chr10 124339378 . A G 1557.19 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0133854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.579;QD=58.7617;RBI=0.0377703;REFB=-0.139166;REVB=0.035319;RO=1;SAF=40;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724579;STB=0.503816;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000610723;OID=.;OPOS=124339378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:65:40:0:1:65:40:0:1 chr10 124348684 . C T 522.21 PASS AF=0.255591;AO=80;DP=313;FAO=80;FDP=313;FR=.;FRO=233;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=102;FSRR=131;FWDB=0.0241113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.013;QD=6.67358;RBI=0.0242145;REFB=-0.0151408;REVB=0.00223281;RO=233;SAF=40;SAR=40;SRF=102;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780885;STB=0.546314;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0509904;OID=.;OPOS=124348684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:313:233:233:80:80:0.255591:40:40:102:131:40:40:102:131 chr10 124351954 . G A 5114.21 PASS AF=0.984985;AO=327;DP=333;FAO=328;FDP=333;FR=.;FRO=5;FSAF=156;FSAR=172;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0224082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.216;QD=61.4319;RBI=0.0355711;REFB=-0.106443;REVB=0.0276257;RO=3;SAF=155;SAR=172;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00914213;STB=0.507886;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.000224608;OID=.;OPOS=124351954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:333:333:3:5:327:328:0.984985:172:155:3:0:172:156:5:0 chr10 124351992 . C T 1477.36 PASS AF=0.463636;AO=153;DP=330;FAO=153;FDP=330;FR=.;FRO=177;FSAF=80;FSAR=73;FSRF=78;FSRR=99;FWDB=0.0024456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.196;QD=17.9074;RBI=0.00881945;REFB=-0.00687566;REVB=0.00847359;RO=177;SAF=80;SAR=73;SRF=78;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797852;STB=0.543997;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00759736;OID=.;OPOS=124351992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:330:177:177:153:153:0.463636:73:80:78:99:73:80:78:99 chr10 124402677 . A G 1510.56 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.067;QD=63.6026;RBI=0.0227579;REFB=0;REVB=-0.00995707;RO=0;SAF=65;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.95165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17825e-05;OID=.;OPOS=124402677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:92:95:1:27:65:0:0:29:66:0:0 chr10 124457452 . C T 1910.71 PASS AF=1;AO=122;DP=126;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.008071;FXX=0.0314936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.796;QD=62.1368;RBI=0.0106362;REFB=0;REVB=0.00692732;RO=0;SAF=67;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85081e-05;OID=.;OPOS=124457452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:123:0:0:122:123:1:55:67:0:0:56:67:0:0 chr10 124457906 . C T 2312.65 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00524944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.346;QD=63.7972;RBI=0.00697421;REFB=0;REVB=0.00459161;RO=0;SAF=71;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01112e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65032e-06;OID=.;OPOS=124457906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:74:71:0:0:74:71:0:0 chr10 124459139 . T C 1339.6 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00603374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.791;QD=62.3069;RBI=0.0393489;REFB=0;REVB=0.0388835;RO=0;SAF=30;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330784;OID=.;OPOS=124459139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:56:30:0:0:56:30:0:0 chr10 124585833 . T C 601.51 PASS AF=0.550459;AO=59;DP=111;FAO=60;FDP=109;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00336904;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.952;QD=22.0738;RBI=0.0381217;REFB=-0.000770745;REVB=0.0379725;RO=49;SAF=32;SAR=27;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110713;STB=0.563565;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00023869;OID=.;OPOS=124585833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:49:49:59:60:0.550459:27:32:20:29:27:33:20:29 chr10 124816515 . C G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.059844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6429;QD=61.6829;RBI=0.06097;REFB=0;REVB=-0.0116639;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104619;OID=.;OPOS=124816515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr10 125426565 . G C 1335.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00105058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.887;QD=62.128;RBI=0.015877;REFB=0;REVB=0.0158423;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88553e-05;OID=.;OPOS=125426565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:50:36:0:0:50:36:0:0 chr10 125449015 . G A 220.89 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0240163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.083;QD=18.0322;RBI=0.0240396;REFB=0.000419687;REVB=-0.00105914;RO=27;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00987944;STB=0.505613;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.000833729;OID=.;OPOS=125449015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:12:10:12:15:12:10:12:15 chr10 125450857 . C G 689.09 PASS AF=1;AO=34;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.658;QD=59.921;RBI=0.118681;REFB=0;REVB=0.0509472;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00624709;OID=.;OPOS=125450857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:34:46:1:19:15:0:0:25:21:0:0 chr10 125472862 . A G 476.53 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.00817429;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.003;QD=18.6875;RBI=0.00954082;REFB=-0.00209717;REVB=0.00492019;RO=52;SAF=19;SAR=31;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415248;STB=0.523036;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00223824;OID=.;OPOS=125472862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:52:50:50:0.490196:31:19:22:30:31:19:22:30 chr10 125506302 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.583;QD=61.6837;RBI=0.012489;REFB=0;REVB=0.000855242;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12931e-05;OID=.;OPOS=125506302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr10 125528048 . G A 1313.84 PASS AF=0.457912;AO=135;DP=299;FAO=136;FDP=297;FR=.;FRO=161;FSAF=64;FSAR=72;FSRF=76;FSRR=85;FWDB=-0.00536169;FXX=0.00999967;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.428;QD=17.6948;RBI=0.0058748;REFB=-0.00525441;REVB=0.00240115;RO=161;SAF=64;SAR=71;SRF=76;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00199721;STB=0.500795;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0071176;OID=.;OPOS=125528048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:297:161:161:135:136:0.457912:71:64:76:85:72:64:76:85 chr10 125601975 . G A 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0149711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.375;QD=17.1565;RBI=0.0295614;REFB=0.0175556;REVB=-0.02549;RO=19;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116975;STB=0.555489;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.0230409;OID=.;OPOS=125601975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:11:6:9:10:11:6:9:11 chr10 125769719 . G A 300.38 PASS AF=0.207469;AO=50;DP=240;FAO=50;FDP=241;FR=.;FRO=191;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=92;FSRR=99;FWDB=-0.002581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.81;QD=4.98547;RBI=0.00937474;REFB=-0.00853336;REVB=-0.00901244;RO=188;SAF=24;SAR=26;SRF=91;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00518744;STB=0.501329;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.026432;OID=.;OPOS=125769719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:241:188:191:50:50:0.207469:26:24:91:97:26:24:92:99 chr10 126089434 . G A,T 1117.26 PASS AF=0.973333,0.0266667;AO=72,3;DP=75;FAO=73,2;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0;FSAR=37,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101702,-0.00843529;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.338,79.2037;QD=59.5872;RBI=0.0121123,0.0428178;REFB=0,0;REVB=-0.00657843,-0.0419787;RO=0;SAF=36,0;SAR=36,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00229572,0.0667313;OID=.,.;OPOS=126089434,126089434;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:75:75:0:0:72,3:73,2:0.973333,0.0266667:36,3:36,0:0:0:37,2:36,0:0:0 chr10 126172863 . A G 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00507035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.342;QD=21.293;RBI=0.0214148;REFB=-0.0110935;REVB=0.0208059;RO=25;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144158;STB=0.580583;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.014539;OID=.;OPOS=126172863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:12:13:17:8:12:13:17:8 chr10 126515272 . GTCTT G 99.99 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0173805;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=241.309;QD=7.40672;RBI=0.0191422;REFB=-0.0110647;REVB=-0.0080215;RO=39;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987224;STB=0.552995;STBP=0.664;TYPE=del;VARB=0.0239343;OID=.;OPOS=126515273;OREF=TCTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:14:54:14:54:40:5:9:17:23:99:39:5:9:17:22 chr10 126517989 . G A 313.25 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0286798;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.49;QD=16.7064;RBI=0.0289253;REFB=-0.0197252;REVB=-0.00376054;RO=41;SAF=12;SAR=22;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136757;STB=0.577003;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.028603;OID=.;OPOS=126517989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:41:41:34:34:0.453333:22:12:20:21:22:12:20:21 chr10 126662853 . G A 219.23 PASS AF=0.307692;AO=27;DP=89;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.00367542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.339;QD=9.63641;RBI=0.0156734;REFB=-0.00215505;REVB=0.0152364;RO=62;SAF=14;SAR=13;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738236;STB=0.536057;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00473957;OID=.;OPOS=126662853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:62:63:27:28:0.307692:13:14:36:26:13:15:37:26 chr10 126670356 . G A 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0308907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5502;QD=10.1416;RBI=0.0336332;REFB=0.00717551;REVB=0.0133025;RO=25;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112421;STB=0.567457;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.0092907;OID=.;OPOS=126670356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:6:6:10:15:6:6:10:15 chr10 126674093 . T C 232.03 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0061649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.71;QD=14.7323;RBI=0.0138898;REFB=-0.00442434;REVB=0.0124467;RO=35;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326572;STB=0.51058;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00486119;OID=.;OPOS=126674093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:36:27:27:0.428571:13:14:17:18:13:14:18:18 chr10 126674227 . C CT 1737.99 PASS AF=1;AO=146;DP=163;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0543371;FXX=0.0124992;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.7555;QD=43.9997;RBI=0.114285;REFB=0;REVB=-0.100541;RO=9;SAF=69;SAR=77;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021422;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00118675;OID=.;OPOS=126674228;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:146:163:158:158:0:73:85:0:0:32:9:69:77:6:3 chr10 126674874 . A G 91.82 PASS AF=0.457143;AO=8;DP=22;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0543972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.6373;QD=10.4941;RBI=0.0806563;REFB=-0.114174;REVB=0.0595515;RO=14;SAF=0;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.780916;STB=0.542804;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.308708;OID=.;OPOS=126674874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:22:35:14:19:8:16:0.457143:8:0:8:6:8:8:8:11 chr10 126674878 . A G 102.3 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=26;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0397493;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5455;QD=11.3671;RBI=0.142007;REFB=-0.0415811;REVB=0.136331;RO=16;SAF=1;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.568998;STB=0.641318;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.104157;OID=.;OPOS=126674878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:36:16:21:10:15:0.416667:9:1:9:7:10:5:12:9 chr10 126675759 . A AAGAT 431.69 PASS AF=0.429825;AO=48;DP=118;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0189836;FXX=0.0256388;HRUN=2;LEN=4;MLLD=297.018;QD=15.1472;RBI=0.0208191;REFB=-0.0194162;REVB=-0.00854724;RO=66;SAF=17;SAR=31;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766949;STB=0.551069;STBP=0.398;TYPE=ins;VARB=0.0239404;OID=.;OPOS=126675760;OREF=-;OALT=AGAT;OMAPALT=AAGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.429825:48:118:49:114:65:17:32:28:37:99:66:17:31:28:38 chr10 126677239 . GAAGAAAAG GAAGAA,GAAG 94.53 PASS AF=0.114286,0.314286;AO=4,11;DP=36;FAO=4,11;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=3,7;FSAR=1,4;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0046498,0.00329867;FXX=0.0277701;HRUN=4,4;LEN=3,5;MLLD=208.514,213.366;QD=10.8035;RBI=0.0197243,0.020213;REFB=-0.0164328,-0.00722132;REVB=0.0191684,0.0199421;RO=18;SAF=3,7;SAR=1,4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.398544,0.256069;STB=0.806314,0.679684;STBP=0.258,0.162;TYPE=del,del;VARB=0.0277586,0.00530343;OID=.,.;OPOS=126677245,126677240;OREF=AAG,AAGAA;OALT=-,-;OMAPALT=GAAGAA,GAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.114286,0.314286:4,11:36:4,11:35:20:3,7:1,4:7:13:65:18:3,7:1,4:7:11 chr10 126677266 . A T 34.66 PASS AF=0.107692;AO=8;DP=61;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0144859;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=38.304;QD=2.13303;RBI=0.0481635;REFB=-0.00614878;REVB=-0.0459334;RO=53;SAF=4;SAR=4;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796337;STB=0.608391;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0277401;OID=.;OPOS=126677266;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:65:53:58:8:7:0.107692:4:4:30:23:4:3:32:26 chr10 126677287 . GACAA G 34.72 PASS AF=0.103896;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=77;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.00539207;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=304.158;QD=1.80381;RBI=0.0128181;REFB=-0.0032181;REVB=-0.0116289;RO=67;SAF=4;SAR=4;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613063;STB=0.545342;STBP=0.796;TYPE=del;VARB=0.0253787;OID=.;OPOS=126677288;OREF=ACAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.103896:8:77:8:77:69:4:4:38:31:34:67:4:4:37:30 chr10 126677308 . A T 48.66 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.00121567;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.0254;QD=2.59529;RBI=0.00959216;REFB=-0.00360967;REVB=-0.00951481;RO=64;SAF=5;SAR=5;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134932;STB=0.586499;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0218392;OID=.;OPOS=126677308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:74:75:64:65:10:10:0.133333:5:5:39:25:5:5:39:26 chr10 126677323 . A T 53.33 PASS AF=0.134146;AO=11;DP=82;FAO=11;FDP=82;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=0.00152168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.985;QD=2.60148;RBI=0.0095448;REFB=-0.00583433;REVB=-0.00942272;RO=71;SAF=6;SAR=5;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755763;STB=0.552953;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0462936;OID=.;OPOS=126677323;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:82:82:71:71:11:11:0.134146:5:6:43:28:5:6:43:28 chr10 126677363 . T C 32.4 PASS AF=0.0952381;AO=8;DP=84;FAO=8;FDP=84;FR=.;FRO=76;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=0.017149;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.0778;QD=1.54274;RBI=0.0180397;REFB=-0.000951229;REVB=0.00559843;RO=76;SAF=5;SAR=3;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394253;STB=0.531171;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0128935;OID=.;OPOS=126677363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:84:84:76:76:8:8:0.0952381:3:5:45:31:3:5:45:31 chr10 126677367 . T G 39.09 PASS AF=0.108434;AO=8;DP=82;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.0109081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.911;QD=1.8837;RBI=0.0171573;REFB=-0.00326318;REVB=0.0132434;RO=74;SAF=5;SAR=3;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366682;STB=0.535441;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0229385;OID=.;OPOS=126677367;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:82:83:74:74:8:9:0.108434:3:5:44:30:4:5:44:30 chr10 126677391 . A C 35.07 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=76;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.0244623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5505;QD=1.84566;RBI=0.0639847;REFB=-0.00921516;REVB=0.0591239;RO=68;SAF=5;SAR=3;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447979;STB=0.534396;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0629587;OID=.;OPOS=126677391;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:76:68:68:8:8:0.105263:3:5:40:28:3:5:40:28 chr10 126683071 . G C 44.24 PASS AF=0.1;AO=11;DP=110;FAO=11;FDP=110;FR=.;FRO=99;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=56;FWDB=0.0123881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.008;QD=1.60887;RBI=0.0149368;REFB=-0.0012022;REVB=0.00834517;RO=96;SAF=5;SAR=6;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00792327;STB=0.518361;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00742464;OID=.;OPOS=126683071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:110:110:96:99:11:11:0.1:6:5:43:53:6:5:43:56 chr10 126683087 . T C 80.83 PASS AF=0.141667;AO=17;DP=120;FAO=17;FDP=120;FR=.;FRO=103;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=-0.00366789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.216;QD=2.69437;RBI=0.0372232;REFB=-0.00634258;REVB=0.037042;RO=103;SAF=5;SAR=12;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201562;STB=0.639328;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0390819;OID=.;OPOS=126683087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:120:120:103:103:17:17:0.141667:12:5:46:57:12:5:46:57 chr10 126683123 . A C 124.15 PASS AF=0.174242;AO=23;DP=131;FAO=23;FDP=132;FR=.;FRO=109;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=-0.0391106;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0601;QD=3.76197;RBI=0.0395022;REFB=-0.0145323;REVB=0.00554772;RO=107;SAF=7;SAR=16;SRF=55;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270989;STB=0.675901;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0693524;OID=.;OPOS=126683123;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:107:109:23:23:0.174242:16:7:55:52:16:7:56:53 chr10 126683150 . AC AT,GT 135.02 PASS AF=0.0827068,0.112782;AO=10,15;DP=133;FAO=11,15;FDP=133;FR=.;FRO=107;FSAF=1,6;FSAR=10,9;FSRF=60;FSRR=47;FWDB=0.00366027,0.0139772;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=85.6923,136.54;QD=4.0608;RBI=0.0609914,0.0491652;REFB=-0.000224595,-0.00301973;REVB=-0.0608815,-0.0471366;RO=106;SAF=1,6;SAR=9,9;SRF=60;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.516699,-0.202632;STB=0.913811,0.638529;STBP=0.01,0.273;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.053009,0.048553;OID=.,.;OPOS=126683151,126683150;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:65:133:133:106:107:10,15:11,15:0.0827068,0.112782:9,9:1,6:60:46:10,9:1,6:60:47 chr10 126683162 . C T 147.06 PASS AF=0.203252;AO=25;DP=123;FAO=25;FDP=123;FR=.;FRO=98;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=58;FSRR=40;FWDB=-0.00325788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.348;QD=4.78251;RBI=0.0043277;REFB=-0.00534011;REVB=-0.00284872;RO=98;SAF=6;SAR=19;SRF=58;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439062;STB=0.774308;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0177753;OID=.;OPOS=126683162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:98:98:25:25:0.203252:19:6:58:40:19:6:58:40 chr10 126683190 . C A 120.84 PASS AF=0.215909;AO=19;DP=88;FAO=19;FDP=88;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.00227977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.476;QD=5.49249;RBI=0.0204511;REFB=0.000706118;REVB=-0.0203237;RO=68;SAF=6;SAR=13;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366879;STB=0.721998;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00309704;OID=.;OPOS=126683190;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:68:69:19:19:0.215909:13:6:42:26:13:6:42:27 chr10 126714714 . G C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00500125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.872;QD=61.3359;RBI=0.0289471;REFB=0;REVB=0.0285118;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25845e-05;OID=.;OPOS=126714714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr10 126714966 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00154166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.364;QD=53.9103;RBI=0.0948221;REFB=0;REVB=-0.0948095;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00159015;OID=.;OPOS=126714966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:6:18:0:0:6:18:0:0 chr10 126715227 . G A 111.14 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0182342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.448;QD=10.5851;RBI=0.0186639;REFB=-0.0128456;REVB=-0.00398154;RO=27;SAF=4;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270255;STB=0.651947;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0492189;OID=.;OPOS=126715227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:28:14:14:0.333333:10:4:14:13:10:4:14:14 chr10 126715692 . C T 564.13 PASS AF=0.441176;AO=60;DP=136;FAO=60;FDP=136;FR=.;FRO=76;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.00319254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.112;QD=16.5921;RBI=0.0176108;REFB=-0.0187731;REVB=-0.017319;RO=76;SAF=41;SAR=19;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128307;STB=0.571864;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0313543;OID=.;OPOS=126715692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:76:76:60:60:0.441176:19:41:43:33:19:41:43:33 chr10 126721441 . C A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.462;QD=53.2772;RBI=0.0209231;REFB=0;REVB=-0.00833503;RO=0;SAF=2;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45766e-05;OID=.;OPOS=126721441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:21:2:0:0:21:2:0:0 chr10 126727602 . T A 148.94 PASS AF=0.234043;AO=22;DP=94;FAO=22;FDP=94;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0183431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.193;QD=6.33791;RBI=0.0227749;REFB=0.000709978;REVB=0.0134991;RO=72;SAF=4;SAR=18;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390336;STB=0.744721;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00215378;OID=.;OPOS=126727602;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:72:72:22:22:0.234043:18:4:33:39:18:4:33:39 chr10 126727604 . T C 149.42 PASS AF=0.236559;AO=22;DP=93;FAO=22;FDP=93;FR=.;FRO=71;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.0382894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.236;QD=6.42666;RBI=0.0384094;REFB=-0.00860457;REVB=0.00303432;RO=71;SAF=4;SAR=18;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382403;STB=0.739484;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0290823;OID=.;OPOS=126727604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:71:71:22:22:0.236559:18:4:32:39:18:4:32:39 chr10 126727630 . T G 57.58 PASS AF=0.146667;AO=11;DP=83;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00245533;FXX=0.0963739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.839;QD=3.07076;RBI=0.0160265;REFB=0.00233143;REVB=0.0158373;RO=64;SAF=4;SAR=7;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132445;STB=0.59187;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.0159065;OID=.;OPOS=126727630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:83:75:64:64:11:11:0.146667:7:4:30:34:7:4:30:34 chr10 127265374 . T C 719.08 PASS AF=0.489655;AO=70;DP=143;FAO=71;FDP=145;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.00949366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.085;QD=19.8368;RBI=0.0173624;REFB=-0.00565135;REVB=0.014537;RO=73;SAF=37;SAR=33;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056318;STB=0.523598;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00802693;OID=.;OPOS=127265374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:73:74:70:71:0.489655:33:37:43:30:33:38:43:31 chr10 127445408 . G T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0229;QD=51.9167;RBI=0.0554247;REFB=0;REVB=-0.0426128;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00238813;OID=.;OPOS=127445408;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr10 127462525 . A G 323.41 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4732;QD=53.9014;RBI=0.0559448;REFB=0;REVB=-0.0536037;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000764839;OID=.;OPOS=127462525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr10 127530325 . T C 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.079;QD=59.6791;RBI=0.0226905;REFB=0;REVB=-0.0104674;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13548e-05;OID=.;OPOS=127530325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr10 127579186 . C A 46.46 PASS AF=0.0815217;AO=16;DP=184;FAO=15;FDP=184;FR=.;FRO=169;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=87;FSRR=82;FWDB=-0.0363593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.549;QD=1.00996;RBI=0.0415441;REFB=-0.00231999;REVB=-0.0200976;RO=167;SAF=6;SAR=10;SRF=87;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169141;STB=0.605066;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0290936;OID=.;OPOS=127579186;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:184:184:167:169:16:15:0.0815217:10:6:87:80:9:6:87:82 chr10 127579210 . T C 445.35 PASS AF=0.305263;AO=58;DP=190;FAO=58;FDP=190;FR=.;FRO=132;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=73;FSRR=59;FWDB=0.0163534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5581;QD=9.37579;RBI=0.0204272;REFB=0.00603602;REVB=0.0122408;RO=131;SAF=29;SAR=29;SRF=73;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683468;STB=0.536829;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.0142156;OID=.;OPOS=127579210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:131:132:58:58:0.305263:29:29:73:58:29:29:73:59 chr10 127579238 . G T 382.15 PASS AF=0.270408;AO=52;DP=196;FAO=53;FDP=196;FR=.;FRO=143;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=64;FSRR=79;FWDB=-0.00798883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.91;QD=7.79897;RBI=0.0231337;REFB=-0.00595692;REVB=-0.0217105;RO=143;SAF=36;SAR=16;SRF=64;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305194;STB=0.670222;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0130368;OID=.;OPOS=127579238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:143:143:52:53:0.270408:16:36:64:79:17:36:64:79 chr10 127585173 . T C 39.38 PASS AF=0.461538;AO=4;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0628239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6256;QD=12.1161;RBI=0.0652976;REFB=-0.0669168;REVB=0.0178028;RO=7;SAF=1;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448885;STB=0.599629;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0707523;OID=.;OPOS=127585173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:4:6:0.461538:3:1:2:5:5:1:2:5 chr10 127585179 . G C 72.94 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.000839985;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=291.571;QD=20.8398;RBI=0.0096613;REFB=-0.0224646;REVB=0.00962471;RO=4;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514675;STB=0.555438;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0109101;OID=.;OPOS=127585179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:4:5:9:9:0.642857:6:3:1:3:6:3:1:4 chr10 127668431 . A G 1470.94 PASS AF=0.971429;AO=101;DP=105;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00276839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.953;QD=56.0357;RBI=0.00736435;REFB=-0.0331415;REVB=0.00682419;RO=3;SAF=41;SAR=60;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231283;STB=0.512193;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0012317;OID=.;OPOS=127668431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:105:3:3:101:102:0.971429:60:41:0:3:60:42:0:3 chr10 127677374 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.194;QD=54.5175;RBI=0.0297365;REFB=0;REVB=0.0119242;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60671e-05;OID=.;OPOS=127677374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr10 127730728 . C T 462.69 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0126696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.699;QD=16.2348;RBI=0.0263984;REFB=-0.0104248;REVB=-0.0231594;RO=63;SAF=24;SAR=27;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896299;STB=0.549981;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0138117;OID=.;OPOS=127730728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:51:51:0.447368:27:24:24:39:27:24:24:39 chr10 127834139 . T G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.202;QD=60.2307;RBI=0.0173199;REFB=0;REVB=-0.00079818;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66941e-05;OID=.;OPOS=127834139;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr10 128019025 . C G 675.31 PASS AF=0.540323;AO=67;DP=124;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0111491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.1523;QD=21.7841;RBI=0.0386747;REFB=-0.015379;REVB=0.0370328;RO=56;SAF=37;SAR=30;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732732;STB=0.536221;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0163328;OID=.;OPOS=128019025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:56:57:67:67:0.540323:30:37:26:30:30:37:27:30 chr10 128192985 . C T 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0144644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.645;QD=18.998;RBI=0.0214137;REFB=-0.00938995;REVB=-0.0157901;RO=30;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763654;STB=0.542492;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00927912;OID=.;OPOS=128192985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:14:17:19:11:14:17:19:11 chr10 128202435 . T C 1452.14 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00944454;FXX=0.0105252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.324;QD=61.7932;RBI=0.0686637;REFB=-0.0566289;REVB=0.0680111;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000307894;OID=.;OPOS=128202435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:94:0:1:93:93:0.989362:47:46:0:0:47:46:0:1 chr10 128841417 . G A 100.5 PASS AF=0.25;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0427177;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.427;QD=6.70008;RBI=0.044406;REFB=-0.0016102;REVB=0.012128;RO=43;SAF=8;SAR=7;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00187896;STB=0.516681;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00377448;OID=.;OPOS=128841417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:43:45:15:15:0.25:7:8:23:20:7:8:23:22 chr10 128926013 . A G 2351.27 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.517;QD=63.98;RBI=0.027644;REFB=0;REVB=0.0222642;RO=0;SAF=85;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96737e-05;OID=.;OPOS=128926013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:147:0:0:145:147:1:60:85:0:0:61:86:0:0 chr10 129216658 . T C 358.44 PASS AF=0.397959;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0131935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.878;QD=14.6302;RBI=0.0163765;REFB=-0.016067;REVB=-0.00970161;RO=59;SAF=21;SAR=18;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498632;STB=0.528287;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.024537;OID=.;OPOS=129216658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:59:59:39:39:0.397959:18:21:29:30:18:21:29:30 chr10 129242515 . G A 343.23 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0143812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.263;QD=18.8072;RBI=0.014746;REFB=-0.0148954;REVB=-0.00326004;RO=37;SAF=9;SAR=27;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195557;STB=0.609691;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0116037;OID=.;OPOS=129242515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:27:9:16:21:27:9:16:21 chr10 129249662 . G A 1011.96 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0362919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3271;QD=57.8262;RBI=0.0831867;REFB=-0.203644;REVB=0.0748526;RO=1;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178302;STB=0.509431;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00518425;OID=.;OPOS=129249662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:68:69:0.985714:26:42:0:1:26:43:0:1 chr10 129249676 . C T 1031.3 PASS AF=0.96;AO=71;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0337136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.968;QD=55.0026;RBI=0.0606647;REFB=-0.0697833;REVB=0.0504341;RO=3;SAF=41;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00700789;STB=0.503969;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.001699;OID=.;OPOS=129249676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:75:75:3:3:71:72:0.96:30:41:2:1:31:41:2:1 chr10 129249693 . G A 1110.67 PASS AF=0.9625;AO=76;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0274324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.058;QD=55.5335;RBI=0.0626043;REFB=-0.0825794;REVB=0.056274;RO=1;SAF=48;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00975781;STB=0.512192;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00103618;OID=.;OPOS=129249693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:80:80:1:3:76:77:0.9625:28:48:1:0:28:49:1:2 chr10 129249701 . C G 1157.12 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0707305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4276;QD=59.3395;RBI=0.0945584;REFB=-0.0442851;REVB=0.0627574;RO=1;SAF=48;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00975781;STB=0.505153;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00186868;OID=.;OPOS=129249701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:76:77:0.987179:28:48:1:0:29:48:1:0 chr10 129249925 . T C 2796.01 PASS AF=0.994595;AO=172;DP=180;FAO=184;FDP=185;FR=.;FRO=1;FSAF=105;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0134229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.021;QD=60.4542;RBI=0.0892758;REFB=-0.0193199;REVB=0.0882609;RO=6;SAF=105;SAR=67;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407312;STB=0.503144;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000208083;OID=.;OPOS=129249925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:180:185:6:1:172:184:0.994595:67:105:0:6:79:105:0:1 chr10 129534478 . A AGCGCGGC 115.78 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157468;FXX=0;HRUN=1;LEN=7;MLLD=330.661;QD=42.1033;RBI=0.0228629;REFB=0;REVB=-0.0165756;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-6.50542e-05;OID=.;OPOS=129534479;OREF=-;OALT=GCGCGGC;OMAPALT=AGCGCGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:11:11:11:0:6:5:0:0:4:0:5:5:0:0 chr10 129534679 . T C 1317.44 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.627;QD=61.9973;RBI=0.061614;REFB=0;REVB=0.0608127;RO=0;SAF=52;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45212e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22559e-05;OID=.;OPOS=129534679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:85:0:0:81:85:1:29:52:0:0:33:52:0:0 chr10 129534739 . C G 1493.32 PASS AF=0.972973;AO=104;DP=112;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0109538;FXX=0.00892777;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.1698;QD=53.8133;RBI=0.0111497;REFB=-0.14215;REVB=0.00208095;RO=1;SAF=52;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903847;STB=0.514016;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0044221;OID=.;OPOS=129534739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:112:111:1:3:104:108:0.972973:52:52:1:0:56:52:3:0 chr10 129534864 . A C 850.38 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.516;QD=57.653;RBI=0.0354287;REFB=0;REVB=-0.00324751;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0078e-05;OID=.;OPOS=129534864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr10 129690873 . T TC 61.44 PASS AF=0.213675;AO=28;DP=118;FAO=25;FDP=117;FR=.;FRO=92;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=-0.072935;FXX=0.00847386;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.7138;QD=2.10043;RBI=0.0732093;REFB=-0.0164573;REVB=0.00633169;RO=89;SAF=16;SAR=12;SRF=52;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164165;STB=0.552916;STBP=0.564;TYPE=ins;VARB=0.011513;OID=.;OPOS=129690874;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.213675:28:118:25:117:92:13:12:54:38:61:89:16:12:52:37 chr10 129845903 . C T 347.57 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0144485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.118;QD=19.8611;RBI=0.0168068;REFB=-0.0263846;REVB=-0.00858545;RO=34;SAF=18;SAR=18;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514616;STB=0.528556;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0282462;OID=.;OPOS=129845903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:18:18:15:19:18:18:15:19 chr10 129859992 . T C 388.3 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00408021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.525;QD=21.2766;RBI=0.00938064;REFB=-0.00131615;REVB=0.00844679;RO=34;SAF=24;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999178;STB=0.555286;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00139944;OID=.;OPOS=129859992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:15:24:17:17:15:24:17:17 chr10 129882401 . C T 384.21 PASS AF=0.370968;AO=44;DP=125;FAO=46;FDP=124;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=10;FSRF=59;FSRR=19;FWDB=0.00353995;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.164;QD=12.3937;RBI=0.0156536;REFB=0.00517111;REVB=-0.0152481;RO=78;SAF=36;SAR=8;SRF=59;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106031;STB=0.52356;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00900849;OID=.;OPOS=129882401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:78:78:44:46:0.370968:8:36:59:19:10:36:59:19 chr10 129883370 . A G 967.44 PASS AF=0.440171;AO=103;DP=234;FAO=103;FDP=234;FR=.;FRO=131;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=72;FSRR=59;FWDB=0.0240913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8325;QD=16.5374;RBI=0.0313916;REFB=-0.0146995;REVB=-0.0201256;RO=129;SAF=57;SAR=46;SRF=71;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00304873;STB=0.502139;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0208284;OID=.;OPOS=129883370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:129:131:103:103:0.440171:46:57:71:58:46:57:72:59 chr10 129883933 . C T 373.42 PASS AF=0.412371;AO=41;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00316985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.405;QD=15.3986;RBI=0.0031755;REFB=0.000880635;REVB=-0.000189296;RO=56;SAF=24;SAR=17;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124611;STB=0.559784;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00104041;OID=.;OPOS=129883933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:57:41:40:0.412371:17:24:26:30:17:23:27:30 chr10 129899578 . T C 634.08 PASS AF=0.4375;AO=70;DP=161;FAO=70;FDP=160;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.0160988;FXX=0.00621079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.654;QD=15.8521;RBI=0.0196923;REFB=-0.00173142;REVB=0.0113409;RO=90;SAF=31;SAR=39;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102446;STB=0.557127;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00189516;OID=.;OPOS=129899578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:90:90:70:70:0.4375:39:31:49:41:39:31:49:41 chr10 129899778 . G C 382.86 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0118043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.159;QD=17.4027;RBI=0.0253579;REFB=-0.0156808;REVB=-0.0224429;RO=47;SAF=17;SAR=23;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123958;STB=0.563822;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.024202;OID=.;OPOS=129899778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:48:40:40:0.454545:23:17:26:21:23:17:26:22 chr10 129899922 . T C 107.41 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0835661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7544;QD=12.6359;RBI=0.0976647;REFB=0.00667328;REVB=0.0505479;RO=21;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272467;STB=0.664137;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00375513;OID=.;OPOS=129899922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:11:2:7:14:11:2:7:14 chr10 129901393 . T C 678.1 PASS AF=0.440476;AO=74;DP=168;FAO=74;FDP=168;FR=.;FRO=94;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=-0.0242722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.748;QD=16.1452;RBI=0.0243456;REFB=-0.0187855;REVB=0.00188892;RO=94;SAF=37;SAR=37;SRF=42;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534402;STB=0.529754;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0207661;OID=.;OPOS=129901393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:94:94:74:74:0.440476:37:37:42:52:37:37:42:52 chr10 129901570 . C T 768.58 PASS AF=0.516556;AO=78;DP=152;FAO=78;FDP=151;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0394241;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.604;QD=20.3596;RBI=0.0401137;REFB=-0.0121338;REVB=-0.00740641;RO=72;SAF=35;SAR=43;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00848842;STB=0.501629;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.016184;OID=.;OPOS=129901570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:72:73:78:78:0.516556:43:35:33:39:43:35:33:40 chr10 129901722 . G A 227.02 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0138623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.368;QD=13.5536;RBI=0.0139352;REFB=-0.0134516;REVB=-0.00142363;RO=40;SAF=8;SAR=19;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175752;STB=0.600895;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0150596;OID=.;OPOS=129901722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:19:8:18:22:19:8:18:22 chr10 129901726 . C T 228.19 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0250848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.674;QD=13.8298;RBI=0.0489745;REFB=-0.000961918;REVB=0.0420625;RO=39;SAF=8;SAR=19;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186317;STB=0.606797;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00405922;OID=.;OPOS=129901726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:19:8:18:21:19:8:18:21 chr10 129901825 . T C 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0215005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.394;QD=15.0179;RBI=0.025484;REFB=-0.00621673;REVB=0.0136808;RO=40;SAF=17;SAR=13;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113604;STB=0.564061;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0150225;OID=.;OPOS=129901825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:13:17:27:13:13:17:27:13 chr10 129901946 . T G 685.25 PASS AF=0.62766;AO=58;DP=95;FAO=59;FDP=94;FR=.;FRO=35;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0216743;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.503;QD=29.1597;RBI=0.0238095;REFB=-0.0321846;REVB=0.00985473;RO=33;SAF=41;SAR=17;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100673;STB=0.536614;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0189384;OID=.;OPOS=129901946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:33:35:58:59:0.62766:17:41:19:14:17:42:22:13 chr10 129902158 . C T 170.47 PASS AF=0.381818;AO=22;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0350602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0818;QD=12.3977;RBI=0.0374691;REFB=-0.00538159;REVB=-0.0132179;RO=32;SAF=14;SAR=8;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412041;STB=0.708908;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0089686;OID=.;OPOS=129902158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:34:22:21:0.381818:8:14:7:25:8:13:9:25 chr10 129902281 . G A 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.000285236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.267;QD=12.8732;RBI=0.00268073;REFB=-0.00797237;REVB=-0.00266551;RO=31;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202776;STB=0.60725;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0162413;OID=.;OPOS=129902281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:32:19:19:0.372549:8:11:12:19:8:11:13:19 chr10 129903016 . T C 505.54 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00646844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.176;QD=20.2215;RBI=0.0129769;REFB=-0.00828616;REVB=-0.0112499;RO=51;SAF=26;SAR=23;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551905;STB=0.5306;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.016401;OID=.;OPOS=129903016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:49:49:0.49:23:26:24:27:23:26:24:27 chr10 129903094 . G T 413.94 PASS AF=0.423423;AO=44;DP=108;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0135126;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5046;QD=14.9166;RBI=0.0156159;REFB=-0.00975412;REVB=-0.00782738;RO=59;SAF=23;SAR=21;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374343;STB=0.529941;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0214502;OID=.;OPOS=129903094;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:59:64:44:47:0.423423:21:23:33:26:23:24:36:28 chr10 129903802 . A G 295.4 PASS AF=0.36;AO=36;DP=101;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00888811;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.879;QD=11.8161;RBI=0.0209457;REFB=-0.00881382;REVB=-0.0189664;RO=56;SAF=20;SAR=16;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059663;STB=0.535694;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0128291;OID=.;OPOS=129903802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:56:64:36:36:0.36:16:20:28:28:16:20:32:32 chr10 129904387 . G A 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=-0.0252162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.763;QD=9.14898;RBI=0.0314391;REFB=-0.0111984;REVB=0.0187765;RO=40;SAF=4;SAR=14;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00463662;STB=0.502759;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.022426;OID=.;OPOS=129904387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:14:4:9:31:14:4:9:31 chr10 129904477 . C T 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00606646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.428;QD=15.7732;RBI=0.00617364;REFB=-0.0150197;REVB=0.0011454;RO=33;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327133;STB=0.518505;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0193351;OID=.;OPOS=129904477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:18:9:12:21:18:9:12:21 chr10 129904560 . C T 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0105326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.307;QD=15.6188;RBI=0.0110193;REFB=-0.00221905;REVB=-0.00323877;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134157;STB=0.577341;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.002908;OID=.;OPOS=129904560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:7:11:12:13:7:11:12:13 chr10 129906468 . C T 674.33 PASS AF=0.472222;AO=68;DP=144;FAO=68;FDP=144;FR=.;FRO=76;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.00652564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.823;QD=18.7314;RBI=0.0114797;REFB=-0.0086725;REVB=-0.00944455;RO=76;SAF=45;SAR=23;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210365;STB=0.616793;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0130646;OID=.;OPOS=129906468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:76:76:68:68:0.472222:23:45:34:42:23:45:34:42 chr10 129907544 . G C 179.33 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0423432;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7814;QD=21.7374;RBI=0.0447008;REFB=-0.0026511;REVB=0.0143254;RO=15;SAF=3;SAR=15;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465312;STB=0.526285;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00696193;OID=.;OPOS=129907544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:15:3:3:12:15:3:3:12 chr10 129911856 . C G 219.14 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0309544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.579;QD=13.9138;RBI=0.0320046;REFB=0.00502102;REVB=0.00813122;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975262;STB=0.555513;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.00796789;OID=.;OPOS=129911856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:13:13:22:15:13:13:22:15 chr10 129913960 . A T 418.6 PASS AF=0.415254;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=23;FWDB=0.00658703;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.575;QD=14.1899;RBI=0.00953955;REFB=-0.00692242;REVB=-0.0069003;RO=66;SAF=29;SAR=20;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806637;STB=0.546032;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00905458;OID=.;OPOS=129913960;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:66:69:49:49:0.415254:20:29:44:22:20:29:46:23 chr10 129917560 . T C 510.4 PASS AF=0.61039;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0196077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8705;QD=26.5144;RBI=0.0218468;REFB=-0.0135942;REVB=0.00963449;RO=30;SAF=28;SAR=19;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698552;STB=0.538141;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00583135;OID=.;OPOS=129917560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:30:47:47:0.61039:19:28:15:15:19:28:15:15 chr10 131334541 . C T 215.4 PASS AF=0.25;AO=32;DP=129;FAO=32;FDP=128;FR=.;FRO=96;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0131618;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.415;QD=6.73136;RBI=0.0351311;REFB=-0.00968036;REVB=-0.0325724;RO=92;SAF=17;SAR=15;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0016847;STB=0.515646;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0294842;OID=.;OPOS=131334541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:92:96:32:32:0.25:15:17:49:43:15:17:49:47 chr10 132303374 . G C 1153.5 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.574;QD=60.7107;RBI=0.0320982;REFB=0;REVB=0.00170354;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87297e-05;OID=.;OPOS=132303374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr10 133608008 . G A 109.13 PASS AF=0.419355;AO=10;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0160798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.499;QD=14.081;RBI=0.0817445;REFB=-0.0115206;REVB=0.0801473;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16979;STB=0.507032;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0201133;OID=.;OPOS=133608008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:10:13:0.419355:3:7:14:3:3:10:14:4 chr10 133918372 . G A 893.01 PASS AF=0.511494;AO=89;DP=174;FAO=89;FDP=174;FR=.;FRO=85;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=0.0014057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8643;QD=20.529;RBI=0.0957997;REFB=-0.0451536;REVB=0.0957894;RO=81;SAF=43;SAR=46;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200284;STB=0.500388;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0256589;OID=.;OPOS=133918372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:81:85:89:89:0.511494:46:43:41:40:46:43:41:44 chr10 133948634 . T C 693.15 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160597;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.254;QD=63.0135;RBI=0.0247196;REFB=0;REVB=0.0187921;RO=0;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292722;OID=.;OPOS=133948634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:32:12:0:0:32:12:0:0 chr10 133950642 . T C 424.42 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=-0.00148956;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.918;QD=18.4529;RBI=0.0227933;REFB=-0.0111003;REVB=-0.0227446;RO=49;SAF=24;SAR=19;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25617;STB=0.642157;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00880501;OID=.;OPOS=133950642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:49:49:43:43:0.467391:19:24:14:35:19:24:14:35 chr10 133954011 . C T 1137.66 PASS AF=0.63354;AO=102;DP=161;FAO=102;FDP=161;FR=.;FRO=59;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=-0.00339646;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.179;QD=28.2649;RBI=0.00515002;REFB=-0.0194504;REVB=-0.00387127;RO=58;SAF=46;SAR=56;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147945;STB=0.576536;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0110334;OID=.;OPOS=133954011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:58:59:102:102:0.63354:56:46:39:19:56:46:39:20 chr10 133955427 . A G 310.51 PASS AF=0.354545;AO=39;DP=110;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=0.0232145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.422;QD=11.2913;RBI=0.0232542;REFB=-0.00968162;REVB=-0.00135928;RO=71;SAF=23;SAR=16;SRF=46;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686275;STB=0.539306;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0149213;OID=.;OPOS=133955427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:71:71:39:39:0.354545:16:23:46:25:16:23:46:25 chr10 133963466 . A G 1750.66 PASS AF=0.991525;AO=115;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00913551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2455;QD=59.3444;RBI=0.0239062;REFB=-0.0128537;REVB=-0.0220918;RO=1;SAF=72;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655046;STB=0.503355;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00104909;OID=.;OPOS=133963466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:115:117:0.991525:43:72:1:0:43:74:1:0 chr10 133981682 . G A 716.44 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00736667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.7107;QD=59.7037;RBI=0.0368116;REFB=-0.0993112;REVB=0.036067;RO=1;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268394;STB=0.513508;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0013815;OID=.;OPOS=133981682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:48:1:1:45:47:0.979167:17:28:0:1:18:29:0:1 chr10 134013990 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.634;QD=54.5172;RBI=0.067298;REFB=0;REVB=-0.00353903;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234105;OID=.;OPOS=134013990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:21:4:0:0:21:4:0:0 chr10 134017295 . A G 641.86 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.531;QD=61.1299;RBI=0.0236989;REFB=0;REVB=0.0223963;RO=0;SAF=32;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214292;OID=.;OPOS=134017295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:7:32:0:0:9:33:0:0 chr10 134017388 . C G 318.92 PASS AF=0.353982;AO=40;DP=113;FAO=40;FDP=113;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.00142479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.174;QD=11.2894;RBI=0.0173563;REFB=-0.0257717;REVB=-0.0172977;RO=71;SAF=20;SAR=20;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393006;STB=0.530958;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0545464;OID=.;OPOS=134017388;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:71:73:40:40:0.353982:20:20:38:33:20:20:40:33 chr10 134018834 . C T 576.71 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00539129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.203;QD=21.3597;RBI=0.0109151;REFB=-0.0141721;REVB=0.00949072;RO=50;SAF=27;SAR=31;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962721;STB=0.552848;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0145528;OID=.;OPOS=134018834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:50:50:58:58:0.537037:31:27:29:21:31:27:29:21 chr10 134018867 . G A 382.72 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0131734;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.114;QD=15.1572;RBI=0.0155059;REFB=-0.0233884;REVB=-0.00817898;RO=58;SAF=27;SAR=16;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168432;STB=0.594892;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0279309;OID=.;OPOS=134018867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:58:58:43:43:0.425743:16:27:27:31:16:27:27:31 chr10 134036193 . A G 728.92 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9367;QD=57.1701;RBI=0.055927;REFB=0;REVB=-0.0530768;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000698588;OID=.;OPOS=134036193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr10 134039242 . C T 203.37 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.011807;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.609;QD=14.2713;RBI=0.0228604;REFB=-0.0281135;REVB=-0.0195753;RO=32;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157336;STB=0.578883;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0431684;OID=.;OPOS=134039242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:24:24:0.421053:12:12:11:21:12:12:12:21 chr10 134062574 . G A 1775.67 PASS AF=0.983333;AO=116;DP=118;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0365105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.967;QD=59.1889;RBI=0.0414032;REFB=-0.125678;REVB=0.0195245;RO=2;SAF=47;SAR=69;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197764;STB=0.510202;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.000333346;OID=.;OPOS=134062574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:120:2:2:116:118:0.983333:69:47:2:0:70:48:2:0 chr10 134143942 . C T 113.17 PASS AF=0.278689;AO=16;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0102088;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.618;QD=7.42131;RBI=0.0255417;REFB=-0.011225;REVB=-0.0234128;RO=45;SAF=13;SAR=3;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381337;STB=0.738219;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0374461;OID=.;OPOS=134143942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:44:16:17:0.278689:3:13:24:21:3:14:24:20 chr10 134143985 . GC TT 123.71 PASS AF=0.272727;AO=16;DP=64;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0138153;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=284.377;QD=7.49779;RBI=0.0138174;REFB=-0.00392752;REVB=0.000240097;RO=47;SAF=14;SAR=2;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.475351;STB=0.680715;STBP=0.08;TYPE=mnp;VARB=0.0100146;OID=.;OPOS=134143985;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:47:48:16:18:0.272727:2:14:26:21:4:14:27:21 chr10 134144005 . T C 117.61 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00512479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.35;QD=7.58741;RBI=0.0613736;REFB=-0.0167069;REVB=0.0611592;RO=45;SAF=12;SAR=5;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219512;STB=0.633982;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0450863;OID=.;OPOS=134144005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:45:17:17:0.274194:5:12:24:21:5:12:24:21 chr10 134145136 . A G 169.48 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.00861801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.647;QD=16.5346;RBI=0.0668393;REFB=0.000926576;REVB=-0.0662814;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325195;STB=0.684026;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00195956;OID=.;OPOS=134145136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:8:10:5:18:8:10:5:18 chr10 134145138 . C G 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.041264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9891;QD=17.0334;RBI=0.0476078;REFB=0.0123376;REVB=-0.0237441;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352818;STB=0.69873;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0136101;OID=.;OPOS=134145138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:8:10:4:18:8:10:4:18 chr10 134145166 . T C 95.17 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.0634106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.181;QD=11.1965;RBI=0.0657452;REFB=0.000241915;REVB=-0.0173642;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.551157;STB=0.806616;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00297793;OID=.;OPOS=134145166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:34:20:22:12:12:0.352941:4:8:2:18:4:8:3:19 chr10 134145293 . G T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0387782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.549;QD=11.0924;RBI=0.0398434;REFB=-0.022055;REVB=-0.00915148;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429211;STB=0.749312;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0189504;OID=.;OPOS=134145293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:0:6:3:2:0:6 chr10 134161633 . A G 732.7 PASS AF=0.982143;AO=52;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00560085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.239;QD=52.336;RBI=0.0118887;REFB=-0.0812142;REVB=0.0104867;RO=3;SAF=11;SAR=41;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112444;STB=0.517235;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000830714;OID=.;OPOS=134161633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:56:56:3:1:52:55:0.982143:41:11:3:0:41:14:1:0 chr10 134161651 . C T 177.98 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0340321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.334;QD=14.8318;RBI=0.0342857;REFB=-0.0115363;REVB=-0.00416244;RO=28;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268523;STB=0.507035;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0246927;OID=.;OPOS=134161651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:28:29:19:19:0.395833:12:7:11:17:12:7:11:18 chr10 134218269 . C T 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.048594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.23;QD=19.976;RBI=0.0490673;REFB=-0.0288556;REVB=0.00679867;RO=19;SAF=7;SAR=13;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196708;STB=0.617543;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0179083;OID=.;OPOS=134218269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:13:7:3:16:13:7:3:17 chr10 134218296 . C G 72.65 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.725;QD=20.756;RBI=0.0192595;REFB=-0.00157236;REVB=0.0192595;RO=5;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0160701;OID=.;OPOS=134218296;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:9:0:0:5:9:0:0:5 chr10 134219036 . G A 564.72 PASS AF=0.607143;AO=50;DP=83;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0408489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.303;QD=26.8916;RBI=0.0425874;REFB=-0.00758105;REVB=-0.0120437;RO=32;SAF=33;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988954;STB=0.564077;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0108385;OID=.;OPOS=134219036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:32:33:50:51:0.607143:17:33:17:15:17:34:17:16 chr10 134219045 . C T 568.36 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=92;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.000968582;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.483;QD=24.9827;RBI=0.00192073;REFB=-0.0215309;REVB=0.00165863;RO=39;SAF=34;SAR=18;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157101;STB=0.586173;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0193289;OID=.;OPOS=134219045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:39:39:52:52:0.571429:18:34:18:21:18:34:18:21 chr10 134219372 . G A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.029982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.232;QD=19.5232;RBI=0.041969;REFB=-0.0214135;REVB=-0.029368;RO=12;SAF=13;SAR=1;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221076;STB=0.62881;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0204491;OID=.;OPOS=134219372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:1:13:10:2:1:13:10:2 chr10 134231313 . CTT CTC,C,CT 469.36 PASS AF=0.0952381,0,0.904762;AO=4,8,21;DP=64;FAO=6,0,57;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,32;FSAR=6,0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721765,0.36456,0.707104;FXX=0.0156226;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=176.268,10.1128,9.43242;QD=29.8006;RBI=0.105496,0.397152,0.771037;REFB=0,0,0;REVB=-0.0769415,-0.157562,-0.307411;RO=22;SAF=0,1,4;SAR=4,7,17;SRF=22;SRR=0;SSEN=0,0.412698,0.412698;SSEP=0,0.309091,0.309091;SSSB=-0.869311,-0.806279,-0.660213;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.127451,-0.115255,-0.00849842;OID=.,.,.;OPOS=134231315,134231314,134231314;OREF=T,TT,T;OALT=C,-,-;OMAPALT=CTC,C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0952381,0,0.904762:4,8,21:64:6,0,57:63:0:0,0,32:6,0,25:0:0:25:22:0,1,4:4,7,17:22:0 chr10 134598443 . C T 92.94 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0129387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.069;QD=9.53266;RBI=0.0643497;REFB=-0.0166804;REVB=0.0630355;RO=27;SAF=9;SAR=3;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671222;STB=0.540913;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0634933;OID=.;OPOS=134598443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:3:9:19:8:3:9:19:8 chr10 134598628 . A G 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.816;QD=62.3461;RBI=0.0207752;REFB=0;REVB=0.0101557;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130735;OID=.;OPOS=134598628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr10 134622089 . A G 209.71 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00682713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.248;QD=18.6412;RBI=0.0299163;REFB=-0.000320358;REVB=-0.0291269;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00593965;STB=0.503368;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00033657;OID=.;OPOS=134622089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:8:13:15:9:8:13:15:9 chr10 134622341 . C T 125.55 PASS AF=0.240506;AO=19;DP=80;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.052978;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2569;QD=6.35679;RBI=0.0606093;REFB=-0.0132281;REVB=-0.0294417;RO=59;SAF=7;SAR=12;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280135;STB=0.512078;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0470077;OID=.;OPOS=134622341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:59:60:19:19:0.240506:12:7:23:36:12:7:23:37 chr10 134622408 . T C 208.0 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.00247482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8382;QD=13.4191;RBI=0.0658204;REFB=-0.0176179;REVB=0.0657739;RO=37;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11241;STB=0.554658;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.018384;OID=.;OPOS=134622408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:37:24:25:0.403226:16:8:9:28:17:8:9:28 chr10 134623959 . T C 202.65 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.0252558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.878;QD=10.1323;RBI=0.0331626;REFB=-0.000677613;REVB=-0.021492;RO=53;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20512;STB=0.624197;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00125756;OID=.;OPOS=134623959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:53:54:26:26:0.325:12:14:19:34:12:14:19:35 chr10 134624225 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0239691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.617;QD=18.6452;RBI=0.0511625;REFB=-0.0234149;REVB=0.0452005;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249743;STB=0.514265;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0328722;OID=.;OPOS=134624225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:5:9:8:5:5:9:8:5 chr10 134646988 . C T 334.41 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0104871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.88;QD=19.3863;RBI=0.0106555;REFB=-0.0153032;REVB=-0.00188713;RO=33;SAF=14;SAR=21;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12844;STB=0.578902;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0130962;OID=.;OPOS=134646988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:34:35:35:0.507246:21:14:18:15:21:14:19:15 chr10 134659572 . C T 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0387934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8649;QD=18.7441;RBI=0.0756671;REFB=-0.0143928;REVB=0.064966;RO=4;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120201;STB=0.571204;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0118181;OID=.;OPOS=134659572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:1:6:3:1:1:6:3:1 chr10 134659626 . A G 152.15 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00895827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.26;QD=30.4289;RBI=0.0728457;REFB=-0.0243622;REVB=-0.0722928;RO=5;SAF=12;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127659;STB=0.571326;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00551663;OID=.;OPOS=134659626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:3:12:3:2:3:12:3:2 chr10 134672609 . C T 489.48 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.00733201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.704;QD=17.0252;RBI=0.00835986;REFB=-0.00665957;REVB=-0.00401608;RO=62;SAF=25;SAR=28;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896612;STB=0.549899;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0085613;OID=.;OPOS=134672609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:62:62:53:53:0.46087:28:25:35:27:28:25:35:27 chr10 134682802 . C T 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.105123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5761;QD=19.7017;RBI=0.119177;REFB=-0.0035911;REVB=0.0561452;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225945;STB=0.512805;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00921082;OID=.;OPOS=134682802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:10:7:7:9:10:7:7:9 chr10 134682855 . C T 269.53 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0170907;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.983;QD=27.6442;RBI=0.0418832;REFB=-0.0433356;REVB=0.0382375;RO=15;SAF=13;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052231;STB=0.528884;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0260594;OID=.;OPOS=134682855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:11:13:7:8:11:13:7:8 chr10 134698626 . T C 421.86 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00393528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.239;QD=18.1446;RBI=0.00659205;REFB=-0.0196254;REVB=0.00528855;RO=46;SAF=26;SAR=17;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991923;STB=0.578618;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0211305;OID=.;OPOS=134698626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:93:46:50:43:43:0.462366:17:26:23:23:17:26:23:27 chr10 134722022 . A G 268.03 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0376408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.396;QD=17.0175;RBI=0.0493913;REFB=-0.0277197;REVB=-0.0319792;RO=33;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148507;STB=0.572584;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0307871;OID=.;OPOS=134722022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:29:30:0.47619:16:13:20:13:16:14:20:13 chr10 134735672 . A G 773.1 PASS AF=0.50641;AO=78;DP=156;FAO=79;FDP=156;FR=.;FRO=77;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.000307161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.644;QD=19.823;RBI=0.00486215;REFB=-0.0143675;REVB=0.00485244;RO=77;SAF=48;SAR=30;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534974;STB=0.525158;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0110351;OID=.;OPOS=134735672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:77:77:78:79:0.50641:30:48:43:34:31:48:43:34 chr10 134736026 . G A 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0315219;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.316;QD=17.9561;RBI=0.0352484;REFB=-0.00734212;REVB=-0.015774;RO=17;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292813;STB=0.666465;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00894583;OID=.;OPOS=134736026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:6:10:5:12:6:10:5:12 chr10 134736052 . G T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0155583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.112;QD=16.1723;RBI=0.015604;REFB=-0.0111508;REVB=-0.0011936;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181939;STB=0.616297;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0140132;OID=.;OPOS=134736052;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:7:9:7:12:7:9:7:13 chr10 134736076 . T G 159.57 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.000215065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.398;QD=17.7299;RBI=0.0050193;REFB=-2.78464e-05;REVB=-0.0050147;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051485;STB=0.529377;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-4.12466e-06;OID=.;OPOS=134736076;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:9:8:10:9:9:8:10:9 chr10 134738232 . A G 550.72 PASS AF=0.402685;AO=60;DP=149;FAO=60;FDP=149;FR=.;FRO=89;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.0134516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.933;QD=14.7843;RBI=0.0166886;REFB=-0.0132197;REVB=-0.00987753;RO=88;SAF=28;SAR=32;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352718;STB=0.516586;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0213236;OID=.;OPOS=134738232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:88:89:60:60:0.402685:32:28:44:44:32:28:44:45 chr10 134748331 . C T 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.528;QD=59.9242;RBI=0.0362503;REFB=0;REVB=-0.0344596;RO=0;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.95611e-05;OID=.;OPOS=134748331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:53:52:0:0:53:52:0:0 chr10 134756013 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.578;QD=47.8224;RBI=0.0798359;REFB=0;REVB=0.0763393;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438145;OID=.;OPOS=134756013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr10 134777790 . G A 1388.67 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00221406;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.497;QD=60.377;RBI=0.0210259;REFB=0.00214987;REVB=0.020909;RO=1;SAF=17;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270585;STB=0.510884;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=2.20474e-05;OID=.;OPOS=134777790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:92:1:2:90:90:0.978261:73:17:1:0:73:17:1:1 chr10 134884516 . G A 206.06 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0236008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.139;QD=16.8211;RBI=0.0240885;REFB=-0.00802174;REVB=-0.00482252;RO=28;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208654;STB=0.619601;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0141148;OID=.;OPOS=134884516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:14:7:15:13:14:7:15:13 chr10 134884546 . A G 150.79 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0246001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.663;QD=11.1699;RBI=0.025692;REFB=-0.0120232;REVB=-0.00741037;RO=35;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406245;STB=0.523784;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0471408;OID=.;OPOS=134884546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:11:8:16:19:11:8:16:19 chr10 134884595 . G A 311.94 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0109492;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.604;QD=14.179;RBI=0.0135971;REFB=-0.0154616;REVB=-0.00806193;RO=53;SAF=20;SAR=15;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145173;STB=0.582477;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0240181;OID=.;OPOS=134884595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:53:35:35:0.397727:15:20:23:30:15:20:23:30 chr10 134884610 . C G 385.67 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.00376519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3366;QD=15.5825;RBI=0.0387965;REFB=-0.00529802;REVB=0.0386134;RO=58;SAF=22;SAR=19;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558733;STB=0.531543;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00834929;OID=.;OPOS=134884610;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:41:41:0.414141:19:22:28:30:19:22:28:30 chr10 134886562 . G A 221.07 PASS AF=0.318182;AO=28;DP=88;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0561176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2795;QD=10.0487;RBI=0.0567614;REFB=-0.0164353;REVB=0.00852481;RO=60;SAF=19;SAR=9;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178327;STB=0.604914;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0427719;OID=.;OPOS=134886562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:60:60:28:28:0.318182:9:19:32:28:9:19:32:28 chr10 134886618 . G C 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00878626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.379;QD=24.9293;RBI=0.010211;REFB=-0.00627091;REVB=0.00520257;RO=17;SAF=21;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268262;STB=0.63624;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00443802;OID=.;OPOS=134886618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:19:25:25:0.568182:4:21:10:7:4:21:12:7 chr10 134942166 . A G 599.52 PASS AF=0.473282;AO=62;DP=131;FAO=62;FDP=131;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0148294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.238;QD=18.3059;RBI=0.0589919;REFB=-0.0336516;REVB=-0.0570976;RO=69;SAF=23;SAR=39;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917915;STB=0.550972;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0309891;OID=.;OPOS=134942166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:69:69:62:62:0.473282:39:23:32:37:39:23:32:37 chr10 134942832 . G A 137.83 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0202751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.953;QD=19.0108;RBI=0.0289589;REFB=-0.00915695;REVB=-0.020677;RO=14;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462923;STB=0.526281;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0222419;OID=.;OPOS=134942832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:5:10:10:4:5:10:10:4 chr10 135025289 . G T 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0161591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.878;QD=3.24566;RBI=0.0235607;REFB=-0.002854;REVB=0.0171462;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154457;STB=0.609408;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0183106;OID=.;OPOS=135025289;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:3:3:13:22:3:3:13:22 chr10 135051543 . T C 405.91 PASS AF=1;AO=26;DP=31;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154254;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.013;QD=55.9871;RBI=0.0455299;REFB=0;REVB=0.0428373;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126009;OID=.;OPOS=135051543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:29:0:0:26:29:1:13:13:0:0:16:13:0:0 chr10 135051561 . CA C,CG 411.45 PASS AF=0.0333333,0.966667;AO=3,27;DP=30;FAO=1,29;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151005,0.0122727;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.7903,73.0259;QD=54.8604;RBI=0.0170202,0.0485699;REFB=0,0;REVB=-0.00785243,0.0469937;RO=0;SAF=0,11;SAR=3,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.5146e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0806478,0.00389756;OID=.,.;OPOS=135051562,135051562;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0333333,0.966667:3,27:30:1,29:30:0:0,11:1,18:0:0:4:0:0,11:3,16:0:0 chr10 135061112 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8951;QD=54.5167;RBI=0.0204237;REFB=0;REVB=-0.00658524;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202331;OID=.;OPOS=135061112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr10 135076596 . T C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0162124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.749;QD=17.3212;RBI=0.0283373;REFB=-0.0162209;REVB=0.0232414;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359828;STB=0.703988;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0159611;OID=.;OPOS=135076596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:10:6:14:4:10:6:14:4 chr10 135077225 . G A 624.49 PASS AF=0.467153;AO=64;DP=133;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.00755188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.343;QD=18.2333;RBI=0.00755889;REFB=-0.0157317;REVB=0.000325617;RO=69;SAF=33;SAR=31;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062121;STB=0.519264;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0160819;OID=.;OPOS=135077225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:137:69:73:64:64:0.467153:31:33:31:38:31:33:35:38 chr10 135081618 . C T 225.42 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0386956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1056;QD=15.2827;RBI=0.0508793;REFB=-0.00734413;REVB=0.0330356;RO=33;SAF=18;SAR=8;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292652;STB=0.516603;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0101123;OID=.;OPOS=135081618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:8:18:22:11:8:18:22:11 chr10 135082346 . A G 442.53 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.010697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7079;QD=22.6939;RBI=0.0612571;REFB=-0.0159398;REVB=-0.0603159;RO=35;SAF=27;SAR=16;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232297;STB=0.627847;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0216246;OID=.;OPOS=135082346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:16:27:12:23:16:27:12:23 chr10 135084232 . C CAGA 624.11 PASS AF=0.364929;AO=74;DP=212;FAO=77;FDP=211;FR=.;FRO=134;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=63;FSRR=71;FWDB=-0.0320663;FXX=0.00938923;HRUN=1;LEN=3;MLLD=225.747;QD=11.8314;RBI=0.0326076;REFB=-0.0179651;REVB=0.005917;RO=135;SAF=35;SAR=39;SRF=63;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00717447;STB=0.514838;STBP=0.773;TYPE=ins;VARB=0.0319751;OID=.;OPOS=135084233;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.364929:74:212:77:211:134:38:39:63:71:99:135:35:39:63:72 chr10 135084322 . A G 455.73 PASS AF=0.373239;AO=52;DP=141;FAO=53;FDP=142;FR=.;FRO=89;FSAF=13;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=59;FWDB=-0.0707222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7022;QD=12.8375;RBI=0.074352;REFB=-0.00290656;REVB=-0.0229476;RO=89;SAF=13;SAR=39;SRF=29;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104741;STB=0.57197;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00474672;OID=.;OPOS=135084322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:89:89:52:53:0.373239:39:13:29:60:40:13:30:59 chr10 135085321 . C T 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00384455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.27;QD=23.0933;RBI=0.0276858;REFB=-0.0507769;REVB=0.0274176;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102381;STB=0.557311;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0349547;OID=.;OPOS=135085321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:9:8:4:8:9:8:4:8 chr10 135085426 . A G 346.44 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00437502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.272;QD=26.6488;RBI=0.0179943;REFB=-0.0256255;REVB=-0.0174543;RO=19;SAF=13;SAR=20;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179003;STB=0.509798;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0163128;OID=.;OPOS=135085426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:20:13:7:12:20:13:7:12 chr10 135085754 . G A 655.05 PASS AF=0.5;AO=65;DP=132;FAO=66;FDP=132;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=51;FSRF=20;FSRR=46;FWDB=-0.00545452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.95;QD=19.8501;RBI=0.0104557;REFB=0.00235697;REVB=0.00892025;RO=66;SAF=15;SAR=50;SRF=20;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876382;STB=0.55091;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00232685;OID=.;OPOS=135085754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:66:66:65:66:0.5:50:15:20:46:51:15:20:46 chr10 135087521 . G A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0126065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.151;QD=15.7845;RBI=0.0303622;REFB=-0.0116686;REVB=-0.0276214;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786514;STB=0.531973;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0127144;OID=.;OPOS=135087521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:5:9:9:7:5:9:10:7 chr10 135089035 . A G 629.51 PASS AF=0.520661;AO=62;DP=121;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00511444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1139;QD=20.8102;RBI=0.0429844;REFB=-0.0200233;REVB=0.0426791;RO=58;SAF=23;SAR=39;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147134;STB=0.583599;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0212069;OID=.;OPOS=135089035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:58:58:62:63:0.520661:39:23:31:27:40:23:31:27 chr10 135095746 . C T 209.54 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00989162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.812;QD=9.6341;RBI=0.016295;REFB=-0.00564016;REVB=0.0129492;RO=59;SAF=9;SAR=18;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229058;STB=0.629823;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0380471;OID=.;OPOS=135095746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:59:60:27:27:0.310345:18:9:31:28:18:9:31:29 chr10 135097434 . A G 226.42 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00920605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.083;QD=17.0885;RBI=0.015936;REFB=-0.0262303;REVB=0.0130078;RO=28;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200884;STB=0.613405;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0261729;OID=.;OPOS=135097434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:9:16:12:16:9:16:12:16 chr10 135098672 . G A 456.12 PASS AF=0.605634;AO=42;DP=70;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00376725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.214;QD=25.6966;RBI=0.0627956;REFB=-0.0146095;REVB=0.0626825;RO=28;SAF=22;SAR=20;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954682;STB=0.546741;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00916079;OID=.;OPOS=135098672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:28:28:42:43:0.605634:20:22:11:17:21:22:11:17 chr10 135098830 . T C 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0260214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.127;QD=10.1573;RBI=0.0261692;REFB=-0.0112644;REVB=-0.00277745;RO=31;SAF=8;SAR=6;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168163;STB=0.599867;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.016082;OID=.;OPOS=135098830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:6:8:22:9:6:8:22:9 chr10 135098845 . C T 137.53 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.00175056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.63;QD=11.4608;RBI=0.002207;REFB=-0.0071797;REVB=-0.00134403;RO=31;SAF=10;SAR=6;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104506;STB=0.568884;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0377528;OID=.;OPOS=135098845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:32:16:16:0.333333:6:10:22:9:6:10:23:9 chr10 135106137 . G A 177.62 PASS AF=0.285714;AO=24;DP=84;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.00527849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4251;QD=8.45805;RBI=0.0759922;REFB=0.00167657;REVB=0.0758086;RO=57;SAF=12;SAR=12;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728855;STB=0.559475;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.0057622;OID=.;OPOS=135106137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:57:60:24:24:0.285714:12:12:25:32:12:12:25:35 chr10 135160950 . C T 147.4 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00681577;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.946;QD=36.8499;RBI=0.0737083;REFB=-0.0997354;REVB=0.0733925;RO=1;SAF=2;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179609;STB=0.666388;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00800627;OID=.;OPOS=135160950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:1:2:14:14:0.875:12:2:1:0:12:2:2:0 chr10 135165790 . A G 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.89;QD=57.5443;RBI=0.0585549;REFB=0;REVB=-0.0334758;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97567e-05;OID=.;OPOS=135165790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr10 135180430 . A G 2215.52 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.65;QD=63.3005;RBI=0.0205652;REFB=0;REVB=-0.0191777;RO=0;SAF=56;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.90805e-06;OID=.;OPOS=135180430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:0:0:139:140:1:83:56:0:0:84:56:0:0 chr10 135184126 . G A 2589.59 PASS AF=0.994083;AO=168;DP=171;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.021578;FXX=0.0116952;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.138;QD=61.292;RBI=0.0441508;REFB=0.0257682;REVB=0.0385187;RO=1;SAF=82;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00576878;STB=0.50303;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=2.76406e-05;OID=.;OPOS=135184126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:171:169:1:1:168:168:0.994083:86:82:1:0:86:82:1:0 chr10 135186806 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3921;QD=48.7353;RBI=0.0345161;REFB=0;REVB=0.0307096;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561965;OID=.;OPOS=135186806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr10 135204950 . C G 972.73 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.33;QD=58.9531;RBI=0.035732;REFB=0;REVB=-0.0107921;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57299e-05;OID=.;OPOS=135204950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr10 135205009 . C G 1435.53 PASS AF=0.970588;AO=99;DP=103;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0342303;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.16;QD=56.2953;RBI=0.0343284;REFB=-0.196595;REVB=0.00259432;RO=1;SAF=67;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00702819;STB=0.510947;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000864089;OID=.;OPOS=135205009;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:103:102:1:3:99:99:0.970588:32:67:1:0:32:67:3:0 chr10 135233541 . A G 2357.18 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00633202;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.781;QD=64.1411;RBI=0.00712223;REFB=0;REVB=0.00326063;RO=0;SAF=99;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.52968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98223e-05;OID=.;OPOS=135233541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:146:147:1:47:99:0:0:47:100:0:0 chr10 135269955 . C T 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0330041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.798;QD=26.8491;RBI=0.0467549;REFB=0.000104595;REVB=-0.0331172;RO=7;SAF=11;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197586;STB=0.610954;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.000124049;OID=.;OPOS=135269955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:4:11:3:4:4:11:3:4 chr10 135271789 . C T 541.8 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00913799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.603;QD=22.3422;RBI=0.00997477;REFB=-0.0206267;REVB=-0.00399914;RO=46;SAF=25;SAR=26;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290066;STB=0.515979;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0221121;OID=.;OPOS=135271789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:46:51:51:0.525773:26:25:21:25:26:25:21:25 chr10 135271970 . C T 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00832179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.712;QD=12.4029;RBI=0.00844657;REFB=-0.0179323;REVB=-0.00144651;RO=28;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35294;STB=0.696726;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0294445;OID=.;OPOS=135271970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:29:16:16:0.355556:5:11:10:18:5:11:11:18 chr10 135278193 . A G 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0108163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.608;QD=15.8391;RBI=0.012778;REFB=-0.0294424;REVB=-0.00680333;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170899;STB=0.59976;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0131775;OID=.;OPOS=135278193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:2:5:4:4:2:5 chr10 135279810 . T G 474.51 PASS AF=0.628571;AO=44;DP=70;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0140374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.97;QD=27.1148;RBI=0.0189673;REFB=-0.0165619;REVB=0.0127558;RO=19;SAF=18;SAR=26;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124895;STB=0.519991;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0099186;OID=.;OPOS=135279810;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:19:26:44:44:0.628571:26:18:12:7:26:18:12:14 chr10 135280765 . C T 765.11 PASS AF=0.571429;AO=72;DP=126;FAO=72;FDP=126;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.000985627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.209;QD=24.2892;RBI=0.0183017;REFB=-0.00678962;REVB=0.0182751;RO=53;SAF=35;SAR=37;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112236;STB=0.509931;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00419656;OID=.;OPOS=135280765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:53:54:72:72:0.571429:37:35:25:28:37:35:25:29 chr10 135347397 . T C 1225.87 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00108485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8596;QD=57.6878;RBI=0.0133169;REFB=-0.0786021;REVB=-0.0132727;RO=3;SAF=45;SAR=37;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00795527;STB=0.504203;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0109402;OID=.;OPOS=135347397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:85:3:3:82:82:0.964706:37:45:2:1:37:45:2:1 chr10 135351362 . T C 1120.29 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01777;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.753;QD=60.5561;RBI=0.0178168;REFB=0;REVB=0.00129047;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52926e-05;OID=.;OPOS=135351362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr10 135368163 . A G 163.72 PASS AF=0.355932;AO=20;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00757428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.576;QD=11.0995;RBI=0.00826432;REFB=-0.00514318;REVB=-0.00330594;RO=36;SAF=6;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28876;STB=0.658939;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0158075;OID=.;OPOS=135368163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:38:20:21:0.355932:14:6:20:16:14:7:22:16 chr10 135368590 . T C 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0161676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.227;QD=16.2727;RBI=0.0163265;REFB=-0.00497926;REVB=0.00227239;RO=39;SAF=14;SAR=18;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237382;STB=0.513361;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0050363;OID=.;OPOS=135368590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:18:14:18:21:18:14:18:21 chr10 135369532 . T C 366.03 PASS AF=0.493506;AO=36;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0105619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2014;QD=19.0146;RBI=0.0358273;REFB=-0.00785797;REVB=-0.0342351;RO=39;SAF=15;SAR=21;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904585;STB=0.53327;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00599783;OID=.;OPOS=135369532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:36:38:0.493506:21:15:20:19:21:17:20:19 chr10 135370343 . G A 416.02 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.104515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9887;QD=22.1875;RBI=0.111665;REFB=-0.00389849;REVB=0.0393144;RO=34;SAF=17;SAR=24;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184106;STB=0.600786;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00551748;OID=.;OPOS=135370343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:24:17:7:27:24:17:7:27 chr10 135370633 . C T 111.22 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0686484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8085;QD=15.8885;RBI=0.0788083;REFB=0.00304146;REVB=0.038706;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252444;STB=0.643869;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00715863;OID=.;OPOS=135370633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:3:12:7:6:3:12 chr10 135370639 . C A 111.44 PASS AF=0.48;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0300444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.856;QD=17.8296;RBI=0.0509253;REFB=-0.0207441;REVB=0.0411183;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272125;STB=0.666419;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0216774;OID=.;OPOS=135370639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:11:12:0.48:6:5:2:10:6:6:2:10 chr10 135372870 . C G 217.84 PASS AF=0.40625;AO=27;DP=63;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00271618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.381;QD=13.615;RBI=0.0150427;REFB=-0.0103185;REVB=-0.0147955;RO=36;SAF=12;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839832;STB=0.522874;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.015246;OID=.;OPOS=135372870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:36:38:27:26:0.40625:15:12:19:17:14:12:19:19 chr10 135373591 . C T 165.81 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0110524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.579;QD=22.1073;RBI=0.029933;REFB=0.00245732;REVB=-0.0278177;RO=13;SAF=13;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00485436;STB=0.502729;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.007345;OID=.;OPOS=135373591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:4:13:10:3:4:13:10:3 chr10 135381390 . G A 35.54 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0705719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5463;QD=5.68693;RBI=0.138641;REFB=-0.00344086;REVB=0.119336;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230557;STB=0.515102;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0327213;OID=.;OPOS=135381390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:2:4:13:6:2:4:13:6 chr10 135381425 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0357762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1195;QD=15.2586;RBI=0.0416395;REFB=0.00984512;REVB=-0.0213052;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293682;STB=0.666317;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00855075;OID=.;OPOS=135381425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:6:1:0:6:6:1:0:6 chr10 135381443 . C T 61.09 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.00860555;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.002;QD=17.453;RBI=0.0336379;REFB=-0.0442226;REVB=0.0325185;RO=5;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233315;STB=0.649715;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0348125;OID=.;OPOS=135381443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:14:14:5:6:8:8:0.571429:7:1:0:5:7:1:0:6 chr10 135381592 . C G 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0378246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.721;QD=8.25426;RBI=0.0378329;REFB=-0.00710296;REVB=-0.000794193;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367359;STB=0.721627;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00509045;OID=.;OPOS=135381592;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:2:10:3:3:2:10 chr10 135381623 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.698;QD=59.0187;RBI=0.0300168;REFB=0;REVB=-0.0149261;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84399e-05;OID=.;OPOS=135381623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr10 135381766 . C T 401.37 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0816068;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.486;QD=53.5157;RBI=0.0851952;REFB=-0.193577;REVB=0.0244653;RO=0;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510197;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00144765;OID=.;OPOS=135381766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:30:30:0:1:29:29:0.966667:24:5:0:0:24:5:0:1 chr10 135381927 . T G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0075731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.671;QD=55.0978;RBI=0.0509702;REFB=0;REVB=-0.0504045;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217802;OID=.;OPOS=135381927;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr11 193722 . A G 112.45 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.0477371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.098;QD=6.61492;RBI=0.0498566;REFB=-0.0329966;REVB=-0.014382;RO=48;SAF=10;SAR=7;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046465;STB=0.546226;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0844179;OID=.;OPOS=193722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:51:17:17:0.25:7:10:30:18:7:10:33:18 chr11 193863 . T C 1028.87 PASS AF=0.716667;AO=86;DP=120;FAO=86;FDP=120;FR=.;FRO=34;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.000358381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.82;QD=34.2956;RBI=0.00304525;REFB=-0.0128079;REVB=-0.00302409;RO=34;SAF=55;SAR=31;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125385;STB=0.567338;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00582645;OID=.;OPOS=193863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:34:34:86:86:0.716667:31:55:14:20:31:55:14:20 chr11 193865 . T G 498.2 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.00451202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.258;QD=16.7461;RBI=0.0125018;REFB=-8.4896e-05;REVB=-0.0116591;RO=64;SAF=29;SAR=25;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713064;STB=0.534747;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=9.3187e-08;OID=.;OPOS=193865;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:64:65:54:54:0.453782:25:29:39:25:25:29:39:26 chr11 197337 . G A 227.75 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0144789;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.871;QD=15.7072;RBI=0.0166891;REFB=-0.00622825;REVB=0.00829985;RO=29;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211739;STB=0.622946;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00604319;OID=.;OPOS=197337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:32:26:26:0.448276:12:14:9:20:12:14:10:22 chr11 206030 . G A 112.28 PASS AF=0.209302;AO=18;DP=86;FAO=18;FDP=86;FR=.;FRO=68;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0665602;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.151;QD=5.22251;RBI=0.0763784;REFB=-0.00580129;REVB=0.037462;RO=64;SAF=5;SAR=13;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270085;STB=0.693113;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0632522;OID=.;OPOS=206030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:64:68:18:18:0.209302:13:5:31:33:13:5:35:33 chr11 216702 . TTGTC T 96.55 PASS AF=0.214815;AO=26;DP=137;FAO=29;FDP=135;FR=.;FRO=106;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=51;FWDB=0.00182525;FXX=0.0145975;HRUN=3;LEN=4;MLLD=300.913;QD=2.86064;RBI=0.00901957;REFB=-0.000989564;REVB=0.00883296;RO=107;SAF=16;SAR=10;SRF=57;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107382;STB=0.581496;STBP=0.339;TYPE=del;VARB=0.00390784;OID=.;OPOS=216703;OREF=TGTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214815:26:137:29:135:106:18:11:55:51:96:107:16:10:57:50 chr11 223796 . A G 209.41 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0170946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.01;QD=13.732;RBI=0.017274;REFB=0.0037743;REVB=0.00248296;RO=34;SAF=8;SAR=17;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248462;STB=0.643126;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00516228;OID=.;OPOS=223796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:36:25:25:0.409836:17:8:19:15:17:8:20:16 chr11 223823 . G A 67.32 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0474067;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.494;QD=9.61747;RBI=0.0500809;REFB=-0.00211297;REVB=0.0161464;RO=16;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34364;STB=0.761192;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00270262;OID=.;OPOS=223823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:27:28:16:19:9:9:0.321429:8:1:5:11:8:1:7:12 chr11 223832 . C A 65.32 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.050844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4806;QD=10.886;RBI=0.0555126;REFB=-0.0316597;REVB=0.0222831;RO=15;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284865;STB=0.677488;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0390431;OID=.;OPOS=223832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:8:1:4:11:8:1:4:11 chr11 237087 . A G 376.43 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0258778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.764;QD=16.0184;RBI=0.0534179;REFB=-0.0231213;REVB=-0.0467313;RO=54;SAF=20;SAR=20;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113473;STB=0.563798;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0361822;OID=.;OPOS=237087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:20:20:33:21:20:20:33:21 chr11 244106 . A G 195.43 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0500013;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.4999;QD=12.4083;RBI=0.0500135;REFB=-0.0130711;REVB=0.0011054;RO=37;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171271;STB=0.596252;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0230771;OID=.;OPOS=244106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:37:39:24:24:0.380952:13:11:23:14:13:11:24:15 chr11 244108 . A G 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0148839;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.419;QD=12.5664;RBI=0.0151538;REFB=-0.0168531;REVB=-0.00284748;RO=40;SAF=11;SAR=14;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196029;STB=0.612306;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.025527;OID=.;OPOS=244108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:14:11:25:15:14:11:25:15 chr11 244115 . G A 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.000105093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.914;QD=13.0607;RBI=0.0110826;REFB=-0.0112691;REVB=-0.0110821;RO=40;SAF=11;SAR=15;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21116;STB=0.620599;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0257483;OID=.;OPOS=244115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:15:11:25:15:15:11:25:15 chr11 244129 . C T 186.16 PASS AF=0.32;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0399043;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9791;QD=9.92835;RBI=0.0719858;REFB=-0.0102863;REVB=-0.0599132;RO=51;SAF=12;SAR=12;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125154;STB=0.573274;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.017005;OID=.;OPOS=244129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:51:51:24:24:0.32:12:12:31:20:12:12:31:20 chr11 244141 . G A 162.93 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00320332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.406;QD=9.17912;RBI=0.0171737;REFB=-0.00452426;REVB=0.0168723;RO=49;SAF=9;SAR=13;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233779;STB=0.637614;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0130227;OID=.;OPOS=244141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:49:22:22:0.309859:13:9:30:19:13:9:30:19 chr11 244167 . C T 142.59 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0100804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.652;QD=8.26622;RBI=0.0341394;REFB=-0.00142216;REVB=-0.0326172;RO=49;SAF=9;SAR=11;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11946;STB=0.571358;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0167817;OID=.;OPOS=244167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:49:20:20:0.289855:11:9:27:22:11:9:27:22 chr11 244171 . T C 144.26 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00031185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.955;QD=8.61271;RBI=0.0214112;REFB=-0.00825638;REVB=-0.0214089;RO=47;SAF=9;SAR=11;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145657;STB=0.586581;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.019083;OID=.;OPOS=244171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:47:20:20:0.298507:11:9:27:20:11:9:27:20 chr11 244197 . T C 87.15 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00208783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.532;QD=6.22515;RBI=0.00419838;REFB=-0.00187269;REVB=-0.00364243;RO=43;SAF=4;SAR=9;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305886;STB=0.692012;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00539326;OID=.;OPOS=244197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:9:4:24:19:9:4:24:19 chr11 244414 . C T 424.08 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0233745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6965;QD=18.6409;RBI=0.0280079;REFB=-0.0368853;REVB=-0.0154298;RO=48;SAF=23;SAR=20;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150488;STB=0.583718;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.015413;OID=.;OPOS=244414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:20:23:18:30:20:23:18:30 chr11 244490 . ATACCTTTTAG A 136.35 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0116527;FXX=0.16899;HRUN=1;LEN=10;MLLD=291.635;QD=9.24377;RBI=0.0231353;REFB=-0.00669952;REVB=0.0199863;RO=31;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122668;STB=0.626987;STBP=0.215;TYPE=del;VARB=0.0179206;OID=.;OPOS=244491;OREF=TACCTTTTAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305085:18:60:18:59:41:9:9:13:28:99:31:9:9:12:19 chr11 284538 . T C 776.54 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0428;QD=62.1228;RBI=0.0721183;REFB=0;REVB=-0.0262808;RO=1;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144681;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284733;OID=.;OPOS=284538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:1:0:46:50:1:32:14:0:1:33:17:0:0 chr11 289927 . C T 567.31 PASS AF=0.343434;AO=68;DP=199;FAO=68;FDP=198;FR=.;FRO=130;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=70;FSRR=60;FWDB=0.07974;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4439;QD=11.4609;RBI=0.0826448;REFB=-0.00290236;REVB=0.0217185;RO=129;SAF=34;SAR=34;SRF=70;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488398;STB=0.525245;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0063927;OID=.;OPOS=289927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:129:130:68:68:0.343434:34:34:70:59:34:34:70:60 chr11 290816 . A G 364.45 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.016427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.669;QD=23.8982;RBI=0.0326866;REFB=-0.0160257;REVB=-0.0282589;RO=25;SAF=19;SAR=17;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542295;STB=0.529773;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0150668;OID=.;OPOS=290816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:17:19:15:10:17:19:15:10 chr11 290891 . T C 257.8 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0187397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.562;QD=23.4359;RBI=0.0196234;REFB=-0.0232032;REVB=-0.00582251;RO=20;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208993;STB=0.615298;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0186904;OID=.;OPOS=290891;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:9:15:17:3:9:15:17:3 chr11 290918 . G A 318.42 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.00761486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.456;QD=23.1576;RBI=0.0182363;REFB=-0.0265846;REVB=0.0165704;RO=23;SAF=23;SAR=9;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106394;STB=0.558311;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0125991;OID=.;OPOS=290918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:9:23:19:4:9:23:19:4 chr11 293188 . T C 267.38 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0901108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.643;QD=21.8267;RBI=0.0936265;REFB=-0.0226099;REVB=-0.0254157;RO=24;SAF=18;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212096;STB=0.619464;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0270676;OID=.;OPOS=293188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:7:18:12:12:7:18:12:12 chr11 298514 . G A 107.44 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00818937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8752;QD=7.81351;RBI=0.00913105;REFB=-0.0139186;REVB=-0.00403861;RO=40;SAF=14;SAR=1;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.54753;STB=0.851104;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0192905;OID=.;OPOS=298514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:1:14:25:15:1:14:25:15 chr11 299410 . C CG 439.73 PASS AF=1;AO=5;DP=42;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118971;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=237.169;QD=46.2878;RBI=0.122631;REFB=0;REVB=-0.0297367;RO=37;SAF=5;SAR=0;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.649242;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.23136e-05;OID=.;OPOS=299411;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:42:38:38:0:18:20:0:0:8:37:5:0:16:21 chr11 299411 . C G 574.87 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116829;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.447;QD=60.5127;RBI=0.0117378;REFB=0;REVB=0.00113447;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05096e-05;OID=.;OPOS=299411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr11 308290 . T C 1050.19 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00320424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9965;QD=59.1658;RBI=0.0424401;REFB=0;REVB=-0.0423189;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13903e-05;OID=.;OPOS=308290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:33:36:0:0:33:38:0:0 chr11 308314 . T C 784.9 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8686;QD=57.0836;RBI=0.0370818;REFB=0;REVB=-0.00406851;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148036;OID=.;OPOS=308314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:34:19:0:0:34:21:0:0 chr11 308363 . G C 727.72 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.11;QD=63.2803;RBI=0.0496192;REFB=0;REVB=-0.00700651;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176025;OID=.;OPOS=308363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr11 308426 . G C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7062;QD=58.1413;RBI=0.0511056;REFB=0;REVB=-0.0144915;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119162;OID=.;OPOS=308426;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr11 309127 . A G 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=-0.0144873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.42;QD=9.14902;RBI=0.0185441;REFB=-0.00997319;REVB=0.011576;RO=40;SAF=7;SAR=11;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40241;STB=0.73443;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0235769;OID=.;OPOS=309127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:11:7:30:10:11:7:30:10 chr11 314207 . C G 1035.38 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0029;QD=59.1646;RBI=0.054416;REFB=0;REVB=0.0436354;RO=0;SAF=49;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108087;OID=.;OPOS=314207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:67:70:1:18:49:0:0:19:51:0:0 chr11 320772 . A G 137.89 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0106529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.865;QD=11.4911;RBI=0.0337917;REFB=-0.000815023;REVB=-0.0320686;RO=32;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141128;STB=0.583232;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00129729;OID=.;OPOS=320772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:8:8:20:12:8:8:20:12 chr11 380920 . TG T 44.55 PASS AF=0.310345;AO=31;DP=89;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=0.0528615;FXX=0.0224694;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.67666;QD=2.04818;RBI=0.0652121;REFB=-0.104473;REVB=-0.0381874;RO=40;SAF=19;SAR=12;SRF=32;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209409;STB=0.540511;STBP=0.661;TYPE=del;VARB=0.0796641;OID=.;OPOS=380921;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310345:31:89:27:87:60:17:10:41:19:44:40:19:12:32:8 chr11 396866 . G A 37.12 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0276588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2038;QD=8.24896;RBI=0.0883083;REFB=-0.0271991;REVB=0.0838651;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469701;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.083978;OID=.;OPOS=396866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:11:12:6:6:0.333333:3:3:5:6:3:3:6:6 chr11 396915 . C T 32.88 PASS AF=0.384615;AO=4;DP=12;FAO=5;FDP=13;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0929889;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.705;QD=10.1165;RBI=0.1022;REFB=-0.0124543;REVB=0.0424009;RO=7;SAF=1;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326128;STB=0.713343;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0127012;OID=.;OPOS=396915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:12:13:7:8:4:5:0.384615:3:1:4:3:4:1:4:4 chr11 400109 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.255;QD=60.9782;RBI=0.0289431;REFB=0;REVB=0.0115516;RO=0;SAF=2;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27536e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158602;OID=.;OPOS=400109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:37:2:0:0:37:2:0:0 chr11 403749 . C T 484.76 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0153719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.331;QD=21.0767;RBI=0.0245087;REFB=-0.0114934;REVB=-0.0190888;RO=45;SAF=27;SAR=20;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134635;STB=0.574436;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0166727;OID=.;OPOS=403749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:20:27:19:26:20:27:19:26 chr11 403980 . G A 514.47 PASS AF=0.626667;AO=47;DP=73;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00746023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.139;QD=27.4384;RBI=0.0307213;REFB=-0.0144747;REVB=-0.0298017;RO=26;SAF=34;SAR=13;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025109;STB=0.536335;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00990221;OID=.;OPOS=403980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:26:28:47:47:0.626667:13:34:18:8:13:34:18:10 chr11 404317 . C T 190.03 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.116799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1263;QD=21.7179;RBI=0.134757;REFB=-0.000422655;REVB=0.0672113;RO=16;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068284;STB=0.52784;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00674435;OID=.;OPOS=404317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:16:16:18:19:0.542857:7:11:11:5:7:12:11:5 chr11 404468 . G A 382.73 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00899837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1908;QD=17.397;RBI=0.0640888;REFB=-0.0274991;REVB=0.0634539;RO=48;SAF=22;SAR=18;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129346;STB=0.572362;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0327067;OID=.;OPOS=404468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:18:22:20:28:18:22:20:28 chr11 406043 . G A 1920.02 PASS AF=1;AO=107;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=73;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.302;QD=61.4407;RBI=0.0374593;REFB=0;REVB=-0.00618285;RO=0;SAF=56;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00297115;OID=.;OPOS=406043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:107:125:1:51:56:0:0:52:73:0:0 chr11 428385 . A G 289.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00305307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2458;QD=52.606;RBI=0.13728;REFB=0;REVB=-0.137246;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00398244;OID=.;OPOS=428385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr11 428489 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.785;QD=51.9159;RBI=0.0466477;REFB=0;REVB=0.0421595;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549574;OID=.;OPOS=428489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:12:8:0:0:13:8:0:0 chr11 429659 . C T 250.32 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00375709;FXX=0.0588149;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9267;QD=15.6447;RBI=0.0143416;REFB=-0.0185874;REVB=0.0138407;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270048;STB=0.52292;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0150344;OID=.;OPOS=429659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:30:36:28:28:0.4375:16:12:12:18:16:12:14:22 chr11 431757 . C T 476.22 PASS AF=0.709677;AO=42;DP=62;FAO=44;FDP=62;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0656453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.016;QD=30.7241;RBI=0.0709716;REFB=-0.0451999;REVB=0.0269751;RO=20;SAF=20;SAR=22;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102977;STB=0.532243;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0141754;OID=.;OPOS=431757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:20:18:42:44:0.709677:22:20:13:7:22:22:11:7 chr11 431834 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.161;QD=51.9165;RBI=0.0513556;REFB=0;REVB=0.0158678;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319847;OID=.;OPOS=431834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:17:4:0:0:17:4:0:0 chr11 433387 . A G 850.75 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.666;QD=57.6777;RBI=0.00833443;REFB=0;REVB=0.00728357;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37703e-06;OID=.;OPOS=433387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:21:38:0:0:21:38:0:0 chr11 489432 . C T 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0225045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7843;QD=7.71666;RBI=0.0264296;REFB=-0.0103109;REVB=0.0138589;RO=27;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834687;STB=0.551624;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0181214;OID=.;OPOS=489432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:6:4:9:18:6:4:9:18 chr11 489466 . G A 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0170795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8428;QD=6.26156;RBI=0.0280327;REFB=0.00232968;REVB=-0.0222289;RO=21;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272656;STB=0.672809;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.0172265;OID=.;OPOS=489466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:3:4:7:14:3:4:7:14 chr11 490484 . A G 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0361584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.017;QD=22.5999;RBI=0.0366218;REFB=-0.00421796;REVB=-0.00580753;RO=20;SAF=8;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1327;STB=0.574402;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00610398;OID=.;OPOS=490484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:15:8:10:10:15:8:10:10 chr11 499120 . G A 665.39 PASS AF=0.482014;AO=66;DP=138;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.0152094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.176;QD=19.1478;RBI=0.046739;REFB=-0.0173532;REVB=0.0441952;RO=71;SAF=33;SAR=33;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197873;STB=0.511055;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0194871;OID=.;OPOS=499120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:71:72:66:67:0.482014:33:33:37:34:34:33:37:35 chr11 549959 . C T 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.437;QD=64.4143;RBI=0.037855;REFB=0;REVB=0.0313701;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157802;OID=.;OPOS=549959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr11 551753 . G A 2460.81 PASS AF=0.993902;AO=154;DP=166;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105567;FXX=0.0238081;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.317;QD=60.0198;RBI=0.0713111;REFB=-0.0857077;REVB=0.0705254;RO=1;SAF=85;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684462;STB=0.503225;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000128419;OID=.;OPOS=551753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:166:164:1:1:154:163:0.993902:69:85:0:1:77:86:0:1 chr11 554166 . C G 1183.15 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.456;QD=59.9065;RBI=0.0484661;REFB=-0.0503662;REVB=-0.0182502;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070989;OID=.;OPOS=554166;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:76:79:0:0:75:79:1:30:45:0:0:30:49:0:0 chr11 554214 . G C 871.49 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0754347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.693;QD=56.2252;RBI=0.082753;REFB=-0.135074;REVB=-0.0340246;RO=1;SAF=33;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140901;STB=0.50746;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00206726;OID=.;OPOS=554214;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:28:33:1:0:28:33:1:0 chr11 556521 . C G 936.55 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00707067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8997;QD=58.5346;RBI=0.0342097;REFB=0;REVB=-0.0334711;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231851;OID=.;OPOS=556521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr11 556857 . G C 1102.47 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0472497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.011;QD=58.7985;RBI=0.062994;REFB=-0.125783;REVB=0.0416619;RO=0;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09191e-08;STB=0.505262;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00112791;OID=.;OPOS=556857;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:27:47:0:0:27:47:1:0 chr11 557989 . C T 907.87 PASS AF=0.585714;AO=82;DP=140;FAO=82;FDP=140;FR=.;FRO=58;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=0.0841067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2425;QD=25.9391;RBI=0.0842314;REFB=-0.0218157;REVB=0.00458072;RO=58;SAF=52;SAR=30;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462434;STB=0.525108;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0144721;OID=.;OPOS=557989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:58:58:82:82:0.585714:30:52:40:18:30:52:40:18 chr11 558884 . C T 562.83 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0973936;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.496;QD=57.7263;RBI=0.108728;REFB=0;REVB=0.0483357;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00457848;OID=.;OPOS=558884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:35:39:1:17:18:0:0:21:18:0:0 chr11 559016 . C T 151.71 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00634821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7064;QD=40.4555;RBI=0.00765462;REFB=-0.092514;REVB=0.00427709;RO=1;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534678;STB=0.52937;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00409723;OID=.;OPOS=559016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:8:6:0:1:8:6:0:1 chr11 562219 . C G 126.9 PASS AF=0.357143;AO=14;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0732567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3699;QD=12.086;RBI=0.0782855;REFB=0.0207463;REVB=-0.0276058;RO=28;SAF=2;SAR=12;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248709;STB=0.555477;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0352433;OID=.;OPOS=562219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:27:14:15:0.357143:12:2:8:20:12:3:7:20 chr11 562421 . G A 486.06 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00441141;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.03;QD=24.0031;RBI=0.0350524;REFB=-0.0228962;REVB=-0.0347737;RO=32;SAF=23;SAR=23;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468593;STB=0.530851;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.014635;OID=.;OPOS=562421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:32:35:46:46:0.567901:23:23:14:18:23:23:15:20 chr11 563257 . G A 326.68 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0120046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.421;QD=15.0198;RBI=0.0186317;REFB=-0.0112054;REVB=-0.0142489;RO=51;SAF=16;SAR=20;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762422;STB=0.543057;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0221016;OID=.;OPOS=563257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:51:36:36:0.413793:20:16:19:32:20:16:19:32 chr11 563649 . C T 196.49 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.207362;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.281;QD=17.4659;RBI=0.210332;REFB=-0.0101874;REVB=0.0352203;RO=25;SAF=3;SAR=17;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33829;STB=0.696931;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0125397;OID=.;OPOS=563649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:25:25:20:20:0.444444:17:3:10:15:17:3:10:15 chr11 607296 . C T 94.03 PASS AF=0.188235;AO=16;DP=86;FAO=16;FDP=85;FR=.;FRO=69;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0039836;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2496;QD=4.42501;RBI=0.0390747;REFB=0.00323425;REVB=0.0388711;RO=65;SAF=2;SAR=14;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523342;STB=0.849371;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0265118;OID=.;OPOS=607296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:86:85:65:69:16:16:0.188235:14:2:33:32:14:2:36:33 chr11 610277 . T C 205.09 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0211851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5938;QD=16.4074;RBI=0.0329114;REFB=-0.00974683;REVB=-0.0251863;RO=29;SAF=16;SAR=5;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402234;STB=0.731382;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0242497;OID=.;OPOS=610277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:5:16:11:18:5:16:11:18 chr11 614864 . C T 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0440475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.248;QD=14.7348;RBI=0.0452361;REFB=-0.00453489;REVB=0.0103017;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837794;STB=0.531891;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00617412;OID=.;OPOS=614864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:36:27:27:0.428571:12:15:16:18:12:15:18:18 chr11 616970 . A T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000979741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.594;QD=51.9167;RBI=0.025852;REFB=0;REVB=0.0258334;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.7298e-05;OID=.;OPOS=616970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr11 617537 . C T 393.36 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0357006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5808;QD=22.4776;RBI=0.0509143;REFB=-0.0326345;REVB=0.0363006;RO=31;SAF=22;SAR=17;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066941;STB=0.536824;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0278328;OID=.;OPOS=617537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:17:22:20:11:17:22:20:11 chr11 617967 . C G 1527.39 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.043;QD=58.7458;RBI=0.0476097;REFB=-0.0548117;REVB=0.00286643;RO=1;SAF=47;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998794;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020516;OID=.;OPOS=617967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:103:104:1:0:102:104:1:55:47:1:0:56:48:0:0 chr11 618857 . CA AC 90.34 PASS AF=0.387097;AO=4;DP=32;FAO=12;FDP=31;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=18;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.103136;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=58.3423;QD=11.6574;RBI=0.135844;REFB=-0.115511;REVB=0.0884125;RO=18;SAF=2;SAR=2;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263015;STB=0.644886;STBP=0.278;TYPE=mnp;VARB=0.0395756;OID=.;OPOS=618857;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:32:31:18:18:4:12:0.387097:2:2:5:13:10:2:6:12 chr11 618998 . G A 208.85 PASS AF=0.46;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00505574;FXX=0.0740604;HRUN=5;LEN=1;MLLD=79.9711;QD=16.7076;RBI=0.0116832;REFB=-0.0190449;REVB=-0.0105326;RO=18;SAF=2;SAR=21;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380325;STB=0.767994;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0339625;OID=.;OPOS=618998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:18:27:23:23:0.46:21:2:6:12:21:2:10:17 chr11 654043 . G A 395.76 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00728593;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7214;QD=20.0386;RBI=0.0342994;REFB=0.0107733;REVB=0.0335167;RO=38;SAF=19;SAR=21;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219951;STB=0.506021;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00943839;OID=.;OPOS=654043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:38:39:40:40:0.506329:21:19:19:19:21:19:19:20 chr11 688365 . G A 610.69 PASS AF=0.435374;AO=64;DP=147;FAO=64;FDP=147;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.0385296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.278;QD=16.6175;RBI=0.0421566;REFB=-0.0126043;REVB=0.0171069;RO=83;SAF=34;SAR=30;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377223;STB=0.521066;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0169326;OID=.;OPOS=688365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:83:83:64:64:0.435374:30:34:41:42:30:34:41:42 chr11 704583 . A G 48.32 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0782068;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.687;QD=10.7389;RBI=0.0816736;REFB=0.00327668;REVB=0.023543;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293282;STB=0.676457;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0092914;OID=.;OPOS=704583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:8:3:4:3:8:3 chr11 704604 . GA G 36.19 PASS AF=0.4;AO=5;DP=16;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0373064;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5753;QD=9.65193;RBI=0.0419097;REFB=-0.00223122;REVB=-0.0190959;RO=8;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216847;STB=0.59968;STBP=0.576;TYPE=del;VARB=0.0160387;OID=.;OPOS=704605;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:5:16:6:15:9:3:3:6:3:36:8:2:3:5:3 chr11 709401 . A G 194.32 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00319809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9023;QD=24.29;RBI=0.083972;REFB=-0.00614241;REVB=-0.083911;RO=13;SAF=4;SAR=15;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02179;STB=0.512182;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00164393;OID=.;OPOS=709401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:15:4:3:10:15:4:3:10 chr11 726178 . G C 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.705;QD=44.6857;RBI=0.0681923;REFB=0;REVB=0.0155706;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000705982;OID=.;OPOS=726178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr11 771034 . A G 1128.28 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.196;QD=60.1751;RBI=0.0247653;REFB=0;REVB=-0.0113194;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155665;OID=.;OPOS=771034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:45:29:0:0:45:30:0:0 chr11 772490 . G A 1163.28 PASS AF=0.975;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0515075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6621;QD=58.1639;RBI=0.0680709;REFB=0.0772257;REVB=0.0445043;RO=2;SAF=27;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00783375;STB=0.504236;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.000665709;OID=.;OPOS=772490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:80:2:2:77:78:0.975:50:27:1:1:51:27:1:1 chr11 772511 . G A 159.27 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.023323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.719;QD=10.1126;RBI=0.0260824;REFB=-0.0211161;REVB=0.0116762;RO=42;SAF=8;SAR=13;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837598;STB=0.549248;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0582084;OID=.;OPOS=772511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:13:8:19:23:13:8:19:23 chr11 801521 . C T 60.97 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0383312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.245;QD=6.77405;RBI=0.0390971;REFB=-0.0111109;REVB=0.00770076;RO=27;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180834;STB=0.615122;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0629973;OID=.;OPOS=801521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:36:36:27:27:9:9:0.25:3:6:14:13:3:6:14:13 chr11 801631 . T TG 133.63 PASS AF=1;AO=12;DP=20;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00886901;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.4436;QD=31.4415;RBI=0.0314282;REFB=-0.0381659;REVB=0.0301508;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677961;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0189777;OID=.;OPOS=801632;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:12:20:17:17:0:11:6:0:0:3:8:8:4:6:2 chr11 802379 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4429;QD=51.1844;RBI=0.044786;REFB=0;REVB=-0.032658;RO=0;SAF=18;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00214337;OID=.;OPOS=802379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:2:18:0:0:2:18:0:0 chr11 804212 . C A 1320.03 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.524;QD=62.1189;RBI=0.0502064;REFB=0;REVB=0.0490789;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123196;OID=.;OPOS=804212;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:42:43:0:0:42:43:0:0 chr11 823809 . C G 188.75 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.110366;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.235;QD=19.3585;RBI=0.11658;REFB=-0.0393568;REVB=-0.0375535;RO=11;SAF=17;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400167;STB=0.732412;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00226809;OID=.;OPOS=823809;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:11:18:18:18:0.461538:1:17:8:3:1:17:14:4 chr11 823861 . C CG 59.55 PASS AF=0.428571;AO=13;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0119738;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=65.0821;QD=6.80599;RBI=0.0284207;REFB=-0.00229971;REVB=-0.0257753;RO=20;SAF=11;SAR=2;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288313;STB=0.692003;STBP=0.119;TYPE=ins;VARB=0.0785385;OID=.;OPOS=823862;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:13:36:15:35:20:13:2:13:7:59:20:11:2:13:7 chr11 828916 . G A 1084.5 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.023442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.251;QD=58.6215;RBI=0.0313969;REFB=-0.0962353;REVB=0.0208863;RO=1;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113981;STB=0.506022;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000128768;OID=.;OPOS=828916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:41:32:0:1:41:32:0:1 chr11 829539 . A G 1785.85 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00958345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.495;QD=61.0546;RBI=0.0100178;REFB=0;REVB=-0.00291779;RO=0;SAF=70;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.32382e-05;OID=.;OPOS=829539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:47:70:0:0:47:70:0:0 chr11 830487 . C T 130.28 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.266651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.265;QD=43.4273;RBI=0.270972;REFB=0;REVB=0.048196;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00491622;OID=.;OPOS=830487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr11 830670 . G T 487.47 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631443;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.564;QD=59.0866;RBI=0.0718636;REFB=0;REVB=0.03431;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124613;OID=.;OPOS=830670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr11 831122 . C T 808.09 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.977;QD=56.7082;RBI=0.0450994;REFB=0;REVB=0.0424381;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471911;OID=.;OPOS=831122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:57:0:0:54:57:1:31:23:0:0:31:26:0:0 chr11 831548 . C T 156.26 PASS AF=0.289474;AO=21;DP=75;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.666;QD=8.22419;RBI=0.0393553;REFB=-0.00804112;REVB=0.0374165;RO=52;SAF=12;SAR=9;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627173;STB=0.506019;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0231983;OID=.;OPOS=831548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:52:54:21:22:0.289474:9:12:27:25:10:12:29:25 chr11 837582 . G A 1474.16 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00562996;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4029;QD=63.4049;RBI=0.0550064;REFB=0;REVB=0.0547175;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412172;OID=.;OPOS=837582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:92:93:1:53:39:0:0:54:39:0:0 chr11 840477 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.426;QD=51.9165;RBI=0.0378891;REFB=0;REVB=0.00885015;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427053;OID=.;OPOS=840477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr11 862652 . T C 795.57 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5886;QD=56.8261;RBI=0.0300585;REFB=0;REVB=-0.0214535;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11371e-05;OID=.;OPOS=862652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:23:32:0:0:24:32:0:0 chr11 865614 . C T 470.38 PASS AF=0.611111;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0275771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.934;QD=26.1323;RBI=0.0277188;REFB=-0.0246555;REVB=-0.00279932;RO=28;SAF=28;SAR=16;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328049;STB=0.517898;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00796614;OID=.;OPOS=865614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:28:44:44:0.611111:16:28:19:9:16:28:19:9 chr11 869929 . G A 146.37 PASS AF=0.265823;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=-0.00160639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.768;QD=7.41117;RBI=0.0184477;REFB=-0.0123369;REVB=0.0183777;RO=58;SAF=12;SAR=9;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106308;STB=0.563851;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0399558;OID=.;OPOS=869929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:58:58:21:21:0.265823:9:12:38:20:9:12:38:20 chr11 870446 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.768;QD=57.8848;RBI=0.0268491;REFB=0;REVB=0.0133862;RO=0;SAF=45;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90324e-05;OID=.;OPOS=870446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:15:45:0:0:15:45:0:0 chr11 900929 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.28;QD=56.7066;RBI=0.0190139;REFB=0;REVB=0.00583237;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.14152e-05;OID=.;OPOS=900929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr11 903070 . G C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.94;QD=57.1054;RBI=0.0230523;REFB=0;REVB=0.0114888;RO=0;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111354;OID=.;OPOS=903070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:40:15:0:0:40:15:0:0 chr11 985547 . C T 177.92 PASS AF=0.403846;AO=19;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00784155;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.827;QD=13.6862;RBI=0.00796282;REFB=-0.0142136;REVB=-0.00138441;RO=32;SAF=10;SAR=9;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142402;STB=0.545412;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.028256;OID=.;OPOS=985547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:31:19:21:0.403846:9:10:21:11:9:12:20:11 chr11 993907 . C G 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0565401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.054;QD=14.1954;RBI=0.0565707;REFB=-0.0678724;REVB=-0.00185972;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307074;STB=0.678336;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0707848;OID=.;OPOS=993907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:10:5:14:8:10:5:14:8 chr11 1010694 . C T 322.83 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0179699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3598;QD=19.2737;RBI=0.0231181;REFB=-0.004869;REVB=-0.014544;RO=33;SAF=8;SAR=26;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173655;STB=0.597313;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00419169;OID=.;OPOS=1010694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:26:8:13:20:26:8:13:20 chr11 1016581 . T C 33.39 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00672015;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.146;QD=3.03518;RBI=0.0311112;REFB=0.00118056;REVB=-0.0303768;RO=37;SAF=2;SAR=4;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301655;STB=0.705223;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.0167187;OID=.;OPOS=1016581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:44:44:37:38:6:6:0.136364:4:2:22:15:4:2:22:16 chr11 1016594 . A G 179.89 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0185394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9414;QD=11.2434;RBI=0.0923822;REFB=-0.0196174;REVB=-0.0905028;RO=36;SAF=3;SAR=21;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.590425;STB=0.784625;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0840396;OID=.;OPOS=1016594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:40:24:24:0.375:21:3:23:13:20:4:23:17 chr11 1016604 . ACT GGC 186.87 PASS AF=0.320513;AO=24;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0230874;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=115.502;QD=9.58313;RBI=0.043193;REFB=-0.00632821;REVB=-0.0365049;RO=51;SAF=3;SAR=21;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.539936;STB=0.820601;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0143415;OID=.;OPOS=1016604;OREF=ACT;OALT=GGC;OMAPALT=GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:53:24:25:0.320513:21:3:27:24:22:3:27:26 chr11 1016614 . G T 354.23 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0206262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7412;QD=13.8915;RBI=0.0267858;REFB=0.00527403;REVB=0.0170891;RO=61;SAF=5;SAR=36;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446038;STB=0.758516;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00925842;OID=.;OPOS=1016614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:61:41:41:0.401961:36:5:26:35:36:5:26:35 chr11 1016618 . G C 368.27 PASS AF=0.40566;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.0185819;FXX=0.0185168;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.071;QD=13.897;RBI=0.0190003;REFB=-0.0122637;REVB=-0.00396553;RO=62;SAF=4;SAR=39;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48117;STB=0.785795;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0214087;OID=.;OPOS=1016618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:62:63:43:43:0.40566:39:4:24:38:39:4:25:38 chr11 1016640 . G A 32.35 PASS AF=0.0787402;AO=10;DP=127;FAO=10;FDP=127;FR=.;FRO=117;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=90;FWDB=-0.0557188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.913;QD=1.01883;RBI=0.0558459;REFB=-0.00132145;REVB=0.00376558;RO=109;SAF=1;SAR=9;SRF=24;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231946;STB=0.717407;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0169596;OID=.;OPOS=1016640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:127:127:109:117:10:10:0.0787402:9:1:24:85:9:1:27:90 chr11 1016655 . G A 38.12 PASS AF=0.0805369;AO=9;DP=146;FAO=12;FDP=149;FR=.;FRO=137;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=103;FWDB=-0.0302817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.828;QD=1.02334;RBI=0.0339004;REFB=-0.00587282;REVB=-0.0152399;RO=137;SAF=1;SAR=8;SRF=34;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214569;STB=0.770961;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0615038;OID=.;OPOS=1016655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:146:149:137:137:9:12:0.0805369:8:1:34:103:11:1:34:103 chr11 1016665 . C T 171.15 PASS AF=0.192053;AO=29;DP=151;FAO=29;FDP=151;FR=.;FRO=122;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=88;FWDB=-0.0233664;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.148;QD=4.53388;RBI=0.0475067;REFB=-0.0145699;REVB=-0.041363;RO=118;SAF=2;SAR=27;SRF=33;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459557;STB=0.808371;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0672394;OID=.;OPOS=1016665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:118:122:29:29:0.192053:27:2:33:85:27:2:34:88 chr11 1016704 . C A 96.07 PASS AF=0.141026;AO=22;DP=150;FAO=22;FDP=156;FR=.;FRO=134;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=93;FWDB=-0.00914191;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4093;QD=2.46339;RBI=0.0361525;REFB=-0.00910272;REVB=-0.0349776;RO=128;SAF=4;SAR=18;SRF=41;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227938;STB=0.645784;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0602817;OID=.;OPOS=1016704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:150:156:128:134:22:22:0.141026:18:4:41:87:18:4:41:93 chr11 1016713 . TG CA,CG 111.53 PASS AF=0.04375,0.1125;AO=7,17;DP=160;FAO=7,18;FDP=160;FR=.;FRO=135;FSAF=2,5;FSAR=5,13;FSRF=38;FSRR=97;FWDB=-0.00973419,0.0731881;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=165.678,84.0223;QD=2.78818;RBI=0.0110031,0.0767623;REFB=-0.00825079,-0.01554;REVB=0.00512979,0.0231509;RO=132;SAF=2,5;SAR=5,12;SRF=38;SRR=94;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0024861,0.00926964;STB=0.504936,0.504053;STBP=1,0.997;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0106361,0.0672834;OID=.,.;OPOS=1016713,1016713;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:75:160:160:132:135:7,17:7,18:0.04375,0.1125:5,12:2,5:38:94:5,13:2,5:38:97 chr11 1016722 . T G 40.34 PASS AF=0.0828025;AO=10;DP=154;FAO=13;FDP=157;FR=.;FRO=144;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=107;FWDB=0.000202584;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.313;QD=1.02783;RBI=0.00959553;REFB=-0.0078976;REVB=-0.00959339;RO=140;SAF=5;SAR=5;SRF=36;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282174;STB=0.749463;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0679218;OID=.;OPOS=1016722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:154:157:140:144:10:13:0.0828025:5:5:36:104:6:7:37:107 chr11 1016724 . A G 142.37 PASS AF=0.169811;AO=27;DP=159;FAO=27;FDP=159;FR=.;FRO=132;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=96;FWDB=-0.0428313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.48;QD=3.58154;RBI=0.0433877;REFB=-0.0179802;REVB=-0.00692619;RO=131;SAF=9;SAR=18;SRF=35;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100607;STB=0.558782;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0515153;OID=.;OPOS=1016724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:131:132:27:27:0.169811:18:9:35:96:18:9:36:96 chr11 1016776 . C T 406.93 PASS AF=0.365672;AO=49;DP=162;FAO=49;FDP=134;FR=.;FRO=85;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=-0.0296357;FXX=0.172829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.88;QD=12.147;RBI=0.0317283;REFB=-0.0280649;REVB=-0.0113319;RO=83;SAF=13;SAR=36;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223143;STB=0.622354;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0315442;OID=.;OPOS=1016776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:134:83:85:49:49:0.365672:36:13:37:46:36:13:37:48 chr11 1016779 . G A 32.91 PASS AF=0.0714286;AO=12;DP=168;FAO=12;FDP=168;FR=.;FRO=156;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=100;FWDB=-0.0133017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.609;QD=0.783506;RBI=0.0260523;REFB=-0.0014098;REVB=-0.0224006;RO=155;SAF=4;SAR=8;SRF=55;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258789;STB=0.526271;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.034498;OID=.;OPOS=1016779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:168:168:155:156:12:12:0.0714286:8:4:55:100:8:4:56:100 chr11 1016789 . T A 52.45 PASS AF=0.0920245;AO=16;DP=164;FAO=15;FDP=163;FR=.;FRO=148;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=60;FSRR=88;FWDB=-0.00958145;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6222;QD=1.28713;RBI=0.00961955;REFB=-0.00531949;REVB=-0.000855243;RO=146;SAF=4;SAR=12;SRF=59;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202028;STB=0.639802;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0816929;OID=.;OPOS=1016789;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:164:163:146:148:16:15:0.0920245:12:4:59:87:11:4:60:88 chr11 1016800 . G A 79.14 PASS AF=0.11875;AO=15;DP=162;FAO=19;FDP=160;FR=.;FRO=141;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=63;FSRR=78;FWDB=-0.0106322;FXX=0.0123449;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.236;QD=1.97862;RBI=0.0643571;REFB=-0.0112232;REVB=-0.0634728;RO=141;SAF=4;SAR=11;SRF=63;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224442;STB=0.729588;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.126171;OID=.;OPOS=1016800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:162:160:141:141:15:19:0.11875:11:4:63:78:15:4:63:78 chr11 1016802 . T A 46.81 PASS AF=0.0903226;AO=14;DP=154;FAO=14;FDP=155;FR=.;FRO=141;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=63;FSRR=78;FWDB=-0.00566854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8908;QD=1.20788;RBI=0.0498672;REFB=-0.00765552;REVB=-0.0495439;RO=136;SAF=4;SAR=10;SRF=63;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215549;STB=0.655346;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.12502;OID=.;OPOS=1016802;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:154:155:136:141:14:14:0.0903226:10:4:63:73:10:4:63:78 chr11 1016819 . G T 47.48 PASS AF=0.0782609;AO=18;DP=229;FAO=18;FDP=230;FR=.;FRO=212;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=76;FSRR=136;FWDB=-0.00783735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.403;QD=0.825728;RBI=0.0732484;REFB=-0.00617172;REVB=-0.0728279;RO=211;SAF=7;SAR=11;SRF=76;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348977;STB=0.529833;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0992944;OID=.;OPOS=1016819;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:229:230:211:212:18:18:0.0782609:11:7:76:135:11:7:76:136 chr11 1016825 . G A 59.89 PASS AF=0.0782918;AO=22;DP=280;FAO=22;FDP=281;FR=.;FRO=259;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=92;FSRR=167;FWDB=-0.00261007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7412;QD=0.852518;RBI=0.0333603;REFB=-0.00386112;REVB=-0.033258;RO=258;SAF=3;SAR=19;SRF=92;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307821;STB=0.763579;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0525318;OID=.;OPOS=1016825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:280:281:258:259:22:22:0.0782918:19:3:92:166:19:3:92:167 chr11 1016833 . G T 37.08 PASS AF=0.0625;AO=17;DP=294;FAO=19;FDP=304;FR=.;FRO=285;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=98;FSRR=187;FWDB=0.0154906;FXX=0.00653573;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2767;QD=0.487883;RBI=0.0171683;REFB=-0.0042394;REVB=-0.00740229;RO=277;SAF=7;SAR=10;SRF=98;SRR=179;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636664;STB=0.52504;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0786302;OID=.;OPOS=1016833;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:294:304:277:285:17:19:0.0625:10:7:98:179:12:7:98:187 chr11 1016834 . G A 369.98 PASS AF=0.210356;AO=65;DP=309;FAO=65;FDP=309;FR=.;FRO=244;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=76;FSRR=168;FWDB=0.0175545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9096;QD=4.78939;RBI=0.0285102;REFB=-0.0141702;REVB=0.0224649;RO=230;SAF=31;SAR=34;SRF=75;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197879;STB=0.632488;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0854321;OID=.;OPOS=1016834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:309:230:244:65:65:0.210356:34:31:75:155:34:31:76:168 chr11 1016842 . T G 31.84 PASS AF=0.0559006;AO=18;DP=321;FAO=18;FDP=322;FR=.;FRO=304;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=111;FSRR=193;FWDB=0.00315021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.954;QD=0.395531;RBI=0.0905926;REFB=-0.00327966;REVB=-0.0905378;RO=303;SAF=2;SAR=16;SRF=111;SRR=192;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31064;STB=0.811808;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0579491;OID=.;OPOS=1016842;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:321:322:303:304:18:18:0.0559006:16:2:111:192:16:2:111:193 chr11 1016869 . AGG CAG,CAT,TGG 965.9 PASS AF=0,0,0.459459;AO=15,17,101;DP=252;FAO=0,0,102;FDP=222;FR=.;FRO=120;FSAF=0,0,54;FSAR=0,0,48;FSRF=52;FSRR=68;FWDB=0.00601797,0.0113036,0.00552357;FXX=0.122525;HRUN=2,2,2;LEN=2,3,1;MLLD=120.867,140.737,109.783;QD=17.4036;RBI=0.00778378,0.0113192,0.0156906;REFB=-0.0124743,-0.0152488,-0.0152108;REVB=0.00493674,-0.000594985,-0.0146862;RO=103;SAF=4,1,53;SAR=11,16,48;SRF=46;SRR=57;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.235994,-0.57374,0.0716585;STB=0.5,0.5,0.551787;STBP=1,1,0.149;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0.0648055,0,0.0187973;OID=.,.,.;OPOS=1016869,1016869,1016869;OREF=AG,AGG,A;OALT=CA,CAT,T;OMAPALT=CAG,CAT,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:252:222:103:120:15,17,101:0,0,102:0,0,0.459459:11,16,48:4,1,53:46:57:0,0,48:0,0,54:52:68 chr11 1016889 . GG AA,GA 444.52 PASS AF=0.0607735,0.270718;AO=10,49;DP=180;FAO=11,49;FDP=181;FR=.;FRO=121;FSAF=3,24;FSAR=8,25;FSRF=76;FSRR=45;FWDB=0.00253185,-0.00353754;FXX=0.0163035;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=158.428,199.527;QD=9.82364;RBI=0.0216995,0.0227602;REFB=-0.0101557,-0.015915;REVB=-0.0215513,-0.0224836;RO=119;SAF=3,24;SAR=7,25;SRF=76;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.36241,-0.180219;STB=0.79851,0.598047;STBP=0.064,0.111;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0333101,0.0322347;OID=.,.;OPOS=1016889,1016890;OREF=GG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:180:181:119:121:10,49:11,49:0.0607735,0.270718:7,25:3,24:76:43:8,25:3,24:76:45 chr11 1016894 . G A 362.47 PASS AF=0.289773;AO=50;DP=176;FAO=51;FDP=176;FR=.;FRO=125;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=63;FSRR=62;FWDB=0.00996253;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.481;QD=8.23788;RBI=0.0107449;REFB=-0.0213003;REVB=-0.00402497;RO=121;SAF=34;SAR=16;SRF=61;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220316;STB=0.635125;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.080208;OID=.;OPOS=1016894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:121:125:50:51:0.289773:16:34:61:60:16:35:63:62 chr11 1016910 . G A 203.63 PASS AF=0.242188;AO=31;DP=128;FAO=31;FDP=128;FR=.;FRO=97;FSAF=28;FSAR=3;FSRF=58;FSRR=39;FWDB=0.0140376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.931;QD=6.36327;RBI=0.0209846;REFB=-0.00964164;REVB=-0.015598;RO=97;SAF=28;SAR=3;SRF=58;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.507644;STB=0.819832;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0129499;OID=.;OPOS=1016910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:97:97:31:31:0.242188:3:28:58:39:3:28:58:39 chr11 1016912 . G A 33.53 PASS AF=0.0813008;AO=10;DP=115;FAO=10;FDP=123;FR=.;FRO=113;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=83;FSRR=30;FWDB=0.000272799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.423;QD=1.0905;RBI=0.0728769;REFB=-0.0109097;REVB=-0.0728764;RO=104;SAF=2;SAR=8;SRF=82;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.613807;STB=0.898916;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0898346;OID=.;OPOS=1016912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:115:123:104:113:10:10:0.0813008:8:2:82:22:8:2:83:30 chr11 1016914 . G T 464.21 PASS AF=0.430894;AO=52;DP=122;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=55;FSRR=15;FWDB=0.000510727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5791;QD=15.0964;RBI=0.00486005;REFB=-0.0288393;REVB=-0.00483314;RO=68;SAF=30;SAR=22;SRF=53;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219844;STB=0.631619;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0407494;OID=.;OPOS=1016914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:68:70:52:53:0.430894:22:30:53:15:23:30:55:15 chr11 1016928 . C G 1205.69 PASS AF=0.837838;AO=92;DP=111;FAO=93;FDP=111;FR=.;FRO=18;FSAF=63;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0133892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.654;QD=43.4482;RBI=0.0399932;REFB=-0.0517343;REVB=0.0376854;RO=18;SAF=62;SAR=30;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170306;STB=0.508359;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00895952;OID=.;OPOS=1016928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:111:111:18:18:92:93:0.837838:30:62:13:5:30:63:13:5 chr11 1016933 . C T 331.4 PASS AF=0.362832;AO=41;DP=113;FAO=41;FDP=113;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=24;FWDB=0.0177717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.278;QD=11.7309;RBI=0.0530156;REFB=-0.0389203;REVB=-0.0499482;RO=70;SAF=26;SAR=15;SRF=47;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045037;STB=0.522588;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0558519;OID=.;OPOS=1016933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:70:72:41:41:0.362832:15:26:47:23:15:26:48:24 chr11 1016957 . T G 39.65 PASS AF=0.109756;AO=9;DP=86;FAO=9;FDP=82;FR=.;FRO=73;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.0467731;FXX=0.0465062;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.933;QD=1.934;RBI=0.0500399;REFB=-0.0186277;REVB=-0.017784;RO=73;SAF=2;SAR=7;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395022;STB=0.793561;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0539;OID=.;OPOS=1016957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:86:82:73:73:9:9:0.109756:7:2:41:32:7:2:41:32 chr11 1016959 . T C 44.26 PASS AF=0.113636;AO=7;DP=89;FAO=10;FDP=88;FR=.;FRO=78;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.0120723;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.69;QD=2.01188;RBI=0.0122192;REFB=-0.00406389;REVB=0.00188892;RO=78;SAF=1;SAR=6;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413641;STB=0.881536;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0283763;OID=.;OPOS=1016959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:89:88:78:78:7:10:0.113636:6:1:40:38:9:1:39:39 chr11 1016960 . G T 71.01 PASS AF=0.1625;AO=13;DP=81;FAO=13;FDP=80;FR=.;FRO=67;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.00683032;FXX=0.0588166;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1084;QD=3.55037;RBI=0.0141865;REFB=-0.0049017;REVB=-0.0124339;RO=68;SAF=3;SAR=10;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37844;STB=0.741098;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0377264;OID=.;OPOS=1016960;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:81:80:68:67:13:13:0.1625:10:3:36:32:10:3:34:33 chr11 1016963 . G T 52.96 PASS AF=0.13253;AO=11;DP=83;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0108161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.453;QD=2.55226;RBI=0.0177907;REFB=-0.00248705;REVB=-0.0141251;RO=66;SAF=2;SAR=9;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423717;STB=0.774583;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0235128;OID=.;OPOS=1016963;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:83:83:66:72:11:11:0.13253:9:2:34:32:9:2:34:38 chr11 1016978 . T G 87.96 PASS AF=0.183908;AO=15;DP=84;FAO=16;FDP=87;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=56;FWDB=-0.0365801;FXX=0.0333296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2508;QD=4.04417;RBI=0.055938;REFB=-0.011229;REVB=-0.0423197;RO=68;SAF=13;SAR=2;SRF=15;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.70031;STB=0.900934;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.047338;OID=.;OPOS=1016978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:84:87:68:71:15:16:0.183908:2:13:15:53:3:13:15:56 chr11 1017023 . G A 160.45 PASS AF=0.156863;AO=32;DP=204;FAO=32;FDP=204;FR=.;FRO=172;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=152;FWDB=-0.000750486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.395;QD=3.1461;RBI=0.03678;REFB=-0.0150965;REVB=-0.0367723;RO=171;SAF=6;SAR=26;SRF=20;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175974;STB=0.612327;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0602937;OID=.;OPOS=1017023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:171:172:32:32:0.156863:26:6:20:151:26:6:20:152 chr11 1017029 . T G 1094.34 PASS AF=0.504587;AO=110;DP=219;FAO=110;FDP=218;FR=.;FRO=108;FSAF=12;FSAR=98;FSRF=14;FSRR=94;FWDB=-0.037763;FXX=0.004566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.766;QD=20.0797;RBI=0.0760827;REFB=-0.0200977;REVB=-0.0660495;RO=108;SAF=12;SAR=98;SRF=14;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456642;STB=0.52514;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0218849;OID=.;OPOS=1017029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:108:108:110:110:0.504587:98:12:14:94:98:12:14:94 chr11 1017036 . G A 241.12 PASS AF=0.202899;AO=42;DP=212;FAO=42;FDP=207;FR=.,HEALED;FRO=165;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=148;FWDB=0.00461417;FXX=0.0189564;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.97;QD=4.65938;RBI=0.0104126;REFB=-0.0171653;REVB=-0.00933447;RO=138;SAF=7;SAR=35;SRF=16;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129796;STB=0.603919;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0573905;OID=.;OPOS=1017036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:207:138:165:42:42:0.202899:35:7:16:122:35:7:17:148 chr11 1017041 . GT TG 218.43 PASS AF=0.179039;AO=40;DP=232;FAO=41;FDP=229;FR=.;FRO=188;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=166;FWDB=0.00922535;FXX=0.0129305;HRUN=2;LEN=2;MLLD=134.06;QD=3.81535;RBI=0.0463563;REFB=-0.00571053;REVB=-0.0454291;RO=182;SAF=11;SAR=29;SRF=22;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307476;STB=0.685248;STBP=0.08;TYPE=mnp;VARB=0.0401708;OID=.;OPOS=1017041;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:229:182:188:40:41:0.179039:29:11:22:160:30:11:22:166 chr11 1017045 . G T 294.59 PASS AF=0.211207;AO=49;DP=232;FAO=49;FDP=232;FR=.;FRO=183;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=161;FWDB=-0.000215253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.358;QD=5.07905;RBI=0.0541688;REFB=-0.00653361;REVB=-0.0541683;RO=183;SAF=12;SAR=37;SRF=22;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260388;STB=0.653776;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0299122;OID=.;OPOS=1017045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:183:183:49:49:0.211207:37:12:22:161:37:12:22:161 chr11 1017069 . G A 293.61 PASS AF=0.196226;AO=51;DP=264;FAO=52;FDP=265;FR=.;FRO=213;FSAF=12;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=171;FWDB=0.0130963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5999;QD=4.43188;RBI=0.0134842;REFB=-0.00693628;REVB=-0.00321077;RO=211;SAF=12;SAR=39;SRF=42;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684996;STB=0.539627;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0304947;OID=.;OPOS=1017069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:265:211:213:51:52:0.196226:39:12:42:169:40:12:42:171 chr11 1017084 . G A 330.69 PASS AF=0.200704;AO=57;DP=279;FAO=57;FDP=284;FR=.;FRO=227;FSAF=8;FSAR=49;FSRF=52;FSRR=175;FWDB=0.00122488;FXX=0.00350865;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.744;QD=4.65762;RBI=0.0212437;REFB=-0.0134224;REVB=-0.0212083;RO=221;SAF=8;SAR=49;SRF=51;SRR=170;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193249;STB=0.621253;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0479578;OID=.;OPOS=1017084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:284:221:227:57:57:0.200704:49:8:51:170:49:8:52:175 chr11 1017110 . C T 827.05 PASS AF=0.348276;AO=103;DP=290;FAO=101;FDP=290;FR=.;FRO=189;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=45;FSRR=144;FWDB=-0.00863662;FXX=0.0491787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.34;QD=11.4076;RBI=0.0099507;REFB=-0.0230268;REVB=0.00494219;RO=183;SAF=40;SAR=63;SRF=44;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185718;STB=0.606687;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0464268;OID=.;OPOS=1017110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:183:189:103:101:0.348276:63:40:44:139:62:39:45:144 chr11 1017112 . GT AC,CC,GC 1277.33 PASS AF=0.0530035,0.325088,0.127208;AO=15,94,51;DP=302;FAO=15,92,36;FDP=283;FR=.;FRO=140;FSAF=7,38,9;FSAR=8,54,27;FSRF=31;FSRR=109;FWDB=0.00448193,-0.00781078,0.00188015;FXX=0.0629118;HRUN=2,2,1;LEN=2,2,1;MLLD=132.585,125.774,96.5345;QD=18.0541;RBI=0.0125843,0.0262306,0.0163656;REFB=-0.0130824,-0.0214281,-0.0245736;REVB=0.0117591,0.0250407,0.0162572;RO=131;SAF=7,38,9;SAR=8,56,42;SRF=31;SRR=100;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.305615,0.190248,-0.114028;STB=0.729062,0.624371,0.531233;STBP=0.13,0.007,0.731;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0.0436281,0.0297646,0.00511002;OID=.,.,.;OPOS=1017112,1017112,1017113;OREF=GT,GT,T;OALT=AC,CC,C;OMAPALT=AC,CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:302:283:131:140:15,94,51:15,92,36:0.0530035,0.325088,0.127208:8,56,42:7,38,9:31:100:8,54,27:7,38,9:31:109 chr11 1017135 . G A 96.96 PASS AF=0.0942249;AO=31;DP=330;FAO=31;FDP=329;FR=.;FRO=298;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=73;FSRR=225;FWDB=0.0330801;FXX=0.00303021;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.094;QD=1.17885;RBI=0.0408807;REFB=-0.00170984;REVB=-0.0240196;RO=294;SAF=12;SAR=19;SRF=73;SRR=221;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196041;STB=0.644428;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0292109;OID=.;OPOS=1017135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:330:329:294:298:31:31:0.0942249:19:12:73:221:19:12:73:225 chr11 1017154 . T G 111.33 PASS AF=0.102167;AO=30;DP=322;FAO=33;FDP=323;FR=.;FRO=290;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=71;FSRR=219;FWDB=-0.0384187;FXX=0.00308632;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.799;QD=1.37867;RBI=0.0478769;REFB=-0.00305438;REVB=-0.0285693;RO=286;SAF=12;SAR=18;SRF=71;SRR=215;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211753;STB=0.648972;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.038993;OID=.;OPOS=1017154;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:323:286:290:30:33:0.102167:18:12:71:215:20:13:71:219 chr11 1017158 . G T 92.95 PASS AF=0.09375;AO=29;DP=319;FAO=30;FDP=320;FR=.;FRO=290;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=71;FSRR=219;FWDB=-0.0269088;FXX=0.00311517;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8345;QD=1.16182;RBI=0.027206;REFB=-0.00502057;REVB=0.00401029;RO=290;SAF=12;SAR=17;SRF=71;SRR=219;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232013;STB=0.655513;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.052013;OID=.;OPOS=1017158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:319:320:290:290:29:30:0.09375:17:12:71:219:18:12:71:219 chr11 1017161 . C T 46.06 PASS AF=0.0660377;AO=21;DP=321;FAO=21;FDP=318;FR=.;FRO=297;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=71;FSRR=226;FWDB=-0.0108276;FXX=0.012422;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.441;QD=0.579391;RBI=0.0466018;REFB=-0.00174637;REVB=-0.0453265;RO=289;SAF=10;SAR=11;SRF=72;SRR=217;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276666;STB=0.726603;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0459302;OID=.;OPOS=1017161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:321:318:289:297:21:21:0.0660377:11:10:72:217:11:10:71:226 chr11 1017173 . G A 1143.78 PASS AF=0.418301;AO=128;DP=309;FAO=128;FDP=306;FR=.;FRO=178;FSAF=38;FSAR=90;FSRF=42;FSRR=136;FWDB=-0.00826825;FXX=0.00970842;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.671;QD=14.9513;RBI=0.00827156;REFB=-0.0311817;REVB=-0.000233867;RO=177;SAF=38;SAR=90;SRF=42;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772164;STB=0.543951;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0467657;OID=.;OPOS=1017173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:306:177:178:128:128:0.418301:90:38:42:135:90:38:42:136 chr11 1017183 . G T 260.44 PASS AF=0.16835;AO=50;DP=298;FAO=50;FDP=297;FR=.;FRO=247;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=61;FSRR=186;FWDB=0.0441257;FXX=0.00999967;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6311;QD=3.50759;RBI=0.0443027;REFB=0.00176472;REVB=-0.00395616;RO=247;SAF=14;SAR=36;SRF=63;SRR=184;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411451;STB=0.53511;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.0118847;OID=.;OPOS=1017183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:297:247:247:50:50:0.16835:36:14:63:184:36:14:61:186 chr11 1017220 . T C 1414.61 PASS AF=0.617225;AO=128;DP=210;FAO=129;FDP=209;FR=.;FRO=80;FSAF=49;FSAR=80;FSRF=15;FSRR=65;FWDB=0.0100456;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.786;QD=27.0738;RBI=0.0134598;REFB=-0.0504511;REVB=-0.00895832;RO=79;SAF=48;SAR=80;SRF=15;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145697;STB=0.581174;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0672596;OID=.;OPOS=1017220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:79:80:128:129:0.617225:80:48:15:64:80:49:15:65 chr11 1017231 . A G 1275.14 PASS AF=0.621622;AO=104;DP=174;FAO=115;FDP=185;FR=.;FRO=70;FSAF=47;FSAR=68;FSRF=14;FSRR=56;FWDB=0.0123069;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.03;QD=27.5706;RBI=0.0176956;REFB=-0.0503245;REVB=0.0127152;RO=69;SAF=48;SAR=56;SRF=14;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19556;STB=0.584188;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0386136;OID=.;OPOS=1017231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:185:69:70:104:115:0.621622:56:48:14:55:68:47:14:56 chr11 1017239 . CG TA,TG 1071.71 PASS AF=0.561404,0.0350877;AO=91,7;DP=174;FAO=96,6;FDP=171;FR=.;FRO=69;FSAF=40,2;FSAR=56,4;FSRF=13;FSRR=56;FWDB=0.0566764,0.0141815;FXX=0.0172404;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=175.292,56.2856;QD=25.0692;RBI=0.0567043,0.0341547;REFB=-0.0268257,-0.0325238;REVB=-0.00177891,-0.0310714;RO=69;SAF=36,3;SAR=55,4;SRF=13;SRR=56;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.179671,0.32986;STB=0.601484,0.666223;STBP=0.006,0.539;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0184955,-0.0318881;OID=.,.;OPOS=1017239,1017239;OREF=CG,C;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:171:69:69:91,7:96,6:0.561404,0.0350877:55,4:36,3:13:56:56,4:40,2:13:56 chr11 1017273 . A G 33.78 PASS AF=0.0743243;AO=11;DP=149;FAO=11;FDP=148;FR=.,HEALED;FRO=137;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=100;FWDB=-0.0981517;FXX=0.00671096;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.7142;QD=0.9131;RBI=0.192668;REFB=-0.00115403;REVB=-0.165792;RO=112;SAF=3;SAR=8;SRF=37;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077614;STB=0.5031;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0120469;OID=.;OPOS=1017273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:149:148:112:137:11:11:0.0743243:8:3:37:75:8:3:37:100 chr11 1017277 . A G 53.62 PASS AF=0.0955414;AO=15;DP=157;FAO=15;FDP=157;FR=.;FRO=142;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=103;FWDB=-0.0502074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.683;QD=1.36614;RBI=0.0600411;REFB=-0.00260551;REVB=-0.0329265;RO=138;SAF=3;SAR=12;SRF=37;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110314;STB=0.593504;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0869365;OID=.;OPOS=1017277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:157:157:138:142:15:15:0.0955414:12:3:37:101:12:3:39:103 chr11 1017302 . G C 65.47 PASS AF=0.113772;AO=19;DP=167;FAO=19;FDP=167;FR=.;FRO=148;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=120;FWDB=0.0142911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7839;QD=1.56802;RBI=0.0209522;REFB=-0.00757084;REVB=0.0153219;RO=147;SAF=6;SAR=13;SRF=28;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207567;STB=0.643423;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0809958;OID=.;OPOS=1017302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:167:167:147:148:19:19:0.113772:13:6:28:119:13:6:28:120 chr11 1017307 . G A 79.43 PASS AF=0.116883;AO=16;DP=156;FAO=18;FDP=154;FR=.,HEALED;FRO=136;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=107;FWDB=-0.00339459;FXX=0.0128197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.621;QD=2.063;RBI=0.0977753;REFB=-0.017328;REVB=-0.0977164;RO=91;SAF=5;SAR=11;SRF=29;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00897902;STB=0.575739;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.110632;OID=.;OPOS=1017307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:156:154:91:136:16:18:0.116883:11:5:29:62:13:5:29:107 chr11 1017314 . TGGGGT TGGG,TGGGT,TGGTGT 717.79 PASS AF=0,0.489209,0.251799;AO=25,36,34;DP=146;FAO=0,68,35;FDP=139;FR=.;FRO=36;FSAF=0,0,7;FSAR=0,68,28;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.0326352,-0.04392,-0.0249041;FXX=0.0413765;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=23.2332,12.3356,186.207;QD=20.6557;RBI=0.207321,0.0981723,0.0673356;REFB=-0.0643958,-0.146542,-0.0353332;REVB=-0.204736,-0.0878,-0.0625609;RO=37;SAF=0,0,7;SAR=25,36,27;SRF=27;SRR=10;SSEN=0.368421,0.368421,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.859451,-0.873827,-0.499273;STB=0.5,0.999782,0.78596;STBP=1,0,0;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0147296,0.0766334;OID=.,.,.;OPOS=1017318,1017315,1017317;OREF=GT,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=TGGG,TGGGT,TGGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.489209,0.251799:25,36,34:146:0,68,35:139:36:0,0,7:0,68,28:27:9:99:37:0,0,7:25,36,27:27:10 chr11 1017325 . A C 558.68 PASS AF=0.370787;AO=65;DP=176;FAO=66;FDP=178;FR=.;FRO=112;FSAF=16;FSAR=50;FSRF=19;FSRR=93;FWDB=0.0172107;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5307;QD=12.5545;RBI=0.0203498;REFB=-0.0374792;REVB=0.0108584;RO=110;SAF=16;SAR=49;SRF=19;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118077;STB=0.566599;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0425644;OID=.;OPOS=1017325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:178:110:112:65:66:0.370787:49:16:19:91:50:16:19:93 chr11 1017337 . TC CA 41.53 PASS AF=0.0738916;AO=14;DP=204;FAO=15;FDP=203;FR=.;FRO=188;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=149;FWDB=-0.0111207;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=2;MLLD=169.186;QD=0.818319;RBI=0.0384651;REFB=-0.00195281;REVB=-0.0368224;RO=188;SAF=4;SAR=10;SRF=39;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118188;STB=0.574931;STBP=0.633;TYPE=mnp;VARB=0.0385848;OID=.;OPOS=1017337;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:204:203:188:188:14:15:0.0738916:10:4:39:149:11:4:39:149 chr11 1017363 . C G 115.66 PASS AF=0.131313;AO=26;DP=194;FAO=26;FDP=198;FR=.;FRO=172;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=124;FWDB=-0.0192203;FXX=0.00502487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.987;QD=2.33652;RBI=0.0420971;REFB=-0.00514981;REVB=-0.0374533;RO=168;SAF=3;SAR=23;SRF=48;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319785;STB=0.726553;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0358042;OID=.;OPOS=1017363;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:198:168:172:26:26:0.131313:23:3:48:120:23:3:48:124 chr11 1017381 . G C 240.29 PASS AF=0.257353;AO=35;DP=137;FAO=35;FDP=136;FR=.;FRO=101;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=62;FWDB=-0.00304364;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.763;QD=7.06732;RBI=0.00775482;REFB=-0.00751045;REVB=0.00713256;RO=101;SAF=7;SAR=28;SRF=39;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280715;STB=0.671424;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0434476;OID=.;OPOS=1017381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:101:101:35:35:0.257353:28:7:39:62:28:7:39:62 chr11 1017384 . G C 324.44 PASS AF=0.311111;AO=42;DP=136;FAO=42;FDP=135;FR=.;FRO=93;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=0.00969097;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.058;QD=9.61293;RBI=0.00971957;REFB=-0.0129295;REVB=-0.000745085;RO=93;SAF=9;SAR=33;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298407;STB=0.676194;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0218575;OID=.;OPOS=1017384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:93:93:42:42:0.311111:33:9:40:53:33:9:40:53 chr11 1017386 . C T 69.78 PASS AF=0.125;AO=16;DP=124;FAO=16;FDP=128;FR=.;FRO=112;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=68;FWDB=-0.0110302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.957;QD=2.1807;RBI=0.032565;REFB=-0.00928473;REVB=-0.0306401;RO=108;SAF=5;SAR=11;SRF=44;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126507;STB=0.576988;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0590012;OID=.;OPOS=1017386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:124:128:108:112:16:16:0.125:11:5:44:64:11:5:44:68 chr11 1017392 . A C 39.52 PASS AF=0.102564;AO=11;DP=117;FAO=12;FDP=117;FR=.;FRO=105;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=61;FWDB=-0.00805432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.789;QD=1.35109;RBI=0.039924;REFB=-0.00354308;REVB=-0.0391031;RO=105;SAF=3;SAR=8;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183036;STB=0.667948;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.060532;OID=.;OPOS=1017392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:117:117:105:105:11:12:0.102564:8:3:44:61:9:3:44:61 chr11 1017440 . C T 111.51 PASS AF=0.152778;AO=22;DP=145;FAO=22;FDP=144;FR=.;FRO=122;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=79;FWDB=-0.012763;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.062;QD=3.09739;RBI=0.0371254;REFB=-0.00546079;REVB=-0.0348625;RO=121;SAF=3;SAR=19;SRF=42;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350571;STB=0.748022;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0404975;OID=.;OPOS=1017440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:121:122:22:22:0.152778:19:3:42:79:19:3:43:79 chr11 1017443 . C G 126.07 PASS AF=0.169118;AO=23;DP=142;FAO=23;FDP=136;FR=.;FRO=113;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=76;FWDB=-0.0234488;FXX=0.0489476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.69;QD=3.70789;RBI=0.0590268;REFB=0.000518405;REVB=-0.0541694;RO=111;SAF=5;SAR=18;SRF=36;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171048;STB=0.616529;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00393026;OID=.;OPOS=1017443;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:136:111:113:23:23:0.169118:18:5:36:75:18:5:37:76 chr11 1017464 . T C 40.39 PASS AF=0.0454545;AO=7;DP=154;FAO=7;FDP=154;FR=.,HEALED;FRO=140;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=100;FWDB=0.0337601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4011;QD=1.04903;RBI=0.0408977;REFB=-0.00261711;REVB=-0.0230843;RO=138;SAF=2;SAR=5;SRF=40;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00466213;STB=0.5;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0357517;OID=.;OPOS=1017464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:154:154:138:140:7:7:0.0454545:5:2:40:98:5:2:40:100 chr11 1017691 . C G 227.98 PASS AF=0.224242;AO=37;DP=164;FAO=37;FDP=165;FR=.;FRO=128;FSAF=4;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=99;FWDB=-0.0736826;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.575;QD=5.52681;RBI=0.0896329;REFB=-0.0305532;REVB=-0.0510386;RO=125;SAF=4;SAR=33;SRF=31;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306353;STB=0.673356;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.108612;OID=.;OPOS=1017691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:125:128:37:37:0.224242:33:4:31:94:33:4:29:99 chr11 1017744 . T C 68.48 PASS AF=0.0933333;AO=21;DP=225;FAO=21;FDP=225;FR=.;FRO=204;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=162;FWDB=0.012642;FXX=0.00881018;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.265;QD=1.21751;RBI=0.0126831;REFB=-0.00159598;REVB=-0.00101987;RO=203;SAF=3;SAR=18;SRF=42;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127676;STB=0.599893;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0139198;OID=.;OPOS=1017744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:225:225:203:204:21:21:0.0933333:18:3:42:161:18:3:42:162 chr11 1017746 . T G 265.51 PASS AF=0.199134;AO=46;DP=231;FAO=46;FDP=231;FR=.;FRO=185;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=151;FWDB=0.0122864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.1307;QD=4.59751;RBI=0.0154534;REFB=-0.00349058;REVB=-0.00937296;RO=180;SAF=14;SAR=32;SRF=33;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207202;STB=0.625137;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0251911;OID=.;OPOS=1017746;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:180:185:46:46:0.199134:32:14:33:147:32:14:34:151 chr11 1017767 . G C 132.77 PASS AF=0.128099;AO=31;DP=242;FAO=31;FDP=242;FR=.;FRO=211;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=60;FSRR=151;FWDB=0.00156423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.269;QD=2.1945;RBI=0.017187;REFB=-0.00352943;REVB=-0.0171156;RO=207;SAF=22;SAR=9;SRF=60;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496949;STB=0.826513;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0408337;OID=.;OPOS=1017767;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:207:211:31:31:0.128099:9:22:60:147:9:22:60:151 chr11 1017773 . G A 246.67 PASS AF=0.179283;AO=45;DP=251;FAO=45;FDP=251;FR=.;FRO=206;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=76;FSRR=130;FWDB=-0.00342214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4807;QD=3.93096;RBI=0.00343554;REFB=-0.0141775;REVB=0.000303188;RO=199;SAF=13;SAR=32;SRF=72;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106935;STB=0.574854;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0472827;OID=.;OPOS=1017773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:199:206:45:45:0.179283:32:13:72:127:32:13:76:130 chr11 1017783 . A G 645.57 PASS AF=0.326772;AO=81;DP=251;FAO=83;FDP=254;FR=.;FRO=171;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=59;FSRR=112;FWDB=-0.014626;FXX=0.00392141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.279;QD=10.1665;RBI=0.0478911;REFB=-0.00951223;REVB=-0.045603;RO=169;SAF=39;SAR=42;SRF=59;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157621;STB=0.592883;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0149186;OID=.;OPOS=1017783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:254:169:171:81:83:0.326772:42:39:59:110:43:40:59:112 chr11 1017789 . A C 206.32 PASS AF=0.159696;AO=42;DP=262;FAO=42;FDP=263;FR=.;FRO=221;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=91;FSRR=130;FWDB=-0.00663692;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.866;QD=3.13794;RBI=0.0184611;REFB=-0.000873808;REVB=-0.0172268;RO=213;SAF=11;SAR=31;SRF=86;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203466;STB=0.640918;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00671802;OID=.;OPOS=1017789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:263:213:221:42:42:0.159696:31:11:86:127:31:11:91:130 chr11 1017793 . T G 93.7 PASS AF=0.101887;AO=27;DP=262;FAO=27;FDP=265;FR=.;FRO=238;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=94;FSRR=144;FWDB=0.0285079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0031;QD=1.41429;RBI=0.0302414;REFB=0.00803808;REVB=-0.0100919;RO=235;SAF=7;SAR=20;SRF=92;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178925;STB=0.637518;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.067645;OID=.;OPOS=1017793;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:262:265:235:238:27:27:0.101887:20:7:92:143:20:7:94:144 chr11 1017797 . C G 84.29 PASS AF=0.0992366;AO=20;DP=258;FAO=26;FDP=262;FR=.;FRO=236;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=94;FSRR=142;FWDB=-0.019408;FXX=0.0113203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.222;QD=1.28681;RBI=0.0239043;REFB=-0.00510166;REVB=-0.0139551;RO=234;SAF=7;SAR=13;SRF=93;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572534;STB=0.629901;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0528195;OID=.;OPOS=1017797;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:258:262:234:236:20:26:0.0992366:13:7:93:141:19:7:94:142 chr11 1017833 . C T 117.09 PASS AF=0.11583;AO=28;DP=258;FAO=30;FDP=259;FR=.;FRO=229;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=74;FSRR=155;FWDB=0.000728185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.234;QD=1.8083;RBI=0.0526127;REFB=-0.00720016;REVB=-0.0526076;RO=226;SAF=18;SAR=10;SRF=74;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377515;STB=0.754942;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0572196;OID=.;OPOS=1017833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:259:226:229:28:30:0.11583:10:18:74:152:11:19:74:155 chr11 1017834 . G A 75.91 PASS AF=0.0916031;AO=23;DP=261;FAO=24;FDP=262;FR=.;FRO=238;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=88;FSRR=150;FWDB=-0.0256002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.34;QD=1.15889;RBI=0.0258649;REFB=-0.00543843;REVB=-0.00369068;RO=238;SAF=5;SAR=18;SRF=88;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206813;STB=0.676331;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0494734;OID=.;OPOS=1017834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:261:262:238:238:23:24:0.0916031:18:5:88:150:19:5:88:150 chr11 1017844 . TC CG,TG 1008.36 PASS AF=0.0991736,0.359504;AO=23,86;DP=243;FAO=24,87;FDP=242;FR=.;FRO=131;FSAF=14,21;FSAR=10,66;FSRF=49;FSRR=82;FWDB=-0.0171804,-0.0578071;FXX=0.00819639;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=147.738,155.132;QD=16.6672;RBI=0.0172956,0.058113;REFB=-0.0230834,-0.0336006;REVB=-0.00199263,-0.00595495;RO=129;SAF=13,20;SAR=10,66;SRF=49;SRR=80;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.233324,-0.192993;STB=0.671399,0.597802;STBP=0.089,0.034;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0252113,0.0401368;OID=.,.;OPOS=1017844,1017845;OREF=TC,C;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:243:242:129:131:23,86:24,87:0.0991736,0.359504:10,66:13,20:49:80:10,66:14,21:49:82 chr11 1017858 . A G 914.88 PASS AF=0.413223;AO=100;DP=242;FAO=100;FDP=242;FR=.;FRO=142;FSAF=29;FSAR=71;FSRF=51;FSRR=91;FWDB=-0.0366485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6796;QD=15.122;RBI=0.0397652;REFB=-0.0405317;REVB=-0.0154326;RO=142;SAF=29;SAR=71;SRF=51;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084335;STB=0.547302;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0481428;OID=.;OPOS=1017858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:142:142:100:100:0.413223:71:29:51:91:71:29:51:91 chr11 1017883 . C A 233.74 PASS AF=0.177686;AO=42;DP=239;FAO=43;FDP=242;FR=.;FRO=199;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=84;FSRR=115;FWDB=-0.035072;FXX=0.0241926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9787;QD=3.86344;RBI=0.0354262;REFB=-0.020313;REVB=-0.00499659;RO=188;SAF=10;SAR=32;SRF=83;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287036;STB=0.676908;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0597858;OID=.;OPOS=1017883;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:242:188:199:42:43:0.177686:32:10:83:105:33:10:84:115 chr11 1017891 . GCAT GCGT,GTGC,TGAT 183.39 PASS AF=0.0550847,0.0889831,0.0381356;AO=13,19,9;DP=242;FAO=13,21,9;FDP=236;FR=.;FRO=193;FSAF=1,3,3;FSAR=12,18,6;FSRF=79;FSRR=114;FWDB=-0.0138737,-0.0111869,-0.00606703;FXX=0.0247924;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,2;MLLD=112.035,152.403,94.5364;QD=3.10822;RBI=0.080812,0.0673896,0.068001;REFB=-0.00910939,-0.00959457,-0.0190185;REVB=-0.0796122,-0.0664546,-0.0677298;RO=180;SAF=1,1,3;SAR=12,18,6;SRF=75;SRR=105;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.415619,-0.514939,-0.0811743;STB=0.883287,0.78815,0.577288;STBP=0.008,0.013,0.708;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=0.0955453,0.0758733,0.0897203;OID=.,.,.;OPOS=1017893,1017892,1017891;OREF=A,CAT,GC;OALT=G,TGC,TG;OMAPALT=GCGT,GTGC,TGAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:69:242:236:180:193:13,19,9:13,21,9:0.0550847,0.0889831,0.0381356:12,18,6:1,1,3:75:105:12,18,6:1,3,3:79:114 chr11 1017898 . T G 56.66 PASS AF=0.0796813;AO=20;DP=251;FAO=20;FDP=251;FR=.;FRO=231;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=87;FSRR=144;FWDB=-0.0027671;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.641;QD=0.902991;RBI=0.021805;REFB=-0.0040704;REVB=-0.0216287;RO=231;SAF=3;SAR=17;SRF=87;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305693;STB=0.759762;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0486089;OID=.;OPOS=1017898;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:251:251:231:231:20:20:0.0796813:17:3:87:144:17:3:87:144 chr11 1017921 . C T 88.59 PASS AF=0.108696;AO=23;DP=233;FAO=25;FDP=230;FR=.;FRO=205;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=73;FSRR=132;FWDB=-0.0495454;FXX=0.0254227;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4241;QD=1.54073;RBI=0.049653;REFB=-0.00822234;REVB=-0.00326701;RO=199;SAF=2;SAR=21;SRF=70;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421774;STB=0.847321;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0730124;OID=.;OPOS=1017921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:233:230:199:205:23:25:0.108696:21:2:70:129:23:2:73:132 chr11 1017935 . A G 330.66 PASS AF=0.253886;AO=49;DP=207;FAO=49;FDP=193;FR=.;FRO=144;FSAF=7;FSAR=42;FSRF=58;FSRR=86;FWDB=-0.0671814;FXX=0.0676296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2115;QD=6.85305;RBI=0.0767697;REFB=-0.00701558;REVB=-0.0371518;RO=143;SAF=7;SAR=42;SRF=58;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414653;STB=0.752776;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0160262;OID=.;OPOS=1017935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:193:143:144:49:49:0.253886:42:7:58:85:42:7:58:86 chr11 1017945 . A G 56.25 PASS AF=0.0913978;AO=17;DP=179;FAO=17;FDP=186;FR=.;FRO=169;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=64;FSRR=105;FWDB=-0.0683927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4664;QD=1.20976;RBI=0.1122;REFB=0.000972958;REVB=-0.0889457;RO=162;SAF=1;SAR=16;SRF=64;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488558;STB=0.895204;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0151131;OID=.;OPOS=1017945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:179:186:162:169:17:17:0.0913978:16:1:64:98:16:1:64:105 chr11 1017968 . T A 89.39 PASS AF=0.139706;AO=19;DP=136;FAO=19;FDP=136;FR=.;FRO=117;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=71;FWDB=-0.00945646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8849;QD=2.62908;RBI=0.0261248;REFB=-0.00486066;REVB=-0.0243532;RO=116;SAF=14;SAR=5;SRF=46;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413575;STB=0.779784;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0349261;OID=.;OPOS=1017968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:136:136:116:117:19:19:0.139706:5:14:46:70:5:14:46:71 chr11 1017981 . T A 89.04 PASS AF=0.168421;AO=16;DP=95;FAO=16;FDP=95;FR=.;FRO=79;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=-0.00192775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.968;QD=3.74918;RBI=0.019907;REFB=-0.00443755;REVB=-0.0198134;RO=77;SAF=14;SAR=2;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.556239;STB=0.87221;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.060803;OID=.;OPOS=1017981;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:95:95:77:79:16:16:0.168421:2:14:34:43:2:14:34:45 chr11 1017988 . G T 53.71 PASS AF=0.135802;AO=11;DP=81;FAO=11;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=-0.0148906;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.236;QD=2.65224;RBI=0.0159319;REFB=-0.00897511;REVB=0.0056654;RO=69;SAF=4;SAR=7;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327731;STB=0.717585;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0532051;OID=.;OPOS=1017988;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:81:81:69:70:11:11:0.135802:7:4:44:25:7:4:44:26 chr11 1018031 . G A 180.9 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=0.00701593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.276;QD=12.9212;RBI=0.0370448;REFB=-0.0173797;REVB=-0.0363743;RO=34;SAF=20;SAR=2;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264984;STB=0.656761;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0399756;OID=.;OPOS=1018031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:2:20:27:7:2:20:27:7 chr11 1018116 . T G 87.94 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0516582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0338;QD=9.25704;RBI=0.057828;REFB=0.017545;REVB=-0.0259905;RO=26;SAF=3;SAR=7;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398134;STB=0.744218;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0936472;OID=.;OPOS=1018116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:38:38:26:26:10:10:0.263158:7:3:17:9:7:3:17:9 chr11 1018262 . GT CA,CG 30.28 PASS AF=0.15,0.1;AO=3,2;DP=22;FAO=3,2;FDP=20;FR=.;FRO=15;FSAF=1,1;FSAR=2,1;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0449153,0.00376941;FXX=0.0908678;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=133.844,165.315;QD=6.05542;RBI=0.0453315,0.010392;REFB=-0.0205948,-0.00329339;REVB=0.00612872,0.00968426;RO=15;SAF=1,1;SAR=2,1;SRF=4;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0873843,0.252475;STB=0.564808,0.704179;STBP=0.87,0.7;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0853693,0.0452272;OID=.,.;OPOS=1018262,1018262;OREF=GT,GT;OALT=CA,CG;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:22:20:15:15:3,2:3,2:0.15,0.1:2,1:1,1:4:11:2,1:1,1:4:11 chr11 1018295 . T C 289.77 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0469025;FXX=0.0499875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2793;QD=30.5018;RBI=0.0469056;REFB=-0.0412826;REVB=0.000540987;RO=13;SAF=5;SAR=20;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292585;STB=0.516116;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0115429;OID=.;OPOS=1018295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:13:13:25:25:0.657895:20:5:3:10:20:5:3:10 chr11 1018355 . A G 95.67 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.10708;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.987;QD=10.9339;RBI=0.12048;REFB=-0.00925012;REVB=-0.0552203;RO=23;SAF=1;SAR=11;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42263;STB=0.764648;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0395577;OID=.;OPOS=1018355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:36:35:23:23:12:12:0.342857:11:1:7:16:11:1:7:16 chr11 1018366 . C T 81.61 PASS AF=0.275;AO=10;DP=39;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.042687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.534;QD=8.16078;RBI=0.0428317;REFB=-0.0166239;REVB=0.00351747;RO=27;SAF=1;SAR=9;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411649;STB=0.790698;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0280199;OID=.;OPOS=1018366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:40:27:29:10:11:0.275:9:1:9:18:10:1:10:19 chr11 1018374 . T A 200.38 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00338085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3541;QD=20.0379;RBI=0.0177176;REFB=-0.0361233;REVB=0.017392;RO=20;SAF=4;SAR=15;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111802;STB=0.571352;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.034564;OID=.;OPOS=1018374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:20:19:20:0.5:15:4:6:14:16:4:6:14 chr11 1018385 . T A 112.41 PASS AF=0.3;AO=13;DP=49;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0128582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.749;QD=8.99297;RBI=0.0128592;REFB=-0.0229345;REVB=0.000156591;RO=35;SAF=2;SAR=11;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270912;STB=0.695164;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0530758;OID=.;OPOS=1018385;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:35:35:13:15:0.3:11:2:11:24:13:2:11:24 chr11 1018456 . G A 54.6 PASS AF=0.15625;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=-0.0105748;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.757;QD=3.41279;RBI=0.0219584;REFB=-0.0145153;REVB=-0.0192444;RO=54;SAF=1;SAR=9;SRF=15;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341508;STB=0.749375;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0727135;OID=.;OPOS=1018456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:65:64:54:54:10:10:0.15625:9:1:15:39:9:1:15:39 chr11 1018483 . C G 94.54 PASS AF=0.219178;AO=21;DP=74;FAO=16;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=48;FWDB=-0.0544599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.5854;QD=5.18044;RBI=0.256094;REFB=-0.0369499;REVB=-0.250236;RO=44;SAF=3;SAR=18;SRF=9;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127076;STB=0.539776;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.122844;OID=.;OPOS=1018483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:74:73:44:57:21:16:0.219178:18:3:9:35:13:3:9:48 chr11 1018493 . TGGG TGG,TGGT 116.87 PASS AF=0.26087,0.144928;AO=18,10;DP=67;FAO=18,10;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=1,0;FSAR=17,10;FSRF=8;FSRR=33;FWDB=0.151188,0.0042368;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=11.4521,194.521;QD=6.77492;RBI=0.194223,0.0702514;REFB=-0.184662,-0.0371525;REVB=-0.121921,-0.0701235;RO=34;SAF=1,0;SAR=17,10;SRF=8;SRR=26;SSEN=0.368421,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.452547,-0.686269;STB=0.753313,0.998315;STBP=0.099,0.053;TYPE=del,snp;VARB=0.195037,0.0960973;OID=.,.;OPOS=1018494,1018496;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TGG,TGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087,0.144928:18,10:67:18,10:69:41:1,0:17,10:8:33:45:34:1,0:17,10:8:26 chr11 1019375 . C T 1785.21 PASS AF=0.991597;AO=117;DP=122;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0120594;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.483;QD=60.0069;RBI=0.0194053;REFB=-0.0547288;REVB=0.0152032;RO=1;SAF=52;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904575;STB=0.504672;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.000203706;OID=.;OPOS=1019375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:119:1:1:117:118:0.991597:65:52:1:0:65:53:1:0 chr11 1023530 . C T 154.51 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0188148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3107;QD=15.8475;RBI=0.0716041;REFB=-0.0335117;REVB=-0.069088;RO=22;SAF=13;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250006;STB=0.645205;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0583827;OID=.;OPOS=1023530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:4:13:12:10:4:13:12:10 chr11 1027811 . C T 253.48 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0325582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6675;QD=17.7883;RBI=0.0334692;REFB=-0.03295;REVB=0.00775581;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112028;STB=0.562769;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0396872;OID=.;OPOS=1027811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:16:12:16:13:16:12:16:13 chr11 1078591 . A T 42.98 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.085344;FXX=0.133244;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0799;QD=13.2242;RBI=0.0988835;REFB=-0.00882469;REVB=-0.0499435;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.545924;STB=0.817378;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0128922;OID=.;OPOS=1078591;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:15:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:0:7:2:4:0:7 chr11 1080576 . G A 120.17 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0407991;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.914;QD=13.3521;RBI=0.043128;REFB=-0.00202488;REVB=-0.0139808;RO=21;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494203;STB=0.543937;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00333611;OID=.;OPOS=1080576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:21:22:14:14:0.388889:6:8:11:10:6:8:11:11 chr11 1087501 . G A 168.96 PASS AF=0.242718;AO=25;DP=102;FAO=25;FDP=103;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=0.00569236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.006;QD=6.56169;RBI=0.00580376;REFB=-0.00727619;REVB=0.00113166;RO=77;SAF=13;SAR=12;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161516;STB=0.601773;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0119534;OID=.;OPOS=1087501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:77:78:25:25:0.242718:12:13:30:47:12:13:30:48 chr11 1093710 . C G 177.31 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.671;QD=44.3263;RBI=0.092374;REFB=0;REVB=0.0906611;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00426236;OID=.;OPOS=1093710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:16:16:0:0:15:16:1:11:4:0:0:12:4:0:0 chr11 1094690 . C T 177.29 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0399533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.348;QD=39.3978;RBI=0.0404971;REFB=-0.0837973;REVB=-0.0066143;RO=1;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043542;STB=0.545399;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00948756;OID=.;OPOS=1094690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:1:2:16:16:0.888889:10:6:0:1:10:6:0:2 chr11 1094753 . A C 139.9 PASS AF=0.75;AO=14;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.017825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6142;QD=27.9798;RBI=0.0189931;REFB=-0.00202434;REVB=0.00655791;RO=5;SAF=10;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259016;STB=0.620525;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00727716;OID=.;OPOS=1094753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:14:15:0.75:4:10:1:4:5:10:1:4 chr11 1096494 . T C 2024.98 PASS AF=0.985075;AO=124;DP=126;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0306792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2357;QD=60.4472;RBI=0.0513552;REFB=-0.0469381;REVB=0.0411842;RO=0;SAF=71;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501157;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000704519;OID=.;OPOS=1096494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:126:134:0:2:124:132:0.985075:53:71:0:0:56:76:1:1 chr11 1101649 . T C 538.01 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4181;QD=59.7793;RBI=0.0528042;REFB=0;REVB=0.031239;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212872;OID=.;OPOS=1101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr11 1104112 . G A 100.27 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.000307464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.632;QD=8.02194;RBI=0.0398797;REFB=-0.00399701;REVB=-0.0398785;RO=37;SAF=9;SAR=4;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593395;STB=0.536784;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0103485;OID=.;OPOS=1104112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:37:37:13:13:0.26:4:9:24:13:4:9:24:13 chr11 1158073 . T C 1898.93 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0291204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.519;QD=60.7658;RBI=0.0322965;REFB=-0.141871;REVB=0.0139667;RO=1;SAF=68;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840865;STB=0.504424;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000129083;OID=.;OPOS=1158073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:56:68:0:1:56:68:0:1 chr11 1161315 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.4;QD=57.2009;RBI=0.0179958;REFB=0;REVB=0.00350815;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.39444e-05;OID=.;OPOS=1161315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr11 1212877 . A G 248.32 PASS AF=0.246575;AO=36;DP=146;FAO=36;FDP=146;FR=.;FRO=110;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=68;FSRR=42;FWDB=-0.0280757;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.671;QD=6.80319;RBI=0.0307517;REFB=-0.0111002;REVB=-0.0125467;RO=108;SAF=17;SAR=19;SRF=67;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183948;STB=0.608916;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0351457;OID=.;OPOS=1212877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:108:110:36:36:0.246575:19:17:67:41:19:17:68:42 chr11 1212878 . C G 56.58 PASS AF=0.100671;AO=14;DP=148;FAO=15;FDP=149;FR=.;FRO=134;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=80;FSRR=54;FWDB=0.00432539;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.058;QD=1.51886;RBI=0.00490263;REFB=-0.0116667;REVB=-0.00230799;RO=134;SAF=6;SAR=8;SRF=80;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197062;STB=0.615781;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.043742;OID=.;OPOS=1212878;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:148:149:134:134:14:15:0.100671:8:6:80:54:8:7:80:54 chr11 1212888 . C T 32.08 PASS AF=0.0758621;AO=11;DP=145;FAO=11;FDP=145;FR=.;FRO=134;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=74;FSRR=60;FWDB=0.0234561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4021;QD=0.885002;RBI=0.0255289;REFB=-0.00344375;REVB=-0.0100765;RO=134;SAF=6;SAR=5;SRF=74;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00756847;STB=0.506318;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0813033;OID=.;OPOS=1212888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:145:145:134:134:11:11:0.0758621:5:6:74:60:5:6:74:60 chr11 1212902 . C G 36.53 PASS AF=0.10101;AO=12;DP=102;FAO=10;FDP=99;FR=.;FRO=89;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=-0.014989;FXX=0.0660315;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5684;QD=1.476;RBI=0.0280862;REFB=-0.0156302;REVB=-0.0237521;RO=79;SAF=3;SAR=9;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37316;STB=0.712156;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.253092;OID=.;OPOS=1212902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:102:99:79:89:12:10:0.10101:9:3:44:35:7:3:48:41 chr11 1212921 . C T 132.18 PASS AF=0.244186;AO=22;DP=85;FAO=21;FDP=86;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00520915;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.252;QD=6.14794;RBI=0.0270899;REFB=-0.00988409;REVB=-0.0265844;RO=49;SAF=12;SAR=10;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886346;STB=0.535365;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0337907;OID=.;OPOS=1212921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:49:65:22:21:0.244186:10:12:23:26:10:11:31:34 chr11 1212935 . C T 33.74 PASS AF=0.1;AO=8;DP=80;FAO=8;FDP=80;FR=.;FRO=72;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.0116928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.711;QD=1.68713;RBI=0.0123388;REFB=-0.0124491;REVB=-0.00394;RO=72;SAF=2;SAR=6;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334883;STB=0.758621;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.084075;OID=.;OPOS=1212935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:80:80:72:72:8:8:0.1:6:2:39:33:6:2:39:33 chr11 1212954 . C A 62.41 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0515341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.429;QD=4.23141;RBI=0.0517857;REFB=-0.00482917;REVB=0.00509916;RO=46;SAF=2;SAR=9;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398663;STB=0.754737;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0322032;OID=.;OPOS=1212954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:59:59:46:48:11:11:0.186441:9:2:22:24:9:2:22:26 chr11 1213047 . T C 41.62 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0753104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.372;QD=5.04485;RBI=0.0933302;REFB=-0.0121201;REVB=-0.055126;RO=26;SAF=4;SAR=3;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261075;STB=0.666263;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.115275;OID=.;OPOS=1213047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:33:33:26:26:7:7:0.212121:3:4:20:6:3:4:20:6 chr11 1213124 . C T 54.11 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00688704;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.523;QD=6.98208;RBI=0.014185;REFB=-0.0161221;REVB=0.0124009;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253314;STB=0.516089;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0487755;OID=.;OPOS=1213124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:31:31:23:23:8:8:0.258065:4:4:12:11:4:4:12:11 chr11 1213125 . G A 34.59 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0443769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.104;QD=4.46267;RBI=0.0690876;REFB=-0.00530481;REVB=-0.0529508;RO=24;SAF=1;SAR=5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491224;STB=0.840992;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0684021;OID=.;OPOS=1213125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:24:25:6:6:0.193548:5:1:14:10:5:1:15:10 chr11 1213174 . A G 139.62 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00717123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.7;QD=12.4102;RBI=0.0230768;REFB=-0.0133254;REVB=0.0219343;RO=28;SAF=2;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370419;STB=0.717621;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0257442;OID=.;OPOS=1213174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:29:16:16:0.355556:14:2:10:18:14:2:10:19 chr11 1213177 . C T 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0215008;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.525;QD=10.4362;RBI=0.0266323;REFB=-0.0143822;REVB=-0.0157161;RO=33;SAF=2;SAR=13;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33507;STB=0.706784;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0272284;OID=.;OPOS=1213177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:13:2:11:22:13:2:11:22 chr11 1213204 . C G 135.32 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00190679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.058;QD=8.32739;RBI=0.0138089;REFB=-0.00577019;REVB=-0.0136766;RO=42;SAF=4;SAR=15;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242804;STB=0.641384;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0203054;OID=.;OPOS=1213204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:46:19:19:0.292308:15:4:16:26:15:4:17:29 chr11 1246941 . A G 214.73 PASS AF=0.538462;AO=19;DP=37;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.00619562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.871;QD=22.024;RBI=0.0146529;REFB=-0.0184938;REVB=0.0132786;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272693;STB=0.645036;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0117349;OID=.;OPOS=1246941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:18:18:19:21:0.538462:9:10:15:3:10:11:15:3 chr11 1247458 . C T 638.42 PASS AF=0.477941;AO=65;DP=136;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.0333933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.2995;QD=18.777;RBI=0.0596758;REFB=-0.031897;REVB=0.049458;RO=70;SAF=19;SAR=46;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143452;STB=0.576889;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0519942;OID=.;OPOS=1247458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:70:71:65:65:0.477941:46:19:30:40:46:19:30:41 chr11 1250488 . C T 1116.82 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.226;QD=60.3688;RBI=0.0514658;REFB=0;REVB=0.0283374;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196489;OID=.;OPOS=1250488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr11 1252708 . G C 874.66 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00498513;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.154;QD=56.4298;RBI=0.00659354;REFB=-0.0403731;REVB=0.00431547;RO=1;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185059;STB=0.509801;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-7.27958e-05;OID=.;OPOS=1252708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:25:36:0:1:25:36:0:1 chr11 1253942 . T C 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.695;QD=57.6779;RBI=0.0259276;REFB=0;REVB=0.0236208;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266855;OID=.;OPOS=1253942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr11 1255773 . C T 2268.19 PASS AF=0.987013;AO=151;DP=154;FAO=152;FDP=154;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0671159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.393;QD=58.914;RBI=0.0698256;REFB=-0.120318;REVB=0.0192629;RO=3;SAF=78;SAR=73;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556782;STB=0.500257;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000812273;OID=.;OPOS=1255773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:154:154:3:2:151:152:0.987013:73:78:2:1:73:79:1:1 chr11 1258217 . T G 51.1 PASS AF=0.110092;AO=12;DP=109;FAO=12;FDP=109;FR=.;FRO=97;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=-0.0184737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.059;QD=1.87535;RBI=0.0593102;REFB=-0.00151401;REVB=-0.0563598;RO=97;SAF=9;SAR=3;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280005;STB=0.70978;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0130098;OID=.;OPOS=1258217;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:109:109:97:97:12:12:0.110092:3:9:51:46:3:9:51:46 chr11 1258226 . C T 98.85 PASS AF=0.163793;AO=19;DP=116;FAO=19;FDP=116;FR=.;FRO=97;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=-0.00924102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.624;QD=3.40851;RBI=0.0216061;REFB=-0.00331453;REVB=-0.0195302;RO=96;SAF=13;SAR=6;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213135;STB=0.645579;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0110573;OID=.;OPOS=1258226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:116:116:96:97:19:19:0.163793:6:13:50:46:6:13:50:47 chr11 1258240 . CA TG 106.42 PASS AF=0.17094;AO=20;DP=117;FAO=20;FDP=117;FR=.;FRO=97;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=-0.00986813;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=222.551;QD=3.6384;RBI=0.0128294;REFB=-0.00415145;REVB=-0.00819832;RO=96;SAF=14;SAR=6;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259576;STB=0.666496;STBP=0.113;TYPE=mnp;VARB=0.0325471;OID=.;OPOS=1258240;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:96:97:20:20:0.17094:6:14:48:48:6:14:49:48 chr11 1258283 . G A 102.23 PASS AF=0.171171;AO=19;DP=110;FAO=19;FDP=111;FR=.;FRO=92;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.00610872;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.873;QD=3.6839;RBI=0.0250871;REFB=-0.00639391;REVB=-0.024332;RO=91;SAF=14;SAR=5;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315744;STB=0.70392;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0459507;OID=.;OPOS=1258283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:91:92:19:19:0.171171:5:14:45:46:5:14:46:46 chr11 1258286 . C T 102.41 PASS AF=0.171171;AO=19;DP=111;FAO=19;FDP=111;FR=.;FRO=92;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.00651549;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.216;QD=3.69058;RBI=0.027812;REFB=-0.0078094;REVB=-0.027038;RO=92;SAF=14;SAR=5;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321489;STB=0.711404;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0566496;OID=.;OPOS=1258286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:92:92:19:19:0.171171:5:14:45:47:5:14:45:47 chr11 1258295 . A G 135.56 PASS AF=0.20354;AO=23;DP=113;FAO=23;FDP=113;FR=.;FRO=90;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=-0.0174818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.294;QD=4.79866;RBI=0.0287204;REFB=-0.0129372;REVB=0.022787;RO=89;SAF=16;SAR=7;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234489;STB=0.652663;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0407205;OID=.;OPOS=1258295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:89:90:23:23:0.20354:7:16:46:43:7:16:46:44 chr11 1264742 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0719715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.033;QD=33.4285;RBI=0.075557;REFB=0;REVB=0.0229995;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162048;OID=.;OPOS=1264742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr11 1264823 . TA AC,CA 265.21 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=3,14;DP=19;FAO=3,18;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=3,5;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107298,0.153456;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=92.6165,230.165;QD=50.5169;RBI=0.107338,0.154229;REFB=0,0;REVB=0.0029301,0.0154204;RO=0;SAF=3,1;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.044878,0.00237745;OID=.,.;OPOS=1264823,1264823;OREF=TA,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:19:21:0:0:3,14:3,18:0.142857,0.857143:0,13:3,1:0:0:0,13:3,5:0:0 chr11 1265786 . C T 50.08 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.0959;QD=33.3881;RBI=0.0437757;REFB=0;REVB=0.0437757;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00443537;OID=.;OPOS=1265786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr11 1267562 . C T 69.04 PASS AF=0.888889;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0720678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2365;QD=30.6866;RBI=0.0763219;REFB=-0.0530737;REVB=0.0251249;RO=1;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2842;STB=0.666169;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00487466;OID=.;OPOS=1267562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:9:1:1:7:8:0.888889:6:1:1:0:7:1:1:0 chr11 1268513 . G C 95.35 PASS AF=0.909091;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.113897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.991;QD=34.6716;RBI=0.116977;REFB=-0.0426852;REVB=-0.0266671;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666259;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0063845;OID=.;OPOS=1268513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:11:0:1:9:10:0.909091:9:0:0:0:9:1:1:0 chr11 1268608 . A G 75.22 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.666;QD=37.6086;RBI=0.124517;REFB=0;REVB=-0.00591964;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111064;OID=.;OPOS=1268608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:6:8:1:6:0:0:0:6:2:0:0 chr11 1269627 . C T 66.71 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000955631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.53;QD=26.6827;RBI=0.0137726;REFB=-0.0151356;REVB=0.0137394;RO=2;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110633;STB=0.562356;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.000557748;OID=.;OPOS=1269627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:7:1:0:2:7:1:0:2 chr11 1272226 . A C 317.45 PASS AF=1;AO=16;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11128;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.883;QD=55.2084;RBI=0.112032;REFB=0;REVB=0.012965;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00323974;OID=.;OPOS=1272226;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:16:23:1:14:2:0:0:14:9:0:0 chr11 1272258 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0691203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.0283;QD=16.8983;RBI=0.0955008;REFB=-0.0177631;REVB=-0.0658998;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373874;STB=0.521695;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.029092;OID=.;OPOS=1272258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:4:5:6:4:4:5 chr11 1272858 . C T 165.97 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.101549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.146;QD=39.0527;RBI=0.101556;REFB=-0.00525315;REVB=0.00118772;RO=1;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699995;STB=0.538413;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00200014;OID=.;OPOS=1272858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:16:17:1:1:15:16:0.941176:6:9:0:1:6:10:0:1 chr11 1311559 . C T 263.24 PASS AF=0.268116;AO=37;DP=138;FAO=37;FDP=138;FR=.;FRO=101;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=-0.0291377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1763;QD=7.6301;RBI=0.0291883;REFB=-0.00271758;REVB=0.00171787;RO=100;SAF=12;SAR=25;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244896;STB=0.643008;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00673899;OID=.;OPOS=1311559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:100:101:37:37:0.268116:25:12:52:48:25:12:52:49 chr11 1481796 . C T 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0243689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0947;QD=18.3007;RBI=0.0516933;REFB=-0.00616665;REVB=-0.045589;RO=23;SAF=17;SAR=3;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173408;STB=0.599888;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0093017;OID=.;OPOS=1481796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:3:17:17:6:3:17:17:6 chr11 1482851 . T C 113.87 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0455795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.095;QD=18.2189;RBI=0.0515897;REFB=-0.0312127;REVB=0.0241663;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170674;STB=0.597414;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0705838;OID=.;OPOS=1482851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:25:25:12:12:13:13:0.52:6:7:4:8:6:7:4:8 chr11 1491096 . G A 175.13 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0277361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.432;QD=20.015;RBI=0.0313915;REFB=-0.0475879;REVB=0.0147016;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176087;STB=0.599886;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0203496;OID=.;OPOS=1491096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:12:6:9:8:12:6:9:8 chr11 1501670 . G C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00783356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7979;QD=59.5013;RBI=0.00964203;REFB=0;REVB=0.00562176;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13495e-05;OID=.;OPOS=1501670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr11 1502097 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00853595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.029;QD=58.7816;RBI=0.00928622;REFB=0;REVB=-0.00365669;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19968e-05;OID=.;OPOS=1502097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr11 1507730 . CA C,CG 193.2 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=2,14;DP=17;FAO=1,15;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197303,0.0168968;FXX=0.0587889;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=195.922,217.219;QD=48.2987;RBI=0.0406114,0.0328889;REFB=0,0;REVB=0.0354965,0.0282166;RO=0;SAF=2,8;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0016466,0.000977021;OID=.,.;OPOS=1507731,1507731;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0625,0.9375:2,14:17:1,15:16:0:1,9:0,6:0:0:5:0:2,8:0,6:0:0 chr11 1576079 . C A,T 1701.8 PASS AF=0.0350877,0.964912;AO=4,110;DP=114;FAO=4,110;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=4,103;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00403197,-0.00323924;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=182.104,235.645;QD=59.7123;RBI=0.0380715,0.0561257;REFB=0,0;REVB=-0.0378574,-0.0560321;RO=0;SAF=4,103;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0687173,-0.00105684;OID=.,.;OPOS=1576079,1576079;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:114:114:0:0:4,110:4,110:0.0350877,0.964912:0,7:4,103:0:0:0,7:4,103:0:0 chr11 1576137 . C T 1686.65 PASS AF=1;AO=111;DP=114;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00973946;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7282;QD=60.7802;RBI=0.0394396;REFB=0;REVB=0.0382181;RO=0;SAF=95;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.37096e-05;OID=.;OPOS=1576137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:111:0:0:111:111:1:16:95:0:0:16:95:0:0 chr11 1628965 . G A 463.78 PASS AF=0.942857;AO=31;DP=34;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0994815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.053;QD=53.0036;RBI=0.102557;REFB=-0.154472;REVB=0.0249259;RO=2;SAF=13;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00933164;STB=0.502616;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00173271;OID=.;OPOS=1628965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:35:2:2:31:33:0.942857:18:13:1:1:18:15:1:1 chr11 1628992 . G A 180.0 PASS AF=0.809524;AO=16;DP=19;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00119545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.849;QD=34.286;RBI=0.0161588;REFB=-0.138723;REVB=0.0161145;RO=3;SAF=3;SAR=13;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652868;STB=0.5931;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0348404;OID=.;OPOS=1628992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:19:21:3:4:16:17:0.809524:13:3:1:2:14:3:2:2 chr11 1642884 . A C 53.27 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.584;QD=30.4405;RBI=0.0748562;REFB=0;REVB=0.0743842;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0029165;OID=.;OPOS=1642884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:7:0:0:6:7:1:3:3:0:0:4:3:0:0 chr11 1651830 . G T 257.74 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0238602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.854;QD=19.826;RBI=0.0283201;REFB=-0.0319734;REVB=0.0152552;RO=25;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132205;STB=0.573833;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.029103;OID=.;OPOS=1651830;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:16:11:14:11:16:11:14:11 chr11 1651917 . C T 146.23 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0200665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.6025;QD=16.7117;RBI=0.0785101;REFB=0.00304304;REVB=0.0759024;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842285;STB=0.548326;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.00132581;OID=.;OPOS=1651917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:9:10:7:9:9:10 chr11 1652021 . C A 145.56 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0187118;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.559;QD=16.1732;RBI=0.0239655;REFB=-0.0245434;REVB=-0.0149737;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670294;STB=0.543423;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0273728;OID=.;OPOS=1652021;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:18:20:16:16:0.444444:6:10:10:8:6:10:11:9 chr11 1652103 . G C 247.07 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0166139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.732;QD=24.7074;RBI=0.0289834;REFB=-0.0279014;REVB=0.0237491;RO=17;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00587032;STB=0.503265;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0190121;OID=.;OPOS=1652103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:12:11:8:9:12:11:8:9 chr11 1774775 . AC A 80.2 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00614671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.794;QD=7.46042;RBI=0.0296527;REFB=0.000211125;REVB=-0.0290086;RO=32;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136266;STB=0.584269;STBP=0.553;TYPE=del;VARB=-0.00087405;OID=.;OPOS=1774776;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255814:11:43:11:43:32:5:6:11:21:80:32:5:6:11:21 chr11 1853107 . C T 206.48 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0715;QD=48.5839;RBI=0.0714356;REFB=0;REVB=0.0215042;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140594;OID=.;OPOS=1853107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr11 1855854 . G C 2218.77 PASS AF=0.939759;AO=152;DP=163;FAO=156;FDP=166;FR=.;FRO=10;FSAF=32;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0342486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.807;QD=53.4643;RBI=0.0511488;REFB=-0.136266;REVB=0.0379899;RO=2;SAF=30;SAR=122;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00773429;STB=0.519377;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0016257;OID=.;OPOS=1855854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:163:166:2:10:152:156:0.939759:122:30:0:2:124:32:0:10 chr11 1857173 . T C 726.7 PASS AF=1;AO=39;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0493215;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.201;QD=56.9958;RBI=0.0519657;REFB=0;REVB=0.0163653;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.03508e-05;OID=.;OPOS=1857173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:39:51:1:21:18:0:0:23:28:0:0 chr11 1857747 . T C 381.38 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0209668;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3292;QD=16.5819;RBI=0.0297424;REFB=0.0123633;REVB=-0.0210952;RO=52;SAF=30;SAR=10;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183357;STB=0.603841;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0139904;OID=.;OPOS=1857747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:52:52:40:40:0.434783:10:30:31:21:10:30:31:21 chr11 1857751 . C G 444.89 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0133164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.152;QD=17.9753;RBI=0.0273729;REFB=-0.00689512;REVB=-0.0239155;RO=54;SAF=34;SAR=11;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190228;STB=0.607092;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00800938;OID=.;OPOS=1857751;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:45:45:0.454545:11:34:32:22:11:34:32:22 chr11 1858262 . C T 193.87 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0023011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.253;QD=16.8582;RBI=0.0145024;REFB=-0.0100096;REVB=0.0143186;RO=26;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135061;STB=0.577589;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0139743;OID=.;OPOS=1858262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:14:6:11:15:14:6:11:15 chr11 1858572 . C T 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0664392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6709;QD=20.8378;RBI=0.0679691;REFB=-0.0189691;REVB=-0.0143401;RO=5;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455969;STB=0.526256;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0123166;OID=.;OPOS=1858572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:3:6:3:2:3:6:3:2 chr11 1861760 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.48;QD=57.3853;RBI=0.0386221;REFB=0;REVB=0.0326227;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70878e-05;OID=.;OPOS=1861760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr11 1874404 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.762;QD=60.2307;RBI=0.0533787;REFB=0;REVB=0.0482085;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177803;OID=.;OPOS=1874404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:9:28:0:0:9:28:0:0 chr11 1887806 . T A,C 722.59 PASS AF=0.980392,0.0196078;AO=47,2;DP=49;FAO=50,1;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=34,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105055,0.001545;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=140.051,101.704;QD=56.6737;RBI=0.0527803,0.0269837;REFB=0,0;REVB=0.0517242,0.0269395;RO=0;SAF=16,0;SAR=31,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000686121,0.0803041;OID=.,.;OPOS=1887806,1887806;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:49:51:0:0:47,2:50,1:0.980392,0.0196078:31,2:16,0:0:0:34,1:16,0:0:0 chr11 1890990 . G A 411.02 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.895;QD=56.6923;RBI=0.0679376;REFB=0;REVB=0.0289202;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615371;OID=.;OPOS=1890990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr11 1891722 . C T 564.25 PASS AF=0.886364;AO=39;DP=48;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00219653;FXX=0.083316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.391;QD=51.295;RBI=0.0863561;REFB=-0.0219669;REVB=-0.0863282;RO=4;SAF=32;SAR=7;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206125;STB=0.603715;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00226384;OID=.;OPOS=1891722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:48:44:4:5:39:39:0.886364:7:32:0:4:7:32:1:4 chr11 1902761 . G A 325.9 PASS AF=0.320611;AO=42;DP=131;FAO=42;FDP=131;FR=.;FRO=89;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=0.0189164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6939;QD=9.95101;RBI=0.0465418;REFB=-0.0262274;REVB=0.0425243;RO=89;SAF=19;SAR=23;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361732;STB=0.520998;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0917821;OID=.;OPOS=1902761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:89:89:42:42:0.320611:23:19:43:46:23:19:43:46 chr11 1902768 . G A 1887.99 PASS AF=0.961832;AO=124;DP=131;FAO=126;FDP=131;FR=.;FRO=5;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0496409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.241;QD=57.6484;RBI=0.0736372;REFB=-0.193998;REVB=0.0543895;RO=4;SAF=55;SAR=69;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333014;STB=0.521005;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000965439;OID=.;OPOS=1902768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:131:131:4:5:124:126:0.961832:69:55:4:0:69:57:5:0 chr11 1910707 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.983;QD=33.4285;RBI=0.0745259;REFB=0;REVB=0.050062;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151584;OID=.;OPOS=1910707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr11 1911115 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.138;QD=39.2055;RBI=0.0596805;REFB=0;REVB=0.0444941;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020435;OID=.;OPOS=1911115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr11 1959707 . C T 540.08 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=0.0259573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.1;QD=19.4623;RBI=0.0276781;REFB=-0.00956903;REVB=0.00960707;RO=55;SAF=36;SAR=20;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294794;STB=0.51626;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00676484;OID=.;OPOS=1959707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:55:56:56:0.504505:20:36:37:18:20:36:37:18 chr11 1974029 . G A 140.8 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0144906;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.471;QD=12.5158;RBI=0.0153557;REFB=0.00113952;REVB=0.00508122;RO=30;SAF=8;SAR=8;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223328;STB=0.644279;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00196874;OID=.;OPOS=1974029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:30:29:16:16:0.355556:8:8:21:9:8:8:21:8 chr11 1977552 . G A 377.86 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0195651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.517;QD=24.3782;RBI=0.0227296;REFB=-0.0578063;REVB=-0.011569;RO=25;SAF=26;SAR=11;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536977;STB=0.529515;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0392668;OID=.;OPOS=1977552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:11:26:16:9:11:26:16:9 chr11 1993975 . C A 769.89 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.63;QD=57.0292;RBI=0.0655765;REFB=0;REVB=0.0181024;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330808;OID=.;OPOS=1993975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:29:23:0:0:29:25:0:0 chr11 2016619 . A G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0234927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.169;QD=11.8306;RBI=0.0409055;REFB=-0.019042;REVB=-0.0334866;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276589;STB=0.662304;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0463822;OID=.;OPOS=2016619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:13:5:6:5:13:5 chr11 2016659 . T C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.00920475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.762;QD=14.9786;RBI=0.0109219;REFB=0.00933498;REVB=-0.00587886;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512812;STB=0.789037;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0156326;OID=.;OPOS=2016659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:11:0:6:4:11:0 chr11 2016662 . T C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.00587594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.591;QD=14.9785;RBI=0.00635085;REFB=-0.000371991;REVB=-0.00240969;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512812;STB=0.789037;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.000206239;OID=.;OPOS=2016662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:11:0:6:4:11:0 chr11 2016908 . G A 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0086127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.819;QD=18.0501;RBI=0.0508333;REFB=-0.0259418;REVB=0.0500984;RO=8;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175521;STB=0.599822;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0230792;OID=.;OPOS=2016908;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:3:7:7:1:3:7:7:1 chr11 2016924 . A G 47.31 PASS AF=0.35;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.040876;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5362;QD=9.46254;RBI=0.080125;REFB=-0.00325235;REVB=-0.0689142;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343745;STB=0.71926;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00650703;OID=.;OPOS=2016924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:21:20:13:13:7:7:0.35:1:6:8:5:1:6:8:5 chr11 2017017 . A C 205.35 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00531597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.016;QD=14.6678;RBI=0.0742399;REFB=-0.00615802;REVB=-0.0740493;RO=32;SAF=21;SAR=3;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375373;STB=0.718958;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00260049;OID=.;OPOS=2017017;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:3:21:20:12:3:21:20:12 chr11 2017110 . C G 843.56 PASS AF=0.628099;AO=75;DP=120;FAO=76;FDP=121;FR=.;FRO=45;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0126462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0455;QD=27.8861;RBI=0.0131311;REFB=0.00751574;REVB=-0.00353528;RO=45;SAF=45;SAR=30;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047542;STB=0.527658;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.00629184;OID=.;OPOS=2017110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:45:45:75:76:0.628099:30:45:24:21:30:46:24:21 chr11 2017439 . C G 365.97 PASS AF=0.464286;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0315692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2512;QD=17.4273;RBI=0.0330046;REFB=-0.00403039;REVB=-0.00962778;RO=43;SAF=18;SAR=20;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058078;STB=0.536567;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00420295;OID=.;OPOS=2017439;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:43:45:38:39:0.464286:20:18:23:20:20:19:25:20 chr11 2018336 . A T 561.39 PASS AF=0.527778;AO=57;DP=108;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=43;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0172454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.909;QD=20.7921;RBI=0.024698;REFB=-0.0264088;REVB=-0.0176802;RO=48;SAF=43;SAR=14;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172515;STB=0.61543;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0281655;OID=.;OPOS=2018336;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:48:51:57:57:0.527778:14:43:28:20:14:43:28:23 chr11 2018449 . A G 53.78 PASS AF=0.263158;AO=7;DP=29;FAO=5;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0111619;FXX=0.208247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.274;QD=11.3214;RBI=0.0112123;REFB=-0.00678995;REVB=0.00106184;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248764;STB=0.657928;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0131603;OID=.;OPOS=2018449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:29:19:16:11:7:5:0.263158:2:5:8:8:2:3:4:7 chr11 2018853 . G A 532.22 PASS AF=0.394904;AO=62;DP=158;FAO=62;FDP=157;FR=.;FRO=95;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=-0.0306683;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.987;QD=13.5598;RBI=0.0351462;REFB=-0.0328731;REVB=0.0171672;RO=90;SAF=34;SAR=28;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159711;STB=0.505812;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0484248;OID=.;OPOS=2018853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:90:95:62:62:0.394904:28:34:48:42:28:34:53:42 chr11 2167543 . T G 50.04 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0204105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.475;QD=9.531;RBI=0.0225881;REFB=-0.023392;REVB=0.00967646;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272725;STB=0.689206;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0326456;OID=.;OPOS=2167543;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:21:21:13:13:7:8:0.380952:3:4:4:9:3:5:4:9 chr11 2167618 . A G 135.08 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0185751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.763;QD=16.8848;RBI=0.0735064;REFB=-0.0393992;REVB=-0.0711207;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112983;STB=0.506485;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.036457;OID=.;OPOS=2167618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:9:6:7:10:9:6:7:10 chr11 2168375 . G T 279.01 PASS AF=0.56;AO=27;DP=48;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.00131517;FXX=0.0384541;HRUN=5;LEN=1;MLLD=156.141;QD=22.3211;RBI=0.023403;REFB=-0.0238918;REVB=0.023366;RO=20;SAF=14;SAR=13;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282417;STB=0.633712;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0128175;OID=.;OPOS=2168375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:20:22:27:28:0.56:13:14:3:17:13:15:5:17 chr11 2181060 . T G 240.04 PASS AF=1;AO=16;DP=21;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.21;QD=50.5351;RBI=0.164848;REFB=0;REVB=0.162984;RO=2;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298627;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443752;OID=.;OPOS=2181060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:19:2:0:16:19:1:2:14:0:2:5:14:0:0 chr11 2189828 . TGGGGGC TGGG,TGGGG,TGGGGC 221.75 PASS AF=0.269231,0.615385,0.0769231;AO=6,11,4;DP=25;FAO=7,16,2;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=1,8,2;FSAR=6,8,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0572877,0.0237247,0.204546;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=3,2,1;MLLD=22.3462,23.2316,11.8014;QD=34.1146;RBI=0.0619527,0.122692,0.234386;REFB=-0.15891,-0.160282,-0.21979;REVB=0.0235849,0.120376,-0.114445;RO=3;SAF=1,7,0;SAR=5,4,4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0.326531,0.326531,0.326531;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.502096,-0.158276,-0.782218;STB=0.538356,0.529375,0.993266;STBP=0.653,0.508,0.227;TYPE=del,del,del;VARB=0.0239602,0.00229254,0.241749;OID=.,.,.;OPOS=2189832,2189833,2189829;OREF=GGC,GC,G;OALT=-,-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGG,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.269231,0.615385,0.0769231:6,11,4:25:7,16,2:26:1:1,8,2:6,8,0:0:1:28:3:1,7,0:5,4,4:3:0 chr11 2190951 . C T 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0629413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4331;QD=15.5747;RBI=0.0629418;REFB=-0.00919763;REVB=-0.00024882;RO=30;SAF=5;SAR=20;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135408;STB=0.571367;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0175536;OID=.;OPOS=2190951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:20:5:9:21:20:5:9:22 chr11 2291715 . G T 126.86 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.0396922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.076;QD=19.5172;RBI=0.0410979;REFB=-0.0105344;REVB=-0.0106567;RO=12;SAF=13;SAR=1;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349549;STB=0.51997;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0108921;OID=.;OPOS=2291715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:1:13:11:1:1:13:11:1 chr11 2291982 . T A 84.79 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.017665;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0388;QD=9.42154;RBI=0.018416;REFB=-0.0105929;REVB=-0.0052052;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176537;STB=0.506317;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0207173;OID=.;OPOS=2291982;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:36:36:21:25:11:11:0.305556:8:3:6:15:8:3:7:18 chr11 2337218 . G A 85.75 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0165239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.975;QD=11.8277;RBI=0.0337387;REFB=-0.0094574;REVB=0.0294153;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145894;STB=0.586936;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0290401;OID=.;OPOS=2337218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:4:7:9:9:4:7:9:9 chr11 2337693 . G A 261.19 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00464967;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.901;QD=16.8507;RBI=0.0261157;REFB=-0.0140106;REVB=0.0256985;RO=33;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101695;STB=0.505717;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0148249;OID=.;OPOS=2337693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:33:33:29:29:0.467742:17:12:14:19:17:12:14:19 chr11 2343016 . C T 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0242119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9575;QD=17.3254;RBI=0.0242921;REFB=-0.0146559;REVB=0.00197223;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230941;STB=0.63145;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0243506;OID=.;OPOS=2343016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:8:12:9:16:8:12:9:16 chr11 2405853 . G A 105.51 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=-0.00707828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.149;QD=11.7238;RBI=0.0527927;REFB=-0.0179068;REVB=0.0523161;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370845;STB=0.719736;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0332608;OID=.;OPOS=2405853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:6:7:19:3:6:7:20:3 chr11 2416198 . C T 445.26 PASS AF=0.457944;AO=48;DP=104;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.0531067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3177;QD=16.6452;RBI=0.0611015;REFB=-0.025195;REVB=0.0302171;RO=56;SAF=24;SAR=24;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120914;STB=0.560037;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0372986;OID=.;OPOS=2416198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:56:58:48:49:0.457944:24:24:35:21:24:25:36:22 chr11 2424541 . C G 302.63 PASS AF=0.563636;AO=30;DP=54;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00401285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.207;QD=22.0096;RBI=0.0233906;REFB=-0.039357;REVB=-0.0230438;RO=24;SAF=4;SAR=26;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469498;STB=0.732766;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0372572;OID=.;OPOS=2424541;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:24:24:30:31:0.563636:26:4:14:10:26:5:14:10 chr11 2424684 . A C 747.0 PASS AF=1;AO=23;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.703;QD=57.4613;RBI=0.122166;REFB=0;REVB=0.117781;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298608;OID=.;OPOS=2424684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:23:52:1:4:19:0:0:30:22:0:0 chr11 2427291 . A C 371.57 PASS AF=0.455556;AO=34;DP=81;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=40;FWDB=0.0103289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7458;QD=16.5142;RBI=0.0587999;REFB=-0.0252535;REVB=-0.0578855;RO=43;SAF=19;SAR=15;SRF=5;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428672;STB=0.720069;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00991323;OID=.;OPOS=2427291;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:90:43:49:34:41:0.455556:15:19:5:38:16:25:9:40 chr11 2432964 . T C 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0125244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.659;QD=14.1389;RBI=0.012537;REFB=-0.0102177;REVB=-0.000560881;RO=20;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148665;STB=0.58683;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.020004;OID=.;OPOS=2432964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:9:5:10:10:9:5:10:10 chr11 2434202 . G A 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0250227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.368;QD=10.3773;RBI=0.0256615;REFB=-0.0268316;REVB=-0.00568988;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25384;STB=0.651856;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.02669;OID=.;OPOS=2434202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:11:5:5:4:11:5 chr11 2435946 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.376;QD=33.4285;RBI=0.0591966;REFB=0;REVB=-0.0577843;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00155838;OID=.;OPOS=2435946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr11 2435956 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.463;QD=39.2068;RBI=0.0775551;REFB=0;REVB=0.041535;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133359;OID=.;OPOS=2435956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr11 2439542 . A G 965.05 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00532319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.642;QD=58.4881;RBI=0.00559139;REFB=0;REVB=-0.00171094;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28897e-06;OID=.;OPOS=2439542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:30:35:0:0:30:36:0:0 chr11 2439767 . T C 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.588;QD=55.0097;RBI=0.0283684;REFB=-0.0657603;REVB=0.0223787;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252339;STB=0.513505;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00318054;OID=.;OPOS=2439767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:18:14:0:1:18:14:0:1 chr11 2870108 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00127945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.397;QD=59.5017;RBI=0.00252479;REFB=0;REVB=-0.00217659;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.17016e-06;OID=.;OPOS=2870108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:25:43:0:0:25:44:0:0 chr11 2920666 . C T 355.67 PASS AF=0.349206;AO=44;DP=126;FAO=44;FDP=126;FR=.;FRO=82;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=0.0328547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8753;QD=11.291;RBI=0.0393497;REFB=0.0125932;REVB=0.0216556;RO=82;SAF=28;SAR=16;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089486;STB=0.551491;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.00870501;OID=.;OPOS=2920666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:82:82:44:44:0.349206:16:28:46:36:16:28:46:36 chr11 2924610 . G A 941.02 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.556;QD=57.0314;RBI=0.0224721;REFB=-0.126032;REVB=0.00531049;RO=1;SAF=43;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010861;STB=0.505745;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.000865111;OID=.;OPOS=2924610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:22:43:1:0:22:43:1:0 chr11 2929552 . A G 761.13 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.041;QD=63.4275;RBI=0.0324378;REFB=0;REVB=0.0149064;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48142e-05;OID=.;OPOS=2929552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:44:48:1:23:21:0:0:23:25:0:0 chr11 2943671 . G C 612.03 PASS AF=0.371728;AO=71;DP=191;FAO=71;FDP=191;FR=.;FRO=120;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=70;FSRR=50;FWDB=-0.023086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.371;QD=12.8173;RBI=0.0306314;REFB=-0.0216162;REVB=-0.0201325;RO=119;SAF=41;SAR=30;SRF=70;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122283;STB=0.503781;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0362796;OID=.;OPOS=2943671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:119:120:71:71:0.371728:30:41:70:49:30:41:70:50 chr11 2999507 . G T 234.42 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0294252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.412;QD=13.0236;RBI=0.029642;REFB=-0.0113217;REVB=0.00357866;RO=42;SAF=15;SAR=13;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125549;STB=0.507962;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0196588;OID=.;OPOS=2999507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:44:28:28:0.388889:13:15:22:20:13:15:23:21 chr11 3026622 . A G 251.91 PASS AF=0.621622;AO=22;DP=36;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0444812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.24;QD=27.234;RBI=0.0627314;REFB=-0.0355354;REVB=-0.0442341;RO=14;SAF=13;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114815;STB=0.569317;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.01684;OID=.;OPOS=3026622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:14:14:22:23:0.621622:9:13:6:8:9:14:6:8 chr11 3028140 . G A 184.47 PASS AF=0.475;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00415887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.546;QD=18.4467;RBI=0.0274851;REFB=-0.0433679;REVB=0.0271686;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151842;STB=0.504039;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.01518;OID=.;OPOS=3028140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:21:18:19:0.475:8:10:12:9:8:11:12:9 chr11 3061780 . C T 238.21 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0354103;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1482;QD=13.6117;RBI=0.051638;REFB=-0.0132706;REVB=0.0375845;RO=40;SAF=15;SAR=13;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409445;STB=0.536057;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0226741;OID=.;OPOS=3061780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:42:28:28:0.4:13:15:23:17:13:15:25:17 chr11 3109403 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.694;QD=50.4135;RBI=0.0177482;REFB=0;REVB=0.0110815;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100572;OID=.;OPOS=3109403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr11 3109408 . C T 234.19 PASS AF=0.95;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00411541;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.573;QD=46.8381;RBI=0.0219308;REFB=-0.092907;REVB=0.0215412;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483869;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00261413;OID=.;OPOS=3109408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:20:1:1:19:19:0.95:9:10:0:1:9:10:0:1 chr11 3239204 . C A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0104334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.371;QD=12.1824;RBI=0.0206889;REFB=-0.006186;REVB=-0.0178655;RO=15;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376273;STB=0.726777;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00592623;OID=.;OPOS=3239204;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:2:8:7:8:2:8:7:8 chr11 3243346 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0098;QD=44.6894;RBI=0.0748622;REFB=0;REVB=-0.0332483;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168885;OID=.;OPOS=3243346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr11 3243367 . G T 109.17 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00698447;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.546;QD=36.3894;RBI=0.0361538;REFB=-0.0683057;REVB=0.0354727;RO=1;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177567;STB=0.599799;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00115232;OID=.;OPOS=3243367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:2:9:0:1:2:9:0:1 chr11 3243427 . T C 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0878;QD=53.2726;RBI=0.0771848;REFB=0;REVB=-0.0718233;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000871047;OID=.;OPOS=3243427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr11 3243638 . A G 739.51 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.111;QD=56.8854;RBI=0.0473046;REFB=0;REVB=0.00818674;RO=0;SAF=14;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56052e-05;OID=.;OPOS=3243638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:36:14:0:0:36:16:0:0 chr11 3243665 . C T 785.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.19;QD=64.1497;RBI=0.0617248;REFB=0;REVB=0.0324614;RO=0;SAF=11;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452223;OID=.;OPOS=3243665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:38:11:0:0:38:11:0:0 chr11 3243673 . G C 758.88 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7223;QD=61.9497;RBI=0.134582;REFB=-0.0415238;REVB=0.00709041;RO=1;SAF=10;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447271;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00345737;OID=.;OPOS=3243673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:49:1:0:48:49:1:38:10:1:0:38:11:0:0 chr11 3243832 . C A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.454;QD=37.4884;RBI=0.0595858;REFB=0;REVB=0.0278325;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110384;OID=.;OPOS=3243832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr11 3243909 . G A 221.52 PASS AF=0.95;AO=14;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00626816;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=130.627;QD=44.3042;RBI=0.176488;REFB=-0.109371;REVB=0.176377;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.523785;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00444189;OID=.;OPOS=3243909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:14:19:0.95:4:10:0:0:9:10:1:0 chr11 3244005 . TC T 938.35 PASS AF=1;AO=78;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127863;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=22.4311;QD=44.6831;RBI=0.140064;REFB=0;REVB=-0.057175;RO=2;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248962;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00152953;OID=.;OPOS=3244006;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:84:84:84:0:41:43:0:0:16:2:41:37:0:2 chr11 3249552 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0344067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.873;QD=12.8688;RBI=0.0395634;REFB=-0.0220981;REVB=-0.0195304;RO=16;SAF=10;SAR=1;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501904;STB=0.80738;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0199567;OID=.;OPOS=3249552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:1:10:9:7:1:10:9:7 chr11 3249984 . C T 169.51 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00376459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.658;QD=10.5944;RBI=0.0139709;REFB=-0.0136778;REVB=-0.0134542;RO=41;SAF=11;SAR=11;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150313;STB=0.578056;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0191146;OID=.;OPOS=3249984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:42:22:22:0.34375:11:11:26:15:11:11:26:16 chr11 3361087 . T C 139.52 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00427971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8708;QD=12.4021;RBI=0.00537987;REFB=0.00496675;REVB=-0.00325993;RO=29;SAF=12;SAR=4;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314441;STB=0.6865;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0294011;OID=.;OPOS=3361087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:4:12:14:15:4:12:14:15 chr11 3381369 . G C 267.92 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0261171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.69;QD=16.2377;RBI=0.0277678;REFB=-0.00508749;REVB=-0.00943127;RO=36;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323326;STB=0.518206;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00527485;OID=.;OPOS=3381369;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:16:14:18:18:16:14:18:18 chr11 3400237 . G T 1409.5 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.608;QD=62.6446;RBI=0.0676486;REFB=0;REVB=0.0100133;RO=0;SAF=65;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66318e-05;OID=.;OPOS=3400237;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:25:65:0:0:25:65:0:0 chr11 3436492 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.765;QD=46.848;RBI=0.0532969;REFB=0;REVB=0.0188506;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000440922;OID=.;OPOS=3436492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:5:8:0:0:7:8:0:0 chr11 3660295 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0403992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2596;QD=13.6308;RBI=0.0405162;REFB=-0.0122251;REVB=-0.00307691;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380371;STB=0.726689;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0351675;OID=.;OPOS=3660295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:2:6:3:6:2:6:3:6 chr11 3661140 . T C 757.73 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000280159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.161;QD=63.1442;RBI=0.0547823;REFB=0;REVB=0.0547816;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114089;OID=.;OPOS=3661140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:18:27:0:0:21:27:0:0 chr11 3661585 . A ATGG 297.2 PASS AF=0.888889;AO=23;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00284909;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=187.027;QD=44.0288;RBI=0.0113079;REFB=-0.00573503;REVB=0.0109431;RO=3;SAF=7;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162133;STB=0.588158;STBP=0.034;TYPE=ins;VARB=0.000626325;OID=.;OPOS=3661586;OREF=-;OALT=TGG;OMAPALT=ATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889:23:27:24:27:3:7:17:3:0:14:3:7:16:3:0 chr11 3681063 . C T 118.4 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0255536;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.688;QD=12.8002;RBI=0.0255765;REFB=-0.0111646;REVB=-0.00108164;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361765;STB=0.702461;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0155113;OID=.;OPOS=3681063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:23:14:14:0.378378:7:7:3:17:7:7:4:19 chr11 3681115 . A G 105.68 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00246834;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.148;QD=19.215;RBI=0.017783;REFB=-0.000124711;REVB=-0.0176108;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325459;STB=0.668853;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-4.79223e-05;OID=.;OPOS=3681115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:23:22:11:10:12:12:0.545455:5:7:2:9:5:7:2:8 chr11 3681519 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.202;QD=60.61;RBI=0.04618;REFB=0;REVB=-0.036419;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49229e-05;OID=.;OPOS=3681519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr11 3686429 . A G 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0026602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.83;QD=19.8256;RBI=0.0189587;REFB=0.0055685;REVB=0.0187711;RO=25;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11026;STB=0.561359;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00699734;OID=.;OPOS=3686429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:15:12:8:17:15:12:8:17 chr11 3688669 . G A 38.14 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0399609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4964;QD=10.1718;RBI=0.0727922;REFB=-0.034085;REVB=0.0608427;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318047;STB=0.695017;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.045308;OID=.;OPOS=3688669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:6:3:4:2:6:3 chr11 3688814 . T C 108.55 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00745738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.485;QD=13.5681;RBI=0.0289235;REFB=-0.0202218;REVB=-0.0279456;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180198;STB=0.606048;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0311372;OID=.;OPOS=3688814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:9:4:9:10:9:4:9:10 chr11 3692643 . G T 168.67 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00810258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.699;QD=16.0642;RBI=0.044853;REFB=0.000212961;REVB=-0.0441151;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232559;STB=0.633361;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00119269;OID=.;OPOS=3692643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:11:7:15:9:11:7:15:9 chr11 3697577 . G A 67.47 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00442322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9751;QD=4.65299;RBI=0.0471011;REFB=-0.00904783;REVB=0.0468929;RO=47;SAF=6;SAR=5;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069263;STB=0.545372;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0205799;OID=.;OPOS=3697577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:47:47:11:11:0.189655:5:6:23:24:5:6:23:24 chr11 3714489 . C T 370.64 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0201882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8865;QD=17.2392;RBI=0.0334645;REFB=-0.0219624;REVB=0.026689;RO=46;SAF=32;SAR=7;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202715;STB=0.625247;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0238637;OID=.;OPOS=3714489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:47:39:39:0.453488:7:32:31:15:7:32:31:16 chr11 3838910 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0984281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.441;QD=48.7367;RBI=0.130741;REFB=0;REVB=0.0860523;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217908;OID=.;OPOS=3838910;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr11 3838953 . T C 220.47 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.694;QD=48.9941;RBI=0.0560222;REFB=0;REVB=0.0534199;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278033;OID=.;OPOS=3838953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:11:7:0:0 chr11 3848764 . AG A,GA 62.38 PASS AF=0.625,0;AO=6,2;DP=16;FAO=10,0;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=1,0;FSAR=9,0;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0992806,0.0266396;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=12.8168,98.9596;QD=15.5962;RBI=0.099852,0.0750685;REFB=-0.145754,-0.0108527;REVB=-0.0106676,-0.0701827;RO=7;SAF=0,0;SAR=6,2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.787422,-0.67228;STB=0.802824,0.5;STBP=0.024,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.135724,0;OID=.,.;OPOS=3848765,3848764;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:16:16:7:6:6,2:10,0:0.625,0:6,2:0,0:5:2:9,0:1,0:4:2 chr11 4148453 . C T 228.81 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.000250836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.144;QD=11.7341;RBI=0.0108039;REFB=-0.00479829;REVB=-0.0108009;RO=50;SAF=18;SAR=10;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966424;STB=0.555944;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00795281;OID=.;OPOS=4148453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:10:18:28:22:10:18:28:22 chr11 4159466 . G A 1399.8 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263197;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.356;QD=62.9123;RBI=0.0289367;REFB=0;REVB=0.0120251;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65226e-05;OID=.;OPOS=4159466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:50:39:0:0:50:39:0:0 chr11 4389404 . AG A 160.26 PASS AF=0.424242;AO=26;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0101603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.6556;QD=9.7124;RBI=0.0993648;REFB=0.00217359;REVB=0.098844;RO=37;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047588;STB=0.555882;STBP=0.436;TYPE=del;VARB=0.00555094;OID=.;OPOS=4389405;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242:26:65:28:66:38:13:15:14:24:99:37:11:15:14:23 chr11 4411241 . C T 446.1 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0232635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.291;QD=17.4942;RBI=0.0293072;REFB=-0.0166325;REVB=-0.0178248;RO=54;SAF=36;SAR=12;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197017;STB=0.610416;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0373962;OID=.;OPOS=4411241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:54:48:48:0.470588:12:36:31:23:12:36:31:23 chr11 4510285 . A G 846.33 PASS AF=0.520958;AO=75;DP=156;FAO=87;FDP=167;FR=.;FRO=80;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.0349862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.067;QD=20.2715;RBI=0.0461479;REFB=-0.0300474;REVB=0.0300932;RO=68;SAF=46;SAR=29;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151196;STB=0.559803;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0255636;OID=.;OPOS=4510285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:167:68:80:75:87:0.520958:29:46:30:38:36:51:37:43 chr11 4510587 . C T 253.94 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.00990923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.793;QD=21.6121;RBI=0.0100903;REFB=-0.0299479;REVB=-0.00190313;RO=22;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227429;STB=0.635146;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0290421;OID=.;OPOS=4510587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:24:24:0.510638:11:13:6:16:11:13:6:17 chr11 4566711 . C T 497.91 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.000635148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.549;QD=18.1057;RBI=0.0156813;REFB=-0.0160515;REVB=-0.0156684;RO=57;SAF=24;SAR=29;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524146;STB=0.529077;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0170033;OID=.;OPOS=4566711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:57:53:53:0.481818:29:24:29:28:29:24:29:28 chr11 4592708 . C CAG 1520.43 PASS AF=0.794702;AO=119;DP=153;FAO=120;FDP=151;FR=.;FRO=31;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00827383;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=2;MLLD=281.504;QD=40.2762;RBI=0.0118942;REFB=0.00746397;REVB=-0.0085449;RO=31;SAF=58;SAR=61;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516044;STB=0.526451;STBP=0.194;TYPE=ins;VARB=-0.00169157;OID=.;OPOS=4592709;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.794702:119:153:120:151:31:58:62:11:20:99:31:58:61:11:20 chr11 4594610 . C T 944.21 PASS AF=0.473684;AO=99;DP=209;FAO=99;FDP=209;FR=.;FRO=110;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=66;FSRR=44;FWDB=0.002945;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8795;QD=18.071;RBI=0.0176014;REFB=-0.0138748;REVB=-0.0173533;RO=109;SAF=45;SAR=54;SRF=66;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142612;STB=0.576109;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0110963;OID=.;OPOS=4594610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:109:110:99:99:0.473684:54:45:66:43:54:45:66:44 chr11 4615234 . A G 754.67 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.558;QD=54.8849;RBI=0.0332588;REFB=-0.0866741;REVB=-0.0171705;RO=1;SAF=33;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140687;STB=0.50746;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00118271;OID=.;OPOS=4615234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:21:33:1:0:21:33:1:0 chr11 4615390 . C T 1128.17 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00287095;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3431;QD=59.3773;RBI=0.0255757;REFB=-0.130087;REVB=0.025414;RO=1;SAF=36;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129618;STB=0.506848;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00240497;OID=.;OPOS=4615390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:76:1:1:75:75:0.986842:39:36:1:0:39:36:1:0 chr11 4661561 . T C 521.0 PASS AF=0.419118;AO=57;DP=136;FAO=57;FDP=136;FR=.;FRO=79;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.0115628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.719;QD=15.3236;RBI=0.0128015;REFB=-0.0142991;REVB=0.0054938;RO=78;SAF=29;SAR=28;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173869;STB=0.513293;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0160801;OID=.;OPOS=4661561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:78:79:57:57:0.419118:28:29:41:37:28:29:42:37 chr11 4703165 . C A 1062.11 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0804905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2475;QD=59.8374;RBI=0.0807881;REFB=0;REVB=0.00692773;RO=0;SAF=60;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000712654;OID=.;OPOS=4703165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:11:60:0:0:11:60:0:0 chr11 4712079 . A G 584.85 PASS AF=0.465649;AO=61;DP=131;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0275321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.206;QD=17.8579;RBI=0.0275833;REFB=-0.00399864;REVB=0.00168035;RO=69;SAF=25;SAR=36;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108116;STB=0.556494;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00347906;OID=.;OPOS=4712079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:69:70:61:61:0.465649:36:25:36:33:36:25:36:34 chr11 4712656 . C T 421.88 PASS AF=0.552632;AO=39;DP=73;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.0402989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2589;QD=22.2042;RBI=0.0783059;REFB=0.0132083;REVB=0.0671402;RO=34;SAF=21;SAR=18;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169994;STB=0.595647;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00988192;OID=.;OPOS=4712656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:34:34:39:42:0.552632:18:21:25:9:20:22:25:9 chr11 4730985 . C T 1150.16 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.95;QD=60.5348;RBI=0.0434338;REFB=0;REVB=0.0239196;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236429;OID=.;OPOS=4730985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:33:42:0:0:34:42:0:0 chr11 4731180 . G A 2054.12 PASS AF=0.992481;AO=131;DP=136;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00556711;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.113;QD=61.7781;RBI=0.0154742;REFB=-0.0501294;REVB=0.0144381;RO=0;SAF=67;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-5.83562e-06;OID=.;OPOS=4731180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:133:0:1:131:132:0.992481:64:67:0:0:64:68:1:0 chr11 4731468 . G A 1008.45 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8399;QD=59.3205;RBI=0.0557297;REFB=0;REVB=0.015348;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516442;OID=.;OPOS=4731468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr11 4731583 . C T 1264.69 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.18;QD=61.692;RBI=0.0579329;REFB=0;REVB=0.0442082;RO=0;SAF=31;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17969e-05;OID=.;OPOS=4731583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:51:31:0:0:51:31:0:0 chr11 4928621 . G A 659.65 PASS AF=0.503817;AO=65;DP=130;FAO=66;FDP=131;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0317477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0709;QD=20.142;RBI=0.0321922;REFB=0.0143274;REVB=0.00533096;RO=64;SAF=33;SAR=32;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714049;STB=0.503816;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.0123931;OID=.;OPOS=4928621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:64:65:65:66:0.503817:32:33:33:31:33:33:33:32 chr11 4929061 . C G 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.00972519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8376;QD=20.156;RBI=0.0166114;REFB=0.0282458;REVB=-0.0134669;RO=25;SAF=23;SAR=5;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828626;STB=0.546401;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.0309344;OID=.;OPOS=4929061;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:5:23:19:6:5:23:19:6 chr11 4945196 . T G 499.41 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4902;QD=58.7539;RBI=0.0295957;REFB=0;REVB=0.026123;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222579;OID=.;OPOS=4945196;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:26:8:0:0:26:8:0:0 chr11 4964753 . A G 618.93 PASS AF=0.443709;AO=67;DP=151;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=-0.00137656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.311;QD=16.3954;RBI=0.0119673;REFB=-0.00697994;REVB=-0.0118878;RO=83;SAF=25;SAR=42;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111677;STB=0.559408;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00824024;OID=.;OPOS=4964753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:83:84:67:67:0.443709:42:25:40:43:42:25:40:44 chr11 4965301 . G T 1376.99 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7551;QD=62.5906;RBI=0.0469518;REFB=0;REVB=-0.0445325;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230395;OID=.;OPOS=4965301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:45:42:0:0:45:43:0:0 chr11 4967434 . C A 159.47 PASS AF=0.231481;AO=25;DP=108;FAO=25;FDP=108;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.0352153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.863;QD=5.9062;RBI=0.0399817;REFB=-0.00734103;REVB=-0.0189319;RO=83;SAF=6;SAR=19;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324248;STB=0.701274;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0177456;OID=.;OPOS=4967434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:83:83:25:25:0.231481:19:6:40:43:19:6:40:43 chr11 4967468 . G A 487.24 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=128;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0129991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.269;QD=15.2262;RBI=0.0132067;REFB=-0.0229902;REVB=-0.00233272;RO=74;SAF=30;SAR=24;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296263;STB=0.516631;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0228781;OID=.;OPOS=4967468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:74:74:54:54:0.421875:24:30:39:35:24:30:39:35 chr11 4967532 . G C 593.78 PASS AF=0.467213;AO=54;DP=119;FAO=57;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=13;FWDB=0.0346674;FXX=0.0161277;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.9014;QD=19.4682;RBI=0.136906;REFB=-0.0945659;REVB=0.132444;RO=40;SAF=26;SAR=28;SRF=34;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285853;STB=0.634226;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0170494;OID=.;OPOS=4967532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:40:51:54:57:0.467213:28:26:34:6:31:26:38:13 chr11 4968198 . C A 77.3 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.127797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.703;QD=13.4428;RBI=0.154096;REFB=0.0110005;REVB=-0.0861004;RO=13;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.538234;STB=0.8268;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0261681;OID=.;OPOS=4968198;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:9:1:7:6:9:1:7:6 chr11 4976241 . C G 177.46 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00135049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.421;QD=39.4353;RBI=0.0159163;REFB=-0.0220696;REVB=0.0158589;RO=1;SAF=2;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180626;STB=0.666419;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00925875;OID=.;OPOS=4976241;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:1:2:16:16:0.888889:14:2:1:0:14:2:2:0 chr11 5020416 . A G 2212.39 PASS AF=1;AO=133;DP=135;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0865777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.025;QD=63.2111;RBI=0.0887443;REFB=0;REVB=0.0194899;RO=0;SAF=69;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104215;OID=.;OPOS=5020416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:140:0:0:133:140:1:64:69:0:0:64:76:0:0 chr11 5021055 . C G 802.06 PASS AF=0.517007;AO=75;DP=147;FAO=76;FDP=147;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.00804858;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.48;QD=21.8248;RBI=0.0150307;REFB=-0.0119285;REVB=0.0126942;RO=71;SAF=37;SAR=38;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252696;STB=0.510662;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0101772;OID=.;OPOS=5021055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:71:71:75:76:0.517007:38:37:33:38:39:37:33:38 chr11 5067984 . A G 785.45 PASS AF=0.490909;AO=81;DP=165;FAO=81;FDP=165;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=-0.00407253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.486;QD=19.0412;RBI=0.0101185;REFB=-0.0155082;REVB=-0.00926271;RO=83;SAF=31;SAR=50;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191708;STB=0.602838;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0106649;OID=.;OPOS=5067984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:83:84:81:81:0.490909:50:31:49:34:50:31:49:35 chr11 5068137 . G A 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.131149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.473;QD=18.1179;RBI=0.132631;REFB=-0.0321751;REVB=0.0197717;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886335;STB=0.55026;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0196795;OID=.;OPOS=5068137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:11:7:6:14:11:7:6:14 chr11 5068177 . A T 62.11 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0237275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.276;QD=7.5287;RBI=0.0237897;REFB=-0.0124716;REVB=0.001719;RO=23;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072486;STB=0.533258;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0116548;OID=.;OPOS=5068177;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:33:23:24:9:9:0.272727:6:3:9:14:6:3:9:15 chr11 5068661 . A G 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0213412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.403;QD=7.52633;RBI=0.0225218;REFB=-0.00984584;REVB=0.00719632;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828821;STB=0.551612;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0249642;OID=.;OPOS=5068661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:5:4:9:15:5:4:9:15 chr11 5079946 . C T 410.73 PASS AF=0.532468;AO=40;DP=76;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00591231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.455;QD=21.3365;RBI=0.0118198;REFB=-0.00216233;REVB=0.0102349;RO=36;SAF=13;SAR=27;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135657;STB=0.565126;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00191623;OID=.;OPOS=5079946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:36:36:40:41:0.532468:27:13:17:19:27:14:17:19 chr11 5080068 . G A 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00993477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4471;QD=6.78764;RBI=0.0111066;REFB=-0.0111035;REVB=-0.00496566;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267706;STB=0.668882;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0596228;OID=.;OPOS=5080068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:5:3:14:9:5:3:14:9 chr11 5080234 . T C 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00779069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.238;QD=13.5053;RBI=0.00779466;REFB=-0.0048083;REVB=-0.000248728;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113103;STB=0.566363;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00872083;OID=.;OPOS=5080234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:5:7:8:9:5:7:8:9 chr11 5141902 . T C 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.00669902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.094;QD=17.9422;RBI=0.0304254;REFB=-0.0149724;REVB=0.0296787;RO=28;SAF=18;SAR=10;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108355;STB=0.546187;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.015158;OID=.;OPOS=5141902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:28:29:28:28:0.491228:10:18:21:7:10:18:21:8 chr11 5141980 . A G 321.25 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0105689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.343;QD=18.8967;RBI=0.0172791;REFB=-0.0434168;REVB=-0.0136699;RO=34;SAF=18;SAR=16;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799627;STB=0.544477;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0398138;OID=.;OPOS=5141980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:16:18:21:13:16:18:21:13 chr11 5142270 . T G 332.7 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00623693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.068;QD=26.6156;RBI=0.014348;REFB=-0.0054171;REVB=-0.0129215;RO=21;SAF=9;SAR=20;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244903;STB=0.635741;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00407623;OID=.;OPOS=5142270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:20:9:13:8:20:9:13:8 chr11 5172786 . A G 997.52 PASS AF=1;AO=51;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00943814;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.335;QD=59.5536;RBI=0.0491623;REFB=0;REVB=0.0482478;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311195;OID=.;OPOS=5172786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:51:67:1:26:25:0:0:41:26:0:0 chr11 5269583 . GTGA AGAG 705.51 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399095;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=4;MLLD=292.683;QD=62.7118;RBI=0.0464946;REFB=0;REVB=0.0238533;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000129979;OID=.;OPOS=5269583;OREF=GTGA;OALT=AGAG;OMAPALT=AGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:44:45:1:26:18:0:0:27:18:0:0 chr11 5322249 . C G 169.19 PASS AF=0.375;AO=22;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.036391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6298;QD=12.0849;RBI=0.0529547;REFB=0.00762846;REVB=-0.0384694;RO=34;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170162;STB=0.511934;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.0131015;OID=.;OPOS=5322249;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:35:22:21:0.375:12:10:16:18:11:10:16:19 chr11 5322737 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000873426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.141;QD=63.583;RBI=0.0021506;REFB=0;REVB=0.00196525;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93324e-06;OID=.;OPOS=5322737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr11 5323071 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.21;QD=58.6006;RBI=0.0121899;REFB=0;REVB=0.00627098;RO=0;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26997e-06;OID=.;OPOS=5323071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:43:21:0:0:43:21:0:0 chr11 5345269 . G T 88.49 PASS AF=0.25;AO=10;DP=46;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0120281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.356;QD=7.37439;RBI=0.0238398;REFB=-0.00942757;REVB=-0.020583;RO=36;SAF=9;SAR=1;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463568;STB=0.713878;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0233423;OID=.;OPOS=5345269;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:46:48:36:36:10:12:0.25:1:9:22:14:2:10:22:14 chr11 5364276 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0154106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=329.064;QD=15.8821;RBI=0.0156919;REFB=-0.0104956;REVB=0.00295826;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171427;STB=0.5998;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0146206;OID=.;OPOS=5364276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:6:4:6:4:6:4 chr11 5364450 . A G 193.79 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0100307;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5301;QD=31.0057;RBI=0.0122117;REFB=0.0124586;REVB=0.0069649;RO=7;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166128;STB=0.591825;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.0024308;OID=.;OPOS=5364450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:25:7:7:18:18:0.72:11:7:5:2:11:7:5:2 chr11 5372863 . T A 572.81 PASS AF=0.5;AO=59;DP=118;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.015773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.858;QD=19.4174;RBI=0.025096;REFB=-0.0148628;REVB=0.0195198;RO=59;SAF=28;SAR=31;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308266;STB=0.517017;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0166758;OID=.;OPOS=5372863;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:59:59:59:59:0.5:31:28:26:33:31:28:26:33 chr11 5373114 . G A 917.29 PASS AF=0.520231;AO=90;DP=174;FAO=90;FDP=173;FR=.;FRO=83;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=52;FSRR=31;FWDB=0.0101984;FXX=0.0170445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7987;QD=21.209;RBI=0.0134053;REFB=-0.0182139;REVB=-0.0087002;RO=76;SAF=45;SAR=45;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993138;STB=0.56068;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0104817;OID=.;OPOS=5373114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:76:83:90:90:0.520231:45:45:47:29:45:45:52:31 chr11 5373646 . T C 86.69 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0658215;FXX=0.0908265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.541;QD=34.6763;RBI=0.0663518;REFB=-0.00534481;REVB=0.0083722;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080744;STB=0.545355;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00145369;OID=.;OPOS=5373646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:5:4:0:1:5:4:0:1 chr11 5410934 . T G 95.71 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.118923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.225;QD=7.3621;RBI=0.125221;REFB=-0.00799793;REVB=0.0392152;RO=37;SAF=4;SAR=9;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192211;STB=0.603668;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0332134;OID=.;OPOS=5410934;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:37:39:13:13:0.25:9:4:17:20:9:4:17:22 chr11 5411031 . C T 168.46 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0242231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0335;QD=24.0662;RBI=0.0243752;REFB=-0.00922587;REVB=-0.00271886;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757294;STB=0.542324;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00477168;OID=.;OPOS=5411031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:8:9:7:4:8:9:7:4 chr11 5411239 . T C 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00423761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.235;QD=21.839;RBI=0.00946855;REFB=-0.0272261;REVB=-0.00846736;RO=24;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231461;STB=0.629114;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0177893;OID=.;OPOS=5411239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:14:11:17:7:14:11:17:7 chr11 5411395 . C A 385.33 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00410202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.321;QD=17.9223;RBI=0.00434028;REFB=-0.000530057;REVB=-0.00141828;RO=46;SAF=23;SAR=17;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931716;STB=0.552082;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00100162;OID=.;OPOS=5411395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:17:23:22:24:17:23:22:24 chr11 5411398 . T G 370.59 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0242421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.212;QD=17.2369;RBI=0.0326976;REFB=-0.00251086;REVB=0.021942;RO=47;SAF=23;SAR=16;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119542;STB=0.567013;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00445885;OID=.;OPOS=5411398;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:16:23:22:25:16:23:22:25 chr11 5411579 . GT AC 458.08 PASS AF=0.475728;AO=48;DP=102;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0141082;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=175.409;QD=17.7896;RBI=0.016894;REFB=-0.000745971;REVB=-0.00929337;RO=54;SAF=29;SAR=19;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656447;STB=0.5294;STBP=0.588;TYPE=mnp;VARB=0.00155697;OID=.;OPOS=5411579;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:54:54:48:49:0.475728:19:29:29:25:20:29:29:25 chr11 5424050 . G A 200.94 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0251515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6307;QD=11.8199;RBI=0.0463332;REFB=-0.000229324;REVB=0.0389123;RO=42;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124926;STB=0.578393;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00049023;OID=.;OPOS=5424050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:43:25:25:0.367647:12:13:17:25:12:13:17:26 chr11 5443442 . G C 773.54 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.04;QD=55.253;RBI=0.0269968;REFB=-0.0921907;REVB=0.0258429;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172814;OID=.;OPOS=5443442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:56:0:0:55:56:1:25:30:0:0:26:30:0:0 chr11 5443700 . C T 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00421533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.762;QD=56.9551;RBI=0.0126175;REFB=0;REVB=-0.0118925;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.66179e-05;OID=.;OPOS=5443700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr11 5443739 . T C 748.73 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0256976;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=282.332;QD=51.6363;RBI=0.0368629;REFB=-0.0774027;REVB=0.0264294;RO=3;SAF=21;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627024;STB=0.533321;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00137447;OID=.;OPOS=5443739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:3:3:55:55:0.948276:34:21:3:0:34:21:3:0 chr11 5443867 . C T 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00474239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4614;QD=61.3315;RBI=0.00748591;REFB=0;REVB=-0.00579212;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.6195e-05;OID=.;OPOS=5443867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr11 5443887 . T C 519.98 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.075;QD=59.4258;RBI=0.0213415;REFB=0;REVB=0.0196778;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179967;OID=.;OPOS=5443887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr11 5443893 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.408;QD=58.5871;RBI=0.0342262;REFB=0;REVB=0.020333;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437733;OID=.;OPOS=5443893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr11 5443963 . G A 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4234;QD=51.9101;RBI=0.0542469;REFB=0;REVB=-0.0110567;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136547;OID=.;OPOS=5443963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr11 5443969 . A C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0574191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5949;QD=10.6349;RBI=0.121364;REFB=-0.0317524;REVB=-0.106922;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752617;STB=0.545344;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0344928;OID=.;OPOS=5443969;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:4:9:5:3:4:9 chr11 5444061 . G A 854.24 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782515;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.109;QD=57.9144;RBI=0.0105976;REFB=0;REVB=0.00714672;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28392e-05;OID=.;OPOS=5444061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr11 5444136 . C T 2008.24 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.201;QD=62.2711;RBI=0.0171556;REFB=0;REVB=0.00643817;RO=0;SAF=75;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.32448e-05;OID=.;OPOS=5444136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:54:75:0:0:54:75:0:0 chr11 5444353 . T C 666.21 PASS AF=0.910714;AO=51;DP=56;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00661372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8641;QD=47.5863;RBI=0.0311764;REFB=0.0268926;REVB=0.0304668;RO=5;SAF=24;SAR=27;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021731;STB=0.511574;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.0018962;OID=.;OPOS=5444353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:56:56:5:5:51:51:0.910714:27:24:3:2:27:24:3:2 chr11 5462085 . G A 269.11 PASS AF=0.648649;AO=23;DP=36;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0140088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.748;QD=29.0929;RBI=0.0143612;REFB=-0.00698108;REVB=0.00316195;RO=13;SAF=11;SAR=12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615279;STB=0.540507;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00426047;OID=.;OPOS=5462085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:13:13:23:24:0.648649:12:11:5:8:12:12:5:8 chr11 5462105 . T C 257.75 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0184214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.012;QD=30.3239;RBI=0.0448019;REFB=-0.0294553;REVB=0.0408395;RO=11;SAF=11;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139706;STB=0.507686;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00835466;OID=.;OPOS=5462105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:11:11:23:23:0.676471:12:11:5:6:12:11:5:6 chr11 5462255 . C G 471.84 PASS AF=0.592105;AO=44;DP=76;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0149903;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4046;QD=24.8336;RBI=0.0149954;REFB=-0.0221829;REVB=-0.000389036;RO=29;SAF=29;SAR=15;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306809;STB=0.517871;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0165744;OID=.;OPOS=5462255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:29:31:44:45:0.592105:15:29:18:11:17:28:18:13 chr11 5462374 . C T 780.3 PASS AF=0.633929;AO=71;DP=112;FAO=71;FDP=112;FR=.;FRO=41;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00567412;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5075;QD=27.8678;RBI=0.038426;REFB=-0.000581791;REVB=0.0380047;RO=41;SAF=46;SAR=25;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802089;STB=0.543489;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.000414464;OID=.;OPOS=5462374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:41:41:71:71:0.633929:25:46:22:19:25:46:22:19 chr11 5462702 . G A 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0164263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.033;QD=17.8252;RBI=0.0188702;REFB=-0.0202128;REVB=0.00928772;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116603;STB=0.567449;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0256305;OID=.;OPOS=5462702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:3:9:7:4:3:9:7:4 chr11 5474987 . G A 98.38 PASS AF=0.213333;AO=16;DP=75;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0121421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.723;QD=5.24684;RBI=0.0125221;REFB=-0.00295917;REVB=0.00306157;RO=59;SAF=10;SAR=6;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846187;STB=0.553565;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0145194;OID=.;OPOS=5474987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:75:75:59:59:16:16:0.213333:6:10:33:26:6:10:33:26 chr11 5475118 . A G 1301.95 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.699;QD=61.9976;RBI=0.0249232;REFB=0;REVB=0.0174485;RO=0;SAF=54;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112414;OID=.;OPOS=5475118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:30:54:0:0:30:54:0:0 chr11 5510284 . A G 1377.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.35;QD=62.6136;RBI=0.0593206;REFB=0;REVB=0.0134453;RO=0;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140729;OID=.;OPOS=5510284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:36:52:0:0:36:52:0:0 chr11 5510341 . C T 1919.68 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102951;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.515;QD=60.9423;RBI=0.0145836;REFB=-0.0735292;REVB=0.0103292;RO=1;SAF=77;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00979544;STB=0.505154;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000280238;OID=.;OPOS=5510341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:48:77:0:1:48:77:0:1 chr11 5510423 . ATCT A,TTCA 1774.63 PASS AF=0.909091,0.0826446;AO=94,10;DP=114;FAO=110,10;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=73,9;FSAR=37,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0585577,-0.0487401;FXX=0.0620107;HRUN=1,1;LEN=3,4;MLLD=159.334,106.532;QD=58.6654;RBI=0.0585919,0.0611345;REFB=-0.147456,-0.105123;REVB=0.00200112,0.0369029;RO=0;SAF=60,9;SAR=34,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.12276e-08,3.8593e-08;STB=0.503401,0.526264;STBP=0.592,0.652;TYPE=del,mnp;VARB=0.00366587,0.0318734;OID=.,.;OPOS=5510424,5510423;OREF=TCT,ATCT;OALT=-,TTCA;OMAPALT=A,TTCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:114:121:0:1:94,10:110,10:0.909091,0.0826446:34,1:60,9:0:0:37,1:73,9:1:0 chr11 5510497 . T C 1400.12 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0248747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9279;QD=61.5437;RBI=0.0256236;REFB=-0.0148181;REVB=0.00614952;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.505746;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000186543;OID=.;OPOS=5510497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:43:47:0:0:43:47:0:1 chr11 5510626 . T C 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.194;QD=60.8835;RBI=0.0283484;REFB=0;REVB=0.0221963;RO=0;SAF=53;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.088e-05;OID=.;OPOS=5510626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:24:53:0:0:24:53:0:0 chr11 5510928 . G A 965.51 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5699;QD=57.6423;RBI=0.0321683;REFB=-0.0344965;REVB=0.0061571;RO=1;SAF=32;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014534;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000703655;OID=.;OPOS=5510928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:66:67:1:0:65:67:1:33:32:1:0:33:34:0:0 chr11 5529206 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3866;QD=51.1846;RBI=0.0552293;REFB=0;REVB=0.0409515;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0006e-05;OID=.;OPOS=5529206;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr11 5529865 . G A 518.65 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00625907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.599;QD=54.5943;RBI=0.00664029;REFB=-0.171699;REVB=0.00221755;RO=2;SAF=17;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274091;STB=0.501465;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00122768;OID=.;OPOS=5529865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:38:38:2:2:36:36:0.947368:19:17:1:1:19:17:1:1 chr11 5536415 . C T 708.48 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000504228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.386;QD=62.9763;RBI=0.0208408;REFB=0;REVB=0.0208347;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114916;OID=.;OPOS=5536415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr11 5536537 . A C 2033.49 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.090992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.4915;QD=61.1576;RBI=0.0932199;REFB=0;REVB=-0.0202584;RO=1;SAF=70;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826369;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000515435;OID=.;OPOS=5536537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:133:1:0:127:133:1:57:70:0:1:63:70:0:0 chr11 5536852 . A G 1731.29 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00183607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.717;QD=60.7471;RBI=0.0386477;REFB=0;REVB=0.038604;RO=0;SAF=55;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58839e-05;OID=.;OPOS=5536852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:59:55:0:0:59:55:0:0 chr11 5537045 . T G 767.41 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.193;QD=63.9505;RBI=0.0270616;REFB=0;REVB=-0.00519632;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99954e-05;OID=.;OPOS=5537045;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:27:19:0:0:27:21:0:0 chr11 5537161 . A G 715.52 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957574;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.18;QD=57.2414;RBI=0.0157146;REFB=0;REVB=0.0124602;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5155e-05;OID=.;OPOS=5537161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:16:34:0:0:16:34:0:0 chr11 5537780 . C A 657.48 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00312461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7255;QD=59.7709;RBI=0.037138;REFB=-0.0245103;REVB=-0.0370063;RO=1;SAF=24;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191664;STB=0.510199;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00294191;OID=.;OPOS=5537780;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:19:24:1:0:19:24:1:0 chr11 5565906 . A G 457.75 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.000671312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.429;QD=15.6497;RBI=0.0252637;REFB=-0.0060573;REVB=0.0252548;RO=66;SAF=20;SAR=31;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802133;STB=0.544967;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00835524;OID=.;OPOS=5565906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:66:66:51:51:0.435897:31:20:31:35:31:20:31:35 chr11 5566030 . A G 689.4 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.212;QD=62.6725;RBI=0.028222;REFB=0;REVB=0.0262149;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42245e-05;OID=.;OPOS=5566030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:18:24:0:0:20:24:0:0 chr11 5566051 . C A 220.59 PASS AF=0.583333;AO=22;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0707774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7807;QD=24.5095;RBI=0.0876991;REFB=0.00691986;REVB=-0.0517851;RO=14;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050059;STB=0.551402;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.00536465;OID=.;OPOS=5566051;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:15:22:21:0.583333:11:11:6:8:10:11:6:9 chr11 5566112 . C T 221.93 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00484519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.817;QD=25.3631;RBI=0.00839779;REFB=-0.0271387;REVB=0.00685908;RO=14;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103053;STB=0.557322;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0285063;OID=.;OPOS=5566112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:9:12:6:8:9:12:6:8 chr11 5566365 . T C 1368.58 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.742;QD=61.5092;RBI=0.114056;REFB=-0.0610125;REVB=0.112605;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548788;OID=.;OPOS=5566365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:89:89:0:0:88:89:1:46:42:0:0:47:42:0:0 chr11 5566489 . C T 418.37 PASS AF=0.457143;AO=41;DP=98;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00505931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.554;QD=15.9378;RBI=0.019004;REFB=-0.0182724;REVB=0.0183182;RO=51;SAF=19;SAR=22;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103714;STB=0.535063;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0239434;OID=.;OPOS=5566489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:105:51:57:41:48:0.457143:22:19:29:22:25:23:31:26 chr11 5602275 . A G 116.36 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0150394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9439;QD=11.6361;RBI=0.0163761;REFB=-0.0201692;REVB=0.00648019;RO=26;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323715;STB=0.519203;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0344931;OID=.;OPOS=5602275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:5:9:16:10:5:9:16:10 chr11 5602438 . T A 119.67 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0455536;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1752;QD=12.937;RBI=0.056481;REFB=0.00262314;REVB=0.0333912;RO=23;SAF=12;SAR=2;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439651;STB=0.764268;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00159153;OID=.;OPOS=5602438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:23:23:14:14:0.378378:2:12:12:11:2:12:12:11 chr11 5602605 . G A 341.17 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0163555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.264;QD=18.4414;RBI=0.0173469;REFB=-0.0334471;REVB=-0.00578052;RO=37;SAF=26;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185818;STB=0.598918;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0329562;OID=.;OPOS=5602605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:38:36:36:0.486486:10:26:20:17:10:26:21:17 chr11 5602615 . A G 305.45 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0285034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.297;QD=17.707;RBI=0.0287723;REFB=-0.024179;REVB=0.0039249;RO=36;SAF=23;SAR=10;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906352;STB=0.550866;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.060933;OID=.;OPOS=5602615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:10:23:22:14:10:23:22:14 chr11 5602679 . T C 323.1 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0381531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.707;QD=25.3413;RBI=0.0384989;REFB=-0.0559242;REVB=-0.00514857;RO=19;SAF=23;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17544;STB=0.610543;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0264426;OID=.;OPOS=5602679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:20:31:31:0.607843:8:23:10:9:8:23:10:10 chr11 5602790 . A G 508.36 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0155104;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.227;QD=20.5399;RBI=0.0155252;REFB=-0.0191271;REVB=-0.000677595;RO=51;SAF=29;SAR=20;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152839;STB=0.514795;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0232513;OID=.;OPOS=5602790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:51:50:49:49:0.494949:20:29:31:20:20:29:31:19 chr11 5602928 . G C 524.75 PASS AF=0.422819;AO=56;DP=145;FAO=63;FDP=149;FR=.;FRO=86;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.0069633;FXX=0.0387072;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.817;QD=14.0873;RBI=0.00709767;REFB=-0.0173365;REVB=-0.00137454;RO=89;SAF=32;SAR=24;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120183;STB=0.593466;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0310035;OID=.;OPOS=5602928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:149:89:86:56:63:0.422819:24:32:41:48:25:38:38:48 chr11 5602968 . G A 625.72 PASS AF=0.43949;AO=68;DP=156;FAO=69;FDP=157;FR=.;FRO=88;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=56;FWDB=-0.000184737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.618;QD=15.9418;RBI=0.0149595;REFB=-0.0165023;REVB=0.0149584;RO=88;SAF=36;SAR=32;SRF=32;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166704;STB=0.588081;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0171511;OID=.;OPOS=5602968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:88:88:68:69:0.43949:32:36:32:56:33:36:32:56 chr11 5625847 . A G 733.23 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0257525;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.285;QD=59.8558;RBI=0.0258229;REFB=-0.132498;REVB=-0.00190535;RO=2;SAF=18;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494209;STB=0.512815;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00053657;OID=.;OPOS=5625847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:2:1:47:48:0.979592:29:18:2:0:29:19:1:0 chr11 5629607 . G A 1046.54 PASS AF=0.55;AO=99;DP=181;FAO=99;FDP=180;FR=.;FRO=81;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.000566382;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.175;QD=23.2564;RBI=0.0149501;REFB=-0.0128774;REVB=0.0149394;RO=81;SAF=45;SAR=54;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223547;STB=0.512193;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00905191;OID=.;OPOS=5629607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:81:81:99:99:0.55:54:45:39:42:54:45:39:42 chr11 5632212 . G A 3033.05 PASS AF=0.966507;AO=202;DP=209;FAO=202;FDP=209;FR=.;FRO=7;FSAF=101;FSAR=101;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0119964;FXX=0.0279057;HRUN=5;LEN=1;MLLD=188.245;QD=58.0489;RBI=0.0230781;REFB=-0.0223288;REVB=0.0197151;RO=7;SAF=101;SAR=101;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136565;STB=0.507176;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=4.70046e-05;OID=.;OPOS=5632212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:209:209:7:7:202:202:0.966507:101:101:5:2:101:101:5:2 chr11 5664831 . C A 1695.27 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.252;QD=60.5453;RBI=0.0342895;REFB=0;REVB=0.0136448;RO=0;SAF=75;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78011e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58511e-05;OID=.;OPOS=5664831;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:37:75:0:0:37:75:0:0 chr11 5691191 . C T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.474;QD=55.0973;RBI=0.0339331;REFB=0;REVB=-0.0176808;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144201;OID=.;OPOS=5691191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr11 5700340 . TA CA,CG 471.2 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=30,3;DP=33;FAO=30,3;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11,3;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03808,0.0266851;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=134.105,84.6286;QD=57.1155;RBI=0.0439568,0.0358962;REFB=0,0;REVB=0.0219571,0.0240093;RO=0;SAF=11,3;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000645112,-0.000260348;OID=.,.;OPOS=5700340,5700340;OREF=T,TA;OALT=C,CG;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:33:33:0:0:30,3:30,3:0.909091,0.0909091:19,0:11,3:0:0:19,0:11,3:0:0 chr11 5701001 . C T 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00116161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.995;QD=7.04803;RBI=0.0656624;REFB=-0.00304106;REVB=-0.0656521;RO=21;SAF=7;SAR=1;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223667;STB=0.680017;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00756301;OID=.;OPOS=5701001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:29:30:21:22:8:8:0.266667:1:7:16:5:1:7:16:6 chr11 5701074 . C A 361.75 PASS AF=0.580645;AO=35;DP=61;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0299845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.667;QD=23.3387;RBI=0.0527507;REFB=0.0253566;REVB=-0.0434001;RO=25;SAF=20;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00881832;STB=0.502761;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.0230574;OID=.;OPOS=5701074;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:25:26:35:36:0.580645:15:20:14:11:15:21:15:11 chr11 5719667 . T C 785.55 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00643513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.645;QD=57.1306;RBI=0.113158;REFB=0;REVB=0.112974;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058616;OID=.;OPOS=5719667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:53:55:1:24:29:0:0:26:29:0:0 chr11 5758062 . T C 1463.94 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0697972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4533;QD=60.9973;RBI=0.0699558;REFB=-0.1589;REVB=0.00470758;RO=2;SAF=52;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178856;STB=0.509432;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0013614;OID=.;OPOS=5758062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:2:2:94:94:0.979167:42:52:2:0:42:52:2:0 chr11 5758118 . A C 1227.71 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.253;QD=61.3855;RBI=0.0254532;REFB=0;REVB=0.015039;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0444e-05;OID=.;OPOS=5758118;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:31:48:0:0:31:49:0:0 chr11 5758646 . T C 279.44 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0247052;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.568;QD=18.3238;RBI=0.0250204;REFB=-0.0497109;REVB=-0.00395869;RO=31;SAF=11;SAR=19;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279016;STB=0.655777;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0396202;OID=.;OPOS=5758646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:31:31:30:30:0.491803:19:11:21:10:19:11:21:10 chr11 5776287 . C T 3340.68 PASS AF=1;AO=213;DP=215;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656659;FXX=0.00462942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.082;QD=62.1521;RBI=0.0238465;REFB=0;REVB=0.0229246;RO=1;SAF=118;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498842;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41467e-05;OID=.;OPOS=5776287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:215:1:0:213:215:1:95:118:0:1:96:119:0:0 chr11 5776470 . T C,G 853.16 PASS AF=0.0491803,0.95082;AO=3,58;DP=61;FAO=3,58;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=3,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00579681,0.054986;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=200.979,66.7487;QD=55.9447;RBI=0.0336635,0.0744276;REFB=0,0;REVB=-0.0331607,0.0501599;RO=0;SAF=0,33;SAR=3,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.281276,-0.000270101;OID=.,.;OPOS=5776470,5776470;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:61:61:0:0:3,58:3,58:0.0491803,0.95082:3,25:0,33:0:0:3,25:0,33:0:0 chr11 5776595 . T G 618.27 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0488675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7782;QD=54.9575;RBI=0.0503965;REFB=-0.194819;REVB=0.0123195;RO=3;SAF=29;SAR=13;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461262;STB=0.524579;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0155517;OID=.;OPOS=5776595;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:3:3:42:42:0.933333:13:29:3:0:13:29:3:0 chr11 5776623 . A T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.9;QD=63.8717;RBI=0.0129023;REFB=0;REVB=0.00864939;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1701e-05;OID=.;OPOS=5776623;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr11 5799468 . C T 1030.08 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.426;QD=58.0328;RBI=0.0186632;REFB=-0.000606581;REVB=-0.00924743;RO=1;SAF=38;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122803;STB=0.506492;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=8.51899e-06;OID=.;OPOS=5799468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:32:38:1:0:32:38:1:0 chr11 5809230 . G A 2095.34 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.371;QD=62.5474;RBI=0.0283142;REFB=0;REVB=0.0274934;RO=0;SAF=66;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96862e-05;OID=.;OPOS=5809230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:134:0:0:132:134:1:66:66:0:0:67:67:0:0 chr11 5809308 . A T 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.201;QD=60.716;RBI=0.0416018;REFB=0;REVB=-0.0278923;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33115e-05;OID=.;OPOS=5809308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr11 5809548 . G A 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00349557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.648;QD=56.0075;RBI=0.062366;REFB=0.0056893;REVB=0.0622679;RO=1;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171579;STB=0.509088;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000162335;OID=.;OPOS=5809548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:27:33:0:1:27:33:0:1 chr11 5809811 . G T 888.21 PASS AF=0.955224;AO=63;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0612098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0159;QD=53.0276;RBI=0.132999;REFB=-0.170795;REVB=0.118077;RO=3;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043529;STB=0.522381;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00988394;OID=.;OPOS=5809811;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:67:67:3:3:63:64:0.955224:31:32:0:3:32:32:0:3 chr11 5809990 . G A 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.8125;QD=59.4325;RBI=0.128127;REFB=0;REVB=0.0182118;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245862;OID=.;OPOS=5809990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr11 5862532 . A C 805.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0084187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.573;QD=64.4114;RBI=0.0263425;REFB=0;REVB=0.024961;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56387e-05;OID=.;OPOS=5862532;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr11 5862653 . T C 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00261472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.404;QD=64.2853;RBI=0.00261718;REFB=0;REVB=0.000113273;RO=0;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.41895e-06;OID=.;OPOS=5862653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:45:55:0:0:45:55:0:0 chr11 5862731 . A G 1749.4 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.004;QD=60.8485;RBI=0.0764053;REFB=0;REVB=-0.0762679;RO=0;SAF=59;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.53743e-05;OID=.;OPOS=5862731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:56:59:0:0:56:59:0:0 chr11 5862780 . T C 1377.24 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6564;QD=62.6017;RBI=0.10532;REFB=0;REVB=-0.0255371;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000795102;OID=.;OPOS=5862780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:43:45:0:0:43:45:0:0 chr11 5862845 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.414;QD=63.2865;RBI=0.0167868;REFB=0;REVB=-0.0041435;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87888e-05;OID=.;OPOS=5862845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr11 5862937 . C A 594.54 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.401;QD=60.9786;RBI=0.0706317;REFB=0;REVB=0.0159976;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335168;OID=.;OPOS=5862937;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:17:21:0:0:18:21:0:0 chr11 5862984 . G C 747.11 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.914;QD=56.3855;RBI=0.0213498;REFB=0;REVB=-0.00154022;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487928;OID=.;OPOS=5862984;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:28:24:0:0:29:24:0:0 chr11 5863013 . T C 821.08 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00297692;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.525;QD=57.6196;RBI=0.0441392;REFB=0;REVB=0.0440387;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259661;OID=.;OPOS=5863013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr11 5863113 . G A 1355.95 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00945015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.71;QD=62.3426;RBI=0.010443;REFB=0;REVB=-0.00444412;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85471e-05;OID=.;OPOS=5863113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:49:37:0:0:50:37:0:0 chr11 5906048 . G A 868.2 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4858;QD=57.88;RBI=0.0479009;REFB=0;REVB=0.0412111;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466756;OID=.;OPOS=5906048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr11 5906073 . G T 755.52 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00575072;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.72;QD=54.9466;RBI=0.0161581;REFB=-0.173588;REVB=0.0151001;RO=1;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200481;STB=0.510634;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000100721;OID=.;OPOS=5906073;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:55:1:1:54:54:0.981818:23:31:0:1:23:31:0:1 chr11 5906192 . A C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00353394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.79;QD=59.4355;RBI=0.00460036;REFB=0;REVB=-0.00294526;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.65778e-06;OID=.;OPOS=5906192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr11 5906205 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000262926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.088;QD=60.9777;RBI=0.00285506;REFB=0;REVB=-0.00284293;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.32381e-05;OID=.;OPOS=5906205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr11 5989293 . G A 236.35 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00271848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3966;QD=15.7566;RBI=0.0118627;REFB=0.00411742;REVB=0.011547;RO=33;SAF=18;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15554;STB=0.588168;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00253992;OID=.;OPOS=5989293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:9:18:17:16:9:18:17:16 chr11 5989415 . C A,T 1031.31 PASS AF=0.388889,0.611111;AO=25,44;DP=69;FAO=28,44;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=20,25;FSAR=8,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141889,0.00603197;FXX=0.0136968;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.0417,225.66;QD=57.2952;RBI=0.062429,0.0448021;REFB=0,0;REVB=0.0607952,0.0443941;RO=0;SAF=19,25;SAR=6,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0387571,0.018489;OID=.,.;OPOS=5989415,5989415;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:69:72:0:0:25,44:28,44:0.388889,0.611111:6,19:19,25:0:0:8,19:20,25:0:0 chr11 6007272 . A G 698.92 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00864028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.146;QD=54.8173;RBI=0.0102568;REFB=-0.0365426;REVB=0.00552693;RO=1;SAF=18;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254311;STB=0.513508;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00181236;OID=.;OPOS=6007272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:32:18:1:0:32:18:1:0 chr11 6007613 . T G 1036.05 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0146314;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.021;QD=56.7698;RBI=0.0177239;REFB=-0.00912935;REVB=-0.0100029;RO=2;SAF=41;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00410732;STB=0.502172;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000242635;OID=.;OPOS=6007613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:30:41:1:1:30:41:1:1 chr11 6007680 . A G 770.11 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940592;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.861;QD=64.1761;RBI=0.0399157;REFB=0;REVB=0.0387917;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.31908e-06;OID=.;OPOS=6007680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr11 6007743 . A G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0239;QD=54.5145;RBI=0.0466237;REFB=0;REVB=0.020419;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113259;OID=.;OPOS=6007743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr11 6007899 . C T 140.1 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0582311;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2694;QD=19.3245;RBI=0.0609634;REFB=-0.0134938;REVB=-0.0180464;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208427;STB=0.618031;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00955231;OID=.;OPOS=6007899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:4:10:7:8:4:10 chr11 6129837 . C T 740.18 PASS AF=0.966102;AO=54;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0315494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.441;QD=50.1818;RBI=0.0640452;REFB=0.000894567;REVB=0.0557353;RO=4;SAF=27;SAR=27;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648563;STB=0.516123;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00722412;OID=.;OPOS=6129837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:59:59:4:2:54:57:0.966102:27:27:4:0:27:30:2:0 chr11 6173364 . T A 717.28 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0630731;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6064;QD=57.3821;RBI=0.0770045;REFB=0;REVB=-0.0441755;RO=1;SAF=28;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165122;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000830619;OID=.;OPOS=6173364;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:1:0:49:50:1:21:28:1:0:21:29:0:0 chr11 6220606 . G A 167.07 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0115642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.143;QD=8.25018;RBI=0.02973;REFB=-0.0065598;REVB=-0.0273887;RO=56;SAF=8;SAR=15;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245661;STB=0.63506;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0158736;OID=.;OPOS=6220606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:56:58:23:23:0.283951:15:8:31:25:15:8:31:27 chr11 6221169 . A G 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.332;QD=59.8329;RBI=0.037708;REFB=0;REVB=-0.00866554;RO=0;SAF=60;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48977e-05;OID=.;OPOS=6221169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:42:60:0:0:42:60:0:0 chr11 6221214 . T A 439.46 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0160035;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2425;QD=15.8364;RBI=0.0598658;REFB=-0.0147645;REVB=0.0576871;RO=61;SAF=23;SAR=26;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00599046;STB=0.508109;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.018762;OID=.;OPOS=6221214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:61:62:49:49:0.441441:26:23:29:32:26:23:30:32 chr11 6221455 . G A 247.69 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0698487;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.764;QD=13.3884;RBI=0.0699603;REFB=-0.0184984;REVB=-0.00394983;RO=44;SAF=12;SAR=17;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439093;STB=0.519071;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0305942;OID=.;OPOS=6221455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:44:45:29:29:0.391892:17:12:20:24:17:12:20:25 chr11 6231731 . C T 215.44 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0062417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.901;QD=13.0566;RBI=0.00624974;REFB=-0.0221703;REVB=-0.000317043;RO=40;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105939;STB=0.56056;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.031051;OID=.;OPOS=6231731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:13:13:16:24:13:13:16:24 chr11 6238960 . C A 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0115512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.2345;QD=36.3478;RBI=0.0511659;REFB=0.0729057;REVB=0.049845;RO=1;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177567;STB=0.599799;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00565267;OID=.;OPOS=6238960;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:2:9:0:1:2:9:0:1 chr11 6239866 . TG T 303.76 PASS AF=0.412556;AO=88;DP=219;FAO=92;FDP=223;FR=.;FRO=131;FSAF=32;FSAR=60;FSRF=98;FSRR=33;FWDB=0.148522;FXX=0.0132737;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.9729;QD=5.44852;RBI=0.16753;REFB=-0.0519093;REVB=-0.0775093;RO=114;SAF=30;SAR=58;SRF=88;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41796;STB=0.723786;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0579513;OID=.;OPOS=6239867;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.412556:88:219:92:223:131:32:60:98:33:99:114:30:58:88:26 chr11 6243804 . A G 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0476366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.466;QD=58.7803;RBI=0.0476419;REFB=0;REVB=-0.000706647;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.94994e-05;OID=.;OPOS=6243804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr11 6291537 . G A 91.51 PASS AF=0.211268;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=71;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.0484034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2629;QD=5.15524;RBI=0.0591984;REFB=-0.0021739;REVB=0.0340817;RO=56;SAF=10;SAR=5;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371567;STB=0.731856;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0114368;OID=.;OPOS=6291537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:71:71:56:56:15:15:0.211268:5:10:20:36:5:10:20:36 chr11 6340525 . A T 417.81 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.677;QD=55.7078;RBI=0.0496618;REFB=0;REVB=0.0229737;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123114;OID=.;OPOS=6340525;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:21:8:0:0:21:9:0:0 chr11 6340706 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3163;QD=57.0005;RBI=0.0283002;REFB=0;REVB=0.0254905;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8148e-05;OID=.;OPOS=6340706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr11 6411935 . T C 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.047982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1965;QD=55.5194;RBI=0.0547793;REFB=0.00428948;REVB=0.0264291;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000763576;OID=.;OPOS=6411935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:12:21:0:0:12:21:1:0 chr11 6422859 . C T 105.07 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.0362681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5299;QD=6.46602;RBI=0.0388926;REFB=0.000907998;REVB=-0.014045;RO=49;SAF=4;SAR=12;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472534;STB=0.787983;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00210477;OID=.;OPOS=6422859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:49:49:16:16:0.246154:12:4:32:17:12:4:32:17 chr11 6478962 . G A 207.67 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0141682;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.201;QD=13.1854;RBI=0.0402161;REFB=-0.0116326;REVB=0.0376377;RO=38;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357629;STB=0.520496;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0233389;OID=.;OPOS=6478962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:38:38:25:25:0.396825:14:11:18:20:14:11:18:20 chr11 6530200 . G T 338.73 PASS AF=0.297297;AO=44;DP=148;FAO=44;FDP=148;FR=.;FRO=104;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=60;FWDB=0.015632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8473;QD=9.15482;RBI=0.060398;REFB=-0.0152576;REVB=-0.0583401;RO=104;SAF=17;SAR=27;SRF=44;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458139;STB=0.526859;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0386448;OID=.;OPOS=6530200;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:104:104:44:44:0.297297:27:17:44:60:27:17:44:60 chr11 6549779 . A C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.514;QD=57.7121;RBI=0.0125994;REFB=0;REVB=0.0122117;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14225e-05;OID=.;OPOS=6549779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr11 6549995 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.289;QD=60.2302;RBI=0.0410236;REFB=0;REVB=-0.00253763;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000306985;OID=.;OPOS=6549995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr11 6550004 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.683;QD=59.0173;RBI=0.0119505;REFB=0;REVB=-0.00649804;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61677e-05;OID=.;OPOS=6550004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr11 6550309 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00479937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.744;QD=57.1056;RBI=0.0126646;REFB=0;REVB=0.01172;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03799e-06;OID=.;OPOS=6550309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr11 6555365 . A G 428.94 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0804483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2242;QD=57.1917;RBI=0.0864887;REFB=0;REVB=0.0317547;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142609;OID=.;OPOS=6555365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr11 6566241 . C T 441.86 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0442991;FXX=0.0090082;HRUN=5;LEN=1;MLLD=177.643;QD=16.0675;RBI=0.0445515;REFB=-0.0111285;REVB=-0.00473593;RO=59;SAF=25;SAR=24;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348459;STB=0.51928;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0128905;OID=.;OPOS=6566241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:59:61:49:49:0.445455:24:25:28:31:24:25:29:32 chr11 6567894 . GC CA,GCTGCCCTACTGCA 395.84 PASS AF=0.0833333,0.666667;AO=4,31;DP=49;FAO=4,32;FDP=48;FR=.;FRO=12;FSAF=4,23;FSAR=0,9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0102844,-0.0238226;FXX=0.058812;HRUN=2,1;LEN=2,12;MLLD=128.375,297.969;QD=32.987;RBI=0.0187632,0.0297503;REFB=0.00750406,0.00372066;REVB=-0.0156936,-0.0178202;RO=13;SAF=4,22;SAR=0,9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.650925,0.06019;STB=0.99657,0.543891;STBP=0.081,0.369;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0375499,-0.00522302;OID=.,.;OPOS=6567894,6567896;OREF=GC,-;OALT=CA,TGCCCTACTGCA;OMAPALT=CA,GCTGCCCTACTGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:96:49:48:13:12:4,31:4,32:0.0833333,0.666667:0,9:4,22:8:5:0,9:4,23:7:5 chr11 6567895 . C CTGCCCTACTGCA 50.0 PASS AO=35;DP=65;LEN=12;RO=30;SAF=23;SAR=11;SRF=16;SRR=15;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=6567896;OREF=-;OALT=TGCCCTACTGCA;OMAPALT=CTGCCCTACTGCA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:65:30:35:11:23:16:15 chr11 6568377 . CA C 154.08 PASS AF=0.52381;AO=23;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.122581;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=23.4739;QD=14.6745;RBI=0.123659;REFB=0.00205049;REVB=-0.0162914;RO=19;SAF=7;SAR=16;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234572;STB=0.616329;STBP=0.152;TYPE=del;VARB=0.00304426;OID=.;OPOS=6568378;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381:23:42:22:42:20:7:15:11:9:99:19:7:16:11:8 chr11 6585007 . G A 710.02 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.055953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7673;QD=54.6167;RBI=0.057315;REFB=-0.0991041;REVB=-0.0124204;RO=0;SAF=14;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517235;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00206668;OID=.;OPOS=6585007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:37:14:0:0:37:14:1:0 chr11 6622714 . G A 1525.97 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033559;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.763;QD=59.8419;RBI=0.0463253;REFB=0;REVB=0.0319348;RO=0;SAF=42;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167731;OID=.;OPOS=6622714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:60:42:0:0:60:42:0:0 chr11 6626049 . G A 142.6 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0256766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8738;QD=8.26642;RBI=0.042342;REFB=-3.46291e-05;REVB=-0.0336684;RO=48;SAF=9;SAR=11;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346534;STB=0.528356;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.00161795;OID=.;OPOS=6626049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:49:20:20:0.289855:11:9:23:25:11:9:24:25 chr11 6626072 . C A 162.09 PASS AF=0.305556;AO=21;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00254718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.66;QD=9.00476;RBI=0.0200742;REFB=-0.000939949;REVB=-0.0199119;RO=50;SAF=11;SAR=10;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051735;STB=0.513876;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00295778;OID=.;OPOS=6626072;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:50:21:22:0.305556:10:11:24:26:11:11:24:26 chr11 6629665 . C T 465.11 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=-0.0183853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9413;QD=19.5834;RBI=0.0567574;REFB=0.00715014;REVB=-0.0536972;RO=45;SAF=28;SAR=18;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985948;STB=0.547039;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.00618511;OID=.;OPOS=6629665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:49:46:46:0.484211:18:28:32:13:18:28:34:15 chr11 6630028 . TC T 1246.94 PASS AF=1;AO=111;DP=127;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155978;FXX=0.0157468;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.3327;QD=39.902;RBI=0.159239;REFB=0;REVB=0.0320618;RO=9;SAF=60;SAR=51;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.650794;SSSB=-0.0340126;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00337348;OID=.;OPOS=6630029;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:111:127:125:125:0:70:55:0:0:24:9:60:51:7:2 chr11 6630833 . G A 732.45 PASS AF=0.45614;AO=77;DP=170;FAO=78;FDP=171;FR=.;FRO=93;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=61;FSRR=32;FWDB=-0.014638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.408;QD=17.1334;RBI=0.0146494;REFB=-0.00412798;REVB=-0.000578795;RO=93;SAF=26;SAR=51;SRF=61;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3113;STB=0.674374;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00560655;OID=.;OPOS=6630833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:93:93:77:78:0.45614:51:26:61:32:52:26:61:32 chr11 6634149 . C T 1660.31 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.283;QD=60.3749;RBI=0.0239621;REFB=0;REVB=0.0213021;RO=0;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35731e-05;OID=.;OPOS=6634149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:55:54:0:0:56:54:0:0 chr11 6634189 . G A 394.25 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0104374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.05;QD=14.8773;RBI=0.0105141;REFB=-0.00732986;REVB=-0.00126816;RO=59;SAF=19;SAR=26;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878708;STB=0.559231;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00451489;OID=.;OPOS=6634189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:61:45:45:0.424528:26:19:30:29:26:19:32:29 chr11 6636106 . T A 315.65 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0450511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9772;QD=15.7825;RBI=0.054287;REFB=-0.0248365;REVB=-0.0302898;RO=45;SAF=20;SAR=15;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104917;STB=0.559106;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0246932;OID=.;OPOS=6636106;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:15:20:21:24:15:20:21:24 chr11 6636523 . TG T 231.8 PASS AF=0.362069;AO=62;DP=175;FAO=63;FDP=174;FR=.;FRO=111;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=61;FSRR=50;FWDB=0.123687;FXX=0.011363;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.8694;QD=5.3288;RBI=0.133251;REFB=0.0166704;REVB=-0.049572;RO=99;SAF=20;SAR=42;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248789;STB=0.629561;STBP=0.013;TYPE=del;VARB=-0.031018;OID=.;OPOS=6636524;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.362069:62:175:63:174:111:22:41:61:50:99:99:20:42:54:45 chr11 6638506 . A T 293.12 PASS AF=0.362745;AO=35;DP=104;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.00224094;FXX=0.0285687;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.246;QD=11.4951;RBI=0.00371478;REFB=-0.00657089;REVB=0.00296274;RO=57;SAF=16;SAR=19;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150278;STB=0.615002;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0140193;OID=.;OPOS=6638506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:57:65:35:37:0.362745:19:16:34:23:21:16:40:25 chr11 6645536 . G A 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00516379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.284;QD=16.0339;RBI=0.0617443;REFB=-0.015515;REVB=0.061528;RO=28;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220443;STB=0.512646;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0178951;OID=.;OPOS=6645536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:9:11:16:12:9:11:16:12 chr11 6648414 . A G 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0263787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.721;QD=26.3157;RBI=0.0584137;REFB=-0.0281224;REVB=-0.0521183;RO=14;SAF=14;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245669;STB=0.63624;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.023194;OID=.;OPOS=6648414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:8:14:4:10:8:14:4:10 chr11 6648424 . G A 253.7 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0278761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.444;QD=28.1889;RBI=0.0309651;REFB=-0.0282547;REVB=0.0134817;RO=13;SAF=13;SAR=10;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215946;STB=0.618947;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0125855;OID=.;OPOS=6648424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:10:13:3:10:10:13:3:10 chr11 6648573 . T C 148.11 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0165569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.875;QD=17.9527;RBI=0.0244847;REFB=0.0129436;REVB=-0.0180381;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23871;STB=0.635525;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.0345972;OID=.;OPOS=6648573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:7:9:5:12:7:9:5:12 chr11 6652618 . C T 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0304984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.944;QD=14.8339;RBI=0.037646;REFB=-0.00423275;REVB=0.0220696;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460055;STB=0.526292;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00609167;OID=.;OPOS=6652618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:10:12:15:15:10:12:15:15 chr11 6655433 . G A 533.04 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00524266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.656;QD=23.1754;RBI=0.0107109;REFB=-0.0203062;REVB=0.00934017;RO=42;SAF=26;SAR=24;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095476;STB=0.552451;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0149852;OID=.;OPOS=6655433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:42:50:50:0.543478:24:26:17:25:24:26:17:25 chr11 6661810 . C G 119.66 PASS AF=0.4;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.086867;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1483;QD=13.6753;RBI=0.107295;REFB=-0.0112546;REVB=0.0629782;RO=22;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198983;STB=0.602361;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0264928;OID=.;OPOS=6661810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:22:21:14:14:0.4:5:9:10:12:5:9:10:11 chr11 6735869 . A G 276.42 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0243269;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3332;QD=15.3564;RBI=0.0315437;REFB=-0.00686325;REVB=-0.0200801;RO=41;SAF=17;SAR=14;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011973;STB=0.506771;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00852932;OID=.;OPOS=6735869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:41:41:31:31:0.430556:14:17:22:19:14:17:22:19 chr11 6736745 . G A 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0186033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9513;QD=17.6895;RBI=0.0448128;REFB=-0.0157257;REVB=-0.0407689;RO=24;SAF=18;SAR=3;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397721;STB=0.717704;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0201382;OID=.;OPOS=6736745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:26:21:21:0.446809:3:18:13:11:3:18:15:11 chr11 6737138 . T C 298.8 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00793919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.702;QD=18.6751;RBI=0.0112822;REFB=-0.0140998;REVB=-0.0080161;RO=32;SAF=13;SAR=19;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195005;STB=0.60867;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0163279;OID=.;OPOS=6737138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:19:13:20:12:19:13:20:12 chr11 6737258 . C T 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0426732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1834;QD=17.4543;RBI=0.0454177;REFB=0.00411292;REVB=-0.0155488;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963337;STB=0.55405;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00476144;OID=.;OPOS=6737258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:13:14:12:17:13:14:12:17 chr11 6737893 . C T 166.07 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00296666;FXX=0.0789266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.214;QD=18.9792;RBI=0.00793284;REFB=-0.0101727;REVB=0.00735723;RO=21;SAF=12;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294822;STB=0.58636;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00801741;OID=.;OPOS=6737893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:21:18:16:17:0.485714:4:12:10:11:5:12:10:8 chr11 6737927 . G A 367.82 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00312737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.565;QD=21.9591;RBI=0.0506271;REFB=-0.00406927;REVB=-0.0505305;RO=30;SAF=29;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221503;STB=0.623264;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0015871;OID=.;OPOS=6737927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:8:29:17:13:8:29:17:13 chr11 6737979 . T C 373.52 PASS AF=0.417476;AO=42;DP=101;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=16;FWDB=-0.0479716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2625;QD=14.5055;RBI=0.0480396;REFB=-0.0454355;REVB=-0.002556;RO=59;SAF=28;SAR=14;SRF=43;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746892;STB=0.554391;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0417954;OID=.;OPOS=6737979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:59:60:42:43:0.417476:14:28:43:16:15:28:44:16 chr11 6738291 . C T 274.06 PASS AF=0.413333;AO=32;DP=78;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.019687;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8973;QD=14.6164;RBI=0.0526037;REFB=-0.0189011;REVB=-0.0487809;RO=42;SAF=9;SAR=23;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243507;STB=0.50364;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0232897;OID=.;OPOS=6738291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:75:42:44:32:31:0.413333:23:9:11:31:22:9:13:31 chr11 6738728 . T C 304.88 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0305141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2622;QD=26.511;RBI=0.0586624;REFB=-0.00360761;REVB=-0.0501016;RO=18;SAF=14;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268812;STB=0.503223;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00155276;OID=.;OPOS=6738728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:19:27:27:0.586957:13:14:10:8:13:14:10:9 chr11 6738952 . G T 245.28 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0221087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.17;QD=13.2585;RBI=0.0232407;REFB=0.000968961;REVB=0.00716496;RO=45;SAF=12;SAR=17;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196467;STB=0.612112;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00138903;OID=.;OPOS=6738952;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:17:12:27:18:17:12:27:18 chr11 6739109 . G A 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00936507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5181;QD=13.3416;RBI=0.0690288;REFB=0.0156707;REVB=-0.0683906;RO=32;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616319;STB=0.535546;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.0343491;OID=.;OPOS=6739109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:8:13:18:14:8:13:18:14 chr11 6739407 . A G 218.8 PASS AF=0.36;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.019074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4007;QD=11.6695;RBI=0.0191154;REFB=-0.00756582;REVB=-0.00125704;RO=46;SAF=19;SAR=8;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383583;STB=0.730604;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0150631;OID=.;OPOS=6739407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:46:48:27:27:0.36:8:19:16:30:8:19:16:32 chr11 6739551 . T C 178.22 PASS AF=0.395833;AO=18;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00701687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.371;QD=14.8513;RBI=0.0295144;REFB=-0.00398273;REVB=0.0286682;RO=29;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173515;STB=0.611854;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00751922;OID=.;OPOS=6739551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:18:19:0.395833:11:7:16:13:12:7:16:13 chr11 6739809 . C T 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.061452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7045;QD=12.2127;RBI=0.0906759;REFB=0.0208081;REVB=-0.0666766;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352611;STB=0.705592;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0383114;OID=.;OPOS=6739809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:8:5:16:6:8:5:16:6 chr11 6739814 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0782305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.026;QD=59.4355;RBI=0.0812076;REFB=0;REVB=0.0217869;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.89552e-05;OID=.;OPOS=6739814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr11 6739822 . T C 273.23 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0247068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6926;QD=31.2264;RBI=0.0454157;REFB=0.0132199;REVB=-0.0381072;RO=11;SAF=17;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214155;STB=0.618079;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00656198;OID=.;OPOS=6739822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:11:11:24:24:0.685714:7:17:4:7:7:17:4:7 chr11 6739841 . G A 92.57 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0184248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2498;QD=9.25741;RBI=0.0194936;REFB=-0.0125189;REVB=-0.00636623;RO=27;SAF=5;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198834;STB=0.630935;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0291064;OID=.;OPOS=6739841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:27:28:12:12:0.3:7:5:16:11:7:5:17:11 chr11 6740136 . G A 210.57 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00202114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7553;QD=14.0381;RBI=0.0174805;REFB=-0.00493194;REVB=0.0173632;RO=35;SAF=13;SAR=12;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112036;STB=0.563708;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00457461;OID=.;OPOS=6740136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:12:13:22:13:12:13:22:13 chr11 6740206 . C T 336.15 PASS AF=0.604167;AO=28;DP=47;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.00380889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.349;QD=28.0122;RBI=0.0224976;REFB=-0.0183932;REVB=-0.0221728;RO=19;SAF=19;SAR=9;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14612;STB=0.574421;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0189334;OID=.;OPOS=6740206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:19:19:28:29:0.604167:9:19:16:3:9:20:16:3 chr11 6740285 . G A 218.74 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0114963;FXX=0.0344768;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.934;QD=15.6242;RBI=0.0172689;REFB=-0.00972109;REVB=0.012886;RO=31;SAF=10;SAR=15;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20662;STB=0.616928;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00792699;OID=.;OPOS=6740285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:31:31:25:25:0.446429:15:10:19:12:15:10:19:12 chr11 6740308 . C T 338.01 PASS AF=0.538462;AO=34;DP=64;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00128728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.794;QD=20.8007;RBI=0.0080128;REFB=-0.021825;REVB=0.00790872;RO=30;SAF=21;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130314;STB=0.562464;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0180581;OID=.;OPOS=6740308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:30:34:35:0.538462:13:21:14:16:14:21:14:16 chr11 6740462 . G C 142.01 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0328988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.046;QD=13.8544;RBI=0.032899;REFB=-0.00408434;REVB=9.36511e-05;RO=25;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139619;STB=0.581981;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00558269;OID=.;OPOS=6740462;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:12:4:9:16:12:4:9:16 chr11 6790106 . T C 2007.86 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0954;QD=62.2591;RBI=0.0403308;REFB=0;REVB=-0.00999667;RO=0;SAF=58;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1079e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126263;OID=.;OPOS=6790106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:71:58:0:0:71:58:0:0 chr11 6807243 . G A 89.08 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.0152948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.546;QD=14.8466;RBI=0.0159673;REFB=-0.01999;REVB=0.00458499;RO=13;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377183;STB=0.696736;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0134459;OID=.;OPOS=6807243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:24:13:13:10:11:0.458333:9:1:0:13:10:1:0:13 chr11 6816778 . A G 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00415125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.812;QD=24.8186;RBI=0.0144909;REFB=-0.0119645;REVB=0.0138836;RO=18;SAF=13;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117313;STB=0.565163;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00823689;OID=.;OPOS=6816778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:11:13:7:11:11:13:7:11 chr11 6816875 . G A 291.09 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00672072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.642;QD=16.8746;RBI=0.0100042;REFB=-0.0204966;REVB=-0.00741055;RO=37;SAF=14;SAR=18;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985494;STB=0.555319;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0332764;OID=.;OPOS=6816875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:18:14:20:17:18:14:20:17 chr11 6867894 . T C 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0162282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.729;QD=25.3616;RBI=0.0306255;REFB=-0.0154817;REVB=0.0259724;RO=8;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636683;STB=0.535666;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00989907;OID=.;OPOS=6867894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:9:6:4:4:9:6:4:4 chr11 6891113 . A G 830.99 PASS AF=0.47486;AO=84;DP=183;FAO=85;FDP=179;FR=.;FRO=94;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=0.0407781;FXX=0.0271724;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2275;QD=18.5695;RBI=0.0486151;REFB=-0.0190268;REVB=0.0264683;RO=87;SAF=45;SAR=39;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489424;STB=0.510501;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0218234;OID=.;OPOS=6891113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:179:87:94:84:85:0.47486:39:45:42:45:39:46:49:45 chr11 6891528 . C G 202.67 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.035422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2872;QD=12.0997;RBI=0.0377307;REFB=-0.0175004;REVB=0.0129957;RO=40;SAF=8;SAR=17;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227339;STB=0.632645;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0121536;OID=.;OPOS=6891528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:40:42:25:25:0.373134:17:8:21:19:17:8:22:20 chr11 6891605 . A G 246.95 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00439787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7348;QD=13.7194;RBI=0.0287644;REFB=-0.0294359;REVB=0.0284262;RO=43;SAF=12;SAR=17;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300944;STB=0.517162;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0435825;OID=.;OPOS=6891605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:17:12:19:24:17:12:19:24 chr11 6891704 . T C 245.3 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0117247;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4313;QD=15.3312;RBI=0.0134537;REFB=-0.0119103;REVB=-0.00659801;RO=36;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145132;STB=0.581982;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0193986;OID=.;OPOS=6891704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:36:36:28:28:0.4375:13:15:14:22:13:15:14:22 chr11 6891758 . A C 311.76 PASS AF=0.6;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0126583;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.4;QD=24.9406;RBI=0.0149684;REFB=-0.0132342;REVB=0.00798872;RO=20;SAF=11;SAR=19;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638011;STB=0.535187;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0153581;OID=.;OPOS=6891758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:20:20:30:30:0.6:19:11:9:11:19:11:9:11 chr11 6898663 . G A 279.04 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00588902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.972;QD=27.2236;RBI=0.0175535;REFB=-0.0214315;REVB=-0.0165362;RO=16;SAF=17;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00609576;STB=0.503368;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00510245;OID=.;OPOS=6898663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:8:17:11:5:8:17:11:5 chr11 6898758 . A C 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.01681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8118;QD=12.4551;RBI=0.0174312;REFB=-0.0205666;REVB=0.00461175;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217268;STB=0.615277;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0288927;OID=.;OPOS=6898758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:34:21:21:0.381818:12:9:21:12:12:9:21:13 chr11 6913127 . A G 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0210489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.818;QD=11.0924;RBI=0.026023;REFB=-0.0234178;REVB=0.0153018;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621951;STB=0.538311;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0307129;OID=.;OPOS=6913127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:2:4:3:2:2:4 chr11 6913244 . A G 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.804;QD=63.2824;RBI=0.0506244;REFB=0;REVB=-0.0143687;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155687;OID=.;OPOS=6913244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr11 6913290 . A G 154.63 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0445026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.284;QD=14.7265;RBI=0.0450695;REFB=-0.0116528;REVB=0.00712591;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192031;STB=0.610982;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0328959;OID=.;OPOS=6913290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:7:10:10:15:7:10:10:15 chr11 6942476 . C A 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0247795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7985;QD=14.7418;RBI=0.0315996;REFB=-0.0124999;REVB=-0.0196089;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283057;STB=0.664523;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0192466;OID=.;OPOS=6942476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:12:5:14:11:12:5:14:11 chr11 6942628 . A C 348.03 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00373803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.54;QD=14.8099;RBI=0.0112046;REFB=-0.00906012;REVB=-0.0105627;RO=55;SAF=24;SAR=14;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168962;STB=0.601313;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.013053;OID=.;OPOS=6942628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:56:38:38:0.404255:14:24:26:29:14:24:26:30 chr11 6942726 . G C 375.94 PASS AF=0.5;AO=38;DP=77;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.107049;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2451;QD=19.2792;RBI=0.115256;REFB=-0.0227843;REVB=0.0427143;RO=39;SAF=13;SAR=25;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251462;STB=0.643404;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0131443;OID=.;OPOS=6942726;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:39:39:38:39:0.5:25:13:24:15:26:13:24:15 chr11 6942952 . T C 419.14 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0112291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.428;QD=15.6686;RBI=0.0120626;REFB=-0.00847769;REVB=-0.00440625;RO=60;SAF=22;SAR=25;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081844;STB=0.545832;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0112656;OID=.;OPOS=6942952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:60:47:47:0.439252:25:22:33:27:25:22:33:27 chr11 6943254 . C T 212.65 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0674725;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.749;QD=19.3315;RBI=0.0734965;REFB=-0.0156623;REVB=-0.029141;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196547;STB=0.521719;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0173718;OID=.;OPOS=6943254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:21:21:0.477273:11:10:10:12:11:10:10:13 chr11 6953858 . A G 80.15 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8941;QD=16.8728;RBI=0.0127653;REFB=-0.0379349;REVB=0.0127653;RO=9;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0339367;OID=.;OPOS=6953858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:10:0:0:9:10:0:0:9 chr11 6976988 . A T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0045093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.352;QD=57.6807;RBI=0.0788394;REFB=0;REVB=-0.0787103;RO=0;SAF=27;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100673;OID=.;OPOS=6976988;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:4:27:0:0:4:27:0:0 chr11 7022038 . A G 507.72 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0212873;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.0047;QD=19.3417;RBI=0.0213785;REFB=0.00841111;REVB=0.00197281;RO=52;SAF=38;SAR=15;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213789;STB=0.618698;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00838198;OID=.;OPOS=7022038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:52:53:53:0.504762:15:38:26:26:15:38:26:26 chr11 7022159 . CA CG,TG 1227.73 PASS AF=0.674699,0.325301;AO=50,27;DP=83;FAO=56,27;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=28,16;FSAR=28,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942431,-0.0167791;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=119.223,179.156;QD=59.1677;RBI=0.0326394,0.0280373;REFB=0,0;REVB=0.0312492,0.0224623;RO=0;SAF=28,16;SAR=22,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.15703e-08,-3.5146e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00881033,0.0034872;OID=.,.;OPOS=7022160,7022159;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:83:83:0:0:50,27:56,27:0.674699,0.325301:22,11:28,16:0:0:28,11:28,16:0:0 chr11 7022531 . A T 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.604;QD=60.8825;RBI=0.0232853;REFB=0;REVB=0.0133967;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00319e-05;OID=.;OPOS=7022531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:35:42:0:0:35:42:0:0 chr11 7022717 . T C 860.4 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000826316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.785;QD=57.3601;RBI=0.0190906;REFB=0;REVB=0.0190727;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01649e-05;OID=.;OPOS=7022717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:39:20:0:0:39:21:0:0 chr11 7059960 . A C 940.77 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268001;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.963;QD=58.7979;RBI=0.0284219;REFB=0;REVB=-0.0094635;RO=0;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29728e-05;OID=.;OPOS=7059960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:43:21:0:0:43:21:0:0 chr11 7063755 . C T 2154.97 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.055;QD=62.463;RBI=0.0264956;REFB=0;REVB=-0.00350307;RO=0;SAF=71;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71318e-05;OID=.;OPOS=7063755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:136:138:1:65:71:0:0:66:72:0:0 chr11 7071031 . G A 1196.79 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3591;QD=60.597;RBI=0.0622445;REFB=0;REVB=-0.015826;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583581;OID=.;OPOS=7071031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:38:39:0:0:38:41:0:0 chr11 7079038 . G A 2706.77 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548749;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.23;QD=61.8691;RBI=0.0565024;REFB=0;REVB=-0.0134636;RO=0;SAF=76;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256423;OID=.;OPOS=7079038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:172:175:0:0:172:175:1:96:76:0:0:96:79:0:0 chr11 7110363 . G A 676.85 PASS AF=0.51938;AO=66;DP=128;FAO=67;FDP=129;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0154457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.896;QD=20.9876;RBI=0.0156634;REFB=-0.00706084;REVB=-0.00260256;RO=62;SAF=35;SAR=31;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125119;STB=0.51022;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00670163;OID=.;OPOS=7110363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:62:62:66:67:0.51938:31:35:32:30:31:36:32:30 chr11 7273437 . C T 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00842278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.6;QD=23.0936;RBI=0.0248462;REFB=-0.0436987;REVB=-0.023375;RO=12;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857078;STB=0.547891;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0313788;OID=.;OPOS=7273437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:6:11:9:3:6:11:9:3 chr11 7324475 . T C 886.82 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0837085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.963;QD=58.1523;RBI=0.0840448;REFB=0;REVB=0.00751011;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135369;OID=.;OPOS=7324475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:26:32:0:0:26:35:0:0 chr11 7439264 . C T 383.91 PASS AF=0.401786;AO=45;DP=112;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.017043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2056;QD=13.711;RBI=0.0173161;REFB=0.0149884;REVB=-0.00306288;RO=66;SAF=26;SAR=19;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825926;STB=0.542517;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.0242598;OID=.;OPOS=7439264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:67:45:45:0.401786:19:26:33:33:19:26:34:33 chr11 7441737 . T C 669.73 PASS AF=0.461538;AO=72;DP=156;FAO=72;FDP=156;FR=.;FRO=84;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=52;FWDB=-0.0182173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2899;QD=17.1725;RBI=0.0216994;REFB=-0.007685;REVB=-0.0117895;RO=83;SAF=47;SAR=25;SRF=31;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270139;STB=0.646902;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0099203;OID=.;OPOS=7441737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:83:84:72:72:0.461538:25:47:31:52:25:47:32:52 chr11 7488666 . C G 369.47 PASS AF=0.389381;AO=44;DP=111;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0027051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.045;QD=13.0785;RBI=0.0269337;REFB=-0.00886072;REVB=-0.0267975;RO=67;SAF=24;SAR=20;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103862;STB=0.567277;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0134507;OID=.;OPOS=7488666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:67:69:44:44:0.389381:20:24:30:37:20:24:30:39 chr11 7509566 . A T 141.95 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0915807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.749;QD=13.8487;RBI=0.0922035;REFB=-0.0141195;REVB=0.0106982;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219177;STB=0.523336;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0236886;OID=.;OPOS=7509566;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:9:7:10:14:9:7:10:15 chr11 7619518 . T C 2431.97 PASS AF=0.987654;AO=159;DP=162;FAO=160;FDP=162;FR=.;FRO=2;FSAF=91;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00795619;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.491;QD=60.0487;RBI=0.0565869;REFB=-0.0462125;REVB=0.0560248;RO=1;SAF=90;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684566;STB=0.507142;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=5.71899e-05;OID=.;OPOS=7619518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:162:162:1:2:159:160:0.987654:69:90:0:1:69:91:0:2 chr11 7619549 . G A 517.91 PASS AF=0.444444;AO=56;DP=126;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.0549889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.702;QD=16.4416;RBI=0.0551222;REFB=-0.00846256;REVB=-0.0038311;RO=70;SAF=35;SAR=21;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411699;STB=0.523004;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0130942;OID=.;OPOS=7619549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:70:70:56:56:0.444444:21:35:41:29:21:35:41:29 chr11 7649530 . C T 401.57 PASS AF=0.293478;AO=54;DP=185;FAO=54;FDP=184;FR=.;FRO=130;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=64;FSRR=66;FWDB=0.000418622;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1161;QD=8.72985;RBI=0.0280186;REFB=-0.00340056;REVB=-0.0280155;RO=127;SAF=22;SAR=32;SRF=62;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982898;STB=0.560695;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00675809;OID=.;OPOS=7649530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:127:130:54:54:0.293478:32:22:62:65:32:22:64:66 chr11 7662732 . C T 206.65 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.568;QD=14.2514;RBI=0.0307075;REFB=-0.00632961;REVB=-0.0283498;RO=33;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116676;STB=0.56638;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00465622;OID=.;OPOS=7662732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:10:15:16:17:10:15:16:17 chr11 7670440 . A G 1539.56 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.916;QD=58.6499;RBI=0.0263238;REFB=-0.026356;REVB=0.0104378;RO=1;SAF=63;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747285;STB=0.503875;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000505008;OID=.;OPOS=7670440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:105:1:1:103:104:0.990476:40:63:1:0:40:64:1:0 chr11 7673015 . G A 582.99 PASS AF=0.476923;AO=56;DP=124;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.00512078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.159;QD=17.938;RBI=0.00949092;REFB=-0.0208195;REVB=0.00799094;RO=66;SAF=30;SAR=26;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00952046;STB=0.505515;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0250773;OID=.;OPOS=7673015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:130:66:68:56:62:0.476923:26:30:36:30:28:34:38:30 chr11 7686602 . G GTGTT 226.35 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=67;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00344995;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=4;MLLD=296.8;QD=13.718;RBI=0.0479512;REFB=-0.00443147;REVB=-0.0478269;RO=39;SAF=22;SAR=4;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472357;STB=0.777845;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.00632047;OID=.;OPOS=7686603;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=GTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:26:67:27:66:39:23:4:18:21:99:39:22:4:18:21 chr11 7686674 . T C 512.61 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0259325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4818;QD=20.3013;RBI=0.0267549;REFB=-0.0119459;REVB=-0.00658272;RO=49;SAF=30;SAR=22;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130578;STB=0.572055;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0171273;OID=.;OPOS=7686674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:49:52:52:0.514851:22:30:21:28:22:30:21:28 chr11 7687146 . G A 271.68 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00683207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.965;QD=20.8985;RBI=0.0120288;REFB=-0.000438991;REVB=-0.0099003;RO=24;SAF=10;SAR=18;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216675;STB=0.51204;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.000432957;OID=.;OPOS=7687146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:18:10:8:16:18:10:8:16 chr11 7687715 . T C 541.0 PASS AF=0.43609;AO=58;DP=135;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0225332;FXX=0.0148137;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.007;QD=16.2708;RBI=0.0228837;REFB=-0.0171927;REVB=0.00398951;RO=75;SAF=33;SAR=25;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633896;STB=0.53545;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0271429;OID=.;OPOS=7687715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:133:75:75:58:58:0.43609:25:33:38:37:25:33:38:37 chr11 7710877 . C T 301.01 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0192609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.018;QD=14.1653;RBI=0.0217915;REFB=-0.00533327;REVB=-0.0101924;RO=51;SAF=16;SAR=18;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123693;STB=0.570207;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00828046;OID=.;OPOS=7710877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:18:16:30:21:18:16:30:21 chr11 7711207 . T C 287.38 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0128478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.646;QD=16.1902;RBI=0.0128506;REFB=-0.0152928;REVB=0.000269671;RO=38;SAF=15;SAR=17;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131274;STB=0.580003;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0175393;OID=.;OPOS=7711207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:39:32:32:0.450704:17:15:23:15:17:15:24:15 chr11 7712471 . C T 416.69 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00775885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.851;QD=19.6088;RBI=0.00775885;REFB=-0.00499754;REVB=4.0304e-06;RO=43;SAF=16;SAR=26;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204188;STB=0.613429;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00537332;OID=.;OPOS=7712471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:26:16:26:17:26:16:26:17 chr11 7712523 . G A 344.73 PASS AF=0.445783;AO=36;DP=84;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0120479;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.384;QD=16.6135;RBI=0.0122327;REFB=-0.00762634;REVB=0.00211849;RO=45;SAF=20;SAR=16;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152805;STB=0.585178;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00771208;OID=.;OPOS=7712523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:45:46:36:37:0.445783:16:20:18:27:16:21:19:27 chr11 7712561 . T A 303.68 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.018133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5058;QD=14.8138;RBI=0.0182102;REFB=-0.0182284;REVB=-0.00167442;RO=48;SAF=14;SAR=20;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922502;STB=0.552295;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0490401;OID=.;OPOS=7712561;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:20:14:24:24:20:14:24:24 chr11 7716855 . T A 2334.84 PASS AF=0.987261;AO=155;DP=157;FAO=155;FDP=157;FR=.;FRO=2;FSAF=111;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0174684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1015;QD=59.4863;RBI=0.0544229;REFB=-0.0279759;REVB=-0.0515433;RO=1;SAF=111;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00426704;STB=0.504464;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00115648;OID=.;OPOS=7716855;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:157:157:1:2:155:155:0.987261:44:111:1:0:44:111:2:0 chr11 7717219 . A T 137.67 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199066;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=302.546;QD=39.3341;RBI=0.0342958;REFB=-0.126183;REVB=0.0279272;RO=1;SAF=12;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294909;STB=0.666346;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00120315;OID=.;OPOS=7717219;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:1:12:0:1:1:12:0:1 chr11 7721870 . G A 2091.23 PASS AF=0.960526;AO=147;DP=152;FAO=146;FDP=152;FR=.;FRO=6;FSAF=80;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0567647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8658;QD=55.0323;RBI=0.10424;REFB=-0.136869;REVB=0.0874284;RO=5;SAF=80;SAR=67;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00907732;STB=0.508535;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00724032;OID=.;OPOS=7721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:152:152:5:6:147:146:0.960526:67:80:2:3:66:80:2:4 chr11 7727886 . C T 370.46 PASS AF=0.453488;AO=38;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0184161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.809;QD=17.2307;RBI=0.0188552;REFB=-0.000886027;REVB=-0.00404542;RO=47;SAF=18;SAR=20;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265892;STB=0.522091;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.000921047;OID=.;OPOS=7727886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:38:39:0.453488:20:18:21:26:20:19:21:26 chr11 7846877 . C T 323.62 PASS AF=0.24;AO=48;DP=199;FAO=48;FDP=200;FR=.;FRO=152;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=70;FSRR=82;FWDB=-0.0206566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.847;QD=6.47246;RBI=0.0416572;REFB=-0.0108108;REVB=-0.0361749;RO=149;SAF=23;SAR=25;SRF=70;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118026;STB=0.514202;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0298899;OID=.;OPOS=7846877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:149:152:48:48:0.24:25:23:70:79:25:23:70:82 chr11 7847208 . T C 179.01 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0086338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.788;QD=12.5622;RBI=0.0242347;REFB=-0.0186037;REVB=-0.0226446;RO=35;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636557;STB=0.536708;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0169489;OID=.;OPOS=7847208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:12:10:18:17:12:10:18:17 chr11 7871011 . A G 673.86 PASS AF=0.576577;AO=64;DP=113;FAO=64;FDP=111;FR=.;FRO=47;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0160025;FXX=0.0512777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.304;QD=24.2831;RBI=0.0163475;REFB=-0.0149139;REVB=0.00334065;RO=42;SAF=36;SAR=28;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285106;STB=0.531205;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0161837;OID=.;OPOS=7871011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:42:47:64:64:0.576577:28:36:22:20:28:36:23:24 chr11 7949350 . A G 2455.98 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00280124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.412;QD=61.3996;RBI=0.00320052;REFB=0;REVB=0.00154803;RO=0;SAF=100;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63812e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73949e-06;OID=.;OPOS=7949350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:160:0:0:158:160:1:58:100:0:0:59:101:0:0 chr11 7949791 . A C 194.03 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0215114;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.5716;QD=17.2473;RBI=0.0432765;REFB=0.00674992;REVB=0.0375515;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145177;STB=0.5827;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00869313;OID=.;OPOS=7949791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:11:9:15:10:11:9:15:10 chr11 7949860 . G A 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=7.7495e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.161;QD=13.0539;RBI=0.0073354;REFB=-0.00174336;REVB=0.00733499;RO=35;SAF=11;SAR=12;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247433;STB=0.640835;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00339618;OID=.;OPOS=7949860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:12:11:25:10:12:11:25:10 chr11 7950024 . A G 334.49 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0176213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7989;QD=27.3055;RBI=0.0516596;REFB=-0.00704315;REVB=-0.0485613;RO=20;SAF=16;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148324;STB=0.581762;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00415163;OID=.;OPOS=7950024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:13:16:7:13:13:16:7:13 chr11 7960593 . G C 196.05 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00177537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.503;QD=18.2374;RBI=0.0304046;REFB=-0.0200786;REVB=-0.0303527;RO=22;SAF=15;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187644;STB=0.633998;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0157189;OID=.;OPOS=7960593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:23:19:20:0.465116:4:15:14:8:4:16:14:9 chr11 7961130 . C T 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.022905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.477;QD=22.1886;RBI=0.0229409;REFB=-0.0049317;REVB=-0.00128318;RO=18;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110708;STB=0.561985;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00415907;OID=.;OPOS=7961130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:10:11:7:11:10:11:7:11 chr11 8014479 . C T 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.115;QD=51.9139;RBI=0.0326968;REFB=0;REVB=0.0230607;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531187;OID=.;OPOS=8014479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr11 8061231 . G A 122.46 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0222016;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.365;QD=14.844;RBI=0.0297896;REFB=-0.0113029;REVB=-0.0198623;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822685;STB=0.535664;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0149557;OID=.;OPOS=8061231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:20:19:14:14:0.424242:8:6:7:13:8:6:7:12 chr11 8115699 . T C 1343.02 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.597;QD=61.0464;RBI=0.0101997;REFB=0;REVB=0.00938103;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449492;OID=.;OPOS=8115699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:88:0:0:84:88:1:39:45:0:0:39:49:0:0 chr11 8123499 . G A 253.49 PASS AF=0.394737;AO=29;DP=75;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.00442716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.741;QD=13.3414;RBI=0.0119491;REFB=-0.0134424;REVB=-0.0110987;RO=46;SAF=25;SAR=4;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279826;STB=0.668439;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0236404;OID=.;OPOS=8123499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:46:46:29:30:0.394737:4:25:32:14:4:26:32:14 chr11 8127495 . T C 1678.75 PASS AF=0.974359;AO=115;DP=117;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0169282;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3796;QD=57.3933;RBI=0.084327;REFB=-0.146927;REVB=-0.0826104;RO=0;SAF=41;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91839e-08;STB=0.508503;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00357571;OID=.;OPOS=8127495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:117:117:0:3:115:114:0.974359:74:41:0:0:73:41:2:1 chr11 8251921 . G C 402.01 PASS AF=0.363636;AO=48;DP=132;FAO=48;FDP=132;FR=.;FRO=84;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=52;FWDB=-0.0197417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.056;QD=12.1823;RBI=0.0208212;REFB=-0.0208457;REVB=-0.00661723;RO=84;SAF=28;SAR=20;SRF=32;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222824;STB=0.626814;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0282434;OID=.;OPOS=8251921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:84:84:48:48:0.363636:20:28:32:52:20:28:32:52 chr11 8284860 . G T 181.71 PASS AF=0.6;AO=16;DP=28;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0671024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.63;QD=24.2273;RBI=0.0940596;REFB=-0.0511007;REVB=0.0659126;RO=11;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143451;STB=0.555494;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0247427;OID=.;OPOS=8284860;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:30:11:12:16:18:0.6:7:9:4:7:8:10:5:7 chr11 8435077 . CA TC 652.63 PASS AF=0.468085;AO=66;DP=144;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.00542569;FXX=0.0208319;HRUN=1;LEN=2;MLLD=147.651;QD=18.5142;RBI=0.00568606;REFB=-0.00368082;REVB=0.00170095;RO=75;SAF=20;SAR=46;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20907;STB=0.616414;STBP=0.016;TYPE=mnp;VARB=0.00507285;OID=.;OPOS=8435077;OREF=CA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:141:75:75:66:66:0.468085:46:20:38:37:46:20:38:37 chr11 8486310 . C A 1423.36 PASS AF=1;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547553;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.285;QD=63.2605;RBI=0.0684973;REFB=0;REVB=0.041155;RO=0;SAF=61;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96717e-05;OID=.;OPOS=8486310;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:93:90:0:0:90:90:1:29:61:0:0:29:61:0:0 chr11 8643323 . G A 86.45 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0694661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.1349;QD=6.17483;RBI=0.0939788;REFB=-0.0294567;REVB=-0.0632968;RO=42;SAF=11;SAR=2;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401069;STB=0.752979;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0872946;OID=.;OPOS=8643323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:56:56:42:43:13:13:0.232143:2:11:24:18:2:11:25:18 chr11 8646670 . T G 326.47 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.0128261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1892;QD=15.0101;RBI=0.070804;REFB=-0.00630995;REVB=-0.0696326;RO=51;SAF=12;SAR=24;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230633;STB=0.513036;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00787226;OID=.;OPOS=8646670;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:51:36:36:0.413793:24:12:16:35:24:12:16:35 chr11 8646763 . G C 160.17 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0195233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.69;QD=18.8429;RBI=0.0300572;REFB=-0.0113771;REVB=0.0228533;RO=17;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279432;STB=0.667771;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0103887;OID=.;OPOS=8646763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:17:16:17:0.5:12:4:9:8:13:4:9:8 chr11 8693405 . G A 1589.85 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.594;QD=59.9943;RBI=0.0326321;REFB=0;REVB=-0.00936189;RO=0;SAF=49;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.91158e-05;OID=.;OPOS=8693405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:57:49:0:0:57:49:0:0 chr11 8717003 . C T 236.31 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0395519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.86;QD=13.6993;RBI=0.0472729;REFB=-0.0123938;REVB=-0.0258916;RO=40;SAF=8;SAR=20;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213099;STB=0.616351;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0178673;OID=.;OPOS=8717003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:41:28:28:0.405797:20:8:19:21:20:8:19:22 chr11 8737224 . A AG,G 38.39 PASS AF=0.1875,0;AO=6,2;DP=49;FAO=9,0;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=7,0;FSAR=2,0;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0339645,-0.00329991;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=17.0586,182.83;QD=3.19915;RBI=0.0450359,0.0300359;REFB=-0.0431837,-0.00855831;REVB=0.0295743,-0.0298541;RO=40;SAF=5,2;SAR=1,0;SRF=21;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.386932,0.403343;STB=0.7308,0.5;STBP=0.163,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.149623,0;OID=.,.;OPOS=8737225,8737224;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:49:48:40:39:6,2:9,0:0.1875,0:1,0:5,2:21:19:2,0:7,0:20:19 chr11 8788168 . A T 516.19 PASS AF=0.578313;AO=47;DP=82;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0223197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.472;QD=24.8767;RBI=0.0233758;REFB=-0.0148192;REVB=-0.006947;RO=34;SAF=24;SAR=23;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596012;STB=0.521402;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00850433;OID=.;OPOS=8788168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:34:35:47:48:0.578313:23:24:20:14:23:25:20:15 chr11 8788225 . A C 422.88 PASS AF=0.52439;AO=41;DP=79;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0050267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.521;QD=20.6285;RBI=0.00883562;REFB=-0.00270838;REVB=0.00726639;RO=36;SAF=15;SAR=26;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141205;STB=0.569092;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00228755;OID=.;OPOS=8788225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:36:39:41:43:0.52439:26:15:19:17:26:17:21:18 chr11 8866808 . C G 124.14 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00203561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5108;QD=9.93101;RBI=0.00935965;REFB=-0.0128156;REVB=-0.00913561;RO=35;SAF=3;SAR=12;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474434;STB=0.786494;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0305456;OID=.;OPOS=8866808;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:12:3:21:14:12:3:21:14 chr11 8938934 . C T 421.95 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0747032;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.695;QD=20.5828;RBI=0.0750375;REFB=-0.0394231;REVB=0.00707509;RO=40;SAF=25;SAR=17;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632639;STB=0.53506;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0403233;OID=.;OPOS=8938934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:40:40:42:42:0.512195:17:25:21:19:17:25:21:19 chr11 8942942 . C T 1026.16 PASS AF=0.563953;AO=97;DP=172;FAO=97;FDP=172;FR=.;FRO=75;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=0.00566887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.017;QD=23.8641;RBI=0.00570247;REFB=-0.0198184;REVB=0.000618149;RO=74;SAF=42;SAR=55;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11783;STB=0.566997;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.013092;OID=.;OPOS=8942942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:74:75:97:97:0.563953:55:42:43:31:55:42:44:31 chr11 8942999 . G A 2491.13 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.13;QD=61.5093;RBI=0.0238455;REFB=0;REVB=-0.0192743;RO=0;SAF=75;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.2753e-06;OID=.;OPOS=8942999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:162:0:0:159:162:1:84:75:0:0:85:77:0:0 chr11 8947021 . A G 761.66 PASS AF=1;AO=38;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.195744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2119;QD=57.4834;RBI=0.210523;REFB=0;REVB=-0.0774873;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145845;OID=.;OPOS=8947021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:38:53:1:22:16:0:0:22:31:0:0 chr11 8947179 . G A 412.72 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0288846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.019;QD=21.1653;RBI=0.0288857;REFB=-0.0235666;REVB=0.00024396;RO=36;SAF=11;SAR=30;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121299;STB=0.576884;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0183794;OID=.;OPOS=8947179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:37:41:41:0.525641:30:11:14:22:30:11:15:22 chr11 8947283 . G C 255.12 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0274157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0746;QD=15.6997;RBI=0.0564019;REFB=-0.0180728;REVB=0.0492905;RO=36;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158667;STB=0.589413;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0217504;OID=.;OPOS=8947283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:13:16:14:22:13:16:14:22 chr11 8947437 . C T 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00864102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.063;QD=16.406;RBI=0.0354834;REFB=-0.00636861;REVB=0.0344152;RO=37;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286567;STB=0.516119;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00702709;OID=.;OPOS=8947437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:16:15:19:18:16:15:19:18 chr11 8948680 . A T 253.12 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.000108275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7977;QD=15.1114;RBI=0.0215093;REFB=-0.00560423;REVB=-0.021509;RO=38;SAF=6;SAR=23;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115381;STB=0.565798;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0129195;OID=.;OPOS=8948680;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:23:6:11:27:23:6:11:27 chr11 8949241 . C T 180.09 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0124361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.241;QD=11.0823;RBI=0.0248951;REFB=0.00395789;REVB=-0.0215664;RO=42;SAF=13;SAR=10;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089217;STB=0.55168;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.00588483;OID=.;OPOS=8949241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:10:13:27:15:10:13:27:15 chr11 8959370 . G A 637.03 PASS AF=0.507937;AO=64;DP=126;FAO=64;FDP=126;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.00536211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.914;QD=20.2233;RBI=0.01426;REFB=-0.000501701;REVB=0.0132134;RO=62;SAF=21;SAR=43;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737599;STB=0.54072;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00053227;OID=.;OPOS=8959370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:62:62:64:64:0.507937:43:21:25:37:43:21:25:37 chr11 8959511 . T G 670.92 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00556785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.239;QD=50.6351;RBI=0.00558189;REFB=-0.0955118;REVB=-0.000395627;RO=3;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447795;STB=0.5238;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.000923488;OID=.;OPOS=8959511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:53:3:3:50:50:0.943396:30:20:0:3:30:20:0:3 chr11 8959545 . C A 286.49 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0232669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.163;QD=24.3825;RBI=0.0410734;REFB=-0.0112061;REVB=-0.0338478;RO=21;SAF=13;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957115;STB=0.553151;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00600527;OID=.;OPOS=8959545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:13:13:8:13:13:13:8:13 chr11 8968878 . GAGGACAT G 138.09 PASS AF=0.4;AO=15;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00256529;FXX=0;HRUN=1;LEN=7;MLLD=321.49;QD=13.8094;RBI=0.00616927;REFB=-0.0130022;REVB=0.00561063;RO=23;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241174;STB=0.642666;STBP=0.171;TYPE=del;VARB=0.0160755;OID=.;OPOS=8968879;OREF=AGGACAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:15:40:16:40:24:4:12:11:13:99:23:4:11:11:12 chr11 8969309 . T C 278.85 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.000384597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4663;QD=21.8706;RBI=0.0349268;REFB=0.0160346;REVB=0.0349247;RO=21;SAF=12;SAR=16;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14697;STB=0.580948;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.0198329;OID=.;OPOS=8969309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:23:28:28:0.54902:16:12:13:8:16:12:14:9 chr11 8977830 . A G 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0151569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.429;QD=11.2958;RBI=0.0151602;REFB=-0.00857855;REVB=-0.000316898;RO=34;SAF=8;SAR=10;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254856;STB=0.64838;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0184643;OID=.;OPOS=8977830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:10:8:23:11:10:8:23:11 chr11 9005036 . T A 1357.23 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.575;QD=62.4016;RBI=0.0181827;REFB=0;REVB=-0.00761545;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76666e-06;OID=.;OPOS=9005036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:40:46:0:0:40:47:0:0 chr11 9009175 . A G 257.75 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.049793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1896;QD=30.3233;RBI=0.0497961;REFB=-0.0248308;REVB=0.000552672;RO=11;SAF=8;SAR=15;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101993;STB=0.505613;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0146748;OID=.;OPOS=9009175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:11:11:23:23:0.676471:15:8:4:7:15:8:4:7 chr11 9045960 . T A 911.53 PASS AF=0.497268;AO=90;DP=182;FAO=91;FDP=183;FR=.;FRO=92;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=0.00888522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.342;QD=19.9241;RBI=0.0106566;REFB=-0.00918343;REVB=-0.00588349;RO=92;SAF=41;SAR=49;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608829;STB=0.530296;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00949497;OID=.;OPOS=9045960;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:92:92:90:91:0.497268:49:41:48:44:49:42:48:44 chr11 9052423 . A C 1162.78 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.185;QD=60.404;RBI=0.140993;REFB=0;REVB=0.0285656;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330404;OID=.;OPOS=9052423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:32:44:0:0:32:45:0:0 chr11 9069046 . G A 425.42 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0167441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.805;QD=18.9077;RBI=0.0239306;REFB=-0.0220837;REVB=0.017097;RO=47;SAF=18;SAR=25;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138585;STB=0.507713;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0196582;OID=.;OPOS=9069046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:25:18:19:28:25:18:19:28 chr11 9305051 . T C 374.59 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0159662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0568;QD=20.8106;RBI=0.022353;REFB=0.0091184;REVB=0.015644;RO=34;SAF=18;SAR=20;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097472;STB=0.553908;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00352356;OID=.;OPOS=9305051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:20:18:20:14:20:18:20:14 chr11 9316937 . G A 1152.19 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0608959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.5;QD=60.6414;RBI=0.065348;REFB=0;REVB=0.0237076;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141179;OID=.;OPOS=9316937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:46:30:0:0:46:30:0:0 chr11 9406349 . T C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.538;QD=60.0309;RBI=0.047618;REFB=0;REVB=0.0217301;RO=0;SAF=21;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84448e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83211e-05;OID=.;OPOS=9406349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:51:21:0:0:51:21:0:0 chr11 9537904 . G C 557.12 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0566525;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.164;QD=60.2286;RBI=0.0574487;REFB=0;REVB=0.00953138;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112457;OID=.;OPOS=9537904;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:21:16:0:0 chr11 9748483 . T C 354.9 PASS AF=0.396226;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0120366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.218;QD=13.3924;RBI=0.0197174;REFB=-0.00690712;REVB=-0.0156172;RO=64;SAF=33;SAR=9;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388726;STB=0.722274;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00842741;OID=.;OPOS=9748483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:64:64:42:42:0.396226:9:33:29:35:9:33:29:35 chr11 9749645 . A C 249.85 PASS AF=0.313131;AO=31;DP=99;FAO=31;FDP=99;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=22;FWDB=0.00991709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.3668;QD=10.0948;RBI=0.031737;REFB=-0.012248;REVB=0.0301477;RO=66;SAF=15;SAR=16;SRF=45;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230907;STB=0.631227;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0405778;OID=.;OPOS=9749645;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:66:68:31:31:0.313131:16:15:45:21:16:15:46:22 chr11 9754221 . C T 231.04 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00262785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.255;QD=16.503;RBI=0.00366693;REFB=-0.00284661;REVB=0.0025575;RO=30;SAF=9;SAR=17;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493329;STB=0.527757;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00303487;OID=.;OPOS=9754221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:17:9:9:21:17:9:9:21 chr11 9769483 . C T 337.01 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00150851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8157;QD=15.1465;RBI=0.0135172;REFB=-0.0179949;REVB=-0.0134328;RO=52;SAF=11;SAR=26;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184772;STB=0.604994;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0448605;OID=.;OPOS=9769483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:26:11:24:28:26:11:24:28 chr11 9769562 . C G 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.00667298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.926;QD=17.379;RBI=0.0117514;REFB=-0.0287698;REVB=-0.00967295;RO=37;SAF=14;SAR=19;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153373;STB=0.585405;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0225238;OID=.;OPOS=9769562;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:19:14:10:27:19:14:10:27 chr11 9771886 . TCAAAACAAAACAAAAC TCAAAACAAAACA,TCAAAACAAAAC 191.87 PASS AF=0.0227273,0.568182;AO=5,20;DP=45;FAO=1,25;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=0,9;FSAR=1,16;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00137615,0.0046643;FXX=0.0638162;HRUN=4,4;LEN=4,5;MLLD=208.591,209.882;QD=17.4426;RBI=0.00872563,0.00687005;REFB=-0.0190074,-0.0193726;REVB=0.00861643,0.005044;RO=11;SAF=4,4;SAR=1,16;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.463715,-0.146344;STB=0.988646,0.537519;STBP=0.471,0.563;TYPE=del,del;VARB=0.0068878,0.0152007;OID=.,.;OPOS=9771899,9771887;OREF=AAAC,CAAAA;OALT=-,-;OMAPALT=TCAAAACAAAACA,TCAAAACAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0227273,0.568182:5,20:45:1,25:44:18:0,9:1,16:8:10:99:11:4,4:1,16:4:7 chr11 9800601 . G A 900.97 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.449;QD=57.2042;RBI=0.021208;REFB=0;REVB=-0.00841597;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48799e-06;OID=.;OPOS=9800601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:40:22:0:0:41:22:0:0 chr11 9800821 . T C 276.22 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00763461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.27;QD=15.7841;RBI=0.0093225;REFB=-0.00692155;REVB=-0.00534993;RO=39;SAF=21;SAR=10;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268696;STB=0.651829;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0136003;OID=.;OPOS=9800821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:10:21:16:23:10:21:16:23 chr11 9853777 . G C 127.65 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0182881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.159;QD=9.2833;RBI=0.0658448;REFB=-0.0086435;REVB=0.0632541;RO=38;SAF=10;SAR=7;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110636;STB=0.5066;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0204462;OID=.;OPOS=9853777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:7:10:22:16:7:10:22:16 chr11 10521764 . T C 1302.11 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00607659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.635;QD=62.0051;RBI=0.00669967;REFB=0;REVB=0.00282147;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.01916e-06;OID=.;OPOS=10521764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:47:37:0:0:47:37:0:0 chr11 10530491 . G A 332.49 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00536954;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.737;QD=18.7319;RBI=0.0162024;REFB=-0.0166551;REVB=0.0152868;RO=36;SAF=24;SAR=11;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229456;STB=0.628303;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0154886;OID=.;OPOS=10530491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:36:36:35:35:0.492958:11:24:16:20:11:24:16:20 chr11 10555589 . A G 2249.07 PASS AF=0.979592;AO=144;DP=147;FAO=144;FDP=147;FR=.;FRO=3;FSAF=81;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00410947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5232;QD=61.1991;RBI=0.022787;REFB=-0.029246;REVB=0.0224134;RO=3;SAF=81;SAR=63;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00410776;STB=0.50216;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00391411;OID=.;OPOS=10555589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:147:147:3:3:144:144:0.979592:63:81:2:1:63:81:2:1 chr11 10597081 . G A 2062.11 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00842513;FXX=0.0296274;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.063;QD=62.9653;RBI=0.0241056;REFB=0;REVB=0.0225853;RO=0;SAF=61;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118154;OID=.;OPOS=10597081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:131:0:0:131:131:1:70:61:0:0:70:61:0:0 chr11 10647702 . G A 2678.27 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.246;QD=62.2854;RBI=0.0364723;REFB=0;REVB=0.00937935;RO=0;SAF=86;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.98948e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36404e-05;OID=.;OPOS=10647702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:168:172:0:0:168:172:1:82:86:0:0:83:89:0:0 chr11 10650329 . C T 496.58 PASS AF=0.945946;AO=32;DP=34;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0189139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2715;QD=53.6847;RBI=0.0243473;REFB=-0.00595655;REVB=0.0153316;RO=2;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716363;STB=0.531232;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00270261;OID=.;OPOS=10650329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:37:2:2:32:35:0.945946:12:20:0:2:15:20:0:2 chr11 10655609 . C T 1367.74 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0515711;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.361;QD=61.4714;RBI=0.0526029;REFB=-0.128789;REVB=-0.0103677;RO=1;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116984;STB=0.506023;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000972967;OID=.;OPOS=10655609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:89:1:1:87:88:0.988764:40:47:0:1:41:47:0:1 chr11 10673739 . T C,G 4320.28 PASS AF=0.928826,0.0711744;AO=260,21;DP=282;FAO=261,20;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=118,19;FSAR=143,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00878521,-0.0258844;FXX=0.00354597;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.68,88.5782;QD=61.4987;RBI=0.013678,0.0259552;REFB=0,0;REVB=0.0104837,-0.00191562;RO=0;SAF=116,20;SAR=144,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.08125e-08,-3.78928e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00134844,0.0548348;OID=.,.;OPOS=10673739,10673739;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:40:282:281:0:0:260,21:261,20:0.928826,0.0711744:144,1:116,20:0:0:143,1:118,19:0:0 chr11 10715124 . T C 1305.67 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0395224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.151;QD=60.7286;RBI=0.0486313;REFB=-0.0153358;REVB=0.028337;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00035564;OID=.;OPOS=10715124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:86:0:1:84:85:0.988372:41:43:0:0:43:42:1:0 chr11 10786142 . C T 487.92 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0282859;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7591;QD=16.264;RBI=0.0324052;REFB=-0.0113973;REVB=-0.0158114;RO=67;SAF=31;SAR=22;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122678;STB=0.568601;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.014428;OID=.;OPOS=10786142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:120:67:67:53:53:0.441667:22:31:31:36:22:31:31:36 chr11 10786175 . C T 606.31 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=126;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.00857618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7951;QD=19.2479;RBI=0.00988542;REFB=0.0169313;REVB=-0.00491636;RO=64;SAF=29;SAR=33;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129626;STB=0.571551;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0139004;OID=.;OPOS=10786175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:64:64:62:62:0.492063:33:29:39:25:33:29:39:25 chr11 10822350 . C T 2498.11 PASS AF=1;AO=162;DP=164;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00017319;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.344;QD=61.6817;RBI=0.00941314;REFB=0;REVB=0.00941155;RO=0;SAF=77;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2664e-05;OID=.;OPOS=10822350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:162:0:0:162:162:1:85:77:0:0:85:77:0:0 chr11 10823079 . T C 142.57 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00975018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.742;QD=8.26487;RBI=0.0329866;REFB=-0.0183249;REVB=0.0315127;RO=49;SAF=12;SAR=8;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225076;STB=0.634154;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0146861;OID=.;OPOS=10823079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:49:20:20:0.289855:8:12:20:29:8:12:20:29 chr11 10828361 . C A 383.32 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0731447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6867;QD=14.6026;RBI=0.0735828;REFB=0.0259898;REVB=0.00801784;RO=61;SAF=14;SAR=30;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253849;STB=0.643365;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0335468;OID=.;OPOS=10828361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:61:44:44:0.419048:30:14:34:27:30:14:34:27 chr11 11354346 . T C 466.75 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.0341093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.077;QD=22.494;RBI=0.038869;REFB=-0.0249062;REVB=0.0186375;RO=38;SAF=24;SAR=21;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150062;STB=0.582346;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0177092;OID=.;OPOS=11354346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:21:24:27:11:21:24:27:11 chr11 11373508 . T C 728.56 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4902;QD=57.142;RBI=0.00769134;REFB=0;REVB=0.00494414;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134519;OID=.;OPOS=11373508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr11 11373587 . A G 1746.42 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=352.166;QD=60.7451;RBI=0.0276233;REFB=0;REVB=0.0155571;RO=0;SAF=51;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48233e-05;OID=.;OPOS=11373587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:63:51:0:0:63:52:0:0 chr11 11373635 . C T 2239.16 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141614;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3447;QD=63.5222;RBI=0.0143359;REFB=0;REVB=-0.0022305;RO=0;SAF=79;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89904e-05;OID=.;OPOS=11373635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:141:0:0:141:141:1:62:79:0:0:62:79:0:0 chr11 11373808 . T G 1914.86 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.074;QD=61.7697;RBI=0.0293283;REFB=0;REVB=-0.0250395;RO=0;SAF=78;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.82707e-06;OID=.;OPOS=11373808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:46:78:0:0:46:78:0:0 chr11 11373925 . A C 2376.13 PASS AF=0.981366;AO=157;DP=161;FAO=158;FDP=161;FR=.;FRO=3;FSAF=89;FSAR=69;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0306177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9749;QD=59.0344;RBI=0.0307107;REFB=-0.22193;REVB=0.00238786;RO=3;SAF=88;SAR=69;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159403;STB=0.508286;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00452631;OID=.;OPOS=11373925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:161:161:3:3:157:158:0.981366:69:88:3:0:69:89:3:0 chr11 11373960 . C T 599.66 PASS AF=0.429487;AO=67;DP=157;FAO=67;FDP=156;FR=.;FRO=89;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=57;FSRR=32;FWDB=-0.0266352;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8889;QD=15.3759;RBI=0.0323519;REFB=-0.0220417;REVB=-0.0183632;RO=87;SAF=32;SAR=35;SRF=56;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167427;STB=0.592291;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0311607;OID=.;OPOS=11373960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:87:89:67:67:0.429487:35:32:56:31:35:32:57:32 chr11 11374016 . T A 2543.53 PASS AF=0.988166;AO=167;DP=168;FAO=167;FDP=169;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0250066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.058;QD=60.2019;RBI=0.0297936;REFB=0.0826461;REVB=-0.0161966;RO=1;SAF=94;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647469;STB=0.500682;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.000601452;OID=.;OPOS=11374016;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:168:169:1:2:167:167:0.988166:73:94:0:1:74:93:1:1 chr11 11374269 . A G 862.27 PASS AF=0.449495;AO=89;DP=198;FAO=89;FDP=198;FR=.;FRO=109;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=78;FSRR=31;FWDB=0.0424272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.562;QD=17.4197;RBI=0.0440386;REFB=-0.018891;REVB=-0.0118039;RO=108;SAF=54;SAR=35;SRF=77;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113358;STB=0.564502;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0189212;OID=.;OPOS=11374269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:108:109:89:89:0.449495:35:54:77:31:35:54:78:31 chr11 11374283 . T G 3282.89 PASS AF=0.990698;AO=212;DP=216;FAO=213;FDP=215;FR=.;FRO=2;FSAF=141;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0208317;FXX=0.00921617;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.438;QD=61.0771;RBI=0.0236654;REFB=-0.0194995;REVB=-0.0112291;RO=2;SAF=141;SAR=71;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00670928;STB=0.503521;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=2.49485e-05;OID=.;OPOS=11374283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:216:215:2:2:212:213:0.990698:71:141:2:0:72:141:2:0 chr11 11913585 . G T 1643.69 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00566262;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=322.468;QD=59.2319;RBI=0.0142935;REFB=-0.145736;REVB=-0.013124;RO=1;SAF=63;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747632;STB=0.503936;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000125266;OID=.;OPOS=11913585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:47:63:1:0:47:63:1:0 chr11 11970051 . TA T 78.21 PASS AF=0.316239;AO=34;DP=117;FAO=37;FDP=117;FR=.;FRO=80;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=0.123347;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.3907;QD=2.67387;RBI=0.132983;REFB=-0.00699726;REVB=-0.0496979;RO=73;SAF=12;SAR=22;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0.456311;SSSB=-0.0887345;STB=0.565574;STBP=0.36;TYPE=del;VARB=-0.0326043;OID=.;OPOS=11970052;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.316239:34:117:37:117:80:12:25:33:47:78:73:12:22:31:42 chr11 11976628 . G A 643.37 PASS AF=0.431138;AO=70;DP=166;FAO=72;FDP=167;FR=.;FRO=95;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=0.0619123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4406;QD=15.4099;RBI=0.0693369;REFB=0.00147846;REVB=-0.0312167;RO=95;SAF=21;SAR=49;SRF=53;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275905;STB=0.64942;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0012423;OID=.;OPOS=11976628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:95:95:70:72:0.431138:49:21:53:42:50:22:53:42 chr11 11977573 . T C 485.5 PASS AF=0.567901;AO=45;DP=80;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0391355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6944;QD=23.9752;RBI=0.0406886;REFB=-0.00523793;REVB=0.0111344;RO=35;SAF=25;SAR=20;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2125;STB=0.618997;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00802129;OID=.;OPOS=11977573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:35:35:45:46:0.567901:20:25:10:25:20:26:10:25 chr11 11978815 . T TGA 617.6 PASS AF=0.450704;AO=64;DP=142;FAO=64;FDP=142;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=-0.0112108;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=2;MLLD=270.314;QD=17.3971;RBI=0.015385;REFB=-0.012363;REVB=0.0105364;RO=78;SAF=33;SAR=31;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862152;STB=0.54793;STBP=0.346;TYPE=ins;VARB=0.0168297;OID=.;OPOS=11978816;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.450704:64:142:64:142:78:33:31:47:31:99:78:33:31:47:31 chr11 11986061 . T C 1487.53 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.256;QD=63.2992;RBI=0.0449441;REFB=0;REVB=-0.00319373;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56697e-05;OID=.;OPOS=11986061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:94:0:0:91:94:1:40:51:0:0:42:52:0:0 chr11 12023772 . AC A,AA 364.37 PASS AF=0.333333,0.0740741;AO=22,17;DP=112;FAO=36,8;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=21,6;FSAR=15,2;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.000283949,-0.0017442;FXX=0.0847386;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=220.67,220.849;QD=13.4951;RBI=0.00968879,0.00982084;REFB=-0.00052901,-3.31607e-05;REVB=0.00968463,0.00966471;RO=61;SAF=14,11;SAR=8,6;SRF=27;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.235059,0.253086;STB=0.543894,0.716829;STBP=0.499,0.215;TYPE=del,snp;VARB=-0.00712699,0.0169373;OID=.,.;OPOS=12023773,12023773;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.0740741:22,17:112:36,8:108:64:21,6:15,2:33:31:99:61:14,11:8,6:27:34 chr11 12225945 . GT G,GG 1733.91 PASS AF=0.119658,0.880342;AO=18,100;DP=118;FAO=14,103;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=0,48;FSAR=14,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373861,0.0372666;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=289.393,309.416;QD=59.2789;RBI=0.047045,0.0454005;REFB=0,0;REVB=0.0285572,0.0259307;RO=0;SAF=2,46;SAR=16,54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.21299e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00107668,0.000594254;OID=.,.;OPOS=12225946,12225946;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.119658,0.880342:18,100:118:14,103:117:0:0,48:14,55:0:0:38:0:2,46:16,54:0:0 chr11 12246233 . G C 1151.47 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3139;QD=60.6035;RBI=0.0434782;REFB=0;REVB=-0.0252021;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77168e-05;OID=.;OPOS=12246233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:34:42:0:0:34:42:0:0 chr11 12264316 . G A 100.1 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0355198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5248;QD=8.89751;RBI=0.0396894;REFB=-0.0174833;REVB=-0.0177086;RO=32;SAF=4;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331601;STB=0.701387;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.06176;OID=.;OPOS=12264316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:9:4:19:13:9:4:19:13 chr11 12265542 . A G 482.88 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=0.0146496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.154;QD=18.5722;RBI=0.0153521;REFB=-0.0102228;REVB=-0.0045907;RO=53;SAF=33;SAR=18;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134691;STB=0.50746;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0106103;OID=.;OPOS=12265542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:53:51:51:0.490385:18:33:35:18:18:33:35:18 chr11 12285090 . C T 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.112;QD=64.1539;RBI=0.0337099;REFB=0;REVB=0.0308953;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37867e-05;OID=.;OPOS=12285090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr11 12285297 . A T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.00314107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.002;QD=10.6346;RBI=0.00627507;REFB=-0.0112688;REVB=-0.00543232;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462567;STB=0.75962;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.032183;OID=.;OPOS=12285297;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:6:2:0:13:6:2:0:13 chr11 12315186 . G A 1536.03 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0477521;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.695;QD=62.6951;RBI=0.068175;REFB=-0.10813;REVB=-0.0486577;RO=1;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939136;STB=0.504949;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00026375;OID=.;OPOS=12315186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:98:1:1:97:97:0.989796:50:47:0:1:50:47:0:1 chr11 12315256 . A C 340.99 PASS AF=0.420455;AO=38;DP=89;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0357559;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.013;QD=15.4996;RBI=0.0388668;REFB=-0.0161739;REVB=-0.0152363;RO=49;SAF=9;SAR=29;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114954;STB=0.615982;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0288131;OID=.;OPOS=12315256;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:49:51:38:37:0.420455:29:9:16:33:29:8:19:32 chr11 12315407 . G C 453.73 PASS AF=0.969697;AO=33;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0117271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.909;QD=54.9977;RBI=0.0840702;REFB=-0.0507949;REVB=0.0832483;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00385349;OID=.;OPOS=12315407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:33:32:0.969697:11:22:0:0:11:21:1:0 chr11 12315716 . C T 397.19 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387345;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.292;QD=56.7412;RBI=0.0389105;REFB=0;REVB=0.00369666;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127465;OID=.;OPOS=12315716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr11 12315891 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.572;QD=54.5165;RBI=0.0222743;REFB=0;REVB=0.0208807;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270485;OID=.;OPOS=12315891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr11 12315915 . A G 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0125817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.132;QD=19.7024;RBI=0.0142369;REFB=-0.0144139;REVB=0.00666245;RO=16;SAF=15;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498991;STB=0.789067;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0203036;OID=.;OPOS=12315915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:2:15:7:9:2:15:7:9 chr11 12316085 . T A 275.65 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.000846466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.953;QD=18.0752;RBI=0.00698809;REFB=-0.00566675;REVB=0.00693663;RO=31;SAF=10;SAR=20;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848849;STB=0.547587;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00348892;OID=.;OPOS=12316085;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:20:10:13:18:20:10:13:18 chr11 12534707 . G A 876.95 PASS AF=0.96875;AO=54;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0360444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.313;QD=54.8092;RBI=0.0416446;REFB=-0.040866;REVB=0.0208585;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526307;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.000913294;OID=.;OPOS=12534707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:0:2:54:62:0.96875:18:36:0:0:18:44:0:2 chr11 12550368 . TATA T 643.25 PASS AF=0.427711;AO=72;DP=169;FAO=71;FDP=166;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=0.028079;FXX=0.023528;HRUN=1;LEN=3;MLLD=272.09;QD=15.5001;RBI=0.0282537;REFB=-0.0114186;REVB=-0.00313651;RO=92;SAF=37;SAR=35;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795171;STB=0.537121;STBP=0.426;TYPE=del;VARB=0.0141119;OID=.;OPOS=12550369;OREF=ATA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.427711:72:169:71:166:95:36:35:42:53:99:92:37:35:40:52 chr11 12903443 . C T 228.94 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0189494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.319;QD=16.0657;RBI=0.0198647;REFB=-0.0112306;REVB=0.00596029;RO=31;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592558;STB=0.53349;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0164395;OID=.;OPOS=12903443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:11:15:16:15:11:15:16:15 chr11 13374828 . G A 334.29 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.00117224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.341;QD=16.7144;RBI=0.00742589;REFB=0.00357212;REVB=0.00733278;RO=44;SAF=19;SAR=17;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17647;STB=0.598539;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00424563;OID=.;OPOS=13374828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:17:19:31:13:17:19:31:13 chr11 13398129 . T A 1646.27 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218024;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.884;QD=60.4136;RBI=0.078686;REFB=0;REVB=0.0756052;RO=0;SAF=54;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75739e-05;OID=.;OPOS=13398129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:109:0:0:106:109:1:52:54:0:0:55:54:0:0 chr11 13729476 . C T 168.12 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00338772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.027;QD=10.3459;RBI=0.0152072;REFB=-0.00949907;REVB=-0.0148251;RO=43;SAF=16;SAR=6;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261991;STB=0.654398;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.011312;OID=.;OPOS=13729476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:6:16:22:21:6:16:22:21 chr11 13929046 . T A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0280054;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.199;QD=9.19977;RBI=0.0478516;REFB=-0.00695882;REVB=-0.0388004;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118161;STB=0.57355;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0124554;OID=.;OPOS=13929046;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:2:5:8:5:2:5:8:5 chr11 14101493 . G C,GC 1001.32 PASS AF=0,1;AO=3,67;DP=75;FAO=0,73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=0,42;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141565,0.0987782;FXX=0.0135117;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.927,25.0481;QD=54.8666;RBI=0.0152445,0.113624;REFB=0,0;REVB=-0.00565572,0.0561539;RO=4;SAF=2,38;SAR=1,29;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.413613,-0.0471856;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00313422;OID=.,.;OPOS=14101493,14101494;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:75:73:4:0:3,67:0,73:0,1:1,29:2,38:4:0:0,31:0,42:0:0 chr11 14632570 . A C 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0144649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.178;QD=15.2374;RBI=0.0227375;REFB=-0.00160991;REVB=0.0175432;RO=36;SAF=23;SAR=5;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306866;STB=0.676328;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00169963;OID=.;OPOS=14632570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:5:23:21:15:5:23:21:15 chr11 14810762 . A G 307.43 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0076772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.904;QD=15.5658;RBI=0.009679;REFB=0.00551342;REVB=0.00589437;RO=44;SAF=21;SAR=13;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977302;STB=0.562319;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00787704;OID=.;OPOS=14810762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:45:34:34:0.43038:13:21:23:21:13:21:23:22 chr11 14991539 . T C 2370.21 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6413;QD=64.0598;RBI=0.0558981;REFB=0;REVB=-0.0228709;RO=0;SAF=92;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000284949;OID=.;OPOS=14991539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:148:0:0:147:148:1:55:92:0:0:56:92:0:0 chr11 15199919 . G A 159.19 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00492457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.295;QD=10.1073;RBI=0.00528841;REFB=-0.00853812;REVB=-0.00192766;RO=42;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543984;STB=0.531885;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0149688;OID=.;OPOS=15199919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:11:10:18:24:11:10:18:24 chr11 15199957 . T C 205.98 PASS AF=0.428571;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0178188;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5672;QD=14.7125;RBI=0.0391529;REFB=-0.0265759;REVB=0.0348632;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206154;STB=0.530278;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0389119;OID=.;OPOS=15199957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:32:23:24:0.428571:13:10:15:18:14:10:15:17 chr11 15243083 . C T 178.36 PASS AF=0.252427;AO=26;DP=103;FAO=26;FDP=103;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=0.00323384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.424;QD=6.92664;RBI=0.0382292;REFB=-0.00516691;REVB=-0.0380922;RO=77;SAF=13;SAR=13;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120673;STB=0.572761;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0171646;OID=.;OPOS=15243083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:77:77:26:26:0.252427:13:13:46:31:13:13:46:31 chr11 16812397 . G A 312.22 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0337886;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4792;QD=21.9098;RBI=0.0607476;REFB=-0.0825565;REVB=0.0504837;RO=25;SAF=13;SAR=19;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059825;STB=0.501113;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0891408;OID=.;OPOS=16812397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:19:13:12:13:18:14:11:14 chr11 16838765 . C G 41.24 PASS AF=0.347826;AO=4;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0828814;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=34.2486;QD=7.1729;RBI=0.124551;REFB=-0.0942586;REVB=0.0929708;RO=11;SAF=1;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.562299;STB=0.900092;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.145119;OID=.;OPOS=16838765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:23:23:11:15:4:8:0.347826:3:1:9:2:7:1:12:3 chr11 16847973 . C T 223.11 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.000797678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.234;QD=16.5268;RBI=0.00158117;REFB=0.00415909;REVB=0.00136521;RO=29;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964419;STB=0.554354;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.00787326;OID=.;OPOS=16847973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:12:13:18:11:12:13:18:11 chr11 17108868 . ACT A 195.09 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00775328;FXX=0.134308;HRUN=1;LEN=2;MLLD=255.006;QD=13.4546;RBI=0.0167684;REFB=-0.000292923;REVB=-0.0148683;RO=35;SAF=8;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179956;STB=0.603623;STBP=0.215;TYPE=del;VARB=0.000519252;OID=.;OPOS=17108869;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396552:23:67:23:58:35:8:15:18:17:99:35:8:15:18:17 chr11 17150848 . G A 149.59 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=78;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.00343151;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.077;QD=7.87337;RBI=0.0480188;REFB=-0.00749354;REVB=-0.0478961;RO=54;SAF=10;SAR=11;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128786;STB=0.568836;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0140025;OID=.;OPOS=17150848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:54:55:21:21:0.276316:11:10:20:34:11:10:21:34 chr11 17172133 . T C 423.95 PASS AF=0.395161;AO=49;DP=125;FAO=49;FDP=124;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=0.0658055;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.115;QD=13.6757;RBI=0.0661426;REFB=-0.0152046;REVB=-0.00666944;RO=75;SAF=27;SAR=22;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00470008;STB=0.502658;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0269559;OID=.;OPOS=17172133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:75:75:49:49:0.395161:22:27:41:34:22:27:41:34 chr11 17333663 . G A 600.94 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272588;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9471;QD=61.6347;RBI=0.0280483;REFB=0;REVB=0.0066079;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192136;OID=.;OPOS=17333663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr11 17339127 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547985;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.387;QD=58.7817;RBI=0.0208617;REFB=0;REVB=0.0201291;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77637e-05;OID=.;OPOS=17339127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr11 17351683 . C G 36.59 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00954128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3164;QD=7.31753;RBI=0.0562011;REFB=-0.0174304;REVB=-0.0553852;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275858;STB=0.681124;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0418709;OID=.;OPOS=17351683;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:1:5:9:5:1:5:9:5 chr11 17352477 . TACA T 108.37 PASS AF=0.325;AO=12;DP=41;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0100041;FXX=0.166632;HRUN=1;LEN=3;MLLD=303.077;QD=10.8371;RBI=0.0105657;REFB=0.00072359;REVB=0.00339877;RO=27;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116635;STB=0.538402;STBP=0.797;TYPE=del;VARB=-0.000506062;OID=.;OPOS=17352478;OREF=ACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325:12:41:13:40:27:6:7:14:13:99:27:5:7:14:13 chr11 17408251 . G A 187.75 PASS AF=0.513514;AO=17;DP=35;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0654667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8373;QD=20.2975;RBI=0.209402;REFB=-0.0288118;REVB=0.198906;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765705;STB=0.514271;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0205604;OID=.;OPOS=17408251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:18:18:17:19:0.513514:8:9:8:10:10:9:8:10 chr11 17408404 . C T 292.03 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=36;FWDB=-0.00395813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.99;QD=14.6017;RBI=0.00710591;REFB=-0.00623282;REVB=-0.00590145;RO=46;SAF=10;SAR=23;SRF=10;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110038;STB=0.549831;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00752791;OID=.;OPOS=17408404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:47:33:33:0.4125:23:10:10:36:23:10:11:36 chr11 17408630 . C T 443.49 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0117396;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.699;QD=19.9323;RBI=0.028877;REFB=-0.00781751;REVB=-0.026383;RO=45;SAF=12;SAR=32;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430175;STB=0.523918;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0186708;OID=.;OPOS=17408630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:45:45:44:44:0.494382:32:12:14:31:32:12:14:31 chr11 17409069 . G A 88.11 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0129634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.974;QD=14.0973;RBI=0.0268347;REFB=-0.00933189;REVB=0.0234958;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164026;STB=0.594883;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0132578;OID=.;OPOS=17409069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:11:3:4:7:11:3 chr11 17409572 . T C 206.21 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00287988;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.929;QD=14.7291;RBI=0.0100099;REFB=-0.0178849;REVB=0.00958668;RO=32;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062728;STB=0.535685;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0261823;OID=.;OPOS=17409572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:32:32:24:24:0.428571:12:12:14:18:12:12:14:18 chr11 17418477 . C A 251.67 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00986266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2693;QD=17.0623;RBI=0.0134768;REFB=-0.00971557;REVB=0.00918439;RO=31;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871658;STB=0.549033;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0112668;OID=.;OPOS=17418477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:17:11:15:16:17:11:15:16 chr11 17448704 . G A 690.92 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182447;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.643;QD=54.1894;RBI=0.046214;REFB=0.0332142;REVB=0.0424602;RO=2;SAF=30;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869726;STB=0.512815;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.000701698;OID=.;OPOS=17448704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:2:1:49:50:0.980392:19:30:1:1:19:31:0:1 chr11 17522638 . G A 326.33 PASS AF=0.402174;AO=36;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0455195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2454;QD=14.188;RBI=0.0501726;REFB=-0.00961766;REVB=0.0211013;RO=55;SAF=21;SAR=15;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155945;STB=0.594543;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00994244;OID=.;OPOS=17522638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:36:37:0.402174:15:21:24:31:15:22:24:31 chr11 17542439 . T C,G 1531.9 PASS AF=0.88,0.12;AO=83,16;DP=99;FAO=88,12;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=51,3;FSAR=37,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00037396,0.00103177;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=187.606,152.591;QD=61.2758;RBI=0.0516087,0.0448122;REFB=0,0;REVB=0.0516073,0.0448003;RO=0;SAF=50,3;SAR=33,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.15707e-08,3.78418e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00330156,0.102259;OID=.,.;OPOS=17542439,17542439;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:45:99:100:0:0:83,16:88,12:0.88,0.12:33,13:50,3:0:0:37,9:51,3:0:0 chr11 17627613 . G C 1037.0 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.812;QD=59.257;RBI=0.0358296;REFB=0;REVB=0.0296723;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94631e-05;OID=.;OPOS=17627613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:26:42:0:0:27:43:0:0 chr11 17795089 . G A 197.54 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.0501397;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0049;QD=16.8115;RBI=0.0504268;REFB=-0.00426738;REVB=0.0053729;RO=27;SAF=16;SAR=4;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338825;STB=0.519461;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00248631;OID=.;OPOS=17795089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:27:27:20:20:0.425532:4:16:21:6:4:16:21:6 chr11 17948311 . T C 352.89 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00805425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.417;QD=26.1396;RBI=0.0114998;REFB=-0.0252341;REVB=0.00820826;RO=20;SAF=20;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608041;STB=0.533314;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0130173;OID=.;OPOS=17948311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:14:20:10:10:14:20:10:10 chr11 17981047 . C T 328.67 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=0.00353512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.3;QD=18.0094;RBI=0.0152858;REFB=-0.0070746;REVB=0.0148714;RO=38;SAF=13;SAR=22;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353429;STB=0.696202;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00810748;OID=.;OPOS=17981047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:22:13:29:9:22:13:29:9 chr11 18022305 . TCAC T 174.25 PASS AF=0.387755;AO=18;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0069536;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=308.827;QD=14.2242;RBI=0.0275152;REFB=-0.00468128;REVB=-0.0266221;RO=30;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121217;STB=0.582693;STBP=0.372;TYPE=del;VARB=0.00859518;OID=.;OPOS=18022306;OREF=CAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387755:18:48:19:49:30:12:7:15:15:99:30:11:7:15:15 chr11 18127530 . A ACCTCCT 76.55 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=70;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=13;FWDB=-0.0837516;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=6;MLLD=211.137;QD=4.50268;RBI=0.0841144;REFB=-0.0118927;REVB=0.00780377;RO=55;SAF=2;SAR=11;SRF=42;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.667687;STB=0.909296;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.0349055;OID=.;OPOS=18127531;OREF=-;OALT=CCTCCT;OMAPALT=ACCTCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.191176:13:70:13:68:55:2:11:42:13:76:55:2:11:42:13 chr11 18159169 . A G 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.319;QD=59.9959;RBI=0.0258917;REFB=0;REVB=0.00089815;RO=0;SAF=61;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58865e-05;OID=.;OPOS=18159169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:45:61:0:0:45:61:0:0 chr11 18159254 . A G 1824.96 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.472;QD=60.3294;RBI=0.0246307;REFB=-0.0661488;REVB=-0.0223073;RO=1;SAF=59;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0079833;STB=0.504201;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.000812833;OID=.;OPOS=18159254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:61:59:1:0:61:59:1:0 chr11 18194827 . C G 333.44 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0201499;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.296;QD=16.0694;RBI=0.021031;REFB=-0.013739;REVB=0.00602355;RO=46;SAF=22;SAR=14;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197356;STB=0.60531;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0171735;OID=.;OPOS=18194827;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:46:47:36:36:0.433735:14:22:19:27:14:22:20:27 chr11 18194878 . T G 387.73 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0135798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1905;QD=16.1552;RBI=0.0158365;REFB=0.0142403;REVB=0.00814763;RO=55;SAF=26;SAR=15;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220834;STB=0.624364;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.018416;OID=.;OPOS=18194878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:15:26:23:32:15:26:23:32 chr11 18194944 . T A 467.73 PASS AF=0.494624;AO=45;DP=92;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0395784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.166;QD=20.1172;RBI=0.0403404;REFB=-0.0163845;REVB=0.00780351;RO=47;SAF=25;SAR=20;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219499;STB=0.50588;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0205168;OID=.;OPOS=18194944;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:47:47:45:46:0.494624:20:25:25:22:21:25:25:22 chr11 18194964 . A G 347.86 PASS AF=0.447059;AO=37;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0320784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7969;QD=16.3698;RBI=0.035361;REFB=-0.0432162;REVB=-0.0148788;RO=47;SAF=15;SAR=22;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126882;STB=0.561611;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0519461;OID=.;OPOS=18194964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:37:38:0.447059:22:15:25:22:22:16:25:22 chr11 18195051 . T C 1399.76 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0522359;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.878;QD=62.9104;RBI=0.0572049;REFB=0;REVB=0.0233196;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.57079e-05;OID=.;OPOS=18195051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:44:45:0:0:44:45:0:0 chr11 18195448 . C T 413.6 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=0.0128293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.954;QD=16.3804;RBI=0.0128434;REFB=-0.00408545;REVB=0.000602317;RO=56;SAF=18;SAR=27;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827639;STB=0.546198;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00369837;OID=.;OPOS=18195448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:45:45:0.445545:27:18:18:38:27:18:18:38 chr11 18210580 . C T 574.46 PASS AF=0.545455;AO=53;DP=99;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0305006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.684;QD=23.2103;RBI=0.0804049;REFB=-0.0488851;REVB=0.0743953;RO=45;SAF=24;SAR=29;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858134;STB=0.550543;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0607304;OID=.;OPOS=18210580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:45:45:53:54:0.545455:29:24:25:20:30:24:25:20 chr11 18231749 . T G 966.91 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00588425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.805;QD=56.0526;RBI=0.0060949;REFB=-0.160221;REVB=0.00158852;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133112;STB=0.50065;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00471341;OID=.;OPOS=18231749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:69:69:1:2:67:67:0.971014:32:35:1:0:32:35:1:1 chr11 18231915 . T C 648.19 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00497309;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=266.306;QD=57.6166;RBI=0.00652439;REFB=-0.150527;REVB=-0.00422328;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199809;STB=0.520824;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000515232;OID=.;OPOS=18231915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:1:2:43:43:0.955556:20:23:1:0:20:23:2:0 chr11 18231989 . CA C,CC 70.6 PASS AF=0.282609,0.0217391;AO=17,2;DP=46;FAO=13,1;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=5,0;FSAR=8,1;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.210734,-0.107813;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=17.4936,37.5528;QD=6.13904;RBI=0.221589,0.113129;REFB=-0.0655555,-0.0265364;REVB=0.0685043,0.0342721;RO=25;SAF=8,1;SAR=9,1;SRF=4;SRR=21;SSEN=0.371429,0;SSEP=0,0;SSSB=0.334764,0.392519;STB=0.555473,0.986407;STBP=0.686,0.484;TYPE=del,snp;VARB=0.0735659,0.0756696;OID=.,.;OPOS=18231990,18231990;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.282609,0.0217391:17,2:46:13,1:46:32:5,0:8,1:10:22:66:25:8,1:9,1:4:21 chr11 18253176 . C T 490.08 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0298589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.863;QD=56.0095;RBI=0.0311783;REFB=0.0345172;REVB=0.00897394;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267062;STB=0.514277;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000526377;OID=.;OPOS=18253176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:17:17:0:1:17:17:0:1 chr11 18267027 . C T 1600.35 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262572;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8607;QD=59.8262;RBI=0.0359368;REFB=0;REVB=0.0245359;RO=0;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020702;OID=.;OPOS=18267027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:50:56:0:0:50:57:0:0 chr11 18267463 . A G 47.7 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=-0.0668785;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3372;QD=3.12802;RBI=0.0767909;REFB=-0.00812054;REVB=-0.0377374;RO=51;SAF=5;SAR=4;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224821;STB=0.656186;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0386283;OID=.;OPOS=18267463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:62:61:51:52:9:9:0.147541:4:5:37:14:4:5:38:14 chr11 18267471 . A G 186.34 PASS AF=0.403509;AO=21;DP=55;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00193926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.522;QD=13.0763;RBI=0.0266649;REFB=-0.00934624;REVB=-0.0265943;RO=34;SAF=15;SAR=6;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839277;STB=0.566606;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0252524;OID=.;OPOS=18267471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:34:34:21:23:0.403509:6:15:22:12:6:17:22:12 chr11 18267478 . G A 61.44 PASS AF=0.178571;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.022849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8554;QD=4.38837;RBI=0.033863;REFB=-0.00351302;REVB=-0.0249925;RO=44;SAF=6;SAR=4;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109058;STB=0.584457;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0338129;OID=.;OPOS=18267478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:56:56:44:46:10:10:0.178571:4:6:30:14:4:6:32:14 chr11 18290880 . C G 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.054;QD=28.5377;RBI=0.0865603;REFB=-0.0152784;REVB=-0.0803935;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000115839;OID=.;OPOS=18290880;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:0:1:7:7:0.875:3:4:0:0:3:4:1:0 chr11 18291321 . T C 676.64 PASS AF=0.478873;AO=67;DP=141;FAO=68;FDP=142;FR=.;FRO=74;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=27;FWDB=0.00110279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.174;QD=19.0603;RBI=0.0127911;REFB=-0.00491737;REVB=0.0127435;RO=74;SAF=43;SAR=24;SRF=47;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684168;STB=0.50156;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00485687;OID=.;OPOS=18291321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:74:74:67:68:0.478873:24:43:47:27:25:43:47:27 chr11 18322467 . C CA 122.91 PASS AF=0.382353;AO=22;DP=69;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0416956;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.6337;QD=7.23025;RBI=0.0447635;REFB=-0.0150212;REVB=-0.0162864;RO=46;SAF=8;SAR=14;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208156;STB=0.601288;STBP=0.221;TYPE=ins;VARB=0.0215273;OID=.;OPOS=18322468;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353:22:69:26:68:42:10:16:23:19:99:46:8:14:25:21 chr11 18327684 . G T 631.17 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000982028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.086;QD=61.5777;RBI=0.0293972;REFB=0;REVB=0.0293808;RO=0;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84192e-05;OID=.;OPOS=18327684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:11:29:0:0:12:29:0:0 chr11 18388128 . G C 838.92 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0297983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.215;QD=55.0109;RBI=0.0298174;REFB=-0.0942233;REVB=0.00106872;RO=2;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024187;STB=0.506327;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00111134;OID=.;OPOS=18388128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:2:1:59:60:0.983607:38:21:0:2:39:21:0:1 chr11 18424451 . C T 514.19 PASS AF=0.398601;AO=57;DP=143;FAO=57;FDP=143;FR=.;FRO=86;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.0165819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.135;QD=14.383;RBI=0.0174914;REFB=-0.00397905;REVB=-0.00556702;RO=85;SAF=32;SAR=25;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00910979;STB=0.50907;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00463862;OID=.;OPOS=18424451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:85:86:57:57:0.398601:25:32:47:38:25:32:47:39 chr11 18424487 . A G 360.56 PASS AF=0.326087;AO=45;DP=138;FAO=45;FDP=138;FR=.;FRO=93;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=0.00594436;FXX=0.0142847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7266;QD=10.4509;RBI=0.0139664;REFB=0.00268279;REVB=0.0126383;RO=93;SAF=24;SAR=21;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503283;STB=0.502911;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00355391;OID=.;OPOS=18424487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:93:93:45:45:0.326087:21:24:50:43:21:24:50:43 chr11 18467821 . T C 1594.81 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191101;FXX=0.0185168;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.197;QD=60.1816;RBI=0.028756;REFB=0;REVB=0.0214875;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67267e-05;OID=.;OPOS=18467821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:106:0:0:106:106:1:60:46:0:0:60:46:0:0 chr11 18505552 . G A 334.57 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0013265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.809;QD=16.522;RBI=0.0041139;REFB=-0.0189269;REVB=-0.00389417;RO=44;SAF=17;SAR=19;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039801;STB=0.515498;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0232343;OID=.;OPOS=18505552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:44:45:36:36:0.444444:19:17:19:25:19:17:20:25 chr11 18555901 . C G 197.99 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00210487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.868;QD=11.1543;RBI=0.00252345;REFB=-0.000674402;REVB=-0.00139188;RO=46;SAF=13;SAR=12;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506929;STB=0.529388;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0012904;OID=.;OPOS=18555901;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:12:13:26:20:12:13:26:20 chr11 18555949 . T C 207.5 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00545869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.343;QD=11.216;RBI=0.00605063;REFB=-0.0120289;REVB=-0.00261014;RO=48;SAF=13;SAR=13;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933156;STB=0.554013;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0215943;OID=.;OPOS=18555949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:13:13:28:20:13:13:28:20 chr11 18600322 . T G 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.000233761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.268;QD=12.9421;RBI=0.00203911;REFB=-0.00101657;REVB=-0.00202567;RO=25;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204886;STB=0.620525;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0022289;OID=.;OPOS=18600322;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:5:10:12:13:5:10:12:13 chr11 18724558 . C T 909.05 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111427;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.297;QD=56.8156;RBI=0.0149329;REFB=0.00214205;REVB=0.00994143;RO=1;SAF=25;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185128;STB=0.509801;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=1.28951e-05;OID=.;OPOS=18724558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:64:1:1:63:63:0.984375:38:25:1:0:38:25:1:0 chr11 18735396 . G T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.578;QD=53.2767;RBI=0.0554376;REFB=0;REVB=0.0447438;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516277;OID=.;OPOS=18735396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr11 18735947 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.33;QD=57.2368;RBI=0.0403584;REFB=0;REVB=0.0389287;RO=0;SAF=12;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143515;OID=.;OPOS=18735947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:44:12:0:0:44:12:0:0 chr11 18737095 . C T 1620.65 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.749;QD=60.0242;RBI=0.0383538;REFB=0;REVB=0.025526;RO=0;SAF=62;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101361;OID=.;OPOS=18737095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:45:62:0:0:45:63:0:0 chr11 18738281 . C T 655.65 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440111;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.621;QD=62.4426;RBI=0.0440232;REFB=0;REVB=0.00103212;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397281;OID=.;OPOS=18738281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr11 18743091 . G A 1525.74 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.472;QD=59.8328;RBI=0.047192;REFB=0;REVB=0.0395458;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113066;OID=.;OPOS=18743091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:52:49:0:0:53:49:0:0 chr11 18765655 . C T 193.15 PASS AF=0.267327;AO=27;DP=102;FAO=27;FDP=101;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.00681725;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5794;QD=7.64939;RBI=0.0399572;REFB=-0.00935451;REVB=-0.0393713;RO=66;SAF=18;SAR=9;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256094;STB=0.688175;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.033786;OID=.;OPOS=18765655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:66:74:27:27:0.267327:9:18:30:36:9:18:30:44 chr11 18955744 . C T 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00751334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.316;QD=12.0205;RBI=0.0101754;REFB=-0.00819771;REVB=0.00686213;RO=25;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221229;STB=0.630808;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.022408;OID=.;OPOS=18955744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:9:5:14:11:9:5:14:11 chr11 18956194 . T C 373.69 PASS AF=0.310559;AO=50;DP=161;FAO=50;FDP=161;FR=.;FRO=111;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=-0.0196448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.627;QD=9.28427;RBI=0.019817;REFB=0.00187331;REVB=0.00260702;RO=111;SAF=22;SAR=28;SRF=60;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11901;STB=0.569135;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00390167;OID=.;OPOS=18956194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:111:111:50:50:0.310559:28:22:60:51:28:22:60:51 chr11 18956196 . C T 408.53 PASS AF=0.32716;AO=53;DP=162;FAO=53;FDP=162;FR=.;FRO=109;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=57;FSRR=52;FWDB=0.0103329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.454;QD=10.0873;RBI=0.0581345;REFB=-0.0063735;REVB=0.0572088;RO=108;SAF=24;SAR=29;SRF=56;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764403;STB=0.547152;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0104419;OID=.;OPOS=18956196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:108:109:53:53:0.32716:29:24:56:52:29:24:57:52 chr11 19167850 . A G 1973.14 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0371256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0503;QD=61.1827;RBI=0.0378771;REFB=0.0159794;REVB=0.00750765;RO=0;SAF=69;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.000289942;OID=.;OPOS=19167850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:0:1:128:128:0.992248:59:69:0:0:59:69:0:1 chr11 19245854 . T C 1607.11 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.321;QD=64.2846;RBI=0.018628;REFB=0;REVB=0.0135657;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69725e-05;OID=.;OPOS=19245854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:51:49:0:0:51:49:0:0 chr11 19612775 . C T 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9427;QD=58.0594;RBI=0.0618584;REFB=0;REVB=-0.00723737;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276702;OID=.;OPOS=19612775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr11 19735987 . A G 347.27 PASS AF=0.40404;AO=39;DP=101;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.01257;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.538;QD=14.031;RBI=0.0145055;REFB=-0.00683963;REVB=-0.00723915;RO=62;SAF=24;SAR=15;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021067;STB=0.514637;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00688608;OID=.;OPOS=19735987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:62:59:39:40:0.40404:15:24:37:25:16:24:34:25 chr11 19799525 . CCG C,CC 2653.41 PASS AF=0,1;AO=27,147;DP=178;FAO=0,171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=0,93;FSAR=0,78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114357,0.0698147;FXX=0.0172404;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=101.088,117.725;QD=62.068;RBI=0.0114966,0.0699344;REFB=0,0;REVB=0.00118217,0.00409017;RO=0;SAF=26,65;SAR=1,82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.4,0;SSEP=0.492063,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000322177;OID=.,.;OPOS=19799526,19799527;OREF=CG,G;OALT=-,-;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:27,147:178:0,171:171:0:0,93:0,78:0:0:14:0:26,65:1,82:0:0 chr11 19854088 . G A 1788.89 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00212371;FXX=0.00847386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1868;QD=61.1588;RBI=0.0505094;REFB=0;REVB=-0.0504647;RO=0;SAF=58;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00027541;OID=.;OPOS=19854088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:59:58:0:0:59:58:0:0 chr11 19901632 . G A 268.63 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0331678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8413;QD=22.386;RBI=0.0477713;REFB=-0.0219504;REVB=-0.0343801;RO=20;SAF=14;SAR=11;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320774;STB=0.660043;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0123377;OID=.;OPOS=19901632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:23:25:25:0.520833:11:14:3:17:11:14:5:18 chr11 19955129 . C T 209.62 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.065375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6718;QD=9.63763;RBI=0.0656649;REFB=0.000235777;REVB=-0.00616363;RO=60;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217178;STB=0.626601;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.000834254;OID=.;OPOS=19955129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:60:60:27:27:0.310345:13:14:20:40:13:14:20:40 chr11 19955500 . A G 1429.22 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000403491;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.622;QD=60.818;RBI=0.0049404;REFB=-0.199509;REVB=0.0049239;RO=0;SAF=55;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000354292;OID=.;OPOS=19955500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:94:94:0:1:92:93:0.989362:37:55:0:0:37:56:0:1 chr11 19970501 . T C 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0202063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7336;QD=23.2629;RBI=0.0300572;REFB=0.00528993;REVB=0.0222518;RO=19;SAF=19;SAR=4;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114301;STB=0.564296;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00375284;OID=.;OPOS=19970501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:4:19:14:5:4:19:14:5 chr11 19970558 . T C 908.23 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113759;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.459;QD=58.5955;RBI=0.0287923;REFB=0;REVB=-0.0264497;RO=0;SAF=45;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7169e-05;OID=.;OPOS=19970558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:17:45:0:0:17:45:0:0 chr11 19970579 . C T 1451.19 PASS AF=0.990099;AO=97;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0180966;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.886;QD=57.473;RBI=0.0393013;REFB=0.0591562;REVB=0.034887;RO=1;SAF=58;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810761;STB=0.504131;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=2.98171e-05;OID=.;OPOS=19970579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:97:100:0.990099:39:58:1:0:40:60:1:0 chr11 20044696 . A G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0176554;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.125;QD=16.8985;RBI=0.0176913;REFB=0.00388715;REVB=-0.00112757;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784731;STB=0.521695;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.00311291;OID=.;OPOS=20044696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:8:9:10:10:0.526316:6:4:4:4:6:4:4:5 chr11 20065673 . G T 174.77 PASS AF=0.385965;AO=21;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0279672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.669;QD=12.2649;RBI=0.0370218;REFB=-0.00651173;REVB=0.024258;RO=35;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162789;STB=0.580576;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00937398;OID=.;OPOS=20065673;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:35:35:21:22:0.385965:12:9:10:25:13:9:10:25 chr11 20065779 . C G 34.82 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0785564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1014;QD=23.2139;RBI=0.120082;REFB=0.0282462;REVB=0.0908213;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.0197671;OID=.;OPOS=20065779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chr11 20067064 . C T 353.59 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0330934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.796;QD=23.972;RBI=0.0501612;REFB=-0.0123249;REVB=0.0376958;RO=23;SAF=16;SAR=19;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780483;STB=0.551228;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0108143;OID=.;OPOS=20067064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:24:35:35:0.59322:19:16:13:10:19:16:14:10 chr11 20075711 . G A 472.26 PASS AF=0.367347;AO=54;DP=150;FAO=54;FDP=147;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=0.0227436;FXX=0.0199987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3816;QD=12.8506;RBI=0.0254791;REFB=-0.00325743;REVB=0.0114853;RO=92;SAF=27;SAR=27;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240769;STB=0.517001;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00460278;OID=.;OPOS=20075711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:147:92:93:54:54:0.367347:27:27:48:44:27:27:49:44 chr11 20089792 . G C 706.86 PASS AF=0.471698;AO=75;DP=159;FAO=75;FDP=159;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=55;FSRR=29;FWDB=-0.00887661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5208;QD=17.7827;RBI=0.0118114;REFB=-0.0106948;REVB=-0.00779199;RO=84;SAF=33;SAR=42;SRF=55;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202812;STB=0.611993;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0095752;OID=.;OPOS=20089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:84:84:75:75:0.471698:42:33:55:29:42:33:55:29 chr11 20089944 . T C 436.9 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00327378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.585;QD=18.7913;RBI=0.00454579;REFB=-0.00103182;REVB=0.00315381;RO=49;SAF=16;SAR=28;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161866;STB=0.59032;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.000757387;OID=.;OPOS=20089944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:28:16:26:23:28:16:26:23 chr11 20099112 . A T 955.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.115;QD=58.7735;RBI=0.00903923;REFB=0;REVB=0.00344148;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49468e-05;OID=.;OPOS=20099112;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:33:30:0:0:34:31:0:0 chr11 20099541 . C T 464.87 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.075226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4955;QD=58.1086;RBI=0.116937;REFB=0;REVB=0.0895286;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213433;OID=.;OPOS=20099541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:8:23:0:0:8:24:0:0 chr11 20101704 . C T 1680.33 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334513;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.917;QD=60.5524;RBI=0.064842;REFB=0;REVB=0.0555472;RO=0;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87144e-05;OID=.;OPOS=20101704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:54:56:0:0:54:57:0:0 chr11 20101744 . C A 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.176;QD=61.3749;RBI=0.0213651;REFB=0;REVB=-0.00731187;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143869;OID=.;OPOS=20101744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:39:41:0:0:39:41:0:0 chr11 20104669 . G A 341.29 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0336439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.54;QD=25.7577;RBI=0.0345046;REFB=-0.00168336;REVB=-0.00765835;RO=20;SAF=20;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00436034;STB=0.502391;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.000668982;OID=.;OPOS=20104669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:20:33:33:0.622642:13:20:12:8:13:20:12:8 chr11 20112417 . A C 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0030064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.667;QD=18.4834;RBI=0.0118419;REFB=-0.0196542;REVB=0.0114539;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131428;STB=0.574392;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.015382;OID=.;OPOS=20112417;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:9:10:14:7:9:10:14:7 chr11 20112492 . G A 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.010387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.862;QD=16.4079;RBI=0.0136949;REFB=-0.00635052;REVB=-0.00892534;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554376;STB=0.531761;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00995802;OID=.;OPOS=20112492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:9:12:15:14:9:12:15:14 chr11 20117232 . T C 2102.73 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00740755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.12;QD=62.7681;RBI=0.0346379;REFB=0;REVB=0.0338366;RO=0;SAF=89;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64437e-05;OID=.;OPOS=20117232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:45:89:0:0:45:89:0:0 chr11 20124914 . A C 605.9 PASS AF=0.654321;AO=53;DP=81;FAO=53;FDP=81;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00963596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.995;QD=29.9212;RBI=0.0104963;REFB=-0.029653;REVB=-0.00416174;RO=28;SAF=25;SAR=28;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131337;STB=0.571137;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0173099;OID=.;OPOS=20124914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:28:28:53:53:0.654321:28:25:19:9:28:25:19:9 chr11 20139937 . C T 178.85 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0093224;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=282.18;QD=15.2217;RBI=0.0135632;REFB=-0.00365713;REVB=0.00985152;RO=26;SAF=13;SAR=6;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370804;STB=0.728219;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00889894;OID=.;OPOS=20139937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:28:19:19:0.404255:6:13:8:18:6:13:8:20 chr11 20140387 . A G 423.23 PASS AF=0.458333;AO=43;DP=94;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0610227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9729;QD=17.6346;RBI=0.0640666;REFB=-0.0147698;REVB=-0.0195131;RO=51;SAF=21;SAR=22;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968087;STB=0.564122;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.016807;OID=.;OPOS=20140387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:51:52:43:44:0.458333:22:21:30:21:23:21:31:21 chr11 20140471 . A G 372.85 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0154962;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.1074;QD=15.0646;RBI=0.0209096;REFB=-0.0106265;REVB=0.0140384;RO=59;SAF=17;SAR=23;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175878;STB=0.599449;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0118854;OID=.;OPOS=20140471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:59:40:40:0.40404:23:17:35:24:23:17:35:24 chr11 20142377 . GTCAC G 384.05 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00933562;FXX=0.0588166;HRUN=1;LEN=4;MLLD=296.273;QD=19.2023;RBI=0.0139807;REFB=-0.0100808;REVB=0.010407;RO=36;SAF=17;SAR=22;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318407;STB=0.511105;STBP=0.855;TYPE=del;VARB=0.00948245;OID=.;OPOS=20142378;OREF=TCAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4875:39:82:39:80:41:17:22:17:24:99:36:17:22:17:19 chr11 20142448 . T C 425.1 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0317793;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.3147;QD=18.8934;RBI=0.058882;REFB=0.0298577;REVB=0.0495699;RO=45;SAF=18;SAR=25;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024299;STB=0.526303;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.0256681;OID=.;OPOS=20142448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:45:47:43:43:0.477778:25:18:20:25:25:18:22:25 chr11 20181704 . C T 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.050653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1171;QD=26.026;RBI=0.050653;REFB=-0.0164149;REVB=0;RO=1;SAF=6;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000825616;OID=.;OPOS=20181704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:0:6:1:0:0:6:1:0 chr11 20404613 . T G 1166.3 PASS AF=1;AO=65;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.517;QD=60.587;RBI=0.0603702;REFB=0;REVB=0.0184186;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179696;OID=.;OPOS=20404613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:65:77:1:25:40:0:0:26:51:0:0 chr11 20429454 . T C 1901.11 PASS AF=0.984615;AO=118;DP=124;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00183769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.605;QD=58.4957;RBI=0.0236277;REFB=-0.0293004;REVB=0.0235561;RO=2;SAF=64;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146097;STB=0.507462;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000320879;OID=.;OPOS=20429454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:130:2:2:118:128:0.984615:54:64:2:0:62:66:2:0 chr11 20486026 . G A 369.35 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0126294;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.713;QD=23.8289;RBI=0.0192533;REFB=-0.0447283;REVB=0.0145323;RO=26;SAF=19;SAR=17;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00817135;STB=0.504494;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0331984;OID=.;OPOS=20486026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:26:26:36:36:0.580645:17:19:14:12:17:19:14:12 chr11 20529886 . G A 1730.25 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.649;QD=60.7105;RBI=0.0208877;REFB=0;REVB=-0.0105324;RO=0;SAF=61;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06158e-05;OID=.;OPOS=20529886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:53:61:0:0:53:61:0:0 chr11 20622975 . G A 125.48 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0369859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2059;QD=18.5893;RBI=0.0372842;REFB=0.0191399;REVB=0.00470694;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176453;STB=0.599867;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0133593;OID=.;OPOS=20622975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:3:10:8:6:3:10 chr11 20623023 . C T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00252242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.335;QD=15.9167;RBI=0.0510009;REFB=-0.020072;REVB=0.0509385;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436168;STB=0.749643;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0216695;OID=.;OPOS=20623023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:9:4:12:3:9:4:12:3 chr11 20623042 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365572;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.472;QD=61.3361;RBI=0.0365601;REFB=0;REVB=0.000457326;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9791e-05;OID=.;OPOS=20623042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr11 20623156 . C G 769.28 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0685596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9591;QD=56.9838;RBI=0.164792;REFB=0;REVB=0.149854;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000922661;OID=.;OPOS=20623156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:26:24:0:0:30:24:0:0 chr11 20629164 . G A 213.37 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0399272;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.669;QD=10.2828;RBI=0.042919;REFB=-0.00154092;REVB=-0.0157436;RO=54;SAF=14;SAR=13;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845628;STB=0.548495;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00284552;OID=.;OPOS=20629164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:54:56:27:27:0.325301:13:14:24:30:13:14:25:31 chr11 20639400 . A G 1109.08 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00892241;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0222;QD=59.151;RBI=0.0105841;REFB=-0.0902294;REVB=0.00569328;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=1.34627e-05;OID=.;OPOS=20639400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:75:0:1:74:74:0.986667:40:34:0:0:40:34:0:1 chr11 20673867 . G A 2895.97 PASS AF=1;AO=182;DP=184;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.976;QD=62.6155;RBI=0.042206;REFB=0;REVB=0.00883151;RO=0;SAF=108;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.29044e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268278;OID=.;OPOS=20673867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:185:0:0:182:185:1:74:108:0:0:75:110:0:0 chr11 20805286 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00179609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.265;QD=63.2866;RBI=0.027335;REFB=0;REVB=-0.027276;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.21176e-05;OID=.;OPOS=20805286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr11 21305927 . T C 2102.62 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.142;QD=62.7649;RBI=0.0309278;REFB=0;REVB=0.0260356;RO=0;SAF=60;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65929e-05;OID=.;OPOS=21305927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:74:60:0:0:74:60:0:0 chr11 21596579 . G A 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0191636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.408;QD=17.0639;RBI=0.0687317;REFB=0.0148705;REVB=-0.0660061;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171215;STB=0.596086;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.0185398;OID=.;OPOS=21596579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:16:12:19:12:16:12:19:12 chr11 22242729 . T C 782.39 PASS AF=0.548148;AO=74;DP=135;FAO=74;FDP=135;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0452038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.801;QD=23.1819;RBI=0.04735;REFB=-0.00993008;REVB=0.0140939;RO=61;SAF=23;SAR=51;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769553;STB=0.542173;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00718613;OID=.;OPOS=22242729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:61:61:74:74:0.548148:51:23:24:37:51:23:24:37 chr11 22271870 . A T 624.76 PASS AF=0.474074;AO=64;DP=135;FAO=64;FDP=135;FR=.;FRO=71;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.032082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.556;QD=18.5113;RBI=0.0338604;REFB=-0.00479891;REVB=-0.010829;RO=71;SAF=39;SAR=25;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993918;STB=0.555143;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00460762;OID=.;OPOS=22271870;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:71:71:64:64:0.474074:25:39:36:35:25:39:36:35 chr11 22364846 . CTTTT CTTT,CTTTG 100.71 PASS AF=0.369565,0.0217391;AO=13,2;DP=48;FAO=17,1;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=2,0;FSAR=15,1;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.00765578,0.0276278;FXX=0.041658;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=14.5035,19.838;QD=8.75748;RBI=0.158488,0.120428;REFB=-0.0274024,-0.00405005;REVB=-0.158303,-0.117216;RO=27;SAF=2,0;SAR=11,2;SRF=20;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.624899,-0.60589;STB=0.886442,0.994527;STBP=0,0.137;TYPE=del,snp;VARB=0.000892837,0.0930466;OID=.,.;OPOS=22364847,22364850;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=CTTT,CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369565,0.0217391:13,2:48:17,1:46:28:2,0:15,1:21:7:96:27:2,0:11,2:20:7 chr11 22646571 . T C 947.44 PASS AF=0.42449;AO=105;DP=250;FAO=104;FDP=245;FR=.;FRO=141;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=70;FSRR=71;FWDB=-0.0115274;FXX=0.0277767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.247;QD=15.4684;RBI=0.0190218;REFB=-0.0140479;REVB=0.015131;RO=135;SAF=57;SAR=48;SRF=65;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621912;STB=0.524224;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0160757;OID=.;OPOS=22646571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:245:135:141:105:104:0.42449:48:57:65:70:48:56:70:71 chr11 22696451 . A G 1529.18 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00656081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.284;QD=63.0588;RBI=0.0713258;REFB=0;REVB=0.0710234;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178205;OID=.;OPOS=22696451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:97:0:0:88:97:1:37:51:0:0:46:51:0:0 chr11 22709973 . C A 1908.97 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00713437;FXX=0.0238076;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3621;QD=62.0802;RBI=0.0496272;REFB=0;REVB=-0.0491117;RO=0;SAF=62;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.55703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61589e-06;OID=.;OPOS=22709973;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:61:62:0:0:61:62:0:0 chr11 22834189 . C T 612.59 PASS AF=0.477273;AO=63;DP=132;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.0235896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.923;QD=18.5634;RBI=0.058522;REFB=-0.00375739;REVB=-0.0535571;RO=69;SAF=32;SAR=31;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815972;STB=0.545156;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0047025;OID=.;OPOS=22834189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:69:69:63:63:0.477273:31:32:41:28:31:32:41:28 chr11 22881002 . C T 346.68 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0303954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.992;QD=13.334;RBI=0.0504433;REFB=-0.02349;REVB=-0.0402572;RO=63;SAF=26;SAR=15;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236358;STB=0.634081;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0247219;OID=.;OPOS=22881002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:63:63:41:41:0.394231:15:26:26:37:15:26:26:37 chr11 24759855 . G A 447.46 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00959692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9094;QD=21.3077;RBI=0.0102492;REFB=-0.0228758;REVB=-0.00359798;RO=40;SAF=27;SAR=17;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347775;STB=0.519222;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0191087;OID=.;OPOS=24759855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:17:27:23:17:17:27:23:17 chr11 25098938 . G C 2182.97 PASS AF=1;AO=126;DP=132;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134214;FXX=0.0211253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1069;QD=62.8192;RBI=0.135055;REFB=0;REVB=-0.0150513;RO=0;SAF=36;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24471e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287208;OID=.;OPOS=25098938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:132:139:0:0:126:139:1:90:36:0:0:90:49:0:0 chr11 26481611 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.841;QD=58.1421;RBI=0.0272744;REFB=0;REVB=0.0192388;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107821;OID=.;OPOS=26481611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr11 26568966 . A G 2796.5 PASS AF=1;AO=178;DP=180;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152449;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2626;QD=62.8427;RBI=0.023886;REFB=0;REVB=0.0183884;RO=0;SAF=64;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22642e-05;OID=.;OPOS=26568966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:178:0:0:178:178:1:114:64:0:0:114:64:0:0 chr11 26574886 . T C 226.44 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0337307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.299;QD=17.0895;RBI=0.0440112;REFB=-0.0269921;REVB=-0.0282706;RO=27;SAF=18;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27103;STB=0.645881;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0134393;OID=.;OPOS=26574886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:7:18:12:15:7:18:13:15 chr11 26586801 . G A 767.98 PASS AF=0.5;AO=79;DP=158;FAO=79;FDP=158;FR=.;FRO=79;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=50;FWDB=-0.0111786;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.268;QD=19.4425;RBI=0.0134547;REFB=0.00411312;REVB=0.00748784;RO=79;SAF=39;SAR=40;SRF=29;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115334;STB=0.563387;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00420116;OID=.;OPOS=26586801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:79:79:79:79:0.5:40:39:29:50:40:39:29:50 chr11 26587133 . T C 813.95 PASS AF=0.515723;AO=81;DP=159;FAO=82;FDP=159;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.0293399;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.138;QD=20.4768;RBI=0.0344103;REFB=-0.0142807;REVB=0.017979;RO=75;SAF=34;SAR=47;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886814;STB=0.551369;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0130532;OID=.;OPOS=26587133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:75:77:81:82:0.515723:47:34:39:36:48:34:40:37 chr11 26621117 . A C 844.91 PASS AF=0.450495;AO=91;DP=203;FAO=91;FDP=202;FR=.;FRO=111;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=59;FSRR=52;FWDB=-0.00168262;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.337;QD=16.731;RBI=0.00639203;REFB=-0.0178657;REVB=-0.00616659;RO=111;SAF=46;SAR=45;SRF=59;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257957;STB=0.514311;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0212821;OID=.;OPOS=26621117;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:111:111:91:91:0.450495:45:46:59:52:45:46:59:52 chr11 26663466 . G A 33.14 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=83;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=0.000717695;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.797;QD=1.61654;RBI=0.0216793;REFB=0.00198294;REVB=0.0216675;RO=75;SAF=4;SAR=4;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383552;STB=0.536495;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.0166956;OID=.;OPOS=26663466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:83:82:75:74:8:8:0.097561:4:4:40:35:4:4:40:34 chr11 26677947 . C T 589.97 PASS AF=0.480315;AO=61;DP=127;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.0231226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6354;QD=18.5816;RBI=0.0271127;REFB=0.040365;REVB=-0.0141579;RO=65;SAF=33;SAR=28;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703258;STB=0.542253;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.0545644;OID=.;OPOS=26677947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:65:66:61:61:0.480315:28:33:40:25:28:33:41:25 chr11 26692733 . T C 522.63 PASS AF=0.396104;AO=61;DP=155;FAO=61;FDP=154;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=58;FSRR=35;FWDB=0.0300526;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0182;QD=13.5749;RBI=0.0311447;REFB=0.0233938;REVB=-0.00817516;RO=94;SAF=27;SAR=34;SRF=58;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185748;STB=0.608002;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0353315;OID=.;OPOS=26692733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:94:93:61:61:0.396104:34:27:58:36:34:27:58:35 chr11 26692742 . G A 551.65 PASS AF=0.405405;AO=60;DP=148;FAO=60;FDP=148;FR=.;FRO=88;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=53;FSRR=35;FWDB=0.000896225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.493;QD=14.9094;RBI=0.0217858;REFB=0.00142132;REVB=-0.0217673;RO=87;SAF=26;SAR=34;SRF=53;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183526;STB=0.599521;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00134498;OID=.;OPOS=26692742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:87:88:60:60:0.405405:34:26:53:34:34:26:53:35 chr11 26702664 . C T 1320.91 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00572101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1487;QD=62.1607;RBI=0.0306839;REFB=0;REVB=-0.0301458;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218437;OID=.;OPOS=26702664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:45:39:0:0:45:40:0:0 chr11 26743115 . G A 645.64 PASS AF=0.585859;AO=57;DP=98;FAO=58;FDP=99;FR=.;FRO=41;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00269597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.908;QD=26.0866;RBI=0.0207114;REFB=-0.0120614;REVB=-0.0205352;RO=41;SAF=35;SAR=22;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423884;STB=0.518231;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00866737;OID=.;OPOS=26743115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:41:41:57:58:0.585859:22:35:23:18:23:35:23:18 chr11 27016315 . G A 379.62 PASS AF=0.324138;AO=47;DP=143;FAO=47;FDP=145;FR=.;FRO=98;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=52;FWDB=0.0117571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.174;QD=10.4722;RBI=0.0135639;REFB=-0.0119533;REVB=-0.00676383;RO=96;SAF=24;SAR=23;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036552;STB=0.527847;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0349108;OID=.;OPOS=27016315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:96:98:47:47:0.324138:23:24:46:50:23:24:46:52 chr11 27076977 . C T 221.12 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.000826249;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1343;QD=14.2659;RBI=0.0036908;REFB=-0.0205168;REVB=-0.00359713;RO=35;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133136;STB=0.584317;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0299207;OID=.;OPOS=27076977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:10:16:17:18:10:16:17:19 chr11 27077118 . C T 1661.42 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00997126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.871;QD=59.3365;RBI=0.0117374;REFB=0.0798841;REVB=0.00619195;RO=1;SAF=63;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978793;STB=0.505154;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00032609;OID=.;OPOS=27077118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:48:63:0:1:48:63:0:1 chr11 27362359 . T G 123.24 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0127758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.504;QD=7.35785;RBI=0.0131451;REFB=-0.00671114;REVB=0.00309376;RO=48;SAF=4;SAR=14;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380701;STB=0.739157;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.013537;OID=.;OPOS=27362359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:49:18:18:0.268657:14:4:25:23:14:4:26:23 chr11 27388910 . T C 560.68 PASS AF=0.410256;AO=63;DP=155;FAO=64;FDP=156;FR=.;FRO=92;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=0.0200641;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.251;QD=14.3763;RBI=0.0208836;REFB=-0.0113469;REVB=-0.00579303;RO=91;SAF=38;SAR=25;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183572;STB=0.609341;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.02141;OID=.;OPOS=27388910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:91:92:63:64:0.410256:25:38:39:52:25:39:39:53 chr11 27390089 . T C 1425.99 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.447;QD=61.9997;RBI=0.0593879;REFB=0;REVB=-0.0567551;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233237;OID=.;OPOS=27390089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:90:92:1:41:49:0:0:43:49:0:0 chr11 27679662 . T C 1118.82 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273949;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.735;QD=60.4765;RBI=0.0719588;REFB=0;REVB=0.0665401;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134661;OID=.;OPOS=27679662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:73:74:1:34:39:0:0:35:39:0:0 chr11 27679916 . C T 528.54 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.0113321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.857;QD=22.2542;RBI=0.0171378;REFB=0.00132311;REVB=-0.0128564;RO=44;SAF=30;SAR=20;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073751;STB=0.53332;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00201097;OID=.;OPOS=27679916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:45:50:50:0.526316:20:30:30:14:20:30:30:15 chr11 28134974 . C A 257.45 PASS AF=0.309735;AO=33;DP=111;FAO=35;FDP=113;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.0132591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.58;QD=9.11324;RBI=0.0156666;REFB=-0.00450397;REVB=0.00834505;RO=78;SAF=18;SAR=15;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696015;STB=0.518695;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00987315;OID=.;OPOS=28134974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:78:78:33:35:0.309735:15:18:38:40:17:18:38:40 chr11 28282920 . G A 249.06 PASS AF=0.28;AO=35;DP=125;FAO=35;FDP=125;FR=.;FRO=90;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=-0.0418562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8017;QD=7.96992;RBI=0.0448668;REFB=-0.00872331;REVB=-0.0161583;RO=90;SAF=20;SAR=15;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468223;STB=0.527762;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0136918;OID=.;OPOS=28282920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:90:90:35:35:0.28:15:20:48:42:15:20:48:42 chr11 30034043 . G A 207.74 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00347854;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.445;QD=15.1085;RBI=0.0396263;REFB=-0.0225419;REVB=-0.0394734;RO=31;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00671137;STB=0.503814;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0266316;OID=.;OPOS=30034043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:31:24:24:0.436364:13:11:14:17:13:11:14:17 chr11 30034072 . C T 109.23 PASS AF=0.27451;AO=13;DP=50;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.092138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3283;QD=8.56716;RBI=0.0985697;REFB=-0.00565899;REVB=0.0350224;RO=36;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078868;STB=0.58089;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0204082;OID=.;OPOS=30034072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:36:37:13:14:0.27451:6:7:17:19:6:8:17:20 chr11 30034868 . G C 553.18 PASS AF=0.617284;AO=50;DP=81;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0247436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.873;QD=27.3175;RBI=0.0253753;REFB=-0.0338698;REVB=-0.0056266;RO=31;SAF=28;SAR=22;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143528;STB=0.57814;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.023845;OID=.;OPOS=30034868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:31:31:50:50:0.617284:22:28:11:20:22:28:11:20 chr11 30255185 . C T 328.68 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00602553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.229;QD=18.0097;RBI=0.00707985;REFB=-0.0146316;REVB=0.00371715;RO=37;SAF=23;SAR=12;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235484;STB=0.625527;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0119347;OID=.;OPOS=30255185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:37:38:35:35:0.479452:12:23:15:22:12:23:16:22 chr11 30431768 . G A 96.06 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.000755153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.577;QD=12.0071;RBI=0.00126938;REFB=-0.0194497;REVB=-0.00102032;RO=19;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258606;STB=0.642602;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0465576;OID=.;OPOS=30431768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:19:20:12:12:0.375:9:3:9:10:9:3:9:11 chr11 30432220 . A T 765.81 PASS AF=0.410377;AO=87;DP=213;FAO=87;FDP=212;FR=.;FRO=125;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=59;FSRR=66;FWDB=-0.0942885;FXX=0.00469462;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0142;QD=14.4493;RBI=0.104519;REFB=-0.0150145;REVB=0.0450977;RO=125;SAF=42;SAR=45;SRF=58;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019789;STB=0.506352;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0236835;OID=.;OPOS=30432220;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:125:125:87:87:0.410377:45:42:58:67:45:42:59:66 chr11 31458730 . T G 287.17 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8327;QD=52.2117;RBI=0.0287798;REFB=0;REVB=0.00307965;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438656;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467414;OID=.;OPOS=31458730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:1:0:20:22:1:10:10:1:0:10:12:0:0 chr11 31838128 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.868;QD=62.022;RBI=0.0234565;REFB=0;REVB=-0.018081;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.37818e-06;OID=.;OPOS=31838128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr11 32124978 . T C 1227.43 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.044148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8948;QD=61.3715;RBI=0.0445321;REFB=0;REVB=0.00583634;RO=0;SAF=26;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000283969;OID=.;OPOS=32124978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:54:26:0:0:54:26:0:0 chr11 32125961 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00816032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.575;QD=53.2763;RBI=0.0239972;REFB=0;REVB=0.0225671;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107545;OID=.;OPOS=32125961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr11 32417945 . T C 940.95 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0450619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.327;QD=57.0275;RBI=0.0554768;REFB=-0.0146301;REVB=-0.0323589;RO=1;SAF=27;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171739;STB=0.509088;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000343189;OID=.;OPOS=32417945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:38:27:1:0:38:27:1:0 chr11 32449661 . G A 1005.07 PASS AF=0.973333;AO=70;DP=73;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00689002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9502;QD=53.6039;RBI=0.0874527;REFB=-0.0039893;REVB=0.0871808;RO=3;SAF=49;SAR=21;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628772;STB=0.519994;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00351671;OID=.;OPOS=32449661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:75:3:2:70:73:0.973333:21:49:0:3:24:49:0:2 chr11 32722320 . A T 1660.75 PASS AF=0.875776;AO=123;DP=148;FAO=141;FDP=161;FR=.;FRO=20;FSAF=86;FSAR=55;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=0.0793783;FXX=0.00617246;HRUN=7;LEN=1;MLLD=34.7375;QD=41.2608;RBI=0.0943588;REFB=-0.0996986;REVB=0.0510164;RO=23;SAF=75;SAR=48;SRF=21;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969706;STB=0.5385;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00883066;OID=.;OPOS=32722320;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:148:161:23:20:123:141:0.875776:48:75:21:2:55:86:18:2 chr11 32874926 . G A 221.74 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00973128;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.926;QD=14.0784;RBI=0.0131451;REFB=-0.0226318;REVB=0.00883718;RO=36;SAF=9;SAR=17;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167306;STB=0.520623;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0160125;OID=.;OPOS=32874926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:36:37:26:26:0.412698:17:9:13:23:17:9:14:23 chr11 32954344 . G A 1680.29 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925248;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.129;QD=60.5509;RBI=0.00995226;REFB=0;REVB=0.00366593;RO=0;SAF=54;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04811e-05;OID=.;OPOS=32954344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:57:54:0:0:57:54:0:0 chr11 32956244 . A G 556.97 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7693;QD=60.2127;RBI=0.0480756;REFB=0;REVB=0.0390466;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109519;OID=.;OPOS=32956244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr11 32956620 . A G 716.1 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00845652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.952;QD=51.1499;RBI=0.0102689;REFB=-0.0310332;REVB=0.00582563;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526306;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.000308466;OID=.;OPOS=32956620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:56:0:3:53:53:0.946429:26:27:0:0:26:27:3:0 chr11 33053107 . C T 271.9 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0176167;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.811;QD=16.9938;RBI=0.0509812;REFB=-0.0355252;REVB=-0.0478407;RO=34;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00754039;STB=0.504234;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0219849;OID=.;OPOS=33053107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:34:34:30:30:0.46875:17:13:15:19:17:13:15:19 chr11 33065394 . C T 412.81 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=42;FWDB=-0.0190725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.84;QD=15.8772;RBI=0.0265843;REFB=0.00126988;REVB=-0.0185192;RO=58;SAF=21;SAR=25;SRF=16;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185664;STB=0.603302;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00147968;OID=.;OPOS=33065394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:58:46:46:0.442308:25:21:16:42:25:21:16:42 chr11 33076191 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000567648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.382;QD=57.177;RBI=0.0126024;REFB=0;REVB=0.0125896;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12533e-05;OID=.;OPOS=33076191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:29:21:0:0:30:21:0:0 chr11 33076209 . A G 129.61 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00669608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.647;QD=9.60061;RBI=0.00879779;REFB=-0.00813462;REVB=-0.00570646;RO=37;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107637;STB=0.563803;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0145106;OID=.;OPOS=33076209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:9:8:14:23:9:8:14:23 chr11 33078230 . A G 323.83 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00822723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.29;QD=14.3925;RBI=0.0192293;REFB=-0.0258888;REVB=0.0173804;RO=53;SAF=22;SAR=14;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089227;STB=0.545776;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.029846;OID=.;OPOS=33078230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:54:36:36:0.4:14:22:28:25:14:22:29:25 chr11 33078251 . A T 653.08 PASS AF=0.577982;AO=62;DP=108;FAO=63;FDP=109;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00772488;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.45;QD=23.9663;RBI=0.0131779;REFB=-0.011571;REVB=0.0106763;RO=46;SAF=31;SAR=31;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050875;STB=0.524191;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00807352;OID=.;OPOS=33078251;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:46:46:62:63:0.577982:31:31:26:20:31:32:26:20 chr11 33079580 . A G 558.03 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00339706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9246;QD=23.0117;RBI=0.0818025;REFB=-0.0249108;REVB=0.081732;RO=44;SAF=29;SAR=23;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887409;STB=0.501004;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0227517;OID=.;OPOS=33079580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:45:52:52:0.536082:23:29:25:19:23:29:25:20 chr11 33127232 . C T 109.55 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0226705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.848;QD=8.1147;RBI=0.0440624;REFB=-0.012259;REVB=-0.0377829;RO=39;SAF=5;SAR=10;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273911;STB=0.666444;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0332331;OID=.;OPOS=33127232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:10:5:22:17:10:5:22:17 chr11 33163286 . C T 255.86 PASS AF=0.317757;AO=34;DP=107;FAO=34;FDP=107;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=24;FWDB=0.00762784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.231;QD=9.56489;RBI=0.00948776;REFB=-0.00709322;REVB=0.00564213;RO=73;SAF=12;SAR=22;SRF=49;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360449;STB=0.708438;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0204699;OID=.;OPOS=33163286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:73:73:34:34:0.317757:22:12:49:24:22:12:49:24 chr11 33564123 . T C 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.053;QD=55.6495;RBI=0.0122644;REFB=0;REVB=0.0107076;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30859e-05;OID=.;OPOS=33564123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr11 33565593 . C T 218.94 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0204777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.264;QD=11.6767;RBI=0.0282784;REFB=0.00340662;REVB=0.0195022;RO=48;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112559;STB=0.564913;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00661669;OID=.;OPOS=33565593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:13:14:20:28:13:14:20:28 chr11 33572769 . A G 555.64 PASS AF=0.513514;AO=56;DP=108;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.109963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1119;QD=20.0232;RBI=0.118584;REFB=-0.0213875;REVB=-0.044389;RO=52;SAF=23;SAR=33;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960111;STB=0.565737;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0188225;OID=.;OPOS=33572769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:52:54:56:57:0.513514:33:23:27:25:34:23:29:25 chr11 33581306 . G A 441.09 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00929279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2119;QD=17.469;RBI=0.0192465;REFB=0.0138722;REVB=-0.0168545;RO=54;SAF=23;SAR=24;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279582;STB=0.515579;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.0125667;OID=.;OPOS=33581306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:47:47:0.465347:24:23:28:26:24:23:28:26 chr11 33581369 . C T 147.69 PASS AF=0.218182;AO=24;DP=110;FAO=24;FDP=110;FR=.;FRO=86;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=-0.0110795;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.573;QD=5.37069;RBI=0.0306506;REFB=-0.0110662;REVB=-0.028578;RO=86;SAF=13;SAR=11;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507127;STB=0.531416;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0382675;OID=.;OPOS=33581369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:86:86:24:24:0.218182:11:13:50:36:11:13:50:36 chr11 33604885 . C T 292.43 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0221605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.384;QD=14.6217;RBI=0.0376124;REFB=-0.0190577;REVB=0.0303908;RO=46;SAF=15;SAR=18;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912949;STB=0.545427;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.026428;OID=.;OPOS=33604885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:47:33:33:0.4125:18:15:25:21:18:15:25:22 chr11 33604960 . C T 397.43 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0633533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.518;QD=20.6455;RBI=0.0634065;REFB=-0.017836;REVB=0.00259601;RO=37;SAF=20;SAR=20;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10566;STB=0.558413;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0196818;OID=.;OPOS=33604960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:20:20:14:23:20:20:14:23 chr11 33631423 . G A 466.42 PASS AF=0.5;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00399185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.725;QD=20.2793;RBI=0.0112387;REFB=-0.0036822;REVB=0.0105059;RO=44;SAF=24;SAR=22;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192271;STB=0.52173;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00351483;OID=.;OPOS=33631423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:44:46:46:46:0.5:22:24:22:22:22:24:22:24 chr11 33640104 . A C 1062.06 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0156718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.554;QD=58.1952;RBI=0.0159511;REFB=-0.151238;REVB=0.0029724;RO=1;SAF=45;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178383;STB=0.509088;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000664728;OID=.;OPOS=33640104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:73:1:1:71:72:0.986301:26:45:0:1:27:45:0:1 chr11 33667282 . CCGGGGC CCGGGC,CCGGGCG,CGGGC 40.74 PASS AF=0,0.0652174,0.130435;AO=9,4,6;DP=48;FAO=0,3,6;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=0,0,4;FSAR=0,3,2;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0768632,-0.0691429,-0.092425;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,2;MLLD=13.4721,119.562,26.0301;QD=3.54296;RBI=0.36203,0.0857994,0.231714;REFB=-0.088968,-0.00737308,-0.0520483;REVB=-0.353776,-0.0508015,-0.212483;RO=29;SAF=0,0,4;SAR=9,4,2;SRF=17;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0.372093;SSSB=-0.76395,-0.643692,0.101503;STB=0.5,0.996026,0.696332;STBP=1,0.119,0.339;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.0719007,0.188183,0.130653;OID=.,.,.;OPOS=33667284,33667287,33667283;OREF=G,GC,CG;OALT=-,CG,-;OMAPALT=CCGGGC,CCGGGCG,CGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0652174,0.130435:9,4,6:48:0,3,6:46:37:0,0,4:0,3,2:16:21:23:29:0,0,4:9,4,2:17:12 chr11 33667333 . A G 707.49 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00267117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.942;QD=58.9571;RBI=0.025047;REFB=-0.160194;REVB=-0.0249042;RO=2;SAF=21;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0034276;STB=0.501824;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0021316;OID=.;OPOS=33667333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:48:48:2:2:46:46:0.958333:25:21:1:1:25:21:1:1 chr11 33680371 . C T 316.84 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0519686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.839;QD=17.8503;RBI=0.0537199;REFB=-0.0252911;REVB=-0.0136047;RO=37;SAF=24;SAR=10;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090278;STB=0.550638;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.031253;OID=.;OPOS=33680371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:10:24:23:14:10:24:23:14 chr11 33691564 . CTG C 156.41 PASS AF=0.211382;AO=25;DP=125;FAO=26;FDP=123;FR=.;FRO=97;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=0.000168853;FXX=0.0314936;HRUN=1;LEN=2;MLLD=211.865;QD=5.0866;RBI=0.00229244;REFB=0.0020359;REVB=-0.00228621;RO=92;SAF=16;SAR=9;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152848;STB=0.619868;STBP=0.177;TYPE=del;VARB=-0.0080969;OID=.;OPOS=33691565;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.211382:25:125:26:123:97:17:9:49:48:99:92:16:9:48:44 chr11 33691674 . A G 327.62 PASS AF=0.373832;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0024011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.095;QD=12.2474;RBI=0.00276656;REFB=-0.0101197;REVB=-0.00137426;RO=67;SAF=29;SAR=11;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193917;STB=0.611433;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0179714;OID=.;OPOS=33691674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:67:67:40:40:0.373832:11:29:38:29:11:29:38:29 chr11 33775977 . A G 39.05 PASS AF=0.159091;AO=6;DP=43;FAO=7;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0780994;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=27.1518;QD=3.54961;RBI=0.0806707;REFB=-0.00312624;REVB=0.0202052;RO=29;SAF=0;SAR=6;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.688381;STB=0.86691;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00586784;OID=.;OPOS=33775977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:43:44:29:37:6:7:0.159091:6:0:15:14:6:1:22:15 chr11 33881016 . T C 113.64 PASS AF=0.309091;AO=14;DP=51;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0594525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.446;QD=8.26502;RBI=0.060088;REFB=-0.0256757;REVB=-0.00871648;RO=37;SAF=3;SAR=11;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297917;STB=0.568457;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0384952;OID=.;OPOS=33881016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:55:37:38:14:17:0.309091:11:3:16:21:11:6:17:21 chr11 33886294 . A G 337.98 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0179542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.33;QD=15.1901;RBI=0.0195979;REFB=0.000855854;REVB=0.00785658;RO=52;SAF=21;SAR=16;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148677;STB=0.583993;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00135189;OID=.;OPOS=33886294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:16:21:22:30:16:21:22:30 chr11 33903328 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6884;QD=47.8197;RBI=0.0340336;REFB=0;REVB=-0.0251821;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00180642;OID=.;OPOS=33903328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr11 34093349 . AT A 1354.83 PASS AF=1;AO=120;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.157342;FXX=0.00684885;HRUN=6;LEN=1;MLLD=15.2065;QD=37.3745;RBI=0.274269;REFB=0;REVB=0.224649;RO=13;SAF=71;SAR=49;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0.368421;SSSB=0.110736;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0010591;OID=.;OPOS=34093350;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:120:146:145:145:0:78:67:0:0:24:13:71:49:0:13 chr11 34101204 . GTTTTTC GTTTTC,GTTTTCT 32.51 PASS AF=0.371429,0;AO=10,3;DP=35;FAO=13,0;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=12,0;FSAR=1,0;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0315759,-0.0695428;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.01831,79.4659;QD=3.71509;RBI=0.0974941,0.0708808;REFB=-0.111867,-0.0190996;REVB=0.0922391,0.0137074;RO=16;SAF=9,3;SAR=1,0;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.528922,0.615578;STB=0.82694,0.5;STBP=0.019,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.132678,0;OID=.,.;OPOS=34101205,34101209;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=GTTTTC,GTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371429,0:10,3:35:13,0:35:22:12,0:1,0:13:9:33:16:9,3:1,0:8:8 chr11 34122369 . G T 1877.86 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00531958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.192;QD=61.569;RBI=0.0179145;REFB=0;REVB=-0.0171065;RO=0;SAF=75;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.67538e-06;OID=.;OPOS=34122369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:47:75:0:0:47:75:0:0 chr11 34152939 . T C 1595.35 PASS AF=1;AO=105;DP=108;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00150296;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.983;QD=60.2021;RBI=0.0693748;REFB=0;REVB=0.0693586;RO=0;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.84597e-05;OID=.;OPOS=34152939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:106:0:0:105:106:1:54:51:0:0:54:52:0:0 chr11 34154641 . C T 379.55 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319758;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.2185;QD=56.2294;RBI=0.0365322;REFB=0;REVB=0.0176678;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498691;OID=.;OPOS=34154641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr11 34378381 . G C 918.77 PASS AF=0.455814;AO=96;DP=213;FAO=98;FDP=215;FR=.;FRO=117;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=55;FSRR=62;FWDB=-0.0286813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3073;QD=17.0933;RBI=0.0297153;REFB=-0.0274904;REVB=0.00777049;RO=115;SAF=44;SAR=52;SRF=55;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196954;STB=0.511577;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0281031;OID=.;OPOS=34378381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:215:115:117:96:98:0.455814:52:44:55:60:54:44:55:62 chr11 34482908 . C T 1400.4 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0627198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.515;QD=61.5562;RBI=0.0655042;REFB=-0.0853373;REVB=0.0188953;RO=1;SAF=60;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155351;STB=0.508195;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00103473;OID=.;OPOS=34482908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:30:60:0:1:30:60:0:1 chr11 34501596 . A G 782.56 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0325643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.614;QD=54.9164;RBI=0.0379325;REFB=-0.0560368;REVB=0.0194536;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000496534;OID=.;OPOS=34501596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:57:0:1:54:56:0.982456:24:30:0:0:24:32:0:1 chr11 34643955 . G A 2269.95 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824402;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.872;QD=63.0543;RBI=0.0830627;REFB=0;REVB=0.0101504;RO=1;SAF=71;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665061;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.67059e-05;OID=.;OPOS=34643955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:144:144:1:0:143:144:1:72:71:1:0:72:72:0:0 chr11 34668143 . C T 916.49 PASS AF=0.552795;AO=86;DP=159;FAO=89;FDP=161;FR=.;FRO=72;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=0.0291957;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.767;QD=22.7699;RBI=0.0297302;REFB=-0.0218736;REVB=0.00561216;RO=73;SAF=38;SAR=48;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157192;STB=0.578053;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0160732;OID=.;OPOS=34668143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:73:72:86:89:0.552795:48:38:46:27:49:40:45:27 chr11 34680634 . G A 646.44 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00883728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.018;QD=50.701;RBI=0.0119806;REFB=-0.0554722;REVB=-0.00808929;RO=3;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625875;STB=0.533319;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00338984;OID=.;OPOS=34680634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:51:3:3:48:48:0.941176:21:27:0:3:21:27:0:3 chr11 34680853 . G T 305.02 PASS AF=0.384615;AO=33;DP=90;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0100337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.301;QD=13.4072;RBI=0.0110377;REFB=-0.0104484;REVB=0.00459952;RO=55;SAF=18;SAR=15;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604664;STB=0.557345;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0109293;OID=.;OPOS=34680853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:55:56:33:35:0.384615:15:18:33:22:17:18:34:22 chr11 34909926 . T G 491.81 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.00231974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=354.392;QD=18.5588;RBI=0.00244201;REFB=0.000876965;REVB=0.000763014;RO=54;SAF=23;SAR=29;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853617;STB=0.547194;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.000947458;OID=.;OPOS=34909926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:52:52:0.490566:29:23:19:35:29:23:19:35 chr11 34910397 . C T 404.08 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0205387;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.975;QD=16.493;RBI=0.0239258;REFB=-0.0144816;REVB=-0.0122721;RO=56;SAF=23;SAR=19;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10259;STB=0.557684;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0213025;OID=.;OPOS=34910397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:56:56:42:42:0.428571:19:23:25:31:19:23:25:31 chr11 34918375 . A G 489.18 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00572517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.469;QD=21.9858;RBI=0.0159183;REFB=-0.00401999;REVB=0.0148531;RO=42;SAF=16;SAR=31;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184088;STB=0.601748;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00469495;OID=.;OPOS=34918375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:42:47:47:0.52809:31:16:23:19:31:16:23:19 chr11 34937813 . G A 250.67 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0215579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.004;QD=14.5314;RBI=0.021711;REFB=-0.0166058;REVB=-0.00257346;RO=39;SAF=10;SAR=19;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981097;STB=0.549804;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0369563;OID=.;OPOS=34937813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:19:10:17:22:19:10:17:23 chr11 34937931 . G A 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.063118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.288;QD=25.2763;RBI=0.0736721;REFB=-0.0151456;REVB=0.037996;RO=12;SAF=2;SAR=17;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372244;STB=0.712298;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00440511;OID=.;OPOS=34937931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:17:2:5:7:17:2:5:7 chr11 34938265 . C T 664.39 PASS AF=0.546218;AO=65;DP=119;FAO=65;FDP=119;FR=.;FRO=54;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00116672;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.205;QD=22.3325;RBI=0.00122496;REFB=-0.0219508;REVB=0.000373222;RO=53;SAF=42;SAR=23;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102066;STB=0.552464;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0203283;OID=.;OPOS=34938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:53:54:65:65:0.546218:23:42:28:25:23:42:29:25 chr11 34963416 . T C 373.66 PASS AF=0.408163;AO=37;DP=96;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00876064;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.204;QD=15.2514;RBI=0.0096985;REFB=-0.0119911;REVB=0.00416078;RO=53;SAF=19;SAR=18;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350772;STB=0.526141;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0157464;OID=.;OPOS=34963416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:53:58:37:40:0.408163:18:19:29:24:19:21:33:25 chr11 34969060 . G A 540.74 PASS AF=0.504425;AO=56;DP=112;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0292123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.279;QD=19.1413;RBI=0.0344616;REFB=-0.0304499;REVB=-0.0182823;RO=55;SAF=36;SAR=20;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173551;STB=0.593687;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0279577;OID=.;OPOS=34969060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:55:56:56:57:0.504425:20:36:25:30:21:36:25:31 chr11 34981972 . G A 63.8 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.000722236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.217;QD=4.11605;RBI=0.0161015;REFB=0.0044682;REVB=0.0160853;RO=50;SAF=7;SAR=4;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170539;STB=0.62108;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.0280317;OID=.;OPOS=34981972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:50:51:11:11:0.177419:4:7:25:25:4:7:25:26 chr11 34991727 . T C 212.25 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=34;FWDB=-0.00172089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3485;QD=12.3042;RBI=0.0160637;REFB=-0.000515713;REVB=0.0159712;RO=43;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286247;STB=0.66196;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00127724;OID=.;OPOS=34991727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:14:12:9:34:14:12:9:34 chr11 34999745 . C G 360.77 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0118191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1056;QD=17.5986;RBI=0.0136603;REFB=-0.0178885;REVB=-0.00684915;RO=44;SAF=11;SAR=27;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827613;STB=0.546452;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0175956;OID=.;OPOS=34999745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:27:11:16:28:27:11:16:28 chr11 35017205 . G T 306.92 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0150694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.922;QD=18.0538;RBI=0.0411931;REFB=-0.00716739;REVB=-0.0383378;RO=34;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427783;STB=0.532049;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00839236;OID=.;OPOS=35017205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:35:33:33:0.485294:14:19:18:16:14:19:18:17 chr11 35017363 . C A 141.32 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0537653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.272;QD=13.4591;RBI=0.0555801;REFB=-0.00914467;REVB=-0.014087;RO=26;SAF=3;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206469;STB=0.573432;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00997076;OID=.;OPOS=35017363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:26:26:15:16:0.380952:12:3:9:17:12:4:9:17 chr11 35226155 . A G 1387.5 PASS AF=0.978261;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0127097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.158;QD=60.3259;RBI=0.0186774;REFB=0.0311193;REVB=0.013686;RO=2;SAF=39;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236806;STB=0.512497;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-6.20491e-05;OID=.;OPOS=35226155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:92:2:2:89:90:0.978261:50:39:2:0:51:39:2:0 chr11 35229673 . T C 1510.84 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.409;QD=63.6141;RBI=0.0362738;REFB=0;REVB=0.0333414;RO=0;SAF=53;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001082;OID=.;OPOS=35229673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:42:53:0:0:42:53:0:0 chr11 35274829 . A G 770.8 PASS AF=0.347985;AO=94;DP=272;FAO=95;FDP=273;FR=.;FRO=178;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=102;FSRR=76;FWDB=0.0115134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3466;QD=11.2937;RBI=0.0328303;REFB=-0.0183406;REVB=0.0307452;RO=174;SAF=51;SAR=43;SRF=100;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371094;STB=0.523805;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0425157;OID=.;OPOS=35274829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:273:174:178:94:95:0.347985:43:51:100:74:44:51:102:76 chr11 35275772 . G GT 34.53 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=45;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0204392;FXX=0.0232504;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.79049;QD=3.28825;RBI=0.0337973;REFB=-0.040996;REVB=-0.0269164;RO=28;SAF=8;SAR=2;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085074;STB=0.527228;STBP=0.872;TYPE=ins;VARB=-0.0176007;OID=.;OPOS=35275773;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:10:45:12:42:30:8:4:21:9:34:28:8:2:21:7 chr11 35492351 . G A 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0236885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.296;QD=15.101;RBI=0.0237239;REFB=-0.0123207;REVB=-0.00129509;RO=31;SAF=6;SAR=18;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19685;STB=0.612803;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0101424;OID=.;OPOS=35492351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:18:6:13:18:18:6:13:18 chr11 36103228 . A G 168.45 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00309903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.981;QD=10.3664;RBI=0.0615861;REFB=-0.0102991;REVB=0.0615081;RO=43;SAF=14;SAR=8;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195678;STB=0.614625;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0130563;OID=.;OPOS=36103228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:8:14:20:23:8:14:20:23 chr11 36293048 . G A 205.24 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00962007;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.852;QD=22.1878;RBI=0.0252764;REFB=-0.0034959;REVB=0.0233741;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132178;STB=0.560378;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00217674;OID=.;OPOS=36293048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:18:17:20:20:0.540541:8:12:8:10:8:12:8:9 chr11 36472800 . A G 2083.79 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2237;QD=62.6705;RBI=0.0340431;REFB=0;REVB=-0.0152118;RO=0;SAF=74;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113734;OID=.;OPOS=36472800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:59:74:0:0:59:74:0:0 chr11 36484208 . T C 1095.67 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.905;QD=60.0368;RBI=0.0484043;REFB=0;REVB=0.0443792;RO=0;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.96208e-05;OID=.;OPOS=36484208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:47:25:0:0:48:25:0:0 chr11 36597313 . A G 180.9 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00969964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.034;QD=12.9217;RBI=0.0293962;REFB=-0.000688235;REVB=0.0277498;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157816;STB=0.590826;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00309682;OID=.;OPOS=36597313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:13:9:19:15:13:9:19:15 chr11 36601170 . G A 515.24 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0153298;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.214;QD=17.319;RBI=0.0153367;REFB=0.00595016;REVB=-0.000459925;RO=63;SAF=37;SAR=18;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197347;STB=0.614654;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00634485;OID=.;OPOS=36601170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:63:64:55:55:0.462185:18:37:30:33:18:37:30:34 chr11 40137543 . T C 794.46 PASS AF=0.523179;AO=79;DP=151;FAO=79;FDP=151;FR=.;FRO=72;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.00444081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.533;QD=21.0453;RBI=0.00747612;REFB=-0.0107626;REVB=-0.00601429;RO=72;SAF=46;SAR=33;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965483;STB=0.552983;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0121168;OID=.;OPOS=40137543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:72:72:79:79:0.523179:33:46:34:38:33:46:34:38 chr11 43357486 . G A 382.34 PASS AF=0.368;AO=46;DP=125;FAO=46;FDP=125;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.000493153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.747;QD=12.2348;RBI=0.0049539;REFB=-0.00314526;REVB=-0.00492929;RO=78;SAF=22;SAR=24;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00431431;STB=0.501741;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00352606;OID=.;OPOS=43357486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:78:79:46:46:0.368:24:22:37:41:24:22:38:41 chr11 43911302 . C T 161.45 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0138681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.76;QD=8.8467;RBI=0.013892;REFB=-0.00659988;REVB=0.000813635;RO=51;SAF=11;SAR=11;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808685;STB=0.547902;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0146974;OID=.;OPOS=43911302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:51:51:22:22:0.30137:11:11:29:22:11:11:29:22 chr11 43911365 . T C 964.44 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00367011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.03;QD=58.4507;RBI=0.0120224;REFB=0;REVB=0.0114485;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000735864;OID=.;OPOS=43911365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:34:30:0:0:36:30:0:0 chr11 43940644 . G T 1472.57 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.884;QD=63.3363;RBI=0.0176632;REFB=0;REVB=-0.00239796;RO=0;SAF=34;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.20828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73291e-05;OID=.;OPOS=43940644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:59:34:0:0:59:34:0:0 chr11 43946967 . A G 1931.44 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2209;QD=61.8061;RBI=0.0209969;REFB=0;REVB=-0.0129818;RO=0;SAF=46;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.78502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85703e-05;OID=.;OPOS=43946967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:79:46:0:0:79:46:0:0 chr11 43947990 . T C 490.02 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0016382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1546;QD=56.0017;RBI=0.00194625;REFB=-0.0227129;REVB=-0.0010508;RO=1;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346006;STB=0.518508;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000986207;OID=.;OPOS=43947990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:13:21:0:1:13:21:0:1 chr11 44080210 . T C 1190.51 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303998;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.628;QD=61.0516;RBI=0.0335897;REFB=0;REVB=0.0142871;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72805e-05;OID=.;OPOS=44080210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:77:78:1:42:35:0:0:42:36:0:0 chr11 44096238 . G A 432.54 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301537;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.098;QD=57.672;RBI=0.0326417;REFB=0;REVB=0.0124994;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21585e-05;OID=.;OPOS=44096238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:18:11:0:0:18:12:0:0 chr11 44219445 . G A 49.43 PASS AF=0.117021;AO=11;DP=94;FAO=11;FDP=94;FR=.;FRO=83;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=-0.0312387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.481;QD=2.10327;RBI=0.0324685;REFB=-0.00700911;REVB=0.00885155;RO=82;SAF=9;SAR=2;SRF=49;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305715;STB=0.727022;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0729254;OID=.;OPOS=44219445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:94:94:82:83:11:11:0.117021:2:9:49:33:2:9:50:33 chr11 44286566 . G A 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.362;QD=61.3748;RBI=0.0579972;REFB=0;REVB=0.0385489;RO=0;SAF=24;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158581;OID=.;OPOS=44286566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:56:24:0:0:56:24:0:0 chr11 44297054 . T C 2300.85 PASS AF=0.986486;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00295202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.558;QD=62.1853;RBI=0.0309645;REFB=-0.0499542;REVB=0.0308235;RO=0;SAF=75;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506578;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000231047;OID=.;OPOS=44297054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:146:148:0:2:146:146:0.986486:71:75:0:0:71:75:2:0 chr11 44331309 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1285;QD=40.7627;RBI=0.0830934;REFB=0;REVB=0.0651787;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0056445;OID=.;OPOS=44331309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr11 44331509 . C G 777.87 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0176309;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.79;QD=53.6458;RBI=0.0221218;REFB=-0.0427786;REVB=0.0133614;RO=2;SAF=17;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014993;STB=0.507957;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.000279327;OID=.;OPOS=44331509;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:58:2:2:56:56:0.965517:39:17:1:1:39:17:1:1 chr11 44636833 . G A 743.2 PASS AF=0.432432;AO=77;DP=182;FAO=80;FDP=185;FR=.;FRO=105;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=57;FSRR=48;FWDB=-0.000689933;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.138;QD=16.0691;RBI=0.013554;REFB=-0.0138061;REVB=0.0135364;RO=105;SAF=33;SAR=44;SRF=57;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118111;STB=0.552661;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0186677;OID=.;OPOS=44636833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:185:105:105:77:80:0.432432:44:33:57:48:44:36:57:48 chr11 44640268 . A G 732.08 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00503085;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.933;QD=63.659;RBI=0.0230525;REFB=0;REVB=0.0224968;RO=0;SAF=36;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16061e-05;OID=.;OPOS=44640268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:10:36:0:0:10:36:0:0 chr11 44925038 . A G 2696.33 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.416;QD=62.3428;RBI=0.0311201;REFB=0;REVB=0.0208518;RO=0;SAF=59;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36242e-06;OID=.;OPOS=44925038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:173:0:0:172:173:1:113:59:0:0:114:59:0:0 chr11 45265786 . G A 184.36 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0137353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.587;QD=10.2424;RBI=0.0141722;REFB=-0.00110367;REVB=-0.00349172;RO=48;SAF=15;SAR=9;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191097;STB=0.611794;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00388154;OID=.;OPOS=45265786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:9:15:22:26:9:15:22:26 chr11 45672261 . A G 762.56 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.951;QD=63.5469;RBI=0.0379275;REFB=0;REVB=-0.0314236;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.42898e-05;OID=.;OPOS=45672261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr11 45793218 . G C 968.96 PASS AF=0.597222;AO=86;DP=144;FAO=86;FDP=144;FR=.;FRO=58;FSAF=57;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00578275;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.7105;QD=26.9155;RBI=0.032142;REFB=-0.00796765;REVB=0.0316175;RO=58;SAF=57;SAR=29;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891178;STB=0.548449;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0116234;OID=.;OPOS=45793218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:58:58:86:86:0.597222:29:57:32:26:29:57:32:26 chr11 45834198 . T C 281.74 PASS AF=0.34375;AO=33;DP=97;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.0110979;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.782;QD=11.7392;RBI=0.013988;REFB=-0.00866732;REVB=-0.00851473;RO=63;SAF=13;SAR=20;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251794;STB=0.645075;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0162282;OID=.;OPOS=45834198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:63:63:33:33:0.34375:20:13:39:24:20:13:39:24 chr11 45903613 . A C 303.3 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00133682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.381;QD=25.813;RBI=0.0519158;REFB=-0.0294708;REVB=-0.0518986;RO=20;SAF=15;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812113;STB=0.54499;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.01412;OID=.;OPOS=45903613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:12:15:9:11:12:15:9:11 chr11 45903814 . A AGT 71.79 PASS AF=0.263158;AO=8;DP=43;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0252857;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.279;QD=7.55706;RBI=0.0303926;REFB=-0.0461306;REVB=0.0168626;RO=32;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113744;STB=0.578793;STBP=0.586;TYPE=ins;VARB=0.122001;OID=.;OPOS=45903815;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158:8:43:10:38:28:5:5:11:17:71:32:4:4:13:19 chr11 45937267 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.747;QD=51.1846;RBI=0.0623547;REFB=0;REVB=0.049619;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000638404;OID=.;OPOS=45937267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr11 45946153 . G A 219.12 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00853684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.276;QD=13.0817;RBI=0.00953051;REFB=-0.00931373;REVB=-0.0042371;RO=39;SAF=7;SAR=20;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181711;STB=0.59888;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.014216;OID=.;OPOS=45946153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:40:27:27:0.402985:20:7:16:23:20:7:16:24 chr11 45975130 . C T 911.71 PASS AF=0.623077;AO=81;DP=131;FAO=81;FDP=130;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=62;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0106898;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.003;QD=28.0526;RBI=0.0129931;REFB=-0.0230107;REVB=0.00738573;RO=49;SAF=19;SAR=62;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152632;STB=0.58305;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0146445;OID=.;OPOS=45975130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:49:49:81:81:0.623077:62:19:20:29:62:19:20:29 chr11 46342081 . TG T 1003.57 PASS AF=1;AO=82;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0659125;FXX=0.0215031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.3589;QD=44.113;RBI=0.102811;REFB=0;REVB=0.0789025;RO=2;SAF=33;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00456713;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0004587;OID=.;OPOS=46342082;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:82:93:91:91:0:36:55:0:0:18:2:33:49:1:1 chr11 46342259 . A AG 585.13 PASS AF=1;AO=47;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.219967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.6559;QD=44.1606;RBI=0.295573;REFB=0;REVB=0.197428;RO=6;SAF=41;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904014;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0108804;OID=.;OPOS=46342260;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:53:53:53:0:45:8:0:0:10:6:41:6:4:2 chr11 46401517 . A G 168.62 PASS AF=0.20438;AO=28;DP=137;FAO=28;FDP=137;FR=.;FRO=109;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=52;FSRR=57;FWDB=-0.0365914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.176;QD=4.92308;RBI=0.0374346;REFB=-0.00764057;REVB=-0.00790071;RO=109;SAF=10;SAR=18;SRF=52;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156137;STB=0.597999;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0246455;OID=.;OPOS=46401517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:109:109:28:28:0.20438:18:10:52:57:18:10:52:57 chr11 46439535 . C T 150.55 PASS AF=0.34;AO=15;DP=48;FAO=17;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0248785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.085;QD=12.044;RBI=0.0304728;REFB=-0.0104799;REVB=0.017597;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057395;STB=0.591782;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0143165;OID=.;OPOS=46439535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:21:33:15:17:0.34:7:8:10:11:9:8:11:22 chr11 46686494 . T C 163.62 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.00566039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.614;QD=13.3565;RBI=0.00588026;REFB=-0.0194876;REVB=-0.00159291;RO=30;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216429;STB=0.632516;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0567958;OID=.;OPOS=46686494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:31:18:18:0.367347:9:9:9:21:9:9:9:22 chr11 46702920 . T C 1800.62 PASS AF=0.97561;AO=120;DP=124;FAO=120;FDP=123;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00168224;FXX=0.00806387;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.743;QD=58.5567;RBI=0.00543429;REFB=0.000526483;REVB=-0.00516736;RO=2;SAF=40;SAR=80;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117268;STB=0.509201;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=1.85939e-05;OID=.;OPOS=46702920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:124:123:2:3:120:120:0.97561:80:40:0:2:80:40:0:3 chr11 46724716 . CAGTGGTGACAGA C 317.67 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603647;FXX=0.11534;HRUN=1;LEN=12;MLLD=343.231;QD=55.2463;RBI=0.069379;REFB=0;REVB=-0.0341987;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.28173e-05;OID=.;OPOS=46724717;OREF=AGTGGTGACAGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:26:23:23:0:9:14:0:0:3:0:9:14:0:0 chr11 46727345 . G C 296.29 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.03666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.702;QD=13.1685;RBI=0.039847;REFB=-0.0173216;REVB=-0.015615;RO=56;SAF=19;SAR=15;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835988;STB=0.547809;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0296036;OID=.;OPOS=46727345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:56:34:34:0.377778:15:19:27:29:15:19:27:29 chr11 46745003 . C T 1295.94 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000148745;FXX=0.0459717;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.555;QD=62.4551;RBI=0.02498;REFB=0;REVB=0.0249796;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265542;OID=.;OPOS=46745003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:82:83:1:38:44:0:0:39:44:0:0 chr11 46780569 . G A 411.1 PASS AF=0.466667;AO=41;DP=88;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00318124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2085;QD=18.2709;RBI=0.00937318;REFB=-0.00748307;REVB=0.00881682;RO=46;SAF=20;SAR=21;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732728;STB=0.556935;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00595687;OID=.;OPOS=46780569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:46:48:41:42:0.466667:21:20:26:20:22:20:28:20 chr11 46780589 . G A 81.76 PASS AF=0.191781;AO=14;DP=74;FAO=14;FDP=73;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0921002;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.673;QD=4.47981;RBI=0.0921028;REFB=-0.00295648;REVB=0.000680512;RO=59;SAF=7;SAR=7;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105818;STB=0.50684;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0138476;OID=.;OPOS=46780589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:74:73:59:59:14:14:0.191781:7:7:29:30:7:7:29:30 chr11 46801502 . T C 642.91 PASS AF=0.955556;AO=42;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00822505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.4139;QD=57.1479;RBI=0.04462;REFB=-0.133392;REVB=0.0438554;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199732;STB=0.501557;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00276483;OID=.;OPOS=46801502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:45:45:1:2:42:43:0.955556:23:19:0:1:23:20:1:1 chr11 46879990 . T C 713.78 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0195042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2568;QD=59.4817;RBI=0.0732155;REFB=-0.0705333;REVB=0.0705698;RO=2;SAF=29;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010919;STB=0.508471;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00115099;OID=.;OPOS=46879990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:2:1:46:47:0.979167:17:29:1:1:18:29:1:0 chr11 46890197 . G A 240.71 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9659;QD=48.1418;RBI=0.230648;REFB=0;REVB=0.228256;RO=1;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482085;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00818874;OID=.;OPOS=46890197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:1:0:17:20:1:9:8:0:1:12:8:0:0 chr11 46897446 . G A 2922.81 PASS AF=1;AO=185;DP=185;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.832;QD=63.1958;RBI=0.0245615;REFB=0;REVB=0.0214345;RO=0;SAF=83;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99524e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6548e-05;OID=.;OPOS=46897446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:185:0:0:185:185:1:102:83:0:0:102:83:0:0 chr11 46914583 . T C 754.59 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0989131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4855;QD=54.8795;RBI=0.106641;REFB=-0.0746548;REVB=-0.0398561;RO=1;SAF=23;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200481;STB=0.510634;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000225314;OID=.;OPOS=46914583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:31:23:1:0:31:23:1:0 chr11 46914598 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2086;QD=56.9562;RBI=0.0380213;REFB=0;REVB=0.0157127;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219897;OID=.;OPOS=46914598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr11 46969616 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.14;QD=63.5829;RBI=0.0349655;REFB=0;REVB=0.0316336;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117094;OID=.;OPOS=46969616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr11 47188314 . T C 1080.8 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.813;QD=60.0444;RBI=0.0565246;REFB=0;REVB=0.00651162;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80512e-05;OID=.;OPOS=47188314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:33:38:0:0:33:39:0:0 chr11 47196982 . C T 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00822646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.592;QD=62.3465;RBI=0.00940743;REFB=0;REVB=0.00456345;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66015e-05;OID=.;OPOS=47196982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr11 47202121 . C T 35.86 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.000666725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7792;QD=5.97715;RBI=0.00801061;REFB=-0.0182724;REVB=-0.00798281;RO=18;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311994;STB=0.70205;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0617204;OID=.;OPOS=47202121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:2:4:7:11:2:4:7:11 chr11 47204011 . C T 361.72 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0899697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5908;QD=17.8629;RBI=0.0926091;REFB=-0.00698461;REVB=0.021952;RO=43;SAF=19;SAR=19;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994993;STB=0.555527;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00529669;OID=.;OPOS=47204011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:19:19:17:26:19:19:17:26 chr11 47238522 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.085;QD=62.0197;RBI=0.0690663;REFB=0;REVB=0.0341894;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605939;OID=.;OPOS=47238522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr11 47259668 . T C 115.66 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0226828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.871;QD=11.0147;RBI=0.0249524;REFB=-0.0255562;REVB=-0.0103979;RO=27;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142158;STB=0.574359;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0368952;OID=.;OPOS=47259668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:27:28:14:14:0.333333:5:9:14:13:5:9:15:13 chr11 47266808 . T G 204.85 PASS AF=0.416667;AO=24;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.00454326;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.889;QD=13.6566;RBI=0.0460771;REFB=-0.0287894;REVB=0.0458526;RO=33;SAF=12;SAR=12;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264225;STB=0.651603;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0243343;OID=.;OPOS=47266808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:35:24:25:0.416667:12:12:25:8:13:12:26:9 chr11 47269159 . T C 583.54 PASS AF=0.495868;AO=58;DP=121;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0189642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.109;QD=19.2904;RBI=0.0243368;REFB=-0.00454365;REVB=0.0152526;RO=61;SAF=30;SAR=28;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235587;STB=0.520964;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00479962;OID=.;OPOS=47269159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:61:61:58:60:0.495868:28:30:30:31:28:32:30:31 chr11 47270255 . C T 397.55 PASS AF=0.451613;AO=40;DP=92;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0234102;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.8154;QD=17.0988;RBI=0.0460565;REFB=-0.00368516;REVB=-0.0396631;RO=31;SAF=17;SAR=23;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00458496;STB=0.523353;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00606197;OID=.;OPOS=47270255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:31:51:40:42:0.451613:23:17:13:18:24:18:24:27 chr11 47282024 . C T 308.12 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0149045;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5646;QD=18.1246;RBI=0.0235058;REFB=-0.00708546;REVB=-0.0181763;RO=32;SAF=21;SAR=12;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108128;STB=0.535389;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00790211;OID=.;OPOS=47282024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:32:35:33:33:0.485294:12:21:20:12:12:21:20:15 chr11 47298360 . G A 445.25 PASS AF=0.494382;AO=43;DP=91;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.0514623;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.958;QD=20.0114;RBI=0.0515917;REFB=-0.0240843;REVB=-0.00365191;RO=45;SAF=23;SAR=20;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123321;STB=0.573383;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0261835;OID=.;OPOS=47298360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:45:45:43:44:0.494382:20:23:30:15:21:23:30:15 chr11 47303275 . T C 346.05 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.029483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.353;QD=24.718;RBI=0.0315086;REFB=-0.0391226;REVB=0.0111152;RO=22;SAF=16;SAR=18;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442899;STB=0.524299;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.019936;OID=.;OPOS=47303275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:18:16:9:13:18:16:9:13 chr11 47306585 . G A 230.75 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0187662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.775;QD=17.7498;RBI=0.027066;REFB=-0.0206643;REVB=0.0195038;RO=26;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225906;STB=0.634338;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0304897;OID=.;OPOS=47306585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:26:27:25:25:0.480769:14:11:18:8:14:11:19:8 chr11 47331116 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.647;QD=58.6005;RBI=0.0241918;REFB=0;REVB=0.0198896;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34476e-05;OID=.;OPOS=47331116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:42:22:0:0:42:22:0:0 chr11 47346145 . G A 482.77 PASS AF=0.608108;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00978833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.279;QD=26.0958;RBI=0.0166337;REFB=-0.0100557;REVB=0.0134487;RO=29;SAF=26;SAR=19;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118089;STB=0.564507;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00554052;OID=.;OPOS=47346145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:29:45:45:0.608108:19:26:12:17:19:26:12:17 chr11 47354787 . C T 352.18 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00730373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.346;QD=28.7489;RBI=0.00996945;REFB=-0.0118583;REVB=0.00678568;RO=19;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211408;STB=0.616032;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00545191;OID=.;OPOS=47354787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:17:13:14:5:17:13:14:5 chr11 47364762 . A C,G 993.51 PASS AF=0.0428571,0.942857;AO=3,65;DP=70;FAO=3,66;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=0,32;FSAR=3,34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00514919,-0.00829204;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=47.6743,138.493;QD=56.7717;RBI=0.00686914,0.0274066;REFB=-0.0517397,-0.0239087;REVB=-0.00454652,0.0261221;RO=1;SAF=0,31;SAR=3,34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.013692;STB=0.5,0.507244;STBP=1,0.502;TYPE=snp,snp;VARB=0.0971085,0.000678479;OID=.,.;OPOS=47364762,47364762;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:70:70:1:1:3,65:3,66:0.0428571,0.942857:3,34:0,31:0:1:3,34:0,32:0:1 chr11 47380340 . G T 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.047473;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.2244;QD=26.5996;RBI=0.0707069;REFB=-0.00770299;REVB=-0.0524001;RO=2;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14689;STB=0.583138;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0012405;OID=.;OPOS=47380340;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:3:5:2:0:3:5:2:0 chr11 47431728 . A G 609.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.098591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0957;QD=60.9268;RBI=0.0987206;REFB=0;REVB=-0.00505767;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00162177;OID=.;OPOS=47431728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr11 47434986 . G A 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.040245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.95;QD=19.0232;RBI=0.0612168;REFB=-0.0358575;REVB=0.0461284;RO=35;SAF=21;SAR=14;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154703;STB=0.586157;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0225279;OID=.;OPOS=47434986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:14:21:15:20:14:21:15:20 chr11 47460306 . A G 694.98 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0783083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7942;QD=56.7333;RBI=0.0783122;REFB=-0.183473;REVB=0.000780981;RO=3;SAF=15;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000946795;STB=0.500504;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0205861;OID=.;OPOS=47460306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:31:15:1:2:31:15:1:2 chr11 47469439 . A G 1896.39 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.66;QD=61.6713;RBI=0.0339279;REFB=0;REVB=0.00790113;RO=0;SAF=52;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65597e-05;OID=.;OPOS=47469439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:71:52:0:0:71:52:0:0 chr11 47494743 . C A 200.81 PASS AF=0.25641;AO=30;DP=117;FAO=30;FDP=117;FR=.;FRO=87;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.00180004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.182;QD=6.86531;RBI=0.00286928;REFB=-0.000950333;REVB=0.00223441;RO=86;SAF=15;SAR=15;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573797;STB=0.529895;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00478257;OID=.;OPOS=47494743;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:86:87:30:30:0.25641:15:15:39:47:15:15:40:47 chr11 47579103 . CCG ATA 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140947;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=380.383;QD=33.4285;RBI=0.0140947;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000114254;OID=.;OPOS=47579103;OREF=CCG;OALT=ATA;OMAPALT=ATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr11 47579119 . A T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.649;QD=61.6834;RBI=0.0161041;REFB=0;REVB=0.0158714;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78411e-05;OID=.;OPOS=47579119;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:30:11:0:0:30:11:0:0 chr11 47593945 . A C 953.67 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00700391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.898;QD=58.6875;RBI=0.0665582;REFB=0;REVB=0.0661887;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01277e-05;OID=.;OPOS=47593945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr11 47609867 . G A 1275.31 PASS AF=0.955056;AO=85;DP=89;FAO=85;FDP=89;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0159813;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.11;QD=57.3173;RBI=0.041665;REFB=-0.0266258;REVB=0.0384782;RO=3;SAF=37;SAR=48;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151519;STB=0.502955;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.000836894;OID=.;OPOS=47609867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:89:89:3:4:85:85:0.955056:48:37:2:1:48:37:2:2 chr11 47640429 . G C 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0203702;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.374;QD=15.1965;RBI=0.0249619;REFB=-0.00462298;REVB=-0.0144275;RO=25;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298751;STB=0.508465;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00776091;OID=.;OPOS=47640429;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:18:18:0.409091:12:6:9:16:12:6:9:17 chr11 47681370 . T G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00567945;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.224;QD=7.76204;RBI=0.00733158;REFB=-0.00543103;REVB=0.00463638;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144953;STB=0.592275;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0479802;OID=.;OPOS=47681370;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:7:6:2:4:7:6 chr11 47701528 . C A 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00339891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.232;QD=12.3074;RBI=0.00379497;REFB=-0.00908469;REVB=-0.00168797;RO=41;SAF=11;SAR=14;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130057;STB=0.57482;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0117384;OID=.;OPOS=47701528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:14:11:23:18:14:11:23:18 chr11 47748509 . T C 1402.58 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00129194;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1275;QD=63.0373;RBI=0.0520441;REFB=0;REVB=0.052028;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021545;OID=.;OPOS=47748509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chr11 47826090 . A C 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00556616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.122;QD=19.3862;RBI=0.0150664;REFB=-0.0205384;REVB=0.0140006;RO=21;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119952;STB=0.568054;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0224401;OID=.;OPOS=47826090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:13:7:10:11:13:7:10:11 chr11 47834592 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.437;QD=57.2026;RBI=0.036584;REFB=0;REVB=0.0127477;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242881;OID=.;OPOS=47834592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr11 47857253 . T C 197.87 PASS AF=0.329268;AO=25;DP=81;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=-0.0753298;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9251;QD=9.65205;RBI=0.077118;REFB=-0.00512448;REVB=0.0165107;RO=49;SAF=4;SAR=21;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242948;STB=0.577;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0110811;OID=.;OPOS=47857253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:49:55:25:27:0.329268:21:4:15:34:21:6:17:38 chr11 47869851 . AGGGC AGGC,AGGGT 995.93 PASS AF=0.25,0.571429;AO=28,55;DP=115;FAO=28,64;FDP=112;FR=.;FRO=20;FSAF=26,26;FSAR=2,38;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0083684,0.0627748;FXX=0.0260847;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=14.2154,140.775;QD=35.5691;RBI=0.0259139,0.0717138;REFB=-0.184567,-0.0835567;REVB=-0.0245255,0.0346728;RO=20;SAF=26,26;SAR=2,29;SRF=4;SRR=16;SSEN=0.396318,0;SSEP=0.298794,0;SSSB=0.685705,0.136875;STB=0.886034,0.551871;STBP=0,0.104;TYPE=del,snp;VARB=0.139025,0.0273379;OID=.,.;OPOS=47869852,47869855;OREF=G,C;OALT=-,T;OMAPALT=AGGC,AGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.571429:28,55:115:28,64:112:20:26,26:2,38:4:16:99:20:26,26:2,29:4:16 chr11 48118347 . T TA 406.03 PASS AF=1;AO=32;DP=40;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.232614;FXX=0.0512689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.9002;QD=43.8951;RBI=0.261311;REFB=0;REVB=-0.119055;RO=4;SAF=12;SAR=20;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080753;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0134844;OID=.;OPOS=48118348;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:40:37:37:0:16:21:0:0:8:4:12:20:3:1 chr11 48145247 . T C 527.14 PASS AF=0.402778;AO=58;DP=144;FAO=58;FDP=144;FR=.;FRO=86;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.00562545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.186;QD=14.6429;RBI=0.0139329;REFB=-0.00488138;REVB=0.0127467;RO=86;SAF=36;SAR=22;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190695;STB=0.607484;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00489237;OID=.;OPOS=48145247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:86:86:58:58:0.402778:22:36:38:48:22:36:38:48 chr11 48145375 . A C 332.88 PASS AF=0.5;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0596817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6386;QD=19.0216;RBI=0.0946095;REFB=0.031185;REVB=0.0734101;RO=34;SAF=13;SAR=22;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267555;STB=0.65478;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0286415;OID=.;OPOS=48145375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:34:35:35:35:0.5:22:13:23:11:22:13:24:11 chr11 48146622 . G A 394.47 PASS AF=0.424242;AO=41;DP=98;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.0277595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.239;QD=15.938;RBI=0.0315368;REFB=-0.00439205;REVB=-0.0149659;RO=57;SAF=20;SAR=21;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148098;STB=0.575722;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00589995;OID=.;OPOS=48146622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:57:57:41:42:0.424242:21:20:36:21:21:21:36:21 chr11 48158689 . G A 130.76 PASS AF=0.227273;AO=20;DP=88;FAO=20;FDP=88;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0116987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.132;QD=5.94363;RBI=0.0170345;REFB=-0.0137601;REVB=-0.012382;RO=68;SAF=9;SAR=11;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806135;STB=0.54995;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0482211;OID=.;OPOS=48158689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:68:68:20:20:0.227273:11:9:35:33:11:9:35:33 chr11 48166267 . G C 394.21 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.016033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.571;QD=17.3277;RBI=0.0170595;REFB=-0.00982754;REVB=-0.00582834;RO=50;SAF=22;SAR=19;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555277;STB=0.531101;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0119753;OID=.;OPOS=48166267;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:19:22:24:26:19:22:24:26 chr11 48190383 . A T 1809.67 PASS AF=0.98374;AO=111;DP=114;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0151407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.701;QD=58.851;RBI=0.0153854;REFB=-0.13233;REVB=0.00273337;RO=0;SAF=48;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46823e-08;STB=0.507352;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000114824;OID=.;OPOS=48190383;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:123:0:2:111:121:0.98374:63:48:0:0:67:54:0:2 chr11 48190527 . T C 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0500541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1139;QD=60.1581;RBI=0.0522914;REFB=-0.0701039;REVB=0.0151322;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513507;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00242624;OID=.;OPOS=48190527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:26:18:0:0:26:18:1:0 chr11 48238421 . T G 2263.66 PASS AF=0.993103;AO=142;DP=143;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0420321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.862;QD=62.4459;RBI=0.0513068;REFB=-0.0551271;REVB=0.0294226;RO=0;SAF=70;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000243363;OID=.;OPOS=48238421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:145:0:1:142:144:0.993103:72:70:0:0:73:71:0:1 chr11 48238549 . G A 856.14 PASS AF=0.483333;AO=84;DP=177;FAO=87;FDP=180;FR=.;FRO=93;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=34;FSRR=59;FWDB=-0.0581514;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.923;QD=19.0253;RBI=0.0582173;REFB=-0.0253058;REVB=0.00276876;RO=93;SAF=31;SAR=53;SRF=34;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00353121;STB=0.501236;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0322058;OID=.;OPOS=48238549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:180:93:93:84:87:0.483333:53:31:34:59:55:32:34:59 chr11 48267589 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.771;QD=42.1823;RBI=0.0628621;REFB=0;REVB=0.0153748;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236845;OID=.;OPOS=48267589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr11 48285842 . A G 991.85 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.304;QD=59.2151;RBI=0.0473695;REFB=0;REVB=0.0419434;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3604e-05;OID=.;OPOS=48285842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:32:32:0:0:35:32:0:0 chr11 48285856 . C T 175.15 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.010467;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.687;QD=11.6768;RBI=0.0110044;REFB=-0.0161781;REVB=-0.00339684;RO=36;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190939;STB=0.512184;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0415951;OID=.;OPOS=48285856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:36:38:22:22:0.366667:12:10:17:19:12:10:18:20 chr11 48285981 . CCTT C 68.3 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0209961;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=3;MLLD=262.632;QD=10.1186;RBI=0.021395;REFB=-0.00142657;REVB=-0.00411237;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703453;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=del;VARB=0.00184198;OID=.;OPOS=48285982;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:10:28:11:27:16:6:5:8:8:68:14:5:5:8:6 chr11 48286231 . T A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0301099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.372;QD=18.2489;RBI=0.0303976;REFB=0.0116591;REVB=-0.00417172;RO=12;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173529;STB=0.59984;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.0132008;OID=.;OPOS=48286231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:4:9:6:6:4:9:6:6 chr11 48286256 . C T 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0241132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.283;QD=16.4266;RBI=0.0241138;REFB=-0.0181544;REVB=-0.000175378;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254322;STB=0.648363;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0166704;OID=.;OPOS=48286256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:3:8:5:6:3:8:5:6 chr11 48328644 . C T 299.67 PASS AF=0.44;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0115083;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.192;QD=15.9821;RBI=0.0151501;REFB=0.00305263;REVB=-0.00985316;RO=42;SAF=22;SAR=11;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219071;STB=0.623776;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00887135;OID=.;OPOS=48328644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:42:42:33:33:0.44:11:22:19:23:11:22:19:23 chr11 48346513 . T C 62.87 PASS AF=0.155844;AO=12;DP=77;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.014259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0887;QD=3.26591;RBI=0.0459391;REFB=-0.00539698;REVB=0.0436702;RO=63;SAF=7;SAR=5;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152248;STB=0.601982;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0119452;OID=.;OPOS=48346513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:77:77:63:65:12:12:0.155844:5:7:29:34:5:7:30:35 chr11 48346523 . C T 68.44 PASS AF=0.156627;AO=13;DP=83;FAO=13;FDP=83;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.026257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1268;QD=3.29852;RBI=0.0405219;REFB=0.00308732;REVB=0.0308641;RO=68;SAF=11;SAR=2;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543718;STB=0.854802;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0104966;OID=.;OPOS=48346523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:83:83:68:70:13:13:0.156627:2:11:27:41:2:11:29:41 chr11 48346535 . G C 73.87 PASS AF=0.155556;AO=14;DP=88;FAO=14;FDP=90;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.0965417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.361;QD=3.28302;RBI=0.100243;REFB=-0.00877012;REVB=-0.0269869;RO=72;SAF=12;SAR=2;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.512458;STB=0.845393;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0581426;OID=.;OPOS=48346535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:88:90:72:76:14:14:0.155556:2:12:33:39:2:12:35:41 chr11 48346541 . A T 70.29 PASS AF=0.147368;AO=13;DP=94;FAO=14;FDP=95;FR=.;FRO=81;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.0115598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.464;QD=2.95941;RBI=0.0500119;REFB=-0.00307499;REVB=-0.0486576;RO=81;SAF=11;SAR=2;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.517584;STB=0.864197;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0178245;OID=.;OPOS=48346541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:94:95:81:81:13:14:0.147368:2:11:34:47:2:12:34:47 chr11 48346547 . C T 80.12 PASS AF=0.154639;AO=15;DP=95;FAO=15;FDP=97;FR=.;FRO=82;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=-0.00698936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.812;QD=3.30376;RBI=0.0192017;REFB=-0.00239391;REVB=-0.0178845;RO=80;SAF=12;SAR=3;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47548;STB=0.815593;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00691127;OID=.;OPOS=48346547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:95:97:80:82:15:15:0.154639:3:12:33:47:3:12:34:48 chr11 48346551 . C A 86.42 PASS AF=0.156863;AO=16;DP=103;FAO=16;FDP=102;FR=.;FRO=86;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=-0.00679634;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.294;QD=3.3892;RBI=0.0297158;REFB=-0.00252552;REVB=-0.0289281;RO=86;SAF=13;SAR=3;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476553;STB=0.818009;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.010537;OID=.;OPOS=48346551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:103:102:86:86:16:16:0.156863:3:13:37:49:3:13:37:49 chr11 48346579 . C A 137.0 PASS AF=0.192;AO=24;DP=126;FAO=24;FDP=125;FR=.;FRO=101;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=-0.00133923;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.532;QD=4.38386;RBI=0.00270596;REFB=-0.010463;REVB=-0.00235131;RO=101;SAF=16;SAR=8;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245011;STB=0.655783;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0475245;OID=.;OPOS=48346579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:101:101:24:24:0.192:8:16:48:53:8:16:48:53 chr11 48346588 . A C 189.96 PASS AF=0.223881;AO=30;DP=134;FAO=30;FDP=134;FR=.;FRO=104;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=-0.0166312;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.821;QD=5.67041;RBI=0.0166863;REFB=-0.0132652;REVB=-0.00135496;RO=104;SAF=17;SAR=13;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108383;STB=0.566622;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0392432;OID=.;OPOS=48346588;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:104:104:30:30:0.223881:13:17:50:54:13:17:50:54 chr11 48346604 . T G 241.81 PASS AF=0.234899;AO=33;DP=150;FAO=35;FDP=149;FR=.,HEALED;FRO=113;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=0.000435119;FXX=0.0132442;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.407;QD=6.4914;RBI=0.0405034;REFB=-0.00761412;REVB=-0.040501;RO=90;SAF=18;SAR=15;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00124805;STB=0.536122;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0243888;OID=.;OPOS=48346604;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:90:113:33:35:0.234899:15:18:49:41:16:19:56:57 chr11 48346615 . G A 259.34 PASS AF=0.22905;AO=41;DP=180;FAO=41;FDP=179;FR=.;FRO=138;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=66;FSRR=72;FWDB=0.0304424;FXX=0.00555525;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.0074;QD=5.79519;RBI=0.0350479;REFB=0.00412498;REVB=-0.017367;RO=134;SAF=20;SAR=21;SRF=66;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00597239;STB=0.507361;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.0113097;OID=.;OPOS=48346615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:134:138:41:41:0.22905:21:20:66:68:21:20:66:72 chr11 48346660 . TTTGCTGATC T 181.98 PASS AF=0.231818;AO=48;DP=229;FAO=51;FDP=220;FR=.;FRO=169;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=85;FSRR=84;FWDB=-0.00356015;FXX=0.0222212;HRUN=5;LEN=9;MLLD=317.437;QD=3.30866;RBI=0.0220221;REFB=-0.00234969;REVB=-0.0217325;RO=162;SAF=21;SAR=27;SRF=85;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110528;STB=0.555176;STBP=0.374;TYPE=del;VARB=0.00868218;OID=.;OPOS=48346661;OREF=TTGCTGATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.231818:48:229:51:220:169:22:29:85:84:99:162:21:27:85:77 chr11 48346681 . G A 345.83 PASS AF=0.218391;AO=56;DP=262;FAO=57;FDP=261;FR=.;FRO=204;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=100;FSRR=104;FWDB=0.0178075;FXX=0.0113632;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.183;QD=5.30006;RBI=0.0195714;REFB=-0.000765195;REVB=-0.00811988;RO=203;SAF=23;SAR=33;SRF=100;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105631;STB=0.568491;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00243927;OID=.;OPOS=48346681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:261:203:204:56:57:0.218391:33:23:100:103:34:23:100:104 chr11 48346729 . G C 339.14 PASS AF=0.217742;AO=54;DP=250;FAO=54;FDP=248;FR=.;FRO=194;FSAF=11;FSAR=43;FSRF=113;FSRR=81;FWDB=-0.00317626;FXX=0.00799968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.718;QD=5.47006;RBI=0.00848963;REFB=-0.00466247;REVB=-0.00787306;RO=195;SAF=11;SAR=43;SRF=113;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48149;STB=0.796187;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0160028;OID=.;OPOS=48346729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:248:195:194:54:54:0.217742:43:11:113:82:43:11:113:81 chr11 48346791 . C T 250.92 PASS AF=0.221622;AO=38;DP=188;FAO=41;FDP=185;FR=.;FRO=144;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=77;FSRR=67;FWDB=0.000188157;FXX=0.031412;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.925;QD=5.42519;RBI=0.00494188;REFB=-0.00323799;REVB=0.0049383;RO=145;SAF=9;SAR=29;SRF=79;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400069;STB=0.755292;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00822538;OID=.;OPOS=48346791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:185:145:144:38:41:0.221622:29:9:79:66:32:9:77:67 chr11 48346822 . A C 221.91 PASS AF=0.223602;AO=36;DP=161;FAO=36;FDP=161;FR=.;FRO=125;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=72;FSRR=53;FWDB=0.00038565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.423;QD=5.51332;RBI=0.0111731;REFB=-0.00279997;REVB=0.0111665;RO=124;SAF=7;SAR=29;SRF=72;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491856;STB=0.799483;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00802447;OID=.;OPOS=48346822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:124:125:36:36:0.223602:29:7:72:52:29:7:72:53 chr11 48346843 . C T 156.04 PASS AF=0.225225;AO=25;DP=111;FAO=25;FDP=111;FR=.;FRO=86;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.0130943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.389;QD=5.62322;RBI=0.0159731;REFB=-0.00624956;REVB=-0.00914767;RO=83;SAF=10;SAR=15;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206213;STB=0.612813;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0157429;OID=.;OPOS=48346843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:83:86:25:25:0.225225:15:10:47:36:15:10:47:39 chr11 48346916 . G C 284.29 PASS AF=0.306452;AO=38;DP=124;FAO=38;FDP=124;FR=.;FRO=86;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=-0.00766029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.834;QD=9.17064;RBI=0.0243386;REFB=-0.00653655;REVB=-0.0231016;RO=86;SAF=24;SAR=14;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767079;STB=0.544945;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0127175;OID=.;OPOS=48346916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:86:86:38:38:0.306452:14:24:49:37:14:24:49:37 chr11 48346924 . T C 315.47 PASS AF=0.315385;AO=41;DP=130;FAO=41;FDP=130;FR=.;FRO=89;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=0.0107001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3586;QD=9.70674;RBI=0.0324968;REFB=0.0170357;REVB=0.0306847;RO=89;SAF=27;SAR=14;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159909;STB=0.59336;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.0377286;OID=.;OPOS=48346924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:89:89:41:41:0.315385:14:27:47:42:14:27:47:42 chr11 48346932 . G A 328.77 PASS AF=0.328125;AO=42;DP=128;FAO=42;FDP=128;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=-0.00711747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.396;QD=10.2741;RBI=0.00915926;REFB=-0.00253314;REVB=-0.00576487;RO=86;SAF=29;SAR=13;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192204;STB=0.611808;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00363515;OID=.;OPOS=48346932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:86:86:42:42:0.328125:13:29:46:40:13:29:46:40 chr11 48346961 . AA TG 330.42 PASS AF=0.296552;AO=43;DP=145;FAO=43;FDP=145;FR=.;FRO=102;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=60;FSRR=42;FWDB=-0.0161264;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=2;MLLD=230.842;QD=9.11512;RBI=0.0171102;REFB=-0.0129843;REVB=0.00571816;RO=100;SAF=28;SAR=15;SRF=60;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065569;STB=0.547303;STBP=0.476;TYPE=mnp;VARB=0.030411;OID=.;OPOS=48346961;OREF=AA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:100:102:43:43:0.296552:15:28:60:40:15:28:60:42 chr11 48346999 . T G 450.53 PASS AF=0.35443;AO=56;DP=158;FAO=56;FDP=158;FR=.;FRO=102;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=0.00566156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8218;QD=11.4059;RBI=0.0181221;REFB=0.00651201;REVB=-0.017215;RO=102;SAF=41;SAR=15;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261462;STB=0.650414;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0122734;OID=.;OPOS=48346999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:102:102:56:56:0.35443:15:41:53:49:15:41:53:49 chr11 48347014 . G A 468.39 PASS AF=0.362416;AO=54;DP=150;FAO=54;FDP=149;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.0460964;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.119;QD=12.5742;RBI=0.046435;REFB=-0.00255159;REVB=0.00559729;RO=93;SAF=36;SAR=18;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198177;STB=0.607436;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0295829;OID=.;OPOS=48347014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:93:95:54:54:0.362416:18:36:46:47:18:36:48:47 chr11 48347023 . C T 487.81 PASS AF=0.381579;AO=53;DP=147;FAO=58;FDP=152;FR=.;FRO=94;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=0.0148151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.777;QD=12.8372;RBI=0.0158525;REFB=-0.00755623;REVB=-0.00564059;RO=93;SAF=34;SAR=19;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144738;STB=0.605263;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0167801;OID=.;OPOS=48347023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:152:93:94:53:58:0.381579:19:34:48:45:19:39:48:46 chr11 48347067 . C T 374.74 PASS AF=0.378151;AO=45;DP=119;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0133143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.896;QD=12.5963;RBI=0.0191812;REFB=-0.0214076;REVB=-0.0138075;RO=74;SAF=32;SAR=13;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231956;STB=0.632707;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0344988;OID=.;OPOS=48347067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:74:74:45:45:0.378151:13:32:38:36:13:32:38:36 chr11 48347100 . C T 252.08 PASS AF=0.336957;AO=30;DP=91;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0210115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.272;QD=10.9602;RBI=0.0210576;REFB=-0.0120826;REVB=0.00139204;RO=61;SAF=20;SAR=10;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133581;STB=0.585474;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0496507;OID=.;OPOS=48347100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:61:61:30:31:0.336957:10:20:34:27:10:21:34:27 chr11 48347124 . A G 183.76 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0755259;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8087;QD=9.9329;RBI=0.124668;REFB=0.00452937;REVB=-0.099186;RO=50;SAF=16;SAR=8;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130509;STB=0.576857;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.0134376;OID=.;OPOS=48347124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:50:50:24:24:0.324324:8:16:28:22:8:16:28:22 chr11 48347130 . C G 182.8 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.013668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3709;QD=9.74914;RBI=0.0361302;REFB=0.0145731;REVB=0.0334451;RO=51;SAF=17;SAR=7;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221581;STB=0.631023;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0277842;OID=.;OPOS=48347130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:51:51:24:24:0.32:7:17:27:24:7:17:27:24 chr11 48347140 . T C 505.46 PASS AF=0.647887;AO=46;DP=71;FAO=46;FDP=71;FR=.;FRO=25;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0329341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.943;QD=28.4763;RBI=0.0330244;REFB=-0.0537136;REVB=-0.00244067;RO=25;SAF=28;SAR=18;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490747;STB=0.526647;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0236251;OID=.;OPOS=48347140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:25:25:46:46:0.647887:18:28:17:8:18:28:17:8 chr11 48347142 . C T 217.2 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0215904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.476;QD=11.2833;RBI=0.0268019;REFB=-0.00743373;REVB=-0.0158806;RO=50;SAF=19;SAR=8;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12993;STB=0.575699;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0118491;OID=.;OPOS=48347142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:8:19:30:20:8:19:30:20 chr11 48347144 . T C 217.6 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.000344212;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.776;QD=11.3041;RBI=0.00103168;REFB=-0.0230812;REVB=-0.000972561;RO=49;SAF=20;SAR=7;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191007;STB=0.606657;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0213363;OID=.;OPOS=48347144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:50:27:27:0.350649:7:20:29:20:7:20:30:20 chr11 48347267 . T C 288.87 PASS AF=0.291045;AO=39;DP=134;FAO=39;FDP=134;FR=.;FRO=95;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=56;FSRR=39;FWDB=0.00748575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.892;QD=8.62311;RBI=0.00779325;REFB=-0.00271594;REVB=0.00216757;RO=95;SAF=14;SAR=25;SRF=56;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274793;STB=0.661294;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0148501;OID=.;OPOS=48347267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:95:95:39:39:0.291045:25:14:56:39:25:14:56:39 chr11 48347306 . G T 269.93 PASS AF=0.255034;AO=35;DP=146;FAO=38;FDP=149;FR=.;FRO=111;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=59;FSRR=52;FWDB=-0.00147219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.377;QD=7.24641;RBI=0.00756104;REFB=-0.00915267;REVB=0.00741633;RO=107;SAF=13;SAR=22;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223912;STB=0.601998;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0281289;OID=.;OPOS=48347306;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:149:107:111:35:38:0.255034:22:13:59:48:23:15:59:52 chr11 48347342 . G A 237.29 PASS AF=0.241379;AO=34;DP=144;FAO=35;FDP=145;FR=.;FRO=110;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=56;FSRR=54;FWDB=-0.0693077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.285;QD=6.54599;RBI=0.0758445;REFB=-0.0159063;REVB=-0.0308033;RO=106;SAF=11;SAR=23;SRF=55;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248507;STB=0.651979;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0521693;OID=.;OPOS=48347342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:106:110:34:35:0.241379:23:11:55:51:24:11:56:54 chr11 48347346 . A T 237.43 PASS AF=0.241379;AO=35;DP=145;FAO=35;FDP=145;FR=.;FRO=110;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=56;FSRR=54;FWDB=-0.0023351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.504;QD=6.54967;RBI=0.0444422;REFB=-0.0102033;REVB=-0.0443808;RO=106;SAF=12;SAR=23;SRF=56;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233321;STB=0.628543;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0444114;OID=.;OPOS=48347346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:106:110:35:35:0.241379:23:12:56:50:23:12:56:54 chr11 48347358 . C T 176.31 PASS AF=0.218045;AO=28;DP=131;FAO=29;FDP=133;FR=.;FRO=104;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=-0.0545977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.044;QD=5.30247;RBI=0.0571091;REFB=-0.00727593;REVB=0.0167492;RO=102;SAF=7;SAR=21;SRF=50;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320793;STB=0.676553;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00348755;OID=.;OPOS=48347358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:102:104:28:29:0.218045:21:7:50:52:21:8:51:53 chr11 48347363 . C T 170.69 PASS AF=0.210526;AO=28;DP=133;FAO=28;FDP=133;FR=.;FRO=105;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=-0.0336277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.002;QD=5.13349;RBI=0.0361818;REFB=-0.00596488;REVB=-0.013353;RO=105;SAF=7;SAR=21;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326623;STB=0.705026;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0246472;OID=.;OPOS=48347363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:105:105:28:28:0.210526:21:7:52:53:21:7:52:53 chr11 48347392 . T C 144.71 PASS AF=0.217822;AO=22;DP=101;FAO=22;FDP=101;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0108382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.866;QD=5.73122;RBI=0.0193741;REFB=-0.00809859;REVB=0.016059;RO=79;SAF=5;SAR=17;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328857;STB=0.707429;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0257813;OID=.;OPOS=48347392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:79:79:22:22:0.217822:17:5:37:42:17:5:37:42 chr11 48347419 . A G 89.77 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0103632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9742;QD=4.85268;RBI=0.0326661;REFB=0.00848063;REVB=0.0309787;RO=59;SAF=4;SAR=11;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292863;STB=0.688543;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0432053;OID=.;OPOS=48347419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:74:74:59:59:15:15:0.202703:11:4:29:30:11:4:29:30 chr11 48347492 . G A 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0373451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3767;QD=6.26142;RBI=0.038929;REFB=-0.00155643;REVB=-0.0109916;RO=21;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518359;STB=0.837696;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0027982;OID=.;OPOS=48347492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:6:1:12:9:6:1:12:9 chr11 48347498 . A T 44.61 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0553824;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=330.744;QD=7.43451;RBI=0.0558885;REFB=-0.00454249;REVB=-0.00750417;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502138;STB=0.856123;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.011204;OID=.;OPOS=48347498;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:14:17:7:7:0.291667:6:1:8:6:6:1:11:6 chr11 48366958 . T G 264.7 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00525578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.761;QD=13.0718;RBI=0.012329;REFB=-0.00182685;REVB=0.0111526;RO=45;SAF=10;SAR=21;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886168;STB=0.590732;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000781073;OID=.;OPOS=48366958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:50:31:31:0.382716:21:10:18:27:21:10:23:27 chr11 48366971 . GG CA 304.07 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.00280536;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=334.508;QD=14.8327;RBI=0.00387677;REFB=-0.00858614;REVB=-0.00267568;RO=48;SAF=12;SAR=22;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.001385;STB=0.500784;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0118795;OID=.;OPOS=48366971;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:22:12:17:31:22:12:17:31 chr11 48367050 . T TAG 105.07 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00974748;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.591;QD=6.46599;RBI=0.010593;REFB=-0.00861984;REVB=0.00414704;RO=49;SAF=3;SAR=13;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425346;STB=0.765958;STBP=0.037;TYPE=ins;VARB=0.0246116;OID=.;OPOS=48367051;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.246154:16:65:16:65:49:3:13:25:24:99:49:3:13:25:24 chr11 48367073 . A C 711.49 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0139842;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.621;QD=52.7026;RBI=0.0246454;REFB=-0.0223052;REVB=0.0202937;RO=2;SAF=18;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494921;STB=0.526306;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000134585;OID=.;OPOS=48367073;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:34:18:2:0:34:18:2:0 chr11 48367097 . A G 69.17 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0357911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.844;QD=6.14823;RBI=0.0473488;REFB=-0.00438031;REVB=0.0309984;RO=35;SAF=1;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.559089;STB=0.867201;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0288514;OID=.;OPOS=48367097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:9:1:18:17:9:1:18:17 chr11 48367133 . C A 41.81 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0223809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4362;QD=4.28839;RBI=0.0981044;REFB=-0.00476758;REVB=-0.0955174;RO=32;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486928;STB=0.836197;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0108003;OID=.;OPOS=48367133;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:6:1:17:15:6:1:17:15 chr11 48367136 . C T 41.67 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0101417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.251;QD=4.27405;RBI=0.0580615;REFB=-0.0121547;REVB=-0.0571689;RO=32;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486928;STB=0.836197;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0720204;OID=.;OPOS=48367136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:6:1:17:15:6:1:17:15 chr11 48367155 . T A 43.58 PASS AF=0.184211;AO=5;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.117446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.11;QD=4.58754;RBI=0.117599;REFB=-0.00973125;REVB=-0.00600877;RO=27;SAF=1;SAR=4;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275728;STB=0.812576;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00574047;OID=.;OPOS=48367155;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:38:38:27:31:5:7:0.184211:4:1:11:16:6:1:15:16 chr11 48367159 . C T 50.24 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00734325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.598;QD=5.0237;RBI=0.0105958;REFB=-0.00380051;REVB=0.00763852;RO=32;SAF=1;SAR=7;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472895;STB=0.822617;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0253912;OID=.;OPOS=48367159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:8:8:0.2:7:1:15:17:7:1:15:17 chr11 48367163 . A G 41.41 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0569287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9346;QD=4.35901;RBI=0.0577828;REFB=0.000237331;REVB=-0.00989819;RO=31;SAF=1;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44954;STB=0.812576;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00852533;OID=.;OPOS=48367163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:6:1:15:16:6:1:15:16 chr11 48367170 . G A 60.95 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0138478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7403;QD=6.58961;RBI=0.111171;REFB=-0.0189475;REVB=-0.110305;RO=27;SAF=2;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404027;STB=0.747854;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0411008;OID=.;OPOS=48367170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:36:37:27:28:9:9:0.243243:7:2:15:12:7:2:15:13 chr11 48367190 . A T 50.64 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00896428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.893;QD=5.06439;RBI=0.00896835;REFB=-0.0060933;REVB=-0.000269987;RO=29;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206554;STB=0.549876;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0251126;OID=.;OPOS=48367190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:29:32:8:8:0.2:4:4:15:14:4:4:18:14 chr11 48367195 . C T 60.04 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0123971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.205;QD=5.85745;RBI=0.015142;REFB=0.00159601;REVB=-0.00869447;RO=31;SAF=4;SAR=5;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162634;STB=0.614725;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.0352269;OID=.;OPOS=48367195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:31:32:9:9:0.219512:5:4:18:13:5:4:19:13 chr11 48367249 . C T 148.0 PASS AF=0.307692;AO=19;DP=67;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0045795;FXX=0.0298463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.821;QD=9.10777;RBI=0.0067843;REFB=-0.00354406;REVB=-0.00500549;RO=43;SAF=9;SAR=10;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125142;STB=0.569163;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00631363;OID=.;OPOS=48367249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:43:45:19:20:0.307692:10:9:25:18:10:10:27:18 chr11 48367252 . G A 168.97 PASS AF=0.328358;AO=23;DP=68;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0558451;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1294;QD=10.0877;RBI=0.0589186;REFB=-0.00735999;REVB=-0.018781;RO=45;SAF=12;SAR=11;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893453;STB=0.567104;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0126714;OID=.;OPOS=48367252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:45:45:23:22:0.328358:11:12:27:18:11:11:27:18 chr11 48367311 . T C 287.77 PASS AF=0.33945;AO=37;DP=109;FAO=37;FDP=109;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.0213209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.426;QD=10.5603;RBI=0.0224719;REFB=-0.00646868;REVB=0.00709973;RO=68;SAF=19;SAR=18;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845049;STB=0.555471;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0137518;OID=.;OPOS=48367311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:68:72:37:37:0.33945:18:19:40:28:18:19:43:29 chr11 48367363 . C T 281.06 PASS AF=0.324561;AO=36;DP=111;FAO=37;FDP=114;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=0.0376742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0736;QD=9.86191;RBI=0.0376794;REFB=-0.0216466;REVB=0.000627181;RO=75;SAF=16;SAR=20;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164172;STB=0.583759;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.045641;OID=.;OPOS=48367363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:75:77:36:37:0.324561:20:16:44:31:20:17:45:32 chr11 48367387 . C T 224.91 PASS AF=0.302083;AO=28;DP=94;FAO=29;FDP=96;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.0874109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7484;QD=9.37112;RBI=0.0910007;REFB=0.000601554;REVB=0.0253071;RO=66;SAF=11;SAR=17;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215769;STB=0.606204;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00173954;OID=.;OPOS=48367387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:66:67:28:29:0.302083:17:11:38:28:17:12:38:29 chr11 48367419 . G A 302.56 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0183127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.078;QD=12.2245;RBI=0.0185359;REFB=-0.00642551;REVB=-0.00286818;RO=63;SAF=18;SAR=17;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106566;STB=0.510976;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00938089;OID=.;OPOS=48367419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:63:64:35:35:0.353535:17:18:33:30:17:18:34:30 chr11 48367424 . C G 302.52 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0225809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.388;QD=12.2231;RBI=0.0241311;REFB=0.00148787;REVB=-0.00850935;RO=64;SAF=18;SAR=17;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190739;STB=0.510976;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00486015;OID=.;OPOS=48367424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:64:64:35:35:0.353535:17:18:34:30:17:18:34:30 chr11 48367455 . G A 212.49 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00937781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.137;QD=10.2404;RBI=0.0124184;REFB=-0.000592938;REVB=-0.00814089;RO=56;SAF=19;SAR=8;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247034;STB=0.645171;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00171768;OID=.;OPOS=48367455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:56:56:27:27:0.325301:8:19:28:28:8:19:28:28 chr11 48367469 . TG CA 162.17 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=74;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00598642;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=2;MLLD=199.601;QD=8.88585;RBI=0.0179679;REFB=-0.0195979;REVB=-0.0169413;RO=51;SAF=15;SAR=7;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232643;STB=0.63858;STBP=0.128;TYPE=mnp;VARB=0.0253641;OID=.;OPOS=48367469;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:51:51:22:22:0.30137:7:15:25:26:7:15:25:26 chr11 48367474 . A G 163.84 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0152768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.618;QD=9.36198;RBI=0.015314;REFB=0.0013637;REVB=0.0010658;RO=48;SAF=16;SAR=6;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301936;STB=0.679282;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00148287;OID=.;OPOS=48367474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:48:48:22:22:0.314286:6:16:23:25:6:16:23:25 chr11 48367499 . A G 121.9 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00294763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.821;QD=9.19997;RBI=0.0096491;REFB=-0.0130765;REVB=-0.00918785;RO=37;SAF=15;SAR=1;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.674084;STB=0.913537;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0604861;OID=.;OPOS=48367499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:1:15:16:21:1:15:16:21 chr11 48367511 . T G 124.71 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0221447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.769;QD=10.1801;RBI=0.0221662;REFB=0.00127669;REVB=0.00097458;RO=34;SAF=14;SAR=1;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.688184;STB=0.918796;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0113773;OID=.;OPOS=48367511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:1:14:13:21:1:14:13:21 chr11 48373748 . C G 72.33 PASS AF=0.173333;AO=13;DP=75;FAO=13;FDP=75;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=-0.0212633;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.162;QD=3.85745;RBI=0.0300814;REFB=0.00507634;REVB=-0.0212782;RO=60;SAF=5;SAR=8;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322837;STB=0.705592;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0427116;OID=.;OPOS=48373748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:75:75:60:62:13:13:0.173333:8:5:39:21:8:5:40:22 chr11 48373770 . T A 68.84 PASS AF=0.158537;AO=13;DP=81;FAO=13;FDP=82;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=21;FWDB=0.00550403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.143;QD=3.35828;RBI=0.0138827;REFB=-0.0014635;REVB=0.012745;RO=68;SAF=5;SAR=8;SRF=47;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372156;STB=0.744844;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0101501;OID=.;OPOS=48373770;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:81:82:68:69:13:13:0.158537:8:5:47:21:8:5:48:21 chr11 48373797 . C T 65.53 PASS AF=0.142857;AO=13;DP=91;FAO=13;FDP=91;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=23;FWDB=0.000237637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.823;QD=2.88032;RBI=0.0417055;REFB=-0.000617119;REVB=-0.0417048;RO=76;SAF=8;SAR=5;SRF=54;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132647;STB=0.584294;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0134638;OID=.;OPOS=48373797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:91:91:76:78:13:13:0.142857:5:8:54:22:5:8:55:23 chr11 48373805 . G A 64.54 PASS AF=0.138298;AO=13;DP=94;FAO=13;FDP=94;FR=.;FRO=81;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=57;FSRR=24;FWDB=-0.0493755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4665;QD=2.74632;RBI=0.0595866;REFB=-0.00418023;REVB=-0.0333561;RO=81;SAF=8;SAR=5;SRF=57;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122227;STB=0.583363;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0232861;OID=.;OPOS=48373805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:94:94:81:81:13:13:0.138298:5:8:57:24:5:8:57:24 chr11 48373815 . A G 77.94 PASS AF=0.147059;AO=15;DP=102;FAO=15;FDP=102;FR=.;FRO=87;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=63;FSRR=24;FWDB=-0.00168029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.646;QD=3.05657;RBI=0.00788682;REFB=-0.000908236;REVB=-0.00770575;RO=87;SAF=10;SAR=5;SRF=63;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851151;STB=0.557179;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00697163;OID=.;OPOS=48373815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:102:102:87:87:15:15:0.147059:5:10:63:24:5:10:63:24 chr11 48373817 . C T 84.49 PASS AF=0.153846;AO=16;DP=105;FAO=16;FDP=104;FR=.;FRO=88;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=64;FSRR=24;FWDB=-0.00388227;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.51;QD=3.24965;RBI=0.0260589;REFB=-0.000987033;REVB=-0.0257681;RO=81;SAF=11;SAR=5;SRF=60;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821726;STB=0.540297;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00857652;OID=.;OPOS=48373817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:105:104:81:88:16:16:0.153846:5:11:60:21:5:11:64:24 chr11 48373820 . A C 104.42 PASS AF=0.174312;AO=19;DP=109;FAO=19;FDP=109;FR=.;FRO=90;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=66;FSRR=24;FWDB=0.0100677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.932;QD=3.83205;RBI=0.0238781;REFB=-0.00255602;REVB=0.0216519;RO=86;SAF=14;SAR=5;SRF=65;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317132;STB=0.503718;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00754431;OID=.;OPOS=48373820;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:86:90:19:19:0.174312:5:14:65:21:5:14:66:24 chr11 48373827 . G A 148.35 PASS AF=0.204918;AO=25;DP=122;FAO=25;FDP=122;FR=.;FRO=97;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=72;FSRR=25;FWDB=-0.0180027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.572;QD=4.86396;RBI=0.0290085;REFB=-0.00483241;REVB=-0.0227463;RO=97;SAF=20;SAR=5;SRF=72;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103877;STB=0.565981;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0123766;OID=.;OPOS=48373827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:97:97:25:25:0.204918:5:20:72:25:5:20:72:25 chr11 48373885 . A G 584.99 PASS AF=0.35567;AO=69;DP=196;FAO=69;FDP=194;FR=.;FRO=125;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=71;FSRR=54;FWDB=0.00200683;FXX=0.0102036;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.485;QD=12.0617;RBI=0.00224779;REFB=-0.00937576;REVB=-0.00101252;RO=124;SAF=31;SAR=38;SRF=71;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138459;STB=0.576078;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0182527;OID=.;OPOS=48373885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:194:124:125:69:69:0.35567:38:31:71:53:38:31:71:54 chr11 48373900 . A G 651.73 PASS AF=0.38342;AO=74;DP=194;FAO=74;FDP=193;FR=.;FRO=119;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=62;FSRR=57;FWDB=0.000659776;FXX=0.00515437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2039;QD=13.5073;RBI=0.000714693;REFB=-0.00725871;REVB=-0.000274738;RO=118;SAF=34;SAR=40;SRF=62;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718167;STB=0.537956;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00944343;OID=.;OPOS=48373900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:118:119:74:74:0.38342:40:34:62:56:40:34:62:57 chr11 48373936 . A G 696.3 PASS AF=0.397959;AO=76;DP=194;FAO=78;FDP=196;FR=.;FRO=118;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=64;FSRR=54;FWDB=-0.0119838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2872;QD=14.2102;RBI=0.0321702;REFB=-0.011753;REVB=0.0298548;RO=116;SAF=26;SAR=50;SRF=63;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220411;STB=0.612324;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.016227;OID=.;OPOS=48373936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:196:116:118:76:78:0.397959:50:26:63:53:50:28:64:54 chr11 48373946 . C A 304.32 PASS AF=0.242105;AO=46;DP=190;FAO=46;FDP=190;FR=.;FRO=144;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=58;FSRR=86;FWDB=-0.0217374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.47;QD=6.40666;RBI=0.0363317;REFB=-0.00672298;REVB=-0.0291114;RO=143;SAF=31;SAR=15;SRF=58;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331693;STB=0.70099;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0172958;OID=.;OPOS=48373946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:143:144:46:46:0.242105:15:31:58:85:15:31:58:86 chr11 48373976 . T G 646.08 PASS AF=0.436364;AO=71;DP=165;FAO=72;FDP=165;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.0237483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.265;QD=15.6626;RBI=0.024993;REFB=-0.0136785;REVB=-0.00778897;RO=93;SAF=29;SAR=42;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066979;STB=0.540543;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0197134;OID=.;OPOS=48373976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:93:93:71:72:0.436364:42:29:44:49:43:29:44:49 chr11 48373986 . A G 540.23 PASS AF=0.406667;AO=61;DP=151;FAO=61;FDP=150;FR=.;FRO=89;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.0479571;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.949;QD=14.4062;RBI=0.0486232;REFB=-0.0136173;REVB=-0.00802099;RO=87;SAF=26;SAR=35;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477595;STB=0.520757;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.014577;OID=.;OPOS=48373986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:87:89:61:61:0.406667:35:26:41:46:35:26:41:48 chr11 48374000 . C CT 60.02 PASS AF=0.269231;AO=24;DP=130;FAO=28;FDP=104;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.0203965;FXX=0.0370336;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.63898;QD=2.30862;RBI=0.167712;REFB=-0.0209379;REVB=0.166468;RO=97;SAF=10;SAR=14;SRF=41;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00783611;STB=0.504199;STBP=0.962;TYPE=ins;VARB=-0.0504546;OID=.;OPOS=48374001;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269231:24:130:28:104:76:12:16:33:43:60:97:10:14:41:56 chr11 48387186 . A G 170.59 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0632859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3615;QD=10.8309;RBI=0.0847626;REFB=-0.0303247;REVB=-0.0563879;RO=40;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16016;STB=0.599911;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0284199;OID=.;OPOS=48387186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:41:22:22:0.349206:10:12:16:24:10:12:16:25 chr11 48387301 . G A 80.31 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0264416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.003;QD=5.18098;RBI=0.0301454;REFB=-0.0305568;REVB=0.0144771;RO=46;SAF=6;SAR=7;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206885;STB=0.648567;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0590396;OID=.;OPOS=48387301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:46:49:13:13:0.209677:7:6:29:17:7:6:32:17 chr11 48387335 . C A 120.77 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=72;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.00362363;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.896;QD=6.80415;RBI=0.0168629;REFB=-0.00761673;REVB=0.016469;RO=52;SAF=10;SAR=8;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504343;STB=0.536701;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0210202;OID=.;OPOS=48387335;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:52:53:18:18:0.253521:8:10:31:21:8:10:32:21 chr11 48387370 . A G 196.67 PASS AF=0.297619;AO=25;DP=83;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0307232;FXX=0.0666593;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.928;QD=9.3653;RBI=0.0320521;REFB=-0.00324785;REVB=-0.00913374;RO=58;SAF=22;SAR=3;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.531254;STB=0.825641;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00801106;OID=.;OPOS=48387370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:58:59:25:25:0.297619:3:22:29:29:3:22:29:30 chr11 48387424 . G T 310.84 PASS AF=0.366337;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0134331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.993;QD=12.3106;RBI=0.0135137;REFB=-0.0112296;REVB=0.00147317;RO=61;SAF=27;SAR=10;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244937;STB=0.638974;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0122468;OID=.;OPOS=48387424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:61:64:37:37:0.366337:10:27:32:29:10:27:34:30 chr11 48387490 . G A 312.5 PASS AF=0.368932;AO=36;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0249925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6864;QD=12.1359;RBI=0.0250439;REFB=-0.0069436;REVB=-0.00160323;RO=65;SAF=28;SAR=8;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274412;STB=0.668219;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0128562;OID=.;OPOS=48387490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:65:65:36:38:0.368932:8:28:37:28:8:30:37:28 chr11 48387506 . A G 345.53 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00891097;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3605;QD=14.1035;RBI=0.00891107;REFB=-0.0168256;REVB=4.35342e-05;RO=60;SAF=28;SAR=10;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170879;STB=0.608635;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0363911;OID=.;OPOS=48387506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:60:60:38:38:0.387755:10:28:36:24:10:28:35:25 chr11 48387526 . G T 273.29 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.00852115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.863;QD=12.7112;RBI=0.00852976;REFB=-0.0208223;REVB=0.000383214;RO=54;SAF=21;SAR=11;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031876;STB=0.518301;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0201871;OID=.;OPOS=48387526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:54:32:32:0.372093:11:21:34:20:11:21:34:20 chr11 48387535 . T C 228.57 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.0242053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3779;QD=11.7215;RBI=0.0428584;REFB=-0.0258977;REVB=0.0353688;RO=50;SAF=17;SAR=11;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625917;STB=0.536037;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0627513;OID=.;OPOS=48387535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:11:17:33:17:11:17:33:17 chr11 48387540 . G T 228.14 PASS AF=0.378378;AO=27;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.0313308;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.611;QD=12.332;RBI=0.0621148;REFB=-0.00656335;REVB=0.0536342;RO=46;SAF=17;SAR=10;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052854;STB=0.544299;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00786028;OID=.;OPOS=48387540;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:27:28:0.378378:10:17:31:15:11:17:31:15 chr11 48387580 . G T 79.15 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0606985;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4791;QD=6.46096;RBI=0.0614758;REFB=-0.000631882;REVB=-0.00974451;RO=38;SAF=5;SAR=6;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246121;STB=0.634803;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.00200567;OID=.;OPOS=48387580;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:49:49:38:38:11:11:0.22449:6:5:25:13:6:5:24:14 chr11 48387582 . C T 79.41 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0335812;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1845;QD=6.61763;RBI=0.0436656;REFB=-0.0192413;REVB=-0.0279103;RO=36;SAF=5;SAR=6;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255219;STB=0.64659;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0403343;OID=.;OPOS=48387582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:48:48:36:37:11:11:0.229167:6:5:24:12:6:5:24:13 chr11 48387584 . A T 78.55 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0181727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.336;QD=6.41247;RBI=0.0183824;REFB=-0.0091311;REVB=-0.00276883;RO=38;SAF=5;SAR=6;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214125;STB=0.634803;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0320591;OID=.;OPOS=48387584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:38:38:11:11:0.22449:6:5:24:14:6:5:24:14 chr11 48387591 . A G 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0148949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.479;QD=5.6964;RBI=0.0527441;REFB=-0.014925;REVB=-0.0505973;RO=33;SAF=5;SAR=4;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180704;STB=0.615148;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0360097;OID=.;OPOS=48387591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:4:5:23:10:4:5:23:10 chr11 48387604 . C T 70.49 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.00844076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.652;QD=7.04933;RBI=0.0146529;REFB=0.00206644;REVB=0.0119775;RO=30;SAF=6;SAR=4;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175572;STB=0.608497;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00305542;OID=.;OPOS=48387604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:4:6:22:8:4:6:22:8 chr11 48387890 . T C 43.89 PASS AF=0.1;AO=11;DP=113;FAO=11;FDP=110;FR=.;FRO=99;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=58;FWDB=-0.00599905;FXX=0.0265463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.802;QD=1.59602;RBI=0.0204835;REFB=-0.00284689;REVB=-0.0195853;RO=101;SAF=7;SAR=4;SRF=41;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265592;STB=0.692957;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0269902;OID=.;OPOS=48387890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:113:110:101:99:11:11:0.1:4:7:41:60:4:7:41:58 chr11 48387894 . C T 47.88 PASS AF=0.103448;AO=12;DP=116;FAO=12;FDP=116;FR=.;FRO=104;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=61;FWDB=-0.0408136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2816;QD=1.65087;RBI=0.0552151;REFB=-0.0242016;REVB=-0.0371881;RO=104;SAF=7;SAR=5;SRF=43;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200322;STB=0.648639;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0341214;OID=.;OPOS=48387894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:116:116:104:104:12:12:0.103448:5:7:43:61:5:7:43:61 chr11 48387900 . G A 45.92 PASS AF=0.0991736;AO=12;DP=121;FAO=12;FDP=121;FR=.;FRO=109;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=65;FWDB=0.0213466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3971;QD=1.51812;RBI=0.044834;REFB=-0.00402684;REVB=-0.039426;RO=109;SAF=7;SAR=5;SRF=44;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210274;STB=0.657468;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0138162;OID=.;OPOS=48387900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:121:121:109:109:12:12:0.0991736:5:7:44:65:5:7:44:65 chr11 48387919 . G A 43.54 PASS AF=0.09375;AO=12;DP=128;FAO=12;FDP=128;FR=.;FRO=116;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=71;FWDB=-0.00623313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.048;QD=1.36062;RBI=0.00651983;REFB=-0.00237808;REVB=-0.00191215;RO=116;SAF=7;SAR=5;SRF=45;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226366;STB=0.67145;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0106294;OID=.;OPOS=48387919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:128:128:116:116:12:12:0.09375:5:7:45:71:5:7:45:71 chr11 48387930 . T C 69.16 PASS AF=0.123077;AO=16;DP=130;FAO=16;FDP=130;FR=.;FRO=114;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=70;FWDB=0.0275541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.828;QD=2.12815;RBI=0.0300358;REFB=-0.00514668;REVB=0.011955;RO=114;SAF=7;SAR=9;SRF=44;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657898;STB=0.546386;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0125005;OID=.;OPOS=48387930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:130:130:114:114:16:16:0.123077:9:7:44:70:9:7:44:70 chr11 48387946 . G T 50.76 PASS AF=0.104;AO=13;DP=125;FAO=13;FDP=125;FR=.;FRO=112;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=69;FWDB=-0.00592119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.687;QD=1.62421;RBI=0.00978917;REFB=-7.99874e-05;REVB=-0.00779534;RO=104;SAF=4;SAR=9;SRF=42;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124959;STB=0.57539;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.000284209;OID=.;OPOS=48387946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:125:125:104:112:13:13:0.104:9:4:42:62:9:4:43:69 chr11 48387960 . T C 67.35 PASS AF=0.118519;AO=16;DP=135;FAO=16;FDP=135;FR=.;FRO=119;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=77;FWDB=0.00597897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9103;QD=1.99552;RBI=0.021129;REFB=-0.000220208;REVB=0.0202654;RO=119;SAF=5;SAR=11;SRF=42;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556773;STB=0.540178;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00393406;OID=.;OPOS=48387960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:135:135:119:119:16:16:0.118519:11:5:42:77:11:5:42:77 chr11 48387978 . T A 91.71 PASS AF=0.146154;AO=19;DP=130;FAO=19;FDP=130;FR=.;FRO=111;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=70;FWDB=-0.0138719;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.091;QD=2.8219;RBI=0.0176095;REFB=-0.00485898;REVB=-0.0108472;RO=111;SAF=5;SAR=14;SRF=41;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153034;STB=0.605146;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0295719;OID=.;OPOS=48387978;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:130:130:111:111:19:19:0.146154:14:5:41:70:14:5:41:70 chr11 48387983 . T C 91.45 PASS AF=0.148438;AO=19;DP=128;FAO=19;FDP=128;FR=.;FRO=109;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=70;FWDB=0.00298562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.127;QD=2.8579;RBI=0.00816552;REFB=-0.00304989;REVB=-0.00760012;RO=108;SAF=5;SAR=14;SRF=38;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130306;STB=0.594489;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0575079;OID=.;OPOS=48387983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:128:128:108:109:19:19:0.148438:14:5:38:70:14:5:39:70 chr11 48510654 . A C 662.38 PASS AF=0.541667;AO=65;DP=120;FAO=65;FDP=120;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0108865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.858;QD=22.0794;RBI=0.018877;REFB=-0.0170025;REVB=-0.0154215;RO=54;SAF=35;SAR=30;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165916;STB=0.505153;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0135223;OID=.;OPOS=48510654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:54:55:65:65:0.541667:30:35:28:26:30:35:29:26 chr11 48510777 . G A 527.5 PASS AF=0.524272;AO=53;DP=103;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00799977;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.386;QD=20.4856;RBI=0.0257294;REFB=-0.0316295;REVB=0.0244541;RO=49;SAF=20;SAR=33;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065144;STB=0.53926;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0354485;OID=.;OPOS=48510777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:49:53:54:0.524272:33:20:22:27:34:20:22:27 chr11 48997107 . G A 276.64 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0210648;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9536;QD=18.1404;RBI=0.0833803;REFB=-0.0167544;REVB=-0.0806756;RO=32;SAF=16;SAR=14;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0019272;STB=0.507687;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0161578;OID=.;OPOS=48997107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:32:31:30:30:0.491803:14:16:17:15:14:16:17:14 chr11 48997334 . T G 309.95 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0142178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.917;QD=18.7847;RBI=0.0215467;REFB=-0.0238597;REVB=-0.01619;RO=33;SAF=17;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114827;OID=.;OPOS=48997334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:16:17:17:16:16:17:17:16 chr11 49000423 . C G 385.17 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=0.0071195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.647;QD=13.8801;RBI=0.00731023;REFB=-0.00660522;REVB=0.00165897;RO=66;SAF=16;SAR=29;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262979;STB=0.648496;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00887808;OID=.;OPOS=49000423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:66:66:45:45:0.405405:29:16:40:26:29:16:40:26 chr11 49000522 . C T 193.76 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00447669;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2383;QD=10.1979;RBI=0.00930443;REFB=-0.00108523;REVB=-0.0081567;RO=52;SAF=6;SAR=19;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305502;STB=0.67361;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00161017;OID=.;OPOS=49000522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:52:51:25:25:0.328947:19:6:25:27:19:6:24:27 chr11 49000558 . G A 173.01 PASS AF=0.515152;AO=13;DP=35;FAO=17;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0143918;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.126;QD=20.9708;RBI=0.0144438;REFB=-0.0517949;REVB=0.00122511;RO=9;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599899;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.02606;OID=.;OPOS=49000558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:33:9:15:13:17:0.515152:13:0:0:9:14:3:1:14 chr11 49055751 . T C 165.33 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.046774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0411;QD=14.0703;RBI=0.0542259;REFB=-0.0232523;REVB=0.0274344;RO=29;SAF=12;SAR=6;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536154;STB=0.531215;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.020632;OID=.;OPOS=49055751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:6:12:18:11:6:12:18:11 chr11 49059362 . C A 467.54 PASS AF=0.362416;AO=54;DP=149;FAO=54;FDP=149;FR=.;FRO=95;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=0.00459175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.9;QD=12.5514;RBI=0.0260941;REFB=-0.00693903;REVB=-0.0256869;RO=95;SAF=31;SAR=23;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11254;STB=0.564175;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00948372;OID=.;OPOS=49059362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:95:95:54:54:0.362416:23:31:45:50:23:31:45:50 chr11 49075605 . G A 328.66 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00960128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.493;QD=18.0086;RBI=0.0210751;REFB=0.000719925;REVB=0.018761;RO=38;SAF=22;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17155;STB=0.59596;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.000676706;OID=.;OPOS=49075605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:13:22:17:21:13:22:17:21 chr11 49080616 . T C 304.1 PASS AF=0.360825;AO=35;DP=97;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.0194963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8814;QD=12.54;RBI=0.0198105;REFB=-0.0057154;REVB=-0.00351419;RO=61;SAF=12;SAR=23;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322891;STB=0.679899;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0100035;OID=.;OPOS=49080616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:61:62:35:35:0.360825:23:12:39:22:23:12:39:23 chr11 49172981 . GAC CAG,G 74.93 PASS AF=0.0571429,0.257143;AO=4,8;DP=39;FAO=2,9;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=2,7;FSAR=0,2;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0439316,-0.0337889;FXX=0.0277701;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=103.285,139.465;QD=8.56299;RBI=0.123586,0.114306;REFB=-0.0402049,-0.0456774;REVB=-0.115515,-0.109198;RO=22;SAF=4,6;SAR=0,2;SRF=5;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.747246,0.554691;STB=0.996553,0.825434;STBP=0.05,0.04;TYPE=mnp,del;VARB=0.0814609,0.088103;OID=.,.;OPOS=49172981,49172982;OREF=GAC,AC;OALT=CAG,-;OMAPALT=CAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:61:39:35:22:24:4,8:2,9:0.0571429,0.257143:0,2:4,6:5:17:0,2:2,7:7:17 chr11 49598178 . G A 1927.29 PASS AF=0.976923;AO=126;DP=129;FAO=127;FDP=130;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0346041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.671;QD=59.3013;RBI=0.0413137;REFB=-0.0488219;REVB=0.0225695;RO=3;SAF=67;SAR=59;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235442;STB=0.512193;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00270727;OID=.;OPOS=49598178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:129:130:3:3:126:127:0.976923:59:67:0:3:60:67:0:3 chr11 49598207 . T C 1748.71 PASS AF=0.975;AO=118;DP=121;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000142372;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3307;QD=58.2904;RBI=0.0513221;REFB=-0.0796561;REVB=-0.0513219;RO=3;SAF=57;SAR=61;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070569;STB=0.50364;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0143437;OID=.;OPOS=49598207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:121:120:3:3:118:117:0.975:61:57:1:2:61:56:1:2 chr11 49598209 . T C 1810.11 PASS AF=0.983607;AO=121;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.027397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.574;QD=59.348;RBI=0.0348455;REFB=-0.0595545;REVB=-0.0215317;RO=1;SAF=59;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760063;STB=0.500273;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00160018;OID=.;OPOS=49598209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:122:1:2:121:120:0.983607:62:59:0:1:62:58:1:1 chr11 49830142 . G T 2756.62 PASS AF=1;AO=172;DP=174;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226854;FXX=0.0166657;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.493;QD=62.2964;RBI=0.0247758;REFB=-0.00985785;REVB=0.0099607;RO=1;SAF=77;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498415;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231389;OID=.;OPOS=49830142;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:177:1:0:172:177:1:95:77:0:1:95:82:0:0 chr11 49973979 . C T 313.04 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0501087;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7027;QD=19.2639;RBI=0.0697419;REFB=-0.0169807;REVB=-0.0485083;RO=31;SAF=13;SAR=20;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518951;STB=0.537921;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0128339;OID=.;OPOS=49973979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:31:32:33:33:0.507692:20:13:14:17:20:13:15:17 chr11 49974123 . G A 310.78 PASS AF=0.269461;AO=45;DP=167;FAO=45;FDP=167;FR=.;FRO=122;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=59;FSRR=63;FWDB=-0.0187402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.371;QD=7.44372;RBI=0.0187752;REFB=-0.0158589;REVB=0.00114492;RO=119;SAF=22;SAR=23;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121437;STB=0.50386;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0438066;OID=.;OPOS=49974123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:119:122:45:45:0.269461:23:22:57:62:23:22:59:63 chr11 49974371 . G A 727.55 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233935;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.236;QD=57.0624;RBI=0.0281008;REFB=0;REVB=-0.0155692;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211143;OID=.;OPOS=49974371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr11 49974931 . G A 613.05 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.751;QD=61.3054;RBI=0.0491788;REFB=0;REVB=0.0479688;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019175;OID=.;OPOS=49974931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr11 50003191 . C A 1680.43 PASS AF=1;AO=109;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137768;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3002;QD=60.0154;RBI=0.0233415;REFB=0;REVB=0.0188421;RO=0;SAF=61;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022011;OID=.;OPOS=50003191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:109:112:1:48:61:0:0:48:64:0:0 chr11 50003561 . G A 231.05 PASS AF=0.472727;AO=23;DP=52;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.000600401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.023;QD=16.8037;RBI=0.00796991;REFB=-0.0160124;REVB=-0.00794726;RO=29;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210125;STB=0.505018;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0193186;OID=.;OPOS=50003561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:29:29:23:26:0.472727:10:13:17:12:11:15:17:12 chr11 50003660 . T C 58.73 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00397618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.334;QD=4.99862;RBI=0.0470001;REFB=0.00240075;REVB=-0.0468316;RO=37;SAF=2;SAR=7;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395151;STB=0.754318;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.0190923;OID=.;OPOS=50003660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:47:37:38:9:9:0.191489:7:2:20:17:7:2:20:18 chr11 50233954 . C A 251.7 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00974295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.157;QD=17.0645;RBI=0.00994493;REFB=0.00199407;REVB=0.00199412;RO=31;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423766;STB=0.523793;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00240663;OID=.;OPOS=50233954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:13:15:18:13:13:15:18:13 chr11 51516000 . C T 944.45 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2471;QD=58.1199;RBI=0.0977105;REFB=0;REVB=0.0657083;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201721;OID=.;OPOS=51516000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:39:25:0:0:40:25:0:0 chr11 51516036 . G A 766.93 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.222;QD=63.9107;RBI=0.0667258;REFB=0;REVB=0.0190863;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243296;OID=.;OPOS=51516036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:31:16:0:0:31:17:0:0 chr11 55036743 . C T 170.82 PASS AF=0.240741;AO=27;DP=106;FAO=26;FDP=108;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=-0.0151511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.4294;QD=6.32651;RBI=0.0311436;REFB=-0.0119081;REVB=0.0272097;RO=78;SAF=12;SAR=15;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267502;STB=0.512345;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0351004;OID=.;OPOS=55036743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:78:82:27:26:0.240741:15:12:33:45:15:11:36:46 chr11 55111238 . C A 1323.91 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000716895;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.619;QD=62.3019;RBI=0.00869368;REFB=0;REVB=-0.00866407;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.13388e-05;OID=.;OPOS=55111238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:41:43:0:0:41:44:0:0 chr11 55111584 . A T 1419.3 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00143097;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.856;QD=61.7089;RBI=0.00291219;REFB=0.047815;REVB=0.00253637;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=5.54482e-06;OID=.;OPOS=55111584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:45:46:0:0:45:46:0:1 chr11 55135435 . C T 662.1 PASS AF=0.532787;AO=65;DP=123;FAO=65;FDP=122;FR=.;FRO=57;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.00168663;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.958;QD=21.708;RBI=0.0245872;REFB=-0.00173441;REVB=-0.0245293;RO=57;SAF=41;SAR=24;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466662;STB=0.525633;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00142441;OID=.;OPOS=55135435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:57:57:65:65:0.532787:24:41:33:24:24:41:33:24 chr11 55322211 . A G 574.73 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.00283532;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.216;QD=19.649;RBI=0.00542055;REFB=0.00703887;REVB=-0.00461989;RO=57;SAF=36;SAR=23;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21463;STB=0.622258;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00669768;OID=.;OPOS=55322211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:58:59:59:0.504274:23:36:21:36:23:36:21:37 chr11 55322539 . G A 220.39 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0182325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.417;QD=16.0285;RBI=0.0421598;REFB=-0.0221238;REVB=0.0380134;RO=29;SAF=15;SAR=10;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201939;STB=0.598352;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0167079;OID=.;OPOS=55322539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:30:25:25:0.454545:10:15:23:6:10:15:23:7 chr11 55339652 . C T 668.47 PASS AF=0.708861;AO=56;DP=80;FAO=56;FDP=79;FR=.;FRO=23;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0199683;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5719;QD=33.8467;RBI=0.0497391;REFB=-0.0185412;REVB=-0.0455548;RO=23;SAF=36;SAR=20;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449701;STB=0.524263;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00490541;OID=.;OPOS=55339652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:23:23:56:56:0.708861:20:36:13:10:20:36:13:10 chr11 55339676 . G T 172.07 PASS AF=0.245098;AO=25;DP=102;FAO=25;FDP=102;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=25;FWDB=-0.0135577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.854;QD=6.74771;RBI=0.0223827;REFB=-0.000430498;REVB=-0.0178094;RO=77;SAF=15;SAR=10;SRF=52;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10031;STB=0.560623;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0012411;OID=.;OPOS=55339676;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:77:77:25:25:0.245098:10:15:52:25:10:15:52:25 chr11 55339702 . C T 258.3 PASS AF=0.307018;AO=35;DP=114;FAO=35;FDP=114;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=54;FSRR=25;FWDB=-0.00801075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2529;QD=9.06309;RBI=0.0470177;REFB=-0.0363945;REVB=-0.0463302;RO=78;SAF=19;SAR=16;SRF=54;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18251;STB=0.599843;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0128092;OID=.;OPOS=55339702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:78:79:35:35:0.307018:16:19:54:24:16:19:54:25 chr11 55339798 . C T 613.63 PASS AF=0.585106;AO=55;DP=94;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0210829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4462;QD=26.1118;RBI=0.0230062;REFB=-0.00319627;REVB=-0.00920853;RO=36;SAF=37;SAR=18;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134791;STB=0.582405;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00344898;OID=.;OPOS=55339798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:36:39:55:55:0.585106:18:37:18:18:18:37:19:20 chr11 55339829 . A G 1506.6 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=100;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0228457;FXX=0.019998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.22;QD=61.4937;RBI=0.0295837;REFB=-0.00352636;REVB=0.0187955;RO=2;SAF=52;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178886;STB=0.509432;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-3.10258e-05;OID=.;OPOS=55339829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:98:2:2:96:96:0.979592:44:52:2:0:44:52:2:0 chr11 55340264 . C T 309.96 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0211214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.006;QD=18.7853;RBI=0.0321433;REFB=-0.0164897;REVB=-0.0242298;RO=33;SAF=22;SAR=11;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223633;STB=0.624923;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00923965;OID=.;OPOS=55340264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:11:22:14:19:11:22:14:19 chr11 55340379 . T C 1245.75 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4849;QD=61.5187;RBI=0.0343398;REFB=0;REVB=-0.00964505;RO=0;SAF=52;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189416;OID=.;OPOS=55340379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:28:52:0:0:28:53:0:0 chr11 55371807 . A T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5782;QD=35.5756;RBI=0.0168038;REFB=0;REVB=-0.0123344;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.52e-05;OID=.;OPOS=55371807;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr11 55433040 . T C 300.53 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0188851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.051;QD=19.0815;RBI=0.0215877;REFB=-0.0116499;REVB=-0.0104586;RO=31;SAF=23;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169662;STB=0.594988;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0096136;OID=.;OPOS=55433040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:9:23:17:14:9:23:17:14 chr11 55541098 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.296;QD=61.684;RBI=0.0333662;REFB=0;REVB=-0.0169815;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000351874;OID=.;OPOS=55541098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr11 55541807 . T C 152.77 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0596797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9275;QD=13.5795;RBI=0.0726912;REFB=0.0127626;REVB=0.0415012;RO=28;SAF=7;SAR=10;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278906;STB=0.661397;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0101933;OID=.;OPOS=55541807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:10:7:19:9:10:7:19:9 chr11 55563776 . T G 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.519;QD=58.962;RBI=0.0568587;REFB=0;REVB=0.0358472;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24008e-05;OID=.;OPOS=55563776;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr11 55579401 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.034127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.398;QD=12.7823;RBI=0.0352522;REFB=-0.00444376;REVB=0.00883568;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276263;STB=0.666296;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00413725;OID=.;OPOS=55579401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:8:2:6:8:8:2:6:8 chr11 55587117 . T A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0578657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.62;QD=57.6805;RBI=0.0634681;REFB=0;REVB=0.0260721;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00030092;OID=.;OPOS=55587117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr11 55587511 . A G 1581.21 PASS AF=0.972973;AO=108;DP=112;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0173162;FXX=0.0176975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.879;QD=56.9806;RBI=0.0257653;REFB=-0.0404214;REVB=0.0190788;RO=3;SAF=48;SAR=60;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287401;STB=0.515149;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=9.04113e-05;OID=.;OPOS=55587511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:112:111:3:3:108:108:0.972973:60:48:3:0:60:48:3:0 chr11 55587914 . A G 206.08 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0214814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.744;QD=16.8228;RBI=0.0216163;REFB=-0.022547;REVB=0.00241097;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839644;STB=0.5479;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0406743;OID=.;OPOS=55587914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:10:11:17:11:10:11:17:11 chr11 55606302 . G T 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00497772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.435;QD=17.7108;RBI=0.0171503;REFB=-0.0245484;REVB=-0.016412;RO=33;SAF=24;SAR=9;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314913;STB=0.684966;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0185682;OID=.;OPOS=55606302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:36:33:33:0.478261:9:24:13:20:9:24:14:22 chr11 55606818 . C T 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0325055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.118;QD=20.738;RBI=0.0373062;REFB=-0.00651294;REVB=-0.0183069;RO=16;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126312;STB=0.570847;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00849854;OID=.;OPOS=55606818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:7:11:12:4:7:11:12:4 chr11 55652963 . A G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00881155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.769;QD=12.1823;RBI=0.0330124;REFB=-0.0139862;REVB=0.0318147;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11281;STB=0.567427;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0199044;OID=.;OPOS=55652963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:7:3:6:9:7:3:6:9 chr11 55652971 . C A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00187889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.983;QD=55.6561;RBI=0.0276658;REFB=0;REVB=0.0276019;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51967e-05;OID=.;OPOS=55652971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr11 55653164 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.073261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.178;QD=12.7823;RBI=0.0753474;REFB=-0.018002;REVB=-0.0176084;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290505;STB=0.517207;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0196368;OID=.;OPOS=55653164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:6:8:6:4:6:8 chr11 55656483 . T A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.831;QD=60.9786;RBI=0.00581634;REFB=0;REVB=0.00572505;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96186e-05;OID=.;OPOS=55656483;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr11 55681336 . G A 146.09 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0382212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9727;QD=8.99017;RBI=0.0389011;REFB=0.00221762;REVB=-0.00724139;RO=43;SAF=8;SAR=12;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181945;STB=0.5925;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.00624792;OID=.;OPOS=55681336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:45:20:20:0.307692:12:8:24:19:12:8:24:21 chr11 55681494 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000395964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.926;QD=59.8387;RBI=0.0351211;REFB=0;REVB=0.0351189;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016878;OID=.;OPOS=55681494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr11 55746891 . G A 2922.96 PASS AF=1;AO=185;DP=185;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000606453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.296;QD=63.1991;RBI=0.00666126;REFB=0;REVB=-0.0066336;RO=0;SAF=71;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06149e-05;OID=.;OPOS=55746891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:185:0:0:185:185:1:114:71:0:0:114:71:0:0 chr11 55761221 . C T 1153.46 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5166;QD=60.7087;RBI=0.0463575;REFB=0;REVB=0.0131394;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231669;OID=.;OPOS=55761221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr11 55761738 . T G 984.63 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000476414;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.704;QD=59.6745;RBI=0.00326567;REFB=0;REVB=-0.00323073;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109781;OID=.;OPOS=55761738;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr11 55762060 . T C 259.73 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0275469;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.694;QD=23.6116;RBI=0.0277746;REFB=-0.00425583;REVB=0.00354876;RO=20;SAF=7;SAR=17;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419496;STB=0.523345;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00205128;OID=.;OPOS=55762060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:20:20:24:24:0.545455:17:7:5:15:17:7:5:15 chr11 55798152 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0500183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.857;QD=55.0986;RBI=0.0509125;REFB=0;REVB=-0.00949988;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016546;OID=.;OPOS=55798152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr11 55798669 . T C 180.47 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0046803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.838;QD=16.042;RBI=0.0152936;REFB=-0.0197113;REVB=0.0145598;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191848;STB=0.621048;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.01691;OID=.;OPOS=55798669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:12:7:14:11:12:7:15:11 chr11 55872876 . C T 2414.25 PASS AF=0.987578;AO=159;DP=161;FAO=159;FDP=161;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0412404;FXX=0.0122692;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.83;QD=59.9814;RBI=0.0431925;REFB=-0.109912;REVB=0.0128384;RO=1;SAF=79;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00591051;STB=0.500039;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000239945;OID=.;OPOS=55872876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:161:161:1:2:159:159:0.987578:80:79:0:1:80:79:1:1 chr11 55873024 . A G 2068.44 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113002;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.793;QD=62.68;RBI=0.0113352;REFB=0;REVB=0.000890067;RO=0;SAF=74;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80632e-06;OID=.;OPOS=55873024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:132:0:0:132:132:1:58:74:0:0:58:74:0:0 chr11 55873368 . G A 962.06 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00495013;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8632;QD=57.4367;RBI=0.0221208;REFB=-0.0334847;REVB=0.0215598;RO=1;SAF=30;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154888;STB=0.508194;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000324951;OID=.;OPOS=55873368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:1:1:66:66:0.985075:36:30:1:0:36:30:1:0 chr11 55890257 . C T 2064.58 PASS AF=0.964539;AO=134;DP=139;FAO=136;FDP=141;FR=.;FRO=5;FSAF=65;FSAR=71;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0228476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.7275;QD=58.5697;RBI=0.0237004;REFB=0.03596;REVB=0.00630044;RO=5;SAF=64;SAR=70;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220417;STB=0.51143;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.000475421;OID=.;OPOS=55890257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:139:141:5:5:134:136:0.964539:70:64:4:1:71:65:4:1 chr11 55927763 . C T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0331865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.922;QD=13.2053;RBI=0.0370704;REFB=-0.00215183;REVB=-0.0165189;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327571;STB=0.687061;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00430486;OID=.;OPOS=55927763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:5:1:0:6:5:1:0:6 chr11 56000403 . C G 1415.24 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00138337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.435;QD=62.8995;RBI=0.0177305;REFB=0;REVB=0.0176764;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27183e-05;OID=.;OPOS=56000403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:48:41:0:0:49:41:0:0 chr11 56000600 . G T 104.33 PASS AF=0.481481;AO=9;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0282567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.077;QD=15.4556;RBI=0.0295626;REFB=-0.00382731;REVB=0.00868936;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163296;STB=0.569509;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00702002;OID=.;OPOS=56000600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:9:13:0.481481:4:5:8:6:4:9:8:6 chr11 56043604 . A G 600.16 PASS AF=0.508333;AO=58;DP=119;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.00586648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.619;QD=20.0052;RBI=0.0127691;REFB=-0.0335458;REVB=-0.0113418;RO=59;SAF=39;SAR=19;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233884;STB=0.636136;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0327228;OID=.;OPOS=56043604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:59:59:58:61:0.508333:19:39:25:34:19:42:25:34 chr11 56043702 . G C 382.91 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0086455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.558;QD=25.5272;RBI=0.0122339;REFB=-0.0355235;REVB=-0.0086558;RO=23;SAF=23;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133858;STB=0.573367;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0180021;OID=.;OPOS=56043702;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:23:37:37:0.616667:14:23:10:13:14:23:10:13 chr11 56058197 . G A 358.56 PASS AF=0.357724;AO=44;DP=123;FAO=44;FDP=123;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=56;FWDB=-0.00991325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.305;QD=11.6605;RBI=0.00991361;REFB=-0.00837192;REVB=8.54667e-05;RO=79;SAF=19;SAR=25;SRF=23;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166139;STB=0.594398;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0133967;OID=.;OPOS=56058197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:79:79:44:44:0.357724:25:19:23:56:25:19:23:56 chr11 56086147 . T G 284.99 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0493124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8281;QD=23.7492;RBI=0.0595308;REFB=-0.030089;REVB=0.0333497;RO=22;SAF=16;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183204;STB=0.510196;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0411931;OID=.;OPOS=56086147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:10:16:14:8:10:16:14:8 chr11 56113516 . T C 298.06 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=-0.00942971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.484;QD=13.5481;RBI=0.0642919;REFB=0.00156851;REVB=0.0635966;RO=52;SAF=24;SAR=10;SRF=38;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323701;STB=0.501607;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.00205759;OID=.;OPOS=56113516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:54:34:34:0.386364:10:24:38:14:10:24:38:16 chr11 56113575 . A G 572.46 PASS AF=0.465116;AO=58;DP=128;FAO=60;FDP=129;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=20;FWDB=-0.00776215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.171;QD=17.7505;RBI=0.010924;REFB=-0.00455567;REVB=0.00768647;RO=69;SAF=37;SAR=21;SRF=49;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783455;STB=0.536107;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00508622;OID=.;OPOS=56113575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:69:69:58:60:0.465116:21:37:49:20:21:39:49:20 chr11 56113593 . C A 660.66 PASS AF=0.462069;AO=67;DP=146;FAO=67;FDP=145;FR=.;FRO=78;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=57;FSRR=21;FWDB=-0.00431759;FXX=0.00684885;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.735;QD=18.2251;RBI=0.0252441;REFB=-0.00609459;REVB=-0.0248722;RO=78;SAF=43;SAR=24;SRF=57;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096981;STB=0.553618;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0074206;OID=.;OPOS=56113593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:78:78:67:67:0.462069:24:43:57:21:24:43:57:21 chr11 56127746 . A G 1227.16 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.773;QD=61.358;RBI=0.0225499;REFB=0;REVB=0.0207184;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48317e-05;OID=.;OPOS=56127746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:42:37:0:0:42:38:0:0 chr11 56128081 . A G 404.23 PASS AF=0.442105;AO=41;DP=96;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.036225;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5521;QD=17.0202;RBI=0.0370504;REFB=-0.00952828;REVB=0.00777708;RO=53;SAF=20;SAR=21;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406126;STB=0.515782;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0117671;OID=.;OPOS=56128081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:53:53:41:42:0.442105:21:20:28:25:21:21:28:25 chr11 56128524 . C T 1095.01 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00538279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.849;QD=60.0005;RBI=0.0134213;REFB=0;REVB=-0.0122945;RO=0;SAF=49;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7604e-05;OID=.;OPOS=56128524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:24:49:0:0:24:49:0:0 chr11 56143156 . C T 830.56 PASS AF=0.566176;AO=77;DP=136;FAO=77;FDP=136;FR=.;FRO=59;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0274587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.454;QD=24.4281;RBI=0.0319448;REFB=-0.0230257;REVB=0.0163245;RO=58;SAF=42;SAR=35;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359866;STB=0.516125;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0135383;OID=.;OPOS=56143156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:58:59:77:77:0.566176:35:42:29:29:35:42:30:29 chr11 56143158 . A G 818.77 PASS AF=0.562044;AO=76;DP=137;FAO=77;FDP=137;FR=.;FRO=60;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0145442;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.183;QD=23.9056;RBI=0.0173933;REFB=-0.026357;REVB=0.0095391;RO=60;SAF=42;SAR=34;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562388;STB=0.533083;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0292851;OID=.;OPOS=56143158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:60:60:76:77:0.562044:34:42:29:31:34:43:29:31 chr11 56143434 . C G 182.77 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0264004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.736;QD=9.74766;RBI=0.0400288;REFB=-0.0130851;REVB=0.0300886;RO=51;SAF=12;SAR=12;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10229;STB=0.559951;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0295804;OID=.;OPOS=56143434;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:51:51:24:24:0.32:12:12:30:21:12:12:30:21 chr11 56143570 . A G 50.32 PASS AF=0.120879;AO=11;DP=91;FAO=11;FDP=91;FR=.;FRO=80;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.000264033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.263;QD=2.21173;RBI=0.00571935;REFB=-0.00180428;REVB=-0.00571325;RO=79;SAF=4;SAR=7;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203219;STB=0.641178;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0274222;OID=.;OPOS=56143570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:91:91:79:80:11:11:0.120879:7:4:42:37:7:4:42:38 chr11 56143592 . C T 268.55 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00778269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.696;QD=11.6759;RBI=0.0148205;REFB=-0.0133245;REVB=-0.0126125;RO=60;SAF=14;SAR=18;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708713;STB=0.540958;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.025383;OID=.;OPOS=56143592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:60:32:32:0.347826:18:14:30:30:18:14:30:30 chr11 56143690 . C A 230.52 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0402908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5405;QD=12.1328;RBI=0.0405395;REFB=-0.00349197;REVB=-0.00448347;RO=47;SAF=12;SAR=16;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180713;STB=0.596946;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0147085;OID=.;OPOS=56143690;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:48:28:28:0.368421:16:12:28:19:16:12:28:20 chr11 56143696 . C T 129.08 PASS AF=0.3;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0219396;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.654;QD=7.37593;RBI=0.0551274;REFB=-0.0354317;REVB=0.0505736;RO=49;SAF=8;SAR=13;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200101;STB=0.618934;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.125558;OID=.;OPOS=56143696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:49:49:21:21:0.3:13:8:27:22:13:8:27:22 chr11 56143716 . TG CA 35.87 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0293519;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.093;QD=2.43214;RBI=0.0336929;REFB=-0.00767345;REVB=0.0165433;RO=52;SAF=2;SAR=5;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35499;STB=0.759672;STBP=0.178;TYPE=mnp;VARB=0.0501969;OID=.;OPOS=56143716;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:52:52:7:7:0.118644:5:2:31:21:5:2:31:21 chr11 56143966 . C T 639.53 PASS AF=0.453947;AO=67;DP=150;FAO=69;FDP=152;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.00686038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.28;QD=16.8298;RBI=0.00687715;REFB=-0.00587281;REVB=-0.000479973;RO=83;SAF=29;SAR=38;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251853;STB=0.504715;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00677;OID=.;OPOS=56143966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:83:83:67:69:0.453947:38:29:38:45:38:31:38:45 chr11 56143977 . A G 640.45 PASS AF=0.44898;AO=66;DP=147;FAO=66;FDP=147;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=0.00331415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.449;QD=17.4272;RBI=0.0113569;REFB=-0.00832316;REVB=0.0108626;RO=79;SAF=33;SAR=33;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434148;STB=0.517002;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.010365;OID=.;OPOS=56143977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:79:81:66:66:0.44898:33:33:36:43:33:33:38:43 chr11 56184888 . G A 541.01 PASS AF=0.398649;AO=59;DP=148;FAO=59;FDP=148;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.0163586;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.706;QD=14.6218;RBI=0.017106;REFB=-0.00111944;REVB=0.005001;RO=88;SAF=34;SAR=25;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210728;STB=0.515747;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00182112;OID=.;OPOS=56184888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:88:89:59:59:0.398649:25:34:49:39:25:34:49:40 chr11 56185327 . T C 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00447043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.345;QD=26.399;RBI=0.0129352;REFB=-0.0056093;REVB=-0.0121381;RO=9;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516111;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00465188;OID=.;OPOS=56185327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:28:9:10:18:18:0.642857:8:10:5:4:8:10:6:4 chr11 56185345 . A G 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.546;QD=52.1522;RBI=0.054228;REFB=-0.00397698;REVB=0.0494392;RO=1;SAF=16;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281787;STB=0.51514;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000697783;OID=.;OPOS=56185345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:11:16:1:0:11:16:1:0 chr11 56185689 . A G 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0103342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.472;QD=13.7268;RBI=0.0276915;REFB=0.00661299;REVB=0.0256909;RO=36;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314383;STB=0.677577;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00702672;OID=.;OPOS=56185689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:11:14:9:27:11:14:9:27 chr11 56237410 . A G 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0108953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.529;QD=19.6971;RBI=0.0133719;REFB=0.00323552;REVB=-0.00775244;RO=21;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511101;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.00282003;OID=.;OPOS=56237410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:21:22:21:21:0.488372:11:10:10:11:11:10:10:12 chr11 56237722 . T A 367.97 PASS AF=0.433333;AO=38;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.011539;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.821;QD=16.3541;RBI=0.0126397;REFB=0.00579474;REVB=0.00515866;RO=52;SAF=20;SAR=18;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144492;STB=0.579177;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00761651;OID=.;OPOS=56237722;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:51:38:39:0.433333:18:20:20:32:19:20:19:32 chr11 56258386 . G A 85.47 PASS AF=0.180723;AO=15;DP=83;FAO=15;FDP=83;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.00547944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5153;QD=4.11926;RBI=0.00577852;REFB=-0.00879558;REVB=-0.00183494;RO=67;SAF=9;SAR=6;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279224;STB=0.672679;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.027484;OID=.;OPOS=56258386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:83:83:67:68:15:15:0.180723:6:9:25:42:6:9:26:42 chr11 56294275 . T C 303.32 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=98;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0320936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2097;QD=12.3805;RBI=0.0383802;REFB=0.000485318;REVB=-0.0210486;RO=63;SAF=19;SAR=16;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109673;STB=0.563009;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.00172233;OID=.;OPOS=56294275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:63:63:35:35:0.357143:16:19:28:35:16:19:28:35 chr11 56294338 . G A 1524.5 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.022656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.473;QD=58.6348;RBI=0.0346969;REFB=-0.144443;REVB=0.0262789;RO=1;SAF=58;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106609;STB=0.505493;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00056455;OID=.;OPOS=56294338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:102:103:0.990385:44:58:0:1:45:58:0:1 chr11 56310222 . C T 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6406;QD=62.0204;RBI=0.0445793;REFB=0;REVB=-0.0432199;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000270035;OID=.;OPOS=56310222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr11 56344260 . A G 104.16 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00530298;FXX=0.041658;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8555;QD=9.05722;RBI=0.11492;REFB=0.00738656;REVB=0.114798;RO=32;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455727;STB=0.783887;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0128995;OID=.;OPOS=56344260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:32:33:13:13:0.282609:3:10:12:20:3:10:12:21 chr11 56344993 . C A 1354.8 PASS AF=1;AO=79;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000492935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.649;QD=62.2899;RBI=0.0352033;REFB=0;REVB=0.0351999;RO=0;SAF=30;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86255e-05;OID=.;OPOS=56344993;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:79:87:1:49:30:0:0:56:31:0:0 chr11 56380134 . C G 244.55 PASS AF=0.369048;AO=30;DP=83;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00670077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.631;QD=11.6452;RBI=0.00725413;REFB=-0.0101649;REVB=0.00277887;RO=53;SAF=10;SAR=20;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201744;STB=0.623014;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0243969;OID=.;OPOS=56380134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:53:53:30:31:0.369048:20:10:27:26:21:10:27:26 chr11 56380546 . CCAGA C 282.07 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.008836;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=4;MLLD=272.184;QD=10.5448;RBI=0.0117005;REFB=-0.0169979;REVB=0.00766981;RO=54;SAF=21;SAR=25;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00627418;STB=0.520187;STBP=0.709;TYPE=del;VARB=0.0207781;OID=.;OPOS=56380547;OREF=CAGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.429907:46:103:46:107:61:21:25:30:31:99:54:21:25:25:29 chr11 56431216 . C T 1607.1 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00373275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.058;QD=64.2839;RBI=0.03029;REFB=0;REVB=0.0300591;RO=0;SAF=65;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4758e-05;OID=.;OPOS=56431216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:35:65:0:0:35:65:0:0 chr11 56431667 . G A 421.3 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=13;FWDB=-0.0371408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.695;QD=15.8983;RBI=0.0421435;REFB=-0.0111212;REVB=-0.0199158;RO=59;SAF=23;SAR=24;SRF=46;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289753;STB=0.660489;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0139227;OID=.;OPOS=56431667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:59:47:47:0.443396:24:23:46:13:24:23:46:13 chr11 56467881 . T C 639.17 PASS AF=0.445946;AO=66;DP=148;FAO=66;FDP=148;FR=.;FRO=82;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=54;FSRR=28;FWDB=0.013317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.767;QD=17.2749;RBI=0.0249984;REFB=0.0155476;REVB=0.021156;RO=81;SAF=43;SAR=23;SRF=54;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166127;STB=0.504293;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.0185507;OID=.;OPOS=56467881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:81:82:66:66:0.445946:23:43:54:27:23:43:54:28 chr11 56467926 . A G 832.14 PASS AF=0.445545;AO=90;DP=201;FAO=90;FDP=202;FR=.;FRO=112;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=77;FSRR=35;FWDB=-0.0304469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.721;QD=16.478;RBI=0.0461093;REFB=-0.00514688;REVB=-0.0346273;RO=111;SAF=54;SAR=36;SRF=77;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995282;STB=0.551568;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00709199;OID=.;OPOS=56467926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:111:112:90:90:0.445545:36:54:77:34:36:54:77:35 chr11 56467945 . G T 228.87 PASS AF=0.193396;AO=41;DP=212;FAO=41;FDP=212;FR=.;FRO=171;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=104;FSRR=67;FWDB=-0.0117513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.474;QD=4.31836;RBI=0.0117564;REFB=-0.00275876;REVB=0.00034629;RO=170;SAF=29;SAR=12;SRF=103;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144168;STB=0.589355;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0144524;OID=.;OPOS=56467945;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:170:171:41:41:0.193396:12:29:103:67:12:29:104:67 chr11 56468020 . TG CA 644.28 PASS AF=0.403315;AO=71;DP=181;FAO=73;FDP=181;FR=.;FRO=108;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=58;FSRR=50;FWDB=-0.0228504;FXX=0.0163035;HRUN=1;LEN=2;MLLD=191.312;QD=14.2381;RBI=0.0237953;REFB=-0.0175772;REVB=-0.00663907;RO=108;SAF=37;SAR=34;SRF=58;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170955;STB=0.509861;STBP=0.842;TYPE=mnp;VARB=0.0325108;OID=.;OPOS=56468020;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:108:108:71:73:0.403315:34:37:58:50:35:38:58:50 chr11 56468044 . T G 2324.54 PASS AF=0.987342;AO=155;DP=159;FAO=156;FDP=158;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0152245;FXX=0.00628891;HRUN=6;LEN=1;MLLD=251.948;QD=58.8491;RBI=0.0184444;REFB=-0.140331;REVB=-0.010412;RO=1;SAF=70;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674777;STB=0.505813;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=2.49158e-05;OID=.;OPOS=56468044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:159:158:1:2:155:156:0.987342:85:70:1:0:85:71:0:2 chr11 56468047 . AC GT 2340.93 PASS AF=1;AO=152;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263877;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=2;MLLD=223.361;QD=60.8033;RBI=0.0264587;REFB=0;REVB=0.0019383;RO=0;SAF=69;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68244e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.70615e-05;OID=.;OPOS=56468047;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:152:154:1:83:69:0:0:83:71:0:0 chr11 56468111 . C T 385.91 PASS AF=0.380165;AO=45;DP=119;FAO=46;FDP=121;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=0.0208068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.313;QD=12.7573;RBI=0.0222672;REFB=-0.0142972;REVB=-0.00793132;RO=74;SAF=20;SAR=25;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434661;STB=0.535504;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0188486;OID=.;OPOS=56468111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:74:75:45:46:0.380165:25:20:30:44:25:21:30:45 chr11 56468198 . A G 425.14 PASS AF=0.463158;AO=43;DP=94;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0398862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.453;QD=17.9008;RBI=0.0466489;REFB=-0.0359182;REVB=-0.0241912;RO=50;SAF=18;SAR=25;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983939;STB=0.565188;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0308022;OID=.;OPOS=56468198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:50:51:43:44:0.463158:25:18:26:24:26:18:27:24 chr11 56468200 . C T 408.39 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00912026;FXX=0.0208312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5981;QD=17.3784;RBI=0.0188638;REFB=0.0227773;REVB=0.0165125;RO=54;SAF=18;SAR=24;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108932;STB=0.571395;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0280846;OID=.;OPOS=56468200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:54:52:42:42:0.446809:24:18:29:25:24:18:29:23 chr11 56468202 . G A 434.48 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0005677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.026;QD=18.2938;RBI=0.0135174;REFB=-0.0251169;REVB=0.0135055;RO=51;SAF=19;SAR=25;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754975;STB=0.542149;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0295082;OID=.;OPOS=56468202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:25:19:26:25:25:19:26:25 chr11 56468212 . G A 430.9 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.000211798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.387;QD=15.9591;RBI=0.0178807;REFB=-0.016057;REVB=0.0178794;RO=60;SAF=21;SAR=27;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459085;STB=0.52569;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0120093;OID=.;OPOS=56468212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:60:48:48:0.444444:27:21:29:31:27:21:29:31 chr11 56468259 . C T 732.28 PASS AF=0.551181;AO=70;DP=128;FAO=70;FDP=127;FR=.;FRO=57;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.00659954;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.78;QD=23.0638;RBI=0.00689045;REFB=-0.0384702;REVB=-0.001981;RO=52;SAF=36;SAR=34;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086187;STB=0.526072;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0204094;OID=.;OPOS=56468259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:52:57:70:70:0.551181:34:36:21:31:34:36:26:31 chr11 56468368 . C T 73.25 PASS AF=0.103093;AO=20;DP=196;FAO=20;FDP=194;FR=.;FRO=174;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=72;FSRR=102;FWDB=-0.0144676;FXX=0.0102036;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.619;QD=1.51031;RBI=0.07379;REFB=-0.00446377;REVB=-0.0723578;RO=173;SAF=11;SAR=9;SRF=71;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168664;STB=0.620311;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.027103;OID=.;OPOS=56468368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:196:194:173:174:20:20:0.103093:9:11:71:102:9:11:72:102 chr11 56468403 . G A 57.3 PASS AF=0.0928962;AO=17;DP=184;FAO=17;FDP=183;FR=.;FRO=166;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=64;FSRR=102;FWDB=-0.00439948;FXX=0.0161282;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.475;QD=1.2524;RBI=0.0137245;REFB=-0.000520331;REVB=-0.0130003;RO=166;SAF=10;SAR=7;SRF=64;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237009;STB=0.677666;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0104759;OID=.;OPOS=56468403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:184:183:166:166:17:17:0.0928962:7:10:64:102:7:10:64:102 chr11 56468416 . G A 63.79 PASS AF=0.0994475;AO=18;DP=182;FAO=18;FDP=181;FR=.;FRO=163;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=65;FSRR=98;FWDB=0.0901277;FXX=0.0054942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.261;QD=1.40965;RBI=0.095438;REFB=-0.00868164;REVB=0.0313915;RO=164;SAF=11;SAR=7;SRF=65;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253316;STB=0.684455;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0838592;OID=.;OPOS=56468416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:182:181:164:163:18:18:0.0994475:7:11:65:99:7:11:65:98 chr11 56468440 . G T 97.68 PASS AF=0.135484;AO=21;DP=155;FAO=21;FDP=155;FR=.;FRO=134;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=58;FSRR=76;FWDB=-0.0279314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.773;QD=2.52073;RBI=0.0281196;REFB=-0.000235234;REVB=0.00324782;RO=134;SAF=12;SAR=9;SRF=58;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173055;STB=0.618072;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00413361;OID=.;OPOS=56468440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:155:155:134:134:21:21:0.135484:9:12:58:76:9:12:58:76 chr11 56468448 . AA GT 65.35 PASS AF=0.111888;AO=16;DP=144;FAO=16;FDP=143;FR=.;FRO=127;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=58;FSRR=69;FWDB=-0.0142786;FXX=0.00694396;HRUN=4;LEN=2;MLLD=153.038;QD=1.82808;RBI=0.019702;REFB=-0.00122204;REVB=-0.0135754;RO=125;SAF=8;SAR=8;SRF=56;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636851;STB=0.538414;STBP=0.739;TYPE=mnp;VARB=0.01203;OID=.;OPOS=56468448;OREF=AA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:144:143:125:127:16:16:0.111888:8:8:56:69:8:8:58:69 chr11 56468452 . A C 65.27 PASS AF=0.114286;AO=16;DP=140;FAO=16;FDP=140;FR=.;FRO=124;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=56;FSRR=68;FWDB=-0.0237029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0648;QD=1.86487;RBI=0.0265706;REFB=-0.0024077;REVB=-0.012007;RO=124;SAF=9;SAR=7;SRF=56;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134969;STB=0.597225;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0313692;OID=.;OPOS=56468452;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:140:140:124:124:16:16:0.114286:7:9:56:68:7:9:56:68 chr11 56468493 . A G 66.71 PASS AF=0.116788;AO=16;DP=136;FAO=16;FDP=137;FR=.;FRO=121;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=63;FSRR=58;FWDB=-0.0059262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5056;QD=1.94771;RBI=0.0155805;REFB=-0.000568807;REVB=0.0144095;RO=117;SAF=12;SAR=4;SRF=60;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301401;STB=0.712368;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00435101;OID=.;OPOS=56468493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:136:137:117:121:16:16:0.116788:4:12:60:57:4:12:63:58 chr11 56468554 . A C 138.89 PASS AF=0.165644;AO=27;DP=163;FAO=27;FDP=163;FR=.;FRO=136;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=67;FSRR=69;FWDB=-0.05441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7471;QD=3.40835;RBI=0.060081;REFB=-0.0040592;REVB=-0.0254811;RO=136;SAF=17;SAR=10;SRF=67;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176317;STB=0.615123;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0215227;OID=.;OPOS=56468554;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:136:136:27:27:0.165644:10:17:67:69:10:17:67:69 chr11 56468560 . TA CG 129.25 PASS AF=0.157576;AO=26;DP=165;FAO=26;FDP=165;FR=.;FRO=139;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=71;FSRR=68;FWDB=0.00537274;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=185.876;QD=3.13341;RBI=0.00984871;REFB=-0.00588002;REVB=-0.00825414;RO=137;SAF=16;SAR=10;SRF=71;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125663;STB=0.589166;STBP=0.338;TYPE=mnp;VARB=0.0445472;OID=.;OPOS=56468560;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:137:139:26:26:0.157576:10:16:71:66:10:16:71:68 chr11 56468637 . C T 163.61 PASS AF=0.157895;AO=33;DP=209;FAO=33;FDP=209;FR=.;FRO=176;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=88;FSRR=88;FWDB=-0.0165967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.628;QD=3.13137;RBI=0.054892;REFB=-0.0204278;REVB=-0.0523228;RO=176;SAF=20;SAR=13;SRF=88;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136854;STB=0.589898;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0581009;OID=.;OPOS=56468637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:176:176:33:33:0.157895:13:20:88:88:13:20:88:88 chr11 56468646 . C T 141.96 PASS AF=0.145631;AO=30;DP=207;FAO=30;FDP=206;FR=.;FRO=176;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=87;FSRR=89;FWDB=-0.0121397;FXX=0.00483068;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.348;QD=2.75647;RBI=0.0184974;REFB=2.12741e-06;REVB=0.0139564;RO=175;SAF=17;SAR=13;SRF=86;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096059;STB=0.561851;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-9.02231e-05;OID=.;OPOS=56468646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:206:175:176:30:30:0.145631:13:17:86:89:13:17:87:89 chr11 56468694 . C T 86.63 PASS AF=0.131034;AO=19;DP=145;FAO=19;FDP=145;FR=.;FRO=126;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=62;FSRR=64;FWDB=-0.0484223;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0505;QD=2.3898;RBI=0.0567197;REFB=-0.0129853;REVB=-0.0295365;RO=126;SAF=10;SAR=9;SRF=62;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04282;STB=0.529722;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0415887;OID=.;OPOS=56468694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:145:145:126:126:19:19:0.131034:9:10:62:64:9:10:62:64 chr11 56468699 . T A 72.73 PASS AF=0.120567;AO=17;DP=141;FAO=17;FDP=141;FR=.;FRO=124;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=60;FSRR=64;FWDB=-0.018285;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.879;QD=2.06321;RBI=0.018649;REFB=-0.00269553;REVB=-0.0036668;RO=124;SAF=9;SAR=8;SRF=60;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561688;STB=0.539953;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0122754;OID=.;OPOS=56468699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:141:141:124:124:17:17:0.120567:8:9:60:64:8:9:60:64 chr11 56468704 . T C 73.77 PASS AF=0.123188;AO=17;DP=138;FAO=17;FDP=138;FR=.;FRO=121;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=60;FSRR=61;FWDB=-0.0114464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.88;QD=2.13839;RBI=0.0161051;REFB=-0.00891678;REVB=0.0113294;RO=121;SAF=9;SAR=8;SRF=60;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415137;STB=0.529377;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0494436;OID=.;OPOS=56468704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:138:138:121:121:17:17:0.123188:8:9:60:61:8:9:60:61 chr11 56468720 . T C 69.05 PASS AF=0.133929;AO=14;DP=112;FAO=15;FDP=112;FR=.;FRO=97;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.0297132;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.893;QD=2.46591;RBI=0.0309034;REFB=-0.00732186;REVB=-0.0084937;RO=98;SAF=8;SAR=6;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137539;STB=0.625277;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0535074;OID=.;OPOS=56468720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:112:112:98:97:14:15:0.133929:6:8:45:53:6:9:44:53 chr11 56508525 . A G 649.24 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0326135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.504;QD=57.7102;RBI=0.0555675;REFB=-0.169559;REVB=0.0449901;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229007;STB=0.501557;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00195893;OID=.;OPOS=56508525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:45:45:1:2:43:43:0.955556:23:20:1:0:23:20:1:1 chr11 56510672 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00754889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.822;QD=46.848;RBI=0.0124414;REFB=0;REVB=-0.0098895;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31414e-05;OID=.;OPOS=56510672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr11 56756664 . G A 425.95 PASS AF=0.426087;AO=46;DP=116;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0658993;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1168;QD=14.8156;RBI=0.0659804;REFB=-0.00988651;REVB=-0.00327141;RO=59;SAF=23;SAR=23;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110588;STB=0.552191;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.014284;OID=.;OPOS=56756664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:59:66:46:49:0.426087:23:23:23:36:23:26:29:37 chr11 56949691 . G A 254.53 PASS AF=0.46875;AO=28;DP=65;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.00597621;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.136;QD=15.9081;RBI=0.0209717;REFB=-0.011492;REVB=0.0201022;RO=34;SAF=9;SAR=19;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414381;STB=0.7378;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0197603;OID=.;OPOS=56949691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:34:34:28:30:0.46875:19:9:26:8:21:9:26:8 chr11 56954846 . C T 477.85 PASS AF=0.481132;AO=50;DP=105;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00462762;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.689;QD=18.0322;RBI=0.0170549;REFB=-0.0292853;REVB=0.0164151;RO=55;SAF=25;SAR=25;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599949;STB=0.527962;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0282701;OID=.;OPOS=56954846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:55:55:50:51:0.481132:25:25:31:24:25:26:31:24 chr11 56956516 . G A 444.75 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0544015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6919;QD=20.4485;RBI=0.054898;REFB=-0.0400811;REVB=-0.00736656;RO=43;SAF=27;SAR=17;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013472;STB=0.507459;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0319255;OID=.;OPOS=56956516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:17:27:27:16:17:27:27:16 chr11 57004344 . G T 224.06 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00247148;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.022;QD=18.2902;RBI=0.0194839;REFB=-0.0240923;REVB=0.0193265;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00545082;STB=0.505613;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0259611;OID=.;OPOS=57004344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:27:21:22:0.44898:9:12:15:11:10:12:15:12 chr11 57004577 . C T 490.25 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00036727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7628;QD=22.5402;RBI=0.00559717;REFB=-0.031878;REVB=-0.00558511;RO=39;SAF=25;SAR=22;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369239;STB=0.5147;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0368537;OID=.;OPOS=57004577;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:40:47:47:0.54023:22:25:19:20:22:25:20:20 chr11 57076854 . G A 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0036376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.539;QD=9.53594;RBI=0.0132406;REFB=-0.00875306;REVB=-0.0127311;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235721;STB=0.640809;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0101707;OID=.;OPOS=57076854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:6:6:19:8:6:6:19:8 chr11 57077464 . T C 1268.59 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0460679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6089;QD=60.4088;RBI=0.0507052;REFB=0.0594897;REVB=-0.021184;RO=1;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129742;STB=0.506848;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00492768;OID=.;OPOS=57077464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:36:47:0:1:36:47:0:1 chr11 57147016 . A G 1695.24 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.79;QD=60.5443;RBI=0.0111623;REFB=0;REVB=-0.00237632;RO=0;SAF=73;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7808e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.76435e-05;OID=.;OPOS=57147016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:111:112:1:38:73:0:0:39:73:0:0 chr11 57148175 . A G 1514.15 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181652;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.679;QD=63.7536;RBI=0.0311433;REFB=0;REVB=-0.0252969;RO=0;SAF=30;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08449e-05;OID=.;OPOS=57148175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:65:30:0:0:65:30:0:0 chr11 57155001 . G A 2855.83 PASS AF=0.989189;AO=182;DP=184;FAO=183;FDP=185;FR=.;FRO=2;FSAF=95;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0330537;FXX=0.00537606;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.188;QD=61.7476;RBI=0.0332124;REFB=-0.0355212;REVB=0.00324245;RO=2;SAF=95;SAR=87;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000455727;STB=0.500207;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000209303;OID=.;OPOS=57155001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:184:185:2:2:182:183:0.989189:87:95:1:1:88:95:1:1 chr11 57155288 . T C 4310.96 PASS AF=1;AO=272;DP=275;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027418;FXX=0.00721996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.393;QD=62.7049;RBI=0.0389941;REFB=-0.012909;REVB=0.027727;RO=1;SAF=163;SAR=109;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435424;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0022e-05;OID=.;OPOS=57155288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:275:275:1:0:272:275:1:109:163:0:1:110:165:0:0 chr11 57156172 . G A 168.86 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00389696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.051;QD=16.082;RBI=0.00434869;REFB=-0.00509944;REVB=-0.00192997;RO=23;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231808;STB=0.644998;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0064824;OID=.;OPOS=57156172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:24:18:18:0.428571:12:6:13:10:12:6:14:10 chr11 57313469 . C G 744.41 PASS AF=0.424084;AO=81;DP=192;FAO=81;FDP=191;FR=.;FRO=110;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=50;FSRR=60;FWDB=0.0112191;FXX=0.00520806;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.4037;QD=15.5898;RBI=0.0112597;REFB=-0.00380261;REVB=-0.000954667;RO=100;SAF=50;SAR=31;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119353;STB=0.602337;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00292119;OID=.;OPOS=57313469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:100:110:81:81:0.424084:31:50:50:50:30:51:50:60 chr11 57334508 . G A 238.25 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0427742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9151;QD=20.2769;RBI=0.0466114;REFB=0.00256326;REVB=0.0185201;RO=23;SAF=10;SAR=13;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247217;STB=0.64442;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00417905;OID=.;OPOS=57334508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:24:23:23:0.489362:13:10:4:19:13:10:4:20 chr11 57353983 . T G 685.91 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0101181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.747;QD=58.375;RBI=0.0228704;REFB=0.0022397;REVB=0.0205105;RO=1;SAF=17;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268299;STB=0.504423;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-8.15032e-05;OID=.;OPOS=57353983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:1:2:44:45:0.957447:27:17:1:0:27:18:1:1 chr11 57391106 . G C 196.72 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0318685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4607;QD=18.2996;RBI=0.046215;REFB=-0.0122803;REVB=-0.0334697;RO=23;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282498;STB=0.660349;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00960389;OID=.;OPOS=57391106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:13:7:15:8:13:7:15:8 chr11 57427259 . G A 247.04 PASS AF=0.273438;AO=35;DP=128;FAO=35;FDP=128;FR=.;FRO=93;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.00865005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.796;QD=7.71997;RBI=0.00988206;REFB=-0.00997605;REVB=0.00477824;RO=93;SAF=15;SAR=20;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107166;STB=0.563722;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0363115;OID=.;OPOS=57427259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:93:93:35:35:0.273438:20:15:48:45:20:15:48:45 chr11 57463470 . C T 208.34 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00665047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.262;QD=11.4159;RBI=0.0113951;REFB=-0.00636027;REVB=-0.00925306;RO=47;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591533;STB=0.53422;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0109852;OID=.;OPOS=57463470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:13:13:21:26:13:13:21:26 chr11 57463500 . T C 994.26 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0336626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4523;QD=57.638;RBI=0.0397024;REFB=-0.142935;REVB=-0.0210502;RO=1;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126038;STB=0.506665;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00291129;OID=.;OPOS=57463500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:37:31:0:1:37:31:0:1 chr11 57468129 . T C 2045.96 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0873309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5366;QD=62.4722;RBI=0.0911459;REFB=0;REVB=0.0260938;RO=0;SAF=52;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188754;OID=.;OPOS=57468129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:79:52:0:0:79:52:0:0 chr11 57509429 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00673452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.298;QD=37.4885;RBI=0.014122;REFB=0;REVB=0.0124128;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61115e-05;OID=.;OPOS=57509429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr11 57571232 . C T 1178.65 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00882003;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.422;QD=61.2284;RBI=0.0308741;REFB=0;REVB=-0.0295875;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.01134e-05;OID=.;OPOS=57571232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr11 57798439 . C A 609.42 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.122591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8286;QD=56.6898;RBI=0.122813;REFB=-0.00438677;REVB=0.00736885;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535697;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.000635163;OID=.;OPOS=57798439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:0:2:41:41:0.953488:13:28:0:0:13:28:0:2 chr11 57947264 . C G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.667;QD=58.0611;RBI=0.0232206;REFB=0;REVB=0.0203743;RO=0;SAF=41;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94056e-05;OID=.;OPOS=57947264;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:20:41:0:0:20:41:0:0 chr11 57948952 . G A 727.23 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392038;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.869;QD=57.0375;RBI=0.061999;REFB=0;REVB=0.0480306;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020996;OID=.;OPOS=57948952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr11 57958775 . C T 1377.44 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.127;QD=62.6107;RBI=0.0105092;REFB=0;REVB=-0.00252437;RO=0;SAF=59;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04906e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82625e-05;OID=.;OPOS=57958775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:29:59:0:0:29:59:0:0 chr11 57958972 . C A 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0069453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6357;QD=58.2432;RBI=0.0375411;REFB=-0.132616;REVB=-0.0368931;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228628;STB=0.512189;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0038869;OID=.;OPOS=57958972;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:20:19:0:1:20:19:0:1 chr11 57971195 . G A 591.63 PASS AF=0.97561;AO=37;DP=38;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0545189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.604;QD=57.7198;RBI=0.0557894;REFB=-9.03489e-05;REVB=0.0118384;RO=1;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240105;STB=0.512814;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00049004;OID=.;OPOS=57971195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:41:1:1:37:40:0.97561:19:18:0:1:19:21:0:1 chr11 57971201 . G A 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00456155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.701;QD=58.6484;RBI=0.0295056;REFB=-0.0394306;REVB=-0.0291509;RO=1;SAF=22;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208425;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00223983;OID=.;OPOS=57971201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:18:22:1:0:18:22:1:0 chr11 57982229 . A G 1273.9 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.285;QD=61.3927;RBI=0.0193849;REFB=0;REVB=0.0125137;RO=0;SAF=59;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18849e-05;OID=.;OPOS=57982229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:22:59:0:0:24:59:0:0 chr11 57982584 . T C 1287.43 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0439488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1246;QD=60.5849;RBI=0.0441544;REFB=-0.1558;REVB=0.00425686;RO=1;SAF=33;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141366;STB=0.507461;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00173024;OID=.;OPOS=57982584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:85:1:1:84:84:0.988235:51:33:1:0:51:33:1:0 chr11 57982620 . A G 1358.58 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.367;QD=62.4637;RBI=0.0170747;REFB=0;REVB=-0.00389158;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09131e-05;OID=.;OPOS=57982620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:50:37:0:0:50:37:0:0 chr11 57982726 . G T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.467;QD=62.3508;RBI=0.0479941;REFB=0;REVB=-0.00993979;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100002;OID=.;OPOS=57982726;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr11 57982763 . A G 483.56 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.45;QD=58.6128;RBI=0.0552034;REFB=0;REVB=0.038069;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000631406;OID=.;OPOS=57982763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:13:19:0:0:13:20:0:0 chr11 57982832 . T A 714.56 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0323198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4415;QD=60.8134;RBI=0.0358189;REFB=-0.0147143;REVB=0.015441;RO=1;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268486;STB=0.514279;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00256135;OID=.;OPOS=57982832;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:17:29:0:1:17:29:0:1 chr11 57982896 . G T 1347.14 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00481551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.735;QD=61.9373;RBI=0.0136048;REFB=0;REVB=-0.012724;RO=0;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.54056e-06;OID=.;OPOS=57982896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:35:51:0:0:35:52:0:0 chr11 57983194 . A G 758.65 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.076464;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.925;QD=55.1742;RBI=0.0765076;REFB=-0.0225001;REVB=-0.00258165;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121546;OID=.;OPOS=57983194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:55:0:0:54:55:1:33:21:0:0:33:22:0:0 chr11 57995729 . C T 264.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0479309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.517;QD=20.769;RBI=0.0527127;REFB=-0.0163047;REVB=0.0219376;RO=24;SAF=9;SAR=18;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169713;STB=0.593687;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0233242;OID=.;OPOS=57995729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:18:9:4:20:18:9:4:20 chr11 57996312 . C G 1590.63 PASS AF=0.990741;AO=104;DP=105;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00145111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.142;QD=58.9121;RBI=0.00912;REFB=-0.028182;REVB=-0.00900381;RO=0;SAF=42;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-1.96476e-05;OID=.;OPOS=57996312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:108:0:1:104:107:0.990741:62:42:0:0:64:43:0:1 chr11 58034543 . C T 1525.72 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.186;QD=59.8322;RBI=0.0100115;REFB=0;REVB=0.00936754;RO=0;SAF=59;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05576e-05;OID=.;OPOS=58034543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:43:59:0:0:43:59:0:0 chr11 58123152 . T C 1457.46 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00373082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.973;QD=62.0196;RBI=0.0408745;REFB=-0.024237;REVB=0.0407039;RO=1;SAF=51;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920605;STB=0.504853;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000351479;OID=.;OPOS=58123152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:42:51:1:0:42:51:1:0 chr11 58125620 . T C 961.76 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00888237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.747;QD=58.2886;RBI=0.0104617;REFB=0;REVB=-0.00552723;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204306;OID=.;OPOS=58125620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:29:36:0:0:30:36:0:0 chr11 58126305 . A T 646.41 PASS AF=0.924528;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.000999929;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.883;QD=48.7857;RBI=0.00314469;REFB=-0.00634999;REVB=-0.00298148;RO=4;SAF=22;SAR=27;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428859;STB=0.522841;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000455437;OID=.;OPOS=58126305;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:53:53:4:4:49:49:0.924528:27:22:3:1:27:22:3:1 chr11 58170078 . C A 427.28 PASS AF=0.311111;AO=56;DP=180;FAO=56;FDP=180;FR=.;FRO=124;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=60;FSRR=64;FWDB=-0.0120142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.531;QD=9.4952;RBI=0.0601483;REFB=-0.008963;REVB=0.0589362;RO=122;SAF=21;SAR=35;SRF=58;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121915;STB=0.576895;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.026196;OID=.;OPOS=58170078;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:122:124:56:56:0.311111:35:21:58:64:35:21:60:64 chr11 58207204 . A G 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.139;QD=62.6145;RBI=0.0271592;REFB=0;REVB=0.019637;RO=0;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17242e-05;OID=.;OPOS=58207204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:54:34:0:0:54:34:0:0 chr11 58318619 . C G 1170.38 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.562;QD=58.5188;RBI=0.029536;REFB=-0.112933;REVB=0.0161706;RO=2;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197152;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540799;OID=.;OPOS=58318619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:80:2:0:78:80:1:47:31:0:2:49:31:0:0 chr11 58478084 . T C 2538.21 PASS AF=0.982353;AO=167;DP=170;FAO=167;FDP=170;FR=.;FRO=3;FSAF=85;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00300332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7007;QD=59.7227;RBI=0.0371933;REFB=0.0229153;REVB=0.0370718;RO=3;SAF=85;SAR=82;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170896;STB=0.508981;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00081753;OID=.;OPOS=58478084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:170:170:3:3:167:167:0.982353:82:85:0:3:82:85:0:3 chr11 58892558 . C T 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00453174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.916;QD=20.563;RBI=0.00759783;REFB=-0.0231778;REVB=0.00609839;RO=25;SAF=10;SAR=19;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21704;STB=0.62083;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0194043;OID=.;OPOS=58892558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:19:10:15:10:19:10:15:10 chr11 58894253 . T C 567.43 PASS AF=0.513274;AO=58;DP=113;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.01053;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7573;QD=20.0858;RBI=0.0200799;REFB=-0.00435021;REVB=0.0170974;RO=52;SAF=31;SAR=27;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013155;STB=0.505368;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00499788;OID=.;OPOS=58894253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:52:55:58:58:0.513274:27:31:27:25:27:31:30:25 chr11 58894303 . G T 228.02 PASS AF=0.363636;AO=27;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0519553;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.234;QD=11.8454;RBI=0.0683509;REFB=-0.00112745;REVB=0.0444128;RO=50;SAF=16;SAR=11;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00860927;STB=0.513299;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00264552;OID=.;OPOS=58894303;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:49:27:28:0.363636:11:16:30:20:12:16:29:20 chr11 58894368 . G A 54.02 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.151557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6378;QD=8.31041;RBI=0.151569;REFB=-0.0138021;REVB=-0.00190367;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121057;STB=0.574292;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0163279;OID=.;OPOS=58894368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:18:18:8:8:0.307692:5:3:5:13:5:3:5:13 chr11 58919813 . A G 197.64 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00479127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.104;QD=18.8228;RBI=0.0584066;REFB=-3.31489e-05;REVB=0.0582098;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038333;STB=0.521717;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.000521949;OID=.;OPOS=58919813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:11:9:9:13:11:9:9:13 chr11 58978940 . C T 521.34 PASS AF=0.5;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0253621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0299;QD=20.8537;RBI=0.02585;REFB=-0.0121657;REVB=0.00499892;RO=50;SAF=12;SAR=38;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176589;STB=0.598383;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0104468;OID=.;OPOS=58978940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:50:50:50:0.5:38:12:20:30:38:12:20:30 chr11 59058590 . C G 504.86 PASS AF=0.405797;AO=56;DP=138;FAO=56;FDP=138;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=-0.00114001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.654;QD=14.6337;RBI=0.00877105;REFB=-0.00432235;REVB=0.00869665;RO=82;SAF=30;SAR=26;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138715;STB=0.50781;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00639378;OID=.;OPOS=59058590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:82:82:56:56:0.405797:26:30:45:37:26:30:45:37 chr11 59132146 . T A 232.82 PASS AF=0.253731;AO=34;DP=135;FAO=34;FDP=134;FR=.;FRO=100;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=-0.0437921;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9175;QD=6.94978;RBI=0.0536635;REFB=-0.0145752;REVB=0.0310165;RO=98;SAF=20;SAR=14;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723413;STB=0.544131;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0377251;OID=.;OPOS=59132146;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:98:100:34:34:0.253731:14:20:52:46:14:20:53:47 chr11 59132798 . G C 367.53 PASS AF=0.493506;AO=37;DP=76;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.00568014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3294;QD=19.0924;RBI=0.0112232;REFB=-0.0252699;REVB=0.00967964;RO=39;SAF=22;SAR=15;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12127;STB=0.573851;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0301036;OID=.;OPOS=59132798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:39:39:37:38:0.493506:15:22:28:11:16:22:28:11 chr11 59132882 . A G 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.00365373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.961;QD=21.7452;RBI=0.00602128;REFB=-0.0221602;REVB=0.00478604;RO=16;SAF=14;SAR=5;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158719;STB=0.588152;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0165984;OID=.;OPOS=59132882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:5:14:14:2:5:14:14:2 chr11 59211188 . G A 239.7 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0101607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7982;QD=18.0906;RBI=0.0147312;REFB=-0.0238973;REVB=-0.0106662;RO=27;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162518;STB=0.591456;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.024303;OID=.;OPOS=59211188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:9:17:13:14:9:17:13:14 chr11 59211265 . T C 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.02185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.677;QD=12.7912;RBI=0.0222098;REFB=-0.0119504;REVB=-0.00398163;RO=23;SAF=2;SAR=12;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.594018;STB=0.849884;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0204921;OID=.;OPOS=59211265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:12:2:16:7:12:2:16:7 chr11 59224720 . A G 2277.89 PASS AF=0.993103;AO=143;DP=144;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0868732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.601;QD=62.8382;RBI=0.0878609;REFB=-0.084064;REVB=-0.0131373;RO=1;SAF=89;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00531347;STB=0.502762;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000365591;OID=.;OPOS=59224720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:145:1:1:143:144:0.993103:54:89:1:0:54:90:1:0 chr11 59224738 . T C 672.4 PASS AF=0.464516;AO=71;DP=155;FAO=72;FDP=155;FR=.;FRO=83;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=-0.00278675;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.014;QD=17.3522;RBI=0.00397659;REFB=-0.0123171;REVB=0.00283677;RO=82;SAF=39;SAR=32;SRF=49;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473696;STB=0.526366;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0118413;OID=.;OPOS=59224738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:82:83:71:72:0.464516:32:39:49:33:33:39:49:34 chr11 59225129 . GC G 251.3 PASS AF=0.394737;AO=25;DP=72;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0194463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.707;QD=13.2262;RBI=0.0213248;REFB=-0.00978571;REVB=-0.00875146;RO=45;SAF=11;SAR=14;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176033;STB=0.58531;STBP=0.26;TYPE=del;VARB=0.0130464;OID=.;OPOS=59225130;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394737:25:72:30:76:46:14:16:28:18:99:45:11:14:27:18 chr11 59225221 . T C 323.58 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00798842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5274;QD=16.8091;RBI=0.0236671;REFB=-0.00492082;REVB=-0.0222782;RO=42;SAF=22;SAR=13;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583519;STB=0.532794;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00282595;OID=.;OPOS=59225221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:13:22:24:18:13:22:24:18 chr11 59271637 . T C 771.23 PASS AF=0.617391;AO=71;DP=115;FAO=71;FDP=115;FR=.;FRO=44;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00926274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.154;QD=26.8255;RBI=0.0270285;REFB=-0.028234;REVB=0.0253918;RO=44;SAF=39;SAR=32;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510008;STB=0.527667;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0179421;OID=.;OPOS=59271637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:44:44:71:71:0.617391:32:39:21:23:32:39:21:23 chr11 59323951 . G A 2167.99 PASS AF=0.955128;AO=149;DP=156;FAO=149;FDP=156;FR=.;FRO=7;FSAF=61;FSAR=88;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00892269;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.451;QD=55.5894;RBI=0.0103186;REFB=-0.102335;REVB=0.00518261;RO=7;SAF=61;SAR=88;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391465;STB=0.520615;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000331979;OID=.;OPOS=59323951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:156:156:7:7:149:149:0.955128:88:61:6:1:88:61:6:1 chr11 59480637 . G A 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0230145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7016;QD=12.4551;RBI=0.0234506;REFB=-0.0206869;REVB=0.00450136;RO=32;SAF=7;SAR=14;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36156;STB=0.720732;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0149408;OID=.;OPOS=59480637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:34:21:21:0.381818:14:7:22:10:14:7:24:10 chr11 59480951 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.949;QD=63.2868;RBI=0.0108402;REFB=0;REVB=-0.0021132;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39928e-05;OID=.;OPOS=59480951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr11 59814173 . G A 335.95 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0159818;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.42;QD=16.7974;RBI=0.0205711;REFB=-0.0136254;REVB=-0.0129518;RO=42;SAF=10;SAR=26;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211159;STB=0.621842;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0168323;OID=.;OPOS=59814173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:44:36:36:0.45:26:10:20:22:26:10:21:23 chr11 59829026 . T C 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0260221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.423;QD=22.5809;RBI=0.03048;REFB=-0.0285696;REVB=0.0158708;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00793731;STB=0.504497;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0157855;OID=.;OPOS=59829026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:7:5:3:4:7:5:3:4 chr11 59831716 . C A 508.57 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=122;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.000339978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.233;QD=16.6743;RBI=0.019824;REFB=-0.018494;REVB=-0.0198211;RO=67;SAF=38;SAR=17;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303343;STB=0.669439;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0191451;OID=.;OPOS=59831716;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:67:67:55:55:0.45082:17:38:26:41:17:38:26:41 chr11 59837097 . C T 317.93 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.035925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.656;QD=15.5086;RBI=0.0510287;REFB=-0.0161201;REVB=-0.0362398;RO=47;SAF=17;SAR=18;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468599;STB=0.526447;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0225099;OID=.;OPOS=59837097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:18:17:25:22:18:17:25:22 chr11 59837721 . T TTATGAAAA 253.2 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00599507;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=8;MLLD=353.981;QD=20.6696;RBI=0.00891907;REFB=-0.00536305;REVB=-0.00660371;RO=31;SAF=8;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219178;STB=0.599914;STBP=0.178;TYPE=ins;VARB=0.00515632;OID=.;OPOS=59837722;OREF=-;OALT=TATGAAAA;OMAPALT=TTATGAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.489796:24:55:24:49:25:8:16:13:12:99:31:8:16:17:14 chr11 59945745 . T C 217.5 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0294173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.681;QD=15.5358;RBI=0.0294958;REFB=-0.00443544;REVB=0.00215058;RO=28;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276792;STB=0.529388;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00707747;OID=.;OPOS=59945745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:31:25:25:0.446429:10:15:16:12:10:15:17:14 chr11 59946301 . TC T,TT 830.96 PASS AF=0.0172414,0.982759;AO=10,49;DP=59;FAO=1,57;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=1,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131918,0.00626042;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=307.431,329.629;QD=57.3075;RBI=0.00148879,0.00641229;REFB=0,0;REVB=0.00069013,-0.00138732;RO=0;SAF=9,15;SAR=1,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.8593e-08,-5.01675e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0404353,0.000721995;OID=.,.;OPOS=59946302,59946302;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0172414,0.982759:10,49:59:1,57:58:0:0,24:1,33:0:0:3:0:9,15:1,34:0:0 chr11 59947252 . C T 426.25 PASS AF=0.415254;AO=49;DP=119;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0195659;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.309;QD=14.4493;RBI=0.0238415;REFB=0.000363272;REVB=0.0136233;RO=69;SAF=26;SAR=23;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843285;STB=0.547444;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=2.01752e-05;OID=.;OPOS=59947252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:69:69:49:49:0.415254:23:26:31:38:23:26:31:38 chr11 60050125 . A G 337.65 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0113569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.391;QD=15.0065;RBI=0.0540678;REFB=-0.0112772;REVB=-0.0528616;RO=53;SAF=20;SAR=17;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466832;STB=0.526397;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.017333;OID=.;OPOS=60050125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:17:20:31:22:17:20:31:22 chr11 60070176 . A G 406.67 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.000613443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.313;QD=15.9478;RBI=0.00359543;REFB=-0.0192663;REVB=-0.00354272;RO=57;SAF=26;SAR=19;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052067;STB=0.52919;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0204344;OID=.;OPOS=60070176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:57:45:45:0.441176:19:26:30:27:19:26:30:27 chr11 60073597 . C T 2337.65 PASS AF=0.981132;AO=155;DP=158;FAO=156;FDP=159;FR=.;FRO=3;FSAF=96;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0284245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6558;QD=58.8089;RBI=0.0297334;REFB=0.00407256;REVB=0.00872509;RO=2;SAF=95;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00288105;STB=0.501022;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.000255233;OID=.;OPOS=60073597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:158:159:2:3:155:156:0.981132:60:95:1:1:60:96:2:1 chr11 60105366 . T C 558.94 PASS AF=0.522936;AO=56;DP=108;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00763956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.628;QD=20.5117;RBI=0.0194871;REFB=-0.00769789;REVB=0.0179272;RO=52;SAF=32;SAR=24;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798059;STB=0.5473;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0078166;OID=.;OPOS=60105366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:52:52:56:57:0.522936:24:32:25:27:24:33:25:27 chr11 60152563 . T A 2008.42 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.04;QD=62.2767;RBI=0.0736694;REFB=0;REVB=0.0621035;RO=0;SAF=80;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3659e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104487;OID=.;OPOS=60152563;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:49:80:0:0:49:80:0:0 chr11 60152584 . G A 2208.3 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546581;FXX=0.0211253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.87;QD=63.5482;RBI=0.0567707;REFB=0;REVB=-0.0153428;RO=0;SAF=83;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250533;OID=.;OPOS=60152584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:139:139:1:56:83:0:0:56:83:0:0 chr11 60157107 . T G 1053.59 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023785;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.127;QD=60.2052;RBI=0.0352225;REFB=0;REVB=0.0259788;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108357;OID=.;OPOS=60157107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr11 60157166 . C T 604.71 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=317.903;QD=60.4713;RBI=0.0184954;REFB=0;REVB=0.0078243;RO=0;SAF=8;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69549e-05;OID=.;OPOS=60157166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:31:8:0:0:31:9:0:0 chr11 60165352 . ATT A 1751.05 PASS AF=1;AO=141;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148074;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=2;MLLD=201.345;QD=48.9803;RBI=0.0151311;REFB=0;REVB=0.00311334;RO=0;SAF=58;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37582e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-9.65007e-05;OID=.;OPOS=60165353;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:141:143:143:143:0:59:84:0:0:31:0:58:83:0:0 chr11 60172087 . C T 535.18 PASS AF=1;AO=32;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.103;QD=59.4647;RBI=0.0409003;REFB=0;REVB=0.0263192;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166416;OID=.;OPOS=60172087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:32:36:1:20:12:0:0:20:16:0:0 chr11 60173360 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.915;QD=46.8471;RBI=0.0488897;REFB=0;REVB=0.0177715;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309549;OID=.;OPOS=60173360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr11 60182970 . A T 308.32 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00910097;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.055;QD=28.0295;RBI=0.0148796;REFB=-0.0200295;REVB=-0.0117718;RO=17;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597853;STB=0.53297;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0110599;OID=.;OPOS=60182970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:15:12:9:8:15:12:9:8 chr11 60184191 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00334471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.949;QD=13.66;RBI=0.0290751;REFB=-0.0107997;REVB=-0.0288821;RO=20;SAF=13;SAR=1;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.597979;STB=0.855644;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0141272;OID=.;OPOS=60184191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:20:21:14:14:0.4:1:13:10:10:1:13:11:10 chr11 60197257 . G T 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0212122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.624;QD=10.436;RBI=0.0218749;REFB=-0.00243385;REVB=0.00534333;RO=31;SAF=9;SAR=6;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152578;STB=0.517218;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00897328;OID=.;OPOS=60197257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:33:15:15:0.3125:6:9:19:12:6:9:19:14 chr11 60198328 . C T 202.53 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0626426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3549;QD=10.1265;RBI=0.070202;REFB=0.00917515;REVB=0.0316896;RO=53;SAF=12;SAR=14;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765567;STB=0.538432;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.0184771;OID=.;OPOS=60198328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:53:54:26:26:0.325:14:12:28:25:14:12:28:26 chr11 60285575 . A G 2284.08 PASS AF=0.993421;AO=150;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0044836;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.915;QD=60.1074;RBI=0.0122678;REFB=-0.00622344;REVB=0.0114191;RO=1;SAF=85;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556335;STB=0.502924;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000173472;OID=.;OPOS=60285575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:1:1:150:151:0.993421:65:85:1:0:66:85:1:0 chr11 60291413 . C T 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0382574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.301;QD=17.6718;RBI=0.0471347;REFB=-0.0201762;REVB=-0.0275327;RO=32;SAF=11;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126936;STB=0.571221;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0210684;OID=.;OPOS=60291413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:19:11:16:16:19:11:16:16 chr11 60296879 . C T 266.66 PASS AF=0.340426;AO=32;DP=94;FAO=32;FDP=94;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.00997731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.345;QD=11.3472;RBI=0.0631665;REFB=-0.0129051;REVB=-0.0623736;RO=62;SAF=15;SAR=17;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941859;STB=0.554402;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0219125;OID=.;OPOS=60296879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:62:62:32:32:0.340426:17:15:24:38:17:15:24:38 chr11 60504436 . T C 166.11 PASS AF=0.38;AO=20;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00278552;FXX=0.019604;HRUN=16;LEN=1;MLLD=174.905;QD=13.289;RBI=0.0104267;REFB=-0.013845;REVB=-0.0100477;RO=30;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175547;STB=0.513728;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00840545;OID=.;OPOS=60504436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:20:19:0.38:11:9:13:17:10:9:14:17 chr11 60531264 . A G 497.74 PASS AF=0.5;AO=51;DP=103;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00933925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.727;QD=19.1437;RBI=0.0119826;REFB=-0.0173162;REVB=-0.0075074;RO=52;SAF=22;SAR=29;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115282;STB=0.567481;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0173158;OID=.;OPOS=60531264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:52:52:51:52:0.5:29:22:29:23:30:22:29:23 chr11 60531346 . T G 494.29 PASS AF=0.559524;AO=43;DP=80;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00527695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.34;QD=23.5377;RBI=0.0140223;REFB=-0.00773495;REVB=0.0129915;RO=35;SAF=23;SAR=20;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132631;STB=0.567294;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00449612;OID=.;OPOS=60531346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:35:37:43:47:0.559524:20:23:13:22:22:25:14:23 chr11 60559805 . A G 791.87 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.264;QD=56.562;RBI=0.0449326;REFB=0;REVB=0.016326;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289873;OID=.;OPOS=60559805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:27:28:0:0:28:28:0:0 chr11 60609972 . A G 591.44 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=97;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00165243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.698;QD=24.3891;RBI=0.012419;REFB=-0.00965366;REVB=-0.0123086;RO=43;SAF=28;SAR=26;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043158;STB=0.523655;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00822697;OID=.;OPOS=60609972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:43:54:54:0.556701:26:28:20:23:26:28:20:23 chr11 60610065 . G A 248.49 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0106174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.566;QD=13.9994;RBI=0.0112534;REFB=-0.00765356;REVB=-0.00372972;RO=41;SAF=10;SAR=19;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202391;STB=0.622555;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0111588;OID=.;OPOS=60610065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:41:42:29:29:0.408451:19:10:22:19:19:10:23:19 chr11 60620585 . A G 560.92 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107843;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.397;QD=60.6402;RBI=0.025725;REFB=0;REVB=-0.0233554;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.97303e-05;OID=.;OPOS=60620585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr11 60620590 . C G 726.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.78023e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9691;QD=63.1774;RBI=0.0313913;REFB=0;REVB=-0.0313913;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000410581;OID=.;OPOS=60620590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:27:18:0:0:27:19:0:0 chr11 60635091 . T C 323.33 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8372;QD=53.888;RBI=0.0201056;REFB=0;REVB=-0.0112203;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70118e-05;OID=.;OPOS=60635091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr11 60637164 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.150025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.425;QD=15.2616;RBI=0.150195;REFB=-0.0229055;REVB=-0.00713718;RO=16;SAF=1;SAR=12;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136472;STB=0.580504;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0217929;OID=.;OPOS=60637164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:12:1:2:14:12:1:2:14 chr11 60638461 . C T 600.07 PASS AF=0.5;AO=59;DP=122;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0100062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.605;QD=19.3571;RBI=0.0113004;REFB=-0.00328413;REVB=-0.00525114;RO=62;SAF=31;SAR=28;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00862206;STB=0.516225;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00406772;OID=.;OPOS=60638461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:62:62:59:62:0.5:28:31:32:30:28:34:32:30 chr11 60638470 . A G 1821.9 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.671;QD=61.2402;RBI=0.0409136;REFB=0;REVB=-0.0321113;RO=0;SAF=58;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.16571e-06;OID=.;OPOS=60638470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:119:0:0:117:119:1:59:58:0:0:59:60:0:0 chr11 60666341 . G A 308.0 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0148574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.895;QD=24.1568;RBI=0.0215153;REFB=-0.0270051;REVB=0.0155617;RO=21;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100842;STB=0.555519;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0148977;OID=.;OPOS=60666341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:14:16:14:7:14:16:14:7 chr11 60687275 . G A 344.93 PASS AF=0.45122;AO=36;DP=81;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0385981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4697;QD=16.826;RBI=0.0389587;REFB=-0.0139228;REVB=0.00528798;RO=45;SAF=13;SAR=23;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108906;STB=0.56663;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0129977;OID=.;OPOS=60687275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:45:45:36:37:0.45122:23:13:21:24:24:13:21:24 chr11 60689445 . T C 1378.95 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.167594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.243;QD=60.6133;RBI=0.167618;REFB=0;REVB=0.00282738;RO=0;SAF=10;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115565;OID=.;OPOS=60689445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:91:0:0:74:91:1:64:10:0:0:64:27:0:0 chr11 60695301 . C A 1665.52 PASS AF=0.958333;AO=114;DP=121;FAO=115;FDP=120;FR=.;FRO=5;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0380163;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.6;QD=55.5175;RBI=0.0494137;REFB=-0.0384561;REVB=0.0315671;RO=5;SAF=59;SAR=55;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00658019;STB=0.503626;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.000953237;OID=.;OPOS=60695301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:121:120:5:5:114:115:0.958333:55:59:3:2:56:59:3:2 chr11 60698054 . G A 88.8 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0313927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.842;QD=14.8;RBI=0.0314088;REFB=-0.0283565;REVB=-0.00100525;RO=12;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094561;STB=0.542088;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0557305;OID=.;OPOS=60698054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:12:13:11:11:0.458333:9:2:3:9:9:2:3:10 chr11 60701136 . C G 314.96 PASS AF=0.52381;AO=28;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00998985;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=233.581;QD=19.9975;RBI=0.0130078;REFB=-0.0183312;REVB=0.00833101;RO=17;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182705;STB=0.572491;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0135021;OID=.;OPOS=60701136;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:17:30:28:33:0.52381:12:16:14:3:16:17:20:10 chr11 60703552 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0192698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.014;QD=13.9591;RBI=0.0527349;REFB=-0.00252528;REVB=0.0490881;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351206;STB=0.705362;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00374574;OID=.;OPOS=60703552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:6:1:4:3:6:1 chr11 60703777 . G A 393.34 PASS AF=0.526316;AO=37;DP=74;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.043351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.777;QD=20.702;RBI=0.0437848;REFB=-0.026432;REVB=0.00614798;RO=34;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00966541;STB=0.523798;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.020818;OID=.;OPOS=60703777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:34:36:37:40:0.526316:17:20:18:16:18:22:18:18 chr11 60704213 . C T 791.46 PASS AF=0.539568;AO=75;DP=139;FAO=75;FDP=139;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0148798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4824;QD=22.7758;RBI=0.0219549;REFB=-0.0134544;REVB=0.0161434;RO=64;SAF=34;SAR=41;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787059;STB=0.543087;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0111931;OID=.;OPOS=60704213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:64:64:75:75:0.539568:41:34:35:29:41:34:35:29 chr11 60705454 . A G 1103.68 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0323556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0823;QD=58.8629;RBI=0.0329645;REFB=-0.11009;REVB=0.00630632;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00160847;OID=.;OPOS=60705454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:0:1:74:74:0.986667:37:37:0:0:37:37:0:1 chr11 60705468 . G A 124.02 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0262622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2439;QD=7.51642;RBI=0.0274495;REFB=-0.0233288;REVB=-0.00798591;RO=48;SAF=11;SAR=7;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18345;STB=0.610988;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0665443;OID=.;OPOS=60705468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:48:18:18:0.272727:7:11:22:26:7:11:22:26 chr11 60718537 . C T 80.94 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0141001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.483;QD=11.9918;RBI=0.0141004;REFB=-0.0286714;REVB=-8.68861e-05;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565967;STB=0.533274;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.030836;OID=.;OPOS=60718537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:5:11:7:4:5:11 chr11 60776186 . C T 174.61 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0131217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.783;QD=19.401;RBI=0.028983;REFB=0.0107486;REVB=0.0258425;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123057;STB=0.582731;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00754718;OID=.;OPOS=60776186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:8:10:7:10:8:10:7:11 chr11 60776306 . C T 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.094434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7384;QD=22.6317;RBI=0.0994231;REFB=-0.0386408;REVB=0.0310994;RO=7;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155931;STB=0.608533;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0300798;OID=.;OPOS=60776306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:7:8:13:13:0.619048:6:7:2:5:6:7:2:6 chr11 60785352 . A G 203.38 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0025634;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.756;QD=10.9934;RBI=0.0158799;REFB=-0.00820878;REVB=-0.0156717;RO=44;SAF=10;SAR=16;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786852;STB=0.521722;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0227358;OID=.;OPOS=60785352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:48:26:26:0.351351:16:10:20:24:16:10:20:28 chr11 60785464 . G A 190.68 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0446515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.422;QD=15.2544;RBI=0.0471456;REFB=-0.00672207;REVB=-0.0151309;RO=30;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175547;STB=0.510111;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0100639;OID=.;OPOS=60785464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:9:11:17:13:9:11:17:13 chr11 60892606 . A G 602.6 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.775;QD=60.2597;RBI=0.156643;REFB=0;REVB=0.067498;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0042961;OID=.;OPOS=60892606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:18:22:0:0 chr11 60893235 . C T 670.82 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.512;QD=62.4019;RBI=0.0410593;REFB=0;REVB=0.0026879;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45754e-05;OID=.;OPOS=60893235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:19:23:0:0:19:24:0:0 chr11 60899767 . A G 801.26 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0686187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4881;QD=57.233;RBI=0.0699303;REFB=0;REVB=-0.0134802;RO=0;SAF=39;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00073449;OID=.;OPOS=60899767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:17:39:0:0:17:39:0:0 chr11 61026259 . C T 61.41 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0259586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6987;QD=7.01841;RBI=0.0587417;REFB=-0.0308415;REVB=-0.0526947;RO=23;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889948;STB=0.569466;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.063263;OID=.;OPOS=61026259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:23:26:9:9:0.257143:4:5:11:12:4:5:12:14 chr11 61097452 . G A 183.68 PASS AF=0.274725;AO=25;DP=90;FAO=25;FDP=91;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0105729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.185;QD=8.0737;RBI=0.0315076;REFB=-0.0115718;REVB=-0.0296806;RO=65;SAF=13;SAR=12;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223619;STB=0.518504;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0327454;OID=.;OPOS=61097452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:65:66:25:25:0.274725:12:13:35:30:12:13:36:30 chr11 61106892 . G C 751.33 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9778;QD=56.7044;RBI=0.0435785;REFB=0;REVB=-0.0406248;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000287733;OID=.;OPOS=61106892;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:32:20:0:0:33:20:0:0 chr11 61108974 . G A 657.5 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0489306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8845;QD=50.5766;RBI=0.0647478;REFB=-0.128105;REVB=0.0424037;RO=2;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313537;STB=0.52458;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00835617;OID=.;OPOS=61108974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:2:3:49:49:0.942308:29:20:0:2:29:20:0:3 chr11 61112802 . C T 994.86 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=72;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0465268;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.964;QD=56.0485;RBI=0.0592818;REFB=-0.0973555;REVB=0.0367367;RO=2;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255333;STB=0.51351;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00380001;OID=.;OPOS=61112802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:72:71:2:2:68:69:0.971831:36:32:0:2:36:33:0:2 chr11 61165269 . C A 426.82 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0319997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.704;QD=21.8884;RBI=0.0320624;REFB=-0.00641003;REVB=-0.0020046;RO=36;SAF=23;SAR=19;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302524;STB=0.516679;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00493646;OID=.;OPOS=61165269;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:19:23:21:15:19:23:21:15 chr11 61165280 . G A 1422.21 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8859;QD=62.5146;RBI=0.0417354;REFB=0;REVB=-0.0217167;RO=0;SAF=54;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02309e-05;OID=.;OPOS=61165280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:91:0:0:90:91:1:36:54:0:0:36:55:0:0 chr11 61165731 . C CA 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00365868;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=311.03;QD=55.6561;RBI=0.00635972;REFB=0;REVB=0.00520193;RO=3;SAF=9;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132075;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.90386e-05;OID=.;OPOS=61165732;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:30:27:27:0:9:18:0:0:4:3:9:18:3:0 chr11 61165741 . G C 393.25 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.745;QD=56.1783;RBI=0.0597104;REFB=0;REVB=0.0525839;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339303;OID=.;OPOS=61165741;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr11 61166306 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.948;QD=53.2765;RBI=0.0347168;REFB=0;REVB=0.0187167;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419322;OID=.;OPOS=61166306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr11 61179285 . G A 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00381132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.44;QD=60.7146;RBI=0.00911883;REFB=0;REVB=-0.00828414;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21437e-05;OID=.;OPOS=61179285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr11 61204361 . A C 1538.63 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00837949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6418;QD=58.6146;RBI=0.0397517;REFB=-0.0173271;REVB=0.0388585;RO=1;SAF=56;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839826;STB=0.504424;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00122283;OID=.;OPOS=61204361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:105:1:1:103:104:0.990476:47:56:1:0:48:56:1:0 chr11 61249383 . C A 1290.37 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00615988;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8392;QD=62.1867;RBI=0.0480044;REFB=0;REVB=0.0476076;RO=0;SAF=55;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000487588;OID=.;OPOS=61249383;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:83:0:0:83:83:1:28:55:0:0:28:55:0:0 chr11 61277296 . GCCCCCG GCCCC,GCCCCG 46.12 PASS AF=0.22807,0;AO=15,6;DP=59;FAO=13,0;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=8,0;FSAR=5,0;FSRF=44;FSRR=0;FWDB=-0.124201,-0.145316;FXX=0.0172384;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=25.6978,12.6967;QD=3.23661;RBI=0.12729,0.145328;REFB=-0.0445466,-0.0545678;REVB=0.0278755,0.00182625;RO=32;SAF=10,6;SAR=5,0;SRF=32;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.559046,0;STB=0.866443,0.5;STBP=0.269,1;TYPE=del,del;VARB=0.135343,0;OID=.,.;OPOS=61277301,61277297;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22807,0:15,6:59:13,0:57:44:8,0:5,0:44:0:45:32:10,6:5,0:32:0 chr11 61277698 . A G 325.72 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0025026;FXX=0.0657808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.622;QD=18.3504;RBI=0.0025806;REFB=-0.0202189;REVB=0.00062969;RO=36;SAF=26;SAR=8;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229027;STB=0.638419;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0171713;OID=.;OPOS=61277698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:36:37:34:34:0.478873:8:26:20:16:8:26:20:17 chr11 61277775 . A G 457.6 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=20;FWDB=-0.0107949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.823;QD=15.6446;RBI=0.0225229;REFB=-0.0118483;REVB=-0.0197675;RO=65;SAF=35;SAR=16;SRF=45;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703674;STB=0.507039;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0121198;OID=.;OPOS=61277775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:66:51:51:0.435897:16:35:45:20:16:35:46:20 chr11 61277885 . G A 466.53 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=57;FSRR=4;FWDB=-0.00883391;FXX=0.00884877;HRUN=5;LEN=1;MLLD=205.605;QD=16.6619;RBI=0.00915014;REFB=-0.0187008;REVB=0.00238476;RO=59;SAF=38;SAR=13;SRF=56;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308704;STB=0.656518;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0229824;OID=.;OPOS=61277885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:59:61:51:51:0.455357:13:38:56:3:13:38:57:4 chr11 61278246 . T C 271.7 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0175457;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1836;QD=30.189;RBI=0.0426478;REFB=-0.0340487;REVB=-0.0388713;RO=12;SAF=11;SAR=13;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254735;STB=0.514007;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0146764;OID=.;OPOS=61278246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:37:36:12:12:24:24:0.666667:13:11:5:7:13:11:5:7 chr11 61487690 . G A 508.51 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=122;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=0.0731537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7879;QD=16.6724;RBI=0.0736257;REFB=-0.0046472;REVB=-0.00832342;RO=67;SAF=26;SAR=29;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180247;STB=0.600201;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0062927;OID=.;OPOS=61487690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:67:67:55:55:0.45082:29:26:44:23:29:26:44:23 chr11 61488335 . A G 214.87 PASS AF=0.251969;AO=32;DP=127;FAO=32;FDP=127;FR=.;FRO=95;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=0.00411398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4002;QD=6.76762;RBI=0.0549844;REFB=-0.00116201;REVB=0.0548303;RO=95;SAF=20;SAR=12;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201122;STB=0.621226;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00446442;OID=.;OPOS=61488335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:95:95:32:32:0.251969:12:20:44:51:12:20:44:51 chr11 61505168 . G A 1396.4 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.115;QD=62.7595;RBI=0.0185238;REFB=0;REVB=-0.00938571;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42982e-05;OID=.;OPOS=61505168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:39:50:0:0:39:50:0:0 chr11 61511498 . C T 36.68 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0015745;FXX=0.124844;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.723;QD=20.9593;RBI=0.0863625;REFB=-0.0210411;REVB=0.0863482;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190062;STB=0.614874;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0110921;OID=.;OPOS=61511498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:8:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:1:1:1:4:1:1 chr11 61524974 . G A 385.83 PASS AF=0.414141;AO=40;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0120767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.53;QD=15.589;RBI=0.012077;REFB=-0.00702007;REVB=8.2572e-05;RO=58;SAF=22;SAR=18;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883667;STB=0.541585;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00812751;OID=.;OPOS=61524974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:40:41:0.414141:18:22:27:31:19:22:27:31 chr11 61534872 . A C 1503.62 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7272;QD=62.651;RBI=0.0420626;REFB=0;REVB=0.0405978;RO=0;SAF=56;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117521;OID=.;OPOS=61534872;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:96:0:0:89:96:1:33:56:0:0:35:61:0:0 chr11 61543896 . G A 354.92 PASS AF=0.291667;AO=49;DP=168;FAO=49;FDP=168;FR=.;FRO=119;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=54;FSRR=65;FWDB=-0.00726048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.19;QD=8.4505;RBI=0.0125506;REFB=-0.00371067;REVB=-0.0102374;RO=118;SAF=25;SAR=24;SRF=53;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736021;STB=0.539901;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0112128;OID=.;OPOS=61543896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:118:119:49:49:0.291667:24:25:53:65:24:25:54:65 chr11 61551356 . T C 148.54 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0112994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.342;QD=10.8027;RBI=0.0137705;REFB=-0.00555795;REVB=0.0078709;RO=35;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688824;STB=0.553134;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0121923;OID=.;OPOS=61551356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:36:19:19:0.345455:13:6:13:22:13:6:14:22 chr11 61564299 . G T 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0518137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.218;QD=18.0505;RBI=0.0520412;REFB=-0.0169655;REVB=-0.00486068;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264286;STB=0.651879;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0168615;OID=.;OPOS=61564299;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:2:6:4:6:2:6 chr11 61578346 . GGCC GC,GGC,GGCT 240.4 PASS AF=0.264368,0.229885,0.045977;AO=23,22,6;DP=97;FAO=23,20,4;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=13,14,0;FSAR=10,6,4;FSRF=34;FSRR=6;FWDB=-0.0954444,-0.130536,-0.0204792;FXX=0.0937402;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=15.7587,10.1827,190.022;QD=11.0529;RBI=0.123325,0.134281,0.0423785;REFB=-0.0908461,-0.129595,-0.00540896;REVB=-0.0780984,0.0314908,-0.0371018;RO=31;SAF=12,15,0;SAR=11,7,6;SRF=28;SRR=3;SSEN=0,0.366667,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.402669,-0.300165,-0.833167;STB=0.693079,0.631468,0.998864;STBP=0.057,0.255,0;TYPE=del,del,snp;VARB=0.126766,0.091755,0.0870041;OID=.,.,.;OPOS=61578347,61578348,61578349;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GC,GGC,GGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264368,0.229885,0.045977:23,22,6:97:23,20,4:87:40:13,14,0:10,6,4:34:6:67:31:12,15,0:11,7,6:28:3 chr11 61582708 . T C 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0479206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2869;QD=10.6678;RBI=0.0668191;REFB=0.00812811;REVB=-0.0465662;RO=18;SAF=8;SAR=2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251805;STB=0.654202;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.0243104;OID=.;OPOS=61582708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:2:8:11:7:2:8:11:7 chr11 61593816 . C T 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0351473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.812;QD=15.645;RBI=0.0412478;REFB=-0.0172611;REVB=-0.0215882;RO=28;SAF=8;SAR=14;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239328;STB=0.645259;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0344403;OID=.;OPOS=61593816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:14:8:17:11:14:8:18:11 chr11 61669946 . G A 396.6 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0271829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.801;QD=17.8246;RBI=0.0288521;REFB=-0.00195385;REVB=0.00967128;RO=48;SAF=29;SAR=12;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914673;STB=0.551305;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00173746;OID=.;OPOS=61669946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:12:29:30:18:12:29:30:18 chr11 61672235 . T C 83.48 PASS AF=0.323529;AO=10;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0124713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5166;QD=9.82146;RBI=0.0145872;REFB=0.0099121;REVB=-0.00756656;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511128;STB=0.513489;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.0306177;OID=.;OPOS=61672235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:22:23:10:11:0.323529:5:5:12:10:5:6:13:10 chr11 61719360 . A AG 48.53 PASS AF=0.297297;AO=13;DP=38;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00658197;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=25.3865;QD=5.24684;RBI=0.0270392;REFB=-0.0704928;REVB=0.0262259;RO=25;SAF=11;SAR=2;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394005;STB=0.843402;STBP=0.027;TYPE=ins;VARB=0.227889;OID=.;OPOS=61719361;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297297:13:38:11:37:26:10:1:14:12:48:25:11:2:14:11 chr11 61719387 . T C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3792;QD=55.653;RBI=0.0328531;REFB=0;REVB=-0.030627;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000451169;OID=.;OPOS=61719387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr11 61722645 . C A 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00804642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.515;QD=63.581;RBI=0.0405333;REFB=0;REVB=0.0397267;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177207;OID=.;OPOS=61722645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr11 61725631 . C T 86.62 PASS AF=0.156863;AO=16;DP=102;FAO=16;FDP=102;FR=.;FRO=86;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=-0.0251715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.04;QD=3.39683;RBI=0.0254255;REFB=-0.00788679;REVB=0.00358505;RO=86;SAF=5;SAR=11;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982149;STB=0.56631;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0410545;OID=.;OPOS=61725631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:102:102:86:86:16:16:0.156863:11:5:33:53:11:5:33:53 chr11 61730234 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00808385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.81;QD=52.6131;RBI=0.00808404;REFB=0;REVB=-5.45022e-05;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.67434e-05;OID=.;OPOS=61730234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr11 61897748 . C T 175.11 PASS AF=0.266667;AO=24;DP=91;FAO=24;FDP=90;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=0.00136063;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.406;QD=7.78249;RBI=0.0253495;REFB=-0.00256238;REVB=0.0253129;RO=63;SAF=13;SAR=11;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115351;STB=0.582165;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00810106;OID=.;OPOS=61897748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:63:66:24:24:0.266667:11:13:40:23:11:13:43:23 chr11 61906374 . T C 109.68 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0202959;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.325;QD=12.5346;RBI=0.0205085;REFB=-0.00118599;REVB=0.00294516;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10609;STB=0.562406;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00146412;OID=.;OPOS=61906374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:6:7:14:8:6:7:14:8 chr11 61914260 . G A 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.155414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.482;QD=14.6536;RBI=0.156092;REFB=-0.0519618;REVB=0.0145343;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117469;STB=0.568802;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0507425;OID=.;OPOS=61914260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:2:6:5:3:2:6 chr11 62010863 . C T 531.09 PASS AF=0.414286;AO=58;DP=140;FAO=58;FDP=140;FR=.;FRO=82;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.00546687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.735;QD=15.1739;RBI=0.00718245;REFB=-0.00832735;REVB=-0.00465842;RO=81;SAF=20;SAR=38;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258691;STB=0.642098;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0103716;OID=.;OPOS=62010863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:81:82:58:58:0.414286:38:20:48:33:38:20:48:34 chr11 62236219 . T C 66.77 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0349158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.613;QD=12.7188;RBI=0.040303;REFB=0.0113389;REVB=-0.0201301;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176743;STB=0.624732;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.00902443;OID=.;OPOS=62236219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:5:4:7:4:5:4:8:4 chr11 62284597 . C T 70.15 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.000145271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.303;QD=4.92255;RBI=0.00651352;REFB=-0.00266729;REVB=0.0065119;RO=45;SAF=8;SAR=3;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252782;STB=0.659489;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00918185;OID=.;OPOS=62284597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:57:57:45:46:11:11:0.192982:3:8:24:21:3:8:25:21 chr11 62285721 . G T 495.46 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0123249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.496;QD=23.3158;RBI=0.0125185;REFB=-0.02426;REVB=-0.00219335;RO=38;SAF=24;SAR=23;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342012;STB=0.518789;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0247969;OID=.;OPOS=62285721;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:47:47:0.552941:23:24:21:17:23:24:21:17 chr11 62290979 . T C 183.22 PASS AF=0.32;AO=23;DP=74;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.000402018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3627;QD=9.77193;RBI=0.039981;REFB=0.0104171;REVB=0.039979;RO=51;SAF=14;SAR=9;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248762;STB=0.526294;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.0172073;OID=.;OPOS=62290979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:51:51:23:24:0.32:9:14:30:21:9:15:30:21 chr11 62292882 . G T 1269.61 PASS AF=1;AO=83;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483214;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.2744;QD=58.3729;RBI=0.0621856;REFB=-0.0466867;REVB=-0.0391419;RO=4;SAF=47;SAR=36;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00586048;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0030431;OID=.;OPOS=62292882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:87:87:4:0:83:87:1:36:47:2:2:38:49:0:0 chr11 62293822 . C T 452.82 PASS AF=0.484211;AO=44;DP=93;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.0256027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.824;QD=19.066;RBI=0.0260762;REFB=-0.0160204;REVB=0.00494717;RO=48;SAF=33;SAR=11;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256243;STB=0.501971;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0169407;OID=.;OPOS=62293822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:48:49:44:46:0.484211:11:33:35:13:13:33:35:14 chr11 62298597 . C A 249.08 PASS AF=0.432836;AO=25;DP=63;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0589901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4919;QD=14.8705;RBI=0.0594171;REFB=-0.00239459;REVB=0.00711002;RO=38;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307682;STB=0.695874;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00877027;OID=.;OPOS=62298597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:67:38:38:25:29:0.432836:9:16:13:25:9:20:13:25 chr11 62300536 . A G 242.98 PASS AF=0.326087;AO=30;DP=92;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0288304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9385;QD=10.5644;RBI=0.031746;REFB=-0.00808553;REVB=0.0132898;RO=62;SAF=14;SAR=16;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757042;STB=0.54411;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0323684;OID=.;OPOS=62300536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:62:62:30:30:0.326087:16:14:33:29:16:14:33:29 chr11 62300930 . C T 41.98 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0102364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.406;QD=4.41849;RBI=0.0219789;REFB=-0.00372991;REVB=-0.0194496;RO=31;SAF=6;SAR=1;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362921;STB=0.756428;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0273211;OID=.;OPOS=62300930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:1:6:19:12:1:6:19:12 chr11 62356655 . G A 106.56 PASS AF=0.17757;AO=19;DP=107;FAO=19;FDP=107;FR=.;FRO=88;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=-0.0452977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.045;QD=3.98342;RBI=0.0454981;REFB=0.000469109;REVB=0.00426534;RO=88;SAF=7;SAR=12;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688779;STB=0.544844;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.00307434;OID=.;OPOS=62356655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:88:88:19:19:0.17757:12:7:37:51:12:7:37:51 chr11 62378687 . G T 559.78 PASS AF=0.541667;AO=51;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.00423133;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.615;QD=23.324;RBI=0.00643207;REFB=-0.00753345;REVB=0.00484431;RO=44;SAF=25;SAR=26;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161196;STB=0.591599;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00573509;OID=.;OPOS=62378687;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:44:51:52:0.541667:26:25:30:14:27:25:30:14 chr11 62381104 . CGG CG,CGC 74.23 PASS AF=0.125,0.875;AO=2,5;DP=8;FAO=1,7;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019525,-0.0352283;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.8336,44.9069;QD=37.1143;RBI=0.078188,0.240732;REFB=0,0;REVB=0.0757108,0.23814;RO=0;SAF=1,4;SAR=1,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0147799,0.0286216;OID=.,.;OPOS=62381105,62381106;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CG,CGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:2,5:8:1,7:8:0:1,4:0,3:0:0:6:0:1,4:1,1:0:0 chr11 62383714 . TGAAAA T,TCAAAA 320.41 PASS AF=0.8125,0.1875;AO=11,4;DP=37;FAO=26,6;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11,5;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506303,-0.225053;FXX=0.19995;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=33.3554,13.054;QD=40.0509;RBI=0.286785,0.351233;REFB=0,0;REVB=0.28228,-0.269658;RO=0;SAF=7,4;SAR=4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0973775,0.272351;OID=.,.;OPOS=62383715,62383715;OREF=GAAAA,G;OALT=-,C;OMAPALT=T,TCAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.8125,0.1875:11,4:37:26,6:32:0:11,5:15,1:0:0:24:0:7,4:4,0:0:0 chr11 62383720 . A C 75.99 PASS AF=0.275;AO=9;DP=38;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0214987;FXX=0.0243843;HRUN=15;LEN=1;MLLD=114.484;QD=7.59922;RBI=0.0235545;REFB=-0.00291241;REVB=-0.00962389;RO=29;SAF=6;SAR=3;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143807;STB=0.504579;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0660612;OID=.;OPOS=62383720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:38:40:29:29:9:11:0.275:3:6:16:13:5:6:16:13 chr11 62406495 . G A 328.46 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00530814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.249;QD=13.2712;RBI=0.00544002;REFB=-0.00399233;REVB=0.00119059;RO=62;SAF=15;SAR=22;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104902;STB=0.560012;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00699955;OID=.;OPOS=62406495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:62:62:37:37:0.373737:22:15:31:31:22:15:31:31 chr11 62430659 . T A,C 940.98 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=58,5;DP=63;FAO=60,5;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=44,0;FSAR=16,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359775,0.0289476;FXX=0.0298463;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=250.139,205.342;QD=57.9067;RBI=0.0373095,0.0297258;REFB=0,0;REVB=0.00988044,0.00675745;RO=0;SAF=42,0;SAR=16,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.83285e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000181722,0.0880917;OID=.,.;OPOS=62430659,62430659;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:63:65:0:0:58,5:60,5:0.923077,0.0769231:16,5:42,0:0:0:16,5:44,0:0:0 chr11 62433781 . CAAAAAAAAAA CAAAAAAAAA,CAAAAAAAA,CAAAAAAAAAG 317.5 PASS AF=0.288136,0.508475,0.20339;AO=16,15,3;DP=64;FAO=17,30,12;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=3,14,12;FSAR=14,16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0541108,-0.0417289,-0.0235248;FXX=0.0781128;HRUN=12,12,12;LEN=1,2,1;MLLD=5.39143,8.11533,127.85;QD=21.5251;RBI=0.361339,0.167971,0.0318077;REFB=0.0189817,0.0145635,0.00195045;REVB=0.357264,0.162705,0.0214083;RO=7;SAF=4,8,3;SAR=12,7,0;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.205925,0.301148,0.812474;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0488368,0.068539,0.0870944;OID=.,.,.;OPOS=62433782,62433782,62433791;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=CAAAAAAAAA,CAAAAAAAA,CAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.288136,0.508475,0.20339:16,15,3:64:17,30,12:59:0:3,14,12:14,16,0:0:0:67:7:4,8,3:12,7,0:0:7 chr11 62439569 . G A 1452.4 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.278;QD=63.1479;RBI=0.0538383;REFB=0;REVB=0.0339309;RO=0;SAF=59;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166715;OID=.;OPOS=62439569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:33:59:0:0:33:59:0:0 chr11 62475858 . C T 382.39 PASS AF=0.39823;AO=45;DP=112;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0282822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2062;QD=13.5359;RBI=0.03907;REFB=0.0024843;REVB=-0.0269553;RO=67;SAF=31;SAR=14;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291923;STB=0.661626;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00435434;OID=.;OPOS=62475858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:67:68:45:45:0.39823:14:31:28:39:14:31:29:39 chr11 62483372 . G A 274.24 PASS AF=0.303279;AO=37;DP=122;FAO=37;FDP=122;FR=.;FRO=85;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.0163939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.393;QD=8.99148;RBI=0.0167028;REFB=-0.0148615;REVB=0.00319734;RO=84;SAF=19;SAR=18;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00190929;STB=0.505316;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0335007;OID=.;OPOS=62483372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:84:85:37:37:0.303279:18:19:43:41:18:19:43:42 chr11 62563353 . G A 663.65 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0112215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.346;QD=58.9913;RBI=0.0242623;REFB=-0.16709;REVB=0.0215113;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.515145;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0017917;OID=.;OPOS=62563353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:45:0:1:43:44:0.977778:15:28:0:0:16:28:0:1 chr11 62564009 . T C 217.91 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.0700314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7706;QD=13.6193;RBI=0.0756196;REFB=-0.00888139;REVB=0.0285294;RO=38;SAF=17;SAR=9;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668178;STB=0.538015;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0118944;OID=.;OPOS=62564009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:9:17:27:11:9:17:27:11 chr11 62569105 . T TAC 129.82 PASS AF=0.3;AO=17;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=9;FWDB=0.00502519;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=263.476;QD=8.65463;RBI=0.018437;REFB=-0.00795565;REVB=-0.0177389;RO=42;SAF=6;SAR=11;SRF=33;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481978;STB=0.758383;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=0.0270643;OID=.;OPOS=62569106;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:17:60:18:60:42:7:11:33:9:99:42:6:11:33:9 chr11 62575025 . A T 306.92 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00439813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8979;QD=18.0539;RBI=0.0154741;REFB=-0.0322655;REVB=-0.0148359;RO=35;SAF=8;SAR=25;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146929;STB=0.582633;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0438434;OID=.;OPOS=62575025;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:25:8:13:22:25:8:13:22 chr11 62592961 . T C 393.91 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00888763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.191;QD=25.4135;RBI=0.0125691;REFB=-0.0322472;REVB=0.00888774;RO=24;SAF=19;SAR=19;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884267;STB=0.548362;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0192467;OID=.;OPOS=62592961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:19:19:9:15:19:19:9:15 chr11 62602983 . A G 544.8 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0106403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7956;QD=22.9389;RBI=0.0794738;REFB=-0.0138034;REVB=-0.0787583;RO=44;SAF=18;SAR=33;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2406;STB=0.632448;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0106193;OID=.;OPOS=62602983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:44:51:51:0.536842:33:18:28:16:33:18:28:16 chr11 62607068 . A G 639.04 PASS AF=0.592233;AO=62;DP=104;FAO=61;FDP=103;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0142547;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1984;QD=24.817;RBI=0.031093;REFB=-0.0378578;REVB=-0.0276329;RO=42;SAF=23;SAR=39;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169455;STB=0.590452;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0250943;OID=.;OPOS=62607068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:42:42:62:61:0.592233:39:23:25:17:38:23:25:17 chr11 62609112 . A G 1383.34 PASS AF=0.646739;AO=119;DP=184;FAO=119;FDP=184;FR=.;FRO=65;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0130841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2654;QD=30.0725;RBI=0.0185326;REFB=0.0245139;REVB=-0.013125;RO=64;SAF=53;SAR=66;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255564;STB=0.511249;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.0134319;OID=.;OPOS=62609112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:64:65:119:119:0.646739:66:53:31:33:66:53:31:34 chr11 62609171 . TATT CTGC 3005.42 PASS AF=0.79021;AO=221;DP=293;FAO=226;FDP=286;FR=.;FRO=60;FSAF=116;FSAR=110;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.00551966;FXX=0.02721;HRUN=1;LEN=4;MLLD=221.966;QD=42.0339;RBI=0.0292264;REFB=-0.0237535;REVB=0.0287005;RO=59;SAF=116;SAR=105;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132706;STB=0.502786;STBP=0.836;TYPE=mnp;VARB=0.00638598;OID=.;OPOS=62609171;OREF=TATT;OALT=CTGC;OMAPALT=CTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:286:59:60:221:226:0.79021:105:116:29:30:110:116:30:30 chr11 62623051 . T C 181.78 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0106901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.4518;QD=13.9831;RBI=0.0478929;REFB=-0.0162726;REVB=-0.0466846;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073897;STB=0.565654;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0119798;OID=.;OPOS=62623051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:28:31:21:21:0.403846:12:9:10:18:12:9:10:21 chr11 62847453 . T C 395.37 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0384977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4275;QD=22.9197;RBI=0.0517742;REFB=-0.000843997;REVB=0.0346192;RO=29;SAF=12;SAR=27;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302521;STB=0.673379;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000782305;OID=.;OPOS=62847453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:30:39:39:0.565217:27:12:20:9:27:12:21:9 chr11 62848487 . A C 340.65 PASS AF=0.538462;AO=34;DP=64;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00460934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.446;QD=20.9627;RBI=0.00694762;REFB=-0.00531391;REVB=-0.0051984;RO=30;SAF=11;SAR=23;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214356;STB=0.622726;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00373897;OID=.;OPOS=62848487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:30:34:35:0.538462:23:11:17:13:24:11:17:13 chr11 62886319 . G C 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0198861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8783;QD=18.6377;RBI=0.0310901;REFB=0.0173936;REVB=-0.0238984;RO=14;SAF=14;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47945;STB=0.760479;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0226969;OID=.;OPOS=62886319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:16:16:16:0.5:2:14:6:8:2:14:8:8 chr11 62902172 . A C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.631;QD=57.7121;RBI=0.0381174;REFB=0;REVB=0.0365138;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.7578e-05;OID=.;OPOS=62902172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr11 62910849 . T C 705.43 PASS AF=0.552846;AO=68;DP=123;FAO=68;FDP=123;FR=.;FRO=55;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.018509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.451;QD=22.9406;RBI=0.0224563;REFB=-0.0317183;REVB=0.0127161;RO=55;SAF=40;SAR=28;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00994537;STB=0.505439;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0190277;OID=.;OPOS=62910849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:55:55:68:68:0.552846:28:40:33:22:28:40:33:22 chr11 62911079 . G C 471.46 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0123921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.118;QD=23.5732;RBI=0.0152875;REFB=-0.0150129;REVB=0.00895229;RO=35;SAF=13;SAR=32;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305263;STB=0.668136;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00976802;OID=.;OPOS=62911079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:32:13:23:12:32:13:23:12 chr11 62997041 . G A 112.85 PASS AF=0.25;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0214394;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.799;QD=6.63843;RBI=0.0253788;REFB=0.00239104;REVB=-0.0135806;RO=50;SAF=11;SAR=6;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27348;STB=0.67327;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00425946;OID=.;OPOS=62997041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:50:51:17:17:0.25:6:11:21:29:6:11:21:30 chr11 63057779 . C T 312.49 PASS AF=0.282895;AO=43;DP=151;FAO=43;FDP=152;FR=.;FRO=109;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=-0.0132943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7446;QD=8.22328;RBI=0.0140556;REFB=0.00305922;REVB=0.0045631;RO=108;SAF=30;SAR=13;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260212;STB=0.657276;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0137005;OID=.;OPOS=63057779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:108:109:43:43:0.282895:13:30:53:55:13:30:53:56 chr11 63057925 . G A 1339.72 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.474;QD=62.3126;RBI=0.0258646;REFB=0;REVB=0.00139785;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62538e-05;OID=.;OPOS=63057925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr11 63064823 . T C 2120.75 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8708;QD=62.837;RBI=0.0529158;REFB=0;REVB=0.0132043;RO=0;SAF=69;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019755;OID=.;OPOS=63064823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:66:69:0:0:66:69:0:0 chr11 63072310 . C T 1362.13 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.441;QD=61.9149;RBI=0.0165003;REFB=0;REVB=-0.0117599;RO=0;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00885e-05;OID=.;OPOS=63072310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:51:36:0:0:51:37:0:0 chr11 63129876 . T G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.884;QD=62.3499;RBI=0.0268858;REFB=0;REVB=-0.0202454;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.25012e-06;OID=.;OPOS=63129876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr11 63258416 . T C 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.586;QD=59.3223;RBI=0.0181019;REFB=0;REVB=0.0175865;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40182e-05;OID=.;OPOS=63258416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:25:43:0:0:25:43:0:0 chr11 63313644 . T C 1432.67 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7626;QD=62.9744;RBI=0.0613026;REFB=0;REVB=0.0596584;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137454;OID=.;OPOS=63313644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:49:42:0:0:49:42:0:0 chr11 63413962 . AAAAT A 1026.58 PASS AF=0.988372;AO=78;DP=90;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0359464;FXX=0.0444395;HRUN=4;LEN=4;MLLD=280.004;QD=47.7479;RBI=0.0380631;REFB=-0.043734;REVB=0.0125163;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.504761;STBP=0.533;TYPE=del;VARB=0.000623325;OID=.;OPOS=63413963;OREF=AAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.988372:78:90:85:86:1:52:33:1:0:12:0:46:32:0:0 chr11 63487386 . T C 1045.76 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391581;FXX=0.0410903;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.057;QD=59.7575;RBI=0.012018;REFB=0;REVB=0.0113622;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465059;OID=.;OPOS=63487386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:38:31:0:0:38:32:0:0 chr11 63585804 . C A 128.81 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00814511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.634;QD=12.5668;RBI=0.00824063;REFB=-0.00529593;REVB=-0.00125111;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17037;STB=0.588117;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.024476;OID=.;OPOS=63585804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:6:9:11:14:6:9:12:14 chr11 63590657 . G A 107.75 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0301767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.816;QD=6.95178;RBI=0.034209;REFB=-5.56447e-05;REVB=0.0161129;RO=45;SAF=7;SAR=9;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355142;STB=0.53045;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.000346846;OID=.;OPOS=63590657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:46:16:16:0.258065:9:7:21:24:9:7:22:24 chr11 63656446 . C T 179.73 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0557713;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.5759;QD=12.6126;RBI=0.0739531;REFB=-0.024276;REVB=-0.0485657;RO=31;SAF=7;SAR=15;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211422;STB=0.625925;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0338102;OID=.;OPOS=63656446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:57:31:35:22:22:0.385965:15:7:16:15:15:7:18:17 chr11 63661820 . C T 1055.78 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302516;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.536;QD=59.4806;RBI=0.0303852;REFB=0;REVB=0.00284623;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58279e-05;OID=.;OPOS=63661820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:38:33:0:0 chr11 63673603 . CTG C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.102714;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.755;QD=11.9197;RBI=0.118594;REFB=-0.110141;REVB=-0.0592811;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267754;STB=0.66611;STBP=0.383;TYPE=del;VARB=0.124256;OID=.;OPOS=63673604;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:7:16:7:16:9:1:6:3:6:47:9:1:6:3:6 chr11 63681513 . T C 766.36 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8266;QD=63.8635;RBI=0.0815986;REFB=0;REVB=0.0739427;RO=0;SAF=39;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543997;OID=.;OPOS=63681513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:9:39:0:0:9:39:0:0 chr11 63765794 . T C 32.3 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0423716;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.7453;QD=3.58871;RBI=0.049507;REFB=-0.00344236;REVB=0.0256044;RO=22;SAF=1;SAR=10;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.730866;STB=0.8471;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.023583;OID=.;OPOS=63765794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:36:36:22:30:11:6:0.166667:10:1:18:4:5:1:18:12 chr11 63765802 . GC G 52.09 PASS AF=0.388889;AO=8;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0318071;FXX=0.0270197;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.9002;QD=5.7876;RBI=0.145448;REFB=-0.0361726;REVB=0.141927;RO=21;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374078;STB=0.745392;STBP=0.031;TYPE=del;VARB=0.0827204;OID=.;OPOS=63765803;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:8:37:14:36:22:11:3:9:13:52:21:6:2:9:12 chr11 63883985 . T C 436.89 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0575063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.575;QD=18.7911;RBI=0.0576552;REFB=0.00559739;REVB=-0.00414187;RO=49;SAF=20;SAR=24;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148282;STB=0.582487;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00503984;OID=.;OPOS=63883985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:24:20:30:19:24:20:30:19 chr11 63884027 . C T 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0194625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.623;QD=20.4399;RBI=0.0529735;REFB=0.00174569;REVB=0.0492687;RO=29;SAF=11;SAR=22;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21976;STB=0.622146;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00122012;OID=.;OPOS=63884027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:22:11:17:12:22:11:17:12 chr11 63884453 . C T 741.79 PASS AF=0.578512;AO=70;DP=121;FAO=70;FDP=121;FR=.;FRO=51;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0392882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7548;QD=24.5219;RBI=0.0446772;REFB=-0.0127646;REVB=0.0212718;RO=50;SAF=47;SAR=23;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155833;STB=0.581688;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00623236;OID=.;OPOS=63884453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:50:51:70:70:0.578512:23:47:24:26:23:47:25:26 chr11 63884474 . C T 607.99 PASS AF=0.508197;AO=61;DP=121;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0551973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2414;QD=19.9339;RBI=0.0558917;REFB=-0.0103923;REVB=-0.00878296;RO=59;SAF=41;SAR=20;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140087;STB=0.576634;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0104672;OID=.;OPOS=63884474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:59:60:61:62:0.508197:20:41:31:28:20:42:32:28 chr11 63885305 . C T 176.16 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0184563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.516;QD=21.3524;RBI=0.0205914;REFB=-0.0236366;REVB=0.00913074;RO=15;SAF=12;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16938;STB=0.595635;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0340719;OID=.;OPOS=63885305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:6:12:7:8:6:12:7:8 chr11 63885632 . A G 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2006;QD=56.1879;RBI=0.0901871;REFB=0;REVB=0.0770571;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00292437;OID=.;OPOS=63885632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr11 63885704 . C T 83.56 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00303882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.376;QD=20.8911;RBI=0.0189263;REFB=0.00536638;REVB=-0.0186807;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066985;STB=0.538384;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00279788;OID=.;OPOS=63885704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:6:4:3:3:6:4:3:3 chr11 63886539 . C T 532.07 PASS AF=0.417266;AO=58;DP=139;FAO=58;FDP=139;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.0297825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.234;QD=15.3114;RBI=0.0362751;REFB=-0.00411349;REVB=-0.0207095;RO=80;SAF=30;SAR=28;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565111;STB=0.528002;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0146058;OID=.;OPOS=63886539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:80:81:58:58:0.417266:28:30:37:43:28:30:38:43 chr11 63886557 . A G 205.35 PASS AF=0.22069;AO=32;DP=145;FAO=32;FDP=145;FR=.;FRO=113;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=0.00515845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.541;QD=5.66481;RBI=0.00690887;REFB=-0.00807057;REVB=-0.00459596;RO=112;SAF=15;SAR=17;SRF=57;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050811;STB=0.527796;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0282888;OID=.;OPOS=63886557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:112:113:32:32:0.22069:17:15:57:55:17:15:57:56 chr11 63987077 . GC G,GG 34.66 PASS AF=0.195122,0;AO=11,2;DP=41;FAO=8,0;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=7,0;FSAR=1,0;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.157015,-0.0880678;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=15.8136,26.9074;QD=3.38142;RBI=0.275313,0.148771;REFB=-0.0605397,-0.0364862;REVB=-0.22615,-0.119904;RO=27;SAF=10,1;SAR=1,1;SRF=20;SRR=7;SSEN=0.286966,0;SSEP=0,0;SSSB=0.352655,-0.243975;STB=0.662675,0.5;STBP=0.403,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0932114,0;OID=.,.;OPOS=63987078,63987078;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.195122,0:11,2:41:8,0:41:33:7,0:1,0:25:8:35:27:10,1:1,1:20:7 chr11 63987447 . C T 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0247197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.382;QD=9.26752;RBI=0.0405055;REFB=0.0142387;REVB=0.0320878;RO=46;SAF=10;SAR=11;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00240759;STB=0.501423;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.025622;OID=.;OPOS=63987447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:11:10:22:24:11:10:22:24 chr11 63988045 . G A 328.32 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00199164;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.927;QD=17.5107;RBI=0.0041243;REFB=-0.0217088;REVB=0.00361154;RO=36;SAF=21;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673139;STB=0.567529;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0214909;OID=.;OPOS=63988045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:36:40:35:35:0.466667:14:21:19:17:14:21:19:21 chr11 63988102 . C T 454.18 PASS AF=0.471154;AO=48;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00897648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.78;QD=17.4685;RBI=0.0154434;REFB=-0.0123692;REVB=0.0125667;RO=55;SAF=22;SAR=26;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834267;STB=0.540164;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0123458;OID=.;OPOS=63988102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:55:48:49:0.471154:26:22:30:25:26:23:30:25 chr11 63991801 . T C 240.4 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0270198;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.663;QD=20.0336;RBI=0.029808;REFB=0.0058782;REVB=0.0125878;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330481;STB=0.685163;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00182769;OID=.;OPOS=63991801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:14:9:19:6:14:9:19:6 chr11 63994349 . G C 43.41 PASS AF=0.153846;AO=9;DP=64;FAO=10;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0299074;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=30.5153;QD=2.67129;RBI=0.0980469;REFB=-0.0318715;REVB=-0.0933742;RO=40;SAF=8;SAR=1;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502699;STB=0.890564;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.183132;OID=.;OPOS=63994349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:64:65:40:55:9:10:0.153846:1:8:21:19:1:9:25:30 chr11 63994351 . C G 49.67 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0313004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5523;QD=2.83831;RBI=0.101401;REFB=-0.00654429;REVB=-0.0964493;RO=57;SAF=9;SAR=1;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.583396;STB=0.89393;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0438641;OID=.;OPOS=63994351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:70:70:57:60:10:10:0.142857:1:9:24:33:1:9:27:33 chr11 63994696 . T C 2187.43 PASS AF=0.944099;AO=150;DP=161;FAO=152;FDP=161;FR=.;FRO=9;FSAF=48;FSAR=104;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0413109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.093;QD=54.346;RBI=0.0431216;REFB=-0.0324119;REVB=0.0123647;RO=11;SAF=46;SAR=104;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883694;STB=0.536078;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0316319;OID=.;OPOS=63994696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:161:161:11:9:150:152:0.944099:104:46:10:1:104:48:8:1 chr11 63997329 . A G 2181.55 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0133862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.49;QD=62.3299;RBI=0.0266898;REFB=-0.0467112;REVB=-0.0230901;RO=1;SAF=68;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664964;STB=0.503496;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=8.31741e-05;OID=.;OPOS=63997329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:1:1:139:139:0.992857:71:68:0:1:71:68:0:1 chr11 63997338 . T C 2182.02 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00296856;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.723;QD=63.2469;RBI=0.0470049;REFB=0;REVB=0.0469111;RO=0;SAF=65;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54687e-05;OID=.;OPOS=63997338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:138:0:0:139:138:1:74:65:0:0:73:65:0:0 chr11 64011441 . T C 1029.62 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458991;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.766;QD=59.6884;RBI=0.0482932;REFB=0;REVB=0.015017;RO=0;SAF=19;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.45441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36097e-05;OID=.;OPOS=64011441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:50:19:0:0:50:19:0:0 chr11 64012225 . G C 586.6 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.275;QD=60.1643;RBI=0.0793641;REFB=0;REVB=0.0770367;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183984;OID=.;OPOS=64012225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:17:21:0:0:17:22:0:0 chr11 64012784 . G A 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3622;QD=42.1769;RBI=0.0865917;REFB=0;REVB=0.0792279;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0064695;OID=.;OPOS=64012784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr11 64014017 . C G 77.25 PASS AF=0.109244;AO=12;DP=120;FAO=13;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=97;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=58;FWDB=-0.0321534;FXX=0.00833264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.359;QD=2.59649;RBI=0.0575708;REFB=-0.0173838;REVB=-0.0477552;RO=81;SAF=5;SAR=7;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193627;STB=0.516104;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0666833;OID=.;OPOS=64014017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:120:119:81:97:12:13:0.109244:7:5:35:46:8:5:39:58 chr11 64022459 . A G 1693.38 PASS AF=1;AO=86;DP=104;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00357081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.912;QD=60.4777;RBI=0.0209382;REFB=0;REVB=0.0206315;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31384e-05;OID=.;OPOS=64022459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:112:0:0:86:112:1:45:41:0:0:58:54:0:0 chr11 64026144 . G A 160.47 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=-0.0531173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2146;QD=18.3395;RBI=0.0641726;REFB=-0.0240142;REVB=0.0360094;RO=18;SAF=2;SAR=15;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014405;STB=0.508187;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0257873;OID=.;OPOS=64026144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:15:2:2:16:15:2:2:16 chr11 64034866 . G A 63.69 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0202372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.684;QD=9.09879;RBI=0.021232;REFB=-0.00550074;REVB=-0.00642295;RO=19;SAF=2;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.536263;STB=0.822877;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0480261;OID=.;OPOS=64034866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:7:2:14:5:7:2:14:5 chr11 64068310 . C T 152.78 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00157169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.346;QD=10.3576;RBI=0.0520452;REFB=-0.00813722;REVB=-0.0520214;RO=37;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812799;STB=0.561465;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0126076;OID=.;OPOS=64068310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:37:39:20:20:0.338983:11:9:14:23:11:9:14:25 chr11 64081445 . G A 652.41 PASS AF=0.481752;AO=66;DP=137;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=0.00870183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.312;QD=19.0485;RBI=0.0183866;REFB=-0.00630544;REVB=0.0161971;RO=71;SAF=39;SAR=27;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129847;STB=0.507185;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00617475;OID=.;OPOS=64081445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:71:71:66:66:0.481752:27:39:41:30:27:39:41:30 chr11 64084113 . A G 1230.62 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00519608;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.508;QD=61.5309;RBI=0.00596759;REFB=0;REVB=-0.00293476;RO=0;SAF=57;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96953e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12928e-05;OID=.;OPOS=64084113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:23:57:0:0:23:57:0:0 chr11 64085785 . A G 785.71 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.111;QD=64.1395;RBI=0.019836;REFB=0;REVB=0.00615412;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152199;OID=.;OPOS=64085785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr11 64107735 . G A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=-0.0155669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.663;QD=19.0173;RBI=0.0641214;REFB=-0.0440788;REVB=0.0622032;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42194;STB=0.733097;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0678794;OID=.;OPOS=64107735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:14:0:7:8:14:0 chr11 64109118 . T G 172.64 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00394349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.159;QD=18.1722;RBI=0.0444589;REFB=-0.0176878;REVB=-0.0442836;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825894;STB=0.57823;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0331617;OID=.;OPOS=64109118;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:16:20:17:18:0.473684:9:8:6:10:10:8:6:14 chr11 64110668 . G A 399.8 PASS AF=0.410714;AO=45;DP=100;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.00030146;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=183.296;QD=14.2786;RBI=0.0294136;REFB=-0.0373297;REVB=-0.029412;RO=55;SAF=31;SAR=14;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586001;STB=0.572115;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.043547;OID=.;OPOS=64110668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:112:55:66:45:46:0.410714:14:31:35:20:15:31:37:29 chr11 64110683 . G C 448.2 PASS AF=0.475248;AO=47;DP=100;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0222631;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.929;QD=17.7505;RBI=0.0443961;REFB=-0.0274885;REVB=0.0384106;RO=53;SAF=29;SAR=18;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320366;STB=0.510515;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0355142;OID=.;OPOS=64110683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:53:53:47:48:0.475248:18:29:31:22:19:29:31:22 chr11 64110805 . A G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0175401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.127;QD=16.9316;RBI=0.0271579;REFB=-0.0228239;REVB=-0.0207339;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245037;STB=0.642602;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0154271;OID=.;OPOS=64110805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:3:9:6:6:3:9:6:6 chr11 64111928 . T C 155.52 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0128452;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.118;QD=14.467;RBI=0.0133724;REFB=-0.0160949;REVB=0.00371763;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00511715;STB=0.517026;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.01066;OID=.;OPOS=64111928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:24:26:17:17:0.395349:10:7:10:14:10:7:10:16 chr11 64116843 . A C 207.25 PASS AF=1;AO=13;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4572;QD=48.7643;RBI=0.142675;REFB=0;REVB=0.0327145;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00640241;OID=.;OPOS=64116843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:13:17:1:6:7:0:0:8:9:0:0 chr11 64121509 . G A 35.46 PASS AF=0.2;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0230888;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.675;QD=4.72809;RBI=0.0319838;REFB=-0.00554843;REVB=-0.022133;RO=23;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169742;STB=0.578704;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0178298;OID=.;OPOS=64121509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:31:30:23:24:6:6:0.2:4:2:5:18:4:2:6:18 chr11 64124515 . T C 164.68 PASS AF=0.384615;AO=18;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0164207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.198;QD=12.6678;RBI=0.0186478;REFB=-0.0149764;REVB=-0.00883759;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254556;STB=0.63623;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0167638;OID=.;OPOS=64124515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:18:20:0.384615:11:7:20:12:12:8:20:12 chr11 64124823 . C T 515.95 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00611309;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.36;QD=21.9554;RBI=0.0200022;REFB=-0.0182921;REVB=-0.0190451;RO=44;SAF=25;SAR=24;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477324;STB=0.531441;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0161849;OID=.;OPOS=64124823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:44:45:49:49:0.521277:24:25:20:24:24:25:20:25 chr11 64124940 . T G 479.44 PASS AF=0.485714;AO=44;DP=98;FAO=51;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=43;FWDB=0.0225227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.0704;QD=18.2642;RBI=0.210996;REFB=0.0127642;REVB=0.209791;RO=34;SAF=23;SAR=21;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180594;STB=0.63995;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0125381;OID=.;OPOS=64124940;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:105:34:54:44:51:0.485714:21:23:10:24:27:24:11:43 chr11 64127744 . A G 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0248645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7825;QD=19.3433;RBI=0.0623914;REFB=0.0299053;REVB=-0.0572227;RO=18;SAF=14;SAR=4;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745873;STB=0.542012;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.0339153;OID=.;OPOS=64127744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:4:14:15:3:4:14:15:3 chr11 64136167 . G T 241.68 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0339383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0142;QD=21.9706;RBI=0.0352737;REFB=-0.0188151;REVB=0.00961413;RO=20;SAF=15;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469479;STB=0.541365;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0582171;OID=.;OPOS=64136167;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:23:23:0.522727:8:15:12:8:8:15:12:9 chr11 64332766 . G A 100.43 PASS AF=0.259259;AO=13;DP=53;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00249089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.833;QD=7.4391;RBI=0.00862783;REFB=-0.00844616;REVB=0.00826045;RO=40;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313234;STB=0.659579;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0179067;OID=.;OPOS=64332766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:40:40:13:14:0.259259:5:8:14:26:6:8:14:26 chr11 64367325 . A G 1525.45 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.336;QD=62.9052;RBI=0.025982;REFB=0;REVB=0.0212579;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28996e-05;OID=.;OPOS=64367325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:97:0:0:88:97:1:44:44:0:0:44:53:0:0 chr11 64367861 . CT CC,C 907.52 PASS AF=0.984127,0.015873;AO=54,7;DP=63;FAO=62,1;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=49,1;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102821,-0.0211143;FXX=0.0156226;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=40.5,21.6409;QD=57.6201;RBI=0.118821,0.0413076;REFB=0,0;REVB=0.0595502,0.0355035;RO=0;SAF=41,7;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.81937e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00718919,-0.0354931;OID=.,.;OPOS=64367862,64367862;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.984127,0.015873:54,7:63:62,1:63:0:49,1:13,0:0:0:3:0:41,7:13,0:0:0 chr11 64415767 . G A 1168.96 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0278167;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4352;QD=59.1881;RBI=0.0304972;REFB=-0.029479;REVB=0.0125022;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000175399;OID=.;OPOS=64415767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:76:78:0.987342:38:38:0:0:38:40:1:0 chr11 64507680 . A C 591.61 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9191;QD=60.6778;RBI=0.0312546;REFB=0;REVB=0.0278501;RO=0;SAF=30;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581279;OID=.;OPOS=64507680;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:8:30:0:0:8:31:0:0 chr11 64511050 . G C 1430.18 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446347;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.034;QD=61.5132;RBI=0.0660454;REFB=0;REVB=0.04868;RO=2;SAF=36;SAR=55;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016924;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517235;OID=.;OPOS=64511050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:93:93:2:0:91:93:1:55:36:0:2:57:36:0:0 chr11 64559468 . C T 250.29 PASS AF=0.352941;AO=29;DP=84;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00408881;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.73;QD=11.7783;RBI=0.00854101;REFB=-0.0255867;REVB=-0.00749869;RO=55;SAF=12;SAR=17;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469454;STB=0.513913;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0325045;OID=.;OPOS=64559468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:55:55:29:30:0.352941:17:12:25:30:17:13:25:30 chr11 64559898 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.297;QD=60.6098;RBI=0.0211793;REFB=0;REVB=0.00568415;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.39494e-05;OID=.;OPOS=64559898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr11 64572018 . T C 981.25 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00696525;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0675;QD=58.582;RBI=0.0467519;REFB=0;REVB=0.0462301;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000955176;OID=.;OPOS=64572018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:36:28:0:0:37:30:0:0 chr11 64572557 . A G 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.991;QD=63.5816;RBI=0.0461941;REFB=0;REVB=0.039468;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362043;OID=.;OPOS=64572557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr11 64572602 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00855947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.753;QD=57.1058;RBI=0.0133772;REFB=0;REVB=0.0102803;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5809e-05;OID=.;OPOS=64572602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr11 64591679 . G A 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00412939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.205;QD=20.0308;RBI=0.00656614;REFB=-0.00781743;REVB=0.00510512;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142266;STB=0.579935;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00795354;OID=.;OPOS=64591679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:12:12:17:9:12:12:17:9 chr11 64606177 . C T 334.45 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=0.0189835;FXX=0.0246883;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.3455;QD=16.9344;RBI=0.0254084;REFB=-0.0309345;REVB=0.0168883;RO=41;SAF=26;SAR=10;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113125;STB=0.515089;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0556265;OID=.;OPOS=64606177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:41:43:36:36:0.455696:10:26:30:11:10:26:32:11 chr11 64621856 . A G 290.34 PASS AF=1;AO=18;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.683;QD=52.7896;RBI=0.0836777;REFB=0;REVB=0.0738093;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000658988;OID=.;OPOS=64621856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:18:22:1:13:5:0:0:17:5:0:0 chr11 64656706 . CAG C 82.54 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.0128532;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=2;MLLD=215.841;QD=6.22977;RBI=0.0239799;REFB=-0.0113764;REVB=-0.0202442;RO=35;SAF=9;SAR=3;SRF=29;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138847;STB=0.518487;STBP=0.904;TYPE=del;VARB=0.0363493;OID=.;OPOS=64656707;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.226415:12:53:12:53:41:9:3:30:11:82:35:9:3:29:6 chr11 64656757 . G A 270.43 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=56;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0440013;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.5116;QD=18.9776;RBI=0.0695207;REFB=-0.019246;REVB=0.053824;RO=28;SAF=19;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10476;STB=0.54424;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0186972;OID=.;OPOS=64656757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:28:28:28:29:0.508772:9:19:16:12:10:19:16:12 chr11 64671099 . G A 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.000578094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.857;QD=7.79848;RBI=0.0113269;REFB=-0.0129599;REVB=-0.0113122;RO=23;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889948;STB=0.555432;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.023212;OID=.;OPOS=64671099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:4:5:11:12:4:5:11:12 chr11 64677293 . G C 385.59 PASS AF=0.935484;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0350995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2604;QD=49.7533;RBI=0.0354757;REFB=-0.138944;REVB=0.00515334;RO=2;SAF=11;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138614;STB=0.505717;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.044586;OID=.;OPOS=64677293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:31:2:2:28:29:0.935484:17:11:1:1:17:12:1:1 chr11 64677323 . C T 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.000267213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.179;QD=9.5696;RBI=0.00833256;REFB=-0.00745027;REVB=-0.00832828;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280775;STB=0.517198;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0205855;OID=.;OPOS=64677323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:6:9:5:3:6:9 chr11 64824937 . G A 108.77 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00939546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.395;QD=7.13214;RBI=0.0100992;REFB=0.00135275;REVB=0.00370382;RO=45;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141718;STB=0.586451;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.0089768;OID=.;OPOS=64824937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:45:16:16:0.262295:7:9:20:25:7:9:20:25 chr11 64846763 . A AC 42.78 PASS AF=0.34375;AO=7;DP=35;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0531421;FXX=0.0856898;HRUN=0;LEN=1;MLLD=33.6278;QD=5.34805;RBI=0.0532356;REFB=-0.0200862;REVB=-0.00315327;RO=25;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404629;STB=0.666389;STBP=0.222;TYPE=ins;VARB=0.111891;OID=.;OPOS=64846764;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34375:7:35:11:32:21:6:5:6:15:42:25:5:2:9:16 chr11 64847166 . TG T 64.53 PASS AF=0.251908;AO=38;DP=131;FAO=33;FDP=131;FR=.;FRO=98;FSAF=30;FSAR=3;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=0.063936;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.106;QD=1.97043;RBI=0.0645706;REFB=-0.0311915;REVB=0.00903055;RO=85;SAF=33;SAR=5;SRF=38;SRR=47;SSEN=0.3;SSEP=0;SSSB=0.554259;STB=0.871454;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.00607028;OID=.;OPOS=64847167;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.251908:38:131:33:131:98:30:3:48:50:64:85:33:5:38:47 chr11 64851453 . CT C 223.86 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.4357;QD=40.7022;RBI=0.0330588;REFB=0;REVB=-0.0320578;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000906188;OID=.;OPOS=64851454;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:22:22:22:0:9:13:0:0:4:0:6:13:0:0 chr11 64852421 . T C 1064.09 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0172184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4046;QD=58.3061;RBI=0.0172993;REFB=0.0620131;REVB=0.00167147;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.508194;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000142043;OID=.;OPOS=64852421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:71:72:0.986301:30:41:0:0:30:42:0:1 chr11 64855464 . T G 56.62 PASS AF=0.0970874;AO=29;DP=204;FAO=20;FDP=206;FR=.;FRO=186;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=95;FSRR=91;FWDB=-0.0976503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.2081;QD=1.09945;RBI=0.150931;REFB=-0.0150233;REVB=-0.115085;RO=173;SAF=1;SAR=28;SRF=93;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.673922;STB=0.942654;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.155022;OID=.;OPOS=64855464;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:204:206:173:186:29:20:0.0970874:28:1:93:80:19:1:95:91 chr11 64856500 . A G 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00228203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.312;QD=39.3176;RBI=0.00737792;REFB=0.0082504;REVB=-0.00701613;RO=1;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533084;STB=0.529367;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00131589;OID=.;OPOS=64856500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:5:8:1:0:5:8:1:0 chr11 64878661 . T C 837.89 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.149281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3279;QD=55.8591;RBI=0.149286;REFB=0;REVB=0.00124487;RO=1;SAF=15;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304049;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00376598;OID=.;OPOS=64878661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:60:1:0:58:60:1:43:15:1:0:43:17:0:0 chr11 64884052 . G A 823.57 PASS AF=0.9375;AO=60;DP=64;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0128519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.217;QD=51.4729;RBI=0.0136859;REFB=-0.390957;REVB=0.00470444;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51562;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00304679;OID=.;OPOS=64884052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:64:64:0:4:60:60:0.9375:30:30:0:0:30:30:3:1 chr11 64895202 . A G 1070.55 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.763;QD=59.475;RBI=0.0258709;REFB=0;REVB=0.024682;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71957e-05;OID=.;OPOS=64895202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:29:41:0:0:29:43:0:0 chr11 64948277 . A C 1568.39 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00584736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.127;QD=64.0159;RBI=0.00620513;REFB=0;REVB=-0.00207653;RO=0;SAF=60;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53706e-06;OID=.;OPOS=64948277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:38:60:0:0:38:60:0:0 chr11 64950970 . C T 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.701;QD=56.9548;RBI=0.0302783;REFB=0;REVB=0.0285219;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74733e-05;OID=.;OPOS=64950970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr11 64972196 . A T 220.76 PASS AF=0.318182;AO=28;DP=88;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.00186659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8295;QD=10.0346;RBI=0.00258913;REFB=-0.0120664;REVB=-0.00179428;RO=60;SAF=14;SAR=14;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0374393;OID=.;OPOS=64972196;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:60:60:28:28:0.318182:14:14:30:30:14:14:30:30 chr11 64981522 . C A,G 516.09 PASS AF=0.918919,0.0540541;AO=33,2;DP=37;FAO=34,2;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=12,0;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0122148,0.0363019;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=159.369,12.8113;QD=55.7937;RBI=0.0895572,0.0420749;REFB=-0.0355715,0.0368568;REVB=0.0887203,0.0212714;RO=2;SAF=12,0;SAR=21,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0424416,0;STB=0.511105,0.5;STBP=0.545,1;TYPE=snp,snp;VARB=7.27362e-06,0.165027;OID=.,.;OPOS=64981522,64981522;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:37:2:1:33,2:34,2:0.918919,0.0540541:21,2:12,0:0:2:22,2:12,0:0:1 chr11 64981587 . G A 760.96 PASS AF=0.98;AO=45;DP=47;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0610809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.724;QD=60.8769;RBI=0.0629253;REFB=-0.0747732;REVB=0.0151236;RO=1;SAF=19;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240908;STB=0.51219;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00037003;OID=.;OPOS=64981587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:50:1:1:45:49:0.98:26:19:1:0:29:20:1:0 chr11 64981837 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.34;QD=62.0218;RBI=0.057112;REFB=0;REVB=0.0517139;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219751;OID=.;OPOS=64981837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr11 64990041 . G C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.295;QD=61.3358;RBI=0.0695983;REFB=0;REVB=0.0189529;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343746;OID=.;OPOS=64990041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr11 65000719 . C T 582.55 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.02276;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.508;QD=58.2548;RBI=0.0292925;REFB=-0.134362;REVB=0.0184399;RO=1;SAF=13;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346908;STB=0.518509;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000973661;OID=.;OPOS=65000719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:26:13:1:0:26:13:1:0 chr11 65004301 . G T 1396.27 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3147;QD=62.7537;RBI=0.0700074;REFB=0;REVB=0.0579827;RO=0;SAF=57;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474811;OID=.;OPOS=65004301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:32:57:0:0:32:57:0:0 chr11 65089792 . G C 564.04 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0651923;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.423;QD=57.8502;RBI=0.068935;REFB=-0.157453;REVB=-0.0224055;RO=1;SAF=25;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183767;STB=0.509799;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00545237;OID=.;OPOS=65089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:13:25:1:0:13:25:1:0 chr11 65120391 . T C 281.47 PASS AF=0.462687;AO=32;DP=68;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00038689;FXX=0.0147037;HRUN=10;LEN=1;MLLD=210.205;QD=16.8042;RBI=0.00834984;REFB=-0.00476954;REVB=-0.00834087;RO=35;SAF=19;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102087;STB=0.558643;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00469137;OID=.;OPOS=65120391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:35:36:32:31:0.462687:13:19:17:18:13:18:17:19 chr11 65124297 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0117085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.605;QD=14.0438;RBI=0.0127428;REFB=-0.000297605;REVB=0.00502876;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341697;STB=0.699373;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000606302;OID=.;OPOS=65124297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:4:0:2:3:4:0 chr11 65144075 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.27;QD=58.1421;RBI=0.0558304;REFB=0;REVB=0.0459536;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298152;OID=.;OPOS=65144075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr11 65161129 . C T 287.59 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.000485116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.388;QD=15.9773;RBI=0.0321153;REFB=-0.0370846;REVB=-0.0321116;RO=40;SAF=16;SAR=16;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049292;STB=0.52776;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0469151;OID=.;OPOS=65161129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:16:16:22:18:16:16:22:18 chr11 65164357 . C T 514.74 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0626096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7061;QD=19.9901;RBI=0.0628187;REFB=-0.0297514;REVB=-0.00512158;RO=50;SAF=36;SAR=17;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150651;STB=0.583367;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0342637;OID=.;OPOS=65164357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:53:53:0.514563:17:36:26:24:17:36:26:24 chr11 65172462 . G A 276.09 PASS AF=0.269504;AO=38;DP=141;FAO=38;FDP=141;FR=.;FRO=103;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=63;FSRR=40;FWDB=-0.0158476;FXX=0.0208319;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.18;QD=7.83234;RBI=0.0333677;REFB=-0.00771132;REVB=0.0293642;RO=96;SAF=18;SAR=20;SRF=59;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170288;STB=0.599949;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0282553;OID=.;OPOS=65172462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:96:103:38:38:0.269504:20:18:59:37:20:18:63:40 chr11 65180883 . A G 1861.79 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.063481;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.945;QD=61.5468;RBI=0.0658556;REFB=0;REVB=0.0175249;RO=0;SAF=33;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.40098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170681;OID=.;OPOS=65180883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:119:121:1:86:33:0:0:87:34:0:0 chr11 65211933 . A G 282.03 PASS AF=0.299213;AO=38;DP=127;FAO=38;FDP=127;FR=.;FRO=89;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=37;FWDB=-0.00749395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.919;QD=8.88292;RBI=0.0310936;REFB=-0.0281017;REVB=-0.0301771;RO=84;SAF=16;SAR=22;SRF=52;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230418;STB=0.613056;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.052024;OID=.;OPOS=65211933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:84:89:38:38:0.299213:22:16:52:32:22:16:52:37 chr11 65211940 . C A 594.48 PASS AF=0.481203;AO=57;DP=126;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0551347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.168;QD=17.879;RBI=0.0577521;REFB=-0.0414718;REVB=0.0171893;RO=68;SAF=39;SAR=18;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246105;STB=0.599968;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0481502;OID=.;OPOS=65211940;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:133:68:69:57:64:0.481203:18:39:30:38:24:40:30:39 chr11 65222952 . T C 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0178504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.252;QD=22.0719;RBI=0.01794;REFB=-0.00781496;REVB=-0.00179048;RO=24;SAF=13;SAR=18;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193586;STB=0.606909;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00506813;OID=.;OPOS=65222952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:18:13:16:8:18:13:16:8 chr11 65315476 . G A 54.67 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0376431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0424;QD=9.11139;RBI=0.0377533;REFB=-0.0131196;REVB=-0.0028829;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280775;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0153811;OID=.;OPOS=65315476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:3:5:9:6:3:5:10:6 chr11 65338944 . T G 120.36 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.00101838;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.493;QD=13.3733;RBI=0.0058196;REFB=0.00146603;REVB=0.00572981;RO=23;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00485504;STB=0.511611;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00153218;OID=.;OPOS=65338944;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:23:22:14:14:0.388889:11:3:5:18:11:3:5:17 chr11 65347636 . G C 801.06 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00384813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8866;QD=57.2189;RBI=0.0965095;REFB=0;REVB=0.0964328;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109101;OID=.;OPOS=65347636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr11 65349756 . T G 36.82 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.018692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.999;QD=10.5206;RBI=0.0250895;REFB=-0.020821;REVB=0.016736;RO=8;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216847;STB=0.571195;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0395012;OID=.;OPOS=65349756;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:13:14:8:8:5:6:0.428571:2:3:3:5:3:3:3:5 chr11 65349849 . A T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8875;QD=35.5756;RBI=0.112159;REFB=0;REVB=0.0852264;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0142921;OID=.;OPOS=65349849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr11 65350150 . G A 36.48 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0113465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.944;QD=2.56011;RBI=0.0251758;REFB=-0.0069314;REVB=-0.0224739;RO=50;SAF=6;SAR=1;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425671;STB=0.823178;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0655461;OID=.;OPOS=65350150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:50:50:7:7:0.122807:1:6:26:24:1:6:26:24 chr11 65351074 . G A 141.87 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.000983851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.455;QD=11.1268;RBI=0.0116545;REFB=-0.0122468;REVB=-0.0116129;RO=33;SAF=13;SAR=4;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175264;STB=0.618896;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0246726;OID=.;OPOS=65351074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:34:17:17:0.333333:4:13:21:12:4:13:21:13 chr11 65375511 . G A 153.49 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0381292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.737;QD=8.89823;RBI=0.0384025;REFB=-0.00508049;REVB=0.00457323;RO=48;SAF=11;SAR=10;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100896;STB=0.559778;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0202783;OID=.;OPOS=65375511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:10:11:21:27:10:11:21:27 chr11 65380916 . G A 704.41 PASS AF=0.477707;AO=75;DP=157;FAO=75;FDP=157;FR=.;FRO=82;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=0.000652423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1309;QD=17.9467;RBI=0.0113905;REFB=-0.042543;REVB=-0.0113718;RO=78;SAF=42;SAR=33;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159003;STB=0.506989;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.034574;OID=.;OPOS=65380916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:78:82:75:75:0.477707:33:42:45:33:33:42:47:35 chr11 65383896 . G C 1280.53 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6866;QD=61.7123;RBI=0.0368177;REFB=0;REVB=-0.0333523;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000329872;OID=.;OPOS=65383896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:32:49:0:0:34:49:0:0 chr11 65384727 . C T 948.23 PASS AF=0.608696;AO=84;DP=138;FAO=84;FDP=138;FR=.;FRO=54;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.00943079;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.9;QD=27.4849;RBI=0.0113252;REFB=-0.0161312;REVB=0.00627058;RO=53;SAF=41;SAR=43;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122805;STB=0.562464;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00784684;OID=.;OPOS=65384727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:53:54:84:84:0.608696:43:41:35:18:43:41:35:19 chr11 65385606 . A G 1453.94 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6332;QD=63.2147;RBI=0.0188784;REFB=0;REVB=-0.0106702;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26082e-05;OID=.;OPOS=65385606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:89:92:1:49:40:0:0:49:43:0:0 chr11 65387012 . C T 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00862593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.771;QD=15.5688;RBI=0.0457758;REFB=-0.0309658;REVB=0.0449557;RO=35;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112509;STB=0.563591;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0365884;OID=.;OPOS=65387012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:16:12:19:16:16:12:19:16 chr11 65387378 . T A 638.31 PASS AF=0.629213;AO=53;DP=87;FAO=56;FDP=89;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0939252;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1642;QD=28.6879;RBI=0.108564;REFB=-0.0182058;REVB=0.0544436;RO=33;SAF=25;SAR=28;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732458;STB=0.547994;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0169871;OID=.;OPOS=65387378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:33:33:53:56:0.629213:28:25:19:14:31:25:19:14 chr11 65393398 . C T 157.85 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0556448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.65;QD=12.1423;RBI=0.0590137;REFB=-0.0220223;REVB=-0.0196537;RO=33;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00355702;STB=0.502073;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0403778;OID=.;OPOS=65393398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:11:8:14:19:11:8:14:19 chr11 65408937 . C T 320.6 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00314983;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.1347;QD=26.1712;RBI=0.0188405;REFB=0.00163963;REVB=-0.0185753;RO=20;SAF=13;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269778;STB=0.505121;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00402313;OID=.;OPOS=65408937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:20:21:28:28:0.571429:15:13:10:10:15:13:10:11 chr11 65413815 . G GCA 174.06 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=78;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.00868371;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=2;MLLD=206.354;QD=9.53755;RBI=0.0225757;REFB=-0.0227926;REVB=0.0208388;RO=55;SAF=15;SAR=8;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204862;STB=0.505924;STBP=0.981;TYPE=ins;VARB=0.0455621;OID=.;OPOS=65413816;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315068:23:78:23:73:50:15:8:33:17:99:55:15:8:35:20 chr11 65423082 . G A 1905.81 PASS AF=0.984375;AO=125;DP=127;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00764408;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4401;QD=59.5565;RBI=0.0115368;REFB=0.0200248;REVB=0.00864089;RO=0;SAF=79;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.78502e-08;STB=0.506409;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000380433;OID=.;OPOS=65423082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:128:0:2:125:126:0.984375:46:79:0:0:49:77:2:0 chr11 65427223 . C T 55.98 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00162374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.303;QD=3.61157;RBI=0.00316208;REFB=-0.0019626;REVB=0.00271333;RO=52;SAF=2;SAR=8;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440493;STB=0.799401;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0181086;OID=.;OPOS=65427223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:62:62:52:52:10:10:0.16129:8:2:29:23:8:2:29:23 chr11 65482033 . G A 394.68 PASS AF=0.340426;AO=47;DP=143;FAO=48;FDP=141;FR=.;FRO=93;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=0.0289154;FXX=0.0208319;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.638;QD=11.1967;RBI=0.0289247;REFB=-0.00833941;REVB=-0.000734136;RO=92;SAF=23;SAR=24;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049679;STB=0.531902;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0142103;OID=.;OPOS=65482033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:141:92:93:47:48:0.340426:24:23:49:43:24:24:51:42 chr11 65487477 . A G 303.48 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0118925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.725;QD=22.0716;RBI=0.0134267;REFB=-0.0114561;REVB=0.00623241;RO=24;SAF=15;SAR=16;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119617;STB=0.565996;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0101798;OID=.;OPOS=65487477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:16:15:8:16:16:15:8:16 chr11 65487790 . CCTT C 143.8 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0125854;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=290.819;QD=13.3765;RBI=0.0205659;REFB=-0.0151493;REVB=-0.0162655;RO=22;SAF=4;SAR=17;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128295;STB=0.50724;STBP=0.95;TYPE=del;VARB=0.0147722;OID=.;OPOS=65487791;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488372:21:43:21:43:22:4:17:4:18:99:22:4:17:4:18 chr11 65617113 . AGGGGGT AGGGGT,AGGGGTC 555.05 PASS AF=1,0;AO=40,3;DP=50;FAO=51,0;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371294,-0.112663;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=15.697,68.9556;QD=43.5334;RBI=0.119168,0.112664;REFB=-0.0590959,0.00296372;REVB=-0.113236,-0.000462357;RO=3;SAF=23,3;SAR=17,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0122699,0.664835;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00267205,0;OID=.,.;OPOS=65617114,65617118;OREF=G,GT;OALT=-,TC;OMAPALT=AGGGGT,AGGGGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:40,3:50:51,0:51:0:30,0:21,0:0:0:3:3:23,3:17,0:2:1 chr11 65625824 . T C 649.59 PASS AF=0.507812;AO=65;DP=128;FAO=65;FDP=128;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0118677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.266;QD=20.2996;RBI=0.0197331;REFB=-0.0227397;REVB=0.0157656;RO=63;SAF=32;SAR=33;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285989;STB=0.515752;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0270252;OID=.;OPOS=65625824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:63:63:65:65:0.507812:33:32:29:34:33:32:29:34 chr11 65632263 . C T 98.4 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-2.36925e-05;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3776;QD=6.3487;RBI=0.0146521;REFB=-0.00171322;REVB=-0.0146521;RO=44;SAF=13;SAR=2;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.571428;STB=0.842106;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00629792;OID=.;OPOS=65632263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:63:62:44:47:15:15:0.241935:2:13:18:26:2:13:21:26 chr11 65636053 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.245;QD=63.8719;RBI=0.0173115;REFB=0;REVB=0.0105371;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79643e-05;OID=.;OPOS=65636053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr11 65649774 . A G 772.58 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2035;QD=61.8062;RBI=0.0181861;REFB=-0.025321;REVB=-0.00880674;RO=1;SAF=27;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171119;STB=0.509087;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000428077;OID=.;OPOS=65649774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:22:27:1:0:22:27:1:0 chr11 65650771 . G A 44.84 PASS AF=0.25;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=1;FWDB=-0.0049805;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5372;QD=6.4054;RBI=0.0734087;REFB=-0.00468254;REVB=-0.0732395;RO=21;SAF=6;SAR=1;SRF=20;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306946;STB=0.683847;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00774016;OID=.;OPOS=65650771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:29:28:21:21:7:7:0.25:1:6:20:1:1:6:20:1 chr11 65655393 . G C 1231.35 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0287081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.439;QD=60.0661;RBI=0.0295803;REFB=-0.0351974;REVB=0.00713021;RO=1;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996906;STB=0.505262;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-5.69776e-05;OID=.;OPOS=65655393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:47:34:0:1:47:34:0:1 chr11 65664346 . T C 1008.31 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.667;QD=59.3124;RBI=0.0151218;REFB=0;REVB=0.00630495;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92442e-05;OID=.;OPOS=65664346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:42:25:0:0:42:26:0:0 chr11 65684929 . C T 1160.34 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214268;FXX=0.0256377;HRUN=6;LEN=1;MLLD=338.931;QD=61.0704;RBI=0.021429;REFB=0;REVB=-0.000302217;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78815e-06;OID=.;OPOS=65684929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:76:0:0:77:76:1:38:39:0:0:37:39:0:0 chr11 65685225 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00438373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.048;QD=59.0186;RBI=0.0572998;REFB=0;REVB=-0.0571319;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000246837;OID=.;OPOS=65685225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr11 65685317 . G A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.00422986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.861;QD=16.3859;RBI=0.0402804;REFB=-0.00724277;REVB=0.0400577;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501055;STB=0.785185;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00434225;OID=.;OPOS=65685317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:8:0:6:3:8:0 chr11 65685767 . A G 322.53 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00963816;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.663;QD=16.3307;RBI=0.0132389;REFB=-0.00427032;REVB=0.00907608;RO=45;SAF=16;SAR=19;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12;STB=0.574059;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00591769;OID=.;OPOS=65685767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:45:44:35:35:0.443038:19:16:26:19:19:16:26:18 chr11 65713207 . T C 944.58 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0278118;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0151;QD=57.2471;RBI=0.0283064;REFB=-0.129788;REVB=-0.00526827;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.507244;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000874139;OID=.;OPOS=65713207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:66:0:1:65:65:0.984848:34:31:0:0:34:31:0:1 chr11 65715210 . G A 609.43 PASS AF=0.5;AO=62;DP=124;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.00535086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.702;QD=19.6589;RBI=0.0365796;REFB=-0.0111343;REVB=0.0361861;RO=62;SAF=20;SAR=42;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807316;STB=0.544654;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0113336;OID=.;OPOS=65715210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:62:62:62:62:0.5:42:20:25:37:42:20:25:37 chr11 65727301 . A G 321.2 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.00616375;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.11;QD=18.6202;RBI=0.0168113;REFB=-0.000418861;REVB=-0.0156406;RO=35;SAF=26;SAR=8;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937621;STB=0.55254;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00035588;OID=.;OPOS=65727301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:35:35:34:34:0.492754:8:26:24:11:8:26:24:11 chr11 65727315 . G A 273.77 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0184465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.978;QD=14.7982;RBI=0.0213462;REFB=-0.0177481;REVB=0.0107418;RO=37;SAF=22;SAR=9;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238175;STB=0.539851;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0174045;OID=.;OPOS=65727315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:43:31:31:0.418919:9:22:27:10:9:22:28:15 chr11 65727339 . A G 267.34 PASS AF=0.5;AO=24;DP=57;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0231849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.337;QD=18.4375;RBI=0.0703185;REFB=0.007172;REVB=-0.0663864;RO=23;SAF=15;SAR=9;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199587;STB=0.591597;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.0175719;OID=.;OPOS=65727339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:23:29:24:29:0.5:9:15:19:4:12:17:22:7 chr11 65732651 . G A 261.14 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00233611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.886;QD=14.5076;RBI=0.00813891;REFB=-0.0293552;REVB=0.00779643;RO=42;SAF=11;SAR=19;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16475;STB=0.593687;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0505756;OID=.;OPOS=65732651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:19:11:22:20:19:11:22:20 chr11 65735174 . G C 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00452214;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.604;QD=9.56913;RBI=0.0298055;REFB=-0.0159142;REVB=-0.0294605;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319318;STB=0.697155;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0337375;OID=.;OPOS=65735174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:8:7:6:2:8:7 chr11 65746136 . G T 457.06 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0246336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.021;QD=23.142;RBI=0.0246989;REFB=-0.0133497;REVB=-0.00179504;RO=34;SAF=19;SAR=25;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00755541;STB=0.511392;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00832519;OID=.;OPOS=65746136;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:35:44:44:0.556962:25:19:15:19:25:19:16:19 chr11 65746151 . C T 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00757603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.983;QD=12.3074;RBI=0.00834233;REFB=-0.017985;REVB=-0.00349259;RO=41;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709222;STB=0.540772;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0333358;OID=.;OPOS=65746151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:13:12:17:24:13:12:17:24 chr11 65746354 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00854481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.715;QD=17.5417;RBI=0.0638361;REFB=-0.0338793;REVB=-0.0632617;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839727;STB=0.547883;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0462954;OID=.;OPOS=65746354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:6:9:11:5:6:9:11:5 chr11 65766092 . C T 452.08 PASS AF=0.446429;AO=49;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00917515;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.052;QD=16.1457;RBI=0.0092149;REFB=-0.0425076;REVB=0.000855034;RO=62;SAF=15;SAR=34;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190576;STB=0.605718;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0643189;OID=.;OPOS=65766092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:62:49:50:0.446429:34:15:30:32:34:16:31:31 chr11 65788072 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000676021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.293;QD=53.911;RBI=0.0479774;REFB=0;REVB=0.0479726;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243578;OID=.;OPOS=65788072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr11 65790527 . G T 404.6 PASS AF=0.655172;AO=38;DP=58;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0322359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8733;QD=27.9037;RBI=0.0410398;REFB=-0.0194486;REVB=0.0253991;RO=20;SAF=18;SAR=20;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788725;STB=0.542939;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00701204;OID=.;OPOS=65790527;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:20:20:38:38:0.655172:20:18:7:13:20:18:7:13 chr11 65793121 . C T 404.82 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.00478758;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.881;QD=16.8673;RBI=0.00959404;REFB=-0.00461812;REVB=0.00831413;RO=55;SAF=19;SAR=23;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202021;STB=0.608773;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00567135;OID=.;OPOS=65793121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:55:54:42:42:0.4375:23:19:36:19:23:19:35:19 chr11 65793454 . C T 185.35 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.011779;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.888;QD=24.7127;RBI=0.0166821;REFB=-0.00150808;REVB=-0.011813;RO=12;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143906;STB=0.580067;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00109635;OID=.;OPOS=65793454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:30:30:12:12:18:18:0.6:8:10:9:3:8:10:9:3 chr11 65809875 . C A 1476.76 PASS AF=0.980583;AO=100;DP=104;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0226658;FXX=0.00961446;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.625;QD=57.35;RBI=0.023145;REFB=-0.16598;REVB=0.00468568;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509257;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-8.40666e-05;OID=.;OPOS=65809875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:103:0:2:100:101:0.980583:47:53:0:0:48:53:2:0 chr11 65810209 . C T 137.94 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.115904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.96;QD=39.412;RBI=0.116969;REFB=-0.0411039;REVB=0.0157461;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818676;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00253659;OID=.;OPOS=65810209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:12:13:0.928571:7:5:1:0:7:6:1:0 chr11 65810749 . T C 401.16 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00988411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.802;QD=55.3319;RBI=0.0388175;REFB=0;REVB=0.037538;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139592;OID=.;OPOS=65810749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:16:12:0:0:16:13:0:0 chr11 65810869 . C T 41.96 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0196578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.082;QD=16.7837;RBI=0.0214321;REFB=-0.0882913;REVB=-0.00853845;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00684954;OID=.;OPOS=65810869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:2:2:3:3:2:2 chr11 65811096 . G A 39.08 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00307773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7629;QD=12.0259;RBI=0.0924614;REFB=-0.0343184;REVB=0.0924102;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303121;STB=0.688929;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0625471;OID=.;OPOS=65811096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:3:4:5:1:3:4 chr11 65820673 . A G 856.57 PASS AF=0.463158;AO=88;DP=189;FAO=88;FDP=190;FR=.;FRO=102;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=45;FSRR=57;FWDB=0.0338594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8488;QD=18.033;RBI=0.0353577;REFB=-0.0232263;REVB=0.0101836;RO=101;SAF=40;SAR=48;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184408;STB=0.507245;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0253333;OID=.;OPOS=65820673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:101:102:88:88:0.463158:48:40:44:57:48:40:45:57 chr11 65868310 . T A 850.59 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7941;QD=57.6673;RBI=0.0696293;REFB=0;REVB=-0.0645883;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000959614;OID=.;OPOS=65868310;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr11 65985000 . A C 757.0 PASS AF=0.95082;AO=56;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00897659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.051;QD=49.6394;RBI=0.0195427;REFB=-0.0175817;REVB=0.0173591;RO=5;SAF=32;SAR=24;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268515;STB=0.511771;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00794106;OID=.;OPOS=65985000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:61:5:3:56:58:0.95082:24:32:2:3:25:33:1:2 chr11 66010633 . T C 902.62 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.103;QD=58.2334;RBI=0.0213778;REFB=0;REVB=0.00206242;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.65733e-05;OID=.;OPOS=66010633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr11 66035286 . CA C,CG 652.37 PASS AF=1,0;AO=41,2;DP=44;FAO=43,0;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138174,-0.0057157;FXX=0.0227221;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=57.136,97.6528;QD=60.686;RBI=0.121014,0.116899;REFB=0,0;REVB=-0.120222,-0.11676;RO=0;SAF=22,0;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000454567,0;OID=.,.;OPOS=66035287,66035287;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:41,2:44:43,0:43:0:22,0:21,0:0:0:4:0:22,0:19,2:0:0 chr11 66050533 . G A 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0256452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.904;QD=8.88627;RBI=0.0372021;REFB=-0.00313516;REVB=-0.0269502;RO=37;SAF=9;SAR=6;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266762;STB=0.516108;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0082929;OID=.;OPOS=66050533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:6:9:23:14:6:9:23:14 chr11 66052931 . G A 536.44 PASS AF=0.464;AO=57;DP=125;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0320178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6731;QD=17.1662;RBI=0.0384839;REFB=0.00194147;REVB=0.0213513;RO=68;SAF=33;SAR=24;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346582;STB=0.509113;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00166914;OID=.;OPOS=66052931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:68:67:57:58:0.464:24:33:37:31:25:33:37:30 chr11 66063508 . GC G,GCC 37.37 PASS AF=0,0.247619;AO=17,29;DP=107;FAO=0,26;FDP=105;FR=.;FRO=79;FSAF=0,11;FSAR=0,15;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.252619,0.236263;FXX=0.0186898;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.84947,7.12927;QD=1.42371;RBI=0.272067,0.258618;REFB=0.0271596,-0.0393296;REVB=0.101014,-0.105182;RO=54;SAF=12,13;SAR=5,16;SRF=26;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.282786,-0.0375331;STB=0.5,0.581503;STBP=1,0.371;TYPE=del,ins;VARB=0,0.0350139;OID=.,.;OPOS=66063509,66063509;OREF=C,-;OALT=-,C;OMAPALT=G,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.247619:17,29:107:0,26:105:79:0,11:0,15:42:37:39:54:12,13:5,16:26:28 chr11 66099721 . C T 179.12 PASS AF=0.3;AO=24;DP=80;FAO=24;FDP=80;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0036631;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.27;QD=8.95603;RBI=0.0113968;REFB=-0.00677491;REVB=0.0107921;RO=56;SAF=6;SAR=18;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258626;STB=0.654791;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0133868;OID=.;OPOS=66099721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:56:56:24:24:0.3:18:6:25:31:18:6:25:31 chr11 66100152 . T C 1332.2 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00628632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9744;QD=61.2506;RBI=0.0964304;REFB=0;REVB=0.0962253;RO=0;SAF=31;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125453;OID=.;OPOS=66100152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:85:87:1:54:31:0:0:56:31:0:0 chr11 66102088 . G A 135.76 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00100027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.449;QD=27.1528;RBI=0.00701019;REFB=-0.0241934;REVB=0.00693846;RO=6;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19672;STB=0.610938;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0185947;OID=.;OPOS=66102088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:11:3:3:3:11:3:3:3 chr11 66107674 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.702;QD=63.5828;RBI=0.0232355;REFB=0;REVB=0.014215;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103711;OID=.;OPOS=66107674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr11 66114900 . C T 399.9 PASS AF=0.391667;AO=47;DP=120;FAO=47;FDP=120;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.050549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5101;QD=13.33;RBI=0.0713265;REFB=-0.00472275;REVB=0.0503216;RO=72;SAF=8;SAR=39;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34014;STB=0.701147;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00803969;OID=.;OPOS=66114900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:72:73:47:47:0.391667:39:8:30:42:39:8:31:42 chr11 66206169 . C T 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0704098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.32;QD=26.5702;RBI=0.0704253;REFB=-0.0411114;REVB=0.0014744;RO=4;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368764;STB=0.713793;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0221285;OID=.;OPOS=66206169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:10:1:2:2:10:1:2:2 chr11 66240882 . T C 171.31 PASS AF=0.38;AO=18;DP=49;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00497806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.801;QD=13.7049;RBI=0.0425984;REFB=-0.0253984;REVB=0.0423065;RO=31;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13954;STB=0.559259;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0553522;OID=.;OPOS=66240882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:31:31:18:19:0.38:11:7:16:15:11:8:16:15 chr11 66243336 . G A 144.61 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00935466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.075;QD=15.6333;RBI=0.0657422;REFB=-0.0357223;REVB=-0.0650732;RO=20;SAF=14;SAR=2;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431499;STB=0.747201;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0510557;OID=.;OPOS=66243336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:21:16:16:0.432432:2:14:11:9:2:14:12:9 chr11 66243540 . G A 227.64 PASS AF=0.35;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00149434;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.874;QD=11.3818;RBI=0.0115999;REFB=-0.0131589;REVB=-0.0115032;RO=52;SAF=10;SAR=18;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143426;STB=0.583273;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0353984;OID=.;OPOS=66243540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:52:52:28:28:0.35:18:10:25:27:18:10:25:27 chr11 66254085 . G T 126.61 PASS AF=0.246753;AO=18;DP=76;FAO=19;FDP=77;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0195417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.277;QD=6.57709;RBI=0.0824841;REFB=0.00116736;REVB=0.0801358;RO=58;SAF=12;SAR=6;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25005;STB=0.625382;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.00176621;OID=.;OPOS=66254085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:58:58:18:19:0.246753:6:12:27:31:7:12:27:31 chr11 66272142 . A G 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00604166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.423;QD=64.4126;RBI=0.00932611;REFB=0;REVB=0.00710455;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41864e-06;OID=.;OPOS=66272142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr11 66272237 . G A 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0179215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9218;QD=22.1884;RBI=0.0215679;REFB=-0.0129029;REVB=-0.0119998;RO=22;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743882;STB=0.541632;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0126022;OID=.;OPOS=66272237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:13:11:12:10:13:11:12:10 chr11 66276849 . G A 108.02 PASS AF=0.371429;AO=14;DP=36;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00638512;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0122;QD=12.345;RBI=0.0587308;REFB=-0.0172805;REVB=0.0583827;RO=22;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449826;STB=0.544956;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0531323;OID=.;OPOS=66276849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:22:22:14:13:0.371429:5:9:15:7:5:8:15:7 chr11 66282095 . G A 260.03 PASS AF=0.491525;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.011197;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.551;QD=17.629;RBI=0.0145734;REFB=-0.00749194;REVB=0.00932802;RO=26;SAF=6;SAR=22;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670872;STB=0.559837;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00502826;OID=.;OPOS=66282095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:26:30:28:29:0.491525:22:6:7:19:22:7:10:20 chr11 66297389 . C T 209.49 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0750631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1257;QD=18.6213;RBI=0.0799908;REFB=-0.0211182;REVB=0.0276419;RO=24;SAF=15;SAR=6;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420579;STB=0.523787;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0190302;OID=.;OPOS=66297389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:6:15:18:6:6:15:18:6 chr11 66325213 . G A 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00401719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.658;QD=15.2681;RBI=0.00685845;REFB=-0.00269536;REVB=0.00555882;RO=33;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371523;STB=0.521037;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00326924;OID=.;OPOS=66325213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:12:14:19:14:12:14:19:14 chr11 66327673 . G A 1569.96 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00793578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.548;QD=59.8081;RBI=0.0414048;REFB=0;REVB=0.0406372;RO=0;SAF=34;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131439;OID=.;OPOS=66327673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:71:34:0:0:71:34:0:0 chr11 66328055 . A G 170.31 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00233225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.824;QD=17.0305;RBI=0.0268024;REFB=-0.0215784;REVB=0.0267007;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316784;STB=0.679918;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0259584;OID=.;OPOS=66328055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:11:7:16:6:11:7:16:6 chr11 66328095 . T C 518.27 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00762348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.735;QD=59.2306;RBI=0.0116819;REFB=0;REVB=0.0088515;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54225e-05;OID=.;OPOS=66328095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:19:16:0:0 chr11 66328719 . T C 971.77 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.306;QD=58.8951;RBI=0.0593757;REFB=0;REVB=0.0371139;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329515;OID=.;OPOS=66328719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:36:28:0:0:36:30:0:0 chr11 66328741 . A C 275.1 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.019512;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.593;QD=15.2835;RBI=0.0201829;REFB=-0.0186242;REVB=0.0051604;RO=41;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144767;STB=0.581554;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0274176;OID=.;OPOS=66328741;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:41:41:31:31:0.430556:16:15:14:27:16:15:14:27 chr11 66329732 . A G 616.9 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.818;QD=60.1851;RBI=0.0597694;REFB=0;REVB=0.0398334;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00292436;OID=.;OPOS=66329732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:22:16:0:0:25:16:0:0 chr11 66331000 . A G 410.01 PASS AF=0.415929;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.00522228;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.893;QD=14.5138;RBI=0.00907993;REFB=-0.0159704;REVB=-0.00742784;RO=66;SAF=12;SAR=35;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153009;STB=0.576889;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0227255;OID=.;OPOS=66331000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:66:66:47:47:0.415929:35:12:25:41:35:12:24:42 chr11 66331458 . A G 1008.36 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00639729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5914;QD=59.3153;RBI=0.0834662;REFB=0;REVB=-0.0832207;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000491114;OID=.;OPOS=66331458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr11 66333598 . C T 779.43 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470663;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.482;QD=63.6268;RBI=0.0479694;REFB=0;REVB=-0.0092643;RO=1;SAF=19;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241145;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475436;OID=.;OPOS=66333598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:1:0:48:49:1:29:19:1:0:29:20:0:0 chr11 66335548 . A G 744.34 PASS AF=1;AO=40;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.242;QD=62.0279;RBI=0.0714734;REFB=0;REVB=0.00883016;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000877719;OID=.;OPOS=66335548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:40:48:1:22:18:0:0:27:21:0:0 chr11 66360512 . G A 322.94 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0871874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1303;QD=25.3286;RBI=0.089996;REFB=-0.0135003;REVB=0.0223075;RO=20;SAF=10;SAR=21;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061492;STB=0.533876;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0110655;OID=.;OPOS=66360512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:21:10:8:12:21:10:8:12 chr11 66411527 . C T 191.37 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0571211;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.141;QD=13.4297;RBI=0.060107;REFB=-0.010128;REVB=-0.018709;RO=34;SAF=19;SAR=4;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348958;STB=0.703502;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0188485;OID=.;OPOS=66411527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:34:34:23:23:0.403509:4:19:19:15:4:19:19:15 chr11 66436347 . C T 33.89 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00218873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.09;QD=3.76509;RBI=0.00364898;REFB=-0.00328306;REVB=0.00291967;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615238;STB=0.527686;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0187372;OID=.;OPOS=66436347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:29:30:6:6:0.166667:3:3:16:13:3:3:16:14 chr11 66457628 . C T 50.43 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.00694495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.984;QD=3.41923;RBI=0.0074574;REFB=-0.012555;REVB=-0.00271672;RO=50;SAF=4;SAR=5;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313259;STB=0.708689;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0673054;OID=.;OPOS=66457628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:59:50:50:9:9:0.152542:5:4:35:15:5:4:35:15 chr11 66458862 . TG T 211.62 PASS AF=0.488372;AO=17;DP=39;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0183804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.057;QD=19.6858;RBI=0.025263;REFB=-0.0301253;REVB=0.0173315;RO=22;SAF=5;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258849;STB=0.559943;STBP=0.449;TYPE=del;VARB=0.0332091;OID=.;OPOS=66458863;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488372:17:39:21:43:22:9:12:12:10:99:22:5:12:12:10 chr11 66468469 . A G 246.94 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00325324;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.55;QD=13.3479;RBI=0.0467332;REFB=-0.0287203;REVB=-0.0466198;RO=45;SAF=14;SAR=15;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537377;STB=0.530705;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0478294;OID=.;OPOS=66468469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:45:45:29:29:0.391892:15:14:24:21:15:14:24:21 chr11 66472274 . T C 190.7 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.045;QD=47.6753;RBI=0.02667;REFB=0;REVB=0.00943687;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242073;OID=.;OPOS=66472274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:8:7:0:0:8:8:0:0 chr11 66475205 . C T 188.67 PASS AF=0.301205;AO=25;DP=83;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=17;FWDB=-0.0108136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.227;QD=9.09249;RBI=0.0111358;REFB=-0.0235145;REVB=-0.00265951;RO=58;SAF=13;SAR=12;SRF=41;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226233;STB=0.632098;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0520389;OID=.;OPOS=66475205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:58:58:25:25:0.301205:12:13:41:17:12:13:41:17 chr11 66478126 . C T 401.55 PASS AF=0.360902;AO=48;DP=130;FAO=48;FDP=133;FR=.;FRO=85;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=-0.0138358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.945;QD=12.0766;RBI=0.02819;REFB=-0.00775684;REVB=-0.0245611;RO=82;SAF=24;SAR=24;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540021;STB=0.533821;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0153968;OID=.;OPOS=66478126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:133:82:85:48:48:0.360902:24:24:37:45:24:24:38:47 chr11 66626272 . G A 270.16 PASS AF=0.260274;AO=38;DP=146;FAO=38;FDP=146;FR=.;FRO=108;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=65;FWDB=-0.0110108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.688;QD=7.40175;RBI=0.0115714;REFB=-0.00583836;REVB=-0.0035583;RO=108;SAF=14;SAR=24;SRF=43;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389539;STB=0.523323;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0116985;OID=.;OPOS=66626272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:108:108:38:38:0.260274:24:14:43:65:24:14:43:65 chr11 66633677 . G A 90.04 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0145318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.558;QD=5.90446;RBI=0.0317619;REFB=-0.00266759;REVB=-0.0282426;RO=47;SAF=13;SAR=1;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.535887;STB=0.854029;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0102353;OID=.;OPOS=66633677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:61:61:47:47:14:14:0.229508:1:13:29:18:1:13:29:18 chr11 66807561 . A C 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00361034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.323;QD=16.0289;RBI=0.0209433;REFB=-0.0105665;REVB=-0.0206298;RO=30;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222793;STB=0.6258;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0110202;OID=.;OPOS=66807561;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:10:15:11:19:10:15:11:19 chr11 66811231 . C T 501.18 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.00167213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.115;QD=17.1343;RBI=0.00578199;REFB=-0.00262936;REVB=0.00553492;RO=63;SAF=35;SAR=19;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126033;STB=0.570309;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00370805;OID=.;OPOS=66811231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:63:54:54:0.461538:19:35:33:30:19:35:33:30 chr11 66816069 . C T 167.67 PASS AF=0.2875;AO=23;DP=80;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0280983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.148;QD=8.38341;RBI=0.0430727;REFB=0.000675346;REVB=-0.0326457;RO=57;SAF=15;SAR=8;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216;STB=0.629025;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00285386;OID=.;OPOS=66816069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:57:57:23:23:0.2875:8:15:27:30:8:15:27:30 chr11 66834252 . C T 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.00292925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.086;QD=13.0607;RBI=0.0118679;REFB=-0.00341117;REVB=0.0115008;RO=40;SAF=12;SAR=14;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223928;STB=0.627493;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00499249;OID=.;OPOS=66834252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:14:12:27:13:14:12:27:13 chr11 66837965 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.158;QD=64.4152;RBI=0.0515113;REFB=0;REVB=0.0426618;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38086e-05;OID=.;OPOS=66837965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr11 66995603 . T C 1081.52 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=78;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0143632;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.638;QD=56.1828;RBI=0.0193412;REFB=-0.0389763;REVB=0.012953;RO=3;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358907;STB=0.518982;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000164563;OID=.;OPOS=66995603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:77:3:3:74:74:0.961039:38:36:0:3:38:36:0:3 chr11 67021929 . GC AA 283.13 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00584704;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.212;QD=17.4231;RBI=0.00842189;REFB=-0.0101831;REVB=-0.00606138;RO=34;SAF=14;SAR=17;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999007;STB=0.55596;STBP=0.417;TYPE=mnp;VARB=0.00910855;OID=.;OPOS=67021929;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:17:14:19:15:17:14:19:15 chr11 67050292 . G A 312.02 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0160466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.69;QD=29.7163;RBI=0.0167266;REFB=-0.0204444;REVB=-0.00472058;RO=15;SAF=18;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181339;STB=0.599924;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0100576;OID=.;OPOS=67050292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:27:27:0.642857:9:18:6:9:9:18:6:9 chr11 67054004 . GT AT,GA,G 91.65 PASS AF=0.0588235,0.0294118,0.411765;AO=2,2,13;DP=35;FAO=2,1,14;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=0,1,10;FSAR=2,0,4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0346392,-0.029329,-0.113244;FXX=0.0285633;HRUN=1,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=100.276,105.623,10.8297;QD=10.7826;RBI=0.0897792,0.0756064,0.113266;REFB=-0.00163834,-0.00212011,-0.0855951;REVB=-0.0828277,-0.069686,0.00219085;RO=14;SAF=0,2,9;SAR=2,0,4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.475704,0.644719,0.361002;STB=0.993223,0.992314,0.700644;STBP=0.296,0.22,0.057;TYPE=snp,snp,del;VARB=0.102936,0.0193587,0.125094;OID=.,.,.;OPOS=67054004,67054005,67054005;OREF=G,T,T;OALT=A,A,-;OMAPALT=AT,GA,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:64:35:34:14:17:2,2,13:2,1,14:0.0588235,0.0294118,0.411765:2,0,4:0,2,9:4:10:2,0,4:0,1,10:6:11 chr11 67054011 . TA T,TC 66.75 PASS AF=0.538462,0.0769231;AO=12,2;DP=27;FAO=14,2;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=6,0;FSAR=8,2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0376114,-0.00226719;FXX=0.0370233;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.28232,112.417;QD=10.2695;RBI=0.103079,0.0292761;REFB=-0.22725,-0.0205801;REVB=-0.0959723,-0.0291882;RO=10;SAF=4,0;SAR=8,2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.140099,-0.57573;STB=0.512178,0.993382;STBP=0.927,0.295;TYPE=del,snp;VARB=0.189765,0.00639211;OID=.,.;OPOS=67054012,67054012;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=T,TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462,0.0769231:12,2:27:14,2:26:10:6,0:8,2:4:6:27:10:4,0:8,2:5:5 chr11 67068859 . T C 575.52 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.226;QD=60.5815;RBI=0.106;REFB=0;REVB=0.00579287;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000649332;OID=.;OPOS=67068859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:21:16:0:0:22:16:0:0 chr11 67071584 . C G 1080.1 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5368;QD=60.0055;RBI=0.0421523;REFB=0;REVB=0.00815357;RO=0;SAF=22;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232167;OID=.;OPOS=67071584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:50:22:0:0:50:22:0:0 chr11 67075131 . C T 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0161541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.301;QD=20.0309;RBI=0.0180977;REFB=-0.0301859;REVB=0.00815926;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216524;STB=0.503422;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0215958;OID=.;OPOS=67075131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:14:10:11:14:14:10:11:15 chr11 67130122 . A G 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00727917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.611;QD=18.1541;RBI=0.00728943;REFB=-0.00596467;REVB=-0.000386521;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194062;STB=0.609756;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00664256;OID=.;OPOS=67130122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:10:11:8:17:10:11:8:17 chr11 67160961 . A G 188.69 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0229998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5709;QD=14.2407;RBI=0.0425692;REFB=-0.0182411;REVB=-0.035821;RO=30;SAF=8;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238453;STB=0.64492;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.018888;OID=.;OPOS=67160961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:14:8:18:12:14:8:19:12 chr11 67171736 . C T 649.9 PASS AF=0.612903;AO=57;DP=93;FAO=57;FDP=93;FR=.;FRO=36;FSAF=48;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.055486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3594;QD=27.9527;RBI=0.0556342;REFB=-0.00834238;REVB=0.00405883;RO=36;SAF=48;SAR=9;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142169;STB=0.577917;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0092078;OID=.;OPOS=67171736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:36:36:57:57:0.612903:9:48:26:10:9:48:26:10 chr11 67176898 . A G 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0136197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.941;QD=16.8838;RBI=0.0201219;REFB=-0.0172923;REVB=-0.0148119;RO=17;SAF=13;SAR=2;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.576558;STB=0.834378;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.016387;OID=.;OPOS=67176898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:2:13:5:12:2:13:5:12 chr11 67177278 . G A 871.28 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00482166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.683;QD=56.2114;RBI=0.0216472;REFB=0.0124262;REVB=0.0211034;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154749;STB=0.508194;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.000551455;OID=.;OPOS=67177278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:30:31:0:1:30:31:0:1 chr11 67191449 . T C 479.33 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00894183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.875;QD=22.5568;RBI=0.0172339;REFB=-0.0210251;REVB=-0.0147326;RO=39;SAF=30;SAR=16;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143833;STB=0.579364;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0152048;OID=.;OPOS=67191449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:46:46:0.541176:16:30:19:20:16:30:19:20 chr11 67192555 . G A 397.16 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.00301762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.886;QD=14.1842;RBI=0.0098461;REFB=-0.0128795;REVB=0.00937228;RO=66;SAF=27;SAR=19;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00426125;STB=0.502403;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0173211;OID=.;OPOS=67192555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:66:46:46:0.410714:19:27:39:27:19:27:39:27 chr11 67200819 . C T 225.13 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0693161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4738;QD=20.4665;RBI=0.0885682;REFB=-0.0284654;REVB=0.0551326;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652453;STB=0.522801;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0297122;OID=.;OPOS=67200819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:22:21:22:0.5:9:12:11:11:10:12:11:11 chr11 67202156 . C T 87.91 PASS AF=0.464286;AO=11;DP=26;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00967386;FXX=0.0344709;HRUN=5;LEN=1;MLLD=132.4;QD=12.5584;RBI=0.0112625;REFB=-0.00302812;REVB=-0.00576723;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164026;STB=0.606587;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00470499;OID=.;OPOS=67202156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:28:14:15:11:13:0.464286:7:4:3:11:7:6:4:11 chr11 67220015 . C T 147.11 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00521524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4487;QD=17.3071;RBI=0.0234048;REFB=-0.026613;REVB=0.0228164;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102873;STB=0.558751;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.03002;OID=.;OPOS=67220015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:7:11:8:8:7:11 chr11 67256775 . G A 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00611943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.089;QD=5.78785;RBI=0.0466693;REFB=-0.00861504;REVB=0.0462664;RO=22;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136586;STB=0.599733;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0177378;OID=.;OPOS=67256775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:22:23:7:7:0.233333:3:4:15:7:3:4:16:7 chr11 67257556 . C T 358.74 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0166842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.615;QD=22.7772;RBI=0.0190716;REFB=-0.0315948;REVB=0.00923935;RO=26;SAF=17;SAR=19;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00817135;STB=0.503977;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0262682;OID=.;OPOS=67257556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:26:27:36:36:0.571429:19:17:12:14:19:17:13:14 chr11 67257823 . C A 490.07 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0445147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2456;QD=56.0082;RBI=0.0803176;REFB=-0.0534229;REVB=-0.0668533;RO=1;SAF=21;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217449;STB=0.511621;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.011368;OID=.;OPOS=67257823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:13:21:1:0:13:21:1:0 chr11 67258391 . A G 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.149;QD=56.6986;RBI=0.0401255;REFB=0;REVB=0.0383243;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166211;OID=.;OPOS=67258391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr11 67263767 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00449207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.448;QD=54.5172;RBI=0.0311512;REFB=0;REVB=0.0308256;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106489;OID=.;OPOS=67263767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr11 67287369 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0268438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.734;QD=12.1818;RBI=0.0278882;REFB=-0.0157942;REVB=0.00756055;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101015;STB=0.559882;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0183039;OID=.;OPOS=67287369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:6:9:5:5:6:9 chr11 67288594 . C T 501.93 PASS AF=0.681818;AO=45;DP=66;FAO=45;FDP=66;FR=.;FRO=21;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0164279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.399;QD=30.4202;RBI=0.022399;REFB=-0.0163814;REVB=0.0152263;RO=19;SAF=30;SAR=15;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143381;STB=0.580608;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0065233;OID=.;OPOS=67288594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:19:21:45:45:0.681818:15:30:8:11:15:30:9:12 chr11 67351585 . C G 397.08 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0221826;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3387;QD=19.6089;RBI=0.024328;REFB=-0.0221359;REVB=-0.00998915;RO=40;SAF=26;SAR=14;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50476;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0116754;OID=.;OPOS=67351585;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:41:40:40:0.493827:14:26:26:14:14:26:27:14 chr11 67377071 . C A 268.54 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.00394054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.508;QD=13.9502;RBI=0.0127362;REFB=-0.0147235;REVB=-0.0121113;RO=46;SAF=10;SAR=21;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022103;STB=0.512564;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0197879;OID=.;OPOS=67377071;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:21:10:14:32:21:10:14:32 chr11 67430698 . G A 594.15 PASS AF=0.484127;AO=61;DP=127;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0018557;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.512;QD=18.8619;RBI=0.00825464;REFB=-0.009167;REVB=-0.00804334;RO=64;SAF=32;SAR=29;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206999;STB=0.507176;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0103886;OID=.;OPOS=67430698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:64:65:61:61:0.484127:29:32:35:29:29:32:35:30 chr11 67430762 . T C 461.68 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0164229;FXX=0.0353951;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.076;QD=16.9425;RBI=0.045795;REFB=-0.00409189;REVB=0.0427489;RO=59;SAF=30;SAR=20;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905698;STB=0.550541;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00351077;OID=.;OPOS=67430762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:109:59:59:50:50:0.458716:20:30:30:29:20:30:30:29 chr11 67431914 . G A 364.32 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0133285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.792;QD=21.1198;RBI=0.0170847;REFB=-0.00523333;REVB=0.0106883;RO=32;SAF=11;SAR=26;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103832;STB=0.557608;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00433556;OID=.;OPOS=67431914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:26:11:13:19:26:11:13:19 chr11 67431974 . C T 284.66 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0166272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.007;QD=17.7909;RBI=0.0255719;REFB=-0.0184008;REVB=0.0194282;RO=33;SAF=10;SAR=21;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424583;STB=0.523794;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0195799;OID=.;OPOS=67431974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:21:10:12:21:21:10:12:21 chr11 67432804 . T C 805.03 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.455;QD=64.4022;RBI=0.0361886;REFB=0;REVB=0.00289832;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00858e-05;OID=.;OPOS=67432804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:21:28:0:0:21:29:0:0 chr11 67432854 . T C 804.99 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.878;QD=64.3988;RBI=0.0171074;REFB=0;REVB=0.0136462;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63343e-05;OID=.;OPOS=67432854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr11 67433869 . C T 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.117386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8987;QD=19.6455;RBI=0.127201;REFB=0.0266623;REVB=0.0489949;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357391;STB=0.699704;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00465599;OID=.;OPOS=67433869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:5:6:8:0:5:6:8:0 chr11 67434416 . C A 171.16 PASS AF=0.461538;AO=16;DP=37;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.000616807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.16;QD=17.5546;RBI=0.025539;REFB=-0.00429733;REVB=0.0255316;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234155;STB=0.542809;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00522919;OID=.;OPOS=67434416;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:21:21:16:18:0.461538:8:8:11:10:10:8:11:10 chr11 67564162 . A G 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0214026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.832;QD=11.2612;RBI=0.0220886;REFB=-0.012997;REVB=-0.00546197;RO=30;SAF=8;SAR=7;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192523;STB=0.613152;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0322426;OID=.;OPOS=67564162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:7:8:21:9:7:8:21:9 chr11 67564197 . T C 785.81 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.933;QD=64.1479;RBI=0.0230461;REFB=0;REVB=0.0110571;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012418;OID=.;OPOS=67564197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr11 67564238 . C T 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.37;QD=62.0211;RBI=0.0359341;REFB=0;REVB=0.0331663;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001359;OID=.;OPOS=67564238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr11 67564241 . C T 650.98 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.716;QD=61.9985;RBI=0.0804052;REFB=0;REVB=0.0251603;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570863;OID=.;OPOS=67564241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr11 67572698 . G T 157.33 PASS AF=1;AO=5;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102533;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.732;QD=44.95;RBI=0.0633275;REFB=0;REVB=0.062492;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0186258;OID=.;OPOS=67572698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:5:14:1:1:4:0:0:10:4:0:0 chr11 67663113 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00360043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.22;QD=47.8224;RBI=0.0199944;REFB=0;REVB=-0.0196676;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160172;OID=.;OPOS=67663113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr11 67663116 . T A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.721;QD=47.8216;RBI=0.0291883;REFB=0;REVB=0.025868;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522617;OID=.;OPOS=67663116;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr11 67763224 . G A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0440283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9277;QD=15.2621;RBI=0.0440483;REFB=0.00173394;REVB=0.00132792;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212123;STB=0.621135;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00343275;OID=.;OPOS=67763224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:8:5:3:13:8:5:3:13 chr11 67765163 . A AG,G 824.37 PASS AF=1,0;AO=49,6;DP=60;FAO=60,0;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103486,0.0263285;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=24.7125,4.33987;QD=54.9581;RBI=0.125634,0.0514516;REFB=0,0;REVB=0.0712355,-0.044205;RO=5;SAF=36,1;SAR=13,5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.11208,-0.0435573;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00389381,0;OID=.,.;OPOS=67765164,67765163;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:5:0:49,6:60,0:1,0:13,5:36,1:1:4:22,0:38,0:0:0 chr11 67766688 . C T 268.05 PASS AF=0.228261;AO=42;DP=185;FAO=42;FDP=184;FR=.;FRO=142;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=72;FSRR=70;FWDB=-0.0116484;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.999;QD=5.8272;RBI=0.0392366;REFB=-0.00722172;REVB=-0.0374677;RO=142;SAF=26;SAR=16;SRF=72;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143806;STB=0.58776;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0362243;OID=.;OPOS=67766688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:142:142:42:42:0.228261:16:26:72:70:16:26:72:70 chr11 67782947 . G T 251.29 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0682613;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.0548;QD=20.5133;RBI=0.127935;REFB=-0.00652811;REVB=0.108203;RO=24;SAF=21;SAR=3;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258653;STB=0.669397;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0120567;OID=.;OPOS=67782947;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:3:21:17:7:3:21:17:8 chr11 67786064 . A AC,C 710.74 PASS AF=1,0;AO=46,4;DP=55;FAO=52,0;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436442,-0.161976;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=24.9214,4.47073;QD=54.6726;RBI=0.0450775,0.186418;REFB=0,0;REVB=-0.0112768,-0.0922803;RO=4;SAF=9,1;SAR=37,3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0128349,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00170953,0;OID=.,.;OPOS=67786065,67786064;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:52:4:0:46,4:52,0:1,0:37,3:9,1:1:3:41,0:11,0:0:0 chr11 67789293 . G GC 795.92 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=72;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0242226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.6259;QD=45.4811;RBI=0.0545332;REFB=-0.0334018;REVB=0.0488583;RO=4;SAF=30;SAR=38;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00624752;STB=0.506492;STBP=0.528;TYPE=ins;VARB=0.00107826;OID=.;OPOS=67789294;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.985714:68:72:69:70:1:31:38:0:1:9:4:30:38:2:2 chr11 67795299 . G A 206.77 PASS AF=0.5;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0115184;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.485;QD=19.6927;RBI=0.0133973;REFB=-0.0210673;REVB=0.00684202;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018852;STB=0.549248;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0188458;OID=.;OPOS=67795299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:19:21:20:21:0.5:12:8:8:11:13:8:10:11 chr11 67795353 . G A 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.029866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.071;QD=18.2472;RBI=0.0337097;REFB=-0.0246515;REVB=0.0156324;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379419;STB=0.521706;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0442106;OID=.;OPOS=67795353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:6:7:7:5:6:7:7:5 chr11 67795378 . G GC 228.33 PASS AF=1;AO=17;DP=22;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.7604;QD=45.6669;RBI=0.0432886;REFB=0;REVB=0.033306;RO=4;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964618;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000323796;OID=.;OPOS=67795379;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:22:20:20:0:10:10:0:0:4:4:8:9:3:1 chr11 67810468 . CCGGGGGG CCGGGGG,CCGGGGGC,CGGGGG 552.41 PASS AF=0.790476,0.142857,0;AO=29,5,14;DP=107;FAO=83,15,0;FDP=105;FR=.;FRO=7;FSAF=36,14,0;FSAR=47,1,0;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.353035,0.097629,-0.0313461;FXX=0.0186898;HRUN=6,6,5;LEN=1,1,2;MLLD=8.67307,15.8624,11.376;QD=21.0442;RBI=0.43303,0.168339,0.0379717;REFB=-0.125776,-0.101637,0.0583313;REVB=0.250762,0.137137,0.0214307;RO=33;SAF=5,4,10;SAR=24,1,4;SRF=16;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0.54717,0,0;SSSB=-0.36933,0.372301,0.277397;STB=0.523164,0.866635,0.5;STBP=0.155,0,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0.116708,-0.0596609,0;OID=.,.,.;OPOS=67810470,67810475,67810469;OREF=G,G,CG;OALT=-,C,-;OMAPALT=CCGGGGG,CCGGGGGC,CGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.790476,0.142857,0:29,5,14:107:83,15,0:105:7:36,14,0:47,1,0:1:6:61:33:5,4,10:24,1,4:16:17 chr11 67814979 . G C 1500.54 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0557575;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.599;QD=62.5227;RBI=0.0600111;REFB=-0.107979;REVB=-0.022191;RO=1;SAF=46;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101972;STB=0.505375;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00163025;OID=.;OPOS=67814979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:49:46:1:0:49:46:1:0 chr11 67926133 . C T 69.95 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0167815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.966;QD=6.66167;RBI=0.0176243;REFB=0.00816698;REVB=0.00538493;RO=31;SAF=5;SAR=5;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578845;STB=0.547525;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.0253805;OID=.;OPOS=67926133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:31:32:10:10:0.238095:5:5:14:17:5:5:14:18 chr11 67957518 . A T 1324.36 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.929;QD=61.5979;RBI=0.0335062;REFB=0;REVB=0.0067495;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03853e-05;OID=.;OPOS=67957518;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:46:38:0:0:47:39:0:0 chr11 68030015 . C T 91.94 PASS AF=1;AO=9;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114175;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.47;QD=36.7755;RBI=0.16917;REFB=-0.038406;REVB=-0.12483;RO=1;SAF=8;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524171;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108175;OID=.;OPOS=68030015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:11:10:1:0:9:10:1:1:8:1:0:1:9:0:0 chr11 68171013 . T C 1662.28 PASS AF=0.95;AO=114;DP=120;FAO=114;FDP=120;FR=.;FRO=6;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0141098;FXX=0.0163921;HRUN=5;LEN=1;MLLD=123.688;QD=55.4094;RBI=0.0185479;REFB=-0.0918899;REVB=0.0120391;RO=4;SAF=62;SAR=52;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351298;STB=0.510586;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.000463442;OID=.;OPOS=68171013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:120:120:4:6:114:114:0.95:52:62:0:4:52:62:2:4 chr11 68177510 . C T 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00556557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.057;QD=64.2853;RBI=0.00830786;REFB=0;REVB=0.00616806;RO=0;SAF=44;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17372e-05;OID=.;OPOS=68177510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:56:44:0:0:56:44:0:0 chr11 68201247 . G A 102.24 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00186008;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.43;QD=8.70093;RBI=0.0440657;REFB=-0.0201685;REVB=0.0440264;RO=33;SAF=7;SAR=6;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442909;STB=0.536368;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0763387;OID=.;OPOS=68201247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:34:13:13:0.276596:6:7:19:14:6:7:20:14 chr11 68201295 . C G,T 751.25 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=2,46;DP=48;FAO=2,46;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166934,0.0264645;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.7262,142.408;QD=62.6044;RBI=0.0043211,0.0397593;REFB=0,0;REVB=-0.00398562,0.0296721;RO=0;SAF=0,32;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.153936,0.000196062;OID=.,.;OPOS=68201295,68201295;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:48:48:0:0:2,46:2,46:0.0416667,0.958333:2,14:0,32:0:0:2,14:0,32:0:0 chr11 68358106 . CTTTTA C,CTTTTG 360.4 PASS AF=0.576923,0.423077;AO=15,10;DP=28;FAO=15,11;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12,3;FSAR=3,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000154235,0.0495642;FXX=0.133289;HRUN=4,1;LEN=5,1;MLLD=232.645,101.254;QD=55.4459;RBI=0.0423861,0.0540936;REFB=0,0;REVB=0.0423858,0.0216681;RO=0;SAF=12,3;SAR=3,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.310231,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00507913,0.00317062;OID=.,.;OPOS=68358107,68358111;OREF=TTTTA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.576923,0.423077:15,10:28:15,11:26:0:12,3:3,8:0:0:93:0:12,3:3,7:0:0 chr11 68549340 . A G 1215.65 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00189203;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.517;QD=60.0321;RBI=0.016234;REFB=0.0787038;REVB=0.0161234;RO=1;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122965;STB=0.506492;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.000277264;OID=.;OPOS=68549340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:1:1:80:80:0.987654:38:42:0:1:38:42:0:1 chr11 68560787 . C T 955.46 PASS AF=0.482234;AO=95;DP=197;FAO=95;FDP=197;FR=.;FRO=102;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=0.0115358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.841;QD=19.4003;RBI=0.0454042;REFB=-0.00650789;REVB=0.0439143;RO=102;SAF=49;SAR=46;SRF=44;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791586;STB=0.543622;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00628874;OID=.;OPOS=68560787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:102:102:95:95:0.482234:46:49:44:58:46:49:44:58 chr11 68664085 . C A 149.64 PASS AF=0.283784;AO=21;DP=74;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=0.0287479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5018;QD=8.08853;RBI=0.0287507;REFB=0.00679735;REVB=-0.000404856;RO=52;SAF=9;SAR=12;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330358;STB=0.686406;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0144905;OID=.;OPOS=68664085;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:52:53:21:21:0.283784:12:9:37:15:12:9:37:16 chr11 68671280 . G GCCGCCGCCATCTTC 132.03 PASS AF=0.212766;AO=16;DP=102;FAO=20;FDP=94;FR=.;FRO=74;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=51;FWDB=-0.0104682;FXX=0.0504999;HRUN=2;LEN=14;MLLD=310.705;QD=5.61846;RBI=0.0216162;REFB=-0.0110403;REVB=0.0189124;RO=76;SAF=3;SAR=13;SRF=24;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211822;STB=0.683996;STBP=0.108;TYPE=ins;VARB=0.0437231;OID=.;OPOS=68671281;OREF=-;OALT=CCGCCGCCATCTTC;OMAPALT=GCCGCCGCCATCTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.212766:16:102:20:94:74:3:17:23:51:99:76:3:13:24:52 chr11 68671477 . T C 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00144562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.807;QD=7.46418;RBI=0.0784571;REFB=-0.0042931;REVB=-0.0784438;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475485;STB=0.530034;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00610104;OID=.;OPOS=68671477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:9:8:3:4:9:8 chr11 68675701 . G A 173.66 PASS AF=0.21875;AO=28;DP=127;FAO=28;FDP=128;FR=.;FRO=100;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=-0.0133221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.334;QD=5.42695;RBI=0.0365492;REFB=-0.00206811;REVB=0.0340348;RO=99;SAF=14;SAR=14;SRF=48;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019125;STB=0.515614;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0063122;OID=.;OPOS=68675701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:99:100:28:28:0.21875:14:14:48:51:14:14:48:52 chr11 68678962 . T C 493.37 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.000707739;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.212;QD=19.5395;RBI=0.00512667;REFB=-0.013124;REVB=0.00507758;RO=50;SAF=29;SAR=22;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976178;STB=0.553975;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0146404;OID=.;OPOS=68678962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:50:51:51:0.50495:22:29:23:27:22:29:23:27 chr11 68703959 . A G 147.04 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.00340721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.178;QD=9.19022;RBI=0.00515971;REFB=-0.0112621;REVB=-0.00387472;RO=43;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148591;STB=0.593159;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.023002;OID=.;OPOS=68703959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:44:20:20:0.3125:11:9:14:29:11:9:14:30 chr11 68704264 . C T 320.82 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00154887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.148;QD=21.3877;RBI=0.00845138;REFB=-0.00854535;REVB=0.00830824;RO=26;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103893;STB=0.564916;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00634331;OID=.;OPOS=68704264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:27:33:33:0.55:17:16:16:10:17:16:17:10 chr11 68748003 . T C 272.55 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0456571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0898;QD=12.5311;RBI=0.0575874;REFB=-0.0153845;REVB=-0.0350962;RO=55;SAF=19;SAR=13;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280614;STB=0.516095;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0294449;OID=.;OPOS=68748003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:32:32:0.367816:13:19:34:21:13:19:34:21 chr11 68773373 . C T 248.24 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0281678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7715;QD=16.2783;RBI=0.0921949;REFB=-0.0105564;REVB=0.0877865;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727414;STB=0.540955;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0129298;OID=.;OPOS=68773373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:14:14:19:14:14:14:19:14 chr11 68773403 . G A 543.41 PASS AF=0.581395;AO=49;DP=85;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00322199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.011;QD=25.275;RBI=0.0399876;REFB=0.00026831;REVB=0.0398576;RO=34;SAF=23;SAR=26;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11074;STB=0.566239;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-4.31495e-05;OID=.;OPOS=68773403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:34:36:49:50:0.581395:26:23:21:13:26:24:23:13 chr11 68822739 . T C 1080.15 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.527;QD=60.0081;RBI=0.0501953;REFB=0;REVB=0.048701;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13747e-05;OID=.;OPOS=68822739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:72:0:0:65:72:1:24:41:0:0:29:43:0:0 chr11 68834968 . T C,G 561.86 PASS AF=0.921053,0.0789474;AO=35,3;DP=38;FAO=35,3;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=19,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117213,-0.0252796;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=151.843,63.5646;QD=59.1428;RBI=0.0269308,0.0256124;REFB=0,0;REVB=0.0242462,0.00411512;RO=0;SAF=16,0;SAR=19,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.1382e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00548237,0.0974329;OID=.,.;OPOS=68834968,68834968;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:38:38:0:0:35,3:35,3:0.921053,0.0789474:19,3:16,0:0:0:19,3:16,0:0:0 chr11 68840397 . T C 114.97 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0292837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.145;QD=19.1608;RBI=0.0747571;REFB=-0.0301158;REVB=-0.0687829;RO=10;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162192;STB=0.624791;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0324309;OID=.;OPOS=68840397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:10:11:13:13:0.541667:3:10:6:4:3:10:6:5 chr11 68840399 . G A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0182334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.656;QD=19.1793;RBI=0.0239903;REFB=-0.0350476;REVB=0.0155909;RO=11;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216462;STB=0.624791;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.011984;OID=.;OPOS=68840399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:3:10:6:5:3:10:6:5 chr11 68840412 . C G 92.8 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0223191;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.072;QD=16.8724;RBI=0.0294087;REFB=-0.0097419;REVB=-0.0191502;RO=11;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300456;STB=0.677055;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0140769;OID=.;OPOS=68840412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:22:11:11:11:11:0.5:2:9:6:5:2:9:6:5 chr11 68851414 . T C 397.43 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0266119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.886;QD=20.6455;RBI=0.0451797;REFB=-0.0169824;REVB=-0.0365105;RO=37;SAF=22;SAR=18;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12503;STB=0.569176;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0274849;OID=.;OPOS=68851414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:18:22:15:22:18:22:15:22 chr11 68851466 . G T 424.27 PASS AF=0.552632;AO=38;DP=73;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0250138;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.734;QD=22.3298;RBI=0.0368582;REFB=-0.0180296;REVB=0.0270709;RO=31;SAF=19;SAR=19;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393992;STB=0.526303;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0131871;OID=.;OPOS=68851466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:31:34:38:42:0.552632:19:19:14:17:21:21:15:19 chr11 69063136 . C T 248.25 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0152299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.79;QD=16.2786;RBI=0.0336494;REFB=-0.000144916;REVB=0.0300056;RO=33;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940131;STB=0.505297;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.000771014;OID=.;OPOS=69063136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:13:15:18:15:13:15:18:15 chr11 69063393 . T C 263.95 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.047002;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.713;QD=14.8702;RBI=0.0470048;REFB=-0.00760523;REVB=0.000517934;RO=40;SAF=9;SAR=21;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190913;STB=0.603005;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0087977;OID=.;OPOS=69063393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:40:41:30:30:0.422535:21:9:19:21:21:9:19:22 chr11 69063476 . C T 433.95 PASS AF=0.666667;AO=40;DP=59;FAO=40;FDP=60;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0194298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4676;QD=28.9299;RBI=0.0196583;REFB=-0.0226387;REVB=-0.00298802;RO=19;SAF=18;SAR=22;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811331;STB=0.550995;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0114977;OID=.;OPOS=69063476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:19:20:40:40:0.666667:22:18:6:13:22:18:6:14 chr11 69063572 . A G 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00300536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.478;QD=19.4668;RBI=0.00738318;REFB=-0.025008;REVB=-0.00674383;RO=23;SAF=8;SAR=14;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259849;STB=0.65611;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.03033;OID=.;OPOS=69063572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:22:22:0.478261:14:8:15:8:14:8:16:8 chr11 69063984 . C T 338.29 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=108;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0132307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4204;QD=12.5291;RBI=0.0308001;REFB=-0.00190713;REVB=-0.0278136;RO=64;SAF=20;SAR=21;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709889;STB=0.543457;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00350992;OID=.;OPOS=69063984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:67:41:41:0.37963:21:20:27:37:21:20:28:39 chr11 69462910 . G A 215.49 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0246715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.764;QD=13.06;RBI=0.0255238;REFB=0.00879686;REVB=0.00654042;RO=40;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930336;STB=0.553151;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00927287;OID=.;OPOS=69462910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:14:12:15:25:14:12:15:25 chr11 69962558 . T A 32.17 PASS AF=0.0740741;AO=6;DP=81;FAO=6;FDP=81;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=70;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=21;FWDB=-0.0309739;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=30.2311;QD=1.58879;RBI=0.0889331;REFB=-0.0200976;REVB=0.0833649;RO=54;SAF=2;SAR=4;SRF=39;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429085;STB=0.80235;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.129361;OID=.;OPOS=69962558;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:81:81:54:70:6:6:0.0740741:4:2:39:15:4:2:49:21 chr11 69972246 . G A 320.95 PASS AF=0.330645;AO=40;DP=123;FAO=41;FDP=124;FR=.;FRO=83;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.0102174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.294;QD=10.3532;RBI=0.0109788;REFB=-0.0113296;REVB=-0.00401731;RO=82;SAF=18;SAR=22;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298903;STB=0.528931;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0255237;OID=.;OPOS=69972246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:82:83:40:41:0.330645:22:18:39:43:23:18:40:43 chr11 70007311 . A G 272.24 PASS AF=0.424658;AO=30;DP=72;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0054016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8995;QD=14.9172;RBI=0.01607;REFB=0.0130543;REVB=-0.015135;RO=42;SAF=16;SAR=14;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00981684;STB=0.514226;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.0182197;OID=.;OPOS=70007311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:42:42:30:31:0.424658:14:16:22:20:14:17:22:20 chr11 70007392 . A G 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.015718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.478;QD=13.9953;RBI=0.021926;REFB=-0.0229224;REVB=-0.0152871;RO=42;SAF=17;SAR=12;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157655;STB=0.508976;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.039117;OID=.;OPOS=70007392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:12:17:24:18:12:17:24:18 chr11 70009451 . C T 259.53 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=-0.00107801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.515;QD=11.9325;RBI=0.0309307;REFB=-0.0022712;REVB=-0.0309119;RO=56;SAF=15;SAR=16;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204608;STB=0.616982;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00198934;OID=.;OPOS=70009451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:56:31:31:0.356322:16:15:17:39:16:15:17:39 chr11 70016247 . T TG 124.13 PASS AF=0.268116;AO=36;DP=142;FAO=37;FDP=138;FR=.;FRO=101;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=57;FSRR=44;FWDB=0.0142047;FXX=0.00719373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.6189;QD=3.59796;RBI=0.106544;REFB=-0.012508;REVB=0.105592;RO=102;SAF=24;SAR=12;SRF=57;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140709;STB=0.543578;STBP=0.558;TYPE=ins;VARB=0.0221131;OID=.;OPOS=70016248;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.268116:36:142:37:138:101:23:14:57:44:99:102:24:12:57:45 chr11 70212036 . C T 201.75 PASS AF=0.27;AO=27;DP=100;FAO=27;FDP=100;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.00321793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.847;QD=8.06989;RBI=0.0106906;REFB=-0.00809806;REVB=-0.0101947;RO=73;SAF=9;SAR=18;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247588;STB=0.648537;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0257484;OID=.;OPOS=70212036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:73:73:27:27:0.27:18:9:39:34:18:9:39:34 chr11 70253706 . C T 77.26 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0252975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5683;QD=6.05981;RBI=0.02627;REFB=-0.00873402;REVB=-0.00708154;RO=39;SAF=5;SAR=6;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230116;STB=0.523423;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0264024;OID=.;OPOS=70253706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:39:40:11:11:0.215686:6:5:17:22:6:5:17:23 chr11 70279803 . G A 259.19 PASS AF=0.32381;AO=34;DP=106;FAO=34;FDP=105;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0137723;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2949;QD=9.87385;RBI=0.0143799;REFB=-0.0147333;REVB=0.004136;RO=68;SAF=12;SAR=22;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054357;STB=0.540096;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0314094;OID=.;OPOS=70279803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:68:71:34:34:0.32381:22:12:27:41:22:12:29:42 chr11 70798902 . G T 203.76 PASS AF=0.45098;AO=4;DP=53;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0168066;FXX=0.0727141;HRUN=7;LEN=1;MLLD=156.566;QD=15.9812;RBI=0.0176221;REFB=-0.00429794;REVB=0.00529887;RO=23;SAF=2;SAR=2;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07436;STB=0.541264;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00698795;OID=.;OPOS=70798902;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:23:28:4:23:0.45098:2:2:13:10:9:14:15:13 chr11 71184678 . A C 2676.74 PASS AF=0.994286;AO=172;DP=176;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.045076;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.538;QD=61.1827;RBI=0.0571671;REFB=-0.0970035;REVB=0.0351602;RO=1;SAF=83;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531821;STB=0.502994;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000255608;OID=.;OPOS=71184678;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:175:1:1:172:174:0.994286:89:83:0:1:91:83:1:0 chr11 71192995 . C T 151.16 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00232086;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.183;QD=11.197;RBI=0.00347497;REFB=-0.0330378;REVB=-0.00258632;RO=31;SAF=10;SAR=9;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128751;STB=0.56686;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0451714;OID=.;OPOS=71192995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:54:31:35:19:19:0.351852:9:10:20:11:9:10:22:13 chr11 71249386 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.675;QD=45.8068;RBI=0.0367188;REFB=0;REVB=-0.0138396;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000837772;OID=.;OPOS=71249386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr11 71260243 . T C 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0135748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.4;QD=8.88576;RBI=0.027529;REFB=-0.0172611;REVB=-0.0239493;RO=37;SAF=12;SAR=3;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374844;STB=0.7301;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0403704;OID=.;OPOS=71260243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:3:12:19:18:3:12:19:18 chr11 71260296 . G A 221.11 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0359694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3741;QD=12.1153;RBI=0.0401861;REFB=0.00561624;REVB=0.0179199;RO=45;SAF=20;SAR=7;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226663;STB=0.62635;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0107601;OID=.;OPOS=71260296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:45:46:27:27:0.369863:7:20:25:20:7:20:26:20 chr11 71276632 . T C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0245207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.969;QD=12.0511;RBI=0.0245305;REFB=-0.0212601;REVB=0.000690409;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208265;STB=0.624716;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0241061;OID=.;OPOS=71276632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:6:7:3:6:6:7 chr11 71276681 . T C 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00427018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.155;QD=11.0925;RBI=0.00799148;REFB=-0.0143679;REVB=-0.00675495;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308675;STB=0.694785;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0285575;OID=.;OPOS=71276681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:1:4:3:3:1:4:3:3 chr11 71277598 . A C 1146.61 PASS AF=0.554974;AO=106;DP=192;FAO=106;FDP=191;FR=.;FRO=85;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.00856914;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.748;QD=24.0128;RBI=0.0109564;REFB=-0.0117226;REVB=-0.00682727;RO=86;SAF=61;SAR=45;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723427;STB=0.541862;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00796294;OID=.;OPOS=71277598;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:86:85:106:106:0.554974:45:61:42:44:45:61:41:44 chr11 71277647 . CCGCT C 353.46 PASS AF=0.571429;AO=35;DP=77;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0262392;FXX=0.0561735;HRUN=2;LEN=4;MLLD=276.951;QD=16.8316;RBI=0.0263071;REFB=-0.00908989;REVB=-0.00188848;RO=35;SAF=9;SAR=26;SRF=6;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107254;STB=0.575284;STBP=0.149;TYPE=del;VARB=0.00778538;OID=.;OPOS=71277648;OREF=CGCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:35:77:48:84:36:20:28:9:27:99:35:9:26:6:29 chr11 71279936 . A C 36.66 PASS AF=0.0989011;AO=9;DP=90;FAO=9;FDP=91;FR=.;FRO=82;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.00196291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3268;QD=1.61142;RBI=0.0811795;REFB=-0.00199292;REVB=-0.0811558;RO=81;SAF=2;SAR=7;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324822;STB=0.749424;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0117514;OID=.;OPOS=71279936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:90:91:81:82:9:9:0.0989011:7:2:40:41:7:2:40:42 chr11 71318195 . G A 123.94 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0683817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.6401;QD=26.0935;RBI=0.0686583;REFB=-0.0918046;REVB=0.00615619;RO=6;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974122;STB=0.554376;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0229187;OID=.;OPOS=71318195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:19:19:6:6:13:13:0.684211:4:9:5:1:4:9:5:1 chr11 71544269 . C T 235.43 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.061188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2934;QD=13.2638;RBI=0.0621364;REFB=-0.0120697;REVB=-0.0108147;RO=43;SAF=10;SAR=18;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238274;STB=0.636266;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0112254;OID=.;OPOS=71544269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:18:10:25:18:18:10:25:18 chr11 71548465 . A G 344.34 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0946015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9653;QD=13.1178;RBI=0.0957856;REFB=-0.00443298;REVB=-0.0150146;RO=64;SAF=21;SAR=20;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298423;STB=0.516945;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00566759;OID=.;OPOS=71548465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:64:41:41:0.390476:20:21:31:33:20:21:31:33 chr11 71548492 . C T 331.48 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0117076;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0441;QD=13.5297;RBI=0.0195055;REFB=0.0117852;REVB=-0.0156011;RO=61;SAF=18;SAR=19;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299942;STB=0.527348;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.0211327;OID=.;OPOS=71548492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:61:61:37:37:0.377551:19:18:28:33:19:18:27:34 chr11 71548520 . A T 269.32 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0110152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.206;QD=11.8384;RBI=0.0131819;REFB=-0.00525045;REVB=-0.00724067;RO=59;SAF=16;SAR=16;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085772;STB=0.54942;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00856084;OID=.;OPOS=71548520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:59:59:32:32:0.351648:16:16:25:34:16:16:25:34 chr11 71548544 . A G 149.66 PASS AF=0.283784;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0181912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.221;QD=8.08985;RBI=0.0358809;REFB=-0.00120075;REVB=-0.0309277;RO=52;SAF=12;SAR=9;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197589;STB=0.62346;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0133881;OID=.;OPOS=71548544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:52:53:21:21:0.283784:9:12:21:31:9:12:21:32 chr11 71707257 . G A 206.85 PASS AF=0.278846;AO=29;DP=104;FAO=29;FDP=104;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.00203297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.706;QD=7.95582;RBI=0.0164834;REFB=-0.00819174;REVB=-0.0163575;RO=75;SAF=18;SAR=11;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171753;STB=0.602338;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0251116;OID=.;OPOS=71707257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:75:75:29:29:0.278846:11:18:36:39:11:18:36:39 chr11 71707489 . T C 854.79 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226994;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.979;QD=57.9515;RBI=0.0340213;REFB=0;REVB=0.0253415;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138045;OID=.;OPOS=71707489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr11 71708013 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.149;QD=57.0008;RBI=0.0385379;REFB=0;REVB=0.0272657;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32902e-05;OID=.;OPOS=71708013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:36:18:0:0:36:18:0:0 chr11 71714526 . G C 1462.97 PASS AF=0.913043;AO=104;DP=115;FAO=105;FDP=115;FR=.;FRO=10;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0203815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.731;QD=50.886;RBI=0.06339;REFB=-0.13975;REVB=0.060024;RO=10;SAF=48;SAR=56;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060655;STB=0.531448;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00104595;OID=.;OPOS=71714526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:115:115:10:10:104:105:0.913043:56:48:1:9:57:48:1:9 chr11 71718298 . C T 559.69 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.000728585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.678;QD=19.1346;RBI=0.0106992;REFB=-0.0223747;REVB=0.0106743;RO=58;SAF=14;SAR=44;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340524;STB=0.693623;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.020766;OID=.;OPOS=71718298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:59:58:58:0.495726:44:14:34:24:44:14:35:24 chr11 71808799 . CTGGGGG CTGGGGA,CTGGGG,GCTGGGG 55.46 PASS AF=0,0.306122,0;AO=2,11,3;DP=51;FAO=0,15,0;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=0,5,0;FSAR=0,10,0;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.144265,-0.097032,-0.0376617;FXX=0.0576812;HRUN=5,5,1;LEN=1,1,3;MLLD=38.8044,9.96141,17.6341;QD=4.52703;RBI=0.149306,0.101887,0.0379539;REFB=-0.0292091,-0.0901328,-0.0588744;REVB=-0.0384687,0.0310755,0.00470034;RO=25;SAF=2,6,0;SAR=0,5,3;SRF=13;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.47348,0.0291083,-0.577457;STB=0.5,0.638701,0.5;STBP=1,0.218,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.0622249,0;OID=.,.,.;OPOS=71808805,71808801,71808799;OREF=G,G,CTG;OALT=A,-,GCT;OMAPALT=CTGGGGA,CTGGGG,GCTGGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:57:51:49:25:34:2,11,3:0,15,0:0,0.306122,0:0,5,3:2,6,0:13:12:0,10,0:0,5,0:18:16 chr11 71808807 . C G 30.97 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0519786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.078;QD=2.33731;RBI=0.0624926;REFB=-0.00402065;REVB=-0.0346922;RO=45;SAF=1;SAR=6;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457178;STB=0.831363;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.185022;OID=.;OPOS=71808807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:52:53:45:46:7:7:0.132075:6:1:23:22:6:1:23:23 chr11 71941212 . A G 769.44 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4817;QD=56.9956;RBI=0.0448563;REFB=0;REVB=-0.0223005;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194169;OID=.;OPOS=71941212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr11 72281818 . A G 1237.66 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0357774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.085;QD=58.9363;RBI=0.0382529;REFB=0.00243741;REVB=0.0135373;RO=1;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997022;STB=0.510414;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-6.81828e-06;OID=.;OPOS=72281818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:1:2:82:82:0.97619:47:35:0:1:47:35:0:2 chr11 72281884 . C T 1686.85 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.13;QD=60.2445;RBI=0.0636906;REFB=0;REVB=-0.000692639;RO=0;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239295;OID=.;OPOS=72281884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:112:0:0:108:112:1:56:52:0:0:57:55:0:0 chr11 72287350 . A G 410.81 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.172386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.035;QD=56.6634;RBI=0.174203;REFB=0;REVB=0.0250991;RO=0;SAF=2;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637417;OID=.;OPOS=72287350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:27:2:0:0:27:2:0:0 chr11 72291927 . TA CA,CG 350.7 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=24,2;DP=26;FAO=24,2;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00847052,-0.00681004;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=222.292,174.276;QD=53.9544;RBI=0.0342372,0.0278348;REFB=0,0;REVB=0.0331728,0.0269889;RO=0;SAF=7,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00120248,-0.000115855;OID=.,.;OPOS=72291927,72291927;OREF=T,TA;OALT=C,CG;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:26:26:0:0:24,2:24,2:0.923077,0.0769231:17,2:7,0:0:0:17,2:7,0:0:0 chr11 72293602 . A G 1190.37 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.336;QD=61.0447;RBI=0.0364831;REFB=0;REVB=0.0241288;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224048;OID=.;OPOS=72293602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr11 72295502 . T C 1158.74 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00996657;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.494;QD=60.9862;RBI=0.0109042;REFB=0;REVB=-0.00442382;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16614e-05;OID=.;OPOS=72295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:43:33:0:0:43:33:0:0 chr11 72295906 . A G 491.64 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8883;QD=57.8398;RBI=0.0597737;REFB=0;REVB=0.0362093;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210016;OID=.;OPOS=72295906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:23:10:0:0:23:11:0:0 chr11 72408055 . G C 271.65 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00190245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.984;QD=19.4037;RBI=0.00562806;REFB=-0.0303019;REVB=0.00529676;RO=27;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927473;STB=0.551688;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0310007;OID=.;OPOS=72408055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:16:13:15:12:16:13:15:12 chr11 72409068 . G A 440.33 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.00315608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.081;QD=16.9356;RBI=0.0123402;REFB=-0.0124145;REVB=0.0119298;RO=52;SAF=21;SAR=27;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11245;STB=0.581306;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0179754;OID=.;OPOS=72409068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:56:48:48:0.461538:27:21:29:23:27:21:33:23 chr11 72409099 . A G 264.14 PASS AF=0.326531;AO=32;DP=98;FAO=32;FDP=98;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.00638184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.977;QD=10.7813;RBI=0.0201896;REFB=-0.0102715;REVB=-0.0191545;RO=66;SAF=11;SAR=21;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268341;STB=0.656152;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0186842;OID=.;OPOS=72409099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:66:66:32:32:0.326531:21:11:38:28:21:11:38:28 chr11 72532569 . G T 849.5 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.053159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3407;QD=53.0936;RBI=0.0540683;REFB=-8.5377e-06;REVB=-0.00987443;RO=3;SAF=33;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409966;STB=0.521732;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.000460564;OID=.;OPOS=72532569;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:3:3:61:61:0.953125:28:33:3:0:28:33:3:0 chr11 72532621 . T G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.305;QD=61.684;RBI=0.0192054;REFB=0;REVB=0.00581023;RO=0;SAF=30;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52854e-05;OID=.;OPOS=72532621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:11:30:0:0:11:30:0:0 chr11 72532708 . C T 472.03 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0464681;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=158.616;QD=55.5327;RBI=0.0466821;REFB=-0.14222;REVB=-0.00446514;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519988;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000861139;OID=.;OPOS=72532708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:21:12:0:0:21:12:1:0 chr11 72945337 . G A 283.89 PASS AF=0.274648;AO=39;DP=142;FAO=39;FDP=142;FR=.;FRO=103;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=63;FWDB=-0.000717564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.391;QD=7.99681;RBI=0.0166849;REFB=-0.0113617;REVB=0.0166694;RO=103;SAF=13;SAR=26;SRF=40;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732266;STB=0.543567;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0292389;OID=.;OPOS=72945337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:103:103:39:39:0.274648:26:13:40:63:26:13:40:63 chr11 72945341 . C T 2226.77 PASS AF=0.993007;AO=141;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00974928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2105;QD=62.2874;RBI=0.026051;REFB=0.0775673;REVB=-0.024158;RO=1;SAF=54;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00543441;STB=0.502857;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000316028;OID=.;OPOS=72945341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:143:1:1:141:142:0.993007:87:54:0:1:87:55:0:1 chr11 72945532 . C T 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0103225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.796;QD=9.84447;RBI=0.0105163;REFB=0.00111407;REVB=-0.00200969;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111111;STB=0.567431;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00373569;OID=.;OPOS=72945532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:4:6:10:10:4:6:10:10 chr11 72946020 . C T 611.59 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.506;QD=61.1589;RBI=0.0560988;REFB=0;REVB=0.019414;RO=0;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193567;OID=.;OPOS=72946020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:11:28:0:0:12:28:0:0 chr11 72946140 . G C 45.53 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0605181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9595;QD=26.0174;RBI=0.112754;REFB=-0.0175114;REVB=0.0951363;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0116139;OID=.;OPOS=72946140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:1:5:1:0:1:5:1:0 chr11 73021102 . G A 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0366555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.392;QD=12.5626;RBI=0.0369693;REFB=-0.0115371;REVB=0.00480665;RO=34;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116998;STB=0.559944;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0152276;OID=.;OPOS=73021102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:22:22:0.385965:14:8:16:18:14:8:16:19 chr11 73105539 . C T 136.02 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0123305;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=195.01;QD=10.4631;RBI=0.0132387;REFB=-0.00796945;REVB=0.00481897;RO=35;SAF=11;SAR=6;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906935;STB=0.553892;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.026047;OID=.;OPOS=73105539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:6:11:20:15:6:11:20:15 chr11 73441772 . A C 648.04 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0146134;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=233.8;QD=57.6039;RBI=0.0238259;REFB=-0.0510299;REVB=0.0188181;RO=2;SAF=17;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052086;STB=0.527765;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00021023;OID=.;OPOS=73441772;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:26:17:2:0:26:17:2:0 chr11 73543621 . T C 666.97 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0170113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.988;QD=57.9975;RBI=0.0257957;REFB=-0.12213;REVB=0.0193916;RO=2;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029351;STB=0.515618;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00242096;OID=.;OPOS=73543621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:31:13:0:2:31:13:0:2 chr11 73620537 . C G 2356.33 PASS AF=0.993631;AO=155;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0176148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2905;QD=60.034;RBI=0.0653074;REFB=-0.0124517;REVB=-0.062887;RO=1;SAF=72;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656166;STB=0.503401;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000159821;OID=.;OPOS=73620537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:1:1:155:156:0.993631:83:72:1:0:83:73:1:0 chr11 73670645 . T C 1648.07 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00943823;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.411;QD=60.4795;RBI=0.0102562;REFB=0;REVB=-0.00401377;RO=0;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37978e-05;OID=.;OPOS=73670645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:54:54:0:0:55:54:0:0 chr11 73676003 . C CA 120.4 PASS AF=0.372881;AO=21;DP=60;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.037228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.2535;QD=8.16257;RBI=0.0584345;REFB=-0.0210577;REVB=0.0450407;RO=38;SAF=9;SAR=12;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249531;STB=0.64693;STBP=0.093;TYPE=ins;VARB=0.0365853;OID=.;OPOS=73676004;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372881:21:60:22:59:37:9:13:24:13:99:38:9:12:25:13 chr11 73689006 . G A 117.22 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0516148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3463;QD=8.5248;RBI=0.051924;REFB=-0.0124846;REVB=0.00565832;RO=39;SAF=5;SAR=11;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155832;STB=0.594472;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0405684;OID=.;OPOS=73689006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:11:5:17:22:11:5:17:22 chr11 73689104 . G A 1135.1 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2558;QD=60.5389;RBI=0.0554592;REFB=0;REVB=0.0299732;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449349;OID=.;OPOS=73689104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr11 73715542 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.209;QD=57.2374;RBI=0.037002;REFB=0;REVB=0.0265349;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124759;OID=.;OPOS=73715542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr11 73717254 . A G 883.9 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.519;QD=57.0257;RBI=0.0189498;REFB=0;REVB=0.0151961;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109582;OID=.;OPOS=73717254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:60:62:1:25:35:0:0:27:35:0:0 chr11 73744486 . T G 326.33 PASS AF=0.347107;AO=41;DP=116;FAO=42;FDP=121;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.0353955;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.3414;QD=10.7878;RBI=0.121141;REFB=-0.0108343;REVB=-0.115855;RO=75;SAF=25;SAR=16;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579214;STB=0.542366;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0108492;OID=.;OPOS=73744486;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:121:75:79:41:42:0.347107:16:25:42:33:17:25:42:37 chr11 73785326 . T C 1491.68 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.779;QD=63.4759;RBI=0.02663;REFB=0;REVB=0.0200656;RO=0;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0297e-05;OID=.;OPOS=73785326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:53:41:0:0:53:41:0:0 chr11 73806443 . C T 879.85 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327638;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.315;QD=57.6951;RBI=0.0330143;REFB=0;REVB=0.00405939;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113526;OID=.;OPOS=73806443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:29:31:0:0:29:32:0:0 chr11 73825503 . T C 2865.1 PASS AF=1;AO=179;DP=181;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153234;FXX=0.0216205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.671;QD=63.3172;RBI=0.0214825;REFB=0;REVB=0.0150563;RO=0;SAF=92;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.28425e-06;OID=.;OPOS=73825503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:181:0:0:179:181:1:87:92:0:0:87:94:0:0 chr11 73978243 . G A 1397.3 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00467027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.401;QD=62.1022;RBI=0.023258;REFB=0;REVB=0.0227842;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67448e-05;OID=.;OPOS=73978243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:44:45:0:0:45:45:0:0 chr11 73988167 . C T 1563.33 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.303;QD=58.9938;RBI=0.0192063;REFB=0;REVB=-0.00865799;RO=0;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24048e-05;OID=.;OPOS=73988167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:106:0:0:103:106:1:53:50:0:0:54:52:0:0 chr11 74043707 . AG A,AA 757.86 PASS AF=0.0185185,0.981481;AO=14,40;DP=54;FAO=1,53;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=1,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373567,0.123308;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=155.489,164.313;QD=56.1376;RBI=0.0420503,0.12471;REFB=0,0;REVB=0.0193054,0.0186465;RO=0;SAF=7,17;SAR=7,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,6.4817e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0229085,0.000522773;OID=.,.;OPOS=74043708,74043708;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0185185,0.981481:14,40:54:1,53:54:0:0,24:1,29:0:0:7:0:7,17:7,23:0:0 chr11 74046975 . C T 1377.47 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.906;QD=62.6121;RBI=0.016934;REFB=0;REVB=0.00959862;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.45495e-06;OID=.;OPOS=74046975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:42:46:0:0:42:46:0:0 chr11 74049569 . A G 1859.36 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6992;QD=61.4666;RBI=0.0169968;REFB=0;REVB=0.0169367;RO=0;SAF=57;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62855e-05;OID=.;OPOS=74049569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:64:57:0:0:64:57:0:0 chr11 74053547 . C T 1331.25 PASS AF=0.977528;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00221138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.157;QD=59.8313;RBI=0.00378493;REFB=-0.0532732;REVB=0.00307173;RO=2;SAF=41;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225478;STB=0.511625;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000223008;OID=.;OPOS=74053547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:89:2:2:86:87:0.977528:45:41:2:0:45:42:2:0 chr11 74109166 . A G 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=4;FWDB=-0.0307663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.274;QD=16.0341;RBI=0.0311964;REFB=-0.0144722;REVB=-0.00516241;RO=26;SAF=13;SAR=7;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233779;STB=0.644157;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0170367;OID=.;OPOS=74109166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:28:20:20:0.416667:7:13:22:4:7:13:24:4 chr11 74110353 . A G 114.32 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00508555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.631;QD=10.393;RBI=0.0146524;REFB=9.51165e-05;REVB=-0.0137415;RO=30;SAF=5;SAR=9;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30773;STB=0.683291;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.000397465;OID=.;OPOS=74110353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:9:5:19:11:9:5:19:11 chr11 74167409 . T C 149.37 PASS AF=0.34;AO=15;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0343626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2974;QD=11.9497;RBI=0.0344494;REFB=0.013556;REVB=-0.002444;RO=32;SAF=8;SAR=7;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18065;STB=0.575975;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.0212969;OID=.;OPOS=74167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:33:15:17:0.34:7:8:22:10:7:10:23:10 chr11 74167857 . G A 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00933583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.512;QD=10.1856;RBI=0.0132913;REFB=-0.00302935;REVB=0.00946048;RO=34;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116754;STB=0.570153;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00691741;OID=.;OPOS=74167857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:6:9:17:17:6:9:17:17 chr11 74168411 . A G 503.54 PASS AF=0.521277;AO=48;DP=93;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.057656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0803;QD=21.4274;RBI=0.0576837;REFB=-0.0171947;REVB=-0.00178698;RO=45;SAF=28;SAR=20;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179175;STB=0.592108;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0218656;OID=.;OPOS=74168411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:45:45:48:49:0.521277:20:28:17:28:21:28:17:28 chr11 74203308 . T A 343.42 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0364231;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5112;QD=15.9728;RBI=0.0365161;REFB=-0.0132708;REVB=0.00260414;RO=48;SAF=24;SAR=13;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199681;STB=0.502761;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0196613;OID=.;OPOS=74203308;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:48:49:37:37:0.430233:13:24:32:16:13:24:32:17 chr11 74204269 . T G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.059;QD=63.8719;RBI=0.0709697;REFB=0;REVB=0.0659073;RO=0;SAF=6;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.07197e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129677;OID=.;OPOS=74204269;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:42:6:0:0:42:6:0:0 chr11 74208029 . C T 562.88 PASS AF=0.46875;AO=59;DP=126;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0518646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.544;QD=17.5899;RBI=0.0525445;REFB=-0.00951495;REVB=-0.00842532;RO=67;SAF=26;SAR=33;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00687106;STB=0.503154;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0100037;OID=.;OPOS=74208029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:67:68:59:60:0.46875:33:26:30:37:33:27:31:37 chr11 74208214 . G A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0167916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.365;QD=20.1598;RBI=0.0181482;REFB=-0.00115386;REVB=-0.00688485;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224986;STB=0.626896;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00133191;OID=.;OPOS=74208214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:7:9:4:10:7:9:4:10 chr11 74208592 . G T 126.68 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00473012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5273;QD=11.2603;RBI=0.00741658;REFB=-0.0116151;REVB=-0.00571241;RO=30;SAF=5;SAR=10;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363101;STB=0.714014;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0416851;OID=.;OPOS=74208592;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:10:5:20:10:10:5:20:10 chr11 74208618 . G A 68.44 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0180291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.911;QD=5.70342;RBI=0.0183561;REFB=-0.00277841;REVB=-0.00344909;RO=38;SAF=3;SAR=7;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336133;STB=0.716787;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0204291;OID=.;OPOS=74208618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:7:3:22:16:7:3:22:16 chr11 74278090 . C T 922.25 PASS AF=0.421941;AO=100;DP=237;FAO=100;FDP=237;FR=.;FRO=137;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=79;FSRR=58;FWDB=-0.00644245;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.461;QD=15.5655;RBI=0.0206104;REFB=-0.0099124;REVB=-0.0195777;RO=133;SAF=49;SAR=51;SRF=77;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910733;STB=0.549994;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0147579;OID=.;OPOS=74278090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:133:137:100:100:0.421941:51:49:77:56:51:49:79:58 chr11 74278176 . C T 607.48 PASS AF=0.426667;AO=64;DP=150;FAO=64;FDP=150;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=-0.0803058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6113;QD=16.1993;RBI=0.0853842;REFB=-0.0158295;REVB=-0.0290079;RO=86;SAF=29;SAR=35;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243443;STB=0.513623;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0187194;OID=.;OPOS=74278176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:86:86:64:64:0.426667:35:29:41:45:35:29:41:45 chr11 74329615 . T C 205.59 PASS AF=0.45098;AO=21;DP=49;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00274109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.516;QD=16.1245;RBI=0.0252299;REFB=-0.0152521;REVB=0.0250805;RO=28;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125592;STB=0.526779;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0193381;OID=.;OPOS=74329615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:28:28:21:23:0.45098:8:13:17:11:8:15:17:11 chr11 74396330 . C T 1012.1 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00722993;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.923;QD=59.5352;RBI=0.0142663;REFB=0;REVB=0.0122986;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110686;OID=.;OPOS=74396330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr11 74413872 . A G 533.06 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=115;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.00776333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8579;QD=18.5412;RBI=0.0785851;REFB=0.016695;REVB=-0.0782007;RO=59;SAF=35;SAR=21;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142522;STB=0.579036;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.0152522;OID=.;OPOS=74413872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:59:59:56:56:0.486957:21:35:28:31:21:35:28:31 chr11 74419357 . C T 366.25 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.0340553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4273;QD=16.4608;RBI=0.0343857;REFB=-0.0211784;REVB=0.00475542;RO=46;SAF=18;SAR=21;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182959;STB=0.610202;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0367116;OID=.;OPOS=74419357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:50:39:39:0.438202:21:18:30:16:21:18:33:17 chr11 74429871 . T A 234.58 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0153309;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.424;QD=24.0592;RBI=0.0416376;REFB=-0.00678074;REVB=-0.0387124;RO=17;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689408;STB=0.538427;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0044869;OID=.;OPOS=74429871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:17:17:22:22:0.564103:11:11:7:10:11:11:7:10 chr11 74546905 . G A 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.00402566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.461;QD=12.4136;RBI=0.0144564;REFB=-0.0140168;REVB=-0.0138846;RO=36;SAF=13;SAR=10;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143195;STB=0.588163;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0229057;OID=.;OPOS=74546905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:37:23:23:0.383333:10:13:25:11:10:13:26:11 chr11 74553074 . C T 274.1 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0153017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1335;QD=12.899;RBI=0.0539678;REFB=-0.00975182;REVB=-0.0517531;RO=52;SAF=14;SAR=18;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586945;STB=0.526299;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0261438;OID=.;OPOS=74553074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:53:32:32:0.376471:18:14:20:32:18:14:21:32 chr11 74660631 . G A 318.72 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00522132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.222;QD=20.8993;RBI=0.0156934;REFB=-0.0221763;REVB=-0.0147993;RO=28;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155037;STB=0.585748;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0151352;OID=.;OPOS=74660631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:18:15:18:10:18:15:18:10 chr11 74679321 . G A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.137346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.422;QD=20.8931;RBI=0.141018;REFB=-0.0298958;REVB=0.0319696;RO=6;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348751;STB=0.699599;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00185413;OID=.;OPOS=74679321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:7:3:5:1:7:3:5:1 chr11 74705696 . T C 234.8 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00573598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.667;QD=19.1676;RBI=0.00680871;REFB=-0.0285479;REVB=-0.00366838;RO=26;SAF=7;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109688;STB=0.542819;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0241435;OID=.;OPOS=74705696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:26:22:23:0.469388:15:7:11:15:15:8:11:15 chr11 74862391 . A G 545.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0403855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.307;QD=57.3922;RBI=0.0510206;REFB=0.0203179;REVB=0.0311787;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346573;STB=0.518508;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.000108297;OID=.;OPOS=74862391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:13:24:0:1:13:24:0:1 chr11 74904362 . T C 1930.52 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0716105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.126;QD=61.7767;RBI=0.07525;REFB=0;REVB=0.0231193;RO=0;SAF=66;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.08268e-05;OID=.;OPOS=74904362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:58:66:0:0:59:66:0:0 chr11 74907582 . C T 1377.75 PASS AF=0.537849;AO=129;DP=245;FAO=135;FDP=251;FR=.;FRO=116;FSAF=84;FSAR=51;FSRF=72;FSRR=44;FWDB=0.0110858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.804;QD=21.9562;RBI=0.0175005;REFB=-0.00286231;REVB=0.0135415;RO=114;SAF=80;SAR=49;SRF=70;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00557192;STB=0.500753;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00276513;OID=.;OPOS=74907582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:251:114:116:129:135:0.537849:49:80:70:44:51:84:72:44 chr11 74977067 . C T 257.99 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0204749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.73;QD=18.4279;RBI=0.0212746;REFB=-0.00261801;REVB=0.00577831;RO=27;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476899;STB=0.51789;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00245949;OID=.;OPOS=74977067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:13:15:13:14:13:15:14:14 chr11 74994411 . C T 180.09 PASS AF=0.42;AO=20;DP=51;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00367146;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.089;QD=14.4069;RBI=0.0106864;REFB=-0.00582719;REVB=0.010036;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229947;STB=0.597214;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0131714;OID=.;OPOS=74994411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:26:29:20:21:0.42:10:10:19:7:10:11:20:9 chr11 74995350 . C T 172.26 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0702717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3127;QD=11.1134;RBI=0.0705103;REFB=-0.0210448;REVB=-0.0057959;RO=36;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179256;STB=0.574399;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0239629;OID=.;OPOS=74995350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:36:40:22:22:0.354839:8:14:17:19:8:14:21:19 chr11 75110576 . G A 460.07 PASS AF=0.623188;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00788507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.969;QD=26.6706;RBI=0.015311;REFB=-0.0214476;REVB=0.0131245;RO=26;SAF=28;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110446;STB=0.560372;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0142502;OID=.;OPOS=75110576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:26:26:43:43:0.623188:15:28:13:13:15:28:13:13 chr11 75115214 . C T 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0133689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.513;QD=24.9294;RBI=0.0190373;REFB=-0.00701281;REVB=-0.0135532;RO=18;SAF=18;SAR=7;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343231;STB=0.701135;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00366609;OID=.;OPOS=75115214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:19:25:25:0.568182:7:18:5:13:7:18:5:14 chr11 75145952 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.603;QD=60.2046;RBI=0.00787926;REFB=0;REVB=-0.00611985;RO=0;SAF=47;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0661e-06;OID=.;OPOS=75145952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:26:47:0:0:26:47:0:0 chr11 75152243 . C T 286.86 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.579;QD=52.1559;RBI=0.0152191;REFB=0;REVB=0.00565196;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176947;OID=.;OPOS=75152243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:10:12:0:0 chr11 75160575 . G A 2335.7 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00126862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.628;QD=61.064;RBI=0.0588857;REFB=0;REVB=0.058872;RO=0;SAF=83;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00019e-05;OID=.;OPOS=75160575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:70:83:0:0:70:83:0:0 chr11 75167793 . G A 270.06 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0262644;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9147;QD=14.0291;RBI=0.0496572;REFB=-0.00664644;REVB=0.0421429;RO=46;SAF=21;SAR=10;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15033;STB=0.585901;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0117219;OID=.;OPOS=75167793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:10:21:25:21:10:21:25:21 chr11 75277520 . G A 256.42 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0103973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.42;QD=11.271;RBI=0.0112072;REFB=-0.0138205;REVB=0.00418279;RO=60;SAF=14;SAR=17;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740494;STB=0.542911;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0235915;OID=.;OPOS=75277520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:60:60:31:31:0.340659:17:14:31:29:17:14:31:29 chr11 75277628 . A G 777.16 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.298;QD=63.442;RBI=0.0461345;REFB=0;REVB=0.0448521;RO=0;SAF=11;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73594e-05;OID=.;OPOS=75277628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:36:11:0:0:38:11:0:0 chr11 75277992 . C T 273.46 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=52;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0305612;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.628;QD=21.4482;RBI=0.0305768;REFB=-0.0140573;REVB=0.000977158;RO=25;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136111;STB=0.564808;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0126746;OID=.;OPOS=75277992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:25:23:27:28:0.54902:13:14:9:16:13:15:9:14 chr11 75439094 . AG A 72.13 PASS AF=0.365385;AO=21;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0658659;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.5809;QD=5.54883;RBI=0.0658659;REFB=-0.0314218;REVB=7.10382e-05;RO=28;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=10;SSEN=0.305263;SSEP=0;SSSB=-0.165938;STB=0.583415;STBP=0.37;TYPE=del;VARB=0.0529163;OID=.;OPOS=75439095;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365385:21:52:19:52:33:9:10:20:13:72:28:10:11:18:10 chr11 76115231 . G A 338.14 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.000295036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.546;QD=22.9244;RBI=0.00808626;REFB=-0.0165293;REVB=0.00808088;RO=24;SAF=24;SAR=10;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807885;STB=0.549972;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0109415;OID=.;OPOS=76115231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:25:34:34:0.576271:10:24:19:5:10:24:20:5 chr11 76183722 . A G 476.43 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.00767394;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.305;QD=16.5715;RBI=0.0220343;REFB=-0.00602101;REVB=0.0206548;RO=63;SAF=23;SAR=29;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491695;STB=0.52744;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00693061;OID=.;OPOS=76183722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:63:63:52:52:0.452174:29:23:31:32:29:23:31:32 chr11 76207633 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.979;QD=59.1432;RBI=0.0124246;REFB=0;REVB=0.00543395;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7712e-05;OID=.;OPOS=76207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr11 76262357 . TTA T,TTT 93.71 PASS AF=0.283019,0;AO=11,4;DP=60;FAO=15,0;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=9,0;FSAR=6,0;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.0164232,0.0617994;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=26.4006,20.4264;QD=7.07278;RBI=0.274692,0.0969451;REFB=-0.0095522,-0.000782287;REVB=-0.274201,-0.0746939;RO=40;SAF=8,0;SAR=3,4;SRF=28;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0408176,-0.663154;STB=0.606427,0.5;STBP=0.396,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0166986,0;OID=.,.;OPOS=76262358,76262359;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283019,0:11,4:60:15,0:53:38:9,0:6,0:28:10:94:40:8,0:3,4:28:12 chr11 76368553 . A G 1011.98 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00269058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3764;QD=57.8272;RBI=0.0229982;REFB=0.0593113;REVB=0.0228403;RO=1;SAF=22;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209994;STB=0.511108;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.000160734;OID=.;OPOS=76368553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:47:22:1:0:47:22:1:0 chr11 76368639 . A C 537.99 PASS AF=0.604938;AO=49;DP=82;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00695887;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.895;QD=26.5672;RBI=0.0140999;REFB=-0.0338385;REVB=-0.012263;RO=32;SAF=23;SAR=26;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222058;STB=0.512116;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0180153;OID=.;OPOS=76368639;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:32:32:49:49:0.604938:26:23:16:16:26:23:16:16 chr11 76370792 . A G 1062.42 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.507;QD=59.8546;RBI=0.0248193;REFB=0;REVB=0.00903416;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35737e-05;OID=.;OPOS=76370792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:36:34:0:0:36:35:0:0 chr11 76372052 . A G 211.74 PASS AF=0.525;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=-0.0100153;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.984;QD=21.1743;RBI=0.0451998;REFB=0.00647428;REVB=0.0440763;RO=18;SAF=17;SAR=3;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680106;STB=0.571367;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00446394;OID=.;OPOS=76372052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:20:21:0.525:3:17:16:2:4:17:17:2 chr11 76372418 . T C 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0300433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9592;QD=21.3526;RBI=0.0324895;REFB=-0.0273601;REVB=0.0123681;RO=9;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109623;STB=0.5624;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0348667;OID=.;OPOS=76372418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:9:4:4:5:9:4:4:5 chr11 76405613 . C T 606.55 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=126;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.020378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.539;QD=19.2556;RBI=0.0213282;REFB=0.010172;REVB=-0.0062952;RO=64;SAF=35;SAR=27;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130836;STB=0.572281;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0123419;OID=.;OPOS=76405613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:64:64:62:62:0.492063:27:35:27:37:27:35:27:37 chr11 76414430 . G A 214.76 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.00798394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.642;QD=10.7382;RBI=0.014156;REFB=-0.0165138;REVB=0.0116897;RO=53;SAF=17;SAR=10;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242752;STB=0.64111;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0218123;OID=.;OPOS=76414430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:53:53:27:27:0.3375:10:17:22:31:10:17:22:31 chr11 76415209 . G A 301.0 PASS AF=0.35;AO=35;DP=100;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0887792;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.0278;QD=12.0402;RBI=0.118763;REFB=-0.00774826;REVB=0.0788847;RO=65;SAF=17;SAR=18;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594227;STB=0.534227;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0165019;OID=.;OPOS=76415209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:65:65:35:35:0.35:18:17:35:30:18:17:35:30 chr11 76418737 . A G 77.52 PASS AF=0.454545;AO=11;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.014399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1275;QD=14.0943;RBI=0.0262389;REFB=-0.0491897;REVB=0.021935;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079851;STB=0.509415;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0283078;OID=.;OPOS=76418737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:11:10:0.454545:6:5:4:7:6:4:5:7 chr11 76427674 . G C 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0146239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.53;QD=20.1559;RBI=0.028017;REFB=-0.0283659;REVB=0.0238976;RO=25;SAF=10;SAR=18;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302834;STB=0.668317;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0435225;OID=.;OPOS=76427674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:18:10:18:7:18:10:18:7 chr11 76427823 . T C 242.04 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0313915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2805;QD=14.6691;RBI=0.0493413;REFB=-0.0122828;REVB=0.0380675;RO=37;SAF=10;SAR=18;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799782;STB=0.539142;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0106123;OID=.;OPOS=76427823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:38:28:28:0.424242:18:10:16:21:18:10:16:22 chr11 76430546 . C G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.000816613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.317;QD=11.4398;RBI=0.00214923;REFB=-0.0193166;REVB=-0.00198805;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244315;STB=0.646728;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0383125;OID=.;OPOS=76430546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:8:6:6:3:8:6 chr11 76430585 . C T 205.65 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0365905;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1658;QD=16.1294;RBI=0.0759341;REFB=-0.0405919;REVB=0.0665366;RO=28;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833645;STB=0.547403;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0767405;OID=.;OPOS=76430585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:28:28:23:23:0.45098:15:8:12:16:15:8:12:16 chr11 76430597 . A G 214.48 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.028731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.537;QD=15.5988;RBI=0.048582;REFB=-0.0133981;REVB=-0.0391758;RO=28;SAF=8;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145459;STB=0.586136;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0212825;OID=.;OPOS=76430597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:28:30:25:25:0.454545:17:8:13:15:17:8:14:16 chr11 76507692 . T A 1912.44 PASS AF=0.992188;AO=121;DP=126;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0536806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3512;QD=59.7638;RBI=0.0549645;REFB=0.0353391;REVB=0.0118106;RO=2;SAF=51;SAR=70;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00248507;STB=0.503496;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000218533;OID=.;OPOS=76507692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:128:2:1:121:127:0.992188:70:51:1:1:71:56:0:1 chr11 76637651 . G A 550.66 PASS AF=0.402685;AO=60;DP=149;FAO=60;FDP=149;FR=.;FRO=89;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=-0.0227987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6668;QD=14.7827;RBI=0.0229292;REFB=-0.00089264;REVB=0.00244324;RO=89;SAF=24;SAR=36;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171791;STB=0.596742;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00258419;OID=.;OPOS=76637651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:89:89:60:60:0.402685:36:24:50:39:36:24:50:39 chr11 76637680 . G A 500.99 PASS AF=0.395833;AO=50;DP=138;FAO=57;FDP=144;FR=.;FRO=87;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.0782555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.341;QD=13.9165;RBI=0.0783208;REFB=0.0117013;REVB=-0.00319584;RO=87;SAF=16;SAR=34;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239825;STB=0.587333;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.0132462;OID=.;OPOS=76637680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:144:87:87:50:57:0.395833:34:16:46:41:35:22:46:41 chr11 76687399 . A C 629.54 PASS AF=0.520661;AO=63;DP=121;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00606427;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.993;QD=20.8111;RBI=0.00671178;REFB=-0.00427016;REVB=0.0028762;RO=58;SAF=28;SAR=35;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118497;STB=0.506516;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0040463;OID=.;OPOS=76687399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:58:58:63:63:0.520661:35:28:25:33:35:28:25:33 chr11 76701606 . G A 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=29;FWDB=-0.00232893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.174;QD=19.9731;RBI=0.00848611;REFB=-0.00147311;REVB=-0.00816028;RO=35;SAF=16;SAR=21;SRF=6;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243756;STB=0.63385;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000968976;OID=.;OPOS=76701606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:21:16:6:29:21:16:6:29 chr11 76709795 . G A 192.99 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0300298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.996;QD=10.0256;RBI=0.0313681;REFB=-0.0136554;REVB=-0.00906453;RO=51;SAF=16;SAR=9;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860562;STB=0.545018;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0313364;OID=.;OPOS=76709795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:52:25:25:0.324675:9:16:29:22:9:16:30:22 chr11 76732308 . G A 318.37 PASS AF=0.350877;AO=40;DP=115;FAO=40;FDP=114;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.00331533;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.935;QD=11.1708;RBI=0.00706301;REFB=0.0106207;REVB=0.00623656;RO=67;SAF=21;SAR=19;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149662;STB=0.577187;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.015088;OID=.;OPOS=76732308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:67:74:40:40:0.350877:19:21:26:41:19:21:30:44 chr11 76732949 . T C 168.85 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0159738;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=112.566;QD=16.0811;RBI=0.0258974;REFB=-0.010219;REVB=0.0203842;RO=23;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131851;STB=0.564792;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0292523;OID=.;OPOS=76732949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:24:18:18:0.428571:7:11:11:12:7:11:12:12 chr11 76733024 . A G 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00778121;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=322.436;QD=22.9576;RBI=0.0102291;REFB=0.00684408;REVB=0.00663988;RO=11;SAF=12;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02165;STB=0.51218;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.00498135;OID=.;OPOS=76733024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:4:12:8:3:4:12:8:3 chr11 76751541 . CT C 459.27 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.2936;QD=48.3446;RBI=0.10553;REFB=0;REVB=-0.10491;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00309013;OID=.;OPOS=76751542;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:38:38:38:0:20:18:0:0:8:0:20:16:0:0 chr11 76751584 . CT C 1149.61 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00343419;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.342;QD=58.9544;RBI=0.0241166;REFB=0;REVB=-0.0238708;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000329285;OID=.;OPOS=76751585;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:77:79:78:78:0:39:39:0:0:6:0:39:38:0:0 chr11 76751587 . G A 363.35 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0366162;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5264;QD=17.9432;RBI=0.069975;REFB=-0.00337309;REVB=0.0596302;RO=43;SAF=19;SAR=19;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110412;STB=0.50617;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00565367;OID=.;OPOS=76751587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:43:43:38:38:0.469136:19:19:21:22:19:19:21:22 chr11 76751603 . CT C 1131.91 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0846928;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.6975;QD=49.2133;RBI=0.119294;REFB=0;REVB=-0.0840131;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00250806;OID=.;OPOS=76751604;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:91:93:92:92:0:44:48:0:0:20:0:43:48:0:0 chr11 76799004 . T C 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.785;QD=62.465;RBI=0.0321501;REFB=0;REVB=0.0288381;RO=0;SAF=53;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82456e-05;OID=.;OPOS=76799004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:34:53:0:0:34:53:0:0 chr11 76836864 . G A 1455.49 PASS AF=0.560669;AO=134;DP=241;FAO=134;FDP=239;FR=.;FRO=105;FSAF=75;FSAR=59;FSRF=56;FSRR=49;FWDB=0.00287227;FXX=0.0164602;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.507;QD=24.3596;RBI=0.00369306;REFB=-0.0201197;REVB=-0.00232137;RO=104;SAF=75;SAR=59;SRF=55;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250829;STB=0.511717;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0140298;OID=.;OPOS=76836864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:239:104:105:134:134:0.560669:59:75:55:49:59:75:56:49 chr11 76853783 . T C 1170.81 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0167499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.599;QD=57.1126;RBI=0.0439582;REFB=-0.0855267;REVB=0.0406419;RO=3;SAF=30;SAR=49;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00341201;STB=0.501803;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00189238;OID=.;OPOS=76853783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:3:3:79:79:0.963415:49:30:1:2:49:30:1:2 chr11 76905434 . C T 49.19 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0105775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9134;QD=4.09938;RBI=0.0477971;REFB=-0.0131194;REVB=0.046612;RO=39;SAF=1;SAR=7;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461788;STB=0.820079;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0493767;OID=.;OPOS=76905434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:48:39:40:8:8:0.166667:7:1:18:21:7:1:18:22 chr11 76917220 . A G 212.01 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0210755;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8398;QD=16.0008;RBI=0.0340025;REFB=-0.0207579;REVB=-0.0266831;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339897;STB=0.509426;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0209252;OID=.;OPOS=76917220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:29:24:24:0.45283:12:12:15:13:12:12:15:14 chr11 76919478 . C A 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0354874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4023;QD=22.9085;RBI=0.043292;REFB=-0.00222544;REVB=0.024796;RO=16;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228424;STB=0.636014;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.000711805;OID=.;OPOS=76919478;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:17:21:21:0.552632:10:11:13:3:10:11:14:3 chr11 76922946 . G A 213.29 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0224853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.183;QD=12.5466;RBI=0.025666;REFB=-0.00651863;REVB=0.0123755;RO=42;SAF=10;SAR=16;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491635;STB=0.52828;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0105394;OID=.;OPOS=76922946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:16:10:18:24:16:10:18:24 chr11 76923017 . G A 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00938227;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.068;QD=15.1567;RBI=0.0146688;REFB=-0.00983587;REVB=0.011276;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903871;STB=0.551295;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0118346;OID=.;OPOS=76923017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:14:11:17:15:14:11:17:15 chr11 76928025 . A G 924.34 PASS AF=0.52907;AO=90;DP=171;FAO=91;FDP=172;FR=.;FRO=81;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.000786969;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.446;QD=21.4962;RBI=0.00119836;REFB=-0.018062;REVB=-0.000903738;RO=80;SAF=41;SAR=49;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918391;STB=0.555189;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0151499;OID=.;OPOS=76928025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:80:81:90:91:0.52907:49:41:45:35:50:41:46:35 chr11 76928149 . A G 3043.37 PASS AF=0.971292;AO=203;DP=210;FAO=203;FDP=209;FR=.;FRO=6;FSAF=91;FSAR=112;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0101975;FXX=0.00476168;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.746;QD=58.2464;RBI=0.014272;REFB=-0.0595789;REVB=0.0099851;RO=5;SAF=91;SAR=112;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162395;STB=0.511147;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00126419;OID=.;OPOS=76928149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:210:209:5:6:203:203:0.971292:112:91:4:1:112:91:5:1 chr11 76938959 . C T 185.5 PASS AF=0.284091;AO=25;DP=88;FAO=25;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0292579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.318;QD=8.43177;RBI=0.0323179;REFB=-0.00874852;REVB=-0.0137265;RO=63;SAF=8;SAR=17;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159009;STB=0.595252;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0212291;OID=.;OPOS=76938959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:63:63:25:25:0.284091:17:8:28:35:17:8:28:35 chr11 77377868 . A T 385.94 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0113764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.145;QD=14.8438;RBI=0.0116098;REFB=-0.00723711;REVB=-0.00231627;RO=59;SAF=23;SAR=21;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722911;STB=0.544835;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00761114;OID=.;OPOS=77377868;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:60:44:44:0.423077:21:23:35:24:21:23:36:24 chr11 77614592 . C T 113.15 PASS AF=0.189189;AO=19;DP=109;FAO=21;FDP=111;FR=.;FRO=90;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=57;FSRR=33;FWDB=0.00992625;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.104;QD=4.07746;RBI=0.0185111;REFB=-0.0106548;REVB=-0.0156247;RO=88;SAF=8;SAR=11;SRF=55;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254647;STB=0.626054;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0289645;OID=.;OPOS=77614592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:88:90:19:21:0.189189:11:8:55:33:11:10:57:33 chr11 77629132 . A AT 55.55 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0631409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=33.2725;QD=11.109;RBI=0.0638875;REFB=-0.0130087;REVB=-0.00973868;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359997;STB=0.713795;STBP=0.162;TYPE=ins;VARB=0.0240387;OID=.;OPOS=77629133;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:8:20:8:20:12:5:3:3:9:55:12:5:3:3:9 chr11 77734209 . T C 770.49 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.024256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1601;QD=55.0352;RBI=0.0467874;REFB=0.00715865;REVB=-0.0400089;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184819;STB=0.5098;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.000320275;OID=.;OPOS=77734209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:25:30:0:1:25:30:0:1 chr11 77790653 . T C 2320.47 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2412;QD=61.0649;RBI=0.0424735;REFB=0;REVB=-0.00676468;RO=0;SAF=78;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119298;OID=.;OPOS=77790653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:74:78:0:0:74:78:0:0 chr11 77920563 . G T 248.24 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0149804;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.828;QD=18.0535;RBI=0.0165706;REFB=-0.0189955;REVB=0.00708315;RO=25;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652929;STB=0.528434;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0131742;OID=.;OPOS=77920563;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:55:25:28:27:27:0.490909:15:12:13:12:15:12:14:14 chr11 77920863 . C A 215.65 PASS AF=0.567568;AO=15;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0601675;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=37.3537;QD=23.3132;RBI=0.065707;REFB=0.0268673;REVB=0.0264063;RO=10;SAF=13;SAR=2;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.5468;STB=0.81977;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0177923;OID=.;OPOS=77920863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:10:16:15:21:0.567568:2:13:2:8:2:19:6:10 chr11 77920930 . A G 133.93 PASS AF=0.46875;AO=16;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0199606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.71;QD=16.7407;RBI=0.0234122;REFB=-0.0284095;REVB=-0.0122354;RO=16;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300156;STB=0.732057;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0370674;OID=.;OPOS=77920930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:16:15:0.46875:4:12:7:9:3:12:7:10 chr11 77921527 . G C 324.24 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0117946;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.897;QD=19.3576;RBI=0.0200923;REFB=-0.015025;REVB=-0.0162662;RO=33;SAF=22;SAR=12;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674245;STB=0.537571;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0181228;OID=.;OPOS=77921527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:33:33:34:34:0.507463:12:22:19:14:12:22:19:14 chr11 77928185 . C CATTA 259.97 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0194463;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=4;MLLD=283.704;QD=16.2479;RBI=0.0289415;REFB=-0.0290073;REVB=0.0214349;RO=31;SAF=11;SAR=17;SRF=5;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243269;STB=0.55578;STBP=0.472;TYPE=ins;VARB=0.0374535;OID=.;OPOS=77928186;OREF=-;OALT=ATTA;OMAPALT=CATTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.453125:28:62:29:64:35:11:18:10:25:99:31:11:17:5:26 chr11 77930138 . T C 270.55 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00256043;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.828;QD=22.5459;RBI=0.0413693;REFB=-0.0195504;REVB=0.04129;RO=23;SAF=17;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270484;STB=0.515139;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0159092;OID=.;OPOS=77930138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:23:23:25:25:0.520833:8:17:15:8:8:17:15:8 chr11 77930345 . T C 254.65 PASS AF=0.422535;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0182235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.043;QD=14.3464;RBI=0.0184882;REFB=-0.0096955;REVB=-0.00311718;RO=41;SAF=10;SAR=19;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103133;STB=0.565612;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0113252;OID=.;OPOS=77930345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:29:30:0.422535:19:10:18:23:20:10:18:23 chr11 77936166 . A G 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0288649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.494;QD=17.156;RBI=0.0475739;REFB=-0.00480802;REVB=0.0378166;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196336;STB=0.593443;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00579773;OID=.;OPOS=77936166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:9:8:5:14:9:8:6:14 chr11 77937687 . G A 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.00770398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2885;QD=8.2546;RBI=0.0254164;REFB=0.0263637;REVB=-0.0242207;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.470497;STB=0.777135;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0569923;OID=.;OPOS=77937687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:11:1:3:3:11:1 chr11 77937800 . G A 557.01 PASS AF=0.542857;AO=45;DP=105;FAO=57;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0820635;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.574;QD=21.2193;RBI=0.0822389;REFB=-0.0133658;REVB=-0.00536856;RO=47;SAF=9;SAR=36;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263641;STB=0.523396;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0155183;OID=.;OPOS=77937800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:47:48:45:57:0.542857:36:9:20:27:36:21:20:28 chr11 78277277 . A G 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00837278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.221;QD=14.9478;RBI=0.0208889;REFB=-0.0110965;REVB=-0.0191375;RO=41;SAF=20;SAR=11;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256565;STB=0.638774;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0220875;OID=.;OPOS=78277277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:41:42:31:31:0.424658:11:20:16:25:11:20:17:25 chr11 78279790 . T G 439.06 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0135357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.305;QD=21.9528;RBI=0.0135837;REFB=-0.000341288;REVB=-0.00114097;RO=37;SAF=19;SAR=24;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311196;STB=0.517152;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.000325142;OID=.;OPOS=78279790;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:24:19:15:22:24:19:15:22 chr11 78290350 . G A 374.43 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.00855447;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7939;QD=15.4402;RBI=0.0183411;REFB=-0.0131732;REVB=-0.016224;RO=57;SAF=20;SAR=20;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00911926;STB=0.505152;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0210317;OID=.;OPOS=78290350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:57:57:40:40:0.412371:20:20:29:28:20:20:29:28 chr11 78364513 . A G 341.93 PASS AF=0.430233;AO=36;DP=85;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00259323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.685;QD=15.9038;RBI=0.00661898;REFB=0.00159759;REVB=0.00608984;RO=49;SAF=24;SAR=12;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829942;STB=0.534755;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.0019375;OID=.;OPOS=78364513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:49:49:36:37:0.430233:12:24:29:20:13:24:29:20 chr11 78372536 . G A 754.3 PASS AF=0.478788;AO=75;DP=161;FAO=79;FDP=165;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=0.0352431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.141;QD=18.286;RBI=0.0353972;REFB=-0.0250816;REVB=-0.00329899;RO=86;SAF=35;SAR=40;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768694;STB=0.540679;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0282954;OID=.;OPOS=78372536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:165:86:86:75:79:0.478788:40:35:47:39:42:37:47:39 chr11 78443586 . G A 361.37 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=0.0344451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3446;QD=15.5426;RBI=0.0372999;REFB=-0.0289132;REVB=-0.0143114;RO=54;SAF=12;SAR=27;SRF=15;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367548;STB=0.5207;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.050004;OID=.;OPOS=78443586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:39:39:0.419355:27:12:15:39:27:12:15:39 chr11 78498022 . C T 86.28 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0230548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.793;QD=12.3253;RBI=0.0240981;REFB=-0.0219628;REVB=-0.00701372;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143835;STB=0.596829;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0224627;OID=.;OPOS=78498022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:15:17:11:11:0.392857:3:8:9:6:3:8:10:7 chr11 81264998 . G T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.998;QD=56.9382;RBI=0.01986;REFB=0;REVB=0.0152265;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1018e-05;OID=.;OPOS=81264998;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr11 82443672 . C G 323.26 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244613;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.6475;QD=53.8758;RBI=0.0500705;REFB=0;REVB=0.0436887;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503173;OID=.;OPOS=82443672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr11 82443817 . G A 262.93 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0651987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3533;QD=47.8055;RBI=0.0679801;REFB=-0.0721998;REVB=0.0192463;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542216;STB=0.529383;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00545614;OID=.;OPOS=82443817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:13:8:1:0:13:8:1:0 chr11 82444773 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0049213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.977;QD=12.396;RBI=0.0452528;REFB=-0.0420776;REVB=0.0449844;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20967;STB=0.630995;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0338387;OID=.;OPOS=82444773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:2:3:4:1:2:3 chr11 82535963 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.328;QD=57.7118;RBI=0.022979;REFB=0;REVB=0.00246972;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45151e-05;OID=.;OPOS=82535963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr11 82625814 . G A 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.022878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.374;QD=14.4197;RBI=0.0435347;REFB=-0.0221359;REVB=-0.0370388;RO=37;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18933;STB=0.607516;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0225837;OID=.;OPOS=82625814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:11:16:15:22:11:16:15:22 chr11 82877105 . C T 138.47 PASS AF=0.347826;AO=15;DP=44;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0435223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2368;QD=12.0412;RBI=0.0456769;REFB=0.00782721;REVB=-0.0138633;RO=29;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21;STB=0.628405;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00617613;OID=.;OPOS=82877105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:29:30:15:16:0.347826:10:5:15:14:11:5:15:15 chr11 85195025 . A C 2734.98 PASS AF=0.924623;AO=184;DP=199;FAO=184;FDP=199;FR=.;FRO=15;FSAF=48;FSAR=136;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0274819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.22;QD=54.9744;RBI=0.0432118;REFB=0.0266605;REVB=-0.0333468;RO=15;SAF=48;SAR=136;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254638;STB=0.513421;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.0023702;OID=.;OPOS=85195025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:199:199:15:15:184:184:0.924623:136:48:6:9:136:48:6:9 chr11 85195075 . T C 3397.75 PASS AF=0.930612;AO=226;DP=244;FAO=228;FDP=245;FR=.;FRO=17;FSAF=71;FSAR=157;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0102567;FXX=0.00406488;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.841;QD=55.4734;RBI=0.0121902;REFB=0.010508;REVB=0.00658785;RO=17;SAF=71;SAR=155;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014963;STB=0.508069;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-2.91864e-06;OID=.;OPOS=85195075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:244:245:17:17:226:228:0.930612:155:71:7:10:157:71:7:10 chr11 85195154 . A T 2834.72 PASS AF=0.955446;AO=193;DP=202;FAO=193;FDP=202;FR=.;FRO=9;FSAF=74;FSAR=119;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0378827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.131;QD=56.1332;RBI=0.0573076;REFB=-0.0521183;REVB=0.0430008;RO=9;SAF=74;SAR=119;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00545946;STB=0.502871;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00251112;OID=.;OPOS=85195154;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:202:202:9:9:193:193:0.955446:119:74:4:5:119:74:4:5 chr11 85195185 . T C 1933.24 PASS AF=0.948529;AO=129;DP=139;FAO=129;FDP=136;FR=.;FRO=7;FSAF=55;FSAR=74;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0216107;FXX=0.0215812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.122;QD=56.86;RBI=0.0218174;REFB=0.00429879;REVB=0.0029962;RO=7;SAF=55;SAR=74;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000220982;STB=0.500117;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.000194391;OID=.;OPOS=85195185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:139:136:7:7:129:129:0.948529:74:55:3:4:74:55:3:4 chr11 85195190 . CA GG 1590.38 PASS AF=0.956522;AO=108;DP=113;FAO=110;FDP=115;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00125447;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=270.496;QD=55.3176;RBI=0.0323742;REFB=-0.0656466;REVB=0.0323499;RO=5;SAF=50;SAR=58;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115465;STB=0.506368;STBP=0.557;TYPE=mnp;VARB=0.00161787;OID=.;OPOS=85195190;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:113:115:5:5:108:110:0.956522:58:50:3:2:60:50:3:2 chr11 85195226 . T C 323.19 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0372337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.281;QD=47.8792;RBI=0.0400075;REFB=-0.0593603;REVB=0.0146374;RO=2;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712357;STB=0.538431;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00118893;OID=.;OPOS=85195226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:12:13:0:2:12:13:0:2 chr11 85374993 . C T 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00581914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.228;QD=15.197;RBI=0.00620373;REFB=-0.0121443;REVB=0.00215032;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323285;STB=0.687798;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0105489;OID=.;OPOS=85374993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:10:4:11:7:10:4:11:7 chr11 85393897 . T C 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0180741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.796;QD=9.82161;RBI=0.0187536;REFB=0.00191968;REVB=0.0050026;RO=22;SAF=8;SAR=3;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85412e-08;STB=0.526267;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.0039736;OID=.;OPOS=85393897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:22:23:11:11:0.323529:3:8:16:6:3:8:16:7 chr11 85435730 . C T 626.63 PASS AF=0.445205;AO=65;DP=146;FAO=65;FDP=146;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=60;FWDB=0.00466818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.644;QD=17.1678;RBI=0.0377385;REFB=-0.00606834;REVB=-0.0374487;RO=81;SAF=29;SAR=36;SRF=21;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193928;STB=0.607299;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00574719;OID=.;OPOS=85435730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:81:81:65:65:0.445205:36:29:21:60:36:29:21:60 chr11 85436352 . G A 735.55 PASS AF=0.496552;AO=73;DP=145;FAO=72;FDP=145;FR=.;FRO=73;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.0142082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.773;QD=20.2911;RBI=0.016178;REFB=0.00498066;REVB=0.0077365;RO=72;SAF=40;SAR=33;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323265;STB=0.510106;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00153929;OID=.;OPOS=85436352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:72:73:73:72:0.496552:33:40:42:30:32:40:42:31 chr11 85436394 . T C 642.7 PASS AF=0.488722;AO=64;DP=132;FAO=65;FDP=133;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.00147822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.678;QD=19.3293;RBI=0.0265489;REFB=0.00502407;REVB=0.0265077;RO=66;SAF=37;SAR=27;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409027;STB=0.517653;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00493361;OID=.;OPOS=85436394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:66:68:64:65:0.488722:27:37:41:25:28:37:41:27 chr11 85436500 . T C 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00481778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.347;QD=15.7819;RBI=0.00890518;REFB=-0.00394638;REVB=-0.00748941;RO=29;SAF=15;SAR=8;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267562;STB=0.652042;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00511109;OID=.;OPOS=85436500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:8:15:11:18:8:15:11:18 chr11 85436699 . A G 1788.26 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0129957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.507;QD=60.1096;RBI=0.0459675;REFB=-0.0507604;REVB=0.0440922;RO=0;SAF=61;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.03988e-08;STB=0.504347;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000136018;OID=.;OPOS=85436699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:119:0:1:118:118:0.991597:57:61:0:0:57:61:0:1 chr11 85436868 . G C 261.2 PASS AF=0.461538;AO=28;DP=63;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0149036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.607;QD=16.0736;RBI=0.0176874;REFB=-0.00733174;REVB=0.00952505;RO=35;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847418;STB=0.52565;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00951013;OID=.;OPOS=85436868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:35:35:28:30:0.461538:12:16:17:18:14:16:17:18 chr11 85437896 . A G 495.45 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0097499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7506;QD=26.0762;RBI=0.02848;REFB=0.0115426;REVB=0.0267591;RO=28;SAF=26;SAR=20;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705046;STB=0.539153;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00344033;OID=.;OPOS=85437896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:28:30:46:46:0.605263:20:26:13:15:20:26:14:16 chr11 85447611 . T C 649.38 PASS AF=0.47482;AO=65;DP=138;FAO=66;FDP=139;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.0480564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.01;QD=18.6872;RBI=0.055185;REFB=-0.00957035;REVB=0.0271287;RO=72;SAF=33;SAR=32;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00729566;STB=0.503596;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00991957;OID=.;OPOS=85447611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:72:73:65:66:0.47482:32:33:36:36:33:33:37:36 chr11 85456703 . T C 912.24 PASS AF=0.564626;AO=83;DP=147;FAO=83;FDP=147;FR=.;FRO=64;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.0125531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0037;QD=24.8228;RBI=0.0175701;REFB=-0.0117086;REVB=-0.0122933;RO=64;SAF=47;SAR=36;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15213;STB=0.582878;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00934285;OID=.;OPOS=85456703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:64:64:83:83:0.564626:36:47:24:40:36:47:24:40 chr11 85565397 . G A 391.74 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.0483755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.029;QD=19.3451;RBI=0.0531779;REFB=-0.0122021;REVB=-0.0220838;RO=41;SAF=9;SAR=31;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054437;STB=0.530352;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0123867;OID=.;OPOS=85565397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:31:9:11:30:31:9:11:30 chr11 85669593 . TAAAAAAAG TAAAAAAG,TAAAAAGTA,TAAAAATGA 64.85 PASS AF=0.28125,0.09375,0.09375;AO=5,2,2;DP=33;FAO=9,3,3;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=1,3,3;FSAR=8,0,0;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=-0.0675274,-0.0950024,-0.0354415;FXX=0.135099;HRUN=7,7,7;LEN=1,3,3;MLLD=9.19033,50.4246,173.104;QD=8.1061;RBI=0.0853848,0.0953892,0.0368835;REFB=-0.105836,-0.0482184,8.81731e-05;REVB=-0.0522552,0.00858135,-0.0102123;RO=14;SAF=0,2,2;SAR=5,0,0;SRF=0;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.844806,0.844806;STB=0.599814,0.998663,0.998663;STBP=0.774,0.003,0.003;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.134236,0.0430286,-0.0139516;OID=.,.,.;OPOS=85669594,85669599,85669599;OREF=A,AAG,AAG;OALT=-,GTA,TGA;OMAPALT=TAAAAAAG,TAAAAAGTA,TAAAAATGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28125,0.09375,0.09375:5,2,2:33:9,3,3:32:17:1,3,3:8,0,0:1:16:25:14:0,2,2:5,0,0:0:14 chr11 85692181 . A C 1680.26 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0018948;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5719;QD=60.5498;RBI=0.037783;REFB=0;REVB=-0.0377355;RO=0;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177115;OID=.;OPOS=85692181;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:54:57:0:0:54:57:0:0 chr11 85718641 . T C 1827.98 PASS AF=0.968504;AO=121;DP=126;FAO=123;FDP=127;FR=.;FRO=4;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0519206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7833;QD=57.5741;RBI=0.0531611;REFB=-0.0434365;REVB=0.0114175;RO=3;SAF=58;SAR=63;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239336;STB=0.516391;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.000472245;OID=.;OPOS=85718641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:126:127:3:4:121:123:0.968504:63:58:3:0:64:59:4:0 chr11 85725937 . C T 1536.84 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.04;QD=59.683;RBI=0.0335707;REFB=0;REVB=0.0202696;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59148e-05;OID=.;OPOS=85725937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:103:0:0:101:103:1:52:49:0:0:54:49:0:0 chr11 85963280 . AGAGT A 137.95 PASS AF=0.216495;AO=21;DP=95;FAO=21;FDP=97;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=-0.02132;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=4;MLLD=292.977;QD=5.68851;RBI=0.0218313;REFB=-0.00573749;REVB=0.0046972;RO=71;SAF=7;SAR=14;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118343;STB=0.562901;STBP=0.525;TYPE=del;VARB=0.0213928;OID=.;OPOS=85963281;OREF=GAGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.216495:21:95:21:97:76:7:14:31:45:99:71:7:14:30:41 chr11 85968623 . C T 232.99 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00840134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3019;QD=15.0317;RBI=0.0364789;REFB=-0.0388555;REVB=0.0354983;RO=34;SAF=11;SAR=16;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177537;STB=0.607996;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0522561;OID=.;OPOS=85968623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:35:27:27:0.435484:16:11:20:14:16:11:21:14 chr11 86098680 . T C 531.5 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.0273901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0363;QD=18.3276;RBI=0.0337058;REFB=-0.0244619;REVB=0.0196434;RO=60;SAF=27;SAR=29;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124352;STB=0.568749;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0246287;OID=.;OPOS=86098680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:60:56:56:0.482759:29:27:21:39:29:27:21:39 chr11 86175193 . A G 671.96 PASS AF=0.59;AO=59;DP=100;FAO=59;FDP=100;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00193633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.073;QD=26.8785;RBI=0.0053436;REFB=-0.0043149;REVB=-0.00498043;RO=41;SAF=30;SAR=29;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521832;STB=0.528446;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00297668;OID=.;OPOS=86175193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:41:41:59:59:0.59:29:30:18:23:29:30:18:23 chr11 86267633 . C T 1501.74 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0186655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.126;QD=61.2955;RBI=0.0347676;REFB=-0.106238;REVB=0.0293322;RO=0;SAF=54;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511625;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000265283;OID=.;OPOS=86267633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:0:2:96:96:0.979592:42:54:0:0:42:54:0:2 chr11 86267714 . C A 1261.73 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00370607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.206;QD=61.5476;RBI=0.0151389;REFB=0;REVB=-0.0146783;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31656e-05;OID=.;OPOS=86267714;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:79:82:1:44:35:0:0:44:38:0:0 chr11 86518952 . G A 223.68 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0084656;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.202;QD=12.6019;RBI=0.0292206;REFB=-0.00744125;REVB=-0.0279675;RO=44;SAF=15;SAR=12;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10878;STB=0.562454;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0164445;OID=.;OPOS=86518952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:12:15:20:24:12:15:20:24 chr11 86519925 . CGT C 75.53 PASS AF=0.30303;AO=9;DP=36;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0895664;FXX=0.0833102;HRUN=1;LEN=2;MLLD=96.2559;QD=9.15553;RBI=0.114406;REFB=-0.104377;REVB=-0.0711794;RO=22;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308479;STB=0.561273;STBP=0.714;TYPE=del;VARB=0.143933;OID=.;OPOS=86519926;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30303:9:36:10:33:23:2:8:6:17:75:22:1:8:6:16 chr11 86520632 . G A 1508.96 PASS AF=0.97;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00407985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.584;QD=60.3585;RBI=0.0246145;REFB=0.0120254;REVB=0.0242741;RO=3;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028718;STB=0.515148;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.000212193;OID=.;OPOS=86520632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:100:100:3:3:97:97:0.97:48:49:0:3:48:49:0:3 chr11 86520752 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.081;QD=59.4354;RBI=0.0283439;REFB=0;REVB=0.0181713;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135467;OID=.;OPOS=86520752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr11 86659524 . G A 202.42 PASS AF=0.320988;AO=25;DP=80;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00204448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.661;QD=9.99624;RBI=0.0239654;REFB=-0.0237583;REVB=0.023878;RO=54;SAF=17;SAR=8;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175767;STB=0.619338;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0358224;OID=.;OPOS=86659524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:54:55:25:26:0.320988:8:17:29:25:8:18:29:26 chr11 86660886 . G A 1734.22 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588321;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.882;QD=60.85;RBI=0.0102902;REFB=0;REVB=-0.00844255;RO=0;SAF=61;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.42266e-06;OID=.;OPOS=86660886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:53:61:0:0:53:61:0:0 chr11 87013438 . G A 1441.71 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00801553;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.172;QD=62.0091;RBI=0.0081041;REFB=-0.019085;REVB=-0.00119483;RO=1;SAF=33;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141475;STB=0.507461;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000146218;OID=.;OPOS=87013438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:93:1:1:92:92:0.989247:59:33:1:0:59:33:1:0 chr11 87032664 . G A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0347157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.343;QD=19.0582;RBI=0.0347229;REFB=-0.0156953;REVB=0.000705306;RO=20;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204864;STB=0.61588;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0122125;OID=.;OPOS=87032664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:11:8:13:7:11:8:13:7 chr11 87908448 . A G 427.24 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.00899237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.136;QD=15.5358;RBI=0.0634926;REFB=-0.00400095;REVB=-0.0628526;RO=62;SAF=26;SAR=22;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727234;STB=0.54069;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00438172;OID=.;OPOS=87908448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:62:48:48:0.436364:22:26:38:24:22:26:38:24 chr11 88045583 . A G 1676.3 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00894566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3428;QD=60.4072;RBI=0.0302458;REFB=0;REVB=0.0288926;RO=0;SAF=57;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83283e-05;OID=.;OPOS=88045583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:53:57:0:0:54:57:0:0 chr11 88241844 . G A 85.65 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0182637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.736;QD=6.58821;RBI=0.0203449;REFB=-0.00564604;REVB=0.00896394;RO=40;SAF=9;SAR=3;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371043;STB=0.734895;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0175669;OID=.;OPOS=88241844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:40:40:12:12:0.230769:3:9:18:22:3:9:18:22 chr11 88645129 . T A 669.61 PASS AF=0.960784;AO=50;DP=52;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0168699;FXX=0.0192271;HRUN=6;LEN=1;MLLD=288.341;QD=52.5184;RBI=0.0172198;REFB=-0.0171112;REVB=0.00345382;RO=2;SAF=12;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025399;STB=0.515248;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.000318855;OID=.;OPOS=88645129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:51:2:2:50:49:0.960784:38:12:1:1:38:11:1:1 chr11 88780393 . G A 108.81 PASS AF=0.22973;AO=17;DP=74;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0121729;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0876;QD=5.88151;RBI=0.105276;REFB=0.00200984;REVB=-0.10457;RO=57;SAF=11;SAR=6;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888556;STB=0.555489;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.00970292;OID=.;OPOS=88780393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:57:57:17:17:0.22973:6:11:33:24:6:11:33:24 chr11 89133449 . C T 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00647424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.628;QD=63.4765;RBI=0.0121334;REFB=0;REVB=0.0102617;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03811e-05;OID=.;OPOS=89133449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:47:47:0:0:47:47:0:0 chr11 89450760 . G A 89.1 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.016042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.579;QD=5.74819;RBI=0.0175307;REFB=-0.00436445;REVB=-0.00706978;RO=47;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25391;STB=0.648447;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0138525;OID=.;OPOS=89450760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:47:48:14:14:0.225806:6:8:17:30:6:8:18:30 chr11 89606445 . A G 161.94 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0259517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3678;QD=11.9954;RBI=0.0624127;REFB=-0.0257494;REVB=0.0567614;RO=34;SAF=7;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228391;STB=0.632825;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0609295;OID=.;OPOS=89606445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:13:7:19:15:13:7:19:15 chr11 89609035 . G A 33.15 PASS AF=0.0865385;AO=9;DP=104;FAO=9;FDP=104;FR=.;FRO=95;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=59;FWDB=-0.0116595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.385;QD=1.27514;RBI=0.0515629;REFB=-0.00384779;REVB=0.0502273;RO=94;SAF=4;SAR=5;SRF=36;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721391;STB=0.561271;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0394862;OID=.;OPOS=89609035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:104:104:94:95:9:9:0.0865385:5:4:36:58:5:4:36:59 chr11 89774237 . A G 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00749791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3036;QD=20.8931;RBI=0.0187831;REFB=-0.0452523;REVB=0.0172217;RO=6;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251221;STB=0.644436;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0294909;OID=.;OPOS=89774237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:7:3:4:2:7:3:4:2 chr11 89804289 . GTTTTC GTTTC,GTTTCT,GTTT 260.35 PASS AF=0,0.419355,0.387097;AO=6,4,8;DP=31;FAO=0,13,12;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=0,0,8;FSAR=0,13,4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.155248,0.0487276,0.011929;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,2;MLLD=14.8254,33.958,129.071;QD=33.5935;RBI=0.155429,0.332089,0.0614216;REFB=-0.0946853,-0.0758801,-0.0799098;REVB=0.00750059,0.328494,0.060252;RO=5;SAF=0,0,7;SAR=6,4,1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.819749,-0.804028,-0.233315;STB=0.5,0.998781,0.5;STBP=1,0,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=0,0.0236056,0.074042;OID=.,.,.;OPOS=89804290,89804293,89804293;OREF=T,TC,TC;OALT=-,CT,-;OMAPALT=GTTTC,GTTTCT,GTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.419355,0.387097:6,4,8:31:0,13,12:31:6:0,0,8:0,13,4:4:2:98:5:0,0,7:6,4,1:5:0 chr11 89868755 . G A 333.71 PASS AF=0.369369;AO=40;DP=110;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.01275;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2313;QD=12.0256;RBI=0.0263704;REFB=-0.0244245;REVB=0.0230832;RO=70;SAF=24;SAR=16;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11263;STB=0.554394;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0270295;OID=.;OPOS=89868755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:70:70:40:41:0.369369:16:24:35:35:17:24:35:35 chr11 89916080 . G C 719.74 PASS AF=0.477987;AO=74;DP=158;FAO=76;FDP=159;FR=.;FRO=83;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.0174515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.675;QD=18.1065;RBI=0.017954;REFB=-0.00224702;REVB=0.00421797;RO=80;SAF=42;SAR=32;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0071225;STB=0.513592;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00276838;OID=.;OPOS=89916080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:80:83:74:76:0.477987:32:42:46:34:34:42:48:35 chr11 89935586 . G T 1804.13 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.205;QD=61.157;RBI=0.0110943;REFB=0;REVB=-0.00218559;RO=0;SAF=68;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48121e-05;OID=.;OPOS=89935586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:50:68:0:0:50:68:0:0 chr11 89939442 . T TA 289.11 PASS AF=0.933333;AO=6;DP=51;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.160795;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.6745;QD=25.6988;RBI=0.218428;REFB=-0.0569043;REVB=-0.147837;RO=44;SAF=4;SAR=2;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244935;STB=0.50649;STBP=0.815;TYPE=ins;VARB=0.0149331;OID=.;OPOS=89939443;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333:6:51:42:45:3:18:24:1:2:5:44:4:2:20:24 chr11 89939448 . G A 587.44 PASS AF=0.911111;AO=39;DP=42;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0721128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3547;QD=52.2172;RBI=0.0721151;REFB=0.0352451;REVB=-0.000578605;RO=3;SAF=16;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351465;STB=0.507791;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.0708207;OID=.;OPOS=89939448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:45:3:4:39:41:0.911111:23:16:2:1:24:17:2:2 chr11 89955872 . A G 71.67 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0461873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4163;QD=19.1112;RBI=0.0579768;REFB=0.00948031;REVB=0.0350435;RO=6;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521121;STB=0.799359;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00866633;OID=.;OPOS=89955872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:2:7:0:6:2:7:0:6 chr11 91545212 . C G 731.71 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00812771;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.34;QD=63.627;RBI=0.0549562;REFB=0;REVB=0.0543518;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115168;OID=.;OPOS=91545212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr11 92526087 . C T 154.83 PASS AF=0.26506;AO=22;DP=79;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00842239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.637;QD=7.46147;RBI=0.0377431;REFB=-0.00855379;REVB=-0.0367914;RO=57;SAF=4;SAR=18;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416538;STB=0.738221;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0293563;OID=.;OPOS=92526087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:57:61:22:22:0.26506:18:4:28:29:18:4:28:33 chr11 92531356 . A G 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.013316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.136;QD=24.5166;RBI=0.0138667;REFB=-0.0130936;REVB=-0.00386908;RO=22;SAF=9;SAR=18;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669765;STB=0.537285;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0118301;OID=.;OPOS=92531356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:18:9:9:13:18:9:9:13 chr11 92532677 . T C 161.79 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0367569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8886;QD=28.138;RBI=0.0382985;REFB=-0.00870042;REVB=0.0107565;RO=7;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00496334;STB=0.502759;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00587073;OID=.;OPOS=92532677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:9:7:3:4:9:7:3:4 chr11 92533057 . A G 282.75 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0230637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.453;QD=23.5625;RBI=0.0647386;REFB=-0.0451824;REVB=0.0604909;RO=22;SAF=8;SAR=18;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343014;STB=0.519069;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0330885;OID=.;OPOS=92533057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:18:8:6:16:18:8:6:16 chr11 92534442 . A G 710.22 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00392804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.099;QD=54.6326;RBI=0.0062036;REFB=-0.160521;REVB=0.00480158;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=7.81301e-06;OID=.;OPOS=92534442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:32:19:0:0:32:19:1:0 chr11 92573911 . G T 333.12 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00992623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.241;QD=16.4505;RBI=0.016177;REFB=-0.00282001;REVB=-0.0127737;RO=45;SAF=17;SAR=19;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275821;STB=0.515498;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00359049;OID=.;OPOS=92573911;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:19:17:20:25:19:17:20:25 chr11 92590448 . A G 2093.68 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00398426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.138;QD=62.498;RBI=0.0319816;REFB=0;REVB=0.0317324;RO=0;SAF=83;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.339e-05;OID=.;OPOS=92590448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:133:134:1:50:83:0:0:51:83:0:0 chr11 92623877 . G A 474.33 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0139508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.57;QD=18.973;RBI=0.0141977;REFB=-0.00660293;REVB=-0.00263663;RO=53;SAF=24;SAR=23;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0011465;STB=0.500638;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00652857;OID=.;OPOS=92623877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:23:24:27:26:23:24:27:26 chr11 92627848 . A G 2360.75 PASS AF=1;AO=152;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214318;FXX=0.0191071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.827;QD=61.3182;RBI=0.0215846;REFB=0;REVB=0.0025642;RO=0;SAF=72;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72879e-05;OID=.;OPOS=92627848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:152:154:1:80:72:0:0:80:74:0:0 chr11 92629305 . C T 1581.54 PASS AF=0.990909;AO=107;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000291332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2044;QD=57.5105;RBI=0.0049367;REFB=-0.111637;REVB=-0.0049281;RO=3;SAF=52;SAR=55;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00935238;STB=0.504672;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00154788;OID=.;OPOS=92629305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:110:110:3:1:107:109:0.990909:55:52:2:1:56:53:1:0 chr11 92629599 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8209;QD=33.4284;RBI=0.167652;REFB=0;REVB=-0.167652;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0173286;OID=.;OPOS=92629599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr11 92714792 . G A 44.44 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0444018;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9061;QD=3.11882;RBI=0.0446752;REFB=-0.0209;REVB=-0.00493475;RO=49;SAF=4;SAR=4;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061743;STB=0.543751;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0580823;OID=.;OPOS=92714792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:58:57:49:49:8:8:0.140351:4:4:22:27:4:4:22:27 chr11 92714889 . T C 62.58 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0195157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.455;QD=4.55126;RBI=0.0264615;REFB=-0.00662174;REVB=-0.0178703;RO=45;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163612;STB=0.608479;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0305974;OID=.;OPOS=92714889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:45:45:10:10:0.181818:4:6:21:24:4:6:21:24 chr11 92718127 . G C 113.11 PASS AF=0.5;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.000273051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.313;QD=17.4015;RBI=0.015172;REFB=-0.00836513;REVB=0.0151695;RO=11;SAF=11;SAR=1;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424425;STB=0.740259;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0106589;OID=.;OPOS=92718127;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:13:12:13:0.5:1:11:7:4:1:12:9:4 chr11 93085537 . T G 1549.42 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474038;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.927;QD=59.5932;RBI=0.0496428;REFB=0;REVB=0.0147407;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22988e-05;OID=.;OPOS=93085537;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:101:104:1:47:54:0:0:47:57:0:0 chr11 93129483 . GA CG 414.66 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251393;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=150.225;QD=57.1948;RBI=0.0277091;REFB=0;REVB=0.0116538;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00047037;OID=.;OPOS=93129483;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr11 93141580 . C A 1187.95 PASS AF=1;AO=62;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.641;QD=60.9206;RBI=0.0450021;REFB=0;REVB=0.0224549;RO=0;SAF=20;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364706;OID=.;OPOS=93141580;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:62:78:1:42:20:0:0:45:33:0:0 chr11 93211764 . A G 591.6 PASS AF=0.563107;AO=58;DP=103;FAO=58;FDP=103;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=0.0126193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7854;QD=22.9748;RBI=0.0293136;REFB=-0.0121266;REVB=0.0264582;RO=45;SAF=29;SAR=29;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186914;STB=0.601908;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0128507;OID=.;OPOS=93211764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:45:45:58:58:0.563107:29:29:33:12:29:29:33:12 chr11 93212245 . C T 421.75 PASS AF=0.625;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00397369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.693;QD=26.3595;RBI=0.014752;REFB=-0.0121018;REVB=0.0142068;RO=24;SAF=16;SAR=24;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703322;STB=0.538442;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00664253;OID=.;OPOS=93212245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:24:40:40:0.625:24:16:12:12:24:16:12:12 chr11 93212254 . C T 222.72 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00127073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.44;QD=12.5475;RBI=0.00704284;REFB=-0.017919;REVB=-0.00692725;RO=44;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196588;STB=0.612754;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.024063;OID=.;OPOS=93212254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:11:16:18:26:11:16:18:26 chr11 93400796 . C T 1339.63 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.827;QD=62.3086;RBI=0.0280332;REFB=0;REVB=0.0206406;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24933e-05;OID=.;OPOS=93400796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr11 93402006 . A G 1007.87 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.37;QD=59.2867;RBI=0.0400713;REFB=0;REVB=0.0139692;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9681e-05;OID=.;OPOS=93402006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr11 93402096 . C A 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0789825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.242;QD=61.6832;RBI=0.0790034;REFB=0;REVB=0.00181608;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020655;OID=.;OPOS=93402096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr11 93408831 . G A,T 740.51 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=51,2;DP=53;FAO=51,2;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206064,0.0134232;FXX=0.0185151;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=250.527,179.884;QD=55.8878;RBI=0.0308215,0.0233326;REFB=0,0;REVB=-0.0229203,-0.0190847;RO=0;SAF=22,0;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000234737,0.0669649;OID=.,.;OPOS=93408831,93408831;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:53:53:0:0:51,2:51,2:0.962264,0.0377358:29,2:22,0:0:0:29,2:22,0:0:0 chr11 93425159 . C A 2408.87 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2259;QD=64.2365;RBI=0.0132422;REFB=0;REVB=0.00773463;RO=0;SAF=68;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56456e-05;OID=.;OPOS=93425159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:82:68:0:0:82:68:0:0 chr11 93431931 . C A 462.19 PASS AF=1;AO=23;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.037;QD=57.7733;RBI=0.0482123;REFB=0;REVB=0.0327511;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169334;OID=.;OPOS=93431931;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:23:32:1:11:12:0:0:13:19:0:0 chr11 93432551 . G C 203.31 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0298064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2397;QD=14.2675;RBI=0.0459433;REFB=0.00309589;REVB=-0.0349624;RO=33;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701368;STB=0.540026;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00435798;OID=.;OPOS=93432551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:14:10:16:17:14:10:16:17 chr11 93460160 . A C 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=351.111;QD=60.2308;RBI=0.0261018;REFB=0;REVB=0.0225542;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10253e-05;OID=.;OPOS=93460160;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr11 93465528 . A G 219.2 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00434866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7755;QD=11.6908;RBI=0.0651315;REFB=-0.00204268;REVB=0.0649862;RO=48;SAF=15;SAR=12;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155344;STB=0.508975;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0043115;OID=.;OPOS=93465528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:12:15:26:22:12:15:26:22 chr11 93466866 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.689;QD=44.6894;RBI=0.0578723;REFB=0;REVB=-0.0324056;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247491;OID=.;OPOS=93466866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr11 93474570 . T TGCGTGA 1777.91 PASS AF=0.911111;AO=119;DP=145;FAO=123;FDP=135;FR=.;FRO=12;FSAF=68;FSAR=55;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.00664093;FXX=0.0492923;HRUN=1;LEN=6;MLLD=254.023;QD=52.6788;RBI=0.0107239;REFB=-0.077473;REVB=0.0084202;RO=15;SAF=64;SAR=55;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848125;STB=0.532927;STBP=0.019;TYPE=ins;VARB=0.00689979;OID=.;OPOS=93474571;OREF=-;OALT=GCGTGA;OMAPALT=TGCGTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.911111:119:145:123:135:12:68:55:11:1:41:15:64:55:14:1 chr11 93517874 . C G 96.38 PASS AF=0.254545;AO=11;DP=54;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0155056;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.795;QD=7.00934;RBI=0.0171079;REFB=-0.0166197;REVB=-0.00722877;RO=43;SAF=3;SAR=8;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109058;STB=0.52791;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0388508;OID=.;OPOS=93517874;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:54:55:43:41:11:14:0.254545:8:3:15:28:10:4:13:28 chr11 93517886 . G C 60.04 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0772419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2934;QD=5.8571;RBI=0.0783253;REFB=-0.00645982;REVB=-0.0129821;RO=32;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170852;STB=0.60763;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0481922;OID=.;OPOS=93517886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:32:32:9:9:0.219512:6:3:7:25:6:3:7:25 chr11 93529655 . G A 332.7 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00424937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.108;QD=26.6158;RBI=0.00815978;REFB=-0.00535901;REVB=0.00696597;RO=21;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777283;STB=0.542907;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00612656;OID=.;OPOS=93529655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:14:15:13:8:14:15:13:8 chr11 93796829 . G A 309.22 PASS AF=0.294964;AO=41;DP=139;FAO=41;FDP=139;FR=.;FRO=98;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=0.0493014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2722;QD=8.89828;RBI=0.05271;REFB=-0.00804042;REVB=-0.0186471;RO=97;SAF=23;SAR=18;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425462;STB=0.521605;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0200775;OID=.;OPOS=93796829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:97:98:41:41:0.294964:18:23:51:46:18:23:52:46 chr11 93797619 . A G 685.91 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0470064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9213;QD=58.375;RBI=0.0788861;REFB=-0.0779206;REVB=0.0633515;RO=2;SAF=19;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00636145;STB=0.503387;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00370844;OID=.;OPOS=93797619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:26:19:1:1:26:19:1:1 chr11 93845511 . A G 1338.83 PASS AF=0.967033;AO=84;DP=89;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0329349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.69;QD=58.8498;RBI=0.0655241;REFB=-0.197744;REVB=0.0566454;RO=2;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024913;STB=0.507041;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.000864082;OID=.;OPOS=93845511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:89:91:2:3:84:88:0.967033:37:47:0:2:40:48:1:2 chr11 93913036 . A G 2200.63 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364417;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.43;QD=63.3274;RBI=0.0368336;REFB=0;REVB=0.00535869;RO=0;SAF=59;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46196e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88998e-05;OID=.;OPOS=93913036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:139:139:1:80:59:0:0:80:59:0:0 chr11 94219144 . C T 106.07 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00352415;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.423;QD=10.8788;RBI=0.0163968;REFB=-0.0285425;REVB=0.0160136;RO=26;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0394423;OID=.;OPOS=94219144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:6:7:14:12:6:7:14:12 chr11 94225807 . C T 297.86 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00535856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.442;QD=15.8859;RBI=0.0178574;REFB=0.00245619;REVB=-0.0170345;RO=42;SAF=22;SAR=11;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772862;STB=0.543662;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.00349621;OID=.;OPOS=94225807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:11:22:25:17:11:22:25:17 chr11 94225920 . C T 465.04 PASS AF=0.416;AO=52;DP=126;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=-0.00515208;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9518;QD=14.8811;RBI=0.00539511;REFB=0.0064738;REVB=-0.00160104;RO=73;SAF=22;SAR=30;SRF=24;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102411;STB=0.557387;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.0053337;OID=.;OPOS=94225920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:73:73:52:52:0.416:30:22:24:49:30:22:24:49 chr11 94231257 . C G 258.69 PASS AF=0.405405;AO=28;DP=72;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.015754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.091;QD=13.9831;RBI=0.0216264;REFB=-0.00763266;REVB=0.0148159;RO=43;SAF=9;SAR=19;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598244;STB=0.558242;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0150659;OID=.;OPOS=94231257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:43:44:28:30:0.405405:19:9:16:27:21:9:17:27 chr11 94231847 . G A 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00549328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.406;QD=18.4897;RBI=0.0236029;REFB=-0.00814107;REVB=-0.0229547;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367064;STB=0.520814;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00811828;OID=.;OPOS=94231847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:11:11:14:12:11:11:14:12 chr11 94232102 . GTC G 46.77 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00411348;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=2;MLLD=192.798;QD=3.46451;RBI=0.0302813;REFB=-0.00139511;REVB=0.0300006;RO=47;SAF=6;SAR=2;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182481;STB=0.637928;STBP=0.42;TYPE=del;VARB=0.00748532;OID=.;OPOS=94232103;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.148148:8:57:8:54:46:6:2:28:18:46:47:6:2:29:18 chr11 94245740 . A G 769.41 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.986;QD=56.9933;RBI=0.0483429;REFB=0;REVB=-0.025537;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14143e-05;OID=.;OPOS=94245740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr11 94261255 . C G 2389.37 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.942;QD=64.1442;RBI=0.0510475;REFB=0;REVB=0.0223864;RO=0;SAF=91;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20087e-05;OID=.;OPOS=94261255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:58:91:0:0:58:91:0:0 chr11 94282014 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.385;QD=61.3364;RBI=0.0294274;REFB=0;REVB=0.0292702;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107957;OID=.;OPOS=94282014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr11 94320237 . T C 1070.59 PASS AF=0.948718;AO=74;DP=78;FAO=74;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0507821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.356;QD=54.9023;RBI=0.0576964;REFB=-0.121303;REVB=0.0273872;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.50502;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.000518559;OID=.;OPOS=94320237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:78:78:0:4:74:74:0.948718:44:30:0:0:44:30:2:2 chr11 94322352 . AG TA 1015.63 PASS AF=1;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204357;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=2;MLLD=281.908;QD=59.7428;RBI=0.0342798;REFB=0;REVB=0.0275225;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.98613e-05;OID=.;OPOS=94322352;OREF=AG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:68:0:0:67:68:1:35:32:0:0:35:33:0:0 chr11 94326765 . G C 1231.34 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0244795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9933;QD=60.0654;RBI=0.0331923;REFB=-0.156467;REVB=-0.0224161;RO=1;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106396;STB=0.505493;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00590098;OID=.;OPOS=94326765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:1:1:80:81:0.987805:44:36:0:1:45:36:0:1 chr11 94337220 . C T 1320.88 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.36;QD=62.1593;RBI=0.0291172;REFB=0;REVB=-0.0255329;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.3404e-05;OID=.;OPOS=94337220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:48:37:0:0:48:37:0:0 chr11 94533373 . C T 1363.67 PASS AF=0.521236;AO=134;DP=262;FAO=135;FDP=259;FR=.;FRO=124;FSAF=86;FSAR=49;FSRF=58;FSRR=66;FWDB=-0.000959268;FXX=0.0114499;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.188;QD=21.0605;RBI=0.00420187;REFB=-0.00958677;REVB=0.0040909;RO=118;SAF=86;SAR=48;SRF=57;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141357;STB=0.583606;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00940961;OID=.;OPOS=94533373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:259:118:124:134:135:0.521236:48:86:57:61:49:86:58:66 chr11 94699507 . A AT,T 1828.76 PASS AF=0.984,0.016;AO=101,15;DP=128;FAO=123,2;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=48,2;FSAR=75,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022899,-0.0103849;FXX=0.0234357;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=27.6554,247.753;QD=58.5205;RBI=0.0733327,0.0197529;REFB=0,0;REVB=0.0696658,-0.0168027;RO=6;SAF=28,15;SAR=73,0;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.050313,0.828545;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000940307,-0.0183736;OID=.,.;OPOS=94699508,94699507;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:125:6:0:101,15:123,2:0.984,0.016:73,0:28,15:4:2:75,0:48,2:0:0 chr11 94731759 . G A 729.1 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.342;QD=62.051;RBI=0.0240793;REFB=0;REVB=0.0213283;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011839;OID=.;OPOS=94731759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:1:0:46:47:1:23:23:1:0:23:24:0:0 chr11 94758838 . C T 262.85 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0106273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.49;QD=15.0199;RBI=0.0238163;REFB=-0.00151665;REVB=0.0213138;RO=40;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117691;STB=0.566622;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00324069;OID=.;OPOS=94758838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:17:13:22:18:17:13:22:18 chr11 94759726 . C T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0148388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1781;QD=11.2563;RBI=0.0148505;REFB=0.00263067;REVB=0.000590001;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380618;STB=0.709978;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00608254;OID=.;OPOS=94759726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:11:12:8:8:0.4:2:6:4:7:2:6:5:7 chr11 94800902 . G GC 1099.52 PASS AF=1;AO=91;DP=100;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.121845;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.9888;QD=45.8135;RBI=0.12995;REFB=0;REVB=-0.0451768;RO=3;SAF=51;SAR=40;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270659;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00304229;OID=.;OPOS=94800903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:91:100:96:96:0:55:41:0:0:20:3:51:40:3:0 chr11 94862577 . G T 952.15 PASS AF=0.531429;AO=93;DP=175;FAO=93;FDP=175;FR=.;FRO=82;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=-0.0893976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.097;QD=21.7633;RBI=0.0903282;REFB=0.000988137;REVB=0.0129322;RO=82;SAF=43;SAR=50;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843487;STB=0.546136;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.000793829;OID=.;OPOS=94862577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:82:82:93:93:0.531429:50:43:46:36:50:43:46:36 chr11 95564237 . CAAAAAG CAAAAG,CAAAAGA 31.33 PASS AF=0.181818,0.0181818;AO=12,2;DP=55;FAO=10,1;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=8,1;FSAR=2,0;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=0.0889324,0.0291735;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.6024,22.5577;QD=2.27875;RBI=0.150744,0.0992749;REFB=-0.0102241,-0.00990666;REVB=0.121716,-0.0948916;RO=35;SAF=11,1;SAR=1,1;SRF=23;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.469528,-0.139861;STB=0.583153,0.985724;STBP=0.685,0.512;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0299788,-0.00291174;OID=.,.;OPOS=95564238,95564242;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=CAAAAG,CAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818,0.0181818:12,2:55:10,1:55:44:8,1:2,0:32:12:31:35:11,1:1,1:23:12 chr11 95571300 . G A 348.65 PASS AF=0.341085;AO=43;DP=129;FAO=44;FDP=129;FR=.;FRO=85;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.00526942;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.512;QD=10.8109;RBI=0.0179691;REFB=-0.00425567;REVB=-0.0171791;RO=85;SAF=19;SAR=24;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1141;STB=0.571949;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00915059;OID=.;OPOS=95571300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:85:85:43:44:0.341085:24:19:46:39:25:19:46:39 chr11 95825383 . C T 52.31 PASS AF=0.538462;AO=6;DP=12;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.102853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.769;QD=16.0967;RBI=0.203559;REFB=-0.0607466;REVB=0.175663;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396745;STB=0.744007;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0322586;OID=.;OPOS=95825383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:12:13:6:6:6:7:0.538462:4:2:5:1:5:2:5:1 chr11 95825797 . A G 177.47 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0239622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2572;QD=21.5109;RBI=0.0865734;REFB=-0.0101982;REVB=-0.0831912;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268946;STB=0.515135;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00452757;OID=.;OPOS=95825797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:9:9:7:8:9:9:7:8 chr11 96125435 . CTT C 391.46 PASS AF=0.491525;AO=55;DP=120;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.0292195;FXX=0.0327842;HRUN=3;LEN=2;MLLD=41.9174;QD=13.2697;RBI=0.0387625;REFB=-0.00391752;REVB=0.0254706;RO=58;SAF=31;SAR=24;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707625;STB=0.55084;STBP=0.312;TYPE=del;VARB=0.00499014;OID=.;OPOS=96125436;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491525:55:120:58:118:60:31:27:38:22:99:58:31:24:37:21 chr11 96126361 . A G 354.97 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.0101212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4923;QD=16.3205;RBI=0.0233763;REFB=-0.0150061;REVB=0.0210716;RO=47;SAF=21;SAR=17;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647009;STB=0.545992;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.020838;OID=.;OPOS=96126361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:49:38:38:0.436782:17:21:29:18:17:21:31:18 chr11 97716872 . A G 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00136473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.415;QD=7.12516;RBI=0.0227574;REFB=-0.00647668;REVB=-0.0227165;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131357;STB=0.584163;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0273216;OID=.;OPOS=97716872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:5:2:7:11:5:2:7:11 chr11 99690286 . T G 308.34 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.00669532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.759;QD=15.8125;RBI=0.00850181;REFB=-0.00872968;REVB=-0.00523961;RO=44;SAF=24;SAR=10;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803146;STB=0.545427;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0149155;OID=.;OPOS=99690286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:10:24:28:16:10:24:28:16 chr11 99690376 . C T 232.63 PASS AF=0.325843;AO=29;DP=89;FAO=29;FDP=89;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=-0.0262545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.276;QD=10.4554;RBI=0.0265161;REFB=-0.0168085;REVB=0.00371565;RO=60;SAF=21;SAR=8;SRF=42;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341819;STB=0.519986;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0181185;OID=.;OPOS=99690376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:60:60:29:29:0.325843:8:21:42:18:8:21:42:18 chr11 99690428 . T G 73.02 PASS AF=0.180556;AO=12;DP=72;FAO=13;FDP=72;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=0.0151296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.501;QD=4.05668;RBI=0.0705504;REFB=-0.00942099;REVB=-0.068909;RO=57;SAF=7;SAR=5;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628893;STB=0.588106;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0451005;OID=.;OPOS=99690428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:72:72:57:59:12:13:0.180556:5:7:36:21:6:7:38:21 chr11 100061865 . A G 764.73 PASS AF=0.442623;AO=81;DP=185;FAO=81;FDP=183;FR=.;FRO=102;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=59;FSRR=43;FWDB=0.0319684;FXX=0.0161282;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.428;QD=16.7154;RBI=0.0334104;REFB=-0.0359269;REVB=-0.00970963;RO=95;SAF=45;SAR=36;SRF=58;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546058;STB=0.512944;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0267307;OID=.;OPOS=100061865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:183:95:102:81:81:0.442623:36:45:58:37:36:45:59:43 chr11 100226883 . T A 363.31 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.0155317;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.299;QD=14.5322;RBI=0.0323594;REFB=-0.0217346;REVB=0.0283884;RO=58;SAF=17;SAR=24;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194435;STB=0.614141;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0459778;OID=.;OPOS=100226883;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:59:41:41:0.41:24:17:35:23:24:17:36:23 chr11 100792335 . G A 266.55 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0104964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.047;QD=15.9131;RBI=0.0118577;REFB=-0.00951031;REVB=-0.00551652;RO=37;SAF=17;SAR=13;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110839;STB=0.562267;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0106025;OID=.;OPOS=100792335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:13:17:25:12:13:17:25:12 chr11 100814570 . A G 791.45 PASS AF=0.516129;AO=80;DP=156;FAO=80;FDP=155;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.0125663;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.283;QD=20.4246;RBI=0.0125781;REFB=5.24115e-05;REVB=-0.000544713;RO=75;SAF=32;SAR=48;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483975;STB=0.526589;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-7.53174e-05;OID=.;OPOS=100814570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:75:75:80:80:0.516129:48:32:34:41:48:32:34:41 chr11 100830579 . G A 577.92 PASS AF=0.526786;AO=57;DP=111;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.030265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2577;QD=20.64;RBI=0.0330632;REFB=-0.0123387;REVB=0.0133117;RO=53;SAF=28;SAR=29;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170901;STB=0.501365;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0143292;OID=.;OPOS=100830579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:53:53:57:59:0.526786:29:28:25:28:31:28:25:28 chr11 100846936 . A G 399.4 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391945;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.536;QD=57.0577;RBI=0.0463335;REFB=0;REVB=-0.02471;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43407e-05;OID=.;OPOS=100846936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr11 100847050 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.274;QD=61.683;RBI=0.0307474;REFB=0;REVB=-0.00115493;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98714e-05;OID=.;OPOS=100847050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr11 100847069 . G A 470.07 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00697099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.679;QD=56.9785;RBI=0.0118253;REFB=0;REVB=-0.00955206;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211694;OID=.;OPOS=100847069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:15:18:0:0 chr11 100863096 . A G 437.53 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00089376;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=204.158;QD=16.6677;RBI=0.0285649;REFB=-0.000638325;REVB=0.0285509;RO=56;SAF=19;SAR=29;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136573;STB=0.581128;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00092661;OID=.;OPOS=100863096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:57:48:48:0.457143:29:19:30:26:29:19:31:26 chr11 100863196 . T C 460.18 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.00225869;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=294.512;QD=18.5932;RBI=0.00430915;REFB=-0.011889;REVB=-0.00366976;RO=53;SAF=25;SAR=21;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587087;STB=0.532696;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0126231;OID=.;OPOS=100863196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:53:46:46:0.464646:21:25:32:21:21:25:32:21 chr11 100863319 . A C 797.11 PASS AF=0.551471;AO=74;DP=135;FAO=75;FDP=136;FR=.;FRO=61;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0370283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4845;QD=23.4443;RBI=0.0401574;REFB=0.0292077;REVB=0.0155409;RO=60;SAF=44;SAR=30;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235999;STB=0.50595;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0214604;OID=.;OPOS=100863319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:60:61:74:75:0.551471:30:44:34:26:31:44:35:26 chr11 100863354 . C A 610.08 PASS AF=0.473684;AO=63;DP=133;FAO=63;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.005921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8844;QD=18.3482;RBI=0.0170476;REFB=0.00340467;REVB=-0.0159863;RO=70;SAF=32;SAR=31;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101301;STB=0.556069;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00431695;OID=.;OPOS=100863354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:70:70:63:63:0.473684:31:32:43:27:31:32:43:27 chr11 100863611 . G A 604.42 PASS AF=0.435065;AO=67;DP=154;FAO=67;FDP=154;FR=.;FRO=87;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=0.00830432;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.502;QD=15.6993;RBI=0.0107677;REFB=-0.016968;REVB=0.00685428;RO=86;SAF=35;SAR=32;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926468;STB=0.548236;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0221174;OID=.;OPOS=100863611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:86:87:67:67:0.435065:32:35:37:49:32:35:38:49 chr11 100863814 . T A 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0170399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3498;QD=13.9179;RBI=0.0275105;REFB=-3.85129e-05;REVB=-0.021598;RO=37;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162119;STB=0.592521;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00090097;OID=.;OPOS=100863814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:10:16:17:20:10:16:17:20 chr11 100864367 . G A 784.24 PASS AF=0.506329;AO=80;DP=158;FAO=80;FDP=158;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.00479648;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.292;QD=19.8543;RBI=0.0174012;REFB=-0.0160058;REVB=-0.0167271;RO=78;SAF=31;SAR=49;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333377;STB=0.518342;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0190425;OID=.;OPOS=100864367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:78:78:80:80:0.506329:49:31:33:45:49:31:33:45 chr11 101454192 . G A 125.29 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0451088;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.3331;QD=17.2811;RBI=0.0500444;REFB=0.0252224;REVB=0.0216712;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662356;STB=0.523775;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.0211603;OID=.;OPOS=101454192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:9:5:6:8:9:5:6:9 chr11 101771248 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.16;QD=57.7123;RBI=0.0404011;REFB=0;REVB=0.00442694;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.07821e-05;OID=.;OPOS=101771248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr11 101826949 . T C 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00189635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.774;QD=27.4996;RBI=0.00732964;REFB=0.00559253;REVB=-0.00708007;RO=10;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460427;STB=0.525521;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00291404;OID=.;OPOS=101826949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:9:10:6:4:9:10:6:4 chr11 101832478 . G T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9474;QD=37.487;RBI=0.0150017;REFB=0;REVB=-0.00795412;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00186333;OID=.;OPOS=101832478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr11 101832708 . A T 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0106164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.383;QD=14.1955;RBI=0.0277717;REFB=-0.0112754;REVB=0.0256624;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23825;STB=0.638118;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0247547;OID=.;OPOS=101832708;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:9:6:14:8:9:6:14:8 chr11 101833644 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.668;QD=62.3506;RBI=0.0287581;REFB=0;REVB=0.0284363;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14041e-05;OID=.;OPOS=101833644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr11 101857758 . G A 482.41 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376645;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.498;QD=56.7545;RBI=0.0399785;REFB=-0.0701403;REVB=-0.0134041;RO=1;SAF=8;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054844;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00829306;OID=.;OPOS=101857758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:34:1:0:33:34:1:25:8:1:0:25:9:0:0 chr11 102033193 . C T 105.06 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0324481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4267;QD=6.46525;RBI=0.0336236;REFB=-0.00306009;REVB=-0.00881284;RO=49;SAF=6;SAR=10;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100034;STB=0.506165;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00909514;OID=.;OPOS=102033193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:49:49:16:16:0.246154:10:6:18:31:10:6:18:31 chr11 102199613 . T A 89.04 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=-0.00964418;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=182.099;QD=9.89359;RBI=0.0640716;REFB=-0.000435275;REVB=-0.0633416;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283314;STB=0.68157;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.000581487;OID=.;OPOS=102199613;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:34:36:22:24:12:12:0.333333:5:7:18:4:5:7:20:4 chr11 102207499 . G T 271.94 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00469565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.245;QD=12.5028;RBI=0.0694501;REFB=0.00484203;REVB=-0.0692912;RO=55;SAF=15;SAR=17;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157144;STB=0.50902;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.00883181;OID=.;OPOS=102207499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:32:32:0.367816:17:15:25:30:17:15:25:30 chr11 102477377 . G T 1505.38 PASS AF=0.989899;AO=94;DP=97;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5822;QD=60.8234;RBI=0.116084;REFB=-0.149084;REVB=0.11458;RO=2;SAF=46;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000420359;STB=0.504853;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00311478;OID=.;OPOS=102477377;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:97:99:2:1:94:98:0.989899:48:46:1:1:51:47:0:1 chr11 102477395 . A G 1252.78 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0255623;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.803;QD=60.3749;RBI=0.0285182;REFB=-0.114957;REVB=-0.0126434;RO=1;SAF=33;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141336;STB=0.507461;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00020746;OID=.;OPOS=102477395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:1:1:82:82:0.987952:49:33:1:0:49:33:1:0 chr11 102487557 . AT A 66.64 PASS AF=0.360825;AO=26;DP=97;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.12622;FXX=0.010203;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.28992;QD=2.74783;RBI=0.202401;REFB=-0.047872;REVB=-0.158224;RO=45;SAF=13;SAR=13;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121934;STB=0.55459;STBP=0.431;TYPE=del;VARB=-0.0208805;OID=.;OPOS=102487558;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.360825:26:97:35:97:62:14:21:30:32:66:45:13:13:23:22 chr11 102495998 . T G 972.8 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.123469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9082;QD=58.9576;RBI=0.141127;REFB=0;REVB=-0.0683528;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00182554;OID=.;OPOS=102495998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:42:24:0:0:42:24:0:0 chr11 102554130 . T C 285.37 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0122666;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8942;QD=17.8355;RBI=0.0178803;REFB=-0.00707753;REVB=0.0130091;RO=33;SAF=20;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180095;STB=0.60097;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00855802;OID=.;OPOS=102554130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:11:20:15:18:11:20:15:18 chr11 102563739 . C T 477.26 PASS AF=0.388489;AO=54;DP=134;FAO=54;FDP=139;FR=.;FRO=85;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.0346268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.7126;QD=13.7342;RBI=0.0458229;REFB=-0.00128353;REVB=-0.0300121;RO=80;SAF=23;SAR=31;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259344;STB=0.534902;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00209996;OID=.;OPOS=102563739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:139:80:85:54:54:0.388489:31:23:36:44:31:23:41:44 chr11 102567207 . T A 260.84 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00800675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.789;QD=14.6953;RBI=0.0157777;REFB=-0.0173777;REVB=-0.0135951;RO=41;SAF=19;SAR=11;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223395;STB=0.626682;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0396261;OID=.;OPOS=102567207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:11:19:17:24:11:19:17:24 chr11 102575398 . CA C 32.57 PASS AF=0.24;AO=16;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0222844;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.9626;QD=2.6058;RBI=0.0447024;REFB=-0.0387479;REVB=0.038752;RO=29;SAF=12;SAR=4;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409656;STB=0.583194;STBP=0.512;TYPE=del;VARB=-0.0165098;OID=.;OPOS=102575399;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.24:16:50:12:50:38:7:5:18:20:32:29:12:4:11:18 chr11 102576358 . T C 1376.56 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000819512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.587;QD=62.5708;RBI=0.0381399;REFB=0;REVB=0.0381311;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92192e-05;OID=.;OPOS=102576358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:39:49:0:0:39:49:0:0 chr11 102576375 . G A 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00855469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.765;QD=62.4653;RBI=0.0889612;REFB=0;REVB=-0.088549;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000685805;OID=.;OPOS=102576375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:41:46:0:0:41:46:0:0 chr11 102576382 . G A 506.9 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0139222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.237;QD=23.041;RBI=0.0236572;REFB=-0.016711;REVB=-0.0191269;RO=40;SAF=28;SAR=20;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131288;STB=0.572213;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0108724;OID=.;OPOS=102576382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:20:28:17:23:20:28:17:23 chr11 102587062 . G A 463.78 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0170435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3907;QD=19.3242;RBI=0.0477688;REFB=-0.0158939;REVB=0.0446248;RO=49;SAF=29;SAR=17;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771941;STB=0.549221;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0189377;OID=.;OPOS=102587062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:50:46:46:0.479167:17:29:27:22:17:29:27:23 chr11 102593248 . T C 783.9 PASS AF=0.490909;AO=80;DP=164;FAO=81;FDP=165;FR=.;FRO=84;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=0.00624521;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.7312;QD=19.0036;RBI=0.0630028;REFB=0.0208306;REVB=-0.0626924;RO=84;SAF=47;SAR=33;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00398716;STB=0.504871;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0210641;OID=.;OPOS=102593248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:84:84:80:81:0.490909:33:47:49:35:33:48:49:35 chr11 102595492 . G A 261.73 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.000294886;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.423;QD=23.265;RBI=0.0211723;REFB=-0.0141257;REVB=-0.0211702;RO=20;SAF=17;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226513;STB=0.639482;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00531068;OID=.;OPOS=102595492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:20:21:24:24:0.533333:7:17:9:11:7:17:9:12 chr11 102666316 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.024;QD=61.3363;RBI=0.0458292;REFB=0;REVB=-0.0185815;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96738e-05;OID=.;OPOS=102666316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr11 102709425 . A G 1753.85 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0854851;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.807;QD=61.0034;RBI=0.0884321;REFB=0;REVB=0.0226392;RO=0;SAF=53;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149669;OID=.;OPOS=102709425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:115:0:0:111:115:1:58:53:0:0:59:56:0:0 chr11 102712949 . AG A 36.63 PASS AF=0.2;AO=19;DP=88;FAO=18;FDP=90;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0746016;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.6074;QD=1.62791;RBI=0.206692;REFB=-0.0437728;REVB=-0.192759;RO=66;SAF=3;SAR=16;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467856;STB=0.709339;STBP=0.064;TYPE=del;VARB=0.0824277;OID=.;OPOS=102712950;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:19:88:18:90:72:4:14:33:39:36:66:3:16:33:33 chr11 102713465 . A G 1511.27 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.814;QD=59.8522;RBI=0.0141897;REFB=0;REVB=0.00147211;RO=0;SAF=69;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39017e-05;OID=.;OPOS=102713465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:31:69:0:0:32:69:0:0 chr11 102713620 . T C 722.71 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0239912;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=67.0922;QD=54.5439;RBI=0.0276926;REFB=-0.114326;REVB=0.0138312;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00120234;OID=.;OPOS=102713620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:25:27:0:0:25:27:1:0 chr11 102738795 . G T 1043.46 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2493;QD=59.6262;RBI=0.0531765;REFB=0;REVB=-0.0519679;RO=0;SAF=18;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000549585;OID=.;OPOS=102738795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:52:18:0:0:52:18:0:0 chr11 102815027 . C T 116.54 PASS AF=0.233766;AO=18;DP=77;FAO=18;FDP=77;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.00198148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.127;QD=6.0538;RBI=0.00248496;REFB=-0.00386927;REVB=-0.00149959;RO=58;SAF=12;SAR=6;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106226;STB=0.560678;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0117703;OID=.;OPOS=102815027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:58:59:18:18:0.233766:6:12:34:24:6:12:35:24 chr11 102932958 . GAAAAAAAAG GAAAAAAAG,GAAAAAAAGA,GGAAAAAAAG 72.15 PASS AF=0.252525,0.0707071,0.010101;AO=22,8,6;DP=102;FAO=25,7,1;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=15,7,1;FSAR=10,0,0;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0207341,-0.0715406,-0.0256877;FXX=0.0294089;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=6.6975,142.246,23.6524;QD=2.91496;RBI=0.264907,0.0717334,0.213311;REFB=-0.141835,-0.00708954,-0.0757983;REVB=0.264095,0.00525619,0.211758;RO=45;SAF=17,8,4;SAR=5,0,2;SRF=22;SRR=23;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.352793,0.687765,0.207404;STB=0.551528,0.99836,0.989469;STBP=0.546,0.005,0.487;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.137404,0.162274,-0.0332396;OID=.,.,.;OPOS=102932959,102932966,102932959;OREF=A,AG,A;OALT=-,GA,G;OMAPALT=GAAAAAAAG,GAAAAAAAGA,GGAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.252525,0.0707071,0.010101:22,8,6:102:25,7,1:99:66:15,7,1:10,0,0:35:31:51:45:17,8,4:5,0,2:22:23 chr11 103029516 . A G 1642.46 PASS AF=0.965517;AO=112;DP=116;FAO=112;FDP=116;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0341606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.219;QD=56.6366;RBI=0.042554;REFB=-0.0818481;REVB=0.025375;RO=4;SAF=51;SAR=61;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193909;STB=0.510221;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000716729;OID=.;OPOS=103029516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:116:116:4:4:112:112:0.965517:61:51:3:1:61:51:3:1 chr11 103047007 . C A 2414.71 PASS AF=0.99375;AO=158;DP=159;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0541242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1857;QD=60.3678;RBI=0.102783;REFB=0.0664524;REVB=-0.0873775;RO=1;SAF=92;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514371;STB=0.502673;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00165357;OID=.;OPOS=103047007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:160:1:1:158:159:0.99375:66:92:1:0:66:93:1:0 chr11 103052558 . T C 930.53 PASS AF=0.508287;AO=92;DP=181;FAO=92;FDP=181;FR=.;FRO=89;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=0.0087413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.762;QD=20.5642;RBI=0.00891471;REFB=-0.0159522;REVB=0.00174981;RO=87;SAF=44;SAR=48;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345385;STB=0.513459;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0132189;OID=.;OPOS=103052558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:87:89:92:92:0.508287:48:44:45:42:48:44:45:44 chr11 103057048 . A G 666.64 PASS AF=0.425287;AO=73;DP=175;FAO=74;FDP=174;FR=.;FRO=100;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=64;FWDB=0.00497229;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.537;QD=15.325;RBI=0.00828454;REFB=0.00201969;REVB=0.00662645;RO=98;SAF=43;SAR=30;SRF=34;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244659;STB=0.625158;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00300151;OID=.;OPOS=103057048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:98:100:73:74:0.425287:30:43:34:64:31:43:36:64 chr11 103058126 . C T 592.66 PASS AF=0.602273;AO=53;DP=89;FAO=53;FDP=88;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00227486;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.623;QD=26.9389;RBI=0.0153893;REFB=-0.0167981;REVB=0.0152203;RO=36;SAF=28;SAR=25;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210132;STB=0.505587;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0120036;OID=.;OPOS=103058126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:36:35:53:53:0.602273:25:28:18:18:25:28:18:17 chr11 103082590 . G A 3785.03 PASS AF=1;AO=237;DP=238;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00568717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.304;QD=63.3477;RBI=0.00582141;REFB=0;REVB=0.00124291;RO=0;SAF=120;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02014e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.7407e-06;OID=.;OPOS=103082590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:238:239:0:0:237:239:1:117:120:0:0:118:121:0:0 chr11 103229027 . T C 1047.58 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210402;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8869;QD=59.8615;RBI=0.026694;REFB=0;REVB=0.0164279;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.57668e-05;OID=.;OPOS=103229027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr11 103275034 . G T 388.85 PASS AF=0.461538;AO=37;DP=85;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.010696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2656;QD=17.0922;RBI=0.0286491;REFB=-0.0163448;REVB=-0.0265776;RO=48;SAF=22;SAR=15;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257725;STB=0.631707;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0146888;OID=.;OPOS=103275034;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:91:48:49:37:42:0.461538:15:22:16:32:17:25:17:32 chr11 103277984 . G T 158.08 PASS AF=0.239583;AO=21;DP=96;FAO=23;FDP=96;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0487755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2407;QD=6.58661;RBI=0.0498748;REFB=0.000190501;REVB=0.010414;RO=73;SAF=10;SAR=11;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383384;STB=0.554902;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.00137395;OID=.;OPOS=103277984;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:73:73:21:23:0.239583:11:10:37:36:13:10:37:36 chr11 103278083 . C G 154.19 PASS AF=0.258824;AO=21;DP=84;FAO=22;FDP=85;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.00249502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.58;QD=7.25603;RBI=0.0354976;REFB=-0.00527345;REVB=0.0354098;RO=61;SAF=8;SAR=13;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195803;STB=0.630782;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0158955;OID=.;OPOS=103278083;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:61:63:21:22:0.258824:13:8:33:28:14:8:34:29 chr11 103278129 . C CTCTA 85.21 PASS AF=0.224138;AO=12;DP=60;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0227315;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=4;MLLD=294.864;QD=5.87641;RBI=0.022878;REFB=0.00121285;REVB=-0.00258485;RO=45;SAF=3;SAR=9;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378755;STB=0.756355;STBP=0.05;TYPE=ins;VARB=-0.00380323;OID=.;OPOS=103278130;OREF=-;OALT=TCTA;OMAPALT=CTCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.224138:12:60:13:58:45:3:10:25:20:85:45:3:9:25:20 chr11 103279098 . C T 618.92 PASS AF=0.443709;AO=67;DP=151;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.05859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9496;QD=16.3951;RBI=0.0730856;REFB=-0.00534634;REVB=-0.0436888;RO=84;SAF=29;SAR=38;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10294;STB=0.557366;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0063657;OID=.;OPOS=103279098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:84:84:67:67:0.443709:38:29:45:39:38:29:45:39 chr11 103797794 . G A 172.78 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.00550248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.366;QD=9.46718;RBI=0.00686848;REFB=0.00101825;REVB=-0.00411081;RO=50;SAF=13;SAR=10;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235264;STB=0.637736;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00198575;OID=.;OPOS=103797794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:50:23:23:0.315068:10:13:18:32:10:13:18:32 chr11 103908735 . G A 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0185236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.179;QD=18.1537;RBI=0.0207175;REFB=-0.0143028;REVB=-0.00927858;RO=25;SAF=14;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148257;STB=0.584532;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0192442;OID=.;OPOS=103908735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:7:14:13:12:7:14:13:12 chr11 103908968 . C T 229.61 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00288573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.04;QD=22.4011;RBI=0.00397009;REFB=-0.00414647;REVB=0.00272656;RO=18;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201284;STB=0.60274;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00329387;OID=.;OPOS=103908968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:19:22:22:0.536585:15:7:10:8:15:7:10:9 chr11 103909897 . A G 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0332866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.66;QD=7.32769;RBI=0.0343441;REFB=-0.00551695;REVB=-0.00845682;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171993;STB=0.608422;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0208082;OID=.;OPOS=103909897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:3:5:10:11:3:5:10:11 chr11 104758035 . G A 508.4 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0148101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8659;QD=56.4893;RBI=0.0175785;REFB=-0.102453;REVB=0.00946903;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.511105;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00272201;OID=.;OPOS=104758035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:22:13:0:0:22:13:0:1 chr11 104761100 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.166;QD=59.8378;RBI=0.0464686;REFB=0;REVB=0.0445407;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310754;OID=.;OPOS=104761100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr11 104761206 . C T 873.79 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2075;QD=57.2977;RBI=0.0358721;REFB=0;REVB=-0.0305059;RO=0;SAF=17;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152734;OID=.;OPOS=104761206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:43:17:0:0:43:18:0:0 chr11 104763117 . G A 898.2 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515227;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.758;QD=57.9481;RBI=0.00642363;REFB=0;REVB=-0.00383629;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222745;OID=.;OPOS=104763117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:34:27:0:0:34:28:0:0 chr11 104763716 . A G 1540.59 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213377;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.94;QD=59.8288;RBI=0.0226281;REFB=0;REVB=-0.00753213;RO=0;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77575e-06;OID=.;OPOS=104763716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:54:49:0:0:54:49:0:0 chr11 104768000 . G A,T 1197.75 PASS AF=0.9625,0.0375;AO=74,6;DP=80;FAO=77,3;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40,2;FSAR=37,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173511,-0.0379401;FXX=0.0123442;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=57.9986,21.8729;QD=59.8873;RBI=0.0728558,0.0396414;REFB=0,0;REVB=0.0707595,-0.0114887;RO=0;SAF=38,4;SAR=36,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.79579e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00127699,0.190009;OID=.,.;OPOS=104768000,104768000;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:80:80:0:0:74,6:77,3:0.9625,0.0375:36,2:38,4:0:0:37,1:40,2:0:0 chr11 104768098 . T C 1275.12 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0166305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9062;QD=59.3078;RBI=0.0187964;REFB=-0.167383;REVB=0.00875969;RO=2;SAF=35;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00377208;STB=0.501992;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00112762;OID=.;OPOS=104768098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:2:2:84:84:0.976744:49:35:1:1:49:35:1:1 chr11 104819327 . T C 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.458;QD=62.7616;RBI=0.0104685;REFB=0;REVB=0.0010159;RO=0;SAF=54;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4048e-05;OID=.;OPOS=104819327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:35:54:0:0:35:54:0:0 chr11 104839222 . A G 772.59 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00116768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.905;QD=61.8069;RBI=0.0100347;REFB=-0.0221703;REVB=-0.00996656;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=5.4209e-05;OID=.;OPOS=104839222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:21:28:0:0:21:28:1:0 chr11 104869708 . G C 1718.68 PASS AF=0.991304;AO=113;DP=116;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00415446;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.99;QD=59.7803;RBI=0.015513;REFB=-0.0848897;REVB=0.0149464;RO=0;SAF=58;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000212848;OID=.;OPOS=104869708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:115:0:1:113:114:0.991304:55:58:0:0:55:59:1:0 chr11 105223502 . T C 972.75 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2899;QD=58.9548;RBI=0.04622;REFB=0;REVB=-0.0324328;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00068241;OID=.;OPOS=105223502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr11 105782654 . C T 1505.41 PASS AF=0.435484;AO=162;DP=375;FAO=162;FDP=372;FR=.;FRO=210;FSAF=84;FSAR=78;FSRF=102;FSRR=108;FWDB=-0.00550726;FXX=0.00799979;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.445;QD=16.1872;RBI=0.00668455;REFB=-0.00152691;REVB=0.00378857;RO=209;SAF=84;SAR=78;SRF=101;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358185;STB=0.518516;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00227663;OID=.;OPOS=105782654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:375:372:209:210:162:162:0.435484:78:84:101:108:78:84:102:108 chr11 105852683 . AC A 548.28 PASS AF=0.437037;AO=59;DP=135;FAO=59;FDP=135;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=-0.0265375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.794;QD=16.2453;RBI=0.0270861;REFB=-0.0436311;REVB=-0.00542367;RO=76;SAF=29;SAR=30;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127785;STB=0.571262;STBP=0.158;TYPE=del;VARB=0.0409101;OID=.;OPOS=105852684;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.437037:59:135:59:135:76:29:30:47:29:99:76:29:30:47:29 chr11 105878844 . C T 234.01 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0311573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.194;QD=17.0192;RBI=0.0318589;REFB=-0.00588798;REVB=0.00664933;RO=28;SAF=9;SAR=17;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212057;STB=0.628633;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00138063;OID=.;OPOS=105878844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:29:26:26:0.472727:17:9:16:12:17:9:17:12 chr11 107286943 . C T 310.57 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00215184;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.341;QD=23.4394;RBI=0.0478874;REFB=-0.0109481;REVB=-0.047839;RO=21;SAF=17;SAR=14;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170819;STB=0.517868;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00795329;OID=.;OPOS=107286943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:22:31:31:0.584906:14:17:12:9:14:17:13:9 chr11 107299623 . A C 425.7 PASS AF=0.37037;AO=49;DP=134;FAO=50;FDP=135;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.00412505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1506;QD=12.6135;RBI=0.0161058;REFB=-0.011572;REVB=-0.0155686;RO=83;SAF=25;SAR=24;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179163;STB=0.516295;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.019546;OID=.;OPOS=107299623;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:83:85:49:50:0.37037:24:25:41:42:24:26:42:43 chr11 107420530 . A G 352.46 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00286608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.501;QD=18.3094;RBI=0.00357588;REFB=-0.00458393;REVB=0.00213834;RO=40;SAF=19;SAR=18;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340235;STB=0.518977;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00501387;OID=.;OPOS=107420530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:18:19:22:18:18:19:22:18 chr11 107578721 . C G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.086381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.866;QD=56.9566;RBI=0.0866355;REFB=0;REVB=0.00663604;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217658;OID=.;OPOS=107578721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr11 107677399 . C CA 77.41 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.195125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.6711;QD=11.4675;RBI=0.195129;REFB=-0.0259193;REVB=-0.00125558;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075581;STB=0.514265;STBP=0.925;TYPE=ins;VARB=-0.00451643;OID=.;OPOS=107677400;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.518519:13:27:14:27:13:9:5:8:5:59:13:9:4:8:5 chr11 107917087 . A G 424.87 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0178075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4369;QD=24.2784;RBI=0.0259586;REFB=-0.00537512;REVB=0.0188875;RO=29;SAF=21;SAR=20;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222285;STB=0.512189;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00399193;OID=.;OPOS=107917087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:20:21:14:15:20:21:14:15 chr11 107920757 . TA T 81.58 PASS AF=0.329545;AO=26;DP=90;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.178508;FXX=0.0222198;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.4827;QD=3.70799;RBI=0.183272;REFB=0.0252073;REVB=0.0415169;RO=52;SAF=15;SAR=11;SRF=27;SRR=25;SSEN=0.37619;SSEP=0;SSSB=0.066623;STB=0.518446;STBP=0.824;TYPE=del;VARB=-0.0699037;OID=.;OPOS=107920758;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.329545:26:90:29:88:59:17:12:33:26:81:52:15:11:27:25 chr11 108043988 . C T 299.96 PASS AF=0.452055;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00737444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.661;QD=16.4364;RBI=0.00772838;REFB=-0.0135172;REVB=0.00231205;RO=40;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554342;STB=0.53863;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0139432;OID=.;OPOS=108043988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:40:40:32:33:0.452055:15:17:19:21:15:18:19:21 chr11 108044091 . T A 411.65 PASS AF=0.711538;AO=37;DP=52;FAO=37;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0845048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3995;QD=31.6651;RBI=0.0988704;REFB=-0.0456416;REVB=0.0513254;RO=15;SAF=18;SAR=19;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956269;STB=0.551839;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0220803;OID=.;OPOS=108044091;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:15:15:37:37:0.711538:19:18:10:5:19:18:10:5 chr11 108061245 . G A 272.13 PASS AF=0.405063;AO=31;DP=78;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0168177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.441;QD=13.7786;RBI=0.0178255;REFB=-0.0155005;REVB=-0.00590895;RO=46;SAF=10;SAR=21;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238733;STB=0.627038;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0172497;OID=.;OPOS=108061245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:46:47:31:32:0.405063:21:10:25:21:21:11:26:21 chr11 108093208 . A T 404.42 PASS AF=0.4375;AO=41;DP=95;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.00603967;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.719;QD=16.8508;RBI=0.00943619;REFB=-0.0113284;REVB=0.00725011;RO=53;SAF=21;SAR=20;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135146;STB=0.572883;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0199681;OID=.;OPOS=108093208;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:53:54:41:42:0.4375:20:21:20:33:21:21:20:34 chr11 108183167 . A G 595.69 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.556;QD=61.0966;RBI=0.0490384;REFB=0;REVB=0.0277536;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248946;OID=.;OPOS=108183167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:37:39:1:20:17:0:0:22:17:0:0 chr11 108345515 . G GA 334.38 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0188184;FXX=0.0212743;HRUN=0;LEN=1;MLLD=172.094;QD=14.5383;RBI=0.0220637;REFB=-0.00994979;REVB=0.0115185;RO=45;SAF=20;SAR=27;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567338;STB=0.531383;STBP=0.569;TYPE=ins;VARB=0.00804836;OID=.;OPOS=108345516;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.51087:47:93:47:92:45:20:27:22:23:99:45:20:27:22:23 chr11 108380335 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.78;QD=57.0008;RBI=0.0368784;REFB=0;REVB=0.0334747;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110484;OID=.;OPOS=108380335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr11 108381247 . C T 815.46 PASS AF=0.562963;AO=76;DP=135;FAO=76;FDP=135;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.00980511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.132;QD=24.1617;RBI=0.0186896;REFB=-0.0187922;REVB=-0.015911;RO=59;SAF=37;SAR=39;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916624;STB=0.549958;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0145154;OID=.;OPOS=108381247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:59:59:76:76:0.562963:39:37:22:37:39:37:22:37 chr11 108381477 . TCCCCCT TCCCCT,TTCCCCT,TTTCCCC 41.15 PASS AF=0.131579,0.105263,0;AO=4,5,4;DP=38;FAO=5,4,0;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=1,0,0;FSAR=4,4,0;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0102571,0.0364429,-0.000432165;FXX=0.0256345;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,6;MLLD=15.5705,25.8575,46.5254;QD=4.33191;RBI=0.178314,0.0365564,0.00582815;REFB=-0.0200813,-0.0221577,0.00239273;REVB=-0.178019,0.00287866,-0.0058121;RO=23;SAF=2,0,0;SAR=2,5,4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.124851,-0.709336,-0.67482;STB=0.798803,0.997433,0.5;STBP=0.232,0.03,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.0312086,0.0799305,0;OID=.,.,.;OPOS=108381478,108381478,108381478;OREF=C,C,CCCCCT;OALT=-,T,TTCCCC;OMAPALT=TCCCCT,TTCCCCT,TTTCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.131579,0.105263,0:4,5,4:38:5,4,0:38:29:1,0,0:4,4,0:16:13:22:23:2,0,0:2,5,4:14:9 chr11 108384207 . C T 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0186628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.468;QD=18.3009;RBI=0.0202137;REFB=-0.0257448;REVB=0.00776497;RO=23;SAF=14;SAR=6;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333993;STB=0.689949;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0244243;OID=.;OPOS=108384207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:6:14:8:15:6:14:8:15 chr11 108409784 . T A 304.07 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0236385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.095;QD=14.8326;RBI=0.0277703;REFB=-0.0140169;REVB=-0.0145743;RO=48;SAF=22;SAR=12;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924383;STB=0.55248;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0222037;OID=.;OPOS=108409784;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:12:22:27:21:12:22:27:21 chr11 109296033 . T C 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00568184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1277;QD=9.53602;RBI=0.0319006;REFB=-0.0134733;REVB=0.0313905;RO=27;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323571;STB=0.519618;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0265696;OID=.;OPOS=109296033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:7:5:12:15:7:5:12:15 chr11 109296550 . A G 203.98 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.028899;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8351;QD=21.4717;RBI=0.0444278;REFB=0.0020348;REVB=-0.0337443;RO=17;SAF=8;SAR=12;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145815;STB=0.561738;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0027891;OID=.;OPOS=109296550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:17:18:20:20:0.526316:12:8:4:13:12:8:5:13 chr11 109298127 . T G 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.0175725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.409;QD=16.6272;RBI=0.0176574;REFB=-0.0061667;REVB=0.00173009;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374161;STB=0.709801;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00941039;OID=.;OPOS=109298127;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:13:1:6:7:13:1 chr11 110036074 . G A 158.59 PASS AF=0.235294;AO=24;DP=104;FAO=24;FDP=102;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=52;FWDB=-0.0430389;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.454;QD=6.21905;RBI=0.0483874;REFB=-0.00461254;REVB=-0.0221133;RO=80;SAF=16;SAR=8;SRF=26;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40862;STB=0.740557;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0188797;OID=.;OPOS=110036074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:80:78:24:24:0.235294:8:16:26:54:8:16:26:52 chr11 110102620 . G A 227.97 PASS AF=0.288288;AO=32;DP=111;FAO=32;FDP=111;FR=.;FRO=79;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.046571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.981;QD=8.21499;RBI=0.0491875;REFB=0.00314435;REVB=-0.0158289;RO=79;SAF=13;SAR=19;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165865;STB=0.598028;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00895494;OID=.;OPOS=110102620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:79:79:32:32:0.288288:19:13:43:36:19:13:43:36 chr11 110451885 . A G 299.86 PASS AF=0.485294;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0273303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.426;QD=17.6391;RBI=0.0276436;REFB=0.00543426;REVB=0.00415006;RO=35;SAF=18;SAR=14;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910251;STB=0.543412;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00571587;OID=.;OPOS=110451885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:35:32:33:0.485294:14:18:23:12:14:19:23:12 chr11 110501433 . G A 179.85 PASS AF=0.255102;AO=25;DP=98;FAO=25;FDP=98;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.0200742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.676;QD=7.34085;RBI=0.0200742;REFB=-0.00485587;REVB=2.45131e-05;RO=73;SAF=9;SAR=16;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100693;STB=0.561114;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0166987;OID=.;OPOS=110501433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:73:73:25:25:0.255102:16:9:32:41:16:9:32:41 chr11 111325007 . C T 85.75 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00615985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.005;QD=11.8283;RBI=0.0417574;REFB=-0.00150587;REVB=-0.0413006;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307581;STB=0.683863;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00354693;OID=.;OPOS=111325007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:8:3:10:8:8:3:10:8 chr11 111327213 . G A 425.23 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.266;QD=56.6972;RBI=0.1148;REFB=0;REVB=0.0367217;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100191;OID=.;OPOS=111327213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:27:30:1:17:10:0:0:17:13:0:0 chr11 111368047 . G T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.565;QD=60.2042;RBI=0.0278448;REFB=0;REVB=-0.0183997;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.06872e-05;OID=.;OPOS=111368047;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr11 111420364 . A G 1545.06 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.451;QD=63.7139;RBI=0.0343686;REFB=0;REVB=0.0309836;RO=0;SAF=38;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43459e-05;OID=.;OPOS=111420364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:58:38:0:0:58:39:0:0 chr11 111431656 . GAAT G 876.9 PASS AF=0.918605;AO=79;DP=87;FAO=79;FDP=86;FR=.;FRO=7;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0180536;FXX=0.0337041;HRUN=2;LEN=3;MLLD=266.053;QD=40.786;RBI=0.0199566;REFB=-0.0320161;REVB=0.00850497;RO=0;SAF=49;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53895e-08;STB=0.508154;STBP=0.647;TYPE=del;VARB=0.00334051;OID=.;OPOS=111431657;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.918605:79:87:79:86:7:49:30:5:2:9:0:49:30:0:0 chr11 111553862 . T C 173.1 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.021137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.372;QD=18.7131;RBI=0.096763;REFB=-0.0124426;REVB=0.0944262;RO=19;SAF=15;SAR=3;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672544;STB=0.538417;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.011828;OID=.;OPOS=111553862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:3:15:15:4:3:15:15:4 chr11 111553893 . T C 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.558;QD=64.1516;RBI=0.0536815;REFB=0;REVB=0.0254299;RO=0;SAF=37;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002407;OID=.;OPOS=111553893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:12:37:0:0:12:37:0:0 chr11 111590712 . G A 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0205165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1525;QD=10.4742;RBI=0.0207662;REFB=0.000434904;REVB=-0.0032104;RO=37;SAF=9;SAR=10;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226336;STB=0.631839;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00258331;OID=.;OPOS=111590712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:10:9:25:12:10:9:25:12 chr11 111692182 . G A 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0313855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.677;QD=18.4268;RBI=0.0354617;REFB=-0.0158424;REVB=0.0165069;RO=28;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191412;STB=0.607066;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00913044;OID=.;OPOS=111692182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:17:11:17:11:17:11:17:11 chr11 111724133 . C T 114.07 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0230606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4644;QD=14.2581;RBI=0.0903509;REFB=-0.00188957;REVB=-0.0873584;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248152;STB=0.656048;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00351835;OID=.;OPOS=111724133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:13:14:0.4375:6:7:14:4:7:7:14:4 chr11 111747297 . A G 518.42 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0199619;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.2485;QD=18.0321;RBI=0.0223057;REFB=0.0231883;REVB=-0.00995328;RO=60;SAF=24;SAR=31;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445886;STB=0.524743;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.0172398;OID=.;OPOS=111747297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:60:60:55:55:0.478261:31:24:29:31:31:24:29:31 chr11 111749349 . A T 1377.43 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00673452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.46;QD=62.6104;RBI=0.0104051;REFB=0;REVB=0.00793168;RO=0;SAF=63;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80985e-05;OID=.;OPOS=111749349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:25:63:0:0:25:63:0:0 chr11 111750347 . C T 327.76 PASS AF=0.472973;AO=31;DP=71;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0565263;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.212;QD=17.7165;RBI=0.0570257;REFB=-0.0274939;REVB=-0.00753047;RO=39;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986267;STB=0.582775;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.030689;OID=.;OPOS=111750347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:39:39:31:35:0.472973:16:15:15:24:16:19:15:24 chr11 111754574 . A C 131.59 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0111207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9874;QD=14.6214;RBI=0.0546804;REFB=-0.0180076;REVB=0.0535376;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108301;STB=0.560805;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00434766;OID=.;OPOS=111754574;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:21:15:15:0.416667:7:8:8:11:7:8:9:12 chr11 111781047 . A C 449.91 PASS AF=0.46875;AO=44;DP=97;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0229899;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.176;QD=18.7464;RBI=0.0234103;REFB=-0.00255587;REVB=0.00441673;RO=52;SAF=24;SAR=20;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099819;STB=0.565791;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0027583;OID=.;OPOS=111781047;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:52:51:44:45:0.46875:20:24:23:29:20:25:22:29 chr11 111795085 . C G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0597525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4572;QD=15.2588;RBI=0.0758759;REFB=-0.0235826;REVB=0.0467632;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183303;STB=0.609426;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.01878;OID=.;OPOS=111795085;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:2:5:3:3:2:5:3:3 chr11 111848531 . C T 387.24 PASS AF=0.622951;AO=36;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0150052;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2321;QD=25.3924;RBI=0.0281632;REFB=-0.0315269;REVB=0.0238329;RO=23;SAF=17;SAR=19;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158077;STB=0.583147;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0133406;OID=.;OPOS=111848531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:23:36:38:0.622951:19:17:16:7:20:18:16:7 chr11 111853106 . G GC 275.38 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0919612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.2307;QD=37.9829;RBI=0.109545;REFB=0;REVB=0.0595243;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344547;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00779836;OID=.;OPOS=111853107;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:29:29:29:0:13:16:0:0:6:1:13:15:1:0 chr11 111896324 . C T 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00370011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.611;QD=17.943;RBI=0.00666116;REFB=-0.0161693;REVB=0.00553898;RO=29;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462645;STB=0.525898;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0121694;OID=.;OPOS=111896324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:13:15:17:12:13:15:17:12 chr11 111908162 . T C 274.75 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00940818;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2488;QD=12.9295;RBI=0.00944102;REFB=-0.0127867;REVB=-0.000786732;RO=53;SAF=12;SAR=20;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22783;STB=0.630417;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0121313;OID=.;OPOS=111908162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:53:53:32:32:0.376471:20:12:31:22:20:12:31:22 chr11 111916647 . G A 276.04 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.0506269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9276;QD=13.3029;RBI=0.0512167;REFB=-0.019465;REVB=-0.00774997;RO=50;SAF=22;SAR=10;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574334;STB=0.528284;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0382402;OID=.;OPOS=111916647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:51:32:32:0.385542:10:22:32:18:10:22:33:18 chr11 111953919 . GATTAT GATTA,GA,GAT 554.6 PASS AF=0.453608,0,0.546392;AO=14,12,18;DP=100;FAO=44,0,53;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0,27;FSAR=29,0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671467,-0.0149487,-0.0166937;FXX=0.029997;HRUN=9,2,2;LEN=1,4,3;MLLD=4.23132,174.44,175.383;QD=22.8699;RBI=0.393779,0.0452332,0.0304695;REFB=-0.181724,-0.0104376,-0.00448591;REVB=0.388012,0.0426917,0.0254894;RO=17;SAF=8,6,7;SAR=6,6,11;SRF=3;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.365643,0.329969,0.203793;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.110277,0.00905411,-0.00894964;OID=.,.,.;OPOS=111953924,111953921,111953920;OREF=T,TTAT,ATT;OALT=-,-,-;OMAPALT=GATTA,GA,GAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.453608,0,0.546392:14,12,18:100:44,0,53:97:0:15,0,27:29,0,26:0:0:99:17:8,6,7:6,6,11:3:14 chr11 111956989 . C A 1914.54 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00848883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.758;QD=61.7593;RBI=0.0425318;REFB=0;REVB=0.0416761;RO=0;SAF=66;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52978e-05;OID=.;OPOS=111956989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:57:66:0:0:58:66:0:0 chr11 112065434 . T C 1342.22 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127555;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.491;QD=62.429;RBI=0.0147896;REFB=0;REVB=0.00748535;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54411e-05;OID=.;OPOS=112065434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:36:48:0:0:36:50:0:0 chr11 112088499 . A C 2315.92 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0450499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3545;QD=63.0183;RBI=0.109601;REFB=-0.0985506;REVB=0.0999149;RO=0;SAF=88;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502824;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00144167;OID=.;OPOS=112088499;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:147:0:1:146:146:0.993197:58:88:0:0:58:88:1:0 chr11 112123095 . A G 795.45 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1828;QD=54.8585;RBI=0.0827835;REFB=0.0316195;REVB=-0.0803344;RO=1;SAF=37;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241661;STB=0.512191;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.000872678;OID=.;OPOS=112123095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:1:1:56:57:0.982759:19:37:0:1:20:37:0:1 chr11 112223299 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00433648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.781;QD=63.8718;RBI=0.00558378;REFB=0;REVB=0.0035176;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58862e-06;OID=.;OPOS=112223299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr11 112832339 . GC G 367.41 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0567299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.3485;QD=47.4072;RBI=0.0640861;REFB=0;REVB=-0.0298118;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00352037;OID=.;OPOS=112832340;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:31:31:31:0:20:11:0:0:7:0:20:11:0:0 chr11 112832353 . T C 403.42 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.243;QD=53.7898;RBI=0.023937;REFB=-0.166842;REVB=0.0195081;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130255;OID=.;OPOS=112832353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:30:30:0:0:29:30:1:10:19:0:0:10:20:0:0 chr11 112832358 . T C 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00379358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.249;QD=52.7702;RBI=0.00767057;REFB=-0.0639547;REVB=-0.00666681;RO=1;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054642;STB=0.52939;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.000395164;OID=.;OPOS=112832358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:8:20:0:1:8:20:0:1 chr11 113078609 . C T 59.24 PASS AF=0.191489;AO=8;DP=46;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0172229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.564;QD=5.04148;RBI=0.0172435;REFB=-0.0106122;REVB=-0.000841169;RO=38;SAF=3;SAR=5;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274243;STB=0.711879;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0428536;OID=.;OPOS=113078609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:46:47:38:38:8:9:0.191489:5:3:23:15:6:3:23:15 chr11 113103996 . T G 2547.24 PASS AF=0.945055;AO=172;DP=182;FAO=172;FDP=182;FR=.;FRO=10;FSAF=95;FSAR=77;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0033898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9271;QD=55.9833;RBI=0.0430969;REFB=-0.0452596;REVB=0.0429634;RO=10;SAF=95;SAR=77;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00551837;STB=0.502905;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0183695;OID=.;OPOS=113103996;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:182:182:10:10:172:172:0.945055:77:95:5:5:77:95:5:5 chr11 113113515 . G A 439.41 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.00421774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.275;QD=19.3146;RBI=0.0133133;REFB=-0.0294011;REVB=-0.0126276;RO=47;SAF=22;SAR=22;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128685;STB=0.571397;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0312045;OID=.;OPOS=113113515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:22:22:30:17:22:22:30:17 chr11 113146785 . T C 451.94 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=20;FWDB=-0.0098145;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.928;QD=15.9979;RBI=0.0129971;REFB=-0.0124242;REVB=-0.00852053;RO=61;SAF=33;SAR=17;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316593;STB=0.514121;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0149526;OID=.;OPOS=113146785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:61:63:50:50:0.442478:17:33:42:19:17:33:43:20 chr11 113200709 . G A 916.3 PASS AF=0.505556;AO=91;DP=180;FAO=91;FDP=180;FR=.;FRO=89;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=0.00164474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.848;QD=20.3622;RBI=0.00354771;REFB=-0.00759301;REVB=0.00314341;RO=89;SAF=51;SAR=40;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100012;STB=0.554946;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0076498;OID=.;OPOS=113200709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:89:89:91:91:0.505556:40:51:40:49:40:51:40:49 chr11 113212553 . T C 581.79 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=97;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0141385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.209;QD=23.9912;RBI=0.028989;REFB=-0.0142243;REVB=-0.0253075;RO=43;SAF=34;SAR=20;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801337;STB=0.543983;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00720052;OID=.;OPOS=113212553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:43:54:54:0.556701:20:34:23:20:20:34:23:20 chr11 113264272 . T C 2027.15 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.968;QD=62.3739;RBI=0.0806911;REFB=0;REVB=0.0805057;RO=0;SAF=72;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76287e-05;OID=.;OPOS=113264272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:58:72:0:0:58:72:0:0 chr11 113264470 . A C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00958502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.119;QD=62.0219;RBI=0.0135064;REFB=0;REVB=0.00951586;RO=0;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34585e-05;OID=.;OPOS=113264470;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:12:30:0:0:12:30:0:0 chr11 113270374 . C T 2481.94 PASS AF=1;AO=162;DP=164;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160065;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.53;QD=60.1683;RBI=0.0825532;REFB=-0.0806242;REVB=0.0809866;RO=2;SAF=96;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141985;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433404;OID=.;OPOS=113270374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:164:165:2:0:162:165:1:66:96:0:2:69:96:0:0 chr11 113570354 . C T 78.55 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0295191;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.9027;QD=6.41257;RBI=0.0747875;REFB=-0.00110584;REVB=-0.0687153;RO=36;SAF=2;SAR=9;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391987;STB=0.739776;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00491022;OID=.;OPOS=113570354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:47:49:36:38:11:11:0.22449:9:2:17:19:9:2:17:21 chr11 113670052 . T A 756.3 PASS AF=0.919355;AO=56;DP=61;FAO=57;FDP=62;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0214242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.08;QD=48.7934;RBI=0.0321161;REFB=-0.0903262;REVB=0.0239259;RO=1;SAF=35;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132829;STB=0.53666;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00127371;OID=.;OPOS=113670052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:61:62:1:5:56:57:0.919355:21:35:1:0:21:36:1:4 chr11 113679119 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5481;QD=60.9777;RBI=0.0222712;REFB=0;REVB=0.0162599;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53051e-05;OID=.;OPOS=113679119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr11 113803104 . G A 607.53 PASS AF=0.555556;AO=60;DP=108;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00515838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7564;QD=22.5011;RBI=0.0127522;REFB=-0.00850427;REVB=0.0116623;RO=48;SAF=35;SAR=25;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350247;STB=0.519163;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00711093;OID=.;OPOS=113803104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:48:48:60:60:0.555556:25:35:30:18:25:35:30:18 chr11 113846077 . C T 656.63 PASS AF=0.528455;AO=63;DP=121;FAO=65;FDP=123;FR=.;FRO=58;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0385643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.891;QD=21.3537;RBI=0.0397718;REFB=-0.0322658;REVB=-0.00972565;RO=58;SAF=42;SAR=21;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076504;STB=0.538659;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0350761;OID=.;OPOS=113846077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:58:58:63:65:0.528455:21:42:34:24:22:43:34:24 chr11 113848273 . A T 161.3 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0319559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6551;QD=18.9767;RBI=0.0344087;REFB=0.0344356;REVB=-0.0127586;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254444;STB=0.643904;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.022471;OID=.;OPOS=113848273;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:7:10:5:12:7:10:5:12 chr11 113860425 . A G 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.02918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.803;QD=15.6538;RBI=0.0470605;REFB=-0.0105431;REVB=-0.0369219;RO=32;SAF=8;SAR=18;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306995;STB=0.517337;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0116312;OID=.;OPOS=113860425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:18:8:9:23:18:8:9:23 chr11 113934694 . C T 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0142878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.388;QD=16.1203;RBI=0.017791;REFB=-0.0147383;REVB=0.0106009;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218591;STB=0.627678;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0167627;OID=.;OPOS=113934694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:9:3:6:7:9:3:6:7 chr11 113935226 . A G 188.08 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.00819061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.614;QD=15.3532;RBI=0.0164679;REFB=-0.00321216;REVB=-0.0142865;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331358;STB=0.70294;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00508885;OID=.;OPOS=113935226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:28:29:19:20:0.408163:8:11:7:21:8:12:7:22 chr11 114393652 . C T 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.123;QD=59.8657;RBI=0.0319275;REFB=0;REVB=0.0286127;RO=0;SAF=62;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06768e-05;OID=.;OPOS=114393652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:42:62:0:0:42:62:0:0 chr11 114393801 . ATTTTTTC ATTTTCTC,ATTTTTC,ATTTTTCT 541.37 PASS AF=0.156627,0.843373,0;AO=4,16,10;DP=85;FAO=13,70,0;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=13,29,0;FSAR=0,41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108446,-0.21112,-0.479827;FXX=0.0119033;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=140.75,7.75968,13.1292;QD=26.0902;RBI=0.137395,0.751174,0.562089;REFB=0,0,0;REVB=0.0843619,0.720895,0.292763;RO=34;SAF=4,8,10;SAR=0,8,0;SRF=1;SRR=33;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.407407,0;SSSB=0.857978,0.574872,0.877435;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0504462,-0.00505966,0;OID=.,.,.;OPOS=114393806,114393802,114393807;OREF=T,T,TC;OALT=C,-,CT;OMAPALT=ATTTTCTC,ATTTTTC,ATTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.156627,0.843373,0:4,16,10:85:13,70,0:83:0:13,29,0:0,41,0:0:0:59:34:4,8,10:0,8,0:1:33 chr11 114401577 . T C 1942.05 PASS AF=0.976923;AO=127;DP=133;FAO=127;FDP=130;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0213652;FXX=0.0298485;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.074;QD=59.7554;RBI=0.0223322;REFB=-0.126765;REVB=0.0065007;RO=0;SAF=49;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.502e-08;STB=0.509432;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000103394;OID=.;OPOS=114401577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:133:130:0:3:127:127:0.976923:78:49:0:0:78:49:0:3 chr11 114421857 . T C 99.97 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.00511359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.069;QD=7.40498;RBI=0.0234198;REFB=0.00140054;REVB=0.0228548;RO=40;SAF=4;SAR=10;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422556;STB=0.757229;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00507069;OID=.;OPOS=114421857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:40:40:14:14:0.259259:10:4:26:14:10:4:26:14 chr11 114421861 . G A 96.71 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00300537;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4748;QD=7.58482;RBI=0.0249964;REFB=0.00458214;REVB=-0.0248151;RO=39;SAF=4;SAR=9;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415268;STB=0.747496;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0166429;OID=.;OPOS=114421861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:52:51:39:38:13:13:0.254902:9:4:26:13:9:4:25:13 chr11 114421895 . G A 48.9 PASS AF=0.189189;AO=8;DP=42;FAO=7;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.00249302;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.651;QD=5.28628;RBI=0.019329;REFB=0.00670789;REVB=-0.0191675;RO=24;SAF=3;SAR=5;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377471;STB=0.734733;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00733848;OID=.;OPOS=114421895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:42:37:24:30:8:7:0.189189:5:3:17:7:4:3:22:8 chr11 114421909 . T C 34.02 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0462378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9351;QD=3.88744;RBI=0.0462516;REFB=-0.00324812;REVB=0.00113147;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276885;STB=0.685181;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00720737;OID=.;OPOS=114421909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:3:3:21:8:3:3:21:8 chr11 114421912 . A G 34.02 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0326453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.378;QD=3.88747;RBI=0.0338489;REFB=-0.00333495;REVB=0.00894586;RO=28;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311355;STB=0.685181;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0157937;OID=.;OPOS=114421912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:28:29:6:6:0.171429:3:3:21:7:3:3:21:8 chr11 114441943 . G A 684.98 PASS AF=0.808824;AO=53;DP=68;FAO=55;FDP=68;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.0352176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.743;QD=40.2929;RBI=0.0387288;REFB=-0.0498835;REVB=-0.0161134;RO=0;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33586e-08;STB=0.618685;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0073566;OID=.;OPOS=114441943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:0:13:53:55:0.808824:37:16:0:0:37:18:12:1 chr11 114442103 . A G 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.321;QD=56.1878;RBI=0.016067;REFB=0;REVB=-3.35989e-05;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010625;OID=.;OPOS=114442103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr11 114569054 . A G 1816.72 PASS AF=1;AO=114;DP=117;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0951102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1639;QD=60.0568;RBI=0.0956608;REFB=0;REVB=0.0102488;RO=0;SAF=65;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312469;OID=.;OPOS=114569054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:121:0:0:114:121:1:49:65:0:0:53:68:0:0 chr11 114576626 . A T 236.68 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0107553;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.4233;QD=11.8342;RBI=0.0122598;REFB=-0.0266439;REVB=-0.00588446;RO=43;SAF=14;SAR=15;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151718;STB=0.579345;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0481104;OID=.;OPOS=114576626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:51:29:29:0.3625:15:14:27:16:15:14:31:20 chr11 116633825 . C T 791.3 PASS AF=0.907692;AO=58;DP=69;FAO=59;FDP=65;FR=.;FRO=6;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0324995;FXX=0.0579626;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.491;QD=48.6956;RBI=0.0376144;REFB=-0.0276944;REVB=0.0189375;RO=6;SAF=42;SAR=16;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482315;STB=0.52607;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00196117;OID=.;OPOS=116633825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:69:65:6:6:58:59:0.907692:16:42:3:3:16:43:3:3 chr11 116661826 . T C 1638.63 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00204572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.048;QD=60.133;RBI=0.0111675;REFB=0;REVB=0.0109785;RO=0;SAF=58;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83082e-06;OID=.;OPOS=116661826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:109:0:0:103:109:1:45:58:0:0:48:61:0:0 chr11 116662579 . C T 1082.35 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0215331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7476;QD=57.7251;RBI=0.0282774;REFB=-0.142876;REVB=0.0183286;RO=1;SAF=39;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119765;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00149836;OID=.;OPOS=116662579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:35:39:1:0:35:39:1:0 chr11 116692334 . C T 324.43 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.544;QD=54.0721;RBI=0.120482;REFB=0;REVB=0.106227;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130524;OID=.;OPOS=116692334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:21:24:1:5:16:0:0:7:17:0:0 chr11 116692449 . G A 233.09 PASS AF=0.345238;AO=28;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00606206;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.47;QD=11.0995;RBI=0.0488105;REFB=-0.0185255;REVB=0.0484326;RO=55;SAF=16;SAR=12;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715648;STB=0.528033;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0280121;OID=.;OPOS=116692449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:28:29:0.345238:12:16:28:27:13:16:28:27 chr11 116693464 . C T 1339.71 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.778;QD=62.3123;RBI=0.0411093;REFB=0;REVB=-0.0168443;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2363e-05;OID=.;OPOS=116693464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:42:44:0:0:42:44:0:0 chr11 116701535 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=21;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.666;QD=57.2014;RBI=0.0477856;REFB=0;REVB=0.0473317;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224696;OID=.;OPOS=116701535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:21:30:1:13:8:0:0:14:16:0:0 chr11 117030703 . G A 384.15 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0132465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.611;QD=17.6618;RBI=0.0266326;REFB=-0.0125976;REVB=0.0231047;RO=46;SAF=20;SAR=20;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208032;STB=0.517233;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00944586;OID=.;OPOS=117030703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:46:47:40:40:0.45977:20:20:24:22:20:20:25:22 chr11 117042377 . G A 1376.59 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.247;QD=62.5725;RBI=0.036022;REFB=0;REVB=0.00176068;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29223e-05;OID=.;OPOS=117042377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:50:37:0:0:50:38:0:0 chr11 117053433 . C A 850.03 PASS AF=0.925373;AO=62;DP=68;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0722173;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.904;QD=50.7481;RBI=0.0764656;REFB=-0.112334;REVB=0.0251328;RO=5;SAF=31;SAR=31;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702865;STB=0.537301;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0043939;OID=.;OPOS=117053433;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:68:67:5:5:62:62:0.925373:31:31:5:0:31:31:5:0 chr11 117074109 . G A 1337.62 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.301;QD=61.4998;RBI=0.0689863;REFB=0;REVB=0.00649302;RO=0;SAF=28;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163857;OID=.;OPOS=117074109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:87:0:0:82:87:1:54:28:0:0:57:30:0:0 chr11 117076875 . G A 594.91 PASS AF=0.452555;AO=62;DP=138;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.0148721;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1512;QD=17.3696;RBI=0.0462747;REFB=-0.00695575;REVB=0.0438197;RO=74;SAF=29;SAR=33;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316009;STB=0.514038;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00837021;OID=.;OPOS=117076875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:74:75:62:62:0.452555:33:29:37:37:33:29:37:38 chr11 117077034 . A G 1607.07 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0718028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.905;QD=64.283;RBI=0.0722004;REFB=0;REVB=0.00756673;RO=0;SAF=59;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017386;OID=.;OPOS=117077034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:41:59:0:0:41:59:0:0 chr11 117096652 . G A 727.24 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.751;QD=63.2383;RBI=0.0428177;REFB=0;REVB=0.021264;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000747845;OID=.;OPOS=117096652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr11 117156552 . T C 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00871614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7691;QD=58.2379;RBI=0.0275723;REFB=0;REVB=0.0261584;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01218e-05;OID=.;OPOS=117156552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr11 117159878 . A T 579.18 PASS AF=0.483871;AO=60;DP=124;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.000139639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.131;QD=18.6833;RBI=0.0063743;REFB=-0.00491661;REVB=-0.00637277;RO=62;SAF=30;SAR=30;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296477;STB=0.508062;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00545784;OID=.;OPOS=117159878;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:62:64:60:60:0.483871:30:30:33:29:30:30:33:31 chr11 117160347 . A G 804.55 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321122;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.802;QD=57.4679;RBI=0.0321239;REFB=0;REVB=0.000867302;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129654;OID=.;OPOS=117160347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr11 117163824 . C G 492.98 PASS AF=0.494845;AO=47;DP=96;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0419489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7991;QD=20.329;RBI=0.0471502;REFB=-0.00629369;REVB=0.0215276;RO=47;SAF=30;SAR=17;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206471;STB=0.529291;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00522888;OID=.;OPOS=117163824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:47:49:47:48:0.494845:17:30:29:18:17:31:29:20 chr11 117252489 . T C 3245.91 PASS AF=1;AO=165;DP=211;FAO=212;FDP=212;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=154;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.081;QD=61.2436;RBI=0.0457306;REFB=0;REVB=0.0277474;RO=0;SAF=118;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197006;OID=.;OPOS=117252489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:212:0:0:165:212:1:47:118:0:0:58:154:0:0 chr11 117266312 . C G 415.34 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0236555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.522;QD=19.3183;RBI=0.0279519;REFB=-0.00830293;REVB=0.0148905;RO=43;SAF=19;SAR=23;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075193;STB=0.547596;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0106925;OID=.;OPOS=117266312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:43:44:42:42:0.488372:23:19:23:20:23:19:24:20 chr11 117267884 . A G 465.61 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=0.0199257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7179;QD=17.7375;RBI=0.0404704;REFB=-0.0179248;REVB=-0.0352252;RO=54;SAF=26;SAR=24;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138587;STB=0.570962;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0210577;OID=.;OPOS=117267884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:55:50:50:0.47619:24:26:36:18:24:26:36:19 chr11 117280724 . TC T 89.11 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0076089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.3441;QD=16.201;RBI=0.0406358;REFB=0.0138434;REVB=0.0399171;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00696215;OID=.;OPOS=117280725;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:12:22:12:22:10:6:6:5:5:69:10:6:6:5:5 chr11 117282800 . G T 961.16 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9479;QD=58.2524;RBI=0.0341707;REFB=0;REVB=0.016272;RO=0;SAF=54;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331548;OID=.;OPOS=117282800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:10:54:0:0:11:55:0:0 chr11 117309989 . C T 453.82 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00512036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.388;QD=55.0085;RBI=0.0681007;REFB=-0.0976902;REVB=-0.0679079;RO=1;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239419;STB=0.512812;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00165494;OID=.;OPOS=117309989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:19:13:0:1:19:13:0:1 chr11 117310022 . A G 645.83 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00308443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.39;QD=61.5072;RBI=0.0226764;REFB=0;REVB=-0.0224656;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.8891e-05;OID=.;OPOS=117310022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:24:17:0:0:24:18:0:0 chr11 117335722 . T C 1238.24 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0055422;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9352;QD=59.6744;RBI=0.0104679;REFB=0.000774855;REVB=-0.0088804;RO=1;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014132;STB=0.507461;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=5.92467e-05;OID=.;OPOS=117335722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:81:82:0.987952:33:48:0:1:33:49:0:1 chr11 117376413 . G A 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00811465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.9489;QD=19.9731;RBI=0.0261534;REFB=-0.00757176;REVB=0.0248627;RO=35;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471692;STB=0.526182;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00798484;OID=.;OPOS=117376413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:21:16:17:18:21:16:17:18 chr11 117403235 . G T 1043.21 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.509;QD=59.6122;RBI=0.0462036;REFB=0;REVB=0.00301169;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29066e-05;OID=.;OPOS=117403235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:70:0:0:66:70:1:43:23:0:0:45:25:0:0 chr11 117691352 . C T 266.62 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0201217;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.134;QD=13.4999;RBI=0.021976;REFB=-0.0214795;REVB=0.00883535;RO=46;SAF=11;SAR=20;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651107;STB=0.52676;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0258136;OID=.;OPOS=117691352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:48:31:31:0.392405:20:11:19:27:20:11:19:29 chr11 117693255 . T C 581.1 PASS AF=0.517544;AO=59;DP=115;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0280769;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.41;QD=20.3896;RBI=0.0280819;REFB=-0.0201874;REVB=-0.000530184;RO=56;SAF=27;SAR=32;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579984;STB=0.528128;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0185956;OID=.;OPOS=117693255;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:56:55:59:59:0.517544:32:27:22:34:32:27:22:33 chr11 117695340 . C T 405.62 PASS AF=0.518987;AO=39;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00248753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5596;QD=20.5376;RBI=0.142828;REFB=-0.0266746;REVB=0.142807;RO=40;SAF=27;SAR=12;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18803;STB=0.56764;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0676622;OID=.;OPOS=117695340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:38:39:41:0.518987:12:27:20:20:14:27:20:18 chr11 117698762 . G A 224.78 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0296009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.841;QD=13.0309;RBI=0.0568623;REFB=0.0288787;REVB=0.04855;RO=42;SAF=17;SAR=10;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261661;STB=0.649572;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.0430121;OID=.;OPOS=117698762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:10:17:16:26:10:17:16:26 chr11 117711836 . C T 244.27 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00214749;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=174.013;QD=23.2633;RBI=0.0133274;REFB=-0.0112756;REVB=0.0131532;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707973;STB=0.549957;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0069518;OID=.;OPOS=117711836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:19:23:23:0.547619:11:12:11:7:11:12:12:7 chr11 117712546 . G A 139.42 PASS AF=0.228261;AO=21;DP=93;FAO=21;FDP=92;FR=.;FRO=71;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.0163221;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.233;QD=6.06163;RBI=0.0195925;REFB=-0.00429395;REVB=-0.0108377;RO=71;SAF=8;SAR=13;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895211;STB=0.555502;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0190476;OID=.;OPOS=117712546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:71:71:21:21:0.228261:13:8:32:39:13:8:32:39 chr11 117774291 . A C 920.02 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1347;QD=58.4138;RBI=0.0415172;REFB=0;REVB=-0.00627334;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000471688;OID=.;OPOS=117774291;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr11 117781435 . A G 670.8 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.113;QD=62.3997;RBI=0.0388106;REFB=0;REVB=0.026882;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010361;OID=.;OPOS=117781435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:14:27:0:0:14:29:0:0 chr11 117789342 . TGGG CGGC 182.11 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0175935;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=4;MLLD=114.691;QD=10.2598;RBI=0.0193097;REFB=-0.0474673;REVB=0.00795819;RO=39;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241362;STB=0.595881;STBP=0.302;TYPE=mnp;VARB=0.0852905;OID=.;OPOS=117789342;OREF=TGGG;OALT=CGGC;OMAPALT=CGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:44:20:20:0.28169:9:11:13:26:9:11:18:26 chr11 117864047 . A G 885.19 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.329;QD=58.0454;RBI=0.0411534;REFB=0;REVB=0.0241543;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015068;OID=.;OPOS=117864047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:39:22:0:0:39:22:0:0 chr11 117869670 . A G 508.54 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00606953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.247;QD=58.1192;RBI=0.0155608;REFB=0;REVB=0.0143282;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83747e-05;OID=.;OPOS=117869670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:23:11:0:0:24:11:0:0 chr11 117965595 . C T 267.34 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0233081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.8;QD=18.4373;RBI=0.0264515;REFB=-0.00481286;REVB=-0.0125065;RO=29;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935263;STB=0.55231;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00616953;OID=.;OPOS=117965595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:17:12:15:14:17:12:15:14 chr11 117965602 . C T 251.65 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0290419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9735;QD=17.0609;RBI=0.032703;REFB=-0.00212257;REVB=0.0150352;RO=31;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13826;STB=0.577563;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00195918;OID=.;OPOS=117965602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:13:15:12:19:13:15:12:19 chr11 117982495 . T G 971.35 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000457419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.906;QD=58.8699;RBI=0.0281191;REFB=0;REVB=0.0281154;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66654e-05;OID=.;OPOS=117982495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:25:39:0:0:27:39:0:0 chr11 117988082 . T C 1344.81 PASS AF=0.967033;AO=88;DP=93;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00765858;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.436;QD=59.1123;RBI=0.00866829;REFB=-0.0238698;REVB=-0.00406022;RO=3;SAF=54;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255979;STB=0.51351;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-7.12656e-06;OID=.;OPOS=117988082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:93:91:3:3:88:88:0.967033:34:54:3:0:34:54:3:0 chr11 117988654 . G C 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0252471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.626;QD=19.1558;RBI=0.0272601;REFB=-0.0160819;REVB=-0.0102809;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161807;STB=0.591313;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0179166;OID=.;OPOS=117988654;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:11:10:15:8:11:10:15:8 chr11 118074337 . A G 712.2 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189204;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.991;QD=63.307;RBI=0.1009;REFB=0;REVB=0.0991102;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141413;OID=.;OPOS=118074337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr11 118081345 . A T 1875.28 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00631868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.686;QD=61.4847;RBI=0.0119359;REFB=0;REVB=0.0101262;RO=0;SAF=60;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57631e-06;OID=.;OPOS=118081345;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:61:60:0:0:62:60:0:0 chr11 118083664 . A G 1818.86 PASS AF=0.968504;AO=122;DP=127;FAO=123;FDP=127;FR=.;FRO=4;FSAF=73;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00244053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5494;QD=57.2869;RBI=0.0206906;REFB=-0.210229;REVB=0.0205462;RO=4;SAF=73;SAR=49;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372081;STB=0.511162;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00651006;OID=.;OPOS=118083664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:127:127:4:4:122:123:0.968504:49:73:0:4:50:73:1:3 chr11 118107805 . A G 1896.26 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.616;QD=61.6668;RBI=0.0348352;REFB=0;REVB=0.0270835;RO=0;SAF=64;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2323e-05;OID=.;OPOS=118107805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:59:64:0:0:59:64:0:0 chr11 118110977 . T C 2575.46 PASS AF=0.994048;AO=164;DP=167;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0318415;FXX=0.011764;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.7847;QD=61.3206;RBI=0.044618;REFB=-0.0501358;REVB=-0.0312551;RO=1;SAF=88;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537716;STB=0.502732;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=5.09664e-05;OID=.;OPOS=118110977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:168:1:1:164:167:0.994048:76:88:1:0:76:91:1:0 chr11 118179197 . A G 803.49 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0228688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.568;QD=55.413;RBI=0.0288357;REFB=-0.112962;REVB=-0.0175647;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016546;STB=0.508769;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.000653353;OID=.;OPOS=118179197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:29:28:1:0:29:28:1:0 chr11 118182829 . T A 197.41 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0204281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.874;QD=18.8008;RBI=0.0204657;REFB=-0.000924961;REVB=-0.00123998;RO=22;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586231;STB=0.533299;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0019781;OID=.;OPOS=118182829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:7:13:13:9:7:13:13:9 chr11 118184576 . C T 302.17 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0210346;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.27;QD=30.9922;RBI=0.0402895;REFB=-0.0225148;REVB=0.0343626;RO=10;SAF=12;SAR=14;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832665;STB=0.551961;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0185217;OID=.;OPOS=118184576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:10:13:26:26:0.666667:14:12:3:7:14:12:4:9 chr11 118221349 . TG CT 1113.74 PASS AF=1;AO=77;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275734;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=208.852;QD=54.3288;RBI=0.150695;REFB=0;REVB=0.148151;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000392737;OID=.;OPOS=118221349;OREF=TG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:77:82:1:37:40:0:0:40:42:0:0 chr11 118343093 . C T 181.27 PASS AF=0.263158;AO=24;DP=94;FAO=25;FDP=95;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.0233568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.261;QD=7.63237;RBI=0.0242719;REFB=-0.00307453;REVB=0.0066018;RO=70;SAF=17;SAR=7;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402791;STB=0.719701;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0164511;OID=.;OPOS=118343093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:70:70:24:25:0.263158:7:17:26:44:8:17:26:44 chr11 118359176 . CTTTTTTAC CTTTTTAC,CTTTTTACT 31.26 PASS AF=0.0886076,0.0632911;AO=24,7;DP=79;FAO=7,5;FDP=79;FR=.;FRO=67;FSAF=5,5;FSAR=2,0;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.235193,-0.123238;FXX=0.0124984;HRUN=6,6;LEN=1,3;MLLD=9.40788,103.923;QD=1.5829;RBI=0.239192,0.123238;REFB=-0.113541,-0.0127468;REVB=0.0435547,0.000267376;RO=42;SAF=18,7;SAR=6,0;SRF=19;SRR=23;SSEN=0.456311,0;SSEP=0,0;SSSB=0.345742,0.685647;STB=0.66752,0.99773;STBP=0.411,0.019;TYPE=del,mnp;VARB=0.0584513,0.224499;OID=.,.;OPOS=118359177,118359182;OREF=T,TAC;OALT=-,ACT;OMAPALT=CTTTTTAC,CTTTTTACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0886076,0.0632911:24,7:79:7,5:79:67:5,5:2,0:36:31:15:42:18,7:6,0:19:23 chr11 118393396 . A G 1304.94 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292563;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1655;QD=62.14;RBI=0.0300679;REFB=0;REVB=0.00693883;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219926;OID=.;OPOS=118393396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:37:47:0:0:37:47:0:0 chr11 118394531 . G A 223.49 PASS AF=0.225;AO=36;DP=160;FAO=36;FDP=160;FR=.;FRO=124;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=54;FSRR=70;FWDB=-0.0109929;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.048;QD=5.5872;RBI=0.0109971;REFB=-0.00407189;REVB=-0.000304229;RO=124;SAF=21;SAR=15;SRF=54;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185672;STB=0.61334;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0192915;OID=.;OPOS=118394531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:124:124:36:36:0.225:15:21:54:70:15:21:54:70 chr11 118404804 . G A 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0474718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.728;QD=15.5756;RBI=0.0515192;REFB=-0.0226476;REVB=-0.0200166;RO=30;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153358;STB=0.594826;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0162815;OID=.;OPOS=118404804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:11:14:12:18:11:14:12:19 chr11 118405068 . A G 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00146486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.553;QD=22.1436;RBI=0.0521372;REFB=0.00598387;REVB=0.0521166;RO=13;SAF=14;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402727;STB=0.729554;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00217834;OID=.;OPOS=118405068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:3:14:5:8:3:14:5:8 chr11 118405305 . G A 317.62 PASS AF=0.692308;AO=26;DP=38;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.053132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6917;QD=32.5763;RBI=0.0532822;REFB=-0.0224359;REVB=0.0039991;RO=12;SAF=15;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045005;STB=0.529161;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.026837;OID=.;OPOS=118405305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:38:39:12:12:26:27:0.692308:11:15:6:6:11:16:6:6 chr11 118405835 . G A 233.47 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0454953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.686;QD=15.0628;RBI=0.0469525;REFB=-0.00319862;REVB=-0.0116066;RO=33;SAF=7;SAR=20;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122586;STB=0.557958;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00537673;OID=.;OPOS=118405835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:33:35:27:27:0.435484:20:7:12:21:20:7:12:23 chr11 118406328 . CAGTGTGGA C 35.68 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=-0.0212421;FXX=0;HRUN=1;LEN=8;MLLD=301.842;QD=4.92115;RBI=0.02164;REFB=-0.00975406;REVB=0.00413067;RO=23;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244586;STB=0.70538;STBP=0.444;TYPE=del;VARB=0.0264001;OID=.;OPOS=118406329;OREF=AGTGTGGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206897:6:30:6:29:23:2:4:3:20:35:23:2:4:4:19 chr11 118430519 . C T 208.95 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0277187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5748;QD=18.573;RBI=0.0845687;REFB=-0.0356226;REVB=-0.0798971;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518517;STB=0.519981;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0367445;OID=.;OPOS=118430519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:8:13:13:10:8:13:14:10 chr11 118471423 . T C 541.48 PASS AF=0.620253;AO=49;DP=80;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0325081;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8568;QD=27.4169;RBI=0.033061;REFB=0.0353059;REVB=0.00602105;RO=30;SAF=20;SAR=29;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546258;STB=0.529718;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.0189368;OID=.;OPOS=118471423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:30:30:49:49:0.620253:29:20:10:20:29:20:10:20 chr11 118472354 . C A 613.59 PASS AF=0.473684;AO=63;DP=134;FAO=63;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0102035;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3201;QD=18.4538;RBI=0.0374952;REFB=-0.0169433;REVB=0.0360802;RO=71;SAF=29;SAR=34;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044722;STB=0.520941;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0217318;OID=.;OPOS=118472354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:71:70:63:63:0.473684:34:29:36:35:34:29:35:35 chr11 118499065 . TGGGGGC TGGGGC,TGGGGCA 131.13 PASS AF=0.468085,0;AO=19,2;DP=50;FAO=22,0;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12,0;FSAR=10,0;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0441234,-0.00150411;FXX=0.040808;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=11.8728,26.3007;QD=11.1602;RBI=0.066395,0.0374262;REFB=0.000312496,-0.00107957;REVB=-0.0496127,-0.037396;RO=23;SAF=13,0;SAR=6,2;SRF=5;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0.423729,0;SSSB=0.42896,-0.39596;STB=0.658957,0.5;STBP=0.072,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00055443,0;OID=.,.;OPOS=118499066,118499070;OREF=G,GC;OALT=-,CA;OMAPALT=TGGGGC,TGGGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.468085,0:19,2:50:22,0:47:25:12,0:10,0:6:19:99:23:13,0:6,2:5:18 chr11 118505676 . GT G,GG 952.2 PASS AF=0.969697,0.030303;AO=63,3;DP=66;FAO=64,2;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28,1;FSAR=36,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03348,0.0324133;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.015,62.5483;QD=57.7093;RBI=0.0483434,0.062033;REFB=0,0;REVB=-0.0348736,-0.0528912;RO=0;SAF=27,2;SAR=36,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.31521e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00129036,-0.0457159;OID=.,.;OPOS=118505677,118505677;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.969697,0.030303:63,3:66:64,2:66:0:28,1:36,1:0:0:6:0:27,2:36,1:0:0 chr11 118509668 . A G 1211.9 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0189264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3739;QD=59.847;RBI=0.0207071;REFB=0.0763289;REVB=-0.00840099;RO=1;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141304;STB=0.507461;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00599815;OID=.;OPOS=118509668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:33:47:0:1:33:47:0:1 chr11 118514625 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.709;QD=48.7373;RBI=0.0315824;REFB=0;REVB=0.029487;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496877;OID=.;OPOS=118514625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr11 118529017 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00944245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.825;QD=44.6892;RBI=0.061993;REFB=0;REVB=0.0612697;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532094;OID=.;OPOS=118529017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr11 118529069 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00882195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.442;QD=50.4121;RBI=0.0811327;REFB=0;REVB=0.0806516;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240134;OID=.;OPOS=118529069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr11 118529078 . G C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2754;QD=49.597;RBI=0.110123;REFB=0;REVB=0.107063;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00269625;OID=.;OPOS=118529078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr11 118529127 . G A 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0336917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.507;QD=47.8144;RBI=0.0425328;REFB=-0.0414662;REVB=0.0259597;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369221;STB=0.519981;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00117898;OID=.;OPOS=118529127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:12:9:0:1:12:9:0:1 chr11 118530611 . T C 1339.74 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00298249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.454;QD=62.3136;RBI=0.0113447;REFB=0;REVB=0.0109457;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32187e-05;OID=.;OPOS=118530611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr11 118533832 . C T 303.05 PASS AF=0.35514;AO=38;DP=108;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.00372444;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.239;QD=11.329;RBI=0.00768071;REFB=-0.00950134;REVB=-0.00671728;RO=67;SAF=16;SAR=22;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803207;STB=0.546695;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0152935;OID=.;OPOS=118533832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:67:69:38:38:0.35514:22:16:33:34:22:16:34:35 chr11 118534082 . C T 1529.04 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0032221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.69;QD=62.4097;RBI=0.0198004;REFB=0.0357128;REVB=0.0195365;RO=1;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109017;STB=0.505746;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000388499;OID=.;OPOS=118534082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:43:54:0:1:43:54:0:1 chr11 118621825 . G GT,T 1200.49 PASS AF=0.988095,0.0119048;AO=72,8;DP=82;FAO=83,1;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45,1;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0549791,-0.0241212;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=24.4841,31.2974;QD=57.1663;RBI=0.147006,0.0283719;REFB=0,0;REVB=0.136338,-0.0149376;RO=2;SAF=38,5;SAR=34,3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00142359,0.0459355;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000787617,0.00179012;OID=.,.;OPOS=118621826,118621825;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:84:2:0:72,8:83,1:0.988095,0.0119048:34,3:38,5:1:1:38,0:45,1:0:0 chr11 118622744 . G A 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9118;QD=59.8345;RBI=0.0200195;REFB=0;REVB=-0.00726971;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000460569;OID=.;OPOS=118622744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr11 118744701 . A AAAAG 166.68 PASS AF=1;AO=8;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=4;MLLD=153.542;QD=44.4478;RBI=0.0592785;REFB=0;REVB=0.0592785;RO=4;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000532663;OID=.;OPOS=118744702;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=AAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:14:15:15:0:0:15:0:0:4:4:0:8:0:4 chr11 118744706 . A AAAG 150.51 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.133244;HRUN=3;LEN=3;MLLD=125.188;QD=46.3113;RBI=0.12463;REFB=0;REVB=0.12463;RO=17;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.08092e-05;OID=.;OPOS=118744707;OREF=-;OALT=AAG;OMAPALT=AAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:19:13:13:0:0:13:0:0:3:17:0:2:0:17 chr11 118757191 . G A 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0062208;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=234.052;QD=50.8368;RBI=0.0150633;REFB=-0.0595816;REVB=0.0137188;RO=1;SAF=16;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281249;STB=0.515139;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000244654;OID=.;OPOS=118757191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:9:16:1:0:9:16:1:0 chr11 118757201 . C G 371.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.823;QD=55.06;RBI=0.0261653;REFB=0;REVB=0.0156319;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109291;OID=.;OPOS=118757201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr11 118757219 . C G 84.41 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00414967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2217;QD=10.5518;RBI=0.0252413;REFB=-0.00373955;REVB=-0.0248979;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596839;STB=0.549045;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00190773;OID=.;OPOS=118757219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:32:20:21:11:11:0.34375:6:5:8:12:6:5:8:13 chr11 118768121 . CCG C,CCA,GCC 151.82 PASS AF=0.485714,0.0571429,0;AO=15,2,2;DP=40;FAO=17,2,0;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=2,2,0;FSAR=15,0,0;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.146575,-0.0287474,-0.104472;FXX=0.0540395;HRUN=3,3,3;LEN=2,1,3;MLLD=20.5356,102.827,142.4;QD=17.3512;RBI=0.159071,0.0366405,0.169877;REFB=-0.145596,-0.0264126,-0.0170224;REVB=0.0618007,-0.0227182,-0.133954;RO=18;SAF=2,2,0;SAR=13,0,2;SRF=13;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.592479,0.444428,-0.631566;STB=0.829345,0.992848,0.5;STBP=0.003,0.333,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.116382,0.0104107,0;OID=.,.,.;OPOS=118768122,118768123,118768121;OREF=CG,G,CCG;OALT=-,A,GCC;OMAPALT=C,CCA,GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:35:18:16:15,2,2:17,2,0:0.485714,0.0571429,0:13,0,2:2,2,0:13:5:15,0,0:2,2,0:11:5 chr11 118865050 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.008871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.457;QD=14.0438;RBI=0.0228016;REFB=-0.0245794;REVB=-0.0210052;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251123;STB=0.651584;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0155917;OID=.;OPOS=118865050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:3:1:3:2:3:1 chr11 118898435 . AC A 724.64 PASS AF=1;AO=65;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106679;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.9566;QD=42.6259;RBI=0.119272;REFB=-0.0732101;REVB=0.118794;RO=3;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341192;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0133129;OID=.;OPOS=118898436;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:69:68:68:0:25:43:0:0:9:3:25:40:0:3 chr11 118919206 . T C 834.58 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.301;QD=57.5571;RBI=0.0281416;REFB=0;REVB=-0.000641566;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115481;OID=.;OPOS=118919206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:34:23:0:0:34:24:0:0 chr11 118922200 . G A 588.82 PASS AF=0.446043;AO=58;DP=135;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0178157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.229;QD=16.9444;RBI=0.0218233;REFB=-0.0145736;REVB=0.0126039;RO=77;SAF=27;SAR=31;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417997;STB=0.539581;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0169684;OID=.;OPOS=118922200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:139:77:77:58:62:0.446043:31:27:39:38:35:27:39:38 chr11 118925341 . G A 490.13 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0010445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.563;QD=56.0151;RBI=0.0141289;REFB=-0.124659;REVB=0.0140902;RO=0;SAF=25;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509798;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0015295;OID=.;OPOS=118925341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:9:25:0:0:9:25:1:0 chr11 118927013 . T TC 618.56 PASS AF=1;AO=52;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.3581;QD=41.2376;RBI=0.216223;REFB=0;REVB=0.182058;RO=7;SAF=15;SAR=37;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372767;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00757875;OID=.;OPOS=118927014;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:60:60:60:0:19:41:0:0:10:7:15:37:3:4 chr11 118947634 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.431;QD=56.1915;RBI=0.0261017;REFB=0;REVB=-0.015915;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54886e-05;OID=.;OPOS=118947634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:7:21:0:0:7:21:0:0 chr11 118962230 . G T 221.96 PASS AF=0.3625;AO=25;DP=73;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0144745;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.7616;QD=11.0978;RBI=0.0146793;REFB=-0.0102538;REVB=0.00244357;RO=48;SAF=10;SAR=15;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227941;STB=0.620606;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0414513;OID=.;OPOS=118962230;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:80:48:51:25:29:0.3625:15:10:29:19:18:11:29:22 chr11 118967758 . T C 1324.99 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00618486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.507;QD=60.9189;RBI=0.0140206;REFB=-0.128474;REVB=0.0125827;RO=1;SAF=49;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957159;STB=0.505049;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-6.6389e-05;OID=.;OPOS=118967758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:37:49:1:0:37:49:1:0 chr11 119005088 . C T 782.54 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.255;QD=56.9117;RBI=0.0328162;REFB=0;REVB=0.0326757;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202448;OID=.;OPOS=119005088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:35:18:0:0:37:18:0:0 chr11 119005132 . C T 307.82 PASS AF=0.96;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0523514;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.276;QD=49.2517;RBI=0.0535909;REFB=0.0490677;REVB=-0.0114593;RO=2;SAF=5;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153047;STB=0.538428;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.000134813;OID=.;OPOS=119005132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:25:25:2:1:23:24:0.96:18:5:2:0:18:6:1:0 chr11 119043656 . C T 1489.44 PASS AF=0.954128;AO=103;DP=108;FAO=104;FDP=109;FR=.;FRO=5;FSAF=63;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0106361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.748;QD=54.6583;RBI=0.0255396;REFB=-0.0921577;REVB=0.0232195;RO=5;SAF=63;SAR=40;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194464;STB=0.509838;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.000556932;OID=.;OPOS=119043656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:108:109:5:5:103:104:0.954128:40:63:2:3:41:63:2:3 chr11 119044332 . G T 582.6 PASS AF=0.504202;AO=59;DP=119;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0274124;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.125;QD=19.5832;RBI=0.0274539;REFB=-0.0258628;REVB=0.00150829;RO=52;SAF=33;SAR=26;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179878;STB=0.513187;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0208117;OID=.;OPOS=119044332;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:52:59:59:60:0.504202:26:33:28:24:27:33:34:25 chr11 119052826 . C A 5985.82 PASS AF=1;AO=380;DP=387;FAO=385;FDP=385;FR=.;FRO=0;FSAF=184;FSAR=201;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0823717;FXX=0.00773176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4067;QD=62.1904;RBI=0.105524;REFB=-0.110938;REVB=0.065956;RO=6;SAF=183;SAR=197;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143089;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019437;OID=.;OPOS=119052826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:387:385:6:0:380:385:1:197:183:0:6:201:184:0:0 chr11 119054488 . C T 1153.57 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.034;QD=60.7144;RBI=0.0290012;REFB=0;REVB=0.0266438;RO=0;SAF=49;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143789;OID=.;OPOS=119054488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:27:49:0:0:27:49:0:0 chr11 119059404 . G A 665.87 PASS AF=1;AO=38;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259441;FXX=0.041658;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.325;QD=57.9018;RBI=0.0419601;REFB=0;REVB=0.0329781;RO=0;SAF=33;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00587341;OID=.;OPOS=119059404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:46:0:0:38:46:1:5:33:0:0:6:40:0:0 chr11 119063908 . C T 676.77 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0329795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.487;QD=60.1577;RBI=0.0772225;REFB=-0.0374833;REVB=0.069826;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516122;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000936294;OID=.;OPOS=119063908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:29:15:0:0:29:15:1:0 chr11 119065661 . C T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0288594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.973;QD=14.6505;RBI=0.0330479;REFB=-0.0114853;REVB=0.0161029;RO=31;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214236;STB=0.51223;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.015773;OID=.;OPOS=119065661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:16:7:10:21:16:7:10:21 chr11 119065709 . G C 732.61 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7125;QD=61.0511;RBI=0.0171954;REFB=0.020629;REVB=-0.00745349;RO=2;SAF=13;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207671;STB=0.50746;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00327299;OID=.;OPOS=119065709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:2:1:46:47:0.979167:33:13:1:1:33:14:0:1 chr11 119077258 . GC G 51.05 PASS AF=0.555556;AO=8;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.174691;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.3915;QD=11.3438;RBI=0.259737;REFB=-0.0549536;REVB=0.192214;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.5;SSSB=0.1654;STB=0.538383;STBP=0.762;TYPE=del;VARB=0.0986751;OID=.;OPOS=119077259;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:8:18:10:18:8:7:3:5:3:40:10:6:2:6:4 chr11 119181170 . T C 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0165113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6893;QD=15.7819;RBI=0.0262579;REFB=-0.0204317;REVB=0.020417;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114669;STB=0.565161;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0145118;OID=.;OPOS=119181170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:13:10:16:13:13:10:16:13 chr11 119206375 . G A 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0302096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.217;QD=22.1441;RBI=0.0377476;REFB=-0.00724092;REVB=0.0226332;RO=13;SAF=5;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203883;STB=0.615242;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00541537;OID=.;OPOS=119206375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:12:5:7:6:12:5:7:6 chr11 119206912 . G T 183.11 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.011098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.837;QD=25.257;RBI=0.0607129;REFB=-0.02881;REVB=0.05969;RO=11;SAF=3;SAR=15;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274985;STB=0.65554;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0190164;OID=.;OPOS=119206912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:15:3:5:6:15:3:5:6 chr11 119213303 . C T 338.55 PASS AF=0.386792;AO=40;DP=103;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=0.00422816;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.37;QD=12.7756;RBI=0.00867628;REFB=-0.00494858;REVB=-0.00757631;RO=59;SAF=32;SAR=8;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174694;STB=0.61946;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00706854;OID=.;OPOS=119213303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:59:65:40:41:0.386792:8:32:40:19:8:33:43:22 chr11 119215046 . C T 447.47 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.000288073;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.492;QD=18.264;RBI=0.0235828;REFB=-0.0111658;REVB=-0.023581;RO=52;SAF=23;SAR=22;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195445;STB=0.612593;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0106544;OID=.;OPOS=119215046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:52:53:45:45:0.459184:22:23:16:36:22:23:16:37 chr11 119216231 . A G 303.48 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=5.77374e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.231;QD=22.0713;RBI=0.00227755;REFB=-0.00323263;REVB=-0.00227682;RO=24;SAF=21;SAR=10;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108005;STB=0.559404;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00249595;OID=.;OPOS=119216231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:10:21:19:5:10:21:19:5 chr11 119229964 . G A 1453.49 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.968;QD=63.1953;RBI=0.0138959;REFB=0;REVB=0.011595;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63879e-05;OID=.;OPOS=119229964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:41:50:0:0:41:51:0:0 chr11 119244095 . C T 818.11 PASS AF=1;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244929;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.594;QD=57.4112;RBI=0.0296774;REFB=0;REVB=0.0167584;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15668e-05;OID=.;OPOS=119244095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:57:0:0:56:57:1:31:25:0:0:32:25:0:0 chr11 119252199 . T G 3590.99 PASS AF=1;AO=226;DP=226;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.888;QD=62.9998;RBI=0.0634133;REFB=0;REVB=0.0512874;RO=0;SAF=112;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1363e-05;OID=.;OPOS=119252199;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:226:228:0:0:226:228:1:114:112:0:0:114:114:0:0 chr11 119290034 . G C 354.61 PASS AF=0.9;AO=28;DP=31;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00102386;FXX=0.0322477;HRUN=6;LEN=1;MLLD=284.619;QD=47.2813;RBI=0.0203551;REFB=-0.0455694;REVB=-0.0203293;RO=3;SAF=26;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150821;STB=0.581327;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000888322;OID=.;OPOS=119290034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:30:3:3:28:27:0.9:2:26:2:1:2:25:2:1 chr11 119508832 . G A 341.88 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0145037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.788;QD=30.3897;RBI=0.0207831;REFB=-0.0109237;REVB=0.0148856;RO=16;SAF=20;SAR=9;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097107;STB=0.553038;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0044617;OID=.;OPOS=119508832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:9:20:13:3:9:20:13:3 chr11 119510644 . A C 3939.72 PASS AF=0.992248;AO=254;DP=257;FAO=256;FDP=258;FR=.;FRO=2;FSAF=131;FSAR=125;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00577832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7121;QD=61.0809;RBI=0.00690623;REFB=-0.0517321;REVB=-0.00378247;RO=3;SAF=131;SAR=123;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00406237;STB=0.500091;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000977314;OID=.;OPOS=119510644;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:257:258:3:2:254:256:0.992248:123:131:1:2:125:131:1:1 chr11 119549378 . G A 291.63 PASS AF=0.350515;AO=35;DP=97;FAO=34;FDP=97;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0134865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8965;QD=12.026;RBI=0.0217106;REFB=-0.0161391;REVB=-0.0170136;RO=62;SAF=12;SAR=23;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265274;STB=0.642252;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0286399;OID=.;OPOS=119549378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:62:63:35:34:0.350515:23:12:36:26:22:12:36:27 chr11 119879425 . T C 992.97 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=72;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0115636;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.782;QD=55.9419;RBI=0.0202946;REFB=-0.162067;REVB=0.016678;RO=2;SAF=30;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304666;STB=0.51562;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00198918;OID=.;OPOS=119879425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:72:71:2:2:68:69:0.971831:38:30:2:0:38:31:2:0 chr11 119993897 . CCT C 776.92 PASS AF=0.9;AO=70;DP=77;FAO=72;FDP=80;FR=.;FRO=8;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0532877;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=2;MLLD=284.695;QD=38.8459;RBI=0.0542342;REFB=-0.0463576;REVB=0.0100882;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.522883;STBP=0.227;TYPE=del;VARB=0.00452485;OID=.;OPOS=119993898;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:70:77:72:80:8:29:43:5:3:14:0:28:42:0:0 chr11 119999191 . A G 910.19 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0566559;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.349;QD=56.8867;RBI=0.0575949;REFB=-0.161749;REVB=-0.0103573;RO=1;SAF=47;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00994339;STB=0.505261;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00168439;OID=.;OPOS=119999191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:64:1:1:63:63:0.984375:16:47:1:0:16:47:1:0 chr11 120040695 . C T 232.98 PASS AF=0.394366;AO=27;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0410561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.7197;QD=13.1255;RBI=0.0419604;REFB=-0.0558066;REVB=-0.0086647;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163776;STB=0.56447;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0911767;OID=.;OPOS=120040695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:43:27:28:0.394366:11:16:14:19:12:16:20:23 chr11 120041110 . T A 543.19 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.00879699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.494;QD=18.4131;RBI=0.0120819;REFB=-0.0207766;REVB=-0.00828155;RO=60;SAF=38;SAR=19;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510268;STB=0.534149;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0160563;OID=.;OPOS=120041110;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:60:61:57:57:0.483051:19:38:37:23:19:38:37:24 chr11 120041408 . G A 158.58 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=77;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.0094432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.582;QD=8.23785;RBI=0.0113469;REFB=-0.00764302;REVB=-0.00629105;RO=55;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307754;STB=0.681716;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0241982;OID=.;OPOS=120041408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:55:55:22:22:0.285714:9:13:18:37:9:13:18:37 chr11 120041444 . C T 574.72 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0159743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2835;QD=23.6999;RBI=0.0198728;REFB=0.0186772;REVB=0.0118216;RO=44;SAF=28;SAR=25;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00461728;STB=0.502535;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.0112809;OID=.;OPOS=120041444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:44:53:53:0.546392:25:28:23:21:25:28:23:21 chr11 120042081 . G A 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.000567797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.961;QD=18.4899;RBI=0.0142888;REFB=0.0129345;REVB=-0.0142775;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110302;STB=0.562444;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.00286452;OID=.;OPOS=120042081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:11:11:16:10:11:11:16:10 chr11 120042082 . G A 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0204336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.354;QD=22.9824;RBI=0.0204598;REFB=-0.0099351;REVB=0.00103483;RO=21;SAF=15;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103031;STB=0.547787;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00792061;OID=.;OPOS=120042082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:10:15:10:11:10:15:11:11 chr11 120042087 . T C 227.15 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=1.37667e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4674;QD=21.1301;RBI=0.0285767;REFB=-0.00218266;REVB=0.0285767;RO=21;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872148;STB=0.557469;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00277647;OID=.;OPOS=120042087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:21:21:21:22:0.511628:8:13:11:10:8:14:11:10 chr11 120099655 . A G 101.02 PASS AF=0.171171;AO=17;DP=107;FAO=19;FDP=111;FR=.;FRO=92;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=-0.0434331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7974;QD=3.64027;RBI=0.0576429;REFB=-0.00549749;REVB=-0.0378983;RO=89;SAF=13;SAR=4;SRF=53;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240495;STB=0.63891;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0240917;OID=.;OPOS=120099655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:111:89:92:17:19:0.171171:4:13:53:36:5:14:54:38 chr11 120111041 . G C 178.52 PASS AF=0.580645;AO=14;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.0274467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.821;QD=23.0348;RBI=0.128618;REFB=-0.0147876;REVB=0.125656;RO=12;SAF=14;SAR=0;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.651035;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00830472;OID=.;OPOS=120111041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:12:13:14:18:0.580645:0:14:12:0:3:15:13:0 chr11 120175749 . A G 1559.19 PASS AF=1;AO=94;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4786;QD=58.8375;RBI=0.0275229;REFB=0;REVB=-0.0183586;RO=0;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05513e-05;OID=.;OPOS=120175749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:94:106:1:39:55:0:0:49:57:0:0 chr11 120175750 . C G 45.39 PASS AF=0.102804;AO=11;DP=107;FAO=11;FDP=107;FR=.;FRO=96;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=56;FSRR=40;FWDB=0.000468071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.6027;QD=1.69693;RBI=0.036561;REFB=-0.0538477;REVB=0.0365581;RO=96;SAF=1;SAR=10;SRF=56;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.563758;STB=0.918635;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0385079;OID=.;OPOS=120175750;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:107:107:96:96:11:11:0.102804:10:1:56:40:10:1:56:40 chr11 120292570 . T A 1493.96 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.684;QD=63.5729;RBI=0.0361306;REFB=0;REVB=0.0167855;RO=0;SAF=27;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32595e-05;OID=.;OPOS=120292570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:94:0:0:91:94:1:64:27:0:0:65:29:0:0 chr11 120318627 . GT G 169.44 PASS AF=0.357388;AO=91;DP=294;FAO=104;FDP=291;FR=.;FRO=187;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=106;FSRR=81;FWDB=0.0805565;FXX=0.0102037;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.85079;QD=2.32901;RBI=0.164455;REFB=-0.0682328;REVB=-0.143375;RO=139;SAF=51;SAR=40;SRF=87;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722721;STB=0.519408;STBP=0.639;TYPE=del;VARB=0.00996327;OID=.;OPOS=120318628;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357388:91:294:104:291:187:62:42:106:81:99:139:51:40:87:52 chr11 120355230 . A G 387.93 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00744552;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6431;QD=18.2554;RBI=0.0109404;REFB=-0.0170976;REVB=-0.00801602;RO=43;SAF=11;SAR=29;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21987;STB=0.63729;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0142685;OID=.;OPOS=120355230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:45:40:40:0.470588:29:11:21:22:29:11:23:22 chr11 120702641 . C T 218.02 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=-0.0195856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.178;QD=11.4749;RBI=0.0261437;REFB=-0.014446;REVB=0.0173176;RO=48;SAF=15;SAR=12;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15177;STB=0.59208;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0234645;OID=.;OPOS=120702641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:49:27:27:0.355263:12:15:33:15:12:15:34:15 chr11 120745874 . C T 377.4 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.00494993;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.643;QD=13.9776;RBI=0.022788;REFB=-0.0132363;REVB=-0.0222439;RO=64;SAF=26;SAR=18;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306021;STB=0.517293;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0239008;OID=.;OPOS=120745874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:64:44:44:0.407407:18:26:36:28:18:26:36:28 chr11 120776001 . G A 744.2 PASS AF=1;AO=26;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512437;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.363;QD=57.2458;RBI=0.133078;REFB=0;REVB=0.122816;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694095;OID=.;OPOS=120776001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:26:52:1:8:18:0:0:29:23:0:0 chr11 120776197 . G A 84.38 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00285243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7817;QD=5.81914;RBI=0.00690558;REFB=-0.0239922;REVB=-0.00628894;RO=45;SAF=9;SAR=4;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351693;STB=0.720601;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0722324;OID=.;OPOS=120776197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:45:45:13:13:0.224138:4:9:18:27:4:9:18:27 chr11 120811071 . G A 139.74 PASS AF=0.213592;AO=22;DP=103;FAO=22;FDP=103;FR=.;FRO=81;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=52;FWDB=-0.0192151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.797;QD=5.4266;RBI=0.034209;REFB=0.00608358;REVB=0.0283025;RO=81;SAF=14;SAR=8;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339905;STB=0.709282;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0339119;OID=.;OPOS=120811071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:81:81:22:22:0.213592:8:14:29:52:8:14:29:52 chr11 120827609 . A G 936.16 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0158215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9338;QD=54.27;RBI=0.0535201;REFB=-0.137961;REVB=-0.0511281;RO=3;SAF=31;SAR=35;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112394;STB=0.505953;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00636444;OID=.;OPOS=120827609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:3:3:66:66:0.956522:35:31:1:2:35:31:1:2 chr11 120996292 . A G 431.01 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00120029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.492;QD=17.5921;RBI=0.00245675;REFB=-0.0239397;REVB=-0.00214358;RO=54;SAF=22;SAR=22;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03646;STB=0.520399;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0245988;OID=.;OPOS=120996292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:44:44:0.44898:22:22:29:25:22:22:29:25 chr11 120998942 . C T 555.09 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0275156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.951;QD=22.4281;RBI=0.0275219;REFB=0.00055515;REVB=0.000588685;RO=47;SAF=30;SAR=22;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762215;STB=0.54201;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.000601114;OID=.;OPOS=120998942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:47:52:52:0.525253:22:30:23:24:22:30:23:24 chr11 121000784 . T C 219.83 PASS AF=0.44;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0276386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.513;QD=17.5867;RBI=0.0433336;REFB=-0.000149028;REVB=-0.0333753;RO=27;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238047;STB=0.645931;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00054723;OID=.;OPOS=121000784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:28:22:22:0.44:7:15:12:15:7:15:12:16 chr11 121028718 . G A 132.4 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0389692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.795;QD=9.9923;RBI=0.0471974;REFB=-0.0119989;REVB=0.026627;RO=35;SAF=9;SAR=8;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181904;STB=0.61387;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0306772;OID=.;OPOS=121028718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:35:36:17:17:0.320755:8:9:24:11:8:9:25:11 chr11 121032978 . G A 465.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.799;QD=58.1292;RBI=0.0490673;REFB=0;REVB=0.00337154;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019814;OID=.;OPOS=121032978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:15:16:0:0:15:17:0:0 chr11 121038810 . C T 491.07 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00443337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.577;QD=19.8413;RBI=0.00715111;REFB=-0.0179408;REVB=-0.00561102;RO=51;SAF=24;SAR=24;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00909472;STB=0.505048;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0221866;OID=.;OPOS=121038810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:48:48:0.484848:24:24:26:25:24:24:26:25 chr11 121403229 . T C 1933.52 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.783;QD=61.8727;RBI=0.0180773;REFB=0;REVB=-0.00693195;RO=0;SAF=72;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97687e-06;OID=.;OPOS=121403229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:53:72:0:0:53:72:0:0 chr11 121437819 . C G 1005.73 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.697;QD=59.1604;RBI=0.0142891;REFB=0;REVB=0.00397653;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16461e-06;OID=.;OPOS=121437819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:29:38:0:0:29:39:0:0 chr11 121448012 . C T 87.15 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0161556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.358;QD=6.22521;RBI=0.020582;REFB=-0.0142576;REVB=0.012752;RO=43;SAF=5;SAR=8;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343668;STB=0.711745;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.030806;OID=.;OPOS=121448012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:8:5:29:14:8:5:29:14 chr11 121448090 . T G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.392;QD=62.9814;RBI=0.0219102;REFB=0;REVB=-0.0104707;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.85635e-05;OID=.;OPOS=121448090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr11 121475922 . T A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.621;QD=64.4141;RBI=0.0345387;REFB=0;REVB=0.0127048;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001702;OID=.;OPOS=121475922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr11 121491782 . G A 1659.49 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00456346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7561;QD=60.3452;RBI=0.0394635;REFB=0;REVB=-0.0391988;RO=0;SAF=63;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.99778e-05;OID=.;OPOS=121491782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:47:63:0:0:47:63:0:0 chr11 122322268 . A C 1861.59 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9854;QD=60.5394;RBI=0.0396888;REFB=-0.0448517;REVB=-0.0288732;RO=1;SAF=27;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00497515;STB=0.502617;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.000450473;OID=.;OPOS=122322268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:95:27:0:1:95:27:0:1 chr11 122430682 . C A 1387.02 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00438131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.277;QD=62.3378;RBI=0.0347942;REFB=0;REVB=0.0345173;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278316;OID=.;OPOS=122430682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:87:89:1:47:40:0:0:48:41:0:0 chr11 122665437 . A G 440.7 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.014023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.231;QD=19.5866;RBI=0.0155723;REFB=-0.0206727;REVB=0.00677141;RO=45;SAF=27;SAR=17;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116134;STB=0.570586;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0180444;OID=.;OPOS=122665437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:46:44:44:0.488889:17:27:22:23:17:27:22:24 chr11 122738718 . T C 279.59 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00602275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.371;QD=48.625;RBI=0.0746727;REFB=-0.088378;REVB=-0.0744294;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523788;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000598049;OID=.;OPOS=122738718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:22:22:0.956522:10:12:0:0:10:12:0:1 chr11 122742050 . T C 652.03 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.792;QD=62.0983;RBI=0.0535695;REFB=0;REVB=0.0350006;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250089;OID=.;OPOS=122742050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:20:21:0:0:21:21:0:0 chr11 122756710 . G A 219.92 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00500665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.255;QD=11.8878;RBI=0.0961009;REFB=-0.00583174;REVB=-0.0959704;RO=47;SAF=14;SAR=13;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382846;STB=0.522072;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00882251;OID=.;OPOS=122756710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:13:14:26:21:13:14:26:21 chr11 122795677 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.035622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.271;QD=16.6272;RBI=0.0368492;REFB=-0.00431772;REVB=-0.00943061;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298971;STB=0.517215;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00840196;OID=.;OPOS=122795677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:6:8:7:6:6:8 chr11 122795688 . T C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0358312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.146;QD=12.0517;RBI=0.0369565;REFB=-0.00759281;REVB=-0.00905036;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208265;STB=0.624716;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00859072;OID=.;OPOS=122795688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:6:7:3:6:6:7 chr11 122805487 . A G 462.59 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0157628;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.558;QD=19.0759;RBI=0.0157663;REFB=-0.0118498;REVB=-0.000334552;RO=51;SAF=20;SAR=26;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089699;STB=0.549933;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0119714;OID=.;OPOS=122805487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:51:46:46:0.474227:26:20:27:24:26:20:27:24 chr11 122928622 . A G 130.56 PASS AF=0.40625;AO=11;DP=33;FAO=13;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0359579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.961;QD=16.3194;RBI=0.0361776;REFB=-0.00681751;REVB=-0.0039808;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697097;STB=0.57132;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0535818;OID=.;OPOS=122928622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:18:17:11:13:0.40625:6:5:7:11:6:7:7:10 chr11 122929624 . A G 354.19 PASS AF=0.373913;AO=42;DP=115;FAO=43;FDP=115;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.0083542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.12;QD=12.3196;RBI=0.0116874;REFB=-0.00044253;REVB=-0.00817323;RO=72;SAF=25;SAR=17;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106586;STB=0.551446;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.000814904;OID=.;OPOS=122929624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:72:72:42:43:0.373913:17:25:36:36:18:25:36:36 chr11 122930127 . G GCGAGT 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00825576;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=301.928;QD=10.0339;RBI=0.0354935;REFB=0.00698015;REVB=-0.03452;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274957;STB=0.517172;STBP=0.953;TYPE=ins;VARB=-0.00910931;OID=.;OPOS=122930128;OREF=-;OALT=CGAGT;OMAPALT=GCGAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:5:12:5:12:7:3:2:4:3:30:7:3:2:4:3 chr11 122943802 . T C 370.44 PASS AF=0.47561;AO=36;DP=79;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00390169;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.632;QD=18.0704;RBI=0.0156076;REFB=-0.00800948;REVB=0.015112;RO=43;SAF=18;SAR=18;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790272;STB=0.562585;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00906386;OID=.;OPOS=122943802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:43:43:36:39:0.47561:18:18:25:18:21:18:25:18 chr11 122955402 . C T 282.24 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0236157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.886;QD=22.5793;RBI=0.0296593;REFB=-0.00757981;REVB=-0.0179437;RO=24;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101745;STB=0.556918;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00984941;OID=.;OPOS=122955402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:16:10:12:12:16:10:12:12 chr11 123485524 . C T 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00121399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.702;QD=17.1561;RBI=0.0403353;REFB=-0.0030912;REVB=0.040317;RO=20;SAF=2;SAR=15;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23312;STB=0.636176;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00362517;OID=.;OPOS=123485524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:15:2:5:15:15:2:5:15 chr11 123600475 . A G 499.46 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.0125855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2591;QD=16.9308;RBI=0.0247059;REFB=-0.00522047;REVB=0.02126;RO=64;SAF=25;SAR=29;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11175;STB=0.562203;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00654861;OID=.;OPOS=123600475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:64:64:54:54:0.457627:29:25:37:27:29:25:37:27 chr11 123676413 . G A 284.88 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=41;FWDB=-0.0151951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8745;QD=12.9493;RBI=0.0295683;REFB=-0.0175356;REVB=-0.0253652;RO=55;SAF=10;SAR=23;SRF=14;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647105;STB=0.536891;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.042881;OID=.;OPOS=123676413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:23:10:14:41:23:10:14:41 chr11 123753937 . A G 340.1 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0316927;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.992;QD=15.1156;RBI=0.0352096;REFB=-0.0206293;REVB=-0.0153393;RO=53;SAF=23;SAR=14;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196116;STB=0.511105;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0383099;OID=.;OPOS=123753937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:53:53:37:37:0.411111:14:23:32:21:14:23:32:21 chr11 123754844 . T C 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.325;QD=60.3753;RBI=0.0405409;REFB=0;REVB=0.0372334;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111154;OID=.;OPOS=123754844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:29:45:0:0:29:45:0:0 chr11 123777497 . G A 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0194705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.49;QD=17.5009;RBI=0.0387206;REFB=-0.0220254;REVB=0.0334692;RO=28;SAF=17;SAR=9;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630546;STB=0.535343;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0219401;OID=.;OPOS=123777497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:9:17:20:8:9:17:20:8 chr11 123777536 . G A 410.09 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.0135629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.076;QD=17.8298;RBI=0.0434496;REFB=-0.0399005;REVB=0.0412785;RO=48;SAF=25;SAR=17;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072041;STB=0.53702;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0449017;OID=.;OPOS=123777536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:48:50:42:42:0.456522:17:25:32:16:17:25:33:17 chr11 123777986 . T C 251.68 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0143933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.329;QD=12.4287;RBI=0.0145623;REFB=-0.00933082;REVB=0.00221169;RO=50;SAF=15;SAR=15;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131025;STB=0.567857;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0156423;OID=.;OPOS=123777986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:51:30:30:0.37037:15:15:31:19:15:15:31:20 chr11 123778031 . G A 226.44 PASS AF=0.358974;AO=27;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00748453;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.799;QD=11.6122;RBI=0.00848375;REFB=-0.0132156;REVB=-0.00399447;RO=49;SAF=16;SAR=11;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242654;STB=0.507457;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0242429;OID=.;OPOS=123778031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:50:27:28:0.358974:11:16:28:21:12:16:28:22 chr11 123778173 . T G 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.10559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8618;QD=25.2551;RBI=0.109129;REFB=-0.0101257;REVB=-0.0275681;RO=10;SAF=12;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810739;STB=0.545399;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00479543;OID=.;OPOS=123778173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:5:12:6:4:5:12:6:4 chr11 123811013 . G A 504.09 PASS AF=0.638889;AO=46;DP=72;FAO=46;FDP=72;FR=.;FRO=26;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.021133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.837;QD=28.0052;RBI=0.0212465;REFB=-0.0336744;REVB=0.00219317;RO=26;SAF=33;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108631;STB=0.559295;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.016997;OID=.;OPOS=123811013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:26:26:46:46:0.638889:13:33:15:11:13:33:15:11 chr11 123811344 . C T 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.104021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6445;QD=17.3781;RBI=0.109391;REFB=-0.0222552;REVB=-0.0338513;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119431;STB=0.568841;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0128408;OID=.;OPOS=123811344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:4:6:5:6:4:6 chr11 123813795 . T C 176.72 PASS AF=0.353846;AO=22;DP=64;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.008865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.026;QD=10.875;RBI=0.0339906;REFB=-0.0193504;REVB=-0.0328142;RO=42;SAF=9;SAR=13;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032948;STB=0.535684;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0322565;OID=.;OPOS=123813795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:42:42:22:23:0.353846:13:9:16:26:13:10:16:26 chr11 123814261 . G A 406.8 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0388694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.057;QD=17.4967;RBI=0.0389856;REFB=-0.00914492;REVB=0.00300722;RO=51;SAF=14;SAR=28;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214124;STB=0.511994;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0111791;OID=.;OPOS=123814261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:28:14:18:33:28:14:18:33 chr11 123814356 . G A 544.81 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0109214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7655;QD=22.9393;RBI=0.0119951;REFB=-0.00650987;REVB=0.00496035;RO=40;SAF=25;SAR=26;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322531;STB=0.53762;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00456115;OID=.;OPOS=123814356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:40:44:51:51:0.536842:26:25:18:22:26:25:18:26 chr11 123814478 . A G 283.08 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0528008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.859;QD=17.42;RBI=0.054492;REFB=-0.0116902;REVB=0.0134704;RO=34;SAF=21;SAR=10;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914578;STB=0.551388;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0163932;OID=.;OPOS=123814478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:10:21:20:14:10:21:20:14 chr11 123814555 . C A 64.33 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00133304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4703;QD=9.89688;RBI=0.035294;REFB=-0.0137319;REVB=-0.0352689;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357641;STB=0.521691;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0264;OID=.;OPOS=123814555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:10:7:4:5:10:7 chr11 123886308 . A G 316.51 PASS AF=0.372549;AO=38;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.00212775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1946;QD=12.4122;RBI=0.0046707;REFB=-0.0152368;REVB=0.0041579;RO=63;SAF=17;SAR=21;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835688;STB=0.552604;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0294386;OID=.;OPOS=123886308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:64:38:38:0.372549:21:17:33:30:21:17:34:30 chr11 123886466 . C T 45.02 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0286903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6251;QD=9.005;RBI=0.0294542;REFB=-0.0245156;REVB=-0.00666458;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277775;STB=0.517191;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.03381;OID=.;OPOS=123886466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:2:5:9:4:2:5:9:4 chr11 123886681 . A G 62.31 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=-0.0359284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.048;QD=3.89441;RBI=0.0363595;REFB=-0.00701321;REVB=-0.00558235;RO=52;SAF=5;SAR=6;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319792;STB=0.69582;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0245509;OID=.;OPOS=123886681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:63:64:52:53:11:11:0.171875:6:5:37:15:6:5:37:16 chr11 123886717 . G A 84.46 PASS AF=0.205882;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=15;FWDB=-0.0276698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.054;QD=4.96808;RBI=0.0277025;REFB=-0.00510816;REVB=0.00134542;RO=53;SAF=7;SAR=7;SRF=38;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276263;STB=0.67625;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0138263;OID=.;OPOS=123886717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:67:68:53:54:14:14:0.205882:7:7:38:15:7:7:39:15 chr11 123886822 . C T 696.53 PASS AF=0.496403;AO=69;DP=138;FAO=69;FDP=139;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.0239961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.25;QD=20.0439;RBI=0.0248618;REFB=-0.0173848;REVB=0.00650367;RO=68;SAF=35;SAR=34;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731037;STB=0.53235;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0185082;OID=.;OPOS=123886822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:68:70:69:69:0.496403:34:35:40:28:34:35:40:30 chr11 123886865 . T A 761.94 PASS AF=0.490683;AO=79;DP=161;FAO=79;FDP=161;FR=.;FRO=82;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.0222759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7896;QD=18.9301;RBI=0.04189;REFB=-0.0368782;REVB=0.0354761;RO=82;SAF=41;SAR=38;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0062801;STB=0.503463;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0398152;OID=.;OPOS=123886865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:82:82:79:79:0.490683:38:41:42:40:38:41:42:40 chr11 123886984 . A G 544.12 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0190145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.194;QD=19.9675;RBI=0.031452;REFB=0.00293667;REVB=-0.0250535;RO=53;SAF=33;SAR=23;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882747;STB=0.548702;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00205647;OID=.;OPOS=123886984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:53:53:56:56:0.513761:23:33:26:27:23:33:26:27 chr11 123887164 . A C 286.73 PASS AF=0.545455;AO=28;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0459008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.422;QD=20.8534;RBI=0.0526675;REFB=0.00917128;REVB=-0.025826;RO=25;SAF=12;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00985787;STB=0.518784;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.00900024;OID=.;OPOS=123887164;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:28:30:0.545455:16:12:11:14:18:12:11:14 chr11 123887184 . T G 272.75 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00162403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.999;QD=24.2447;RBI=0.0120658;REFB=-0.0275092;REVB=0.011956;RO=19;SAF=8;SAR=17;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424168;STB=0.53965;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0109727;OID=.;OPOS=123887184;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:25:25:0.555556:17:8:7:12:17:8:8:12 chr11 123893745 . C T 368.54 PASS AF=0.385965;AO=44;DP=114;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=50;FSRR=20;FWDB=-0.0187696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0202;QD=12.9313;RBI=0.0243172;REFB=-0.0136998;REVB=-0.0154605;RO=69;SAF=24;SAR=20;SRF=50;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200007;STB=0.606512;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0175022;OID=.;OPOS=123893745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:69:70:44:44:0.385965:20:24:50:19:20:24:50:20 chr11 123893904 . C T 37.81 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0105334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0899;QD=9.45359;RBI=0.0131865;REFB=-0.0142062;REVB=0.00793286;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203317;STB=0.624609;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0152791;OID=.;OPOS=123893904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:7:3:3:3:7:3 chr11 123894136 . A G 77.17 PASS AF=0.170732;AO=14;DP=82;FAO=14;FDP=82;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.0258342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.473;QD=3.76416;RBI=0.0292313;REFB=-0.00800741;REVB=0.0136771;RO=68;SAF=7;SAR=7;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129879;STB=0.585248;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0486951;OID=.;OPOS=123894136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:82:82:68:68:14:14:0.170732:7:7:41:27:7:7:41:27 chr11 123894234 . A G 277.75 PASS AF=0.340206;AO=33;DP=97;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00519355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.466;QD=11.4536;RBI=0.00892214;REFB=-0.00512941;REVB=-0.00725477;RO=64;SAF=18;SAR=15;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341368;STB=0.519762;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00902916;OID=.;OPOS=123894234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:64:64:33:33:0.340206:15:18:33:31:15:18:33:31 chr11 123894246 . A G 316.56 PASS AF=0.372549;AO=37;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0113659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5649;QD=12.414;RBI=0.0351649;REFB=-0.00257826;REVB=-0.0332774;RO=62;SAF=19;SAR=18;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148049;STB=0.526302;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00311588;OID=.;OPOS=123894246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:64:37:38:0.372549:18:19:31:31:18:20:31:33 chr11 123894317 . G T 331.16 PASS AF=0.366071;AO=40;DP=112;FAO=41;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.0117456;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.918;QD=11.827;RBI=0.0128651;REFB=-0.00398674;REVB=0.00524895;RO=72;SAF=22;SAR=18;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562015;STB=0.518768;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00818363;OID=.;OPOS=123894317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:72:71:40:41:0.366071:18:22:36:36:19:22:36:35 chr11 123894329 . C G 310.94 PASS AF=0.354545;AO=39;DP=111;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.0108721;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.061;QD=11.307;RBI=0.0114843;REFB=-0.0101364;REVB=-0.00369961;RO=72;SAF=22;SAR=17;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413791;STB=0.527986;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0176415;OID=.;OPOS=123894329;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:72:71:39:39:0.354545:17:22:38:34:17:22:37:34 chr11 123894402 . A G 113.27 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0259366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.225;QD=7.94871;RBI=0.0697471;REFB=-0.0121121;REVB=0.0647453;RO=41;SAF=6;SAR=10;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274059;STB=0.665035;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0706269;OID=.;OPOS=123894402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:10:6:25:16:10:6:25:16 chr11 123894556 . A G 128.25 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00453968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.074;QD=12.2143;RBI=0.065729;REFB=0.00955683;REVB=-0.065572;RO=26;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189876;STB=0.599867;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0129278;OID=.;OPOS=123894556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:27:15:15:0.357143:6:9:11:15:6:9:12:15 chr11 123900694 . A G 420.54 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.00796844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.165;QD=17.8953;RBI=0.0268155;REFB=-0.00857932;REVB=-0.0256042;RO=50;SAF=22;SAR=21;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145817;STB=0.5752;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0105522;OID=.;OPOS=123900694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:51:43:43:0.457447:21:22:18:32:21:22:19:32 chr11 123900916 . C T 405.43 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00295169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.472;QD=25.3392;RBI=0.0179462;REFB=-0.00255652;REVB=0.0177018;RO=25;SAF=17;SAR=22;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200614;STB=0.609604;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00153115;OID=.;OPOS=123900916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:39:39:0.609375:22:17:18:7:22:17:18:7 chr11 123901005 . C T 289.39 PASS AF=0.395349;AO=33;DP=85;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0528295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2381;QD=13.4601;RBI=0.0631776;REFB=-0.00879056;REVB=0.0346476;RO=48;SAF=15;SAR=18;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908;STB=0.563995;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0424679;OID=.;OPOS=123901005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:48:52:33:34:0.395349:18:15:26:22:18:16:30:22 chr11 123909099 . G T 466.17 PASS AF=0.375887;AO=52;DP=144;FAO=53;FDP=141;FR=.;FRO=88;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=0.00824183;FXX=0.0275843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.409;QD=13.2246;RBI=0.00842192;REFB=-0.0130772;REVB=0.00173236;RO=87;SAF=21;SAR=31;SRF=51;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199556;STB=0.613866;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0205602;OID=.;OPOS=123909099;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:141:87:88:52:53:0.375887:31:21:51:36:32:21:51:37 chr11 123909422 . C T 253.73 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00480819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.755;QD=28.1927;RBI=0.00676621;REFB=0.012171;REVB=-0.00476055;RO=13;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130913;STB=0.572454;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00509531;OID=.;OPOS=123909422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:15:8:7:6:15:8:7:6 chr11 123909627 . T C 225.18 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0053185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.183;QD=15.2666;RBI=0.0683082;REFB=0.0059955;REVB=-0.0681009;RO=33;SAF=23;SAR=3;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466235;STB=0.770697;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00239062;OID=.;OPOS=123909627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:3:23:18:15:3:23:18:15 chr11 123909695 . G C 314.84 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.00908125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.782;QD=14.8159;RBI=0.0744225;REFB=-0.00425512;REVB=0.0738664;RO=50;SAF=22;SAR=13;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275191;STB=0.655542;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00398611;OID=.;OPOS=123909695;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:13:22:18:32:13:22:18:32 chr11 123995002 . G T 120.98 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.00221833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.618;QD=6.91283;RBI=0.0147724;REFB=-0.00856526;REVB=-0.0146048;RO=52;SAF=12;SAR=6;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017397;STB=0.510626;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0392922;OID=.;OPOS=123995002;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:52:52:18:18:0.257143:6:12:34:18:6:12:34:18 chr11 124015994 . C T 1414.83 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551109;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.051;QD=62.8815;RBI=0.0605349;REFB=0;REVB=-0.0250453;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97563e-05;OID=.;OPOS=124015994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:89:90:1:41:48:0:0:42:48:0:0 chr11 124056377 . T C 1226.85 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4042;QD=61.3427;RBI=0.019494;REFB=0;REVB=0.0166203;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06516e-05;OID=.;OPOS=124056377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr11 124056566 . G A 728.35 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.9585;QD=57.1253;RBI=0.0177613;REFB=0;REVB=0.0056077;RO=0;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.04063e-05;OID=.;OPOS=124056566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:15:35:0:0:16:35:0:0 chr11 124056732 . T G 795.1 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.095;QD=63.6076;RBI=0.098799;REFB=0;REVB=0.0742203;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585732;OID=.;OPOS=124056732;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:50:0:0:44:50:1:29:15:0:0:29:21:0:0 chr11 124056787 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.789;QD=62.0218;RBI=0.0372935;REFB=0;REVB=-0.0369058;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198912;OID=.;OPOS=124056787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr11 124120929 . C A 64.02 PASS AF=0.132653;AO=13;DP=98;FAO=13;FDP=98;FR=.;FRO=85;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.0108075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.637;QD=2.61289;RBI=0.0131136;REFB=-0.000932671;REVB=-0.00742726;RO=83;SAF=4;SAR=9;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248273;STB=0.674369;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00824505;OID=.;OPOS=124120929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:98:98:83:85:13:13:0.132653:9:4:42:41:9:4:43:42 chr11 124121199 . G C 2235.04 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000192323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.757;QD=63.4053;RBI=0.00715701;REFB=0;REVB=-0.00715443;RO=0;SAF=86;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.51268e-06;OID=.;OPOS=124121199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:55:86:0:0:55:86:0:0 chr11 124134743 . G A 519.92 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8536;QD=59.4198;RBI=0.10586;REFB=0;REVB=-0.103198;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00154902;OID=.;OPOS=124134743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr11 124135009 . G A 733.71 PASS AF=0.981818;AO=50;DP=52;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.026497;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2207;QD=53.3611;RBI=0.028766;REFB=-0.163492;REVB=0.0111979;RO=1;SAF=17;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268819;STB=0.511624;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00768358;OID=.;OPOS=124135009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:55:1:1:50:54:0.981818:33:17:1:0:33:21:1:0 chr11 124135438 . G A 1649.96 PASS AF=0.973913;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0147003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3177;QD=57.3899;RBI=0.0190109;REFB=-0.0525071;REVB=-0.0120547;RO=3;SAF=65;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00438936;STB=0.502313;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00981124;OID=.;OPOS=124135438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:115:3:3:112:112:0.973913:47:65:2:1:47:65:2:1 chr11 124135481 . C T 1508.7 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0968914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8287;QD=57.4743;RBI=0.101651;REFB=-0.141015;REVB=0.0307408;RO=0;SAF=61;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08734e-08;STB=0.501817;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00361282;OID=.;OPOS=124135481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:105:0:2:103:103:0.980952:42:61:0:0:42:61:1:1 chr11 124179835 . C T 2260.34 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00215852;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2485;QD=62.7871;RBI=0.012253;REFB=0.0999886;REVB=-0.0120613;RO=1;SAF=53;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0052547;STB=0.502762;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000329449;OID=.;OPOS=124179835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:144:1:1:143:143:0.993056:90:53:0:1:90:53:0:1 chr11 124180082 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.383;QD=60.9786;RBI=0.0310406;REFB=0;REVB=0.00555515;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.7718e-05;OID=.;OPOS=124180082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr11 124180282 . A C 1101.32 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0224522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.722;QD=58.7371;RBI=0.0298249;REFB=-0.00103669;REVB=0.0196323;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.50704;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.000340968;OID=.;OPOS=124180282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:39:35:0:0:39:35:1:0 chr11 124266912 . A G 573.29 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000353036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.758;QD=55.9308;RBI=0.0433202;REFB=-0.223748;REVB=0.0433187;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.501886;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0063484;OID=.;OPOS=124266912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:0:2:39:39:0.95122:21:18:0:0:21:18:1:1 chr11 124267177 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.117;QD=39.2068;RBI=0.0114756;REFB=0;REVB=0.00971697;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205112;OID=.;OPOS=124267177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr11 124267189 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.395;QD=33.4284;RBI=0.0331372;REFB=0;REVB=0.0218118;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.80546e-05;OID=.;OPOS=124267189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr11 124294703 . T C 239.83 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.101;QD=50.4907;RBI=0.0405015;REFB=0;REVB=0.0331673;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264834;OID=.;OPOS=124294703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:12:7:0:0 chr11 124310622 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.5;QD=59.838;RBI=0.0205774;REFB=0;REVB=-0.0157301;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.93812e-05;OID=.;OPOS=124310622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr11 124440617 . C T 1446.62 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.077;QD=62.8963;RBI=0.0351194;REFB=0;REVB=-0.00587577;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98534e-05;OID=.;OPOS=124440617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:89:92:1:48:41:0:0:49:43:0:0 chr11 124493199 . C A 863.99 PASS AF=0.478261;AO=88;DP=181;FAO=88;FDP=184;FR=.;FRO=96;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=0.00515201;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=154.437;QD=18.7824;RBI=0.0200156;REFB=-0.029086;REVB=0.0193412;RO=93;SAF=50;SAR=38;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288697;STB=0.514039;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0270323;OID=.;OPOS=124493199;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:184:93:96:88:88:0.478261:38:50:50:43:38:50:52:44 chr11 124742365 . G A 1142.51 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0119187;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6238;QD=59.3513;RBI=0.10671;REFB=-0.0695509;REVB=0.106042;RO=1;SAF=45;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104009;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000962565;OID=.;OPOS=124742365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:1:1:76:76:0.987013:31:45:1:0:31:45:1:0 chr11 124747837 . G A 1029.73 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00478582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.64;QD=58.0131;RBI=0.00946831;REFB=-0.120929;REVB=-0.00816975;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000661521;OID=.;OPOS=124747837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:36:34:0:0:36:34:0:1 chr11 124750447 . CCGGAGT C 176.98 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0107247;FXX=0.0869187;HRUN=2;LEN=6;MLLD=267.336;QD=33.7099;RBI=0.0233882;REFB=-0.102805;REVB=-0.0207844;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599885;STBP=0.043;TYPE=del;VARB=0.00731558;OID=.;OPOS=124750448;OREF=CGGAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:18:21:18:21:3:6:12:3:0:14:0:6:12:0:0 chr11 124766128 . A G 1819.56 PASS AF=0.991736;AO=118;DP=122;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0336744;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.866;QD=60.1507;RBI=0.0418401;REFB=-0.00818156;REVB=-0.024832;RO=1;SAF=64;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736387;STB=0.503875;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=1.13828e-05;OID=.;OPOS=124766128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:121:1:1:118:120:0.991736:54:64:1:0:56:64:1:0 chr11 124767067 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0995373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2972;QD=49.5979;RBI=0.099856;REFB=0;REVB=0.00797257;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00384173;OID=.;OPOS=124767067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr11 124767125 . G A 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0813723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9444;QD=46.0587;RBI=0.0815055;REFB=-0.126423;REVB=-0.00465793;RO=0;SAF=18;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666442;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.014026;OID=.;OPOS=124767125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:0:1:19:19:0.95:1:18:0:0:1:18:0:1 chr11 124789755 . T C 1496.61 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132508;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.49;QD=59.8645;RBI=0.0148897;REFB=0;REVB=0.00679102;RO=0;SAF=36;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79558e-05;OID=.;OPOS=124789755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:64:36:0:0:64:36:0:0 chr11 124793682 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.506;QD=57.5448;RBI=0.0231366;REFB=0;REVB=0.0198694;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68184e-05;OID=.;OPOS=124793682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:24:33:0:0:24:34:0:0 chr11 124857708 . G A 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00290748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.629;QD=26.4612;RBI=0.0194824;REFB=8.65247e-05;REVB=-0.0192642;RO=16;SAF=11;SAR=15;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101769;STB=0.514377;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-9.50217e-05;OID=.;OPOS=124857708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:18:26:26:0.590909:15:11:7:9:15:11:7:11 chr11 124862514 . A G 145.41 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0577588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.57;QD=16.1568;RBI=0.0577713;REFB=0.00406054;REVB=0.0012015;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141333;STB=0.50812;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00279161;OID=.;OPOS=124862514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:11:5:6:14:11:5:6:14 chr11 124863136 . C A 211.82 PASS AF=0.347222;AO=22;DP=73;FAO=25;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0526452;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.054;QD=11.7678;RBI=0.0553125;REFB=-0.0257965;REVB=-0.0169691;RO=32;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628013;STB=0.530781;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0516201;OID=.;OPOS=124863136;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:32:43:22:25:0.347222:9:13:17:15:11:14:22:21 chr11 124908352 . T C 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0100197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.941;QD=11.6206;RBI=0.0106444;REFB=0.00230116;REVB=-0.00359304;RO=34;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224583;STB=0.504583;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00373315;OID=.;OPOS=124908352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:35:20:20:0.363636:9:11:18:16:9:11:19:16 chr11 124947149 . G A 321.34 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00849892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.148;QD=18.9023;RBI=0.00849952;REFB=-0.041644;REVB=0.000100994;RO=34;SAF=17;SAR=17;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0398165;OID=.;OPOS=124947149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:17:17:17:17:17:17:17:17 chr11 124947396 . A G 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0280412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.199;QD=12.9138;RBI=0.028493;REFB=0.0106605;REVB=0.00505417;RO=37;SAF=15;SAR=9;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257713;STB=0.647652;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0121865;OID=.;OPOS=124947396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:9:15:14:23:9:15:14:23 chr11 124951739 . A T 263.43 PASS AF=0.323232;AO=32;DP=99;FAO=32;FDP=99;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0387467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4901;QD=10.6436;RBI=0.0603422;REFB=0.00715024;REVB=0.0462588;RO=67;SAF=21;SAR=11;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260058;STB=0.651583;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0127811;OID=.;OPOS=124951739;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:67:67:32:32:0.323232:11:21:29:38:11:21:29:38 chr11 124955032 . T C 200.85 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0118374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7595;QD=20.6004;RBI=0.0195477;REFB=-0.0200282;REVB=0.015556;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159687;STB=0.589657;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0169141;OID=.;OPOS=124955032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:10:10:13:6:10:10:13:6 chr11 124972208 . A G 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00680781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.117;QD=56.0113;RBI=0.00907009;REFB=0.0363449;REVB=-0.00599335;RO=1;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252651;STB=0.513506;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000228269;OID=.;OPOS=124972208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:18:16:0:1:18:16:0:1 chr11 124972518 . A G 1246.23 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000240323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6817;QD=60.7919;RBI=0.145905;REFB=0;REVB=0.145905;RO=1;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012618;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133373;OID=.;OPOS=124972518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:82:1:0:76:82:1:37:39:0:1:43:39:0:0 chr11 124972522 . T C 1184.57 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00350473;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.246;QD=60.7471;RBI=0.0452296;REFB=0;REVB=0.0450937;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11189e-06;OID=.;OPOS=124972522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:40:36:0:0:42:36:0:0 chr11 125003004 . A G 731.69 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0213535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.137;QD=54.1993;RBI=0.0281478;REFB=-0.0871605;REVB=0.0183392;RO=1;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01327;STB=0.50704;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00174831;OID=.;OPOS=125003004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:1:1:52:53:0.981481:35:17:0:1:35:18:0:1 chr11 125301587 . T C 1156.89 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265294;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.078;QD=60.8889;RBI=0.0308695;REFB=0;REVB=-0.0157835;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44811e-05;OID=.;OPOS=125301587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr11 125452300 . A AC 784.24 PASS AF=1;AO=70;DP=83;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0499605;FXX=0.0253133;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.7054;QD=40.7398;RBI=0.0603547;REFB=0;REVB=0.0338621;RO=10;SAF=34;SAR=36;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503412;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00036189;OID=.;OPOS=125452301;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:83:77:77:0:39:38:0:0:13:10:34:36:7:3 chr11 125479363 . G A 1321.41 PASS AF=0.966667;AO=86;DP=91;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00296803;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2641;QD=58.7293;RBI=0.0172566;REFB=-0.0615539;REVB=-0.0169994;RO=2;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236738;STB=0.506932;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.000652213;OID=.;OPOS=125479363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:91:90:2:3:86:87:0.966667:39:47:0:2:40:47:1:2 chr11 125479496 . C T 1525.66 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00334154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.454;QD=59.8299;RBI=0.0137427;REFB=0;REVB=-0.0133303;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57148e-05;OID=.;OPOS=125479496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:53:49:0:0:53:49:0:0 chr11 125525195 . A G 3091.82 PASS AF=0.994898;AO=193;DP=195;FAO=195;FDP=196;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=107;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169644;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.567;QD=63.0984;RBI=0.0233873;REFB=-0.0262936;REVB=-0.0160989;RO=0;SAF=87;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502825;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=6.18228e-05;OID=.;OPOS=125525195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:195:196:0:1:193:195:0.994898:106:87:0:0:107:88:1:0 chr11 125617610 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.298;QD=62.3503;RBI=0.0214078;REFB=0;REVB=-0.00491866;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25837e-05;OID=.;OPOS=125617610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:31:12:0:0:31:12:0:0 chr11 125648503 . G A 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.345;QD=58.4178;RBI=0.0341462;REFB=0;REVB=-0.00951769;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.3415e-05;OID=.;OPOS=125648503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr11 125707761 . A C 214.11 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0239856;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.43;QD=12.4122;RBI=0.0254784;REFB=-0.0123742;REVB=0.00859315;RO=43;SAF=10;SAR=16;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114785;STB=0.566158;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0199704;OID=.;OPOS=125707761;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:16:10:21:22:16:10:21:22 chr11 125708198 . C A,T 787.82 PASS AF=0.04,0.96;AO=3,46;DP=50;FAO=2,48;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=2,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790187,-0.000598131;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.695,146.38;QD=63.0254;RBI=0.00790557,0.00184038;REFB=0,0;REVB=0.000241695,0.00174047;RO=0;SAF=0,26;SAR=3,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0372034,5.2351e-05;OID=.,.;OPOS=125708198,125708198;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:50:50:0:0:3,46:2,48:0.04,0.96:3,20:0,26:0:0:2,21:0,27:0:0 chr11 125763746 . C G 882.8 PASS AF=0.452381;AO=94;DP=210;FAO=95;FDP=210;FR=.;FRO=115;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=59;FSRR=56;FWDB=0.0157997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5202;QD=16.8152;RBI=0.0415651;REFB=-0.0175221;REVB=0.0384451;RO=115;SAF=50;SAR=44;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187632;STB=0.507281;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0173256;OID=.;OPOS=125763746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:115:115:94:95:0.452381:44:50:59:56:45:50:59:56 chr11 125766044 . C A 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.6;QD=61.3756;RBI=0.0134103;REFB=0;REVB=0.00270778;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62462e-05;OID=.;OPOS=125766044;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:36:44:0:0:36:44:0:0 chr11 125766173 . A C 820.17 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0550387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.22;QD=55.6049;RBI=0.0604151;REFB=-0.000560394;REVB=0.0249143;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510635;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000226933;OID=.;OPOS=125766173;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:35:23:0:0:35:23:1:0 chr11 125769354 . T C 240.6 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00063259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.446;QD=12.1823;RBI=0.00274687;REFB=-0.0104763;REVB=0.00267304;RO=50;SAF=14;SAR=15;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471702;STB=0.527127;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0191449;OID=.;OPOS=125769354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:15:14:22:28:15:14:22:28 chr11 125788678 . T C 969.78 PASS AF=0.443966;AO=103;DP=232;FAO=103;FDP=232;FR=.;FRO=129;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=56;FSRR=73;FWDB=0.0210727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.465;QD=16.7204;RBI=0.0282941;REFB=-0.0116987;REVB=0.0188811;RO=129;SAF=47;SAR=56;SRF=56;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224628;STB=0.512465;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0105194;OID=.;OPOS=125788678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:129:129:103:103:0.443966:56:47:56:73:56:47:56:73 chr11 125830697 . T C 311.55 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.014753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0157;QD=19.1723;RBI=0.0191859;REFB=0.00695187;REVB=-0.0122657;RO=32;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409999;STB=0.522819;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00755214;OID=.;OPOS=125830697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:16:17:15:17:16:17:15:17 chr11 125830970 . A T 1078.95 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.426;QD=59.9417;RBI=0.0215181;REFB=0;REVB=-0.0159387;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.97682e-06;OID=.;OPOS=125830970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:46:26:0:0:46:26:0:0 chr11 125831701 . G A 400.52 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0207757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.0584;QD=21.361;RBI=0.0208558;REFB=0.0315291;REVB=0.00182574;RO=35;SAF=15;SAR=25;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121056;STB=0.566976;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.0295431;OID=.;OPOS=125831701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:25:15:18:17:25:15:18:17 chr11 125848261 . C T 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00429441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.851;QD=10.4741;RBI=0.0491464;REFB=-0.00152418;REVB=-0.0489584;RO=37;SAF=9;SAR=10;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447508;STB=0.526288;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00427017;OID=.;OPOS=125848261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:10:9:19:18:10:9:19:18 chr11 125875788 . C T 177.8 PASS AF=0.292683;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0130955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.099;QD=8.67309;RBI=0.0253896;REFB=0.00235789;REVB=-0.0217518;RO=58;SAF=6;SAR=18;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180855;STB=0.608599;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00564781;OID=.;OPOS=125875788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:58:58:24:24:0.292683:18:6:22:36:18:6:22:36 chr11 125888224 . C T 118.65 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0142517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.162;QD=7.78045;RBI=0.0143883;REFB=-0.00470366;REVB=0.00197812;RO=44;SAF=5;SAR=12;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25598;STB=0.655681;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00903927;OID=.;OPOS=125888224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:12:5:22:22:12:5:22:22 chr11 125891269 . C T 482.66 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=21;FWDB=0.00217334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.02;QD=16.0887;RBI=0.00477299;REFB=-0.00391603;REVB=-0.00424948;RO=67;SAF=27;SAR=26;SRF=46;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178416;STB=0.599269;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00521827;OID=.;OPOS=125891269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:67:67:53:53:0.441667:26:27:46:21:26:27:46:21 chr11 126045822 . T C 601.09 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8671;QD=58.6429;RBI=0.0661612;REFB=-0.076815;REVB=-0.0637265;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.511622;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00223482;OID=.;OPOS=126045822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:19:21:0:0:19:21:1:0 chr11 126074192 . A G 1403.14 PASS AF=0.958333;AO=92;DP=96;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.061451;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3124;QD=58.4642;RBI=0.0616667;REFB=-0.146298;REVB=-0.00515361;RO=1;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998003;STB=0.510867;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00588759;OID=.;OPOS=126074192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:96:96:1:4:92:92:0.958333:47:45:0:1:47:45:3:1 chr11 126081403 . T C 1466.98 PASS AF=0.990099;AO=98;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00313169;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.488;QD=58.0982;RBI=0.0244778;REFB=-0.0512893;REVB=-0.0242767;RO=1;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0087031;STB=0.504504;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-1.47894e-07;OID=.;OPOS=126081403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:101:1:1:98:100:0.990099:54:44:0:1:55:45:0:1 chr11 126135973 . C T 1659.34 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.083;QD=60.3396;RBI=0.0175852;REFB=0;REVB=0.0131111;RO=0;SAF=63;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94202e-06;OID=.;OPOS=126135973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:47:63:0:0:47:63:0:0 chr11 126137081 . GCCCCCT GCCCC,GCCCCT,GCCCCTT 73.92 PASS AF=0,0.306452,0;AO=9,11,3;DP=61;FAO=0,19,0;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=0,9,0;FSAR=0,10,0;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.165674,-0.0932828,0.060463;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=14.5302,11.8539,13.7964;QD=4.76874;RBI=0.226997,0.15679,0.0614472;REFB=-0.0387597,-0.056693,-0.0486658;REVB=-0.155176,-0.126022,-0.0109537;RO=23;SAF=4,6,1;SAR=5,5,2;SRF=9;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0626681,0.171006,-0.0666076;STB=0.5,0.554738,0.5;STBP=1,0.546,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0557069,0.0649799,0.0246818;OID=.,.,.;OPOS=126137086,126137082,126137086;OREF=CT,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GCCCC,GCCCCT,GCCCCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.306452,0:9,11,3:61:0,19,0:62:43:0,9,0:0,10,0:17:26:61:23:4,6,1:5,5,2:9:14 chr11 126139100 . T C 913.12 PASS AF=0.916667;AO=65;DP=71;FAO=66;FDP=72;FR=.;FRO=6;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0290737;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.441;QD=50.7291;RBI=0.0538121;REFB=-0.0350507;REVB=0.045282;RO=6;SAF=27;SAR=38;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410707;STB=0.521046;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00366695;OID=.;OPOS=126139100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:71:72:6:6:65:66:0.916667:38:27:1:5:39:27:1:5 chr11 126139313 . T A 1002.65 PASS AF=0.9;AO=73;DP=79;FAO=72;FDP=80;FR=.;FRO=8;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0306851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0351;QD=50.1323;RBI=0.0307269;REFB=-0.0244068;REVB=0.00160121;RO=6;SAF=44;SAR=29;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347712;STB=0.501462;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0138008;OID=.;OPOS=126139313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:79:80:6:8:73:72:0.9:29:44:5:1:28:44:5:3 chr11 126174164 . C T 1192.89 PASS AF=1;AO=61;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4662;QD=60.3997;RBI=0.13956;REFB=0;REVB=0.137198;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015967;OID=.;OPOS=126174164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:61:79:1:28:33:0:0:38:41:0:0 chr11 126176578 . G A 1584.8 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.179;QD=64.0324;RBI=0.0354284;REFB=0;REVB=-0.0324626;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.76573e-05;OID=.;OPOS=126176578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:50:48:0:0:51:48:0:0 chr11 126228403 . G C 676.43 PASS AF=0.51145;AO=67;DP=131;FAO=67;FDP=131;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0118073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.995;QD=20.6542;RBI=0.0132673;REFB=-0.0121495;REVB=-0.00605051;RO=64;SAF=31;SAR=36;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00853938;STB=0.504699;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00871786;OID=.;OPOS=126228403;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:64:64:67:67:0.51145:36:31:29:35:36:31:29:35 chr11 126277216 . C T 492.32 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0084358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.037;QD=20.0946;RBI=0.0212244;REFB=-0.00653087;REVB=-0.0194759;RO=49;SAF=25;SAR=23;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140648;STB=0.581871;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.007548;OID=.;OPOS=126277216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:49:50:48:48:0.489796:23:25:33:16:23:25:34:16 chr11 126278075 . C T 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=-0.0109982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.049;QD=18.7957;RBI=0.0264005;REFB=-0.0168931;REVB=-0.0240005;RO=27;SAF=6;SAR=17;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152464;STB=0.585299;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0216342;OID=.;OPOS=126278075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:17:6:4:23:17:6:4:23 chr11 126278203 . T C 377.08 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0238834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.363;QD=13.9658;RBI=0.0433401;REFB=-0.0218168;REVB=-0.0361656;RO=64;SAF=19;SAR=25;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136759;STB=0.577211;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0369158;OID=.;OPOS=126278203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:64:44:44:0.407407:25:19:36:28:25:19:36:28 chr11 126294817 . G A 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00788276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4061;QD=57.6728;RBI=0.0631407;REFB=0;REVB=0.0626467;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450412;OID=.;OPOS=126294817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr11 126310119 . A G 335.45 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0227957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.867;QD=16.985;RBI=0.0231462;REFB=-0.0308048;REVB=0.00401274;RO=43;SAF=13;SAR=23;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105501;STB=0.559288;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0371387;OID=.;OPOS=126310119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:23:13:20:23:23:13:20:23 chr11 126310299 . T C 580.39 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368873;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.605;QD=61.0941;RBI=0.0369861;REFB=0;REVB=-0.00270126;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377416;OID=.;OPOS=126310299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr11 126870418 . C T 279.65 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0414768;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.568;QD=18.3374;RBI=0.0418791;REFB=-0.0203046;REVB=-0.00579098;RO=29;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104935;STB=0.576108;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.017363;OID=.;OPOS=126870418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:29:31:30:30:0.491803:18:12:15:14:18:12:17:14 chr11 127277853 . G A 498.42 PASS AF=0.458333;AO=54;DP=123;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.00962688;FXX=0.0476153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9301;QD=16.614;RBI=0.0173158;REFB=-0.0237721;REVB=0.0143931;RO=61;SAF=28;SAR=26;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150227;STB=0.567257;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0409239;OID=.;OPOS=127277853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:120:61:65:54:55:0.458333:26:28:22:39:27:28:25:40 chr11 128328913 . G A 605.11 PASS AF=0.516949;AO=61;DP=119;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.0256425;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7527;QD=20.5121;RBI=0.0382033;REFB=-0.0256864;REVB=-0.0283188;RO=57;SAF=29;SAR=32;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141857;STB=0.577859;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0190185;OID=.;OPOS=128328913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:57:57:61:61:0.516949:32:29:18:39:32:29:18:39 chr11 128333503 . T C 801.27 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9339;QD=57.2334;RBI=0.0777798;REFB=0;REVB=0.0488923;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125328;OID=.;OPOS=128333503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr11 128638292 . G A 67.13 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00229384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.924;QD=5.26499;RBI=0.00860027;REFB=-0.0017582;REVB=-0.00828873;RO=41;SAF=6;SAR=4;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224388;STB=0.64587;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00830065;OID=.;OPOS=128638292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:41:41:10:10:0.196078:4:6:17:24:4:6:17:24 chr11 128708009 . G A 243.79 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0193792;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.673;QD=17.4138;RBI=0.0232074;REFB=-0.0119397;REVB=-0.0127683;RO=29;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09886;STB=0.555514;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0188742;OID=.;OPOS=128708009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:12:15:13:16:12:15:13:16 chr11 128709044 . A G 254.12 PASS AF=0.24375;AO=39;DP=162;FAO=39;FDP=160;FR=.;FRO=121;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=69;FSRR=52;FWDB=0.0049075;FXX=0.0243888;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.835;QD=6.35289;RBI=0.00625952;REFB=-0.0010162;REVB=0.00388562;RO=118;SAF=21;SAR=18;SRF=67;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370046;STB=0.52426;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00313215;OID=.;OPOS=128709044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:160:118:121:39:39:0.24375:18:21:67:51:18:21:69:52 chr11 128781339 . T C 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.142;QD=60.0766;RBI=0.0250716;REFB=0;REVB=0.0071536;RO=0;SAF=49;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32123e-05;OID=.;OPOS=128781339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:58:49:0:0:58:49:0:0 chr11 128781978 . T G 1080.54 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1813;QD=60.0302;RBI=0.0186093;REFB=0;REVB=-0.00562632;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209599;OID=.;OPOS=128781978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:36:35:0:0:36:36:0:0 chr11 128782002 . T C 1227.43 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00197537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.173;QD=61.3713;RBI=0.00689587;REFB=0;REVB=0.00660689;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20435e-06;OID=.;OPOS=128782002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr11 128782012 . C G 1339.7 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.998;QD=62.3114;RBI=0.0159493;REFB=0;REVB=-0.00934743;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58604e-06;OID=.;OPOS=128782012;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:37:49:0:0:37:49:0:0 chr11 128787554 . C T 313.26 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.070062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.329;QD=50.1215;RBI=0.0701704;REFB=-0.0881152;REVB=0.00389878;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040273;STB=0.521721;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00477531;OID=.;OPOS=128787554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:13:11:1:0:13:11:1:0 chr11 128805548 . G A 481.65 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0149477;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.307;QD=22.4023;RBI=0.0153715;REFB=0.00322048;REVB=0.00358457;RO=39;SAF=18;SAR=28;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00585744;STB=0.504235;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00229466;OID=.;OPOS=128805548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:39:40:46:46:0.534884:28:18:15:24:28:18:16:24 chr11 128805557 . T C 464.92 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0183668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.403;QD=22.1388;RBI=0.034153;REFB=-0.0285191;REVB=0.0287938;RO=39;SAF=17;SAR=28;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016923;STB=0.509323;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0243476;OID=.;OPOS=128805557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:28:17:14:25:28:17:14:25 chr11 128814046 . C T 1906.27 PASS AF=0.984375;AO=123;DP=128;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0014018;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.694;QD=59.5709;RBI=0.0475143;REFB=-0.0142466;REVB=0.0474937;RO=2;SAF=79;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118752;STB=0.506249;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000225095;OID=.;OPOS=128814046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:128:2:2:123:126:0.984375:44:79:2:0:47:79:2:0 chr11 128839668 . T C 35.69 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.11527;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.3317;QD=5.94765;RBI=0.125585;REFB=-0.00346092;REVB=-0.0498437;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225245;STB=0.666112;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00115164;OID=.;OPOS=128839668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:17:18:6:6:0.25:2:4:8:9:2:4:8:10 chr11 128868239 . T C 1674.79 PASS AF=0.950413;AO=114;DP=120;FAO=115;FDP=121;FR=.;FRO=6;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00173357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.008;QD=55.3649;RBI=0.0100804;REFB=-0.027168;REVB=-0.00993017;RO=6;SAF=52;SAR=62;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200712;STB=0.510249;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-1.67906e-05;OID=.;OPOS=128868239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:120:121:6:6:114:115:0.950413:62:52:4:2:62:53:4:2 chr11 129072915 . C G 490.08 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0196235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8325;QD=56.009;RBI=0.0421412;REFB=-0.00163542;REVB=-0.0372935;RO=1;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252651;STB=0.513506;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00103362;OID=.;OPOS=129072915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:18:16:0:1:18:16:0:1 chr11 129312660 . C T 1368.42 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0531047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2131;QD=60.1504;RBI=0.0531638;REFB=-0.0697377;REVB=0.00250545;RO=2;SAF=41;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225543;STB=0.511902;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0013391;OID=.;OPOS=129312660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:2:2:89:89:0.978022:48:41:2:0:48:41:2:0 chr11 129321817 . GT G,GG 189.74 PASS AF=0.166667,0.777778;AO=2,14;DP=18;FAO=3,14;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=3,13;FSAR=0,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0314969,0.0233217;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=109.587,118.488;QD=42.1636;RBI=0.0471166,0.042093;REFB=-0.150277,-0.115684;REVB=0.0350416,0.0350416;RO=1;SAF=2,13;SAR=0,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0337274;STB=0.5,0.518492;STBP=1,0.655;TYPE=del,snp;VARB=0.0189009,-0.000103729;OID=.,.;OPOS=129321818,129321818;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.777778:2,14:18:3,14:18:1:3,13:0,1:1:0:10:1:2,13:0,1:1:0 chr11 129762724 . C T 102.68 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00308147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.016;QD=7.08117;RBI=0.0194299;REFB=0.0131526;REVB=-0.019184;RO=43;SAF=12;SAR=3;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283725;STB=0.677703;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0238316;OID=.;OPOS=129762724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:43:43:15:15:0.258621:3:12:26:17:3:12:26:17 chr11 129763218 . C T 91.17 PASS AF=0.264151;AO=12;DP=51;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0255446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.657;QD=6.88085;RBI=0.025552;REFB=-0.00259084;REVB=0.000613004;RO=33;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039661;STB=0.513793;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00644764;OID=.;OPOS=129763218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:51:53:33:39:12:14:0.264151:8:4:12:21:8:6:16:23 chr11 129830831 . A C 112.98 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0119615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.047;QD=9.41526;RBI=0.0337887;REFB=-0.00238045;REVB=-0.0316006;RO=33;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304806;STB=0.526279;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00598776;OID=.;OPOS=129830831;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:34:14:14:0.291667:9:5:11:22:9:5:11:23 chr11 129873028 . C T 868.24 PASS AF=0.511765;AO=87;DP=170;FAO=87;FDP=170;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.0217098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0504;QD=20.4293;RBI=0.0285649;REFB=-0.0368728;REVB=-0.0185644;RO=80;SAF=35;SAR=52;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870141;STB=0.545695;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0335991;OID=.;OPOS=129873028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:80:83:87:87:0.511765:52:35:40:40:52:35:41:42 chr11 130066335 . C T 233.53 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00862472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.051;QD=49.1641;RBI=0.0132748;REFB=0;REVB=-0.0100913;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00288086;OID=.;OPOS=130066335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:10:9:0:0 chr11 130271678 . T G 920.05 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.832;QD=58.416;RBI=0.0429446;REFB=0;REVB=0.0230044;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158654;OID=.;OPOS=130271678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:24:39:0:0:24:39:0:0 chr11 130274835 . T C 44.45 PASS AF=0.113636;AO=10;DP=84;FAO=10;FDP=88;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.0241884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6346;QD=2.0205;RBI=0.0433266;REFB=0.00146019;REVB=0.035946;RO=74;SAF=7;SAR=3;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229484;STB=0.64969;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.0150897;OID=.;OPOS=130274835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:84:88:74:78:10:10:0.113636:3:7:38:36:3:7:42:36 chr11 130281488 . G A 908.86 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.501;QD=57.7054;RBI=0.0330852;REFB=0;REVB=0.0297314;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101044;OID=.;OPOS=130281488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:34:26:0:0:35:28:0:0 chr11 130297748 . G C 31.15 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0301077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.216;QD=12.4605;RBI=0.0391598;REFB=-0.00767347;REVB=-0.0250403;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00654564;OID=.;OPOS=130297748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:3:2:3:2:3:2 chr11 130340962 . A G 654.34 PASS AF=0.460526;AO=70;DP=152;FAO=70;FDP=152;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.0200079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.125;QD=17.2194;RBI=0.0203093;REFB=-0.0217237;REVB=0.00348595;RO=82;SAF=39;SAR=31;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201841;STB=0.511205;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0211455;OID=.;OPOS=130340962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:82:82:70:70:0.460526:31:39:44:38:31:39:44:38 chr11 130542882 . C T 1208.4 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0073;QD=61.185;RBI=0.0456299;REFB=0;REVB=-0.0299509;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77897e-05;OID=.;OPOS=130542882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:39:39:0:0:39:40:0:0 chr11 130750642 . A C 1212.31 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329668;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.095;QD=61.3829;RBI=0.0146306;REFB=0;REVB=0.0142544;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92135e-05;OID=.;OPOS=130750642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr11 130775688 . C T 1544.66 PASS AF=0.990566;AO=98;DP=100;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0484889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.178;QD=58.2892;RBI=0.0508271;REFB=-0.0762948;REVB=0.0152389;RO=1;SAF=57;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824921;STB=0.503875;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000910457;OID=.;OPOS=130775688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:106:1:1:98:105:0.990566:41:57:1:0:41:64:1:0 chr11 130775782 . C T 1555.29 PASS AF=0.981651;AO=106;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0176801;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.127;QD=57.0747;RBI=0.0277461;REFB=-0.106922;REVB=0.0213837;RO=3;SAF=60;SAR=46;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299444;STB=0.510415;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000196902;OID=.;OPOS=130775782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:109:109:3:2:106:107:0.981651:46:60:0:3:47:60:0:2 chr11 130776524 . T C 601.1 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0425158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.219;QD=58.6435;RBI=0.0425582;REFB=-0.0446534;REVB=-0.00189971;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.514279;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000580152;OID=.;OPOS=130776524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:23:17:0:0:23:17:1:0 chr11 130776613 . A G 582.37 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00314052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.067;QD=58.2372;RBI=0.00967366;REFB=-0.102774;REVB=0.00914969;RO=1;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170496;STB=0.509086;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0018473;OID=.;OPOS=130776613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:27:12:0:1:27:12:0:1 chr11 130777886 . G A 319.5 PASS AF=0.353982;AO=40;DP=114;FAO=40;FDP=113;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=0.0157835;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.611;QD=11.3099;RBI=0.0158773;REFB=-0.0189676;REVB=-0.00172381;RO=73;SAF=21;SAR=19;SRF=25;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204563;STB=0.616779;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0362746;OID=.;OPOS=130777886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:73:73:40:40:0.353982:19:21:25:48:19:21:25:48 chr11 130780015 . C T 1549.09 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.389;QD=63.8801;RBI=0.0343596;REFB=0;REVB=0.030157;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13287e-05;OID=.;OPOS=130780015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:50:47:0:0:50:47:0:0 chr11 130780225 . C A 1465.79 PASS AF=0.980769;AO=103;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.08351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9074;QD=56.3764;RBI=0.0857638;REFB=-0.0644637;REVB=0.0195325;RO=1;SAF=37;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713586;STB=0.513886;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00213738;OID=.;OPOS=130780225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:104:104:1:2:103:102:0.980769:66:37:0:1:67:35:2:0 chr11 130784396 . G A 471.17 PASS AF=0.440678;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.00154692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.224;QD=15.972;RBI=0.00664521;REFB=-0.00898699;REVB=0.00646266;RO=66;SAF=23;SAR=29;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118079;STB=0.566012;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0155841;OID=.;OPOS=130784396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:66:66:52:52:0.440678:29:23:37:29:29:23:37:29 chr11 130784488 . A G 405.65 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.000498361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.917;QD=17.2619;RBI=0.032629;REFB=-0.00477396;REVB=-0.0326252;RO=52;SAF=23;SAR=19;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471764;STB=0.526437;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00697206;OID=.;OPOS=130784488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:19:23:26:26:19:23:26:26 chr11 130784616 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0148984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.927;QD=8.81111;RBI=0.0149497;REFB=-0.0109622;REVB=-0.00123663;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469701;STB=0.529314;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0237817;OID=.;OPOS=130784616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:5:6:3:3:5:6 chr11 130784754 . C G 612.19 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00597499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6916;QD=61.219;RBI=0.0345473;REFB=0;REVB=-0.0340266;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000409812;OID=.;OPOS=130784754;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr11 130784971 . C G 828.94 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00313574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.054;QD=57.1684;RBI=0.042673;REFB=0;REVB=0.0425576;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184448;OID=.;OPOS=130784971;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:30:26:0:0:31:27:0:0 chr11 130785205 . G A 47.66 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0148676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6617;QD=11.9141;RBI=0.0350752;REFB=0.00324269;REVB=-0.0317684;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218747;STB=0.631215;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00540524;OID=.;OPOS=130785205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:6:3:4:3:6:3 chr11 130785304 . T C 109.55 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0359667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.423;QD=14.1354;RBI=0.0498755;REFB=-0.0205643;REVB=-0.0345538;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960357;STB=0.555476;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0243611;OID=.;OPOS=130785304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:3:10:15:3:3:10:15:3 chr11 131531000 . T C 2736.42 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00522169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.442;QD=62.1913;RBI=0.0132978;REFB=0;REVB=0.0122297;RO=0;SAF=94;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18557e-06;OID=.;OPOS=131531000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:167:176:0:0:167:176:1:73:94:0:0:77:99:0:0 chr11 131531015 . T G 3082.88 PASS AF=0.989848;AO=194;DP=196;FAO=195;FDP=197;FR=.;FRO=2;FSAF=104;FSAR=91;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0127548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.115;QD=62.5965;RBI=0.0249192;REFB=-0.0430913;REVB=-0.0214075;RO=2;SAF=104;SAR=90;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00906941;STB=0.504761;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-2.77147e-06;OID=.;OPOS=131531015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:196:197:2:2:194:195:0.989848:90:104:2:0:91:104:2:0 chr11 131531223 . A G 1751.75 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00457997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7309;QD=59.8891;RBI=0.0146289;REFB=-0.0970039;REVB=-0.0138934;RO=1;SAF=35;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00582767;STB=0.503067;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.000727527;OID=.;OPOS=131531223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:81:35:0:1:81:35:0:1 chr11 131531564 . A T 2497.15 PASS AF=0.987952;AO=164;DP=166;FAO=164;FDP=166;FR=.;FRO=2;FSAF=95;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.011158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.121;QD=60.1722;RBI=0.0256206;REFB=-0.0140106;REVB=-0.0230632;RO=2;SAF=95;SAR=69;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00991208;STB=0.505208;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-6.13698e-06;OID=.;OPOS=131531564;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:166:166:2:2:164:164:0.987952:69:95:2:0:69:95:2:0 chr11 131531720 . C T 1677.26 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000557309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.184;QD=60.4419;RBI=0.00118354;REFB=0;REVB=0.00104412;RO=0;SAF=60;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06974e-07;OID=.;OPOS=131531720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:111:0:0:109:111:1:49:60:0:0:50:61:0:0 chr11 132177633 . A C,G 1477.88 PASS AF=0.960396,0.039604;AO=94,6;DP=100;FAO=97,4;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=41,3;FSAR=56,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00773122,-0.00799971;FXX=0.00980296;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=291.617,247.037;QD=58.5298;RBI=0.00773133,0.00803536;REFB=0,0;REVB=-4.16906e-05,0.000756106;RO=0;SAF=39,5;SAR=55,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00111866,0.0343943;OID=.,.;OPOS=132177633,132177633;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:100:101:0:0:94,6:97,4:0.960396,0.039604:55,1:39,5:0:0:56,1:41,3:0:0 chr11 132305100 . T C 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00721066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5075;QD=3.15713;RBI=0.0715812;REFB=-0.00777189;REVB=-0.0712171;RO=36;SAF=1;SAR=5;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482319;STB=0.84504;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0413853;OID=.;OPOS=132305100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:5:1:21:15:5:1:21:15 chr11 133714522 . G A 840.46 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1061;QD=56.9801;RBI=0.147235;REFB=0;REVB=0.00369565;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122464;OID=.;OPOS=133714522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:28:30:0:0:28:31:0:0 chr11 133788992 . T C 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00713777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.94;QD=9.67051;RBI=0.0272126;REFB=-0.0176365;REVB=-0.0262599;RO=36;SAF=8;SAR=8;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321224;STB=0.519207;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0390872;OID=.;OPOS=133788992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:8:8:17:19:8:8:17:19 chr11 133805547 . C T 321.62 PASS AF=0.373832;AO=38;DP=107;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0652674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.595;QD=12.023;RBI=0.0657267;REFB=-0.0081581;REVB=0.00775645;RO=67;SAF=19;SAR=19;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581569;STB=0.51712;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0147641;OID=.;OPOS=133805547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:67:67:38:40:0.373832:19:19:37:30:19:21:37:30 chr11 133805585 . C T 817.58 PASS AF=0.6;AO=74;DP=125;FAO=75;FDP=125;FR=.;FRO=50;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.038969;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.37;QD=26.1624;RBI=0.0402477;REFB=-0.00358005;REVB=0.0100648;RO=50;SAF=39;SAR=35;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00965737;STB=0.508016;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00252348;OID=.;OPOS=133805585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:50:50:74:75:0.6:35:39:27:23:36:39:27:23 chr11 133814191 . A G 1866.62 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.787;QD=61.2007;RBI=0.0183646;REFB=0;REVB=-0.00555949;RO=0;SAF=60;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128832;OID=.;OPOS=133814191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:61:60:0:0:61:61:0:0 chr11 133814260 . GCCTG GCCT,GCTG 46.45 PASS AF=0.267606,0;AO=13,8;DP=71;FAO=19,0;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=6,0;FSAR=13,0;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.0210272,0.0657686;FXX=0;HRUN=5,2;LEN=1,1;MLLD=12.9301,16.177;QD=2.61692;RBI=0.0314247,0.403731;REFB=-0.0290308,-0.00657369;REVB=-0.0233531,-0.398338;RO=40;SAF=6,0;SAR=7,8;SRF=19;SRR=21;SSEN=0,0.257143;SSEP=0,0;SSSB=-0.0163649,-0.689739;STB=0.55586,0.5;STBP=0.596,1;TYPE=del,del;VARB=0.0590428,0;OID=.,.;OPOS=133814264,133814261;OREF=G,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCT,GCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.267606,0:13,8:71:19,0:71:52:6,0:13,0:20:32:47:40:6,0:7,8:19:21 chr11 134019920 . TTA T,TTT 50.84 PASS AF=0.470588,0;AO=6,4;DP=24;FAO=8,0;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=1,0;FSAR=7,0;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.114862,0.0538007;FXX=0.105208;HRUN=7,6;LEN=2,1;MLLD=19.6813,11.7203;QD=11.9619;RBI=0.128118,0.0538011;REFB=-0.110931,-0.0447132;REVB=0.0567521,-0.000188048;RO=11;SAF=1,0;SAR=5,4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.272391,-0.657755;STB=0.682379,0.5;STBP=0.289,1;TYPE=del,snp;VARB=0.13159,0;OID=.,.;OPOS=134019921,134019922;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588,0:6,4:24:8,0:17:9:1,0:7,0:3:6:50:11:1,0:5,4:4:7 chr11 134038109 . GAAAAAC GAAAAC,GAAAACA 61.96 PASS AF=0.415094,0;AO=18,2;DP=56;FAO=22,0;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=11,0;FSAR=11,0;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.0281067,-0.0042414;FXX=0.0535619;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=8.34633,150.979;QD=4.6763;RBI=0.107386,0.0215332;REFB=-0.161759,-0.0159986;REVB=-0.103643,-0.0211114;RO=29;SAF=10,0;SAR=8,2;SRF=23;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.268606,-0.63893;STB=0.660246,0.5;STBP=0.074,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.194736,0;OID=.,.;OPOS=134038110,134038114;OREF=A,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=GAAAAC,GAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415094,0:18,2:56:22,0:53:31:11,0:11,0:24:7:61:29:10,0:8,2:23:6 chr11 134134784 . CCTT C 68.68 PASS AF=0.267857;AO=14;DP=57;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0241835;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=305.746;QD=4.90571;RBI=0.0243144;REFB=-0.00774318;REVB=0.00252052;RO=41;SAF=10;SAR=4;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308694;STB=0.704153;STBP=0.065;TYPE=del;VARB=0.0226455;OID=.;OPOS=134134785;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.267857:14:57:15:56:41:11:4:19:22:68:41:10:4:19:22 chr11 134151975 . G C 2084.42 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.797;QD=62.6894;RBI=0.0431673;REFB=0;REVB=0.040075;RO=0;SAF=74;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93222e-05;OID=.;OPOS=134151975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:133:0:0:128:133:1:54:74:0:0:58:75:0:0 chr11 134179686 . C T 1539.55 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.214;QD=58.6495;RBI=0.0275756;REFB=-0.0526255;REVB=0.0235032;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000259902;OID=.;OPOS=134179686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:0:1:104:104:0.990476:48:56:0:0:48:56:0:1 chr11 134182375 . G A 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.85;QD=62.0075;RBI=0.0568284;REFB=0;REVB=0.0549657;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118548;OID=.;OPOS=134182375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr11 134188542 . T C 436.37 PASS AF=0.369565;AO=51;DP=138;FAO=51;FDP=138;FR=.;FRO=87;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.0102771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.7482;QD=12.6483;RBI=0.0129367;REFB=-0.00654328;REVB=0.00785736;RO=86;SAF=29;SAR=22;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101634;STB=0.561479;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0190291;OID=.;OPOS=134188542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:86:87:51:51:0.369565:22:29:41:45:22:29:41:46 chr11 134244123 . C G 976.37 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0224567;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.951;QD=57.4337;RBI=0.0286515;REFB=-0.00931544;REVB=0.0177933;RO=1;SAF=19;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024218;STB=0.512817;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=7.77215e-05;OID=.;OPOS=134244123;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:48:19:1:0:48:19:1:0 chr11 134249321 . T C 1832.17 PASS AF=1;AO=103;DP=122;FAO=120;FDP=120;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105205;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.239;QD=61.0722;RBI=0.0717319;REFB=0;REVB=0.0709562;RO=0;SAF=60;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326273;OID=.;OPOS=134249321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:120:0:0:103:120:1:43:60:0:0:60:60:0:0 chr12 90902 . C T 2241.91 PASS AF=0.986301;AO=142;DP=145;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0765145;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.098;QD=61.4222;RBI=0.0777737;REFB=-0.0131677;REVB=0.0139386;RO=1;SAF=81;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00773136;STB=0.500869;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.000314437;OID=.;OPOS=90902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:145:146:1:2:142:144:0.986301:61:81:0:1:63:81:1:1 chr12 92018 . T C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0157022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.978;QD=23.2183;RBI=0.0445453;REFB=0.0662835;REVB=0.041686;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00144906;OID=.;OPOS=92018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr12 92119 . T C 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0506795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.371;QD=10.1856;RBI=0.0840383;REFB=-0.0192644;REVB=-0.0670375;RO=34;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989432;STB=0.559151;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0439535;OID=.;OPOS=92119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:8:7:13:21:8:7:13:21 chr12 92991 . C G 160.5 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00938194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0064;QD=18.3425;RBI=0.0345708;REFB=0.0374859;REVB=0.0332734;RO=18;SAF=13;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364222;STB=0.70883;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.04828;OID=.;OPOS=92991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:4:13:7:11:4:13:7:11 chr12 235022 . C T 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00538154;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.763;QD=49.398;RBI=0.0260145;REFB=0.0119058;REVB=0.0254517;RO=1;SAF=17;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264628;STB=0.514273;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.000469432;OID=.;OPOS=235022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:6:17:1:0:6:17:1:0 chr12 248202 . C G 78.23 PASS AF=0.818182;AO=8;DP=10;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0123266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.182;QD=28.4476;RBI=0.104344;REFB=-0.0270166;REVB=0.103614;RO=2;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110633;STB=0.555441;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00735788;OID=.;OPOS=248202;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:11:2:2:8:9:0.818182:1:7:2:0:1:8:2:0 chr12 248445 . G T 442.0 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0433958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.6;QD=19.8654;RBI=0.049868;REFB=-0.0292539;REVB=0.0245688;RO=45;SAF=23;SAR=21;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105951;STB=0.50588;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.024228;OID=.;OPOS=248445;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:21:23:23:22:21:23:23:22 chr12 274995 . C T 228.37 PASS AF=0.38961;AO=23;DP=70;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.00999915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7302;QD=11.8633;RBI=0.0229572;REFB=-0.0138036;REVB=0.0206652;RO=47;SAF=16;SAR=7;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395659;STB=0.616364;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0500443;OID=.;OPOS=274995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:77:47:47:23:30:0.38961:7:16:16:31:14:16:16:31 chr12 280349 . C A 793.55 PASS AF=0.40724;AO=90;DP=220;FAO=90;FDP=221;FR=.;FRO=131;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=53;FSRR=78;FWDB=0.00120899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3313;QD=14.3628;RBI=0.0259367;REFB=-0.0143573;REVB=0.0259085;RO=129;SAF=48;SAR=42;SRF=51;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144495;STB=0.575868;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0199356;OID=.;OPOS=280349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:221:129:131:90:90:0.40724:42:48:51:78:42:48:53:78 chr12 284058 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1173;QD=49.598;RBI=0.120418;REFB=0;REVB=0.0391174;RO=0;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00288048;OID=.;OPOS=284058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:17:1:0:0:17:1:0:0 chr12 311949 . A G 237.95 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0122577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1614;QD=18.663;RBI=0.0478698;REFB=-0.0156209;REVB=-0.0462739;RO=26;SAF=8;SAR=17;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269143;STB=0.515139;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0136262;OID=.;OPOS=311949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:17:8:9:17:17:8:9:17 chr12 319111 . T C 493.02 PASS AF=0.435484;AO=54;DP=125;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0205441;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.145;QD=15.9037;RBI=0.0221281;REFB=-0.035526;REVB=0.00822139;RO=69;SAF=30;SAR=24;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487454;STB=0.53152;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0444026;OID=.;OPOS=319111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:69:70:54:54:0.435484:24:30:35:34:24:30:35:35 chr12 319125 . A G 421.3 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00493084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.041;QD=15.8979;RBI=0.004968;REFB=-0.00618575;REVB=-0.00060644;RO=59;SAF=26;SAR=21;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782956;STB=0.543827;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00965646;OID=.;OPOS=319125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:59:47:47:0.443396:21:26:28:31:21:26:28:31 chr12 332362 . C T 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00447462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.723;QD=16.6185;RBI=0.00609895;REFB=-0.008589;REVB=-0.00414427;RO=28;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726467;STB=0.541264;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.010289;OID=.;OPOS=332362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:9:14:15:13:9:14:15:13 chr12 393501 . T A 178.67 PASS AF=0.407407;AO=6;DP=52;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.100929;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=29.1629;QD=13.2348;RBI=0.109285;REFB=-0.0254853;REVB=-0.0419105;RO=17;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206131;STB=0.587852;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0325918;OID=.;OPOS=393501;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:17:32:6:22:0.407407:5:1:5:12:18:4:9:23 chr12 406292 . G A 1470.84 PASS AF=0.969388;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.000123194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.816;QD=60.0342;RBI=0.010814;REFB=0.00333527;REVB=0.0108132;RO=3;SAF=38;SAR=57;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359685;STB=0.518983;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=1.36895e-05;OID=.;OPOS=406292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:98:3:3:95:95:0.969388:57:38:3:0:57:38:3:0 chr12 419113 . G A 105.83 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00208341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.687;QD=11.4407;RBI=0.0354985;REFB=-0.00564489;REVB=-0.0354373;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14875;STB=0.605213;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00989929;OID=.;OPOS=419113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:23:24:13:13:0.351351:4:9:13:10:4:9:13:11 chr12 427575 . A G 884.02 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.565;QD=57.9684;RBI=0.0133145;REFB=0;REVB=-0.00707029;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.30554e-05;OID=.;OPOS=427575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr12 498114 . G A 577.3 PASS AF=0.407407;AO=66;DP=165;FAO=66;FDP=162;FR=.;FRO=96;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=0.0210816;FXX=0.0181807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.075;QD=14.2544;RBI=0.021899;REFB=-0.0131109;REVB=0.00592751;RO=96;SAF=38;SAR=28;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134806;STB=0.581753;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0211171;OID=.;OPOS=498114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:162:96:96:66:66:0.407407:28:38:43:53:28:38:42:54 chr12 652299 . A G 41.35 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0328718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1945;QD=3.938;RBI=0.0677125;REFB=-0.0174689;REVB=-0.0591981;RO=34;SAF=1;SAR=6;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294378;STB=0.728205;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0606042;OID=.;OPOS=652299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:34:35:7:7:0.166667:6:1:11:23:6:1:12:23 chr12 662448 . T C 2162.56 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0343546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.599;QD=62.2319;RBI=0.0377356;REFB=-0.114562;REVB=0.0156122;RO=0;SAF=81;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00055813;OID=.;OPOS=662448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:0:1:138:138:0.992806:57:81:0:0:57:81:0:1 chr12 666860 . G A 318.42 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00768319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.711;QD=23.1578;RBI=0.0107427;REFB=-0.0467285;REVB=-0.00750828;RO=23;SAF=23;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2348;STB=0.630051;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0225557;OID=.;OPOS=666860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:9:23:10:13:9:23:10:13 chr12 862989 . T C 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0635699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.477;QD=64.1498;RBI=0.0636924;REFB=0;REVB=-0.003948;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000949687;OID=.;OPOS=862989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr12 939302 . A G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.766;QD=62.9817;RBI=0.0509736;REFB=0;REVB=-0.00285513;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014366;OID=.;OPOS=939302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr12 974404 . T C 632.45 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.192377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.983;QD=61.7028;RBI=0.193677;REFB=0;REVB=0.0224043;RO=0;SAF=0;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310178;OID=.;OPOS=974404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:40:0:0:0:40:1:0:0 chr12 987482 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.412;QD=56.7065;RBI=0.066789;REFB=0;REVB=-0.0126017;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480856;OID=.;OPOS=987482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr12 990912 . A C 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.756;QD=57.8843;RBI=0.017655;REFB=0;REVB=0.00226495;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69381e-05;OID=.;OPOS=990912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr12 993930 . C T 947.2 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00753439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.222;QD=57.4061;RBI=0.00918567;REFB=0;REVB=0.00525447;RO=0;SAF=17;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123088;OID=.;OPOS=993930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:64:66:1:47:17:0:0:48:18:0:0 chr12 994487 . G C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.427;QD=58.6006;RBI=0.00920821;REFB=0;REVB=0.00857219;RO=0;SAF=44;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07137e-05;OID=.;OPOS=994487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:20:44:0:0:20:44:0:0 chr12 1017197 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7168;QD=47.8219;RBI=0.0370475;REFB=0;REVB=-0.0172508;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00156677;OID=.;OPOS=1017197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr12 1020506 . C CACTA 1272.72 PASS AF=0.934783;AO=83;DP=93;FAO=86;FDP=92;FR=.;FRO=6;FSAF=56;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00914801;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=4;MLLD=195.152;QD=55.3357;RBI=0.0144797;REFB=0.00174199;REVB=0.0112239;RO=6;SAF=53;SAR=30;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190049;STB=0.510777;STBP=0.48;TYPE=ins;VARB=2.16678e-05;OID=.;OPOS=1020507;OREF=-;OALT=ACTA;OMAPALT=CACTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.934783:83:93:86:92:6:56:30:3:3:19:6:53:30:3:3 chr12 1137359 . G A 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0237888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.504;QD=12.4555;RBI=0.0238061;REFB=0.00171437;REVB=-0.000907788;RO=34;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107991;STB=0.56244;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.00271052;OID=.;OPOS=1137359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:12:9:18:16:12:9:18:16 chr12 1590013 . C T 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.822;QD=58.14;RBI=0.0316592;REFB=0;REVB=0.0258013;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306299;OID=.;OPOS=1590013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr12 1590069 . G A 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000797368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6609;QD=53.9049;RBI=0.0187432;REFB=0;REVB=-0.0187262;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000508544;OID=.;OPOS=1590069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr12 1902766 . T G 2245.59 PASS AF=0.966667;AO=144;DP=149;FAO=145;FDP=150;FR=.;FRO=5;FSAF=65;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0190386;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.344;QD=59.8825;RBI=0.0204826;REFB=-0.000633284;REVB=-0.00755414;RO=4;SAF=65;SAR=79;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00251998;STB=0.501627;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=1.93209e-05;OID=.;OPOS=1902766;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:149:150:4:5:144:145:0.966667:79:65:2:2:80:65:2:3 chr12 1955786 . G A 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0138629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.289;QD=16.1053;RBI=0.0189855;REFB=0.00268558;REVB=0.0129719;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428787;STB=0.524662;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00216717;OID=.;OPOS=1955786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:7:10:12:10:7:10:12:10 chr12 1965210 . C T 561.33 PASS AF=0.547368;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0119863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6016;QD=23.6348;RBI=0.0130674;REFB=-0.0131771;REVB=-0.00520444;RO=43;SAF=25;SAR=27;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636875;STB=0.534964;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0104686;OID=.;OPOS=1965210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:43:52:52:0.547368:27:25:24:19:27:25:24:19 chr12 1965369 . G A 536.89 PASS AF=0.515152;AO=50;DP=98;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0417126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9973;QD=21.6926;RBI=0.0542552;REFB=-0.00340527;REVB=0.0346942;RO=48;SAF=24;SAR=26;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177389;STB=0.51428;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00408658;OID=.;OPOS=1965369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:48:48:50:51:0.515152:26:24:24:24:27:24:24:24 chr12 1995403 . T C 1868.74 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00439265;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.583;QD=61.2702;RBI=0.079145;REFB=0;REVB=0.079023;RO=0;SAF=69;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98162e-05;OID=.;OPOS=1995403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:122:122:0:0:122:122:1:53:69:0:0:53:69:0:0 chr12 2022196 . G A 433.15 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00749557;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.012;QD=20.3835;RBI=0.0249132;REFB=-0.0271424;REVB=0.0237589;RO=41;SAF=20;SAR=23;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231554;STB=0.506326;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0300453;OID=.;OPOS=2022196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:41:42:43:43:0.505882:23:20:18:23:23:20:19:23 chr12 2062323 . T TTGC 347.33 PASS AF=0.7;AO=25;DP=64;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0598439;FXX=0.166632;HRUN=2;LEN=3;MLLD=137.937;QD=34.7331;RBI=0.0823377;REFB=-0.171763;REVB=0.0565527;RO=33;SAF=12;SAR=13;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156024;STB=0.599931;STBP=0.065;TYPE=ins;VARB=0.0667807;OID=.;OPOS=2062324;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=TTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7:25:64:28:40:12:14:14:10:2:93:33:12:13:21:12 chr12 2705260 . G T 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0260834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.753;QD=13.0885;RBI=0.0515666;REFB=-0.0176162;REVB=-0.0444833;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179783;STB=0.604526;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0398568;OID=.;OPOS=2705260;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:8:8:18:9:8:8:18:9 chr12 2788879 . G A 295.93 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00272819;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.28;QD=19.7287;RBI=0.0184946;REFB=-0.0301964;REVB=0.0182922;RO=29;SAF=20;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116404;STB=0.564929;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.023888;OID=.;OPOS=2788879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:29:29:31:31:0.516667:11:20:15:14:11:20:15:14 chr12 2791130 . CGA TAG 232.36 PASS AF=0.373333;AO=27;DP=76;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0193052;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=3;MLLD=188.764;QD=12.3924;RBI=0.0258247;REFB=-0.00888062;REVB=-0.0171529;RO=47;SAF=6;SAR=21;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390522;STB=0.731632;STBP=0.005;TYPE=mnp;VARB=0.0197136;OID=.;OPOS=2791130;OREF=CGA;OALT=TAG;OMAPALT=TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:47:47:27:28:0.373333:21:6:26:21:22:6:26:21 chr12 2791205 . A G 1240.87 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0227439;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.797;QD=59.0891;RBI=0.023222;REFB=-0.00917018;REVB=0.00468801;RO=1;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114108;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150056;OID=.;OPOS=2791205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:84:1:2:82:82:0.97619:41:41:0:1:41:41:1:1 chr12 2968458 . T C 723.6 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0406442;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.1959;QD=59.0694;RBI=0.0733258;REFB=-0.133654;REVB=-0.0610305;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520824;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.006121;OID=.;OPOS=2968458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:49:0:2:47:47:0.959184:23:24:0:0:23:24:0:2 chr12 2973615 . T C 523.27 PASS AF=0.556818;AO=48;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00565693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.066;QD=23.785;RBI=0.0192629;REFB=-0.0053669;REVB=0.0184135;RO=39;SAF=25;SAR=23;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564794;STB=0.535302;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00425271;OID=.;OPOS=2973615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:39:48:49:0.556818:23:25:23:16:24:25:23:16 chr12 2996113 . A G 397.8 PASS AF=0.465909;AO=40;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0026496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.612;QD=18.0817;RBI=0.0168577;REFB=0.010459;REVB=0.0166482;RO=46;SAF=25;SAR=15;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00555673;STB=0.502391;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.0109755;OID=.;OPOS=2996113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:47:40:41:0.465909:15:25:29:17:15:26:30:17 chr12 2996174 . A G 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.676;QD=59.4996;RBI=0.036327;REFB=0;REVB=0.029888;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119326;OID=.;OPOS=2996174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:26:43:0:0:26:43:0:0 chr12 2997397 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00986561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3238;QD=60.6101;RBI=0.0101005;REFB=0;REVB=-0.00216559;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81525e-05;OID=.;OPOS=2997397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:29:9:0:0:29:9:0:0 chr12 3046802 . A G 557.81 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=118;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0102893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.434;QD=18.9089;RBI=0.0195328;REFB=-0.00964954;REVB=-0.016603;RO=60;SAF=19;SAR=39;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212559;STB=0.617874;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0142359;OID=.;OPOS=3046802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:60:60:58:58:0.491525:39:19:33:27:39:19:33:27 chr12 3047413 . C T 121.7 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0220082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7888;QD=7.05502;RBI=0.0545689;REFB=-0.00733273;REVB=-0.0499341;RO=51;SAF=6;SAR=12;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305591;STB=0.685511;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0191865;OID=.;OPOS=3047413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:51:51:18:18:0.26087:12:6:30:21:12:6:30:21 chr12 3049698 . T C 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0165087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.301;QD=10.8236;RBI=0.0169948;REFB=-0.00175209;REVB=0.00403571;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217007;STB=0.628371;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00318135;OID=.;OPOS=3049698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:6:6:7:16:6:6:7:16 chr12 3310439 . C T 491.11 PASS AF=0.546512;AO=45;DP=84;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00431547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.37;QD=22.8424;RBI=0.00687121;REFB=-0.031179;REVB=-0.00534698;RO=39;SAF=28;SAR=17;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512746;STB=0.52508;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0227991;OID=.;OPOS=3310439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:39:39:45:47:0.546512:17:28:22:17:18:29:22:17 chr12 3387697 . T C 613.76 PASS AF=0.512397;AO=62;DP=121;FAO=62;FDP=121;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0874154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0079;QD=20.2894;RBI=0.0913732;REFB=0.00680462;REVB=-0.0266008;RO=59;SAF=27;SAR=35;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500623;STB=0.527582;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.00688907;OID=.;OPOS=3387697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:59:59:62:62:0.512397:35:27:29:30:35:27:29:30 chr12 3391032 . T G 402.95 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0114467;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.785;QD=18.9623;RBI=0.032753;REFB=-0.0222514;REVB=-0.0306876;RO=41;SAF=12;SAR=29;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124466;STB=0.593303;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.03347;OID=.;OPOS=3391032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:41:44:41:41:0.482353:29:12:17:24:29:12:20:24 chr12 3393419 . C T 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00593737;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.642;QD=14.0443;RBI=0.0133758;REFB=-0.0126137;REVB=-0.0119859;RO=39;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138454;STB=0.585713;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0180349;OID=.;OPOS=3393419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:12:16:17:22:12:16:17:23 chr12 3395680 . GT G 141.96 PASS AF=0.258555;AO=69;DP=264;FAO=68;FDP=263;FR=.;FRO=195;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=98;FSRR=97;FWDB=-0.0300296;FXX=0.00378774;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.9121;QD=2.15911;RBI=0.0458982;REFB=-0.0185654;REVB=0.0347111;RO=176;SAF=30;SAR=39;SRF=91;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100874;STB=0.512802;STBP=0.791;TYPE=del;VARB=-0.00223153;OID=.;OPOS=3395681;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258555:69:264:68:263:195:33:35:98:97:99:176:30:39:91:85 chr12 3409277 . C T 771.27 PASS AF=0.982143;AO=53;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0111552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.37;QD=55.0904;RBI=0.0527484;REFB=-0.144631;REVB=0.0515553;RO=1;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149574;STB=0.50746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000656722;OID=.;OPOS=3409277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:53:55:0.982143:31:22:0:1:33:22:0:1 chr12 3701464 . G A 265.76 PASS AF=0.40678;AO=20;DP=60;FAO=24;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0762176;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.7983;QD=18.0176;RBI=0.137307;REFB=0.0102208;REVB=0.114211;RO=22;SAF=15;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259733;STB=0.645443;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0150884;OID=.;OPOS=3701464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:22:25:20:24:0.40678:5:15:11:11:7:17:11:14 chr12 3701466 . G A 55.88 PASS AF=0.2;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=60;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0185282;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=34.0088;QD=3.72534;RBI=0.0222853;REFB=-0.0379013;REVB=0.0123831;RO=43;SAF=1;SAR=11;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.672819;STB=0.910725;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.175078;OID=.;OPOS=3701466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:55:60:43:48:12:12:0.2:11:1:28:15:11:1:28:20 chr12 3749874 . T C 435.41 PASS AF=0.511905;AO=42;DP=85;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00463317;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.701;QD=20.7336;RBI=0.00635146;REFB=-0.0145352;REVB=0.0043445;RO=40;SAF=24;SAR=18;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107264;STB=0.558113;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0128699;OID=.;OPOS=3749874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:40:41:42:43:0.511905:18:24:18:22:19:24:18:23 chr12 3782647 . A T 450.94 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00398115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.904;QD=19.1889;RBI=0.0214518;REFB=-0.00900892;REVB=-0.0210791;RO=49;SAF=21;SAR=24;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599;STB=0.533319;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00617746;OID=.;OPOS=3782647;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:24:21:26:23:24:21:26:23 chr12 3782701 . C T 465.1 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00669436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.649;QD=19.5829;RBI=0.0119655;REFB=0.00100365;REVB=-0.0099176;RO=49;SAF=19;SAR=27;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110052;STB=0.561174;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.000931815;OID=.;OPOS=3782701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:27:19:26:23:27:19:26:23 chr12 3835401 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-8.38535e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.383;QD=46.848;RBI=0.010048;REFB=0;REVB=-0.0100477;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.21386e-05;OID=.;OPOS=3835401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr12 4388084 . C G 156.24 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0867399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6847;QD=16.0243;RBI=0.101281;REFB=0.0308431;REVB=-0.052288;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020831;STB=0.521714;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.0433725;OID=.;OPOS=4388084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:11:6:7:14:11:6:7:15 chr12 4414126 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3637;QD=45.8068;RBI=0.0252934;REFB=0;REVB=-0.0252934;RO=0;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000810538;OID=.;OPOS=4414126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:14:0:0:0:14:0:0:0 chr12 4459032 . G A 209.4 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0609524;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.023;QD=17.8211;RBI=0.066441;REFB=-0.0116527;REVB=-0.0264425;RO=26;SAF=15;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22527;STB=0.62901;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0151959;OID=.;OPOS=4459032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:6:15:13:13:6:15:13:13 chr12 4462161 . C T 154.94 PASS AF=0.278481;AO=21;DP=79;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.00569512;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.109;QD=7.84508;RBI=0.0640778;REFB=-0.00428354;REVB=-0.0638242;RO=57;SAF=14;SAR=7;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09163;STB=0.530534;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0115458;OID=.;OPOS=4462161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:57:57:21:22:0.278481:7:14:34:23:8:14:34:23 chr12 4554548 . G C 1184.63 PASS AF=0.9875;AO=76;DP=78;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0636436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3253;QD=59.2317;RBI=0.0775368;REFB=-0.0103947;REVB=0.0442882;RO=1;SAF=25;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00918967;STB=0.504672;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00256298;OID=.;OPOS=4554548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:80:1:1:76:79:0.9875:51:25:0:1:53:26:0:1 chr12 4653062 . TA T 33.43 PASS AF=0.241935;AO=17;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.0831012;FXX=0.0158705;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.45045;QD=2.15671;RBI=0.0836731;REFB=-0.0142453;REVB=0.00976633;RO=37;SAF=4;SAR=13;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311896;STB=0.654435;STBP=0.247;TYPE=del;VARB=-0.049289;OID=.;OPOS=4653063;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.241935:17:62:15:62:47:2:13:12:35:33:37:4:13:8:29 chr12 4702173 . C T 190.19 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=83;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.000125391;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.5936;QD=9.27769;RBI=0.00614218;REFB=0.0278529;REVB=0.0061409;RO=54;SAF=10;SAR=15;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201112;STB=0.59992;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.0269571;OID=.;OPOS=4702173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:54:57:25:25:0.304878:15:10:31:23:15:10:31:26 chr12 4705317 . C T 313.89 PASS AF=0.592593;AO=31;DP=53;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00784602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5266;QD=23.2511;RBI=0.00784746;REFB=-0.0149257;REVB=0.00015027;RO=22;SAF=16;SAR=15;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114505;STB=0.555521;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0120827;OID=.;OPOS=4705317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:22:31:32:0.592593:15:16:8:14:16:16:8:14 chr12 4714247 . A T 205.28 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00678792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.902;QD=12.8302;RBI=0.00679138;REFB=-0.016989;REVB=-0.000216624;RO=39;SAF=12;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619774;STB=0.535552;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0219739;OID=.;OPOS=4714247;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:13:12:21:18:13:12:21:18 chr12 4716513 . C T 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0141931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.402;QD=10.7925;RBI=0.0226715;REFB=-0.0125943;REVB=-0.0176791;RO=35;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160146;STB=0.509423;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0313414;OID=.;OPOS=4716513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:9:9:18:17:9:9:18:17 chr12 4716572 . C A 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0927424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8491;QD=10.1407;RBI=0.0936983;REFB=0.00631036;REVB=0.0133499;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152082;STB=0.580028;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.0100198;OID=.;OPOS=4716572;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:28:13:13:0.317073:8:5:14:13:8:5:14:14 chr12 4719361 . GA G,GG 138.13 PASS AF=0.423077,0.00961538;AO=40,4;DP=99;FAO=44,1;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=19,1;FSAR=25,0;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.240189,-0.0873111;FXX=0.0095229;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.17562,10.6717;QD=5.31258;RBI=0.246715,0.0948933;REFB=-0.0793686,-0.0654918;REVB=0.0563688,0.0371688;RO=41;SAF=18,3;SAR=22,1;SRF=16;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0553308,0.370253;STB=0.534505,0.990186;STBP=0.513,0.471;TYPE=del,snp;VARB=0.0534789,0.0709962;OID=.,.;OPOS=4719362,4719362;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077,0.00961538:40,4:99:44,1:104:59:19,1:25,0:29:30:99:41:18,3:22,1:16:25 chr12 4735734 . T C 588.8 PASS AF=0.442857;AO=61;DP=139;FAO=62;FDP=140;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.0225216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.706;QD=16.823;RBI=0.0252967;REFB=0.00167472;REVB=0.0115196;RO=78;SAF=31;SAR=30;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175395;STB=0.505305;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.0019629;OID=.;OPOS=4735734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:78:78:61:62:0.442857:30:31:41:37:30:32:41:37 chr12 4735737 . A G 1067.56 PASS AF=0.559441;AO=80;DP=143;FAO=80;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=10;FWDB=0.0121215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7687;QD=29.862;RBI=0.0718879;REFB=-0.0174151;REVB=-0.0708586;RO=41;SAF=43;SAR=37;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155875;STB=0.578588;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0223484;OID=.;OPOS=4735737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:41:42:80:80:0.559441:37:43:32:9:37:43:32:10 chr12 4735894 . G A 324.47 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.0122578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8765;QD=19.3712;RBI=0.0165759;REFB=0.00089345;REVB=0.0111582;RO=32;SAF=7;SAR=27;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490439;STB=0.778912;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00220256;OID=.;OPOS=4735894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:32:33:34:34:0.507463:27:7:24:8:27:7:25:8 chr12 4736086 . A G 125.25 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0267439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9111;QD=11.1335;RBI=0.0407958;REFB=-0.013985;REVB=0.0308069;RO=30;SAF=6;SAR=9;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186167;STB=0.610473;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0348434;OID=.;OPOS=4736086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:9:6:17:13:9:6:17:13 chr12 4736495 . C T 941.57 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208302;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.693;QD=58.8479;RBI=0.028224;REFB=0;REVB=0.0190445;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28719e-07;OID=.;OPOS=4736495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:62:64:1:24:38:0:0:25:39:0:0 chr12 4736631 . A G 1739.87 PASS AF=0.966942;AO=116;DP=120;FAO=117;FDP=121;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00451602;FXX=0.0162588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.3556;QD=57.5164;RBI=0.0354878;REFB=-0.0306969;REVB=-0.0351992;RO=4;SAF=45;SAR=71;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260018;STB=0.513511;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00207167;OID=.;OPOS=4736631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:120:121:4:4:116:117:0.966942:71:45:0:4:72:45:0:4 chr12 4736677 . G C,T 1683.39 PASS AF=0.929825,0.0701754;AO=105,8;DP=113;FAO=106,8;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=43,1;FSAR=63,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301999,-0.0122834;FXX=0.0172399;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.8988,139.756;QD=59.0662;RBI=0.0304884,0.0200988;REFB=0,0;REVB=-0.00418458,-0.0159084;RO=0;SAF=42,1;SAR=63,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.9592e-08,-4.78849e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00434256,0.0378457;OID=.,.;OPOS=4736677,4736677;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:113:114:0:0:105,8:106,8:0.929825,0.0701754:63,7:42,1:0:0:63,7:43,1:0:0 chr12 4736690 . A G 1555.84 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0060954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6547;QD=59.8399;RBI=0.00879974;REFB=0;REVB=-0.00634676;RO=0;SAF=42;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.82976e-05;OID=.;OPOS=4736690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:61:42:0:0:61:43:0:0 chr12 4737318 . A G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0232645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.665;QD=18.3452;RBI=0.0248495;REFB=-0.00446822;REVB=-0.00873284;RO=17;SAF=12;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31729;STB=0.693647;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00369377;OID=.;OPOS=4737318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:5:12:6:11:5:12:6:12 chr12 4737459 . C T 300.1 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0247774;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.11;QD=18.7562;RBI=0.0249619;REFB=-0.00085695;REVB=-0.00302968;RO=32;SAF=16;SAR=16;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119437;OID=.;OPOS=4737459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:32:32:32:32:0.5:16:16:16:16:16:16:16:16 chr12 4737715 . C T 396.84 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0200484;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.468;QD=23.0054;RBI=0.0221994;REFB=-0.0281363;REVB=0.00953281;RO=30;SAF=19;SAR=20;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101286;STB=0.505573;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0202732;OID=.;OPOS=4737715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:30:30:39:39:0.565217:20:19:15:15:20:19:15:15 chr12 4740515 . A T 395.66 PASS AF=0.319018;AO=50;DP=161;FAO=52;FDP=163;FR=.;FRO=111;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=69;FSRR=42;FWDB=0.0191854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.103;QD=9.70954;RBI=0.021759;REFB=-0.0109;REVB=0.0102652;RO=109;SAF=19;SAR=31;SRF=68;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282836;STB=0.657982;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0188122;OID=.;OPOS=4740515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:109:111:50:52:0.319018:31:19:68:41:32:20:69:42 chr12 4794351 . A G 2227.15 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218447;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.455;QD=63.6329;RBI=0.0322835;REFB=0;REVB=0.0237703;RO=0;SAF=63;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80893e-06;OID=.;OPOS=4794351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:77:63:0:0:77:63:0:0 chr12 4919453 . C T 318.07 PASS AF=0.284768;AO=43;DP=150;FAO=43;FDP=151;FR=.;FRO=108;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=69;FSRR=39;FWDB=-0.0141895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.321;QD=8.42571;RBI=0.015131;REFB=-0.0032788;REVB=0.00525407;RO=107;SAF=22;SAR=21;SRF=68;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151608;STB=0.591417;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00859209;OID=.;OPOS=4919453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:107:108:43:43:0.284768:21:22:68:39:21:22:69:39 chr12 4921228 . T C 603.65 PASS AF=0.567308;AO=59;DP=104;FAO=59;FDP=104;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0205606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3184;QD=23.2172;RBI=0.0383185;REFB=-0.0174773;REVB=0.0323352;RO=45;SAF=29;SAR=30;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330657;STB=0.518078;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0128178;OID=.;OPOS=4921228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:45:45:59:59:0.567308:30:29:24:21:30:29:24:21 chr12 4921301 . T C 252.66 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0114031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.266;QD=17.7302;RBI=0.0129123;REFB=0.0032373;REVB=0.00605765;RO=29;SAF=16;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142756;STB=0.579943;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00285863;OID=.;OPOS=4921301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:12:16:12:17:12:16:12:17 chr12 4922030 . C G 715.29 PASS AF=0.496503;AO=70;DP=142;FAO=71;FDP=143;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.0122278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.916;QD=20.008;RBI=0.0127571;REFB=-0.0124827;REVB=-0.00363666;RO=71;SAF=38;SAR=32;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449972;STB=0.531508;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00992397;OID=.;OPOS=4922030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:71:72:70:71:0.496503:32:38:42:29:33:38:43:29 chr12 4922734 . A G 162.76 PASS AF=0.391304;AO=16;DP=44;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.002534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.238;QD=14.1526;RBI=0.00715522;REFB=-0.0109629;REVB=-0.00669149;RO=28;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116415;STB=0.597979;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.016103;OID=.;OPOS=4922734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:28:28:16:18:0.391304:8:8:11:17:8:10:11:17 chr12 4923049 . T C 510.37 PASS AF=0.714286;AO=45;DP=62;FAO=45;FDP=63;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0377816;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.8042;QD=32.4045;RBI=0.0446307;REFB=0.0624016;REVB=0.0237581;RO=17;SAF=17;SAR=28;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800367;STB=0.552608;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.0223525;OID=.;OPOS=4923049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:17:18:45:45:0.714286:28:17:9:8:28:17:10:8 chr12 4923364 . T C 328.64 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0163621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.696;QD=18.0079;RBI=0.0181833;REFB=-0.00510736;REVB=0.00793186;RO=38;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851358;STB=0.547499;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.010287;OID=.;OPOS=4923364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:18:17:15:23:18:17:15:23 chr12 4923697 . G T 583.56 PASS AF=0.424051;AO=57;DP=149;FAO=67;FDP=158;FR=.;FRO=91;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=53;FSRR=38;FWDB=0.00252618;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.175;QD=14.7737;RBI=0.00797088;REFB=-0.0132222;REVB=0.00755999;RO=92;SAF=28;SAR=29;SRF=53;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924369;STB=0.56014;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0160363;OID=.;OPOS=4923697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:158:92:91:57:67:0.424051:29:28:53:39:35:32:53:38 chr12 5021228 . T C 418.95 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0392658;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.916;QD=23.2748;RBI=0.0439396;REFB=-0.0267851;REVB=0.0197201;RO=31;SAF=19;SAR=22;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11668;STB=0.564072;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0173455;OID=.;OPOS=5021228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:22:19:19:12:22:19:19:12 chr12 5021348 . G C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.000508892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.267;QD=18.8866;RBI=0.037207;REFB=-0.017563;REVB=0.0372035;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128939;STB=0.574292;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0091647;OID=.;OPOS=5021348;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:5:3:1:4:5:3:1:4 chr12 5021727 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0421065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8339;QD=13.486;RBI=0.0442068;REFB=-0.0200342;REVB=-0.013464;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937493;STB=0.555432;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0349709;OID=.;OPOS=5021727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:6:5:5:4:6:5 chr12 5021984 . T A 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.712;QD=60.6057;RBI=0.0186263;REFB=0;REVB=0.0127302;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.54508e-06;OID=.;OPOS=5021984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr12 5022041 . G A 36.79 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.053207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4408;QD=7.74514;RBI=0.0638922;REFB=-0.00254497;REVB=0.0353727;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224315;STB=0.642374;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0130098;OID=.;OPOS=5022041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:6:7:2:4:6:7 chr12 5022051 . C A,CA 33.66 PASS AF=0,0.6;AO=2,4;DP=18;FAO=0,9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=0,6;FSAR=0,3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0113659,-0.0132991;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=224.653,8.04752;QD=8.97466;RBI=0.0311178,0.160846;REFB=0.00947161,-0.0864734;REVB=0.0289678,0.160295;RO=11;SAF=2,2;SAR=0,2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.585255,0.0492666;STB=0.5,0.636055;STBP=1,0.225;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.115947;OID=.,.;OPOS=5022051,5022052;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:18:15:11:6:2,4:0,9:0,0.6:0,2:2,2:5:6:0,3:0,6:2:4 chr12 5022438 . C T 254.09 PASS AF=0.439394;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0156362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.94;QD=15.3995;RBI=0.0156362;REFB=-0.0202472;REVB=5.26966e-05;RO=37;SAF=10;SAR=18;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230174;STB=0.520534;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0231899;OID=.;OPOS=5022438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:37:37:28:29:0.439394:18:10:14:23:19:10:14:23 chr12 5023713 . T C 267.68 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0025066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.985;QD=16.2233;RBI=0.0353133;REFB=-0.0098653;REVB=0.0352242;RO=36;SAF=22;SAR=8;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787695;STB=0.544524;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00919226;OID=.;OPOS=5023713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:8:22:24:12:8:22:24:12 chr12 5023959 . A T 251.36 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0104741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1298;QD=21.8571;RBI=0.0107305;REFB=-0.0288527;REVB=-0.00233138;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133528;STB=0.563125;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0372854;OID=.;OPOS=5023959;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:22:24:24:0.521739:13:11:13:8:13:11:13:9 chr12 5025094 . T C 452.07 PASS AF=0.475248;AO=47;DP=100;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=43;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.00334129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.139;QD=17.9036;RBI=0.00427727;REFB=-0.00704067;REVB=-0.00267035;RO=50;SAF=43;SAR=4;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391923;STB=0.717074;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00959291;OID=.;OPOS=5025094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:50:53:47:48:0.475248:4:43:35:15:5:43:35:18 chr12 5026471 . C T 308.31 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0251572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6789;QD=28.0285;RBI=0.0586165;REFB=0.0174459;REVB=0.0529434;RO=17;SAF=9;SAR=18;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10374;STB=0.557333;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00873439;OID=.;OPOS=5026471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:18:9:8:9:18:9:8:9 chr12 5154462 . T C 728.55 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186112;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1273;QD=57.1413;RBI=0.018658;REFB=0;REVB=-0.00132149;RO=0;SAF=38;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265634;OID=.;OPOS=5154462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:13:38:0:0:13:38:0:0 chr12 5155663 . A T 822.01 PASS AF=0.443299;AO=86;DP=194;FAO=86;FDP=194;FR=.;FRO=108;FSAF=24;FSAR=62;FSRF=38;FSRR=70;FWDB=-0.0194206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.414;QD=16.9486;RBI=0.0194207;REFB=-0.0142729;REVB=4.51519e-05;RO=108;SAF=24;SAR=62;SRF=38;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863889;STB=0.548191;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0190278;OID=.;OPOS=5155663;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:108:108:86:86:0.443299:62:24:38:70:62:24:38:70 chr12 5603632 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00989549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.721;QD=56.1916;RBI=0.0283256;REFB=0;REVB=0.0265409;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71968e-05;OID=.;OPOS=5603632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr12 5674754 . G A 789.52 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.773;QD=56.3941;RBI=0.047494;REFB=0;REVB=0.0457076;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144175;OID=.;OPOS=5674754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:31:24:0:0:32:24:0:0 chr12 5708726 . C T 138.59 PASS AF=0.209945;AO=18;DP=161;FAO=38;FDP=181;FR=.;FRO=143;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=77;FSRR=66;FWDB=0.00437604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.9408;QD=3.06283;RBI=0.0294772;REFB=-0.0291784;REVB=-0.0291506;RO=143;SAF=1;SAR=17;SRF=77;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.602442;STB=0.511288;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.171931;OID=.;OPOS=5708726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:181:143:143:18:38:0.209945:17:1:77:66:17:21:77:66 chr12 6054395 . A G 124.06 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.097489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.039;QD=17.1113;RBI=0.0974929;REFB=0.00546986;REVB=-0.000871223;RO=15;SAF=2;SAR=11;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249087;STB=0.65599;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00514981;OID=.;OPOS=6054395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:15:13:14:0.482759:11:2:5:10:12:2:5:10 chr12 6091000 . A G 2551.07 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183585;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.66;QD=61.844;RBI=0.0186858;REFB=0;REVB=0.00348201;RO=0;SAF=72;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12965e-05;OID=.;OPOS=6091000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:165:165:1:93:72:0:0:93:72:0:0 chr12 6105387 . G A 805.73 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125442;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.409;QD=57.5519;RBI=0.0614312;REFB=0;REVB=0.0601368;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393089;OID=.;OPOS=6105387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr12 6127535 . T G 58.87 PASS AF=0.118644;AO=13;DP=117;FAO=14;FDP=118;FR=.;FRO=104;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=56;FSRR=48;FWDB=-0.00463146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.051;QD=1.9955;RBI=0.0228572;REFB=-0.00584861;REVB=-0.0223831;RO=103;SAF=12;SAR=1;SRF=56;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514942;STB=0.814724;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0442209;OID=.;OPOS=6127535;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:117:118:103:104:13:14:0.118644:1:12:56:47:2:12:56:48 chr12 6127891 . C A 153.92 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0426837;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7927;QD=8.67142;RBI=0.048027;REFB=-0.0188525;REVB=-0.0220156;RO=50;SAF=10;SAR=11;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193177;STB=0.614257;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.045644;OID=.;OPOS=6127891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:50:21:21:0.295775:11:10:32:18:11:10:32:18 chr12 6127919 . T G 171.25 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0155759;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.05;QD=10.8728;RBI=0.0155999;REFB=-0.00944525;REVB=-0.000865088;RO=42;SAF=10;SAR=12;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130696;STB=0.568903;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0171894;OID=.;OPOS=6127919;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:42:41:22:22:0.349206:12:10:24:18:12:10:23:18 chr12 6127943 . A G 146.43 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00867211;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.394;QD=10.2759;RBI=0.0123643;REFB=0.00690382;REVB=-0.00881306;RO=38;SAF=9;SAR=10;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178053;STB=0.604289;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0100035;OID=.;OPOS=6127943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:10:9:24:14:10:9:24:14 chr12 6128443 . T C 142.36 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0243273;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1186;QD=13.2431;RBI=0.0311316;REFB=-0.0247122;REVB=-0.0194258;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870561;STB=0.550956;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0216129;OID=.;OPOS=6128443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:27:27:16:16:0.372093:9:7:14:13:9:7:14:13 chr12 6143984 . T C 232.5 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=10;FWDB=-0.0144263;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.576;QD=12.3997;RBI=0.0147728;REFB=-0.0054181;REVB=-0.00318093;RO=48;SAF=13;SAR=15;SRF=38;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356856;STB=0.697552;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00598371;OID=.;OPOS=6143984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:48:47:28:28:0.373333:15:13:38:10:15:13:37:10 chr12 6172202 . T C 688.01 PASS AF=0.469388;AO=66;DP=143;FAO=69;FDP=147;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.000740263;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.624;QD=18.7214;RBI=0.0164248;REFB=-0.0310836;REVB=-0.0164081;RO=76;SAF=26;SAR=40;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10433;STB=0.542793;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0381075;OID=.;OPOS=6172202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:147:76:78:66:69:0.469388:40:26:38:38:40:29:39:39 chr12 6173433 . C T 742.92 PASS AF=0.506757;AO=75;DP=151;FAO=75;FDP=148;FR=.;FRO=73;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0112097;FXX=0.0198662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.322;QD=20.0789;RBI=0.0122428;REFB=0.00519989;REVB=0.00492218;RO=71;SAF=45;SAR=30;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108854;STB=0.553705;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00576989;OID=.;OPOS=6173433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:148:71:73:75:75:0.506757:30:45:34:37:30:45:36:37 chr12 6174414 . T G 392.29 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00239743;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.948;QD=16.6931;RBI=0.0039145;REFB=-0.0212764;REVB=0.00309445;RO=53;SAF=19;SAR=22;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297921;STB=0.516728;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0266299;OID=.;OPOS=6174414;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:53:53:41:41:0.43617:22:19:23:30:22:19:23:30 chr12 6174423 . T A 379.78 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0115035;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.259;QD=16.3345;RBI=0.0299927;REFB=-0.0134801;REVB=-0.0276989;RO=53;SAF=18;SAR=22;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055389;STB=0.531132;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0108391;OID=.;OPOS=6174423;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:40:40:0.430108:22:18:21:32:22:18:21:32 chr12 6204902 . CA C 123.14 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0292623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.7942;QD=12.9622;RBI=0.0417908;REFB=-0.029829;REVB=0.029836;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132719;STB=0.592465;STBP=0.369;TYPE=del;VARB=0.0463365;OID=.;OPOS=6204903;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394737:14:38:15:38:23:10:5:12:11:99:23:9:5:12:11 chr12 6344600 . C A 605.89 PASS AF=0.572816;AO=57;DP=101;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00435439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.462;QD=23.5297;RBI=0.00438631;REFB=0.000132718;REVB=-0.000528198;RO=44;SAF=23;SAR=34;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149939;STB=0.586797;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-9.05241e-05;OID=.;OPOS=6344600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:44:44:57:59:0.572816:34:23:26:18:36:23:26:18 chr12 6483822 . G A 113.99 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=43;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0156975;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7503;QD=10.8561;RBI=0.106404;REFB=-0.00785217;REVB=0.10524;RO=29;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228504;STB=0.664198;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0242322;OID=.;OPOS=6483822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:29:28:13:14:0.333333:8:5:17:12:9:5:17:11 chr12 6484709 . T C 1185.33 PASS AF=1;AO=55;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0986946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.272;QD=60.0165;RBI=0.0991533;REFB=0;REVB=0.00952586;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596622;OID=.;OPOS=6484709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:55:79:1:38:17:0:0:38:41:0:0 chr12 6495275 . C A 610.85 PASS AF=0.903846;AO=47;DP=54;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0222244;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.772;QD=46.9882;RBI=0.0340283;REFB=-0.0929139;REVB=0.0257682;RO=4;SAF=22;SAR=25;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041522;STB=0.531901;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0067288;OID=.;OPOS=6495275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:54:52:4:5:47:47:0.903846:25:22:3:1:25:22:4:1 chr12 6500105 . T G 272.7 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.154;QD=51.9419;RBI=0.0368592;REFB=0;REVB=0.0193208;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359163;OID=.;OPOS=6500105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:8:12:0:0:9:12:0:0 chr12 6554628 . G A 604.6 PASS AF=0.574257;AO=58;DP=101;FAO=58;FDP=101;FR=.;FRO=43;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00561489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.789;QD=23.9444;RBI=0.00561951;REFB=0.00478918;REVB=0.000227701;RO=42;SAF=36;SAR=22;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095934;STB=0.548142;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00428495;OID=.;OPOS=6554628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:42:43:58:58:0.574257:22:36:21:21:22:36:22:21 chr12 6560473 . A G 264.39 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.233;QD=50.3603;RBI=0.024209;REFB=0;REVB=0.0145936;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306971;OID=.;OPOS=6560473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:9:11:0:0:10:11:0:0 chr12 6562285 . C T 366.03 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.00690935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.045;QD=21.5314;RBI=0.00725119;REFB=-0.0133436;REVB=-0.00220014;RO=29;SAF=23;SAR=14;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1203;STB=0.559969;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0133887;OID=.;OPOS=6562285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:31:37:37:0.544118:14:23:22:7:14:23:23:8 chr12 6562293 . C T 330.23 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0174732;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.237;QD=20.9669;RBI=0.0396139;REFB=-0.0430335;REVB=-0.0355521;RO=29;SAF=21;SAR=13;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963591;STB=0.553161;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0314993;OID=.;OPOS=6562293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:29:29:34:34:0.539683:13:21:21:8:13:21:21:8 chr12 6562694 . G A 119.97 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0138185;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.973;QD=7.99827;RBI=0.0144681;REFB=-0.00906286;REVB=-0.00428645;RO=40;SAF=8;SAR=9;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636135;STB=0.562427;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0263456;OID=.;OPOS=6562694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:43:17:17:0.283333:9:8:21:19:9:8:24:19 chr12 6562753 . A G 899.33 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00317169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8471;QD=58.0209;RBI=0.0222112;REFB=0;REVB=0.0219836;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152287;OID=.;OPOS=6562753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr12 6562768 . G C 367.41 PASS AF=0.610169;AO=35;DP=58;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0482149;FXX=0.0327815;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.0107;QD=24.9089;RBI=0.0671116;REFB=-0.0263224;REVB=0.0466829;RO=23;SAF=17;SAR=18;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368632;STB=0.514656;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0223596;OID=.;OPOS=6562768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:23:23:35:36:0.610169:18:17:10:13:19:17:10:13 chr12 6562810 . A G 734.19 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0620259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.938;QD=61.1829;RBI=0.0653561;REFB=-0.012987;REVB=0.0205965;RO=1;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159432;STB=0.508471;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000946905;OID=.;OPOS=6562810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:29:18:0:1:29:18:0:1 chr12 6562823 . C T 151.21 PASS AF=0.404762;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00177475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.311;QD=14.4007;RBI=0.0102541;REFB=-0.0115726;REVB=-0.0100994;RO=25;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147043;STB=0.599886;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0166241;OID=.;OPOS=6562823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:16:17:0.404762:8:8:9:16:8:9:9:16 chr12 6562836 . G A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00333526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.269;QD=16.1062;RBI=0.0387887;REFB=-0.00852592;REVB=0.0386451;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608231;STB=0.534914;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00948697;OID=.;OPOS=6562836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:9:8:9:13:9:8:9:13 chr12 6572048 . A G 611.84 PASS AF=0.953488;AO=42;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0616181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1753;QD=56.9151;RBI=0.06453;REFB=-0.0999422;REVB=-0.0191656;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.504082;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0070568;OID=.;OPOS=6572048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:43:43:0:2:42:41:0.953488:17:25:0:0:17:24:1:1 chr12 6573146 . T C 456.23 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0806946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8772;QD=19.836;RBI=0.0985267;REFB=-0.0292763;REVB=-0.0565322;RO=46;SAF=24;SAR=22;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058785;STB=0.532564;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0161507;OID=.;OPOS=6573146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:46:46:0.5:22:24:21:25:22:24:21:25 chr12 6575044 . G T 172.84 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.111181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6436;QD=12.8033;RBI=0.112297;REFB=0.0058205;REVB=0.0157919;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00781564;STB=0.513262;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.0223289;OID=.;OPOS=6575044;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:32:33:21:21:0.388889:10:11:17:15:10:11:18:15 chr12 6619284 . C G 518.41 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.015043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.858;QD=22.7874;RBI=0.016032;REFB=-0.0181446;REVB=-0.0055436;RO=41;SAF=28;SAR=21;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535322;STB=0.522572;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0188928;OID=.;OPOS=6619284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:42:49:49:0.538462:21:28:26:15:21:28:26:16 chr12 6637845 . T C 302.94 PASS AF=0.533333;AO=31;DP=59;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00153085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.622;QD=20.196;RBI=0.00858261;REFB=-0.0025971;REVB=-0.00844498;RO=28;SAF=17;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071869;STB=0.545996;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00266079;OID=.;OPOS=6637845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:28:28:31:32:0.533333:14:17:13:15:14:18:13:15 chr12 6639088 . A G 583.02 PASS AF=0.465649;AO=60;DP=129;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=-0.00434365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2612;QD=17.8022;RBI=0.0306998;REFB=-0.0199448;REVB=-0.030391;RO=67;SAF=33;SAR=27;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745371;STB=0.547471;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0279903;OID=.;OPOS=6639088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:67:70:60:61:0.465649:27:33:42:25:28:33:44:26 chr12 6646320 . T C 196.15 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0368587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.014;QD=12.6547;RBI=0.0384475;REFB=-0.00737024;REVB=0.0109383;RO=36;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155015;STB=0.56492;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0318105;OID=.;OPOS=6646320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:38:24:24:0.387097:14:10:10:26:14:10:12:26 chr12 6647109 . T C 407.73 PASS AF=0.666667;AO=38;DP=57;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0626998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.888;QD=28.6127;RBI=0.0659965;REFB=-0.02565;REVB=0.0205979;RO=18;SAF=20;SAR=18;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117061;STB=0.570859;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00920726;OID=.;OPOS=6647109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:18:19:38:38:0.666667:18:20:13:5:18:20:14:5 chr12 6711147 . C A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.000350406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.734;QD=12.0514;RBI=0.0122625;REFB=-0.0175247;REVB=-0.0122575;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170594;STB=0.510181;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0230688;OID=.;OPOS=6711147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:7:6:4:5:7:6 chr12 6711318 . CAG AGC 30.08 PASS AF=0.0753769;AO=16;DP=199;FAO=15;FDP=199;FR=.;FRO=184;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=57;FSRR=127;FWDB=0.00782489;FXX=0;HRUN=5;LEN=3;MLLD=35.2227;QD=0.60453;RBI=0.0203118;REFB=-0.00958039;REVB=0.018744;RO=167;SAF=14;SAR=2;SRF=42;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.640732;STB=0.922528;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=0.113206;OID=.;OPOS=6711318;OREF=CAG;OALT=AGC;OMAPALT=AGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:199:199:167:184:16:15:0.0753769:2:14:42:125:2:13:57:127 chr12 6729257 . G A 203.3 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0251907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3476;QD=10.2938;RBI=0.038429;REFB=0.00923265;REVB=0.029021;RO=51;SAF=13;SAR=13;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111415;STB=0.506324;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0123746;OID=.;OPOS=6729257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:53:26:26:0.329114:13:13:26:25:13:13:27:26 chr12 6729743 . C T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0236184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.599;QD=13.2052;RBI=0.068379;REFB=0.00322685;REVB=0.0641706;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166262;OID=.;OPOS=6729743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:3:3:3:3:3:3 chr12 6835068 . A G 395.73 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=0.0327127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.154;QD=17.7857;RBI=0.034272;REFB=-0.0246843;REVB=0.0102202;RO=47;SAF=18;SAR=23;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267495;STB=0.652849;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0512642;OID=.;OPOS=6835068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:48:41:41:0.460674:23:18:34:13:23:18:35:13 chr12 6835081 . G A 337.85 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=9;FWDB=-0.0143001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.331;QD=17.5506;RBI=0.0216426;REFB=-0.0202573;REVB=0.0162453;RO=39;SAF=17;SAR=19;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274893;STB=0.66161;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0144256;OID=.;OPOS=6835081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:41:36:36:0.467532:19:17:30:9:19:17:32:9 chr12 6836852 . A G 213.02 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0301169;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2794;QD=12.3488;RBI=0.0395204;REFB=-0.0175678;REVB=-0.0255898;RO=43;SAF=8;SAR=18;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224685;STB=0.512943;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0344612;OID=.;OPOS=6836852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:43:43:26:26:0.376812:18:8:14:29:18:8:14:29 chr12 6836913 . G T 253.12 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0061013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.983;QD=15.1115;RBI=0.00761906;REFB=-0.00380075;REVB=-0.00456335;RO=38;SAF=10;SAR=19;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00302022;STB=0.501709;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00518981;OID=.;OPOS=6836913;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:19:10:13:25:19:10:13:25 chr12 6840209 . G A 157.57 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0370964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.549;QD=16.5862;RBI=0.0531088;REFB=-0.00743675;REVB=-0.0380053;RO=20;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477634;STB=0.544501;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00962218;OID=.;OPOS=6840209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:11:6:8:12:11:6:9:12 chr12 6887020 . T C 1713.18 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.063;QD=60.6436;RBI=0.0385539;REFB=0;REVB=0.0350304;RO=0;SAF=72;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.55408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73205e-05;OID=.;OPOS=6887020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:41:72:0:0:41:72:0:0 chr12 6909312 . G T 147.0 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0109187;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.781;QD=8.90892;RBI=0.0132713;REFB=-0.00180914;REVB=-0.00754377;RO=45;SAF=8;SAR=12;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18085;STB=0.5999;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00592898;OID=.;OPOS=6909312;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:46:20:20:0.30303:12:8:25:20:12:8:25:21 chr12 6925149 . C T 208.84 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0164815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.509;QD=25.3141;RBI=0.0233224;REFB=-0.0394465;REVB=0.0165013;RO=13;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469859;STB=0.526128;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.057041;OID=.;OPOS=6925149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:11:9:5:8:11:9:5:8 chr12 6926363 . T C 1150.13 PASS AF=1;AO=52;DP=84;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123994;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.6686;QD=52.2787;RBI=0.123999;REFB=-0.0656756;REVB=0.00110085;RO=0;SAF=3;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00850725;OID=.;OPOS=6926363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:84:88:0:0:52:88:1:49:3:0:0:52:36:0:0 chr12 6928075 . T C 797.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.515;QD=63.7655;RBI=0.0341124;REFB=0;REVB=0.00368475;RO=0;SAF=12;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521236;OID=.;OPOS=6928075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:35:12:0:0:38:12:0:0 chr12 6928569 . T A 493.24 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0097852;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.784;QD=17.3067;RBI=0.0152156;REFB=-0.0222221;REVB=-0.0116517;RO=62;SAF=27;SAR=26;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534204;STB=0.525678;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0251472;OID=.;OPOS=6928569;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:62:61:53:53:0.464912:26:27:35:27:26:27:34:27 chr12 6928586 . CA AG 1508.74 PASS AF=0.98;AO=96;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0925028;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=49.2492;QD=60.3497;RBI=0.0925055;REFB=-0.0822596;REVB=0.000709774;RO=1;SAF=49;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958021;STB=0.510415;STBP=0.157;TYPE=mnp;VARB=0.00876216;OID=.;OPOS=6928586;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:100:100:1:2:96:98:0.98:47:49:1:0:47:51:0:2 chr12 6933787 . A G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0174459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.508;QD=14.6538;RBI=0.0185071;REFB=-0.0113887;REVB=0.00617698;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117469;STB=0.568802;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0130583;OID=.;OPOS=6933787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:6:2:3:5:6:2 chr12 6939850 . A G 260.52 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0660665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.225;QD=14.4734;RBI=0.0660665;REFB=0.00964135;REVB=-0.000110465;RO=42;SAF=17;SAR=13;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030031;STB=0.517034;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.00742216;OID=.;OPOS=6939850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:13:17:25:17:13:17:25:17 chr12 6942823 . A G 760.63 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0696658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.133;QD=56.3433;RBI=0.0729783;REFB=0;REVB=-0.0217374;RO=0;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170186;OID=.;OPOS=6942823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:16:37:0:0:16:38:0:0 chr12 6946718 . G A 267.94 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0201957;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.012;QD=21.4355;RBI=0.0228008;REFB=-0.006103;REVB=0.0105834;RO=23;SAF=20;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17034;STB=0.595371;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00962629;OID=.;OPOS=6946718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:7:20:13:10:7:20:13:10 chr12 6950930 . AT A 744.57 PASS AF=1;AO=67;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0617994;FXX=0.0277739;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.1896;QD=42.5468;RBI=0.0681661;REFB=0;REVB=-0.0287654;RO=1;SAF=37;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126017;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00145325;OID=.;OPOS=6950931;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:72:70:70:0:40:30:0:0:13:1:37:30:1:0 chr12 6954812 . C T 487.68 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0184439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.902;QD=24.3842;RBI=0.0202521;REFB=-0.006909;REVB=-0.00836466;RO=34;SAF=21;SAR=25;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012;STB=0.506576;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00613354;OID=.;OPOS=6954812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:25:21:15:19:25:21:15:19 chr12 6954816 . C T 147.24 PASS AF=0.265823;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00356762;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9511;QD=7.45495;RBI=0.0273835;REFB=-0.00661426;REVB=-0.0271501;RO=56;SAF=6;SAR=15;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289974;STB=0.676518;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0188274;OID=.;OPOS=6954816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:56:58:21:21:0.265823:15:6:29:27:15:6:30:28 chr12 6954875 . C T 1183.87 PASS AF=0.952381;AO=80;DP=84;FAO=80;FDP=84;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0460641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.563;QD=56.3746;RBI=0.05449;REFB=-0.212057;REVB=0.0291076;RO=1;SAF=36;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129698;STB=0.514385;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0019603;OID=.;OPOS=6954875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:1:4:80:80:0.952381:44:36:1:0:44:36:3:1 chr12 6965194 . A G 2486.02 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671031;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.078;QD=61.3832;RBI=0.0194531;REFB=0;REVB=0.0182591;RO=0;SAF=70;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08961e-05;OID=.;OPOS=6965194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:162:0:0:159:162:1:89:70:0:0:90:72:0:0 chr12 6970216 . C T 127.2 PASS AF=0.25;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0344787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2145;QD=6.69496;RBI=0.0631697;REFB=-0.00247333;REVB=0.0529304;RO=57;SAF=12;SAR=7;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294851;STB=0.679064;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0114747;OID=.;OPOS=6970216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:57:57:19:19:0.25:7:12:22:35:7:12:22:35 chr12 6976688 . A G 2094.51 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162296;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.868;QD=62.5226;RBI=0.0250716;REFB=0;REVB=0.0191097;RO=0;SAF=74;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243671;OID=.;OPOS=6976688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:134:0:0:132:134:1:58:74:0:0:60:74:0:0 chr12 6980442 . G A 219.16 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0323848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3839;QD=14.1396;RBI=0.0780514;REFB=-0.0357027;REVB=0.0710159;RO=36;SAF=17;SAR=9;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321272;STB=0.682345;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0512909;OID=.;OPOS=6980442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:9:17:12:24:9:17:12:24 chr12 6980482 . C T 167.75 PASS AF=0.395833;AO=18;DP=47;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0138265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.261;QD=13.9792;RBI=0.0361699;REFB=-0.0282272;REVB=-0.0334229;RO=24;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289837;STB=0.701735;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.063239;OID=.;OPOS=6980482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:29:18:19:0.395833:6:12:9:15:6:13:10:19 chr12 7015075 . A C 230.66 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00585428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3594;QD=17.7434;RBI=0.0520148;REFB=0.0119141;REVB=0.0516843;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328889;STB=0.518504;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.0114434;OID=.;OPOS=7015075;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:13:12:12:15:13:12:12:15 chr12 7015707 . G T 1248.43 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138423;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.567;QD=61.6507;RBI=0.0283224;REFB=0;REVB=0.0247093;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218139;OID=.;OPOS=7015707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:37:44:0:0:37:44:0:0 chr12 7021957 . G A 488.1 PASS AF=0.5;AO=43;DP=92;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.0123537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.011;QD=20.3373;RBI=0.155178;REFB=-0.033219;REVB=0.154685;RO=48;SAF=32;SAR=11;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676015;STB=0.511806;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0352777;OID=.;OPOS=7021957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:48:48:43:48:0.5:11:32:33:15:16:32:33:15 chr12 7023123 . A G 453.73 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0399847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8206;QD=22.4063;RBI=0.0406603;REFB=0.031193;REVB=-0.00738146;RO=37;SAF=23;SAR=21;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052422;STB=0.528871;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.0244574;OID=.;OPOS=7023123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:21:23:17:20:21:23:17:20 chr12 7026307 . G C 1191.59 PASS AF=0.963855;AO=79;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0696785;FXX=0.0235266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.594;QD=57.4259;RBI=0.0842384;REFB=-0.177447;REVB=0.0473394;RO=1;SAF=42;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111386;STB=0.506939;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00200513;OID=.;OPOS=7026307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:83:83:1:3:79:80:0.963855:37:42:1:0:38:42:1:2 chr12 7055860 . T C 217.9 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0038949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.31;QD=14.5266;RBI=0.0206304;REFB=-0.0291956;REVB=-0.0202594;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111469;STB=0.511619;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.030885;OID=.;OPOS=7055860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:34:25:26:0.433333:12:13:17:15:12:14:19:15 chr12 7065635 . T C 680.91 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0297147;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.937;QD=60.5255;RBI=0.0425623;REFB=-0.0221517;REVB=0.0304727;RO=1;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170841;STB=0.509087;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=9.99729e-05;OID=.;OPOS=7065635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:1:1:44:44:0.977778:27:17:0:1:27:17:0:1 chr12 7079215 . T G 954.25 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.381;QD=58.7231;RBI=0.0166763;REFB=0;REVB=-0.00369677;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53155e-05;OID=.;OPOS=7079215;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr12 7080211 . G GGC 370.29 PASS AF=1;AO=5;DP=47;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748167;FXX=0.355477;HRUN=1;LEN=2;MLLD=95.0941;QD=51.0749;RBI=0.275136;REFB=0;REVB=0.264769;RO=41;SAF=3;SAR=2;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180451;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00358383;OID=.;OPOS=7080212;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:5:47:29:29:0:4:25:0:0:3:41:3:2:18:23 chr12 7080212 . T C,G 671.45 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=37,6;DP=44;FAO=40,5;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16,3;FSAR=24,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237585,-0.0567831;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=143.067,12.6741;QD=59.6848;RBI=0.0798975,0.12336;REFB=0,0;REVB=0.0762833,-0.109515;RO=0;SAF=16,3;SAR=21,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.7558e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00110347,0.100137;OID=.,.;OPOS=7080212,7080212;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:44:45:0:0:37,6:40,5:0.888889,0.111111:21,3:16,3:0:0:24,2:16,3:0:0 chr12 7090742 . G A 188.54 PASS AF=0.358209;AO=22;DP=65;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00348512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.555;QD=11.256;RBI=0.00413378;REFB=-0.0193671;REVB=-0.00222307;RO=40;SAF=16;SAR=6;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343764;STB=0.68932;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.026267;OID=.;OPOS=7090742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:40:43:22:24:0.358209:6:16:17:23:7:17:18:25 chr12 7171349 . CA C 96.78 PASS AF=0.619048;AO=3;DP=22;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0445422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.235;QD=18.4343;RBI=0.0816913;REFB=-0.0546946;REVB=0.0684797;RO=18;SAF=3;SAR=0;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550424;STB=0.529366;STBP=0.752;TYPE=del;VARB=0.0446805;OID=.;OPOS=7171350;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.619048:3:22:13:21:8:9:4:5:3:57:18:3:0:12:6 chr12 7241055 . A G 864.23 PASS AF=0.580882;AO=79;DP=136;FAO=79;FDP=136;FR=.;FRO=57;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00428554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8572;QD=25.4185;RBI=0.0252288;REFB=-0.0215215;REVB=-0.0248621;RO=57;SAF=50;SAR=29;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721556;STB=0.539311;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.017356;OID=.;OPOS=7241055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:57:57:79:79:0.580882:29:50:31:26:29:50:31:26 chr12 7242204 . C T 401.61 PASS AF=0.4375;AO=39;DP=94;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.0929948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0795;QD=16.7339;RBI=0.120372;REFB=0.0134254;REVB=0.0764296;RO=54;SAF=22;SAR=17;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892444;STB=0.544595;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.0113917;OID=.;OPOS=7242204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:54:54:39:42:0.4375:17:22:35:19:18:24:35:19 chr12 7242299 . G A 705.87 PASS AF=0.522388;AO=67;DP=133;FAO=70;FDP=134;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.00427942;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.485;QD=21.0707;RBI=0.00968415;REFB=-0.0171514;REVB=0.00868731;RO=62;SAF=32;SAR=35;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898876;STB=0.558207;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0203664;OID=.;OPOS=7242299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:62:64:67:70:0.522388:35:32:36:26:37:33:38:26 chr12 7244956 . A T 315.82 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0388135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1479;QD=15.0389;RBI=0.0462637;REFB=-0.0143302;REVB=-0.0251762;RO=49;SAF=14;SAR=21;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304359;STB=0.517231;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0300757;OID=.;OPOS=7244956;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:21:14:21:28:21:14:21:28 chr12 7244962 . T G 266.17 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0146242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0683;QD=13.4768;RBI=0.0146833;REFB=-0.0113537;REVB=0.0013155;RO=48;SAF=11;SAR=20;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928661;STB=0.55312;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0200954;OID=.;OPOS=7244962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:20:11:21:27:20:11:21:27 chr12 7249598 . T C 428.32 PASS AF=0.468085;AO=42;DP=93;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.016615;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.449;QD=18.2266;RBI=0.0235108;REFB=-0.00192544;REVB=0.0166342;RO=48;SAF=23;SAR=19;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655135;STB=0.533318;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00287267;OID=.;OPOS=7249598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:48:50:42:44:0.468085:19:23:23:25:21:23:23:27 chr12 7277236 . T A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.809;QD=54.5169;RBI=0.0324755;REFB=0;REVB=-0.019123;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17997e-05;OID=.;OPOS=7277236;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr12 7309199 . G A 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0200201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.555;QD=46.058;RBI=0.0345128;REFB=0.0135378;REVB=0.0281128;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.529381;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.000258141;OID=.;OPOS=7309199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:8:11:0:0:8:11:0:1 chr12 7309471 . C A 854.35 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0380887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.244;QD=56.023;RBI=0.0382128;REFB=-0.0186826;REVB=0.00307718;RO=1;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020075;STB=0.510635;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=5.60064e-05;OID=.;OPOS=7309471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:23:37:0:1:23:37:0:1 chr12 7309473 . G C 854.09 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00192703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.139;QD=56.006;RBI=0.00223592;REFB=-0.0511796;REVB=0.00113397;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00026082;OID=.;OPOS=7309473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:59:60:0.983607:23:36:0:0:24:36:1:0 chr12 7528471 . G A 499.1 PASS AF=0.423077;AO=55;DP=130;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.00509443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.5;QD=15.3569;RBI=0.0193956;REFB=-0.00574426;REVB=-0.0187146;RO=74;SAF=33;SAR=22;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902011;STB=0.554839;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00708999;OID=.;OPOS=7528471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:74:75:55:55:0.423077:22:33:38:36:22:33:38:37 chr12 7551022 . A T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.627;QD=57.1062;RBI=0.0348927;REFB=0;REVB=0.0260616;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54701e-05;OID=.;OPOS=7551022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr12 7551050 . A C 854.32 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00528726;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.384;QD=57.9197;RBI=0.0166599;REFB=0;REVB=0.0157986;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07626e-05;OID=.;OPOS=7551050;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr12 7585971 . A G 496.22 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0177119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.545;QD=21.1159;RBI=0.0331715;REFB=-0.013604;REVB=0.0280471;RO=44;SAF=24;SAR=24;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114129;OID=.;OPOS=7585971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:44:46:48:48:0.510638:24:24:22:22:24:24:23:23 chr12 7637795 . A G 383.69 PASS AF=0.513158;AO=38;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=37;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00203962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.821;QD=20.194;RBI=0.00805822;REFB=-0.0246609;REVB=0.00779582;RO=37;SAF=36;SAR=2;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.551772;STB=0.819565;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0223247;OID=.;OPOS=7637795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:38:39:0.513158:2:36:24:13:2:37:24:13 chr12 7649484 . T C 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0118689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.865;QD=19.3864;RBI=0.0118964;REFB=-0.00187887;REVB=0.000808396;RO=34;SAF=26;SAR=9;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267866;STB=0.649909;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00323569;OID=.;OPOS=7649484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:9:26:16:18:9:26:16:18 chr12 7772997 . G A 427.45 PASS AF=0.404959;AO=49;DP=122;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.00207587;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.032;QD=14.1304;RBI=0.0309129;REFB=-0.0166099;REVB=0.0308431;RO=70;SAF=26;SAR=23;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580218;STB=0.531598;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0198709;OID=.;OPOS=7772997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:70:72:49:49:0.404959:23:26:41:29:23:26:42:30 chr12 7773058 . C A 380.51 PASS AF=0.345865;AO=45;DP=133;FAO=46;FDP=133;FR=.;FRO=87;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=-0.0224542;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.71;QD=11.444;RBI=0.0258408;REFB=-0.0192361;REVB=0.012789;RO=87;SAF=19;SAR=26;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170229;STB=0.515917;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0259672;OID=.;OPOS=7773058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:87:87:45:46:0.345865:26:19:38:49:27:19:38:49 chr12 7773096 . T C 336.72 PASS AF=0.376147;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.053495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4511;QD=12.3566;RBI=0.0662573;REFB=0.00337768;REVB=0.0390937;RO=68;SAF=20;SAR=21;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349839;STB=0.519937;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00271295;OID=.;OPOS=7773096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:68:68:41:41:0.376147:21:20:31:37:21:20:31:37 chr12 7779227 . A G 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.123433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6523;QD=14.0438;RBI=0.123442;REFB=-0.00100565;REVB=-0.0014728;RO=40;SAF=14;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258221;STB=0.514695;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00294579;OID=.;OPOS=7779227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:14:14:19:21:14:14:19:21 chr12 7805236 . C G 233.67 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0337218;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9651;QD=16.9938;RBI=0.0599472;REFB=-0.00928094;REVB=-0.0495631;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199382;STB=0.511227;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00844442;OID=.;OPOS=7805236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:29:29:26:26:0.472727:14:12:14:15:14:12:14:15 chr12 7966958 . C T 555.43 PASS AF=0.862745;AO=44;DP=51;FAO=44;FDP=51;FR=.;FRO=7;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00354252;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.751;QD=43.5628;RBI=0.00646113;REFB=-0.0441976;REVB=0.0054034;RO=7;SAF=24;SAR=20;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103039;STB=0.555135;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00543551;OID=.;OPOS=7966958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:7:7:44:44:0.862745:20:24:1:6:20:24:1:6 chr12 7967076 . A G 141.78 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.113119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6912;QD=9.61208;RBI=0.113165;REFB=0.00227567;REVB=-0.00325465;RO=39;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076061;STB=0.537031;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.0107863;OID=.;OPOS=7967076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:40:19:19:0.322034:11:8:19:20:11:8:19:21 chr12 8043601 . G A 138.9 PASS AF=0.225806;AO=21;DP=92;FAO=21;FDP=93;FR=.;FRO=72;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0244724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8316;QD=5.97407;RBI=0.0283847;REFB=0.00695024;REVB=0.0143803;RO=71;SAF=11;SAR=10;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055995;STB=0.529143;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.0234969;OID=.;OPOS=8043601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:71:72:21:21:0.225806:10:11:34:37:10:11:35:37 chr12 8043688 . G C 1549.66 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021584;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.667;QD=63.9036;RBI=0.0258086;REFB=0;REVB=0.0141497;RO=0;SAF=39;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.81306e-06;OID=.;OPOS=8043688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:96:97:1:57:39:0:0:58:39:0:0 chr12 8048082 . T C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0236814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9575;QD=14.7982;RBI=0.025842;REFB=-0.00875286;REVB=-0.0103443;RO=13;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323019;STB=0.691913;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00832149;OID=.;OPOS=8048082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:2:9:7:6:2:9:7:6 chr12 8073897 . G A 225.68 PASS AF=0.227848;AO=36;DP=159;FAO=36;FDP=158;FR=.;FRO=122;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=68;FSRR=54;FWDB=-0.00427703;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9992;QD=5.7133;RBI=0.0457702;REFB=-0.00608963;REVB=-0.0455699;RO=121;SAF=21;SAR=15;SRF=66;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486436;STB=0.520463;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0214442;OID=.;OPOS=8073897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:121:122:36:36:0.227848:15:21:66:55:15:21:68:54 chr12 8073901 . T C 255.2 PASS AF=0.235294;AO=40;DP=170;FAO=40;FDP=170;FR=.;FRO=130;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=69;FSRR=61;FWDB=0.000503166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.655;QD=6.00481;RBI=0.00060779;REFB=-0.00448636;REVB=-0.00034093;RO=130;SAF=24;SAR=16;SRF=69;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887598;STB=0.55393;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0115825;OID=.;OPOS=8073901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:130:130:40:40:0.235294:16:24:69:61:16:24:69:61 chr12 8074055 . T C 176.61 PASS AF=0.166667;AO=33;DP=205;FAO=34;FDP=204;FR=.;FRO=170;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=82;FSRR=88;FWDB=0.00072862;FXX=0.00970827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.155;QD=3.46288;RBI=0.0122683;REFB=-0.00476326;REVB=-0.0122466;RO=171;SAF=22;SAR=11;SRF=83;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234553;STB=0.663365;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0221721;OID=.;OPOS=8074055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:171:170:33:34:0.166667:11:22:83:88:11:23:82:88 chr12 8074192 . G A 300.52 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.000522974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.303;QD=19.0804;RBI=0.0309459;REFB=-0.0103418;REVB=-0.0309415;RO=30;SAF=23;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209889;STB=0.626961;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00982532;OID=.;OPOS=8074192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:31:32:32:0.507937:9:23:15:15:9:23:15:16 chr12 8192590 . G C 1283.37 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2461;QD=61.8493;RBI=0.071677;REFB=0;REVB=-0.0435537;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02178e-05;OID=.;OPOS=8192590;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:49:34:0:0:49:34:0:0 chr12 8208083 . TAA ATT,TTA 569.76 PASS AF=0.788732,0.084507;AO=4,7;DP=58;FAO=56,6;FDP=71;FR=.;FRO=9;FSAF=21,4;FSAR=35,2;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0137991,0.133791;FXX=0.013887;HRUN=1,13;LEN=3,1;MLLD=89.794,10.5009;QD=32.099;RBI=0.129537,0.138483;REFB=-0.0932351,-0.149445;REVB=0.1288,0.0357413;RO=3;SAF=0,1;SAR=4,6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.175667;STB=0.522813,0.749249;STBP=0.358,0.154;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0341,0.00711274;OID=.,.;OPOS=8208083,8208084;OREF=TAA,A;OALT=ATT,T;OMAPALT=ATT,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:58:71:3:9:4,7:56,6:0.788732,0.084507:4,6:0,1:0:3:35,2:21,4:2:7 chr12 8249050 . C G 1263.97 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.082984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5431;QD=61.657;RBI=0.0865528;REFB=0;REVB=0.0245977;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571033;OID=.;OPOS=8249050;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:46:36:0:0:46:36:0:0 chr12 8290774 . G A 198.46 PASS AF=0.266055;AO=29;DP=109;FAO=29;FDP=109;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0570051;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2947;QD=7.28293;RBI=0.0615638;REFB=0.000620448;REVB=0.023249;RO=80;SAF=15;SAR=14;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516853;STB=0.530952;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00181877;OID=.;OPOS=8290774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:80:80:29:29:0.266055:14:15:38:42:14:15:38:42 chr12 8329652 . A G 71.13 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0545376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4295;QD=5.17337;RBI=0.0805955;REFB=0.00622485;REVB=0.0593404;RO=44;SAF=8;SAR=3;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337837;STB=0.719597;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0237187;OID=.;OPOS=8329652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:44:44:11:11:0.2:3:8:20:24:3:8:20:24 chr12 8329700 . A C 37.41 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00868283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.482;QD=2.67209;RBI=0.0096805;REFB=-1.31212e-05;REVB=0.00428027;RO=49;SAF=4;SAR=3;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168032;STB=0.622774;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000224787;OID=.;OPOS=8329700;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:49:49:7:7:0.125:3:4:21:28:3:4:21:28 chr12 8374770 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.391;QD=47.8224;RBI=0.0712417;REFB=0;REVB=0.066084;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121727;OID=.;OPOS=8374770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr12 8374812 . G A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0121757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.999;QD=20.8379;RBI=0.0477997;REFB=-0.0443518;REVB=0.046223;RO=5;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028019;STB=0.516093;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0167344;OID=.;OPOS=8374812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:4:5:3:2:4:5:3:2 chr12 8376110 . T C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.169;QD=64.1539;RBI=0.0296096;REFB=0;REVB=0.0197001;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32025e-05;OID=.;OPOS=8376110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr12 8542916 . G A 62.22 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4137;QD=35.5518;RBI=0.17596;REFB=0;REVB=0.116313;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0220348;OID=.;OPOS=8542916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:4:2:0:0:4:3:0:0 chr12 8542940 . A C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.813;QD=35.5756;RBI=0.0755082;REFB=0;REVB=0.067891;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550469;OID=.;OPOS=8542940;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr12 8637403 . G T 2769.46 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00492405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.836;QD=62.5867;RBI=0.0411898;REFB=0;REVB=0.0408944;RO=0;SAF=91;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010752;OID=.;OPOS=8637403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:177:0:0:175:177:1:84:91:0:0:86:91:0:0 chr12 8757481 . G A 605.3 PASS AF=0.446809;AO=63;DP=142;FAO=63;FDP=141;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.00297097;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8641;QD=17.1715;RBI=0.0301118;REFB=-0.00428556;REVB=0.0299649;RO=78;SAF=34;SAR=29;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140065;STB=0.507805;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00574384;OID=.;OPOS=8757481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:78:78:63:63:0.446809:29:34:41:37:29:34:41:37 chr12 8808006 . T C 183.9 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00667504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.689;QD=17.9417;RBI=0.00676608;REFB=-0.00878039;REVB=0.00110624;RO=22;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508962;STB=0.529039;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00822265;OID=.;OPOS=8808006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:13:6:8:14:13:6:8:14 chr12 8926011 . T C 2409.41 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.472;QD=64.251;RBI=0.0644537;REFB=0;REVB=0.0633459;RO=0;SAF=73;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21978e-05;OID=.;OPOS=8926011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:150:0:0:148:150:1:75:73:0:0:77:73:0:0 chr12 8975901 . C T 558.22 PASS AF=0.541667;AO=51;DP=95;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0162071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.389;QD=23.2591;RBI=0.0187309;REFB=-0.0131892;REVB=0.00939029;RO=44;SAF=26;SAR=25;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655932;STB=0.539985;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0121801;OID=.;OPOS=8975901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:44:44:51:52:0.541667:25:26:19:25:25:27:19:25 chr12 9004512 . G A 938.86 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454849;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.307;QD=58.6786;RBI=0.0471175;REFB=0;REVB=0.0122957;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359938;OID=.;OPOS=9004512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:29:34:0:0:29:35:0:0 chr12 9004892 . C A 557.04 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00851713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.712;QD=60.221;RBI=0.0468074;REFB=0;REVB=0.046026;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141757;OID=.;OPOS=9004892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr12 9013755 . C T 787.55 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125544;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7763;QD=57.2762;RBI=0.0236898;REFB=0;REVB=-0.0236565;RO=0;SAF=4;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.30036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000469831;OID=.;OPOS=9013755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:51:4:0:0:51:4:0:0 chr12 9016573 . A G 1377.47 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00512565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.742;QD=62.6121;RBI=0.0119093;REFB=0;REVB=-0.0107499;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39955e-05;OID=.;OPOS=9016573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:42:46:0:0:42:46:0:0 chr12 9020489 . A G 379.65 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187092;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.569;QD=56.2437;RBI=0.0378421;REFB=0;REVB=0.0328936;RO=0;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105733;OID=.;OPOS=9020489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:6:21:0:0:6:21:0:0 chr12 9020912 . A G 307.55 PASS AF=0.722222;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00952225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.59;QD=34.1718;RBI=0.0124294;REFB=0.0212122;REVB=0.00798861;RO=10;SAF=9;SAR=17;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135689;STB=0.574266;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.012859;OID=.;OPOS=9020912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:10:10:26:26:0.722222:17:9:6:4:17:9:6:4 chr12 9070366 . T A 1000.22 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0331892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.131;QD=56.3504;RBI=0.033659;REFB=0.0372671;REVB=0.0056043;RO=1;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141097;STB=0.500613;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.000553212;OID=.;OPOS=9070366;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:1:2:69:69:0.971831:33:36:0:1:33:36:1:1 chr12 9074259 . C T 563.84 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0659605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.445;QD=57.8294;RBI=0.0671226;REFB=-0.13049;REVB=0.0124361;RO=0;SAF=32;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29107e-08;STB=0.507688;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00116165;OID=.;OPOS=9074259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:6:32:0:0:6:32:1:0 chr12 9086898 . A G 895.89 PASS AF=0.533333;AO=88;DP=165;FAO=88;FDP=165;FR=.;FRO=77;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=-0.00512183;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.13;QD=21.7185;RBI=0.0439117;REFB=0.00471563;REVB=0.043612;RO=76;SAF=44;SAR=44;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10043;STB=0.551504;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00453821;OID=.;OPOS=9086898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:76:77:88:88:0.533333:44:44:47:29:44:44:47:30 chr12 9093001 . G A 77.49 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=55;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0252984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.0228;QD=4.92029;RBI=0.0267302;REFB=-0.0213849;REVB=-0.00863104;RO=45;SAF=10;SAR=0;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.728861;STB=0.829306;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0993515;OID=.;OPOS=9093001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:55:63:45:48:10:15:0.238095:0:10:21:24:2:13:23:25 chr12 9227358 . C T 204.13 PASS AF=0.277228;AO=28;DP=101;FAO=28;FDP=101;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=57;FWDB=0.00989241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4203;QD=8.08438;RBI=0.0236457;REFB=-0.00223264;REVB=-0.021477;RO=73;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27744;STB=0.661533;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00723012;OID=.;OPOS=9227358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:73:73:28:28:0.277228:16:12:16:57:16:12:16:57 chr12 9248233 . T C 1844.38 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107828;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.578;QD=61.4793;RBI=0.016623;REFB=0;REVB=0.0126512;RO=0;SAF=75;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190607;OID=.;OPOS=9248233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:45:75:0:0:45:75:0:0 chr12 9265958 . C T 92.57 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0321591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2438;QD=9.25718;RBI=0.0338883;REFB=-0.0129428;REVB=0.0106866;RO=28;SAF=6;SAR=6;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165467;STB=0.59984;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0315793;OID=.;OPOS=9265958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:6:6:18:10:6:6:18:10 chr12 9303296 . A T 495.32 PASS AF=0.5;AO=45;DP=94;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0128973;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.335;QD=20.6382;RBI=0.0191667;REFB=-0.00497989;REVB=0.0141782;RO=49;SAF=18;SAR=27;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142582;STB=0.595198;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00429893;OID=.;OPOS=9303296;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:49:48:45:48:0.5:27:18:27:22:30:18:27:21 chr12 9305473 . T C 722.9 PASS AF=0.461078;AO=76;DP=167;FAO=77;FDP=167;FR=.;FRO=90;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=0.000356414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.481;QD=17.315;RBI=0.0117875;REFB=-0.0014123;REVB=-0.0117821;RO=89;SAF=48;SAR=28;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115599;STB=0.570117;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00153843;OID=.;OPOS=9305473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:89:90:76:77:0.461078:28:48:46:43:28:49:46:44 chr12 9307373 . T G 2239.35 PASS AF=0.993377;AO=146;DP=149;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0539461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1445;QD=59.3207;RBI=0.0815154;REFB=0.147893;REVB=0.0611113;RO=1;SAF=62;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00562843;STB=0.502857;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000900642;OID=.;OPOS=9307373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:151:1:1:146:150:0.993377:84:62:0:1:87:63:0:1 chr12 9317784 . A G 330.54 PASS AF=0.377358;AO=39;DP=105;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0102606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.952;QD=12.4733;RBI=0.0212096;REFB=-0.0262355;REVB=0.0185626;RO=65;SAF=12;SAR=27;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164159;STB=0.595386;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0484436;OID=.;OPOS=9317784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:65:66:39:40:0.377358:27:12:29:36:28:12:29:37 chr12 9345273 . A G 1428.6 PASS AF=1;AO=45;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8294;QD=56.0236;RBI=0.0570283;REFB=0;REVB=0.0554876;RO=0;SAF=38;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79115e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330146;OID=.;OPOS=9345273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:45:102:1:7:38:0:0:62:40:0:0 chr12 9439294 . T C 2018.92 PASS AF=0.984962;AO=130;DP=134;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0307323;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.32;QD=60.7195;RBI=0.0309769;REFB=-0.0876326;REVB=-0.00388555;RO=2;SAF=74;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126704;STB=0.506578;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.000337516;OID=.;OPOS=9439294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:133:2:2:130:131:0.984962:56:74:2:0:56:75:2:0 chr12 9447029 . T C 80.31 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0392529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.686;QD=7.4706;RBI=0.0474747;REFB=-0.0227507;REVB=-0.0267031;RO=32;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170193;STB=0.510619;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0465006;OID=.;OPOS=9447029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:5:6:17:15:5:6:17:15 chr12 9447484 . C T 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0130807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.202;QD=7.95468;RBI=0.0329956;REFB=-0.00647754;REVB=-0.030292;RO=18;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401836;STB=0.76299;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0311077;OID=.;OPOS=9447484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:18:19:8:8:0.296296:2:6:7:11:2:6:7:12 chr12 9447488 . C T 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0369367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.166;QD=6.25119;RBI=0.0370161;REFB=-0.00164758;REVB=0.0024232;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225245;STB=0.646563;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00903228;OID=.;OPOS=9447488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:2:4:8:9:2:4:8:9 chr12 9447492 . T C 116.88 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0463661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.307;QD=21.2514;RBI=0.0473569;REFB=-0.00365675;REVB=0.0096363;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203205;STB=0.615207;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00223407;OID=.;OPOS=9447492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:8:5:6:3:8:5:6:3 chr12 9450357 . A G 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00663396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7087;QD=32.3517;RBI=0.102148;REFB=0.00202887;REVB=0.101933;RO=2;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128043;STB=0.571303;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00243288;OID=.;OPOS=9450357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:6:5:0:2:6:5:0:2 chr12 9451818 . T C 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0303871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6922;QD=32.8195;RBI=0.0713215;REFB=-0.0575178;REVB=0.0645243;RO=1;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593592;STB=0.533262;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0145841;OID=.;OPOS=9451818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:2:7:1:0:2:7:1:0 chr12 9571670 . T C 88.3 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.255;QD=39.246;RBI=0.0463463;REFB=0;REVB=-0.00239529;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439699;OID=.;OPOS=9571670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:7:1:0:0:7:2:0:0 chr12 9573130 . C T 327.44 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0105673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.642;QD=14.7165;RBI=0.0264765;REFB=-0.0270083;REVB=0.0242763;RO=52;SAF=27;SAR=9;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167884;STB=0.591782;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0354671;OID=.;OPOS=9573130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:53:36:36:0.404494:9:27:32:20:9:27:33:20 chr12 9573223 . C A 677.55 PASS AF=0.540323;AO=66;DP=123;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=48;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=12;FWDB=-0.00596353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.699;QD=21.8563;RBI=0.0169117;REFB=-0.0241788;REVB=-0.0158254;RO=57;SAF=47;SAR=19;SRF=45;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830944;STB=0.542845;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0396143;OID=.;OPOS=9573223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:57:57:66:67:0.540323:19:47:45:12:19:48:45:12 chr12 9573224 . C T 512.58 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=119;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=43;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=16;FWDB=0.0344174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.693;QD=17.2294;RBI=0.0385385;REFB=-0.0288769;REVB=0.0173395;RO=64;SAF=43;SAR=12;SRF=48;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437074;STB=0.524381;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0267256;OID=.;OPOS=9573224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:64:64:55:55:0.462185:12:43:48:16:12:43:48:16 chr12 9574002 . C T 1112.09 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00870756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.116;QD=60.1128;RBI=0.0296369;REFB=0;REVB=0.0283288;RO=1;SAF=40;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116725;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51891e-05;OID=.;OPOS=9574002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:74:1:0:69:74:1:29:40:1:0:31:43:0:0 chr12 9574042 . C A 467.89 PASS AF=0.576923;AO=44;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0186556;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.922;QD=23.9945;RBI=0.0215648;REFB=-0.0270646;REVB=0.010817;RO=33;SAF=24;SAR=20;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505152;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0237394;OID=.;OPOS=9574042;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:33:44:45:0.576923:20:24:18:15:21:24:18:15 chr12 9578197 . A T 716.14 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260687;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2972;QD=57.2908;RBI=0.034421;REFB=0;REVB=0.0224774;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456708;OID=.;OPOS=9578197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:34:16:0:0:34:16:0:0 chr12 9580395 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.585;QD=35.5759;RBI=0.0271632;REFB=0;REVB=0.0150178;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.0024e-05;OID=.;OPOS=9580395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr12 9581791 . T C 269.18 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0114484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.857;QD=16.565;RBI=0.011468;REFB=-0.00879244;REVB=-0.00067073;RO=33;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129604;STB=0.586501;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0126264;OID=.;OPOS=9581791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:35:30:30:0.461538:16:14:20:13:16:14:22:13 chr12 9590052 . G A 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00794289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.09;QD=23.1629;RBI=0.0244971;REFB=-0.0238091;REVB=0.0231736;RO=22;SAF=7;SAR=19;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285055;STB=0.670451;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0256858;OID=.;OPOS=9590052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:23:26:26:0.530612:19:7:13:9:19:7:14:9 chr12 9590651 . A ACTGAGTAAC 67.76 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00587434;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=262.473;QD=13.552;RBI=0.0081936;REFB=-0.0330853;REVB=0.00571202;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166393;STB=0.597497;STBP=0.473;TYPE=ins;VARB=0.0295611;OID=.;OPOS=9590652;OREF=-;OALT=CTGAGTAAC;OMAPALT=ACTGAGTAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:9:20:9:20:11:5:4:8:3:67:11:5:4:8:3 chr12 9597776 . G A 2076.76 PASS AF=0.91875;AO=147;DP=160;FAO=147;FDP=160;FR=.;FRO=13;FSAF=62;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0082816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.747;QD=51.9191;RBI=0.0105838;REFB=-0.0351185;REVB=0.0065903;RO=13;SAF=62;SAR=85;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426194;STB=0.522469;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00100431;OID=.;OPOS=9597776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:160:160:13:13:147:147:0.91875:85:62:2:11:85:62:2:11 chr12 9750669 . A G 505.54 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0317708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.219;QD=19.0769;RBI=0.0325579;REFB=-0.00950203;REVB=-0.00711594;RO=51;SAF=27;SAR=26;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121462;STB=0.565872;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00995842;OID=.;OPOS=9750669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:53:53:53:0.5:26:27:19:32:26:27:20:33 chr12 9833524 . C G 356.43 PASS AF=0.39;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.00413506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.175;QD=14.2572;RBI=0.00414095;REFB=0.00227519;REVB=0.000220818;RO=61;SAF=15;SAR=24;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186078;STB=0.605819;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00355285;OID=.;OPOS=9833524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:61:61:39:39:0.39:24:15:34:27:24:15:34:27 chr12 9833628 . C T 282.32 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=-0.00634015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.721;QD=22.5854;RBI=0.0220022;REFB=-0.00745778;REVB=-0.021069;RO=24;SAF=3;SAR=23;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198398;STB=0.511102;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0107263;OID=.;OPOS=9833628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:23:3:3:21:23:3:3:21 chr12 9885707 . A ATAAGT 325.01 PASS AF=0.4;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00675217;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=5;MLLD=280.87;QD=14.4447;RBI=0.0220553;REFB=-0.00544963;REVB=-0.0209963;RO=54;SAF=18;SAR=18;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195606;STB=0.511105;STBP=0.864;TYPE=ins;VARB=0.00789941;OID=.;OPOS=9885708;OREF=-;OALT=TAAGT;OMAPALT=ATAAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:36:91:36:90:54:18:18:28:26:99:54:18:18:28:26 chr12 9905690 . A G 468.53 PASS AF=0.433333;AO=51;DP=119;FAO=52;FDP=120;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.00833386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.482;QD=15.6177;RBI=0.0104505;REFB=-0.00261582;REVB=0.00630557;RO=67;SAF=16;SAR=35;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131845;STB=0.583065;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00353287;OID=.;OPOS=9905690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:67:68:51:52:0.433333:35:16:29:38:36:16:30:38 chr12 9906143 . GT G,TG 311.88 PASS AF=0.644444,0.355556;AO=20,14;DP=45;FAO=29,16;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=6,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.230591,-0.128297;FXX=0.0217344;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=8.08065,19.6903;QD=27.723;RBI=0.231444,0.128731;REFB=0.011939,0.00214521;REVB=0.0198438,-0.0105616;RO=2;SAF=16,0;SAR=4,14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0.461538,0;SSSB=0.0742452,-0.835524;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0682762,-0.0766496;OID=.,.;OPOS=9906144,9906143;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:45:45:2:0:20,14:29,16:0.644444,0.355556:4,14:16,0:1:1:6,16:23,0:0:0 chr12 9994445 . GTGT G 1422.09 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263699;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=3;MLLD=281.1;QD=63.2041;RBI=0.0344289;REFB=0;REVB=0.0221355;RO=0;SAF=53;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.97105e-05;OID=.;OPOS=9994446;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:90:92:90:90:0:53:37:0:0:7:0:53:37:0:0 chr12 10015177 . A G 1319.99 PASS AF=0.946237;AO=87;DP=93;FAO=88;FDP=93;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00414021;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.997;QD=56.7738;RBI=0.0044257;REFB=-0.103069;REVB=0.00156381;RO=5;SAF=38;SAR=49;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00384447;STB=0.502353;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.000500243;OID=.;OPOS=10015177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:93:93:5:5:87:88:0.946237:49:38:2:3:49:39:2:3 chr12 10041364 . G A 1316.9 PASS AF=1;AO=83;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00758145;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.143;QD=61.9716;RBI=0.0426874;REFB=0;REVB=-0.0420088;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151248;OID=.;OPOS=10041364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:83:85:1:45:38:0:0:45:40:0:0 chr12 10046052 . C A 1355.2 PASS AF=0.988889;AO=85;DP=87;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0418342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8719;QD=60.2311;RBI=0.0528079;REFB=-0.00577967;REVB=-0.032227;RO=1;SAF=49;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957058;STB=0.504761;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.000309393;OID=.;OPOS=10046052;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:90:1:1:85:89:0.988889:36:49:1:0:37:52:1:0 chr12 10069302 . C T 315.7 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0419753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.46;QD=16.3999;RBI=0.0421701;REFB=-0.0194212;REVB=-0.00404903;RO=42;SAF=25;SAR=10;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550179;STB=0.530955;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0248728;OID=.;OPOS=10069302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:10:25:28:14:10:25:28:14 chr12 10078946 . CAAATT C 202.04 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00314738;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=5;MLLD=317.968;QD=13.4693;RBI=0.0223936;REFB=-0.00213701;REVB=0.0221714;RO=32;SAF=10;SAR=19;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619934;STB=0.523793;STBP=0.746;TYPE=del;VARB=0.0021167;OID=.;OPOS=10078947;OREF=AAATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483333:29:61:29:60:31:10:19:12:19:99:32:10:19:13:19 chr12 10136672 . G A 1559.65 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273911;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.678;QD=63.6591;RBI=0.0275903;REFB=0;REVB=0.00331009;RO=0;SAF=34;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68025e-05;OID=.;OPOS=10136672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:98:0:0:91:98:1:57:34:0:0:60:38:0:0 chr12 10136710 . G A 101.62 PASS AF=0.276596;AO=14;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.105553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4834;QD=8.64815;RBI=0.11561;REFB=-0.0225335;REVB=-0.0471612;RO=33;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159342;STB=0.632065;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0518853;OID=.;OPOS=10136710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:34:14:13:0.276596:7:7:12:21:6:7:12:22 chr12 10137557 . A C 427.66 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00680083;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=223.685;QD=51.8377;RBI=0.00681134;REFB=-0.0722505;REVB=-0.000378163;RO=1;SAF=18;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252169;STB=0.526299;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000440847;OID=.;OPOS=10137557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:1:2:31:31:0.939394:13:18:1:0:13:18:2:0 chr12 10147850 . T C 708.9 PASS AF=0.561983;AO=68;DP=121;FAO=68;FDP=121;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0155686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.055;QD=23.4348;RBI=0.0163903;REFB=-0.0241696;REVB=0.00512438;RO=51;SAF=36;SAR=32;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50781;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0207552;OID=.;OPOS=10147850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:51:53:68:68:0.561983:32:36:27:24:32:36:29:24 chr12 10149369 . AC ACA,CA 73.28 PASS AF=0.354167,0.0625;AO=10,3;DP=50;FAO=17,3;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=14,3;FSAR=3,0;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.10746,0.048088;FXX=0.039992;HRUN=7,6;LEN=1,2;MLLD=8.55459,19.6084;QD=6.10669;RBI=0.254282,0.061934;REFB=-0.121549,-0.0875637;REVB=0.23046,0.0390303;RO=28;SAF=10,3;SAR=0,0;SRF=14;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.758832,0.555378;STB=0.677963,0.995726;STBP=0.116,0.147;TYPE=ins,mnp;VARB=0.186141,-0.10461;OID=.,.;OPOS=10149371,10149369;OREF=-,AC;OALT=A,CA;OMAPALT=ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:50:48:28:28:10,3:17,3:0.354167,0.0625:0,0:10,3:14:14:3,0:14,3:17:11 chr12 10149406 . T C 1342.58 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00184103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5041;QD=61.0263;RBI=0.0212106;REFB=-0.0483461;REVB=-0.0211305;RO=1;SAF=59;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796438;STB=0.504201;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.000428272;OID=.;OPOS=10149406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:28:59:1:0:28:59:1:0 chr12 10149851 . C T 1829.33 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00523011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.702;QD=59.4903;RBI=0.00548678;REFB=-0.0112386;REVB=0.00165851;RO=2;SAF=62;SAR=59;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150755;STB=0.507935;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000148385;OID=.;OPOS=10149851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:2:2:121:121:0.98374:59:62:2:0:59:62:2:0 chr12 10151642 . T C 2498.5 PASS AF=0.994048;AO=163;DP=166;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0236545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6006;QD=59.4881;RBI=0.129842;REFB=-0.0692599;REVB=0.127669;RO=0;SAF=81;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50289;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000934581;OID=.;OPOS=10151642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:166:168:0:1:163:167:0.994048:82:81:0:0:86:81:0:1 chr12 10165469 . A G 584.45 PASS AF=0.379888;AO=68;DP=180;FAO=68;FDP=179;FR=.;FRO=111;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=58;FWDB=0.0239922;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.578;QD=13.0603;RBI=0.0279602;REFB=-0.0216867;REVB=0.0143579;RO=110;SAF=30;SAR=38;SRF=52;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347878;STB=0.522698;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0348375;OID=.;OPOS=10165469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:110:111:68:68:0.379888:38:30:52:58:38:30:53:58 chr12 10167277 . G C 320.51 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.000868486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.579;QD=27.2772;RBI=0.0295413;REFB=-0.0196314;REVB=0.0295286;RO=19;SAF=10;SAR=18;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769362;STB=0.542343;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0153372;OID=.;OPOS=10167277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:18:10:5:14:18:10:5:14 chr12 10206925 . A G 356.13 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0212494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.154;QD=16.5643;RBI=0.023171;REFB=0.0110352;REVB=0.00923904;RO=47;SAF=19;SAR=19;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314336;STB=0.511622;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.0130821;OID=.;OPOS=10206925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:47:48:38:38:0.44186:19:19:25:22:19:19:25:23 chr12 10236797 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.553;QD=61.3361;RBI=0.0431719;REFB=0;REVB=-0.0286553;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89766e-05;OID=.;OPOS=10236797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr12 10236824 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.605;QD=60.2307;RBI=0.0129739;REFB=0;REVB=-0.00819064;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56065e-06;OID=.;OPOS=10236824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr12 10236921 . G T 272.5 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8486;QD=51.9055;RBI=0.0333362;REFB=0;REVB=0.0034536;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103815;OID=.;OPOS=10236921;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr12 10236942 . C G 123.18 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0213439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.048;QD=37.9027;RBI=0.0296538;REFB=-0.0579919;REVB=0.0205861;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000993668;OID=.;OPOS=10236942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:1:0:7:5:1:0 chr12 10237014 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.217;QD=35.5759;RBI=0.0718702;REFB=0;REVB=-0.0173598;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550113;OID=.;OPOS=10237014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr12 10251445 . C G 786.84 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0564109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5553;QD=55.2166;RBI=0.0596399;REFB=0.0179688;REVB=-0.019358;RO=1;SAF=20;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229889;STB=0.512191;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.0043644;OID=.;OPOS=10251445;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:36:20:1:0:36:20:1:0 chr12 10271055 . T C 1266.25 PASS AF=0.988235;AO=80;DP=81;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0474348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.563;QD=59.5882;RBI=0.0485961;REFB=-0.121643;REVB=0.0105603;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000565848;OID=.;OPOS=10271055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:85:0:1:80:84:0.988235:32:48:0:0:32:52:1:0 chr12 10462052 . T G 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.616;QD=60.7158;RBI=0.126092;REFB=0;REVB=0.0113758;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448978;OID=.;OPOS=10462052;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr12 10467533 . T A 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0181194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.009;QD=17.07;RBI=0.0219815;REFB=-0.0231982;REVB=-0.0124448;RO=35;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826029;STB=0.546312;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0270779;OID=.;OPOS=10467533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:15:16:15:20:15:16:15:20 chr12 10525740 . C T 2008.4 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.544;QD=62.276;RBI=0.0223676;REFB=0;REVB=-0.0188768;RO=0;SAF=70;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.81245e-06;OID=.;OPOS=10525740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:59:70:0:0:59:70:0:0 chr12 10532111 . T G 306.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.141;QD=53.2772;RBI=0.0262367;REFB=0;REVB=-0.0172318;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11497e-06;OID=.;OPOS=10532111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:10:12:0:0:11:12:0:0 chr12 10532326 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.197;QD=58.6006;RBI=0.00789105;REFB=0;REVB=0.00752932;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88686e-05;OID=.;OPOS=10532326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:35:28:0:0:36:28:0:0 chr12 10560957 . T C 1097.61 PASS AF=0.961538;AO=59;DP=77;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0187177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.057;QD=56.2876;RBI=0.021529;REFB=-0.0594632;REVB=-0.010637;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.523803;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000916947;OID=.;OPOS=10560957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:78:0:3:59:75:0.961538:25:34:0:0:30:45:0:3 chr12 10562025 . C T 1607.02 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.209;QD=60.0755;RBI=0.00719834;REFB=0;REVB=0.00533024;RO=0;SAF=55;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50906e-06;OID=.;OPOS=10562025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:52:55:0:0:52:55:0:0 chr12 10562089 . A C 2218.28 PASS AF=1;AO=139;DP=143;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179211;FXX=0.0413765;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.176;QD=63.8355;RBI=0.0194485;REFB=0;REVB=0.00755501;RO=0;SAF=76;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.80995e-05;OID=.;OPOS=10562089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:139:0:0:139:139:1:63:76:0:0:63:76:0:0 chr12 10570965 . C G 2469.32 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376814;FXX=0.0184038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4101;QD=61.7331;RBI=0.0383587;REFB=0;REVB=-0.00717628;RO=0;SAF=93;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566924;OID=.;OPOS=10570965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:160:0:0:160:160:1:67:93:0:0:67:93:0:0 chr12 10571042 . A G 2624.99 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500013;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4183;QD=62.1299;RBI=0.0759368;REFB=0;REVB=0.0571513;RO=0;SAF=88;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92609e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140038;OID=.;OPOS=10571042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:169:0:0:169:169:1:81:88:0:0:81:88:0:0 chr12 10571091 . T G 1970.88 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.612;QD=62.075;RBI=0.0255798;REFB=0;REVB=-0.0174365;RO=0;SAF=64;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10885e-06;OID=.;OPOS=10571091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:63:64:0:0:63:64:0:0 chr12 10571106 . G C 1613.64 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00164679;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.027;QD=60.3231;RBI=0.0104056;REFB=0;REVB=0.0102745;RO=0;SAF=52;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23376e-05;OID=.;OPOS=10571106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:107:0:0:107:107:1:55:52:0:0:55:52:0:0 chr12 10572982 . A G 1904.98 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0766642;FXX=0.0314936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4126;QD=61.9505;RBI=0.0880839;REFB=0;REVB=0.0433749;RO=0;SAF=61;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.55703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011931;OID=.;OPOS=10572982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:62:61:0:0:62:61:0:0 chr12 10573094 . CA GG 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00809596;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=343.117;QD=55.6056;RBI=0.0108222;REFB=0.0399628;REVB=-0.00718161;RO=1;SAF=30;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154654;STB=0.508194;STBP=0.508;TYPE=mnp;VARB=-0.000153938;OID=.;OPOS=10573094;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:28:30:1:0:28:30:1:0 chr12 10587111 . A G 13636.0 PASS AF=0.980899;AO=871;DP=890;FAO=873;FDP=890;FR=.;FRO=17;FSAF=516;FSAR=357;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00496982;FXX=0.00112232;HRUN=5;LEN=1;MLLD=306.574;QD=61.2854;RBI=0.00538196;REFB=-0.0387114;REVB=-0.00206552;RO=15;SAF=514;SAR=357;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00189734;STB=0.502378;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=6.82224e-05;OID=.;OPOS=10587111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:890:890:15:17:871:873:0.980899:357:514:8:7:357:516:8:9 chr12 10587631 . C T 1645.62 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00638755;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.978;QD=60.3898;RBI=0.0197562;REFB=0;REVB=0.0186951;RO=0;SAF=49;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5808e-05;OID=.;OPOS=10587631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:60:49:0:0:60:49:0:0 chr12 10588530 . C G 632.21 PASS AF=0.346667;AO=79;DP=225;FAO=78;FDP=225;FR=.;FRO=147;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=86;FSRR=61;FWDB=-0.0259012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.623;QD=11.2392;RBI=0.0327845;REFB=0.0031441;REVB=0.0200985;RO=146;SAF=37;SAR=42;SRF=86;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136847;STB=0.571945;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00726124;OID=.;OPOS=10588530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:146:147:79:78:0.346667:42:37:86:60:41:37:86:61 chr12 10588581 . T C 643.0 PASS AF=0.413793;AO=72;DP=175;FAO=72;FDP=174;FR=.;FRO=102;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=0.0181534;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.418;QD=14.7817;RBI=0.0210975;REFB=-0.0204459;REVB=-0.0107499;RO=102;SAF=40;SAR=32;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889504;STB=0.549858;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0231799;OID=.;OPOS=10588581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:102:102:72:72:0.413793:32:40:48:54:32:40:48:54 chr12 10603670 . T C 2529.8 PASS AF=0.913265;AO=179;DP=196;FAO=179;FDP=196;FR=.;FRO=17;FSAF=103;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.0052138;FXX=0.0297015;HRUN=5;LEN=1;MLLD=164.271;QD=51.6286;RBI=0.0139761;REFB=-0.126014;REVB=0.0129671;RO=17;SAF=103;SAR=76;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857621;STB=0.545219;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00106918;OID=.;OPOS=10603670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:196:196:17:17:179:179:0.913265:76:103:1:16:76:103:1:16 chr12 10659438 . T C 2987.51 PASS AF=1;AO=189;DP=190;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00119535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.165;QD=62.8949;RBI=0.0119199;REFB=-0.0741443;REVB=0.0118598;RO=1;SAF=87;SAR=102;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00464575;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68174e-05;OID=.;OPOS=10659438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:190:190:1:0:189:190:1:102:87:0:1:103:87:0:0 chr12 10659964 . C G 1568.52 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00139926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.023;QD=64.0214;RBI=0.0199118;REFB=0;REVB=0.0198626;RO=0;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31637e-05;OID=.;OPOS=10659964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:55:42:0:0:56:42:0:0 chr12 10675250 . G C 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0456934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7777;QD=59.1406;RBI=0.0493345;REFB=0;REVB=-0.0186012;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000670137;OID=.;OPOS=10675250;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:28:39:0:0:28:39:0:0 chr12 10763205 . T C 690.8 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0867162;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.091;QD=62.7996;RBI=0.087516;REFB=0;REVB=0.0118048;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129943;OID=.;OPOS=10763205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr12 10763236 . G C 902.6 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2091;QD=58.2321;RBI=0.0257002;REFB=0;REVB=0.00977807;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105124;OID=.;OPOS=10763236;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr12 10771779 . C T 1772.01 PASS AF=0.360465;AO=207;DP=592;FAO=217;FDP=602;FR=.;FRO=385;FSAF=122;FSAR=95;FSRF=215;FSRR=170;FWDB=0.0090368;FXX=0.00165835;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4436;QD=11.7741;RBI=0.00906982;REFB=0.00167932;REVB=0.000773291;RO=380;SAF=116;SAR=91;SRF=213;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000162142;STB=0.502448;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00247183;OID=.;OPOS=10771779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:592:602:380:385:207:217:0.360465:91:116:213:167:95:122:215:170 chr12 10782115 . T C 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0465077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.525;QD=12.3388;RBI=0.0556304;REFB=-0.00900355;REVB=-0.030525;RO=39;SAF=16;SAR=8;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305732;STB=0.517632;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0156295;OID=.;OPOS=10782115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:8:16:25:14:8:16:25:14 chr12 10783729 . A G 603.72 PASS AF=0.567308;AO=59;DP=105;FAO=59;FDP=104;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0115087;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1237;QD=23.22;RBI=0.0386495;REFB=-0.00161352;REVB=0.0368963;RO=45;SAF=28;SAR=31;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989864;STB=0.554093;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0015669;OID=.;OPOS=10783729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:45:45:59:59:0.567308:31:28:27:18:31:28:27:18 chr12 10854625 . G A 640.19 PASS AF=0.512;AO=64;DP=126;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=19;FWDB=0.00399551;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.526;QD=20.486;RBI=0.0133248;REFB=-0.0136893;REVB=0.0127116;RO=61;SAF=30;SAR=34;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193477;STB=0.606209;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0134972;OID=.;OPOS=10854625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:61:61:64:64:0.512:34:30:42:19:34:30:42:19 chr12 10856219 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1463;QD=53.91;RBI=0.140856;REFB=0;REVB=0.00998855;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025227;OID=.;OPOS=10856219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr12 10871667 . A G 1415.14 PASS AF=0.968421;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0451582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2758;QD=59.5847;RBI=0.141901;REFB=-0.173272;REVB=0.134523;RO=3;SAF=38;SAR=54;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00492187;STB=0.502598;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00851043;OID=.;OPOS=10871667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:95:95:3:3:92:92:0.968421:54:38:1:2:54:38:1:2 chr12 10958658 . T C 1415.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00754867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.433;QD=62.9076;RBI=0.0593368;REFB=0;REVB=0.0588546;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33305e-05;OID=.;OPOS=10958658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:48:42:0:0:48:42:0:0 chr12 10958845 . GAAAAAAAAG GAAAAAAAG,GAATCGTCAT 30.94 PASS AF=0.387097,0;AO=12,2;DP=35;FAO=12,0;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8,0;FSAR=4,0;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.123204,0.0123667;FXX=0.0312402;HRUN=8,8;LEN=1,7;MLLD=6.81544,340.366;QD=3.9926;RBI=0.153881,0.0124591;REFB=-0.0880518,-0.00990859;REVB=0.0921952,0.00151448;RO=13;SAF=8,0;SAR=4,2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0506435,-0.601607;STB=0.590753,0.5;STBP=0.444,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.110645,0;OID=.,.;OPOS=10958846,10958848;OREF=A,AAAAAAG;OALT=-,TCGTCAT;OMAPALT=GAAAAAAAG,GAATCGTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097,0:12,2:35:12,0:31:19:8,0:4,0:10:9:32:13:8,0:4,2:8:5 chr12 10959031 . C T 1253.78 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116131;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.647;QD=61.9149;RBI=0.0116201;REFB=0;REVB=0.000403798;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.084e-05;OID=.;OPOS=10959031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:34:47:0:0:34:47:0:0 chr12 10962115 . A C,G 805.43 PASS AF=0.0350877,0.964912;AO=2,55;DP=57;FAO=2,55;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=2,21;FSAR=0,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100782,0.106979;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=226.216,61.1627;QD=56.5217;RBI=0.0341663,0.10698;REFB=0,0;REVB=-0.0326461,-0.000328818;RO=0;SAF=2,21;SAR=0,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0725723,0.00263135;OID=.,.;OPOS=10962115,10962115;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:57:57:0:0:2,55:2,55:0.0350877,0.964912:0,34:2,21:0:0:0,34:2,21:0:0 chr12 10978402 . G A 374.65 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629676;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.537;QD=55.503;RBI=0.00655194;REFB=0;REVB=0.00181074;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831419;OID=.;OPOS=10978402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:11:15:0:0:11:16:0:0 chr12 10999708 . T C 1839.99 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.078;QD=61.3329;RBI=0.0332364;REFB=0;REVB=0.0327582;RO=0;SAF=93;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0625e-05;OID=.;OPOS=10999708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:26:93:0:0:26:94:0:0 chr12 10999780 . C T 2250.58 PASS AF=1;AO=146;DP=151;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00433061;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3713;QD=60.4182;RBI=0.0107651;REFB=0;REVB=0.00985566;RO=0;SAF=131;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178542;OID=.;OPOS=10999780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:149:0:0:146:149:1:15:131:0:0:15:134:0:0 chr12 11061122 . T C 785.83 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.989;QD=64.1491;RBI=0.0568089;REFB=0;REVB=0.0391292;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304896;OID=.;OPOS=11061122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:21:27:0:0:22:27:0:0 chr12 11083356 . A G 305.16 PASS AF=0.204724;AO=52;DP=256;FAO=52;FDP=254;FR=.;FRO=202;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=119;FSRR=83;FWDB=-0.0425807;FXX=0.00781219;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9551;QD=4.80564;RBI=0.0448406;REFB=0.00262402;REVB=0.0140559;RO=204;SAF=22;SAR=30;SRF=121;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216084;STB=0.629791;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0102369;OID=.;OPOS=11083356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:254:204:202:52:52:0.204724:30:22:121:83:30:22:119:83 chr12 11083677 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.404;QD=56.9567;RBI=0.0261312;REFB=0;REVB=-0.0210127;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17979e-05;OID=.;OPOS=11083677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr12 11091432 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=378.713;QD=57.6807;RBI=0.0219878;REFB=0;REVB=0.0182576;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46312e-05;OID=.;OPOS=11091432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr12 11138683 . C T 1314.8 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00252012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.45;QD=59.7635;RBI=0.0158355;REFB=-0.0336523;REVB=0.0156337;RO=1;SAF=57;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824048;STB=0.504273;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.000182457;OID=.;OPOS=11138683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:88:88:1:1:86:87:0.988636:29:57:1:0:29:58:1:0 chr12 11138852 . C T 2254.96 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.601;QD=63.5199;RBI=0.0553825;REFB=0;REVB=-0.046992;RO=0;SAF=73;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.70335e-05;OID=.;OPOS=11138852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:69:73:0:0:69:73:0:0 chr12 11149711 . C A 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.91564e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.034;QD=61.375;RBI=0.0186478;REFB=0;REVB=0.0186477;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42442e-05;OID=.;OPOS=11149711;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr12 11149720 . A G 1237.49 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00152499;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.578;QD=58.9279;RBI=0.0025461;REFB=0.0179587;REVB=0.00203888;RO=2;SAF=44;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00165769;STB=0.500875;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=3.25242e-07;OID=.;OPOS=11149720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:38:44:1:1:38:44:1:1 chr12 11149769 . T C 1507.37 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192049;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.234;QD=59.6977;RBI=0.0594641;REFB=0;REVB=0.0562774;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166187;OID=.;OPOS=11149769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:48:52:0:0:49:52:0:0 chr12 11150033 . G T 1475.04 PASS AF=1;AO=75;DP=96;FAO=93;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.161;QD=63.4428;RBI=0.0599962;REFB=0;REVB=0.0398074;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264927;OID=.;OPOS=11150033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:93:0:0:75:93:1:36:39:0:0:44:49:0:0 chr12 11150046 . G T 1476.1 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0217997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4879;QD=62.1516;RBI=0.0220337;REFB=-0.0243564;REVB=0.00320261;RO=2;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206026;STB=0.505375;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00266442;OID=.;OPOS=11150046;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:2:1:93:94:0.989474:45:48:0:2:46:48:0:1 chr12 11150214 . G A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9695;QD=61.335;RBI=0.123536;REFB=0;REVB=-0.123511;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00201775;OID=.;OPOS=11150214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr12 11150319 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.48;QD=53.9095;RBI=0.0112752;REFB=0;REVB=0.00900304;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159263;OID=.;OPOS=11150319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr12 11174282 . T C 30.4 PASS AF=0.0869565;AO=8;DP=93;FAO=8;FDP=92;FR=.;FRO=84;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.000942661;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.784;QD=1.32178;RBI=0.0184744;REFB=-0.00434304;REVB=-0.0184504;RO=85;SAF=2;SAR=6;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244413;STB=0.706357;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0620574;OID=.;OPOS=11174282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:93:92:85:84:8:8:0.0869565:6:2:39:46:6:2:39:45 chr12 11174286 . C A 34.97 PASS AF=0.0918367;AO=10;DP=96;FAO=9;FDP=98;FR=.;FRO=89;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.00245159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5819;QD=1.42741;RBI=0.0774912;REFB=-0.000303889;REVB=-0.0774524;RO=86;SAF=3;SAR=7;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188435;STB=0.731815;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00645544;OID=.;OPOS=11174286;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:96:98:86:89:10:9:0.0918367:7:3:39:47:7:2:41:48 chr12 11174302 . A G 49.67 PASS AF=0.107143;AO=12;DP=112;FAO=12;FDP=112;FR=.;FRO=100;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=0.0211557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.782;QD=1.77403;RBI=0.0280613;REFB=-0.00183462;REVB=-0.0184356;RO=100;SAF=5;SAR=7;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644546;STB=0.548112;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0147839;OID=.;OPOS=11174302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:112:112:100:100:12:12:0.107143:7:5:47:53:7:5:47:53 chr12 11174327 . C T 76.81 PASS AF=0.131783;AO=17;DP=129;FAO=17;FDP=129;FR=.;FRO=112;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=66;FWDB=0.0220896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.491;QD=2.38184;RBI=0.0244999;REFB=-0.000398876;REVB=-0.0105967;RO=111;SAF=7;SAR=10;SRF=45;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00821019;STB=0.500941;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00238643;OID=.;OPOS=11174327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:129:129:111:112:17:17:0.131783:10:7:45:66:10:7:46:66 chr12 11174372 . C G 79.31 PASS AF=0.137097;AO=18;DP=124;FAO=17;FDP=124;FR=.;FRO=107;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=56;FWDB=-0.0181806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1478;QD=2.55846;RBI=0.0390983;REFB=-0.00287737;REVB=-0.0346142;RO=105;SAF=8;SAR=10;SRF=51;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521642;STB=0.505227;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0107573;OID=.;OPOS=11174372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:124:124:105:107:18:17:0.137097:10:8:51:54:9:8:51:56 chr12 11174380 . C T 72.02 PASS AF=0.130081;AO=16;DP=123;FAO=16;FDP=123;FR=.;FRO=107;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=-0.0134059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.244;QD=2.34222;RBI=0.0137595;REFB=-0.00808478;REVB=0.00309958;RO=105;SAF=7;SAR=9;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247033;STB=0.526121;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0350301;OID=.;OPOS=11174380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:123:123:105:107:16:16:0.130081:9:7:48:57:9:7:50:57 chr12 11174390 . G A 65.83 PASS AF=0.123967;AO=15;DP=121;FAO=15;FDP=121;FR=.;FRO=106;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=-0.015443;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.912;QD=2.17609;RBI=0.0319245;REFB=0.000402668;REVB=-0.0279408;RO=103;SAF=6;SAR=9;SRF=47;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708638;STB=0.555481;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.0120892;OID=.;OPOS=11174390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:121:121:103:106:15:15:0.123967:9:6:47:56:9:6:49:57 chr12 11174397 . T A 67.76 PASS AF=0.119403;AO=16;DP=133;FAO=16;FDP=134;FR=.;FRO=118;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=56;FSRR=62;FWDB=0.00181791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.94;QD=2.02254;RBI=0.00760777;REFB=-0.000205859;REVB=-0.00738738;RO=117;SAF=6;SAR=10;SRF=55;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119054;STB=0.589241;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00212326;OID=.;OPOS=11174397;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:133:134:117:118:16:16:0.119403:10:6:55:62:10:6:56:62 chr12 11174416 . A G 75.81 PASS AF=0.128788;AO=17;DP=133;FAO=17;FDP=132;FR=.;FRO=115;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=0.0445145;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4999;QD=2.29716;RBI=0.0503448;REFB=-0.00149313;REVB=0.0235172;RO=116;SAF=6;SAR=11;SRF=55;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153587;STB=0.611535;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0133223;OID=.;OPOS=11174416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:133:132:116:115:17:17:0.128788:11:6:55:61:11:6:55:60 chr12 11174753 . G A 191.72 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00688706;FXX=0.108672;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.13;QD=18.704;RBI=0.0174743;REFB=-0.0272491;REVB=-0.0160599;RO=25;SAF=13;SAR=5;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976554;STB=0.617515;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0259958;OID=.;OPOS=11174753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:41:25:22:18:19:0.463415:5:13:16:9:5:14:12:10 chr12 11183042 . C G 40.62 PASS AF=0.0671642;AO=18;DP=268;FAO=18;FDP=268;FR=.;FRO=250;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=150;FSRR=100;FWDB=0.0320302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0384;QD=0.606339;RBI=0.0335629;REFB=0.000566875;REVB=-0.0100267;RO=250;SAF=3;SAR=15;SRF=150;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448551;STB=0.868951;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0126191;OID=.;OPOS=11183042;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:268:268:250:250:18:18:0.0671642:15:3:150:100:15:3:150:100 chr12 11183451 . A T 490.89 PASS AF=0.398551;AO=55;DP=138;FAO=55;FDP=138;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.050693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0248;QD=14.2288;RBI=0.0626799;REFB=-0.00698392;REVB=-0.0368645;RO=83;SAF=27;SAR=28;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289381;STB=0.516327;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00886537;OID=.;OPOS=11183451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:83:83:55:55:0.398551:28:27:43:40:28:27:43:40 chr12 11183576 . T C 47.78 PASS AF=0.11;AO=11;DP=100;FAO=11;FDP=100;FR=.;FRO=89;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.00728216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1553;QD=1.91105;RBI=0.0169535;REFB=-0.000193186;REVB=-0.0153099;RO=88;SAF=6;SAR=5;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05453;STB=0.545372;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0012752;OID=.;OPOS=11183576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:100:100:88:89:11:11:0.11:5:6:44:44:5:6:44:45 chr12 11183642 . A G 110.05 PASS AF=0.2;AO=18;DP=90;FAO=18;FDP=90;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0115875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3222;QD=4.89114;RBI=0.011963;REFB=-0.00287746;REVB=-0.00297373;RO=71;SAF=9;SAR=9;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976559;STB=0.555495;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0116832;OID=.;OPOS=11183642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:71:72:18:18:0.2:9:9:41:30:9:9:41:31 chr12 11183676 . C T 139.52 PASS AF=0.27027;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0170126;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2161;QD=7.54151;RBI=0.0211919;REFB=-0.0131196;REVB=-0.012636;RO=54;SAF=10;SAR=10;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896361;STB=0.554001;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0225943;OID=.;OPOS=11183676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:54:54:20:20:0.27027:10:10:31:23:10:10:31:23 chr12 11183697 . C A 80.31 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.041342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2324;QD=5.18104;RBI=0.0414;REFB=-0.00788424;REVB=-0.0021905;RO=49;SAF=6;SAR=7;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110297;STB=0.570263;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.023349;OID=.;OPOS=11183697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:49:49:13:13:0.209677:7:6:27:22:7:6:27:22 chr12 11183708 . T C 69.8 PASS AF=0.2;AO=12;DP=59;FAO=11;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00821232;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0031;QD=5.07633;RBI=0.0553124;REFB=-0.00168172;REVB=0.0546994;RO=38;SAF=5;SAR=7;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163747;STB=0.625189;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0108147;OID=.;OPOS=11183708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:59:55:38:44:12:11:0.2:7:5:21:17:6:5:27:17 chr12 11183722 . A C 56.03 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=61;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.00642611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.0797;QD=3.6147;RBI=0.00643729;REFB=-0.00441825;REVB=0.000379185;RO=51;SAF=4;SAR=6;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251978;STB=0.67467;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0224626;OID=.;OPOS=11183722;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:62:51:52:10:10:0.16129:6:4:31:20:6:4:32:20 chr12 11183752 . T C 44.51 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00916165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.19;QD=3.12357;RBI=0.0138717;REFB=-0.00664444;REVB=0.0104157;RO=49;SAF=3;SAR=5;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257412;STB=0.68042;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0202522;OID=.;OPOS=11183752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:49:49:8:8:0.140351:5:3:29:20:5:3:29:20 chr12 11244166 . G C 1301.59 PASS AF=0.926316;AO=88;DP=95;FAO=88;FDP=95;FR=.;FRO=7;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.000104149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.004;QD=54.8037;RBI=0.000965564;REFB=-0.0291703;REVB=-0.000959931;RO=7;SAF=47;SAR=41;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252591;STB=0.513361;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0030827;OID=.;OPOS=11244166;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:95:95:7:7:88:88:0.926316:41:47:5:2:41:47:5:2 chr12 11244194 . T C 1210.46 PASS AF=0.922222;AO=82;DP=91;FAO=83;FDP=90;FR=.;FRO=7;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0148244;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.665;QD=53.7983;RBI=0.0149556;REFB=-0.00537;REVB=-0.0019771;RO=6;SAF=44;SAR=38;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168692;STB=0.51351;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.000288973;OID=.;OPOS=11244194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:91:90:6:7:82:83:0.922222:38:44:4:2:38:45:5:2 chr12 11244725 . C G 623.96 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0340445;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.996;QD=59.4248;RBI=0.0359543;REFB=-0.0216635;REVB=0.0115622;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199652;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000563167;OID=.;OPOS=11244725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:23:18:0:1:23:18:0:1 chr12 11338613 . CA GG 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00984036;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=318.309;QD=62.3509;RBI=0.0178264;REFB=0;REVB=0.0148643;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.68068e-06;OID=.;OPOS=11338613;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr12 11338781 . C A 1823.75 PASS AF=0.991736;AO=119;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0313327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0892;QD=60.2893;RBI=0.047967;REFB=0.101959;REVB=-0.0363193;RO=1;SAF=51;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00922233;STB=0.504854;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000884556;OID=.;OPOS=11338781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:119:120:0.991736:68:51:1:0:69:51:1:0 chr12 11338957 . A G 365.53 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2986;QD=54.1522;RBI=0.0342192;REFB=0;REVB=-0.0101086;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218013;OID=.;OPOS=11338957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:14:11:0:0:16:11:0:0 chr12 11338983 . T C 214.76 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0402221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.728;QD=45.2119;RBI=0.0402234;REFB=-0.200953;REVB=0.000325475;RO=1;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367456;STB=0.519978;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00123999;OID=.;OPOS=11338983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:19:1:1:18:18:0.947368:12:6:0:1:12:6:0:1 chr12 11339020 . T A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.582;QD=42.1826;RBI=0.0299218;REFB=0;REVB=0.00496459;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187005;OID=.;OPOS=11339020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr12 11418954 . A G 233.41 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.00647266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.238;QD=12.7894;RBI=0.0151577;REFB=-0.00839706;REVB=0.0137062;RO=45;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251862;STB=0.64358;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0141629;OID=.;OPOS=11418954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:12:16:15:30:12:16:15:30 chr12 11461292 . C G 61.23 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.368;QD=34.9886;RBI=0.0588649;REFB=0;REVB=-0.058175;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197766;OID=.;OPOS=11461292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:2:4:0:0:2:5:0:0 chr12 11462275 . A G 1396.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00299398;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.535;QD=62.7615;RBI=0.0122955;REFB=0;REVB=0.0119254;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00547e-06;OID=.;OPOS=11462275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:47:42:0:0:47:42:0:0 chr12 11506893 . C T 50.11 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.3276;QD=33.4086;RBI=0.070719;REFB=0;REVB=-0.0248277;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00414768;OID=.;OPOS=11506893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr12 12044393 . T TTA 157.97 PASS AF=0.19708;AO=24;DP=173;FAO=27;FDP=137;FR=.;FRO=110;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=54;FSRR=56;FWDB=-0.0145939;FXX=0.0283668;HRUN=2;LEN=2;MLLD=258.501;QD=4.61211;RBI=0.0463669;REFB=-0.00964397;REVB=-0.0440103;RO=149;SAF=19;SAR=5;SRF=73;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392805;STB=0.708502;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=0.0286949;OID=.;OPOS=12044394;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.19708:24:173:27:137:110:20:7:54:56:99:149:19:5:73:76 chr12 12045264 . G T 460.54 PASS AF=0.480392;AO=47;DP=100;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=44;FSRF=13;FSRR=40;FWDB=0.0138586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.015;QD=18.0604;RBI=0.0194979;REFB=-0.0183468;REVB=0.0137152;RO=51;SAF=4;SAR=43;SRF=11;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281779;STB=0.65339;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0208186;OID=.;OPOS=12045264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:51:53:47:49:0.480392:43:4:11:40:44:5:13:40 chr12 12230938 . C G 490.22 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0492586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.695;QD=57.6727;RBI=0.0492652;REFB=0;REVB=0.00080523;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379941;OID=.;OPOS=12230938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:18:15:0:0:18:16:0:0 chr12 12240199 . C T 510.98 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00763692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.998;QD=21.2907;RBI=0.0132597;REFB=0.000610987;REVB=-0.0108396;RO=47;SAF=29;SAR=20;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110791;STB=0.561265;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.000622538;OID=.;OPOS=12240199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:47:49:49:0.510417:20:29:22:25:20:29:22:25 chr12 12274317 . TGG TG,T,TGT 524.81 PASS AF=0.868132,0,0.131868;AO=28,10,12;DP=91;FAO=79,0,12;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0,0;FSAR=41,0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.10888,0.559544,0.103594;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=7.10067,9.20184,218.131;QD=23.0686;RBI=1.11039,0.560244,0.118465;REFB=-0.00129503,-0.00185921,-0.0214158;REVB=-0.0580392,-0.0279995,-0.0574664;RO=32;SAF=2,0,0;SAR=26,10,12;SRF=28;SRR=4;SSEN=0.75,0.75,0;SSEP=0.309524,0.309524,0;SSSB=-0.761193,-0.847396,-0.855202;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0144145,-0.0463388,0.137555;OID=.,.,.;OPOS=12274318,12274318,12274319;OREF=G,GG,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=TG,T,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.868132,0,0.131868:28,10,12:91:79,0,12:91:0:38,0,0:41,0,12:0:0:58:32:2,0,0:26,10,12:28:4 chr12 12301898 . C T 1245.65 PASS AF=1;AO=77;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123074;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2526;QD=61.5134;RBI=0.0171053;REFB=0;REVB=0.0118793;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.016663;OID=.;OPOS=12301898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:77:81:1:46:31:0:0:49:32:0:0 chr12 12483275 . G A 346.26 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.0189438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2115;QD=16.8905;RBI=0.0255578;REFB=0.0136754;REVB=0.0171561;RO=45;SAF=21;SAR=16;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146893;STB=0.581976;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0158233;OID=.;OPOS=12483275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:16:21:32:13:16:21:32:13 chr12 12483473 . G A 90.04 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0173728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.132;QD=5.9041;RBI=0.0178619;REFB=-0.0141914;REVB=0.00415155;RO=47;SAF=11;SAR=3;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341863;STB=0.71768;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.025336;OID=.;OPOS=12483473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:61:61:47:47:14:14:0.229508:3:11:25:22:3:11:25:22 chr12 12483713 . A G 298.74 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0575193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5194;QD=23.8993;RBI=0.0589945;REFB=0.000283809;REVB=-0.0131103;RO=23;SAF=13;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111291;STB=0.561803;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.000851258;OID=.;OPOS=12483713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:14:13:8:15:14:13:8:15 chr12 12509865 . C T 86.86 PASS AF=0.423077;AO=9;DP=24;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0150084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.16;QD=13.3633;RBI=0.0200889;REFB=-0.00619131;REVB=-0.0133533;RO=15;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460438;STB=0.793558;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0120142;OID=.;OPOS=12509865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:24:26:15:15:9:11:0.423077:2:7:5:10:2:9:5:10 chr12 12510003 . G A 417.11 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.000622362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.167;QD=15.4485;RBI=0.0138465;REFB=-0.00920922;REVB=0.0138325;RO=60;SAF=33;SAR=14;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184093;STB=0.609226;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00783355;OID=.;OPOS=12510003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:61:47:47:0.435185:14:33:32:28:14:33:32:29 chr12 12510097 . C T 684.63 PASS AF=0.469388;AO=68;DP=146;FAO=69;FDP=147;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.0213181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3763;QD=18.6294;RBI=0.0213346;REFB=-0.000369141;REVB=-0.000839229;RO=78;SAF=31;SAR=37;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019437;STB=0.507181;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.000614555;OID=.;OPOS=12510097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:78:78:68:69:0.469388:37:31:34:44:38:31:34:44 chr12 12618690 . G A 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00693791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.317;QD=24.0732;RBI=0.0212471;REFB=-0.0282847;REVB=0.0200824;RO=7;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351849;STB=0.701766;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0134338;OID=.;OPOS=12618690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:11:2:4:3:11:2:4:3 chr12 12814330 . T C 793.62 PASS AF=0.543478;AO=75;DP=138;FAO=75;FDP=138;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.00255875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.0486;QD=23.0034;RBI=0.00882223;REFB=0.00239012;REVB=0.00844302;RO=63;SAF=30;SAR=45;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157091;STB=0.585983;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00236733;OID=.;OPOS=12814330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:63:63:75:75:0.543478:45:30:37:26:45:30:37:26 chr12 12814818 . C T 1607.75 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210789;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.435;QD=60.103;RBI=0.0215258;REFB=0;REVB=0.00436334;RO=0;SAF=41;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129147;OID=.;OPOS=12814818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:65:41:0:0:66:41:0:0 chr12 12879254 . T G 97.74 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.129676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4548;QD=9.53607;RBI=0.130321;REFB=-0.0221657;REVB=0.0129518;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142557;STB=0.546489;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.039894;OID=.;OPOS=12879254;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:39:41:26:28:13:13:0.317073:8:5:7:19:8:5:9:19 chr12 12941884 . C T 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00480161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.979;QD=61.5359;RBI=0.0159502;REFB=0;REVB=-0.0152103;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34604e-05;OID=.;OPOS=12941884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr12 12941956 . A ATCCT 331.04 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00497173;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=4;MLLD=304.369;QD=20.6898;RBI=0.00577162;REFB=-0.0131284;REVB=-0.00293146;RO=37;SAF=14;SAR=20;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145493;STB=0.57297;STBP=0.239;TYPE=ins;VARB=0.0100759;OID=.;OPOS=12941957;OREF=-;OALT=TCCT;OMAPALT=ATCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125:34:72:34:64:30:14:20:17:13:99:37:14:20:21:16 chr12 12967127 . C T 936.64 PASS AF=0.466981;AO=98;DP=211;FAO=99;FDP=212;FR=.;FRO=113;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=50;FSRR=63;FWDB=0.013986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9326;QD=17.6724;RBI=0.0365781;REFB=0.00614413;REVB=-0.0337986;RO=113;SAF=55;SAR=43;SRF=50;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114915;STB=0.565643;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00695781;OID=.;OPOS=12967127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:212:113:113:98:99:0.466981:43:55:50:63:43:56:50:63 chr12 13028436 . G A 230.78 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0112877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.732;QD=17.7527;RBI=0.011697;REFB=-0.0178525;REVB=-0.00306734;RO=26;SAF=15;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194598;STB=0.59992;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0203101;OID=.;OPOS=13028436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:25:25:0.480769:10:15:10:16:10:15:11:16 chr12 13028653 . A G 314.88 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.168;QD=52.4792;RBI=0.0353918;REFB=0;REVB=-0.0066764;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000964264;OID=.;OPOS=13028653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:20:24:1:15:5:0:0:15:9:0:0 chr12 13136623 . T C 332.33 PASS AF=0.557377;AO=33;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00212145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.137;QD=21.7922;RBI=0.0100815;REFB=-0.000722996;REVB=-0.00985573;RO=22;SAF=20;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112245;STB=0.561906;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000525471;OID=.;OPOS=13136623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:27:33:34:0.557377:13:20:10:12:13:21:13:14 chr12 13208552 . C T 675.85 PASS AF=0.644444;AO=58;DP=90;FAO=58;FDP=90;FR=.;FRO=32;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0240157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4168;QD=30.0377;RBI=0.0352312;REFB=0.00242519;REVB=-0.0257776;RO=32;SAF=38;SAR=20;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149673;STB=0.581292;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00141409;OID=.;OPOS=13208552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:32:32:58:58:0.644444:20:38:14:18:20:38:14:18 chr12 13214537 . A G 361.08 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0112475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.425;QD=15.2035;RBI=0.0141388;REFB=-0.0181036;REVB=-0.00856732;RO=56;SAF=16;SAR=23;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382945;STB=0.52163;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0314643;OID=.;OPOS=13214537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:23:16:21:35:23:16:21:35 chr12 13221606 . T C 959.03 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229406;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.7928;QD=59.017;RBI=0.0235087;REFB=0;REVB=-0.00513721;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000244509;OID=.;OPOS=13221606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:35:29:0:0:36:29:0:0 chr12 13349823 . C T 262.76 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0316769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1567;QD=15.0146;RBI=0.0357769;REFB=-0.0149528;REVB=0.0166301;RO=40;SAF=10;SAR=20;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316813;STB=0.679127;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0346676;OID=.;OPOS=13349823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:20:10:26:14:20:10:26:14 chr12 13369574 . A G 171.24 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=75;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=0.0140993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.759;QD=9.13293;RBI=0.0143779;REFB=0.000604858;REVB=-0.00281678;RO=52;SAF=16;SAR=7;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00461648;STB=0.50273;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.00140309;OID=.;OPOS=13369574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:52:52:23:23:0.306667:7:16:36:16:7:16:36:16 chr12 13527882 . G A 1566.2 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.955;QD=63.9264;RBI=0.0386352;REFB=0;REVB=0.00104509;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134479;OID=.;OPOS=13527882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:98:0:0:91:98:1:51:40:0:0:52:46:0:0 chr12 13593879 . G A 190.26 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0202714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.822;QD=21.7443;RBI=0.020325;REFB=-0.0228182;REVB=0.00147463;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214157;STB=0.512035;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0155521;OID=.;OPOS=13593879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:10:9:8:8:10:9:8:8 chr12 13715975 . A G 194.02 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00878647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.081;QD=16.8712;RBI=0.0241116;REFB=-0.00632501;REVB=0.0224537;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17478;STB=0.5999;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0108552;OID=.;OPOS=13715975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:12:8:15:11:12:8:15:11 chr12 13716607 . C T 82.31 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0345175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9014;QD=8.89785;RBI=0.0347011;REFB=-0.0044116;REVB=-0.00356448;RO=26;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159583;STB=0.597809;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0139746;OID=.;OPOS=13716607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:7:4:13:13:7:4:13:13 chr12 13717508 . G A 556.35 PASS AF=0.530612;AO=50;DP=96;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00986606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.997;QD=22.7082;RBI=0.0287821;REFB=-0.00917196;REVB=0.0270384;RO=45;SAF=20;SAR=30;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190577;STB=0.586821;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00555037;OID=.;OPOS=13717508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:45:46:50:52:0.530612:30:20:28:17:30:22:28:18 chr12 13761741 . G A 672.59 PASS AF=0.496296;AO=66;DP=137;FAO=67;FDP=135;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.00550527;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4049;QD=19.9286;RBI=0.0121868;REFB=-0.00156457;REVB=-0.0108725;RO=68;SAF=23;SAR=43;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145473;STB=0.574367;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00170783;OID=.;OPOS=13761741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:135:68:68:66:67:0.496296:43:23:34:34:43:24:34:34 chr12 13836561 . T A 283.43 PASS AF=0.457143;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00272889;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8066;QD=16.196;RBI=0.00450612;REFB=-0.0115639;REVB=0.00358585;RO=37;SAF=19;SAR=12;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456006;STB=0.541019;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0174677;OID=.;OPOS=13836561;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:38:31:32:0.457143:12:19:21:16:12:20:21:17 chr12 13836649 . C T 67.5 PASS AF=0.176471;AO=12;DP=69;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-7.44155e-05;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.303;QD=3.97039;RBI=0.0164059;REFB=0.00277729;REVB=-0.0164058;RO=53;SAF=3;SAR=9;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390198;STB=0.738403;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00536734;OID=.;OPOS=13836649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:69:68:53:56:12:12:0.176471:9:3:30:23:9:3:30:26 chr12 13836650 . G A 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00424364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.265;QD=17.2231;RBI=0.00944137;REFB=-0.000234441;REVB=-0.00843392;RO=36;SAF=17;SAR=15;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133831;STB=0.574908;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000132809;OID=.;OPOS=13836650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:15:17:14:22:15:17:14:22 chr12 14577892 . A T 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00620722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7291;QD=19.6683;RBI=0.0389633;REFB=0.0125733;REVB=0.0384657;RO=19;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491355;STB=0.52783;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.0112177;OID=.;OPOS=14577892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:12:7:8:11:12:7:8:11 chr12 14656768 . G C 1212.79 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0455931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7232;QD=59.8909;RBI=0.0456269;REFB=-0.0596606;REVB=-0.00175522;RO=0;SAF=59;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2002e-08;STB=0.511625;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00281484;OID=.;OPOS=14656768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:21:59:0:0:21:59:0:1 chr12 14664595 . A G 194.33 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0353557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9672;QD=12.3385;RBI=0.0378748;REFB=-0.00514981;REVB=0.0135822;RO=39;SAF=12;SAR=12;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965426;STB=0.55551;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00496994;OID=.;OPOS=14664595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:12:12:23:16:12:12:23:16 chr12 14688644 . C T 1731.22 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.25;QD=60.7446;RBI=0.0486294;REFB=0;REVB=-0.0286036;RO=0;SAF=61;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022235;OID=.;OPOS=14688644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:53:61:0:0:53:61:0:0 chr12 14794062 . G A 1514.4 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7949;QD=62.4495;RBI=0.0278862;REFB=-0.0347979;REVB=-0.0224975;RO=1;SAF=44;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010656;STB=0.505617;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00168415;OID=.;OPOS=14794062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:52:44:1:0:52:44:1:0 chr12 14827463 . AATC A 1528.07 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00482986;FXX=0.0158718;HRUN=2;LEN=3;MLLD=344.127;QD=49.2925;RBI=0.00515862;REFB=0;REVB=0.00181212;RO=0;SAF=79;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.50438e-05;OID=.;OPOS=14827464;OREF=ATC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:124:126:124:124:0:79:45:0:0:27:0:79:45:0:0 chr12 14829893 . A C 4332.05 PASS AF=0.989324;AO=276;DP=279;FAO=278;FDP=281;FR=.;FRO=3;FSAF=105;FSAR=173;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0552781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8851;QD=61.6662;RBI=0.0654976;REFB=-0.129468;REVB=0.0351322;RO=3;SAF=103;SAR=173;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000873535;STB=0.500504;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00135654;OID=.;OPOS=14829893;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:279:281:3:3:276:278:0.989324:173:103:1:2:173:105:1:2 chr12 14927825 . C G 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00962359;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.186;QD=8.88633;RBI=0.0191819;REFB=-0.00219586;REVB=-0.0165931;RO=37;SAF=5;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186353;STB=0.613178;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00546759;OID=.;OPOS=14927825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:10:5:18:19:10:5:18:19 chr12 14927882 . A G 32.11 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0591937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3924;QD=2.56854;RBI=0.0982798;REFB=-0.00338148;REVB=-0.0784539;RO=44;SAF=1;SAR=5;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322688;STB=0.753021;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0150764;OID=.;OPOS=14927882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:5:1:18:26:5:1:18:26 chr12 14927994 . T C 514.53 PASS AF=0.626667;AO=47;DP=75;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0303936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6541;QD=27.4416;RBI=0.0538282;REFB=0.00694778;REVB=-0.0444264;RO=28;SAF=26;SAR=21;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611654;STB=0.533319;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.00778346;OID=.;OPOS=14927994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:28:28:47:47:0.626667:21:26:13:15:21:26:13:15 chr12 14928016 . G T 538.73 PASS AF=0.71875;AO=43;DP=65;FAO=46;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00909626;FXX=0.0302984;HRUN=6;LEN=1;MLLD=189.305;QD=33.6707;RBI=0.00910553;REFB=-0.0942555;REVB=-0.000410784;RO=9;SAF=27;SAR=16;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925446;STB=0.524128;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0313159;OID=.;OPOS=14928016;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:65:64:9:13:43:46:0.71875:16:27:8:1:19:27:9:4 chr12 14929721 . C T 220.92 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00657862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5876;QD=18.0339;RBI=0.036714;REFB=-0.0080051;REVB=-0.0361198;RO=27;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00168751;STB=0.500959;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00756038;OID=.;OPOS=14929721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:13:9:11:16:13:9:11:16 chr12 14929872 . A G 1548.64 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.625;QD=63.8613;RBI=0.0428086;REFB=0;REVB=0.0213119;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123369;OID=.;OPOS=14929872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:50:47:0:0:50:47:0:0 chr12 14930055 . G T 380.55 PASS AF=0.5;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00733497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.108;QD=19.5153;RBI=0.049864;REFB=-0.0123129;REVB=-0.0493216;RO=37;SAF=13;SAR=26;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257188;STB=0.63151;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0119174;OID=.;OPOS=14930055;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:37:39:39:39:0.5:26:13:23:14:26:13:23:16 chr12 14959391 . T C 451.27 PASS AF=0.414634;AO=51;DP=123;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.00867631;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.258;QD=14.6755;RBI=0.00880242;REFB=-0.0020316;REVB=0.00148463;RO=72;SAF=25;SAR=26;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535066;STB=0.530093;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00271011;OID=.;OPOS=14959391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:72:72:51:51:0.414634:26:25:39:33:26:25:39:33 chr12 14976063 . A G 296.72 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00687459;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.678;QD=15.617;RBI=0.00768333;REFB=0.00385182;REVB=-0.00343126;RO=43;SAF=17;SAR=16;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966193;STB=0.554462;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00485531;OID=.;OPOS=14976063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:16:17:18:25:16:17:18:25 chr12 14976065 . A T 54.23 PASS AF=0.142857;AO=11;DP=77;FAO=11;FDP=77;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0225136;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.644;QD=2.81709;RBI=0.0421643;REFB=-0.0301124;REVB=-0.0356506;RO=63;SAF=4;SAR=7;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141487;STB=0.605574;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.167165;OID=.;OPOS=14976065;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:77:77:63:66:11:11:0.142857:7:4:30:33:7:4:32:34 chr12 14976178 . T A 555.2 PASS AF=0.625;AO=50;DP=80;FAO=50;FDP=80;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0203007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.72;QD=27.7601;RBI=0.0291108;REFB=-0.00900696;REVB=0.0208643;RO=30;SAF=21;SAR=29;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213561;STB=0.616061;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00825824;OID=.;OPOS=14976178;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:30:30:50:50:0.625:29:21:22:8:29:21:22:8 chr12 14976417 . CTA C 43.67 PASS AF=0.75;AO=5;DP=7;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=352.007;QD=21.8365;RBI=0.0232444;REFB=-0.0245403;REVB=0.0232444;RO=2;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00723035;OID=.;OPOS=14976418;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:5:7:6:8:2:0:6:0:2:10:2:0:5:0:2 chr12 14993439 . C T 352.15 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.00289643;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.103;QD=13.81;RBI=0.00640651;REFB=0.00554686;REVB=-0.00571438;RO=62;SAF=23;SAR=18;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821218;STB=0.551269;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00783374;OID=.;OPOS=14993439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:62:61:41:41:0.401961:18:23:30:32:18:23:29:32 chr12 14993608 . G A 381.4 PASS AF=0.365079;AO=46;DP=126;FAO=46;FDP=126;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.000138114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.801;QD=12.1079;RBI=0.000322841;REFB=-0.0108363;REVB=-0.000291806;RO=79;SAF=24;SAR=22;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170847;STB=0.513806;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0173432;OID=.;OPOS=14993608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:79:80:46:46:0.365079:22:24:40:39:22:24:40:40 chr12 14993854 . A G 350.88 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0205448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.417;QD=20.6401;RBI=0.0263134;REFB=0.00259337;REVB=-0.016441;RO=32;SAF=18;SAR=18;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132979;STB=0.573489;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00520797;OID=.;OPOS=14993854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:18:18:21:11:18:18:21:11 chr12 15035081 . T C 607.86 PASS AF=0.440789;AO=65;DP=151;FAO=67;FDP=152;FR=.;FRO=85;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=0.00705799;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.524;QD=15.9964;RBI=0.0141594;REFB=0.00191451;REVB=0.0122749;RO=86;SAF=36;SAR=29;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00442763;STB=0.507057;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00357007;OID=.;OPOS=15035081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:86:85:65:67:0.440789:29:36:48:38:30:37:48:37 chr12 15081897 . AG CA,CG 936.11 PASS AF=0.454545,0.545455;AO=30,36;DP=66;FAO=30,36;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=13,12;FSAR=17,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107827,0.0154356;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=104.725,109.419;QD=56.7341;RBI=0.0395346,0.0382821;REFB=0,0;REVB=-0.0380357,-0.0350322;RO=0;SAF=13,12;SAR=17,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.63861e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00196461,0.00705594;OID=.,.;OPOS=15081897,15081897;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:66:66:0:0:30,36:30,36:0.454545,0.545455:17,24:13,12:0:0:17,24:13,12:0:0 chr12 15095558 . C G 509.58 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0106186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.442;QD=21.0138;RBI=0.0120318;REFB=-0.0160109;REVB=0.00565786;RO=48;SAF=18;SAR=31;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231019;STB=0.627796;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0185283;OID=.;OPOS=15095558;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:31:18:30:18:31:18:30:18 chr12 15103605 . A G 1931.91 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1383;QD=61.8211;RBI=0.0493932;REFB=0;REVB=0.0337349;RO=0;SAF=73;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268326;OID=.;OPOS=15103605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:52:73:0:0:52:73:0:0 chr12 15134353 . A G 671.99 PASS AF=0.565217;AO=65;DP=115;FAO=65;FDP=115;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00497461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5638;QD=23.3736;RBI=0.00499129;REFB=-0.00714098;REVB=0.000407619;RO=50;SAF=23;SAR=42;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121955;STB=0.566749;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00584246;OID=.;OPOS=15134353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:50:50:65:65:0.565217:42:23:25:25:42:23:25:25 chr12 15262179 . G A 292.28 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00356845;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.54;QD=14.2574;RBI=0.00964048;REFB=-0.0153445;REVB=0.00895572;RO=49;SAF=20;SAR=13;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165812;STB=0.594296;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0157814;OID=.;OPOS=15262179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:49:49:33:33:0.402439:13:20:22:27:13:20:22:27 chr12 15262392 . G A 113.76 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0560228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.627;QD=7.98344;RBI=0.057081;REFB=0.00535203;REVB=-0.0109403;RO=41;SAF=3;SAR=13;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297588;STB=0.683952;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0109477;OID=.;OPOS=15262392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:13:3:16:25:13:3:16:25 chr12 15669737 . T C 656.07 PASS AF=0.462069;AO=67;DP=144;FAO=67;FDP=145;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.00179363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.969;QD=18.0985;RBI=0.00260386;REFB=-0.00550574;REVB=-0.00188759;RO=77;SAF=33;SAR=34;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384642;STB=0.517797;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00631171;OID=.;OPOS=15669737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:77:78:67:67:0.462069:34:33:41:36:34:33:41:37 chr12 15749179 . C A 185.48 PASS AF=0.284091;AO=25;DP=87;FAO=25;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0225377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.863;QD=8.43086;RBI=0.0232436;REFB=-0.00822375;REVB=0.00568468;RO=62;SAF=10;SAR=15;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214304;STB=0.632183;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0174666;OID=.;OPOS=15749179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:62:63:25:25:0.284091:15:10:36:26:15:10:37:26 chr12 15777282 . G A 114.3 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=67;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.0228154;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.61;QD=6.92732;RBI=0.0234276;REFB=-0.00556849;REVB=0.0053209;RO=49;SAF=11;SAR=6;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00799988;STB=0.504887;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0171116;OID=.;OPOS=15777282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:49:49:17:17:0.257576:6:11:32:17:6:11:32:17 chr12 15813614 . C A 843.47 PASS AF=0.426606;AO=93;DP=219;FAO=93;FDP=218;FR=.;FRO=125;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=55;FSRR=70;FWDB=-0.0149984;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.556;QD=15.4766;RBI=0.0163776;REFB=-0.00593093;REVB=-0.0065783;RO=122;SAF=37;SAR=56;SRF=52;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299509;STB=0.524959;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00755587;OID=.;OPOS=15813614;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:122:125:93:93:0.426606:56:37:52:70:56:37:55:70 chr12 16189694 . T A 2045.89 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.188;QD=62.4698;RBI=0.0190348;REFB=0;REVB=-0.0044689;RO=0;SAF=52;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2673e-05;OID=.;OPOS=16189694;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:79:52:0:0:79:52:0:0 chr12 16347308 . G A 693.85 PASS AF=0.37963;AO=82;DP=216;FAO=82;FDP=216;FR=.;FRO=134;FSAF=53;FSAR=29;FSRF=61;FSRR=73;FWDB=-0.0169884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2446;QD=12.849;RBI=0.0416711;REFB=-0.00400043;REVB=-0.038051;RO=127;SAF=53;SAR=29;SRF=55;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23227;STB=0.620494;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00463185;OID=.;OPOS=16347308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:127:134:82:82:0.37963:29:53:55:72:29:53:61:73 chr12 16369828 . A T 920.06 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.009765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.817;QD=58.4162;RBI=0.028854;REFB=0;REVB=0.0271514;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50568e-05;OID=.;OPOS=16369828;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr12 16397677 . G A 2384.59 PASS AF=0.993671;AO=156;DP=157;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0027907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.029;QD=60.3694;RBI=0.00685636;REFB=-0.0816875;REVB=-0.00626272;RO=1;SAF=75;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630122;STB=0.503268;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-1.98809e-05;OID=.;OPOS=16397677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:158:1:1:156:157:0.993671:81:75:1:0:81:76:1:0 chr12 16397734 . C A 413.44 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.0269034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2608;QD=15.0343;RBI=0.0271287;REFB=0.00269686;REVB=-0.00348894;RO=63;SAF=21;SAR=26;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685619;STB=0.538445;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00394052;OID=.;OPOS=16397734;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:63:47:47:0.427273:26:21:24:39:26:21:24:39 chr12 16430284 . G A 868.2 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0435946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.693;QD=57.8798;RBI=0.0457514;REFB=0;REVB=0.0138815;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.97019e-05;OID=.;OPOS=16430284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr12 18435398 . GCCC G 55.64 PASS AF=0.357143;AO=8;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00842251;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=55.6282;QD=7.94924;RBI=0.0504341;REFB=-0.00581681;REVB=-0.0497258;RO=18;SAF=1;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.472222;SSSB=-0.602754;STB=0.7994;STBP=0.019;TYPE=del;VARB=0.010735;OID=.;OPOS=18435399;OREF=CCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:8:28:10:28:18:2:8:12:6:55:18:1:7:12:6 chr12 18435452 . C T 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0136115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.95;QD=11.1314;RBI=0.0146206;REFB=-0.0228645;REVB=0.00533741;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411477;STB=0.744218;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0385388;OID=.;OPOS=18435452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:7:3:12:5:7:3:12:5 chr12 18649057 . C T 183.42 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0151863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.833;QD=13.3399;RBI=0.0151939;REFB=0.00397269;REVB=0.000480737;RO=32;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129425;STB=0.581746;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00673296;OID=.;OPOS=18649057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:22:22:0.4:11:11:12:20:11:11:12:21 chr12 18691183 . T TTGCTGTCG 377.77 PASS AF=0.322368;AO=49;DP=159;FAO=49;FDP=152;FR=.;FRO=103;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=55;FSRR=48;FWDB=-0.0153774;FXX=0.0256394;HRUN=3;LEN=8;MLLD=326.576;QD=9.94143;RBI=0.0175847;REFB=-0.0025288;REVB=0.00852972;RO=107;SAF=19;SAR=30;SRF=57;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172086;STB=0.599635;STBP=0.105;TYPE=ins;VARB=0.00439414;OID=.;OPOS=18691184;OREF=-;OALT=TGCTGTCG;OMAPALT=TTGCTGTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322368:49:159:49:152:103:19:30:55:48:99:107:19:30:57:50 chr12 19329270 . G A 183.21 PASS AF=0.268817;AO=25;DP=94;FAO=25;FDP=93;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.00994584;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.772;QD=7.87986;RBI=0.0348142;REFB=-6.40599e-05;REVB=0.0333633;RO=67;SAF=17;SAR=8;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31616;STB=0.684514;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=6.04023e-05;OID=.;OPOS=19329270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:67:68:25:25:0.268817:8:17:28:39:8:17:29:39 chr12 19329493 . T C 81.95 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0924745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1686;QD=8.62642;RBI=0.0928388;REFB=0.0024359;REVB=-0.00821623;RO=26;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175256;STB=0.615568;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00297486;OID=.;OPOS=19329493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:26:27:11:11:0.289474:6:5:8:18:6:5:8:19 chr12 19511239 . G T 357.88 PASS AF=0.383929;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=0.00575452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8995;QD=12.7812;RBI=0.0102449;REFB=0.0115986;REVB=-0.00847599;RO=68;SAF=18;SAR=25;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908052;STB=0.545434;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.0219267;OID=.;OPOS=19511239;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:68:69:43:43:0.383929:25:18:23:45:25:18:24:45 chr12 19598956 . C A 301.06 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=55;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.066682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1842;QD=21.5045;RBI=0.070744;REFB=-0.00780993;REVB=-0.0236267;RO=25;SAF=9;SAR=21;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162127;STB=0.594531;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00362883;OID=.;OPOS=19598956;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:25:30:31:0.553571:21:9:12:13:22:9:12:13 chr12 19626205 . T C 187.93 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0361558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.34;QD=10.8942;RBI=0.0373315;REFB=-0.00832786;REVB=0.00929487;RO=43;SAF=14;SAR=10;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131049;STB=0.561992;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.013519;OID=.;OPOS=19626205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:45:24:24:0.347826:10:14:20:23:10:14:22:23 chr12 20704503 . CG C 748.06 PASS AF=0.662162;AO=89;DP=149;FAO=98;FDP=148;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=91;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0462211;FXX=0.00671096;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.1382;QD=20.2177;RBI=0.0473963;REFB=-0.0893921;REVB=0.010489;RO=52;SAF=0;SAR=89;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.887576;STB=0.806814;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0843583;OID=.;OPOS=20704504;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.662162:89:149:98:148:50:7:91:29:21:99:52:0:89:31:21 chr12 20704509 . T G 730.24 PASS AF=0.538462;AO=70;DP=133;FAO=70;FDP=130;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=66;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0307498;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.935;QD=22.469;RBI=0.0357831;REFB=-0.0191501;REVB=-0.0182997;RO=63;SAF=4;SAR=66;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.660413;STB=0.875966;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0380144;OID=.;OPOS=20704509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:130:63:60:70:70:0.538462:66:4:35:28:66:4:35:25 chr12 20709659 . CT C 71.96 PASS AF=0.2875;AO=22;DP=81;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.114286;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.363;QD=3.59779;RBI=0.152265;REFB=-0.00449774;REVB=0.100614;RO=50;SAF=12;SAR=10;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999229;STB=0.546597;STBP=0.637;TYPE=del;VARB=0.0184666;OID=.;OPOS=20709660;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2875:22:81:23:80:57:12:11:26:31:71:50:12:10:23:27 chr12 20766559 . C T 1108.45 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0568483;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.726;QD=59.1175;RBI=0.0568492;REFB=-0.059334;REVB=-0.000327998;RO=1;SAF=21;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219909;STB=0.511625;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000114489;OID=.;OPOS=20766559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:1:1:74:74:0.986667:53:21:1:0:53:21:1:0 chr12 20903757 . T C 1505.96 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.742;QD=63.4088;RBI=0.0225668;REFB=0;REVB=0.00482182;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171212;OID=.;OPOS=20903757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:48:46:0:0:48:47:0:0 chr12 20905250 . C T 2034.94 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00633716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.207;QD=62.1355;RBI=0.0142415;REFB=0;REVB=0.0127539;RO=0;SAF=75;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19381e-05;OID=.;OPOS=20905250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:55:75:0:0:56:75:0:0 chr12 21011480 . T G 1572.99 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00885226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.757;QD=59.9233;RBI=0.0262276;REFB=0;REVB=0.0246886;RO=0;SAF=32;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81779e-05;OID=.;OPOS=21011480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:103:105:1:71:32:0:0:72:33:0:0 chr12 21011792 . A G 410.7 PASS AF=0.5;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00311798;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.821;QD=20.0341;RBI=0.0093364;REFB=-0.00765661;REVB=-0.00880038;RO=40;SAF=14;SAR=27;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170297;STB=0.589475;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00980938;OID=.;OPOS=21011792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:40:41:41:41:0.5:27:14:21:19:27:14:21:20 chr12 21011813 . C T 1606.71 PASS AF=1;AO=97;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0674216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6606;QD=64.2686;RBI=0.0720646;REFB=0;REVB=-0.0254487;RO=2;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017559;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000592804;OID=.;OPOS=21011813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:2:0:97:100:1:53:44:0:2:55:45:0:0 chr12 21013948 . C T 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.8459e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8193;QD=61.6812;RBI=0.0736678;REFB=0;REVB=-0.0736677;RO=0;SAF=30;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119304;OID=.;OPOS=21013948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:11:30:0:0:11:30:0:0 chr12 21015760 . G A 1970.83 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6518;QD=62.0735;RBI=0.024405;REFB=0;REVB=0.00975943;RO=0;SAF=66;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59685e-05;OID=.;OPOS=21015760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:61:66:0:0:61:66:0:0 chr12 21036411 . A G 1809.07 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0306053;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.474;QD=60.3022;RBI=0.0327714;REFB=-0.0571861;REVB=-0.0117166;RO=1;SAF=62;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0075998;STB=0.503999;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000224503;OID=.;OPOS=21036411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:120:1:1:119:119:0.991667:57:62:1:0:57:62:1:0 chr12 21054369 . G A 728.7 PASS AF=0.48;AO=72;DP=150;FAO=72;FDP=150;FR=.;FRO=78;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.0152938;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.726;QD=19.432;RBI=0.0155306;REFB=-0.0223812;REVB=-0.00270163;RO=78;SAF=43;SAR=29;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080969;STB=0.544806;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0237896;OID=.;OPOS=21054369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:78:78:72:72:0.48:29:43:40:38:29:43:40:38 chr12 21054918 . T C 380.97 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.00745675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.999;QD=14.3764;RBI=0.0404362;REFB=-0.0017333;REVB=0.0397427;RO=62;SAF=24;SAR=20;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369626;STB=0.520824;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00234416;OID=.;OPOS=21054918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:62:62:44:44:0.415094:20:24:36:26:20:24:36:26 chr12 21176135 . T C 3301.82 PASS AF=1;AO=211;DP=214;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125681;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1418;QD=62.006;RBI=0.154932;REFB=0;REVB=0.154422;RO=1;SAF=105;SAR=106;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447319;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020294;OID=.;OPOS=21176135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:213:1:0:211:213:1:106:105:0:1:107:106:0:0 chr12 21243001 . C T 269.4 PASS AF=0.43662;AO=30;DP=70;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0281151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.957;QD=15.1773;RBI=0.029275;REFB=0.0019504;REVB=0.00815893;RO=40;SAF=19;SAR=11;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282134;STB=0.664168;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00229579;OID=.;OPOS=21243001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:40:40:30:31:0.43662:11:19:14:26:11:20:14:26 chr12 21329738 . A G 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0755997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0609;QD=60.2268;RBI=0.0965014;REFB=0;REVB=0.0599767;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246547;OID=.;OPOS=21329738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr12 21331549 . T C 542.37 PASS AF=0.401274;AO=63;DP=157;FAO=63;FDP=157;FR=.;FRO=94;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=56;FSRR=38;FWDB=0.0295526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2774;QD=13.8183;RBI=0.0386986;REFB=-0.0231258;REVB=0.0249844;RO=94;SAF=31;SAR=32;SRF=56;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110213;STB=0.561951;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0339612;OID=.;OPOS=21331549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:94:94:63:63:0.401274:32:31:56:38:32:31:56:38 chr12 21331625 . C T 2358.05 PASS AF=1;AO=146;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446727;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.37;QD=63.731;RBI=0.0447091;REFB=0;REVB=-0.00180364;RO=0;SAF=76;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96177e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.83208e-05;OID=.;OPOS=21331625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:148:0:0:146:148:1:70:76:0:0:70:78:0:0 chr12 21428246 . A C 1769.69 PASS AF=0.618677;AO=159;DP=257;FAO=159;FDP=257;FR=.;FRO=98;FSAF=89;FSAR=70;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=0.038252;FXX=0.00387582;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.001;QD=27.5438;RBI=0.0740768;REFB=-0.0439067;REVB=0.0634363;RO=92;SAF=89;SAR=70;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484504;STB=0.522984;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0301185;OID=.;OPOS=21428246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:92:98:159:159:0.618677:70:89:45:47:70:89:49:49 chr12 21609773 . A G 318.81 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0274727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5398;QD=26.5678;RBI=0.0577179;REFB=-0.00921461;REVB=0.0507603;RO=20;SAF=15;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139227;STB=0.576869;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00330905;OID=.;OPOS=21609773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:13:15:7:13:13:15:7:13 chr12 21622051 . A C 512.71 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00598235;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.051;QD=20.3052;RBI=0.00618536;REFB=-0.00257614;REVB=0.00157168;RO=49;SAF=31;SAR=21;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590248;STB=0.532592;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00223202;OID=.;OPOS=21622051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:49:52:52:0.514851:21:31:26:23:21:31:26:23 chr12 21623179 . T C 236.11 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0547624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9079;QD=19.2745;RBI=0.0609082;REFB=-0.0231113;REVB=-0.0266625;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238176;STB=0.634034;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0166815;OID=.;OPOS=21623179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:13:10:18:8:13:10:18:8 chr12 21623969 . A G 325.05 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0262411;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.337;QD=16.6692;RBI=0.0317593;REFB=-0.0133084;REVB=-0.0178902;RO=42;SAF=20;SAR=15;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023711;STB=0.518786;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0155076;OID=.;OPOS=21623969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:15:20:25:17:15:20:26:17 chr12 21654831 . G T 693.68 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.421;QD=59.0362;RBI=0.0472917;REFB=-0.119566;REVB=0.0307274;RO=1;SAF=13;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034749;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110469;OID=.;OPOS=21654831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:47:1:0:43:47:1:30:13:1:0:31:16:0:0 chr12 21670252 . G C 117.95 PASS AF=0.35;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0252809;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.1191;QD=11.7948;RBI=0.0265282;REFB=-0.00175256;REVB=0.00803884;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496759;STB=0.52937;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00863513;OID=.;OPOS=21670252;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:26:26:14:14:0.35:8:6:10:16:8:6:10:16 chr12 21712574 . C T 381.52 PASS AF=0.45977;AO=39;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00424549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1114;QD=17.5409;RBI=0.0200951;REFB=0.0111372;REVB=-0.0196415;RO=47;SAF=16;SAR=23;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160116;STB=0.580568;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0164374;OID=.;OPOS=21712574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:39:40:0.45977:23:16:27:20:23:17:27:20 chr12 21713402 . T C 533.14 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=115;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0160655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.42;QD=18.544;RBI=0.016974;REFB=-0.00616597;REVB=-0.00547865;RO=59;SAF=24;SAR=32;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431797;STB=0.523921;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00570245;OID=.;OPOS=21713402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:59:59:56:56:0.486957:32:24:28:31:32:24:28:31 chr12 21797029 . A G 1163.34 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0455495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.617;QD=58.1668;RBI=0.0562994;REFB=0.00113762;REVB=0.0330886;RO=1;SAF=33;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014127;STB=0.501968;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=9.92188e-05;OID=.;OPOS=21797029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:1:2:78:78:0.975:45:33:1:0:45:33:1:1 chr12 22012554 . C T 423.95 PASS AF=0.395161;AO=49;DP=125;FAO=49;FDP=124;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0480181;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.199;QD=13.6757;RBI=0.0558418;REFB=-0.0270945;REVB=-0.0285056;RO=75;SAF=24;SAR=25;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607555;STB=0.526305;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0350132;OID=.;OPOS=22012554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:75:75:49:49:0.395161:25:24:41:34:25:24:40:35 chr12 22017422 . A G 340.84 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.37;QD=54.534;RBI=0.0409745;REFB=0;REVB=0.0231464;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320205;OID=.;OPOS=22017422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:13:12:0:0 chr12 22063115 . A G 1587.53 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.153;QD=64.1425;RBI=0.0378877;REFB=0;REVB=0.0314895;RO=0;SAF=57;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98184e-05;OID=.;OPOS=22063115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:41:57:0:0:42:57:0:0 chr12 22063121 . C T 319.13 PASS AF=0.371429;AO=37;DP=105;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.00355342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0332;QD=12.1575;RBI=0.0291616;REFB=-0.0121795;REVB=-0.0289443;RO=64;SAF=23;SAR=14;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120176;STB=0.581941;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0102878;OID=.;OPOS=22063121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:66:37:39:0.371429:14:23:33:31:14:25:34:32 chr12 22213786 . C T 543.29 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0110133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.387;QD=22.6369;RBI=0.0128113;REFB=-0.00955301;REVB=-0.00654508;RO=45;SAF=27;SAR=24;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166021;STB=0.591206;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00432035;OID=.;OPOS=22213786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:45:51:51:0.53125:24:27:15:30:24:27:15:30 chr12 22346779 . GATTATATTAT GATTAT,GATTATATGAG 301.22 PASS AF=0.27907,0.0387597;AO=30,5;DP=138;FAO=36,5;FDP=129;FR=.;FRO=88;FSAF=26,1;FSAR=10,4;FSRF=52;FSRR=36;FWDB=-0.0107301,-0.0223984;FXX=0.0652127;HRUN=1,2;LEN=5,3;MLLD=245.44,143.414;QD=9.34011;RBI=0.0124921,0.0447108;REFB=-0.00557043,-0.00108365;REVB=-0.00639666,-0.0386958;RO=78;SAF=26,1;SAR=4,4;SRF=49;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.392888,-0.402259;STB=0.605201,0.840038;STBP=0.145,0.174;TYPE=del,mnp;VARB=0.0143923,0.0456734;OID=.,.;OPOS=22346780,22346787;OREF=ATTAT,TAT;OALT=-,GAG;OMAPALT=GATTAT,GATTATATGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27907,0.0387597:30,5:138:36,5:129:88:26,1:10,4:52:36:99:78:26,1:4,4:49:29 chr12 22348467 . G T 220.91 PASS AF=0.244444;AO=33;DP=135;FAO=33;FDP=135;FR=.;FRO=102;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=60;FSRR=42;FWDB=-0.00222856;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=331.91;QD=6.54555;RBI=0.0206134;REFB=-0.00359022;REVB=-0.0204926;RO=102;SAF=18;SAR=15;SRF=60;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542598;STB=0.532767;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0112938;OID=.;OPOS=22348467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:102:102:33:33:0.244444:15:18:60:42:15:18:60:42 chr12 22348500 . A G 481.88 PASS AF=0.371622;AO=55;DP=148;FAO=55;FDP=148;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=0.0181095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.132;QD=13.0237;RBI=0.0182053;REFB=-0.006356;REVB=-0.00186451;RO=92;SAF=27;SAR=28;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578782;STB=0.536069;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0180334;OID=.;OPOS=22348500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:92:93:55:55:0.371622:28:27:50:42:28:27:51:42 chr12 22354466 . CC AT 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0245248;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=96.4667;QD=18.1539;RBI=0.0324766;REFB=-0.0202152;REVB=0.02129;RO=22;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107323;STB=0.5844;STBP=0.347;TYPE=mnp;VARB=0.0256391;OID=.;OPOS=22354466;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:25:21:21:0.456522:13:8:6:16:13:8:6:19 chr12 22354921 . A G 642.08 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00857385;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.101;QD=59.7283;RBI=0.0148739;REFB=0.147176;REVB=0.0121541;RO=1;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019159;STB=0.510199;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=1.35642e-05;OID=.;OPOS=22354921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:1:1:42:42:0.976744:24:18:0:1:24:18:0:1 chr12 22478425 . A G 1263.55 PASS AF=0.965517;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0129383;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.765;QD=58.0941;RBI=0.0131175;REFB=-0.0069208;REVB=-0.00216092;RO=2;SAF=42;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.000351316;OID=.;OPOS=22478425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:87:2:3:84:84:0.965517:42:42:1:1:42:42:1:2 chr12 22814036 . A G 1397.65 PASS AF=0.939394;AO=93;DP=99;FAO=93;FDP=99;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0424693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1034;QD=56.4708;RBI=0.0446893;REFB=-0.0976003;REVB=0.0139101;RO=5;SAF=33;SAR=60;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037883;STB=0.512542;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.043211;OID=.;OPOS=22814036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:99:99:5:6:93:93:0.939394:60:33:0:5:60:33:1:5 chr12 22839581 . A G 384.2 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.027591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2687;QD=17.6645;RBI=0.0319769;REFB=-0.0132922;REVB=-0.0161635;RO=46;SAF=21;SAR=19;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386799;STB=0.515284;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0100582;OID=.;OPOS=22839581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:47:40:40:0.45977:19:21:26:20:19:21:26:21 chr12 23686237 . GTCTCTCTCTCTCTCTCTCT GTCTCTCTCTCTCTCTCTC,GTCTCTCTCTCTCTCTCT 111.48 PASS AF=0,0.541667;AO=3,10;DP=25;FAO=0,13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=0,5;FSAR=0,8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0325973,0.00928489;FXX=0.039984;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=15.2715,101.941;QD=18.5798;RBI=0.0862552,0.0562202;REFB=-0.152416,-0.110752;REVB=-0.0798585,-0.0554482;RO=7;SAF=3,1;SAR=0,9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0.309091,0;SSSB=0.722194,-0.267997;STB=0.5,0.533281;STBP=1,0.754;TYPE=del,del;VARB=0.0746164,0.0751251;OID=.,.;OPOS=23686256,23686238;OREF=T,TC;OALT=-,-;OMAPALT=GTCTCTCTCTCTCTCTCTC,GTCTCTCTCTCTCTCTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.541667:3,10:25:0,13:24:11:0,5:0,8:5:6:71:7:3,1:0,9:2:5 chr12 23998927 . G A 121.38 PASS AF=0.215909;AO=19;DP=88;FAO=19;FDP=88;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.000676334;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.52;QD=5.51739;RBI=0.00456;REFB=0.00273288;REVB=0.00450956;RO=66;SAF=9;SAR=10;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139394;STB=0.514954;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0141488;OID=.;OPOS=23998927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:66:69:19:19:0.215909:10:9:32:34:10:9:34:35 chr12 24859899 . G A 1295.29 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0231145;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.204;QD=59.5535;RBI=0.0307377;REFB=-0.0420925;REVB=0.0202615;RO=1;SAF=34;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919915;STB=0.509613;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000122189;OID=.;OPOS=24859899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:87:87:1:2:85:85:0.977011:51:34:0:1:51:34:0:2 chr12 24964383 . T A,C 524.29 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=3,33;DP=36;FAO=3,33;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=3,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120234,0.0131427;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=10.9779,96.5795;QD=58.2545;RBI=0.0129485,0.0157866;REFB=0,0;REVB=-0.0048064,0.00874577;RO=0;SAF=0,17;SAR=3,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.60901e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.10916,-0.000867181;OID=.,.;OPOS=24964383,24964383;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:36:36:0:0:3,33:3,33:0.0833333,0.916667:3,16:0,17:0:0:3,16:0,17:0:0 chr12 24964523 . C T 691.34 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0162452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4448;QD=49.3815;RBI=0.0247163;REFB=0.0587234;REVB=-0.0186276;RO=4;SAF=24;SAR=28;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722727;STB=0.538447;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0174678;OID=.;OPOS=24964523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:56:56:4:4:52:52:0.928571:28:24:4:0:28:24:4:0 chr12 24968131 . G A 272.15 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00720765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.196;QD=51.8377;RBI=0.00859739;REFB=0;REVB=0.00468668;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.70691e-06;OID=.;OPOS=24968131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:9:11:0:0:10:11:0:0 chr12 24968150 . A C 330.48 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00506014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.264;QD=50.8436;RBI=0.0638183;REFB=-0.0450008;REVB=0.0636173;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319949;STB=0.517228;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0003693;OID=.;OPOS=24968150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:14:11:0:1:14:11:0:1 chr12 24970708 . G A 1139.01 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083627;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2069;QD=59.1694;RBI=0.00920859;REFB=0;REVB=0.0038553;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0113826;OID=.;OPOS=24970708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:72:77:1:36:36:0:0:41:36:0:0 chr12 25054891 . G A 1061.56 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7425;QD=59.806;RBI=0.0404414;REFB=0;REVB=0.000896604;RO=0;SAF=51;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210086;OID=.;OPOS=25054891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:20:51:0:0:20:51:0:0 chr12 25148755 . C G 1460.0 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00185113;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.0327;QD=57.2547;RBI=0.0516943;REFB=-0.158026;REVB=0.0516612;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.509432;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00158559;OID=.;OPOS=25148755;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:0:2:100:100:0.980392:52:48:0:0:52:48:0:2 chr12 25242595 . C G 1496.52 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0572128;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3854;QD=59.8606;RBI=0.0574392;REFB=0;REVB=-0.00509504;RO=0;SAF=58;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000416264;OID=.;OPOS=25242595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:100:0:0:100:100:1:42:58:0:0:42:58:0:0 chr12 25243115 . G C 694.93 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.439;QD=61.7713;RBI=0.0386113;REFB=0;REVB=0.0095059;RO=0;SAF=6;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000916661;OID=.;OPOS=25243115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:37:6:0:0:37:8:0:0 chr12 25261735 . G T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.441;QD=40.7629;RBI=0.020392;REFB=0;REVB=0.0192316;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617054;OID=.;OPOS=25261735;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr12 25343516 . C T 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0631;QD=51.9127;RBI=0.0288343;REFB=0;REVB=-0.0283103;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000622385;OID=.;OPOS=25343516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr12 25357574 . CAA C,CGA 960.26 PASS AF=0.925373,0.0746269;AO=60,5;DP=67;FAO=62,5;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42,2;FSAR=20,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019564,-0.0170697;FXX=0.0147037;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=161.85,112.33;QD=57.3289;RBI=0.0357228,0.0182382;REFB=0,0;REVB=0.0298892,0.00642314;RO=0;SAF=40,2;SAR=20,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000172325,0.0424708;OID=.,.;OPOS=25357575,25357575;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.925373,0.0746269:60,5:67:62,5:67:0:42,2:20,3:0:0:20:0:40,2:20,3:0:0 chr12 25357628 . TA T 376.77 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0183;QD=51.9679;RBI=0.0384003;REFB=0;REVB=-0.0120813;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000717712;OID=.;OPOS=25357629;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:29:29:29:0:21:8:0:0:4:0:20:8:0:0 chr12 25361091 . T C 2608.54 PASS AF=0.988372;AO=169;DP=171;FAO=170;FDP=172;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-4.63685e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.186;QD=60.6638;RBI=0.0408247;REFB=-0.0539378;REVB=0.0408246;RO=1;SAF=77;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514541;STB=0.505376;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.000973262;OID=.;OPOS=25361091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:171:172:1:2:169:170:0.988372:92:77:0:1:92:78:0:2 chr12 25362217 . A G 1863.72 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0656178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.143;QD=60.6088;RBI=0.0687699;REFB=-0.121335;REVB=0.0205818;RO=1;SAF=59;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798372;STB=0.504201;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000314438;OID=.;OPOS=25362217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:122:123:1:1:121:122:0.99187:62:59:1:0:63:59:1:0 chr12 25362465 . G A 548.93 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00931184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.749;QD=59.3438;RBI=0.0354806;REFB=0;REVB=0.0342368;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29643e-05;OID=.;OPOS=25362465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:37:0:0:32:37:1:17:15:0:0:21:16:0:0 chr12 25362552 . A C 582.93 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00750961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.114;QD=59.7877;RBI=0.00893552;REFB=0;REVB=0.00484244;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196041;OID=.;OPOS=25362552;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:19:20:0:0 chr12 25368462 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.016;QD=60.3767;RBI=0.0128257;REFB=0;REVB=0.00127493;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9475e-05;OID=.;OPOS=25368462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:29:45:0:0:29:45:0:0 chr12 25671759 . T A 1543.46 PASS AF=0.990476;AO=102;DP=104;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0475553;FXX=0.0366939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9499;QD=58.7985;RBI=0.111529;REFB=-0.0787411;REVB=0.100882;RO=1;SAF=52;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903723;STB=0.504672;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0041706;OID=.;OPOS=25671759;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:105:1:1:102:104:0.990476:50:52:1:0:51:53:1:0 chr12 26273996 . T G,TTTTTG 60.24 PASS AF=0,0.173077;AO=3,9;DP=62;FAO=0,9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=0,6;FSAR=0,3;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.000476505,-0.0235104;FXX=0.0370302;HRUN=6,6;LEN=1,5;MLLD=198.565,183.852;QD=4.63366;RBI=0.00147633,0.0277252;REFB=-0.00380874,-0.00781883;REVB=-0.00139732,-0.0146951;RO=50;SAF=1,6;SAR=2,3;SRF=28;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.2045,0.136219;STB=0.5,0.57517;STBP=1,0.643;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.035905;OID=.,.;OPOS=26273996,26273997;OREF=T,-;OALT=G,TTTTG;OMAPALT=G,TTTTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:60:62:52:50:43:3,9:0,9:0,0.173077:2,3:1,6:28:22:0,3:0,6:25:18 chr12 26491838 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.715;QD=57.1054;RBI=0.0330635;REFB=0;REVB=0.022933;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1914e-06;OID=.;OPOS=26491838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr12 26750046 . C T 147.6 PASS AF=0.218182;AO=24;DP=110;FAO=24;FDP=110;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.0864321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8317;QD=5.36714;RBI=0.0880954;REFB=-0.00232071;REVB=-0.017038;RO=86;SAF=21;SAR=3;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.535947;STB=0.838975;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0183801;OID=.;OPOS=26750046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:86:86:24:24:0.218182:3:21:42:44:3:21:42:44 chr12 26784850 . G A 1774.23 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0402626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.203;QD=59.141;RBI=0.0464561;REFB=-0.092737;REVB=0.0231752;RO=2;SAF=65;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143885;STB=0.507574;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.000594087;OID=.;OPOS=26784850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:2:2:118:118:0.983333:53:65:2:0:53:65:2:0 chr12 26809316 . G A 1575.63 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116073;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.192;QD=60.0242;RBI=0.0232304;REFB=0;REVB=0.0201227;RO=0;SAF=61;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71412e-05;OID=.;OPOS=26809316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:44:61:0:0:44:61:0:0 chr12 26810777 . T C 2014.01 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00718294;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.421;QD=62.45;RBI=0.047545;REFB=0;REVB=0.0469993;RO=1;SAF=67;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0077268;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4439e-05;OID=.;OPOS=26810777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:1:0:128:129:1:61:67:0:1:62:67:0:0 chr12 26810814 . ATT AT,ATG 1573.34 PASS AF=0.0892857,0.910714;AO=13,94;DP=112;FAO=10,102;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=1,52;FSAR=9,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0839228,-0.00376748;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.1456,46.9743;QD=56.1907;RBI=0.0855958,0.0750448;REFB=0,0;REVB=-0.0168405,0.0749502;RO=0;SAF=1,51;SAR=12,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.00075e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0406822,0.00306096;OID=.,.;OPOS=26810815,26810816;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=AT,ATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0892857,0.910714:13,94:112:10,102:112:0:1,52:9,50:0:0:25:0:1,51:12,43:0:0 chr12 26834804 . T C,TACTC 2163.88 PASS AF=0.0821918,0.89726;AO=12,130;DP=146;FAO=12,131;FDP=146;FR=.;FRO=3;FSAF=12,61;FSAR=0,70;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00111857,0.00282436;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,4;MLLD=163.062,266.585;QD=59.2844;RBI=0.0115554,0.0222143;REFB=-0.0525362,-0.064781;REVB=0.0115011,0.0220341;RO=3;SAF=12,61;SAR=0,69;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.819141,-0.00848766;STB=0.998412,0.504518;STBP=0.101,0.472;TYPE=snp,ins;VARB=0.00075863,0.00268712;OID=.,.;OPOS=26834804,26834805;OREF=T,-;OALT=C,ACTC;OMAPALT=C,TACTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:39:146:146:3:3:12,130:12,131:0.0821918,0.89726:0,69:12,61:2:1:0,70:12,61:2:1 chr12 27064232 . C T 2197.76 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0094559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.887;QD=63.2449;RBI=0.013599;REFB=0;REVB=0.00977337;RO=0;SAF=61;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09086e-05;OID=.;OPOS=27064232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:78:61:0:0:78:61:0:0 chr12 27175640 . A G 1200.21 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4401;QD=60.77;RBI=0.0456223;REFB=0;REVB=-0.027771;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000728228;OID=.;OPOS=27175640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:34:43:0:0:36:43:0:0 chr12 27234382 . C T 113.35 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0213967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7614;QD=10.7951;RBI=0.0228686;REFB=-0.00944831;REVB=-0.00807199;RO=28;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158821;STB=0.594461;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0247639;OID=.;OPOS=27234382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:6:8:12:16:6:8:12:16 chr12 27470866 . G A 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.871;QD=58.4183;RBI=0.0343503;REFB=0;REVB=-0.0208131;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.40061e-05;OID=.;OPOS=27470866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:23:40:0:0:23:40:0:0 chr12 27627805 . G A 1490.88 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291781;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.619;QD=63.4418;RBI=0.0326431;REFB=0;REVB=0.0146359;RO=0;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.58952e-05;OID=.;OPOS=27627805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:52:42:0:0:52:42:0:0 chr12 27654980 . C T 74.2 PASS AF=0.140187;AO=15;DP=107;FAO=15;FDP=107;FR=.;FRO=92;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=68;FSRR=24;FWDB=-0.00601273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2372;QD=2.774;RBI=0.0497293;REFB=-0.00474355;REVB=-0.0493645;RO=88;SAF=10;SAR=5;SRF=66;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126596;STB=0.573438;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0304828;OID=.;OPOS=27654980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:107:107:88:92:15:15:0.140187:5:10:66:22:5:10:68:24 chr12 27800746 . G T 2350.87 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00643029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8245;QD=63.9691;RBI=0.0139914;REFB=0;REVB=0.0124262;RO=0;SAF=63;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63528e-05;OID=.;OPOS=27800746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:84:63:0:0:84:63:0:0 chr12 27849795 . CA CG,TG 558.84 PASS AF=0.421053,0.578947;AO=16,22;DP=40;FAO=16,22;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=5,8;FSAR=11,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345786,-0.0335687;FXX=0.0499875;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=46.7313,179.824;QD=58.8256;RBI=0.0406158,0.0335774;REFB=0,0;REVB=-0.0213064,0.000763092;RO=0;SAF=5,8;SAR=11,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.36667e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0129648,-0.00042152;OID=.,.;OPOS=27849796,27849795;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:40:38:0:0:16,22:16,22:0.421053,0.578947:11,14:5,8:0:0:11,14:5,8:0:0 chr12 27850339 . C T 91.06 PASS AF=0.233333;AO=15;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0148307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.873;QD=6.07081;RBI=0.0153834;REFB=-0.00329812;REVB=-0.00408613;RO=45;SAF=6;SAR=9;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278841;STB=0.562409;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0156099;OID=.;OPOS=27850339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:45:46:15:14:0.233333:9:6:19:26:9:5:20:26 chr12 27867706 . C T 160.32 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0168419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.012;QD=10.3431;RBI=0.0187779;REFB=-0.00849618;REVB=0.00830414;RO=40;SAF=15;SAR=6;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173217;STB=0.612133;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0158461;OID=.;OPOS=27867706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:41:21:21:0.33871:6:15:23:17:6:15:23:18 chr12 27915718 . A T 362.53 PASS AF=0.506667;AO=37;DP=74;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0323638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.912;QD=19.3348;RBI=0.0336035;REFB=-0.0185125;REVB=-0.00904345;RO=37;SAF=14;SAR=23;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508669;STB=0.519291;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0120402;OID=.;OPOS=27915718;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:37:37:37:38:0.506667:23:14:16:21:23:15:16:21 chr12 27952043 . G A 193.46 PASS AF=0.276596;AO=26;DP=94;FAO=26;FDP=94;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=-0.00360129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.988;QD=8.23236;RBI=0.00667476;REFB=-0.0146157;REVB=0.00561988;RO=68;SAF=11;SAR=15;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127193;STB=0.575416;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0297907;OID=.;OPOS=27952043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:68:68:26:26:0.276596:15:11:22:46:15:11:22:46 chr12 27952707 . T C 321.74 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0199083;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.259;QD=18.126;RBI=0.0318925;REFB=0.00363522;REVB=0.0249157;RO=38;SAF=14;SAR=20;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205442;STB=0.608489;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00392753;OID=.;OPOS=27952707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:38:37:34:34:0.478873:20:14:24:14:20:14:23:14 chr12 28122893 . A G 441.77 PASS AF=0.457944;AO=48;DP=106;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.0194765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.08;QD=16.5147;RBI=0.0195624;REFB=-0.0137996;REVB=-0.00183216;RO=57;SAF=32;SAR=16;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378003;STB=0.531793;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0175643;OID=.;OPOS=28122893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:57:58:48:49:0.457944:16:32:36:21:16:33:36:22 chr12 28412372 . G A 451.67 PASS AF=0.382353;AO=52;DP=136;FAO=52;FDP=136;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=-0.0189416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.747;QD=13.2844;RBI=0.0215556;REFB=-0.00636117;REVB=0.0102888;RO=84;SAF=25;SAR=27;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985259;STB=0.555816;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.010412;OID=.;OPOS=28412372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:84:84:52:52:0.382353:27:25:48:36:27:25:48:36 chr12 28457618 . A C 2680.61 PASS AF=0.994286;AO=172;DP=178;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0279209;FXX=0.0223451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.012;QD=61.2712;RBI=0.0297622;REFB=0.0290513;REVB=0.0103058;RO=1;SAF=97;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00630407;STB=0.503268;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=9.51692e-05;OID=.;OPOS=28457618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:178:175:1:1:172:174:0.994286:75:97:0:1:76:98:0:1 chr12 28605426 . G A 475.49 PASS AF=0.420635;AO=53;DP=126;FAO=53;FDP=126;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=-0.0123468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.781;QD=15.095;RBI=0.0135172;REFB=-0.0107589;REVB=-0.00550194;RO=73;SAF=25;SAR=28;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106326;STB=0.559567;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0192259;OID=.;OPOS=28605426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:73:73:53:53:0.420635:28:25:27:46:28:25:27:46 chr12 28637115 . G A 206.68 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00325676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.253;QD=17.5901;RBI=0.00924518;REFB=-0.00240225;REVB=-0.00865257;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152564;STB=0.597495;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00238041;OID=.;OPOS=28637115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:10:10:9:17:10:11:9:17 chr12 29423460 . G A 250.67 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0103195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4067;QD=14.5315;RBI=0.0642822;REFB=0.00645309;REVB=0.0634485;RO=40;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501554;STB=0.528436;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.0129323;OID=.;OPOS=29423460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:16:13:16:24:16:13:16:24 chr12 29597123 . T C 202.71 PASS AF=0.273585;AO=29;DP=106;FAO=29;FDP=106;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=0.0182376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9496;QD=7.64958;RBI=0.0202467;REFB=0.0130017;REVB=-0.00879312;RO=76;SAF=17;SAR=12;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253916;STB=0.511014;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.0378904;OID=.;OPOS=29597123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:76:77:29:29:0.273585:12:17:43:33:12:17:44:33 chr12 29630081 . G A 795.59 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6295;QD=55.831;RBI=0.0460743;REFB=0;REVB=0.0378051;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615677;OID=.;OPOS=29630081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:21:35:0:0:22:35:0:0 chr12 29648275 . G A 675.58 PASS AF=0.475524;AO=68;DP=143;FAO=68;FDP=143;FR=.;FRO=75;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.0178052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.115;QD=18.8973;RBI=0.0188315;REFB=-0.0102501;REVB=-0.00613187;RO=75;SAF=45;SAR=23;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103396;STB=0.557382;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0131357;OID=.;OPOS=29648275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:75:75:68:68:0.475524:23:45:42:33:23:45:42:33 chr12 29653884 . T TAG 1001.52 PASS AF=0.384868;AO=116;DP=307;FAO=117;FDP=304;FR=.;FRO=187;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=84;FSRR=103;FWDB=-0.000333009;FXX=0.00327858;HRUN=3;LEN=2;MLLD=292.59;QD=13.1778;RBI=0.0177534;REFB=-0.0123307;REVB=-0.0177503;RO=184;SAF=53;SAR=63;SRF=82;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123731;STB=0.502355;STBP=0.951;TYPE=ins;VARB=0.0169619;OID=.;OPOS=29653885;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384868:116:307:117:304:187:53:64:84:103:99:184:53:63:82:102 chr12 29736480 . A G 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.000473941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2652;QD=8.08934;RBI=0.0187064;REFB=-0.00205106;REVB=0.0187004;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268247;STB=0.663998;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0106456;OID=.;OPOS=29736480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:5:4:15:7:5:4:15:7 chr12 30781912 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0017829;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.808;QD=56.9569;RBI=0.0170247;REFB=0;REVB=0.016931;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81455e-05;OID=.;OPOS=30781912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr12 30782076 . T C 785.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.318;QD=57.1246;RBI=0.0508868;REFB=0;REVB=0.0279037;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010967;OID=.;OPOS=30782076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:25:29:0:0:25:30:0:0 chr12 30783546 . G T 1774.98 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00474392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.6263;QD=59.1659;RBI=0.0162522;REFB=-0.141175;REVB=-0.0155444;RO=2;SAF=71;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197785;STB=0.510415;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00148063;OID=.;OPOS=30783546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:120:120:2:2:118:118:0.983333:47:71:0:2:47:71:0:2 chr12 30823971 . A G 2133.47 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2146;QD=62.7492;RBI=0.0456666;REFB=0;REVB=-0.0258852;RO=0;SAF=65;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00029288;OID=.;OPOS=30823971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:70:65:0:0:70:66:0:0 chr12 30837297 . G A 385.59 PASS AF=0.298851;AO=52;DP=174;FAO=52;FDP=174;FR=.;FRO=122;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=68;FSRR=54;FWDB=-0.00455733;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.296;QD=8.86404;RBI=0.017525;REFB=-0.0132692;REVB=-0.0169221;RO=114;SAF=22;SAR=30;SRF=63;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152814;STB=0.593632;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0378259;OID=.;OPOS=30837297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:114:122:52:52:0.298851:30:22:63:51:30:22:68:54 chr12 30837302 . C T 299.98 PASS AF=0.254237;AO=43;DP=176;FAO=45;FDP=177;FR=.;FRO=132;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=63;FSRR=69;FWDB=-0.0187885;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.663;QD=6.77923;RBI=0.023247;REFB=-0.00399102;REVB=-0.01369;RO=131;SAF=25;SAR=18;SRF=63;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12597;STB=0.591796;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0143776;OID=.;OPOS=30837302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:131:132:43:45:0.254237:18:25:63:68:18:27:63:69 chr12 30868002 . C T 1556.5 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.464;QD=59.8655;RBI=0.0233297;REFB=0;REVB=0.0231199;RO=0;SAF=45;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81189e-05;OID=.;OPOS=30868002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:59:45:0:0:59:45:0:0 chr12 30881809 . T C 509.57 PASS AF=0.5;AO=48;DP=97;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00446615;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.336;QD=20.7989;RBI=0.0567887;REFB=-0.0110377;REVB=0.0566128;RO=48;SAF=17;SAR=31;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192411;STB=0.593831;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0111442;OID=.;OPOS=30881809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:48:49:48:49:0.5:31:17:27:21:31:18:27:22 chr12 30948848 . G C 462.47 PASS AF=0.489796;AO=38;DP=89;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0181112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.922;QD=18.8764;RBI=0.0182592;REFB=-0.0306435;REVB=0.0023203;RO=44;SAF=6;SAR=32;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352403;STB=0.563325;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0356334;OID=.;OPOS=30948848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:98:44:50:38:48:0.489796:32:6:19:25:34:14:20:30 chr12 31107131 . A G 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0143991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.68;QD=24.8184;RBI=0.0382402;REFB=-0.0249316;REVB=0.0354257;RO=18;SAF=19;SAR=5;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016034;STB=0.508921;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0223852;OID=.;OPOS=31107131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:5:19:14:4:5:19:14:4 chr12 31107955 . G A 784.52 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.684;QD=64.0422;RBI=0.0218609;REFB=0;REVB=0.00752009;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29117e-05;OID=.;OPOS=31107955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:46:49:1:24:22:0:0:24:25:0:0 chr12 31135478 . T C 1517.21 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0378945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3267;QD=63.2172;RBI=0.0708016;REFB=0;REVB=-0.059807;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000576852;OID=.;OPOS=31135478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:54:41:0:0:54:42:0:0 chr12 31135579 . T C 427.31 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0667923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.152;QD=16.9231;RBI=0.0728717;REFB=-0.0255923;REVB=-0.029139;RO=54;SAF=23;SAR=23;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896623;STB=0.554432;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0400222;OID=.;OPOS=31135579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:55:46:46:0.455446:23:23:22:32:23:23:22:33 chr12 31231138 . G T 499.57 PASS AF=0.457627;AO=55;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0130724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2482;QD=16.9344;RBI=0.0458039;REFB=-0.0128786;REVB=0.0438989;RO=63;SAF=31;SAR=24;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023177;STB=0.521065;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0208986;OID=.;OPOS=31231138;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:63:64:55:54:0.457627:24:31:37:26:24:30:38:26 chr12 31237700 . G A 142.37 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00267327;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.607;QD=9.65246;RBI=0.0218773;REFB=-0.0151633;REVB=-0.0217134;RO=40;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562037;STB=0.533179;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0247616;OID=.;OPOS=31237700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:40:40:19:19:0.322034:10:9:17:23:10:9:17:23 chr12 31237978 . C T 315.55 PASS AF=0.34188;AO=40;DP=117;FAO=40;FDP=117;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.0219922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.992;QD=10.7882;RBI=0.030907;REFB=-0.0346039;REVB=-0.021716;RO=76;SAF=14;SAR=26;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101253;STB=0.563653;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0628868;OID=.;OPOS=31237978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:76:77:40:40:0.34188:26:14:33:43:26:14:34:43 chr12 31240862 . A T 355.17 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00235025;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4305;QD=16.1439;RBI=0.00238088;REFB=-0.0465985;REVB=0.000380687;RO=49;SAF=11;SAR=27;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176769;STB=0.595536;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0601789;OID=.;OPOS=31240862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:50:38:38:0.431818:27:11:22:27:27:11:22:28 chr12 31240925 . A G 630.46 PASS AF=0.471014;AO=64;DP=137;FAO=65;FDP=138;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.0046137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.065;QD=18.2742;RBI=0.0250794;REFB=-0.00649008;REVB=0.0246514;RO=73;SAF=21;SAR=43;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154523;STB=0.588601;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00885444;OID=.;OPOS=31240925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:73:73:64:65:0.471014:43:21:35:38:44:21:35:38 chr12 31242399 . T C 625.68 PASS AF=0.424242;AO=70;DP=165;FAO=70;FDP=165;FR=.;FRO=95;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=-0.026039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.973;QD=15.1679;RBI=0.0379115;REFB=-0.0182776;REVB=-0.0275545;RO=95;SAF=29;SAR=41;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621861;STB=0.534804;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0222622;OID=.;OPOS=31242399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:95:95:70:70:0.424242:41:29:45:50:41:29:45:50 chr12 31247682 . T C 136.7 PASS AF=0.192;AO=24;DP=125;FAO=24;FDP=125;FR=.;FRO=101;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=-0.0143544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.004;QD=4.37434;RBI=0.0151425;REFB=-0.00857592;REVB=0.00482141;RO=101;SAF=19;SAR=5;SRF=52;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377069;STB=0.742724;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0294015;OID=.;OPOS=31247682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:101:101:24:24:0.192:5:19:52:49:5:19:52:49 chr12 31249861 . C G 476.7 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0429861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5699;QD=19.4573;RBI=0.0733472;REFB=-0.0192947;REVB=0.0594307;RO=50;SAF=32;SAR=15;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141313;STB=0.574636;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0280965;OID=.;OPOS=31249861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:51:47:47:0.479592:15:32:27:23:15:32:28:23 chr12 31253995 . C T 235.23 PASS AF=0.394366;AO=27;DP=70;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0574973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5262;QD=13.2526;RBI=0.0633215;REFB=-0.0208752;REVB=-0.0265268;RO=43;SAF=9;SAR=18;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00937352;STB=0.521049;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0305982;OID=.;OPOS=31253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:43:43:27:28:0.394366:18:9:14:29:18:10:14:29 chr12 31255263 . G A 234.41 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00789107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.424;QD=13.0229;RBI=0.00990159;REFB=-0.0345879;REVB=0.00598101;RO=44;SAF=7;SAR=21;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198556;STB=0.614666;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0592994;OID=.;OPOS=31255263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:21:7:18:26:21:7:18:26 chr12 31255405 . C T 321.97 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=0.00957552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.647;QD=13.9988;RBI=0.00964355;REFB=-0.0174569;REVB=-0.00114346;RO=56;SAF=21;SAR=15;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107304;STB=0.560804;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0262012;OID=.;OPOS=31255405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:15:21:38:18:15:21:38:18 chr12 31256546 . G A 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0368944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.926;QD=5.71652;RBI=0.0379087;REFB=0.00237146;REVB=0.00871079;RO=27;SAF=1;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.539804;STB=0.861377;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00524223;OID=.;OPOS=31256546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:27:28:8:8:0.222222:7:1:15:12:7:1:16:12 chr12 31256905 . T C 349.86 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0287196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.025;QD=17.7145;RBI=0.0321638;REFB=-0.0161991;REVB=-0.0144809;RO=42;SAF=23;SAR=14;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206657;STB=0.615586;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0282263;OID=.;OPOS=31256905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:14:23:17:25:14:23:17:25 chr12 31267744 . A C 87.38 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.015845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.216;QD=5.46132;RBI=0.0173023;REFB=-0.00630233;REVB=0.0069503;RO=50;SAF=6;SAR=8;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393022;STB=0.524851;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.024638;OID=.;OPOS=31267744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:50:50:14:14:0.21875:8:6:23:27:8:6:23:27 chr12 31283446 . T G 226.28 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00110236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.667;QD=13.5092;RBI=0.0336305;REFB=-0.00493721;REVB=0.0336125;RO=39;SAF=18;SAR=9;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583025;STB=0.527452;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00978915;OID=.;OPOS=31283446;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:40:27:27:0.402985:9:18:24:15:9:18:25:15 chr12 31297871 . G C 364.31 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0403217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2527;QD=21.1196;RBI=0.0404047;REFB=-0.00783812;REVB=0.00258932;RO=32;SAF=16;SAR=21;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211398;STB=0.616631;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00796485;OID=.;OPOS=31297871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:21:16:22:10:21:16:22:10 chr12 31300891 . C A 632.44 PASS AF=0.503937;AO=63;DP=129;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.00300153;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.934;QD=19.9192;RBI=0.0148534;REFB=-0.0132933;REVB=-0.0145469;RO=65;SAF=38;SAR=25;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117796;STB=0.559508;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0139057;OID=.;OPOS=31300891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:65:63:63:64:0.503937:25:38:31:34:25:39:31:32 chr12 31549334 . C T 93.72 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0472147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.971;QD=13.3887;RBI=0.047223;REFB=-0.0195504;REVB=-0.00088334;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358412;STB=0.72184;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0135175;OID=.;OPOS=31549334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:27:28:16:16:11:12:0.428571:8:3:10:6:9:3:10:6 chr12 31648826 . C T 109.08 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0160068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.879;QD=14.0754;RBI=0.0245833;REFB=-0.0141411;REVB=0.018658;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228726;STB=0.60898;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0229304;OID=.;OPOS=31648826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:18:18:12:13:0.419355:6:6:13:5:6:7:13:5 chr12 31944567 . T G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0124483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.942;QD=14.1699;RBI=0.0184167;REFB=-0.0259076;REVB=0.0135725;RO=12;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327406;STB=0.695219;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.019761;OID=.;OPOS=31944567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:2:8:6:6:2:8:6:6 chr12 32134240 . C T 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.525;QD=62.465;RBI=0.0159091;REFB=0;REVB=-0.00597143;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01796e-05;OID=.;OPOS=32134240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr12 32134638 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00684363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.97;QD=59.0185;RBI=0.0146891;REFB=0;REVB=-0.0129975;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46629e-05;OID=.;OPOS=32134638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr12 32135441 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.335;QD=53.2772;RBI=0.010891;REFB=0;REVB=-0.000165082;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44277e-05;OID=.;OPOS=32135441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr12 32136750 . T C 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.000156755;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.916;QD=22.8309;RBI=0.0156192;REFB=0.000451625;REVB=-0.0156184;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12026;STB=0.56748;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.000506967;OID=.;OPOS=32136750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:8:7:3:7:8:7:3:7 chr12 32137901 . A G 159.24 PASS AF=0.4;AO=17;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0438096;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=151.634;QD=14.1548;RBI=0.0451277;REFB=-0.0111956;REVB=-0.0108273;RO=26;SAF=12;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189509;STB=0.612057;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0212721;OID=.;OPOS=32137901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:17:18:0.4:5:12:14:12:5:13:15:12 chr12 32260876 . G C 328.67 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0216347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1079;QD=18.0094;RBI=0.0392624;REFB=0.0245871;REVB=-0.0327639;RO=38;SAF=19;SAR=16;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137298;STB=0.57661;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0221521;OID=.;OPOS=32260876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:16:19:15:23:16:19:15:23 chr12 32261419 . G A 137.8 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00331221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9088;QD=19.0071;RBI=0.0161206;REFB=-0.00352546;REVB=-0.0157766;RO=13;SAF=11;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182392;STB=0.626763;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00194438;OID=.;OPOS=32261419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:14:15:15:0.517241:4:11:7:6:4:11:7:7 chr12 32261435 . A G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00197303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.662;QD=18.3455;RBI=0.0267538;REFB=-0.0223432;REVB=0.026681;RO=17;SAF=14;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377521;STB=0.708583;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0159826;OID=.;OPOS=32261435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:3:14:8:9:3:14:9:9 chr12 32481093 . G C 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.751;QD=57.5429;RBI=0.0121269;REFB=0;REVB=0.0108532;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72e-05;OID=.;OPOS=32481093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr12 32490764 . G A 63.33 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0194998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.285;QD=8.73448;RBI=0.0494796;REFB=-0.01847;REVB=-0.0454751;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394059;STB=0.738643;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0275256;OID=.;OPOS=32490764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:3:6:6:14:3:6:6:14 chr12 32552769 . C G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00578287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.087;QD=15.8821;RBI=0.0262192;REFB=-0.00897969;REVB=-0.0255735;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171427;STB=0.5998;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00579166;OID=.;OPOS=32552769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:4:6:4:6:4:6:4:6 chr12 32895654 . G A 32.77 PASS AF=0.0753425;AO=11;DP=146;FAO=11;FDP=146;FR=.;FRO=135;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=79;FSRR=56;FWDB=0.00356153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1409;QD=0.897865;RBI=0.088838;REFB=0.00130787;REVB=-0.0887666;RO=135;SAF=7;SAR=4;SRF=79;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588787;STB=0.549646;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.0214087;OID=.;OPOS=32895654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:146:146:135:135:11:11:0.0753425:4:7:79:56:4:7:79:56 chr12 34179307 . CT C,CTT 37.88 PASS AF=0.313953,0.0116279;AO=32,12;DP=88;FAO=27,1;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=14,1;FSAR=13,0;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.161201,0.178213;FXX=0.0227247;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.3805,7.49334;QD=1.76173;RBI=0.185816,0.203284;REFB=-0.0470015,0.0571306;REVB=-0.0924226,0.0977985;RO=33;SAF=19,5;SAR=13,7;SRF=20;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0116252,-0.221823;STB=0.510909,0.989373;STBP=0.917,0.493;TYPE=del,ins;VARB=0.0864016,-0.00859607;OID=.,.;OPOS=34179308,34179308;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=C,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.313953,0.0116279:32,12:88:27,1:86:58:14,1:13,0:31:27:42:33:19,5:13,7:20:13 chr12 38712142 . C G 3703.07 PASS AF=1;AO=231;DP=232;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00786389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.8;QD=63.3004;RBI=0.00964938;REFB=0;REVB=0.00559194;RO=0;SAF=116;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60452e-06;OID=.;OPOS=38712142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:232:234:0:0:231:234:1:115:116:0:0:116:118:0:0 chr12 39233771 . A G 422.98 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00807969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.037;QD=18.3903;RBI=0.00855252;REFB=-0.00689419;REVB=0.00280433;RO=48;SAF=17;SAR=26;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120536;STB=0.573005;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00513552;OID=.;OPOS=39233771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:49:43:43:0.467391:26:17:25:23:26:17:26:23 chr12 39713776 . C A 1095.9 PASS AF=0.526829;AO=108;DP=206;FAO=108;FDP=205;FR=.;FRO=97;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=43;FSRR=54;FWDB=0.00657558;FXX=0.0191378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.489;QD=21.3834;RBI=0.00657582;REFB=0.00386517;REVB=5.61677e-05;RO=95;SAF=57;SAR=51;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064301;STB=0.539911;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00342188;OID=.;OPOS=39713776;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:205:95:97:108:108:0.526829:51:57:43:52:51:57:43:54 chr12 39946851 . G A 80.31 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0311215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.265;QD=5.18105;RBI=0.0327258;REFB=-0.0171972;REVB=-0.0101209;RO=49;SAF=6;SAR=7;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160422;STB=0.601813;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0453684;OID=.;OPOS=39946851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:49:49:13:13:0.209677:7:6:29:20:7:6:29:20 chr12 40041759 . GA G 93.35 PASS AF=0.424779;AO=40;DP=113;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0470538;FXX=0.00877116;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.93688;QD=3.30444;RBI=0.134693;REFB=-0.072659;REVB=0.126206;RO=54;SAF=19;SAR=21;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312916;STB=0.513992;STBP=0.818;TYPE=del;VARB=0.0579137;OID=.;OPOS=40041760;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424779:40:113:48:113:65:21:27:30:35:93:54:19:21:24:30 chr12 40110581 . C T 177.33 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0341288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.18;QD=12.2295;RBI=0.0348029;REFB=-0.00634548;REVB=-0.00681681;RO=36;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069001;STB=0.539899;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0104771;OID=.;OPOS=40110581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:9:13:19:17:9:13:19:17 chr12 40152900 . G A 1261.69 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0229453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.743;QD=60.0806;RBI=0.0306301;REFB=0.142569;REVB=-0.0202908;RO=1;SAF=37;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126284;STB=0.506665;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00208277;OID=.;OPOS=40152900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:46:37:1:0:46:37:1:0 chr12 40258583 . C T 211.13 PASS AF=0.238806;AO=32;DP=135;FAO=32;FDP=134;FR=.;FRO=102;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=54;FSRR=48;FWDB=-0.0109074;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0095;QD=6.3023;RBI=0.0141863;REFB=-0.0152965;REVB=0.00907081;RO=101;SAF=16;SAR=16;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309646;STB=0.522374;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0395268;OID=.;OPOS=40258583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:101:102:32:32:0.238806:16:16:53:48:16:16:54:48 chr12 40258622 . G A 139.88 PASS AF=0.212963;AO=23;DP=108;FAO=23;FDP=108;FR=.;FRO=85;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=-0.00778664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.519;QD=5.1807;RBI=0.0318698;REFB=-0.00911275;REVB=-0.030904;RO=81;SAF=13;SAR=10;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211356;STB=0.64527;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0533714;OID=.;OPOS=40258622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:81:85:23:23:0.212963:10:13:32:49:10:13:32:53 chr12 40619082 . G A 1438.27 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00111869;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.838;QD=63.2209;RBI=0.0333383;REFB=0;REVB=-0.0333195;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.61704e-05;OID=.;OPOS=40619082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr12 40631791 . T C 387.82 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0122287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.535;QD=18.4675;RBI=0.0158492;REFB=-0.0135554;REVB=0.0100824;RO=43;SAF=27;SAR=13;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117739;STB=0.573321;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0176465;OID=.;OPOS=40631791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:44:40:40:0.47619:13:27:24:19:13:27:24:20 chr12 40645257 . C A 509.99 PASS AF=0.421053;AO=56;DP=133;FAO=56;FDP=133;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=-0.0070113;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.215;QD=15.3381;RBI=0.00739564;REFB=0.00108964;REVB=-0.00235314;RO=77;SAF=25;SAR=31;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167929;STB=0.594058;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00127609;OID=.;OPOS=40645257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:77:77:56:56:0.421053:31:25:47:30:31:25:47:30 chr12 40713834 . C A 159.73 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00889938;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.517;QD=12.5278;RBI=0.00998354;REFB=-0.013307;REVB=-0.00452461;RO=33;SAF=13;SAR=6;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940035;STB=0.541622;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0240258;OID=.;OPOS=40713834;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:33:32:19:19:0.372549:6:13:20:13:6:13:20:12 chr12 40713869 . CAAAA CAAA,CAAAG 256.74 PASS AF=0.350877,0.350877;AO=16,20;DP=58;FAO=20,20;FDP=57;FR=.;FRO=17;FSAF=16,11;FSAR=4,9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.10848,-0.0381118;FXX=0.0172384;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=5.6959,296.316;QD=18.0165;RBI=0.178197,0.0388077;REFB=-0.0152958,-0.00644356;REVB=0.141373,0.00731626;RO=15;SAF=14,11;SAR=2,9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.581536,0.214787;STB=0.708631,0.563279;STBP=0.017,0.417;TYPE=del,snp;VARB=0.12567,0.0128326;OID=.,.;OPOS=40713870,40713873;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CAAA,CAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.350877,0.350877:16,20:58:20,20:57:17:16,11:4,9:7:10:99:15:14,11:2,9:4:11 chr12 40713901 . T A 149.16 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0313481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.995;QD=9.62308;RBI=0.0370381;REFB=-0.00263345;REVB=-0.0197261;RO=42;SAF=10;SAR=10;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164824;STB=0.596681;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0115736;OID=.;OPOS=40713901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:10:10:27:15:10:10:27:15 chr12 40716260 . T C 594.86 PASS AF=0.508333;AO=61;DP=120;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0777907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9128;QD=19.8286;RBI=0.0862593;REFB=-0.0136203;REVB=0.0372731;RO=59;SAF=22;SAR=39;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011773;STB=0.506491;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0140191;OID=.;OPOS=40716260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:59:59:61:61:0.508333:39:22:22:37:39:22:22:37 chr12 40742254 . G A 185.6 PASS AF=0.294118;AO=24;DP=83;FAO=25;FDP=85;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0175648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.63;QD=8.73391;RBI=0.0179358;REFB=-0.00136196;REVB=-0.00362904;RO=59;SAF=10;SAR=14;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130056;STB=0.554151;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00292596;OID=.;OPOS=40742254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:59:60:24:25:0.294118:14:10:31:28:14:11:31:29 chr12 40758652 . T C 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00576855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.637;QD=17.3789;RBI=0.00827931;REFB=0.000467032;REVB=0.00593892;RO=37;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524917;STB=0.529394;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.000570627;OID=.;OPOS=40758652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:17:16:20:17:17:16:20:17 chr12 40791656 . GT G 38.95 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0171547;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.34736;QD=3.54059;RBI=0.041154;REFB=-0.0348369;REVB=-0.0374081;RO=21;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095668;STB=0.578217;STBP=0.43;TYPE=del;VARB=0.00528276;OID=.;OPOS=40791657;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386364:17:44:17:44:27:12:5:16:11:38:21:12:5:13:8 chr12 40820208 . G A 393.4 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0083689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.225;QD=22.4801;RBI=0.0169714;REFB=-0.0109537;REVB=-0.0147645;RO=31;SAF=20;SAR=19;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185998;STB=0.602013;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00609579;OID=.;OPOS=40820208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:19:20:23:8:19:20:23:8 chr12 40821176 . G A 488.05 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0116993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6769;QD=16.8291;RBI=0.0200327;REFB=0.0196339;REVB=-0.0162615;RO=62;SAF=21;SAR=32;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148514;STB=0.578727;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0196725;OID=.;OPOS=40821176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:62:63:53:53:0.456897:32:21:34:28:32:21:34:29 chr12 40821867 . G A 848.06 PASS AF=0.486034;AO=85;DP=177;FAO=87;FDP=179;FR=.;FRO=92;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=0.0124329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.347;QD=18.951;RBI=0.0254345;REFB=-0.0157224;REVB=0.0221886;RO=91;SAF=39;SAR=46;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390603;STB=0.518601;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0197652;OID=.;OPOS=40821867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:179:91:92:85:87:0.486034:46:39:38:53:47:40:39:53 chr12 40832126 . C T 311.89 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0124495;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.759;QD=16.4153;RBI=0.0189713;REFB=-0.00813047;REVB=-0.014315;RO=41;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00700576;STB=0.503104;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00945699;OID=.;OPOS=40832126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:41:42:34:34:0.447368:18:16:19:22:18:16:20:22 chr12 40832161 . T C 167.21 PASS AF=0.368421;AO=20;DP=56;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00888454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.348;QD=11.7339;RBI=0.00888665;REFB=-0.00533071;REVB=-0.000193621;RO=36;SAF=5;SAR=15;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180503;STB=0.574638;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00944592;OID=.;OPOS=40832161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:36:36:20:21:0.368421:15:5:14:22:15:6:14:22 chr12 40834376 . C G 373.99 PASS AF=0.415842;AO=41;DP=100;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.00972318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.915;QD=14.8114;RBI=0.0140184;REFB=-0.0159995;REVB=0.0100983;RO=58;SAF=21;SAR=20;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770687;STB=0.530791;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.019423;OID=.;OPOS=40834376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:58:59:41:42:0.415842:20:21:34:24:20:22:34:25 chr12 40834955 . C A 1031.68 PASS AF=0.490741;AO=105;DP=216;FAO=106;FDP=216;FR=.;FRO=110;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=43;FSRR=67;FWDB=-0.0133254;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.896;QD=19.1053;RBI=0.0136461;REFB=-0.023532;REVB=0.00294086;RO=110;SAF=63;SAR=42;SRF=43;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19386;STB=0.603219;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.028092;OID=.;OPOS=40834955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:110:110:105:106:0.490741:42:63:43:67:43:63:43:67 chr12 40835734 . C G 750.09 PASS AF=0.470238;AO=79;DP=168;FAO=79;FDP=168;FR=.;FRO=89;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=52;FSRR=37;FWDB=0.000809845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7223;QD=17.8594;RBI=0.00734647;REFB=-0.0185203;REVB=-0.0073017;RO=88;SAF=40;SAR=39;SRF=52;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807379;STB=0.541329;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0242838;OID=.;OPOS=40835734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:88:89:79:79:0.470238:39:40:52:36:39:40:52:37 chr12 40835749 . T C 867.9 PASS AF=0.530864;AO=86;DP=162;FAO=86;FDP=162;FR=.;FRO=76;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.0242368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.596;QD=21.4295;RBI=0.0299619;REFB=-0.000856635;REVB=0.0176152;RO=76;SAF=49;SAR=37;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940495;STB=0.551503;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.000760342;OID=.;OPOS=40835749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:76:76:86:86:0.530864:37:49:35:41:37:49:35:41 chr12 40837264 . T C 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.019416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.08;QD=18.4268;RBI=0.0219969;REFB=-0.00979528;REVB=0.0103384;RO=27;SAF=15;SAR=13;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176617;STB=0.588546;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0102729;OID=.;OPOS=40837264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:13:15:9:18:13:15:10:18 chr12 40838216 . T C 954.24 PASS AF=0.550296;AO=93;DP=169;FAO=93;FDP=169;FR=.;FRO=76;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.0503893;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5614;QD=22.5856;RBI=0.0673213;REFB=-0.0327571;REVB=0.0446439;RO=76;SAF=53;SAR=40;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254615;STB=0.513895;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0217633;OID=.;OPOS=40838216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:76:76:93:93:0.550296:40:53:41:35:40:53:41:35 chr12 40840325 . T C 700.05 PASS AF=0.472973;AO=70;DP=148;FAO=70;FDP=148;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=0.0245727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1968;QD=18.9202;RBI=0.024894;REFB=0.00711865;REVB=-0.00398664;RO=78;SAF=31;SAR=39;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191217;STB=0.510585;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00798994;OID=.;OPOS=40840325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:78:78:70:70:0.472973:39:31:33:45:39:31:33:45 chr12 40841938 . G T 397.33 PASS AF=0.379032;AO=47;DP=125;FAO=47;FDP=124;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=-0.00408488;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.11;QD=12.8171;RBI=0.00726008;REFB=-0.00712805;REVB=-0.00600187;RO=78;SAF=27;SAR=20;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00275426;STB=0.506326;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0144741;OID=.;OPOS=40841938;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:78:77:47:47:0.379032:20:27:45:33:20:27:45:32 chr12 40843504 . A C 421.32 PASS AF=0.512195;AO=41;DP=81;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00458022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.856;QD=20.5522;RBI=0.0259145;REFB=-0.0131402;REVB=0.0255065;RO=40;SAF=19;SAR=22;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120186;STB=0.501172;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.013405;OID=.;OPOS=40843504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:40:40:41:42:0.512195:22:19:18:22:23:19:18:22 chr12 40857943 . A C 371.63 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0168322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.527;QD=22.8693;RBI=0.0173847;REFB=-0.00131911;REVB=0.00434798;RO=26;SAF=21;SAR=16;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512707;STB=0.529396;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.000703899;OID=.;OPOS=40857943;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:26:28:37:37:0.569231:16:21:13:13:16:21:14:14 chr12 40930709 . G C 103.92 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.047156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.46;QD=10.1387;RBI=0.0516714;REFB=-0.0277654;REVB=-0.0211244;RO=28;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518065;STB=0.531201;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.029337;OID=.;OPOS=40930709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:5:8:16:12:5:8:16:12 chr12 40933367 . G A 938.83 PASS AF=0.370861;AO=111;DP=301;FAO=112;FDP=302;FR=.;FRO=190;FSAF=71;FSAR=41;FSRF=105;FSRR=85;FWDB=0.00513522;FXX=0.00330022;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.965;QD=12.4349;RBI=0.00729724;REFB=-0.0146381;REVB=0.00518451;RO=177;SAF=71;SAR=40;SRF=95;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117159;STB=0.553511;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0228089;OID=.;OPOS=40933367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:302:177:190:111:112:0.370861:40:71:95:82:41:71:105:85 chr12 41337435 . C T 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00409768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.777;QD=61.2131;RBI=0.0365474;REFB=0;REVB=-0.0363169;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.28742e-05;OID=.;OPOS=41337435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:37:42:0:0:37:42:0:0 chr12 41587983 . T A 645.69 PASS AF=0.462069;AO=57;DP=137;FAO=67;FDP=145;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.000573228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1308;QD=17.8121;RBI=0.0203668;REFB=-0.0136406;REVB=0.0203587;RO=78;SAF=29;SAR=28;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306123;STB=0.524684;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0140813;OID=.;OPOS=41587983;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:145:78:78:57:67:0.462069:28:29:42:36:34:33:42:36 chr12 41966306 . G A 310.29 PASS AF=0.402299;AO=32;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0448962;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7909;QD=14.2662;RBI=0.0463074;REFB=-0.0300256;REVB=0.0113446;RO=54;SAF=25;SAR=7;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249735;STB=0.615197;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.037003;OID=.;OPOS=41966306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:52:32:35:0.402299:7:25:32:22:9:26:30:22 chr12 41967677 . G A 387.82 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00414304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.762;QD=18.4674;RBI=0.0432697;REFB=-0.00279345;REVB=-0.0430709;RO=44;SAF=22;SAR=18;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257878;STB=0.514381;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00325273;OID=.;OPOS=41967677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:18:22:23:21:18:22:23:21 chr12 42503467 . T C 376.78 PASS AF=0.326389;AO=47;DP=144;FAO=47;FDP=144;FR=.;FRO=97;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=0.0404661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.786;QD=10.4662;RBI=0.0405212;REFB=0.00934229;REVB=-0.00211218;RO=97;SAF=20;SAR=27;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453364;STB=0.526226;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.0170486;OID=.;OPOS=42503467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:97:97:47:47:0.326389:27:20:45:52:27:20:45:52 chr12 42554505 . A G 341.04 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00695226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.436;QD=20.9871;RBI=0.00932392;REFB=0.00835142;REVB=0.00621302;RO=30;SAF=9;SAR=26;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25763;STB=0.643477;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00684763;OID=.;OPOS=42554505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:26:9:16:14:26:9:16:14 chr12 42599696 . T A 141.97 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00268309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.51;QD=13.8504;RBI=0.0276706;REFB=-0.0106759;REVB=0.0275402;RO=25;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144556;STB=0.584608;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0135831;OID=.;OPOS=42599696;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:5:11:14:11:5:11:14:11 chr12 42606229 . T C 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00548411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.993;QD=17.49;RBI=0.0141297;REFB=-0.014284;REVB=0.013022;RO=30;SAF=20;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153445;STB=0.586527;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0224714;OID=.;OPOS=42606229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:8:20:17:13:8:20:17:13 chr12 42629550 . T C 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.651;QD=58.6002;RBI=0.0351869;REFB=0;REVB=0.0183444;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.37298e-05;OID=.;OPOS=42629550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr12 42636124 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.591;QD=57.1062;RBI=0.0366818;REFB=0;REVB=0.0258661;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110354;OID=.;OPOS=42636124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr12 42792751 . C T 758.14 PASS AF=0.521429;AO=73;DP=140;FAO=73;FDP=140;FR=.;FRO=67;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.00916853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.176;QD=21.6612;RBI=0.0182231;REFB=-0.00470481;REVB=-0.0157486;RO=67;SAF=45;SAR=28;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714926;STB=0.539294;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00383217;OID=.;OPOS=42792751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:67:67:73:73:0.521429:28:45:36:31:28:45:36:31 chr12 42839836 . A C 1171.82 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00492997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.155;QD=59.3325;RBI=0.0215253;REFB=0.0543822;REVB=-0.0209531;RO=1;SAF=41;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114055;STB=0.506023;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00258724;OID=.;OPOS=42839836;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:37:41:1:0:37:41:1:0 chr12 42853084 . C A 479.33 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0115891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.085;QD=22.5566;RBI=0.0140291;REFB=-0.0167243;REVB=0.00790621;RO=39;SAF=23;SAR=23;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534161;STB=0.529399;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0169489;OID=.;OPOS=42853084;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:46:46:0.541176:23:23:22:17:23:23:22:17 chr12 42853520 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.283;QD=60.9785;RBI=0.0145889;REFB=0;REVB=0.00318161;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85223e-05;OID=.;OPOS=42853520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr12 42854205 . A G 264.48 PASS AF=0.35;AO=31;DP=96;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0102243;FXX=0.0565984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.656;QD=10.579;RBI=0.0156624;REFB=-0.00840168;REVB=0.0118649;RO=65;SAF=18;SAR=13;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103131;STB=0.514278;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0135785;OID=.;OPOS=42854205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:100:65:65:31:35:0.35:13:18:32:33:17:18:32:33 chr12 42854207 . A G 34.9 PASS AF=0.0909091;AO=11;DP=105;FAO=10;FDP=110;FR=.;FRO=100;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=-0.0184264;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.7917;QD=1.26916;RBI=0.0195702;REFB=-0.0157923;REVB=-0.00659234;RO=94;SAF=7;SAR=4;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162821;STB=0.684128;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.193499;OID=.;OPOS=42854207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:105:110:94:100:11:10:0.0909091:4:7:47:47:3:7:50:50 chr12 42863262 . A G 423.0 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00701728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.049;QD=23.8309;RBI=0.00714055;REFB=-0.0399157;REVB=-0.00132104;RO=30;SAF=16;SAR=25;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137737;STB=0.575678;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0346616;OID=.;OPOS=42863262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:30:41:41:0.577465:25:16:17:13:25:16:17:13 chr12 43860526 . A G 948.83 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.094;QD=57.5048;RBI=0.0230248;REFB=0;REVB=0.0109824;RO=1;SAF=30;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154718;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29386e-05;OID=.;OPOS=43860526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:66:1:0:60:66:1:30:30:1:0:32:34:0:0 chr12 44148259 . T C 858.64 PASS AF=0.465608;AO=88;DP=190;FAO=88;FDP=189;FR=.;FRO=101;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=0.00390231;FXX=0.00526288;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.6436;QD=18.1724;RBI=0.019995;REFB=-0.00832085;REVB=-0.0196105;RO=99;SAF=48;SAR=40;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505813;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0144947;OID=.;OPOS=44148259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:99:101:88:88:0.465608:40:48:54:45:40:48:54:47 chr12 44180295 . G A 765.33 PASS AF=0.506849;AO=74;DP=146;FAO=74;FDP=146;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.00961635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.95;QD=20.968;RBI=0.0212631;REFB=0.00469288;REVB=-0.0189643;RO=72;SAF=36;SAR=38;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377518;STB=0.520766;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00460664;OID=.;OPOS=44180295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:72:72:74:74:0.506849:38:36:32:40:38:36:32:40 chr12 44191625 . G A 557.5 PASS AF=0.632911;AO=50;DP=79;FAO=50;FDP=79;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0238845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.04;QD=28.2279;RBI=0.0345964;REFB=-0.00647986;REVB=-0.0250288;RO=29;SAF=22;SAR=28;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00566171;STB=0.503079;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00480008;OID=.;OPOS=44191625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:29:29:50:50:0.632911:28:22:13:16:28:22:13:16 chr12 45269284 . C T 346.24 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.020034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.519;QD=16.8898;RBI=0.0217638;REFB=0.031527;REVB=0.00850305;RO=45;SAF=26;SAR=11;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160318;STB=0.509001;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.0212169;OID=.;OPOS=45269284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:11:26:31:14:11:26:31:14 chr12 45307633 . T C 729.1 PASS AF=0.487179;AO=75;DP=155;FAO=76;FDP=156;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=0.000679762;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.551;QD=18.6949;RBI=0.000828703;REFB=0.00163684;REVB=0.000473996;RO=80;SAF=35;SAR=40;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135658;STB=0.577445;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0011905;OID=.;OPOS=45307633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:80:80:75:76:0.487179:40:35:49:31:41:35:49:31 chr12 45410075 . A G 1853.02 PASS AF=0.991803;AO=119;DP=120;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00953628;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.62;QD=60.7547;RBI=0.0400248;REFB=-0.153457;REVB=0.0388722;RO=1;SAF=67;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904675;STB=0.504761;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000958544;OID=.;OPOS=45410075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:122:1:1:119:121:0.991803:52:67:0:1:52:69:0:1 chr12 45417666 . T C 272.54 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00647935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.085;QD=51.9129;RBI=0.00788182;REFB=0;REVB=0.00448789;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00792e-05;OID=.;OPOS=45417666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:8:12:0:0:9:12:0:0 chr12 45610426 . C T 91.82 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00301182;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.289;QD=8.74515;RBI=0.00328443;REFB=-0.00805434;REVB=0.0013101;RO=30;SAF=9;SAR=3;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118814;STB=0.5734;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0166539;OID=.;OPOS=45610426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:3:9:20:10:3:9:20:10 chr12 45610529 . C A 698.36 PASS AF=0.480519;AO=74;DP=154;FAO=74;FDP=154;FR=.;FRO=80;FSAF=52;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=0.0253564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8368;QD=18.1393;RBI=0.0316636;REFB=-0.0103076;REVB=0.018964;RO=79;SAF=52;SAR=22;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126538;STB=0.574565;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0101492;OID=.;OPOS=45610529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:79:80:74:74:0.480519:22:52:46:33:22:52:46:34 chr12 45824840 . A T 583.53 PASS AF=0.462121;AO=61;DP=132;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.00692852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4563;QD=17.6827;RBI=0.0124767;REFB=0.00911338;REVB=-0.0103761;RO=71;SAF=25;SAR=36;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266331;STB=0.514806;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.00899669;OID=.;OPOS=45824840;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:71:71:61:61:0.462121:36:25:31:40:36:25:31:40 chr12 45825730 . C G 278.87 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0278487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.425;QD=21.8718;RBI=0.0320601;REFB=0.00177457;REVB=-0.015884;RO=22;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193111;STB=0.616375;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00130114;OID=.;OPOS=45825730;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:28:28:0.54902:17:11:14:8:17:11:15:8 chr12 46367944 . A G 1331.34 PASS AF=0.918367;AO=90;DP=98;FAO=90;FDP=98;FR=.;FRO=8;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0019519;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.432;QD=54.3404;RBI=0.0139452;REFB=-0.0649396;REVB=0.0138079;RO=8;SAF=40;SAR=50;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502057;STB=0.526553;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.000911915;OID=.;OPOS=46367944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:98:98:8:8:90:90:0.918367:50:40:1:7:50:40:1:7 chr12 46577071 . G A 410.05 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00971234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.805;QD=15.6209;RBI=0.0324424;REFB=-0.0229695;REVB=-0.0309544;RO=59;SAF=24;SAR=22;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980134;STB=0.55489;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0322155;OID=.;OPOS=46577071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:59:46:46:0.438095:22:24:25:34:22:24:25:34 chr12 46577154 . GA G,GG 148.52 PASS AF=0.34375,0.0416667;AO=36,9;DP=98;FAO=33,4;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=14,1;FSAR=19,3;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0841593,-0.0777645;FXX=0.0204061;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=11.2525,21.6275;QD=6.18832;RBI=0.0940501,0.0816463;REFB=-0.0447281,-0.0180676;REVB=-0.0419837,-0.0248757;RO=50;SAF=16,4;SAR=20,5;SRF=28;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.118533,-0.14053;STB=0.586291,0.777299;STBP=0.221,0.314;TYPE=del,snp;VARB=0.0567202,0.0469425;OID=.,.;OPOS=46577155,46577155;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34375,0.0416667:36,9:98:33,4:96:59:14,1:19,3:33:26:99:50:16,4:20,5:28:22 chr12 46589988 . C T 137.89 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00362511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.902;QD=11.4904;RBI=0.0257054;REFB=-0.0120014;REVB=-0.0254485;RO=32;SAF=7;SAR=9;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242692;STB=0.642687;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0219482;OID=.;OPOS=46589988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:9:7:21:11:9:7:21:11 chr12 46758494 . A G 483.1 PASS AF=1;AO=28;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.402;QD=58.5577;RBI=0.0336075;REFB=0;REVB=0.0225022;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040016;OID=.;OPOS=46758494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:28:33:1:11:17:0:0:15:18:0:0 chr12 46758945 . C T 191.37 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00122714;FXX=0.0483793;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.341;QD=12.9743;RBI=0.0102261;REFB=-0.00933816;REVB=0.0101522;RO=34;SAF=8;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102807;STB=0.579527;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0161467;OID=.;OPOS=46758945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:59:34:36:23:23:0.389831:15:8:15:19:15:8:17:19 chr12 46759017 . T A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0030281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.757;QD=63.872;RBI=0.00651308;REFB=0;REVB=-0.00576636;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.7216e-06;OID=.;OPOS=46759017;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr12 46761127 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.986;QD=57.2024;RBI=0.023065;REFB=0;REVB=-0.00198922;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60335e-05;OID=.;OPOS=46761127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr12 47168898 . G A 1300.98 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0128197;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.654;QD=58.4712;RBI=0.0370654;REFB=-0.0505343;REVB=0.0347779;RO=2;SAF=39;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00201925;STB=0.507237;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.000200605;OID=.;OPOS=47168898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:2:3:86:86:0.966292:47:39:1:1:47:39:2:1 chr12 47170764 . G A 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0325528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.76;QD=11.7417;RBI=0.0325575;REFB=-0.00631964;REVB=0.000550844;RO=36;SAF=8;SAR=13;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161478;STB=0.593818;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0108439;OID=.;OPOS=47170764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:13:8:19:17:13:8:19:17 chr12 47470223 . T A,TTACTA 1290.49 PASS AF=0.0705882,0.929412;AO=10,70;DP=93;FAO=6,79;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=4,49;FSAR=2,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00964813,-0.000149258;FXX=0.0229859;HRUN=3,3;LEN=1,5;MLLD=132.884,257.745;QD=60.7291;RBI=0.0113559,0.00544618;REFB=0,0;REVB=0.00598922,0.00544413;RO=11;SAF=5,46;SAR=5,24;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.122307,0.00587256;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0257221,-0.00124712;OID=.,.;OPOS=47470223,47470224;OREF=T,-;OALT=A,TACTA;OMAPALT=A,TTACTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:93:85:11:0:10,70:6,79:0.0705882,0.929412:5,24:5,46:7:4:2,30:4,49:0:0 chr12 47471908 . G A 183.48 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0229384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.79;QD=11.4672;RBI=0.0317929;REFB=-0.00120233;REVB=0.0220141;RO=41;SAF=8;SAR=15;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787379;STB=0.545811;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00290387;OID=.;OPOS=47471908;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:15:8:17:24:15:8:17:24 chr12 47581629 . T C 2389.36 PASS AF=0.987578;AO=148;DP=154;FAO=159;FDP=161;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0446009;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.245;QD=59.363;RBI=0.0887935;REFB=0.0084459;REVB=0.0767792;RO=2;SAF=88;SAR=60;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106859;STB=0.505318;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.000223315;OID=.;OPOS=47581629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:154:161:2:2:148:159:0.987578:60:88:2:0:66:93:2:0 chr12 47740069 . C A 2500.33 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350877;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.143;QD=61.3577;RBI=0.0594474;REFB=0;REVB=0.0593438;RO=0;SAF=84;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26325e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55979e-05;OID=.;OPOS=47740069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:163:0:0:161:163:1:77:84:0:0:78:85:0:0 chr12 47758032 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.052;QD=42.1826;RBI=0.032207;REFB=0;REVB=0.032207;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302331;OID=.;OPOS=47758032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:11:0:0:0:11:0:0:0 chr12 48144925 . T C 1063.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.173;QD=59.9075;RBI=0.0683554;REFB=0;REVB=0.0480036;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95994e-05;OID=.;OPOS=48144925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:32:37:0:0:33:38:0:0 chr12 48176792 . C T 1167.42 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5596;QD=59.1098;RBI=0.0965547;REFB=-0.0335873;REVB=0.0950511;RO=1;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114041;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261812;OID=.;OPOS=48176792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:79:79:1:0:77:79:1:41:36:0:1:43:36:0:0 chr12 48176900 . T G 396.68 PASS AF=0.837838;AO=31;DP=37;FAO=31;FDP=37;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0454314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3795;QD=42.8838;RBI=0.0660379;REFB=-0.0578043;REVB=-0.0479269;RO=5;SAF=14;SAR=17;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659447;STB=0.514379;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0380622;OID=.;OPOS=48176900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:5:6:31:31:0.837838:17:14:1:4:18:13:2:4 chr12 48177170 . C G 388.33 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00554822;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=282.159;QD=21.2783;RBI=0.0130382;REFB=-0.00203999;REVB=-0.0117988;RO=30;SAF=14;SAR=25;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14269;STB=0.582199;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00111712;OID=.;OPOS=48177170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:34:39:39:0.534247:25:14:16:14:25:14:18:16 chr12 48177238 . A G 1694.23 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00460035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.384;QD=60.5083;RBI=0.004605;REFB=0;REVB=-0.000206754;RO=0;SAF=49;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.84027e-06;OID=.;OPOS=48177238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:62:49:0:0:62:50:0:0 chr12 48178513 . A G 265.44 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00760219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.221;QD=27.2247;RBI=0.00926659;REFB=-0.012517;REVB=0.00529872;RO=14;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04765;STB=0.53843;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00879992;OID=.;OPOS=48178513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:15:24:24:0.615385:12:12:6:8:12:12:6:9 chr12 48191200 . C CG 89.54 PASS AF=0.326923;AO=28;DP=102;FAO=34;FDP=104;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.0295296;FXX=0.0095229;HRUN=0;LEN=1;MLLD=38.0397;QD=3.44386;RBI=0.0301633;REFB=-0.0197073;REVB=0.00615013;RO=73;SAF=23;SAR=5;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372804;STB=0.6804;STBP=0.021;TYPE=ins;VARB=0.178851;OID=.;OPOS=48191201;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326923:28:102:34:104:70:27:7:40:30:89:73:23:5:41:32 chr12 48240501 . G A 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00530911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.03;QD=7.52763;RBI=0.00646965;REFB=0.00630994;REVB=-0.00369726;RO=43;SAF=10;SAR=6;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165347;STB=0.600731;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.011136;OID=.;OPOS=48240501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:6:10:21:22:6:10:21:22 chr12 48295133 . C T 399.29 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=0.000518153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.953;QD=15.9717;RBI=0.00544964;REFB=-0.011141;REVB=0.00542495;RO=58;SAF=26;SAR=16;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592592;STB=0.533318;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0148939;OID=.;OPOS=48295133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:58:42:42:0.42:16:26:39:19:16:26:39:19 chr12 48375568 . A G 729.53 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.511;QD=56.1178;RBI=0.00419452;REFB=0;REVB=-0.00320002;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456375;OID=.;OPOS=48375568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:27:24:0:0:27:25:0:0 chr12 48375965 . C T 244.06 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0679886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9583;QD=46.4876;RBI=0.0758656;REFB=-0.127097;REVB=0.0336621;RO=1;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297497;STB=0.516113;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00387984;OID=.;OPOS=48375965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:1:1:20:20:0.952381:15:5:0:1:15:5:0:1 chr12 48376291 . G A 417.91 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0210904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5603;QD=53.9232;RBI=0.106906;REFB=0.0366578;REVB=0.104805;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.518506;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000199311;OID=.;OPOS=48376291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:17:13:0:0:17:13:1:0 chr12 48380682 . G A 470.68 PASS AF=0.42623;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.00992497;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.598;QD=15.432;RBI=0.00992931;REFB=-0.0101098;REVB=0.000293547;RO=72;SAF=29;SAR=23;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031186;STB=0.525086;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0153673;OID=.;OPOS=48380682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:72:70:52:52:0.42623:23:29:38:34:23:29:36:34 chr12 48389643 . A C 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=24;FWDB=0.0460707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6663;QD=22.0717;RBI=0.0463368;REFB=-0.00366112;REVB=0.00495864;RO=24;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308641;STB=0.666586;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00719625;OID=.;OPOS=48389643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:24:7:0:24:24:7:0:24 chr12 48391416 . G T 721.96 PASS AF=0.614679;AO=67;DP=111;FAO=67;FDP=109;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=10;FWDB=0.00663466;FXX=0.0267833;HRUN=6;LEN=1;MLLD=126.498;QD=26.494;RBI=0.00719642;REFB=0.00922338;REVB=0.00278743;RO=41;SAF=35;SAR=32;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183201;STB=0.593222;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0030373;OID=.;OPOS=48391416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:41:42:67:67:0.614679:32:35:32:9:32:35:32:10 chr12 48398080 . T A 595.13 PASS AF=1;AO=22;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8524;QD=58.0618;RBI=0.0894757;REFB=0;REVB=0.0883331;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00825751;OID=.;OPOS=48398080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:22:41:1:15:7:0:0:26:15:0:0 chr12 48413944 . C T 219.71 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.112654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4781;QD=11.8762;RBI=0.113475;REFB=-0.0109575;REVB=0.0136215;RO=47;SAF=16;SAR=11;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205496;STB=0.511859;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00883862;OID=.;OPOS=48413944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:11:16:27:20:11:16:27:20 chr12 48413950 . A C 159.07 PASS AF=0.328358;AO=18;DP=64;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0102936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3168;QD=9.49687;RBI=0.056441;REFB=-0.0315384;REVB=0.0554944;RO=46;SAF=9;SAR=9;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778364;STB=0.521958;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0792422;OID=.;OPOS=48413950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:46:45:18:22:0.328358:9:9:26:20:10:12:26:19 chr12 48418710 . T C 362.86 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.0266781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5864;QD=14.0917;RBI=0.0285395;REFB=0.00741414;REVB=-0.0101383;RO=59;SAF=33;SAR=9;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227365;STB=0.633438;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0114214;OID=.;OPOS=48418710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:59:61:42:42:0.407767:9:33:36:23:9:33:37:24 chr12 48438140 . CAT C 308.74 PASS AF=1;AO=17;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.25231;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=2;MLLD=145.003;QD=53.6938;RBI=0.262298;REFB=0;REVB=0.0716913;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00227064;OID=.;OPOS=48438141;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:24:23:23:0:9:14:0:0:4:0:5:12:0:0 chr12 48477422 . A G 364.11 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.00315123;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.827;QD=15.8311;RBI=0.00315525;REFB=0.0101159;REVB=0.000159185;RO=52;SAF=22;SAR=17;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533547;STB=0.523363;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.0125762;OID=.;OPOS=48477422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:53:39:39:0.423913:17:22:32:20:17:22:32:21 chr12 48501161 . A T 399.14 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=0.00663165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.728;QD=15.3515;RBI=0.0189;REFB=0.00211758;REVB=-0.0176983;RO=57;SAF=27;SAR=18;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277924;STB=0.662852;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00329507;OID=.;OPOS=48501161;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:59:45:45:0.432692:18:27:18:39:18:27:18:41 chr12 48512285 . C A 850.09 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00260496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.237;QD=56.6724;RBI=0.0502695;REFB=0;REVB=0.050202;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211243;OID=.;OPOS=48512285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:60:0:0:55:60:1:23:32:0:0:28:32:0:0 chr12 48512331 . C T 416.12 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00722397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.438;QD=22.1929;RBI=0.0163811;REFB=-0.0339667;REVB=-0.0147022;RO=34;SAF=19;SAR=22;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674345;STB=0.537129;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0266729;OID=.;OPOS=48512331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:22:19:13:21:22:19:13:21 chr12 48525861 . A G 147.33 PASS AF=0.36;AO=17;DP=51;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00402148;FXX=0.107124;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.161;QD=11.786;RBI=0.0302859;REFB=0.0065009;REVB=0.0300177;RO=30;SAF=14;SAR=3;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437104;STB=0.73306;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0183886;OID=.;OPOS=48525861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:30:32:17:18:0.36:3:14:14:16:4:14:14:18 chr12 48526712 . G A 346.46 PASS AF=0.378378;AO=42;DP=111;FAO=42;FDP=111;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.0205628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.368;QD=12.4851;RBI=0.0257208;REFB=-0.0082229;REVB=0.0154509;RO=69;SAF=20;SAR=22;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00226371;STB=0.501289;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0131743;OID=.;OPOS=48526712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:69:69:42:42:0.378378:22:20:33:36:22:20:33:36 chr12 48541757 . A G 256.9 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.000353425;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.273;QD=22.3393;RBI=0.00665162;REFB=-0.0100808;REVB=-0.00664223;RO=22;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821868;STB=0.545918;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0191255;OID=.;OPOS=48541757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:22:22:24:24:0.521739:13:11:8:14:13:11:8:14 chr12 48578325 . A C 233.64 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00539941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.989;QD=24.5934;RBI=0.00547111;REFB=-0.0579877;REVB=-0.000882863;RO=16;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345072;STB=0.519213;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.060505;OID=.;OPOS=48578325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:10:12:8:8:10:12:8:8 chr12 48578809 . T C 148.82 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.041747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.066;QD=10.8229;RBI=0.0434559;REFB=-0.00292136;REVB=0.0120667;RO=36;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956589;STB=0.555927;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0117832;OID=.;OPOS=48578809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:10:9:14:22:10:9:14:22 chr12 48596241 . A G 476.53 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00676381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.826;QD=18.6875;RBI=0.00753166;REFB=-0.00398121;REVB=0.00331311;RO=52;SAF=32;SAR=18;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115909;STB=0.564371;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00396679;OID=.;OPOS=48596241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:52:50:50:0.490196:18:32:27:25:18:32:27:25 chr12 48597049 . C T 113.58 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00479164;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.478;QD=9.27147;RBI=0.0164272;REFB=0.00358387;REVB=-0.0157128;RO=35;SAF=8;SAR=6;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.00353916;OID=.;OPOS=48597049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:35:35:14:14:0.285714:6:8:20:15:6:8:20:15 chr12 48597053 . A G 175.59 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.010055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.552;QD=13.7719;RBI=0.01288;REFB=-0.00681807;REVB=-0.00804934;RO=31;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327042;STB=0.518868;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0114542;OID=.;OPOS=48597053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:9:11:18:13:9:11:18:13 chr12 48723595 . G A 118.99 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0266807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.822;QD=13.2214;RBI=0.028639;REFB=-0.0310703;REVB=0.0104084;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287163;STB=0.667733;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0752093;OID=.;OPOS=48723595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:9:5:14:8:9:5:14:8 chr12 48736837 . T A 129.54 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0039723;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.559;QD=8.35708;RBI=0.0120612;REFB=-0.00995369;REVB=0.0113883;RO=41;SAF=13;SAR=5;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118806;STB=0.571047;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0112689;OID=.;OPOS=48736837;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:41:44:18:18:0.290323:5:13:26:15:5:13:28:16 chr12 48866585 . A C 741.47 PASS AF=0.578512;AO=70;DP=121;FAO=70;FDP=121;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0036823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.888;QD=24.5115;RBI=0.00416006;REFB=0.0069068;REVB=0.00193565;RO=51;SAF=24;SAR=46;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897468;STB=0.548995;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00672751;OID=.;OPOS=48866585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:51:51:70:70:0.578512:46:24:23:28:46:24:23:28 chr12 48866792 . C T 202.64 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.013226;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.63;QD=11.5793;RBI=0.0158045;REFB=-0.00584323;REVB=-0.00865187;RO=43;SAF=13;SAR=13;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629679;STB=0.528549;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0100064;OID=.;OPOS=48866792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:44:26:26:0.371429:13:13:24:19:13:13:24:20 chr12 48879946 . A G 536.05 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0102994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.277;QD=20.2281;RBI=0.0333962;REFB=0.00136325;REVB=0.0317684;RO=51;SAF=33;SAR=22;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975989;STB=0.553826;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00086892;OID=.;OPOS=48879946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:51:55:55:0.518868:22:33:25:26:22:33:25:26 chr12 48919556 . A G 299.25 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0131313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.567;QD=13.7585;RBI=0.0132884;REFB=-0.00919309;REVB=-0.00203738;RO=53;SAF=14;SAR=20;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448505;STB=0.525573;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0136706;OID=.;OPOS=48919556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:20:14:24:29:20:14:24:29 chr12 48919659 . T C 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.013195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.963;QD=20.1601;RBI=0.0138383;REFB=-0.000201052;REVB=0.00417019;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041916;STB=0.523779;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.000298559;OID=.;OPOS=48919659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:11:5:5:9:11:5:5:9 chr12 48919796 . C T 180.53 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0136336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.838;QD=16.0472;RBI=0.0157652;REFB=-0.010112;REVB=-0.0079162;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332383;STB=0.509989;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0175596;OID=.;OPOS=48919796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:7:12:15:10:7:12:16:10 chr12 48920006 . G A 347.71 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=15;FWDB=-0.0727148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9176;QD=14.7961;RBI=0.0728838;REFB=-0.0264656;REVB=0.00496004;RO=55;SAF=25;SAR=13;SRF=40;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083229;STB=0.55068;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0456409;OID=.;OPOS=48920006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:56:38:38:0.404255:13:25:40:15:13:25:41:15 chr12 48953682 . G A 172.11 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0155844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.595;QD=18.1172;RBI=0.0156633;REFB=-0.000147101;REVB=0.00157017;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150387;STB=0.585703;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000661077;OID=.;OPOS=48953682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:11:7:11:9:11:7:11:9 chr12 48953932 . G A 165.84 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00354181;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=60.1402;QD=14.7413;RBI=0.0275269;REFB=0.0137716;REVB=0.027298;RO=27;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0134366;OID=.;OPOS=48953932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:12:6:9:18:12:6:9:18 chr12 48954030 . G A 237.61 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00424404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.881;QD=13.7746;RBI=0.0104208;REFB=-0.00337696;REVB=-0.00951741;RO=39;SAF=17;SAR=11;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886247;STB=0.501628;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00432814;OID=.;OPOS=48954030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:41:28:28:0.405797:11:17:24:15:11:17:25:16 chr12 48954040 . A G 258.28 PASS AF=0.405405;AO=29;DP=73;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0139967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.534;QD=13.9613;RBI=0.0199424;REFB=-0.0084683;REVB=-0.0142053;RO=44;SAF=19;SAR=10;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729289;STB=0.548986;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0123638;OID=.;OPOS=48954040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:44:44:29:30:0.405405:10:19:26:18:10:20:26:18 chr12 48954175 . C T 166.42 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.00758345;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.207;QD=14.1629;RBI=0.0197842;REFB=-0.0165923;REVB=-0.0182731;RO=30;SAF=14;SAR=4;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353821;STB=0.513874;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0272465;OID=.;OPOS=48954175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:30:29:18:18:0.382979:4:14:24:6:4:14:23:6 chr12 48954225 . G C 85.26 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0292264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3902;QD=11.3682;RBI=0.0417982;REFB=-0.0189693;REVB=0.0298816;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054687;STB=0.503262;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0277783;OID=.;OPOS=48954225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:4:7:12:7:4:7:12:7 chr12 49048738 . G T 213.98 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0171565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.615;QD=14.7569;RBI=0.0181583;REFB=-0.0121699;REVB=-0.00594791;RO=33;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251026;STB=0.514274;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0155236;OID=.;OPOS=49048738;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:10:15:19:14:10:15:19:14 chr12 49075811 . T G 300.6 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0306158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.193;QD=21.4717;RBI=0.0320414;REFB=-0.0468224;REVB=0.00945097;RO=23;SAF=20;SAR=11;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814284;STB=0.537252;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0218516;OID=.;OPOS=49075811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:23:25:31:31:0.553571:11:20:17:6:11:20:18:7 chr12 49086963 . G A 416.08 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.00534281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.244;QD=16.983;RBI=0.0163558;REFB=-0.0176964;REVB=-0.0154586;RO=53;SAF=17;SAR=26;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257387;STB=0.642959;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0289271;OID=.;OPOS=49086963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:53:55:43:43:0.438776:26:17:35:18:26:17:36:19 chr12 49177113 . T G 577.41 PASS AF=0.427632;AO=63;DP=152;FAO=65;FDP=152;FR=.;FRO=87;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=57;FSRR=30;FWDB=-0.00989219;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.881;QD=15.1951;RBI=0.0147774;REFB=-0.015765;REVB=-0.0109779;RO=88;SAF=39;SAR=24;SRF=57;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318886;STB=0.515107;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0161245;OID=.;OPOS=49177113;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:88:87:63:65:0.427632:24:39:57:31:24:41:57:30 chr12 49221622 . G A 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00346798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.812;QD=17.5646;RBI=0.00533693;REFB=-0.0294129;REVB=-0.00405658;RO=35;SAF=11;SAR=21;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165561;STB=0.59293;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0281503;OID=.;OPOS=49221622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:21:11:18:17:21:11:18:17 chr12 49222217 . T C 115.06 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.032907;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.985;QD=17.7014;RBI=0.0338703;REFB=-0.0227782;REVB=-0.00802055;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954316;STB=0.578197;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0181059;OID=.;OPOS=49222217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:14:13:13:13:0.5:7:6:5:9:7:6:4:9 chr12 49230035 . T G 107.96 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0927311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.781;QD=13.0858;RBI=0.0929417;REFB=0.000505071;REVB=-0.00625355;RO=20;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121279;STB=0.571317;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.00192864;OID=.;OPOS=49230035;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:8:5:10:10:8:5:10:10 chr12 49255798 . G C 237.05 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00497652;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2973;QD=11.0256;RBI=0.0175376;REFB=-0.0323531;REVB=-0.0168167;RO=56;SAF=15;SAR=14;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000699644;STB=0.50602;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0568073;OID=.;OPOS=49255798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:56:57:29:29:0.337209:14:15:29:27:14:15:30:27 chr12 49308284 . A G 346.98 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0266324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3895;QD=14.6095;RBI=0.0356464;REFB=0.00237866;REVB=-0.0236935;RO=57;SAF=20;SAR=18;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740961;STB=0.542013;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00359424;OID=.;OPOS=49308284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:57:38:38:0.4:18:20:26:31:18:20:26:31 chr12 49312593 . A G 605.92 PASS AF=0.453237;AO=62;DP=140;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.0156039;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9381;QD=17.4366;RBI=0.033105;REFB=0.0259604;REVB=0.0291969;RO=77;SAF=27;SAR=35;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147383;STB=0.581941;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0237686;OID=.;OPOS=49312593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:77:76:62:63:0.453237:35:27:45:32:36:27:44:32 chr12 49314862 . C A 482.95 PASS AF=0.418605;AO=54;DP=129;FAO=54;FDP=129;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.00134321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6082;QD=14.9752;RBI=0.0394014;REFB=-0.0204579;REVB=-0.0393785;RO=75;SAF=25;SAR=29;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100292;STB=0.505632;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0338522;OID=.;OPOS=49314862;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:75:75:54:54:0.418605:29:25:34:41:29:25:34:41 chr12 49314994 . A G 266.51 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0161647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.618;QD=15.9111;RBI=0.0208635;REFB=-0.0070338;REVB=0.0131905;RO=37;SAF=8;SAR=22;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263938;STB=0.649785;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.010581;OID=.;OPOS=49314994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:22:8:19:18:22:8:19:18 chr12 49332092 . G A 513.48 PASS AF=0.524752;AO=52;DP=101;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0107049;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7042;QD=20.3357;RBI=0.0522885;REFB=-0.0312086;REVB=0.051181;RO=48;SAF=20;SAR=32;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174437;STB=0.58944;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0443341;OID=.;OPOS=49332092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:48:48:52:53:0.524752:32:20:28:20:32:21:28:20 chr12 49332451 . T TGA 36.21 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00687473;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=228.376;QD=6.58376;RBI=0.00934057;REFB=-0.0273381;REVB=0.00632332;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238903;STB=0.635943;STBP=0.463;TYPE=ins;VARB=0.0912057;OID=.;OPOS=49332452;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:6:24:6:22:16:3:3:11:5:36:17:3:3:12:5 chr12 49334762 . G C 982.17 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.773;QD=58.637;RBI=0.0385867;REFB=0;REVB=-0.0372234;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.31786e-05;OID=.;OPOS=49334762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:63:67:1:32:31:0:0:33:34:0:0 chr12 49359587 . T G 361.41 PASS AF=0.390909;AO=43;DP=110;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.0122242;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.735;QD=13.1421;RBI=0.0122677;REFB=-0.0199495;REVB=-0.00103279;RO=67;SAF=18;SAR=25;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642219;STB=0.536464;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0279427;OID=.;OPOS=49359587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:67:67:43:43:0.390909:25:18:32:35:25:18:32:35 chr12 49359989 . G A 200.52 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.068449;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.905;QD=19.5629;RBI=0.0685;REFB=-0.0120599;REVB=0.00264325;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238541;STB=0.5135;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0154406;OID=.;OPOS=49359989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:10:11:11:9:10:11 chr12 49391189 . G C 160.56 PASS AF=0.15625;AO=33;DP=214;FAO=35;FDP=224;FR=.;FRO=189;FSAF=2;FSAR=33;FSRF=117;FSRR=72;FWDB=0.00902995;FXX=0.0218331;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.7054;QD=2.86708;RBI=0.0105451;REFB=0.00275179;REVB=-0.005446;RO=161;SAF=1;SAR=32;SRF=111;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.764891;STB=0.948996;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0242875;OID=.;OPOS=49391189;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:224:161:189:33:35:0.15625:32:1:111:50:33:2:117:72 chr12 49424534 . G A 429.45 PASS AF=0.655738;AO=40;DP=61;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0112118;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.279;QD=28.1603;RBI=0.0217366;REFB=-0.00716746;REVB=0.0186219;RO=21;SAF=19;SAR=21;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151782;STB=0.582396;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00351855;OID=.;OPOS=49424534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:21:21:40:40:0.655738:21:19:5:16:21:19:5:16 chr12 49433721 . C T 209.52 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0268721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0847;QD=18.6238;RBI=0.0311592;REFB=-0.0121941;REVB=0.015773;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311189;STB=0.676304;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0137141;OID=.;OPOS=49433721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:14:7:16:8:14:7:16:8 chr12 49439864 . G A 125.73 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00635797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.807;QD=9.67133;RBI=0.0210658;REFB=-0.00939153;REVB=-0.0200835;RO=35;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110535;STB=0.558748;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0146224;OID=.;OPOS=49439864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:35:36:16:16:0.307692:11:5:14:21:11:5:14:22 chr12 49442484 . G A 206.91 PASS AF=0.252033;AO=31;DP=123;FAO=31;FDP=123;FR=.;FRO=92;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=-0.0306656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.035;QD=6.72878;RBI=0.0354363;REFB=0.0174034;REVB=0.0177582;RO=92;SAF=10;SAR=21;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200717;STB=0.62163;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0416872;OID=.;OPOS=49442484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:92:92:31:31:0.252033:21:10:44:48:21:10:44:48 chr12 49446767 . C T 162.52 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0525296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8602;QD=10.8343;RBI=0.0540739;REFB=-0.0346347;REVB=-0.0128307;RO=39;SAF=13;SAR=8;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148881;STB=0.587013;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0731692;OID=.;OPOS=49446767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:8:13:19:20:8:13:19:20 chr12 49483703 . G A 146.61 PASS AF=0.222222;AO=22;DP=99;FAO=22;FDP=99;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.060731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3429;QD=5.92374;RBI=0.0611171;REFB=-0.0102669;REVB=-0.00685894;RO=77;SAF=10;SAR=12;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326833;STB=0.520277;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0216174;OID=.;OPOS=49483703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:77:77:22:22:0.222222:12:10:37:40:12:10:37:40 chr12 49500398 . G A 567.89 PASS AF=0.508621;AO=58;DP=115;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0181699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.777;QD=19.5825;RBI=0.0194765;REFB=-0.00970349;REVB=-0.00701345;RO=56;SAF=29;SAR=29;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00778602;OID=.;OPOS=49500398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:56:57:58:59:0.508621:29:29:28:28:29:30:28:29 chr12 49500509 . C T 258.23 PASS AF=0.460317;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00638747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.333;QD=16.3957;RBI=0.00687166;REFB=-0.0125733;REVB=0.00253375;RO=34;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114474;STB=0.57247;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0115932;OID=.;OPOS=49500509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:34:28:29:0.460317:14:14:13:21:14:15:13:21 chr12 49522578 . T C 85.97 PASS AF=0.230769;AO=11;DP=51;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0117624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8818;QD=6.61305;RBI=0.0656206;REFB=-0.0044366;REVB=0.0645578;RO=38;SAF=6;SAR=5;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742736;STB=0.576798;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0234481;OID=.;OPOS=49522578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:51:52:38:40:11:12:0.230769:5:6:23:15:6:6:24:16 chr12 49522605 . C T 236.47 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0165872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.198;QD=13.5128;RBI=0.0200872;REFB=-0.0113636;REVB=0.0113297;RO=40;SAF=11;SAR=17;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188112;STB=0.620604;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.029686;OID=.;OPOS=49522605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:42:28:28:0.4:17:11:23:17:17:11:25:17 chr12 49578869 . G A 41.95 PASS AF=0.12;AO=8;DP=74;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.056636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.57;QD=2.23743;RBI=0.0769798;REFB=-0.00244598;REVB=-0.0521369;RO=56;SAF=5;SAR=3;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129609;STB=0.597907;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0249987;OID=.;OPOS=49578869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:74:75:56:66:8:9:0.12:3:5:29:27:3:6:37:29 chr12 49579696 . C G 361.64 PASS AF=0.521127;AO=36;DP=70;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0155408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.631;QD=20.3739;RBI=0.0314528;REFB=-0.0110771;REVB=0.0273453;RO=34;SAF=10;SAR=26;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135563;STB=0.579561;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0136366;OID=.;OPOS=49579696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:34:34:36:37:0.521127:26:10:14:20:27:10:14:20 chr12 49580180 . T C 410.05 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.056548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9868;QD=15.6211;RBI=0.0613686;REFB=0.016272;REVB=-0.0238417;RO=59;SAF=13;SAR=33;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244358;STB=0.63769;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0202348;OID=.;OPOS=49580180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:59:46:46:0.438095:33:13:30:29:33:13:30:29 chr12 49667103 . A T 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.524;QD=60.716;RBI=0.00856808;REFB=0;REVB=-0.00186379;RO=0;SAF=25;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59383e-06;OID=.;OPOS=49667103;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:51:25:0:0:51:25:0:0 chr12 49719941 . G A 223.0 PASS AF=0.275862;AO=32;DP=116;FAO=32;FDP=116;FR=.;FRO=84;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=0.0075659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.043;QD=7.68966;RBI=0.0101229;REFB=-0.0159453;REVB=0.00672529;RO=84;SAF=12;SAR=20;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126087;STB=0.575173;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0452059;OID=.;OPOS=49719941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:84:84:32:32:0.275862:20:12:40:44:20:12:40:44 chr12 49951487 . G GC 53.29 PASS AF=0.318841;AO=19;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.122918;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.58503;QD=3.08898;RBI=0.164169;REFB=-0.0227542;REVB=-0.108825;RO=45;SAF=5;SAR=14;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996512;STB=0.597894;STBP=0.301;TYPE=ins;VARB=-0.105111;OID=.;OPOS=49951488;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318841:19:69:22:69:47:5:17:16:31:53:45:5:14:15:30 chr12 49951571 . C T 98.25 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00752983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.402;QD=6.33858;RBI=0.00753678;REFB=-0.000560727;REVB=-0.00032367;RO=44;SAF=1;SAR=14;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.6275;STB=0.903769;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00109108;OID=.;OPOS=49951571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:44:47:15:15:0.241935:14:1:22:22:14:1:24:23 chr12 49958367 . C T 479.12 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.0128809;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.544;QD=16.9599;RBI=0.0177617;REFB=-0.00857226;REVB=0.0122294;RO=62;SAF=24;SAR=28;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146851;STB=0.577778;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00830939;OID=.;OPOS=49958367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:62:61:52:52:0.460177:28:24:38:24:28:24:37:24 chr12 49982365 . G A 228.81 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0435695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9817;QD=11.7339;RBI=0.0631067;REFB=0.00501232;REVB=0.0456525;RO=49;SAF=17;SAR=11;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260395;STB=0.654911;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0128479;OID=.;OPOS=49982365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:50:28:28:0.358974:11:17:18:31:11:17:18:32 chr12 50025195 . AG ACG,A,CG 31.91 PASS AF=0.108108,0.027027,0.0540541;AO=5,4,2;DP=37;FAO=4,1,2;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=3,1,0;FSAR=1,0,2;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0250726,-0.249568,-0.0226931;FXX=0;HRUN=0,3,1;LEN=1,1,1;MLLD=104.495,19.6634,163.861;QD=3.45007;RBI=0.0804475,0.277351,0.0547114;REFB=-0.000390131,0.0147834,0.000523426;REVB=-0.0764406,-0.120994,-0.0497832;RO=23;SAF=3,4,0;SAR=2,0,2;SRF=18;SRR=5;SSEN=0,0.262136,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.248482,0.550812,-0.651923;STB=0.519902,0.984933,0.997196;STBP=0.979,0.525,0.021;TYPE=ins,del,snp;VARB=-0.0175931,0.00866733,0.118831;OID=.,.,.;OPOS=50025196,50025196,50025195;OREF=-,G,A;OALT=C,-,C;OMAPALT=ACG,A,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:37:37:23:30:5,4,2:4,1,2:0.108108,0.027027,0.0540541:2,0,2:3,4,0:18:5:1,0,2:3,1,0:23:7 chr12 50035694 . C T 135.17 PASS AF=0.25;AO=20;DP=80;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=0.000629918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.087;QD=6.75843;RBI=0.00835791;REFB=-0.00733428;REVB=-0.00833414;RO=58;SAF=9;SAR=11;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290004;STB=0.658777;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0291569;OID=.;OPOS=50035694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:58:60:20:20:0.25:11:9:40:18:11:9:40:20 chr12 50185334 . A G 306.48 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.732;QD=53.3006;RBI=0.00826006;REFB=0;REVB=0.00400042;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61911e-05;OID=.;OPOS=50185334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:9:14:0:0 chr12 50189807 . C A 356.95 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6969;QD=54.9149;RBI=0.0592876;REFB=0;REVB=0.0532183;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726721;OID=.;OPOS=50189807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:7:18:0:0:8:18:0:0 chr12 50189834 . T G 271.4 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.064;QD=51.6944;RBI=0.0369398;REFB=0;REVB=0.0354091;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58669e-05;OID=.;OPOS=50189834;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:5:15:0:0:6:15:0:0 chr12 50263148 . G A 1233.81 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407243;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.63;QD=60.9288;RBI=0.0418008;REFB=0;REVB=0.00942533;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061304;OID=.;OPOS=50263148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:38:42:0:0:38:43:0:0 chr12 50348078 . T C 374.55 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0078233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.258;QD=20.8086;RBI=0.00890727;REFB=-0.0346648;REVB=-0.00425855;RO=34;SAF=14;SAR=24;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165788;STB=0.591879;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0376268;OID=.;OPOS=50348078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:24:14:19:15:24:14:19:15 chr12 50352393 . G C 205.65 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0297659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6812;QD=23.503;RBI=0.0381864;REFB=-0.0152563;REVB=-0.0239207;RO=15;SAF=3;SAR=17;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434807;STB=0.746967;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0089126;OID=.;OPOS=50352393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:17:3:9:6:17:3:9:6 chr12 50452708 . C G 575.13 PASS AF=0.472441;AO=60;DP=127;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.0102931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.917;QD=18.1144;RBI=0.0110735;REFB=-0.0374579;REVB=-0.00408337;RO=67;SAF=21;SAR=39;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183349;STB=0.601915;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0338665;OID=.;OPOS=50452708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:67:67:60:60:0.472441:39:21:36:31:39:21:36:31 chr12 50476158 . G T 1242.83 PASS AF=0.576355;AO=116;DP=201;FAO=117;FDP=203;FR=.;FRO=86;FSAF=69;FSAR=48;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.00508055;FXX=0.00490172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.999;QD=24.4892;RBI=0.0140916;REFB=-0.00777491;REVB=-0.0131438;RO=85;SAF=68;SAR=48;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911785;STB=0.553498;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00531351;OID=.;OPOS=50476158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:203:85:86:116:117:0.576355:48:68:40:45:48:69:40:46 chr12 50481226 . G T 155.78 PASS AF=0.225225;AO=25;DP=111;FAO=25;FDP=111;FR=.;FRO=86;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=55;FSRR=31;FWDB=0.0186049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6037;QD=5.61378;RBI=0.0381077;REFB=-0.000632091;REVB=0.0332573;RO=86;SAF=15;SAR=10;SRF=55;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525353;STB=0.532294;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00397366;OID=.;OPOS=50481226;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:86:86:25:25:0.225225:10:15:55:31:10:15:55:31 chr12 50523947 . A G 582.25 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0742752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8235;QD=58.2249;RBI=0.0760074;REFB=0.00166733;REVB=-0.0161345;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228628;STB=0.512189;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00323732;OID=.;OPOS=50523947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:20:19:0:1:20:19:0:1 chr12 50523964 . T C 638.71 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0336301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.221;QD=59.415;RBI=0.0337205;REFB=-0.140336;REVB=-0.0024677;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00176358;OID=.;OPOS=50523964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:19:23:0:0:19:23:1:0 chr12 50526814 . G A 237.25 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0123421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.379;QD=16.9462;RBI=0.0138608;REFB=-0.0129639;REVB=-0.00630818;RO=29;SAF=17;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00137158;STB=0.506662;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0133619;OID=.;OPOS=50526814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:29:26:27:0.482143:9:17:19:10:9:18:19:10 chr12 50529314 . C T 460.65 PASS AF=0.611111;AO=42;DP=72;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0244915;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.611;QD=25.5916;RBI=0.0382564;REFB=-0.0254958;REVB=-0.029389;RO=28;SAF=31;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200262;STB=0.614698;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0233759;OID=.;OPOS=50529314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:28:42:44:0.611111:11:31:14:14:11:33:14:14 chr12 50529736 . G A 194.85 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0112559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.628;QD=17.32;RBI=0.0249562;REFB=-0.0199146;REVB=0.0222736;RO=25;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191767;STB=0.505612;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0244716;OID=.;OPOS=50529736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:25:19:20:0.444444:8:11:14:11:9:11:14:11 chr12 50537815 . A G 1510.77 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946941;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.519;QD=59.8324;RBI=0.0131471;REFB=0;REVB=0.00912017;RO=0;SAF=58;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45418e-05;OID=.;OPOS=50537815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:99:101:1:41:58:0:0:41:60:0:0 chr12 50616346 . A G 276.27 PASS AF=0.449275;AO=20;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0247831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7251;QD=16.0156;RBI=0.0340621;REFB=-0.00998836;REVB=-0.0233673;RO=34;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860063;STB=0.583036;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0123947;OID=.;OPOS=50616346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:38:20:31:0.449275:9:11:16:18:20:11:19:19 chr12 50650057 . T C 902.22 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5868;QD=58.2075;RBI=0.0322297;REFB=0;REVB=0.00450256;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000287804;OID=.;OPOS=50650057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr12 50727706 . G C 157.87 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0363211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.901;QD=12.1435;RBI=0.0416612;REFB=0.00597376;REVB=-0.0204067;RO=33;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130329;STB=0.576119;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.0114782;OID=.;OPOS=50727706;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:7:12:17:16:7:12:17:16 chr12 50744119 . G A 244.07 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00347386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.76;QD=18.7746;RBI=0.0037413;REFB=-0.0466812;REVB=0.00138912;RO=26;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105531;STB=0.559224;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0381425;OID=.;OPOS=50744119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:16:10:13:13:16:10:13:13 chr12 50744171 . T C 285.19 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00942665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.35;QD=15.4157;RBI=0.01393;REFB=-0.00355243;REVB=0.0102559;RO=42;SAF=11;SAR=21;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911207;STB=0.551597;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00575109;OID=.;OPOS=50744171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:21:11:18:24:21:11:18:24 chr12 50744753 . T C 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0145841;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.942;QD=18.6757;RBI=0.0195847;REFB=-0.00587534;REVB=-0.0130715;RO=32;SAF=25;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296476;STB=0.666939;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0066872;OID=.;OPOS=50744753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:7:25:16:16:7:25:16:16 chr12 50749221 . G C 723.14 PASS AF=0.931034;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=58;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0144397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1076;QD=49.8717;RBI=0.0217033;REFB=-0.0423921;REVB=-0.0162028;RO=2;SAF=39;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235573;STB=0.524381;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0410267;OID=.;OPOS=50749221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:56:58:2:4:54:54:0.931034:15:39:2:0:15:39:4:0 chr12 50749227 . T G 739.77 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00974771;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=201.653;QD=50.154;RBI=0.0125042;REFB=-0.0216955;REVB=0.00783176;RO=2;SAF=41;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211271;STB=0.542396;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.000148783;OID=.;OPOS=50749227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:59:59:2:4:55:55:0.932203:14:41:1:1:14:41:1:3 chr12 50749294 . A G 313.84 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=0.0049654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9141;QD=14.5973;RBI=0.0434708;REFB=-0.00148688;REVB=-0.0431863;RO=51;SAF=18;SAR=17;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181988;STB=0.60262;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00177577;OID=.;OPOS=50749294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:17:18:35:16:17:18:35:16 chr12 50749554 . G T 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0095207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.258;QD=19.9734;RBI=0.0468052;REFB=-0.0134805;REVB=-0.0458267;RO=35;SAF=13;SAR=24;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148486;STB=0.58257;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0178821;OID=.;OPOS=50749554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:24:13:18:17:24:13:18:17 chr12 50749738 . CAT C 435.06 PASS AF=0.583333;AO=41;DP=73;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.002747;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.447;QD=24.1701;RBI=0.00274925;REFB=-0.0231482;REVB=-0.000111215;RO=29;SAF=21;SAR=20;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056032;STB=0.5319;STBP=0.558;TYPE=del;VARB=0.0173981;OID=.;OPOS=50749739;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333:41:73:42:72:30:22:20:18:12:99:29:21:20:17:12 chr12 50754563 . T G 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0105978;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.362;QD=22.3981;RBI=0.0144529;REFB=-0.00272748;REVB=0.00982713;RO=19;SAF=14;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263574;STB=0.647444;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00297762;OID=.;OPOS=50754563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:8:14:6:13:8:14:6:13 chr12 50824275 . C G 955.13 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0168;QD=58.7774;RBI=0.0560897;REFB=0;REVB=0.0392253;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720033;OID=.;OPOS=50824275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr12 50870145 . G A 3908.31 PASS AF=1;AO=245;DP=248;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207789;FXX=0.0160636;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.161;QD=63.8091;RBI=0.0207842;REFB=-0.0729054;REVB=-0.000471269;RO=0;SAF=119;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65773e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37711e-05;OID=.;OPOS=50870145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:248:245:0:0:245:245:1:126:119:0:0:126:119:0:0 chr12 51112586 . T C 1659.02 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00705913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.216;QD=60.328;RBI=0.0233416;REFB=0;REVB=0.0222486;RO=0;SAF=48;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01198e-05;OID=.;OPOS=51112586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:62:48:0:0:62:48:0:0 chr12 51135275 . T C 853.94 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00276776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9475;QD=55.996;RBI=0.0487388;REFB=-0.0704893;REVB=0.0486601;RO=1;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132943;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00697065;OID=.;OPOS=51135275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:35:25:0:1:35:25:0:1 chr12 51235317 . A G 736.08 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00326484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0816;QD=62.645;RBI=0.00702322;REFB=0;REVB=-0.00621823;RO=0;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90967e-05;OID=.;OPOS=51235317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:14:32:0:0:15:32:0:0 chr12 51236802 . T C 90.21 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0340392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6315;QD=16.4018;RBI=0.0345639;REFB=-0.0222765;REVB=-0.00599981;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874175;STB=0.55037;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0293275;OID=.;OPOS=51236802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:7:4:3:8:7:4:3:8 chr12 51236931 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.955;QD=37.4885;RBI=0.0588801;REFB=0;REVB=0.0433172;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000995221;OID=.;OPOS=51236931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr12 51333796 . C CA 123.83 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0279373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.6062;QD=8.68986;RBI=0.0781521;REFB=-0.00486231;REVB=-0.0729881;RO=35;SAF=7;SAR=15;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354909;STB=0.704044;STBP=0.017;TYPE=ins;VARB=-3.92243e-05;OID=.;OPOS=51333797;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385965:22:57:22:57:35:7:15:23:12:99:35:7:15:23:12 chr12 51354803 . C T 563.2 PASS AF=0.437956;AO=60;DP=137;FAO=60;FDP=137;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.0166174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2392;QD=16.4439;RBI=0.0253984;REFB=-0.0209738;REVB=-0.0192078;RO=76;SAF=36;SAR=24;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114839;STB=0.56081;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0180936;OID=.;OPOS=51354803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:76:77:60:60:0.437956:24:36:37:39:24:36:38:39 chr12 51384725 . C T 82.32 PASS AF=0.297297;AO=10;DP=36;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0185998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2782;QD=8.89957;RBI=0.042283;REFB=0.00543115;REVB=-0.0379723;RO=26;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227014;STB=0.60588;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.0111275;OID=.;OPOS=51384725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:37:26:26:10:11:0.297297:5:5:18:8:5:6:18:8 chr12 51393116 . C T 289.71 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.000381621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.624;QD=18.9976;RBI=0.0212349;REFB=0.0137139;REVB=-0.0212315;RO=30;SAF=12;SAR=19;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159995;STB=0.589247;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.0105018;OID=.;OPOS=51393116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:19:12:17:13:19:12:17:13 chr12 51402905 . T G 808.04 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244539;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.388;QD=57.7175;RBI=0.0869646;REFB=0;REVB=0.0834557;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044693;OID=.;OPOS=51402905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr12 51442944 . G A 2438.85 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.889;QD=61.3548;RBI=0.0296126;REFB=0;REVB=0.0230258;RO=0;SAF=64;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45727e-05;OID=.;OPOS=51442944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:95:64:0:0:95:64:0:0 chr12 51467724 . C T 130.01 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0253275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.945;QD=13.3347;RBI=0.0285094;REFB=-0.00271178;REVB=0.0130883;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172758;STB=0.599877;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00235667;OID=.;OPOS=51467724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:6:9:18:6:6:9:18:6 chr12 51497480 . A G 179.76 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00543653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1705;QD=11.0619;RBI=0.012571;REFB=-0.00687797;REVB=0.0113347;RO=42;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224657;STB=0.630351;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0136151;OID=.;OPOS=51497480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:9:14:17:25:9:14:17:25 chr12 51518787 . C G 941.02 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.878;QD=57.0315;RBI=0.0337807;REFB=-0.0881047;REVB=0.0240281;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000728747;OID=.;OPOS=51518787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:29:36:0:0:29:36:1:0 chr12 51636259 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.149;QD=57.2377;RBI=0.040641;REFB=0;REVB=0.00370881;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62294e-05;OID=.;OPOS=51636259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:38:18:0:0:38:18:0:0 chr12 51681903 . T C 1852.7 PASS AF=0.992063;AO=122;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0570664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.385;QD=58.8157;RBI=0.060954;REFB=-0.170061;REVB=0.0214199;RO=4;SAF=55;SAR=67;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332982;STB=0.504273;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000872901;OID=.;OPOS=51681903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:126:126:4:1:122:125:0.992063:67:55:4:0:67:58:1:0 chr12 51685831 . T C 734.24 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0356961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.174;QD=61.1868;RBI=0.0419708;REFB=-0.0395088;REVB=0.0220757;RO=1;SAF=14;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032403;STB=0.517234;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.000152449;OID=.;OPOS=51685831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:33:14:1:0:33:14:1:0 chr12 51685881 . G A 291.06 PASS AF=0.590909;AO=25;DP=43;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00625567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.787;QD=26.4604;RBI=0.0158813;REFB=-0.013854;REVB=0.0145973;RO=18;SAF=5;SAR=20;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192074;STB=0.582891;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0086521;OID=.;OPOS=51685881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:18:18:25:26:0.590909:20:5:7:11:20:6:7:11 chr12 51696500 . G A 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0407076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2459;QD=12.1431;RBI=0.0460848;REFB=-0.00704493;REVB=-0.0216032;RO=32;SAF=12;SAR=7;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760025;STB=0.503265;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.01001;OID=.;OPOS=51696500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:32:33:19:19:0.365385:7:12:20:12:7:12:21:12 chr12 51707626 . C T 538.32 PASS AF=0.5;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0277562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.683;QD=19.2258;RBI=0.028068;REFB=-0.0111954;REVB=0.00417207;RO=56;SAF=37;SAR=19;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184682;STB=0.602288;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0105626;OID=.;OPOS=51707626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:56:56:56:56:0.5:19:37:26:30:19:37:26:30 chr12 51722311 . C T 430.72 PASS AF=0.444444;AO=47;DP=107;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=-0.00763842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.969;QD=15.9525;RBI=0.0154767;REFB=-0.012829;REVB=-0.0134604;RO=59;SAF=21;SAR=26;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243469;STB=0.632166;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00949344;OID=.;OPOS=51722311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:59:60:47:48:0.444444:26:21:41:18:26:22:42:18 chr12 51733734 . G A 391.13 PASS AF=0.649123;AO=37;DP=57;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0553787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.34;QD=27.4479;RBI=0.0619683;REFB=-0.0245106;REVB=0.0278077;RO=20;SAF=18;SAR=19;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728914;STB=0.539751;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0153594;OID=.;OPOS=51733734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:20:37:37:0.649123:19:18:12:8:19:18:12:8 chr12 51737607 . G A 64.47 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0176086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.372;QD=9.91789;RBI=0.0385185;REFB=-0.006718;REVB=-0.034258;RO=16;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407633;STB=0.745993;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0181716;OID=.;OPOS=51737607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:26:16:17:9:9:0.346154:8:1:6:10:8:1:6:11 chr12 51740387 . ACTGG A 421.56 PASS AF=1;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171681;FXX=0.0937207;HRUN=1;LEN=4;MLLD=302.443;QD=58.1458;RBI=0.0410875;REFB=0;REVB=0.0373289;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000156897;OID=.;OPOS=51740388;OREF=CTGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:32:29:29:0:11:18:0:0:3:0:11:18:0:0 chr12 51740393 . CCATATCCACTT C 337.12 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00577505;FXX=0;HRUN=2;LEN=11;MLLD=455.622;QD=46.4995;RBI=0.00578196;REFB=0;REVB=-0.000282767;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-8.71604e-06;OID=.;OPOS=51740394;OREF=CATATCCACTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:28:29:29:0:11:18:0:0:6:0:10:18:0:0 chr12 51740409 . TA GG 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252963;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=148.305;QD=56.7066;RBI=0.0372856;REFB=0;REVB=-0.0273919;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-9.95601e-06;OID=.;OPOS=51740409;OREF=TA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr12 51773409 . C T 134.2 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0113966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.665;QD=9.41724;RBI=0.0189235;REFB=-0.00504679;REVB=-0.0151069;RO=39;SAF=10;SAR=8;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494724;STB=0.529379;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0260218;OID=.;OPOS=51773409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:8:10:20:19:8:10:20:19 chr12 51888734 . T C 184.37 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0113184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.6758;QD=10.1027;RBI=0.0115928;REFB=-0.00022757;REVB=0.0025073;RO=49;SAF=17;SAR=7;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992636;STB=0.558425;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000540588;OID=.;OPOS=51888734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:49:24:24:0.328767:7:17:31:18:7:17:31:18 chr12 51901390 . A G 301.38 PASS AF=0.35514;AO=38;DP=107;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0667288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7522;QD=11.2667;RBI=0.0739282;REFB=-0.0121866;REVB=-0.0318221;RO=69;SAF=20;SAR=18;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10246;STB=0.558793;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0299865;OID=.;OPOS=51901390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:69:69:38:38:0.35514:18:20:30:39:18:20:30:39 chr12 51902249 . C T 427.97 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0435115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8303;QD=19.4533;RBI=0.0458434;REFB=-0.00300336;REVB=-0.0144348;RO=45;SAF=20;SAR=23;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00143294;STB=0.500796;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00189042;OID=.;OPOS=51902249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:23:20:21:24:23:20:21:24 chr12 52080965 . C T 1256.52 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181413;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.117;QD=61.2936;RBI=0.0199137;REFB=0;REVB=0.00821269;RO=0;SAF=29;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45212e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029822;OID=.;OPOS=52080965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:52:29:0:0:53:29:0:0 chr12 52182545 . A G 366.16 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00159575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.263;QD=16.2736;RBI=0.00171195;REFB=-0.00112759;REVB=0.000619961;RO=50;SAF=9;SAR=30;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359075;STB=0.699323;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0046703;OID=.;OPOS=52182545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:51:39:39:0.433333:30:9:28:22:30:9:28:23 chr12 52184271 . T C 234.31 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00630192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.635;QD=25.3309;RBI=0.00946701;REFB=-0.00611091;REVB=-0.0070647;RO=13;SAF=9;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170347;STB=0.503813;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00399031;OID=.;OPOS=52184271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:13:15:22:22:0.594595:13:9:5:8:13:9:6:9 chr12 52200742 . C A 146.48 PASS AF=0.833333;AO=14;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0509603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.3143;QD=32.5521;RBI=0.0731251;REFB=-0.130557;REVB=0.0524436;RO=4;SAF=5;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474116;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0282705;OID=.;OPOS=52200742;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:18:4:3:14:15:0.833333:9:5:1:3:10:5:1:2 chr12 52204246 . T C 989.63 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00672939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.372;QD=54.9794;RBI=0.0286211;REFB=-0.0190964;REVB=0.0278188;RO=3;SAF=27;SAR=42;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226165;STB=0.511976;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00113645;OID=.;OPOS=52204246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:3:3:69:69:0.958333:42:27:2:1:42:27:2:1 chr12 52211942 . G A 753.18 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.003;QD=56.8438;RBI=0.0198266;REFB=0;REVB=1.2604e-05;RO=0;SAF=14;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22843e-05;OID=.;OPOS=52211942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:37:14:0:0:39:14:0:0 chr12 52215102 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.509;QD=40.7628;RBI=0.0304686;REFB=0;REVB=-0.00823793;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138158;OID=.;OPOS=52215102;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr12 52215755 . G A 95.04 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0194289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3201;QD=11.1808;RBI=0.0194565;REFB=-0.0297575;REVB=0.00103661;RO=21;SAF=10;SAR=2;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122294;STB=0.605864;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0353913;OID=.;OPOS=52215755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:12:12:0.352941:2:10:16:5:2:10:16:6 chr12 52282060 . C T 665.24 PASS AF=0.482014;AO=67;DP=139;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=-0.0235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9603;QD=19.1435;RBI=0.0248515;REFB=-0.0378222;REVB=-0.0080836;RO=64;SAF=30;SAR=37;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374258;STB=0.5458;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0401876;OID=.;OPOS=52282060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:64:72:67:67:0.482014:37:30:26:38:37:30:26:46 chr12 52282429 . C T 250.81 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.000454021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.085;QD=12.2348;RBI=0.00864848;REFB=-0.0120861;REVB=-0.00863655;RO=50;SAF=24;SAR=6;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334381;STB=0.708418;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.014875;OID=.;OPOS=52282429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:52:30:30:0.365854:6:24:27:23:6:24:27:25 chr12 52282873 . A T 238.88 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0157078;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.045;QD=19.9068;RBI=0.0398026;REFB=-0.0372541;REVB=-0.036572;RO=24;SAF=7;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190686;STB=0.620046;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0337779;OID=.;OPOS=52282873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:16:7:12:12:16:7:13:12 chr12 52284233 . T C 754.57 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00145588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.874;QD=55.8939;RBI=0.0154518;REFB=0;REVB=-0.015383;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192837;OID=.;OPOS=52284233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:30:22:0:0:30:24:0:0 chr12 52284500 . A G 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00481015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.091;QD=17.0334;RBI=0.0207695;REFB=-0.019242;REVB=0.0202048;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175572;STB=0.599893;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0136037;OID=.;OPOS=52284500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:9:9:15:7:9:9:15:7 chr12 52284532 . G A 39.74 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0160772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.534;QD=3.17932;RBI=0.06444;REFB=-0.00430921;REVB=-0.0624023;RO=36;SAF=4;SAR=3;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493867;STB=0.531701;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.01932;OID=.;OPOS=52284532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:36:43:7:7:0.14:3:4:22:14:3:4:23:20 chr12 52285086 . G A 164.89 PASS AF=0.586207;AO=16;DP=28;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00674791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6472;QD=22.7432;RBI=0.0575841;REFB=-0.093086;REVB=0.0571874;RO=12;SAF=4;SAR=12;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802345;STB=0.553126;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0339419;OID=.;OPOS=52285086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:12:12:16:17:0.586207:12:4:4:8:13:4:4:8 chr12 52296873 . TTA T,TTT 156.8 PASS AF=0.244898,0;AO=34,31;DP=248;FAO=48,0;FDP=196;FR=.;FRO=148;FSAF=11,0;FSAR=37,0;FSRF=79;FSRR=69;FWDB=-0.0375704,0.0720014;FXX=0.0531375;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=17.4023,15.8359;QD=3.20003;RBI=0.159469,0.0945339;REFB=-0.116839,-0.0279738;REVB=-0.15498,0.0612573;RO=156;SAF=5,1;SAR=29,30;SRF=84;SRR=72;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.521524,-0.69623;STB=0.740554,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,snp;VARB=0.191447,0;OID=.,.;OPOS=52296874,52296875;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.244898,0:34,31:248:48,0:196:148:11,0:37,0:79:69:99:156:5,1:29,30:84:72 chr12 52370331 . C T 330.74 PASS AF=0.333333;AO=42;DP=126;FAO=42;FDP=126;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=33;FWDB=-0.0104107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.004;QD=10.4998;RBI=0.0229215;REFB=-0.00936232;REVB=-0.0204209;RO=84;SAF=18;SAR=24;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203857;STB=0.617395;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0193105;OID=.;OPOS=52370331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:84:84:42:42:0.333333:24:18:51:33:24:18:51:33 chr12 52379132 . G A 127.97 PASS AF=0.253333;AO=19;DP=74;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.00191523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.931;QD=6.82489;RBI=0.0153332;REFB=-0.00588168;REVB=-0.0152131;RO=55;SAF=7;SAR=12;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174309;STB=0.505258;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0190443;OID=.;OPOS=52379132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:55:56:19:19:0.253333:12:7:21:34:12:7:21:35 chr12 52387841 . C T 321.21 PASS AF=0.302158;AO=42;DP=139;FAO=42;FDP=139;FR=.;FRO=97;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=0.0506617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.884;QD=9.2434;RBI=0.0517494;REFB=-0.0123333;REVB=-0.0105542;RO=96;SAF=31;SAR=11;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256562;STB=0.655263;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0445997;OID=.;OPOS=52387841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:96:97:42:42:0.302158:11:31:52:44:11:31:52:45 chr12 52565321 . A AT 583.46 PASS AF=0.977273;AO=5;DP=49;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0637172;FXX=0.0222173;HRUN=0;LEN=1;MLLD=193.79;QD=53.0413;RBI=0.063718;REFB=-0.0329206;REVB=0.00032758;RO=43;SAF=5;SAR=0;SRF=35;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501826;STB=0.555527;STBP=0.041;TYPE=ins;VARB=0.000548496;OID=.;OPOS=52565322;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.977273:5:49:43:44:1:39:4:0:1:5:43:5:0:35:8 chr12 52565322 . G T 559.87 PASS AF=0.911111;AO=39;DP=45;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00320983;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.627;QD=49.7658;RBI=0.00813805;REFB=-0.224746;REVB=0.00747829;RO=5;SAF=34;SAR=5;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641416;STB=0.525534;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00129189;OID=.;OPOS=52565322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:45:45:5:4:39:41:0.911111:5:34:5:0:5:36:3:1 chr12 52567432 . G A 147.59 PASS AF=0.22449;AO=22;DP=96;FAO=22;FDP=98;FR=.;FRO=76;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.0340292;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7916;QD=6.02413;RBI=0.0343371;REFB=-0.00563879;REVB=0.00458815;RO=74;SAF=11;SAR=11;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337435;STB=0.530585;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0207729;OID=.;OPOS=52567432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:74:76:22:22:0.22449:11:11:39:35:11:11:41:35 chr12 52601958 . C T 432.82 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=94;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0219168;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=140.697;QD=18.0343;RBI=0.022138;REFB=0.000376451;REVB=-0.0031218;RO=40;SAF=23;SAR=10;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205408;STB=0.560317;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000764122;OID=.;OPOS=52601958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:40:52:33:44:0.458333:10:23:20:20:18:26:25:27 chr12 52602013 . C T 1840.9 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.758;QD=61.3632;RBI=0.0304905;REFB=0;REVB=0.0180752;RO=0;SAF=52;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04085e-05;OID=.;OPOS=52602013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:68:52:0:0:68:52:0:0 chr12 52627215 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5617;QD=37.4885;RBI=0.0687917;REFB=0;REVB=-0.0635941;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00198532;OID=.;OPOS=52627215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr12 52631313 . A G 1933.39 PASS AF=1;AO=125;DP=128;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470426;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9912;QD=61.3775;RBI=0.105727;REFB=0;REVB=0.0946844;RO=1;SAF=76;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959768;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723925;OID=.;OPOS=52631313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:128:126:1:0:125:126:1:49:76:0:1:50:76:0:0 chr12 52635360 . G A 216.25 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.00528763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5276;QD=22.1796;RBI=0.0763454;REFB=-0.022865;REVB=0.0761621;RO=18;SAF=9;SAR=12;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23046;STB=0.627797;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0210997;OID=.;OPOS=52635360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:12:9:3:15:12:9:3:15 chr12 52639302 . G C 940.79 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0504196;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.2478;QD=57.0176;RBI=0.0645071;REFB=-0.0966585;REVB=0.0402372;RO=0;SAF=19;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91737e-08;STB=0.505375;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00176421;OID=.;OPOS=52639302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:46:19:0:0:46:19:0:1 chr12 52661302 . C A 485.6 PASS AF=0.945946;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00380011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4978;QD=52.4972;RBI=0.102265;REFB=-0.0470797;REVB=0.102194;RO=1;SAF=24;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190857;STB=0.520822;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00634781;OID=.;OPOS=52661302;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:37:1:2:34:35:0.945946:10:24:1:0:12:23:2:0 chr12 52681086 . C T 100.23 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0163571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4659;QD=6.68168;RBI=0.0187562;REFB=-0.00351035;REVB=0.00917831;RO=43;SAF=4;SAR=11;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257685;STB=0.662422;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00807623;OID=.;OPOS=52681086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:45:15:15:0.25:11:4:20:23:11:4:21:24 chr12 52681925 . A C 1767.06 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0069429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.302;QD=60.9332;RBI=0.00867875;REFB=0;REVB=0.00520739;RO=0;SAF=54;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.87665e-06;OID=.;OPOS=52681925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:62:54:0:0:62:54:0:0 chr12 52699548 . T C 740.63 PASS AF=0.407583;AO=79;DP=205;FAO=86;FDP=211;FR=.;FRO=125;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=43;FSRR=82;FWDB=-0.0180429;FXX=0.00938923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.515;QD=14.0404;RBI=0.0255098;REFB=-0.0415616;REVB=-0.0180334;RO=123;SAF=37;SAR=42;SRF=41;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148724;STB=0.552857;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0625274;OID=.;OPOS=52699548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:211:123:125:79:86:0.407583:42:37:41:82:49:37:43:82 chr12 52708420 . G A 425.69 PASS AF=0.37037;AO=49;DP=135;FAO=50;FDP=135;FR=.;FRO=85;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.000604209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.08;QD=12.613;RBI=0.0258415;REFB=-0.00416917;REVB=0.0258344;RO=84;SAF=23;SAR=26;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207738;STB=0.501483;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00582361;OID=.;OPOS=52708420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:84:85:49:50:0.37037:26:23:41:43:26:24:41:44 chr12 52708565 . A G 125.79 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0181004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.117;QD=10.4827;RBI=0.0652006;REFB=-0.0199405;REVB=-0.0626378;RO=30;SAF=14;SAR=1;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.56284;STB=0.851567;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0296871;OID=.;OPOS=52708565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:30:33:15:15:0.3125:1:14:18:12:1:14:20:13 chr12 52712975 . G A 566.41 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=110;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.00975374;FXX=0.0272702;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.344;QD=21.1744;RBI=0.00987508;REFB=-0.0225331;REVB=0.00154329;RO=50;SAF=31;SAR=26;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656976;STB=0.53607;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0196559;OID=.;OPOS=52712975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:107:50:50:57:57:0.53271:26:31:31:19:26:31:31:19 chr12 52714751 . C T 373.58 PASS AF=0.261682;AO=56;DP=214;FAO=56;FDP=214;FR=.;FRO=158;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=89;FSRR=69;FWDB=-0.0233399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8516;QD=6.98287;RBI=0.0688643;REFB=-0.000532431;REVB=-0.0647884;RO=156;SAF=28;SAR=28;SRF=88;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796082;STB=0.546712;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.000638513;OID=.;OPOS=52714751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:156:158:56:56:0.261682:28:28:88:68:28:28:89:69 chr12 52753861 . C T 285.3 PASS AF=0.352381;AO=36;DP=106;FAO=37;FDP=105;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=0.022273;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.439;QD=10.8687;RBI=0.0255486;REFB=-0.0118133;REVB=0.0125157;RO=68;SAF=15;SAR=21;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224925;STB=0.635187;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0226333;OID=.;OPOS=52753861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:68:68:36:37:0.352381:21:15:42:26:22:15:42:26 chr12 52774235 . A G 708.26 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7686;QD=62.9566;RBI=0.0441953;REFB=0;REVB=0.0429194;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000604004;OID=.;OPOS=52774235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr12 52777502 . A G 1589.89 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.292;QD=59.9957;RBI=0.0366294;REFB=0;REVB=-0.00861309;RO=0;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62272e-05;OID=.;OPOS=52777502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:52:53:0:0:52:54:0:0 chr12 52789509 . T C 704.65 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.253;QD=62.6352;RBI=0.0327278;REFB=0;REVB=-0.0199498;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0907e-05;OID=.;OPOS=52789509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr12 52789597 . A G 536.23 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0061425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.356;QD=54.9979;RBI=0.00760649;REFB=-0.115337;REVB=0.00448646;RO=2;SAF=21;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042533;STB=0.522715;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-2.91424e-05;OID=.;OPOS=52789597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:16:21:2:0:16:21:2:0 chr12 52789605 . T A 519.99 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0085824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.852;QD=59.4271;RBI=0.00883412;REFB=0;REVB=0.00209383;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26473e-05;OID=.;OPOS=52789605;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr12 52818504 . T G 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.058;QD=59.9374;RBI=0.0215395;REFB=0;REVB=0.0142899;RO=0;SAF=40;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01689e-05;OID=.;OPOS=52818504;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:61:40:0:0:61:40:0:0 chr12 52822258 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.667;QD=64.4152;RBI=0.0634469;REFB=0;REVB=-0.0014493;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148607;OID=.;OPOS=52822258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr12 52824352 . G A 1912.94 PASS AF=0.976744;AO=125;DP=129;FAO=126;FDP=129;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0204683;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.72;QD=59.316;RBI=0.0273003;REFB=-0.0665909;REVB=0.0180652;RO=2;SAF=44;SAR=81;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00484559;STB=0.507802;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00284727;OID=.;OPOS=52824352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:129:129:2:3:125:126:0.976744:81:44:1:1:81:45:2:1 chr12 52825363 . G A 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00231383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.026;QD=61.6949;RBI=0.00560721;REFB=0;REVB=-0.00510754;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.54007e-06;OID=.;OPOS=52825363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:37:45:0:0:37:45:0:0 chr12 52827818 . T C 1183.16 PASS AF=0.9875;AO=77;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0345332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.586;QD=59.1582;RBI=0.0362528;REFB=-0.126257;REVB=0.0110326;RO=1;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129652;STB=0.506665;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000499254;OID=.;OPOS=52827818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:77:79:0.9875:36:41:0:1:37:42:0:1 chr12 52841765 . G A 1145.15 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0130684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.902;QD=57.9825;RBI=0.0159536;REFB=-0.0998424;REVB=0.00915058;RO=2;SAF=31;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029553;STB=0.515621;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.000708969;OID=.;OPOS=52841765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:77:77:0.974684:46:31:2:0:46:31:2:0 chr12 52842736 . T C 176.83 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.157823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.1434;QD=44.2082;RBI=0.162727;REFB=0;REVB=0.0396472;RO=1;SAF=13;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337274;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0120202;OID=.;OPOS=52842736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:1:0:14:16:1:1:13:1:0:1:15:0:0 chr12 52843581 . A G 80.34 PASS AF=0.104265;AO=22;DP=210;FAO=22;FDP=211;FR=.;FRO=189;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=112;FSRR=77;FWDB=-7.24267e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.486;QD=1.52307;RBI=0.0105002;REFB=-0.00247234;REVB=-0.0104999;RO=188;SAF=6;SAR=16;SRF=111;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37499;STB=0.771641;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0187325;OID=.;OPOS=52843581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:210:211:188:189:22:22:0.104265:16:6:111:77:16:6:112:77 chr12 52843779 . T C 348.61 PASS AF=0.243243;AO=50;DP=219;FAO=54;FDP=222;FR=.;FRO=168;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=94;FSRR=74;FWDB=-0.00783791;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.591;QD=6.28131;RBI=0.0145838;REFB=-0.00743904;REVB=0.0122986;RO=165;SAF=22;SAR=28;SRF=91;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140594;STB=0.545029;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0199009;OID=.;OPOS=52843779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:222:165:168:50:54:0.243243:28:22:91:74:27:27:94:74 chr12 52844265 . T C 1918.41 PASS AF=0.856287;AO=141;DP=166;FAO=143;FDP=167;FR=.;FRO=24;FSAF=62;FSAR=81;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0316469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.023;QD=45.95;RBI=0.0317102;REFB=0.00313857;REVB=-0.00200247;RO=25;SAF=60;SAR=81;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273465;STB=0.509693;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.000587319;OID=.;OPOS=52844265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:25:24:141:143:0.856287:81:60:13:12:81:62:12:12 chr12 52845801 . T C 650.82 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.287;QD=61.983;RBI=0.022646;REFB=0;REVB=-0.0039305;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6646e-05;OID=.;OPOS=52845801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr12 52863038 . G A 980.18 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00028355;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.791;QD=59.4048;RBI=0.0681467;REFB=0;REVB=0.0681461;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179641;OID=.;OPOS=52863038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:65:66:1:32:33:0:0:32:34:0:0 chr12 52863213 . C T 2386.44 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.743;QD=61.1909;RBI=0.0159453;REFB=0;REVB=6.57684e-05;RO=0;SAF=80;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51589e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77209e-05;OID=.;OPOS=52863213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:156:0:0:155:156:1:75:80:0:0:76:80:0:0 chr12 52863621 . T G 980.66 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0019478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.473;QD=58.547;RBI=0.0111987;REFB=0;REVB=-0.011028;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.86738e-06;OID=.;OPOS=52863621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:32:34:0:0:32:35:0:0 chr12 52864970 . G A 253.68 PASS AF=0.294118;AO=35;DP=118;FAO=35;FDP=119;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=52;FWDB=-0.0325893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.204;QD=8.52714;RBI=0.0333149;REFB=-0.0163211;REVB=-0.00691534;RO=83;SAF=20;SAR=15;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219571;STB=0.632003;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0357298;OID=.;OPOS=52864970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:83:84:35:35:0.294118:15:20:32:51:15:20:32:52 chr12 52881541 . G T 426.58 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00521818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.959;QD=15.5119;RBI=0.0169523;REFB=0.0130863;REVB=-0.0161292;RO=62;SAF=22;SAR=26;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743314;STB=0.541649;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.0174127;OID=.;OPOS=52881541;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:62:48:48:0.436364:26:22:33:29:26:22:33:29 chr12 52882208 . C T 278.92 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=-0.0139238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.951;QD=13.9457;RBI=0.0257126;REFB=-0.00543008;REVB=0.0216164;RO=48;SAF=10;SAR=22;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404255;STB=0.728779;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0179704;OID=.;OPOS=52882208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:22:10:34:14:22:10:34:14 chr12 52885316 . A G 632.48 PASS AF=0.368687;AO=73;DP=198;FAO=73;FDP=198;FR=.;FRO=125;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=62;FSRR=63;FWDB=-0.00950687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0253;QD=12.7775;RBI=0.0165678;REFB=0.00800495;REVB=-0.0135688;RO=125;SAF=44;SAR=29;SRF=62;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120407;STB=0.568361;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0143538;OID=.;OPOS=52885316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:125:125:73:73:0.368687:29:44:62:63:29:44:62:63 chr12 52885339 . CC TT 482.78 PASS AF=0.314433;AO=59;DP=197;FAO=61;FDP=194;FR=.;FRO=133;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=69;FSRR=64;FWDB=0.0181505;FXX=0.0299985;HRUN=2;LEN=2;MLLD=193.686;QD=9.95432;RBI=0.0182895;REFB=-0.0144358;REVB=-0.00225038;RO=137;SAF=31;SAR=28;SRF=69;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261557;STB=0.503978;STBP=0.94;TYPE=mnp;VARB=0.0307961;OID=.;OPOS=52885339;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:194:137:133:59:61:0.314433:28:31:69:68:29:32:69:64 chr12 52885344 . G C 436.05 PASS AF=0.293532;AO=59;DP=202;FAO=59;FDP=201;FR=.;FRO=142;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=71;FSRR=71;FWDB=-0.0201647;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8668;QD=8.67769;RBI=0.0638598;REFB=0.00954666;REVB=-0.0605925;RO=142;SAF=32;SAR=27;SRF=71;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513236;STB=0.529988;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.026203;OID=.;OPOS=52885344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:142:142:59:59:0.293532:27:32:71:71:27:32:71:71 chr12 52885350 . T C 416.73 PASS AF=0.284314;AO=58;DP=204;FAO=58;FDP=204;FR=.;FRO=146;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=74;FSRR=72;FWDB=0.00860631;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.273;QD=8.17126;RBI=0.011556;REFB=-0.00264835;REVB=-0.0077119;RO=145;SAF=32;SAR=26;SRF=73;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589731;STB=0.532236;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00353326;OID=.;OPOS=52885350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:145:146:58:58:0.284314:26:32:73:72:26:32:74:72 chr12 52885374 . G C 336.45 PASS AF=0.257426;AO=48;DP=201;FAO=52;FDP=202;FR=.;FRO=150;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=74;FSRR=76;FWDB=-0.0171076;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0098;QD=6.66233;RBI=0.0304625;REFB=-0.0295984;REVB=-0.025205;RO=152;SAF=23;SAR=25;SRF=76;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262572;STB=0.504949;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0322833;OID=.;OPOS=52885374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:152:150:48:52:0.257426:25:23:76:76:26:26:74:76 chr12 52885377 . A G 300.04 PASS AF=0.231527;AO=46;DP=199;FAO=47;FDP=203;FR=.;FRO=156;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=80;FSRR=76;FWDB=-0.0142477;FXX=0.00975562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.415;QD=5.91202;RBI=0.0186417;REFB=-0.000699689;REVB=0.0120214;RO=153;SAF=23;SAR=23;SRF=77;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00413783;STB=0.518014;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00298714;OID=.;OPOS=52885377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:203:153:156:46:47:0.231527:23:23:77:76:24:23:80:76 chr12 52885381 . C T 337.35 PASS AF=0.248756;AO=51;DP=202;FAO=50;FDP=201;FR=.;FRO=151;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=80;FSRR=71;FWDB=0.000713173;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.721;QD=6.7135;RBI=0.000902224;REFB=-0.00493209;REVB=0.000552623;RO=150;SAF=25;SAR=26;SRF=78;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372069;STB=0.537346;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0149808;OID=.;OPOS=52885381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:150:151:51:50:0.248756:26:25:78:72:26:24:80:71 chr12 52886478 . T C 1250.71 PASS AF=1;AO=80;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.072;QD=59.5577;RBI=0.0435302;REFB=0;REVB=0.0284333;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161728;OID=.;OPOS=52886478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:84:84:0:0:80:84:1:43:37:0:0:47:37:0:0 chr12 52886490 . A G 1496.57 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187067;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.837;QD=59.2702;RBI=0.0332921;REFB=0;REVB=0.0275395;RO=0;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317876;OID=.;OPOS=52886490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:101:0:0:98:101:1:54:44:0:0:55:46:0:0 chr12 52908849 . GCCCCCC GCCCCC,GCCCCCA 59.05 PASS AF=0.333333,0.416667;AO=2,4;DP=13;FAO=4,5;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=2,4;FSAR=2,1;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.372184,-0.0714026;FXX=0.076864;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.84769,25.2965;QD=19.6843;RBI=0.447441,0.141094;REFB=0.154309,0.105948;REVB=0.248359,0.121694;RO=2;SAF=2,3;SAR=0,1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0.618182,0;SSEP=0.675676,0;SSSB=0.727176,0.407562;STB=0.713404,0.798796;STBP=0.307,0.078;TYPE=del,snp;VARB=0.0139996,-0.0286014;OID=.,.;OPOS=52908850,52908855;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=GCCCCC,GCCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.416667:2,4:13:4,5:12:3:2,4:2,1:0:3:24:2:2,3:0,1:0:2 chr12 52912906 . G T 1558.35 PASS AF=0.989899;AO=96;DP=98;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0531809;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3847;QD=62.9636;RBI=0.0789443;REFB=-0.0713979;REVB=-0.0583438;RO=1;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870172;STB=0.504586;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000595903;OID=.;OPOS=52912906;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:99:1:1:96:98:0.989899:54:42:0:1:54:44:0:1 chr12 52912909 . G T 1520.52 PASS AF=0.979798;AO=98;DP=98;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0236953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.898;QD=61.4353;RBI=0.0280903;REFB=-0.0226899;REVB=0.0150864;RO=0;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509432;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=2.69664e-05;OID=.;OPOS=52912909;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:99:0:2:98:97:0.979798:53:45:0:0:52:45:0:2 chr12 52938364 . T C 593.54 PASS AF=0.433333;AO=65;DP=151;FAO=65;FDP=150;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=0.00153719;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.42;QD=15.8277;RBI=0.00382941;REFB=-0.00860705;REVB=0.00350733;RO=86;SAF=35;SAR=30;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562352;STB=0.528489;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0110611;OID=.;OPOS=52938364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:86:85:65:65:0.433333:30:35:51:35:30:35:50:35 chr12 52938497 . A C 181.72 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0515523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8489;QD=17.3069;RBI=0.0515542;REFB=-0.0264331;REVB=0.000435554;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106479;STB=0.545407;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0234615;OID=.;OPOS=52938497;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:23:18:19:0.452381:9:9:14:9:9:10:14:9 chr12 52939407 . AGAGG AG,AGAGA 66.72 PASS AF=0.318182,0.0909091;AO=7,2;DP=23;FAO=7,2;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4,2;FSAR=3,0;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0053286,0.0376926;FXX=0.0832986;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=224.53,46.2211;QD=12.1309;RBI=0.0482209,0.0571589;REFB=-0.0110158,-0.019194;REVB=0.0479256,-0.0429699;RO=13;SAF=4,2;SAR=3,0;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0350874,0.540126;STB=0.521677,0.994046;STBP=0.941,0.176;TYPE=del,snp;VARB=0.0216078,0.0521836;OID=.,.;OPOS=52939408,52939411;OREF=GAG,G;OALT=-,A;OMAPALT=AG,AGAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182,0.0909091:7,2:23:7,2:22:13:4,2:3,0:7:6:51:13:4,2:3,0:7:6 chr12 52943144 . G A 341.52 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0353108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5066;QD=18.4607;RBI=0.0950981;REFB=0.00802825;REVB=0.0882995;RO=37;SAF=12;SAR=24;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147636;STB=0.576879;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00637479;OID=.;OPOS=52943144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:38:36:36:0.486486:24:12:18:19:24:12:18:20 chr12 52965173 . T G 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00139226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.218;QD=15.773;RBI=0.00327903;REFB=0.00275431;REVB=0.00296878;RO=33;SAF=17;SAR=10;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243869;STB=0.513787;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.00320799;OID=.;OPOS=52965173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:10:17:20:13:10:17:20:13 chr12 52965722 . T C 393.59 PASS AF=0.512821;AO=39;DP=77;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00852474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.124;QD=20.1838;RBI=0.00980464;REFB=-0.0235727;REVB=-0.00484353;RO=38;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575427;STB=0.524076;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0189991;OID=.;OPOS=52965722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:38:38:39:40:0.512821:23:16:18:20:23:17:18:20 chr12 52965761 . C T 1047.52 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370544;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.624;QD=59.8581;RBI=0.044318;REFB=0;REVB=0.0243116;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269042;OID=.;OPOS=52965761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:37:32:0:0:37:33:0:0 chr12 52965782 . T C 291.38 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0644234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3194;QD=16.8916;RBI=0.0663434;REFB=0.0126197;REVB=-0.0158453;RO=36;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557167;STB=0.52401;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.0159294;OID=.;OPOS=52965782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:36:37:32:32:0.463768:15:17:17:19:15:17:18:19 chr12 52967117 . C T 238.21 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0201725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.344;QD=20.7139;RBI=0.02298;REFB=-0.00876135;REVB=-0.0110069;RO=23;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778015;STB=0.543689;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00867181;OID=.;OPOS=52967117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:12:11:9:14:12:11:9:14 chr12 52967436 . G A 304.68 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0085342;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.445;QD=14.6834;RBI=0.00869513;REFB=-0.0326707;REVB=0.00166513;RO=49;SAF=26;SAR=8;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298556;STB=0.670859;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0355857;OID=.;OPOS=52967436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:49:49:34:34:0.409639:8:26:25:24:8:26:25:24 chr12 52981512 . G A 524.0 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=13;FWDB=-0.00489698;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.229;QD=18.7142;RBI=0.0235552;REFB=-0.00914437;REVB=-0.0230405;RO=57;SAF=30;SAR=25;SRF=44;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216037;STB=0.618689;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0172398;OID=.;OPOS=52981512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:57:57:55:55:0.491071:25:30:44:13:25:30:44:13 chr12 52981627 . A T 220.43 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0400941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.982;QD=24.4927;RBI=0.0401134;REFB=-0.0132055;REVB=0.0012448;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240871;STB=0.633388;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00518196;OID=.;OPOS=52981627;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:10:11:3:12:10:11:3:12 chr12 53045626 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.552;QD=51.1841;RBI=0.00270168;REFB=0;REVB=0.00193646;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01074e-05;OID=.;OPOS=53045626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr12 53069014 . T C 1194.03 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.024376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9793;QD=59.7017;RBI=0.0244169;REFB=0.0152317;REVB=0.00141266;RO=1;SAF=51;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166052;STB=0.50877;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.000196745;OID=.;OPOS=53069014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:28:51:0:1:28:51:0:1 chr12 53070121 . T G 1007.2 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00311879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0876;QD=59.2473;RBI=0.0375416;REFB=0;REVB=-0.0374118;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000361066;OID=.;OPOS=53070121;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr12 53085089 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00542515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.647;QD=56.7058;RBI=0.034509;REFB=0;REVB=0.0340799;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29077e-05;OID=.;OPOS=53085089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr12 53088484 . C T 1173.6 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00794751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7109;QD=60.1845;RBI=0.0407137;REFB=0;REVB=-0.0399305;RO=0;SAF=48;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499266;OID=.;OPOS=53088484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:28:48:0:0:28:50:0:0 chr12 53096913 . G A 199.19 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.111049;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.404;QD=49.798;RBI=0.008083;REFB=0;REVB=0.008083;RO=0;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22481e-05;OID=.;OPOS=53096913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:17:16:0:0:16:16:1:16:0:0:0:16:0:0:0 chr12 53162638 . G A 397.11 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0116072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.736;QD=23.3591;RBI=0.0297659;REFB=-0.0135896;REVB=0.0274096;RO=29;SAF=25;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734094;STB=0.540411;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00912518;OID=.;OPOS=53162638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:14:25:16:13:14:25:16:13 chr12 53162773 . A G 753.83 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0612262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7963;QD=61.537;RBI=0.0714665;REFB=-0.117967;REVB=-0.0368622;RO=1;SAF=32;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144774;STB=0.507689;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00209073;OID=.;OPOS=53162773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:16:32:1:0:16:32:1:0 chr12 53164848 . G A 349.9 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00279712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.092;QD=17.7163;RBI=0.0208759;REFB=4.74358e-05;REVB=0.0206876;RO=41;SAF=25;SAR=12;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686688;STB=0.533518;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=3.41135e-05;OID=.;OPOS=53164848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:42:37:37:0.468354:12:25:25:16:12:25:26:16 chr12 53165940 . C T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.00730719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.911;QD=14.6506;RBI=0.0192427;REFB=-0.00290964;REVB=0.0178013;RO=31;SAF=15;SAR=8;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354018;STB=0.700768;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00693663;OID=.;OPOS=53165940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:8:15:9:22:8:15:9:22 chr12 53186122 . G A 838.37 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411993;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.009;QD=57.8184;RBI=0.0412264;REFB=0;REVB=-0.00149447;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156948;OID=.;OPOS=53186122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr12 53204614 . C T 676.14 PASS AF=0.924528;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00539594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.139;QD=51.0292;RBI=0.0127933;REFB=-0.0332651;REVB=0.0115996;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021881;STB=0.50202;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.000857615;OID=.;OPOS=53204614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:53:1:2:49:49:0.924528:28:21:1:0:27:22:1:1 chr12 53217701 . C A 717.07 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.013;QD=62.3535;RBI=0.0619332;REFB=0;REVB=0.0015975;RO=1;SAF=16;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284632;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43299e-05;OID=.;OPOS=53217701;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:1:0:45:46:1:29:16:1:0:29:17:0:0 chr12 53227585 . C T 68.15 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0458999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.98;QD=5.56314;RBI=0.0671236;REFB=-0.00685523;REVB=-0.0489773;RO=39;SAF=3;SAR=7;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177499;STB=0.616497;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0206909;OID=.;OPOS=53227585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:39:39:10:10:0.204082:7:3:17:22:7:3:17:22 chr12 53227803 . A G 255.87 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.248;QD=51.1744;RBI=0.0447714;REFB=0;REVB=-0.0447714;RO=0;SAF=0;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00137245;OID=.;OPOS=53227803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:20:0:0:0:20:0:0:0 chr12 53242440 . A G 976.01 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112284;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.676;QD=59.1518;RBI=0.032901;REFB=0;REVB=0.0309258;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362199;OID=.;OPOS=53242440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:33:32:0:0:33:33:0:0 chr12 53294381 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.305;QD=50.4133;RBI=0.0305544;REFB=0;REVB=0.00777102;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318047;OID=.;OPOS=53294381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr12 53343460 . CA AC,CAC 308.5 PASS AF=0.0547945,0.493151;AO=4,34;DP=75;FAO=4,36;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=4,18;FSAR=0,18;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0256896,-0.0426406;FXX=0.0266631;HRUN=2,3;LEN=2,1;MLLD=22.6056,20.4789;QD=16.9043;RBI=0.0281153,0.0469999;REFB=-0.0088872,0.00749001;REVB=-0.0114243,-0.0197677;RO=33;SAF=4,17;SAR=0,17;SRF=11;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.666402,0.147884;STB=0.997978,0.579667;STBP=0.006,0.177;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0892717,0.00146263;OID=.,.;OPOS=53343460,53343462;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:75:73:33:33:4,34:4,36:0.0547945,0.493151:0,17:4,17:11:22:0,18:4,18:11:22 chr12 53343493 . G A 224.72 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.115459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1611;QD=13.0271;RBI=0.11822;REFB=0.000468949;REVB=0.025398;RO=42;SAF=7;SAR=20;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324833;STB=0.68714;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00293107;OID=.;OPOS=53343493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:20:7:23:19:20:7:23:19 chr12 53412695 . C T 105.83 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00264272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.03;QD=11.4408;RBI=0.00555212;REFB=-0.00228137;REVB=0.00488283;RO=24;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219898;STB=0.631369;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00699366;OID=.;OPOS=53412695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:9:4:12:12:9:4:12:12 chr12 53433089 . C A 2203.81 PASS AF=0.979452;AO=142;DP=146;FAO=143;FDP=146;FR=.;FRO=3;FSAF=71;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0277431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.279;QD=60.3782;RBI=0.0557605;REFB=-0.189428;REVB=0.048369;RO=4;SAF=71;SAR=71;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260321;STB=0.510203;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0014966;OID=.;OPOS=53433089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:146:146:4:3:142:143:0.979452:71:71:0:4:72:71:0:3 chr12 53433486 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.326;QD=57.2377;RBI=0.0105128;REFB=0;REVB=0.00047223;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36784e-05;OID=.;OPOS=53433486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr12 53434105 . C A 188.64 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0210324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0014;QD=29.0215;RBI=0.0451012;REFB=0.0574867;REVB=-0.0398968;RO=8;SAF=13;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019418;STB=0.510741;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0315827;OID=.;OPOS=53434105;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:5:13:6:2:5:13:6:2 chr12 53434129 . CTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTA 45.21 PASS AF=0.48,0;AO=9,2;DP=25;FAO=12,0;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8,0;FSAR=4,0;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.254994,0.0597621;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=9.60609,12.6661;QD=7.23299;RBI=0.26621,0.0975045;REFB=-0.00267972,-0.0550893;REVB=0.076459,0.077043;RO=11;SAF=5,2;SAR=4,0;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00947861,0.552517;STB=0.529362,0.5;STBP=0.805,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0329794,0;OID=.,.;OPOS=53434130,53434136;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48,0:9,2:25:12,0:25:13:8,0:4,0:8:5:44:11:5,2:4,0:6:5 chr12 53452263 . CCAGGTGGCAGG C 463.83 PASS AF=0.78125;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=64;FR=.;FRO=14;FSAF=41;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.00820857;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=11;MLLD=301.335;QD=28.9892;RBI=0.0490168;REFB=-0.0590649;REVB=0.0483246;RO=0;SAF=40;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.511335;SSEP=0;SSSB=3.55353e-08;STB=0.514003;STBP=0.789;TYPE=del;VARB=0.0118536;OID=.;OPOS=53452264;OREF=CAGGTGGCAGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.78125:49:51:50:64:14:41:9:12:2:55:0:40:9:0:0 chr12 53454685 . G A 640.44 PASS AF=0.538462;AO=63;DP=118;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.013961;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0941;QD=21.8955;RBI=0.0333958;REFB=0.0140835;REVB=0.0303376;RO=52;SAF=27;SAR=36;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043654;STB=0.533323;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.0125406;OID=.;OPOS=53454685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:52:54:63:63:0.538462:36:27:25:27:36:27:27:27 chr12 53497402 . A G 393.89 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0625247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1138;QD=17.5062;RBI=0.168183;REFB=-0.0089977;REVB=-0.156128;RO=48;SAF=17;SAR=24;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162424;STB=0.585324;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00836264;OID=.;OPOS=53497402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:49:41:41:0.455556:24:17:28:20:24:17:28:21 chr12 53497927 . C G 293.61 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0161268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.704;QD=19.9054;RBI=0.021012;REFB=-0.00612034;REVB=0.0134696;RO=27;SAF=25;SAR=6;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082788;STB=0.540738;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00917089;OID=.;OPOS=53497927;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:28:31:31:0.525424:6:25:20:7:6:25:21:7 chr12 53509933 . C T 476.85 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00826815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.352;QD=17.8263;RBI=0.0188793;REFB=-0.0183679;REVB=0.0169725;RO=53;SAF=26;SAR=25;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350227;STB=0.514468;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.017049;OID=.;OPOS=53509933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:53:56:51:51:0.476636:25:26:25:28:25:26:27:29 chr12 53581376 . C T 230.21 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00895195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.621;QD=23.0211;RBI=0.0121636;REFB=-0.0127705;REVB=-0.00823499;RO=18;SAF=6;SAR=16;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594314;STB=0.533302;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0102889;OID=.;OPOS=53581376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:16:6:6:12:16:6:6:12 chr12 53586994 . T C 370.23 PASS AF=0.351145;AO=45;DP=130;FAO=46;FDP=131;FR=.;FRO=85;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.0334342;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.477;QD=11.3048;RBI=0.0385559;REFB=-0.0190178;REVB=-0.019202;RO=83;SAF=16;SAR=29;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107019;STB=0.583296;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0363907;OID=.;OPOS=53586994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:83:85:45:46:0.351145:29:16:37:46:30:16:40:45 chr12 53604768 . A G 170.27 PASS AF=0.586207;AO=16;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0204862;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.863;QD=23.486;RBI=0.0227141;REFB=-0.0219453;REVB=-0.00981041;RO=12;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047897;STB=0.512181;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0163727;OID=.;OPOS=53604768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:12:16:17:0.586207:7:9:6:6:8:9:6:6 chr12 53647373 . T C 695.86 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00802295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.09;QD=60.5098;RBI=0.013552;REFB=-0.0592885;REVB=-0.0109219;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513507;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-6.1969e-06;OID=.;OPOS=53647373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:18:27:0:0:18:27:0:1 chr12 53647713 . G A 121.66 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00490944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.228;QD=7.05248;RBI=0.0347398;REFB=-0.00799499;REVB=-0.0343911;RO=50;SAF=12;SAR=6;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870669;STB=0.562429;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0169056;OID=.;OPOS=53647713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:50:51:18:18:0.26087:6:12:30:20:6:12:30:21 chr12 53662624 . C A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.872;QD=58.9627;RBI=0.0252852;REFB=0;REVB=-0.00447157;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05506e-05;OID=.;OPOS=53662624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr12 53670545 . C A 1798.98 PASS AF=0.960317;AO=120;DP=125;FAO=121;FDP=126;FR=.;FRO=5;FSAF=64;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00978946;FXX=0.0078734;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.8053;QD=57.1104;RBI=0.0467238;REFB=-0.0635912;REVB=0.0456868;RO=5;SAF=64;SAR=56;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00508399;STB=0.50283;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0012379;OID=.;OPOS=53670545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:125:126:5:5:120:121:0.960317:56:64:3:2:57:64:3:2 chr12 53680270 . G A 87.73 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00717046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.888;QD=6.88059;RBI=0.0260399;REFB=-0.00515676;REVB=0.0250332;RO=39;SAF=4;SAR=8;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162177;STB=0.602564;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0104616;OID=.;OPOS=53680270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:8:4:18:21:8:4:18:21 chr12 53681883 . A T 693.41 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.575;QD=60.2963;RBI=0.01278;REFB=0;REVB=0.000896222;RO=2;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335352;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380642;OID=.;OPOS=53681883;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:2:0:44:46:1:27:17:0:2:29:17:0:0 chr12 53682326 . G A 2566.95 PASS AF=0.955556;AO=172;DP=180;FAO=172;FDP=180;FR=.;FRO=8;FSAF=84;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0584876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6145;QD=57.0433;RBI=0.0900612;REFB=-0.158261;REVB=0.0684851;RO=6;SAF=84;SAR=88;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313464;STB=0.521737;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00844839;OID=.;OPOS=53682326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:180:180:6:8:172:172:0.955556:88:84:0:6:88:84:0:8 chr12 53686703 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3708;QD=57.1772;RBI=0.0953854;REFB=0;REVB=0.0848053;RO=0;SAF=13;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143505;OID=.;OPOS=53686703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:38:13:0:0:38:13:0:0 chr12 53693532 . AA GC 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023205;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=202.722;QD=46.848;RBI=0.0250805;REFB=0;REVB=-0.00951626;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000118476;OID=.;OPOS=53693532;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr12 53700848 . C T 1954.72 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0126936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9831;QD=61.0851;RBI=0.0312373;REFB=0.0197021;REVB=0.0285419;RO=0;SAF=76;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.42534e-08;STB=0.503267;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=6.09723e-05;OID=.;OPOS=53700848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:128:0:1:127:127:0.992188:51:76:0:0:51:76:1:0 chr12 53700860 . A G 2112.26 PASS AF=0.985507;AO=136;DP=139;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0037648;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.824;QD=61.2249;RBI=0.0173012;REFB=-0.0268928;REVB=0.0168866;RO=2;SAF=80;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117354;STB=0.506172;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000210333;OID=.;OPOS=53700860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:139:138:2:2:136:136:0.985507:56:80:2:0:56:80:2:0 chr12 53703021 . G A 936.85 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0459;QD=58.5528;RBI=0.0497452;REFB=0;REVB=0.0153795;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069506;OID=.;OPOS=53703021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr12 53722098 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.596;QD=62.6709;RBI=0.00410815;REFB=0;REVB=-0.000955715;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78628e-06;OID=.;OPOS=53722098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr12 53722128 . G A 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1691;QD=56.1861;RBI=0.163019;REFB=0;REVB=0.0274511;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00297887;OID=.;OPOS=53722128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr12 53806764 . TG T 30.45 PASS AF=0.4;AO=3;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.223376;FXX=0.062461;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.9754;QD=8.11984;RBI=0.229359;REFB=0.0140478;REVB=-0.0520438;RO=10;SAF=2;SAR=1;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411706;STB=0.59968;STBP=0.576;TYPE=del;VARB=-0.00780767;OID=.;OPOS=53806765;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:3:15:6:15:9:3:3:6:3:30:10:2:1:7:3 chr12 53822782 . C T 139.94 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0547491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.941;QD=14.3529;RBI=0.0547495;REFB=-0.00492061;REVB=0.000218988;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191266;STB=0.589635;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0125136;OID=.;OPOS=53822782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:15:16:0.410256:7:8:8:15:8:8:8:15 chr12 53868794 . C T 140.62 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.00480135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.32;QD=9.37495;RBI=0.0125821;REFB=-0.00595747;REVB=0.01163;RO=41;SAF=9;SAR=10;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297622;STB=0.673411;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0140424;OID=.;OPOS=53868794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:10:9:30:11:10:9:30:11 chr12 54067544 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6059;QD=47.8216;RBI=0.0130982;REFB=0;REVB=0.00600917;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186646;OID=.;OPOS=54067544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr12 54105074 . T C 683.71 PASS AF=0.448485;AO=74;DP=166;FAO=74;FDP=165;FR=.;FRO=91;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=-0.0271213;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.55;QD=16.5747;RBI=0.0275926;REFB=-0.0196572;REVB=0.00507851;RO=90;SAF=35;SAR=39;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376732;STB=0.517949;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0244237;OID=.;OPOS=54105074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:90:91:74:74:0.448485:39:35:46:44:39:35:46:45 chr12 54109659 . C T 517.46 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.0973043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1622;QD=17.9985;RBI=0.1128;REFB=-0.0189274;REVB=0.0570599;RO=60;SAF=36;SAR=19;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218699;STB=0.51214;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0257849;OID=.;OPOS=54109659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:60:60:55:55:0.478261:19:36:38:22:19:36:38:22 chr12 54109733 . A G 1030.59 PASS AF=0.52381;AO=99;DP=189;FAO=99;FDP=189;FR=.;FRO=90;FSAF=65;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.0252658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7878;QD=21.8115;RBI=0.06144;REFB=-0.0226158;REVB=-0.0560046;RO=90;SAF=65;SAR=34;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123763;STB=0.567897;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0175392;OID=.;OPOS=54109733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:90:90:99:99:0.52381:34:65:47:43:34:65:47:43 chr12 54110197 . A G 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.021005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.549;QD=21.5459;RBI=0.0315081;REFB=-0.0210007;REVB=-0.0234851;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268469;STB=0.650957;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0083067;OID=.;OPOS=54110197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:2:8:6:8:2:8 chr12 54340077 . G A 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000674597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.394;QD=63.4766;RBI=0.000867396;REFB=0;REVB=0.000545247;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34063e-06;OID=.;OPOS=54340077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:45:49:0:0:45:49:0:0 chr12 54348971 . G A 533.06 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=115;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.00482669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.012;QD=18.5413;RBI=0.0295292;REFB=-0.0377014;REVB=0.0291321;RO=59;SAF=17;SAR=39;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558352;STB=0.530981;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0428946;OID=.;OPOS=54348971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:59:59:56:56:0.486957:39:17:21:38:39:17:21:38 chr12 54367061 . T G 1130.36 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221702;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.345;QD=60.286;RBI=0.0304717;REFB=0;REVB=0.0209047;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00087217;OID=.;OPOS=54367061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:74:75:1:35:39:0:0:36:39:0:0 chr12 54369667 . T TAGGGG,TGCCCCACTACTTTAGGGG 339.53 PASS AF=0.346154,0.653846;AO=6,9;DP=32;FAO=9,17;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107124,-0.00267005;FXX=0.187441;HRUN=0,1;LEN=5,18;MLLD=140.869,373.537;QD=52.2354;RBI=0.0629359,0.0453654;REFB=0,0;REVB=0.0620175,0.0452868;RO=3;SAF=6,0;SAR=0,9;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.804025,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00272123,0.00310777;OID=.,.;OPOS=54369668,54369668;OREF=-,-;OALT=AGGGG,GCCCCACTACTTTAGGGG;OMAPALT=TAGGGG,TGCCCCACTACTTTAGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.346154,0.653846:6,9:32:9,17:26:0:9,0:0,17:0:0:63:3:6,0:0,9:0:3 chr12 54385599 . C T 521.54 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0148583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.457;QD=23.4401;RBI=0.0151173;REFB=-0.00691149;REVB=0.00278611;RO=40;SAF=23;SAR=26;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460563;STB=0.50253;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0059383;OID=.;OPOS=54385599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:40:49:49:0.550562:26:23:19:21:26:23:19:21 chr12 54406292 . G A 241.41 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=42;FWDB=-0.0371445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4924;QD=13.0492;RBI=0.0378991;REFB=-0.0155436;REVB=-0.0075254;RO=44;SAF=3;SAR=26;SRF=3;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111821;STB=0.566626;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0307722;OID=.;OPOS=54406292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:45:29:29:0.391892:26:3:3:41:26:3:3:42 chr12 54423549 . C T 321.96 PASS AF=0.386139;AO=37;DP=102;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0837748;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0193;QD=12.751;RBI=0.0845504;REFB=-0.033569;REVB=0.0114258;RO=63;SAF=19;SAR=18;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11084;STB=0.582409;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0586019;OID=.;OPOS=54423549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:63:62:37:39:0.386139:18:19:26:37:18:21:25:37 chr12 54496166 . G T 670.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0778;QD=62.345;RBI=0.0168628;REFB=0;REVB=0.0128825;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214124;OID=.;OPOS=54496166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:22:21:0:0 chr12 54496219 . A G 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00124448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.802;QD=12.0208;RBI=0.0128719;REFB=-0.00121926;REVB=-0.0128116;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077004;STB=0.558739;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00103849;OID=.;OPOS=54496219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:25:14:14:0.358974:8:6:12:12:8:6:13:12 chr12 54711574 . A G 223.8 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0781384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.8758;QD=42.6276;RBI=0.085855;REFB=-0.0323038;REVB=-0.0355733;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.599885;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.000358866;OID=.;OPOS=54711574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:21:0:2:19:19:0.904762:15:4:0:0:15:4:2:0 chr12 54767812 . G A 245.4 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.0202604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.352;QD=13.2647;RBI=0.0202605;REFB=-0.00702197;REVB=-7.66622e-05;RO=44;SAF=17;SAR=12;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106635;STB=0.551285;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00772737;OID=.;OPOS=54767812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:45:29:29:0.391892:12:17:30:14:12:17:30:15 chr12 54799450 . A G 526.48 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00467319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.979;QD=56.9165;RBI=0.0223342;REFB=0;REVB=0.0218398;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267214;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362875;OID=.;OPOS=54799450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:37:1:0:35:37:1:17:18:0:1:19:18:0:0 chr12 54812882 . G A 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0439565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.987;QD=21.0647;RBI=0.0524789;REFB=-0.0324391;REVB=0.0286682;RO=24;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111393;STB=0.562449;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0298904;OID=.;OPOS=54812882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:12:12:9:15:12:12:9:15 chr12 54905815 . C G 1107.65 PASS AF=0.95122;AO=74;DP=79;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0793105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.217;QD=54.0319;RBI=0.0838467;REFB=-0.175805;REVB=0.0272052;RO=3;SAF=40;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00935685;STB=0.509239;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00347297;OID=.;OPOS=54905815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:79:82:3:4:74:78:0.95122:34:40:2:1:34:44:3:1 chr12 54969352 . G A 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00996147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.201;QD=6.26127;RBI=0.0439091;REFB=-0.00457534;REVB=0.0427642;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826548;STB=0.535979;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0202983;OID=.;OPOS=54969352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:20:21:7:7:0.25:4:3:10:10:4:3:10:11 chr12 54970454 . T C 635.4 PASS AF=0.503937;AO=64;DP=127;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.0227314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8005;QD=20.0127;RBI=0.0282068;REFB=-0.0218844;REVB=-0.0167006;RO=61;SAF=26;SAR=38;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00329083;STB=0.504853;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0332011;OID=.;OPOS=54970454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:61:63:64:64:0.503937:38:26:25:36:38:26:25:38 chr12 54972992 . T C 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0184181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.353;QD=16.2366;RBI=0.0184198;REFB=-0.0280077;REVB=-0.000245178;RO=36;SAF=9;SAR=21;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376987;STB=0.521262;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0189545;OID=.;OPOS=54972992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:21:9:12:24:21:9:12:24 chr12 54973623 . T C 990.48 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.576;QD=59.1334;RBI=0.0351493;REFB=0;REVB=-0.0333595;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107702;OID=.;OPOS=54973623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr12 54975837 . T C 2223.53 PASS AF=0.986842;AO=149;DP=152;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=93;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0905991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8574;QD=58.5139;RBI=0.10356;REFB=-0.167288;REVB=-0.050165;RO=3;SAF=56;SAR=93;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247938;STB=0.508619;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00403587;OID=.;OPOS=54975837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:152:152:3:2:149:150:0.986842:93:56:3:0:93:57:2:0 chr12 55248357 . G T 398.73 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0373262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.553;QD=14.6323;RBI=0.0373602;REFB=-0.00404487;REVB=-0.00159552;RO=63;SAF=26;SAR=20;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917468;STB=0.551619;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00637929;OID=.;OPOS=55248357;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:63:46:46:0.422018:20:26:30:33:20:26:30:33 chr12 55250612 . A G 1456.74 PASS AF=0.989362;AO=90;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.246;QD=61.9888;RBI=0.0145294;REFB=-0.0687492;REVB=-0.0103377;RO=1;SAF=49;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957528;STB=0.504949;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00260969;OID=.;OPOS=55250612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:1:1:90:93:0.989362:41:49:1:0:43:50:1:0 chr12 55344024 . G A 1621.97 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214939;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3;QD=60.0729;RBI=0.0839534;REFB=0;REVB=0.0811553;RO=0;SAF=44;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589407;OID=.;OPOS=55344024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:63:44:0:0:64:44:0:0 chr12 55344133 . C G 3156.08 PASS AF=1;AO=197;DP=199;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115197;FXX=0.0100497;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.561;QD=64.0828;RBI=0.0437525;REFB=0;REVB=0.0422088;RO=0;SAF=73;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11681e-05;OID=.;OPOS=55344133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:197:0:0:197:197:1:124:73:0:0:124:73:0:0 chr12 55355033 . C T 879.7 PASS AF=0.508671;AO=88;DP=173;FAO=88;FDP=173;FR=.;FRO=85;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.00521688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4979;QD=20.3398;RBI=0.00869982;REFB=0.00430532;REVB=-0.00696211;RO=85;SAF=40;SAR=48;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00385665;STB=0.502118;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00426671;OID=.;OPOS=55355033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:85:85:88:88:0.508671:48:40:39:46:48:40:39:46 chr12 55368245 . G A 861.5 PASS AF=0.497143;AO=87;DP=175;FAO=87;FDP=175;FR=.;FRO=88;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=0.0256756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.232;QD=19.6915;RBI=0.0261977;REFB=-0.00986792;REVB=-0.00520412;RO=88;SAF=41;SAR=46;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780508;STB=0.542941;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00899944;OID=.;OPOS=55368245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:88:88:87:87:0.497143:46:41:49:39:46:41:49:39 chr12 55688267 . G A 885.16 PASS AF=1;AO=52;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00852233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.368;QD=58.0432;RBI=0.0212185;REFB=0;REVB=0.0194318;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33562e-05;OID=.;OPOS=55688267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:52:61:1:30:22:0:0:31:30:0:0 chr12 55714772 . G A 727.44 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00591666;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.29;QD=57.0542;RBI=0.0103062;REFB=0;REVB=-0.00843868;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280817;OID=.;OPOS=55714772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:26:23:0:0:27:24:0:0 chr12 55714876 . C G 925.21 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00379821;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7701;QD=58.7438;RBI=0.0310763;REFB=0;REVB=0.0308433;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00394672;OID=.;OPOS=55714876;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr12 55715119 . G A 1056.97 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.756;QD=59.5477;RBI=0.046018;REFB=0;REVB=0.0329807;RO=0;SAF=46;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018888;OID=.;OPOS=55715119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:24:46:0:0:24:47:0:0 chr12 55794654 . T C 118.32 PASS AF=0.243243;AO=18;DP=74;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0179376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.06;QD=6.39591;RBI=0.0181132;REFB=0.00262813;REVB=-0.002516;RO=56;SAF=9;SAR=9;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00715069;OID=.;OPOS=55794654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:56:56:18:18:0.243243:9:9:28:28:9:9:28:28 chr12 55794976 . A G 1200.55 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116921;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.308;QD=60.0273;RBI=0.0167574;REFB=-0.0227217;REVB=0.0120044;RO=1;SAF=50;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160428;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13081e-06;OID=.;OPOS=55794976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:80:80:1:0:79:80:1:29:50:0:1:30:50:0:0 chr12 55795221 . CAAAAAA CAAAAA,CAAAAAT 89.23 PASS AF=0.269231,0.0769231;AO=26,5;DP=79;FAO=21,6;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=18,6;FSAR=3,0;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.103427,-0.0678619;FXX=0.0126566;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.85671,253.272;QD=4.57596;RBI=0.127388,0.0678783;REFB=-0.125254,-0.0121536;REVB=0.0743672,0.00149603;RO=40;SAF=20,5;SAR=6,0;SRF=19;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.34175,0.622729;STB=0.810484,0.99825;STBP=0.004,0.01;TYPE=del,snp;VARB=0.122039,0.0921069;OID=.,.;OPOS=55795222,55795227;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAAAAA,CAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269231,0.0769231:26,5:79:21,6:78:51:18,6:3,0:24:27:53:40:20,5:6,0:19:21 chr12 55806238 . A G 1345.22 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00157875;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.348;QD=62.5683;RBI=0.0275806;REFB=0;REVB=0.0275354;RO=0;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15715e-05;OID=.;OPOS=55806238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:36:50:0:0:36:50:0:0 chr12 55807293 . A G 167.35 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0586993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.3286;QD=41.8381;RBI=0.060547;REFB=-0.121544;REVB=0.0148436;RO=1;SAF=1;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296964;STB=0.666386;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0100205;OID=.;OPOS=55807293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:14:1:1:0:14:1:1:0 chr12 55807356 . G A 262.85 PASS AF=0.585366;AO=23;DP=40;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00237031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.185;QD=25.6438;RBI=0.0421775;REFB=-0.0127567;REVB=0.0421108;RO=17;SAF=9;SAR=14;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795847;STB=0.536394;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00594069;OID=.;OPOS=55807356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:17:17:23:24:0.585366:14:9:5:12:15:9:5:12 chr12 55808469 . C G 1859.11 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2245;QD=61.4582;RBI=0.0507336;REFB=0;REVB=-0.0491188;RO=0;SAF=59;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118546;OID=.;OPOS=55808469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:62:59:0:0:62:59:0:0 chr12 55820121 . C T 1703.83 PASS AF=0.974576;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0478162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7085;QD=57.7569;RBI=0.05127;REFB=0.037375;REVB=-0.0184994;RO=1;SAF=66;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959259;STB=0.502625;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.019259;OID=.;OPOS=55820121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:117:118:1:3:115:115:0.974576:49:66:0:1:50:65:2:1 chr12 55863224 . C G 1592.05 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247054;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2255;QD=64.3252;RBI=0.0323012;REFB=0;REVB=-0.0208089;RO=0;SAF=54;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105278;OID=.;OPOS=55863224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:44:54:0:0:45:54:0:0 chr12 55863381 . A G 638.52 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00581839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6385;QD=59.3972;RBI=0.0412801;REFB=-0.0531404;REVB=0.040868;RO=0;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72514e-08;STB=0.507933;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00139846;OID=.;OPOS=55863381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:31:11:0:0:31:11:0:1 chr12 55886294 . G A 595.2 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00108706;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.62;QD=56.6856;RBI=0.0321091;REFB=-0.0197724;REVB=-0.0320907;RO=2;SAF=23;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390336;STB=0.51999;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000155207;OID=.;OPOS=55886294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:42:2:2:39:40:0.952381:16:23:2:0:16:24:2:0 chr12 55886486 . G GA 641.85 PASS AF=0.982143;AO=7;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0572047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.9016;QD=45.8465;RBI=0.0582531;REFB=-0.050782;REVB=-0.0110023;RO=49;SAF=3;SAR=4;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168032;STB=0.508194;STBP=0.516;TYPE=ins;VARB=0.000439259;OID=.;OPOS=55886487;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.982143:7:56:55:56:1:30:25:1:0:7:49:3:4:28:21 chr12 55886489 . T A 600.75 PASS AF=0.857143;AO=48;DP=56;FAO=48;FDP=56;FR=.;FRO=8;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00741739;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=36.9333;QD=42.9104;RBI=0.0529483;REFB=-0.20505;REVB=0.0524262;RO=8;SAF=27;SAR=21;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016918;STB=0.509046;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0306736;OID=.;OPOS=55886489;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:56:56:8:8:48:48:0.857143:21:27:4:4:21:27:4:4 chr12 55945119 . A G 1076.54 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338401;FXX=0.0526247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.344;QD=59.8075;RBI=0.0423595;REFB=0;REVB=0.025479;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00369383;OID=.;OPOS=55945119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:36:34:0:0:36:36:0:0 chr12 56031611 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00555085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0554;QD=46.8479;RBI=0.02114;REFB=0;REVB=0.0203983;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665138;OID=.;OPOS=56031611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr12 56089357 . C T 1770.9 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0761575;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.344;QD=61.0655;RBI=0.0770028;REFB=0;REVB=0.0113782;RO=0;SAF=38;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54148e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148907;OID=.;OPOS=56089357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:78:38:0:0:78:38:0:0 chr12 56233442 . G A 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00867938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.16;QD=7.48174;RBI=0.00991896;REFB=-0.0134356;REVB=0.00480147;RO=28;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420748;STB=0.526263;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0299194;OID=.;OPOS=56233442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:5:5:15:13:5:5:15:13 chr12 56234508 . G A 78.15 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00237472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.023;QD=6.25201;RBI=0.0137114;REFB=-0.00282117;REVB=-0.0135042;RO=39;SAF=9;SAR=2;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330258;STB=0.716372;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.012479;OID=.;OPOS=56234508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:39:39:11:11:0.22:2:9:23:16:2:9:23:16 chr12 56236531 . A G 2071.36 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7571;QD=62.2965;RBI=0.0776586;REFB=0;REVB=0.065843;RO=0;SAF=87;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02135e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278273;OID=.;OPOS=56236531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:133:0:0:127:133:1:40:87:0:0:43:90:0:0 chr12 56295734 . A G 176.14 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.981;QD=46.9696;RBI=0.146927;REFB=0;REVB=0.14472;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00214916;OID=.;OPOS=56295734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:8:5:0:0:10:5:0:0 chr12 56330572 . G A 2111.51 PASS AF=1;AO=133;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028749;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.861;QD=62.1033;RBI=0.0691347;REFB=0;REVB=0.0628737;RO=0;SAF=44;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289605;OID=.;OPOS=56330572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:133:136:1:89:44:0:0:92:44:0:0 chr12 56335107 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00253264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.774;QD=56.7066;RBI=0.0129189;REFB=0;REVB=0.0126682;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57396e-05;OID=.;OPOS=56335107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr12 56347513 . AC A 168.4 PASS AF=0.813953;AO=22;DP=43;FAO=35;FDP=43;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.08715;FXX=0.0444346;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.98972;QD=15.6656;RBI=0.263231;REFB=-0.0420303;REVB=0.248385;RO=16;SAF=14;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154432;STB=0.525266;STBP=0.51;TYPE=del;VARB=0.0671776;OID=.;OPOS=56347514;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.813953:22:43:35:43:8:22:13:4:4:16:16:14:8:7:9 chr12 56348028 . G A 867.18 PASS AF=0.953846;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0038742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.453;QD=53.3648;RBI=0.0112935;REFB=-0.14979;REVB=-0.0106082;RO=2;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349287;STB=0.510817;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00109577;OID=.;OPOS=56348028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:64:65:2:3:61:62:0.953846:26:35:0:2:27:35:1:2 chr12 56348068 . C T 120.28 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.000571088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.481;QD=6.77645;RBI=0.022105;REFB=-0.00252451;REVB=-0.0220976;RO=52;SAF=10;SAR=8;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991603;STB=0.551226;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00844005;OID=.;OPOS=56348068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:53:18:18:0.253521:8:10:33:19:8:10:33:20 chr12 56351346 . G A 324.73 PASS AF=0.5;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0068775;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.238;QD=19.1015;RBI=0.00802045;REFB=-0.0187305;REVB=-0.00412646;RO=32;SAF=13;SAR=21;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211616;STB=0.603597;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.01258;OID=.;OPOS=56351346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:32:34:34:34:0.5:21:13:20:12:21:13:20:14 chr12 56351843 . G A 166.33 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0631071;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.1386;QD=9.78415;RBI=0.0633937;REFB=-0.00633383;REVB=-0.00602112;RO=42;SAF=10;SAR=12;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183364;STB=0.58878;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0352277;OID=.;OPOS=56351843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:42:46:22:22:0.323529:12:10:26:16:12:10:27:19 chr12 56398454 . G C 1295.38 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0166818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3835;QD=60.2504;RBI=0.0169298;REFB=-0.0827632;REVB=-0.00288728;RO=1;SAF=44;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106442;STB=0.505617;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-3.95983e-06;OID=.;OPOS=56398454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:1:1:84:85:0.988372:40:44:1:0:41:44:1:0 chr12 56431498 . C A 161.76 PASS AF=0.293333;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0119356;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.038;QD=8.62734;RBI=0.0121275;REFB=-0.004952;REVB=0.00214904;RO=48;SAF=9;SAR=13;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932221;STB=0.523367;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0140226;OID=.;OPOS=56431498;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:48:53:22:22:0.293333:13:9:16:32:13:9:20:33 chr12 56435929 . C G 501.34 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.216;QD=58.9807;RBI=0.0260899;REFB=0;REVB=0.023905;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299533;OID=.;OPOS=56435929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr12 56478854 . G A 92.91 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.002269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.418;QD=7.01179;RBI=0.0295292;REFB=-0.00485403;REVB=0.0294419;RO=40;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.532095;STB=0.824024;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00910468;OID=.;OPOS=56478854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:40:40:13:13:0.245283:3:10:12:28:3:10:12:28 chr12 56494991 . G A 1129.68 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0174406;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4414;QD=57.9323;RBI=0.0829122;REFB=-0.131138;REVB=0.0810571;RO=3;SAF=28;SAR=48;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00270871;STB=0.503617;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0165195;OID=.;OPOS=56494991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:78:3:2:76:76:0.974359:48:28:1:2:48:28:1:1 chr12 56495023 . G A 275.16 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.000488354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7522;QD=13.103;RBI=0.0285289;REFB=-0.00822391;REVB=-0.0285247;RO=51;SAF=9;SAR=23;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26222;STB=0.645972;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0157595;OID=.;OPOS=56495023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:52:32:32:0.380952:23:9:26:25:23:9:26:26 chr12 56563373 . G A 81.96 PASS AF=0.194444;AO=14;DP=72;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.0156458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1002;QD=4.55354;RBI=0.0221787;REFB=-0.00650591;REVB=0.0157195;RO=58;SAF=9;SAR=5;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00667216;STB=0.504304;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0404648;OID=.;OPOS=56563373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:72:72:58:58:14:14:0.194444:5:9:37:21:5:9:37:21 chr12 56578867 . G A 284.31 PASS AF=0.306452;AO=38;DP=124;FAO=38;FDP=124;FR=.;FRO=86;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=-2.01436e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.03;QD=9.17121;RBI=0.00160916;REFB=-0.00799711;REVB=-0.00160904;RO=85;SAF=19;SAR=19;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905914;STB=0.556422;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0164537;OID=.;OPOS=56578867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:85:86:38:38:0.306452:19:19:36:49:19:19:36:50 chr12 56641520 . C T 241.51 PASS AF=0.416667;AO=28;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0472476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8871;QD=13.4172;RBI=0.0474083;REFB=-0.0351453;REVB=-0.0038997;RO=41;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11458;STB=0.569399;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0399953;OID=.;OPOS=56641520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:41:42:28:30:0.416667:14:14:16:25:15:15:16:26 chr12 56647911 . G C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0532023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2468;QD=61.6833;RBI=0.0662982;REFB=0;REVB=0.0395597;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209534;OID=.;OPOS=56647911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr12 56649601 . A G 2511.43 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.062;QD=61.6301;RBI=0.0577633;REFB=0;REVB=0.0314476;RO=0;SAF=82;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73403e-05;OID=.;OPOS=56649601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:163:0:0:161:163:1:79:82:0:0:79:84:0:0 chr12 56722060 . T G 787.45 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0237126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.396;QD=55.2597;RBI=0.062796;REFB=-0.0334212;REVB=0.0581468;RO=1;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177852;STB=0.509088;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00106185;OID=.;OPOS=56722060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:55:56:0.982456:26:29:0:1:27:29:0:1 chr12 56755652 . C T 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0239242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.922;QD=13.0536;RBI=0.0264938;REFB=0.000542643;REVB=0.0113823;RO=35;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206362;STB=0.617507;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.000813858;OID=.;OPOS=56755652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:12:11:10:25:12:11:10:25 chr12 56814653 . G A 459.05 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.0189094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.765;QD=17.002;RBI=0.020188;REFB=-0.0126708;REVB=-0.00707061;RO=57;SAF=25;SAR=25;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924223;STB=0.555534;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0157995;OID=.;OPOS=56814653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:57:58:50:50:0.462963:25:25:23:34:25:25:23:35 chr12 56815922 . C T 391.62 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0295271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.047;QD=22.0631;RBI=0.0309789;REFB=-0.0127863;REVB=-0.00937238;RO=32;SAF=21;SAR=18;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124101;STB=0.568248;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0133223;OID=.;OPOS=56815922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:18:21:22:10:18:21:22:10 chr12 56818922 . C T 311.55 PASS AF=0.542373;AO=30;DP=57;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.0260275;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.392;QD=21.1223;RBI=0.0260561;REFB=-0.0113504;REVB=-0.0012222;RO=27;SAF=16;SAR=14;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293758;STB=0.667944;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0115085;OID=.;OPOS=56818922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:27:27:30:32:0.542373:14:16:5:22:14:18:5:22 chr12 56822378 . T A 151.32 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=29;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=5.74678e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5657;QD=20.1757;RBI=0.119905;REFB=-0.00304963;REVB=0.119905;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208276;STB=0.627028;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00496698;OID=.;OPOS=56822378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:14:14:15:16:0.533333:10:5:8:6:11:5:8:6 chr12 56825311 . C T 232.23 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00339564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.092;QD=23.8185;RBI=0.0314896;REFB=-0.0240714;REVB=-0.0313059;RO=17;SAF=13;SAR=9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27246;STB=0.651348;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00921097;OID=.;OPOS=56825311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:9:13:4:13:9:13:4:13 chr12 56827653 . C T 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00870679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.357;QD=17.4542;RBI=0.0189248;REFB=-0.0502254;REVB=-0.016803;RO=29;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133796;STB=0.575177;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0552095;OID=.;OPOS=56827653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:11:16:13:16:11:16:13:16 chr12 56827694 . C G 265.11 PASS AF=0.555556;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00114931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.745;QD=23.5653;RBI=0.0435892;REFB=0.00435655;REVB=0.043574;RO=20;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688524;STB=0.52686;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.000397329;OID=.;OPOS=56827694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:20:20:24:25:0.555556:14:10:10:10:14:11:10:10 chr12 56848079 . C T 409.32 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.00246959;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.297;QD=17.7963;RBI=0.00695822;REFB=-0.0104451;REVB=0.00650523;RO=49;SAF=17;SAR=25;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254854;STB=0.646484;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00877019;OID=.;OPOS=56848079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:49:50:42:42:0.456522:25:17:33:16:25:17:34:16 chr12 56862886 . T C,G 726.89 PASS AF=0.942308,0.0576923;AO=48,3;DP=51;FAO=49,3;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25,3;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088271,-0.00902318;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.172,57.4328;QD=55.9148;RBI=0.0111902,0.0743658;REFB=0,0;REVB=0.00687776,-0.0738164;RO=0;SAF=24,3;SAR=24,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0102223,0.054897;OID=.,.;OPOS=56862886,56862886;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:51:52:0:0:48,3:49,3:0.942308,0.0576923:24,0:24,3:0:0:24,0:25,3:0:0 chr12 56863770 . G C 655.99 PASS AF=0.583333;AO=63;DP=106;FAO=63;FDP=108;FR=.;FRO=45;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0854884;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.158;QD=24.2959;RBI=0.0868549;REFB=-0.020911;REVB=0.0153462;RO=43;SAF=38;SAR=25;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874676;STB=0.548721;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0161492;OID=.;OPOS=56863770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:43:45:63:63:0.583333:25:38:21:22:25:38:22:23 chr12 56865338 . A G 277.31 PASS AF=0.4;AO=31;DP=79;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00111803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.597;QD=13.8654;RBI=0.00259237;REFB=-0.014485;REVB=0.00233888;RO=48;SAF=15;SAR=16;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00501253;STB=0.506266;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0226819;OID=.;OPOS=56865338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:48:48:31:32:0.4:16:15:23:25:17:15:23:25 chr12 56956213 . T C 378.62 PASS AF=0.631579;AO=35;DP=56;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.02075;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.749;QD=26.5697;RBI=0.035557;REFB=0.0047734;REVB=-0.0288745;RO=21;SAF=14;SAR=21;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213777;STB=0.608636;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.000268577;OID=.;OPOS=56956213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:21:21:35:36:0.631579:21:14:15:6:21:15:15:6 chr12 56995127 . C A 108.02 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00202455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1192;QD=11.0786;RBI=0.0542042;REFB=-0.0110762;REVB=-0.0541664;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132226;STB=0.564012;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0457996;OID=.;OPOS=56995127;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:24:25:13:14:0.358974:6:7:10:14:7:7:10:15 chr12 57106660 . A T 225.79 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00360803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.574;QD=13.2819;RBI=0.0174036;REFB=-0.00477429;REVB=-0.0170255;RO=41;SAF=19;SAR=8;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264775;STB=0.652057;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0105622;OID=.;OPOS=57106660;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:8:19:19:22:8:19:19:22 chr12 57108203 . A G 473.35 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.0162974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.641;QD=21.2744;RBI=0.0192568;REFB=-0.0178387;REVB=-0.0102577;RO=43;SAF=28;SAR=18;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834844;STB=0.546006;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0149798;OID=.;OPOS=57108203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:43:46:46:0.516854:18:28:30:13:18:28:30:13 chr12 57109792 . A G 134.99 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.021478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.454;QD=12.5575;RBI=0.0396819;REFB=-0.0131422;REVB=-0.0333668;RO=27;SAF=9;SAR=7;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158577;STB=0.592036;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.017825;OID=.;OPOS=57109792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:7:9:19:8:7:9:19:8 chr12 57109931 . A T 74.51 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0323912;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.873;QD=10.6441;RBI=0.0331114;REFB=-0.0240013;REVB=-0.00686846;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129195;STB=0.535643;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0243357;OID=.;OPOS=57109931;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:28:16:18:10:10:0.357143:5:5:10:6:5:5:10:8 chr12 57112637 . G A 65.23 PASS AF=0.375;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0116336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.945;QD=10.8716;RBI=0.0179988;REFB=0.00944443;REVB=0.0137337;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515286;STB=0.548284;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.0100788;OID=.;OPOS=57112637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:24:14:15:8:9:0.375:2:6:11:3:3:6:11:4 chr12 57114100 . A G 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.000122036;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.435;QD=19.0005;RBI=0.00984361;REFB=-0.00711941;REVB=-0.00984286;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155199;STB=0.588131;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00765637;OID=.;OPOS=57114100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:7:10:7:10:7:10:7:10 chr12 57114307 . A T 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0515312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7007;QD=16.0652;RBI=0.0539027;REFB=-0.00812953;REVB=0.0158125;RO=24;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153275;STB=0.588136;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0247501;OID=.;OPOS=57114307;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:7:11:11:13:7:11:11:13 chr12 57133140 . T G 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00604811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1169;QD=19.3861;RBI=0.0210379;REFB=0.010549;REVB=-0.0201497;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15124;STB=0.585283;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.0107978;OID=.;OPOS=57133140;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:10:10:14:7:10:10:14:7 chr12 57137828 . T A 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00187406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.072;QD=20.8993;RBI=0.00983189;REFB=-0.0133539;REVB=0.00965163;RO=24;SAF=20;SAR=8;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00602862;STB=0.503353;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0126945;OID=.;OPOS=57137828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:8:20:17:7:8:20:17:7 chr12 57255195 . T C 414.73 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0143615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4963;QD=19.2898;RBI=0.0220204;REFB=-0.00801531;REVB=0.0166927;RO=42;SAF=14;SAR=28;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179643;STB=0.601576;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00666597;OID=.;OPOS=57255195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:44:42:42:0.488372:28:14:22:20:28:14:23:21 chr12 57433051 . G A 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.018104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.207;QD=15.6036;RBI=0.025415;REFB=0.000864167;REVB=-0.0178373;RO=38;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403712;STB=0.522802;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.00117702;OID=.;OPOS=57433051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:17:13:18:20:17:13:18:20 chr12 57485449 . TC T 39.64 PASS AF=0.555556;AO=7;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00486214;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.26221;QD=8.80909;RBI=0.164541;REFB=-0.146272;REVB=0.164469;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757329;STB=0.533264;STBP=0.871;TYPE=del;VARB=0.163993;OID=.;OPOS=57485450;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:7:18:10:18:8:2:8:2:6:22:9:2:5:2:7 chr12 57489648 . C T 1752.23 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042797;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4759;QD=60.947;RBI=0.0494795;REFB=0;REVB=-0.0248322;RO=0;SAF=51;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80971e-05;OID=.;OPOS=57489648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:64:51:0:0:64:51:0:0 chr12 57538862 . C T 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00713574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.172;QD=9.85694;RBI=0.0218753;REFB=-0.010443;REVB=0.0206787;RO=41;SAF=12;SAR=8;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458012;STB=0.527;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0196176;OID=.;OPOS=57538862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:8:12:23:18:8:12:23:18 chr12 57548466 . C T 1153.57 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.548;QD=60.714;RBI=0.0264663;REFB=0;REVB=0.0117356;RO=0;SAF=27;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78266e-05;OID=.;OPOS=57548466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:49:27:0:0:49:27:0:0 chr12 57567762 . C T 750.85 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177807;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.884;QD=63.9023;RBI=0.0447918;REFB=0;REVB=0.0411115;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59667e-05;OID=.;OPOS=57567762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr12 57588433 . G A 2972.97 PASS AF=0.989529;AO=187;DP=190;FAO=189;FDP=191;FR=.;FRO=2;FSAF=94;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0146733;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.736;QD=62.2612;RBI=0.0149243;REFB=0.0955468;REVB=0.00272572;RO=2;SAF=94;SAR=93;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.38328e-05;STB=0.500028;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000485828;OID=.;OPOS=57588433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:190:191:2:2:187:189:0.989529:93:94:1:1:95:94:1:1 chr12 57589659 . C T 955.86 PASS AF=0.957746;AO=67;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.102594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.445;QD=53.8514;RBI=0.105352;REFB=-0.145101;REVB=0.0239474;RO=4;SAF=36;SAR=31;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227746;STB=0.505222;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00213679;OID=.;OPOS=57589659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:71:71:4:3:67:68:0.957746:31:36:3:1:31:37:2:1 chr12 57589784 . A C 412.33 PASS AF=0.939394;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0173399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1813;QD=49.9789;RBI=0.0185448;REFB=-0.128436;REVB=0.0065755;RO=2;SAF=13;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664522;STB=0.533312;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0325831;OID=.;OPOS=57589784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:33:2:2:30:31:0.939394:17:13:2:0:17:14:2:0 chr12 57590797 . C T 2396.42 PASS AF=1;AO=155;DP=157;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258195;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.197;QD=60.669;RBI=0.0404498;REFB=0;REVB=0.0311375;RO=0;SAF=83;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129519;OID=.;OPOS=57590797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:157:158:0:0:155:158:1:72:83:0:0:73:85:0:0 chr12 57590869 . T C 3139.46 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.46;QD=63.7454;RBI=0.0160632;REFB=0;REVB=-0.00485616;RO=0;SAF=107;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16969e-05;OID=.;OPOS=57590869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:197:0:0:194:197:1:87:107:0:0:89:108:0:0 chr12 57602893 . G A 504.25 PASS AF=0.274436;AO=71;DP=264;FAO=73;FDP=266;FR=.;FRO=193;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=117;FSRR=76;FWDB=0.0208295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3444;QD=7.58276;RBI=0.0231345;REFB=-0.00925079;REVB=0.0100668;RO=193;SAF=42;SAR=29;SRF=117;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188865;STB=0.523076;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0210407;OID=.;OPOS=57602893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:266:193:193:71:73:0.274436:29:42:117:76:31:42:117:76 chr12 57619362 . G A 1515.0 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0170744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.854;QD=62.4741;RBI=0.0180728;REFB=-0.141215;REVB=0.00592391;RO=1;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010198;STB=0.505375;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-4.95306e-05;OID=.;OPOS=57619362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:46:50:0:1:46:50:0:1 chr12 57621870 . A G 145.04 PASS AF=0.219048;AO=23;DP=104;FAO=23;FDP=105;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=31;FWDB=-0.0137809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.364;QD=5.52533;RBI=0.0356562;REFB=-0.00235529;REVB=-0.0328855;RO=81;SAF=11;SAR=12;SRF=50;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174478;STB=0.611246;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00868057;OID=.;OPOS=57621870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:81:82:23:23:0.219048:12:11:50:31:12:11:51:31 chr12 57625295 . T TG 51.94 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.014373;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.4188;QD=3.29747;RBI=0.128594;REFB=0.0195813;REVB=0.127788;RO=46;SAF=12;SAR=3;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305247;STB=0.696679;STBP=0.106;TYPE=ins;VARB=-0.0390151;OID=.;OPOS=57625296;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238095:15:63:15:63:48:12:3:28:20:51:46:12:3:27:19 chr12 57627074 . G T 769.22 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.245;QD=56.9796;RBI=0.059861;REFB=0;REVB=0.0332146;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118787;OID=.;OPOS=57627074;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:32:19:0:0:33:21:0:0 chr12 57869146 . G A 240.53 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.00834939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.881;QD=12.1785;RBI=0.0459653;REFB=-0.0275721;REVB=0.0452007;RO=50;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251593;STB=0.643742;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0376233;OID=.;OPOS=57869146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:13:16:16:34:13:16:16:34 chr12 57871554 . CA CG,GT 172.87 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=11,2;DP=15;FAO=14,1;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=10,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056146,-0.0149041;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,2;MLLD=112.362,86.5719;QD=46.0991;RBI=0.0564811,0.0149042;REFB=0,0;REVB=-0.00614346,-7.46382e-05;RO=0;SAF=1,1;SAR=10,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000842655,0.0689437;OID=.,.;OPOS=57871555,57871554;OREF=A,CA;OALT=G,GT;OMAPALT=CG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:15:15:0:0:11,2:14,1:0.933333,0.0666667:10,1:1,1:0:0:10,1:4,0:0:0 chr12 57873498 . T G 780.46 PASS AF=0.52349;AO=77;DP=147;FAO=78;FDP=149;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.0504529;FXX=0.0197355;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.9254;QD=20.952;RBI=0.111287;REFB=-0.00120423;REVB=-0.0991932;RO=68;SAF=30;SAR=47;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968558;STB=0.533041;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.000761755;OID=.;OPOS=57873498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:68:71:77:78:0.52349:47:30:34:34:47:31:33:38 chr12 57911160 . G A 583.36 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.00432408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3024;QD=20.8341;RBI=0.00747003;REFB=-7.26532e-05;REVB=0.00609128;RO=52;SAF=36;SAR=23;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022027;STB=0.506218;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.000126708;OID=.;OPOS=57911160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:52:53:59:59:0.526786:23:36:33:19:23:36:33:20 chr12 57927804 . CTGGGGGGGT CTGGGGGGT,CTGGGGGGTC,GCTGGGGGGT 197.8 PASS AF=0.589286,0,0;AO=43,6,9;DP=114;FAO=66,0,0;FDP=112;FR=.;FRO=46;FSAF=37,0,0;FSAR=29,0,0;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0128091,-0.0275852,-0.00234694;FXX=0.00884877;HRUN=7,7,1;LEN=1,2,3;MLLD=6.86226,14.2557,96.8307;QD=7.06429;RBI=0.0838157,0.0312813,0.0952957;REFB=-0.17537,-0.112426,-0.0100235;REVB=-0.0828311,-0.0147504,-0.0952668;RO=40;SAF=27,3,0;SAR=16,3,9;SRF=27;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0445084,-0.211876,-0.768207;STB=0.51101,0.5,0.5;STBP=0.777,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.160269,0.0916992,0;OID=.,.,.;OPOS=57927806,57927812,57927804;OREF=G,GT,CTG;OALT=-,TC,GCT;OMAPALT=CTGGGGGGT,CTGGGGGGTC,GCTGGGGGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:40:46:43,6,9:66,0,0:0.589286,0,0:16,3,9:27,3,0:27:13:29,0,0:37,0,0:27:19 chr12 57958313 . A G 422.68 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.00641155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.301;QD=14.9622;RBI=0.00682951;REFB=-0.0121483;REVB=-0.00235249;RO=65;SAF=22;SAR=26;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284984;STB=0.516002;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0180027;OID=.;OPOS=57958313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:65:65:48:48:0.424779:26:22:28:37:26:22:28:37 chr12 57985204 . C T 1539.98 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0102402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.551;QD=61.5991;RBI=0.0191935;REFB=-0.143362;REVB=0.0162336;RO=2;SAF=47;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000775261;STB=0.500409;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=2.81093e-05;OID=.;OPOS=57985204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:51:47:1:1:51:47:1:1 chr12 57989687 . ACCCCCCCAG ACCCCCCAG,ACCCCCCAGC 95.69 PASS AF=0.298077,0.0673077;AO=33,6;DP=106;FAO=31,7;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=12,7;FSAR=19,0;FSRF=15;FSRR=51;FWDB=-0.0542181,-0.137307;FXX=0.0280348;HRUN=7,7;LEN=1,3;MLLD=9.77333,18.5618;QD=3.68042;RBI=0.059355,0.139123;REFB=-0.0806121,-0.0527391;REVB=0.0241541,-0.0224093;RO=47;SAF=12,4;SAR=21,2;SRF=8;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.235602,0.565512;STB=0.620773,0.999139;STBP=0.146,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.0638624,0.0874343;OID=.,.;OPOS=57989688,57989694;OREF=C,CAG;OALT=-,AGC;OMAPALT=ACCCCCCAG,ACCCCCCAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.298077,0.0673077:33,6:106:31,7:104:66:12,7:19,0:15:51:85:47:12,4:21,2:8:39 chr12 57994743 . T G 1898.64 PASS AF=0.992;AO=123;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00232893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.444;QD=60.7566;RBI=0.0698692;REFB=-0.0472042;REVB=-0.0698303;RO=1;SAF=60;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078526;STB=0.504064;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00014169;OID=.;OPOS=57994743;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:123:124:0.992:63:60:1:0:63:61:1:0 chr12 57995089 . T C 940.89 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408664;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.181;QD=58.8054;RBI=0.0334107;REFB=0;REVB=0.0331599;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20737e-05;OID=.;OPOS=57995089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr12 58002599 . C T 732.68 PASS AF=0.982456;AO=50;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0350432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3231;QD=51.4163;RBI=0.228213;REFB=-0.0502069;REVB=0.225507;RO=1;SAF=33;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140538;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00992576;OID=.;OPOS=58002599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:55:57:1:1:50:56:0.982456:17:33:1:0:22:34:1:0 chr12 58009061 . C T 246.81 PASS AF=0.298246;AO=34;DP=114;FAO=34;FDP=114;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.00951545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3215;QD=8.65983;RBI=0.0127939;REFB=-0.0131989;REVB=-0.00855213;RO=79;SAF=16;SAR=18;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124362;STB=0.511885;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0304682;OID=.;OPOS=58009061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:79:80:34:34:0.298246:18:16:38:41:18:16:39:41 chr12 58010163 . A G 1785.58 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00199797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.193;QD=61.0453;RBI=0.0030616;REFB=0;REVB=-0.00231981;RO=0;SAF=58;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25388e-06;OID=.;OPOS=58010163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:59:58:0:0:59:58:0:0 chr12 58017701 . T G 1486.47 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.339;QD=63.2539;RBI=0.0337528;REFB=0;REVB=-0.00818098;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70555e-05;OID=.;OPOS=58017701;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:45:49:0:0:45:49:0:0 chr12 58019472 . T G 575.47 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3573;QD=60.5762;RBI=0.05721;REFB=0;REVB=-0.0434944;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00133145;OID=.;OPOS=58019472;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:25:12:0:0:26:12:0:0 chr12 58024319 . G T 136.98 PASS AF=0.25974;AO=20;DP=77;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00362041;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=278.548;QD=7.11601;RBI=0.00526219;REFB=-0.00906652;REVB=-0.0038188;RO=57;SAF=9;SAR=11;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135087;STB=0.581854;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0283867;OID=.;OPOS=58024319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:57:57:20:20:0.25974:11:9:32:25:11:9:32:25 chr12 58174306 . T C 455.08 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00350307;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.229;QD=19.7859;RBI=0.0114328;REFB=-0.0146314;REVB=-0.0108829;RO=47;SAF=19;SAR=26;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120827;STB=0.567105;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0113933;OID=.;OPOS=58174306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:47:47:45:45:0.48913:26:19:26:21:26:19:26:21 chr12 58176614 . T C 207.18 PASS AF=0.588235;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0786799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7267;QD=24.3746;RBI=0.093084;REFB=-0.0189077;REVB=-0.0497404;RO=15;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232717;STB=0.594415;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00794055;OID=.;OPOS=58176614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:14:19:20:0.588235:13:6:9:6:13:7:8:6 chr12 58177437 . C T 140.59 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0689011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.267;QD=31.2417;RBI=0.0716441;REFB=-0.0583456;REVB=-0.0196346;RO=4;SAF=2;SAR=12;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233203;STB=0.631363;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00917077;OID=.;OPOS=58177437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:12:2:2:2:12:2:2:2 chr12 58190141 . C T 302.45 PASS AF=0.273333;AO=41;DP=150;FAO=41;FDP=150;FR=.;FRO=109;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=64;FSRR=45;FWDB=-0.00312265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.496;QD=8.06535;RBI=0.00343622;REFB=-0.000571267;REVB=-0.0014341;RO=109;SAF=25;SAR=16;SRF=64;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288435;STB=0.517116;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00107645;OID=.;OPOS=58190141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:109:109:41:41:0.273333:16:25:64:45:16:25:64:45 chr12 58197324 . G C 252.51 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0700843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6464;QD=12.6252;RBI=0.0715016;REFB=-0.00825308;REVB=0.014166;RO=50;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257143;STB=0.646964;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0131951;OID=.;OPOS=58197324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:12:18:18:32:12:18:18:32 chr12 58204283 . T C 1148.69 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0872641;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.9197;QD=57.4346;RBI=0.0883336;REFB=-0.00870419;REVB=0.013704;RO=1;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160409;STB=0.503424;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-4.40032e-05;OID=.;OPOS=58204283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:1:2:78:78:0.975:29:49:0:1:29:49:1:1 chr12 58207989 . C T 207.83 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00884666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.596;QD=17.6879;RBI=0.0109335;REFB=-0.000660673;REVB=-0.0064248;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106976;STB=0.560917;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.000807497;OID=.;OPOS=58207989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:9:12:12:14:9:12:12:14 chr12 58220809 . G C 40.8 PASS AF=0.125;AO=8;DP=73;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.0348091;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.685;QD=2.26673;RBI=0.0378562;REFB=-0.0134259;REVB=-0.0148802;RO=65;SAF=1;SAR=7;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393863;STB=0.676991;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0296426;OID=.;OPOS=58220809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:73:72:65:63:8:9:0.125:7:1:27:38:7:2:25:38 chr12 58220816 . A G 41.18 PASS AF=0.116883;AO=9;DP=77;FAO=9;FDP=77;FR=.;FRO=68;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.00796935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.805;QD=2.13925;RBI=0.0082874;REFB=0.000960272;REVB=0.00227387;RO=67;SAF=2;SAR=7;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289419;STB=0.712868;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00712197;OID=.;OPOS=58220816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:77:77:67:68:9:9:0.116883:7:2:30:37:7:2:30:38 chr12 58220823 . C T 46.2 PASS AF=0.121951;AO=10;DP=82;FAO=10;FDP=82;FR=.;FRO=72;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=0.00560785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.34;QD=2.25357;RBI=0.00573242;REFB=0.000499406;REVB=0.00118857;RO=72;SAF=3;SAR=7;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150838;STB=0.610879;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.00297641;OID=.;OPOS=58220823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:82:82:72:72:10:10:0.121951:7:3:30:42:7:3:30:42 chr12 58220841 . C T 46.89 PASS AF=0.125;AO=10;DP=79;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.00129997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.388;QD=2.34452;RBI=0.0161267;REFB=-0.00372133;REVB=-0.0160742;RO=69;SAF=5;SAR=5;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115239;STB=0.587331;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0169369;OID=.;OPOS=58220841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:79:80:69:70:10:10:0.125:5:5:28:41:5:5:28:42 chr12 58220844 . C T 33.95 PASS AF=0.101266;AO=8;DP=79;FAO=8;FDP=79;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.0595863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0406;QD=1.71902;RBI=0.0820397;REFB=0.00239707;REVB=0.0563913;RO=71;SAF=5;SAR=3;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263027;STB=0.698624;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00904822;OID=.;OPOS=58220844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:79:79:71:71:8:8:0.101266:3:5:28:43:3:5:28:43 chr12 58335626 . A T 444.66 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0190102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.71;QD=15.2021;RBI=0.0291929;REFB=-0.0232095;REVB=0.0221549;RO=67;SAF=24;SAR=26;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119093;STB=0.566731;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0264194;OID=.;OPOS=58335626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:67:50:50:0.42735:26:24:40:27:26:24:40:27 chr12 58350631 . C T 499.75 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0541743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.956;QD=18.3395;RBI=0.0541743;REFB=-0.0126197;REVB=8.13085e-06;RO=56;SAF=29;SAR=24;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158539;STB=0.587738;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00991814;OID=.;OPOS=58350631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:56:53:53:0.486239:24:29:21:35:24:29:21:35 chr12 59279660 . A T 130.93 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0226212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.653;QD=10.2692;RBI=0.0455456;REFB=-0.0122367;REVB=-0.0395308;RO=35;SAF=5;SAR=11;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208617;STB=0.625161;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0300459;OID=.;OPOS=59279660;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:11:5:17:18:11:5:17:18 chr12 59284551 . G T 396.55 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00646115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.42;QD=18.2322;RBI=0.0728574;REFB=-0.0148898;REVB=-0.0725704;RO=46;SAF=13;SAR=28;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184287;STB=0.603179;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0248243;OID=.;OPOS=59284551;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:28:13:23:23:28:13:23:23 chr12 62114671 . T C 330.86 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00996912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9899;QD=25.4505;RBI=0.0504283;REFB=0.00249541;REVB=0.0494331;RO=20;SAF=20;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908811;STB=0.549968;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.000298809;OID=.;OPOS=62114671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:12:20:10:10:12:20:10:10 chr12 62778065 . A G 1001.7 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6336;QD=58.0694;RBI=0.0376357;REFB=0;REVB=0.00235489;RO=1;SAF=37;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126038;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139791;OID=.;OPOS=62778065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:69:1:0:68:69:1:31:37:1:0:31:38:0:0 chr12 62810960 . AAG A,AA,AAA 1943.78 PASS AF=0.015625,0.96875,0.015625;AO=17,50,62;DP=129;FAO=2,124,2;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=2,68,1;FSAR=0,56,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369134,-0.0371967,-0.0368287;FXX=0.00775134;HRUN=3,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=259.901,262.807,259.356;QD=60.7431;RBI=0.0373338,0.0395199,0.0425233;REFB=0,0,0;REVB=-0.00558713,-0.0133502,-0.0212573;RO=0;SAF=8,30,34;SAR=9,20,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-4.126e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0030249,-0.00408321,0.00023239;OID=.,.,.;OPOS=62810961,62810962,62810962;OREF=AG,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.015625,0.96875,0.015625:17,50,62:129:2,124,2:128:0:2,68,1:0,56,1:0:0:14:0:8,30,34:9,20,28:0:0 chr12 62894636 . T A 1025.45 PASS AF=0.403509;AO=107;DP=277;FAO=115;FDP=285;FR=.;FRO=170;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=74;FSRR=96;FWDB=0.0274034;FXX=0.00349638;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.045;QD=14.3923;RBI=0.0283688;REFB=-0.022413;REVB=0.00733778;RO=164;SAF=53;SAR=54;SRF=70;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739638;STB=0.551421;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0298631;OID=.;OPOS=62894636;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:285:164:170:107:115:0.403509:54:53:70:94:55:60:74:96 chr12 62926398 . G A 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00184433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.373;QD=16.728;RBI=0.020047;REFB=-0.00829537;REVB=-0.019962;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102873;STB=0.571341;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00977041;OID=.;OPOS=62926398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:8:8:7:11:8:8:7:12 chr12 62928633 . G A 473.28 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00277756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.22;QD=21.2712;RBI=0.00323847;REFB=-0.010749;REVB=-0.00166519;RO=43;SAF=20;SAR=26;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562567;STB=0.531049;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0125105;OID=.;OPOS=62928633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:43:46:46:0.516854:26:20:16:27:26:20:16:27 chr12 62946783 . C T 554.39 PASS AF=0.339806;AO=70;DP=205;FAO=70;FDP=206;FR=.;FRO=136;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=64;FSRR=72;FWDB=-0.0204095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.595;QD=10.7648;RBI=0.0214647;REFB=-0.0108016;REVB=-0.00664748;RO=135;SAF=35;SAR=35;SRF=63;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383581;STB=0.519412;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0250818;OID=.;OPOS=62946783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:135:136:70:70:0.339806:35:35:63:72:35:35:64:72 chr12 62986620 . G A 594.09 PASS AF=0.459259;AO=61;DP=134;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.0470532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.397;QD=17.6028;RBI=0.0490715;REFB=-0.0148851;REVB=-0.0139285;RO=72;SAF=27;SAR=34;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561625;STB=0.538838;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0155144;OID=.;OPOS=62986620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:72:73:61:62:0.459259:34:27:36:36:35:27:37:36 chr12 62990871 . C A 161.53 PASS AF=0.297297;AO=20;DP=73;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0209309;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.953;QD=8.73148;RBI=0.0230125;REFB=-0.000573091;REVB=-0.00956407;RO=52;SAF=4;SAR=16;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248666;STB=0.619942;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0013174;OID=.;OPOS=62990871;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:52:52:20:22:0.297297:16:4:19:33:17:5:19:33 chr12 63226048 . G A 342.67 PASS AF=0.368421;AO=42;DP=114;FAO=42;FDP=114;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.00535477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2855;QD=12.0237;RBI=0.00541139;REFB=-0.00184093;REVB=-0.000780755;RO=71;SAF=20;SAR=22;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00295916;STB=0.506273;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00346123;OID=.;OPOS=63226048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:71:72:42:42:0.368421:22:20:34:37:22:20:35:37 chr12 63359168 . G A 1961.01 PASS AF=0.962963;AO=130;DP=135;FAO=130;FDP=135;FR=.;FRO=5;FSAF=73;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.000446466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.457;QD=58.1039;RBI=0.0103031;REFB=-0.0312856;REVB=0.0102935;RO=5;SAF=73;SAR=57;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257227;STB=0.513549;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.000522403;OID=.;OPOS=63359168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:135:135:5:5:130:130:0.962963:57:73:1:4:57:73:1:4 chr12 63359409 . C A 769.39 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7795;QD=56.992;RBI=0.0613257;REFB=0;REVB=-0.0594332;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000305067;OID=.;OPOS=63359409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr12 63544209 . A G 515.56 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0421327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.6464;QD=20.0218;RBI=0.055456;REFB=-0.00425564;REVB=0.0360583;RO=50;SAF=29;SAR=24;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024051;STB=0.513269;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0075985;OID=.;OPOS=63544209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:53:53:0.514563:24:29:26:24:24:29:26:24 chr12 64062023 . A C 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0431094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.645;QD=63.2855;RBI=0.0431411;REFB=0;REVB=-0.00165357;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.97116e-05;OID=.;OPOS=64062023;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr12 64062052 . G A 851.15 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.147;QD=57.7052;RBI=0.0237457;REFB=0;REVB=0.0171644;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25191e-05;OID=.;OPOS=64062052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr12 64062065 . T C 955.09 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.348;QD=58.7749;RBI=0.02847;REFB=0;REVB=-0.00377189;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.28944e-05;OID=.;OPOS=64062065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr12 64472803 . A T 1353.2 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0633367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4746;QD=60.8178;RBI=0.0635771;REFB=-0.0941035;REVB=-0.00552434;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00161335;OID=.;OPOS=64472803;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:88:88:0.988764:46:42:0:0:46:42:0:1 chr12 64519806 . T C 516.87 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00912384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.417;QD=22.4724;RBI=0.0106887;REFB=-0.00514761;REVB=0.00556811;RO=43;SAF=26;SAR=23;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633699;STB=0.53487;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00492434;OID=.;OPOS=64519806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:43:49:49:0.532609:23:26:26:17:23:26:26:17 chr12 64587633 . C A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.404;QD=64.1536;RBI=0.0103936;REFB=0;REVB=0.000927047;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77002e-05;OID=.;OPOS=64587633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr12 64609562 . C T 1123.67 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00770037;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.982;QD=59.1405;RBI=0.0132653;REFB=-0.0706172;REVB=0.0108015;RO=1;SAF=38;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012289;STB=0.506492;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00110701;OID=.;OPOS=64609562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:76:1:1:75:75:0.986842:37:38:1:0:37:38:1:0 chr12 64669090 . C A 4070.47 PASS AF=1;AO=261;DP=261;FAO=261;FDP=261;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0521403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8249;QD=62.3827;RBI=0.0915764;REFB=0;REVB=-0.0752837;RO=0;SAF=146;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05539e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309882;OID=.;OPOS=64669090;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:261:261:0:0:261:261:1:115:146:0:0:115:146:0:0 chr12 64712511 . A G 842.54 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0227137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.863;QD=54.3571;RBI=0.0234218;REFB=0.105674;REVB=0.0057158;RO=2;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304238;STB=0.516124;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.00061826;OID=.;OPOS=64712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:2:2:60:60:0.967742:30:30:0:2:30:30:0:2 chr12 64712545 . GA GAGTT,TT 569.68 PASS AF=0.803571,0.0357143;AO=45,2;DP=56;FAO=45,2;FDP=56;FR=.;FRO=9;FSAF=31,2;FSAR=14,0;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00410364,-0.00691529;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,2;MLLD=178.334,143.719;QD=40.6915;RBI=0.026221,0.00691542;REFB=-0.0216297,-0.00742776;REVB=0.0258979,4.22361e-05;RO=9;SAF=31,2;SAR=14,0;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0854075,0.602534;STB=0.545855,0.994575;STBP=0.157,0.185;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00617836,-0.0281383;OID=.,.;OPOS=64712547,64712545;OREF=-,GA;OALT=GTT,TT;OMAPALT=GAGTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:56:56:9:9:45,2:45,2:0.803571,0.0357143:14,0:31,2:4:5:14,0:31,2:4:5 chr12 64746833 . C T 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0126148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.589;QD=17.9428;RBI=0.0156226;REFB=0.00736681;REVB=-0.00921585;RO=29;SAF=10;SAR=18;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549162;STB=0.530809;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.0074217;OID=.;OPOS=64746833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:18:10:12:17:18:10:12:17 chr12 64838922 . G T 210.13 PASS AF=0.567568;AO=19;DP=35;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0380801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.305;QD=22.7168;RBI=0.0385031;REFB=-0.0135728;REVB=0.00569211;RO=16;SAF=2;SAR=17;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408607;STB=0.516114;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0128718;OID=.;OPOS=64838922;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:16:16:19:21:0.567568:17:2:2:14:18:3:2:14 chr12 64875787 . T A 243.31 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0342133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3479;QD=12.806;RBI=0.0370148;REFB=-0.0304205;REVB=0.014126;RO=46;SAF=13;SAR=16;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124815;STB=0.564661;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0351831;OID=.;OPOS=64875787;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:47:29:29:0.381579:16:13:26:20:16:13:26:21 chr12 64895830 . GTA G 104.54 PASS AF=0.25;AO=14;DP=67;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00618415;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.008;QD=6.53391;RBI=0.0640361;REFB=0.000882793;REVB=-0.0637368;RO=49;SAF=14;SAR=0;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.741163;STB=0.886496;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=-0.00206288;OID=.;OPOS=64895831;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:14:67:16:64:48:15:1:27:21:99:49:14:0:28:21 chr12 65108160 . G C 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00816435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.544;QD=63.0525;RBI=0.0108323;REFB=0;REVB=0.00711919;RO=0;SAF=57;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32578e-05;OID=.;OPOS=65108160;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:34:57:0:0:34:57:0:0 chr12 65122781 . G T 480.76 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0550613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6719;QD=25.6402;RBI=0.0618023;REFB=0.00176322;REVB=-0.0280673;RO=30;SAF=17;SAR=28;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141218;STB=0.577285;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00205189;OID=.;OPOS=65122781;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:30:45:45:0.6:28:17:17:13:28:17:17:13 chr12 65146532 . C T 1655.82 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0739206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1386;QD=60.2116;RBI=0.0743001;REFB=0;REVB=-0.0075001;RO=0;SAF=58;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210456;OID=.;OPOS=65146532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:51:58:0:0:52:58:0:0 chr12 65150485 . C T 944.49 PASS AF=0.944444;AO=68;DP=72;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0316683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6854;QD=52.4716;RBI=0.0574681;REFB=-0.153679;REVB=0.0479552;RO=1;SAF=33;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141074;STB=0.513089;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00958319;OID=.;OPOS=65150485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:72:72:1:4:68:68:0.944444:35:33:1:0:35:33:1:3 chr12 65264387 . A G 298.48 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0260017;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.651;QD=18.3683;RBI=0.0261092;REFB=-0.0128939;REVB=-0.00236629;RO=33;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688806;STB=0.538438;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0144331;OID=.;OPOS=65264387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:33:33:32:32:0.492308:16:16:14:19:16:16:14:19 chr12 65448986 . G A 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0332286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1167;QD=18.3007;RBI=0.0338656;REFB=-0.00904106;REVB=0.00653722;RO=23;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144846;STB=0.508227;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.012549;OID=.;OPOS=65448986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:9:11:13:10:9:11:13:10 chr12 65514266 . T C 1071.62 PASS AF=0.925926;AO=75;DP=81;FAO=75;FDP=81;FR=.;FRO=6;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.071872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0186;QD=52.9193;RBI=0.0812099;REFB=-0.146246;REVB=0.0378082;RO=5;SAF=43;SAR=32;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519031;STB=0.519792;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00561636;OID=.;OPOS=65514266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:81:81:5:6:75:75:0.925926:32:43:5:0:32:43:5:1 chr12 65641020 . G T 450.77 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.000797688;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.548;QD=18.3989;RBI=0.0287071;REFB=0.00175015;REVB=-0.028696;RO=50;SAF=19;SAR=28;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717762;STB=0.545596;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00317212;OID=.;OPOS=65641020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:98:50:51:47:47:0.479592:28:19:24:26:28:19:25:26 chr12 65641985 . C T 705.07 PASS AF=0.4;AO=78;DP=195;FAO=78;FDP=195;FR=.;FRO=117;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=75;FSRR=42;FWDB=0.00208425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5847;QD=14.463;RBI=0.0147948;REFB=0.000497454;REVB=-0.0146473;RO=116;SAF=28;SAR=50;SRF=74;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293205;STB=0.666538;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000996227;OID=.;OPOS=65641985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:116:117:78:78:0.4:50:28:74:42:50:28:75:42 chr12 65672579 . C T 157.19 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00423094;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.4732;QD=19.0532;RBI=0.066694;REFB=-0.0531416;REVB=-0.0665597;RO=11;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125162;STB=0.562422;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0246033;OID=.;OPOS=65672579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:11:16:16:16:0.484848:7:9:6:5:7:9:7:9 chr12 65857555 . T A 263.84 PASS AF=0.323232;AO=32;DP=95;FAO=32;FDP=99;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.0219358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.883;QD=10.6601;RBI=0.0304728;REFB=-0.0124773;REVB=-0.0211521;RO=62;SAF=15;SAR=17;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126916;STB=0.546285;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0311027;OID=.;OPOS=65857555;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:99:62:67:32:32:0.323232:17:15:36:26:17:15:36:31 chr12 66358347 . C T 1513.4 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0751644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1053;QD=59.9366;RBI=0.0786218;REFB=0;REVB=-0.0230586;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000395957;OID=.;OPOS=66358347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:54:47:0:0:54:47:0:0 chr12 66359752 . C A 1079.97 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00182237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.31;QD=59.9985;RBI=0.00297364;REFB=0;REVB=0.00234978;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23219e-06;OID=.;OPOS=66359752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:35:36:0:0:36:36:0:0 chr12 66546100 . A G 158.99 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.00919394;FXX=0.0302984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.686;QD=9.93712;RBI=0.0318238;REFB=-0.00277219;REVB=-0.0304668;RO=43;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123275;STB=0.572027;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0038422;OID=.;OPOS=66546100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:12:9:14:29:12:9:14:29 chr12 66605228 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.774;QD=57.1766;RBI=0.0506248;REFB=0;REVB=0.0219099;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293604;OID=.;OPOS=66605228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr12 66725160 . C T 491.83 PASS AF=0.435484;AO=54;DP=124;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.00412302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.148;QD=15.8656;RBI=0.00430673;REFB=-0.00901496;REVB=-0.00124443;RO=69;SAF=20;SAR=34;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140902;STB=0.583302;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0153748;OID=.;OPOS=66725160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:69:70:54:54:0.435484:34:20:35:34:34:20:36:34 chr12 66725202 . C T 332.4 PASS AF=0.366071;AO=41;DP=112;FAO=41;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0168083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.228;QD=11.8715;RBI=0.0185926;REFB=-0.0165347;REVB=0.00794769;RO=70;SAF=18;SAR=23;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989175;STB=0.552135;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.029986;OID=.;OPOS=66725202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:70:71:41:41:0.366071:23:18:37:33:23:18:37:34 chr12 66731864 . C A 115.7 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0134309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.919;QD=7.23158;RBI=0.0138874;REFB=-0.00612987;REVB=0.00353133;RO=47;SAF=10;SAR=7;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00936577;STB=0.505697;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.016683;OID=.;OPOS=66731864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:47:47:17:17:0.265625:7:10:28:19:7:10:28:19 chr12 66739539 . A G 276.31 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00461928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.136;QD=15.7889;RBI=0.024331;REFB=0.0117538;REVB=0.0238885;RO=39;SAF=11;SAR=20;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160946;STB=0.590979;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.0172184;OID=.;OPOS=66739539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:20:11:20:19:20:11:20:19 chr12 66786091 . G C 729.0 PASS AF=1;AO=23;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5557;QD=57.1766;RBI=0.0357885;REFB=0;REVB=0.0279115;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275827;OID=.;OPOS=66786091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:23:51:1:17:6:0:0:17:34:0:0 chr12 66814487 . C A 368.35 PASS AF=0.357143;AO=44;DP=126;FAO=45;FDP=126;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.0173617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.413;QD=11.6937;RBI=0.017738;REFB=-0.0039901;REVB=0.00363437;RO=81;SAF=24;SAR=20;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154966;STB=0.580406;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00656598;OID=.;OPOS=66814487;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:81:81:44:45:0.357143:20:24:33:48:21:24:33:48 chr12 67706466 . G A 381.42 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0205527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8035;QD=22.4365;RBI=0.0599355;REFB=-0.0139868;REVB=-0.0563014;RO=30;SAF=15;SAR=23;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216428;STB=0.619168;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0142013;OID=.;OPOS=67706466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:23:15:20:10:23:15:20:10 chr12 68052178 . G T 744.34 PASS AF=0.876923;AO=57;DP=65;FAO=57;FDP=65;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.00285558;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=105.296;QD=45.8056;RBI=0.0172613;REFB=-0.18449;REVB=0.0170235;RO=6;SAF=25;SAR=32;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497596;STB=0.539555;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00395993;OID=.;OPOS=68052178;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:65:65:6:8:57:57:0.876923:32:25:1:5:32:25:1:7 chr12 68595787 . A G 741.23 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.209;QD=54.9058;RBI=0.0120854;REFB=0;REVB=0.00355593;RO=1;SAF=29;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159663;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143112;OID=.;OPOS=68595787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:1:0:52:54:1:23:29:1:0:23:31:0:0 chr12 68709919 . A C 225.35 PASS AF=0.228758;AO=35;DP=153;FAO=35;FDP=153;FR=.;FRO=118;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=62;FSRR=56;FWDB=-0.00441623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.865;QD=5.89144;RBI=0.0119796;REFB=-0.000787253;REVB=-0.0111359;RO=118;SAF=25;SAR=10;SRF=62;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251345;STB=0.65467;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00325755;OID=.;OPOS=68709919;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:118:118:35:35:0.228758:10:25:62:56:10:25:62:56 chr12 69042495 . A G 528.16 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0493735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6167;QD=17.9038;RBI=0.0495223;REFB=-0.015207;REVB=-0.00383575;RO=62;SAF=31;SAR=25;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356868;STB=0.51981;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.016459;OID=.;OPOS=69042495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:62:56:56:0.474576:25:31:32:30:25:31:32:30 chr12 69050878 . C T 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0618805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.336;QD=5.78785;RBI=0.0644499;REFB=-0.0119267;REVB=-0.0180166;RO=22;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187877;STB=0.635141;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0298069;OID=.;OPOS=69050878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:22:23:7:7:0.233333:4:3:13:9:4:3:14:9 chr12 69082805 . G A 204.82 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0593074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5529;QD=15.7554;RBI=0.0749561;REFB=0.0332336;REVB=0.0458372;RO=27;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252346;STB=0.639228;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0389031;OID=.;OPOS=69082805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:29:23:23:0.442308:10:13:8:19:10:13:9:20 chr12 69084481 . GC G 106.16 PASS AF=0.396226;AO=19;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0322297;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.3577;QD=8.01168;RBI=0.0327403;REFB=0.0104943;REVB=-0.0057594;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035408;STB=0.533302;STBP=0.733;TYPE=del;VARB=-0.00786029;OID=.;OPOS=69084482;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396226:19:53:21:53:32:9:12:12:20:99:30:7:12:12:18 chr12 69090651 . G A 191.79 PASS AF=0.268041;AO=26;DP=97;FAO=26;FDP=97;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0237119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.131;QD=7.90883;RBI=0.024637;REFB=0.00396399;REVB=-0.00668764;RO=69;SAF=11;SAR=15;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137106;STB=0.591879;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0152535;OID=.;OPOS=69090651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:69:71:26:26:0.268041:15:11:37:32:15:11:39:32 chr12 69115698 . G A 874.85 PASS AF=0.57554;AO=80;DP=138;FAO=80;FDP=139;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0669536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2483;QD=25.1756;RBI=0.0899854;REFB=0.0101566;REVB=-0.0601215;RO=58;SAF=34;SAR=46;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452697;STB=0.521384;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.00713991;OID=.;OPOS=69115698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:58:59:80:80:0.57554:46:34:28:30:46:34:28:31 chr12 69145882 . C T 753.87 PASS AF=0.475904;AO=79;DP=166;FAO=79;FDP=166;FR=.;FRO=87;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=52;FSRR=35;FWDB=-0.00252895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.535;QD=18.1656;RBI=0.00295377;REFB=0.00711635;REVB=0.00152616;RO=86;SAF=38;SAR=41;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105417;STB=0.560946;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00813282;OID=.;OPOS=69145882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:86:87:79:79:0.475904:41:38:51:35:41:38:52:35 chr12 69186904 . G A 563.72 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0377668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.626;QD=57.8174;RBI=0.0425726;REFB=-0.0254874;REVB=-0.0196494;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240222;STB=0.512814;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00156924;OID=.;OPOS=69186904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:19:19:0:1:19:19:0:1 chr12 69187427 . T A 639.64 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00620739;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.427;QD=62.4034;RBI=0.0105795;REFB=0;REVB=0.00856701;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.35129e-05;OID=.;OPOS=69187427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr12 69187585 . G GA 1018.39 PASS AF=1;AO=83;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207657;FXX=0.0111099;HRUN=0;LEN=1;MLLD=85.3257;QD=45.7704;RBI=0.028981;REFB=-0.0550478;REVB=-0.0202159;RO=2;SAF=43;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000806099;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000454084;OID=.;OPOS=69187586;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:83:90:89:89:0:46:43:0:0:15:2:43:40:1:1 chr12 69265578 . A G 468.5 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0173096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.114;QD=18.0193;RBI=0.0329387;REFB=-0.0122001;REVB=-0.0280238;RO=53;SAF=21;SAR=29;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837861;STB=0.542039;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0280445;OID=.;OPOS=69265578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:54:50:50:0.480769:29:21:27:26:29:21:27:27 chr12 69645864 . A G 38.39 PASS AF=0.315789;AO=4;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0126716;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.42;QD=8.08256;RBI=0.0174278;REFB=-0.0109706;REVB=-0.0119649;RO=10;SAF=1;SAR=3;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.539296;STB=0.773411;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0524754;OID=.;OPOS=69645864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:19:19:10:13:4:6:0.315789:3:1:8:2:4:2:10:3 chr12 69646914 . G A 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00741207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=343.261;QD=18.7119;RBI=0.00781559;REFB=-0.0150216;REVB=-0.00247885;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218046;STB=0.623744;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.018152;OID=.;OPOS=69646914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:7:11:7:12:7:11:7:12 chr12 69967862 . G A 595.53 PASS AF=0.495935;AO=60;DP=122;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0215744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.532;QD=19.3667;RBI=0.0233876;REFB=-0.0196081;REVB=-0.00902915;RO=61;SAF=32;SAR=28;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037171;STB=0.520187;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0216037;OID=.;OPOS=69967862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:61:62:60:61:0.495935:28:32:35:26:28:33:36:26 chr12 69971474 . G A 60.29 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00881496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0862;QD=17.2265;RBI=0.0250609;REFB=-0.036233;REVB=-0.0234594;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17296;STB=0.599771;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00474986;OID=.;OPOS=69971474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:5:1:3:5:5:1 chr12 69971500 . C T 239.69 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.071;QD=50.4613;RBI=0.0389129;REFB=0;REVB=0.0366286;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38909e-05;OID=.;OPOS=69971500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:5:13:0:0:6:13:0:0 chr12 69971713 . C T 1590.29 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.958;QD=58.8995;RBI=0.0346917;REFB=-0.0967857;REVB=0.0262322;RO=0;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00056925;OID=.;OPOS=69971713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:108:0:1:106:107:0.990741:49:57:0:0:50:57:1:0 chr12 69972381 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.135;QD=53.9109;RBI=0.0171232;REFB=0;REVB=-0.0101616;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00029003;OID=.;OPOS=69972381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr12 69973192 . CA C 224.04 PASS AF=0.507692;AO=35;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0448201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.695;QD=13.7872;RBI=0.100593;REFB=-0.0223278;REVB=-0.0900556;RO=29;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110416;STB=0.612836;STBP=0.084;TYPE=del;VARB=0.0133486;OID=.;OPOS=69973193;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507692:35:65:33:65:32:19:14:11:21:99:29:18:17:11:18 chr12 70004914 . GT G 130.0 PASS AF=0.402685;AO=59;DP=150;FAO=60;FDP=149;FR=.;FRO=89;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=-0.0842831;FXX=0.00666622;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.54069;QD=3.4898;RBI=0.0860256;REFB=-0.0654911;REVB=0.0172269;RO=76;SAF=24;SAR=35;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820403;STB=0.550668;STBP=0.326;TYPE=del;VARB=0.0398597;OID=.;OPOS=70004915;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402685:59:150:60:149:89:24:36:43:46:99:76:24:35:37:39 chr12 70037520 . G A 894.1 PASS AF=0.481283;AO=89;DP=186;FAO=90;FDP=187;FR=.;FRO=97;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=-0.00753073;FXX=0.0105815;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.846;QD=19.1252;RBI=0.0101811;REFB=-0.00516066;REVB=-0.00685145;RO=94;SAF=34;SAR=55;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161608;STB=0.582763;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0067316;OID=.;OPOS=70037520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:94:97:89:90:0.481283:55:34:52:42:55:35:53:44 chr12 70091432 . T C 787.65 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264606;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.252;QD=57.2836;RBI=0.060687;REFB=0;REVB=0.0546145;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212666;OID=.;OPOS=70091432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr12 70149421 . C T 173.71 PASS AF=0.220472;AO=28;DP=127;FAO=28;FDP=127;FR=.;FRO=99;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=-0.110282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3511;QD=5.47117;RBI=0.113944;REFB=-0.0109213;REVB=-0.0286558;RO=94;SAF=18;SAR=10;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16948;STB=0.594369;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0357518;OID=.;OPOS=70149421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:94:99:28:28:0.220472:10:18:48:46:10:18:52:47 chr12 70190408 . A C 334.85 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0200867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5565;QD=14.4022;RBI=0.0572358;REFB=0.0108138;REVB=0.0535953;RO=56;SAF=15;SAR=22;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120315;STB=0.568371;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.0140952;OID=.;OPOS=70190408;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:37:37:0.397849:22:15:29:27:22:15:29:27 chr12 70321450 . C T 463.06 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.069;QD=57.8824;RBI=0.0144505;REFB=0;REVB=0.00930142;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97675e-05;OID=.;OPOS=70321450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:14:16:0:0:16:16:0:0 chr12 70330087 . A G 1262.66 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.999;QD=61.5929;RBI=0.0196251;REFB=0;REVB=0.00187597;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83635e-05;OID=.;OPOS=70330087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:38:43:0:0:39:43:0:0 chr12 70351684 . C A 169.9 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00150007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.058;QD=23.4346;RBI=0.0157175;REFB=0.00185445;REVB=-0.0156458;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793454;STB=0.608533;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.000731797;OID=.;OPOS=70351684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:29:29:10:8:12:13:0.448276:6:6:4:6:6:7:2:6 chr12 70352021 . C T 357.31 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00881817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.639;QD=14.4366;RBI=0.040916;REFB=-0.016043;REVB=-0.0399545;RO=60;SAF=22;SAR=17;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331989;STB=0.518858;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0227923;OID=.;OPOS=70352021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:60:39:39:0.393939:17:22:32:28:17:22:32:28 chr12 70352089 . C T 156.07 PASS AF=0.225225;AO=25;DP=111;FAO=25;FDP=111;FR=.;FRO=86;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=-0.00875618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.535;QD=5.62397;RBI=0.00886723;REFB=0.00348221;REVB=-0.00139896;RO=86;SAF=14;SAR=11;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755307;STB=0.5466;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00889118;OID=.;OPOS=70352089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:86:86:25:25:0.225225:11:14:43:43:11:14:43:43 chr12 70912510 . C T 1514.12 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191842;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.281;QD=63.7525;RBI=0.0191855;REFB=0;REVB=-0.000223241;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00359e-05;OID=.;OPOS=70912510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:52:43:0:0:52:43:0:0 chr12 70928616 . G A 192.8 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0513617;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.117;QD=11.8648;RBI=0.0519273;REFB=-0.0166662;REVB=-0.00764342;RO=41;SAF=12;SAR=12;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22824;STB=0.630668;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0183318;OID=.;OPOS=70928616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:41:41:24:24:0.369231:12:12:29:12:12:12:29:12 chr12 70928724 . A G 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.961;QD=64.1529;RBI=0.0217835;REFB=0;REVB=0.0204691;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84253e-05;OID=.;OPOS=70928724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr12 70990054 . T C 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.334;QD=58.0584;RBI=0.016863;REFB=0;REVB=-0.0164549;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.8203e-05;OID=.;OPOS=70990054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr12 71002865 . T A 1884.69 PASS AF=0.991935;AO=121;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0104759;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.184;QD=60.7966;RBI=0.016994;REFB=-0.0790106;REVB=0.013381;RO=1;SAF=76;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00621008;STB=0.503267;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000225103;OID=.;OPOS=71002865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:121:123:0.991935:45:76:1:0:47:76:1:0 chr12 71002893 . C T 2285.71 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0217185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5924;QD=60.1504;RBI=0.0325697;REFB=0.00231507;REVB=0.0242712;RO=1;SAF=84;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00562935;STB=0.502958;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-8.97787e-05;OID=.;OPOS=71002893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:1:1:151:151:0.993421:67:84:1:0:67:84:1:0 chr12 71003524 . CTT C 710.54 PASS AF=1;AO=50;DP=55;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345624;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=2;MLLD=303.847;QD=47.3694;RBI=0.0352015;REFB=0;REVB=0.0066776;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.52701e-05;OID=.;OPOS=71003525;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:55:60:60:0:33:27:0:0:13:0:27:23:0:0 chr12 71029733 . C T 628.14 PASS AF=0.575472;AO=61;DP=106;FAO=61;FDP=106;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00543095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6855;QD=23.7035;RBI=0.0295627;REFB=0.0218947;REVB=0.0290596;RO=45;SAF=32;SAR=29;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794458;STB=0.543363;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.0220756;OID=.;OPOS=71029733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:45:45:61:61:0.575472:29:32:19:26:29:32:19:26 chr12 71054946 . C A 456.17 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0286163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.236;QD=20.274;RBI=0.034955;REFB=-0.0110675;REVB=-0.0200739;RO=45;SAF=17;SAR=28;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0184812;OID=.;OPOS=71054946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:28:17:17:28:28:17:17:28 chr12 71094952 . C A 422.64 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=123;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.00702221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.466;QD=13.7445;RBI=0.0184742;REFB=0.0010289;REVB=0.0170875;RO=72;SAF=28;SAR=21;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758869;STB=0.543308;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00142122;OID=.;OPOS=71094952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:72:74:49:49:0.398374:21:28:36:36:21:28:37:37 chr12 71139664 . T C 1940.35 PASS AF=0.992188;AO=125;DP=126;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00477798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.846;QD=60.6359;RBI=0.0528939;REFB=-0.0888202;REVB=0.0526777;RO=1;SAF=50;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940765;STB=0.504854;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00022017;OID=.;OPOS=71139664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:126:128:1:1:125:127:0.992188:75:50:1:0:76:51:1:0 chr12 71509652 . T A 1156.94 PASS AF=0.537736;AO=113;DP=212;FAO=114;FDP=212;FR=.;FRO=98;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=0.00367054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5266;QD=21.8291;RBI=0.0189866;REFB=-0.0156414;REVB=-0.0186284;RO=96;SAF=48;SAR=65;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198586;STB=0.517972;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0195203;OID=.;OPOS=71509652;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:96:98:113:114:0.537736:65:48:43:53:66:48:45:53 chr12 71519096 . G C 524.31 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00305817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.813;QD=21.4003;RBI=0.0139426;REFB=-0.00784443;REVB=-0.0136031;RO=48;SAF=31;SAR=19;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908825;STB=0.550275;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0179864;OID=.;OPOS=71519096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:48:50:50:0.510204:19:31:25:23:19:31:25:23 chr12 71519173 . G A 304.75 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0092278;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.873;QD=17.6665;RBI=0.0155737;REFB=-0.026009;REVB=-0.0125454;RO=35;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836012;STB=0.523795;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0304338;OID=.;OPOS=71519173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:36:33:33:0.478261:19:14:18:17:18:15:18:18 chr12 71523134 . A C 162.81 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00119804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.025;QD=10.8537;RBI=0.00122499;REFB=-0.013914;REVB=0.000255559;RO=38;SAF=10;SAR=11;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113255;STB=0.573391;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0262681;OID=.;OPOS=71523134;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:39:21:21:0.35:11:10:22:16:11:10:23:16 chr12 71523199 . TAAAAAAAAAA TAAAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAAAAAC 397.16 PASS AF=0.27027,0.135135,0.594595;AO=9,4,8;DP=37;FAO=10,5,22;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=5,3,15;FSAR=5,2,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0752675,-0.0549172,-0.0423465;FXX=0;HRUN=12,12,12;LEN=2,3,1;MLLD=8.04975,8.71914,165.962;QD=42.9366;RBI=0.0907406,0.0654886,0.0498111;REFB=0,0,0;REVB=0.0506819,0.0356771,0.0262282;RO=0;SAF=5,3,6;SAR=4,1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.86674e-08,5.58669e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0414835,0.0454702,0.012661;OID=.,.,.;OPOS=71523200,71523200,71523209;OREF=AA,AAA,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=TAAAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.27027,0.135135,0.594595:9,4,8:37:10,5,22:37:0:5,3,15:5,2,7:0:0:44:0:5,3,6:4,1,2:0:0 chr12 71533494 . C T 539.62 PASS AF=0.439394;AO=58;DP=132;FAO=58;FDP=132;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.0306287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.912;QD=16.352;RBI=0.0310227;REFB=-0.00943492;REVB=-0.00492872;RO=74;SAF=25;SAR=33;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163223;STB=0.59109;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0162095;OID=.;OPOS=71533494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:74:74:58:58:0.439394:33:25:44:30:33:25:44:30 chr12 71533534 . C G 835.85 PASS AF=0.578947;AO=77;DP=133;FAO=77;FDP=133;FR=.;FRO=56;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.00844936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.274;QD=25.1382;RBI=0.0118884;REFB=-0.00131603;REVB=0.00836319;RO=56;SAF=43;SAR=34;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100499;STB=0.554716;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.000742193;OID=.;OPOS=71533534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:56:56:77:77:0.578947:34:43:24:32:34:43:24:32 chr12 71533581 . G A 352.94 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=107;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.00465504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.902;QD=13.1941;RBI=0.0188464;REFB=-0.00295805;REVB=-0.0182625;RO=65;SAF=16;SAR=26;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214729;STB=0.512189;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00751228;OID=.;OPOS=71533581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:65:65:42:42:0.392523:26:16:26:39:26:16:26:39 chr12 71898384 . TC T,TCC,TT 93.26 PASS AF=0.433735,0,0.0120482;AO=30,10,3;DP=81;FAO=36,0,1;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=21,0,1;FSAR=15,0,0;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0278003,-0.0310705,0.026926;FXX=0.0119033;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,1;MLLD=7.72963,7.44795,15.5503;QD=4.49454;RBI=0.230896,0.24153,0.160375;REFB=-0.039648,0.0300362,-0.035581;REVB=0.229216,-0.239523,0.158098;RO=34;SAF=16,6,2;SAR=14,4,1;SRF=19;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0242591,0.0510356,0.112413;STB=0.502091,0.5,0.988347;STBP=0.991,1,0.49;TYPE=del,ins,snp;VARB=0.0562519,0,-0.0756097;OID=.,.,.;OPOS=71898385,71898385,71898385;OREF=C,-,C;OALT=-,C,T;OMAPALT=T,TCC,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433735,0,0.0120482:30,10,3:81:36,0,1:83:46:21,0,1:15,0,0:27:19:93:34:16,6,2:14,4,1:19:15 chr12 71960208 . G A 1062.14 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000704748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.045;QD=59.8387;RBI=0.0168884;REFB=0;REVB=0.0168737;RO=0;SAF=46;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46604e-05;OID=.;OPOS=71960208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:23:46:0:0:25:46:0:0 chr12 72004285 . T C 275.6 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0368412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3984;QD=15.7485;RBI=0.0452524;REFB=-0.0173078;REVB=0.0262774;RO=36;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145313;STB=0.55552;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0325962;OID=.;OPOS=72004285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:39:31:31:0.442857:16:15:12:24:16:15:15:24 chr12 72018028 . A G 402.36 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0395179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9897;QD=15.6256;RBI=0.0629778;REFB=-0.0214191;REVB=0.049036;RO=57;SAF=18;SAR=27;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751485;STB=0.547598;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0340854;OID=.;OPOS=72018028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:58:45:45:0.436893:27:18:27:30:27:18:28:30 chr12 72050722 . CT C 72.76 PASS AF=0.27907;AO=41;DP=129;FAO=36;FDP=129;FR=.;FRO=93;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.151588;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.7963;QD=2.2561;RBI=0.169042;REFB=-0.01767;REVB=-0.0748091;RO=78;SAF=19;SAR=22;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852867;STB=0.511621;STBP=0.868;TYPE=del;VARB=-0.015515;OID=.;OPOS=72050723;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27907:41:129:36:129:93:18:18:48:45:72:78:19:22:42:36 chr12 72071045 . A G 1287.51 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168355;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.022;QD=62.0488;RBI=0.0172332;REFB=0;REVB=-0.00368076;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31617e-05;OID=.;OPOS=72071045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:35:48:0:0:35:48:0:0 chr12 72164395 . C T 255.87 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.000917311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1012;QD=15.9918;RBI=0.00307433;REFB=0.0060559;REVB=-0.00293429;RO=35;SAF=9;SAR=19;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198916;STB=0.618472;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00717481;OID=.;OPOS=72164395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:35:35:28:29:0.453125:19:9:18:17:20:9:18:17 chr12 72307616 . A G 696.24 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0458;QD=54.6071;RBI=0.022509;REFB=-0.136109;REVB=-0.0145289;RO=1;SAF=18;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254311;STB=0.513508;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00257073;OID=.;OPOS=72307616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:32:18:1:0:32:18:1:0 chr12 72312268 . G A 1624.25 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000654485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.696;QD=60.1574;RBI=0.00890675;REFB=0;REVB=0.00888268;RO=0;SAF=57;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04484e-05;OID=.;OPOS=72312268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:51:57:0:0:51:57:0:0 chr12 72314552 . T A 473.23 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0307999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.526;QD=23.961;RBI=0.0317406;REFB=0.00847919;REVB=0.00767041;RO=34;SAF=24;SAR=21;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902936;STB=0.549466;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00457646;OID=.;OPOS=72314552;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:34:45:45:0.56962:21:24:22:12:21:24:22:12 chr12 72416235 . A T 727.01 PASS AF=0.493421;AO=75;DP=152;FAO=75;FDP=152;FR=.;FRO=77;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=0.00122591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.599;QD=19.1318;RBI=0.0120101;REFB=-0.01029;REVB=0.0119474;RO=77;SAF=48;SAR=27;SRF=48;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164765;STB=0.509088;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0102639;OID=.;OPOS=72416235;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:77:77:75:75:0.493421:27:48:48:29:27:48:48:29 chr12 73058186 . G A 2815.74 PASS AF=1;AO=178;DP=181;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00183293;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.419;QD=62.9217;RBI=0.00261412;REFB=0;REVB=0.00186387;RO=0;SAF=98;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99997e-05;OID=.;OPOS=73058186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:179:0:0:178:179:1:80:98:0:0:80:99:0:0 chr12 74851233 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00694456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.262;QD=52.6127;RBI=0.0146313;REFB=0;REVB=0.0128782;RO=0;SAF=19;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19868e-05;OID=.;OPOS=74851233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:3:19:0:0:3:19:0:0 chr12 74932159 . G C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.786;QD=61.695;RBI=0.0334553;REFB=0;REVB=0.0289926;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22877e-05;OID=.;OPOS=74932159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:47:35:0:0:47:35:0:0 chr12 74932327 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.008366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=408.127;QD=53.9112;RBI=0.00901408;REFB=0;REVB=-0.00335614;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14774e-05;OID=.;OPOS=74932327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr12 74932565 . T C 1018.11 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0235279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7971;QD=56.5619;RBI=0.0237478;REFB=-0.0465642;REVB=-0.00322412;RO=2;SAF=32;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00226602;STB=0.501199;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00126551;OID=.;OPOS=74932565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:38:32:1:1:38:32:1:1 chr12 74933166 . G A 1540.13 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0226276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.336;QD=61.6052;RBI=0.034686;REFB=-0.0789126;REVB=0.026289;RO=2;SAF=37;SAR=61;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249443;STB=0.513155;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00250889;OID=.;OPOS=74933166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:61:37:2:0:61:37:2:0 chr12 74934634 . G A 543.11 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00729351;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.353;QD=60.3454;RBI=0.0525029;REFB=0;REVB=0.0519938;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255686;OID=.;OPOS=74934634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr12 74934637 . T C 461.71 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00392352;FXX=0.0270197;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.734;QD=51.3009;RBI=0.0078319;REFB=-0.128256;REVB=0.00677825;RO=2;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621641;STB=0.548358;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00162679;OID=.;OPOS=74934637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:2:3:33:33:0.916667:14:19:0:2:14:19:0:3 chr12 74934909 . AGTGTGTGTGTGTGTGTA AGTGTGTGTA,AGTGTGTGTATGTGTGTG 536.69 PASS AF=0.972222,0.0277778;AO=31,3;DP=40;FAO=35,1;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222717,0.0602801;FXX=0.0526177;HRUN=1,1;LEN=8,9;MLLD=230.514,104.748;QD=59.6317;RBI=0.0382282,0.108455;REFB=0,0;REVB=0.0310704,-0.0901603;RO=0;SAF=16,0;SAR=15,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00020839,0.0169013;OID=.,.;OPOS=74934910,74934918;OREF=GTGTGTGT,GTGTGTGTA;OALT=-,ATGTGTGTG;OMAPALT=AGTGTGTGTA,AGTGTGTGTATGTGTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.972222,0.0277778:31,3:40:35,1:36:0:18,0:17,1:0:0:5:0:16,0:15,3:0:0 chr12 75710214 . A G 473.26 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.0325386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.969;QD=21.2702;RBI=0.0442127;REFB=0.00758969;REVB=0.0299332;RO=43;SAF=22;SAR=24;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211251;STB=0.616231;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00496488;OID=.;OPOS=75710214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:43:46:46:0.516854:24:22:31:12:24:22:31:12 chr12 75737595 . T C 470.64 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00664469;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.802;QD=19.8166;RBI=0.0483074;REFB=-0.0219573;REVB=0.0478482;RO=49;SAF=24;SAR=22;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863147;STB=0.547924;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0233461;OID=.;OPOS=75737595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:49:49:46:46:0.484211:22:24:21:28:22:24:21:28 chr12 75760742 . G A 2289.35 PASS AF=0.993421;AO=150;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0280874;FXX=0.0256394;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.1918;QD=60.2461;RBI=0.0281948;REFB=-0.0371641;REVB=0.00245834;RO=0;SAF=66;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502924;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00021433;OID=.;OPOS=75760742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:0:1:150:151:0.993421:84:66:0:0:85:66:0:1 chr12 75785100 . C T 787.25 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00938372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3301;QD=55.2454;RBI=0.034006;REFB=-0.16476;REVB=0.0326857;RO=1;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015982;STB=0.508472;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00249358;OID=.;OPOS=75785100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:29:27:0:1:29:27:0:1 chr12 75816814 . G GACA 724.63 PASS AF=0.75641;AO=57;DP=81;FAO=59;FDP=78;FR=.;FRO=19;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0127907;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=3;MLLD=262.279;QD=37.1606;RBI=0.0127973;REFB=-0.013401;REVB=0.000412951;RO=23;SAF=27;SAR=30;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118015;STB=0.546859;STBP=0.164;TYPE=ins;VARB=0.0031865;OID=.;OPOS=75816815;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=GACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75641:57:81:59:78:19:29:30:13:6:99:23:27:30:16:7 chr12 75893388 . T A 1572.96 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.194;QD=59.9222;RBI=0.0294063;REFB=0;REVB=0.0255279;RO=0;SAF=44;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50006e-05;OID=.;OPOS=75893388;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:61:44:0:0:61:44:0:0 chr12 75893404 . C A 1330.87 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326389;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6934;QD=62.629;RBI=0.036835;REFB=0;REVB=0.017074;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123896;OID=.;OPOS=75893404;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:0:0:85:85:1:46:39:0:0:46:39:0:0 chr12 76351726 . C G 171.0 PASS AF=0.45;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0421826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.735;QD=17.0997;RBI=0.0425172;REFB=0.00131478;REVB=0.00532406;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492737;STB=0.51469;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00155723;OID=.;OPOS=76351726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:22:17:18:0.45:7:10:14:8:7:11:14:8 chr12 76424937 . TTGCTGCTGCTGCTGC CTGTTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGG 325.41 PASS AF=0.28,0.68,0.04;AO=8,13,2;DP=24;FAO=7,17,1;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7,8,1;FSAR=0,9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185978,-0.00840206,-0.0130961;FXX=0;HRUN=2,1,1;LEN=4,3,1;MLLD=228.747,168.519,94.9043;QD=52.0649;RBI=0.0420644,0.0427965,0.0292145;REFB=0,0,0;REVB=0.0377297,0.0419636,-0.0261147;RO=0;SAF=7,6,1;SAR=1,7,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.78849e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0526931,0.0130509,0.015221;OID=.,.,.;OPOS=76424937,76424938,76424952;OREF=TTGC,TGC,C;OALT=CTGT,-,G;OMAPALT=CTGTTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:53:24:25:0:0:8,13,2:7,17,1:0.28,0.68,0.04:1,7,1:7,6,1:0:0:0,9,0:7,8,1:0:0 chr12 76426110 . GGA G 639.41 PASS AF=0.907692;AO=58;DP=64;FAO=59;FDP=65;FR=.;FRO=6;FSAF=45;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0381064;FXX=0.0298463;HRUN=2;LEN=2;MLLD=281.593;QD=39.3483;RBI=0.0382849;REFB=-0.0101848;REVB=0.00369221;RO=0;SAF=44;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.551753;STBP=0.028;TYPE=del;VARB=0.00117013;OID=.;OPOS=76426111;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.907692:58:64:59:65:6:45:14:2:4:10:0:44:14:0:0 chr12 76427238 . G A 49.73 PASS AF=0.177778;AO=7;DP=44;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=-0.00590734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4601;QD=4.42041;RBI=0.0136531;REFB=-0.00924977;REVB=-0.012309;RO=37;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995254;STB=0.571265;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0270725;OID=.;OPOS=76427238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:45:37:37:7:8:0.177778:6:1:7:30:6:2:7:30 chr12 76427547 . C CTTAAT 197.58 PASS AF=1;AO=15;DP=23;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00106902;FXX=0.157812;HRUN=2;LEN=5;MLLD=277.555;QD=49.3953;RBI=0.0029674;REFB=0;REVB=-0.00276815;RO=7;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178961;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000411515;OID=.;OPOS=76427548;OREF=-;OALT=TTAAT;OMAPALT=CTTAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:23:16:16:0:7:9:0:0:3:7:6:9:5:2 chr12 76449900 . T C 793.63 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0185396;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=52.4988;QD=54.7329;RBI=0.0593861;REFB=-0.0917068;REVB=-0.056418;RO=1;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145081;STB=0.50769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00192943;OID=.;OPOS=76449900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:1:1:56:57:0.982759:32:24:0:1:32:25:0:1 chr12 76453966 . G A 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00411338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7846;QD=60.3763;RBI=0.0320431;REFB=0;REVB=-0.031778;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224963;OID=.;OPOS=76453966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr12 76709606 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000377974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.165;QD=60.5473;RBI=0.0213693;REFB=0;REVB=0.021366;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47784e-05;OID=.;OPOS=76709606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:31:44:0:0:31:44:0:0 chr12 76709610 . T C 1164.15 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311928;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.128;QD=60.4756;RBI=0.0329002;REFB=0;REVB=0.0104609;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75846e-05;OID=.;OPOS=76709610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:31:45:0:0:32:45:0:0 chr12 76740220 . A G 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0164487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.545;QD=15.1662;RBI=0.0171602;REFB=-0.00963226;REVB=-0.00488996;RO=30;SAF=8;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220843;STB=0.625932;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00912293;OID=.;OPOS=76740220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:15:8:17:13:15:8:17:13 chr12 77256681 . T G 261.64 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0357486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4967;QD=17.1566;RBI=0.0694421;REFB=0.00376857;REVB=0.0595336;RO=32;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106531;STB=0.559778;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00176348;OID=.;OPOS=77256681;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:16:13:18:14:16:13:18:14 chr12 77417509 . G T 625.46 PASS AF=0.617978;AO=55;DP=90;FAO=55;FDP=89;FR=.;FRO=34;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0130149;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.339;QD=28.1108;RBI=0.0224286;REFB=-0.0172227;REVB=-0.0182661;RO=31;SAF=39;SAR=16;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000472072;STB=0.528036;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00799424;OID=.;OPOS=77417509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:31:34:55:55:0.617978:16:39:22:9:16:39:22:12 chr12 77423757 . C A 231.97 PASS AF=0.394366;AO=27;DP=70;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0163763;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.502;QD=13.0688;RBI=0.0245567;REFB=-0.0116273;REVB=-0.0182989;RO=43;SAF=8;SAR=19;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219822;STB=0.60695;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0116611;OID=.;OPOS=77423757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:43:43:27:28:0.394366:19:8:21:22:19:9:21:22 chr12 77438436 . T C 479.74 PASS AF=0.292857;AO=40;DP=139;FAO=41;FDP=140;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.000911327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.13;QD=13.7069;RBI=0.0704095;REFB=-0.0121609;REVB=0.0704036;RO=64;SAF=32;SAR=8;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294412;STB=0.681744;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0112922;OID=.;OPOS=77438436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:64:76:40:41:0.292857:8:32:37:27:9:32:41:35 chr12 77449790 . A G 2335.99 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=156;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00531358;FXX=0.00640985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.283;QD=60.2837;RBI=0.00634591;REFB=-0.00535108;REVB=0.00346936;RO=0;SAF=79;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503311;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-1.57834e-06;OID=.;OPOS=77449790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:155:0:1:154:154:0.993548:75:79:0:0:75:79:0:1 chr12 78225374 . A G 1385.56 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0272493;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.481;QD=61.5804;RBI=0.0324176;REFB=-0.0700928;REVB=-0.0175606;RO=1;SAF=49;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957431;STB=0.505049;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-1.00512e-05;OID=.;OPOS=78225374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:90:1:1:89:89:0.988889:40:49:1:0:40:49:1:0 chr12 78530979 . G A 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00244667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.383;QD=61.6808;RBI=0.0219897;REFB=0;REVB=0.0218531;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88167e-05;OID=.;OPOS=78530979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr12 78542699 . T C 314.08 PASS AF=0.961538;AO=23;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.034769;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.37;QD=48.3201;RBI=0.0350611;REFB=-0.0875711;REVB=0.00451637;RO=2;SAF=7;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336139;STB=0.514274;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00783923;OID=.;OPOS=78542699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:26:26:2:1:23:25:0.961538:16:7:1:1:17:8:0:1 chr12 78598891 . G A 1231.45 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0259855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.312;QD=60.0709;RBI=0.0424948;REFB=0.149495;REVB=-0.0336238;RO=1;SAF=33;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014132;STB=0.507461;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.000589345;OID=.;OPOS=78598891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:48:33:1:0:48:33:1:0 chr12 79685912 . TC CA,TA 598.98 PASS AF=0.0487805,0.95122;AO=2,38;DP=41;FAO=2,39;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=2,21;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102338,0.0243602;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=55.9973,99.134;QD=58.4373;RBI=0.0406955,0.0342616;REFB=0,0;REVB=0.0393878,0.0240923;RO=0;SAF=2,21;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.53998e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0232183,0.00233895;OID=.,.;OPOS=79685912,79685913;OREF=TC,C;OALT=CA,A;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:41:41:0:0:2,38:2,39:0.0487805,0.95122:0,17:2,21:0:0:0,18:2,21:0:0 chr12 80014907 . A T 469.15 PASS AF=0.401515;AO=53;DP=132;FAO=53;FDP=132;FR=.;FRO=79;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-8.76431e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.313;QD=14.2166;RBI=0.00701413;REFB=-0.00485785;REVB=-0.00701358;RO=79;SAF=29;SAR=24;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568904;STB=0.532098;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00728227;OID=.;OPOS=80014907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:79:79:53:53:0.401515:24:29:39:40:24:29:39:40 chr12 80658878 . C T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0205567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.455;QD=10.0739;RBI=0.0327115;REFB=-0.0128371;REVB=-0.0254453;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212868;STB=0.631226;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0316981;OID=.;OPOS=80658878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:2:6:8:6:2:6:8:6 chr12 80712420 . G A 1844.56 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180979;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.581;QD=61.4852;RBI=0.0199483;REFB=0;REVB=-0.0083904;RO=0;SAF=56;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41259e-05;OID=.;OPOS=80712420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:64:56:0:0:64:56:0:0 chr12 80730561 . CTTTTTTTTTTTC CTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTT,TCTTTTTTTTTTC,TCTTTTTTTTTTT 202.72 PASS AF=0,0.733333,0.253333,0.0133333,0;AO=12,17,5,3,3;DP=75;FAO=0,55,19,1,0;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31,15,1,0;FSAR=0,24,4,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878132,0.196268,-0.137809,0.191451,0.00996546;FXX=0.0259707;HRUN=11,11,2,1,1;LEN=2,1,1,2,13;MLLD=8.53309,4.34583,19.5736,14.5891,25.957;QD=10.8118;RBI=0.196746,0.420775,0.145643,0.21981,0.0684978;REFB=0.135293,0.142366,-0.0808186,0.113775,0.0213799;REVB=-0.176062,-0.372197,0.0471234,-0.107996,-0.067769;RO=16;SAF=7,9,3,2,3;SAR=5,8,2,1,0;SRF=13;SRR=3;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.245241,-0.249604,-0.28301,-0.210722,0.524001;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,mnp,mnp;VARB=0,0.123338,0.406602,-0.0448769,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=80730562,80730562,80730573,80730561,80730561;OREF=TT,T,C,CT,CTTTTTTTTTTTC;OALT=-,-,T,TC,TCTTTTTTTTTTT;OMAPALT=CTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTT,TCTTTTTTTTTTC,TCTTTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:85:75:75:16:0:12,17,5,3,3:0,55,19,1,0:0,0.733333,0.253333,0.0133333,0:5,8,2,1,0:7,9,3,2,3:13:3:0,24,4,0,0:0,31,15,1,0:0:0 chr12 80735771 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.931;QD=63.8719;RBI=0.0187162;REFB=0;REVB=0.00900882;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50645e-05;OID=.;OPOS=80735771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr12 80737521 . C T 1107.17 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0190618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.501;QD=57.5152;RBI=0.0190723;REFB=-0.0731059;REVB=-0.000635316;RO=2;SAF=48;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193062;STB=0.510201;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00046547;OID=.;OPOS=80737521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:27:48:2:0:27:48:2:0 chr12 80746218 . T C 188.66 PASS AF=0.301205;AO=25;DP=83;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0573413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3643;QD=9.09197;RBI=0.0610316;REFB=-0.00513515;REVB=0.0209005;RO=58;SAF=9;SAR=16;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207908;STB=0.623075;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0149961;OID=.;OPOS=80746218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:58:58:25:25:0.301205:16:9:31:27:16:9:31:27 chr12 80747242 . A G 1015.75 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0889613;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3875;QD=58.0429;RBI=0.0892227;REFB=-0.0719323;REVB=0.00682511;RO=1;SAF=20;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230456;STB=0.512192;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000937294;OID=.;OPOS=80747242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:70:1:1:69:69:0.985714:49:20:1:0:49:20:1:0 chr12 80752660 . A G 1511.83 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459473;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.038;QD=59.8745;RBI=0.0461346;REFB=0;REVB=0.00415286;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123837;OID=.;OPOS=80752660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:49:52:0:0:49:52:0:0 chr12 80761430 . G A 1424.75 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678353;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.998;QD=63.3222;RBI=0.0112622;REFB=0;REVB=-0.00899005;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151884;OID=.;OPOS=80761430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:42:48:0:0:42:48:0:0 chr12 80761465 . G A 1268.56 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00180217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.0535;QD=60.4075;RBI=0.0441314;REFB=-0.0613028;REVB=-0.0440946;RO=1;SAF=38;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123005;STB=0.506492;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.000325749;OID=.;OPOS=80761465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:45:38:1:0:45:38:1:0 chr12 80765800 . A G 1549.25 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.074;QD=63.8868;RBI=0.0239915;REFB=0;REVB=0.0054188;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60945e-05;OID=.;OPOS=80765800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:53:44:0:0:53:44:0:0 chr12 80771813 . G A 1086.78 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00489681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.157;QD=58.7447;RBI=0.00618143;REFB=-0.14623;REVB=0.00377245;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432086;OID=.;OPOS=80771813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:74:74:0:0:73:74:1:30:43:0:0:30:44:0:0 chr12 80816492 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00175736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2596;QD=60.9782;RBI=0.00894887;REFB=0;REVB=0.00877462;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112039;OID=.;OPOS=80816492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr12 80818876 . A G 2849.11 PASS AF=0.989189;AO=182;DP=184;FAO=183;FDP=185;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0534263;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.6311;QD=61.6023;RBI=0.0543252;REFB=-0.13963;REVB=-0.00984165;RO=1;SAF=96;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493378;STB=0.500266;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000682887;OID=.;OPOS=80818876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:184:185:1:2:182:183:0.989189:86:96:1:0:87:96:1:1 chr12 81329536 . A C 505.35 PASS AF=0.49;AO=48;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0392239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7089;QD=20.2138;RBI=0.0943042;REFB=-0.00447599;REVB=0.08576;RO=51;SAF=20;SAR=28;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873695;STB=0.54177;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00427666;OID=.;OPOS=81329536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:48:49:0.49:28:20:26:25:28:21:26:25 chr12 82617454 . T G 351.17 PASS AF=0.388889;AO=41;DP=108;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.0163047;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.947;QD=13.0064;RBI=0.0291893;REFB=-0.0294959;REVB=0.024211;RO=67;SAF=25;SAR=16;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646428;STB=0.537172;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0393624;OID=.;OPOS=82617454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:67:66:41:42:0.388889:16:25:37:30:16:26:37:29 chr12 82783668 . C T 867.59 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.154;QD=57.8392;RBI=0.0349634;REFB=0;REVB=-0.0311648;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.39776e-05;OID=.;OPOS=82783668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:32:27:0:0:32:28:0:0 chr12 82792787 . C A 901.45 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.983;QD=58.158;RBI=0.014278;REFB=0;REVB=0.0108244;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64019e-05;OID=.;OPOS=82792787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:58:62:1:29:29:0:0:29:33:0:0 chr12 83415669 . G A 257.65 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0263304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.1465;QD=30.312;RBI=0.110223;REFB=0.0212035;REVB=-0.107032;RO=11;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139706;STB=0.507686;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.0138116;OID=.;OPOS=83415669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:11:11:23:23:0.676471:11:12:6:5:11:12:6:5 chr12 83415719 . G C 163.75 PASS AF=0.367347;AO=11;DP=48;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0140086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.806;QD=13.367;RBI=0.0387169;REFB=0.00927457;REVB=-0.0360937;RO=27;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181336;STB=0.670007;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0168368;OID=.;OPOS=83415719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:31:11:18:0.367347:7:4:14:13:14:4:14:17 chr12 83526090 . C T 105.06 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0272157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3865;QD=6.4652;RBI=0.0444093;REFB=-0.00886032;REVB=0.0350925;RO=49;SAF=3;SAR=13;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386184;STB=0.742524;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0412502;OID=.;OPOS=83526090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:49:49:16:16:0.246154:13:3:23:26:13:3:23:26 chr12 85277822 . G A 209.73 PASS AF=0.235294;AO=32;DP=136;FAO=32;FDP=136;FR=.;FRO=104;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=60;FWDB=-0.0724465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.144;QD=6.16845;RBI=0.0728486;REFB=-0.000121383;REVB=0.00764354;RO=103;SAF=13;SAR=19;SRF=43;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014529;STB=0.513262;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=9.69676e-05;OID=.;OPOS=85277822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:103:104:32:32:0.235294:19:13:43:60:19:13:44:60 chr12 85432040 . T A 539.75 PASS AF=0.449612;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=129;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.0144886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0137;QD=16.7364;RBI=0.0668757;REFB=-0.00735893;REVB=-0.0652874;RO=71;SAF=37;SAR=21;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240889;STB=0.634296;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0112518;OID=.;OPOS=85432040;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:71:71:58:58:0.449612:21:37:28:43:21:37:28:43 chr12 85438499 . G A 327.63 PASS AF=0.323077;AO=42;DP=130;FAO=42;FDP=130;FR=.;FRO=88;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=-0.0266128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.535;QD=10.0809;RBI=0.0266139;REFB=-0.00711837;REVB=-0.000243111;RO=88;SAF=21;SAR=21;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397961;STB=0.523066;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0143313;OID=.;OPOS=85438499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:88:88:42:42:0.323077:21:21:47:41:21:21:47:41 chr12 85449465 . T A 427.63 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0318875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.671;QD=51.8344;RBI=0.0322761;REFB=-0.0210621;REVB=0.00499308;RO=2;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423883;STB=0.522713;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00049836;OID=.;OPOS=85449465;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:21:10:0:2:21:10:0:2 chr12 85466723 . G A 348.66 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0103211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.049;QD=17.4331;RBI=0.011408;REFB=-0.00400318;REVB=0.00485975;RO=43;SAF=16;SAR=21;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186029;STB=0.603958;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00516285;OID=.;OPOS=85466723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:21:16:27:16:21:16:27:16 chr12 88440676 . G C 476.74 PASS AF=0.414062;AO=53;DP=130;FAO=53;FDP=128;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.00306474;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.323;QD=14.8981;RBI=0.00782363;REFB=-0.0100335;REVB=-0.00719837;RO=74;SAF=28;SAR=25;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573273;STB=0.543833;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0230514;OID=.;OPOS=88440676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:74:75:53:53:0.414062:25:28:35:39:25:28:34:41 chr12 88487641 . C T 249.67 PASS AF=0.297297;AO=32;DP=115;FAO=33;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=-0.0394135;FXX=0.0347796;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.049;QD=8.99707;RBI=0.0431338;REFB=-0.0269696;REVB=-0.0175244;RO=51;SAF=20;SAR=12;SRF=11;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420136;STB=0.636233;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0324952;OID=.;OPOS=88487641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:111:51:76:32:33:0.297297:12:20:11:40:13:20:31:45 chr12 88500847 . T C 438.82 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0150618;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.2092;QD=17.379;RBI=0.0563239;REFB=-0.0199381;REVB=0.0542726;RO=53;SAF=25;SAR=22;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145921;STB=0.50275;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0206326;OID=.;OPOS=88500847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:54:47:47:0.465347:22:25:29:24:22:25:29:25 chr12 88505078 . T C 746.83 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00495454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6371;QD=63.5601;RBI=0.0632112;REFB=0;REVB=0.0630168;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000952486;OID=.;OPOS=88505078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr12 88508258 . T C 466.35 PASS AF=0.523256;AO=44;DP=85;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.00835137;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.923;QD=21.6909;RBI=0.0268931;REFB=-0.0249123;REVB=0.0255635;RO=41;SAF=20;SAR=24;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122732;STB=0.562307;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.022768;OID=.;OPOS=88508258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:41:41:44:45:0.523256:24:20:13:28:25:20:13:28 chr12 88533318 . C T 1120.62 PASS AF=0.487069;AO=112;DP=231;FAO=113;FDP=232;FR=.;FRO=119;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=49;FSRR=70;FWDB=0.0297455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.478;QD=19.321;RBI=0.0307789;REFB=-0.018444;REVB=0.00790871;RO=118;SAF=57;SAR=55;SRF=48;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951591;STB=0.547484;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0174076;OID=.;OPOS=88533318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:232:118:119:112:113:0.487069:55:57:48:70:56:57:49:70 chr12 88547277 . T C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.191;QD=60.2042;RBI=0.0324876;REFB=0;REVB=0.0118112;RO=0;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160151;OID=.;OPOS=88547277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:46:27:0:0:46:27:0:0 chr12 89741992 . TCA T 246.54 PASS AF=0.326531;AO=31;DP=103;FAO=32;FDP=98;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.0188082;FXX=0.048539;HRUN=1;LEN=2;MLLD=186.892;QD=10.0628;RBI=0.0303672;REFB=-0.0242525;REVB=-0.0238415;RO=64;SAF=20;SAR=11;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252086;STB=0.525714;STBP=0.733;TYPE=del;VARB=0.0451356;OID=.;OPOS=89741993;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326531:31:103:32:98:66:21:11:41:25:99:64:20:11:40:24 chr12 89743223 . G A 1877.66 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.513;QD=61.5626;RBI=0.00528735;REFB=0;REVB=-0.0040977;RO=0;SAF=44;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69957e-06;OID=.;OPOS=89743223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:78:44:0:0:78:44:0:0 chr12 89853408 . G A 518.91 PASS AF=0.459016;AO=50;DP=115;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.000764331;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.333;QD=17.0135;RBI=0.0168532;REFB=-0.0171294;REVB=-0.0168358;RO=63;SAF=33;SAR=17;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111027;STB=0.581305;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.018278;OID=.;OPOS=89853408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:122:63:66:50:56:0.459016:17:33:35:28:17:39:37:29 chr12 89917518 . A G 368.59 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.089944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.804;QD=19.3992;RBI=0.0927645;REFB=0.00164764;REVB=-0.0227011;RO=37;SAF=26;SAR=12;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321051;STB=0.672635;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00070345;OID=.;OPOS=89917518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:38:38:38:0.5:12:26:12:25:12:26:13:25 chr12 91348786 . G T 395.99 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.000207436;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.59;QD=20.3071;RBI=0.00526525;REFB=-0.0207816;REVB=-0.00526116;RO=38;SAF=28;SAR=12;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946311;STB=0.552604;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0174189;OID=.;OPOS=91348786;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:12:28:23:15:12:28:23:15 chr12 91365684 . G A 202.71 PASS AF=0.273585;AO=29;DP=106;FAO=29;FDP=106;FR=.;FRO=77;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.00250913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.291;QD=7.64927;RBI=0.00252089;REFB=-0.00529657;REVB=-0.000243246;RO=77;SAF=4;SAR=25;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440828;STB=0.769975;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0245338;OID=.;OPOS=91365684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:77:77:29:29:0.273585:25:4:33:44:25:4:33:44 chr12 91449984 . C T 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0325721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4824;QD=13.9481;RBI=0.0347453;REFB=0.0367931;REVB=0.0120952;RO=27;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216111;STB=0.625866;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.054319;OID=.;OPOS=91449984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:6:11:12:15:6:11:12:15 chr12 91449990 . C T 292.75 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0176608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.423;QD=27.2322;RBI=0.0200692;REFB=-0.0124663;REVB=0.00953246;RO=17;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132091;STB=0.572898;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00702661;OID=.;OPOS=91449990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:14:12:11:6:14:12:11:6 chr12 92387152 . C A 169.52 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00157568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0019;QD=10.5952;RBI=0.00416147;REFB=-4.1936e-05;REVB=0.00385163;RO=40;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899686;STB=0.533111;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=5.76209e-05;OID=.;OPOS=92387152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:42:22:22:0.34375:12:10:15:25:12:10:17:25 chr12 92818482 . C T 77.64 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0459148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3912;QD=13.5031;RBI=0.0669587;REFB=-0.00644411;REVB=0.0487371;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170018;STB=0.521696;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0310863;OID=.;OPOS=92818482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:12:13:10:10:0.434783:4:6:5:7:5:5:6:7 chr12 92818786 . A G 635.59 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00802499;FXX=0.0238039;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.805;QD=62.0084;RBI=0.00865497;REFB=0;REVB=-0.00324161;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98118e-05;OID=.;OPOS=92818786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr12 92818999 . G T 146.62 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0414262;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.604;QD=15.8503;RBI=0.0435562;REFB=-0.0188;REVB=0.0134542;RO=22;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217585;STB=0.646853;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0170895;OID=.;OPOS=92818999;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:21:15:16:0.432432:12:3:8:14:13:3:8:13 chr12 92819139 . A C 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2167;QD=50.4099;RBI=0.0474648;REFB=0;REVB=0.0180368;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218821;OID=.;OPOS=92819139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr12 92819466 . C T 333.05 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.00230692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.581;QD=14.0232;RBI=0.0170585;REFB=0.00890532;REVB=0.0169018;RO=58;SAF=20;SAR=17;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495683;STB=0.528178;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.0158407;OID=.;OPOS=92819466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:58:37:37:0.389474:17:20:34:24:17:20:34:24 chr12 92819699 . A G 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0601216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.564;QD=21.3527;RBI=0.0601606;REFB=-0.0380589;REVB=-0.00216794;RO=9;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749681;STB=0.54231;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0191079;OID=.;OPOS=92819699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:9:4:2:7:9:4:2:7 chr12 92821860 . CT C,CC 748.01 PASS AF=0.503546,0.0283688;AO=68,7;DP=141;FAO=71,4;FDP=141;FR=.;FRO=66;FSAF=30,3;FSAR=41,1;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0107869,-0.00291921;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.7587,98.7155;QD=21.22;RBI=0.0123255,0.0176552;REFB=-0.00820181,-0.00386325;REVB=-0.00596314,-0.0174122;RO=65;SAF=28,5;SAR=40,2;SRF=31;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0589869,0.270786;STB=0.523106,0.759285;STBP=0.614,0.364;TYPE=del,snp;VARB=0.00577012,0.0121214;OID=.,.;OPOS=92821861,92821861;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.503546,0.0283688:68,7:141:71,4:141:66:30,3:41,1:31:35:99:65:28,5:40,2:31:34 chr12 92822903 . G C 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0796288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.881;QD=19.0178;RBI=0.0796691;REFB=-0.00629041;REVB=-0.00253445;RO=14;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926745;STB=0.552999;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00529065;OID=.;OPOS=92822903;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:11:4:5:9:11:4:5:9 chr12 93102295 . G A 1722.04 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0471921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1683;QD=60.4225;RBI=0.0887107;REFB=0;REVB=-0.0751165;RO=0;SAF=53;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000573095;OID=.;OPOS=93102295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:113:114:1:60:53:0:0:60:54:0:0 chr12 93147907 . A T 2259.33 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643091;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.395;QD=63.643;RBI=0.0781205;REFB=0;REVB=0.0443526;RO=0;SAF=63;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232327;OID=.;OPOS=93147907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:79:63:0:0:79:63:0:0 chr12 93150102 . T C 1047.96 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292786;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.214;QD=59.8836;RBI=0.0301972;REFB=0;REVB=0.00739139;RO=0;SAF=53;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012442;OID=.;OPOS=93150102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:17:53:0:0:17:53:0:0 chr12 93155535 . G A 505.79 PASS AF=0.521277;AO=48;DP=93;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00476271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.508;QD=21.5228;RBI=0.0153289;REFB=-0.0188475;REVB=0.0145702;RO=45;SAF=22;SAR=26;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463411;STB=0.519992;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0135106;OID=.;OPOS=93155535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:45:45:48:49:0.521277:26:22:23:22:26:23:23:22 chr12 93166538 . A G 1823.91 PASS AF=0.968254;AO=122;DP=126;FAO=122;FDP=126;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=72;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0050855;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.3;QD=57.902;RBI=0.0152251;REFB=-0.175492;REVB=0.0143506;RO=4;SAF=50;SAR=72;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210988;STB=0.511115;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000371286;OID=.;OPOS=93166538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:126:126:4:4:122:122:0.968254:72:50:3:1:72:50:3:1 chr12 93196422 . T G 628.78 PASS AF=0.924528;AO=50;DP=55;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00816574;FXX=0.036357;HRUN=9;LEN=1;MLLD=285.141;QD=47.455;RBI=0.0157452;REFB=-0.124311;REVB=-0.0134623;RO=2;SAF=31;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00918946;STB=0.528411;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000510677;OID=.;OPOS=93196422;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:55:53:2:4:50:49:0.924528:19:31:1:1:19:30:1:3 chr12 93202801 . C T 757.33 PASS AF=0.523179;AO=72;DP=144;FAO=79;FDP=151;FR=.;FRO=72;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.00480717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.335;QD=20.0617;RBI=0.0202267;REFB=-0.0138262;REVB=0.0196472;RO=71;SAF=43;SAR=29;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573354;STB=0.51405;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0152065;OID=.;OPOS=93202801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:151:71:72:72:79:0.523179:29:43:38:33:35:44:38:34 chr12 93692934 . G A 722.91 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.916;QD=62.8615;RBI=0.00581161;REFB=0;REVB=0.00448547;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64469e-05;OID=.;OPOS=93692934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:24:21:0:0:24:22:0:0 chr12 93803400 . CAAAAAA CAAAAA,CAAAAAG 31.59 PASS AF=0.162162,0.0540541;AO=6,2;DP=40;FAO=6,2;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=2,1;FSAR=4,1;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.177825,0.21001;FXX=0.0749813;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=13.6836,22.3085;QD=3.41537;RBI=0.239005,0.253871;REFB=-0.0304239,-0.0168073;REVB=-0.159692,-0.14264;RO=17;SAF=2,1;SAR=4,1;SRF=6;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0247213,0.150121;STB=0.571184,0.579866;STBP=0.788,0.843;TYPE=del,snp;VARB=0.0364824,0.0245874;OID=.,.;OPOS=93803401,93803406;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CAAAAA,CAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.162162,0.0540541:6,2:40:6,2:37:29:2,1:4,1:12:17:23:17:2,1:4,1:6:11 chr12 94243853 . C T 340.24 PASS AF=0.5;AO=32;DP=68;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.00442553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.182;QD=18.9023;RBI=0.0377973;REFB=-0.0289596;REVB=0.0375373;RO=35;SAF=19;SAR=13;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908605;STB=0.58433;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0230627;OID=.;OPOS=94243853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:35:36:32:36:0.5:13:19:24:11:17:19:25:11 chr12 94543506 . C T 253.3 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0111341;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.478;QD=14.6843;RBI=0.0127024;REFB=-0.0172287;REVB=0.00611422;RO=37;SAF=7;SAR=22;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249413;STB=0.655097;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0480494;OID=.;OPOS=94543506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:37:40:29:29:0.42029:22:7:17:20:22:7:19:21 chr12 94645255 . A G 1859.38 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.357;QD=61.4671;RBI=0.0219948;REFB=0;REVB=-0.00607672;RO=0;SAF=51;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31273e-06;OID=.;OPOS=94645255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:70:51:0:0:70:51:0:0 chr12 94671743 . G C 1466.1 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0296544;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.379;QD=61.0876;RBI=0.0325042;REFB=-0.0343987;REVB=0.0133094;RO=2;SAF=43;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0016925;STB=0.500893;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00139359;OID=.;OPOS=94671743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:2:2:94:94:0.979167:51:43:1:1:51:43:1:1 chr12 94673509 . GCCCCCA GCCCCA,GCCCCAT 59.61 PASS AF=0.32,0.08;AO=9,2;DP=26;FAO=8,2;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4,0;FSAR=4,2;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0948782,-0.011063;FXX=0.0384468;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=15.2958,156.906;QD=9.53828;RBI=0.119409,0.0217067;REFB=0.0398661,0.0111375;REVB=-0.0725028,-0.018676;RO=11;SAF=4,0;SAR=5,2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0.365854,0;SSSB=-0.259257,-0.663928;STB=0.651828,0.996481;STBP=0.317,0.054;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0903051,0.094469;OID=.,.;OPOS=94673510,94673514;OREF=C,CA;OALT=-,AT;OMAPALT=GCCCCA,GCCCCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32,0.08:9,2:26:8,2:25:15:4,0:4,2:11:4:47:11:4,0:5,2:8:3 chr12 94694697 . G A 101.47 PASS AF=0.193182;AO=17;DP=88;FAO=17;FDP=88;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=24;FWDB=-0.0140964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.282;QD=4.61231;RBI=0.0189536;REFB=-0.000606733;REVB=-0.0126701;RO=71;SAF=7;SAR=10;SRF=47;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308573;STB=0.693879;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00492549;OID=.;OPOS=94694697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:71:71:17:17:0.193182:10:7:47:24:10:7:47:24 chr12 94694743 . T C 261.08 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.000114516;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.885;QD=12.0034;RBI=0.0100174;REFB=0.00386828;REVB=0.0100167;RO=55;SAF=18;SAR=13;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858536;STB=0.5538;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00561211;OID=.;OPOS=94694743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:55:56:31:31:0.356322:13:18:36:19:13:18:37:19 chr12 94769758 . A G 1326.59 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216113;FXX=0.0229859;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.383;QD=62.4276;RBI=0.0232985;REFB=0;REVB=-0.00870488;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50871e-06;OID=.;OPOS=94769758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:0:0:85:85:1:38:47:0:0:38:47:0:0 chr12 94909304 . A G 437.46 PASS AF=1;AO=22;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0916;QD=56.4468;RBI=0.111018;REFB=0;REVB=0.0284756;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0050839;OID=.;OPOS=94909304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:22:31:1:14:8:0:0:17:14:0:0 chr12 94955644 . G T 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00347509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7587;QD=59.1429;RBI=0.00409301;REFB=0;REVB=-0.00216252;RO=0;SAF=46;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.60145e-05;OID=.;OPOS=94955644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:21:46:0:0:21:46:0:0 chr12 94975799 . G A 553.18 PASS AF=0.573034;AO=51;DP=89;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0114169;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.226;QD=24.8618;RBI=0.0130167;REFB=0.00665819;REVB=-0.00625213;RO=38;SAF=27;SAR=24;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181912;STB=0.501557;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.00507923;OID=.;OPOS=94975799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:38:38:51:51:0.573034:24:27:21:17:23:28:21:17 chr12 94976084 . T C 590.32 PASS AF=0.531532;AO=61;DP=113;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.029088;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.66;QD=21.2728;RBI=0.0316684;REFB=-0.023747;REVB=-0.0125211;RO=52;SAF=30;SAR=31;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254001;STB=0.514054;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0230715;OID=.;OPOS=94976084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:52:52:61:59:0.531532:31:30:24:28:30:29:24:28 chr12 94976086 . C T 342.68 PASS AF=0.368421;AO=42;DP=114;FAO=42;FDP=114;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.00172801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.379;QD=12.0238;RBI=0.0100161;REFB=-0.00351787;REVB=-0.00986594;RO=72;SAF=26;SAR=16;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251737;STB=0.643497;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00506854;OID=.;OPOS=94976086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:72:72:42:42:0.368421:16:26:28:44:16:26:28:44 chr12 94976159 . T C 231.26 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0123305;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.044;QD=16.5189;RBI=0.0153167;REFB=0.00707517;REVB=0.00908618;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451535;STB=0.515224;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.00746577;OID=.;OPOS=94976159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:29:30:26:26:0.464286:14:12:12:17:14:12:13:17 chr12 95228286 . G C 442.03 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0126893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.537;QD=19.8663;RBI=0.0144561;REFB=-0.00998228;REVB=0.00692535;RO=45;SAF=21;SAR=23;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913522;STB=0.550665;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00984893;OID=.;OPOS=95228286;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:23:21:26:19:23:21:26:19 chr12 95470600 . A ATCTT 544.07 PASS AF=0.461538;AO=53;DP=137;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0029609;FXX=0.0298485;HRUN=1;LEN=4;MLLD=268.065;QD=16.7406;RBI=0.00470341;REFB=-0.0197062;REVB=-0.00365448;RO=77;SAF=20;SAR=33;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979586;STB=0.576587;STBP=0.134;TYPE=ins;VARB=0.0228001;OID=.;OPOS=95470601;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=ATCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:53:137:60:130:70:21:39:34:36:99:77:20:33:36:41 chr12 95475220 . A G 92.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.014881;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.246;QD=8.3734;RBI=0.0230616;REFB=-0.00487953;REVB=-0.0176179;RO=28;SAF=9;SAR=3;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343282;STB=0.713915;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0171906;OID=.;OPOS=95475220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:45:44:28:32:12:12:0.272727:3:9:13:15:3:9:15:17 chr12 95478353 . C T 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0121145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.809;QD=19.6971;RBI=0.0245447;REFB=-0.00572797;REVB=-0.0213466;RO=21;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332938;STB=0.676756;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00278423;OID=.;OPOS=95478353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:14:7:15:6:14:7:15:7 chr12 95500727 . C G 135.01 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0347895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0179;QD=16.8762;RBI=0.0732551;REFB=-0.0198663;REVB=0.0644671;RO=17;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21177;STB=0.622468;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0278029;OID=.;OPOS=95500727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:11:4:8:9:11:4:8:9 chr12 95681554 . C T 416.0 PASS AF=0.446602;AO=45;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0213378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.695;QD=16.1555;RBI=0.0213383;REFB=0.00883748;REVB=-0.000147095;RO=57;SAF=20;SAR=25;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11638;STB=0.55787;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00883733;OID=.;OPOS=95681554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:45:46:0.446602:25:20:32:25:25:21:32:25 chr12 95694394 . G A 837.06 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0145375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.482;QD=55.8043;RBI=0.0176151;REFB=-0.0286573;REVB=-0.00994745;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.509431;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=6.37092e-05;OID=.;OPOS=95694394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:33:26:0:0:33:26:1:0 chr12 95906603 . C A 459.61 PASS AF=0.55;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0188269;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.363;QD=22.9805;RBI=0.0280403;REFB=-0.0131158;REVB=-0.02078;RO=36;SAF=21;SAR=23;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865384;STB=0.547598;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00964588;OID=.;OPOS=95906603;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:36:36:44:44:0.55:23:21:21:15:23:21:21:15 chr12 95927762 . T C 1357.51 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0831249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7423;QD=59.0222;RBI=0.0965804;REFB=-0.130861;REVB=0.0491735;RO=3;SAF=33;SAR=56;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411483;STB=0.521734;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00391499;OID=.;OPOS=95927762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:92:3:3:89:89:0.967391:56:33:3:0:56:33:3:0 chr12 96052721 . G A 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.008633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.718;QD=17.0635;RBI=0.0307854;REFB=-0.00927354;REVB=0.0295502;RO=31;SAF=18;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619424;STB=0.534858;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00554414;OID=.;OPOS=96052721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:10:18:18:13:10:18:18:13 chr12 96252833 . A G 287.6 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0103207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.148;QD=15.9779;RBI=0.012654;REFB=-0.0121777;REVB=-0.00732165;RO=40;SAF=18;SAR=14;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302209;STB=0.668821;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0167781;OID=.;OPOS=96252833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:14:18:10:30:14:18:10:30 chr12 96284650 . A G 648.04 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0250641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.395;QD=57.6031;RBI=0.0416798;REFB=-0.11465;REVB=-0.0333017;RO=0;SAF=10;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514699;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00183591;OID=.;OPOS=96284650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:0:2:43:43:0.955556:33:10:0:0:33:10:0:2 chr12 96288860 . T C 746.59 PASS AF=0.461988;AO=79;DP=171;FAO=79;FDP=171;FR=.;FRO=92;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=0.0207581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.248;QD=17.464;RBI=0.0291712;REFB=-0.00703341;REVB=0.0204955;RO=91;SAF=36;SAR=43;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694087;STB=0.541391;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0064071;OID=.;OPOS=96288860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:91:92:79:79:0.461988:43:36:48:43:43:36:49:43 chr12 96337183 . A G 34.85 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.068014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2742;QD=23.231;RBI=0.106838;REFB=0.0108229;REVB=-0.0823919;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.019593;OID=.;OPOS=96337183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:5:5:0.833333:2:3:0:0:2:3:0:1 chr12 96346594 . T C 368.6 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.012996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0712;QD=19.4;RBI=0.0330384;REFB=0.00831971;REVB=0.030375;RO=38;SAF=15;SAR=23;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120182;STB=0.566866;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00762968;OID=.;OPOS=96346594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:23:15:20:18:23:15:20:18 chr12 96374563 . T C 1194.04 PASS AF=0.921348;AO=82;DP=90;FAO=82;FDP=89;FR=.;FRO=7;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0124655;FXX=0.0111099;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.018;QD=53.6647;RBI=0.0127934;REFB=0.0193673;REVB=0.00287807;RO=7;SAF=44;SAR=38;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373462;STB=0.519775;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.000507325;OID=.;OPOS=96374563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:90:89:7:7:82:82:0.921348:38:44:2:5:38:44:2:5 chr12 96374614 . C T 727.62 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00413689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.204;QD=63.271;RBI=0.00974798;REFB=0;REVB=0.00882662;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20827e-05;OID=.;OPOS=96374614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr12 96384249 . T C 796.43 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.015;QD=54.9261;RBI=0.0786101;REFB=0;REVB=0.0758574;RO=0;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00513724;OID=.;OPOS=96384249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:58:0:0:52:58:1:16:36:0:0:21:37:0:0 chr12 96387621 . A G 1562.47 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4915;QD=63.1302;RBI=0.0322701;REFB=0;REVB=-0.00058944;RO=1;SAF=46;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101995;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000983686;OID=.;OPOS=96387621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:1:0:98:99:1:52:46:1:0:52:47:0:0 chr12 96387765 . T A 1749.09 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0656;QD=60.8378;RBI=0.0372325;REFB=0;REVB=0.0195016;RO=0;SAF=73;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222146;OID=.;OPOS=96387765;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:42:73:0:0:42:73:0:0 chr12 96413022 . C T 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00959665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9342;QD=7.6289;RBI=0.0297174;REFB=0.00782155;REVB=-0.0281253;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299924;STB=0.51882;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.0290698;OID=.;OPOS=96413022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:5:3:8:12:5:3:8:12 chr12 96641016 . C T 191.55 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0316475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.593;QD=22.5353;RBI=0.03182;REFB=-0.025927;REVB=-0.00330842;RO=15;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241807;STB=0.63512;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0116096;OID=.;OPOS=96641016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:11:8:11:4:11:8:11:4 chr12 96641089 . C T 312.82 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0416158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.381;QD=21.9526;RBI=0.0417445;REFB=-0.0194244;REVB=-0.0032748;RO=24;SAF=17;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243021;STB=0.522489;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0154374;OID=.;OPOS=96641089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:25:32:32:0.561404:15:17:12:12:15:17:12:13 chr12 96672761 . T C 67.81 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0120181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.123;QD=5.42446;RBI=0.0130069;REFB=-0.0017547;REVB=-0.00497427;RO=40;SAF=9;SAR=1;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491052;STB=0.834256;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00534429;OID=.;OPOS=96672761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:40:40:10:10:0.2:1:9:23:17:1:9:23:17 chr12 96673764 . T C 176.2 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0756767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6115;QD=20.73;RBI=0.091531;REFB=-0.00959237;REVB=0.0514876;RO=16;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983768;STB=0.555494;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0136867;OID=.;OPOS=96673764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:10:8:9:7:10:8:9:7 chr12 96676330 . C A 174.52 PASS AF=0.37931;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.000450939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.5;QD=12.0357;RBI=0.00969378;REFB=-0.012911;REVB=-0.00968329;RO=35;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210198;STB=0.594774;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0175023;OID=.;OPOS=96676330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:35:36:21:22:0.37931:11:10:10:25:12:10:11:25 chr12 96697149 . C T 565.56 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=102;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.063447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7126;QD=22.1787;RBI=0.0716014;REFB=0.0271959;REVB=-0.0331849;RO=46;SAF=38;SAR=18;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024611;STB=0.513509;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.0235362;OID=.;OPOS=96697149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:46:46:56:56:0.54902:18:38:30:16:18:38:30:16 chr12 96717859 . C T 369.6 PASS AF=0.335766;AO=44;DP=135;FAO=46;FDP=137;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=-0.0178537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0086;QD=10.7912;RBI=0.0230649;REFB=-0.0119812;REVB=-0.0146026;RO=91;SAF=27;SAR=17;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128064;STB=0.585058;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0244727;OID=.;OPOS=96717859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:91:91:44:46:0.335766:17:27:46:45:17:29:46:45 chr12 96821251 . A T 403.26 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0124485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0096;QD=16.8025;RBI=0.0435043;REFB=-0.00394603;REVB=0.0416852;RO=53;SAF=14;SAR=28;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254204;STB=0.638231;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00602113;OID=.;OPOS=96821251;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:54:42:42:0.4375:28:14:31:22:28:14:31:23 chr12 96900801 . G T 1280.59 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.123;QD=61.715;RBI=0.034315;REFB=0;REVB=-0.0166331;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235258;OID=.;OPOS=96900801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:83:0:0:80:83:1:40:40:0:0:40:43:0:0 chr12 96992494 . C T 258.63 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.050979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.287;QD=16.4206;RBI=0.053772;REFB=-0.0110572;REVB=-0.0171048;RO=32;SAF=9;SAR=20;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245383;STB=0.654518;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.012975;OID=.;OPOS=96992494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:34:29:29:0.460317:20:9:18:14:20:9:20:14 chr12 97045481 . C T 515.87 PASS AF=0.404255;AO=57;DP=141;FAO=57;FDP=141;FR=.;FRO=84;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.00235144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.627;QD=14.6346;RBI=0.00242613;REFB=-0.00107481;REVB=-0.000597354;RO=84;SAF=37;SAR=20;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11304;STB=0.563824;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00128666;OID=.;OPOS=97045481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:84:84:57:57:0.404255:20:37:46:38:20:37:46:38 chr12 97098549 . T C 241.22 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0417776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6446;QD=21.4421;RBI=0.0672441;REFB=-0.0235579;REVB=0.0526916;RO=22;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512809;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0252851;OID=.;OPOS=97098549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:22:23:0.511111:9:13:13:9:10:13:13:9 chr12 97102578 . G A 36.86 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0607631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8322;QD=7.76008;RBI=0.104145;REFB=-0.00331627;REVB=-0.084582;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439476;STB=0.783281;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00874233;OID=.;OPOS=97102578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:1:5:6:7:1:5:6:7 chr12 97114231 . G A 335.45 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0447604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3016;QD=16.9849;RBI=0.0450321;REFB=0.010334;REVB=0.00493946;RO=43;SAF=13;SAR=23;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12814;STB=0.572015;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00885792;OID=.;OPOS=97114231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:23:13:21:22:23:13:21:22 chr12 97136218 . T C 246.67 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0123574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9185;QD=11.3413;RBI=0.0547972;REFB=-0.0168465;REVB=0.0533857;RO=57;SAF=13;SAR=17;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124818;STB=0.572255;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0467727;OID=.;OPOS=97136218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:57:30:30:0.344828:17:13:31:26:17:13:31:26 chr12 97136239 . G A 319.25 PASS AF=0.371429;AO=39;DP=105;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.00347362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.021;QD=12.1619;RBI=0.0233799;REFB=-0.00473717;REVB=-0.0231204;RO=66;SAF=17;SAR=22;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120349;STB=0.568745;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00641647;OID=.;OPOS=97136239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:66:66:39:39:0.371429:22:17:36:30:22:17:36:30 chr12 97254620 . G A 614.69 PASS AF=0.423313;AO=69;DP=163;FAO=69;FDP=163;FR=.;FRO=94;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=-0.0174585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.983;QD=15.0844;RBI=0.0174659;REFB=-0.0192027;REVB=0.000507845;RO=94;SAF=39;SAR=30;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012582;STB=0.50704;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0272906;OID=.;OPOS=97254620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:94:94:69:69:0.423313:30:39:52:42:30:39:52:42 chr12 98332904 . TCA T 267.9 PASS AF=0.538462;AO=26;DP=53;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.000900135;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=2;MLLD=264.335;QD=20.6079;RBI=0.00447102;REFB=-0.0103877;REVB=0.00437947;RO=24;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357815;STB=0.50276;STBP=0.975;TYPE=del;VARB=0.00774995;OID=.;OPOS=98332905;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:26:53:28:52:24:13:15:11:13:99:24:13:13:11:13 chr12 98897267 . C T 224.93 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00276963;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.757;QD=13.0395;RBI=0.0170574;REFB=-0.00477761;REVB=0.016831;RO=42;SAF=11;SAR=16;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149302;STB=0.585512;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00458216;OID=.;OPOS=98897267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:42:42:27:27:0.391304:16:11:23:19:16:11:23:19 chr12 99007623 . C T 305.25 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0200516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5889;QD=12.8524;RBI=0.0432827;REFB=-0.0217317;REVB=-0.0383579;RO=60;SAF=17;SAR=18;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015743;STB=0.50902;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0307934;OID=.;OPOS=99007623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:60:60:35:35:0.368421:18:17:30:30:18:17:30:30 chr12 99477625 . T C 1044.08 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5269;QD=59.6618;RBI=0.0420726;REFB=0;REVB=-0.034247;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000532777;OID=.;OPOS=99477625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr12 99640428 . T C 1973.7 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.056;QD=61.1999;RBI=0.0187004;REFB=-0.00020296;REVB=0.00921153;RO=0;SAF=65;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1359e-08;STB=0.503936;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=1.29082e-05;OID=.;OPOS=99640428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:0:1:128:128:0.992248:63:65:0:0:63:65:0:1 chr12 99640557 . T C 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.394;QD=60.0765;RBI=0.042288;REFB=0;REVB=0.0179918;RO=0;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0991e-05;OID=.;OPOS=99640557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:59:48:0:0:59:48:0:0 chr12 99793546 . C T 250.24 PASS AF=0.220994;AO=40;DP=185;FAO=40;FDP=181;FR=.;FRO=141;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=59;FSRR=82;FWDB=-0.0448164;FXX=0.0216205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.822;QD=5.53016;RBI=0.0557144;REFB=-0.00337425;REVB=-0.0330996;RO=144;SAF=16;SAR=24;SRF=63;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490477;STB=0.514867;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0161935;OID=.;OPOS=99793546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:181:144:141:40:40:0.220994:24:16:63:81:24:16:59:82 chr12 100453079 . C T 296.89 PASS AF=0.283688;AO=40;DP=142;FAO=40;FDP=141;FR=.;FRO=101;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=-0.00944724;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.351;QD=8.42234;RBI=0.0106526;REFB=-0.00930919;REVB=-0.00492218;RO=102;SAF=22;SAR=18;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251976;STB=0.518192;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0174188;OID=.;OPOS=100453079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:102:101:40:40:0.283688:18:22:54:48:18:22:53:48 chr12 100796433 . G A 136.28 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00803292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.219;QD=8.51754;RBI=0.01651;REFB=0.0029698;REVB=-0.0144241;RO=45;SAF=3;SAR=16;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408055;STB=0.749191;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0293032;OID=.;OPOS=100796433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:45:19:19:0.296875:16:3:20:25:16:3:20:25 chr12 101017445 . T C 1754.01 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144413;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.942;QD=59.9662;RBI=0.0525092;REFB=-0.143816;REVB=0.0504843;RO=1;SAF=61;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871291;STB=0.504504;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000206507;OID=.;OPOS=101017445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:115:116:0.991453:54:61:0:1:55:61:0:1 chr12 101520689 . A G 289.46 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0342238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3954;QD=13.95;RBI=0.0398076;REFB=0.00564761;REVB=0.0203317;RO=50;SAF=13;SAR=20;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236609;STB=0.634383;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.0064323;OID=.;OPOS=101520689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:20:13:31:19:20:13:31:19 chr12 101522078 . C G 248.32 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00418657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.594;QD=11.6854;RBI=0.0136554;REFB=-0.0055956;REVB=-0.0129978;RO=55;SAF=18;SAR=12;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163202;STB=0.594277;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0198708;OID=.;OPOS=101522078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:55:30:30:0.352941:12:18:25:30:12:18:25:30 chr12 101522115 . CTTTTTTTT CTTTTTTT,CTTTTTTTA,CTTTTTTTTT 102.08 PASS AF=0.489796,0.0408163,0;AO=21,2,5;DP=49;FAO=24,2,0;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=11,0,0;FSAR=13,2,0;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0442729,0.00610021,-0.041141;FXX=0.019996;HRUN=8,8,8;LEN=1,1,1;MLLD=8.1229,24.4693,7.13003;QD=8.33299;RBI=0.14042,0.048793,0.160805;REFB=0.0100698,-0.00359687,-0.0166869;REVB=0.133258,0.0484101,-0.155453;RO=18;SAF=10,0,1;SAR=11,2,4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.110708,-0.571416,-0.463705;STB=0.552169,0.995234,0.5;STBP=0.47,0.096,1;TYPE=del,snp,ins;VARB=0.0147924,0.0243479,-0.0568913;OID=.,.,.;OPOS=101522116,101522123,101522116;OREF=T,T,-;OALT=-,A,T;OMAPALT=CTTTTTTT,CTTTTTTTA,CTTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.489796,0.0408163,0:21,2,5:49:24,2,0:49:23:11,0,0:13,2,0:13:10:72:18:10,0,1:11,2,4:11:7 chr12 101552075 . G A 321.6 PASS AF=0.375;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00418056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6635;QD=12.3691;RBI=0.0203556;REFB=0.000671679;REVB=-0.0199217;RO=65;SAF=23;SAR=16;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12426;STB=0.570966;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00187888;OID=.;OPOS=101552075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:65:65:39:39:0.375:16:23:31:34:16:23:31:34 chr12 101560328 . C A 326.7 PASS AF=0.466667;AO=34;DP=74;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00641972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6012;QD=17.4241;RBI=0.0159747;REFB=0.00280627;REVB=-0.014628;RO=40;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00426178;STB=0.509573;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.00278381;OID=.;OPOS=101560328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:40:40:34:35:0.466667:18:16:19:21:19:16:19:21 chr12 101561940 . A T 198.76 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0262011;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.368;QD=15.001;RBI=0.0262284;REFB=-0.0148908;REVB=-0.00119806;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158289;STB=0.500834;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0224264;OID=.;OPOS=101561940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:31:30:23:23:0.433962:10:13:18:13:10:13:17:13 chr12 101587518 . C T 339.09 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00702884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.085;QD=20.5506;RBI=0.0182182;REFB=-0.0131095;REVB=-0.0168077;RO=31;SAF=10;SAR=24;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285536;STB=0.645076;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.012986;OID=.;OPOS=101587518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:34:35:0.530303:24:10:19:12:24:11:19:12 chr12 101683929 . C T 955.19 PASS AF=1;AO=53;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00137263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.766;QD=58.781;RBI=0.00149452;REFB=0;REVB=0.000591166;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6083e-06;OID=.;OPOS=101683929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:53:65:1:31:22:0:0:35:30:0:0 chr12 101713370 . G A 46.55 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0488516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.062;QD=3.44844;RBI=0.0506567;REFB=0.00402183;REVB=-0.0134022;RO=46;SAF=2;SAR=6;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355426;STB=0.749376;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.0175093;OID=.;OPOS=101713370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:46:46:8:8:0.148148:6:2:25:21:6:2:25:21 chr12 101732670 . C T 115.96 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3881;QD=42.1672;RBI=0.0267137;REFB=0;REVB=-0.0103687;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042134;OID=.;OPOS=101732670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:6:4:0:0:6:5:0:0 chr12 101745912 . A G 345.97 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0234294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7673;QD=14.4156;RBI=0.0351796;REFB=-0.00553628;REVB=-0.0262425;RO=58;SAF=17;SAR=21;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926468;STB=0.552604;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0104982;OID=.;OPOS=101745912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:58:38:38:0.395833:21:17:31:27:21:17:31:27 chr12 101750814 . T A 1264.71 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.579;QD=61.6931;RBI=0.00496628;REFB=0;REVB=-0.00136025;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4679e-06;OID=.;OPOS=101750814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:43:39:0:0:43:39:0:0 chr12 101755809 . T C 1066.21 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00994186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.533;QD=58.4222;RBI=0.0285332;REFB=-0.0365305;REVB=0.0267451;RO=1;SAF=32;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145499;STB=0.50769;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000130262;OID=.;OPOS=101755809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:40:32:1:0:40:32:1:0 chr12 101799761 . TA T 58.15 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.172593;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=13.8463;QD=8.61436;RBI=0.25856;REFB=0.00511792;REVB=-0.192523;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0.34252;SSEP=0;SSSB=-0.11125;STB=0.601059;STBP=0.358;TYPE=del;VARB=0.0015485;OID=.;OPOS=101799762;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:11:27:12:27:15:5:7:9:6:58:14:5:6:8:6 chr12 101866174 . C A 891.46 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00655684;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7856;QD=58.4565;RBI=0.0207374;REFB=0;REVB=-0.0196735;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205686;OID=.;OPOS=101866174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr12 101880384 . T C 32.92 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0105413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.654;QD=2.99302;RBI=0.013623;REFB=-0.00821449;REVB=0.00862951;RO=38;SAF=5;SAR=1;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388202;STB=0.790619;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0599384;OID=.;OPOS=101880384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:38:38:6:6:0.136364:1:5:20:18:1:5:20:18 chr12 102054952 . A G 475.85 PASS AF=0.367089;AO=57;DP=157;FAO=58;FDP=158;FR=.;FRO=100;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=-0.00996398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.958;QD=12.0469;RBI=0.0101456;REFB=-0.00449419;REVB=-0.00191133;RO=99;SAF=32;SAR=25;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179988;STB=0.512191;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00826157;OID=.;OPOS=102054952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:99:100:57:58:0.367089:25:32:54:45:25:33:55:45 chr12 102064118 . T C 1539.72 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0180561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9137;QD=61.5889;RBI=0.042047;REFB=-0.0862056;REVB=-0.0379727;RO=2;SAF=49;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189638;STB=0.509998;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0016895;OID=.;OPOS=102064118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:49:49:2:0:49:49:2:0 chr12 102069077 . A G 216.18 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.00373566;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.903;QD=12.7164;RBI=0.0199932;REFB=0.00439321;REVB=-0.0196411;RO=43;SAF=7;SAR=19;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45092;STB=0.763937;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0112291;OID=.;OPOS=102069077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:43:42:26:26:0.382353:19:7:30:13:19:7:30:12 chr12 102079418 . G A 1572.99 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.364;QD=59.9233;RBI=0.0576206;REFB=0;REVB=0.0566709;RO=0;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012244;OID=.;OPOS=102079418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:54:51:0:0:54:51:0:0 chr12 102108301 . T C 657.11 PASS AF=0.462069;AO=67;DP=140;FAO=67;FDP=145;FR=.;FRO=78;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=0.0227952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2109;QD=18.1273;RBI=0.0444563;REFB=-0.0182682;REVB=-0.0381673;RO=73;SAF=41;SAR=26;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00910106;STB=0.526759;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0253679;OID=.;OPOS=102108301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:145:73:78:67:67:0.462069:26:41:44:29:26:41:44:34 chr12 102108345 . T C 244.94 PASS AF=0.24;AO=28;DP=148;FAO=36;FDP=150;FR=.;FRO=114;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=65;FSRR=49;FWDB=0.00505532;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=43.9625;QD=6.53181;RBI=0.0234372;REFB=-0.000461531;REVB=0.0228855;RO=79;SAF=18;SAR=10;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078547;STB=0.532421;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00193831;OID=.;OPOS=102108345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:79:114:28:36:0.24:10:18:46:33:17:19:65:49 chr12 102117581 . T C 595.23 PASS AF=0.455882;AO=61;DP=136;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.0325185;FXX=0.00729874;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9911;QD=17.5068;RBI=0.0481875;REFB=0.0133685;REVB=0.035561;RO=74;SAF=26;SAR=35;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210308;STB=0.51671;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00901052;OID=.;OPOS=102117581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:74:74:61:62:0.455882:35:26:30:44:35:27:30:44 chr12 102117589 . C T 2139.68 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00270488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.639;QD=62.9317;RBI=0.0104677;REFB=0;REVB=-0.0101122;RO=0;SAF=56;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70648e-05;OID=.;OPOS=102117589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:80:56:0:0:80:56:0:0 chr12 102158763 . T C 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.185;QD=58.7799;RBI=0.0418849;REFB=0;REVB=0.0233423;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100956;OID=.;OPOS=102158763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr12 102173654 . T C 988.84 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=71;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0418079;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9746;QD=56.5051;RBI=0.0462389;REFB=0.0654288;REVB=0.0197517;RO=2;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286187;STB=0.515147;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.000390696;OID=.;OPOS=102173654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:70:2:2:67:68:0.971429:32:35:0:2:32:36:0:2 chr12 102279193 . G A 871.34 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0139363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8825;QD=56.2156;RBI=0.0267648;REFB=-0.135981;REVB=-0.0228503;RO=1;SAF=49;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00953831;STB=0.505049;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00207705;OID=.;OPOS=102279193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:12:49:1:0:12:49:1:0 chr12 102315358 . TG T,TT 614.22 PASS AF=0.756098,0.243902;AO=13,22;DP=35;FAO=31,10;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15,3;FSAR=16,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339331,0.027999;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.187,188.574;QD=59.9241;RBI=0.0353885,0.0305305;REFB=0,0;REVB=-0.0100447,-0.0121724;RO=0;SAF=6,8;SAR=7,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.014995,0.0180429;OID=.,.;OPOS=102315359,102315359;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.756098,0.243902:13,22:35:31,10:41:0:15,3:16,7:0:0:17:0:6,8:7,14:0:0 chr12 102317232 . C A 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.00460278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.746;QD=19.6923;RBI=0.0513042;REFB=0.00483381;REVB=-0.0510973;RO=25;SAF=16;SAR=10;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352026;STB=0.695512;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00687799;OID=.;OPOS=102317232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:10:16:5:20:10:16:5:20 chr12 102321186 . CTTTT CTTTC,CT,CTTT 300.28 PASS AF=0.21875,0.40625,0.328125;AO=9,7,10;DP=67;FAO=14,26,21;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=1,19,17;FSAR=13,7,4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0330144,-0.159,-0.464676;FXX=0.123271;HRUN=15,15,15;LEN=1,3,1;MLLD=219.088,13.1313,4.4913;QD=18.7673;RBI=0.0377651,0.159031,0.465414;REFB=0.00048763,-0.0312409,-0.0808988;REVB=-0.0183373,0.00311501,-0.0261984;RO=5;SAF=0,6,9;SAR=9,1,1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.836525,-0.258845,-0.194936;STB=0.799433,0.536558,0.540504;STBP=0.002,0.363,0.5;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0121815,0.0327971,0.105481;OID=.,.,.;OPOS=102321190,102321187,102321187;OREF=T,TTT,T;OALT=C,-,-;OMAPALT=CTTTC,CT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.21875,0.40625,0.328125:9,7,10:67:14,26,21:64:3:1,19,17:13,7,4:3:0:95:5:0,6,9:9,1,1:5:0 chr12 102321583 . C T 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-7.68607e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9623;QD=59.1422;RBI=0.0346456;REFB=0;REVB=0.0346455;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315483;OID=.;OPOS=102321583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr12 102455729 . G A 1120.17 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379501;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.394;QD=60.5499;RBI=0.0379787;REFB=0;REVB=0.001474;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.93863e-05;OID=.;OPOS=102455729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr12 102517804 . G A 1069.37 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00187397;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.566;QD=58.5958;RBI=0.00647559;REFB=0.044354;REVB=-0.0061985;RO=1;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00995774;STB=0.505262;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-2.51685e-05;OID=.;OPOS=102517804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:73:1:1:72:72:0.986301:47:25:0:1:47:25:0:1 chr12 102545563 . A G 1098.78 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00810602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.823;QD=60.2073;RBI=0.0146096;REFB=0;REVB=0.0121545;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8666e-05;OID=.;OPOS=102545563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:33:38:0:0:34:39:0:0 chr12 102611371 . T G 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6545;QD=61.3332;RBI=0.0133145;REFB=0;REVB=0.00157713;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195583;OID=.;OPOS=102611371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr12 103237468 . G C 868.27 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000803596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.39;QD=57.8846;RBI=0.0471098;REFB=0;REVB=-0.047103;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.17359e-05;OID=.;OPOS=103237468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:57:60:1:25:32:0:0:25:35:0:0 chr12 103246700 . C T 513.28 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0838094;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.227;QD=57.0314;RBI=0.111116;REFB=-0.094336;REVB=0.0729569;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267214;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.001282;OID=.;OPOS=103246700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:36:1:1:35:35:0.972222:17:18:0:1:17:18:0:1 chr12 103558235 . G A 740.25 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.07333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.706;QD=54.8332;RBI=0.0742409;REFB=-0.185778;REVB=0.0115941;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000839553;OID=.;OPOS=103558235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:54:0:1:53:53:0.981481:28:25:0:0:28:25:0:1 chr12 103670917 . A G 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.806;QD=57.2351;RBI=0.0380077;REFB=0;REVB=0.00176553;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92775e-05;OID=.;OPOS=103670917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr12 103761909 . C T 170.03 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0406683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9071;QD=10.7954;RBI=0.0533568;REFB=-0.006434;REVB=-0.0345405;RO=40;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083207;STB=0.539647;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00809364;OID=.;OPOS=103761909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:40:41:22:22:0.349206:11:11:17:23:11:11:18:23 chr12 103872172 . T G 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00654818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.336;QD=15.268;RBI=0.0592539;REFB=-0.00924434;REVB=0.058891;RO=33;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101497;STB=0.557596;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00920117;OID=.;OPOS=103872172;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:10:16:17:16:10:16:17:16 chr12 104067812 . C T 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.664;QD=57.0003;RBI=0.068317;REFB=0;REVB=0.0148245;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120423;OID=.;OPOS=104067812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr12 104086631 . C T 639.27 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0999941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.579;QD=59.4665;RBI=0.0999945;REFB=-0.0852338;REVB=0.000260386;RO=1;SAF=20;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228919;STB=0.512189;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-2.08347e-06;OID=.;OPOS=104086631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:1:1:42:42:0.976744:22:20:1:0:22:20:1:0 chr12 104092996 . T C 2079.57 PASS AF=0.992593;AO=133;DP=134;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0201048;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9575;QD=61.6168;RBI=0.0325355;REFB=0.0805319;REVB=0.0255803;RO=1;SAF=61;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655629;STB=0.503448;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00120481;OID=.;OPOS=104092996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:135:1:1:133:134:0.992593:72:61:0:1:72:62:0:1 chr12 104100617 . C T 4304.99 PASS AF=0.978873;AO=278;DP=284;FAO=278;FDP=284;FR=.;FRO=6;FSAF=122;FSAR=156;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0353897;FXX=0.00350865;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.853;QD=60.6336;RBI=0.0355183;REFB=-0.154914;REVB=-0.00301982;RO=5;SAF=122;SAR=156;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00817509;STB=0.505846;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.000714531;OID=.;OPOS=104100617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:284:284:5:6:278:278:0.978873:156:122:1:4:156:122:1:5 chr12 104131540 . T A 234.85 PASS AF=0.337209;AO=28;DP=85;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.0261284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8773;QD=10.9231;RBI=0.0272562;REFB=-0.00282284;REVB=-0.00775951;RO=56;SAF=11;SAR=17;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879313;STB=0.545661;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00384837;OID=.;OPOS=104131540;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:56:57:28:29:0.337209:17:11:18:38:18:11:18:39 chr12 104153004 . C G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.302;QD=60.5471;RBI=0.0192308;REFB=0;REVB=0.00926132;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70844e-05;OID=.;OPOS=104153004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:27:48:0:0:27:48:0:0 chr12 104156158 . C A 487.18 PASS AF=0.418605;AO=49;DP=124;FAO=54;FDP=129;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=0.0227971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.626;QD=15.1064;RBI=0.0230591;REFB=-0.0116031;REVB=0.00346581;RO=74;SAF=16;SAR=33;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916988;STB=0.514846;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0166474;OID=.;OPOS=104156158;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:129:74:75:49:54:0.418605:33:16:30:44:33:21:31:44 chr12 104186946 . G C,T 687.22 PASS AF=0.0444444,0.955556;AO=2,42;DP=45;FAO=2,43;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=2,28;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00280138,0.00669736;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=113.552,103.119;QD=61.0864;RBI=0.0247036,0.0457126;REFB=0,0;REVB=-0.0245443,-0.0452193;RO=0;SAF=2,27;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.13648e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.182092,-0.00503842;OID=.,.;OPOS=104186946,104186946;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:45:45:0:0:2,42:2,43:0.0444444,0.955556:0,15:2,27:0:0:0,15:2,28:0:0 chr12 104254932 . G A 1171.95 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00513364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.967;QD=60.8803;RBI=0.077621;REFB=0;REVB=-0.077451;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000363369;OID=.;OPOS=104254932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:33:44:0:0:33:44:0:0 chr12 104309559 . C T 2328.4 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0045;QD=63.7917;RBI=0.0548699;REFB=0;REVB=0.0349911;RO=0;SAF=60;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.75786e-05;OID=.;OPOS=104309559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:86:60:0:0:86:60:0:0 chr12 104341103 . C T 859.98 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000395385;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.388;QD=56.3918;RBI=0.0305345;REFB=-0.118721;REVB=0.030532;RO=1;SAF=25;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606742;OID=.;OPOS=104341103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:61:1:0:60:61:1:35:25:1:0:35:26:0:0 chr12 104359779 . C T 140.43 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0195261;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.5686;QD=12.2116;RBI=0.0227298;REFB=-0.0300266;REVB=-0.011635;RO=28;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606935;STB=0.561719;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0517357;OID=.;OPOS=104359779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:30:16:16:0.347826:10:6:12:16:10:6:14:16 chr12 104373728 . G A,GA 41.78 PASS AF=0,0.215385;AO=4,13;DP=66;FAO=0,14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=0,7;FSAR=0,7;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00354794,-0.0881518;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=220.514,11.0768;QD=2.57078;RBI=0.0107775,0.13676;REFB=-0.00250129,-0.0310537;REVB=-0.0101768,-0.104559;RO=46;SAF=3,4;SAR=1,9;SRF=25;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.223991,-0.291481;STB=0.5,0.507681;STBP=1,0.959;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0403671;OID=.,.;OPOS=104373728,104373729;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:43:66:65:46:51:4,13:0,14:0,0.215385:1,9:3,4:25:21:0,7:0,7:25:26 chr12 104408794 . C T 743.08 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0410277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3645;QD=59.4466;RBI=0.0414412;REFB=-0.115112;REVB=0.00583932;RO=2;SAF=21;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00477083;STB=0.502537;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00337442;OID=.;OPOS=104408794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:27:21:1:1:27:21:1:1 chr12 104492191 . TTAAAAAT TAAAAT,TTAAAAT,TTAAAATA,TTTAAAAT 266.92 PASS AF=0.479452,0,0,0;AO=13,14,4,7;DP=79;FAO=35,0,0,0;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=11,0,0,0;FSAR=24,0,0,0;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0018009,-0.00153505,-0.247912,-0.00352573;FXX=0.0135117;HRUN=5,5,5,5;LEN=2,1,2,1;MLLD=25.2806,12.5546,16.802,17.4528;QD=14.6259;RBI=0.00812018,0.0389559,0.249567,0.0494853;REFB=-0.110413,-0.132696,-0.0932437,-0.0271549;REVB=0.00791796,-0.0389257,0.0286916,-0.0493595;RO=34;SAF=5,0,4,1;SAR=8,14,0,6;SRF=10;SRR=24;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.117685,-0.748047,0.683303,-0.259479;STB=0.546861,0.5,0.5,0.5;STBP=0.468,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=0.121575,0.0150803,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=104492192,104492193,104492197,104492193;OREF=TA,A,AT,A;OALT=-,-,TA,T;OMAPALT=TAAAAT,TTAAAAT,TTAAAATA,TTTAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.479452,0,0,0:13,14,4,7:79:35,0,0,0:73:38:11,0,0,0:24,0,0,0:15:23:99:34:5,0,4,1:8,14,0,6:10:24 chr12 104512918 . T G 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00291423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.466;QD=19.7022;RBI=0.0156849;REFB=-0.00548204;REVB=-0.0154118;RO=16;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383959;STB=0.521714;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00576005;OID=.;OPOS=104512918;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:6:11:11:5:6:11:11:5 chr12 104512943 . ATTTTTTA ATTTTT,ATTTTTA 31.14 PASS AF=0.142857,0.190476;AO=3,7;DP=23;FAO=3,4;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2,3;FSAR=1,1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.044854,-0.114887;FXX=0.0454339;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=18.6077,10.4876;QD=5.93047;RBI=0.0522595,0.114908;REFB=-0.0660482,-0.146623;REVB=-0.0268174,-0.00220529;RO=10;SAF=1,5;SAR=2,2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.37802,0.0167433;STB=0.521593,0.599467;STBP=0.962,0.727;TYPE=del,del;VARB=0.157316,0.182867;OID=.,.;OPOS=104512949,104512944;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.142857,0.190476:3,7:23:3,4:21:14:2,3:1,1:9:5:16:10:1,5:2,2:7:3 chr12 104645363 . G A 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.502;QD=60.3762;RBI=0.0460751;REFB=0;REVB=0.021469;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.47157e-05;OID=.;OPOS=104645363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr12 104645405 . T C 1177.7 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221392;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.622;QD=61.1794;RBI=0.0283711;REFB=0;REVB=0.0177419;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02489e-05;OID=.;OPOS=104645405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:32:44:0:0:32:45:0:0 chr12 104698582 . A G 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00551095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.932;QD=24.493;RBI=0.012903;REFB=-0.00826525;REVB=-0.0116669;RO=15;SAF=17;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268502;STB=0.651406;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00541799;OID=.;OPOS=104698582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:4:17:8:7:4:17:8:7 chr12 105245665 . T C 334.88 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=40;FWDB=0.0640934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.027;QD=14.4034;RBI=0.0641478;REFB=-0.00263647;REVB=0.00264018;RO=56;SAF=16;SAR=21;SRF=16;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163486;STB=0.592186;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0046885;OID=.;OPOS=105245665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:37:37:0.397849:21:16:16:40:21:16:16:40 chr12 105380143 . G A 286.26 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=-0.0158784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.051;QD=18.1751;RBI=0.0161424;REFB=0.000892555;REVB=0.00290743;RO=32;SAF=2;SAR=29;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252334;STB=0.64433;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00098996;OID=.;OPOS=105380143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:29:2:5:27:29:2:5:27 chr12 105380152 . A C 272.28 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=28;FWDB=-0.0206813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.923;QD=17.2873;RBI=0.0584185;REFB=-0.0123978;REVB=-0.0546352;RO=32;SAF=2;SAR=28;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245033;STB=0.636253;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0123336;OID=.;OPOS=105380152;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:28:2:5:27:28:2:5:28 chr12 105433523 . T A 499.7 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00486949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.186;QD=18.3375;RBI=0.0257996;REFB=-0.015156;REVB=-0.0253359;RO=54;SAF=30;SAR=23;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775388;STB=0.552447;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.02509;OID=.;OPOS=105433523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:54:56:53:53:0.486239:23:30:26:28:23:30:26:30 chr12 105434467 . C T 315.65 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0136674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.89;QD=17.5362;RBI=0.0182686;REFB=0.0131645;REVB=-0.0121221;RO=38;SAF=16;SAR=18;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174151;STB=0.596961;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0240201;OID=.;OPOS=105434467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:18:16:11:27:18:16:11:27 chr12 105546172 . G A 1785.85 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.962;QD=61.0547;RBI=0.0190432;REFB=0;REVB=-0.00356224;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24665e-05;OID=.;OPOS=105546172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:61:56:0:0:61:56:0:0 chr12 105553822 . G A 204.63 PASS AF=0.27619;AO=29;DP=104;FAO=29;FDP=105;FR=.;FRO=76;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.0118171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.729;QD=7.79524;RBI=0.0119681;REFB=-0.00633178;REVB=0.00189459;RO=69;SAF=14;SAR=15;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00536801;STB=0.535243;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0178958;OID=.;OPOS=105553822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:69:76:29:29:0.27619:15:14:33:36:15:14:33:43 chr12 105561664 . C T 654.89 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134579;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.689;QD=62.37;RBI=0.0161479;REFB=0;REVB=-0.00892408;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54703e-06;OID=.;OPOS=105561664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr12 105562788 . T C 642.05 PASS AF=0.465753;AO=68;DP=153;FAO=68;FDP=146;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=29;FWDB=0.00765424;FXX=0.0457486;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.535;QD=17.5904;RBI=0.0178618;REFB=-0.00635848;REVB=0.0161387;RO=76;SAF=30;SAR=38;SRF=49;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192075;STB=0.598934;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00992977;OID=.;OPOS=105562788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:146:76:78:68:68:0.465753:38:30:49:27:38:30:49:29 chr12 105567068 . T A 916.47 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5435;QD=58.1883;RBI=0.0350158;REFB=0;REVB=-0.0222189;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54898e-05;OID=.;OPOS=105567068;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:29:33:0:0:30:33:0:0 chr12 105567070 . T A 907.04 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.032;QD=57.5896;RBI=0.0254005;REFB=0;REVB=0.0115188;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185579;OID=.;OPOS=105567070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:29:32:0:0:30:33:0:0 chr12 105567087 . T TA 705.0 PASS AF=1;AO=9;DP=65;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0722528;FXX=0.061529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.753;QD=46.2293;RBI=0.103229;REFB=0;REVB=-0.0737273;RO=55;SAF=5;SAR=4;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124142;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.002872;OID=.;OPOS=105567088;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:65:61:61:0:33:28:0:0:13:55:5:4:30:25 chr12 105567089 . T A 696.73 PASS AF=0.861538;AO=52;DP=62;FAO=56;FDP=65;FR=.;FRO=9;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0138548;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.8009;QD=42.8758;RBI=0.0406192;REFB=-0.197786;REVB=0.0381833;RO=10;SAF=28;SAR=24;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187003;STB=0.500278;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0291209;OID=.;OPOS=105567089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:62:65:10:9:52:56:0.861538:24:28:6:4:25:31:5:4 chr12 105567135 . T C 158.12 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00380135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.375;QD=9.8826;RBI=0.0168741;REFB=-0.00963548;REVB=0.0164403;RO=42;SAF=11;SAR=10;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818022;STB=0.554671;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0282857;OID=.;OPOS=105567135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:43:21:21:0.328125:10:11:25:17:10:11:26:17 chr12 105568122 . G A,T 3040.3 PASS AF=0.970297,0.029703;AO=193,8;DP=203;FAO=196,6;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=85,0;FSAR=111,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701746,-0.00198448;FXX=0.00980344;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=72.5663,100.91;QD=60.2039;RBI=0.0714521,0.0224748;REFB=-0.0735794,-0.0247203;REVB=0.0134509,-0.022387;RO=0;SAF=84,0;SAR=109,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00322997,0.0371296;OID=.,.;OPOS=105568122,105568122;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:203:202:0:0:193,8:196,6:0.970297,0.029703:109,8:84,0:0:0:111,6:85,0:0:0 chr12 105568176 . G A 2529.43 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.045;QD=61.6934;RBI=0.054628;REFB=0;REVB=-0.0400765;RO=0;SAF=63;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.63588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.05969e-06;OID=.;OPOS=105568176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:101:63:0:0:101:63:0:0 chr12 106458571 . ACCCCCCCC ACCCCCC,ACCCCCCCA,ACCCCCCC 106.5 PASS AF=0.571429,0.357143,0;AO=4,4,4;DP=16;FAO=8,5,0;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=0,1,0;FSAR=8,4,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.100983,-0.0372154,-0.119348;FXX=0.124922;HRUN=9,9,9;LEN=2,1,1;MLLD=11.9545,258.906,6.47628;QD=30.4291;RBI=0.157139,0.0421098,0.25353;REFB=-0.0858584,-0.0370681,-0.0731762;REVB=0.120395,0.019704,0.223681;RO=1;SAF=0,1,0;SAR=4,3,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.119989,0;STB=0.5,0.555346,0.5;STBP=1,0.649,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0.0529959,0.0120149,-0.0809419;OID=.,.,.;OPOS=106458572,106458579,106458572;OREF=CC,C,C;OALT=-,A,-;OMAPALT=ACCCCCC,ACCCCCCCA,ACCCCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.571429,0.357143,0:4,4,4:16:8,5,0:14:1:0,1,0:8,4,0:0:1:35:1:0,1,0:4,3,4:0:1 chr12 106477662 . C T 147.91 PASS AF=0.229167;AO=22;DP=96;FAO=22;FDP=96;FR=.;FRO=74;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.0200164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.48;QD=6.16293;RBI=0.0201877;REFB=-0.00883916;REVB=0.00262366;RO=74;SAF=14;SAR=8;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204887;STB=0.626551;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0193824;OID=.;OPOS=106477662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:74:74:22:22:0.229167:8:14:35:39:8:14:35:39 chr12 106633569 . C T 337.19 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0874682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1381;QD=20.1309;RBI=0.0874772;REFB=-0.0303739;REVB=0.00125593;RO=32;SAF=15;SAR=20;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196773;STB=0.510911;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0225699;OID=.;OPOS=106633569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:20:15:13:19:20:15:13:19 chr12 106647842 . C T 176.64 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0553845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9682;QD=14.1314;RBI=0.068651;REFB=-0.0158616;REVB=-0.0405649;RO=31;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189731;STB=0.610618;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0215386;OID=.;OPOS=106647842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:6:13:16:15:6:13:16:15 chr12 106838340 . T C 1263.41 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00615985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.283;QD=61.6299;RBI=0.0163654;REFB=0;REVB=0.0151619;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39066e-05;OID=.;OPOS=106838340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:35:46:0:0:36:46:0:0 chr12 106893863 . G T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.04;QD=59.1431;RBI=0.0600848;REFB=0;REVB=-0.0224412;RO=0;SAF=46;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19278e-05;OID=.;OPOS=106893863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:21:46:0:0:21:46:0:0 chr12 106893930 . A T 1101.35 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.881;QD=59.5326;RBI=0.0136195;REFB=0;REVB=-0.00837256;RO=1;SAF=46;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101732;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4192e-06;OID=.;OPOS=106893930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:1:0:73:74:1:27:46:1:0:27:47:0:0 chr12 106903321 . T C 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.412;QD=60.5102;RBI=0.0304997;REFB=-0.0513031;REVB=0.0203727;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000400585;OID=.;OPOS=106903321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:24:21:0:0:24:21:1:0 chr12 107090201 . T C 604.46 PASS AF=0.516949;AO=61;DP=118;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0197143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.192;QD=20.49;RBI=0.0225037;REFB=-0.0141948;REVB=0.0108519;RO=56;SAF=25;SAR=36;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952111;STB=0.548517;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00719018;OID=.;OPOS=107090201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:56:57:61:61:0.516949:36:25:29:27:36:25:29:28 chr12 107155511 . G A 598.49 PASS AF=0.469697;AO=62;DP=132;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0067697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.908;QD=18.136;RBI=0.0138965;REFB=-0.0123133;REVB=-0.012136;RO=70;SAF=31;SAR=31;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682936;STB=0.537867;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0160179;OID=.;OPOS=107155511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:70:70:62:62:0.469697:31:31:40:30:31:31:40:30 chr12 107268310 . C T 197.08 PASS AF=0.263636;AO=29;DP=110;FAO=29;FDP=110;FR=.;FRO=81;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.00478451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.3951;QD=7.16637;RBI=0.0206606;REFB=0.00264415;REVB=-0.020099;RO=80;SAF=17;SAR=12;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121351;STB=0.568407;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.0139339;OID=.;OPOS=107268310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:80:81:29:29:0.263636:12:17:39:41:12:17:40:41 chr12 107395106 . A C,G 775.99 PASS AF=0.04,0.96;AO=2,47;DP=50;FAO=2,48;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=2,29;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00524312,0.0271057;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=170.371,96.9495;QD=62.0788;RBI=0.0137334,0.038575;REFB=0,0;REVB=0.0126932,0.0274464;RO=0;SAF=2,28;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.181517,-0.00144292;OID=.,.;OPOS=107395106,107395106;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:0:0:2,47:2,48:0.04,0.96:0,19:2,28:0:0:0,19:2,29:0:0 chr12 107713696 . G A 318.58 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0198927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5103;QD=32.6753;RBI=0.0274435;REFB=-0.0466122;REVB=0.0189058;RO=12;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170492;STB=0.593152;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0201839;OID=.;OPOS=107713696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:12:12:27:27:0.692308:15:12:9:3:15:12:9:3 chr12 108169925 . T C 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00410427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.275;QD=15.1968;RBI=0.0100165;REFB=-0.0209654;REVB=0.00913705;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108014;STB=0.562412;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0168147;OID=.;OPOS=108169925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:7:7:11:7:7:7:11:7 chr12 108170359 . C T 70.85 PASS AF=0.6;AO=8;DP=14;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00160494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.524;QD=18.8939;RBI=0.0172414;REFB=-0.0274324;REVB=-0.0171665;RO=6;SAF=0;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.7882;STB=0.743518;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0372797;OID=.;OPOS=108170359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:6:6:8:9:0.6:8:0:3:3:8:1:3:3 chr12 108618630 . C T 2216.83 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00260406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.149;QD=63.338;RBI=0.0163808;REFB=0;REVB=0.0161725;RO=0;SAF=68;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30205e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73624e-05;OID=.;OPOS=108618630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:72:68:0:0:72:68:0:0 chr12 108634185 . C A 695.86 PASS AF=0.405263;AO=77;DP=190;FAO=77;FDP=190;FR=.;FRO=113;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=60;FSRR=53;FWDB=-0.0252964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.27;QD=14.6497;RBI=0.0253727;REFB=-0.0251044;REVB=0.00196609;RO=112;SAF=30;SAR=47;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155802;STB=0.58504;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0291243;OID=.;OPOS=108634185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:112:113:77:77:0.405263:47:30:60:52:47:30:60:53 chr12 108643553 . C T 251.93 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=64;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00429675;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.008;QD=15.5035;RBI=0.00939366;REFB=-0.011892;REVB=-0.00835337;RO=35;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353863;STB=0.536716;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0323691;OID=.;OPOS=108643553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:36:28:29:0.446154:15:13:15:20:15:14:15:21 chr12 108918146 . C T 1909.27 PASS AF=0.976744;AO=126;DP=129;FAO=126;FDP=129;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00808088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.419;QD=59.202;RBI=0.0102042;REFB=-0.0522738;REVB=0.00623094;RO=2;SAF=73;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00241604;STB=0.502084;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.000581599;OID=.;OPOS=108918146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:129:129:2:3:126:126:0.976744:53:73:1:1:53:73:2:1 chr12 108923950 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.544;QD=60.978;RBI=0.0359038;REFB=0;REVB=-0.0343612;RO=0;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000196471;OID=.;OPOS=108923950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:11:28:0:0:11:28:0:0 chr12 108954823 . C T 1139.2 PASS AF=0.974684;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0107172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3587;QD=57.681;RBI=0.0127355;REFB=-0.0854396;REVB=0.00688011;RO=2;SAF=42;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219966;STB=0.511361;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00908491;OID=.;OPOS=108954823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:79:2:2:75:77:0.974684:33:42:2:0:34:43:2:0 chr12 108955106 . C CT 407.91 PASS AF=1;AO=33;DP=37;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0496181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.4082;QD=47.9895;RBI=0.0496746;REFB=0;REVB=0.0023682;RO=3;SAF=18;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330979;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0016751;OID=.;OPOS=108955107;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:37:34:34:0:19:15:0:0:7:3:18:15:1:2 chr12 108955158 . T A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.59;QD=49.5985;RBI=0.0116313;REFB=0;REVB=-0.00101261;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.55989e-05;OID=.;OPOS=108955158;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr12 108962665 . CA C 43.99 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00559568;FXX=0.0256345;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.6382;QD=4.6309;RBI=0.0728203;REFB=-0.0580181;REVB=-0.072605;RO=20;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.340909;SSSB=-0.121279;STB=0.545389;STBP=0.682;TYPE=del;VARB=0.0549606;OID=.;OPOS=108962666;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:13:37:14:38:24:8:6:12:12:43:20:5:8:10:10 chr12 108986031 . C T 166.97 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.109316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8868;QD=22.263;RBI=0.150582;REFB=-0.0502754;REVB=0.103562;RO=10;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111394;STB=0.510903;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0315894;OID=.;OPOS=108986031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:30:30:10:13:16:16:0.533333:9:7:6:4:9:7:6:7 chr12 109051103 . G A 291.42 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00266394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.633;QD=14.391;RBI=0.0121368;REFB=-0.00750717;REVB=-0.0118408;RO=47;SAF=17;SAR=16;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838925;STB=0.540516;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0117852;OID=.;OPOS=109051103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:48:33:33:0.407407:16:17:28:19:16:17:28:20 chr12 109182049 . T C 85.24 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0457595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.388;QD=11.3658;RBI=0.0458244;REFB=-0.0151506;REVB=-0.0024379;RO=19;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380433;STB=0.726859;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0148175;OID=.;OPOS=109182049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:8:3:12:7:8:3:12:7 chr12 109219903 . C G 638.73 PASS AF=0.474453;AO=64;DP=138;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.0112516;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.409;QD=18.6491;RBI=0.020471;REFB=-0.00455329;REVB=0.0171016;RO=72;SAF=32;SAR=32;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265152;STB=0.518629;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00458684;OID=.;OPOS=109219903;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:72:72:64:65:0.474453:32:32:38:34:33:32:38:34 chr12 109277492 . C A 660.22 PASS AF=0.897959;AO=43;DP=49;FAO=44;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00871267;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.306;QD=53.8951;RBI=0.0156014;REFB=-0.132403;REVB=0.0129419;RO=2;SAF=20;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0029222;STB=0.512095;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00305721;OID=.;OPOS=109277492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:49:49:2:3:43:44:0.897959:23:20:1:1:23:21:2:1 chr12 109511256 . T C 1096.89 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.447;QD=60.1036;RBI=0.0399863;REFB=0;REVB=0.0276973;RO=0;SAF=46;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124189;OID=.;OPOS=109511256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:26:46:0:0:26:47:0:0 chr12 109520769 . A G 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0212776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8099;QD=12.5696;RBI=0.0216673;REFB=-0.0177129;REVB=-0.00409112;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325108;STB=0.687677;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0386855;OID=.;OPOS=109520769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:8:7:20:6:8:7:20:6 chr12 109577735 . C T 316.99 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00465415;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.05;QD=17.6105;RBI=0.00950935;REFB=-0.0107389;REVB=-0.00829256;RO=37;SAF=23;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161752;STB=0.598898;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0125717;OID=.;OPOS=109577735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:37:38:34:34:0.472222:11:23:19:18:11:23:19:19 chr12 109605730 . C T 354.22 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0264342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.023;QD=13.8911;RBI=0.0267412;REFB=0.000253198;REVB=0.00404029;RO=61;SAF=24;SAR=17;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150705;STB=0.585324;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.000120255;OID=.;OPOS=109605730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:61:41:41:0.401961:17:24:27:34:17:24:27:34 chr12 109605781 . C T 111.34 PASS AF=0.170732;AO=20;DP=123;FAO=21;FDP=123;FR=.;FRO=102;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=-0.00382351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.79;QD=3.62096;RBI=0.00420886;REFB=0.000884732;REVB=-0.00175934;RO=102;SAF=9;SAR=11;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882074;STB=0.575334;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00600589;OID=.;OPOS=109605781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:102:102:20:21:0.170732:11:9:53:49:12:9:53:49 chr12 109617865 . T C 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00950425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.655;QD=18.0871;RBI=0.00998186;REFB=-0.0195689;REVB=-0.0030507;RO=27;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221368;STB=0.624182;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.014801;OID=.;OPOS=109617865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:10:16:10:17:10:16:10:17 chr12 109647071 . C T 160.24 PASS AF=0.247312;AO=23;DP=93;FAO=23;FDP=93;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=-0.00896394;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.471;QD=6.89218;RBI=0.00969715;REFB=-0.0127287;REVB=-0.003699;RO=61;SAF=6;SAR=17;SRF=16;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00223146;STB=0.586128;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0309731;OID=.;OPOS=109647071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:61:70:23:23:0.247312:17:6:16:45:17:6:25:45 chr12 109675029 . T C 1049.19 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00661809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.739;QD=58.2884;RBI=0.0289954;REFB=-0.190352;REVB=0.02823;RO=1;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155009;STB=0.508194;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000709673;OID=.;OPOS=109675029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:30:41:0:1:30:41:0:1 chr12 109693982 . C T 107.73 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0402921;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.169;QD=11.9694;RBI=0.0406129;REFB=-0.017365;REVB=-0.00509515;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204081;STB=0.618884;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0157419;OID=.;OPOS=109693982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:23:23:13:13:0.361111:5:8:18:5:5:8:18:5 chr12 109696838 . G A 1859.06 PASS AF=0.97619;AO=122;DP=126;FAO=123;FDP=126;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0297842;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.329;QD=59.0178;RBI=0.0314432;REFB=-0.057601;REVB=0.0100785;RO=1;SAF=75;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100001;STB=0.501424;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=5.67387e-05;OID=.;OPOS=109696838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:126:126:1:3:122:123:0.97619:47:75:0:1:48:75:2:1 chr12 109717697 . A G 417.12 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00363993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1112;QD=25.2801;RBI=0.0148744;REFB=-0.017244;REVB=0.0144222;RO=26;SAF=21;SAR=19;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732334;STB=0.540071;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0135977;OID=.;OPOS=109717697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:26:40:40:0.606061:19:21:11:15:19:21:11:15 chr12 109848567 . T C 255.49 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0211206;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.228;QD=15.4844;RBI=0.021436;REFB=-0.0120988;REVB=-0.00366394;RO=38;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520206;STB=0.536662;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.013405;OID=.;OPOS=109848567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:38:37:29:29:0.439394:13:16:19:19:13:16:18:19 chr12 109883374 . T C 47.14 PASS AF=0.411765;AO=6;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0163402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.242;QD=11.0918;RBI=0.018558;REFB=-0.0112294;REVB=-0.00879759;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100718;STB=0.517192;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00991615;OID=.;OPOS=109883374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:6:7:0.411765:3:3:4:6:4:3:4:6 chr12 109889589 . C T 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0466692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5731;QD=6.78748;RBI=0.121377;REFB=0.0100692;REVB=0.112046;RO=23;SAF=6;SAR=2;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189669;STB=0.622313;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.0152439;OID=.;OPOS=109889589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:2:6:14:9:2:6:14:9 chr12 109921723 . A C 483.09 PASS AF=0.434426;AO=53;DP=122;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.0027036;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.381;QD=15.8389;RBI=0.00307546;REFB=-0.0070937;REVB=-0.00146594;RO=69;SAF=30;SAR=23;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117925;STB=0.566013;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0110602;OID=.;OPOS=109921723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:69:69:53:53:0.434426:23:30:31:38:23:30:31:38 chr12 109927806 . G C 461.26 PASS AF=0.443478;AO=51;DP=115;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0167636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.306;QD=16.0436;RBI=0.0508294;REFB=-0.028835;REVB=-0.0479856;RO=64;SAF=30;SAR=21;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734389;STB=0.541087;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0359462;OID=.;OPOS=109927806;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:64:64:51:51:0.443478:21:30:33:31:21:30:33:31 chr12 109937534 . G A 293.75 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.010574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.079;QD=14.6873;RBI=0.0180321;REFB=-0.00648023;REVB=0.0146065;RO=46;SAF=18;SAR=15;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00204722;STB=0.508004;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00851463;OID=.;OPOS=109937534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:47:33:33:0.4125:15:18:25:21:15:18:25:22 chr12 109961891 . G A 178.94 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0124122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7891;QD=10.845;RBI=0.0228951;REFB=-0.0107223;REVB=0.0192386;RO=42;SAF=11;SAR=12;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235457;STB=0.641346;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0144264;OID=.;OPOS=109961891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:43:23:23:0.348485:12:11:29:13:12:11:30:13 chr12 109971310 . G A 203.08 PASS AF=0.278351;AO=27;DP=98;FAO=27;FDP=97;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.0352829;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.212;QD=8.37457;RBI=0.0353533;REFB=-0.0107102;REVB=-0.0022296;RO=64;SAF=14;SAR=13;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776423;STB=0.513359;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0258807;OID=.;OPOS=109971310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:64:70:27:27:0.278351:13:14:29:35:13:14:35:35 chr12 109993942 . G T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00108514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.476;QD=16.417;RBI=0.00930741;REFB=-0.012575;REVB=0.00924393;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322033;STB=0.686002;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0200884;OID=.;OPOS=109993942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:10:4:10:6:10:4:10:6 chr12 109994455 . A T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0645523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8648;QD=7.83737;RBI=0.10606;REFB=-0.0112443;REVB=-0.0841528;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426633;STB=0.764002;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0521107;OID=.;OPOS=109994455;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:2:5:5:11:2:5:5:11 chr12 109994870 . A T 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00277209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.309;QD=23.8999;RBI=0.0100563;REFB=0.00514616;REVB=-0.00966666;RO=22;SAF=19;SAR=8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31858;STB=0.66909;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00388689;OID=.;OPOS=109994870;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:23:27:27:0.54:8:19:7:15:8:19:8:15 chr12 110024541 . A G 440.4 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00962822;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3142;QD=24.8111;RBI=0.010123;REFB=-0.00210375;REVB=-0.00312595;RO=29;SAF=28;SAR=14;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379751;STB=0.520823;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00528621;OID=.;OPOS=110024541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:29:42:42:0.591549:14:28:18:11:14:28:18:11 chr12 110029108 . C T 284.92 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0172607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9436;QD=23.743;RBI=0.0173068;REFB=-0.0384351;REVB=-0.0012622;RO=22;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505672;STB=0.528124;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0284036;OID=.;OPOS=110029108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:11:15:14:8:11:15:14:8 chr12 110205964 . G A 270.11 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0972084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9879;QD=12.0047;RBI=0.100453;REFB=-0.0292316;REVB=-0.0253263;RO=57;SAF=9;SAR=23;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688726;STB=0.548488;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.039056;OID=.;OPOS=110205964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:58:32:32:0.355556:23:9:19:38:23:9:20:38 chr12 110226379 . G A 283.24 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0215877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3;QD=12.5885;RBI=0.0336904;REFB=-0.000753276;REVB=-0.0258653;RO=55;SAF=12;SAR=21;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256499;STB=0.636281;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00139141;OID=.;OPOS=110226379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:57:33:33:0.366667:21:12:33:22:21:12:33:24 chr12 110226796 . A G 185.37 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.04146;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7913;QD=13.7312;RBI=0.0502325;REFB=-0.0143758;REVB=-0.0283615;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199306;STB=0.600998;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.023575;OID=.;OPOS=110226796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:21:22:0.407407:9:12:24:8:9:13:24:8 chr12 110240838 . T G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0038196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.026;QD=58.5876;RBI=0.0281109;REFB=0;REVB=0.0278502;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167778;OID=.;OPOS=110240838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr12 110252418 . C T 167.38 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0329596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.801;QD=10.1441;RBI=0.0434025;REFB=-0.00344579;REVB=-0.028239;RO=41;SAF=10;SAR=12;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372557;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00911882;OID=.;OPOS=110252418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:44:22:22:0.333333:12:10:20:21:12:10:20:24 chr12 110342598 . G A 352.44 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0157947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2594;QD=18.3087;RBI=0.037365;REFB=0.0122425;REVB=0.0338625;RO=40;SAF=15;SAR=22;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661712;STB=0.53695;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.0158552;OID=.;OPOS=110342598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:22:15:19:21:22:15:19:21 chr12 110390979 . T C 655.24 PASS AF=0.488889;AO=66;DP=135;FAO=66;FDP=135;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.00640333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.683;QD=19.4144;RBI=0.01701;REFB=-0.00687647;REVB=0.0157587;RO=69;SAF=36;SAR=30;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155022;STB=0.585536;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00827113;OID=.;OPOS=110390979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:69:69:66:66:0.488889:30:36:26:43:30:36:26:43 chr12 110405298 . AT A 217.14 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.0226738;FXX=0.0103082;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.8548;QD=9.04748;RBI=0.0612194;REFB=0.00445455;REVB=-0.0568658;RO=47;SAF=24;SAR=21;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978535;STB=0.561155;STBP=0.304;TYPE=del;VARB=0.00596779;OID=.;OPOS=110405299;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46875:45:96:45:96:51:24:21:33:18:99:47:24:21:30:17 chr12 110475212 . C T 85.81 PASS AF=0.212121;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0725509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8584;QD=5.20031;RBI=0.0731606;REFB=-0.00743179;REVB=0.00942525;RO=52;SAF=4;SAR=10;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336997;STB=0.71398;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0535682;OID=.;OPOS=110475212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:66:66:52:52:14:14:0.212121:10:4:29:23:10:4:29:23 chr12 110720416 . G T 393.75 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00052208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.071;QD=15.4411;RBI=0.00199308;REFB=-0.0093174;REVB=0.00192349;RO=58;SAF=21;SAR=23;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926034;STB=0.551977;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0147303;OID=.;OPOS=110720416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:58:44:44:0.431373:23:21:33:25:23:21:33:25 chr12 110764229 . C T 90.43 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.000126183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.856;QD=7.86334;RBI=0.0159248;REFB=0.00252102;REVB=0.0159243;RO=34;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797888;STB=0.549162;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00876053;OID=.;OPOS=110764229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:7:5:12:22:7:5:12:22 chr12 110960044 . CA C 39.04 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=56;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.113186;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.26448;QD=2.7399;RBI=0.114621;REFB=-0.0896744;REVB=0.0180805;RO=29;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918505;STB=0.517872;STBP=0.847;TYPE=del;VARB=0.0928767;OID=.;OPOS=110960045;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:23:56:19:57:38:11:8:21:17:39:29:14:9:15:14 chr12 111353556 . A G 289.47 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00562352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.828;QD=25.731;RBI=0.0216617;REFB=-0.028553;REVB=-0.020919;RO=19;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100292;STB=0.555513;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0196649;OID=.;OPOS=111353556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:13:13:12:7:13:13:12:7 chr12 111731361 . C T 124.96 PASS AF=0.198113;AO=21;DP=106;FAO=21;FDP=106;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=54;FSRR=31;FWDB=-0.0275338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9674;QD=4.71531;RBI=0.0289536;REFB=-0.00286132;REVB=-0.00895545;RO=80;SAF=18;SAR=3;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388942;STB=0.738864;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00938394;OID=.;OPOS=111731361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:80:85:21:21:0.198113:3:18:49:31:3:18:54:31 chr12 111747963 . C T 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00431574;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.991;QD=56.9974;RBI=0.0120326;REFB=0;REVB=0.011232;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63616e-05;OID=.;OPOS=111747963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr12 111758213 . C T 42.59 PASS AF=0.461538;AO=4;DP=14;FAO=6;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0169314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8347;QD=13.1041;RBI=0.0677407;REFB=-0.0356643;REVB=0.0655906;RO=7;SAF=1;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326128;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.08634;OID=.;OPOS=111758213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:14:13:7:6:4:6:0.461538:3:1:4:3:3:3:3:3 chr12 111760251 . G C 940.47 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.013063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1561;QD=56.9984;RBI=0.0723169;REFB=0.0110743;REVB=-0.0711273;RO=1;SAF=33;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141005;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000861936;OID=.;OPOS=111760251;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:32:33:1:0:32:33:1:0 chr12 111785586 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00415687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.477;QD=62.3508;RBI=0.0581841;REFB=0;REVB=0.0580355;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156615;OID=.;OPOS=111785586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr12 111786082 . G C 223.02 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000829258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.518;QD=49.5605;RBI=0.0302975;REFB=0;REVB=0.0302861;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454388;OID=.;OPOS=111786082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:5:12:0:0:6:12:0:0 chr12 111786892 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.705;QD=63.583;RBI=0.0222664;REFB=0;REVB=0.0175525;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3235e-05;OID=.;OPOS=111786892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr12 111798553 . A G 2037.48 PASS AF=0.971014;AO=133;DP=137;FAO=134;FDP=138;FR=.;FRO=4;FSAF=90;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.040588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3106;QD=59.0574;RBI=0.0410038;REFB=-0.0218048;REVB=-0.00582448;RO=3;SAF=89;SAR=44;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158019;STB=0.505617;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000482802;OID=.;OPOS=111798553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:137:138:3:4:133:134:0.971014:44:89:1:2:44:90:2:2 chr12 111884608 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.304;QD=57.1772;RBI=0.0233705;REFB=0;REVB=0.00856921;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7654e-05;OID=.;OPOS=111884608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:16:34:0:0:17:34:0:0 chr12 111886967 . T A 542.35 PASS AF=0.628205;AO=50;DP=78;FAO=49;FDP=78;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.002614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.16;QD=27.8128;RBI=0.00740189;REFB=-0.00855245;REVB=0.00692495;RO=27;SAF=26;SAR=24;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119627;STB=0.559764;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00617572;OID=.;OPOS=111886967;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:27:29:50:49:0.628205:24:26:19:8:23:26:20:9 chr12 111993712 . C T 242.05 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0767863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2586;QD=15.6162;RBI=0.0780232;REFB=-0.0157157;REVB=0.0138375;RO=32;SAF=10;SAR=18;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226069;STB=0.627815;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00920692;OID=.;OPOS=111993712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:32:34:28:28:0.451613:18:10:19:13:18:10:20:14 chr12 112110489 . T C 545.32 PASS AF=0.685714;AO=46;DP=68;FAO=48;FDP=70;FR=.;FRO=22;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.027679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.664;QD=31.1614;RBI=0.0350343;REFB=-0.0248262;REVB=0.0214773;RO=22;SAF=25;SAR=21;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00118806;STB=0.501199;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0115761;OID=.;OPOS=112110489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:22:22:46:48:0.685714:21:25:12:10:22:26:12:10 chr12 112191641 . G A 171.31 PASS AF=0.68;AO=16;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0202622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.261;QD=27.4093;RBI=0.129135;REFB=-0.0509615;REVB=0.127535;RO=9;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288507;STB=0.507683;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0238798;OID=.;OPOS=112191641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:25:25:9:8:16:17:0.68:10:6:3:6:11:6:3:5 chr12 112194206 . C T 215.45 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0427704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.688;QD=13.2582;RBI=0.0435726;REFB=-0.0248909;REVB=-0.00832243;RO=39;SAF=17;SAR=9;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043781;STB=0.525077;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0461064;OID=.;OPOS=112194206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:9:17:24:15:9:17:24:15 chr12 112194727 . C T 101.93 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0106951;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.413;QD=15.6811;RBI=0.028461;REFB=-0.00878229;REVB=-0.0263751;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662048;STB=0.538398;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0157044;OID=.;OPOS=112194727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:8:6:6:6:8:6 chr12 112241766 . G A 289.5 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00902365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.743;QD=25.7335;RBI=0.0103598;REFB=-0.0119413;REVB=0.00508914;RO=18;SAF=11;SAR=15;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259981;STB=0.523791;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0113493;OID=.;OPOS=112241766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:19:26:26:0.577778:15:11:7:11:15:11:7:12 chr12 112375990 . A C 306.82 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0330116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6131;QD=18.0484;RBI=0.0927758;REFB=-0.00781156;REVB=0.086704;RO=35;SAF=18;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08131;STB=0.545427;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0101912;OID=.;OPOS=112375990;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:15:18:16:19:15:18:16:19 chr12 112416586 . C T 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0157251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0041;QD=12.8591;RBI=0.0718807;REFB=0.0199483;REVB=0.0701396;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387836;STB=0.72672;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.0193987;OID=.;OPOS=112416586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:1:7:3:4:1:7 chr12 112460147 . T G 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00845932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.973;QD=10.1856;RBI=0.0180235;REFB=-0.00941517;REVB=-0.0159149;RO=32;SAF=9;SAR=6;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00740054;STB=0.529372;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0189649;OID=.;OPOS=112460147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:34:15:15:0.306122:6:9:19:13:6:9:19:15 chr12 112460749 . A G 2831.18 PASS AF=1;AO=178;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00772358;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.924;QD=62.915;RBI=0.0322718;REFB=0;REVB=-0.031334;RO=0;SAF=70;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59765e-05;OID=.;OPOS=112460749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:178:180:1:108:70:0:0:109:71:0:0 chr12 112464893 . C T 222.72 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0215794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.376;QD=12.5475;RBI=0.021582;REFB=-0.0222485;REVB=-0.000330616;RO=44;SAF=12;SAR=15;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10878;STB=0.562454;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0321637;OID=.;OPOS=112464893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:15:12:24:20:15:12:24:20 chr12 112477055 . T C 103.38 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0219639;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=273.983;QD=10.0854;RBI=0.0231368;REFB=-0.0110334;REVB=-0.0072731;RO=28;SAF=4;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227554;STB=0.637576;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0247672;OID=.;OPOS=112477055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:9:4:14:14:9:4:14:14 chr12 112577990 . T C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00925243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.438;QD=11.8307;RBI=0.00944121;REFB=-0.000738269;REVB=-0.00187856;RO=18;SAF=1;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.587408;STB=0.858608;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00115031;OID=.;OPOS=112577990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:10:1:10:8:10:1:10:8 chr12 112580071 . C T 336.22 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.00404644;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.136;QD=13.057;RBI=0.006169;REFB=0.00218862;REVB=0.00465649;RO=63;SAF=13;SAR=27;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10273;STB=0.558591;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.00307058;OID=.;OPOS=112580071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:63:63:40:40:0.38835:27:13:26:37:27:13:26:37 chr12 112598321 . G A 219.22 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00119686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.197;QD=13.9184;RBI=0.00772466;REFB=0.0029848;REVB=-0.00763138;RO=37;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022457;STB=0.512811;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.0035902;OID=.;OPOS=112598321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:16:10:15:22:16:10:15:22 chr12 112667675 . T G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.888;QD=58.4197;RBI=0.0217483;REFB=0;REVB=0.00234939;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03326e-05;OID=.;OPOS=112667675;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr12 112703732 . A C 483.59 PASS AF=0.5;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.000887828;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.738;QD=20.5783;RBI=0.0226499;REFB=-0.00879831;REVB=0.0226325;RO=48;SAF=30;SAR=17;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493621;STB=0.523327;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00617009;OID=.;OPOS=112703732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:48:47:47:47:0.5:17:30:33:15:17:30:32:15 chr12 112704961 . A G 237.13 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00152181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.489;QD=19.7609;RBI=0.017796;REFB=-0.0295073;REVB=-0.0177308;RO=25;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105241;STB=0.544588;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0433231;OID=.;OPOS=112704961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:25:25:22:23:0.479167:9:13:12:13:10:13:12:13 chr12 112705013 . C T 197.68 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0508388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9943;QD=14.643;RBI=0.050987;REFB=-0.02475;REVB=-0.00388559;RO=31;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125562;STB=0.571368;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0525481;OID=.;OPOS=112705013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:12:11:11:20:12:11:11:20 chr12 113266136 . G A 153.28 PASS AF=0.219298;AO=25;DP=113;FAO=25;FDP=114;FR=.;FRO=89;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=-0.048033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.489;QD=5.37838;RBI=0.0566386;REFB=-0.0015386;REVB=-0.0300126;RO=88;SAF=13;SAR=12;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177765;STB=0.515118;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00351204;OID=.;OPOS=113266136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:88:89:25:25:0.219298:12:13:47:41:12:13:48:41 chr12 113313470 . C T 4354.07 PASS AF=1;AO=275;DP=276;FAO=277;FDP=277;FR=.;FRO=0;FSAF=163;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00444182;FXX=0.00359699;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4998;QD=62.8747;RBI=0.0856148;REFB=0.00838924;REVB=0.0854995;RO=1;SAF=163;SAR=112;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00291647;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00178212;OID=.;OPOS=113313470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:276:277:1:0:275:277:1:112:163:1:0:114:163:0:0 chr12 113319600 . C T 1075.68 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00103259;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4752;QD=58.9413;RBI=0.00141874;REFB=-0.101349;REVB=0.000972924;RO=1;SAF=48;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00975253;STB=0.505153;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00202458;OID=.;OPOS=113319600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:24:48:1:0:24:48:1:0 chr12 113325629 . T C 1904.68 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219315;FXX=0.00799936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.012;QD=61.4413;RBI=0.0225663;REFB=0;REVB=0.00531501;RO=0;SAF=54;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04106e-05;OID=.;OPOS=113325629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:70:54:0:0:70:54:0:0 chr12 113348870 . G A 331.91 PASS AF=0.413043;AO=35;DP=88;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00172616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.803;QD=14.4307;RBI=0.0110506;REFB=-0.00855755;REVB=0.010915;RO=53;SAF=24;SAR=11;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235763;STB=0.590116;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0219373;OID=.;OPOS=113348870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:92:53:54:35:38:0.413043:11:24:25:28:14:24:26:28 chr12 113357193 . G A 69.59 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0736296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6529;QD=16.3735;RBI=0.0743598;REFB=0.0162984;REVB=-0.0103954;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371297;STB=0.52169;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.0217277;OID=.;OPOS=113357193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:5:3:3:6:5:3 chr12 113357209 . G A 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0144829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.45;QD=10.3792;RBI=0.0366828;REFB=-0.00200531;REVB=-0.0337027;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117295;STB=0.571265;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00427968;OID=.;OPOS=113357209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:3:6:9:7:3:6:9:7 chr12 113357237 . G C 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00695191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.624;QD=18.4898;RBI=0.0113793;REFB=0.00679722;REVB=0.0090088;RO=26;SAF=14;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214666;STB=0.512184;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.00696762;OID=.;OPOS=113357237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:8:14:16:10:8:14:16:10 chr12 113357442 . G A 439.16 PASS AF=0.745098;AO=37;DP=50;FAO=38;FDP=51;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0658301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8924;QD=34.4438;RBI=0.079727;REFB=0.0191411;REVB=0.0449755;RO=13;SAF=16;SAR=21;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514494;STB=0.530382;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00514291;OID=.;OPOS=113357442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:50:51:13:13:37:38:0.745098:21:16:7:6:22:16:7:6 chr12 113369715 . TA T 337.33 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.010495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.323;QD=20.4442;RBI=0.0106862;REFB=-0.0119208;REVB=-0.0020125;RO=31;SAF=18;SAR=17;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18949;STB=0.604594;STBP=0.098;TYPE=del;VARB=0.00851134;OID=.;OPOS=113369716;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.530303:35:66:35:66:31:18:17:9:22:99:31:18:17:9:22 chr12 113369759 . G C 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0256248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2875;QD=20.1559;RBI=0.0265377;REFB=-0.0205614;REVB=0.0069004;RO=25;SAF=16;SAR=12;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210461;STB=0.616939;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0226984;OID=.;OPOS=113369759;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:12:16:8:17:12:16:8:17 chr12 113376388 . G A 50.62 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0681548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9384;QD=5.19207;RBI=0.0964663;REFB=0.00457252;REVB=0.0682691;RO=30;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107242;STB=0.510179;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.017113;OID=.;OPOS=113376388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:39:30:31:8:8:0.205128:5:3:11:19:5:3:12:19 chr12 113379599 . A G 122.29 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.000560567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.506;QD=8.43382;RBI=0.0249528;REFB=-0.00662314;REVB=-0.0249465;RO=41;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125338;STB=0.574863;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0118548;OID=.;OPOS=113379599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:9:8:15:26:9:8:15:26 chr12 113386950 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.29;QD=59.5013;RBI=0.0195117;REFB=0;REVB=0.0100929;RO=0;SAF=13;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.55885e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.68402e-06;OID=.;OPOS=113386950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:56:13:0:0:56:13:0:0 chr12 113398919 . G A 902.83 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.578;QD=57.3224;RBI=0.0441639;REFB=0;REVB=0.00435022;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471712;OID=.;OPOS=113398919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:28:33:0:0:28:35:0:0 chr12 113425154 . C G 411.57 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.129;QD=56.7677;RBI=0.0306122;REFB=0;REVB=-0.0120259;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80587e-05;OID=.;OPOS=113425154;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr12 113435450 . A T 1801.79 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4002;QD=61.0776;RBI=0.0373325;REFB=0;REVB=0.030919;RO=0;SAF=58;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58864e-05;OID=.;OPOS=113435450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:59:58:0:0:60:58:0:0 chr12 113448288 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.64;QD=59.6795;RBI=0.0215725;REFB=0;REVB=0.0155004;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04137e-07;OID=.;OPOS=113448288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr12 113531854 . G A 126.17 PASS AF=0.179688;AO=23;DP=128;FAO=23;FDP=128;FR=.;FRO=105;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=67;FWDB=0.0107674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7778;QD=3.94287;RBI=0.0181291;REFB=0.000112127;REVB=0.0145852;RO=104;SAF=5;SAR=18;SRF=37;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213362;STB=0.645399;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.000121476;OID=.;OPOS=113531854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:104:105:23:23:0.179688:18:5:37:67:18:5:38:67 chr12 113532902 . C T 372.83 PASS AF=0.396396;AO=43;DP=111;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.00782493;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.9;QD=13.4352;RBI=0.012024;REFB=-0.00437493;REVB=-0.00912948;RO=67;SAF=29;SAR=14;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140411;STB=0.584548;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00683751;OID=.;OPOS=113532902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:67:67:43:44:0.396396:14:29:37:30:14:30:37:30 chr12 113546014 . A G 370.41 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0340495;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.236;QD=16.8367;RBI=0.0341712;REFB=-0.0236985;REVB=-0.00288146;RO=49;SAF=13;SAR=26;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101864;STB=0.557347;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0277626;OID=.;OPOS=113546014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:49:49:39:39:0.443182:26:13:21:28:26:13:21:28 chr12 113549960 . G A 132.4 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00435382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.52;QD=9.99249;RBI=0.0127336;REFB=-0.0088766;REVB=-0.0119661;RO=36;SAF=10;SAR=7;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094823;STB=0.556011;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0152594;OID=.;OPOS=113549960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:7:10:24:12:7:10:24:12 chr12 113553481 . C T 769.83 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360816;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.811;QD=64.1522;RBI=0.0373613;REFB=0;REVB=0.00969464;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011401;OID=.;OPOS=113553481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr12 113595505 . G A 288.88 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.00589637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.63;QD=13.9218;RBI=0.0172095;REFB=-0.0144033;REVB=0.0161678;RO=48;SAF=15;SAR=18;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176516;STB=0.59864;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0251404;OID=.;OPOS=113595505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:48:50:33:33:0.39759:18:15:30:18:18:15:31:19 chr12 113633449 . GC G 54.21 PASS AF=0.226667;AO=17;DP=76;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.075356;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.5679;QD=2.89144;RBI=0.121931;REFB=-0.0105107;REVB=-0.0958576;RO=52;SAF=7;SAR=10;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142343;STB=0.528812;STBP=0.815;TYPE=del;VARB=0.0300973;OID=.;OPOS=113633450;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.226667:17:76:17:75:58:7:10:26:32:54:52:7:10:22:30 chr12 113796566 . A C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.738;QD=45.8063;RBI=0.0397223;REFB=0;REVB=0.0367072;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230212;OID=.;OPOS=113796566;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr12 113865920 . G A 144.01 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0223378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.759;QD=15.1588;RBI=0.0294839;REFB=-0.0266411;REVB=-0.0192437;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290181;STB=0.516758;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0507416;OID=.;OPOS=113865920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:13:9:7:9:13:9 chr12 114362483 . C T 868.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00498039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=341.417;QD=57.8825;RBI=0.00601826;REFB=0;REVB=0.00337863;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70793e-06;OID=.;OPOS=114362483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr12 114374887 . T C 437.53 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0203232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4977;QD=18.6182;RBI=0.0206358;REFB=-0.0197074;REVB=-0.00357784;RO=48;SAF=20;SAR=24;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558477;STB=0.540257;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0252844;OID=.;OPOS=114374887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:50:44:44:0.468085:24:20:19:29:24:20:19:31 chr12 114377835 . A G 283.6 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00997253;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.572;QD=12.4661;RBI=0.0368991;REFB=-0.00975527;REVB=-0.0355259;RO=57;SAF=23;SAR=10;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162975;STB=0.589687;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0130657;OID=.;OPOS=114377835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:58:33:33:0.362637:10:23:32:25:10:23:33:25 chr12 114377877 . T C 332.96 PASS AF=0.389474;AO=36;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00801844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.834;QD=14.0193;RBI=0.0118606;REFB=-0.00449334;REVB=0.00873941;RO=57;SAF=26;SAR=10;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230177;STB=0.622017;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00697072;OID=.;OPOS=114377877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:58:36:37:0.389474:10:26:30:27:11:26:30:28 chr12 114377899 . G C 1418.75 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242949;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.741;QD=63.0554;RBI=0.0573829;REFB=0;REVB=0.0519861;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142;OID=.;OPOS=114377899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:43:47:0:0:43:47:0:0 chr12 114383651 . C T 683.86 PASS AF=0.469388;AO=67;DP=145;FAO=69;FDP=147;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=51;FWDB=-0.0092695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.909;QD=18.6084;RBI=0.0100705;REFB=-0.00855429;REVB=-0.00393581;RO=78;SAF=29;SAR=38;SRF=27;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868115;STB=0.548432;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00925157;OID=.;OPOS=114383651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:78:78:67:69:0.469388:38:29:27:51:39:30:27:51 chr12 114386572 . C T 346.03 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0180591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.988;QD=19.4947;RBI=0.0271197;REFB=-0.00556478;REVB=-0.0202323;RO=34;SAF=27;SAR=9;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197007;STB=0.619763;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00651912;OID=.;OPOS=114386572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:35:36:36:0.507042:9:27:19:15:9:27:19:16 chr12 114386639 . A G 493.71 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0163753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.947;QD=20.3593;RBI=0.0165384;REFB=-0.00937113;REVB=0.0023169;RO=48;SAF=31;SAR=17;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118349;STB=0.561314;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00894968;OID=.;OPOS=114386639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:49:48:48:0.494845:17:31:25:23:17:31:26:23 chr12 114395651 . T C 333.98 PASS AF=0.383929;AO=39;DP=107;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=0.0045072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.579;QD=11.9278;RBI=0.0115925;REFB=-0.0147689;REVB=-0.0106805;RO=68;SAF=27;SAR=12;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928623;STB=0.57015;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0255323;OID=.;OPOS=114395651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:112:68:69:39:43:0.383929:12:27:42:26:12:31:43:26 chr12 114395682 . C T 301.91 PASS AF=0.31746;AO=40;DP=126;FAO=40;FDP=126;FR=.;FRO=86;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.0264092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5736;QD=9.5844;RBI=0.0309911;REFB=-0.01688;REVB=-0.0162173;RO=85;SAF=24;SAR=16;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111579;STB=0.561259;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0443459;OID=.;OPOS=114395682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:85:86:40:40:0.31746:16:24:43:42:16:24:44:42 chr12 114793240 . C T 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00116428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.526;QD=23.4326;RBI=0.00379593;REFB=-0.0127317;REVB=0.00361296;RO=20;SAF=12;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815005;STB=0.545417;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0119456;OID=.;OPOS=114793240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:12:12:8:12:12:12:8:12 chr12 114793297 . T C 120.68 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.045866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.911;QD=14.1971;RBI=0.0468588;REFB=-0.0553512;REVB=0.00959491;RO=20;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26162;STB=0.607315;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0453378;OID=.;OPOS=114793297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:20:13:14:0.411765:10:3:9:11:10:4:9:11 chr12 114942966 . T C 152.34 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0150252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.197;QD=21.013;RBI=0.0157429;REFB=-0.0296116;REVB=0.00469908;RO=13;SAF=3;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139462;STB=0.57951;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0330334;OID=.;OPOS=114942966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:13:3:4:9:13:3:4:9 chr12 115114180 . A G 30.58 PASS AF=0.0746269;AO=10;DP=133;FAO=10;FDP=134;FR=.;FRO=124;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=67;FSRR=57;FWDB=-0.000860822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7122;QD=0.912773;RBI=0.0187742;REFB=-0.0019805;REVB=-0.0187545;RO=123;SAF=1;SAR=9;SRF=67;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482785;STB=0.901861;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0260889;OID=.;OPOS=115114180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:133:134:123:124:10:10:0.0746269:9:1:67:56:9:1:67:57 chr12 116408538 . A G 2312.65 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00675133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.449;QD=63.7971;RBI=0.00888907;REFB=0;REVB=0.0057823;RO=0;SAF=85;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41491e-05;OID=.;OPOS=116408538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:60:85:0:0:60:85:0:0 chr12 116429689 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0799868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9658;QD=37.4885;RBI=0.0824233;REFB=0;REVB=-0.0198922;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00406821;OID=.;OPOS=116429689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr12 116446445 . C T 923.42 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0464133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.621;QD=56.8257;RBI=0.0476675;REFB=-0.0460754;REVB=-0.0108628;RO=1;SAF=33;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140981;STB=0.50746;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=9.67497e-05;OID=.;OPOS=116446445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:31:33:1:0:31:33:1:0 chr12 117014406 . A G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0341337;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=249.618;QD=9.76029;RBI=0.0341337;REFB=-0.00354389;REVB=-4.75088e-05;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160434;STB=0.528223;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00357655;OID=.;OPOS=117014406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:11:12:7:7:0.368421:5:2:3:8:5:2:3:9 chr12 117217141 . T C 837.24 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175565;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.279;QD=57.7408;RBI=0.0434887;REFB=0;REVB=0.0397874;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97156e-05;OID=.;OPOS=117217141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr12 117289613 . G C 211.22 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0107406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.915;QD=12.0699;RBI=0.012342;REFB=-0.00591115;REVB=0.00607984;RO=42;SAF=15;SAR=11;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108659;STB=0.562865;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.011765;OID=.;OPOS=117289613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:44:26:26:0.371429:11:15:20:22:11:15:21:23 chr12 117290182 . T TTTCCCC 146.1 PASS AF=0.484848;AO=14;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0096629;FXX=0;HRUN=3;LEN=6;MLLD=348.739;QD=17.7096;RBI=0.0125564;REFB=-0.0110225;REVB=-0.00801825;RO=19;SAF=1;SAR=13;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457147;STB=0.801018;STBP=0.025;TYPE=ins;VARB=0.0152762;OID=.;OPOS=117290183;OREF=-;OALT=TTCCCC;OMAPALT=TTTCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484848:14:33:16:33:17:1:15:6:11:99:19:1:13:6:13 chr12 117383320 . G A 853.05 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000323271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3051;QD=55.9377;RBI=0.0309896;REFB=-0.0797868;REVB=-0.0309879;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00097539;OID=.;OPOS=117383320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:28:32:0:0:28:32:0:1 chr12 117465857 . T C 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00583114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.872;QD=64.2852;RBI=0.0165905;REFB=0;REVB=0.0155319;RO=0;SAF=63;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4594e-06;OID=.;OPOS=117465857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:37:63:0:0:37:63:0:0 chr12 117584066 . G A 423.71 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.001227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.309;QD=16.1415;RBI=0.00242517;REFB=-0.0103813;REVB=-0.00209187;RO=58;SAF=25;SAR=22;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540793;STB=0.530216;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0135076;OID=.;OPOS=117584066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:58:47:47:0.447619:22:25:34:24:22:25:34:24 chr12 117669914 . G A 179.63 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0300308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.881;QD=15.6197;RBI=0.0317853;REFB=-0.0218775;REVB=-0.0104143;RO=27;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173827;STB=0.599896;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0369206;OID=.;OPOS=117669914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:8:11:11:16:8:11:11:16 chr12 117685270 . G A 1156.89 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0021755;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.808;QD=60.8887;RBI=0.00222592;REFB=0;REVB=0.000471096;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.31825e-05;OID=.;OPOS=117685270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:31:45:0:0:31:45:0:0 chr12 117693817 . G A 742.77 PASS AF=1;AO=52;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.190394;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.1445;QD=50.3573;RBI=0.203281;REFB=-0.0487087;REVB=0.0712284;RO=5;SAF=20;SAR=32;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037109;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00819299;OID=.;OPOS=117693817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:59:5:0:52:59:1:32:20:3:2:36:23:0:0 chr12 117890947 . T C 1662.52 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144609;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.54;QD=60.4554;RBI=0.0224258;REFB=0;REVB=0.0171405;RO=0;SAF=61;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55273e-05;OID=.;OPOS=117890947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:110:110:1:49:61:0:0:49:61:0:0 chr12 117964883 . G A 270.21 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0144404;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.547;QD=14.0371;RBI=0.0148034;REFB=-0.00702221;REVB=0.00325815;RO=45;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644605;STB=0.529393;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0133448;OID=.;OPOS=117964883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:45:46:31:31:0.402597:16:15:19:26:16:15:20:26 chr12 118020115 . G A 393.91 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00313001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.93;QD=25.4137;RBI=0.0267544;REFB=-0.0193709;REVB=0.0265707;RO=24;SAF=21;SAR=17;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668669;STB=0.536608;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00977341;OID=.;OPOS=118020115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:17:21:11:13:17:21:11:13 chr12 118199286 . C G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.49;QD=55.0986;RBI=0.0466533;REFB=0;REVB=0.0159078;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137485;OID=.;OPOS=118199286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr12 118467553 . A G,T 1500.67 PASS AF=0.769231,0.230769;AO=78,18;DP=97;FAO=80,24;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=40,18;FSAR=40,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150624,0.00697613;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.6411,57.6496;QD=57.7179;RBI=0.0157092,0.0202561;REFB=0,0;REVB=0.00446116,-0.0190169;RO=0;SAF=39,12;SAR=39,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0018184,0.0869277;OID=.,.;OPOS=118467553,118467553;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:97:104:0:0:78,18:80,24:0.769231,0.230769:39,6:39,12:0:0:40,6:40,18:0:0 chr12 118473054 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.939;QD=58.061;RBI=0.0242377;REFB=0;REVB=0.00298622;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56531e-05;OID=.;OPOS=118473054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr12 118506186 . A T 116.28 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00497524;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.482;QD=7.26775;RBI=0.00691865;REFB=-0.00963064;REVB=-0.00480777;RO=47;SAF=10;SAR=7;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944627;STB=0.557553;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.020987;OID=.;OPOS=118506186;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:47:47:17:17:0.265625:7:10:24:23:7:10:24:23 chr12 118509191 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0782829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.226;QD=58.587;RBI=0.0822771;REFB=0;REVB=0.0253242;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000307275;OID=.;OPOS=118509191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr12 118520170 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00741859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.214;QD=63.8719;RBI=0.0140732;REFB=0;REVB=0.0119591;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90931e-05;OID=.;OPOS=118520170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr12 118855405 . A G 1574.06 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126172;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.04;QD=64.2473;RBI=0.0210702;REFB=0;REVB=0.0168748;RO=0;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52005e-06;OID=.;OPOS=118855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:45:53:0:0:45:53:0:0 chr12 119431750 . G T 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00954297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.193;QD=17.064;RBI=0.0219869;REFB=-0.00372082;REVB=0.019808;RO=31;SAF=16;SAR=12;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398586;STB=0.522372;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00373805;OID=.;OPOS=119431750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:12:16:19:12:12:16:19:12 chr12 119588932 . C T 141.69 PASS AF=0.241379;AO=21;DP=87;FAO=21;FDP=87;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0598931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0948;QD=6.51459;RBI=0.0608414;REFB=-0.0161923;REVB=-0.0107001;RO=66;SAF=14;SAR=7;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193189;STB=0.618931;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0524241;OID=.;OPOS=119588932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:66:66:21:21:0.241379:7:14:34:32:7:14:34:32 chr12 119588962 . G A 526.68 PASS AF=0.569767;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0213683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9568;QD=24.4966;RBI=0.0216852;REFB=-0.00352487;REVB=0.00369343;RO=36;SAF=20;SAR=29;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178074;STB=0.602983;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00186005;OID=.;OPOS=119588962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:36:37:49:49:0.569767:29:20:23:13:29:20:24:13 chr12 119594626 . TGGGGG TGGGG,TGGGGC 349.56 PASS AF=0.980392,0;AO=32,2;DP=52;FAO=50,0;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=16,0;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.037713,0.0906486;FXX=0.0192271;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.59345,6.09571;QD=27.4165;RBI=0.288806,0.236727;REFB=-0.0096684,-0.0706616;REVB=0.286334,0.218683;RO=12;SAF=11,1;SAR=21,1;SRF=2;SRR=10;SSEN=0.349206,0;SSEP=0,0;SSSB=0.102229,0.391215;STB=0.507243,0.5;STBP=0.616,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0261545,-0.0274419;OID=.,.;OPOS=119594627,119594631;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGGG,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.980392,0:32,2:52:50,0:51:1:16,0:34,0:0:1:6:12:11,1:21,1:2:10 chr12 119871387 . A G 978.19 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0056347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.093;QD=57.5407;RBI=0.0221147;REFB=-0.159601;REVB=0.0213848;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.50746;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00126964;OID=.;OPOS=119871387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:34:33:0:0:34:33:1:0 chr12 120067561 . T C 1734.35 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284588;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.925;QD=60.8542;RBI=0.0296468;REFB=0;REVB=0.00830839;RO=0;SAF=47;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3323e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.36913e-05;OID=.;OPOS=120067561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:67:47:0:0:67:47:0:0 chr12 120117771 . G A 189.28 PASS AF=0.259259;AO=28;DP=107;FAO=28;FDP=108;FR=.;FRO=80;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=53;FSRR=27;FWDB=-0.0269515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.57;QD=7.01033;RBI=0.030004;REFB=-0.00857442;REVB=-0.0131856;RO=79;SAF=12;SAR=16;SRF=52;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277295;STB=0.668268;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0244415;OID=.;OPOS=120117771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:79:80:28:28:0.259259:16:12:52:27:16:12:53:27 chr12 120171995 . T C 1208.54 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5105;QD=61.192;RBI=0.0750442;REFB=0;REVB=-0.0703058;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00076627;OID=.;OPOS=120171995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:31:48:0:0:31:48:0:0 chr12 120189879 . A G 834.35 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.844;QD=57.5414;RBI=0.057964;REFB=0;REVB=0.0329358;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260704;OID=.;OPOS=120189879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr12 120189888 . T C 801.7 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.597;QD=57.2644;RBI=0.127465;REFB=0;REVB=0.120887;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145223;OID=.;OPOS=120189888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:0:0:52:56:1:23:29:0:0:27:29:0:0 chr12 120457035 . A G 1293.79 PASS AF=0.988506;AO=84;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00118169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7399;QD=59.4847;RBI=0.00901245;REFB=-0.0465136;REVB=0.00893465;RO=2;SAF=24;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114966;STB=0.509802;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.000754222;OID=.;OPOS=120457035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:2:1:84:86:0.988506:60:24:1:1:61:25:1:0 chr12 120534907 . C T 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00426934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5655;QD=22.6322;RBI=0.0135501;REFB=-0.00536613;REVB=-0.01286;RO=8;SAF=11;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112223;STB=0.563996;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00312142;OID=.;OPOS=120534907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:2:11:6:2:2:11:6:2 chr12 120536629 . C T 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0109071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.271;QD=18.4387;RBI=0.0331397;REFB=-0.00692304;REVB=-0.0312933;RO=29;SAF=10;SAR=19;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129938;STB=0.572813;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00647839;OID=.;OPOS=120536629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:19:10:14:15:19:10:14:15 chr12 120575549 . A C 1540.51 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.447;QD=59.8257;RBI=0.0401293;REFB=0;REVB=0.0357141;RO=0;SAF=51;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43471e-05;OID=.;OPOS=120575549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:52:51:0:0:52:51:0:0 chr12 120582242 . T G 130.94 PASS AF=0.227273;AO=20;DP=88;FAO=20;FDP=88;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=-0.0542247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.529;QD=5.95202;RBI=0.061972;REFB=-0.00462506;REVB=-0.0300035;RO=68;SAF=7;SAR=13;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34173;STB=0.709409;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0214904;OID=.;OPOS=120582242;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:68:68:20:20:0.227273:13:7:43:25:13:7:43:25 chr12 120589064 . G C 1954.97 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3459;QD=61.5739;RBI=0.0555063;REFB=0;REVB=-0.0333607;RO=0;SAF=55;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99343e-05;OID=.;OPOS=120589064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:126:127:1:71:55:0:0:72:55:0:0 chr12 120589160 . A G 696.28 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0313254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.761;QD=56.8391;RBI=0.046446;REFB=0.0550554;REVB=0.0342921;RO=3;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968523;STB=0.551701;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00172813;OID=.;OPOS=120589160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:13:33:0:3:13:33:0:3 chr12 120591143 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.281;QD=58.0611;RBI=0.0227045;REFB=0;REVB=0.0107856;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4782e-05;OID=.;OPOS=120591143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr12 120594322 . G A 42.47 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00390021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.116;QD=4.85333;RBI=0.0627272;REFB=-0.00126956;REVB=-0.0626058;RO=28;SAF=6;SAR=1;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434702;STB=0.799041;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00374667;OID=.;OPOS=120594322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:1:6:15:13:1:6:15:13 chr12 120608031 . A G 953.74 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.059;QD=58.6916;RBI=0.0175403;REFB=0;REVB=-0.00293509;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60484e-05;OID=.;OPOS=120608031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:31:33:0:0:31:34:0:0 chr12 120636549 . C A 426.34 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0142331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2386;QD=21.8636;RBI=0.0573424;REFB=0.0113915;REVB=-0.0555479;RO=35;SAF=24;SAR=18;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148319;STB=0.572486;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00996605;OID=.;OPOS=120636549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:36:42:42:0.538462:18:24:26:9:18:24:26:10 chr12 120649970 . C T 46.33 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.000635538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.509;QD=9.75312;RBI=0.00187219;REFB=-0.0110564;REVB=0.00176102;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311223;STB=0.691747;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0202911;OID=.;OPOS=120649970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:5:7:2:5:5:7 chr12 120661977 . T C 563.16 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173045;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.773;QD=60.8825;RBI=0.0204836;REFB=0;REVB=0.0204104;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218736;OID=.;OPOS=120661977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr12 120882217 . G T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00821343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.248;QD=57.1775;RBI=0.00845164;REFB=0;REVB=-0.00199243;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07386e-06;OID=.;OPOS=120882217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr12 120882263 . AAAAG AAAAA,AAA,AA,A 853.29 PASS AF=0,0,1,0;AO=3,8,41,8;DP=64;FAO=0,0,60,0;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,33,0;FSAR=0,0,27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015602,0.0142407,0.00885119,0.00362362;FXX=0.0322529;HRUN=1,7,7,7;LEN=1,2,3,4;MLLD=210.28,222.354,232.073,222.971;QD=56.8858;RBI=0.0215916,0.0202144,0.015688,0.0116903;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0149256,-0.0143466,-0.0129526,-0.0111145;RO=0;SAF=2,2,24,7;SAR=1,6,17,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-5.58669e-08,-6.2194e-08,4.78849e-08;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=0,0.0228076,2.525e-05,0;OID=.,.,.,.;OPOS=120882267,120882266,120882265,120882264;OREF=G,AG,AAG,AAAG;OALT=A,-,-,-;OMAPALT=AAAAA,AAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1,0:3,8,41,8:64:0,0,60,0:60:0:0,0,33,0:0,0,27,0:0:0:5:0:2,2,24,7:1,6,17,1:0:0 chr12 120884328 . C T 490.8 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697762;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9868;QD=57.7406;RBI=0.123763;REFB=0;REVB=0.102219;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00463828;OID=.;OPOS=120884328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:24:9:0:0:24:10:0:0 chr12 120934407 . C T 954.32 PASS AF=0.898734;AO=69;DP=79;FAO=71;FDP=79;FR=.;FRO=8;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.142039;FXX=0.0124984;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.6385;QD=48.3199;RBI=0.169834;REFB=-0.158482;REVB=0.0931045;RO=10;SAF=30;SAR=39;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00843177;STB=0.50635;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.019958;OID=.;OPOS=120934407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:79:79:10:8:69:71:0.898734:39:30:4:6:40:31:3:5 chr12 120934624 . A C 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0226;QD=51.1795;RBI=0.0309128;REFB=0;REVB=0.00358574;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288207;OID=.;OPOS=120934624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr12 120966751 . C T 79.71 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.000620626;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=298.395;QD=7.08572;RBI=0.00297268;REFB=-0.00596791;REVB=0.00290717;RO=34;SAF=4;SAR=7;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233327;STB=0.646322;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0162328;OID=.;OPOS=120966751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:7:4:19:15:7:4:19:15 chr12 120966921 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.571;QD=53.2772;RBI=0.0441421;REFB=0;REVB=-0.000753767;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028145;OID=.;OPOS=120966921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr12 121017171 . A G 1737.33 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0309023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5945;QD=58.8925;RBI=0.0345983;REFB=-0.0564944;REVB=0.0155594;RO=2;SAF=63;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175811;STB=0.509258;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00343522;OID=.;OPOS=121017171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:2:2:116:116:0.983051:53:63:0:2:53:63:0:2 chr12 121131891 . C T 1522.3 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.937;QD=63.4292;RBI=0.0210773;REFB=0;REVB=0.00732763;RO=0;SAF=62;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61279e-05;OID=.;OPOS=121131891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:94:96:1:32:62:0:0:34:62:0:0 chr12 121151093 . C T 496.04 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0179878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.774;QD=17.8755;RBI=0.0228507;REFB=-0.0208834;REVB=-0.0140925;RO=58;SAF=26;SAR=27;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10615;STB=0.558851;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0213188;OID=.;OPOS=121151093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:58:53:53:0.477477:27:26:35:23:27:26:35:23 chr12 121174899 . T C 1553.32 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030602;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7416;QD=64.0545;RBI=0.0342652;REFB=0;REVB=0.0154149;RO=0;SAF=60;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.7108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309876;OID=.;OPOS=121174899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:37:60:0:0:37:60:0:0 chr12 121175984 . T C 410.79 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.412;QD=56.6602;RBI=0.070617;REFB=0;REVB=0.0693949;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385329;OID=.;OPOS=121175984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr12 121176083 . G A 292.75 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.000901007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.663;QD=27.2322;RBI=0.014296;REFB=-0.00967017;REVB=0.0142675;RO=17;SAF=19;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120948;STB=0.56711;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00935735;OID=.;OPOS=121176083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:7:19:10:7:7:19:10:7 chr12 121176679 . C T 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.084;QD=62.6689;RBI=0.0317363;REFB=0;REVB=-0.00665107;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135982;OID=.;OPOS=121176679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr12 121416622 . C G 668.55 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00352949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.116;QD=59.4269;RBI=0.0451192;REFB=-0.145753;REVB=0.0449809;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00113347;OID=.;OPOS=121416622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:0:1:43:44:0.977778:21:22:0:0:22:22:1:0 chr12 121416650 . A C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.435;QD=64.1535;RBI=0.040754;REFB=0;REVB=0.00362084;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237335;OID=.;OPOS=121416650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr12 121434630 . C CTCATTCAT 406.32 PASS AF=0.655172;AO=36;DP=61;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0100899;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=8;MLLD=246.586;QD=28.022;RBI=0.0122553;REFB=-0.0299316;REVB=-0.00695604;RO=21;SAF=17;SAR=19;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347706;STB=0.5355;STBP=0.451;TYPE=ins;VARB=0.0159494;OID=.;OPOS=121434631;OREF=-;OALT=TCATTCAT;OMAPALT=CTCATTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.655172:36:61:38:58:20:17:21:11:9:99:21:17:19:11:10 chr12 121435342 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.4628;QD=33.4285;RBI=0.055043;REFB=0;REVB=0.0519374;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00662156;OID=.;OPOS=121435342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr12 121435427 . G A,C 319.57 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=21,2;DP=24;FAO=23,1;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11,1;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281347,0.0229372;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=193.861,154.379;QD=53.2614;RBI=0.0469646,0.032062;REFB=0,0;REVB=0.0376046,0.0224022;RO=1;SAF=11,1;SAR=10,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0439301,0.25849;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000564114,0.0146052;OID=.,.;OPOS=121435427,121435427;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:24:24:1:0:21,2:23,1:0.958333,0.0416667:10,1:11,1:0:1:12,0:11,1:0:0 chr12 121435475 . G A 656.77 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024119;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.524;QD=62.5496;RBI=0.0544867;REFB=0;REVB=0.0488577;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218928;OID=.;OPOS=121435475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr12 121435586 . TG T,TT 1131.83 PASS AF=1,0;AO=33,41;DP=74;FAO=74,0;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=49,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.137631,-0.137949;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=103.088,92.9902;QD=61.1802;RBI=0.160022,0.181863;REFB=0,0;REVB=-0.0816376,-0.118509;RO=0;SAF=3,22;SAR=30,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000557576,0;OID=.,.;OPOS=121435587,121435587;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:33,41:74:74,0:74:0:25,0:49,0:0:0:6:0:3,22:30,19:0:0 chr12 121437221 . T C 1254.47 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0989003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3475;QD=59.0338;RBI=0.102381;REFB=0.0273376;REVB=0.0264695;RO=0;SAF=53;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503523;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.003241;OID=.;OPOS=121437221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:0:2:83:83:0.976471:30:53:0:0:30:53:1:1 chr12 121437382 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.901;QD=42.1826;RBI=0.0480422;REFB=0;REVB=-0.0085064;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353495;OID=.;OPOS=121437382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr12 121454257 . T A 722.35 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0391086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.542;QD=52.5343;RBI=0.0473061;REFB=-0.0885473;REVB=0.0266156;RO=3;SAF=21;SAR=31;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626566;STB=0.510634;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0043933;OID=.;OPOS=121454257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:3:1:52:54:0.981818:31:21:3:0:31:23:1:0 chr12 121471337 . G A 2478.76 PASS AF=0.987879;AO=164;DP=165;FAO=163;FDP=165;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0337441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.491;QD=60.0912;RBI=0.0396837;REFB=-0.0984903;REVB=0.0208838;RO=1;SAF=72;SAR=92;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656336;STB=0.500716;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00453614;OID=.;OPOS=121471337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:165:165:1:2:164:163:0.987879:92:72:1:0:91:72:1:1 chr12 121605355 . G A 996.11 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00259653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.883;QD=57.7458;RBI=0.00500537;REFB=-0.118954;REVB=0.00427922;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000275324;OID=.;OPOS=121605355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:69:0:1:67:68:0.985507:30:37:0:0:31:37:0:1 chr12 121622520 . A C,T 533.69 PASS AF=0.0526316,0.921053;AO=2,35;DP=38;FAO=2,35;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=2,25;FSAR=0,10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00761186,0.00675857;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=35.1972,205.458;QD=56.1775;RBI=0.0717452,0.00739238;REFB=-0.0117497,-0.182164;REVB=-0.0713403,0.00299482;RO=1;SAF=2,25;SAR=0,10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0183486;STB=0.5,0.509798;STBP=1,0.606;TYPE=snp,snp;VARB=0.0644993,0.000481754;OID=.,.;OPOS=121622520,121622520;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:38:38:1:1:2,35:2,35:0.0526316,0.921053:0,10:2,25:1:0:0,10:2,25:1:0 chr12 121693405 . A G 325.89 PASS AF=0.37037;AO=40;DP=108;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=23;FWDB=-0.01669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.05;QD=12.0701;RBI=0.0271383;REFB=-0.00863718;REVB=-0.0213994;RO=68;SAF=26;SAR=14;SRF=45;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143217;STB=0.508176;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0146799;OID=.;OPOS=121693405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:68:68:40:40:0.37037:14:26:45:23:14:26:45:23 chr12 121701681 . G A 204.24 PASS AF=0.442308;AO=20;DP=48;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0152627;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.4356;QD=15.7107;RBI=0.0177424;REFB=-0.0113188;REVB=-0.00904674;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725981;STB=0.565161;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0176146;OID=.;OPOS=121701681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:52:28:29:20:23:0.442308:10:10:16:12:13:10:16:13 chr12 121712077 . T A 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0506298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1721;QD=12.0201;RBI=0.0506521;REFB=-0.0187037;REVB=0.00150341;RO=25;SAF=9;SAR=5;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146705;STB=0.585661;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0110247;OID=.;OPOS=121712077;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:5:9:19:6:5:9:19:6 chr12 121712287 . C T 87.14 PASS AF=0.215385;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0400175;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.31;QD=5.3624;RBI=0.0432927;REFB=-0.00906755;REVB=-0.0165186;RO=49;SAF=10;SAR=4;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328829;STB=0.707666;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0582762;OID=.;OPOS=121712287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:66:65:49:51:14:14:0.215385:4:10:22:27:4:10:23:28 chr12 121853164 . T C 364.73 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0302483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4002;QD=52.1038;RBI=0.0709514;REFB=-0.0421842;REVB=0.0641806;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371713;STB=0.519985;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0204056;OID=.;OPOS=121853164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:12:15:0:1:12:15:0:1 chr12 121855615 . GT G 55.47 PASS AF=0.340909;AO=29;DP=91;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=0.076189;FXX=0.0329634;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.05357;QD=2.52118;RBI=0.123816;REFB=-0.0371504;REVB=-0.0975992;RO=47;SAF=14;SAR=15;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213478;STB=0.602207;STBP=0.177;TYPE=del;VARB=-0.0471435;OID=.;OPOS=121855616;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340909:29:91:30:88:58:15:15:38:20:55:47:14:15:32:15 chr12 121861315 . G A 280.78 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0118566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.882;QD=12.0767;RBI=0.0473791;REFB=-0.0096762;REVB=-0.0458716;RO=60;SAF=25;SAR=8;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332076;STB=0.69284;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0141042;OID=.;OPOS=121861315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:60:60:33:33:0.354839:8:25:29:31:8:25:29:31 chr12 121870922 . G A 595.27 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0860815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3045;QD=61.0531;RBI=0.268579;REFB=0;REVB=0.254411;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00557004;OID=.;OPOS=121870922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:16:21:0:0:18:21:0:0 chr12 121871006 . A C 501.22 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.466;QD=58.9674;RBI=0.0191916;REFB=0;REVB=-0.0135591;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111216;OID=.;OPOS=121871006;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr12 121878659 . C T 1688.91 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00887664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.038;QD=60.3181;RBI=0.0208956;REFB=0;REVB=0.0189165;RO=0;SAF=56;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49822e-05;OID=.;OPOS=121878659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:112:0:0:108:112:1:52:56:0:0:53:59:0:0 chr12 121880520 . G A 1206.05 PASS AF=0.953488;AO=81;DP=88;FAO=82;FDP=86;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0768313;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.924;QD=56.0954;RBI=0.087558;REFB=-0.112326;REVB=0.0419924;RO=3;SAF=48;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180726;STB=0.504708;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00177394;OID=.;OPOS=121880520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:88:86:3:4:81:82:0.953488:33:48:1:2:33:49:2:2 chr12 121881848 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.868;QD=62.6704;RBI=0.0464784;REFB=0;REVB=0.0133146;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55909e-05;OID=.;OPOS=121881848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr12 122042844 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.097;QD=50.4131;RBI=0.0931516;REFB=0;REVB=0.0924336;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00346899;OID=.;OPOS=122042844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr12 122079441 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.313;QD=56.7066;RBI=0.0744241;REFB=0;REVB=0.070335;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065333;OID=.;OPOS=122079441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr12 122079668 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8073;QD=52.6125;RBI=0.0772289;REFB=0;REVB=-0.0205116;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117822;OID=.;OPOS=122079668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr12 122186268 . C T 764.19 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9824;QD=63.6826;RBI=0.109548;REFB=0;REVB=0.102818;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199296;OID=.;OPOS=122186268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:22:25:0:0:23:25:0:0 chr12 122186317 . G A 754.34 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4771;QD=56.9312;RBI=0.0524607;REFB=0;REVB=-0.033132;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103714;OID=.;OPOS=122186317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr12 122208820 . G T 508.58 PASS AF=0.333333;AO=63;DP=188;FAO=63;FDP=189;FR=.;FRO=126;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=52;FSRR=74;FWDB=-0.00679333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.191;QD=10.7636;RBI=0.0257882;REFB=-0.00623434;REVB=-0.0248773;RO=125;SAF=34;SAR=29;SRF=52;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142484;STB=0.58403;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.017045;OID=.;OPOS=122208820;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:125:126:63:63:0.333333:29:34:52:73:29:34:52:74 chr12 122234089 . T A 1144.56 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0373805;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7716;QD=59.4577;RBI=0.0506136;REFB=-0.178106;REVB=0.0341238;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0120644;OID=.;OPOS=122234089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:0:1:76:76:0.987013:35:41:0:0:35:41:0:1 chr12 122243905 . C T 1807.1 PASS AF=0.991667;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0575079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.997;QD=60.2367;RBI=0.0596846;REFB=-0.0614212;REVB=0.0159716;RO=1;SAF=51;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703672;STB=0.503703;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000761466;OID=.;OPOS=122243905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:120:1:1:118:119:0.991667:67:51:0:1:67:52:0:1 chr12 122248582 . C G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.503;QD=60.2307;RBI=0.0365285;REFB=0;REVB=0.0157322;RO=0;SAF=2;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50694e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53535e-05;OID=.;OPOS=122248582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:35:2:0:0:35:2:0:0 chr12 122261456 . G A 2307.81 PASS AF=0.97546;AO=153;DP=159;FAO=159;FDP=163;FR=.;FRO=4;FSAF=80;FSAR=79;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0572103;FXX=0.0180712;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.177;QD=56.6334;RBI=0.0682646;REFB=-0.112183;REVB=0.037243;RO=2;SAF=75;SAR=78;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120397;STB=0.500077;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00121571;OID=.;OPOS=122261456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:159:163:2:4:153:159:0.97546:78:75:0:2:79:80:2:2 chr12 122295335 . T C 695.14 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8626;QD=61.7902;RBI=0.122241;REFB=0;REVB=0.121205;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00354673;OID=.;OPOS=122295335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:18:25:0:0:20:25:0:0 chr12 122326812 . T C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6502;QD=60.2284;RBI=0.0565907;REFB=0;REVB=-0.035452;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00124536;OID=.;OPOS=122326812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr12 122332727 . C T 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0475363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.9;QD=19.9754;RBI=0.0476547;REFB=-0.0153465;REVB=0.00335665;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219277;STB=0.62364;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.020817;OID=.;OPOS=122332727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:8:12:7:13:8:12:7:13 chr12 122353796 . A G 485.49 PASS AF=0.555556;AO=43;DP=86;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00698783;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.6847;QD=21.5772;RBI=0.0554555;REFB=-0.06794;REVB=0.0550135;RO=32;SAF=21;SAR=22;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903919;STB=0.513364;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.028544;OID=.;OPOS=122353796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:90:32:40:43:50:0.555556:22:21:16:16:24:26:22:18 chr12 122355716 . C T 1177.48 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.927;QD=60.3834;RBI=0.0529921;REFB=0;REVB=0.0387415;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49603e-05;OID=.;OPOS=122355716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:46:30:0:0:47:31:0:0 chr12 122359446 . GA G 43.58 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0201403;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=23.1382;QD=8.30014;RBI=0.225506;REFB=0.000268154;REVB=-0.224605;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359997;STB=0.689206;STBP=0.236;TYPE=del;VARB=-0.0453877;OID=.;OPOS=122359447;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:8:21:8:21:13:3:5:9:4:43:12:3:5:9:3 chr12 122369750 . G A 225.51 PASS AF=0.295238;AO=31;DP=105;FAO=31;FDP=105;FR=.;FRO=74;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.0268545;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.63;QD=8.59073;RBI=0.0415354;REFB=-0.00432277;REVB=-0.0316863;RO=74;SAF=13;SAR=18;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033935;STB=0.519987;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0087377;OID=.;OPOS=122369750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:74:74:31:31:0.295238:18:13:29:45:18:13:29:45 chr12 122369762 . C T 521.28 PASS AF=0.5;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00218116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3714;QD=20.8514;RBI=0.0161302;REFB=0.00217966;REVB=-0.0159821;RO=50;SAF=16;SAR=34;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155211;STB=0.586171;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.0022606;OID=.;OPOS=122369762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:50:50:50:0.5:34:16:24:26:34:16:24:26 chr12 122372260 . A G 320.28 PASS AF=0.37;AO=35;DP=98;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.00756151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.579;QD=12.811;RBI=0.017518;REFB=-0.0145504;REVB=-0.015802;RO=63;SAF=13;SAR=22;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486037;STB=0.504754;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.031692;OID=.;OPOS=122372260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:63:63:35:37:0.37:22:13:26:37:22:15:26:37 chr12 122396395 . C T 408.36 PASS AF=0.443299;AO=42;DP=96;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00328181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.481;QD=16.8396;RBI=0.00615604;REFB=-0.00472193;REVB=-0.00520832;RO=53;SAF=29;SAR=13;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298004;STB=0.666258;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0103513;OID=.;OPOS=122396395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:53:54:42:43:0.443299:13:29:21:32:13:30:22:32 chr12 122398579 . G A 405.83 PASS AF=0.377953;AO=47;DP=127;FAO=48;FDP=127;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0123813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7156;QD=12.7822;RBI=0.0235444;REFB=-0.0147852;REVB=-0.0200261;RO=78;SAF=25;SAR=22;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630792;STB=0.545555;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0230646;OID=.;OPOS=122398579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:78:79:47:48:0.377953:22:25:37:41:22:26:37:42 chr12 122405912 . G T 311.72 PASS AF=0.6;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.112438;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9618;QD=24.9377;RBI=0.112591;REFB=0.0376236;REVB=-0.00586372;RO=21;SAF=18;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583965;STB=0.520647;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.028154;OID=.;OPOS=122405912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:21:20:30:30:0.6:12:18:11:10:12:18:11:9 chr12 122497001 . T C 508.19 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0114418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.478;QD=20.7425;RBI=0.0134001;REFB=-0.0169368;REVB=0.00697468;RO=49;SAF=20;SAR=29;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579754;STB=0.532041;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0158126;OID=.;OPOS=122497001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:29:20:17:32:29:20:17:32 chr12 122617989 . A G 200.2 PASS AF=0.433962;AO=21;DP=51;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.0422296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.955;QD=15.1094;RBI=0.0434294;REFB=-0.0166181;REVB=0.0101377;RO=30;SAF=6;SAR=15;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114603;STB=0.573711;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0193419;OID=.;OPOS=122617989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:30:30:21:23:0.433962:15:6:6:24:16:7:6:24 chr12 122618131 . A G 57.43 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.0486123;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.562;QD=10.9387;RBI=0.0498188;REFB=-0.0151811;REVB=0.0108978;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429499;STB=0.740393;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0245275;OID=.;OPOS=122618131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:22:21:13:13:8:8:0.380952:7:1:0:13:7:1:0:13 chr12 122623000 . T C 338.52 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00186099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.278;QD=26.5503;RBI=0.0144218;REFB=-0.0157042;REVB=-0.0143012;RO=19;SAF=20;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434473;STB=0.523795;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00900905;OID=.;OPOS=122623000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:12:20:13:6:12:20:13:6 chr12 122626842 . G A 715.5 PASS AF=0.490066;AO=74;DP=152;FAO=74;FDP=151;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.00790409;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3128;QD=18.9537;RBI=0.00793444;REFB=-0.00118127;REVB=0.000693412;RO=77;SAF=40;SAR=34;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288122;STB=0.515892;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00131569;OID=.;OPOS=122626842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:77:77:74:74:0.490066:34:40:44:33:34:40:44:33 chr12 122628219 . T C 528.55 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.00219858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.262;QD=22.2546;RBI=0.0187245;REFB=-0.010481;REVB=0.018595;RO=44;SAF=29;SAR=21;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111082;STB=0.553825;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00981178;OID=.;OPOS=122628219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:45:50:50:0.526316:21:29:31:13:21:29:31:14 chr12 122628516 . A T 694.35 PASS AF=0.553719;AO=68;DP=122;FAO=67;FDP=121;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0524284;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4768;QD=22.9537;RBI=0.0555996;REFB=0.00456814;REVB=-0.0185089;RO=53;SAF=33;SAR=35;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948278;STB=0.54459;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00558836;OID=.;OPOS=122628516;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:53:54:68:67:0.553719:35:33:32:21:34:33:32:22 chr12 122674032 . C T 785.11 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.327;QD=57.0986;RBI=0.0218408;REFB=0;REVB=0.0107429;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.34091e-05;OID=.;OPOS=122674032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr12 122674758 . G A 1008.41 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000991648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.151;QD=59.318;RBI=0.0326536;REFB=0;REVB=0.0326385;RO=0;SAF=49;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240235;OID=.;OPOS=122674758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:19:49:0:0:19:49:0:0 chr12 122676013 . A C 1572.97 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.721;QD=59.9225;RBI=0.0114931;REFB=0;REVB=-0.00686363;RO=0;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39201e-06;OID=.;OPOS=122676013;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:53:52:0:0:53:52:0:0 chr12 122689161 . C G 516.77 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0127405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9976;QD=54.3973;RBI=0.076646;REFB=-0.019557;REVB=0.0755797;RO=1;SAF=24;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191068;STB=0.509798;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00389977;OID=.;OPOS=122689161;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:1:2:36:36:0.947368:12:24:1:0:12:24:1:1 chr12 122689181 . C G 803.63 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.074062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8173;QD=64.2903;RBI=0.0994477;REFB=0;REVB=-0.0663677;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103871;OID=.;OPOS=122689181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:24:24:0:0:24:26:0:0 chr12 122689244 . C T 910.67 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7197;QD=57.8204;RBI=0.118996;REFB=0;REVB=0.105704;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147001;OID=.;OPOS=122689244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:63:0:0:59:63:1:31:28:0:0:33:30:0:0 chr12 122691050 . CG C 132.41 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=73;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.016851;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.24;QD=7.35613;RBI=0.0368721;REFB=-0.0227238;REVB=-0.0327963;RO=51;SAF=4;SAR=15;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239274;STB=0.6225;STBP=0.283;TYPE=del;VARB=0.0518484;OID=.;OPOS=122691051;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263889:19:73:19:72:53:4:15:18:35:99:51:4:15:19:32 chr12 122691738 . C A,G 723.23 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=44,2;DP=48;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25,1;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447413,-0.0137666;FXX=0.020829;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=105.671,110.55;QD=61.5513;RBI=0.0933999,0.0203506;REFB=0,0;REVB=0.0819863,0.0149876;RO=1;SAF=24,1;SAR=20,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0191734,-0.25849;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0012543,0.0912331;OID=.,.;OPOS=122691738,122691738;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:48:47:1:0:44,2:45,2:0.957447,0.0425532:20,1:24,1:1:0:20,1:25,1:0:0 chr12 122692820 . T C 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.429;QD=53.9078;RBI=0.0275727;REFB=0;REVB=0.019374;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179432;OID=.;OPOS=122692820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr12 122717462 . C T 40.52 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0265959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.743;QD=3.37641;RBI=0.0280862;REFB=-0.00181044;REVB=-0.0090271;RO=40;SAF=1;SAR=6;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412713;STB=0.79625;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0290127;OID=.;OPOS=122717462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:48:40:41:7:7:0.145833:6:1:18:22:6:1:18:23 chr12 122756342 . G A 1130.26 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.037;QD=59.4871;RBI=0.0420456;REFB=0;REVB=0.0407275;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532629;OID=.;OPOS=122756342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:76:0:0:69:76:1:26:43:0:0:32:44:0:0 chr12 123087442 . A G 1113.27 PASS AF=1;AO=51;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.796;QD=57.832;RBI=0.0690246;REFB=0;REVB=0.00272223;RO=0;SAF=4;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314494;OID=.;OPOS=123087442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:51:77:1:47:4:0:0:47:30:0:0 chr12 123103014 . TTG T,TT,TTT 205.99 PASS AF=0,1,0;AO=4,6,12;DP=22;FAO=0,17,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12,0;FSAR=0,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701535,0.0553207,0.048074;FXX=0.0555247;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=183.854,187.061,185.084;QD=48.4691;RBI=0.0896874,0.0768656,0.0667096;REFB=0,0,0;REVB=0.0558778,0.0533662,0.04625;RO=0;SAF=1,6,7;SAR=3,0,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-4.86674e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0179873,-0.00279298,-0.0310665;OID=.,.,.;OPOS=123103015,123103016,123103016;OREF=TG,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:4,6,12:22:0,17,0:17:0:0,12,0:0,5,0:0:0:3:0:1,6,7:3,0,5:0:0 chr12 123105143 . C T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.564;QD=58.6;RBI=0.0525022;REFB=0;REVB=0.00266538;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113341;OID=.;OPOS=123105143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr12 123185864 . A G 204.8 PASS AF=0.185;AO=37;DP=200;FAO=37;FDP=200;FR=.;FRO=163;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=101;FSRR=62;FWDB=-0.00957947;FXX=0.0147776;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.715;QD=4.09598;RBI=0.0390539;REFB=-0.0051464;REVB=-0.0378608;RO=160;SAF=15;SAR=22;SRF=101;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284511;STB=0.669378;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0188706;OID=.;OPOS=123185864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:160:163:37:37:0.185:22:15:101:59:22:15:101:62 chr12 123185962 . T G 62.42 PASS AF=0.0881057;AO=20;DP=227;FAO=20;FDP=227;FR=.;FRO=207;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=113;FSRR=94;FWDB=-0.00310511;FXX=0.00873324;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4962;QD=1.09996;RBI=0.00344307;REFB=0.00406962;REVB=0.00148764;RO=204;SAF=5;SAR=15;SRF=111;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341821;STB=0.76432;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.046849;OID=.;OPOS=123185962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:227:227:204:207:20:20:0.0881057:15:5:111:93:15:5:113:94 chr12 123200247 . G C 638.27 PASS AF=0.427711;AO=71;DP=166;FAO=71;FDP=166;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=0.00222839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.167;QD=15.38;RBI=0.00663156;REFB=-0.00691845;REVB=0.00624595;RO=95;SAF=36;SAR=35;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556945;STB=0.531109;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00761018;OID=.;OPOS=123200247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:95:95:71:71:0.427711:35:36:43:52:35:36:43:52 chr12 123200334 . T C 131.25 PASS AF=0.271429;AO=19;DP=70;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0185731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0161;QD=7.50008;RBI=0.0216254;REFB=-0.00158132;REVB=-0.011077;RO=51;SAF=9;SAR=10;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0037402;STB=0.50226;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00399477;OID=.;OPOS=123200334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:51:51:19:19:0.271429:10:9:24:27:10:9:24:27 chr12 123200693 . A G 249.94 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0100116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4803;QD=16.6625;RBI=0.0189187;REFB=-0.0146597;REVB=-0.0160525;RO=31;SAF=9;SAR=18;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181109;STB=0.601191;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00911136;OID=.;OPOS=123200693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:27:28:0.466667:18:9:16:15:19:9:16:16 chr12 123200768 . T G 316.05 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=12;FWDB=-0.00998332;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.428;QD=14.8727;RBI=0.0113929;REFB=0.00874811;REVB=0.00548928;RO=50;SAF=18;SAR=17;SRF=38;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260203;STB=0.645786;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0120467;OID=.;OPOS=123200768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:50:50:35:35:0.411765:17:18:38:12:17:18:38:12 chr12 123200937 . T G 121.01 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0399387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8078;QD=6.91486;RBI=0.0444839;REFB=0.00797365;REVB=-0.0195888;RO=52;SAF=11;SAR=7;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00547744;STB=0.503341;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.0344346;OID=.;OPOS=123200937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:52:52:18:18:0.257143:7:11:32:20:7:11:32:20 chr12 123253852 . T C 59.2 PASS AF=0.139535;AO=12;DP=86;FAO=12;FDP=86;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.0301534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9442;QD=2.75352;RBI=0.102948;REFB=-0.00412212;REVB=0.0984332;RO=73;SAF=4;SAR=8;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293935;STB=0.706436;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.018634;OID=.;OPOS=123253852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:86:86:73:74:12:12:0.139535:8:4:42:31:8:4:43:31 chr12 123253856 . C CAT,T 1223.51 PASS AF=0.712766,0.212766;AO=65,21;DP=94;FAO=67,20;FDP=94;FR=.;FRO=7;FSAF=39,11;FSAR=28,9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0354315,-0.0247303;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=157.195,59.5118;QD=52.0644;RBI=0.0508399,0.0842483;REFB=-0.118949,-0.0767795;REVB=0.0364597,-0.0805369;RO=7;SAF=39,11;SAR=26,10;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0591152,0.108179;STB=0.528534,0.568198;STBP=0.147,0.27;TYPE=ins,snp;VARB=0.0271548,0.0597283;OID=.,.;OPOS=123253857,123253856;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:94:94:7:7:65,21:67,20:0.712766,0.212766:26,10:39,11:2:5:28,9:39,11:2:5 chr12 123286244 . C T 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0113097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.112;QD=11.0866;RBI=0.0114268;REFB=-0.0126088;REVB=-0.00163139;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151886;STB=0.590225;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0269963;OID=.;OPOS=123286244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:6:7:10:15:6:7:10:15 chr12 123333065 . C T 1008.45 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.398;QD=59.3204;RBI=0.0249956;REFB=0;REVB=0.00813537;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19642e-05;OID=.;OPOS=123333065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr12 123339929 . G C 90.98 PASS AF=0.254902;AO=11;DP=49;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0560237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0165;QD=7.13539;RBI=0.0860267;REFB=-0.0109154;REVB=-0.0652836;RO=38;SAF=1;SAR=10;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.60252;STB=0.818249;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.012967;OID=.;OPOS=123339929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:49:51:38:38:11:13:0.254902:10:1:21:17:11:2:21:17 chr12 123339932 . C G 110.75 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.122885;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=24.8159;QD=10.8049;RBI=0.152832;REFB=-0.080585;REVB=0.090868;RO=19;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681781;STB=0.678732;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.132781;OID=.;OPOS=123339932;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:27:14:14:0.341463:11:3:5:14:11:3:12:15 chr12 123340154 . C T 299.24 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0267375;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.349;QD=15.7495;RBI=0.0271812;REFB=-0.0100409;REVB=-0.00489125;RO=43;SAF=18;SAR=15;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084206;STB=0.547417;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0119109;OID=.;OPOS=123340154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:43:43:33:33:0.434211:15:18:27:16:15:18:27:16 chr12 123340453 . G GC 416.5 PASS AF=1;AO=27;DP=46;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00855782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.5295;QD=38.7443;RBI=0.175304;REFB=0;REVB=0.175095;RO=17;SAF=20;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173761;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0039002;OID=.;OPOS=123340454;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:46:43:43:0:29:14:0:0:8:17:20:7:9:8 chr12 123345736 . C G 304.56 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.635;QD=52.9666;RBI=0.0244847;REFB=0;REVB=0.0193852;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143095;OID=.;OPOS=123345736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:9:13:0:0:9:14:0:0 chr12 123345756 . G GC 153.2 PASS AF=1;AO=14;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0946741;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.1745;QD=36.0468;RBI=0.125066;REFB=-0.0334613;REVB=0.081721;RO=3;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311253;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00353177;OID=.;OPOS=123345757;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:18:17:17:0:9:8:0:0:3:3:8:6:2:1 chr12 123350154 . CCTTT C 203.75 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166184;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=4;MLLD=130.806;QD=47.9402;RBI=0.0166247;REFB=0;REVB=-0.000455581;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00180708;OID=.;OPOS=123350155;OREF=CTTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:16:17:17:0:8:9:0:0:4:0:8:8:0:0 chr12 123351684 . C CG 37.03 PASS AF=0.153846;AO=13;DP=66;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0294295;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=72.2898;QD=2.27897;RBI=0.112745;REFB=-0.00827092;REVB=-0.108837;RO=52;SAF=9;SAR=4;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244623;STB=0.884431;STBP=0.015;TYPE=ins;VARB=0.212044;OID=.;OPOS=123351685;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153846:13:66:10:65:55:9:1:26:29:37:52:9:4:26:26 chr12 123444738 . A G 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00635182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.909;QD=17.5012;RBI=0.02387;REFB=-0.00537638;REVB=-0.0230094;RO=28;SAF=5;SAR=21;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427249;STB=0.742562;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00449364;OID=.;OPOS=123444738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:21:5:17:11:21:5:17:11 chr12 123460823 . A G 524.15 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=45;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.00564905;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.328;QD=16.9081;RBI=0.00879365;REFB=-0.0452164;REVB=-0.00673918;RO=64;SAF=45;SAR=11;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259413;STB=0.668896;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0585436;OID=.;OPOS=123460823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:64:68:56:56:0.451613:11:45:38:26:11:45:38:30 chr12 123469647 . G T 547.45 PASS AF=0.427536;AO=59;DP=138;FAO=59;FDP=138;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=-0.00855848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.728;QD=15.8681;RBI=0.00856908;REFB=-0.0187919;REVB=-0.000426093;RO=78;SAF=18;SAR=41;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770986;STB=0.548478;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0241567;OID=.;OPOS=123469647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:78:79:59:59:0.427536:41:18:29:49:41:18:30:49 chr12 123479406 . G A 363.28 PASS AF=0.263682;AO=51;DP=198;FAO=53;FDP=201;FR=.;FRO=148;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=88;FSRR=60;FWDB=0.00231677;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.791;QD=7.2294;RBI=0.0275704;REFB=-0.0111789;REVB=0.0274729;RO=146;SAF=24;SAR=27;SRF=88;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163765;STB=0.603231;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0353432;OID=.;OPOS=123479406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:201:146:148:51:53:0.263682:27:24:88:58:29:24:88:60 chr12 123498550 . C T 118.65 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0145259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.837;QD=7.78058;RBI=0.0158178;REFB=-0.00761511;REVB=0.00626104;RO=44;SAF=7;SAR=10;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158978;STB=0.596041;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0228727;OID=.;OPOS=123498550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:10:7:24:20:10:7:24:20 chr12 123645803 . G A 2521.38 PASS AF=1;AO=163;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.988;QD=61.497;RBI=0.0190699;REFB=0;REVB=0.0149482;RO=0;SAF=84;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.36235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259232;OID=.;OPOS=123645803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:163:164:1:79:84:0:0:80:84:0:0 chr12 123664514 . G A 651.16 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.34;QD=62.0155;RBI=0.0356486;REFB=0;REVB=0.00361239;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.05231e-05;OID=.;OPOS=123664514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr12 123665695 . A G 1143.75 PASS AF=0.929412;AO=77;DP=83;FAO=79;FDP=85;FR=.;FRO=6;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00660037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.93;QD=53.8235;RBI=0.0178279;REFB=0.00133558;REVB=0.0165611;RO=6;SAF=34;SAR=43;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765151;STB=0.54053;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-2.74803e-05;OID=.;OPOS=123665695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:83:85:6:6:77:79:0.929412:43:34:6:0:45:34:6:0 chr12 123738292 . G A 148.46 PASS AF=0.231579;AO=22;DP=95;FAO=22;FDP=95;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.00892429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.237;QD=6.25094;RBI=0.00979095;REFB=-0.00371581;REVB=-0.00402738;RO=73;SAF=15;SAR=7;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22472;STB=0.639117;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0182777;OID=.;OPOS=123738292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:73:73:22:22:0.231579:7:15:37:36:7:15:37:36 chr12 123746357 . C G 731.89 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0456;QD=56.2991;RBI=0.0420542;REFB=0;REVB=-0.0362851;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291135;OID=.;OPOS=123746357;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:30:21:0:0:30:22:0:0 chr12 123799974 . A G 784.56 PASS AF=0.95;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0495999;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0347;QD=52.3042;RBI=0.0775105;REFB=-0.0950185;REVB=0.0595628;RO=3;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513595;STB=0.527263;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00246077;OID=.;OPOS=123799974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:60:3:3:57:57:0.95:26:31:0:3:26:31:0:3 chr12 123810873 . G A 632.79 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.741;QD=61.7358;RBI=0.00323332;REFB=0;REVB=0.00180159;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0999e-05;OID=.;OPOS=123810873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:25:14:0:0:25:16:0:0 chr12 123879666 . A G 93.45 PASS AF=0.220588;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0103776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.236;QD=5.49698;RBI=0.013905;REFB=-0.00299442;REVB=0.00925503;RO=53;SAF=4;SAR=11;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370451;STB=0.733022;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0128654;OID=.;OPOS=123879666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:68:68:53:53:15:15:0.220588:11:4:30:23:11:4:30:23 chr12 123879668 . G C 84.47 PASS AF=0.205882;AO=14;DP=68;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0121266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8069;QD=4.96871;RBI=0.0618178;REFB=0.00546679;REVB=-0.0606167;RO=53;SAF=4;SAR=10;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346119;STB=0.71398;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00354551;OID=.;OPOS=123879668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:68:68:53:54:14:14:0.205882:10:4:30:23:10:4:30:24 chr12 123879768 . AA CG 71.7 PASS AF=0.27027;AO=9;DP=36;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0667362;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=128.978;QD=7.7512;RBI=0.0734185;REFB=0.0087305;REVB=0.0306031;RO=26;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112343;STB=0.586645;STBP=0.526;TYPE=mnp;VARB=-0.012708;OID=.;OPOS=123879768;OREF=AA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:37:26:27:9:10:0.27027:6:3:11:15:7:3:11:16 chr12 123889492 . A C 67.09 PASS AF=0.117647;AO=16;DP=136;FAO=16;FDP=136;FR=.;FRO=120;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=59;FSRR=61;FWDB=-0.0159256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.61;QD=1.97314;RBI=0.0166597;REFB=-0.00391528;REVB=-0.00489077;RO=120;SAF=3;SAR=13;SRF=59;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389303;STB=0.783674;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0176524;OID=.;OPOS=123889492;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:136:136:120:120:16:16:0.117647:13:3:59:61:13:3:59:61 chr12 123892095 . T C 91.06 PASS AF=0.175824;AO=16;DP=91;FAO=16;FDP=91;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=51;FWDB=-0.0330204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.203;QD=4.00246;RBI=0.0331309;REFB=-0.00378882;REVB=0.00270267;RO=74;SAF=10;SAR=6;SRF=24;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366494;STB=0.736174;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0100978;OID=.;OPOS=123892095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:91:91:74:75:16:16:0.175824:6:10:24:50:6:10:24:51 chr12 123892186 . T C 39.25 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0109356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.569;QD=2.37874;RBI=0.0181487;REFB=-0.00418944;REVB=-0.014484;RO=58;SAF=5;SAR=3;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16943;STB=0.624688;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0346414;OID=.;OPOS=123892186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:66:58:58:8:8:0.121212:3:5:28:30:3:5:28:30 chr12 123892590 . C T 208.98 PASS AF=0.258333;AO=31;DP=120;FAO=31;FDP=120;FR=.;FRO=89;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=-0.0267675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.725;QD=6.96601;RBI=0.0337975;REFB=-0.00806691;REVB=-0.0206342;RO=89;SAF=13;SAR=18;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106932;STB=0.564283;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0303861;OID=.;OPOS=123892590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:89:89:31:31:0.258333:18:13:45:44:18:13:45:44 chr12 123892824 . C T 260.77 PASS AF=0.884615;AO=16;DP=25;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0497877;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.456;QD=40.1182;RBI=0.0664635;REFB=-0.124318;REVB=0.0440294;RO=1;SAF=2;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180626;STB=0.532843;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00318659;OID=.;OPOS=123892824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:25:26:1:3:16:23:0.884615:14:2:1:0:14:9:2:1 chr12 123893723 . G A 282.01 PASS AF=0.581395;AO=18;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00174124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.431;QD=26.2331;RBI=0.00812413;REFB=-0.0103156;REVB=-0.00793533;RO=10;SAF=0;SAR=18;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.836726;STB=0.702679;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00205726;OID=.;OPOS=123893723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:10:16:18:25:0.581395:18:0:4:6:22:3:7:9 chr12 123893830 . C T 560.49 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0331884;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.869;QD=56.0486;RBI=0.0363594;REFB=-0.103124;REVB=0.0148505;RO=2;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312287;STB=0.516658;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00126373;OID=.;OPOS=123893830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:29:9:0:2:29:9:0:2 chr12 123951089 . CTTTTC TCTTTT,TTTTTC 35.34 PASS AF=0.0740741,0;AO=3,3;DP=56;FAO=4,0;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=2,0;FSAR=2,0;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00530646,0.00689794;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=6,1;MLLD=197.627,190.967;QD=2.61795;RBI=0.00578602,0.0109632;REFB=-0.00364409,-0.00225559;REVB=0.0023064,-0.00852112;RO=33;SAF=1,3;SAR=2,0;SRF=15;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.126212,0.553187;STB=0.510153,0.5;STBP=0.909,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00774407,0;OID=.,.;OPOS=123951089,123951089;OREF=CTTTTC,C;OALT=TCTTTT,T;OMAPALT=TCTTTT,TTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:56:54:33:45:3,3:4,0:0.0740741,0:2,0:1,3:15:18:2,0:2,0:22:23 chr12 124008073 . A G 1282.99 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000475623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.8172;QD=61.831;RBI=0.0425633;REFB=0;REVB=-0.0425607;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218263;OID=.;OPOS=124008073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:38:45:0:0:38:45:0:0 chr12 124021075 . G A 81.27 PASS AF=0.478261;AO=9;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.222842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7146;QD=14.1342;RBI=0.224061;REFB=-0.0429862;REVB=-0.0233397;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310814;STB=0.732478;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0564385;OID=.;OPOS=124021075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:23:23:13:12:9:11:0.478261:5:4:2:11:5:6:1:11 chr12 124069213 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9878;QD=53.2771;RBI=0.0578124;REFB=0;REVB=-0.0316278;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00204949;OID=.;OPOS=124069213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:5:18:0:0:5:18:0:0 chr12 124090453 . A G 2169.92 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012212;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.328;QD=62.8962;RBI=0.0148824;REFB=0;REVB=-0.00850601;RO=0;SAF=54;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128999;OID=.;OPOS=124090453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:138:0:0:135:138:1:81:54:0:0:84:54:0:0 chr12 124209332 . T C 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.824;QD=55.0954;RBI=0.0184599;REFB=0;REVB=0.01551;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133593;OID=.;OPOS=124209332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr12 124210782 . T C 832.65 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.538;QD=57.4238;RBI=0.0725619;REFB=0;REVB=0.0648226;RO=0;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378646;OID=.;OPOS=124210782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:18:39:0:0:19:39:0:0 chr12 124229429 . T C 1354.79 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.479;QD=61.5812;RBI=0.0411609;REFB=0;REVB=0.0182349;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208854;OID=.;OPOS=124229429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:86:88:1:48:38:0:0:49:39:0:0 chr12 124243707 . T C 1534.01 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0326793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.804;QD=62.6127;RBI=0.0380359;REFB=-0.0982789;REVB=0.0194626;RO=0;SAF=57;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70333e-08;STB=0.506172;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000559082;OID=.;OPOS=124243707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:0:1:96:97:0.989796:39:57:0:0:40:57:0:1 chr12 124265687 . T C 1785.82 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.858;QD=61.0536;RBI=0.0474274;REFB=0;REVB=0.0431255;RO=0;SAF=66;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13493e-05;OID=.;OPOS=124265687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:51:66:0:0:51:66:0:0 chr12 124267703 . T C 1767.43 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00918566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.629;QD=60.9459;RBI=0.0100032;REFB=0;REVB=0.00396065;RO=0;SAF=40;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09857e-05;OID=.;OPOS=124267703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:76:40:0:0:76:40:0:0 chr12 124274474 . A G 1937.45 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100469;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.042;QD=61.9985;RBI=0.0289646;REFB=0;REVB=0.0271663;RO=0;SAF=63;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39317e-05;OID=.;OPOS=124274474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:62:63:0:0:62:63:0:0 chr12 124325977 . T G 588.64 PASS AF=0.472868;AO=60;DP=128;FAO=61;FDP=129;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0044039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.715;QD=18.2525;RBI=0.0363175;REFB=-0.0233905;REVB=-0.0360495;RO=67;SAF=29;SAR=31;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00875724;STB=0.503431;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0218169;OID=.;OPOS=124325977;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:67:68:60:61:0.472868:31:29:33:34:31:30:33:35 chr12 124330312 . G A 126.68 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0117397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5288;QD=11.2603;RBI=0.0282066;REFB=-0.000826505;REVB=-0.0256474;RO=30;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150051;STB=0.589166;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00163153;OID=.;OPOS=124330312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:9:6:16:14:9:6:16:14 chr12 124387574 . G A 627.0 PASS AF=0.512195;AO=62;DP=123;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.0122751;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.696;QD=20.3901;RBI=0.0135801;REFB=-0.0143917;REVB=0.00580863;RO=59;SAF=36;SAR=26;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00397157;STB=0.505936;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0138679;OID=.;OPOS=124387574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:59:60:62:63:0.512195:26:36:34:25:27:36:35:25 chr12 124387586 . A G 567.04 PASS AF=0.483607;AO=59;DP=122;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0124997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.609;QD=18.5913;RBI=0.0192588;REFB=-0.0101416;REVB=0.0146513;RO=62;SAF=37;SAR=22;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453611;STB=0.530262;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0139088;OID=.;OPOS=124387586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:62:63:59:59:0.483607:22:37:36:26:22:37:36:27 chr12 124393047 . G A 568.8 PASS AF=0.454545;AO=60;DP=132;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=24;FWDB=-0.0271785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.005;QD=17.2364;RBI=0.0311432;REFB=-0.0228416;REVB=0.0152063;RO=70;SAF=30;SAR=30;SRF=47;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166583;STB=0.59088;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0209758;OID=.;OPOS=124393047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:70:72:60:60:0.454545:30:30:47:23:30:30:48:24 chr12 124417889 . C T 1302.22 PASS AF=0.511719;AO=130;DP=255;FAO=131;FDP=256;FR=.;FRO=125;FSAF=55;FSAR=76;FSRF=65;FSRR=60;FWDB=0.0431018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6581;QD=20.3473;RBI=0.0789759;REFB=-0.0174315;REVB=0.0661773;RO=124;SAF=54;SAR=76;SRF=65;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979984;STB=0.54939;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0168297;OID=.;OPOS=124417889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:256:124:125:130:131:0.511719:76:54:65:59:76:55:65:60 chr12 124418674 . C T 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0143089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.46;QD=16.8247;RBI=0.0243709;REFB=-0.0114694;REVB=-0.0197281;RO=28;SAF=15;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230941;STB=0.632779;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00799476;OID=.;OPOS=124418674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:6:15:14:14:6:15:14:14 chr12 124419062 . A C 387.27 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00511921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.007;QD=23.8319;RBI=0.00558849;REFB=-0.0157945;REVB=0.00224163;RO=27;SAF=8;SAR=30;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914126;STB=0.550431;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00915158;OID=.;OPOS=124419062;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:30:8:8:19:30:8:8:19 chr12 124427306 . T A 264.68 PASS AF=0.329897;AO=32;DP=97;FAO=32;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0207111;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.2855;QD=10.9147;RBI=0.0298133;REFB=0.0138282;REVB=0.0214449;RO=65;SAF=19;SAR=13;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827699;STB=0.548166;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.0222945;OID=.;OPOS=124427306;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:65:65:32:32:0.329897:13:19:34:31:13:19:34:31 chr12 124798801 . C T 150.31 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0422316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.349;QD=9.85638;RBI=0.0487806;REFB=-0.0163624;REVB=0.0244138;RO=41;SAF=9;SAR=11;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208083;STB=0.621853;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0281251;OID=.;OPOS=124798801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:11:9:26:15:11:9:26:15 chr12 124821447 . G A 126.92 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0248576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9493;QD=19.5257;RBI=0.0474887;REFB=-0.0495415;REVB=0.0404632;RO=11;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124053;STB=0.526277;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0468541;OID=.;OPOS=124821447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:12:14:14:0.538462:10:4:3:8:10:4:4:8 chr12 124826379 . C T 244.31 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0461669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.741;QD=17.4506;RBI=0.0467945;REFB=-0.0102285;REVB=0.00763861;RO=29;SAF=10;SAR=17;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230673;STB=0.629534;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0252856;OID=.;OPOS=124826379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:17:10:18:11:17:10:18:11 chr12 124829234 . C T 667.27 PASS AF=0.546218;AO=64;DP=118;FAO=65;FDP=119;FR=.;FRO=54;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0219041;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.066;QD=22.4291;RBI=0.0353682;REFB=-0.0132509;REVB=0.0277691;RO=54;SAF=41;SAR=23;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910987;STB=0.544578;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0098784;OID=.;OPOS=124829234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:54:54:64:65:0.546218:23:41:29:25:24:41:29:25 chr12 124829255 . A G 468.5 PASS AF=0.494845;AO=30;DP=98;FAO=48;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0388373;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.74;QD=19.3194;RBI=0.0391396;REFB=-0.0393599;REVB=-0.00485528;RO=48;SAF=11;SAR=19;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168851;STB=0.548594;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.034427;OID=.;OPOS=124829255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:48:49:30:48:0.494845:19:11:25:23:19:29:25:24 chr12 124831219 . G A 68.19 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.035874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.048;QD=5.56644;RBI=0.0675663;REFB=-0.00634694;REVB=0.0572562;RO=39;SAF=1;SAR=9;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.538146;STB=0.860426;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0420391;OID=.;OPOS=124831219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:39:39:10:10:0.204082:9:1:19:20:9:1:19:20 chr12 124841220 . G A 102.22 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00648699;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.444;QD=12.777;RBI=0.0129305;REFB=-0.00981469;REVB=-0.0111856;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600117;STB=0.554371;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0151382;OID=.;OPOS=124841220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:19:19:12:13:0.40625:5:7:10:9:5:8:10:9 chr12 124887096 . T C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0206811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1696;QD=19.1339;RBI=0.0409286;REFB=0.00212776;REVB=-0.0353192;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281149;STB=0.666029;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00191687;OID=.;OPOS=124887096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:0:2:2:3:0:2 chr12 124968349 . T C 803.27 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7383;QD=64.2612;RBI=0.0456595;REFB=0;REVB=-0.00236758;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000258785;OID=.;OPOS=124968349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr12 124979789 . T G 1224.78 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00580738;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.343;QD=61.2392;RBI=0.0200923;REFB=0;REVB=0.0192348;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000972298;OID=.;OPOS=124979789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:33:46:0:0:34:46:0:0 chr12 125270773 . A G 497.88 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00643693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.644;QD=21.1862;RBI=0.00922216;REFB=-0.0295666;REVB=-0.00660411;RO=46;SAF=28;SAR=20;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747605;STB=0.54135;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0262511;OID=.;OPOS=125270773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:46:48:48:0.510638:20:28:23:23:20:28:23:23 chr12 125284748 . A G 557.03 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.735;QD=60.2194;RBI=0.0314351;REFB=0;REVB=-0.0157278;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57471e-05;OID=.;OPOS=125284748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:20:17:0:0 chr12 125324553 . C T 83.33 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.879;QD=37.0338;RBI=0.117657;REFB=0;REVB=0.117611;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165709;OID=.;OPOS=125324553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:1:7:0:0:2:7:0:0 chr12 125324566 . G A 34.23 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=13;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0508868;FXX=0.153728;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.261;QD=12.4459;RBI=0.0518631;REFB=-0.00185172;REVB=0.0100158;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231237;STB=0.6423;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00125703;OID=.;OPOS=125324566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:13:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:4:2:3:2:4:2 chr12 125324570 . C T 125.8 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0259349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.589;QD=29.601;RBI=0.0844899;REFB=-0.0472477;REVB=-0.0804109;RO=4;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162773;STB=0.509077;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0145686;OID=.;OPOS=125324570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:6:7:2:2:6:7:2:2 chr12 125386076 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0039701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.546;QD=59.8393;RBI=0.0535519;REFB=0;REVB=0.0534046;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312891;OID=.;OPOS=125386076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr12 125397553 . T C 324.05 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0405003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.3548;QD=28.8045;RBI=0.0631542;REFB=-0.0122274;REVB=0.048458;RO=17;SAF=20;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144129;STB=0.579651;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00977322;OID=.;OPOS=125397553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:8:20:9:8:8:20:9:8 chr12 125397750 . A G 657.72 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0437124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6197;QD=59.793;RBI=0.0456731;REFB=0.0783373;REVB=0.0132387;RO=1;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284424;STB=0.515144;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.0208302;OID=.;OPOS=125397750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:16:27:0:1:16:27:0:1 chr12 125398325 . C CA 67.67 PASS AF=0.448276;AO=22;DP=61;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0493479;FXX=0.0169463;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.02373;QD=4.66723;RBI=0.0643392;REFB=-0.0490821;REVB=-0.0412835;RO=32;SAF=14;SAR=8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801421;STB=0.503997;STBP=0.964;TYPE=ins;VARB=0.0476064;OID=.;OPOS=125398326;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:22:61:26:58:32:14:12:17:15:67:32:14:8:18:14 chr12 125398500 . G A 296.38 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0430332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.819;QD=49.3966;RBI=0.045628;REFB=-0.0929667;REVB=0.0151676;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519983;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00876387;OID=.;OPOS=125398500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:23:23:0.958333:11:12:0:0:11:12:1:0 chr12 125398733 . C T 92.2 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0506059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.656;QD=18.4397;RBI=0.0507995;REFB=-0.0213009;REVB=-0.00443038;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236841;STB=0.636115;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.020674;OID=.;OPOS=125398733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:7:4:6:3:7:4:6:3 chr12 125398976 . G A 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00563628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.359;QD=16.1061;RBI=0.0132021;REFB=-0.00653996;REVB=0.0119385;RO=20;SAF=5;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297664;STB=0.672688;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00718816;OID=.;OPOS=125398976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:22:17:17:0.435897:12:5:12:8:12:5:13:9 chr12 125399286 . C T 582.77 PASS AF=0.465649;AO=58;DP=127;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0364832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2264;QD=17.7944;RBI=0.0435029;REFB=-0.0061737;REVB=0.0236955;RO=66;SAF=34;SAR=24;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691723;STB=0.530838;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00534344;OID=.;OPOS=125399286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:131:66:70:58:61:0.465649:24:34:34:32:27:34:35:35 chr12 125424180 . G C 83.07 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0129764;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.079;QD=8.74453;RBI=0.0195935;REFB=0.00244938;REVB=0.0146806;RO=27;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217312;STB=0.634661;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00710775;OID=.;OPOS=125424180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:39:38:27:27:11:11:0.289474:8:3:12:15:8:3:12:15 chr12 125424510 . T A 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.01284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.388;QD=16.9229;RBI=0.0155407;REFB=-0.00340481;REVB=0.00875494;RO=34;SAF=19;SAR=11;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452256;STB=0.525425;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00344355;OID=.;OPOS=125424510;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:11:19:20:14:11:19:20:14 chr12 125434580 . C T 398.67 PASS AF=0.547945;AO=39;DP=75;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0237847;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.411;QD=21.845;RBI=0.0532336;REFB=-0.0277205;REVB=0.0476246;RO=33;SAF=19;SAR=20;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232132;STB=0.518154;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0244344;OID=.;OPOS=125434580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:33:33:39:40:0.547945:20:19:17:16:21:19:17:16 chr12 125434716 . G A 375.89 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00292554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.095;QD=21.1767;RBI=0.0118156;REFB=-0.0320983;REVB=-0.0114477;RO=32;SAF=14;SAR=24;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868045;STB=0.556384;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.024603;OID=.;OPOS=125434716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:33:38:38:0.535211:24:14:15:17:24:14:16:17 chr12 125437019 . T C 211.76 PASS AF=0.341772;AO=26;DP=78;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0400691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0815;QD=10.7219;RBI=0.0424776;REFB=-0.0252167;REVB=-0.0141001;RO=51;SAF=15;SAR=11;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00963689;STB=0.514275;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0321798;OID=.;OPOS=125437019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:51:52:26:27:0.341772:11:15:29:22:12:15:30:22 chr12 125438516 . T C 245.21 PASS AF=0.337079;AO=30;DP=89;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.025919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.281;QD=11.0207;RBI=0.0265889;REFB=-0.0128543;REVB=-0.00593108;RO=58;SAF=18;SAR=12;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363815;STB=0.527759;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0239483;OID=.;OPOS=125438516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:58:59:30:30:0.337079:12:18:33:25:12:18:33:26 chr12 125438523 . C T 203.45 PASS AF=0.313953;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0140865;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3155;QD=9.46286;RBI=0.0667335;REFB=-0.0156703;REVB=0.0652298;RO=55;SAF=17;SAR=10;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141704;STB=0.550322;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0267633;OID=.;OPOS=125438523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:55:59:27:27:0.313953:10:17:28:27:10:17:33:26 chr12 125441359 . T C 192.83 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.0239367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.463;QD=14.8333;RBI=0.0247079;REFB=-0.0102461;REVB=-0.00612461;RO=30;SAF=18;SAR=4;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030069;STB=0.517225;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0236757;OID=.;OPOS=125441359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:4:18:24:6:4:18:24:6 chr12 125448960 . C T 317.01 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0181633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.828;QD=17.8594;RBI=0.0182212;REFB=-0.0176667;REVB=0.00145234;RO=37;SAF=19;SAR=15;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860111;STB=0.547976;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0219365;OID=.;OPOS=125448960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:15:19:24:13:15:19:24:13 chr12 125451767 . G A 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0399216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.903;QD=21.1714;RBI=0.0497428;REFB=-0.00854191;REVB=0.029675;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00348951;OID=.;OPOS=125451767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:6:6:4:4:6:6:4:4 chr12 125453083 . C T 230.45 PASS AF=0.293578;AO=32;DP=109;FAO=32;FDP=109;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.0170698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.411;QD=8.45685;RBI=0.0205816;REFB=-0.00885554;REVB=-0.0114989;RO=74;SAF=16;SAR=16;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803305;STB=0.541259;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0217752;OID=.;OPOS=125453083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:74:77:32:32:0.293578:16:16:42:32:16:16:43:34 chr12 125467158 . C T 352.45 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0175822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.421;QD=18.3089;RBI=0.040582;REFB=-0.0181314;REVB=-0.0365755;RO=40;SAF=21;SAR=16;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634061;STB=0.535392;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0191377;OID=.;OPOS=125467158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:16:21:20:20:16:21:20:20 chr12 125562784 . C T 192.26 PASS AF=0.413793;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.04743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.085;QD=13.259;RBI=0.0491347;REFB=-0.0175435;REVB=-0.0128301;RO=35;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340423;STB=0.666528;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0581822;OID=.;OPOS=125562784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:34:23:24:0.413793:7:16:13:22:8:16:13:21 chr12 125562809 . G A 742.76 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000181072;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.999;QD=53.0543;RBI=0.0140802;REFB=-0.0959848;REVB=0.014079;RO=2;SAF=25;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00250439;STB=0.501329;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00057324;OID=.;OPOS=125562809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:29:25:1:1:29:25:1:1 chr12 125591780 . C T 189.03 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0276148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.788;QD=21.0035;RBI=0.0276724;REFB=-0.00476578;REVB=0.00178371;RO=15;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00553291;STB=0.529381;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00313808;OID=.;OPOS=125591780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:17:19:19:0.527778:10:9:7:8:10:9:7:10 chr12 125834095 . C A 435.41 PASS AF=0.4;AO=50;DP=125;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=39;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.00181051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.444;QD=13.933;RBI=0.00439192;REFB=0.000643253;REVB=-0.00400138;RO=57;SAF=39;SAR=11;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364013;STB=0.729379;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000563142;OID=.;OPOS=125834095;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:57:75:50:50:0.4:11:39:25:32:11:39:32:43 chr12 125834395 . T C 1026.28 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0087511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.724;QD=59.4948;RBI=0.0283655;REFB=0;REVB=-0.0269818;RO=0;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000265217;OID=.;OPOS=125834395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:25:44:0:0:25:44:0:0 chr12 126068417 . T C 2409.04 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.944;QD=64.2411;RBI=0.0416065;REFB=0;REVB=-0.00013145;RO=0;SAF=82;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87844e-05;OID=.;OPOS=126068417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:68:82:0:0:68:82:0:0 chr12 126137060 . C T 207.58 PASS AF=0.277778;AO=28;DP=108;FAO=30;FDP=108;FR=.;FRO=78;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.0444493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6414;QD=7.68807;RBI=0.0627735;REFB=-0.0022311;REVB=0.0443257;RO=78;SAF=14;SAR=14;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047152;STB=0.55169;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00859293;OID=.;OPOS=126137060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:78:78:28:30:0.277778:14:14:42:36:16:14:42:36 chr12 127067932 . A G 97.67 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0193505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.432;QD=24.4186;RBI=0.044592;REFB=-0.0613617;REVB=-0.0401747;RO=5;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520717;STB=0.52936;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0217936;OID=.;OPOS=127067932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:8:3:1:4:8:3:1:4 chr12 127068865 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.332;QD=62.6703;RBI=0.0372425;REFB=0;REVB=0.025157;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193455;OID=.;OPOS=127068865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr12 127068892 . C T 950.22 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9817;QD=57.5889;RBI=0.0437908;REFB=0;REVB=-0.0416955;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109112;OID=.;OPOS=127068892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:43:23:0:0:43:23:0:0 chr12 127650467 . G C 4722.37 PASS AF=0.945946;AO=314;DP=332;FAO=315;FDP=333;FR=.;FRO=18;FSAF=166;FSAR=149;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0163694;FXX=0.00299392;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4452;QD=56.7252;RBI=0.025439;REFB=-0.0326091;REVB=-0.0194727;RO=13;SAF=166;SAR=148;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509832;STB=0.504563;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00188178;OID=.;OPOS=127650467;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:332:333:13:18:314:315:0.945946:148:166:6:7:149:166:11:7 chr12 127650471 . AT AG,GG 5318.31 PASS AF=0.0378378,0.932432;AO=14,316;DP=341;FAO=14,345;FDP=370;FR=.;FRO=11;FSAF=12,197;FSAR=2,148;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0184508,0.0383073;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=71.6906,281.867;QD=57.4952;RBI=0.0260203,0.0390378;REFB=-0.0233103,-0.0130741;REVB=0.0183474,0.00751685;RO=10;SAF=12,174;SAR=2,142;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.366468,0.00298945;STB=0.738062,0.503669;STBP=0.028,0.423;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000861857,0.00276243;OID=.,.;OPOS=127650472,127650471;OREF=T,AT;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:341:370:10:11:14,316:14,345:0.0378378,0.932432:2,142:12,174:5:5:2,148:12,197:5:6 chr12 127650538 . A G 10035.9 PASS AF=0.977444;AO=648;DP=664;FAO=650;FDP=665;FR=.;FRO=15;FSAF=319;FSAR=331;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00797463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4989;QD=60.3661;RBI=0.059331;REFB=-0.0165;REVB=-0.0587926;RO=14;SAF=318;SAR=330;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00251081;STB=0.500544;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00055042;OID=.;OPOS=127650538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:664:665:14:15:648:650:0.977444:330:318:6:8:331:319:7:8 chr12 127650583 . T G 8682.31 PASS AF=0.985866;AO=555;DP=565;FAO=558;FDP=566;FR=.;FRO=8;FSAF=286;FSAR=272;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0619955;FXX=0.00352106;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9885;QD=61.3591;RBI=0.063205;REFB=-0.0141802;REVB=0.0123055;RO=8;SAF=284;SAR=271;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00371038;STB=0.501945;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=4.3687e-05;OID=.;OPOS=127650583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:565:566:8:8:555:558:0.985866:271:284:3:5:272:286:3:5 chr12 127650599 . A G 6872.2 PASS AF=0.988688;AO=365;DP=443;FAO=437;FDP=442;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=229;FSAR=208;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0501094;FXX=0.00225729;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.834;QD=62.1918;RBI=0.0514258;REFB=-0.0448701;REVB=0.0115611;RO=5;SAF=162;SAR=203;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00637163;STB=0.503672;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000581493;OID=.;OPOS=127650599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:443:442:5:5:365:437:0.988688:203:162:1:4:208:229:1:4 chr12 127650616 . G A 2172.01 PASS AF=0.526185;AO=211;DP=400;FAO=211;FDP=401;FR=.;FRO=190;FSAF=100;FSAR=111;FSRF=93;FSRR=97;FWDB=-0.00885097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.1;QD=21.6659;RBI=0.0114752;REFB=0.000698246;REVB=0.00730343;RO=189;SAF=100;SAR=111;SRF=92;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011153;STB=0.507377;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.000732427;OID=.;OPOS=127650616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:400:401:189:190:211:211:0.526185:111:100:92:97:111:100:93:97 chr12 127650639 . A G 3674.91 PASS AF=0.977695;AO=188;DP=253;FAO=263;FDP=269;FR=.;FRO=6;FSAF=108;FSAR=155;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.036439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.995;QD=54.6455;RBI=0.0422695;REFB=-0.0909156;REVB=0.021422;RO=2;SAF=104;SAR=84;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112008;STB=0.505886;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0027731;OID=.;OPOS=127650639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:253:269:2:6:188:263:0.977695:84:104:0:2:155:108:4:2 chr12 127650662 . T C 837.29 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231909;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.402;QD=57.7438;RBI=0.0233911;REFB=0;REVB=0.00305397;RO=0;SAF=17;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109467;OID=.;OPOS=127650662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:40:17:0:0:41:17:0:0 chr12 127650669 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.468;QD=54.5174;RBI=0.00344664;REFB=0;REVB=-0.00320875;RO=0;SAF=1;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.00626e-06;OID=.;OPOS=127650669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:24:1:0:0:24:1:0:0 chr12 127650883 . G T 178.24 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.791;QD=44.5603;RBI=0.0417943;REFB=0;REVB=0.0306033;RO=0;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00843821;OID=.;OPOS=127650883;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:14:16:1:1:13:0:0:1:15:0:0 chr12 127650890 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150944;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.039;QD=47.8224;RBI=0.0295593;REFB=0;REVB=0.0254148;RO=0;SAF=15;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67705e-05;OID=.;OPOS=127650890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:1:15:0:0:1:15:0:0 chr12 128778703 . G A 364.44 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.021926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.159;QD=23.8979;RBI=0.0565754;REFB=-0.0101331;REVB=0.0521538;RO=25;SAF=29;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172573;STB=0.595577;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00602513;OID=.;OPOS=128778703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:7:29:16:9:7:29:16:9 chr12 128899673 . A G 429.87 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00835624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6172;QD=17.3683;RBI=0.0521755;REFB=-0.00266947;REVB=-0.051502;RO=55;SAF=15;SAR=29;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208355;STB=0.616967;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00404921;OID=.;OPOS=128899673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:55:44:44:0.444444:29:15:30:25:29:15:30:25 chr12 128899736 . G A 148.1 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0156989;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.952;QD=17.9516;RBI=0.0178914;REFB=-0.0053854;REVB=-0.00858182;RO=17;SAF=15;SAR=1;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.620031;STB=0.86646;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0201254;OID=.;OPOS=128899736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:1:15:8:9:1:15:8:9 chr12 128900005 . G A 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00635519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.868;QD=18.7119;RBI=0.0121381;REFB=-0.0133434;REVB=-0.0103414;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218046;STB=0.623744;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0209852;OID=.;OPOS=128900005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:11:7:12:7:11:7:12:7 chr12 129153986 . G A 1972.63 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460199;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.381;QD=62.13;RBI=0.0200166;REFB=0;REVB=0.0194804;RO=0;SAF=53;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.82184e-06;OID=.;OPOS=129153986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:74:53:0:0:74:53:0:0 chr12 129180429 . C T 295.44 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0818159;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.839;QD=17.6383;RBI=0.0840354;REFB=-0.0124918;REVB=0.0191861;RO=34;SAF=13;SAR=19;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11462;STB=0.571921;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0149692;OID=.;OPOS=129180429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:34:35:32:32:0.477612:19:13:18:16:19:13:19:16 chr12 129180458 . G A 365.9 PASS AF=0.481013;AO=37;DP=78;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00595798;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.261;QD=18.5267;RBI=0.0103969;REFB=-0.0216076;REVB=0.00852048;RO=39;SAF=14;SAR=23;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195659;STB=0.601572;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0245944;OID=.;OPOS=129180458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:39:41:37:38:0.481013:23:14:23:16:24:14:23:18 chr12 129181810 . A G 3179.24 PASS AF=0.990476;AO=207;DP=209;FAO=208;FDP=210;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=120;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00437177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.846;QD=60.5569;RBI=0.0295779;REFB=0.0151664;REVB=-0.029253;RO=2;SAF=88;SAR=119;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107016;STB=0.505617;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.000190118;OID=.;OPOS=129181810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:209:210:2:2:207:208:0.990476:119:88:2:0:120:88:2:0 chr12 129181834 . A G 3839.19 PASS AF=1;AO=241;DP=241;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00323398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4081;QD=63.7209;RBI=0.00911281;REFB=0;REVB=0.00851966;RO=0;SAF=111;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33451e-05;OID=.;OPOS=129181834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:241:241:0:0:241:241:1:130:111:0:0:130:111:0:0 chr12 129190021 . A G 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00869882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0701;QD=59.8347;RBI=0.0531623;REFB=0;REVB=0.0524458;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566455;OID=.;OPOS=129190021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr12 129190266 . G A 469.28 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0143477;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.377;QD=18.5855;RBI=0.0496708;REFB=-0.0276722;REVB=0.0475535;RO=51;SAF=24;SAR=25;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724293;STB=0.544776;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0237778;OID=.;OPOS=129190266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:51:52:49:49:0.485149:25:24:29:22:25:24:30:22 chr12 129278864 . A G 41.8 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0171622;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=52.3958;QD=7.60078;RBI=0.0177288;REFB=-0.0139525;REVB=0.00444644;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442109;STB=0.804999;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0142054;OID=.;OPOS=129278864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:21:22:15:15:6:7:0.318182:1:5:7:8:1:6:7:8 chr12 129293346 . C T 154.8 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00435513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.423;QD=14.7428;RBI=0.0302586;REFB=-0.00898494;REVB=0.0299436;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173256;STB=0.599886;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0128722;OID=.;OPOS=129293346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:8:9:9:16:8:9:9:16 chr12 129298735 . C G 682.68 PASS AF=0.448485;AO=72;DP=163;FAO=74;FDP=165;FR=.;FRO=91;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=65;FSRR=26;FWDB=0.0758061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5785;QD=16.5499;RBI=0.080089;REFB=-0.0391395;REVB=0.0258394;RO=90;SAF=47;SAR=25;SRF=64;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658106;STB=0.540659;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0547141;OID=.;OPOS=129298735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:90:91:72:74:0.448485:25:47:64:26:26:48:65:26 chr12 129298779 . C T 34.61 PASS AF=0.0820896;AO=12;DP=134;FAO=11;FDP=134;FR=.;FRO=123;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=63;FSRR=60;FWDB=-0.0817709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8841;QD=1.03321;RBI=0.081822;REFB=-0.0168845;REVB=-0.00289025;RO=118;SAF=4;SAR=8;SRF=62;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222774;STB=0.636116;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.138961;OID=.;OPOS=129298779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:134:134:118:123:12:11:0.0820896:8:4:62:56:7:4:63:60 chr12 129298797 . G A 46.9 PASS AF=0.0939597;AO=15;DP=149;FAO=14;FDP=149;FR=.;FRO=135;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=64;FSRR=71;FWDB=-0.0499092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3887;QD=1.25911;RBI=0.0513247;REFB=-0.0166971;REVB=-0.0119706;RO=134;SAF=5;SAR=10;SRF=63;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167062;STB=0.67703;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0776814;OID=.;OPOS=129298797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:149:149:134:135:15:14:0.0939597:10:5:63:71:10:4:64:71 chr12 129298799 . T C 63.89 PASS AF=0.114094;AO=16;DP=148;FAO=17;FDP=149;FR=.;FRO=132;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=62;FSRR=70;FWDB=-0.0172747;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2169;QD=1.71515;RBI=0.0934764;REFB=-0.0171684;REVB=-0.0918663;RO=131;SAF=4;SAR=12;SRF=63;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289681;STB=0.662077;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0945037;OID=.;OPOS=129298799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:148:149:131:132:16:17:0.114094:12:4:63:68:12:5:62:70 chr12 129298819 . C T 176.53 PASS AF=0.257143;AO=28;DP=105;FAO=27;FDP=105;FR=.;FRO=78;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=62;FWDB=-0.0401744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2218;QD=6.72482;RBI=0.0507151;REFB=-0.0369058;REVB=-0.0309521;RO=77;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352044;STB=0.687385;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.116014;OID=.;OPOS=129298819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:77:78:28:27:0.257143:15:13:15:62:15:12:16:62 chr12 129328752 . C A 377.48 PASS AF=0.378151;AO=45;DP=119;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=-0.0127509;FXX=0.0165276;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5917;QD=12.6885;RBI=0.0213591;REFB=-0.0198026;REVB=-0.0171354;RO=72;SAF=13;SAR=32;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107149;STB=0.554808;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0477134;OID=.;OPOS=129328752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:72:74:45:45:0.378151:32:13:27:45:32:13:27:47 chr12 129329082 . T C 74.96 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0837869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.048;QD=10.708;RBI=0.0984237;REFB=-0.0376136;REVB=-0.0516429;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757852;STB=0.545366;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0552204;OID=.;OPOS=129329082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:6:12:6:4:6:12 chr12 129383848 . GTGT G 1057.89 PASS AF=0.546961;AO=99;DP=187;FAO=99;FDP=181;FR=.;FRO=82;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.0109242;FXX=0.0473659;HRUN=1;LEN=3;MLLD=287.475;QD=23.3788;RBI=0.0117016;REFB=-0.0161085;REVB=0.00419396;RO=79;SAF=45;SAR=54;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113255;STB=0.504048;STBP=0.912;TYPE=del;VARB=0.0139561;OID=.;OPOS=129383849;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.546961:99:187:99:181:82:45:54:38:44:99:79:45:54:37:42 chr12 129431952 . C T 561.55 PASS AF=0.468254;AO=59;DP=126;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0212354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.767;QD=17.8269;RBI=0.0212496;REFB=0.000824135;REVB=-0.000777522;RO=66;SAF=28;SAR=31;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00465485;STB=0.506341;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.00149455;OID=.;OPOS=129431952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:66:67:59:59:0.468254:31:28:31:35:31:28:31:36 chr12 129559557 . C T 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.59;QD=59.042;RBI=0.0230635;REFB=-0.0674037;REVB=-0.0203379;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517233;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00693858;OID=.;OPOS=129559557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:14:27:0:0:14:27:0:1 chr12 130647709 . G C 612.11 PASS AF=0.367647;AO=73;DP=203;FAO=75;FDP=204;FR=.;FRO=129;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=72;FSRR=57;FWDB=0.0082093;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.749;QD=12.0022;RBI=0.0173804;REFB=-0.0278569;REVB=-0.0153194;RO=128;SAF=41;SAR=32;SRF=71;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00790716;STB=0.501193;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0497218;OID=.;OPOS=130647709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:128:129:73:75:0.367647:32:41:71:57:33:42:72:57 chr12 130649316 . CTTTTTTTTTTTTTA CTTCTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTATTA,CTTTTTTTTTTTTAT 753.28 PASS AF=0.0886076,0.835443,0,0.0759494;AO=4,14,4,4;DP=85;FAO=7,66,0,6;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=1,32,0,6;FSAR=6,34,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121356,0.052097,-0.0320925,-0.0875801;FXX=0.0705799;HRUN=13,13,13,13;LEN=1,4,1,2;MLLD=142.826,16.221,139.613,13.5527;QD=38.1407;RBI=0.0291406,0.0686633,0.0325936,0.172179;REFB=-0.0297338,-0.144091,-0.064594,-0.111005;REVB=0.0264935,0.0447275,0.00569335,0.14824;RO=1;SAF=1,6,4,4;SAR=3,8,0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.272709,-0.0698108,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,snp,mnp;VARB=0.000796801,0.0507252,0,-0.205786;OID=.,.,.,.;OPOS=130649319,130649317,130649327,130649329;OREF=T,TTTT,T,TA;OALT=C,-,A,AT;OMAPALT=CTTCTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTATTA,CTTTTTTTTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0886076,0.835443,0,0.0759494:4,14,4,4:85:7,66,0,6:79:0:1,32,0,6:6,34,0,0:0:0:32:1:1,6,4,4:3,8,0,0:1:0 chr12 130649543 . C G 1587.77 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.194;QD=64.1524;RBI=0.0260576;REFB=0;REVB=0.0234407;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98721e-05;OID=.;OPOS=130649543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:51:48:0:0:51:48:0:0 chr12 130649770 . C T 409.8 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00832794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.901;QD=20.7491;RBI=0.0146004;REFB=-0.0126087;REVB=0.0119924;RO=37;SAF=30;SAR=11;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341221;STB=0.69533;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0115527;OID=.;OPOS=130649770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:38:41:41:0.518987:11:30:13:24:11:30:13:25 chr12 130649962 . C T 321.52 PASS AF=0.375;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.00971028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6596;QD=12.3661;RBI=0.0319953;REFB=-0.00786193;REVB=0.0304862;RO=64;SAF=16;SAR=23;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18204;STB=0.608172;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0120026;OID=.;OPOS=130649962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:65:39:39:0.375:23:16:37:27:23:16:38:27 chr12 130650016 . G C 286.22 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0575321;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.215;QD=12.5811;RBI=0.0576258;REFB=-0.0156901;REVB=0.00328506;RO=57;SAF=14;SAR=19;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112912;STB=0.559535;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0296041;OID=.;OPOS=130650016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:58:33:33:0.362637:19:14:30:27:19:14:30:28 chr12 130650041 . G A 438.92 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0100465;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=249.721;QD=19.0832;RBI=0.0115947;REFB=-0.0160188;REVB=-0.00578825;RO=46;SAF=24;SAR=20;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180357;STB=0.598782;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0114705;OID=.;OPOS=130650041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:46:48:44:44:0.478261:20:24:16:30:20:24:17:31 chr12 130839165 . G A 458.82 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0134084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.158;QD=20.8553;RBI=0.0139298;REFB=-0.00530429;REVB=-0.00377548;RO=42;SAF=20;SAR=25;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279604;STB=0.5102;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00520657;OID=.;OPOS=130839165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:43:45:45:0.511364:25:20:20:22:25:20:20:23 chr12 130847389 . A G 418.14 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00581756;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.458;QD=17.0668;RBI=0.0058274;REFB=-0.00832388;REVB=-0.000338532;RO=55;SAF=25;SAR=18;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181758;STB=0.510199;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00857573;OID=.;OPOS=130847389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:55:43:43:0.438776:18:25:31:24:18:25:31:24 chr12 130897136 . G T 168.35 PASS AF=0.188679;AO=29;DP=159;FAO=30;FDP=159;FR=.;FRO=129;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=81;FWDB=-0.00106563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.871;QD=4.23514;RBI=0.00327657;REFB=-0.00185452;REVB=-0.00309844;RO=129;SAF=8;SAR=21;SRF=48;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140059;STB=0.599152;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0128134;OID=.;OPOS=130897136;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:129:129:29:30:0.188679:21:8:48:81:22:8:48:81 chr12 131275484 . G A 461.27 PASS AF=0.443478;AO=51;DP=115;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.00096128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.103;QD=16.044;RBI=0.00102906;REFB=0.00101513;REVB=0.000367287;RO=63;SAF=25;SAR=26;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138619;STB=0.511941;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.00168724;OID=.;OPOS=131275484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:63:64:51:51:0.443478:26:25:30:33:26:25:30:34 chr12 131276448 . G T 2302.03 PASS AF=0.993464;AO=151;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108141;FXX=0.0129024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.07;QD=60.1837;RBI=0.0113677;REFB=0.0532719;REVB=0.00350415;RO=1;SAF=78;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0064716;STB=0.503401;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=1.45279e-05;OID=.;OPOS=131276448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:153:1:1:151:152:0.993464:73:78:0:1:73:79:0:1 chr12 131299974 . A G 895.68 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.487;QD=57.7856;RBI=0.00506227;REFB=0;REVB=0.000153537;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620237;OID=.;OPOS=131299974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:34:27:0:0:34:28:0:0 chr12 131306314 . C G 284.56 PASS AF=0.402439;AO=32;DP=81;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0111877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3216;QD=13.8807;RBI=0.018961;REFB=-0.00155766;REVB=0.0153086;RO=49;SAF=16;SAR=16;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975871;STB=0.545967;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00349164;OID=.;OPOS=131306314;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:49:49:32:33:0.402439:16:16:20:29:17:16:20:29 chr12 131466562 . T C 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0020507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8556;QD=60.375;RBI=0.0212542;REFB=0;REVB=0.021155;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91069e-05;OID=.;OPOS=131466562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr12 131620588 . A G 386.29 PASS AF=0.512821;AO=37;DP=75;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0250682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5575;QD=19.8096;RBI=0.0251801;REFB=-0.0425859;REVB=0.00237133;RO=38;SAF=25;SAR=12;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283121;STB=0.638173;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0323751;OID=.;OPOS=131620588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:38:38:37:40:0.512821:12:25:14:24:14:26:14:24 chr12 131622735 . T C 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0176328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.291;QD=18.7769;RBI=0.0196371;REFB=-0.0140045;REVB=-0.00864304;RO=26;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137517;STB=0.576865;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0140087;OID=.;OPOS=131622735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:13:13:9:17:13:13:9:17 chr12 132237848 . T C 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0767166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.954;QD=53.9056;RBI=0.0770988;REFB=0;REVB=-0.00766741;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000642501;OID=.;OPOS=132237848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:20:4:0:0:20:4:0:0 chr12 132271113 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.133;QD=61.5363;RBI=0.0122532;REFB=0;REVB=0.00245449;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31422e-05;OID=.;OPOS=132271113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr12 132285934 . G A 220.33 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0630656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5333;QD=24.4815;RBI=0.0727691;REFB=-0.0235748;REVB=-0.0363052;RO=14;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529065;STB=0.512184;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0223178;OID=.;OPOS=132285934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:15:21:21:0.583333:9:12:9:5:9:12:9:6 chr12 132325239 . G A 628.47 PASS AF=0.548673;AO=61;DP=113;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0134077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.469;QD=22.2466;RBI=0.0424409;REFB=-0.0101834;REVB=0.0402674;RO=52;SAF=32;SAR=29;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206463;STB=0.502856;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00808984;OID=.;OPOS=132325239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:52:51:61:62:0.548673:29:32:26:26:30:32:26:25 chr12 132325323 . G A 80.93 PASS AF=0.189189;AO=14;DP=74;FAO=14;FDP=74;FR=.;FRO=60;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0127498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.911;QD=4.37469;RBI=0.0130737;REFB=-0.00174005;REVB=0.00289192;RO=60;SAF=1;SAR=13;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.642124;STB=0.920424;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0215298;OID=.;OPOS=132325323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:74:74:60:60:14:14:0.189189:13:1:34:26:13:1:34:26 chr12 132326330 . G A 90.04 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0272106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.372;QD=5.90447;RBI=0.0275994;REFB=-0.00362869;REVB=0.00461639;RO=47;SAF=7;SAR=7;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391951;STB=0.524555;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0101687;OID=.;OPOS=132326330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:61:61:47:47:14:14:0.229508:7:7:22:25:7:7:22:25 chr12 132335477 . C G 336.6 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0409071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.891;QD=17.7155;RBI=0.07879;REFB=-0.0274468;REVB=0.0673385;RO=39;SAF=10;SAR=26;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167206;STB=0.602589;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0346436;OID=.;OPOS=132335477;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:40:36:36:0.473684:26:10:17:22:26:10:18:22 chr12 132394316 . G A 36.59 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0130581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8735;QD=7.31776;RBI=0.0678376;REFB=-0.0176382;REVB=0.0665689;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159998;STB=0.599699;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0449926;OID=.;OPOS=132394316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:11:3:2:4:11:3 chr12 132402025 . C T 265.66 PASS AF=0.276119;AO=37;DP=134;FAO=37;FDP=134;FR=.;FRO=97;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=-0.00706678;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.058;QD=7.93;RBI=0.00779436;REFB=-0.0090901;REVB=0.00328827;RO=92;SAF=17;SAR=20;SRF=52;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127268;STB=0.562667;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0202475;OID=.;OPOS=132402025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:92:97:37:37:0.276119:20:17:52:40:20:17:53:44 chr12 132403161 . A G 1155.21 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326011;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.762;QD=60.8003;RBI=0.032888;REFB=0;REVB=0.00433495;RO=0;SAF=21;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04364e-05;OID=.;OPOS=132403161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:55:21:0:0:55:21:0:0 chr12 132530384 . G A 451.05 PASS AF=0.318681;AO=58;DP=182;FAO=58;FDP=182;FR=.;FRO=124;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=66;FSRR=58;FWDB=-0.0114281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.036;QD=9.91327;RBI=0.0506042;REFB=-0.00937034;REVB=-0.0492969;RO=123;SAF=31;SAR=27;SRF=66;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00248452;STB=0.501522;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0290478;OID=.;OPOS=132530384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:123:124:58:58:0.318681:27:31:66:57:27:31:66:58 chr12 132589649 . C T 158.17 PASS AF=0.237113;AO=23;DP=96;FAO=23;FDP=97;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.0270115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.727;QD=6.52239;RBI=0.0275361;REFB=0.00433847;REVB=-0.00534936;RO=73;SAF=11;SAR=12;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498255;STB=0.535105;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.0148397;OID=.;OPOS=132589649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:73:74:23:23:0.237113:12:11:32:41:12:11:32:42 chr12 132598995 . C T 271.37 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0126477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9385;QD=23.5976;RBI=0.0413052;REFB=0.00175081;REVB=-0.0393212;RO=21;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184917;STB=0.510311;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.0028767;OID=.;OPOS=132598995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:9:16:13:8:9:16:13:8 chr12 132624252 . G A 136.61 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.051346;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.702;QD=17.6269;RBI=0.0514861;REFB=-0.0324986;REVB=-0.00379566;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205028;STB=0.58109;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0286832;OID=.;OPOS=132624252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:31:17:16:14:15:0.483871:6:8:6:11:7:8:6:10 chr12 132624263 . G A 61.8 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.000978872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5466;QD=7.27115;RBI=0.0274391;REFB=-0.00864432;REVB=-0.0274216;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27261;STB=0.668445;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.025726;OID=.;OPOS=132624263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:4:5:8:17:4:5:8:17 chr12 132626425 . G A 482.64 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.000132396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1964;QD=16.0881;RBI=0.0270842;REFB=-0.0117333;REVB=0.0270839;RO=66;SAF=26;SAR=27;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00567856;STB=0.501101;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.018659;OID=.;OPOS=132626425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:66:67:53:53:0.441667:27:26:32:34:27:26:33:34 chr12 132626668 . T C 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00807957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.031;QD=20.397;RBI=0.0302421;REFB=-0.0330534;REVB=0.0291428;RO=26;SAF=17;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399836;STB=0.53123;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0214489;OID=.;OPOS=132626668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:27:31:31:0.534483:14:17:13:13:14:17:13:14 chr12 132627365 . G A 323.58 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00749937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.946;QD=16.8095;RBI=0.0219041;REFB=-0.0163582;REVB=0.0205803;RO=42;SAF=23;SAR=12;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404186;STB=0.522714;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0226906;OID=.;OPOS=132627365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:12:23:26:16:12:23:26:16 chr12 132635521 . T C 81.82 PASS AF=0.314286;AO=10;DP=34;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00100802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.202;QD=9.35087;RBI=0.0584317;REFB=-0.00500007;REVB=-0.058423;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138861;STB=0.622811;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00974114;OID=.;OPOS=132635521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:34:35:23:24:10:11:0.314286:4:6:11:12:4:7:11:13 chr12 132635581 . C T 69.07 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0433702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8371;QD=6.13968;RBI=0.0460801;REFB=-0.0157694;REVB=0.0155693;RO=35;SAF=2;SAR=8;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181401;STB=0.618786;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0520862;OID=.;OPOS=132635581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:8:2:11:24:8:2:11:24 chr12 132636864 . C T 259.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0264199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.179;QD=24.7234;RBI=0.0303275;REFB=-0.0243769;REVB=0.0148913;RO=16;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164285;STB=0.565163;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00948953;OID=.;OPOS=132636864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:18:24:24:0.571429:13:11:11:5:13:11:11:7 chr12 132682481 . T G 579.89 PASS AF=0.426667;AO=64;DP=151;FAO=64;FDP=150;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.0230319;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.663;QD=15.4637;RBI=0.0303953;REFB=-0.0191189;REVB=0.0198345;RO=86;SAF=31;SAR=33;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197651;STB=0.511057;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0125877;OID=.;OPOS=132682481;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:86:86:64:64:0.426667:33:31:40:46:33:31:40:46 chr12 132682484 . A G 566.63 PASS AF=0.414966;AO=61;DP=147;FAO=61;FDP=147;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.00829059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.942;QD=15.4186;RBI=0.00861391;REFB=-0.0216804;REVB=0.00233785;RO=84;SAF=31;SAR=30;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576408;STB=0.525181;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0240104;OID=.;OPOS=132682484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:84:86:61:61:0.414966:30:31:38:46:30:31:40:46 chr12 132688137 . A G 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0226375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.238;QD=12.4026;RBI=0.0298167;REFB=-0.0120886;REVB=-0.0194057;RO=29;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15976;STB=0.594472;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0130662;OID=.;OPOS=132688137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:11:5:13:16:11:5:13:16 chr12 132824440 . CT CTC,TC 31.28 PASS AF=0.170732,0;AO=7,5;DP=41;FAO=7,0;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=1,0;FSAR=6,0;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0597098,-0.059276;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,2;MLLD=70.0766,80.9284;QD=3.05204;RBI=0.0810054,0.0974258;REFB=-0.00235458,0.00196757;REVB=-0.0547415,-0.0773185;RO=29;SAF=0,2;SAR=7,3;SRF=8;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.649993,0.162317;STB=0.658812,0.5;STBP=0.467,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.103185,0;OID=.,.;OPOS=132824442,132824440;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:41:41:29:34:7,5:7,0:0.170732,0:7,3:0,2:8:21:6,0:1,0:9:25 chr12 133181399 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.651;QD=57.3857;RBI=0.0304083;REFB=0;REVB=-0.0107383;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67694e-05;OID=.;OPOS=133181399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr12 133182818 . G A 263.44 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0403673;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.99;QD=20.6623;RBI=0.0491718;REFB=-0.00759429;REVB=0.0280775;RO=21;SAF=20;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340027;STB=0.666536;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0119952;OID=.;OPOS=133182818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:24:27:27:0.529412:7:20:7:14:7:20:10:14 chr12 133196596 . T C 306.09 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137;QD=53.2332;RBI=0.0550046;REFB=0;REVB=0.0530972;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041024;OID=.;OPOS=133196596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:20:23:1:9:11:0:0:10:13:0:0 chr12 133201947 . T C 789.98 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.361;QD=55.4369;RBI=0.040529;REFB=-0.118882;REVB=0.0363252;RO=1;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192399;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305287;OID=.;OPOS=133201947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:57:1:0:56:57:1:24:32:0:1:25:32:0:0 chr12 133202004 . C T 162.92 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0223876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.476;QD=13.0334;RBI=0.0584058;REFB=-0.018135;REVB=0.0539448;RO=32;SAF=9;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10273;STB=0.559934;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0201343;OID=.;OPOS=133202004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:9:9:19:13:9:9:19:13 chr12 133208979 . T C 2373.87 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000678943;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.242;QD=64.1587;RBI=0.00253983;REFB=0;REVB=0.0024474;RO=0;SAF=76;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.652e-06;OID=.;OPOS=133208979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:148:0:0:148:148:1:72:76:0:0:72:76:0:0 chr12 133219831 . T C 514.38 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.000834014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.097;QD=18.8762;RBI=0.00292193;REFB=-0.0189825;REVB=0.00280037;RO=55;SAF=36;SAR=18;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152107;STB=0.584383;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0118783;OID=.;OPOS=133219831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:55:55:54:54:0.495413:18:36:28:27:18:36:28:27 chr12 133236000 . C T 363.26 PASS AF=0.475;AO=37;DP=79;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00961356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.01;QD=18.1628;RBI=0.0136126;REFB=-0.00805799;REVB=-0.0096376;RO=41;SAF=9;SAR=28;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193035;STB=0.62136;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00787838;OID=.;OPOS=133236000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:41:42:37:38:0.475:28:9:17:24:29:9:18:24 chr12 133253995 . G A 385.73 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=83;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00899727;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.999;QD=17.533;RBI=0.00902535;REFB=-0.00324179;REVB=0.000711378;RO=48;SAF=20;SAR=15;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736448;STB=0.541311;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00420627;OID=.;OPOS=133253995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:88:48:48:35:40:0.454545:15:20:24:24:17:23:24:24 chr12 133272470 . G T 194.27 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0268594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6821;QD=17.268;RBI=0.0334735;REFB=0.0360916;REVB=0.0199762;RO=24;SAF=4;SAR=16;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.498637;STB=0.77749;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.045505;OID=.;OPOS=133272470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:16:4:17:7:16:4:17:8 chr12 133294333 . C T 600.27 PASS AF=0.488189;AO=62;DP=127;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=20;FWDB=0.0360563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5724;QD=18.9061;RBI=0.038855;REFB=-0.0263795;REVB=0.0144794;RO=64;SAF=35;SAR=27;SRF=44;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117207;STB=0.567653;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0357927;OID=.;OPOS=133294333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:64:65:62:62:0.488189:27:35:44:20:27:35:45:20 chr12 133294605 . C T 346.82 PASS AF=0.318841;AO=44;DP=138;FAO=44;FDP=138;FR=.;FRO=94;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=0.0100975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.875;QD=10.0527;RBI=0.0140638;REFB=-0.00715932;REVB=0.0097893;RO=93;SAF=25;SAR=19;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136083;STB=0.582312;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0145861;OID=.;OPOS=133294605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:93:94:44:44:0.318841:19:25:42:51:19:25:42:52 chr12 133295353 . C T 446.17 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00693315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.837;QD=20.7521;RBI=0.0116837;REFB=-0.0167989;REVB=0.00940422;RO=41;SAF=25;SAR=19;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371764;STB=0.525477;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0168408;OID=.;OPOS=133295353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:42:44:44:0.511628:19:25:25:16:19:25:26:16 chr12 133303973 . C G 122.98 PASS AF=0.32;AO=13;DP=47;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00310318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4571;QD=9.83876;RBI=0.0104365;REFB=-0.0159634;REVB=0.00996443;RO=34;SAF=9;SAR=4;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980298;STB=0.538414;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.037828;OID=.;OPOS=133303973;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:34:34:13:16:0.32:4:9:21:13:7:9:21:13 chr12 133306710 . C T 154.67 PASS AF=0.36;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0489646;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0052;QD=12.3739;RBI=0.0581079;REFB=-0.0031681;REVB=0.0312889;RO=33;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745745;STB=0.532222;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00855004;OID=.;OPOS=133306710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:33:32:18:18:0.36:11:7:15:18:11:7:14:18 chr12 133324764 . C T 455.81 PASS AF=0.310526;AO=58;DP=197;FAO=59;FDP=190;FR=.;FRO=131;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=54;FSRR=77;FWDB=0.00994923;FXX=0.0355312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.33;QD=9.59594;RBI=0.0112377;REFB=0.00126552;REVB=-0.00522479;RO=124;SAF=30;SAR=28;SRF=52;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115123;STB=0.577614;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00275687;OID=.;OPOS=133324764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:190:124:131:58:59:0.310526:28:30:52:72:28:31:54:77 chr12 133331364 . G A 270.12 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=0.00374579;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=190.33;QD=12.0052;RBI=0.0145548;REFB=-0.00503873;REVB=-0.0140645;RO=57;SAF=12;SAR=20;SRF=39;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334231;STB=0.685374;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00934359;OID=.;OPOS=133331364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:58:32:32:0.355556:20:12:39:18:20:12:39:19 chr12 133357412 . T C 675.58 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0572788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0394;QD=60.0512;RBI=0.0658925;REFB=0.00530901;REVB=0.0325722;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208755;STB=0.511106;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00128659;OID=.;OPOS=133357412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:22:22:0:1:22:22:0:1 chr12 133363006 . G A 315.14 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0228266;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.474;QD=24.2418;RBI=0.025854;REFB=-0.0302377;REVB=-0.0121398;RO=21;SAF=21;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157798;STB=0.587159;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0103799;OID=.;OPOS=133363006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:10:21:10:11:10:21:10:11 chr12 133363376 . G T 691.22 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.204;QD=62.8382;RBI=0.0735904;REFB=0;REVB=-0.0144248;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120207;OID=.;OPOS=133363376;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:44:0:0:40:44:1:18:22:0:0:18:26:0:0 chr12 133374934 . C A 124.07 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.0275241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.206;QD=7.51915;RBI=0.0314438;REFB=-0.012773;REVB=-0.0152031;RO=48;SAF=11;SAR=7;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718548;STB=0.543274;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0348861;OID=.;OPOS=133374934;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:48:18:18:0.272727:7:11:32:16:7:11:32:16 chr12 133384864 . G A 111.38 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0117619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.788;QD=15.911;RBI=0.0127372;REFB=0.00603063;REVB=0.00488807;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257566;STB=0.648425;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00399364;OID=.;OPOS=133384864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:5:10:5:8:5:10 chr12 133389998 . T C 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0192444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.965;QD=16.0653;RBI=0.0194203;REFB=0.0037767;REVB=0.00260819;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145804;STB=0.508371;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00390529;OID=.;OPOS=133389998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:11:7:9:15:11:7:9:15 chr12 133411987 . G C 1642.15 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.611;QD=60.2624;RBI=0.0326227;REFB=0;REVB=-0.0128456;RO=0;SAF=48;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08604e-05;OID=.;OPOS=133411987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:60:48:0:0:60:49:0:0 chr12 133417982 . T TAA 190.19 PASS AF=0.590909;AO=20;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0925118;FXX=0.0434688;HRUN=3;LEN=2;MLLD=28.0075;QD=17.2898;RBI=0.0970753;REFB=0.00121885;REVB=-0.0294141;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936166;STB=0.514377;STBP=0.859;TYPE=ins;VARB=0.00248022;OID=.;OPOS=133417983;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.590909:20:44:26:44:18:15:11:11:7:99:18:10:10:11:7 chr12 133423695 . A G 223.94 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0202158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.576;QD=34.4523;RBI=0.0202183;REFB=-0.00749936;REVB=-0.000321116;RO=6;SAF=13;SAR=7;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207695;STB=0.614057;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00172618;OID=.;OPOS=133423695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:6:6:20:20:0.769231:7:13:1:5:7:13:1:5 chr12 133428242 . G A 130.93 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00593715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9394;QD=18.7047;RBI=0.166649;REFB=-0.00732166;REVB=0.166543;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21949;STB=0.633628;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0236131;OID=.;OPOS=133428242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:14:15:0.535714:8:6:9:4:9:6:9:4 chr12 133433173 . T C 636.88 PASS AF=0.907407;AO=49;DP=54;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0177312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7123;QD=47.1763;RBI=0.0349884;REFB=-0.142748;REVB=-0.0301628;RO=1;SAF=31;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014941;STB=0.51681;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0135322;OID=.;OPOS=133433173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:54:54:1:5:49:49:0.907407:18:31:1:0:18:31:4:1 chr12 133435716 . T G 537.89 PASS AF=0.52381;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00759098;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.469;QD=20.491;RBI=0.00762357;REFB=-0.0162529;REVB=-0.000704143;RO=49;SAF=28;SAR=27;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359404;STB=0.524263;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0152442;OID=.;OPOS=133435716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:49:50:55:55:0.52381:27:28:27:22:27:28:28:22 chr12 133435793 . C T 482.89 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00352507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.601;QD=18.5726;RBI=0.00380033;REFB=-0.000524795;REVB=-0.00142001;RO=51;SAF=26;SAR=25;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.000520307;OID=.;OPOS=133435793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:53:51:51:0.490385:25:26:26:25:25:26:28:25 chr12 133438111 . C T 171.77 PASS AF=0.26087;AO=24;DP=92;FAO=24;FDP=92;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.0106705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.228;QD=7.46827;RBI=0.030516;REFB=-0.00260416;REVB=-0.0285897;RO=67;SAF=12;SAR=12;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118859;STB=0.565164;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0035847;OID=.;OPOS=133438111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:67:68:24:24:0.26087:12:12:40:27:12:12:40:28 chr12 133587347 . C T 124.31 PASS AF=0.319149;AO=16;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00157703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4112;QD=10.5797;RBI=0.0689726;REFB=-0.000181868;REVB=-0.0689545;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654798;STB=0.563136;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00223328;OID=.;OPOS=133587347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:32:16:15:0.319149:7:9:18:11:7:8:20:12 chr12 133587980 . C T 958.67 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0133795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.987;QD=57.2337;RBI=0.0159851;REFB=-0.0100977;REVB=-0.00874724;RO=1;SAF=30;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154888;STB=0.508194;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=1.21384e-05;OID=.;OPOS=133587980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:36:30:1:0:36:30:1:0 chr12 133634450 . A C 123.76 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.358;QD=41.2543;RBI=0.0308595;REFB=0;REVB=-0.0073437;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025466;OID=.;OPOS=133634450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:5:6:0:0:5:7:0:0 chr12 133660718 . A G 101.83 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.089;QD=40.7331;RBI=0.0470855;REFB=0;REVB=0.0327363;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565535;OID=.;OPOS=133660718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr12 133781231 . GA G 1084.88 PASS AF=1;AO=86;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10239;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.794;QD=48.2169;RBI=0.124174;REFB=0;REVB=0.0702534;RO=1;SAF=44;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106464;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00259758;OID=.;OPOS=133781232;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:86:91:90:90:0:46:44:0:0:20:1:44:42:1:0 chr12 133781428 . A C 1508.26 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0442265;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.184;QD=57.4577;RBI=0.0442293;REFB=-0.014643;REVB=-0.000500319;RO=1;SAF=55;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978283;STB=0.510202;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000106885;OID=.;OPOS=133781428;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:105:1:2:103:103:0.980952:48:55:0:1:48:55:0:2 chr12 133781605 . A G 873.49 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.57;QD=55.4599;RBI=0.0239228;REFB=-0.0277504;REVB=0.0214062;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000159695;OID=.;OPOS=133781605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:61:62:0.984127:34:27:0:0:35:27:0:1 chr12 133795885 . G A 3150.24 PASS AF=0.972222;AO=209;DP=218;FAO=210;FDP=216;FR=.;FRO=6;FSAF=106;FSAR=104;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.024175;FXX=0.00917389;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.527;QD=58.3378;RBI=0.0263572;REFB=-0.119227;REVB=0.0105011;RO=3;SAF=105;SAR=104;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134137;STB=0.51376;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000620897;OID=.;OPOS=133795885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:218:216:3:6:209:210:0.972222:104:105:3:0:104:106:6:0 chr12 133795960 . A G 2219.38 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0103501;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.206;QD=62.5178;RBI=0.0106409;REFB=0.0261092;REVB=0.00247078;RO=1;SAF=65;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621563;STB=0.503268;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-2.41773e-05;OID=.;OPOS=133795960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:1:1:141:141:0.992958:76:65:0:1:76:65:0:1 chr12 133810748 . G A 351.45 PASS AF=0.304054;AO=45;DP=149;FAO=45;FDP=148;FR=.;FRO=103;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=54;FSRR=49;FWDB=-0.0302167;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1912;QD=9.49866;RBI=0.0436304;REFB=-0.0151511;REVB=0.0314732;RO=103;SAF=26;SAR=19;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645402;STB=0.537696;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0264093;OID=.;OPOS=133810748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:103:103:45:45:0.304054:19:26:54:49:19:26:54:49 chr13 19600126 . G A 464.85 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0071158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.752;QD=58.1063;RBI=0.0110867;REFB=0;REVB=0.00850183;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14418e-06;OID=.;OPOS=19600126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr13 19600200 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.599;QD=53.9112;RBI=0.0207273;REFB=0;REVB=-0.00652188;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126316;OID=.;OPOS=19600200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr13 19600475 . C A 1679.83 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641383;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8812;QD=60.5344;RBI=0.00706789;REFB=0;REVB=0.0029695;RO=0;SAF=55;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27668e-05;OID=.;OPOS=19600475;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:56:55:0:0:56:55:0:0 chr13 19751544 . C T 321.78 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0478946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5609;QD=23.8352;RBI=0.0496876;REFB=-0.0212981;REVB=-0.0132276;RO=21;SAF=23;SAR=9;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392369;STB=0.527842;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0179853;OID=.;OPOS=19751544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:22:32:32:0.592593:9:23:16:5:9:23:17:5 chr13 19753585 . GT G,TG 1627.33 PASS AF=0.954248,0.0457516;AO=33,8;DP=150;FAO=146,7;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=88,0;FSAR=58,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.962086,0.121713;FXX=0.00649309;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=14.7973,153.634;QD=42.5445;RBI=1.0293,0.12222;REFB=0,0;REVB=0.365853,-0.0111262;RO=104;SAF=1,0;SAR=32,8;SRF=85;SRR=19;SSEN=0.326923,0;SSEP=0.324136,0;SSSB=-0.830068,-0.737554;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0227906,0.0410017;OID=.,.;OPOS=19753586,19753585;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:150:153:104:0:33,8:146,7:0.954248,0.0457516:32,8:1,0:85:19:58,7:88,0:0:0 chr13 19999890 . G A 289.59 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00365162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.463;QD=46.3348;RBI=0.0172846;REFB=-0.0187851;REVB=-0.0168944;RO=2;SAF=1;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448665;STB=0.749698;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000546281;OID=.;OPOS=19999890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:22:1:2:0:22:1:2:0 chr13 19999913 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.625;QD=55.6561;RBI=0.020274;REFB=0;REVB=0.00701543;RO=0;SAF=2;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.18567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108229;OID=.;OPOS=19999913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:25:2:0:0:25:2:0:0 chr13 20000630 . T C 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231679;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.026;QD=63.581;RBI=0.0235409;REFB=0;REVB=0.00417408;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33784e-05;OID=.;OPOS=20000630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr13 20006620 . C T 684.15 PASS AF=0.564103;AO=66;DP=117;FAO=66;FDP=117;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.00891797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3201;QD=23.3897;RBI=0.0103572;REFB=-0.0497455;REVB=-0.00526694;RO=51;SAF=29;SAR=37;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707365;STB=0.538593;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0216908;OID=.;OPOS=20006620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:51:51:66:66:0.564103:37:29:18:33:37:29:18:33 chr13 20006680 . G C 164.61 PASS AF=0.270588;AO=23;DP=85;FAO=23;FDP=85;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0276868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5468;QD=7.74631;RBI=0.0277372;REFB=0.0031909;REVB=-0.00167096;RO=62;SAF=13;SAR=10;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213577;STB=0.627659;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00740843;OID=.;OPOS=20006680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:62:62:23:23:0.270588:10:13:24:38:10:13:24:38 chr13 20025375 . A G 428.36 PASS AF=0.432203;AO=43;DP=116;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.000439887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.671;QD=14.5206;RBI=0.0103998;REFB=-0.00663117;REVB=0.0103905;RO=72;SAF=26;SAR=17;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176179;STB=0.5294;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0135604;OID=.;OPOS=20025375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:72:67:43:51:0.432203:17:26:32:40:24:27:32:35 chr13 20038584 . A G 233.46 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0164771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.259;QD=16.9792;RBI=0.0164975;REFB=-0.00997137;REVB=-0.000819171;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842919;STB=0.54745;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0139801;OID=.;OPOS=20038584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:14:12:16:13:14:12:16:13 chr13 20221516 . A G 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0372849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.738;QD=17.2298;RBI=0.0469548;REFB=-0.00842869;REVB=-0.0285411;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946669;STB=0.555414;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00293908;OID=.;OPOS=20221516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:3:3:3:5:3:3 chr13 20224387 . A G 476.81 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0185362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.12;QD=19.4614;RBI=0.0194548;REFB=-0.0230081;REVB=0.00590747;RO=51;SAF=21;SAR=26;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00394736;STB=0.502194;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.023667;OID=.;OPOS=20224387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:26:21:23:28:26:21:23:28 chr13 20277413 . T C 116.63 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0394671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.368;QD=7.40485;RBI=0.0421748;REFB=-0.0114418;REVB=-0.014868;RO=45;SAF=6;SAR=11;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875962;STB=0.562916;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.037277;OID=.;OPOS=20277413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:46:17:17:0.269841:11:6:19:26:11:6:20:26 chr13 20311240 . C T 496.08 PASS AF=0.709677;AO=44;DP=62;FAO=44;FDP=62;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0608682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1921;QD=32.0049;RBI=0.0733386;REFB=-0.0342532;REVB=0.0409099;RO=18;SAF=18;SAR=26;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499173;STB=0.527015;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0152625;OID=.;OPOS=20311240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:18:18:44:44:0.709677:26:18:9:9:26:18:9:9 chr13 20398669 . T C 141.64 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0533221;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1749;QD=12.8765;RBI=0.0533631;REFB=-0.00805555;REVB=0.0020914;RO=28;SAF=3;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282786;STB=0.66888;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.013999;OID=.;OPOS=20398669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:13:3:11:17:13:3:11:17 chr13 20398742 . C T 162.99 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0132696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2866;QD=13.0391;RBI=0.0425534;REFB=-0.057707;REVB=-0.0404315;RO=32;SAF=5;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227421;STB=0.633989;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0437522;OID=.;OPOS=20398742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:13:5:15:17:13:5:15:17 chr13 20411701 . C T 288.84 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.000633482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.416;QD=21.0067;RBI=0.0230342;REFB=-0.0107009;REVB=-0.0230255;RO=25;SAF=21;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128205;STB=0.571379;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00928709;OID=.;OPOS=20411701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:9:21:14:11:9:21:14:11 chr13 20413021 . T C 387.27 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0348531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.027;QD=23.8319;RBI=0.0368323;REFB=-0.014031;REVB=0.0119112;RO=27;SAF=19;SAR=19;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140002;STB=0.507688;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0104364;OID=.;OPOS=20413021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:19:19:14:13:19:19:14:13 chr13 20425539 . C T 646.0 PASS AF=0.421053;AO=72;DP=170;FAO=72;FDP=171;FR=.;FRO=99;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=0.00978243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6571;QD=15.1112;RBI=0.00982103;REFB=0.0193506;REVB=-0.000869957;RO=98;SAF=32;SAR=40;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993234;STB=0.552651;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.0285604;OID=.;OPOS=20425539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:98:99:72:72:0.421053:40:32:53:45:40:32:53:46 chr13 20425911 . C A 93.33 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0222884;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.27;QD=17.7766;RBI=0.0255047;REFB=-0.00923363;REVB=-0.0123983;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105136;STB=0.545376;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0041296;OID=.;OPOS=20425911;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:21:11:10:11:11:0.52381:3:8:9:2:3:8:8:2 chr13 20425948 . T C 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00876084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.904;QD=17.3999;RBI=0.00919227;REFB=-0.032113;REVB=-0.00278308;RO=12;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248839;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.025683;OID=.;OPOS=20425948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:13:13:0.5:4:9:8:4:4:9:9:4 chr13 20539389 . A G 538.13 PASS AF=0.525773;AO=49;DP=95;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0119749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.26;QD=22.1909;RBI=0.0127491;REFB=-0.0133373;REVB=-0.00437517;RO=46;SAF=30;SAR=19;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817612;STB=0.532166;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0107181;OID=.;OPOS=20539389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:46:46:49:51:0.525773:19:30:24:22:21:30:24:22 chr13 20567650 . TA TAA,T 36.74 PASS AF=0.105263,0.368421;AO=2,7;DP=18;FAO=2,7;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2,4;FSAR=0,3;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0606476,-0.0584094;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.1869,11.9356;QD=7.7343;RBI=0.0971382,0.0967548;REFB=0.0189369,-0.018197;REVB=0.0758795,-0.0771352;RO=9;SAF=2,4;SAR=0,3;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.476258,-0.328854;STB=0.99171,0.642496;STBP=0.423,0.417;TYPE=ins,del;VARB=0.00966653,0.0576629;OID=.,.;OPOS=20567651,20567651;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=TAA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.105263,0.368421:2,7:18:2,7:19:10:2,4:0,3:8:2:33:9:2,4:0,3:8:1 chr13 20716411 . C T 149.75 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00261515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.804;QD=28.5246;RBI=0.0445854;REFB=-0.0476606;REVB=0.0445087;RO=6;SAF=10;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0209185;OID=.;OPOS=20716411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:5:10:4:2:5:10:4:2 chr13 20716525 . G T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0166274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.612;QD=12.7389;RBI=0.0189393;REFB=-0.0271333;REVB=-0.0090678;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930819;STB=0.555418;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0303652;OID=.;OPOS=20716525;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:6:4:4:4:6:4 chr13 20716533 . G T 123.14 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0421363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.57;QD=37.8879;RBI=0.0913924;REFB=-0.108205;REVB=0.0810993;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533278;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0170842;OID=.;OPOS=20716533;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:0:1:12:12:0.923077:5:7:0:0:5:7:1:0 chr13 20763170 . C T 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00153906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.882;QD=10.1421;RBI=0.0111415;REFB=-0.019701;REVB=-0.0110347;RO=25;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281572;STB=0.671337;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0181349;OID=.;OPOS=20763170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:9:3:12:13:9:3:12:13 chr13 21157165 . GAAAAAAAT GAAAAAA,GAAAAAAT,GAAAAAATT 148.28 PASS AF=0.5,0.0588235,0;AO=6,10,2;DP=39;FAO=17,2,0;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=11,2,0;FSAR=6,0,0;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.050429,-0.149363,-0.204537;FXX=0.128172;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=18.7739,12.1096,8.79334;QD=17.4444;RBI=0.0864665,0.438127,0.458351;REFB=0.0386507,0.000826194,-0.0333803;REVB=-0.070238,-0.411881,-0.410183;RO=8;SAF=6,8,0;SAR=0,2,2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.718972,0.0573375,-0.684179;STB=0.523781,0.993586,0.5;STBP=0.82,0.215,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0254451,0.10563,0;OID=.,.,.;OPOS=21157172,21157166,21157172;OREF=AT,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=GAAAAAA,GAAAAAAT,GAAAAAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.0588235,0:6,10,2:39:17,2,0:34:15:11,2,0:6,0,0:9:6:92:8:6,8,0:0,2,2:6:2 chr13 21205192 . G A 758.0 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00459961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.889;QD=61.8775;RBI=0.0151238;REFB=-0.0716472;REVB=0.0144073;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165072;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202959;OID=.;OPOS=21205192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:49:1:0:48:49:1:28:20:0:1:29:20:0:0 chr13 21356650 . T A 837.56 PASS AF=0.398305;AO=94;DP=237;FAO=94;FDP=236;FR=.;FRO=142;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=64;FSRR=78;FWDB=0.00211467;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.177;QD=14.196;RBI=0.0124009;REFB=-0.00835519;REVB=-0.0122193;RO=142;SAF=50;SAR=44;SRF=64;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868797;STB=0.548748;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0117594;OID=.;OPOS=21356650;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:236:142:142:94:94:0.398305:44:50:64:78:44:50:64:78 chr13 21358061 . A G 140.6 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0245464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5054;QD=31.2434;RBI=0.0291961;REFB=-0.0762585;REVB=-0.0158078;RO=4;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289969;STB=0.516106;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0105188;OID=.;OPOS=21358061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:8:6:2:2:8:6:2:2 chr13 21381737 . G A 90.91 PASS AF=0.208333;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=72;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.00427821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.29;QD=5.05044;RBI=0.0170433;REFB=-0.000292179;REVB=0.0164976;RO=56;SAF=8;SAR=7;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196346;STB=0.628722;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00163608;OID=.;OPOS=21381737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:71:72:56:57:15:15:0.208333:7:8:21:35:7:8:21:36 chr13 21547317 . T C 769.57 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016808;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.872;QD=57.0051;RBI=0.0598269;REFB=0;REVB=0.0574173;RO=1;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177765;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222706;OID=.;OPOS=21547317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:1:0:53:54:1:26:27:0:1:27:27:0:0 chr13 21547335 . G A 71.16 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0431931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.373;QD=5.17505;RBI=0.0484804;REFB=-0.00742296;REVB=-0.022016;RO=44;SAF=5;SAR=6;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4933e-08;STB=0.5;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0173197;OID=.;OPOS=21547335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:44:44:11:11:0.2:6:5:20:24:6:5:20:24 chr13 21562832 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.533;QD=49.5992;RBI=0.0175452;REFB=0;REVB=0.00974416;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016938;OID=.;OPOS=21562832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr13 21562948 . G A 164.21 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283968;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7918;QD=46.9174;RBI=0.186656;REFB=0;REVB=0.184483;RO=1;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431971;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00368697;OID=.;OPOS=21562948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:1:0:13:14:1:10:3:0:1:11:3:0:0 chr13 21563076 . C T 81.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0132674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.481;QD=8.37079;RBI=0.0142865;REFB=-5.87453e-05;REVB=-0.00529893;RO=27;SAF=7;SAR=4;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13819;STB=0.562392;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00018523;OID=.;OPOS=21563076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:27:28:11:11:0.282051:4:7:20:7:4:7:20:8 chr13 21612791 . G A 377.36 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.016584;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.947;QD=18.4079;RBI=0.0246746;REFB=-0.0145821;REVB=-0.0182704;RO=41;SAF=24;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12;STB=0.555955;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0262325;OID=.;OPOS=21612791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:41:43:39:39:0.47561:15:24:20:21:15:24:22:21 chr13 21620085 . T C 201.98 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.000516855;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.681;QD=12.0587;RBI=0.027696;REFB=-0.00965543;REVB=-0.0276912;RO=41;SAF=12;SAR=13;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179309;STB=0.517351;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0146325;OID=.;OPOS=21620085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:41:42:25:25:0.373134:13:12:19:22:13:12:19:23 chr13 21714920 . G A 999.4 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00924772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.225;QD=56.3041;RBI=0.0288724;REFB=-0.0857845;REVB=0.0273513;RO=2;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363191;STB=0.519225;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.000386474;OID=.;OPOS=21714920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:2:2:69:69:0.971831:25:44:0:2:25:44:0:2 chr13 21720956 . C T 893.65 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.021636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7018;QD=54.9939;RBI=0.0332904;REFB=-0.124983;REVB=-0.0253009;RO=2;SAF=34;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0023186;STB=0.501228;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00429583;OID=.;OPOS=21720956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:29:34:1:1:29:34:1:1 chr13 21729252 . T C 705.23 PASS AF=0.486111;AO=70;DP=144;FAO=70;FDP=144;FR=.;FRO=74;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.00291625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.238;QD=19.5898;RBI=0.00623379;REFB=-0.0067578;REVB=-0.0055096;RO=72;SAF=43;SAR=27;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297588;STB=0.517852;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00659541;OID=.;OPOS=21729252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:72:74:70:70:0.486111:27:43:42:30:27:43:43:31 chr13 21729267 . G A 740.81 PASS AF=0.510638;AO=72;DP=141;FAO=72;FDP=141;FR=.;FRO=69;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.000390203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.802;QD=21.0159;RBI=0.00857538;REFB=-0.0181781;REVB=-0.00856649;RO=67;SAF=44;SAR=28;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265902;STB=0.516045;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00963648;OID=.;OPOS=21729267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:67:69:72:72:0.510638:28:44:39:28:28:44:40:29 chr13 21732094 . C T 2334.84 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000963489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=317.974;QD=63.1038;RBI=0.0149427;REFB=0.0288675;REVB=-0.0149116;RO=1;SAF=48;SAR=99;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00478019;STB=0.502512;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.000198361;OID=.;OPOS=21732094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:1:1:147:147:0.993243:99:48:0:1:99:48:0:1 chr13 21742311 . C T 1771.94 PASS AF=0.594891;AO=157;DP=267;FAO=163;FDP=274;FR=.;FRO=111;FSAF=80;FSAR=83;FSRF=70;FSRR=41;FWDB=-0.0133901;FXX=0.0179205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1948;QD=25.8678;RBI=0.0137802;REFB=-0.0177094;REVB=-0.00325575;RO=107;SAF=80;SAR=77;SRF=69;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101758;STB=0.556542;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0148232;OID=.;OPOS=21742311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:274:107:111:157:163:0.594891:77:80:69:38:83:80:70:41 chr13 21746600 . TG T 487.92 PASS AF=0.489796;AO=47;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00174563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.7;QD=19.915;RBI=0.0400434;REFB=-0.0118746;REVB=-0.0400053;RO=49;SAF=30;SAR=17;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141176;STB=0.565762;STBP=0.231;TYPE=del;VARB=0.0128744;OID=.;OPOS=21746601;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.489796:47:98:48:98:50:30:18:25:25:99:49:30:17:24:25 chr13 21750538 . G A 1111.64 PASS AF=0.550265;AO=104;DP=189;FAO=104;FDP=189;FR=.;FRO=85;FSAF=68;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=0.0130529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0421;QD=23.5267;RBI=0.0549631;REFB=-0.0153375;REVB=0.0533907;RO=85;SAF=68;SAR=36;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687659;STB=0.537542;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0135725;OID=.;OPOS=21750538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:85:85:104:104:0.550265:36:68:49:36:36:68:49:36 chr13 21751528 . A AC 346.79 PASS AF=1;AO=37;DP=67;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0869453;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.36088;QD=23.9167;RBI=0.269732;REFB=0.0540378;REVB=0.255335;RO=26;SAF=14;SAR=23;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573838;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0110124;OID=.;OPOS=21751529;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:67:58:58:0:23:35:0:0:6:26:14:23:8:18 chr13 21752154 . G A 740.36 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.94;QD=56.9508;RBI=0.0212637;REFB=0;REVB=0.0115827;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6789e-05;OID=.;OPOS=21752154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:24:27:0:0:24:28:0:0 chr13 22275394 . A G 1945.09 PASS AF=0.992248;AO=127;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00504301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.162;QD=60.3128;RBI=0.0421525;REFB=-0.131175;REVB=0.0418498;RO=2;SAF=54;SAR=73;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172714;STB=0.504504;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000289306;OID=.;OPOS=22275394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:129:129:2:1:127:128:0.992248:73:54:2:0:73:55:1:0 chr13 22275583 . G A 1146.81 PASS AF=1;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00103007;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.345;QD=61.1634;RBI=0.0260915;REFB=0;REVB=-0.0260711;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158441;OID=.;OPOS=22275583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr13 23251016 . CT C 257.0 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0971617;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.3;QD=42.8333;RBI=0.0974727;REFB=0;REVB=-0.0077807;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00526279;OID=.;OPOS=23251017;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:24:24:24:0:7:17:0:0:5:0:7:16:0:0 chr13 23253313 . T C 979.21 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290469;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.659;QD=59.3462;RBI=0.104642;REFB=0;REVB=0.10053;RO=0;SAF=49;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.21173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042263;OID=.;OPOS=23253313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:17:49:0:0:17:49:0:0 chr13 23726765 . C T 213.84 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.000925263;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.742;QD=14.4976;RBI=0.00581227;REFB=0.00331;REVB=0.00573816;RO=33;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452201;STB=0.517794;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00330608;OID=.;OPOS=23726765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:33:34:25:25:0.423729:14:11:16:17:14:11:16:18 chr13 23824783 . T G 1610.31 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0617;QD=59.641;RBI=0.0410953;REFB=0;REVB=0.0381105;RO=1;SAF=54;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870867;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00806e-05;OID=.;OPOS=23824783;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:1:0:107:108:1:53:54:1:0:53:55:0:0 chr13 23869612 . G A 229.43 PASS AF=0.266129;AO=33;DP=124;FAO=33;FDP=124;FR=.;FRO=91;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=-0.00596694;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.236;QD=7.40091;RBI=0.014016;REFB=-0.00536093;REVB=-0.0126824;RO=90;SAF=16;SAR=17;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223265;STB=0.51713;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0136038;OID=.;OPOS=23869612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:90:91:33:33:0.266129:17:16:42:48:17:16:42:49 chr13 23898509 . T C 536.74 PASS AF=0.467213;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.00689649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1984;QD=17.598;RBI=0.0183581;REFB=-0.0155238;REVB=-0.0170135;RO=65;SAF=35;SAR=22;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00136517;STB=0.500758;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0151384;OID=.;OPOS=23898509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:65:57:57:0.467213:22:35:40:25:22:35:40:25 chr13 23898664 . A G 787.58 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385423;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.462;QD=57.2782;RBI=0.0441324;REFB=0;REVB=-0.021498;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.9085e-05;OID=.;OPOS=23898664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr13 23905711 . A G 413.74 PASS AF=0.8;AO=32;DP=40;FAO=32;FDP=40;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0416441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9164;QD=41.3738;RBI=0.0791802;REFB=-0.0807984;REVB=0.0673445;RO=8;SAF=14;SAR=18;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235641;STB=0.512731;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0260915;OID=.;OPOS=23905711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:8:8:32:32:0.8:18:14:3:5:18:14:3:5 chr13 23907677 . C T 1151.28 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.043;QD=60.5936;RBI=0.0311488;REFB=0;REVB=0.0204786;RO=0;SAF=52;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201268;OID=.;OPOS=23907677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:22:52:0:0:24:52:0:0 chr13 23907909 . A G 317.16 PASS AF=0.426829;AO=34;DP=81;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0150484;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.808;QD=15.4713;RBI=0.0166619;REFB=-0.0158866;REVB=0.00715281;RO=47;SAF=21;SAR=13;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134031;STB=0.576311;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0214733;OID=.;OPOS=23907909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:47:47:34:35:0.426829:13:21:23:24:14:21:22:25 chr13 23909162 . A G 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0388689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.01;QD=26.8492;RBI=0.0397878;REFB=0.0268284;REVB=0.00850167;RO=7;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197586;STB=0.610954;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00765777;OID=.;OPOS=23909162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:11:4:4:3:11:4:4:3 chr13 23911820 . A G 135.06 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0282957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3237;QD=16.8824;RBI=0.0494723;REFB=0.00180428;REVB=-0.0405815;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167604;STB=0.569527;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00219571;OID=.;OPOS=23911820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:14:15:0.46875:9:5:9:8:9:6:9:8 chr13 23929842 . T C 150.69 PASS AF=0.36;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00441571;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.939;QD=12.0549;RBI=0.00442274;REFB=-0.0064366;REVB=-0.000249198;RO=32;SAF=12;SAR=6;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121535;STB=0.571347;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0116401;OID=.;OPOS=23929842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:32:32:18:18:0.36:6:12:18:14:6:12:18:14 chr13 24234517 . A G 427.33 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.00324048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2969;QD=16.924;RBI=0.00621112;REFB=0.00197077;REVB=-0.00529881;RO=55;SAF=22;SAR=24;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11834;STB=0.566009;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00252612;OID=.;OPOS=24234517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:24:22:33:22:24:22:33:22 chr13 24243200 . T C 740.78 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253566;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.358;QD=56.9827;RBI=0.0314206;REFB=0;REVB=0.0185553;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.75937e-05;OID=.;OPOS=24243200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:53:52:1:22:31:0:0:21:31:0:0 chr13 24380178 . G A 219.07 PASS AF=0.307692;AO=28;DP=91;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0457429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.597;QD=9.62927;RBI=0.0558932;REFB=-0.0131907;REVB=-0.0321192;RO=63;SAF=14;SAR=14;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280219;STB=0.516472;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0395864;OID=.;OPOS=24380178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:63:63:28:28:0.307692:14:14:30:33:14:14:30:33 chr13 24411772 . T C 1529.99 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00751742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.607;QD=63.7494;RBI=0.0484466;REFB=0;REVB=0.0478598;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91288e-05;OID=.;OPOS=24411772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:52:44:0:0:52:44:0:0 chr13 24465717 . A G 225.34 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5968;QD=47.4401;RBI=0.0768712;REFB=0;REVB=-0.0724049;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00243065;OID=.;OPOS=24465717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:12:6:0:0:12:7:0:0 chr13 24465743 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.984;QD=45.8042;RBI=0.0679071;REFB=0;REVB=-0.0123135;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393685;OID=.;OPOS=24465743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr13 24468704 . G A 2063.57 PASS AF=0.941176;AO=144;DP=153;FAO=144;FDP=153;FR=.;FRO=9;FSAF=72;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0575822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9004;QD=53.9496;RBI=0.0729039;REFB=-0.104787;REVB=0.0447131;RO=8;SAF=72;SAR=72;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499586;STB=0.529408;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0175507;OID=.;OPOS=24468704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:153:153:8:9:144:144:0.941176:72:72:0:8:72:72:0:9 chr13 24470982 . C T 196.81 PASS AF=0.201183;AO=34;DP=169;FAO=34;FDP=169;FR=.;FRO=135;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=60;FSRR=75;FWDB=0.0225592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.199;QD=4.65818;RBI=0.0278789;REFB=-0.00499123;REVB=-0.0163803;RO=135;SAF=13;SAR=21;SRF=60;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817578;STB=0.55121;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0414451;OID=.;OPOS=24470982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:135:135:34:34:0.201183:21:13:60:75:21:13:60:75 chr13 24471039 . T G 1231.91 PASS AF=0.688312;AO=106;DP=154;FAO=106;FDP=154;FR=.;FRO=48;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.014614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.367;QD=31.9977;RBI=0.0184525;REFB=-0.00703495;REVB=-0.0112661;RO=47;SAF=48;SAR=58;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529442;STB=0.531205;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00418621;OID=.;OPOS=24471039;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:47:48:106:106:0.688312:58:48:17:30:58:48:17:31 chr13 24471048 . C T 1379.98 PASS AF=0.739726;AO=108;DP=146;FAO=108;FDP=146;FR=.;FRO=38;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0112714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.676;QD=37.8077;RBI=0.0127099;REFB=0.00102859;REVB=-0.00587337;RO=38;SAF=46;SAR=62;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155693;STB=0.508319;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.000107991;OID=.;OPOS=24471048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:38:38:108:108:0.739726:62:46:15:23:62:46:15:23 chr13 24797913 . C T 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00503567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.295;QD=16.4438;RBI=0.00713209;REFB=-0.0145008;REVB=-0.00505062;RO=27;SAF=14;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158818;STB=0.591454;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0222029;OID=.;OPOS=24797913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:6:14:15:12:6:14:15:12 chr13 24798693 . C T 51.03 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0200008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6812;QD=5.37131;RBI=0.0528882;REFB=-0.00495887;REVB=-0.0489605;RO=30;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242176;STB=0.661333;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.019186;OID=.;OPOS=24798693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:6:2:13:17:6:2:13:17 chr13 24876752 . T C 218.96 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0149069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.677;QD=23.6715;RBI=0.0190765;REFB=-0.0446971;REVB=0.0119036;RO=16;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300656;STB=0.51678;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0318764;OID=.;OPOS=24876752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:10:11:9:7:10:11:9:7 chr13 24895559 . A G 223.03 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.776;QD=49.5612;RBI=0.0592867;REFB=0;REVB=0.0484385;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216685;OID=.;OPOS=24895559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr13 24895684 . A G 781.62 PASS AF=0.95;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00818324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1552;QD=52.1078;RBI=0.0508558;REFB=-0.0222003;REVB=0.0501931;RO=3;SAF=32;SAR=24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421745;STB=0.52238;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00144889;OID=.;OPOS=24895684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:60:3:3:56:57:0.95:24:32:3:0:25:32:3:0 chr13 25000617 . C G 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0158362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.635;QD=15.7907;RBI=0.0171948;REFB=0.0046486;REVB=0.00669896;RO=39;SAF=17;SAR=14;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934911;STB=0.552598;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.0049792;OID=.;OPOS=25000617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:14:17:25:14:14:17:25:14 chr13 25008588 . A G 1627.01 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221755;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.655;QD=60.2598;RBI=0.0224507;REFB=0;REVB=0.00350429;RO=0;SAF=59;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219172;OID=.;OPOS=25008588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:49:59:0:0:49:59:0:0 chr13 25008630 . A G 1989.6 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000911162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.127;QD=62.1749;RBI=0.0331355;REFB=0;REVB=0.033123;RO=0;SAF=69;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3293e-05;OID=.;OPOS=25008630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:59:69:0:0:59:69:0:0 chr13 25008903 . G T 500.66 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0543452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.667;QD=54.1258;RBI=0.0548703;REFB=-0.0153443;REVB=0.00757311;RO=2;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491765;STB=0.526301;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000395901;OID=.;OPOS=25008903;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:37:37:2:2:35:35:0.945946:18:17:0:2:18:17:0:2 chr13 25009099 . A C 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4359;QD=63.5813;RBI=0.032762;REFB=0;REVB=-0.0281214;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000359084;OID=.;OPOS=25009099;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr13 25009297 . G T 369.39 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0223568;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=73.9635;QD=22.3871;RBI=0.0296594;REFB=-0.0204967;REVB=0.0194898;RO=29;SAF=14;SAR=23;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297364;STB=0.516399;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0403275;OID=.;OPOS=25009297;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:23:14:12:17:23:14:12:17 chr13 25009441 . C G 438.37 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.00704433;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.614;QD=18.8547;RBI=0.00830715;REFB=-0.0120741;REVB=-0.00440297;RO=49;SAF=25;SAR=19;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627969;STB=0.534927;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0167251;OID=.;OPOS=25009441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:49:49:44:44:0.473118:19:25:31:18:19:25:31:18 chr13 25009485 . C G 321.2 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.100807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.323;QD=16.2633;RBI=0.104864;REFB=-0.0059069;REVB=0.0288853;RO=44;SAF=25;SAR=10;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162282;STB=0.591782;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00641588;OID=.;OPOS=25009485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:10:25:25:19:10:25:25:19 chr13 25016008 . C T 398.68 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0103506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.221;QD=14.3669;RBI=0.0118622;REFB=-0.00628998;REVB=-0.00579451;RO=64;SAF=30;SAR=16;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114851;STB=0.570217;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00899386;OID=.;OPOS=25016008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:65:46:46:0.414414:16:30:35:29:16:30:35:30 chr13 25016092 . C T 137.45 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0440405;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2006;QD=9.99609;RBI=0.0440459;REFB=-0.00253757;REVB=-0.00068534;RO=37;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289162;STB=0.66976;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00416222;OID=.;OPOS=25016092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:7:11:13:24:7:11:13:24 chr13 25020863 . G A 866.02 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.494;QD=57.7347;RBI=0.0294429;REFB=0;REVB=0.00973623;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.45515e-05;OID=.;OPOS=25020863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:57:60:1:35:22:0:0:38:22:0:0 chr13 25021154 . C T 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0381603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8842;QD=17.3762;RBI=0.0382923;REFB=0.0267306;REVB=0.00317686;RO=10;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208353;STB=0.621126;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.0253607;OID=.;OPOS=25021154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:3:8:5:5:3:8:5:5 chr13 25021200 . A C 350.23 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0188543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.131;QD=50.0325;RBI=0.020024;REFB=0.00338017;REVB=0.00674357;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51514;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000649992;OID=.;OPOS=25021200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:28:0:1:26:27:0.964286:11:15:0:0:11:16:1:0 chr13 25021211 . C T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00879459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.653;QD=57.2006;RBI=0.0318196;REFB=0;REVB=0.0305801;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181243;OID=.;OPOS=25021211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr13 25021245 . A G 510.68 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.556;QD=58.3637;RBI=0.00568051;REFB=0;REVB=0.000226682;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000666682;OID=.;OPOS=25021245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:13:21:0:0:14:21:0:0 chr13 25027744 . A G 1547.54 PASS AF=1;AO=100;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000963305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8069;QD=59.5208;RBI=0.00505727;REFB=0;REVB=0.00496468;RO=0;SAF=44;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157835;OID=.;OPOS=25027744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:100:104:1:56:44:0:0:58:46:0:0 chr13 25029218 . C T 1085.24 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0543364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6634;QD=58.6614;RBI=0.0562679;REFB=-0.146738;REVB=-0.014616;RO=1;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111301;STB=0.505881;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00235363;OID=.;OPOS=25029218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:42:31:0:1:42:31:0:1 chr13 25052261 . C T 417.81 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0106239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.685;QD=22.5841;RBI=0.0404355;REFB=-0.0152226;REVB=-0.0390149;RO=32;SAF=25;SAR=16;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897611;STB=0.557028;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00646359;OID=.;OPOS=25052261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:33:41:41:0.554054:16:25:16:16:16:25:16:17 chr13 25075859 . C T 497.86 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00921202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.91;QD=18.1039;RBI=0.0104219;REFB=-0.0149487;REVB=0.00487393;RO=57;SAF=22;SAR=31;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721665;STB=0.540054;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.015709;OID=.;OPOS=25075859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:57:53:53:0.481818:31:22:28:29:31:22:28:29 chr13 25255720 . C T 114.96 PASS AF=0.188119;AO=19;DP=101;FAO=19;FDP=101;FR=.;FRO=82;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=53;FSRR=29;FWDB=-0.0127672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.341;QD=4.55279;RBI=0.0229028;REFB=3.83114e-05;REVB=0.0190141;RO=82;SAF=9;SAR=10;SRF=53;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218754;STB=0.63838;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-9.63144e-05;OID=.;OPOS=25255720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:82:82:19:19:0.188119:10:9:53:29:10:9:53:29 chr13 25265103 . A G 298.78 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0228739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.835;QD=18.6735;RBI=0.0265317;REFB=-0.00758668;REVB=0.0134431;RO=32;SAF=11;SAR=21;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118669;STB=0.566347;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00601282;OID=.;OPOS=25265103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:21:11:15:17:21:11:15:17 chr13 25265139 . T C 341.7 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.033315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3696;QD=15.893;RBI=0.0726917;REFB=-0.00236031;REVB=-0.064608;RO=49;SAF=15;SAR=22;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086728;STB=0.548918;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0033271;OID=.;OPOS=25265139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:22:15:24:25:22:15:24:25 chr13 25266932 . C A 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00687848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.361;QD=22.5856;RBI=0.0307019;REFB=0.00491454;REVB=0.0299215;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283365;STB=0.5161;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.00248933;OID=.;OPOS=25266932;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:5:6:3:3:5:6:3:3 chr13 25356053 . T C 867.05 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0106223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.2614;QD=53.3566;RBI=0.0150108;REFB=-0.156025;REVB=0.0106062;RO=2;SAF=27;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00386671;STB=0.510817;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00254956;OID=.;OPOS=25356053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:65:65:2:3:62:62:0.953846:35:27:1:1:35:27:2:1 chr13 25367301 . C T 689.27 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0113946;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7381;QD=58.6613;RBI=0.0586597;REFB=-0.00639091;REVB=0.0575423;RO=2;SAF=34;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268487;STB=0.514279;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00236608;OID=.;OPOS=25367301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:47:2:2:45:45:0.957447:11:34:2:0:11:34:2:0 chr13 25419176 . A G 1494.27 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0168108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5743;QD=62.2614;RBI=0.0248657;REFB=-0.00666579;REVB=0.0183221;RO=1;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886354;STB=0.504672;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=8.16613e-05;OID=.;OPOS=25419176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:53:42:0:1:53:42:0:1 chr13 25460428 . A G 844.66 PASS AF=0.940299;AO=60;DP=65;FAO=63;FDP=67;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00132833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.653;QD=50.4275;RBI=0.0130686;REFB=-0.127996;REVB=0.0130009;RO=1;SAF=42;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254925;STB=0.543464;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00129994;OID=.;OPOS=25460428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:65:67:1:4:60:63:0.940299:18:42:0:1:21:42:0:4 chr13 25466955 . T C 1438.48 PASS AF=0.95283;AO=101;DP=106;FAO=101;FDP=106;FR=.;FRO=5;FSAF=73;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0103367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.913;QD=54.2823;RBI=0.0185209;REFB=-0.0359334;REVB=0.0153681;RO=4;SAF=73;SAR=28;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417118;STB=0.518676;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.000125714;OID=.;OPOS=25466955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:106:106:4:5:101:101:0.95283:28:73:1:3:28:73:2:3 chr13 25517089 . TC T 329.46 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.9589;QD=45.4433;RBI=0.0787586;REFB=0;REVB=-0.0515343;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00043889;OID=.;OPOS=25517090;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:28:29:29:0:16:13:0:0:6:0:15:13:0:0 chr13 25671129 . C T 111.46 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0594486;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.499;QD=6.36909;RBI=0.0612635;REFB=-0.00704245;REVB=-0.0148011;RO=54;SAF=8;SAR=9;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361859;STB=0.515134;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0351674;OID=.;OPOS=25671129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:54:53:17:17:0.242857:9:8:27:27:9:8:26:27 chr13 25671271 . A G 166.67 PASS AF=0.149573;AO=35;DP=233;FAO=35;FDP=234;FR=.;FRO=199;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=92;FSRR=107;FWDB=-0.00336351;FXX=0.00847422;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.857;QD=2.84906;RBI=0.0202174;REFB=-0.00549052;REVB=-0.0199357;RO=198;SAF=23;SAR=12;SRF=92;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245982;STB=0.664711;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0323513;OID=.;OPOS=25671271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:234:198:199:35:35:0.149573:12:23:92:106:12:23:92:107 chr13 25671274 . C T 168.21 PASS AF=0.150862;AO=36;DP=236;FAO=35;FDP=232;FR=.;FRO=197;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=89;FSRR=108;FWDB=-0.00437306;FXX=0.0169484;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.475;QD=2.90013;RBI=0.018575;REFB=-0.000723618;REVB=-0.0180529;RO=190;SAF=24;SAR=12;SRF=82;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297742;STB=0.672417;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00990454;OID=.;OPOS=25671274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:232:190:197:36:35:0.150862:12:24:82:108:12:23:89:108 chr13 25671292 . C T 183.27 PASS AF=0.145985;AO=40;DP=274;FAO=40;FDP=274;FR=.;FRO=234;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=103;FSRR=131;FWDB=-0.021368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0372;QD=2.67544;RBI=0.0833693;REFB=-0.00594166;REVB=-0.0805844;RO=234;SAF=26;SAR=14;SRF=103;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265817;STB=0.676026;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0568322;OID=.;OPOS=25671292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:234:234:40:40:0.145985:14:26:103:131:14:26:103:131 chr13 25671310 . TTATGA T 81.84 PASS AF=0.147059;AO=39;DP=275;FAO=40;FDP=272;FR=.;FRO=232;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=96;FSRR=136;FWDB=0.0010405;FXX=0.007299;HRUN=2;LEN=5;MLLD=332.015;QD=1.20358;RBI=0.0152521;REFB=-0.00716638;REVB=-0.0152166;RO=232;SAF=25;SAR=14;SRF=97;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280307;STB=0.695341;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.0396247;OID=.;OPOS=25671311;OREF=TATGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.147059:39:275:40:272:232:26:14:96:136:81:232:25:14:97:135 chr13 25671320 . A G 166.52 PASS AF=0.131313;AO=39;DP=297;FAO=39;FDP=297;FR=.;FRO=258;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=113;FSRR=145;FWDB=-0.0118667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6618;QD=2.24275;RBI=0.0809427;REFB=-0.0108194;REVB=-0.0800681;RO=255;SAF=25;SAR=14;SRF=113;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248819;STB=0.672844;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0867267;OID=.;OPOS=25671320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:255:258:39:39:0.131313:14:25:113:142:14:25:113:145 chr13 25671332 . CA C 59.96 PASS AF=0.133562;AO=41;DP=295;FAO=39;FDP=292;FR=.;FRO=253;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=113;FSRR=140;FWDB=0.0345457;FXX=0.0101691;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.9077;QD=0.821304;RBI=0.0633326;REFB=0.010648;REVB=-0.0530811;RO=246;SAF=26;SAR=15;SRF=110;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23722;STB=0.687546;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=-0.0589166;OID=.;OPOS=25671333;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.133562:41:295:39:292:253:26:13:113:140:59:246:26:15:110:136 chr13 25671369 . G T 151.58 PASS AF=0.124579;AO=37;DP=297;FAO=37;FDP=297;FR=.;FRO=260;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=121;FSRR=139;FWDB=-0.0233938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5631;QD=2.04141;RBI=0.0365989;REFB=-0.00243392;REVB=-0.0281462;RO=258;SAF=25;SAR=12;SRF=121;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260435;STB=0.682912;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0139131;OID=.;OPOS=25671369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:258:260:37:37:0.124579:12:25:121:137:12:25:121:139 chr13 25671398 . C T 115.45 PASS AF=0.112319;AO=31;DP=275;FAO=31;FDP=276;FR=.;FRO=245;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=115;FSRR=130;FWDB=-0.0209324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.305;QD=1.6732;RBI=0.0214027;REFB=-0.0046559;REVB=-0.00446208;RO=243;SAF=21;SAR=10;SRF=115;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2531;STB=0.683603;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0307711;OID=.;OPOS=25671398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:276:243:245:31:31:0.112319:10:21:115:128:10:21:115:130 chr13 25743537 . A T 149.6 PASS AF=0.28;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00568814;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.119;QD=7.97856;RBI=0.0101079;REFB=0.00447971;REVB=-0.00835548;RO=50;SAF=13;SAR=8;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236747;STB=0.533742;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.00942933;OID=.;OPOS=25743537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:50:54:21:21:0.28:8:13:30:20:8:13:31:23 chr13 25825889 . T C 805.91 PASS AF=0.572519;AO=75;DP=131;FAO=75;FDP=131;FR=.;FRO=56;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0479831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8439;QD=24.6081;RBI=0.0493381;REFB=0.0150389;REVB=0.0114835;RO=56;SAF=38;SAR=37;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227919;STB=0.51242;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00978215;OID=.;OPOS=25825889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:56:56:75:75:0.572519:37:38:30:26:37:38:30:26 chr13 25831888 . T C 702.29 PASS AF=0.514925;AO=69;DP=131;FAO=69;FDP=134;FR=.;FRO=65;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=0.0124907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0498;QD=20.9638;RBI=0.051485;REFB=-0.00692691;REVB=-0.0499468;RO=56;SAF=44;SAR=25;SRF=43;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12003;STB=0.512605;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0114604;OID=.;OPOS=25831888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:134:56:65:69:69:0.514925:25:44:43:13:25:44:43:22 chr13 25876011 . G A 462.46 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.0274001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.357;QD=19.0705;RBI=0.0286666;REFB=-0.0147396;REVB=0.00842668;RO=49;SAF=25;SAR=21;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162409;STB=0.599159;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.015535;OID=.;OPOS=25876011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:49:51:46:46:0.474227:21:25:18:31:21:25:18:33 chr13 26273385 . G C 1305.98 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000633427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1035;QD=60.7432;RBI=0.0290112;REFB=0.0194674;REVB=-0.0290043;RO=1;SAF=47;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997129;STB=0.505262;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000545921;OID=.;OPOS=26273385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:86:1:1:83:85:0.988372:36:47:1:0:38:47:1:0 chr13 26518714 . A T 105.3 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0369645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.222;QD=11.0839;RBI=0.0379365;REFB=0.00206744;REVB=0.00853242;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602297;STB=0.517215;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00455141;OID=.;OPOS=26518714;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:24:25:13:13:0.342105:8:5:8:16:8:5:9:16 chr13 26518724 . A G 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0313968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.893;QD=11.6672;RBI=0.0374028;REFB=-0.00165398;REVB=-0.0203277;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323715;STB=0.519203;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00495347;OID=.;OPOS=26518724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:9:5:10:16:9:5:10:16 chr13 26518853 . G T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.021665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.925;QD=14.7985;RBI=0.0218516;REFB=-0.00988237;REVB=0.00284956;RO=13;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195771;STB=0.615163;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.012764;OID=.;OPOS=26518853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:8:3:6:7:8:3:6:7 chr13 26620663 . C T 213.98 PASS AF=0.282828;AO=28;DP=99;FAO=28;FDP=99;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.00885247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.148;QD=8.64551;RBI=0.0447049;REFB=-0.000293663;REVB=-0.0438196;RO=71;SAF=18;SAR=10;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200215;STB=0.61924;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000691431;OID=.;OPOS=26620663;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:71:71:28:28:0.282828:10:18:34:37:10:18:34:37 chr13 26788114 . A G 494.84 PASS AF=0.410448;AO=55;DP=134;FAO=55;FDP=134;FR=.;FRO=79;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=0.00961882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.398;QD=14.7714;RBI=0.0448476;REFB=-0.0115794;REVB=0.0438039;RO=79;SAF=21;SAR=34;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222563;STB=0.625157;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0173416;OID=.;OPOS=26788114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:79:79:55:55:0.410448:34:21:47:32:34:21:47:32 chr13 27664269 . T TA 66.96 PASS AF=0.34375;AO=23;DP=67;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.130617;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.9999;QD=4.18519;RBI=0.144347;REFB=-0.0480336;REVB=-0.0614434;RO=43;SAF=10;SAR=13;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862238;STB=0.590826;STBP=0.311;TYPE=ins;VARB=0.0416081;OID=.;OPOS=27664270;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34375:23:67:22:64:42:9:13:23:19:66:43:10:13:22:21 chr13 27976692 . C T 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0352893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.974;QD=19.058;RBI=0.0378439;REFB=-0.00480121;REVB=-0.0136686;RO=20;SAF=5;SAR=14;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954929;STB=0.554396;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00320898;OID=.;OPOS=27976692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:14:5:7:13:14:5:7:13 chr13 28009920 . G C 1194.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180476;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.17;QD=61.2543;RBI=0.0180904;REFB=0;REVB=0.00124394;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173764;OID=.;OPOS=28009920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr13 28011271 . G A 181.97 PASS AF=0.265957;AO=25;DP=94;FAO=25;FDP=94;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0043178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.859;QD=7.74334;RBI=0.0367743;REFB=-0.0177181;REVB=-0.0365199;RO=69;SAF=12;SAR=13;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198589;STB=0.511936;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0372821;OID=.;OPOS=28011271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:69:69:25:25:0.265957:13:12:32:37:13:12:32:37 chr13 28121707 . G A 556.63 PASS AF=0.530612;AO=51;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0104731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.646;QD=22.7197;RBI=0.0143209;REFB=-0.00219957;REVB=-0.00976745;RO=46;SAF=19;SAR=32;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368457;STB=0.5238;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00179095;OID=.;OPOS=28121707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:46:51:52:0.530612:32:19:19:27:33:19:19:27 chr13 28143229 . A G 527.62 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0274846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9822;QD=20.293;RBI=0.0344049;REFB=0.00278243;REVB=-0.0206952;RO=47;SAF=38;SAR=16;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123385;STB=0.57757;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00341586;OID=.;OPOS=28143229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:47:50:54:54:0.519231:16:38:27:20:16:38:28:22 chr13 28239940 . G C 106.8 PASS AF=0.253968;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0265917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5012;QD=6.78066;RBI=0.0281969;REFB=-0.00607277;REVB=0.00937804;RO=46;SAF=5;SAR=11;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158437;STB=0.591279;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0217318;OID=.;OPOS=28239940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:46:47:16:16:0.253968:11:5:20:26:11:5:20:27 chr13 28239970 . G A 90.1 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00162743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.61;QD=7.66781;RBI=0.0318056;REFB=-0.00955615;REVB=-0.031764;RO=35;SAF=6;SAR=6;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171003;STB=0.510621;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0348584;OID=.;OPOS=28239970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:6:6:18:17:6:6:18:17 chr13 28537242 . A C 185.62 PASS AF=0.4;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0211532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.18;QD=14.8499;RBI=0.0239073;REFB=-0.0226883;REVB=-0.0111401;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273629;STB=0.665863;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0449253;OID=.;OPOS=28537242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:30:30:19:20:0.4:10:9:22:8:11:9:22:8 chr13 28537317 . G A 142.47 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0101411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.753;QD=14.247;RBI=0.0408777;REFB=-0.0224714;REVB=0.0395998;RO=23;SAF=3;SAR=13;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523906;STB=0.796392;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0313549;OID=.;OPOS=28537317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:13:3:16:7:13:3:16:8 chr13 28589808 . CG C 105.92 PASS AF=0.346667;AO=28;DP=74;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0676811;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.6485;QD=5.64912;RBI=0.0781168;REFB=-0.0142015;REVB=-0.0390065;RO=46;SAF=15;SAR=13;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015179;STB=0.544007;STBP=0.591;TYPE=del;VARB=0.0120909;OID=.;OPOS=28589809;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346667:28:74:26:75:49:15:11:25:24:99:46:15:13:24:22 chr13 28602329 . G A 115.17 PASS AF=0.225;AO=18;DP=81;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.000357373;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.554;QD=5.75843;RBI=0.00699467;REFB=0.00373605;REVB=-0.00698554;RO=54;SAF=9;SAR=9;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680257;STB=0.537459;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.01253;OID=.;OPOS=28602329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:54:62:18:18:0.225:9:9:30:24:9:9:34:28 chr13 28610183 . A G 936.87 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.49;QD=58.5541;RBI=0.0301252;REFB=0;REVB=-0.00590839;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79096e-05;OID=.;OPOS=28610183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr13 28624294 . G A 1862.55 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340808;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.758;QD=61.572;RBI=0.0346173;REFB=0;REVB=-0.00607123;RO=0;SAF=44;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74383e-05;OID=.;OPOS=28624294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:77:44:0:0:77:44:0:0 chr13 28636084 . G A 1175.35 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013844;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.405;QD=61.0573;RBI=0.0141809;REFB=0;REVB=0.00307264;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.23472e-06;OID=.;OPOS=28636084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:45:32:0:0:45:32:0:0 chr13 28835527 . T TC 2260.63 PASS AF=1;AO=143;DP=157;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954092;FXX=0.0259723;HRUN=0;LEN=1;MLLD=267.488;QD=60.2835;RBI=0.0131862;REFB=0;REVB=-0.00910205;RO=6;SAF=87;SAR=56;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00468178;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.56817e-05;OID=.;OPOS=28835528;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:143:157:150:150:0:93:57:0:0:13:6:87:56:4:2 chr13 28883061 . G A 661.28 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.898;QD=61.5143;RBI=0.0236499;REFB=0;REVB=0.00365846;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78183e-05;OID=.;OPOS=28883061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:19:23:0:0:19:24:0:0 chr13 28970917 . C T 187.86 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0529269;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0658;QD=44.2021;RBI=0.0821341;REFB=0.0490377;REVB=0.0628073;RO=1;SAF=13;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338952;STB=0.518496;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.0157404;OID=.;OPOS=28970917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:17:1:1:16:16:0.941176:3:13:1:0:3:13:1:0 chr13 29233343 . G C 134.2 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0562194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7079;QD=16.2672;RBI=0.0910571;REFB=0.00858149;REVB=0.0716294;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298139;STB=0.670372;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00489144;OID=.;OPOS=29233343;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:6:9:5:13:6:9:5:13 chr13 29275102 . T C 756.02 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012682;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.915;QD=63.0015;RBI=0.0185679;REFB=0;REVB=0.0135622;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011617;OID=.;OPOS=29275102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:45:48:1:22:23:0:0:24:24:0:0 chr13 29275129 . C T 238.17 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0527375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.7;QD=20.2697;RBI=0.0584441;REFB=-0.00573238;REVB=-0.0251885;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560942;STB=0.531571;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0204598;OID=.;OPOS=29275129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:12:11:10:14:12:11:10:14 chr13 29287081 . TA T 123.3 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0276293;FXX=0.0263089;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.1886;QD=13.3302;RBI=0.0955871;REFB=0.0135843;REVB=-0.091507;RO=15;SAF=14;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00354813;STB=0.536389;STBP=0.667;TYPE=del;VARB=-0.00468459;OID=.;OPOS=29287082;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.540541:19:38:20:37:17:14:6:13:4:86:15:14:5:11:4 chr13 29600969 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0145301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.52;QD=16.199;RBI=0.0262202;REFB=0.0168872;REVB=0.0218261;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.0094643;OID=.;OPOS=29600969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chr13 29898768 . A C 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.039;QD=57.6723;RBI=0.0300019;REFB=0;REVB=-0.0037557;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019459;OID=.;OPOS=29898768;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr13 30084173 . G A 1403.49 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230662;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.826;QD=63.0782;RBI=0.0231844;REFB=0;REVB=-0.00233826;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.32576e-05;OID=.;OPOS=30084173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr13 30087768 . C T 194.86 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0422683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0919;QD=17.3211;RBI=0.0516561;REFB=-0.0112588;REVB=-0.0296941;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613768;STB=0.5333;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0186632;OID=.;OPOS=30087768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:25:20:20:0.444444:10:10:10:13:10:10:11:14 chr13 30087778 . T A 643.16 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00380912;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.118;QD=59.829;RBI=0.0129569;REFB=-0.10821;REVB=0.0123844;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218287;STB=0.511622;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00219904;OID=.;OPOS=30087778;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:1:1:42:42:0.976744:21:21:0:1:21:21:0:1 chr13 30091714 . G A 1415.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.199;QD=62.9076;RBI=0.0154605;REFB=0;REVB=0.0153758;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14334e-05;OID=.;OPOS=30091714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:41:49:0:0:41:49:0:0 chr13 30091817 . AAG A,AA,AAC 2338.37 PASS AF=1,0,0;AO=30,27,95;DP=156;FAO=155,0,0;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=67,0,0;FSAR=88,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105997,0.0309285,0.00238407;FXX=0;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=215.063,208.521,197.125;QD=60.3449;RBI=0.136039,0.095358,0.108314;REFB=0,0,0;REVB=-0.0852713,-0.090203,-0.108288;RO=0;SAF=30,27,8;SAR=0,0,87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=4.23257e-05,0.0130881,0.0255471;OID=.,.,.;OPOS=30091818,30091819,30091819;OREF=AG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=A,AA,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:30,27,95:156:155,0,0:155:0:67,0,0:88,0,0:0:0:13:0:30,27,8:0,0,87:0:0 chr13 30107067 . G C 380.03 PASS AF=0.377049;AO=45;DP=123;FAO=46;FDP=122;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.0171727;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.805;QD=12.46;RBI=0.0187775;REFB=-0.0077717;REVB=0.00759555;RO=76;SAF=31;SAR=14;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132578;STB=0.580405;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.011974;OID=.;OPOS=30107067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:76:76:45:46:0.377049:14:31:44:32:14:32:44:32 chr13 30438728 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0132316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.973;QD=15.8388;RBI=0.0615329;REFB=0.0518298;REVB=-0.0600934;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775671;STB=0.545344;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.0398808;OID=.;OPOS=30438728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:2:5:5:3:2:5 chr13 30781111 . C A 240.47 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0165161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.943;QD=21.3752;RBI=0.0193102;REFB=-0.0162895;REVB=-0.0100051;RO=22;SAF=6;SAR=17;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10861;STB=0.561265;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0149211;OID=.;OPOS=30781111;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:17:6:8:14:17:6:8:14 chr13 31036681 . A G 726.42 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0157262;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.08;QD=54.8238;RBI=0.0159765;REFB=-0.0529794;REVB=0.00281708;RO=1;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218935;STB=0.511623;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000185703;OID=.;OPOS=31036681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:21:30:0:1:21:31:0:1 chr13 31221106 . C T 523.12 PASS AF=0.425373;AO=57;DP=134;FAO=57;FDP=134;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.00973849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.958;QD=15.6154;RBI=0.00978082;REFB=-0.00314884;REVB=-0.000909005;RO=75;SAF=36;SAR=21;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103666;STB=0.551706;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00399074;OID=.;OPOS=31221106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:75:77:57:57:0.425373:21:36:40:35:21:36:42:35 chr13 31231806 . T C 1245.86 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00593319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.8834;QD=61.5239;RBI=0.0243966;REFB=0;REVB=0.0236641;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124106;OID=.;OPOS=31231806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr13 31233063 . G A 480.77 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9208;QD=58.275;RBI=0.0255783;REFB=0;REVB=-0.0173035;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63598e-05;OID=.;OPOS=31233063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:12:19:0:0:12:21:0:0 chr13 31287978 . G GGTGT 261.69 PASS AF=0.657143;AO=19;DP=76;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0458406;FXX=0.492682;HRUN=2;LEN=4;MLLD=106.792;QD=29.9078;RBI=0.0890059;REFB=-0.140246;REVB=0.0762934;RO=51;SAF=8;SAR=11;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839492;STB=0.664882;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.0522671;OID=.;OPOS=31287979;OREF=-;OALT=GTGT;OMAPALT=GGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.657143:19:76:23:35:12:8:15:10:2:99:51:8:11:25:26 chr13 31287979 . G GTA 213.74 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0481431;FXX=0.115925;HRUN=1;LEN=2;MLLD=109.898;QD=14.0158;RBI=0.0568148;REFB=-0.0575263;REVB=0.0301688;RO=50;SAF=11;SAR=14;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.576098;STBP=0.318;TYPE=ins;VARB=0.0740421;OID=.;OPOS=31287980;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409836:25:76:25:61:36:10:15:19:17:99:50:11:14:22:28 chr13 31531009 . G A 504.0 PASS AF=0.495327;AO=52;DP=106;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0236638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.174;QD=18.8409;RBI=0.0240577;REFB=-0.00438155;REVB=-0.00433558;RO=54;SAF=37;SAR=15;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106426;STB=0.562244;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00421429;OID=.;OPOS=31531009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:54:54:52:53:0.495327:15:37:33:21:15:38:33:21 chr13 31728703 . T C 219.59 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0192993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.381;QD=17.5676;RBI=0.025168;REFB=-0.0113394;REVB=-0.0161543;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16014;STB=0.571363;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0125984;OID=.;OPOS=31728703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:28:22:22:0.44:13:9:15:11:13:9:15:13 chr13 31821240 . C T 1396.41 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8851;QD=62.7599;RBI=0.0235473;REFB=0;REVB=-0.00290654;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65763e-05;OID=.;OPOS=31821240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:87:89:1:44:43:0:0:45:44:0:0 chr13 31821992 . T C 1309.64 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=90;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0192584;FXX=0.0219756;HRUN=5;LEN=1;MLLD=147.082;QD=58.8602;RBI=0.0266509;REFB=-0.175837;REVB=0.0184224;RO=0;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514282;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0012085;OID=.;OPOS=31821992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:90:89:0:3:86:86:0.966292:35:51:0:0:35:51:3:0 chr13 31891746 . G A 1044.22 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3449;QD=59.6697;RBI=0.0229051;REFB=0;REVB=0.0163886;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213163;OID=.;OPOS=31891746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr13 32335880 . G A 216.12 PASS AF=0.431034;AO=24;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0258099;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.978;QD=14.9051;RBI=0.0390295;REFB=-0.0131429;REVB=-0.0292772;RO=32;SAF=6;SAR=18;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388555;STB=0.705715;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0302217;OID=.;OPOS=32335880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:24:25:0.431034:18:6:20:12:18:7:21:12 chr13 32360541 . A G 121.77 PASS AF=0.22093;AO=19;DP=85;FAO=19;FDP=86;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0518556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.081;QD=5.66381;RBI=0.0539542;REFB=-0.000129432;REVB=0.0149016;RO=66;SAF=7;SAR=12;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237826;STB=0.652804;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-1.02082e-05;OID=.;OPOS=32360541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:66:67:19:19:0.22093:12:7:37:29:12:7:38:29 chr13 32360547 . A G 1287.42 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0142836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.499;QD=60.5844;RBI=0.0228094;REFB=-0.0899268;REVB=-0.0177833;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-2.96153e-05;OID=.;OPOS=32360547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:84:84:0.988235:40:44:0:0:40:44:0:1 chr13 32376718 . A G 765.97 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7349;QD=63.831;RBI=0.0553438;REFB=0;REVB=0.00631513;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051153;OID=.;OPOS=32376718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr13 32653139 . G A 217.22 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.00939137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.443;QD=11.2844;RBI=0.0782424;REFB=-0.00884173;REVB=-0.0776768;RO=49;SAF=13;SAR=14;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16808;STB=0.602221;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0207938;OID=.;OPOS=32653139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:50:27:27:0.350649:14:13:31:18:14:13:32:18 chr13 32660137 . T G 1279.07 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.785;QD=61.6422;RBI=0.0152679;REFB=0;REVB=0.0110188;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43229e-06;OID=.;OPOS=32660137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:43:39:0:0:43:40:0:0 chr13 32676114 . A G 696.29 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000255507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.888;QD=60.547;RBI=0.0154152;REFB=-0.143379;REVB=0.0154131;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199954;STB=0.510634;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00041074;OID=.;OPOS=32676114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:1:1:45:45:0.978261:22:23:1:0:22:23:1:0 chr13 32776153 . T C 255.36 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0416215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9857;QD=13.2653;RBI=0.0447177;REFB=-0.00635431;REVB=0.0163501;RO=47;SAF=15;SAR=15;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795777;STB=0.545425;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00584912;OID=.;OPOS=32776153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:15:15:20:27:15:15:20:27 chr13 32776616 . T A 540.35 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.00163315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.166;QD=18.0115;RBI=0.00401297;REFB=-0.0193088;REVB=-0.00366562;RO=63;SAF=33;SAR=24;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112767;STB=0.562588;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.026202;OID=.;OPOS=32776616;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:63:63:57:57:0.475:24:33:29:34:24:33:29:34 chr13 32832149 . T C 379.41 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0131459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.588;QD=19.2108;RBI=0.0443874;REFB=-0.0134511;REVB=0.0423961;RO=40;SAF=20;SAR=19;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338972;STB=0.518846;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0157123;OID=.;OPOS=32832149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:19:20:22:18:19:20:22:18 chr13 32869863 . C T 134.18 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0203626;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.81;QD=9.41581;RBI=0.0241051;REFB=0.0111661;REVB=-0.0129005;RO=40;SAF=9;SAR=9;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116167;STB=0.561336;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.0192982;OID=.;OPOS=32869863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:40:39:18:18:0.315789:9:9:24:16:9:9:23:16 chr13 32885654 . T C 191.24 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0779301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1047;QD=47.8099;RBI=0.0781076;REFB=0;REVB=-0.00526203;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111108;OID=.;OPOS=32885654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr13 32885658 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0304789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.62;QD=14.6542;RBI=0.0338454;REFB=-0.0283344;REVB=-0.0147156;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309389;STB=0.681384;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0337378;OID=.;OPOS=32885658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:6:2:5:3:6:2 chr13 32911888 . A G 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0219297;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.491;QD=20.8995;RBI=0.0312356;REFB=0.00523612;REVB=0.0222431;RO=24;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157937;STB=0.588004;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00385;OID=.;OPOS=32911888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:18:10:13:11:18:10:13:11 chr13 32912299 . T C 208.73 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0433968;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6171;QD=13.4662;RBI=0.0438491;REFB=-0.0046722;REVB=0.0062816;RO=38;SAF=17;SAR=8;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198802;STB=0.62101;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00843489;OID=.;OPOS=32912299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:38:37:25:25:0.403226:8:17:19:19:8:17:18:19 chr13 32913055 . A G 2146.98 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0426639;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4804;QD=62.2313;RBI=0.0427519;REFB=-0.12198;REVB=-0.00274166;RO=1;SAF=70;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674335;STB=0.503546;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000520202;OID=.;OPOS=32913055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:138:1:1:137:137:0.992754:67:70:1:0:67:70:1:0 chr13 32914237 . G A 61.62 PASS AF=0.169231;AO=11;DP=65;FAO=11;FDP=65;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00810367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.773;QD=3.79208;RBI=0.0576905;REFB=-0.00617738;REVB=-0.0571185;RO=53;SAF=4;SAR=7;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113798;STB=0.569638;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0226854;OID=.;OPOS=32914237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:65:53:54:11:11:0.169231:7:4:24:29:7:4:24:30 chr13 32915005 . G C 1153.13 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.384;QD=60.6908;RBI=0.0216553;REFB=0;REVB=-0.0182853;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242185;OID=.;OPOS=32915005;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:36:39:0:0:37:39:0:0 chr13 32929232 . A G 316.92 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0653634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5486;QD=17.8548;RBI=0.0791947;REFB=-0.00650368;REVB=0.0447149;RO=37;SAF=13;SAR=21;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174151;STB=0.597432;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00987872;OID=.;OPOS=32929232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:21:13:21:16:21:13:21:16 chr13 32929387 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.805;QD=55.0969;RBI=0.023755;REFB=0;REVB=0.0194502;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263144;OID=.;OPOS=32929387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr13 32972884 . A G 69.63 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0220192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.802;QD=16.3828;RBI=0.0548321;REFB=0.0107919;REVB=0.0502167;RO=8;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219741;STB=0.631235;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00922823;OID=.;OPOS=32972884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:8:1:2:6:8:1:2:6 chr13 32976608 . A G 1384.22 PASS AF=0.546218;AO=128;DP=235;FAO=130;FDP=238;FR=.;FRO=108;FSAF=69;FSAR=61;FSRF=60;FSRR=48;FWDB=0.0389949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8644;QD=23.2643;RBI=0.0401639;REFB=-0.0119783;REVB=0.0096196;RO=107;SAF=68;SAR=60;SRF=60;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247903;STB=0.511304;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0106725;OID=.;OPOS=32976608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:238:107:108:128:130:0.546218:60:68:60:47:61:69:60:48 chr13 32976640 . TTTG T 182.43 PASS AF=0.333333;AO=35;DP=114;FAO=36;FDP=108;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.00368453;FXX=0.0270246;HRUN=3;LEN=3;MLLD=214.381;QD=6.75659;RBI=0.00755831;REFB=-0.00745224;REVB=-0.00659942;RO=74;SAF=10;SAR=25;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188325;STB=0.60459;STBP=0.15;TYPE=del;VARB=0.00917824;OID=.;OPOS=32976641;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:35:114:36:108:72:10:26:30:42:99:74:10:25:32:42 chr13 32976645 . T A 290.65 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=104;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0025126;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.842;QD=11.5107;RBI=0.0060609;REFB=-0.00533733;REVB=-0.00551555;RO=68;SAF=10;SAR=26;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204843;STB=0.600441;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0130367;OID=.;OPOS=32976645;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:101:68:65:36:36:0.356436:26:10:30:38:26:10:27:38 chr13 32976648 . G C 318.39 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0166912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1881;QD=13.2663;RBI=0.058818;REFB=-0.00614306;REVB=-0.0564;RO=58;SAF=10;SAR=26;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185685;STB=0.609311;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.011726;OID=.;OPOS=32976648;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:60:36:36:0.375:26:10:25:33:26:10:26:34 chr13 32981142 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0269073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8349;QD=12.7822;RBI=0.0563654;REFB=-0.00783695;REVB=-0.0495284;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202882;STB=0.621953;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0103693;OID=.;OPOS=32981142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:2:8:9:5:2:8:9:5 chr13 32981279 . T A 318.85 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00193053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.397;QD=26.5706;RBI=0.0207179;REFB=-0.00683906;REVB=-0.0206277;RO=20;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113153;STB=0.562456;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00539925;OID=.;OPOS=32981279;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:14:14:13:7:14:14:13:7 chr13 33590851 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.605;QD=57.2024;RBI=0.155035;REFB=0;REVB=-0.153794;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000793323;OID=.;OPOS=33590851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr13 33629393 . C T 794.52 PASS AF=0.479769;AO=83;DP=167;FAO=83;FDP=173;FR=.;FRO=90;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=56;FSRR=34;FWDB=-0.0471784;FXX=0.0057468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.6544;QD=18.3704;RBI=0.0477291;REFB=-0.0245127;REVB=-0.00722995;RO=84;SAF=37;SAR=46;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13598;STB=0.591026;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0267217;OID=.;OPOS=33629393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:173:84:90:83:83:0.479769:46:37:50:34:46:37:56:34 chr13 33635147 . A C 137.21 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=13;FWDB=-0.0057398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5186;QD=7.51827;RBI=0.0200705;REFB=-0.0269442;REVB=0.0192322;RO=53;SAF=16;SAR=4;SRF=40;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795258;STB=0.548336;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0774136;OID=.;OPOS=33635147;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:53:53:20:20:0.273973:4:16:40:13:4:16:40:13 chr13 33635463 . T C 738.75 PASS AF=0.467066;AO=78;DP=168;FAO=78;FDP=167;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=55;FWDB=-0.0144795;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.501;QD=17.6945;RBI=0.0144811;REFB=-0.0156881;REVB=-0.000215778;RO=90;SAF=36;SAR=42;SRF=35;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711582;STB=0.5429;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0202695;OID=.;OPOS=33635463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:90:89:78:78:0.467066:42:36:35:55:42:36:34:55 chr13 33635835 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00842873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.714;QD=58.9625;RBI=0.018586;REFB=0;REVB=0.0165649;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21287e-05;OID=.;OPOS=33635835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr13 33678505 . C T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00418985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.789;QD=19.4668;RBI=0.0133985;REFB=0.0033348;REVB=0.0127266;RO=24;SAF=15;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215624;STB=0.622292;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00393098;OID=.;OPOS=33678505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:7:15:11:13:7:15:11:13 chr13 33704290 . G A 669.82 PASS AF=0.464516;AO=72;DP=155;FAO=72;FDP=155;FR=.;FRO=83;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=0.00863372;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9718;QD=17.2856;RBI=0.0462234;REFB=-0.00701605;REVB=0.04541;RO=83;SAF=42;SAR=30;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498051;STB=0.502762;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00785372;OID=.;OPOS=33704290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:83:83:72:72:0.464516:30:42:48:35:30:42:48:35 chr13 34013847 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9087;QD=55.6557;RBI=0.0224389;REFB=0;REVB=-0.0183901;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000566888;OID=.;OPOS=34013847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr13 35751192 . T G 839.46 PASS AF=0.403433;AO=94;DP=233;FAO=94;FDP=233;FR=.;FRO=139;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=88;FSRR=51;FWDB=-0.00940492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.658;QD=14.4114;RBI=0.0109286;REFB=-0.021441;REVB=0.0055661;RO=137;SAF=58;SAR=36;SRF=87;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202971;STB=0.51019;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0313807;OID=.;OPOS=35751192;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:137:139:94:94:0.403433:36:58:87:50:36:58:88:51 chr13 36385031 . G T 223.99 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.00895932;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.432;QD=10.6663;RBI=0.0106584;REFB=-0.00330613;REVB=0.00577345;RO=56;SAF=15;SAR=13;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612987;STB=0.535689;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00601417;OID=.;OPOS=36385031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:56:56:28:28:0.333333:13:15:27:29:13:15:27:29 chr13 36402426 . A G 466.04 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0142199;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7036;QD=17.7538;RBI=0.0154029;REFB=-0.0268379;REVB=-0.00591976;RO=52;SAF=24;SAR=26;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525718;STB=0.513364;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0271822;OID=.;OPOS=36402426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:52:55:50:50:0.47619:26:24:22:30:26:24:25:30 chr13 36639771 . A C 250.36 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0023674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5918;QD=14.5138;RBI=0.0810182;REFB=-0.0121037;REVB=0.0809836;RO=40;SAF=9;SAR=20;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229562;STB=0.630821;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0183833;OID=.;OPOS=36639771;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:20:9:21:19:20:9:21:19 chr13 36744800 . G A 737.99 PASS AF=0.416667;AO=80;DP=193;FAO=80;FDP=192;FR=.;FRO=112;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=44;FSRR=68;FWDB=-0.0205839;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.936;QD=15.3748;RBI=0.0219743;REFB=-0.0198778;REVB=0.00769232;RO=112;SAF=35;SAR=45;SRF=44;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476322;STB=0.526625;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0286624;OID=.;OPOS=36744800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:112:112:80:80:0.416667:45:35:44:68:45:35:44:68 chr13 36744910 . C T 457.16 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0793053;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.43;QD=18.471;RBI=0.0830881;REFB=-0.00432625;REVB=-0.0247853;RO=50;SAF=13;SAR=35;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118822;STB=0.562504;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00498112;OID=.;OPOS=36744910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:50:51:48:48:0.484848:35:13:19:31:35:13:19:32 chr13 36788673 . G A 299.4 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0304259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6239;QD=13.9255;RBI=0.0505876;REFB=-0.0234783;REVB=-0.040415;RO=51;SAF=19;SAR=15;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520544;STB=0.524124;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0557555;OID=.;OPOS=36788673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:52:34:34:0.395349:15:19:26:25:15:19:27:25 chr13 36801415 . C T 843.28 PASS AF=0.485876;AO=86;DP=177;FAO=86;FDP=177;FR=.;FRO=91;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=0.027882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.744;QD=19.0573;RBI=0.0279127;REFB=-0.00701447;REVB=0.00130777;RO=90;SAF=53;SAR=33;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899926;STB=0.552894;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00802921;OID=.;OPOS=36801415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:90:91:86:86:0.485876:33:53:47:43:33:53:47:44 chr13 36801416 . G A 465.82 PASS AF=0.329609;AO=59;DP=179;FAO=59;FDP=179;FR=.;FRO=120;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=68;FSRR=52;FWDB=-0.0174703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0868;QD=10.4094;RBI=0.0175698;REFB=0.00128628;REVB=0.0018669;RO=120;SAF=32;SAR=27;SRF=68;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028579;STB=0.516444;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.0022103;OID=.;OPOS=36801416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:120:120:59:59:0.329609:27:32:68:52:27:32:68:52 chr13 36828237 . T C 420.37 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0497277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2816;QD=17.8882;RBI=0.133623;REFB=-0.0139989;REVB=0.124025;RO=51;SAF=20;SAR=23;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716324;STB=0.539982;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0186508;OID=.;OPOS=36828237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:23:20:20:31:23:20:20:31 chr13 36855375 . C T 525.57 PASS AF=0.515464;AO=49;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.0295366;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8807;QD=21.6729;RBI=0.038562;REFB=0.0191633;REVB=0.0247914;RO=48;SAF=29;SAR=20;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904134;STB=0.56191;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.0177299;OID=.;OPOS=36855375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:47:49:50:0.515464:20:29:33:15:21:29:33:14 chr13 36855405 . A G 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00877114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.099;QD=18.6205;RBI=0.00886689;REFB=0.00625666;REVB=0.00129959;RO=39;SAF=20;SAR=17;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940673;STB=0.552319;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00577139;OID=.;OPOS=36855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:17:20:25:14:17:20:25:14 chr13 36857639 . T C 524.2 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.029891;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3036;QD=19.9693;RBI=0.0492328;REFB=-0.0208096;REVB=0.0391203;RO=51;SAF=30;SAR=24;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126236;STB=0.569595;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0233172;OID=.;OPOS=36857639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:51:51:54:54:0.514286:24:30:21:30:24:30:21:30 chr13 36877978 . T C 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00155449;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=225.974;QD=11.0866;RBI=0.0208956;REFB=-0.00742974;REVB=-0.0208377;RO=25;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357746;STB=0.71013;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0078609;OID=.;OPOS=36877978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:5:8:7:18:5:8:7:18 chr13 36886469 . T C 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0190571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.012;QD=12.3389;RBI=0.0242278;REFB=-0.0159181;REVB=-0.0149605;RO=39;SAF=18;SAR=6;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37822;STB=0.718819;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0397883;OID=.;OPOS=36886469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:6:18:16:23:6:18:16:23 chr13 36939688 . C T 1501.64 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0174096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.055;QD=61.2916;RBI=0.0405668;REFB=0.0542252;REVB=-0.0366411;RO=2;SAF=55;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225679;STB=0.511902;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0026986;OID=.;OPOS=36939688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:96:96:0.979592:41:55:0:2:41:55:0:2 chr13 36939758 . A G 2364.54 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.873;QD=63.9064;RBI=0.0108632;REFB=0;REVB=0.00992272;RO=0;SAF=72;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21195e-05;OID=.;OPOS=36939758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:148:0:0:148:148:1:76:72:0:0:76:72:0:0 chr13 37269675 . C A 312.87 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00977085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2498;QD=14.3847;RBI=0.0322594;REFB=-0.00580132;REVB=-0.0307441;RO=51;SAF=17;SAR=18;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456465;STB=0.520015;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00830592;OID=.;OPOS=37269675;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:52:35:35:0.402299:18:17:27:24:18:17:27:25 chr13 37269835 . G A 1556.38 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0258801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.925;QD=58.7313;RBI=0.0259122;REFB=0.00817445;REVB=0.00128811;RO=1;SAF=53;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0088702;STB=0.504672;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=5.93955e-05;OID=.;OPOS=37269835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:52:53:1:0:52:53:1:0 chr13 37271417 . CAT C 103.87 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0266862;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.016;QD=7.98997;RBI=0.0403559;REFB=-0.0453969;REVB=-0.0302729;RO=36;SAF=2;SAR=12;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433372;STB=0.760132;STBP=0.042;TYPE=del;VARB=0.113008;OID=.;OPOS=37271418;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269231:14:54:14:52:38:2:12:16:22:99:36:2:12:16:20 chr13 37271428 . GCACACACACACACACACAT GCACACACACACACACAT,GCACACACACACACACATAA 353.9 PASS AF=0.807692,0.192308;AO=17,5;DP=25;FAO=21,5;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=10,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653164,0.0686836;FXX=0.0714031;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=114.181,96.8553;QD=54.4468;RBI=0.114605,0.106861;REFB=0,0;REVB=0.0941701,0.0818649;RO=0;SAF=11,0;SAR=6,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0149124,-0.0326074;OID=.,.;OPOS=37271429,37271445;OREF=CA,CAT;OALT=-,TAA;OMAPALT=GCACACACACACACACAT,GCACACACACACACACATAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.807692,0.192308:17,5:25:21,5:26:0:11,0:10,5:0:0:28:0:11,0:6,5:0:0 chr13 37271707 . A T 1337.25 PASS AF=0.619048;AO=116;DP=190;FAO=117;FDP=189;FR=.;FRO=72;FSAF=51;FSAR=66;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.00105098;FXX=0.0104707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.013;QD=28.3017;RBI=0.0287333;REFB=-0.0202592;REVB=0.028714;RO=72;SAF=51;SAR=65;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233474;STB=0.519349;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0123397;OID=.;OPOS=37271707;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:72:72:116:117:0.619048:65:51:34:38:66:51:35:37 chr13 37372429 . T C 393.27 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4557;QD=56.1807;RBI=0.0855414;REFB=0;REVB=0.0817161;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013649;OID=.;OPOS=37372429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr13 37439848 . C T 266.02 PASS AF=0.305085;AO=36;DP=118;FAO=36;FDP=118;FR=.;FRO=82;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=-0.0164273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.649;QD=9.01769;RBI=0.0166304;REFB=-0.00812374;REVB=0.00259148;RO=81;SAF=10;SAR=26;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385814;STB=0.728846;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0213346;OID=.;OPOS=37439848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:81:82:36:36:0.305085:26:10:49:32:26:10:50:32 chr13 37580139 . G A 514.17 PASS AF=0.515789;AO=50;DP=96;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0177644;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.46;QD=21.6493;RBI=0.0179256;REFB=-0.0144075;REVB=-0.00239891;RO=46;SAF=24;SAR=26;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0015129;STB=0.504309;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0140032;OID=.;OPOS=37580139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:46:46:50:49:0.515789:26:24:22:24:26:23:22:24 chr13 37583831 . G A 278.67 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0775121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.175;QD=16.3924;RBI=0.0781222;REFB=-0.0389388;REVB=-0.00974478;RO=36;SAF=13;SAR=18;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143336;STB=0.585533;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0383495;OID=.;OPOS=37583831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:37:31:31:0.455882:18:13:10:26:18:13:10:27 chr13 37625601 . T C 710.03 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0158687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.043;QD=54.6178;RBI=0.0232062;REFB=0.00188746;REVB=0.0169325;RO=1;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241356;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-6.58551e-06;OID=.;OPOS=37625601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:19:32:0:1:19:32:0:1 chr13 37679144 . CT C 49.44 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.091607;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=22.0753;QD=4.11982;RBI=0.108775;REFB=0.0141757;REVB=-0.058653;RO=35;SAF=9;SAR=3;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170634;STB=0.621734;STBP=0.357;TYPE=del;VARB=-0.0565407;OID=.;OPOS=37679145;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:12:48:12:48:36:9:3:22:14:49:35:9:3:22:13 chr13 37679268 . G T 246.83 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0199539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1185;QD=31.8496;RBI=0.0499604;REFB=-0.0308671;REVB=0.0458026;RO=9;SAF=19;SAR=3;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290262;STB=0.515909;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0278221;OID=.;OPOS=37679268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:3:19:8:1:3:19:8:1 chr13 37679333 . G A 218.08 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.00984364;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.621;QD=11.3288;RBI=0.0115244;REFB=-0.00992077;REVB=-0.00599284;RO=50;SAF=18;SAR=9;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00836932;STB=0.504851;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0205819;OID=.;OPOS=37679333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:50:50:27:27:0.350649:9:18:33:17:9:18:33:17 chr13 37679535 . G C 368.4 PASS AF=0.443182;AO=38;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0132888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.87;QD=16.7454;RBI=0.0186601;REFB=-0.0102462;REVB=-0.0130998;RO=48;SAF=27;SAR=11;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225634;STB=0.620048;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.015144;OID=.;OPOS=37679535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:49:38:39:0.443182:11:27:24:24:12:27:24:25 chr13 37679729 . C T 100.81 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0650732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.343;QD=16.8014;RBI=0.0676829;REFB=-0.025928;REVB=0.0186135;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906088;STB=0.55254;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0339256;OID=.;OPOS=37679729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:9:3:4:8:9:3:4:8 chr13 37679776 . G A 108.83 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0186344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.345;QD=24.1841;RBI=0.0249525;REFB=0.000401298;REVB=0.0165948;RO=6;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629385;STB=0.535653;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-6.86353e-05;OID=.;OPOS=37679776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:9:3:2:4:9:3:2:4 chr13 38429073 . G A 803.44 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.043226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.154;QD=55.4097;RBI=0.0832573;REFB=-0.0770431;REVB=0.0711568;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.509431;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00211619;OID=.;OPOS=38429073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:0:1:57:57:0.982759:26:31:0:0:26:31:0:1 chr13 38924083 . A T 2305.44 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00185858;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8978;QD=61.0714;RBI=0.00624609;REFB=0;REVB=-0.00596316;RO=0;SAF=90;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85305e-05;OID=.;OPOS=38924083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:151:0:0:150:151:1:60:90:0:0:61:90:0:0 chr13 38924263 . T C 1980.64 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131836;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.6991;QD=61.8951;RBI=0.0349394;REFB=0;REVB=-0.0323567;RO=0;SAF=74;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165376;OID=.;OPOS=38924263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:53:74:0:0:54:74:0:0 chr13 38932206 . A T 36.59 PASS AF=0.0918367;AO=7;DP=100;FAO=9;FDP=98;FR=.;FRO=89;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=67;FSRR=22;FWDB=0.00366454;FXX=0.0666603;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.621;QD=1.49333;RBI=0.0603532;REFB=-0.00204725;REVB=-0.0602419;RO=86;SAF=7;SAR=0;SRF=62;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483573;STB=0.709854;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0326516;OID=.;OPOS=38932206;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:100:98:86:89:7:9:0.0918367:0:7:62:24:1:8:67:22 chr13 38932210 . T A 48.48 PASS AF=0.105263;AO=12;DP=113;FAO=12;FDP=114;FR=.;FRO=102;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=82;FSRR=20;FWDB=-0.00749936;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=210.169;QD=1.70096;RBI=0.0748884;REFB=-0.000436616;REVB=0.074512;RO=98;SAF=4;SAR=8;SRF=82;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.590732;STB=0.85962;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00921289;OID=.;OPOS=38932210;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:113:114:98:102:12:12:0.105263:8:4:82:16:8:4:82:20 chr13 39262057 . G A 1556.26 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.762;QD=59.8561;RBI=0.0235294;REFB=0;REVB=-0.021;RO=0;SAF=42;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.77061e-06;OID=.;OPOS=39262057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:62:42:0:0:62:42:0:0 chr13 39263713 . GT G,GC 623.7 PASS AF=0.119048,0.880952;AO=12,30;DP=43;FAO=5,37;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=4,18;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028237,0.042005;FXX=0.0232504;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=35.1884,41.1505;QD=59.4002;RBI=0.0586941,0.144474;REFB=0,0;REVB=-0.0514555,-0.138233;RO=0;SAF=11,11;SAR=1,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.23983e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00873204,0.0292595;OID=.,.;OPOS=39263714,39263714;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.119048,0.880952:12,30:43:5,37:42:0:4,18:1,19:0:0:10:0:11,11:1,19:0:0 chr13 39263731 . C T 566.1 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3152;QD=58.0613;RBI=0.065319;REFB=-0.116588;REVB=0.0297956;RO=1;SAF=16;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283678;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168016;OID=.;OPOS=39263731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:39:39:1:0:37:39:1:21:16:1:0:21:18:0:0 chr13 39430314 . C T 308.38 PASS AF=0.317073;AO=39;DP=136;FAO=39;FDP=123;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.00342377;FXX=0.102182;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.852;QD=10.0286;RBI=0.0466661;REFB=-0.0111117;REVB=-0.0465404;RO=82;SAF=18;SAR=21;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121241;STB=0.514494;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0255533;OID=.;OPOS=39430314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:123:82:84:39:39:0.317073:21:18:37:45:21:18:37:47 chr13 39433606 . A G 412.75 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0018325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.435;QD=27.0653;RBI=0.00196166;REFB=-0.0175421;REVB=0.000700024;RO=22;SAF=13;SAR=26;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178561;STB=0.59765;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0085662;OID=.;OPOS=39433606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:22:39:39:0.639344:26:13:13:9:26:13:13:9 chr13 39540589 . TC T 304.07 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0133018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.007;QD=14.8327;RBI=0.0278208;REFB=-0.00516833;REVB=-0.0244348;RO=48;SAF=26;SAR=8;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363764;STB=0.707491;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.00628345;OID=.;OPOS=39540590;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414634:34:82:34:82:48:26:8:21:27:99:48:26:8:21:27 chr13 39586343 . G C 667.92 PASS AF=0.456376;AO=67;DP=148;FAO=68;FDP=149;FR=.;FRO=81;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.000537267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.042;QD=17.9306;RBI=0.0194964;REFB=-0.0145579;REVB=0.019489;RO=81;SAF=40;SAR=27;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665928;STB=0.540227;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0169035;OID=.;OPOS=39586343;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:81:81:67:68:0.456376:27:40:43:38:27:41:43:38 chr13 39587677 . A G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0128012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.142;QD=13.9592;RBI=0.047757;REFB=-0.0596292;REVB=-0.0460094;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161108;STB=0.594352;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0485176;OID=.;OPOS=39587677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:1:6:5:2:1:6 chr13 39587865 . A C 161.52 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0030745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.503;QD=10.5914;RBI=0.0102179;REFB=-0.019818;REVB=-0.00974438;RO=40;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135812;STB=0.579541;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0282586;OID=.;OPOS=39587865;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:8:13:20:20:8:13:20:20 chr13 39587889 . T C 217.2 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0201689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.032;QD=11.2832;RBI=0.0422868;REFB=-0.0144078;REVB=-0.037167;RO=48;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197999;STB=0.612454;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0263102;OID=.;OPOS=39587889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:50:27:27:0.350649:12:15:18:30:12:15:19:31 chr13 39608335 . TAAAAAAAAAAA TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAC,TAAAAAAAA,TAAAAAAAAACA 126.76 PASS AF=0.26087,0.217391,0.304348,0.130435;AO=4,2,5,3;DP=23;FAO=6,5,7,3;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=2,4,3,0;FSAR=4,1,4,3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.135133,-0.0371902,-0.0775498,-0.0391809;FXX=0;HRUN=12,12,12,12;LEN=1,1,3,1;MLLD=5.39314,172.879,12.532,174.811;QD=22.0459;RBI=0.259137,0.0379594,0.111426,0.0400549;REFB=0.142185,0.0290808,0.0871144,0.0300559;REVB=-0.221113,-0.00760341,-0.0800114,-0.00832205;RO=1;SAF=2,1,3,0;SAR=2,1,2,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.166656,-0.25849,-0.121807,-0.727144;STB=0.545299,0.614874,0.516083,0.994603;STBP=0.788,0.589,0.902,0.202;TYPE=del,snp,del,snp;VARB=-0.0781413,-0.00142285,0.120365,0.00493371;OID=.,.,.,.;OPOS=39608336,39608346,39608336,39608345;OREF=A,A,AAA,A;OALT=-,C,-,C;OMAPALT=TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAC,TAAAAAAAA,TAAAAAAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.26087,0.217391,0.304348,0.130435:4,2,5,3:23:6,5,7,3:23:2:2,4,3,0:4,1,4,3:1:1:34:1:2,1,3,0:2,1,2,3:1:0 chr13 40229842 . A AG,G 57.17 PASS AF=0.411765,0.0294118;AO=8,2;DP=33;FAO=14,1;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8,1;FSAR=6,0;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0134444,-0.0120833;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=9.19119,76.3598;QD=6.72621;RBI=0.165562,0.0126427;REFB=-0.0613876,0.0014499;REVB=0.165015,0.00371912;RO=20;SAF=6,2;SAR=2,0;SRF=12;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.196171,0.471211;STB=0.504418,0.988244;STBP=0.989,0.484;TYPE=ins,snp;VARB=0.0885359,0.0157633;OID=.,.;OPOS=40229843,40229842;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:33:34:20:19:8,2:14,1:0.411765,0.0294118:2,0:6,2:12:8:6,0:8,1:11:8 chr13 40229891 . G A 248.1 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.015572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.706;QD=16.2686;RBI=0.0282066;REFB=-0.0122137;REVB=-0.0235186;RO=33;SAF=20;SAR=8;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201326;STB=0.511355;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0210691;OID=.;OPOS=40229891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:8:20:23:10:8:20:23:10 chr13 40229957 . T A 370.88 PASS AF=0.448276;AO=38;DP=88;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0262996;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.209;QD=17.0521;RBI=0.0266699;REFB=-0.0248751;REVB=0.00442879;RO=48;SAF=22;SAR=16;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016695;STB=0.515437;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0271856;OID=.;OPOS=40229957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:48:48:38:39:0.448276:16:22:27:21:16:23:27:21 chr13 40230229 . C T 553.42 PASS AF=0.408163;AO=59;DP=148;FAO=60;FDP=147;FR=.;FRO=87;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=69;FWDB=-0.0141843;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8966;QD=15.0589;RBI=0.0326049;REFB=-0.0294467;REVB=-0.0293579;RO=81;SAF=25;SAR=34;SRF=18;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223186;STB=0.633334;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0270547;OID=.;OPOS=40230229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:81:87:59:60:0.408163:34:25:18:63:35:25:18:69 chr13 40230294 . T C 1114.49 PASS AF=0.434783;AO=120;DP=277;FAO=120;FDP=276;FR=.;FRO=156;FSAF=41;FSAR=79;FSRF=46;FSRR=110;FWDB=-0.000566746;FXX=0.00360998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.047;QD=16.152;RBI=0.00520721;REFB=-0.0207197;REVB=0.00517627;RO=155;SAF=41;SAR=79;SRF=45;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592517;STB=0.52995;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0267166;OID=.;OPOS=40230294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:276:155:156:120:120:0.434783:79:41:45:110:79:41:46:110 chr13 40238175 . C T 213.74 PASS AF=0.419355;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00502074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.626;QD=13.7897;RBI=0.00966572;REFB=-0.0124057;REVB=-0.00825944;RO=36;SAF=9;SAR=16;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120572;STB=0.576963;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0164306;OID=.;OPOS=40238175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:36:36:25:26:0.419355:16:9:17:19:17:9:17:19 chr13 40359621 . T C 558.17 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0216697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.1;QD=23.0175;RBI=0.0274745;REFB=-0.0118184;REVB=0.01689;RO=45;SAF=20;SAR=32;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462683;STB=0.525414;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00992278;OID=.;OPOS=40359621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:45:52:52:0.536082:32:20:15:30:32:20:15:30 chr13 41331026 . C G 289.12 PASS AF=0.343434;AO=34;DP=99;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0528565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9338;QD=11.6818;RBI=0.0545279;REFB=0.0115742;REVB=-0.0133969;RO=65;SAF=16;SAR=18;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010322;STB=0.505963;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.0212685;OID=.;OPOS=41331026;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:65:65:34:34:0.343434:18:16:30:35:18:16:30:35 chr13 41382711 . A T 221.62 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.002397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.238;QD=19.6994;RBI=0.00243964;REFB=-0.0056297;REVB=0.000454134;RO=23;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223076;STB=0.625901;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00616598;OID=.;OPOS=41382711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:14:8:14:9:14:8:14:9 chr13 41705495 . A G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.923;QD=61.2132;RBI=0.0431911;REFB=0;REVB=0.037445;RO=0;SAF=50;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81067e-05;OID=.;OPOS=41705495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:29:50:0:0:29:50:0:0 chr13 41706800 . A G 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00877737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.832;QD=60.8829;RBI=0.0114611;REFB=0;REVB=-0.00736981;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45544e-07;OID=.;OPOS=41706800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:31:46:0:0:31:46:0:0 chr13 41767338 . A G 304.89 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.00280428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.5;QD=15.0563;RBI=0.0140611;REFB=-0.0108257;REVB=-0.0137786;RO=46;SAF=20;SAR=14;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918856;STB=0.543354;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0112099;OID=.;OPOS=41767338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:47:34:34:0.419753:14:20:31:15:14:20:31:16 chr13 41767341 . A G 305.04 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00390795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.815;QD=15.0639;RBI=0.0104795;REFB=-0.0212416;REVB=-0.00972353;RO=46;SAF=20;SAR=14;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681818;STB=0.543354;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0218408;OID=.;OPOS=41767341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:47:34:34:0.419753:14:20:30:16:14:20:31:16 chr13 41834744 . C T 312.45 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=19;FWDB=0.00643228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1731;QD=12.1339;RBI=0.0267772;REFB=-0.0145149;REVB=0.0259932;RO=63;SAF=28;SAR=10;SRF=44;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524102;STB=0.523183;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0196382;OID=.;OPOS=41834744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:65:38:38:0.368932:10:28:44:19:10:28:46:19 chr13 41835030 . A G 39.61 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0426607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.988;QD=13.2049;RBI=0.0452052;REFB=0.0194774;REVB=-0.0149524;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474419;STB=0.736113;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00942399;OID=.;OPOS=41835030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:5:6:6:6:0.5:4:2:5:0:4:2:5:1 chr13 41902939 . T C 1098.33 PASS AF=0.961538;AO=62;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0131903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9546;QD=56.3248;RBI=0.0206917;REFB=-0.0554318;REVB=0.0159425;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505651;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00397785;OID=.;OPOS=41902939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:0:3:62:75:0.961538:34:28:0:0:36:39:2:1 chr13 41941642 . G A 194.58 PASS AF=0.276596;AO=25;DP=95;FAO=26;FDP=94;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.0140987;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9026;QD=8.2801;RBI=0.0228324;REFB=0.000255673;REVB=-0.0179596;RO=66;SAF=14;SAR=11;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019425;STB=0.536396;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.00111375;OID=.;OPOS=41941642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:66:68:25:26:0.276596:11:14:38:28:12:14:40:28 chr13 42032572 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0548257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.353;QD=62.0202;RBI=0.0626346;REFB=0;REVB=0.0302859;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100356;OID=.;OPOS=42032572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr13 42385446 . T C 182.98 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00484949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.096;QD=17.427;RBI=0.0218921;REFB=0.0125641;REVB=0.0213482;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110079;STB=0.549948;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.0133651;OID=.;OPOS=42385446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:23:19:19:0.452381:10:9:13:9:10:9:13:10 chr13 42734176 . C T 544.36 PASS AF=0.533981;AO=53;DP=101;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00130213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.908;QD=21.1401;RBI=0.00316691;REFB=-0.0155759;REVB=0.00288683;RO=47;SAF=25;SAR=28;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213488;STB=0.50673;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0165722;OID=.;OPOS=42734176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:47:48:53:55:0.533981:28:25:21:26:29:26:22:26 chr13 42772717 . G T 539.93 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0095462;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.508;QD=21.3834;RBI=0.0101932;REFB=-0.00510644;REVB=0.00357361;RO=46;SAF=29;SAR=25;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310871;STB=0.522226;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00375908;OID=.;OPOS=42772717;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:46:47:54:54:0.534653:25:29:23:23:25:29:23:24 chr13 42788652 . C T 101.42 PASS AF=0.254237;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0222285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.563;QD=6.87621;RBI=0.0222446;REFB=-0.00622616;REVB=0.000843815;RO=44;SAF=8;SAR=7;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128795;STB=0.507926;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.01874;OID=.;OPOS=42788652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:44:44:15:15:0.254237:7:8:23:21:7:8:23:21 chr13 42793479 . G A 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0173395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7698;QD=14.1189;RBI=0.0196979;REFB=-0.00247999;REVB=0.00934606;RO=38;SAF=13;SAR=14;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072935;STB=0.541494;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00667251;OID=.;OPOS=42793479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:14:13:21:17:14:13:21:17 chr13 42799444 . AG AGA,GA 50.42 PASS AF=0.130435,0.0869565;AO=6,6;DP=48;FAO=6,4;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=4,4;FSAR=2,0;FSRF=6;FSRR=30;FWDB=0.0101536,0.0044357;FXX=0.041658;HRUN=1,6;LEN=1,2;MLLD=18.0231,32.1465;QD=4.38447;RBI=0.0474633,0.0200185;REFB=-0.0142033,-0.0177095;REVB=-0.0463646,-0.0195209;RO=35;SAF=2,6;SAR=4,0;SRF=7;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.203933,0.780876;STB=0.864113,0.99875;STBP=0.239,0.001;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0879926,0.0601643;OID=.,.;OPOS=42799446,42799444;OREF=-,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:48:46:35:36:6,6:6,4:0.130435,0.0869565:4,0:2,6:7:28:2,0:4,4:6:30 chr13 42803341 . T C 3148.98 PASS AF=1;AO=204;DP=204;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1381;QD=61.7447;RBI=0.0314647;REFB=0;REVB=0.0303414;RO=0;SAF=116;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.14749e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012695;OID=.;OPOS=42803341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:204:0:0:204:204:1:88:116:0:0:88:116:0:0 chr13 43469157 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.149;QD=58.7813;RBI=0.0443562;REFB=0;REVB=-0.0384953;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.82207e-05;OID=.;OPOS=43469157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr13 43469211 . G A 1434.37 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.786;QD=63.0493;RBI=0.0118876;REFB=0;REVB=0.00433133;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02378e-05;OID=.;OPOS=43469211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:49:42:0:0:49:42:0:0 chr13 43788158 . G A 1190.33 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.892;QD=61.0425;RBI=0.01335;REFB=0;REVB=0.00572488;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01552e-05;OID=.;OPOS=43788158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:46:32:0:0:46:32:0:0 chr13 43930175 . G A 181.91 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0126515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.088;QD=9.57409;RBI=0.023635;REFB=-0.0101322;REVB=0.0199637;RO=52;SAF=9;SAR=15;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812452;STB=0.547905;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0260739;OID=.;OPOS=43930175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:52:52:24:24:0.315789:15:9:23:29:15:9:23:29 chr13 43934138 . G A 173.57 PASS AF=0.238938;AO=27;DP=113;FAO=27;FDP=113;FR=.;FRO=86;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.0110027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9479;QD=6.14415;RBI=0.0120374;REFB=0.00344202;REVB=0.0048828;RO=85;SAF=12;SAR=15;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766501;STB=0.542375;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.0157981;OID=.;OPOS=43934138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:85:86:27:27:0.238938:15:12:43:42:15:12:43:43 chr13 44411432 . A G 643.92 PASS AF=0.458333;AO=66;DP=144;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.016309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.149;QD=17.8867;RBI=0.0274917;REFB=0.00444486;REVB=0.0221316;RO=78;SAF=41;SAR=25;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836333;STB=0.546533;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.004406;OID=.;OPOS=44411432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:78:78:66:66:0.458333:25:41:42:36:25:41:42:36 chr13 44457925 . A G 613.16 PASS AF=0.441379;AO=62;DP=143;FAO=64;FDP=145;FR=.;FRO=81;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.0398478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.68;QD=16.9147;RBI=0.0412657;REFB=-0.0130248;REVB=-0.0107244;RO=81;SAF=39;SAR=23;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14057;STB=0.575197;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0183701;OID=.;OPOS=44457925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:81:81:62:64:0.441379:23:39:40:41:24:40:40:41 chr13 45010736 . G A 104.72 PASS AF=0.209877;AO=17;DP=82;FAO=17;FDP=81;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.101953;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.673;QD=5.17128;RBI=0.108252;REFB=-0.0182473;REVB=-0.036389;RO=64;SAF=11;SAR=6;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259799;STB=0.663603;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0572449;OID=.;OPOS=45010736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:64:64:17:17:0.209877:6:11:28:36:6:11:28:36 chr13 45492146 . G A 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00261286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4575;QD=19.999;RBI=0.0218121;REFB=-0.0249976;REVB=-0.021655;RO=30;SAF=20;SAR=13;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551928;STB=0.530594;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0164284;OID=.;OPOS=45492146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:13:20:20:10:13:20:20:10 chr13 45515395 . G A 215.89 PASS AF=0.301887;AO=12;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=22;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0294119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.609;QD=16.2933;RBI=0.0294314;REFB=-0.00414774;REVB=-0.0010692;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467888;STB=0.768904;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00839751;OID=.;OPOS=45515395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:18:22:12:16:0.301887:9:3:13:5:12:4:16:6 chr13 45563464 . G C 632.37 PASS AF=0.448052;AO=69;DP=154;FAO=69;FDP=154;FR=.;FRO=85;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=54;FWDB=-0.00160638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.083;QD=16.4252;RBI=0.00894474;REFB=-0.0144705;REVB=0.00879931;RO=84;SAF=30;SAR=39;SRF=31;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667356;STB=0.539745;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0170177;OID=.;OPOS=45563464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:84:85:69:69:0.448052:39:30:31:53:39:30:31:54 chr13 45635072 . C T 96.4 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0434381;FXX=0.0222173;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.4076;QD=8.7637;RBI=0.0748281;REFB=-0.0126212;REVB=0.0609292;RO=26;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137779;STB=0.548937;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00659922;OID=.;OPOS=45635072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:45:44:26:31:12:12:0.272727:5:7:12:14:5:7:16:15 chr13 46067593 . G A 462.12 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=68;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0866328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2553;QD=27.1835;RBI=0.090078;REFB=0.0314228;REVB=0.0246737;RO=24;SAF=18;SAR=25;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296223;STB=0.507039;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.00887833;OID=.;OPOS=46067593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:24:25:43:43:0.632353:25:18:9:15:25:18:10:15 chr13 46077381 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00276814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.316;QD=57.2026;RBI=0.0427911;REFB=0;REVB=0.0427014;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147591;OID=.;OPOS=46077381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr13 46103935 . A G 426.64 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00689257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.732;QD=19.175;RBI=0.109028;REFB=-0.00951611;REVB=0.10881;RO=45;SAF=29;SAR=14;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159868;STB=0.595734;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00998279;OID=.;OPOS=46103935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:46:43:43:0.483146:14:29:23:22:14:29:23:23 chr13 46108853 . TG CA 1559.75 PASS AF=1;AO=103;DP=107;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00466293;FXX=0.0280348;HRUN=2;LEN=2;MLLD=237.423;QD=59.9904;RBI=0.00537388;REFB=0;REVB=-0.00267126;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.01782e-05;OID=.;OPOS=46108853;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:104:0:0:103:104:1:51:52:0:0:52:52:0:0 chr13 46109026 . T A 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0485068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.476;QD=18.9386;RBI=0.0490203;REFB=-0.00239198;REVB=0.00707698;RO=29;SAF=12;SAR=18;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22278;STB=0.624079;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00145713;OID=.;OPOS=46109026;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:18:12:19:10:18:12:19:10 chr13 46115731 . C A 557.88 PASS AF=0.522523;AO=57;DP=109;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0627851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9318;QD=20.1038;RBI=0.0769177;REFB=-0.0279699;REVB=0.0444338;RO=52;SAF=26;SAR=31;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458937;STB=0.524264;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0254417;OID=.;OPOS=46115731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:52:53:57:58:0.522523:31:26:21:31:31:27:22:31 chr13 46135591 . C A 495.86 PASS AF=0.335135;AO=62;DP=185;FAO=62;FDP=185;FR=.;FRO=123;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=71;FWDB=-0.0308599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8572;QD=10.7212;RBI=0.0324189;REFB=-0.00630822;REVB=-0.00993262;RO=123;SAF=40;SAR=22;SRF=52;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257066;STB=0.647585;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0153741;OID=.;OPOS=46135591;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:123:123:62:62:0.335135:22:40:52:71:22:40:52:71 chr13 46137807 . T C 794.23 PASS AF=0.451087;AO=82;DP=186;FAO=83;FDP=184;FR=.;FRO=101;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=65;FWDB=-0.00784275;FXX=0.0160419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7051;QD=17.2659;RBI=0.00784283;REFB=-0.0141212;REVB=-3.5207e-05;RO=100;SAF=49;SAR=33;SRF=36;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232412;STB=0.626633;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0161392;OID=.;OPOS=46137807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:184:100:101:82:83:0.451087:33:49:36:64:34:49:36:65 chr13 46137837 . T C 1059.08 PASS AF=0.509524;AO=107;DP=211;FAO=107;FDP=210;FR=.;FRO=103;FSAF=37;FSAR=70;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=0.0021309;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.457;QD=20.1729;RBI=0.0180193;REFB=-0.00874448;REVB=0.0178929;RO=103;SAF=37;SAR=70;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148938;STB=0.581847;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0140484;OID=.;OPOS=46137837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:103:103:107:107:0.509524:70:37:52:51:70:37:52:51 chr13 46154128 . AATT A 287.11 PASS AF=0.596774;AO=33;DP=58;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0035777;FXX=0.0158705;HRUN=5;LEN=3;MLLD=343.277;QD=18.523;RBI=0.00482224;REFB=-0.00115628;REVB=0.00323328;RO=21;SAF=13;SAR=20;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255089;STB=0.513362;STBP=0.821;TYPE=del;VARB=0.0010878;OID=.;OPOS=46154129;OREF=ATT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.596774:33:58:37:62:25:16:21:10:15:99:21:13:20:9:12 chr13 46154749 . A G 779.65 PASS AF=0.520833;AO=72;DP=141;FAO=75;FDP=144;FR=.;FRO=69;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.0173224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.78;QD=21.6568;RBI=0.0293551;REFB=-0.0335605;REVB=0.0236993;RO=69;SAF=40;SAR=32;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132745;STB=0.567221;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0356934;OID=.;OPOS=46154749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:144:69:69:72:75:0.520833:32:40:28:41:34:41:28:41 chr13 46170621 . A T 393.56 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0109751;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7858;QD=17.1112;RBI=0.0282938;REFB=-0.0462601;REVB=-0.0260784;RO=50;SAF=26;SAR=15;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154988;STB=0.582155;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0273525;OID=.;OPOS=46170621;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:50:51:41:41:0.445652:15:26:24:26:15:26:25:26 chr13 46306447 . T C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0403599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.904;QD=13.4867;RBI=0.041325;REFB=-0.0214348;REVB=-0.00887916;RO=11;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447363;STB=0.77345;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0235417;OID=.;OPOS=46306447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:1:8:6:5:1:8:6:5 chr13 46541673 . T A 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.049;QD=61.0492;RBI=0.0297613;REFB=0;REVB=0.0125637;RO=0;SAF=51;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50457e-05;OID=.;OPOS=46541673;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:27:51:0:0:27:51:0:0 chr13 46562935 . A G 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.872;QD=62.3145;RBI=0.0182748;REFB=0;REVB=0.0102603;RO=0;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61287e-05;OID=.;OPOS=46562935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:35:51:0:0:35:51:0:0 chr13 46629944 . A G 1251.92 PASS AF=0.976471;AO=81;DP=86;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0186113;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.174;QD=58.914;RBI=0.0251169;REFB=0.0167712;REVB=0.0168664;RO=2;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215128;STB=0.511361;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.000335003;OID=.;OPOS=46629944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:85:2:2:81:83:0.976471:43:38:0:2:43:40:0:2 chr13 46641466 . A G 417.46 PASS AF=0.434343;AO=42;DP=98;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00170658;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.681;QD=16.8672;RBI=0.00923216;REFB=-0.0109133;REVB=0.00907305;RO=55;SAF=26;SAR=16;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113803;STB=0.564384;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0134869;OID=.;OPOS=46641466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:55:56:42:43:0.434343:16:26:28:27:16:27:29:27 chr13 46641481 . T C 1536.57 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.718;QD=63.3636;RBI=0.0293982;REFB=0;REVB=0.0205721;RO=0;SAF=56;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34971e-05;OID=.;OPOS=46641481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:40:56:0:0:41:56:0:0 chr13 46648094 . C T 390.97 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00345123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.052;QD=16.637;RBI=0.0178047;REFB=0.00838322;REVB=0.017467;RO=53;SAF=18;SAR=23;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331127;STB=0.518607;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00822661;OID=.;OPOS=46648094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:23:18:25:28:23:18:25:28 chr13 46656573 . T C 31.91 PASS AF=0.0630631;AO=14;DP=222;FAO=14;FDP=222;FR=.;FRO=208;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=96;FSRR=112;FWDB=0.00220831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9344;QD=0.574913;RBI=0.0441253;REFB=-0.00157448;REVB=-0.04407;RO=208;SAF=1;SAR=13;SRF=96;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440683;STB=0.909168;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0202626;OID=.;OPOS=46656573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:222:222:208:208:14:14:0.0630631:13:1:96:112:13:1:96:112 chr13 46656669 . A G 832.74 PASS AF=0.477528;AO=84;DP=178;FAO=85;FDP=178;FR=.;FRO=93;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=58;FWDB=0.0180356;FXX=0.0165737;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.802;QD=18.7133;RBI=0.0185158;REFB=-0.0133658;REVB=-0.00418952;RO=93;SAF=42;SAR=42;SRF=35;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117731;STB=0.561617;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0149824;OID=.;OPOS=46656669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:93:93:84:85:0.477528:42:42:35:58:43:42:35:58 chr13 46700642 . G T 1077.58 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00244288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.706;QD=59.0456;RBI=0.073268;REFB=0;REVB=0.0732273;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99656e-05;OID=.;OPOS=46700642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:73:0:0:67:73:1:26:41:0:0:31:42:0:0 chr13 46708291 . T C 1331.1 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0160914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.978;QD=59.8246;RBI=0.0290363;REFB=-0.0168688;REVB=0.0241696;RO=1;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108921;STB=0.511361;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000359033;OID=.;OPOS=46708291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:1:2:87:87:0.977528:43:44:0:1:43:44:0:2 chr13 46946157 . C T 385.19 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0153209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.786;QD=23.3446;RBI=0.0209358;REFB=-0.0320304;REVB=0.014268;RO=28;SAF=16;SAR=22;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033981;STB=0.518689;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0210869;OID=.;OPOS=46946157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:22:16:13:15:22:16:13:15 chr13 46948548 . G A 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0161753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.423;QD=18.6357;RBI=0.0233264;REFB=-0.00680067;REVB=-0.0168071;RO=16;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00492734;OID=.;OPOS=46948548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:6:10:10:6:6:10:10:6 chr13 47127813 . C T 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0227366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7617;QD=11.5966;RBI=0.0286309;REFB=-0.024529;REVB=0.0174004;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127763;STB=0.575634;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0411881;OID=.;OPOS=47127813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:6:6:13:8:6:6:13:8 chr13 47260054 . T C 1362.66 PASS AF=0.968421;AO=90;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0243139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8847;QD=57.3751;RBI=0.0329611;REFB=-0.230826;REVB=-0.0222546;RO=4;SAF=40;SAR=50;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158909;STB=0.507433;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0123483;OID=.;OPOS=47260054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:95:95:4:3:90:92:0.968421:50:40:1:3:52:40:2:1 chr13 47273458 . G C 1696.2 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=116;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0133492;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.326;QD=59.5157;RBI=0.0134851;REFB=-0.0412935;REVB=0.00190964;RO=1;SAF=48;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736135;STB=0.503816;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00048067;OID=.;OPOS=47273458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:114:1:1:112:113:0.991228:64:48:0:1:65:48:0:1 chr13 47279454 . A G 2010.92 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.187;QD=61.8744;RBI=0.012493;REFB=0;REVB=-0.0010516;RO=0;SAF=63;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22902e-05;OID=.;OPOS=47279454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:130:0:0:128:130:1:65:63:0:0:66:64:0:0 chr13 47308109 . A G 757.69 PASS AF=0.37931;AO=88;DP=232;FAO=88;FDP=232;FR=.;FRO=144;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=69;FSRR=75;FWDB=0.00411125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.457;QD=13.0637;RBI=0.00639592;REFB=-0.00398342;REVB=0.00489954;RO=142;SAF=49;SAR=39;SRF=68;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854672;STB=0.548281;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0104729;OID=.;OPOS=47308109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:142:144:88:88:0.37931:39:49:68:74:39:49:69:75 chr13 47315984 . T C 461.68 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0170705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.884;QD=21.4735;RBI=0.0188936;REFB=0.00230155;REVB=-0.00809732;RO=41;SAF=16;SAR=29;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981809;STB=0.554317;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00185862;OID=.;OPOS=47315984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:41:45:45:0.523256:29:16:19:22:29:16:19:22 chr13 47354101 . C T 395.4 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0200369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1762;QD=17.5733;RBI=0.0472652;REFB=0.0149064;REVB=0.042808;RO=49;SAF=23;SAR=18;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497666;STB=0.527855;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.0237529;OID=.;OPOS=47354101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:18:23:25:24:18:23:25:24 chr13 47469940 . G A 1684.2 PASS AF=0.982609;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0129719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.12;QD=58.5809;RBI=0.016897;REFB=-0.13989;REVB=0.0108278;RO=1;SAF=69;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106686;STB=0.511109;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000278038;OID=.;OPOS=47469940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:1:2:113:113:0.982609:44:69:0:1:44:69:0:2 chr13 47470824 . C T 500.92 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2071;QD=58.9313;RBI=0.0306723;REFB=0;REVB=0.0285675;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364331;OID=.;OPOS=47470824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr13 48033224 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8919;QD=57.1051;RBI=0.0265375;REFB=0;REVB=-0.0215345;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.54801e-05;OID=.;OPOS=48033224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr13 48547467 . A T 217.27 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0133973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2792;QD=13.5796;RBI=0.0134353;REFB=-0.0108953;REVB=0.0010089;RO=38;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400551;STB=0.522874;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0134917;OID=.;OPOS=48547467;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:14:12:19:19:14:12:19:19 chr13 48611918 . A AGGAGTC 405.87 PASS AF=0.363636;AO=45;DP=142;FAO=48;FDP=132;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.00894541;FXX=0.089649;HRUN=2;LEN=6;MLLD=255.074;QD=12.2991;RBI=0.0366996;REFB=-0.0201985;REVB=-0.0355927;RO=85;SAF=32;SAR=13;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196697;STB=0.612139;STBP=0.058;TYPE=ins;VARB=0.0354419;OID=.;OPOS=48611919;OREF=-;OALT=GGAGTC;OMAPALT=AGGAGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:45:142:48:132:84:34:14:46:38:99:85:32:13:47:38 chr13 49076880 . G A 55.71 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.01766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.113;QD=4.20439;RBI=0.0180477;REFB=-0.0163878;REVB=0.00372048;RO=42;SAF=5;SAR=4;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197391;STB=0.510615;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0705554;OID=.;OPOS=49076880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:42:44:9:9:0.169811:4:5:24:18:4:5:25:19 chr13 49107241 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.588;QD=48.7372;RBI=0.0504763;REFB=0;REVB=-0.0352719;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109549;OID=.;OPOS=49107241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr13 49794650 . C A 1290.83 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0301861;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.114;QD=60.745;RBI=0.038885;REFB=-0.118104;REVB=0.0245121;RO=1;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114132;STB=0.506023;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000454152;OID=.;OPOS=49794650;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:85:1:1:84:84:0.988235:41:43:0:1:41:43:0:1 chr13 49840024 . A G 1293.48 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7965;QD=61.5943;RBI=0.0387702;REFB=0;REVB=0.0379366;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202343;OID=.;OPOS=49840024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:81:84:1:41:40:0:0:44:40:0:0 chr13 49866869 . G C 2038.98 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00908672;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4141;QD=61.3228;RBI=0.0199871;REFB=0;REVB=-0.0178021;RO=0;SAF=77;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243326;OID=.;OPOS=49866869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:133:0:0:128:133:1:51:77:0:0:51:82:0:0 chr13 49951142 . T C 411.05 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00421543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.684;QD=23.8291;RBI=0.042264;REFB=-0.00410594;REVB=-0.0420532;RO=29;SAF=22;SAR=18;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104087;STB=0.557135;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00239422;OID=.;OPOS=49951142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:29:40:40:0.57971:18:22:12:17:18:22:12:17 chr13 49951193 . T C 352.86 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.038297;FXX=0.0657808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1384;QD=19.8796;RBI=0.0415963;REFB=0.00734856;REVB=0.0162355;RO=34;SAF=24;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204485;STB=0.62129;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00730121;OID=.;OPOS=49951193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:71:34:35:36:36:0.507042:12:24:15:19:12:24:15:20 chr13 50008301 . A G 1283.42 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00754473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.323;QD=61.8514;RBI=0.0195309;REFB=0;REVB=0.0180148;RO=0;SAF=53;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91435e-05;OID=.;OPOS=50008301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:30:53:0:0:30:53:0:0 chr13 50050620 . A G 605.0 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0670975;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.4705;QD=59.0243;RBI=0.0710071;REFB=-0.158192;REVB=0.0232364;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022873;STB=0.512189;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0038926;OID=.;OPOS=50050620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:20:20:1:0:20:20:1:0 chr13 50057097 . G A 1083.88 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00487036;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8675;QD=60.2156;RBI=0.0338341;REFB=0;REVB=-0.0334817;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000405115;OID=.;OPOS=50057097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:44:28:0:0:44:28:0:0 chr13 50057633 . A G 977.4 PASS AF=0.419231;AO=109;DP=262;FAO=109;FDP=260;FR=.;FRO=151;FSAF=64;FSAR=45;FSRF=100;FSRR=51;FWDB=-0.00150269;FXX=0.0076333;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.615;QD=15.037;RBI=0.0123731;REFB=-0.0191543;REVB=0.0122815;RO=148;SAF=64;SAR=45;SRF=100;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963826;STB=0.545688;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0235751;OID=.;OPOS=50057633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:260:148:151:109:109:0.419231:45:64:100:48:45:64:100:51 chr13 50065969 . GA G 37.2 PASS AF=0.422222;AO=16;DP=46;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0915204;FXX=0.0217344;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.67264;QD=3.30624;RBI=0.142194;REFB=-0.107407;REVB=-0.108827;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861018;STB=0.559379;STBP=0.514;TYPE=del;VARB=0.104277;OID=.;OPOS=50065970;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.422222:16:46:19:45:26:9:10:15:11:37:24:8:8:14:10 chr13 50080847 . A G 563.92 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0563829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.358;QD=57.8379;RBI=0.0580807;REFB=-0.070496;REVB=0.0139405;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253186;STB=0.513506;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000994719;OID=.;OPOS=50080847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:20:18:1:0:20:18:1:0 chr13 50106561 . T G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0366927;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.051;QD=12.0157;RBI=0.0375939;REFB=-0.00445984;REVB=0.0081819;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484388;STB=0.529316;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00542487;OID=.;OPOS=50106561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:2:5:4:2:2:5 chr13 50106584 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00106641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.738;QD=16.8229;RBI=0.00109989;REFB=-0.00241519;REVB=0.00026933;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775494;STB=0.54533;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00144624;OID=.;OPOS=50106584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:1:4:5:2:1:4 chr13 50123622 . G C 343.94 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.0263355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2428;QD=16.3782;RBI=0.0367741;REFB=0.00535757;REVB=0.0256666;RO=47;SAF=16;SAR=21;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243466;STB=0.636293;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00668662;OID=.;OPOS=50123622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:21:16:32:15:21:16:32:15 chr13 50123649 . G A 480.96 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00266711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.478;QD=22.9029;RBI=0.0508297;REFB=-0.00835414;REVB=0.0507597;RO=37;SAF=30;SAR=16;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140756;STB=0.584378;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0119623;OID=.;OPOS=50123649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:38:46:46:0.547619:16:30:18:19:16:30:18:20 chr13 50123688 . G T 376.23 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00841296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.091;QD=21.1962;RBI=0.00891071;REFB=-0.000840865;REVB=0.00293649;RO=33;SAF=25;SAR=13;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202239;STB=0.612028;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00133873;OID=.;OPOS=50123688;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:13:25:14:19:13:25:14:19 chr13 50123699 . G A 67.59 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=64;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00135689;FXX=0.149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.803;QD=4.74322;RBI=0.00353579;REFB=-0.0116545;REVB=-0.00326507;RO=45;SAF=7;SAR=4;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103153;STB=0.559889;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0400695;OID=.;OPOS=50123699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:64:57:45:46:11:11:0.192982:4:7:25:20:4:7:26:20 chr13 50126382 . G A 364.77 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0437944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0194;QD=52.1093;RBI=0.0541162;REFB=-0.0781472;REVB=0.0317902;RO=1;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841069;STB=0.538432;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00507805;OID=.;OPOS=50126382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:1:1:26:27:0.964286:5:21:0:1:6:21:0:1 chr13 50134099 . T C 205.36 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0495196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.043;QD=12.8349;RBI=0.0495426;REFB=-0.0304101;REVB=-0.00150857;RO=39;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890972;STB=0.551082;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0388895;OID=.;OPOS=50134099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:12:13:17:22:12:13:17:22 chr13 50134150 . A G 178.26 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0516934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2797;QD=14.2611;RBI=0.0591624;REFB=0.0114262;REVB=-0.0287747;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114534;STB=0.554084;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.0356553;OID=.;OPOS=50134150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:19:19:0.38:10:9:11:19:10:9:12:19 chr13 50141345 . G A 354.34 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0365078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.756;QD=21.4753;RBI=0.0374714;REFB=-0.0238884;REVB=0.00844309;RO=30;SAF=12;SAR=24;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601904;STB=0.533314;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0158637;OID=.;OPOS=50141345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:24:12:12:18:24:12:12:18 chr13 50141362 . G A 239.05 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=67;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0164551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.652;QD=14.0619;RBI=0.018125;REFB=-0.0304393;REVB=0.00759915;RO=40;SAF=7;SAR=20;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14388;STB=0.56093;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0315842;OID=.;OPOS=50141362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:40:40:27:28:0.411765:20:7:15:25:20:8:15:25 chr13 50205153 . C T 62.33 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00579162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9256;QD=7.791;RBI=0.00634;REFB=-0.019545;REVB=0.00257931;RO=23;SAF=2;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406536;STB=0.75481;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0528767;OID=.;OPOS=50205153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:7:2:13:10:7:2:13:10 chr13 50207885 . G A 621.81 PASS AF=0.439189;AO=65;DP=141;FAO=65;FDP=148;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.0190641;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.5967;QD=16.8056;RBI=0.0533248;REFB=-0.0261072;REVB=-0.0498005;RO=75;SAF=21;SAR=44;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211897;STB=0.601644;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0293561;OID=.;OPOS=50207885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:148:75:83:65:65:0.439189:44:21:40:35:44:21:41:42 chr13 50273831 . T C 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0135692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8887;QD=18.9665;RBI=0.0406422;REFB=-0.00723825;REVB=-0.0383102;RO=25;SAF=7;SAR=15;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30419;STB=0.672357;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00815994;OID=.;OPOS=50273831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:15:7:16:9:15:7:16:9 chr13 50273970 . C T 209.32 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0380932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9257;QD=13.7257;RBI=0.0397691;REFB=0.00512577;REVB=-0.0114234;RO=35;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584961;STB=0.504596;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00851698;OID=.;OPOS=50273970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:36:25:25:0.409836:13:12:17:18:13:12:17:19 chr13 50275515 . C T 480.16 PASS AF=0.434426;AO=53;DP=122;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0107635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.316;QD=15.7429;RBI=0.0179084;REFB=-0.0139935;REVB=-0.0143129;RO=69;SAF=29;SAR=24;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551166;STB=0.53086;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0169699;OID=.;OPOS=50275515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:69:69:53:53:0.434426:24:29:34:35:24:29:34:35 chr13 50283819 . T C 759.08 PASS AF=0.619469;AO=70;DP=113;FAO=70;FDP=113;FR=.;FRO=43;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00577345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.51;QD=26.87;RBI=0.0157761;REFB=-0.030857;REVB=0.0146817;RO=43;SAF=39;SAR=31;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648636;STB=0.535187;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0223359;OID=.;OPOS=50283819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:43:43:70:70:0.619469:31:39:20:23:31:39:20:23 chr13 50296115 . C T 686.27 PASS AF=1;AO=39;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4783;QD=61.0021;RBI=0.0500276;REFB=0;REVB=-0.0480035;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000640684;OID=.;OPOS=50296115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:39:45:1:12:27:0:0:16:29:0:0 chr13 50296116 . G T 49.54 PASS AF=0.156863;AO=7;DP=49;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00731863;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.0719;QD=3.88517;RBI=0.0175461;REFB=-0.0195512;REVB=0.0159469;RO=42;SAF=4;SAR=3;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059232;STB=0.607586;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0120919;OID=.;OPOS=50296116;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:51:42:43:7:8:0.156863:3:4:26:16:4:4:27:16 chr13 50466911 . G A 156.24 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00820102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.377;QD=15.6244;RBI=0.0143273;REFB=-0.0109819;REVB=-0.011748;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169309;STB=0.596906;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0158189;OID=.;OPOS=50466911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:9:8:7:16:9:8:7:16 chr13 50466990 . T G 34.92 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0145597;FXX=0.09998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.641;QD=3.10374;RBI=0.0463159;REFB=-0.00111994;REVB=0.0439679;RO=39;SAF=1;SAR=5;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278126;STB=0.713471;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0147186;OID=.;OPOS=50466990;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:50:45:39:39:6:6:0.133333:5:1:14:25:5:1:14:25 chr13 50467044 . G C 192.14 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0158145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.683;QD=13.724;RBI=0.0166505;REFB=-0.00678741;REVB=0.00520991;RO=33;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561338;STB=0.550223;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0095531;OID=.;OPOS=50467044;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:33:33:22:23:0.410714:15:7:9:24:15:8:9:24 chr13 50587718 . A G 211.2 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631908;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.651;QD=49.6929;RBI=0.0707796;REFB=0;REVB=0.0318852;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133765;OID=.;OPOS=50587718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr13 50588480 . A T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271481;FXX=0;HRUN=32;LEN=1;MLLD=72.9495;QD=33.4285;RBI=0.0271481;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00146617;OID=.;OPOS=50588480;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr13 50588490 . T C 81.56 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0102577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0043;QD=12.5482;RBI=0.0740703;REFB=-0.0391218;REVB=0.0733566;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169434;STB=0.651929;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0951977;OID=.;OPOS=50588490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:26:26:16:15:10:11:0.423077:4:6:12:4:5:6:12:3 chr13 50588492 . T C 111.28 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.00746096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3356;QD=15.8968;RBI=0.0308846;REFB=-0.0249407;REVB=-0.0299698;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192087;STB=0.609603;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0291026;OID=.;OPOS=50588492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:12:3:5:8:12:3 chr13 50588494 . T C 283.63 PASS AF=0.774194;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0448884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1605;QD=36.5976;RBI=0.0456124;REFB=0.00847971;REVB=-0.00809462;RO=6;SAF=16;SAR=8;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145833;STB=0.589675;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00177054;OID=.;OPOS=50588494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:6:7:24:24:0.774194:8:16:6:0:8:16:7:0 chr13 50588496 . T C 336.02 PASS AF=0.848485;AO=27;DP=33;FAO=28;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.000172745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9815;QD=40.7292;RBI=0.0153974;REFB=-0.123749;REVB=-0.0153964;RO=6;SAF=19;SAR=8;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534499;STB=0.5581;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0523554;OID=.;OPOS=50588496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:33:33:6:5:27:28:0.848485:8:19:5:1:9:19:5:0 chr13 50590423 . G C 250.37 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0425615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.644;QD=20.0295;RBI=0.0429672;REFB=-0.0286362;REVB=-0.00589076;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178977;STB=0.600578;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0189651;OID=.;OPOS=50590423;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:13:11:17:9:13:11:17:9 chr13 50591480 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3211;QD=60.6091;RBI=0.0783875;REFB=0;REVB=0.0766615;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105575;OID=.;OPOS=50591480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:29:9:0:0:29:9:0:0 chr13 50591616 . A G 220.05 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0195917;FXX=0.0302984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.838;QD=13.7532;RBI=0.0226639;REFB=-0.000500467;REVB=0.0113937;RO=37;SAF=7;SAR=19;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161728;STB=0.603507;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00150059;OID=.;OPOS=50591616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:37:38:26:26:0.40625:19:7:15:22:19:7:16:22 chr13 50656582 . T A 675.56 PASS AF=0.475524;AO=68;DP=143;FAO=68;FDP=143;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.0295636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.082;QD=18.8968;RBI=0.0317037;REFB=-0.02229;REVB=0.0114504;RO=75;SAF=28;SAR=40;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103584;STB=0.557387;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0220811;OID=.;OPOS=50656582;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:75:75:68:68:0.475524:40:28:39:36:40:28:39:36 chr13 50656601 . A T 812.32 PASS AF=0.509317;AO=77;DP=155;FAO=82;FDP=161;FR=.;FRO=79;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.00459261;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.446;QD=20.1819;RBI=0.0142154;REFB=-0.00739526;REVB=-0.0134531;RO=77;SAF=39;SAR=38;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825012;STB=0.552186;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00588104;OID=.;OPOS=50656601;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:161:77:79:77:82:0.509317:38:39:32:45:39:43:33:46 chr13 51287408 . C G 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00823886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.83;QD=19.1729;RBI=0.0130197;REFB=-0.0119431;REVB=-0.0100813;RO=30;SAF=13;SAR=20;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0054319;STB=0.52223;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00999349;OID=.;OPOS=51287408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:32:33:33:0.507692:20:13:12:18:20:13:14:18 chr13 51387124 . A G 469.79 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=119;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0383021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8526;QD=15.7914;RBI=0.0448653;REFB=-0.00992291;REVB=0.0233633;RO=66;SAF=22;SAR=30;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166579;STB=0.505616;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0181308;OID=.;OPOS=51387124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:66:67:52:52:0.436975:30:22:29:37:30:22:29:38 chr13 51594741 . T G 462.91 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0059928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3507;QD=19.288;RBI=0.00764415;REFB=-0.0122121;REVB=0.00474546;RO=45;SAF=17;SAR=29;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904608;STB=0.580504;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0175918;OID=.;OPOS=51594741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:45:50:46:46:0.479167:29:17:21:24:29:17:26:24 chr13 51603768 . T C 376.82 PASS AF=0.567164;AO=37;DP=66;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00902752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.653;QD=22.4965;RBI=0.0237284;REFB=-0.0265077;REVB=0.021944;RO=29;SAF=23;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297364;STB=0.508595;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0238801;OID=.;OPOS=51603768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:29:29:37:38:0.567164:14:23:17:12:15:23:17:12 chr13 52158898 . G T 34.08 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00387608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.153;QD=4.00985;RBI=0.00460711;REFB=-0.00510423;REVB=0.00249027;RO=28;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240096;STB=0.666112;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0373401;OID=.;OPOS=52158898;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:4:2:15:13:4:2:15:13 chr13 52412678 . G A 179.77 PASS AF=0.303797;AO=24;DP=79;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00762874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6034;QD=9.10252;RBI=0.0225847;REFB=0.00214468;REVB=0.0212572;RO=55;SAF=12;SAR=12;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106978;STB=0.506324;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00431498;OID=.;OPOS=52412678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:55:55:24:24:0.303797:12:12:28:27:12:12:28:27 chr13 52440130 . A G 601.32 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00917711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.14;QD=60.1317;RBI=0.0279008;REFB=0;REVB=0.0263483;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144203;OID=.;OPOS=52440130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:16:23:0:0:17:23:0:0 chr13 52548140 . A C 516.89 PASS AF=0.482143;AO=53;DP=111;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0104086;FXX=0.0344798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5366;QD=18.4603;RBI=0.037677;REFB=-0.011478;REVB=0.0362107;RO=52;SAF=31;SAR=22;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943174;STB=0.575205;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0131164;OID=.;OPOS=52548140;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:52:58:53:54:0.482143:22:31:25:27:22:32:26:32 chr13 52603194 . G T 815.55 PASS AF=0.531034;AO=77;DP=145;FAO=77;FDP=145;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0275189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.314;QD=22.498;RBI=0.0281894;REFB=0.00196017;REVB=0.0061117;RO=68;SAF=27;SAR=50;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121216;STB=0.566555;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00144933;OID=.;OPOS=52603194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:68:68:77:77:0.531034:50:27:33:35:50:27:33:35 chr13 52603775 . C T 140.06 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0120629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.789;QD=12.7331;RBI=0.0323577;REFB=-0.0278092;REVB=-0.0300251;RO=28;SAF=7;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219928;STB=0.628337;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0334659;OID=.;OPOS=52603775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:9:7:18:10:9:7:18:10 chr13 52605675 . A G 157.63 PASS AF=0.64;AO=15;DP=24;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.00947879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.721;QD=25.221;RBI=0.0395222;REFB=-0.0277522;REVB=0.0383687;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279526;STB=0.658351;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0165134;OID=.;OPOS=52605675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:25:9:9:15:16:0.64:8:7:8:1:9:7:8:1 chr13 52607169 . T C 118.3 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0173271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.731;QD=12.789;RBI=0.0272146;REFB=-0.00266922;REVB=-0.0209858;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177621;STB=0.604591;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00164192;OID=.;OPOS=52607169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:5:9:11:12:5:9:11:12 chr13 52718961 . C T 159.02 PASS AF=0.218487;AO=26;DP=117;FAO=26;FDP=119;FR=.;FRO=93;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=55;FSRR=38;FWDB=-0.0198003;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.097;QD=5.34527;RBI=0.034026;REFB=-0.00838342;REVB=-0.0276716;RO=91;SAF=10;SAR=16;SRF=55;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271641;STB=0.65811;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.037689;OID=.;OPOS=52718961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:91:93:26:26:0.218487:16:10:55:36:16:10:55:38 chr13 52730298 . A G 220.73 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0186358;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.356;QD=11.9311;RBI=0.0187039;REFB=-0.00606358;REVB=-0.00159451;RO=46;SAF=7;SAR=20;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28564;STB=0.673046;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0044033;OID=.;OPOS=52730298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:46:47:27:27:0.364865:20:7:23:23:20:7:24:23 chr13 52971893 . G A 242.94 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00402122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9194;QD=22.5988;RBI=0.0446455;REFB=-0.00915183;REVB=0.0444641;RO=19;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687588;STB=0.528277;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0173688;OID=.;OPOS=52971893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:20:23:23:0.534884:14:9:9:10:14:9:9:11 chr13 53035783 . T C 523.78 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111506;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0525;QD=59.8604;RBI=0.042764;REFB=0;REVB=-0.0412846;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000482892;OID=.;OPOS=53035783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr13 53035925 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.618;QD=53.9107;RBI=0.0166647;REFB=0;REVB=0.0138609;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142157;OID=.;OPOS=53035925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr13 53050479 . G A 399.29 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0409418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.885;QD=15.9716;RBI=0.0425705;REFB=-0.00701506;REVB=-0.0116623;RO=58;SAF=30;SAR=12;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220472;STB=0.624937;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0091589;OID=.;OPOS=53050479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:58:42:42:0.42:12:30:30:28:12:30:30:28 chr13 53241033 . G A 246.91 PASS AF=0.337079;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.00524227;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.833;QD=11.0972;RBI=0.0233296;REFB=-0.00460949;REVB=-0.022733;RO=56;SAF=14;SAR=16;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117497;STB=0.572233;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00941415;OID=.;OPOS=53241033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:56:59:30:30:0.337079:16:14:32:24:16:14:34:25 chr13 53608605 . TTCTC T 52.97 PASS AF=0.212121;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0184471;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=288.499;QD=3.21033;RBI=0.0189709;REFB=-0.00318242;REVB=0.0044271;RO=50;SAF=6;SAR=8;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161306;STB=0.600716;STBP=0.404;TYPE=del;VARB=0.0120574;OID=.;OPOS=53608606;OREF=TCTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.212121:14:66:14:66:52:6:8:29:23:52:50:6:8:28:22 chr13 53608632 . C T 786.14 PASS AF=0.982759;AO=54;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0146651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.473;QD=54.2168;RBI=0.0241901;REFB=0.0084773;REVB=-0.0192379;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000439954;OID=.;OPOS=53608632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:54:57:0.982759:29:25:0:0:30:27:0:1 chr13 53624268 . CTGT C 297.27 PASS AF=0.289855;AO=38;DP=137;FAO=40;FDP=138;FR=.;FRO=98;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-0.0118811;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=280.825;QD=8.61639;RBI=0.0124861;REFB=0.00241693;REVB=-0.00383971;RO=96;SAF=19;SAR=19;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507243;STBP=0.887;TYPE=del;VARB=-0.00512027;OID=.;OPOS=53624269;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289855:38:137:40:138:98:20:20:50:48:99:96:19:19:48:48 chr13 55748673 . T C 1918.2 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165903;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2319;QD=61.8775;RBI=0.0887048;REFB=0;REVB=0.0871395;RO=0;SAF=67;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194776;OID=.;OPOS=55748673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:57:67:0:0:57:67:0:0 chr13 58208013 . C T 353.47 PASS AF=0.346457;AO=44;DP=127;FAO=44;FDP=127;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=0.0280777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8968;QD=11.133;RBI=0.0512737;REFB=-0.00829664;REVB=0.0429027;RO=80;SAF=26;SAR=18;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226199;STB=0.632077;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0172463;OID=.;OPOS=58208013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:80:83:44:44:0.346457:18:26:31:49:18:26:32:51 chr13 58208319 . G A 292.92 PASS AF=0.302326;AO=39;DP=130;FAO=39;FDP=129;FR=.;FRO=90;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=-0.0128379;FXX=0.015266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0362;QD=9.08289;RBI=0.0138599;REFB=-0.0102687;REVB=-0.00522363;RO=88;SAF=20;SAR=19;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286673;STB=0.516685;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0726203;OID=.;OPOS=58208319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:88:90:39:39:0.302326:19:20:43:45:19:20:44:46 chr13 58458579 . C T 4899.69 PASS AF=1;AO=310;DP=314;FAO=313;FDP=313;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=165;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497156;FXX=0.00949337;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.821;QD=62.6159;RBI=0.051784;REFB=0;REVB=0.0144894;RO=1;SAF=145;SAR=165;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00327824;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59339e-05;OID=.;OPOS=58458579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:314:313:1:0:310:313:1:165:145:1:0:165:148:0:0 chr13 60324979 . G A 465.64 PASS AF=0.428571;AO=49;DP=119;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0108642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9114;QD=14.7823;RBI=0.0332389;REFB=-0.0289765;REVB=0.0314133;RO=70;SAF=29;SAR=20;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00660431;STB=0.508047;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0323097;OID=.;OPOS=60324979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:126:70:72:49:54:0.428571:20:29:41:29:24:30:41:31 chr13 60385059 . T TATTAC 51.06 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=47;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0138451;FXX=0.0222173;HRUN=7;LEN=5;MLLD=271.36;QD=4.64154;RBI=0.0205741;REFB=-0.0015917;REVB=-0.0152186;RO=38;SAF=2;SAR=4;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227436;STB=0.749376;STBP=0.167;TYPE=ins;VARB=0.00675789;OID=.;OPOS=60385060;OREF=-;OALT=ATTAC;OMAPALT=TATTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818:6:47:8:44:36:2:6:20:16:51:38:2:4:20:18 chr13 60557958 . C T 583.78 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=123;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0138371;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.731;QD=19.1402;RBI=0.0214598;REFB=-0.0178873;REVB=-0.0164029;RO=62;SAF=32;SAR=28;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739353;STB=0.540825;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0165251;OID=.;OPOS=60557958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:62:62:60:60:0.491803:28:32:38:24:28:32:38:24 chr13 61986918 . C A 919.62 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5648;QD=58.3886;RBI=0.0822189;REFB=0;REVB=-0.0620435;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.57101e-05;OID=.;OPOS=61986918;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr13 61989175 . G T 515.96 PASS AF=0.404255;AO=57;DP=141;FAO=57;FDP=141;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=-0.00268348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.48;QD=14.637;RBI=0.0134547;REFB=-0.0128516;REVB=-0.0131844;RO=84;SAF=29;SAR=28;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917561;STB=0.551603;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0181559;OID=.;OPOS=61989175;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:84:84:57:57:0.404255:28:29:50:34:28:29:50:34 chr13 64414981 . T C 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00450617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.813;QD=7.12519;RBI=0.0190322;REFB=-0.00967028;REVB=-0.0184911;RO=18;SAF=6;SAR=1;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413192;STB=0.770536;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.025599;OID=.;OPOS=64414981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:1:6:10:8:1:6:10:8 chr13 64415079 . TAGGGGGA CTAGGGGA,TACGGGGA,TAGGGGA,TAGGGGAG,TGAGGGGA 279.41 PASS AF=0,0,0.566038,0.0566038,0.150943;AO=3,2,15,3,10;DP=54;FAO=0,0,30,3,8;FDP=53;FR=.;FRO=12;FSAF=0,0,20,2,8;FSAR=0,0,10,1,0;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0278443,-0.0434904,0.00850836,0.0575253,-0.0265869;FXX=0.0185151;HRUN=1,5,5,5,1;LEN=3,1,1,2,2;MLLD=63.6719,17.6181,11.2421,12.5256,53.2626;QD=21.0877;RBI=0.0632263,0.0461499,0.252295,0.097189,0.0442056;REFB=0.00748495,-0.00964406,-0.096557,-0.110415,0.00218639;REVB=0.056765,-0.0154402,0.252151,0.0783361,0.0353167;RO=13;SAF=3,0,13,2,10;SAR=0,2,2,1,0;SRF=3;SRR=10;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.731328,-0.468324,0.573813,0.458185,0.830034;STB=0.5,0.5,0.599931,0.748503,0.9985;STBP=1,1,0.049,0.432,0;TYPE=mnp,snp,del,mnp,mnp;VARB=0,0.0812866,0.129842,0.143885,0.15351;OID=.,.,.,.,.;OPOS=64415079,64415081,64415081,64415085,64415080;OREF=TAG,G,G,GA,AG;OALT=CTA,C,-,AG,GA;OMAPALT=CTAGGGGA,TACGGGGA,TAGGGGA,TAGGGGAG,TGAGGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:33:54:53:13:12:3,2,15,3,10:0,0,30,3,8:0,0,0.566038,0.0566038,0.150943:0,2,2,1,0:3,0,13,2,10:3:10:0,0,10,1,0:0,0,20,2,8:4:8 chr13 64417631 . G T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0162106;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=168.954;QD=18.767;RBI=0.0188291;REFB=0.0160496;REVB=0.0095787;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00556547;OID=.;OPOS=64417631;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:2:1:3:3:2:1 chr13 67800935 . G A 343.92 PASS AF=0.39604;AO=39;DP=102;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00857248;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.639;QD=13.6205;RBI=0.0178604;REFB=-0.021025;REVB=-0.0156686;RO=61;SAF=24;SAR=15;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134853;STB=0.582237;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0181776;OID=.;OPOS=67800935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:61:61:39:40:0.39604:15:24:30:31:15:25:30:31 chr13 67802157 . G A 158.9 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00660868;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.3035;QD=10.0888;RBI=0.0277779;REFB=-0.00235727;REVB=-0.0269803;RO=41;SAF=16;SAR=5;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358245;STB=0.705675;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00442577;OID=.;OPOS=67802157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:42:21:21:0.333333:5:16:19:22:5:16:20:22 chr13 67802339 . A T 1862.6 PASS AF=1;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104448;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.487;QD=61.5735;RBI=0.0109842;REFB=0;REVB=-0.0033997;RO=0;SAF=62;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.84183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94221e-06;OID=.;OPOS=67802339;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:120:121:1:58:62:0:0:58:63:0:0 chr13 69267981 . T C 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00265303;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.022;QD=17.0892;RBI=0.0132846;REFB=-0.016621;REVB=-0.0130169;RO=28;SAF=19;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210101;STB=0.619462;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0153546;OID=.;OPOS=69267981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:6:19:16:12:6:19:16:12 chr13 70293599 . AC A 109.64 PASS AF=0.306452;AO=39;DP=124;FAO=38;FDP=124;FR=.;FRO=86;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=52;FSRR=34;FWDB=0.104491;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.5961;QD=3.5367;RBI=0.104526;REFB=0.0159883;REVB=0.00271535;RO=75;SAF=14;SAR=25;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258578;STB=0.679255;STBP=0.014;TYPE=del;VARB=-0.0479664;OID=.;OPOS=70293600;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.306452:39:124:38:124:86:13:25:52:34:99:75:14:25:44:31 chr13 70681598 . T C 229.08 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00395345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.744;QD=14.0974;RBI=0.039848;REFB=-0.0259313;REVB=-0.0396514;RO=38;SAF=9;SAR=18;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255606;STB=0.645724;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0430572;OID=.;OPOS=70681598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:18:9:22:16:18:9:22:16 chr13 71033601 . T C 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0475137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.734;QD=17.6438;RBI=0.0529456;REFB=0.000826634;REVB=0.02336;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779006;STB=0.545351;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.000817483;OID=.;OPOS=71033601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:3:4:6:3:3:4 chr13 72012166 . C T 97.32 PASS AF=0.207792;AO=16;DP=77;FAO=16;FDP=77;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0138104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.331;QD=5.05552;RBI=0.0139691;REFB=0.00152002;REVB=-0.00209939;RO=61;SAF=6;SAR=10;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206683;STB=0.630905;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00569057;OID=.;OPOS=72012166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:77:77:61:61:16:16:0.207792:10:6:33:28:10:6:33:28 chr13 73280182 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.265;QD=64.4152;RBI=0.0332752;REFB=0;REVB=0.0223731;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193205;OID=.;OPOS=73280182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr13 73301655 . A C 596.82 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913779;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.683;QD=61.2118;RBI=0.0143149;REFB=0;REVB=0.011019;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2585e-05;OID=.;OPOS=73301655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr13 73301728 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.186;QD=51.1846;RBI=0.0247184;REFB=0;REVB=-0.0172088;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000561792;OID=.;OPOS=73301728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr13 73301740 . TG T 64.91 PASS AF=0.5;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0890316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.9765;QD=14.4235;RBI=0.12624;REFB=-0.0423748;REVB=0.0894984;RO=9;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.302763;SSSB=0.47841;STB=0.799199;STBP=0.044;TYPE=del;VARB=0.0615542;OID=.;OPOS=73301741;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:8:18:9:18:9:8:1:4:5:50:9:7:1:4:5 chr13 73329358 . G A 133.46 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0301901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.227;QD=15.7011;RBI=0.0324616;REFB=-0.0233052;REVB=-0.0119295;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745182;STB=0.555483;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0187711;OID=.;OPOS=73329358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:7:8:11:7:7:8:12:7 chr13 73343039 . C T 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0370245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.377;QD=18.4944;RBI=0.0484382;REFB=-0.0128023;REVB=-0.0312321;RO=30;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059677;STB=0.533311;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0155163;OID=.;OPOS=73343039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:15:15:13:17:15:15:13:17 chr13 73350079 . T C 896.41 PASS AF=0.467662;AO=94;DP=201;FAO=94;FDP=201;FR=.;FRO=107;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=65;FSRR=42;FWDB=-0.00621362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.209;QD=17.8391;RBI=0.0063043;REFB=-0.0236814;REVB=-0.00106544;RO=106;SAF=37;SAR=57;SRF=64;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201136;STB=0.613461;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0276799;OID=.;OPOS=73350079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:106:107:94:94:0.467662:57:37:64:42:57:37:65:42 chr13 73409461 . A G 141.81 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0112132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.126;QD=8.10359;RBI=0.0237375;REFB=-0.00942698;REVB=-0.020922;RO=49;SAF=8;SAR=12;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107939;STB=0.558081;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0195894;OID=.;OPOS=73409461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:50:20:20:0.285714:12:8:24:25:12:8:24:26 chr13 73650112 . C A 395.37 PASS AF=1;AO=28;DP=32;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.67;QD=54.5334;RBI=0.0488056;REFB=0;REVB=-0.0417655;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00227532;OID=.;OPOS=73650112;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:29:0:0:28:29:1:11:17:0:0:11:18:0:0 chr13 73650117 . G A 501.29 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.488;QD=58.9758;RBI=0.043061;REFB=0;REVB=0.0273433;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02905e-05;OID=.;OPOS=73650117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr13 74518210 . G A 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0269194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.085;QD=17.5597;RBI=0.0270727;REFB=-0.0405064;REVB=0.00287702;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301757;STB=0.517222;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0385314;OID=.;OPOS=74518210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:10:8:10:11:10:8:10:11 chr13 74863339 . C A 209.75 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0547448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.844;QD=18.6444;RBI=0.0659393;REFB=-0.022854;REVB=-0.036756;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849174;STB=0.5822;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0409997;OID=.;OPOS=74863339;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:21:24:21:21:0.466667:12:9:11:10:12:9:14:10 chr13 74988714 . C T 1576.16 PASS AF=0.466667;AO=161;DP=345;FAO=161;FDP=345;FR=.;FRO=184;FSAF=96;FSAR=65;FSRF=87;FSRR=97;FWDB=-0.00253966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.387;QD=18.2744;RBI=0.0186638;REFB=-0.0377875;REVB=-0.0184902;RO=180;SAF=96;SAR=65;SRF=87;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109718;STB=0.566611;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0383846;OID=.;OPOS=74988714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:345:180:184:161:161:0.466667:65:96:87:93:65:96:87:97 chr13 75814018 . C T 519.95 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.73;QD=59.4224;RBI=0.0375038;REFB=0;REVB=0.0339896;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15452e-05;OID=.;OPOS=75814018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr13 75814285 . T C 159.8 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.000656654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.567;QD=26.6339;RBI=0.0231195;REFB=-0.0291968;REVB=0.0231101;RO=8;SAF=12;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938761;STB=0.552563;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.027516;OID=.;OPOS=75814285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:4:12:5:3:4:12:5:3 chr13 75814384 . C T 337.89 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00750236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.542;QD=17.5525;RBI=0.0323589;REFB=-0.00379546;REVB=-0.0314772;RO=41;SAF=18;SAR=18;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115994;STB=0.50649;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00456755;OID=.;OPOS=75814384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:18:18:21:20:18:18:21:20 chr13 75884216 . C T 1022.14 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452146;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.898;QD=57.5852;RBI=0.0456081;REFB=0;REVB=0.00597805;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139197;OID=.;OPOS=75884216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:71:0:0:67:71:1:39:28:0:0:39:32:0:0 chr13 75936519 . C G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268129;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=319.179;QD=59.0187;RBI=0.0302397;REFB=0;REVB=0.0139825;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79156e-05;OID=.;OPOS=75936519;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr13 76055602 . G A 513.72 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0143616;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.578;QD=52.6891;RBI=0.0217579;REFB=-0.0715332;REVB=0.0163448;RO=3;SAF=14;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415307;STB=0.522243;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00831763;OID=.;OPOS=76055602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:40:39:3:3:36:36:0.923077:22:14:2:1:22:14:2:1 chr13 76124151 . C T 1290.31 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3114;QD=60.7204;RBI=0.0435641;REFB=-0.0297742;REVB=-0.0413206;RO=1;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938023;STB=0.504949;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=6.22913e-05;OID=.;OPOS=76124151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:85:1:1:84:84:0.988235:50:34:0:1:50:34:0:1 chr13 76378459 . T C 2725.35 PASS AF=0.994382;AO=176;DP=178;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0259552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.902;QD=61.2439;RBI=0.0284814;REFB=0.00282402;REVB=0.0117268;RO=2;SAF=88;SAR=88;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106947;STB=0.502793;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00134272;OID=.;OPOS=76378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:178:178:2:1:176:177:0.994382:88:88:0:2:89:88:0:1 chr13 76709108 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.239;QD=61.3364;RBI=0.0427341;REFB=0;REVB=0.0380157;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1969e-05;OID=.;OPOS=76709108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr13 76709223 . C A 1531.05 PASS AF=0.972222;AO=60;DP=111;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0222693;FXX=0.0270246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2949;QD=56.7056;RBI=0.0549753;REFB=-0.0785875;REVB=0.0502629;RO=0;SAF=57;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7702e-08;STB=0.515461;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00397443;OID=.;OPOS=76709223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:111:108:0:3:60:105:0.972222:3:57:0:0:47:58:0:3 chr13 77522725 . GACTT G 831.48 PASS AF=0.9375;AO=58;DP=63;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00823699;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=4;MLLD=258.921;QD=51.9672;RBI=0.0130222;REFB=0.00526089;REVB=0.0100861;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.518862;STBP=0.253;TYPE=del;VARB=2.40674e-06;OID=.;OPOS=77522726;OREF=ACTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9375:58:63:60:64:4:27:33:3:1:15:0:26:32:0:0 chr13 77574983 . A G 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.000885614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.71;QD=19.1095;RBI=0.0163849;REFB=-0.0114623;REVB=-0.0163609;RO=25;SAF=9;SAR=18;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991956;STB=0.547909;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00955757;OID=.;OPOS=77574983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:26:27:27:0.509434:18:9:11:14:18:9:11:15 chr13 77632470 . C T 745.19 PASS AF=0.554688;AO=72;DP=128;FAO=71;FDP=128;FR=.;FRO=57;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00425755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.817;QD=23.2873;RBI=0.00465401;REFB=0.000793997;REVB=0.00187965;RO=53;SAF=43;SAR=29;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00993388;STB=0.52844;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.000507488;OID=.;OPOS=77632470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:53:57:72:71:0.554688:29:43:31:22:28:43:31:26 chr13 77651338 . T C 254.97 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=0.00458647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.897;QD=10.9666;RBI=0.0114262;REFB=-0.00854894;REVB=0.0104653;RO=61;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230765;STB=0.626971;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.011046;OID=.;OPOS=77651338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:61:62:31:31:0.333333:14:17:21:40:14:17:22:40 chr13 77751892 . C T 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.943;QD=61.8523;RBI=0.0407639;REFB=0;REVB=0.0368025;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59412e-05;OID=.;OPOS=77751892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:44:39:0:0:44:39:0:0 chr13 77755983 . C T 446.33 PASS AF=0.357143;AO=54;DP=153;FAO=55;FDP=154;FR=.;FRO=99;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=-0.0268357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.616;QD=11.5929;RBI=0.027756;REFB=0.00109244;REVB=-0.00708787;RO=98;SAF=29;SAR=25;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188295;STB=0.507806;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.00221405;OID=.;OPOS=77755983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:98:99:54:55:0.357143:25:29:51:47:26:29:51:48 chr13 77765843 . A G 130.93 PASS AF=0.227273;AO=20;DP=88;FAO=20;FDP=88;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=-0.00987027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3647;QD=5.95155;RBI=0.0104628;REFB=-0.00698602;REVB=-0.00347106;RO=67;SAF=12;SAR=8;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550772;STB=0.52629;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0202177;OID=.;OPOS=77765843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:67:68:20:20:0.227273:8:12:43:24:8:12:43:25 chr13 78146301 . C T 1481.74 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0592071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8755;QD=61.1025;RBI=0.0655739;REFB=0.0125622;REVB=-0.028186;RO=2;SAF=52;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00186795;STB=0.500985;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.000852615;OID=.;OPOS=78146301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:2:2:95:95:0.979381:43:52:1:1:43:52:1:1 chr13 78178550 . G A 254.35 PASS AF=0.439394;AO=30;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0291329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.167;QD=15.4151;RBI=0.029133;REFB=0.0117326;REVB=8.05459e-05;RO=36;SAF=7;SAR=23;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293828;STB=0.700214;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0219857;OID=.;OPOS=78178550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:30:29:0.439394:23:7:18:18:23:6:19:18 chr13 78338016 . A G 214.71 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0022897;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.487;QD=14.8077;RBI=0.0116758;REFB=-0.00947963;REVB=0.0114491;RO=33;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981795;STB=0.555513;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0101966;OID=.;OPOS=78338016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:33:33:25:25:0.431034:16:9:9:24:16:9:9:24 chr13 78477674 . A G 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00425222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.673;QD=57.7101;RBI=0.0161997;REFB=0;REVB=-0.0156316;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33951e-05;OID=.;OPOS=78477674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr13 78521890 . C A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.461;QD=60.23;RBI=0.125239;REFB=0;REVB=-0.0034302;RO=0;SAF=8;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526873;OID=.;OPOS=78521890;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:29:8:0:0:29:8:0:0 chr13 79174091 . T A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.782;QD=59.323;RBI=0.019691;REFB=0;REVB=-0.00225245;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20856e-05;OID=.;OPOS=79174091;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr13 79188534 . T A 2078.35 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.706;QD=62.0402;RBI=0.0175008;REFB=0;REVB=0.00236207;RO=0;SAF=82;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.12039e-05;OID=.;OPOS=79188534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:134:0:0:132:134:1:50:82:0:0:50:84:0:0 chr13 79194750 . TGA T 717.76 PASS AF=1;AO=45;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110016;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=287.184;QD=56.295;RBI=0.0375416;REFB=0;REVB=0.0358934;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.2096e-05;OID=.;OPOS=79194751;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:51:51:51:0:30:21:0:0:4:0:28:17:0:0 chr13 80910786 . C A 951.19 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0845125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1164;QD=58.5345;RBI=0.0846056;REFB=0;REVB=-0.00396875;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00090967;OID=.;OPOS=80910786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:28:36:0:0:29:36:0:0 chr13 80910851 . A C 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00552331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.775;QD=14.4906;RBI=0.00822624;REFB=0.000804237;REVB=-0.00609623;RO=29;SAF=7;SAR=12;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294239;STB=0.677644;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0011725;OID=.;OPOS=80910851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:12:7:19:10:12:7:20:10 chr13 80911525 . G A 337.61 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.000700897;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.554;QD=20.1559;RBI=0.00208131;REFB=-0.0264622;REVB=-0.00195974;RO=32;SAF=16;SAR=19;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638486;STB=0.53542;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0238217;OID=.;OPOS=80911525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:19:16:17:15:19:16:17:15 chr13 84454101 . C T 244.53 PASS AF=0.308411;AO=33;DP=107;FAO=33;FDP=107;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.00895403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.114;QD=9.14137;RBI=0.0107676;REFB=-0.00774246;REVB=-0.00598051;RO=74;SAF=9;SAR=24;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394384;STB=0.730825;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0312273;OID=.;OPOS=84454101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:74:74:33:33:0.308411:24:9:45:29:24:9:45:29 chr13 84455314 . CT C 106.26 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=81;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.033009;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.0552;QD=5.24715;RBI=0.143232;REFB=-0.0108784;REVB=-0.139377;RO=54;SAF=17;SAR=9;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243042;STB=0.649888;STBP=0.045;TYPE=del;VARB=0.0176815;OID=.;OPOS=84455315;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:26:81:27:81:54:18:9:24:30:99:54:17:9:24:30 chr13 84455489 . G A 309.77 PASS AF=0.297101;AO=41;DP=138;FAO=41;FDP=138;FR=.;FRO=97;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=58;FSRR=39;FWDB=-0.0182574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3936;QD=8.97888;RBI=0.0769967;REFB=-0.00164502;REVB=-0.0748008;RO=96;SAF=24;SAR=17;SRF=57;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103534;STB=0.509126;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00305387;OID=.;OPOS=84455489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:96:97:41:41:0.297101:17:24:57:39:17:24:58:39 chr13 86367008 . AC A,AA 1487.76 PASS AF=0.0210526,0.978947;AO=11,85;DP=98;FAO=2,93;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=1,50;FSAR=1,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00806586,0.00951227;FXX=0.0404;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.658,120.245;QD=62.6425;RBI=0.0473528,0.0528932;REFB=0,0;REVB=-0.0466608,0.0520308;RO=0;SAF=3,48;SAR=8,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00758634,0.000821348;OID=.,.;OPOS=86367009,86367009;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0210526,0.978947:11,85:98:2,93:95:0:1,50:1,43:0:0:4:0:3,48:8,37:0:0 chr13 86367973 . CT C 211.55 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660679;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.9594;QD=35.2575;RBI=0.0661739;REFB=-0.0296543;REVB=-0.0037434;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484648;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0212049;OID=.;OPOS=86367974;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:24:24:24:0:13:11:0:0:3:1:11:9:0:1 chr13 86369120 . C T 666.25 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231488;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.48;QD=61.9771;RBI=0.0242441;REFB=0;REVB=0.00720485;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389717;OID=.;OPOS=86369120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:23:19:0:0:23:20:0:0 chr13 88330998 . T C 167.54 PASS AF=0.24;AO=24;DP=100;FAO=24;FDP=100;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0261827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0667;QD=6.7014;RBI=0.0355546;REFB=-0.00559882;REVB=0.0240541;RO=76;SAF=10;SAR=14;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10415;STB=0.563705;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0514715;OID=.;OPOS=88330998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:76:76:24:24:0.24:14:10:38:38:14:10:38:38 chr13 88331241 . T TTGTA 270.85 PASS AF=0.88;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00683377;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=4;MLLD=310.672;QD=43.3353;RBI=0.00792605;REFB=-0.023904;REVB=-0.00401522;RO=5;SAF=11;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339522;STB=0.519982;STBP=0.689;TYPE=ins;VARB=0.00310967;OID=.;OPOS=88331242;OREF=-;OALT=TGTA;OMAPALT=TTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.88:22:27:22:25:3:11:11:1:2:14:5:11:11:2:3 chr13 95034749 . G A 230.89 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0143479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7747;QD=16.4925;RBI=0.0151425;REFB=-0.00561904;REVB=0.00484077;RO=30;SAF=9;SAR=17;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152328;STB=0.586139;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00972576;OID=.;OPOS=95034749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:17:9:15:15:17:9:15:15 chr13 95034763 . G A 257.72 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0158868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.04;QD=19.8249;RBI=0.0174496;REFB=-0.023094;REVB=-0.00721796;RO=25;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11026;STB=0.561359;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0233403;OID=.;OPOS=95034763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:15:12:8:17:15:12:8:17 chr13 95264604 . C T 459.54 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=0.0101385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.844;QD=18.5673;RBI=0.0318756;REFB=-0.00901888;REVB=-0.0302203;RO=52;SAF=19;SAR=27;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105928;STB=0.562676;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00882542;OID=.;OPOS=95264604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:52:53:46:46:0.464646:27:19:16:36:27:19:16:37 chr13 95273447 . G A 505.39 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0212149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4879;QD=19.8192;RBI=0.0436896;REFB=-0.0233783;REVB=-0.0381931;RO=50;SAF=29;SAR=23;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00207611;STB=0.501146;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0213924;OID=.;OPOS=95273447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:23:29:28:22:23:29:28:22 chr13 95279505 . T A 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0435489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.791;QD=19.3697;RBI=0.0438685;REFB=-0.00565199;REVB=-0.00528602;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199849;STB=0.612769;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00684227;OID=.;OPOS=95279505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:4:11:8:8:4:11 chr13 95280923 . A T 1148.13 PASS AF=0.533019;AO=112;DP=208;FAO=113;FDP=212;FR=.;FRO=99;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=0.0311169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3702;QD=21.6628;RBI=0.0325411;REFB=-0.0329134;REVB=0.00952152;RO=95;SAF=63;SAR=49;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10143;STB=0.56636;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0290182;OID=.;OPOS=95280923;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:212:95:99:112:113:0.533019:49:63:42:53:49:64:42:57 chr13 95351715 . G T 46.18 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0621868;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8947;QD=8.03132;RBI=0.0621909;REFB=0.00090308;REVB=0.000720316;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241432;STB=0.633776;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.000233296;OID=.;OPOS=95351715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:23:17:16:7:7:0.304348:4:3:11:6:4:3:10:6 chr13 95364046 . C G 281.6 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=19;FWDB=-0.00442169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.373;QD=12.2435;RBI=0.00629889;REFB=-0.01133;REVB=-0.00448605;RO=59;SAF=20;SAR=13;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859754;STB=0.549267;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0214281;OID=.;OPOS=95364046;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:59:33:33:0.358696:13:20:40:19:13:20:40:19 chr13 95673518 . T C 3048.17 PASS AF=0.984772;AO=192;DP=195;FAO=194;FDP=197;FR=.;FRO=3;FSAF=111;FSAR=83;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0108259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.02;QD=61.8918;RBI=0.0108295;REFB=0.0027469;REVB=0.00027691;RO=2;SAF=109;SAR=83;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00865697;STB=0.506666;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-5.5933e-05;OID=.;OPOS=95673518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:195:197:2:3:192:194:0.984772:83:109:2:0:83:111:3:0 chr13 95673938 . TA T,TG 1669.87 PASS AF=0.184211,0.815789;AO=20,94;DP=115;FAO=21,93;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=8,42;FSAR=13,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320812,0.0274401;FXX=0.0086949;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.7,148.855;QD=58.5919;RBI=0.0413389,0.035988;REFB=0,0;REVB=0.0260712,0.0232847;RO=0;SAF=8,42;SAR=12,52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0115722,-0.0026349;OID=.,.;OPOS=95673939,95673939;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.184211,0.815789:20,94:115:21,93:114:0:8,42:13,51:0:0:99:0:8,42:12,52:0:0 chr13 95714976 . C T 1339.74 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00630163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.848;QD=62.3135;RBI=0.0111385;REFB=0;REVB=0.00918447;RO=0;SAF=52;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46735e-06;OID=.;OPOS=95714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:33:52:0:0:33:53:0:0 chr13 95726541 . A G 1283.39 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.881;QD=61.8501;RBI=0.0827954;REFB=0;REVB=0.0795655;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.63842e-05;OID=.;OPOS=95726541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:36:47:0:0:36:47:0:0 chr13 95727780 . T C 1098.7 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3434;QD=60.2029;RBI=0.0137643;REFB=0;REVB=-0.00641276;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39359e-05;OID=.;OPOS=95727780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr13 95847194 . A G 189.29 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00423567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.941;QD=13.0543;RBI=0.0180951;REFB=-0.0142775;REVB=0.0175924;RO=35;SAF=10;SAR=13;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201387;STB=0.615287;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0125982;OID=.;OPOS=95847194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:13:10:22:13:13:10:22:13 chr13 95861804 . A G 1582.46 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565394;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.213;QD=63.9377;RBI=0.0578669;REFB=0;REVB=-0.0123237;RO=0;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124986;OID=.;OPOS=95861804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:56:42:0:0:56:43:0:0 chr13 95886989 . C T 369.5 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00162881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.065;QD=16.9885;RBI=0.0200177;REFB=-0.00977086;REVB=0.0199513;RO=47;SAF=18;SAR=21;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892296;STB=0.544147;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0115487;OID=.;OPOS=95886989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:48:39:39:0.448276:21:18:26:21:21:18:26:22 chr13 96205184 . C T 240.26 PASS AF=0.278689;AO=34;DP=123;FAO=34;FDP=122;FR=.;FRO=88;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=0.0255021;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.57;QD=7.87747;RBI=0.0255995;REFB=-0.00558305;REVB=-0.00223114;RO=87;SAF=17;SAR=17;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348595;STB=0.524576;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0330323;OID=.;OPOS=96205184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:87:88:34:34:0.278689:17:17:46:41:17:17:47:41 chr13 96540141 . T C 5246.62 PASS AF=0.974063;AO=336;DP=346;FAO=338;FDP=347;FR=.;FRO=9;FSAF=163;FSAR=175;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00209772;FXX=0.00287348;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.9568;QD=60.4798;RBI=0.00840356;REFB=-0.00521084;REVB=0.00813753;RO=9;SAF=163;SAR=173;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00755705;STB=0.503868;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.000119861;OID=.;OPOS=96540141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:346:347:9:9:336:338:0.974063:173:163:3:6:175:163:3:6 chr13 96540143 . T C 5457.8 PASS AF=1;AO=341;DP=344;FAO=346;FDP=346;FR=.;FRO=0;FSAF=164;FSAR=182;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00228381;FXX=0.00859574;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.084;QD=63.096;RBI=0.0529973;REFB=0;REVB=0.052948;RO=3;SAF=164;SAR=177;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00801658;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6518e-05;OID=.;OPOS=96540143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:344:346:3:0:341:346:1:177:164:0:3:182:164:0:0 chr13 96601679 . C T 425.13 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=124;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.00462143;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.04;QD=13.8254;RBI=0.0383197;REFB=-0.0117838;REVB=-0.03804;RO=72;SAF=29;SAR=20;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12698;STB=0.579967;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0180592;OID=.;OPOS=96601679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:72:74:49:49:0.398374:20:29:34:38:20:29:34:40 chr13 96624836 . A G 193.76 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0249654;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.902;QD=13.8399;RBI=0.0260408;REFB=-0.0145232;REVB=-0.00740611;RO=31;SAF=17;SAR=6;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365687;STB=0.710422;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0157689;OID=.;OPOS=96624836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:31:33:23:23:0.410714:6:17:12:19:6:17:13:20 chr13 96638636 . A C 1954.99 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0279555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.406;QD=61.0936;RBI=0.0285054;REFB=-0.135977;REVB=0.00557208;RO=0;SAF=60;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000194167;OID=.;OPOS=96638636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:0:1:127:127:0.992188:67:60:0:0:67:60:0:1 chr13 96821982 . G T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00103383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.691;QD=57.7124;RBI=0.0168563;REFB=0;REVB=0.0168246;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15841e-05;OID=.;OPOS=96821982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr13 97639414 . C T 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.636;QD=61.6952;RBI=0.0171755;REFB=0;REVB=-0.00184175;RO=0;SAF=31;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39607e-05;OID=.;OPOS=97639414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:51:31:0:0:51:31:0:0 chr13 98045158 . A G 761.39 PASS AF=0.55814;AO=72;DP=130;FAO=72;FDP=129;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00449821;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8437;QD=23.6089;RBI=0.0244572;REFB=-0.0173945;REVB=0.0240399;RO=57;SAF=35;SAR=37;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385096;STB=0.52103;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0100445;OID=.;OPOS=98045158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:57:57:72:72:0.55814:37:35:25:32:37:35:25:32 chr13 98087009 . C A 80.31 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0496603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4632;QD=7.47105;RBI=0.0664673;REFB=0.00367527;REVB=0.0441787;RO=32;SAF=6;SAR=5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05423;STB=0.533837;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00540228;OID=.;OPOS=98087009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:5:6:16:16:5:6:16:16 chr13 98645253 . A G 299.02 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00090508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.667;QD=16.163;RBI=0.0141755;REFB=-0.0174379;REVB=0.0141466;RO=41;SAF=19;SAR=14;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148425;STB=0.508356;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0218192;OID=.;OPOS=98645253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:14:19:23:18:14:19:23:18 chr13 98666295 . C T 234.4 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.016107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.559;QD=13.0223;RBI=0.022491;REFB=-0.00563001;REVB=0.0156974;RO=43;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123525;STB=0.576869;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00873963;OID=.;OPOS=98666295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:44:28:28:0.388889:13:15:18:25:13:15:18:26 chr13 98829176 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=356.695;QD=59.4347;RBI=0.0240943;REFB=0;REVB=0.00214074;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22525e-05;OID=.;OPOS=98829176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:27:8:0:0:27:8:0:0 chr13 98896776 . C T 522.78 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00733587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.901;QD=21.1224;RBI=0.0151436;REFB=-0.0219368;REVB=-0.0132482;RO=48;SAF=31;SAR=19;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532546;STB=0.535595;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0248696;OID=.;OPOS=98896776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:48:49:50:50:0.505051:19:31:27:21:19:31:27:22 chr13 99088006 . G A 342.78 PASS AF=0.435294;AO=38;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0411068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5289;QD=16.1308;RBI=0.0502624;REFB=-0.0081388;REVB=0.0289231;RO=47;SAF=19;SAR=19;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524021;STB=0.515915;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0120692;OID=.;OPOS=99088006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:48:38:37:0.435294:19:19:21:26:19:18:22:26 chr13 99088113 . C T 212.21 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00616745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8119;QD=12.3018;RBI=0.0283814;REFB=0.00676054;REVB=-0.0277032;RO=43;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125853;STB=0.507241;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00981606;OID=.;OPOS=99088113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:13:13:22:21:13:13:22:21 chr13 99100547 . T C 1687.83 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00612206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.454;QD=60.2797;RBI=0.0115691;REFB=0;REVB=-0.00981657;RO=0;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62663e-05;OID=.;OPOS=99100547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:54:57:0:0:55:57:0:0 chr13 99112680 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2868;QD=51.9161;RBI=0.0548415;REFB=0;REVB=-0.0472506;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00224517;OID=.;OPOS=99112680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr13 99324248 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.493;QD=49.5992;RBI=0.031728;REFB=0;REVB=-0.0264733;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.19459e-05;OID=.;OPOS=99324248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr13 99324524 . T C 181.26 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0422672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7531;QD=16.4781;RBI=0.0439936;REFB=-0.0105616;REVB=-0.0122033;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282809;STB=0.660223;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0136845;OID=.;OPOS=99324524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:6:19:9:10:6:19 chr13 99376181 . C T 371.71 PASS AF=0.46988;AO=34;DP=78;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00259714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.225;QD=17.9137;RBI=0.00427531;REFB=0.000544506;REVB=0.00339605;RO=43;SAF=18;SAR=16;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017668;STB=0.506795;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.000551762;OID=.;OPOS=99376181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:83:43:44:34:39:0.46988:16:18:22:21:20:19:22:22 chr13 99447005 . T C 1517.0 PASS AF=0.963303;AO=105;DP=109;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00960344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4696;QD=55.6696;RBI=0.0201094;REFB=-0.0286596;REVB=0.0176681;RO=4;SAF=47;SAR=58;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316053;STB=0.516663;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000958172;OID=.;OPOS=99447005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:109:109:4:4:105:105:0.963303:58:47:0:4:58:47:0:4 chr13 99448441 . T A 664.15 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00198576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.522;QD=61.7817;RBI=0.00786413;REFB=0;REVB=0.00760929;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69714e-06;OID=.;OPOS=99448441;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr13 99462490 . C T 157.77 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0044049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.693;QD=11.2692;RBI=0.0268693;REFB=-0.0126992;REVB=-0.0265057;RO=35;SAF=6;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18546;STB=0.619106;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0174798;OID=.;OPOS=99462490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:36:20:20:0.357143:14:6:16:19:14:6:17:19 chr13 99853443 . T G 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3775;QD=49.5942;RBI=0.0787126;REFB=0;REVB=-0.0641173;RO=0;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0005619;OID=.;OPOS=99853443;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:17:1:0:0:17:1:0:0 chr13 99948097 . A G 536.49 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.013469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.097;QD=17.4469;RBI=0.0188321;REFB=0.0056374;REVB=-0.0131619;RO=65;SAF=27;SAR=30;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06205;STB=0.538448;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00691122;OID=.;OPOS=99948097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:65:66:57:57:0.463415:30:27:35:30:30:27:36:30 chr13 99948178 . C A 324.79 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0143076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.2;QD=17.094;RBI=0.0230107;REFB=-0.00897243;REVB=-0.0180218;RO=41;SAF=18;SAR=17;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214838;STB=0.512041;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0101816;OID=.;OPOS=99948178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:17:18:22:19:17:18:22:19 chr13 100004108 . G A 204.78 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=35;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0282528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.973;QD=22.7534;RBI=0.0302029;REFB=-0.00318147;REVB=0.0106767;RO=16;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386818;STB=0.511616;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00425738;OID=.;OPOS=100004108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:16:16:19:20:0.555556:8:11:10:6:8:12:10:6 chr13 100188585 . A T 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.00991044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.464;QD=20.5427;RBI=0.0270838;REFB=0.00463752;REVB=-0.0252054;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136375;STB=0.576211;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00359452;OID=.;OPOS=100188585;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:15:9:6:19:15:9:6:19 chr13 100518580 . A G 1540.56 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00274038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.947;QD=59.8275;RBI=0.0219768;REFB=0;REVB=-0.0218053;RO=0;SAF=59;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.52594e-05;OID=.;OPOS=100518580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:44:59:0:0:44:59:0:0 chr13 100537232 . T C 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.814;QD=59.8657;RBI=0.0288712;REFB=0;REVB=0.021807;RO=0;SAF=61;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89435e-05;OID=.;OPOS=100537232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:43:61:0:0:43:61:0:0 chr13 100615929 . T A 57.97 PASS AF=0.141593;AO=14;DP=121;FAO=16;FDP=113;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=80;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.0193571;FXX=0.117178;HRUN=10;LEN=1;MLLD=16.7716;QD=2.05212;RBI=0.0245575;REFB=-0.0625561;REVB=-0.015112;RO=47;SAF=13;SAR=1;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.606939;STB=0.907047;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00962422;OID=.;OPOS=100615929;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:121:113:47:80:14:16:0.141593:1:13:24:23:1:15:43:37 chr13 100945533 . G A 1624.38 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.3;QD=60.1622;RBI=0.0242348;REFB=0;REVB=0.00415561;RO=0;SAF=62;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95135e-05;OID=.;OPOS=100945533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:46:62:0:0:46:62:0:0 chr13 101184775 . G T 93.25 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00177211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.232;QD=19.6318;RBI=0.0225518;REFB=-0.0516136;REVB=0.0224821;RO=8;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897445;STB=0.551626;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.030814;OID=.;OPOS=101184775;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:8:3:3:5:8:3:3:5 chr13 101287340 . C T 364.53 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0164254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.383;QD=18.4573;RBI=0.0224049;REFB=-0.0198077;REVB=-0.0152376;RO=41;SAF=19;SAR=19;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102242;STB=0.556932;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0212618;OID=.;OPOS=101287340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:19:19:16:25:19:19:16:25 chr13 101287365 . T C 994.22 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00862244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.271;QD=57.6361;RBI=0.0249093;REFB=-0.0841182;REVB=-0.0233693;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122766;STB=0.506492;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000697121;OID=.;OPOS=101287365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:38:30:0:1:38:30:0:1 chr13 101289849 . C T 324.86 PASS AF=0.363636;AO=36;DP=108;FAO=40;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.00253186;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.643;QD=11.813;RBI=0.00253832;REFB=-0.0211733;REVB=0.000180929;RO=56;SAF=15;SAR=21;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462863;STB=0.502278;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0325022;OID=.;OPOS=101289849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:56:70:36:40:0.363636:21:15:21:35:21:19:33:37 chr13 101289911 . G A 724.32 PASS AF=0.538462;AO=70;DP=129;FAO=70;FDP=130;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00630555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8025;QD=22.2867;RBI=0.0222861;REFB=-0.0212706;REVB=0.0213754;RO=59;SAF=26;SAR=44;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118279;STB=0.569204;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.02277;OID=.;OPOS=101289911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:59:60:70:70:0.538462:44:26:30:29:44:26:31:29 chr13 101289969 . C T 485.47 PASS AF=0.516484;AO=46;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0308695;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.892;QD=21.3391;RBI=0.0325488;REFB=-0.0190955;REVB=0.0103197;RO=44;SAF=16;SAR=30;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100198;STB=0.547682;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0122388;OID=.;OPOS=101289969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:46:47:0.516484:30:16:20:24:31:16:19:25 chr13 101322622 . G C 213.09 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0103693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.668;QD=15.2205;RBI=0.0210805;REFB=-0.0102974;REVB=0.0183539;RO=31;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159846;STB=0.519984;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0131856;OID=.;OPOS=101322622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:31:24:25:0.446429:12:12:15:16:12:13:15:16 chr13 101735211 . G A 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.000658025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.917;QD=18.0355;RBI=0.000909233;REFB=-0.0017654;REVB=-0.000627461;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245854;STB=0.639221;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.000943109;OID=.;OPOS=101735211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:9:13:9:18:9:13:9:18 chr13 101736075 . A G 360.46 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00365276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4066;QD=17.8006;RBI=0.144391;REFB=-0.0346201;REVB=-0.144345;RO=42;SAF=20;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00236221;STB=0.507808;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.037598;OID=.;OPOS=101736075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:42:43:38:38:0.469136:18:20:22:20:18:20:22:21 chr13 101795317 . A C 291.55 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00710724;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9052;QD=16.6597;RBI=0.0154925;REFB=0.000180651;REVB=-0.0137661;RO=37;SAF=22;SAR=10;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708196;STB=0.549968;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.000434887;OID=.;OPOS=101795317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:37:38:32:32:0.457143:10:22:23:14:10:22:23:15 chr13 101795422 . A G 339.45 PASS AF=0.376147;AO=40;DP=108;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=-0.0105497;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.034;QD=12.4568;RBI=0.0164517;REFB=-0.00737056;REVB=-0.0126239;RO=67;SAF=21;SAR=19;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113038;STB=0.575245;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.009011;OID=.;OPOS=101795422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:67:68:40:41:0.376147:19:21:42:25:20:21:43:25 chr13 102366825 . A G 501.0 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0631007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6049;QD=19.4564;RBI=0.0639999;REFB=0.000662562;REVB=-0.0106908;RO=51;SAF=34;SAR=18;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135594;STB=0.575108;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00181398;OID=.;OPOS=102366825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:51:52:52:0.504854:18:34:26:25:18:34:26:25 chr13 102431351 . G C 276.08 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=-0.00426593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.064;QD=13.305;RBI=0.0119872;REFB=-0.00757877;REVB=-0.0112025;RO=50;SAF=11;SAR=21;SRF=36;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387391;STB=0.71354;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0191414;OID=.;OPOS=102431351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:51:32:32:0.385542:21:11:36:14:21:11:36:15 chr13 103275227 . A G 108.32 PASS AF=0.236111;AO=15;DP=70;FAO=17;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0217188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.958;QD=6.018;RBI=0.0218817;REFB=-0.0041697;REVB=-0.00266465;RO=54;SAF=12;SAR=3;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397922;STB=0.768886;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0154699;OID=.;OPOS=103275227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:54:55:15:17:0.236111:3:12:27:27:3:14:28:27 chr13 103346806 . C G 137.84 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.02304;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=308.406;QD=39.3841;RBI=0.0279416;REFB=-0.159534;REVB=0.015808;RO=1;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128507;STB=0.571311;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00106388;OID=.;OPOS=103346806;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:10:3:1:0:10:3:1:0 chr13 103384824 . G A 695.92 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000197464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.356;QD=60.5149;RBI=0.0206012;REFB=-0.133176;REVB=-0.0206002;RO=1;SAF=30;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154108;STB=0.508193;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00058084;OID=.;OPOS=103384824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:15:30:1:0:15:30:1:0 chr13 103385014 . TA T,TG 1460.94 PASS AF=0.0215054,0.978495;AO=11,82;DP=93;FAO=2,91;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=1,42;FSAR=1,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00235229,0.000309253;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.614,223.73;QD=62.8361;RBI=0.0255622,0.0449247;REFB=0,0;REVB=0.0254537,0.0449237;RO=0;SAF=1,42;SAR=10,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.032626,0.000267055;OID=.,.;OPOS=103385015,103385015;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0215054,0.978495:11,82:93:2,91:93:0:1,42:1,49:0:0:3:0:1,42:10,40:0:0 chr13 103385299 . A C,G 669.52 PASS AF=0.98,0.02;AO=48,2;DP=50;FAO=49,1;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=30,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101152,-0.000897219;FXX=0.019604;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=201.695,8.48869;QD=53.5619;RBI=0.0181282,0.02978;REFB=-0.12208,-0.183422;REVB=0.0150438,-0.0297664;RO=0;SAF=19,0;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=1.52622e-05,0.251545;OID=.,.;OPOS=103385299,103385299;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:50:50:0:0:48,2:49,1:0.98,0.02:29,2:19,0:0:0:30,1:19,0:0:0 chr13 103385310 . C T 144.06 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0101239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.26;QD=10.8724;RBI=0.0166757;REFB=-0.0045857;REVB=0.0132509;RO=34;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197861;STB=0.622513;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00567466;OID=.;OPOS=103385310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:34:35:18:18:0.339623:9:9:11:23:9:9:11:24 chr13 103385419 . C T 198.26 PASS AF=0.254237;AO=30;DP=118;FAO=30;FDP=118;FR=.;FRO=88;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.0388054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.942;QD=6.72066;RBI=0.043343;REFB=-0.0145888;REVB=-0.0193068;RO=86;SAF=18;SAR=12;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193862;STB=0.616085;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0483388;OID=.;OPOS=103385419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:86:88:30:30:0.254237:12:18:38:48:12:18:39:49 chr13 103385798 . T C 769.42 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.3803;QD=56.994;RBI=0.047394;REFB=0;REVB=0.0328552;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314563;OID=.;OPOS=103385798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr13 103386116 . C G 600.59 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442608;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.968;QD=61.5986;RBI=0.0444811;REFB=0;REVB=0.00442138;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316534;OID=.;OPOS=103386116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:21:17:0:0:22:17:0:0 chr13 103386283 . A G 2777.96 PASS AF=1;AO=176;DP=179;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147523;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.84;QD=62.7789;RBI=0.0179949;REFB=0;REVB=0.0179344;RO=0;SAF=102;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54639e-05;OID=.;OPOS=103386283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:177:0:0:176:177:1:74:102:0:0:74:103:0:0 chr13 103388220 . A G 1057.74 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0286309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.992;QD=57.9585;RBI=0.0348737;REFB=-0.0146385;REVB=0.0199108;RO=1;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122822;STB=0.506492;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000240191;OID=.;OPOS=103388220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:1:1:71:72:0.986301:38:33:0:1:38:34:0:1 chr13 103388370 . C T 498.06 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0683581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.805;QD=16.8834;RBI=0.0837038;REFB=-0.0110167;REVB=0.0483063;RO=63;SAF=26;SAR=28;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255922;STB=0.518512;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00982872;OID=.;OPOS=103388370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:63:64:54:54:0.457627:28:26:32:31:28:26:33:31 chr13 103391634 . C T 129.25 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0498007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1762;QD=21.5424;RBI=0.0509997;REFB=-0.0449242;REVB=-0.0109937;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215412;STB=0.512178;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0151327;OID=.;OPOS=103391634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:6:4:6:8:6:4 chr13 103394003 . G A 68.39 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00195032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.642;QD=13.0268;RBI=0.00247939;REFB=-0.025199;REVB=0.00153089;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110103;STB=0.565077;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0239223;OID=.;OPOS=103394003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:8:4:4:5:8:4 chr13 103394613 . T G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0066768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7788;QD=14.6501;RBI=0.144008;REFB=-0.0243341;REVB=0.143853;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435573;STB=0.526224;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0441677;OID=.;OPOS=103394613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:4:1:1:5:4:1 chr13 103394716 . T C 429.08 PASS AF=0.505618;AO=42;DP=90;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=36;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.00539263;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.052;QD=19.2843;RBI=0.119247;REFB=-0.0113897;REVB=0.119125;RO=44;SAF=36;SAR=6;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201628;STB=0.552607;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0124566;OID=.;OPOS=103394716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:44:44:42:45:0.505618:6:36:32:12:9:36:32:12 chr13 103395819 . C T 1733.95 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0037642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.274;QD=59.7914;RBI=0.00990066;REFB=-0.0841253;REVB=-0.00915718;RO=1;SAF=35;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00589967;STB=0.503105;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-9.58297e-05;OID=.;OPOS=103395819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:116:1:1:115:115:0.991379:80:35:0:1:80:35:0:1 chr13 103396716 . C G 279.34 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.018637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.948;QD=18.9386;RBI=0.0201173;REFB=0.00728119;REVB=0.00757429;RO=29;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044011;STB=0.524555;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00890012;OID=.;OPOS=103396716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:13:17:15:14:13:17:15:14 chr13 103397583 . C G 366.15 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.00618463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8436;QD=16.2733;RBI=0.0195242;REFB=0.0101709;REVB=0.0185188;RO=51;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604656;STB=0.533952;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.0124787;OID=.;OPOS=103397583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:23:16:18:33:23:16:18:33 chr13 103397937 . T G 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0241363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.486;QD=19.8494;RBI=0.0241455;REFB=-0.00338563;REVB=-0.000665459;RO=13;SAF=13;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382282;STB=0.721869;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00530006;OID=.;OPOS=103397937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:2:13:7:6:2:13:7:6 chr13 103400083 . G A 356.43 PASS AF=0.39;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.017834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3083;QD=14.2572;RBI=0.0262423;REFB=-0.0114568;REVB=-0.0192511;RO=60;SAF=19;SAR=20;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00410642;STB=0.50282;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0254936;OID=.;OPOS=103400083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:60:61:39:39:0.39:20:19:29:31:20:19:30:31 chr13 103400729 . G A 205.35 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0160596;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.652;QD=14.668;RBI=0.0240833;REFB=-0.00671221;REVB=0.017947;RO=32;SAF=13;SAR=11;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2168;STB=0.62223;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00955557;OID=.;OPOS=103400729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:11:13:24:8:11:13:24:8 chr13 103402522 . C T 538.86 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00171545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.432;QD=21.7719;RBI=0.0254759;REFB=-0.0197715;REVB=-0.025418;RO=48;SAF=20;SAR=31;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115142;STB=0.563611;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0226522;OID=.;OPOS=103402522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:48:51:51:0.515152:31:20:25:23:31:20:25:23 chr13 103410782 . T C 130.51 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.000163709;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.991;QD=12.429;RBI=0.0669511;REFB=0.00120504;REVB=0.0669509;RO=27;SAF=11;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132733;STB=0.578837;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00247529;OID=.;OPOS=103410782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:27:27:15:15:0.357143:4:11:17:10:4:11:17:10 chr13 103410914 . A T 300.16 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0184538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.748;QD=16.447;RBI=0.0217001;REFB=-0.00988979;REVB=-0.0114172;RO=40;SAF=20;SAR=13;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809834;STB=0.545582;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0126218;OID=.;OPOS=103410914;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:13:20:21:19:13:20:21:19 chr13 103420679 . TC AA,TA 172.23 PASS AF=0,0.439024;AO=2,16;DP=42;FAO=0,18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=0,4;FSAR=0,14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0305194,-0.0140856;FXX=0.0238039;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=218.604,81.1487;QD=16.8029;RBI=0.031695,0.0183483;REFB=0.000158942,0.00664;REVB=-0.00855204,-0.0117582;RO=23;SAF=0,4;SAR=2,12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.522115,-0.340031;STB=0.5,0.712321;STBP=1,0.022;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.0221587;OID=.,.;OPOS=103420679,103420680;OREF=TC,C;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:42:41:23:23:2,16:0,18:0,0.439024:2,12:0,4:13:10:0,14:0,4:13:10 chr13 103449202 . T C 1132.92 PASS AF=0.516129;AO=112;DP=220;FAO=112;FDP=217;FR=.;FRO=105;FSAF=67;FSAR=45;FSRF=62;FSRR=43;FWDB=0.0121511;FXX=0.0136357;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.862;QD=20.8834;RBI=0.012272;REFB=-0.00519417;REVB=0.00171804;RO=104;SAF=67;SAR=45;SRF=62;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00188394;STB=0.503888;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00524028;OID=.;OPOS=103449202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:217:104:105:112:112:0.516129:45:67:62:42:45:67:62:43 chr13 103493825 . C G 1231.89 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536854;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.397;QD=61.5946;RBI=0.0119345;REFB=0;REVB=0.0106589;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330602;OID=.;OPOS=103493825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:38:41:0:0:38:42:0:0 chr13 103504517 . T C 2106.62 PASS AF=0.992647;AO=134;DP=138;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00984705;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.202;QD=61.9593;RBI=0.0242899;REFB=-0.120341;REVB=0.0222044;RO=0;SAF=88;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502824;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000492969;OID=.;OPOS=103504517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:136:0:1:134:135:0.992647:46:88:0:0:47:88:1:0 chr13 103511301 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.411;QD=57.3858;RBI=0.0619139;REFB=0;REVB=0.0216314;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118371;OID=.;OPOS=103511301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr13 103527848 . A AC 838.69 PASS AF=1;AO=9;DP=83;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300376;FXX=0.0243873;HRUN=0;LEN=1;MLLD=161.976;QD=41.9347;RBI=0.0564876;REFB=0;REVB=0.0478392;RO=72;SAF=9;SAR=0;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.65903;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00269744;OID=.;OPOS=103527849;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:83:80:80:0:41:39:0:0:17:72:9:0:33:39 chr13 103527849 . G C 1008.88 PASS AF=0.9;AO=71;DP=81;FAO=72;FDP=80;FR=.;FRO=8;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.000118855;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.234;QD=50.4438;RBI=0.0307554;REFB=-0.0237457;REVB=0.0307552;RO=7;SAF=33;SAR=38;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903637;STB=0.541655;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00571686;OID=.;OPOS=103527849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:81:80:7:8:71:72:0.9:38:33:7:0:39:33:7:1 chr13 103527930 . G C 1425.31 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0101423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.969;QD=60.6515;RBI=0.012712;REFB=-0.00410765;REVB=0.00766348;RO=2;SAF=47;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000438564;STB=0.500231;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=2.16126e-05;OID=.;OPOS=103527930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:94:2:2:92:92:0.978723:45:47:1:1:45:47:1:1 chr13 103528002 . G C 549.15 PASS AF=0.653333;AO=49;DP=75;FAO=49;FDP=75;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0559468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3864;QD=29.2879;RBI=0.0603215;REFB=-0.00193751;REVB=0.0225531;RO=26;SAF=26;SAR=23;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117359;STB=0.56366;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00226543;OID=.;OPOS=103528002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:26:26:49:49:0.653333:23:26:9:17:23:26:9:17 chr13 103528337 . G A 388.46 PASS AF=0.386555;AO=46;DP=119;FAO=46;FDP=119;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0249343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.579;QD=13.0575;RBI=0.0254317;REFB=-0.00157917;REVB=-0.00500527;RO=73;SAF=21;SAR=25;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397207;STB=0.522542;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00198703;OID=.;OPOS=103528337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:73:73:46:46:0.386555:25:21:36:37:25:21:36:37 chr13 103705044 . A C 1556.71 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.023161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.294;QD=58.7437;RBI=0.0368715;REFB=-0.0359435;REVB=0.0286894;RO=0;SAF=39;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503759;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000211516;OID=.;OPOS=103705044;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:0:1:105:105:0.990566:66:39:0:0:66:39:0:1 chr13 106119446 . G A 1169.79 PASS AF=0.975309;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0724013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5343;QD=57.7676;RBI=0.0726189;REFB=0.0354837;REVB=0.0056183;RO=3;SAF=41;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134949;STB=0.500469;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.0150918;OID=.;OPOS=106119446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:3:2:78:79:0.975309:37:41:1:2:38:41:1:1 chr13 107145463 . G C 2344.89 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.607;QD=60.9063;RBI=0.0413796;REFB=0;REVB=0.00106065;RO=0;SAF=73;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.3138e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76929e-05;OID=.;OPOS=107145463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:154:0:0:152:154:1:79:73:0:0:79:75:0:0 chr13 107195653 . TA TAA,T 33.68 PASS AF=0.325,0.075;AO=12,6;DP=40;FAO=13,3;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6,1;FSAR=7,2;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.214985,0.19746;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.9976,7.65696;QD=3.36775;RBI=0.215335,0.197491;REFB=-0.0461422,0.0226428;REVB=-0.0122819,0.00350329;RO=17;SAF=6,3;SAR=6,3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0293607,-0.0334106;STB=0.604781,0.742711;STBP=0.359,0.449;TYPE=ins,del;VARB=0.0630209,0.0330668;OID=.,.;OPOS=107195654,107195654;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=TAA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325,0.075:12,6:40:13,3:40:24:6,1:7,2:15:9:34:17:6,3:6,3:9:8 chr13 107209445 . C T 344.99 PASS AF=0.341085;AO=43;DP=129;FAO=44;FDP=129;FR=.;FRO=85;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.0259189;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4668;QD=10.6973;RBI=0.0533484;REFB=-0.0171576;REVB=-0.046629;RO=86;SAF=16;SAR=27;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070168;STB=0.525512;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.032466;OID=.;OPOS=107209445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:86:85:43:44:0.341085:27:16:37:49:27:17:36:49 chr13 108518444 . G A 190.65 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0354073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.916;QD=15.2517;RBI=0.0494288;REFB=0.0056593;REVB=-0.0344895;RO=30;SAF=5;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219676;STB=0.62777;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00710929;OID=.;OPOS=108518444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:15:5:13:17:15:5:13:17 chr13 109438084 . T A 668.75 PASS AF=0.492647;AO=66;DP=135;FAO=67;FDP=136;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0218874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.827;QD=19.669;RBI=0.0252195;REFB=-0.0170423;REVB=0.0125284;RO=64;SAF=30;SAR=36;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407805;STB=0.544942;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0152924;OID=.;OPOS=109438084;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:64:69:66:67:0.492647:36:30:32:32:37:30:37:32 chr13 109472733 . G A 147.05 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.0469893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7427;QD=9.19058;RBI=0.0474267;REFB=0.0048428;REVB=0.00642675;RO=44;SAF=12;SAR=8;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131284;STB=0.577108;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.0149216;OID=.;OPOS=109472733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:44:20:20:0.3125:8:12:31:13:8:12:31:13 chr13 109496813 . T C 415.03 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0397015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.848;QD=24.7777;RBI=0.0403151;REFB=-0.0052226;REVB=0.00700677;RO=26;SAF=10;SAR=30;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182477;STB=0.524259;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00438216;OID=.;OPOS=109496813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:27:40:40:0.597015:30:10:7:19:30:10:8:19 chr13 109661359 . C G 976.48 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0151318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.137;QD=57.4401;RBI=0.0214543;REFB=-0.148778;REVB=0.0152091;RO=1;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116688;STB=0.506171;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000700109;OID=.;OPOS=109661359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:40:27:0:1:40:27:0:1 chr13 109717928 . A C,G 128.25 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=2,10;DP=12;FAO=2,10;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4;FSAR=2,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00946382,-0.0111485;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.833,184.303;QD=42.7508;RBI=0.0197436,0.0298344;REFB=0,0;REVB=0.0173277,0.0276731;RO=0;SAF=0,4;SAR=2,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.062818,0.0068778;OID=.,.;OPOS=109717928,109717928;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:12:12:0:0:2,10:2,10:0.166667,0.833333:2,6:0,4:0:0:2,6:0,4:0:0 chr13 109753192 . G A 178.44 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0128317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.13;QD=8.81178;RBI=0.0223088;REFB=-0.000870602;REVB=0.0182491;RO=57;SAF=10;SAR=14;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026584;STB=0.515776;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0021589;OID=.;OPOS=109753192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:57:57:24:24:0.296296:14:10:25:32:14:10:25:32 chr13 109793474 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0468;QD=53.9108;RBI=0.16924;REFB=0;REVB=-0.135141;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00623674;OID=.;OPOS=109793474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr13 109793720 . A C 2239.2 PASS AF=1;AO=140;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481882;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.22;QD=63.5234;RBI=0.0519439;REFB=0;REVB=0.0193923;RO=0;SAF=55;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60477e-05;OID=.;OPOS=109793720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:141:0:0:140:141:1:85:55:0:0:86:55:0:0 chr13 109859335 . CGTGTGTGTGTGTGTGTGTT CGTGTGTGTGTGTGTGTGT,CGTGTGTGTGTGTGTGTTGT,CGTGTGTGTGTGTGTGTT,CGTGTGTGTGTGTGTGTTTG 106.26 PASS AF=0,0.0243902,0.292683,0.0243902;AO=5,2,8,2;DP=43;FAO=0,1,12,1;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=0,1,7,0;FSAR=0,0,5,1;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.308081,-0.204747,-0.0581548,-0.104877;FXX=0.0465008;HRUN=3,1,1,1;LEN=1,2,2,3;MLLD=17.8652,32.3885,122.201,59.2376;QD=10.3663;RBI=0.385168,0.261576,0.0695598,0.13455;REFB=-0.0699561,-0.0820986,-0.0613958,-0.0419457;REVB=-0.231171,-0.162789,-0.0381652,-0.0842883;RO=19;SAF=4,2,6,1;SAR=1,0,2,1;SRF=10;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.343502,0.505018,0.273982,-0.0256614;STB=0.5,0.987435,0.533279,0.992247;STBP=1,0.487,0.817,0.27;TYPE=del,mnp,del,mnp;VARB=0,-0.205656,0.130693,-0.00785421;OID=.,.,.,.;OPOS=109859353,109859352,109859336,109859352;OREF=T,GT,GT,GTT;OALT=-,TG,-,TTG;OMAPALT=CGTGTGTGTGTGTGTGTGT,CGTGTGTGTGTGTGTGTTGT,CGTGTGTGTGTGTGTGTT,CGTGTGTGTGTGTGTGTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0243902,0.292683,0.0243902:5,2,8,2:43:0,1,12,1:41:27:0,1,7,0:0,0,5,1:17:10:90:19:4,2,6,1:1,0,2,1:10:9 chr13 110408608 . C T 579.86 PASS AF=0.448529;AO=60;DP=136;FAO=61;FDP=136;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0321096;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.668;QD=17.0547;RBI=0.0399499;REFB=-0.0049339;REVB=-0.0237691;RO=75;SAF=27;SAR=33;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300657;STB=0.518987;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00778604;OID=.;OPOS=110408608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:75:75:60:61:0.448529:33:27:36:39:33:28:37:38 chr13 110435953 . A G 76.61 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0277857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.455;QD=12.7682;RBI=0.0654386;REFB=-0.00556999;REVB=-0.0592466;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212892;STB=0.624765;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0171833;OID=.;OPOS=110435953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:10:4:5:5:10:4 chr13 110804777 . G A 318.74 PASS AF=0.371429;AO=39;DP=105;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0130174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9337;QD=12.1426;RBI=0.0155887;REFB=-0.017213;REVB=0.00857652;RO=65;SAF=22;SAR=17;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145337;STB=0.578062;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0175751;OID=.;OPOS=110804777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:65:66:39:39:0.371429:17:22:28:37:17:22:29:37 chr13 110819586 . G A 568.33 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=112;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00299306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.118;QD=20.2975;RBI=0.00324424;REFB=-0.0147486;REVB=-0.00125167;RO=54;SAF=30;SAR=28;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959568;STB=0.552807;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0121171;OID=.;OPOS=110819586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:54:54:58:58:0.517857:28:30:22:32:28:30:22:32 chr13 110822943 . C T 2602.31 PASS AF=0.525105;AO=251;DP=478;FAO=251;FDP=478;FR=.;FRO=227;FSAF=148;FSAR=103;FSRF=130;FSRR=97;FWDB=0.0158641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.932;QD=21.7766;RBI=0.0199093;REFB=-0.00428882;REVB=-0.0120296;RO=214;SAF=148;SAR=103;SRF=129;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115384;STB=0.508293;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0036962;OID=.;OPOS=110822943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:478:478:214:227:251:251:0.525105:103:148:129:85:103:148:130:97 chr13 110827574 . T A 231.05 PASS AF=0.315217;AO=29;DP=92;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0294172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.616;QD=10.0455;RBI=0.0574223;REFB=-0.00552141;REVB=0.0493148;RO=60;SAF=9;SAR=20;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210423;STB=0.620439;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00941334;OID=.;OPOS=110827574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:63:29:29:0.315217:20:9:29:31:20:9:30:33 chr13 110827580 . C T 251.55 PASS AF=0.322917;AO=31;DP=92;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00326968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.856;QD=10.4811;RBI=0.0335906;REFB=-0.0131241;REVB=-0.0334311;RO=61;SAF=8;SAR=23;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339052;STB=0.681727;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0270918;OID=.;OPOS=110827580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:61:65:31:31:0.322917:23:8:33:28:23:8:33:32 chr13 110833702 . C T 429.69 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00592277;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.469;QD=16.6868;RBI=0.0222541;REFB=-0.00443258;REVB=0.0214515;RO=55;SAF=22;SAR=25;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126994;STB=0.565583;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00510125;OID=.;OPOS=110833702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:56:47:47:0.456311:25:22:33:22:25:22:33:23 chr13 110839550 . T G 1458.87 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7153;QD=57.2105;RBI=0.0455527;REFB=-0.136592;REVB=0.0160392;RO=1;SAF=51;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920605;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00518045;OID=.;OPOS=110839550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:95:102:1:0:93:102:1:42:51:1:0:42:60:0:0 chr13 110843985 . T C 528.0 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0194492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.456;QD=57.081;RBI=0.0213401;REFB=-0.160076;REVB=0.00878228;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239982;STB=0.512813;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000817514;OID=.;OPOS=110843985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:37:1:1:36:36:0.972973:17:19:1:0:17:19:1:0 chr13 110857823 . C T 1485.19 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00236643;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.04;QD=62.5342;RBI=0.0129013;REFB=-0.147215;REVB=0.0126824;RO=1;SAF=37;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082466;STB=0.504347;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-6.19194e-05;OID=.;OPOS=110857823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:97:95:1:1:94:94:0.989474:57:37:0:1:57:37:0:1 chr13 110857895 . A G 1064.99 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483299;FXX=0.0273935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.646;QD=59.9997;RBI=0.0491049;REFB=0;REVB=0.00868941;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254745;OID=.;OPOS=110857895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:48:23:0:0:48:23:0:0 chr13 110861263 . T A 382.3 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.000668733;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7536;QD=19.86;RBI=0.0136538;REFB=-0.0395353;REVB=-0.0136374;RO=38;SAF=20;SAR=19;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814793;STB=0.54519;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0458804;OID=.;OPOS=110861263;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:38:38:39:39:0.506494:19:20:16:22:19:20:16:22 chr13 110861785 . C G 352.9 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.000784008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5589;QD=15.8608;RBI=0.0173096;REFB=-0.023668;REVB=-0.0172918;RO=50;SAF=17;SAR=21;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934367;STB=0.547044;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0357599;OID=.;OPOS=110861785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:51:38:38:0.426966:21:17:27:23:21:17:27:24 chr13 110864225 . A T 881.23 PASS AF=0.508671;AO=86;DP=171;FAO=88;FDP=173;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=-0.00128935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.794;QD=20.3752;RBI=0.00723041;REFB=-0.00852589;REVB=0.00711452;RO=84;SAF=35;SAR=51;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957144;STB=0.55997;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00771058;OID=.;OPOS=110864225;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:84:85:86:88:0.508671:51:35:43:41:53:35:44:41 chr13 111077197 . G A 2640.58 PASS AF=0.961749;AO=173;DP=185;FAO=176;FDP=183;FR=.;FRO=7;FSAF=89;FSAR=87;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0152439;FXX=0.0213892;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.327;QD=57.7177;RBI=0.0347224;REFB=-0.194516;REVB=0.0311973;RO=5;SAF=89;SAR=84;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00457523;STB=0.502949;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00120341;OID=.;OPOS=111077197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:185:183:5:7:173:176:0.961749:84:89:3:2:87:89:3:4 chr13 111090909 . T C 421.23 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00255006;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.408;QD=23.0811;RBI=0.00261611;REFB=-0.0157655;REVB=-0.000584142;RO=32;SAF=20;SAR=21;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594555;STB=0.532694;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0052083;OID=.;OPOS=111090909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:32:32:41:41:0.561644:21:20:18:14:21:20:18:14 chr13 111090924 . G A 354.52 PASS AF=0.553846;AO=35;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00829798;FXX=0.0579626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.277;QD=21.8166;RBI=0.0281533;REFB=-0.0173778;REVB=0.0269026;RO=28;SAF=15;SAR=20;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029189;STB=0.514428;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00834783;OID=.;OPOS=111090924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:29:35:36:0.553846:20:15:13:15:21:15:13:16 chr13 111098226 . C T 289.46 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.00625305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.529;QD=13.9499;RBI=0.00634892;REFB=-0.0164209;REVB=-0.00109916;RO=49;SAF=21;SAR=12;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668447;STB=0.542348;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0316326;OID=.;OPOS=111098226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:50:33:33:0.39759:12:21:34:15:12:21:35:15 chr13 111099153 . C T 439.62 PASS AF=0.291457;AO=58;DP=199;FAO=58;FDP=199;FR=.;FRO=141;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=82;FSRR=59;FWDB=0.006781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.896;QD=8.83657;RBI=0.0287513;REFB=0.00285092;REVB=-0.0279402;RO=140;SAF=27;SAR=31;SRF=81;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136161;STB=0.581656;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0130592;OID=.;OPOS=111099153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:140:141:58:58:0.291457:31:27:81:59:31:27:82:59 chr13 111109157 . G A 422.66 PASS AF=0.585714;AO=40;DP=69;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.022934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.231;QD=24.1522;RBI=0.0579398;REFB=-0.0444952;REVB=0.0532077;RO=28;SAF=16;SAR=24;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496691;STB=0.52497;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.024925;OID=.;OPOS=111109157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:28:29:40:41:0.585714:24:16:13:15:25:16:13:16 chr13 111109618 . G C 129.13 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0174549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5595;QD=21.5208;RBI=0.0767005;REFB=0.011455;REVB=0.074688;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175524;STB=0.59985;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.005405;OID=.;OPOS=111109618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:10:4:5:5:10:4:5:5 chr13 111109670 . A C 434.89 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0129815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.71;QD=20.9585;RBI=0.0176095;REFB=-0.0429188;REVB=0.0118986;RO=40;SAF=15;SAR=28;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159491;STB=0.588399;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0279434;OID=.;OPOS=111109670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:28:15:21:19:28:15:21:19 chr13 111109859 . A G 407.67 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.00122969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0762;QD=15.3839;RBI=0.00423103;REFB=-0.0181868;REVB=0.00404839;RO=60;SAF=20;SAR=26;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155751;STB=0.508739;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0243247;OID=.;OPOS=111109859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:26:20:27:33:26:20:27:33 chr13 111111173 . G A 388.92 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0149824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.041;QD=16.2048;RBI=0.0150829;REFB=-0.0101205;REVB=-0.00173819;RO=52;SAF=19;SAR=22;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173499;STB=0.515792;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0121853;OID=.;OPOS=111111173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:52:55:41:41:0.427083:22:19:25:27:22:19:27:28 chr13 111111235 . G A 275.32 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0130357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.197;QD=15.511;RBI=0.0130642;REFB=-0.0221171;REVB=-0.000861639;RO=40;SAF=12;SAR=19;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393841;STB=0.52226;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0320656;OID=.;OPOS=111111235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:19:12:17:23:19:12:17:23 chr13 111119396 . G C 188.21 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00452268;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.825;QD=12.7598;RBI=0.0111854;REFB=-0.0191218;REVB=0.0102302;RO=36;SAF=15;SAR=8;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223232;STB=0.628629;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0277651;OID=.;OPOS=111119396;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:36:36:23:23:0.389831:8:15:16:20:8:15:16:20 chr13 111134858 . T C 264.87 PASS AF=0.315789;AO=34;DP=111;FAO=36;FDP=114;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=27;FWDB=0.00787784;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.271;QD=9.29372;RBI=0.00939053;REFB=-0.0179039;REVB=0.00511093;RO=75;SAF=27;SAR=7;SRF=49;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212626;STB=0.580598;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0357836;OID=.;OPOS=111134858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:75:78:34:36:0.315789:7:27:49:26:9:27:51:27 chr13 111134924 . C T 482.74 PASS AF=0.364198;AO=59;DP=162;FAO=59;FDP=162;FR=.;FRO=103;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=61;FSRR=42;FWDB=0.00708057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.225;QD=11.9196;RBI=0.00939816;REFB=0.00565487;REVB=0.00617987;RO=91;SAF=26;SAR=33;SRF=61;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243342;STB=0.595488;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0127725;OID=.;OPOS=111134924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:91:103:59:59:0.364198:33:26:61:30:33:26:61:42 chr13 111154058 . T A 997.2 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000352287;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.568;QD=59.5343;RBI=0.0299647;REFB=0;REVB=0.0299626;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225637;OID=.;OPOS=111154058;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr13 111154061 . T C 1026.27 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7908;QD=59.4938;RBI=0.0239655;REFB=0;REVB=0.0210434;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51902e-05;OID=.;OPOS=111154061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr13 111155773 . T C,G 1503.5 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=93,4;DP=97;FAO=92,4;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50,3;FSAR=42,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162158,0.00795483;FXX=0.0103082;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=184.474,136.727;QD=62.6458;RBI=0.0162199,0.00799038;REFB=0,0;REVB=-0.000366957,0.000752875;RO=0;SAF=51,3;SAR=42,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.8776e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0004577,0.0632929;OID=.,.;OPOS=111155773,111155773;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:97:96:0:0:93,4:92,4:0.958333,0.0416667:42,1:51,3:0:0:42,1:50,3:0:0 chr13 111156499 . C T 2588.63 PASS AF=0.971751;AO=162;DP=167;FAO=172;FDP=177;FR=.;FRO=5;FSAF=76;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0652413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3897;QD=58.5001;RBI=0.0656609;REFB=-0.0193643;REVB=0.00741131;RO=5;SAF=69;SAR=93;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013178;STB=0.506936;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0102085;OID=.;OPOS=111156499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:167:177:5:5:162:172:0.971751:93:69:1:4:96:76:1:4 chr13 111158874 . A G 422.59 PASS AF=0.531646;AO=35;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.0490085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6002;QD=21.397;RBI=0.0494525;REFB=-0.0157625;REVB=0.00661207;RO=30;SAF=21;SAR=14;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887787;STB=0.556405;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0102799;OID=.;OPOS=111158874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:30:37:35:42:0.531646:14:21:21:9:16:26:27:10 chr13 111160304 . G A 416.69 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0175004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.757;QD=19.6087;RBI=0.0276095;REFB=-0.0111882;REVB=0.0213547;RO=43;SAF=22;SAR=20;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955779;STB=0.553047;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00916087;OID=.;OPOS=111160304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:20:22:18:25:20:22:18:25 chr13 111176393 . A G 934.0 PASS AF=0.984848;AO=63;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0204285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.554;QD=56.6058;RBI=0.0749036;REFB=-0.0908751;REVB=-0.072064;RO=1;SAF=42;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111125;STB=0.505881;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000321394;OID=.;OPOS=111176393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:1:1:63:65:0.984848:21:42:1:0:23:42:1:0 chr13 111267917 . CG C 396.8 PASS AF=0.4375;AO=93;DP=212;FAO=91;FDP=208;FR=.;FRO=117;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=67;FSRR=50;FWDB=-0.0231481;FXX=0.0234731;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.1154;QD=7.63084;RBI=0.236314;REFB=0.0160574;REVB=-0.235177;RO=107;SAF=50;SAR=43;SRF=67;SRR=40;SSEN=0.37037;SSEP=0;SSSB=-0.0868549;STB=0.500701;STBP=0.991;TYPE=del;VARB=-0.0221012;OID=.;OPOS=111267918;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:93:212:91:208:117:52:39:67:50:99:107:50:43:67:40 chr13 111298392 . A G 315.57 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.0207079;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.583;QD=15.3936;RBI=0.0247575;REFB=-0.0146649;REVB=-0.0135691;RO=45;SAF=20;SAR=15;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122571;STB=0.565181;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0247571;OID=.;OPOS=111298392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:47:35:35:0.426829:15:20:31:14:15:20:32:15 chr13 111315405 . G A 178.67 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0092154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3367;QD=23.0547;RBI=0.011474;REFB=-0.0109006;REVB=0.00683588;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842929;STB=0.55876;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00831431;OID=.;OPOS=111315405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:13:13:17:18:0.580645:7:10:9:4:8:10:9:4 chr13 111319754 . T C 579.86 PASS AF=0.517544;AO=58;DP=114;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0176293;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.983;QD=20.3458;RBI=0.024191;REFB=-0.0046566;REVB=-0.0165653;RO=55;SAF=32;SAR=26;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00559131;STB=0.501497;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00458306;OID=.;OPOS=111319754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:55:55:58:59:0.517544:26:32:30:25:27:32:30:25 chr13 111340342 . G A 222.36 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00767327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.515;QD=18.924;RBI=0.0325486;REFB=-0.00791598;REVB=0.0316311;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678115;STB=0.538426;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00870654;OID=.;OPOS=111340342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:13:9:12:13:13:9:12:13 chr13 111350281 . C T 172.17 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.014679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5714;QD=26.4882;RBI=0.0456636;REFB=-0.0103046;REVB=0.04324;RO=8;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161931;STB=0.610978;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00955528;OID=.;OPOS=111350281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:8:9:17:17:0.653846:11:6:5:3:11:6:6:3 chr13 111365104 . A G 1433.77 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00311973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.778;QD=63.0229;RBI=0.019992;REFB=0;REVB=0.0197471;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63076e-05;OID=.;OPOS=111365104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr13 111368164 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.507;QD=43.4868;RBI=0.0251624;REFB=0;REVB=0.00692106;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147686;OID=.;OPOS=111368164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:9:2:0:0:10:2:0:0 chr13 111531885 . C A 1103.49 PASS AF=1;AO=64;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.482;QD=58.8528;RBI=0.0109164;REFB=0;REVB=0.00803964;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158242;OID=.;OPOS=111531885;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:64:75:1:28:36:0:0:33:42:0:0 chr13 111531903 . C T 82.03 PASS AF=0.194444;AO=14;DP=72;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0174809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.403;QD=4.55716;RBI=0.0276038;REFB=-0.00322033;REVB=-0.0213632;RO=57;SAF=11;SAR=3;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367186;STB=0.734556;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00812722;OID=.;OPOS=111531903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:72:72:57:58:14:14:0.194444:3:11:29:28:3:11:30:28 chr13 111806245 . A G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0528497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.043;QD=11.8308;RBI=0.0581515;REFB=-0.00837556;REVB=-0.0242592;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321518;STB=0.685992;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00569258;OID=.;OPOS=111806245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:5:6:15:3:5:6:15:3 chr13 111870037 . T C 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00439518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.91;QD=14.834;RBI=0.0049568;REFB=-0.0117154;REVB=-0.00229178;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067306;STB=0.538427;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0137431;OID=.;OPOS=111870037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:11:11:17:13:11:11:17:13 chr13 111932608 . GTC TCT 48.87 PASS AF=0.133929;AO=11;DP=113;FAO=15;FDP=112;FR=.;FRO=97;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=-0.00386431;FXX=0.00884877;HRUN=9;LEN=3;MLLD=34.7462;QD=1.74552;RBI=0.00432835;REFB=-0.0186069;REVB=0.00194979;RO=83;SAF=5;SAR=6;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186182;STB=0.547381;STBP=0.754;TYPE=mnp;VARB=0.0365704;OID=.;OPOS=111932608;OREF=GTC;OALT=TCT;OMAPALT=TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:113:112:83:97:11:15:0.133929:6:5:39:44:6:9:53:44 chr13 111980537 . C T 591.26 PASS AF=0.430464;AO=65;DP=151;FAO=65;FDP=151;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=52;FSRR=34;FWDB=-0.00386438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.249;QD=15.6626;RBI=0.0198587;REFB=-0.00606541;REVB=0.019479;RO=86;SAF=37;SAR=28;SRF=52;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370279;STB=0.520679;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0104679;OID=.;OPOS=111980537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:86:86:65:65:0.430464:28:37:52:34:28:37:52:34 chr13 112278350 . G A 437.52 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0309356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.85;QD=16.6675;RBI=0.0341724;REFB=-0.0337358;REVB=0.0145171;RO=53;SAF=24;SAR=24;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115885;STB=0.561879;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0435662;OID=.;OPOS=112278350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:105:53:57:48:48:0.457143:24:24:33:20:24:24:35:22 chr13 112725791 . G A 204.51 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.017088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3746;QD=17.0422;RBI=0.0203423;REFB=-0.0176389;REVB=-0.0110366;RO=27;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231419;STB=0.631458;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0419168;OID=.;OPOS=112725791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:12:9:18:9:12:9:18:9 chr13 113153217 . C A 459.38 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00757194;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.255;QD=16.8579;RBI=0.017567;REFB=0.00272624;REVB=0.0158513;RO=59;SAF=25;SAR=25;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00822558;STB=0.504585;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00315249;OID=.;OPOS=113153217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:59:50:50:0.458716:25:25:30:29:25:25:30:29 chr13 113153271 . G A 499.47 PASS AF=0.505263;AO=46;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00605201;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.244;QD=21.0303;RBI=0.0220745;REFB=-0.00764666;REVB=0.0212287;RO=49;SAF=17;SAR=29;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115512;STB=0.558558;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00668107;OID=.;OPOS=113153271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:47:46:48:0.505263:29:17:24:25:30:18:23:24 chr13 113333711 . G A 203.4 PASS AF=0.272727;AO=27;DP=99;FAO=27;FDP=99;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.0339225;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.155;QD=8.2181;RBI=0.035994;REFB=-0.0106319;REVB=0.0120348;RO=72;SAF=16;SAR=11;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116191;STB=0.50695;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0301849;OID=.;OPOS=113333711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:72:72:27:27:0.272727:11:16:42:30:11:16:42:30 chr13 113479820 . A G 1606.88 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000172343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7641;QD=60.0704;RBI=0.0118006;REFB=0;REVB=-0.0117994;RO=0;SAF=44;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.6159e-05;OID=.;OPOS=113479820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:63:44:0:0:63:44:0:0 chr13 113508839 . G C 575.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7616;QD=60.6034;RBI=0.0253824;REFB=0;REVB=0.022947;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412759;OID=.;OPOS=113508839;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr13 113527967 . G A 226.86 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.000821729;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8875;QD=13.3447;RBI=0.00654745;REFB=-0.0159641;REVB=-0.00649568;RO=40;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11015;STB=0.569981;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0142442;OID=.;OPOS=113527967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:40:41:27:27:0.397059:12:15:18:22:12:15:18:23 chr13 113534907 . T C 778.86 PASS AF=0.487952;AO=78;DP=165;FAO=81;FDP=166;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=-0.00869909;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.794;QD=18.7678;RBI=0.0408336;REFB=-0.0200093;REVB=-0.0398962;RO=84;SAF=34;SAR=44;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298525;STB=0.510636;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0220224;OID=.;OPOS=113534907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:84:85:78:81:0.487952:44:34:34:50:46:35:35:50 chr13 113536132 . T C 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0114059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.376;QD=17.1565;RBI=0.0614509;REFB=-0.00165544;REVB=-0.0603831;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258674;STB=0.653823;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00200688;OID=.;OPOS=113536132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:10:7:3:16:10:7:3:17 chr13 113540649 . G T 268.92 PASS AF=0.447761;AO=28;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00840746;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.192;QD=16.0552;RBI=0.00996566;REFB=-0.0157018;REVB=-0.00535062;RO=39;SAF=16;SAR=12;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605911;STB=0.544515;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0166226;OID=.;OPOS=113540649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:37:28:30:0.447761:12:16:20:19:13:17:18:19 chr13 113656216 . C T 937.28 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.111;QD=58.5801;RBI=0.029801;REFB=0;REVB=0.0221626;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45246e-05;OID=.;OPOS=113656216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:38:25:0:0:39:25:0:0 chr13 113700936 . G A 321.95 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.000449091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7947;QD=13.9976;RBI=0.0031742;REFB=0.0152955;REVB=-0.00314227;RO=56;SAF=23;SAR=13;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114896;STB=0.565537;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.0126931;OID=.;OPOS=113700936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:13:23:30:26:13:23:30:26 chr13 113733006 . C T 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0233102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.008;QD=8.36981;RBI=0.0306714;REFB=-0.00737686;REVB=-0.0199341;RO=28;SAF=8;SAR=3;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188259;STB=0.511607;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0203728;OID=.;OPOS=113733006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:3:8:20:8:3:8:20:8 chr13 113735608 . G A,GA 1031.75 PASS AF=0.183099,0.816901;AO=63,8;DP=72;FAO=13,58;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=7,35;FSAR=6,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0747691,-0.056692;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=113.085,146.049;QD=58.1265;RBI=0.0754262,0.0776049;REFB=0,0;REVB=0.00993464,0.0529956;RO=1;SAF=37,6;SAR=26,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.012593,-0.0679981;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0277481,-0.00266639;OID=.,.;OPOS=113735608,113735609;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:70:72:71:1:0:63,8:13,58:0.183099,0.816901:26,2:37,6:1:0:6,23:7,35:0:0 chr13 113739226 . T C 1873.3 PASS AF=0.984;AO=123;DP=127;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0136543;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.102;QD=59.9458;RBI=0.0628701;REFB=-0.0640096;REVB=0.0613695;RO=1;SAF=75;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629296;STB=0.501843;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.000912767;OID=.;OPOS=113739226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:127:125:1:2:123:123:0.984:48:75:1:0:48:75:1:1 chr13 113742890 . C T 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0217522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.508;QD=10.4288;RBI=0.0340925;REFB=-0.0195372;REVB=0.0262514;RO=30;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119092;STB=0.571327;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0483066;OID=.;OPOS=113742890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:8:6:16:14:8:6:16:14 chr13 113744441 . C T 1044.22 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1742;QD=59.6698;RBI=0.0344836;REFB=0;REVB=-0.00277799;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289981;OID=.;OPOS=113744441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:35:34:0:0:35:35:0:0 chr13 113747070 . A C 331.68 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.0248669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.751;QD=21.3989;RBI=0.0257295;REFB=-0.0189393;REVB=0.0066063;RO=28;SAF=19;SAR=15;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225607;STB=0.623696;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0114248;OID=.;OPOS=113747070;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:15:19:23:5:15:19:23:5 chr13 113747124 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00405799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.694;QD=63.2859;RBI=0.0230433;REFB=0;REVB=-0.0226832;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.04548e-05;OID=.;OPOS=113747124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr13 113747135 . T C 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9545;QD=62.3475;RBI=0.0484684;REFB=0;REVB=0.0474224;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391503;OID=.;OPOS=113747135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr13 113748872 . G A 508.38 PASS AF=0.514286;AO=53;DP=102;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00191809;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=138.249;QD=19.3668;RBI=0.0235345;REFB=-0.000256177;REVB=0.0234562;RO=49;SAF=24;SAR=29;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678818;STB=0.541386;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.000461736;OID=.;OPOS=113748872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:49:51:53:54:0.514286:29:24:26:23:30:24:27:24 chr13 113792754 . T C 707.38 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.000818301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.169;QD=49.6408;RBI=0.00913576;REFB=0.0166834;REVB=0.00909903;RO=3;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553236;STB=0.538447;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-5.34576e-05;OID=.;OPOS=113792754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:57:57:3:4:53:53:0.929825:24:29:0:3:24:29:0:4 chr13 113803438 . G A 203.4 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00168964;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.346;QD=10.2987;RBI=0.00506031;REFB=-0.00991651;REVB=0.00476989;RO=53;SAF=13;SAR=13;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108268;STB=0.506324;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0200923;OID=.;OPOS=113803438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:53:53:26:26:0.329114:13:13:27:26:13:13:27:26 chr13 113818900 . A G 1590.99 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236687;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1853;QD=64.2826;RBI=0.0265067;REFB=0;REVB=0.0119331;RO=0;SAF=65;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73428e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207324;OID=.;OPOS=113818900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:34:65:0:0:34:65:0:0 chr13 113839788 . CAGA C 285.32 PASS AF=0.438356;AO=29;DP=74;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0133129;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=3;MLLD=243.26;QD=15.634;RBI=0.0244251;REFB=0.00409738;REVB=0.0204781;RO=42;SAF=18;SAR=11;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515346;STB=0.513632;STBP=0.86;TYPE=del;VARB=-0.00518549;OID=.;OPOS=113839789;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.438356:29:74:32:73:41:21:11:26:15:99:42:18:11:28:14 chr13 113851502 . C T 185.54 PASS AF=0.233871;AO=29;DP=123;FAO=29;FDP=124;FR=.;FRO=95;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=0.00022317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.902;QD=5.98517;RBI=0.0272236;REFB=-0.00302215;REVB=-0.0272227;RO=93;SAF=15;SAR=14;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390818;STB=0.52313;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0106942;OID=.;OPOS=113851502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:93:95:29:29:0.233871:14:15:51:42:14:15:52:43 chr13 113897320 . C T 526.55 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=123;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0214033;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.691;QD=17.4067;RBI=0.0293079;REFB=-0.0206968;REVB=0.0200213;RO=63;SAF=30;SAR=26;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343151;STB=0.526494;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0208098;OID=.;OPOS=113897320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:63:65:56:56:0.46281:26:30:36:27:26:30:38:27 chr13 113909339 . A G 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00193674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.795;QD=18.6419;RBI=0.0132411;REFB=-0.0197335;REVB=-0.0130986;RO=26;SAF=10;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160967;STB=0.590478;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0210037;OID=.;OPOS=113909339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:15:10:15:11:15:10:15:11 chr13 113960850 . G C 404.0 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0103915;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0838;QD=15.8433;RBI=0.0148609;REFB=-0.000314714;REVB=-0.0106237;RO=58;SAF=34;SAR=11;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270874;STB=0.647224;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00132779;OID=.;OPOS=113960850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:58:57:45:45:0.441176:11:34:30:28:11:34:30:27 chr13 113965176 . C A,G 437.02 PASS AF=0.935484,0.0645161;AO=29,2;DP=31;FAO=29,2;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00188515,-0.0141504;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=207.215,12.7809;QD=56.3893;RBI=0.016469,0.024619;REFB=0,0;REVB=0.0163608,0.020146;RO=0;SAF=13,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-6.74479e-05,0.0429409;OID=.,.;OPOS=113965176,113965176;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:31:0:0:29,2:29,2:0.935484,0.0645161:16,2:13,0:0:0:16,2:13,0:0:0 chr13 113977471 . G A 129.29 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0028891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.232;QD=21.5478;RBI=0.0463941;REFB=-0.00308865;REVB=0.046304;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247621;STB=0.640814;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00157127;OID=.;OPOS=113977471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:10:4:6:4:10:4:6:4 chr13 114150107 . C T 323.52 PASS AF=0.53125;AO=33;DP=63;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00335401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.146;QD=20.2199;RBI=0.00354375;REFB=-0.00950135;REVB=0.00114401;RO=29;SAF=18;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110707;STB=0.574132;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00706151;OID=.;OPOS=114150107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:29:30:33:34:0.53125:15:18:12:17:15:19:12:18 chr13 114175038 . G A 443.71 PASS AF=0.483871;AO=44;DP=92;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0278609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.138;QD=19.0843;RBI=0.0311735;REFB=-0.023085;REVB=0.0139841;RO=48;SAF=21;SAR=23;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213188;STB=0.517234;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0205285;OID=.;OPOS=114175038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:48:48:44:45:0.483871:23:21:24:24:24:21:24:24 chr13 114203840 . G A 62.1 PASS AF=0.151899;AO=12;DP=78;FAO=12;FDP=79;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0193868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.068;QD=3.14455;RBI=0.020479;REFB=-0.00626331;REVB=0.00659845;RO=66;SAF=4;SAR=8;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156103;STB=0.61384;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0285756;OID=.;OPOS=114203840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:78:79:66:67:12:12:0.151899:8:4:30:36:8:4:31:36 chr13 114303764 . C T 641.65 PASS AF=0.547826;AO=63;DP=116;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0090817;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.65;QD=22.3182;RBI=0.0430809;REFB=-0.0225875;REVB=-0.0421128;RO=52;SAF=27;SAR=36;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138137;STB=0.575658;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0220146;OID=.;OPOS=114303764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:52:52:63:63:0.547826:36:27:31:21:36:27:31:21 chr13 114309226 . G A 486.4 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0194345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.655;QD=18.8894;RBI=0.0325795;REFB=-0.0269517;REVB=-0.0261481;RO=52;SAF=25;SAR=26;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00893803;STB=0.504949;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0261785;OID=.;OPOS=114309226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:52:51:51:0.495146:26:25:26:26:26:25:26:26 chr13 114312354 . T G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0010939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.89;QD=64.1534;RBI=0.0132654;REFB=0;REVB=0.0132202;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80522e-05;OID=.;OPOS=114312354;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr13 114321711 . G A 165.18 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=0.0112037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.535;QD=7.86578;RBI=0.0117321;REFB=-0.00451233;REVB=-0.00348135;RO=61;SAF=11;SAR=12;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23462;STB=0.639231;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0138553;OID=.;OPOS=114321711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:61:61:23:23:0.27381:12:11:41:20:12:11:41:20 chr13 114322288 . TA GT,TG 879.43 PASS AF=0.0322581,0.967742;AO=4,54;DP=62;FAO=2,60;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=1,36;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123952,-0.0173871;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=91.1271,135.83;QD=56.7376;RBI=0.0359275,0.0579613;REFB=0,0;REVB=0.0337215,0.0552919;RO=0;SAF=1,33;SAR=3,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,-3.70667e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0555851,-0.00269593;OID=.,.;OPOS=114322288,114322289;OREF=TA,A;OALT=GT,G;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:62:62:0:0:4,54:2,60:0.0322581,0.967742:3,21:1,33:0:0:1,24:1,36:0:0 chr13 114469092 . G T 429.23 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0115176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.139;QD=22.5909;RBI=0.0118561;REFB=-0.0126313;REVB=-0.00281293;RO=33;SAF=26;SAR=16;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109758;STB=0.514505;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00816652;OID=.;OPOS=114469092;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:34:42:42:0.552632:16:26:20:13:16:26:20:14 chr13 114504662 . C T 970.94 PASS AF=0.34188;AO=120;DP=351;FAO=120;FDP=351;FR=.;FRO=231;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=118;FSRR=113;FWDB=-0.00365377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.283;QD=11.0649;RBI=0.00452311;REFB=-0.00464085;REVB=-0.00266617;RO=231;SAF=64;SAR=56;SRF=118;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260561;STB=0.514849;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00930895;OID=.;OPOS=114504662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:351:351:231:231:120:120:0.34188:56:64:118:113:56:64:118:113 chr13 114524944 . A G 2223.68 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.382;QD=63.0831;RBI=0.043533;REFB=0;REVB=0.0219085;RO=0;SAF=66;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15927e-05;OID=.;OPOS=114524944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:141:0:0:139:141:1:73:66:0:0:75:66:0:0 chr13 114530114 . G A 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.964;QD=58.2372;RBI=0.0533448;REFB=0;REVB=-0.00202111;RO=0;SAF=43;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034631;OID=.;OPOS=114530114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:19:43:0:0:19:43:0:0 chr13 114531565 . C G 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00514764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5045;QD=62.3445;RBI=0.0504166;REFB=0;REVB=-0.0501531;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000567228;OID=.;OPOS=114531565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr13 114545925 . A G 535.59 PASS AF=0.402597;AO=62;DP=156;FAO=62;FDP=154;FR=.;FRO=92;FSAF=8;FSAR=54;FSRF=32;FSRR=60;FWDB=0.0148276;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8521;QD=13.9115;RBI=0.0434614;REFB=-0.0251643;REVB=-0.0408539;RO=88;SAF=8;SAR=54;SRF=31;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354618;STB=0.703047;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.050711;OID=.;OPOS=114545925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:154:88:92:62:62:0.402597:54:8:31:57:54:8:32:60 chr13 114623880 . G A 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3186;QD=57.5442;RBI=0.0553946;REFB=0;REVB=-0.000212428;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289379;OID=.;OPOS=114623880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr13 114747187 . G C 105.08 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.126591;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6642;QD=10.2512;RBI=0.139024;REFB=0.00864701;REVB=0.0574663;RO=29;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101388;STB=0.552996;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.0227761;OID=.;OPOS=114747187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:29:28:13:13:0.317073:10:3:5:24:10:3:5:23 chr13 114780764 . A G 205.79 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0199689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.861;QD=10.8313;RBI=0.0265515;REFB=-0.00553052;REVB=-0.0174993;RO=50;SAF=9;SAR=17;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415592;STB=0.52421;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00837331;OID=.;OPOS=114780764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:50:26:26:0.342105:17:9:19:31:17:9:19:31 chr13 114817621 . G A 48.53 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=63;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0496287;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.751;QD=3.13105;RBI=0.049719;REFB=-0.00169882;REVB=-0.00299529;RO=53;SAF=2;SAR=7;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282874;STB=0.702326;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00504041;OID=.;OPOS=114817621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:63:62:53:53:9:9:0.145161:7:2:23:30:7:2:23:30 chr14 19378030 . T A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.0023338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.298;QD=19.1805;RBI=0.0023338;REFB=-0.0120599;REVB=0;RO=11;SAF=13;SAR=0;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0132495;OID=.;OPOS=19378030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:0:13:11:0:0:13:11:0 chr14 20002286 . A G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00932747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.691;QD=13.5055;RBI=0.0093349;REFB=0.00566212;REVB=0.000372337;RO=16;SAF=1;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409997;STB=0.741055;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00570632;OID=.;OPOS=20002286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:16:17:12:12:0.413793:11:1:5:11:11:1:5:12 chr14 20216298 . T C 1925.24 PASS AF=0.984375;AO=126;DP=129;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00555274;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4459;QD=60.1637;RBI=0.0136931;REFB=-0.0168331;REVB=0.0125168;RO=1;SAF=56;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840948;STB=0.508927;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00211832;OID=.;OPOS=20216298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:129:128:1:2:126:126:0.984375:70:56:1:0:71:55:2:0 chr14 20248828 . C T 1165.79 PASS AF=0.656051;AO=103;DP=157;FAO=103;FDP=157;FR=.;FRO=54;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0165714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.783;QD=29.7017;RBI=0.0227706;REFB=-0.0208904;REVB=0.015617;RO=54;SAF=54;SAR=49;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00368193;STB=0.501983;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0117277;OID=.;OPOS=20248828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:54:54:103:103:0.656051:49:54:28:26:49:54:28:26 chr14 20249176 . G A 1552.05 PASS AF=0.688172;AO=128;DP=188;FAO=128;FDP=186;FR=.;FRO=58;FSAF=62;FSAR=66;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.00338772;FXX=0.0106377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.396;QD=33.3774;RBI=0.00912738;REFB=-0.010535;REVB=-0.00847541;RO=58;SAF=62;SAR=66;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591665;STB=0.531717;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00539376;OID=.;OPOS=20249176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:186:58:58:128:128:0.688172:66:62:34:24:66:62:34:24 chr14 20249456 . G A 378.42 PASS AF=0.365079;AO=42;DP=121;FAO=46;FDP=126;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.0529903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2328;QD=12.0133;RBI=0.0773143;REFB=-0.0184391;REVB=0.0562985;RO=79;SAF=20;SAR=22;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342233;STB=0.549528;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0282748;OID=.;OPOS=20249456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:126:79:80:42:46:0.365079:22:20:40:39:26:20:41:39 chr14 20295627 . C G 324.88 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0147754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2672;QD=17.0987;RBI=0.0460484;REFB=-0.0174257;REVB=-0.0436136;RO=41;SAF=16;SAR=19;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996767;STB=0.555857;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0215634;OID=.;OPOS=20295627;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:19:16:23:18:19:16:23:18 chr14 20295834 . T C 531.56 PASS AF=0.309735;AO=70;DP=225;FAO=70;FDP=226;FR=.;FRO=156;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=77;FSRR=79;FWDB=0.0212933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.792;QD=9.40808;RBI=0.0218521;REFB=-0.00420586;REVB=-0.00490998;RO=155;SAF=29;SAR=41;SRF=77;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990521;STB=0.555312;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00988895;OID=.;OPOS=20295834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:226:155:156:70:70:0.309735:41:29:77:78:41:29:77:79 chr14 20389606 . G A 255.43 PASS AF=0.270677;AO=36;DP=133;FAO=36;FDP=133;FR=.;FRO=97;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=70;FWDB=-0.0415478;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.001;QD=7.6821;RBI=0.0418259;REFB=-0.00420982;REVB=-0.00481562;RO=97;SAF=9;SAR=27;SRF=27;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448925;STB=0.526814;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0165936;OID=.;OPOS=20389606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:97:97:36:36:0.270677:27:9:27:70:27:9:27:70 chr14 20389721 . G A 136.75 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00127652;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.98;QD=9.76771;RBI=0.0321347;REFB=-0.00273808;REVB=-0.0321094;RO=39;SAF=6;SAR=12;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645192;STB=0.545403;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00641722;OID=.;OPOS=20389721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:39:38:18:18:0.321429:12:6:15:24:12:6:15:23 chr14 20403909 . T C 449.42 PASS AF=0.29902;AO=61;DP=205;FAO=61;FDP=204;FR=.;FRO=143;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=53;FSRR=90;FWDB=0.00449209;FXX=0.00970827;HRUN=6;LEN=1;MLLD=217.788;QD=8.81212;RBI=0.00490133;REFB=-0.00425513;REVB=-0.00196065;RO=139;SAF=24;SAR=37;SRF=51;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335617;STB=0.516868;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00903296;OID=.;OPOS=20403909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:139:143:61:61:0.29902:37:24:51:88:37:24:53:90 chr14 20404091 . G A 149.16 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0170344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1117;QD=9.62301;RBI=0.027657;REFB=0.00222195;REVB=-0.0217885;RO=41;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197096;STB=0.505295;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.00460363;OID=.;OPOS=20404091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:42:20:20:0.322581:13:7:15:26:13:7:15:27 chr14 20404238 . G A 102.61 PASS AF=0.231884;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0185695;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1906;QD=5.94856;RBI=0.0194619;REFB=-0.000363374;REVB=0.00582566;RO=53;SAF=10;SAR=6;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754683;STB=0.54711;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0008975;OID=.;OPOS=20404238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:53:53:16:16:0.231884:6:10:30:23:6:10:30:23 chr14 20404614 . C A 380.56 PASS AF=0.320513;AO=50;DP=157;FAO=50;FDP=156;FR=.;FRO=106;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=-0.0125109;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.346;QD=9.7579;RBI=0.0128879;REFB=-0.00563931;REVB=-0.00309436;RO=106;SAF=27;SAR=23;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580582;STB=0.533611;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.011723;OID=.;OPOS=20404614;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:106:106:50:50:0.320513:23:27:52:54:23:27:52:54 chr14 20404735 . C T 108.77 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.011169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.111;QD=7.13215;RBI=0.0117705;REFB=-0.00527954;REVB=-0.0037144;RO=40;SAF=8;SAR=8;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118568;STB=0.60643;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0316077;OID=.;OPOS=20404735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:45:16:16:0.262295:8:8:16:24:8:8:16:29 chr14 20404736 . G A 490.09 PASS AF=0.728814;AO=43;DP=60;FAO=43;FDP=59;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0170553;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.062;QD=33.2261;RBI=0.0219763;REFB=0.00198829;REVB=-0.0138591;RO=16;SAF=15;SAR=28;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811374;STB=0.543898;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000572328;OID=.;OPOS=20404736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:16:16:43:43:0.728814:28:15:8:8:28:15:8:8 chr14 20404767 . A G 429.06 PASS AF=0.708333;AO=34;DP=48;FAO=34;FDP=48;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0218302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.041;QD=35.7554;RBI=0.0338579;REFB=-0.043463;REVB=0.0258805;RO=14;SAF=12;SAR=22;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838953;STB=0.545664;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0154689;OID=.;OPOS=20404767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:14:14:34:34:0.708333:22:12:7:7:22:12:7:7 chr14 20444490 . C T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.02;QD=63.2864;RBI=0.0235738;REFB=0;REVB=0.0215585;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77791e-05;OID=.;OPOS=20444490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr14 20470737 . G A 1465.05 PASS AF=0.980583;AO=99;DP=101;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00810012;FXX=0.00961446;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.76;QD=56.8953;RBI=0.0268437;REFB=-0.0645831;REVB=0.0255924;RO=2;SAF=52;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178927;STB=0.509257;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000117845;OID=.;OPOS=20470737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:103:2:2:99:101:0.980583:47:52:2:0:48:53:2:0 chr14 20470851 . ACTTTTTTT ACTTTTTT,CTTTTTTTG 482.78 PASS AF=0.917808,0.0821918;AO=48,3;DP=75;FAO=67,6;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29,6;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412835,-0.0108475;FXX=0.0874891;HRUN=8,4;LEN=1,9;MLLD=9.42773,227.352;QD=26.4539;RBI=0.157116,0.0128813;REFB=0.0595464,0.013356;REVB=0.151595,0.0069469;RO=8;SAF=18,3;SAR=30,0;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.694555;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0137311,0.0618192;OID=.,.;OPOS=20470853,20470851;OREF=T,ACTTTTTTT;OALT=-,CTTTTTTTG;OMAPALT=ACTTTTTT,CTTTTTTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:75:73:8:0:48,3:67,6:0.917808,0.0821918:30,0:18,3:3:5:38,0:29,6:0:0 chr14 20470903 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00316873;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.325;QD=59.5012;RBI=0.00623916;REFB=0;REVB=0.0053746;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20153e-05;OID=.;OPOS=20470903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr14 20482471 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00327623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.075;QD=47.8222;RBI=0.0213953;REFB=0;REVB=0.021143;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011887;OID=.;OPOS=20482471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr14 20482694 . G T 318.9 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00605467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.937;QD=15.7481;RBI=0.0264098;REFB=-0.00909829;REVB=0.0257064;RO=45;SAF=15;SAR=20;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016129;STB=0.51612;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0113742;OID=.;OPOS=20482694;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:46:35:35:0.432099:20:15:20:25:20:15:21:25 chr14 20502120 . C T 153.49 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0251705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.957;QD=8.8982;RBI=0.0274063;REFB=-0.0102989;REVB=-0.0108421;RO=47;SAF=10;SAR=11;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153783;STB=0.502073;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0248455;OID=.;OPOS=20502120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:48:21:21:0.304348:11:10:23:24:11:10:23:25 chr14 20528207 . G A 195.09 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0359446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.804;QD=17.7354;RBI=0.0511585;REFB=-0.0424119;REVB=-0.036403;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848779;STB=0.538985;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0650315;OID=.;OPOS=20528207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:24:20:20:0.454545:7:13:13:10:7:13:14:10 chr14 20528321 . A G 183.13 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0523842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.545;QD=25.2591;RBI=0.0524726;REFB=0.00587257;REVB=0.00304362;RO=11;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190434;STB=0.605945;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00448453;OID=.;OPOS=20528321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:8:10:3:8:8:10:3:8 chr14 20528359 . G T 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0439716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.878;QD=46.0588;RBI=0.0446039;REFB=0.0561634;REVB=-0.00748382;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368096;STB=0.519979;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.00620921;OID=.;OPOS=20528359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:12:7:0:1:12:7:0:1 chr14 20528362 . A G 48.34 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0224497;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.339;QD=10.7426;RBI=0.0231571;REFB=-0.0132628;REVB=-0.00567974;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381916;STB=0.726721;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0106131;OID=.;OPOS=20528362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:19:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:2:9:3:4:2:9 chr14 20528448 . TCATAGATTTGCTCACTGAC T 103.98 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00163131;FXX=0;HRUN=1;LEN=19;MLLD=620.233;QD=10.1445;RBI=0.0060696;REFB=0.000462293;REVB=0.00584627;RO=26;SAF=8;SAR=5;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459377;STB=0.51997;STBP=0.884;TYPE=del;VARB=-0.000637083;OID=.;OPOS=20528449;OREF=CATAGATTTGCTCACTGAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.317073:13:41:13:41:28:8:5:18:10:99:26:8:5:17:9 chr14 20528505 . T A 161.52 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0112726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.872;QD=10.5911;RBI=0.0435489;REFB=-0.000202425;REVB=0.0420646;RO=40;SAF=14;SAR=7;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220152;STB=0.629088;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000831118;OID=.;OPOS=20528505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:7:14:19:21:7:14:19:21 chr14 20528528 . G A 161.45 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00819468;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.307;QD=8.84675;RBI=0.0131262;REFB=-0.011259;REVB=-0.010254;RO=50;SAF=13;SAR=9;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107482;STB=0.557324;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0256319;OID=.;OPOS=20528528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:51:22:22:0.30137:9:13:25:25:9:13:26:25 chr14 20529019 . C T 492.38 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00395876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.902;QD=20.0971;RBI=0.00501925;REFB=-0.0132282;REVB=-0.00308563;RO=49;SAF=22;SAR=26;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00859039;STB=0.50943;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0125548;OID=.;OPOS=20529019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:50:48:48:0.489796:26:22:22:27:26:22:22:28 chr14 20529043 . C G 242.35 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0161105;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.3844;QD=12.4282;RBI=0.0496743;REFB=-0.00872371;REVB=0.0469892;RO=49;SAF=14;SAR=15;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052241;STB=0.530015;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0197381;OID=.;OPOS=20529043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:49:49:29:29:0.371795:15:14:26:23:15:14:26:23 chr14 20586042 . G C 1022.96 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.082;QD=59.3022;RBI=0.0117322;REFB=0;REVB=0.00344018;RO=0;SAF=42;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.63398e-06;OID=.;OPOS=20586042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:69:0:0:65:69:1:23:42:0:0:27:42:0:0 chr14 20586432 . C T 1513.33 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00747011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.469;QD=59.934;RBI=0.0175872;REFB=0;REVB=0.0159219;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8183e-06;OID=.;OPOS=20586432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:50:51:0:0:50:51:0:0 chr14 20692188 . T C 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0171339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.172;QD=21.0649;RBI=0.0362721;REFB=-0.0453805;REVB=-0.0319702;RO=21;SAF=16;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280063;STB=0.628462;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.028884;OID=.;OPOS=20692188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:21:24:24:24:0.5:8:16:7:14:8:16:10:14 chr14 20692291 . C T 460.4 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0267981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.975;QD=23.9168;RBI=0.0311719;REFB=-0.0271547;REVB=-0.0159232;RO=33;SAF=29;SAR=15;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00659726;STB=0.503619;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0130699;OID=.;OPOS=20692291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:15:29:22:11:15:29:22:11 chr14 20692453 . G T 394.43 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0550614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1831;QD=19.971;RBI=0.0570802;REFB=0.0109626;REVB=-0.0150463;RO=39;SAF=21;SAR=19;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810632;STB=0.544911;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.0131816;OID=.;OPOS=20692453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:19:21:24:15:19:21:24:15 chr14 20692574 . T C 421.76 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00568933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.575;QD=18.1402;RBI=0.0121089;REFB=-0.0163048;REVB=0.0106891;RO=50;SAF=17;SAR=26;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121766;STB=0.568057;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0192002;OID=.;OPOS=20692574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:26:17:26:24:26:17:26:24 chr14 20692643 . T C 481.7 PASS AF=0.484536;AO=46;DP=98;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.000185778;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.249;QD=19.864;RBI=0.00996862;REFB=-0.0210671;REVB=0.00996689;RO=50;SAF=14;SAR=32;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100767;STB=0.559854;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.017312;OID=.;OPOS=20692643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:50:50:46:47:0.484536:32:14:20:30:33:14:20:30 chr14 20698068 . G T 118.76 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.073213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7897;QD=22.6217;RBI=0.118922;REFB=0.0299697;REVB=-0.0937144;RO=8;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163432;STB=0.592449;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.0299373;OID=.;OPOS=20698068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:8:5:5:3:8:5:5:3 chr14 20698239 . T C 562.64 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00449104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.747;QD=23.9422;RBI=0.0558543;REFB=0.000855444;REVB=-0.0556734;RO=42;SAF=23;SAR=29;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472982;STB=0.525959;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00134397;OID=.;OPOS=20698239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:42:42:52:52:0.553191:29:23:21:21:29:23:21:21 chr14 20698298 . T G 536.21 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0797855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4085;QD=23.8317;RBI=0.0820812;REFB=-0.00748602;REVB=-0.0192768;RO=40;SAF=18;SAR=32;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770639;STB=0.542356;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00913488;OID=.;OPOS=20698298;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:40:50:50:0.555556:32:18:18:22:32:18:18:22 chr14 20764585 . A C 159.76 PASS AF=0.363636;AO=19;DP=54;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0212434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8812;QD=11.6192;RBI=0.0235867;REFB=-0.00425251;REVB=-0.0102494;RO=35;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00357174;STB=0.514836;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00838071;OID=.;OPOS=20764585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:35:35:19:20:0.363636:12:7:13:22:13:7:13:22 chr14 20770036 . T C 1335.14 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.261;QD=61.3857;RBI=0.0364418;REFB=0;REVB=0.0295237;RO=1;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111471;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235502;OID=.;OPOS=20770036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:1:0:86:87:1:42:44:0:1:43:44:0:0 chr14 20781947 . C T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0897168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.652;QD=12.1823;RBI=0.0900136;REFB=-0.00969835;REVB=-0.00730331;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13532;STB=0.580483;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0131908;OID=.;OPOS=20781947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:6:4:8:7:6:4:8:7 chr14 20784718 . G T 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0723613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.271;QD=22.9573;RBI=0.073664;REFB=-0.0260244;REVB=0.0137924;RO=10;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244927;STB=0.651405;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00501124;OID=.;OPOS=20784718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:10:11:16:16:0.592593:9:7:8:2:9:7:9:2 chr14 20811466 . G A 723.41 PASS AF=0.490196;AO=75;DP=155;FAO=75;FDP=153;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.0555124;FXX=0.0254761;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2006;QD=18.9127;RBI=0.0641576;REFB=-0.0108383;REVB=0.0321648;RO=77;SAF=32;SAR=43;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00178753;STB=0.504801;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0130916;OID=.;OPOS=20811466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:153:77:78:75:75:0.490196:43:32:33:44:43:32:34:44 chr14 20811813 . C T 272.89 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0738612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7612;QD=45.4809;RBI=0.0747013;REFB=0.052108;REVB=0.011172;RO=2;SAF=14;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224789;STB=0.512184;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.00243071;OID=.;OPOS=20811813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:8:14:1:1:8:14:1:1 chr14 20824181 . T C 277.59 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0229682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6051;QD=20.5623;RBI=0.0329122;REFB=-0.00850505;REVB=0.0235727;RO=25;SAF=9;SAR=20;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15365;STB=0.585713;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00865027;OID=.;OPOS=20824181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:20:9:12:13:20:9:12:13 chr14 20825321 . T TTTCAC 217.38 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=64;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0270984;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=306.999;QD=14.2541;RBI=0.0280101;REFB=-0.00143903;REVB=0.00708825;RO=38;SAF=4;SAR=21;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303545;STB=0.641898;STBP=0.138;TYPE=ins;VARB=0.00175179;OID=.;OPOS=20825322;OREF=-;OALT=TTCAC;OMAPALT=TTTCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42623:25:64:26:61:35:4:22:11:24:99:38:4:21:14:24 chr14 20825323 . T G 223.53 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00746745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.009;QD=14.9023;RBI=0.0169679;REFB=0.00236871;REVB=0.0152364;RO=33;SAF=4;SAR=22;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263727;STB=0.646929;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00147467;OID=.;OPOS=20825323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:34:26:26:0.433333:22:4:11:22:22:4:11:23 chr14 20846331 . G GC 66.09 PASS AF=0.378378;AO=13;DP=39;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0498751;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.4251;QD=7.14483;RBI=0.0502786;REFB=-0.0717888;REVB=0.0063569;RO=25;SAF=2;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4951;STB=0.803088;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=0.116288;OID=.;OPOS=20846332;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.378378:13:39:14:37:23:2:12:13:10:66:25:2:11:14:11 chr14 20852029 . A G 91.45 PASS AF=0.352941;AO=11;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00938436;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.813;QD=10.7589;RBI=0.0158687;REFB=-0.00339138;REVB=-0.0127964;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493524;STB=0.505042;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0032124;OID=.;OPOS=20852029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:34:34:20:22:11:12:0.352941:5:6:11:9:5:7:13:9 chr14 20852817 . G A 184.82 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0701805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.904;QD=12.1195;RBI=0.0746356;REFB=-0.0325955;REVB=-0.0254;RO=38;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193231;STB=0.61094;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.029707;OID=.;OPOS=20852817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:11:12:13:25:11:12:13:25 chr14 20854734 . A G 1226.92 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.026;QD=61.346;RBI=0.00887047;REFB=0;REVB=-0.00356064;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58828e-06;OID=.;OPOS=20854734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:46:34:0:0:46:34:0:0 chr14 20859205 . C T 251.66 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00583081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.292;QD=20.5436;RBI=0.00699803;REFB=-0.0150949;REVB=0.00386964;RO=24;SAF=4;SAR=20;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172041;STB=0.591314;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0142776;OID=.;OPOS=20859205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:20:4:7:17:20:4:7:18 chr14 20872881 . G T 212.04 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.000913135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.772;QD=16.6308;RBI=0.00264595;REFB=-0.00617332;REVB=0.0024834;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125275;STB=0.58024;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00706374;OID=.;OPOS=20872881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:28:22:23:0.45098:9:13:13:15:9:14:13:15 chr14 20897064 . C T 131.01 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0239536;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7255;QD=18.7162;RBI=0.0250159;REFB=-0.0280877;REVB=-0.0072125;RO=12;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12655;STB=0.571341;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0281964;OID=.;OPOS=20897064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:12:13:14:15:0.535714:4:10:10:2:4:11:11:2 chr14 20897676 . T C 495.56 PASS AF=0.413534;AO=54;DP=133;FAO=55;FDP=133;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=29;FWDB=0.000328247;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.098;QD=14.904;RBI=0.00792978;REFB=-0.0178868;REVB=0.00792298;RO=79;SAF=32;SAR=22;SRF=49;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304081;STB=0.517344;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0238013;OID=.;OPOS=20897676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:79:78:54:55:0.413534:22:32:49:30:22:33:49:29 chr14 20898058 . G C 221.33 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0902011;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.2347;QD=18.8364;RBI=0.0902372;REFB=-0.0723215;REVB=-0.00255479;RO=15;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157735;STB=0.585578;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0611166;OID=.;OPOS=20898058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:15:25:21:22:0.468085:14:7:8:7:14:8:13:12 chr14 20916249 . T C 103.3 PASS AF=0.378378;AO=11;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0208381;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=137.126;QD=11.1677;RBI=0.0238784;REFB=-0.011683;REVB=0.0116598;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11125;STB=0.636176;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0215723;OID=.;OPOS=20916249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:23:11:14:0.378378:5:6:6:8:6:8:8:15 chr14 20916958 . T C 292.02 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0365799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.468;QD=21.631;RBI=0.0411572;REFB=-0.000468068;REVB=0.0188635;RO=24;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404142;STB=0.522373;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.000124724;OID=.;OPOS=20916958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:14:16:14:10:14:16:14:10 chr14 20920250 . T C 418.73 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00671363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.637;QD=22.9443;RBI=0.0088276;REFB=-0.0436179;REVB=0.0057318;RO=32;SAF=13;SAR=28;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157049;STB=0.586661;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0236437;OID=.;OPOS=20920250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:28:13:16:16:28:13:16:16 chr14 20942648 . C T 329.58 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.040024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.198;QD=13.3163;RBI=0.0574587;REFB=-0.015965;REVB=-0.041226;RO=62;SAF=18;SAR=19;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148049;STB=0.508461;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0296107;OID=.;OPOS=20942648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:62:62:37:37:0.373737:19:18:31:31:19:18:31:31 chr14 21024619 . A G 587.01 PASS AF=0.476562;AO=60;DP=127;FAO=61;FDP=128;FR=.;FRO=67;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.00960079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7951;QD=18.3442;RBI=0.0409052;REFB=-0.0100783;REVB=-0.0397625;RO=67;SAF=39;SAR=21;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183349;STB=0.604579;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.012818;OID=.;OPOS=21024619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:67:67:60:61:0.476562:21:39:31:36:21:40:31:36 chr14 21024786 . A G 661.7 PASS AF=0.45;AO=72;DP=160;FAO=72;FDP=160;FR=.;FRO=88;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.000189799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.758;QD=16.5424;RBI=0.00443628;REFB=-0.00880207;REVB=-0.00443222;RO=88;SAF=45;SAR=27;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126984;STB=0.57072;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0122418;OID=.;OPOS=21024786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:88:88:72:72:0.45:27:45:44:44:27:45:44:44 chr14 21052259 . T C 496.46 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00741561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.368;QD=20.9037;RBI=0.0151883;REFB=-0.0198877;REVB=0.0132549;RO=46;SAF=24;SAR=24;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505261;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0179017;OID=.;OPOS=21052259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:47:48:48:0.505263:24:24:23:23:24:24:24:23 chr14 21081996 . C T 1567.87 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0285926;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.191;QD=58.6119;RBI=0.0423066;REFB=-0.148222;REVB=0.0311819;RO=1;SAF=49;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839944;STB=0.504347;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00160948;OID=.;OPOS=21081996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:107:107:1:1:105:106:0.990654:56:49:0:1:57:49:0:1 chr14 21099310 . C T 222.56 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0668492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0478;QD=12.5387;RBI=0.0781213;REFB=-0.00364776;REVB=0.0404241;RO=43;SAF=7;SAR=20;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269237;STB=0.663487;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00548349;OID=.;OPOS=21099310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:44:27:27:0.380282:20:7:21:22:20:7:22:22 chr14 21099313 . C T 221.73 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0222946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.638;QD=12.3184;RBI=0.0249457;REFB=-0.0139203;REVB=-0.0111909;RO=45;SAF=7;SAR=20;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272918;STB=0.658218;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0270524;OID=.;OPOS=21099313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:20:7:22:23:20:7:22:23 chr14 21099400 . G A 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0204468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.196;QD=16.9233;RBI=0.0240673;REFB=-0.0183366;REVB=0.0126949;RO=39;SAF=8;SAR=26;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201934;STB=0.609306;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0188094;OID=.;OPOS=21099400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:40:34:34:0.459459:26:8:16:23:26:8:16:24 chr14 21101155 . C T 204.79 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0114422;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.189;QD=12.4115;RBI=0.0158135;REFB=-0.00913772;REVB=-0.0109151;RO=43;SAF=16;SAR=9;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144863;STB=0.567034;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0133837;OID=.;OPOS=21101155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:43:41:25:25:0.378788:9:16:22:21:9:16:22:19 chr14 21101236 . CCTTTA C 112.04 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0111554;FXX=0.0461467;HRUN=4;LEN=5;MLLD=295.778;QD=7.22804;RBI=0.0162559;REFB=-0.00725933;REVB=0.0118242;RO=42;SAF=10;SAR=11;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188707;STB=0.603563;STBP=0.265;TYPE=del;VARB=0.0142727;OID=.;OPOS=21101237;OREF=CTTTA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.33871:21:65:21:62:41:10:11:26:15:99:42:10:11:27:15 chr14 21109141 . C T 181.26 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00449124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.43;QD=16.4782;RBI=0.032975;REFB=-0.00344421;REVB=-0.0326677;RO=25;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191767;STB=0.510991;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00319077;OID=.;OPOS=21109141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:8:11:14:11:8:11:14:11 chr14 21109170 . T A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.227;QD=58.0609;RBI=0.0513407;REFB=0;REVB=-0.0293287;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000333568;OID=.;OPOS=21109170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr14 21109278 . A T 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0168467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.637;QD=15.773;RBI=0.0286418;REFB=-0.0144338;REVB=-0.0231634;RO=33;SAF=22;SAR=5;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267648;STB=0.653338;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0151738;OID=.;OPOS=21109278;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:5:22:20:13:5:22:20:13 chr14 21109335 . C T 108.86 PASS AF=0.297872;AO=13;DP=46;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0085562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.547;QD=9.26422;RBI=0.0218988;REFB=-0.00911251;REVB=-0.0201581;RO=32;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02832;STB=0.531869;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0213551;OID=.;OPOS=21109335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:32:33:13:14:0.297872:6:7:18:14:7:7:18:15 chr14 21109385 . C T 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0117581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.902;QD=10.2403;RBI=0.0142734;REFB=-0.0132293;REVB=-0.00809185;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285136;STB=0.517207;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0255209;OID=.;OPOS=21109385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:10:9:5:5:10:9 chr14 21109671 . A G 390.48 PASS AF=0.649123;AO=36;DP=56;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00475461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.366;QD=27.4024;RBI=0.0116434;REFB=-0.00364276;REVB=-0.0106284;RO=18;SAF=20;SAR=16;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523979;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00149994;OID=.;OPOS=21109671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:18:20:36:37:0.649123:16:20:10:8:16:21:10:10 chr14 21109726 . G A 371.97 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0187494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5506;QD=25.6528;RBI=0.0195181;REFB=-0.000857593;REVB=-0.00542342;RO=22;SAF=24;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123662;STB=0.567862;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.000218996;OID=.;OPOS=21109726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:22:36:36:0.62069:12:24:11:11:12:24:11:11 chr14 21149930 . T C 532.53 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=115;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.00282107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.811;QD=18.5227;RBI=0.00645398;REFB=0.00101452;REVB=-0.00580477;RO=59;SAF=30;SAR=26;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409984;STB=0.522705;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.0009231;OID=.;OPOS=21149930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:59:59:56:56:0.486957:26:30:29:30:26:30:29:30 chr14 21151483 . T G 1799.51 PASS AF=0.465823;AO=183;DP=394;FAO=184;FDP=395;FR=.;FRO=211;FSAF=94;FSAR=90;FSRF=113;FSRR=98;FWDB=0.0187666;FXX=0.00252519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2484;QD=18.2229;RBI=0.0208411;REFB=-0.0259772;REVB=0.00906459;RO=209;SAF=94;SAR=89;SRF=111;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168994;STB=0.513193;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0339113;OID=.;OPOS=21151483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:394:395:209:211:183:184:0.465823:89:94:111:98:90:94:113:98 chr14 21152167 . G C 555.24 PASS AF=0.513514;AO=56;DP=110;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0141157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.96;QD=20.0087;RBI=0.0376016;REFB=-0.00452656;REVB=0.0348515;RO=54;SAF=33;SAR=23;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113395;STB=0.556809;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00425586;OID=.;OPOS=21152167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:54:54:56:57:0.513514:23:33:25:29:24:33:25:29 chr14 21167576 . A T 249.42 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00344399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8416;QD=14.2528;RBI=0.0878467;REFB=-0.0203333;REVB=-0.0877792;RO=38;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00910152;STB=0.517229;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0416032;OID=.;OPOS=21167576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:41:29:29:0.414286:15:14:18:20:15:14:21:20 chr14 21168055 . T C 375.6 PASS AF=0.481481;AO=38;DP=80;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00384856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.485;QD=18.548;RBI=0.0106592;REFB=0.00456534;REVB=0.00994019;RO=40;SAF=19;SAR=19;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518978;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.00266233;OID=.;OPOS=21168055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:40:42:38:39:0.481481:19:19:20:20:20:19:22:20 chr14 21168084 . C T 243.71 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0200521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2587;QD=15.2316;RBI=0.0229195;REFB=-0.011887;REVB=-0.0111004;RO=36;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00791808;STB=0.504481;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0151906;OID=.;OPOS=21168084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:13:15:19:17:13:15:19:17 chr14 21215997 . C T 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.024693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.799;QD=15.2681;RBI=0.0407553;REFB=-0.0234482;REVB=-0.032423;RO=33;SAF=17;SAR=9;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118459;STB=0.566668;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0132766;OID=.;OPOS=21215997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:9:17:25:8:9:17:25:8 chr14 21216499 . C T 685.92 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0152465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.75;QD=58.3758;RBI=0.017274;REFB=-0.0496313;REVB=-0.00812004;RO=2;SAF=15;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143703;STB=0.507933;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00117059;OID=.;OPOS=21216499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:47:2:2:44:45:0.957447:29:15:1:1:30:15:1:1 chr14 21238318 . G A 345.99 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.317;QD=53.2298;RBI=0.104101;REFB=0;REVB=0.103434;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112062;OID=.;OPOS=21238318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:12:14:0:0 chr14 21250124 . G A 262.96 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0280331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.321;QD=47.8111;RBI=0.0280498;REFB=0.0481107;REVB=-0.000969689;RO=1;SAF=12;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369221;STB=0.519981;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000678996;OID=.;OPOS=21250124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:9:12:1:0:9:12:1:0 chr14 21250366 . T C 1929.75 PASS AF=0.977099;AO=126;DP=130;FAO=128;FDP=131;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0272388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1725;QD=58.9236;RBI=0.057133;REFB=-0.162018;REVB=0.0502217;RO=0;SAF=64;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29882e-08;STB=0.511449;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00131345;OID=.;OPOS=21250366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:130:131:0:3:126:128:0.977099:62:64:0:0:64:64:0:3 chr14 21360215 . AC A,AG 640.07 PASS AF=0.139535,0.860465;AO=6,37;DP=43;FAO=6,37;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=6,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219152,0.0244535;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.259,164.068;QD=59.5412;RBI=0.0637726,0.0835405;REFB=0,0;REVB=0.0598887,0.0798814;RO=0;SAF=0,24;SAR=6,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0538247,0.0010048;OID=.,.;OPOS=21360216,21360216;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.139535,0.860465:6,37:43:6,37:43:0:0,24:6,13:0:0:21:0:0,24:6,13:0:0 chr14 21387994 . A G 1698.69 PASS AF=0.97479;AO=115;DP=119;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00140507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.145;QD=57.0988;RBI=0.0123949;REFB=-0.120846;REVB=-0.012315;RO=4;SAF=56;SAR=59;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032713;STB=0.512818;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=1.38417e-05;OID=.;OPOS=21387994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:119:119:4:3:115:116:0.97479:59:56:4:0:59:57:3:0 chr14 21388266 . G C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.992;QD=60.5472;RBI=0.0451507;REFB=0;REVB=-0.0405339;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.29487e-05;OID=.;OPOS=21388266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:42:33:0:0:42:33:0:0 chr14 21458320 . CCCCG C 644.98 PASS AF=0.475728;AO=90;DP=206;FAO=98;FDP=206;FR=.;FRO=108;FSAF=34;FSAR=64;FSRF=57;FSRR=51;FWDB=0.0248047;FXX=0.0143534;HRUN=5;LEN=4;MLLD=282.828;QD=12.5239;RBI=0.026549;REFB=-0.00380903;REVB=0.00946452;RO=103;SAF=31;SAR=59;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152118;STB=0.598295;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=0.00499414;OID=.;OPOS=21458321;OREF=CCCG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.475728:90:206:98:206:108:34:64:57:51:99:103:31:59:51:52 chr14 21467913 . T G 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.139;QD=59.9372;RBI=0.0242634;REFB=0;REVB=0.0142804;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29445e-05;OID=.;OPOS=21467913;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:58:43:0:0:58:43:0:0 chr14 21469150 . T TC 697.25 PASS AF=1;AO=9;DP=55;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045609;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=210.082;QD=55.7803;RBI=0.0715279;REFB=0;REVB=-0.0551004;RO=46;SAF=8;SAR=1;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.531249;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000373735;OID=.;OPOS=21469151;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:55:50:50:0:27:23:0:0:4:46:8:1:22:24 chr14 21469151 . T C 504.79 PASS AF=0.807692;AO=43;DP=53;FAO=42;FDP=52;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00640316;FXX=0.0188644;HRUN=6;LEN=1;MLLD=238.667;QD=38.8298;RBI=0.0191231;REFB=-0.118681;REVB=0.0180193;RO=10;SAF=20;SAR=23;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117193;STB=0.562015;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00351401;OID=.;OPOS=21469151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:53:52:10:10:43:42:0.807692:23:20:8:2:22:20:8:2 chr14 21486137 . G C 1179.23 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1602;QD=60.4736;RBI=0.024715;REFB=0;REVB=-0.0245641;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146602;OID=.;OPOS=21486137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:75:78:1:43:32:0:0:43:35:0:0 chr14 21500121 . G T 276.66 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00779634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.73;QD=21.6991;RBI=0.0114115;REFB=-0.0044409;REVB=-0.00833305;RO=23;SAF=20;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277906;STB=0.636262;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0038105;OID=.;OPOS=21500121;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:23:27:28:0.54902:7:20:10:13:8:20:10:13 chr14 21500541 . T TA 59.31 PASS AF=0.393939;AO=14;DP=37;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.100305;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.2661;QD=7.18965;RBI=0.120008;REFB=-0.0634067;REVB=-0.0658858;RO=23;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383547;STB=0.651933;STBP=0.175;TYPE=ins;VARB=0.0703561;OID=.;OPOS=21500542;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393939:14:37:13:33:20:9:4:9:11:59:23:10:4:8:15 chr14 21501095 . T C 239.13 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00215555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.072;QD=20.7942;RBI=0.0584598;REFB=-0.0337199;REVB=0.05842;RO=22;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174479;STB=0.608601;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0259235;OID=.;OPOS=21501095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:14:9:13:9:14:9:14:9 chr14 21501151 . G T 233.45 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00237241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0246;QD=16.9779;RBI=0.0200763;REFB=-0.00691034;REVB=0.0199356;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00254653;STB=0.511227;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00615883;OID=.;OPOS=21501151;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:29:26:26:0.472727:12:14:15:13:12:14:15:14 chr14 21511458 . G C 667.83 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.069543;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.2753;QD=56.8363;RBI=0.0772295;REFB=-0.104198;REVB=0.0335882;RO=2;SAF=31;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198629;STB=0.515618;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00344435;OID=.;OPOS=21511458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:2:2:44:45:0.957447:13:31:1:1:14:31:2:0 chr14 21511497 . C T 769.63 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.45;QD=57.0096;RBI=0.0100987;REFB=0;REVB=-0.00759265;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.71895e-06;OID=.;OPOS=21511497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:22:31:0:0:22:32:0:0 chr14 21526079 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010632;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=196.545;QD=62.9829;RBI=0.0204272;REFB=0;REVB=0.0174423;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75455e-05;OID=.;OPOS=21526079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr14 21547143 . C T 395.39 PASS AF=0.455556;AO=39;DP=88;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0151444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.359;QD=17.5727;RBI=0.0186894;REFB=-0.0250623;REVB=-0.0109517;RO=47;SAF=13;SAR=26;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200866;STB=0.611438;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.029574;OID=.;OPOS=21547143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:47:49:39:41:0.455556:26:13:25:22:28:13:25:24 chr14 21549893 . G C 200.01 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.746;QD=47.0622;RBI=0.0875346;REFB=0;REVB=0.0847289;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053738;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128314;OID=.;OPOS=21549893;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:1:0:16:17:1:8:8:1:0:8:9:0:0 chr14 21551058 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0098554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.071;QD=57.1774;RBI=0.0114998;REFB=0;REVB=-0.00592587;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34674e-05;OID=.;OPOS=21551058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr14 21551069 . T C 694.31 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0213999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.71;QD=60.3749;RBI=0.0223009;REFB=-0.026804;REVB=0.00627502;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0015537;OID=.;OPOS=21551069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:44:45:0.978261:22:22:0:0:23:22:1:0 chr14 21556963 . A AT 440.65 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.4338;QD=47.6383;RBI=0.110006;REFB=0;REVB=0.043322;RO=1;SAF=16;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283532;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00514675;OID=.;OPOS=21556964;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:37:37:37:0:17:20:0:0:8:1:16:20:1:0 chr14 21562560 . T C 1006.33 PASS AF=0.958904;AO=72;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00412769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4378;QD=55.1414;RBI=0.0265692;REFB=-0.0935859;REVB=0.0262466;RO=1;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113966;STB=0.518513;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00373886;OID=.;OPOS=21562560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:1:3:72:70:0.958904:41:31:0:1:39:31:0:3 chr14 21570273 . T C 724.77 PASS AF=0.959184;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0213813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.033;QD=59.1646;RBI=0.0227082;REFB=-0.052976;REVB=-0.0076487;RO=1;SAF=22;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208829;STB=0.501307;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00122908;OID=.;OPOS=21570273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:49:1:2:45:47:0.959184:23:22:1:0:25:22:1:1 chr14 21570614 . A C 1606.86 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118576;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.079;QD=60.0697;RBI=0.0161321;REFB=0;REVB=0.0109382;RO=0;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61634e-05;OID=.;OPOS=21570614;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:59:48:0:0:59:48:0:0 chr14 21623290 . T C,G 1510.3 PASS AF=0.951456,0.0485437;AO=97,6;DP=104;FAO=98,5;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=48,1;FSAR=50,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155871,0.00328282;FXX=0.00961446;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.868,25.6514;QD=58.6525;RBI=0.0556538,0.0220768;REFB=0,0;REVB=0.0534264,-0.0218314;RO=0;SAF=48,1;SAR=49,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00142802,0.0720448;OID=.,.;OPOS=21623290,21623290;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:104:103:0:0:97,6:98,5:0.951456,0.0485437:49,5:48,1:0:0:50,4:48,1:0:0 chr14 21623489 . C T 270.02 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00137633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.574;QD=22.9808;RBI=0.00228293;REFB=-0.0128694;REVB=-0.00182139;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422618;STB=0.511936;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0114315;OID=.;OPOS=21623489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:22:25:25:0.531915:13:12:9:12:13:12:10:12 chr14 21623836 . G A 364.96 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.00558869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5935;QD=13.6432;RBI=0.00912436;REFB=-0.0226886;REVB=0.00721252;RO=64;SAF=18;SAR=25;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119532;STB=0.567654;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0419349;OID=.;OPOS=21623836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:64:43:43:0.401869:25:18:34:30:25:18:34:30 chr14 21624197 . T C 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00466295;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.006;QD=17.2298;RBI=0.0124894;REFB=-0.0148642;REVB=-0.0115862;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122361;STB=0.571253;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0106688;OID=.;OPOS=21624197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:4:2:4:4:4:2 chr14 21770730 . A G 382.13 PASS AF=0.5;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0244996;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.707;QD=19.5964;RBI=0.0245326;REFB=-0.0108053;REVB=0.0012717;RO=39;SAF=17;SAR=22;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696294;STB=0.538696;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00709889;OID=.;OPOS=21770730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:39:39:39:39:0.5:22:17:20:19:22:17:20:19 chr14 21778717 . AAAT A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0090856;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=234.929;QD=11.9197;RBI=0.0258621;REFB=-0.0110442;REVB=0.0242137;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0.328205;SSEP=0;SSSB=-0.300057;STB=0.730929;STBP=0.192;TYPE=del;VARB=0.0151534;OID=.;OPOS=21778718;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:7:16:7:16:9:1:6:4:5:47:8:1:6:3:5 chr14 21778792 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.409;QD=58.1421;RBI=0.0452032;REFB=0;REVB=0.018564;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195749;OID=.;OPOS=21778792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr14 21820702 . C A 316.88 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00432285;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.821;QD=15.2713;RBI=0.00432354;REFB=-0.00317959;REVB=7.73325e-05;RO=48;SAF=21;SAR=14;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10391;STB=0.55879;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00325215;OID=.;OPOS=21820702;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:14:21:24:24:14:21:24:24 chr14 21829129 . C G 707.78 PASS AF=0.587719;AO=67;DP=112;FAO=67;FDP=114;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0129517;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.385;QD=24.8344;RBI=0.0170736;REFB=0.00572803;REVB=0.0111248;RO=45;SAF=27;SAR=40;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483397;STB=0.527583;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00228721;OID=.;OPOS=21829129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:45:47:67:67:0.587719:40:27:21:24:40:27:22:25 chr14 21831052 . T C 209.25 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0225988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.77;QD=11.625;RBI=0.051684;REFB=-0.0258598;REVB=0.0464816;RO=46;SAF=17;SAR=9;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790837;STB=0.545836;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0405583;OID=.;OPOS=21831052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:9:17:27:19:9:17:27:19 chr14 21871653 . C T 358.4 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00328772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8258;QD=17.0665;RBI=0.0296805;REFB=-0.0166814;REVB=-0.0294978;RO=46;SAF=25;SAR=13;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181757;STB=0.602158;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0204967;OID=.;OPOS=21871653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:13:25:22:24:13:25:22:24 chr14 21899631 . C T 601.25 PASS AF=0.540541;AO=60;DP=111;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0510669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.851;QD=21.6665;RBI=0.0511405;REFB=0.00204907;REVB=-0.00274139;RO=51;SAF=30;SAR=30;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739116;STB=0.540527;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.000971541;OID=.;OPOS=21899631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:51:51:60:60:0.540541:30:30:30:21:30:30:30:21 chr14 21960816 . T C 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00551631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.81;QD=18.4581;RBI=0.00915483;REFB=-0.0114187;REVB=-0.00730625;RO=41;SAF=13;SAR=25;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119735;STB=0.566938;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0113489;OID=.;OPOS=21960816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:25:13:19:22:25:13:19:22 chr14 21960969 . G A 165.83 PASS AF=0.277108;AO=23;DP=78;FAO=23;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0266306;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.236;QD=7.9918;RBI=0.0266308;REFB=-0.00670984;REVB=0.000101785;RO=40;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278011;STB=0.648023;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0149199;OID=.;OPOS=21960969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:83:40:60:23:23:0.277108:9:14:14:26:9:14:24:36 chr14 21967916 . A G 240.57 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.000218178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.733;QD=15.5203;RBI=0.00076082;REFB=-0.0132438;REVB=-0.000728866;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00325867;STB=0.507037;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0170278;OID=.;OPOS=21967916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:27:28:0.451613:12:15:19:15:12:16:19:15 chr14 21991626 . C G 131.89 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0317918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.452;QD=14.6539;RBI=0.031797;REFB=-0.00841281;REVB=-0.000575784;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165407;STB=0.505569;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0129262;OID=.;OPOS=21991626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:21:15:15:0.416667:8:7:9:11:8:7:10:11 chr14 21993498 . G A 501.22 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0914;QD=58.9675;RBI=0.0478748;REFB=0;REVB=0.0282856;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013591;OID=.;OPOS=21993498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr14 22038450 . G A 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8942;QD=59.0169;RBI=0.0418954;REFB=0;REVB=0.0298431;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18942e-06;OID=.;OPOS=22038450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr14 22038525 . G T 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0188479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.927;QD=14.6975;RBI=0.029166;REFB=-0.00658472;REVB=-0.0222578;RO=30;SAF=15;SAR=6;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41548;STB=0.737485;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0122461;OID=.;OPOS=22038525;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:6:15:9:21:6:15:9:21 chr14 22038659 . T C 684.53 PASS AF=1;AO=32;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.627;QD=62.2296;RBI=0.0822151;REFB=0;REVB=0.0783875;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00578129;OID=.;OPOS=22038659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:32:44:1:16:16:0:0:26:18:0:0 chr14 22090594 . C G 1123.49 PASS AF=0.523585;AO=111;DP=212;FAO=111;FDP=212;FR=.;FRO=101;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=0.000401901;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.425;QD=21.1979;RBI=0.00294888;REFB=-0.0100143;REVB=-0.00292136;RO=101;SAF=52;SAR=59;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113956;STB=0.506233;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00808605;OID=.;OPOS=22090594;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:101:101:111:111:0.523585:59:52:46:55:59:52:46:55 chr14 22102439 . C G 116.17 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.448;QD=42.2425;RBI=0.0462048;REFB=0;REVB=-0.00559714;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291588;OID=.;OPOS=22102439;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:4:6:0:0:4:7:0:0 chr14 22102592 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.003;QD=44.6898;RBI=0.0528995;REFB=0;REVB=0.0341846;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.68259e-05;OID=.;OPOS=22102592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr14 22102612 . T C 272.79 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3515;QD=51.9608;RBI=0.0168976;REFB=0;REVB=-0.00432215;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174531;OID=.;OPOS=22102612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:12:8:0:0:13:8:0:0 chr14 22102745 . C A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.075;QD=64.4142;RBI=0.0612806;REFB=0;REVB=0.0391445;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226575;OID=.;OPOS=22102745;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr14 22111660 . C T 2271.09 PASS AF=0.993151;AO=144;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0469629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.592;QD=62.2216;RBI=0.047966;REFB=-0.0544182;REVB=0.00975845;RO=1;SAF=63;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583502;STB=0.503936;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00020294;OID=.;OPOS=22111660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:146:146:1:1:144:145:0.993151:81:63:0:1:82:63:1:0 chr14 22133416 . A G 902.59 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.551;QD=58.2314;RBI=0.00833692;REFB=0;REVB=0.00259085;RO=0;SAF=15;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48035e-05;OID=.;OPOS=22133416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:44:15:0:0:44:18:0:0 chr14 22133648 . G A 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2034;QD=59.6779;RBI=0.0426048;REFB=0;REVB=0.0423269;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335381;OID=.;OPOS=22133648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr14 22133997 . A G 1328.35 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196417;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.521;QD=61.7837;RBI=0.0238757;REFB=0;REVB=-0.0135741;RO=0;SAF=52;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326445;OID=.;OPOS=22133997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:86:0:0:82:86:1:30:52:0:0:30:56:0:0 chr14 22236756 . G C 553.77 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.00246707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1835;QD=18.3065;RBI=0.0319768;REFB=-0.0131353;REVB=0.0318815;RO=63;SAF=34;SAR=24;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596608;STB=0.53309;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0179254;OID=.;OPOS=22236756;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:63:63:58:58:0.479339:24:34:33:30:24:34:33:30 chr14 22237070 . C T 729.64 PASS AF=0.632653;AO=62;DP=98;FAO=62;FDP=98;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0104564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.444;QD=29.781;RBI=0.0129918;REFB=-0.0313501;REVB=0.00771049;RO=36;SAF=31;SAR=31;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188111;STB=0.510201;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0167736;OID=.;OPOS=22237070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:36:36:62:62:0.632653:31:31:17:19:31:31:17:19 chr14 22237127 . C T 1368.61 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00446416;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.949;QD=60.1588;RBI=0.00663566;REFB=-0.0169746;REVB=0.0049095;RO=2;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201575;STB=0.510636;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-2.42452e-08;OID=.;OPOS=22237127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:2:2:89:89:0.978022:46:43:0:2:46:43:0:2 chr14 22314985 . T C 482.67 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.026346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.843;QD=16.0889;RBI=0.0268008;REFB=-0.00924209;REVB=-0.00491666;RO=65;SAF=36;SAR=17;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13388;STB=0.576854;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.01431;OID=.;OPOS=22314985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:65:67:53:53:0.441667:17:36:36:29:17:36:37:30 chr14 22315212 . A G 623.14 PASS AF=0.433333;AO=64;DP=149;FAO=65;FDP=150;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.0293217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.148;QD=16.6169;RBI=0.0300284;REFB=-0.0202295;REVB=-0.00647659;RO=84;SAF=35;SAR=29;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958467;STB=0.55383;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0269813;OID=.;OPOS=22315212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:84:85:64:65:0.433333:29:35:38:46:29:36:39:46 chr14 22315296 . C T 661.23 PASS AF=0.463576;AO=69;DP=151;FAO=70;FDP=151;FR=.;FRO=81;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=0.011586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1226;QD=17.5161;RBI=0.0134176;REFB=0.00418538;REVB=0.00676726;RO=81;SAF=37;SAR=32;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432006;STB=0.527892;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00722029;OID=.;OPOS=22315296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:81:81:69:70:0.463576:32:37:47:34:33:37:47:34 chr14 22315394 . T C 61.65 PASS AF=0.142857;AO=12;DP=84;FAO=12;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.00299784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1177;QD=2.93585;RBI=0.033679;REFB=-0.01214;REVB=-0.0335453;RO=71;SAF=8;SAR=4;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200755;STB=0.644916;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0655529;OID=.;OPOS=22315394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:84:84:71:72:12:12:0.142857:4:8:36:35:4:8:36:36 chr14 22320728 . T C 479.95 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00747957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.349;QD=18.2838;RBI=0.0113411;REFB=-0.00220653;REVB=0.00852506;RO=54;SAF=36;SAR=15;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155182;STB=0.586431;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00319749;OID=.;OPOS=22320728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:54:51:51:0.485714:15:36:30:24:15:36:30:24 chr14 22321124 . T C 385.82 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.00117464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.913;QD=14.8392;RBI=0.00387996;REFB=-0.0107433;REVB=0.00369788;RO=60;SAF=19;SAR=25;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688781;STB=0.538687;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.014635;OID=.;OPOS=22321124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:60:44:44:0.423077:25:19:22:38:25:19:22:38 chr14 22322690 . G A 476.28 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0314271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4544;QD=19.4398;RBI=0.0319645;REFB=0.00174875;REVB=-0.00583651;RO=51;SAF=17;SAR=30;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106524;STB=0.559319;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00325772;OID=.;OPOS=22322690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:30:17:24:27:30:17:24:27 chr14 22337393 . G A 2041.96 PASS AF=0.985185;AO=127;DP=130;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=86;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0474694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3217;QD=60.5025;RBI=0.0651358;REFB=-0.0843223;REVB=-0.044602;RO=2;SAF=43;SAR=84;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215844;STB=0.510415;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00346826;OID=.;OPOS=22337393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:135:2:2:127:133:0.985185:84:43:2:0:86:47:2:0 chr14 22356491 . G T 971.61 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.013727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5951;QD=54.7385;RBI=0.0287998;REFB=0.0157115;REVB=0.0253179;RO=3;SAF=24;SAR=44;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554863;STB=0.529403;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00632347;OID=.;OPOS=22356491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:3:3:68:68:0.957746:44:24:3:0:44:24:3:0 chr14 22356551 . T C 1135.22 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3786;QD=60.5452;RBI=0.0839964;REFB=0;REVB=0.0816653;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550719;OID=.;OPOS=22356551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:45:30:0:0:45:30:0:0 chr14 22362971 . A G 2296.61 PASS AF=0.946108;AO=158;DP=167;FAO=158;FDP=167;FR=.;FRO=9;FSAF=97;FSAR=61;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0107907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5838;QD=55.0085;RBI=0.0423568;REFB=-0.017152;REVB=-0.0409593;RO=9;SAF=97;SAR=61;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299054;STB=0.51574;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00988484;OID=.;OPOS=22362971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:167:167:9:9:158:158:0.946108:61:97:8:1:61:97:8:1 chr14 22386449 . C T 1200.5 PASS AF=0.469925;AO=125;DP=266;FAO=125;FDP=266;FR=.;FRO=141;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=70;FSRR=71;FWDB=-0.0167595;FXX=0.00374518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.018;QD=18.0527;RBI=0.0174882;REFB=-0.000837542;REVB=-0.00499562;RO=136;SAF=57;SAR=68;SRF=67;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348196;STB=0.521526;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000781984;OID=.;OPOS=22386449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:136:141:125:125:0.469925:68:57:67:69:68:57:70:71 chr14 22392304 . G A 174.36 PASS AF=0.290698;AO=23;DP=84;FAO=25;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0149513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6301;QD=8.10987;RBI=0.0343789;REFB=-0.00705599;REVB=0.0309575;RO=61;SAF=18;SAR=5;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440956;STB=0.776469;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0418947;OID=.;OPOS=22392304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:61:61:23:25:0.290698:5:18:26:35:5:20:26:35 chr14 22392366 . C T 385.83 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00690151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.522;QD=15.589;RBI=0.00730891;REFB=-0.00586678;REVB=-0.00240612;RO=54;SAF=28;SAR=13;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231314;STB=0.642131;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00659289;OID=.;OPOS=22392366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:58:41:41:0.414141:13:28:25:29:13:28:26:32 chr14 22392626 . A C 389.49 PASS AF=0.431579;AO=40;DP=94;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.016927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0607;QD=16.3996;RBI=0.0194783;REFB=0.00131364;REVB=-0.0096374;RO=54;SAF=20;SAR=20;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50693;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.00176452;OID=.;OPOS=22392626;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:54:54:40:41:0.431579:20:20:27:27:20:21:27:27 chr14 22392703 . G C 273.42 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00421102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.166;QD=12.7172;RBI=0.00503844;REFB=-0.0132381;REVB=0.00276644;RO=54;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135004;STB=0.577264;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0189167;OID=.;OPOS=22392703;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:54:32:32:0.372093:15:17:22:32:15:17:22:32 chr14 22509188 . T C 968.65 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0190381;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8798;QD=56.1537;RBI=0.0301884;REFB=-0.100343;REVB=-0.0234284;RO=1;SAF=22;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209928;STB=0.521733;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00129515;OID=.;OPOS=22509188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:69:1:2:67:67:0.971014:45:22:1:0:45:22:2:0 chr14 22521051 . G A 260.53 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0178056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.465;QD=14.4736;RBI=0.0179979;REFB=0.00546271;REVB=0.00262349;RO=42;SAF=24;SAR=6;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419822;STB=0.740567;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0125395;OID=.;OPOS=22521051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:6:24:18:24:6:24:18:24 chr14 22600863 . G A 1548.34 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=359.188;QD=63.1975;RBI=0.00900244;REFB=0;REVB=-0.00868473;RO=0;SAF=64;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117164;OID=.;OPOS=22600863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:96:98:1:32:64:0:0:34:64:0:0 chr14 22616547 . A G 919.3 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.012;QD=58.3682;RBI=0.0417644;REFB=0;REVB=0.0137694;RO=0;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167881;OID=.;OPOS=22616547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:21:42:0:0:21:42:0:0 chr14 22631678 . C T 971.85 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.764;QD=58.8999;RBI=0.0372271;REFB=0;REVB=0.0371922;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46061e-05;OID=.;OPOS=22631678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:26:38:0:0:26:40:0:0 chr14 22636784 . A C 646.48 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0213892;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=213.386;QD=50.7042;RBI=0.0217715;REFB=-0.0849016;REVB=0.00406192;RO=3;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512435;STB=0.527261;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000478477;OID=.;OPOS=22636784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:51:3:3:48:48:0.941176:26:22:0:3:26:22:0:3 chr14 22636874 . C T 289.25 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9418;QD=52.5911;RBI=0.0822215;REFB=0;REVB=0.0494058;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00317339;OID=.;OPOS=22636874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr14 22670458 . C T 1953.07 PASS AF=0.969925;AO=129;DP=132;FAO=129;FDP=133;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0222486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2316;QD=58.739;RBI=0.0222641;REFB=-0.21712;REVB=0.000828922;RO=3;SAF=62;SAR=67;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00804168;STB=0.508107;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00640219;OID=.;OPOS=22670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:132:133:3:4:129:129:0.969925:67:62:2:1:67:62:3:1 chr14 22670975 . G A 564.1 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0302958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4016;QD=57.8565;RBI=0.0616466;REFB=-0.13134;REVB=-0.0536886;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240222;STB=0.512814;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00259536;OID=.;OPOS=22670975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:19:19:1:0:19:19:1:0 chr14 22690209 . A C 958.28 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0059211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7685;QD=57.2108;RBI=0.027321;REFB=-0.0684221;REVB=-0.0266716;RO=1;SAF=25;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185226;STB=0.509801;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000810318;OID=.;OPOS=22690209;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:41:25:1:0:41:25:1:0 chr14 22694708 . T C 80.87 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0241963;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.759;QD=5.9907;RBI=0.0243065;REFB=-0.0110848;REVB=-0.00231175;RO=42;SAF=4;SAR=8;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123442;STB=0.578812;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0273044;OID=.;OPOS=22694708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:55:54:42:42:12:12:0.222222:8:4:18:24:8:4:18:24 chr14 22695084 . C T 580.49 PASS AF=0.975;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0360424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5614;QD=58.0487;RBI=0.0369226;REFB=-0.0110576;REVB=-0.00801414;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.515144;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00253281;OID=.;OPOS=22695084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:0:1:39:39:0.975:16:23:0:0:16:23:0:1 chr14 22739862 . A T 257.33 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0314937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1247;QD=13.7244;RBI=0.0538143;REFB=-0.0100867;REVB=-0.0436364;RO=45;SAF=13;SAR=17;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174095;STB=0.599054;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0118537;OID=.;OPOS=22739862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:17:13:27:18:17:13:27:18 chr14 22740245 . A G 344.29 PASS AF=0.48;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0213055;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.306;QD=18.3624;RBI=0.023327;REFB=-0.0158703;REVB=0.00949882;RO=39;SAF=19;SAR=17;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340063;STB=0.518977;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0154476;OID=.;OPOS=22740245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:39:39:36:36:0.48:17:19:22:17:17:19:22:17 chr14 22740270 . G A 351.15 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0187488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.914;QD=18.0078;RBI=0.0194636;REFB=-0.000325363;REVB=-0.00522647;RO=41;SAF=20;SAR=17;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193873;STB=0.510826;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000418035;OID=.;OPOS=22740270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:17:20:23:18:17:20:23:18 chr14 22887459 . CG C 166.25 PASS AF=0.422535;AO=31;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0158848;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.1473;QD=9.36618;RBI=0.117824;REFB=0.0501204;REVB=0.116748;RO=38;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0.492754;SSSB=0.0474711;STB=0.545767;STBP=0.523;TYPE=del;VARB=-0.0557797;OID=.;OPOS=22887460;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.422535:31:71:30:71:41:17:13:20:21:99:38:17:14:19:19 chr14 22891883 . G C 362.63 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0319404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.341;QD=20.7216;RBI=0.0319513;REFB=-0.00920812;REVB=-0.000835255;RO=32;SAF=15;SAR=22;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000734135;STB=0.509173;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0101856;OID=.;OPOS=22891883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:37:37:0.528571:22:15:13:19:22:15:14:19 chr14 22942890 . G T 540.11 PASS AF=0.406897;AO=59;DP=145;FAO=59;FDP=145;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.000493844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.88;QD=14.8996;RBI=0.0240128;REFB=-0.00950626;REVB=0.0240077;RO=86;SAF=26;SAR=33;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260247;STB=0.514645;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0104508;OID=.;OPOS=22942890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:86:86:59:59:0.406897:33:26:40:46:33:26:40:46 chr14 22947903 . C T 380.9 PASS AF=0.465116;AO=39;DP=85;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.021622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.856;QD=17.7164;RBI=0.0223248;REFB=0.00200907;REVB=-0.00555763;RO=46;SAF=17;SAR=22;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202035;STB=0.503519;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.00287215;OID=.;OPOS=22947903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:46:46:39:40:0.465116:22:17:21:25:22:18:21:25 chr14 22961854 . A G 440.87 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0234519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.177;QD=17.4602;RBI=0.0794062;REFB=0.0193651;REVB=-0.075864;RO=54;SAF=33;SAR=14;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993063;STB=0.555531;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.00923559;OID=.;OPOS=22961854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:47:47:0.465347:14:33:33:21:14:33:33:21 chr14 22964880 . A C 190.67 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0848092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.265;QD=15.2537;RBI=0.0850519;REFB=-0.0274267;REVB=0.0064206;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245297;STB=0.639871;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0433446;OID=.;OPOS=22964880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:10:10:8:22:10:10:8:22 chr14 22972742 . G A 628.89 PASS AF=0.451389;AO=65;DP=144;FAO=65;FDP=144;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.00333439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.79;QD=17.4693;RBI=0.0204158;REFB=-0.00474944;REVB=-0.0201417;RO=79;SAF=34;SAR=31;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00403839;STB=0.502247;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00609042;OID=.;OPOS=22972742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:79:79:65:65:0.451389:31:34:41:38:31:34:41:38 chr14 22972783 . AC A 1321.76 PASS AF=1;AO=110;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0606358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.8782;QD=45.9744;RBI=0.17162;REFB=0;REVB=-0.160552;RO=0;SAF=61;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00219869;OID=.;OPOS=22972784;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:110:115:115:115:0:61:54:0:0:23:0:61:49:0:0 chr14 22972815 . C T 375.37 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0244381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=324.94;QD=13.775;RBI=0.0247839;REFB=-0.0118756;REVB=0.00412596;RO=65;SAF=23;SAR=21;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166419;STB=0.509406;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0162229;OID=.;OPOS=22972815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:65:44:44:0.40367:21:23:35:30:21:23:35:30 chr14 22975700 . T G 330.07 PASS AF=0.298611;AO=43;DP=144;FAO=43;FDP=144;FR=.;FRO=101;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=0.00267167;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.786;QD=9.16859;RBI=0.0193166;REFB=5.2947e-05;REVB=-0.019131;RO=101;SAF=30;SAR=13;SRF=52;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230425;STB=0.635615;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00016204;OID=.;OPOS=22975700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:101:101:43:43:0.298611:13:30:52:49:13:30:52:49 chr14 22978335 . C T 3102.6 PASS AF=0.990244;AO=203;DP=208;FAO=203;FDP=205;FR=.;FRO=2;FSAF=104;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0464229;FXX=0.0144224;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0646;QD=60.5385;RBI=0.06097;REFB=-0.0575587;REVB=0.0395253;RO=1;SAF=104;SAR=99;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00478713;STB=0.50012;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.000732823;OID=.;OPOS=22978335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:208:205:1:2:203:203:0.990244:99:104:0:1:99:104:1:1 chr14 22979980 . G A 993.02 PASS AF=0.5;AO=100;DP=203;FAO=101;FDP=202;FR=.;FRO=101;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=-0.00442627;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.216;QD=19.6638;RBI=0.00889914;REFB=-0.00137031;REVB=-0.00772028;RO=101;SAF=49;SAR=51;SRF=42;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679514;STB=0.534749;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00145712;OID=.;OPOS=22979980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:101:101:100:101:0.5:51:49:42:59:52:49:42:59 chr14 22984586 . A C 722.87 PASS AF=0.451977;AO=75;DP=169;FAO=80;FDP=177;FR=.;FRO=97;FSAF=59;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=-0.0160248;FXX=0.00561766;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.988;QD=16.3361;RBI=0.0163937;REFB=-0.006076;REVB=-0.00345798;RO=93;SAF=59;SAR=16;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306073;STB=0.636688;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00757041;OID=.;OPOS=22984586;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:177:93:97:75:80:0.451977:16:59:49:44:21:59:50:47 chr14 22988972 . G C 745.13 PASS AF=0.550388;AO=71;DP=130;FAO=71;FDP=129;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00878306;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.867;QD=23.1047;RBI=0.00986528;REFB=-0.000572237;REVB=-0.0044924;RO=59;SAF=37;SAR=34;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666317;STB=0.532713;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.000499263;OID=.;OPOS=22988972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:59:58:71:71:0.550388:34:37:26:33:34:37:26:32 chr14 22993278 . A AG 872.78 PASS AF=1;AO=73;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294585;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.4513;QD=44.7582;RBI=0.0884383;REFB=0;REVB=-0.0833879;RO=2;SAF=38;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242433;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00200607;OID=.;OPOS=22993279;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:73:78:78:78:0:40:38:0:0:17:2:38:35:2:0 chr14 22995872 . CAAGT C 355.14 PASS AF=0.422222;AO=57;DP=142;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.00957061;FXX=0.0357117;HRUN=2;LEN=4;MLLD=323.714;QD=10.5226;RBI=0.00964427;REFB=-0.00165211;REVB=0.0011897;RO=78;SAF=26;SAR=31;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00559943;STB=0.50314;STBP=0.951;TYPE=del;VARB=0.00219593;OID=.;OPOS=22995873;OREF=AAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.422222:57:142:57:135:78:26:31:36:42:99:78:26:31:36:42 chr14 22997524 . A G 2852.27 PASS AF=0.984043;AO=180;DP=186;FAO=185;FDP=188;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0615966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2976;QD=60.6867;RBI=0.0615968;REFB=0.00663065;REVB=-0.000140645;RO=3;SAF=61;SAR=119;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118492;STB=0.506023;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00192618;OID=.;OPOS=22997524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:186:188:3:3:180:185:0.984043:119:61:0:3:123:62:0:3 chr14 22998590 . AG A 864.49 PASS AF=1;AO=70;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.7664;QD=47.3692;RBI=0.0736237;REFB=0;REVB=-0.0129796;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00133646;OID=.;OPOS=22998591;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:73:73:73:0:33:40:0:0:16:0:32:38:0:0 chr14 22998619 . AC AA,A 1004.74 PASS AF=0.056338,0.943662;AO=5,65;DP=71;FAO=4,67;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=2,25;FSAR=2,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0812641,-0.127532;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=7.28079,28.6717;QD=56.6052;RBI=0.0826686,0.137771;REFB=0,0;REVB=-0.0151737,0.05212;RO=1;SAF=2,25;SAR=3,40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.121807,0.011665;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0720483,-0.00878541;OID=.,.;OPOS=22998620,22998620;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.056338,0.943662:5,65:71:4,67:71:0:2,25:2,42:0:0:12:1:2,25:3,40:0:1 chr14 23000062 . T C 1080.47 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9427;QD=60.0259;RBI=0.0685488;REFB=0;REVB=0.0237391;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350924;OID=.;OPOS=23000062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr14 23009196 . C T 617.16 PASS AF=0.463768;AO=63;DP=141;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=-0.012684;FXX=0.028167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5957;QD=17.8888;RBI=0.0369782;REFB=-0.017566;REVB=-0.0347348;RO=71;SAF=34;SAR=29;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15138;STB=0.581433;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0174236;OID=.;OPOS=23009196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:138:71:74:63:64:0.463768:29:34:27:44:30:34:28:46 chr14 23013973 . G T 402.11 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0212934;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.959;QD=21.4461;RBI=0.0370542;REFB=-0.0148365;REVB=0.030325;RO=35;SAF=17;SAR=23;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123207;STB=0.567817;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00764856;OID=.;OPOS=23013973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:35:35:40:40:0.533333:23:17:10:25:23:17:10:25 chr14 23025932 . A T 1182.21 PASS AF=0.539906;AO=114;DP=212;FAO=115;FDP=213;FR=.;FRO=98;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=0.0232464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.406;QD=22.2011;RBI=0.0297022;REFB=-0.0169434;REVB=0.0184885;RO=97;SAF=62;SAR=52;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02405;STB=0.512698;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0127622;OID=.;OPOS=23025932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:97:98:114:115:0.539906:52:62:50:47:52:63:51:47 chr14 23044002 . G T 352.58 PASS AF=0.537313;AO=37;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.00327536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.674;QD=21.0496;RBI=0.00485927;REFB=0.000339107;REVB=-0.0035895;RO=30;SAF=24;SAR=13;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109255;STB=0.540208;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00026546;OID=.;OPOS=23044002;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:31:37:36:0.537313:13:24:23:7:12:24:23:8 chr14 23067042 . A G 320.99 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0134791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.147;QD=21.3994;RBI=0.0142849;REFB=-0.0171455;REVB=0.00472997;RO=27;SAF=21;SAR=12;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603549;STB=0.533314;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0179944;OID=.;OPOS=23067042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:12:21:19:8:12:21:19:8 chr14 23072873 . C T 452.57 PASS AF=0.320442;AO=58;DP=182;FAO=58;FDP=181;FR=.;FRO=123;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=73;FSRR=50;FWDB=0.00782582;FXX=0.0054942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.643;QD=10.0016;RBI=0.00804502;REFB=-0.018196;REVB=-0.00186516;RO=119;SAF=22;SAR=36;SRF=70;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241736;STB=0.643776;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0278415;OID=.;OPOS=23072873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:119:123:58:58:0.320442:36:22:70:49:36:22:73:50 chr14 23081223 . T C 754.55 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0548286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3089;QD=54.8762;RBI=0.0899191;REFB=-0.125106;REVB=0.071269;RO=1;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159744;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00337821;OID=.;OPOS=23081223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:29:25:0:1:29:25:0:1 chr14 23102784 . AA CG,GA 231.83 PASS AF=0,0.578947;AO=4,17;DP=36;FAO=0,22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=0,11;FSAR=0,11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00738054,0.00199055;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=130.255,135.517;QD=24.4036;RBI=0.0176143,0.023727;REFB=-0.0232101,-0.0262815;REVB=-0.0159934,-0.0236434;RO=14;SAF=2,9;SAR=2,8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0800868,-0.0338267;STB=0.5,0.526292;STBP=1,0.721;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0265763;OID=.,.;OPOS=23102784,23102784;OREF=AA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:36:38:14:16:4,17:0,22:0,0.578947:2,8:2,9:8:6:0,11:0,11:9:7 chr14 23102882 . C A 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0206176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.653;QD=19.3436;RBI=0.0222413;REFB=0.000523766;REVB=-0.00834191;RO=18;SAF=4;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286395;STB=0.664034;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00033271;OID=.;OPOS=23102882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:14:4:9:9:14:4:9:9 chr14 23102896 . A G 115.22 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00589967;FXX=0.0624805;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.448;QD=15.3629;RBI=0.0173697;REFB=0.00480814;REVB=0.0163371;RO=17;SAF=2;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439484;STB=0.760549;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00838827;OID=.;OPOS=23102896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:11:2:9:8:11:2:9:8 chr14 23102969 . G A 232.76 PASS AF=0.55;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0188116;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2586;QD=23.2757;RBI=0.0209008;REFB=-0.0175466;REVB=-0.0091086;RO=17;SAF=6;SAR=16;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756476;STB=0.533302;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0214643;OID=.;OPOS=23102969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:17:18:22:22:0.55:16:6:6:11:16:6:6:12 chr14 23103040 . C T 395.4 PASS AF=0.672727;AO=36;DP=54;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.000410884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8274;QD=28.7561;RBI=0.00370253;REFB=-0.0370159;REVB=-0.00367967;RO=18;SAF=14;SAR=22;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503648;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0143086;OID=.;OPOS=23103040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:18:18:36:37:0.672727:22:14:7:11:23:14:7:11 chr14 23103282 . T C 306.06 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.015383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0274;QD=20.4041;RBI=0.0280701;REFB=0.00224194;REVB=0.0234797;RO=28;SAF=8;SAR=24;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210445;STB=0.617568;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.000930518;OID=.;OPOS=23103282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:24:8:13:15:24:8:13:15 chr14 23103347 . T C 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.012598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.942;QD=21.0075;RBI=0.0125983;REFB=-0.011999;REVB=8.6011e-05;RO=17;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385184;STB=0.521716;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0209985;OID=.;OPOS=23103347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:7:12:10:7:7:12:10:7 chr14 23103354 . AC GT 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.013064;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=232.584;QD=19.6682;RBI=0.0240888;REFB=-0.0156868;REVB=-0.0202386;RO=19;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150521;STB=0.585492;STBP=0.311;TYPE=mnp;VARB=0.0170903;OID=.;OPOS=23103354;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:6:13:10:9:6:13:10:9 chr14 23235808 . G A 1530.01 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.103;QD=63.7506;RBI=0.019268;REFB=0;REVB=0.000630024;RO=0;SAF=62;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91039e-05;OID=.;OPOS=23235808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:34:62:0:0:34:62:0:0 chr14 23236524 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.632;QD=57.1052;RBI=0.025031;REFB=0;REVB=0.00366411;RO=0;SAF=42;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84717e-05;OID=.;OPOS=23236524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:13:42:0:0:13:42:0:0 chr14 23242828 . T C 658.89 PASS AF=0.958333;AO=43;DP=47;FAO=46;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0221003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8844;QD=54.907;RBI=0.0305044;REFB=-0.116359;REVB=0.021026;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.508193;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0117086;OID=.;OPOS=23242828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:48:0:2:43:46:0.958333:15:28:0:0:15:31:1:1 chr14 23248112 . A G 420.68 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00689444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5465;QD=49.4917;RBI=0.0633885;REFB=-0.0055081;REVB=0.0630124;RO=3;SAF=20;SAR=11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650021;STB=0.534862;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00249739;OID=.;OPOS=23248112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:31:31:0.911765:11:20:3:0:11:20:3:0 chr14 23282110 . A G 225.38 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0217404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.182;QD=27.3192;RBI=0.0242052;REFB=-0.0343507;REVB=0.0106419;RO=12;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392297;STB=0.521719;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0174229;OID=.;OPOS=23282110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:10:11:7:5:10:11:7:5 chr14 23282449 . C T 403.67 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0277556;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.602;QD=21.8198;RBI=0.0289114;REFB=-0.0186109;REVB=0.00809275;RO=33;SAF=16;SAR=24;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00518073;STB=0.505615;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0152165;OID=.;OPOS=23282449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:33:34:40:40:0.540541:24:16:13:20:24:16:14:20 chr14 23299135 . G T 666.81 PASS AF=0.519685;AO=66;DP=127;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0194804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.142;QD=21.0019;RBI=0.0195942;REFB=-0.00226226;REVB=-0.00210821;RO=60;SAF=30;SAR=36;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185715;STB=0.505779;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0027447;OID=.;OPOS=23299135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:60:61:66:66:0.519685:36:30:26:34:36:30:27:34 chr14 23299286 . T C 753.68 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.513;QD=56.8811;RBI=0.0352945;REFB=0;REVB=0.0303169;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48704e-05;OID=.;OPOS=23299286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr14 23303641 . A C 1013.33 PASS AF=0.96;AO=68;DP=73;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0314236;FXX=0.0131562;HRUN=5;LEN=1;MLLD=181.736;QD=54.0443;RBI=0.0444083;REFB=-0.050955;REVB=0.0313792;RO=4;SAF=40;SAR=28;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449512;STB=0.516849;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00187878;OID=.;OPOS=23303641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:75:4:3:68:72:0.96:28:40:4:0:29:43:3:0 chr14 23306048 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276901;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=325.24;QD=48.7373;RBI=0.037855;REFB=0;REVB=0.025812;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67549e-05;OID=.;OPOS=23306048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr14 23312923 . T C 415.58 PASS AF=0.588235;AO=25;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0738316;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1069;QD=24.4461;RBI=0.0741659;REFB=-0.00891148;REVB=-0.00703426;RO=19;SAF=6;SAR=19;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215853;STB=0.545971;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00464122;OID=.;OPOS=23312923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:19:28:25:40:0.588235:19:6:9:10:23:17:15:13 chr14 23321900 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.903;QD=55.656;RBI=0.0259596;REFB=0;REVB=0.020146;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220275;OID=.;OPOS=23321900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr14 23354151 . C T 273.86 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00341814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.77;QD=17.6682;RBI=0.0145921;REFB=-0.0168354;REVB=0.0141861;RO=32;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594865;STB=0.533311;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0100904;OID=.;OPOS=23354151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:16:14:17:15:16:14:17:15 chr14 23356250 . C A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0539973;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.276;QD=16.199;RBI=0.05858;REFB=-0.0115763;REVB=0.0227138;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116878;STB=0.57112;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00555818;OID=.;OPOS=23356250;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:1:2:4:1:1:2 chr14 23371255 . G GGGC 166.61 PASS AF=0.727273;AO=14;DP=28;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00579859;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=3;MLLD=200.614;QD=30.2923;RBI=0.0311096;REFB=-0.0557789;REVB=0.0305644;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203831;STB=0.606611;STBP=0.125;TYPE=ins;VARB=0.018548;OID=.;OPOS=23371256;OREF=-;OALT=GGC;OMAPALT=GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.727273:14:28:16:22:6:9:7:1:5:35:12:7:7:3:9 chr14 23374435 . G A 1396.97 PASS AF=1;AO=79;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00198212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.584;QD=62.7852;RBI=0.035459;REFB=0;REVB=0.0354036;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188513;OID=.;OPOS=23374435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:89:0:0:79:89:1:43:36:0:0:53:36:0:0 chr14 23374862 . C T 468.91 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257685;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.187;QD=58.614;RBI=0.0277952;REFB=0;REVB=0.0104192;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122834;OID=.;OPOS=23374862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:33:32:1:14:19:0:0:13:19:0:0 chr14 23377612 . CTTTTTTTTTTTTT CTTCTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTA 98.49 PASS AF=0.375,0.5,0,0.125;AO=2,4,4,2;DP=16;FAO=6,8,0,2;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,0;FSAR=6,8,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0,0,0;FXX=0;HRUN=13,13,13,13;LEN=1,2,1,1;MLLD=60.3858,6.35947,2.40434,14.0911;QD=24.6234;RBI=0.0199838,0.0715807,0.156073,0.0587565;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0199838,0.0715807,0.156073,0.0587565;RO=0;SAF=0,0,0,0;SAR=2,4,4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0.0320393,0.131606,-0.160824,-0.077444;OID=.,.,.,.;OPOS=23377615,23377613,23377613,23377625;OREF=T,TT,T,T;OALT=C,-,-,A;OMAPALT=CTTCTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.375,0.5,0,0.125:2,4,4,2:16:6,8,0,2:16:0:0,0,0,0:6,8,0,2:0:0:33:0:0,0,0,0:2,4,4,2:0:0 chr14 23398902 . C T 1098.8 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.229;QD=60.2085;RBI=0.0747859;REFB=0;REVB=0.0618605;RO=0;SAF=48;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170268;OID=.;OPOS=23398902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:24:48:0:0:25:48:0:0 chr14 23398990 . T C,G 729.1 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=2,50;DP=52;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=2,32;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00608928,-0.00149765;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=9.29674,104.699;QD=56.0846;RBI=0.0434285,0.00361493;REFB=0,0;REVB=0.0429995,0.0032901;RO=0;SAF=2,32;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0776762,0.000124363;OID=.,.;OPOS=23398990,23398990;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:52:0:0:2,50:2,50:0.0384615,0.961538:0,18:2,32:0:0:0,18:2,32:0:0 chr14 23426182 . C A 261.23 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0660197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.34;QD=47.4961;RBI=0.0909457;REFB=-0.124136;REVB=0.0625501;RO=2;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173342;STB=0.529383;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00182882;OID=.;OPOS=23426182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:2:1:20:21:0.954545:12:8:1:1:13:8:1:0 chr14 23495502 . C G 506.9 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00077507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.733;QD=23.041;RBI=0.0159195;REFB=-0.0071801;REVB=0.0159006;RO=40;SAF=30;SAR=18;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859341;STB=0.547317;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00579344;OID=.;OPOS=23495502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:18:30:21:19:18:30:21:19 chr14 23511579 . G A 808.26 PASS AF=0.542857;AO=76;DP=142;FAO=76;FDP=140;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.0216333;FXX=0.0140835;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.43;QD=23.093;RBI=0.0222536;REFB=-0.0140397;REVB=0.0052175;RO=64;SAF=32;SAR=44;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261982;STB=0.514326;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0157108;OID=.;OPOS=23511579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:140:64:64:76:76:0.542857:44:32:25:39:44:32:25:39 chr14 23518336 . G A 163.73 PASS AF=0.24;AO=24;DP=101;FAO=24;FDP=100;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.0254573;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6272;QD=6.54918;RBI=0.0304841;REFB=-0.0115275;REVB=0.0167691;RO=75;SAF=7;SAR=17;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305209;STB=0.68275;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0539934;OID=.;OPOS=23518336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:75:76:24:24:0.24:17:7:40:35:17:7:40:36 chr14 23530622 . T C 988.28 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.458;QD=59.002;RBI=0.0681764;REFB=0;REVB=0.0167355;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157691;OID=.;OPOS=23530622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:29:37:0:0:30:37:0:0 chr14 23535240 . A G 39.66 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.173162;FXX=0.0277701;HRUN=8;LEN=1;MLLD=22.8052;QD=4.53217;RBI=0.176401;REFB=0.000269532;REVB=0.0336478;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176343;STB=0.571206;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.0822059;OID=.;OPOS=23535240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:36:35:19:27:6:6:0.171429:4:2:4:15:4:2:7:20 chr14 23548783 . A AGAACGT,T 1616.69 PASS AF=0.669355,0.266129;AO=87,27;DP=124;FAO=83,33;FDP=124;FR=.;FRO=8;FSAF=49,4;FSAR=34,29;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0191818,-0.032055;FXX=0.00799936;HRUN=1,1;LEN=6,1;MLLD=209.473,74.5007;QD=52.1512;RBI=0.0192394,0.060492;REFB=-0.0600793,-0.0556864;REVB=0.00148751,0.0513007;RO=9;SAF=48,3;SAR=39,24;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.000685463,-0.352763;STB=0.503151,0.670827;STBP=0.844,0.007;TYPE=ins,snp;VARB=0.0134791,0.00549111;OID=.,.;OPOS=23548784,23548783;OREF=-,A;OALT=GAACGT,T;OMAPALT=AGAACGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:124:124:9:8:87,27:83,33:0.669355,0.266129:39,24:48,3:5:4:34,29:49,4:5:3 chr14 23549319 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0092252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.825;QD=58.6006;RBI=0.0110914;REFB=0;REVB=-0.00615757;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71203e-06;OID=.;OPOS=23549319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr14 23549379 . C G 932.6 PASS AF=0.984848;AO=58;DP=59;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00625518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.071;QD=56.5215;RBI=0.0347106;REFB=-0.0108813;REVB=0.0341423;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159891;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000278896;OID=.;OPOS=23549379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:66:1:1:58:65:0.984848:29:29:1:0:32:33:1:0 chr14 23549785 . T C 1902.2 PASS AF=1;AO=102;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522875;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.139;QD=61.8603;RBI=0.0629802;REFB=0;REVB=0.0351073;RO=0;SAF=63;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57911e-05;OID=.;OPOS=23549785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:102:123:1:39:63:0:0:42:81:0:0 chr14 23567369 . C T 262.99 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.04263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.673;QD=47.8155;RBI=0.0427509;REFB=-0.0952828;REVB=0.00321301;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533301;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00119807;OID=.;OPOS=23567369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:21:21:0.954545:14:7:0:0:14:7:1:0 chr14 23569106 . A G 1026.38 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.628;QD=59.5003;RBI=0.0243641;REFB=0;REVB=-0.0143913;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79641e-06;OID=.;OPOS=23569106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:32:36:0:0:32:37:0:0 chr14 23571671 . A T 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.679;QD=59.3226;RBI=0.0260473;REFB=0;REVB=-0.00631029;RO=0;SAF=21;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.46427e-05;OID=.;OPOS=23571671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:47:21:0:0:47:21:0:0 chr14 23595721 . A G 773.03 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0190538;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.21;QD=55.2161;RBI=0.0213047;REFB=0.025416;REVB=-0.00953113;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00244529;OID=.;OPOS=23595721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:0:1:55:55:0.982143:31:24:0:0:31:24:1:0 chr14 23598952 . A G 1443.49 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248831;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.073;QD=63.45;RBI=0.0396668;REFB=0;REVB=0.0308915;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133001;OID=.;OPOS=23598952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr14 23744800 . ACATCATCATCATCATCATCATCA ACATCATCATCATCATCATCA,ACATCATCATCATCATCATCATCT 177.48 PASS AF=0.325,0.15;AO=12,6;DP=42;FAO=13,6;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=1,2;FSAR=12,4;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=-0.0274007,0.0070392;FXX=0.0476077;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=89.4753,171.014;QD=17.7481;RBI=0.0280267,0.00903036;REFB=-0.0495829,-0.0013358;REVB=0.00589009,-0.0056566;RO=20;SAF=1,2;SAR=11,4;SRF=2;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0539359,0.382359;STB=0.537252,0.741402;STBP=0.842,0.482;TYPE=del,snp;VARB=0.0716745,0.0643643;OID=.,.;OPOS=23744801,23744823;OREF=CAT,A;OALT=-,T;OMAPALT=ACATCATCATCATCATCATCA,ACATCATCATCATCATCATCATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325,0.15:12,6:42:13,6:40:21:1,2:12,4:2:19:99:20:1,2:11,4:2:18 chr14 23745533 . C T 577.99 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00240996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3239;QD=24.3365;RBI=0.0494145;REFB=-0.0137499;REVB=-0.0493557;RO=42;SAF=21;SAR=32;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332016;STB=0.518186;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0142259;OID=.;OPOS=23745533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:42:53:53:0.557895:32:21:15:27:32:21:15:27 chr14 23777099 . G A 1166.97 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272666;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.008;QD=60.6219;RBI=0.0699965;REFB=0;REVB=0.0644674;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88749e-05;OID=.;OPOS=23777099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:76:77:1:42:34:0:0:42:35:0:0 chr14 23777374 . A G 2027.25 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0040569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.313;QD=62.3769;RBI=0.0048591;REFB=0;REVB=-0.00267441;RO=0;SAF=51;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.20644e-06;OID=.;OPOS=23777374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:79:51:0:0:79:51:0:0 chr14 23780569 . TTA T,TAA 109.59 PASS AF=0.459459,0;AO=15,5;DP=54;FAO=17,0;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=11,0;FSAR=6,0;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.138252,0.115448;FXX=0.0512689;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=19.9308,13.1618;QD=11.8473;RBI=0.152193,0.129838;REFB=-0.00660188,-0.0393818;REVB=0.0636334,0.0594115;RO=28;SAF=10,5;SAR=5,0;SRF=17;SRR=11;SSEN=0.391304,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0713866,0.621545;STB=0.563106,0.5;STBP=0.498,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00694919,0;OID=.,.;OPOS=23780570,23780570;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.459459,0:15,5:54:17,0:37:20:11,0:6,0:15:5:99:28:10,5:5,0:17:11 chr14 23816360 . G A 238.5 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.0210915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.165;QD=11.7776;RBI=0.0356903;REFB=-0.0196152;REVB=-0.0287914;RO=49;SAF=21;SAR=8;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408021;STB=0.74797;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0570437;OID=.;OPOS=23816360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:52:29:29:0.358025:8:21:17:32:8:21:17:35 chr14 23855577 . G A 142.15 PASS AF=0.238636;AO=21;DP=88;FAO=21;FDP=88;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0112163;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.159;QD=6.46145;RBI=0.012289;REFB=-0.00877644;REVB=-0.00502148;RO=67;SAF=12;SAR=9;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03259;STB=0.519981;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0293948;OID=.;OPOS=23855577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:67:67:21:21:0.238636:9:12:40:27:9:12:40:27 chr14 23884905 . C T 201.48 PASS AF=0.413793;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.00277429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.675;QD=13.8951;RBI=0.114908;REFB=-0.0105506;REVB=0.114875;RO=34;SAF=9;SAR=14;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346619;STB=0.702322;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0267427;OID=.;OPOS=23884905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:23:24:0.413793:14:9:25:9:15:9:25:9 chr14 23902753 . G A 399.07 PASS AF=0.58209;AO=38;DP=66;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00244245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.918;QD=23.8248;RBI=0.0106891;REFB=-0.0231527;REVB=-0.0104063;RO=28;SAF=18;SAR=20;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478419;STB=0.520265;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0146743;OID=.;OPOS=23902753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:28:28:38:39:0.58209:20:18:15:13:20:19:15:13 chr14 23944505 . G A 300.26 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00546013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.43;QD=16.4526;RBI=0.0439632;REFB=-0.0262997;REVB=0.0436229;RO=40;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00446709;STB=0.502511;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0352266;OID=.;OPOS=23944505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:18:15:18:22:18:15:18:22 chr14 23944514 . C A 283.15 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0136402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.676;QD=17.4243;RBI=0.0147367;REFB=0.000497163;REVB=-0.00557803;RO=34;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377084;STB=0.521113;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.000686442;OID=.;OPOS=23944514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:17:14:14:20:17:14:14:20 chr14 23947374 . G A 366.45 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0022515;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.527;QD=13.699;RBI=0.00384577;REFB=0.00438924;REVB=0.00311781;RO=62;SAF=21;SAR=22;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029006;STB=0.506953;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00571089;OID=.;OPOS=23947374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:62:64:43:43:0.401869:22:21:32:30:22:21:32:32 chr14 24037246 . C T 39.65 PASS AF=0.2;AO=10;DP=60;FAO=9;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0893103;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=13.6478;QD=3.52483;RBI=0.0993729;REFB=0.0185646;REVB=-0.0435732;RO=29;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143251;STB=0.583157;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.105621;OID=.;OPOS=24037246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:60:45:29:35:10:9:0.2:7:3:6:23:5:4:12:23 chr14 24261219 . T C 1224.56 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.03349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3048;QD=57.6263;RBI=0.0603441;REFB=-0.0578152;REVB=0.050198;RO=2;SAF=47;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00336854;STB=0.503375;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00801428;OID=.;OPOS=24261219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:85:2:3:82:82:0.964706:35:47:1:1:35:47:2:1 chr14 24261273 . G C 266.58 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.0248011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.085;QD=13.4976;RBI=0.0295584;REFB=-0.0106306;REVB=0.0160811;RO=48;SAF=16;SAR=15;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139402;STB=0.579244;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.018442;OID=.;OPOS=24261273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:15:16:31:17:15:16:31:17 chr14 24261275 . C T 1186.55 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783777;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.965;QD=60.8486;RBI=0.0648962;REFB=0;REVB=-0.0644212;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111951;OID=.;OPOS=24261275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:77:78:1:32:45:0:0:32:46:0:0 chr14 24261340 . A G 763.25 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0938;QD=63.604;RBI=0.0717128;REFB=0;REVB=0.0215228;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104961;OID=.;OPOS=24261340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:46:48:1:19:27:0:0:19:29:0:0 chr14 24408954 . A G 172.15 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00180386;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.2748;QD=26.4851;RBI=0.0764374;REFB=-0.0150847;REVB=-0.0764161;RO=8;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886834;STB=0.567489;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00529048;OID=.;OPOS=24408954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:8:9:17:17:0.653846:9:8:5:3:9:8:6:3 chr14 24422795 . A G 294.96 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0692244;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2356;QD=17.3507;RBI=0.0933986;REFB=-0.0351423;REVB=-0.0626999;RO=36;SAF=13;SAR=19;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898931;STB=0.550435;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0363893;OID=.;OPOS=24422795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:19:13:18:18:19:13:18:18 chr14 24423090 . A G 240.86 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=-0.0281871;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.2268;QD=18.1782;RBI=0.028536;REFB=0.00515471;REVB=0.00444866;RO=24;SAF=16;SAR=10;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21056;STB=0.635088;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.013829;OID=.;OPOS=24423090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:24:27:26:26:0.490566:10:16:20:4:10:16:23:4 chr14 24458162 . G C 1514.21 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219232;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2943;QD=63.7564;RBI=0.0550566;REFB=0;REVB=-0.0505035;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260821;OID=.;OPOS=24458162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:40:55:0:0:40:55:0:0 chr14 24458211 . A T 595.69 PASS AF=0.495935;AO=61;DP=123;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.00470159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.465;QD=19.3721;RBI=0.00969801;REFB=-0.0176218;REVB=-0.00848213;RO=62;SAF=27;SAR=34;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16887;STB=0.59315;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0149712;OID=.;OPOS=24458211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:62:62:61:61:0.495935:34:27:39:23:34:27:39:23 chr14 24464310 . C A 528.82 PASS AF=0.331633;AO=65;DP=196;FAO=65;FDP=196;FR=.;FRO=131;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=69;FSRR=62;FWDB=-0.015078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.987;QD=10.7923;RBI=0.0152995;REFB=-0.00551914;REVB=0.00259384;RO=128;SAF=26;SAR=39;SRF=66;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13478;STB=0.585189;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.014201;OID=.;OPOS=24464310;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:128:131:65:65:0.331633:39:26:66:62:39:26:69:62 chr14 24470231 . T G 808.5 PASS AF=0.353791;AO=98;DP=278;FAO=98;FDP=277;FR=.;FRO=179;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=93;FSRR=86;FWDB=-0.0026121;FXX=0.0071682;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.253;QD=11.6751;RBI=0.0268473;REFB=-0.00478832;REVB=-0.0267199;RO=179;SAF=43;SAR=55;SRF=93;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920133;STB=0.552304;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0104831;OID=.;OPOS=24470231;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:277:179:179:98:98:0.353791:55:43:93:86:55:43:93:86 chr14 24505722 . C G 1122.61 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678087;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.121;QD=60.6819;RBI=0.0204118;REFB=0;REVB=0.0192526;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44325e-05;OID=.;OPOS=24505722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:75:74:1:34:41:0:0:34:40:0:0 chr14 24507003 . A C 832.47 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2448;QD=57.4118;RBI=0.025565;REFB=0;REVB=-0.0253571;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000286535;OID=.;OPOS=24507003;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:35:22:0:0:35:23:0:0 chr14 24507010 . C A 308.12 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00387922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2944;QD=20.8894;RBI=0.0237961;REFB=-0.0274212;REVB=-0.0234778;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309142;STB=0.517116;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0186974;OID=.;OPOS=24507010;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:19:13:10:17:19:13:10:17 chr14 24527220 . C T 559.96 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158323;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.91;QD=60.5359;RBI=0.0663719;REFB=0;REVB=0.064456;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607368;OID=.;OPOS=24527220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr14 24529209 . C T 915.5 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=70;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0387758;FXX=0.0142837;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.499;QD=53.0725;RBI=0.0405869;REFB=-0.110331;REVB=0.0119889;RO=1;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129424;STB=0.503155;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.000901503;OID=.;OPOS=24529209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:70:69:1:4:65:65:0.942029:36:29:0:1:36:29:2:2 chr14 24529260 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.779;QD=57.3858;RBI=0.00196719;REFB=0;REVB=0.00126421;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83865e-06;OID=.;OPOS=24529260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr14 24529890 . A G 196.05 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129359;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.3;QD=49.0116;RBI=0.129616;REFB=0;REVB=0.00814504;RO=0;SAF=0;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150775;OID=.;OPOS=24529890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:15:16:1:15:0:0:0:15:1:0:0 chr14 24530775 . CACA C 108.11 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=63;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0275858;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=3;MLLD=251.072;QD=6.97475;RBI=0.0277141;REFB=-0.00372308;REVB=-0.00266404;RO=44;SAF=8;SAR=8;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273146;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0115805;OID=.;OPOS=24530776;OREF=ACA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258065:16:63:16:62:46:8:8:23:23:99:44:8:8:23:21 chr14 24543808 . G C 870.42 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00574532;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.986;QD=56.1561;RBI=0.0167368;REFB=-0.0309733;REVB=0.0157198;RO=1;SAF=43;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108531;STB=0.505745;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=2.55539e-05;OID=.;OPOS=24543808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:1:1:61:61:0.983871:18:43:1:0:18:43:1:0 chr14 24545366 . T C 380.89 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462643;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3556;QD=56.4287;RBI=0.0922097;REFB=0;REVB=-0.0797637;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00046964;OID=.;OPOS=24545366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:21:6:0:0:21:6:0:0 chr14 24545835 . C T 740.84 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.327;QD=56.9876;RBI=0.11227;REFB=0;REVB=0.0314676;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000702681;OID=.;OPOS=24545835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:25:26:0:0:25:27:0:0 chr14 24567498 . A C 1525.78 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017901;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.375;QD=59.8345;RBI=0.0721637;REFB=0;REVB=-0.0699082;RO=1;SAF=47;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998794;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319908;OID=.;OPOS=24567498;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:1:0:102:102:1:55:47:1:0:55:47:0:0 chr14 24567508 . T C 1530.38 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657261;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8231;QD=59.4323;RBI=0.0130529;REFB=0;REVB=-0.0112774;RO=0;SAF=43;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5334e-05;OID=.;OPOS=24567508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:103:0:0:100:103:1:57:43:0:0:58:45:0:0 chr14 24569418 . A G 1828.86 PASS AF=0.913043;AO=120;DP=138;FAO=126;FDP=138;FR=.;FRO=12;FSAF=69;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.000461875;FXX=0.00719373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.68;QD=53.0104;RBI=0.00230353;REFB=-0.0555142;REVB=0.00225675;RO=0;SAF=68;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533213;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.001276;OID=.;OPOS=24569418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:138:138:0:12:120:126:0.913043:52:68:0:0:57:69:2:10 chr14 24600604 . C T 172.11 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00200859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.215;QD=18.117;RBI=0.00877673;REFB=-0.0119302;REVB=0.00854381;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19497;STB=0.610988;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0137555;OID=.;OPOS=24600604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:11:7:12:8:11:7:12:8 chr14 24607391 . CT C,TC 31.56 PASS AF=0.101449,0.0362319;AO=33,11;DP=136;FAO=14,5;FDP=138;FR=.;FRO=119;FSAF=5,0;FSAR=9,5;FSRF=52;FSRR=67;FWDB=0.0848978,0.00962836;FXX=0.00719373;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=8.42979,47.5733;QD=0.914802;RBI=0.22295,0.0592618;REFB=-0.13218,-0.0122515;REVB=-0.206153,-0.0584744;RO=76;SAF=6,0;SAR=27,11;SRF=40;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.44844,-0.681224;STB=0.57436,0.997686;STBP=0.542,0.031;TYPE=del,mnp;VARB=0.0779756,0.12687;OID=.,.;OPOS=24607392,24607391;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:136:138:76:119:33,11:14,5:0.101449,0.0362319:27,11:6,0:40:36:9,5:5,0:52:67 chr14 24614361 . T G 1822.07 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.256;QD=61.2461;RBI=0.0268379;REFB=0;REVB=0.0253225;RO=0;SAF=50;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06594e-05;OID=.;OPOS=24614361;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:69:50:0:0:69:50:0:0 chr14 24615435 . T C 1859.36 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.22;QD=61.4664;RBI=0.0177475;REFB=0;REVB=-0.00412844;RO=0;SAF=66;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88534e-05;OID=.;OPOS=24615435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:55:66:0:0:55:66:0:0 chr14 24617238 . C T 1084.81 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0214714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.412;QD=58.6384;RBI=0.0588691;REFB=-0.079802;REVB=0.0548138;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.505616;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000451888;OID=.;OPOS=24617238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:0:1:72:73:0.986486:43:29:0:0:44:29:0:1 chr14 24646406 . G GGAA 766.28 PASS AF=0.892308;AO=55;DP=65;FAO=58;FDP=65;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0440266;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=258.735;QD=47.1555;RBI=0.0457391;REFB=-0.0558971;REVB=0.0123985;RO=8;SAF=19;SAR=36;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102736;STB=0.537597;STBP=0.102;TYPE=ins;VARB=0.00457998;OID=.;OPOS=24646407;OREF=-;OALT=GAA;OMAPALT=GGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.892308:55:65:58:65:7:22:36:5:2:31:8:19:36:6:2 chr14 24647814 . T C 306.4 PASS AF=0.425;AO=33;DP=79;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0104865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.093;QD=15.3201;RBI=0.0110126;REFB=-0.0113619;REVB=0.00336324;RO=46;SAF=19;SAR=14;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122735;STB=0.576026;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0246696;OID=.;OPOS=24647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:46:46:33:34:0.425:14:19:21:25:14:20:21:25 chr14 24652882 . A G 542.26 PASS AF=0.534653;AO=55;DP=101;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0658511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9141;QD=21.4758;RBI=0.0676153;REFB=-0.0165913;REVB=0.0153447;RO=45;SAF=30;SAR=25;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647249;STB=0.540824;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0200776;OID=.;OPOS=24652882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:45:47:55:54:0.534653:25:30:21:24:24:30:22:25 chr14 24653267 . C T 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0293903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.531;QD=8.40198;RBI=0.0303627;REFB=-0.000914844;REVB=0.00762241;RO=21;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364049;STB=0.727463;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00135042;OID=.;OPOS=24653267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:7:2:11:10:7:2:11:10 chr14 24653523 . G C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00835457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.572;QD=16.3859;RBI=0.0156557;REFB=-0.0204371;REVB=0.0132402;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157762;STB=0.592997;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0167163;OID=.;OPOS=24653523;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:2:7:5:3:2:7:5:3 chr14 24653954 . G A 372.06 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.025134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.847;QD=31.0048;RBI=0.0272644;REFB=-0.0314852;REVB=0.0105655;RO=17;SAF=11;SAR=20;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00133977;STB=0.500734;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0188749;OID=.;OPOS=24653954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:17:31:31:0.645833:20:11:6:11:20:11:6:11 chr14 24654489 . T C 341.44 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.00734806;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.563;QD=17.9706;RBI=0.0614439;REFB=-0.00722784;REVB=-0.0610029;RO=39;SAF=19;SAR=17;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180533;STB=0.605286;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00957735;OID=.;OPOS=24654489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:39:40:36:36:0.473684:17:19:28:11:17:19:29:11 chr14 24676183 . G A 342.68 PASS AF=0.368421;AO=42;DP=114;FAO=42;FDP=114;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=-0.0172352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.105;QD=12.0239;RBI=0.0351253;REFB=-0.0261758;REVB=-0.0306062;RO=71;SAF=21;SAR=21;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100935;STB=0.561375;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0397055;OID=.;OPOS=24676183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:71:72:42:42:0.368421:21:21:42:29:21:21:43:29 chr14 24679877 . C T 371.59 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00997053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.953;QD=22.8672;RBI=0.0116699;REFB=-0.0328656;REVB=0.00606427;RO=25;SAF=22;SAR=15;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143754;STB=0.572108;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0221379;OID=.;OPOS=24679877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:28:37:37:0.569231:15:22:10:15:15:22:12:16 chr14 24682767 . C T 533.43 PASS AF=0.549451;AO=49;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0454807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.439;QD=23.4473;RBI=0.0489604;REFB=-0.0403684;REVB=0.018128;RO=41;SAF=16;SAR=33;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364694;STB=0.512865;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0328378;OID=.;OPOS=24682767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:41:49:50:0.549451:33:16:15:26:33:17:15:26 chr14 24702789 . C T 599.76 PASS AF=0.473282;AO=62;DP=131;FAO=62;FDP=131;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=0.00974083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.086;QD=18.3133;RBI=0.010001;REFB=-0.00494517;REVB=0.00226624;RO=69;SAF=31;SAR=31;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117191;STB=0.564865;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00595668;OID=.;OPOS=24702789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:69:69:62:62:0.473282:31:31:43:26:31:31:43:26 chr14 24705295 . T C 300.16 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0252034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.6901;QD=13.9607;RBI=0.0271584;REFB=-0.00375124;REVB=0.0101176;RO=52;SAF=20;SAR=14;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194458;STB=0.610519;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0110386;OID=.;OPOS=24705295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:14:20:21:31:14:20:21:31 chr14 24736027 . G A 295.74 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0158052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0218;QD=20.3956;RBI=0.0438601;REFB=-0.0344507;REVB=0.0409134;RO=26;SAF=15;SAR=16;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820336;STB=0.535691;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0321998;OID=.;OPOS=24736027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:27:31:31:0.534483:16:15:10:16:16:15:11:16 chr14 24736961 . T C 312.88 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0132064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.926;QD=14.3852;RBI=0.0380698;REFB=-0.00279577;REVB=-0.0357057;RO=52;SAF=19;SAR=16;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249774;STB=0.514183;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00506997;OID=.;OPOS=24736961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:52:35:35:0.402299:16:19:27:25:16:19:27:25 chr14 24771256 . T C 813.6 PASS AF=0.419355;AO=91;DP=217;FAO=91;FDP=217;FR=.;FRO=126;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=68;FSRR=58;FWDB=-0.000412806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.532;QD=14.9973;RBI=0.0168776;REFB=-0.011678;REVB=0.0168726;RO=126;SAF=53;SAR=38;SRF=68;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452458;STB=0.525289;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0131383;OID=.;OPOS=24771256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:126:126:91:91:0.419355:38:53:68:58:38:53:68:58 chr14 24784911 . T C 422.44 PASS AF=0.392;AO=48;DP=124;FAO=49;FDP=125;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=53;FSRR=23;FWDB=-0.0102555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.876;QD=13.5181;RBI=0.0360477;REFB=-0.0260058;REVB=0.034558;RO=76;SAF=25;SAR=23;SRF=53;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194133;STB=0.603014;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0444821;OID=.;OPOS=24784911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:76:76:48:49:0.392:23:25:53:23:23:26:53:23 chr14 24785993 . GGGGCGTGGAGGGCGTGGA GGGGCGTGGA,GGGGCGTGGAGGGCGTGG 360.34 PASS AF=0.311111,0.155556;AO=27,11;DP=97;FAO=28,14;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=13,9;FSAR=15,5;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0104421,-0.0361964;FXX=0.0816243;HRUN=3,1;LEN=9,1;MLLD=156.936,239.878;QD=16.0149;RBI=0.0171366,0.0364732;REFB=-0.0292371,-0.0143832;REVB=0.0135878,0.00448505;RO=40;SAF=13,8;SAR=14,3;SRF=22;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0.349776,0;SSSB=-0.0715169,0.232844;STB=0.522583,0.612513;STBP=0.779,0.384;TYPE=del,del;VARB=0.0518332,0.106168;OID=.,.;OPOS=24785994,24786011;OREF=GGGCGTGGA,A;OALT=-,-;OMAPALT=GGGGCGTGGA,GGGGCGTGGAGGGCGTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.311111,0.155556:27,11:97:28,14:90:48:13,9:15,5:24:24:99:40:13,8:14,3:22:18 chr14 24786013 . G A 48.91 PASS AF=0.105263;AO=12;DP=110;FAO=12;FDP=114;FR=.;FRO=102;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=-0.0167951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.076;QD=1.71612;RBI=0.0376744;REFB=-0.00850135;REVB=-0.0337237;RO=98;SAF=8;SAR=4;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235866;STB=0.681782;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0501956;OID=.;OPOS=24786013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:110:114:98:102:12:12:0.105263:4:8:46:52:4:8:47:55 chr14 24786293 . T G 255.27 PASS AF=0.785714;AO=21;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0258757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.054;QD=36.4671;RBI=0.027775;REFB=-0.00752222;REVB=-0.0100946;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.616329;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00327714;OID=.;OPOS=24786293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:0:6:21:22:0.785714:15:6:0:0:15:7:5:1 chr14 24786976 . T C 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.942;QD=56.9996;RBI=0.0448575;REFB=0;REVB=0.0370592;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250926;OID=.;OPOS=24786976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:35:19:0:0:35:19:0:0 chr14 24793600 . G A 688.52 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00980448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.219;QD=62.5932;RBI=0.0135841;REFB=0;REVB=0.00940208;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62172e-05;OID=.;OPOS=24793600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:27:16:0:0:28:16:0:0 chr14 24795495 . G A 328.0 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.000908031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.51;QD=30.5112;RBI=0.00204785;REFB=-0.000244628;REVB=-0.00183553;RO=15;SAF=11;SAR=17;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485508;STB=0.526659;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000248565;OID=.;OPOS=24795495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:17:11:7:8:17:11:7:8 chr14 24801960 . G C 152.49 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00231489;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0435;QD=9.99912;RBI=0.0350691;REFB=-0.0257993;REVB=-0.0349926;RO=41;SAF=7;SAR=13;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134847;STB=0.563194;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0605256;OID=.;OPOS=24801960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:13:7:19:22:13:7:18:23 chr14 24802018 . G A 209.39 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00225008;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.024;QD=20.4279;RBI=0.0249989;REFB=-0.0119087;REVB=0.0248975;RO=15;SAF=6;SAR=14;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308688;STB=0.564452;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.031588;OID=.;OPOS=24802018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:15:20:20:21:0.512195:14:6:4:11:15:6:8:12 chr14 24802151 . G A 153.46 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0417283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.084;QD=8.89605;RBI=0.0540477;REFB=-0.0294963;REVB=0.0343496;RO=47;SAF=11;SAR=10;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649087;STB=0.531005;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.057159;OID=.;OPOS=24802151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:48:21:21:0.304348:10:11:22:25:10:11:23:25 chr14 24836815 . C G 374.33 PASS AF=0.631579;AO=35;DP=56;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0151943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0525;QD=26.2689;RBI=0.0165516;REFB=-0.0173576;REVB=0.00656419;RO=21;SAF=20;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330935;STB=0.511804;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0161505;OID=.;OPOS=24836815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:21:21:35:36:0.631579:15:20:11:10:16:20:11:10 chr14 24839165 . C T 1079.51 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0282329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4974;QD=58.3518;RBI=0.0393459;REFB=-0.0916435;REVB=-0.0274045;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.505881;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00128736;OID=.;OPOS=24839165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:0:1:72:73:0.986486:30:42:0:0:31:42:1:0 chr14 24839557 . TGGGGGC GTGGGGC,TGGGC,TGGGG,TGGGGC,TGGGGCC,TGGGGG 776.78 PASS AF=0,0,1,0,0,0;AO=3,16,9,18,3,10;DP=80;FAO=0,0,77,0,0,0;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,23,0,0,0;FSAR=0,0,54,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.28598,0.320325,0.092462,0.621796,0.522583,-0.376436;FXX=0.0493766;HRUN=1,5,5,5,5,4;LEN=2,2,2,1,1,1;MLLD=6.3978,10.3136,15.185,8.16204,6.53635,8.14578;QD=40.352;RBI=0.546462,0.445532,0.285107,0.873557,1.02286,1.13744;REFB=-0.0494264,-0.0817747,-0.0493348,-0.0566554,-0.05077,0.00045538;REVB=-0.465656,-0.309663,0.269697,-0.613573,-0.879289,1.07335;RO=5;SAF=0,0,9,0,1,10;SAR=3,16,0,18,2,0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0.326531,0.326531,0.326531,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0.594203;SSSB=-0.743083,-0.852101,0.779824,-0.857433,-0.414454,0.790546;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,del,snp,del;VARB=0,0,0.0131414,0.0487887,0,-0.033376;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=24839557,24839558,24839562,24839558,24839562,24839563;OREF=TG,GG,GC,G,G,C;OALT=GT,-,-,-,C,-;OMAPALT=GTGGGGC,TGGGC,TGGGG,TGGGGC,TGGGGCC,TGGGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/3:3:80:77:5:0:3,16,9,18,3,10:0,0,77,0,0,0:0,0,1,0,0,0:3,16,0,18,2,0:0,0,9,0,1,10:4:1:0,0,54,0,0,0:0,0,23,0,0,0:0:0 chr14 24846757 . A G 507.11 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00661925;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.011;QD=59.6605;RBI=0.0105386;REFB=0;REVB=-0.00820052;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.20661e-05;OID=.;OPOS=24846757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr14 24846961 . G T 84.56 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0394662;FXX=0.11107;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.814;QD=14.0937;RBI=0.0396884;REFB=-0.0076421;REVB=0.004194;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217831;STB=0.555452;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0113715;OID=.;OPOS=24846961;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:27:24:13:14:10:10:0.416667:8:2:1:12:8:2:2:12 chr14 24877238 . G A 149.13 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0191116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.6358;QD=9.62131;RBI=0.021705;REFB=-0.00171964;REVB=0.0102885;RO=42;SAF=6;SAR=14;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265836;STB=0.657556;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0119746;OID=.;OPOS=24877238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:14:6:22:20:14:6:22:20 chr14 24877699 . A G 533.92 PASS AF=0.549451;AO=47;DP=88;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0324848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.968;QD=23.4689;RBI=0.0360763;REFB=-0.030891;REVB=0.015692;RO=39;SAF=17;SAR=30;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255359;STB=0.527767;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.026167;OID=.;OPOS=24877699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:39:41:47:50:0.549451:30:17:13:26:30:20:14:27 chr14 24888335 . T C 258.45 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.0266128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0059;QD=13.9705;RBI=0.0396072;REFB=-0.00644855;REVB=-0.0293341;RO=44;SAF=10;SAR=20;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102283;STB=0.557858;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0108257;OID=.;OPOS=24888335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:20:10:11:33:20:10:11:33 chr14 24898556 . G C 620.75 PASS AF=0.529915;AO=62;DP=117;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.00568161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.366;QD=21.2223;RBI=0.0121993;REFB=-0.0311806;REVB=0.0107955;RO=55;SAF=34;SAR=28;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957707;STB=0.5526;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0247856;OID=.;OPOS=24898556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:55:55:62:62:0.529915:28:34:24:31:28:34:24:31 chr14 24898558 . C T 410.04 PASS AF=0.415929;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.0281646;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.873;QD=14.5147;RBI=0.0282575;REFB=-0.0136904;REVB=-0.00228864;RO=65;SAF=17;SAR=30;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230884;STB=0.634144;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00861726;OID=.;OPOS=24898558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:65:66:47:47:0.415929:30:17:38:27:30:17:39:27 chr14 24901244 . AGGGA AGGA,AGGGAC 93.45 PASS AF=0,0.695652;AO=4,4;DP=25;FAO=0,16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=0,7;FSAR=0,9;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0158135,0.0396889;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=12.7244,128.497;QD=16.2525;RBI=0.0958102,0.0446489;REFB=-0.1371,-0.0712777;REVB=0.0944962,-0.0204528;RO=17;SAF=0,4;SAR=4,0;SRF=10;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.690024,0.636236;STB=0.5,0.58368;STBP=1,0.256;TYPE=del,ins;VARB=0.0970948,0.0439884;OID=.,.;OPOS=24901245,24901249;OREF=G,-;OALT=-,C;OMAPALT=AGGA,AGGGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.695652:4,4:25:0,16:23:7:0,7:0,9:5:2:37:17:0,4:4,0:10:7 chr14 24901249 . A C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.000460923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.201;QD=16.417;RBI=0.0180852;REFB=-0.0111062;REVB=0.0180793;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37168;STB=0.713979;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0126111;OID=.;OPOS=24901249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:10:4:11:5:10:4:11:5 chr14 24901276 . G T 290.11 PASS AF=0.923077;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.082523;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=29.0315;QD=44.6323;RBI=0.127165;REFB=-0.0968358;REVB=0.096752;RO=2;SAF=12;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709998;STB=0.53843;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0159771;OID=.;OPOS=24901276;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:26:2:2:22:24:0.923077:10:12:2:0:12:12:2:0 chr14 24909362 . T C 1169.06 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.339;QD=60.7306;RBI=0.0174292;REFB=0;REVB=-0.010355;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12394e-06;OID=.;OPOS=24909362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:33:43:0:0:33:44:0:0 chr14 24909475 . C G 481.4 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0226738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.329;QD=53.4891;RBI=0.0260165;REFB=0.0715864;REVB=0.0127576;RO=2;SAF=29;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184931;STB=0.583279;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.000512648;OID=.;OPOS=24909475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:33:34:0.944444:4:29:0:2:5:29:0:2 chr14 24909731 . C T 710.22 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0256437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1637;QD=54.6323;RBI=0.0259483;REFB=-0.0425336;REVB=0.003964;RO=1;SAF=16;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285164;STB=0.515146;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00522234;OID=.;OPOS=24909731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:35:16:1:0:35:16:1:0 chr14 24910210 . C A 2303.04 PASS AF=0.980892;AO=154;DP=157;FAO=154;FDP=157;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=92;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0149607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.61;QD=58.6762;RBI=0.0249847;REFB=-0.0830669;REVB=0.0200103;RO=0;SAF=62;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.698e-08;STB=0.505234;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00015493;OID=.;OPOS=24910210;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:157:157:0:3:154:154:0.980892:92:62:0:0:92:62:2:1 chr14 24910973 . TT GA 1015.36 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321578;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=106.787;QD=58.8615;RBI=0.0716831;REFB=0;REVB=0.0640651;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000339148;OID=.;OPOS=24910973;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:35:32:0:0:37:32:0:0 chr14 24912008 . T C 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0136936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.265;QD=17.8009;RBI=0.0141139;REFB=-0.00644249;REVB=-0.00341876;RO=24;SAF=4;SAR=16;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261744;STB=0.650995;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00853394;OID=.;OPOS=24912008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:16:4:10:14:16:4:10:14 chr14 24970942 . A G 289.18 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0641946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8619;QD=52.5788;RBI=0.0673606;REFB=0;REVB=-0.0204081;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00248186;OID=.;OPOS=24970942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr14 24975435 . G T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.61;QD=49.5992;RBI=0.0272721;REFB=0;REVB=-0.0144868;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70403e-05;OID=.;OPOS=24975435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr14 25102160 . C T 1065.95 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0333069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1353;QD=58.4084;RBI=0.0638259;REFB=0.0474861;REVB=0.0544463;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.508769;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00053829;OID=.;OPOS=25102160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:0:1:72:72:0.986301:28:44:0:0:28:44:0:1 chr14 26916677 . TA T,TT 60.21 PASS AF=0.225806,0.0645161;AO=11,4;DP=57;FAO=14,4;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=7,1;FSAR=7,3;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0350477,0.0458407;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.5503,21.8299;QD=3.8842;RBI=0.0625983,0.052876;REFB=-0.0850026,-0.0653611;REVB=-0.0518672,-0.0263534;RO=38;SAF=3,1;SAR=8,3;SRF=23;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.39622,-0.370957;STB=0.586087,0.806316;STBP=0.456,0.293;TYPE=del,snp;VARB=0.135405,0.0403279;OID=.,.;OPOS=26916678,26916678;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225806,0.0645161:11,4:57:14,4:62:44:7,1:7,3:27:17:39:38:3,1:8,3:23:15 chr14 30045978 . C T 595.18 PASS AF=0.526316;AO=60;DP=114;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=0.0113411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.368;QD=20.8835;RBI=0.0120504;REFB=-0.00341867;REVB=0.00407331;RO=54;SAF=32;SAR=28;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202681;STB=0.611075;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00176542;OID=.;OPOS=30045978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:54:54:60:60:0.526316:28:32:16:38:28:32:16:38 chr14 31059969 . G A 1138.14 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234543;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6062;QD=60.7006;RBI=0.0250085;REFB=0;REVB=0.00867886;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219397;OID=.;OPOS=31059969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:44:31:0:0:44:31:0:0 chr14 31099738 . A G 1302.04 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0659;QD=62.0019;RBI=0.0091285;REFB=0;REVB=-0.00367021;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57842e-05;OID=.;OPOS=31099738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:39:45:0:0:39:45:0:0 chr14 31108977 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.965;QD=59.1432;RBI=0.00680996;REFB=0;REVB=-0.00418418;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87309e-07;OID=.;OPOS=31108977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:28:39:0:0:28:39:0:0 chr14 31188517 . AT A 116.58 PASS AF=0.410072;AO=56;DP=142;FAO=57;FDP=139;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.0251361;FXX=0.0211253;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.35462;QD=3.3548;RBI=0.0614538;REFB=-0.0536686;REVB=0.056078;RO=68;SAF=27;SAR=29;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464654;STB=0.515537;STBP=0.769;TYPE=del;VARB=0.0402887;OID=.;OPOS=31188518;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410072:56:142:57:139:82:30:27:41:41:99:68:27:29:36:32 chr14 31191772 . T C 1532.44 PASS AF=0.972222;AO=105;DP=109;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0149666;FXX=0.00917347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.765;QD=56.7571;RBI=0.0187775;REFB=-0.118161;REVB=-0.0113401;RO=2;SAF=35;SAR=70;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00663352;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344262;OID=.;OPOS=31191772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:109:108:2:3:105:105:0.972222:70:35:1:1:70:35:1:2 chr14 31359847 . T A 1302.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.019;QD=62.0068;RBI=0.0263419;REFB=0;REVB=0.011534;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117355;OID=.;OPOS=31359847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:38:46:0:0:38:46:0:0 chr14 31420098 . C T 295.61 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0845234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.737;QD=22.3105;RBI=0.0883495;REFB=-0.0136894;REVB=-0.0257183;RO=22;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911447;STB=0.55783;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00892395;OID=.;OPOS=31420098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:23:30:30:0.566038:13:17:15:7:13:17:16:7 chr14 31569991 . T C 376.32 PASS AF=0.378151;AO=45;DP=120;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.0195836;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.037;QD=12.6492;RBI=0.0198614;REFB=-0.00581016;REVB=0.0033106;RO=74;SAF=21;SAR=24;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139165;STB=0.57903;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0154632;OID=.;OPOS=31569991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:74:74:45:45:0.378151:24:21:44:30:24:21:44:30 chr14 31578762 . C T 421.98 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0112673;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.35;QD=17.9564;RBI=0.0211426;REFB=-0.039234;REVB=0.0178902;RO=52;SAF=28;SAR=15;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153841;STB=0.580273;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0385179;OID=.;OPOS=31578762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:52:51:43:43:0.457447:15:28:26:26:15:28:26:25 chr14 31582380 . A G 905.79 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.01529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0921;QD=56.6118;RBI=0.046764;REFB=0.061197;REVB=0.0441937;RO=1;SAF=42;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111125;STB=0.50588;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00394681;OID=.;OPOS=31582380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:21:42:1:0:21:42:1:0 chr14 31582526 . T C 858.59 PASS AF=0.491525;AO=87;DP=177;FAO=87;FDP=177;FR=.;FRO=90;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.0106797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.778;QD=19.4032;RBI=0.0109758;REFB=-0.0106384;REVB=-0.0025323;RO=90;SAF=37;SAR=50;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284296;STB=0.515665;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00965236;OID=.;OPOS=31582526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:90:90:87:87:0.491525:50:37:41:49:50:37:41:49 chr14 31618011 . GGA G,GG 141.8 PASS AF=0,0.684932;AO=9,28;DP=73;FAO=0,50;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=0,24;FSAR=0,26;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.15604,-0.266295;FXX=0;HRUN=6,8;LEN=2,1;MLLD=13.1596,7.50834;QD=7.77002;RBI=0.157164,0.288911;REFB=0.0763516,0.0392955;REVB=0.0187642,0.112056;RO=21;SAF=2,17;SAR=7,11;SRF=6;SRR=15;SSEN=0.608696,0;SSEP=0.408163,0;SSSB=-0.0958897,0.245833;STB=0.5,0.513153;STBP=1,0.764;TYPE=del,del;VARB=-0.0254833,0.0113051;OID=.,.;OPOS=31618012,31618013;OREF=GA,A;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.684932:9,28:73:0,50:73:23:0,24:0,26:12:11:58:21:2,17:7,11:6:15 chr14 31619392 . T C 356.64 PASS AF=0.5;AO=36;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0154323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.538;QD=19.2776;RBI=0.0154333;REFB=-0.0108656;REVB=-0.000179963;RO=38;SAF=19;SAR=17;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17133;STB=0.608768;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0146437;OID=.;OPOS=31619392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:37:36:37:0.5:17:19:27:11:18:19:27:10 chr14 31647241 . G A 521.23 PASS AF=0.526316;AO=49;DP=93;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0136333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7674;QD=21.9467;RBI=0.0160529;REFB=-0.00789757;REVB=-0.00847516;RO=44;SAF=22;SAR=27;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102177;STB=0.565155;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00651536;OID=.;OPOS=31647241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:44:45:49:50:0.526316:27:22:25:19:28:22:26:19 chr14 31790886 . T G 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0131507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.839;QD=16.1724;RBI=0.0152043;REFB=-0.00479285;REVB=0.00763092;RO=20;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313311;STB=0.681577;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.021233;OID=.;OPOS=31790886;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:4:12:9:11:4:12:9:11 chr14 31864485 . G C 550.7 PASS AF=0.402685;AO=60;DP=149;FAO=60;FDP=149;FR=.;FRO=89;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=-0.0326854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.717;QD=14.784;RBI=0.0327302;REFB=-0.0145553;REVB=-0.00171132;RO=89;SAF=32;SAR=28;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294542;STB=0.516586;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0205608;OID=.;OPOS=31864485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:89:89:60:60:0.402685:28:32:45:44:28:32:45:44 chr14 31917203 . T C 280.92 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0494201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.242;QD=14.4061;RBI=0.0512536;REFB=-0.00228329;REVB=0.0135863;RO=46;SAF=20;SAR=12;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19863;STB=0.612832;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00379124;OID=.;OPOS=31917203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:12:20:20:26:12:20:20:26 chr14 31952257 . A G 236.24 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00480562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.163;QD=17.4992;RBI=0.0110966;REFB=-0.0107577;REVB=-0.010002;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683664;STB=0.538432;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0106553;OID=.;OPOS=31952257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:12:14:13:15:12:14:13:15 chr14 31952754 . A G 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00787898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.138;QD=14.7422;RBI=0.0213843;REFB=-0.0210875;REVB=0.0198798;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997197;STB=0.557457;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0269252;OID=.;OPOS=31952754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:10:7:8:17:10:7:8:17 chr14 32047217 . T C 328.76 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=41;FWDB=0.0195704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2231;QD=15.4708;RBI=0.0342294;REFB=0.00655307;REVB=0.028083;RO=49;SAF=10;SAR=26;SRF=8;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15898;STB=0.588708;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00461411;OID=.;OPOS=32047217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:26:10:8:41:26:10:8:41 chr14 32123347 . A C 198.5 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.126713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3576;QD=44.1107;RBI=0.127334;REFB=-0.10501;REVB=-0.0125624;RO=1;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703222;STB=0.538415;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0132905;OID=.;OPOS=32123347;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:11:6:1:0:11:6:1:0 chr14 32131273 . G A 443.37 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0161504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7094;QD=20.1534;RBI=0.0198776;REFB=-0.00744647;REVB=0.0115881;RO=44;SAF=16;SAR=28;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219736;STB=0.51219;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0130758;OID=.;OPOS=32131273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:28:16:17:27:28:16:17:27 chr14 32414145 . C A,G 727.88 PASS AF=0.944444,0.037037;AO=51,2;DP=54;FAO=51,2;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=33,2;FSAR=18,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00372138,0.0124547;FXX=0.0181785;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=96.7269,15.7149;QD=53.917;RBI=0.0343078,0.0316198;REFB=-0.145447,-0.0263916;REVB=0.0341054,0.0290635;RO=0;SAF=33,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-8.62909e-08,0;STB=0.50746,0.5;STBP=0.543,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000838684,-0.00526357;OID=.,.;OPOS=32414145,32414145;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:54:0:1:51,2:51,2:0.944444,0.037037:18,0:33,2:0:0:18,0:33,2:1:0 chr14 32419331 . C T 513.96 PASS AF=0.536082;AO=50;DP=96;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00103252;FXX=0.0490148;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.897;QD=21.1943;RBI=0.00333238;REFB=-0.0160862;REVB=0.00316839;RO=46;SAF=21;SAR=29;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323511;STB=0.511418;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0104916;OID=.;OPOS=32419331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:46:45:50:52:0.536082:29:21:21:25:29:23:21:24 chr14 32562902 . A G 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.035337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.753;QD=34.6653;RBI=0.0367895;REFB=-0.0529;REVB=0.0102354;RO=1;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176689;STB=0.599781;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00477156;OID=.;OPOS=32562902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:2:8:0:1:2:8:0:1 chr14 32960254 . G A 682.33 PASS AF=0.46;AO=69;DP=150;FAO=69;FDP=150;FR=.;FRO=81;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.00128024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1325;QD=18.1955;RBI=0.00375557;REFB=-0.0066626;REVB=-0.00353063;RO=80;SAF=40;SAR=29;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053759;STB=0.533533;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00872394;OID=.;OPOS=32960254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:80:81:69:69:0.46:29:40:42:38:29:40:42:39 chr14 33014869 . C T 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00713793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.464;QD=10.1699;RBI=0.0116203;REFB=-0.000484095;REVB=0.00916963;RO=22;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340994;STB=0.703356;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.000994666;OID=.;OPOS=33014869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:7:4:15:7:7:4:15:7 chr14 33015014 . G A 62.7 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00234824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.057;QD=20.9011;RBI=0.0251226;REFB=-0.00809086;REVB=0.0250126;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749496;STB=0.543368;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0079895;OID=.;OPOS=33015014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:5:3:2:2:5:3:2:2 chr14 33015082 . A G 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0173081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.106;QD=19.8494;RBI=0.0308477;REFB=-0.0130643;REVB=-0.0255345;RO=13;SAF=12;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381393;STB=0.521709;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00721913;OID=.;OPOS=33015082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:3:12:10:3:3:12:10:3 chr14 33046388 . A G 940.42 PASS AF=0.906667;AO=68;DP=75;FAO=68;FDP=75;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00528447;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.707;QD=50.1559;RBI=0.0123898;REFB=-0.0163124;REVB=0.0112063;RO=7;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814458;STB=0.543197;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000201898;OID=.;OPOS=33046388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:75:75:7:7:68:68:0.906667:37:31:0:7:37:31:0:7 chr14 33147614 . G A 470.89 PASS AF=0.320856;AO=58;DP=186;FAO=60;FDP=187;FR=.;FRO=127;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=61;FSRR=66;FWDB=-0.0245833;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.436;QD=10.0724;RBI=0.024617;REFB=-0.0152122;REVB=0.00128651;RO=125;SAF=23;SAR=35;SRF=59;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908641;STB=0.555537;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0331679;OID=.;OPOS=33147614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:125:127:58:60:0.320856:35:23:59:66:36:24:61:66 chr14 33292743 . A C 145.84 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0225634;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.433;QD=25.363;RBI=0.0240434;REFB=-0.00315923;REVB=0.00830516;RO=8;SAF=3;SAR=12;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769418;STB=0.542803;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00155242;OID=.;OPOS=33292743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:8:8:15:15:0.652174:12:3:1:7:12:3:1:7 chr14 33293022 . A G 136.66 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0296742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4075;QD=10.9328;RBI=0.0539696;REFB=-0.0039824;REVB=0.0450795;RO=34;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104876;STB=0.562422;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.010949;OID=.;OPOS=33293022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:7:9:16:18:7:9:16:18 chr14 33293122 . A G 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0106619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.621;QD=12.5695;RBI=0.017569;REFB=-0.0155281;REVB=-0.0139641;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474041;STB=0.527832;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0255734;OID=.;OPOS=33293122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:8:7:11:15:8:7:11:15 chr14 33299741 . TTA T,TT,TTT 95.1 PASS AF=0,0.954545,0;AO=5,4,3;DP=22;FAO=0,21,0;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=0,3,0;FSAR=0,18,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.207194,-0.10609,-0.329971;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=6.22264,7.07203,6.18515;QD=17.2905;RBI=0.207435,0.239543,0.408569;REFB=0.0374665,-0.0111071,-0.0551763;REVB=-0.0100086,0.214769,0.240931;RO=7;SAF=0,0,3;SAR=5,4,0;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0.812474;STB=0.5,0.513501,0.5;STBP=1,0.631,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0214214,0.0156189,-0.198465;OID=.,.,.;OPOS=33299742,33299743,33299743;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.954545,0:5,4,3:22:0,21,0:22:1:0,3,0:0,18,0:0:1:6:7:0,0,3:5,4,0:0:7 chr14 34047414 . T C 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0351648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3724;QD=36.347;RBI=0.0373429;REFB=-0.00431042;REVB=0.0125668;RO=1;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127515;STB=0.571292;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000587638;OID=.;OPOS=34047414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:3:8:0:1:3:8:0:1 chr14 34047441 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.781;QD=42.1826;RBI=0.0571784;REFB=0;REVB=0.0178391;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043545;OID=.;OPOS=34047441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr14 34393602 . A G 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9579;QD=58.136;RBI=0.0501687;REFB=0;REVB=0.045803;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112462;OID=.;OPOS=34393602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr14 34394733 . C T 593.13 PASS AF=0.5625;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0056984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.891;QD=24.7138;RBI=0.0103632;REFB=-0.0121259;REVB=0.00865588;RO=42;SAF=29;SAR=25;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106104;STB=0.505812;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0109797;OID=.;OPOS=34394733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:42:54:54:0.5625:25:29:22:20:25:29:22:20 chr14 34395148 . GA G 567.38 PASS AF=0.47619;AO=59;DP=126;FAO=60;FDP=126;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0095763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.464;QD=18.0119;RBI=0.0122793;REFB=-0.0148222;REVB=0.00768615;RO=65;SAF=19;SAR=40;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112111;STB=0.57041;STBP=0.172;TYPE=del;VARB=0.0141436;OID=.;OPOS=34395149;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:59:126:60:126:66:19:41:29:37:99:65:19:40:28:37 chr14 34903946 . G A 74.11 PASS AF=0.185714;AO=12;DP=68;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0224829;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.291;QD=4.23502;RBI=0.0247979;REFB=-0.00525556;REVB=-0.010462;RO=51;SAF=5;SAR=7;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676534;STB=0.538402;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0241805;OID=.;OPOS=34903946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:68:70:51:57:12:13:0.185714:7:5:24:27:7:6:29:28 chr14 34985645 . G A 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00869371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.191;QD=15.101;RBI=0.0112045;REFB=-0.0417596;REVB=0.00706823;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104602;STB=0.559274;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0648566;OID=.;OPOS=34985645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:11:13:20:11:11:13:20:11 chr14 34985658 . C T 167.17 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0354441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.758;QD=11.7315;RBI=0.0367041;REFB=-0.00374918;REVB=0.00953433;RO=36;SAF=11;SAR=10;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189435;STB=0.609039;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0259742;OID=.;OPOS=34985658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:10:11:25:11:10:11:25:11 chr14 34993982 . G C 185.77 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0256144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.736;QD=19.0537;RBI=0.0304813;REFB=-0.0131859;REVB=0.016523;RO=20;SAF=4;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264985;STB=0.651997;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00303939;OID=.;OPOS=34993982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:15:4:9:11:15:4:9:11 chr14 35062312 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00672256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.662;QD=58.5877;RBI=0.0298993;REFB=0;REVB=0.0291338;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70697e-05;OID=.;OPOS=35062312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr14 35099099 . A G 269.39 PASS AF=0.543478;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0436752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6913;QD=23.4256;RBI=0.0485019;REFB=0.00742056;REVB=-0.0210927;RO=21;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149847;STB=0.501741;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.00785177;OID=.;OPOS=35099099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:21:24:25:0.543478:11:13:11:10:12:13:11:10 chr14 35242828 . G A 755.96 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351849;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.529;QD=57.0539;RBI=0.0380462;REFB=0;REVB=0.0144754;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43766e-05;OID=.;OPOS=35242828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr14 35245607 . C CT 31.21 PASS AF=0.160305;AO=26;DP=138;FAO=21;FDP=131;FR=.;FRO=110;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=62;FSRR=48;FWDB=-0.0553835;FXX=0.0296274;HRUN=0;LEN=1;MLLD=96.5113;QD=0.952981;RBI=0.0615347;REFB=-0.0042367;REVB=-0.0268179;RO=109;SAF=23;SAR=3;SRF=61;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493514;STB=0.792432;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=0.154775;OID=.;OPOS=35245608;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.160305:26:138:21:131:110:18:3:62:48:31:109:23:3:61:48 chr14 36004075 . A G 191.2 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.59;QD=47.8006;RBI=0.0366872;REFB=0;REVB=-0.0255822;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5228e-06;OID=.;OPOS=36004075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr14 36004247 . C CG 35.19 PASS AF=0.162602;AO=29;DP=126;FAO=20;FDP=123;FR=.;FRO=103;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=78;FWDB=-0.0484053;FXX=0.0238076;HRUN=0;LEN=1;MLLD=26.4297;QD=1.14447;RBI=0.0545733;REFB=-0.0231185;REVB=-0.0252025;RO=95;SAF=18;SAR=11;SRF=22;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465764;STB=0.861321;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.107233;OID=.;OPOS=36004248;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.162602:29:126:20:123:103:15:5:25:78:35:95:18:11:22:73 chr14 36005659 . T C 63.46 PASS AF=0.3;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0136363;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1042;QD=8.46103;RBI=0.0163995;REFB=0.00498083;REVB=0.00911007;RO=21;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588781;STB=0.536502;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.0114604;OID=.;OPOS=36005659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:31:30:21:21:9:9:0.3:3:6:13:8:3:6:13:8 chr14 36153177 . T C 671.31 PASS AF=0.462585;AO=68;DP=146;FAO=68;FDP=147;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=0.00190797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.98;QD=18.267;RBI=0.00228047;REFB=-0.0117479;REVB=-0.00124907;RO=78;SAF=25;SAR=43;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081799;STB=0.542574;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0121544;OID=.;OPOS=36153177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:78:79:68:68:0.462585:43:25:35:43:43:25:35:44 chr14 36191031 . A G 393.16 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00150898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.965;QD=19.6579;RBI=0.0140046;REFB=-0.00403737;REVB=0.0139231;RO=39;SAF=23;SAR=17;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788237;STB=0.537908;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00334212;OID=.;OPOS=36191031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:40:40:40:0.5:17:23:19:20:17:23:20:20 chr14 36207848 . C T 531.06 PASS AF=0.414286;AO=58;DP=140;FAO=58;FDP=140;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=-0.0220919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2266;QD=15.1731;RBI=0.0350514;REFB=-0.000301582;REVB=0.027213;RO=82;SAF=26;SAR=32;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356165;STB=0.519993;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.000436451;OID=.;OPOS=36207848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:82:82:58:58:0.414286:32:26:34:48:32:26:34:48 chr14 36340936 . C A 196.43 PASS AF=0.292135;AO=26;DP=89;FAO=26;FDP=89;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0124979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.793;QD=8.82829;RBI=0.0266287;REFB=-0.0066165;REVB=-0.0235136;RO=63;SAF=12;SAR=14;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168023;STB=0.599241;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0203816;OID=.;OPOS=36340936;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:63:63:26:26:0.292135:14:12:38:25:14:12:38:25 chr14 36400983 . T G 314.84 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0206035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.061;QD=14.8159;RBI=0.0247448;REFB=-0.0170682;REVB=-0.013704;RO=50;SAF=19;SAR=16;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179601;STB=0.510171;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0259289;OID=.;OPOS=36400983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:16:19:28:22:16:19:28:22 chr14 36789729 . T G 1281.21 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.709;QD=61.7451;RBI=0.0524795;REFB=0;REVB=-0.00162699;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48897e-05;OID=.;OPOS=36789729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:40:43:0:0:40:43:0:0 chr14 36789775 . A T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.297;QD=57.1059;RBI=0.0159236;REFB=0;REVB=-0.0119922;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.21761e-05;OID=.;OPOS=36789775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr14 36789795 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.723;QD=56.7062;RBI=0.0268691;REFB=0;REVB=-0.00556472;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015257;OID=.;OPOS=36789795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr14 36840650 . A T 1502.61 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00425914;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.34;QD=62.6086;RBI=0.0102284;REFB=0.0302053;REVB=0.00929946;RO=0;SAF=62;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10899e-08;STB=0.503999;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-1.79691e-05;OID=.;OPOS=36840650;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:96:0:1:95:95:0.989583:33:62:0:0:33:62:1:0 chr14 37051517 . C G 142.96 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00156081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.883;QD=14.6628;RBI=0.0221472;REFB=-0.0224805;REVB=0.0220922;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371963;STB=0.536866;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0337024;OID=.;OPOS=37051517;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:23:15:16:0.410256:6:9:13:10:6:10:13:10 chr14 37063123 . C T 613.19 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.943;QD=61.3185;RBI=0.0487874;REFB=0;REVB=0.0316718;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99989e-05;OID=.;OPOS=37063123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr14 37063294 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.952;QD=56.7064;RBI=0.0891845;REFB=0;REVB=0.0884091;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276314;OID=.;OPOS=37063294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr14 37135752 . C T 604.72 PASS AF=0.654321;AO=53;DP=81;FAO=53;FDP=81;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0114646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.855;QD=29.8626;RBI=0.019267;REFB=-0.0246448;REVB=-0.0154849;RO=27;SAF=20;SAR=33;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545682;STB=0.520773;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0974652;OID=.;OPOS=37135752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:27:28:53:53:0.654321:33:20:8:19:33:20:9:19 chr14 37135753 . G C 226.2 PASS AF=0.341463;AO=27;DP=81;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0183914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.491;QD=11.034;RBI=0.0396643;REFB=-0.0182097;REVB=0.0351428;RO=54;SAF=8;SAR=19;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963832;STB=0.535966;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00887623;OID=.;OPOS=37135753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:54:54:27:28:0.341463:19:8:20:34:19:9:20:34 chr14 37344229 . A AG 444.96 PASS AF=1;AO=29;DP=34;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122885;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=183.359;QD=57.4136;RBI=0.0184636;REFB=0;REVB=0.0137803;RO=4;SAF=17;SAR=12;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382309;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.03961e-05;OID=.;OPOS=37344230;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:34:31:31:0:17:14:0:0:4:4:17:12:3:1 chr14 37641880 . C A 83.72 PASS AF=0.428571;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.158532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3625;QD=15.9459;RBI=0.160756;REFB=-0.0145146;REVB=0.0266482;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295637;STB=0.689242;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0298007;OID=.;OPOS=37641880;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:21:21:10:10:8:9:0.428571:3:5:3:7:3:6:3:7 chr14 38061742 . C T 228.6 PASS AF=0.5;AO=20;DP=46;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0119456;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.16;QD=18.2877;RBI=0.0263087;REFB=-0.0354115;REVB=0.0234404;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194604;STB=0.54095;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.034673;OID=.;OPOS=38061742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:50:25:25:20:25:0.5:10:10:12:13:15:10:12:13 chr14 38218343 . A G 434.93 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00866811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.973;QD=20.9603;RBI=0.00890681;REFB=-0.00997322;REVB=0.00204823;RO=40;SAF=24;SAR=19;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00717986;STB=0.503971;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0107091;OID=.;OPOS=38218343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:19:24:22:18:19:24:22:18 chr14 38266074 . C T 476.53 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0157254;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.726;QD=19.2536;RBI=0.0326777;REFB=-0.00366973;REVB=-0.0286452;RO=52;SAF=17;SAR=30;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170835;STB=0.595197;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00508667;OID=.;OPOS=38266074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:52:52:47:47:0.474747:30:17:28:24:30:17:28:24 chr14 38277999 . C T 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00745099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0762;QD=14.6685;RBI=0.0471078;REFB=-0.00354666;REVB=-0.0465148;RO=32;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105096;STB=0.505983;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0139585;OID=.;OPOS=38277999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:13:11:15:17:13:11:15:17 chr14 38679473 . C T 74.66 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.00478944;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.664;QD=9.63367;RBI=0.0190511;REFB=0.000208187;REVB=-0.0184392;RO=22;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.592864;STB=0.863028;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.000591824;OID=.;OPOS=38679473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:32:31:22:21:10:10:0.322581:2:8:5:17:2:8:4:17 chr14 38679527 . CG CA,C 298.25 PASS AF=0.365854,0.390244;AO=15,16;DP=42;FAO=15,16;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=3,16;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.0636286,-0.17883;FXX=0.0238039;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=90.4169,21.0111;QD=29.0977;RBI=0.0747814,0.179055;REFB=-0.00954865,-0.0215609;REVB=0.0392894,0.00898549;RO=10;SAF=3,16;SAR=12,0;SRF=0;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0.27234;SSSB=0.267693,0.869314;STB=0.646906,0.99923;STBP=0.273,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0554688,-0.0155627;OID=.,.;OPOS=38679528,38679528;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.365854,0.390244:15,16:42:15,16:41:10:3,16:12,0:0:10:99:10:3,16:12,0:0:10 chr14 38680750 . AGGGC AGGC,AGGCG 41.6 PASS AF=0.170732,0.0731707;AO=12,4;DP=41;FAO=7,3;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=3,3;FSAR=4,0;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.169264,-0.118657;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=15.0002,169.201;QD=4.05861;RBI=0.170455,0.13752;REFB=-0.14999,-0.0158478;REVB=-0.0201126,-0.0695146;RO=22;SAF=8,4;SAR=4,0;SRF=9;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0.227976,0;SSSB=0.279135,0.671782;STB=0.596741,0.996102;STBP=0.616,0.088;TYPE=del,mnp;VARB=0.146358,0.199127;OID=.,.;OPOS=38680751,38680753;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=AGGC,AGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.170732,0.0731707:12,4:41:7,3:41:31:3,3:4,0:17:14:29:22:8,4:4,0:9:13 chr14 38681226 . G C 360.01 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0675568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.758;QD=15.0004;RBI=0.0679608;REFB=-0.0186571;REVB=0.00739905;RO=57;SAF=15;SAR=24;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587807;STB=0.533316;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0220314;OID=.;OPOS=38681226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:57:39:39:0.40625:24:15:25:32:24:15:25:32 chr14 39532539 . C T 167.72 PASS AF=0.24;AO=24;DP=99;FAO=24;FDP=100;FR=.;FRO=76;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=0.0083562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.107;QD=6.70862;RBI=0.0180692;REFB=-0.00104029;REVB=0.016021;RO=75;SAF=15;SAR=9;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327013;STB=0.526294;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00425819;OID=.;OPOS=39532539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:75:76:24:24:0.24:9:15:45:30:9:15:45:31 chr14 39555048 . C T 196.64 PASS AF=0.263636;AO=28;DP=109;FAO=29;FDP=110;FR=.;FRO=81;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=0.00623164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.319;QD=7.15051;RBI=0.0208049;REFB=-0.0136855;REVB=-0.0198496;RO=81;SAF=13;SAR=15;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142306;STB=0.571469;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0212657;OID=.;OPOS=39555048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:81:81:28:29:0.263636:15:13:47:34:15:14:47:34 chr14 39556185 . G C 722.0 PASS AF=0.455621;AO=77;DP=169;FAO=77;FDP=169;FR=.;FRO=92;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=54;FWDB=0.0910507;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7294;QD=17.0887;RBI=0.0914394;REFB=-0.00552302;REVB=-0.00842293;RO=92;SAF=39;SAR=38;SRF=38;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916067;STB=0.550801;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00986324;OID=.;OPOS=39556185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:92:92:77:77:0.455621:38:39:38:54:38:39:38:54 chr14 39644498 . G A 94.05 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0028774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.839;QD=10.4504;RBI=0.0476298;REFB=-0.0105106;REVB=-0.0475428;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118681;STB=0.559897;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0230995;OID=.;OPOS=39644498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:23:24:12:12:0.333333:4:8:13:10:4:8:14:10 chr14 39650234 . A T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.016559;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.502;QD=15.2588;RBI=0.0175105;REFB=0.0100749;REVB=-0.00569361;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275355;STB=0.726508;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00487125;OID=.;OPOS=39650234;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:5:6:7:7:0.538462:6:1:2:3:6:1:3:3 chr14 39651144 . AAG A 215.79 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0313431;FXX=0.0289813;HRUN=3;LEN=2;MLLD=170.195;QD=12.8832;RBI=0.0320103;REFB=-0.0162852;REVB=-0.0065015;RO=35;SAF=18;SAR=13;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169928;STB=0.600867;STBP=0.121;TYPE=del;VARB=0.0196947;OID=.;OPOS=39651145;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477612:31:69:32:67:35:19:13:14:21:99:35:18:13:14:21 chr14 39716808 . T C 405.62 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.0334215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9425;QD=17.2605;RBI=0.0402306;REFB=0.00843222;REVB=-0.0223943;RO=52;SAF=15;SAR=27;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118593;STB=0.506641;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.0128568;OID=.;OPOS=39716808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:27:15:18:34:27:15:18:34 chr14 39736680 . T C 234.92 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=0.0100649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.953;QD=18.7939;RBI=0.0119972;REFB=-0.0106688;REVB=-0.00652927;RO=27;SAF=10;SAR=13;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294753;STB=0.664084;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.017229;OID=.;OPOS=39736680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:13:10:4:23:13:10:4:23 chr14 39777676 . G C 1985.85 PASS AF=0.538905;AO=187;DP=345;FAO=187;FDP=347;FR=.;FRO=160;FSAF=78;FSAR=109;FSRF=65;FSRR=95;FWDB=-0.0439325;FXX=0.00857118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8146;QD=22.8916;RBI=0.050385;REFB=-0.0463531;REVB=0.0246695;RO=155;SAF=78;SAR=109;SRF=60;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258554;STB=0.505158;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.030612;OID=.;OPOS=39777676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:347:155:160:187:187:0.538905:109:78:60:95:109:78:65:95 chr14 39784014 . A G 68.36 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0848438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0724;QD=5.69648;RBI=0.0954781;REFB=-0.0112807;REVB=-0.0437905;RO=37;SAF=8;SAR=2;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402605;STB=0.771362;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0354835;OID=.;OPOS=39784014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:37:38:10:10:0.208333:2:8:18:19:2:8:18:20 chr14 39784016 . G A 107.77 PASS AF=0.302326;AO=15;DP=45;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0497907;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9388;QD=10.0249;RBI=0.0949079;REFB=-0.0300976;REVB=-0.0807985;RO=28;SAF=5;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334376;STB=0.647664;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0811664;OID=.;OPOS=39784016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:28:30:15:13:0.302326:10:5:18:10:8:5:18:12 chr14 39784018 . G A 68.15 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0718066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0214;QD=6.0575;RBI=0.0887427;REFB=-0.00351653;REVB=-0.0521449;RO=35;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173091;STB=0.511089;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00337649;OID=.;OPOS=39784018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:45:45:35:35:10:10:0.222222:5:5:18:17:5:5:18:17 chr14 39784020 . G A 49.96 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0484538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1243;QD=4.54199;RBI=0.0642312;REFB=-0.00845047;REVB=-0.042165;RO=36;SAF=4;SAR=4;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0411549;OID=.;OPOS=39784020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:36:36:8:8:0.181818:4:4:18:18:4:4:18:18 chr14 39784022 . G A 50.09 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0600589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6605;QD=4.65917;RBI=0.0845893;REFB=-0.0130175;REVB=-0.0595675;RO=35;SAF=4;SAR=4;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173131;STB=0.511599;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0587715;OID=.;OPOS=39784022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:35:35:8:8:0.186047:4:4:18:17:4:4:18:17 chr14 39818145 . G A 354.79 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.12495;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.0765;QD=18.9224;RBI=0.125971;REFB=-0.0114204;REVB=0.0160036;RO=37;SAF=16;SAR=21;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499063;STB=0.519547;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00943963;OID=.;OPOS=39818145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:37:38:37:37:0.493333:21:16:14:23:21:16:15:23 chr14 39819734 . T G 765.75 PASS AF=0.509934;AO=77;DP=151;FAO=77;FDP=151;FR=.;FRO=74;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.0216031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.567;QD=20.2847;RBI=0.0227349;REFB=-0.0140719;REVB=0.00708392;RO=72;SAF=35;SAR=42;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00896908;STB=0.504252;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0130592;OID=.;OPOS=39819734;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:72:74:77:77:0.509934:42:35:32:40:42:35:33:41 chr14 39871017 . T C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00117581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.0875;QD=14.262;RBI=0.0414887;REFB=-0.0187725;REVB=0.041472;RO=24;SAF=12;SAR=4;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552468;STB=0.532217;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0219292;OID=.;OPOS=39871017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:4:12:17:7:4:12:17:7 chr14 42360633 . T C 1379.21 PASS AF=0.988889;AO=84;DP=85;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.486;QD=61.2981;RBI=0.0597507;REFB=-0.0569434;REVB=0.0584618;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=7.20081e-05;OID=.;OPOS=42360633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:90:0:1:84:89:0.988889:40:44:0:0:44:45:0:1 chr14 42998026 . T C 855.88 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0480018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9085;QD=56.1231;RBI=0.0526803;REFB=-0.169471;REVB=0.0217033;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00267312;OID=.;OPOS=42998026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:26:34:0:0:26:34:1:0 chr14 44974966 . G A 463.85 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=0.00221774;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.304;QD=14.9628;RBI=0.00965854;REFB=0.00234675;REVB=-0.00940048;RO=72;SAF=30;SAR=22;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164856;STB=0.592557;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00314485;OID=.;OPOS=44974966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:72:72:52:52:0.419355:22:30:30:42:22:30:30:42 chr14 44975052 . A G 229.81 PASS AF=0.311828;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00931456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2662;QD=9.8844;RBI=0.0103759;REFB=-0.00852376;REVB=0.00457145;RO=64;SAF=17;SAR=12;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137954;STB=0.580925;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.029296;OID=.;OPOS=44975052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:64:64:29:29:0.311828:12:17:30:34:12:17:30:34 chr14 44975606 . G T 350.77 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0247827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.2462;QD=20.6332;RBI=0.0553875;REFB=3.30328e-05;REVB=0.0495337;RO=32;SAF=21;SAR=15;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645595;STB=0.535695;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.000397452;OID=.;OPOS=44975606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:15:21:21:11:15:21:21:11 chr14 45393715 . T C 164.96 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0137175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.853;QD=14.0395;RBI=0.0137256;REFB=-0.0100312;REVB=-0.000470716;RO=28;SAF=17;SAR=1;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.533499;STB=0.838053;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0160948;OID=.;OPOS=45393715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:29:18:18:0.382979:1:17:19:9:1:17:19:10 chr14 45579821 . G A 126.03 PASS AF=0.20202;AO=20;DP=99;FAO=20;FDP=99;FR=.;FRO=79;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0566523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.101;QD=5.0923;RBI=0.0582518;REFB=-0.00298475;REVB=-0.013557;RO=78;SAF=10;SAR=10;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323206;STB=0.525227;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0101588;OID=.;OPOS=45579821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:78:79:20:20:0.20202:10:10:37:41:10:10:37:42 chr14 45743588 . G A 69.17 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.0438977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.044;QD=6.14831;RBI=0.0454936;REFB=-0.00319884;REVB=0.0119441;RO=35;SAF=3;SAR=7;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500704;STB=0.808258;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0111524;OID=.;OPOS=45743588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:7:3:26:9:7:3:26:9 chr14 47309496 . G T 1387.01 PASS AF=1;AO=57;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00384419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.238;QD=60.9676;RBI=0.0577061;REFB=0;REVB=-0.0575779;RO=0;SAF=42;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08575e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102213;OID=.;OPOS=47309496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:91:0:0:57:91:1:15:42:0:0:36:55:0:0 chr14 47310807 . G A 222.69 PASS AF=0.458333;AO=20;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00842667;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.082;QD=18.5571;RBI=0.0100457;REFB=-0.0275671;REVB=0.00546869;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380046;STB=0.545413;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0123161;OID=.;OPOS=47310807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:20:22:0.458333:10:10:14:12:12:10:14:12 chr14 47341131 . C G 289.26 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.45;QD=52.5924;RBI=0.0338632;REFB=0;REVB=-0.0171361;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120246;OID=.;OPOS=47341131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr14 47528470 . T C 865.54 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00875319;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.8451;QD=54.955;RBI=0.0209395;REFB=-0.15585;REVB=0.0190222;RO=1;SAF=22;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209702;STB=0.506327;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00146692;OID=.;OPOS=47528470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:64:63:1:1:61:62:0.984127:39:22:1:0:39:23:0:1 chr14 47528551 . T A 248.27 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0142631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.62;QD=11.6834;RBI=0.0144084;REFB=-0.00589885;REVB=-0.00204089;RO=55;SAF=10;SAR=20;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183711;STB=0.606484;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0108308;OID=.;OPOS=47528551;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:55:30:30:0.352941:20:10:27:28:20:10:27:28 chr14 50019391 . A C 78.09 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0246371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.203;QD=14.1983;RBI=0.0272079;REFB=-0.0416609;REVB=0.0115448;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289235;STB=0.636111;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0407034;OID=.;OPOS=50019391;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:22:11:12:10:10:0.454545:5:5:2:9:5:5:3:9 chr14 50019417 . G C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00366919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.387;QD=12.7823;RBI=0.0194399;REFB=-0.015568;REVB=-0.0190905;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339259;STB=0.66637;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.027481;OID=.;OPOS=50019417;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:13:14:10:10:0.416667:5:5:2:11:5:5:3:11 chr14 50044392 . T C 302.12 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0166379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.368;QD=19.4914;RBI=0.0168669;REFB=-0.0102611;REVB=0.00276983;RO=29;SAF=15;SAR=17;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773048;STB=0.549867;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0135854;OID=.;OPOS=50044392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:30:32:32:0.516129:17:15:11:18:17:15:11:19 chr14 50058984 . A G 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0141456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.961;QD=20.2092;RBI=0.0189488;REFB=-0.0137935;REVB=-0.012608;RO=10;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1014;STB=0.557293;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.015143;OID=.;OPOS=50058984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:4:9:8:2:4:9:8:2 chr14 50065359 . C G 584.55 PASS AF=0.552381;AO=58;DP=105;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.014128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6016;QD=22.2687;RBI=0.0165397;REFB=-0.0186556;REVB=-0.00860018;RO=46;SAF=25;SAR=33;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056263;STB=0.53595;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0117412;OID=.;OPOS=50065359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:46:47:58:58:0.552381:33:25:23:23:33:25:24:23 chr14 50065717 . G C 369.94 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00887792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.086;QD=19.7301;RBI=0.00951677;REFB=-0.0147625;REVB=0.00342805;RO=37;SAF=18;SAR=20;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107094;STB=0.559409;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0134874;OID=.;OPOS=50065717;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:20:18:22:15:20:18:22:15 chr14 50068299 . C G 506.38 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0154157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5093;QD=19.1087;RBI=0.0166689;REFB=-0.0511406;REVB=-0.00634119;RO=52;SAF=24;SAR=29;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767931;STB=0.537789;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0397007;OID=.;OPOS=50068299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:53:53:53:0.5:29:24:28:24:29:24:28:25 chr14 50085704 . C T 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00448817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6131;QD=12.2288;RBI=0.0094064;REFB=0.00434362;REVB=0.00826661;RO=36;SAF=17;SAR=5;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352733;STB=0.705682;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00501657;OID=.;OPOS=50085704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:5:17:17:19:5:17:17:19 chr14 50087753 . T C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0409217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.098;QD=16.3859;RBI=0.0430591;REFB=-0.0420068;REVB=-0.0133978;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144653;STB=0.58423;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0312043;OID=.;OPOS=50087753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:3:5:4:5:3:5 chr14 50092471 . T C 242.83 PASS AF=0.48;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.016918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.793;QD=19.4265;RBI=0.0217604;REFB=-0.00700036;REVB=0.0136857;RO=26;SAF=15;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148795;STB=0.591471;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00605367;OID=.;OPOS=50092471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:26:23:24:0.48:8:15:13:13:8:16:13:13 chr14 50100386 . T C 80.17 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0149938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.667;QD=16.8781;RBI=0.0170994;REFB=-0.0356873;REVB=0.00822055;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575228;STB=0.533268;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0221391;OID=.;OPOS=50100386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:6:3:4:6:6:3 chr14 50101370 . G A 615.51 PASS AF=0.585106;AO=55;DP=95;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0474334;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.291;QD=26.1917;RBI=0.0516887;REFB=-0.0359906;REVB=0.0205376;RO=39;SAF=28;SAR=27;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944733;STB=0.551546;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0202311;OID=.;OPOS=50101370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:39:39:55:55:0.585106:27:28:15:24:27:28:15:24 chr14 50101682 . C G 410.07 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=0.0211349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.242;QD=18.0249;RBI=0.0211393;REFB=-0.0268825;REVB=0.000433099;RO=49;SAF=18;SAR=24;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27035;STB=0.650239;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0167858;OID=.;OPOS=50101682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:24:18:35:14:24:18:35:14 chr14 50130081 . T C 95.84 PASS AF=0.25;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00670117;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.507;QD=6.84583;RBI=0.0138225;REFB=-0.00188266;REVB=-0.0120895;RO=42;SAF=7;SAR=7;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288323;STB=0.517832;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00503102;OID=.;OPOS=50130081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:57:56:42:42:14:14:0.25:7:7:20:22:7:7:20:22 chr14 50195679 . A G 2255.24 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=151;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00652464;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.701;QD=60.1397;RBI=0.0225966;REFB=-0.056993;REVB=0.0216341;RO=1;SAF=72;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656034;STB=0.503448;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=4.63599e-05;OID=.;OPOS=50195679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:150:1:1:149:149:0.993333:77:72:1:0:77:72:1:0 chr14 50251369 . A G,T 1260.67 PASS AF=0.963855,0.0361446;AO=80,3;DP=83;FAO=80,3;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35,2;FSAR=45,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155861,-0.0136144;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.34,155.914;QD=60.7553;RBI=0.015587,0.0158493;REFB=0,0;REVB=0.000162127,-0.00811483;RO=0;SAF=35,2;SAR=45,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.30416e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000763889,0.00182073;OID=.,.;OPOS=50251369,50251369;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:83:83:0:0:80,3:80,3:0.963855,0.0361446:45,1:35,2:0:0:45,1:35,2:0:0 chr14 50269449 . CA C 45.02 PASS AF=0.428571;AO=10;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0976797;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.2689;QD=8.57458;RBI=0.121467;REFB=-0.123072;REVB=-0.0722007;RO=11;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0.432432;SSEP=0;SSSB=-0.391529;STB=0.713701;STBP=0.179;TYPE=del;VARB=0.126393;OID=.;OPOS=50269450;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:10:21:9:21:12:1:8:4:8:45:11:1:9:4:7 chr14 50298962 . T A 868.02 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.295;QD=57.8677;RBI=0.0233959;REFB=0;REVB=0.0162977;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.44238e-07;OID=.;OPOS=50298962;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr14 50360781 . C T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00834415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.658;QD=21.3532;RBI=0.00870511;REFB=-0.0128552;REVB=-0.00248074;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225945;STB=0.627399;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00648134;OID=.;OPOS=50360781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:2:7:6:7:2:7 chr14 50477643 . G C 785.11 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.91;QD=57.0992;RBI=0.0580745;REFB=0;REVB=-0.0579288;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000321471;OID=.;OPOS=50477643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr14 50575408 . C T 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00717565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8906;QD=16.1189;RBI=0.0373325;REFB=0.0030549;REVB=-0.0366364;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191053;STB=0.610921;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00570834;OID=.;OPOS=50575408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:4:8:6:7:4:8:6:7 chr14 50575411 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00251397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.945;QD=54.5177;RBI=0.00740088;REFB=0;REVB=0.00696082;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0452e-05;OID=.;OPOS=50575411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr14 50583083 . G T 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00945919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5689;QD=17.3203;RBI=0.0333547;REFB=-0.0284114;REVB=0.0319853;RO=17;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021362;STB=0.52378;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0357934;OID=.;OPOS=50583083;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:6:10:11:6:6:10:12:6 chr14 50585248 . C T 581.36 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=135;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.0111434;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.814;QD=17.2254;RBI=0.0161217;REFB=-0.0179217;REVB=-0.0116505;RO=74;SAF=21;SAR=40;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10646;STB=0.559421;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0165153;OID=.;OPOS=50585248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:74:74:61:61:0.451852:40:21:33:41:40:21:33:41 chr14 50606744 . C T 218.91 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0108518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.412;QD=11.6751;RBI=0.0143557;REFB=-0.00267815;REVB=-0.00939818;RO=48;SAF=15;SAR=12;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312853;STB=0.518059;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00595428;OID=.;OPOS=50606744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:12:15:28:20:12:15:28:20 chr14 50616878 . G A 519.16 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.000128665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.144;QD=17.0216;RBI=0.0326934;REFB=-0.0214192;REVB=0.0326932;RO=65;SAF=25;SAR=31;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029672;STB=0.520924;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0174044;OID=.;OPOS=50616878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:66:56:56:0.459016:31:25:31:34:31:25:32:34 chr14 50623657 . G A 1365.92 PASS AF=0.878261;AO=101;DP=115;FAO=101;FDP=115;FR=.;FRO=14;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.019129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1363;QD=47.5101;RBI=0.0493635;REFB=-0.0442706;REVB=-0.0455065;RO=13;SAF=39;SAR=62;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534731;STB=0.522285;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00651406;OID=.;OPOS=50623657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:115:115:13:14:101:101:0.878261:62:39:2:11:62:39:3:11 chr14 50623669 . G A 114.85 PASS AF=0.179487;AO=21;DP=117;FAO=21;FDP=117;FR=.;FRO=96;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=56;FWDB=-0.0766222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.73;QD=3.9266;RBI=0.093892;REFB=-0.00386262;REVB=-0.0542655;RO=96;SAF=4;SAR=17;SRF=40;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331231;STB=0.718999;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0543217;OID=.;OPOS=50623669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:96:96:21:21:0.179487:17:4:40:56:17:4:40:56 chr14 50623679 . G A 756.84 PASS AF=0.654206;AO=70;DP=108;FAO=70;FDP=107;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.022433;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5563;QD=28.2932;RBI=0.0224999;REFB=-0.0711073;REVB=0.0017339;RO=37;SAF=32;SAR=38;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122048;STB=0.565814;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0471177;OID=.;OPOS=50623679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:37:37:70:70:0.654206:38:32:10:27:38:32:10:27 chr14 50623683 . A G 690.9 PASS AF=0.61;AO=60;DP=100;FAO=61;FDP=100;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.0288677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9679;QD=27.636;RBI=0.0364578;REFB=-0.0522976;REVB=0.0222673;RO=40;SAF=26;SAR=34;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10138;STB=0.564376;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0473506;OID=.;OPOS=50623683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:40:39:60:61:0.61:34:26:12:28:34:27:11:28 chr14 50704331 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.674;QD=57.6806;RBI=0.0240453;REFB=0;REVB=-0.00667534;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103543;OID=.;OPOS=50704331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr14 50713679 . T G 276.65 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135654;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.546;QD=52.6956;RBI=0.0335209;REFB=0;REVB=-0.0306534;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50692e-05;OID=.;OPOS=50713679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:20:21:1:5:15:0:0:6:15:0:0 chr14 50769717 . G A 160.16 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.003619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1008;QD=18.3038;RBI=0.01292;REFB=-0.015708;REVB=-0.0124028;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765705;STB=0.543573;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0114831;OID=.;OPOS=50769717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:10:8:9:8:10:8 chr14 50786004 . A G 121.29 PASS AF=0.411765;AO=11;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0178836;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.5144;QD=14.2697;RBI=0.147877;REFB=-0.0129396;REVB=-0.146791;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391744;STB=0.642653;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00256663;OID=.;OPOS=50786004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:11:20:11:14:0.411765:3:8:3:8:5:9:8:12 chr14 50824839 . G A 599.06 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6405;QD=59.9056;RBI=0.0461588;REFB=0;REVB=0.0439841;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00238416;OID=.;OPOS=50824839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:19:21:0:0 chr14 50935150 . A G 1751.72 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00733997;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.712;QD=59.8879;RBI=0.00841913;REFB=0.00785144;REVB=0.00412392;RO=1;SAF=58;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825856;STB=0.504347;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-5.22163e-05;OID=.;OPOS=50935150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:115:116:0.991453:57:58:0:1:57:59:0:1 chr14 51057727 . G A 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.85;QD=64.154;RBI=0.0317993;REFB=0;REVB=0.0293709;RO=0;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35905e-05;OID=.;OPOS=51057727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:46:53:0:0:46:53:0:0 chr14 51132317 . G A 135.87 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.000542942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.439;QD=9.70516;RBI=0.0015103;REFB=0.00274203;REVB=-0.00140934;RO=38;SAF=10;SAR=8;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894416;STB=0.552788;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.00743977;OID=.;OPOS=51132317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:8:10:24:14:8:10:24:14 chr14 51202311 . G C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.823;QD=60.2306;RBI=0.0268015;REFB=0;REVB=0.00600877;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00434e-05;OID=.;OPOS=51202311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr14 51219250 . G A 91.06 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0134514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.429;QD=6.07079;RBI=0.0155434;REFB=-0.00575727;REVB=-0.00778836;RO=46;SAF=10;SAR=4;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342281;STB=0.71398;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0289028;OID=.;OPOS=51219250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:46:46:14:14:0.233333:4:10:20:26:4:10:20:26 chr14 51219349 . G A 397.11 PASS AF=0.385246;AO=47;DP=122;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.00863381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.405;QD=13.02;RBI=0.0315896;REFB=-0.00968625;REVB=0.0303869;RO=74;SAF=26;SAR=21;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137722;STB=0.504052;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0183691;OID=.;OPOS=51219349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:74:75:47:47:0.385246:21:26:40:34:21:26:41:34 chr14 51223789 . C T 793.82 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103757;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.831;QD=54.7464;RBI=0.0112273;REFB=0.0133277;REVB=0.0042892;RO=1;SAF=33;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140753;STB=0.507244;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.000222788;OID=.;OPOS=51223789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:1:1:56:57:0.982759:23:33:1:0:23:34:1:0 chr14 51224374 . T G 937.6 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00533515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.737;QD=58.5999;RBI=0.0169086;REFB=0;REVB=0.0160449;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61185e-05;OID=.;OPOS=51224374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:38:25:0:0:38:26:0:0 chr14 51224658 . T A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.146;QD=58.142;RBI=0.029424;REFB=0;REVB=0.0276728;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180648;OID=.;OPOS=51224658;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr14 51225132 . G T 871.29 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0325059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.932;QD=56.212;RBI=0.0362219;REFB=0.0581046;REVB=0.0159811;RO=1;SAF=38;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122616;STB=0.506491;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00010252;OID=.;OPOS=51225132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:23:38:1:0:23:38:1:0 chr14 51226994 . G A 105.07 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0303055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.74;QD=6.46589;RBI=0.0419548;REFB=-0.00117035;REVB=0.0290135;RO=49;SAF=13;SAR=3;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514585;STB=0.81675;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00332651;OID=.;OPOS=51226994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:49:49:16:16:0.246154:3:13:19:30:3:13:19:30 chr14 51230566 . G A 222.03 PASS AF=0.24812;AO=33;DP=133;FAO=33;FDP=133;FR=.;FRO=100;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=55;FWDB=0.00536746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6117;QD=6.6775;RBI=0.0264546;REFB=3.98515e-05;REVB=0.0259044;RO=98;SAF=13;SAR=20;SRF=43;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573329;STB=0.543299;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.000334923;OID=.;OPOS=51230566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:98:100:33:33:0.24812:20:13:43:55:20:13:45:55 chr14 51237701 . A G 1574.29 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.079586;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.213;QD=58.8521;RBI=0.0811003;REFB=-0.00815792;REVB=0.0155986;RO=1;SAF=43;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109082;STB=0.505617;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000403334;OID=.;OPOS=51237701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:105:106:0.990654:62:43:1:0:62:44:1:0 chr14 51239067 . C G 1138.34 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121456;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7549;QD=60.7113;RBI=0.0229256;REFB=0;REVB=0.0194439;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98506e-05;OID=.;OPOS=51239067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:73:75:1:31:42:0:0:32:43:0:0 chr14 51324884 . A G 362.03 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0117632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.046;QD=17.8781;RBI=0.0132689;REFB=-0.0105499;REVB=0.00613934;RO=42;SAF=24;SAR=14;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082597;STB=0.553567;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0109569;OID=.;OPOS=51324884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:43:38:38:0.469136:14:24:23:19:14:24:23:20 chr14 51324890 . GAAAAAG GAAAA,GAAAAG 76.0 PASS AF=0.263158,0;AO=12,7;DP=49;FAO=15,0;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=11,0;FSAR=4,0;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.00293454,-0.182306;FXX=0.0338926;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=190.552,11.762;QD=5.33314;RBI=0.00364291,0.182926;REFB=-0.00354271,-0.0191222;REVB=0.00215854,0.0150546;RO=20;SAF=9,5;SAR=3,2;SRF=13;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.128512,0.0856982;STB=0.538851,0.5;STBP=0.796,1;TYPE=del,del;VARB=0.00630797,0.00493565;OID=.,.;OPOS=51324895,51324891;OREF=AG,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAAA,GAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158,0:12,7:49:15,0:57:42:11,0:4,0:29:13:74:20:9,5:3,2:13:7 chr14 51352608 . T C 266.76 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00362983;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.04;QD=13.3378;RBI=0.00423673;REFB=-0.0150312;REVB=0.002185;RO=48;SAF=15;SAR=16;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835681;STB=0.541036;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0210657;OID=.;OPOS=51352608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:49:31:31:0.3875:16:15:27:21:16:15:27:22 chr14 51368610 . A G 616.85 PASS AF=0.425926;AO=69;DP=163;FAO=69;FDP=162;FR=.;FRO=93;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=-0.00201297;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.093;QD=15.2309;RBI=0.00708908;REFB=-0.017181;REVB=0.00679728;RO=91;SAF=31;SAR=38;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685868;STB=0.544595;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.026088;OID=.;OPOS=51368610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:91:93:69:69:0.425926:38:31:47:44:38:31:49:44 chr14 51378590 . CTTT CTT,CTTG 561.85 PASS AF=0.574803,0;AO=47,9;DP=118;FAO=73,0;FDP=127;FR=.;FRO=54;FSAF=44,0;FSAR=29,0;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0307816,-0.0277378;FXX=0.00781189;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=16.6218,17.0693;QD=17.6962;RBI=0.0933485,0.0850311;REFB=-0.0106086,-0.0212477;REVB=0.0881274,-0.0803797;RO=47;SAF=38,2;SAR=9,7;SRF=28;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.252977,-0.444809;STB=0.528815,0.5;STBP=0.479,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0273209,0.09989;OID=.,.;OPOS=51378591,51378593;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=CTT,CTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.574803,0:47,9:118:73,0:127:54:44,0:29,0:29:25:99:47:38,2:9,7:28:19 chr14 51379761 . C T 154.35 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0106776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.791;QD=9.07916;RBI=0.0158753;REFB=-0.000326144;REVB=-0.0117479;RO=47;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110004;STB=0.564911;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000493278;OID=.;OPOS=51379761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:47:21:21:0.308824:11:10:18:29:11:10:18:29 chr14 51379834 . G A 87.8 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0269852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.935;QD=6.88602;RBI=0.0334889;REFB=0.00174073;REVB=-0.0198319;RO=38;SAF=2;SAR=10;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394655;STB=0.747566;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00881165;OID=.;OPOS=51379834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:50:51:38:39:12:12:0.235294:10:2:17:21:10:2:17:22 chr14 51383432 . G A 284.55 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0574901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.364;QD=17.7845;RBI=0.058235;REFB=-0.00981307;REVB=-0.00928488;RO=33;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551157;STB=0.530819;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0133117;OID=.;OPOS=51383432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:16:15:14:19:16:15:14:19 chr14 51411029 . A G 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0624483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.348;QD=19.9672;RBI=0.0627284;REFB=-0.0305217;REVB=0.00592145;RO=25;SAF=13;SAR=16;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109602;STB=0.568078;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0335909;OID=.;OPOS=51411029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:26:29:29:0.527273:16:13:8:17:16:13:8:18 chr14 51446216 . T G 2296.2 PASS AF=0.993151;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0203913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.465;QD=62.9095;RBI=0.0244349;REFB=-0.00638669;REVB=-0.0134632;RO=0;SAF=68;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.02491e-08;STB=0.503649;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=3.40035e-05;OID=.;OPOS=51446216;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:146:0:1:145:145:0.993151:77:68:0:0:77:68:1:0 chr14 51710912 . T C 582.34 PASS AF=0.458647;AO=61;DP=133;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0140985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.013;QD=17.514;RBI=0.0141221;REFB=0.00368046;REVB=0.00081611;RO=72;SAF=34;SAR=27;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964691;STB=0.553646;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00427384;OID=.;OPOS=51710912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:72:72:61:61:0.458647:27:34:33:39:27:34:33:39 chr14 51716188 . T G 1199.86 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0271785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.93;QD=58.53;RBI=0.0295315;REFB=-0.127287;REVB=0.0115515;RO=2;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215104;STB=0.511361;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.000524447;OID=.;OPOS=51716188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:43:37:0:2:43:37:0:2 chr14 51716467 . G A 792.66 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.201;QD=56.6187;RBI=0.0338496;REFB=0;REVB=0.01417;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532027;OID=.;OPOS=51716467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:24:31:0:0:25:31:0:0 chr14 51721467 . C T 228.19 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0770744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.605;QD=13.8299;RBI=0.0772148;REFB=-0.00581278;REVB=-0.00465391;RO=39;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263845;STB=0.649728;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0218616;OID=.;OPOS=51721467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:11:16:13:26:11:16:13:26 chr14 51722620 . T C 277.75 PASS AF=0.340206;AO=33;DP=97;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.0142541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.378;QD=11.4537;RBI=0.0257302;REFB=-0.0103632;REVB=0.0214211;RO=64;SAF=15;SAR=18;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140107;STB=0.580957;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.02025;OID=.;OPOS=51722620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:64:64:33:33:0.340206:18:15:37:27:18:15:37:27 chr14 52182081 . T A 557.08 PASS AF=0.573034;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00205813;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.19;QD=25.0372;RBI=0.0125735;REFB=-0.00105216;REVB=-0.0124039;RO=38;SAF=28;SAR=23;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065522;STB=0.535828;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00067127;OID=.;OPOS=52182081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:38:38:51:51:0.573034:23:28:24:14:23:28:24:14 chr14 52186966 . G A 403.63 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0231489;FXX=0.0392118;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.1079;QD=16.4747;RBI=0.0377778;REFB=-0.0029338;REVB=-0.0298545;RO=51;SAF=18;SAR=26;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135264;STB=0.580969;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00198613;OID=.;OPOS=52186966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:51:54:44:44:0.44898:26:18:28:23:26:18:30:24 chr14 52196631 . C T 82.03 PASS AF=0.164835;AO=15;DP=91;FAO=15;FDP=91;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.0684044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0592;QD=3.60591;RBI=0.0684532;REFB=-0.00111381;REVB=0.00258451;RO=76;SAF=8;SAR=7;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124193;STB=0.582134;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00432442;OID=.;OPOS=52196631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:91:91:76:76:15:15:0.164835:7:8:33:43:7:8:33:43 chr14 52384093 . G C 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0029093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.254;QD=14.7347;RBI=0.0261984;REFB=-0.0155888;REVB=-0.0260364;RO=36;SAF=12;SAR=15;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19383;STB=0.609677;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0154023;OID=.;OPOS=52384093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:15:12:23:13:15:12:23:13 chr14 52418587 . T C 868.19 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.79;QD=57.8794;RBI=0.0866226;REFB=0;REVB=0.0803391;RO=0;SAF=41;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544039;OID=.;OPOS=52418587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:19:41:0:0:19:41:0:0 chr14 52418617 . C T 889.01 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00497505;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.598;QD=56.4452;RBI=0.0125637;REFB=-0.151174;REVB=0.0115367;RO=1;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200828;STB=0.510635;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00070232;OID=.;OPOS=52418617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:23:39:0:1:23:39:0:1 chr14 52418636 . G T 902.42 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5675;QD=58.2206;RBI=0.0268267;REFB=0;REVB=0.00212654;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225353;OID=.;OPOS=52418636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:25:37:0:0:25:37:0:0 chr14 52433339 . C T 376.52 PASS AF=0.381356;AO=45;DP=118;FAO=45;FDP=118;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.0190363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3577;QD=12.7635;RBI=0.028264;REFB=0.019845;REVB=0.0208919;RO=73;SAF=24;SAR=21;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11783;STB=0.5669;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.0321575;OID=.;OPOS=52433339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:73:73:45:45:0.381356:21:24:31:42:21:24:31:42 chr14 52478315 . A G 1283.42 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.753;QD=61.8516;RBI=0.0191717;REFB=0;REVB=-0.0105366;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.50418e-05;OID=.;OPOS=52478315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:33:50:0:0:33:50:0:0 chr14 52481916 . C CT 572.87 PASS AF=0.981818;AO=7;DP=60;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0239032;FXX=0.017854;HRUN=0;LEN=1;MLLD=131.09;QD=41.6629;RBI=0.081209;REFB=0.095528;REVB=-0.0776115;RO=51;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164163;STB=0.506491;STBP=0.633;TYPE=ins;VARB=-0.00859541;OID=.;OPOS=52481917;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.981818:7:60:54:55:1:16:38:0:1:4:51:2:5:14:37 chr14 52481917 . C T 641.21 PASS AF=0.85;AO=51;DP=60;FAO=51;FDP=60;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00808882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.44;QD=42.7476;RBI=0.0198826;REFB=-0.0135508;REVB=0.0181629;RO=9;SAF=15;SAR=36;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245718;STB=0.513121;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00162547;OID=.;OPOS=52481917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:9:9:51:51:0.85:36:15:2:7:36:15:2:7 chr14 52481918 . C G 36.8 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.00161105;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.278;QD=2.58228;RBI=0.0565515;REFB=-1.93768e-05;REVB=-0.0565286;RO=47;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174461;STB=0.515108;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.00330964;OID=.;OPOS=52481918;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:57:47:50:7:7:0.122807:5:2:14:33:5:2:15:35 chr14 52496387 . C A 1444.5 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204331;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.511;QD=62.8045;RBI=0.025953;REFB=-0.0475129;REVB=0.0160014;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09669e-05;OID=.;OPOS=52496387;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:93:92:0:0:92:92:1:53:39:0:0:53:39:0:0 chr14 52496407 . C T 1181.9 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.037396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7323;QD=58.3654;RBI=0.0498661;REFB=-0.0530179;REVB=-0.0329874;RO=2;SAF=36;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00208615;STB=0.501102;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00179589;OID=.;OPOS=52496407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:79:79:0.975309:43:36:1:1:43:36:1:1 chr14 52505517 . G A 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.000291731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.407;QD=15.1529;RBI=0.0189165;REFB=-0.0310648;REVB=-0.0189143;RO=41;SAF=15;SAR=17;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432631;STB=0.537861;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0390835;OID=.;OPOS=52505517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:43:32:32:0.426667:17:15:21:20:17:15:23:20 chr14 52507429 . A G 1402.23 PASS AF=0.55042;AO=131;DP=239;FAO=131;FDP=238;FR=.;FRO=107;FSAF=55;FSAR=76;FSRF=65;FSRR=42;FWDB=-0.00821664;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.083;QD=23.5669;RBI=0.0129615;REFB=-0.0250704;REVB=-0.0100243;RO=108;SAF=55;SAR=76;SRF=65;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150927;STB=0.584228;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0200704;OID=.;OPOS=52507429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:108:107:131:131:0.55042:76:55:65:43:76:55:65:42 chr14 52509501 . T C 396.61 PASS AF=0.357664;AO=49;DP=136;FAO=49;FDP=137;FR=.;FRO=88;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=-0.0334736;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4699;QD=11.5799;RBI=0.0351306;REFB=-0.0193404;REVB=-0.0106622;RO=87;SAF=23;SAR=26;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117532;STB=0.570384;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0505485;OID=.;OPOS=52509501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:87:88:49:49:0.357664:26:23:50:37:26:23:51:37 chr14 52520368 . C T 291.52 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0193549;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.288;QD=13.882;RBI=0.0218241;REFB=-0.0252014;REVB=0.0100838;RO=49;SAF=22;SAR=11;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172228;STB=0.611501;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0416042;OID=.;OPOS=52520368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:49:51:33:33:0.392857:11:22:25:24:11:22:25:26 chr14 52520853 . A G 1626.03 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499146;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.497;QD=60.2233;RBI=0.0502408;REFB=0;REVB=0.00571573;RO=0;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18622e-05;OID=.;OPOS=52520853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:56:51:0:0:56:52:0:0 chr14 52535648 . G T 524.25 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248786;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.277;QD=59.914;RBI=0.0312722;REFB=0;REVB=0.0189474;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103368;OID=.;OPOS=52535648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr14 52536512 . T C 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0497526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8027;QD=63.5786;RBI=0.0524006;REFB=0;REVB=-0.0164469;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00073482;OID=.;OPOS=52536512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr14 53098902 . G A 507.03 PASS AF=0.408759;AO=56;DP=137;FAO=56;FDP=137;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=-0.0127964;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.119;QD=14.8038;RBI=0.0129486;REFB=-0.00727751;REVB=-0.00197955;RO=81;SAF=29;SAR=27;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141636;STB=0.579521;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00945232;OID=.;OPOS=53098902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:81:81:56:56:0.408759:27:29:31:50:27:29:31:50 chr14 53130507 . T C 390.51 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.00192627;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.327;QD=21.1085;RBI=0.05886;REFB=-0.00255134;REVB=0.0588285;RO=35;SAF=18;SAR=21;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179302;STB=0.598678;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00214676;OID=.;OPOS=53130507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:35:35:39:39:0.527027:21:18:9:26:21:18:9:26 chr14 53180673 . A G 394.6 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0152384;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.76;QD=14.8905;RBI=0.0202802;REFB=-0.00597292;REVB=0.0133821;RO=61;SAF=15;SAR=30;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153554;STB=0.586627;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0116658;OID=.;OPOS=53180673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:61:61:45:45:0.424528:30:15:29:32:30:15:29:32 chr14 53243981 . CAT C 286.87 PASS AF=0.345794;AO=34;DP=110;FAO=37;FDP=107;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=21;FWDB=0.00184223;FXX=0.0360328;HRUN=1;LEN=2;MLLD=221.901;QD=10.724;RBI=0.0034454;REFB=-0.00478151;REVB=-0.00291153;RO=66;SAF=14;SAR=20;SRF=46;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31728;STB=0.670018;STBP=0.015;TYPE=del;VARB=0.0111289;OID=.;OPOS=53243982;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.345794:34:110:37:107:70:16:21:49:21:99:66:14:20:46:20 chr14 53394708 . T A 231.79 PASS AF=0.283784;AO=23;DP=75;FAO=21;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0171157;FXX=0.038956;HRUN=6;LEN=1;MLLD=65.9409;QD=12.5291;RBI=0.027087;REFB=-0.0167282;REVB=0.0209942;RO=30;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904492;STB=0.549248;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.00214013;OID=.;OPOS=53394708;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:30:35:23:21:0.283784:14:9:12:18:13:8:16:19 chr14 53417158 . G C 286.97 PASS AF=0.492063;AO=29;DP=62;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.000803883;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.247;QD=18.2205;RBI=0.0195979;REFB=-0.0295865;REVB=0.0195814;RO=28;SAF=19;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079103;STB=0.506169;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0317138;OID=.;OPOS=53417158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:32:29:31:0.492063:10:19:16:12:11:20:21:11 chr14 53525284 . G A 114.0 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0383072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.183;QD=6.90929;RBI=0.039096;REFB=-0.00734026;REVB=-0.00781395;RO=49;SAF=8;SAR=9;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072735;STB=0.544432;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0183081;OID=.;OPOS=53525284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:49:49:17:17:0.257576:9:8:26:23:9:8:26:23 chr14 53529669 . A T 1108.98 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.686;QD=59.9447;RBI=0.00564393;REFB=0;REVB=0.00288456;RO=0;SAF=55;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42268e-05;OID=.;OPOS=53529669;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:18:55:0:0:18:56:0:0 chr14 53619463 . G A 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.073;QD=48.7301;RBI=0.0204874;REFB=0;REVB=0.0115396;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046446;OID=.;OPOS=53619463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr14 53619480 . T C,TGCCGCC 260.55 PASS AF=0.2,0.72;AO=5,16;DP=25;FAO=5,18;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=5,14;FSAR=0,4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0180884,-0.031622;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=117.615,139.023;QD=41.6886;RBI=0.0446647,0.0427051;REFB=0.0673732,-0.0480502;REVB=0.0408381,0.0287014;RO=3;SAF=5,12;SAR=0,4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.101506;STB=0.5,0.533298;STBP=1,0.605;TYPE=snp,ins;VARB=0.00959871,-0.0037278;OID=.,.;OPOS=53619480,53619481;OREF=T,-;OALT=C,GCCGCC;OMAPALT=C,TGCCGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:25:25:3:2:5,16:5,18:0.2,0.72:0,4:5,12:3:0:0,4:5,14:2:0 chr14 53619544 . G A 399.23 PASS AF=0.888889;AO=31;DP=36;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0549259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.107;QD=44.3586;RBI=0.0654505;REFB=-0.130334;REVB=0.0355936;RO=3;SAF=20;SAR=11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650021;STB=0.543452;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00828623;OID=.;OPOS=53619544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:36:36:3:4:31:32:0.888889:11:20:3:0:11:21:4:0 chr14 54875276 . C A 650.48 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00330818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.402;QD=61.9509;RBI=0.00984922;REFB=0;REVB=-0.00927702;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.3626e-05;OID=.;OPOS=54875276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr14 54875514 . A G 713.1 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0779149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3179;QD=60.6891;RBI=0.078653;REFB=-0.0640565;REVB=-0.0107496;RO=1;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02089;STB=0.511106;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00142342;OID=.;OPOS=54875514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:1:1:46:46:0.978723:22:24:0:1:22:24:0:1 chr14 55221543 . T C 519.84 PASS AF=0.398693;AO=58;DP=150;FAO=61;FDP=153;FR=.;FRO=92;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.063847;FXX=0.00649309;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.9324;QD=13.5907;RBI=0.113397;REFB=-0.0228336;REVB=0.0937144;RO=92;SAF=33;SAR=25;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986507;STB=0.537723;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0389822;OID=.;OPOS=55221543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:153:92:92:58:61:0.398693:25:33:44:48:28:33:44:48 chr14 55255673 . C T 2521.96 PASS AF=1;AO=163;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754869;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.023;QD=61.5113;RBI=0.0826661;REFB=0;REVB=0.0336959;RO=0;SAF=80;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.35852e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104381;OID=.;OPOS=55255673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:163:164:1:83:80:0:0:84:80:0:0 chr14 55308770 . C A 2567.49 PASS AF=0.994048;AO=166;DP=167;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.062891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8266;QD=61.1307;RBI=0.0628923;REFB=0.0609914;REVB=-0.000415731;RO=0;SAF=74;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10158e-08;STB=0.503355;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.0015389;OID=.;OPOS=55308770;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:168:0:1:166:167:0.994048:92:74:0:0:93:74:1:0 chr14 55344901 . C T 814.96 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.917;QD=57.19;RBI=0.0492834;REFB=0;REVB=0.0160244;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11181e-05;OID=.;OPOS=55344901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:23:31:0:0:25:32:0:0 chr14 55455905 . C T 204.76 PASS AF=0.27193;AO=30;DP=113;FAO=31;FDP=114;FR=.;FRO=83;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=56;FSRR=27;FWDB=-0.0521646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1587;QD=7.18445;RBI=0.0549198;REFB=-0.0104637;REVB=-0.0171768;RO=82;SAF=13;SAR=17;SRF=55;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285791;STB=0.65882;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0292058;OID=.;OPOS=55455905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:82:83:30:31:0.27193:17:13:55:27:17:14:56:27 chr14 55637449 . C A 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0139029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.785;QD=14.7422;RBI=0.0160388;REFB=-0.00719131;REVB=-0.00799715;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556242;STB=0.532126;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0140253;OID=.;OPOS=55637449;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:10:7:9:16:10:7:9:16 chr14 55907172 . C G 2484.72 PASS AF=1;AO=162;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00552118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.936;QD=60.9747;RBI=0.0380289;REFB=0;REVB=-0.0376259;RO=1;SAF=97;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726414;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207475;OID=.;OPOS=55907172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:163:163:1:0:162:163:1:65:97:0:1:66:97:0:0 chr14 56125318 . CAAA CAA,CAAC 317.18 PASS AF=0.784314,0.215686;AO=16,9;DP=53;FAO=40,11;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=22,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.099,0.189998;FXX=0.0555453;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=7.19987,142.21;QD=24.877;RBI=1.10169,0.190906;REFB=-0.0130904,-0.0368961;REVB=0.0769096,-0.0186008;RO=17;SAF=0,0;SAR=16,9;SRF=15;SRR=2;SSEN=0.402985,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.86529,-0.844781;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0527338,0.0684228;OID=.,.;OPOS=56125319,56125321;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CAA,CAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.784314,0.215686:16,9:53:40,11:51:0:18,0:22,11:0:0:75:17:0,0:16,9:15:2 chr14 56763886 . G A 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=29;FWDB=0.0226613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.59;QD=11.6207;RBI=0.0326706;REFB=-0.0146517;REVB=-0.0235337;RO=33;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349029;STB=0.708918;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0218314;OID=.;OPOS=56763886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:35:20:20:0.363636:10:10:6:27:10:10:6:29 chr14 57052511 . G T 2420.55 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00434525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.064;QD=61.2798;RBI=0.0428384;REFB=0;REVB=-0.0426175;RO=0;SAF=93;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.00195e-05;OID=.;OPOS=57052511;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:65:93:0:0:65:93:0:0 chr14 57099859 . G A 1139.13 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.042;QD=59.9543;RBI=0.0422124;REFB=0;REVB=0.00998814;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09915e-05;OID=.;OPOS=57099859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:76:0:0:70:76:1:38:32:0:0:43:33:0:0 chr14 57101682 . A G 2124.87 PASS AF=0.992754;AO=134;DP=139;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0320581;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2494;QD=61.5905;RBI=0.0328749;REFB=-0.204147;REVB=0.00728288;RO=1;SAF=47;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100056;STB=0.505262;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.000448476;OID=.;OPOS=57101682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:139:138:1:1:134:137:0.992754:87:47:1:0:90:47:1:0 chr14 57291762 . GC G 57.46 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.0316087;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.2593;QD=6.212;RBI=0.0953403;REFB=0.00561318;REVB=-0.0899481;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331989;STB=0.708228;STBP=0.093;TYPE=del;VARB=-0.0164926;OID=.;OPOS=57291763;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.351351:12:37:13:37:24:6:7:19:5:57:24:6:6:19:5 chr14 57866623 . A G 1050.79 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149176;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3907;QD=60.0452;RBI=0.0438127;REFB=0;REVB=0.0411949;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00032048;OID=.;OPOS=57866623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr14 57876265 . G A 2776.71 PASS AF=1;AO=178;DP=180;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211403;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3456;QD=62.398;RBI=0.0303718;REFB=0.0702004;REVB=-0.0218067;RO=1;SAF=111;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00426979;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000348321;OID=.;OPOS=57876265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:180:178:1:0:178:178:1:67:111:1:0:67:111:0:0 chr14 57876398 . G A 45.14 PASS AF=0.0848485;AO=14;DP=165;FAO=14;FDP=165;FR=.;FRO=151;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=83;FSRR=68;FWDB=-0.016472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1021;QD=1.0942;RBI=0.0527544;REFB=-0.000897638;REVB=-0.0501169;RO=151;SAF=6;SAR=8;SRF=83;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138384;STB=0.609435;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00681191;OID=.;OPOS=57876398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:165:165:151:151:14:14:0.0848485:8:6:83:68:8:6:83:68 chr14 57876575 . T C 1420.58 PASS AF=0.98913;AO=53;DP=90;FAO=91;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061145;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.8009;QD=61.7644;RBI=0.230492;REFB=0;REVB=0.222234;RO=0;SAF=41;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0038434;OID=.;OPOS=57876575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:92:0:0:53:91:0.98913:12:41:0:0:45:46:0:0 chr14 57876743 . GAA GA,G 108.69 PASS AF=0.72973,0;AO=15,4;DP=36;FAO=27,0;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=18,0;FSAR=9,0;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.13494,0.069734;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.60026,11.1288;QD=11.7503;RBI=0.219703,0.114667;REFB=-0.0307689,-0.0156531;REVB=-0.17338,-0.0910262;RO=15;SAF=9,2;SAR=6,2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.113234;STB=0.576864,0.5;STBP=0.134,1;TYPE=del,del;VARB=0.0560841,0.0401026;OID=.,.;OPOS=57876744,57876744;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=GA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.72973,0:15,4:36:27,0:37:10:18,0:9,0:4:6:17:15:9,2:6,2:9:6 chr14 57938124 . C T 1320.43 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4394;QD=62.1381;RBI=0.0380938;REFB=0;REVB=0.00919841;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202312;OID=.;OPOS=57938124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:32:53:0:0:32:53:0:0 chr14 57938260 . T C 993.8 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050259;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1112;QD=59.3312;RBI=0.056017;REFB=0;REVB=0.0247373;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396732;OID=.;OPOS=57938260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr14 57945689 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0476598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.262;QD=57.1771;RBI=0.0491239;REFB=0;REVB=0.011904;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112133;OID=.;OPOS=57945689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr14 57948380 . T C 921.42 PASS AF=0.984615;AO=60;DP=63;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0754362;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.224;QD=56.7029;RBI=0.0820595;REFB=-0.0611151;REVB=0.0322976;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.506665;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00176244;OID=.;OPOS=57948380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:65:0:1:60:64:0.984615:37:23:0:0:37:27:0:1 chr14 57957664 . T A 2368.63 PASS AF=0.993631;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0126971;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=347.08;QD=60.3472;RBI=0.0139963;REFB=-0.0364631;REVB=-0.00588882;RO=0;SAF=89;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53803e-08;STB=0.503703;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-1.36008e-05;OID=.;OPOS=57957664;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:0:1:156:156:0.993631:67:89:0:0:67:89:0:1 chr14 58563694 . G C 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0384059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0271;QD=13.7525;RBI=0.04446;REFB=-0.00889076;REVB=-0.0223983;RO=23;SAF=3;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250649;STB=0.648429;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0129905;OID=.;OPOS=58563694;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:12:3:9:14:12:3:9:14 chr14 58605790 . G A 1270.3 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00144952;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.631;QD=61.219;RBI=0.0042133;REFB=0;REVB=0.00395611;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110087;OID=.;OPOS=58605790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:82:83:1:38:44:0:0:39:44:0:0 chr14 58706609 . C T 960.73 PASS AF=0.480769;AO=100;DP=208;FAO=100;FDP=208;FR=.;FRO=108;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=53;FSRR=55;FWDB=-0.000545252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.315;QD=18.4757;RBI=0.00647059;REFB=-0.00106585;REVB=-0.00644758;RO=108;SAF=42;SAR=58;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675122;STB=0.537239;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00119294;OID=.;OPOS=58706609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:108:108:100:100:0.480769:58:42:53:55:58:42:53:55 chr14 58751871 . C T 94.05 PASS AF=0.25;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0175248;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.406;QD=7.23499;RBI=0.0320409;REFB=-0.00980479;REVB=-0.0268235;RO=38;SAF=8;SAR=5;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127953;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0276488;OID=.;OPOS=58751871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:53:52:38:39:13:13:0.25:5:8:23:15:5:8:24:15 chr14 58766617 . A G 1232.31 PASS AF=0.987805;AO=78;DP=79;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0691554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1572;QD=60.1124;RBI=0.0770847;REFB=-0.0143386;REVB=-0.0340525;RO=1;SAF=35;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133317;STB=0.506492;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000365115;OID=.;OPOS=58766617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:82:1:1:78:81:0.987805:43:35:1:0:43:38:1:0 chr14 58838668 . A G 729.39 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.227;QD=57.2068;RBI=0.0331142;REFB=0;REVB=0.0280771;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137718;OID=.;OPOS=58838668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:27:23:0:0:27:24:0:0 chr14 58838701 . C T 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0036949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.596;QD=61.6741;RBI=0.0140129;REFB=0;REVB=0.013517;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141251;OID=.;OPOS=58838701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr14 58839339 . A C 742.03 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=60;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0166524;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.894;QD=50.3071;RBI=0.0185019;REFB=0.0179821;REVB=0.00806329;RO=4;SAF=24;SAR=31;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00823852;STB=0.504379;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.000306864;OID=.;OPOS=58839339;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:59:4:4:55:55:0.932203:31:24:2:2:31:24:2:2 chr14 58917454 . G A 1713.25 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.289;QD=60.646;RBI=0.0384611;REFB=0;REVB=0.0039072;RO=0;SAF=37;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110607;OID=.;OPOS=58917454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:76:37:0:0:76:37:0:0 chr14 58937416 . T C 1453.34 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0003983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9504;QD=63.1885;RBI=0.0525211;REFB=0;REVB=-0.0525196;RO=0;SAF=40;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000369364;OID=.;OPOS=58937416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:52:40:0:0:52:40:0:0 chr14 58953746 . C G 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4507;QD=59.5007;RBI=0.0129137;REFB=0;REVB=-0.00269605;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150477;OID=.;OPOS=58953746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr14 59010649 . T C 958.7 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.013377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.661;QD=57.2358;RBI=0.0133883;REFB=-0.0820823;REVB=-0.000550364;RO=1;SAF=36;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129446;STB=0.506847;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000311661;OID=.;OPOS=59010649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:30:36:1:0:30:36:1:0 chr14 59112475 . C T 522.77 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00208227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.281;QD=21.1218;RBI=0.00979705;REFB=-0.0138958;REVB=0.00957321;RO=48;SAF=22;SAR=28;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719691;STB=0.544994;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0104983;OID=.;OPOS=59112475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:49:50:50:0.505051:28:22:25:23:28:22:26:23 chr14 59112732 . C T 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.00199723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.25;QD=21.5449;RBI=0.0501974;REFB=0.00315524;REVB=0.0501577;RO=10;SAF=13;SAR=1;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729691;STB=0.541602;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00235382;OID=.;OPOS=59112732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:1:13:9:1:1:13:9:1 chr14 59113430 . G A 316.85 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0259984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.445;QD=15.27;RBI=0.0280798;REFB=-0.0187397;REVB=0.0106094;RO=48;SAF=15;SAR=20;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157587;STB=0.588991;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0354741;OID=.;OPOS=59113430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:20:15:28:20:20:15:28:20 chr14 59114770 . C G 827.18 PASS AF=0.52349;AO=78;DP=150;FAO=78;FDP=149;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=50;FSRR=21;FWDB=-0.0102806;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.538;QD=22.2063;RBI=0.016206;REFB=-0.0351096;REVB=-0.0125278;RO=71;SAF=31;SAR=47;SRF=50;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26235;STB=0.643582;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0280403;OID=.;OPOS=59114770;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:71:71:78:78:0.52349:47:31:50:21:47:31:50:21 chr14 59789727 . G A 382.4 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.066572;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3165;QD=20.1261;RBI=0.0673904;REFB=0.0170703;REVB=0.0104705;RO=37;SAF=17;SAR=22;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921388;STB=0.551091;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.0172511;OID=.;OPOS=59789727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:22:17:20:17:22:17:20:17 chr14 59797235 . A G 845.43 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0448938;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.132;QD=54.5439;RBI=0.0452503;REFB=-0.166017;REVB=0.00566916;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500538;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00136128;OID=.;OPOS=59797235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:0:2:59:60:0.967742:30:29:0:0:31:29:1:1 chr14 59835972 . A C,G 326.42 PASS AF=0.40625,0.4375;AO=13,14;DP=32;FAO=13,14;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=7,12;FSAR=6,2;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.000450386,-0.00243001;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=166.514,179.118;QD=40.803;RBI=0.00466313,0.0131327;REFB=-0.163112,-0.0551861;REVB=0.00464133,0.012906;RO=3;SAF=7,12;SAR=6,2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.159262,-0.101073;STB=0.631394,0.586099;STBP=0.106,0.545;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0104308,0.016066;OID=.,.;OPOS=59835972,59835972;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:32:32:3:5:13,14:13,14:0.40625,0.4375:6,2:7,12:3:0:6,2:7,12:5:0 chr14 60004844 . C T 753.5 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0359075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0261;QD=61.5098;RBI=0.0363652;REFB=-0.00842153;REVB=0.00575179;RO=1;SAF=22;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209034;STB=0.511106;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.000226628;OID=.;OPOS=60004844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:26:22:1:0:26:22:1:0 chr14 60011904 . CAAAAAAGC CAAAAAGC,CAAAAAGCT,CAAAAATGC 154.53 PASS AF=0.465909,0,0;AO=32,5,4;DP=89;FAO=41,0,0;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=9,0,0;FSAR=32,0,0;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.079779,-0.0558051,-0.0214673;FXX=0.0112347;HRUN=6,6,6;LEN=1,3,1;MLLD=10.5299,15.1871,161.016;QD=7.02421;RBI=0.105069,0.102514,0.0230365;REFB=-0.107338,-0.0741289,-0.000726984;REVB=0.0683732,-0.0859942,-0.00835687;RO=35;SAF=6,0,4;SAR=26,5,0;SRF=19;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0.466667,0,0;SSSB=-0.389176,-0.646064,0.569612;STB=0.659051,0.5,0.5;STBP=0.014,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.13554,0,0;OID=.,.,.;OPOS=60011905,60011910,60011910;OREF=A,AGC,A;OALT=-,GCT,T;OMAPALT=CAAAAAGC,CAAAAAGCT,CAAAAATGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465909,0,0:32,5,4:89:41,0,0:88:47:9,0,0:32,0,0:22:25:99:35:6,0,4:26,5,0:19:16 chr14 60031996 . G A 2322.66 PASS AF=0.993548;AO=153;DP=154;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00314048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.524;QD=59.9396;RBI=0.00606158;REFB=0.0234992;REVB=0.00518461;RO=1;SAF=72;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656124;STB=0.503448;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-1.72166e-05;OID=.;OPOS=60031996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:155:1:1:153:154:0.993548:81:72:1:0:82:72:1:0 chr14 60043422 . A G 1139.78 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.786;QD=59.9887;RBI=0.0121971;REFB=0;REVB=0.00179171;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86198e-05;OID=.;OPOS=60043422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:73:76:1:42:31:0:0:44:32:0:0 chr14 60063472 . A G 2421.69 PASS AF=0.99375;AO=159;DP=160;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0290193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5609;QD=60.5423;RBI=0.0594993;REFB=-0.0294189;REVB=0.0519427;RO=1;SAF=71;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537637;STB=0.502824;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000489563;OID=.;OPOS=60063472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:160:1:1:159:159:0.99375:88:71:0:1:88:71:0:1 chr14 60213132 . C T 37.0 PASS AF=0.1;AO=9;DP=90;FAO=9;FDP=90;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=-0.0143077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5375;QD=1.64461;RBI=0.0398797;REFB=0.00119735;REVB=-0.0372248;RO=81;SAF=7;SAR=2;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226063;STB=0.679565;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.0191811;OID=.;OPOS=60213132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:90:90:81:81:9:9:0.1:2:7:49:32:2:7:49:32 chr14 60574539 . A G 1396.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.434;QD=62.7614;RBI=0.0301444;REFB=0;REVB=0.00266612;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.27712e-05;OID=.;OPOS=60574539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chr14 60575240 . T C 724.04 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0248818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8561;QD=54.6448;RBI=0.0248999;REFB=0.0299135;REVB=0.000947913;RO=1;SAF=18;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254452;STB=0.513508;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.000178799;OID=.;OPOS=60575240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:34:18:1:0:34:18:1:0 chr14 60575869 . A G 1886.63 PASS AF=0.984127;AO=122;DP=124;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0281695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.813;QD=59.8931;RBI=0.0282468;REFB=-0.174756;REVB=-0.00208774;RO=2;SAF=54;SAR=68;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137662;STB=0.507245;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.000186727;OID=.;OPOS=60575869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:124:126:2:2:122:124:0.984127:68:54:0:2:68:56:0:2 chr14 60576241 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00141387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.661;QD=51.9167;RBI=0.0123939;REFB=0;REVB=-0.012313;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.5623e-05;OID=.;OPOS=60576241;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr14 60576637 . A T 1829.42 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0115552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.303;QD=59.4934;RBI=0.0203925;REFB=-0.0764212;REVB=0.0168028;RO=2;SAF=46;SAR=75;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124985;STB=0.506578;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000722093;OID=.;OPOS=60576637;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:2:2:121:121:0.98374:75:46:0:2:75:46:0:2 chr14 60576951 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.044;QD=58.2396;RBI=0.0128568;REFB=0;REVB=-0.00338285;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.36537e-05;OID=.;OPOS=60576951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr14 60581863 . G A 671.88 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00228772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.109;QD=52.6961;RBI=0.016681;REFB=-0.00154614;REVB=0.0165234;RO=1;SAF=19;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241219;STB=0.52499;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000200083;OID=.;OPOS=60581863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:1:2:49:49:0.960784:30:19:1:0:30:19:2:0 chr14 60581935 . C T 1334.51 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00729577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.72;QD=62.0701;RBI=0.0114929;REFB=0;REVB=-0.00888029;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24008e-05;OID=.;OPOS=60581935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:41:44:0:0:42:44:0:0 chr14 60582053 . G A 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.456;QD=57.7115;RBI=0.0187411;REFB=0;REVB=0.0051343;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97161e-05;OID=.;OPOS=60582053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr14 60864583 . G T 2255.09 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00396818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.707;QD=63.5238;RBI=0.0121068;REFB=0;REVB=0.011438;RO=0;SAF=54;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43341e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59674e-06;OID=.;OPOS=60864583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:88:54:0:0:88:54:0:0 chr14 60900113 . C T 2331.88 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.836;QD=63.8872;RBI=0.0282466;REFB=0;REVB=0.00972367;RO=0;SAF=63;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12151e-05;OID=.;OPOS=60900113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:83:63:0:0:83:63:0:0 chr14 60903757 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.03;QD=58.2393;RBI=0.0528089;REFB=0;REVB=-0.00709397;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127981;OID=.;OPOS=60903757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr14 60923783 . C T 1026.31 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00502578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4574;QD=59.4963;RBI=0.00571387;REFB=0;REVB=0.00271843;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75471e-05;OID=.;OPOS=60923783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr14 60932752 . G A 813.33 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1272;QD=57.0756;RBI=0.0860141;REFB=0;REVB=-0.0724412;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0014193;OID=.;OPOS=60932752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr14 61124940 . A G 1116.28 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00328738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.453;QD=60.3393;RBI=0.0127926;REFB=0;REVB=-0.012363;RO=0;SAF=50;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.30081e-05;OID=.;OPOS=61124940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:24:50:0:0:24:50:0:0 chr14 61176485 . T C 446.92 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.487;QD=57.6677;RBI=0.0272485;REFB=0;REVB=-0.00620453;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68263e-05;OID=.;OPOS=61176485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr14 61176756 . A G 49.98 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0167817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.112;QD=3.33218;RBI=0.0183722;REFB=0.0070441;REVB=0.00747752;RO=51;SAF=6;SAR=3;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522719;STB=0.536503;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.0207343;OID=.;OPOS=61176756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:51:51:9:9:0.15:3:6:32:19:3:6:32:19 chr14 61177188 . G A 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00308772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.5;QD=25.5724;RBI=0.00607259;REFB=-0.0227365;REVB=-0.00522899;RO=17;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968221;STB=0.553708;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0141095;OID=.;OPOS=61177188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:13:11:10:7:13:11:10:7 chr14 61180657 . T G 641.6 PASS AF=0.452055;AO=66;DP=146;FAO=66;FDP=146;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=0.011465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.411;QD=17.5781;RBI=0.0117768;REFB=-0.012799;REVB=-0.00269174;RO=78;SAF=30;SAR=36;SRF=27;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107951;STB=0.558358;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0163647;OID=.;OPOS=61180657;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:78:80:66:66:0.452055:36:30:27:51:36:30:28:52 chr14 61445967 . A G 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.347;QD=56.9544;RBI=0.0191141;REFB=0;REVB=-0.0152102;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70102e-05;OID=.;OPOS=61445967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr14 61449328 . T A 2094.83 PASS AF=0.93038;AO=147;DP=158;FAO=147;FDP=158;FR=.;FRO=11;FSAF=61;FSAR=86;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0152421;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.964;QD=53.0337;RBI=0.0172849;REFB=-0.135626;REVB=0.00815139;RO=3;SAF=61;SAR=86;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00983785;STB=0.534999;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00129493;OID=.;OPOS=61449328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:158:158:3:11:147:147:0.93038:86:61:2:1:86:61:10:1 chr14 61453739 . C CT,CTT 211.19 PASS AF=1,0;AO=20,3;DP=28;FAO=28,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0724759,-0.0393621;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=10.451,9.71588;QD=30.1694;RBI=0.118791,0.0659184;REFB=0,0;REVB=-0.09412,-0.0528759;RO=5;SAF=16,2;SAR=4,1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.105602,0.0671606;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00586229,0.0314396;OID=.,.;OPOS=61453740,61453740;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:20,3:28:28,0:28:0:21,0:7,0:0:0:4:5:16,2:4,1:3:2 chr14 61509924 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.237;QD=57.5451;RBI=0.0306839;REFB=0;REVB=0.0125094;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73717e-05;OID=.;OPOS=61509924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr14 61748358 . C A 325.97 PASS AF=0.344538;AO=41;DP=119;FAO=41;FDP=119;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=-0.00725917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.053;QD=10.9568;RBI=0.00743769;REFB=-0.0127132;REVB=0.00161977;RO=78;SAF=21;SAR=20;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886857;STB=0.550962;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0214596;OID=.;OPOS=61748358;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:78:78:41:41:0.344538:20:21:46:32:20:21:46:32 chr14 61924239 . G A 273.52 PASS AF=0.442857;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00878252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.609;QD=15.6299;RBI=0.0390766;REFB=-0.00263104;REVB=-0.0380768;RO=39;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139447;STB=0.585378;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00181655;OID=.;OPOS=61924239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:39:39:30:31:0.442857:12:18:18:21:12:19:18:21 chr14 61924241 . A C 262.82 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00495993;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.893;QD=15.018;RBI=0.0155921;REFB=-0.00705491;REVB=-0.0147822;RO=38;SAF=19;SAR=11;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161429;STB=0.606311;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0211006;OID=.;OPOS=61924241;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:38:40:30:30:0.428571:11:19:18:20:11:19:18:22 chr14 61997226 . C T 623.45 PASS AF=0.470588;AO=64;DP=136;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.0223379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.449;QD=18.3366;RBI=0.0223424;REFB=-0.00393547;REVB=-0.000451126;RO=72;SAF=28;SAR=36;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600729;STB=0.533323;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00307808;OID=.;OPOS=61997226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:72:72:64:64:0.470588:36:28:36:36:36:28:36:36 chr14 62037421 . C T 499.08 PASS AF=0.505155;AO=48;DP=98;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0131932;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.751;QD=20.5805;RBI=0.0163532;REFB=-0.0199677;REVB=0.00966252;RO=49;SAF=13;SAR=35;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145868;STB=0.588081;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.013658;OID=.;OPOS=62037421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:49:48:48:49:0.505155:35:13:20:29:36:13:20:28 chr14 62213848 . T C 450.62 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00511388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.972;QD=21.7165;RBI=0.00515852;REFB=-0.00866667;REVB=-0.000677174;RO=39;SAF=28;SAR=16;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875036;STB=0.548365;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00466215;OID=.;OPOS=62213848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:16:28:21:18:16:28:21:18 chr14 62229285 . T G 538.77 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0474839;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166;QD=19.0714;RBI=0.0480062;REFB=-0.00273929;REVB=-0.00706202;RO=56;SAF=34;SAR=22;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341675;STB=0.5224;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00221197;OID=.;OPOS=62229285;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:56:57:56:56:0.495575:22:34:36:20:22:34:37:20 chr14 62242910 . AT A 47.07 PASS AF=0.347826;AO=21;DP=70;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.124125;FXX=0.0142837;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.62629;QD=2.72855;RBI=0.151072;REFB=-0.0349294;REVB=0.0861151;RO=38;SAF=8;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105215;STB=0.503719;STBP=0.976;TYPE=del;VARB=-0.0466056;OID=.;OPOS=62242911;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:21:70:24:69:45:10:14:19:26:47:38:8:13:18:20 chr14 62244837 . A G 353.74 PASS AF=0.486842;AO=38;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00330631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.588;QD=18.618;RBI=0.0146747;REFB=-0.00515094;REVB=-0.0142974;RO=38;SAF=13;SAR=25;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765686;STB=0.562417;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00398366;OID=.;OPOS=62244837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:39:38:37:0.486842:25:13:16:22:25:12:17:22 chr14 62462766 . T C 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0128638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.595;QD=16.7507;RBI=0.0201656;REFB=-0.0300749;REVB=-0.0155297;RO=38;SAF=12;SAR=21;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501609;STB=0.517896;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0296933;OID=.;OPOS=62462766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:39:33:33:0.458333:21:12:12:26:21:12:13:26 chr14 62463129 . G T 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0157039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.937;QD=17.5012;RBI=0.0157039;REFB=-0.00808244;REVB=2.93726e-05;RO=28;SAF=7;SAR=19;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235452;STB=0.633225;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0132252;OID=.;OPOS=62463129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:19:7:14:14:19:7:14:14 chr14 62463214 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00765669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.868;QD=19.1804;RBI=0.00829832;REFB=0.00681102;REVB=-0.00319956;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582442;STB=0.533281;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.00668559;OID=.;OPOS=62463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:8:5:5:6:8:5:5:6 chr14 63174616 . T C 1814.96 PASS AF=0.975806;AO=121;DP=124;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00315047;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.3836;QD=58.5471;RBI=0.0446921;REFB=-0.100732;REVB=-0.044581;RO=3;SAF=68;SAR=53;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204935;STB=0.51079;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0027599;OID=.;OPOS=63174616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:124:124:3:3:121:121:0.975806:53:68:3:0:53:68:3:0 chr14 63784407 . A AG,G 1124.5 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=49,31;DP=86;FAO=82,4;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45,4;FSAR=37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452925,-0.0238167;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=22.3093,10.2943;QD=52.3022;RBI=0.123723,0.444613;REFB=0,0;REVB=-0.115134,-0.443975;RO=6;SAF=42,4;SAR=7,27;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.13308,-0.204727;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0027438,0.0342159;OID=.,.;OPOS=63784408,63784407;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:86:86:6:0:49,31:82,4:0.953488,0.0465116:7,27:42,4:3:3:37,0:45,4:0:0 chr14 63841402 . ATTTTG A,AT,ATT 842.11 PASS AF=0.0140845,0.943662,0.0422535;AO=10,29,20;DP=71;FAO=1,67,3;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=1,45,3;FSAR=0,22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00158944,-0.00282042,-0.00633555;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=5,4,3;MLLD=292.963,294.906,289.14;QD=47.4428;RBI=0.00309808,0.0195622,0.0378626;REFB=0,0,0;REVB=0.00265928,-0.0193578,-0.0373287;RO=0;SAF=6,27,8;SAR=4,2,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,5.75607e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=-0.0109263,0.00048139,-0.0253299;OID=.,.,.;OPOS=63841403,63841404,63841405;OREF=TTTTG,TTTG,TTG;OALT=-,-,-;OMAPALT=A,AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0140845,0.943662,0.0422535:10,29,20:71:1,67,3:71:0:1,45,3:0,22,0:0:0:4:0:6,27,8:4,2,12:0:0 chr14 63841415 . TG GT,TT 178.47 PASS AF=0.325581,0.0697674;AO=28,6;DP=86;FAO=28,6;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=14,4;FSAR=14,2;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=0.00148586,-0.000221457;FXX=0;HRUN=8,1;LEN=2,1;MLLD=36.1356,222.895;QD=8.30101;RBI=0.00672867,0.000785285;REFB=-0.0382714,-0.00212295;REVB=-0.00656257,0.000753412;RO=49;SAF=14,4;SAR=14,2;SRF=36;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.261993,-0.0943392;STB=0.637409,0.546517;STBP=0.09,0.897;TYPE=mnp,snp;VARB=0.11539,-0.00444852;OID=.,.;OPOS=63841415,63841416;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:52:28,6:28,6:0.325581,0.0697674:14,2:14,4:36:13:14,2:14,4:37:15 chr14 63842235 . T A,C 769.15 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=2,47;DP=49;FAO=2,47;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130576,0.030726;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.7594,90.0962;QD=62.7876;RBI=0.0213503,0.0307448;REFB=0,0;REVB=-0.0168918,-0.00107398;RO=0;SAF=1,23;SAR=1,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0341416,0.00166398;OID=.,.;OPOS=63842235,63842235;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:49:49:0:0:2,47:2,47:0.0408163,0.959184:1,24:1,23:0:0:1,24:1,23:0:0 chr14 63842808 . C T 390.81 PASS AF=0.547945;AO=28;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.166528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6964;QD=21.4144;RBI=0.16746;REFB=-0.000811424;REVB=-0.0176482;RO=27;SAF=10;SAR=18;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229568;STB=0.502074;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00532368;OID=.;OPOS=63842808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:27:33:28:40:0.547945:18:10:9:18:22:18:15:18 chr14 63920524 . C T 366.39 PASS AF=0.343284;AO=46;DP=134;FAO=46;FDP=134;FR=.;FRO=88;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=-0.0212045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.408;QD=10.9371;RBI=0.0271026;REFB=-0.00634028;REVB=-0.0168796;RO=87;SAF=20;SAR=26;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288029;STB=0.513152;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0105315;OID=.;OPOS=63920524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:87:88:46:46:0.343284:26:20:40:47:26:20:40:48 chr14 64423187 . C A 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0321435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.452;QD=16.6184;RBI=0.0332643;REFB=-0.00454168;REVB=0.00856206;RO=27;SAF=17;SAR=6;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363917;STB=0.699283;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00553747;OID=.;OPOS=64423187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:6:17:10:17:6:17:11:17 chr14 64488164 . C T 162.79 PASS AF=0.261364;AO=23;DP=88;FAO=23;FDP=88;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.00704002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3674;QD=7.39951;RBI=0.0389314;REFB=0.000852213;REVB=0.0382896;RO=63;SAF=10;SAR=13;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165013;STB=0.587351;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00235673;OID=.;OPOS=64488164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:63:65:23:23:0.261364:13:10:36:27:13:10:36:29 chr14 64491695 . T C 432.35 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0158877;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.113;QD=17.647;RBI=0.0196373;REFB=-0.00611942;REVB=0.0115414;RO=54;SAF=26;SAR=18;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126793;STB=0.570996;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00876524;OID=.;OPOS=64491695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:54:54:44:44:0.44898:18:26:25:29:18:26:25:29 chr14 64494278 . C T 1681.44 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117621;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.027;QD=60.5924;RBI=0.0439038;REFB=0;REVB=-0.043888;RO=0;SAF=49;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101913;OID=.;OPOS=64494278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:62:49:0:0:62:49:0:0 chr14 64496749 . C T 237.97 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0432668;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.508;QD=13.5981;RBI=0.0438109;REFB=-0.00464429;REVB=-0.006883;RO=42;SAF=13;SAR=15;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125549;STB=0.507167;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00922634;OID=.;OPOS=64496749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:15:13:20:22:15:13:20:22 chr14 64496763 . T C 360.43 PASS AF=0.571429;AO=35;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0239551;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.118;QD=22.8844;RBI=0.0413657;REFB=-0.00894526;REVB=0.0337235;RO=27;SAF=13;SAR=22;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605768;STB=0.524757;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00858996;OID=.;OPOS=64496763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:35:36:0.571429:22:13:12:15:22:14:12:15 chr14 64497930 . G A 280.8 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.000436434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.372;QD=28.0804;RBI=0.0022027;REFB=-0.0350957;REVB=-0.00215903;RO=14;SAF=17;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785137;STB=0.533605;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0134584;OID=.;OPOS=64497930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:15:25:25:0.625:8:17:8:6:8:17:9:6 chr14 64498037 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.355;QD=55.6561;RBI=0.0516336;REFB=0;REVB=0.047064;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213874;OID=.;OPOS=64498037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr14 64518321 . A G 145.75 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00917942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4231;QD=8.83351;RBI=0.0443875;REFB=-0.00234121;REVB=0.043428;RO=45;SAF=11;SAR=9;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861765;STB=0.541626;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00597183;OID=.;OPOS=64518321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:46:20:20:0.30303:9:11:28:17:9:11:28:18 chr14 64519035 . A G 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0986616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1104;QD=57.1945;RBI=0.111626;REFB=0;REVB=0.052214;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00319986;OID=.;OPOS=64519035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr14 64519455 . A G 164.04 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.000709374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.685;QD=29.8249;RBI=0.0451226;REFB=0.0151036;REVB=0.045117;RO=6;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219834;STB=0.51218;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00410794;OID=.;OPOS=64519455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:6:10:4:2:6:10:4:2 chr14 64519709 . A T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00190775;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.287;QD=11.8306;RBI=0.0288339;REFB=-0.0149927;REVB=-0.0287707;RO=18;SAF=9;SAR=2;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.553387;STB=0.827637;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0158499;OID=.;OPOS=64519709;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:2:9:5:13:2:9:5:13 chr14 64522674 . G C 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.011891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6186;QD=9.41575;RBI=0.0276519;REFB=0.00593639;REVB=-0.0249646;RO=39;SAF=4;SAR=14;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411013;STB=0.745617;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0146556;OID=.;OPOS=64522674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:14:4:22:17:14:4:22:17 chr14 64522843 . A G 191.71 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0464896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1759;QD=10.9546;RBI=0.0631234;REFB=-0.0124831;REVB=0.0426998;RO=45;SAF=6;SAR=19;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42938;STB=0.749218;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0372507;OID=.;OPOS=64522843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:19:6:28:17:19:6:28:17 chr14 64551688 . C T 332.07 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.00556563;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.686;QD=12.6503;RBI=0.0122036;REFB=-0.00761864;REVB=-0.0108606;RO=65;SAF=19;SAR=21;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118747;STB=0.567534;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0172846;OID=.;OPOS=64551688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:65:65:40:40:0.380952:21:19:38:27:21:19:38:27 chr14 64554517 . A G 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0779592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.172;QD=21.6302;RBI=0.0785235;REFB=0.00660791;REVB=0.00939651;RO=24;SAF=19;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176995;STB=0.59817;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00353472;OID=.;OPOS=64554517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:11:19:10:14:11:19:10:14 chr14 64565582 . T C 834.71 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.427;QD=57.5664;RBI=0.0266614;REFB=0;REVB=0.0130148;RO=0;SAF=15;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08575e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4799e-05;OID=.;OPOS=64565582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:42:15:0:0:42:16:0:0 chr14 64612845 . C T 287.86 PASS AF=0.444444;AO=31;DP=71;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0085674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.364;QD=15.9921;RBI=0.0119803;REFB=-0.00134208;REVB=0.00837413;RO=39;SAF=17;SAR=14;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041435;STB=0.538505;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00203516;OID=.;OPOS=64612845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:39:40:31:32:0.444444:14:17:23:16:15:17:24:16 chr14 64612858 . C A 276.21 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00418126;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.674;QD=15.3452;RBI=0.0184493;REFB=-0.0147783;REVB=-0.0179693;RO=39;SAF=18;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424034;STB=0.51145;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0121694;OID=.;OPOS=64612858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:39:41:31:31:0.430556:13:18:21:18:13:18:23:18 chr14 64637147 . C A 261.48 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0369684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1964;QD=14.7313;RBI=0.0375122;REFB=-0.0110994;REVB=0.00636435;RO=40;SAF=7;SAR=23;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279834;STB=0.654872;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0141887;OID=.;OPOS=64637147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:41:30:30:0.422535:23:7:19:21:23:7:19:22 chr14 64657684 . C A 818.01 PASS AF=0.536424;AO=80;DP=152;FAO=81;FDP=151;FR=.;FRO=70;FSAF=57;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.00427744;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.264;QD=21.6693;RBI=0.0122049;REFB=-0.00390957;REVB=-0.0114308;RO=69;SAF=57;SAR=23;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881592;STB=0.547755;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0038093;OID=.;OPOS=64657684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:69:70:80:81:0.536424:23:57:43:26:24:57:43:27 chr14 64701825 . G A 189.58 PASS AF=0.369231;AO=23;DP=66;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0203176;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.104;QD=11.6666;RBI=0.05912;REFB=-0.0266847;REVB=0.055519;RO=42;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399104;STB=0.539292;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.04237;OID=.;OPOS=64701825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:42:41:23:24:0.369231:15:8:16:26:16:8:16:25 chr14 64724051 . C T 351.13 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.128526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.388;QD=23.4089;RBI=0.129515;REFB=0.00135096;REVB=-0.0159713;RO=25;SAF=19;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477113;STB=0.52625;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.000471561;OID=.;OPOS=64724051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:16:19:12:13:16:19:12:13 chr14 64805001 . A G 35.49 PASS AF=0.222222;AO=5;DP=26;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.000601611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.908;QD=5.25787;RBI=0.020258;REFB=-0.00170383;REVB=-0.020249;RO=21;SAF=4;SAR=1;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389659;STB=0.798935;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00590873;OID=.;OPOS=64805001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:27:21:21:5:6:0.222222:1:4:10:11:1:5:10:11 chr14 64882380 . A G 410.16 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=62;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00948486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.53;QD=26.4617;RBI=0.0125739;REFB=-0.021971;REVB=0.00825473;RO=23;SAF=24;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659685;STB=0.536064;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0130833;OID=.;OPOS=64882380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:23:39:39:0.629032:15:24:12:11:15:24:12:11 chr14 64908845 . G A 824.29 PASS AF=0.52;AO=77;DP=149;FAO=78;FDP=150;FR=.;FRO=72;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.00409942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.228;QD=21.9811;RBI=0.00720186;REFB=-0.0133403;REVB=-0.00592129;RO=72;SAF=40;SAR=37;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564263;STB=0.533919;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0131955;OID=.;OPOS=64908845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:72:72:77:78:0.52:37:40:42:30:38:40:42:30 chr14 64935720 . C T 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.041;QD=48.7334;RBI=0.0258386;REFB=0;REVB=-0.00100438;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245069;OID=.;OPOS=64935720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr14 64953726 . C T 234.98 PASS AF=0.303922;AO=31;DP=102;FAO=31;FDP=102;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.00793294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.094;QD=9.21477;RBI=0.0424128;REFB=-0.0153792;REVB=-0.0416643;RO=71;SAF=17;SAR=14;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213749;STB=0.624845;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0331023;OID=.;OPOS=64953726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:71:71:31:31:0.303922:14:17:26:45:14:17:26:45 chr14 65008251 . C T 772.65 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0348951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9534;QD=61.8122;RBI=0.0464218;REFB=-0.0494215;REVB=-0.0306156;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165122;STB=0.508768;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000852214;OID=.;OPOS=65008251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:28:21:0:1:28:21:0:1 chr14 65009650 . A C 116.03 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00360621;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.534;QD=11.0504;RBI=0.0753422;REFB=-0.00769657;REVB=0.0752558;RO=28;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38391;STB=0.725512;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00771255;OID=.;OPOS=65009650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:5:9:8:20:5:9:8:20 chr14 65016702 . T G 314.44 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.761;QD=52.4065;RBI=0.0198498;REFB=0;REVB=0.00469914;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231475;OID=.;OPOS=65016702;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:12:11:0:0:12:12:0:0 chr14 65031534 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00421344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.628;QD=57.1774;RBI=0.00859044;REFB=0;REVB=0.00748616;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38121e-06;OID=.;OPOS=65031534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr14 65197527 . G A 69.32 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0326998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2809;QD=6.30221;RBI=0.0597623;REFB=-0.0115917;REVB=-0.0500225;RO=34;SAF=8;SAR=2;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443098;STB=0.784462;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0322648;OID=.;OPOS=65197527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:2:8:15:19:2:8:15:19 chr14 65219006 . C CCTCCT 117.67 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.0478833;FXX=0.0298463;HRUN=3;LEN=5;MLLD=126.293;QD=7.24118;RBI=0.0478951;REFB=-0.0298383;REVB=0.0010641;RO=53;SAF=9;SAR=8;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214153;STB=0.618654;STBP=0.315;TYPE=ins;VARB=0.0704319;OID=.;OPOS=65219007;OREF=-;OALT=CTCCT;OMAPALT=CCTCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.261538:17:71:17:65:48:9:8:33:15:99:53:9:8:37:16 chr14 65241228 . A G 1572.03 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5921;QD=59.8867;RBI=0.0253475;REFB=0;REVB=-0.0016302;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.52674e-05;OID=.;OPOS=65241228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:52:52:0:0:53:52:0:0 chr14 65242044 . C T 453.88 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0495236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.14;QD=55.0158;RBI=0.0516566;REFB=-0.149975;REVB=0.0146909;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519987;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00374204;OID=.;OPOS=65242044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:20:12:0:0:20:12:1:0 chr14 65245956 . C T 95.99 PASS AF=0.647059;AO=10;DP=16;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.022008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.53;QD=22.5856;RBI=0.0332449;REFB=-0.0431081;REVB=0.0249173;RO=6;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459658;STB=0.511607;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0284821;OID=.;OPOS=65245956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:17:6:6:10:11:0.647059:4:6:4:2:4:7:4:2 chr14 65245962 . A G 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00574923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.012;QD=22.5856;RBI=0.00610149;REFB=-0.0336086;REVB=0.00204316;RO=6;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204503;STB=0.511607;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0155602;OID=.;OPOS=65245962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:4:7:4:2:4:7:4:2 chr14 65246623 . T C 210.02 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0243251;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9769;QD=15.5572;RBI=0.0380054;REFB=-0.00121049;REVB=-0.0292011;RO=30;SAF=15;SAR=9;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872152;STB=0.504946;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.000132377;OID=.;OPOS=65246623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:9:15:19:11:9:15:19:11 chr14 65249085 . C T 226.96 PASS AF=0.285714;AO=32;DP=112;FAO=32;FDP=112;FR=.;FRO=80;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.0260159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.424;QD=8.10562;RBI=0.0261934;REFB=-0.0199337;REVB=-0.0030436;RO=80;SAF=13;SAR=19;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143631;STB=0.585053;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0347988;OID=.;OPOS=65249085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:80:80:32:32:0.285714:19:13:42:38:19:13:42:38 chr14 65249131 . G A 361.84 PASS AF=0.335821;AO=45;DP=132;FAO=45;FDP=134;FR=.;FRO=89;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=-0.0234648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.989;QD=10.8012;RBI=0.0236019;REFB=-0.0253593;REVB=0.00253998;RO=86;SAF=22;SAR=23;SRF=52;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132078;STB=0.578008;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0454466;OID=.;OPOS=65249131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:86:89:45:45:0.335821:23:22:52:34:23:22:54:35 chr14 65253232 . T C 180.41 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0932017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.965;QD=9.25178;RBI=0.1027;REFB=-0.00718111;REVB=-0.0431354;RO=52;SAF=16;SAR=8;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111691;STB=0.568748;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0120013;OID=.;OPOS=65253232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:54:24:24:0.307692:8:16:30:22:8:16:31:23 chr14 65253851 . C T 267.38 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0259251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.244;QD=13.7119;RBI=0.0327565;REFB=-0.00479196;REVB=-0.0200219;RO=46;SAF=19;SAR=12;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519438;STB=0.537251;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0179342;OID=.;OPOS=65253851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:47:31:31:0.397436:12:19:26:20:12:19:26:21 chr14 65260227 . T G 319.13 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00338713;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.271;QD=23.2091;RBI=0.0104986;REFB=-0.00420203;REVB=0.00993724;RO=23;SAF=13;SAR=19;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890051;STB=0.549102;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00223844;OID=.;OPOS=65260227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:23:23:32:32:0.581818:19:13:12:11:19:13:12:11 chr14 65260322 . G A 224.52 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0152079;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.883;QD=19.1083;RBI=0.0288232;REFB=-0.00981854;REVB=0.0244847;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519593;STB=0.529385;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00990736;OID=.;OPOS=65260322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:25:25:22:22:0.468085:12:10:10:15:12:10:10:15 chr14 65263300 . C T 429.89 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00107226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.544;QD=17.3691;RBI=0.0189895;REFB=-0.0157877;REVB=0.0189592;RO=54;SAF=29;SAR=15;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163582;STB=0.587513;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0141652;OID=.;OPOS=65263300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:55:44:44:0.444444:15:29:27:27:15:29:28:27 chr14 65412748 . G C 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-9.73091e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.697;QD=22.5346;RBI=0.0174118;REFB=-0.0130467;REVB=-0.0174115;RO=15;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468823;STB=0.526288;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0107247;OID=.;OPOS=65412748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:10:9:8:7:10:9:8:7 chr14 65417070 . C A 526.54 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=109;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0871801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.899;QD=19.3224;RBI=0.0894301;REFB=-0.0146043;REVB=0.0199345;RO=54;SAF=24;SAR=31;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241581;STB=0.513344;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0144633;OID=.;OPOS=65417070;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:54:54:55:55:0.504587:31:24:25:29:31:24:25:29 chr14 65419293 . A G 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0387887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4136;QD=22.9082;RBI=0.0472834;REFB=0.0553668;REVB=-0.0270399;RO=17;SAF=6;SAR=15;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00818939;STB=0.504583;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.045718;OID=.;OPOS=65419293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:15:6:5:12:15:6:5:12 chr14 65878807 . C T 452.4 PASS AF=0.694915;AO=41;DP=59;FAO=41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0243841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.421;QD=30.6713;RBI=0.0324809;REFB=-0.0707527;REVB=0.0214575;RO=18;SAF=21;SAR=20;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11874;STB=0.564285;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0284718;OID=.;OPOS=65878807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:18:18:41:41:0.694915:20:21:13:5:20:21:13:5 chr14 66028446 . A G 316.76 PASS AF=0.364486;AO=39;DP=109;FAO=39;FDP=107;FR=.;FRO=68;FSAF=3;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.0278318;FXX=0.0360328;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.887;QD=11.8416;RBI=0.0279591;REFB=0.000907548;REVB=0.00266458;RO=62;SAF=3;SAR=36;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489669;STB=0.823585;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00109529;OID=.;OPOS=66028446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:62:68:39:39:0.364486:36:3:21:41:36:3:27:41 chr14 66136163 . C A 232.55 PASS AF=0.435484;AO=26;DP=61;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.0156766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.991;QD=15.0029;RBI=0.0160795;REFB=-0.0149129;REVB=-0.00357689;RO=35;SAF=9;SAR=17;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174678;STB=0.608858;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0217084;OID=.;OPOS=66136163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:35:35:26:27:0.435484:17:9:7:28:17:10:7:28 chr14 66200031 . C T 345.89 PASS AF=0.349593;AO=43;DP=123;FAO=43;FDP=123;FR=.;FRO=80;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.051755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.411;QD=11.2483;RBI=0.0519882;REFB=-0.0030281;REVB=-0.00491953;RO=79;SAF=22;SAR=21;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773244;STB=0.540012;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00520255;OID=.;OPOS=66200031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:79:80:43:43:0.349593:21:22:35:44:21:22:36:44 chr14 66479768 . A C 656.26 PASS AF=0.61;AO=61;DP=101;FAO=61;FDP=100;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.012611;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7062;QD=26.2503;RBI=0.0200984;REFB=-0.0357727;REVB=-0.0156496;RO=38;SAF=33;SAR=28;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661606;STB=0.531024;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.020985;OID=.;OPOS=66479768;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:38:39:61:61:0.61:28:33:17:21:28:33:18:21 chr14 66480197 . G A 911.4 PASS AF=0.408907;AO=98;DP=246;FAO=101;FDP=247;FR=.;FRO=146;FSAF=65;FSAR=36;FSRF=69;FSRR=77;FWDB=0.00708411;FXX=0.0040321;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.441;QD=14.7595;RBI=0.0188131;REFB=-0.0236352;REVB=-0.0174284;RO=146;SAF=62;SAR=36;SRF=69;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173916;STB=0.603562;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.040941;OID=.;OPOS=66480197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:247:146:146:98:101:0.408907:36:62:69:77:36:65:69:77 chr14 66480247 . CA TC 495.21 PASS AF=0.380488;AO=77;DP=208;FAO=78;FDP=205;FR=.;FRO=127;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=56;FSRR=71;FWDB=0.0641857;FXX=0.0144224;HRUN=1;LEN=2;MLLD=121.768;QD=9.66254;RBI=0.0820348;REFB=-0.063506;REVB=0.0510872;RO=125;SAF=48;SAR=29;SRF=56;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193374;STB=0.625126;STBP=0.006;TYPE=mnp;VARB=0.105338;OID=.;OPOS=66480247;OREF=CA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:205:125:127:77:78:0.380488:29:48:56:69:28:50:56:71 chr14 67147816 . T C 161.46 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0804138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2711;QD=18.9948;RBI=0.115276;REFB=0.00375966;REVB=0.082597;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104816;STB=0.559372;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00180579;OID=.;OPOS=67147816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:8:9:11:6:8:9:11:6 chr14 67578579 . G A 204.9 PASS AF=0.219178;AO=32;DP=146;FAO=32;FDP=146;FR=.;FRO=114;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=64;FWDB=-0.00829602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.254;QD=5.61364;RBI=0.0159568;REFB=-0.000137064;REVB=-0.0136307;RO=113;SAF=21;SAR=11;SRF=49;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27938;STB=0.668402;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00074252;OID=.;OPOS=67578579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:113:114:32:32:0.219178:11:21:49:64:11:21:50:64 chr14 67648289 . G A 122.73 PASS AF=0.357143;AO=11;DP=38;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0054721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.845;QD=11.6889;RBI=0.00826309;REFB=-0.0115;REVB=-0.0061915;RO=26;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315181;STB=0.726989;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0135823;OID=.;OPOS=67648289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:42:26:27:11:15:0.357143:5:6:7:19:5:10:8:19 chr14 67770294 . C T 162.8 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00227294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.171;QD=10.8531;RBI=0.00545162;REFB=-0.00258875;REVB=-0.00495519;RO=39;SAF=10;SAR=11;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407673;STB=0.523787;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00444416;OID=.;OPOS=67770294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:11:10:20:19:11:10:20:19 chr14 67815791 . C A 240.13 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0149744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3104;QD=16.5608;RBI=0.0171662;REFB=-0.0188984;REVB=-0.00839328;RO=31;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028402;STB=0.515993;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.017373;OID=.;OPOS=67815791;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:14:13:14:17:14:13:14:17 chr14 67937222 . C T 140.1 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0574937;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.5478;QD=10.3779;RBI=0.0730959;REFB=-0.0202189;REVB=0.0451385;RO=35;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180657;STB=0.5;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0411301;OID=.;OPOS=67937222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:35:36:18:18:0.333333:10:8:15:20:10:8:16:20 chr14 68024134 . A T 385.18 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0339878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1036;QD=20.5431;RBI=0.0579898;REFB=-0.0171803;REVB=0.0469857;RO=36;SAF=10;SAR=29;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262582;STB=0.646346;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0204175;OID=.;OPOS=68024134;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:29:10:19:17:29:10:19:17 chr14 68029313 . G A 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00137719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.098;QD=10.4723;RBI=0.0266728;REFB=-0.00807561;REVB=-0.0266372;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0145785;OID=.;OPOS=68029313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:6:6:12:12:6:6:12:12 chr14 68035879 . A G 171.01 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0247053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7751;QD=9.24388;RBI=0.0699704;REFB=-0.0198011;REVB=-0.0654638;RO=49;SAF=11;SAR=12;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839833;STB=0.535181;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0295196;OID=.;OPOS=68035879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:51:23:23:0.310811:12:11:27:22:12:11:27:24 chr14 68042255 . A G 227.58 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0208447;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7218;QD=13.3868;RBI=0.0227696;REFB=-0.00864577;REVB=-0.00916263;RO=41;SAF=9;SAR=18;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291301;STB=0.666543;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0137361;OID=.;OPOS=68042255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:41:41:27:27:0.397059:18:9:25:16:18:9:25:16 chr14 68042574 . A G 618.67 PASS AF=0.604396;AO=55;DP=91;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00549923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8777;QD=27.1944;RBI=0.00611234;REFB=-0.0518545;REVB=0.00266818;RO=36;SAF=33;SAR=22;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333465;STB=0.518175;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0194037;OID=.;OPOS=68042574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:36:36:55:55:0.604396:22:33:20:16:22:33:20:16 chr14 68045935 . G A 1011.97 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0587524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.383;QD=57.8268;RBI=0.059692;REFB=0.0222483;REVB=0.0105491;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.506847;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=6.17381e-05;OID=.;OPOS=68045935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:33:36:0:0:33:36:1:0 chr14 68053124 . T A 400.96 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00359451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6672;QD=18.8688;RBI=0.0570352;REFB=-0.0601482;REVB=0.0569218;RO=43;SAF=22;SAR=19;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129394;STB=0.565682;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0527523;OID=.;OPOS=68053124;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:44:41:41:0.482353:19:22:17:26:19:22:18:26 chr14 68053149 . A G 364.67 PASS AF=0.475;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0293724;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.383;QD=18.2334;RBI=0.0379738;REFB=-0.00618612;REVB=-0.0240681;RO=42;SAF=16;SAR=22;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038961;STB=0.521728;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.005483;OID=.;OPOS=68053149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:42:42:38:38:0.475:22:16:16:26:22:16:16:26 chr14 68053802 . T C 176.17 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0266482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3392;QD=20.7253;RBI=0.0356581;REFB=0.0531054;REVB=0.0236934;RO=16;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205512;STB=0.616651;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.0190234;OID=.;OPOS=68053802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:5:13:8:8:5:13:8:8 chr14 68053977 . A C 1860.22 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1886;QD=60.4948;RBI=0.0361503;REFB=-0.0259974;REVB=-0.0130299;RO=1;SAF=42;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111759;STB=0.505881;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000668854;OID=.;OPOS=68053977;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:80:42:1:0:80:42:1:0 chr14 68055613 . C G 1443.45 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=94;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00951839;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.502;QD=62.0837;RBI=0.00994724;REFB=-0.0928714;REVB=0.00288927;RO=1;SAF=55;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854135;STB=0.504424;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00019668;OID=.;OPOS=68055613;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:93:1:1:91:92:0.989247:36:55:1:0:36:56:1:0 chr14 68060574 . G A 377.91 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.024613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.007;QD=21.5949;RBI=0.0250473;REFB=-0.0288418;REVB=0.00464419;RO=32;SAF=14;SAR=24;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332787;STB=0.51839;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0148437;OID=.;OPOS=68060574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:24:14:13:19:24:14:13:19 chr14 68159287 . G A 301.72 PASS AF=0.275641;AO=43;DP=149;FAO=43;FDP=156;FR=.;FRO=113;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=63;FSRR=50;FWDB=-0.0256353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.955;QD=7.73649;RBI=0.0258903;REFB=-0.00974144;REVB=0.00362438;RO=106;SAF=21;SAR=22;SRF=56;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482661;STB=0.549977;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0260531;OID=.;OPOS=68159287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:156:106:113:43:43:0.275641:22:21:56:50:22:21:63:50 chr14 68172894 . C T 260.54 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0138226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5695;QD=24.8133;RBI=0.0158041;REFB=-0.0105353;REVB=-0.00766194;RO=18;SAF=10;SAR=14;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207495;STB=0.61432;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00402414;OID=.;OPOS=68172894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:14:10:3:15:14:10:3:15 chr14 68213744 . G A 943.07 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.609;QD=57.1557;RBI=0.0247452;REFB=0;REVB=0.00289126;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317291;OID=.;OPOS=68213744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:31:33:0:0:33:33:0:0 chr14 68213792 . A G 341.29 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0137907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.545;QD=25.7578;RBI=0.0389677;REFB=-0.0243191;REVB=0.0364458;RO=20;SAF=13;SAR=20;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399756;STB=0.521932;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0156097;OID=.;OPOS=68213792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:20:33:33:0.622642:20:13:9:11:20:13:9:11 chr14 68214788 . T C 226.7 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00570384;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.096;QD=15.3695;RBI=0.0470099;REFB=0.00279197;REVB=-0.0466626;RO=32;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13588;STB=0.551865;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00676204;OID=.;OPOS=68214788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:32:33:26:26:0.440678:15:11:18:14:15:11:17:16 chr14 68218165 . G A 106.84 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.0316475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.429;QD=12.2104;RBI=0.0360982;REFB=0.0014146;REVB=-0.0173644;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310948;STB=0.67817;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00335065;OID=.;OPOS=68218165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:8:5:3:19:8:5:3:19 chr14 68234539 . T C 1476.43 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.914;QD=62.1657;RBI=0.0328191;REFB=-0.0479261;REVB=0.0290074;RO=1;SAF=46;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101963;STB=0.505375;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000682264;OID=.;OPOS=68234539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:48:46:1:0:48:46:1:0 chr14 68249499 . C T 123.96 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0329355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.809;QD=17.0983;RBI=0.0362726;REFB=-3.98664e-05;REVB=0.0151972;RO=15;SAF=12;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442134;STB=0.759063;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00109394;OID=.;OPOS=68249499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:2:12:7:8:2:12:7:8 chr14 68257485 . C T 758.86 PASS AF=0.484663;AO=79;DP=163;FAO=79;FDP=163;FR=.;FRO=84;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=0.0114687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.958;QD=18.6223;RBI=0.0239392;REFB=-0.00842978;REVB=-0.0210132;RO=84;SAF=48;SAR=31;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157345;STB=0.586904;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00900356;OID=.;OPOS=68257485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:84:84:79:79:0.484663:31:48:37:47:31:48:37:47 chr14 68264867 . A G 184.68 PASS AF=0.548387;AO=15;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00937639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.275;QD=23.8295;RBI=0.0105101;REFB=-0.031813;REVB=-0.0047482;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944299;STB=0.584318;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0154548;OID=.;OPOS=68264867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:31:10:10:15:17:0.548387:8:7:6:4:9:8:7:3 chr14 68265046 . T C 205.01 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0570395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.965;QD=16.401;RBI=0.057675;REFB=-0.0115501;REVB=0.00853812;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192667;STB=0.610066;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0297058;OID=.;OPOS=68265046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:9:12:11:18:9:12:11:18 chr14 68616597 . G A 89.52 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.066928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1169;QD=15.5692;RBI=0.0785054;REFB=0.0012948;REVB=0.0410333;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268832;STB=0.65597;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.0026626;OID=.;OPOS=68616597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:8:4:7:4:8:4 chr14 68703076 . C T 763.78 PASS AF=0.506494;AO=78;DP=154;FAO=78;FDP=154;FR=.;FRO=76;FSAF=53;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.00630413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.363;QD=19.8385;RBI=0.010251;REFB=-0.000830666;REVB=0.00808336;RO=75;SAF=53;SAR=25;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1039;STB=0.561547;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0006983;OID=.;OPOS=68703076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:75:76:78:78:0.506494:25:53:43:32:25:53:43:33 chr14 68935789 . T C 1903.61 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341055;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7961;QD=61.9059;RBI=0.0349807;REFB=0;REVB=-0.00777608;RO=0;SAF=63;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303663;OID=.;OPOS=68935789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:123:0:0:123:123:1:60:63:0:0:60:63:0:0 chr14 69012355 . C G 1627.15 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363145;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.271;QD=60.2647;RBI=0.0369202;REFB=0;REVB=0.00666054;RO=0;SAF=39;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89526e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73659e-06;OID=.;OPOS=69012355;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:69:39:0:0:69:39:0:0 chr14 69117512 . T C 247.33 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.0443238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.6183;QD=13.7405;RBI=0.0445775;REFB=0.000318057;REVB=0.00474905;RO=43;SAF=21;SAR=8;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00419365;STB=0.502391;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.000119138;OID=.;OPOS=69117512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:8:21:31:12:8:21:31:12 chr14 69257858 . C T 888.57 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0103586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.912;QD=56.4169;RBI=0.0147423;REFB=-0.00109445;REVB=0.0104897;RO=1;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149869;STB=0.507934;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=3.21808e-05;OID=.;OPOS=69257858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:31:31:0:1:31:31:0:1 chr14 69262441 . A G 808.6 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00915583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.111;QD=53.9065;RBI=0.00917796;REFB=-0.0656624;REVB=0.000636971;RO=2;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314232;STB=0.516661;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00044495;OID=.;OPOS=69262441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:29:29:0:2:29:29:0:2 chr14 69263074 . G A 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0841736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7981;QD=56.1876;RBI=0.0902978;REFB=0;REVB=-0.032688;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115133;OID=.;OPOS=69263074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr14 69341816 . C T 374.63 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0230207;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.554;QD=20.5276;RBI=0.0241498;REFB=-0.0121865;REVB=-0.00729819;RO=35;SAF=15;SAR=23;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105426;STB=0.558468;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0169194;OID=.;OPOS=69341816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:35:35:38:38:0.520548:23:15:18:17:23:15:18:17 chr14 69345647 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0161472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.234;QD=13.4556;RBI=0.0212674;REFB=-0.0245996;REVB=-0.0138408;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599815;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.046511;OID=.;OPOS=69345647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:10:15:10:11:0.423077:7:3:3:7:7:4:8:7 chr14 69352230 . G A 477.49 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0312113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1234;QD=18.7251;RBI=0.0815866;REFB=-0.00194642;REVB=0.0753806;RO=51;SAF=31;SAR=19;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138966;STB=0.582301;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00164382;OID=.;OPOS=69352230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:51:52:50:50:0.490196:19:31:24:27:19:31:24:28 chr14 69520797 . C T 72.99 PASS AF=0.178082;AO=13;DP=73;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0103253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.131;QD=3.99963;RBI=0.0297424;REFB=-0.00589526;REVB=-0.0278926;RO=57;SAF=10;SAR=3;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323328;STB=0.698973;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0243469;OID=.;OPOS=69520797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:73:73:57:60:13:13:0.178082:3:10:30:27:3:10:33:27 chr14 69695633 . GA G 159.67 PASS AF=0.333333;AO=56;DP=141;FAO=47;FDP=141;FR=.;FRO=94;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=-0.240906;FXX=0.00704176;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.2763;QD=4.52952;RBI=0.240906;REFB=-0.0341768;REVB=-0.000128451;RO=79;SAF=27;SAR=29;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0.312849;SSSB=0.107425;STB=0.55124;STBP=0.403;TYPE=del;VARB=0.0161775;OID=.;OPOS=69695634;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:56:141:47:141:94:18:29:43:51:99:79:27:29:30:49 chr14 69695792 . G A 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5411;QD=56.9552;RBI=0.0217777;REFB=0;REVB=0.0194424;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253768;OID=.;OPOS=69695792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr14 69703158 . A G 2856.89 PASS AF=0.978836;AO=184;DP=193;FAO=185;FDP=189;FR=.;FRO=4;FSAF=79;FSAR=106;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0127201;FXX=0.0207243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.177;QD=60.4633;RBI=0.0137538;REFB=-0.183274;REVB=0.00523146;RO=5;SAF=78;SAR=106;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295396;STB=0.512344;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000181414;OID=.;OPOS=69703158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:193:189:5:4:184:185:0.978836:106:78:5:0:106:79:4:0 chr14 69704553 . G T 1438.02 PASS AF=0.99;AO=97;DP=99;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0166414;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.595;QD=57.5209;RBI=0.0594065;REFB=-0.14672;REVB=0.057028;RO=1;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939136;STB=0.504761;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000730352;OID=.;OPOS=69704553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:100:1:1:97:99:0.99:50:47:0:1:52:47:0:1 chr14 69799806 . C T 134.43 PASS AF=0.5;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0228445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.896;QD=17.9234;RBI=0.0384039;REFB=-0.00831934;REVB=-0.0308705;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197984;STB=0.56748;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0238951;OID=.;OPOS=69799806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:13:15:15:15:0.5:8:7:3:10:8:7:5:10 chr14 69799892 . A G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00883346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.925;QD=15.5715;RBI=0.0209875;REFB=-0.00985982;REVB=-0.019038;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307182;STB=0.69432;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00875115;OID=.;OPOS=69799892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:11:11:0.478261:4:7:3:8:4:7:3:9 chr14 69820946 . C A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00480621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.559;QD=17.9409;RBI=0.0198205;REFB=-0.0103907;REVB=-0.0192289;RO=19;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150521;STB=0.580917;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0127296;OID=.;OPOS=69820946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:22:19:19:0.463415:6:13:10:9:6:13:12:10 chr14 70037611 . A T 1539.89 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0022193;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.05;QD=58.6624;RBI=0.017614;REFB=-0.142634;REVB=0.0174737;RO=1;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903847;STB=0.504761;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000131841;OID=.;OPOS=70037611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:52:52:0:1:52:52:0:1 chr14 70038786 . A G 340.97 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0775388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.173;QD=54.5554;RBI=0.0809611;REFB=0;REVB=0.0232905;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113363;OID=.;OPOS=70038786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:13:12:0:0 chr14 70180778 . C G 1265.86 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00620482;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.885;QD=61.7494;RBI=0.00707012;REFB=0;REVB=0.00338923;RO=0;SAF=32;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40613e-05;OID=.;OPOS=70180778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:49:32:0:0:50:32:0:0 chr14 70263648 . C T 276.3 PASS AF=0.333333;AO=33;DP=99;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0112717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.25;QD=11.1634;RBI=0.0114476;REFB=-0.0153077;REVB=0.00199931;RO=66;SAF=18;SAR=15;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121371;STB=0.570342;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0397007;OID=.;OPOS=70263648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:66:66:33:33:0.333333:15:18:29:37:15:18:29:37 chr14 70418881 . G A 494.41 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0040604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.967;QD=18.8346;RBI=0.0222552;REFB=-0.0144953;REVB=-0.0218816;RO=53;SAF=27;SAR=25;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604763;STB=0.533467;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0169666;OID=.;OPOS=70418881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:53:52:52:0.495238:25:27:24:29:25:27:24:29 chr14 70444646 . G A 356.64 PASS AF=0.319149;AO=45;DP=141;FAO=45;FDP=141;FR=.;FRO=96;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=54;FSRR=42;FWDB=0.00738043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.713;QD=10.1175;RBI=0.0417958;REFB=-0.00422161;REVB=-0.041139;RO=96;SAF=21;SAR=24;SRF=54;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112095;STB=0.564943;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.007191;OID=.;OPOS=70444646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:96:96:45:45:0.319149:24:21:54:42:24:21:54:42 chr14 70477508 . C T 2160.83 PASS AF=0.959184;AO=141;DP=148;FAO=141;FDP=147;FR=.;FRO=6;FSAF=98;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0211597;FXX=0.0067563;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.588;QD=58.7982;RBI=0.0391348;REFB=-0.0329355;REVB=0.0329211;RO=6;SAF=98;SAR=43;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00259059;STB=0.501364;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.000154021;OID=.;OPOS=70477508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:148:147:6:6:141:141:0.959184:43:98:4:2:43:98:4:2 chr14 70517820 . G A 179.28 PASS AF=0.25;AO=27;DP=107;FAO=27;FDP=108;FR=.;FRO=81;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=58;FWDB=-0.0525427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.673;QD=6.64007;RBI=0.0575815;REFB=-0.00442688;REVB=-0.0235561;RO=80;SAF=8;SAR=19;SRF=22;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321434;STB=0.511195;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0142869;OID=.;OPOS=70517820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:80:81:27:27:0.25:19:8:22:58:19:8:23:58 chr14 70634087 . A G 2039.87 PASS AF=0.992537;AO=131;DP=133;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0158638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.251;QD=60.8917;RBI=0.0641322;REFB=-0.0305537;REVB=-0.0621392;RO=0;SAF=78;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000132882;OID=.;OPOS=70634087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:133:134:0:1:131:133:0.992537:53:78:0:0:55:78:0:1 chr14 70712880 . A C 183.12 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.719;QD=43.0878;RBI=0.0150034;REFB=-0.00592004;REVB=-0.00321525;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529375;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.000225288;OID=.;OPOS=70712880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:17:17:0:1:16:16:0.941176:8:8:0:0:8:8:1:0 chr14 70713156 . G A 592.51 PASS AF=0.588889;AO=54;DP=92;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0129143;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.489;QD=26.3337;RBI=0.0305731;REFB=-0.0192223;REVB=-0.0277116;RO=37;SAF=22;SAR=32;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100539;STB=0.552143;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0142268;OID=.;OPOS=70713156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:37:37:54:53:0.588889:32:22:20:17:31:22:20:17 chr14 70713858 . T C 422.05 PASS AF=0.443299;AO=34;DP=98;FAO=43;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0218275;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.329;QD=17.4043;RBI=0.0223913;REFB=-0.0248933;REVB=0.00499319;RO=53;SAF=15;SAR=19;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531168;STB=0.532546;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0366143;OID=.;OPOS=70713858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:53:54:34:43:0.443299:19:15:26:27:19:24:27:27 chr14 70827773 . T C 1574.97 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029036;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9691;QD=59.9989;RBI=0.0321403;REFB=0;REVB=0.0137809;RO=0;SAF=61;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238237;OID=.;OPOS=70827773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:43:61:0:0:44:61:0:0 chr14 70924450 . C T 32.7 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0112915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.879;QD=2.84373;RBI=0.0127824;REFB=-0.00265694;REVB=0.00599094;RO=40;SAF=1;SAR=5;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386932;STB=0.792599;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0253373;OID=.;OPOS=70924450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:5:1:19:21:5:1:19:21 chr14 70924462 . A G 639.87 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.541;QD=60.9397;RBI=0.0466383;REFB=0;REVB=-0.0330431;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113134;OID=.;OPOS=70924462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:21:21:0:0 chr14 70924501 . C G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.877;QD=64.415;RBI=0.0218363;REFB=0;REVB=-0.0181093;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.37961e-05;OID=.;OPOS=70924501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr14 70924852 . A C 99.31 PASS AF=0.169643;AO=18;DP=111;FAO=19;FDP=112;FR=.;FRO=93;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=-0.00732444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2275;QD=3.54683;RBI=0.0100339;REFB=-0.00517152;REVB=-0.00685792;RO=93;SAF=7;SAR=11;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946912;STB=0.580185;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0355472;OID=.;OPOS=70924852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:93:93:18:19:0.169643:11:7:43:50:12:7:43:50 chr14 70925257 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9993;QD=49.5991;RBI=0.0231644;REFB=0;REVB=-0.0176234;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000408309;OID=.;OPOS=70925257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr14 71109153 . C G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.016783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.409;QD=16.4266;RBI=0.0168428;REFB=-0.0266296;REVB=0.00141759;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160306;STB=0.593048;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.034735;OID=.;OPOS=71109153;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:7:4:6:5:7:4:6:5 chr14 71139279 . G T 493.06 PASS AF=0.439024;AO=54;DP=123;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0201098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.833;QD=16.0343;RBI=0.0214124;REFB=-0.00868976;REVB=-0.00735425;RO=68;SAF=21;SAR=33;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855107;STB=0.50993;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00947499;OID=.;OPOS=71139279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:68:69:54:54:0.439024:33:21:27:41:33:21:28:41 chr14 71374702 . G A 763.4 PASS AF=0.506757;AO=72;DP=148;FAO=75;FDP=148;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.00866023;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4269;QD=20.6323;RBI=0.0328458;REFB=-0.027613;REVB=0.0316836;RO=69;SAF=29;SAR=43;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132789;STB=0.546664;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0232833;OID=.;OPOS=71374702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:69:73:72:75:0.506757:43:29:38:31:43:32:38:35 chr14 71444788 . G A 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0224721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.357;QD=22.5346;RBI=0.0230453;REFB=-0.0253417;REVB=-0.005108;RO=15;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140647;STB=0.578864;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0167394;OID=.;OPOS=71444788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:8:11:6:9:8:11:6:9 chr14 71577898 . C G 165.72 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0215552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9394;QD=14.4108;RBI=0.0379977;REFB=-0.0264703;REVB=0.0312922;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961317;STB=0.54343;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00721212;OID=.;OPOS=71577898;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:18:18:0.391304:9:9:16:11:9:9:16:12 chr14 71581398 . C CT 65.4 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.116475;FXX=0.0333278;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.77792;QD=4.51047;RBI=0.143184;REFB=-0.0195289;REVB=0.0832783;RO=40;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742444;STB=0.557091;STBP=0.538;TYPE=ins;VARB=-0.000949568;OID=.;OPOS=71581399;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:22:65:22:58:36:13:9:18:18:65:40:13:9:21:19 chr14 71915415 . T G,TGTG 452.16 PASS AF=0.15625,0.84375;AO=6,27;DP=33;FAO=5,27;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11;FSAR=4,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424407,-0.000914491;FXX=0.0302939;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=55.4247,224.024;QD=56.5203;RBI=0.0425875,0.0012625;REFB=0,0;REVB=-0.00353289,0.000870411;RO=0;SAF=1,11;SAR=5,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,3.5146e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0329982,-0.000631439;OID=.,.;OPOS=71915415,71915416;OREF=T,-;OALT=G,GTG;OMAPALT=G,TGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:33:32:0:0:6,27:5,27:0.15625,0.84375:5,16:1,11:0:0:4,16:1,11:0:0 chr14 72055468 . A C,T 619.52 PASS AF=0.95122,0.0487805;AO=39,2;DP=41;FAO=39,2;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171443,-0.00412631;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.1678,47.3645;QD=60.4408;RBI=0.0412147,0.0283919;REFB=0,0;REVB=0.0374797,0.0280904;RO=0;SAF=23,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.43889e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00211788,0.110162;OID=.,.;OPOS=72055468,72055468;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:41:41:0:0:39,2:39,2:0.95122,0.0487805:16,2:23,0:0:0:16,2:23,0:0:0 chr14 72117156 . T C 743.98 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0667351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.301;QD=59.5182;RBI=0.0716518;REFB=-0.0843999;REVB=0.0260847;RO=2;SAF=25;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00156907;STB=0.500834;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00464465;OID=.;OPOS=72117156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:50:50:2:2:48:48:0.96:23:25:1:1:23:25:1:1 chr14 72457365 . T G 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0243215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.44;QD=16.7551;RBI=0.02443;REFB=-0.00237559;REVB=-0.00229923;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980991;STB=0.555329;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00251731;OID=.;OPOS=72457365;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:13:11:10:18:13:11:10:18 chr14 72457682 . A C 331.42 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00930039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.174;QD=18.6718;RBI=0.0164523;REFB=-0.0111501;REVB=0.0135714;RO=36;SAF=16;SAR=19;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642995;STB=0.535838;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0093054;OID=.;OPOS=72457682;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:19:16:19:17:19:16:19:17 chr14 72458188 . G A 205.02 PASS AF=0.714286;AO=18;DP=26;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0134177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8639;QD=29.2878;RBI=0.0281606;REFB=0.000195613;REVB=-0.0247585;RO=7;SAF=13;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905855;STB=0.586864;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00246678;OID=.;OPOS=72458188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:28:7:8:18:20:0.714286:5:13:4:3:5:15:4:4 chr14 73079291 . G GA,GAA 292.64 PASS AF=0,1;AO=6,20;DP=29;FAO=0,26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.224384,0.122587;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=16.3843,28.9303;QD=45.0207;RBI=0.3058,0.164356;REFB=0,0;REVB=0.207763,0.109476;RO=3;SAF=4,11;SAR=2,9;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.236104,-0.110273;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.0107804;OID=.,.;OPOS=73079292,73079292;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=GA,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:6,20:29:0,26:26:0:0,15:0,11:0:0:5:3:4,11:2,9:3:0 chr14 73220020 . A G 95.59 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0778719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6116;QD=11.5866;RBI=0.080339;REFB=0.00554659;REVB=-0.0197564;RO=21;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399758;STB=0.738058;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0193917;OID=.;OPOS=73220020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:3:9:8:13:3:9:8:13 chr14 73358945 . A C 2221.25 PASS AF=0.980263;AO=150;DP=153;FAO=149;FDP=152;FR=.;FRO=3;FSAF=71;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0262736;FXX=0.00653552;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.373;QD=58.4539;RBI=0.0278996;REFB=-0.0428979;REVB=-0.00938548;RO=3;SAF=71;SAR=79;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00523632;STB=0.502832;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=7.37187e-05;OID=.;OPOS=73358945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:153:152:3:3:150:149:0.980263:79:71:1:2:78:71:1:2 chr14 73360819 . T TTGTC 608.75 PASS AF=0.888889;AO=47;DP=55;FAO=48;FDP=54;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0107319;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=291.924;QD=45.0927;RBI=0.0306079;REFB=-0.0536398;REVB=0.0286648;RO=7;SAF=10;SAR=37;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119737;STB=0.570784;STBP=0.014;TYPE=ins;VARB=0.00426912;OID=.;OPOS=73360820;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=TTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889:47:55:48:54:6:10:38:4:2:30:7:10:37:4:3 chr14 73413830 . G A 242.99 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0163884;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.878;QD=14.5068;RBI=0.0236793;REFB=-0.0197284;REVB=0.0170918;RO=38;SAF=16;SAR=12;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193856;STB=0.504345;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.033861;OID=.;OPOS=73413830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:39:28:28:0.41791:12:16:21:17:12:16:22:17 chr14 73422350 . T G 662.15 PASS AF=0.604167;AO=58;DP=96;FAO=58;FDP=96;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00463906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.939;QD=27.5898;RBI=0.00898033;REFB=-0.0275457;REVB=0.0076893;RO=37;SAF=30;SAR=28;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413388;STB=0.517235;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0188502;OID=.;OPOS=73422350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:37:38:58:58:0.604167:28:30:17:20:28:30:18:20 chr14 73429755 . G A 265.48 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0102545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.643;QD=17.9986;RBI=0.0152447;REFB=-0.00832781;REVB=-0.0112804;RO=29;SAF=14;SAR=15;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219434;STB=0.610777;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00982129;OID=.;OPOS=73429755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:29:30:29:29:0.491525:15:14:7:22:15:14:8:22 chr14 73507393 . C A 201.05 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00902655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9458;QD=20.6205;RBI=0.0736786;REFB=-0.0282488;REVB=0.0731236;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660691;STB=0.537238;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0247903;OID=.;OPOS=73507393;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:9:11:9:10:9:11:9:10 chr14 73719455 . A C 267.66 PASS AF=0.5;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0736967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9911;QD=18.459;RBI=0.117745;REFB=0.0195934;REVB=-0.0918296;RO=28;SAF=19;SAR=10;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229766;STB=0.519294;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.0211141;OID=.;OPOS=73719455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:29:29:29:0.5:10:19:19:9:10:19:20:9 chr14 73727509 . T G 118.38 PASS AF=0.583333;AO=13;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.00558902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.815;QD=19.73;RBI=0.00575414;REFB=-0.0108235;REVB=0.0013686;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211474;STB=0.650957;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00917003;OID=.;OPOS=73727509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:24:24:11:10:13:14:0.583333:6:7:3:8:6:8:2:8 chr14 73730694 . CA C,CG 33.11 PASS AF=0.176471,0.176471;AO=4,2;DP=17;FAO=3,3;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2,2;FSAR=1,1;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00846321,-0.00529535;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.771,135.679;QD=7.79121;RBI=0.0489573,0.0562032;REFB=-0.0162642,-0.0152278;REVB=-0.0482203,0.0559532;RO=11;SAF=3,1;SAR=1,1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0319232,-0.246437;STB=0.555203,0.555203;STBP=0.868,0.868;TYPE=del,snp;VARB=0.0282805,0.0270835;OID=.,.;OPOS=73730695,73730695;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.176471,0.176471:4,2:17:3,3:17:11:2,2:1,1:8:3:18:11:3,1:1,1:8:3 chr14 73730696 . GC G,GG 37.71 PASS AF=0.384615,0.384615;AO=3,3;DP=16;FAO=5,5;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=4,4;FSAR=1,1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.109178,0.142109;FXX=0.187383;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=6.45179,17.6035;QD=11.6046;RBI=0.110444,0.15376;REFB=-0.15615,-0.10517;REVB=0.016675,0.0587124;RO=3;SAF=2,2;SAR=1,1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0.588235,0;SSEP=0.690476,0;SSSB=0,0;STB=0.57112,0.57112;STBP=0.776,0.776;TYPE=del,snp;VARB=0.171488,0.162756;OID=.,.;OPOS=73730697,73730697;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.384615,0.384615:3,3:16:5,5:13:3:4,4:1,1:2:1:20:3:2,2:1,1:2:1 chr14 73958375 . T C 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00341146;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.33;QD=21.9722;RBI=0.00461359;REFB=-0.00467131;REVB=-0.00310599;RO=21;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092715;STB=0.505193;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00363929;OID=.;OPOS=73958375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:9:14:13:8:9:14:13:8 chr14 73958812 . T C 341.18 PASS AF=0.4;AO=36;DP=92;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0145609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.523;QD=14.3657;RBI=0.0394996;REFB=-0.0165303;REVB=-0.0367178;RO=55;SAF=18;SAR=18;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125909;STB=0.568386;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0378805;OID=.;OPOS=73958812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:55:57:36:38:0.4:18:18:34:21:19:19:35:22 chr14 73963383 . T C 397.26 PASS AF=0.460674;AO=40;DP=88;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00602344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.494;QD=17.8542;RBI=0.00685654;REFB=-0.0151113;REVB=0.00327572;RO=48;SAF=24;SAR=16;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158898;STB=0.593549;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.020979;OID=.;OPOS=73963383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:48:48:40:41:0.460674:16:24:21:27:16:25:21:27 chr14 73989859 . C T 358.4 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.00266884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.372;QD=17.0669;RBI=0.00604422;REFB=-0.0144729;REVB=0.00542308;RO=46;SAF=22;SAR=16;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202507;STB=0.613324;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0162916;OID=.;OPOS=73989859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:16:22:17:29:16:22:17:29 chr14 74036370 . G T 191.41 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.048807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8005;QD=22.5189;RBI=0.074806;REFB=-0.0169955;REVB=0.0566905;RO=14;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167309;STB=0.60725;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0277466;OID=.;OPOS=74036370;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:15:19:19:0.558824:11:8:9:5:11:8:10:5 chr14 74061968 . T C 225.35 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0170932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.911;QD=27.3145;RBI=0.0290698;REFB=-0.00103309;REVB=0.0235133;RO=12;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392297;STB=0.521719;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.000389459;OID=.;OPOS=74061968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:10:11:7:5:10:11:7:5 chr14 74083846 . C T 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00654564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.536;QD=18.4383;RBI=0.00815231;REFB=-0.0289242;REVB=0.0048595;RO=28;SAF=20;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081601;STB=0.539056;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0262283;OID=.;OPOS=74083846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:29:29:29:0.5:9:20:17:11:9:20:18:11 chr14 74168625 . G A 216.42 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0242356;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.7;QD=13.1161;RBI=0.0313814;REFB=-0.0107661;REVB=-0.0199356;RO=40;SAF=10;SAR=16;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098152;STB=0.556311;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0189488;OID=.;OPOS=74168625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:40:40:26:26:0.393939:16:10:19:21:16:10:19:21 chr14 74184060 . A C 66.21 PASS AF=0.146067;AO=13;DP=89;FAO=13;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.0238635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.678;QD=2.97595;RBI=0.0301516;REFB=-0.00673253;REVB=-0.0184296;RO=75;SAF=7;SAR=6;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230417;STB=0.510401;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0442886;OID=.;OPOS=74184060;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:89:89:75:76:13:13:0.146067:6:7:39:36:6:7:40:36 chr14 74186068 . GT G 267.55 PASS AF=0.472;AO=106;DP=251;FAO=118;FDP=250;FR=.;FRO=132;FSAF=72;FSAR=46;FSRF=78;FSRR=54;FWDB=-0.00812152;FXX=0.00398391;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.36507;QD=4.28077;RBI=0.0403034;REFB=-0.0564982;REVB=-0.0394766;RO=106;SAF=65;SAR=41;SRF=63;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180141;STB=0.510637;STBP=0.763;TYPE=del;VARB=0.0537739;OID=.;OPOS=74186069;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472:106:251:118:250:132:72:46:78:54:99:106:65:41:63:43 chr14 74196686 . T C 402.34 PASS AF=0.422018;AO=45;DP=108;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0136367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.955;QD=14.7648;RBI=0.0151184;REFB=-0.0211877;REVB=0.00652724;RO=63;SAF=23;SAR=22;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095717;STB=0.559607;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0283116;OID=.;OPOS=74196686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:63:63:45:46:0.422018:22:23:38:25:23:23:38:25 chr14 74196844 . T C 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0152121;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.569;QD=10.1856;RBI=0.0186357;REFB=-0.00103753;REVB=0.0107648;RO=34;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132023;STB=0.579601;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00217361;OID=.;OPOS=74196844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:10:5:15:19:10:5:15:19 chr14 74196872 . G C 121.55 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00332731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.17;QD=10.8047;RBI=0.00692539;REFB=-0.0109835;REVB=-0.00607372;RO=30;SAF=3;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253874;STB=0.602595;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0209014;OID=.;OPOS=74196872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:30:30:14:15:0.333333:11:3:12:18:11:4:12:18 chr14 74203789 . G A 315.57 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0385231;FXX=0.039208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6632;QD=25.7609;RBI=0.0530069;REFB=0.0397241;REVB=-0.0364102;RO=19;SAF=9;SAR=21;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136387;STB=0.57529;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.0258224;OID=.;OPOS=74203789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:19:19:30:30:0.612245:21:9:9:10:21:9:9:10 chr14 74203983 . T G 308.37 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00447028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.965;QD=17.1319;RBI=0.0126707;REFB=-0.0188515;REVB=-0.0118559;RO=37;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239919;STB=0.513881;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0273088;OID=.;OPOS=74203983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:37:38:33:34:0.472222:17:16:17:20:17:17:18:20 chr14 74206481 . T C 103.16 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0230164;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7974;QD=9.37853;RBI=0.02303;REFB=-0.025288;REVB=0.000789467;RO=30;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120665;STB=0.583207;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0336052;OID=.;OPOS=74206481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:30:31:13:13:0.295455:6:7:13:17:6:7:13:18 chr14 74206658 . G A 131.18 PASS AF=0.7;AO=9;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0112023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.366;QD=26.2367;RBI=0.0289816;REFB=0.00196411;REVB=0.026729;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152681;STB=0.507801;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.000424149;OID=.;OPOS=74206658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:9:14:0.7:4:5:2:4:9:5:2:4 chr14 74324807 . G A 363.11 PASS AF=0.475;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0180976;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.7753;QD=18.1553;RBI=0.0368369;REFB=0.0124103;REVB=-0.0320848;RO=41;SAF=21;SAR=17;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101059;STB=0.548362;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.015725;OID=.;OPOS=74324807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:41:42:38:38:0.475:17:21:27:14:17:21:27:15 chr14 74489735 . G A 877.03 PASS AF=0.578571;AO=79;DP=139;FAO=81;FDP=140;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.015784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.846;QD=25.058;RBI=0.0197756;REFB=-0.0204144;REVB=-0.0119138;RO=59;SAF=34;SAR=45;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088382;STB=0.552141;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0125058;OID=.;OPOS=74489735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:59:59:79:81:0.578571:45:34:32:27:47:34:32:27 chr14 74514674 . A T 511.91 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.000977564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.658;QD=19.6887;RBI=0.0118121;REFB=-0.00680958;REVB=-0.0117716;RO=50;SAF=31;SAR=22;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128056;STB=0.575508;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00653904;OID=.;OPOS=74514674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:51:53:53:0.509615:22:31:22:28:22:31:22:29 chr14 74516860 . C T 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00428079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.639;QD=9.56964;RBI=0.0255776;REFB=-0.00775017;REVB=-0.0252168;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43557;STB=0.765308;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.011446;OID=.;OPOS=74516860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:2:6:5:10:2:6:5:10 chr14 74539324 . AC A,AA 222.87 PASS AF=0.75,0;AO=13,13;DP=46;FAO=21,0;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=9,0;FSAR=12,0;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00955289,0.00385621;FXX=0.0344709;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.09,214.967;QD=31.8381;RBI=0.00966075,0.00478026;REFB=-0.017408,-0.0141553;REVB=-0.00143962,-0.00282498;RO=19;SAF=7,8;SAR=6,5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0960223,-0.0174255;STB=0.536048,0.5;STBP=0.485,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00209009,-0.00816295;OID=.,.;OPOS=74539325,74539325;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75,0:13,13:46:21,0:28:7:9,0:12,0:4:3:45:19:7,8:6,5:12:7 chr14 74759006 . C T 227.47 PASS AF=0.402985;AO=25;DP=65;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0867993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.489;QD=13.5801;RBI=0.0871593;REFB=0.00242342;REVB=-0.00791438;RO=40;SAF=17;SAR=8;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248731;STB=0.502644;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.00329317;OID=.;OPOS=74759006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:40:40:25:27:0.402985:8:17:28:12:8:19:28:12 chr14 74759301 . G T 142.68 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0177532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.691;QD=22.8287;RBI=0.0816616;REFB=-0.0219037;REVB=0.0797085;RO=10;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520923;STB=0.529372;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0145129;OID=.;OPOS=74759301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:5:10:6:4:5:10:6:4 chr14 74759477 . C T 559.18 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.012007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1871;QD=20.5203;RBI=0.0139279;REFB=-0.00143334;REVB=0.00705833;RO=50;SAF=33;SAR=24;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118583;STB=0.565447;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00131681;OID=.;OPOS=74759477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:50:52:57:57:0.522936:24:33:22:28:24:33:23:29 chr14 74766352 . A G 371.51 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.054761;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4783;QD=17.2797;RBI=0.0571371;REFB=0.00436028;REVB=0.0163058;RO=47;SAF=18;SAR=21;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12039;STB=0.567239;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00464586;OID=.;OPOS=74766352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:47:47:39:39:0.453488:21:18:16:31:21:18:16:31 chr14 74874309 . C T 235.1 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.00278176;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.717;QD=10.8092;RBI=0.0138813;REFB=-0.00798368;REVB=-0.0135997;RO=58;SAF=15;SAR=14;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138008;STB=0.580056;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0337764;OID=.;OPOS=74874309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:58:58:29:29:0.333333:14:15:23:35:14:15:23:35 chr14 74876181 . T G 543.0 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0205354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7528;QD=18.4068;RBI=0.0401295;REFB=-0.0147096;REVB=-0.0344771;RO=60;SAF=37;SAR=20;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814007;STB=0.541678;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0203913;OID=.;OPOS=74876181;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:60:61:57:57:0.483051:20:37:34:26:20:37:35:26 chr14 75159007 . G A 585.51 PASS AF=0.531532;AO=59;DP=110;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0603372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2193;QD=21.0993;RBI=0.0605862;REFB=-0.00657391;REVB=-0.00548746;RO=51;SAF=33;SAR=26;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421496;STB=0.518957;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00690813;OID=.;OPOS=75159007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:51:52:59:59:0.531532:26:33:26:25:26:33:27:25 chr14 75179734 . C G 652.99 PASS AF=0.561404;AO=64;DP=114;FAO=64;FDP=114;FR=.;FRO=50;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0471841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6355;QD=22.9118;RBI=0.052576;REFB=-0.0106079;REVB=0.0231927;RO=49;SAF=42;SAR=22;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15525;STB=0.581289;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00923586;OID=.;OPOS=75179734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:49:50:64:64:0.561404:22:42:23:26:22:42:24:26 chr14 75245368 . C T 306.61 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0478025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6017;QD=18.0358;RBI=0.0709607;REFB=-0.0246883;REVB=0.0524437;RO=35;SAF=16;SAR=17;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212753;STB=0.618082;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0283716;OID=.;OPOS=75245368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:17:16:9:26:17:16:9:26 chr14 75248669 . G T 173.8 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00930689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.5329;QD=18.2942;RBI=0.00932816;REFB=-0.00317307;REVB=-0.000629654;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179615;STB=0.519978;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00070339;OID=.;OPOS=75248669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:20:18:18:0.473684:6:12:13:6:6:12:14:6 chr14 75279395 . T A 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00956273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.744;QD=63.1952;RBI=0.0388798;REFB=0;REVB=0.0376854;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69591e-05;OID=.;OPOS=75279395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:41:51:0:0:41:51:0:0 chr14 75359670 . G A 174.19 PASS AF=0.269663;AO=24;DP=90;FAO=24;FDP=89;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=45;FWDB=-0.00711916;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.653;QD=7.82878;RBI=0.0175473;REFB=-0.0064382;REVB=-0.0160382;RO=64;SAF=10;SAR=14;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113603;STB=0.584092;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0247139;OID=.;OPOS=75359670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:64:65:24:24:0.269663:14:10:21:43:14:10:20:45 chr14 75373245 . A G 179.82 PASS AF=0.303797;AO=24;DP=79;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.00433868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.311;QD=9.10457;RBI=0.0178248;REFB=-0.00612402;REVB=-0.0172887;RO=55;SAF=11;SAR=13;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207956;STB=0.622171;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.015629;OID=.;OPOS=75373245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:55:55:24:24:0.303797:13:11:35:20:13:11:35:20 chr14 75373475 . T C 182.12 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00899099;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.648;QD=9.84455;RBI=0.0133592;REFB=-0.00402146;REVB=-0.00988076;RO=48;SAF=18;SAR=6;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241702;STB=0.658949;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00783176;OID=.;OPOS=75373475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:50:24:24:0.324324:6:18:27:21:6:18:27:23 chr14 75386576 . G A 391.76 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0274909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7332;QD=19.3459;RBI=0.029695;REFB=-0.0431729;REVB=-0.0112269;RO=39;SAF=21;SAR=19;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15098;STB=0.580747;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0483344;OID=.;OPOS=75386576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:39:41:40:40:0.493827:19:21:27:12:19:21:28:13 chr14 75388183 . C T 156.33 PASS AF=0.375;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0388301;FXX=0.0769083;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.173;QD=13.0278;RBI=0.0407902;REFB=-0.0130172;REVB=-0.0124926;RO=33;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140927;STB=0.610988;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.015821;OID=.;OPOS=75388183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:48:33:30:18:18:0.375:7:11:16:17:7:11:13:17 chr14 75412908 . A G 1774.66 PASS AF=1;AO=115;DP=119;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659746;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.623;QD=60.6721;RBI=0.020755;REFB=0;REVB=-0.0196785;RO=0;SAF=64;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000649247;OID=.;OPOS=75412908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:117:0:0:115:117:1:51:64:0:0:51:66:0:0 chr14 75482897 . G A 517.61 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.0139744;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.763;QD=20.1014;RBI=0.0211529;REFB=-0.00675196;REVB=-0.0158795;RO=48;SAF=27;SAR=26;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136374;STB=0.583058;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00869432;OID=.;OPOS=75482897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:48:50:53:53:0.514563:26:27:32:16:26:27:34:16 chr14 75483812 . T C 2084.76 PASS AF=0.971429;AO=136;DP=140;FAO=136;FDP=140;FR=.;FRO=4;FSAF=76;FSAR=60;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0149045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.599;QD=59.5647;RBI=0.0228914;REFB=-0.0631518;REVB=0.0173744;RO=4;SAF=76;SAR=60;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243598;STB=0.512819;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0022082;OID=.;OPOS=75483812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:140:140:4:4:136:136:0.971429:60:76:4:0:60:76:4:0 chr14 75503420 . C T 63.74 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=0.000100765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.544;QD=4.72129;RBI=0.00752437;REFB=-0.00477248;REVB=-0.00752369;RO=40;SAF=6;SAR=4;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245553;STB=0.612698;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0162045;OID=.;OPOS=75503420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:40:44:10:10:0.185185:4:6:31:9:4:6:32:12 chr14 75513883 . T C 1166.8 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0334432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.967;QD=58.34;RBI=0.0696652;REFB=-0.129756;REVB=0.061113;RO=2;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278207;STB=0.507245;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00146539;OID=.;OPOS=75513883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:80:80:2:1:78:79:0.9875:33:45:0:2:34:45:0:1 chr14 75537381 . C T 1134.99 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.029;QD=60.5326;RBI=0.0243104;REFB=0;REVB=0.0236232;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83555e-05;OID=.;OPOS=75537381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:32:43:0:0:32:43:0:0 chr14 75538217 . G T 313.24 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0677643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2919;QD=50.1187;RBI=0.0917204;REFB=-0.148804;REVB=-0.0618113;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526294;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00666513;OID=.;OPOS=75538217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:15:9:0:0:15:9:1:0 chr14 75544470 . T A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00912142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.956;QD=61.684;RBI=0.0187354;REFB=0;REVB=-0.0163651;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80927e-05;OID=.;OPOS=75544470;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr14 75574087 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00848247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.261;QD=58.7816;RBI=0.0169081;REFB=0;REVB=0.0146263;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96627e-05;OID=.;OPOS=75574087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:25:40:0:0:25:40:0:0 chr14 75583942 . C T 115.75 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0208774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.026;QD=8.2679;RBI=0.0209267;REFB=-0.00652597;REVB=-0.00143652;RO=38;SAF=5;SAR=11;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417026;STB=0.745477;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0100609;OID=.;OPOS=75583942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:38:40:16:16:0.285714:11:5:26:12:11:5:27:13 chr14 75590822 . G A 1513.75 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0857545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.235;QD=59.9504;RBI=0.087189;REFB=0;REVB=0.0157506;RO=0;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263378;OID=.;OPOS=75590822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:54:46:0:0:54:47:0:0 chr14 75600697 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.925;QD=54.5164;RBI=0.0287984;REFB=0;REVB=0.0254854;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2785e-05;OID=.;OPOS=75600697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr14 75746690 . C T 384.73 PASS AF=0.679245;AO=35;DP=53;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0149999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.577;QD=29.0365;RBI=0.0479837;REFB=-0.00140921;REVB=0.0455789;RO=17;SAF=13;SAR=22;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168424;STB=0.583817;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0010537;OID=.;OPOS=75746690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:17:17:35:36:0.679245:22:13:11:6:22:14:11:6 chr14 75758885 . A G 847.85 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4423;QD=57.4815;RBI=0.0195673;REFB=0;REVB=0.00722091;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017342;OID=.;OPOS=75758885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:29:29:0:0:30:29:0:0 chr14 75936875 . CTTTTT CTTTTC,C,CTT 319.69 PASS AF=0.285714,0.309524,0.404762;AO=3,6,6;DP=50;FAO=12,13,17;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8,16;FSAR=12,5,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00297541,0.0581118,0.0964177;FXX=0.275815;HRUN=17,17,17;LEN=1,5,3;MLLD=119.315,8.92913,6.68527;QD=30.4468;RBI=0.111172,0.223072,0.369739;REFB=0,0,0;REVB=-0.111132,-0.215369,-0.356946;RO=1;SAF=0,3,6;SAR=3,3,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.727144,-0.123249,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.0401684,0.0988501,-0.108115;OID=.,.,.;OPOS=75936880,75936876,75936876;OREF=T,TTTTT,TTT;OALT=C,-,-;OMAPALT=CTTTTC,C,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.285714,0.309524,0.404762:3,6,6:50:12,13,17:42:0:0,8,16:12,5,1:0:0:61:1:0,3,6:3,3,0:1:0 chr14 76045362 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.32032e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.732;QD=58.5877;RBI=0.0169869;REFB=0;REVB=0.0169868;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17803e-05;OID=.;OPOS=76045362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr14 76045858 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00225867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.889;QD=48.7373;RBI=0.0422496;REFB=0;REVB=0.0421892;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336044;OID=.;OPOS=76045858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr14 76045963 . C G 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00332501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9053;QD=56.1826;RBI=0.018965;REFB=0;REVB=-0.0186712;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000356275;OID=.;OPOS=76045963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr14 76156609 . C T 213.44 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0162609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.562;QD=16.1089;RBI=0.0198163;REFB=-0.000893654;REVB=0.0113256;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509426;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00162671;OID=.;OPOS=76156609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:29:24:24:0.45283:12:12:13:13:12:12:14:15 chr14 76175565 . C A 263.39 PASS AF=0.418919;AO=30;DP=75;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0152471;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.845;QD=14.2373;RBI=0.0159801;REFB=-0.0091366;REVB=-0.00478428;RO=43;SAF=19;SAR=11;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245695;STB=0.625569;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0128946;OID=.;OPOS=76175565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:43:43:30:31:0.418919:11:19:17:26:12:19:17:26 chr14 76175594 . G A 341.84 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.00909792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.588;QD=18.478;RBI=0.0105925;REFB=0.0011629;REVB=0.00542484;RO=38;SAF=20;SAR=16;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21816;STB=0.621237;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00173206;OID=.;OPOS=76175594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:16:20:12:26:16:20:12:26 chr14 76330181 . G A 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.184;QD=58.2429;RBI=0.0318863;REFB=0.0620091;REVB=0.0258607;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028395;STB=0.515144;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0010275;OID=.;OPOS=76330181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:23:16:1:0:23:16:1:0 chr14 76368544 . T C 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00944449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.131;QD=19.6663;RBI=0.0152363;REFB=-0.00798371;REVB=0.011956;RO=32;SAF=20;SAR=14;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158712;STB=0.588183;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00755332;OID=.;OPOS=76368544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:14:20:13:19:14:20:13:19 chr14 76619167 . A C 286.33 PASS AF=0.553191;AO=20;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0119906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.443;QD=24.3685;RBI=0.0204632;REFB=-0.000254891;REVB=-0.0165821;RO=17;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592807;STB=0.502511;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.000275066;OID=.;OPOS=76619167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:21:20:26:0.553191:8:12:9:8:11:15:12:9 chr14 76621252 . C T 146.25 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0127041;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.172;QD=10.2632;RBI=0.01281;REFB=-0.00282448;REVB=-0.00164307;RO=37;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203266;STB=0.624644;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00562553;OID=.;OPOS=76621252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:37:38:19:19:0.333333:10:9:11:26:10:9:11:27 chr14 76662446 . C T 302.79 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.0881403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8431;QD=17.0584;RBI=0.0903403;REFB=-0.025633;REVB=-0.0198154;RO=37;SAF=8;SAR=25;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439941;STB=0.75221;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0134929;OID=.;OPOS=76662446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:25:8:26:11:25:8:27:11 chr14 76777257 . C T 75.6 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0544408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3697;QD=11.6303;RBI=0.0551243;REFB=-0.00711166;REVB=-0.0086533;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875907;STB=0.552523;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0174679;OID=.;OPOS=76777257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:6:10:7:3:6:10 chr14 76957887 . T C 1510.67 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0075322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2945;QD=63.6071;RBI=0.00755173;REFB=0;REVB=-0.00054272;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48303e-05;OID=.;OPOS=76957887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:45:50:0:0:45:50:0:0 chr14 77236380 . C T 486.24 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0125029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.949;QD=21.3733;RBI=0.0209741;REFB=-0.000190949;REVB=-0.0168402;RO=44;SAF=18;SAR=29;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610406;STB=0.533654;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.000128847;OID=.;OPOS=77236380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:29:18:14:30:29:18:14:30 chr14 77245286 . C T 3383.34 PASS AF=0.986486;AO=218;DP=223;FAO=219;FDP=222;FR=.;FRO=3;FSAF=102;FSAR=117;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0712392;FXX=0.00892817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1744;QD=60.9611;RBI=0.0749904;REFB=-0.173249;REVB=0.0234211;RO=2;SAF=101;SAR=117;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000639099;STB=0.501798;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00213668;OID=.;OPOS=77245286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:223:222:2:3:218:219:0.986486:117:101:1:1:117:102:1:2 chr14 77269788 . A C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.498;QD=57.2021;RBI=0.033769;REFB=0;REVB=0.0258917;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185774;OID=.;OPOS=77269788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr14 77293072 . C A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.357;QD=48.7373;RBI=0.0291738;REFB=0;REVB=0.0265444;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017743;OID=.;OPOS=77293072;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr14 77294876 . T C 771.88 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131455;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.041;QD=64.323;RBI=0.0145629;REFB=0;REVB=0.00626693;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77248e-05;OID=.;OPOS=77294876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr14 77332367 . C T 1527.21 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00856945;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.614;QD=58.1793;RBI=0.0235582;REFB=-0.116769;REVB=0.0219443;RO=0;SAF=33;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503496;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.000318256;OID=.;OPOS=77332367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:0:1:103:104:0.990476:70:33:0:0:71:33:0:1 chr14 77336521 . G A 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0158269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.411;QD=24.3901;RBI=0.0162855;REFB=-0.00664372;REVB=-0.00383749;RO=14;SAF=15;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990445;STB=0.555497;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00488471;OID=.;OPOS=77336521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:5:15:9:5:5:15:9:5 chr14 77492891 . G A 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0118204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.612;QD=12.7979;RBI=0.0190925;REFB=-0.0150857;REVB=0.0149934;RO=39;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133823;STB=0.560594;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0195325;OID=.;OPOS=77492891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:39:41:26:26:0.38806:12:14:16:23:12:14:18:23 chr14 77494682 . G A 247.79 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0688751;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2914;QD=11.6606;RBI=0.0775502;REFB=0.0254669;REVB=0.0356407;RO=55;SAF=16;SAR=14;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272045;STB=0.515713;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.0129419;OID=.;OPOS=77494682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:55:30:30:0.352941:14:16:28:27:14:16:28:27 chr14 77697967 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00463036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.011;QD=60.5471;RBI=0.0565901;REFB=0;REVB=-0.0564003;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000333636;OID=.;OPOS=77697967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr14 77703057 . A G 187.74 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.00246961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.179;QD=13.9067;RBI=0.0144481;REFB=-0.00936203;REVB=-0.0142355;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257643;STB=0.653335;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0202879;OID=.;OPOS=77703057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:32:22:22:0.407407:12:10:22:9:12:10:23:9 chr14 77708804 . C T 294.92 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00346034;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.517;QD=27.4347;RBI=0.0275661;REFB=-0.0450563;REVB=-0.027348;RO=17;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00650637;STB=0.503594;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0245672;OID=.;OPOS=77708804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:17:17:26:26:0.604651:14:12:8:9:14:12:8:9 chr14 77745193 . A C 1339.69 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00464375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.224;QD=62.311;RBI=0.00655493;REFB=0;REVB=0.0046263;RO=0;SAF=35;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59381e-05;OID=.;OPOS=77745193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:51:35:0:0:51:35:0:0 chr14 77746112 . T C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=7;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0370702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6218;QD=14.1693;RBI=0.0396685;REFB=0.000266113;REVB=-0.0141205;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116701;STB=0.617401;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00465383;OID=.;OPOS=77746112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:7:10:0.454545:3:4:5:6:3:7:6:6 chr14 77746812 . T C 315.9 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0174612;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.758;QD=19.7437;RBI=0.0237069;REFB=-0.0175657;REVB=0.016035;RO=31;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552866;STB=0.530729;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0165892;OID=.;OPOS=77746812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:17:16:17:14:17:16:17:14 chr14 77751925 . C T 1576.5 PASS AF=0.990741;AO=105;DP=107;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7417;QD=58.3889;RBI=0.0151817;REFB=0.130488;REVB=-0.00753272;RO=1;SAF=54;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921453;STB=0.504761;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00152958;OID=.;OPOS=77751925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:108:1:1:105:107:0.990741:51:54:0:1:52:55:0:1 chr14 77787695 . G T 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00696379;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.352;QD=21.5108;RBI=0.01041;REFB=-0.0351625;REVB=0.00773779;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807503;STB=0.545404;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0310457;OID=.;OPOS=77787695;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:9:9:9:6:9:9:9:6 chr14 77793207 . G A 1208.89 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.61;QD=61.2095;RBI=0.0222076;REFB=0;REVB=0.0143632;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13364e-05;OID=.;OPOS=77793207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:44:35:0:0:44:35:0:0 chr14 77794283 . T C 1541.41 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408804;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1884;QD=59.8608;RBI=0.051147;REFB=0;REVB=-0.0307377;RO=0;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20556e-05;OID=.;OPOS=77794283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:49:54:0:0:49:54:0:0 chr14 77796641 . G A 1421.13 PASS AF=0.958763;AO=93;DP=97;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.102745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0785;QD=58.6033;RBI=0.102749;REFB=-0.137993;REVB=0.000933434;RO=3;SAF=34;SAR=59;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00205988;STB=0.505954;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00460171;OID=.;OPOS=77796641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:97:97:3:4:93:93:0.958763:59:34:1:2:59:34:2:2 chr14 77809721 . C T 182.94 PASS AF=0.284091;AO=24;DP=87;FAO=25;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.0563996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9464;QD=8.31528;RBI=0.0572581;REFB=-0.00149707;REVB=0.00987812;RO=63;SAF=14;SAR=10;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065154;STB=0.555097;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00824863;OID=.;OPOS=77809721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:63:63:24:25:0.284091:10:14:40:23:11:14:40:23 chr14 77857368 . G A 301.3 PASS AF=0.300752;AO=40;DP=133;FAO=40;FDP=133;FR=.;FRO=93;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=61;FSRR=32;FWDB=-0.0554005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3794;QD=9.06159;RBI=0.0768491;REFB=-0.00716163;REVB=-0.0532595;RO=93;SAF=14;SAR=26;SRF=61;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35443;STB=0.705913;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0128958;OID=.;OPOS=77857368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:93:93:40:40:0.300752:26:14:61:32:26:14:61:32 chr14 77873117 . G T 470.89 PASS AF=0.440678;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=0.0028721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.767;QD=15.9624;RBI=0.0029969;REFB=-0.0170765;REVB=0.00085583;RO=66;SAF=24;SAR=28;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143774;STB=0.58028;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0262961;OID=.;OPOS=77873117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:66:66:52:52:0.440678:28:24:40:26:28:24:40:26 chr14 77926011 . C T 1171.88 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0609085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2621;QD=60.8768;RBI=0.0705448;REFB=0;REVB=-0.035591;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00077636;OID=.;OPOS=77926011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:31:46:0:0:31:46:0:0 chr14 77928525 . A G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00989578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7399;QD=57.1054;RBI=0.0145126;REFB=0;REVB=0.0106155;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133855;OID=.;OPOS=77928525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr14 77935520 . G A 1148.72 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0891652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.266;QD=59.6739;RBI=0.0894784;REFB=0;REVB=-0.00748042;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000862913;OID=.;OPOS=77935520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:42:34:0:0:42:35:0:0 chr14 77942364 . C T 83.1 PASS AF=0.305556;AO=10;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.00879533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.402;QD=9.23314;RBI=0.0251111;REFB=-0.0051283;REVB=-0.0235205;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=19;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407145;STB=0.654203;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0313952;OID=.;OPOS=77942364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:36:36:21:25:10:11:0.305556:4:6:19:2:5:6:19:6 chr14 77948666 . G A 171.26 PASS AF=0.258065;AO=24;DP=92;FAO=24;FDP=93;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0145201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.103;QD=7.36606;RBI=0.0168936;REFB=-0.00886841;REVB=-0.0086348;RO=67;SAF=14;SAR=10;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752838;STB=0.535489;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0246385;OID=.;OPOS=77948666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:67:69:24:24:0.258065:10:14:35:32:10:14:37:32 chr14 77951124 . C T 1015.97 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0175255;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.423;QD=58.0554;RBI=0.0247886;REFB=-0.14646;REVB=0.0175309;RO=1;SAF=32;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145434;STB=0.50769;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000417305;OID=.;OPOS=77951124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:70:1:1:69:69:0.985714:37:32:1:0:37:32:1:0 chr14 77976325 . T C 693.5 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158765;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.811;QD=63.0453;RBI=0.0224736;REFB=0;REVB=0.0159059;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135846;OID=.;OPOS=77976325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr14 77987958 . C A 728.78 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.991;QD=57.1589;RBI=0.0316654;REFB=0;REVB=-0.0293391;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.91848e-05;OID=.;OPOS=77987958;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr14 78014103 . G A 117.22 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0316099;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.04;QD=19.5368;RBI=0.0326202;REFB=-0.0260045;REVB=0.00805566;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156207;STB=0.602692;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0180613;OID=.;OPOS=78014103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:24:24:10:11:13:13:0.541667:5:8:8:2:5:8:9:2 chr14 78028803 . A G 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.499;QD=56.1865;RBI=0.0232956;REFB=0;REVB=-0.00960351;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201024;OID=.;OPOS=78028803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr14 78174473 . A C 1430.66 PASS AF=1;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350205;FXX=0.0425487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1938;QD=63.5849;RBI=0.0662401;REFB=0;REVB=-0.0562255;RO=0;SAF=32;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22643e-05;OID=.;OPOS=78174473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:93:90:0:0:90:90:1:58:32:0:0:58:32:0:0 chr14 78184566 . C A 1115.94 PASS AF=1;AO=69;DP=90;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155655;FXX=0.211088;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.702;QD=62.8698;RBI=0.0158794;REFB=0;REVB=0.00314143;RO=0;SAF=17;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00405732;OID=.;OPOS=78184566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:90:71:0:0:69:71:1:52:17:0:0:53:18:0:0 chr14 78197365 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.141;QD=62.022;RBI=0.0456781;REFB=0;REVB=0.0272381;RO=0;SAF=32;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43371e-05;OID=.;OPOS=78197365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:10:32:0:0:10:32:0:0 chr14 78287414 . T C 1097.82 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0503644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.823;QD=56.2987;RBI=0.0642099;REFB=-0.126626;REVB=0.0398288;RO=3;SAF=21;SAR=54;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00479708;STB=0.502537;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00224786;OID=.;OPOS=78287414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:3:3:75:75:0.961538:54:21:1:2:54:21:1:2 chr14 78366933 . G GAAC 67.45 PASS AF=0.875;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000545731;FXX=0.27248;HRUN=2;LEN=3;MLLD=238.161;QD=33.7239;RBI=0.0205784;REFB=-0.00511052;REVB=-0.0205711;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202067;STB=0.54533;STBP=0.649;TYPE=ins;VARB=0.000220544;OID=.;OPOS=78366934;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=GAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:7:12:7:8:1:2:5:0:1:8:3:2:5:0:3 chr14 78366967 . A G 191.19 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0636211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8358;QD=47.7965;RBI=0.114304;REFB=0;REVB=-0.094962;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00715993;OID=.;OPOS=78366967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr14 78710044 . G A 994.23 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0318519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.444;QD=57.6366;RBI=0.0401782;REFB=-0.0476559;REVB=0.0244897;RO=1;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011966;STB=0.506327;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00027267;OID=.;OPOS=78710044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:39:29:0:1:39:29:0:1 chr14 79081400 . T C 736.15 PASS AF=0.407767;AO=84;DP=206;FAO=84;FDP=206;FR=.;FRO=122;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=55;FSRR=67;FWDB=0.0560419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.605;QD=14.2943;RBI=0.0561072;REFB=-0.0106836;REVB=0.00270586;RO=122;SAF=42;SAR=42;SRF=55;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519734;STB=0.529119;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0164268;OID=.;OPOS=79081400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:122:122:84:84:0.407767:42:42:55:67:42:42:55:67 chr14 79270093 . G A 766.96 PASS AF=0.510345;AO=74;DP=145;FAO=74;FDP=145;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=0.014565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.231;QD=21.1575;RBI=0.042915;REFB=-0.0184127;REVB=-0.0403678;RO=71;SAF=32;SAR=42;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476655;STB=0.526188;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0157276;OID=.;OPOS=79270093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:71:71:74:74:0.510345:42:32:27:44:42:32:27:44 chr14 79933569 . G A 121.0 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00867637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.077;QD=7.01423;RBI=0.037501;REFB=-0.0152308;REVB=0.0364835;RO=51;SAF=10;SAR=8;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0080151;STB=0.504881;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0451528;OID=.;OPOS=79933569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:51:51:18:18:0.26087:8:10:28:23:8:10:28:23 chr14 80669580 . T C 401.48 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00515099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.895;QD=18.8931;RBI=0.00602488;REFB=-0.0208183;REVB=-0.00312514;RO=44;SAF=17;SAR=24;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059244;STB=0.533005;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0247001;OID=.;OPOS=80669580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:24:17:21:23:24:17:21:23 chr14 80963383 . A AGC 282.91 PASS AF=0.405063;AO=27;DP=91;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0047895;FXX=0.0705799;HRUN=0;LEN=2;MLLD=291.261;QD=14.3246;RBI=0.00493495;REFB=0.00374671;REVB=-0.00118929;RO=58;SAF=15;SAR=12;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986487;STB=0.587535;STBP=0.233;TYPE=ins;VARB=-0.00651214;OID=.;OPOS=80963384;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.405063:27:91:32:79:47:15:17:29:18:99:58:15:12:37:21 chr14 81251255 . T C 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0112342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.622;QD=24.1067;RBI=0.0264193;REFB=-0.0104683;REVB=0.0239117;RO=19;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169832;STB=0.594516;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00975765;OID=.;OPOS=81251255;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:14:10:12:7:14:10:12:7 chr14 81259399 . C T 116.73 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.051055;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.413;QD=8.48929;RBI=0.0522111;REFB=-0.00375896;REVB=-0.0109266;RO=40;SAF=5;SAR=11;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283811;STB=0.663365;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00634053;OID=.;OPOS=81259399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:40:39:16:16:0.290909:11:5:22:18:11:5:21:18 chr14 81380676 . G A 137.11 PASS AF=0.162651;AO=27;DP=167;FAO=27;FDP=166;FR=.;FRO=139;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=67;FSRR=72;FWDB=-0.0575349;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.176;QD=3.30396;RBI=0.0586434;REFB=-0.00665316;REVB=-0.0113483;RO=138;SAF=12;SAR=15;SRF=66;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434761;STB=0.531605;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0294067;OID=.;OPOS=81380676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:138:139:27:27:0.162651:15:12:66:72:15:12:67:72 chr14 81562998 . T C 315.32 PASS AF=0.364486;AO=39;DP=107;FAO=39;FDP=107;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0165628;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8235;QD=11.7878;RBI=0.0234333;REFB=0.00328775;REVB=0.0165769;RO=68;SAF=21;SAR=18;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100909;STB=0.505777;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.00556737;OID=.;OPOS=81562998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:68:68:39:39:0.364486:18:21:36:32:18:21:36:32 chr14 81610583 . G C 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000265047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3995;QD=59.8357;RBI=0.013483;REFB=0;REVB=-0.0134804;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000191441;OID=.;OPOS=81610583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr14 81744736 . A G 477.89 PASS AF=0.468468;AO=51;DP=109;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0755038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2585;QD=17.2214;RBI=0.0800599;REFB=-0.0229891;REVB=-0.0266228;RO=58;SAF=12;SAR=39;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223646;STB=0.624948;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.029564;OID=.;OPOS=81744736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:58:59:51:52:0.468468:39:12:25:33:40:12:25:34 chr14 81945992 . G A 294.86 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00672389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.155;QD=12.82;RBI=0.0213659;REFB=-0.0135433;REVB=-0.0202803;RO=57;SAF=21;SAR=13;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177858;STB=0.607263;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0143169;OID=.;OPOS=81945992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:57:58:34:34:0.369565:13:21:26:31:13:21:26:32 chr14 85996082 . TG T 146.27 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=107;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=0.086889;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.3632;QD=5.41732;RBI=0.131896;REFB=0.0125976;REVB=0.099231;RO=54;SAF=22;SAR=20;SRF=37;SRR=17;SSEN=0.30303;SSEP=0;SSSB=-0.164174;STB=0.560412;STBP=0.354;TYPE=del;VARB=0.0120217;OID=.;OPOS=85996083;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:42:107:42:108:66:24:18:44:22:99:54:22:20:37:17 chr14 86088056 . T C 1151.29 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.965;QD=60.5943;RBI=0.0261069;REFB=0;REVB=-0.0141913;RO=0;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78567e-05;OID=.;OPOS=86088056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:48:27:0:0:49:27:0:0 chr14 86091415 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00766505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.347;QD=57.237;RBI=0.0432367;REFB=0;REVB=-0.0425518;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000339225;OID=.;OPOS=86091415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr14 86092246 . A G 1532.86 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353768;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5282;QD=63.8692;RBI=0.0804262;REFB=0;REVB=0.0722278;RO=0;SAF=56;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000821823;OID=.;OPOS=86092246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:40:56:0:0:40:56:0:0 chr14 86093344 . C T 1607.12 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.496;QD=64.2847;RBI=0.00375911;REFB=0;REVB=-0.000928354;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84588e-06;OID=.;OPOS=86093344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:53:47:0:0:53:47:0:0 chr14 86093378 . C T 487.25 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=128;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.000455749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.917;QD=15.2266;RBI=0.0114677;REFB=-0.00822059;REVB=0.0114587;RO=74;SAF=33;SAR=21;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171157;STB=0.596118;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0122954;OID=.;OPOS=86093378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:74:74:54:54:0.421875:21:33:33:41:21:33:33:41 chr14 86093921 . TAC T,TACAC 298.57 PASS AF=0.392857,0.178571;AO=18,8;DP=58;FAO=22,10;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=7,1;FSAR=15,9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0252085,-0.0267761;FXX=0.0175408;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=129.301,56.9392;QD=21.3265;RBI=0.0275015,0.062596;REFB=-0.120684,-0.0688665;REVB=-0.0109938,-0.05658;RO=20;SAF=4,1;SAR=14,7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.417034,-0.597084;STB=0.662501,0.888076;STBP=0.044,0.007;TYPE=del,ins;VARB=0.0757566,0.192753;OID=.,.;OPOS=86093922,86093922;OREF=AC,-;OALT=-,AC;OMAPALT=T,TACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857,0.178571:18,8:58:22,10:56:24:7,1:15,9:15:9:99:20:4,1:14,7:13:7 chr14 86094035 . G A 536.07 PASS AF=0.604938;AO=49;DP=81;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00692079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3871;QD=26.4725;RBI=0.0119806;REFB=0.0384866;REVB=-0.00977949;RO=32;SAF=17;SAR=32;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705119;STB=0.538529;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.0265948;OID=.;OPOS=86094035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:32:32:49:49:0.604938:32:17:14:18:32:17:14:18 chr14 88400353 . C T 308.41 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00170248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.205;QD=18.4127;RBI=0.0176988;REFB=0.00883937;REVB=0.0176167;RO=34;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961915;STB=0.553701;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.0257317;OID=.;OPOS=88400353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:19:14:18:16:19:14:18:16 chr14 88400449 . TG CA,CG 951.13 PASS AF=0.507463,0.492537;AO=34,33;DP=67;FAO=34,33;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=16,19;FSAR=18,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00934011,0.0287424;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=141.653,92.3903;QD=56.7838;RBI=0.0174022,0.0633802;REFB=0,0;REVB=0.0146833,0.0564882;RO=0;SAF=16,19;SAR=18,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.71297e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.022147,-0.00214199;OID=.,.;OPOS=88400449,88400449;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:67:67:0:0:34,33:34,33:0.507463,0.492537:18,14:16,19:0:0:18,14:16,19:0:0 chr14 88400486 . A G 301.87 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0125399;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.711;QD=19.1665;RBI=0.0129685;REFB=-0.00294386;REVB=-0.00330649;RO=31;SAF=18;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980847;STB=0.554638;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00171296;OID=.;OPOS=88400486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:31:31:32:32:0.507937:14:18:14:17:14:18:14:17 chr14 88401213 . T C 631.95 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2833;QD=61.6532;RBI=0.167365;REFB=0;REVB=0.164638;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207283;OID=.;OPOS=88401213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr14 88407875 . T A 1695.22 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.954;QD=60.5436;RBI=0.0319565;REFB=0;REVB=0.00901802;RO=0;SAF=66;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69419e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25968e-05;OID=.;OPOS=88407875;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:112:0:0:109:112:1:43:66:0:0:45:67:0:0 chr14 88407888 . A G 465.57 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=0.0650668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4003;QD=17.7361;RBI=0.0661907;REFB=-0.0123761;REVB=0.0121461;RO=55;SAF=29;SAR=21;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731726;STB=0.540578;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0229548;OID=.;OPOS=88407888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:21:29:36:19:21:29:36:19 chr14 88411947 . T C 2336.94 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00949216;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2207;QD=61.0965;RBI=0.0400349;REFB=0;REVB=0.0388933;RO=0;SAF=97;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6896e-05;OID=.;OPOS=88411947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:153:0:0:153:153:1:56:97:0:0:56:97:0:0 chr14 88412062 . CTA ACT,CAT,CT 30.46 PASS AF=0.00900901,0,0.144144;AO=7,4,17;DP=113;FAO=1,0,16;FDP=111;FR=.;FRO=94;FSAF=0,0,7;FSAR=1,0,9;FSRF=58;FSRR=36;FWDB=0.042535,0.00276672,0.125666;FXX=0.0347796;HRUN=1,1,6;LEN=3,2,1;MLLD=26.2813,140.691,7.74506;QD=1.09758;RBI=0.11225,0.192532,0.225557;REFB=-0.064161,-0.00709878,-0.167157;REVB=-0.103879,-0.192512,-0.187308;RO=66;SAF=0,0,6;SAR=7,4,11;SRF=54;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.765275,-0.686955,-0.549272;STB=0.992324,0.5,0.649823;STBP=0.255,1,0.201;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=-0.173727,0,0.156067;OID=.,.,.;OPOS=88412062,88412063,88412064;OREF=CTA,TA,A;OALT=ACT,AT,-;OMAPALT=ACT,CAT,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:29:113:111:66:94:7,4,17:1,0,16:0.00900901,0,0.144144:7,4,11:0,0,6:54:12:1,0,9:0,0,7:58:36 chr14 88414211 . G A 417.91 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.00693886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2922;QD=17.4128;RBI=0.0272913;REFB=-0.00395288;REVB=-0.0263944;RO=51;SAF=16;SAR=27;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618182;STB=0.519363;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00469821;OID=.;OPOS=88414211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:53:43:43:0.447917:27:16:16:35:27:16:18:35 chr14 88431898 . C T 260.44 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.033587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3144;QD=18.9409;RBI=0.0392184;REFB=0.0176804;REVB=-0.0202483;RO=27;SAF=4;SAR=24;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302348;STB=0.671856;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0243873;OID=.;OPOS=88431898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:24:4:10:17:24:4:10:17 chr14 88431969 . T C 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0398826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.099;QD=12.4819;RBI=0.0413324;REFB=-0.0204723;REVB=0.0108509;RO=19;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386567;STB=0.732892;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0201575;OID=.;OPOS=88431969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:10:2:9:10:10:2:9:10 chr14 88453422 . AGGA AAGA,AG,AGA,AGAA 590.4 PASS AF=0,0,1,0;AO=2,7,16,27;DP=56;FAO=0,0,51,0;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,12,0;FSAR=0,0,39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418981,0.10908,-0.0316641,-0.210484;FXX=0.0377287;HRUN=2,2,2,2;LEN=1,2,1,1;MLLD=5.39353,12.9948,15.1815,12.0913;QD=46.3055;RBI=0.106157,0.157898,0.15093,0.353987;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0975391,0.114164,-0.147571,-0.284611;RO=0;SAF=0,4,2,8;SAR=2,3,14,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,-4.06954e-08;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0.00420367,-0.128504,0.00807895,0;OID=.,.,.,.;OPOS=88453423,88453424,88453423,88453424;OREF=G,GA,G,G;OALT=A,-,-,A;OMAPALT=AAGA,AG,AGA,AGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1,0:2,7,16,27:56:0,0,51,0:51:0:0,0,12,0:0,0,39,0:0:0:4:0:0,4,2,8:2,3,14,19:0:0 chr14 88477413 . C T 1451.38 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.41;QD=63.1035;RBI=0.0625774;REFB=0;REVB=-0.0508242;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000548793;OID=.;OPOS=88477413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:48:44:0:0:48:44:0:0 chr14 88477882 . A C 448.3 PASS AF=0.511628;AO=43;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0230661;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.205;QD=20.8513;RBI=0.0315948;REFB=-0.00730531;REVB=-0.0215913;RO=42;SAF=28;SAR=15;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980264;STB=0.558297;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00718121;OID=.;OPOS=88477882;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:43:44:0.511628:15:28:23:19:15:29:23:19 chr14 88651825 . A AAC 525.1 PASS AF=0.533898;AO=13;DP=124;FAO=63;FDP=118;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0268762;FXX=0.0406471;HRUN=5;LEN=2;MLLD=102.597;QD=17.8001;RBI=0.0578193;REFB=-0.0229385;REVB=-0.0511932;RO=101;SAF=1;SAR=12;SRF=52;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554457;STB=0.631535;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.029898;OID=.;OPOS=88651826;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533898:13:124:63:118:55:18:45:30:25:99:101:1:12:52:49 chr14 88651826 . A AAC,AC 474.9 PASS AF=0,0.52809;AO=21,21;DP=130;FAO=0,47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=0,25;FSAR=0,22;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0632192,0.113534;FXX=0.0219756;HRUN=5,1;LEN=2,1;MLLD=132.85,137.613;QD=21.344;RBI=0.0653792,0.11374;REFB=-0.0761814,-0.0788539;REVB=-0.0166665,-0.00684605;RO=79;SAF=14,6;SAR=7,15;SRF=27;SRR=52;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.392806,-0.0820183;STB=0.5,0.581913;STBP=1,0.111;TYPE=ins,ins;VARB=0.0625928,0.0719854;OID=.,.;OPOS=88651827,88651827;OREF=-,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AAC,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.52809:21,21:130:0,47:89:42:0,25:0,22:15:27:99:79:14,6:7,15:27:52 chr14 88652389 . C T 2124.44 PASS AF=1;AO=135;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163456;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.995;QD=62.4834;RBI=0.0286054;REFB=0;REVB=0.0234754;RO=1;SAF=79;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00597968;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90153e-05;OID=.;OPOS=88652389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:1:0:135:136:1:56:79:1:0:56:80:0:0 chr14 88693725 . G C 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8016;QD=58.7803;RBI=0.0258652;REFB=0;REVB=-0.0258322;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161239;OID=.;OPOS=88693725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr14 88729823 . G A 110.99 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=70;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0459101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.42;QD=6.34212;RBI=0.0464935;REFB=-0.00638964;REVB=0.00734218;RO=53;SAF=7;SAR=10;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745308;STB=0.546021;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.022224;OID=.;OPOS=88729823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:53:53:17:17:0.242857:10:7:25:28:10:7:25:28 chr14 88792816 . T G 473.28 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=-0.00456098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.814;QD=21.2712;RBI=0.0158921;REFB=-0.00889962;REVB=0.0152235;RO=42;SAF=25;SAR=21;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173121;STB=0.599358;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0117644;OID=.;OPOS=88792816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:43:46:46:0.516854:21:25:31:11:21:25:32:11 chr14 88852279 . TG T,TT 942.22 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=59,6;DP=69;FAO=66,3;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42,1;FSAR=24,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00439249,0.0101944;FXX=0.0142837;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=24.9486,7.86782;QD=54.6215;RBI=0.135222,0.0373785;REFB=0,0;REVB=-0.13515,-0.0359615;RO=0;SAF=39,3;SAR=20,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.289157,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00179699,-0.0112138;OID=.,.;OPOS=88852280,88852280;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.956522,0.0434783:59,6:69:66,3:69:0:42,1:24,2:0:0:11:0:39,3:20,3:0:0 chr14 88862529 . G A 419.51 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0150652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.654;QD=22.9867;RBI=0.0274522;REFB=0.00274984;REVB=-0.0229491;RO=32;SAF=20;SAR=21;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843017;STB=0.546342;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00266636;OID=.;OPOS=88862529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:21:20:19:13:21:20:19:13 chr14 88935925 . A G 771.44 PASS AF=0.401826;AO=88;DP=219;FAO=88;FDP=219;FR=.;FRO=131;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=63;FSRR=68;FWDB=-0.0216235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.102;QD=14.0902;RBI=0.0232873;REFB=-0.00349762;REVB=-0.00864415;RO=131;SAF=44;SAR=44;SRF=63;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203418;STB=0.511413;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00503706;OID=.;OPOS=88935925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:131:131:88:88:0.401826:44:44:63:68:44:44:63:68 chr14 88938652 . A G 489.49 PASS AF=0.428571;AO=54;DP=126;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.0142815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.026;QD=15.5395;RBI=0.0213032;REFB=-0.0243666;REVB=0.0158071;RO=72;SAF=28;SAR=26;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188875;STB=0.510584;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0273716;OID=.;OPOS=88938652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:72:72:54:54:0.428571:26:28:36:36:26:28:36:36 chr14 88946622 . G A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00859645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5614;QD=13.9591;RBI=0.0932278;REFB=0.0273494;REVB=0.0928307;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.597519;STB=0.856121;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.02011;OID=.;OPOS=88946622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:1:6:1:6:1:6:1:6 chr14 89037482 . CT CA,CATT,C 228.18 PASS AF=0.00952381,0.314286,0;AO=4,19,14;DP=108;FAO=1,33,0;FDP=105;FR=.;FRO=71;FSAF=0,26,0;FSAR=1,7,0;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.00263554,-0.00689075,-0.018408;FXX=0.0366939;HRUN=10,0,10;LEN=1,2,1;MLLD=22.9601,24.7863,5.73815;QD=8.69242;RBI=0.176487,0.074084,0.325391;REFB=0.0125228,-0.0161542,0.00130593;REVB=-0.176468,0.0737628,-0.32487;RO=38;SAF=1,15,5;SAR=3,4,9;SRF=20;SRR=18;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.29845,0.338295,-0.203576;STB=0.989918,0.723479,0.5;STBP=0.479,0.008,1;TYPE=snp,ins,del;VARB=0.0611741,0.0543069,0.00883504;OID=.,.,.;OPOS=89037483,89037483,89037483;OREF=T,-,T;OALT=A,AT,-;OMAPALT=CA,CATT,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.00952381,0.314286,0:4,19,14:108:1,33,0:105:71:0,26,0:1,7,0:35:36:99:38:1,15,5:3,4,9:20:18 chr14 89068270 . T C 205.65 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00810533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.201;QD=16.7878;RBI=0.00848013;REFB=-0.00993604;REVB=-0.00249324;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165938;STB=0.594507;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0197986;OID=.;OPOS=89068270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:10:11:10:18:10:11:10:18 chr14 89088266 . C T 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00648962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.369;QD=13.0911;RBI=0.00806005;REFB=-0.0203523;REVB=-0.00478009;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269149;STB=0.657299;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0196698;OID=.;OPOS=89088266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:5:8:7:13:5:8:7:13 chr14 89094243 . G C 773.61 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00718439;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.335;QD=57.3042;RBI=0.00997298;REFB=0;REVB=-0.00691699;RO=0;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303355;OID=.;OPOS=89094243;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:16:37:0:0:16:38:0:0 chr14 89205265 . T C 479.27 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0113457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3086;QD=22.5536;RBI=0.0114262;REFB=-0.0133494;REVB=0.00135373;RO=37;SAF=18;SAR=28;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123135;STB=0.56872;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0163572;OID=.;OPOS=89205265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:37:39:46:46:0.541176:28:18:20:17:28:18:21:18 chr14 89306550 . T C 1525.75 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.449;QD=59.8332;RBI=0.0196481;REFB=0;REVB=0.0109595;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33103e-05;OID=.;OPOS=89306550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:51:51:0:0:51:51:0:0 chr14 89306556 . C T 1568.5 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5007;QD=64.0204;RBI=0.0240752;REFB=0;REVB=-0.0193894;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016302;OID=.;OPOS=89306556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:50:48:0:0:50:48:0:0 chr14 89445481 . C T 476.93 PASS AF=0.5;AO=46;DP=96;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.00921147;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4456;QD=20.2948;RBI=0.0199876;REFB=-0.0493453;REVB=-0.0177385;RO=45;SAF=22;SAR=24;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151141;STB=0.574708;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0440082;OID=.;OPOS=89445481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:45:47:46:47:0.5:24:22:14:31:24:23:16:31 chr14 89627942 . C T 45.87 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.13992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8782;QD=8.7376;RBI=0.155509;REFB=-0.0211381;REVB=-0.0678638;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237013;STB=0.651669;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.030163;OID=.;OPOS=89627942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:6:1:4:10:6:1:4:10 chr14 89750819 . A G 234.29 PASS AF=0.383562;AO=29;DP=74;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.000655779;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.885;QD=12.8376;RBI=0.0352181;REFB=-0.00794728;REVB=0.035212;RO=45;SAF=16;SAR=13;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522716;STB=0.518059;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0136557;OID=.;OPOS=89750819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:45:45:29:28:0.383562:13:16:27:18:12:16:27:18 chr14 89867978 . T C 1671.49 PASS AF=1;AO=109;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9595;QD=59.696;RBI=0.0356906;REFB=0;REVB=0.010578;RO=1;SAF=49;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958916;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122416;OID=.;OPOS=89867978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:1:0:109:112:1:60:49:1:0:60:52:0:0 chr14 89884022 . A C 210.51 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0230843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.771;QD=26.314;RBI=0.0389374;REFB=0.00146591;REVB=0.0313567;RO=12;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125126;STB=0.56955;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.000389351;OID=.;OPOS=89884022;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:8:12:5:7:8:12:5:7 chr14 90095445 . T C 676.14 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.258;QD=61.4671;RBI=0.0187494;REFB=0;REVB=-0.00327995;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484658;OID=.;OPOS=90095445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:20:22:0:0:21:23:0:0 chr14 90178913 . T C 379.55 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150801;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.315;QD=56.2293;RBI=0.0358021;REFB=0;REVB=0.0324713;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226886;OID=.;OPOS=90178913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr14 90178934 . C T 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.0345042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.021;QD=24.1271;RBI=0.0360247;REFB=0.0230252;REVB=0.0103556;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344537;STB=0.689468;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00510674;OID=.;OPOS=90178934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:8:9:11:0:8:9:11:0 chr14 90178992 . G A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00638168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.04;QD=8.3084;RBI=0.0293545;REFB=-0.0389466;REVB=-0.0286524;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200918;STB=0.624688;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0781776;OID=.;OPOS=90178992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:8:10:3:5:8:10 chr14 90303383 . A G 742.31 PASS AF=1;AO=44;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.88;QD=57.1005;RBI=0.0556544;REFB=0;REVB=0.0550997;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67984e-05;OID=.;OPOS=90303383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:44:52:1:23:21:0:0:30:22:0:0 chr14 90303435 . T A 905.46 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157298;FXX=0.0158705;HRUN=5;LEN=1;MLLD=357.606;QD=58.4167;RBI=0.0161412;REFB=0;REVB=0.00362125;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.81558e-06;OID=.;OPOS=90303435;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:33:28:0:0:34:28:0:0 chr14 90303445 . T C 885.6 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.445;QD=58.0723;RBI=0.0115921;REFB=0;REVB=0.00541062;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49268e-05;OID=.;OPOS=90303445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:35:24:0:0:35:26:0:0 chr14 90341494 . G A 1297.3 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5957;QD=61.7762;RBI=0.0516169;REFB=0;REVB=-0.0204503;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197361;OID=.;OPOS=90341494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:47:37:0:0:47:37:0:0 chr14 90398947 . T C 341.72 PASS AF=0.335938;AO=43;DP=128;FAO=43;FDP=128;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=0.003901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.839;QD=10.6789;RBI=0.00390171;REFB=0.00433283;REVB=-7.46654e-05;RO=85;SAF=18;SAR=25;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00581365;STB=0.503354;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.00868645;OID=.;OPOS=90398947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:85:85:43:43:0.335938:25:18:36:49:25:18:36:49 chr14 90730071 . C T 699.09 PASS AF=0.50365;AO=69;DP=136;FAO=69;FDP=137;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.0377472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5141;QD=20.4113;RBI=0.0390801;REFB=0.00410267;REVB=-0.0101194;RO=67;SAF=35;SAR=34;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536796;STB=0.525617;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.00704261;OID=.;OPOS=90730071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:67:68:69:69:0.50365:34:35:38:29:34:35:38:30 chr14 90745422 . T C 448.83 PASS AF=0.408;AO=51;DP=125;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.00250766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.916;QD=14.3626;RBI=0.0173847;REFB=-0.0137398;REVB=-0.0172029;RO=74;SAF=16;SAR=35;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135915;STB=0.576892;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0285676;OID=.;OPOS=90745422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:74:74:51:51:0.408:35:16:32:42:35:16:32:42 chr14 90767607 . C T 1565.75 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5762;QD=59.6475;RBI=0.0272293;REFB=0;REVB=0.0127483;RO=0;SAF=53;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.64966e-05;OID=.;OPOS=90767607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:51:53:0:0:51:54:0:0 chr14 90865462 . C G 1033.41 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0207175;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.885;QD=58.2201;RBI=0.0311881;REFB=-0.0937064;REVB=0.0233128;RO=1;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141118;STB=0.507461;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=6.60419e-05;OID=.;OPOS=90865462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:1:1:70:70:0.985915:33:37:0:1:33:37:0:1 chr14 90871478 . T C 797.51 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00323121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.98;QD=55.0004;RBI=0.0120643;REFB=0.0433415;REVB=0.0116235;RO=1;SAF=33;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140753;STB=0.507244;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000150619;OID=.;OPOS=90871478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:56:57:0.982759:23:33:1:0:23:34:1:0 chr14 91007797 . G A 217.79 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0167092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8694;QD=16.7527;RBI=0.0458118;REFB=0.000760032;REVB=0.0426559;RO=28;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180257;STB=0.601827;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.000689321;OID=.;OPOS=91007797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:10:14:11:17:10:14:11:17 chr14 91084338 . C T 400.1 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0574898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8488;QD=18.609;RBI=0.0795691;REFB=-0.0161354;REVB=0.0550106;RO=45;SAF=18;SAR=23;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262327;STB=0.514623;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0230702;OID=.;OPOS=91084338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:23:18:21:24:23:18:21:24 chr14 91084344 . C T 351.39 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00192861;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.705;QD=17.5693;RBI=0.00223591;REFB=-0.0166778;REVB=-0.00113126;RO=43;SAF=16;SAR=21;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542095;STB=0.530359;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0224332;OID=.;OPOS=91084344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:43:43:37:37:0.4625:21:16:21:22:21:16:21:22 chr14 91123575 . T C 399.67 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249293;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.377;QD=57.0951;RBI=0.0483499;REFB=0;REVB=-0.0414276;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00040898;OID=.;OPOS=91123575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr14 91161862 . C T 3395.87 PASS AF=0.466225;AO=346;DP=753;FAO=352;FDP=755;FR=.;FRO=403;FSAF=210;FSAR=142;FSRF=241;FSRR=162;FWDB=-0.0178966;FXX=0.00132273;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.852;QD=17.9913;RBI=0.0179442;REFB=-0.017034;REVB=-0.00130557;RO=399;SAF=209;SAR=137;SRF=241;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68761e-05;STB=0.50079;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0173471;OID=.;OPOS=91161862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:753:755:399:403:346:352:0.466225:137:209:241:158:142:210:241:162 chr14 91165572 . G A 1607.1 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.142;QD=64.2839;RBI=0.0403789;REFB=0;REVB=0.00247453;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98478e-05;OID=.;OPOS=91165572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:51:49:0:0:51:49:0:0 chr14 91413794 . G A 620.8 PASS AF=0.40113;AO=71;DP=179;FAO=71;FDP=177;FR=.;FRO=106;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=58;FWDB=-0.0105988;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1426;QD=14.0295;RBI=0.0238555;REFB=-0.0173706;REVB=0.0213717;RO=105;SAF=38;SAR=33;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827459;STB=0.549224;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0280008;OID=.;OPOS=91413794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:177:105:106:71:71:0.40113:33:38:48:57:33:38:48:58 chr14 91666162 . G A 376.24 PASS AF=0.535211;AO=37;DP=70;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0137532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.334;QD=21.1964;RBI=0.0247581;REFB=-0.0214318;REVB=0.0205867;RO=33;SAF=18;SAR=19;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243978;STB=0.507039;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0182289;OID=.;OPOS=91666162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:33:33:37:38:0.535211:19:18:17:16:19:19:17:16 chr14 91681888 . G A 210.29 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0341411;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6348;QD=18.2861;RBI=0.0341581;REFB=0.00839406;REVB=-0.00107584;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00364795;STB=0.502073;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.0272676;OID=.;OPOS=91681888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:25:25:21:21:0.456522:11:10:12:13:11:10:12:13 chr14 91700846 . G A 169.39 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.051267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.201;QD=12.0995;RBI=0.101301;REFB=-0.0108153;REVB=0.0873703;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186033;STB=0.593499;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.020443;OID=.;OPOS=91700846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:35:21:21:0.375:9:12:25:9:9:12:25:10 chr14 91701281 . G A 362.76 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00935222;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1886;QD=20.1532;RBI=0.0194432;REFB=-0.0189999;REVB=0.0170462;RO=35;SAF=20;SAR=17;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00204246;STB=0.501133;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0316067;OID=.;OPOS=91701281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:35:35:37:37:0.513889:17:20:19:16:17:20:19:16 chr14 91717214 . C T 650.32 PASS AF=0.542373;AO=64;DP=118;FAO=64;FDP=118;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00906138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.038;QD=22.0449;RBI=0.0143497;REFB=-0.00656359;REVB=0.0111268;RO=54;SAF=35;SAR=29;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701437;STB=0.538449;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00543393;OID=.;OPOS=91717214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:54:54:64:64:0.542373:29:35:25:29:29:35:25:29 chr14 91739081 . A G 865.61 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00899489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.074;QD=57.707;RBI=0.0921639;REFB=0;REVB=0.0917239;RO=0;SAF=57;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05147e-05;OID=.;OPOS=91739081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:3:57:0:0:3:57:0:0 chr14 91739221 . TG CT,T 66.9 PASS AF=0.0172414,0.362069;AO=3,20;DP=59;FAO=1,21;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=0,1;FSAR=1,20;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.000548126,0.0364659;FXX=0.0169463;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=68.7561,9.94553;QD=4.61386;RBI=0.0581493,0.0418758;REFB=-0.00277504,-0.114626;REVB=-0.0581467,-0.0205868;RO=31;SAF=0,1;SAR=3,19;SRF=11;SRR=20;SSEN=0,0.349206;SSEP=0,0;SSSB=-0.487617,-0.582988;STB=0.986816,0.854794;STBP=0.502,0.006;TYPE=mnp,del;VARB=0.143199,0.118821;OID=.,.;OPOS=91739221,91739222;OREF=TG,G;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:67:59:58:31:36:3,20:1,21:0.0172414,0.362069:3,19:0,1:11:20:1,20:0,1:12:24 chr14 91751788 . TC T 126.46 PASS AF=0.5;AO=20;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0715933;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.6375;QD=11.4966;RBI=0.110556;REFB=0.00127262;REVB=-0.0842437;RO=21;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119952;STB=0.546176;STBP=0.5;TYPE=del;VARB=0.00289584;OID=.;OPOS=91751789;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:20:44:22:44:22:9:13:11:11:99:21:7:13:10:11 chr14 91760522 . C T 379.05 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.0110373;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.528;QD=16.1299;RBI=0.0123329;REFB=-0.0127482;REVB=0.00550261;RO=54;SAF=15;SAR=25;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292046;STB=0.663983;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0270061;OID=.;OPOS=91760522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:25:15:36:18:25:15:36:18 chr14 91773568 . T C 577.79 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0169737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.177;QD=24.328;RBI=0.01698;REFB=-0.0148142;REVB=0.000460572;RO=41;SAF=35;SAR=18;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085381;STB=0.553635;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0172347;OID=.;OPOS=91773568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:41:42:53:53:0.557895:18:35:23:18:18:35:23:19 chr14 91883499 . G A 887.54 PASS AF=0.955224;AO=62;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0473086;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.8;QD=52.9877;RBI=0.0474963;REFB=-0.0695396;REVB=-0.00421908;RO=0;SAF=15;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524264;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0010627;OID=.;OPOS=91883499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:67:67:0:3:62:64:0.955224:47:15:0:0:48:16:2:1 chr14 91883967 . G T 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.837;QD=60.975;RBI=0.10423;REFB=0;REVB=0.103502;RO=0;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463866;OID=.;OPOS=91883967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:11:28:0:0:11:28:0:0 chr14 91925027 . G T 1140.67 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00692391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.659;QD=60.0351;RBI=0.0111379;REFB=0;REVB=0.0087243;RO=0;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87056e-06;OID=.;OPOS=91925027;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:76:0:0:70:76:1:26:44:0:0:28:48:0:0 chr14 92084004 . C A,G 773.42 PASS AF=0.0363636,0.963636;AO=2,52;DP=54;FAO=2,53;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=2,26;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00421604,-0.0118231;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=42.5212,78.7992;QD=56.2488;RBI=0.0206269,0.0121117;REFB=0,0;REVB=0.0201915,0.00262802;RO=0;SAF=2,25;SAR=0,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00776375,-0.000546743;OID=.,.;OPOS=92084004,92084004;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:55:0:0:2,52:2,53:0.0363636,0.963636:0,27:2,25:0:0:0,27:2,26:0:0 chr14 92088016 . G A 1549.21 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.117;QD=63.8851;RBI=0.0236779;REFB=0;REVB=-0.023234;RO=0;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86796e-05;OID=.;OPOS=92088016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:45:52:0:0:45:52:0:0 chr14 92159558 . A G 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00846303;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.232;QD=22.3982;RBI=0.00875025;REFB=-0.0119555;REVB=0.00222351;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102686;STB=0.55747;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0114647;OID=.;OPOS=92159558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:12:10:11:8:12:10:11:8 chr14 92181337 . G A 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0169946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.863;QD=7.04793;RBI=0.0664892;REFB=-0.00850357;REVB=-0.0642806;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10556;STB=0.566503;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0229324;OID=.;OPOS=92181337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:4:4:9:13:4:4:9:13 chr14 92181405 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.198;QD=62.9823;RBI=0.0104417;REFB=0;REVB=0.00934011;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90323e-05;OID=.;OPOS=92181405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr14 92249101 . T C 876.76 PASS AF=0.478495;AO=89;DP=185;FAO=89;FDP=186;FR=.;FRO=97;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=0.00317631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.823;QD=18.855;RBI=0.00426323;REFB=-0.00934738;REVB=0.00284362;RO=96;SAF=37;SAR=52;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408973;STB=0.520188;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00954672;OID=.;OPOS=92249101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:96:97:89:89:0.478495:52:37:44:52:52:37:44:53 chr14 92249126 . G A 2329.16 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.282;QD=60.1074;RBI=0.0261222;REFB=0;REVB=0.0216912;RO=0;SAF=60;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29735e-05;OID=.;OPOS=92249126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:143:155:0:0:143:155:1:83:60:0:0:91:64:0:0 chr14 92268615 . T G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.994;QD=56.9569;RBI=0.0508358;REFB=0;REVB=0.0396938;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282021;OID=.;OPOS=92268615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr14 92347680 . A G 242.39 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0167561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.811;QD=12.5917;RBI=0.0170416;REFB=0.00662787;REVB=-0.00310607;RO=48;SAF=13;SAR=16;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145834;STB=0.583573;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0198547;OID=.;OPOS=92347680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:16:13:28:20:16:13:28:20 chr14 92441066 . C T 508.51 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0142259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.09;QD=23.38;RBI=0.0217421;REFB=-0.0209442;REVB=-0.0164421;RO=39;SAF=23;SAR=25;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987877;STB=0.554195;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0147654;OID=.;OPOS=92441066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:39:48:48:0.551724:25:23:14:25:25:23:14:25 chr14 92471421 . T G 242.89 PASS AF=0.305556;AO=33;DP=108;FAO=33;FDP=108;FR=.;FRO=75;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=25;FWDB=0.0321316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.005;QD=8.99596;RBI=0.0358296;REFB=-0.00460872;REVB=0.0158531;RO=75;SAF=17;SAR=16;SRF=50;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182032;STB=0.605931;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00642226;OID=.;OPOS=92471421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:75:75:33:33:0.305556:16:17:50:25:16:17:50:25 chr14 92530513 . C T 206.58 PASS AF=0.290323;AO=26;DP=92;FAO=27;FDP=93;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.029758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.185;QD=8.88507;RBI=0.0298362;REFB=0.00244467;REVB=-0.00215861;RO=65;SAF=13;SAR=13;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176648;STB=0.584209;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00870733;OID=.;OPOS=92530513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:65:66:26:27:0.290323:13:13:23:42:14:13:24:42 chr14 92537223 . G T 529.84 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=128;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0435629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2456;QD=16.5575;RBI=0.0470125;REFB=0.00657057;REVB=-0.0176762;RO=71;SAF=27;SAR=30;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102869;STB=0.557357;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.0091632;OID=.;OPOS=92537223;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:71:71:57:57:0.445312:30:27:41:30:30:27:41:30 chr14 92537350 . TCCCCCTG TCCCCTGC,TCCCGCTG 92.56 PASS AF=0,0.285714;AO=2,9;DP=42;FAO=0,12;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=0,8;FSAR=0,4;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0409974,-0.0270214;FXX=0.0232504;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=22.8029,174.701;QD=8.81501;RBI=0.258852,0.0457022;REFB=0.00547603,-0.0072149;REVB=-0.255585,-0.0368583;RO=18;SAF=0,6;SAR=2,3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.599987,0;STB=0.5,0.57614;STBP=1,0.545;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.018391;OID=.,.;OPOS=92537355,92537354;OREF=CTG,C;OALT=TGC,G;OMAPALT=TCCCCTGC,TCCCGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.285714:2,9:42:0,12:42:30:0,8:0,4:17:13:92:18:0,6:2,3:12:6 chr14 92548785 . C T 187.44 PASS AF=0.294118;AO=25;DP=85;FAO=25;FDP=85;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0553302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7465;QD=8.82045;RBI=0.057514;REFB=-0.00249423;REVB=-0.0156979;RO=60;SAF=11;SAR=14;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320193;STB=0.518996;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00444761;OID=.;OPOS=92548785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:60:60:25:25:0.294118:14:11:28:32:14:11:28:32 chr14 92549586 . G A 302.4 PASS AF=0.409639;AO=33;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0116492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.164;QD=14.5736;RBI=0.015051;REFB=-0.00923518;REVB=-0.00953039;RO=49;SAF=14;SAR=19;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216414;STB=0.611552;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0127032;OID=.;OPOS=92549586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:33:34:0.409639:19:14:31:18:19:15:31:18 chr14 92559678 . G C 369.4 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0216664;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.857;QD=21.7292;RBI=0.0222938;REFB=-0.0111809;REVB=-0.00525135;RO=30;SAF=16;SAR=21;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553399;STB=0.538441;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00972067;OID=.;OPOS=92559678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:30:31:37:37:0.544118:21:16:15:15:21:16:16:15 chr14 92792255 . G A 1338.94 PASS AF=1;AO=86;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1424;QD=60.1772;RBI=0.0710665;REFB=-0.0360131;REVB=0.0546159;RO=3;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368712;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0028628;OID=.;OPOS=92792255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:89:89:3:0:86:89:1:37:49:0:3:40:49:0:0 chr14 92909073 . T C 1452.29 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965871;FXX=0.0421008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.447;QD=63.837;RBI=0.074032;REFB=0;REVB=0.0733992;RO=0;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258964;OID=.;OPOS=92909073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:91:0:0:88:91:1:35:53:0:0:38:53:0:0 chr14 92922900 . G A 223.42 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0117758;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2069;QD=16.5495;RBI=0.0204199;REFB=-0.0140392;REVB=0.0166824;RO=28;SAF=8;SAR=17;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333783;STB=0.695752;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.033815;OID=.;OPOS=92922900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:28:29:25:25:0.462963:17:8:19:9:17:8:20:9 chr14 92958522 . A C 1208.92 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.776;QD=61.2111;RBI=0.0166315;REFB=0;REVB=0.00531798;RO=0;SAF=51;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63889e-05;OID=.;OPOS=92958522;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:27:51:0:0:28:51:0:0 chr14 93118669 . G A,C 219.96 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=16,2;DP=18;FAO=17,1;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143311,0.00450147;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.832,154.577;QD=48.8791;RBI=0.0453592,0.0113279;REFB=0,0;REVB=0.0430357,-0.0103951;RO=0;SAF=9,2;SAR=7,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00033372,0.147684;OID=.,.;OPOS=93118669,93118669;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:18:18:0:0:16,2:17,1:0.944444,0.0555556:7,0:9,2:0:0:7,0:10,1:0:0 chr14 93151448 . C T 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.044512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.59;QD=16.4806;RBI=0.0449967;REFB=-0.016831;REVB=-0.00658676;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302687;STB=0.672721;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0126048;OID=.;OPOS=93151448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:12:7:17:8:12:7:17:8 chr14 93178191 . A G 1523.11 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0333476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.561;QD=58.5812;RBI=0.0342397;REFB=-0.0677673;REVB=0.00776479;RO=1;SAF=41;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114312;STB=0.505881;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00198802;OID=.;OPOS=93178191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:104:1:1:102:103:0.990385:61:41:1:0:61:42:1:0 chr14 93199080 . C T 301.33 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.003351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.396;QD=17.9897;RBI=0.0326413;REFB=-0.0116633;REVB=0.0324689;RO=33;SAF=17;SAR=15;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124311;STB=0.567527;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0141143;OID=.;OPOS=93199080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:33:34:32:33:0.492537:15:17:13:20:15:18:14:20 chr14 93276654 . T C 677.38 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0102394;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.786;QD=56.4483;RBI=0.0166331;REFB=-0.023732;REVB=-0.0131079;RO=3;SAF=20;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262932;STB=0.514012;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00107419;OID=.;OPOS=93276654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:3:3:45:45:0.9375:25:20:2:1:25:20:2:1 chr14 93399101 . C T 333.8 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00271486;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.655;QD=16.2828;RBI=0.0240882;REFB=-0.0059051;REVB=-0.0239347;RO=43;SAF=21;SAR=15;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449012;STB=0.514698;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00878634;OID=.;OPOS=93399101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:43:46:36:36:0.439024:15:21:27:16:15:21:28:18 chr14 93401178 . A G 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0885894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7709;QD=48.7307;RBI=0.0887799;REFB=0;REVB=-0.00581313;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00182953;OID=.;OPOS=93401178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr14 93407062 . A G 1118.83 PASS AF=0.939024;AO=77;DP=82;FAO=77;FDP=82;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0305721;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.029;QD=54.5769;RBI=0.0344562;REFB=-0.0352968;REVB=0.0158928;RO=5;SAF=38;SAR=39;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122646;STB=0.506492;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00523169;OID=.;OPOS=93407062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:82:82:5:5:77:77:0.939024:39:38:3:2:39:38:3:2 chr14 93703854 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9934;QD=52.6131;RBI=0.0363517;REFB=0;REVB=-0.0182929;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110561;OID=.;OPOS=93703854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr14 93705638 . C T 160.84 PASS AF=0.222222;AO=26;DP=118;FAO=26;FDP=117;FR=.;FRO=91;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=60;FSRR=31;FWDB=-0.0220324;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.083;QD=5.49885;RBI=0.037721;REFB=-0.000383123;REVB=0.0306178;RO=89;SAF=13;SAR=13;SRF=60;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221781;STB=0.623842;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000802864;OID=.;OPOS=93705638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:89:91:26:26:0.222222:13:13:60:29:13:13:60:31 chr14 93705687 . C T 503.12 PASS AF=0.405797;AO=55;DP=136;FAO=56;FDP=138;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.0291264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6327;QD=14.5831;RBI=0.0303799;REFB=-0.0243084;REVB=-0.00863668;RO=78;SAF=29;SAR=26;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950769;STB=0.539521;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.030192;OID=.;OPOS=93705687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:78:82:55:56:0.405797:26:29:34:44:27:29:37:45 chr14 93708759 . A C 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00958382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.431;QD=18.8287;RBI=0.0156835;REFB=-0.00290468;REVB=0.0124146;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038333;STB=0.521717;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0062004;OID=.;OPOS=93708759;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:13:9:9:11:13:9 chr14 93943998 . G A 444.73 PASS AF=0.423729;AO=50;DP=119;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.00458946;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.038;QD=15.0754;RBI=0.00699328;REFB=0.00346859;REVB=-0.00527664;RO=66;SAF=24;SAR=26;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112257;STB=0.562138;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00579678;OID=.;OPOS=93943998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:66:68:50:50:0.423729:26:24:39:27:26:24:40:28 chr14 94103602 . G A 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.000303475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.307;QD=16.728;RBI=0.00809315;REFB=-0.0128931;REVB=0.00808746;RO=19;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664805;STB=0.503812;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0120859;OID=.;OPOS=94103602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:6:10:12:7:6:10:12:7 chr14 94109922 . A G 255.72 PASS AF=0.336957;AO=31;DP=92;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.00385117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.147;QD=11.1181;RBI=0.00425169;REFB=-0.00333086;REVB=-0.00180147;RO=61;SAF=18;SAR=13;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460707;STB=0.526749;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00688496;OID=.;OPOS=94109922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:61:61:31:31:0.336957:13:18:33:28:13:18:33:28 chr14 94110010 . C T 331.48 PASS AF=0.336;AO=42;DP=125;FAO=42;FDP=125;FR=.;FRO=83;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=-0.0207128;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.329;QD=10.6073;RBI=0.0221541;REFB=-0.0111754;REVB=-0.00786037;RO=81;SAF=23;SAR=19;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334273;STB=0.511694;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0239687;OID=.;OPOS=94110010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:81:83:42:42:0.336:19:23:42:39:19:23:44:39 chr14 94187832 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0409;QD=57.8846;RBI=0.0149306;REFB=0;REVB=0.00967511;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140566;OID=.;OPOS=94187832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr14 94395314 . TGGGGG TGGGG,TGGGGC 136.06 PASS AF=0.642857,0;AO=9,4;DP=29;FAO=18,0;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=4,0;FSAR=14,0;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.121304,-0.242685;FXX=0.0344709;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=14.5914,28.683;QD=19.4376;RBI=0.144365,0.252803;REFB=-0.0876775,-0.0609699;REVB=0.0782717,0.0708076;RO=7;SAF=0,4;SAR=9,0;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0.423729,0;SSSB=-0.76557,0.784402;STB=0.511615,0.5;STBP=0.918,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0648237,0;OID=.,.;OPOS=94395315,94395319;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGGG,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.642857,0:9,4:29:18,0:28:10:4,0:14,0:2:8:50:7:0,4:9,0:1:6 chr14 94410275 . CA C 350.65 PASS AF=0.464286;AO=61;DP=141;FAO=65;FDP=140;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.0365137;FXX=0.0070917;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.5855;QD=10.0184;RBI=0.0494792;REFB=0.0206659;REVB=0.0333907;RO=73;SAF=35;SAR=26;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257206;STB=0.512278;STBP=0.79;TYPE=del;VARB=-0.0185958;OID=.;OPOS=94410276;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286:61:141:65:140:75:37:28:41:34:99:73:35:26:40:33 chr14 94417421 . G A 971.09 PASS AF=0.484848;AO=96;DP=196;FAO=96;FDP=198;FR=.;FRO=102;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=45;FSRR=57;FWDB=0.00756149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.321;QD=19.618;RBI=0.0193146;REFB=-0.0115986;REVB=-0.017773;RO=98;SAF=54;SAR=42;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950854;STB=0.562487;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0135785;OID=.;OPOS=94417421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:198:98:102:96:96:0.484848:42:54:45:53:42:54:45:57 chr14 94417541 . A G 673.88 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307238;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.358;QD=62.6863;RBI=0.0310988;REFB=0;REVB=0.00481487;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251514;OID=.;OPOS=94417541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr14 94417586 . G A 74.97 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00299591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.93;QD=11.107;RBI=0.0589776;REFB=-0.0363989;REVB=0.0589015;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030867;STB=0.518482;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0799967;OID=.;OPOS=94417586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:9:8:5:5:9:8 chr14 94467549 . C T 635.45 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.612;QD=60.5191;RBI=0.0561059;REFB=0;REVB=0.0558689;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258813;OID=.;OPOS=94467549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:13:28:0:0:14:28:0:0 chr14 94510964 . T C 272.29 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0182837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.142;QD=17.288;RBI=0.0209175;REFB=-0.0155738;REVB=-0.010161;RO=33;SAF=17;SAR=13;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126707;STB=0.570756;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0159878;OID=.;OPOS=94510964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:13:17:23:10:13:17:23:10 chr14 94546047 . G C 278.74 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.000589257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.939;QD=16.3964;RBI=0.048344;REFB=-0.0102027;REVB=-0.0483404;RO=37;SAF=17;SAR=14;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991512;STB=0.555628;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0127452;OID=.;OPOS=94546047;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:14:17:24:13:14:17:24:13 chr14 94564035 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8761;QD=64.1533;RBI=0.0360792;REFB=0;REVB=0.0234505;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.3426e-05;OID=.;OPOS=94564035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr14 94564039 . A G 712.12 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523521;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6072;QD=63.2992;RBI=0.0524398;REFB=0;REVB=0.00302997;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000779937;OID=.;OPOS=94564039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr14 94564058 . G A 614.17 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6159;QD=59.9193;RBI=0.1094;REFB=0;REVB=0.10603;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171512;OID=.;OPOS=94564058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:37:41:1:23:14:0:0:27:14:0:0 chr14 94568899 . AC A 138.67 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0494822;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=19.6624;QD=10.0852;RBI=0.0543376;REFB=-0.0051432;REVB=-0.0224519;RO=29;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978671;STB=0.514694;STBP=0.846;TYPE=del;VARB=0.0152165;OID=.;OPOS=94568900;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:24:55:25:55:30:14:11:16:14:99:29:13:11:16:13 chr14 94756450 . T A 801.01 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.285;QD=64.0809;RBI=0.018775;REFB=0;REVB=0.00444675;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56469e-05;OID=.;OPOS=94756450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:29:20:0:0:30:20:0:0 chr14 94756458 . A T 150.99 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0325523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.986;QD=11.1847;RBI=0.032554;REFB=0.00412174;REVB=-0.000330112;RO=35;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34091;STB=0.69774;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0176955;OID=.;OPOS=94756458;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:7:12:11:24:7:12:11:24 chr14 94756750 . T C 1080.07 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.9;QD=60.0041;RBI=0.0274626;REFB=0;REVB=0.0125332;RO=0;SAF=23;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77409e-05;OID=.;OPOS=94756750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:49:23:0:0:49:23:0:0 chr14 94756794 . T C 738.14 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0662964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5826;QD=52.724;RBI=0.0669712;REFB=-0.00285969;REVB=-0.00948272;RO=2;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277009;STB=0.5147;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00403156;OID=.;OPOS=94756794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:53:54:0.964286:33:20:0:2:33:21:0:2 chr14 94776090 . G A 218.29 PASS AF=0.235714;AO=33;DP=140;FAO=33;FDP=140;FR=.;FRO=107;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=72;FSRR=35;FWDB=-0.00591632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.47;QD=6.23681;RBI=0.00597144;REFB=-0.00757644;REVB=0.000809471;RO=107;SAF=18;SAR=15;SRF=72;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165957;STB=0.599943;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0310722;OID=.;OPOS=94776090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:107:107:33:33:0.235714:15:18:72:35:15:18:72:35 chr14 94776216 . C T 846.59 PASS AF=0.541096;AO=78;DP=146;FAO=79;FDP=146;FR=.;FRO=67;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.00505663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.211;QD=23.1942;RBI=0.00516158;REFB=-0.016664;REVB=0.00103554;RO=65;SAF=46;SAR=32;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565813;STB=0.521057;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0109076;OID=.;OPOS=94776216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:65:67:78:79:0.541096:32:46:34:31:33:46:36:31 chr14 94776221 . A C 2121.49 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.677;QD=62.8589;RBI=0.0102804;REFB=0;REVB=-0.00272849;RO=0;SAF=70;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7073e-06;OID=.;OPOS=94776221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:65:70:0:0:65:70:0:0 chr14 94844843 . T G 549.59 PASS AF=0.5;AO=56;DP=113;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0366832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.728;QD=19.2838;RBI=0.0440845;REFB=0.007299;REVB=-0.0244495;RO=56;SAF=29;SAR=27;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161865;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00725491;OID=.;OPOS=94844843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:56:57:56:57:0.5:27:29:30:26:27:30:30:27 chr14 94849201 . C T 203.19 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0177028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.811;QD=21.9659;RBI=0.0253038;REFB=-0.0162174;REVB=-0.0180802;RO=17;SAF=5;SAR=15;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844679;STB=0.547125;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0171691;OID=.;OPOS=94849201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:15:5:3:14:15:5:3:14 chr14 94909105 . G A 144.7 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0129406;FXX=0.0422476;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.807;QD=8.51187;RBI=0.0130066;REFB=0.00408924;REVB=-0.00130873;RO=48;SAF=13;SAR=7;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181491;STB=0.608651;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.0122533;OID=.;OPOS=94909105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:48:48:20:20:0.294118:7:13:24:24:7:13:24:24 chr14 94929541 . G A 704.12 PASS AF=0.482759;AO=70;DP=144;FAO=70;FDP=145;FR=.;FRO=75;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.0148636;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.635;QD=19.4241;RBI=0.0157692;REFB=-0.0179637;REVB=-0.00526706;RO=73;SAF=41;SAR=29;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612995;STB=0.534594;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0174457;OID=.;OPOS=94929541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:73:75:70:70:0.482759:29:41:38:35:29:41:39:36 chr14 94931105 . A G 286.28 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00413435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.612;QD=15.6868;RBI=0.00469233;REFB=0.00660929;REVB=0.00221926;RO=41;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139711;STB=0.578675;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00489676;OID=.;OPOS=94931105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:15:17:16:25:15:17:16:25 chr14 94933473 . C A 430.2 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0186761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.792;QD=22.6419;RBI=0.0284898;REFB=0.0157223;REVB=0.0215144;RO=34;SAF=19;SAR=23;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149003;STB=0.508203;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.0078251;OID=.;OPOS=94933473;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:23:19:16:18:23:19:16:18 chr14 94933640 . A T 326.73 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.0459005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.921;QD=15.0221;RBI=0.0469135;REFB=-0.000729748;REVB=-0.00969664;RO=51;SAF=22;SAR=14;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263348;STB=0.648602;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00163059;OID=.;OPOS=94933640;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:51:36:36:0.413793:14:22:18:33:14:22:18:33 chr14 94933695 . G A 300.08 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.036047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3038;QD=16.4425;RBI=0.0360995;REFB=-0.0023236;REVB=0.00194702;RO=40;SAF=20;SAR=13;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291853;STB=0.663335;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0022416;OID=.;OPOS=94933695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:13:20:12:28:13:20:12:28 chr14 94935566 . G A 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00883469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.537;QD=12.4555;RBI=0.010066;REFB=-0.0222058;REVB=-0.00482407;RO=33;SAF=16;SAR=5;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230708;STB=0.646314;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0229505;OID=.;OPOS=94935566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:34:21:21:0.381818:5:16:19:14:5:16:19:15 chr14 94935901 . G C 1323.47 PASS AF=0.515625;AO=132;DP=256;FAO=132;FDP=256;FR=.;FRO=124;FSAF=71;FSAR=61;FSRF=61;FSRR=63;FWDB=0.0268644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1091;QD=20.6792;RBI=0.0284589;REFB=-0.0111439;REVB=0.00939223;RO=123;SAF=71;SAR=61;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370804;STB=0.522303;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0115066;OID=.;OPOS=94935901;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:123:124:132:132:0.515625:61:71:61:62:61:71:61:63 chr14 95080803 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3048;QD=51.9163;RBI=0.0187303;REFB=0;REVB=-0.0116879;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000290715;OID=.;OPOS=95080803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr14 95107973 . C T 144.67 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0682682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.3932;QD=15.6399;RBI=0.0882866;REFB=-0.0468436;REVB=0.055982;RO=21;SAF=14;SAR=2;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417726;STB=0.747201;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.093105;OID=.;OPOS=95107973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:2:14:12:9:2:14:12:9 chr14 95110017 . G T 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0094907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.312;QD=16.755;RBI=0.0103511;REFB=0.00578529;REVB=-0.0041317;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10211;STB=0.557645;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00486565;OID=.;OPOS=95110017;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:12:12:11:17:12:12:11:17 chr14 95555205 . C T 1510.83 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00112994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6616;QD=63.6141;RBI=0.0203327;REFB=0;REVB=0.0203013;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112189;OID=.;OPOS=95555205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:44:51:0:0:44:51:0:0 chr14 95556070 . C T 135.34 PASS AF=0.292308;AO=18;DP=64;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00115717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.464;QD=8.3288;RBI=0.0404059;REFB=-0.0080947;REVB=-0.0403893;RO=46;SAF=11;SAR=7;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233504;STB=0.61588;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0150573;OID=.;OPOS=95556070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:46:46:18:19:0.292308:7:11:19:27:8:11:19:27 chr14 95660242 . A G 227.02 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.00162594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.322;QD=13.5532;RBI=0.0125894;REFB=-0.0152396;REVB=0.0124839;RO=39;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175382;STB=0.604738;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0149913;OID=.;OPOS=95660242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:40:27:27:0.402985:15:12:11:28:15:12:11:29 chr14 95786115 . C T 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.143;QD=58.1406;RBI=0.0274621;REFB=0;REVB=0.021077;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206481;OID=.;OPOS=95786115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr14 95875504 . C T 324.42 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0204951;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.712;QD=17.0748;RBI=0.0243661;REFB=-0.00718415;REVB=0.0131779;RO=42;SAF=26;SAR=9;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305413;STB=0.677417;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00427506;OID=.;OPOS=95875504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:42:41:35:35:0.460526:9:26:19:23:9:26:18:23 chr14 95884323 . G A 575.91 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0547138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3189;QD=54.8488;RBI=0.0557238;REFB=-0.175459;REVB=0.0105613;RO=1;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218009;STB=0.501193;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00644497;OID=.;OPOS=95884323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:1:2:39:40:0.952381:21:18:0:1:21:19:1:1 chr14 95903307 . TAGA T 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00885824;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=200.583;QD=12.8732;RBI=0.0257512;REFB=-0.0209566;REVB=-0.0241797;RO=31;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374753;STB=0.509544;STBP=0.947;TYPE=del;VARB=0.0357557;OID=.;OPOS=95903308;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372549:19:51:19:51:32:8:11:13:19:99:31:8:11:12:19 chr14 95906321 . G A 3975.87 PASS AF=1;AO=246;DP=248;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.223;QD=63.6139;RBI=0.0373948;REFB=0;REVB=0.0227272;RO=0;SAF=94;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59359e-05;OID=.;OPOS=95906321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:248:250:0:0:246:250:1:152:94:0:0:152:98:0:0 chr14 95910933 . T C 184.84 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00326286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5562;QD=18.484;RBI=0.0196455;REFB=-0.00721774;REVB=-0.0193727;RO=21;SAF=4;SAR=15;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151886;STB=0.58709;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00413495;OID=.;OPOS=95910933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:15:4:7:14:15:4:7:14 chr14 95918625 . T C 1018.39 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335642;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.408;QD=58.1937;RBI=0.0341395;REFB=-0.102778;REVB=-0.00624116;RO=1;SAF=29;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160211;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00242395;OID=.;OPOS=95918625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:71:70:1:0:69:70:1:40:29:1:0:40:30:0:0 chr14 95921741 . C T 740.26 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.543;QD=56.9432;RBI=0.0461508;REFB=0;REVB=-0.0284939;RO=0;SAF=38;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61997e-06;OID=.;OPOS=95921741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:11:38:0:0:11:41:0:0 chr14 95923669 . CA C,CC 473.4 PASS AF=0.0606061,0.939394;AO=4,29;DP=33;FAO=2,31;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484901,0.0514809;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=198.563,221.131;QD=57.3818;RBI=0.049999,0.0521684;REFB=0,0;REVB=0.0121907,0.00844133;RO=0;SAF=4,15;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.92057e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00309805,0.00224488;OID=.,.;OPOS=95923670,95923670;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0606061,0.939394:4,29:33:2,31:33:0:2,17:0,14:0:0:8:0:4,15:0,14:0:0 chr14 95999820 . T C 344.53 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0194855;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.249;QD=16.2132;RBI=0.0196207;REFB=-0.000396653;REVB=0.00229986;RO=48;SAF=22;SAR=15;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116949;STB=0.56588;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000558482;OID=.;OPOS=95999820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:15:22:23:25:15:22:23:25 chr14 96129955 . A C 36.83 PASS AF=0.461538;AO=4;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.215868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0011;QD=11.3335;RBI=0.215982;REFB=-0.0286149;REVB=-0.00700834;RO=7;SAF=0;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.668993;STB=0.529316;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0662101;OID=.;OPOS=96129955;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:13:13:7:7:4:6:0.461538:4:0:2:5:4:2:2:5 chr14 96131432 . A G 747.03 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0303;QD=63.5774;RBI=0.0319413;REFB=0;REVB=-0.0283846;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000489324;OID=.;OPOS=96131432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr14 96136794 . A G 267.48 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.000406865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5288;QD=21.8349;RBI=0.0132039;REFB=-0.0200093;REVB=0.0131976;RO=24;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556107;STB=0.531123;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0337752;OID=.;OPOS=96136794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:12:13:14:10:12:13:14:10 chr14 96157187 . G A 460.37 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=0.000830123;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.234;QD=23.6089;RBI=0.00324844;REFB=0.00421454;REVB=-0.00314059;RO=34;SAF=10;SAR=34;SRF=6;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596207;STB=0.532632;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00412526;OID=.;OPOS=96157187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:34:44:44:0.564103:34:10:6:28:34:10:6:28 chr14 96178688 . C T 488.37 PASS AF=0.425197;AO=54;DP=127;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=27;FWDB=0.0145601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.412;QD=15.3817;RBI=0.0160048;REFB=0.00332527;REVB=0.00664504;RO=70;SAF=21;SAR=33;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225903;STB=0.636942;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.004713;OID=.;OPOS=96178688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:70:73:54:54:0.425197:33:21:43:27:33:21:46:27 chr14 96556914 . T C 1673.86 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00201815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.699;QD=60.3192;RBI=0.0539246;REFB=0;REVB=0.0538868;RO=0;SAF=76;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101655;OID=.;OPOS=96556914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:34:76:0:0:35:76:0:0 chr14 96557121 . T C 785.71 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869067;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.394;QD=64.1397;RBI=0.0116028;REFB=0;REVB=-0.00768751;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04524e-05;OID=.;OPOS=96557121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:50:49:1:21:29:0:0:20:29:0:0 chr14 96557873 . G T 320.32 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0170284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.366;QD=27.2614;RBI=0.0482856;REFB=-0.00628428;REVB=0.0451834;RO=19;SAF=10;SAR=18;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204304;STB=0.612921;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00399359;OID=.;OPOS=96557873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:18:10:12:7:18:10:12:7 chr14 96558235 . T C 236.44 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00696032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.558;QD=15.7625;RBI=0.00901882;REFB=0.00474456;REVB=0.00573525;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106029;STB=0.559955;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.011374;OID=.;OPOS=96558235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:11:16:16:17:11:16:16:17 chr14 96558595 . C T 258.6 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0022709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.467;QD=31.3451;RBI=0.0558058;REFB=-0.0664954;REVB=-0.0557595;RO=10;SAF=12;SAR=11;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990793;STB=0.55433;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0349222;OID=.;OPOS=96558595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:11:12:7:3:11:12:7:3 chr14 96558694 . C T 223.85 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0125856;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.105;QD=19.4649;RBI=0.0126135;REFB=-0.0245407;REVB=-0.000837989;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276696;STB=0.65611;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0281194;OID=.;OPOS=96558694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:14:8:16:8:14:8:16:8 chr14 96558881 . C G 1250.15 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00168242;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.711;QD=61.7358;RBI=0.0186926;REFB=0;REVB=0.0186168;RO=0;SAF=24;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44537e-05;OID=.;OPOS=96558881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:56:24:0:0:56:25:0:0 chr14 96558928 . C T 113.83 PASS AF=0.219512;AO=18;DP=82;FAO=18;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=-0.060691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.851;QD=5.5527;RBI=0.0744453;REFB=-0.0065802;REVB=-0.0431127;RO=64;SAF=4;SAR=14;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186897;STB=0.618904;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0180469;OID=.;OPOS=96558928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:64:64:18:18:0.219512:14:4:22:42:14:4:22:42 chr14 96559250 . C T 220.43 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0116956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.267;QD=24.4918;RBI=0.02589;REFB=-0.0145445;REVB=0.0230977;RO=14;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527047;STB=0.551402;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00963364;OID=.;OPOS=96559250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:15:20:21:0.583333:10:10:6:8:10:11:6:9 chr14 96559459 . C A 574.75 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0124958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.76;QD=23.7011;RBI=0.0221093;REFB=-0.00820356;REVB=0.0182394;RO=44;SAF=32;SAR=21;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161742;STB=0.588846;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00679732;OID=.;OPOS=96559459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:44:53:53:0.546392:21:32:18:26:21:32:18:26 chr14 96559723 . G A 431.63 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.000554563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.094;QD=25.7689;RBI=0.00247624;REFB=-0.0285901;REVB=-0.00241334;RO=25;SAF=23;SAR=18;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000686493;STB=0.508845;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0145835;OID=.;OPOS=96559723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:26:41:41:0.61194:18:23:14:11:18:23:14:12 chr14 96559732 . G C 143.33 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0241539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6072;QD=9.8851;RBI=0.0276502;REFB=0.00494516;REVB=0.0134582;RO=39;SAF=11;SAR=8;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017274;STB=0.510193;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.00288933;OID=.;OPOS=96559732;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:8:11:22:17:8:11:22:17 chr14 96559791 . C T 259.11 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0235181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.871;QD=24.1035;RBI=0.0294095;REFB=-0.0174308;REVB=0.0176584;RO=19;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879069;STB=0.548978;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00528469;OID=.;OPOS=96559791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:14:10:10:9:14:10:10:9 chr14 96560083 . A T 515.72 PASS AF=0.52;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00405492;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.467;QD=20.6288;RBI=0.0194319;REFB=-0.00080829;REVB=-0.0190041;RO=48;SAF=29;SAR=23;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412371;STB=0.522719;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.000609638;OID=.;OPOS=96560083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:48:48:52:52:0.52:23:29:29:19:23:29:29:19 chr14 96560092 . G A 386.18 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00241352;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5293;QD=17.9618;RBI=0.0300602;REFB=-0.00183936;REVB=-0.0299632;RO=46;SAF=23;SAR=17;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331929;STB=0.518531;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00325126;OID=.;OPOS=96560092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:17:23:28:18:17:23:28:18 chr14 96671207 . GGGTGGGGAC G 620.53 PASS AF=0.72449;AO=65;DP=91;FAO=71;FDP=98;FR=.;FRO=27;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0249282;FXX=0.0841043;HRUN=4;LEN=9;MLLD=264.901;QD=25.3278;RBI=0.0533218;REFB=-0.0356014;REVB=0.047136;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.537611;STBP=0.253;TYPE=del;VARB=0.0111995;OID=.;OPOS=96671208;OREF=GGTGGGGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.72449:65:91:71:98:27:35:36:17:10:99:0:32:33:0:0 chr14 96707457 . A G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000160512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.502;QD=61.3354;RBI=0.0271146;REFB=0;REVB=-0.0271141;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187502;OID=.;OPOS=96707457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr14 96708667 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00313589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.735;QD=62.0216;RBI=0.0224089;REFB=0;REVB=0.0221884;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93847e-05;OID=.;OPOS=96708667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr14 96709230 . G A 754.68 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.009693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9796;QD=54.8855;RBI=0.0266877;REFB=-0.112638;REVB=-0.0248653;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00227505;OID=.;OPOS=96709230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:27:27:0:0:27:27:1:0 chr14 96709359 . A AC 614.52 PASS AF=0.982759;AO=50;DP=61;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0371416;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.2489;QD=42.3803;RBI=0.0747147;REFB=-0.0295586;REVB=0.0648289;RO=8;SAF=18;SAR=32;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311154;STB=0.506491;STBP=0.61;TYPE=ins;VARB=0.0174425;OID=.;OPOS=96709360;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.982759:50:61:57:58:1:19:38:0:1:6:8:18:32:2:6 chr14 96730142 . A G 941.43 PASS AF=0.528736;AO=92;DP=174;FAO=92;FDP=174;FR=.;FRO=82;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.000238086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.125;QD=21.642;RBI=0.00669233;REFB=0.00466346;REVB=0.00668809;RO=82;SAF=53;SAR=39;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872193;STB=0.547759;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00329063;OID=.;OPOS=96730142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:82:82:92:92:0.528736:39:53:39:43:39:53:39:43 chr14 96734831 . G T 648.49 PASS AF=0.606383;AO=57;DP=94;FAO=57;FDP=94;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00589228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.356;QD=27.5952;RBI=0.0177638;REFB=-0.0114202;REVB=-0.0167581;RO=37;SAF=25;SAR=32;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170187;STB=0.592561;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00454979;OID=.;OPOS=96734831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:37:37:57:57:0.606383:32:25:25:12:32:25:25:12 chr14 96742496 . GC AT 475.55 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00606641;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=2;MLLD=158.202;QD=19.2142;RBI=0.032561;REFB=-0.000285093;REVB=-0.0319909;RO=52;SAF=25;SAR=22;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084436;STB=0.546956;STBP=0.377;TYPE=mnp;VARB=-0.00274243;OID=.;OPOS=96742496;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:52:52:47:47:0.474747:22:25:23:29:22:25:23:29 chr14 96742594 . G A 649.49 PASS AF=0.566372;AO=60;DP=112;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=50;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.0110103;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.334;QD=22.9906;RBI=0.0113431;REFB=-0.0261507;REVB=0.00272774;RO=48;SAF=13;SAR=47;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084582;STB=0.552153;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0155521;OID=.;OPOS=96742594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:48:49:60:64:0.566372:47:13:14:34:50:14:15:34 chr14 96751010 . T C 260.45 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0319957;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.721;QD=14.0781;RBI=0.0478618;REFB=-0.0141983;REVB=-0.0355953;RO=41;SAF=9;SAR=21;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205265;STB=0.613956;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0156688;OID=.;OPOS=96751010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:44:30:30:0.405405:21:9:20:21:21:9:21:23 chr14 96768425 . G A 511.82 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00445281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.854;QD=24.0856;RBI=0.0117407;REFB=0.000277138;REVB=-0.0108635;RO=36;SAF=19;SAR=29;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147952;STB=0.587124;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00020458;OID=.;OPOS=96768425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:36:37:48:48:0.564706:29:19:21:15:29:19:22:15 chr14 96771959 . A G 1679.2 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00561837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.344;QD=59.4406;RBI=0.0205104;REFB=0.0962558;REVB=0.0197259;RO=1;SAF=50;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940112;STB=0.50495;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.000313303;OID=.;OPOS=96771959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:62:50:1:0:62:50:1:0 chr14 96773164 . A G 520.4 PASS AF=0.466667;AO=53;DP=117;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0169043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.834;QD=17.3466;RBI=0.0237864;REFB=-0.0108842;REVB=0.0167343;RO=63;SAF=32;SAR=21;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186168;STB=0.587647;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00977425;OID=.;OPOS=96773164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:120:63:64:53:56:0.466667:21:32:26:37:24:32:26:38 chr14 96781912 . T C 1448.93 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0293433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1393;QD=57.3833;RBI=0.0488744;REFB=-0.00919473;REVB=-0.0390855;RO=2;SAF=48;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193519;STB=0.510202;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.000754682;OID=.;OPOS=96781912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:2:2:99:99:0.980198:51:48:2:0:51:48:2:0 chr14 96797724 . G A 2063.99 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.869;QD=62.5452;RBI=0.0310853;REFB=0;REVB=0.00764445;RO=0;SAF=70;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84852e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11666e-05;OID=.;OPOS=96797724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:62:70:0:0:62:70:0:0 chr14 96797867 . G C 403.88 PASS AF=0.442105;AO=41;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0197614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.653;QD=17.0052;RBI=0.0206408;REFB=-0.012543;REVB=0.00596044;RO=52;SAF=14;SAR=27;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22016;STB=0.623128;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.012603;OID=.;OPOS=96797867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:53:41:42:0.442105:27:14:29:23:28:14:29:24 chr14 96811664 . T C 276.05 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.000949919;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.565;QD=13.3038;RBI=0.0355784;REFB=-0.00517878;REVB=0.0355657;RO=50;SAF=15;SAR=17;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309099;STB=0.523109;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00831904;OID=.;OPOS=96811664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:51:32:32:0.385542:17:15:22:28:17:15:22:29 chr14 96829290 . G A 1082.55 PASS AF=0.9375;AO=75;DP=81;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0147424;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.443;QD=54.1275;RBI=0.0150257;REFB=-0.0229484;REVB=-0.00290403;RO=5;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613079;STB=0.532459;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0013572;OID=.;OPOS=96829290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:81:80:5:5:75:75:0.9375:36:39:0:5:36:39:0:5 chr14 96851111 . C T 293.21 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0760118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9365;QD=22.9972;RBI=0.0812471;REFB=0.00270835;REVB=0.0286932;RO=22;SAF=17;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682636;STB=0.5378;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00017822;OID=.;OPOS=96851111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:12:17:11:11:12:17:11:11 chr14 96871104 . G A 416.1 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0137703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.984;QD=22.1922;RBI=0.016229;REFB=-0.0291693;REVB=-0.00858831;RO=34;SAF=23;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262417;STB=0.514467;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0219318;OID=.;OPOS=96871104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:18:23:18:16:18:23:18:16 chr14 96922752 . C G 594.25 PASS AF=0.546296;AO=59;DP=108;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00943072;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.51;QD=22.0092;RBI=0.0312794;REFB=0.00476285;REVB=0.0298239;RO=49;SAF=34;SAR=25;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139057;STB=0.576245;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00265498;OID=.;OPOS=96922752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:49:49:59:59:0.546296:25:34:20:29:25:34:20:29 chr14 96922766 . A G 589.85 PASS AF=0.541284;AO=59;DP=109;FAO=59;FDP=109;FR=.;FRO=50;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0315105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.928;QD=21.6459;RBI=0.0378517;REFB=-0.00389815;REVB=-0.0209723;RO=48;SAF=37;SAR=22;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158382;STB=0.578651;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00218489;OID=.;OPOS=96922766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:48:50:59:59:0.541284:22:37:21:27:22:37:23:27 chr14 96944878 . G A 502.15 PASS AF=0.388889;AO=56;DP=144;FAO=56;FDP=144;FR=.;FRO=88;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=57;FWDB=-0.00308324;FXX=0.00689608;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.388;QD=13.9486;RBI=0.00640054;REFB=-0.0146461;REVB=-0.00560897;RO=87;SAF=21;SAR=35;SRF=31;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215886;STB=0.51492;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0226212;OID=.;OPOS=96944878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:87:88:56:56:0.388889:35:21:31:56:35:21:31:57 chr14 96987303 . A T 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0380247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6158;QD=25.5723;RBI=0.0450494;REFB=-0.0137456;REVB=0.0241571;RO=17;SAF=15;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118729;STB=0.565982;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0109622;OID=.;OPOS=96987303;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:9:15:8:9:9:15:8:9 chr14 97104758 . A G 1288.34 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00382996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.439;QD=61.3493;RBI=0.0698591;REFB=0;REVB=0.069754;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99382e-05;OID=.;OPOS=97104758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:84:0:0:77:84:1:43:34:0:0:49:35:0:0 chr14 97321689 . C T 1530.01 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00283945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4863;QD=63.7504;RBI=0.0315092;REFB=0;REVB=-0.031381;RO=0;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132735;OID=.;OPOS=97321689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:47:49:0:0:47:49:0:0 chr14 98435696 . T C 2337.79 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0099566;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.886;QD=61.1186;RBI=0.0274766;REFB=0;REVB=0.0256092;RO=0;SAF=70;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23519e-05;OID=.;OPOS=98435696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:153:0:0:153:153:1:83:70:0:0:83:70:0:0 chr14 98444369 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00970342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.559;QD=57.0007;RBI=0.0172664;REFB=0;REVB=0.0142818;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47507e-06;OID=.;OPOS=98444369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr14 98817896 . T C 739.75 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0675;QD=56.904;RBI=0.0476259;REFB=0;REVB=-0.0356723;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.77675e-05;OID=.;OPOS=98817896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:21:30:0:0:21:31:0:0 chr14 99641949 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0432381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8925;QD=14.0437;RBI=0.0582185;REFB=-0.00179431;REVB=-0.0389855;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00181325;OID=.;OPOS=99641949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:2:2:3:2:2:2 chr14 99864111 . GT GG,G 285.37 PASS AF=0,0.518987;AO=6,34;DP=80;FAO=0,41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=0,24;FSAR=0,17;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0369702,-0.012689;FXX=0.0124984;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=22.7145,17.1332;QD=14.4493;RBI=0.0969701,0.0399746;REFB=0.0610077,0.0740495;REVB=0.089646,0.0379072;RO=36;SAF=6,17;SAR=0,17;SRF=24;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0.3;SSSB=0.608581,-0.153909;STB=0.5,0.536364;STBP=1,0.539;TYPE=snp,del;VARB=0.00613962,-0.0626346;OID=.,.;OPOS=99864112,99864112;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.518987:6,34:80:0,41:79:38:0,24:0,17:25:13:99:36:6,17:0,17:24:12 chr14 100039109 . C G 731.02 PASS AF=0.722892;AO=60;DP=83;FAO=60;FDP=83;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0165281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.446;QD=35.2301;RBI=0.0168468;REFB=-0.0216708;REVB=-0.00326101;RO=22;SAF=27;SAR=33;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251239;STB=0.519993;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00849065;OID=.;OPOS=100039109;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:22:23:60:60:0.722892:33:27:11:11:33:27:12:11 chr14 100046373 . A T 51.66 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.021927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.828;QD=5.90432;RBI=0.0220331;REFB=-0.00285289;REVB=-0.00215927;RO=27;SAF=6;SAR=2;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29284;STB=0.691801;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0275364;OID=.;OPOS=100046373;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:2:6:14:13:2:6:14:13 chr14 100141689 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00605856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.318;QD=45.8067;RBI=0.0520627;REFB=0;REVB=0.051709;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624205;OID=.;OPOS=100141689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr14 100331876 . T C 710.06 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.021794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0633;QD=54.6196;RBI=0.0321575;REFB=-0.0747251;REVB=-0.0236458;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177671;STB=0.50943;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000457692;OID=.;OPOS=100331876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:26:25:0:1:26:25:0:1 chr14 100380948 . T C 726.35 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0266084;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.044;QD=54.8191;RBI=0.0269173;REFB=-0.0129568;REVB=0.00406608;RO=1;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192209;STB=0.5102;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000498286;OID=.;OPOS=100380948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:1:1:52:52:0.981132:24:28:0:1:24:28:0:1 chr14 100411774 . G A 501.64 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0080017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.376;QD=59.017;RBI=0.00987397;REFB=0;REVB=0.00578517;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46322e-05;OID=.;OPOS=100411774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:20:13:0:0:20:14:0:0 chr14 100607595 . C T 205.58 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0846079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.8647;QD=31.6282;RBI=0.0900686;REFB=0.0248821;REVB=0.0308847;RO=7;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143169;STB=0.578864;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.002823;OID=.;OPOS=100607595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:11:8:5:2:11:8:5:2 chr14 100615665 . T C 820.19 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0257024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.862;QD=55.6061;RBI=0.0314669;REFB=-0.0571158;REVB=0.0181536;RO=1;SAF=36;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012925;STB=0.506847;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000256509;OID=.;OPOS=100615665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:22:36:1:0:22:36:1:0 chr14 100625902 . C T 239.4 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.626;QD=50.4005;RBI=0.0433152;REFB=0;REVB=0.0328662;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16718e-05;OID=.;OPOS=100625902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr14 100758502 . G A 153.8 PASS AF=0.247191;AO=22;DP=88;FAO=22;FDP=89;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.0216069;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.583;QD=6.91215;RBI=0.0495953;REFB=-0.0107473;REVB=-0.0446412;RO=66;SAF=8;SAR=14;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223799;STB=0.631028;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0258869;OID=.;OPOS=100758502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:66:67:22:22:0.247191:14:8:36:30:14:8:36:31 chr14 100759046 . C A 411.01 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0719679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.166;QD=56.6909;RBI=0.0723751;REFB=0;REVB=0.00766666;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375601;OID=.;OPOS=100759046;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr14 100759277 . C T 541.61 PASS AF=0.676056;AO=48;DP=71;FAO=48;FDP=71;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0218712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.672;QD=30.5132;RBI=0.0308057;REFB=-0.0257501;REVB=0.0216943;RO=23;SAF=24;SAR=24;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910183;STB=0.549275;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00788195;OID=.;OPOS=100759277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:23:23:48:48:0.676056:24:24:15:8:24:24:15:8 chr14 100765153 . GAA GA,G 87.79 PASS AF=0.884615,0;AO=14,3;DP=26;FAO=23,0;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=9,0;FSAR=14,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0937471,0.0533822;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=7.23345,9.67444;QD=13.5055;RBI=0.225833,0.121394;REFB=0.12048,0.0750792;REVB=0.205455,0.109027;RO=5;SAF=6,1;SAR=8,2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0137942,-0.0671606;STB=0.532843,0.5;STBP=0.403,1;TYPE=del,del;VARB=0.0339053,0.0107504;OID=.,.;OPOS=100765154,100765154;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=GA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.884615,0:14,3:26:23,0:26:3:9,0:14,0:2:1:11:5:6,1:8,2:2:3 chr14 100792482 . C A 1412.39 PASS AF=0.989247;AO=90;DP=92;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0513403;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.943;QD=60.7481;RBI=0.0588117;REFB=-0.134396;REVB=0.0286878;RO=1;SAF=57;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824369;STB=0.504273;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000217463;OID=.;OPOS=100792482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:92:93:1:1:90:92:0.989247:33:57:1:0:34:58:1:0 chr14 100808677 . GCCCCCCA GCCCCCAG 30.13 PASS AF=0.113636;AO=4;DP=45;FAO=5;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.104326;FXX=0.0222173;HRUN=6;LEN=2;MLLD=23.8114;QD=2.7394;RBI=0.120481;REFB=-0.0565706;REVB=-0.0602658;RO=27;SAF=0;SAR=4;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551769;STB=0.586292;STBP=0.741;TYPE=mnp;VARB=0.15738;OID=.;OPOS=100808683;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=GCCCCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.113636:4:45:5:44:37:1:4:10:27:23:27:0:4:8:19 chr14 100808845 . G A 754.51 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.013;QD=54.8738;RBI=0.0490461;REFB=-0.0547395;REVB=0.0476699;RO=1;SAF=12;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376506;STB=0.519992;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000496557;OID=.;OPOS=100808845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:42:12:1:0:42:12:1:0 chr14 100808878 . C T 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=0.0250802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.373;QD=11.7419;RBI=0.0268002;REFB=0.0123858;REVB=0.00944629;RO=36;SAF=4;SAR=17;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535396;STB=0.531219;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.0129645;OID=.;OPOS=100808878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:17:4:8:28:17:4:8:28 chr14 100832391 . T C 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.936;QD=59.3214;RBI=0.0442098;REFB=0;REVB=0.0285698;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151861;OID=.;OPOS=100832391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr14 100847523 . T C 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9821;QD=59.8356;RBI=0.0364943;REFB=0;REVB=-0.0348322;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000506323;OID=.;OPOS=100847523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr14 100996312 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.624;QD=57.2025;RBI=0.0138063;REFB=0;REVB=0.0121216;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90702e-05;OID=.;OPOS=100996312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr14 101004939 . C T 88.39 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00786213;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.102;QD=13.0955;RBI=0.0134232;REFB=-0.00944082;REVB=0.0108798;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105065;STB=0.583179;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0150114;OID=.;OPOS=101004939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:27:15:16:11:11:0.407407:7:4:7:8:7:4:8:8 chr14 101005215 . T C 291.56 PASS AF=0.714286;AO=24;DP=34;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0294347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.949;QD=33.3207;RBI=0.0375205;REFB=-0.0507044;REVB=0.0232677;RO=10;SAF=7;SAR=17;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679426;STB=0.54095;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0220732;OID=.;OPOS=101005215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:35:10:10:24:25:0.714286:17:7:4:6:18:7:4:6 chr14 101005236 . A G 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0589831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.534;QD=21.3525;RBI=0.060398;REFB=-0.00825556;REVB=-0.0129967;RO=9;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109623;STB=0.5624;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00273455;OID=.;OPOS=101005236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:9:4:4:5:9:4:4:5 chr14 101138230 . A C 492.29 PASS AF=0.741379;AO=43;DP=58;FAO=43;FDP=58;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0287306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4275;QD=33.9512;RBI=0.0829265;REFB=0.0359642;REVB=0.0777905;RO=15;SAF=17;SAR=26;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354192;STB=0.519126;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.0101917;OID=.;OPOS=101138230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:15:15:43:43:0.741379:26:17:7:8:26:17:7:8 chr14 101198417 . A G 1084.31 PASS AF=0.986486;AO=74;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000188738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.315;QD=58.6111;RBI=0.0110009;REFB=0.0830093;REVB=0.0109993;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=1.49052e-05;OID=.;OPOS=101198417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:74:73:0.986486:35:39:0:0:35:38:1:0 chr14 101200645 . T C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00882701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.119;QD=26.0269;RBI=0.0328466;REFB=-0.0940624;REVB=0.0316384;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00197938;OID=.;OPOS=101200645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:1:0:3:3:1:0 chr14 101301038 . C G 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0538518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8547;QD=27.2216;RBI=0.062728;REFB=-0.0012863;REVB=0.0321682;RO=15;SAF=14;SAR=11;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241071;STB=0.642339;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.000142027;OID=.;OPOS=101301038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:16:25:25:0.609756:11:14:3:12:11:14:3:13 chr14 101348584 . C G 323.7 PASS AF=0.72973;AO=27;DP=37;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0460702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6254;QD=34.9946;RBI=0.046084;REFB=0.0120327;REVB=0.00113074;RO=10;SAF=12;SAR=15;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277579;STB=0.51514;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.00419602;OID=.;OPOS=101348584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:10:10:27:27:0.72973:15:12:5:5:15:12:5:5 chr14 101349017 . A G 570.28 PASS AF=0.662338;AO=50;DP=76;FAO=51;FDP=77;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00756135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.39;QD=29.6247;RBI=0.00769047;REFB=-0.00168195;REVB=-0.00140334;RO=26;SAF=24;SAR=26;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849136;STB=0.542356;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00341738;OID=.;OPOS=101349017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:26:26:50:51:0.662338:26:24:9:17:27:24:9:17 chr14 101350298 . T C 314.58 PASS AF=0.658537;AO=26;DP=40;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00728942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2622;QD=30.6908;RBI=0.0121823;REFB=-0.0060275;REVB=0.00976083;RO=14;SAF=13;SAR=13;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909643;STB=0.554915;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00384458;OID=.;OPOS=101350298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:14:14:26:27:0.658537:13:13:5:9:13:14:5:9 chr14 101507727 . C T 102.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0137336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.675;QD=9.09258;RBI=0.0152441;REFB=6.55361e-05;REVB=0.00661592;RO=32;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141178;STB=0.58524;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.000208556;OID=.;OPOS=101507727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:6:7:21:11:6:7:21:11 chr14 101522556 . T C 138.16 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00162364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.417;QD=8.91377;RBI=0.00292238;REFB=-0.00166488;REVB=-0.00242984;RO=43;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120107;STB=0.571111;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00394056;OID=.;OPOS=101522556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:10:9:16:27:10:9:16:27 chr14 101522589 . C T 674.69 PASS AF=0.736842;AO=56;DP=76;FAO=56;FDP=76;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00582683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.31;QD=35.5098;RBI=0.0155963;REFB=-0.0180427;REVB=0.0144669;RO=20;SAF=21;SAR=35;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038696;STB=0.520826;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00483902;OID=.;OPOS=101522589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:20:20:56:56:0.736842:35:21:9:11:35:21:9:11 chr14 101526181 . G A 396.64 PASS AF=0.705882;AO=35;DP=51;FAO=36;FDP=51;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0013406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8137;QD=31.1089;RBI=0.00707712;REFB=-0.0309882;REVB=0.00694899;RO=15;SAF=21;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752972;STB=0.543796;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0130684;OID=.;OPOS=101526181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:15:15:35:36:0.705882:14:21:7:8:14:22:7:8 chr14 101531854 . A G 1019.62 PASS AF=0.704918;AO=85;DP=119;FAO=86;FDP=122;FR=.;FRO=36;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00709923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.758;QD=33.4303;RBI=0.00928015;REFB=-0.0325907;REVB=0.00597681;RO=33;SAF=45;SAR=40;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390744;STB=0.52325;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00827841;OID=.;OPOS=101531854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:33:36:85:86:0.704918:40:45:15:18:41:45:16:20 chr14 102360916 . G A 71.35 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0301282;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.112;QD=5.18935;RBI=0.0302452;REFB=-0.00837861;REVB=-0.00265802;RO=44;SAF=6;SAR=5;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02833;STB=0.518361;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0348484;OID=.;OPOS=102360916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:44:44:11:11:0.2:5:6:25:19:5:6:25:19 chr14 102391577 . G C 91.29 PASS AF=0.211268;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=71;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0459135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1224;QD=5.1432;RBI=0.0769878;REFB=-0.00979783;REVB=-0.0617987;RO=56;SAF=8;SAR=7;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107755;STB=0.568134;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0332634;OID=.;OPOS=102391577;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:71:71:56:56:15:15:0.211268:7:8:25:31:7:8:25:31 chr14 102446161 . G A 680.09 PASS AF=0.695122;AO=56;DP=81;FAO=57;FDP=82;FR=.;FRO=25;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0419405;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3161;QD=33.1753;RBI=0.0926083;REFB=-0.0168563;REVB=-0.0825669;RO=25;SAF=36;SAR=20;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121307;STB=0.567154;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00497299;OID=.;OPOS=102446161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:25:25:56:57:0.695122:20:36:11:14:20:37:11:14 chr14 102453797 . A G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0222814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.362;QD=11.4397;RBI=0.0265563;REFB=-0.00748765;REVB=0.0144491;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19924;STB=0.618791;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00779126;OID=.;OPOS=102453797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:5:9:4:5:5:9 chr14 102550803 . G A,T 388.86 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=25,3;DP=28;FAO=27,1;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=9,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108793,-0.0372554;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.012,188.459;QD=55.5515;RBI=0.00390682,0.0396107;REFB=0,0;REVB=0.00375229,0.013455;RO=0;SAF=16,2;SAR=9,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00418662,0.069094;OID=.,.;OPOS=102550803,102550803;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:28:28:0:0:25,3:27,1:0.964286,0.0357143:9,1:16,2:0:0:9,1:18,0:0:0 chr14 102568296 . G A 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000183412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2858;QD=61.3752;RBI=0.05431;REFB=0;REVB=-0.0543097;RO=0;SAF=50;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227733;OID=.;OPOS=102568296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:30:50:0:0:30:50:0:0 chr14 102568367 . T A 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.397;QD=58.9608;RBI=0.0293324;REFB=0;REVB=0.025143;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121271;OID=.;OPOS=102568367;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:24:42:0:0:24:42:0:0 chr14 102783508 . A G 33.49 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0189366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.71;QD=19.1358;RBI=0.0749818;REFB=-0.0332122;REVB=-0.0725512;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281149;STB=0.666029;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000211574;OID=.;OPOS=102783508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:0:2:2:3:0:2 chr14 102792386 . T C 473.31 PASS AF=0.671875;AO=41;DP=62;FAO=43;FDP=64;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0235229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.516;QD=29.5819;RBI=0.0239193;REFB=-0.0181721;REVB=0.0043363;RO=21;SAF=23;SAR=18;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234054;STB=0.511383;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00869999;OID=.;OPOS=102792386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:21:21:41:43:0.671875:18:23:11:10:19:24:11:10 chr14 102792631 . G A 214.2 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0143344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.998;QD=28.5595;RBI=0.0253461;REFB=0.00784088;REVB=-0.0209034;RO=10;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121951;STB=0.567499;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00259476;OID=.;OPOS=102792631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:12:8:6:4:12:8:6:4 chr14 102798055 . G A 362.55 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00385387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0079;QD=32.959;RBI=0.0113833;REFB=-0.00706388;REVB=0.0107111;RO=14;SAF=17;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808549;STB=0.544178;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00317971;OID=.;OPOS=102798055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:30:30:0.681818:13:17:6:8:13:17:6:8 chr14 102808655 . G C 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00331404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.051;QD=13.8493;RBI=0.0393706;REFB=-0.0212782;REVB=-0.0392309;RO=25;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276392;STB=0.516109;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0303;OID=.;OPOS=102808655;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:6:10:15:10:6:10:15:10 chr14 102814945 . G A 85.65 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00507185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.281;QD=6.58829;RBI=0.0192803;REFB=-0.00449143;REVB=-0.0186013;RO=40;SAF=7;SAR=5;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104093;STB=0.506568;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0122127;OID=.;OPOS=102814945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:40:40:12:12:0.230769:5:7:23:17:5:7:23:17 chr14 102894593 . G A 102.49 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0434214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7611;QD=7.73503;RBI=0.0465242;REFB=-0.00102987;REVB=0.0167058;RO=38;SAF=4;SAR=10;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295114;STB=0.6739;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00301098;OID=.;OPOS=102894593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:39:14:14:0.264151:10:4:20:18:10:4:20:19 chr14 102965367 . TCACCA T 33.21 PASS AF=0.5;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0546672;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=5;MLLD=142.181;QD=13.2845;RBI=0.0572671;REFB=-0.0449863;REVB=-0.0170595;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.630995;STBP=0.517;TYPE=del;VARB=0.047982;OID=.;OPOS=102965368;OREF=CACCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:5:9:5:10:5:4:1:3:2:29:0:4:1:0:0 chr14 102965435 . A G 417.1 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.042774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.961;QD=53.8194;RBI=0.0953112;REFB=-0.115736;REVB=0.085174;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516118;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00484416;OID=.;OPOS=102965435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:15:15:0:0:15:15:0:1 chr14 102965437 . A T 418.0 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0517148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.62;QD=53.9351;RBI=0.0547365;REFB=-0.104335;REVB=-0.017935;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300657;STB=0.516118;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00199767;OID=.;OPOS=102965437;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:15:15:0:1:15:15:0:1 chr14 103161736 . A AG,G 984.79 PASS AF=1,0;AO=65,5;DP=74;FAO=70,0;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43,0;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118162,-0.0123771;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=23.6364,4.76435;QD=56.2737;RBI=0.0881333,0.135589;REFB=0,0;REVB=-0.0873376,-0.135023;RO=4;SAF=43,0;SAR=22,5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0108394,-0.7737;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00195843,0;OID=.,.;OPOS=103161737,103161736;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:70:4:0:65,5:70,0:1,0:22,5:43,0:3:1:27,0:43,0:0:0 chr14 103193028 . G A 83.49 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0153606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3183;QD=6.3008;RBI=0.0162057;REFB=-0.0187439;REVB=0.00516474;RO=41;SAF=7;SAR=5;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087556;STB=0.555462;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0627805;OID=.;OPOS=103193028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:5:7:21:20:5:7:21:20 chr14 103195365 . G C 718.62 PASS AF=0.773333;AO=57;DP=75;FAO=58;FDP=75;FR=.;FRO=17;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0111437;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.25;QD=38.3261;RBI=0.0200076;REFB=-0.0433335;REVB=-0.016617;RO=17;SAF=25;SAR=32;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116828;STB=0.504456;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.011131;OID=.;OPOS=103195365;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:17:17:57:58:0.773333:32:25:7:10:33:25:7:10 chr14 103338324 . T A,TA 1236.33 PASS AF=0.97619,0.0238095;AO=70,12;DP=85;FAO=82,2;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41,2;FSAR=41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600506,0.0497496;FXX=0;HRUN=8,2;LEN=1,1;MLLD=34.2913,21.4664;QD=58.8728;RBI=0.153033,0.0637055;REFB=0,0;REVB=0.140759,0.0397915;RO=2;SAF=39,2;SAR=31,10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.023628,-0.294912;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00481438,-0.14047;OID=.,.;OPOS=103338324,103338325;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:85:84:2:0:70,12:82,2:0.97619,0.0238095:31,10:39,2:2:0:41,0:41,2:0:0 chr14 103342049 . T C 873.36 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228381;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.71;QD=58.2241;RBI=0.0241685;REFB=0;REVB=0.00790821;RO=0;SAF=17;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299219;OID=.;OPOS=103342049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:43:17:0:0:43:17:0:0 chr14 103370119 . C T 466.47 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0575491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.406;QD=53.3109;RBI=0.0723294;REFB=-0.106888;REVB=0.0438137;RO=2;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466723;STB=0.512188;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000984977;OID=.;OPOS=103370119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:35:35:2:1:33:34:0.971429:19:14:0:2:20:14:0:1 chr14 103370163 . C T 705.33 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0102617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.739;QD=58.7771;RBI=0.0845881;REFB=-0.1966;REVB=0.0839634;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.516122;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00303727;OID=.;OPOS=103370163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:48:0:2:46:46:0.958333:30:16:0:0:30:16:0:2 chr14 103372005 . G A 116.1 PASS AF=0.378378;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.059383;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.285;QD=12.5512;RBI=0.0597278;REFB=-0.00329811;REVB=0.00640772;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26085;STB=0.609611;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0022489;OID=.;OPOS=103372005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:13:14:0.378378:7:6:5:17:8:6:6:17 chr14 103440473 . G C 220.43 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0065921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.215;QD=24.4924;RBI=0.0145581;REFB=-0.0084031;REVB=-0.01298;RO=15;SAF=4;SAR=17;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153211;STB=0.586118;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0036978;OID=.;OPOS=103440473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:17:4:5:10:17:4:5:10 chr14 103566904 . G A 165.57 PASS AF=0.270588;AO=23;DP=86;FAO=23;FDP=85;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.00856388;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.646;QD=7.79134;RBI=0.00864003;REFB=-0.00609103;REVB=0.0011446;RO=61;SAF=14;SAR=9;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218822;STB=0.636247;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0179512;OID=.;OPOS=103566904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:61:62:23:23:0.270588:9:14:26:35:9:14:26:36 chr14 103568875 . C T 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0568611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.186;QD=25.4671;RBI=0.0640296;REFB=0.0233552;REVB=0.0294382;RO=3;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157021;STB=0.588061;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00147561;OID=.;OPOS=103568875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:2:7:3:0:2:7:3:0 chr14 103576395 . G A 390.29 PASS AF=0.358779;AO=47;DP=131;FAO=47;FDP=131;FR=.;FRO=84;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0262134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8372;QD=11.9174;RBI=0.0503039;REFB=-0.0177431;REVB=0.0429342;RO=84;SAF=17;SAR=30;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119501;STB=0.568498;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0317241;OID=.;OPOS=103576395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:84:84:47:47:0.358779:30:17:39:45:30:17:39:45 chr14 103576415 . A G 596.59 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0266837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3695;QD=23.3955;RBI=0.0328042;REFB=-0.0517399;REVB=0.0190813;RO=44;SAF=20;SAR=38;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00342403;STB=0.501872;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0293568;OID=.;OPOS=103576415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:44:44:58:58:0.568627:38:20:15:29:38:20:15:29 chr14 103576443 . TC CG 278.61 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0170856;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.567;QD=13.5905;RBI=0.0198413;REFB=-0.0219691;REVB=-0.0100876;RO=50;SAF=11;SAR=21;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019089;STB=0.510899;STBP=0.892;TYPE=mnp;VARB=0.0290549;OID=.;OPOS=103576443;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:21:11:18:32:21:11:18:32 chr14 103576775 . C T 110.22 PASS AF=0.271186;AO=15;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0145141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.381;QD=7.47225;RBI=0.016565;REFB=-0.00313776;REVB=-0.00798365;RO=42;SAF=7;SAR=8;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097069;STB=0.570736;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00929482;OID=.;OPOS=103576775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:43:15:16:0.271186:8:7:23:19:9:7:23:20 chr14 103593950 . C G 143.72 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0486069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.515;QD=33.8156;RBI=0.049797;REFB=-0.017389;REVB=0.0108213;RO=3;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15968;STB=0.588113;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00266829;OID=.;OPOS=103593950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:3:3:14:14:0.823529:7:7:3:0:7:7:3:0 chr14 103602278 . A G 349.78 PASS AF=0.8;AO=28;DP=35;FAO=28;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0189819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.178;QD=39.975;RBI=0.0232215;REFB=-0.0233855;REVB=0.0133764;RO=7;SAF=18;SAR=10;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836776;STB=0.545421;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00607623;OID=.;OPOS=103602278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:7:7:28:28:0.8:10:18:3:4:10:18:3:4 chr14 103809164 . C T 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0100384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.489;QD=12.7371;RBI=0.0100395;REFB=-0.00584075;REVB=0.000149753;RO=28;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00984449;STB=0.505773;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0102056;OID=.;OPOS=103809164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:7:9:16:12:7:9:16:12 chr14 103852725 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.085;QD=57.0004;RBI=0.0122605;REFB=0;REVB=0.000937197;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46923e-05;OID=.;OPOS=103852725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr14 103934488 . T C 1297.39 PASS AF=0.955556;AO=86;DP=92;FAO=86;FDP=90;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0119623;FXX=0.0217368;HRUN=6;LEN=1;MLLD=261.898;QD=57.662;RBI=0.0179258;REFB=-0.177911;REVB=-0.0133505;RO=3;SAF=39;SAR=47;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350538;STB=0.513257;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.000192901;OID=.;OPOS=103934488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:92:90:3:4:86:86:0.955556:47:39:3:0:47:39:3:1 chr14 103969909 . A G 102.79 PASS AF=0.2;AO=17;DP=85;FAO=17;FDP=85;FR=.;FRO=68;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0335174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.822;QD=4.83712;RBI=0.0402889;REFB=-0.00185628;REVB=-0.0223558;RO=68;SAF=5;SAR=12;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265848;STB=0.670281;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00504635;OID=.;OPOS=103969909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:68:68:17:17:0.2:12:5:34:34:12:5:34:34 chr14 103986255 . C T 918.23 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.533;QD=58.3;RBI=0.0542717;REFB=0;REVB=0.0373466;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160094;OID=.;OPOS=103986255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:27:35:0:0:27:36:0:0 chr14 103988180 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3153;QD=33.4244;RBI=0.0949426;REFB=0;REVB=0.0801042;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00898666;OID=.;OPOS=103988180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr14 103996396 . G A 786.58 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0406137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.373;QD=55.1983;RBI=0.0408134;REFB=-0.0856323;REVB=0.00403278;RO=1;SAF=31;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149682;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000617034;OID=.;OPOS=103996396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:25:31:1:0:25:31:1:0 chr14 104001517 . G A 301.09 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00535543;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=257.356;QD=37.6366;RBI=0.0117461;REFB=-0.0339628;REVB=0.0104542;RO=7;SAF=21;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173136;STB=0.595057;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00433702;OID=.;OPOS=104001517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:32:32:7:7:25:25:0.78125:4:21:4:3:4:21:4:3 chr14 104025893 . T C 144.25 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00187401;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.082;QD=8.61173;RBI=0.00570099;REFB=-0.000686398;REVB=0.00538418;RO=46;SAF=15;SAR=5;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357851;STB=0.720702;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0013383;OID=.;OPOS=104025893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:47:20:20:0.298507:5:15:21:25:5:15:21:26 chr14 104028270 . T C 59.16 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00500348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.319;QD=5.25879;RBI=0.0131853;REFB=-0.00193521;REVB=0.0121991;RO=36;SAF=6;SAR=3;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731473;STB=0.548277;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00779978;OID=.;OPOS=104028270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:3:6:22:14:3:6:22:14 chr14 104040767 . G A 60.99 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0544067;FXX=0.206825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.3957;QD=10.6061;RBI=0.0549914;REFB=-0.0486538;REVB=-0.00799743;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241788;STB=0.615076;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0910192;OID=.;OPOS=104040767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:28:23:13:15:8:8:0.347826:6:2:6:7:6:2:6:9 chr14 104167075 . C T 91.05 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0787689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5107;QD=6.17302;RBI=0.105178;REFB=-0.0127973;REVB=-0.0696984;RO=43;SAF=9;SAR=5;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162912;STB=0.58634;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0689603;OID=.;OPOS=104167075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:59:59:43:45:14:14:0.237288:5:9:22:21:5:9:24:21 chr14 104167545 . G A 54.96 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0930326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0311;QD=9.55882;RBI=0.0933231;REFB=-0.00482615;REVB=-0.0073576;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280775;STB=0.517198;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00442344;OID=.;OPOS=104167545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:15:15:8:8:0.347826:3:5:9:6:3:5:9:6 chr14 104172696 . GA AG,G 88.78 PASS AF=0.0175439,0.473684;AO=4,27;DP=59;FAO=1,27;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=0,7;FSAR=1,20;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=6.76946e-05,0.0650106;FXX=0.0338926;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=195.381,8.38456;QD=6.23018;RBI=0.115993,0.239919;REFB=-0.011399,-0.171994;REVB=-0.115993,-0.230943;RO=25;SAF=0,8;SAR=4,19;SRF=20;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0.396491;SSSB=-0.754585,-0.421977;STB=0.994056,0.740562;STBP=0.135,0.002;TYPE=mnp,del;VARB=0.0615045,0.16488;OID=.,.;OPOS=104172696,104172697;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:82:59:57:25:29:4,27:1,27:0.0175439,0.473684:4,19:0,8:20:5:1,20:0,7:21:8 chr14 104172737 . C T 255.66 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0107698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.8;QD=17.9407;RBI=0.012827;REFB=-0.0013672;REVB=-0.0069674;RO=29;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048118;STB=0.526957;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00236501;OID=.;OPOS=104172737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:13:15:14:15:13:15:14:15 chr14 104178186 . A G 106.62 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.012121;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8916;QD=11.2231;RBI=0.0725552;REFB=-0.0165316;REVB=-0.0715356;RO=24;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827774;STB=0.564215;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0281458;OID=.;OPOS=104178186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:24:25:13:13:0.342105:5:8:13:11:5:8:13:12 chr14 104178445 . G A,GGCCCGGCGTGGA 264.53 PASS AF=0,1;AO=2,18;DP=27;FAO=0,20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181224,0.0129534;FXX=0.0908678;HRUN=2,2;LEN=1,12;MLLD=21.9996,440.328;QD=52.9063;RBI=0.0739721,0.0361848;REFB=0,0;REVB=0.0739499,0.0337869;RO=5;SAF=2,7;SAR=0,11;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.239347;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,9.29424e-05;OID=.,.;OPOS=104178445,104178446;OREF=G,-;OALT=A,GCCCGGCGTGGA;OMAPALT=A,GGCCCGGCGTGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:27:20:5:0:2,18:0,20:0,1:0,11:2,7:5:0:0,13:0,7:0:0 chr14 104194196 . C G 1607.09 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0061099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.345;QD=64.2836;RBI=0.023472;REFB=0;REVB=0.0226629;RO=0;SAF=60;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65674e-05;OID=.;OPOS=104194196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:40:60:0:0:40:60:0:0 chr14 104199356 . C T 230.71 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0336791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5671;QD=14.4196;RBI=0.0358301;REFB=-0.0102812;REVB=-0.0122278;RO=37;SAF=17;SAR=10;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201908;STB=0.61485;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00993918;OID=.;OPOS=104199356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:10:17:16:21:10:17:16:21 chr14 104208417 . TG GT,T 37.84 PASS AF=0.0222222,0.288889;AO=2,15;DP=45;FAO=1,13;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=0,10;FSAR=1,3;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00486791,0.100414;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=75.8817,11.334;QD=3.36316;RBI=0.0934616,0.100769;REFB=-0.00417093,-0.0488383;REVB=-0.0933347,-0.00845149;RO=25;SAF=0,10;SAR=2,5;SRF=10;SRR=15;SSEN=0,0.65625;SSEP=0,0;SSSB=-0.44242,0.28395;STB=0.988378,0.752291;STBP=0.487,0.047;TYPE=mnp,del;VARB=0.0113119,0.0532043;OID=.,.;OPOS=104208417,104208418;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:45:45:25:31:2,15:1,13:0.0222222,0.288889:2,5:0,10:10:15:1,3:0,10:13:18 chr14 104429453 . A G 1268.76 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0115967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.536;QD=60.4169;RBI=0.0481102;REFB=-0.0785423;REVB=0.0466916;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.505375;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000279562;OID=.;OPOS=104429453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:83:83:0.988095:46:37:0:0:46:37:0:1 chr14 104465037 . T C 971.9 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0755084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0328;QD=54.755;RBI=0.0991867;REFB=0.0698823;REVB=0.0643155;RO=3;SAF=29;SAR=39;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464142;STB=0.524583;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0244329;OID=.;OPOS=104465037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:3:3:68:68:0.957746:39:29:3:0:39:29:3:0 chr14 104480071 . G A 105.48 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=33;FWDB=0.0102749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5295;QD=8.11347;RBI=0.0114464;REFB=-0.00596042;REVB=0.00504437;RO=38;SAF=2;SAR=12;SRF=5;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282603;STB=0.517217;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0165565;OID=.;OPOS=104480071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:14:14:0.269231:12:2:5:33:12:2:5:33 chr14 104480201 . C A 638.69 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0156946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2073;QD=59.4128;RBI=0.0195244;REFB=-0.0328287;REVB=-0.0116139;RO=1;SAF=17;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268094;STB=0.514279;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000618474;OID=.;OPOS=104480201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:25:17:1:0:25:17:1:0 chr14 104481083 . T C 500.67 PASS AF=0.573171;AO=47;DP=82;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.00234651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.799;QD=24.423;RBI=0.0436315;REFB=-0.0366857;REVB=0.0435684;RO=34;SAF=21;SAR=26;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968135;STB=0.557893;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0288579;OID=.;OPOS=104481083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:34:35:47:47:0.573171:26:21:11:23:26:21:11:24 chr14 104497543 . C T 310.16 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0194375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0477;QD=28.8519;RBI=0.054096;REFB=-0.000607858;REVB=0.0504833;RO=16;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914218;STB=0.550228;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00100496;OID=.;OPOS=104497543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:12:15:11:5:12:15:11:5 chr14 104559552 . G C 669.16 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276421;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.167;QD=62.2473;RBI=0.0287526;REFB=0;REVB=0.00791363;RO=0;SAF=36;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.36338e-05;OID=.;OPOS=104559552;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:6:36:0:0:6:37:0:0 chr14 104559623 . T C 1538.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00645875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.197;QD=59.7598;RBI=0.0916083;REFB=0;REVB=0.0913803;RO=0;SAF=67;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.76003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140277;OID=.;OPOS=104559623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:103:0:0:99:103:1:32:67:0:0:36:67:0:0 chr14 104559852 . T C 868.16 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1459;QD=57.8776;RBI=0.0347985;REFB=0;REVB=0.0242323;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.37464e-06;OID=.;OPOS=104559852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr14 104559919 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0991453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.9565;QD=57.6797;RBI=0.101178;REFB=0;REVB=-0.0201799;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123627;OID=.;OPOS=104559919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr14 104559922 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00603426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.438;QD=56.7066;RBI=0.0101322;REFB=0;REVB=0.00813938;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70977e-06;OID=.;OPOS=104559922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr14 104563932 . G T 990.99 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.629;QD=57.4489;RBI=0.052249;REFB=-0.102314;REVB=0.045819;RO=0;SAF=13;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514226;OID=.;OPOS=104563932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:69:0:0:63:69:1:50:13:0:0:50:19:0:0 chr14 104641792 . C T 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.0190472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.159;QD=5.78771;RBI=0.0799909;REFB=-0.00153728;REVB=0.0776901;RO=23;SAF=5;SAR=2;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182607;STB=0.6151;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00848505;OID=.;OPOS=104641792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:2:5:19:4:2:5:19:4 chr14 104642054 . G A 95.05 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00437275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8058;QD=11.1818;RBI=0.0168347;REFB=-0.0191552;REVB=-0.0162569;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279999;STB=0.649732;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.065483;OID=.;OPOS=104642054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:18:22:12:12:0.352941:3:9:9:9:3:9:12:10 chr14 104642341 . A G 43.28 PASS AF=0.125;AO=9;DP=73;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=48;FWDB=-0.0709467;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.533;QD=2.40426;RBI=0.0730845;REFB=-0.00476674;REVB=-0.0175472;RO=63;SAF=1;SAR=8;SRF=15;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252173;STB=0.695123;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0317823;OID=.;OPOS=104642341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:73:72:63:63:9:9:0.125:8:1:15:48:8:1:15:48 chr14 104642400 . AGG AAG,A,AG 56.37 PASS AF=0.0740741,0.0740741,0.444444;AO=2,5,9;DP=27;FAO=2,2,12;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=2,0,4;FSAR=0,2,8;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.15808,0.0598937,0.107617;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=28.1032,15.583,7.04736;QD=8.35142;RBI=0.158187,0.108342,0.192832;REFB=-0.0877136,-0.0727921,-0.138167;REVB=0.00581347,-0.0902812,-0.160009;RO=10;SAF=2,0,3;SAR=0,5,6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.487131,-0.790585,-0.400047;STB=0.992367,0.996164,0.685409;STBP=0.371,0.054,0.081;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.166398,0.0837945,0.0578819;OID=.,.,.;OPOS=104642401,104642401,104642401;OREF=G,GG,G;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAG,A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0740741,0.0740741,0.444444:2,5,9:27:2,2,12:27:11:2,0,4:0,2,8:8:3:29:10:2,0,3:0,5,6:8:2 chr14 104646326 . A C 33.51 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0163989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.265;QD=3.43666;RBI=0.0231813;REFB=-0.00669043;REVB=-0.0163844;RO=33;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772668;STB=0.555366;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0326073;OID=.;OPOS=104646326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:33:33:6:6:0.153846:4:2:13:20:4:2:13:20 chr14 104646330 . G C 41.3 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0444626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7488;QD=3.93302;RBI=0.0535565;REFB=-0.0108328;REVB=-0.0298559;RO=35;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716071;STB=0.549158;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0393803;OID=.;OPOS=104646330;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:4:3:13:22:4:3:13:22 chr14 104646771 . T C 146.62 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0540509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.503;QD=10.4729;RBI=0.072437;REFB=0.0082418;REVB=-0.0482248;RO=36;SAF=10;SAR=9;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956589;STB=0.563502;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0197834;OID=.;OPOS=104646771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:36:37:19:19:0.339286:9:10:22:14:9:10:23:14 chr14 104647224 . C T 56.63 PASS AF=0.148649;AO=11;DP=74;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0422409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7084;QD=3.06105;RBI=0.0438485;REFB=-0.00162489;REVB=-0.0117644;RO=63;SAF=9;SAR=2;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.515747;STB=0.847691;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00699532;OID=.;OPOS=104647224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:74:74:63:63:11:11:0.148649:2:9:24:39:2:9:24:39 chr14 104710651 . C T 272.9 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0163316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2395;QD=45.4835;RBI=0.0168168;REFB=0.0485272;REVB=-0.00401017;RO=2;SAF=18;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486632;STB=0.526293;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.0281522;OID=.;OPOS=104710651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:4:18:2:0:4:18:2:0 chr14 104941016 . G A 367.84 PASS AF=0.731707;AO=30;DP=41;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0443386;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.9554;QD=35.8865;RBI=0.0443387;REFB=-0.0952868;REVB=-0.000100469;RO=7;SAF=13;SAR=17;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985543;STB=0.505781;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0392059;OID=.;OPOS=104941016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:41:41:7:11:30:30:0.731707:17:13:5:2:17:13:5:6 chr14 105055118 . TGACGGGCAG T 223.33 PASS AF=0.833333;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0462303;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=9;MLLD=275.739;QD=37.2217;RBI=0.0673107;REFB=-0.0205515;REVB=0.0489233;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.576849;STBP=0.121;TYPE=del;VARB=0.00500254;OID=.;OPOS=105055119;OREF=GACGGGCAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:19:20:20:24:4:11:9:4:0:21:0:10:9:0:0 chr14 105167807 . C T 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216001;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.41;QD=58.5994;RBI=0.0254044;REFB=0;REVB=0.0133723;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72866e-05;OID=.;OPOS=105167807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr14 105177350 . TCA GTC,TC,TCG 828.43 PASS AF=0,1,0;AO=3,49,6;DP=59;FAO=0,58,0;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25,0;FSAR=0,33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321668,0.0191347,0.0185989;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=90.578,111.645,95.0536;QD=57.133;RBI=0.0437335,0.0353406,0.0307176;REFB=0,0,0;REVB=0.0296296,0.0297123,0.0244469;RO=0;SAF=0,24,1;SAR=3,25,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,-0.000735101,0;OID=.,.,.;OPOS=105177350,105177352,105177352;OREF=TCA,A,A;OALT=GTC,-,G;OMAPALT=GTC,TC,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:59:58:0:0:3,49,6:0,58,0:0,1,0:3,25,5:0,24,1:0:0:0,33,0:0,25,0:0:0 chr14 105179194 . T C 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.193;QD=57.5443;RBI=0.0486318;REFB=0;REVB=0.0464786;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177046;OID=.;OPOS=105179194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr14 105180565 . T C 781.09 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9588;QD=56.8063;RBI=0.0158359;REFB=0;REVB=-0.0115145;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81624e-06;OID=.;OPOS=105180565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:26:27:0:0:26:29:0:0 chr14 105180706 . A C 726.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.582;QD=56.9708;RBI=0.0128112;REFB=0;REVB=0.0123475;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33505e-05;OID=.;OPOS=105180706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:17:31:0:0:19:32:0:0 chr14 105196230 . A C 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.088;QD=33.4215;RBI=0.139673;REFB=0;REVB=0.0772658;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00361781;OID=.;OPOS=105196230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr14 105196235 . G A 111.23 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0533867;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.3683;QD=37.0766;RBI=0.0595889;REFB=-0.130902;REVB=0.0264707;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538392;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00788722;OID=.;OPOS=105196235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:12:12:0:1:11:11:0.916667:6:5:0:0:6:5:0:1 chr14 105196365 . T C 1331.01 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0001095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8737;QD=61.9076;RBI=0.0342456;REFB=0;REVB=-0.0342454;RO=0;SAF=29;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161415;OID=.;OPOS=105196365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:56:29:0:0:56:30:0:0 chr14 105211221 . C T 771.47 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207381;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.122;QD=57.1459;RBI=0.0254759;REFB=0;REVB=0.014797;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5115e-05;OID=.;OPOS=105211221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr14 105213343 . A G 902.07 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6221;QD=58.1979;RBI=0.046536;REFB=0;REVB=0.00742818;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517996;OID=.;OPOS=105213343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr14 105220209 . G GA 1030.46 PASS AF=1;AO=23;DP=85;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0713255;FXX=0.0379699;HRUN=0;LEN=1;MLLD=181.459;QD=54.2346;RBI=0.0856114;REFB=0;REVB=-0.0473497;RO=62;SAF=13;SAR=10;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11804;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00266877;OID=.;OPOS=105220210;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:85:76:76:0:38:38:0:0:6:62:13:10:29:33 chr14 105220210 . G A 655.89 PASS AF=0.708861;AO=55;DP=79;FAO=56;FDP=79;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0395665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.789;QD=33.2098;RBI=0.0466352;REFB=-0.183664;REVB=0.0246847;RO=23;SAF=25;SAR=30;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060615;STB=0.534713;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00689356;OID=.;OPOS=105220210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:23:23:55:56:0.708861:30:25:13:10:31:25:13:10 chr14 105222037 . C T 2608.15 PASS AF=0.988372;AO=169;DP=172;FAO=170;FDP=172;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0391367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.915;QD=60.6547;RBI=0.0514952;REFB=-0.11566;REVB=0.0334676;RO=2;SAF=85;SAR=84;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.58679e-05;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715411;OID=.;OPOS=105222037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:172:172:2:2:169:170:0.988372:84:85:1:1:85:85:1:1 chr14 105223668 . G A 930.97 PASS AF=0.718182;AO=79;DP=111;FAO=79;FDP=110;FR=.;FRO=31;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00340906;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.621;QD=33.8536;RBI=0.0120493;REFB=-0.0136516;REVB=0.011557;RO=31;SAF=35;SAR=44;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00455836;STB=0.502446;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00355445;OID=.;OPOS=105223668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:31:31:79:79:0.718182:44:35:14:17:44:35:14:17 chr14 105239894 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.43;QD=49.5981;RBI=0.0817916;REFB=0;REVB=0.0717997;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671539;OID=.;OPOS=105239894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr14 105309966 . G A,C 134.01 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=11,2;DP=13;FAO=12,1;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=12,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=124.174,13.3643;QD=41.2344;RBI=0.0243459,0.00913439;REFB=0,0;REVB=0.0243459,-0.00913439;RO=0;SAF=0,0;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000277022,0.101988;OID=.,.;OPOS=105309966,105309966;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:13:13:0:0:11,2:12,1:0.923077,0.0769231:11,2:0,0:0:0:12,1:0,0:0:0 chr14 105310163 . G A 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.3622;QD=45.7978;RBI=0.0776918;REFB=0;REVB=0.0645871;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00266305;OID=.;OPOS=105310163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr14 105310258 . GCCTCCCCTCCCCTCCC GCCTCCCCTCCC,GCCTCCCCTCCCCT,GCCTCCCCTCCCCTAGG 255.69 PASS AF=1,0,0;AO=12,3,2;DP=24;FAO=20,0,0;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,0;FSAR=18,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0883834,0.15069,0.0787846;FXX=0.0908678;HRUN=4,4,4;LEN=5,3,3;MLLD=127.614,47.248,269.136;QD=51.1388;RBI=0.0926065,0.157878,0.0957621;REFB=0,0,0;REVB=0.0276467,-0.0470929,-0.0544368;RO=0;SAF=1,1,0;SAR=11,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.23983e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0010334,0,0;OID=.,.,.;OPOS=105310259,105310272,105310272;OREF=CCTCC,CCC,CCC;OALT=-,-,AGG;OMAPALT=GCCTCCCCTCCC,GCCTCCCCTCCCCT,GCCTCCCCTCCCCTAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:12,3,2:24:20,0,0:20:0:2,0,0:18,0,0:0:0:3:0:1,1,0:11,2,2:0:0 chr14 105310498 . T C 508.23 PASS AF=1;AO=31;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.9137;QD=58.0839;RBI=0.0913821;REFB=0;REVB=-0.0821645;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00222271;OID=.;OPOS=105310498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:31:35:1:20:11:0:0:23:12:0:0 chr14 105310677 . T G 390.57 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.451;QD=55.7953;RBI=0.0426048;REFB=0;REVB=0.00741406;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62325e-05;OID=.;OPOS=105310677;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:17:10:0:0:17:11:0:0 chr14 105312054 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.453;QD=61.3364;RBI=0.0327784;REFB=0;REVB=0.0134676;RO=0;SAF=8;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.35077e-05;OID=.;OPOS=105312054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:32:8:0:0:32:8:0:0 chr14 105312067 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.336;QD=62.6706;RBI=0.027882;REFB=0;REVB=0.0227906;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129588;OID=.;OPOS=105312067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:33:11:0:0:33:11:0:0 chr14 105353460 . G A 178.64 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0362213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.41;QD=31.0672;RBI=0.0533624;REFB=0.0189519;REVB=0.0391862;RO=6;SAF=9;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922543;STB=0.550961;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00619023;OID=.;OPOS=105353460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:8:9:2:4:8:9:2:4 chr14 105393556 . G C 501.47 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6801;QD=58.9969;RBI=0.126509;REFB=0;REVB=0.0192489;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175871;OID=.;OPOS=105393556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr14 105406620 . AC A 98.92 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0288445;FXX=0.0107515;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.9132;QD=4.30108;RBI=0.0320162;REFB=-0.0529575;REVB=0.0138936;RO=53;SAF=22;SAR=13;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188092;STB=0.599943;STBP=0.141;TYPE=del;VARB=0.0875465;OID=.;OPOS=105406621;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380435:35:93:35:92:57:21:14:25:32:98:53:22:13:24:29 chr14 105410913 . G A 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0131406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=344.737;QD=26.399;RBI=0.0211626;REFB=-0.0130751;REVB=0.0165885;RO=10;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319335;STB=0.676736;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00643744;OID=.;OPOS=105410913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:11:7:9:1:11:7:9:1 chr14 105411163 . A G 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00401437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.43;QD=22.9083;RBI=0.00502478;REFB=-0.013464;REVB=0.00302212;RO=17;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425242;STB=0.523787;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0109122;OID=.;OPOS=105411163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:10:11:8:9:10:11:8:9 chr14 105412779 . C G 443.14 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0255424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5686;QD=35.4511;RBI=0.0257201;REFB=-0.0227433;REVB=-0.00301784;RO=15;SAF=13;SAR=22;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166084;STB=0.590379;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00861128;OID=.;OPOS=105412779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:22:13:10:5:22:13:10:5 chr14 105413903 . G A 122.14 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0126686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3889;QD=8.42322;RBI=0.0149033;REFB=-0.00657878;REVB=-0.00784951;RO=41;SAF=9;SAR=8;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373751;STB=0.522423;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0216537;OID=.;OPOS=105413903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:8:9:23:18:8:9:23:18 chr14 105414280 . T G 561.03 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128812;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.683;QD=60.6514;RBI=0.0243876;REFB=0;REVB=0.0207082;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110868;OID=.;OPOS=105414280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr14 105414804 . A G 749.91 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.852;QD=56.5967;RBI=0.0365548;REFB=0;REVB=0.0259143;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172128;OID=.;OPOS=105414804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:23:29:0:0:24:29:0:0 chr14 105415352 . G C 1457.43 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0264736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.09;QD=62.0183;RBI=0.0340442;REFB=0.0147375;REVB=0.0214046;RO=1;SAF=57;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824585;STB=0.504347;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=4.48904e-05;OID=.;OPOS=105415352;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:36:57:1:0:36:57:1:0 chr14 105415928 . T C 34.02 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0318818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.234;QD=3.88744;RBI=0.0385302;REFB=-0.00124799;REVB=-0.0216363;RO=28;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450998;STB=0.82414;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00723686;OID=.;OPOS=105415928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:28:29:6:6:0.171429:5:1:15:13:5:1:16:13 chr14 105416220 . T A 435.94 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0253441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.574;QD=54.4922;RBI=0.074525;REFB=-0.0683557;REVB=0.0700832;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000955746;OID=.;OPOS=105416220;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:17:14:0:0:17:14:0:1 chr14 105416230 . A G 555.1 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.186236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6137;QD=60.0109;RBI=0.187689;REFB=0;REVB=0.0233039;RO=1;SAF=15;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301788;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165754;OID=.;OPOS=105416230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:1:0:36:37:1:21:15:1:0:21:16:0:0 chr14 105416675 . C G 729.0 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4529;QD=57.1768;RBI=0.0459584;REFB=0;REVB=0.0458482;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482074;OID=.;OPOS=105416675;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:17:33:0:0:17:34:0:0 chr14 105416875 . G A 131.99 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0223911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.824;QD=7.65147;RBI=0.0348226;REFB=-0.00630156;REVB=0.0266693;RO=45;SAF=8;SAR=11;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106399;STB=0.57179;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0231231;OID=.;OPOS=105416875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:50:19:19:0.275362:11:8:23:22:11:8:26:24 chr14 105417208 . A C 102.08 PASS AF=0.231884;AO=16;DP=69;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0158511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.903;QD=5.91787;RBI=0.0308065;REFB=-0.00720351;REVB=-0.0264156;RO=53;SAF=12;SAR=4;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228859;STB=0.644434;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0216758;OID=.;OPOS=105417208;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:53:53:16:16:0.231884:4:12:31:22:4:12:31:22 chr14 105417894 . C G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.433;QD=57.6807;RBI=0.0792976;REFB=0;REVB=0.0305179;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226109;OID=.;OPOS=105417894;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr14 105418275 . T C 753.09 PASS AF=0.979592;AO=46;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0254961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.668;QD=61.4766;RBI=0.0341615;REFB=-0.0125983;REVB=0.0227367;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200022;STB=0.5098;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-2.60462e-05;OID=.;OPOS=105418275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:46:48:0.979592:23:23:1:0:23:25:1:0 chr14 105461067 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00022965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.643;QD=61.6837;RBI=0.012645;REFB=0;REVB=-0.0126429;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.33426e-05;OID=.;OPOS=105461067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr14 105477180 . A G 164.04 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0257677;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.4427;QD=9.37351;RBI=0.0257815;REFB=0.00565518;REVB=0.000844227;RO=45;SAF=15;SAR=7;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275266;STB=0.669136;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00860488;OID=.;OPOS=105477180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:45:48:22:22:0.314286:7:15:20:25:7:15:21:27 chr14 105478102 . G A 379.84 PASS AF=0.789474;AO=30;DP=38;FAO=30;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0186153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.693;QD=39.9829;RBI=0.0186584;REFB=0.00776144;REVB=-0.00126825;RO=8;SAF=19;SAR=11;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104621;STB=0.556738;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00140947;OID=.;OPOS=105478102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:8:8:30:30:0.789474:11:19:3:5:11:19:3:5 chr14 105518313 . G A 36.62 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.033876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4711;QD=7.32321;RBI=0.0563021;REFB=-0.0164969;REVB=0.0449705;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331207;STB=0.709008;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0305871;OID=.;OPOS=105518313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:5:9:2:4:5:9 chr14 105518336 . G T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0155462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.214;QD=9.7602;RBI=0.0164004;REFB=0.0007982;REVB=-0.00522379;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184599;STB=0.644727;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00241748;OID=.;OPOS=105518336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:11:12:7:7:0.368421:5:2:5:6:5:2:6:6 chr14 105611282 . A G 112.98 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0255944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.847;QD=9.41527;RBI=0.0277204;REFB=-0.00522325;REVB=-0.0106466;RO=34;SAF=6;SAR=8;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151459;STB=0.591586;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0158233;OID=.;OPOS=105611282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:8:6:19:15:8:6:19:15 chr14 105615648 . C T 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0561991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.368;QD=12.0242;RBI=0.0562165;REFB=0.00196632;REVB=0.00139547;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035838;STB=0.521241;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00294239;OID=.;OPOS=105615648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:5:7:11:9:5:7:11:9 chr14 105618042 . G A 90.5 PASS AF=0.458333;AO=8;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00692004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.994;QD=15.0828;RBI=0.00959121;REFB=-0.0378321;REVB=0.0066411;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427785;STB=0.571292;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0180905;OID=.;OPOS=105618042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:24:24:8:13:8:11:0.458333:7:1:4:4:8:3:5:8 chr14 105643619 . G A 46.38 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0203494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.581;QD=9.76368;RBI=0.0214892;REFB=-0.0159236;REVB=0.00690556;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311223;STB=0.691747;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0145165;OID=.;OPOS=105643619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:7:5:5:2:7:5 chr14 105716249 . A G 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00120822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.911;QD=15.8391;RBI=0.00797763;REFB=-0.00605378;REVB=-0.0078856;RO=7;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313286;STB=0.518471;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00474176;OID=.;OPOS=105716249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:7:1:1:6:7:1:1:6 chr14 105916420 . C T 714.82 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0577186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.15;QD=60.8358;RBI=0.0605168;REFB=0.113991;REVB=0.0181892;RO=1;SAF=25;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184352;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00110959;OID=.;OPOS=105916420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:21:25:1:0:21:25:1:0 chr14 105930406 . G A 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0168403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.187;QD=25.4983;RBI=0.0245164;REFB=-0.0236352;REVB=0.0178174;RO=16;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108071;STB=0.559948;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0147696;OID=.;OPOS=105930406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:12:11:10:6:12:11:10:6 chr14 105935824 . G A 483.13 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2796;QD=58.5615;RBI=0.0357412;REFB=0;REVB=0.0326085;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016754;OID=.;OPOS=105935824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr14 105962234 . T C 790.12 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168986;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.466;QD=64.4998;RBI=0.0206137;REFB=0;REVB=-0.0118051;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63813e-05;OID=.;OPOS=105962234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:16:33:0:0:16:33:0:0 chr14 105962369 . A G 834.32 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.2;QD=57.5393;RBI=0.0145368;REFB=0;REVB=-0.013061;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05919e-05;OID=.;OPOS=105962369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr14 106053491 . C G,T 688.27 PASS AF=0.0652174,0.934783;AO=2,43;DP=46;FAO=3,43;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1,26;FSAR=2,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290018,0.00195605;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=8.40132,123.175;QD=59.8495;RBI=0.0331998,0.0253234;REFB=-0.0880536,-0.0283949;REVB=-0.0161594,0.0252478;RO=1;SAF=0,26;SAR=2,17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.0177216;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.22557,-0.000454631;OID=.,.;OPOS=106053491,106053491;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:46:46:1:0:2,43:3,43:0.0652174,0.934783:2,17:0,26:1:0:2,17:1,26:0:0 chr14 106053559 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.505;QD=42.1826;RBI=0.0345409;REFB=0;REVB=-0.0144118;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125655;OID=.;OPOS=106053559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr14 106053577 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.048496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3322;QD=37.488;RBI=0.0951869;REFB=0;REVB=-0.0819066;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00911765;OID=.;OPOS=106053577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr14 106053975 . G A 692.13 PASS AF=0.553719;AO=67;DP=121;FAO=67;FDP=121;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0119699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6368;QD=22.8804;RBI=0.0592726;REFB=-0.013756;REVB=0.0580513;RO=54;SAF=33;SAR=34;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695753;STB=0.538032;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0068813;OID=.;OPOS=106053975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:54:54:67:67:0.553719:34:33:22:32:34:33:22:32 chr14 106054456 . A G 58.58 PASS AF=0.157143;AO=11;DP=70;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=-0.0936437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2604;QD=3.34769;RBI=0.0969936;REFB=-0.0101211;REVB=-0.0252709;RO=58;SAF=3;SAR=8;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804349;STB=0.566028;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.050366;OID=.;OPOS=106054456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:70:70:58:59:11:11:0.157143:8:3:19:39:8:3:20:39 chr14 106054568 . A G 1626.44 PASS AF=0.632743;AO=142;DP=225;FAO=143;FDP=226;FR=.;FRO=83;FSAF=66;FSAR=77;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=-0.0110049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.934;QD=28.7866;RBI=0.0125211;REFB=-0.0445658;REVB=-0.0059724;RO=82;SAF=65;SAR=77;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128293;STB=0.510287;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0284432;OID=.;OPOS=106054568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:226:82:83:142:143:0.632743:77:65:36:46:77:66:36:47 chr14 106066454 . T C 1514.8 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000695832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.453;QD=62.4659;RBI=0.0200172;REFB=-0.0321966;REVB=0.0200051;RO=1;SAF=43;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109008;STB=0.505746;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000100816;OID=.;OPOS=106066454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:53:43:1:0:53:43:1:0 chr14 106066690 . A C 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0259711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.595;QD=23.3999;RBI=0.0632888;REFB=-0.0486724;REVB=0.0577146;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141139;STB=0.581188;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.016354;OID=.;OPOS=106066690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:5:3:2:1:5:3:2:1 chr14 106067063 . A T 237.17 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0281437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.402;QD=11.4297;RBI=0.0290229;REFB=-0.0133008;REVB=0.00708945;RO=53;SAF=15;SAR=14;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335528;STB=0.512897;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0220771;OID=.;OPOS=106067063;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:54:29:29:0.349398:14:15:29:24:14:15:29:25 chr14 106067298 . T C 923.98 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139849;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.309;QD=58.6653;RBI=0.0221565;REFB=0;REVB=0.0171852;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16718e-05;OID=.;OPOS=106067298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr14 106067883 . C T 485.65 PASS AF=0.250871;AO=72;DP=287;FAO=72;FDP=287;FR=.;FRO=215;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=112;FSRR=103;FWDB=-0.0229151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.018;QD=6.76869;RBI=0.0362299;REFB=-0.02488;REVB=-0.0280624;RO=214;SAF=36;SAR=36;SRF=112;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293398;STB=0.515675;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0653018;OID=.;OPOS=106067883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:214:215:72:72:0.250871:36:36:112:102:36:36:112:103 chr14 106067958 . C T 4112.59 PASS AF=1;AO=264;DP=272;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200127;FXX=0.0257343;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.973;QD=62.0769;RBI=0.0211292;REFB=-0.0917181;REVB=0.00677763;RO=0;SAF=127;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107197;OID=.;OPOS=106067958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:272:265:0:0:264:265:1:137:127:0:0:137:128:0:0 chr14 106090846 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.243;QD=59.8557;RBI=0.026401;REFB=0;REVB=0.0161025;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71561e-05;OID=.;OPOS=106090846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:30:41:0:0:30:41:0:0 chr14 106090927 . G T 2008.1 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00640553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.369;QD=62.2668;RBI=0.00653162;REFB=0;REVB=0.00127717;RO=0;SAF=63;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22044e-06;OID=.;OPOS=106090927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:66:63:0:0:66:63:0:0 chr14 106091329 . G C 905.88 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00882365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1536;QD=56.6174;RBI=0.0258443;REFB=-0.0863836;REVB=0.0242913;RO=1;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136873;STB=0.507244;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000310135;OID=.;OPOS=106091329;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:34:29:0:1:34:29:0:1 chr14 106091504 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00198305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.409;QD=60.2307;RBI=0.00652461;REFB=0;REVB=-0.00621595;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49901e-05;OID=.;OPOS=106091504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr14 106091555 . C T 376.0 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.269;QD=55.7039;RBI=0.0339156;REFB=0;REVB=-0.00281403;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170062;OID=.;OPOS=106091555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:17:9:0:0:17:10:0:0 chr14 106091697 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0495;QD=55.6554;RBI=0.0106935;REFB=0;REVB=0.00460908;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239165;OID=.;OPOS=106091697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr14 106091743 . CA C 288.09 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.925;QD=52.3806;RBI=0.0238135;REFB=0;REVB=-0.00955068;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.27146e-05;OID=.;OPOS=106091744;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:22:22:22:0:15:7:0:0:4:0:14:7:0:0 chr14 106092152 . G A 1376.97 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00197927;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.521;QD=62.5896;RBI=0.0588544;REFB=0;REVB=0.0588211;RO=0;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508737;OID=.;OPOS=106092152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:37:50:0:0:38:50:0:0 chr14 106092335 . G C 49.97 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.16582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6142;QD=33.3121;RBI=0.186424;REFB=0;REVB=0.0851918;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0236201;OID=.;OPOS=106092335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr14 106109752 . A C 2201.12 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319486;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4949;QD=63.3415;RBI=0.0324241;REFB=0;REVB=-0.00553269;RO=0;SAF=99;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119025;OID=.;OPOS=106109752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:139:139:1:40:99:0:0:40:99:0:0 chr14 106110137 . C T 2817.92 PASS AF=0.989071;AO=181;DP=184;FAO=181;FDP=183;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0152519;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.712;QD=61.594;RBI=0.0366585;REFB=0.0118512;REVB=0.033335;RO=2;SAF=100;SAR=81;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116085;STB=0.506097;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=7.18626e-05;OID=.;OPOS=106110137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:184:183:2:2:181:181:0.989071:81:100:0:2:81:100:0:2 chr14 106110914 . G T 3377.1 PASS AF=0.982301;AO=220;DP=226;FAO=222;FDP=226;FR=.;FRO=4;FSAF=101;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0215555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.18;QD=59.7717;RBI=0.0481498;REFB=-0.235367;REVB=0.0430553;RO=2;SAF=100;SAR=120;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000786706;STB=0.508129;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00123943;OID=.;OPOS=106110914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:226:226:2:4:220:222:0.982301:120:100:1:1:121:101:0:4 chr14 106173790 . A G 182.98 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0340024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.271;QD=17.4269;RBI=0.0439521;REFB=-0.00537206;REVB=-0.02785;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333225;STB=0.50251;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0059521;OID=.;OPOS=106173790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:18:19:0.452381:8:10:12:11:9:10:12:11 chr14 106188230 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.747;QD=46.8474;RBI=0.0671403;REFB=0;REVB=-0.000166872;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490532;OID=.;OPOS=106188230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr14 106204113 . C T 1043.67 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0103468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.242;QD=55.6625;RBI=0.0172678;REFB=-0.0799971;REVB=0.0138246;RO=1;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165901;STB=0.525417;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-1.94002e-05;OID=.;OPOS=106204113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:75:1:3:72:72:0.96:28:44:0:1:28:44:0:3 chr14 106207843 . T C 911.4 PASS AF=0.916667;AO=66;DP=72;FAO=66;FDP=72;FR=.;FRO=6;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0527949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.43;QD=50.6334;RBI=0.0546036;REFB=-0.0405282;REVB=0.0139375;RO=6;SAF=45;SAR=21;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614664;STB=0.53266;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00718327;OID=.;OPOS=106207843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:72:72:6:6:66:66:0.916667:21:45:2:4:21:45:2:4 chr14 106209119 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.949;QD=62.6711;RBI=0.0312265;REFB=0;REVB=0.0232736;RO=0;SAF=32;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.34047e-05;OID=.;OPOS=106209119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:12:32:0:0:12:32:0:0 chr14 106209340 . T C 1083.37 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00709572;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.056;QD=59.3629;RBI=0.0197059;REFB=0;REVB=0.018384;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94183e-05;OID=.;OPOS=106209340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:69:73:1:33:36:0:0:34:39:0:0 chr14 106237624 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.882;QD=53.911;RBI=0.0349385;REFB=0;REVB=0.0245956;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262727;OID=.;OPOS=106237624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr14 106237642 . T G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00920714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.228;QD=53.2772;RBI=0.00987588;REFB=0;REVB=-0.00357233;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44014e-05;OID=.;OPOS=106237642;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr14 106303846 . C T 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.527;QD=58.5859;RBI=0.0183313;REFB=0;REVB=0.0113447;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.7771e-06;OID=.;OPOS=106303846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr14 106304746 . G A 857.13 PASS AF=0.704762;AO=74;DP=103;FAO=74;FDP=105;FR=.;FRO=31;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0184121;FXX=0.00943307;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.916;QD=32.6526;RBI=0.0185727;REFB=-0.0218748;REVB=0.00243695;RO=29;SAF=32;SAR=42;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00844837;STB=0.515401;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00754775;OID=.;OPOS=106304746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:29:31:74:74:0.704762:42:32:13:16:42:32:15:16 chr14 106321330 . G A 343.86 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.0158364;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.009;QD=30.565;RBI=0.0474823;REFB=-0.0520802;REVB=0.0447635;RO=16;SAF=19;SAR=10;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372574;STB=0.703569;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0122947;OID=.;OPOS=106321330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:16:16:29:29:0.644444:10:19:1:15:10:19:1:15 chr14 106321590 . C A 940.38 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.465;QD=57.8694;RBI=0.0552019;REFB=0;REVB=0.0542062;RO=0;SAF=41;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014843;OID=.;OPOS=106321590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:63:65:1:22:41:0:0:23:42:0:0 chr14 106321663 . T C 517.74 PASS AF=0.737705;AO=45;DP=61;FAO=45;FDP=61;FR=.;FRO=16;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00953044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.634;QD=33.9499;RBI=0.00958433;REFB=-0.00161728;REVB=-0.00101497;RO=16;SAF=26;SAR=19;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119555;STB=0.564329;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.000242418;OID=.;OPOS=106321663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:16:16:45:45:0.737705:19:26:13:3:19:26:13:3 chr14 106321913 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0682926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.076;QD=14.6525;RBI=0.0725843;REFB=-0.016553;REVB=0.0245887;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207272;STB=0.624573;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0131081;OID=.;OPOS=106321913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:2:3:2:4:2:3 chr14 106329435 . T G 780.82 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.67;QD=62.4654;RBI=0.0548437;REFB=0;REVB=0.0219434;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195321;OID=.;OPOS=106329435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr14 106329451 . GTA ACC,ATC 568.49 PASS AF=0.921053,0.0789474;AO=35,3;DP=39;FAO=35,3;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=16,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240609,-0.0307571;FXX=0.0499875;HRUN=1,1;LEN=3,3;MLLD=155.047,69.1386;QD=59.8406;RBI=0.0313974,0.0367005;REFB=0,0;REVB=0.0201711,0.0200233;RO=0;SAF=19,0;SAR=16,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.1382e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00244236,-0.01483;OID=.,.;OPOS=106329451,106329451;OREF=GTA,GTA;OALT=ACC,ATC;OMAPALT=ACC,ATC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:39:38:0:0:35,3:35,3:0.921053,0.0789474:16,3:19,0:0:0:16,3:19,0:0:0 chr14 106347371 . T A 6546.85 PASS AF=0.76497;AO=504;DP=654;FAO=511;FDP=668;FR=.;FRO=157;FSAF=214;FSAR=297;FSRF=63;FSRR=94;FWDB=0.015284;FXX=0.0118341;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.857;QD=39.2027;RBI=0.0281887;REFB=-0.0578236;REVB=0.0236855;RO=143;SAF=208;SAR=296;SRF=49;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303075;STB=0.504233;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.012924;OID=.;OPOS=106347371;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:654:668:143:157:504:511:0.76497:296:208:49:94:297:214:63:94 chr14 106347420 . T C 4943.19 PASS AF=0.720721;AO=399;DP=555;FAO=400;FDP=555;FR=.;FRO=155;FSAF=167;FSAR=233;FSRF=68;FSRR=87;FWDB=-0.0023482;FXX=0.0035906;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3668;QD=35.6266;RBI=0.0322987;REFB=-0.0383602;REVB=0.0322133;RO=154;SAF=166;SAR=233;SRF=67;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102177;STB=0.506077;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0152727;OID=.;OPOS=106347420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:555:555:154:155:399:400:0.720721:233:166:67:87:233:167:68:87 chr14 106354418 . G A 1639.73 PASS AF=0.707447;AO=132;DP=188;FAO=133;FDP=188;FR=.;FRO=55;FSAF=67;FSAR=66;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0213415;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.043;QD=34.8879;RBI=0.0281043;REFB=-0.0289227;REVB=0.0182864;RO=55;SAF=67;SAR=65;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391144;STB=0.519709;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00833475;OID=.;OPOS=106354418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:55:55:132:133:0.707447:65:67:24:31:66:67:24:31 chr14 106354450 . A G 733.58 PASS AF=0.570248;AO=66;DP=125;FAO=69;FDP=121;FR=.;FRO=52;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00299713;FXX=0.0396794;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.617;QD=24.2506;RBI=0.00853843;REFB=-0.0197102;REVB=-0.00799513;RO=47;SAF=41;SAR=25;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120049;STB=0.564497;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0113149;OID=.;OPOS=106354450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:121:47:52:66:69:0.570248:25:41:22:25:27:42:24:28 chr14 106361479 . G A 230.9 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0243878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.958;QD=16.4927;RBI=0.0254326;REFB=-0.0087073;REVB=-0.00721481;RO=30;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122756;STB=0.568915;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0124327;OID=.;OPOS=106361479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:15:11:9:21:15:11:9:21 chr14 106361527 . A G 316.81 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0201802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4591;QD=17.8482;RBI=0.0257307;REFB=-0.0396572;REVB=0.0159633;RO=36;SAF=14;SAR=20;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103325;STB=0.547799;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0373812;OID=.;OPOS=106361527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:37:34:34:0.478873:20:14:11:25:20:14:12:25 chr14 106366544 . G A 559.66 PASS AF=0.738462;AO=48;DP=65;FAO=48;FDP=65;FR=.;FRO=17;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0230829;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.412;QD=34.4406;RBI=0.0234708;REFB=-0.047816;REVB=0.00424947;RO=17;SAF=25;SAR=23;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243885;STB=0.513144;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0158298;OID=.;OPOS=106366544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:17:17:48:48:0.738462:23:25:8:9:23:25:8:9 chr14 106370603 . G C 670.16 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0760248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5107;QD=62.3404;RBI=0.0771644;REFB=0;REVB=-0.0132127;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00131385;OID=.;OPOS=106370603;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr14 106382664 . G A 442.95 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0656561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6549;QD=23.3131;RBI=0.0948322;REFB=-0.050909;REVB=0.0684282;RO=30;SAF=23;SAR=20;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150362;STB=0.573916;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0539881;OID=.;OPOS=106382664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:33:43:43:0.565789:20:23:10:20:20:23:12:21 chr14 106382687 . C T 491.05 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.00414653;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8711;QD=24.8634;RBI=0.0345857;REFB=-0.0125641;REVB=-0.0343362;RO=33;SAF=22;SAR=24;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182495;STB=0.599514;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0117742;OID=.;OPOS=106382687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:33:33:46:46:0.582278:24:22:8:25:24:22:8:25 chr14 106385332 . G C 1246.03 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3547;QD=61.5322;RBI=0.0460279;REFB=0;REVB=-0.0285172;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46351e-05;OID=.;OPOS=106385332;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr14 106436780 . A G 249.98 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.159;QD=49.9958;RBI=0.0501972;REFB=0;REVB=0.0499113;RO=0;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00481647;OID=.;OPOS=106436780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:3:16:0:0:4:16:0:0 chr14 106437036 . TCATGGTTTCGTTATACACAGGAGCAAGTGTTTCAAAAA T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332922;FXX=0;HRUN=1;LEN=38;MLLD=1284.7;QD=40.7629;RBI=0.0332928;REFB=0;REVB=0.00019866;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.046e-05;OID=.;OPOS=106437037;OREF=CATGGTTTCGTTATACACAGGAGCAAGTGTTTCAAAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:10:10:10:0:2:8:0:0:4:0:2:8:0:0 chr14 106452690 . G A 113.6 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0300618;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5433;QD=26.7301;RBI=0.0526374;REFB=-0.0393657;REVB=-0.0432087;RO=5;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385364;STB=0.521702;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0236279;OID=.;OPOS=106452690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:17:17:5:5:12:12:0.705882:8:4:2:3:8:4:2:3 chr14 106452817 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7651;QD=60.978;RBI=0.0112527;REFB=0;REVB=-0.00112179;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37933e-05;OID=.;OPOS=106452817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr14 106471268 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.558;QD=60.6099;RBI=0.015743;REFB=0;REVB=0.00133928;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155449;OID=.;OPOS=106471268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:10:28:0:0:10:28:0:0 chr14 106471273 . C T 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0752437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2624;QD=61.678;RBI=0.0915222;REFB=0;REVB=0.0521026;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158904;OID=.;OPOS=106471273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:12:29:0:0:12:29:0:0 chr14 106471353 . C T 1062.37 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00578781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7123;QD=59.852;RBI=0.00776625;REFB=0;REVB=-0.00517841;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17717e-06;OID=.;OPOS=106471353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:27:44:0:0:27:44:0:0 chr14 106471388 . C A 1080.55 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.935;QD=60.0304;RBI=0.0215526;REFB=0;REVB=0.0215224;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37787e-05;OID=.;OPOS=106471388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:70:72:1:28:42:0:0:30:42:0:0 chr14 106471528 . C A 267.37 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0131106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9495;QD=42.7796;RBI=0.0173545;REFB=0.00810093;REVB=0.0113706;RO=3;SAF=11;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368142;STB=0.519982;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.000437295;OID=.;OPOS=106471528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:11:11:1:2:11:11:1:2 chr14 106471534 . A C,G 298.93 PASS AF=0.130435,0.869565;AO=3,20;DP=23;FAO=3,20;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11;FSAR=2,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405124,0.0105773;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=227.686,45.5052;QD=51.9875;RBI=0.0197842,0.0338693;REFB=0,0;REVB=-0.019365,-0.0321753;RO=0;SAF=1,11;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.0487e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00739883,0.00028531;OID=.,.;OPOS=106471534,106471534;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:23:23:0:0:3,20:3,20:0.130435,0.869565:2,9:1,11:0:0:2,9:1,11:0:0 chr14 106471547 . A G 191.21 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.983;QD=47.8022;RBI=0.092745;REFB=0;REVB=0.0747392;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129258;OID=.;OPOS=106471547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr14 106471685 . G A 817.02 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.155;QD=57.3345;RBI=0.0323248;REFB=0;REVB=0.0140259;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.91645e-05;OID=.;OPOS=106471685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:38:19:0:0:38:19:0:0 chr14 106478401 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.692;QD=42.1826;RBI=0.0221514;REFB=0;REVB=0.00567671;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236129;OID=.;OPOS=106478401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr14 106478513 . C G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.388;QD=53.9111;RBI=0.0213433;REFB=0;REVB=0.019989;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108801;OID=.;OPOS=106478513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr14 106478556 . T C 244.75 PASS AF=0.84;AO=21;DP=25;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0149856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5452;QD=39.1592;RBI=0.0299311;REFB=-0.0324134;REVB=-0.0259095;RO=4;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108406;STB=0.558771;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00442417;OID=.;OPOS=106478556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:25:4:4:21:21:0.84:15:6:0:4:15:6:0:4 chr14 106494269 . T C 1330.92 PASS AF=1;AO=67;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.23922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4774;QD=62.6314;RBI=0.239702;REFB=0;REVB=-0.015204;RO=0;SAF=21;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188944;OID=.;OPOS=106494269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:67:85:1:46:21:0:0:46:39:0:0 chr14 106725240 . G T 494.23 PASS AF=0.652174;AO=45;DP=69;FAO=45;FDP=69;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0368657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.303;QD=28.6509;RBI=0.0368889;REFB=-0.0221885;REVB=0.00130634;RO=24;SAF=16;SAR=29;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151136;STB=0.582292;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0120311;OID=.;OPOS=106725240;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:24:24:45:45:0.652174:29:16:14:10:29:16:14:10 chr14 106780634 . G A 653.08 PASS AF=0.577982;AO=63;DP=109;FAO=63;FDP=109;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0192232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.658;QD=23.9662;RBI=0.0202786;REFB=-0.0135319;REVB=0.00645689;RO=45;SAF=32;SAR=31;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364174;STB=0.524191;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0112383;OID=.;OPOS=106780634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:45:46:63:63:0.577982:31:32:25:20:31:32:26:20 chr14 106780816 . CA C,CC 551.99 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=4,33;DP=37;FAO=1,36;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072979,0.0693032;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.858,186.566;QD=59.6745;RBI=0.0730189,0.0693779;REFB=0,0;REVB=-0.00241225,-0.00321888;RO=0;SAF=3,25;SAR=1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00566042,0.00121338;OID=.,.;OPOS=106780817,106780817;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.027027,0.972973:4,33:37:1,36:37:0:0,28:1,8:0:0:4:0:3,25:1,8:0:0 chr14 106780956 . AG A 345.05 PASS AF=0.683333;AO=39;DP=61;FAO=41;FDP=60;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0131165;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.334;QD=23.0034;RBI=0.0320977;REFB=0.0171422;REVB=0.0292954;RO=18;SAF=19;SAR=20;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00745257;STB=0.512189;STBP=0.802;TYPE=del;VARB=-0.00711073;OID=.;OPOS=106780957;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.683333:39:61:41:60:19:20:21:10:9:94:18:19:20:9:9 chr14 106791006 . C T 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00536982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.518;QD=24.0668;RBI=0.00623673;REFB=-0.0290203;REVB=-0.00317205;RO=10;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286611;STB=0.660182;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0155303;OID=.;OPOS=106791006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:10:6:8:2:10:6:8:2 chr14 106791119 . A G 117.22 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.040508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.03;QD=8.52513;RBI=0.0409184;REFB=-0.0169574;REVB=-0.00578043;RO=39;SAF=12;SAR=4;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426391;STB=0.756439;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0256397;OID=.;OPOS=106791119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:4:12:15:24:4:12:15:24 chr14 106791131 . A G 96.19 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.02653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.186;QD=6.87058;RBI=0.0287506;REFB=-0.0177516;REVB=0.0110795;RO=42;SAF=10;SAR=4;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394201;STB=0.74224;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0329509;OID=.;OPOS=106791131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:56:56:42:42:14:14:0.25:4:10:16:26:4:10:16:26 chr14 106805212 . C G 75.16 PASS AF=0.37037;AO=8;DP=25;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0743709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8167;QD=11.1352;RBI=0.0744039;REFB=-0.0164872;REVB=-0.00221611;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265764;STB=0.615758;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0160077;OID=.;OPOS=106805212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:27:17:17:8:10:0.37037:6:2:8:9:7:3:8:9 chr14 106805236 . C T 141.97 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0104808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.993;QD=13.8505;RBI=0.0116009;REFB=-0.0243621;REVB=-0.00497324;RO=24;SAF=3;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297515;STB=0.691746;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0300428;OID=.;OPOS=106805236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:13:3:10:14:13:3:11:14 chr14 106805278 . A G 213.98 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0064356;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.001;QD=16.1496;RBI=0.00964809;REFB=-0.0104563;REVB=-0.0071881;RO=29;SAF=4;SAR=20;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381766;STB=0.719791;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00692827;OID=.;OPOS=106805278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:20:4:14:15:20:4:14:15 chr14 106805343 . A G 30.17 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=72;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=44;FWDB=-0.0209676;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.872;QD=1.67588;RBI=0.0213898;REFB=-0.00214647;REVB=-0.00422921;RO=65;SAF=4;SAR=3;SRF=21;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285261;STB=0.714296;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0231461;OID=.;OPOS=106805343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:72:72:65:65:7:7:0.0972222:3:4:21:44:3:4:21:44 chr14 106805380 . GT GG,TG 272.34 PASS AF=0.410714,0.125;AO=22,7;DP=56;FAO=23,7;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=4,4;FSAR=19,3;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0295191,-0.0321353;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=308.166,35.4324;QD=19.4527;RBI=0.0296327,0.0375798;REFB=-0.0130665,-0.0341776;REVB=0.00259177,0.0194824;RO=26;SAF=4,4;SAR=18,3;SRF=10;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.259469,0.219624;STB=0.655019,0.643674;STBP=0.072,0.454;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0141613,-0.0150186;OID=.,.;OPOS=106805381,106805380;OREF=T,GT;OALT=G,TG;OMAPALT=GG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:22,7:23,7:0.410714,0.125:18,3:4,4:10:16:19,3:4,4:10:16 chr14 106805386 . G C 36.89 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=-0.00100369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1695;QD=2.58888;RBI=0.0262471;REFB=0.00619592;REVB=0.0262279;RO=50;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347475;STB=0.742288;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.039762;OID=.;OPOS=106805386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:50:50:7:7:0.122807:3:4:14:36:3:4:14:36 chr14 106805395 . G A 234.93 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0376356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.578;QD=18.7947;RBI=0.0389126;REFB=-0.00195091;REVB=0.00988702;RO=25;SAF=4;SAR=19;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388372;STB=0.709683;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00317799;OID=.;OPOS=106805395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:27:23:23:0.46:19:4:13:12:19:4:13:14 chr14 106805402 . T G 40.78 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0377944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8159;QD=3.54591;RBI=0.0466309;REFB=-0.00466692;REVB=-0.0273135;RO=39;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315473;STB=0.713754;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0331449;OID=.;OPOS=106805402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:39:39:7:7:0.152174:3:4:12:27:3:4:12:27 chr14 106805408 . C T 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00591833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.72;QD=10.1408;RBI=0.00936944;REFB=-0.0135117;REVB=0.00726359;RO=28;SAF=3;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332382;STB=0.702146;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0120657;OID=.;OPOS=106805408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:10:3:14:14:10:3:14:14 chr14 106805439 . TA CG,TG 433.58 PASS AF=0.16129,0.83871;AO=5,26;DP=31;FAO=5,26;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=2,10;FSAR=3,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00104126,0.0178358;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=55.2947,123.782;QD=55.9456;RBI=0.019336,0.0237881;REFB=0,0;REVB=-0.0193079,0.0157404;RO=0;SAF=2,10;SAR=3,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,7.71087e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00086346,-0.000722989;OID=.,.;OPOS=106805439,106805440;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:31:31:0:0:5,26:5,26:0.16129,0.83871:3,16:2,10:0:0:3,16:2,10:0:0 chr14 106805508 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389256;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.9016;QD=39.2029;RBI=0.0510143;REFB=0;REVB=0.0329735;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000409859;OID=.;OPOS=106805508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr14 106866565 . C A 81.88 PASS AF=0.16129;AO=15;DP=89;FAO=15;FDP=93;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.0521554;FXX=0.0106372;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.147;QD=3.52164;RBI=0.0591228;REFB=-0.00455006;REVB=0.0278445;RO=74;SAF=5;SAR=10;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114021;STB=0.590784;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0236874;OID=.;OPOS=106866565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:89:93:74:78:15:15:0.16129:10:5:31:43:10:5:34:44 chr14 106877445 . C T 780.77 PASS AF=0.688172;AO=61;DP=93;FAO=64;FDP=93;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.000900518;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7445;QD=33.5816;RBI=0.00549937;REFB=-0.0183994;REVB=-0.00542514;RO=28;SAF=24;SAR=37;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167307;STB=0.583335;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0115051;OID=.;OPOS=106877445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:28:29:61:64:0.688172:37:24:19:9:37:27:20:9 chr14 106877447 . A ATGATCT 680.64 PASS AF=0.662791;AO=57;DP=90;FAO=57;FDP=86;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0217143;FXX=0.0752607;HRUN=0;LEN=6;MLLD=259.88;QD=31.6575;RBI=0.0578588;REFB=-0.0135179;REVB=0.0536296;RO=29;SAF=24;SAR=33;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187538;STB=0.601423;STBP=0.013;TYPE=ins;VARB=0.00626859;OID=.;OPOS=106877448;OREF=-;OALT=TGATCT;OMAPALT=ATGATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.662791:57:90:57:86:29:24:33:21:8:99:29:24:33:21:8 chr14 106877551 . A C 280.86 PASS AF=0.958333;AO=20;DP=22;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0070845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3477;QD=46.8094;RBI=0.092312;REFB=-0.220047;REVB=0.0920398;RO=1;SAF=5;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834715;STB=0.545413;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0149709;OID=.;OPOS=106877551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:24:1:1:20:23:0.958333:15:5:1:0:18:5:1:0 chr14 106926328 . A C 175.08 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0228914;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9666;QD=9.86359;RBI=0.0891653;REFB=-0.00317557;REVB=0.0861767;RO=49;SAF=11;SAR=12;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133508;STB=0.500613;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0106902;OID=.;OPOS=106926328;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:49:48:23:23:0.323944:12:11:24:25:12:11:23:25 chr14 106926362 . C T 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0249143;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.104;QD=12.724;RBI=0.0266999;REFB=-0.00537289;REVB=0.00960014;RO=36;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103988;STB=0.505983;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00798562;OID=.;OPOS=106926362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:13:10:16:20:13:10:16:20 chr14 106926388 . T C 180.86 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00188413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.828;QD=13.912;RBI=0.00191482;REFB=-0.00575702;REVB=0.000341457;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041387;STB=0.523787;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00553495;OID=.;OPOS=106926388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:10:11:15:16:10:11:15:16 chr14 106926456 . A C 83.05 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0796126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2148;QD=9.49149;RBI=0.0848837;REFB=-0.014029;REVB=0.0294461;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202101;STB=0.622811;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0297537;OID=.;OPOS=106926456;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:7:4:13:11:7:4:13:11 chr14 106963101 . C T 191.29 PASS AF=0.301205;AO=25;DP=86;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00449376;FXX=0.0348797;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.507;QD=9.21879;RBI=0.00449575;REFB=0.000811387;REVB=-0.000133602;RO=55;SAF=12;SAR=13;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055147;STB=0.54996;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00176313;OID=.;OPOS=106963101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:83:55:58:25:25:0.301205:13:12:29:26:13:12:32:26 chr14 106967052 . C A 71.86 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0119455;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4104;QD=15.1288;RBI=0.0411096;REFB=-0.033351;REVB=0.0393358;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196839;STB=0.617362;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0245963;OID=.;OPOS=106967052;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:20:19:10:10:9:9:0.473684:2:7:6:4:2:7:6:4 chr14 106994063 . C T 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00710893;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=275.109;QD=7.62889;RBI=0.00819124;REFB=-0.00329491;REVB=-0.00406934;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252565;STB=0.657509;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00890945;OID=.;OPOS=106994063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:3:5:8:12:3:5:8:12 chr14 107013201 . G T 257.48 PASS AF=0.913043;AO=17;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0353555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.502;QD=44.7798;RBI=0.0394645;REFB=-0.0802391;REVB=0.0175338;RO=2;SAF=7;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174431;STB=0.502073;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00670767;OID=.;OPOS=107013201;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:17:21:0.913043:10:7:1:1:11:10:1:1 chr14 107013408 . CTG C 104.64 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=39;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00983637;FXX=0.0749813;HRUN=1;LEN=2;MLLD=225.644;QD=11.3124;RBI=0.0149518;REFB=-0.0108606;REVB=-0.0112607;RO=25;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193011;STB=0.521705;STBP=0.883;TYPE=del;VARB=0.0191393;OID=.;OPOS=107013409;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.351351:12:39:13:37:24:8:5:14:10:99:25:7:5:15:10 chr14 107048702 . G A 31.15 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0155478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.348;QD=2.35121;RBI=0.0500494;REFB=-0.00265612;REVB=-0.0475732;RO=47;SAF=5;SAR=1;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371937;STB=0.792053;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0193782;OID=.;OPOS=107048702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:47:47:6:6:0.113208:1:5:25:22:1:5:25:22 chr14 107048749 . C G 45.12 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0484534;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.714;QD=3.22321;RBI=0.0668008;REFB=0.00106715;REVB=-0.0459849;RO=46;SAF=6;SAR=2;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288882;STB=0.707006;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.0263631;OID=.;OPOS=107048749;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:57:56:46:48:8:8:0.142857:2:6:24:22:2:6:25:23 chr14 107078567 . T C 592.36 PASS AF=0.87037;AO=47;DP=54;FAO=47;FDP=54;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0188925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.101;QD=43.8785;RBI=0.0205988;REFB=-0.051219;REVB=-0.00820874;RO=7;SAF=28;SAR=19;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300341;STB=0.516043;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0050793;OID=.;OPOS=107078567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:7:7:47:47:0.87037:19:28:5:2:19:28:5:2 chr14 107078790 . C T 753.52 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0380247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.232;QD=61.5122;RBI=0.0442599;REFB=-0.078493;REVB=0.0226508;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.511106;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.000355718;OID=.;OPOS=107078790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:26:22:0:0:26:22:1:0 chr14 107083633 . T C 224.53 PASS AF=0.292453;AO=31;DP=107;FAO=31;FDP=106;FR=.;FRO=75;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=50;FWDB=-0.0274317;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0132;QD=8.47286;RBI=0.0434201;REFB=-0.0210215;REVB=-0.0336572;RO=73;SAF=17;SAR=14;SRF=25;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242784;STB=0.649074;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0546132;OID=.;OPOS=107083633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:73:75:31:31:0.292453:14:17:25:48:14:17:25:50 chr14 107095326 . C T 1499.68 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0946989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.006;QD=62.4865;RBI=0.0955302;REFB=-0.0654297;REVB=-0.0125756;RO=1;SAF=45;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104212;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720335;OID=.;OPOS=107095326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:96:96:1:0:95:96:1:50:45:1:0:50:46:0:0 chr14 107113851 . C T 108.43 PASS AF=0.242857;AO=15;DP=69;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0022215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.771;QD=6.19573;RBI=0.00777989;REFB=-0.0128435;REVB=-0.00745597;RO=53;SAF=7;SAR=8;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145821;STB=0.542324;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0391984;OID=.;OPOS=107113851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:53:53:15:17:0.242857:8:7:31:22:8:9:31:22 chr14 107114193 . A G 42.29 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0139304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.442;QD=4.69868;RBI=0.0176323;REFB=-0.00979439;REVB=0.0108092;RO=29;SAF=5;SAR=2;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125619;STB=0.58533;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0423083;OID=.;OPOS=107114193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:2:5:18:11:2:5:18:11 chr14 107131410 . A G 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00356655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7991;QD=4.62989;RBI=0.00719745;REFB=0.00418929;REVB=-0.00625164;RO=24;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523806;STB=0.84995;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0163569;OID=.;OPOS=107131410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:5:1:15:9:5:1:15:9 chr14 107170005 . T C 446.03 PASS AF=0.714286;AO=35;DP=49;FAO=35;FDP=49;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00040889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.215;QD=36.4108;RBI=0.015512;REFB=-0.0334933;REVB=-0.0155066;RO=14;SAF=19;SAR=16;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532851;STB=0.528909;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0135705;OID=.;OPOS=107170005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:14:14:35:35:0.714286:16:19:9:5:16:19:9:5 chr14 107170055 . G A 113.77 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0152937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.733;QD=9.893;RBI=0.0325214;REFB=-0.00395699;REVB=-0.0287009;RO=32;SAF=8;SAR=6;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264292;STB=0.515901;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0138169;OID=.;OPOS=107170055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:6:8:19:13:6:8:19:13 chr14 107170062 . A G 114.58 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00418382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8826;QD=10.4163;RBI=0.0333621;REFB=-0.0200302;REVB=-0.0330988;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333863;STB=0.519972;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0370086;OID=.;OPOS=107170062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:6:8:18:12:6:8:18:12 chr14 107170077 . C T 137.86 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0634608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3011;QD=11.4882;RBI=0.0662394;REFB=-0.0129433;REVB=-0.0189838;RO=32;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731445;STB=0.543423;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0234264;OID=.;OPOS=107170077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:6:10:18:14:6:10:18:14 chr14 107170219 . C G 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0180423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.921;QD=5.788;RBI=0.0244665;REFB=-0.00455732;REVB=-0.0165253;RO=23;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237416;STB=0.6561;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0156754;OID=.;OPOS=107170219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:2:5:12:11:2:5:12:11 chr14 107178832 . A G 1677.82 PASS AF=0.982609;AO=112;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0128307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8706;QD=58.3591;RBI=0.0803621;REFB=-0.06303;REVB=-0.0793312;RO=1;SAF=56;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840321;STB=0.50877;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.000547779;OID=.;OPOS=107178832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:1:2:112:113:0.982609:56:56:1:0:57:56:2:0 chr14 107178965 . A C 162.48 PASS AF=0.25;AO=23;DP=93;FAO=23;FDP=92;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.00488575;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.196;QD=7.06433;RBI=0.0061328;REFB=-0.00784508;REVB=-0.00370685;RO=68;SAF=18;SAR=5;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278367;STB=0.668006;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0379639;OID=.;OPOS=107178965;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:68:69:23:23:0.25:5:18:40:28:5:18:41:28 chr14 107179268 . A G 123.4 PASS AF=0.268657;AO=17;DP=66;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0232935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.068;QD=7.36736;RBI=0.0233128;REFB=-0.0102895;REVB=-0.000947456;RO=49;SAF=9;SAR=8;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263735;STB=0.537272;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0284456;OID=.;OPOS=107179268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:49:49:17:18:0.268657:8:9:27:22:9:9:27:22 chr14 107211211 . G A 77.94 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0221528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.213;QD=14.17;RBI=0.0221658;REFB=0.000614628;REVB=0.000759812;RO=12;SAF=9;SAR=1;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.603069;STB=0.860883;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00147549;OID=.;OPOS=107211211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:1:9:4:8:1:9:4:8 chr14 107282852 . T C 43.02 PASS AF=0.0849673;AO=13;DP=154;FAO=13;FDP=153;FR=.;FRO=140;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=67;FSRR=73;FWDB=-0.00122649;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.94;QD=1.12466;RBI=0.0234847;REFB=-0.00138523;REVB=-0.0234527;RO=140;SAF=12;SAR=1;SRF=67;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.518301;STB=0.917644;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0333605;OID=.;OPOS=107282852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:154:153:140:140:13:13:0.0849673:1:12:67:73:1:12:67:73 chr14 107282859 . G A 41.57 PASS AF=0.0822785;AO=13;DP=158;FAO=13;FDP=158;FR=.;FRO=145;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=70;FSRR=75;FWDB=0.0126721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8038;QD=1.05248;RBI=0.0321424;REFB=-0.00282272;REVB=-0.029539;RO=144;SAF=12;SAR=1;SRF=69;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514008;STB=0.916844;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0299325;OID=.;OPOS=107282859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:158:158:144:145:13:13:0.0822785:1:12:69:75:1:12:70:75 chr14 107282872 . T A 41.27 PASS AF=0.081761;AO=13;DP=159;FAO=13;FDP=159;FR=.;FRO=146;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=69;FSRR=77;FWDB=0.00467083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.524;QD=1.0382;RBI=0.0155759;REFB=-0.00189242;REVB=-0.014859;RO=144;SAF=12;SAR=1;SRF=68;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.518392;STB=0.919698;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0211134;OID=.;OPOS=107282872;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:159:159:144:146:13:13:0.081761:1:12:68:76:1:12:69:77 chr14 107282909 . T C 44.19 PASS AF=0.0878378;AO=13;DP=148;FAO=13;FDP=148;FR=.;FRO=135;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=63;FSRR=72;FWDB=-0.0097432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.879;QD=1.1942;RBI=0.00996043;REFB=0.000662406;REVB=-0.00206887;RO=135;SAF=12;SAR=1;SRF=63;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.530769;STB=0.920482;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0219948;OID=.;OPOS=107282909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:148:148:135:135:13:13:0.0878378:1:12:63:72:1:12:63:72 chr14 107282926 . A T 52.98 PASS AF=0.101449;AO=14;DP=138;FAO=14;FDP=138;FR=.;FRO=124;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=58;FSRR=66;FWDB=-0.0126719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.069;QD=1.53568;RBI=0.0149245;REFB=-0.000964546;REVB=-0.00788428;RO=122;SAF=12;SAR=2;SRF=58;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463262;STB=0.853047;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0310683;OID=.;OPOS=107282926;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:138:138:122:124:14:14:0.101449:2:12:58:64:2:12:58:66 chr14 107282935 . A T 54.49 PASS AF=0.105263;AO=14;DP=133;FAO=14;FDP=133;FR=.;FRO=119;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=57;FSRR=62;FWDB=-0.0551078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8624;QD=1.63885;RBI=0.0551084;REFB=-0.000611433;REVB=-0.00025858;RO=117;SAF=12;SAR=2;SRF=56;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4645;STB=0.847173;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00607941;OID=.;OPOS=107282935;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:133:133:117:119:14:14:0.105263:2:12:56:61:2:12:57:62 chr15 20462585 . A G 84.14 PASS AF=0.174419;AO=15;DP=86;FAO=15;FDP=86;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.012206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.752;QD=3.91369;RBI=0.0194561;REFB=-0.00824774;REVB=-0.015151;RO=71;SAF=9;SAR=6;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254077;STB=0.664948;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0388273;OID=.;OPOS=20462585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:86:86:71:71:15:15:0.174419:6:9:28:43:6:9:28:43 chr15 20462603 . G T 610.31 PASS AF=0.585106;AO=55;DP=94;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00792526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.827;QD=25.9706;RBI=0.00805259;REFB=-0.00682077;REVB=0.00142634;RO=39;SAF=24;SAR=31;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603161;STB=0.532899;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00316568;OID=.;OPOS=20462603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:39:39:55:55:0.585106:31:24:14:25:31:24:14:25 chr15 20462623 . G A 82.21 PASS AF=0.164835;AO=15;DP=91;FAO=15;FDP=91;FR=.;FRO=76;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.0139153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.872;QD=3.61369;RBI=0.0143344;REFB=-0.0033476;REVB=-0.00344083;RO=76;SAF=3;SAR=12;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342558;STB=0.732336;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0219167;OID=.;OPOS=20462623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:91:91:76:76:15:15:0.164835:12:3:34:42:12:3:34:42 chr15 20476942 . C T 168.08 PASS AF=0.168421;AO=32;DP=189;FAO=32;FDP=190;FR=.;FRO=158;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=103;FSRR=55;FWDB=-0.0281085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.55;QD=3.53848;RBI=0.0427077;REFB=-0.00287137;REVB=-0.0321537;RO=157;SAF=20;SAR=12;SRF=102;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342741;STB=0.524133;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0143539;OID=.;OPOS=20476942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:157:158:32:32:0.168421:12:20:102:55:12:20:103:55 chr15 20588705 . C A 225.5 PASS AF=0.29;AO=29;DP=100;FAO=29;FDP=100;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.00688496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0144;QD=9.01998;RBI=0.00846051;REFB=-0.0118551;REVB=-0.00491707;RO=69;SAF=12;SAR=17;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145917;STB=0.576418;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0194262;OID=.;OPOS=20588705;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:69:71:29:29:0.29:17:12:37:32:17:12:37:34 chr15 20645751 . G A 35.86 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00904346;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.973;QD=5.12281;RBI=0.032591;REFB=-0.0141662;REVB=0.0313112;RO=23;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274669;STB=0.702351;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0598716;OID=.;OPOS=20645751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:29:28:23:22:6:6:0.214286:5:1:8:15:5:1:8:14 chr15 20645827 . A G 70.31 PASS AF=0.277778;AO=9;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=0.0188208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9615;QD=7.81261;RBI=0.0223416;REFB=-0.00928418;REVB=-0.0120384;RO=24;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322769;STB=0.639474;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.026554;OID=.;OPOS=20645827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:36:36:24:26:9:10:0.277778:6:3:3:21:7:3:4:22 chr15 20648687 . GCAGA G 50.0 PASS AO=39;DP=199;LEN=4;RO=160;SAF=31;SAR=12;SRF=111;SRR=45;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=20648688;OREF=CAGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:199:160:39:12:31:111:45 chr15 20739739 . A G 33.51 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0122533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.217;QD=19.148;RBI=0.110372;REFB=-0.0854257;REVB=0.10969;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190062;STB=0.614874;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0234883;OID=.;OPOS=20739739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:1:1:1:4:1:1 chr15 20874897 . A G 2974.23 PASS AF=0.544402;AO=281;DP=517;FAO=282;FDP=518;FR=.;FRO=236;FSAF=141;FSAR=141;FSRF=108;FSRR=128;FWDB=0.0209414;FXX=0.00192675;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.432;QD=22.967;RBI=0.0227013;REFB=-0.0215715;REVB=-0.00876396;RO=235;SAF=141;SAR=140;SRF=107;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389526;STB=0.519304;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0156001;OID=.;OPOS=20874897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:517:518:235:236:281:282:0.544402:140:141:107:128:141:141:108:128 chr15 20874927 . T A 1546.97 PASS AF=0.371769;AO=172;DP=492;FAO=187;FDP=503;FR=.;FRO=316;FSAF=93;FSAR=94;FSRF=143;FSRR=173;FWDB=0.000304548;FXX=0.0117876;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.659;QD=12.3019;RBI=0.0197392;REFB=-0.00565152;REVB=0.0197369;RO=307;SAF=90;SAR=82;SRF=136;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907561;STB=0.528148;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00953269;OID=.;OPOS=20874927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:492:503:307:316:172:187:0.371769:82:90:136:171:94:93:143:173 chr15 20876452 . G A 47.47 PASS AF=0.0730769;AO=19;DP=260;FAO=19;FDP=260;FR=.;FRO=241;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=141;FSRR=100;FWDB=0.00191351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4858;QD=0.730233;RBI=0.0278871;REFB=-0.00189225;REVB=-0.0278214;RO=239;SAF=11;SAR=8;SRF=140;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00783494;STB=0.505817;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0419464;OID=.;OPOS=20876452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:260:260:239:241:19:19:0.0730769:8:11:140:99:8:11:141:100 chr15 20876515 . A G 1962.4 PASS AF=0.557927;AO=183;DP=328;FAO=183;FDP=328;FR=.;FRO=145;FSAF=98;FSAR=85;FSRF=75;FSRR=70;FWDB=0.0220596;FXX=0.00606042;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.878;QD=23.9317;RBI=0.0264615;REFB=-0.0227185;REVB=0.0146145;RO=144;SAF=98;SAR=85;SRF=74;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176102;STB=0.508111;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0171315;OID=.;OPOS=20876515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:328:144:145:183:183:0.557927:85:98:74:70:85:98:75:70 chr15 22016194 . G A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0114386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.459;QD=18.8866;RBI=0.0117532;REFB=-0.0182399;REVB=0.00270115;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260045;STB=0.646763;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00696086;OID=.;OPOS=22016194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:0:5:6:2:0:5 chr15 22368634 . C T 160.42 PASS AF=0.247312;AO=23;DP=92;FAO=23;FDP=93;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=0.00450472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.104;QD=6.89965;RBI=0.0121369;REFB=-0.0223131;REVB=-0.01127;RO=69;SAF=10;SAR=13;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111649;STB=0.560336;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0493278;OID=.;OPOS=22368634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:69:70:23:23:0.247312:13:10:24:45:13:10:25:45 chr15 22368738 . C T 675.61 PASS AF=0.270893;AO=93;DP=348;FAO=94;FDP=347;FR=.;FRO=253;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=136;FSRR=117;FWDB=-3.91464e-05;FXX=0.00857118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.9;QD=7.78804;RBI=0.0127759;REFB=-0.00751143;REVB=-0.0127759;RO=254;SAF=55;SAR=38;SRF=136;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707409;STB=0.543306;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0207101;OID=.;OPOS=22368738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:347:254:253:93:94:0.270893:38:55:136:118:38:56:136:117 chr15 22368855 . T C 155.18 PASS AF=0.134328;AO=36;DP=268;FAO=36;FDP=268;FR=.;FRO=232;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=143;FSRR=89;FWDB=0.00188253;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.022;QD=2.31615;RBI=0.00494834;REFB=-0.000294211;REVB=0.00457626;RO=232;SAF=9;SAR=27;SRF=143;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446134;STB=0.797051;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00175137;OID=.;OPOS=22368855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:232:232:36:36:0.134328:27:9:143:89:27:9:143:89 chr15 22368862 . G A 3801.21 PASS AF=0.987805;AO=242;DP=246;FAO=243;FDP=246;FR=.;FRO=3;FSAF=133;FSAR=110;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0506587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5402;QD=61.8083;RBI=0.059042;REFB=-0.149166;REVB=-0.030326;RO=3;SAF=132;SAR=110;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0028531;STB=0.501469;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0015954;OID=.;OPOS=22368862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:246:246:3:3:242:243:0.987805:110:132:2:1:110:133:2:1 chr15 22368905 . G A 1174.96 PASS AF=0.628743;AO=105;DP=168;FAO=105;FDP=167;FR=.;FRO=62;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0177279;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.289;QD=28.1427;RBI=0.0199593;REFB=-0.0235858;REVB=0.0091705;RO=62;SAF=56;SAR=49;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118693;STB=0.506409;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0139509;OID=.;OPOS=22368905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:62:62:105:105:0.628743:49:56:32:30:49:56:32:30 chr15 22368957 . C T 38.33 PASS AF=0.0810811;AO=12;DP=148;FAO=12;FDP=148;FR=.;FRO=136;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=64;FSRR=72;FWDB=-0.0205442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.567;QD=1.03597;RBI=0.0220298;REFB=-0.00181686;REVB=0.00795289;RO=136;SAF=7;SAR=5;SRF=64;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126781;STB=0.602738;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0161064;OID=.;OPOS=22368957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:148:148:136:136:12:12:0.0810811:5:7:64:72:5:7:64:72 chr15 22369132 . G A 81.72 PASS AF=0.118343;AO=20;DP=169;FAO=20;FDP=169;FR=.;FRO=149;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=70;FSRR=79;FWDB=0.00988169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.478;QD=1.93428;RBI=0.0125463;REFB=0.00148012;REVB=-0.00773061;RO=149;SAF=14;SAR=6;SRF=70;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28439;STB=0.702278;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0142433;OID=.;OPOS=22369132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:169:169:149:149:20:20:0.118343:6:14:70:79:6:14:70:79 chr15 22369179 . A T 44.2 PASS AF=0.113636;AO=10;DP=88;FAO=10;FDP=88;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.0194523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.27;QD=2.00912;RBI=0.0279335;REFB=-0.00454051;REVB=-0.0200472;RO=78;SAF=5;SAR=5;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926364;STB=0.568048;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.046213;OID=.;OPOS=22369179;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:88:88:78:78:10:10:0.113636:5:5:45:33:5:5:45:33 chr15 22369248 . T C 830.44 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118014;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.419;QD=54.4553;RBI=0.0433014;REFB=-0.00850413;REVB=0.0416622;RO=2;SAF=33;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277324;STB=0.507244;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000775934;OID=.;OPOS=22369248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:61:2:1:58:60:0.983607:25:33:2:0:26:34:1:0 chr15 22369373 . G A 259.42 PASS AF=0.210784;AO=43;DP=204;FAO=43;FDP=204;FR=.;FRO=161;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=83;FSRR=78;FWDB=0.00956308;FXX=0.0467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.761;QD=5.08669;RBI=0.00966282;REFB=0.00315466;REVB=0.00138477;RO=148;SAF=27;SAR=16;SRF=78;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131012;STB=0.590465;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.014468;OID=.;OPOS=22369373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:148:161:43:43:0.210784:16:27:78:70:16:27:83:78 chr15 22382655 . A C 263.38 PASS AF=0.292683;AO=35;DP=126;FAO=36;FDP=123;FR=.;FRO=87;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.0052755;FXX=0.0238076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1608;QD=8.56531;RBI=0.0282843;REFB=-0.0144029;REVB=-0.027788;RO=83;SAF=17;SAR=18;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189649;STB=0.507465;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.02303;OID=.;OPOS=22382655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:123:83:87:35:36:0.292683:18:17:39:44:19:17:42:45 chr15 22382728 . C T 137.92 PASS AF=0.221053;AO=21;DP=95;FAO=21;FDP=95;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.0373021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.738;QD=5.80717;RBI=0.0391128;REFB=-0.00671783;REVB=0.0117629;RO=74;SAF=7;SAR=14;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275589;STB=0.671166;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0279946;OID=.;OPOS=22382728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:74:74:21:21:0.221053:14:7:41:33:14:7:41:33 chr15 22382739 . A G 1226.51 PASS AF=0.964706;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00158655;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.911;QD=57.7183;RBI=0.0157198;REFB=-0.0408949;REVB=0.0156395;RO=3;SAF=42;SAR=39;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125236;STB=0.506313;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.000150462;OID=.;OPOS=22382739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:85:3:3:81:82:0.964706:39:42:1:2:40:42:1:2 chr15 22382821 . G C 397.38 PASS AF=0.322981;AO=52;DP=161;FAO=52;FDP=161;FR=.;FRO=109;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=69;FSRR=40;FWDB=-0.0178433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.242;QD=9.87277;RBI=0.0233008;REFB=-0.00845646;REVB=-0.0149848;RO=109;SAF=23;SAR=29;SRF=69;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220768;STB=0.62698;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0104933;OID=.;OPOS=22382821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:109:109:52:52:0.322981:29:23:69:40:29:23:69:40 chr15 22382828 . C A 376.6 PASS AF=0.298246;AO=50;DP=172;FAO=51;FDP=171;FR=.;FRO=120;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=74;FSRR=46;FWDB=0.020819;FXX=0.01156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.977;QD=8.80939;RBI=0.0226749;REFB=0.00614456;REVB=0.00898452;RO=120;SAF=23;SAR=27;SRF=74;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18763;STB=0.614714;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.0161168;OID=.;OPOS=22382828;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:120:120:50:51:0.298246:27:23:74:46:28:23:74:46 chr15 22383064 . C A 340.82 PASS AF=0.257895;AO=49;DP=189;FAO=49;FDP=190;FR=.;FRO=141;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=75;FSRR=66;FWDB=0.0223558;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.729;QD=7.17506;RBI=0.0291779;REFB=-0.00940238;REVB=0.0187501;RO=140;SAF=31;SAR=18;SRF=74;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132906;STB=0.577096;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0194841;OID=.;OPOS=22383064;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:140:141:49:49:0.257895:18:31:74:66:18:31:75:66 chr15 22383066 . A G 649.15 PASS AF=0.377551;AO=72;DP=195;FAO=74;FDP=196;FR=.;FRO=122;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=61;FSRR=61;FWDB=-0.00690331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4034;QD=13.2479;RBI=0.0103208;REFB=0.00274908;REVB=0.00767221;RO=123;SAF=47;SAR=25;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179874;STB=0.586477;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00151302;OID=.;OPOS=22383066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:123:122:72:74:0.377551:25:47:61:62:27:47:61:61 chr15 22383189 . G A 91.6 PASS AF=0.122905;AO=22;DP=179;FAO=22;FDP=179;FR=.;FRO=157;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=90;FSRR=67;FWDB=-0.0169986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.02;QD=2.047;RBI=0.0177451;REFB=0.00119657;REVB=-0.00509259;RO=157;SAF=5;SAR=17;SRF=90;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421754;STB=0.793355;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00900907;OID=.;OPOS=22383189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:179:179:157:157:22:22:0.122905:17:5:90:67:17:5:90:67 chr15 22383263 . C T 261.62 PASS AF=0.262411;AO=37;DP=140;FAO=37;FDP=141;FR=.;FRO=104;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=0.00486637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.138;QD=7.42193;RBI=0.00725937;REFB=-0.00693649;REVB=0.00538673;RO=103;SAF=16;SAR=21;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776821;STB=0.55005;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0220926;OID=.;OPOS=22383263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:103:104:37:37:0.262411:21:16:51:52:21:16:52:52 chr15 22383482 . GA G 86.82 PASS AF=0.215385;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0102236;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.771;QD=5.34295;RBI=0.0102245;REFB=-0.00599643;REVB=-0.000139947;RO=50;SAF=9;SAR=5;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179101;STB=0.606587;STBP=0.417;TYPE=del;VARB=0.0196696;OID=.;OPOS=22383483;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.215385:14:66:14:65:51:9:5:26:25:86:50:9:5:25:25 chr15 22413700 . A G 1501.44 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0137731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7554;QD=61.2832;RBI=0.0364435;REFB=-0.0264266;REVB=-0.0337406;RO=2;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201697;STB=0.510636;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00306565;OID=.;OPOS=22413700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:96:96:0.979592:46:50:0:2:46:50:0:2 chr15 22413954 . C T 1554.26 PASS AF=0.519031;AO=150;DP=289;FAO=150;FDP=289;FR=.;FRO=139;FSAF=87;FSAR=63;FSRF=67;FSRR=72;FWDB=0.00407767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.698;QD=21.5123;RBI=0.00446992;REFB=-0.020811;REVB=0.00183108;RO=139;SAF=87;SAR=63;SRF=67;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871024;STB=0.547623;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0153953;OID=.;OPOS=22413954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:139:139:150:150:0.519031:63:87:67:72:63:87:67:72 chr15 22414005 . C T 1575.14 PASS AF=0.558052;AO=149;DP=267;FAO=149;FDP=267;FR=.;FRO=118;FSAF=79;FSAR=70;FSRF=57;FSRR=61;FWDB=-0.00641245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.964;QD=23.5976;RBI=0.0169773;REFB=-0.022697;REVB=0.0157197;RO=117;SAF=79;SAR=70;SRF=57;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348733;STB=0.520859;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0296357;OID=.;OPOS=22414005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:117:118:149:149:0.558052:70:79:57:60:70:79:57:61 chr15 22414132 . G A 646.98 PASS AF=0.373737;AO=74;DP=199;FAO=74;FDP=198;FR=.;FRO=124;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=66;FSRR=58;FWDB=0.0215799;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9492;QD=13.0703;RBI=0.0316156;REFB=-0.0165604;REVB=-0.0231053;RO=124;SAF=32;SAR=42;SRF=66;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110522;STB=0.562586;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0221056;OID=.;OPOS=22414132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:124:124:74:74:0.373737:42:32:66:58:42:32:66:58 chr15 22414140 . G A 329.78 PASS AF=0.253968;AO=48;DP=190;FAO=48;FDP=189;FR=.;FRO=141;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=75;FSRR=66;FWDB=0.00453706;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.617;QD=6.97937;RBI=0.00749139;REFB=-0.0108833;REVB=0.0059612;RO=141;SAF=16;SAR=32;SRF=76;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258516;STB=0.649937;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0197173;OID=.;OPOS=22414140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:141:141:48:48:0.253968:32:16:76:65:32:16:75:66 chr15 22414190 . T C 839.89 PASS AF=0.502959;AO=85;DP=169;FAO=85;FDP=169;FR=.;FRO=84;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=-0.00274719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3428;QD=19.8791;RBI=0.0272688;REFB=-0.0120226;REVB=0.02713;RO=82;SAF=50;SAR=35;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133995;STB=0.57959;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0129168;OID=.;OPOS=22414190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:82:84:85:85:0.502959:35:50:36:46:35:50:36:48 chr15 22440297 . A G 903.71 PASS AF=0.984848;AO=59;DP=60;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0481046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1966;QD=54.77;RBI=0.0735858;REFB=-0.0149694;REVB=0.055685;RO=1;SAF=28;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165531;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00302265;OID=.;OPOS=22440297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:66:1:1:59:65:0.984848:31:28:1:0:31:34:1:0 chr15 22440322 . A G 536.5 PASS AF=0.657534;AO=48;DP=73;FAO=48;FDP=73;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00374757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.557;QD=29.3974;RBI=0.0207986;REFB=-0.0172998;REVB=-0.0204582;RO=25;SAF=23;SAR=25;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151368;STB=0.582022;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00984096;OID=.;OPOS=22440322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:25:25:48:48:0.657534:25:23:18:7:25:23:18:7 chr15 22440611 . A G 98.96 PASS AF=0.216216;AO=16;DP=74;FAO=16;FDP=74;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0010435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.091;QD=5.34942;RBI=0.0111095;REFB=0.00341433;REVB=-0.0110604;RO=58;SAF=11;SAR=5;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239245;STB=0.651374;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.0152236;OID=.;OPOS=22440611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:74:74:58:58:16:16:0.216216:5:11:29:29:5:11:29:29 chr15 22440816 . A G 716.35 PASS AF=0.514706;AO=70;DP=136;FAO=70;FDP=136;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.000442762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.122;QD=21.0692;RBI=0.00425228;REFB=-0.0250182;REVB=-0.00422917;RO=63;SAF=26;SAR=44;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10789;STB=0.571903;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0282022;OID=.;OPOS=22440816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:63:66:70:70:0.514706:44:26:31:32:44:26:34:32 chr15 22448406 . G A 51.18 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0224352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.006;QD=2.9247;RBI=0.0303055;REFB=-0.00333402;REVB=-0.0203736;RO=60;SAF=3;SAR=7;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153517;STB=0.608469;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0334202;OID=.;OPOS=22448406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:70:60:60:10:10:0.142857:7:3:25:35:7:3:25:35 chr15 22448436 . G A 257.36 PASS AF=0.304348;AO=35;DP=115;FAO=35;FDP=115;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=-0.00733919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.134;QD=8.9517;RBI=0.0148282;REFB=-0.00409139;REVB=0.0128846;RO=80;SAF=14;SAR=21;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248416;STB=0.644971;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0165231;OID=.;OPOS=22448436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:80:80:35:35:0.304348:21:14:49:31:21:14:49:31 chr15 22448456 . C T 131.93 PASS AF=0.177778;AO=24;DP=135;FAO=24;FDP=135;FR=.;FRO=111;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=57;FSRR=54;FWDB=-0.0158279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.609;QD=3.90915;RBI=0.0262592;REFB=0.000922476;REVB=-0.0209529;RO=111;SAF=17;SAR=7;SRF=57;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256944;STB=0.666738;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0039812;OID=.;OPOS=22448456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:111:111:24:24:0.177778:7:17:57:54:7:17:57:54 chr15 22448752 . C T 65.59 PASS AF=0.102273;AO=18;DP=176;FAO=18;FDP=176;FR=.;FRO=158;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=89;FSRR=69;FWDB=0.00875463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.58;QD=1.49063;RBI=0.0511;REFB=0.0014768;REVB=0.0503445;RO=155;SAF=7;SAR=11;SRF=88;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213732;STB=0.6533;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.0195075;OID=.;OPOS=22448752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:176:176:155:158:18:18:0.102273:11:7:88:67:11:7:89:69 chr15 22840279 . G T 614.0 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.301;QD=61.3998;RBI=0.0288376;REFB=0;REVB=0.00216927;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86453e-05;OID=.;OPOS=22840279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:19:21:0:0 chr15 22873784 . C T 1320.81 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0078037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.167;QD=62.1558;RBI=0.0518121;REFB=0;REVB=0.051221;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113708;OID=.;OPOS=22873784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:48:37:0:0:48:37:0:0 chr15 22921574 . AG CC 194.32 PASS AF=0.40678;AO=21;DP=57;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.002577;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=2;MLLD=305.094;QD=13.1744;RBI=0.00258015;REFB=-0.0197298;REVB=-0.000127413;RO=36;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132498;STB=0.510196;STBP=0.904;TYPE=mnp;VARB=0.0319858;OID=.;OPOS=22921574;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:36:35:21:24:0.40678:12:9:15:21:14:10:14:21 chr15 22926229 . G A 1591.27 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460247;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.089;QD=64.2939;RBI=0.0364579;REFB=0;REVB=-0.0361662;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163894;OID=.;OPOS=22926229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:52:47:0:0:52:47:0:0 chr15 22960868 . G C 334.26 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.721;QD=53.4808;RBI=0.0572572;REFB=0;REVB=0.00118264;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000934969;OID=.;OPOS=22960868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:15:10:0:0 chr15 23043983 . AC ACAA,ACA,CA 42.46 PASS AF=0,0.325,0.05;AO=6,9,2;DP=41;FAO=0,13,2;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=0,10,1;FSAR=0,3,1;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0680228,-0.125309,-0.0545925;FXX=0.0243843;HRUN=7,7,4;LEN=2,1,2;MLLD=11.7948,7.54936,21.7702;QD=4.24626;RBI=0.0702062,0.128227,0.0597587;REFB=-0.0239477,-0.0475623,-0.0312928;REVB=0.0173724,0.0272005,0.0243056;RO=19;SAF=3,9,1;SAR=3,0,1;SRF=10;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0303651,0.763969,-0.0256614;STB=0.5,0.633922,0.591705;STBP=1,0.262,0.763;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=0.0928007,-0.169248,0.0411499;OID=.,.,.;OPOS=23043985,23043985,23043983;OREF=-,-,AC;OALT=AA,A,CA;OMAPALT=ACAA,ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:41:40:19:25:6,9,2:0,13,2:0,0.325,0.05:3,0,1:3,9,1:10:9:0,3,1:0,10,1:15:10 chr15 23052632 . T C 1678.94 PASS AF=0.99115;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.886;QD=59.4315;RBI=0.0335586;REFB=-0.121998;REVB=0.017709;RO=1;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887364;STB=0.504672;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.000323808;OID=.;OPOS=23052632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:111:112:0.99115:53:58:0:1:53:59:0:1 chr15 23059394 . C T 871.27 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00828196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.321;QD=56.2107;RBI=0.0173098;REFB=0.0486276;REVB=0.0152;RO=1;SAF=32;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145233;STB=0.50769;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000242805;OID=.;OPOS=23059394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:29:32:1:0:29:32:1:0 chr15 23098401 . C T 770.64 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.823;QD=55.0459;RBI=0.0548586;REFB=-0.0888081;REVB=0.0535375;RO=1;SAF=42;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034876;STB=0.518512;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000545342;OID=.;OPOS=23098401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:13:42:0:1:13:42:0:1 chr15 23098449 . C T 1311.65 PASS AF=0.906542;AO=96;DP=108;FAO=97;FDP=107;FR=.;FRO=10;FSAF=76;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00125504;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.741;QD=49.0336;RBI=0.0473954;REFB=0.00031761;REVB=0.0473788;RO=10;SAF=76;SAR=20;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0022546;STB=0.502277;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-2.71975e-05;OID=.;OPOS=23098449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:108:107:10:10:96:97:0.906542:20:76:8:2:21:76:8:2 chr15 23098518 . G A 43.55 PASS AF=0.0896552;AO=13;DP=145;FAO=13;FDP=145;FR=.;FRO=132;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=84;FSRR=48;FWDB=-0.00268069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.976;QD=1.20146;RBI=0.00456584;REFB=-0.0107036;REVB=-0.00369606;RO=129;SAF=7;SAR=6;SRF=81;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107711;STB=0.590776;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.115765;OID=.;OPOS=23098518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:145:145:129:132:13:13:0.0896552:6:7:81:48:6:7:84:48 chr15 23158337 . G GC 681.54 PASS AF=1;AO=8;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.207048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.2985;QD=35.4048;RBI=0.226585;REFB=0.0173139;REVB=-0.0920418;RO=66;SAF=8;SAR=0;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.645384;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000149274;OID=.;OPOS=23158338;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:77:77:77:0:41:36:0:0:13:66:8:0:31:35 chr15 23158339 . G C 911.28 PASS AF=0.883117;AO=66;DP=76;FAO=68;FDP=77;FR=.;FRO=9;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0166261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9929;QD=47.3391;RBI=0.0657178;REFB=-0.000732716;REVB=-0.0635799;RO=10;SAF=32;SAR=34;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102432;STB=0.54707;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.000496848;OID=.;OPOS=23158339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:76:77:10:9:66:68:0.883117:34:32:9:1:35:33:8:1 chr15 23259835 . C T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0269738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.966;QD=14.0785;RBI=0.0481421;REFB=-0.00781671;REVB=0.0398758;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201473;STB=0.617454;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0075997;OID=.;OPOS=23259835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:6:10:5:7:6:10 chr15 23261950 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9919;QD=59.4353;RBI=0.0264256;REFB=0;REVB=0.00499467;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278579;OID=.;OPOS=23261950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr15 23313211 . G A 245.21 PASS AF=0.337079;AO=30;DP=89;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.00925049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.0028;QD=11.0209;RBI=0.0729724;REFB=-0.0249751;REVB=0.0723837;RO=59;SAF=10;SAR=20;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286497;STB=0.516655;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0425554;OID=.;OPOS=23313211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:59:59:30:30:0.337079:20:10:21:38:20:10:21:38 chr15 23326356 . G C 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00614518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.466;QD=9.93213;RBI=0.018243;REFB=-0.00100572;REVB=0.0171768;RO=35;SAF=10;SAR=5;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118012;STB=0.571331;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00373156;OID=.;OPOS=23326356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:5:10:20:15:5:10:20:15 chr15 23686598 . T C 123.13 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.074244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.828;QD=37.8871;RBI=0.122617;REFB=-0.0676055;REVB=-0.0975843;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526273;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00060899;OID=.;OPOS=23686598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:0:1:12:12:0.923077:3:9:0:0:3:9:1:0 chr15 23686609 . C T 59.37 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0182974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.005;QD=15.8317;RBI=0.0232421;REFB=-0.0703752;REVB=0.0143318;RO=7;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226064;STB=0.635965;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0717894;OID=.;OPOS=23686609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:1:7:5:2:1:7:5:2 chr15 23686673 . G A 410.94 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0055475;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8403;QD=56.6818;RBI=0.197027;REFB=0;REVB=0.196948;RO=1;SAF=24;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102852;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00406065;OID=.;OPOS=23686673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:1:0:28:29:1:4:24:0:1:5:24:0:0 chr15 23687214 . C G 1779.89 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00816076;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7415;QD=60.3353;RBI=0.0520888;REFB=0;REVB=-0.0514456;RO=0;SAF=60;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490481;OID=.;OPOS=23687214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:119:118:1:59:60:0:0:58:60:0:0 chr15 23688944 . A G 959.61 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00469297;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1564;QD=59.053;RBI=0.00469707;REFB=0;REVB=-0.000196275;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404076;OID=.;OPOS=23688944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr15 23889033 . G T 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.82;QD=55.654;RBI=0.0198645;REFB=0;REVB=-0.00542791;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83841e-05;OID=.;OPOS=23889033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr15 23889416 . G A 365.04 PASS AF=0.312925;AO=46;DP=145;FAO=46;FDP=147;FR=.;FRO=101;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=59;FSRR=42;FWDB=0.0074212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.787;QD=9.93301;RBI=0.0137544;REFB=-0.0011717;REVB=0.0115805;RO=99;SAF=20;SAR=26;SRF=57;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164744;STB=0.601597;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00220137;OID=.;OPOS=23889416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:99:101:46:46:0.312925:26:20:57:42:26:20:59:42 chr15 23890265 . G A 42.88 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00397738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.547;QD=5.19761;RBI=0.0382231;REFB=-0.00176912;REVB=0.0380156;RO=26;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396396;STB=0.52624;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00559552;OID=.;OPOS=23890265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:4:3:12:14:4:3:12:14 chr15 24921771 . G C 127.37 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.017511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5455;QD=9.26306;RBI=0.0175752;REFB=0.0151705;REVB=0.0015009;RO=37;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086976;STB=0.561482;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.0345208;OID=.;OPOS=24921771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:38:17:17:0.309091:10:7:18:19:10:7:19:19 chr15 24922230 . C G 181.27 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0167097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.283;QD=16.4794;RBI=0.0272813;REFB=-0.0177469;REVB=0.0215652;RO=24;SAF=4;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351441;STB=0.721673;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0247473;OID=.;OPOS=24922230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:25:18:19:0.431818:14:4:13:11:15:4:14:11 chr15 24923335 . TTGGGG TGGG,TTGGG,TTGGGT,TTTGGG 186.99 PASS AF=0,0.695652,0,0;AO=6,15,2,2;DP=44;FAO=0,32,0,0;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=0,8,0,0;FSAR=0,24,0,0;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0263722,0.10648,-0.0258968,0.140746;FXX=0;HRUN=3,4,4,4;LEN=2,1,1,1;MLLD=13.3822,9.64694,34.0772,7.52195;QD=16.2598;RBI=0.201295,0.108938,0.0269723,0.227419;REFB=-0.00620236,-0.16452,-0.0254444,-0.173471;REVB=-0.19956,-0.0230107,-0.00754066,0.178633;RO=14;SAF=1,2,2,0;SAR=5,13,0,2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0,0.514563,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.571422,-0.55584,0.475704,-0.644719;STB=0.5,0.637408,0.5,0.5;STBP=1,0.017,1,1;TYPE=del,del,snp,snp;VARB=-0.0233454,0.131391,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=24923336,24923337,24923340,24923337;OREF=TG,G,G,G;OALT=-,-,T,T;OMAPALT=TGGG,TTGGG,TTGGGT,TTTGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.695652,0,0:6,15,2,2:44:0,32,0,0:46:14:0,8,0,0:0,24,0,0:9:5:33:14:1,2,2,0:5,13,0,2:10:4 chr15 24923390 . C T 368.78 PASS AF=0.513514;AO=36;DP=72;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0380038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7139;QD=19.9338;RBI=0.098211;REFB=-0.0434059;REVB=0.0905599;RO=36;SAF=15;SAR=21;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258011;STB=0.516121;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0447709;OID=.;OPOS=24923390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:36:36:36:38:0.513514:21:15:14:22:22:16:14:22 chr15 24925133 . T G 291.46 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00209484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3893;QD=27.1129;RBI=0.0133376;REFB=-0.0451035;REVB=-0.013172;RO=15;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066424;STB=0.511619;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0293495;OID=.;OPOS=24925133;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:17:26:26:0.604651:13:13:9:6:13:13:9:8 chr15 24926963 . TGATA T 80.6 PASS AF=0.261905;AO=9;DP=44;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0305601;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=4;MLLD=196.94;QD=7.67571;RBI=0.0358934;REFB=-0.0475607;REVB=-0.0188259;RO=30;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453797;STB=0.780019;STBP=0.052;TYPE=del;VARB=0.108924;OID=.;OPOS=24926964;OREF=GATA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.261905:9:44:11:42:31:8:3:10:21:80:30:6:3:8:22 chr15 25307562 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.971;QD=59.1432;RBI=0.0315754;REFB=0;REVB=-0.00211482;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40248e-05;OID=.;OPOS=25307562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:41:26:0:0:41:26:0:0 chr15 25318259 . G A 92.85 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.017612;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1274;QD=8.8431;RBI=0.0222631;REFB=-0.0175017;REVB=-0.0136184;RO=31;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107932;STB=0.57614;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0335656;OID=.;OPOS=25318259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:43:42:31:30:12:12:0.285714:8:4:13:18:8:4:13:17 chr15 25328802 . C T 364.45 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-4.31965e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.606;QD=23.8984;RBI=0.00537528;REFB=-0.0242;REVB=0.00537511;RO=25;SAF=20;SAR=16;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267488;STB=0.514698;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0134988;OID=.;OPOS=25328802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:16:20:13:12:16:20:13:12 chr15 25330550 . T A 335.68 PASS AF=0.402174;AO=36;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0195014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.037;QD=14.5945;RBI=0.0197833;REFB=-0.0210929;REVB=0.00332773;RO=55;SAF=17;SAR=19;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188705;STB=0.502957;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0302241;OID=.;OPOS=25330550;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:36:37:0.402174:19:17:25:30:20:17:25:30 chr15 25485056 . C T 255.61 PASS AF=0.439394;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00767997;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.988;QD=15.4914;RBI=0.0164596;REFB=-0.0241007;REVB=-0.014558;RO=37;SAF=13;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223542;STB=0.502091;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0344488;OID=.;OPOS=25485056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:28:29:0.439394:15:13:18:19:15:14:18:19 chr15 25925094 . C G 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.024838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=339.266;QD=40.6387;RBI=0.0346673;REFB=-0.0684532;REVB=-0.0241846;RO=1;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534678;STB=0.52937;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00657357;OID=.;OPOS=25925094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:8:6:0:1:8:6:0:1 chr15 25926186 . G A 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00381447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.782;QD=59.8331;RBI=0.0226305;REFB=0;REVB=0.0223067;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87094e-05;OID=.;OPOS=25926186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:46:56:0:0:46:56:0:0 chr15 25926198 . C G 1302.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.82;QD=62.0065;RBI=0.00630358;REFB=0;REVB=0.00582106;RO=0;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97082e-06;OID=.;OPOS=25926198;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:34:50:0:0:34:50:0:0 chr15 25926204 . C G 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0020746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6507;QD=61.0489;RBI=0.0235604;REFB=0;REVB=-0.0234688;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158686;OID=.;OPOS=25926204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:32:46:0:0:32:46:0:0 chr15 25961964 . A G 1190.36 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000605958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.272;QD=61.0443;RBI=0.0474141;REFB=0;REVB=0.0474103;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38506e-05;OID=.;OPOS=25961964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:31:47:0:0:31:47:0:0 chr15 26108111 . C T 47.06 PASS AF=0.388889;AO=6;DP=17;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.036563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6024;QD=10.4581;RBI=0.0376759;REFB=-0.0475323;REVB=0.00908961;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238861;STB=0.676457;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0179119;OID=.;OPOS=26108111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:18:11:11:6:7:0.388889:3:3:3:8:3:4:3:8 chr15 26327466 . C T 359.45 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00487609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.794;QD=19.9695;RBI=0.0214369;REFB=-0.00395826;REVB=-0.020875;RO=35;SAF=20;SAR=17;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171925;STB=0.595188;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00313309;OID=.;OPOS=26327466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:17:20:12:23:17:20:12:23 chr15 27017536 . G A 2106.92 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.266;QD=61.9684;RBI=0.0298695;REFB=-0.10361;REVB=0.022266;RO=1;SAF=72;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0074858;STB=0.503936;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=9.12212e-05;OID=.;OPOS=27017536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:136:136:1:1:135:135:0.992647:63:72:0:1:63:72:0:1 chr15 27018797 . G A 871.28 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0283078;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.696;QD=56.2118;RBI=0.0286273;REFB=-0.0278648;REVB=-0.00426538;RO=1;SAF=41;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113758;STB=0.506022;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.000364232;OID=.;OPOS=27018797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:20:41:1:0:20:41:1:0 chr15 27184435 . C T 1189.0 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0649768;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5531;QD=59.4502;RBI=0.0650133;REFB=-0.128272;REVB=0.00217667;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.506492;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000531108;OID=.;OPOS=27184435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:78:79:0.9875:38:40:0:0:38:41:0:1 chr15 27184482 . C T 865.96 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.97583e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.642;QD=57.7305;RBI=0.0098171;REFB=0;REVB=-0.00981691;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.1594e-06;OID=.;OPOS=27184482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:28:31:0:0:29:31:0:0 chr15 27184517 . G A 574.62 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.869;QD=60.4859;RBI=0.041592;REFB=0;REVB=0.035958;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278624;OID=.;OPOS=27184517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:18:19:0:0:19:19:0:0 chr15 27188459 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.724;QD=60.9786;RBI=0.03838;REFB=0;REVB=0.0383269;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146368;OID=.;OPOS=27188459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr15 27574019 . G A 407.3 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0139998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.723;QD=22.9466;RBI=0.0144136;REFB=-0.0292953;REVB=-0.00342862;RO=31;SAF=22;SAR=18;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507238;STB=0.527883;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0123707;OID=.;OPOS=27574019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:18:22:19:12:18:22:19:12 chr15 27772638 . C T 259.04 PASS AF=0.25;AO=38;DP=152;FAO=38;FDP=152;FR=.;FRO=114;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=56;FSRR=58;FWDB=0.0141562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1388;QD=6.81686;RBI=0.0234242;REFB=-0.00985302;REVB=0.0186627;RO=114;SAF=13;SAR=25;SRF=56;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190776;STB=0.615131;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0297453;OID=.;OPOS=27772638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:114:114:38:38:0.25:25:13:56:58:25:13:56:58 chr15 27772676 . C T 2338.38 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=157;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00461615;FXX=0.012738;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.814;QD=60.3453;RBI=0.00530736;REFB=-0.10281;REVB=0.00261901;RO=1;SAF=73;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00647218;STB=0.503401;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-1.97036e-05;OID=.;OPOS=27772676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:157:155:1:1:154:154:0.993548:81:73:1:0:81:73:1:0 chr15 28090173 . C T 695.24 PASS AF=0.527132;AO=68;DP=129;FAO=68;FDP=129;FR=.;FRO=61;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0257368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.842;QD=21.5579;RBI=0.0257371;REFB=-0.0134824;REVB=0.000114346;RO=61;SAF=41;SAR=27;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111683;STB=0.561365;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0116626;OID=.;OPOS=28090173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:61:61:68:68:0.527132:27:41:29:32:27:41:29:32 chr15 28197011 . C T 110.85 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0132699;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8054;QD=8.36589;RBI=0.0143613;REFB=-0.0151439;REVB=-0.00549152;RO=38;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235799;STB=0.514267;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0388954;OID=.;OPOS=28197011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:10:5:12:26:10:5:12:26 chr15 28197037 . T C 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00123776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.61;QD=22.9823;RBI=0.00440675;REFB=-0.0175718;REVB=0.00422935;RO=22;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439647;STB=0.52457;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0141183;OID=.;OPOS=28197037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:16:9:9:13:16:9:9:13 chr15 28231793 . T C 1627.21 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166991;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.632;QD=60.2669;RBI=0.0358777;REFB=0;REVB=0.0317545;RO=0;SAF=48;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55671e-05;OID=.;OPOS=28231793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:60:48:0:0:60:48:0:0 chr15 28235773 . C T 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0157871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.539;QD=13.5517;RBI=0.0157874;REFB=-0.0130209;REVB=9.10125e-05;RO=35;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00395191;STB=0.502261;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0131452;OID=.;OPOS=28235773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:15:9:13:22:15:9:13:22 chr15 28360589 . C T 236.43 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.03239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3603;QD=13.5101;RBI=0.03275;REFB=-0.0215958;REVB=0.00484242;RO=42;SAF=16;SAR=12;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0313089;OID=.;OPOS=28360589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:12:16:24:18:12:16:24:18 chr15 28362377 . C T 194.32 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00345341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4541;QD=12.338;RBI=0.0234972;REFB=-0.00794133;REVB=0.023242;RO=39;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689037;STB=0.53965;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0148815;OID=.;OPOS=28362377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:12:12:17:22:12:12:17:22 chr15 28362459 . G A 715.26 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00970508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.046;QD=60.8735;RBI=0.0230308;REFB=-0.128291;REVB=0.0208861;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00100819;OID=.;OPOS=28362459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:0:1:46:46:0.978723:26:20:0:0:26:20:0:1 chr15 28412872 . G A 1406.44 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0120566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.482;QD=60.4921;RBI=0.0127879;REFB=0.0627065;REVB=0.00426263;RO=2;SAF=68;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132415;STB=0.506988;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=1.82604e-05;OID=.;OPOS=28412872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:2:2:91:91:0.978495:23:68:1:1:23:68:1:1 chr15 28414665 . T C 1608.24 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0194452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0537;QD=59.0181;RBI=0.0630951;REFB=-0.145475;REVB=0.0600239;RO=1;SAF=41;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703255;STB=0.503703;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00457634;OID=.;OPOS=28414665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:67:41:0:1:67:41:0:1 chr15 28419746 . G A 249.97 PASS AF=0.306306;AO=34;DP=111;FAO=34;FDP=111;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.0341432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.266;QD=9.00801;RBI=0.0344604;REFB=-0.00683402;REVB=-0.00466486;RO=77;SAF=15;SAR=19;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466593;STB=0.527296;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0116591;OID=.;OPOS=28419746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:77:77:34:34:0.306306:19:15:31:46:19:15:31:46 chr15 28446681 . G A 148.64 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0114084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.043;QD=10.81;RBI=0.0135578;REFB=-0.00940182;REVB=-0.0073256;RO=35;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101912;STB=0.551944;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0188738;OID=.;OPOS=28446681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:36:19:19:0.345455:12:7:16:19:12:7:16:20 chr15 28474910 . C T 141.1 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.0330314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9001;QD=13.4378;RBI=0.0330421;REFB=-0.0411907;REVB=0.000843178;RO=26;SAF=14;SAR=2;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14034;STB=0.583217;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0636614;OID=.;OPOS=28474910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:2:14:21:5:2:14:21:5 chr15 28517436 . T C 382.86 PASS AF=0.324324;AO=49;DP=151;FAO=48;FDP=148;FR=.;FRO=100;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=0.00412835;FXX=0.0198662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4964;QD=10.3475;RBI=0.0141523;REFB=-0.0132794;REVB=-0.0135367;RO=91;SAF=36;SAR=13;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233445;STB=0.640844;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0222746;OID=.;OPOS=28517436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:148:91:100:49:48:0.324324:13:36:50:41:13:35:54:46 chr15 28632820 . T C 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=-0.0208011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.856;QD=5.37737;RBI=0.0382224;REFB=-0.00633417;REVB=-0.0320666;RO=25;SAF=5;SAR=2;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211931;STB=0.633827;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0211397;OID=.;OPOS=28632820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:2:5:21:4:2:5:21:4 chr15 29034188 . G T 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00547398;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.701;QD=20.8717;RBI=0.0210203;REFB=-0.0148517;REVB=-0.0202951;RO=20;SAF=15;SAR=6;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362201;STB=0.704029;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0259734;OID=.;OPOS=29034188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:6:15:6:14:6:15:6:14 chr15 29410238 . A G 671.49 PASS AF=0.528;AO=66;DP=126;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00773612;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.502;QD=21.4877;RBI=0.0181155;REFB=-0.00595753;REVB=-0.0163806;RO=58;SAF=37;SAR=29;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225215;STB=0.508713;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0051287;OID=.;OPOS=29410238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:58:59:66:66:0.528:29:37:31:27:29:37:32:27 chr15 29415560 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00994125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.923;QD=56.1915;RBI=0.0222641;REFB=0;REVB=0.0199214;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244448;OID=.;OPOS=29415560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr15 29415698 . A G 1268.26 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182513;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.705;QD=61.8665;RBI=0.0246471;REFB=0;REVB=0.0165641;RO=0;SAF=48;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010019;OID=.;OPOS=29415698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:34:48:0:0:34:48:0:0 chr15 29418520 . C T 750.64 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436599;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9717;QD=63.8842;RBI=0.0488412;REFB=0;REVB=0.0218923;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000853712;OID=.;OPOS=29418520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr15 29418573 . AT GC 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022791;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=245.269;QD=58.1421;RBI=0.0627917;REFB=0;REVB=0.0585095;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000193976;OID=.;OPOS=29418573;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr15 29544656 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.291;QD=57.3854;RBI=0.0250867;REFB=0;REVB=0.017614;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115286;OID=.;OPOS=29544656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr15 30008856 . C A 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.899;QD=61.049;RBI=0.0441148;REFB=0;REVB=0.0312846;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144561;OID=.;OPOS=30008856;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr15 30008889 . G A 1358.34 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00351757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.74;QD=62.4522;RBI=0.00483245;REFB=0;REVB=-0.00331349;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29727e-05;OID=.;OPOS=30008889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr15 30018627 . T C 395.43 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00389367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.083;QD=17.5746;RBI=0.0143564;REFB=-0.00580521;REVB=0.0138183;RO=49;SAF=25;SAR=16;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991168;STB=0.555528;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00541952;OID=.;OPOS=30018627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:16:25:25:24:16:25:25:24 chr15 30054580 . T C 343.89 PASS AF=0.371681;AO=42;DP=113;FAO=42;FDP=113;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.0181512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3392;QD=12.1731;RBI=0.033456;REFB=-0.0106677;REVB=0.0281041;RO=71;SAF=16;SAR=26;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951208;STB=0.554369;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.018301;OID=.;OPOS=30054580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:71:71:42:42:0.371681:26:16:33:38:26:16:33:38 chr15 30516527 . G A 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0170591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.252;QD=22.6323;RBI=0.0268314;REFB=-0.00542351;REVB=-0.0207102;RO=8;SAF=2;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404929;STB=0.732918;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00976267;OID=.;OPOS=30516527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:11:2:5:3:11:2:5:3 chr15 30664453 . C T 651.06 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3878;QD=62.0054;RBI=0.070117;REFB=0;REVB=0.0682402;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012107;OID=.;OPOS=30664453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr15 30665280 . TCA T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000896713;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=338.023;QD=43.4862;RBI=0.00870955;REFB=0;REVB=0.00866327;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.35957e-05;OID=.;OPOS=30665281;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:12:12:12:0:4:8:0:0:4:0:4:8:0:0 chr15 31197564 . G A 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1604;QD=57.1048;RBI=0.049614;REFB=0;REVB=-0.0399185;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000802568;OID=.;OPOS=31197564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr15 31229420 . T C 2083.89 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00591169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9602;QD=62.2056;RBI=0.0306864;REFB=0;REVB=0.0301116;RO=0;SAF=73;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.72667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140718;OID=.;OPOS=31229420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:61:73:0:0:61:73:0:0 chr15 31231190 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.426;QD=61.3361;RBI=0.0191925;REFB=0;REVB=0.0143847;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160271;OID=.;OPOS=31231190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr15 31267147 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00455142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.922;QD=58.2396;RBI=0.00475901;REFB=0;REVB=0.00139022;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.58386e-06;OID=.;OPOS=31267147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr15 31330280 . A G 2341.41 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146544;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.147;QD=61.2134;RBI=0.0187354;REFB=0;REVB=0.0116733;RO=0;SAF=93;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84358e-05;OID=.;OPOS=31330280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:153:0:0:153:153:1:60:93:0:0:60:93:0:0 chr15 31342744 . C T 1643.51 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0333685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.578;QD=59.2256;RBI=0.0394598;REFB=-0.131293;REVB=-0.0210622;RO=1;SAF=37;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126564;STB=0.506665;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000428;OID=.;OPOS=31342744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:73:37:1:0:73:37:1:0 chr15 31357238 . C T 169.79 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0198638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.06;QD=8.8201;RBI=0.0270064;REFB=-0.00714765;REVB=-0.0182968;RO=54;SAF=9;SAR=14;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00299774;STB=0.501778;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0155205;OID=.;OPOS=31357238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:54:54:23:23:0.298701:14:9:21:33:14:9:21:33 chr15 31362352 . C T 1189.97 PASS AF=1;AO=69;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.063;QD=60.2516;RBI=0.0457232;REFB=0;REVB=0.0201854;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436927;OID=.;OPOS=31362352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:69:79:1:29:40:0:0:29:50:0:0 chr15 31369123 . A G 1695.15 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7418;QD=60.5411;RBI=0.055469;REFB=0;REVB=0.0408224;RO=0;SAF=55;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368395;OID=.;OPOS=31369123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:57:55:0:0:57:55:0:0 chr15 31669122 . G A 377.79 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0242514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.597;QD=21.588;RBI=0.0281549;REFB=-0.0166407;REVB=0.0143028;RO=32;SAF=18;SAR=20;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561746;STB=0.530997;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0120643;OID=.;OPOS=31669122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:20:18:13:19:20:18:13:19 chr15 31793930 . A G 434.89 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.0145931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.235;QD=15.2592;RBI=0.0147969;REFB=-0.0158159;REVB=-0.00244739;RO=65;SAF=28;SAR=21;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137111;STB=0.507689;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0226083;OID=.;OPOS=31793930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:65:49:49:0.429825:21:28:38:27:21:28:38:27 chr15 32450749 . C T 35.89 PASS AF=0.26087;AO=5;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0071493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8723;QD=6.24132;RBI=0.0671535;REFB=-0.0129272;REVB=-0.0667719;RO=17;SAF=3;SAR=2;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214099;STB=0.585943;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0307386;OID=.;OPOS=32450749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:5:6:0.26087:2:3:13:4:2:4:13:4 chr15 33010412 . G A 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.246;QD=59.8369;RBI=0.0942222;REFB=0;REVB=0.0841772;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194437;OID=.;OPOS=33010412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr15 33010736 . G A 190.49 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.549;QD=47.6223;RBI=0.139285;REFB=0;REVB=0.0186113;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010706;OID=.;OPOS=33010736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:11:4:0:0:11:5:0:0 chr15 33023670 . C T 734.11 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00668695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1889;QD=61.1761;RBI=0.0160563;REFB=-0.00805383;REVB=0.0145976;RO=1;SAF=27;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171015;STB=0.509087;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000493782;OID=.;OPOS=33023670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:20:27:1:0:20:27:1:0 chr15 33023685 . A C 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1983;QD=58.2385;RBI=0.034114;REFB=0;REVB=-0.0191601;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53657e-05;OID=.;OPOS=33023685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr15 33023689 . C A 371.5 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0233395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0591;QD=22.8616;RBI=0.0305641;REFB=-0.0025384;REVB=-0.0197339;RO=28;SAF=24;SAR=13;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177468;STB=0.597884;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0038181;OID=.;OPOS=33023689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:13:24:12:16:13:24:12:16 chr15 33023951 . T C 805.09 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.668;QD=64.4075;RBI=0.099981;REFB=0;REVB=0.09188;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105323;OID=.;OPOS=33023951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr15 33023985 . A G 299.63 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0151731;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7178;QD=21.0269;RBI=0.047153;REFB=-0.0222773;REVB=0.044645;RO=23;SAF=12;SAR=19;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726312;STB=0.535188;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0576853;OID=.;OPOS=33023985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:23:26:31:31:0.54386:19:12:11:12:19:12:12:14 chr15 33024567 . C T 152.69 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0242342;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3645;QD=12.9947;RBI=0.0353017;REFB=-0.000200321;REVB=0.0256694;RO=30;SAF=6;SAR=11;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365419;STB=0.711996;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00046554;OID=.;OPOS=33024567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:30:30:17:17:0.361702:11:6:21:9:11:6:21:9 chr15 33024767 . A G 570.04 PASS AF=0.458015;AO=60;DP=131;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0207427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.418;QD=17.4057;RBI=0.0213124;REFB=-0.0254534;REVB=0.00489457;RO=71;SAF=26;SAR=34;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448422;STB=0.524953;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0273146;OID=.;OPOS=33024767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:71:71:60:60:0.458015:34:26:34:37:34:26:34:37 chr15 33025627 . C T 206.11 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.000747957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.833;QD=16.8255;RBI=0.0129376;REFB=-0.00459236;REVB=-0.012916;RO=28;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225019;STB=0.628505;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00839977;OID=.;OPOS=33025627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:8:13:11:17:8:13:11:17 chr15 33025979 . C T 193.17 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0299142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2296;QD=16.44;RBI=0.0431214;REFB=0.00275849;REVB=-0.0310579;RO=27;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00442829;STB=0.502536;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.00821616;OID=.;OPOS=33025979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:14:6:8:19:14:6:8:19 chr15 33026667 . A T 154.42 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0257028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1311;QD=15.0655;RBI=0.0419597;REFB=-0.04278;REVB=0.0331659;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132039;STB=0.576279;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0639543;OID=.;OPOS=33026667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:10:7:13:11:10:7:13:11 chr15 33091079 . A G 493.72 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.026227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.0528;QD=20.3596;RBI=0.0265953;REFB=-0.0296751;REVB=-0.00441112;RO=49;SAF=24;SAR=24;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465024;STB=0.525762;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0251502;OID=.;OPOS=33091079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:49:48:48:0.494845:24:24:27:22:24:24:27:22 chr15 33103170 . G A 1366.1 PASS AF=0.509363;AO=135;DP=266;FAO=136;FDP=267;FR=.;FRO=131;FSAF=62;FSAR=74;FSRF=55;FSRR=76;FWDB=-0.00974904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0853;QD=20.4659;RBI=0.00983665;REFB=0.0116454;REVB=-0.00130998;RO=130;SAF=61;SAR=74;SRF=55;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260964;STB=0.517872;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.0120476;OID=.;OPOS=33103170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:267:130:131:135:136:0.509363:74:61:55:75:74:62:55:76 chr15 33191023 . A G 450.57 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0309154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.996;QD=21.7141;RBI=0.0318075;REFB=-0.00861453;REVB=-0.00748032;RO=38;SAF=21;SAR=23;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632576;STB=0.540714;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0079164;OID=.;OPOS=33191023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:39:44:44:0.53012:23:21:21:17:23:21:22:17 chr15 33261288 . G A 162.9 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0506958;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.6057;QD=19.1651;RBI=0.126129;REFB=-0.0418894;REVB=0.115492;RO=17;SAF=14;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329872;STB=0.690328;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0461119;OID=.;OPOS=33261288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:17:17:17:17:0.5:3:14:9:8:3:14:9:8 chr15 33359574 . C A 1043.61 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6674;QD=59.6347;RBI=0.0520314;REFB=0;REVB=-0.0153631;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238399;OID=.;OPOS=33359574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:30:39:0:0:30:40:0:0 chr15 33445983 . G A 135.63 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=30;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0311397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.635;QD=17.5;RBI=0.0343712;REFB=-0.0299814;REVB=0.0145498;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644073;STB=0.515131;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0295942;OID=.;OPOS=33445983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:16:14:15:0.483871:8:6:5:9:8:7:7:9 chr15 33446258 . G A 504.34 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0280344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2328;QD=19.7782;RBI=0.0383603;REFB=-0.0251404;REVB=0.0261837;RO=50;SAF=17;SAR=35;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715112;STB=0.539568;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0307289;OID=.;OPOS=33446258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:35:17:20:30:35:17:20:30 chr15 33446311 . G C 484.08 PASS AF=0.560976;AO=44;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0181586;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.077;QD=23.6136;RBI=0.025163;REFB=-0.0150957;REVB=0.0174196;RO=36;SAF=11;SAR=33;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113014;STB=0.568304;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.01379;OID=.;OPOS=33446311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:36:44:46:0.560976:33:11:13:23:35:11:13:23 chr15 33954652 . C T 1240.95 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0300341;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.013;QD=59.0926;RBI=0.0426346;REFB=-0.0373333;REVB=0.0302599;RO=2;SAF=42;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00055005;STB=0.50029;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00208115;OID=.;OPOS=33954652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:84:2:2:82:82:0.97619:40:42:1:1:40:42:1:1 chr15 34014753 . T C 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8782;QD=60.0289;RBI=0.0114026;REFB=0;REVB=0.00281883;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.06419e-05;OID=.;OPOS=34014753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:29:43:0:0:29:43:0:0 chr15 34014913 . C T 1026.67 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00947489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.447;QD=59.5172;RBI=0.0528594;REFB=0;REVB=0.0520033;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114379;OID=.;OPOS=34014913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:30:38:0:0:31:38:0:0 chr15 34016274 . G A 894.35 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00223522;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.783;QD=55.0368;RBI=0.0111717;REFB=-0.126771;REVB=0.0109458;RO=1;SAF=26;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017815;STB=0.502767;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.000525214;OID=.;OPOS=34016274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:1:2:63:63:0.969231:37:26:1:0:37:26:1:1 chr15 34113536 . A G 1044.35 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.184;QD=59.6771;RBI=0.0137864;REFB=0;REVB=-0.00723304;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.60267e-05;OID=.;OPOS=34113536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr15 34130991 . G T 224.64 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0173784;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.353;QD=17.6191;RBI=0.0176491;REFB=-0.00848153;REVB=-0.00307939;RO=26;SAF=14;SAR=10;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317147;STB=0.666536;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0134636;OID=.;OPOS=34130991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:10:14:6:20:10:14:7:20 chr15 34147054 . G A 182.75 PASS AF=0.2;AO=31;DP=155;FAO=31;FDP=155;FR=.;FRO=124;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=72;FSRR=52;FWDB=-0.0213531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5337;QD=4.71615;RBI=0.0621165;REFB=-0.0173187;REVB=-0.058331;RO=123;SAF=20;SAR=11;SRF=72;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805354;STB=0.554542;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0734209;OID=.;OPOS=34147054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:123:124:31:31:0.2:11:20:72:51:11:20:72:52 chr15 34150082 . C T 192.92 PASS AF=0.265306;AO=26;DP=98;FAO=26;FDP=98;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.0304506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5606;QD=7.87438;RBI=0.0353365;REFB=-0.00314177;REVB=-0.0179284;RO=71;SAF=12;SAR=14;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656338;STB=0.543687;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00731042;OID=.;OPOS=34150082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:71:72:26:26:0.265306:14:12:29:42:14:12:29:43 chr15 34156332 . G A 89.47 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00946609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.645;QD=7.3035;RBI=0.020062;REFB=-0.01821;REVB=-0.0176883;RO=36;SAF=5;SAR=7;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166043;STB=0.593066;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0253155;OID=.;OPOS=34156332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:36:37:12:12:0.244898:7:5:20:16:7:5:20:17 chr15 34158266 . A G 496.91 PASS AF=0.416667;AO=55;DP=132;FAO=55;FDP=132;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=0.00530993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.134;QD=15.0577;RBI=0.0498544;REFB=-0.00709069;REVB=0.0495708;RO=77;SAF=24;SAR=31;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077747;STB=0.543586;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00757139;OID=.;OPOS=34158266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:77:77:55:55:0.416667:31:24:28:49:31:24:28:49 chr15 34158529 . G C 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00737681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5304;QD=17.1565;RBI=0.0217831;REFB=0.0133425;REVB=-0.020496;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106788;STB=0.54833;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00627981;OID=.;OPOS=34158529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:7:10:9:10:7:10:10:10 chr15 34168116 . C G 379.36 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0390867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.741;QD=16.675;RBI=0.0631281;REFB=-0.00900607;REVB=0.0495721;RO=51;SAF=16;SAR=24;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187404;STB=0.605211;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0134882;OID=.;OPOS=34168116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:24:16:30:21:24:16:30:21 chr15 34355646 . A G 34.88 PASS AF=0.206897;AO=5;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0151497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4224;QD=4.81053;RBI=0.0856791;REFB=0.00217145;REVB=-0.0843291;RO=23;SAF=1;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387283;STB=0.650654;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0132394;OID=.;OPOS=34355646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:5:6:0.206897:4:1:12:11:4:2:12:11 chr15 34356988 . G A 1553.53 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.116;QD=63.4092;RBI=0.0419819;REFB=0;REVB=0.0385853;RO=0;SAF=55;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26919e-05;OID=.;OPOS=34356988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:41:55:0:0:42:56:0:0 chr15 34357259 . T A 526.77 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.040812;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.442;QD=56.9478;RBI=0.0409406;REFB=-0.0892279;REVB=0.00324313;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301623;STB=0.51612;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00174893;OID=.;OPOS=34357259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:35:36:0.972973:20:15:1:0:21:15:1:0 chr15 34517929 . T C 1970.96 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00996918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.351;QD=62.0773;RBI=0.0296412;REFB=0;REVB=0.0279144;RO=0;SAF=64;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60103e-05;OID=.;OPOS=34517929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:63:64:0:0:63:64:0:0 chr15 34522108 . ACTC AC,ACTT,AGAC 1148.92 PASS AF=0.898734,0.0632911,0.0379747;AO=63,5,3;DP=80;FAO=71,5,3;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0,3;FSAR=52,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257113,0.0249748,-0.0141802;FXX=0.0124984;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,2;MLLD=228.933,201.278,98.072;QD=58.1729;RBI=0.0348763,0.0420848,0.0338927;REFB=0,0,0;REVB=0.0235645,0.0338731,0.0307837;RO=0;SAF=16,0,3;SAR=47,5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.000181487,-0.0308509,-0.0165442;OID=.,.,.;OPOS=34522109,34522111,34522109;OREF=CT,C,CT;OALT=-,T,GA;OMAPALT=AC,ACTT,AGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.898734,0.0632911,0.0379747:63,5,3:80:71,5,3:79:0:19,0,3:52,5,0:0:0:17:0:16,0,3:47,5,0:0:0 chr15 34522935 . GAGAC G 1195.04 PASS AF=0.882353;AO=89;DP=97;FAO=90;FDP=102;FR=.;FRO=12;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0277464;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=4;MLLD=274.491;QD=46.8643;RBI=0.0277774;REFB=-0.0137036;REVB=0.00131158;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501307;STBP=0.957;TYPE=del;VARB=0.00218286;OID=.;OPOS=34522936;OREF=AGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.882353:89:97:90:102:12:46:44:6:6:54:0:46:43:0:0 chr15 34522985 . C G 1627.6 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00910431;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.301;QD=60.2816;RBI=0.0326124;REFB=0;REVB=0.0313158;RO=0;SAF=59;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258565;OID=.;OPOS=34522985;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:49:59:0:0:49:59:0:0 chr15 34524995 . G T 1760.78 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00713546;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.297;QD=60.7165;RBI=0.0194143;REFB=0;REVB=-0.0180555;RO=0;SAF=56;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12073e-05;OID=.;OPOS=34524995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:115:116:1:59:56:0:0:59:57:0:0 chr15 34537966 . T G 367.03 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0285434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8402;QD=19.0667;RBI=0.0460431;REFB=-0.0045121;REVB=-0.036128;RO=36;SAF=18;SAR=20;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0012855;STB=0.519825;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00275935;OID=.;OPOS=34537966;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:36:39:38:38:0.493506:20:18:17:19:20:18:20:19 chr15 34542872 . C G 715.73 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049111;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8712;QD=57.2584;RBI=0.0640858;REFB=0;REVB=-0.0411717;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000443119;OID=.;OPOS=34542872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr15 34544468 . C T 1062.24 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8042;QD=59.8446;RBI=0.0141718;REFB=0;REVB=-0.00947304;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132432;OID=.;OPOS=34544468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr15 34551082 . G A 1569.07 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.514;QD=59.7742;RBI=0.0213094;REFB=0;REVB=0.000852907;RO=0;SAF=47;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53583e-05;OID=.;OPOS=34551082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:57:47:0:0:57:48:0:0 chr15 34628731 . C T 201.65 PASS AF=0.258621;AO=30;DP=116;FAO=30;FDP=116;FR=.;FRO=86;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=-0.0386131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.563;QD=6.95326;RBI=0.0404158;REFB=-0.00742838;REVB=-0.0119358;RO=86;SAF=12;SAR=18;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124393;STB=0.574863;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0130379;OID=.;OPOS=34628731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:86:86:30:30:0.258621:18:12:43:43:18:12:43:43 chr15 34635863 . G C 1684.26 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118102;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6334;QD=60.694;RBI=0.0120066;REFB=0;REVB=-0.00216268;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333443;OID=.;OPOS=34635863;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:110:111:1:61:49:0:0:62:49:0:0 chr15 34638198 . A G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.009573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.19;QD=59.3229;RBI=0.0128286;REFB=0;REVB=-0.00853989;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21305e-06;OID=.;OPOS=34638198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr15 34640218 . C T 1597.72 PASS AF=0.964912;AO=109;DP=114;FAO=110;FDP=114;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0485615;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.123;QD=56.0603;RBI=0.0574647;REFB=-0.179255;REVB=0.0307242;RO=2;SAF=52;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017905;STB=0.518179;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00129079;OID=.;OPOS=34640218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:114:114:2:4:109:110:0.964912:57:52:2:0:57:53:4:0 chr15 34640378 . TG AC,CG 308.71 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=2,20;DP=24;FAO=2,22;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=2,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131435,-0.0187317;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=112.676,143.789;QD=51.452;RBI=0.0153281,0.0199886;REFB=0,0;REVB=0.00788661,0.00697632;RO=0;SAF=0,8;SAR=2,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0317444,0.00613003;OID=.,.;OPOS=34640378,34640378;OREF=TG,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:24:24:0:0:2,20:2,22:0.0833333,0.916667:2,12:0,8:0:0:2,13:0,9:0:0 chr15 34655909 . C T 157.22 PASS AF=0.278481;AO=22;DP=79;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0176902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.5969;QD=7.96067;RBI=0.0887383;REFB=-0.0130619;REVB=-0.0869571;RO=57;SAF=18;SAR=4;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432925;STB=0.763236;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0293071;OID=.;OPOS=34655909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:57:57:22:22:0.278481:4:18:28:29:4:18:28:29 chr15 34657868 . C T 41.33 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00142296;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3493;QD=2.66653;RBI=0.0327294;REFB=-0.00146265;REVB=0.0326985;RO=55;SAF=3;SAR=5;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243914;STB=0.668883;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0176554;OID=.;OPOS=34657868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:63:62:55:54:8:8:0.129032:5:3:32:23:5:3:31:23 chr15 34673722 . C T 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0016398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.529;QD=21.7443;RBI=0.0016398;REFB=0.000598915;REVB=3.6714e-06;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305574;STB=0.671425;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.000648711;OID=.;OPOS=34673722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:9:2:9:6:9:2 chr15 35045057 . G A 571.57 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0031567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.177;QD=23.0938;RBI=0.0121896;REFB=-0.0202461;REVB=0.0117738;RO=46;SAF=37;SAR=16;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163453;STB=0.590225;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0158177;OID=.;OPOS=35045057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:46:53:53:0.535354:16:37:24:22:16:37:24:22 chr15 35045312 . T A 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0221118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.159;QD=20.7382;RBI=0.0221149;REFB=0.00592138;REVB=-0.000368995;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14541;STB=0.581312;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00621207;OID=.;OPOS=35045312;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:12:6:3:13:12:6:3:13 chr15 35045437 . C T 107.0 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00715989;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2468;QD=7.78203;RBI=0.00835575;REFB=-0.00169832;REVB=0.00430749;RO=39;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990002;STB=0.548955;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00209431;OID=.;OPOS=35045437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:39:40:15:15:0.272727:8:7:15:24:8:7:16:24 chr15 35080931 . T C 386.97 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00542037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.114;QD=19.3484;RBI=0.00544943;REFB=-0.00825218;REVB=-0.00056204;RO=39;SAF=20;SAR=20;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114043;STB=0.512494;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00810891;OID=.;OPOS=35080931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:40:40:40:0.5:20:20:20:19:20:20:21:19 chr15 35149008 . C T 1524.07 PASS AF=0.946429;AO=106;DP=115;FAO=106;FDP=112;FR=.;FRO=6;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00306121;FXX=0.0260847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.488;QD=54.4311;RBI=0.023297;REFB=0.00756518;REVB=-0.023095;RO=5;SAF=54;SAR=52;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264127;STB=0.518353;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.000301166;OID=.;OPOS=35149008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:115:112:5:6:106:106:0.946429:52:54:1:4:52:54:1:5 chr15 35155185 . G A 292.2 PASS AF=0.29771;AO=39;DP=133;FAO=39;FDP=131;FR=.;FRO=92;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=-0.00371243;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.992;QD=8.92197;RBI=0.00912586;REFB=-0.00384144;REVB=0.00833661;RO=93;SAF=19;SAR=20;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817494;STB=0.536873;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00929417;OID=.;OPOS=35155185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:93:92:39:39:0.29771:20:19:39:54:20:19:40:52 chr15 35230934 . A ATAGT 493.92 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=37;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00604013;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=4;MLLD=268.668;QD=56.4484;RBI=0.0226863;REFB=0.0234704;REVB=0.0218674;RO=2;SAF=23;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245816;STB=0.523795;STBP=0.184;TYPE=ins;VARB=-0.000482274;OID=.;OPOS=35230935;OREF=-;OALT=TAGT;OMAPALT=ATAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.971429:33:37:34:35:1:24:10:0:1:5:2:23:10:1:1 chr15 35256624 . C G 1227.46 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.323;QD=61.373;RBI=0.0398897;REFB=0;REVB=-0.0184134;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.06095e-05;OID=.;OPOS=35256624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:36:43:0:0:37:43:0:0 chr15 35272234 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.725;QD=43.4853;RBI=0.0427777;REFB=0;REVB=0.0122889;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133677;OID=.;OPOS=35272234;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr15 35665765 . G C 342.29 PASS AF=0.422222;AO=37;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0213632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4164;QD=15.2128;RBI=0.0215689;REFB=-0.00851915;REVB=-0.00297105;RO=52;SAF=19;SAR=18;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00591137;STB=0.511105;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0131362;OID=.;OPOS=35665765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:37:38:0.422222:18:19:27:25:19:19:27:25 chr15 36946303 . C G 2596.55 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.096;QD=61.4568;RBI=0.0456158;REFB=0;REVB=0.0436281;RO=1;SAF=97;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00488134;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76621e-05;OID=.;OPOS=36946303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:169:1:0:167:169:1:70:97:1:0:70:99:0:0 chr15 36983962 . T C 1230.86 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00603026;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=347.771;QD=61.5432;RBI=0.0175783;REFB=0;REVB=0.0165116;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03466e-05;OID=.;OPOS=36983962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:81:80:1:47:34:0:0:46:34:0:0 chr15 37343040 . C G 1135.18 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000654825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0666;QD=60.5429;RBI=0.0293203;REFB=0;REVB=-0.029313;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.68363e-05;OID=.;OPOS=37343040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr15 38233869 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.237;QD=60.3767;RBI=0.00457951;REFB=0;REVB=0.00415947;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41337e-06;OID=.;OPOS=38233869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr15 38235521 . T A 871.55 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455228;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.189;QD=58.1031;RBI=0.0598955;REFB=0;REVB=0.0597222;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.45922e-05;OID=.;OPOS=38235521;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:23:37:0:0:23:37:0:0 chr15 38614525 . G A 1553.81 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00426031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.503;QD=59.1928;RBI=0.0160441;REFB=0;REVB=0.0154681;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19348e-06;OID=.;OPOS=38614525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:105:0:0:100:105:1:53:47:0:0:55:50:0:0 chr15 38643574 . T C 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.157;QD=57.8838;RBI=0.0288379;REFB=0;REVB=0.0217789;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167475;OID=.;OPOS=38643574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:38:22:0:0:38:22:0:0 chr15 39545032 . T G 1652.71 PASS AF=0.99115;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0219087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.146;QD=58.503;RBI=0.0374009;REFB=-0.0333694;REVB=0.0303123;RO=1;SAF=67;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106673;STB=0.505494;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000181502;OID=.;OPOS=39545032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:113:113:1:1:111:112:0.99115:44:67:0:1:45:67:0:1 chr15 39545268 . G A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00833721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.233;QD=56.9375;RBI=0.0313405;REFB=0;REVB=0.0302112;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120739;OID=.;OPOS=39545268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr15 39546114 . A G 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0227173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8991;QD=12.0711;RBI=0.0377039;REFB=0.0415812;REVB=0.0300917;RO=40;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541551;STB=0.531224;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.0256411;OID=.;OPOS=39546114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:12:12:18:22:12:12:18:22 chr15 39879635 . G A 63.1 PASS AF=0.130841;AO=14;DP=107;FAO=14;FDP=107;FR=.;FRO=93;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=-0.00645791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2685;QD=2.35903;RBI=0.0469708;REFB=-0.00309283;REVB=-0.0465248;RO=91;SAF=6;SAR=8;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138515;STB=0.520296;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00955847;OID=.;OPOS=39879635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:107:107:91:93:14:14:0.130841:8:6:40:51:8:6:42:51 chr15 39879717 . G A 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00797063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.812;QD=16.4059;RBI=0.0098218;REFB=0.00601926;REVB=-0.00573906;RO=37;SAF=18;SAR=13;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219088;STB=0.622934;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00807915;OID=.;OPOS=39879717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:13:18:13:24:13:18:13:24 chr15 39880358 . C T 434.01 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0122109;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.197;QD=20.424;RBI=0.0202468;REFB=-0.000942168;REVB=-0.0161501;RO=40;SAF=17;SAR=26;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178671;STB=0.610211;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00148305;OID=.;OPOS=39880358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:40:42:43:43:0.505882:26:17:24:16:26:17:26:16 chr15 39880822 . A G 786.56 PASS AF=0.487952;AO=80;DP=168;FAO=81;FDP=166;FR=.;FRO=85;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.0450124;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4454;QD=18.9532;RBI=0.0450127;REFB=-0.00843911;REVB=0.00015496;RO=85;SAF=37;SAR=43;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00345165;STB=0.501049;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0124487;OID=.;OPOS=39880822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:166:85:85:80:81:0.487952:43:37:39:46:44:37:39:46 chr15 39910052 . C G 615.62 PASS AF=0.516667;AO=62;DP=120;FAO=62;FDP=120;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0426654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9628;QD=20.5206;RBI=0.0432079;REFB=0.0172589;REVB=-0.00682567;RO=58;SAF=32;SAR=30;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897025;STB=0.54934;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.0162376;OID=.;OPOS=39910052;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:58:58:62:62:0.516667:30:32:24:34:30:32:24:34 chr15 39910404 . G A 257.52 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0107769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.591;QD=19.8092;RBI=0.0178076;REFB=-0.00460527;REVB=0.0141763;RO=25;SAF=9;SAR=17;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133217;STB=0.514275;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00385615;OID=.;OPOS=39910404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:25:26:27:0.519231:17:9:9:16:18:9:9:16 chr15 39910431 . A G 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.010232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.375;QD=21.3766;RBI=0.0105854;REFB=0.00853705;REVB=0.00271241;RO=22;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161771;STB=0.509083;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.0219295;OID=.;OPOS=39910431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:14:9:9:13:14:9:9:13 chr15 40226495 . T C 1057.68 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00357532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.269;QD=59.5878;RBI=0.00972383;REFB=0;REVB=0.00904267;RO=0;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51422e-06;OID=.;OPOS=40226495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:27:43:0:0:28:43:0:0 chr15 40259848 . A C 1472.53 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.1141e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.79;QD=63.3345;RBI=0.0142795;REFB=0;REVB=0.0142794;RO=0;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67438e-05;OID=.;OPOS=40259848;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:43:50:0:0:43:50:0:0 chr15 40265799 . A G 1195.49 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=83;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000318834;FXX=0.0238067;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.163;QD=58.3164;RBI=0.060518;REFB=0.109394;REVB=-0.0605172;RO=3;SAF=21;SAR=58;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00596565;STB=0.508473;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.0150441;OID=.;OPOS=40265799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:82:3:2:79:80:0.97561:58:21:1:2:58:22:0:2 chr15 40327290 . A G 1650.12 PASS AF=0.462366;AO=172;DP=371;FAO=172;FDP=372;FR=.;FRO=200;FSAF=96;FSAR=76;FSRF=108;FSRR=92;FWDB=0.00907752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.28;QD=17.7432;RBI=0.0091782;REFB=-0.00854644;REVB=0.00135573;RO=199;SAF=96;SAR=76;SRF=107;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201106;STB=0.509862;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0103242;OID=.;OPOS=40327290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:371:372:199:200:172:172:0.462366:76:96:107:92:76:96:108:92 chr15 40327301 . G A 1535.63 PASS AF=0.458101;AO=163;DP=357;FAO=164;FDP=358;FR=.;FRO=194;FSAF=92;FSAR=72;FSRF=103;FSRR=91;FWDB=-0.0215535;FXX=0.00278544;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6287;QD=17.1578;RBI=0.0350164;REFB=0.00116929;REVB=-0.027597;RO=191;SAF=92;SAR=71;SRF=102;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300699;STB=0.51646;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.00173234;OID=.;OPOS=40327301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:358:191:194:163:164:0.458101:71:92:102:89:72:92:103:91 chr15 40328575 . G C 404.16 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0185604;FXX=0.019998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.863;QD=16.4963;RBI=0.0266107;REFB=-0.0272919;REVB=-0.0190694;RO=55;SAF=23;SAR=19;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00220265;STB=0.506853;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0392607;OID=.;OPOS=40328575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:55:56:42:42:0.428571:19:23:30:25:19:23:30:26 chr15 40330564 . C T 230.59 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0350091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8973;QD=17.7379;RBI=0.0357143;REFB=-0.027404;REVB=-0.0070621;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177543;STB=0.59992;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0186627;OID=.;OPOS=40330564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:10:15:11:16:10:15:11:16 chr15 40383347 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.956;QD=59.1432;RBI=0.0189383;REFB=0;REVB=0.015253;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17311e-05;OID=.;OPOS=40383347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr15 40383779 . A C 227.15 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00689532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.402;QD=21.1302;RBI=0.00944972;REFB=-0.00149181;REVB=0.00646156;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434181;STB=0.536448;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00154144;OID=.;OPOS=40383779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:21:22:0.511628:12:9:8:13:12:10:8:13 chr15 40426913 . C A 1302.0 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00227212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.866;QD=61.9999;RBI=0.00389245;REFB=0;REVB=0.00316048;RO=0;SAF=25;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03008e-06;OID=.;OPOS=40426913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:59:25:0:0:59:25:0:0 chr15 40477831 . G A 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1328;QD=60.5466;RBI=0.0592725;REFB=0;REVB=-0.0438164;RO=0;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.15073e-05;OID=.;OPOS=40477831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:28:47:0:0:28:47:0:0 chr15 40488851 . G A 425.58 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0213282;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.916;QD=21.0164;RBI=0.0215098;REFB=-0.0141283;REVB=0.00278976;RO=39;SAF=24;SAR=18;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161768;STB=0.589431;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0125212;OID=.;OPOS=40488851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:39:39:42:42:0.518519:18:24:15:24:18:24:15:24 chr15 40558087 . G A 648.91 PASS AF=0.896552;AO=49;DP=60;FAO=52;FDP=58;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0286683;FXX=0.0491723;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.545;QD=44.7526;RBI=0.0301799;REFB=-0.143553;REVB=0.00943167;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.542879;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00540622;OID=.;OPOS=40558087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:60:58:0:6:49:52:0.896552:30:19:0:0:30:22:5:1 chr15 40568823 . C A 679.68 PASS AF=0.614583;AO=59;DP=96;FAO=59;FDP=96;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0792924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4944;QD=28.3202;RBI=0.0876058;REFB=0.0110656;REVB=0.037249;RO=36;SAF=21;SAR=38;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144657;STB=0.584586;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00524391;OID=.;OPOS=40568823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:36:37:59:59:0.614583:38:21:20:16:38:21:21:16 chr15 40573675 . G T 554.13 PASS AF=0.671233;AO=49;DP=73;FAO=49;FDP=73;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0181415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.433;QD=30.3631;RBI=0.0225928;REFB=-0.0499903;REVB=0.0134656;RO=24;SAF=22;SAR=27;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106618;STB=0.557765;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0135324;OID=.;OPOS=40573675;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:24:24:49:49:0.671233:27:22:15:9:27:22:15:9 chr15 40573716 . A G 1119.85 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558088;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1874;QD=60.5323;RBI=0.0622302;REFB=0;REVB=-0.0619795;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000432566;OID=.;OPOS=40573716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr15 40581543 . T C 558.44 PASS AF=0.579545;AO=51;DP=89;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00733094;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.613;QD=25.3835;RBI=0.00816156;REFB=-0.0181816;REVB=0.00358725;RO=38;SAF=27;SAR=24;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125064;STB=0.574439;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0110173;OID=.;OPOS=40581543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:38:37:51:51:0.579545:24:27:14:24:24:27:13:24 chr15 40583876 . T G 483.42 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.221;QD=58.5958;RBI=0.0667753;REFB=0;REVB=0.0557117;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307993;OID=.;OPOS=40583876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:18:15:0:0 chr15 40589002 . A G 1265.38 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0026575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.534;QD=61.726;RBI=0.0185297;REFB=0;REVB=-0.0183381;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92382e-05;OID=.;OPOS=40589002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:38:43:0:0:39:43:0:0 chr15 40590134 . G A 1250.59 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00971856;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.274;QD=60.2693;RBI=0.0133752;REFB=-0.0597784;REVB=-0.00918939;RO=1;SAF=52;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160465;STB=0.508195;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000121283;OID=.;OPOS=40590134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:83:1:1:81:82:0.987952:29:52:0:1:30:52:0:1 chr15 40633138 . AG TG,TT 987.5 PASS AF=0.955882,0.0441176;AO=65,3;DP=68;FAO=65,3;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=33,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00356575,0.00483961;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=88.8955,99.8115;QD=58.088;RBI=0.0075642,0.00684354;REFB=0,0;REVB=-0.00667102,-0.00483862;RO=0;SAF=32,0;SAR=33,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-8.03568e-05,0.0563353;OID=.,.;OPOS=40633138,40633138;OREF=A,AG;OALT=T,TT;OMAPALT=TG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:68:68:0:0:65,3:65,3:0.955882,0.0441176:33,3:32,0:0:0:33,3:32,0:0:0 chr15 40655845 . C G 272.42 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199513;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.5387;QD=51.8894;RBI=0.021243;REFB=0;REVB=0.00729468;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000400791;OID=.;OPOS=40655845;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr15 40655873 . G C 340.62 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.721;QD=54.4988;RBI=0.0368637;REFB=0;REVB=-0.035881;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207269;OID=.;OPOS=40655873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr15 40656141 . T C 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.37;QD=59.0148;RBI=0.0167329;REFB=0;REVB=-0.0129019;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218076;OID=.;OPOS=40656141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:26:8:0:0:26:8:0:0 chr15 40662501 . G A 1008.44 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.171;QD=59.32;RBI=0.0533595;REFB=0;REVB=0.0368812;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019308;OID=.;OPOS=40662501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr15 40710723 . G A 1458.53 PASS AF=0.953704;AO=101;DP=106;FAO=103;FDP=108;FR=.;FRO=5;FSAF=66;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0284306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6733;QD=54.0198;RBI=0.0413965;REFB=-0.0511699;REVB=0.0300894;RO=4;SAF=65;SAR=36;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839735;STB=0.502048;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0297286;OID=.;OPOS=40710723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:106:108:4:5:101:103:0.953704:36:65:3:1:37:66:3:2 chr15 40750836 . G A 383.68 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0188592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.021;QD=20.1937;RBI=0.0225746;REFB=-0.0137016;REVB=-0.0124075;RO=37;SAF=22;SAR=17;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448421;STB=0.524868;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0137592;OID=.;OPOS=40750836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:17:22:19:18:17:22:19:18 chr15 40751555 . C A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.703;QD=56.1915;RBI=0.0719058;REFB=0;REVB=0.0137267;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465332;OID=.;OPOS=40751555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr15 40849408 . C T 1572.78 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00616017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6397;QD=59.9156;RBI=0.00632998;REFB=0;REVB=-0.00145634;RO=0;SAF=68;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50298e-05;OID=.;OPOS=40849408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:37:68:0:0:37:68:0:0 chr15 40856989 . C T 263.0 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.025364;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.933;QD=40.4614;RBI=0.0336179;REFB=-0.0571412;REVB=0.0220642;RO=2;SAF=5;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152852;STB=0.642716;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00105292;OID=.;OPOS=40856989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:26:26:2:4:22:22:0.846154:17:5:2:0:17:5:4:0 chr15 40863944 . C T 220.38 PASS AF=0.242647;AO=33;DP=136;FAO=33;FDP=136;FR=.;FRO=103;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=58;FSRR=45;FWDB=0.0072909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.438;QD=6.48178;RBI=0.00731843;REFB=-0.00932449;REVB=0.000634281;RO=99;SAF=16;SAR=17;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752808;STB=0.559076;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0295235;OID=.;OPOS=40863944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:99:103:33:33:0.242647:17:16:54:45:17:16:58:45 chr15 40914038 . A C 73.06 PASS AF=0.3125;AO=9;DP=31;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0330566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.354;QD=9.13191;RBI=0.0345655;REFB=-0.00678618;REVB=0.0101013;RO=22;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268247;STB=0.6864;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0202286;OID=.;OPOS=40914038;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:32:22:22:9:10:0.3125:4:5:7:15:4:6:7:15 chr15 41105926 . T G 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.00043403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.486;QD=14.8515;RBI=0.0428889;REFB=-0.0180646;REVB=-0.0428867;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309619;STB=0.677109;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0152442;OID=.;OPOS=41105926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:8:11:8:21:8:11:8:21 chr15 41148199 . C T 769.44 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.394;QD=56.9956;RBI=0.0188996;REFB=0;REVB=0.0050774;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48683e-05;OID=.;OPOS=41148199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr15 41149161 . G C 336.41 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.017;QD=53.8259;RBI=0.0182661;REFB=0;REVB=0.016828;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42258e-05;OID=.;OPOS=41149161;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:19:5:0:0:20:5:0:0 chr15 41271718 . C T 3075.76 PASS AF=1;AO=188;DP=190;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00203403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.995;QD=63.7462;RBI=0.0277311;REFB=0;REVB=0.0276564;RO=2;SAF=102;SAR=86;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109434;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42282e-05;OID=.;OPOS=41271718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:193:2:0:188:193:1:86:102:0:2:90:103:0:0 chr15 41476209 . T C 212.72 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0171757;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.882;QD=16.0543;RBI=0.0313379;REFB=0.000454006;REVB=0.0262118;RO=29;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105652;STB=0.559538;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.00147811;OID=.;OPOS=41476209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:29:24:24:0.45283:15:9:8:21:15:9:8:21 chr15 41476465 . G A 247.19 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0129553;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.82;QD=13.3618;RBI=0.0135824;REFB=-0.00295814;REVB=0.0040795;RO=44;SAF=18;SAR=11;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578198;STB=0.541193;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00276896;OID=.;OPOS=41476465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:44:45:29:29:0.391892:11:18:25:19:11:18:25:20 chr15 41484287 . C A 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0247771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=350.64;QD=25.6506;RBI=0.0290087;REFB=-0.0161526;REVB=0.0150863;RO=18;SAF=7;SAR=18;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306191;STB=0.670446;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0136756;OID=.;OPOS=41484287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:18:7:12:6:18:7:12:6 chr15 41509288 . T A 102.49 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0463625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.753;QD=17.824;RBI=0.0463702;REFB=-0.0143833;REVB=0.000845349;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217336;STB=0.64681;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0100606;OID=.;OPOS=41509288;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:8:4:6:4:8:4:7:4 chr15 41564393 . A G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00630281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.189;QD=12.7389;RBI=0.00993189;REFB=0.00201286;REVB=-0.00767575;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594079;STB=0.535622;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.00228281;OID=.;OPOS=41564393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:3:7:6:2:3:7 chr15 41611874 . G A 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0156912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9704;QD=17.5596;RBI=0.0184049;REFB=0.00840653;REVB=0.00961894;RO=21;SAF=14;SAR=4;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446779;STB=0.525396;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.00593777;OID=.;OPOS=41611874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:4:14:17:4:4:14:17:4 chr15 41634587 . AC GA 292.21 PASS AF=0.4125;AO=32;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0225946;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=225.95;QD=14.6107;RBI=0.0298673;REFB=0.000848747;REVB=-0.0195331;RO=47;SAF=14;SAR=18;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00987658;STB=0.513505;STBP=0.854;TYPE=mnp;VARB=-0.00123576;OID=.;OPOS=41634587;OREF=AC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:32:33:0.4125:18:14:21:26:19:14:21:26 chr15 41663884 . TAAAAAAAAAAAA TAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAC 251.09 PASS AF=0.0666667,0.233333,0.133333,0.566667;AO=4,4,5,9;DP=34;FAO=2,7,4,17;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,2,8;FSAR=2,5,2,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.348139,-0.191986,-0.130559,-0.0593779;FXX=0.117612;HRUN=15,15,15,15;LEN=1,2,3,1;MLLD=3.01745,6.09344,9.05594,211.292;QD=33.4785;RBI=0.356869,0.196394,0.1335,0.0606081;REFB=-0.314365,-0.336589,-0.284533,-0.0641602;REVB=-0.0784519,-0.0413744,-0.0278656,0.012149;RO=0;SAF=0,1,3,6;SAR=4,3,2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-4.86674e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.309525,0.064221,0.122739,0.0146845;OID=.,.,.,.;OPOS=41663885,41663885,41663885,41663896;OREF=A,AA,AAA,A;OALT=-,-,-,C;OMAPALT=TAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.0666667,0.233333,0.133333,0.566667:4,4,5,9:34:2,7,4,17:30:0:0,2,2,8:2,5,2,9:0:0:18:0:0,1,3,6:4,3,2,3:0:0 chr15 41672384 . A G 335.84 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00326932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.42;QD=22.3892;RBI=0.0182642;REFB=-0.00396954;REVB=0.0179692;RO=26;SAF=6;SAR=28;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298245;STB=0.666555;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00289121;OID=.;OPOS=41672384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:28:6:12:14:28:6:12:14 chr15 41689166 . C A 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0772385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6104;QD=7.3228;RBI=0.0784612;REFB=0.0162259;REVB=-0.0137976;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187917;STB=0.620278;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.0265544;OID=.;OPOS=41689166;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:7:7:2:4:7:7 chr15 41804981 . C T 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.000704671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.249;QD=8.81172;RBI=0.0291437;REFB=-0.0189658;REVB=-0.0291352;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902872;STB=0.555443;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0374228;OID=.;OPOS=41804981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:6:4:11:12:6:4:11:12 chr15 41813279 . C T 169.42 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.000580065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.911;QD=10.5888;RBI=0.00235224;REFB=-0.00895863;REVB=-0.0022796;RO=42;SAF=9;SAR=13;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503381;STB=0.502939;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0178388;OID=.;OPOS=41813279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:13:9:17:25:13:9:17:25 chr15 41815516 . G C 1713.26 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00980417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.579;QD=60.6463;RBI=0.00981687;REFB=0;REVB=0.000499113;RO=0;SAF=65;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07311e-05;OID=.;OPOS=41815516;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:48:65:0:0:48:65:0:0 chr15 41819716 . C T 944.82 PASS AF=0.558282;AO=91;DP=162;FAO=91;FDP=163;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.01571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9794;QD=23.1858;RBI=0.0168141;REFB=-0.0236628;REVB=0.00599266;RO=71;SAF=38;SAR=53;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272388;STB=0.512145;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0151284;OID=.;OPOS=41819716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:71:72:91:91:0.558282:53:38:32:39:53:38:32:40 chr15 41821752 . T C 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0080061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6517;QD=23.001;RBI=0.00920765;REFB=0.00370643;REVB=0.00454788;RO=22;SAF=13;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.004934;STB=0.50273;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00144449;OID=.;OPOS=41821752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:16:13:10:12:16:13:10:12 chr15 41829230 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.042;QD=59.8379;RBI=0.0279967;REFB=0;REVB=0.0225752;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114533;OID=.;OPOS=41829230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr15 41991315 . A T 993.72 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00344237;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3756;QD=59.3264;RBI=0.00784199;REFB=0;REVB=-0.00704605;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.43195e-05;OID=.;OPOS=41991315;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:42:25:0:0:42:25:0:0 chr15 42026764 . C T 2117.23 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.215;QD=62.7329;RBI=0.031511;REFB=0;REVB=0.0296184;RO=0;SAF=66;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25418e-05;OID=.;OPOS=42026764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:135:0:0:132:135:1:66:66:0:0:68:67:0:0 chr15 42041712 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.45;QD=56.7066;RBI=0.0285934;REFB=0;REVB=0.0156777;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110705;OID=.;OPOS=42041712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr15 42134065 . C T 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0101707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.552;QD=7.48173;RBI=0.0120569;REFB=-0.00462525;REVB=0.006475;RO=28;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346902;STB=0.521695;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0176961;OID=.;OPOS=42134065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:6:4:12:16:6:4:12:16 chr15 42134097 . C T 471.8 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.022908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.432;QD=55.5054;RBI=0.0287515;REFB=0.0179834;REVB=0.0173745;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000911389;OID=.;OPOS=42134097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:0:1:32:33:0.970588:19:13:0:0:19:14:0:1 chr15 42135988 . C T 3110.38 PASS AF=0.985646;AO=205;DP=211;FAO=206;FDP=209;FR=.;FRO=3;FSAF=119;FSAR=87;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0264094;FXX=0.00947822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.491;QD=59.5288;RBI=0.0555001;REFB=-0.17872;REVB=0.048814;RO=2;SAF=118;SAR=87;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00800451;STB=0.501309;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.000596169;OID=.;OPOS=42135988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:211:209:2:3:205:206:0.985646:87:118:2:0:87:119:2:1 chr15 42138321 . A G 278.17 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654115;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.259;QD=52.9849;RBI=0.0161547;REFB=0;REVB=0.0147712;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025371;OID=.;OPOS=42138321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr15 42139642 . C T 403.56 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0410733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.69;QD=48.9162;RBI=0.0454245;REFB=-0.134925;REVB=0.0194003;RO=2;SAF=8;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103104;STB=0.578892;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0028638;OID=.;OPOS=42139642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:33:33:2:3:30:30:0.909091:22:8:2:0:22:8:3:0 chr15 42140044 . C T 30.98 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.114997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.209;QD=12.3918;RBI=0.115113;REFB=-0.0148761;REVB=-0.00517679;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20967;STB=0.630995;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.02936;OID=.;OPOS=42140044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:3:2:1:4:3:2 chr15 42143533 . T G 191.79 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0553529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.85;QD=13.459;RBI=0.0583417;REFB=-0.00447184;REVB=-0.0184339;RO=33;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314316;STB=0.672744;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0012879;OID=.;OPOS=42143533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:34:23:23:0.403509:7:16:13:20:7:16:14:20 chr15 42143985 . C T 102.78 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.00402036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.125;QD=6.04574;RBI=0.00475648;REFB=-0.00220201;REVB=0.00254181;RO=52;SAF=10;SAR=6;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125564;STB=0.507803;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0173783;OID=.;OPOS=42143985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:52:52:16:16:0.235294:6:10:32:20:6:10:32:20 chr15 42145134 . C T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0793737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8632;QD=7.83704;RBI=0.0802715;REFB=-0.0458481;REVB=0.0119718;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369678;STB=0.731059;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0765042;OID=.;OPOS=42145134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:5:2:10:6:5:2:10:6 chr15 42149472 . T C 1419.4 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00488489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.127;QD=61.713;RBI=0.0175973;REFB=-0.0194859;REVB=0.0169057;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=7.17476e-06;OID=.;OPOS=42149472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:50:41:0:0:50:41:1:0 chr15 42149506 . G C 838.15 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00895959;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.635;QD=55.8764;RBI=0.0110163;REFB=-0.0136568;REVB=0.0064097;RO=1;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136765;STB=0.507244;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000162117;OID=.;OPOS=42149506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:34:25:0:1:34:25:0:1 chr15 42170578 . G A 1938.18 PASS AF=0.976923;AO=126;DP=132;FAO=127;FDP=130;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=66;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0231364;FXX=0.0225547;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.718;QD=59.6363;RBI=0.0263485;REFB=-0.114437;REVB=0.0126076;RO=1;SAF=60;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078537;STB=0.511998;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00061409;OID=.;OPOS=42170578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:132:130:1:3:126:127:0.976923:66:60:1:0:66:61:3:0 chr15 42171483 . G A 2281.95 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00639112;FXX=0.013071;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7955;QD=60.4491;RBI=0.0377426;REFB=0;REVB=0.0371976;RO=0;SAF=90;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.35962e-05;OID=.;OPOS=42171483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:151:0:0:149:151:1:59:90:0:0:61:90:0:0 chr15 42171537 . A G 2566.36 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.507;QD=61.84;RBI=0.0553053;REFB=0;REVB=0.0467071;RO=0;SAF=106;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74706e-05;OID=.;OPOS=42171537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:166:0:0:165:166:1:59:106:0:0:59:107:0:0 chr15 42178122 . T C 1163.82 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00252725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.442;QD=60.4582;RBI=0.00978704;REFB=0;REVB=0.00945511;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223521;OID=.;OPOS=42178122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:34:41:0:0:35:42:0:0 chr15 42178155 . T C 1389.61 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00679618;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2465;QD=62.4542;RBI=0.0336695;REFB=0;REVB=0.0329765;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128773;OID=.;OPOS=42178155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chr15 42187492 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0957902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.756;QD=61.6837;RBI=0.0959273;REFB=0;REVB=0.00512525;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252129;OID=.;OPOS=42187492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr15 42284974 . G A 165.79 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0113402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.284;QD=11.4339;RBI=0.011388;REFB=-0.00953162;REVB=-0.001043;RO=37;SAF=4;SAR=17;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294616;STB=0.674136;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0136922;OID=.;OPOS=42284974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:17:4:15:22:17:4:15:22 chr15 42287578 . G A 217.23 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0107658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2585;QD=11.2847;RBI=0.0481102;REFB=0.0022327;REVB=0.0468902;RO=49;SAF=13;SAR=14;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134964;STB=0.500963;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.00245097;OID=.;OPOS=42287578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:49:50:27:27:0.350649:14:13:23:26:14:13:24:26 chr15 42297112 . GCCCC GCCC,GCCCG,GGCCC 484.73 PASS AF=0.528455,0.0325203,0;AO=52,5,5;DP=123;FAO=65,4,0;FDP=123;FR=.;FRO=54;FSAF=34,0,0;FSAR=31,4,0;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0681596,0.049902,0.0319191;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=15.7557,18.6456,18.2376;QD=15.7636;RBI=0.0685813,0.0505257,0.0319325;REFB=-0.0921438,-0.028264,-0.048406;REVB=0.00759414,0.00791417,0.000927377;RO=47;SAF=28,1,0;SAR=24,4,5;SRF=22;SRR=25;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0606724,-0.311692,-0.578122;STB=0.502072,0.997425,0.5;STBP=0.966,0.032,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.070376,-0.0322901,0;OID=.,.,.;OPOS=42297113,42297116,42297113;OREF=C,C,C;OALT=-,G,G;OMAPALT=GCCC,GCCCG,GGCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.528455,0.0325203,0:52,5,5:123:65,4,0:123:54:34,0,0:31,4,0:28:26:99:47:28,1,0:24,4,5:22:25 chr15 42302338 . A C 127.65 PASS AF=0.441176;AO=10;DP=35;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0265147;FXX=0.0810592;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.279;QD=15.0175;RBI=0.0399696;REFB=-0.026548;REVB=0.0299089;RO=19;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168862;STB=0.624816;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0342498;OID=.;OPOS=42302338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:19:19:10:15:0.441176:8:2:6:13:12:3:7:12 chr15 42302340 . C G 95.15 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0302915;FXX=0.0270197;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.953;QD=10.5719;RBI=0.0303115;REFB=-0.00107284;REVB=-0.00109927;RO=24;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304537;STB=0.687142;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00113218;OID=.;OPOS=42302340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:36:36:24:24:12:12:0.333333:10:2:9:15:10:2:9:15 chr15 42302433 . A G 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0296239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5667;QD=10.17;RBI=0.0326498;REFB=-0.0186638;REVB=-0.0137272;RO=22;SAF=2;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475131;STB=0.78892;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.015325;OID=.;OPOS=42302433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:9:2:13:9:9:2:13:9 chr15 42302437 . G C 84.76 PASS AF=0.354839;AO=10;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00280751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.077;QD=10.9374;RBI=0.00378799;REFB=-0.00023946;REVB=0.00254297;RO=20;SAF=1;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.632181;STB=0.807811;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0003118;OID=.;OPOS=42302437;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:10:11:0.354839:9:1:13:7:9:2:13:7 chr15 42371752 . A T 366.95 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.046;QD=54.363;RBI=0.0272412;REFB=0;REVB=-0.0082257;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205764;OID=.;OPOS=42371752;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr15 42373810 . G C 4318.08 PASS AF=1;AO=274;DP=275;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194551;FXX=0.00362306;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.24;QD=62.8084;RBI=0.0468526;REFB=-0.0850281;REVB=0.0426224;RO=1;SAF=128;SAR=146;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00371066;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011077;OID=.;OPOS=42373810;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:275:275:1:0:274:275:1:146:128:1:0:147:128:0:0 chr15 42377744 . C G 817.92 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.388;QD=57.398;RBI=0.045727;REFB=0;REVB=0.0265934;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119483;OID=.;OPOS=42377744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:25:31:0:0:25:32:0:0 chr15 42433802 . A G 445.12 PASS AF=0.46875;AO=44;DP=94;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0113783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.118;QD=18.5466;RBI=0.0347193;REFB=-0.043274;REVB=-0.0328019;RO=50;SAF=25;SAR=19;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159586;STB=0.597933;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0300899;OID=.;OPOS=42433802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:50:51:44:45:0.46875:19:25:20:30:19:26:20:31 chr15 42434254 . G A 278.87 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00400704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.615;QD=21.8718;RBI=0.0178529;REFB=0.00371401;REVB=0.0173974;RO=22;SAF=6;SAR=21;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303376;STB=0.659219;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00386767;OID=.;OPOS=42434254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:27:28:0.54902:21:6:12:10:21:7:13:10 chr15 42434265 . C T 175.76 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00146426;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.887;QD=13.2651;RBI=0.003874;REFB=0.00241855;REVB=-0.00358661;RO=32;SAF=4;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376879;STB=0.720106;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00439869;OID=.;OPOS=42434265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:32:32:21:21:0.396226:17:4:16:16:17:4:16:16 chr15 42434837 . T C 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.080681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.568;QD=18.3012;RBI=0.0839254;REFB=-0.0109535;REVB=0.0231094;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348318;STB=0.695087;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00688369;OID=.;OPOS=42434837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:11:9:19:4:11:9:19:4 chr15 42442027 . G A 113.78 PASS AF=0.219512;AO=18;DP=82;FAO=18;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=15;FWDB=0.0302143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4124;QD=5.55007;RBI=0.0313655;REFB=-0.00498302;REVB=-0.00841979;RO=64;SAF=13;SAR=5;SRF=49;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707033;STB=0.543813;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0301489;OID=.;OPOS=42442027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:64:64:18:18:0.219512:5:13:49:15:5:13:49:15 chr15 42444920 . GA AC 70.12 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0263525;FXX=0.0535619;HRUN=2;LEN=2;MLLD=67.9949;QD=5.29227;RBI=0.122868;REFB=-0.0114001;REVB=-0.120009;RO=38;SAF=9;SAR=2;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283457;STB=0.715042;STBP=0.173;TYPE=mnp;VARB=0.133909;OID=.;OPOS=42444920;OREF=GA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:56:53:38:42:11:11:0.207547:2:9:24:14:2:9:25:17 chr15 42553217 . AAT A,AA,AAA 546.77 PASS AF=0.473684,0.526316,0;AO=15,19,5;DP=45;FAO=18,20,0;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12,9,0;FSAR=6,11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271931,0.037063,0.0398827;FXX=0;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=290.616,291.506,285.689;QD=57.5548;RBI=0.0274026,0.0370818,0.0398943;REFB=0,0,0;REVB=0.00338216,0.00118072,-0.000960424;RO=6;SAF=11,5,2;SAR=4,14,3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0681464,-0.273244,-0.369772;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0105971,0.0089646,-0.0447618;OID=.,.,.;OPOS=42553218,42553219,42553219;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.473684,0.526316,0:15,19,5:45:18,20,0:38:0:12,9,0:6,11,0:0:0:34:6:11,5,2:4,14,3:5:1 chr15 42565588 . C A 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.000912628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.826;QD=16.7844;RBI=0.0107648;REFB=-0.00633271;REVB=0.0107261;RO=33;SAF=21;SAR=8;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246489;STB=0.639363;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00737633;OID=.;OPOS=42565588;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:8:21:16:17:8:21:16:17 chr15 42568547 . C G 997.51 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131613;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.759;QD=59.5527;RBI=0.0133836;REFB=0;REVB=0.00242901;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130431;OID=.;OPOS=42568547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr15 42570718 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.799;QD=63.583;RBI=0.0384116;REFB=0;REVB=0.0194451;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128502;OID=.;OPOS=42570718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr15 42575963 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0542811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.321;QD=57.0004;RBI=0.0760818;REFB=0;REVB=0.0533104;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.9916e-06;OID=.;OPOS=42575963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr15 42579948 . T C 976.09 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257727;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.063;QD=59.1572;RBI=0.0343333;REFB=0;REVB=0.0226837;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.81877e-06;OID=.;OPOS=42579948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr15 42606293 . A G 101.55 PASS AF=0.317073;AO=11;DP=38;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0139156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.943;QD=9.90742;RBI=0.0304488;REFB=-0.00774103;REVB=0.0270829;RO=27;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535672;STB=0.547457;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0100849;OID=.;OPOS=42606293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:27:28:11:13:0.317073:7:4:11:16:7:6:11:17 chr15 42834962 . C T 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0207626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.306;QD=17.4545;RBI=0.0215421;REFB=-0.0029239;REVB=-0.00574264;RO=29;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107347;STB=0.560394;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0041482;OID=.;OPOS=42834962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:10:17:15:14:10:17:15:14 chr15 43016796 . C T 441.38 PASS AF=0.6;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00226956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.293;QD=25.2216;RBI=0.004014;REFB=-0.0056717;REVB=-0.00331079;RO=28;SAF=15;SAR=27;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281439;STB=0.515411;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00410217;OID=.;OPOS=43016796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:28:42:42:0.6:27:15:11:17:27:15:11:17 chr15 43045026 . T C 129.09 PASS AF=0.273973;AO=17;DP=70;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.00676237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.488;QD=7.07365;RBI=0.0157255;REFB=-0.022493;REVB=-0.0141972;RO=51;SAF=11;SAR=6;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761371;STB=0.511777;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0623477;OID=.;OPOS=43045026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:51:53:17:20:0.273973:6:11:30:21:9:11:30:23 chr15 43170793 . A G 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00603807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.044;QD=15.6508;RBI=0.0179211;REFB=-0.00766574;REVB=0.0168733;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235652;STB=0.513601;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00990151;OID=.;OPOS=43170793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:5:11:14:7:5:11:14:7 chr15 43170823 . C T 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.061742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0523;QD=19.343;RBI=0.0635218;REFB=-0.032454;REVB=0.0149315;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980718;STB=0.555495;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0311928;OID=.;OPOS=43170823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:9:9:11:7:9:9:11:7 chr15 43237572 . T C 411.25 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0502705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0318;QD=21.0896;RBI=0.0592894;REFB=-0.00700639;REVB=-0.0314342;RO=37;SAF=23;SAR=18;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133058;STB=0.57353;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00810144;OID=.;OPOS=43237572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:18:23:15:22:18:23:15:22 chr15 43237643 . G A 105.34 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00672836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.723;QD=11.088;RBI=0.0297132;REFB=-0.00550782;REVB=0.0289414;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23931;STB=0.64123;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00566409;OID=.;OPOS=43237643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:6:7:8:17:6:7:8:17 chr15 43290413 . TG T 214.3 PASS AF=0.291667;AO=27;DP=95;FAO=28;FDP=96;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.000817584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.262;QD=8.9292;RBI=0.0175455;REFB=-0.0153113;REVB=-0.0175265;RO=66;SAF=11;SAR=16;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207445;STB=0.509084;STBP=0.932;TYPE=del;VARB=0.035775;OID=.;OPOS=43290414;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667:27:95:28:96:68:12:16:30:38:99:66:11:16:28:38 chr15 43499556 . CA C 49.63 PASS AF=0.225352;AO=23;DP=72;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.265846;FXX=0.013887;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.4576;QD=2.79626;RBI=0.271039;REFB=-0.0209547;REVB=0.0528061;RO=43;SAF=12;SAR=11;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373074;STB=0.69328;STBP=0.092;TYPE=del;VARB=-0.00850621;OID=.;OPOS=43499557;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225352:23:72:16:71:55:5:11:31:24:49:43:12:11:21:22 chr15 43531411 . G C 483.34 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.859;QD=58.5863;RBI=0.0488142;REFB=0;REVB=0.0444604;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18295e-05;OID=.;OPOS=43531411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:11:21:0:0:12:21:0:0 chr15 43545728 . G A,C 701.68 PASS AF=0.925926,0.037037;AO=50,3;DP=54;FAO=50,2;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=31,0;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00336941,0.0170914;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=163.528,43.4733;QD=51.9764;RBI=0.0439626,0.0430218;REFB=-0.137491,-0.116461;REVB=0.0438333,0.0394811;RO=1;SAF=31,0;SAR=19,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0241289,0;STB=0.52499,0.5;STBP=0.116,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00264897,0.102843;OID=.,.;OPOS=43545728,43545728;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:54:54:1:2:50,3:50,2:0.925926,0.037037:19,3:31,0:0:1:19,2:31,0:0:2 chr15 43552372 . C T 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0512131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.817;QD=18.9419;RBI=0.0512135;REFB=-0.0201437;REVB=0.000192594;RO=37;SAF=12;SAR=25;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315762;STB=0.681394;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0128613;OID=.;OPOS=43552372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:38:37:37:0.493333:25:12:25:12:25:12:26:12 chr15 43571390 . C G 1171.39 PASS AF=0.952941;AO=79;DP=85;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.106009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3347;QD=55.1241;RBI=0.106046;REFB=-0.17947;REVB=-0.00276703;RO=6;SAF=38;SAR=41;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690944;STB=0.523804;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00876516;OID=.;OPOS=43571390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:85:85:6:4:79:81:0.952941:41:38:6:0:41:40:4:0 chr15 43574114 . T C 825.05 PASS AF=0.5;AO=84;DP=168;FAO=84;FDP=168;FR=.;FRO=84;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.032961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.975;QD=19.644;RBI=0.0600594;REFB=-0.000217308;REVB=-0.0502066;RO=83;SAF=43;SAR=41;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273846;STB=0.517878;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.000851491;OID=.;OPOS=43574114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:83:84:84:84:0.5:41:43:45:38:41:43:46:38 chr15 43579566 . A G 556.98 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.758;QD=60.2145;RBI=0.032438;REFB=0;REVB=0.025715;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8841e-05;OID=.;OPOS=43579566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:23:13:0:0:23:14:0:0 chr15 43621947 . A G 1525.66 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219877;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.981;QD=59.8299;RBI=0.0317528;REFB=0;REVB=0.0229081;RO=0;SAF=42;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81261e-05;OID=.;OPOS=43621947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:59:42:0:0:60:42:0:0 chr15 43622265 . C A 134.58 PASS AF=0.375;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0361592;FXX=0.0243843;HRUN=6;LEN=1;MLLD=250.474;QD=13.4579;RBI=0.0367858;REFB=-0.0336945;REVB=0.00676066;RO=12;SAF=11;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384981;STB=0.606149;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0525406;OID=.;OPOS=43622265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:12:24:15:15:0.375:4:11:3:9:4:11:14:10 chr15 43632549 . T C 997.1 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.788;QD=58.6531;RBI=0.0169399;REFB=0;REVB=-0.0166626;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306103;OID=.;OPOS=43632549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:33:33:0:0:34:34:0:0 chr15 43650384 . G A 654.36 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00983055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.957;QD=60.8704;RBI=0.0191225;REFB=0;REVB=0.0164022;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1684e-05;OID=.;OPOS=43650384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:18:23:0:0:18:25:0:0 chr15 43661802 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00973008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.541;QD=57.3849;RBI=0.0151757;REFB=0;REVB=-0.0116459;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.555e-06;OID=.;OPOS=43661802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:20:37:0:0:20:37:0:0 chr15 43712796 . C T 139.62 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.013167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.237;QD=7.65011;RBI=0.0155035;REFB=-0.0103039;REVB=-0.00818455;RO=53;SAF=12;SAR=8;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286266;STB=0.517224;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0189826;OID=.;OPOS=43712796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:53:53:20:20:0.273973:8:12:33:20:8:12:33:20 chr15 43724624 . A G 526.63 PASS AF=0.470588;AO=56;DP=119;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.00639256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.292;QD=17.7018;RBI=0.00855435;REFB=-0.0101073;REVB=-0.00568437;RO=63;SAF=32;SAR=24;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153999;STB=0.508554;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0143341;OID=.;OPOS=43724624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:63:63:56:56:0.470588:24:32:35:28:24:32:35:28 chr15 43724646 . T G 1683.73 PASS AF=0.982609;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000539822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3959;QD=58.5644;RBI=0.01252;REFB=-0.0145987;REVB=-0.0125083;RO=0;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501013;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000268863;OID=.;OPOS=43724646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:115:0:2:112:113:0.982609:50:62:0:0:50:63:1:1 chr15 43748304 . A G 1139.08 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00819777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.462;QD=59.1732;RBI=0.00857754;REFB=-0.12704;REVB=0.00252405;RO=1;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133285;STB=0.50704;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000701661;OID=.;OPOS=43748304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:35:41:0:1:35:41:0:1 chr15 43762196 . C T 1220.75 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00336566;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.123;QD=60.284;RBI=0.00349029;REFB=0.014436;REVB=0.000924368;RO=1;SAF=46;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101822;STB=0.505375;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=9.49512e-05;OID=.;OPOS=43762196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:81:1:1:80:80:0.987654:34:46:1:0:34:46:1:0 chr15 43767774 . G C 885.32 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7739;QD=58.0536;RBI=0.0614848;REFB=0;REVB=0.056487;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000871786;OID=.;OPOS=43767774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr15 43816917 . G A 545.35 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00522492;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.906;QD=57.4055;RBI=0.0304675;REFB=-0.113228;REVB=0.0300162;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.513506;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00136559;OID=.;OPOS=43816917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:18:19:0:0:18:19:0:1 chr15 43817406 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00069471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.17;QD=62.3504;RBI=0.0135471;REFB=0;REVB=-0.0135293;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.51028e-05;OID=.;OPOS=43817406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr15 43818052 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7211;QD=33.4274;RBI=0.0589867;REFB=0;REVB=0.0578561;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00456054;OID=.;OPOS=43818052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr15 43888658 . C T 264.51 PASS AF=0.272059;AO=37;DP=136;FAO=37;FDP=136;FR=.;FRO=99;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=64;FWDB=7.81013e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4526;QD=7.77957;RBI=0.0013612;REFB=-0.00116083;REVB=0.00136118;RO=96;SAF=17;SAR=20;SRF=34;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131438;STB=0.578565;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00339386;OID=.;OPOS=43888658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:96:99:37:37:0.272059:20:17:34:62:20:17:35:64 chr15 43892847 . G C 1109.2 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00136324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.704;QD=57.6209;RBI=0.0172807;REFB=-0.128332;REVB=0.0172268;RO=2;SAF=40;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230683;STB=0.512192;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000934912;OID=.;OPOS=43892847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:77:77:2:2:75:75:0.974026:35:40:2:0:35:40:2:0 chr15 43893072 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000679209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.448;QD=48.7372;RBI=0.0126736;REFB=0;REVB=-0.0126554;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132015;OID=.;OPOS=43893072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr15 43897499 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0745736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2334;QD=56.1908;RBI=0.0884519;REFB=0;REVB=0.0475659;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000653033;OID=.;OPOS=43897499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr15 43925134 . TT AG 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693512;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=261.381;QD=48.7373;RBI=0.0698388;REFB=0;REVB=-0.00823812;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000308626;OID=.;OPOS=43925134;OREF=TT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr15 43927979 . G A 105.91 PASS AF=0.25;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0170612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6893;QD=6.61968;RBI=0.0257135;REFB=0.00500642;REVB=-0.019238;RO=46;SAF=11;SAR=5;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158437;STB=0.60071;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.014596;OID=.;OPOS=43927979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:46:48:16:16:0.25:5:11:26:20:5:11:27:21 chr15 43939642 . C T 922.96 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0090338;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.584;QD=58.6003;RBI=0.0275136;REFB=0;REVB=-0.0259882;RO=1;SAF=34;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136847;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317833;OID=.;OPOS=43939642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:1:0:62:63:1:28:34:1:0:28:35:0:0 chr15 43988604 . G A 2302.86 PASS AF=0.974843;AO=155;DP=159;FAO=155;FDP=159;FR=.;FRO=4;FSAF=70;FSAR=85;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0233789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5432;QD=57.9336;RBI=0.039;REFB=-0.00126787;REVB=-0.0312158;RO=4;SAF=70;SAR=85;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143854;STB=0.507565;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000314287;OID=.;OPOS=43988604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:159:159:4:4:155:155:0.974843:85:70:3:1:85:70:3:1 chr15 44043793 . C G 1363.67 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024049;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.047;QD=62.6976;RBI=0.0241904;REFB=0;REVB=0.00261164;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123713;OID=.;OPOS=44043793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr15 44069069 . G C 1195.38 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0057705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6994;QD=59.7691;RBI=0.00577646;REFB=-0.110592;REVB=-0.000262326;RO=1;SAF=29;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00937498;STB=0.504949;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00080093;OID=.;OPOS=44069069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:80:1:1:79:79:0.9875:50:29:0:1:50:29:0:1 chr15 44093927 . T C 785.3 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00795539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.104;QD=57.1129;RBI=0.0388295;REFB=0;REVB=0.0380059;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142385;OID=.;OPOS=44093927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:26:28:0:0:27:28:0:0 chr15 44102010 . A C 2383.68 PASS AF=1;AO=148;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.503;QD=63.5648;RBI=0.0234626;REFB=0;REVB=0.0135506;RO=0;SAF=93;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345307;OID=.;OPOS=44102010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:148:150:1:55:93:0:0:55:95:0:0 chr15 44102083 . C T 222.04 PASS AF=0.24812;AO=33;DP=133;FAO=33;FDP=133;FR=.;FRO=100;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=62;FSRR=38;FWDB=-0.0059478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2854;QD=6.67801;RBI=0.0316233;REFB=-0.00449501;REVB=-0.0310589;RO=100;SAF=25;SAR=8;SRF=62;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200984;STB=0.622888;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0169079;OID=.;OPOS=44102083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:100:100:33:33:0.24812:8:25:62:38:8:25:62:38 chr15 44120559 . T G 993.56 PASS AF=1;AO=49;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.353;QD=58.4449;RBI=0.0520725;REFB=0;REVB=0.0373924;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170306;OID=.;OPOS=44120559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:49:68:1:32:17:0:0:45:23:0:0 chr15 44120560 . C G 119.99 PASS AF=0.264706;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0213489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.662;QD=7.05821;RBI=0.0216845;REFB=-0.0691882;REVB=0.00380055;RO=50;SAF=5;SAR=13;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115158;STB=0.570529;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0405027;OID=.;OPOS=44120560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:50:18:18:0.264706:13:5:18:32:13:5:18:32 chr15 44198049 . A G 1927.0 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057054;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.298;QD=61.6641;RBI=0.0577425;REFB=0;REVB=0.00888997;RO=0;SAF=59;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53794e-05;OID=.;OPOS=44198049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:124:125:1:65:59:0:0:65:60:0:0 chr15 44751350 . C T 288.59 PASS AF=0.34;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0237621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.906;QD=11.5436;RBI=0.0238079;REFB=-0.00200741;REVB=0.00147614;RO=66;SAF=14;SAR=20;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15245;STB=0.588183;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00433802;OID=.;OPOS=44751350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:66:66:34:34:0.34:20:14:36:30:20:14:36:30 chr15 44854264 . A AAATC 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0197436;FXX=0;HRUN=4;LEN=4;MLLD=226.65;QD=13.2308;RBI=0.0280288;REFB=-0.00875805;REVB=0.0198949;RO=30;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776908;STB=0.558073;STBP=0.587;TYPE=ins;VARB=0.0126788;OID=.;OPOS=44854265;OREF=-;OALT=AATC;OMAPALT=AAATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369565:17:47:17:46:29:9:8:18:11:99:30:9:8:18:12 chr15 44912608 . GAAAAAAA GAAAAAA,GAAAAAAC 111.75 PASS AF=0.387755,0.0510204;AO=34,5;DP=100;FAO=38,5;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=26,5;FSAR=12,0;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=-0.0820971,-0.0328699;FXX=0.0297;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.60316,212.774;QD=4.56101;RBI=0.196616,0.0340999;REFB=-0.161171,-0.0094915;REVB=0.178655,0.00907588;RO=48;SAF=26,5;SAR=8,0;SRF=12;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.514399,0.708409;STB=0.715749,0.998536;STBP=0.002,0.001;TYPE=del,snp;VARB=0.131472,0.0789303;OID=.,.;OPOS=44912609,44912615;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=GAAAAAA,GAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387755,0.0510204:34,5:100:38,5:98:55:26,5:12,0:17:38:88:48:26,5:8,0:12:36 chr15 44944341 . G A 191.81 PASS AF=0.324675;AO=24;DP=76;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0125327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0774;QD=9.96395;RBI=0.0410895;REFB=0.00418717;REVB=0.0391315;RO=52;SAF=13;SAR=11;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110396;STB=0.57795;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0097871;OID=.;OPOS=44944341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:52:52:24:25:0.324675:11:13:33:19:12:13:33:19 chr15 44949329 . T C 476.53 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.015668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.221;QD=18.6875;RBI=0.0281059;REFB=-0.00570467;REVB=-0.0233335;RO=52;SAF=23;SAR=27;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368868;STB=0.520448;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00623739;OID=.;OPOS=44949329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:52:50:50:0.490196:27:23:26:26:27:23:26:26 chr15 44951351 . TG T 154.35 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0167988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.732;QD=9.0792;RBI=0.0282275;REFB=-0.00924754;REVB=-0.0226846;RO=47;SAF=8;SAR=13;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224351;STB=0.632698;STBP=0.166;TYPE=del;VARB=0.0202255;OID=.;OPOS=44951352;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.308824:21:68:21:68:47:8:13:27:20:99:47:8:13:27:20 chr15 44966389 . T C 344.44 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027562;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.976;QD=55.1098;RBI=0.0275793;REFB=0;REVB=0.000977319;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00084683;OID=.;OPOS=44966389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr15 45007771 . ACTTGT A 122.53 PASS AF=0.2;AO=18;DP=107;FAO=21;FDP=105;FR=.;FRO=84;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.00252381;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=5;MLLD=285.77;QD=4.66769;RBI=0.0111565;REFB=-0.0042396;REVB=-0.0108673;RO=82;SAF=10;SAR=8;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703409;STB=0.557322;STBP=0.598;TYPE=del;VARB=0.0171602;OID=.;OPOS=45007772;OREF=CTTGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:18:107:21:105:84:12:9:42:42:99:82:10:8:41:41 chr15 45007894 . A AGT 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0114804;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=263.306;QD=14.4909;RBI=0.0115248;REFB=-0.00955222;REVB=-0.00101077;RO=31;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332318;STB=0.507684;STBP=0.951;TYPE=ins;VARB=0.0152779;OID=.;OPOS=45007895;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387755:19:50:19:49:30:8:11:13:17:99:31:8:11:14:17 chr15 45008529 . C T 186.32 PASS AF=0.259615;AO=26;DP=102;FAO=27;FDP=104;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0359327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.708;QD=7.16595;RBI=0.036336;REFB=-0.0188399;REVB=-0.00539879;RO=75;SAF=14;SAR=12;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718422;STB=0.528093;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0313667;OID=.;OPOS=45008529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:75:77:26:27:0.259615:12:14:36:39:13:14:37:40 chr15 45047134 . G A 312.83 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.000285274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.425;QD=21.9526;RBI=0.00578447;REFB=-0.00475498;REVB=-0.00577743;RO=25;SAF=10;SAR=22;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144765;STB=0.580284;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00363351;OID=.;OPOS=45047134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:22:10:12:13:22:10:12:13 chr15 45047573 . C T 935.54 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.143538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.438;QD=58.471;RBI=0.143976;REFB=0;REVB=0.0112187;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000316949;OID=.;OPOS=45047573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr15 45249091 . C T 144.7 PASS AF=0.217822;AO=22;DP=101;FAO=22;FDP=101;FR=.;FRO=79;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.00159867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.769;QD=5.73061;RBI=0.0130807;REFB=-0.00404035;REVB=-0.0129826;RO=73;SAF=11;SAR=11;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598146;STB=0.504946;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0148826;OID=.;OPOS=45249091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:73:79:22:22:0.217822:11:11:40:33:11:11:40:39 chr15 45389874 . G A 291.37 PASS AF=0.407407;AO=32;DP=80;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0308892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.033;QD=14.3887;RBI=0.0310435;REFB=-0.0226648;REVB=0.00309187;RO=48;SAF=12;SAR=20;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023593;STB=0.524926;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0596273;OID=.;OPOS=45389874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:48:48:32:33:0.407407:20:12:17:31:20:13:17:31 chr15 45392075 . G A 1108.82 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0747788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6703;QD=57.6012;RBI=0.0748415;REFB=-0.098065;REVB=-0.0030628;RO=0;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94731e-08;STB=0.517237;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0143041;OID=.;OPOS=45392075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:77:0:2:75:75:0.974026:28:47:0:0:28:47:0:2 chr15 45396158 . C A 37.8 PASS AF=0.3;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.116223;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.216;QD=7.5606;RBI=0.11686;REFB=-0.00134654;REVB=-0.012178;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857127;STB=0.555358;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00923162;OID=.;OPOS=45396158;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:21:20:14:14:6:6:0.3:5:1:3:11:5:1:3:11 chr15 45400358 . C G 700.27 PASS AF=0.980392;AO=35;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0202551;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=202.254;QD=54.9228;RBI=0.0495758;REFB=0.0198547;REVB=0.0452492;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.507243;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=5.16529e-05;OID=.;OPOS=45400358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:51:0:1:35:50:0.980392:13:22:0:0:16:34:1:0 chr15 45404066 . G A 1741.83 PASS AF=0.916667;AO=121;DP=132;FAO=121;FDP=132;FR=.;FRO=11;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0264478;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.17;QD=52.7829;RBI=0.0267291;REFB=-0.12583;REVB=0.00386749;RO=7;SAF=57;SAR=64;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400666;STB=0.536463;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00269615;OID=.;OPOS=45404066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:132:132:7:11:121:121:0.916667:64:57:6:1:64:57:10:1 chr15 45408414 . C G 697.84 PASS AF=1;AO=34;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0546405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5704;QD=62.0304;RBI=0.239387;REFB=0;REVB=0.233067;RO=0;SAF=29;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265267;OID=.;OPOS=45408414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:34:45:1:5:29:0:0:15:30:0:0 chr15 45408933 . T C 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.7;QD=63.2826;RBI=0.0376127;REFB=0;REVB=0.0209581;RO=0;SAF=9;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.69135e-05;OID=.;OPOS=45408933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:37:9:0:0:37:9:0:0 chr15 45412946 . C A 223.54 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0031589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.465;QD=14.9025;RBI=0.0217981;REFB=-0.0195804;REVB=0.021568;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067729;STB=0.538432;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0282961;OID=.;OPOS=45412946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:12:14:16:18:12:14:16:18 chr15 45457458 . G T 2373.78 PASS AF=0.981366;AO=158;DP=161;FAO=158;FDP=161;FR=.;FRO=3;FSAF=98;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00698538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3741;QD=58.976;RBI=0.06289;REFB=-0.16207;REVB=0.0625009;RO=3;SAF=98;SAR=60;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00174682;STB=0.500918;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00266519;OID=.;OPOS=45457458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:161:161:3:3:158:158:0.981366:60:98:2:1:60:98:2:1 chr15 45467540 . C G 829.13 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.9;QD=53.4925;RBI=0.0669859;REFB=-0.129403;REVB=0.00980517;RO=0;SAF=16;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220727;OID=.;OPOS=45467540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:62:0:0:59:62:1:43:16:0:0:44:18:0:0 chr15 45491082 . G A 162.8 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00576362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.139;QD=10.853;RBI=0.0488186;REFB=-0.0265932;REVB=0.0484772;RO=38;SAF=18;SAR=3;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493726;STB=0.79968;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0342022;OID=.;OPOS=45491082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:39:21:21:0.35:3:18:18:20:3:18:18:21 chr15 45545478 . C G,T 653.43 PASS AF=0.0697674,0.930233;AO=3,40;DP=43;FAO=3,40;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=3,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784007,-0.0089564;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=12.6734,148.031;QD=60.7837;RBI=0.0111493,0.00986036;REFB=0,0;REVB=0.00792723,0.00412427;RO=0;SAF=0,18;SAR=3,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.19993e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0659188,-0.000137739;OID=.,.;OPOS=45545478,45545478;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:43:43:0:0:3,40:3,40:0.0697674,0.930233:3,22:0,18:0:0:3,22:0,18:0:0 chr15 45554267 . C A 1710.1 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.379;QD=60.5344;RBI=0.0153221;REFB=0;REVB=0.0114795;RO=0;SAF=60;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74516e-05;OID=.;OPOS=45554267;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:52:60:0:0:53:60:0:0 chr15 45559903 . G A 284.27 PASS AF=0.330357;AO=37;DP=113;FAO=37;FDP=112;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=0.0126062;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3395;QD=10.1523;RBI=0.0244299;REFB=-0.00321095;REVB=0.0209262;RO=73;SAF=19;SAR=18;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870851;STB=0.549126;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0100382;OID=.;OPOS=45559903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:73:75:37:37:0.330357:18:19:43:30:18:19:44:31 chr15 45657068 . CAAAAAAAA CAAAAAAA,CAAAAAAAC 224.95 PASS AF=0.8,0.0142857;AO=30,3;DP=72;FAO=56,1;FDP=70;FR=.;FRO=13;FSAF=31,0;FSAR=25,1;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.227441,0.293761;FXX=0.0277739;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.34762,7.80657;QD=12.8541;RBI=0.230794,0.293894;REFB=0.0388586,-0.0495076;REVB=0.0392013,0.00882829;RO=23;SAF=10,2;SAR=20,1;SRF=12;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.156144,0.158088;STB=0.546381,0.986032;STBP=0.108,0.517;TYPE=del,snp;VARB=0.0519151,0.0475813;OID=.,.;OPOS=45657069,45657076;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CAAAAAAA,CAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8,0.0142857:30,3:72:56,1:70:13:31,0:25,1:4:9:26:23:10,2:20,1:12:11 chr15 45779810 . G A 382.94 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0299746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.631;QD=17.4062;RBI=0.0300507;REFB=0.00373348;REVB=-0.00213804;RO=48;SAF=12;SAR=28;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189138;STB=0.60638;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0035095;OID=.;OPOS=45779810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:28:12:23:25:28:12:23:25 chr15 45781192 . G A 332.98 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.0357935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2262;QD=14.0204;RBI=0.039267;REFB=-0.0110103;REVB=-0.0161468;RO=58;SAF=21;SAR=16;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779665;STB=0.544258;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0205842;OID=.;OPOS=45781192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:58:37:37:0.389474:16:21:37:21:16:21:37:21 chr15 48053229 . C A 613.23 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00323662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.145;QD=61.3228;RBI=0.0562856;REFB=0;REVB=-0.0561925;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000510263;OID=.;OPOS=48053229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr15 48056061 . C T 234.1 PASS AF=0.259542;AO=34;DP=131;FAO=34;FDP=131;FR=.;FRO=97;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.0132843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.846;QD=7.14822;RBI=0.0175086;REFB=-0.00772412;REVB=0.0114051;RO=96;SAF=21;SAR=13;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196444;STB=0.621175;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0477749;OID=.;OPOS=48056061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:96:97:34:34:0.259542:13:21:44:52:13:21:44:53 chr15 48056958 . C T 294.04 PASS AF=0.365591;AO=33;DP=92;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.00404238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.834;QD=12.6469;RBI=0.00779762;REFB=-0.00398242;REVB=-0.00666798;RO=57;SAF=15;SAR=18;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571698;STB=0.511247;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00652346;OID=.;OPOS=48056958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:57:59:33:34:0.365591:18:15:23:34:19:15:25:34 chr15 48058071 . G A 441.52 PASS AF=0.6;AO=41;DP=69;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0482395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.204;QD=25.2298;RBI=0.0487627;REFB=-0.0363178;REVB=0.00712415;RO=27;SAF=23;SAR=18;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137787;STB=0.561707;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0187837;OID=.;OPOS=48058071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:27:28:41:42:0.6:18:23:10:17:19:23:11:17 chr15 48062920 . C T 193.77 PASS AF=0.269231;AO=27;DP=104;FAO=28;FDP=104;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.00403602;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.756;QD=7.45263;RBI=0.0055861;REFB=-0.00805321;REVB=0.003862;RO=76;SAF=7;SAR=20;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268128;STB=0.670083;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0266767;OID=.;OPOS=48062920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:76:76:27:28:0.269231:20:7:35:41:21:7:35:41 chr15 48063076 . T C 1914.85 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.819;QD=61.7692;RBI=0.0257345;REFB=0;REVB=0.017962;RO=0;SAF=77;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10261e-05;OID=.;OPOS=48063076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:47:77:0:0:47:77:0:0 chr15 48065487 . C T 783.77 PASS AF=0.584;AO=73;DP=125;FAO=73;FDP=125;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00401499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2121;QD=25.0806;RBI=0.011366;REFB=0.0272893;REVB=0.0106332;RO=52;SAF=31;SAR=42;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286875;STB=0.515621;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.0194366;OID=.;OPOS=48065487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:52:52:73:73:0.584:42:31:24:28:42:31:24:28 chr15 48426484 . A G 810.0 PASS AF=1;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126336;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.332;QD=57.8572;RBI=0.0622742;REFB=0;REVB=0.0609793;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112229;OID=.;OPOS=48426484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:55:56:1:28:27:0:0:28:28:0:0 chr15 48443699 . T C 1302.11 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00918029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6475;QD=62.0052;RBI=0.0342431;REFB=0;REVB=-0.0329896;RO=0;SAF=51;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245355;OID=.;OPOS=48443699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:33:51:0:0:33:51:0:0 chr15 48460927 . C T 2322.36 PASS AF=1;AO=151;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0548191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.806;QD=60.7152;RBI=0.0575752;REFB=0;REVB=-0.0176001;RO=0;SAF=71;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102534;OID=.;OPOS=48460927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:151:153:1:80:71:0:0:81:72:0:0 chr15 48495508 . C T 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.021697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.729;QD=18.4984;RBI=0.02254;REFB=-0.00971318;REVB=-0.00610668;RO=27;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00867003;OID=.;OPOS=48495508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:15:12:12:15:15:12:12:15 chr15 48539587 . T C,G 1422.32 PASS AF=0.950495,0.029703;AO=95,5;DP=101;FAO=96,3;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=56,0;FSAR=40,3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0275957,-0.00388016;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.6072,111.512;QD=56.3294;RBI=0.030678,0.00984152;REFB=-0.0583222,-0.0120248;REVB=0.013402,-0.00904433;RO=0;SAF=57,0;SAR=38,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.501748,0.994603;STBP=0.856,0.202;TYPE=snp,snp;VARB=0.00222462,0.1593;OID=.,.;OPOS=48539587,48539587;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:101:101:0:2:95,5:96,3:0.950495,0.029703:38,5:57,0:0:0:40,3:56,0:1:1 chr15 48580713 . T C 740.35 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.113;QD=56.9499;RBI=0.0435602;REFB=0;REVB=0.0048214;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4923e-05;OID=.;OPOS=48580713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr15 48701029 . C T 799.8 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0161888;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.834;QD=55.1586;RBI=0.0201032;REFB=0.107661;REVB=0.0119189;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159856;STB=0.508472;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=2.8616e-05;OID=.;OPOS=48701029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:28:29:1:0:28:29:1:0 chr15 48702457 . C A 1625.84 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0188594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.85;QD=59.1213;RBI=0.0241714;REFB=-0.0185391;REVB=0.0151188;RO=1;SAF=47;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771838;STB=0.504064;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000244315;OID=.;OPOS=48702457;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:110:1:1:108:109:0.990909:61:47:0:1:61:48:0:1 chr15 48807637 . C T 1899.35 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142824;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1;QD=61.7676;RBI=0.0309689;REFB=0;REVB=0.0274788;RO=0;SAF=54;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98034e-05;OID=.;OPOS=48807637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:69:54:0:0:69:54:0:0 chr15 49048507 . G A 170.49 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=78;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0127764;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.435;QD=8.85645;RBI=0.0142492;REFB=-0.000322887;REVB=0.00630883;RO=54;SAF=10;SAR=13;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12063;STB=0.571527;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.000599444;OID=.;OPOS=49048507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:54:54:23:23:0.298701:13:10:29:25:13:10:29:25 chr15 49090175 . G A 300.2 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.00962942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3266;QD=16.4491;RBI=0.0441283;REFB=0.0114852;REVB=0.0430648;RO=40;SAF=19;SAR=14;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100975;STB=0.556579;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00578417;OID=.;OPOS=49090175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:14:19:27:13:14:19:27:13 chr15 49118087 . C T 313.68 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0127206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.186;QD=17.1879;RBI=0.0726626;REFB=-0.00890015;REVB=-0.0715404;RO=36;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526491;STB=0.54981;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0104362;OID=.;OPOS=49118087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:39:34:34:0.465753:16:18:17:19:16:18:17:22 chr15 49168841 . G A 6814.07 PASS AF=1;AO=434;DP=436;FAO=438;FDP=438;FR=.;FRO=0;FSAF=246;FSAR=192;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162815;FXX=0.0288242;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3189;QD=62.229;RBI=0.0309924;REFB=-0.0273488;REVB=0.0263713;RO=2;SAF=245;SAR=189;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000574487;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37842e-05;OID=.;OPOS=49168841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:436:438:2:0:434:438:1:189:245:1:1:192:246:0:0 chr15 49170977 . G A 754.46 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00394481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4161;QD=54.8701;RBI=0.0401593;REFB=-0.114659;REVB=0.0399651;RO=1;SAF=19;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241545;STB=0.512816;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00270475;OID=.;OPOS=49170977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:35:19:1:0:35:19:1:0 chr15 49172209 . G A 118.23 PASS AF=0.243243;AO=18;DP=74;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=42;FWDB=-0.00870464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.227;QD=6.39056;RBI=0.0131519;REFB=-0.00441702;REVB=-0.00985913;RO=56;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256229;STB=0.653938;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0144546;OID=.;OPOS=49172209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:56:56:18:18:0.243243:10:8:14:42:10:8:14:42 chr15 49288160 . A G 335.01 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0363631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0924;QD=14.2559;RBI=0.0601561;REFB=-0.017246;REVB=0.0479217;RO=57;SAF=10;SAR=27;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182901;STB=0.604683;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.026327;OID=.;OPOS=49288160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:57:37:37:0.393617:27:10:24:33:27:10:24:33 chr15 49325192 . C T 256.87 PASS AF=0.270073;AO=36;DP=136;FAO=37;FDP=137;FR=.;FRO=100;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=0.00456192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.908;QD=7.49971;RBI=0.0184739;REFB=-0.00519763;REVB=-0.0179018;RO=99;SAF=21;SAR=15;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722984;STB=0.547985;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0144685;OID=.;OPOS=49325192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:99:100:36:37:0.270073:15:21:52:47:15:22:53:47 chr15 49325289 . A C 1449.63 PASS AF=0.961905;AO=101;DP=105;FAO=101;FDP=105;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.010777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.435;QD=55.2242;RBI=0.013949;REFB=-0.00973263;REVB=-0.00885614;RO=4;SAF=48;SAR=53;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379032;STB=0.519996;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=6.75793e-08;OID=.;OPOS=49325289;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:105:105:4:4:101:101:0.961905:53:48:4:0:53:48:4:0 chr15 49620200 . C T 497.39 PASS AF=0.410448;AO=55;DP=135;FAO=55;FDP=134;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.0156356;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.997;QD=14.8473;RBI=0.0165983;REFB=-0.00400239;REVB=-0.00557069;RO=79;SAF=30;SAR=25;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039078;STB=0.52197;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00518327;OID=.;OPOS=49620200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:79:79:55:55:0.410448:25:30:46:33:25:30:46:33 chr15 49627607 . T C 224.74 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.00893802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.948;QD=10.8309;RBI=0.00909951;REFB=0.00129352;REVB=-0.00170674;RO=54;SAF=17;SAR=11;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00472065;STB=0.507687;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.00192792;OID=.;OPOS=49627607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:54:55:28:28:0.337349:11:17:33:21:11:17:34:21 chr15 50152583 . G T 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00991089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.324;QD=59.9241;RBI=0.0148811;REFB=0;REVB=-0.0111006;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.8189e-05;OID=.;OPOS=50152583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:48:57:0:0:48:57:0:0 chr15 50212571 . C T 167.5 PASS AF=0.22314;AO=27;DP=121;FAO=27;FDP=121;FR=.;FRO=94;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=0.00697166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1511;QD=5.53709;RBI=0.0071069;REFB=-0.019543;REVB=0.00137986;RO=94;SAF=18;SAR=9;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26405;STB=0.662862;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0372418;OID=.;OPOS=50212571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:94:94:27:27:0.22314:9:18:43:51:9:18:43:51 chr15 50226313 . G T 288.58 PASS AF=0.492063;AO=33;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.171909;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7194;QD=18.3222;RBI=0.186337;REFB=0.0390135;REVB=0.0718937;RO=30;SAF=6;SAR=27;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221541;STB=0.696623;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0428965;OID=.;OPOS=50226313;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:32:33:31:0.492063:27:6:11:19:27:4:12:20 chr15 50279662 . T C 370.57 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0350158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.526;QD=17.2359;RBI=0.0369988;REFB=0.00177886;REVB=-0.0119502;RO=47;SAF=23;SAR=16;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605436;STB=0.503391;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.00307206;OID=.;OPOS=50279662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:16:23:28:19:16:23:28:19 chr15 50288937 . G A 356.14 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0241349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.053;QD=16.5647;RBI=0.0269776;REFB=-0.00789353;REVB=0.0120538;RO=48;SAF=22;SAR=16;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079212;STB=0.544531;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00814718;OID=.;OPOS=50288937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:16:22:24:24:16:22:24:24 chr15 50311135 . C A 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3792;QD=62.3481;RBI=0.0221242;REFB=0;REVB=-0.017172;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20595e-05;OID=.;OPOS=50311135;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr15 50311148 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.637;QD=62.6711;RBI=0.0158306;REFB=0;REVB=-0.0111556;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53284e-07;OID=.;OPOS=50311148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr15 50474766 . A C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.072;QD=48.7373;RBI=0.0239223;REFB=0;REVB=0.0145531;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203943;OID=.;OPOS=50474766;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr15 50773755 . G A 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.176;QD=59.14;RBI=0.017947;REFB=0;REVB=-0.00554593;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.55885e-05;OID=.;OPOS=50773755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr15 50867082 . G A 257.72 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0643305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1876;QD=19.8245;RBI=0.0805741;REFB=-0.0123267;REVB=-0.0485156;RO=24;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195774;STB=0.500713;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00808194;OID=.;OPOS=50867082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:25:27:27:0.519231:13:14:13:11:13:14:13:12 chr15 50981098 . T C 296.49 PASS AF=0.55102;AO=26;DP=48;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0316484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.381;QD=24.2032;RBI=0.0430495;REFB=-0.011917;REVB=-0.0291828;RO=22;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170853;STB=0.58637;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0112249;OID=.;OPOS=50981098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:22:22:26:27:0.55102:11:15:17:5:11:16:17:5 chr15 51217361 . T C 645.45 PASS AF=0.454545;AO=69;DP=153;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=-0.00908189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.929;QD=16.765;RBI=0.0114259;REFB=-0.000703613;REVB=0.00693328;RO=84;SAF=45;SAR=24;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235415;STB=0.633307;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000857921;OID=.;OPOS=51217361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:84:84:69:70:0.454545:24:45:35:49:24:46:35:49 chr15 51294832 . G A 516.9 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00113522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2243;QD=17.8242;RBI=0.0354334;REFB=0.00706107;REVB=-0.0354152;RO=61;SAF=34;SAR=21;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107054;STB=0.559513;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00587843;OID=.;OPOS=51294832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:61:61:55:55:0.474138:21:34:31:30:21:34:31:30 chr15 51502844 . A C 633.81 PASS AF=0.412791;AO=71;DP=171;FAO=71;FDP=172;FR=.;FRO=101;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=0.00789466;FXX=0.00578001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0347;QD=14.7397;RBI=0.0373501;REFB=-0.0257214;REVB=0.0365062;RO=100;SAF=45;SAR=26;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19427;STB=0.611908;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0430433;OID=.;OPOS=51502844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:100:101:71:71:0.412791:26:45:45:55:26:45:45:56 chr15 51502986 . G A 950.49 PASS AF=0.497354;AO=94;DP=188;FAO=94;FDP=189;FR=.;FRO=95;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=-0.00295265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.877;QD=20.1162;RBI=0.00835488;REFB=-0.0116115;REVB=0.00781575;RO=94;SAF=45;SAR=49;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580019;STB=0.534458;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00970409;OID=.;OPOS=51502986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:94:95:94:94:0.497354:49:45:51:43:49:45:52:43 chr15 51503881 . T A 221.63 PASS AF=0.481481;AO=23;DP=51;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0183693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.899;QD=16.4169;RBI=0.039037;REFB=-0.0129936;REVB=-0.034445;RO=28;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833645;STB=0.569565;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0295405;OID=.;OPOS=51503881;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:28:28:23:26:0.481481:15:8:12:16:18:8:12:16 chr15 51503897 . G A 217.79 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0331506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.265;QD=16.7532;RBI=0.0347219;REFB=-0.00859829;REVB=-0.0103269;RO=28;SAF=7;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145972;STB=0.58296;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00826931;OID=.;OPOS=51503897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:17:7:12:16:17:7:12:16 chr15 51675625 . C T 574.83 PASS AF=0.540816;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.000801551;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.259;QD=23.4624;RBI=0.00550812;REFB=0.00706812;REVB=-0.00544949;RO=43;SAF=30;SAR=23;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827947;STB=0.555963;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.00587166;OID=.;OPOS=51675625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:43:45:53:53:0.540816:23:30:20:23:23:30:20:25 chr15 51689772 . G A 3989.21 PASS AF=1;AO=253;DP=255;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371702;FXX=0.00775164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.441;QD=62.3314;RBI=0.0376327;REFB=0;REVB=0.00588163;RO=0;SAF=83;SAR=170;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68618e-06;OID=.;OPOS=51689772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:255:256:0:0:253:256:1:170:83:0:0:173:83:0:0 chr15 51698867 . T C 464.87 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.046;QD=58.1088;RBI=0.0793945;REFB=0;REVB=0.0527377;RO=0;SAF=26;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470577;OID=.;OPOS=51698867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:6:26:0:0:6:26:0:0 chr15 51698922 . C T 929.83 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707201;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.343;QD=58.1146;RBI=0.0106484;REFB=0;REVB=0.0079609;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86671e-05;OID=.;OPOS=51698922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:38:25:0:0:38:26:0:0 chr15 51783820 . T C 2384.04 PASS AF=0.987654;AO=151;DP=153;FAO=160;FDP=162;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0795246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.214;QD=58.8651;RBI=0.0819614;REFB=-0.0248948;REVB=0.0198369;RO=0;SAF=54;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.02583e-08;STB=0.505101;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000360445;OID=.;OPOS=51783820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:153:162:0:2:151:160:0.987654:97:54:0:0:97:63:0:2 chr15 51791559 . A G 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7269;QD=62.669;RBI=0.0192372;REFB=0;REVB=0.00269247;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305534;OID=.;OPOS=51791559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr15 51795172 . G A 1101.21 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00692109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.736;QD=59.5249;RBI=0.0131502;REFB=0;REVB=0.0111815;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501861;OID=.;OPOS=51795172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:47:26:0:0:47:27:0:0 chr15 51868373 . A G 538.44 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4632;QD=59.8263;RBI=0.0108438;REFB=0;REVB=0.00689092;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136586;OID=.;OPOS=51868373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:22:13:0:0:23:13:0:0 chr15 51914662 . G A 1407.59 PASS AF=0.503571;AO=140;DP=277;FAO=141;FDP=280;FR=.;FRO=139;FSAF=92;FSAR=49;FSRF=70;FSRR=69;FWDB=0.041639;FXX=0.0106003;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.5099;QD=20.1084;RBI=0.0713889;REFB=-0.014216;REVB=0.0579876;RO=136;SAF=93;SAR=47;SRF=70;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142728;STB=0.57762;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0127072;OID=.;OPOS=51914662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:280:136:139:140:141:0.503571:47:93:70:66:49:92:70:69 chr15 51914716 . T C 987.09 PASS AF=0.516588;AO=99;DP=200;FAO=109;FDP=211;FR=.;FRO=102;FSAF=75;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=57;FWDB=0.0781025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.078;QD=18.7126;RBI=0.0804468;REFB=-0.0551574;REVB=0.0192792;RO=100;SAF=70;SAR=29;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25018;STB=0.625836;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0517609;OID=.;OPOS=51914716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:211:100:102:99:109:0.516588:29:70:45:55:34:75:45:57 chr15 51914718 . C T 463.46 PASS AF=0.301435;AO=63;DP=209;FAO=63;FDP=209;FR=.;FRO=146;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=76;FSRR=70;FWDB=-0.0179694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.077;QD=8.87;RBI=0.0179697;REFB=-0.00677971;REVB=-0.000101151;RO=145;SAF=44;SAR=19;SRF=75;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229121;STB=0.631977;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0145173;OID=.;OPOS=51914718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:145:146:63:63:0.301435:19:44:75:70:19:44:76:70 chr15 52242008 . G A 288.58 PASS AF=0.34;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0135885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.34;QD=11.5433;RBI=0.0534549;REFB=-0.0109193;REVB=-0.0516989;RO=66;SAF=20;SAR=14;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135593;STB=0.578466;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00969903;OID=.;OPOS=52242008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:66:66:34:34:0.34:14:20:31:35:14:20:31:35 chr15 52350879 . T C 523.34 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0125566;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.979;QD=23.5208;RBI=0.0134197;REFB=-0.00845775;REVB=0.00473519;RO=39;SAF=24;SAR=25;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121946;STB=0.560616;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00578154;OID=.;OPOS=52350879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:39:40:49:49:0.550562:25:24:25:14:25:24:25:15 chr15 52357589 . A G 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00497281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.773;QD=26.3392;RBI=0.00581432;REFB=-0.0116733;REVB=-0.0030129;RO=15;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438122;STB=0.524251;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00943756;OID=.;OPOS=52357589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:9:14:10:5:9:14:10:5 chr15 52404798 . G A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0158494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.016;QD=20.838;RBI=0.0290771;REFB=-0.0536756;REVB=-0.0243777;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028019;STB=0.516093;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0407513;OID=.;OPOS=52404798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:2:3:5:4:2:3 chr15 52517714 . C T 122.65 PASS AF=0.227273;AO=9;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0290251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.9799;QD=11.1497;RBI=0.0345633;REFB=-0.00480495;REVB=-0.018766;RO=27;SAF=3;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222242;STB=0.5998;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0117158;OID=.;OPOS=52517714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:44:44:27:28:9:10:0.227273:6:3:14:13:6:4:15:13 chr15 52531941 . A G 438.66 PASS AF=0.366906;AO=51;DP=142;FAO=51;FDP=139;FR=.;FRO=88;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=0.013855;FXX=0.0211253;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.204;QD=12.6234;RBI=0.0138553;REFB=-0.0108097;REVB=-9.17361e-05;RO=88;SAF=27;SAR=24;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12063;STB=0.568634;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.014567;OID=.;OPOS=52531941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:139:88:88:51:51:0.366906:24:27:37:51:24:27:37:51 chr15 52539673 . C T 1126.72 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5416;QD=60.0917;RBI=0.0719961;REFB=0;REVB=0.0590557;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011133;OID=.;OPOS=52539673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:47:27:0:0:47:28:0:0 chr15 52556429 . A G 1339.56 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00656117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.116;QD=62.3053;RBI=0.0197024;REFB=0;REVB=-0.0185778;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.56356e-05;OID=.;OPOS=52556429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:40:46:0:0:40:46:0:0 chr15 52564922 . TA T 48.03 PASS AF=0.282828;AO=36;DP=99;FAO=28;FDP=99;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.240675;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.61106;QD=1.94058;RBI=0.249137;REFB=-0.0612308;REVB=0.0643819;RO=49;SAF=18;SAR=18;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938386;STB=0.516118;STBP=0.874;TYPE=del;VARB=0.00652976;OID=.;OPOS=52564923;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.282828:36:99:28:99:71:12:16:32:39:48:49:18:18:20:29 chr15 52601033 . T C 496.2 PASS AF=0.490741;AO=49;DP=104;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00561493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.116;QD=18.3777;RBI=0.0108732;REFB=-0.0227409;REVB=-0.00931118;RO=54;SAF=23;SAR=26;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00608307;STB=0.51868;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0223087;OID=.;OPOS=52601033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:108:54:55:49:53:0.490741:26:23:25:29:26:27:26:29 chr15 52604135 . GA GATTTGTCATT,TT 647.79 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=33,2;DP=54;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22,2;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377995,-0.0194321;FXX=0.0454442;HRUN=3,1;LEN=9,2;MLLD=231.683,103.539;QD=61.6939;RBI=0.0544454,0.0217473;REFB=0,0;REVB=0.0391855,0.00976405;RO=12;SAF=18,2;SAR=15,0;SRF=10;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.145024,0.460273;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00230721,0.014643;OID=.,.;OPOS=52604137,52604135;OREF=-,GA;OALT=TTTGTCATT,TT;OMAPALT=GATTTGTCATT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:54:42:12:0:33,2:40,2:0.952381,0.047619:15,0:18,2:10:2:18,0:22,2:0:0 chr15 52604136 . A ATTTGTCATT 50.0 PASS AO=33;DP=55;LEN=9;RO=22;SAF=22;SAR=17;SRF=12;SRR=4;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=52604137;OREF=-;OALT=TTTGTCATT;OMAPALT=ATTTGTCATT GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:55:22:33:17:22:12:4 chr15 52611451 . A G 1306.78 PASS AF=0.505747;AO=131;DP=261;FAO=132;FDP=261;FR=.;FRO=129;FSAF=71;FSAR=61;FSRF=69;FSRR=60;FWDB=-0.000543465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.651;QD=20.0273;RBI=0.00483543;REFB=-0.0240883;REVB=-0.00480479;RO=127;SAF=71;SAR=60;SRF=69;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00119662;STB=0.501488;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0207639;OID=.;OPOS=52611451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:127:129:131:132:0.505747:60:71:69:58:61:71:69:60 chr15 52667552 . G A 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.965;QD=63.1949;RBI=0.0255916;REFB=0;REVB=-0.00727516;RO=0;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74081e-05;OID=.;OPOS=52667552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:39:53:0:0:39:53:0:0 chr15 52689526 . T C 1286.86 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319964;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.769;QD=62.0171;RBI=0.0320551;REFB=0;REVB=-0.00193865;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4086e-05;OID=.;OPOS=52689526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:43:40:0:0:43:40:0:0 chr15 52689631 . T G 1112.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00135592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8841;QD=60.1468;RBI=0.0724534;REFB=0;REVB=-0.0724408;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000673065;OID=.;OPOS=52689631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:43:30:0:0:44:30:0:0 chr15 52700341 . C T 116.88 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0299186;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4545;QD=9.16707;RBI=0.0356218;REFB=0.0105812;REVB=-0.0193337;RO=37;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19575;STB=0.627739;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.0543858;OID=.;OPOS=52700341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:37:36:15:15:0.294118:6:9:16:21:6:9:15:21 chr15 52874488 . A T 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0100221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.653;QD=11.6201;RBI=0.0133284;REFB=0.00892318;REVB=-0.00878662;RO=34;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263003;STB=0.659421;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.0293115;OID=.;OPOS=52874488;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:35:20:20:0.363636:8:12:12:22:8:12:12:23 chr15 52901283 . TT CC 1223.75 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240949;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=89.1263;QD=61.1874;RBI=0.0761608;REFB=0;REVB=0.0722489;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000212854;OID=.;OPOS=52901283;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:77:80:1:40:37:0:0:43:37:0:0 chr15 52901914 . T C 157.8 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0313691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8538;QD=16.6105;RBI=0.0604153;REFB=-0.0125899;REVB=0.0516332;RO=21;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291976;STB=0.516759;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0178155;OID=.;OPOS=52901914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:6:11:13:8:6:11:13:8 chr15 53081221 . C A 271.34 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0200232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.6724;QD=19.3815;RBI=0.0228386;REFB=-0.0702849;REVB=0.0109851;RO=22;SAF=12;SAR=17;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682636;STB=0.586147;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0448551;OID=.;OPOS=53081221;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:56:22:27:29:29:0.517857:17:12:11:11:17:12:16:11 chr15 53809958 . A C 157.06 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00492457;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=261.451;QD=17.9499;RBI=0.0131026;REFB=-0.0132081;REVB=0.012142;RO=10;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889661;STB=0.543347;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00834915;OID=.;OPOS=53809958;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:10:18:16:17:0.485714:6:10:5:5:6:11:13:5 chr15 53889440 . G A 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0152875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5751;QD=11.8156;RBI=0.016834;REFB=-0.000234187;REVB=-0.00704811;RO=41;SAF=10;SAR=14;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131093;STB=0.575772;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=3.5168e-05;OID=.;OPOS=53889440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:14:10:22:19:14:10:22:19 chr15 53994493 . A G 1476.63 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026523;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.02;QD=63.5111;RBI=0.030235;REFB=0;REVB=0.014515;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18901e-05;OID=.;OPOS=53994493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:44:49:0:0:44:49:0:0 chr15 54008795 . T C 336.67 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0641807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.04;QD=14.7989;RBI=0.0761534;REFB=0.000758367;REVB=0.0409899;RO=52;SAF=13;SAR=24;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119509;STB=0.580601;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00060348;OID=.;OPOS=54008795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:54:37:37:0.406593:24:13:24:28:24:13:26:28 chr15 54008845 . T C 1530.03 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.796;QD=63.7512;RBI=0.0328915;REFB=0;REVB=-0.0178201;RO=0;SAF=38;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96288e-05;OID=.;OPOS=54008845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:58:38:0:0:58:38:0:0 chr15 54306925 . G A 1517.46 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9972;QD=59.5083;RBI=0.0143025;REFB=0;REVB=0.00704457;RO=0;SAF=51;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126103;OID=.;OPOS=54306925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:100:102:1:49:51:0:0:51:51:0:0 chr15 54528602 . T C 517.97 PASS AF=0.444444;AO=56;DP=125;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.00338294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.074;QD=16.4435;RBI=0.00479196;REFB=-0.0152705;REVB=0.0033939;RO=69;SAF=27;SAR=29;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759295;STB=0.545827;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0173294;OID=.;OPOS=54528602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:69:70:56:56:0.444444:29:27:28:41:29:27:28:42 chr15 54624313 . T A 224.99 PASS AF=0.298969;AO=28;DP=99;FAO=29;FDP=97;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.00631813;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.332;QD=9.27807;RBI=0.00639566;REFB=0.00185163;REVB=-0.000992811;RO=70;SAF=17;SAR=11;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147131;STB=0.58114;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0025985;OID=.;OPOS=54624313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:70:68:28:29:0.298969:11:17:34:36:12:17:32:36 chr15 54841874 . A G 149.1 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0104177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.178;QD=10.8437;RBI=0.0195987;REFB=-0.00104818;REVB=0.0166006;RO=34;SAF=9;SAR=10;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125369;STB=0.553379;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00213331;OID=.;OPOS=54841874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:36:19:19:0.345455:10:9:20:14:10:9:20:16 chr15 55497811 . C T 622.05 PASS AF=0.5;AO=63;DP=126;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=18;FSRR=45;FWDB=0.00164527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.05;QD=19.7475;RBI=0.00361275;REFB=-0.0231088;REVB=-0.00321637;RO=63;SAF=23;SAR=40;SRF=18;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796081;STB=0.543797;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0254737;OID=.;OPOS=55497811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:63:63:63:63:0.5:40:23:18:45:40:23:18:45 chr15 55619796 . T C 490.67 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0397594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.442;QD=22.3029;RBI=0.0406771;REFB=0.0051044;REVB=0.00859166;RO=41;SAF=18;SAR=29;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132505;STB=0.573091;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00348559;OID=.;OPOS=55619796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:29:18:22:19:29:18:22:19 chr15 55631502 . ATTTTTTTT ATTTTTT,ATTTTTTT,ATTTTTTTG 263.58 PASS AF=0,0.740741,0.0185185;AO=16,51,4;DP=112;FAO=0,80,2;FDP=108;FR=.;FRO=26;FSAF=0,32,1;FSAR=0,48,1;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0775798,-0.15017,0.0466617;FXX=0.0357111;HRUN=8,8,8;LEN=2,1,1;MLLD=10.5253,6.88714,17.698;QD=9.76205;RBI=0.0894204,0.172697,0.0683568;REFB=-0.0198668,-0.0408647,-0.0239179;REVB=-0.0444679,-0.0852825,-0.0499534;RO=33;SAF=6,24,1;SAR=10,27,3;SRF=13;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0227087,0.0556373,-0.175951;STB=0.5,0.515621,0.535362;STBP=1,0.581,0.878;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.044112,0.0389678,-0.0195544;OID=.,.,.;OPOS=55631503,55631503,55631510;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,G;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTT,ATTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.740741,0.0185185:16,51,4:112:0,80,2:108:26:0,32,1:0,48,1:12:14:59:33:6,24,1:10,27,3:13:20 chr15 55632859 . G T 357.24 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.00357172;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.8103;QD=14.434;RBI=0.0491478;REFB=-0.0121034;REVB=0.0490179;RO=60;SAF=26;SAR=13;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11442;STB=0.565183;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0186997;OID=.;OPOS=55632859;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:60:39:39:0.393939:13:26:34:26:13:26:34:26 chr15 55759193 . T C 670.29 PASS AF=0.918367;AO=47;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0420733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0423;QD=54.7177;RBI=0.0546402;REFB=-0.227224;REVB=-0.0348625;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5178;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0196601;OID=.;OPOS=55759193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:49:49:0:4:47:45:0.918367:22:25:0:0:21:24:3:1 chr15 55970041 . A G 353.77 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.00163732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.235;QD=18.6196;RBI=0.0253804;REFB=0.00507543;REVB=0.0253275;RO=39;SAF=20;SAR=17;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142963;STB=0.579364;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00432604;OID=.;OPOS=55970041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:17:20:27:12:17:20:27:12 chr15 56122741 . A C 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00017616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.808;QD=18.9387;RBI=0.00826498;REFB=-0.0109033;REVB=-0.0082631;RO=29;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804786;STB=0.54479;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00783652;OID=.;OPOS=56122741;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:13:17:19:10:13:17:19:10 chr15 56139153 . T A,C 771.36 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=2,53;DP=56;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=2,35;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157131,0.0208094;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.595,114.364;QD=55.0973;RBI=0.0245496,0.189526;REFB=0,0;REVB=0.0188622,0.18838;RO=1;SAF=2,35;SAR=0,18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.697199,0.0254518;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0378895,-0.000302284;OID=.,.;OPOS=56139153,56139153;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:56:1:0:2,53:2,54:0.0357143,0.964286:0,18:2,35:0:1:0,19:2,35:0:0 chr15 56140706 . G A 93.37 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0268476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.543;QD=9.82889;RBI=0.0290407;REFB=-0.00484542;REVB=-0.0110711;RO=25;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112421;STB=0.552545;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.014315;OID=.;OPOS=56140706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:25:26:12:12:0.315789:6:6:10:15:6:6:11:15 chr15 56140995 . T A 456.23 PASS AF=0.475728;AO=48;DP=102;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00522611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.305;QD=17.7176;RBI=0.0053178;REFB=-0.0147913;REVB=0.00098329;RO=53;SAF=21;SAR=27;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103571;STB=0.566639;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0182055;OID=.;OPOS=56140995;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:53:54:48:49:0.475728:27:21:29:24:28:21:30:24 chr15 56152729 . T C 1036.08 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0113882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.901;QD=56.7713;RBI=0.0256019;REFB=-0.0709637;REVB=0.0229296;RO=1;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185371;STB=0.504427;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.000788062;OID=.;OPOS=56152729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:1:2:71:71:0.972603:25:46:0:1:25:46:1:1 chr15 56152872 . C T 1160.7 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00666126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.283;QD=60.2962;RBI=0.020512;REFB=0;REVB=-0.0194002;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629265;OID=.;OPOS=56152872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:39:37:0:0:40:37:0:0 chr15 56207983 . C T 559.74 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0236377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.011;QD=23.3225;RBI=0.0238339;REFB=-0.00177241;REVB=-0.00305152;RO=43;SAF=26;SAR=26;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671015;STB=0.531238;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00142821;OID=.;OPOS=56207983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:43:44:52:52:0.541667:26:26:25:18:26:26:25:19 chr15 56322148 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.067;QD=53.9111;RBI=0.018814;REFB=0;REVB=0.00110223;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377453;OID=.;OPOS=56322148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr15 56322156 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4251;QD=50.4131;RBI=0.0721427;REFB=0;REVB=-0.0636107;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00310628;OID=.;OPOS=56322156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr15 56386577 . T G 1309.56 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00256334;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.33;QD=60.9096;RBI=0.0100117;REFB=-0.143676;REVB=-0.00967803;RO=1;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108899;STB=0.505746;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000412195;OID=.;OPOS=56386577;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:86:1:1:85:85:0.988372:43:42:0:1:43:42:0:1 chr15 56387606 . C G 270.7 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0388382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8326;QD=16.9188;RBI=0.0520329;REFB=0.0117586;REVB=0.0346269;RO=34;SAF=22;SAR=8;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188677;STB=0.606639;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00926516;OID=.;OPOS=56387606;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:8:22:19:15:8:22:19:15 chr15 56387859 . T C 362.15 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0161478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.451;QD=15.4104;RBI=0.0222589;REFB=-0.0188883;REVB=-0.0153202;RO=54;SAF=8;SAR=31;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259952;STB=0.644855;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0275188;OID=.;OPOS=56387859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:54:55:39:39:0.414894:31:8:22:32:31:8:22:33 chr15 56387931 . C T 1098.69 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00471055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2387;QD=60.202;RBI=0.0264181;REFB=0;REVB=-0.0259948;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210569;OID=.;OPOS=56387931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr15 56388033 . T C 414.06 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00929577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.01;QD=19.037;RBI=0.0101469;REFB=0.00392444;REVB=-0.00406805;RO=45;SAF=27;SAR=15;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16835;STB=0.593863;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00352839;OID=.;OPOS=56388033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:15:27:21:24:15:27:21:24 chr15 56471449 . T G 404.5 PASS AF=0.431193;AO=44;DP=106;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0376466;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9037;QD=14.8439;RBI=0.0959427;REFB=-0.0211858;REVB=0.0882481;RO=61;SAF=29;SAR=15;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243422;STB=0.633994;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0285903;OID=.;OPOS=56471449;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:61:62:44:47:0.431193:15:29:26:35:17:30:25:37 chr15 56721264 . G A 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00606058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.375;QD=61.3336;RBI=0.0175339;REFB=0;REVB=0.0164531;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214566;OID=.;OPOS=56721264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr15 56736790 . G A 239.05 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00963622;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.367;QD=11.6609;RBI=0.020514;REFB=-0.0041791;REVB=-0.0181099;RO=52;SAF=15;SAR=14;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191766;STB=0.517229;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.016108;OID=.;OPOS=56736790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:52:53:29:29:0.353659:14:15:26:26:14:15:26:27 chr15 56756285 . T G 511.0 PASS AF=0.424242;AO=56;DP=132;FAO=56;FDP=132;FR=.;FRO=76;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.0329956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.643;QD=15.485;RBI=0.0441055;REFB=0.0166922;REVB=0.0292675;RO=75;SAF=35;SAR=21;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832275;STB=0.543463;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.022765;OID=.;OPOS=56756285;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:75:76:56:56:0.424242:21:35:41:34:21:35:42:34 chr15 56923714 . G A 1227.44 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.085;QD=61.372;RBI=0.012202;REFB=0;REVB=-0.00409305;RO=0;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.80639e-06;OID=.;OPOS=56923714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:31:49:0:0:31:49:0:0 chr15 56946980 . T G 1371.17 PASS AF=0.948454;AO=92;DP=97;FAO=92;FDP=97;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00246013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9347;QD=56.5433;RBI=0.0556671;REFB=-0.0592841;REVB=0.0556127;RO=5;SAF=40;SAR=52;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023381;STB=0.512349;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0107136;OID=.;OPOS=56946980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:97:97:5:5:92:92:0.948454:52:40:1:4:52:40:1:4 chr15 56968865 . C T 303.43 PASS AF=0.5;AO=29;DP=62;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0190484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3237;QD=18.3899;RBI=0.019531;REFB=-0.056518;REVB=-0.00431455;RO=31;SAF=6;SAR=23;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30614;STB=0.599136;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.061043;OID=.;OPOS=56968865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:66:31:33:29:33:0.5:23:6:15:16:23:10:16:17 chr15 57213283 . A G 429.08 PASS AF=0.708333;AO=34;DP=48;FAO=34;FDP=48;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00628953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.483;QD=35.7563;RBI=0.00733174;REFB=0.00389763;REVB=0.00376779;RO=14;SAF=17;SAR=17;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766648;STB=0.541642;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.000981989;OID=.;OPOS=57213283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:14:14:34:34:0.708333:17:17:9:5:17:17:9:5 chr15 57731335 . A C 526.68 PASS AF=0.948718;AO=35;DP=38;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0381061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7653;QD=54.0183;RBI=0.063352;REFB=-0.0592567;REVB=0.0506104;RO=1;SAF=16;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283378;STB=0.527763;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00253488;OID=.;OPOS=57731335;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:39:1:2:35:37:0.948718:19:16:1:0:20:17:2:0 chr15 57731573 . C T 330.34 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1031;QD=50.8209;RBI=0.139677;REFB=-0.138539;REVB=0.138618;RO=1;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299354;STB=0.516116;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00916209;OID=.;OPOS=57731573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:15:10:0:1:15:10:0:1 chr15 57731728 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.824;QD=57.8849;RBI=0.0119486;REFB=0;REVB=0.00540011;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61538e-05;OID=.;OPOS=57731728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr15 57918090 . A G 1558.14 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407244;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1921;QD=59.9286;RBI=0.0581354;REFB=0;REVB=0.041488;RO=0;SAF=60;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23745e-06;OID=.;OPOS=57918090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:44:60:0:0:44:60:0:0 chr15 57925836 . C T 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.488;QD=58.7798;RBI=0.032596;REFB=0;REVB=-0.0307152;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000406504;OID=.;OPOS=57925836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr15 57967219 . T C 1792.54 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0181159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.62;QD=59.2575;RBI=0.0212041;REFB=-0.0657569;REVB=0.0110194;RO=2;SAF=74;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00406212;STB=0.502139;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.000837606;OID=.;OPOS=57967219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:2:2:119:119:0.983471:45:74:1:1:45:74:1:1 chr15 58256127 . C T 539.16 PASS AF=0.460317;AO=57;DP=126;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0086694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.271;QD=17.1163;RBI=0.00880364;REFB=-0.0113199;REVB=-0.00153156;RO=68;SAF=26;SAR=31;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000253958;STB=0.504144;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0132766;OID=.;OPOS=58256127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:68:68:57:58:0.460317:31:26:31:37:32:26:31:37 chr15 58444720 . A T 505.52 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00800069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.192;QD=17.7377;RBI=0.0178062;REFB=-0.00171836;REVB=-0.0159076;RO=60;SAF=32;SAR=22;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252919;STB=0.514051;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00181527;OID=.;OPOS=58444720;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:60:54:54:0.473684:22:32:34:26:22:32:34:26 chr15 58471368 . C T 503.39 PASS AF=0.49;AO=45;DP=96;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00487966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.309;QD=20.1355;RBI=0.0292776;REFB=-0.0121512;REVB=0.0288681;RO=51;SAF=24;SAR=21;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150334;STB=0.519812;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0131222;OID=.;OPOS=58471368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:100:51:51:45:49:0.49:21:24:28:23:24:25:28:23 chr15 58476281 . A G 1190.4 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.213;QD=61.046;RBI=0.0267792;REFB=0;REVB=0.0155249;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101177;OID=.;OPOS=58476281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:37:41:0:0:37:41:0:0 chr15 58834741 . G T 1460.9 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.784;QD=62.8342;RBI=0.0561659;REFB=0;REVB=0.015812;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116804;OID=.;OPOS=58834741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:42:50:0:0:43:50:0:0 chr15 58838010 . A G 2136.85 PASS AF=0.925926;AO=149;DP=164;FAO=150;FDP=162;FR=.;FRO=12;FSAF=84;FSAR=66;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0121824;FXX=0.0121944;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.511;QD=52.7618;RBI=0.016105;REFB=-0.00557602;REVB=0.0105338;RO=11;SAF=84;SAR=65;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144494;STB=0.510743;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00130736;OID=.;OPOS=58838010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:164:162:11:12:149:150:0.925926:65:84:5:6:66:84:5:7 chr15 58853079 . C A 669.53 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.728;QD=62.2814;RBI=0.0537683;REFB=0;REVB=0.0487169;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184583;OID=.;OPOS=58853079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr15 58853109 . A G 658.06 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261279;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.934;QD=61.2149;RBI=0.0820764;REFB=0;REVB=0.0778066;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000842105;OID=.;OPOS=58853109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:19:23:0:0:19:24:0:0 chr15 58860963 . C A 233.51 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.000243589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.278;QD=15.0649;RBI=0.01083;REFB=-0.00304753;REVB=0.0108273;RO=35;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528987;STB=0.529954;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00327584;OID=.;OPOS=58860963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:14:13:15:20:14:13:15:20 chr15 58892410 . T C 210.28 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0150469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.107;QD=14.0184;RBI=0.0152074;REFB=-0.00896141;REVB=-0.00220331;RO=35;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00584961;STB=0.503335;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0160938;OID=.;OPOS=58892410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:12:13:18:17:12:13:18:17 chr15 58902529 . T C 375.37 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.00832902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.87;QD=13.7749;RBI=0.0157485;REFB=-0.00295737;REVB=-0.0133657;RO=65;SAF=27;SAR=17;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487005;STB=0.52756;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00368546;OID=.;OPOS=58902529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:65:44:44:0.40367:17:27:37:28:17:27:37:28 chr15 58947619 . T TG 32.32 PASS AF=0.466667;AO=2;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0967337;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.98953;QD=8.61978;RBI=0.108368;REFB=0.0302484;REVB=-0.048849;RO=12;SAF=0;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.532086;STB=0.599733;STBP=0.581;TYPE=ins;VARB=-0.0647491;OID=.;OPOS=58947620;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:2:15:7:15:8:3:4:2:6:26:12:0:2:5:7 chr15 58947625 . A G 59.43 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0991334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5484;QD=15.8489;RBI=0.103149;REFB=-0.0290138;REVB=-0.028501;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260141;STB=0.666295;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0303458;OID=.;OPOS=58947625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:7:7:7:8:0.533333:4:3:1:6:4:4:1:6 chr15 58978633 . C T 305.32 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0464095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4851;QD=15.2659;RBI=0.0464635;REFB=-0.015852;REVB=-0.00223939;RO=46;SAF=17;SAR=17;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663726;STB=0.537478;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0384502;OID=.;OPOS=58978633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:17:17:20:26:17:17:20:26 chr15 58983425 . G C 305.11 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=13;FWDB=-0.00856598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.881;QD=15.0671;RBI=0.0105916;REFB=-0.0051504;REVB=-0.00622937;RO=47;SAF=17;SAR=17;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230825;STB=0.629558;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00424816;OID=.;OPOS=58983425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:17:17:34:13:17:17:34:13 chr15 58983588 . T A 361.49 PASS AF=0.366667;AO=44;DP=120;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.00759625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0709;QD=12.0498;RBI=0.0106728;REFB=-0.0021566;REVB=-0.00749703;RO=76;SAF=27;SAR=17;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992859;STB=0.556783;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00436399;OID=.;OPOS=58983588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:76:76:44:44:0.366667:17:27:40:36:17:27:40:36 chr15 58985164 . T G 436.67 PASS AF=0.483146;AO=29;DP=92;FAO=43;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0283417;FXX=0.0326052;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.2708;QD=19.6258;RBI=0.17238;REFB=-0.0285783;REVB=0.170034;RO=43;SAF=23;SAR=6;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247189;STB=0.52664;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0306697;OID=.;OPOS=58985164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:89:43:46:29:43:0.483146:6:23:26:17:19:24:28:18 chr15 59147037 . A T 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00118308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.64;QD=63.5812;RBI=0.0103323;REFB=0;REVB=0.0102643;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20018e-05;OID=.;OPOS=59147037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr15 59147413 . T A 824.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014533;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.806;QD=56.8758;RBI=0.0302003;REFB=0;REVB=0.0264735;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475414;OID=.;OPOS=59147413;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:32:25:0:0:33:25:0:0 chr15 59147800 . C T 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0336781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.934;QD=18.3452;RBI=0.0358322;REFB=-0.00530558;REVB=-0.0122364;RO=18;SAF=5;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978135;STB=0.555916;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00659848;OID=.;OPOS=59147800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:12:5:7:11:12:5:7:11 chr15 59182560 . G GGC 66.02 PASS AF=0.171053;AO=11;DP=84;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.0405012;FXX=0.0731618;HRUN=2;LEN=2;MLLD=171.461;QD=3.47448;RBI=0.0461372;REFB=-0.0128984;REVB=0.0220974;RO=69;SAF=4;SAR=7;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311052;STB=0.64123;STBP=0.296;TYPE=ins;VARB=0.0550723;OID=.;OPOS=59182561;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171053:11:84:13:76:63:6:7:40:23:66:69:4:7:43:26 chr15 59347929 . C A 1525.67 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.071944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4125;QD=59.8302;RBI=0.0890593;REFB=0;REVB=-0.0524939;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000774733;OID=.;OPOS=59347929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:46:56:0:0:46:56:0:0 chr15 59368167 . G A 1227.48 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.087;QD=61.3742;RBI=0.048888;REFB=0;REVB=0.0461545;RO=0;SAF=53;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114925;OID=.;OPOS=59368167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:27:53:0:0:27:53:0:0 chr15 59399753 . T C 226.66 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.000751836;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8503;QD=20.1475;RBI=0.00259955;REFB=-0.0107027;REVB=0.00248845;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985473;STB=0.555506;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0191474;OID=.;OPOS=59399753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:11:11:14:9:11:11:14:9 chr15 59453384 . T C 397.99 PASS AF=0.45977;AO=29;DP=92;FAO=40;FDP=87;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=43;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0384475;FXX=0.0439512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.615;QD=18.2984;RBI=0.0384826;REFB=-0.0155453;REVB=-0.00164246;RO=27;SAF=6;SAR=23;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108651;STB=0.584572;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0343469;OID=.;OPOS=59453384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:87:27:43:29:40:0.45977:23:6:8:19:25:15:23:20 chr15 59499179 . G A 1281.82 PASS AF=0.977273;AO=83;DP=85;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0683672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.427;QD=58.2646;RBI=0.073185;REFB=-0.0448172;REVB=0.0261147;RO=2;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262923;STB=0.513886;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00138563;OID=.;OPOS=59499179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:85:88:2:2:83:86:0.977273:35:48:0:2:35:51:0:2 chr15 59499228 . C T 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.265;QD=59.9241;RBI=0.0254958;REFB=0;REVB=-0.0043861;RO=0;SAF=62;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93531e-05;OID=.;OPOS=59499228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:43:62:0:0:43:62:0:0 chr15 59499274 . C A 1363.71 PASS AF=0.950495;AO=96;DP=101;FAO=96;FDP=101;FR=.;FRO=5;FSAF=59;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00899546;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.822;QD=54.0084;RBI=0.0196721;REFB=0.0123255;REVB=0.017495;RO=5;SAF=59;SAR=37;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021115;STB=0.511152;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.000151366;OID=.;OPOS=59499274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:101:101:5:5:96:96:0.950495:37:59:2:3:37:59:2:3 chr15 59500116 . T C 1306.07 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0112648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.633;QD=60.7473;RBI=0.0393996;REFB=-0.0581093;REVB=0.0377549;RO=1;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126311;STB=0.506665;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000330486;OID=.;OPOS=59500116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:37:48:0:1:37:48:0:1 chr15 59500543 . G C 543.2 PASS AF=0.449612;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=129;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.00255087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.248;QD=16.8434;RBI=0.0143103;REFB=-0.0143222;REVB=-0.0140811;RO=71;SAF=26;SAR=32;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582274;STB=0.532463;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0144665;OID=.;OPOS=59500543;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:71:71:58:58:0.449612:32:26:36:35:32:26:36:35 chr15 59510189 . G A 565.29 PASS AF=0.444444;AO=60;DP=135;FAO=60;FDP=135;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.00504535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=334.286;QD=16.7493;RBI=0.0199876;REFB=0.000435245;REVB=0.0193403;RO=75;SAF=32;SAR=28;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266157;STB=0.514847;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.000500703;OID=.;OPOS=59510189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:75:75:60:60:0.444444:28:32:38:37:28:32:38:37 chr15 59682428 . G A 266.53 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.00738764;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.784;QD=13.3264;RBI=0.0081314;REFB=-0.0107803;REVB=-0.00339742;RO=48;SAF=16;SAR=15;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127812;STB=0.578264;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0156745;OID=.;OPOS=59682428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:48:49:31:31:0.3875:15:16:19:29:15:16:19:30 chr15 59682486 . G GT 169.19 PASS AF=0.43662;AO=29;DP=73;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00568703;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.9904;QD=9.53199;RBI=0.0732307;REFB=-0.00815737;REVB=-0.0730095;RO=42;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106553;STB=0.543913;STBP=0.519;TYPE=ins;VARB=-0.0051514;OID=.;OPOS=59682487;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.43662:29:73:31:71:40:14:17:15:25:99:42:14:15:16:26 chr15 59784493 . C T 1343.58 PASS AF=0.950495;AO=95;DP=101;FAO=96;FDP=101;FR=.;FRO=5;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0127606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.739;QD=53.2111;RBI=0.0189353;REFB=-0.0054186;REVB=0.0139898;RO=5;SAF=57;SAR=38;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196355;STB=0.510517;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.000168317;OID=.;OPOS=59784493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:101:101:5:5:95:96:0.950495:38:57:2:3:38:58:2:3 chr15 59911808 . T C 124.89 PASS AF=0.348837;AO=11;DP=40;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0123258;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.887;QD=11.6179;RBI=0.0924938;REFB=-0.0167035;REVB=0.0916688;RO=29;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143044;STB=0.544832;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0361548;OID=.;OPOS=59911808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:29:28:11:15:0.348837:4:7:15:14:8:7:15:13 chr15 59911892 . G T 2220.02 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00129954;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.913;QD=63.4291;RBI=0.0461352;REFB=0;REVB=0.0461169;RO=0;SAF=54;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69332e-05;OID=.;OPOS=59911892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:140:0:0:140:140:1:86:54:0:0:86:54:0:0 chr15 59912253 . A C 670.15 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00667667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5136;QD=62.339;RBI=0.0494068;REFB=0;REVB=0.0489536;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000612212;OID=.;OPOS=59912253;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:13:30:0:0:13:30:0:0 chr15 59912624 . CG AA,CA 465.63 PASS AF=0.0606061,0.939394;AO=2,28;DP=33;FAO=2,31;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=2,12;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171191,0.0140397;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=97.2567,124.862;QD=56.4401;RBI=0.022712,0.0271352;REFB=0,0;REVB=0.0149256,0.0232208;RO=0;SAF=2,12;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0369461,-0.00384437;OID=.,.;OPOS=59912624,59912625;OREF=CG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:33:0:0:2,28:2,31:0.0606061,0.939394:0,16:2,12:0:0:0,19:2,12:0:0 chr15 59963488 . A G 1030.06 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0415551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.451;QD=58.0318;RBI=0.0548352;REFB=-0.0754053;REVB=0.0357782;RO=1;SAF=45;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103923;STB=0.505493;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000890999;OID=.;OPOS=59963488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:25:45:1:0:25:45:1:0 chr15 60297441 . C T 82.43 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0520877;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9998;QD=7.85014;RBI=0.0641821;REFB=-0.0183267;REVB=-0.0374996;RO=31;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186484;STB=0.615182;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0688973;OID=.;OPOS=60297441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:44:42:31:31:11:11:0.261905:5:6:12:19:5:6:12:19 chr15 60298221 . C A 211.04 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0374406;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.9833;QD=20.5888;RBI=0.0571701;REFB=-0.0049181;REVB=0.0432045;RO=20;SAF=4;SAR=17;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785422;STB=0.544439;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.011172;OID=.;OPOS=60298221;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:17:4:5:15:17:4:5:15 chr15 60666686 . C T 500.98 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0125523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4131;QD=17.1275;RBI=0.0314996;REFB=0.00694398;REVB=-0.0288905;RO=63;SAF=27;SAR=27;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845059;STB=0.546991;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00895722;OID=.;OPOS=60666686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:63:54:54:0.461538:27:27:37:26:27:27:37:26 chr15 60678298 . T A 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00447525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.128;QD=50.4114;RBI=0.00449199;REFB=0;REVB=0.000387441;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32265e-06;OID=.;OPOS=60678298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr15 60690089 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9254;QD=40.7629;RBI=0.0371832;REFB=0;REVB=-0.00740366;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110879;OID=.;OPOS=60690089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr15 60715798 . T TG 629.33 PASS AF=1;AO=6;DP=59;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011922;FXX=0.0677851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.4176;QD=45.7691;RBI=0.187142;REFB=0;REVB=0.186761;RO=52;SAF=2;SAR=4;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375743;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00401675;OID=.;OPOS=60715799;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:59:55:55:0:35:20:0:0:11:52:2:4:35:17 chr15 60715800 . T G 637.55 PASS AF=0.881356;AO=46;DP=53;FAO=52;FDP=59;FR=.;FRO=7;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0158809;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=50.8444;QD=43.2236;RBI=0.156389;REFB=-0.0451112;REVB=0.155581;RO=7;SAF=32;SAR=14;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752887;STB=0.53221;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00639085;OID=.;OPOS=60715800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:59:7:7:46:52:0.881356:14:32:3:4:17:35:3:4 chr15 60724118 . C G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00856088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.059;QD=57.1773;RBI=0.0144943;REFB=0;REVB=-0.011696;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.3244e-06;OID=.;OPOS=60724118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr15 60734697 . A G 426.35 PASS AF=0.693878;AO=34;DP=49;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0381215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.16;QD=34.8043;RBI=0.0381851;REFB=-0.020306;REVB=-0.00220357;RO=14;SAF=11;SAR=23;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103575;STB=0.56971;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00781953;OID=.;OPOS=60734697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:14:15:34:34:0.693878:23:11:7:7:23:11:8:7 chr15 60789798 . G T 1246.68 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205088;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.299;QD=61.5646;RBI=0.023448;REFB=0;REVB=-0.0113664;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75653e-05;OID=.;OPOS=60789798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr15 62144563 . A G 209.3 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0255966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.159;QD=11.7917;RBI=0.0270611;REFB=-0.00540581;REVB=0.00878178;RO=44;SAF=10;SAR=16;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176339;STB=0.595112;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0131688;OID=.;OPOS=62144563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:45:26:26:0.366197:16:10:24:20:16:10:24:21 chr15 62199580 . T A 216.33 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0628292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0255;QD=22.1879;RBI=0.0628704;REFB=-0.0208157;REVB=0.00227424;RO=18;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100864;STB=0.55662;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0194841;OID=.;OPOS=62199580;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:8:13:9:9:8:13:9:9 chr15 62202482 . C T 2281.6 PASS AF=0.553247;AO=213;DP=384;FAO=213;FDP=385;FR=.;FRO=172;FSAF=114;FSAR=99;FSRF=110;FSRR=62;FWDB=0.0174996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.638;QD=23.7049;RBI=0.0175518;REFB=0.0137278;REVB=0.00135255;RO=170;SAF=115;SAR=98;SRF=109;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840519;STB=0.547146;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00937117;OID=.;OPOS=62202482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:384:385:170:172:213:213:0.553247:98:115:109:61:99:114:110:62 chr15 62233987 . C T 184.8 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0261436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.768;QD=12.1182;RBI=0.0332995;REFB=-0.0138759;REVB=-0.0206245;RO=37;SAF=15;SAR=8;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316279;STB=0.674008;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0171942;OID=.;OPOS=62233987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:37:38:23:23:0.377049:8:15:13:24:8:15:14:24 chr15 62242588 . G C 213.48 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00353835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.844;QD=16.1118;RBI=0.0261528;REFB=-0.00557778;REVB=-0.0259123;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26189;STB=0.624707;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0102874;OID=.;OPOS=62242588;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:29:24:24:0.45283:13:11:20:7:13:11:20:9 chr15 62244117 . G A 246.84 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00276989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7104;QD=17.952;RBI=0.0478378;REFB=0.0272559;REVB=-0.0477575;RO=28;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117635;STB=0.565668;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.0310816;OID=.;OPOS=62244117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:11:16:20:8:11:16:20:8 chr15 62259637 . C T 814.45 PASS AF=0.923077;AO=63;DP=65;FAO=60;FDP=65;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00729318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7921;QD=50.1198;RBI=0.0324737;REFB=0.0474061;REVB=-0.0316441;RO=2;SAF=26;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00522397;STB=0.518357;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00894185;OID=.;OPOS=62259637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:65:65:2:5:63:60:0.923077:37:26:1:1:34:26:1:4 chr15 62539781 . A G 263.5 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.03102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.315;QD=19.5184;RBI=0.0425869;REFB=-0.00166736;REVB=-0.0291788;RO=26;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129812;STB=0.572317;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000726607;OID=.;OPOS=62539781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:15:13:16:10:15:13:16:10 chr15 62990971 . C T 256.65 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=37;FWDB=0.0422856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4244;QD=13.508;RBI=0.045705;REFB=0.00337537;REVB=-0.0173459;RO=46;SAF=13;SAR=17;SRF=9;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271246;STB=0.652328;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00776057;OID=.;OPOS=62990971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:17:13:9:37:17:13:9:37 chr15 63009804 . C T 514.45 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.563;QD=57.1608;RBI=0.056276;REFB=-0.0717621;REVB=0.0223408;RO=1;SAF=21;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217573;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00092059;OID=.;OPOS=63009804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:36:1:0:35:36:1:14:21:1:0:14:22:0:0 chr15 63047778 . C T 1816.43 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.317;QD=61.0564;RBI=0.0748562;REFB=0;REVB=0.0401848;RO=0;SAF=66;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262685;OID=.;OPOS=63047778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:119:0:0:116:119:1:50:66:0:0:51:68:0:0 chr15 63111780 . C T 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0328621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8604;QD=12.0243;RBI=0.0358854;REFB=0.00140646;REVB=-0.0144166;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167492;STB=0.613216;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00501579;OID=.;OPOS=63111780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:19:20:12:12:0.375:5:7:8:11:5:7:8:12 chr15 63132958 . T C 38.79 PASS AF=0.119403;AO=8;DP=67;FAO=8;FDP=67;FR=.;FRO=59;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0346894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7188;QD=2.31578;RBI=0.0363413;REFB=-0.000389367;REVB=-0.0108322;RO=58;SAF=1;SAR=7;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401;STB=0.815243;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00334997;OID=.;OPOS=63132958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:67:67:58:59:8:8:0.119403:7:1:24:34:7:1:25:34 chr15 63351840 . C A 524.56 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0692661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2105;QD=56.7086;RBI=0.0743301;REFB=0;REVB=0.0269662;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267359;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.15422e-05;OID=.;OPOS=63351840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:37:1:0:36:37:1:17:19:0:1:18:19:0:0 chr15 63363421 . T TGTTTT 50.0 PASS AO=75;DP=128;LEN=5;RO=53;SAF=30;SAR=51;SRF=19;SRR=28;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=63363421;OREF=-;OALT=TGTTT;OMAPALT=TGTTTT GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:128:53:75:51:30:19:28 chr15 63433766 . G A 1520.29 PASS AF=0.979798;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0137843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0669;QD=61.426;RBI=0.0584341;REFB=-0.0821282;REVB=-0.056785;RO=2;SAF=48;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193473;STB=0.509998;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0225647;OID=.;OPOS=63433766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:99:2:2:96:97:0.979798:48:48:2:0:48:49:2:0 chr15 63446199 . CAAAATT C 109.72 PASS AF=0.314286;AO=21;DP=71;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0167408;FXX=0.0277739;HRUN=4;LEN=6;MLLD=330.442;QD=6.26943;RBI=0.0286685;REFB=0.0068684;REVB=0.0232729;RO=44;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104317;STB=0.557092;STBP=0.517;TYPE=del;VARB=-0.0152405;OID=.;OPOS=63446200;OREF=AAAATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:21:71:22:70:48:11:11:20:28:99:44:10:11:17:27 chr15 63548787 . G A 552.06 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=6;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00380517;FXX=0.0120467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.697;QD=26.93;RBI=0.0117159;REFB=-0.0233966;REVB=-0.0110808;RO=27;SAF=6;SAR=37;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474502;STB=0.758834;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0182564;OID=.;OPOS=63548787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:27:28:43:43:0.52439:37:6:18:9:37:6:18:10 chr15 63571474 . G A 249.31 PASS AF=0.255319;AO=36;DP=141;FAO=36;FDP=141;FR=.;FRO=105;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=65;FSRR=40;FWDB=-0.0180678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.271;QD=7.07273;RBI=0.0192493;REFB=-0.00355473;REVB=-0.00664004;RO=100;SAF=16;SAR=20;SRF=60;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18988;STB=0.627839;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.01355;OID=.;OPOS=63571474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:100:105:36:36:0.255319:20:16:60:40:20:16:65:40 chr15 63638868 . C T 188.7 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0552167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.686;QD=11.0997;RBI=0.0601542;REFB=-0.00847494;REVB=-0.0238672;RO=44;SAF=10;SAR=14;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216796;STB=0.625501;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0237287;OID=.;OPOS=63638868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:14:10:27:17:14:10:27:17 chr15 63986898 . T C 359.44 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0147383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3846;QD=17.3223;RBI=0.0339635;REFB=-0.0197489;REVB=0.0305991;RO=45;SAF=19;SAR=19;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968896;STB=0.554189;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0177761;OID=.;OPOS=63986898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:19:19:27:18:19:19:27:18 chr15 64005028 . C CG,G 92.96 PASS AF=0.228916,0;AO=14,7;DP=85;FAO=19,0;FDP=83;FR=.;FRO=64;FSAF=16,0;FSAR=3,0;FSRF=15;FSRR=49;FWDB=-0.208822,-0.165837;FXX=0.0119033;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=21.2046,68.2716;QD=4.48019;RBI=0.245887,0.169205;REFB=-0.0395869,-0.00968117;REVB=0.129822,0.0335928;RO=63;SAF=12,7;SAR=2,0;SRF=13;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.700474,0.754432;STB=0.899124,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0747114,0;OID=.,.;OPOS=64005029,64005028;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:85:83:63:64:14,7:19,0:0.228916,0:2,0:12,7:13:50:3,0:16,0:15:49 chr15 64015556 . TA TAAA,TAA,T 43.64 PASS AF=0.25,0.0961538,0;AO=11,10,7;DP=52;FAO=13,5,0;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=2,2,0;FSAR=11,3,0;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0159573,-0.0248159,0.0493679;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=2,1,1;MLLD=11.0826,5.88403,5.25464;QD=3.35688;RBI=0.0637655,0.137472,0.148046;REFB=0.00353032,5.32016e-05,0.00281747;REVB=-0.0617365,-0.135213,0.139572;RO=21;SAF=1,4,4;SAR=10,6,3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.576205,-0.138367,0.0557603;STB=0.802412,0.6118,0.5;STBP=0.026,0.656,1;TYPE=ins,ins,del;VARB=0.02138,-0.0911144,0.238016;OID=.,.,.;OPOS=64015557,64015557,64015557;OREF=-,-,A;OALT=AA,A,-;OMAPALT=TAAA,TAA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0.0961538,0:11,10,7:52:13,5,0:52:34:2,2,0:11,3,0:18:16:25:21:1,4,4:10,6,3:11:10 chr15 64215375 . G C 805.12 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9247;QD=64.4097;RBI=0.0551033;REFB=0;REVB=-0.031789;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118324;OID=.;OPOS=64215375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr15 64367745 . T C 142.68 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0331078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.396;QD=22.8285;RBI=0.0336944;REFB=-0.00870631;REVB=-0.00626006;RO=10;SAF=9;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211469;STB=0.61889;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00827032;OID=.;OPOS=64367745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:6:9:3:7:6:9:3:7 chr15 64380896 . C T 107.25 PASS AF=0.236111;AO=16;DP=70;FAO=17;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0108703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.48;QD=5.95824;RBI=0.0227205;REFB=-0.00833632;REVB=-0.0199514;RO=54;SAF=9;SAR=7;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100063;STB=0.574624;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0413163;OID=.;OPOS=64380896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:54:55:16:17:0.236111:7:9:26:28:7:10:27:28 chr15 64385851 . T C 668.24 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0375773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9572;QD=52.4109;RBI=0.0476711;REFB=-0.0231967;REVB=-0.0293339;RO=2;SAF=26;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348198;STB=0.51785;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000569725;OID=.;OPOS=64385851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:51:2:2:48:49:0.960784:22:26:2:0:22:27:2:0 chr15 64385894 . C T 320.31 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0466048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3609;QD=27.2603;RBI=0.0857704;REFB=-0.00836353;REVB=0.0720039;RO=19;SAF=17;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998419;STB=0.55517;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00855847;OID=.;OPOS=64385894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:11:17:9:10:11:17:9:10 chr15 64418397 . G A 167.7 PASS AF=0.418605;AO=13;DP=44;FAO=18;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0102761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3731;QD=15.5999;RBI=0.0151758;REFB=-0.00323451;REVB=0.0111672;RO=25;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242723;STB=0.511615;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00668445;OID=.;OPOS=64418397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:25:25:13:18:0.418605:9:4:13:12:9:9:13:12 chr15 64418398 . C A 33.05 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0215096;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=106.002;QD=3.07419;RBI=0.0304596;REFB=0.00221576;REVB=0.0215667;RO=36;SAF=5;SAR=1;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.459702;STB=0.825668;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0030816;OID=.;OPOS=64418398;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:43:36:37:6:6:0.139535:1:5:16:20:1:5:17:20 chr15 64422121 . C T 142.17 PASS AF=0.215686;AO=22;DP=102;FAO=22;FDP=102;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.0202514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.9;QD=5.57537;RBI=0.0423846;REFB=-0.0153152;REVB=-0.0372335;RO=78;SAF=6;SAR=16;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378878;STB=0.734771;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0365598;OID=.;OPOS=64422121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:78:80:22:22:0.215686:16:6:45:33:16:6:46:34 chr15 64430607 . T C 48.82 PASS AF=0.5;AO=3;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00519099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.243;QD=13.9488;RBI=0.0110755;REFB=-0.0115659;REVB=0.00978368;RO=5;SAF=2;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152533;STB=0.651795;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00666305;OID=.;OPOS=64430607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:5:7:3:7:0.5:1:2:4:1:3:4:6:1 chr15 64455123 . G T 362.67 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0231904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.113;QD=20.7239;RBI=0.0259212;REFB=-0.0109487;REVB=-0.0115808;RO=32;SAF=15;SAR=22;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823554;STB=0.535695;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00956871;OID=.;OPOS=64455123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:37:37:0.528571:22:15:10:22:22:15:11:22 chr15 64463366 . TA T,TT 116.95 PASS AF=0.326531,0.22449;AO=9,12;DP=52;FAO=16,11;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=2,0;FSAR=14,11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.160246,0.0551575;FXX=0.0754575;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.2583,11.3165;QD=9.54722;RBI=0.166987,0.0576666;REFB=-0.082753,-0.0858177;REVB=0.0469645,0.0168252;RO=19;SAF=1,0;SAR=8,12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.63355,-0.825139;STB=0.835356,0.998953;STBP=0.002,0;TYPE=del,snp;VARB=0.0138393,0.0640956;OID=.,.;OPOS=64463367,64463367;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326531,0.22449:9,12:52:16,11:49:22:2,0:14,11:14:8:44:19:1,0:8,12:13:6 chr15 64508763 . G A 269.95 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0190963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.849;QD=22.9743;RBI=0.0195181;REFB=-0.0116367;REVB=-0.00403538;RO=22;SAF=19;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252368;STB=0.642024;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0110117;OID=.;OPOS=64508763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:6:19:11:11:6:19:11:11 chr15 64634884 . C A 715.93 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.002;QD=62.2551;RBI=0.0502456;REFB=0;REVB=-0.037251;RO=0;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185922;OID=.;OPOS=64634884;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:32:13:0:0:32:14:0:0 chr15 64737225 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00734447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.266;QD=57.2026;RBI=0.00746232;REFB=0;REVB=0.00132101;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45707e-05;OID=.;OPOS=64737225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr15 64792896 . G A 1263.05 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00398866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.084;QD=61.6123;RBI=0.0168029;REFB=0;REVB=-0.0163226;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.27766e-06;OID=.;OPOS=64792896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:35:46:0:0:35:47:0:0 chr15 64793617 . A G 964.95 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276397;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.173;QD=57.6091;RBI=0.0276401;REFB=-0.102287;REVB=0.00016396;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034738;OID=.;OPOS=64793617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:67:0:0:66:67:1:39:27:0:0:40:27:0:0 chr15 64915106 . C T 1149.98 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8846;QD=59.7394;RBI=0.064619;REFB=0;REVB=0.0644654;RO=1;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119796;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00079506;OID=.;OPOS=64915106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:1:0:76:77:1:39:37:0:1:40:37:0:0 chr15 64966158 . C T 99.98 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0086504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.442;QD=7.40585;RBI=0.0326608;REFB=0.00188528;REVB=-0.0314944;RO=35;SAF=8;SAR=6;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345174;STB=0.521708;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00531871;OID=.;OPOS=64966158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:40:14:14:0.259259:6:8:21:14:6:8:24:16 chr15 64977365 . TA AT,TT 41.97 PASS AF=0.538462,0;AO=2,2;DP=56;FAO=7,0;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=4,0;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.156807,0.0257804;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=2,1;MLLD=18.6149,140.754;QD=12.9141;RBI=0.156839,0.0268023;REFB=0.0104595,-0.0025706;REVB=-0.00315642,-0.00733009;RO=44;SAF=1,0;SAR=1,2;SRF=10;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.254483,-0.30688;STB=0.749421,0.5;STBP=0.111,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0149706,0;OID=.,.;OPOS=64977365,64977366;OREF=TA,A;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:56:13:44:6:2,2:7,0:0.538462,0:1,2:1,0:10:34:3,0:4,0:0:6 chr15 65041622 . C A 375.59 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000161284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7238;QD=55.6425;RBI=0.0439336;REFB=0;REVB=0.0439333;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000661882;OID=.;OPOS=65041622;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr15 65108479 . T C 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0620426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3462;QD=14.42;RBI=0.0636969;REFB=0.00381016;REVB=-0.0144226;RO=37;SAF=22;SAR=5;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19809;STB=0.614028;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00882934;OID=.;OPOS=65108479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:5:22:25:12:5:22:25:12 chr15 65153690 . G A 367.1 PASS AF=0.6;AO=33;DP=58;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0119659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.17;QD=24.4732;RBI=0.0119807;REFB=-0.00380745;REVB=0.000593972;RO=24;SAF=24;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227895;STB=0.6177;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00232867;OID=.;OPOS=65153690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:24:24:33:36:0.6:9:24:11:13:10:26:11:13 chr15 65157482 . C T 250.37 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0248931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.461;QD=20.0293;RBI=0.0369459;REFB=-0.0149938;REVB=0.0273009;RO=26;SAF=15;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829761;STB=0.546835;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0143071;OID=.;OPOS=65157482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:9:15:14:12:9:15:14:12 chr15 65159797 . T G 110.7 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00689898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.0727;QD=26.0473;RBI=0.0119651;REFB=0.0101498;REVB=-0.00977589;RO=5;SAF=1;SAR=11;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165238;STB=0.594412;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00676125;OID=.;OPOS=65159797;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:11:1:1:4:11:1:1:4 chr15 65209672 . G A 109.7 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.00380013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.054;QD=8.77605;RBI=0.0165592;REFB=-0.0138492;REVB=0.0161172;RO=36;SAF=11;SAR=3;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596025;STB=0.536531;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0410064;OID=.;OPOS=65209672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:3:11:27:9:3:11:27:9 chr15 65235776 . A G 88.71 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0515329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8948;QD=14.7853;RBI=0.0516849;REFB=0.0375105;REVB=-0.00396185;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299066;STB=0.673766;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.0249042;OID=.;OPOS=65235776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:9:4:7:4:9:4 chr15 65236875 . T C 554.29 PASS AF=0.5;AO=57;DP=116;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0246185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.895;QD=19.1133;RBI=0.0282743;REFB=-0.0214576;REVB=0.0139056;RO=57;SAF=22;SAR=35;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978659;STB=0.552837;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0195901;OID=.;OPOS=65236875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:57:58:57:58:0.5:35:22:28:29:35:23:29:29 chr15 65294896 . TAAAAAAA TAAAAAA,TAAAAAAAG,TAAAAAAG 184.71 PASS AF=0.566667,0,0.4;AO=11,3,7;DP=30;FAO=17,0,12;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=8,0,5;FSAR=9,0,7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.117875,0.0131506,0.014157;FXX=0;HRUN=9,1,9;LEN=1,1,1;MLLD=5.25801,301.024,307.093;QD=24.6281;RBI=0.138986,0.0145428,0.0156247;REFB=-0.0931727,-0.0102346,-0.0124992;REVB=0.0736381,0.00620939,0.00661131;RO=5;SAF=5,3,1;SAR=6,0,6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.144298,0.743083,-0.0763028;STB=0.526285,0.5,0.533278;STBP=0.522,1,0.541;TYPE=del,ins,snp;VARB=0.0737917,-0.0324409,0.00213508;OID=.,.,.;OPOS=65294897,65294904,65294903;OREF=A,-,A;OALT=-,G,G;OMAPALT=TAAAAAA,TAAAAAAAG,TAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.566667,0,0.4:11,3,7:30:17,0,12:30:1:8,0,5:9,0,7:0:1:84:5:5,3,1:6,0,6:1:4 chr15 65347405 . G A 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0280138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.507;QD=18.0356;RBI=0.0297155;REFB=-0.0160964;REVB=0.00991153;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177218;STB=0.600648;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0298646;OID=.;OPOS=65347405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:9:13:11:16:9:13:11:16 chr15 65370353 . T C 937.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0887;QD=58.5973;RBI=0.0366538;REFB=0;REVB=-0.0185304;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0004289;OID=.;OPOS=65370353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr15 65448077 . C T 232.31 PASS AF=0.253731;AO=34;DP=134;FAO=34;FDP=134;FR=.;FRO=100;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=71;FSRR=29;FWDB=-0.0046736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.651;QD=6.9346;RBI=0.0106757;REFB=0.00231187;REVB=-0.00959832;RO=100;SAF=19;SAR=15;SRF=71;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198135;STB=0.617503;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.0107979;OID=.;OPOS=65448077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:100:100:34:34:0.253731:15:19:71:29:15:19:71:29 chr15 65449169 . C T 1171.54 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00816069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.409;QD=60.8592;RBI=0.0174512;REFB=0;REVB=0.0154256;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78909e-05;OID=.;OPOS=65449169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:42:34:0:0:42:35:0:0 chr15 65489128 . C T 546.13 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0469249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.987;QD=57.4871;RBI=0.0557701;REFB=-0.166178;REVB=0.030139;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518508;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00118722;OID=.;OPOS=65489128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:38:0:1:37:37:0.973684:24:13:0:0:24:13:1:0 chr15 65489688 . T C 1301.99 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.085;QD=61.9993;RBI=0.0166743;REFB=0;REVB=-0.0129419;RO=0;SAF=51;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.58319e-06;OID=.;OPOS=65489688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:33:51:0:0:33:51:0:0 chr15 65490901 . T C 1125.54 PASS AF=0.950617;AO=77;DP=81;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0013064;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.322;QD=55.5824;RBI=0.0369604;REFB=-0.0121211;REVB=-0.0369373;RO=4;SAF=45;SAR=32;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031933;STB=0.516897;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0001014;OID=.;OPOS=65490901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:81:81:4:4:77:77:0.950617:32:45:1:3:32:45:1:3 chr15 65620156 . C T 809.76 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0676091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.459;QD=54.8989;RBI=0.0787081;REFB=-0.136556;REVB=0.0402986;RO=1;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119415;STB=0.506171;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00122784;OID=.;OPOS=65620156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:57:58:0.983051:39:18:0:1:40:18:0:1 chr15 65621441 . C A 222.9 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.318;QD=49.5324;RBI=0.168603;REFB=0;REVB=0.166009;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00266904;OID=.;OPOS=65621441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:12:6:0:0 chr15 65621857 . T C 393.78 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.077675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7095;QD=56.2535;RBI=0.1059;REFB=0;REVB=0.071982;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.33017e-05;OID=.;OPOS=65621857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:12:15:0:0:13:15:0:0 chr15 65667724 . A G 941.84 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.514;QD=57.9594;RBI=0.0406771;REFB=0;REVB=0.0150344;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627662;OID=.;OPOS=65667724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:32:31:0:0:33:32:0:0 chr15 65676617 . T C 198.24 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=6.60739e-05;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.223;QD=25.5797;RBI=0.0123618;REFB=-0.00393475;REVB=-0.0123616;RO=11;SAF=13;SAR=6;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107221;STB=0.530089;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00192765;OID=.;OPOS=65676617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:31:11:12:19:19:0.612903:6:13:9:2:6:13:9:3 chr15 65676726 . C T 165.68 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0032985;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.529;QD=20.0823;RBI=0.0182117;REFB=-0.0109129;REVB=0.0179105;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184484;STB=0.604121;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00809827;OID=.;OPOS=65676726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:11:5:9:8:11:5 chr15 65703625 . C G 282.67 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0262375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4555;QD=28.9919;RBI=0.0299484;REFB=0.019424;REVB=-0.0144394;RO=14;SAF=16;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476847;STB=0.526294;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.0109075;OID=.;OPOS=65703625;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:9:16:8:6:9:16:8:6 chr15 65856653 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0204128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.042;QD=14.7015;RBI=0.0357553;REFB=-0.0168709;REVB=-0.0293557;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295191;STB=0.670392;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0102513;OID=.;OPOS=65856653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:4:11:5:7:4:11 chr15 65916527 . A T 639.32 PASS AF=0.445946;AO=66;DP=148;FAO=66;FDP=148;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=-0.0140952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.171;QD=17.2789;RBI=0.0149139;REFB=-0.0010975;REVB=-0.00487322;RO=82;SAF=32;SAR=34;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823489;STB=0.545815;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00116542;OID=.;OPOS=65916527;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:82:82:66:66:0.445946:34:32:33:49:34:32:33:49 chr15 65994733 . C T 779.59 PASS AF=0.5;AO=77;DP=156;FAO=80;FDP=160;FR=.;FRO=80;FSAF=57;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.00671422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.294;QD=19.4897;RBI=0.0156741;REFB=-0.012462;REVB=-0.0141633;RO=79;SAF=54;SAR=23;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22845;STB=0.635009;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0079453;OID=.;OPOS=65994733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:160:79:80:77:80:0.5:23:54:37:42:23:57:37:43 chr15 66011630 . A G 519.43 PASS AF=0.459016;AO=54;DP=120;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.00491229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.721;QD=17.0305;RBI=0.00493291;REFB=-0.0134322;REVB=0.000450513;RO=66;SAF=31;SAR=23;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190871;STB=0.593699;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0161413;OID=.;OPOS=66011630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:66:66:54:56:0.459016:23:31:25:41:25:31:25:41 chr15 66023799 . G T 222.88 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0032068;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1875;QD=24.7639;RBI=0.0291857;REFB=-0.0110681;REVB=0.029009;RO=14;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148285;STB=0.599911;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0097341;OID=.;OPOS=66023799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:15:20:21:0.583333:8:12:11:3:9:12:12:3 chr15 66181143 . T G 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00407521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.163;QD=18.7956;RBI=0.0146086;REFB=-0.00624293;REVB=-0.0140286;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108685;STB=0.561472;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00671669;OID=.;OPOS=66181143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:11:12:11:16:11:12:11:16 chr15 66206204 . G A 325.78 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.0274235;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6518;QD=19.7443;RBI=0.0341608;REFB=-0.0236799;REVB=0.0203694;RO=33;SAF=18;SAR=16;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27885;STB=0.66307;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0226402;OID=.;OPOS=66206204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:33:32:34:34:0.515152:16:18:7:26:16:18:6:26 chr15 66214757 . C T 134.39 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0372457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.926;QD=8.14505;RBI=0.0631404;REFB=-0.0113656;REVB=-0.050985;RO=47;SAF=16;SAR=3;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451293;STB=0.775795;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0327418;OID=.;OPOS=66214757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:47:19:19:0.287879:3:16:24:23:3:16:24:23 chr15 66257408 . T C 689.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0181;QD=62.6648;RBI=0.0578592;REFB=0;REVB=0.0371084;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.27066e-05;OID=.;OPOS=66257408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:15:29:0:0:15:29:0:0 chr15 66274690 . T C 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6823;QD=55.6487;RBI=0.0225651;REFB=0;REVB=-0.0158056;RO=0;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000607224;OID=.;OPOS=66274690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:6:21:0:0:6:21:0:0 chr15 66411441 . C T 1677.91 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.292;QD=60.4652;RBI=0.0652152;REFB=0;REVB=0.0473138;RO=0;SAF=51;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138227;OID=.;OPOS=66411441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:111:0:0:109:111:1:58:51:0:0:59:52:0:0 chr15 66612965 . T C 490.29 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.0124469;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.987;QD=16.9064;RBI=0.0163656;REFB=-0.00253833;REVB=-0.0106258;RO=63;SAF=30;SAR=23;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208932;STB=0.616132;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00408767;OID=.;OPOS=66612965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:63:63:53:53:0.456897:23:30:22:41:23:30:22:41 chr15 66640619 . C A 527.79 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0010305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.525;QD=58.6435;RBI=0.0105367;REFB=0;REVB=0.0104862;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51175e-05;OID=.;OPOS=66640619;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:22:13:0:0:23:13:0:0 chr15 66644521 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.286;QD=56.7057;RBI=0.0214298;REFB=0;REVB=-0.0185375;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98325e-05;OID=.;OPOS=66644521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr15 66821250 . A G 509.58 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00164751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.082;QD=21.0137;RBI=0.0103278;REFB=-0.00464233;REVB=0.0101956;RO=48;SAF=16;SAR=33;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201222;STB=0.611604;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00372226;OID=.;OPOS=66821250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:33:16:26:22:33:16:26:22 chr15 67073549 . C T 191.52 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0522333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.15;QD=15.6341;RBI=0.0584695;REFB=-0.0244724;REVB=0.0262747;RO=28;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220443;STB=0.50103;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0276654;OID=.;OPOS=67073549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:29:20:20:0.408163:9:11:16:12:9:11:16:13 chr15 67234251 . A G 1498.89 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173901;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.562;QD=59.9556;RBI=0.0316279;REFB=0;REVB=0.0264179;RO=0;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04314e-05;OID=.;OPOS=67234251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:45:55:0:0:45:55:0:0 chr15 67435419 . C CTTT 109.54 PASS AF=0.555556;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0199049;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=45.4266;QD=16.2281;RBI=0.0382403;REFB=0.0185971;REVB=-0.0326514;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324097;STB=0.514832;STBP=0.935;TYPE=ins;VARB=-0.0130865;OID=.;OPOS=67435420;OREF=-;OALT=TTT;OMAPALT=CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:14:29:15:27:12:7:8:6:6:74:13:7:7:7:6 chr15 67457335 . A G 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00211833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.522;QD=63.3366;RBI=0.0174631;REFB=0;REVB=0.0173341;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9233e-05;OID=.;OPOS=67457335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:54:39:0:0:54:39:0:0 chr15 67484297 . C T 476.8 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00864456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.364;QD=19.4614;RBI=0.00959663;REFB=-0.0111057;REVB=-0.00416735;RO=51;SAF=21;SAR=26;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774671;STB=0.543063;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0117154;OID=.;OPOS=67484297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:26:21:27:24:26:21:27:24 chr15 67486775 . T C 185.49 PASS AF=0.475;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0183902;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.434;QD=18.549;RBI=0.0496682;REFB=-0.018578;REVB=0.0461382;RO=21;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00710901;STB=0.504039;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0205421;OID=.;OPOS=67486775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:21:19:19:0.475:8:11:12:9:8:11:12:9 chr15 67486847 . T C 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00752222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.296;QD=15.6509;RBI=0.00827094;REFB=-0.0029525;REVB=0.0034387;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125006;STB=0.572397;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0040703;OID=.;OPOS=67486847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:5:11:12:9:5:11:12:9 chr15 67494304 . T G 391.99 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00255613;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.631;QD=18.8912;RBI=0.012617;REFB=-0.00441251;REVB=0.0123554;RO=40;SAF=17;SAR=23;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117762;STB=0.515782;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00604582;OID=.;OPOS=67494304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:40:43:40:40:0.481928:23:17:12:28:23:17:17:26 chr15 67528374 . T G 298.33 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0159852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4208;QD=13.5604;RBI=0.0517652;REFB=0.000926772;REVB=0.0492353;RO=53;SAF=9;SAR=25;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205007;STB=0.613426;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.000127195;OID=.;OPOS=67528374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:54:34:34:0.386364:25:9:23:30:25:9:23:31 chr15 67547301 . C A 454.94 PASS AF=0.46729;AO=49;DP=105;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=-0.0140769;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=93.7242;QD=17.007;RBI=0.0150552;REFB=-0.0298224;REVB=0.00533851;RO=56;SAF=32;SAR=17;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272306;STB=0.514496;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0249138;OID=.;OPOS=67547301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:56:57:49:50:0.46729:17:32:38:18:17:33:39:18 chr15 67574440 . C G 417.81 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0204914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.326;QD=22.5841;RBI=0.0214739;REFB=-0.00947201;REVB=0.00642105;RO=33;SAF=15;SAR=26;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173458;STB=0.59564;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00755079;OID=.;OPOS=67574440;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:26:15:19:14:26:15:19:14 chr15 67692502 . T C 2219.62 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.161;QD=62.5245;RBI=0.0228055;REFB=0.00556136;REVB=-0.0186157;RO=1;SAF=73;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0069413;STB=0.503649;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-6.37188e-06;OID=.;OPOS=67692502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:1:1:141:141:0.992958:68:73:0:1:68:73:0:1 chr15 67768151 . G C 2182.02 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208192;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.911;QD=63.2469;RBI=0.0282275;REFB=0;REVB=0.0190618;RO=0;SAF=69;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84443e-05;OID=.;OPOS=67768151;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:138:0:0:138:138:1:69:69:0:0:69:69:0:0 chr15 67951150 . G T 298.03 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00339703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.509;QD=20.914;RBI=0.00418251;REFB=-0.0183426;REVB=-0.00244;RO=25;SAF=18;SAR=13;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836201;STB=0.553158;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0201657;OID=.;OPOS=67951150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:26:31:31:0.54386:13:18:17:8:13:18:18:8 chr15 68117300 . T A 1576.58 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177267;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.396;QD=60.0601;RBI=0.0184474;REFB=0;REVB=0.00510602;RO=0;SAF=45;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76162e-05;OID=.;OPOS=68117300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:59:45:0:0:59:46:0:0 chr15 68378849 . T C 169.69 PASS AF=0.25;AO=24;DP=96;FAO=24;FDP=96;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=50;FSRR=22;FWDB=-0.00824733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.979;QD=7.07056;RBI=0.0146331;REFB=-0.00374364;REVB=-0.0120875;RO=71;SAF=15;SAR=9;SRF=49;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884296;STB=0.557097;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0119694;OID=.;OPOS=68378849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:71:72:24:24:0.25:9:15:49:22:9:15:50:22 chr15 68583175 . T C 1525.71 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.798;QD=59.8319;RBI=0.0319926;REFB=0;REVB=0.0307207;RO=0;SAF=61;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19048e-05;OID=.;OPOS=68583175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:41:61:0:0:41:61:0:0 chr15 68603625 . C T 1275.13 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0474676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.635;QD=60.0061;RBI=0.0596747;REFB=-0.0176307;REVB=0.0361649;RO=1;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104093;STB=0.505493;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000559193;OID=.;OPOS=68603625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:83:84:0.988235:45:38:0:1:45:39:0:1 chr15 68605169 . G A 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0232119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.681;QD=54.6514;RBI=0.0312174;REFB=-0.0623501;REVB=0.0208743;RO=1;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144938;STB=0.507689;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00109217;OID=.;OPOS=68605169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:32:20:0:1:32:20:0:1 chr15 68606193 . G A 117.76 PASS AF=0.185841;AO=21;DP=113;FAO=21;FDP=113;FR=.;FRO=92;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=0.0303989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.903;QD=4.16842;RBI=0.04019;REFB=-0.0114091;REVB=-0.0262896;RO=91;SAF=7;SAR=14;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221596;STB=0.646565;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.045289;OID=.;OPOS=68606193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:91:92:21:21:0.185841:14:7:46:45:14:7:47:45 chr15 68609647 . G T 801.67 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.409;QD=57.2623;RBI=0.0679202;REFB=0;REVB=0.0669046;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88376e-05;OID=.;OPOS=68609647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:28:27:0:0:29:27:0:0 chr15 68612556 . T C 2032.93 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.821;QD=62.0743;RBI=0.0207717;REFB=0;REVB=0.0179891;RO=0;SAF=64;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71018e-05;OID=.;OPOS=68612556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:131:0:0:128:131:1:64:64:0:0:67:64:0:0 chr15 68624290 . G A,C 1177.07 PASS AF=0.962025,0.0379747;AO=76,3;DP=79;FAO=76,3;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35,3;FSAR=41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0724553,-0.0871491;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.435,29.0745;QD=59.5983;RBI=0.0765464,0.088535;REFB=0,0;REVB=0.0246896,0.0156041;RO=0;SAF=35,3;SAR=41,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000528448,-0.108114;OID=.,.;OPOS=68624290,68624290;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:79:79:0:0:76,3:76,3:0.962025,0.0379747:41,0:35,3:0:0:41,0:35,3:0:0 chr15 68624396 . A C 536.77 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114727;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.847;QD=59.6413;RBI=0.0247242;REFB=0;REVB=0.0219012;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97001e-05;OID=.;OPOS=68624396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:14:21:0:0:14:22:0:0 chr15 68628143 . C T 2053.47 PASS AF=0.951049;AO=136;DP=143;FAO=136;FDP=143;FR=.;FRO=7;FSAF=61;FSAR=75;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0515114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.687;QD=57.4398;RBI=0.0568674;REFB=-0.091993;REVB=0.0240931;RO=7;SAF=61;SAR=75;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382046;STB=0.52013;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0010948;OID=.;OPOS=68628143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:143:143:7:7:136:136:0.951049:75:61:6:1:75:61:6:1 chr15 68649587 . G A 1661.36 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0279523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.162;QD=59.3343;RBI=0.0280144;REFB=-0.02402;REVB=-0.00186418;RO=1;SAF=53;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887364;STB=0.504672;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000391799;OID=.;OPOS=68649587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:58:53:1:0:58:53:1:0 chr15 69018200 . C T 85.85 PASS AF=0.212121;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0144989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.695;QD=5.20298;RBI=0.0192769;REFB=-0.00220038;REVB=0.0127036;RO=52;SAF=9;SAR=5;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202253;STB=0.628636;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00960134;OID=.;OPOS=69018200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:66:66:52:52:14:14:0.212121:5:9:25:27:5:9:25:27 chr15 69019582 . G C 268.17 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00917353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.882;QD=21.8913;RBI=0.00974299;REFB=-0.0500487;REVB=-0.00328209;RO=23;SAF=16;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17961;STB=0.591522;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0284529;OID=.;OPOS=69019582;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:9:16:10:13:9:16:11:13 chr15 69238272 . G T 214.52 PASS AF=0.419355;AO=22;DP=59;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0145474;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.213;QD=13.8403;RBI=0.0167438;REFB=-0.0119082;REVB=0.00829036;RO=36;SAF=14;SAR=8;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207771;STB=0.599923;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.022315;OID=.;OPOS=69238272;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:36:36:22:26:0.419355:8:14:16:20:10:16:16:20 chr15 69238445 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0178924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.863;QD=14.9787;RBI=0.0192098;REFB=-0.0292541;REVB=-0.00699151;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151801;STB=0.589287;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0347117;OID=.;OPOS=69238445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:3:7:6:5:3:7:6:5 chr15 69325581 . C T 296.97 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0271488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4299;QD=18.2753;RBI=0.0452098;REFB=-0.0296268;REVB=0.0361507;RO=33;SAF=12;SAR=20;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182541;STB=0.510198;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0312186;OID=.;OPOS=69325581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:20:12:13:20:20:12:13:20 chr15 69327825 . C T 333.7 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00160293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.961;QD=24.269;RBI=0.021248;REFB=-0.0340001;REVB=0.0211874;RO=22;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115304;STB=0.563181;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0195649;OID=.;OPOS=69327825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:14:19:16:6:14:19:16:6 chr15 69542968 . G A 159.47 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0107691;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0613;QD=16.7862;RBI=0.0577834;REFB=-0.027788;REVB=0.056771;RO=21;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318969;STB=0.683324;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0364585;OID=.;OPOS=69542968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:21:17:17:0.447368:5:12:8:13:5:12:8:13 chr15 69561518 . G A 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=-0.0302508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.554;QD=12.0245;RBI=0.0312976;REFB=0.00696988;REVB=0.00802672;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382942;STB=0.718116;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00539581;OID=.;OPOS=69561518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:5:7:18:2:5:7:18:2 chr15 69564343 . C T 267.66 PASS AF=0.340206;AO=32;DP=91;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0611314;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0358;QD=11.0376;RBI=0.0728038;REFB=-0.0160735;REVB=-0.0395392;RO=59;SAF=15;SAR=17;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256284;STB=0.550531;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0351778;OID=.;OPOS=69564343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:97:59:64:32:33:0.340206:17:15:29:30:18:15:34:30 chr15 69652451 . G A 746.52 PASS AF=0.525547;AO=71;DP=136;FAO=72;FDP=137;FR=.;FRO=65;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=0.00126214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.806;QD=21.7961;RBI=0.00198394;REFB=-0.00731293;REVB=0.00153069;RO=65;SAF=39;SAR=32;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584923;STB=0.528918;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00716368;OID=.;OPOS=69652451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:65:65:71:72:0.525547:32:39:40:25:32:40:40:25 chr15 69683945 . C G 416.11 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.000560712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5469;QD=22.1922;RBI=0.0464765;REFB=-0.0135929;REVB=-0.0464732;RO=34;SAF=15;SAR=26;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120334;STB=0.566007;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0102448;OID=.;OPOS=69683945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:26:15:8:26:26:15:8:26 chr15 69684050 . C T 431.56 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0256181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6151;QD=23.0165;RBI=0.038944;REFB=-0.00606688;REVB=-0.0293316;RO=33;SAF=10;SAR=32;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23341;STB=0.629283;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00574607;OID=.;OPOS=69684050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:32:10:16:17:32:10:16:17 chr15 69697756 . G A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.741;QD=59.6792;RBI=0.0440472;REFB=0;REVB=0.0282122;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38042e-05;OID=.;OPOS=69697756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:42:28:0:0:42:28:0:0 chr15 69709748 . C A 441.99 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0132058;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.114;QD=19.428;RBI=0.0153003;REFB=-0.0169083;REVB=-0.00772693;RO=47;SAF=17;SAR=27;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117897;STB=0.565632;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0165389;OID=.;OPOS=69709748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:27:17:24:23:27:17:24:23 chr15 69727847 . G A 114.35 PASS AF=0.222222;AO=18;DP=81;FAO=18;FDP=81;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0142084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.218;QD=5.647;RBI=0.0300255;REFB=-0.00661543;REVB=-0.0264509;RO=63;SAF=11;SAR=7;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511267;STB=0.53197;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0201303;OID=.;OPOS=69727847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:63:63:18:18:0.222222:7:11:36:27:7:11:36:27 chr15 69728949 . A G 1046.15 PASS AF=0.505;AO=101;DP=200;FAO=101;FDP=200;FR=.;FRO=99;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=-0.000389195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.174;QD=20.923;RBI=0.0200454;REFB=0.00165299;REVB=0.0200416;RO=98;SAF=50;SAR=51;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135975;STB=0.50495;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.00159295;OID=.;OPOS=69728949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:98:99:101:101:0.505:51:50:50:48:51:50:50:49 chr15 69732736 . C T 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0190211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4006;QD=13.1195;RBI=0.042793;REFB=0.02025;REVB=0.0383333;RO=38;SAF=16;SAR=9;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957972;STB=0.50549;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0226234;OID=.;OPOS=69732736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:9:16:24:14:9:16:24:14 chr15 69733139 . C T 170.69 PASS AF=0.302632;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0170657;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.662;QD=8.98381;RBI=0.0170715;REFB=-0.00282528;REVB=-0.000444683;RO=53;SAF=11;SAR=12;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00774068;STB=0.504583;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00714228;OID=.;OPOS=69733139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:53:53:23:23:0.302632:12:11:25:28:12:11:25:28 chr15 69740350 . A G 447.53 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0348986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3359;QD=21.0601;RBI=0.0350305;REFB=-0.0152498;REVB=0.00303735;RO=41;SAF=28;SAR=16;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694356;STB=0.538444;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0205669;OID=.;OPOS=69740350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:16:28:23:18:16:28:23:18 chr15 70345626 . C T 547.58 PASS AF=0.4;AO=59;DP=150;FAO=60;FDP=150;FR=.;FRO=90;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=56;FWDB=0.0156297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.722;QD=14.602;RBI=0.0193009;REFB=-0.00835055;REVB=-0.0113241;RO=89;SAF=29;SAR=30;SRF=33;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129452;STB=0.563652;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0169393;OID=.;OPOS=70345626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:89:90:59:60:0.4:30:29:33:56:31:29:34:56 chr15 70346923 . C T 265.29 PASS AF=0.615385;AO=23;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0937274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1618;QD=27.2093;RBI=0.100596;REFB=-0.0326332;REVB=0.0365336;RO=12;SAF=6;SAR=17;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880337;STB=0.548345;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0231584;OID=.;OPOS=70346923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:12:15:23:24:0.615385:17:6:3:9:17:7:6:9 chr15 70347362 . C A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.479;QD=45.8063;RBI=0.0393639;REFB=0;REVB=0.0177933;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000795713;OID=.;OPOS=70347362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr15 70347816 . A AG 611.81 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186494;FXX=0.0243843;HRUN=0;LEN=1;MLLD=148.739;QD=61.181;RBI=0.0188145;REFB=0;REVB=0.00248645;RO=1;SAF=8;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148867;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00037916;OID=.;OPOS=70347817;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:41:40:40:0:8:32:0:0:4:1:8:31:0:1 chr15 70347920 . T C 1227.24 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.324;QD=61.3618;RBI=0.0597479;REFB=0;REVB=-0.0592855;RO=0;SAF=27;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.67805e-05;OID=.;OPOS=70347920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:53:27:0:0:53:27:0:0 chr15 70349849 . G A 97.93 PASS AF=0.234375;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0210973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.615;QD=6.1204;RBI=0.0706156;REFB=-0.0099656;REVB=0.0673904;RO=48;SAF=8;SAR=7;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114466;STB=0.561102;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0616311;OID=.;OPOS=70349849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:64:48:49:15:15:0.234375:7:8:30:18:7:8:30:19 chr15 70349890 . C T 152.67 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.0240995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.039;QD=8.72383;RBI=0.0429931;REFB=-0.00630587;REVB=0.0356036;RO=49;SAF=9;SAR=12;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236831;STB=0.639872;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0131071;OID=.;OPOS=70349890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:49:21:21:0.3:12:9:31:18:12:9:31:18 chr15 70351788 . T C 385.21 PASS AF=0.41;AO=40;DP=99;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0012415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.664;QD=15.4083;RBI=0.00193161;REFB=-0.0117886;REVB=-0.00147979;RO=57;SAF=24;SAR=16;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226692;STB=0.505514;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0167223;OID=.;OPOS=70351788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:57:59:40:41:0.41:16:24:33:24:17:24:34:25 chr15 70368432 . T C 236.11 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0221024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.783;QD=19.2745;RBI=0.0553557;REFB=-0.0107801;REVB=-0.0507517;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943123;STB=0.529386;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0108209;OID=.;OPOS=70368432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:26:23:23:0.469388:12:11:9:15:12:11:11:15 chr15 70960068 . G A,T 437.65 PASS AF=0.935484,0.0645161;AO=29,2;DP=31;FAO=29,2;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23,2;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00474537,-0.0467737;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144.756,11.7035;QD=56.4712;RBI=0.00922683,0.142016;REFB=0,0;REVB=0.00791302,-0.134092;RO=0;SAF=23,2;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000148421,0.123906;OID=.,.;OPOS=70960068,70960068;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:31:0:0:29,2:29,2:0.935484,0.0645161:6,0:23,2:0:0:6,0:23,2:0:0 chr15 70991925 . G C 2241.05 PASS AF=0.979866;AO=140;DP=149;FAO=146;FDP=149;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0177513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.001;QD=60.1624;RBI=0.0215802;REFB=-0.0271668;REVB=-0.0122718;RO=3;SAF=70;SAR=70;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664569;STB=0.503633;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000163543;OID=.;OPOS=70991925;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:149:149:3:3:140:146:0.979866:70:70:1:2:71:75:1:2 chr15 71184278 . G T 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0287321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2329;QD=17.6172;RBI=0.0287384;REFB=-0.0184587;REVB=0.000599883;RO=27;SAF=7;SAR=17;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159343;STB=0.590415;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0212139;OID=.;OPOS=71184278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:17:7:12:15:17:7:12:15 chr15 71184495 . A G 139.44 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0274312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.956;QD=9.14346;RBI=0.0428977;REFB=-0.0272406;REVB=-0.0329809;RO=39;SAF=4;SAR=15;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213447;STB=0.662969;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0504723;OID=.;OPOS=71184495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:42:19:19:0.311475:15:4:14:25:15:4:17:25 chr15 71403406 . T C 294.26 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0139803;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.718;QD=14.3539;RBI=0.0278717;REFB=-0.026394;REVB=-0.0241119;RO=49;SAF=15;SAR=18;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185662;STB=0.605201;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0360399;OID=.;OPOS=71403406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:49:49:33:33:0.402439:18:15:31:18:18:15:31:18 chr15 71953045 . G A 527.06 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.011444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.959;QD=21.9607;RBI=0.018579;REFB=-0.00938109;REVB=0.0146361;RO=46;SAF=25;SAR=25;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188802;STB=0.510413;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00874762;OID=.;OPOS=71953045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:46:50:50:0.520833:25:25:22:24:25:25:22:24 chr15 72040774 . C T 618.63 PASS AF=0.450331;AO=67;DP=153;FAO=68;FDP=151;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=0.0188415;FXX=0.0194793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.075;QD=16.3876;RBI=0.0321987;REFB=-0.027112;REVB=-0.0261104;RO=83;SAF=33;SAR=34;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585189;STB=0.536413;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0442952;OID=.;OPOS=72040774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:151:83:83:67:68:0.450331:34:33:36:47:34:34:36:47 chr15 72070067 . A G 190.59 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0363854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7927;QD=15.2475;RBI=0.0861866;REFB=-0.0424517;REVB=-0.0781296;RO=29;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02229;STB=0.520988;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0473917;OID=.;OPOS=72070067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:8:12:18:11:8:12:19:11 chr15 72105928 . ACCCCCA ACCCCA,ACCCCAC 926.92 PASS AF=1,0;AO=63,3;DP=69;FAO=71,0;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=40,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457576,-0.0188304;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=19.6039,5.98758;QD=52.2208;RBI=0.0772668,0.0577673;REFB=0,0;REVB=-0.0622608,-0.054612;RO=0;SAF=27,2;SAR=36,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.31521e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00168592,0;OID=.,.;OPOS=72105929,72105933;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=ACCCCA,ACCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:63,3:69:71,0:71:0:31,0:40,0:0:0:5:0:27,2:36,1:0:0 chr15 72143615 . C T 197.13 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0033451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.826;QD=10.9519;RBI=0.0154602;REFB=-0.00771692;REVB=-0.015094;RO=47;SAF=16;SAR=9;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262877;STB=0.65258;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.017386;OID=.;OPOS=72143615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:9:16:19:28:9:16:19:28 chr15 72146846 . C T 468.59 PASS AF=0.367347;AO=54;DP=147;FAO=54;FDP=147;FR=.;FRO=93;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=56;FSRR=37;FWDB=-0.0658633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.466;QD=12.7508;RBI=0.06612;REFB=-0.00504272;REVB=-0.00582061;RO=91;SAF=24;SAR=30;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163323;STB=0.598766;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0056523;OID=.;OPOS=72146846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:91:93:54:54:0.367347:30:24:54:37:30:24:56:37 chr15 72191266 . C T 949.89 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0335417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4368;QD=54.2794;RBI=0.048207;REFB=0.00208778;REVB=0.0346247;RO=2;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277783;STB=0.50746;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.000112143;OID=.;OPOS=72191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:70:2:3:67:67:0.957143:33:34:0:2:33:34:1:2 chr15 72260385 . G A 160.28 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.031836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.829;QD=10.3403;RBI=0.0352067;REFB=-0.00336031;REVB=-0.0150327;RO=41;SAF=7;SAR=14;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181351;STB=0.606637;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00659302;OID=.;OPOS=72260385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:14:7:20:21:14:7:20:21 chr15 72432583 . A G 770.97 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677073;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.892;QD=64.2478;RBI=0.0683314;REFB=0;REVB=-0.00921428;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000755166;OID=.;OPOS=72432583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr15 72433182 . C T 365.85 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00699689;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.694;QD=21.2086;RBI=0.010486;REFB=-0.0176263;REVB=-0.00781021;RO=33;SAF=14;SAR=23;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133896;STB=0.517203;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0151104;OID=.;OPOS=72433182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:33:32:37:37:0.536232:23:14:12:21:23:14:11:21 chr15 72462255 . C T 399.46 PASS AF=0.38843;AO=47;DP=121;FAO=47;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=-0.0149073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.529;QD=13.2052;RBI=0.0171863;REFB=-0.0170214;REVB=-0.00855234;RO=74;SAF=30;SAR=17;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193402;STB=0.510972;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0252825;OID=.;OPOS=72462255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:74:74:47:47:0.38843:17:30:46:28:17:30:46:28 chr15 72511415 . G A 50.85 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00798946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.24;QD=5.21553;RBI=0.0104186;REFB=-0.00618117;REVB=0.00668696;RO=31;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133221;STB=0.588012;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0243453;OID=.;OPOS=72511415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:5:3:15:16:5:3:15:16 chr15 72637795 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00716869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.739;QD=59.8555;RBI=0.00722311;REFB=0;REVB=-0.000884967;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.66229e-05;OID=.;OPOS=72637795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:27:44:0:0:27:44:0:0 chr15 72638892 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.134;QD=61.5363;RBI=0.0285214;REFB=0;REVB=0.0182576;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60427e-05;OID=.;OPOS=72638892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:34:47:0:0:34:47:0:0 chr15 72638961 . G A 931.13 PASS AF=0.605839;AO=83;DP=137;FAO=83;FDP=137;FR=.;FRO=54;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00319512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.418;QD=27.1864;RBI=0.00377604;REFB=-0.0138722;REVB=-0.00201239;RO=54;SAF=40;SAR=43;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265957;STB=0.514423;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00882556;OID=.;OPOS=72638961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:54:54:83:83:0.605839:43:40:28:26:43:40:28:26 chr15 72700069 . G A 157.75 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0376404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4379;QD=14.6741;RBI=0.0503333;REFB=-0.00290019;REVB=-0.0334161;RO=24;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132039;STB=0.543992;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00572715;OID=.;OPOS=72700069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:25:17:18:0.418605:7:10:11:13:8:10:12:13 chr15 72879653 . A ATTG 711.6 PASS AF=0.835821;AO=56;DP=67;FAO=56;FDP=67;FR=.;FRO=11;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00603588;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=302.483;QD=42.4838;RBI=0.00607833;REFB=0.0117532;REVB=-0.000717092;RO=11;SAF=35;SAR=21;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00372799;STB=0.501991;STBP=0.964;TYPE=ins;VARB=-0.000950077;OID=.;OPOS=72879654;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=ATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.835821:56:67:56:67:11:35:21:7:4:60:11:35:21:7:4 chr15 72904223 . C T 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.000467317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.444;QD=18.9665;RBI=0.000941052;REFB=0.0101859;REVB=0.000816819;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169124;STB=0.595156;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.00857296;OID=.;OPOS=72904223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:12:10:7:18:12:10:7:18 chr15 72987588 . G T 768.69 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0924981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.276;QD=56.9396;RBI=0.108811;REFB=0;REVB=-0.0573056;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00177302;OID=.;OPOS=72987588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:36:18:0:0:36:18:0:0 chr15 73002035 . G A 1080.56 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.677;QD=60.0309;RBI=0.0281098;REFB=0;REVB=0.0172678;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78483e-05;OID=.;OPOS=73002035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:43:28:0:0:44:28:0:0 chr15 73020281 . GT G 65.8 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=0.0183824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.4338;QD=3.70696;RBI=0.0185782;REFB=-0.000679496;REVB=-0.00268991;RO=53;SAF=13;SAR=4;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131348;STB=0.577071;STBP=0.543;TYPE=del;VARB=0.00377585;OID=.;OPOS=73020282;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.239437:17:71:17:71:54:13:4:37:17:65:53:13:4:36:17 chr15 73023937 . T C 1744.82 PASS AF=0.967213;AO=118;DP=122;FAO=118;FDP=122;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0102399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.869;QD=57.2073;RBI=0.0105591;REFB=-0.0170714;REVB=0.00257674;RO=3;SAF=55;SAR=63;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00628105;STB=0.507124;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.000354457;OID=.;OPOS=73023937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:122:122:3:4:118:118:0.967213:63:55:1:2:63:55:1:3 chr15 73044594 . C A 478.14 PASS AF=0.490385;AO=50;DP=106;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00985327;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2957;QD=18.3901;RBI=0.0231752;REFB=-0.00799997;REVB=0.0209762;RO=52;SAF=24;SAR=26;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537148;STB=0.5294;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00976192;OID=.;OPOS=73044594;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:52:53:50:51:0.490385:26:24:28:24:27:24:28:25 chr15 73052840 . T C 167.07 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0115514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2918;QD=15.1885;RBI=0.0227504;REFB=-0.00308341;REVB=0.0195997;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571009;STB=0.532958;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00545626;OID=.;OPOS=73052840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:8:10:13:13:8:10:13:13 chr15 73052845 . A G 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0320169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.122;QD=15.6188;RBI=0.0320918;REFB=-0.00191392;REVB=-0.00219123;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036135;STB=0.52081;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0158592;OID=.;OPOS=73052845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:13:12:8:10:13:12 chr15 73067234 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00982819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.183;QD=63.5827;RBI=0.0930554;REFB=0;REVB=0.0925349;RO=0;SAF=37;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214111;OID=.;OPOS=73067234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:10:37:0:0:10:37:0:0 chr15 73541513 . A G 603.54 PASS AF=0.567308;AO=59;DP=104;FAO=59;FDP=104;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00450305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.9665;QD=23.2129;RBI=0.00790984;REFB=0.0244787;REVB=0.00650293;RO=45;SAF=34;SAR=25;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122201;STB=0.566829;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0152457;OID=.;OPOS=73541513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:45:45:59:59:0.567308:25:34:19:26:25:34:19:26 chr15 73545732 . T C 555.39 PASS AF=1;AO=33;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00293328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.247;QD=60.0418;RBI=0.0125362;REFB=0;REVB=0.0121882;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000804488;OID=.;OPOS=73545732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:33:37:1:23:10:0:0:24:13:0:0 chr15 73564881 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.935;QD=57.1061;RBI=0.0170072;REFB=0;REVB=0.00701855;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33601e-05;OID=.;OPOS=73564881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr15 73575430 . C T 727.26 PASS AF=0.48;AO=71;DP=149;FAO=72;FDP=150;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.0205612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7602;QD=19.3935;RBI=0.0227381;REFB=-0.0044688;REVB=-0.0097088;RO=78;SAF=35;SAR=36;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00546716;STB=0.506665;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.004095;OID=.;OPOS=73575430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:78:78:71:72:0.48:36:35:38:40:36:36:38:40 chr15 73614114 . T C 560.78 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102699;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2065;QD=60.6253;RBI=0.0546226;REFB=0;REVB=0.0536484;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000907836;OID=.;OPOS=73614114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr15 73614834 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0064542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.316;QD=51.9166;RBI=0.00732164;REFB=0;REVB=-0.00345684;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70877e-05;OID=.;OPOS=73614834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr15 73617435 . G A 546.31 PASS AF=0.479339;AO=56;DP=119;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.00662963;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.405;QD=18.0598;RBI=0.0171039;REFB=-0.0184686;REVB=0.0157668;RO=63;SAF=23;SAR=33;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123755;STB=0.575399;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.015478;OID=.;OPOS=73617435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:63:63:56:58:0.479339:33:23:34:29:35:23:34:29 chr15 73995180 . C G 120.08 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00991166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.407;QD=9.41824;RBI=0.0157619;REFB=-0.000829414;REVB=0.0122555;RO=35;SAF=8;SAR=7;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111293;STB=0.515768;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00221864;OID=.;OPOS=73995180;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:36:15:15:0.294118:7:8:19:16:7:8:20:16 chr15 74000768 . C T 372.58 PASS AF=0.316456;AO=47;DP=157;FAO=50;FDP=158;FR=.;FRO=108;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=56;FSRR=52;FWDB=0.0187644;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2579;QD=9.43227;RBI=0.0195777;REFB=0.00831797;REVB=0.00558425;RO=109;SAF=23;SAR=24;SRF=57;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401456;STB=0.501014;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.0142634;OID=.;OPOS=74000768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:109:108:47:50:0.316456:24:23:57:52:24:26:56:52 chr15 74032783 . A G 199.71 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0317295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9703;QD=19.9709;RBI=0.0383642;REFB=-0.0348612;REVB=0.0215651;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444401;STB=0.5251;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0115663;OID=.;OPOS=74032783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:9:11:10:10:9:11:10:10 chr15 74177199 . C T 229.45 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0271357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7145;QD=14.1201;RBI=0.0546867;REFB=0.000677488;REVB=0.0474793;RO=38;SAF=17;SAR=10;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547792;STB=0.531227;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.000408041;OID=.;OPOS=74177199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:10:17:22:16:10:17:22:16 chr15 74244278 . C G 164.72 PASS AF=0.354839;AO=21;DP=61;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.00661454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.602;QD=10.627;RBI=0.00734253;REFB=-0.0316087;REVB=0.00318757;RO=40;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428434;STB=0.51364;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0528169;OID=.;OPOS=74244278;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:40:40:21:22:0.354839:14:7:12:28:15:7:12:28 chr15 74244344 . C T 735.93 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0314907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.487;QD=61.3276;RBI=0.0315065;REFB=-0.0537789;REVB=-0.000997196;RO=1;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144729;STB=0.507689;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-4.76981e-05;OID=.;OPOS=74244344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:48:48:1:1:47:47:0.979167:32:15:0:1:32:15:0:1 chr15 74275676 . A G 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.000348978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.455;QD=21.3533;RBI=0.0118526;REFB=-0.0294902;REVB=0.0118475;RO=9;SAF=2;SAR=11;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204625;STB=0.617772;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0181877;OID=.;OPOS=74275676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:11:2:3:6:11:2:3:6 chr15 74277795 . T C 2227.31 PASS AF=0.986111;AO=142;DP=145;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.036887;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.061;QD=61.8697;RBI=0.0379146;REFB=0.0187919;REVB=-0.00876724;RO=2;SAF=72;SAR=70;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130237;STB=0.506848;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-5.04404e-05;OID=.;OPOS=74277795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:145:144:2:2:142:142:0.986111:70:72:2:0:70:72:2:0 chr15 74325742 . C T 85.71 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00966178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.054;QD=6.01452;RBI=0.0214075;REFB=-0.0258474;REVB=-0.0191032;RO=42;SAF=5;SAR=8;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306975;STB=0.671663;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0891287;OID=.;OPOS=74325742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:42:44:13:13:0.22807:8:5:27:15:8:5:27:17 chr15 74328116 . A G 714.8 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0150758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9139;QD=60.8337;RBI=0.119552;REFB=-0.0646173;REVB=-0.118597;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507933;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000107785;OID=.;OPOS=74328116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:0:1:45:46:0.978723:31:14:0:0:31:15:0:1 chr15 74328141 . G T 732.39 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352912;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2224;QD=63.6861;RBI=0.0632216;REFB=0;REVB=0.0524547;RO=1;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015416;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418744;OID=.;OPOS=74328141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:1:0:46:46:1:30:16:0:1:30:16:0:0 chr15 74328271 . C T 132.28 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0128531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5492;QD=14.6979;RBI=0.017499;REFB=-0.0110049;REVB=0.0118749;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385756;STB=0.522358;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0313551;OID=.;OPOS=74328271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:9:12:8:7:9:12 chr15 74368293 . A G 310.76 PASS AF=0.322581;AO=39;DP=125;FAO=40;FDP=124;FR=.;FRO=84;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=52;FWDB=0.00578775;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.627;QD=10.0244;RBI=0.0409658;REFB=0.00730008;REVB=-0.0405549;RO=79;SAF=13;SAR=26;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897297;STB=0.541905;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.0126054;OID=.;OPOS=74368293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:79:84:39:40:0.322581:26:13:32:47:27:13:32:52 chr15 74368297 . C G 340.75 PASS AF=0.333333;AO=43;DP=129;FAO=43;FDP=129;FR=.;FRO=86;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.0197693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0161;QD=10.5658;RBI=0.0279905;REFB=0.00983222;REVB=0.0198152;RO=86;SAF=13;SAR=30;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133652;STB=0.57758;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.0360518;OID=.;OPOS=74368297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:86:86:43:43:0.333333:30:13:35:51:30:13:35:51 chr15 74467856 . G A 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.01295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.982;QD=18.0506;RBI=0.0140586;REFB=-0.0172926;REVB=0.00547187;RO=8;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18104;STB=0.605828;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00850417;OID=.;OPOS=74467856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:2:8:5:3:2:8:5:3 chr15 74473739 . C T 377.91 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0228117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.859;QD=21.595;RBI=0.0353839;REFB=-0.0393191;REVB=-0.0270489;RO=32;SAF=13;SAR=25;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111596;STB=0.561764;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0336318;OID=.;OPOS=74473739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:25:13:15:17:25:13:15:17 chr15 74500053 . C T 544.11 PASS AF=0.387879;AO=64;DP=165;FAO=64;FDP=165;FR=.;FRO=101;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.00991277;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.182;QD=13.1905;RBI=0.0143416;REFB=-0.0154317;REVB=-0.0103643;RO=101;SAF=28;SAR=36;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305058;STB=0.517236;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0239418;OID=.;OPOS=74500053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:101:101:64:64:0.387879:36:28:47:54:36:28:47:54 chr15 74703929 . T C 480.85 PASS AF=0.505376;AO=46;DP=92;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0221784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8041;QD=20.6818;RBI=0.0422853;REFB=-0.00314164;REVB=0.0360023;RO=46;SAF=24;SAR=22;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988683;STB=0.559406;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00348501;OID=.;OPOS=74703929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:46:46:46:47:0.505376:22:24:29:17:23:24:29:17 chr15 74710593 . C T 69.96 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0157972;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.241;QD=6.66305;RBI=0.0165287;REFB=-0.0159339;REVB=0.00486271;RO=31;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154938;STB=0.589287;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0403935;OID=.;OPOS=74710593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:31:32:10:10:0.238095:7:3:13:18:7:3:13:19 chr15 74749015 . A G 542.57 PASS AF=0.548387;AO=36;DP=94;FAO=51;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0660476;FXX=0.0106372;HRUN=7;LEN=1;MLLD=116.124;QD=23.3365;RBI=0.0875608;REFB=-0.0391428;REVB=-0.0574857;RO=13;SAF=18;SAR=18;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942091;STB=0.510235;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0410259;OID=.;OPOS=74749015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:13:42:36:51:0.548387:18:18:9:4:28:23:18:24 chr15 74783370 . C T 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0036378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4855;QD=20.601;RBI=0.028846;REFB=-0.00215935;REVB=-0.0286157;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111128;STB=0.562597;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00113027;OID=.;OPOS=74783370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:11:9:11:8:11:9:11:8 chr15 74888196 . A G 33.51 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00480611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2987;QD=3.4367;RBI=0.049398;REFB=-0.00629833;REVB=-0.0491636;RO=33;SAF=4;SAR=2;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113667;STB=0.581538;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0296489;OID=.;OPOS=74888196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:33:33:6:6:0.153846:2:4:19:14:2:4:19:14 chr15 74889163 . C T 582.48 PASS AF=0.495868;AO=57;DP=121;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0866825;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1684;QD=19.2554;RBI=0.0877889;REFB=-0.00786811;REVB=0.0138933;RO=61;SAF=34;SAR=23;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531274;STB=0.513131;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.024126;OID=.;OPOS=74889163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:61:61:57:60:0.495868:23:34:33:28:26:34:33:28 chr15 74922189 . C T 53.09 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0603555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2439;QD=7.3229;RBI=0.0651725;REFB=-0.0223832;REVB=0.0245899;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180698;STB=0.611399;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0638668;OID=.;OPOS=74922189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:5:3:5:16:5:3:5:16 chr15 75015215 . T G 298.75 PASS AF=0.54;AO=26;DP=49;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0128274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.231;QD=23.8998;RBI=0.0131551;REFB=-0.0233812;REVB=-0.00291817;RO=22;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816934;STB=0.524869;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0128583;OID=.;OPOS=75015215;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:23:26:27:0.54:14:12:8:14:15:12:9:14 chr15 75090620 . C T 268.37 PASS AF=0.424658;AO=30;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0104956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.258;QD=14.7053;RBI=0.0108804;REFB=-0.0076804;REVB=0.00286819;RO=42;SAF=19;SAR=11;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140818;STB=0.586561;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0112209;OID=.;OPOS=75090620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:30:31:0.424658:11:19:21:21:11:20:21:21 chr15 75091247 . C T 177.33 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0253695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.285;QD=12.2297;RBI=0.0261117;REFB=-0.0145307;REVB=0.00618155;RO=36;SAF=11;SAR=11;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119598;STB=0.568904;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0153956;OID=.;OPOS=75091247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:11:11:22:14:11:11:22:14 chr15 75091664 . G A 433.25 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.00649402;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.985;QD=16.9901;RBI=0.0342311;REFB=-0.0221316;REVB=0.0336094;RO=55;SAF=28;SAR=19;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20539;STB=0.614444;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0169099;OID=.;OPOS=75091664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:19:28:21:34:19:28:21:34 chr15 75093389 . C T 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0261029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.47;QD=13.3357;RBI=0.0288003;REFB=-0.0137111;REVB=-0.0121695;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275815;STB=0.516108;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0228058;OID=.;OPOS=75093389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:6:9:15:9:6:9:15:9 chr15 75108636 . G A 330.71 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00493503;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.737;QD=21.3362;RBI=0.0170047;REFB=-0.0183781;REVB=0.0162728;RO=28;SAF=15;SAR=19;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774435;STB=0.542832;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0111953;OID=.;OPOS=75108636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:19:15:15:13:19:15:15:13 chr15 75113083 . A G 244.35 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00209732;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.8321;QD=17.4537;RBI=0.0319573;REFB=0.00513053;REVB=-0.0318884;RO=29;SAF=9;SAR=18;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267676;STB=0.65049;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00453554;OID=.;OPOS=75113083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:18:9:18:11:18:9:18:11 chr15 75129594 . G A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0120784;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.289;QD=19.1806;RBI=0.0433093;REFB=0.00242264;REVB=0.041591;RO=10;SAF=12;SAR=1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244456;STB=0.631335;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00184347;OID=.;OPOS=75129594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:10:11:13:13:0.541667:1:12:8:2:1:12:9:2 chr15 75130093 . T C 108.98 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0245519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2023;QD=14.5308;RBI=0.0762464;REFB=-0.0233565;REVB=-0.0721854;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305281;STB=0.676358;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0157132;OID=.;OPOS=75130093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:12:5:8:5:12:5 chr15 75131661 . A G 536.21 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00399762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.513;QD=54.9956;RBI=0.00937261;REFB=-0.0571347;REVB=0.00847731;RO=2;SAF=14;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623005;STB=0.533315;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00108743;OID=.;OPOS=75131661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:23:14:2:0:23:14:2:0 chr15 75131959 . A G 700.8 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00228964;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=287.946;QD=50.9674;RBI=0.00339083;REFB=0.0645413;REVB=-0.00250106;RO=3;SAF=29;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113463;STB=0.50603;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00027941;OID=.;OPOS=75131959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:55:3:3:52:52:0.945455:23:29:2:1:23:29:2:1 chr15 75189930 . A G 483.89 PASS AF=0.560976;AO=44;DP=81;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0258904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.591;QD=23.6045;RBI=0.0306137;REFB=0.00510675;REVB=-0.0163366;RO=36;SAF=16;SAR=28;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697674;STB=0.534622;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.0022507;OID=.;OPOS=75189930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:36:36:44:46:0.560976:28:16:16:20:29:17:16:20 chr15 75305040 . A G 771.49 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259353;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.456;QD=57.1476;RBI=0.0278204;REFB=0;REVB=0.0100666;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38983e-05;OID=.;OPOS=75305040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr15 75312715 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00314972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.571;QD=47.8224;RBI=0.13835;REFB=0;REVB=-0.138315;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00147403;OID=.;OPOS=75312715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr15 75336729 . A G 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.752;QD=58.5986;RBI=0.0477004;REFB=0;REVB=-0.00849779;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122719;OID=.;OPOS=75336729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:22:42:0:0:22:42:0:0 chr15 75498548 . A G 1352.81 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.439;QD=62.1979;RBI=0.0424264;REFB=0;REVB=0.0267347;RO=0;SAF=53;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98027e-05;OID=.;OPOS=75498548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:33:53:0:0:33:54:0:0 chr15 75499602 . C A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.733;QD=63.2861;RBI=0.0515773;REFB=0;REVB=0.0179757;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213524;OID=.;OPOS=75499602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr15 75499619 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0032515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.05;QD=62.9829;RBI=0.00331483;REFB=0;REVB=-0.000644861;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98267e-06;OID=.;OPOS=75499619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr15 75499861 . G A 546.34 PASS AF=0.973684;AO=35;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.9182;QD=57.5092;RBI=0.148911;REFB=-0.0703763;REVB=0.148467;RO=1;SAF=28;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622009;STB=0.526301;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0029258;OID=.;OPOS=75499861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:35:37:0.973684:7:28:0:1:9:28:0:1 chr15 75499995 . T G 548.58 PASS AF=0.395062;AO=64;DP=163;FAO=64;FDP=162;FR=.;FRO=98;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=61;FSRR=37;FWDB=-0.0281021;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.155;QD=13.5451;RBI=0.0282473;REFB=-0.0168076;REVB=-0.00286023;RO=93;SAF=31;SAR=33;SRF=57;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135202;STB=0.583148;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.029221;OID=.;OPOS=75499995;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:93:98:64:64:0.395062:33:31:57:36:33:31:61:37 chr15 75501158 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0777014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9399;QD=15.2583;RBI=0.0930927;REFB=-0.0249267;REVB=0.0512712;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560707;STB=0.533237;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0415209;OID=.;OPOS=75501158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:3:3:3:4:3:3 chr15 75503147 . G A 1147.42 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0528393;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.325;QD=59.6062;RBI=0.0591284;REFB=-0.101145;REVB=0.0265364;RO=1;SAF=28;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016599;STB=0.50877;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00200131;OID=.;OPOS=75503147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:77:1:1:76:76:0.987013:48:28:1:0:48:28:1:0 chr15 75581738 . T G 50.29 PASS AF=0.583333;AO=6;DP=11;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0537609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2232;QD=16.7646;RBI=0.0707311;REFB=-0.0393781;REVB=-0.0459636;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229845;STB=0.599732;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0289831;OID=.;OPOS=75581738;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:12:5:5:6:7:0.583333:3:3:4:1:3:4:4:1 chr15 75798050 . G A 119.77 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0112813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.446;QD=7.98438;RBI=0.0127683;REFB=-0.00823067;REVB=0.00598018;RO=43;SAF=11;SAR=6;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246326;STB=0.514876;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0221052;OID=.;OPOS=75798050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:43:17:17:0.283333:6:11:27:16:6:11:27:16 chr15 75932129 . G C,T 529.95 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,34;DP=37;FAO=2,34;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478695,0.0194377;FXX=0.0270197;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=8.73403,167.956;QD=58.8836;RBI=0.0489818,0.0265202;REFB=0,0;REVB=-0.0103788,0.0180415;RO=0;SAF=1,13;SAR=1,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0219935,0.00258969;OID=.,.;OPOS=75932129,75932129;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:36:0:0:2,34:2,34:0.0555556,0.944444:1,21:1,13:0:0:1,21:1,13:0:0 chr15 75950602 . T C 390.23 PASS AF=0.487805;AO=39;DP=81;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.023258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.513;QD=19.0355;RBI=0.0251444;REFB=-0.0203899;REVB=0.00955539;RO=42;SAF=19;SAR=20;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119262;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0256309;OID=.;OPOS=75950602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:42:42:39:40:0.487805:20:19:21:21:20:20:21:21 chr15 75981934 . C T 512.89 PASS AF=0.315789;AO=68;DP=231;FAO=72;FDP=228;FR=.;FRO=156;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=97;FSRR=59;FWDB=-0.0413316;FXX=0.042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1245;QD=8.99799;RBI=0.0425982;REFB=-0.0151359;REVB=0.0103107;RO=155;SAF=45;SAR=23;SRF=103;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00368497;STB=0.523046;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0201954;OID=.;OPOS=75981934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:228:155:156:68:72:0.315789:23:45:103:52:25:47:97:59 chr15 75982670 . G A 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00531561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.35;QD=5.21647;RBI=0.0062276;REFB=-0.00098287;REVB=0.00324457;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171939;STB=0.614991;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00242995;OID=.;OPOS=75982670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:4:2:10:11:4:2:10:11 chr15 76031200 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.313;QD=47.8223;RBI=0.021558;REFB=0;REVB=-0.00552783;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139334;OID=.;OPOS=76031200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr15 76136768 . C T 2756.11 PASS AF=0.95288;AO=161;DP=193;FAO=182;FDP=191;FR=.;FRO=9;FSAF=66;FSAR=116;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0418011;FXX=0.0103622;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.864;QD=57.7197;RBI=0.0418074;REFB=-0.0250572;REVB=0.000724987;RO=0;SAF=45;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.04343e-08;STB=0.520913;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=5.71523e-05;OID=.;OPOS=76136768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:193:191:0:9:161:182:0.95288:116:45:0:0:116:66:7:2 chr15 76191802 . G A 1268.16 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126155;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.334;QD=61.8615;RBI=0.0128344;REFB=0;REVB=0.00236014;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.68567e-05;OID=.;OPOS=76191802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:46:36:0:0:46:36:0:0 chr15 76225117 . G A 164.04 PASS AF=0.267442;AO=23;DP=86;FAO=23;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0147772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.784;QD=7.62991;RBI=0.0217311;REFB=-0.00302039;REVB=-0.0159335;RO=63;SAF=14;SAR=9;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143044;STB=0.586237;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0059886;OID=.;OPOS=76225117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:63:63:23:23:0.267442:9:14:31:32:9:14:31:32 chr15 76263593 . TA T 38.23 PASS AF=0.253521;AO=27;DP=72;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.259799;FXX=0.013887;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.7859;QD=2.15387;RBI=0.268828;REFB=-0.0823971;REVB=-0.0690866;RO=38;SAF=9;SAR=18;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152115;STB=0.579908;STBP=0.454;TYPE=del;VARB=0.065833;OID=.;OPOS=76263594;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.253521:27:72:18:71:53:6:12:23:30:38:38:9:18:18:20 chr15 76298132 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0062811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7841;QD=50.4132;RBI=0.0133273;REFB=0;REVB=0.0117543;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96876e-05;OID=.;OPOS=76298132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr15 76496977 . G C 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.143;QD=59.8658;RBI=0.0137383;REFB=0;REVB=-0.0114062;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.89234e-06;OID=.;OPOS=76496977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:49:55:0:0:49:55:0:0 chr15 76497328 . T TTTGA 294.27 PASS AF=0.827586;AO=23;DP=30;FAO=24;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0160798;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=4;MLLD=305.343;QD=40.5885;RBI=0.0161836;REFB=-0.0226286;REVB=0.00182947;RO=6;SAF=16;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842529;STB=0.561003;STBP=0.19;TYPE=ins;VARB=0.00791779;OID=.;OPOS=76497329;OREF=-;OALT=TTGA;OMAPALT=TTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.827586:23:30:24:29:5:17:7:2:3:27:6:16:7:3:3 chr15 76630303 . T C 788.46 PASS AF=0.527027;AO=78;DP=150;FAO=78;FDP=148;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.0455137;FXX=0.0198662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.177;QD=21.3097;RBI=0.0455648;REFB=-0.0221708;REVB=-0.00215866;RO=69;SAF=29;SAR=49;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204541;STB=0.615462;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0246232;OID=.;OPOS=76630303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:148:69:70:78:78:0.527027:49:29:42:27:49:29:43:27 chr15 77029096 . G A 131.34 PASS AF=0.305085;AO=17;DP=58;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0161657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.235;QD=8.90446;RBI=0.0315623;REFB=-0.0185573;REVB=-0.0271081;RO=41;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328267;STB=0.536022;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0531292;OID=.;OPOS=77029096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:41:41:17:18:0.305085:10:7:18:23:11:7:18:23 chr15 77404160 . G C 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.00984088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4658;QD=12.9748;RBI=0.0231655;REFB=-0.0319591;REVB=-0.0209714;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28767;STB=0.66642;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0203262;OID=.;OPOS=77404160;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:14:4:6:6:14:4 chr15 77407114 . C G 52.96 PASS AF=0.380952;AO=6;DP=19;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0378549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0436;QD=10.0867;RBI=0.061964;REFB=-0.0229381;REVB=-0.0490566;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603259;STB=0.571254;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0991375;OID=.;OPOS=77407114;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:19:21:13:13:6:8:0.380952:2:4:8:5:4:4:8:5 chr15 77907145 . G A 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0210908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.476;QD=21.9722;RBI=0.0210929;REFB=-0.0492426;REVB=-0.000297094;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387692;STB=0.52172;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0272268;OID=.;OPOS=77907145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:12:11:11:10:12:11:11:10 chr15 77907535 . C G 514.51 PASS AF=0.430769;AO=56;DP=131;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.0221875;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.491;QD=15.831;RBI=0.0279279;REFB=-0.0148948;REVB=-0.0169612;RO=74;SAF=22;SAR=34;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835336;STB=0.546823;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0156813;OID=.;OPOS=77907535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:74:74:56:56:0.430769:34:22:35:39:34:22:35:39 chr15 77907775 . T C 217.2 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00205454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.798;QD=11.2833;RBI=0.0163578;REFB=-0.000897345;REVB=0.0162282;RO=50;SAF=13;SAR=14;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466486;STB=0.527007;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00121722;OID=.;OPOS=77907775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:14:13:22:28:14:13:22:28 chr15 77907784 . G A 262.01 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00466996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.229;QD=12.4766;RBI=0.00925657;REFB=-0.0179405;REVB=0.00799222;RO=52;SAF=12;SAR=19;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836358;STB=0.554818;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0382885;OID=.;OPOS=77907784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:53:31:31:0.369048:19:12:24:28:19:12:25:28 chr15 78207558 . C T 150.31 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.031558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.619;QD=9.85633;RBI=0.0326803;REFB=-0.0084552;REVB=-0.00849075;RO=39;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075894;STB=0.532286;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0162241;OID=.;OPOS=78207558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:39:41:20:20:0.327869:14:6:14:25:14:6:14:27 chr15 78207601 . G A 580.66 PASS AF=0.714286;AO=50;DP=70;FAO=50;FDP=70;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0318972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4626;QD=33.1805;RBI=0.0352511;REFB=-0.0211106;REVB=0.0150069;RO=20;SAF=18;SAR=32;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348478;STB=0.51879;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00562118;OID=.;OPOS=78207601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:20:20:50:50:0.714286:32:18:6:14:32:18:6:14 chr15 78207625 . A G 124.02 PASS AF=0.285714;AO=17;DP=64;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0127096;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9007;QD=7.87411;RBI=0.0288038;REFB=0.00262415;REVB=0.0258481;RO=45;SAF=3;SAR=14;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305482;STB=0.636198;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00981687;OID=.;OPOS=78207625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:45:45:17:18:0.285714:14:3:17:28:14:4:17:28 chr15 78208021 . T C 326.73 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00980043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1023;QD=17.6613;RBI=0.0574062;REFB=-0.0219097;REVB=-0.0565634;RO=38;SAF=19;SAR=16;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589435;STB=0.538741;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0156934;OID=.;OPOS=78208021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:38:39:35:35:0.472973:16:19:23:15:16:19:24:15 chr15 78208236 . A G 43.3 PASS AF=0.119048;AO=9;DP=85;FAO=10;FDP=84;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0227492;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.283;QD=2.06213;RBI=0.0342723;REFB=-0.00768336;REVB=-0.0256333;RO=72;SAF=4;SAR=5;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822936;STB=0.523762;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0583501;OID=.;OPOS=78208236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:85:84:72:74:9:10:0.119048:5:4:37:35:5:5:39:35 chr15 78208833 . C T 332.71 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.000185056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.38;QD=26.6164;RBI=0.00597813;REFB=-0.00258148;REVB=-0.00597527;RO=21;SAF=21;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173114;STB=0.596145;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0023914;OID=.;OPOS=78208833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:8:21:11:10:8:21:11:10 chr15 78208880 . G A 636.06 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0324;QD=57.8235;RBI=0.107706;REFB=-0.193239;REVB=0.105431;RO=2;SAF=24;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375223;STB=0.509799;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.015338;OID=.;OPOS=78208880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:2:1:42:43:0.977273:18:24:2:0:18:25:1:0 chr15 78209374 . C T 132.65 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.00278972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.784;QD=9.14837;RBI=0.02574;REFB=-0.0070908;REVB=0.0255884;RO=40;SAF=11;SAR=7;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112312;STB=0.56632;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.012389;OID=.;OPOS=78209374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:7:11:28:12:7:11:28:12 chr15 78209436 . C G,T 711.82 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=4,48;DP=53;FAO=4,48;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=4,30;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154013,0.0189492;FXX=0.0188644;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=108.503,207.598;QD=54.7551;RBI=0.028133,0.0244415;REFB=0,0;REVB=-0.0235428,0.0154374;RO=0;SAF=4,30;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.73384e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.198445,-0.000125288;OID=.,.;OPOS=78209436,78209436;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:53:52:0:0:4,48:4,48:0.0769231,0.923077:0,18:4,30:0:0:0,18:4,30:0:0 chr15 78211344 . CA CG,TG 156.84 PASS AF=0.642857,0.357143;AO=9,5;DP=14;FAO=9,5;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4,2;FSAR=5,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066989,-0.0132478;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=103.638,99.05;QD=44.8124;RBI=0.00739999,0.0295909;REFB=0,0;REVB=-0.003144,0.0264597;RO=0;SAF=4,2;SAR=5,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0227649,0.0469753;OID=.,.;OPOS=78211345,78211344;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:14:14:0:0:9,5:9,5:0.642857,0.357143:5,3:4,2:0:0:5,3:4,2:0:0 chr15 78211393 . A T 390.77 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0141037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.303;QD=32.5642;RBI=0.0465445;REFB=-0.0445703;REVB=-0.0443562;RO=16;SAF=13;SAR=19;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058511;STB=0.53198;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0382648;OID=.;OPOS=78211393;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:16:32:32:0.666667:19:13:8:8:19:13:8:8 chr15 78211411 . GCCTCCTGCTCTCGGAGCATCT G,GCCTCCTGCTCTCGGATCATCT 96.23 PASS AF=0.166667,0.104167;AO=8,5;DP=51;FAO=8,5;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=4,2;FSAR=4,3;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0526058,-0.0541037;FXX=0.058812;HRUN=2,1;LEN=21,1;MLLD=400.555,257.334;QD=8.01903;RBI=0.0623584,0.0581822;REFB=-0.0155369,-0.0115767;REVB=-0.0334844,-0.0213999;RO=34;SAF=4,2;SAR=4,3;SRF=16;SRR=18;SSEN=0.319864,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0356191,-0.0823773;STB=0.534797,0.550815;STBP=0.878,0.78;TYPE=del,snp;VARB=0.0632971,0.0453737;OID=.,.;OPOS=78211412,78211427;OREF=CCTCCTGCTCTCGGAGCATCT,G;OALT=-,T;OMAPALT=G,GCCTCCTGCTCTCGGATCATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667,0.104167:8,5:51:8,5:48:35:4,2:4,3:16:19:41:34:4,2:4,3:16:18 chr15 78211471 . C T 223.75 PASS AF=0.329412;AO=26;DP=83;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.00846193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.082;QD=10.5293;RBI=0.00970538;REFB=-0.0226792;REVB=0.00475292;RO=57;SAF=12;SAR=14;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552005;STB=0.505878;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0537569;OID=.;OPOS=78211471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:57:57:26:28:0.329412:14:12:29:28:14:14:29:28 chr15 78211598 . C T 304.08 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0130816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.887;QD=19.9397;RBI=0.0167939;REFB=-0.014901;REVB=0.0105312;RO=29;SAF=16;SAR=16;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192576;STB=0.606494;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0136598;OID=.;OPOS=78211598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:16:16:21:8:16:16:21:8 chr15 78233843 . C T 169.15 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00221655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7361;QD=12.0818;RBI=0.0162328;REFB=0.0120499;REVB=0.0160808;RO=35;SAF=10;SAR=11;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133117;STB=0.576916;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.0184032;OID=.;OPOS=78233843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:11:10:21:14:11:10:21:14 chr15 78234455 . T C 35.73 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0294247;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.277;QD=4.20372;RBI=0.0338973;REFB=-0.00955192;REVB=-0.0168289;RO=27;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137604;STB=0.611861;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0281024;OID=.;OPOS=78234455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:35:34:27:28:6:6:0.176471:2:4:15:12:2:4:15:13 chr15 78234461 . G A 60.5 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0106783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.28;QD=6.20506;RBI=0.0284749;REFB=-0.00184157;REVB=0.0263968;RO=30;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135046;STB=0.508651;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00463587;OID=.;OPOS=78234461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:4:5:17:13:4:5:17:13 chr15 78234477 . A G 80.62 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00316392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8274;QD=7.86548;RBI=0.0334024;REFB=-0.00420847;REVB=-0.0332522;RO=27;SAF=6;SAR=5;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554208;STB=0.515667;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00619566;OID=.;OPOS=78234477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:40:41:27:30:11:11:0.268293:5:6:16:11:5:6:17:13 chr15 78276660 . A G 851.14 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00586178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7328;QD=57.7041;RBI=0.00671424;REFB=0;REVB=0.00327422;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11325e-05;OID=.;OPOS=78276660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr15 78386503 . C T 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00457809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.343;QD=12.2131;RBI=0.00877078;REFB=-0.016671;REVB=-0.00748116;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303876;STB=0.67972;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0381479;OID=.;OPOS=78386503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:4:9:9:13:4:9:9:13 chr15 78401696 . G A 170.79 PASS AF=0.310811;AO=22;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0146334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.101;QD=9.23203;RBI=0.0257352;REFB=-0.00589776;REVB=-0.0211699;RO=51;SAF=14;SAR=8;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325067;STB=0.699493;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0107706;OID=.;OPOS=78401696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:51:22:23:0.310811:8:14:18:33:8:15:18:33 chr15 78403004 . A G 1246.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.441;QD=61.535;RBI=0.0837743;REFB=0;REVB=0.0797987;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231115;OID=.;OPOS=78403004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:32:49:0:0:32:49:0:0 chr15 78461278 . T C 648.47 PASS AF=0.537815;AO=62;DP=116;FAO=64;FDP=119;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00583732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.703;QD=21.7974;RBI=0.0506868;REFB=-0.00115391;REVB=0.0503496;RO=54;SAF=30;SAR=32;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293744;STB=0.527054;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00142745;OID=.;OPOS=78461278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:54:55:62:64:0.537815:32:30:28:26:34:30:29:26 chr15 78562942 . GCCCCAG GCCCAG,GCCCAGC 70.1 PASS AF=0.386364,0;AO=13,3;DP=43;FAO=17,0;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11,0;FSAR=6,0;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.143626,-0.178313;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=13.4845,21.868;QD=6.37253;RBI=0.143633,0.183977;REFB=-0.0773263,-0.0289983;REVB=0.00144257,-0.0452986;RO=24;SAF=11,2;SAR=2,1;SRF=7;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.595209,0.391192;STB=0.687287,0.5;STBP=0.058,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.113772,0;OID=.,.;OPOS=78562943,78562946;OREF=C,CAG;OALT=-,AGC;OMAPALT=GCCCAG,GCCCAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386364,0:13,3:43:17,0:44:27:11,0:6,0:9:18:70:24:11,2:2,1:7:17 chr15 78587910 . A G 2994.84 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00737749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.114;QD=63.3828;RBI=0.0217619;REFB=0;REVB=0.0204732;RO=0;SAF=88;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.80658e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40156e-05;OID=.;OPOS=78587910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:189:0:0:188:189:1:100:88:0:0:101:88:0:0 chr15 78758677 . G C 1044.2 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.446;QD=59.6684;RBI=0.0299034;REFB=0;REVB=-0.00112189;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.50899e-05;OID=.;OPOS=78758677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr15 78762874 . A T 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.000571868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5905;QD=5.78755;RBI=0.0236226;REFB=-0.0169886;REVB=0.0236157;RO=23;SAF=6;SAR=1;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323527;STB=0.719261;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0547099;OID=.;OPOS=78762874;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:1:6:15:8:1:6:15:8 chr15 78780104 . T C 1365.91 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.195;QD=62.0869;RBI=0.0204732;REFB=0;REVB=0.0053803;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61955e-05;OID=.;OPOS=78780104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:44:43:0:0:45:43:0:0 chr15 78789488 . C T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0140332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.104;QD=14.6505;RBI=0.0183205;REFB=-0.00750728;REVB=-0.0117775;RO=31;SAF=6;SAR=17;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33789;STB=0.693702;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.01822;OID=.;OPOS=78789488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:17:6:18:13:17:6:18:13 chr15 78789676 . T C 174.04 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.029442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.566;QD=19.3375;RBI=0.0302922;REFB=-0.0148183;REVB=0.00712657;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10071;STB=0.5569;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00918558;OID=.;OPOS=78789676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:10:8:6:12:10:8:6:12 chr15 78873119 . C T 311.92 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.026869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.389;QD=14.1782;RBI=0.0619094;REFB=0.00179042;REVB=-0.0557748;RO=53;SAF=15;SAR=20;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184069;STB=0.604443;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.004367;OID=.;OPOS=78873119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:53:35:35:0.397727:20:15:32:21:20:15:32:21 chr15 78887709 . G GTCTC 596.13 PASS AF=0.526316;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=0.0164153;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=4;MLLD=257.284;QD=20.9168;RBI=0.020789;REFB=-0.0211176;REVB=0.0127562;RO=58;SAF=38;SAR=22;SRF=41;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722634;STB=0.526811;STBP=0.597;TYPE=ins;VARB=0.0177739;OID=.;OPOS=78887710;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=GTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316:60:119:60:114:54:38:22:37:17:99:58:38:22:41:17 chr15 78909452 . T C 65.93 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0232417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.5653;QD=11.9882;RBI=0.0244953;REFB=-0.00962273;REVB=0.00773611;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533258;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0206466;OID=.;OPOS=78909452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:21:22:12:13:9:9:0.409091:6:3:4:8:6:3:5:8 chr15 78917399 . A G 221.8 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0175657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.876;QD=10.1978;RBI=0.0181425;REFB=-0.00593176;REVB=-0.00453854;RO=59;SAF=19;SAR=9;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186632;STB=0.609633;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.010383;OID=.;OPOS=78917399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:59:59:28:28:0.321839:9:19:31:28:9:19:31:28 chr15 78923452 . G A 176.76 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0277631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.714;QD=13.3405;RBI=0.0392522;REFB=-0.00440442;REVB=-0.0277478;RO=31;SAF=7;SAR=14;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289709;STB=0.658076;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0299693;OID=.;OPOS=78923452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:32:21:21:0.396226:14:7:19:12:14:7:19:13 chr15 79054889 . CA TG 117.24 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00819954;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=227.57;QD=12.0242;RBI=0.0234659;REFB=-0.0142963;REVB=-0.0219867;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294039;STB=0.680614;STBP=0.118;TYPE=mnp;VARB=0.0182517;OID=.;OPOS=79054889;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:25:14:14:0.358974:6:8:7:17:6:8:7:18 chr15 79054900 . C G 106.77 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0521957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7196;QD=12.202;RBI=0.0535773;REFB=-0.00235233;REVB=-0.0120887;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352611;STB=0.705592;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00600441;OID=.;OPOS=79054900;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:5:8:6:16:5:8:6:16 chr15 79058013 . C T 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0627594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.663;QD=7.62908;RBI=0.0628294;REFB=-0.00813498;REVB=0.00296376;RO=20;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160363;STB=0.603155;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0180177;OID=.;OPOS=79058013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:7:1:4:16:7:1:4:16 chr15 79058040 . CGGGGGGC CGGGGG,CGGGGGC 55.92 PASS AF=0.48,0;AO=6,4;DP=26;FAO=12,0;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=1,0;FSAR=11,0;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.146714,0.0530315;FXX=0.0384468;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=23.8036,12.8115;QD=8.94707;RBI=0.152868,0.285614;REFB=-0.0925816,-0.0429054;REVB=-0.0429354,-0.280648;RO=12;SAF=0,1;SAR=6,3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0.363636,0.363636;SSSB=-0.792717,-0.510407;STB=0.87927,0.5;STBP=0.002,1;TYPE=del,del;VARB=0.1033,-0.0874835;OID=.,.;OPOS=79058046,79058041;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=CGGGGG,CGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48,0:6,4:26:12,0:25:13:1,0:11,0:9:4:53:12:0,1:6,3:9:3 chr15 79058572 . T G 428.88 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0538782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.525;QD=57.1842;RBI=0.0676588;REFB=0;REVB=0.0409251;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018927;OID=.;OPOS=79058572;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr15 79058923 . G A 550.16 PASS AF=0.866667;AO=39;DP=46;FAO=39;FDP=45;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00820692;FXX=0.0425441;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.8639;QD=48.9031;RBI=0.0511749;REFB=-0.134024;REVB=0.0505125;RO=6;SAF=23;SAR=16;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106382;STB=0.557064;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00459812;OID=.;OPOS=79058923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:46:45:6:6:39:39:0.866667:16:23:1:5:16:23:1:5 chr15 79059013 . G A 497.85 PASS AF=0.482143;AO=52;DP=104;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.0401666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.1749;QD=17.7805;RBI=0.0454341;REFB=-0.0583464;REVB=0.0212344;RO=52;SAF=29;SAR=23;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138499;STB=0.589862;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0631766;OID=.;OPOS=79059013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:112:52:58:52:54:0.482143:23:29:21:31:25:29:21:37 chr15 79066581 . G A 359.19 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0392795;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.221;QD=19.6818;RBI=0.0403406;REFB=-0.0262101;REVB=0.00919188;RO=36;SAF=19;SAR=18;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366296;STB=0.520344;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0190651;OID=.;OPOS=79066581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:36:36:37:37:0.506849:18:19:17:19:18:19:17:19 chr15 79082108 . C T 314.97 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00165811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.323;QD=19.9982;RBI=0.00794034;REFB=-0.0309081;REVB=0.00776529;RO=30;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104641;STB=0.50581;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0255067;OID=.;OPOS=79082108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:18:15:14:16:18:15:14:16 chr15 79083120 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0116771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6675;QD=12.7388;RBI=0.0196008;REFB=0.00236567;REVB=0.0157428;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930819;STB=0.555418;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.000661936;OID=.;OPOS=79083120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:4:6:4:4:4:6 chr15 79089007 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9038;QD=61.3362;RBI=0.0662224;REFB=0;REVB=0.0579974;RO=0;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233131;OID=.;OPOS=79089007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:11:29:0:0:11:29:0:0 chr15 79185877 . A G 180.3 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00991549;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.511;QD=15.3448;RBI=0.0114451;REFB=0.00538813;REVB=-0.00571604;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652559;STB=0.537696;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.0120696;OID=.;OPOS=79185877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:7:12:16:12:7:12:16:12 chr15 79185898 . C A 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00235298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1671;QD=12.4552;RBI=0.00816949;REFB=0.0129982;REVB=-0.0078233;RO=34;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345303;STB=0.519981;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.0222553;OID=.;OPOS=79185898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:8:13:20:14:8:13:20:14 chr15 79189580 . C CTT,T 483.75 PASS AF=0.875,0.125;AO=21,11;DP=46;FAO=28,4;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19,3;FSAR=9,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.114632,-0.00531081;FXX=0.288825;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=30.2958,241.624;QD=60.4687;RBI=0.126288,0.00581897;REFB=0,0;REVB=-0.0529928,-0.00237817;RO=11;SAF=13,10;SAR=8,1;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.105197,0.5401;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0181945,0.01509;OID=.,.;OPOS=79189581,79189580;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:46:32:11:0:21,11:28,4:0.875,0.125:8,1:13,10:5:6:9,1:19,3:0:0 chr15 79189583 . C T 38.81 PASS AF=0.229167;AO=7;DP=47;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.00185556;FXX=0.058812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.759;QD=3.23454;RBI=0.014167;REFB=-0.00622974;REVB=0.014045;RO=40;SAF=5;SAR=2;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882849;STB=0.686045;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0524312;OID=.;OPOS=79189583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:47:48:40:37:7:11:0.229167:2:5:26:14:6:5:26:11 chr15 79189585 . T C 31.82 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0128933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.027;QD=2.49546;RBI=0.0155634;REFB=-5.79242e-05;REVB=-0.00871684;RO=45;SAF=4;SAR=2;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826572;STB=0.563164;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.000528492;OID=.;OPOS=79189585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:45:45:6:6:0.117647:2:4:27:18:2:4:27:18 chr15 79191209 . C T 249.54 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0134168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.233;QD=14.2594;RBI=0.0143652;REFB=-0.00698183;REVB=-0.00513323;RO=40;SAF=18;SAR=11;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00467843;STB=0.506773;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.010633;OID=.;OPOS=79191209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:41:29:29:0.414286:11:18:25:15:11:18:25:16 chr15 79217690 . G C 499.59 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0177983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9643;QD=54.0097;RBI=0.0293195;REFB=-0.0242176;REVB=0.0232992;RO=2;SAF=17;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518991;STB=0.527762;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00165551;OID=.;OPOS=79217690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:18:17:2:0:18:17:2:0 chr15 79224747 . C T 385.24 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00803557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.011;QD=23.3478;RBI=0.0203;REFB=-0.0100472;REVB=-0.0186419;RO=27;SAF=28;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219101;STB=0.630557;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0118462;OID=.;OPOS=79224747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:28:38:38:0.575758:10:28:13:14:10:28:13:15 chr15 79231518 . A G 529.54 PASS AF=0.569767;AO=47;DP=84;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00183084;FXX=0.0114929;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.876;QD=24.6298;RBI=0.0133889;REFB=-0.0121981;REVB=-0.0132631;RO=37;SAF=18;SAR=29;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107553;STB=0.565276;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0138557;OID=.;OPOS=79231518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:37:37:47:49:0.569767:29:18:19:18:31:18:19:18 chr15 79231526 . A AG 251.83 PASS AF=0.482759;AO=24;DP=76;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00268977;FXX=0.0937354;HRUN=0;LEN=1;MLLD=238.866;QD=17.3678;RBI=0.00281516;REFB=-0.00415314;REVB=-0.000830821;RO=49;SAF=7;SAR=17;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172491;STB=0.505344;STBP=0.955;TYPE=ins;VARB=0.00464314;OID=.;OPOS=79231527;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759:24:76:28:58:30:10:18:11:19:99:49:7:17:21:28 chr15 79277247 . A C 2363.1 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228385;FXX=0.0189861;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.413;QD=60.9831;RBI=0.0229597;REFB=0;REVB=-0.00235593;RO=0;SAF=91;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25269e-05;OID=.;OPOS=79277247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:155:0:0:152:155:1:61:91:0:0:61:94:0:0 chr15 79296172 . G A 359.64 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0158348;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.84;QD=22.4775;RBI=0.0187136;REFB=-0.0477199;REVB=-0.00997283;RO=28;SAF=19;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785736;STB=0.543303;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0365715;OID=.;OPOS=79296172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:17:19:12:16:17:19:12:16 chr15 79298523 . G A 540.97 PASS AF=0.528846;AO=54;DP=103;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00589131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.274;QD=20.8064;RBI=0.0243045;REFB=-0.00632731;REVB=0.0235797;RO=49;SAF=32;SAR=22;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125071;STB=0.571958;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00632423;OID=.;OPOS=79298523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:49:49:54:55:0.528846:22:32:22:27:22:33:22:27 chr15 79586361 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.951;QD=49.5992;RBI=0.0351088;REFB=0;REVB=0.0228558;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106979;OID=.;OPOS=79586361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr15 79588710 . C T 273.97 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0292283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.726;QD=15.2205;RBI=0.057725;REFB=-0.0302954;REVB=-0.0497783;RO=34;SAF=18;SAR=13;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153138;STB=0.517103;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0317936;OID=.;OPOS=79588710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:72:34:41:31:31:0.430556:13:18:25:9:13:18:25:16 chr15 79589174 . C G 375.61 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.446;QD=55.6461;RBI=0.0545151;REFB=0;REVB=0.0474214;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32859e-05;OID=.;OPOS=79589174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr15 79590208 . A G 502.65 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.078;QD=59.1351;RBI=0.0463335;REFB=0;REVB=0.038404;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380365;OID=.;OPOS=79590208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:32:34:1:13:19:0:0:13:21:0:0 chr15 79606137 . G A 1098.6 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.882;QD=60.197;RBI=0.0301284;REFB=0;REVB=0.0293289;RO=0;SAF=48;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96552e-05;OID=.;OPOS=79606137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:24:48:0:0:24:49:0:0 chr15 79614418 . A G 1804.16 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.556;QD=61.158;RBI=0.00839237;REFB=0;REVB=-0.00451515;RO=0;SAF=68;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93901e-06;OID=.;OPOS=79614418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:50:68:0:0:50:68:0:0 chr15 79675301 . T C 260.21 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00622513;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.2921;QD=16.5214;RBI=0.0479255;REFB=0.027273;REVB=-0.0475194;RO=34;SAF=13;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105776;STB=0.559522;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.028288;OID=.;OPOS=79675301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:16:13:19:15:16:13:19:15 chr15 79750127 . A G 209.36 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.000326021;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.231;QD=17.447;RBI=0.0218633;REFB=-0.00608401;REVB=0.0218609;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105357;STB=0.559944;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0109141;OID=.;OPOS=79750127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:10:11:17:10:10:11:17:10 chr15 79750307 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.925;QD=59.839;RBI=0.0169527;REFB=0;REVB=-0.00796618;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44653e-05;OID=.;OPOS=79750307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr15 79750576 . T C 70.26 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0215815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5258;QD=6.69131;RBI=0.0226646;REFB=-0.00364282;REVB=0.0069225;RO=31;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996032;STB=0.545366;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00317163;OID=.;OPOS=79750576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:42:31:32:10:10:0.238095:6:4:10:21:6:4:11:21 chr15 79762525 . A C 408.21 PASS AF=0.4375;AO=22;DP=98;FAO=42;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00386001;FXX=0.0204061;HRUN=7;LEN=1;MLLD=95.544;QD=17.0088;RBI=0.0130638;REFB=-0.0350941;REVB=0.0124805;RO=37;SAF=15;SAR=7;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220124;STB=0.591465;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0162807;OID=.;OPOS=79762525;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:37:52:22:42:0.4375:7:15:18:19:13:29:28:24 chr15 79764044 . TTTGTTGTTGTTGTT TTTGTTGTTGTTG,TTTGTTGTTGTTGT,TTTGTTGTTGTT,TTTGTTGTTTGTTGT 330.03 PASS AF=0.0153846,0.569231,0.415385,0;AO=9,12,10,3;DP=71;FAO=1,37,27,0;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28,21,0;FSAR=1,9,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210994,-0.0338395,-0.00675848,-0.0931261;FXX=0.0714184;HRUN=11,11,1,1;LEN=2,1,3,5;MLLD=5.8089,2.72811,170.512,16.0335;QD=20.3097;RBI=0.183822,0.373843,0.0324581,0.172941;REFB=0.175028,0.157409,0.0279367,0.0890679;REVB=0.182607,0.372308,0.0317467,0.145726;RO=8;SAF=9,10,9,3;SAR=0,2,1,0;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.79478,0.313723,0.461553,0.660908;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,mnp;VARB=-0.122553,-0.05209,-0.000131372,0.106174;OID=.,.,.,.;OPOS=79764057,79764057,79764045,79764053;OREF=TT,T,TTG,GTTGT;OALT=-,-,-,TGTTG;OMAPALT=TTTGTTGTTGTTG,TTTGTTGTTGTTGT,TTTGTTGTTGTT,TTTGTTGTTTGTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0153846,0.569231,0.415385,0:9,12,10,3:71:1,37,27,0:65:0:0,28,21,0:1,9,6,0:0:0:99:8:9,10,9,3:0,2,1,0:4:4 chr15 80191343 . G A 325.84 PASS AF=0.347458;AO=41;DP=117;FAO=41;FDP=118;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.00154777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.457;QD=11.0455;RBI=0.0190128;REFB=0.00221023;REVB=-0.0189497;RO=76;SAF=21;SAR=20;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286471;STB=0.520651;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.00356069;OID=.;OPOS=80191343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:76:77:41:41:0.347458:20:21:37:39:20:21:37:40 chr15 80215300 . T C 175.6 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00282745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.861;QD=13.7724;RBI=0.0125742;REFB=-0.0037403;REVB=-0.0122522;RO=30;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512183;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00785363;OID=.;OPOS=80215300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:30:31:20:20:0.392157:12:8:12:18:12:8:13:18 chr15 80215597 . G T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.901;QD=23.2182;RBI=0.0155616;REFB=-0.0259259;REVB=0;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233497;OID=.;OPOS=80215597;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:0:5:1:0:0:5:1:0 chr15 80216015 . C A 591.43 PASS AF=0.602273;AO=53;DP=88;FAO=53;FDP=88;FR=.;FRO=35;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0108305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5812;QD=26.8831;RBI=0.022011;REFB=-0.0362292;REVB=-0.0191621;RO=35;SAF=37;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148299;STB=0.58112;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0224932;OID=.;OPOS=80216015;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:35:35:53:53:0.602273:16:37:18:17:16:37:18:17 chr15 80216325 . A G 191.56 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0354604;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6694;QD=22.5365;RBI=0.0703004;REFB=0.0167331;REVB=-0.0607018;RO=16;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136709;STB=0.520483;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.0127101;OID=.;OPOS=80216325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:16:15:19:19:0.558824:8:11:9:7:8:11:8:7 chr15 80216532 . A T 311.0 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.0121572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.775;QD=13.9777;RBI=0.0181339;REFB=-0.00147763;REVB=0.0134551;RO=52;SAF=7;SAR=28;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131149;STB=0.596213;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00282776;OID=.;OPOS=80216532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:54:35:35:0.393258:28:7:15:37:28:7:17:37 chr15 80217100 . A G 621.78 PASS AF=0.416667;AO=70;DP=168;FAO=70;FDP=168;FR=.;FRO=98;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=-0.00326153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0733;QD=14.8042;RBI=0.010462;REFB=-0.0131234;REVB=0.00994066;RO=96;SAF=38;SAR=32;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108569;STB=0.566377;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0161206;OID=.;OPOS=80217100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:96:98:70:70:0.416667:32:38:42:54:32:38:42:56 chr15 80259964 . C T 245.78 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.00554061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3239;QD=11.1716;RBI=0.0706147;REFB=0.00676596;REVB=-0.070397;RO=57;SAF=22;SAR=8;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236608;STB=0.644789;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0139359;OID=.;OPOS=80259964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:58:30:30:0.340909:8:22:31:26:8:22:31:27 chr15 80260014 . T C 270.88 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0395726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4218;QD=12.1746;RBI=0.0459961;REFB=-0.00825826;REVB=0.0234446;RO=57;SAF=22;SAR=10;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209316;STB=0.621021;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0132576;OID=.;OPOS=80260014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:57:32:32:0.359551:10:22:29:28:10:22:29:28 chr15 80263217 . C T 236.43 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0341974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7526;QD=11.2587;RBI=0.0347336;REFB=-0.00765543;REVB=-0.00608;RO=55;SAF=19;SAR=10;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884744;STB=0.551415;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0145639;OID=.;OPOS=80263217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:10:19:32:23:10:19:32:23 chr15 80263345 . A C 259.77 PASS AF=0.517857;AO=26;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0294385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.639;QD=18.5552;RBI=0.0315851;REFB=0.0107809;REVB=0.0114451;RO=24;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068799;STB=0.533227;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.0112348;OID=.;OPOS=80263345;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:27:26:29:0.517857:12:14:11:13:12:17:14:13 chr15 80263406 . C T 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0256227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9174;QD=25.3157;RBI=0.0275121;REFB=-0.020767;REVB=0.0100195;RO=13;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113643;STB=0.506323;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0128816;OID=.;OPOS=80263406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:8:12:8:5:8:12:8:5 chr15 80454707 . G A 591.82 PASS AF=0.521739;AO=57;DP=112;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=0.0356398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.392;QD=20.5852;RBI=0.035699;REFB=-0.0134024;REVB=0.00205519;RO=53;SAF=30;SAR=27;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135527;STB=0.568989;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0281596;OID=.;OPOS=80454707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:115:53:55:57:60:0.521739:27:30:36:17:27:33:38:17 chr15 80873642 . C G 311.84 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0626362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.412;QD=16.6312;RBI=0.063146;REFB=-0.0132415;REVB=0.00800791;RO=39;SAF=17;SAR=17;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856015;STB=0.546639;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0181324;OID=.;OPOS=80873642;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:41:34:34:0.453333:17:17:16:23:17:17:17:24 chr15 80889548 . G A 210.1 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00864618;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.864;QD=13.7768;RBI=0.0236597;REFB=-0.0124981;REVB=-0.0220233;RO=36;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540223;STB=0.530807;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0116755;OID=.;OPOS=80889548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:14:11:14:22:14:11:14:22 chr15 80890101 . T C 507.92 PASS AF=0.38961;AO=58;DP=154;FAO=60;FDP=154;FR=.;FRO=94;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=0.0281509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5406;QD=13.1928;RBI=0.0398816;REFB=-0.0196845;REVB=0.02825;RO=96;SAF=30;SAR=28;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00395184;STB=0.519474;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0311648;OID=.;OPOS=80890101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:96:94:58:60:0.38961:28:30:50:46:30:30:50:44 chr15 81047404 . T C 539.67 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0307852;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2192;QD=21.8049;RBI=0.0548726;REFB=0.00702311;REVB=0.0454233;RO=48;SAF=27;SAR=24;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623903;STB=0.534428;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.0106108;OID=.;OPOS=81047404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:48:51:51:0.515152:24:27:22:26:24:27:22:26 chr15 81047829 . C A 455.71 PASS AF=0.5;AO=44;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0153812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.113;QD=20.2536;RBI=0.015453;REFB=-0.00211921;REVB=-0.00148745;RO=45;SAF=19;SAR=25;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116945;STB=0.511341;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00186746;OID=.;OPOS=81047829;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:44:45:0.5:25:19:20:25:26:19:20:25 chr15 81172124 . C T 211.76 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00461714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.346;QD=10.0838;RBI=0.0771654;REFB=-0.000907823;REVB=-0.0770271;RO=57;SAF=16;SAR=11;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780665;STB=0.545747;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0010073;OID=.;OPOS=81172124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:57:57:27:27:0.321429:11:16:30:27:11:16:30:27 chr15 81212608 . G A 771.97 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00392867;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.7;QD=50.6209;RBI=0.00579371;REFB=-0.119409;REVB=-0.00425825;RO=4;SAF=30;SAR=27;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058836;STB=0.531239;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.000931382;OID=.;OPOS=81212608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:61:61:4:4:57:57:0.934426:27:30:4:0:27:30:4:0 chr15 81230255 . G A 197.79 PASS AF=0.247934;AO=30;DP=121;FAO=30;FDP=121;FR=.;FRO=91;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=0.015971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.238;QD=6.53849;RBI=0.0453936;REFB=-0.00601817;REVB=0.0424912;RO=91;SAF=16;SAR=14;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754622;STB=0.545624;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0195011;OID=.;OPOS=81230255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:91:91:30:30:0.247934:14:16:43:48:14:16:43:48 chr15 81295872 . C T 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0120147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0317;QD=9.85696;RBI=0.0141788;REFB=-0.0184984;REVB=-0.00752895;RO=41;SAF=11;SAR=9;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126652;STB=0.507455;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0380755;OID=.;OPOS=81295872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:9:11:23:18:9:11:23:18 chr15 81440818 . C T 409.13 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0164326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.203;QD=17.9839;RBI=0.0195081;REFB=-0.0158488;REVB=0.0105137;RO=49;SAF=7;SAR=35;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334206;STB=0.689552;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0118803;OID=.;OPOS=81440818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:35:7:21:28:35:7:21:28 chr15 81582868 . G A 312.51 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.00905077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.667;QD=12.1364;RBI=0.0131634;REFB=-0.0194712;REVB=-0.00955814;RO=65;SAF=14;SAR=24;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721207;STB=0.541331;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0311709;OID=.;OPOS=81582868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:65:65:38:38:0.368932:24:14:28:37:24:14:28:37 chr15 81600995 . A G 276.15 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0183758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.647;QD=15.7797;RBI=0.018421;REFB=0.00510735;REVB=-0.00128939;RO=39;SAF=12;SAR=19;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568597;STB=0.531999;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00586703;OID=.;OPOS=81600995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:19:12:13:26:19:12:13:26 chr15 81624768 . C T 729.74 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.686;QD=62.1056;RBI=0.0155912;REFB=0;REVB=0.0100629;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786525;OID=.;OPOS=81624768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:19:25:0:0:21:26:0:0 chr15 81625385 . C T 785.13 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.056;QD=57.1001;RBI=0.0294325;REFB=0;REVB=0.0182583;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212255;OID=.;OPOS=81625385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr15 81633741 . G A 283.04 PASS AF=0.272727;AO=39;DP=143;FAO=39;FDP=143;FR=.;FRO=104;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=58;FSRR=46;FWDB=-0.00981208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0601;QD=7.91722;RBI=0.0291992;REFB=-0.00454976;REVB=-0.0275012;RO=104;SAF=28;SAR=11;SRF=58;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213564;STB=0.627783;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00565126;OID=.;OPOS=81633741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:104:104:39:39:0.272727:11:28:58:46:11:28:58:46 chr15 81636267 . C T 785.3 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.207;QD=57.1126;RBI=0.0330347;REFB=0;REVB=0.0127103;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87966e-05;OID=.;OPOS=81636267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:27:27:0:0:27:28:0:0 chr15 81637284 . G A 3572.57 PASS AF=1;AO=227;DP=227;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00302021;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.656;QD=62.9528;RBI=0.00869672;REFB=0;REVB=0.00815545;RO=0;SAF=127;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57975e-06;OID=.;OPOS=81637284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:227:227:0:0:227:227:1:100:127:0:0:100:127:0:0 chr15 82336886 . G T 258.49 PASS AF=0.198238;AO=45;DP=228;FAO=45;FDP=227;FR=.;FRO=182;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=87;FSRR=95;FWDB=0.00604287;FXX=0.00438577;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.116;QD=4.55493;RBI=0.0526553;REFB=-0.00162706;REVB=-0.0523074;RO=182;SAF=34;SAR=11;SRF=87;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366989;STB=0.730188;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00552791;OID=.;OPOS=82336886;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:182:182:45:45:0.198238:11:34:87:95:11:34:87:95 chr15 82443939 . G A 204.21 PASS AF=0.390625;AO=24;DP=63;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0126825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.006;QD=12.763;RBI=0.0310128;REFB=-0.0170097;REVB=0.028301;RO=38;SAF=16;SAR=8;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289634;STB=0.639888;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0235597;OID=.;OPOS=82443939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:38:39:24:25:0.390625:8:16:15:23:9:16:16:23 chr15 82444437 . A G 1671.89 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313688;FXX=0.0350846;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.935;QD=60.7961;RBI=0.0315133;REFB=0;REVB=-0.00301454;RO=0;SAF=59;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380311;OID=.;OPOS=82444437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:51:59:0:0:51:59:0:0 chr15 82444663 . T C 280.25 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0149978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.267;QD=16.7316;RBI=0.0150354;REFB=-0.0103543;REVB=-0.00106299;RO=36;SAF=13;SAR=17;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010932;STB=0.503889;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0140356;OID=.;OPOS=82444663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:36:36:30:31:0.462687:17:13:16:20:17:14:16:20 chr15 82456227 . T C 749.9 PASS AF=0.529412;AO=72;DP=137;FAO=72;FDP=136;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0214345;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2439;QD=22.0558;RBI=0.0259659;REFB=0.00576014;REVB=0.0146556;RO=63;SAF=38;SAR=34;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646771;STB=0.531241;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00659363;OID=.;OPOS=82456227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:63:64:72:72:0.529412:34:38:38:25:34:38:38:26 chr15 82512429 . C G 920.0 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0008213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5196;QD=58.4127;RBI=0.0325239;REFB=0;REVB=0.0325136;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178548;OID=.;OPOS=82512429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr15 82558034 . G C 341.87 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00293225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.518;QD=15.9007;RBI=0.00302513;REFB=-0.00405295;REVB=-0.000743833;RO=48;SAF=20;SAR=17;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198536;STB=0.505686;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00545912;OID=.;OPOS=82558034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:49:37:37:0.430233:17:20:25:23:17:20:26:23 chr15 82637061 . C T 173.24 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.125135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.814;QD=36.4712;RBI=0.126093;REFB=-0.0244306;REVB=0.0155166;RO=3;SAF=11;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112355;STB=0.561964;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00983975;OID=.;OPOS=82637061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:5:11:1:2:5:11:1:2 chr15 82637078 . C CT 137.29 PASS AF=0.875;AO=2;DP=18;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0750319;FXX=0.111049;HRUN=0;LEN=1;MLLD=150.932;QD=34.3221;RBI=0.0815678;REFB=0.0416309;REVB=-0.0319926;RO=16;SAF=2;SAR=0;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488772;STB=0.666388;STBP=0.025;TYPE=ins;VARB=-0.0289971;OID=.;OPOS=82637079;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:2:18:14:16:2:12:2:0:2:11:16:2:0:10:6 chr15 82637079 . C T 124.98 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0822914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.345;QD=27.7727;RBI=0.0822973;REFB=-0.0775077;REVB=0.000984402;RO=4;SAF=9;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910764;STB=0.529366;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.013979;OID=.;OPOS=82637079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:18:18:4:5:13:13:0.722222:4:9:2:2:4:9:3:2 chr15 83215251 . T C 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0319117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.556;QD=17.5418;RBI=0.0325961;REFB=-0.00942125;REVB=0.00664438;RO=16;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178367;STB=0.510191;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00886083;OID=.;OPOS=83215251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:12:3:3:13:12:3:3:13 chr15 83224696 . C T 1527.34 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00414463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.972;QD=59.3141;RBI=0.0153849;REFB=0;REVB=0.0148161;RO=1;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921259;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10049e-05;OID=.;OPOS=83224696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:103:1:0:102:103:1:51:51:0:1:52:51:0:0 chr15 83297138 . C T 304.07 PASS AF=0.419753;AO=32;DP=79;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=3.21246e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.255;QD=15.0156;RBI=0.0158387;REFB=-0.0263319;REVB=0.0158387;RO=47;SAF=20;SAR=12;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166542;STB=0.570134;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0352724;OID=.;OPOS=83297138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:47:47:32:34:0.419753:12:20:22:25:14:20:22:25 chr15 83428193 . G A 291.41 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00267592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.485;QD=14.3904;RBI=0.0229883;REFB=-0.00400468;REVB=-0.022832;RO=48;SAF=11;SAR=22;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283576;STB=0.661059;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00845732;OID=.;OPOS=83428193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:22:11:29:19:22:11:29:19 chr15 83447631 . T G 508.58 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=122;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.00291123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.277;QD=16.6746;RBI=0.00316522;REFB=-0.0074905;REVB=0.00124232;RO=66;SAF=22;SAR=33;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698675;STB=0.543608;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00965694;OID=.;OPOS=83447631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:67:55:55:0.45082:33:22:31:35:33:22:32:35 chr15 83499665 . G A 76.39 PASS AF=0.75;AO=8;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0356581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.92;QD=25.4637;RBI=0.0587541;REFB=-0.131084;REVB=0.0466963;RO=2;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459355;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0484397;OID=.;OPOS=83499665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:2:3:8:9:0.75:5:3:1:1:6:3:1:2 chr15 83499766 . G A 280.94 PASS AF=0.339623;AO=36;DP=106;FAO=36;FDP=106;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.00382051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.823;QD=10.6013;RBI=0.00495606;REFB=0.000324811;REVB=0.00315693;RO=70;SAF=23;SAR=13;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811145;STB=0.546987;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.000454989;OID=.;OPOS=83499766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:70:70:36:36:0.339623:13:23:40:30:13:23:40:30 chr15 83680287 . A G 504.13 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0124967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.347;QD=17.5349;RBI=0.0165581;REFB=-0.0374012;REVB=-0.0108629;RO=58;SAF=32;SAR=22;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166933;STB=0.588354;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0301362;OID=.;OPOS=83680287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:115:58:61:54:54:0.469565:22:32:24:34:22:32:26:35 chr15 84488636 . A G 1733.02 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277796;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.604;QD=60.8076;RBI=0.0307673;REFB=0;REVB=-0.0132258;RO=0;SAF=51;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614118;OID=.;OPOS=84488636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:114:0:0:112:114:1:61:51:0:0:62:52:0:0 chr15 84493651 . T C 2299.35 PASS AF=0.98;AO=146;DP=149;FAO=147;FDP=150;FR=.;FRO=3;FSAF=81;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0591712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1382;QD=61.3159;RBI=0.0641336;REFB=-0.012939;REVB=-0.0247364;RO=2;SAF=80;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141913;STB=0.504395;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00200668;OID=.;OPOS=84493651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:149:150:2:3:146:147:0.98:66:80:0:2:66:81:1:2 chr15 84539619 . C G 1551.83 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233217;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3042;QD=63.3398;RBI=0.03524;REFB=0;REVB=0.0264189;RO=0;SAF=67;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150347;OID=.;OPOS=84539619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:97:98:1:30:67:0:0:31:67:0:0 chr15 84581889 . G A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0378482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.665;QD=16.1062;RBI=0.0382621;REFB=-0.0131082;REVB=-0.00561234;RO=22;SAF=14;SAR=3;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143153;STB=0.583226;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.020478;OID=.;OPOS=84581889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:3:14:16:6:3:14:16:6 chr15 84581904 . T C 650.86 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8639;QD=61.9864;RBI=0.0999103;REFB=0;REVB=0.0991205;RO=0;SAF=32;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000855821;OID=.;OPOS=84581904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:10:32:0:0:10:32:0:0 chr15 84582124 . G T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.006712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.657;QD=60.9777;RBI=0.0566697;REFB=0;REVB=0.0562709;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202741;OID=.;OPOS=84582124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr15 84639350 . C T 522.38 PASS AF=0.486726;AO=54;DP=114;FAO=55;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0342751;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.874;QD=18.4914;RBI=0.0345563;REFB=-0.0052043;REVB=0.00439908;RO=41;SAF=15;SAR=39;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338758;STB=0.593873;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00664133;OID=.;OPOS=84639350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:41:57:54:55:0.486726:39:15:10:31:39:16:26:31 chr15 84651185 . C A 329.63 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0182933;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.425;QD=20.9288;RBI=0.0259264;REFB=-0.00157478;REVB=0.0183721;RO=28;SAF=14;SAR=20;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438448;STB=0.517231;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00209261;OID=.;OPOS=84651185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:29:34:34:0.539683:20:14:13:15:20:14:13:16 chr15 84651290 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0806456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.216;QD=55.6554;RBI=0.0858902;REFB=0;REVB=0.0295538;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148098;OID=.;OPOS=84651290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr15 84909385 . G A 169.46 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0311397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6766;QD=33.891;RBI=0.0356381;REFB=-0.0290041;REVB=0.0173319;RO=3;SAF=13;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652868;STB=0.519974;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00992758;OID=.;OPOS=84909385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:3:4:16:16:0.8:3:13:2:1:3:13:3:1 chr15 85147178 . C T 218.76 PASS AF=0.301075;AO=27;DP=92;FAO=28;FDP=93;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0213511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.038;QD=9.40882;RBI=0.0215822;REFB=-0.0145233;REVB=0.00314987;RO=63;SAF=9;SAR=18;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212476;STB=0.644725;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0329159;OID=.;OPOS=85147178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:63:65:27:28:0.301075:18:9:32:31:19:9:34:31 chr15 85147389 . C T 109.85 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0234744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.764;QD=7.32354;RBI=0.0258251;REFB=-0.00241293;REVB=0.010765;RO=44;SAF=5;SAR=11;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126366;STB=0.577525;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00497973;OID=.;OPOS=85147389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:44:44:16:16:0.266667:11:5:18:26:11:5:18:26 chr15 85149771 . G T 938.73 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0267815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0929;QD=55.2195;RBI=0.0553015;REFB=-0.10701;REVB=0.0483839;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.506492;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00485303;OID=.;OPOS=85149771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:67:68:0:1:65:67:0.985294:27:38:0:0:29:38:1:0 chr15 85163998 . G C 892.4 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00299433;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.865;QD=57.5741;RBI=0.0316916;REFB=0;REVB=0.0315498;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103224;OID=.;OPOS=85163998;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:34:25:0:0:36:26:0:0 chr15 85188994 . T C 791.22 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1236;QD=56.5155;RBI=0.0379522;REFB=0;REVB=0.018739;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000817918;OID=.;OPOS=85188994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:54:56:1:28:26:0:0:28:28:0:0 chr15 85198362 . G T 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.162;QD=59.8394;RBI=0.0307245;REFB=0;REVB=0.00999451;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1601e-05;OID=.;OPOS=85198362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr15 85198599 . T C 308.34 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.0199643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.077;QD=15.8123;RBI=0.022891;REFB=0.00329673;REVB=0.0111994;RO=44;SAF=13;SAR=21;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31442;STB=0.676328;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00862766;OID=.;OPOS=85198599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:21:13:31:13:21:13:31:13 chr15 85327228 . GCCCCCA GCCCC,GCCCCA 54.7 PASS AF=0,0.389831;AO=12,17;DP=64;FAO=0,23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=0,17;FSAR=0,6;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0499391,-0.0618986;FXX=0.0483793;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=129.86,10.3773;QD=3.70854;RBI=0.0503165,0.0862629;REFB=-0.00677033,-0.142618;REVB=-0.0061508,-0.060082;RO=30;SAF=8,12;SAR=4,5;SRF=7;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.47547,0.484542;STB=0.5,0.770314;STBP=1,0.002;TYPE=del,del;VARB=0,0.149049;OID=.,.;OPOS=85327233,85327229;OREF=CA,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.389831:12,17:64:0,23:59:36:0,17:0,6:10:26:55:30:8,12:4,5:7:23 chr15 85333953 . A G 1564.06 PASS AF=0.972727;AO=107;DP=110;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0126602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.157;QD=56.875;RBI=0.0160337;REFB=-0.108529;REVB=0.00983868;RO=3;SAF=56;SAR=51;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00743283;STB=0.503918;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.000990577;OID=.;OPOS=85333953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:110:110:3:3:107:107:0.972727:51:56:2:1:51:56:2:1 chr15 85333957 . C T 527.16 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00481178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.877;QD=19.1696;RBI=0.0116236;REFB=0.00175907;REVB=-0.0105809;RO=55;SAF=29;SAR=26;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00181242;OID=.;OPOS=85333957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:55:55:55:0.5:26:29:29:26:26:29:29:26 chr15 85341859 . G A 976.61 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0617904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.298;QD=57.4474;RBI=0.0655177;REFB=-0.0464122;REVB=0.0217836;RO=1;SAF=43;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010861;STB=0.505616;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000868545;OID=.;OPOS=85341859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:68:1:1:65:67:0.985294:22:43:1:0:23:44:1:0 chr15 85360101 . T C 1607.02 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.678;QD=60.0754;RBI=0.0423399;REFB=0;REVB=0.0198997;RO=0;SAF=52;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138337;OID=.;OPOS=85360101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:55:52:0:0:55:52:0:0 chr15 85383839 . G A 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024328;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.355;QD=61.5359;RBI=0.0270606;REFB=0;REVB=0.01185;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16555e-05;OID=.;OPOS=85383839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr15 85401259 . C T 1521.66 PASS AF=0.981308;AO=104;DP=108;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0411925;FXX=0.0092584;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.8749;QD=56.8844;RBI=0.0521707;REFB=-0.0618005;REVB=0.0320149;RO=3;SAF=38;SAR=66;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00183837;STB=0.507461;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00108233;OID=.;OPOS=85401259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:107:3:2:104:105:0.981308:66:38:1:2:66:39:0:2 chr15 85401419 . T C 1607.02 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.954;QD=60.0756;RBI=0.0498534;REFB=0;REVB=0.0164437;RO=0;SAF=54;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.09902e-05;OID=.;OPOS=85401419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:53:54:0:0:53:54:0:0 chr15 85402610 . G A 333.91 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.00235849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7688;QD=14.2091;RBI=0.0303249;REFB=0.00255128;REVB=0.030233;RO=57;SAF=16;SAR=21;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818301;STB=0.546533;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.00373318;OID=.;OPOS=85402610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:57:37:37:0.393617:21:16:29:28:21:16:29:28 chr15 85403135 . G C,GC 52.0 PASS AF=0.0238095,0.214286;AO=3,6;DP=43;FAO=1,9;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=0,1;FSAR=1,8;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.102473,-0.0896912;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=49.5854,37.5809;QD=4.95266;RBI=0.103494,0.0898979;REFB=0.00808864,-0.004046;REVB=-0.0145015,-0.00609266;RO=33;SAF=0,1;SAR=3,5;SRF=20;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.582085,-0.503848;STB=0.991641,0.883109;STBP=0.253,0.022;TYPE=snp,ins;VARB=0.140239,0.0219612;OID=.,.;OPOS=85403135,85403136;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:43:42:33:32:3,6:1,9:0.0238095,0.214286:3,5:0,1:20:13:1,8:0,1:19:13 chr15 85405994 . CT CC,C 721.27 PASS AF=0.569444,0.375;AO=40,19;DP=75;FAO=41,27;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=21,25;FSAR=20,2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0732788,0.0369006;FXX=0.0399947;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=29.9178,18.0366;QD=40.0706;RBI=0.130917,0.0461976;REFB=-0.129026,-0.189833;REVB=0.108487,-0.027795;RO=7;SAF=21,18;SAR=19,1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0.59901;SSSB=0.0267891,0.544228;STB=0.523282,0.706019;STBP=0.386,0.003;TYPE=snp,del;VARB=-0.0352355,0.182486;OID=.,.;OPOS=85405995,85405995;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.569444,0.375:40,19:75:41,27:72:4:21,25:20,2:1:3:99:7:21,18:19,1:3:4 chr15 85411941 . A G 964.54 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0339543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1485;QD=55.9152;RBI=0.0611607;REFB=-0.144576;REVB=-0.0508698;RO=2;SAF=29;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314754;STB=0.516662;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00548313;OID=.;OPOS=85411941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:67:67:0.971014:38:29:2:0:38:29:2:0 chr15 85447431 . G A 681.28 PASS AF=0.485714;AO=68;DP=142;FAO=68;FDP=140;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0040151;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.851;QD=19.4652;RBI=0.00419524;REFB=-0.0327242;REVB=0.00121615;RO=71;SAF=34;SAR=34;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045589;STB=0.521422;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0349441;OID=.;OPOS=85447431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:140:71:72:68:68:0.485714:34:34:32:39:34:34:33:39 chr15 85467275 . C T 544.7 PASS AF=0.536842;AO=50;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00124496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.479;QD=22.9347;RBI=0.00883022;REFB=-0.00696425;REVB=-0.00874202;RO=44;SAF=22;SAR=28;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319913;STB=0.512261;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00512313;OID=.;OPOS=85467275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:44:50:51:0.536842:28:22:21:23:28:23:21:23 chr15 85476441 . G A 670.61 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.477;QD=62.3826;RBI=0.0476348;REFB=0;REVB=0.0275119;RO=0;SAF=5;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43317e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274432;OID=.;OPOS=85476441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:37:5:0:0:38:5:0:0 chr15 85478410 . A G 850.99 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2114;QD=57.694;RBI=0.0770989;REFB=0;REVB=-0.0598242;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106355;OID=.;OPOS=85478410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr15 85478696 . C T 249.96 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00975653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2535;QD=12.0461;RBI=0.0189261;REFB=-0.0109257;REVB=0.0162175;RO=53;SAF=10;SAR=20;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119211;STB=0.568918;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.024305;OID=.;OPOS=85478696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:20:10:23:30:20:10:23:30 chr15 86087092 . C T 267.04 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0413167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.379;QD=20.1539;RBI=0.0417692;REFB=-0.0113928;REVB=-0.00613127;RO=25;SAF=4;SAR=24;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909213;STB=0.550981;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00823729;OID=.;OPOS=86087092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:24:4:5:20:24:4:5:20 chr15 86087309 . T C 1594.46 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124361;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.614;QD=60.1682;RBI=0.0250711;REFB=0;REVB=0.0217693;RO=0;SAF=42;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.79622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42588e-05;OID=.;OPOS=86087309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:64:42:0:0:64:42:0:0 chr15 86122654 . T C 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0114077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2062;QD=21.0064;RBI=0.0148021;REFB=0.00168975;REVB=-0.00943221;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10719;STB=0.569963;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00281702;OID=.;OPOS=86122654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:19:19:0.527778:12:7:4:12:12:7:4:13 chr15 86122779 . T C 393.15 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0548387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.306;QD=17.0935;RBI=0.0549388;REFB=-0.0182294;REVB=-0.00331506;RO=51;SAF=20;SAR=21;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559267;STB=0.531334;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0212859;OID=.;OPOS=86122779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:21:20:22:29:21:20:22:29 chr15 86122916 . T C 513.87 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00483992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.862;QD=21.8666;RBI=0.00982697;REFB=-0.0197572;REVB=-0.00855246;RO=45;SAF=25;SAR=24;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200827;STB=0.511078;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.017946;OID=.;OPOS=86122916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:24:25:24:21:24:25:24:21 chr15 86123019 . C T 160.76 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0388905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.494;QD=18.373;RBI=0.0420132;REFB=-0.0189449;REVB=0.0158946;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154267;STB=0.60057;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0162645;OID=.;OPOS=86123019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:18:16:17:0.485714:7:9:13:5:8:9:13:5 chr15 86123170 . G T 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00328953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.665;QD=21.0156;RBI=0.00414106;REFB=-0.0243033;REVB=0.00251543;RO=13;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042887;STB=0.524199;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0189695;OID=.;OPOS=86123170;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:7:9:8:5:7:9:8:5 chr15 86123833 . T C 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00116922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.436;QD=17.4545;RBI=0.00576436;REFB=-0.00109235;REVB=0.00564453;RO=29;SAF=18;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806833;STB=0.54542;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00166242;OID=.;OPOS=86123833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:9:18:17:12:9:18:17:12 chr15 86123924 . C T 162.79 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00343297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.341;QD=10.8525;RBI=0.0393008;REFB=-0.0107791;REVB=0.0391506;RO=38;SAF=9;SAR=12;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221518;STB=0.619607;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0280666;OID=.;OPOS=86123924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:39:21:21:0.35:12:9:24:14:12:9:24:15 chr15 86123988 . G A 99.98 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00919865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6383;QD=7.40613;RBI=0.0225786;REFB=-0.00383795;REVB=-0.0206198;RO=39;SAF=5;SAR=9;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246732;STB=0.65946;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00937728;OID=.;OPOS=86123988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:40:14:14:0.259259:9:5:22:17:9:5:23:17 chr15 86124419 . C T 240.8 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0107332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7562;QD=16.607;RBI=0.0213587;REFB=-0.0271613;REVB=-0.018466;RO=31;SAF=22;SAR=5;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.517555;STB=0.792831;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0239515;OID=.;OPOS=86124419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:5:22:9:22:5:22:9:22 chr15 86124483 . C G 225.12 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0148863;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3589;QD=15.0078;RBI=0.0166632;REFB=0.016243;REVB=-0.00748744;RO=34;SAF=18;SAR=8;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232227;STB=0.632327;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0226391;OID=.;OPOS=86124483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:34:34:26:26:0.433333:8:18:16:18:8:18:16:18 chr15 86124555 . G A 419.19 PASS AF=0.506024;AO=41;DP=82;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0228779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.736;QD=20.2017;RBI=0.0250217;REFB=-0.0199513;REVB=-0.0101334;RO=41;SAF=25;SAR=16;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112071;STB=0.55391;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0189715;OID=.;OPOS=86124555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:41:41:41:42:0.506024:16:25:20:21:17:25:20:21 chr15 86124946 . T C 298.32 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0258904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.691;QD=29.8323;RBI=0.0396585;REFB=-0.0325613;REVB=-0.0300413;RO=13;SAF=14;SAR=12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093201;STB=0.56317;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0157206;OID=.;OPOS=86124946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:14:26:26:0.65:12:14:5:8:12:14:5:9 chr15 86124968 . G A 341.31 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0139189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.277;QD=25.759;RBI=0.015211;REFB=-0.033419;REVB=0.00613504;RO=20;SAF=18;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031422;STB=0.517231;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0194728;OID=.;OPOS=86124968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:20:33:33:0.622642:15:18:10:10:15:18:10:10 chr15 86125031 . G A 570.73 PASS AF=0.566667;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00718916;FXX=0.0109878;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.231;QD=25.3659;RBI=0.0209017;REFB=-0.0315138;REVB=-0.0196264;RO=25;SAF=25;SAR=26;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666192;STB=0.518946;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0247781;OID=.;OPOS=86125031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:25:36:51:51:0.566667:26:25:15:10:26:25:16:20 chr15 86278309 . G A 618.6 PASS AF=0.457143;AO=63;DP=139;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.00941962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.585;QD=17.6743;RBI=0.0159412;REFB=-0.00879875;REVB=0.0128605;RO=76;SAF=30;SAR=33;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363242;STB=0.524121;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00827766;OID=.;OPOS=86278309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:76:76:63:64:0.457143:33:30:39:37:34:30:39:37 chr15 86288518 . G C 307.72 PASS AF=0.588235;AO=29;DP=50;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00128091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5115;QD=24.135;RBI=0.00247825;REFB=-0.0321954;REVB=-0.00212156;RO=21;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520443;STB=0.522074;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00769384;OID=.;OPOS=86288518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:21:21:29:30:0.588235:13:16:13:8:13:17:13:8 chr15 86290779 . G GT 188.33 PASS AF=0.368421;AO=33;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0439416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.1268;QD=7.92969;RBI=0.0602228;REFB=0.00415322;REVB=-0.0411816;RO=60;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147401;STB=0.564918;STBP=0.373;TYPE=ins;VARB=-0.0122509;OID=.;OPOS=86290780;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:33:95:35:95:60:17:18:23:37:99:60:17:16:23:37 chr15 86290940 . A C 479.01 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.00518034;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=111.923;QD=17.2617;RBI=0.00665535;REFB=-0.00941108;REVB=0.00417824;RO=56;SAF=25;SAR=27;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679366;STB=0.523718;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00880655;OID=.;OPOS=86290940;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:56:59:52:52:0.468468:27:25:31:25:27:25:31:28 chr15 86292324 . G C 549.26 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.0139134;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.672;QD=17.4369;RBI=0.0195238;REFB=-0.00524692;REVB=0.0136966;RO=68;SAF=31;SAR=27;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526382;STB=0.529256;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00799681;OID=.;OPOS=86292324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:68:68:58:58:0.460317:27:31:40:28:27:31:40:28 chr15 86311695 . G A 473.37 PASS AF=0.489583;AO=45;DP=94;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00627937;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.772;QD=19.7237;RBI=0.00706572;REFB=-0.011755;REVB=0.00323944;RO=47;SAF=24;SAR=21;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118301;STB=0.573161;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0105065;OID=.;OPOS=86311695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:47:49:45:47:0.489583:21:24:19:28:22:25:19:30 chr15 86312681 . G A 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0478677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.774;QD=16.2364;RBI=0.0485605;REFB=-0.00873913;REVB=-0.00817376;RO=36;SAF=17;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118328;STB=0.566622;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0112178;OID=.;OPOS=86312681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:13:17:16:20:13:17:16:20 chr15 86313048 . T C 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.14;QD=56.9357;RBI=0.0325629;REFB=0;REVB=-0.0124566;RO=0;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88125e-05;OID=.;OPOS=86313048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:37:16:0:0:37:16:0:0 chr15 86368898 . G A 346.33 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00939104;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.582;QD=21.9891;RBI=0.0345091;REFB=-0.0203246;REVB=-0.0332067;RO=26;SAF=19;SAR=16;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629778;STB=0.550696;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0146741;OID=.;OPOS=86368898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:26:28:35:35:0.555556:16:19:12:14:16:19:12:16 chr15 86368922 . C T 465.54 PASS AF=0.54878;AO=44;DP=84;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00147597;FXX=0.0465062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.794;QD=22.7094;RBI=0.0145425;REFB=0.00485077;REVB=-0.0144674;RO=29;SAF=25;SAR=19;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185788;STB=0.553772;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00242825;OID=.;OPOS=86368922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:29:37:44:45:0.54878:19:25:9:20:19:26:17:20 chr15 86368959 . A T 646.29 PASS AF=0.5;AO=65;DP=131;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.0471157;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2916;QD=19.8858;RBI=0.0476853;REFB=-0.00619022;REVB=0.00734869;RO=65;SAF=38;SAR=27;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153365;STB=0.584589;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0108241;OID=.;OPOS=86368959;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:65:65:65:65:0.5:27:38:27:38:27:38:27:38 chr15 86791009 . C T 233.36 PASS AF=0.234177;AO=37;DP=159;FAO=37;FDP=158;FR=.;FRO=121;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=65;FSRR=56;FWDB=0.0049503;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7205;QD=5.90783;RBI=0.0063625;REFB=-0.0039122;REVB=-0.003997;RO=119;SAF=22;SAR=15;SRF=64;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726675;STB=0.544796;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0296396;OID=.;OPOS=86791009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:119:121:37:37:0.234177:15:22:64:55:15:22:65:56 chr15 86940622 . T C 2140.21 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0041556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.647;QD=62.9472;RBI=0.0403471;REFB=0;REVB=0.0401325;RO=0;SAF=80;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87219e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15414e-05;OID=.;OPOS=86940622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:136:0:0:134:136:1:54:80:0:0:56:80:0:0 chr15 87217613 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.425;QD=63.5825;RBI=0.0229513;REFB=0;REVB=-0.011051;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51289e-05;OID=.;OPOS=87217613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr15 87531281 . A C 1481.07 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.349;QD=58.6563;RBI=0.0531222;REFB=-0.110734;REVB=0.0503996;RO=2;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201745;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00283211;OID=.;OPOS=87531281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:101:101:2:0:99:101:1:46:53:0:2:48:53:0:0 chr15 88476365 . G A 323.55 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00971864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.984;QD=16.8078;RBI=0.0161927;REFB=-0.00939407;REVB=-0.0129519;RO=41;SAF=26;SAR=9;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225828;STB=0.62268;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0100323;OID=.;OPOS=88476365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:41:42:35:35:0.454545:9:26:22:19:9:26:23:19 chr15 88576185 . G C 868.54 PASS AF=0.471204;AO=89;DP=190;FAO=90;FDP=191;FR=.;FRO=101;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=64;FSRR=37;FWDB=0.0467093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2708;QD=18.1892;RBI=0.0748112;REFB=-0.00479951;REVB=0.0584376;RO=101;SAF=48;SAR=41;SRF=64;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921193;STB=0.547949;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00588921;OID=.;OPOS=88576185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:101:101:89:90:0.471204:41:48:64:37:41:49:64:37 chr15 88679785 . G A 1718.56 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00321801;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.156;QD=60.8341;RBI=0.0249606;REFB=0;REVB=0.0247523;RO=0;SAF=59;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2393e-05;OID=.;OPOS=88679785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:54:59:0:0:54:59:0:0 chr15 88799324 . C A 281.96 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0282153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.214;QD=14.6471;RBI=0.0284827;REFB=-0.00263179;REVB=-0.00389319;RO=45;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180013;STB=0.601708;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00467236;OID=.;OPOS=88799324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:15:17:16:29:15:17:16:29 chr15 89169858 . A G 209.57 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00872842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.461;QD=18.6286;RBI=0.0397262;REFB=0.00866238;REVB=0.0387555;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183126;STB=0.603676;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.010184;OID=.;OPOS=89169858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:12:9:15:9:12:9:15:9 chr15 89172558 . G C 282.04 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00454537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.611;QD=14.6512;RBI=0.00454783;REFB=-0.0127873;REVB=0.000149358;RO=44;SAF=20;SAR=12;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124347;STB=0.501729;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.021006;OID=.;OPOS=89172558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:45:32:32:0.415584:12:20:28:16:12:20:28:17 chr15 89173657 . A T 221.64 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00931088;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.165;QD=13.8527;RBI=0.0101139;REFB=0.00123868;REVB=-0.00394953;RO=37;SAF=14;SAR=12;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869578;STB=0.556055;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.000383063;OID=.;OPOS=89173657;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:37:38:26:26:0.40625:12:14:23:14:12:14:24:14 chr15 89173732 . T C 351.09 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.0410203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9304;QD=13.0032;RBI=0.0411621;REFB=0.0245199;REVB=-0.00341329;RO=66;SAF=25;SAR=17;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183374;STB=0.604081;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0386343;OID=.;OPOS=89173732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:66:66:42:42:0.388889:17:25:28:38:17:25:28:38 chr15 89174748 . G C 254.39 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0551052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1089;QD=15.4175;RBI=0.0565522;REFB=0.00552665;REVB=-0.0127111;RO=36;SAF=21;SAR=8;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678669;STB=0.550526;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.00614101;OID=.;OPOS=89174748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:29:29:0.439394:8:21:24:12:8:21:24:13 chr15 89193497 . A T 369.35 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00623934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9993;QD=22.3848;RBI=0.0287398;REFB=-0.0154761;REVB=0.0280543;RO=28;SAF=16;SAR=21;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605935;STB=0.539608;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0102377;OID=.;OPOS=89193497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:29:37:37:0.560606:21:16:10:18:21:16:10:19 chr15 89195178 . G C 316.64 PASS AF=0.347826;AO=40;DP=115;FAO=40;FDP=115;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.0224226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.545;QD=11.0136;RBI=0.023282;REFB=-0.0035558;REVB=0.00626692;RO=74;SAF=18;SAR=22;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132179;STB=0.571393;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00559009;OID=.;OPOS=89195178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:74:75:40:40:0.347826:22:18:42:32:22:18:42:33 chr15 89195245 . C T 349.23 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0584674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9443;QD=20.2452;RBI=0.0599857;REFB=-0.0130096;REVB=0.013411;RO=33;SAF=25;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219648;STB=0.622247;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0133286;OID=.;OPOS=89195245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:11:25:15:18:11:25:15:18 chr15 89195526 . A G 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-6.04239e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.133;QD=11.9166;RBI=0.0420065;REFB=-0.0127791;REVB=-0.0420064;RO=37;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255129;STB=0.64693;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0328368;OID=.;OPOS=89195526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:9:13:13:24:9:13:13:24 chr15 89391160 . C A 481.45 PASS AF=0.5;AO=46;DP=95;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0157394;FXX=0.0105252;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.995;QD=20.4873;RBI=0.0184529;REFB=-0.0108213;REVB=-0.0096323;RO=47;SAF=21;SAR=25;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285351;STB=0.521413;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0110298;OID=.;OPOS=89391160;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:47:47:46:47:0.5:25:21:20:27:25:22:20:27 chr15 89392745 . T C 2315.56 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00399981;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3666;QD=63.8776;RBI=0.00898729;REFB=0;REVB=-0.00804816;RO=0;SAF=71;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01112e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38721e-05;OID=.;OPOS=89392745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:145:0:0:145:145:1:74:71:0:0:74:71:0:0 chr15 89393080 . C G 215.03 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0158912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4826;QD=21.5032;RBI=0.0353903;REFB=-0.000413574;REVB=-0.0316218;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00649354;STB=0.503646;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.000114587;OID=.;OPOS=89393080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:12:9:8:11:12:9:8:11 chr15 89398330 . G A 194.74 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00619221;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.178;QD=16.574;RBI=0.0218322;REFB=-0.0194452;REVB=0.0209356;RO=27;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156462;STB=0.589653;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0245973;OID=.;OPOS=89398330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:27:27:20:20:0.425532:8:12:12:15:8:12:12:15 chr15 89398412 . G A 137.55 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00554756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.796;QD=13.755;RBI=0.0123541;REFB=-0.0080975;REVB=0.0110385;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00907705;OID=.;OPOS=89398412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:10:6:9:15:10:6:9:15 chr15 89398553 . C A 160.65 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00843451;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9466;QD=10.2001;RBI=0.0341834;REFB=0.000109598;REVB=-0.0331265;RO=41;SAF=7;SAR=14;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284309;STB=0.659422;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00236105;OID=.;OPOS=89398553;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:41:42:21:21:0.333333:14:7:24:17:14:7:24:18 chr15 89401109 . A G 786.04 PASS AF=0.524476;AO=74;DP=143;FAO=75;FDP=143;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.00689272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.418;QD=21.9871;RBI=0.00695037;REFB=0.00365903;REVB=-0.000893303;RO=66;SAF=34;SAR=40;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437702;STB=0.526309;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00378765;OID=.;OPOS=89401109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:66:68:74:75:0.524476:40:34:27:39:40:35:28:40 chr15 89401615 . T G 154.85 PASS AF=0.386364;AO=16;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0249137;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.884;QD=14.0774;RBI=0.0250062;REFB=-0.0136924;REVB=-0.00214869;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126225;STB=0.574382;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0160222;OID=.;OPOS=89401615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:16:17:0.386364:9:7:15:12:9:8:16:11 chr15 89402051 . A G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0533744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.175;QD=16.8984;RBI=0.0543169;REFB=0.00112353;REVB=0.0100749;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373874;STB=0.521695;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.000442783;OID=.;OPOS=89402051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:4:5:6:4:4:5 chr15 89402239 . T C 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0607909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.253;QD=20.2743;RBI=0.0624175;REFB=-0.00333548;REVB=-0.0141566;RO=24;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062672;STB=0.535342;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00281659;OID=.;OPOS=89402239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:9:14:13:11:9:14:13:11 chr15 89436244 . T C 375.27 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00871346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0465;QD=15.8009;RBI=0.0177788;REFB=-0.0043006;REVB=-0.0154972;RO=55;SAF=16;SAR=24;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949917;STB=0.553621;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00865652;OID=.;OPOS=89436244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:55:40:40:0.421053:24:16:27:28:24:16:27:28 chr15 89436295 . G A 432.98 PASS AF=0.458333;AO=43;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0180785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.425;QD=18.0408;RBI=0.018476;REFB=-0.011012;REVB=0.00381192;RO=52;SAF=15;SAR=28;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153841;STB=0.590325;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0130278;OID=.;OPOS=89436295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:43:44:0.458333:28:15:26:26:29:15:26:26 chr15 89450546 . C T 213.52 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00676387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.769;QD=20.3355;RBI=0.0475703;REFB=-0.021731;REVB=0.0470869;RO=21;SAF=5;SAR=15;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234273;STB=0.605954;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0270403;OID=.;OPOS=89450546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:21:20:21:0.5:15:5:10:11:15:6:10:11 chr15 89450587 . G T 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00858561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.385;QD=19.7024;RBI=0.012655;REFB=-0.00483043;REVB=0.00929717;RO=16;SAF=5;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137385;STB=0.578217;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0047962;OID=.;OPOS=89450587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:12:5:7:9:12:5:7:9 chr15 89453152 . T C 346.17 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.013984;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.964;QD=16.8863;RBI=0.0201882;REFB=-0.00851167;REVB=-0.0145606;RO=45;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136764;STB=0.57663;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0059639;OID=.;OPOS=89453152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:45:45:37:37:0.45122:17:20:18:27:17:20:18:27 chr15 89740373 . G C 501.5 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.923;QD=58.9997;RBI=0.0392937;REFB=0;REVB=0.022705;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61863e-05;OID=.;OPOS=89740373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr15 89740384 . T G 551.63 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0836646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.23;QD=56.5771;RBI=0.0836698;REFB=0.0104879;REVB=0.000927411;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.511622;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000354952;OID=.;OPOS=89740384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:37:38:0.974359:21:16:0:0:21:17:0:1 chr15 89740469 . T C 1349.43 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.047;QD=62.0425;RBI=0.0157473;REFB=0;REVB=0.0016976;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21852e-05;OID=.;OPOS=89740469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:41:45:0:0:41:46:0:0 chr15 89740616 . G A 2257.44 PASS AF=1;AO=139;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359911;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3765;QD=63.1452;RBI=0.0376028;REFB=0;REVB=0.0108908;RO=0;SAF=67;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610767;OID=.;OPOS=89740616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:139:143:1:72:67:0:0:74:69:0:0 chr15 89744476 . G T 2590.1 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.794;QD=61.669;RBI=0.0539494;REFB=0;REVB=-0.00547635;RO=0;SAF=82;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60786e-05;OID=.;OPOS=89744476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:168:0:0:164:168:1:82:82:0:0:82:86:0:0 chr15 89804043 . C T 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0606733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1627;QD=57.3845;RBI=0.0670786;REFB=0;REVB=-0.0286059;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000923299;OID=.;OPOS=89804043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr15 89806710 . C T 979.69 PASS AF=0.934211;AO=69;DP=76;FAO=71;FDP=76;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0156372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.943;QD=51.5625;RBI=0.0195754;REFB=-0.0884382;REVB=-0.011776;RO=6;SAF=20;SAR=49;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668492;STB=0.523553;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00975169;OID=.;OPOS=89806710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:76:76:6:5:69:71:0.934211:49:20:4:2:50:21:3:2 chr15 89836228 . G C 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5991;QD=61.3752;RBI=0.00176069;REFB=0;REVB=9.62976e-05;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78313e-06;OID=.;OPOS=89836228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:44:36:0:0:44:36:0:0 chr15 89838236 . G A 1429.71 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0689492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7865;QD=62.8442;RBI=0.0701363;REFB=0;REVB=0.0128491;RO=0;SAF=53;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000348039;OID=.;OPOS=89838236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:36:53:0:0:38:53:0:0 chr15 89856189 . G A 128.88 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00799597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.641;QD=8.45114;RBI=0.0425314;REFB=0.00138523;REVB=-0.041773;RO=43;SAF=10;SAR=8;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874873;STB=0.552182;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.00514112;OID=.;OPOS=89856189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:8:10:27:16:8:10:27:16 chr15 89858602 . T C 1048.59 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.486;QD=59.0754;RBI=0.0196196;REFB=0;REVB=-0.00572417;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175776;OID=.;OPOS=89858602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:37:33:0:0:37:34:0:0 chr15 89878377 . A T 2368.6 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.925;QD=61.1251;RBI=0.0461946;REFB=0;REVB=-0.0344086;RO=0;SAF=66;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59131e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2476e-06;OID=.;OPOS=89878377;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:89:66:0:0:89:66:0:0 chr15 89999101 . G T 212.33 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0675093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6049;QD=14.3954;RBI=0.0873251;REFB=0.0174668;REVB=0.055391;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099595;STB=0.556572;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.0238528;OID=.;OPOS=89999101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:13:12:13:21:13:12:13:21 chr15 90138670 . C T 1476.04 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00689538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.607;QD=57.3219;RBI=0.00692017;REFB=-0.109101;REVB=-0.000585228;RO=2;SAF=49;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000547441;STB=0.500289;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000509228;OID=.;OPOS=90138670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:2:2:101:101:0.980583:52:49:1:1:52:49:1:1 chr15 90168108 . C T 1190.45 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.499;QD=61.0486;RBI=0.0484763;REFB=0;REVB=0.0237468;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229525;OID=.;OPOS=90168108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:33:44:0:0:33:45:0:0 chr15 90168693 . T A 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.061;QD=62.0165;RBI=0.0377743;REFB=0;REVB=0.0203578;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031331;OID=.;OPOS=90168693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr15 90170237 . C T 1627.71 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00922799;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.606;QD=60.2855;RBI=0.00948607;REFB=0;REVB=-0.00219763;RO=0;SAF=70;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23426e-05;OID=.;OPOS=90170237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:38:70:0:0:38:70:0:0 chr15 90176432 . T G 1622.34 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.621;QD=60.0867;RBI=0.0129835;REFB=0;REVB=0.000105003;RO=0;SAF=60;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71637e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05865e-05;OID=.;OPOS=90176432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:47:60:0:0:47:61:0:0 chr15 90191511 . G A 47.19 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.079;QD=9.93483;RBI=0.0147852;REFB=-0.0193481;REVB=-0.0147852;RO=12;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.026714;OID=.;OPOS=90191511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:20:19:12:12:7:7:0.368421:7:0:0:12:7:0:0:12 chr15 90191827 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0461594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.946;QD=44.6892;RBI=0.0732929;REFB=0;REVB=-0.0569313;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00225169;OID=.;OPOS=90191827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr15 90195967 . C G 1581.82 PASS AF=0.990826;AO=105;DP=107;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00427362;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.1399;QD=58.0485;RBI=0.0473749;REFB=-0.128255;REVB=-0.0471818;RO=1;SAF=59;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102048;STB=0.504201;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0022435;OID=.;OPOS=90195967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:107:109:1:1:105:108:0.990826:46:59:0:1:49:59:1:0 chr15 90196008 . C T 1171.13 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00941106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.869;QD=60.838;RBI=0.012423;REFB=0;REVB=-0.00810942;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6528e-06;OID=.;OPOS=90196008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:33:43:0:0:34:43:0:0 chr15 90210257 . G A 685.45 PASS AF=0.470968;AO=70;DP=153;FAO=73;FDP=155;FR=.;FRO=82;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=0.00407729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.584;QD=17.6889;RBI=0.0100619;REFB=-0.0192918;REVB=0.00919873;RO=82;SAF=38;SAR=32;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297694;STB=0.5135;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0174787;OID=.;OPOS=90210257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:82:82:70:73:0.470968:32:38:47:35:33:40:47:35 chr15 90210263 . A G 701.2 PASS AF=0.477419;AO=73;DP=154;FAO=74;FDP=155;FR=.;FRO=81;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=-0.000289484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.697;QD=18.0956;RBI=0.0143483;REFB=-0.0306195;REVB=0.0143454;RO=77;SAF=41;SAR=32;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339244;STB=0.513888;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0103363;OID=.;OPOS=90210263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:77:81:73:74:0.477419:32:41:46:31:33:41:47:34 chr15 90213229 . G C 803.31 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0336753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.436;QD=55.4005;RBI=0.0497219;REFB=-0.086827;REVB=-0.036582;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506664;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000390201;OID=.;OPOS=90213229;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:20:37:0:0:20:37:1:0 chr15 90344352 . T C 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00964344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3082;QD=18.6448;RBI=0.0868529;REFB=-0.013805;REVB=-0.0863158;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324097;STB=0.518492;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0134419;OID=.;OPOS=90344352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:7:6:7:7:7:6 chr15 90346861 . C T 754.64 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0482346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.878;QD=54.8828;RBI=0.0509615;REFB=-0.101289;REVB=-0.016447;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000357459;OID=.;OPOS=90346861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:0:1:53:54:0.981818:24:29:0:0:24:30:1:0 chr15 90349558 . C T 2143.12 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00146819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.801;QD=62.1193;RBI=0.0119098;REFB=0.0138554;REVB=-0.011819;RO=1;SAF=85;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556068;STB=0.502924;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000124286;OID=.;OPOS=90349558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:52:85:1:0:52:85:1:0 chr15 90617539 . C T 85.24 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00184861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.336;QD=11.3649;RBI=0.025929;REFB=-0.0110788;REVB=-0.025863;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100581;STB=0.533274;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0226084;OID=.;OPOS=90617539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:18:19:11:11:0.366667:4:7:13:5:4:7:13:6 chr15 90623052 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.611;QD=52.6126;RBI=0.0345922;REFB=0;REVB=0.0328152;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435657;OID=.;OPOS=90623052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr15 90623559 . G A 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0233685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.256;QD=8.88615;RBI=0.0250881;REFB=-0.00864147;REVB=-0.00912818;RO=35;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118012;STB=0.575239;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0182159;OID=.;OPOS=90623559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:37:15:15:0.288462:10:5:15:20:10:5:16:21 chr15 90628537 . G A 91.36 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0561231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2434;QD=8.49815;RBI=0.0623195;REFB=-0.0104591;REVB=0.0270909;RO=31;SAF=5;SAR=7;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263561;STB=0.660124;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0199367;OID=.;OPOS=90628537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:7:5:20:11:7:5:20:11 chr15 90673809 . G C 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00625342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.108;QD=19.1801;RBI=0.0202415;REFB=-0.0142432;REVB=-0.0192513;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211474;STB=0.620075;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0160505;OID=.;OPOS=90673809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:3:8:6:7:3:8 chr15 90709545 . G A 113.83 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.012108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8571;QD=9.89799;RBI=0.0440252;REFB=-0.00751928;REVB=0.0423275;RO=32;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144939;STB=0.586836;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0182429;OID=.;OPOS=90709545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:7:7:12:20:7:7:12:20 chr15 90764219 . G A 374.41 PASS AF=0.416667;AO=39;DP=95;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0118379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.759;QD=15.6003;RBI=0.0149283;REFB=-0.003258;REVB=0.00909498;RO=56;SAF=30;SAR=9;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315497;STB=0.662704;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00365579;OID=.;OPOS=90764219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:56:56:39:40:0.416667:9:30:28:28:10:30:28:28 chr15 90768320 . C T 199.87 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0265039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.14;QD=13.5502;RBI=0.0324716;REFB=-0.0204272;REVB=0.0187604;RO=35;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359409;STB=0.520531;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0275522;OID=.;OPOS=90768320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:15:9:12:23:15:9:12:23 chr15 90771257 . G A 124.15 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.013256;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.684;QD=16.019;RBI=0.0172139;REFB=-0.0189025;REVB=0.0109818;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163226;STB=0.509421;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0368795;OID=.;OPOS=90771257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:7:10:8:6:7:10 chr15 90771749 . GT G,GC,GG 767.35 PASS AF=0.375,0,0.625;AO=10,18,29;DP=57;FAO=21,0,35;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0,24;FSAR=13,0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137868,0.0123987,0.0202655;FXX=0.0175408;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=111.615,95.8924,116.704;QD=54.8106;RBI=0.0229624,0.0202584,0.0277078;REFB=0,0,0;REVB=0.0183629,0.0160211,0.0188952;RO=0;SAF=1,15,16;SAR=9,3,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.8593e-08,-3.32e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0131325,0,0.00704608;OID=.,.,.;OPOS=90771750,90771750,90771750;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.375,0,0.625:10,18,29:57:21,0,35:56:0:8,0,24:13,0,11:0:0:73:0:1,15,16:9,3,13:0:0 chr15 90771840 . C T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0993387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9057;QD=16.4172;RBI=0.100709;REFB=0.00866455;REVB=0.0165551;RO=15;SAF=4;SAR=10;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186103;STB=0.567811;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00252899;OID=.;OPOS=90771840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:14:14:0.466667:10:4:2:13:10:4:3:13 chr15 90772200 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.253;QD=58.4197;RBI=0.019641;REFB=0;REVB=0.0165102;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81457e-05;OID=.;OPOS=90772200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:30:32:0:0:31:32:0:0 chr15 90772831 . C T 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00454871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3806;QD=61.0486;RBI=0.0129369;REFB=0;REVB=-0.0121108;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.25422e-05;OID=.;OPOS=90772831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr15 90774259 . G C 766.32 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.322;QD=63.8596;RBI=0.0479708;REFB=0;REVB=0.0251742;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24029e-05;OID=.;OPOS=90774259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr15 90774447 . TAGAG T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397724;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=305.044;QD=52.6132;RBI=0.0398161;REFB=0;REVB=0.00186558;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000186206;OID=.;OPOS=90774448;OREF=AGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:22:22:22:0:11:11:0:0:4:0:11:11:0:0 chr15 90784207 . A G 2366.04 PASS AF=0.993671;AO=143;DP=144;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0160095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.398;QD=59.8998;RBI=0.047759;REFB=-0.0577638;REVB=0.0449958;RO=1;SAF=92;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514115;STB=0.502617;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000257849;OID=.;OPOS=90784207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:144:158:1:1:143:157:0.993671:51:92:1:0:62:95:1:0 chr15 90784250 . T C 2127.11 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0042859;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.309;QD=63.0254;RBI=0.0119245;REFB=0;REVB=0.0111277;RO=0;SAF=77;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127983;OID=.;OPOS=90784250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:58:77:0:0:58:77:0:0 chr15 90794102 . G A 709.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.12;QD=63.0549;RBI=0.0466507;REFB=0;REVB=0.040837;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75343e-05;OID=.;OPOS=90794102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:26:18:0:0:27:18:0:0 chr15 90794757 . T G 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.295;QD=62.9804;RBI=0.0338639;REFB=0;REVB=0.0329062;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150017;OID=.;OPOS=90794757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr15 90794845 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.656;QD=60.6091;RBI=0.045539;REFB=0;REVB=-0.00839328;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361666;OID=.;OPOS=90794845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr15 90796558 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9117;QD=56.9379;RBI=0.025771;REFB=0;REVB=-0.019083;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000316352;OID=.;OPOS=90796558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr15 90800408 . C G 1377.08 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0157;QD=62.5943;RBI=0.0264164;REFB=0;REVB=0.0193476;RO=0;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8076e-06;OID=.;OPOS=90800408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:38:50:0:0:38:50:0:0 chr15 90800449 . C T 1320.93 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00256772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2314;QD=62.1616;RBI=0.0495416;REFB=0;REVB=-0.049475;RO=0;SAF=51;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253798;OID=.;OPOS=90800449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:34:51:0:0:34:51:0:0 chr15 90806375 . C T 284.49 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.031255;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.942;QD=21.8838;RBI=0.0346005;REFB=-0.0175133;REVB=-0.0148432;RO=21;SAF=10;SAR=19;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106145;STB=0.56272;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.012384;OID=.;OPOS=90806375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:21:23:29:29:0.557692:19:10:10:11:19:10:11:12 chr15 90809633 . G A 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00291535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.614;QD=56.9553;RBI=0.00383343;REFB=0;REVB=-0.00248917;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.33379e-05;OID=.;OPOS=90809633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr15 90818400 . A T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.195;QD=39.2068;RBI=0.0401601;REFB=0;REVB=0.0397851;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00075358;OID=.;OPOS=90818400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr15 90818469 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0156831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.829;QD=15.2623;RBI=0.0426251;REFB=-0.0443663;REVB=0.0396351;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230345;STB=0.513348;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0612883;OID=.;OPOS=90818469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:7:9:7:6:7:9 chr15 90818641 . G C 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.00895171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2356;QD=13.8494;RBI=0.00966166;REFB=0.00576033;REVB=-0.00363519;RO=25;SAF=4;SAR=12;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.538106;STB=0.808643;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0057551;OID=.;OPOS=90818641;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:12:4:20:5:12:4:20:5 chr15 90818827 . G A 340.67 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.186;QD=54.5077;RBI=0.0946376;REFB=0;REVB=0.0921113;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429258;OID=.;OPOS=90818827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr15 90819132 . C T 287.64 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.463;QD=52.2982;RBI=0.0433929;REFB=0;REVB=0.0109922;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137817;OID=.;OPOS=90819132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:19:22:1:12:7:0:0:13:9:0:0 chr15 90819641 . A C 937.47 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5974;QD=58.5921;RBI=0.0178095;REFB=0;REVB=0.00234826;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102397;OID=.;OPOS=90819641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr15 90819801 . T C 183.56 PASS AF=0.247788;AO=28;DP=112;FAO=28;FDP=113;FR=.;FRO=85;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=-0.00379507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.301;QD=6.49784;RBI=0.0117404;REFB=-0.0102855;REVB=0.0111101;RO=84;SAF=19;SAR=9;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156592;STB=0.591672;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0414258;OID=.;OPOS=90819801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:84:85:28:28:0.247788:9:19:47:37:9:19:48:37 chr15 90819876 . T C 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8014;QD=51.1778;RBI=0.116138;REFB=0;REVB=0.0897848;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00598415;OID=.;OPOS=90819876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr15 90820063 . T C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.418;QD=61.6833;RBI=0.0182844;REFB=0;REVB=-0.00946885;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58875e-05;OID=.;OPOS=90820063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr15 90820721 . C T 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.208;QD=59.4347;RBI=0.0320174;REFB=0;REVB=-0.0257922;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221841;OID=.;OPOS=90820721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr15 90892293 . C T 783.39 PASS AF=0.506329;AO=80;DP=158;FAO=80;FDP=158;FR=.;FRO=78;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=56;FWDB=0.00739964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4902;QD=19.8326;RBI=0.0201909;REFB=-0.00708128;REVB=0.0187861;RO=76;SAF=42;SAR=38;SRF=20;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230897;STB=0.61878;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00798612;OID=.;OPOS=90892293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:76:78:80:80:0.506329:38:42:20:56:38:42:22:56 chr15 90903311 . A G 255.62 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00192712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.745;QD=17.9379;RBI=0.0219484;REFB=-0.0270736;REVB=0.0218637;RO=29;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129314;STB=0.507241;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0276199;OID=.;OPOS=90903311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:17:11:11:18:17:11:11:18 chr15 91010776 . T C 234.46 PASS AF=0.383562;AO=25;DP=70;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0225333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.653;QD=12.8469;RBI=0.022543;REFB=-0.00825711;REVB=0.000661303;RO=43;SAF=9;SAR=16;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218384;STB=0.635159;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0136916;OID=.;OPOS=91010776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:43:45:25:28:0.383562:16:9:24:19:19:9:24:21 chr15 91016152 . G T 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00147033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.644;QD=12.3389;RBI=0.0245992;REFB=-0.00573206;REVB=-0.0245553;RO=39;SAF=20;SAR=4;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389279;STB=0.72826;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00834398;OID=.;OPOS=91016152;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:4:20:21:18:4:20:21:18 chr15 91045408 . G A 664.78 PASS AF=0.59596;AO=58;DP=100;FAO=59;FDP=99;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0218329;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.308;QD=26.8597;RBI=0.0286726;REFB=-0.0394156;REVB=-0.0185861;RO=40;SAF=26;SAR=32;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576499;STB=0.527282;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0228559;OID=.;OPOS=91045408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:40:40:58:59:0.59596:32:26:21:19:32:27:21:19 chr15 91172611 . C T 137.55 PASS AF=0.340426;AO=15;DP=45;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.032324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.532;QD=11.7061;RBI=0.033722;REFB=-0.0268341;REVB=0.00960913;RO=30;SAF=12;SAR=3;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464381;STB=0.724985;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0460867;OID=.;OPOS=91172611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:30:31:15:16:0.340426:3:12:12:18:4:12:13:18 chr15 91185994 . C T 285.46 PASS AF=0.541667;AO=25;DP=47;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00485603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.194;QD=23.7887;RBI=0.0242912;REFB=-0.010726;REVB=0.0238009;RO=22;SAF=9;SAR=16;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385333;STB=0.514275;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00669061;OID=.;OPOS=91185994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:22:25:26:0.541667:16:9:7:15:17:9:7:15 chr15 91422689 . C T 62.0 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=3;FWDB=0.0163697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7717;QD=7.51492;RBI=0.0814926;REFB=-0.0177106;REVB=0.0798316;RO=24;SAF=8;SAR=1;SRF=21;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389341;STB=0.524533;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.030191;OID=.;OPOS=91422689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:33:24:24:9:9:0.272727:1:8:21:3:1:8:21:3 chr15 91428290 . C T 610.91 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0186188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.259;QD=56.8286;RBI=0.0415087;REFB=-0.169911;REVB=0.0370987;RO=2;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055096;STB=0.529397;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00153685;OID=.;OPOS=91428290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:43:43:2:2:41:41:0.953488:16:25:0:2:16:25:0:2 chr15 91428589 . T G 1332.48 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161282;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.392;QD=61.9759;RBI=0.0373231;REFB=0;REVB=0.0336585;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108008;OID=.;OPOS=91428589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:86:0:0:81:86:1:37:44:0:0:39:47:0:0 chr15 91428636 . G A,C 1133.96 PASS AF=0.948718,0.0384615;AO=74,3;DP=78;FAO=74,3;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=40,0;FSAR=34,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000127265,-0.0461909;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.719,29.3415;QD=58.1516;RBI=0.0742782,0.047593;REFB=0.0316334,-0.00414808;REVB=0.074278,0.0114671;RO=0;SAF=40,0;SAR=34,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.507244,0.5;STBP=0.31,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000169792,0.081281;OID=.,.;OPOS=91428636,91428636;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:78:78:0:1:74,3:74,3:0.948718,0.0384615:34,3:40,0:0:0:34,3:40,0:0:1 chr15 91430436 . T C 990.88 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126654;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.652;QD=59.1569;RBI=0.0449084;REFB=0;REVB=0.0430854;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000669236;OID=.;OPOS=91430436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:66:67:1:25:41:0:0:26:41:0:0 chr15 91449654 . T C 2163.73 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00184937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.031;QD=61.8209;RBI=0.0357226;REFB=-0.0351482;REVB=0.0356747;RO=0;SAF=66;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3712e-08;STB=0.503401;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=6.09552e-05;OID=.;OPOS=91449654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:0:1:139:139:0.992857:73:66:0:0:73:66:0:1 chr15 91449702 . A T 2105.93 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101787;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.001;QD=62.8634;RBI=0.0142665;REFB=0;REVB=0.00999634;RO=0;SAF=63;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03703e-05;OID=.;OPOS=91449702;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:134:0:0:134:134:1:71:63:0:0:71:63:0:0 chr15 91450694 . C T 182.72 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.00993086;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.902;QD=9.74519;RBI=0.0143523;REFB=0.00247571;REVB=0.0103618;RO=50;SAF=9;SAR=15;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542835;STB=0.526294;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.00436382;OID=.;OPOS=91450694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:51:24:24:0.32:15:9:21:29:15:9:21:30 chr15 91452595 . A G 1510.84 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.603;QD=63.6143;RBI=0.0339181;REFB=0;REVB=-0.0135468;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83613e-05;OID=.;OPOS=91452595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:47:48:0:0:47:48:0:0 chr15 91490138 . G A 69.81 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=11;FWDB=-0.00946719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1954;QD=4.98677;RBI=0.0169928;REFB=-0.0076134;REVB=-0.0141112;RO=45;SAF=7;SAR=4;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172267;STB=0.609486;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0343205;OID=.;OPOS=91490138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:45:45:11:11:0.196429:4:7:34:11:4:7:34:11 chr15 91492877 . C T 646.59 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0122817;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.873;QD=50.713;RBI=0.0235074;REFB=-0.17679;REVB=0.0200439;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229399;STB=0.534869;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00119655;OID=.;OPOS=91492877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:51:1:3:48:48:0.941176:28:20:1:0:28:20:3:0 chr15 91499986 . G T 214.16 PASS AF=0.947368;AO=15;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0121334;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=106.162;QD=45.0859;RBI=0.0126818;REFB=-0.0918376;REVB=-0.00368895;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519978;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00157806;OID=.;OPOS=91499986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:15:18:0.947368:5:10:0:0:6:12:1:0 chr15 91509592 . T C 911.75 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0431452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2918;QD=55.2574;RBI=0.0445577;REFB=-0.0253147;REVB=0.0111304;RO=2;SAF=33;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277643;STB=0.514701;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.000471754;OID=.;OPOS=91509592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:31:33:2:0:31:33:2:0 chr15 91517479 . G A 1190.39 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1938;QD=61.0457;RBI=0.0781743;REFB=0;REVB=0.0460696;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460824;OID=.;OPOS=91517479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:32:46:0:0:32:46:0:0 chr15 91524841 . G T 1472.57 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.737;QD=63.3366;RBI=0.0145498;REFB=0;REVB=0.00548401;RO=0;SAF=55;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16771e-05;OID=.;OPOS=91524841;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:38:55:0:0:38:55:0:0 chr15 91543761 . C T 311.84 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065566;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.728;QD=51.9732;RBI=0.0674466;REFB=0;REVB=0.0158159;RO=1;SAF=6;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709998;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168388;OID=.;OPOS=91543761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:24:1:0:23:24:1:17:6:1:0:17:7:0:0 chr15 91575976 . C T 219.54 PASS AF=0.318182;AO=22;DP=88;FAO=28;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.0107155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.744;QD=9.97889;RBI=0.0552359;REFB=0.00196956;REVB=0.0541866;RO=40;SAF=10;SAR=12;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18741;STB=0.636849;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00225871;OID=.;OPOS=91575976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:60:22:28:0.318182:12:10:25:15:16:12:38:22 chr15 91795203 . C G 196.23 PASS AF=0.342466;AO=24;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00571471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9089;QD=10.7525;RBI=0.0415435;REFB=-0.00179167;REVB=0.0411486;RO=47;SAF=15;SAR=9;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084486;STB=0.525403;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00385551;OID=.;OPOS=91795203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:48:24:25:0.342466:9:15:26:21:10:15:27:21 chr15 91811749 . G A 580.8 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0305371;FXX=0.110286;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2423;QD=19.2001;RBI=0.0310476;REFB=-0.0281243;REVB=-0.00560716;RO=56;SAF=38;SAR=20;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129006;STB=0.580559;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0268945;OID=.;OPOS=91811749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:121:56:63:58:58:0.479339:20:38:29:27:20:38:32:31 chr15 91825027 . C T 310.64 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.024428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.626;QD=16.3495;RBI=0.0250009;REFB=-0.00991098;REVB=0.00532157;RO=41;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877531;STB=0.555523;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0118804;OID=.;OPOS=91825027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:42:34:34:0.447368:16:18:18:23:16:18:18:24 chr15 91836627 . A G 621.09 PASS AF=0.559633;AO=61;DP=109;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00105795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.602;QD=22.7922;RBI=0.00289124;REFB=0.00214044;REVB=-0.00269073;RO=45;SAF=18;SAR=43;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112427;STB=0.551074;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00150269;OID=.;OPOS=91836627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:45:48:61:61:0.559633:43:18:19:26:43:18:19:29 chr15 91836683 . T C 1156.91 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105055;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.373;QD=60.8897;RBI=0.0506319;REFB=0;REVB=0.04953;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133059;OID=.;OPOS=91836683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:46:30:0:0:46:30:0:0 chr15 92459501 . C T 526.48 PASS AF=0.671429;AO=47;DP=70;FAO=47;FDP=70;FR=.;FRO=23;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0231193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.06;QD=30.0844;RBI=0.0237697;REFB=-0.0247078;REVB=-0.00552212;RO=23;SAF=31;SAR=16;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220876;STB=0.619948;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0163029;OID=.;OPOS=92459501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:23:23:47:47:0.671429:16:31:7:16:16:31:7:16 chr15 92647645 . G C 497.18 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.958;QD=58.4917;RBI=0.0327903;REFB=0;REVB=-0.0157888;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29284e-05;OID=.;OPOS=92647645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:24:9:0:0:24:10:0:0 chr15 92706569 . G A 49.56 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0139564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5396;QD=4.30927;RBI=0.0333083;REFB=-0.00788923;REVB=-0.0302434;RO=38;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962896;STB=0.565057;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0224074;OID=.;OPOS=92706569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:38:38:8:8:0.173913:4:4:16:22:4:4:16:22 chr15 93015427 . G A 425.35 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00273856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9912;QD=21.5365;RBI=0.00978159;REFB=-0.0106775;REVB=-0.00939041;RO=37;SAF=21;SAR=21;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343793;STB=0.518978;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00640874;OID=.;OPOS=93015427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:21:21:17:20:21:21:17:20 chr15 93198671 . A G 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.114811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4285;QD=58.1384;RBI=0.114822;REFB=0;REVB=0.00162518;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00224369;OID=.;OPOS=93198671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr15 93198678 . TTGGAGCTGGA TTGGA,TTGGAGCTGCC 181.49 PASS AF=0.8125,0.1875;AO=9,3;DP=15;FAO=13,3;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8,2;FSAR=5,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00247826,-0.0176002;FXX=0.0587889;HRUN=1,2;LEN=6,2;MLLD=198.457,85.0891;QD=45.3733;RBI=0.0070263,0.0320586;REFB=0,0;REVB=-0.00657473,-0.0267953;RO=0;SAF=5,2;SAR=4,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00664855,0.0432102;OID=.,.;OPOS=93198679,93198687;OREF=TGGAGC,GA;OALT=-,CC;OMAPALT=TTGGA,TTGGAGCTGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.8125,0.1875:9,3:15:13,3:16:0:8,2:5,1:0:0:15:0:5,2:4,1:0:0 chr15 93447631 . T G 207.97 PASS AF=0.454545;AO=18;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.000644106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.864;QD=18.9061;RBI=0.0116031;REFB=-0.0156905;REVB=-0.0115852;RO=13;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129189;STB=0.526289;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0197171;OID=.;OPOS=93447631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:13:22:18:20:0.454545:10:8:6:7:11:9:11:11 chr15 93486154 . G A 213.18 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0113319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.765;QD=10.3989;RBI=0.0121147;REFB=-0.0117171;REVB=-0.00428402;RO=54;SAF=13;SAR=14;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423256;STB=0.530663;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0225989;OID=.;OPOS=93486154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:55:27:27:0.329268:14:13:28:26:14:13:29:26 chr15 93510603 . A G 1423.1 PASS AF=0.958763;AO=92;DP=96;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.023372;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.159;QD=58.6844;RBI=0.0238102;REFB=-0.0278834;REVB=0.00454735;RO=2;SAF=52;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00267436;STB=0.502471;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.000737069;OID=.;OPOS=93510603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:96:97:2:4:92:93:0.958763:40:52:1:1:41:52:2:2 chr15 93521604 . A G 1539.79 PASS AF=0.98;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0186885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.079;QD=61.5917;RBI=0.0212208;REFB=-0.0460875;REVB=-0.0100531;RO=1;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101988;STB=0.510415;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-6.32921e-05;OID=.;OPOS=93521604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:100:1:2:97:98:0.98:46:51:0:1:47:51:0:2 chr15 93570241 . T C 3173.57 PASS AF=0.972222;AO=210;DP=218;FAO=210;FDP=216;FR=.;FRO=6;FSAF=95;FSAR=115;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00164591;FXX=0.00917389;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.843;QD=58.7698;RBI=0.0144776;REFB=-0.152096;REVB=0.0143838;RO=0;SAF=95;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501334;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.000428168;OID=.;OPOS=93570241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:218:216:0:6:210:210:0.972222:115:95:0:0:115:95:3:3 chr15 93588336 . A C 937.6 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000409789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.509;QD=58.5999;RBI=0.0176365;REFB=0;REVB=0.0176318;RO=0;SAF=45;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104546;OID=.;OPOS=93588336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:61:64:1:16:45:0:0:16:48:0:0 chr15 93609460 . A T 1821.77 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000755567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.404;QD=61.2359;RBI=0.0263068;REFB=0;REVB=-0.026296;RO=0;SAF=68;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.40832e-05;OID=.;OPOS=93609460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:50:68:0:0:51:68:0:0 chr15 93616933 . C G 2011.78 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0502029;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.201;QD=62.3809;RBI=0.0672904;REFB=0;REVB=0.044807;RO=0;SAF=65;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.24583e-05;OID=.;OPOS=93616933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:129:129:1:64:65:0:0:64:65:0:0 chr15 93616975 . A G 1226.22 PASS AF=1;AO=73;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.582;QD=60.5543;RBI=0.0210106;REFB=0;REVB=0.00408351;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.36684e-05;OID=.;OPOS=93616975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:73:81:1:44:29:0:0:47:34:0:0 chr15 93632123 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.023;QD=35.5754;RBI=0.020219;REFB=0;REVB=-0.020219;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117921;OID=.;OPOS=93632123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr15 93750256 . G T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.433;QD=58.5873;RBI=0.0264872;REFB=0;REVB=-0.0082604;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102497;OID=.;OPOS=93750256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr15 94884108 . G C 697.89 PASS AF=0.523077;AO=68;DP=130;FAO=68;FDP=130;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.046812;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.386;QD=21.4734;RBI=0.0469523;REFB=-0.0162089;REVB=0.00362664;RO=61;SAF=30;SAR=38;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274758;STB=0.518428;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.016384;OID=.;OPOS=94884108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:61:62:68:68:0.523077:38:30:25:36:38:30:25:37 chr15 94913351 . C T 228.1 PASS AF=0.264;AO=33;DP=127;FAO=33;FDP=125;FR=.;FRO=92;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=0.00733121;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3959;QD=7.29914;RBI=0.074689;REFB=0.00844367;REVB=-0.0743283;RO=92;SAF=21;SAR=12;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104902;STB=0.562935;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.0243123;OID=.;OPOS=94913351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:125:92:92:33:33:0.264:12:21:51:41:12:21:51:41 chr15 94945704 . A G 489.15 PASS AF=0.633803;AO=45;DP=71;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0255949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.283;QD=27.5579;RBI=0.0447839;REFB=-0.0292712;REVB=0.0367491;RO=26;SAF=28;SAR=17;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227563;STB=0.512386;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0151104;OID=.;OPOS=94945704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:26:26:45:45:0.633803:17:28:17:9:17:28:17:9 chr15 94945719 . G T 1138.59 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00642459;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.264;QD=60.7249;RBI=0.0101307;REFB=0;REVB=0.00783295;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34995e-06;OID=.;OPOS=94945719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:27:48:0:0:27:48:0:0 chr15 95019926 . C T 449.02 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.00918027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.892;QD=21.3818;RBI=0.0225448;REFB=-0.0194346;REVB=-0.020591;RO=40;SAF=28;SAR=16;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286558;STB=0.658049;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0186769;OID=.;OPOS=95019926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:16:28:12:28:16:28:12:28 chr15 98015489 . A G 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0186879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5693;QD=19.0581;RBI=0.0217476;REFB=-0.00279708;REVB=0.011123;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204864;STB=0.61588;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00528527;OID=.;OPOS=98015489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:8:11:7:13:8:11:7:13 chr15 98301843 . AGCT A,AGT,AGTT 286.49 PASS AF=0,0.0909091,0.909091;AO=4,4,13;DP=24;FAO=0,2,20;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,13;FSAR=0,2,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000117922,-0.000439323,-0.000469176;FXX=0.119952;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=58.2609,90.9272,100.912;QD=52.0881;RBI=0.0257951,0.0289102,0.0367947;REFB=0,0,0;REVB=-0.0257948,0.0289069,0.0367917;RO=0;SAF=0,0,13;SAR=4,4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0373087,0.00344011;OID=.,.,.;OPOS=98301844,98301845,98301845;OREF=GCT,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=A,AGT,AGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0909091,0.909091:4,4,13:24:0,2,20:22:0:0,0,13:0,2,7:0:0:6:0:0,0,13:4,4,0:0:0 chr15 98513845 . T C 1062.07 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.152;QD=59.8349;RBI=0.0468514;REFB=0;REVB=0.0261201;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101166;OID=.;OPOS=98513845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:43:27:0:0:44:27:0:0 chr15 98995081 . A G 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.554;QD=62.0082;RBI=0.0586152;REFB=0;REVB=0.0516205;RO=0;SAF=59;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126262;OID=.;OPOS=98995081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:25:59:0:0:25:59:0:0 chr15 99023968 . T G 759.16 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0163539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.149;QD=53.274;RBI=0.0211163;REFB=-0.095271;REVB=0.0133584;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.523801;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.000367782;OID=.;OPOS=99023968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:0:2:55:55:0.964912:35:20:0:0:35:20:2:0 chr15 99465473 . C T 1874.97 PASS AF=0.976378;AO=124;DP=128;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00390348;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.223;QD=59.0542;RBI=0.0508945;REFB=-0.0402716;REVB=0.0507445;RO=2;SAF=66;SAR=58;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000976726;STB=0.503189;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.000327743;OID=.;OPOS=99465473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:128:127:2:3:124:124:0.976378:58:66:1:1:58:66:2:1 chr15 99478225 . G A 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.006257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.327;QD=60.3767;RBI=0.0489348;REFB=0;REVB=0.0485332;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28126e-05;OID=.;OPOS=99478225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr15 99500475 . TC T 153.49 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0626746;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.4841;QD=6.82198;RBI=0.135722;REFB=0.00356399;REVB=0.120384;RO=53;SAF=13;SAR=21;SRF=27;SRR=26;SSEN=0.5;SSEP=0;SSSB=-0.13821;STB=0.585606;STBP=0.203;TYPE=del;VARB=0.011672;OID=.;OPOS=99500476;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.377778:34:90:34:90:56:13:21:29:27:99:53:13:21:27:26 chr15 99501758 . A G 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0235915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.687;QD=13.7267;RBI=0.0261693;REFB=-0.00609031;REVB=-0.0113257;RO=36;SAF=15;SAR=10;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119891;STB=0.506844;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0106276;OID=.;OPOS=99501758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:10:15:22:14:10:15:22:14 chr15 99503199 . GGTGTGTGTGTGTGTA GGTGTGTGTGTGTA,GGTGTGTGTGTGTATG 447.12 PASS AF=1,0;AO=20,2;DP=36;FAO=31,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505351,0.0143575;FXX=0.0605877;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=136.496,82.8035;QD=57.6933;RBI=0.114156,0.0464135;REFB=0,0;REVB=0.102362,0.044137;RO=0;SAF=8,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00127616,0;OID=.,.;OPOS=99503200,99503212;OREF=GT,GTA;OALT=-,ATG;OMAPALT=GGTGTGTGTGTGTA,GGTGTGTGTGTGTATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:20,2:36:31,0:31:0:9,0:22,0:0:0:4:0:8,0:12,2:0:0 chr15 99503277 . CCCAAA C,CC 119.94 PASS AF=0,0.4;AO=9,10;DP=56;FAO=0,20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=0,11;FSAR=0,9;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.002973,0.00256351;FXX=0.107124;HRUN=5,5;LEN=5,4;MLLD=264.628,270.54;QD=9.59536;RBI=0.0036005,0.0030471;REFB=-0.00483437,-0.00535142;REVB=0.00203099,0.00164719;RO=28;SAF=7,3;SAR=2,7;SRF=8;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.543735,0.0202706;STB=0.5,0.665863;STBP=1,0.074;TYPE=del,del;VARB=0,0.0136068;OID=.,.;OPOS=99503278,99503279;OREF=CCAAA,CAAA;OALT=-,-;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.4:9,10:56:0,20:50:30:0,11:0,9:8:22:99:28:7,3:2,7:8:20 chr15 99504437 . C T 927.34 PASS AF=0.54878;AO=90;DP=164;FAO=90;FDP=164;FR=.;FRO=74;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=0.0121869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.801;QD=22.6181;RBI=0.012263;REFB=-0.00475967;REVB=-0.00136462;RO=73;SAF=43;SAR=47;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911311;STB=0.552556;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00436126;OID=.;OPOS=99504437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:73:74:90:90:0.54878:47:43:43:30:47:43:44:30 chr15 99504671 . C T 308.39 PASS AF=0.351351;AO=38;DP=110;FAO=39;FDP=111;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.00735268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7098;QD=11.113;RBI=0.0418577;REFB=0.0142727;REVB=0.0412069;RO=72;SAF=24;SAR=14;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13726;STB=0.58524;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.0252785;OID=.;OPOS=99504671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:72:72:38:39:0.351351:14:24:37:35:14:25:37:35 chr15 99511793 . C G 646.72 PASS AF=0.5;AO=65;DP=130;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.00307198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.061;QD=19.8991;RBI=0.0176049;REFB=-0.0102872;REVB=-0.0173348;RO=64;SAF=25;SAR=40;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175568;STB=0.593273;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0114091;OID=.;OPOS=99511793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:64:65:65:65:0.5:40:25:37:27:40:25:37:28 chr15 99511804 . A AC 369.1 PASS AF=0.509259;AO=53;DP=114;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0448587;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.5665;QD=13.6704;RBI=0.0812739;REFB=0.0110297;REVB=0.0677727;RO=59;SAF=18;SAR=35;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244249;STB=0.611397;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=-0.00688611;OID=.;OPOS=99511805;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509259:53:114:55:108:53:19:36:30:23:99:59:18:35:35:24 chr15 99653800 . T C 1347.3 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6436;QD=61.241;RBI=0.190632;REFB=-0.0931894;REVB=0.189746;RO=0;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189773;OID=.;OPOS=99653800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:88:88:0:0:87:88:1:37:50:0:0:38:50:0:0 chr15 99669628 . A T 263.01 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.020231;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.055;QD=17.2465;RBI=0.0204382;REFB=-0.00231225;REVB=0.0029026;RO=28;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496;STB=0.505717;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00303364;OID=.;OPOS=99669628;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:28:32:29:29:0.47541:13:16:17:11:13:16:18:14 chr15 99670161 . C T 297.88 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00363424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.097;QD=15.8868;RBI=0.0233454;REFB=-0.0242088;REVB=-0.0230608;RO=42;SAF=19;SAR=14;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00439658;STB=0.502478;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0276811;OID=.;OPOS=99670161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:14:19:24:18:14:19:24:18 chr15 99670278 . C T 253.09 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0422361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3162;QD=19.1014;RBI=0.0464792;REFB=-0.0211672;REVB=0.0194016;RO=26;SAF=10;SAR=17;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309571;STB=0.672455;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0227961;OID=.;OPOS=99670278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:17:10:19:7:17:10:19:7 chr15 99670298 . C T 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0204867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.303;QD=17.5883;RBI=0.0218249;REFB=-0.0174494;REVB=0.0075247;RO=28;SAF=6;SAR=16;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454922;STB=0.75767;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0210228;OID=.;OPOS=99670298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:16:6:21:7:16:6:21:7 chr15 99670988 . CT C,CC 697.35 PASS AF=0.0222222,0.977778;AO=6,39;DP=45;FAO=1,44;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=1,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540279,0.0580765;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=176.745,192.735;QD=61.9863;RBI=0.0751808,0.0736012;REFB=0,0;REVB=0.0522795,0.0452136;RO=0;SAF=2,14;SAR=4,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0679144,-0.00045773;OID=.,.;OPOS=99670989,99670989;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0222222,0.977778:6,39:45:1,44:45:0:0,16:1,28:0:0:6:0:2,14:4,25:0:0 chr15 99671760 . T C 1584.12 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.207;QD=59.7781;RBI=0.0600638;REFB=0;REVB=-0.0592738;RO=0;SAF=58;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.31391e-05;OID=.;OPOS=99671760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:48:58:0:0:48:58:0:0 chr15 99672722 . A G 1034.95 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.255;QD=59.1398;RBI=0.0478773;REFB=0;REVB=0.0472399;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62368e-05;OID=.;OPOS=99672722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:30:38:0:0:31:39:0:0 chr15 99677707 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00429598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.559;QD=12.8682;RBI=0.0074751;REFB=-0.0146821;REVB=0.00611733;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457182;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0286036;OID=.;OPOS=99677707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:8:8:5:6:8:8 chr15 99679646 . C T 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00544327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.685;QD=5.90499;RBI=0.0058067;REFB=-0.0101122;REVB=-0.00202201;RO=26;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236656;STB=0.663937;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0397474;OID=.;OPOS=99679646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:26:27:8:8:0.228571:5:3:15:11:5:3:16:11 chr15 99715352 . A G 1523.06 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0113582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.199;QD=58.5793;RBI=0.0182377;REFB=-0.0644715;REVB=-0.014269;RO=1;SAF=51;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921324;STB=0.504853;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00157703;OID=.;OPOS=99715352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:52:51:1:0:52:51:1:0 chr15 100246936 . T C 581.34 PASS AF=0.569892;AO=53;DP=93;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0120144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.597;QD=25.0037;RBI=0.0167749;REFB=-0.0104751;REVB=0.0117069;RO=39;SAF=27;SAR=26;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424227;STB=0.52823;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00955844;OID=.;OPOS=100246936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:39:40:53:53:0.569892:26:27:22:17:26:27:23:17 chr15 100246942 . G A 1421.09 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598425;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.008;QD=63.1594;RBI=0.0142712;REFB=0;REVB=0.0129559;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244759;OID=.;OPOS=100246942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:42:48:0:0:42:48:0:0 chr15 100252805 . G T 39.79 PASS AF=0.4;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0748274;FXX=0.062461;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.971;QD=10.6109;RBI=0.0749836;REFB=0.00463346;REVB=0.00483761;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162993;STB=0.59968;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00388343;OID=.;OPOS=100252805;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:15:9:9:6:6:0.4:3:3:6:3:3:3:6:3 chr15 100256618 . A C 129.59 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0294476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7028;QD=9.59939;RBI=0.0299273;REFB=-0.0212064;REVB=-0.00533715;RO=37;SAF=8;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803301;STB=0.54777;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0348363;OID=.;OPOS=100256618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:9:8:20:17:9:8:20:17 chr15 100257173 . T C 374.23 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00824149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.476;QD=18.0353;RBI=0.0110689;REFB=-0.00788177;REVB=0.00738908;RO=44;SAF=20;SAR=19;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141375;STB=0.578778;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00931665;OID=.;OPOS=100257173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:19:20:16:28:19:20:16:28 chr15 100257713 . T TCAGATTGGGGCTAAAACAC,TCAGATTGGGGCTTAAAACAC 95.32 PASS AF=0.116667,0.133333;AO=9,6;DP=60;FAO=7,8;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=7,2;FSAR=0,6;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00486338,0.00585246;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=19,20;MLLD=560.085,575.706;QD=6.35446;RBI=0.00610148,0.00640383;REFB=-0.00493248,-0.00405343;REVB=-0.0036845,-0.00259957;RO=44;SAF=9,0;SAR=0,6;SRF=23;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.699083,-0.644065;STB=0.998355,0.727571;STBP=0.006,0.192;TYPE=ins,ins;VARB=0.00558219,0.0221273;OID=.,.;OPOS=100257714,100257714;OREF=-,-;OALT=CAGATTGGGGCTAAAACAC,CAGATTGGGGCTTAAAACAC;OMAPALT=TCAGATTGGGGCTAAAACAC,TCAGATTGGGGCTTAAAACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.116667,0.133333:9,6:60:7,8:60:45:7,2:0,6:23:22:41:44:9,0:0,6:23:21 chr15 100257796 . C CCAGCTGTTG 134.36 PASS AF=0.287879;AO=18;DP=67;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.00104767;FXX=0;HRUN=3;LEN=9;MLLD=332.391;QD=8.14329;RBI=0.0171628;REFB=-0.00510288;REVB=-0.0171308;RO=48;SAF=12;SAR=6;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285288;STB=0.538422;STBP=0.721;TYPE=ins;VARB=0.0118746;OID=.;OPOS=100257797;OREF=-;OALT=CAGCTGTTG;OMAPALT=CCAGCTGTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.287879:18:67:19:66:47:12:7:32:15:99:48:12:6:33:15 chr15 100269635 . G C 436.37 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.00596891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.864;QD=15.4468;RBI=0.0205132;REFB=-0.0117263;REVB=0.0196256;RO=64;SAF=26;SAR=23;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483654;STB=0.52709;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0197141;OID=.;OPOS=100269635;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:64:64:49:49:0.433628:23:26:37:27:23:26:37:27 chr15 100269680 . G C 450.08 PASS AF=0.53012;AO=43;DP=82;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.00988211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.192;QD=21.6907;RBI=0.0101002;REFB=-0.0188033;REVB=-0.0020874;RO=39;SAF=27;SAR=16;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252059;STB=0.641857;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0185613;OID=.;OPOS=100269680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:39:39:43:44:0.53012:16:27:13:26:16:28:13:26 chr15 100269737 . G A 301.74 PASS AF=0.54;AO=26;DP=49;FAO=27;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.125317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.0111;QD=24.1396;RBI=0.136058;REFB=-0.107753;REVB=-0.052983;RO=13;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301283;STB=0.684076;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0674158;OID=.;OPOS=100269737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:13:23:26:27:0.54:17:9:11:2:18:9:17:6 chr15 100269749 . G A 268.07 PASS AF=0.510638;AO=21;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.000675688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.122;QD=22.8145;RBI=0.0166005;REFB=-0.0474463;REVB=0.0165867;RO=18;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31754;STB=0.695493;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0145283;OID=.;OPOS=100269749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:21:21:24:0.510638:14:7:13:5:16:8:16:5 chr15 100269795 . CA C,CG 683.8 PASS AF=0.0888889,0.911111;AO=5,40;DP=45;FAO=4,41;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=4,19;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186631,-0.00843874;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.461,153.541;QD=60.7818;RBI=0.0140498,0.00899428;REFB=0,0;REVB=0.0139253,0.00311203;RO=0;SAF=5,18;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.19993e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.122226,0.00257984;OID=.,.;OPOS=100269796,100269796;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0888889,0.911111:5,40:45:4,41:45:0:4,19:0,22:0:0:12:0:5,18:0,22:0:0 chr15 100332799 . A C 82.6 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00162758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0034;QD=9.17755;RBI=0.0100099;REFB=-0.0248663;REVB=-0.00987666;RO=25;SAF=4;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348831;STB=0.70979;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0616169;OID=.;OPOS=100332799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:7:4:17:8:7:4:17:8 chr15 100332807 . C T 123.92 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0270548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.5198;QD=12.0894;RBI=0.0819516;REFB=-0.0378584;REVB=-0.077357;RO=26;SAF=4;SAR=11;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413251;STB=0.742445;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0686507;OID=.;OPOS=100332807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:11:4:17:9:11:4:17:9 chr15 100332919 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0197096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.98;QD=14.0786;RBI=0.0285122;REFB=-0.0114557;REVB=-0.0206029;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31084;STB=0.678311;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0316824;OID=.;OPOS=100332919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:3:13:6:6:3:13 chr15 100339897 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.869;QD=63.5821;RBI=0.0543553;REFB=0;REVB=0.0147944;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178446;OID=.;OPOS=100339897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:16:31:0:0:16:31:0:0 chr15 100339938 . C T 538.25 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2784;QD=59.8051;RBI=0.0741857;REFB=0;REVB=-0.0048451;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000783133;OID=.;OPOS=100339938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr15 100339960 . G A 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.00319933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7718;QD=5.95809;RBI=0.0373566;REFB=-0.0161049;REVB=0.0372194;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.595632;STB=0.856376;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0295116;OID=.;OPOS=100339960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:4:2:16:2:4:2:16:2 chr15 100636586 . G A 203.85 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0242187;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9739;QD=14.3051;RBI=0.0506956;REFB=-0.0153585;REVB=0.0445365;RO=30;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115483;STB=0.519924;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0169489;OID=.;OPOS=100636586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:30:33:23:24:0.421053:11:12:16:14:11:13:19:14 chr15 100649248 . G A 493.54 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.0354429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.38;QD=20.3523;RBI=0.0356898;REFB=0.00153629;REVB=-0.00419017;RO=48;SAF=24;SAR=24;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150855;STB=0.587593;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00123031;OID=.;OPOS=100649248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:49:48:48:0.494845:24:24:32:16:24:24:33:16 chr15 100672237 . T G 684.12 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.382;QD=60.8106;RBI=0.0351832;REFB=0;REVB=0.0245896;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000698408;OID=.;OPOS=100672237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:24:19:0:0:26:19:0:0 chr15 100692938 . G A 191.09 PASS AF=0.265306;AO=26;DP=97;FAO=26;FDP=98;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0160039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6686;QD=7.79948;RBI=0.0160684;REFB=-0.0169165;REVB=-0.0014379;RO=69;SAF=9;SAR=17;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281134;STB=0.662902;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0578037;OID=.;OPOS=100692938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:69:72:26:26:0.265306:17:9:40:29:17:9:41:31 chr15 100794363 . C T 536.16 PASS AF=0.948718;AO=38;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0414451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3383;QD=54.9906;RBI=0.0698657;REFB=-0.0378946;REVB=-0.0562452;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283818;STB=0.531233;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00536775;OID=.;OPOS=100794363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:1:2:38:37:0.948718:16:22:0:1:15:22:0:2 chr15 100801698 . G A 259.43 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00677886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.27;QD=14.2151;RBI=0.0116729;REFB=-0.00932219;REVB=-0.00950278;RO=43;SAF=23;SAR=7;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275996;STB=0.658422;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.017833;OID=.;OPOS=100801698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:7:23:23:20:7:23:23:20 chr15 100821467 . G A 853.09 PASS AF=0.463158;AO=87;DP=183;FAO=88;FDP=190;FR=.;FRO=102;FSAF=57;FSAR=31;FSRF=55;FSRR=47;FWDB=-0.020641;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.137;QD=17.9597;RBI=0.0346814;REFB=-0.0446846;REVB=0.0278703;RO=96;SAF=56;SAR=31;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13186;STB=0.561491;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0451443;OID=.;OPOS=100821467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:190:96:102:87:88:0.463158:31:56:49:47:31:57:55:47 chr15 100821576 . G A 385.82 PASS AF=0.425743;AO=42;DP=100;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0162178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.951;QD=15.2798;RBI=0.0245685;REFB=-0.0224494;REVB=0.0184551;RO=51;SAF=22;SAR=20;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102485;STB=0.523052;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0202916;OID=.;OPOS=100821576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:51:58:42:43:0.425743:20:22:32:19:21:22:32:26 chr15 100821590 . C T 173.23 PASS AF=0.272727;AO=24;DP=88;FAO=24;FDP=88;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0311759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.658;QD=7.87418;RBI=0.03138;REFB=-0.00657712;REVB=-0.00357312;RO=63;SAF=11;SAR=13;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408657;STB=0.530335;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0242595;OID=.;OPOS=100821590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:63:64:24:24:0.272727:13:11:31:32:13:11:32:32 chr15 100942962 . T C 512.07 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8561;QD=58.5226;RBI=0.124042;REFB=0;REVB=0.0137245;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039918;OID=.;OPOS=100942962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:16:17:0:0:16:19:0:0 chr15 101041896 . T C 1280.19 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00565772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.611;QD=60.9614;RBI=0.0444121;REFB=0;REVB=0.0440503;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22438e-05;OID=.;OPOS=101041896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:44:39:0:0:44:40:0:0 chr15 101109818 . G A 319.83 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0139362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.585;QD=18.5408;RBI=0.0169348;REFB=0.0027397;REVB=0.0096213;RO=35;SAF=15;SAR=19;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667829;STB=0.537253;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.00252692;OID=.;OPOS=101109818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:19:15:18:17:19:15:18:17 chr15 101113862 . C T 670.61 PASS AF=0.422857;AO=74;DP=175;FAO=74;FDP=175;FR=.;FRO=101;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=-0.0182609;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.624;QD=15.3282;RBI=0.0182808;REFB=-0.000347398;REVB=-0.000853267;RO=101;SAF=32;SAR=42;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446805;STB=0.517043;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.000385136;OID=.;OPOS=101113862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:101:101:74:74:0.422857:42:32:48:53:41:33:48:53 chr15 101114357 . C A 163.82 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0057325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.788;QD=9.36139;RBI=0.0252579;REFB=0.00366938;REVB=-0.0245988;RO=46;SAF=10;SAR=12;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151339;STB=0.573577;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.0130128;OID=.;OPOS=101114357;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:46:48:22:22:0.314286:12:10:27:19:12:10:27:21 chr15 101324497 . A T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0318326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3118;QD=13.661;RBI=0.0321701;REFB=0.00197236;REVB=-0.00464774;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163526;STB=0.596186;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.00314657;OID=.;OPOS=101324497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:4:10:12:9:4:10:12:9 chr15 101421673 . G A 364.24 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00614121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.377;QD=18.4426;RBI=0.04967;REFB=-0.0220207;REVB=-0.0492889;RO=41;SAF=15;SAR=23;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028325;STB=0.515781;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0316549;OID=.;OPOS=101421673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:23:15:15:26:23:15:15:26 chr15 101445766 . C A 337.89 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00330274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.614;QD=17.5528;RBI=0.0353762;REFB=-0.0209174;REVB=-0.0352217;RO=41;SAF=21;SAR=15;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137525;STB=0.576964;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0181828;OID=.;OPOS=101445766;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:15:21:18:23:15:21:18:23 chr15 101464915 . T C 807.19 PASS AF=0.438144;AO=85;DP=194;FAO=85;FDP=194;FR=.;FRO=109;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=36;FSRR=73;FWDB=0.000333192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.023;QD=16.6431;RBI=0.0340383;REFB=-0.0152578;REVB=0.0340367;RO=108;SAF=37;SAR=48;SRF=35;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116037;STB=0.560943;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0263937;OID=.;OPOS=101464915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:108:109:85:85:0.438144:48:37:35:73:48:37:36:73 chr15 101562793 . G A 804.94 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5762;QD=64.3948;RBI=0.0572385;REFB=0;REVB=0.014686;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000669059;OID=.;OPOS=101562793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr15 101591923 . A G 1223.12 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00437366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.594;QD=61.1561;RBI=0.0211805;REFB=0;REVB=0.020724;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80807e-05;OID=.;OPOS=101591923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:77:80:1:47:30:0:0:49:31:0:0 chr15 101593506 . A G 136.87 PASS AF=0.25974;AO=20;DP=77;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0411191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.625;QD=7.11027;RBI=0.0747162;REFB=-0.00895963;REVB=-0.0623837;RO=56;SAF=10;SAR=10;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506487;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0233766;OID=.;OPOS=101593506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:56:57:20:20:0.25974:10:10:28:28:10:10:28:29 chr15 101606120 . G A 177.01 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0105266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8382;QD=10.4122;RBI=0.0138614;REFB=-0.00528053;REVB=-0.0090182;RO=44;SAF=19;SAR=4;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256911;STB=0.647969;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0204247;OID=.;OPOS=101606120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:45:23:23:0.338235:4:19:29:15:4:19:30:15 chr15 101606145 . C T 353.63 PASS AF=0.521127;AO=35;DP=69;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0424343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0412;QD=19.9228;RBI=0.048781;REFB=-0.0302409;REVB=0.0240607;RO=34;SAF=26;SAR=9;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104284;STB=0.547944;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0228877;OID=.;OPOS=101606145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:34:34:35:37:0.521127:9:26:22:12:10:27:22:12 chr15 101606848 . C T 327.29 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0286713;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.437;QD=14.8769;RBI=0.0312546;REFB=-0.00657049;REVB=-0.0124423;RO=52;SAF=22;SAR=14;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215135;STB=0.621792;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0104391;OID=.;OPOS=101606848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:14:22:21:31:14:22:21:31 chr15 101606889 . GC AA 1216.81 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144558;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=2;MLLD=327.666;QD=61.6105;RBI=0.0345937;REFB=0;REVB=0.0314285;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.3688e-05;OID=.;OPOS=101606889;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr15 101607513 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.342;QD=57.0007;RBI=0.0202964;REFB=0;REVB=0.0161802;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72819e-05;OID=.;OPOS=101607513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr15 101717680 . G T 1381.6 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.256;QD=61.4046;RBI=0.0215676;REFB=-0.0735812;REVB=0.017308;RO=0;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-2.66762e-05;OID=.;OPOS=101717680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:52:37:0:0:52:37:1:0 chr15 101718106 . G A 198.72 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0287062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.148;QD=19.3868;RBI=0.0335476;REFB=0.0208717;REVB=0.0173606;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705438;STB=0.53996;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0147316;OID=.;OPOS=101718106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:12:8:10:11:12:8:10:11 chr15 101718190 . C T 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00685977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.964;QD=16.2361;RBI=0.0120706;REFB=-0.00301401;REVB=0.00993191;RO=35;SAF=16;SAR=14;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181191;STB=0.593126;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00313662;OID=.;OPOS=101718190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:36:30:30:0.454545:14:16:12:23:14:16:13:23 chr15 101718529 . T C 625.84 PASS AF=0.470588;AO=63;DP=137;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.029154;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4365;QD=18.4071;RBI=0.0315932;REFB=-0.0145384;REVB=-0.0121727;RO=72;SAF=34;SAR=29;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153685;STB=0.512935;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0201334;OID=.;OPOS=101718529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:72:72:63:64:0.470588:29:34:40:32:30:34:40:32 chr15 101718927 . G A 352.44 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00378485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.408;QD=26.1066;RBI=0.0060972;REFB=-0.000823392;REVB=-0.00478025;RO=20;SAF=15;SAR=19;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107371;STB=0.558789;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000571469;OID=.;OPOS=101718927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:19:15:12:8:19:15:12:8 chr15 101718950 . T C 375.4 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.00363271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.682;QD=15.8065;RBI=0.014285;REFB=-0.00980007;REVB=0.0138154;RO=55;SAF=27;SAR=13;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301881;STB=0.670279;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0117124;OID=.;OPOS=101718950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:55:40:40:0.421053:13:27:21:34:13:27:21:34 chr15 101910550 . G A 1377.97 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.201;QD=62.635;RBI=0.0239582;REFB=0;REVB=-0.0139534;RO=0;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74577e-06;OID=.;OPOS=101910550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:36:52:0:0:36:52:0:0 chr15 101971587 . C T 199.08 PASS AF=0.305882;AO=26;DP=85;FAO=26;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.00571247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.961;QD=9.36843;RBI=0.0209365;REFB=0.00216599;REVB=-0.0201422;RO=59;SAF=13;SAR=13;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1503;STB=0.58817;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00625005;OID=.;OPOS=101971587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:59:59:26:26:0.305882:13:13:37:22:13:13:37:22 chr15 102196186 . C T 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.000506749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.318;QD=19.7636;RBI=0.0119921;REFB=-0.0133685;REVB=0.0119814;RO=33;SAF=18;SAR=17;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134112;STB=0.574283;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0124839;OID=.;OPOS=102196186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:17:18:22:11:17:18:22:11 chr15 102223771 . G A 529.84 PASS AF=0.53;AO=52;DP=101;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0292063;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7919;QD=21.1936;RBI=0.0313549;REFB=-0.000395038;REVB=0.0114069;RO=46;SAF=33;SAR=19;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816074;STB=0.543983;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.000598679;OID=.;OPOS=102223771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:46:47:52:53:0.53:19:33:25:21:19:34:26:21 chr15 102224341 . G A 639.84 PASS AF=0.481481;AO=65;DP=135;FAO=65;FDP=135;FR=.;FRO=70;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.0172453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.38;QD=18.9583;RBI=0.0333418;REFB=-0.00187548;REVB=-0.0285355;RO=70;SAF=42;SAR=23;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25788;STB=0.642715;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00154872;OID=.;OPOS=102224341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:70:70:65:65:0.481481:23:42:26:44:23:42:26:44 chr15 102284675 . A G 229.98 PASS AF=0.241135;AO=34;DP=141;FAO=34;FDP=141;FR=.;FRO=107;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=59;FSRR=48;FWDB=-0.00752399;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.283;QD=6.52419;RBI=0.0132259;REFB=-0.00957505;REVB=-0.0108772;RO=107;SAF=18;SAR=16;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276909;STB=0.516769;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0292704;OID=.;OPOS=102284675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:107:107:34:34:0.241135:16:18:59:48:16:18:59:48 chr15 102291869 . G A 40.79 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00276191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1799;QD=3.54654;RBI=0.00310431;REFB=0.00267376;REVB=-0.00141725;RO=39;SAF=1;SAR=6;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354402;STB=0.761039;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.0137374;OID=.;OPOS=102291869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:39:39:7:7:0.152174:6:1:15:24:6:1:15:24 chr15 102346343 . T G 176.66 PASS AF=0.37931;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0125395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.848;QD=12.1833;RBI=0.0141029;REFB=-0.00556817;REVB=0.00645391;RO=36;SAF=7;SAR=14;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158788;STB=0.569968;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00842898;OID=.;OPOS=102346343;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:36:36:21:22:0.37931:14:7:17:19:14:8:17:19 chr15 102506389 . C T 135.85 PASS AF=0.140187;AO=30;DP=214;FAO=30;FDP=214;FR=.;FRO=184;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=69;FSRR=115;FWDB=-0.0136123;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.664;QD=2.53924;RBI=0.0155752;REFB=-0.00775077;REVB=-0.00756917;RO=183;SAF=15;SAR=15;SRF=68;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165534;STB=0.607408;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0463428;OID=.;OPOS=102506389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:183:184:30:30:0.140187:15:15:68:115:15:15:69:115 chr16 103517 . A C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.256;QD=63.286;RBI=0.0232119;REFB=0;REVB=-0.0228534;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.62677e-05;OID=.;OPOS=103517;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr16 113883 . G GCC 355.15 PASS AF=1;AO=29;DP=32;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394505;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=2;MLLD=35.9634;QD=47.353;RBI=0.0405489;REFB=0;REVB=0.00937382;RO=2;SAF=16;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000326313;OID=.;OPOS=113884;OREF=-;OALT=CC;OMAPALT=GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:32:30:30:0:17:13:0:0:6:2:16:13:2:0 chr16 113886 . GCCCCC GCCCC,GCCCGT 321.51 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=25,2;DP=31;FAO=28,2;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028974,-0.0275574;FXX=0.0322477;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=15.1409,208.298;QD=42.8677;RBI=0.0790112,0.0322804;REFB=-0.0236429,0.00932025;REVB=0.073507,0.0168112;RO=1;SAF=15,0;SAR=10,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0299354,-0.697199;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00391554,0.00988547;OID=.,.;OPOS=113887,113890;OREF=C,CC;OALT=-,GT;OMAPALT=GCCCC,GCCCGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.933333,0.0666667:25,2:31:28,2:30:0:17,0:11,2:0:0:9:1:15,0:10,2:1:0 chr16 129266 . G GT,T 281.63 PASS AF=0.52381,0;AO=29,4;DP=65;FAO=33,0;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=24,0;FSAR=9,0;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0716257,-0.00565683;FXX=0.0156226;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=21.3195,258.235;QD=17.881;RBI=0.0738763,0.0179702;REFB=-0.0130388,0.000446296;REVB=-0.0180957,-0.0170566;RO=32;SAF=24,0;SAR=5,4;SRF=18;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.323879,-0.62275;STB=0.605196,0.5;STBP=0.094,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00735994,0;OID=.,.;OPOS=129267,129266;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:32:30:29,4:33,0:0.52381,0:5,4:24,0:18:14:9,0:24,0:16:14 chr16 129277 . A G 346.02 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00396166;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.15;QD=21.9692;RBI=0.00924349;REFB=-0.0170712;REVB=-0.00835149;RO=28;SAF=26;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194072;STB=0.607798;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0131898;OID=.;OPOS=129277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:28:28:35:35:0.555556:9:26:15:13:9:26:15:13 chr16 129654 . C T 54.08 PASS AF=0.236842;AO=5;DP=34;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0185418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.658;QD=5.69272;RBI=0.0186717;REFB=-0.0191924;REVB=-0.0021983;RO=28;SAF=3;SAR=2;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200207;STB=0.550912;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0524217;OID=.;OPOS=129654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:34:38:28:29:5:9:0.236842:2:3:21:7:3:6:21:8 chr16 139740 . G A 113.75 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0327918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.606;QD=7.98271;RBI=0.0381064;REFB=-0.00633312;REVB=0.0194112;RO=40;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616928;STB=0.529916;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0241155;OID=.;OPOS=139740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:41:16:16:0.280702:10:6:17:23:10:6:17:24 chr16 142715 . G A 106.38 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0214719;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.582;QD=11.82;RBI=0.0395271;REFB=-0.0196112;REVB=0.0331866;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767043;STB=0.561308;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0269072;OID=.;OPOS=142715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:5:8:12:10:5:8:12:11 chr16 150491 . C T 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0193538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.583;QD=12.4136;RBI=0.0209562;REFB=-0.00668561;REVB=0.00803698;RO=37;SAF=9;SAR=14;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216043;STB=0.624353;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0145946;OID=.;OPOS=150491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:14:9:22:15:14:9:22:15 chr16 180529 . G A 230.86 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0109245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1663;QD=23.0856;RBI=0.0194528;REFB=0.0124086;REVB=-0.0160956;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213279;STB=0.61873;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0115869;OID=.;OPOS=180529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:12:10:13:5:12:10:13:5 chr16 315839 . G A 251.63 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00792063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8188;QD=17.0596;RBI=0.0423744;REFB=-0.00875121;REVB=0.0416276;RO=31;SAF=19;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191746;STB=0.608115;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0130257;OID=.;OPOS=315839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:9:19:15:16:9:19:15:16 chr16 324052 . A G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00668182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.494;QD=15.8821;RBI=0.0207345;REFB=-0.0113066;REVB=0.0196284;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333331;STB=0.691952;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0175405;OID=.;OPOS=324052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:8:2:6:4:8:2 chr16 336660 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0241304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.55;QD=20.0176;RBI=0.0289075;REFB=-0.0187348;REVB=-0.0159175;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327536;STB=0.518498;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.01795;OID=.;OPOS=336660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:7:11:11:6:7:11:11:6 chr16 396689 . C T 183.28 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0154292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8262;QD=9.9072;RBI=0.0187669;REFB=-0.00670627;REVB=-0.0106834;RO=49;SAF=16;SAR=8;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273834;STB=0.654416;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0278984;OID=.;OPOS=396689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:50:24:24:0.324324:8:16:21:28:8:16:22:28 chr16 396974 . C T 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0421592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2102;QD=7.52619;RBI=0.0424955;REFB=-2.66708e-05;REVB=0.00533552;RO=24;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10346;STB=0.565068;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00218918;OID=.;OPOS=396974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:3:6:14:10:3:6:14:10 chr16 419092 . A G 276.38 PASS AF=0.4;AO=31;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0132876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.304;QD=13.8191;RBI=0.0145945;REFB=-0.00420765;REVB=-0.00603661;RO=46;SAF=23;SAR=8;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211854;STB=0.630347;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00612308;OID=.;OPOS=419092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:48:31:32:0.4:8:23:26:20:8:24:27:21 chr16 427519 . C T 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00695316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.167;QD=15.2296;RBI=0.0176864;REFB=-0.00409624;REVB=0.0162623;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100654;STB=0.557975;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0116108;OID=.;OPOS=427519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:9:10:12:16:9:10:12:16 chr16 427682 . C T 66.72 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00490909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.369;QD=12.7081;RBI=0.083766;REFB=0.00580716;REVB=0.083622;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368393;STB=0.713877;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00465491;OID=.;OPOS=427682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:10:2:5:4:10:2 chr16 449345 . G C 334.79 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0659182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7744;QD=28.4931;RBI=0.065968;REFB=-0.0404053;REVB=0.00256181;RO=18;SAF=21;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177103;STB=0.597919;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0245647;OID=.;OPOS=449345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:8:21:9:9:8:21:9:9 chr16 450165 . T C 192.91 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0457743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5474;QD=23.3825;RBI=0.0679742;REFB=-0.145517;REVB=-0.0502514;RO=12;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952202;STB=0.588141;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0574254;OID=.;OPOS=450165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:12:14:19:19:0.575758:12:7:6:6:12:7:8:6 chr16 450309 . C T 96.19 PASS AF=0.647059;AO=10;DP=16;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0120249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.656;QD=22.6326;RBI=0.0121089;REFB=-0.0127343;REVB=0.00142336;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109203;STB=0.5434;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0257899;OID=.;OPOS=450309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:17:6:6:10:11:0.647059:5:5:2:4:6:5:2:4 chr16 456416 . T G 227.69 PASS AF=0.42029;AO=24;DP=64;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=0.00804412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.402;QD=13.1994;RBI=0.0758236;REFB=-0.0188819;REVB=0.0753957;RO=39;SAF=19;SAR=5;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355416;STB=0.563177;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0243021;OID=.;OPOS=456416;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:69:39:40:24:29:0.42029:5:19:30:9:10:19:30:10 chr16 460778 . G A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.037383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1928;QD=11.2569;RBI=0.067853;REFB=0.00647115;REVB=0.0566264;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192383;STB=0.617332;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00347624;OID=.;OPOS=460778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:5:7:6:2:5:7 chr16 547297 . T C 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00112717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.263;QD=10.9731;RBI=0.00137288;REFB=-0.0121075;REVB=-0.000783767;RO=31;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152578;STB=0.509079;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0159021;OID=.;OPOS=547297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:9:6:12:19:9:6:12:19 chr16 570557 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.419;QD=57.6807;RBI=0.0168486;REFB=0;REVB=0.00982934;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7643e-05;OID=.;OPOS=570557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr16 601632 . T C 578.35 PASS AF=0.413333;AO=62;DP=150;FAO=62;FDP=150;FR=.;FRO=88;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=-0.0154977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1182;QD=15.4228;RBI=0.0269049;REFB=-0.0156622;REVB=-0.021993;RO=88;SAF=28;SAR=34;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329941;STB=0.518513;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0219354;OID=.;OPOS=601632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:88:88:62:62:0.413333:34:28:37:51:34:28:37:51 chr16 602313 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00098943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6692;QD=51.9164;RBI=0.0215525;REFB=0;REVB=0.0215298;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334946;OID=.;OPOS=602313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr16 602361 . G A 43.76 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00369428;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0505;QD=6.4831;RBI=0.0221987;REFB=-0.0192134;REVB=0.0218891;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946595;STB=0.560272;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.059345;OID=.;OPOS=602361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:27:20:20:7:7:0.259259:3:4:13:7:3:4:13:7 chr16 602672 . C T 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0287061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.541;QD=14.0975;RBI=0.0323967;REFB=0.00439849;REVB=0.0150168;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35308;STB=0.70557;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00596854;OID=.;OPOS=602672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:9:4:12:6:9:4:12:6 chr16 632273 . G A 171.77 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0295637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9839;QD=11.0816;RBI=0.0411938;REFB=0.000437707;REVB=0.0286866;RO=40;SAF=12;SAR=10;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331469;STB=0.51927;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.000379579;OID=.;OPOS=632273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:10:12:23:17:10:12:23:17 chr16 679814 . T C 1783.3 PASS AF=0.991597;AO=117;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0280203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2024;QD=59.943;RBI=0.0322342;REFB=-0.185659;REVB=0.0159345;RO=2;SAF=45;SAR=72;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206366;STB=0.505375;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00596905;OID=.;OPOS=679814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:2:1:117:118:0.991597:72:45:2:0:72:46:1:0 chr16 700644 . G C 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.83;QD=64.1539;RBI=0.0224813;REFB=0;REVB=0.00864591;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11752e-05;OID=.;OPOS=700644;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:50:49:0:0:50:49:0:0 chr16 705360 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00258445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.75;QD=45.8068;RBI=0.0052979;REFB=0;REVB=-0.00462475;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.22015e-05;OID=.;OPOS=705360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr16 705795 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.589;QD=60.61;RBI=0.0723363;REFB=0;REVB=0.0366329;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343524;OID=.;OPOS=705795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr16 705844 . T C 400.14 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.033132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0873;QD=53.3519;RBI=0.0715845;REFB=-0.0237185;REVB=-0.0634556;RO=1;SAF=11;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404624;STB=0.521724;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0110393;OID=.;OPOS=705844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:18:11:1:0:18:11:1:0 chr16 709001 . C A 710.76 PASS AF=0.9;AO=54;DP=61;FAO=54;FDP=60;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0737893;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.127;QD=47.384;RBI=0.0739785;REFB=-0.138246;REVB=0.0052866;RO=1;SAF=32;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145012;STB=0.542842;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00260342;OID=.;OPOS=709001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:61:60:1:6:54:54:0.9:22:32:1:0:22:32:6:0 chr16 709152 . G A 359.98 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0797203;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.442;QD=55.3819;RBI=0.0823798;REFB=0;REVB=0.0207631;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284022;OID=.;OPOS=709152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr16 711712 . C T 1821.0 PASS AF=0.991736;AO=119;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.111841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.451;QD=60.1982;RBI=0.14015;REFB=-0.107574;REVB=0.0844611;RO=2;SAF=69;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186173;STB=0.504854;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000780834;OID=.;OPOS=711712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:121:121:2:1:119:120:0.991736:50:69:0:2:51:69:0:1 chr16 711905 . A G 1047.4 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280376;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.66;QD=59.8514;RBI=0.0609809;REFB=0;REVB=-0.0541532;RO=0;SAF=46;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.04015e-05;OID=.;OPOS=711905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:24:46:0:0:24:46:0:0 chr16 712867 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.607;QD=62.9825;RBI=0.0419387;REFB=0;REVB=0.0016042;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34535e-05;OID=.;OPOS=712867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr16 715990 . G A,C 932.48 PASS AF=0.878788,0.121212;AO=57,8;DP=66;FAO=58,8;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=22,8;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361704,0.00431855;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.3727,209.007;QD=56.5141;RBI=0.0958877,0.0194161;REFB=0,0;REVB=0.0888041,-0.0189298;RO=1;SAF=22,8;SAR=35,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0132859,0.803989;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00893677,-0.0133954;OID=.,.;OPOS=715990,715990;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:66:66:1:0:57,8:58,8:0.878788,0.121212:35,0:22,8:0:1:36,0:22,8:0:0 chr16 716273 . T C 774.34 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.595;QD=56.3155;RBI=0.0264015;REFB=0;REVB=0.0212417;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406482;OID=.;OPOS=716273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:52:55:1:18:34:0:0:20:35:0:0 chr16 716287 . C A 794.8 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0120268;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.438;QD=53.885;RBI=0.0240754;REFB=-0.0521525;REVB=-0.0208562;RO=2;SAF=36;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00900834;STB=0.504778;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00144878;OID=.;OPOS=716287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:59:2:2:57:57:0.966102:21:36:1:1:21:36:1:1 chr16 716532 . C T 132.87 PASS AF=0.238095;AO=20;DP=84;FAO=20;FDP=84;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0182833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.62;QD=6.32731;RBI=0.0189401;REFB=-0.00602421;REVB=-0.00494453;RO=64;SAF=7;SAR=13;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261481;STB=0.660597;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0157442;OID=.;OPOS=716532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:64:64:20:20:0.238095:13:7:36:28:13:7:36:28 chr16 717523 . G T 949.14 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315958;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.911;QD=58.4083;RBI=0.0468855;REFB=0;REVB=0.0346404;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224594;OID=.;OPOS=717523;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:36:28:0:0:36:29:0:0 chr16 717544 . G C 902.14 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0498302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2079;QD=58.2027;RBI=0.0514792;REFB=0;REVB=0.0129254;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000401486;OID=.;OPOS=717544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr16 718514 . C G 340.66 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.32;QD=54.5049;RBI=0.0717998;REFB=0;REVB=0.0716432;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455767;OID=.;OPOS=718514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr16 719592 . G A 1466.15 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.112;QD=61.0897;RBI=0.0147618;REFB=-0.181458;REVB=0.010818;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00109174;OID=.;OPOS=719592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:96:96:0:1:94:95:0.989583:41:53:0:0:41:54:1:0 chr16 720152 . T C,G 409.74 PASS AF=0.766667,0.233333;AO=24,5;DP=29;FAO=23,7;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8,2;FSAR=15,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128472,0.0399841;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=148.934,92.5657;QD=54.6325;RBI=0.0143942,0.041797;REFB=0,0;REVB=0.00649181,-0.0121765;RO=0;SAF=9,0;SAR=15,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00803153,0.0158235;OID=.,.;OPOS=720152,720152;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:44:29:30:0:0:24,5:23,7:0.766667,0.233333:15,5:9,0:0:0:15,5:8,2:0:0 chr16 720960 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.332;QD=46.848;RBI=0.0209917;REFB=0;REVB=0.0198763;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167003;OID=.;OPOS=720960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr16 722331 . C T 383.62 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436995;FXX=0.0689417;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.66;QD=56.8329;RBI=0.0445207;REFB=0;REVB=-0.00851167;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33625e-05;OID=.;OPOS=722331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr16 722548 . A G 434.63 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.1;QD=56.0811;RBI=0.0185307;REFB=0;REVB=-0.00141113;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.1688e-05;OID=.;OPOS=722548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr16 735946 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0275823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0959;QD=14.6539;RBI=0.0387308;REFB=-0.0435646;REVB=0.0271898;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0311456;OID=.;OPOS=735946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:5:3:3:5:5:3 chr16 772061 . C T 1017.45 PASS AF=0.923077;AO=72;DP=78;FAO=72;FDP=78;FR=.;FRO=6;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.021225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.684;QD=52.1767;RBI=0.0230798;REFB=-0.0121774;REVB=0.00906522;RO=6;SAF=49;SAR=23;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297607;STB=0.515785;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.000363816;OID=.;OPOS=772061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:78:78:6:6:72:72:0.923077:23:49:3:3:23:49:3:3 chr16 772141 . G C 1022.07 PASS AF=0.972603;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0187152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.218;QD=56.0039;RBI=0.0188768;REFB=-0.220514;REVB=0.00246455;RO=0;SAF=47;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79556e-08;STB=0.510201;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00234524;OID=.;OPOS=772141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:73:0:2:70:71:0.972603:23:47:0:0:23:48:2:0 chr16 773341 . G A 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6511;QD=55.6535;RBI=0.060885;REFB=0;REVB=0.033335;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232715;OID=.;OPOS=773341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr16 774692 . A G 1213.64 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7288;QD=60.6821;RBI=0.0663963;REFB=0;REVB=-0.0613257;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462035;OID=.;OPOS=774692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:35:44:0:0:35:45:0:0 chr16 778024 . T C 782.92 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.58;QD=56.9398;RBI=0.0335683;REFB=0;REVB=0.001729;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139494;OID=.;OPOS=778024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr16 778820 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7696;QD=57.7123;RBI=0.0131008;REFB=0;REVB=-0.00842288;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180363;OID=.;OPOS=778820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr16 781633 . G A 651.33 PASS AF=0.978723;AO=42;DP=45;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.059819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.408;QD=55.4327;RBI=0.0769747;REFB=-0.123703;REVB=0.0484436;RO=2;SAF=16;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551181;STB=0.51219;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00392381;OID=.;OPOS=781633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:47:2:1:42:46:0.978723:26:16:2:0:26:20:1:0 chr16 784765 . C T 453.63 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.139688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8066;QD=54.9857;RBI=0.140138;REFB=-0.0912542;REVB=-0.0112247;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266731;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0042256;OID=.;OPOS=784765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:15:17:1:0:15:17:1:0 chr16 815549 . T C 719.2 PASS AF=0.47973;AO=70;DP=149;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0170763;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.862;QD=19.4378;RBI=0.0183362;REFB=-0.0171238;REVB=-0.00667958;RO=79;SAF=39;SAR=31;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489348;STB=0.522382;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0173888;OID=.;OPOS=815549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:79:77:70:71:0.47973:31:39:40:39:32:39:39:38 chr16 815565 . T C 544.97 PASS AF=0.431655;AO=62;DP=139;FAO=60;FDP=139;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0172267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.662;QD=15.6826;RBI=0.0238294;REFB=-0.030098;REVB=-0.0164646;RO=74;SAF=35;SAR=27;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898317;STB=0.524937;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0293095;OID=.;OPOS=815565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:74:79:62:60:0.431655:27:35:35:39:27:33:40:39 chr16 815567 . C T 314.75 PASS AF=0.303704;AO=41;DP=136;FAO=41;FDP=135;FR=.;FRO=94;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=0.00835534;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.672;QD=9.32601;RBI=0.00996953;REFB=-0.010507;REVB=0.00543873;RO=88;SAF=21;SAR=20;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123693;STB=0.513741;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0288197;OID=.;OPOS=815567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:88:94:41:41:0.303704:20:21:46:42:20:21:50:44 chr16 816072 . T C 378.28 PASS AF=0.573529;AO=36;DP=66;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.794;QD=22.252;RBI=0.0733205;REFB=-0.0322762;REVB=-0.0325485;RO=29;SAF=24;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157035;STB=0.543303;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0254842;OID=.;OPOS=816072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:29:29:36:39:0.573529:12:24:14:15:15:24:15:14 chr16 839165 . G A 417.09 PASS AF=0.432432;AO=47;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.00561241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.253;QD=15.0302;RBI=0.0550171;REFB=-0.0276024;REVB=0.0547301;RO=63;SAF=32;SAR=15;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186646;STB=0.594896;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0302268;OID=.;OPOS=839165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:63:47:48:0.432432:15:32:32:31:16:32:32:31 chr16 839262 . A G 2201.01 PASS AF=0.993007;AO=136;DP=137;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.140776;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5925;QD=61.5668;RBI=0.141659;REFB=-0.099755;REVB=-0.015791;RO=1;SAF=68;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693992;STB=0.503401;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00152044;OID=.;OPOS=839262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:137:143:1:1:136:142:0.993007:68:68:1:0:69:73:1:0 chr16 842806 . CAGG C 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0336489;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=254.74;QD=7.03219;RBI=0.0343096;REFB=-0.00693819;REVB=0.00670073;RO=25;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293022;STB=0.547715;STBP=0.806;TYPE=del;VARB=0.0171481;OID=.;OPOS=842807;OREF=AGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257143:9:35:9:35:26:2:7:7:19:61:25:2:7:6:19 chr16 844056 . G A 277.61 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00359366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.814;QD=16.0931;RBI=0.0520002;REFB=-0.0148454;REVB=0.0518758;RO=37;SAF=19;SAR=12;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651583;STB=0.526404;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.01559;OID=.;OPOS=844056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:38:31:31:0.449275:12:19:25:12:12:19:25:13 chr16 844142 . C T 174.9 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0280785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5297;QD=8.63725;RBI=0.0285688;REFB=-0.00219684;REVB=-0.00526991;RO=56;SAF=15;SAR=9;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874493;STB=0.559055;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0234586;OID=.;OPOS=844142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:56:57:24:24:0.296296:9:15:31:25:9:15:31:26 chr16 845742 . G A 251.61 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.132594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8111;QD=20.5392;RBI=0.136708;REFB=-0.0178582;REVB=0.033283;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752953;STB=0.530096;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0241632;OID=.;OPOS=845742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:13:11:9:15:13:11:10:15 chr16 845819 . A G 260.88 PASS AF=0.537037;AO=27;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0064316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3111;QD=19.3245;RBI=0.0160307;REFB=-0.046711;REVB=0.0146839;RO=25;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426759;STB=0.541638;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0197549;OID=.;OPOS=845819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:27:29:0.537037:11:16:16:9:13:16:16:9 chr16 846768 . C T 247.32 PASS AF=0.533333;AO=20;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0327054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.258;QD=21.9842;RBI=0.0327233;REFB=-0.0288154;REVB=-0.00107999;RO=17;SAF=4;SAR=16;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209279;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0232148;OID=.;OPOS=846768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:20:20:24:0.533333:16:4:1:16:18:6:5:15 chr16 846804 . C T 239.41 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0615821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3759;QD=20.8186;RBI=0.0684786;REFB=-0.0345328;REVB=0.0299495;RO=23;SAF=6;SAR=16;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817596;STB=0.55344;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0335576;OID=.;OPOS=846804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:23:22:23:0.5:16:6:8:15:17:6:8:15 chr16 848755 . G A 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.032461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.325;QD=19.0575;RBI=0.0335291;REFB=-0.0122816;REVB=-0.00839531;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214966;STB=0.512182;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00368326;OID=.;OPOS=848755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:11:9:9:10:11:9 chr16 855514 . TGGGGCAGCTG TGGGCAGCTG,TGGGG,TGGGGCA 208.21 PASS AF=0,0.447368,0.105263;AO=4,16,4;DP=39;FAO=0,17,4;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=0,7,4;FSAR=0,10,0;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.221133,0.0169794,0.0171161;FXX=0.0256345;HRUN=4,1,1;LEN=1,6,4;MLLD=14.0529,253.112,174.178;QD=21.9165;RBI=0.235622,0.0170129,0.0230026;REFB=-0.155886,-0.020701,-0.0100523;REVB=0.0813494,0.00106716,-0.0153674;RO=13;SAF=4,7,4;SAR=0,9,0;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.691137,-0.0193001,0.691137;STB=0.5,0.588131,0.996677;STBP=1,0.318,0.068;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.0138553,0.0266985;OID=.,.,.;OPOS=855515,855518,855521;OREF=G,GCAGCT,GCTG;OALT=-,-,-;OMAPALT=TGGGCAGCTG,TGGGG,TGGGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.447368,0.105263:4,16,4:39:0,17,4:38:17:0,7,4:0,10,0:10:7:99:13:4,7,4:0,9,0:6:7 chr16 855676 . A G 396.8 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0121248;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.182;QD=22.674;RBI=0.0122262;REFB=-0.0185963;REVB=0.0015713;RO=31;SAF=20;SAR=19;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100894;STB=0.555527;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0161396;OID=.;OPOS=855676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:31:31:39:39:0.557143:19:20:12:19:19:20:12:19 chr16 855717 . C G 404.86 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0375649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.281;QD=32.3884;RBI=0.0382405;REFB=0.00353978;REVB=0.00715686;RO=17;SAF=19;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00795644;STB=0.504345;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00146518;OID=.;OPOS=855717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:33:33:0.66:14:19:10:7:14:19:10:7 chr16 919917 . C T 270.67 PASS AF=0.333333;AO=35;DP=105;FAO=35;FDP=105;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.00719863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.688;QD=10.3113;RBI=0.0210578;REFB=-0.0123746;REVB=0.0197892;RO=69;SAF=15;SAR=20;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204188;STB=0.621916;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0304625;OID=.;OPOS=919917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:69:70:35:35:0.333333:20:15:42:27:20:15:43:27 chr16 1004555 . G A 134.57 PASS AF=0.207921;AO=21;DP=101;FAO=21;FDP=101;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.0328989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.31;QD=5.32958;RBI=0.033353;REFB=-0.00838135;REVB=-0.00548508;RO=80;SAF=8;SAR=13;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151496;STB=0.595328;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0269062;OID=.;OPOS=1004555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:80:80:21:21:0.207921:13:8:40:40:13:8:40:40 chr16 1034834 . T C 692.9 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067846;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.912;QD=62.9909;RBI=0.0441255;REFB=0;REVB=-0.0436008;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000496591;OID=.;OPOS=1034834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr16 1115904 . G A 30.42 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0143154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5387;QD=12.1662;RBI=0.0203134;REFB=-0.0238368;REVB=-0.0144119;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20967;STB=0.630995;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0500977;OID=.;OPOS=1115904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:3:2:1:4:3:2 chr16 1116169 . A G 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.556;QD=56.934;RBI=0.0365861;REFB=0;REVB=0.0304135;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165271;OID=.;OPOS=1116169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr16 1116445 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00314363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.438;QD=45.8068;RBI=0.0920213;REFB=0;REVB=0.0919676;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455594;OID=.;OPOS=1116445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr16 1130612 . G A 67.7 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0111484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.805;QD=14.2524;RBI=0.0273929;REFB=-0.00260395;REVB=0.0250216;RO=10;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166059;STB=0.599746;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0076615;OID=.;OPOS=1130612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:8:1:2:8:8:1:2:8 chr16 1131181 . C T 1916.77 PASS AF=0.984615;AO=126;DP=131;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0266977;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.466;QD=58.9775;RBI=0.0271476;REFB=-0.0331756;REVB=0.00492185;RO=3;SAF=65;SAR=61;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00666889;STB=0.500241;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00025015;OID=.;OPOS=1131181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:131:130:3:2:126:128:0.984615:61:65:2:1:62:66:1:1 chr16 1131373 . G A 188.45 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0200166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.293;QD=21.5377;RBI=0.0209358;REFB=-0.0543558;REVB=0.0061356;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295473;STB=0.516599;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0350897;OID=.;OPOS=1131373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:9:10:9:7:9:10:9:7 chr16 1131393 . A G 536.37 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0191018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7046;QD=55.0123;RBI=0.0216526;REFB=-0.0890731;REVB=-0.0101958;RO=2;SAF=19;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00129717;STB=0.500693;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.012168;OID=.;OPOS=1131393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:18:19:1:1:18:19:1:1 chr16 1250389 . A G 48.33 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0296578;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0764;QD=10.7389;RBI=0.0308064;REFB=-0.00642484;REVB=-0.00833348;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205271;STB=0.624653;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00758551;OID=.;OPOS=1250389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:4:7:3:4:4:7 chr16 1250559 . T C 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0246026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0952;QD=8.40131;RBI=0.0462625;REFB=-0.00303583;REVB=-0.0391781;RO=21;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31818;STB=0.69952;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00617602;OID=.;OPOS=1250559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:2:7:11:10:2:7:11:10 chr16 1251803 . C T 220.51 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0149755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.289;QD=24.5013;RBI=0.0283041;REFB=-0.0573245;REVB=0.0240178;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107809;STB=0.559944;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0350327;OID=.;OPOS=1251803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:10:11:10:5:10:11:10:5 chr16 1252118 . C T 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00121997;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=258.186;QD=30.8215;RBI=0.00121997;REFB=-0.0665286;REVB=0;RO=3;SAF=12;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0145738;OID=.;OPOS=1252118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:0:12:3:0:0:12:3:0 chr16 1252259 . A G 183.47 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00629201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.788;QD=20.3858;RBI=0.0502267;REFB=-0.0285686;REVB=-0.049831;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270773;STB=0.657962;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.027132;OID=.;OPOS=1252259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:17:18:19:0.527778:8:10:4:13:8:11:4:13 chr16 1252369 . C T 249.2 PASS AF=0.575;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0220258;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.775;QD=24.9199;RBI=0.0456072;REFB=-0.0201592;REVB=0.039936;RO=17;SAF=15;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995669;STB=0.555506;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0182678;OID=.;OPOS=1252369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:17:17:23:23:0.575:8:15:9:8:8:15:9:8 chr16 1260481 . T C 700.41 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.207;QD=62.2585;RBI=0.0426355;REFB=0;REVB=-0.0403055;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140541;OID=.;OPOS=1260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:16:28:0:0:16:29:0:0 chr16 1260485 . G A 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0153306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.853;QD=13.5806;RBI=0.0153341;REFB=0.00593407;REVB=-0.000327524;RO=28;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118818;STB=0.569648;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.010921;OID=.;OPOS=1260485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:5:12:17:11:5:12:17:11 chr16 1261219 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.804;QD=59.143;RBI=0.0539058;REFB=0;REVB=-0.00552312;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147575;OID=.;OPOS=1261219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:25:42:0:0:25:42:0:0 chr16 1261222 . A G 990.45 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000150788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.169;QD=59.1313;RBI=0.0174098;REFB=0;REVB=0.0174092;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175633;OID=.;OPOS=1261222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:25:42:0:0:25:42:0:0 chr16 1261282 . T C 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000102736;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.796;QD=54.7462;RBI=0.00293843;REFB=-0.0276969;REVB=0.00293663;RO=1;SAF=32;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144976;STB=0.507689;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=1.02928e-06;OID=.;OPOS=1261282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:21:32:1:0:21:32:1:0 chr16 1268494 . C T 435.86 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0268407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.246;QD=54.483;RBI=0.0338199;REFB=-0.0399573;REVB=0.0205757;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521725;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000343996;OID=.;OPOS=1268494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:20:11:0:0:20:11:1:0 chr16 1269029 . T C 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0848218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6987;QD=37.892;RBI=0.0926281;REFB=-0.0366204;REVB=-0.0372186;RO=1;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128042;STB=0.571302;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00695069;OID=.;OPOS=1269029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:9:3:1:0:9:3:1:0 chr16 1270162 . G A 1138.41 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.021225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0444;QD=59.1384;RBI=0.0441654;REFB=-0.120197;REVB=0.0387308;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.505881;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00258661;OID=.;OPOS=1270162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:76:76:0.987013:42:34:0:0:42:34:0:1 chr16 1270349 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.21;QD=44.6898;RBI=0.0624507;REFB=0;REVB=-0.0191778;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574993;OID=.;OPOS=1270349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr16 1271890 . G T 510.8 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0206542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.912;QD=56.7551;RBI=0.17754;REFB=-0.0661763;REVB=0.176334;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512188;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00267049;OID=.;OPOS=1271890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:35:36:0:1:35:35:0.972222:15:20:0:0:15:20:1:0 chr16 1272038 . G A 605.21 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2733;QD=60.5213;RBI=0.115138;REFB=0;REVB=0.049185;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00329953;OID=.;OPOS=1272038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:37:40:1:22:15:0:0:22:18:0:0 chr16 1272684 . C G 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0123226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.119;QD=10.9729;RBI=0.0503081;REFB=-0.010719;REVB=0.0487756;RO=31;SAF=9;SAR=6;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936941;STB=0.555484;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0253561;OID=.;OPOS=1272684;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:6:9:21:10:6:9:21:10 chr16 1272865 . G A 3163.04 PASS AF=1;AO=199;DP=199;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00718624;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.687;QD=61.7178;RBI=0.0137621;REFB=0;REVB=0.0117369;RO=0;SAF=84;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35131e-05;OID=.;OPOS=1272865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:205:0:0:199:205:1:115:84:0:0:121:84:0:0 chr16 1273490 . C T 377.88 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0280179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.941;QD=24.3796;RBI=0.0282641;REFB=-0.0216439;REVB=0.00372231;RO=25;SAF=16;SAR=21;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546916;STB=0.529975;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.01336;OID=.;OPOS=1273490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:21:16:9:16:21:16:9:16 chr16 1278744 . C T 96.06 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00156878;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.085;QD=22.6018;RBI=0.0740714;REFB=-0.0223595;REVB=0.0740548;RO=5;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235801;STB=0.64977;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0167404;OID=.;OPOS=1278744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:16:17:5:6:11:11:0.647059:4:7:5:0:4:7:6:0 chr16 1278767 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0363098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.965;QD=16.199;RBI=0.0406996;REFB=-0.0368182;REVB=0.0183863;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2842;STB=0.666107;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0124924;OID=.;OPOS=1278767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:3:0:2:3:3:0 chr16 1279623 . G A 83.98 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0221556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9216;QD=6.99868;RBI=0.0222;REFB=-0.00105151;REVB=-0.0014032;RO=33;SAF=2;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430118;STB=0.797824;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00442787;OID=.;OPOS=1279623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:48:48:33:36:11:11:0.229167:9:2:17:16:9:2:20:16 chr16 1279704 . A G 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0213258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5896;QD=8.40181;RBI=0.0226632;REFB=-0.00166477;REVB=0.00767038;RO=21;SAF=1;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.570221;STB=0.858629;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00712664;OID=.;OPOS=1279704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:8:1:12:9:8:1:12:9 chr16 1279710 . G A 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0220182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.221;QD=8.73796;RBI=0.0277296;REFB=-0.00635832;REVB=0.0168561;RO=20;SAF=1;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.586409;STB=0.86579;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00110457;OID=.;OPOS=1279710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:8:1:12:8:8:1:12:8 chr16 1279714 . A G 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0841123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.063;QD=8.73779;RBI=0.0905136;REFB=-0.00926333;REVB=-0.0334339;RO=20;SAF=1;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.586409;STB=0.86579;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0564007;OID=.;OPOS=1279714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:8:1:12:8:8:1:12:8 chr16 1279717 . C T 64.94 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.06939;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.072;QD=9.27674;RBI=0.069523;REFB=-0.0209237;REVB=-0.00429757;RO=20;SAF=1;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.586409;STB=0.856268;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0211142;OID=.;OPOS=1279717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:29:28:20:19:9:9:0.321429:8:1:12:8:8:1:11:8 chr16 1291188 . C T 121.61 PASS AF=0.65;AO=11;DP=21;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0168412;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2684;QD=24.3212;RBI=0.0204313;REFB=-0.0750769;REVB=0.0115677;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175522;STB=0.562406;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0440035;OID=.;OPOS=1291188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:21:20:7:7:11:13:0.65:6:5:5:2:6:7:5:2 chr16 1291591 . G C 140.61 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=-0.00654426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1264;QD=9.37382;RBI=0.0251138;REFB=-0.012103;REVB=0.0242461;RO=41;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100933;STB=0.559263;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0191057;OID=.;OPOS=1291591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:13:6:10:31:13:6:10:31 chr16 1291597 . C G 116.63 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=36;FWDB=0.00192749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.819;QD=7.40492;RBI=0.00928832;REFB=-0.0128332;REVB=0.00908612;RO=46;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194303;STB=0.6156;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0234377;OID=.;OPOS=1291597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:46:46:17:17:0.269841:11:6:10:36:11:6:10:36 chr16 1291598 . G A 157.11 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.000542787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.454;QD=9.6684;RBI=0.0171477;REFB=-0.00402016;REVB=-0.0171391;RO=44;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517754;STB=0.530359;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.022782;OID=.;OPOS=1291598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:15:6:11:33:15:6:11:33 chr16 1291622 . A G 215.31 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.000777192;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.066;QD=12.854;RBI=0.0129487;REFB=-0.00836443;REVB=-0.0129254;RO=41;SAF=5;SAR=21;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183609;STB=0.606651;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0214122;OID=.;OPOS=1291622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:41:41:26:26:0.38806:21:5:13:28:21:5:13:28 chr16 1306632 . C T 87.46 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0256738;FXX=0.0925755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.759;QD=7.13992;RBI=0.0320507;REFB=-0.00712219;REVB=0.0191861;RO=32;SAF=8;SAR=4;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166497;STB=0.619514;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0105992;OID=.;OPOS=1306632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:52:49:32:37:12:12:0.244898:4:8:17:15:4:8:19:18 chr16 1306671 . G A 582.06 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0666853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1201;QD=58.2056;RBI=0.0690125;REFB=-0.0213347;REVB=0.0177706;RO=1;SAF=17;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267628;STB=0.513507;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00101799;OID=.;OPOS=1306671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:1:1:38:39:0.975:21:17:1:0:21:18:1:0 chr16 1306681 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.729;QD=59.4351;RBI=0.0366946;REFB=0;REVB=0.0319783;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247378;OID=.;OPOS=1306681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:20:15:0:0 chr16 1306918 . C T 123.48 PASS AF=0.231707;AO=19;DP=82;FAO=19;FDP=82;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-3.85765e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.072;QD=6.0232;RBI=0.00894561;REFB=-0.00400718;REVB=0.00894553;RO=59;SAF=9;SAR=10;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209515;STB=0.622495;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0345413;OID=.;OPOS=1306918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:59:63:19:19:0.231707:10:9:38:21:10:9:40:23 chr16 1306921 . G A 123.29 PASS AF=0.228916;AO=19;DP=83;FAO=19;FDP=83;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.00948706;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.447;QD=5.94164;RBI=0.0122582;REFB=-0.00215791;REVB=-0.00776271;RO=64;SAF=9;SAR=10;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18777;STB=0.615461;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00792134;OID=.;OPOS=1306921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:64:64:19:19:0.228916:10:9:40:24:10:9:40:24 chr16 1306927 . C T 114.89 PASS AF=0.225;AO=18;DP=80;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=0.00383545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9007;QD=5.74444;RBI=0.0118983;REFB=-0.00945035;REVB=0.0112632;RO=62;SAF=9;SAR=9;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203007;STB=0.62487;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0126569;OID=.;OPOS=1306927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:62:62:18:18:0.225:9:9:41:21:9:9:41:21 chr16 1306971 . A G 107.31 PASS AF=0.223684;AO=17;DP=76;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.0236542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.022;QD=5.6478;RBI=0.0245369;REFB=-0.00558303;REVB=-0.00652215;RO=59;SAF=8;SAR=9;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215142;STB=0.63288;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0340816;OID=.;OPOS=1306971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:59:59:17:17:0.223684:9:8:38:21:9:8:38:21 chr16 1306973 . A G 98.3 PASS AF=0.210526;AO=16;DP=76;FAO=16;FDP=76;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.0505163;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0207;QD=5.17353;RBI=0.0530762;REFB=-0.0182265;REVB=-0.0162844;RO=58;SAF=7;SAR=9;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24643;STB=0.650947;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0734561;OID=.;OPOS=1306973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:76:76:58:60:16:16:0.210526:9:7:37:21:9:7:38:22 chr16 1306986 . C T 73.5 PASS AF=0.180556;AO=13;DP=72;FAO=13;FDP=72;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0349556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4393;QD=4.08348;RBI=0.0354765;REFB=-0.00106024;REVB=-0.00605697;RO=58;SAF=6;SAR=7;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154892;STB=0.59308;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00705655;OID=.;OPOS=1306986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:72:72:58:59:13:13:0.180556:7:6:34:24:7:6:34:25 chr16 1307050 . C T 41.38 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0138673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.33;QD=2.66944;RBI=0.0153923;REFB=0.00498466;REVB=-0.00667976;RO=54;SAF=2;SAR=6;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288016;STB=0.711314;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0251498;OID=.;OPOS=1307050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:62:62:54:54:8:8:0.129032:6:2:26:28:6:2:26:28 chr16 1307060 . A G 30.41 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0223817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.428;QD=2.21198;RBI=0.0486735;REFB=-0.00251611;REVB=-0.0432223;RO=48;SAF=2;SAR=4;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101331;STB=0.589436;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0280254;OID=.;OPOS=1307060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:55:48:49:6:6:0.109091:4:2:20:28:4:2:21:28 chr16 1311333 . A G 1173.46 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.489;QD=60.1776;RBI=0.110824;REFB=0;REVB=0.0411449;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276327;OID=.;OPOS=1311333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:78:0:0:71:78:1:32:39:0:0:35:43:0:0 chr16 1312546 . T A 771.4 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00802462;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.465;QD=57.1406;RBI=0.0286511;REFB=0;REVB=0.0275044;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01039e-05;OID=.;OPOS=1312546;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr16 1312826 . A G 1149.13 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.066;QD=60.4807;RBI=0.0175754;REFB=0;REVB=0.0104561;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023161;OID=.;OPOS=1312826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:32:43:0:0:33:43:0:0 chr16 1312920 . G A 103.16 PASS AF=0.202381;AO=17;DP=84;FAO=17;FDP=84;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.00054315;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.531;QD=4.91219;RBI=0.00566932;REFB=-0.0147474;REVB=0.00564324;RO=66;SAF=13;SAR=4;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36394;STB=0.728333;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0581903;OID=.;OPOS=1312920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:66:67:17:17:0.202381:4:13:32:34:4:13:33:34 chr16 1370597 . G C 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.263;QD=60.2272;RBI=0.0307117;REFB=0;REVB=0.0232494;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133881;OID=.;OPOS=1370597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr16 1370614 . C G 340.48 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.976;QD=54.4761;RBI=0.0229684;REFB=0;REVB=-0.0188727;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.79748e-05;OID=.;OPOS=1370614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:15:10:0:0 chr16 1370630 . A G 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0449784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.356;QD=49.5921;RBI=0.0634199;REFB=0;REVB=-0.0447105;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00301115;OID=.;OPOS=1370630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr16 1374818 . A G 613.99 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00130269;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.44;QD=57.1153;RBI=0.00580428;REFB=-0.0908961;REVB=-0.00565621;RO=2;SAF=25;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360683;STB=0.519221;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00261773;OID=.;OPOS=1374818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:43:2:2:41:41:0.953488:16:25:2:0:16:25:2:0 chr16 1374951 . C G 236.59 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.0043789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.641;QD=15.7725;RBI=0.013005;REFB=-0.016014;REVB=0.0122457;RO=33;SAF=20;SAR=7;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168818;STB=0.509547;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0188107;OID=.;OPOS=1374951;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:7:20:24:9:7:20:24:9 chr16 1389153 . C A 1326.96 PASS AF=0.936842;AO=89;DP=95;FAO=89;FDP=95;FR=.;FRO=6;FSAF=56;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0504138;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3801;QD=55.8721;RBI=0.116272;REFB=-0.0645605;REVB=0.104775;RO=5;SAF=56;SAR=33;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00314742;STB=0.508704;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0048363;OID=.;OPOS=1389153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:95:95:5:6:89:89:0.936842:33:56:3:2:33:56:3:3 chr16 1391871 . C G 174.09 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00290511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6662;QD=11.6061;RBI=0.0184283;REFB=-0.0174711;REVB=-0.0181979;RO=35;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07608;STB=0.549955;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0189945;OID=.;OPOS=1391871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:38:22:22:0.366667:11:11:15:20:11:11:16:22 chr16 1393020 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0439776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.885;QD=10.0748;RBI=0.0526794;REFB=0.0169141;REVB=0.0290016;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133032;STB=0.581189;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.0104052;OID=.;OPOS=1393020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:7:7:5:3:7:7 chr16 1394507 . A C 1634.41 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00830669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.196;QD=59.9782;RBI=0.0130883;REFB=0;REVB=0.0101145;RO=0;SAF=59;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09214e-05;OID=.;OPOS=1394507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:109:0:0:107:109:1:48:59:0:0:49:60:0:0 chr16 1397815 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.033193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.375;QD=9.4448;RBI=0.033193;REFB=-0.0248441;REVB=0;RO=10;SAF=6;SAR=0;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.051318;OID=.;OPOS=1397815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:0:6:10:0:0:6:10:0 chr16 1419947 . A G 340.24 PASS AF=0.928571;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00550562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.107;QD=48.6057;RBI=0.0102221;REFB=0.0067135;REVB=0.00861274;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319949;STB=0.531226;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.000652102;OID=.;OPOS=1419947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:28:1:2:25:26:0.928571:14:11:0:1:15:11:0:2 chr16 1421535 . C T 107.0 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0792287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.786;QD=12.5881;RBI=0.0798692;REFB=-0.0237205;REVB=-0.010095;RO=21;SAF=1;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527821;STB=0.72415;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.020774;OID=.;OPOS=1421535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:21:21:12:13:0.382353:11:1:9:12:11:2:9:12 chr16 1433698 . C T 225.84 PASS AF=0.283186;AO=32;DP=113;FAO=32;FDP=113;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.0302123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0785;QD=7.99417;RBI=0.0346019;REFB=-0.0037866;REVB=-0.0168674;RO=81;SAF=11;SAR=21;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127963;STB=0.576133;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00802498;OID=.;OPOS=1433698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:81:81:32:32:0.283186:21:11:36:45:21:11:36:45 chr16 1433766 . T C 1627.13 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109935;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.446;QD=60.2642;RBI=0.0143401;REFB=0;REVB=-0.00920775;RO=0;SAF=61;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21283e-05;OID=.;OPOS=1433766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:47:61:0:0:47:61:0:0 chr16 1447278 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.002;QD=58.1418;RBI=0.0324911;REFB=0;REVB=0.0262779;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172979;OID=.;OPOS=1447278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr16 1479250 . C T 2404.49 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00532845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.76;QD=64.1196;RBI=0.0124499;REFB=0;REVB=0.011252;RO=0;SAF=60;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05149e-05;OID=.;OPOS=1479250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:149:150:1:89:60:0:0:90:60:0:0 chr16 1484392 . G C 1208.9 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0084598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7582;QD=61.2099;RBI=0.0945277;REFB=0;REVB=0.0941484;RO=0;SAF=51;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055718;OID=.;OPOS=1484392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:27:51:0:0:28:51:0:0 chr16 1484473 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000129612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.31;QD=58.2396;RBI=0.000224747;REFB=0;REVB=0.000183608;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49404e-08;OID=.;OPOS=1484473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr16 1498382 . C T 81.25 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0443626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.717;QD=8.12483;RBI=0.0476709;REFB=0.00247761;REVB=-0.0174492;RO=27;SAF=6;SAR=5;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144873;STB=0.607294;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.0113868;OID=.;OPOS=1498382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:27:29:11:11:0.275:5:6:18:9:5:6:20:9 chr16 1503879 . T A 2527.47 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.665;QD=61.6455;RBI=0.0187926;REFB=0;REVB=0.00571674;RO=0;SAF=91;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22196e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07309e-05;OID=.;OPOS=1503879;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:164:0:0:163:164:1:72:91:0:0:72:92:0:0 chr16 1506122 . G A 232.24 PASS AF=0.210811;AO=36;DP=187;FAO=39;FDP=185;FR=.,HEALED;FRO=146;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=95;FSRR=51;FWDB=-0.140869;FXX=0.0106946;HRUN=5;LEN=1;MLLD=72.9705;QD=5.02142;RBI=0.141481;REFB=-0.0159936;REVB=-0.0131413;RO=71;SAF=25;SAR=11;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241308;STB=0.537421;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0396276;OID=.;OPOS=1506122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:185:71:146:36:39:0.210811:11:25:35:36:12:27:95:51 chr16 1538912 . C T 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0265068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.44;QD=6.10492;RBI=0.0364424;REFB=-0.0111559;REVB=-0.0250088;RO=25;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235792;STB=0.529339;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0529869;OID=.;OPOS=1538912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:25:26:8:8:0.235294:4:4:13:12:4:4:14:12 chr16 1545448 . A G 370.83 PASS AF=0.396396;AO=43;DP=110;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0139935;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9021;QD=13.3632;RBI=0.0146878;REFB=-0.0220938;REVB=0.00446232;RO=67;SAF=27;SAR=16;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517459;STB=0.519888;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0290372;OID=.;OPOS=1545448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:67:67:43:44:0.396396:16:27:39:28:17:27:39:28 chr16 1547477 . T C 234.4 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0191382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.839;QD=13.0223;RBI=0.0231028;REFB=0.0020271;REVB=-0.0129411;RO=44;SAF=11;SAR=17;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677358;STB=0.538827;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00466793;OID=.;OPOS=1547477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:17:11:20:24:17:11:20:24 chr16 1555445 . C T 212.65 PASS AF=0.260163;AO=32;DP=123;FAO=32;FDP=123;FR=.;FRO=91;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=0.0843472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1248;QD=6.91545;RBI=0.104174;REFB=-0.0134543;REVB=-0.0611366;RO=90;SAF=11;SAR=21;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116356;STB=0.566606;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0725949;OID=.;OPOS=1555445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:90:91:32:32:0.260163:21:11:39:51:21:11:39:52 chr16 1555589 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.3;QD=56.9567;RBI=0.0286349;REFB=0;REVB=0.00658595;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.6996e-05;OID=.;OPOS=1555589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr16 1556295 . C T 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.017001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.044;QD=19.666;RBI=0.0195092;REFB=-0.0315752;REVB=0.00956946;RO=32;SAF=16;SAR=18;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168278;STB=0.593076;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0207107;OID=.;OPOS=1556295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:18:16:9:23:18:16:9:23 chr16 1559838 . T C 1163.34 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015176;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.692;QD=61.2282;RBI=0.0520619;REFB=0;REVB=0.0498009;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22151e-05;OID=.;OPOS=1559838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:75:76:1:32:43:0:0:33:43:0:0 chr16 1574863 . G A 452.17 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=10;FWDB=0.038374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8431;QD=19.448;RBI=0.0394037;REFB=-0.0138384;REVB=0.00894908;RO=48;SAF=25;SAR=20;SRF=38;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230273;STB=0.626814;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0139454;OID=.;OPOS=1574863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:20:25:38:10:20:25:38:10 chr16 1584446 . G C 145.54 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0127087;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.04;QD=16.1709;RBI=0.0134482;REFB=-0.00461741;REVB=0.00439823;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145276;STB=0.583232;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00567256;OID=.;OPOS=1584446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:13:7:8:8:13:7 chr16 1591962 . G A 446.6 PASS AF=0.431034;AO=49;DP=115;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=0.00398468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.135;QD=15.3999;RBI=0.0039909;REFB=-0.0138265;REVB=0.000222813;RO=66;SAF=25;SAR=24;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145413;STB=0.57537;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0177855;OID=.;OPOS=1591962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:66:66:49:50:0.431034:24:25:43:23:24:26:43:23 chr16 1608082 . A G 322.4 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00872631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.838;QD=16.5331;RBI=0.015595;REFB=-0.00150008;REVB=-0.012925;RO=41;SAF=20;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809992;STB=0.546099;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00258982;OID=.;OPOS=1608082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:43:35:35:0.448718:15:20:20:21:15:20:21:22 chr16 1614097 . A G 1584.27 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0769756;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.463;QD=64.0111;RBI=0.0774286;REFB=0;REVB=0.00836331;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21389e-05;OID=.;OPOS=1614097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:49:50:0:0:49:50:0:0 chr16 1634385 . C T 478.34 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00375369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1956;QD=16.9324;RBI=0.0288926;REFB=0.00651622;REVB=0.0286478;RO=57;SAF=24;SAR=28;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114905;STB=0.516387;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.00899497;OID=.;OPOS=1634385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:57:61:52:52:0.460177:28:24:27:30:28:24:30:31 chr16 1682281 . A G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7657;QD=57.2001;RBI=0.0537464;REFB=0;REVB=0.0457897;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135044;OID=.;OPOS=1682281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr16 1697025 . C T 835.23 PASS AF=0.542484;AO=82;DP=152;FAO=83;FDP=153;FR=.;FRO=70;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.00320514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.599;QD=21.836;RBI=0.00424689;REFB=0.00344804;REVB=0.00278624;RO=69;SAF=52;SAR=30;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182043;STB=0.604667;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00374082;OID=.;OPOS=1697025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:69:70:82:83:0.542484:30:52:29:40:30:53:29:41 chr16 1723914 . C T 236.61 PASS AF=0.267717;AO=34;DP=127;FAO=34;FDP=127;FR=.;FRO=93;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=56;FSRR=37;FWDB=0.00155498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.762;QD=7.45213;RBI=0.0348894;REFB=-0.00290771;REVB=-0.0348547;RO=93;SAF=21;SAR=13;SRF=56;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199967;STB=0.511938;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00962365;OID=.;OPOS=1723914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:93:93:34:34:0.267717:13:21:56:37:13:21:56:37 chr16 1730470 . A G 425.74 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0257172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6342;QD=15.342;RBI=0.0651456;REFB=-0.00733024;REVB=-0.0598546;RO=62;SAF=23;SAR=25;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10182;STB=0.552206;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0100692;OID=.;OPOS=1730470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:62:63:48:48:0.432432:25:23:36:26:25:23:36:27 chr16 1779199 . G A 35.36 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00250928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.551;QD=5.44066;RBI=0.0122192;REFB=-0.0210989;REVB=-0.0119588;RO=20;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502872;STB=0.832223;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0253407;OID=.;OPOS=1779199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:5:1:12:8:5:1:12:8 chr16 1797050 . C T 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.027625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.225;QD=15.6262;RBI=0.0321205;REFB=-0.0130189;REVB=0.0163886;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420839;STB=0.524246;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0197957;OID=.;OPOS=1797050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:12:7:11:16:12:7:11:16 chr16 1809021 . G A 372.96 PASS AF=0.506494;AO=38;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0550994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0076;QD=19.3745;RBI=0.0787605;REFB=-0.0392275;REVB=0.0562786;RO=38;SAF=13;SAR=25;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026555;STB=0.523449;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0359282;OID=.;OPOS=1809021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:38:39:0.506494:25:13:12:26:25:14:12:26 chr16 1812374 . G A 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00992555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.301;QD=7.95471;RBI=0.0534041;REFB=-0.0198568;REVB=0.0524736;RO=19;SAF=7;SAR=1;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379343;STB=0.745926;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0292735;OID=.;OPOS=1812374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:1:7:12:7:1:7:12:7 chr16 1812403 . C T 53.11 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00966575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.599;QD=7.32554;RBI=0.0134183;REFB=-0.0038892;REVB=-0.00930719;RO=21;SAF=7;SAR=1;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437903;STB=0.785674;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0308384;OID=.;OPOS=1812403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:1:7:12:9:1:7:12:9 chr16 1812972 . G C 247.84 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0821213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8265;QD=25.4191;RBI=0.0821456;REFB=0.00922574;REVB=0.00199613;RO=16;SAF=4;SAR=19;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907356;STB=0.550678;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.0148634;OID=.;OPOS=1812972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:19:4:4:12:19:4:4:12 chr16 1813726 . G A 197.69 PASS AF=0.298851;AO=26;DP=87;FAO=26;FDP=87;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0161593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.248;QD=9.08897;RBI=0.0161602;REFB=-0.00531953;REVB=-0.000175271;RO=60;SAF=14;SAR=12;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123689;STB=0.56685;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0189573;OID=.;OPOS=1813726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:60:61:26:26:0.298851:12:14:26:34:12:14:27:34 chr16 1814391 . T C 138.33 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0131125;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.611;QD=17.8487;RBI=0.0132606;REFB=-0.0120946;REVB=0.00197598;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211553;STB=0.613893;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0259788;OID=.;OPOS=1814391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:14:15:0.483871:7:7:11:4:7:8:12:4 chr16 1827836 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.198;QD=63.5829;RBI=0.0403462;REFB=0;REVB=0.0340194;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170144;OID=.;OPOS=1827836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr16 1828147 . G A 204.2 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.000342746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.507;QD=12.5664;RBI=0.0204059;REFB=-0.0128922;REVB=-0.020403;RO=38;SAF=13;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665745;STB=0.518504;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.01523;OID=.;OPOS=1828147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:40:25:25:0.384615:12:13:20:18:12:13:22:18 chr16 1838640 . T C 2267.58 PASS AF=1;AO=141;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.919;QD=62.9884;RBI=0.0326286;REFB=0;REVB=0.0207708;RO=0;SAF=82;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35412e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15444e-05;OID=.;OPOS=1838640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:141:144:1:59:82:0:0:61:83:0:0 chr16 1841033 . G A 724.5 PASS AF=0.982143;AO=52;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0230809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.896;QD=51.7498;RBI=0.0763887;REFB=-0.18648;REVB=0.0728183;RO=2;SAF=38;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202275;STB=0.516123;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00217515;OID=.;OPOS=1841033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:55:56:2:1:52:55:0.982143:14:38:1:1:15:40:0:1 chr16 1841272 . G A 330.89 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0260692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.782;QD=15.9466;RBI=0.0260726;REFB=-0.0110466;REVB=-0.000420941;RO=47;SAF=15;SAR=21;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525713;STB=0.529636;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0116202;OID=.;OPOS=1841272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:21:15:22:25:21:15:22:25 chr16 1842209 . A G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00248418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.4;QD=58.5869;RBI=0.0118448;REFB=0;REVB=-0.0115813;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.09747e-05;OID=.;OPOS=1842209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr16 1843672 . T C 2217.36 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0591;QD=63.3531;RBI=0.065174;REFB=0;REVB=0.0537838;RO=0;SAF=65;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32058e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176403;OID=.;OPOS=1843672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:75:65:0:0:75:65:0:0 chr16 1859432 . G C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0445754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5972;QD=10.0332;RBI=0.0456949;REFB=-0.0104883;REVB=-0.0100529;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286688;STB=0.676751;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0279336;OID=.;OPOS=1859432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:2:5:2:3:2:5 chr16 1867185 . C T 44.06 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0132212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.483;QD=6.52676;RBI=0.0253365;REFB=-0.0133586;REVB=-0.0216134;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520582;STB=0.553039;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0241548;OID=.;OPOS=1867185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:19:20:7:7:0.259259:4:3:9:10:4:3:10:10 chr16 1867247 . G A 121.89 PASS AF=0.4;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00795079;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.638;QD=13.93;RBI=0.0249846;REFB=-0.0276492;REVB=-0.0236858;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163526;STB=0.596186;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0439944;OID=.;OPOS=1867247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:21:21:14:14:0.4:4:10:12:9:4:10:12:9 chr16 1918125 . T G 2159.57 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0503394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.084;QD=63.0531;RBI=0.0510885;REFB=0;REVB=0.00871687;RO=0;SAF=85;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76369e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.34079e-05;OID=.;OPOS=1918125;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:52:85:0:0:52:85:0:0 chr16 1961674 . G C 199.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00619234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.597;QD=19.9843;RBI=0.0096969;REFB=-0.0189844;REVB=0.00746222;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113156;STB=0.574927;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0171216;OID=.;OPOS=1961674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:20:19:20:0.5:10:9:7:13:10:10:7:13 chr16 1962046 . CG TA 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0401396;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=139.183;QD=18.4438;RBI=0.0788919;REFB=-0.00187898;REVB=0.0679173;RO=9;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270831;STB=0.658211;STBP=0.18;TYPE=mnp;VARB=0.00440396;OID=.;OPOS=1962046;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:9:2:4:5:9:2:4:5 chr16 1962132 . G A 77.38 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0095295;FXX=0.0713776;HRUN=6;LEN=1;MLLD=115.453;QD=23.8081;RBI=0.0130171;REFB=0.00414372;REVB=0.00886753;RO=4;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476297;STB=0.779728;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.000570119;OID=.;OPOS=1962132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:13:13:4:4:9:9:0.692308:8:1:3:1:8:1:3:1 chr16 1990994 . T C 527.3 PASS AF=0.623377;AO=48;DP=77;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00315341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.038;QD=27.3923;RBI=0.00813809;REFB=-1.8461e-05;REVB=-0.0075023;RO=29;SAF=28;SAR=20;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141307;STB=0.576974;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=3.03014e-06;OID=.;OPOS=1990994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:29:29:48:48:0.623377:20:28:11:18:20:28:11:18 chr16 2009697 . C T 642.97 PASS AF=0.440994;AO=70;DP=160;FAO=71;FDP=161;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=53;FSRR=37;FWDB=0.0515998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5007;QD=15.9745;RBI=0.0754432;REFB=0.0182656;REVB=0.0550376;RO=88;SAF=38;SAR=32;SRF=51;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370991;STB=0.530276;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0131487;OID=.;OPOS=2009697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:88:90:70:71:0.440994:32:38:51:37:33:38:53:37 chr16 2014283 . A G 720.75 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.208;QD=56.529;RBI=0.045439;REFB=0;REVB=0.0431477;RO=0;SAF=34;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30854e-05;OID=.;OPOS=2014283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:14:34:0:0:16:35:0:0 chr16 2024131 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0859643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.123;QD=12.729;RBI=0.0859707;REFB=0.0146935;REVB=-0.001046;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29032;STB=0.679688;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.024163;OID=.;OPOS=2024131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:3:6:10:1:3:6:11:1 chr16 2028402 . A C 192.23 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0104117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3205;QD=9.8577;RBI=0.0346866;REFB=-0.00587777;REVB=-0.0330872;RO=53;SAF=9;SAR=16;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217991;STB=0.627996;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0104713;OID=.;OPOS=2028402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:53:53:25:25:0.320513:16:9:29:24:16:9:29:24 chr16 2035868 . C T 1937.48 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.023;QD=61.5072;RBI=0.0636528;REFB=0;REVB=0.0122249;RO=0;SAF=77;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49548e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145893;OID=.;OPOS=2035868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:126:0:0:116:126:1:39:77:0:0:41:85:0:0 chr16 2048826 . C G 725.18 PASS AF=1;AO=42;DP=46;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.221408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.684;QD=58.0146;RBI=0.224967;REFB=0;REVB=0.0398565;RO=4;SAF=14;SAR=28;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116759;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112594;OID=.;OPOS=2048826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:50:4:0:42:50:1:28:14:4:0:28:22:0:0 chr16 2049640 . A G 845.47 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00168385;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.542;QD=54.5464;RBI=0.121208;REFB=0.0270466;REVB=-0.121197;RO=2;SAF=40;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230134;STB=0.512191;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.00100118;OID=.;OPOS=2049640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:63:62:2:2:60:60:0.967742:20:40:2:0:20:40:2:0 chr16 2049965 . C T 104.84 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.020794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.803;QD=10.753;RBI=0.0577297;REFB=-0.0252613;REVB=-0.0538547;RO=26;SAF=10;SAR=3;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20601;STB=0.624792;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0255424;OID=.;OPOS=2049965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:3:10:16:10:3:10:16:10 chr16 2070164 . C T 102.68 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0495155;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8418;QD=27.3821;RBI=0.0543965;REFB=0.00597204;REVB=-0.022521;RO=4;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986657;STB=0.555457;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00104364;OID=.;OPOS=2070164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:16:15:4:4:11:11:0.733333:5:6:3:1:5:6:3:1 chr16 2070568 . A C 200.53 PASS AF=0.38806;AO=22;DP=63;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0669863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.6743;QD=11.9721;RBI=0.0711705;REFB=-0.0291128;REVB=-0.0240433;RO=39;SAF=2;SAR=20;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.550057;STB=0.678703;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0485965;OID=.;OPOS=2070568;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:67:39:41:22:26:0.38806:20:2:18:21:20:6:20:21 chr16 2087586 . C T 173.76 PASS AF=0.238938;AO=27;DP=113;FAO=27;FDP=113;FR=.;FRO=86;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=60;FWDB=-0.00432852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.201;QD=6.15092;RBI=0.00629732;REFB=8.71918e-05;REVB=0.00457386;RO=85;SAF=14;SAR=13;SRF=26;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266427;STB=0.662666;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.000445517;OID=.;OPOS=2087586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:85:86:27:27:0.238938:13:14:26:59:13:14:26:60 chr16 2100431 . C T 179.85 PASS AF=0.255102;AO=25;DP=98;FAO=25;FDP=98;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.0363744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.669;QD=7.34074;RBI=0.0374111;REFB=0.00448977;REVB=0.00874644;RO=73;SAF=15;SAR=10;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824547;STB=0.54996;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.016555;OID=.;OPOS=2100431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:73:73:25:25:0.255102:10:15:39:34:10:15:39:34 chr16 2103553 . T C 325.84 PASS AF=0.37037;AO=39;DP=107;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=0.006644;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.704;QD=12.0683;RBI=0.0169612;REFB=-0.00297766;REVB=-0.0156058;RO=63;SAF=31;SAR=8;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184301;STB=0.61273;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00544516;OID=.;OPOS=2103553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:63:68:39:40:0.37037:8:31:42:21:9:31:43:25 chr16 2122367 . A G 61.44 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.163057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2886;QD=5.71526;RBI=0.164722;REFB=-0.0294222;REVB=-0.0233598;RO=33;SAF=9;SAR=1;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.517228;STB=0.841302;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.150891;OID=.;OPOS=2122367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:43:43:33:33:10:10:0.232558:1:9:18:15:1:9:18:15 chr16 2130243 . C T 433.35 PASS AF=0.359155;AO=51;DP=142;FAO=51;FDP=142;FR=.;FRO=91;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=0.0777099;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1454;QD=12.2071;RBI=0.0822362;REFB=0.00762946;REVB=0.0269066;RO=91;SAF=25;SAR=26;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787506;STB=0.544936;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00792928;OID=.;OPOS=2130243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:91:91:51:51:0.359155:26:25:51:40:26:25:51:40 chr16 2134692 . A G 211.39 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00644214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.534;QD=19.2174;RBI=0.00654474;REFB=-0.0185595;REVB=-0.00115434;RO=23;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221978;STB=0.633669;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0239312;OID=.;OPOS=2134692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:23:20:21:0.477273:14:6:12:11:15:6:12:11 chr16 2136270 . G A 198.5 PASS AF=0.25;AO=30;DP=120;FAO=30;FDP=120;FR=.;FRO=90;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=0.0214513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0506;QD=6.61662;RBI=0.0244915;REFB=0.000234101;REVB=0.0118185;RO=90;SAF=14;SAR=16;SRF=37;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697785;STB=0.54206;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.000310492;OID=.;OPOS=2136270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:90:90:30:30:0.25:16:14:37:53:16:14:37:53 chr16 2158369 . C T 507.15 PASS AF=0.331579;AO=63;DP=190;FAO=63;FDP=190;FR=.;FRO=127;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=79;FWDB=0.0164189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.43;QD=10.6769;RBI=0.0191228;REFB=-0.000534115;REVB=0.00980311;RO=126;SAF=37;SAR=26;SRF=47;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244846;STB=0.637365;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00132434;OID=.;OPOS=2158369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:126:127:63:63:0.331579:26:37:47:79:26:37:48:79 chr16 2160494 . C T 82.29 PASS AF=0.275;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.101933;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.819;QD=8.22901;RBI=0.102039;REFB=-0.00418261;REVB=-0.00464162;RO=27;SAF=2;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426234;STB=0.785857;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00673264;OID=.;OPOS=2160494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:41:40:27:29:11:11:0.275:9:2:14:13:9:2:16:13 chr16 2160895 . G A 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00271469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.697;QD=21.0074;RBI=0.00917498;REFB=-0.0102431;REVB=0.00876417;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193596;STB=0.608585;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00979153;OID=.;OPOS=2160895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:10:9:12:5:10:9:12:5 chr16 2161119 . G A 101.34 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0149611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.595;QD=5.79068;RBI=0.0167184;REFB=-0.00582972;REVB=-0.00746125;RO=54;SAF=8;SAR=8;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045773;STB=0.528536;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0226569;OID=.;OPOS=2161119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:54:54:16:16:0.228571:8:8:25:29:8:8:25:29 chr16 2161581 . G A 147.44 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=0;FSRF=20;FSRR=0;FWDB=0.00867537;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.267;QD=16.3816;RBI=0.00867537;REFB=-0.00934706;REVB=0;RO=20;SAF=16;SAR=0;SRF=20;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0130077;OID=.;OPOS=2161581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:0:16:20:0:0:16:20:0 chr16 2162863 . G A 211.73 PASS AF=0.371429;AO=25;DP=69;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0251952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3822;QD=12.0989;RBI=0.0330511;REFB=-0.00707589;REVB=0.021391;RO=44;SAF=8;SAR=17;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254288;STB=0.654423;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0112832;OID=.;OPOS=2162863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:44:44:25:26:0.371429:17:8:24:20:18:8:24:20 chr16 2221282 . G A 112.0 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00525895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.865;QD=8.96001;RBI=0.0187688;REFB=-0.0229043;REVB=-0.0180169;RO=36;SAF=8;SAR=6;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118012;STB=0.571331;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0600826;OID=.;OPOS=2221282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:6:8:24:12:6:8:24:12 chr16 2231918 . C T 264.8 PASS AF=0.359551;AO=31;DP=88;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0102383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.427;QD=11.901;RBI=0.0362207;REFB=-0.0132807;REVB=0.0347435;RO=57;SAF=18;SAR=13;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100946;STB=0.54581;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0204228;OID=.;OPOS=2231918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:57:57:31:32:0.359551:13:18:28:29:14:18:28:29 chr16 2237270 . C A 137.39 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0103553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.925;QD=11.2153;RBI=0.012589;REFB=-0.00920326;REVB=-0.00715893;RO=32;SAF=11;SAR=5;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785478;STB=0.538855;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0187756;OID=.;OPOS=2237270;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:32:33:16:16:0.326531:5:11:20:12:5:11:21:12 chr16 2239555 . C T 246.53 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0308381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.101;QD=15.9053;RBI=0.033642;REFB=-0.0529574;REVB=0.0134459;RO=33;SAF=10;SAR=18;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00676758;STB=0.502511;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0472091;OID=.;OPOS=2239555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:28:28:0.451613:18:10:12:21:18:10:12:22 chr16 2257105 . C G 1471.94 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00401963;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.382;QD=63.3092;RBI=0.0143197;REFB=0;REVB=-0.0137439;RO=0;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50175e-05;OID=.;OPOS=2257105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:55:38:0:0:55:38:0:0 chr16 2260567 . C T 1824.9 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000583038;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=130.682;QD=60.3273;RBI=0.0318314;REFB=-0.112677;REVB=0.0318261;RO=0;SAF=46;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503355;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000400961;OID=.;OPOS=2260567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:0:1:120:120:0.991736:74:46:0:0:74:46:0:1 chr16 2260612 . T C 1147.41 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.288;QD=60.3899;RBI=0.00996878;REFB=0;REVB=0.00950058;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177766;OID=.;OPOS=2260612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:73:76:1:47:26:0:0:48:28:0:0 chr16 2263146 . A G 1201.86 PASS AF=1;AO=63;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5005;QD=60.8536;RBI=0.161125;REFB=0;REVB=0.160252;RO=0;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017006;OID=.;OPOS=2263146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:63:79:1:21:42:0:0:33:46:0:0 chr16 2263516 . A G 99.95 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.17936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2525;QD=15.3763;RBI=0.181438;REFB=0.0205126;REVB=0.0273766;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420327;STB=0.733069;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0119849;OID=.;OPOS=2263516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:8:4:0:14:8:4:0:14 chr16 2278509 . G A 63.37 PASS AF=0.45;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00349258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.615;QD=12.674;RBI=0.00378517;REFB=-0.0315421;REVB=0.00145926;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249111;STB=0.604168;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0293602;OID=.;OPOS=2278509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:19:20:11:11:8:9:0.45:5:3:7:4:5:4:7:4 chr16 2282255 . CG AC,CA,GA 620.1 PASS AF=0.0487805,0.95122,0;AO=2,20,3;DP=41;FAO=2,39,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21,0;FSAR=2,18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290022,0.072585,-0.0031191;FXX=0;HRUN=5,1,5;LEN=2,1,2;MLLD=32.7625,53.7867,98.3003;QD=60.4972;RBI=0.0736844,0.198614,0.00585752;REFB=0,0,0;REVB=0.0677368,0.184876,-0.00495801;RO=0;SAF=0,7,0;SAR=2,13,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,mnp;VARB=0.162144,-0.000323533,0;OID=.,.,.;OPOS=2282255,2282256,2282255;OREF=CG,G,CG;OALT=AC,A,GA;OMAPALT=AC,CA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:41:41:0:0:2,20,3:2,39,0:0.0487805,0.95122,0:2,13,3:0,7,0:0:0:2,18,0:0,21,0:0:0 chr16 2303353 . T C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0151838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.854;QD=18.8866;RBI=0.0171193;REFB=0.00794252;REVB=-0.00790725;RO=5;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2967;STB=0.676889;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00477864;OID=.;OPOS=2303353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:1:7:3:2:1:7:3:2 chr16 2305695 . C T 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0326701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7165;QD=7.96591;RBI=0.0474761;REFB=-0.00273329;REVB=0.0344477;RO=24;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34352;STB=0.677086;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0091236;OID=.;OPOS=2305695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:24:26:10:10:0.277778:6:4:17:7:6:4:17:9 chr16 2331430 . A G 868.46 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.08;QD=57.8971;RBI=0.0199878;REFB=0;REVB=0.0162664;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7352e-06;OID=.;OPOS=2331430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:25:34:0:0:25:35:0:0 chr16 2345629 . G A 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00727315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.865;QD=11.6234;RBI=0.0240375;REFB=-0.00455042;REVB=0.0229108;RO=38;SAF=7;SAR=15;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151335;STB=0.588152;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0094353;OID=.;OPOS=2345629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:15:7:17:21:15:7:17:21 chr16 2347399 . G A 145.76 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00862858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.004;QD=7.28813;RBI=0.0391044;REFB=-0.00469867;REVB=-0.0381405;RO=58;SAF=8;SAR=13;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16675;STB=0.595089;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0169499;OID=.;OPOS=2347399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:58:59:21:21:0.2625:13:8:30:28:13:8:30:29 chr16 2354090 . G A 156.11 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00904476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3827;QD=9.60667;RBI=0.0196675;REFB=-0.0104807;REVB=0.0174644;RO=44;SAF=4;SAR=17;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378222;STB=0.726257;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0352048;OID=.;OPOS=2354090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:17:4:21:23:17:4:21:23 chr16 2367336 . G A 108.57 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00456474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.937;QD=13.5706;RBI=0.00621834;REFB=-0.0712982;REVB=0.00422266;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957353;STB=0.538402;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0497051;OID=.;OPOS=2367336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:16:19:13:13:0.40625:6:7:7:9:6:7:9:10 chr16 2514095 . G A 242.78 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0483323;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.901;QD=17.0372;RBI=0.0575066;REFB=-0.00440656;REVB=0.0311608;RO=25;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132205;STB=0.549501;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00429374;OID=.;OPOS=2514095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:25:30:27:27:0.473684:16:11:14:11:16:11:15:15 chr16 2546590 . C T 69.17 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0205105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.934;QD=6.14839;RBI=0.0242246;REFB=0.00274872;REVB=0.0128898;RO=35;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519728;STB=0.533267;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.00751121;OID=.;OPOS=2546590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:5:5:16:19:5:5:16:19 chr16 2546812 . C T 660.87 PASS AF=0.53719;AO=65;DP=121;FAO=65;FDP=121;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00212216;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.821;QD=21.8468;RBI=0.00854195;REFB=-0.0186242;REVB=0.00827414;RO=54;SAF=30;SAR=35;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142616;STB=0.501278;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0166092;OID=.;OPOS=2546812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:54:56:65:65:0.53719:35:30:24:30:35:30:26:30 chr16 2766484 . G C 140.05 PASS AF=0.586207;AO=15;DP=28;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0191369;FXX=0.0644953;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.2987;QD=19.3167;RBI=0.0218628;REFB=-0.0467074;REVB=-0.0105718;RO=11;SAF=2;SAR=13;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187319;STB=0.553126;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.158242;OID=.;OPOS=2766484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:28:29:11:12:15:17:0.586207:13:2:3:8:13:4:4:8 chr16 2766485 . GGC CGG,G 233.49 PASS AF=0,0.961538;AO=2,8;DP=31;FAO=0,25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=0,6;FSAR=0,19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0265952,0.137442;FXX=0.133289;HRUN=3,3;LEN=3,2;MLLD=68.7243,21.534;QD=35.9221;RBI=0.0791204,0.18596;REFB=0.0709196,-0.00869903;REVB=-0.0745167,0.125263;RO=16;SAF=0,1;SAR=2,7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.468799,-0.312772;STB=0.5,0.53843;STBP=1,0.147;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0199154;OID=.,.;OPOS=2766485,2766486;OREF=GGC,GC;OALT=CGG,-;OMAPALT=CGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:6:31:26:16:1:2,8:0,25:0,0.961538:2,7:0,1:5:11:0,19:0,6:1:0 chr16 2812890 . A G 888.56 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133636;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.869;QD=58.2659;RBI=0.0138448;REFB=0;REVB=0.0036183;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.38989e-05;OID=.;OPOS=2812890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:36:24:0:0:37:24:0:0 chr16 2812939 . C A 731.23 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0821669;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6107;QD=60.9362;RBI=0.115427;REFB=-0.0632257;REVB=0.0810684;RO=1;SAF=12;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375629;STB=0.519991;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00371108;OID=.;OPOS=2812939;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:46:47:0.979167:34:12:1:0:35:12:1:0 chr16 2814162 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.612;QD=62.022;RBI=0.0237039;REFB=0;REVB=0.0183961;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22268e-06;OID=.;OPOS=2814162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr16 2815237 . AG CA,CG 766.7 PASS AF=0.0612245,0.938776;AO=3,46;DP=49;FAO=3,46;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=3,27;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016174,0.00608951;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=48.5122,124.845;QD=62.5881;RBI=0.0644182,0.0831842;REFB=0,0;REVB=0.0643979,0.082961;RO=0;SAF=3,27;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0270159,-0.0003165;OID=.,.;OPOS=2815237,2815237;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:49:49:0:0:3,46:3,46:0.0612245,0.938776:0,19:3,27:0:0:0,19:3,27:0:0 chr16 2816611 . C T 120.16 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0006328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.637;QD=14.1366;RBI=0.0210344;REFB=0.00831462;REVB=0.0210249;RO=20;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983446;STB=0.557438;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.00852145;OID=.;OPOS=2816611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:9:5:9:11:9:5:9:11 chr16 2816761 . C T 59.58 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0473725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1519;QD=5.54277;RBI=0.0525823;REFB=-0.00943797;REVB=0.0228199;RO=34;SAF=4;SAR=5;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173043;STB=0.612002;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0366444;OID=.;OPOS=2816761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:34:34:9:9:0.209302:5:4:20:14:5:4:20:14 chr16 2818161 . T C 1472.42 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0395249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8706;QD=63.33;RBI=0.0412909;REFB=0;REVB=-0.0119467;RO=0;SAF=59;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.20828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000381359;OID=.;OPOS=2818161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:34:59:0:0:34:59:0:0 chr16 2818704 . T G 1193.79 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00854969;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.901;QD=61.22;RBI=0.0622139;REFB=0;REVB=0.0616237;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131695;OID=.;OPOS=2818704;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr16 2821014 . T C 101.1 PASS AF=0.214286;AO=8;DP=57;FAO=12;FDP=56;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=31;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.245089;FXX=0.0175408;HRUN=10;LEN=1;MLLD=14.6539;QD=7.22141;RBI=0.24535;REFB=-0.106767;REVB=-0.0113138;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242422;STB=0.525649;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0451328;OID=.;OPOS=2821014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:56:12:31:8:12:0.214286:5:3:2:10:5:7:17:14 chr16 2821573 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0092797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.57;QD=57.7124;RBI=0.0111003;REFB=0;REVB=0.00609121;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83263e-05;OID=.;OPOS=2821573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr16 2821988 . TCCTC TCTC,TCTCG 448.25 PASS AF=1,0;AO=27,2;DP=29;FAO=32,0;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0645143,-0.0375667;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=25.9515,33.8176;QD=56.0317;RBI=0.0785016,0.0593191;REFB=0,0;REVB=-0.0447259,-0.0459074;RO=0;SAF=17,2;SAR=10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.228917,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00413031,0;OID=.,.;OPOS=2821989,2821990;OREF=C,CTC;OALT=-,TCG;OMAPALT=TCTC,TCTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:27,2:29:32,0:32:0:19,0:13,0:0:0:4:0:17,2:10,0:0:0 chr16 2871555 . G A 254.81 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00827091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.073;QD=16.4391;RBI=0.00886332;REFB=-0.00825372;REVB=-0.00318599;RO=34;SAF=18;SAR=10;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0044504;STB=0.510995;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.01094;OID=.;OPOS=2871555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:33:28:29:0.467742:10:18:22:12:10:19:21:12 chr16 2891212 . G A 211.67 PASS AF=0.488372;AO=22;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0316067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6327;QD=19.6897;RBI=0.0337651;REFB=-0.0150822;REVB=0.0118784;RO=21;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113847;STB=0.534574;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0170253;OID=.;OPOS=2891212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:22:21:0.488372:13:9:6:15:13:8:7:15 chr16 2983459 . C T 163.0 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0121264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.457;QD=9.18325;RBI=0.0297657;REFB=-0.00393716;REVB=-0.0271836;RO=49;SAF=10;SAR=12;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135708;STB=0.580081;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0061528;OID=.;OPOS=2983459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:49:22:22:0.309859:12:10:28:21:12:10:28:21 chr16 2983483 . C G 902.24 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.016912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8688;QD=53.865;RBI=0.0294667;REFB=-0.192356;REVB=0.0241302;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00933008;OID=.;OPOS=2983483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:67:67:0:3:64:64:0.955224:32:32:0:0:32:32:2:1 chr16 2986593 . TG TC,T 31.71 PASS AF=0.05,0.3;AO=2,11;DP=20;FAO=1,6;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=0,2;FSAR=1,4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0137062,-0.0870875;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=113.539,10.5312;QD=6.34117;RBI=0.0724376,0.129223;REFB=-0.0175755,-0.245612;REVB=-0.0711291,-0.0954692;RO=7;SAF=0,8;SAR=2,3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0.202544;SSSB=-0.577625,0.224559;STB=0.992924,0.732613;STBP=0.251,0.225;TYPE=snp,del;VARB=0.0829878,0.195807;OID=.,.;OPOS=2986594,2986594;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.05,0.3:2,11:20:1,6:20:13:0,2:1,4:9:4:27:7:0,8:2,3:3:4 chr16 2986840 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.427;QD=48.7356;RBI=0.0468331;REFB=0;REVB=0.00150852;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335508;OID=.;OPOS=2986840;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr16 2987190 . C T 360.25 PASS AF=0.354839;AO=44;DP=128;FAO=44;FDP=124;FR=.;FRO=80;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.0147096;FXX=0.0312476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.298;QD=11.6208;RBI=0.0147107;REFB=-0.0120362;REVB=0.00018616;RO=80;SAF=10;SAR=34;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275105;STB=0.659404;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0171452;OID=.;OPOS=2987190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:124:80:80:44:44:0.354839:34:10:35:45:34:10:35:45 chr16 3026834 . C T 326.73 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.000784972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.299;QD=15.0222;RBI=0.00470608;REFB=-0.0203853;REVB=0.00464015;RO=49;SAF=8;SAR=28;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332315;STB=0.691745;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0259338;OID=.;OPOS=3026834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:51:36:36:0.413793:28:8:25:24:28:8:26:25 chr16 3065924 . G A 336.67 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0519635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2223;QD=17.2649;RBI=0.0521674;REFB=-0.0119491;REVB=0.00460758;RO=42;SAF=13;SAR=23;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204722;STB=0.61482;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0100614;OID=.;OPOS=3065924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:23:13:24:18:23:13:24:18 chr16 3075999 . C G 1049.71 PASS AF=0.602484;AO=97;DP=161;FAO=97;FDP=161;FR=.;FRO=64;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.00966402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.865;QD=26.0797;RBI=0.0336686;REFB=0.00774964;REVB=-0.0322518;RO=63;SAF=42;SAR=55;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00846732;STB=0.508131;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.00812533;OID=.;OPOS=3075999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:63:64:97:97:0.602484:55:42:28:35:55:42:29:35 chr16 3099998 . T C 654.13 PASS AF=0.414773;AO=73;DP=176;FAO=73;FDP=176;FR=.;FRO=103;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=38;FSRR=65;FWDB=-0.0301284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.392;QD=14.8667;RBI=0.0344228;REFB=0.000448861;REVB=-0.0166497;RO=102;SAF=32;SAR=41;SRF=38;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703327;STB=0.541669;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.000722521;OID=.;OPOS=3099998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:102:103:73:73:0.414773:41:32:38:64:41:32:38:65 chr16 3119167 . T C 332.38 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0191071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3619;QD=32.4269;RBI=0.0444067;REFB=0.0504894;REVB=-0.0400858;RO=13;SAF=14;SAR=14;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222789;STB=0.512186;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.024814;OID=.;OPOS=3119167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:13:28:28:0.682927:14:14:7:6:14:14:7:6 chr16 3119304 . A G 227.99 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0483762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.812;QD=16.2849;RBI=0.0494174;REFB=-0.00519302;REVB=0.0100904;RO=29;SAF=6;SAR=19;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231898;STB=0.619468;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00376826;OID=.;OPOS=3119304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:30:25:26:0.464286:19:6:13:16:19:7:14:16 chr16 3131663 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.015;QD=40.7629;RBI=0.0670226;REFB=0;REVB=-0.00135928;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288383;OID=.;OPOS=3131663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr16 3132197 . A G 1913.33 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0849053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1733;QD=61.7203;RBI=0.0967574;REFB=0;REVB=-0.0464013;RO=0;SAF=58;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191113;OID=.;OPOS=3132197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:65:58:0:0:66:58:0:0 chr16 3140616 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00361489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.348;QD=53.9103;RBI=0.00701942;REFB=0;REVB=0.00601705;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98942e-05;OID=.;OPOS=3140616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:21:24:1:11:10:0:0:14:10:0:0 chr16 3170063 . C T 68.4 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0607617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7626;QD=10.1328;RBI=0.0640795;REFB=-0.0466511;REVB=0.0203516;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196337;STB=0.617414;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0822425;OID=.;OPOS=3170063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:27:27:17:17:10:10:0.37037:4:6:7:10:4:6:7:10 chr16 3202980 . G T 581.78 PASS AF=0.54717;AO=58;DP=106;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.011608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.055;QD=21.9541;RBI=0.0123778;REFB=0.0102279;REVB=0.00429714;RO=48;SAF=28;SAR=30;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374696;STB=0.520541;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.00808581;OID=.;OPOS=3202980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:48:48:58:58:0.54717:30:28:21:27:30:28:21:27 chr16 3207446 . G A 1454.28 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.272;QD=63.2298;RBI=0.0317266;REFB=0;REVB=0.00834185;RO=1;SAF=55;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129844;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72933e-05;OID=.;OPOS=3207446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:1:0:91:92:1:36:55:0:1:37:55:0:0 chr16 3234217 . C T 595.4 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.302;QD=61.0666;RBI=0.0467542;REFB=0;REVB=0.00327153;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90231e-05;OID=.;OPOS=3234217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:23:14:0:0:23:16:0:0 chr16 3241975 . G T 1028.12 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00220262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.433;QD=55.5738;RBI=0.0390588;REFB=-0.0202642;REVB=-0.0389966;RO=3;SAF=40;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00804834;STB=0.504259;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=6.78441e-05;OID=.;OPOS=3241975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:74:74:3:3:71:71:0.959459:31:40:2:1:31:40:2:1 chr16 3243904 . G A 742.73 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0147625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.088;QD=53.0518;RBI=0.0161887;REFB=-0.0538833;REVB=-0.00664407;RO=2;SAF=45;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204884;STB=0.510866;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00194702;OID=.;OPOS=3243904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:9:45:2:0:9:45:2:0 chr16 3243922 . C A 876.19 PASS AF=1;AO=49;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0701628;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.0819;QD=56.5282;RBI=0.106501;REFB=0;REVB=0.0801233;RO=0;SAF=36;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132079;OID=.;OPOS=3243922;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:49:62:1:13:36:0:0:13:49:0:0 chr16 3243942 . T C 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.996;QD=59.8547;RBI=0.0390295;REFB=0;REVB=-0.0135372;RO=0;SAF=50;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31995e-05;OID=.;OPOS=3243942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:21:50:0:0:21:50:0:0 chr16 3243951 . C T 971.24 PASS AF=0.972603;AO=64;DP=66;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0671857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.9733;QD=53.2186;RBI=0.070182;REFB=-0.196836;REVB=-0.0202879;RO=2;SAF=44;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209857;STB=0.509613;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.034362;OID=.;OPOS=3243951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:73:2:2:64:71:0.972603:20:44:2:0:20:51:2:0 chr16 3265990 . G A 238.14 PASS AF=0.520833;AO=21;DP=46;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00414562;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.936;QD=19.8452;RBI=0.0255912;REFB=-0.0243057;REVB=0.0252532;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424061;STB=0.504344;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0324701;OID=.;OPOS=3265990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:21:23:21:25:0.520833:10:11:12:9:10:15:14:9 chr16 3293888 . C T 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00275891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.145;QD=62.6689;RBI=0.0695166;REFB=0;REVB=0.0694618;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138036;OID=.;OPOS=3293888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr16 3293922 . A T 210.91 PASS AF=0.423729;AO=19;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0870565;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=43.1442;QD=14.2991;RBI=0.10718;REFB=0.0026913;REVB=0.0625189;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147036;STB=0.533954;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.000639794;OID=.;OPOS=3293922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:24:34:19:25:0.423729:10:9:15:9:11:14:21:13 chr16 3294246 . G A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0284438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.905;QD=18.637;RBI=0.0671823;REFB=-0.021872;REVB=-0.0608639;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658609;STB=0.537338;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0263972;OID=.;OPOS=3294246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:11:5:4:12:11:5:4:12 chr16 3297073 . A G 154.58 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.0281197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.11;QD=10.6607;RBI=0.0281555;REFB=-0.022276;REVB=0.00141785;RO=37;SAF=6;SAR=14;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429884;STB=0.754665;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.026111;OID=.;OPOS=3297073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:38:20:20:0.344828:14:6:26:11:14:6:27:11 chr16 3297100 . G A 334.27 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.00453638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0549;QD=16.7133;RBI=0.0088754;REFB=-0.00170683;REVB=0.0076285;RO=44;SAF=12;SAR=24;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316629;STB=0.677588;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00265052;OID=.;OPOS=3297100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:24:12:29:15:24:12:29:15 chr16 3297175 . T C 572.28 PASS AF=0.527273;AO=58;DP=109;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0426721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1578;QD=20.8101;RBI=0.0544244;REFB=0.0134884;REVB=-0.0337803;RO=51;SAF=23;SAR=35;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147765;STB=0.585883;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0128156;OID=.;OPOS=3297175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:51:52:58:58:0.527273:35:23:29:22:35:23:30:22 chr16 3299749 . G A 388.21 PASS AF=0.481928;AO=39;DP=82;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00442238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.161;QD=18.7089;RBI=0.0312167;REFB=-0.00868137;REVB=0.0309018;RO=43;SAF=16;SAR=23;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223826;STB=0.615648;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0139779;OID=.;OPOS=3299749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:43:43:39:40:0.481928:23:16:28:15:23:17:28:15 chr16 3304626 . C G 314.59 PASS AF=0.454545;AO=32;DP=74;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0391728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.63;QD=16.3425;RBI=0.123763;REFB=-0.0119206;REVB=0.1174;RO=41;SAF=20;SAR=12;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912575;STB=0.563599;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0103153;OID=.;OPOS=3304626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:41:42:32:35:0.454545:12:20:22:19:12:23:23:19 chr16 3304645 . G A 319.31 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0127617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.241;QD=13.4448;RBI=0.023411;REFB=-0.0290874;REVB=0.0196269;RO=59;SAF=22;SAR=14;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150029;STB=0.585751;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0553167;OID=.;OPOS=3304645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:59:59:36:36:0.378947:14:22:28:31:14:22:28:31 chr16 3340052 . C T 153.63 PASS AF=0.258824;AO=22;DP=85;FAO=22;FDP=85;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.039538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4676;QD=7.22969;RBI=0.0420891;REFB=-0.00311794;REVB=-0.0144305;RO=63;SAF=14;SAR=8;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122122;STB=0.574211;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0133364;OID=.;OPOS=3340052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:63:63:22:22:0.258824:8:14:34:29:8:14:34:29 chr16 3351249 . C T 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00943721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.92;QD=10.4728;RBI=0.0162676;REFB=-0.000904718;REVB=0.0132505;RO=35;SAF=4;SAR=13;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186909;STB=0.612046;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00152375;OID=.;OPOS=3351249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:13:4:13:22:13:4:13:22 chr16 3405994 . A G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0531391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.777;QD=59.8559;RBI=0.0576483;REFB=0;REVB=0.022351;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.89482e-05;OID=.;OPOS=3405994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr16 3406387 . C G 576.8 PASS AF=1;AO=30;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.387;QD=59.1586;RBI=0.0836738;REFB=0;REVB=-0.0759669;RO=0;SAF=28;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56306e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237193;OID=.;OPOS=3406387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:30:39:1:2:28:0:0:10:29:0:0 chr16 3419934 . G T 571.21 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.138;QD=60.1274;RBI=0.0304469;REFB=0;REVB=-0.0256872;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264337;OID=.;OPOS=3419934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:13:24:0:0:13:25:0:0 chr16 3452193 . T G 740.83 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00785334;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5975;QD=56.9865;RBI=0.0103622;REFB=0;REVB=-0.00676012;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166851;OID=.;OPOS=3452193;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr16 3486285 . C A 633.64 PASS AF=0.477612;AO=64;DP=135;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.0155508;FXX=0.0359686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.846;QD=18.9147;RBI=0.016367;REFB=-0.0324968;REVB=-0.00510394;RO=69;SAF=25;SAR=39;SRF=45;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242648;STB=0.616421;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0196724;OID=.;OPOS=3486285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:69:70:64:64:0.477612:39:25:45:24:39:25:43:27 chr16 3490922 . G C 213.9 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00120863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2147;QD=20.8686;RBI=0.00679669;REFB=-0.0253923;REVB=-0.00668836;RO=20;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27628;STB=0.655588;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0131004;OID=.;OPOS=3490922;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:14:7:13:7:14:7:13:7 chr16 3533576 . GC G,GG 1002.23 PASS AF=1,0;AO=25,53;DP=84;FAO=84,0;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=53,0;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553295,-0.334999;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=15.6149,5.24152;QD=47.7253;RBI=0.0885009,0.41952;REFB=0,0;REVB=0.0690729,-0.252533;RO=2;SAF=12,37;SAR=13,16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0661725,0.0553097;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000857035,0;OID=.,.;OPOS=3533577,3533577;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:25,53:84:84,0:84:0:53,0:31,0:0:0:5:2:12,37:13,16:0:2 chr16 3534892 . G A 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0430056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.42;QD=5.0179;RBI=0.0456086;REFB=-0.00423368;REVB=0.0151877;RO=27;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114136;STB=0.576694;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0127263;OID=.;OPOS=3534892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:5:2:10:17:5:2:10:17 chr16 3534912 . T C 59.9 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.112282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6138;QD=6.14387;RBI=0.128039;REFB=-0.0374315;REVB=-0.061536;RO=27;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940133;STB=0.606898;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0775513;OID=.;OPOS=3534912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:36:39:27:30:9:9:0.230769:6:3:11:16:6:3:14:16 chr16 3534997 . C T 438.31 PASS AF=0.689655;AO=40;DP=58;FAO=40;FDP=58;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00545172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.4644;QD=30.2285;RBI=0.0303936;REFB=-0.0528032;REVB=0.0299006;RO=17;SAF=19;SAR=21;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029944;STB=0.524988;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.018085;OID=.;OPOS=3534997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:17:18:40:40:0.689655:21:19:9:8:21:19:10:8 chr16 3535116 . T C 2455.57 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397244;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9502;QD=61.3892;RBI=0.0399895;REFB=0;REVB=-0.0045974;RO=0;SAF=86;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.48119e-05;OID=.;OPOS=3535116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:159:160:1:73:86:0:0:74:86:0:0 chr16 3535540 . G A 400.93 PASS AF=0.655172;AO=37;DP=58;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00793767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.861;QD=27.6504;RBI=0.0446637;REFB=-0.0469853;REVB=0.0439527;RO=20;SAF=20;SAR=17;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00612464;STB=0.500917;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0121903;OID=.;OPOS=3535540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:20:20:37:38:0.655172:17:20:11:9:17:21:11:9 chr16 3536872 . G A 557.43 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.006;QD=60.2628;RBI=0.0504327;REFB=0;REVB=0.0403886;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262957;OID=.;OPOS=3536872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:35:37:1:23:12:0:0:24:13:0:0 chr16 3551067 . T C 228.37 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0274433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.239;QD=21.7491;RBI=0.0312101;REFB=-0.0409522;REVB=-0.014864;RO=20;SAF=7;SAR=15;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32387;STB=0.681653;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0348289;OID=.;OPOS=3551067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:15:7:14:6:15:7:14:6 chr16 3554799 . T C 657.79 PASS AF=0.455696;AO=70;DP=158;FAO=72;FDP=158;FR=.;FRO=86;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=30;FSRR=56;FWDB=0.0246679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.27;QD=16.653;RBI=0.0259477;REFB=-0.00644524;REVB=-0.00804859;RO=88;SAF=27;SAR=43;SRF=30;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479091;STB=0.515302;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00813427;OID=.;OPOS=3554799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:88:86:70:72:0.455696:43:27:30:58:45:27:30:56 chr16 3580565 . T C 327.06 PASS AF=0.461538;AO=35;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=4.02969e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.335;QD=16.7723;RBI=0.0296308;REFB=-0.000227966;REVB=0.0296308;RO=43;SAF=15;SAR=20;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129581;STB=0.560506;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00323196;OID=.;OPOS=3580565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:42:35:36:0.461538:20:15:13:30:21:15:13:29 chr16 3586230 . C T 267.91 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.007187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.819;QD=16.2372;RBI=0.0197148;REFB=-0.0204228;REVB=-0.0183581;RO=36;SAF=15;SAR=15;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107749;STB=0.560566;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0205835;OID=.;OPOS=3586230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:15:15:22:14:15:15:22:14 chr16 3594296 . C T 382.87 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0238495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.335;QD=20.151;RBI=0.0240283;REFB=-0.0221265;REVB=-0.00292598;RO=37;SAF=21;SAR=18;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457085;STB=0.525342;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0165468;OID=.;OPOS=3594296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:18:21:18:19:18:21:18:19 chr16 3602227 . AG A 468.63 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0647895;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.9039;QD=49.3296;RBI=0.186989;REFB=0;REVB=-0.175406;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00767564;OID=.;OPOS=3602228;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:39:38:38:0:17:21:0:0:8:0:16:21:0:0 chr16 3602242 . C T 228.33 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0209458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.309;QD=21.7458;RBI=0.0221129;REFB=-0.00472122;REVB=-0.00708906;RO=20;SAF=4;SAR=18;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509983;STB=0.787742;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.017051;OID=.;OPOS=3602242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:18:4:15:5:18:4:15:5 chr16 3605853 . G C 1103.36 PASS AF=0.509259;AO=109;DP=219;FAO=110;FDP=216;FR=.;FRO=106;FSAF=46;FSAR=64;FSRF=41;FSRR=65;FWDB=-0.0212194;FXX=0.0226234;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.252;QD=20.4326;RBI=0.0219888;REFB=-0.0187948;REVB=-0.00576592;RO=106;SAF=45;SAR=64;SRF=41;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02427;STB=0.515907;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0184597;OID=.;OPOS=3605853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:216:106:106:109:110:0.509259:64:45:41:65:64:46:41:65 chr16 3613004 . A G 55.35 PASS AF=0.875;AO=6;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.917;QD=27.6741;RBI=0.0202193;REFB=-0.117574;REVB=0.0202193;RO=1;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00818932;OID=.;OPOS=3613004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:6:7:0.875:6:0:0:1:7:0:0:1 chr16 3613207 . G T 39.61 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00987696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.329;QD=13.2037;RBI=0.0369831;REFB=-0.00180678;REVB=0.0356398;RO=6;SAF=0;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.739739;STB=0.713468;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00476101;OID=.;OPOS=3613207;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:11:12:6:6:5:6:0.5:5:0:3:3:5:1:3:3 chr16 3613904 . C G 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00116586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.953;QD=18.413;RBI=0.00749381;REFB=-0.00514196;REVB=-0.00740256;RO=34;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681293;STB=0.53802;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00384306;OID=.;OPOS=3613904;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:18:15:18:16:18:15:18:16 chr16 3613928 . A G 332.9 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0075844;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3156;QD=18.7549;RBI=0.0177158;REFB=0.000232981;REVB=-0.0160102;RO=35;SAF=19;SAR=16;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782148;STB=0.549441;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.000927732;OID=.;OPOS=3613928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:35:36:35:35:0.492958:16:19:22:13:16:19:23:13 chr16 3639139 . A G 1726.55 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000633801;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.04;QD=60.5808;RBI=0.000809257;REFB=0;REVB=-0.000503182;RO=0;SAF=42;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111841;OID=.;OPOS=3639139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:112:114:1:70:42:0:0:71:43:0:0 chr16 3639977 . G A 116.96 PASS AF=0.478261;AO=8;DP=21;FAO=11;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0134397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.923;QD=20.3402;RBI=0.0327327;REFB=-0.0569004;REVB=0.0298464;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128939;STB=0.566892;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0230348;OID=.;OPOS=3639977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:23:5:7:8:11:0.478261:5:3:1:4:6:5:2:5 chr16 3640274 . G A 355.8 PASS AF=0.349206;AO=44;DP=126;FAO=44;FDP=126;FR=.;FRO=82;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.0170802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.317;QD=11.2953;RBI=0.0189305;REFB=-0.00425384;REVB=-0.00816268;RO=82;SAF=16;SAR=28;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144747;STB=0.583295;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.012415;OID=.;OPOS=3640274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:82:82:44:44:0.349206:28:16:40:42:28:16:40:42 chr16 3640784 . GC AT 643.98 PASS AF=0.492424;AO=65;DP=132;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.0739143;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=181.276;QD=19.5144;RBI=0.0807519;REFB=-0.0275879;REVB=0.0325201;RO=66;SAF=27;SAR=38;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133001;STB=0.577214;STBP=0.092;TYPE=mnp;VARB=0.0256098;OID=.;OPOS=3640784;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:66:67:65:65:0.492424:38:27:37:29:38:27:38:29 chr16 3641011 . G A 328.67 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0312543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.014;QD=18.0093;RBI=0.0346366;REFB=-0.00883615;REVB=0.0149286;RO=38;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040048;STB=0.522375;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0100058;OID=.;OPOS=3641011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:16:19:19:19:16:19:19:19 chr16 3642834 . G A 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0206868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.187;QD=6.78771;RBI=0.0265078;REFB=-0.00819437;REVB=-0.0165746;RO=23;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329763;STB=0.711313;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.017379;OID=.;OPOS=3642834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:6:2:12:11:6:2:12:11 chr16 3645607 . A G 409.87 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0116924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.874;QD=20.7527;RBI=0.106807;REFB=-0.00819665;REVB=-0.106165;RO=38;SAF=17;SAR=24;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522877;STB=0.528953;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00583482;OID=.;OPOS=3645607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:24:17:18:20:24:17:18:20 chr16 3647692 . A C 85.64 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0107687;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.378;QD=10.7047;RBI=0.0108661;REFB=0.0067165;REVB=-0.00145232;RO=20;SAF=9;SAR=2;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346893;STB=0.729264;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.018429;OID=.;OPOS=3647692;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:33:32:20:21:11:11:0.34375:2:9:11:9:2:9:11:10 chr16 3650987 . T C 265.87 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0115505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.278;QD=13.9934;RBI=0.046091;REFB=-0.00469825;REVB=-0.0446203;RO=44;SAF=18;SAR=13;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035245;STB=0.525467;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0138976;OID=.;OPOS=3650987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:45:31:31:0.407895:13:18:27:17:13:18:28:17 chr16 3650991 . T C 253.62 PASS AF=0.4;AO=29;DP=76;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0111595;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.061;QD=13.5262;RBI=0.0111622;REFB=-0.016472;REVB=-0.000242438;RO=43;SAF=17;SAR=12;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712614;STB=0.513957;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0178449;OID=.;OPOS=3650991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:43:45:29:30:0.4:12:17:28:15:12:18:28:17 chr16 3656625 . G A 102.44 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0161825;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.994;QD=17.8152;RBI=0.0164787;REFB=-0.034671;REVB=0.00311007;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670073;STB=0.56194;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0196218;OID=.;OPOS=3656625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:10:11:12:12:0.521739:7:5:5:5:7:5:6:5 chr16 3724352 . G A 719.63 PASS AF=0.475;AO=76;DP=160;FAO=76;FDP=160;FR=.;FRO=84;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=-0.000419061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.815;QD=17.9908;RBI=0.0181632;REFB=-0.0311172;REVB=-0.0181584;RO=83;SAF=37;SAR=39;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960993;STB=0.549492;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0427241;OID=.;OPOS=3724352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:83:84:76:76:0.475:39:37:32:51:39:37:33:51 chr16 3724465 . G C 675.74 PASS AF=0.472222;AO=68;DP=145;FAO=68;FDP=144;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=-0.0150104;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.801;QD=18.7705;RBI=0.0185143;REFB=0.00982602;REVB=-0.0108382;RO=77;SAF=38;SAR=30;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12448;STB=0.572454;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0110025;OID=.;OPOS=3724465;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:77:76:68:68:0.472222:30:38:33:44:30:38:32:44 chr16 3726074 . GG CA 276.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00268225;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=2;MLLD=113.079;QD=15.1674;RBI=0.0155601;REFB=-0.0033501;REVB=0.0153271;RO=42;SAF=16;SAR=15;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00781075;STB=0.504422;STBP=0.958;TYPE=mnp;VARB=0.00476744;OID=.;OPOS=3726074;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:42:42:31:31:0.424658:15:16:22:20:15:16:22:20 chr16 3729714 . G A 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0072435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.851;QD=6.31777;RBI=0.00732307;REFB=-0.0148494;REVB=-0.00107656;RO=25;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171963;STB=0.610409;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0454505;OID=.;OPOS=3729714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:5:3:13:12:5:3:13:12 chr16 4013513 . C T 106.81 PASS AF=0.253968;AO=16;DP=63;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0174588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.114;QD=6.78142;RBI=0.0251835;REFB=-0.00914265;REVB=-0.0181493;RO=47;SAF=9;SAR=7;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114428;STB=0.570209;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0366645;OID=.;OPOS=4013513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:47:47:16:16:0.253968:7:9:22:25:7:9:22:25 chr16 4015313 . A G 148.08 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0139895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.686;QD=9.40168;RBI=0.017111;REFB=-0.00462202;REVB=0.0098529;RO=41;SAF=4;SAR=16;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240477;STB=0.65024;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00760266;OID=.;OPOS=4015313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:41:43:20:20:0.31746:16:4:15:26:16:4:16:27 chr16 4015316 . A G 158.83 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.081104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0169;QD=10.0846;RBI=0.0824478;REFB=-0.00281894;REVB=-0.014825;RO=42;SAF=5;SAR=16;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165325;STB=0.598031;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00265376;OID=.;OPOS=4015316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:16:5:15:27:16:5:15:27 chr16 4016463 . G A 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0283023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.632;QD=23.8999;RBI=0.0285643;REFB=-0.0179952;REVB=0.00385994;RO=23;SAF=16;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166278;STB=0.592524;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0177268;OID=.;OPOS=4016463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:11:16:9:14:11:16:9:14 chr16 4016676 . A G 404.75 PASS AF=0.442105;AO=40;DP=93;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.014929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.274;QD=17.0422;RBI=0.0170442;REFB=-0.00633405;REVB=0.00822365;RO=52;SAF=22;SAR=18;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274276;STB=0.534258;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00712693;OID=.;OPOS=4016676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:52:53:40:42:0.442105:18:22:30:22:20:22:31:22 chr16 4027605 . C T 188.59 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00264205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.257;QD=29.0138;RBI=0.0063948;REFB=-0.0334165;REVB=0.00582349;RO=8;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111088;STB=0.561337;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0332787;OID=.;OPOS=4027605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:8:8:18:18:0.692308:8:10:6:2:8:10:6:2 chr16 4165432 . T C 276.75 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379767;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1729;QD=52.7151;RBI=0.0782086;REFB=0;REVB=0.0683693;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118324;OID=.;OPOS=4165432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr16 4257628 . T C 435.25 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0187262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.812;QD=23.8494;RBI=0.0198077;REFB=0.003978;REVB=-0.00645574;RO=31;SAF=28;SAR=14;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727108;STB=0.539981;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00564642;OID=.;OPOS=4257628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:31:42:42:0.575342:14:28:18:13:14:28:18:13 chr16 4307646 . A G 251.92 PASS AF=0.320388;AO=33;DP=104;FAO=33;FDP=103;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.00101572;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9682;QD=9.78316;RBI=0.0420008;REFB=-0.01839;REVB=0.0419885;RO=71;SAF=16;SAR=17;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566021;STB=0.528596;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0396018;OID=.;OPOS=4307646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:71:70:33:33:0.320388:17:16:31:40:17:16:31:39 chr16 4310468 . C G 343.69 PASS AF=0.394231;AO=40;DP=103;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0148449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.107;QD=13.219;RBI=0.0158459;REFB=-0.00927695;REVB=0.00554265;RO=63;SAF=24;SAR=16;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20045;STB=0.618812;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0130353;OID=.;OPOS=4310468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:63:63:40:41:0.394231:16:24:26:37:16:25:26:37 chr16 4310529 . T A 317.25 PASS AF=0.291667;AO=42;DP=144;FAO=42;FDP=144;FR=.;FRO=102;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=62;FWDB=-0.00269569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9769;QD=8.81253;RBI=0.03616;REFB=-0.0200874;REVB=0.0360594;RO=102;SAF=29;SAR=13;SRF=40;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35489;STB=0.707911;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0551047;OID=.;OPOS=4310529;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:102:102:42:42:0.291667:13:29:40:62:13:29:40:62 chr16 4386814 . T C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.091;QD=59.3229;RBI=0.0195289;REFB=0;REVB=0.0194441;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58044e-05;OID=.;OPOS=4386814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr16 4414987 . G A 97.61 PASS AF=0.375;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.00373637;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4969;QD=12.2011;RBI=0.0281211;REFB=-0.0141475;REVB=0.0278717;RO=21;SAF=11;SAR=1;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263738;STB=0.610894;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0147559;OID=.;OPOS=4414987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:33:32:21:20:12:12:0.375:1:11:17:4:1:11:17:3 chr16 4431202 . A G 2350.73 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0746964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.267;QD=61.0579;RBI=0.0748023;REFB=0;REVB=-0.00397829;RO=0;SAF=65;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20071e-05;OID=.;OPOS=4431202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:89:65:0:0:89:65:0:0 chr16 4432029 . A C 746.95 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.374;QD=63.57;RBI=0.0364515;REFB=0;REVB=0.000337308;RO=0;SAF=8;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33268e-05;OID=.;OPOS=4432029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:39:8:0:0:39:8:0:0 chr16 4432361 . C T 365.36 PASS AF=0.37931;AO=44;DP=117;FAO=44;FDP=116;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=55;FSRR=17;FWDB=0.00679025;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.403;QD=12.5984;RBI=0.0205162;REFB=-0.0238679;REVB=-0.01936;RO=71;SAF=31;SAR=13;SRF=54;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759912;STB=0.545879;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0462576;OID=.;OPOS=4432361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:71:72:44:44:0.37931:13:31:54:17:13:31:55:17 chr16 4445327 . C T 1018.27 PASS AF=1;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0016779;FXX=0.0422476;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.975;QD=59.8982;RBI=0.00508159;REFB=0;REVB=-0.00479658;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.41493e-05;OID=.;OPOS=4445327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:68:0:0:67:68:1:34:33:0:0:34:34:0:0 chr16 4476089 . T C 1331.78 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=93;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0200307;FXX=0.0537577;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.834;QD=60.5355;RBI=0.0343326;REFB=-0.106707;REVB=0.0278836;RO=2;SAF=40;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023097;STB=0.512192;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00272329;OID=.;OPOS=4476089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:88:2:2:86:86:0.977273:46:40:2:0:46:40:2:0 chr16 4484396 . A T 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0343677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6611;QD=51.5083;RBI=0.0346535;REFB=-0.0143411;REVB=0.00444148;RO=1;SAF=16;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281527;STB=0.51514;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0104633;OID=.;OPOS=4484396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:10:16:1:0:10:16:1:0 chr16 4493076 . G A 100.94 PASS AF=0.168142;AO=19;DP=113;FAO=19;FDP=113;FR=.;FRO=94;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=0.0107165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.306;QD=3.57292;RBI=0.0430122;REFB=-0.00209869;REVB=0.0416558;RO=92;SAF=6;SAR=13;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172949;STB=0.606636;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0106125;OID=.;OPOS=4493076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:92:94:19:19:0.168142:13:6:41:51:13:6:41:53 chr16 4496973 . T A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.048;QD=58.6005;RBI=0.0138721;REFB=0;REVB=0.00147885;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49415e-05;OID=.;OPOS=4496973;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr16 4497009 . C T 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0552292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.869;QD=12.2756;RBI=0.056564;REFB=0.00149695;REVB=0.0122156;RO=32;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170531;STB=0.599886;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00358208;OID=.;OPOS=4497009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:8:9:12:20:8:9:12:20 chr16 4564111 . AG A 39.54 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0963312;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.4013;QD=6.87627;RBI=0.11352;REFB=0.0123835;REVB=0.0600585;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123921;STB=0.629345;STBP=0.503;TYPE=del;VARB=0.0107977;OID=.;OPOS=4564112;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:7:23:8:23:15:3:5:3:12:39:15:2:5:3:12 chr16 4625470 . C G 335.45 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.000880726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.444;QD=16.9848;RBI=0.00816372;REFB=-0.0124008;REVB=0.00811608;RO=43;SAF=25;SAR=11;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234264;STB=0.631894;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0116335;OID=.;OPOS=4625470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:11:25:20:23:11:25:20:23 chr16 4625812 . G A 133.02 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0261499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0595;QD=15.6488;RBI=0.0335638;REFB=-0.0206695;REVB=-0.0210408;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202667;STB=0.615856;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0185947;OID=.;OPOS=4625812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:5:14:8:7:5:14 chr16 4626313 . C T 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.014121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.33;QD=12.5694;RBI=0.0217893;REFB=-0.0105891;REVB=-0.0165944;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896757;STB=0.552563;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.013246;OID=.;OPOS=4626313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:7:8:16:10:7:8:16:10 chr16 4708959 . G C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0208921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.639;QD=16.4544;RBI=0.0247637;REFB=-0.0169461;REVB=0.0132951;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297985;STB=0.681121;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0269343;OID=.;OPOS=4708959;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:1:5:2:2:1:5:2:2 chr16 4709131 . C A 132.29 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0177984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.048;QD=24.0534;RBI=0.0448895;REFB=-0.030218;REVB=-0.0412102;RO=8;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382759;STB=0.717056;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0127857;OID=.;OPOS=4709131;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:22:22:8:8:14:14:0.636364:11:3:6:2:11:3:6:2 chr16 4721468 . T C 349.09 PASS AF=0.4625;AO=36;DP=79;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.00590519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.497;QD=17.4546;RBI=0.0288214;REFB=-0.0206672;REVB=0.02821;RO=43;SAF=14;SAR=22;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115847;STB=0.572317;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0140912;OID=.;OPOS=4721468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:43:43:36:37:0.4625:22:14:12:31:22:15:12:31 chr16 4722501 . C T 245.41 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0195151;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.085;QD=12.916;RBI=0.019559;REFB=0.0028902;REVB=0.00130902;RO=49;SAF=17;SAR=12;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084062;STB=0.560398;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00553333;OID=.;OPOS=4722501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:49:47:29:29:0.381579:12:17:25:24:12:17:23:24 chr16 4736316 . C T 527.93 PASS AF=0.438462;AO=56;DP=129;FAO=57;FDP=130;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.0492881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7547;QD=16.2441;RBI=0.0498648;REFB=7.82617e-05;REVB=0.00756188;RO=73;SAF=31;SAR=25;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143508;STB=0.583975;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.000485638;OID=.;OPOS=4736316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:73:73:56:57:0.438462:25:31:30:43:25:32:30:43 chr16 4748825 . C T 89.71 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0219843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4572;QD=8.54365;RBI=0.069764;REFB=-0.0138538;REVB=-0.0662095;RO=30;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840597;STB=0.551636;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0646241;OID=.;OPOS=4748825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:42:42:30:30:12:12:0.285714:8:4:12:18:8:4:12:18 chr16 4751045 . C T 129.1 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0124233;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.436;QD=19.8617;RBI=0.0204189;REFB=0.00880539;REVB=0.0162048;RO=12;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390503;STB=0.726891;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0043907;OID=.;OPOS=4751045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:12:12:14:14:0.538462:12:2:6:6:12:2:6:6 chr16 4752134 . A G 386.58 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0144532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.4;QD=18.1919;RBI=0.0457353;REFB=-0.0089634;REVB=-0.0433915;RO=42;SAF=30;SAR=10;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238606;STB=0.644218;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00978226;OID=.;OPOS=4752134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:45:40:40:0.470588:10:30:22:20:10:30:23:22 chr16 4790273 . G A 379.17 PASS AF=0.4875;AO=37;DP=78;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0562101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2133;QD=18.9583;RBI=0.128909;REFB=0.012966;REVB=0.116009;RO=41;SAF=19;SAR=18;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928927;STB=0.537256;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.0108798;OID=.;OPOS=4790273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:41:41:37:39:0.4875:18:19:17:24:20:19:17:24 chr16 4794873 . C T 512.34 PASS AF=0.618421;AO=47;DP=76;FAO=47;FDP=76;FR=.;FRO=29;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00653501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.56;QD=26.9654;RBI=0.0257623;REFB=-0.0360576;REVB=-0.0249197;RO=28;SAF=29;SAR=18;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327551;STB=0.512362;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0202391;OID=.;OPOS=4794873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:28:29:47:47:0.618421:18:29:16:12:18:29:17:12 chr16 4796393 . A G 461.73 PASS AF=0.522727;AO=45;DP=87;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00442948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.361;QD=20.9878;RBI=0.034375;REFB=-0.0185215;REVB=0.0340884;RO=39;SAF=21;SAR=24;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103354;STB=0.565916;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0245954;OID=.;OPOS=4796393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:39:42:45:46:0.522727:24:21:23:16:25:21:25:17 chr16 4797457 . C T 648.33 PASS AF=0.446541;AO=71;DP=159;FAO=71;FDP=159;FR=.;FRO=88;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=52;FSRR=36;FWDB=0.00955307;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.354;QD=16.3103;RBI=0.0173341;REFB=0.0131555;REVB=-0.0144641;RO=88;SAF=42;SAR=29;SRF=52;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000658523;STB=0.500367;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.0147847;OID=.;OPOS=4797457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:88:88:71:71:0.446541:29:42:52:36:29:42:52:36 chr16 4802386 . G T 549.41 PASS AF=0.468254;AO=55;DP=122;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0478011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7018;QD=17.4417;RBI=0.0503363;REFB=-0.00481666;REVB=0.0157734;RO=67;SAF=35;SAR=20;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116683;STB=0.56778;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00799455;OID=.;OPOS=4802386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:126:67:67:55:59:0.468254:20:35:35:32:21:38:35:32 chr16 4810568 . C T 107.71 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0694548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8686;QD=6.94881;RBI=0.0742321;REFB=-0.0082692;REVB=0.0261999;RO=46;SAF=4;SAR=12;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320342;STB=0.698015;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0364537;OID=.;OPOS=4810568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:46:46:16:16:0.258065:12:4:23:23:12:4:23:23 chr16 4815602 . T C 193.32 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00789425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3203;QD=18.86;RBI=0.0415682;REFB=-0.00697722;REVB=-0.0408118;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138833;STB=0.561982;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00719269;OID=.;OPOS=4815602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:21:19:20:0.487805:11:8:12:9:11:9:12:9 chr16 4815608 . A G 601.12 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00787546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4233;QD=58.6459;RBI=0.041004;REFB=0.0580611;REVB=-0.0402405;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240441;STB=0.512814;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00198557;OID=.;OPOS=4815608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:19:21:0:1:19:21:0:1 chr16 4861709 . G C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00791488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.546;QD=59.1432;RBI=0.0212232;REFB=0;REVB=0.0196921;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52226e-05;OID=.;OPOS=4861709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr16 4930100 . C T 504.25 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00440227;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1173;QD=21.4573;RBI=0.0287757;REFB=0.00796662;REVB=-0.028437;RO=45;SAF=26;SAR=22;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850811;STB=0.541649;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00606111;OID=.;OPOS=4930100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:45:46:48:48:0.510638:22:26:20:25:22:26:21:25 chr16 4933939 . G C 98.82 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0331876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.494;QD=17.1863;RBI=0.0407999;REFB=-0.0474123;REVB=0.0237321;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286528;STB=0.64681;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0291332;OID=.;OPOS=4933939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:21:23:10:11:11:12:0.521739:8:3:6:4:8:4:7:4 chr16 4934549 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0413599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.092;QD=15.8387;RBI=0.042166;REFB=-0.0247747;REVB=0.00820524;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287934;STB=0.666295;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0454878;OID=.;OPOS=4934549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:6:1:4:4:6:1 chr16 4934564 . C G 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0152705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.064;QD=14.6532;RBI=0.0398813;REFB=-0.011889;REVB=0.036842;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211985;STB=0.64255;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0126034;OID=.;OPOS=4934564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:7:8:8:8:0.5:3:5:6:1:3:5:7:1 chr16 4935089 . C T 110.7 PASS AF=0.232877;AO=16;DP=74;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=16;FWDB=0.00888549;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.051;QD=6.0659;RBI=0.0174521;REFB=-0.00532335;REVB=0.0150208;RO=57;SAF=7;SAR=9;SRF=41;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34608;STB=0.720632;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0197295;OID=.;OPOS=4935089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:57:56:16:17:0.232877:9:7:41:16:10:7:40:16 chr16 4935146 . C T 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0246127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.362;QD=16.7842;RBI=0.0261926;REFB=-0.0204693;REVB=-0.00895914;RO=33;SAF=18;SAR=11;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445573;STB=0.52507;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0211759;OID=.;OPOS=4935146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:11:18:19:14:11:18:19:14 chr16 4935636 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00545753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7969;QD=15.882;RBI=0.0130979;REFB=0.00749898;REVB=0.0119067;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969297;STB=0.556701;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00707531;OID=.;OPOS=4935636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:3:7:6:4:3:7:6:4 chr16 4935823 . C G 502.61 PASS AF=0.45082;AO=50;DP=117;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=19;FWDB=0.00459717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.164;QD=16.479;RBI=0.00460314;REFB=-0.0150967;REVB=-0.000234261;RO=66;SAF=24;SAR=26;SRF=47;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234877;STB=0.64124;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0275842;OID=.;OPOS=4935823;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:122:66:67:50:55:0.45082:26:24:47:19:30:25:48:19 chr16 4938160 . T G 937.57 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00134873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.599;QD=58.5978;RBI=0.00753874;REFB=0;REVB=0.00741711;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88482e-05;OID=.;OPOS=4938160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr16 4940809 . A G 1610.01 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00829198;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2117;QD=59.0828;RBI=0.0386377;REFB=0.0195525;REVB=-0.0377374;RO=0;SAF=52;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000360466;OID=.;OPOS=4940809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:109:0:1:107:108:0.990826:55:52:0:0:56:52:0:1 chr16 4942099 . C T 291.55 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00829326;FXX=0.0235266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.996;QD=14.0504;RBI=0.0114371;REFB=-0.003151;REVB=-0.00787581;RO=49;SAF=17;SAR=16;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593531;STB=0.539171;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00667587;OID=.;OPOS=4942099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:49:50:33:33:0.39759:16:17:28:21:16:17:29:21 chr16 4944518 . C G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.267;QD=59.839;RBI=0.0345244;REFB=0;REVB=0.0140771;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105471;OID=.;OPOS=4944518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr16 5050897 . G C 185.77 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0262724;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.847;QD=19.0533;RBI=0.029664;REFB=-0.00516751;REVB=0.0137736;RO=20;SAF=14;SAR=5;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435362;STB=0.74641;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00266182;OID=.;OPOS=5050897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:5:14:5:15:5:14:5:15 chr16 5068152 . C T 122.4 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0174099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2323;QD=15.7935;RBI=0.0645539;REFB=-0.0425331;REVB=-0.0621619;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220966;STB=0.627723;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0252186;OID=.;OPOS=5068152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:5:9:7:10:5:9:7:10 chr16 5074952 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.274;QD=57.6807;RBI=0.0251478;REFB=0;REVB=0.0206823;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4742e-05;OID=.;OPOS=5074952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr16 5075542 . G A 1229.52 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0176769;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.051;QD=59.9767;RBI=0.018947;REFB=-0.0356927;REVB=-0.0068202;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.506492;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=9.58531e-05;OID=.;OPOS=5075542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:80:81:0.987805:42:38:0:0:43:38:1:0 chr16 5128817 . G A 330.86 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0629792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.581;QD=25.4506;RBI=0.063881;REFB=-0.0338629;REVB=-0.0106962;RO=20;SAF=17;SAR=15;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126399;STB=0.569335;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0278619;OID=.;OPOS=5128817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:15:17:7:13:15:17:7:13 chr16 5132636 . C T 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0333316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.108;QD=17.1669;RBI=0.0373262;REFB=-0.0165569;REVB=0.0168003;RO=27;SAF=12;SAR=17;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277124;STB=0.625333;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0123937;OID=.;OPOS=5132636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:32:29:29:0.47541:17:12:20:7:17:12:21:11 chr16 5139186 . G C 223.18 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.875;QD=49.5961;RBI=0.0385722;REFB=0;REVB=0.0279478;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70237e-06;OID=.;OPOS=5139186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:11:7:0:0 chr16 5139217 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00111759;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.509;QD=50.4135;RBI=0.0215272;REFB=0;REVB=0.0214982;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91185e-05;OID=.;OPOS=5139217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr16 5140561 . C T 130.84 PASS AF=0.375;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0168265;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.085;QD=13.0837;RBI=0.0184204;REFB=-0.00019694;REVB=0.00749544;RO=24;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10328;STB=0.568542;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.000322674;OID=.;OPOS=5140561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:24:25:15:15:0.375:10:5:6:18:10:5:6:19 chr16 5649140 . T TTAGGAAA 698.45 PASS AF=1;AO=48;DP=62;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253974;FXX=0.0576812;HRUN=1;LEN=7;MLLD=354.242;QD=57.016;RBI=0.0293971;REFB=0;REVB=0.0148042;RO=12;SAF=30;SAR=18;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848585;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.23011e-05;OID=.;OPOS=5649141;OREF=-;OALT=TAGGAAA;OMAPALT=TTAGGAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:62:49:49:0:30:19:0:0:4:12:30:18:10:2 chr16 6923966 . A G 1283.42 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5064;QD=61.8513;RBI=0.0519913;REFB=0;REVB=0.0281713;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352698;OID=.;OPOS=6923966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:46:37:0:0:46:37:0:0 chr16 7102036 . CTTCA CCTCA,CTCA,CTCAT 1283.86 PASS AF=0.0380952,0.961905,0;AO=7,80,7;DP=105;FAO=4,101,0;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=3,56,0;FSAR=1,45,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149737,0.0121992,-0.0213844;FXX=0.0186898;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,3;MLLD=8.61664,20.6218,7.07601;QD=48.9088;RBI=0.0972505,0.187294,0.0240025;REFB=0,0,0;REVB=0.0960908,0.186896,-0.0109009;RO=4;SAF=3,51,1;SAR=4,29,6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0448465,0.0133373,-0.31972;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0232202,0.0016192,0;OID=.,.,.;OPOS=7102037,7102037,7102038;OREF=T,T,TCA;OALT=C,-,CAT;OMAPALT=CCTCA,CTCA,CTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0380952,0.961905,0:7,80,7:105:4,101,0:105:0:3,56,0:1,45,0:0:0:6:4:3,51,1:4,29,6:2:2 chr16 7760874 . GA G,GG 104.62 PASS AF=0.362319,0.0724638;AO=23,5;DP=74;FAO=25,5;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=10,3;FSAR=15,2;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.172054,0.112315;FXX=0.0675584;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.64634,22.6011;QD=6.06464;RBI=0.209218,0.143326;REFB=-0.0408745,-0.00390712;REVB=0.119036,0.0890384;RO=32;SAF=10,3;SAR=13,2;SRF=9;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.163987,0.36678;STB=0.526295,0.703608;STBP=0.758,0.425;TYPE=del,snp;VARB=0.0612352,-0.0296011;OID=.,.;OPOS=7760875,7760875;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.362319,0.0724638:23,5:74:25,5:69:39:10,3:15,2:14:25:75:32:10,3:13,2:9:23 chr16 7760884 . T G 1323.11 PASS AF=0.988506;AO=84;DP=88;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019501;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.996;QD=60.8326;RBI=0.019561;REFB=-0.00958559;REVB=-0.00153067;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.504853;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000209259;OID=.;OPOS=7760884;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:87:0:1:84:86:0.988506:51:33:0:0:51:35:0:1 chr16 7761529 . C T 594.34 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.513;QD=60.9584;RBI=0.0295257;REFB=0;REVB=0.0173159;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18494e-05;OID=.;OPOS=7761529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:17:22:0:0 chr16 8728953 . C T 1952.25 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.002;QD=61.9762;RBI=0.0290781;REFB=0;REVB=0.0110316;RO=0;SAF=70;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26007e-05;OID=.;OPOS=8728953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:56:70:0:0:56:70:0:0 chr16 8729124 . G A 689.25 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0973;QD=62.6591;RBI=0.0121066;REFB=0;REVB=0.000796792;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128267;OID=.;OPOS=8729124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr16 8736028 . T C 2553.73 PASS AF=0.976879;AO=169;DP=173;FAO=169;FDP=173;FR=.;FRO=4;FSAF=82;FSAR=87;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0378687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.095;QD=59.0458;RBI=0.0664366;REFB=-0.0292554;REVB=-0.0545874;RO=4;SAF=82;SAR=87;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022646;STB=0.511903;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00121559;OID=.;OPOS=8736028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:173:173:4:4:169:169:0.976879:87:82:4:0:87:82:4:0 chr16 8738427 . T C 691.64 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00520361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.87;QD=49.4028;RBI=0.0255777;REFB=-0.0226133;REVB=0.0250428;RO=4;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893885;STB=0.5476;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00156114;OID=.;OPOS=8738427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:56:56:4:4:52:52:0.928571:19:33:0:4:19:33:0:4 chr16 8738499 . G A 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0997068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.368;QD=59.1424;RBI=0.101292;REFB=0;REVB=0.0178526;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460806;OID=.;OPOS=8738499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr16 8738579 . A G 487.11 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041552;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.41;QD=59.0439;RBI=0.0505896;REFB=0;REVB=0.0288572;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243288;OID=.;OPOS=8738579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr16 8739954 . G A 1221.52 PASS AF=1;AO=69;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193492;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6384;QD=61.849;RBI=0.0858343;REFB=0;REVB=0.083625;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480264;OID=.;OPOS=8739954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:69:79:1:31:38:0:0:41:38:0:0 chr16 8740015 . A C 1235.32 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0235586;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0721;QD=60.2597;RBI=0.049216;REFB=-0.116325;REVB=-0.0432112;RO=1;SAF=44;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106407;STB=0.505617;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00119146;OID=.;OPOS=8740015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:82:1:1:81:81:0.987805:37:44:1:0:37:44:1:0 chr16 8740418 . T C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0495116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3127;QD=58.4188;RBI=0.0500386;REFB=0;REVB=-0.00724296;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322477;OID=.;OPOS=8740418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr16 8740503 . G A 722.47 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.61;QD=56.6642;RBI=0.0506158;REFB=0;REVB=0.0338615;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23073e-05;OID=.;OPOS=8740503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:51:0:0:47:51:1:31:16:0:0:34:17:0:0 chr16 8777117 . C A 77.85 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0244635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3256;QD=14.1543;RBI=0.107639;REFB=-0.0143787;REVB=0.104822;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198747;STB=0.617401;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.046827;OID=.;OPOS=8777117;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:6:6:7:3:6:6 chr16 8839954 . A G 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0240658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.265;QD=12.0589;RBI=0.0348827;REFB=-0.00177556;REVB=-0.0252514;RO=41;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349428;STB=0.514127;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00188241;OID=.;OPOS=8839954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:42:25:25:0.373134:16:9:16:25:16:9:16:26 chr16 8841960 . T C 506.46 PASS AF=0.477876;AO=54;DP=113;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0138076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.39;QD=17.9277;RBI=0.0163351;REFB=-0.019957;REVB=0.00872847;RO=59;SAF=29;SAR=25;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153554;STB=0.585065;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0286746;OID=.;OPOS=8841960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:59:59:54:54:0.477876:25:29:22:37:25:29:22:37 chr16 8875763 . T C 688.62 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00470011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.411;QD=62.6019;RBI=0.0406383;REFB=0;REVB=0.0403656;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58149e-05;OID=.;OPOS=8875763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:28:15:0:0:29:15:0:0 chr16 8948433 . C T 38.09 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00718695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.248;QD=10.1573;RBI=0.00718933;REFB=-0.00810697;REVB=-0.000184798;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162993;STB=0.59968;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0464785;OID=.;OPOS=8948433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:3:6:3:3:3:6 chr16 8952248 . A G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.658;QD=59.323;RBI=0.00600917;REFB=0;REVB=-0.00270945;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.15606e-06;OID=.;OPOS=8952248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:39:29:0:0 chr16 8978141 . C T 103.19 PASS AF=0.177083;AO=17;DP=98;FAO=17;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=0.0159971;FXX=0.0204061;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.6335;QD=4.29968;RBI=0.0161892;REFB=-0.00102075;REVB=0.00248594;RO=50;SAF=10;SAR=7;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597171;STB=0.618045;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00249151;OID=.;OPOS=8978141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:50:79:17:17:0.177083:7:10:27:23:7:10:35:44 chr16 8979046 . A G 1120.44 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0118331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8226;QD=58.9706;RBI=0.0517318;REFB=-0.0807066;REVB=-0.0503603;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50877;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000495179;OID=.;OPOS=8979046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:0:1:74:75:0.986842:28:46:0:0:28:47:0:1 chr16 9030444 . C G 1358.51 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233906;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1313;QD=61.7505;RBI=0.097158;REFB=0;REVB=0.0943003;RO=0;SAF=53;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231716;OID=.;OPOS=9030444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:87:88:1:34:53:0:0:35:53:0:0 chr16 9693953 . C G 209.18 PASS AF=0.76;AO=19;DP=25;FAO=19;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0150819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.849;QD=33.4691;RBI=0.0223644;REFB=-0.0868514;REVB=-0.0165137;RO=3;SAF=13;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00505478;STB=0.59081;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0209417;OID=.;OPOS=9693953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:25:25:3:6:19:19:0.76:6:13:2:1:6:13:2:4 chr16 9693997 . C G 186.65 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0102718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.886;QD=27.6511;RBI=0.012655;REFB=-0.047194;REVB=-0.00739184;RO=9;SAF=13;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314333;STB=0.675122;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0121311;OID=.;OPOS=9693997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:5:13:2:7:5:13:2:7 chr16 9857513 . G A 68.83 PASS AF=0.158537;AO=12;DP=81;FAO=13;FDP=82;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.00124698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.26;QD=3.35772;RBI=0.00465454;REFB=-0.00154293;REVB=0.00448439;RO=69;SAF=6;SAR=6;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449669;STB=0.562521;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00491433;OID=.;OPOS=9857513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:81:82:69:69:12:13:0.158537:6:6:37:32:7:6:37:32 chr16 10031916 . C T 188.88 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=35;FWDB=-0.0334118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.534;QD=11.1103;RBI=0.0337853;REFB=-0.00247062;REVB=-0.00500968;RO=44;SAF=2;SAR=22;SRF=9;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299174;STB=0.679589;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0077776;OID=.;OPOS=10031916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:22:2:9:35:22:2:9:35 chr16 10032229 . C A 134.45 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0139177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.794;QD=8.14851;RBI=0.0216732;REFB=-0.00873663;REVB=-0.016614;RO=47;SAF=12;SAR=7;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00859346;STB=0.505149;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0196172;OID=.;OPOS=10032229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:47:19:19:0.287879:7:12:30:17:7:12:30:17 chr16 10315838 . T C 287.86 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0152407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0521;QD=25.0313;RBI=0.0153668;REFB=-0.00809859;REVB=-0.00196475;RO=20;SAF=12;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128985;STB=0.571375;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00633837;OID=.;OPOS=10315838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:14:12:6:14:14:12:6:14 chr16 10524957 . G T 1510.86 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102085;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.782;QD=63.615;RBI=0.0115279;REFB=0;REVB=0.00535523;RO=0;SAF=53;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.64135e-06;OID=.;OPOS=10524957;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:42:53:0:0:42:53:0:0 chr16 10525230 . T C 661.99 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.145;QD=61.5803;RBI=0.0155402;REFB=0;REVB=0.00608997;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85026e-05;OID=.;OPOS=10525230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:20:23:0:0 chr16 10631912 . C T 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=29;FWDB=0.00398363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.824;QD=12.0148;RBI=0.00724407;REFB=-0.0167094;REVB=-0.00605039;RO=34;SAF=4;SAR=16;SRF=5;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965634;STB=0.555504;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0310785;OID=.;OPOS=10631912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:16:4:5:29:16:4:5:29 chr16 10769958 . T C 1362.73 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=91;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00524967;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.815;QD=61.2463;RBI=0.00772395;REFB=0.068887;REVB=0.00566571;RO=1;SAF=60;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00783281;STB=0.504064;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000541242;OID=.;OPOS=10769958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:89:1:1:87:88:0.988764:27:60:1:0:27:61:1:0 chr16 10775855 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.502;QD=56.7064;RBI=0.0822754;REFB=0;REVB=0.079362;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285409;OID=.;OPOS=10775855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:25:29:1:9:16:0:0:9:20:0:0 chr16 10788406 . G T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.517;QD=61.3364;RBI=0.0440656;REFB=0;REVB=0.00830338;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126667;OID=.;OPOS=10788406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr16 10788424 . G A 102.21 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0122483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7902;QD=9.08496;RBI=0.0209941;REFB=-0.0337713;REVB=0.0170509;RO=32;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309292;STB=0.686198;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0440628;OID=.;OPOS=10788424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:5:8:11:21:5:8:11:21 chr16 10813648 . C T 311.56 PASS AF=0.507692;AO=31;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00273736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.437;QD=19.1728;RBI=0.00455118;REFB=-0.00644185;REVB=0.00363595;RO=31;SAF=25;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347225;STB=0.684839;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00981423;OID=.;OPOS=10813648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:32:31:33:0.507692:6:25:15:16:7:26:15:17 chr16 10989219 . C G 284.31 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0105397;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.8955;QD=14.5799;RBI=0.041676;REFB=-0.0275058;REVB=0.0403212;RO=43;SAF=14;SAR=19;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134186;STB=0.563144;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0394052;OID=.;OPOS=10989219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:45:33:33:0.423077:19:14:24:19:19:14:24:21 chr16 10995933 . A G 772.71 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.963;QD=61.8169;RBI=0.0368947;REFB=0.00687923;REVB=0.0307855;RO=1;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184525;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=8.28612e-05;OID=.;OPOS=10995933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:25:24:0:1:25:24:0:1 chr16 11000996 . CCG CCC,CC,C 52.96 PASS AF=0,0,0.434783;AO=2,3,5;DP=23;FAO=0,0,10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=0,0,7;FSAR=0,0,3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0324738,0.02385,-0.00890003;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=18.2349,10.9702,21.5307;QD=9.20995;RBI=0.0828136,0.20334,0.138051;REFB=0.0004392,-0.126903,-0.133616;REVB=-0.076181,-0.201937,-0.137764;RO=12;SAF=2,1,2;SAR=0,2,3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.532086,-0.267894,-0.196884;STB=0.5,0.5,0.641907;STBP=1,1,0.28;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0344049,0.181144;OID=.,.,.;OPOS=11000998,11000998,11000997;OREF=G,G,CG;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.434783:2,3,5:23:0,0,10:23:13:0,0,7:0,0,3:6:7:52:12:2,1,2:0,2,3:7:5 chr16 11001743 . G A 161.33 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00730877;FXX=0.0270197;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.1701;QD=17.9251;RBI=0.0248892;REFB=-0.0244448;REVB=0.0237919;RO=19;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792681;STB=0.545399;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0144121;OID=.;OPOS=11001743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:5:12:12:7:5:12:12:7 chr16 11002133 . C G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1553;QD=59.4346;RBI=0.0432644;REFB=0;REVB=-0.0261033;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12514e-05;OID=.;OPOS=11002133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr16 11002904 . G A 885.32 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7577;QD=58.0536;RBI=0.0752523;REFB=0;REVB=0.070845;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484863;OID=.;OPOS=11002904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr16 11002927 . A G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.799;QD=59.8559;RBI=0.0327128;REFB=0;REVB=0.0309041;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69275e-05;OID=.;OPOS=11002927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr16 11023208 . T C 271.59 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0103151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6473;QD=14.6808;RBI=0.025067;REFB=-0.023174;REVB=-0.0228463;RO=42;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251209;STB=0.507903;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0209819;OID=.;OPOS=11023208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:43:31:31:0.418919:17:14:20:22:17:14:20:23 chr16 11145463 . C T 316.67 PASS AF=0.279503;AO=45;DP=161;FAO=45;FDP=161;FR=.;FRO=116;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=62;FSRR=54;FWDB=-0.00657992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.504;QD=7.86764;RBI=0.0166373;REFB=-0.00737183;REVB=-0.0152809;RO=115;SAF=30;SAR=15;SRF=62;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162857;STB=0.599954;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0189608;OID=.;OPOS=11145463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:115:116:45:45:0.279503:15:30:62:53:15:30:62:54 chr16 11361895 . C G 549.54 PASS AF=0.467742;AO=58;DP=124;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.007724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.647;QD=17.727;RBI=0.00955;REFB=-0.00311121;REVB=-0.00561625;RO=65;SAF=27;SAR=31;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00380631;STB=0.502234;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00374132;OID=.;OPOS=11361895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:65:66:58:58:0.467742:31:27:30:35:31:27:31:35 chr16 11362729 . G A 319.45 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.000767141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.952;QD=18.519;RBI=0.0227349;REFB=-0.0106603;REVB=0.022722;RO=35;SAF=17;SAR=17;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195768;STB=0.608635;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0243917;OID=.;OPOS=11362729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:17:17:25:10:17:17:25:10 chr16 11367143 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.223;QD=62.9829;RBI=0.0539439;REFB=0;REVB=0.0434236;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.909e-05;OID=.;OPOS=11367143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:13:32:0:0:13:32:0:0 chr16 11367154 . C T 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.0101112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.222;QD=10.4387;RBI=0.0101169;REFB=-0.00153465;REVB=0.000342377;RO=27;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28395;STB=0.666444;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00681887;OID=.;OPOS=11367154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:6:7:21:6:6:7:21:6 chr16 11374866 . G T 291.57 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0179475;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4504;QD=14.2229;RBI=0.0250353;REFB=-0.00407076;REVB=-0.0174544;RO=49;SAF=19;SAR=14;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154159;STB=0.587576;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00484124;OID=.;OPOS=11374866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:49:49:33:33:0.402439:14:19:21:28:14:19:21:28 chr16 11387117 . A G 2105.59 PASS AF=0.992647;AO=134;DP=135;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00807372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.801;QD=61.9292;RBI=0.0135189;REFB=-0.0846498;REVB=-0.0108433;RO=0;SAF=50;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50495;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000122453;OID=.;OPOS=11387117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:136:0:1:134:135:0.992647:84:50:0:0:85:50:1:0 chr16 11387164 . T C 1358.59 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0080017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.056;QD=62.4641;RBI=0.0582677;REFB=0;REVB=0.0577156;RO=0;SAF=30;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36849e-05;OID=.;OPOS=11387164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:57:30:0:0:57:30:0:0 chr16 11444572 . A C 791.19 PASS AF=0.479532;AO=82;DP=171;FAO=82;FDP=171;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=34;FSRR=55;FWDB=0.00596041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.513;QD=18.5074;RBI=0.0064733;REFB=-0.0165869;REVB=-0.00252531;RO=89;SAF=33;SAR=49;SRF=34;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200941;STB=0.511092;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0164512;OID=.;OPOS=11444572;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:89:89:82:82:0.479532:49:33:34:55:49:33:34:55 chr16 11540712 . T C 151.36 PASS AF=0.350877;AO=15;DP=52;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0307768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.989;QD=10.6218;RBI=0.0325771;REFB=-0.0159253;REVB=0.0106798;RO=37;SAF=4;SAR=11;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436456;STB=0.626821;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0420003;OID=.;OPOS=11540712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:57:37:37:15:20:0.350877:11:4:24:13:11:9:24:13 chr16 11541896 . G A 252.48 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.000658266;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0078;QD=26.5768;RBI=0.00736886;REFB=-0.0248669;REVB=0.0073394;RO=14;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141753;STB=0.590831;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0193099;OID=.;OPOS=11541896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:14:15:23:23:0.605263:13:10:9:5:13:10:10:5 chr16 11650325 . G A 201.48 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.02587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9429;QD=13.8951;RBI=0.0825626;REFB=-0.0202203;REVB=0.0784049;RO=34;SAF=11;SAR=13;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281135;STB=0.659032;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.029906;OID=.;OPOS=11650325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:13:11:25:9:13:11:25:9 chr16 11658459 . A AT 434.22 PASS AF=0.617647;AO=39;DP=69;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00396177;FXX=0.0144907;HRUN=0;LEN=1;MLLD=176.273;QD=25.5425;RBI=0.0130697;REFB=-0.00652173;REVB=0.0124548;RO=27;SAF=25;SAR=14;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256983;STB=0.618991;STBP=0.021;TYPE=ins;VARB=0.00235501;OID=.;OPOS=11658460;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.617647:39:69:42:68:26:26:16:8:18:99:27:25:14:8:19 chr16 11852354 . A C 402.4 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9773;QD=55.5036;RBI=0.0682817;REFB=0;REVB=-0.0632146;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344248;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146402;OID=.;OPOS=11852354;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:1:0:27:29:1:13:14:0:1:15:14:0:0 chr16 11862961 . T TA 62.79 PASS AF=0.396226;AO=19;DP=66;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0223331;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.26527;QD=4.739;RBI=0.203384;REFB=-0.102045;REVB=0.202154;RO=43;SAF=11;SAR=8;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00292682;STB=0.591897;STBP=0.307;TYPE=ins;VARB=0.129624;OID=.;OPOS=11862962;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396226:19:66:21:53:32:13:8:15:17:62:43:11:8:25:18 chr16 11969724 . G C 1495.18 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168404;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.803;QD=63.6245;RBI=0.0173291;REFB=0;REVB=-0.00408638;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.4196e-05;OID=.;OPOS=11969724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:93:94:1:50:43:0:0:51:43:0:0 chr16 12021332 . G A 148.52 PASS AF=0.882353;AO=13;DP=16;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0411678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.081;QD=34.9464;RBI=0.0451553;REFB=-0.0422771;REVB=0.0185531;RO=3;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691109;STB=0.571332;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00224653;OID=.;OPOS=12021332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:16:17:3:2:13:15:0.882353:6:7:1:2:6:9:0:2 chr16 12027474 . CAT C,CGT 156.71 PASS AF=1,0;AO=13,2;DP=16;FAO=13,0;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285622,0.027563;FXX=0.187383;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=219.785,49.3308;QD=48.2197;RBI=0.0299084,0.0701911;REFB=0,0;REVB=0.00887209,-0.0645528;RO=0;SAF=2,0;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00024529,0;OID=.,.;OPOS=12027475,12027475;OREF=AT,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:13,2:16:13,0:13:0:2,0:11,0:0:0:3:0:2,0:11,2:0:0 chr16 12031448 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.607;QD=42.1826;RBI=0.0477428;REFB=0;REVB=0.0295179;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216677;OID=.;OPOS=12031448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr16 12060163 . A G 1463.27 PASS AF=0.99;AO=97;DP=101;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00992835;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.217;QD=58.531;RBI=0.0387056;REFB=0.0143034;REVB=0.0374105;RO=0;SAF=37;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.7108e-08;STB=0.506328;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=1.35892e-05;OID=.;OPOS=12060163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:100:0:1:97:99:0.99:60:37:0:0:60:39:1:0 chr16 12162969 . A G 608.8 PASS AF=0.530435;AO=61;DP=115;FAO=61;FDP=115;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0232803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.957;QD=21.1755;RBI=0.0269019;REFB=0.000698434;REVB=-0.0134812;RO=54;SAF=33;SAR=28;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192906;STB=0.510598;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.000571453;OID=.;OPOS=12162969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:54:54:61:61:0.530435:28:33:28:26:28:33:28:26 chr16 12183686 . C T 315.64 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0308441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.369;QD=17.5358;RBI=0.0466874;REFB=-0.00938209;REVB=0.035048;RO=38;SAF=21;SAR=13;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406406;STB=0.522714;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00966643;OID=.;OPOS=12183686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:13:21:25:13:13:21:25:13 chr16 12621176 . C G 1184.46 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.61;QD=60.7418;RBI=0.0382694;REFB=0;REVB=0.00528989;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019647;OID=.;OPOS=12621176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:45:32:0:0:46:32:0:0 chr16 12666984 . T A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00633037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.771;QD=63.5825;RBI=0.0101633;REFB=0;REVB=0.007951;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18409e-05;OID=.;OPOS=12666984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr16 12667393 . G A 534.43 PASS AF=0.42029;AO=58;DP=139;FAO=58;FDP=138;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.0186214;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.249;QD=15.4907;RBI=0.019621;REFB=-0.0105946;REVB=-0.00618263;RO=80;SAF=27;SAR=31;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356928;STB=0.520023;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00962743;OID=.;OPOS=12667393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:80:80:58:58:0.42029:31:27:40:40:31:27:40:40 chr16 12667409 . C A 473.72 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0398386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.393;QD=16.3352;RBI=0.0431368;REFB=-0.00569388;REVB=-0.0165432;RO=63;SAF=27;SAR=25;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026676;STB=0.510613;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0148105;OID=.;OPOS=12667409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:63:64:52:52:0.448276:25:27:31:32:25:27:32:32 chr16 12667945 . C T 688.85 PASS AF=0.415301;AO=76;DP=183;FAO=76;FDP=183;FR=.;FRO=107;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=0.0004313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9083;QD=15.0568;RBI=0.0141612;REFB=0.00959842;REVB=0.0141546;RO=107;SAF=40;SAR=36;SRF=54;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022624;STB=0.512669;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.0106387;OID=.;OPOS=12667945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:107:107:76:76:0.415301:36:40:54:53:36:40:54:53 chr16 12758966 . T C 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00847441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.563;QD=16.0289;RBI=0.00953327;REFB=-0.00213987;REVB=0.00436665;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00652503;STB=0.50369;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00263668;OID=.;OPOS=12758966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:14:11:13:17:14:11:13:17 chr16 12897578 . G T 867.07 PASS AF=0.480874;AO=88;DP=184;FAO=88;FDP=183;FR=.;FRO=95;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=0.00907562;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.303;QD=18.9524;RBI=0.0397664;REFB=-0.00706832;REVB=0.038717;RO=93;SAF=37;SAR=51;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699954;STB=0.539062;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00589271;OID=.;OPOS=12897578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:93:95:88:88:0.480874:51:37:46:47:51:37:47:48 chr16 13002359 . T C 1305.51 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00119237;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.603;QD=62.1673;RBI=0.00717859;REFB=0;REVB=0.00707887;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71524e-06;OID=.;OPOS=13002359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr16 14041958 . T C 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00153713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.641;QD=18.4389;RBI=0.0290036;REFB=0.00057538;REVB=-0.0289628;RO=29;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924849;STB=0.551688;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.000375775;OID=.;OPOS=14041958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:16:13:16:13:16:13:16:13 chr16 14969016 . T A 68.23 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00022501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.061;QD=4.0734;RBI=0.00769859;REFB=-0.00974657;REVB=-0.0076953;RO=55;SAF=10;SAR=2;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383197;STB=0.75975;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.036386;OID=.;OPOS=14969016;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:67:67:55:55:12:12:0.179104:2:10:31:24:2:10:31:24 chr16 15082865 . C T 326.76 PASS AF=0.603774;AO=31;DP=51;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.035369;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2827;QD=24.6613;RBI=0.0726565;REFB=-0.0388191;REVB=0.0634666;RO=20;SAF=17;SAR=14;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105573;STB=0.553158;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0277921;OID=.;OPOS=15082865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:20:21:31:32:0.603774:14:17:8:12:14:18:9:12 chr16 15083131 . A T 115.55 PASS AF=0.285714;AO=15;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0125428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.541;QD=8.25339;RBI=0.0157019;REFB=-0.00428169;REVB=0.00944598;RO=41;SAF=5;SAR=10;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190912;STB=0.573301;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0114923;OID=.;OPOS=15083131;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:41:40:15:16:0.285714:10:5:20:21:10:6:19:21 chr16 15092213 . A G 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00545674;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.333;QD=17.501;RBI=0.00932265;REFB=-0.0202766;REVB=0.00755883;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641081;STB=0.535996;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0184569;OID=.;OPOS=15092213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:12:14:17:11:12:14:17:11 chr16 15095675 . C A 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0398823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2284;QD=13.0907;RBI=0.0399001;REFB=-0.0379787;REVB=0.00119404;RO=20;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121279;STB=0.571317;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0318551;OID=.;OPOS=15095675;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:8:5:10:10:8:5:10:10 chr16 15098047 . C G 233.44 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.000823418;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.418;QD=18.3089;RBI=0.00459553;REFB=-0.00627706;REVB=0.00452116;RO=26;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966341;STB=0.554411;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00557653;OID=.;OPOS=15098047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:26:26:25:25:0.490196:9:16:14:12:9:16:14:12 chr16 15111218 . C T 277.32 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.011006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.5608;QD=26.4113;RBI=0.0253633;REFB=-0.00402284;REVB=-0.022851;RO=17;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138745;STB=0.576861;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00281567;OID=.;OPOS=15111218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:15:10:10:7:15:10:10:7 chr16 15116625 . G T 142.6 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=0.00335279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.311;QD=14.2599;RBI=0.0225122;REFB=0.00351784;REVB=-0.0222612;RO=22;SAF=11;SAR=5;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165134;STB=0.610115;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00491567;OID=.;OPOS=15116625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:24:16:16:0.4:5:11:18:4:5:11:20:4 chr16 15123888 . G A 112.15 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.008665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.492;QD=8.46436;RBI=0.00876915;REFB=0.00440581;REVB=-0.00134747;RO=38;SAF=11;SAR=4;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233903;STB=0.643251;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00777926;OID=.;OPOS=15123888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:4:11:21:17:4:11:21:17 chr16 15129970 . A G 304.17 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0247188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.923;QD=19.9457;RBI=0.0332509;REFB=-0.0194565;REVB=-0.0222396;RO=28;SAF=11;SAR=21;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449735;STB=0.536048;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0157222;OID=.;OPOS=15129970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:29:32:32:0.52459:21:11:11:17:21:11:12:17 chr16 15131962 . A G 429.62 PASS AF=0.488889;AO=39;DP=85;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.103687;FXX=0.0109878;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9478;QD=19.0943;RBI=0.115312;REFB=-0.0366958;REVB=-0.050456;RO=46;SAF=5;SAR=34;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377967;STB=0.592978;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0276999;OID=.;OPOS=15131962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:90:46:46:39:44:0.488889:34:5:18:28:34:10:17:29 chr16 15131974 . G T 386.56 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.00662655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.128;QD=18.1912;RBI=0.0129012;REFB=0.000875341;REVB=-0.0110693;RO=45;SAF=11;SAR=29;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668083;STB=0.537401;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00121501;OID=.;OPOS=15131974;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:29:11:15:30:29:11:15:30 chr16 15133889 . T G 961.71 PASS AF=0.505319;AO=93;DP=186;FAO=95;FDP=188;FR=.;FRO=93;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=0.0096407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.951;QD=20.4619;RBI=0.0119994;REFB=-0.0159602;REVB=0.00714437;RO=93;SAF=51;SAR=42;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297156;STB=0.511435;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0109759;OID=.;OPOS=15133889;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:188:93:93:93:95:0.505319:42:51:54:39:42:53:54:39 chr16 15689721 . A G 471.69 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0671743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.884;QD=55.4932;RBI=0.0673992;REFB=-0.0327345;REVB=-0.00550197;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000630376;OID=.;OPOS=15689721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:17:16:0:0:17:16:1:0 chr16 15696480 . A AAGGAAAGAAGGAGGCAGAG 56.26 PASS AF=0.615385;AO=6;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.011478;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=19;MLLD=264.075;QD=17.3114;RBI=0.0237885;REFB=-0.0320641;REVB=0.0208363;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474419;STB=0.691896;STBP=0.129;TYPE=ins;VARB=0.0300218;OID=.;OPOS=15696481;OREF=-;OALT=AGGAAAGAAGGAGGCAGAG;OMAPALT=AAGGAAAGAAGGAGGCAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.615385:6:13:8:13:5:4:4:0:5:32:5:4:2:0:5 chr16 15714307 . CTT C,CT 61.17 PASS AF=0,0.478261;AO=6,17;DP=47;FAO=0,22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=0,14;FSAR=0,8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0535466,-0.102635;FXX=0.0212721;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=18.6696,10.1969;QD=5.31869;RBI=0.0838748,0.159653;REFB=-0.00773649,-0.0147688;REVB=-0.0645581,-0.122291;RO=22;SAF=3,11;SAR=3,6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.149397;STB=0.5,0.573702;STBP=1,0.346;TYPE=del,del;VARB=0,-0.0299265;OID=.,.;OPOS=15714308,15714308;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.478261:6,17:47:0,22:46:24:0,14:0,8:12:12:60:22:3,11:3,6:11:11 chr16 15781054 . A G 816.65 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.214;QD=57.3086;RBI=0.0463434;REFB=0;REVB=0.0463296;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118239;OID=.;OPOS=15781054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:23:33:0:0:23:34:0:0 chr16 15814734 . C T 65.86 PASS AF=0.169014;AO=12;DP=71;FAO=12;FDP=71;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.0157727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.923;QD=3.7106;RBI=0.0571759;REFB=-0.00504431;REVB=-0.0549573;RO=59;SAF=9;SAR=3;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197242;STB=0.633907;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.074036;OID=.;OPOS=15814734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:71:71:59:59:12:12:0.169014:3:9:36:23:3:9:36:23 chr16 15843899 . G A 251.48 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000155764;FXX=0.0454339;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.761;QD=47.9018;RBI=0.0217254;REFB=-0.0410903;REVB=-0.0217248;RO=1;SAF=15;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297497;STB=0.516113;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0035216;OID=.;OPOS=15843899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:5:15:1:0:5:15:1:0 chr16 15892481 . C A 41.36 PASS AF=0.545455;AO=2;DP=8;FAO=6;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00266935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.646;QD=15.0398;RBI=0.00940128;REFB=-0.00104611;REVB=0.00901435;RO=4;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0362081;OID=.;OPOS=15892481;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:8:11:4:3:2:6:0.545455:2:0:0:4:6:0:0:3 chr16 15917197 . G A 328.66 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0182553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.667;QD=18.0088;RBI=0.0328824;REFB=0.00942927;REVB=0.0273496;RO=38;SAF=16;SAR=19;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160507;STB=0.589223;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.0107431;OID=.;OPOS=15917197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:19:16:11:27:19:16:11:27 chr16 15971028 . C A,G 1236.03 PASS AF=0.0246914,0.975309;AO=3,80;DP=83;FAO=2,79;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=2,43;FSAR=0,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00697731,-0.00163885;FXX=0.0240935;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=46.6119,62.5121;QD=61.0385;RBI=0.00701763,0.0234634;REFB=0,0;REVB=0.000751154,0.0234061;RO=0;SAF=3,44;SAR=0,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.28538e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0687791,0.000516363;OID=.,.;OPOS=15971028,15971028;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:83:81:0:0:3,80:2,79:0.0246914,0.975309:0,36:3,44:0:0:0,36:2,43:0:0 chr16 15973654 . G T 270.6 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00121368;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.949;QD=22.5503;RBI=0.00258598;REFB=-0.0088581;REVB=0.00228348;RO=23;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113563;STB=0.506347;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00789456;OID=.;OPOS=15973654;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:23:23:25:25:0.520833:9:16:15:8:9:16:15:8 chr16 15978037 . CT CC,C 113.2 PASS AF=0.134328,0.283582;AO=10,19;DP=65;FAO=9,19;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=0,7;FSAR=9,12;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0847893,-0.103271;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=15.2973,9.32017;QD=6.7581;RBI=0.0850747,0.168895;REFB=-0.0327029,-0.0462566;REVB=0.00696379,-0.133643;RO=27;SAF=1,9;SAR=9,10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.411649,0.145384;STB=0.998428,0.506842;STBP=0.009,0.966;TYPE=snp,del;VARB=0.0210635,-0.0177634;OID=.,.;OPOS=15978038,15978038;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.134328,0.283582:10,19:65:9,19:67:39:0,7:9,12:14:25:50:27:1,9:9,10:9:18 chr16 16138322 . T C 497.34 PASS AF=0.5;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=-0.00648635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.875;QD=19.1283;RBI=0.0123766;REFB=-0.0195186;REVB=-0.0105407;RO=52;SAF=31;SAR=21;SRF=14;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289188;STB=0.659278;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0316664;OID=.;OPOS=16138322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:52:52:52:0.5:21:31:14:38:21:31:14:38 chr16 16139714 . T C 541.79 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.00764621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3095;QD=22.342;RBI=0.0561916;REFB=-0.0270024;REVB=0.055669;RO=45;SAF=15;SAR=36;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324797;STB=0.683941;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0204311;OID=.;OPOS=16139714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:46:51:51:0.525773:36:15:30:15:36:15:31:15 chr16 16162019 . T C 1905.75 PASS AF=0.992063;AO=120;DP=122;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0590211;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5248;QD=60.4999;RBI=0.102294;REFB=0.0409478;REVB=0.0835502;RO=1;SAF=59;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0079833;STB=0.504064;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000616654;OID=.;OPOS=16162019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:126:1:1:120:125:0.992063:61:59:1:0:64:61:1:0 chr16 16170205 . C T 113.39 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00123802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.096;QD=9.65048;RBI=0.0201437;REFB=-0.00546039;REVB=-0.0201056;RO=32;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057414;STB=0.542314;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0124509;OID=.;OPOS=16170205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:33:14:14:0.297872:9:5:10:22:9:5:10:23 chr16 16177275 . G A 385.28 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0127869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.691;QD=19.5078;RBI=0.0142795;REFB=-0.00787628;REVB=0.00635608;RO=38;SAF=16;SAR=24;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896234;STB=0.556672;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00782192;OID=.;OPOS=16177275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:38:39:40:40:0.506329:24:16:19:19:24:16:20:19 chr16 16236650 . T C 729.94 PASS AF=0.483221;AO=72;DP=149;FAO=72;FDP=149;FR=.;FRO=77;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.00394686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.309;QD=19.5957;RBI=0.00414092;REFB=-0.00144934;REVB=0.00125283;RO=77;SAF=46;SAR=26;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128588;STB=0.571187;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00177783;OID=.;OPOS=16236650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:77:77:72:72:0.483221:26:46:39:38:26:46:39:38 chr16 16236740 . G A 148.3 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.0739117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0182;QD=7.80507;RBI=0.0796846;REFB=-0.0124544;REVB=-0.0297776;RO=51;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611416;STB=0.541966;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0281749;OID=.;OPOS=16236740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:55:21:21:0.276316:13:8:17:34:13:8:18:37 chr16 16236789 . A G 458.73 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0374781;FXX=0.0659268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.141;QD=21.5871;RBI=0.0395672;REFB=-0.00657782;REVB=0.0126866;RO=40;SAF=13;SAR=31;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054934;STB=0.526072;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00466257;OID=.;OPOS=16236789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:85:40:41:44:44:0.517647:31:13:14:26:31:13:14:27 chr16 16248895 . G A 545.67 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.000446801;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.457;QD=21.1911;RBI=0.0162165;REFB=-0.0115344;REVB=-0.0162104;RO=47;SAF=24;SAR=31;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448716;STB=0.529904;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00967083;OID=.;OPOS=16248895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:47:48:55:55:0.533981:31:24:23:24:31:24:24:24 chr16 16263663 . G A 491.28 PASS AF=0.5;AO=49;DP=101;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.0191937;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=196.119;QD=19.2657;RBI=0.0262075;REFB=-0.033681;REVB=-0.0178448;RO=31;SAF=20;SAR=29;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638298;STB=0.541856;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.021131;OID=.;OPOS=16263663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:31:51:49:51:0.5:29:20:10:21:31:20:16:35 chr16 16271357 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00586053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.024;QD=60.547;RBI=0.0143536;REFB=0;REVB=-0.0131027;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.84906e-06;OID=.;OPOS=16271357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:36:37:0:0:38:37:0:0 chr16 16272670 . T C 1501.45 PASS AF=1;AO=77;DP=103;FAO=101;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599675;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0349;QD=59.4634;RBI=0.0219382;REFB=0;REVB=0.0211027;RO=0;SAF=54;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18563e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0447595;OID=.;OPOS=16272670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:101:0:0:77:101:1:23:54:0:0:46:55:0:0 chr16 16278050 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0410244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.928;QD=10.0332;RBI=0.0509594;REFB=-0.0187413;REVB=-0.0302302;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115149;STB=0.571156;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.039897;OID=.;OPOS=16278050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:2:5:3:2:2:5 chr16 16349580 . G A 239.36 PASS AF=0.307692;AO=32;DP=104;FAO=32;FDP=104;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.00729223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.406;QD=9.2063;RBI=0.00997085;REFB=-0.00315894;REVB=-0.00680009;RO=72;SAF=16;SAR=16;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656292;STB=0.538438;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00796144;OID=.;OPOS=16349580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:72:72:32:32:0.307692:16:16:40:32:16:16:40:32 chr16 17196433 . G C 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0533733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1993;QD=11.5637;RBI=0.0609735;REFB=-0.00107552;REVB=0.0294798;RO=29;SAF=10;SAR=5;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560397;STB=0.533288;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00533474;OID=.;OPOS=17196433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:5:10:18:11:5:10:18:11 chr16 17196621 . A ATTC 160.19 PASS AF=0.529412;AO=5;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0186268;FXX=0;HRUN=8;LEN=3;MLLD=297.563;QD=18.846;RBI=0.0210674;REFB=-0.0244613;REVB=0.00984251;RO=22;SAF=2;SAR=3;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270564;STB=0.553131;STBP=0.537;TYPE=ins;VARB=0.0200654;OID=.;OPOS=17196622;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:5:34:18:34:16:12:6:9:7:99:22:2:3:14:8 chr16 17196622 . T TTC 85.15 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=31;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0123539;FXX=0.0294031;HRUN=8;LEN=2;MLLD=305.694;QD=10.3218;RBI=0.0167651;REFB=-0.00533399;REVB=0.0113336;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155879;STB=0.633889;STBP=0.317;TYPE=ins;VARB=0.00850319;OID=.;OPOS=17196623;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:10:31:11:33:22:8:3:12:10:85:21:7:3:12:9 chr16 18823379 . T C 1229.78 PASS AF=0.893204;AO=92;DP=103;FAO=92;FDP=103;FR=.;FRO=11;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.000356201;FXX=0.0190458;HRUN=7;LEN=1;MLLD=187.111;QD=47.7585;RBI=0.00123037;REFB=0.0061227;REVB=-0.00117768;RO=6;SAF=43;SAR=49;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156108;STB=0.511142;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000155657;OID=.;OPOS=18823379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:103:103:6:11:92:92:0.893204:49:43:2:4:49:43:4:7 chr16 18847416 . G A 363.26 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0427959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.798;QD=18.1631;RBI=0.0456825;REFB=-0.0141662;REVB=0.0159813;RO=42;SAF=10;SAR=28;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349753;STB=0.696025;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00985895;OID=.;OPOS=18847416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:28:10:26:16:28:10:26:16 chr16 18856918 . C T 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00460307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.044;QD=9.67064;RBI=0.0197238;REFB=-0.0143503;REVB=-0.0191792;RO=36;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115435;STB=0.569219;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0322889;OID=.;OPOS=18856918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:10:6:17:19:10:6:17:19 chr16 18861335 . A G 414.94 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0090657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8336;QD=24.7726;RBI=0.0498168;REFB=-0.0129769;REVB=0.048985;RO=27;SAF=17;SAR=23;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421687;STB=0.523112;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0129357;OID=.;OPOS=18861335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:27:40:40:0.597015:23:17:13:14:23:17:13:14 chr16 18908268 . C T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0104471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.46;QD=10.8847;RBI=0.0392679;REFB=-0.00896826;REVB=-0.0378527;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920876;STB=0.555432;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0142438;OID=.;OPOS=18908268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:8:7:5:4:8:7 chr16 19041595 . G A 524.87 PASS AF=0.561798;AO=49;DP=89;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00641483;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.578;QD=23.5896;RBI=0.0164657;REFB=-0.00628459;REVB=0.0151648;RO=39;SAF=27;SAR=22;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113382;STB=0.556678;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00512585;OID=.;OPOS=19041595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:39:39:49:50:0.561798:22:27:16:23:23:27:16:23 chr16 19047030 . G A 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00265102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.707;QD=13.2874;RBI=0.0176162;REFB=0.00686578;REVB=0.0174156;RO=41;SAF=16;SAR=11;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188148;STB=0.510751;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.00884787;OID=.;OPOS=19047030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:11:16:25:16:11:16:25:16 chr16 19067933 . G A 455.81 PASS AF=0.447368;AO=50;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.0629831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.955;QD=15.9933;RBI=0.0631291;REFB=-0.025923;REVB=-0.00429196;RO=61;SAF=25;SAR=25;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121194;STB=0.569332;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0247285;OID=.;OPOS=19067933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:63:50:51:0.447368:25:25:38:23:25:26:40:23 chr16 19079037 . G A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0092703;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=132.902;QD=26.0262;RBI=0.106927;REFB=-0.0258807;REVB=0.106525;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171372;STB=0.599655;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00221556;OID=.;OPOS=19079037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:0:1:2:4:0:1 chr16 19080184 . C T 479.83 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0467141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0872;QD=18.2792;RBI=0.0467439;REFB=-0.0171189;REVB=0.00166767;RO=54;SAF=31;SAR=20;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152928;STB=0.584872;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.016858;OID=.;OPOS=19080184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:54:51:51:0.485714:20:31:24:30:20:31:24:30 chr16 19080227 . C CTG 884.81 PASS AF=0.983871;AO=56;DP=71;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0162802;FXX=0.0605969;HRUN=0;LEN=2;MLLD=304.771;QD=57.0843;RBI=0.0163353;REFB=0.0107595;REVB=0.00134031;RO=6;SAF=31;SAR=25;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829623;STB=0.50769;STBP=0.527;TYPE=ins;VARB=-7.61546e-05;OID=.;OPOS=19080228;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.983871:56:71:61:62:1:32:29:1:0:3:6:31:25:6:0 chr16 19085298 . C T 656.81 PASS AF=0.458904;AO=67;DP=145;FAO=67;FDP=146;FR=.;FRO=79;FSAF=51;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=-0.0010887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.979;QD=17.9948;RBI=0.0425211;REFB=-0.00372842;REVB=-0.0425071;RO=78;SAF=51;SAR=16;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173368;STB=0.594496;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00338702;OID=.;OPOS=19085298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:78:79:67:67:0.458904:16:51:48:30:16:51:49:30 chr16 19089562 . C G 421.88 PASS AF=0.392;AO=49;DP=125;FAO=49;FDP=125;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.0229518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.133;QD=13.5001;RBI=0.0264004;REFB=0.00394492;REVB=-0.013046;RO=76;SAF=25;SAR=24;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314687;STB=0.517809;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00556422;OID=.;OPOS=19089562;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:76:76:49:49:0.392:24:25:41:35:24:25:41:35 chr16 19128200 . C T 59.38 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0250463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.384;QD=4.09539;RBI=0.117468;REFB=0.00925199;REVB=0.114767;RO=48;SAF=6;SAR=4;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148835;STB=0.5998;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.0234621;OID=.;OPOS=19128200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:48:48:10:10:0.172414:4:6:23:25:4:6:23:25 chr16 19131105 . G A 344.79 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0231129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0883;QD=21.8911;RBI=0.100354;REFB=0.0264201;REVB=0.0976564;RO=28;SAF=21;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194846;STB=0.607534;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.017504;OID=.;OPOS=19131105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:14:21:10:18:14:21:10:18 chr16 19297219 . T G 940.75 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146195;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7937;QD=58.7971;RBI=0.0400051;REFB=0;REVB=-0.0372382;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000348966;OID=.;OPOS=19297219;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr16 19310092 . T C 294.52 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00237104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.859;QD=15.1036;RBI=0.00974949;REFB=-0.0188676;REVB=-0.00945679;RO=45;SAF=12;SAR=21;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198147;STB=0.612224;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0333066;OID=.;OPOS=19310092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:21:12:25:20:21:12:25:20 chr16 19547747 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.646;QD=47.8223;RBI=0.0637171;REFB=0;REVB=0.0448442;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00283417;OID=.;OPOS=19547747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr16 19548116 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.109;QD=55.0984;RBI=0.025692;REFB=0;REVB=-0.00549146;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.89003e-05;OID=.;OPOS=19548116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr16 19548290 . G A 2162.83 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0357743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.016;QD=62.2398;RBI=0.044794;REFB=-0.118082;REVB=0.0269574;RO=1;SAF=68;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674368;STB=0.503546;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000148109;OID=.;OPOS=19548290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:70:68:0:1:70:68:0:1 chr16 19553306 . GA G 192.85 PASS AF=0.473684;AO=39;DP=77;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.102356;FXX=0.0129853;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.0115;QD=10.1498;RBI=0.102435;REFB=-0.0306094;REVB=-0.00401588;RO=37;SAF=19;SAR=20;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0.330986;SSSB=0.0481726;STB=0.516215;STBP=0.777;TYPE=del;VARB=0.029265;OID=.;OPOS=19553307;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:39:77:36:76:40:16:20:19:21:99:37:19:20:16:21 chr16 19680546 . T C 393.15 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.0022582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.779;QD=17.0936;RBI=0.00293049;REFB=-0.00895727;REVB=-0.0018677;RO=51;SAF=25;SAR=16;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286849;STB=0.660204;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00752428;OID=.;OPOS=19680546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:16:25:16:35:16:25:16:35 chr16 19800213 . T C 218.69 PASS AF=0.478261;AO=20;DP=44;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0102916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.202;QD=19.0163;RBI=0.0107461;REFB=-0.0163305;REVB=0.00309225;RO=24;SAF=3;SAR=17;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350516;STB=0.713642;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0156584;OID=.;OPOS=19800213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:24:24:20:22:0.478261:17:3:10:14:19:3:10:14 chr16 19868687 . G C 1291.3 PASS AF=0.935484;AO=87;DP=93;FAO=87;FDP=93;FR=.;FRO=6;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0180862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.955;QD=55.54;RBI=0.0187152;REFB=-0.00365764;REVB=0.0048114;RO=6;SAF=49;SAR=38;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336422;STB=0.517785;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.000265333;OID=.;OPOS=19868687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:93:93:6:6:87:87:0.935484:38:49:5:1:38:49:5:1 chr16 20043330 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.212;QD=57.0001;RBI=0.022326;REFB=0;REVB=0.0217196;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130928;OID=.;OPOS=20043330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr16 20328685 . T C 508.21 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0222409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.535;QD=20.7432;RBI=0.0261554;REFB=-0.0169757;REVB=-0.013764;RO=49;SAF=26;SAR=23;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552833;STB=0.5306;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0154288;OID=.;OPOS=20328685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:23:26:23:26:23:26:23:26 chr16 20334679 . C T 1963.45 PASS AF=0.984615;AO=126;DP=129;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000587272;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.527;QD=60.414;RBI=0.0159624;REFB=-0.0262079;REVB=0.0159516;RO=1;SAF=58;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0081221;STB=0.508332;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000101452;OID=.;OPOS=20334679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:130:1:2:126:128:0.984615:68:58:1:0:69:59:2:0 chr16 20441053 . C G 1491.58 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0507907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.769;QD=57.3684;RBI=0.051099;REFB=-0.0726553;REVB=-0.00560501;RO=1;SAF=46;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102026;STB=0.500951;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000126404;OID=.;OPOS=20441053;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:1:2:102:102:0.980769:56:46:1:0:56:46:1:1 chr16 20441084 . T C 1485.06 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135169;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.682;QD=60.0025;RBI=0.0480027;REFB=0;REVB=0.0460603;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260423;OID=.;OPOS=20441084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:99:0:0:99:99:1:49:50:0:0:49:50:0:0 chr16 20471450 . G A 656.61 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.186;QD=59.6921;RBI=0.0435959;REFB=-0.0813469;REVB=0.0409067;RO=0;SAF=30;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250384;OID=.;OPOS=20471450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:44:0:0:40:44:1:10:30:0:0:11:33:0:0 chr16 20476852 . T C 1244.56 PASS AF=0.94382;AO=80;DP=85;FAO=84;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00142922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.464;QD=55.9351;RBI=0.00149019;REFB=-0.012061;REVB=0.00042192;RO=5;SAF=43;SAR=37;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153507;STB=0.508354;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000766659;OID=.;OPOS=20476852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:85:89:5:5:80:84:0.94382:37:43:2:3:38:46:2:3 chr16 20488696 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.878;QD=42.1826;RBI=0.0318395;REFB=0;REVB=-0.00845433;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190767;OID=.;OPOS=20488696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr16 20494408 . C T 814.08 PASS AF=0.518987;AO=82;DP=158;FAO=82;FDP=158;FR=.;FRO=76;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=0.0198112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.772;QD=20.6095;RBI=0.0200572;REFB=-0.00494601;REVB=0.00313179;RO=76;SAF=48;SAR=34;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00609221;STB=0.503342;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00490691;OID=.;OPOS=20494408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:76:76:82:82:0.518987:34:48:45:31:34:48:45:31 chr16 20570661 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00051872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.055;QD=39.2068;RBI=0.0178658;REFB=0;REVB=-0.0178583;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000196804;OID=.;OPOS=20570661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr16 20576048 . C A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.278;QD=58.5867;RBI=0.0127609;REFB=0;REVB=-0.00263853;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18334e-05;OID=.;OPOS=20576048;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr16 20635418 . C T 1425.41 PASS AF=1;AO=75;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2565;QD=63.3517;RBI=0.224279;REFB=0;REVB=0.223485;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193095;OID=.;OPOS=20635418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:75:90:1:40:35:0:0:51:39:0:0 chr16 20636814 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.336;QD=57.2374;RBI=0.0640476;REFB=0;REVB=0.0623704;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29399e-05;OID=.;OPOS=20636814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr16 20638576 . A T 1169.35 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2129;QD=59.9665;RBI=0.0654227;REFB=0;REVB=0.0310131;RO=0;SAF=49;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164346;OID=.;OPOS=20638576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:75:78:1:26:49:0:0:27:51:0:0 chr16 20753123 . T C 1735.89 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177594;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.601;QD=60.9085;RBI=0.0371787;REFB=0;REVB=0.0326628;RO=0;SAF=58;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144638;OID=.;OPOS=20753123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:114:0:0:114:114:1:56:58:0:0:56:58:0:0 chr16 20855309 . A G 1459.58 PASS AF=0.959596;AO=94;DP=98;FAO=95;FDP=99;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0299947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6757;QD=58.973;RBI=0.030247;REFB=-0.0466421;REVB=0.00389818;RO=4;SAF=45;SAR=49;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0016476;STB=0.500638;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00634368;OID=.;OPOS=20855309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:99:4:4:94:95:0.959596:49:45:2:2:49:46:2:2 chr16 21008690 . T C 413.51 PASS AF=0.457447;AO=40;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00175117;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=252.746;QD=17.5963;RBI=0.00489397;REFB=-0.00124084;REVB=-0.00456994;RO=41;SAF=18;SAR=22;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326485;STB=0.530972;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00162712;OID=.;OPOS=21008690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:41:51:40:43:0.457447:22:18:17:24:22:21:22:29 chr16 21190853 . A C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.381;QD=56.9377;RBI=0.0163309;REFB=0;REVB=-0.00637804;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37939e-05;OID=.;OPOS=21190853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr16 21217061 . G A 1377.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6562;QD=62.6136;RBI=0.0293595;REFB=0;REVB=0.0220846;RO=0;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60219e-05;OID=.;OPOS=21217061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:52:36:0:0:52:36:0:0 chr16 21222672 . C A 1324.89 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0102839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.63;QD=60.9143;RBI=0.0191605;REFB=-0.0576299;REVB=0.0161669;RO=1;SAF=47;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997443;STB=0.505262;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000400936;OID=.;OPOS=21222672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:39:47:1:0:39:47:1:0 chr16 21278991 . C T 127.84 PASS AF=0.253333;AO=19;DP=75;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0276063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237;QD=6.81797;RBI=0.0310092;REFB=-0.00467337;REVB=-0.0141233;RO=56;SAF=11;SAR=8;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182358;STB=0.610996;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0130474;OID=.;OPOS=21278991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:56:56:19:19:0.253333:8:11:24:32:8:11:24:32 chr16 21288815 . C T 230.0 PASS AF=0.305263;AO=29;DP=96;FAO=29;FDP=95;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.00431765;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.081;QD=9.68437;RBI=0.00866556;REFB=-0.00478452;REVB=-0.00751331;RO=66;SAF=19;SAR=10;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20525;STB=0.621015;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00972508;OID=.;OPOS=21288815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:66:66:29:29:0.305263:10:19:32:34:10:19:32:34 chr16 21531111 . T C 92.12 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0355002;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.289;QD=6.24549;RBI=0.0458909;REFB=-0.00421667;REVB=-0.0290811;RO=46;SAF=8;SAR=6;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114094;STB=0.579597;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0232737;OID=.;OPOS=21531111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:60:59:46:45:14:14:0.237288:6:8:22:24:6:8:21:24 chr16 21531133 . C G 71.04 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=63;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0447273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2603;QD=4.51035;RBI=0.0515411;REFB=-0.00859202;REVB=-0.0256115;RO=51;SAF=6;SAR=6;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121586;STB=0.507923;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0421166;OID=.;OPOS=21531133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:63:63:51:51:12:12:0.190476:6:6:25:26:6:6:25:26 chr16 21531154 . G C 113.32 PASS AF=0.216867;AO=18;DP=83;FAO=18;FDP=83;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.0311045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.214;QD=5.4614;RBI=0.0324928;REFB=-0.0074917;REVB=-0.00939645;RO=65;SAF=9;SAR=9;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673236;STB=0.542122;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0480958;OID=.;OPOS=21531154;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:65:65:18:18:0.216867:9:9:29:36:9:9:29:36 chr16 21531457 . T C 61.86 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0832041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2322;QD=7.73281;RBI=0.0846202;REFB=-0.0020985;REVB=-0.0154166;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011285;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125308;OID=.;OPOS=21531457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:32:32:23:23:9:9:0.28125:5:4:10:13:5:4:10:13 chr16 21531473 . G A 52.3 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0484283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.1546;QD=6.5381;RBI=0.0491094;REFB=-0.00139802;REVB=0.00815082;RO=24;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100486;STB=0.564352;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0025521;OID=.;OPOS=21531473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:5:3:11:13:5:3:11:13 chr16 21531494 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.761;QD=60.6103;RBI=0.0513609;REFB=0;REVB=0.00897065;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150059;OID=.;OPOS=21531494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr16 21531609 . C T 88.99 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0742509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.467;QD=27.3818;RBI=0.0795902;REFB=0.0136459;REVB=0.0286601;RO=3;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680236;STB=0.538385;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.000603202;OID=.;OPOS=21531609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:5:5:2:1:5:5:2:1 chr16 21598946 . A C 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=1;FWDB=0.084371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5086;QD=14.139;RBI=0.112087;REFB=-0.00405763;REVB=-0.0737902;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=19;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355079;STB=0.69859;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00620134;OID=.;OPOS=21598946;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:4:10:19:1:4:10:19:1 chr16 21658713 . G A 305.71 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.00283847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.556;QD=12.8718;RBI=0.00590959;REFB=0.00244941;REVB=-0.00518328;RO=60;SAF=17;SAR=18;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015743;STB=0.50902;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00369585;OID=.;OPOS=21658713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:60:60:35:35:0.368421:18:17:30:30:18:17:30:30 chr16 21666714 . C T 311.53 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0134453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.485;QD=19.1708;RBI=0.0213536;REFB=-0.0273355;REVB=-0.0165891;RO=32;SAF=9;SAR=24;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00944543;STB=0.50526;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0275893;OID=.;OPOS=21666714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:24:9:9:23:24:9:9:23 chr16 21690225 . C A 293.61 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.000205237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.685;QD=19.9055;RBI=0.00958159;REFB=-0.00246044;REVB=-0.0095794;RO=26;SAF=15;SAR=16;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139481;STB=0.558305;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00183574;OID=.;OPOS=21690225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:28:31:31:0.525424:16:15:17:9:16:15:17:11 chr16 21730449 . C T 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0115003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.196;QD=15.4998;RBI=0.0117686;REFB=-0.0238278;REVB=-0.00249835;RO=40;SAF=18;SAR=13;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563365;STB=0.531835;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0247083;OID=.;OPOS=21730449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:13:18:21:19:13:18:21:19 chr16 21732601 . A C 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0157037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.883;QD=24.1883;RBI=0.0217892;REFB=-0.0320705;REVB=-0.015105;RO=6;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510973;STB=0.528799;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0153841;OID=.;OPOS=21732601;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:7:5:2:4:7:5:2:4 chr16 21747633 . A C 68.45 PASS AF=0.156627;AO=13;DP=83;FAO=13;FDP=83;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.00586729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.951;QD=3.2986;RBI=0.00902988;REFB=-0.00236912;REVB=-0.00686393;RO=67;SAF=7;SAR=6;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758587;STB=0.556291;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0139887;OID=.;OPOS=21747633;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:83:83:67:70:13:13:0.156627:6:7:32:35:6:7:33:37 chr16 21747639 . G T 67.19 PASS AF=0.149425;AO=13;DP=88;FAO=13;FDP=87;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.0105605;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2374;QD=3.08902;RBI=0.0279846;REFB=-0.00844426;REVB=-0.0259155;RO=74;SAF=7;SAR=6;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114854;STB=0.578089;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0108957;OID=.;OPOS=21747639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:88:87:74:74:13:13:0.149425:6:7:33:41:6:7:33:41 chr16 21747662 . G A 89.72 PASS AF=0.163265;AO=16;DP=100;FAO=16;FDP=98;FR=.;FRO=82;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.0218018;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.684;QD=3.66215;RBI=0.0267821;REFB=-0.0071786;REVB=-0.015555;RO=81;SAF=9;SAR=7;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132557;STB=0.582385;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0341329;OID=.;OPOS=21747662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:100:98:81:82:16:16:0.163265:7:9:37:44:7:9:38:44 chr16 22111704 . G A 374.21 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=385.85;QD=55.4383;RBI=0.034563;REFB=0;REVB=-0.00898729;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47112e-05;OID=.;OPOS=22111704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:21:5:0:0:22:5:0:0 chr16 22142943 . G A 100.26 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-4.39564e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.133;QD=6.68377;RBI=0.0207101;REFB=-0.019512;REVB=0.0207101;RO=43;SAF=9;SAR=6;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655924;STB=0.517459;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0406526;OID=.;OPOS=22142943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:45:15:15:0.25:6:9:28:15:6:9:28:17 chr16 22144318 . C T 407.7 PASS AF=0.96875;AO=29;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.133793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0054;QD=50.9631;RBI=0.177394;REFB=-0.0623486;REVB=0.116482;RO=3;SAF=18;SAR=11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715383;STB=0.512187;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0169847;OID=.;OPOS=22144318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:32:32:3:1:29:31:0.96875:11:18:3:0:11:20:1:0 chr16 22155629 . A G 1139.07 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0278519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.393;QD=59.1726;RBI=0.0291968;REFB=0.0441741;REVB=0.00875947;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.000109987;OID=.;OPOS=22155629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:75:76:0.987013:43:32:0:0:43:33:0:1 chr16 22161107 . GTTTTA GTTT,GTTTA 79.96 PASS AF=0.451613,0;AO=10,4;DP=32;FAO=14,0;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=2,0;FSAR=12,0;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=-0.1057,-0.188381;FXX=0.0605877;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=28.2833,13.0373;QD=10.3179;RBI=0.116644,0.265652;REFB=-0.0427545,-0.0458383;REVB=0.0493291,0.187305;RO=13;SAF=1,4;SAR=9,0;SRF=12;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.725537,0.583027;STB=0.892072,0.5;STBP=0.002,1;TYPE=del,del;VARB=0.0639184,0;OID=.,.;OPOS=22161111,22161108;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=GTTT,GTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451613,0:10,4:32:14,0:31:17:2,0:12,0:16:1:79:13:1,4:9,0:12:1 chr16 22161136 . T C 730.39 PASS AF=1;AO=31;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.15336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.804;QD=62.161;RBI=0.15336;REFB=0;REVB=0.000252973;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017837;OID=.;OPOS=22161136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:31:47:1:24:7:0:0:24:23:0:0 chr16 22178256 . G A 1369.75 PASS AF=0.938144;AO=91;DP=98;FAO=91;FDP=97;FR=.;FRO=6;FSAF=64;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0175101;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3203;QD=56.4844;RBI=0.0596801;REFB=-0.175903;REVB=0.0570536;RO=5;SAF=64;SAR=27;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578834;STB=0.538514;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00460483;OID=.;OPOS=22178256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:98:97:5:6:91:91:0.938144:27:64:1:4:27:64:1:5 chr16 22262514 . C A 727.71 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.703;QD=63.2791;RBI=0.0647309;REFB=0;REVB=-0.0244325;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163202;OID=.;OPOS=22262514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr16 22269867 . A G 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0299632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.977;QD=55.6054;RBI=0.0352291;REFB=-0.0836392;REVB=0.0185282;RO=1;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165496;STB=0.508769;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.000365854;OID=.;OPOS=22269867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:28:30:0:1:28:30:0:1 chr16 22269957 . ACT A 90.35 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00281464;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=265.46;QD=5.92461;RBI=0.00937593;REFB=-0.0122338;REVB=-0.00894348;RO=45;SAF=9;SAR=5;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241436;STB=0.6351;STBP=0.279;TYPE=del;VARB=0.029845;OID=.;OPOS=22269958;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.229508:14:61:14:61:47:9:5:22:25:90:45:9:5:20:25 chr16 22319555 . GCCCCC GCCCCG,GCCCC 73.98 PASS AF=0,0.46875;AO=2,15;DP=32;FAO=0,15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=0,5;FSAR=0,10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.110574,0.0253722;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=146.807,12.1245;QD=9.24775;RBI=0.118568,0.0822938;REFB=-0.0190063,-0.153362;REVB=-0.0427994,-0.0782849;RO=13;SAF=2,3;SAR=0,12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0.355556;SSEP=0,0;SSSB=0.601607,-0.200652;STB=0.5,0.511612;STBP=1,0.924;TYPE=snp,del;VARB=0,0.177881;OID=.,.;OPOS=22319560,22319556;OREF=C,C;OALT=G,-;OMAPALT=GCCCCG,GCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.46875:2,15:32:0,15:32:17:0,5:0,10:6:11:74:13:2,3:0,12:5:8 chr16 22357850 . C CAG 1076.88 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=82;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183622;FXX=0.0987532;HRUN=0;LEN=2;MLLD=226.33;QD=59.0073;RBI=0.0198923;REFB=-0.0195945;REVB=0.00765065;RO=6;SAF=43;SAR=28;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940748;STB=0.505616;STBP=0.517;TYPE=ins;VARB=0.000267939;OID=.;OPOS=22357851;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.986301:71:82:72:73:1:44:28:1:0:3:6:43:28:4:2 chr16 22359049 . GT G 77.84 PASS AF=0.483333;AO=23;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0489946;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.34941;QD=5.18916;RBI=0.0678315;REFB=-0.0575564;REVB=-0.0469111;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00307392;STB=0.500575;STBP=0.97;TYPE=del;VARB=0.0428272;OID=.;OPOS=22359050;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483333:23:60:29:60:31:14:15:15:16:73:27:12:11:14:13 chr16 23072833 . C T 301.65 PASS AF=0.44;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0246845;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.102;QD=16.0878;RBI=0.0271823;REFB=0.00460595;REVB=-0.0113821;RO=42;SAF=22;SAR=11;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173463;STB=0.59807;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00651606;OID=.;OPOS=23072833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:42:42:33:33:0.44:11:22:21:21:11:22:21:21 chr16 23073531 . C G 300.73 PASS AF=0.576923;AO=29;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00159024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4947;QD=23.1333;RBI=0.0399488;REFB=0.0107144;REVB=0.0399171;RO=22;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488142;STB=0.519218;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00439209;OID=.;OPOS=23073531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:29:30:0.576923:14:15:10:12:15:15:10:12 chr16 23098422 . A G 929.37 PASS AF=0.545455;AO=89;DP=167;FAO=90;FDP=165;FR=.;FRO=75;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.0112884;FXX=0.0236672;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9785;QD=22.5302;RBI=0.0118662;REFB=-0.0123731;REVB=-0.00365752;RO=73;SAF=50;SAR=39;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124325;STB=0.563674;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.014377;OID=.;OPOS=23098422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:165:73:75:89:90:0.545455:39:50:30:43:39:51:32:43 chr16 23200761 . T C 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00788037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.43;QD=16.0426;RBI=0.00858969;REFB=-0.0156658;REVB=-0.00341798;RO=26;SAF=15;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299109;STB=0.673955;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0140231;OID=.;OPOS=23200761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:4:15:14:12:4:15:14:12 chr16 23200848 . T C 418.59 PASS AF=0.443299;AO=44;DP=98;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00532843;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6859;QD=17.2614;RBI=0.0532136;REFB=-0.0114222;REVB=-0.0529462;RO=54;SAF=22;SAR=22;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516771;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0125612;OID=.;OPOS=23200848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:54:54:44:43:0.443299:22:22:27:27:22:21:28:26 chr16 23360199 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.672;QD=52.6124;RBI=0.0737304;REFB=0;REVB=-0.00378076;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181367;OID=.;OPOS=23360199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr16 23477997 . CCA C 85.49 PASS AF=0.303571;AO=16;DP=60;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0190597;FXX=0.0819538;HRUN=2;LEN=2;MLLD=270.786;QD=6.10658;RBI=0.0260273;REFB=-0.00673127;REVB=-0.0177242;RO=39;SAF=8;SAR=8;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105804;STB=0.582368;STBP=0.424;TYPE=del;VARB=0.0159855;OID=.;OPOS=23477998;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.303571:16:60:17:56:39:8:9:23:16:85:39:8:8:23:16 chr16 23489711 . C G 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0162215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.927;QD=19.6921;RBI=0.0301558;REFB=-0.0115768;REVB=-0.0254211;RO=25;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855759;STB=0.547908;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0123962;OID=.;OPOS=23489711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:15:11:13:12:15:11:13:12 chr16 23490353 . T G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00107795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.663;QD=12.8607;RBI=0.00510692;REFB=-0.0056688;REVB=0.00499186;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300057;STB=0.68509;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00540765;OID=.;OPOS=23490353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:1:6:5:3:1:6:5:3 chr16 23536684 . T C 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00456449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.166;QD=19.6924;RBI=0.00969038;REFB=-0.0156475;REVB=0.00854803;RO=25;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855759;STB=0.547908;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0149827;OID=.;OPOS=23536684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:11:15:12:13:11:15:12:13 chr16 23546561 . G C 268.74 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0211267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7674;QD=22.395;RBI=0.0403227;REFB=-0.0191913;REVB=-0.034345;RO=23;SAF=18;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189681;STB=0.606652;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0283571;OID=.;OPOS=23546561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:7:18:12:11:7:18:12:11 chr16 23563501 . C T 1192.0 PASS AF=0.461255;AO=125;DP=270;FAO=125;FDP=271;FR=.;FRO=146;FSAF=52;FSAR=73;FSRF=48;FSRR=98;FWDB=0.0124977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.334;QD=17.5941;RBI=0.0168791;REFB=-0.0225976;REVB=0.0113451;RO=144;SAF=52;SAR=73;SRF=47;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911314;STB=0.549152;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0193816;OID=.;OPOS=23563501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:271:144:146:125:125:0.461255:73:52:47:97:73:52:48:98 chr16 23582153 . G A 314.83 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0175705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.565;QD=14.8156;RBI=0.0244412;REFB=0.000242978;REVB=-0.0169897;RO=49;SAF=24;SAR=11;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145374;STB=0.503886;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-0.000397978;OID=.;OPOS=23582153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:50:35:35:0.411765:11:24:33:16:11:24:34:16 chr16 23585061 . T C 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5846;QD=57.236;RBI=0.023283;REFB=0;REVB=-0.0120727;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34956e-05;OID=.;OPOS=23585061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:39:17:0:0:39:17:0:0 chr16 23607504 . G C 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.000343446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.298;QD=16.4161;RBI=0.0566549;REFB=-0.00396324;REVB=-0.0566539;RO=16;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307902;STB=0.679494;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00890019;OID=.;OPOS=23607504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:3:11:8:8:3:11:8:8 chr16 23646191 . T C 606.08 PASS AF=0.606742;AO=54;DP=89;FAO=54;FDP=89;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0210552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4558;QD=27.2396;RBI=0.0498877;REFB=-0.00908269;REVB=0.0452268;RO=35;SAF=27;SAR=27;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113542;STB=0.561775;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0148843;OID=.;OPOS=23646191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:35:35:54:54:0.606742:27:27:23:12:27:27:23:12 chr16 24557518 . T A 356.7 PASS AF=0.373913;AO=42;DP=112;FAO=43;FDP=115;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0675043;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.365;QD=12.4069;RBI=0.0909114;REFB=-0.0201883;REVB=0.0608938;RO=70;SAF=22;SAR=20;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729652;STB=0.524645;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0336057;OID=.;OPOS=24557518;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:115:70:72:42:43:0.373913:20:22:32:38:21:22:34:38 chr16 24564879 . GTA G 300.18 PASS AF=1;AO=19;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0861683;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=2;MLLD=248.77;QD=52.2046;RBI=0.128585;REFB=0;REVB=0.0954419;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000741511;OID=.;OPOS=24564880;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:24:23:23:0:5:18:0:0:4:0:3:16:0:0 chr16 24583406 . A G 622.23 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0170825;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.3994;QD=55.3097;RBI=0.0621227;REFB=-0.108938;REVB=-0.0597279;RO=3;SAF=20;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238127;STB=0.512706;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0043235;OID=.;OPOS=24583406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:45:45:3:3:42:42:0.933333:22:20:2:1:22:20:2:1 chr16 24902194 . T C 1644.33 PASS AF=0.982301;AO=110;DP=114;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0568526;FXX=0.00877116;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.285;QD=58.2063;RBI=0.0578016;REFB=-0.0195792;REVB=0.0104313;RO=0;SAF=64;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501387;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=9.84045e-05;OID=.;OPOS=24902194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:113:0:2:110:111:0.982301:46:64:0:0:47:64:1:1 chr16 24920302 . G A 562.93 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0327725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7115;QD=23.9544;RBI=0.040203;REFB=-0.00445507;REVB=0.0232862;RO=42;SAF=21;SAR=31;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398463;STB=0.521843;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00482451;OID=.;OPOS=24920302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:42:42:52:52:0.553191:31:21:15:27:31:21:15:27 chr16 25043277 . G A 169.35 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.010314;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1504;QD=15.7534;RBI=0.0174952;REFB=-0.0303673;REVB=0.0141316;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201776;STB=0.511615;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0140689;OID=.;OPOS=25043277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:25:25:18:18:0.418605:9:9:13:12:9:9:13:12 chr16 25137289 . G C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.481;QD=60.2303;RBI=0.024867;REFB=0;REVB=0.00973599;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113127;OID=.;OPOS=25137289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr16 25137385 . G A 153.76 PASS AF=0.239583;AO=22;DP=96;FAO=23;FDP=96;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.0136401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2235;QD=6.40656;RBI=0.0181027;REFB=0.000238763;REVB=0.0119019;RO=73;SAF=15;SAR=7;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192359;STB=0.593137;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00119225;OID=.;OPOS=25137385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:73:73:22:23:0.239583:7:15:39:34:8:15:39:34 chr16 25137449 . A T 220.22 PASS AF=0.314607;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.00354842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.792;QD=9.89746;RBI=0.0135792;REFB=-0.00975711;REVB=-0.0131074;RO=59;SAF=14;SAR=14;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885441;STB=0.550526;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0212513;OID=.;OPOS=25137449;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:59:61:28:28:0.314607:14:14:34:25:14:14:35:26 chr16 25176004 . A G 131.29 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.0027567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.807;QD=8.901;RBI=0.00408403;REFB=0.00679265;REVB=0.00301328;RO=40;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175057;STB=0.609262;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.0231385;OID=.;OPOS=25176004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:41:18:18:0.305085:10:8:12:28:10:8:12:29 chr16 25239805 . G C 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.0079074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5049;QD=16.5034;RBI=0.133605;REFB=0.0240061;REVB=0.133371;RO=30;SAF=16;SAR=10;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351126;STB=0.696429;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0259437;OID=.;OPOS=25239805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:10:16:7:23:10:16:7:23 chr16 25248360 . G A 499.4 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0369587;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.298;QD=26.6348;RBI=0.0383108;REFB=-0.0367838;REVB=-0.0100883;RO=28;SAF=17;SAR=29;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00927522;STB=0.504033;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0204121;OID=.;OPOS=25248360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:28:29:46:46:0.613333:29:17:10:18:29:17:11:18 chr16 25258076 . G A 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0574424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.919;QD=7.25973;RBI=0.0576609;REFB=-0.00297555;REVB=0.00501523;RO=29;SAF=6;SAR=4;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695676;STB=0.543393;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00767333;OID=.;OPOS=25258076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:4:6:19:10:4:6:19:10 chr16 27226106 . G A 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0234934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.22;QD=15.577;RBI=0.0267176;REFB=-0.00617437;REVB=-0.0127237;RO=30;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00820371;STB=0.504655;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00525769;OID=.;OPOS=27226106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:13:11:14:16:13:11:14:16 chr16 27238110 . C T 509.57 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00478783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.495;QD=21.0133;RBI=0.00999532;REFB=-0.010985;REVB=-0.00877401;RO=48;SAF=30;SAR=19;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759299;STB=0.5042;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0107887;OID=.;OPOS=27238110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:19:30:29:19:19:30:29:19 chr16 27246617 . T C 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00733424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.603;QD=21.4066;RBI=0.0118743;REFB=-0.00850108;REVB=0.00933849;RO=26;SAF=12;SAR=20;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104649;STB=0.557999;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00423584;OID=.;OPOS=27246617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:20:12:13:13:20:12:13:13 chr16 27356203 . A G 326.18 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00470882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.619;QD=20.0727;RBI=0.024082;REFB=-0.0175808;REVB=-0.0236172;RO=30;SAF=19;SAR=15;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217798;STB=0.520536;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0148343;OID=.;OPOS=27356203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:31:34:34:0.523077:15:19:16:14:15:19:16:15 chr16 27371158 . C T 834.36 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0584027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2795;QD=57.542;RBI=0.0604027;REFB=0;REVB=-0.0154147;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000529876;OID=.;OPOS=27371158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr16 27480615 . C T 33.76 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.006247;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.881;QD=3.29388;RBI=0.019368;REFB=-0.0178726;REVB=-0.0183328;RO=34;SAF=3;SAR=3;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105263;STB=0.560776;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.100532;OID=.;OPOS=27480615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:41:34:35:6:6:0.146341:3:3:20:14:3:3:20:15 chr16 27499653 . G A 90.68 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00608484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.901;QD=6.71683;RBI=0.0074561;REFB=-0.0140399;REVB=-0.00430908;RO=41;SAF=3;SAR=10;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226578;STB=0.643827;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0230033;OID=.;OPOS=27499653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:10:3:16:25:10:3:16:25 chr16 27640012 . C T 189.15 PASS AF=0.259259;AO=28;DP=109;FAO=28;FDP=108;FR=.;FRO=80;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=28;FWDB=-0.00227151;FXX=0.0181802;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.376;QD=7.00549;RBI=0.00594086;REFB=-0.00346093;REVB=-0.00548944;RO=78;SAF=13;SAR=15;SRF=50;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215425;STB=0.635502;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00947092;OID=.;OPOS=27640012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:78:80:28:28:0.259259:15:13:50:28:15:13:52:28 chr16 27772901 . G A 960.55 PASS AF=0.944444;AO=67;DP=73;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0228669;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.204;QD=53.3639;RBI=0.0236291;REFB=-0.131695;REVB=0.0059532;RO=2;SAF=40;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230419;STB=0.509304;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000891684;OID=.;OPOS=27772901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:73:72:2:4:67:68:0.944444:27:40:2:0:28:40:3:1 chr16 27974487 . T C,G 582.27 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=37,2;DP=39;FAO=37,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=10,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295277,-0.0192762;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.4302,117.719;QD=59.7195;RBI=0.0540859,0.0205125;REFB=0,0;REVB=-0.0453145,-0.00701335;RO=0;SAF=27,0;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.67388e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00128297,0.0674993;OID=.,.;OPOS=27974487,27974487;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:39:0:0:37,2:37,2:0.948718,0.0512821:10,2:27,0:0:0:10,2:27,0:0:0 chr16 28115941 . C T 250.26 PASS AF=0.348837;AO=29;DP=87;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.0234565;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.068;QD=11.64;RBI=0.0339696;REFB=-0.00686465;REVB=-0.0245709;RO=56;SAF=16;SAR=13;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851429;STB=0.5604;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0180278;OID=.;OPOS=28115941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:56:56:29:30:0.348837:13:16:35:21:14:16:35:21 chr16 28354090 . C G 393.48 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0209056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.221;QD=17.2957;RBI=0.0257634;REFB=-0.0428333;REVB=0.015057;RO=48;SAF=29;SAR=12;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228117;STB=0.517848;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0423828;OID=.;OPOS=28354090;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:50:41:41:0.450549:12:29:33:15:12:29:34:16 chr16 28354223 . G A 164.11 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=4;FWDB=-0.0162245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.8313;QD=12.8712;RBI=0.0502196;REFB=-0.0430527;REVB=0.0475266;RO=32;SAF=17;SAR=2;SRF=28;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533343;STB=0.531215;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0627593;OID=.;OPOS=28354223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:2:17:28:4:2:17:28:4 chr16 28508716 . T C,G 392.48 PASS AF=0.931034,0.0689655;AO=27,2;DP=29;FAO=27,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13,1;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578629,-0.00160831;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.436,100.002;QD=54.1346;RBI=0.0621907,0.00409491;REFB=0,0;REVB=0.0227942,-0.00376585;RO=0;SAF=13,1;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.39874e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00070384,0.243011;OID=.,.;OPOS=28508716,28508716;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:29:0:0:27,2:27,2:0.931034,0.0689655:14,1:13,1:0:0:14,1:13,1:0:0 chr16 28603393 . T C 604.82 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0561883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3371;QD=57.602;RBI=0.0567739;REFB=-0.0620091;REVB=-0.00813319;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022873;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00554694;OID=.;OPOS=28603393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:1:1:40:41:0.97619:20:20:1:0:20:21:1:0 chr16 28617207 . G A 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0186278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.726;QD=7.32291;RBI=0.0636909;REFB=-0.00783867;REVB=0.060906;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.665385;STB=0.901759;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.03652;OID=.;OPOS=28617207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:5:1:12:2:5:1:12:2 chr16 28617485 . C T 1527.1 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000787488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.605;QD=63.6291;RBI=0.029579;REFB=0;REVB=-0.0295685;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.8306e-05;OID=.;OPOS=28617485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:53:43:0:0:53:43:0:0 chr16 28842311 . A G 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0174661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.624;QD=59.425;RBI=0.0219633;REFB=0.00446342;REVB=0.0133163;RO=1;SAF=28;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164729;STB=0.508768;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-9.27797e-06;OID=.;OPOS=28842311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:14:28:1:0:14:28:1:0 chr16 28915527 . G A 658.47 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0343508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.047;QD=56.0397;RBI=0.0423166;REFB=-0.000446268;REVB=0.0247126;RO=3;SAF=19;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120329;STB=0.506414;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-1.313e-05;OID=.;OPOS=28915527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:3:3:44:44:0.93617:25:19:1:2:25:19:1:2 chr16 28944396 . C G 704.03 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2766;QD=54.1563;RBI=0.0834172;REFB=0;REVB=0.063285;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00290731;OID=.;OPOS=28944396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:48:52:1:17:31:0:0:18:34:0:0 chr16 28993369 . C T 594.42 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0077;QD=60.9663;RBI=0.0259059;REFB=0;REVB=-0.00634052;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294807;OID=.;OPOS=28993369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr16 28993753 . C T 142.6 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00133459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0164;QD=14.2603;RBI=0.0279895;REFB=-0.0209104;REVB=0.0279576;RO=23;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297626;STB=0.526994;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0191102;OID=.;OPOS=28993753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:10:6:8:15:10:6:8:16 chr16 28995681 . G T 83.49 PASS AF=0.323529;AO=10;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00119977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.845;QD=9.82197;RBI=0.0027351;REFB=-0.00782561;REVB=0.00245791;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194738;STB=0.5161;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0200371;OID=.;OPOS=28995681;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:16:23:10:11:0.323529:5:5:11:5:5:6:12:11 chr16 28995757 . C A 501.57 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.676;QD=59.0082;RBI=0.0249891;REFB=0;REVB=0.00144764;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108096;OID=.;OPOS=28995757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:8:25:0:0:9:25:0:0 chr16 28996171 . C T 170.44 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0158452;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.436;QD=25.2503;RBI=0.0243104;REFB=-0.0251728;REVB=0.0184371;RO=9;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106481;STB=0.585261;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0111136;OID=.;OPOS=28996171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:9:10:17:17:0.62963:5:12:5:4:5:12:5:5 chr16 28998143 . C T 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0168662;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.603;QD=13.7531;RBI=0.0168946;REFB=-0.00376575;REVB=-0.000979246;RO=23;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100968;STB=0.559239;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00585386;OID=.;OPOS=28998143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:11:4:8:15:11:4:8:15 chr16 29001309 . C T 52.84 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00617784;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6724;QD=6.21691;RBI=0.0435886;REFB=-0.00520981;REVB=-0.0431486;RO=26;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193611;STB=0.624688;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0277221;OID=.;OPOS=29001309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:35:34:26:26:8:8:0.235294:3:5:12:14:3:5:12:14 chr16 29063626 . C A 472.49 PASS AF=1;AO=18;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.199128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.2006;QD=59.0611;RBI=0.200106;REFB=0;REVB=0.0197523;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276511;OID=.;OPOS=29063626;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:18:32:1:6:12:0:0:7:25:0:0 chr16 29580611 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.059988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.671;QD=55.0981;RBI=0.0604348;REFB=0;REVB=-0.00733511;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107202;OID=.;OPOS=29580611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr16 29675161 . G A 212.23 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.033467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.174;QD=12.3034;RBI=0.0388084;REFB=-0.0104084;REVB=-0.0196481;RO=42;SAF=11;SAR=15;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578019;STB=0.526593;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0326304;OID=.;OPOS=29675161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:43:26:26:0.376812:15:11:20:22:15:11:20:23 chr16 29675928 . C T 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00641349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.062;QD=13.5052;RBI=0.0179324;REFB=-0.0112777;REVB=0.0167463;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224352;STB=0.6205;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0204342;OID=.;OPOS=29675928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:15:17:12:12:0.413793:6:6:11:4:6:6:12:5 chr16 29677843 . T A 87.86 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.7725;QD=39.0472;RBI=0.121492;REFB=0;REVB=0.0292716;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00749282;OID=.;OPOS=29677843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr16 29677845 . T A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00605645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0506;QD=39.2045;RBI=0.00703429;REFB=0;REVB=-0.00357779;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122985;OID=.;OPOS=29677845;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr16 29679989 . A G 815.52 PASS AF=1;AO=52;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9164;QD=55.2896;RBI=0.0497435;REFB=0;REVB=0.0399067;RO=0;SAF=38;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174704;OID=.;OPOS=29679989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:52:59:1:14:38:0:0:21:38:0:0 chr16 29680036 . T A,TGGATTATAGGTGTGAGCCA,TGGGATTATAGGTGTGAGCCA 478.31 PASS AF=0.0344828,0,0.701149;AO=4,15,23;DP=88;FAO=3,0,61;FDP=87;FR=.;FRO=23;FSAF=3,0,37;FSAR=0,0,24;FSRF=21;FSRR=2;FWDB=-0.0168657,-0.0101787,-0.0360185;FXX=0.0113623;HRUN=1,3,3;LEN=1,19,20;MLLD=210.143,299.412,298.617;QD=21.9911;RBI=0.0269221,0.0164832,0.0406245;REFB=-0.00673809,-0.0327232,-0.0336272;REVB=0.0209844,0.012965,0.0187889;RO=36;SAF=3,0,16;SAR=1,15,7;SRF=34;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.46297,-0.87835,-0.376503;STB=0.993849,0.5,0.591306;STBP=0.412,1,0.015;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.0259841,0,0.00651831;OID=.,.,.;OPOS=29680036,29680037,29680037;OREF=T,-,-;OALT=A,GGATTATAGGTGTGAGCCA,GGGATTATAGGTGTGAGCCA;OMAPALT=A,TGGATTATAGGTGTGAGCCA,TGGGATTATAGGTGTGAGCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:88:87:36:23:4,15,23:3,0,61:0.0344828,0,0.701149:1,15,7:3,0,16:34:2:0,0,24:3,0,37:21:2 chr16 29680256 . T G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.142;QD=53.9106;RBI=0.0447651;REFB=0;REVB=-0.0199357;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000342108;OID=.;OPOS=29680256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr16 29680389 . A C 1461.32 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00495599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.792;QD=57.3065;RBI=0.0380475;REFB=-0.0528203;REVB=0.0377233;RO=2;SAF=57;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00265421;STB=0.501399;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000542514;OID=.;OPOS=29680389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:2:2:100:100:0.980392:43:57:1:1:43:57:1:1 chr16 29708350 . A G 336.16 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0090567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1158;QD=53.7852;RBI=0.0182672;REFB=0;REVB=0.015864;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467192;OID=.;OPOS=29708350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:11:14:0:0 chr16 29756206 . A G 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0520314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.127;QD=6.48184;RBI=0.0523993;REFB=-0.0110697;REVB=-0.00619803;RO=33;SAF=7;SAR=3;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197288;STB=0.626602;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0392121;OID=.;OPOS=29756206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:3:7:18:15:3:7:18:15 chr16 29790864 . G A 232.43 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00637119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3278;QD=12.5635;RBI=0.0898277;REFB=0.000536711;REVB=0.0896014;RO=46;SAF=19;SAR=9;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132356;STB=0.576303;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00118896;OID=.;OPOS=29790864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:9:19:26:20:9:19:26:20 chr16 29791561 . T G 1549.03 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000574128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5387;QD=63.8776;RBI=0.0311904;REFB=0;REVB=-0.0311851;RO=0;SAF=62;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81934e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217256;OID=.;OPOS=29791561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:35:62:0:0:35:62:0:0 chr16 29791720 . AG AC,GC 185.18 PASS AF=0.475,0;AO=18,2;DP=42;FAO=19,0;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9,0;FSAR=10,0;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0309943,-0.0195043;FXX=0.0476077;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=69.5506,210.187;QD=18.5176;RBI=0.0342671,0.0195884;REFB=0.0100277,0.000308078;REVB=-0.0146146,0.00181225;RO=21;SAF=8,0;SAR=10,2;SRF=6;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.155444,-0.427552;STB=0.5999,0.5;STBP=0.249,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.019534,0.0407408;OID=.,.;OPOS=29791721,29791720;OREF=G,AG;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:21:21:18,2:19,0:0.475,0:10,2:8,0:6:15:10,0:9,0:6:15 chr16 29814234 . G A 495.57 PASS AF=0.446281;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=46;FWDB=-0.00782814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.515;QD=16.3824;RBI=0.0201382;REFB=-0.0304715;REVB=-0.0185544;RO=66;SAF=20;SAR=34;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561526;STB=0.53439;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0409407;OID=.;OPOS=29814234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:66:67:54:54:0.446281:34:20:21:45:34:20:21:46 chr16 29818676 . C T 677.52 PASS AF=0.515385;AO=67;DP=130;FAO=67;FDP=130;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=0.00557023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.396;QD=20.8467;RBI=0.0262007;REFB=-0.0149743;REVB=-0.0256017;RO=63;SAF=37;SAR=30;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599674;STB=0.53295;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0139103;OID=.;OPOS=29818676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:63:63:67:67:0.515385:30:37:39:24:30:37:39:24 chr16 29821744 . G A 1495.79 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000685176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.166;QD=62.3244;RBI=0.0164627;REFB=-0.0919677;REVB=-0.0164484;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506172;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00011391;OID=.;OPOS=29821744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:0:1:95:95:0.989583:40:55:0:0:40:55:0:1 chr16 29825126 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4191;QD=58.06;RBI=0.0260763;REFB=0;REVB=-0.0237005;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.84144e-05;OID=.;OPOS=29825126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr16 29826538 . T C 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0316492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.223;QD=13.2053;RBI=0.0318149;REFB=-0.0135471;REVB=0.0032423;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00711851;OID=.;OPOS=29826538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:3:3:3:3:3:3 chr16 29851738 . C T 83.33 PASS AF=0.5;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00883569;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.881;QD=16.665;RBI=0.0108583;REFB=-0.0108059;REVB=-0.00631139;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969297;STB=0.556701;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00860179;OID=.;OPOS=29851738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:20:10:10:10:10:0.5:7:3:4:6:7:3:4:6 chr16 29882490 . C T 519.91 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0529454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5451;QD=59.4183;RBI=0.0613302;REFB=0;REVB=0.0309545;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000389468;OID=.;OPOS=29882490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr16 29899123 . G T 1044.3 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0854179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6497;QD=59.6745;RBI=0.0855046;REFB=0;REVB=-0.00384896;RO=0;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00076974;OID=.;OPOS=29899123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:26:44:0:0:26:44:0:0 chr16 29908433 . C G 1208.02 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00544119;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7443;QD=61.1655;RBI=0.0100147;REFB=0;REVB=0.00840766;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57582e-05;OID=.;OPOS=29908433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:76:79:1:45:31:0:0:46:33:0:0 chr16 29918034 . T C 551.06 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.83;QD=59.5736;RBI=0.0327616;REFB=0;REVB=0.0160064;RO=0;SAF=29;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000653844;OID=.;OPOS=29918034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:7:29:0:0:8:29:0:0 chr16 29994922 . C T 556.32 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00513177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.914;QD=55.6322;RBI=0.0138548;REFB=-0.146881;REVB=0.0128694;RO=1;SAF=6;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144224;STB=0.530789;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00144293;OID=.;OPOS=29994922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:40:40:1:2:38:38:0.95:32:6:0:1:32:6:1:1 chr16 29998200 . A G 1624.36 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00218603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.341;QD=60.1613;RBI=0.0138354;REFB=0;REVB=-0.0136616;RO=0;SAF=33;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76378e-05;OID=.;OPOS=29998200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:75:33:0:0:75:33:0:0 chr16 30016548 . G C,GC 31.01 PASS AF=0.026087,0.0608696;AO=7,22;DP=125;FAO=3,7;FDP=115;FR=.;FRO=105;FSAF=1,4;FSAR=2,3;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=-0.137395,-0.198854;FXX=0.0495827;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=55.3726,36.2853;QD=1.07844;RBI=0.139057,0.200487;REFB=-0.00273918,-0.00839876;REVB=-0.0214376,-0.0255402;RO=92;SAF=1,20;SAR=6,2;SRF=38;SRR=54;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.319212,0.636399;STB=0.648995,0.579925;STBP=0.671,0.71;TYPE=snp,ins;VARB=0.0298213,0.12159;OID=.,.;OPOS=30016548,30016549;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:15:125:115:92:105:7,22:3,7:0.026087,0.0608696:6,2:1,20:38:54:2,3:1,4:51:54 chr16 30018385 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0745964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.477;QD=10.3902;RBI=0.0746706;REFB=-0.0252691;REVB=0.00332741;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312896;STB=0.69701;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0522382;OID=.;OPOS=30018385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:6:1:4:7:6:1:4:7 chr16 30018500 . C T 219.06 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.028253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1011;QD=39.8285;RBI=0.0561861;REFB=0.00492192;REVB=-0.0485659;RO=3;SAF=7;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780688;STB=0.542668;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00463232;OID=.;OPOS=30018500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:3:3:19:19:0.863636:12:7:2:1:12:7:2:1 chr16 30021402 . C T 750.64 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00747545;FXX=0.020829;HRUN=5;LEN=1;MLLD=337.815;QD=63.8846;RBI=0.0253242;REFB=0;REVB=0.0241957;RO=0;SAF=35;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98034e-05;OID=.;OPOS=30021402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:48:47:1:13:35:0:0:13:34:0:0 chr16 30034986 . G A 143.92 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0112319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.697;QD=15.149;RBI=0.0218352;REFB=-0.0328384;REVB=-0.0187248;RO=22;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035962;STB=0.520807;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0476492;OID=.;OPOS=30034986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:6:10:13:9:6:10:13:9 chr16 30037128 . A C 207.81 PASS AF=0.567568;AO=19;DP=35;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00473859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.681;QD=22.4658;RBI=0.00482006;REFB=-0.0253884;REVB=-0.000882483;RO=16;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115419;STB=0.53724;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0278485;OID=.;OPOS=30037128;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:16:16:19:21:0.567568:11:8:9:7:11:10:9:7 chr16 30081476 . C T 368.51 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.00963025;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.781;QD=14.5946;RBI=0.0181778;REFB=-0.019813;REVB=-0.0154172;RO=59;SAF=13;SAR=29;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314399;STB=0.677549;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0290052;OID=.;OPOS=30081476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:42:42:0.415842:29:13:36:23:29:13:36:23 chr16 30119525 . C A 905.25 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159932;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.214;QD=58.4035;RBI=0.0204983;REFB=0;REVB=-0.0128218;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31513e-06;OID=.;OPOS=30119525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:34:27:0:0:34:28:0:0 chr16 30125975 . C T 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00449925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.484;QD=12.9416;RBI=0.00454094;REFB=-0.0223706;REVB=-0.000613908;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438595;STB=0.525739;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0361581;OID=.;OPOS=30125975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:9:6:11:14:9:6:11:14 chr16 30129729 . C T 328.23 PASS AF=0.271676;AO=47;DP=173;FAO=47;FDP=173;FR=.;FRO=126;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=56;FSRR=70;FWDB=0.00645362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.947;QD=7.58917;RBI=0.0232712;REFB=-0.00487034;REVB=-0.0223584;RO=126;SAF=19;SAR=28;SRF=56;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506418;STB=0.530022;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0154899;OID=.;OPOS=30129729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:126:126:47:47:0.271676:28:19:56:70:28:19:56:70 chr16 30198151 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00767909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.145;QD=56.1916;RBI=0.015178;REFB=0;REVB=-0.0130921;RO=1;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251379;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.84765e-06;OID=.;OPOS=30198151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:1:0:27:28:1:18:9:0:1:19:9:0:0 chr16 30198700 . CAGG C 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0239983;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=245.335;QD=6.10492;RBI=0.0362178;REFB=-0.00790857;REVB=-0.0271258;RO=26;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184526;STB=0.617369;STBP=0.494;TYPE=del;VARB=0.0311023;OID=.;OPOS=30198701;OREF=AGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294:8:34:8:34:26:4:4:9:17:51:26:4:4:9:17 chr16 30199533 . G A 62.38 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.010571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.718;QD=7.79747;RBI=0.0107072;REFB=-0.021746;REVB=-0.0017025;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372134;STB=0.704301;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.046606;OID=.;OPOS=30199533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:32:22:23:9:9:0.28125:5:4:17:5:5:4:17:6 chr16 30393660 . G A 770.45 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.723;QD=55.0322;RBI=0.01071;REFB=-0.137857;REVB=0.00372145;RO=1;SAF=34;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136645;STB=0.507244;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000300427;OID=.;OPOS=30393660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:21:34:1:0:21:34:1:0 chr16 30393855 . G A 35.84 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0675026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0149;QD=5.97254;RBI=0.078728;REFB=-0.0263361;REVB=-0.0405155;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637242;STB=0.541529;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0589762;OID=.;OPOS=30393855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:3:3:10:8:3:3:10:8 chr16 30408765 . C T 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0223912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3509;QD=55.4101;RBI=0.0261419;REFB=-0.0721091;REVB=-0.0134918;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159856;STB=0.508472;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-2.39207e-06;OID=.;OPOS=30408765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:29:28:0:1:29:28:0:1 chr16 30430994 . G A 294.13 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=102;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.024384;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.404;QD=11.6485;RBI=0.0245351;REFB=-0.00346174;REVB=-0.00271935;RO=65;SAF=10;SAR=26;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173553;STB=0.600441;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00501308;OID=.;OPOS=30430994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:65:65:36:36:0.356436:26:10:27:38:26:10:27:38 chr16 30485606 . C T 216.34 PASS AF=0.294737;AO=28;DP=95;FAO=28;FDP=95;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0166197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.242;QD=9.10884;RBI=0.0232149;REFB=-0.0135555;REVB=-0.0162086;RO=65;SAF=11;SAR=17;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137447;STB=0.58169;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0405396;OID=.;OPOS=30485606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:65:67:28:28:0.294737:17:11:33:32:17:11:34:33 chr16 30536536 . G A 80.67 PASS AF=0.184211;AO=14;DP=76;FAO=14;FDP=76;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.00860604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.703;QD=4.24566;RBI=0.0239125;REFB=-0.0154667;REVB=-0.0223102;RO=61;SAF=7;SAR=7;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197636;STB=0.631404;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.102327;OID=.;OPOS=30536536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:76:76:61:62:14:14:0.184211:7:7:21:40:7:7:21:41 chr16 30566641 . G A 321.42 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.028058;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.69;QD=23.8086;RBI=0.0286642;REFB=-0.0119636;REVB=-0.00586403;RO=22;SAF=15;SAR=17;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231642;STB=0.512753;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00743969;OID=.;OPOS=30566641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:22:22:32:32:0.592593:17:15:11:11:17:15:11:11 chr16 30582396 . CT C 80.92 PASS AF=0.25;AO=12;DP=45;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.021073;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.107;QD=7.35596;RBI=0.0291146;REFB=-0.0146585;REVB=-0.0200896;RO=32;SAF=7;SAR=5;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051235;STB=0.524185;STBP=0.889;TYPE=del;VARB=0.0422451;OID=.;OPOS=30582397;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:12:45:11:44:33:7:4:20:13:80:32:7:5:20:12 chr16 30724070 . G T 1832.47 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0599713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3799;QD=59.5924;RBI=0.0623537;REFB=-0.0217584;REVB=-0.0170712;RO=2;SAF=53;SAR=68;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175858;STB=0.504586;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-8.37713e-05;OID=.;OPOS=30724070;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:123:123:2:1:121:122:0.99187:68:53:2:0:68:54:1:0 chr16 30734963 . C A 531.48 PASS AF=0.925;AO=36;DP=41;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0507087;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.163;QD=53.1477;RBI=0.0520876;REFB=-0.188389;REVB=0.0119059;RO=3;SAF=23;SAR=13;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572338;STB=0.530596;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00137193;OID=.;OPOS=30734963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:41:40:3:3:36:37:0.925:13:23:3:0:14:23:3:0 chr16 30760162 . G A 160.7 PASS AF=0.297297;AO=22;DP=74;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00638538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.468;QD=8.68654;RBI=0.00751035;REFB=-0.014328;REVB=0.00395376;RO=52;SAF=8;SAR=14;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142175;STB=0.584732;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0216268;OID=.;OPOS=30760162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:52:52:22:22:0.297297:14:8:25:27:14:8:25:27 chr16 30762640 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358978;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=242.449;QD=61.3364;RBI=0.0382462;REFB=0;REVB=0.0131955;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4457e-05;OID=.;OPOS=30762640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr16 30779716 . A G 2904.74 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.959;QD=63.1465;RBI=0.0507142;REFB=0;REVB=0.0356686;RO=0;SAF=71;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37668e-05;OID=.;OPOS=30779716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:182:184:0:0:182:184:1:111:71:0:0:112:72:0:0 chr16 30780828 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.842;QD=53.2772;RBI=0.0571353;REFB=0;REVB=0.0311487;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473631;OID=.;OPOS=30780828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr16 30794267 . GAA AGG,GA,GGA 256.67 PASS AF=0.222222,0.777778,0;AO=4,6,3;DP=28;FAO=6,21,0;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14,0;FSAR=6,7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122889,0.531171,0.251653;FXX=0.0357015;HRUN=2,2,2;LEN=3,1,1;MLLD=45.029,12.5462,6.94807;QD=38.0252;RBI=0.198992,0.679919,0.260821;REFB=0,0,0;REVB=0.156512,0.424438,0.0685445;RO=12;SAF=0,4,1;SAR=4,2,2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.756743,-0.104655,-0.435284;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.143537,0.0729869,0;OID=.,.,.;OPOS=30794267,30794268,30794268;OREF=GAA,A,A;OALT=AGG,-,G;OMAPALT=AGG,GA,GGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:30:28:27:12:0:4,6,3:6,21,0:0.222222,0.777778,0:4,2,2:0,4,1:9:3:6,7,0:0,14,0:0:0 chr16 30886643 . T C 416.95 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7575;QD=53.8005;RBI=0.0190863;REFB=0.0654599;REVB=0.0119831;RO=1;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198449;STB=0.510631;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00508554;OID=.;OPOS=30886643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:23:7:0:1:23:7:0:1 chr16 30937069 . G A 40.35 PASS AF=0.304348;AO=6;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0137778;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.143;QD=7.01738;RBI=0.0202401;REFB=-0.00167077;REVB=0.0148269;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800118;STB=0.616089;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00603853;OID=.;OPOS=30937069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:23:23:15:16:6:7:0.304348:4:2:6:9:5:2:7:9 chr16 30941405 . G A 370.81 PASS AF=0.304878;AO=50;DP=166;FAO=50;FDP=164;FR=.;FRO=114;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=68;FSRR=46;FWDB=-0.0172554;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6194;QD=9.04416;RBI=0.0387398;REFB=-0.004013;REVB=0.0346845;RO=108;SAF=23;SAR=27;SRF=62;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133847;STB=0.594015;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0140372;OID=.;OPOS=30941405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:164:108:114:50:50:0.304878:27:23:62:46:27:23:68:46 chr16 30964940 . A G 753.85 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0844683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3625;QD=54.8258;RBI=0.0864534;REFB=-0.0778375;REVB=-0.0184198;RO=1;SAF=29;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159663;STB=0.507934;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0117458;OID=.;OPOS=30964940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:52:54:0.981818:23:29:1:0:23:31:1:0 chr16 30975492 . C T 262.53 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0828172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4558;QD=15.002;RBI=0.0849845;REFB=-0.0209304;REVB=0.0190705;RO=40;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200762;STB=0.613561;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0371272;OID=.;OPOS=30975492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:12:18:16:24:12:18:16:24 chr16 30980744 . C T 146.68 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0418261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.678;QD=10.4771;RBI=0.0434536;REFB=-0.0100867;REVB=-0.011781;RO=36;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298664;STB=0.679825;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0274712;OID=.;OPOS=30980744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:37:19:19:0.339286:8:11:11:25:8:11:11:26 chr16 30999142 . A G 221.95 PASS AF=0.6;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=-0.00250056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.793;QD=25.3658;RBI=0.0186452;REFB=-0.00349757;REVB=-0.0184767;RO=0;SAF=18;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.84966;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00629494;OID=.;OPOS=30999142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:0:14:21:21:0.6:3:18:0:0:3:18:0:14 chr16 30999462 . T C 990.27 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7081;QD=59.1204;RBI=0.0359796;REFB=0;REVB=-0.0155607;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000295861;OID=.;OPOS=30999462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr16 31075175 . G A 298.94 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00741282;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.226;QD=20.6165;RBI=0.0247263;REFB=0.0164312;REVB=0.023589;RO=24;SAF=12;SAR=19;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582853;STB=0.509912;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.0157972;OID=.;OPOS=31075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:58:24:27:31:31:0.534483:19:12:11:13:19:12:11:16 chr16 31075708 . C G 157.08 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.093;QD=44.8788;RBI=0.0286029;REFB=0;REVB=-0.00629091;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024482;OID=.;OPOS=31075708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:6:8:0:0 chr16 31088347 . G A 515.74 PASS AF=0.52;AO=51;DP=100;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0182065;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3681;QD=20.6297;RBI=0.0255246;REFB=-0.0148988;REVB=0.0178894;RO=49;SAF=27;SAR=24;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892532;STB=0.548369;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0133029;OID=.;OPOS=31088347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:48:51:52:0.52:24:27:21:28:24:28:21:27 chr16 31088625 . A G 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00939487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.914;QD=21.6305;RBI=0.0209857;REFB=-0.0156755;REVB=0.0187653;RO=24;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133939;STB=0.574026;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.012908;OID=.;OPOS=31088625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:15:15:16:8:15:15:16:8 chr16 31090407 . G C 453.74 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00715357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.391;QD=22.4071;RBI=0.00807701;REFB=-0.0206088;REVB=0.00375027;RO=37;SAF=25;SAR=19;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905556;STB=0.549893;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0238066;OID=.;OPOS=31090407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:19:25:17:20:19:25:17:20 chr16 31091209 . T C 69.68 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00194876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.008;QD=16.3945;RBI=0.010336;REFB=-0.0228767;REVB=0.0101506;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315978;STB=0.518476;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0150996;OID=.;OPOS=31091209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:7:2:2:6:7:2:2:6 chr16 31092075 . G A 84.77 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0193613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.33;QD=10.9377;RBI=0.0278666;REFB=-0.00464253;REVB=-0.0200422;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118806;STB=0.545375;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0112237;OID=.;OPOS=31092075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:17:20:11:11:0.354839:7:4:6:11:7:4:6:14 chr16 31092312 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0730161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7345;QD=10.0338;RBI=0.0730458;REFB=0.0146675;REVB=-0.00208338;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463402;STB=0.768534;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.0131656;OID=.;OPOS=31092312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:0:7:3:2:0:7 chr16 31093892 . A G 850.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.817;QD=57.6547;RBI=0.050721;REFB=0;REVB=0.0406518;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311563;OID=.;OPOS=31093892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:26:32:0:0:27:32:0:0 chr16 31093954 . C T 428.55 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0212306;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.702;QD=22.2621;RBI=0.0222106;REFB=-0.00105682;REVB=0.00652475;RO=35;SAF=24;SAR=18;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239512;STB=0.513201;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00091628;OID=.;OPOS=31093954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:18:24:19:16:18:24:19:16 chr16 31096164 . G C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0559283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.474;QD=15.3788;RBI=0.0569733;REFB=-0.00538049;REVB=0.0108616;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402532;STB=0.731348;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0075525;OID=.;OPOS=31096164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:4:8:3:11:4:8:3:11 chr16 31099011 . T C 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0326608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.014;QD=13.9115;RBI=0.0628781;REFB=-0.00557782;REVB=-0.0537301;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592832;STB=0.534038;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00968858;OID=.;OPOS=31099011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:10:11:18:13:10:11:18:13 chr16 31102321 . C T 563.98 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.0234155;FXX=0.0353951;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6893;QD=20.6963;RBI=0.0558128;REFB=-0.0368585;REVB=-0.0506634;RO=49;SAF=24;SAR=33;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647658;STB=0.546718;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0277198;OID=.;OPOS=31102321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:109:49:52:57:57:0.522936:33:24:17:32:33:24:17:35 chr16 31121793 . G A 47.39 PASS AF=0.35;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00911602;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.646;QD=9.47842;RBI=0.012739;REFB=-0.0250295;REVB=-0.00889839;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277775;STB=0.517191;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0265609;OID=.;OPOS=31121793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:21:20:13:13:7:7:0.35:2:5:9:4:2:5:9:4 chr16 31122047 . AAAG A 38.24 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0186423;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=249.865;QD=6.11819;RBI=0.0196417;REFB=-0.0120017;REVB=-0.00618565;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33863;STB=0.729691;STBP=0.191;TYPE=del;VARB=0.0415282;OID=.;OPOS=31122048;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:7:25:7:25:18:5:2:7:11:38:17:5:2:7:10 chr16 31141826 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.703;QD=48.7373;RBI=0.0301344;REFB=0;REVB=0.0190125;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000860103;OID=.;OPOS=31141826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr16 31141880 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.01;QD=42.1823;RBI=0.0290798;REFB=0;REVB=0.0103655;RO=1;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126911;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000234755;OID=.;OPOS=31141880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:1:0:10:11:1:3:7:0:1:4:7:0:0 chr16 31144689 . G T 115.3 PASS AF=0.202899;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.112623;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.3145;QD=6.68429;RBI=0.163618;REFB=-0.0808622;REVB=0.118689;RO=40;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938642;STB=0.503811;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.157898;OID=.;OPOS=31144689;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:66:69:40:47:14:14:0.202899:9:5:14:26:9:5:17:30 chr16 31153105 . A G 1126.74 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000499685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8546;QD=57.7814;RBI=0.00838672;REFB=0.01368;REVB=-0.00837182;RO=2;SAF=32;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00392447;STB=0.502074;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.000187521;OID=.;OPOS=31153105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:44:32:1:1:44:32:1:1 chr16 31160534 . C T 286.04 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00909292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.553;QD=15.6733;RBI=0.0100113;REFB=-0.0313254;REVB=0.00418858;RO=41;SAF=10;SAR=22;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186118;STB=0.605436;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0453937;OID=.;OPOS=31160534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:22:10:20:21:22:10:20:21 chr16 31193942 . C A 997.19 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357187;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.442;QD=59.5336;RBI=0.0358899;REFB=0;REVB=0.00350162;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.4712e-05;OID=.;OPOS=31193942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:0:0:67:67:1:41:26:0:0:41:26:0:0 chr16 31196360 . T C 65.38 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0110557;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.121;QD=9.68614;RBI=0.053589;REFB=-0.0135765;REVB=0.0524361;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330452;STB=0.713832;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0131158;OID=.;OPOS=31196360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:28:27:17:18:9:9:0.333333:6:3:11:6:6:3:12:6 chr16 31336361 . C T 725.51 PASS AF=0.45614;AO=76;DP=170;FAO=78;FDP=171;FR=.;FRO=93;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.0598744;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9762;QD=16.9709;RBI=0.0675897;REFB=0.0143208;REVB=0.0313597;RO=94;SAF=33;SAR=43;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764201;STB=0.530936;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.0228044;OID=.;OPOS=31336361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:94:93:76:78:0.45614:43:33:48:46:43:35:47:46 chr16 31367278 . C T 175.28 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0346762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.076;QD=10.0157;RBI=0.0374536;REFB=-0.0144577;REVB=-0.0141539;RO=47;SAF=10;SAR=13;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871003;STB=0.551078;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0287263;OID=.;OPOS=31367278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:13:10:24:23:13:10:24:23 chr16 31383105 . G A 157.09 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.0288362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.658;QD=9.66682;RBI=0.0325626;REFB=-0.0107832;REVB=0.015126;RO=43;SAF=11;SAR=10;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175397;STB=0.608211;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0227769;OID=.;OPOS=31383105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:44:21:21:0.323077:10:11:29:14:10:11:30:14 chr16 31408712 . C T 93.57 PASS AF=0.220588;AO=14;DP=69;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0298092;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.512;QD=5.50421;RBI=0.0375615;REFB=-0.0114481;REVB=0.0228535;RO=52;SAF=6;SAR=8;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088824;STB=0.585684;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0398729;OID=.;OPOS=31408712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:69:68:52:53:14:15:0.220588:8:6:26:26:9:6:27:26 chr16 31422399 . C T 42.14 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0336846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.943;QD=4.43573;RBI=0.0366862;REFB=-0.00775967;REVB=-0.0145335;RO=31;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113242;STB=0.50767;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0293669;OID=.;OPOS=31422399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:38:38:31:31:7:7:0.184211:4:3:13:18:4:3:13:18 chr16 31422429 . T C 517.84 PASS AF=0.947368;AO=37;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0100638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.474;QD=54.5093;RBI=0.0274563;REFB=-0.070418;REVB=0.0255454;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.506132;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00756095;OID=.;OPOS=31422429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:0:2:37:36:0.947368:23:14:0:0:22:14:1:1 chr16 31429709 . C T 207.69 PASS AF=0.3;AO=27;DP=90;FAO=27;FDP=90;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.0136597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.023;QD=9.23057;RBI=0.0141368;REFB=-0.00658674;REVB=-0.00364177;RO=63;SAF=9;SAR=18;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365402;STB=0.714135;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0135864;OID=.;OPOS=31429709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:63:63:27:27:0.3:18:9:41:22:18:9:41:22 chr16 31476458 . C T 461.48 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0107768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.143;QD=18.8359;RBI=0.0109007;REFB=-0.00490805;REVB=-0.0016389;RO=52;SAF=30;SAR=16;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957106;STB=0.553429;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00554482;OID=.;OPOS=31476458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:16:30:29:23:16:30:29:23 chr16 31477460 . G A 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0263985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.237;QD=23.8202;RBI=0.0266935;REFB=-0.0188497;REVB=0.00395761;RO=17;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585855;STB=0.53268;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0164097;OID=.;OPOS=31477460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:10:12:8:9:10:12:8:9 chr16 31539934 . G T 79.38 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0200219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3749;QD=15.8769;RBI=0.0215462;REFB=0.0346365;REVB=0.00796002;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253163;STB=0.646773;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.0316659;OID=.;OPOS=31539934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:4:6:3:7:4:6:3:7 chr16 31724836 . T C 113.08 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0194732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9998;QD=17.3972;RBI=0.0412365;REFB=-0.0164917;REVB=-0.0363489;RO=13;SAF=12;SAR=1;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402954;STB=0.740259;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0173641;OID=.;OPOS=31724836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:1:12:9:4:1:12:9:4 chr16 31926619 . G A,C 298.43 PASS AF=0.869565,0.130435;AO=18,2;DP=20;FAO=20,3;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6,3;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282574,0.0165009;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=178.186,137.395;QD=51.9003;RBI=0.0380838,0.0329661;REFB=0,0;REVB=0.0255323,0.0285392;RO=0;SAF=4,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000831827,0.0803897;OID=.,.;OPOS=31926619,31926619;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:20:23:0:0:18,2:20,3:0.869565,0.130435:14,0:4,2:0:0:14,0:6,3:0:0 chr16 31998298 . G A 50.46 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0319203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.316;QD=16.8202;RBI=0.0594989;REFB=-0.034821;REVB=0.0502118;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171168;STB=0.599732;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0230083;OID=.;OPOS=31998298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:4:1:3:4:4:1 chr16 32077537 . G T 390.46 PASS AF=0.292818;AO=53;DP=181;FAO=53;FDP=181;FR=.;FRO=128;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=77;FSRR=51;FWDB=-0.00104622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.817;QD=8.62886;RBI=0.0239052;REFB=-0.00910079;REVB=0.0238823;RO=128;SAF=34;SAR=19;SRF=77;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051466;STB=0.530173;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0224749;OID=.;OPOS=32077537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:128:128:53:53:0.292818:19:34:77:51:19:34:77:51 chr16 32077580 . A G 303.46 PASS AF=0.257143;AO=46;DP=175;FAO=45;FDP=175;FR=.;FRO=130;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=76;FSRR=54;FWDB=0.0108419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1888;QD=6.93632;RBI=0.0477337;REFB=-0.00286447;REVB=-0.0464861;RO=127;SAF=26;SAR=20;SRF=76;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420566;STB=0.505211;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00872999;OID=.;OPOS=32077580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:127:130:46:45:0.257143:20:26:76:51:19:26:76:54 chr16 32191941 . C T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0273704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.666;QD=7.83713;RBI=0.032094;REFB=-0.00490693;REVB=0.0167596;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135555;STB=0.584187;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0162836;OID=.;OPOS=32191941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:11:5:3:4:11:5 chr16 33629700 . G A 353.33 PASS AF=0.3;AO=47;DP=156;FAO=48;FDP=160;FR=.;FRO=112;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=72;FWDB=0.00113435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.785;QD=8.83329;RBI=0.00565749;REFB=-0.00841404;REVB=-0.0055426;RO=108;SAF=26;SAR=21;SRF=40;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216019;STB=0.640832;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0211139;OID=.;OPOS=33629700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:160:108:112:47:48:0.3:21:26:40:68:21:27:40:72 chr16 33629846 . T A 261.51 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00954061;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.463;QD=12.0233;RBI=0.0117868;REFB=-0.0158874;REVB=0.00692139;RO=54;SAF=14;SAR=17;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739485;STB=0.53123;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0405454;OID=.;OPOS=33629846;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:54:56:31:31:0.356322:17:14:28:26:17:14:28:28 chr16 33629950 . G T 316.79 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=17;FWDB=0.00166798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.226;QD=12.9303;RBI=0.00167124;REFB=0.00126394;REVB=0.000104409;RO=61;SAF=22;SAR=14;SRF=45;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153223;STB=0.578971;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00256086;OID=.;OPOS=33629950;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:62:36:36:0.367347:14:22:45:16:14:22:45:17 chr16 33629973 . G A 240.91 PASS AF=0.306931;AO=31;DP=101;FAO=31;FDP=101;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=22;FWDB=-0.0120952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.488;QD=9.54103;RBI=0.0362512;REFB=-0.0083137;REVB=-0.0341739;RO=70;SAF=18;SAR=13;SRF=48;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131402;STB=0.576566;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0170162;OID=.;OPOS=33629973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:70:70:31:31:0.306931:13:18:48:22:13:18:48:22 chr16 33630022 . A T 209.25 PASS AF=0.233577;AO=32;DP=137;FAO=32;FDP=137;FR=.;FRO=105;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=-0.000446189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.113;QD=6.10946;RBI=0.0264125;REFB=-0.00481536;REVB=-0.0264087;RO=103;SAF=17;SAR=15;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695285;STB=0.549355;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0154585;OID=.;OPOS=33630022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:103:105:32:32:0.233577:15:17:49:54:15:17:49:56 chr16 33740823 . C T 236.21 PASS AF=0.183761;AO=43;DP=234;FAO=43;FDP=234;FR=.;FRO=191;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=111;FSRR=80;FWDB=-0.00992692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.114;QD=4.03785;RBI=0.0389751;REFB=-0.00604233;REVB=-0.0376897;RO=189;SAF=19;SAR=24;SRF=110;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179234;STB=0.612194;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0256951;OID=.;OPOS=33740823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:189:191:43:43:0.183761:24:19:110:79:24:19:111:80 chr16 33961327 . G T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.020595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.2;QD=9.76019;RBI=0.0347749;REFB=-0.0086845;REVB=-0.0280203;RO=12;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369272;STB=0.733907;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0175729;OID=.;OPOS=33961327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:6:1:5:7:6:1:5:7 chr16 33961370 . A C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0436557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.344;QD=13.9589;RBI=0.0525835;REFB=-0.000771445;REVB=-0.0293122;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439386;STB=0.768342;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.000537076;OID=.;OPOS=33961370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:6:1:4:3:6:1:4:3 chr16 33962412 . A C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00637898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.696;QD=40.7627;RBI=0.0571377;REFB=0;REVB=-0.0567805;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00150993;OID=.;OPOS=33962412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr16 33962416 . G A,C 98.06 PASS AF=0.636364,0.363636;AO=7,3;DP=11;FAO=7,4;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6,1;FSAR=1,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165042,-0.0792157;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=142.257,24.2153;QD=35.6594;RBI=0.0240185,0.0794044;REFB=-0.0374038,-0.0556112;REVB=0.0174499,0.00547128;RO=1;SAF=6,1;SAR=1,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.2842,0.163246;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0100907,-0.000229989;OID=.,.;OPOS=33962416,33962416;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:11:11:1:0:7,3:7,4:0.636364,0.363636:1,2:6,1:0:1:1,3:6,1:0:0 chr16 33962422 . C A 59.59 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0216108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.0873;QD=15.8907;RBI=0.0947405;REFB=-0.0642482;REVB=0.0922428;RO=6;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.492481;STB=0.822615;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0277263;OID=.;OPOS=33962422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:14:15:6:7:8:8:0.533333:1:7:2:4:1:7:2:5 chr16 33962434 . CG C,CA 202.35 PASS AF=0.25,0.65;AO=5,15;DP=22;FAO=5,13;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=1,11;FSAR=4,2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0178372,0.0501554;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.34,82.8867;QD=40.4709;RBI=0.0497452,0.0501623;REFB=-0.0425489,0.053863;REVB=-0.0464373,-0.000827402;RO=2;SAF=1,13;SAR=4,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.171367,0.297839;STB=0.59965,0.666369;STBP=0.682,0.03;TYPE=del,snp;VARB=0.0237457,-0.00285964;OID=.,.;OPOS=33962435,33962435;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.65:5,15:22:5,13:20:2:1,11:4,2:0:2:30:2:1,13:4,2:0:2 chr16 33962500 . T G 34.41 PASS AF=0.112903;AO=5;DP=60;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00392538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.773;QD=2.21982;RBI=0.00611128;REFB=-0.0024761;REVB=0.00468392;RO=54;SAF=1;SAR=4;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329939;STB=0.830677;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0105234;OID=.;OPOS=33962500;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:60:62:54:55:5:7:0.112903:4:1:27:27:6:1:27:28 chr16 33962542 . T A 54.04 PASS AF=0.1375;AO=10;DP=80;FAO=11;FDP=80;FR=.;FRO=69;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.021953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4846;QD=2.70207;RBI=0.0287842;REFB=-0.0013394;REVB=0.0186171;RO=68;SAF=1;SAR=9;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506789;STB=0.785858;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0133353;OID=.;OPOS=33962542;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:80:80:68:69:10:11:0.1375:9:1:33:35:9:2:34:35 chr16 33962561 . GG CA,CG 774.17 PASS AF=0.7,0.0875;AO=56,7;DP=80;FAO=56,7;FDP=80;FR=.;FRO=17;FSAF=31,1;FSAR=25,6;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=0.00596041,0.0572358;FXX=0.0243873;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=167.051,113.929;QD=38.7083;RBI=0.0111037,0.0595861;REFB=-0.0308409,-0.0422133;REVB=0.00936828,0.0165701;RO=17;SAF=31,1;SAR=25,6;SRF=0;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.236947,0.522045;STB=0.626822,0.792707;STBP=0,0.827;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0075855,0.010156;OID=.,.;OPOS=33962561,33962561;OREF=GG,G;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:17:17:56,7:56,7:0.7,0.0875:25,6:31,1:0:17:25,6:31,1:0:17 chr16 33962570 . G A 630.07 PASS AF=0.639535;AO=55;DP=85;FAO=55;FDP=86;FR=.;FRO=31;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=27;FWDB=-0.00468107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=318.436;QD=29.3058;RBI=0.00468425;REFB=0.00822823;REVB=-0.000172801;RO=30;SAF=32;SAR=23;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306074;STB=0.658924;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00508824;OID=.;OPOS=33962570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:30:31:55:55:0.639535:23:32:3:27:23:32:4:27 chr16 33962582 . C T 31.66 PASS AF=0.0941176;AO=7;DP=84;FAO=8;FDP=85;FR=.;FRO=77;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.000969781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4951;QD=1.4899;RBI=0.00680361;REFB=-0.00669412;REVB=-0.00673414;RO=77;SAF=0;SAR=7;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.569654;STB=0.842714;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0358968;OID=.;OPOS=33962582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:84:85:77:77:7:8:0.0941176:7:0:36:41:7:1:36:41 chr16 33962619 . G A 432.8 PASS AF=0.684211;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=57;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00377862;FXX=0.0806322;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.996;QD=30.3718;RBI=0.00695956;REFB=-0.00881249;REVB=0.00584444;RO=18;SAF=18;SAR=21;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10858;STB=0.558875;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00456746;OID=.;OPOS=33962619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:57:18:18:39:39:0.684211:21:18:5:13:21:18:5:13 chr16 33962621 . C T 46.15 PASS AF=0.147541;AO=8;DP=60;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0516606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3138;QD=3.02601;RBI=0.0563066;REFB=-0.0117859;REVB=-0.0223968;RO=52;SAF=5;SAR=3;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261363;STB=0.715334;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0766008;OID=.;OPOS=33962621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:60:61:52:52:8:9:0.147541:3:5:21:31:3:6:21:31 chr16 33962641 . G T 398.1 PASS AF=0.672727;AO=37;DP=54;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00792059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9202;QD=28.9523;RBI=0.0104596;REFB=-0.0122298;REVB=-0.00683129;RO=17;SAF=19;SAR=18;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248422;STB=0.522581;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00514011;OID=.;OPOS=33962641;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:17:18:37:37:0.672727:18:19:8:9:18:19:8:10 chr16 33962682 . T C 155.17 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0986191;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8107;QD=22.1664;RBI=0.100623;REFB=-0.0127627;REVB=0.0199833;RO=9;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146799;STB=0.526993;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0243642;OID=.;OPOS=33962682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:29:28:9:12:16:16:0.571429:7:9:3:6:7:9:6:6 chr16 33962697 . C T 77.12 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.026037;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3584;QD=11.8647;RBI=0.0295599;REFB=-0.0040754;REVB=0.0139951;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336027;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00549774;OID=.;OPOS=33962697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:27:26:15:16:10:10:0.384615:5:5:8:7:5:5:8:8 chr16 33962709 . C G 84.78 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0264514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.164;QD=10.9399;RBI=0.0267011;REFB=-0.0059652;REVB=-0.00364283;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18633;STB=0.624061;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00841739;OID=.;OPOS=33962709;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:19:20:11:11:0.354839:6:5:12:7:6:5:13:7 chr16 33962867 . C T 53.12 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0270397;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.837;QD=5.90197;RBI=0.0348034;REFB=-0.0209776;REVB=0.021912;RO=25;SAF=2;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480957;STB=0.824305;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0297338;OID=.;OPOS=33962867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:37:36:25:28:8:8:0.222222:6:2:17:8:6:2:20:8 chr16 33962891 . A T 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0170911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.478;QD=13.0886;RBI=0.0306599;REFB=-0.0070709;REVB=0.0254544;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203795;STB=0.618767;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0121376;OID=.;OPOS=33962891;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:9:7:17:10:9:7:17:10 chr16 33962900 . C T 46.55 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00179676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.317;QD=3.44849;RBI=0.0437374;REFB=0.000558722;REVB=-0.0437005;RO=46;SAF=7;SAR=1;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467739;STB=0.837612;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00124494;OID=.;OPOS=33962900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:46:46:8:8:0.148148:1:7:24:22:1:7:24:22 chr16 33962904 . T A 46.55 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.010383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9192;QD=3.44847;RBI=0.0808198;REFB=-0.000388957;REVB=-0.08015;RO=45;SAF=7;SAR=1;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477174;STB=0.847548;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00132297;OID=.;OPOS=33962904;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:45:46:8:8:0.148148:1:7:23:22:1:7:23:23 chr16 33962907 . AGGA CGGG,TGGG 216.2 PASS AF=0.156863,0.294118;AO=8,15;DP=52;FAO=8,15;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=7,7;FSAR=1,8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0128456,-0.0169985;FXX=0.0192271;HRUN=2,2;LEN=4,4;MLLD=163.05,180.571;QD=16.9565;RBI=0.0174628,0.0214921;REFB=-0.0066765,-0.00532131;REVB=0.0118296,0.0131514;RO=26;SAF=7,7;SAR=1,8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.468487,-0.0772636;STB=0.811605,0.545394;STBP=0.083,0.693;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00316291,0.00313271;OID=.,.;OPOS=33962907,33962907;OREF=AGGA,AGGA;OALT=CGGG,TGGG;OMAPALT=CGGG,TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:52:51:26:26:8,15:8,15:0.156863,0.294118:1,8:7,7:14:12:1,8:7,7:14:12 chr16 33962918 . G A 43.82 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00872573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.873;QD=3.02211;RBI=0.0212946;REFB=-0.00367672;REVB=-0.0194248;RO=50;SAF=7;SAR=1;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52458;STB=0.874064;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0186088;OID=.;OPOS=33962918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:50:50:8:8:0.137931:1:7:22:28:1:7:22:28 chr16 33962923 . G A 120.98 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00199345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.848;QD=8.20184;RBI=0.0279449;REFB=0.00312716;REVB=0.0278737;RO=41;SAF=7;SAR=10;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11873;STB=0.563305;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.0078652;OID=.;OPOS=33962923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:42:17:17:0.288136:10:7:21:20:10:7:21:21 chr16 33962930 . G T 132.75 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0099689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.857;QD=7.80865;RBI=0.0131877;REFB=-0.00873787;REVB=0.00863347;RO=48;SAF=8;SAR=11;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451186;STB=0.535284;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0413632;OID=.;OPOS=33962930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:49:19:19:0.279412:11:8:22:26:11:8:23:26 chr16 33962996 . TG CG,CT 480.11 PASS AF=0.584416,0;AO=44,5;DP=80;FAO=45,0;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=21,0;FSAR=24,0;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00539092,-0.00805463;FXX=0.0722804;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=294.831,172.17;QD=24.9409;RBI=0.012275,0.0140296;REFB=-0.0137247,-0.000854476;REVB=-0.0110279,0.0114871;RO=31;SAF=21,1;SAR=23,4;SRF=17;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0536187,-0.404142;STB=0.526851,0.5;STBP=0.612,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0066765,0;OID=.,.;OPOS=33962996,33962996;OREF=T,TG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:77:31:32:44,5:45,0:0.584416,0:23,4:21,1:17:14:24,0:21,0:17:15 chr16 33963000 . T C 455.21 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00947493;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.848;QD=21.938;RBI=0.0124848;REFB=-0.00396094;REVB=0.00812992;RO=40;SAF=22;SAR=22;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215451;STB=0.518064;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00443409;OID=.;OPOS=33963000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:40:39:44:44:0.53012:22:22:19:21:22:22:18:21 chr16 33963002 . G A 238.06 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0118059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6553;QD=11.6124;RBI=0.0380158;REFB=0.00250687;REVB=-0.0361362;RO=47;SAF=16;SAR=13;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044533;STB=0.563715;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.0108494;OID=.;OPOS=33963002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:53:29:29:0.353659:13:16:24:23:13:16:24:29 chr16 33963003 . A G 55.14 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=76;FAO=12;FDP=82;FR=.;FRO=70;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.00166432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.416;QD=2.68965;RBI=0.033101;REFB=-0.0143853;REVB=0.0330591;RO=70;SAF=3;SAR=3;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030809;STB=0.740335;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0479979;OID=.;OPOS=33963003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:76:82:70:70:6:12:0.146341:3:3:37:33:9:3:37:33 chr16 33963015 . T C 1001.98 PASS AF=0.5875;AO=94;DP=160;FAO=94;FDP=160;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=73;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.0127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.543;QD=25.0494;RBI=0.0465848;REFB=-0.0202156;REVB=0.0448202;RO=65;SAF=21;SAR=73;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258454;STB=0.645465;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0123644;OID=.;OPOS=33963015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:65:66:94:94:0.5875:73:21:33:32:73:21:34:32 chr16 33963020 . C A 1673.09 PASS AF=0.695431;AO=122;DP=182;FAO=137;FDP=197;FR=.;FRO=60;FSAF=40;FSAR=97;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0247239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.44;QD=33.9714;RBI=0.0300183;REFB=-0.0189708;REVB=0.0170243;RO=60;SAF=36;SAR=86;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162589;STB=0.582764;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00874787;OID=.;OPOS=33963020;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:197:60:60:122:137:0.695431:86:36:32:28:97:40:32:28 chr16 33963024 . A C 109.17 PASS AF=0.114286;AO=27;DP=254;FAO=28;FDP=245;FR=.;FRO=217;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=68;FSRR=149;FWDB=0.0194171;FXX=0.0392141;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6685;QD=1.78242;RBI=0.048079;REFB=-0.00174792;REVB=0.0439837;RO=226;SAF=15;SAR=12;SRF=68;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315837;STB=0.692385;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.012965;OID=.;OPOS=33963024;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:245:226:217:27:28:0.114286:12:15:68:158:13:15:68:149 chr16 33963046 . T C 6232.52 PASS AF=0.870155;AO=434;DP=502;FAO=449;FDP=516;FR=.;FRO=67;FSAF=189;FSAR=260;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0070238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.07;QD=48.3141;RBI=0.0543208;REFB=-0.00847027;REVB=0.0538648;RO=66;SAF=187;SAR=247;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444237;STB=0.523276;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00346026;OID=.;OPOS=33963046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:502:516:66:67:434:449:0.870155:247:187:40:26:260:189:40:27 chr16 33963086 . A G 7807.42 PASS AF=0.917384;AO=535;DP=581;FAO=533;FDP=581;FR=.;FRO=48;FSAF=223;FSAR=310;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0351193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9817;QD=53.7516;RBI=0.0368321;REFB=-0.0082014;REVB=0.0111014;RO=43;SAF=225;SAR=310;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165614;STB=0.512183;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00219785;OID=.;OPOS=33963086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:581:581:43:48:535:533:0.917384:310:225:23:20:310:223:27:21 chr16 33963106 . T C 8369.99 PASS AF=0.968254;AO=547;DP=568;FAO=549;FDP=567;FR=.;FRO=18;FSAF=225;FSAR=324;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0143183;FXX=0.00351488;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.172;QD=59.0475;RBI=0.0152576;REFB=-0.0653602;REVB=0.00527096;RO=17;SAF=225;SAR=322;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243564;STB=0.513826;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00134246;OID=.;OPOS=33963106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:568:567:17:18:547:549:0.968254:322:225:14:3:324:225:15:3 chr16 33963108 . A G 7694.98 PASS AF=0.932264;AO=517;DP=554;FAO=523;FDP=561;FR=.;FRO=38;FSAF=218;FSAR=305;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00127751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.25;QD=54.8661;RBI=0.00407303;REFB=0.000339869;REVB=-0.0038675;RO=37;SAF=212;SAR=305;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241384;STB=0.51307;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-3.09784e-05;OID=.;OPOS=33963108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:554:561:37:38:517:523:0.932264:305:212:22:15:305:218:23:15 chr16 33963175 . C G 7508.86 PASS AF=0.968566;AO=490;DP=509;FAO=493;FDP=509;FR=.;FRO=16;FSAF=230;FSAR=263;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0239859;FXX=0.00585926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.91;QD=59.0088;RBI=0.035316;REFB=-0.0193124;REVB=-0.0259209;RO=15;SAF=227;SAR=263;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115758;STB=0.50697;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0010654;OID=.;OPOS=33963175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:509:509:15:16:490:493:0.968566:263:227:10:5:263:230:11:5 chr16 33963202 . A G 5510.32 PASS AF=0.988889;AO=354;DP=358;FAO=356;FDP=360;FR=.;FRO=4;FSAF=159;FSAR=197;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00835071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.266;QD=61.2257;RBI=0.00835651;REFB=-0.0546425;REVB=0.000311281;RO=3;SAF=159;SAR=195;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00352276;STB=0.5006;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.000144811;OID=.;OPOS=33963202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:358:360:3:4:354:356:0.988889:195:159:2:1:197:159:2:2 chr16 33963210 . AT GC 4610.54 PASS AF=1;AO=291;DP=300;FAO=291;FDP=291;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103531;FXX=0.029999;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.83;QD=63.3751;RBI=0.0106359;REFB=-0.0263901;REVB=-0.00243635;RO=3;SAF=129;SAR=162;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00440077;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.97936e-05;OID=.;OPOS=33963210;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:300:291:3:0:291:291:1:162:129:2:1:162:129:0:0 chr16 33963224 . T C 3151.65 PASS AF=0.985714;AO=207;DP=210;FAO=207;FDP=210;FR=.;FRO=3;FSAF=94;FSAR=113;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0180782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.548;QD=60.0314;RBI=0.0181474;REFB=0.0225252;REVB=0.00158347;RO=3;SAF=94;SAR=113;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00331514;STB=0.50174;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.000226815;OID=.;OPOS=33963224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:210:210:3:3:207:207:0.985714:113:94:1:2:113:94:1:2 chr16 33963248 . T C 2381.04 PASS AF=0.958333;AO=161;DP=168;FAO=161;FDP=168;FR=.;FRO=7;FSAF=86;FSAR=75;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00429786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.784;QD=56.6915;RBI=0.0222903;REFB=-0.0463492;REVB=0.021872;RO=7;SAF=86;SAR=75;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839411;STB=0.504417;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0012532;OID=.;OPOS=33963248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:168:168:7:7:161:161:0.958333:75:86:3:4:75:86:3:4 chr16 33963279 . T C 2549.15 PASS AF=0.925532;AO=180;DP=188;FAO=174;FDP=188;FR=.;FRO=14;FSAF=89;FSAR=85;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00534653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0561;QD=54.2373;RBI=0.0357716;REFB=0.0159839;REVB=0.0353698;RO=7;SAF=92;SAR=88;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144747;STB=0.504466;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.00541039;OID=.;OPOS=33963279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:188:188:7:14:180:174:0.925532:88:92:5:2:85:89:8:6 chr16 33963283 . C CGG,G 2573.52 PASS AF=0.97076,0.0233918;AO=142,9;DP=191;FAO=166,4;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=83,3;FSAR=83,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0959661,-0.0105571;FXX=0.0338964;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=39.9569,175.964;QD=60.1994;RBI=0.112559,0.0126948;REFB=0.0171767,-0.0180141;REVB=0.0588225,0.00705027;RO=25;SAF=68,6;SAR=74,3;SRF=20;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0905907,-0.194164;STB=0.502994,0.665771;STBP=0.549,0.288;TYPE=ins,snp;VARB=0.00153202,0.0289039;OID=.,.;OPOS=33963284,33963283;OREF=-,C;OALT=GG,G;OMAPALT=CGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:191:171:25:1:142,9:166,4:0.97076,0.0233918:74,3:68,6:20:5:83,1:83,3:0:1 chr16 33963289 . A G 2778.12 PASS AF=0.983607;AO=174;DP=180;FAO=180;FDP=183;FR=.;FRO=3;FSAF=90;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00365106;FXX=0.0108102;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.747;QD=60.724;RBI=0.009522;REFB=0.0412197;REVB=0.00879422;RO=3;SAF=84;SAR=90;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155995;STB=0.508196;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-8.97726e-05;OID=.;OPOS=33963289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:180:183:3:3:174:180:0.983607:90:84:0:3:90:90:0:3 chr16 33963329 . T C 2723.0 PASS AF=0.906103;AO=191;DP=211;FAO=193;FDP=213;FR=.;FRO=20;FSAF=106;FSAR=87;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00396528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2246;QD=51.1361;RBI=0.0334485;REFB=0.0183252;REVB=0.0332126;RO=20;SAF=105;SAR=86;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00913538;STB=0.504818;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.0037758;OID=.;OPOS=33963329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:211:213:20:20:191:193:0.906103:86:105:12:8:87:106:12:8 chr16 33963332 . A G 2834.16 PASS AF=0.92093;AO=197;DP=214;FAO=198;FDP=215;FR=.;FRO=17;FSAF=110;FSAR=88;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0242297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2738;QD=52.7286;RBI=0.0508162;REFB=0.00364701;REVB=0.0446677;RO=17;SAF=110;SAR=87;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135826;STB=0.507337;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.000157802;OID=.;OPOS=33963332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:214:215:17:17:197:198:0.92093:87:110:11:6:88:110:11:6 chr16 33963395 . AT TC 1806.46 PASS AF=0.779006;AO=127;DP=167;FAO=141;FDP=181;FR=.;FRO=40;FSAF=61;FSAR=80;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0154889;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=309.787;QD=39.9217;RBI=0.0406553;REFB=-0.0354884;REVB=0.0375891;RO=39;SAF=58;SAR=69;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361946;STB=0.526229;STBP=0.203;TYPE=mnp;VARB=0.00905801;OID=.;OPOS=33963395;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:181:39:40:127:141:0.779006:69:58:21:18:80:61:22:18 chr16 33963424 . A G 849.09 PASS AF=0.572464;AO=71;DP=133;FAO=79;FDP=138;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.016793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.993;QD=24.6112;RBI=0.0240323;REFB=-0.0228674;REVB=-0.0171914;RO=59;SAF=26;SAR=45;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163953;STB=0.555337;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00765328;OID=.;OPOS=33963424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:138:59:59:71:79:0.572464:45:26:33:26:45:34:33:26 chr16 33963427 . T C 574.28 PASS AF=0.516393;AO=48;DP=109;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.00960752;FXX=0.039367;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.914;QD=18.8287;RBI=0.0311399;REFB=-0.0180019;REVB=0.0296207;RO=51;SAF=21;SAR=27;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139367;STB=0.524868;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00963952;OID=.;OPOS=33963427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:122:51:59:48:63:0.516393:27:21:30:21:31:32:33:26 chr16 33963437 . T C 1032.96 PASS AF=0.62069;AO=90;DP=145;FAO=90;FDP=145;FR=.;FRO=55;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0171289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.6192;QD=28.4955;RBI=0.0200406;REFB=-0.00902313;REVB=-0.0104031;RO=54;SAF=39;SAR=51;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595899;STB=0.535922;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0128896;OID=.;OPOS=33963437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:54:55:90:90:0.62069:51:39:28:26:51:39:29:26 chr16 33963445 . A G 1107.9 PASS AF=0.633333;AO=94;DP=149;FAO=95;FDP=150;FR=.;FRO=55;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00753866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7907;QD=29.5439;RBI=0.0325567;REFB=-3.75267e-05;REVB=-0.0316719;RO=55;SAF=42;SAR=52;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552299;STB=0.531415;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.000322865;OID=.;OPOS=33963445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:55:55:94:95:0.633333:52:42:29:26:53:42:29:26 chr16 33963477 . GTTT AGAC,GTTC 774.15 PASS AF=0.458647,0.112782;AO=61,15;DP=133;FAO=61,15;FDP=133;FR=.;FRO=57;FSAF=18,8;FSAR=43,7;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0123923,-0.0054429;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=204.96,114.841;QD=23.2827;RBI=0.0213926,0.0256444;REFB=-0.00274664,-0.00622738;REVB=0.0174378,0.0250601;RO=55;SAF=18,8;SAR=43,7;SRF=28;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.200788,0.0301457;STB=0.604118,0.533289;STBP=0.028,0.815;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.000541492,0.0318384;OID=.,.;OPOS=33963477,33963480;OREF=GTTT,T;OALT=AGAC,C;OMAPALT=AGAC,GTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:55:57:61,15:61,15:0.458647,0.112782:43,7:18,8:28:27:43,7:18,8:28:29 chr16 33963490 . T C 517.8 PASS AF=0.444444;AO=55;DP=126;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0246442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8617;QD=16.4382;RBI=0.0823542;REFB=0.0248283;REVB=0.0785803;RO=69;SAF=18;SAR=37;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188127;STB=0.601322;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0299248;OID=.;OPOS=33963490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:69:70:55:56:0.444444:37:18:35:34:37:19:36:34 chr16 33963528 . T C 443.57 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0185231;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.437;QD=20.6311;RBI=0.0282076;REFB=-0.0118134;REVB=0.0212735;RO=42;SAF=16;SAR=28;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206718;STB=0.614508;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0143325;OID=.;OPOS=33963528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:28:16:25:17:28:16:25:17 chr16 33963560 . C A 36.58 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=72;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0144631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.327;QD=2.03235;RBI=0.0187073;REFB=-0.000176632;REVB=-0.0118652;RO=63;SAF=4;SAR=4;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657611;STB=0.541563;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.000860136;OID=.;OPOS=33963560;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:72:72:63:64:8:8:0.111111:4:4:35:28:4:4:35:29 chr16 33963563 . G C 247.34 PASS AF=0.402778;AO=28;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0134149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.312;QD=13.7412;RBI=0.0134459;REFB=-0.00611795;REVB=-0.00091256;RO=43;SAF=14;SAR=14;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862841;STB=0.538435;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00755498;OID=.;OPOS=33963563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:28:29:0.402778:14:14:25:18:14:15:25:18 chr16 33963571 . T C 289.32 PASS AF=0.470588;AO=30;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00142073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.713;QD=17.0185;RBI=0.0149863;REFB=0.000695534;REVB=0.0149188;RO=36;SAF=16;SAR=14;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761794;STB=0.526299;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.0008739;OID=.;OPOS=33963571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:36:36:30:32:0.470588:14:16:22:14:14:18:22:14 chr16 33963588 . G A 38.89 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.00672711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.202;QD=2.93545;RBI=0.00835996;REFB=0.000455392;REVB=0.00496335;RO=46;SAF=4;SAR=3;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101481;STB=0.572834;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.00322666;OID=.;OPOS=33963588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:46:46:7:7:0.132075:3:4:30:16:3:4:30:16 chr16 33963591 . T C 50.08 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0169547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.362;QD=4.65902;RBI=0.0259326;REFB=-0.00551572;REVB=-0.0196224;RO=35;SAF=5;SAR=3;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423186;STB=0.528232;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0317729;OID=.;OPOS=33963591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:35:35:8:8:0.186047:3:5:23:12:3:5:23:12 chr16 33963595 . A G 104.81 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00164076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4985;QD=10.7496;RBI=0.00405014;REFB=0.00456002;REVB=-0.0037029;RO=26;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176876;STB=0.604687;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.0137279;OID=.;OPOS=33963595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:6:7:18:8:6:7:18:8 chr16 33963597 . C T 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0311449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1429;QD=10.754;RBI=0.0351066;REFB=-0.00911779;REVB=-0.0162009;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207719;STB=0.604687;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0102607;OID=.;OPOS=33963597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:6:7:18:7:6:7:18:8 chr16 33963599 . T C 33.28 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0360204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8212;QD=3.24669;RBI=0.036031;REFB=-0.00712929;REVB=-0.000877894;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154457;STB=0.609408;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0342216;OID=.;OPOS=33963599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:3:3:22:13:3:3:22:13 chr16 33963605 . T C 180.39 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.019059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.753;QD=16.0343;RBI=0.0366004;REFB=-0.0133247;REVB=-0.0312465;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120026;STB=0.568558;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0142791;OID=.;OPOS=33963605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:8:11:18:8:8:11:18:8 chr16 33963624 . T C 114.46 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0124877;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.613;QD=9.74114;RBI=0.0240661;REFB=0.000294762;REVB=0.0205727;RO=32;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972001;STB=0.571324;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.000400951;OID=.;OPOS=33963624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:32:33:14:14:0.297872:5:9:18:14:5:9:18:15 chr16 33963636 . AA GG 137.76 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.000129061;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=2;MLLD=267.201;QD=10.805;RBI=0.0113366;REFB=-0.00535586;REVB=-0.0113359;RO=34;SAF=11;SAR=6;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104511;STB=0.561969;STBP=0.578;TYPE=mnp;VARB=0.00934926;OID=.;OPOS=33963636;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:34:34:17:17:0.333333:6:11:19:15:6:11:19:15 chr16 33963653 . GGGTTTTTA G 49.26 PASS AF=0.263158;AO=9;DP=39;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.000430665;FXX=0.0731529;HRUN=3;LEN=8;MLLD=356.676;QD=5.18483;RBI=0.0069164;REFB=-0.00572923;REVB=-0.00690298;RO=24;SAF=6;SAR=3;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559602;STB=0.533268;STBP=0.873;TYPE=del;VARB=0.0165566;OID=.;OPOS=33963654;OREF=GGTTTTTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158:9:39:10:38:28:6:4:18:10:49:24:6:3:17:7 chr16 33963678 . C T 400.6 PASS AF=0.705882;AO=36;DP=52;FAO=36;FDP=51;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00867788;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.344;QD=31.4194;RBI=0.013538;REFB=0.00283387;REVB=0.0103909;RO=15;SAF=20;SAR=16;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244408;STB=0.513267;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00107089;OID=.;OPOS=33963678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:15:15:36:36:0.705882:16:20:9:6:16:20:9:6 chr16 33963708 . GT AC 57.49 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0129428;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=216.827;QD=4.50894;RBI=0.0139723;REFB=0.00205075;REVB=-0.005264;RO=42;SAF=8;SAR=1;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501839;STB=0.847616;STBP=0.036;TYPE=mnp;VARB=-0.0101906;OID=.;OPOS=33963708;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:42:42:9:9:0.176471:1:8:22:20:1:8:22:20 chr16 33963722 . C G 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0117988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.577;QD=15.2294;RBI=0.0133564;REFB=0.00113556;REVB=0.0062594;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108024;STB=0.561998;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00324838;OID=.;OPOS=33963722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:8:11:19:9:8:11:19:9 chr16 33963732 . AG CA,CG 191.85 PASS AF=0.122449,0.306122;AO=6,15;DP=49;FAO=6,15;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=4,9;FSAR=2,6;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0277566,-0.0214579;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=127.014,114.377;QD=15.6614;RBI=0.0331568,0.0241809;REFB=0.000665624,0.012984;REVB=-0.0181368,-0.0111478;RO=28;SAF=4,9;SAR=2,6;SRF=18;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0312052,-0.0498331;STB=0.521666,0.529373;STBP=0.948,0.79;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0132553,-0.0117916;OID=.,.;OPOS=33963732,33963732;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:49:49:28:28:6,15:6,15:0.122449,0.306122:2,6:4,9:18:10:2,6:4,9:18:10 chr16 33963737 . GC AT 246.62 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00293664;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.725;QD=18.9708;RBI=0.0109771;REFB=0.00205113;REVB=0.010577;RO=25;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324818;STB=0.5185;STBP=0.859;TYPE=mnp;VARB=-0.00325223;OID=.;OPOS=33963737;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:25:25:20:20:0.384615:7:13:17:8:7:13:17:8 chr16 33963758 . T C 68.26 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0119233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.027;QD=5.57189;RBI=0.0158679;REFB=0.000769924;REVB=-0.0104702;RO=38;SAF=5;SAR=5;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162141;STB=0.591659;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00405568;OID=.;OPOS=33963758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:38:39:10:10:0.204082:5:5:24:14:5:5:24:15 chr16 33963769 . C A 410.39 PASS AF=0.780488;AO=31;DP=40;FAO=32;FDP=41;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00171372;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.398;QD=40.038;RBI=0.00288393;REFB=-0.0164201;REVB=-0.00231954;RO=8;SAF=16;SAR=15;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890738;STB=0.536563;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00227684;OID=.;OPOS=33963769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:40:41:8:9:31:32:0.780488:15:16:6:2:16:16:6:3 chr16 33963772 . CGGG CGG,CGGC 576.94 PASS AF=0.283019,0.641509;AO=13,33;DP=61;FAO=15,34;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=7,8;FSAR=8,26;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0220081,-0.0221832;FXX=0.145138;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=19.7254,28.2829;QD=43.5429;RBI=0.0926621,0.0706883;REFB=-0.0421968,-0.0417212;REVB=0.0900106,0.0671174;RO=5;SAF=6,7;SAR=7,26;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.166735,-0.188595;STB=0.610968,0.599937;STBP=0.097,0.006;TYPE=del,snp;VARB=0.0224689,-0.0178415;OID=.,.;OPOS=33963773,33963775;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGG,CGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.283019,0.641509:13,33:61:15,34:53:4:7,8:8,26:4:0:97:5:6,7:7,26:4:1 chr16 33963783 . G C,T 1169.89 PASS AF=0.534091,0.409091;AO=46,36;DP=88;FAO=47,36;FDP=88;FR=.;FRO=5;FSAF=3,19;FSAR=44,17;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00477599,0.0154768;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=118.623,122.848;QD=53.1768;RBI=0.00808349,0.0194736;REFB=-0.0443184,-0.0275211;REVB=0.00652171,-0.011819;RO=4;SAF=3,19;SAR=43,17;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.368335,-0.0888889;STB=0.727145,0.558108;STBP=0,0.036;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000454642,0.00807447;OID=.,.;OPOS=33963783,33963783;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:88:88:4:5:46,36:47,36:0.534091,0.409091:43,17:3,19:4:0:44,17:3,19:5:0 chr16 33963788 . A C 43.27 PASS AF=0.0930233;AO=12;DP=129;FAO=12;FDP=129;FR=.;FRO=117;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=96;FWDB=-0.0103564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.369;QD=1.34169;RBI=0.0146153;REFB=-0.000444259;REVB=-0.0103127;RO=115;SAF=8;SAR=4;SRF=19;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.582443;STB=0.872996;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00885178;OID=.;OPOS=33963788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:129:129:115:117:12:12:0.0930233:4:8:19:96:4:8:21:96 chr16 33963809 . G C 2290.58 PASS AF=0.909091;AO=160;DP=177;FAO=160;FDP=176;FR=.;FRO=16;FSAF=28;FSAR=132;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0108526;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.508;QD=52.0586;RBI=0.0910068;REFB=-0.0266547;REVB=0.0903574;RO=16;SAF=28;SAR=132;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152806;STB=0.580975;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00181901;OID=.;OPOS=33963809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:177:176:16:16:160:160:0.909091:132:28:12:4:132:28:12:4 chr16 33963816 . TG GA 2305.89 PASS AF=0.818605;AO=174;DP=215;FAO=176;FDP=215;FR=.;FRO=39;FSAF=40;FSAR=136;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00111855;FXX=0.00921617;HRUN=1;LEN=2;MLLD=130.509;QD=42.9003;RBI=0.0125163;REFB=-0.0272659;REVB=0.0124662;RO=39;SAF=40;SAR=134;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158842;STB=0.584916;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.00906565;OID=.;OPOS=33963816;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:39:39:174:176:0.818605:134:40:23:16:136:40:23:16 chr16 33963822 . A G 3276.12 PASS AF=0.855596;AO=237;DP=279;FAO=237;FDP=277;FR=.;FRO=40;FSAF=65;FSAR=172;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.000709917;FXX=0.0107139;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.252;QD=47.3086;RBI=0.0203952;REFB=-0.00396962;REVB=-0.0203829;RO=40;SAF=65;SAR=172;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105941;STB=0.556083;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000604859;OID=.;OPOS=33963822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:277:40:40:237:237:0.855596:172:65:24:16:172:65:24:16 chr16 33963839 . GC GCCGTT,TT 5418.02 PASS AF=0.85446,0.0516432;AO=350,22;DP=430;FAO=364,22;FDP=426;FR=.;FRO=40;FSAF=134,22;FSAR=230,0;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00616144,-0.00657963;FXX=0.00930211;HRUN=2,2;LEN=4,2;MLLD=206.574,103.811;QD=50.8734;RBI=0.0127967,0.0333877;REFB=-0.0150317,0.00735501;REVB=-0.0112158,-0.032733;RO=44;SAF=128,22;SAR=222,0;SRF=25;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0456381,0.802385;STB=0.521759,0.99934;STBP=0.015,0;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00223325,-0.0524105;OID=.,.;OPOS=33963841,33963839;OREF=-,GC;OALT=CGTT,TT;OMAPALT=GCCGTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:430:426:44:40:350,22:364,22:0.85446,0.0516432:222,0:128,22:25:19:230,0:134,22:23:17 chr16 33963855 . T C 9892.94 PASS AF=0.942611;AO=657;DP=698;FAO=657;FDP=697;FR=.;FRO=40;FSAF=236;FSAR=421;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0091729;FXX=0.00143264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0789;QD=56.7744;RBI=0.0480166;REFB=-0.0190003;REVB=0.0471323;RO=40;SAF=236;SAR=421;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254318;STB=0.513349;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000722098;OID=.;OPOS=33963855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:698:697:40:40:657:657:0.942611:421:236:23:17:421:236:23:17 chr16 33963875 . A G 14140.4 PASS AF=1;AO=884;DP=892;FAO=897;FDP=897;FR=.;FRO=0;FSAF=374;FSAR=523;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114338;FXX=0.00774328;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6293;QD=63.0565;RBI=0.094462;REFB=0.0158945;REVB=-0.0937675;RO=4;SAF=370;SAR=514;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000720086;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.14334e-05;OID=.;OPOS=33963875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:48:892:897:4:0:884:897:1:514:370:2:2:523:374:0:0 chr16 33963881 . C G 13657.8 PASS AF=0.954593;AO=901;DP=955;FAO=904;FDP=947;FR=.;FRO=43;FSAF=380;FSAR=524;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00021536;FXX=0.0104492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.232;QD=57.6886;RBI=0.0409168;REFB=0.0217942;REVB=-0.0409162;RO=43;SAF=378;SAR=523;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01027;STB=0.505327;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.000902602;OID=.;OPOS=33963881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:955:947:43:43:901:904:0.954593:523:378:23:20:524:380:23:20 chr16 33963912 . T C 17811.3 PASS AF=0.984469;AO=1141;DP=1160;FAO=1141;FDP=1159;FR=.;FRO=18;FSAF=491;FSAR=650;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0127193;FXX=0.000862062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.467;QD=61.4714;RBI=0.0276957;REFB=-0.0200941;REVB=0.0246023;RO=18;SAF=491;SAR=650;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00546562;STB=0.502861;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.000173426;OID=.;OPOS=33963912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:1160:1159:18:18:1141:1141:0.984469:650:491:11:7:650:491:11:7 chr16 33963961 . C G 19430.1 PASS AF=0.973582;AO=1250;DP=1296;FAO=1253;FDP=1287;FR=.;FRO=34;FSAF=519;FSAR=734;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0446213;FXX=0.00694439;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.183;QD=60.3887;RBI=0.0449426;REFB=-0.0608746;REVB=-0.00536435;RO=28;SAF=516;SAR=734;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129796;STB=0.506324;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00072397;OID=.;OPOS=33963961;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:1296:1287:28:34:1250:1253:0.973582:734:516:20:8:734:519:22:12 chr16 33963975 . A G 18140.4 PASS AF=0.957327;AO=1189;DP=1242;FAO=1189;FDP=1242;FR=.;FRO=53;FSAF=507;FSAR=682;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00968377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=343.102;QD=58.4233;RBI=0.0123133;REFB=-0.0138312;REVB=0.00760539;RO=51;SAF=507;SAR=682;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825202;STB=0.504438;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000413071;OID=.;OPOS=33963975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:1242:1242:51:53:1189:1189:0.957327:682:507:27:24:682:507:28:25 chr16 33963991 . A G 17509.8 PASS AF=0.979913;AO=1115;DP=1143;FAO=1122;FDP=1145;FR=.;FRO=23;FSAF=494;FSAR=628;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0269336;FXX=0.00261322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.827;QD=61.1695;RBI=0.0274781;REFB=-0.035712;REVB=-0.00544329;RO=23;SAF=489;SAR=626;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0049607;STB=0.502544;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000699973;OID=.;OPOS=33963991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:1143:1145:23:23:1115:1122:0.979913:626:489:13:10:628:494:13:10 chr16 33964017 . A G 13614.8 PASS AF=0.961415;AO=879;DP=919;FAO=897;FDP=933;FR=.;FRO=36;FSAF=396;FSAR=501;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.000360168;FXX=0.00107065;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.97;QD=58.3702;RBI=0.0147541;REFB=-0.0181403;REVB=-0.0147497;RO=35;SAF=386;SAR=493;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140231;STB=0.506626;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.000334923;OID=.;OPOS=33964017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:919:933:35:36:879:897:0.961415:493:386:22:13:501:396:22:14 chr16 33964048 . G A 39.14 PASS AF=0.049459;AO=32;DP=647;FAO=32;FDP=647;FR=.;FRO=615;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=277;FSRR=338;FWDB=-0.00140928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4666;QD=0.241995;RBI=0.00838509;REFB=0.000903798;REVB=0.00826581;RO=613;SAF=18;SAR=14;SRF=276;SRR=337;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109667;STB=0.605324;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0105129;OID=.;OPOS=33964048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:647:647:613:615:32:32:0.049459:14:18:276:337:14:18:277:338 chr16 33964050 . G A 47.38 PASS AF=0.0533752;AO=34;DP=637;FAO=34;FDP=637;FR=.;FRO=603;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=270;FSRR=333;FWDB=-0.00199045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.673;QD=0.297547;RBI=0.0101399;REFB=-0.000165702;REVB=-0.00994258;RO=603;SAF=18;SAR=16;SRF=270;SRR=333;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825138;STB=0.576815;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00500498;OID=.;OPOS=33964050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:637:637:603:603:34:34:0.0533752:16:18:270:333:16:18:270:333 chr16 33964062 . C T 136.54 PASS AF=0.0958606;AO=44;DP=459;FAO=44;FDP=459;FR=.;FRO=415;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=120;FSRR=295;FWDB=-0.0588043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.154;QD=1.18991;RBI=0.0593336;REFB=-0.0141957;REVB=0.00790789;RO=414;SAF=17;SAR=27;SRF=119;SRR=295;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135647;STB=0.596711;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.065236;OID=.;OPOS=33964062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:459:459:414:415:44:44:0.0958606:27:17:119:295:27:17:120:295 chr16 33964064 . T C 4423.32 PASS AF=0.789227;AO=326;DP=430;FAO=337;FDP=427;FR=.;FRO=90;FSAF=73;FSAR=264;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=0.0346943;FXX=0.00697658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.226;QD=41.4362;RBI=0.0350627;REFB=-0.0440382;REVB=0.0050693;RO=89;SAF=69;SAR=257;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159951;STB=0.582852;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.010183;OID=.;OPOS=33964064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:430:427:89:90:326:337:0.789227:257:69:45:44:264:73:46:44 chr16 33964070 . AG GC 4071.85 PASS AF=0.785;AO=314;DP=406;FAO=314;FDP=400;FR=.;FRO=86;FSAF=75;FSAR=239;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.00459382;FXX=0.014778;HRUN=1;LEN=2;MLLD=142.405;QD=40.7185;RBI=0.0147486;REFB=-0.059513;REVB=0.0140149;RO=84;SAF=75;SAR=239;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132048;STB=0.571441;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0132001;OID=.;OPOS=33964070;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:406:400:84:86:314:314:0.785:239:75:42:42:239:75:43:43 chr16 33964082 . T C 3542.67 PASS AF=0.761644;AO=277;DP=368;FAO=278;FDP=365;FR=.;FRO=87;FSAF=73;FSAR=205;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.0130602;FXX=0.00815195;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.386;QD=38.8238;RBI=0.0132233;REFB=-0.0103159;REVB=0.00207051;RO=84;SAF=72;SAR=205;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121498;STB=0.569859;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00515281;OID=.;OPOS=33964082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:368:365:84:87:277:278:0.761644:205:72:41:43:205:73:44:43 chr16 33964091 . T C 4845.75 PASS AF=0.946746;AO=269;DP=338;FAO=320;FDP=338;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=107;FSAR=213;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0719157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.701;QD=57.3461;RBI=0.072023;REFB=-0.053774;REVB=0.00392999;RO=15;SAF=57;SAR=212;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655854;STB=0.516528;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00459553;OID=.;OPOS=33964091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:338:338:15:15:269:320:0.946746:212:57:10:5:213:107:10:5 chr16 33964108 . G C 2189.55 PASS AF=0.685185;AO=184;DP=269;FAO=185;FDP=270;FR=.;FRO=85;FSAF=66;FSAR=119;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=0.0359747;FXX=0.0036899;HRUN=5;LEN=1;MLLD=125.089;QD=32.4378;RBI=0.0393384;REFB=-0.0113676;REVB=0.0159163;RO=84;SAF=65;SAR=119;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694989;STB=0.538182;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.002368;OID=.;OPOS=33964108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:270:84:85:184:185:0.685185:119:65:39:45:119:66:40:45 chr16 33964119 . A G 111.66 PASS AF=0.124424;AO=27;DP=217;FAO=27;FDP=217;FR=.;FRO=190;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=85;FSRR=105;FWDB=-0.00287492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.403;QD=2.05816;RBI=0.00946557;REFB=-0.00355534;REVB=0.00901842;RO=189;SAF=13;SAR=14;SRF=85;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400492;STB=0.529954;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0187559;OID=.;OPOS=33964119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:189:190:27:27:0.124424:14:13:85:104:14:13:85:105 chr16 33964134 . G C 735.02 PASS AF=0.496552;AO=71;DP=144;FAO=72;FDP=145;FR=.;FRO=73;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.0361792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9959;QD=20.2764;RBI=0.0366752;REFB=-0.00123575;REVB=0.00601163;RO=73;SAF=39;SAR=32;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00125266;STB=0.503875;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00336389;OID=.;OPOS=33964134;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:73:73:71:72:0.496552:32:39:40:33:32:40:40:33 chr16 33964143 . T C 608.68 PASS AF=0.466667;AO=63;DP=135;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0430269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6986;QD=18.0348;RBI=0.0702691;REFB=-0.018942;REVB=-0.0555557;RO=70;SAF=37;SAR=26;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154906;STB=0.517352;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0200343;OID=.;OPOS=33964143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:70:72:63:63:0.466667:26:37:40:30:26:37:40:32 chr16 33964153 . G T 135.19 PASS AF=0.1875;AO=24;DP=128;FAO=24;FDP=128;FR=.;FRO=104;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=62;FSRR=42;FWDB=-0.00483753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.471;QD=4.22479;RBI=0.0153567;REFB=-0.000548192;REVB=-0.0145749;RO=103;SAF=14;SAR=10;SRF=61;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011686;STB=0.510744;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00189058;OID=.;OPOS=33964153;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:103:104:24:24:0.1875:10:14:61:42:10:14:62:42 chr16 33964154 . C T 112.95 PASS AF=0.174603;AO=21;DP=127;FAO=22;FDP=126;FR=.;FRO=104;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=64;FSRR=40;FWDB=0.00726591;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.154;QD=3.58565;RBI=0.0127822;REFB=-0.0111712;REVB=-0.0105162;RO=100;SAF=10;SAR=11;SRF=63;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195912;STB=0.595155;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0404594;OID=.;OPOS=33964154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:100:104:21:22:0.174603:11:10:63:37:11:11:64:40 chr16 33964168 . G A 130.37 PASS AF=0.203883;AO=21;DP=103;FAO=21;FDP=103;FR=.;FRO=82;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=58;FSRR=24;FWDB=-0.0312103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.386;QD=5.06282;RBI=0.0370636;REFB=-0.00732167;REVB=-0.0199906;RO=82;SAF=10;SAR=11;SRF=58;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294402;STB=0.681086;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.033869;OID=.;OPOS=33964168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:82:82:21:21:0.203883:11:10:58:24:11:10:58:24 chr16 33964196 . T C 137.27 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.00587666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.182;QD=8.7157;RBI=0.0165099;REFB=-0.000611115;REVB=-0.0154286;RO=44;SAF=12;SAR=7;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00603225;STB=0.503593;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00167013;OID=.;OPOS=33964196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:44:19:19:0.301587:7:12:28:16:7:12:28:16 chr16 33964202 . C T 222.01 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0047022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.738;QD=14.5583;RBI=0.0644403;REFB=-0.0182248;REVB=-0.0642685;RO=35;SAF=16;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462161;STB=0.526295;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0337587;OID=.;OPOS=33964202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:10:16:20:15:10:16:20:15 chr16 33964204 . T G 56.01 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.042489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.622;QD=3.61344;RBI=0.0429006;REFB=-0.00112035;REVB=0.00592834;RO=52;SAF=7;SAR=3;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162416;STB=0.611655;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0141526;OID=.;OPOS=33964204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:62:62:52:52:10:10:0.16129:3:7:30:22:3:7:30:22 chr16 33964233 . C T 43.2 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.016299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.528;QD=2.92892;RBI=0.016713;REFB=-0.000987406;REVB=-0.00369666;RO=49;SAF=4;SAR=4;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111712;STB=0.592996;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00529105;OID=.;OPOS=33964233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:57:59:49:51:8:8:0.135593:4:4:29:20:4:4:31:20 chr16 33964237 . CT CG,TG 74.12 PASS AF=0.145455,0.0727273;AO=8,4;DP=55;FAO=8,4;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=4,3;FSAR=4,1;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00436052,-0.00405177;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=181.026,229.352;QD=5.39019;RBI=0.0191389,0.0109327;REFB=-0.00473324,-0.00461069;REVB=-0.0186355,-0.0101542;RO=40;SAF=4,3;SAR=4,1;SRF=24;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.122376,0.176099;STB=0.548898,0.688657;STBP=0.82,0.513;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0234357,0.00619095;OID=.,.;OPOS=33964238,33964237;OREF=T,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:55:55:40:43:8,4:8,4:0.145455,0.0727273:4,1:4,3:24:16:4,1:4,3:24:19 chr16 33964242 . CA CG,GG 75.57 PASS AF=0.148148,0.0740741;AO=8,4;DP=54;FAO=8,4;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=4,3;FSAR=4,1;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00885702,-0.0178924;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=118.239,209.888;QD=5.59795;RBI=0.0235241,0.0262022;REFB=-0.00812898,-0.00396735;REVB=-0.021793,-0.019142;RO=42;SAF=4,3;SAR=4,1;SRF=23;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0579156,0.224796;STB=0.539901,0.696639;STBP=0.823,0.507;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00865998,0.0352573;OID=.,.;OPOS=33964243,33964242;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:54:54:42:42:8,4:8,4:0.148148,0.0740741:4,1:4,3:23:19:4,1:4,3:23:19 chr16 33964276 . A G 40.93 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0587708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.607;QD=3.63783;RBI=0.0608693;REFB=-0.0104381;REVB=-0.0158452;RO=38;SAF=3;SAR=4;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860255;STB=0.560336;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0275715;OID=.;OPOS=33964276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:38:38:7:7:0.155556:4:3:19:19:4:3:19:19 chr16 33965449 . G C 132.02 PASS AF=0.238095;AO=20;DP=84;FAO=20;FDP=84;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.0194535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3368;QD=6.28656;RBI=0.022484;REFB=-0.0154807;REVB=0.0112734;RO=64;SAF=8;SAR=12;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325427;STB=0.51998;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0565958;OID=.;OPOS=33965449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:64:64:20:20:0.238095:12:8:24:40:12:8:24:40 chr16 33965456 . T C 201.14 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=82;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0151285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7767;QD=9.81161;RBI=0.0188171;REFB=-0.00293048;REVB=0.0111899;RO=56;SAF=11;SAR=15;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799397;STB=0.546748;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00528762;OID=.;OPOS=33965456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:56:56:26:26:0.317073:15:11:20:36:15:11:20:36 chr16 33965459 . C T 123.88 PASS AF=0.234568;AO=18;DP=80;FAO=19;FDP=81;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.0149655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9961;QD=6.11767;RBI=0.0237167;REFB=-0.00361287;REVB=-0.0183988;RO=62;SAF=9;SAR=9;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161676;STB=0.57942;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00981633;OID=.;OPOS=33965459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:62:62:18:19:0.234568:9:9:23:39:10:9:23:39 chr16 33965460 . G A 33.39 PASS AF=0.0987654;AO=8;DP=81;FAO=8;FDP=81;FR=.;FRO=73;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.0306973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6148;QD=1.64888;RBI=0.037377;REFB=-0.00167245;REVB=-0.021324;RO=73;SAF=2;SAR=6;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202656;STB=0.661637;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0183833;OID=.;OPOS=33965460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:81:81:73:73:8:8:0.0987654:6:2:30:43:6:2:30:43 chr16 33965487 . C T 52.26 PASS AF=0.129412;AO=11;DP=85;FAO=11;FDP=85;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.0198535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.653;QD=2.45929;RBI=0.0198563;REFB=-0.00834016;REVB=-0.000331829;RO=74;SAF=4;SAR=7;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537422;STB=0.538391;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0477239;OID=.;OPOS=33965487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:85:85:74:74:11:11:0.129412:7:4:30:44:7:4:30:44 chr16 33965505 . C T 37.57 PASS AF=0.102273;AO=9;DP=88;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.012488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.486;QD=1.7076;RBI=0.0427132;REFB=-0.000704825;REVB=-0.0408469;RO=77;SAF=4;SAR=5;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189674;STB=0.524368;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00533616;OID=.;OPOS=33965505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:88:88:77:79:9:9:0.102273:5:4:33:44:5:4:33:46 chr16 33965507 . G C 301.3 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.020048;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.297;QD=14.0141;RBI=0.0380852;REFB=-0.0159516;REVB=-0.0323815;RO=52;SAF=18;SAR=16;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173347;STB=0.598315;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0334702;OID=.;OPOS=33965507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:16:18:19:33:16:18:19:33 chr16 33965533 . A C 268.54 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0114501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1464;QD=13.9499;RBI=0.0593074;REFB=-0.00141483;REVB=-0.0581916;RO=46;SAF=17;SAR=14;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230695;STB=0.630587;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00058543;OID=.;OPOS=33965533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:14:17:15:31:14:17:15:31 chr16 33965536 . GCA GCG,GTG 241.78 PASS AF=0.362319,0.057971;AO=25,4;DP=72;FAO=25,4;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=13,1;FSAR=12,3;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.00727743,0.0133862;FXX=0.0142837;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=93.0978,103.087;QD=14.0163;RBI=0.054777,0.044187;REFB=-0.0260113,-0.020098;REVB=-0.0542914,-0.0421106;RO=24;SAF=13,1;SAR=12,3;SRF=13;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0189832,-0.330642;STB=0.649098,0.529261;STBP=0.082,0.955;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00891516,0.0244515;OID=.,.;OPOS=33965538,33965537;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=GCG,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.362319,0.057971:25,4:72:25,4:69:40:13,1:12,3:11:29:99:24:13,1:12,3:13:11 chr16 33965539 . G GC 102.85 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=-0.00993432;FXX=0.028165;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.1429;QD=5.96209;RBI=0.0614481;REFB=-0.0671081;REVB=-0.0606398;RO=46;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323959;STB=0.732285;STBP=0.012;TYPE=ins;VARB=0.105474;OID=.;OPOS=33965540;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:22:69:23:69:46:14:9:11:35:99:46:12:10:12:34 chr16 33965554 . A G 278.57 PASS AF=0.364865;AO=19;DP=69;FAO=27;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=34;FWDB=0.0408367;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.718;QD=15.0579;RBI=0.0449721;REFB=-0.00227471;REVB=-0.0188375;RO=34;SAF=4;SAR=15;SRF=1;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395196;STB=0.736713;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0209528;OID=.;OPOS=33965554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:74:34:36:19:27:0.364865:15:4:1:33:15:12:2:34 chr16 33965560 . TT AC,AT 296.28 PASS AF=0.373333,0.08;AO=28,6;DP=76;FAO=28,6;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=13,2;FSAR=15,4;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.00643707,0.00771247;FXX=0.0131562;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=251.988,256.584;QD=15.8014;RBI=0.00671005,0.00779594;REFB=0.0065463,0.00448425;REVB=-0.00189446,-0.00113776;RO=41;SAF=13,2;SAR=15,4;SRF=11;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.210597,0.0913513;STB=0.618969,0.566458;STBP=0.133,0.796;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0118583,0.00598231;OID=.,.;OPOS=33965560,33965560;OREF=TT,T;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:41:41:28,6:28,6:0.373333,0.08:15,4:13,2:11:30:15,4:13,2:11:30 chr16 34970274 . C G 190.95 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.039222;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.6618;QD=22.4646;RBI=0.0586354;REFB=0.015176;REVB=-0.0435861;RO=15;SAF=13;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740321;STB=0.541622;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.0118426;OID=.;OPOS=34970274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:6:13:9:6:6:13:9:6 chr16 46565019 . T G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664307;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.593;QD=61.5362;RBI=0.0155431;REFB=0;REVB=0.014052;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63238e-05;OID=.;OPOS=46565019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr16 46590024 . T C 844.83 PASS AF=0.938462;AO=61;DP=65;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0355348;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.4982;QD=51.9898;RBI=0.0786804;REFB=0.00975007;REVB=-0.0701989;RO=4;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538511;STB=0.528562;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00064165;OID=.;OPOS=46590024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:65:65:4:4:61:61:0.938462:33:28:0:4:33:28:0:4 chr16 46642286 . GT AT,G 266.2 PASS AF=0.6,0.2;AO=18,6;DP=31;FAO=18,6;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=10,0;FSAR=8,6;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.113297,-0.0591595;FXX=0.0322477;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=51.577,19.4955;QD=35.4935;RBI=0.13105,0.0711124;REFB=-0.0170807,-0.0410972;REVB=-0.0658623,-0.0394605;RO=6;SAF=10,0;SAR=8,6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0.334928;SSEP=0,0;SSSB=-0.129917,-0.802799;STB=0.571352,0.998053;STBP=0.244,0.003;TYPE=snp,del;VARB=0.0269081,0.085105;OID=.,.;OPOS=46642286,46642287;OREF=G,T;OALT=A,-;OMAPALT=AT,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:41:31:30:6:6:18,6:18,6:0.6,0.2:8,6:10,0:5:1:8,6:10,0:5:1 chr16 46655210 . A G 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.143;QD=62.6689;RBI=0.0215024;REFB=0;REVB=0.0144412;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61517e-05;OID=.;OPOS=46655210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr16 46696284 . G A 1098.7 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.083;QD=60.203;RBI=0.0224915;REFB=0;REVB=-0.0180997;RO=0;SAF=25;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29461e-05;OID=.;OPOS=46696284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:48:25:0:0:48:25:0:0 chr16 46761268 . G A 104.85 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0183772;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0719;QD=18.234;RBI=0.0857391;REFB=0.0109552;REVB=0.0837465;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183634;STB=0.605879;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00521008;OID=.;OPOS=46761268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:24:23:11:11:12:12:0.521739:4:8:5:6:4:8:5:6 chr16 46773999 . C A 347.43 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0254339;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.101;QD=17.157;RBI=0.0259016;REFB=-0.00611231;REVB=-0.00490022;RO=44;SAF=21;SAR=16;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217443;STB=0.512188;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0067299;OID=.;OPOS=46773999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:16:21:24:20:16:21:24:20 chr16 48151228 . G A 235.83 PASS AF=0.236486;AO=35;DP=148;FAO=35;FDP=148;FR=.;FRO=113;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=59;FWDB=0.0117096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.934;QD=6.37384;RBI=0.0134657;REFB=-0.00721154;REVB=0.0066491;RO=113;SAF=14;SAR=21;SRF=54;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992727;STB=0.560405;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0221902;OID=.;OPOS=48151228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:113:113:35:35:0.236486:21:14:54:59:21:14:54:59 chr16 48201497 . TTCACGGATTGTGCGCTGGATCAGGGTG T 45.68 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00829365;FXX=0.039208;HRUN=2;LEN=27;MLLD=790.888;QD=3.72873;RBI=0.0163115;REFB=-0.00303411;REVB=-0.0140457;RO=33;SAF=4;SAR=7;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318002;STB=0.681992;STBP=0.201;TYPE=del;VARB=0.0137554;OID=.;OPOS=48201498;OREF=TCACGGATTGTGCGCTGGATCAGGGTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22449:11:50:11:49:38:4:7:23:15:45:33:4:7:21:12 chr16 48221200 . T A 232.62 PASS AF=0.325843;AO=29;DP=89;FAO=29;FDP=89;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0479992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.612;QD=10.4548;RBI=0.0728924;REFB=-0.00145877;REVB=-0.0548578;RO=60;SAF=17;SAR=12;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231378;STB=0.513504;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00158306;OID=.;OPOS=48221200;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:60:60:29:29:0.325843:12:17:34:26:12:17:34:26 chr16 48395538 . CA C 32.2 PASS AF=0.205479;AO=13;DP=73;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=0.151595;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.99225;QD=1.7644;RBI=0.19485;REFB=-0.0349323;REVB=-0.122414;RO=45;SAF=4;SAR=9;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421069;STB=0.84381;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.0626211;OID=.;OPOS=48395539;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205479:13:73:15:73:58:3:12:39:19:32:45:4:9:30:15 chr16 49525238 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1909;QD=62.9825;RBI=0.0557006;REFB=0;REVB=-0.00839822;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590979;OID=.;OPOS=49525238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr16 49672520 . A G 67.69 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00987564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.6381;QD=10.0287;RBI=0.0626329;REFB=-0.00214015;REVB=-0.0618495;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620281;STB=0.507677;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0104809;OID=.;OPOS=49672520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:27:27:18:17:9:10:0.37037:4:5:11:7:4:6:10:7 chr16 49672546 . G A 97.04 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0275106;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2677;QD=11.762;RBI=0.0318215;REFB=-0.0197715;REVB=0.0159931;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764774;STB=0.545379;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0404957;OID=.;OPOS=49672546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:33:33:21:21:12:12:0.363636:6:6:12:9:6:6:12:9 chr16 49764751 . C T 207.84 PASS AF=0.296703;AO=27;DP=92;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.0173382;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.727;QD=9.13591;RBI=0.0174595;REFB=-0.00606344;REVB=-0.00205386;RO=65;SAF=11;SAR=16;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283529;STB=0.523792;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0230302;OID=.;OPOS=49764751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:65:64:27:27:0.296703:16:11:25:40:16:11:24:40 chr16 50059279 . C A 101.37 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468342;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.336;QD=40.548;RBI=0.062883;REFB=0;REVB=0.0419623;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176473;OID=.;OPOS=50059279;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:8:10:1:3:5:0:0:4:6:0:0 chr16 50069312 . C G,T 854.25 PASS AF=0.935484,0.0483871;AO=56,5;DP=62;FAO=58,3;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=34,3;FSAR=24,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185901,0.0113178;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.1937,186.8;QD=55.1128;RBI=0.0209474,0.0134966;REFB=-0.126416,-0.130943;REVB=0.00965417,0.00735291;RO=0;SAF=32,5;SAR=24,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.507244,0.5;STBP=0.51,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00935134,0.0553584;OID=.,.;OPOS=50069312,50069312;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:62:62:0:1:56,5:58,3:0.935484,0.0483871:24,0:32,5:0:0:24,0:34,3:1:0 chr16 50069772 . A G 1185.99 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547432;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.855;QD=60.8202;RBI=0.0113374;REFB=0;REVB=-0.00992814;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63243e-05;OID=.;OPOS=50069772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:36:42:0:0:36:42:0:0 chr16 50071011 . C CTTTAG 551.97 PASS AF=0.833333;AO=37;DP=51;FAO=40;FDP=48;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0190533;FXX=0.039992;HRUN=3;LEN=5;MLLD=306.22;QD=45.9976;RBI=0.0209314;REFB=-0.0046743;REVB=-0.0086658;RO=9;SAF=15;SAR=22;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963588;STB=0.543456;STBP=0.191;TYPE=ins;VARB=0.000509489;OID=.;OPOS=50071012;OREF=-;OALT=TTTAG;OMAPALT=CTTTAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:37:51:40:48:8:15:25:5:3:49:9:15:22:6:3 chr16 50106594 . T C 1871.36 PASS AF=0.976378;AO=124;DP=127;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=86;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0498406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2466;QD=58.9406;RBI=0.0688326;REFB=-0.0839749;REVB=-0.0474746;RO=1;SAF=38;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00549316;STB=0.50993;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00210127;OID=.;OPOS=50106594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:127:127:1:3:124:124:0.976378:86:38:0:1:86:38:2:1 chr16 50263762 . G A 392.59 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.97;QD=56.0844;RBI=0.0335863;REFB=0;REVB=0.0249176;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213752;OID=.;OPOS=50263762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:8:18:0:0:9:19:0:0 chr16 50265818 . C T 748.06 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0162212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.971;QD=51.5904;RBI=0.059011;REFB=0.0192302;REVB=-0.0567377;RO=2;SAF=22;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409364;STB=0.51428;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.011596;OID=.;OPOS=50265818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:2:3:55:55:0.948276:33:22:2:0:33:22:2:1 chr16 50326661 . A G 1542.58 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346474;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.235;QD=63.6117;RBI=0.035505;REFB=0;REVB=0.00775633;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122031;OID=.;OPOS=50326661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:95:97:1:52:43:0:0:52:45:0:0 chr16 50368663 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00687154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.991;QD=11.4398;RBI=0.00797552;REFB=-0.00923474;REVB=-0.00404857;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377757;STB=0.728627;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0172849;OID=.;OPOS=50368663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:2:7:6:8:2:7:6:8 chr16 50642201 . G C 960.0 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0195542;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9743;QD=54.857;RBI=0.0317884;REFB=-0.0475914;REVB=-0.0250626;RO=3;SAF=18;SAR=49;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724771;STB=0.524993;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0030729;OID=.;OPOS=50642201;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:3:2:67:68:0.971429:49:18:3:0:49:19:2:0 chr16 51171175 . C T 2161.26 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.011307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4611;QD=62.1945;RBI=0.0489655;REFB=-0.107084;REVB=-0.0476421;RO=1;SAF=66;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714908;STB=0.503759;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000546131;OID=.;OPOS=51171175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:72:66:1:0:72:66:1:0 chr16 51172677 . G A 594.85 PASS AF=0.455882;AO=62;DP=137;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.0154258;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.598;QD=17.4956;RBI=0.017228;REFB=-0.0130207;REVB=-0.00767122;RO=74;SAF=25;SAR=37;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161121;STB=0.589648;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0203203;OID=.;OPOS=51172677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:74:74:62:62:0.455882:37:25:42:32:37:25:42:32 chr16 51173559 . G A 272.63 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00581982;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.961;QD=16.5227;RBI=0.0620754;REFB=-0.00804554;REVB=0.0618019;RO=36;SAF=19;SAR=11;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789925;STB=0.544556;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00470735;OID=.;OPOS=51173559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:11:19:20:16:11:19:20:16 chr16 51705448 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.103;QD=63.5829;RBI=0.0160994;REFB=0;REVB=-0.000300176;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76316e-05;OID=.;OPOS=51705448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr16 53283966 . G A 380.41 PASS AF=0.493671;AO=36;DP=76;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0032782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.431;QD=19.2612;RBI=0.0248082;REFB=-0.0250568;REVB=0.0245907;RO=40;SAF=21;SAR=15;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194616;STB=0.582163;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0268822;OID=.;OPOS=53283966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:40:40:36:39:0.493671:15:21:15:25:18:21:15:25 chr16 53325691 . G A 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0138391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.807;QD=13.2874;RBI=0.0212422;REFB=-0.00588134;REVB=-0.0161155;RO=41;SAF=10;SAR=17;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101719;STB=0.55828;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00760486;OID=.;OPOS=53325691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:17:10:19:22:17:10:19:22 chr16 53326837 . A G 48.52 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=63;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.00390997;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.089;QD=3.13046;RBI=0.0131481;REFB=-0.00310725;REVB=0.0125533;RO=53;SAF=4;SAR=5;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109107;STB=0.575484;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0189754;OID=.;OPOS=53326837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:63:62:53:53:9:9:0.145161:5:4:19:34:5:4:19:34 chr16 53326860 . G A 292.98 PASS AF=0.464789;AO=32;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0224984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1667;QD=16.5061;RBI=0.0469089;REFB=-0.0130459;REVB=-0.0411615;RO=37;SAF=10;SAR=22;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708196;STB=0.520821;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0127288;OID=.;OPOS=53326860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:32:33:0.464789:22:10:14:23:22:11:14:24 chr16 53341748 . T G 533.51 PASS AF=0.627907;AO=43;DP=79;FAO=54;FDP=86;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0386905;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4582;QD=24.8142;RBI=0.0430821;REFB=-0.0721901;REVB=0.0189502;RO=30;SAF=12;SAR=31;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193078;STB=0.531544;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.02455;OID=.;OPOS=53341748;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:86:30:32:43:54:0.627907:31:12:9:21:31:23:11:21 chr16 53358439 . A G 246.28 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00684762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.01;QD=13.4946;RBI=0.0104705;REFB=-0.00144003;REVB=0.00792094;RO=44;SAF=12;SAR=17;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919855;STB=0.552545;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00241867;OID=.;OPOS=53358439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:17:12:22:22:17:12:22:22 chr16 53371463 . A G 287.48 PASS AF=0.534483;AO=30;DP=54;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0991805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.028;QD=19.8263;RBI=0.134715;REFB=-0.0518077;REVB=-0.091166;RO=24;SAF=11;SAR=19;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0071774;STB=0.545426;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0423371;OID=.;OPOS=53371463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:24:27:30:31:0.534483:19:11:9:15:19:12:8:19 chr16 53396356 . T C 476.33 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0537471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9781;QD=18.6798;RBI=0.0623089;REFB=-0.0278155;REVB=0.0315222;RO=52;SAF=17;SAR=33;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239663;STB=0.633039;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0285089;OID=.;OPOS=53396356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:52:50:50:0.490196:33:17:31:21:33:17:31:21 chr16 53404203 . C A 84.72 PASS AF=0.205882;AO=14;DP=69;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.00729118;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7129;QD=4.9834;RBI=0.0433659;REFB=0.000170367;REVB=-0.0427485;RO=54;SAF=10;SAR=4;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11918;STB=0.576808;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00235417;OID=.;OPOS=53404203;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:69:68:54:54:14:14:0.205882:4:10:34:20:4:10:34:20 chr16 53503934 . G A 550.68 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0103139;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3352;QD=23.433;RBI=0.0247668;REFB=-0.011497;REVB=0.022517;RO=42;SAF=25;SAR=26;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311229;STB=0.52213;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0119505;OID=.;OPOS=53503934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:42:43:51:51:0.542553:26:25:19:23:26:25:19:24 chr16 53504721 . T C 364.93 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0053662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.825;QD=21.1552;RBI=0.0174565;REFB=0.00183247;REVB=0.0166113;RO=31;SAF=22;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039184;STB=0.515339;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00115131;OID=.;OPOS=53504721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:32:37:37:0.536232:15:22:17:14:15:22:18:14 chr16 53513055 . T C 164.15 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=51;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0794029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3048;QD=12.6266;RBI=0.0921573;REFB=-0.00890316;REVB=0.0467777;RO=32;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620092;STB=0.519212;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0292242;OID=.;OPOS=53513055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:32:32:19:20:0.384615:9:10:15:17:10:10:15:17 chr16 53639438 . C T 505.32 PASS AF=0.384615;AO=60;DP=155;FAO=60;FDP=156;FR=.;FRO=96;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=0.0465596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.877;QD=12.957;RBI=0.0511504;REFB=0.0120808;REVB=0.0211794;RO=95;SAF=26;SAR=34;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089717;STB=0.554013;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.0137312;OID=.;OPOS=53639438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:95:96:60:60:0.384615:34:26:49:46:34:26:50:46 chr16 53671754 . C T 83.87 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0279918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0984;QD=10.1664;RBI=0.0826606;REFB=0.00443503;REVB=-0.0777768;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323702;STB=0.689369;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.0140996;OID=.;OPOS=53671754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:6:5:4:18:6:5:4:18 chr16 54319037 . C A 157.63 PASS AF=0.357143;AO=19;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0617153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.322;QD=11.2592;RBI=0.0624731;REFB=-0.0297604;REVB=0.00970093;RO=36;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00163537;STB=0.517839;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0476154;OID=.;OPOS=54319037;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:19:20:0.357143:10:9:17:19:10:10:17:19 chr16 54967096 . C A 648.08 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0806017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.494;QD=57.6074;RBI=0.0813337;REFB=-0.0691688;REVB=-0.0108875;RO=2;SAF=9;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357564;STB=0.519075;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.000403534;OID=.;OPOS=54967096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:34:9:1:1:34:9:1:1 chr16 54967550 . C T 156.5 PASS AF=0.211382;AO=26;DP=123;FAO=26;FDP=123;FR=.;FRO=97;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=66;FSRR=31;FWDB=0.0209966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3676;QD=5.08939;RBI=0.0304653;REFB=-0.00368391;REVB=0.0220744;RO=95;SAF=12;SAR=14;SRF=65;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28067;STB=0.668999;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00929818;OID=.;OPOS=54967550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:95:97:26:26:0.211382:14:12:65:30:14:12:66:31 chr16 55325460 . T C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.211;QD=58.4191;RBI=0.0223116;REFB=0;REVB=-0.0183682;RO=0;SAF=17;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.64129e-05;OID=.;OPOS=55325460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:46:17:0:0:46:17:0:0 chr16 55362645 . G A 216.88 PASS AF=0.4;AO=24;DP=63;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.024529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.307;QD=13.3466;RBI=0.0260282;REFB=0.00036711;REVB=0.00870603;RO=39;SAF=15;SAR=9;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109762;STB=0.523791;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.000121272;OID=.;OPOS=55362645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:39:39:24:26:0.4:9:15:24:15:11:15:24:15 chr16 55519607 . C T 576.71 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0240881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.784;QD=21.3595;RBI=0.024547;REFB=0.0161953;REVB=-0.0047245;RO=50;SAF=26;SAR=32;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941592;STB=0.551706;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.0154508;OID=.;OPOS=55519607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:50:50:58:58:0.537037:32:26:28:22:32:26:28:22 chr16 55519621 . G A 180.24 PASS AF=0.252336;AO=27;DP=108;FAO=27;FDP=107;FR=.;FRO=80;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.00666119;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.331;QD=6.73802;RBI=0.0078689;REFB=-0.00528899;REVB=-0.00418905;RO=79;SAF=17;SAR=10;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214522;STB=0.633879;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0194191;OID=.;OPOS=55519621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:79:80:27:27:0.252336:10:17:36:43:10:17:36:44 chr16 55523705 . T C 708.42 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8127;QD=62.9709;RBI=0.010493;REFB=0;REVB=-0.00127984;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010653;OID=.;OPOS=55523705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr16 55527113 . G A 140.87 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00474394;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.625;QD=12.5218;RBI=0.0329832;REFB=0.00062051;REVB=-0.0326402;RO=28;SAF=7;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219928;STB=0.637437;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00293831;OID=.;OPOS=55527113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:28:29:16:16:0.355556:9:7:18:10:9:7:19:10 chr16 55562466 . G A 1398.89 PASS AF=0.513011;AO=138;DP=268;FAO=138;FDP=269;FR=.;FRO=131;FSAF=62;FSAR=76;FSRF=63;FSRR=68;FWDB=-0.0177563;FXX=0.0073798;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.648;QD=20.8013;RBI=0.0268229;REFB=-0.0171764;REVB=-0.0201043;RO=130;SAF=62;SAR=76;SRF=62;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246955;STB=0.515518;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0179047;OID=.;OPOS=55562466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:269:130:131:138:138:0.513011:76:62:62:68:76:62:63:68 chr16 55571563 . G A 188.81 PASS AF=0.297619;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0176151;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.429;QD=8.99084;RBI=0.0182578;REFB=-0.00376181;REVB=0.00480141;RO=58;SAF=9;SAR=16;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245193;STB=0.522431;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00885831;OID=.;OPOS=55571563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:58:59:25:25:0.297619:16:9:22:36:16:9:23:36 chr16 55608587 . G A 600.32 PASS AF=0.414634;AO=68;DP=165;FAO=68;FDP=164;FR=.;FRO=96;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=60;FSRR=36;FWDB=0.0356896;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.243;QD=14.642;RBI=0.0398901;REFB=-0.00917147;REVB=0.0178177;RO=96;SAF=31;SAR=37;SRF=60;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175235;STB=0.598018;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0101;OID=.;OPOS=55608587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:96:96:68:68:0.414634:37:31:60:36:37:31:60:36 chr16 55690687 . G A 75.6 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0116374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.48;QD=11.6314;RBI=0.0207443;REFB=-0.024615;REVB=-0.0171726;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270173;STB=0.516097;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0452394;OID=.;OPOS=55690687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:6:10:6:4:6:10 chr16 55806311 . G T 317.39 PASS AF=0.347826;AO=40;DP=115;FAO=40;FDP=115;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.0119271;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.092;QD=11.0398;RBI=0.0166614;REFB=-0.00753949;REVB=-0.0116338;RO=74;SAF=19;SAR=21;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10426;STB=0.555239;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0128644;OID=.;OPOS=55806311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:74:75:40:40:0.347826:21:19:42:32:21:19:42:33 chr16 55806409 . T C 504.76 PASS AF=0.44;AO=55;DP=126;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.014828;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0765;QD=16.1522;RBI=0.0148351;REFB=0.00214396;REVB=-0.000460178;RO=67;SAF=29;SAR=26;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151111;STB=0.578797;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00235402;OID=.;OPOS=55806409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:67:70:55:55:0.44:26:29:25:42:26:29:27:43 chr16 55844927 . A C 204.59 PASS AF=0.678571;AO=20;DP=29;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0035252;FXX=0.0666445;HRUN=14;LEN=1;MLLD=147.323;QD=29.2267;RBI=0.0196636;REFB=-0.0080634;REVB=0.019345;RO=9;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059495;STB=0.54368;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00144221;OID=.;OPOS=55844927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:29:28:9:9:20:19:0.678571:11:9:5:4:11:8:5:4 chr16 55862691 . G A 100.66 PASS AF=0.191011;AO=16;DP=89;FAO=17;FDP=89;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0150938;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.722;QD=4.52423;RBI=0.0446355;REFB=-0.00548883;REVB=-0.042006;RO=73;SAF=9;SAR=7;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873751;STB=0.571724;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0214533;OID=.;OPOS=55862691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:73:72:16:17:0.191011:7:9:36:37:7:10:36:36 chr16 55862717 . T C 156.05 PASS AF=0.225225;AO=25;DP=111;FAO=25;FDP=111;FR=.;FRO=86;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=0.00164283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.119;QD=5.62329;RBI=0.0086;REFB=0.000111956;REVB=-0.00844163;RO=84;SAF=19;SAR=6;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318218;STB=0.699126;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.000413939;OID=.;OPOS=55862717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:84:86:25:25:0.225225:6:19:44:40:6:19:45:41 chr16 55862720 . T C 155.07 PASS AF=0.223214;AO=25;DP=112;FAO=25;FDP=112;FR=.;FRO=87;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.0019051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.805;QD=5.53831;RBI=0.00330137;REFB=-0.00117098;REVB=0.00269622;RO=86;SAF=19;SAR=6;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306402;STB=0.695858;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00344192;OID=.;OPOS=55862720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:86:87:25:25:0.223214:6:19:46:40:6:19:46:41 chr16 55862762 . C G 159.87 PASS AF=0.2;AO=27;DP=135;FAO=27;FDP=135;FR=.;FRO=108;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=52;FWDB=-0.00225254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.956;QD=4.73678;RBI=0.00879319;REFB=-0.00553851;REVB=-0.00849979;RO=102;SAF=19;SAR=8;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220071;STB=0.655054;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0190988;OID=.;OPOS=55862762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:102:108:27:27:0.2:8:19:55:47:8:19:56:52 chr16 55862791 . T C 218.48 PASS AF=0.235714;AO=33;DP=140;FAO=33;FDP=140;FR=.;FRO=107;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=0.00136586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.083;QD=6.24222;RBI=0.0401883;REFB=-0.0097357;REVB=-0.040165;RO=106;SAF=24;SAR=9;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338871;STB=0.709804;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0258197;OID=.;OPOS=55862791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:106:107:33:33:0.235714:9:24:49:57:9:24:49:58 chr16 55862824 . C T 165.03 PASS AF=0.216;AO=27;DP=125;FAO=27;FDP=125;FR=.;FRO=98;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=60;FWDB=0.0263411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0584;QD=5.28109;RBI=0.0552137;REFB=-0.00116942;REVB=-0.0485253;RO=98;SAF=24;SAR=3;SRF=38;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.630228;STB=0.890172;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00441652;OID=.;OPOS=55862824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:98:98:27:27:0.216:3:24:38:60:3:24:38:60 chr16 55862836 . G A 159.31 PASS AF=0.221239;AO=9;DP=114;FAO=25;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=88;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=55;FWDB=0.0655338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.867;QD=5.63919;RBI=0.0655693;REFB=-0.00884043;REVB=-0.00215672;RO=88;SAF=6;SAR=3;SRF=33;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326054;STB=0.885194;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0862932;OID=.;OPOS=55862836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:88:88:9:25:0.221239:3:6:33:55:3:22:33:55 chr16 55862883 . C A 90.91 PASS AF=0.208333;AO=15;DP=72;FAO=15;FDP=72;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=42;FWDB=0.0155908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.898;QD=5.05072;RBI=0.02086;REFB=-0.00190514;REVB=-0.0138588;RO=57;SAF=13;SAR=2;SRF=15;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.672237;STB=0.91038;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00621922;OID=.;OPOS=55862883;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:72:72:57:57:15:15:0.208333:2:13:15:42:2:13:15:42 chr16 55880480 . A C 255.59 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=4;FWDB=0.0954303;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.7249;QD=17.9358;RBI=0.11544;REFB=-0.0353584;REVB=-0.064958;RO=28;SAF=27;SAR=1;SRF=24;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38804;STB=0.721708;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0355486;OID=.;OPOS=55880480;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:29:28:28:0.491228:1:27:24:4:1:27:25:4 chr16 55880534 . G C 263.53 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0102282;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.057;QD=19.5207;RBI=0.0299975;REFB=-0.017837;REVB=-0.0281998;RO=26;SAF=26;SAR=2;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428895;STB=0.746895;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0146792;OID=.;OPOS=55880534;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:26:26:28:28:0.518519:2:26:18:8:2:26:18:8 chr16 55883618 . T C 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00249027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.892;QD=62.6141;RBI=0.00739716;REFB=0;REVB=0.00696538;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62426e-06;OID=.;OPOS=55883618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr16 55905636 . A G 1606.89 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7503;QD=64.2757;RBI=0.0164511;REFB=0;REVB=0.00828964;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66518e-05;OID=.;OPOS=55905636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:48:52:0:0:48:52:0:0 chr16 56228066 . A G 309.09 PASS AF=0.478261;AO=31;DP=71;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.017984;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.159;QD=17.9182;RBI=0.0204064;REFB=0.00257821;REVB=-0.00964334;RO=34;SAF=14;SAR=17;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178344;STB=0.509278;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.00198241;OID=.;OPOS=56228066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:34:36:31:33:0.478261:17:14:16:18:18:15:17:19 chr16 56368689 . C T 1052.85 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0355644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.409;QD=56.9108;RBI=0.0429347;REFB=-0.108759;REVB=0.0240532;RO=2;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026257;STB=0.513885;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000735399;OID=.;OPOS=56368689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:35:37:0:2:35:37:0:2 chr16 56377724 . G A 316.88 PASS AF=0.421687;AO=34;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00150446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.812;QD=15.2711;RBI=0.0100164;REFB=-0.0246189;REVB=0.00990273;RO=49;SAF=12;SAR=22;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835458;STB=0.5276;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0291918;OID=.;OPOS=56377724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:48:34:35:0.421687:22:12:21:28:22:13:20:28 chr16 56395610 . G A 1328.06 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0223734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.462;QD=59.6883;RBI=0.0361813;REFB=0.0158956;REVB=0.0284344;RO=2;SAF=46;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201537;STB=0.510636;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=7.29913e-05;OID=.;OPOS=56395610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:41:46:2:0:41:46:2:0 chr16 56396486 . C T 349.32 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0141731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.06;QD=25.4053;RBI=0.0142678;REFB=-0.0108422;REVB=0.00164153;RO=20;SAF=14;SAR=20;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434998;STB=0.531232;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0057831;OID=.;OPOS=56396486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:21:34:34:0.618182:20:14:7:13:20:14:7:14 chr16 56485554 . C G 141.84 PASS AF=0.346154;AO=22;DP=50;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0786937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.2532;QD=10.911;RBI=0.131429;REFB=-0.0264736;REVB=-0.105266;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284378;STB=0.581411;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0292808;OID=.;OPOS=56485554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:28:34:22:18:0.346154:11:11:22:6:8:10:23:11 chr16 56510299 . A C 209.5 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0234634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5615;QD=18.6222;RBI=0.0262331;REFB=-0.0057055;REVB=-0.0117322;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119823;STB=0.55432;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00535643;OID=.;OPOS=56510299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:10:11:15:8:10:11:15:9 chr16 56544759 . TCC TC,TCT 33.38 PASS AF=0.241379,0.103448;AO=9,2;DP=29;FAO=7,3;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5,3;FSAR=2,0;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0027994,-0.012399;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.77834,205.677;QD=4.60407;RBI=0.146497,0.0886354;REFB=-0.105604,-0.0199882;REVB=-0.14647,-0.0877639;RO=15;SAF=4,2;SAR=5,0;SRF=4;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0.425926,0;SSSB=0.193811,0.650927;STB=0.824499,0.99788;STBP=0.071,0.007;TYPE=del,snp;VARB=0.0440155,0.0512485;OID=.,.;OPOS=56544760,56544761;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TC,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.241379,0.103448:9,2:29:7,3:29:19:5,3:2,0:4:15:18:15:4,2:5,0:4:11 chr16 56548501 . C T 1008.89 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0069777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.892;QD=59.3463;RBI=0.0446406;REFB=0;REVB=0.0440919;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125645;OID=.;OPOS=56548501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:38:29:0:0:39:29:0:0 chr16 56601720 . A G 1446.66 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0265377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.932;QD=60.912;RBI=0.0296096;REFB=-0.159938;REVB=0.0131331;RO=2;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185847;STB=0.509802;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.000657066;OID=.;OPOS=56601720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:95:95:2:2:93:93:0.978947:50:43:0:2:50:43:0:2 chr16 56601722 . T C 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00786891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.656;QD=63.476;RBI=0.00906837;REFB=0;REVB=0.00450728;RO=0;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.38547e-06;OID=.;OPOS=56601722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:51:43:0:0:51:43:0:0 chr16 56667282 . C A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.9;QD=63.583;RBI=0.0234181;REFB=0;REVB=0.0172423;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9368e-05;OID=.;OPOS=56667282;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr16 56673227 . C A 99.21 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0963289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2155;QD=14.6971;RBI=0.115492;REFB=-0.0071798;REVB=-0.0637122;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173698;STB=0.601059;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00380867;OID=.;OPOS=56673227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:6:9:5:7:6:9 chr16 56673249 . T C 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00268717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3174;QD=12.9747;RBI=0.0153628;REFB=-0.0205575;REVB=0.015126;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234756;STB=0.646504;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0387443;OID=.;OPOS=56673249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:15:18:12:12:0.4:5:7:5:10:5:7:6:12 chr16 56686470 . C T 934.54 PASS AF=1;AO=50;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238441;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2409;QD=58.409;RBI=0.181273;REFB=0;REVB=0.179698;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278853;OID=.;OPOS=56686470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:50:64:1:16:34:0:0:29:35:0:0 chr16 56701294 . T A 72.99 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0289562;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.645;QD=11.2295;RBI=0.0328593;REFB=-0.00978943;REVB=0.0155329;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228754;STB=0.642474;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0289191;OID=.;OPOS=56701294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:26:26:16:16:8:8:0.307692:2:6:9:7:2:6:9:7 chr16 56709728 . GA CG 88.33 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318138;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=121.04;QD=39.2589;RBI=0.0367567;REFB=0;REVB=-0.0184103;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000310484;OID=.;OPOS=56709728;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:1:7:0:0:1:8:0:0 chr16 56839500 . C T 119.77 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00330916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.732;QD=7.98489;RBI=0.00916637;REFB=-0.00602333;REVB=0.0085482;RO=43;SAF=4;SAR=13;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165126;STB=0.600846;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0172378;OID=.;OPOS=56839500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:43:17:17:0.283333:13:4:15:28:13:4:15:28 chr16 56855496 . C G 382.72 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00253314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.704;QD=25.515;RBI=0.0172704;REFB=-0.00700201;REVB=-0.0170836;RO=23;SAF=19;SAR=18;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246734;STB=0.513506;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00311105;OID=.;OPOS=56855496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:23:37:37:0.616667:18:19:11:12:18:19:11:12 chr16 56868700 . A G 1216.13 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0991363;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.788;QD=60.0558;RBI=0.0991537;REFB=-0.00442007;REVB=0.00185921;RO=1;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122965;STB=0.506492;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=7.63253e-06;OID=.;OPOS=56868700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:1:1:80:80:0.987654:38:42:0:1:38:42:0:1 chr16 56873495 . C T 872.0 PASS AF=0.44186;AO=95;DP=215;FAO=95;FDP=215;FR=.;FRO=120;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=51;FSRR=69;FWDB=-0.0150859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8788;QD=16.2233;RBI=0.0166047;REFB=0.00274817;REVB=0.00693779;RO=116;SAF=43;SAR=52;SRF=49;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303243;STB=0.515605;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00284042;OID=.;OPOS=56873495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:116:120:95:95:0.44186:52:43:49:67:52:43:51:69 chr16 56901065 . A G 358.62 PASS AF=0.410526;AO=35;DP=91;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00423271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.142;QD=15.0996;RBI=0.0237647;REFB=-0.0237068;REVB=0.0233848;RO=56;SAF=17;SAR=18;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346526;STB=0.548485;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0456451;OID=.;OPOS=56901065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:95:56:56:35:39:0.410526:18:17:29:27:22:17:29:27 chr16 56904587 . C G 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0846;QD=64.1527;RBI=0.0203214;REFB=0;REVB=-0.00831279;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132537;OID=.;OPOS=56904587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr16 56966011 . G A 811.55 PASS AF=0.909091;AO=60;DP=67;FAO=60;FDP=66;FR=.;FRO=6;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0208491;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.585;QD=49.1849;RBI=0.0456625;REFB=-0.169112;REVB=0.0406249;RO=5;SAF=36;SAR=24;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.50035e-08;STB=0.509431;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00295463;OID=.;OPOS=56966011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:67:66:5:6:60:60:0.909091:24:36:3:2:24:36:3:3 chr16 57005301 . C T 173.38 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0162476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5982;QD=14.1532;RBI=0.0346968;REFB=-0.0357698;REVB=-0.0306575;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238289;STB=0.636807;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0308507;OID=.;OPOS=57005301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:10:9:21:9:10:9:21:9 chr16 57016092 . G A 207.45 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0107379;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7709;QD=13.1713;RBI=0.0316543;REFB=-0.00765422;REVB=0.0297774;RO=38;SAF=14;SAR=11;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145495;STB=0.583267;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0098046;OID=.;OPOS=57016092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:38:38:25:25:0.396825:11:14:16:22:11:14:16:22 chr16 57060340 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2152;QD=51.1843;RBI=0.118129;REFB=0;REVB=-0.11393;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00423465;OID=.;OPOS=57060340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr16 57060353 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.286;QD=46.848;RBI=0.0456272;REFB=0;REVB=0.0253672;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000880374;OID=.;OPOS=57060353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr16 57068106 . AC GT 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864943;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=134.162;QD=64.4154;RBI=0.0335744;REFB=0;REVB=0.0324411;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00020351;OID=.;OPOS=57068106;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr16 57071114 . A G 800.69 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0160118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.113;QD=54.2843;RBI=0.0160135;REFB=-0.0712973;REVB=-0.000228099;RO=1;SAF=23;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200576;STB=0.509801;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000680828;OID=.;OPOS=57071114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:59:1:1:56:58:0.983051:33:23:1:0:33:25:1:0 chr16 57073683 . G C 1363.67 PASS AF=1;AO=67;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227676;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.501;QD=62.6974;RBI=0.0327378;REFB=0;REVB=-0.0235244;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209564;OID=.;OPOS=57073683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:67:87:1:33:34:0:0:38:49:0:0 chr16 57085465 . C T 213.98 PASS AF=0.431034;AO=24;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0551037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5984;QD=14.7573;RBI=0.0720288;REFB=-0.0109247;REVB=-0.0463867;RO=34;SAF=14;SAR=10;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00517647;STB=0.514274;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0118285;OID=.;OPOS=57085465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:33:24:25:0.431034:10:14:20:14:10:15:19:14 chr16 57392733 . A C 151.17 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0316778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.282;QD=20.1555;RBI=0.0345126;REFB=-0.00346505;REVB=0.013698;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105752;STB=0.560107;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00382934;OID=.;OPOS=57392733;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:11:5:6:8:11:5:6:8 chr16 57499902 . T C 639.5 PASS AF=0.574074;AO=62;DP=108;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00782393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3753;QD=23.6851;RBI=0.0270506;REFB=0.0198877;REVB=0.0258944;RO=46;SAF=23;SAR=39;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10448;STB=0.557124;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.0143423;OID=.;OPOS=57499902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:46:46:62:62:0.574074:39:23:23:23:39:23:23:23 chr16 57503213 . C T 550.45 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0275353;FXX=0.0512777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7914;QD=19.8359;RBI=0.0297133;REFB=-0.0116904;REVB=0.0111662;RO=53;SAF=28;SAR=28;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415965;STB=0.522514;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0142668;OID=.;OPOS=57503213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:53:55:56:56:0.504505:28:28:29:24:28:28:30:25 chr16 57507061 . CATT C 201.3 PASS AF=0.390625;AO=24;DP=65;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00378459;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=3;MLLD=219.988;QD=12.5811;RBI=0.00924547;REFB=-0.00989622;REVB=0.00843537;RO=39;SAF=8;SAR=16;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117851;STB=0.548773;STBP=0.561;TYPE=del;VARB=0.0150799;OID=.;OPOS=57507062;OREF=ATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390625:24:65:25:64:39:9:16:17:22:99:39:8:16:17:22 chr16 57508821 . G A 248.23 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.000850441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.886;QD=11.6815;RBI=0.01615;REFB=-0.0123703;REVB=-0.0161275;RO=55;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209119;STB=0.620078;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0171901;OID=.;OPOS=57508821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:55:30:30:0.352941:14:16:19:36:14:16:19:36 chr16 57595999 . A G 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00284829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.724;QD=19.3864;RBI=0.0683019;REFB=-0.0133797;REVB=-0.0682425;RO=34;SAF=18;SAR=17;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065741;STB=0.536524;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0142048;OID=.;OPOS=57595999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:17:18:20:14:17:18:20:14 chr16 57601792 . C T 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00570186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.192;QD=13.7534;RBI=0.00632574;REFB=-0.0206513;REVB=-0.0027393;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572348;STB=0.53329;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0251985;OID=.;OPOS=57601792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:6:9:15:8:6:9:15:8 chr16 57689385 . C G 1357.72 PASS AF=1;AO=77;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00704385;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.697;QD=62.4238;RBI=0.0411032;REFB=0;REVB=0.0404951;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263015;OID=.;OPOS=57689385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:77:87:1:37:40:0:0:47:40:0:0 chr16 57689883 . T C 760.24 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0609942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7192;QD=55.2904;RBI=0.066459;REFB=0;REVB=-0.0263914;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000638974;OID=.;OPOS=57689883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:33:20:0:0:34:21:0:0 chr16 57690467 . G A 211.94 PASS AF=0.242424;AO=32;DP=132;FAO=32;FDP=132;FR=.;FRO=100;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=56;FWDB=-0.0250436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.895;QD=6.42255;RBI=0.0337377;REFB=-0.00900569;REVB=-0.0226065;RO=100;SAF=12;SAR=20;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841602;STB=0.551149;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0296376;OID=.;OPOS=57690467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:100:100:32:32:0.242424:20:12:44:56:20:12:44:56 chr16 57698931 . A G 901.49 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1673;QD=58.1609;RBI=0.044665;REFB=0;REVB=0.0426259;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583694;OID=.;OPOS=57698931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr16 57775625 . G A 261.09 PASS AF=0.251613;AO=39;DP=155;FAO=39;FDP=155;FR=.;FRO=116;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=80;FSRR=36;FWDB=0.0465659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9755;QD=6.73774;RBI=0.0748785;REFB=-0.00487345;REVB=0.058638;RO=116;SAF=26;SAR=13;SRF=80;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327154;STB=0.519598;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0200376;OID=.;OPOS=57775625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:116:116:39:39:0.251613:13:26:80:36:13:26:80:36 chr16 57786517 . C T 899.13 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0410959;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.341;QD=55.3311;RBI=0.0417201;REFB=-0.221037;REVB=0.00718959;RO=2;SAF=31;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000460997;STB=0.500244;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00125545;OID=.;OPOS=57786517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:65:2:2:63:63:0.969231:32:31:1:1:32:31:1:1 chr16 57786711 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0121799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.447;QD=11.0197;RBI=0.0148408;REFB=-0.0157268;REVB=0.0084793;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247224;STB=0.646649;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0295499;OID=.;OPOS=57786711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:1:7:4:2:1:7 chr16 57795394 . G A 139.6 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00511632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2047;QD=12.4088;RBI=0.00712564;REFB=-0.0229227;REVB=0.00495963;RO=28;SAF=12;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221674;STB=0.623211;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0374706;OID=.;OPOS=57795394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:29:16:16:0.355556:4:12:16:12:4:12:17:12 chr16 57805176 . A G 345.94 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.0442744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.386;QD=14.4142;RBI=0.0443856;REFB=-0.00462988;REVB=0.0031389;RO=58;SAF=29;SAR=9;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435049;STB=0.747625;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0149253;OID=.;OPOS=57805176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:58:38:38:0.395833:9:29:21:37:9:29:21:37 chr16 57937856 . G C 1568.08 PASS AF=0.973451;AO=106;DP=113;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.149778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0692;QD=55.5072;RBI=0.15042;REFB=-0.0630412;REVB=0.0138804;RO=7;SAF=43;SAR=63;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543017;STB=0.50648;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0024561;OID=.;OPOS=57937856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:113:113:7:3:106:110:0.973451:63:43:6:1:63:47:2:1 chr16 57950057 . G A 715.08 PASS AF=0.514706;AO=69;DP=136;FAO=70;FDP=136;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0173523;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.476;QD=21.0319;RBI=0.0181326;REFB=0.00502185;REVB=0.00526216;RO=65;SAF=33;SAR=36;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00118211;STB=0.50042;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.00422028;OID=.;OPOS=57950057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:65:66:69:70:0.514706:36:33:31:34:36:34:32:34 chr16 57996932 . G A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0133599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.906;QD=13.753;RBI=0.0307298;REFB=-0.00262107;REVB=0.0276737;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204049;STB=0.627084;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00200441;OID=.;OPOS=57996932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:8:7:6:16:8:7:6:17 chr16 57996960 . C T 538.38 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.709;QD=59.8202;RBI=0.128745;REFB=0;REVB=0.0186149;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000688792;OID=.;OPOS=57996960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr16 58019396 . G A 625.24 PASS AF=0.57732;AO=56;DP=97;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=40;FWDB=0.0252956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.943;QD=25.7832;RBI=0.0269283;REFB=-0.00242183;REVB=-0.00923418;RO=39;SAF=8;SAR=48;SRF=1;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212699;STB=0.619684;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00153661;OID=.;OPOS=58019396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:39:41:56:56:0.57732:48:8:1:38:48:8:1:40 chr16 58030634 . C T 308.57 PASS AF=0.5;AO=31;DP=64;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0106203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.124;QD=18.7011;RBI=0.0106966;REFB=-0.00102551;REVB=-0.00127563;RO=32;SAF=9;SAR=22;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261843;STB=0.662618;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00091249;OID=.;OPOS=58030634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:32:33:31:33:0.5:22:9:18:14:24:9:19:14 chr16 58079165 . G A 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0122224;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.766;QD=26.5717;RBI=0.0129859;REFB=-0.00437828;REVB=0.0043872;RO=3;SAF=8;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286464;STB=0.507678;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00117447;OID=.;OPOS=58079165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:3:4:11:11:0.733333:3:8:2:1:3:8:3:1 chr16 58080009 . C T 294.49 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0811222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4742;QD=28.0468;RBI=0.125251;REFB=0.0199858;REVB=0.0954303;RO=16;SAF=4;SAR=22;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2879;STB=0.661059;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00821045;OID=.;OPOS=58080009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:22:4:7:9:22:4:7:9 chr16 58191966 . C T 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0985;QD=58.418;RBI=0.0604456;REFB=0;REVB=0.05539;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317152;OID=.;OPOS=58191966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr16 58327646 . A G 373.1 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.0024232;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7673;QD=14.4892;RBI=0.0350256;REFB=-0.0248209;REVB=-0.0349416;RO=59;SAF=25;SAR=18;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00539861;STB=0.50116;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0279386;OID=.;OPOS=58327646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:60:43:43:0.417476:18:25:34:25:18:25:35:25 chr16 58540531 . A G 1292.72 PASS AF=1;AO=34;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0498459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.316;QD=60.834;RBI=0.0499544;REFB=0;REVB=0.00328987;RO=0;SAF=28;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71493e-05;OID=.;OPOS=58540531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:34:85:1:6:28:0:0:36:49:0:0 chr16 58542901 . G A 1505.06 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.941;QD=59.6063;RBI=0.0722734;REFB=0;REVB=0.0515496;RO=0;SAF=68;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267896;OID=.;OPOS=58542901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:99:101:1:31:68:0:0:32:69:0:0 chr16 58545426 . A G 1749.25 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.697;QD=60.8434;RBI=0.0271878;REFB=0;REVB=0.0100555;RO=0;SAF=61;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21514e-05;OID=.;OPOS=58545426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:54:61:0:0:54:61:0:0 chr16 58552921 . G A 1029.39 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.405;QD=58.8222;RBI=0.0507741;REFB=0;REVB=0.00777875;RO=1;SAF=30;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154963;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47985e-05;OID=.;OPOS=58552921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:1:0:69:70:1:39:30:1:0:39:31:0:0 chr16 58557405 . A G 145.21 PASS AF=0.256098;AO=21;DP=83;FAO=21;FDP=82;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0011413;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.556;QD=7.08338;RBI=0.00543895;REFB=-0.00242465;REVB=0.00531786;RO=61;SAF=12;SAR=9;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234687;STB=0.641509;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00494864;OID=.;OPOS=58557405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:61:61:21:21:0.256098:9:12:23:38:9:12:23:38 chr16 58573807 . C T 573.83 PASS AF=0.472441;AO=60;DP=127;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0253685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.415;QD=18.0732;RBI=0.0253718;REFB=-0.0250822;REVB=0.000406636;RO=67;SAF=23;SAR=37;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780725;STB=0.543363;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0294077;OID=.;OPOS=58573807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:67:67:60:60:0.472441:37:23:31:36:37:23:31:36 chr16 58575489 . G A 753.87 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00734083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.069;QD=56.8955;RBI=0.00738818;REFB=0;REVB=0.000835113;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85445e-05;OID=.;OPOS=58575489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr16 58577421 . C T 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.922;QD=58.4182;RBI=0.02246;REFB=0;REVB=0.0101112;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73321e-05;OID=.;OPOS=58577421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr16 58587737 . C T 958.61 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00939352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.87;QD=57.2306;RBI=0.0212793;REFB=-0.15187;REVB=0.0190937;RO=1;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192778;STB=0.510201;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=8.76857e-05;OID=.;OPOS=58587737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:24:42:0:1:24:42:0:1 chr16 58743454 . A C 230.68 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.014913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.506;QD=14.4176;RBI=0.0210129;REFB=-0.00445967;REVB=-0.0148036;RO=37;SAF=11;SAR=16;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162799;STB=0.592524;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00587963;OID=.;OPOS=58743454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:16:11:21:16:16:11:21:16 chr16 58750604 . G A 341.95 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0433331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4551;QD=30.3957;RBI=0.0532342;REFB=0.0139824;REVB=-0.0309213;RO=16;SAF=22;SAR=7;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049099;STB=0.526864;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.0243289;OID=.;OPOS=58750604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:7:22:13:3:7:22:13:3 chr16 58757668 . A C 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.010503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.485;QD=12.2288;RBI=0.011083;REFB=-0.0137141;REVB=-0.00353826;RO=36;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0192217;OID=.;OPOS=58757668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:11:11:18:18:11:11:18:18 chr16 58757683 . A G 232.44 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00286997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=370.938;QD=12.5643;RBI=0.00771453;REFB=-0.00218348;REVB=0.00716082;RO=46;SAF=15;SAR=13;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015179;STB=0.508715;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00328797;OID=.;OPOS=58757683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:13:15:24:22:13:15:24:22 chr16 58804449 . T C 173.88 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.068997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7878;QD=19.3203;RBI=0.0693144;REFB=0.0128449;REVB=-0.00662615;RO=18;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0157348;OID=.;OPOS=58804449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:6:12:12:6:6:12:12:6 chr16 62055149 . C T 159.67 PASS AF=0.231481;AO=25;DP=108;FAO=25;FDP=108;FR=.;FRO=83;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.00142535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.637;QD=5.91362;RBI=0.00554532;REFB=-0.00172569;REVB=-0.00535901;RO=79;SAF=11;SAR=14;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197403;STB=0.513847;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00487255;OID=.;OPOS=62055149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:79:83:25:25:0.231481:14:11:36:43:14:11:38:45 chr16 64980818 . C T 1176.13 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000819945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.193;QD=59.5509;RBI=0.0270348;REFB=-0.137077;REVB=0.0270224;RO=0;SAF=51;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000302914;OID=.;OPOS=64980818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:27:51:0:0:27:51:1:0 chr16 65016087 . A C 1556.31 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0827716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7785;QD=59.858;RBI=0.0848914;REFB=0;REVB=0.0188523;RO=0;SAF=24;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000675492;OID=.;OPOS=65016087;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:80:24:0:0:80:24:0:0 chr16 65022234 . C T 334.32 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00427436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3016;QD=16.7161;RBI=0.026137;REFB=-0.015819;REVB=-0.0257851;RO=44;SAF=15;SAR=21;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152113;STB=0.508542;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0189307;OID=.;OPOS=65022234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:21:15:19:25:21:15:19:25 chr16 66420885 . C T 356.52 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00106228;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1388;QD=16.0232;RBI=0.0127452;REFB=-0.00404453;REVB=0.0127009;RO=51;SAF=11;SAR=27;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119078;STB=0.567421;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00601945;OID=.;OPOS=66420885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:51:51:38:38:0.426966:27:11:20:31:27:11:20:31 chr16 66432423 . TC CT 247.3 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0105279;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=2;MLLD=145.646;QD=17.9852;RBI=0.0115834;REFB=-0.0120217;REVB=-0.00483101;RO=28;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481927;STB=0.527007;STBP=0.684;TYPE=mnp;VARB=0.0117771;OID=.;OPOS=66432423;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:28:28:27:27:0.490909:14:13:12:16:14:13:12:16 chr16 66436722 . G A 173.01 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0118441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.335;QD=11.3452;RBI=0.0133868;REFB=-0.0234889;REVB=0.00623881;RO=39;SAF=17;SAR=5;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180355;STB=0.6059;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0211048;OID=.;OPOS=66436722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:5:17:25:14:5:17:25:14 chr16 66436882 . GCCCCCCCT GCCCCCCT,GCCCCCCTC 756.63 PASS AF=0.972093,0.027907;AO=70,18;DP=217;FAO=209,6;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=110,0;FSAR=99,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.790078,0.0213044;FXX=0.00462942;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=5.33462,55.2018;QD=14.0768;RBI=0.818633,0.0463942;REFB=0.0516486,-0.02503;REVB=0.214329,0.0412134;RO=81;SAF=33,0;SAR=37,18;SRF=59;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.246817,-0.807458;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0141387,0.0383625;OID=.,.;OPOS=66436883,66436889;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCCCCCT,GCCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.972093,0.027907:70,18:217:209,6:215:0:110,0:99,6:0:0:6:81:33,0:37,18:59:22 chr16 66519419 . G A 475.54 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.00289071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.805;QD=19.2137;RBI=0.0138587;REFB=-0.00382092;REVB=0.0135539;RO=52;SAF=31;SAR=16;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261817;STB=0.645771;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00250105;OID=.;OPOS=66519419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:52:52:47:47:0.474747:16:31:20:32:16:31:20:32 chr16 66583994 . G C 119.62 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0169613;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.288;QD=6.73887;RBI=0.0182205;REFB=-0.0121455;REVB=-0.00665601;RO=51;SAF=10;SAR=8;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404024;STB=0.522268;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0329532;OID=.;OPOS=66583994;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:51:53:18:18:0.253521:8:10:30:21:8:10:31:22 chr16 66584002 . T C 272.54 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0667885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2766;QD=12.5306;RBI=0.0944174;REFB=-0.0240269;REVB=-0.0667378;RO=55;SAF=21;SAR=11;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667943;STB=0.538437;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0216639;OID=.;OPOS=66584002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:32:32:0.367816:11:21:33:22:11:21:33:22 chr16 66600479 . G A 178.86 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.117737;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.693;QD=16.2601;RBI=0.118434;REFB=-0.0282368;REVB=-0.0128366;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17303;STB=0.584299;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0285206;OID=.;OPOS=66600479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:25:25:18:19:0.431818:8:10:18:7:8:11:18:7 chr16 66614008 . T C 257.42 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0139483;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6524;QD=13.5482;RBI=0.0403876;REFB=-0.0066364;REVB=0.0379026;RO=46;SAF=10;SAR=20;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228178;STB=0.630542;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0120084;OID=.;OPOS=66614008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:46:46:30:30:0.394737:20:10:25:21:20:10:25:21 chr16 66621857 . C T 87.22 PASS AF=0.189873;AO=15;DP=79;FAO=15;FDP=79;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=0.0182733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0758;QD=4.41614;RBI=0.0278907;REFB=-0.0070155;REVB=-0.0210708;RO=64;SAF=4;SAR=11;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432434;STB=0.775297;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0193837;OID=.;OPOS=66621857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:79:79:64:64:15:15:0.189873:11:4:40:24:11:4:40:24 chr16 66765067 . G A 414.48 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00782114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.127;QD=21.8145;RBI=0.00802325;REFB=-0.0322051;REVB=0.00178951;RO=35;SAF=23;SAR=18;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086889;STB=0.547948;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0260345;OID=.;OPOS=66765067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:18:23:16:19:18:23:16:19 chr16 66792714 . T C 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0832349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6152;QD=11.4382;RBI=0.0874165;REFB=-0.0281425;REVB=-0.0267133;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103585;STB=0.562357;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0483423;OID=.;OPOS=66792714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:6:8:6:3:6:8 chr16 66812797 . C T 224.62 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0772135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.031;QD=13.0213;RBI=0.0785429;REFB=-0.00986729;REVB=0.0143901;RO=41;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319583;STB=0.509797;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0162411;OID=.;OPOS=66812797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:42:27:27:0.391304:15:12:17:24:15:12:18:24 chr16 66819779 . GA G 66.23 PASS AF=0.318182;AO=23;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.156871;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.8933;QD=4.01363;RBI=0.182058;REFB=-0.0443417;REVB=-0.0923936;RO=38;SAF=7;SAR=16;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0.38209;SSSB=-0.222751;STB=0.688803;STBP=0.055;TYPE=del;VARB=0.042414;OID=.;OPOS=66819780;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:23:66:21:66:45:5:16:22:23:66:38:7:16:19:19 chr16 66847469 . G A 91.84 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00659777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.235;QD=8.74629;RBI=0.00878936;REFB=-0.00723835;REVB=-0.00580708;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171304;STB=0.599829;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00780313;OID=.;OPOS=66847469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:25:30:12:12:0.285714:4:8:13:12:4:8:16:14 chr16 66851305 . ATTTTTTTT ATTTTTTT,ATTTTTTTA 30.09 PASS AF=0.168317,0;AO=25,4;DP=100;FAO=17,0;FDP=101;FR=.;FRO=84;FSAF=5,0;FSAR=12,0;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=-0.245183,-0.166291;FXX=0.0194156;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.06202,11.1299;QD=1.19171;RBI=0.245836,0.180755;REFB=-0.0746398,-0.0581968;REVB=0.0179049,0.0708501;RO=44;SAF=18,4;SAR=7,0;SRF=20;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.304615,0.573219;STB=0.725767,0.5;STBP=0.046,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0408406,-0.0248332;OID=.,.;OPOS=66851306,66851313;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTTTTT,ATTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.168317,0:25,4:100:17,0:101:84:5,0:12,0:48:36:31:44:18,4:7,0:20:24 chr16 66919929 . G C 282.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0122117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.551;QD=22.5825;RBI=0.037393;REFB=-0.00245794;REVB=-0.0353427;RO=24;SAF=18;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141922;STB=0.579597;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00258981;OID=.;OPOS=66919929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:8:18:13:11:8:18:13:11 chr16 66920510 . A G 351.18 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0135117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.711;QD=23.412;RBI=0.0248932;REFB=-0.00211724;REVB=-0.0209071;RO=25;SAF=22;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204924;STB=0.612807;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.000865131;OID=.;OPOS=66920510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:13:22:9:16:13:22:9:16 chr16 66920949 . G A 597.69 PASS AF=0.535714;AO=59;DP=111;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.000901647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5455;QD=21.346;RBI=0.00340333;REFB=-0.0179162;REVB=0.00328172;RO=51;SAF=25;SAR=34;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00659791;STB=0.512191;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.021793;OID=.;OPOS=66920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:51:52:59:60:0.535714:34:25:22:29:35:25:23:29 chr16 66948130 . G A 276.73 PASS AF=0.34;AO=34;DP=101;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.000954447;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.758;QD=11.0692;RBI=0.0287499;REFB=-0.00456526;REVB=-0.0287341;RO=66;SAF=19;SAR=15;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501306;STB=0.529011;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0075732;OID=.;OPOS=66948130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:66:66:34:34:0.34:15:19:34:32:15:19:34:32 chr16 67006838 . G A 311.33 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.014336;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.872;QD=28.9607;RBI=0.0154927;REFB=-0.0314658;REVB=-0.00587411;RO=16;SAF=14;SAR=13;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11505;STB=0.563212;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0171926;OID=.;OPOS=67006838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:16:16:27:27:0.627907:13:14:11:5:13:14:11:5 chr16 67210323 . AG A 35.17 PASS AF=0.169355;AO=29;DP=123;FAO=21;FDP=124;FR=.;FRO=103;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=70;FSRR=33;FWDB=-0.166072;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.8054;QD=1.13466;RBI=0.171934;REFB=-0.0564687;REVB=-0.0445122;RO=90;SAF=27;SAR=2;SRF=59;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0.355556;SSSB=0.528744;STB=0.71029;STBP=0.058;TYPE=del;VARB=0.125954;OID=.;OPOS=67210324;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.169355:29:123:21:124:103:18:3:70:33:35:90:27:2:59:31 chr16 67214174 . G A 239.92 PASS AF=0.300885;AO=34;DP=113;FAO=34;FDP=113;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=-0.00931959;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7352;QD=8.49257;RBI=0.0122799;REFB=-0.0467749;REVB=0.00799631;RO=79;SAF=18;SAR=16;SRF=50;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125212;STB=0.573193;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0729159;OID=.;OPOS=67214174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:79:79:34:34:0.300885:16:18:50:29:16:18:50:29 chr16 67229793 . ACAG A 209.56 PASS AF=0.689655;AO=15;DP=27;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0381722;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=143.748;QD=28.9041;RBI=0.0389258;REFB=-0.149058;REVB=0.0076226;RO=9;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149138;STB=0.517224;STBP=0.803;TYPE=del;VARB=0.0559707;OID=.;OPOS=67229794;OREF=CAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.689655:15:27:20:29:9:10:10:5:4:63:9:8:7:5:4 chr16 67235892 . G T 97.04 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=20;FWDB=0.0367324;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.501;QD=11.7623;RBI=0.0371217;REFB=-0.00610411;REVB=0.0053626;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420133;STB=0.736577;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00919503;OID=.;OPOS=67235892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:33:33:21:21:12:12:0.363636:8:4:1:20:8:4:1:20 chr16 67236286 . C CA 171.54 PASS AF=0.585366;AO=5;DP=43;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00810099;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.762;QD=16.7357;RBI=0.018224;REFB=-0.0417127;REVB=0.0163245;RO=38;SAF=4;SAR=1;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134347;STB=0.547132;STBP=0.535;TYPE=ins;VARB=0.0307475;OID=.;OPOS=67236287;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.585366:5:43:24:41:17:16:8:13:4:99:38:4:1:27:11 chr16 67236287 . C A 182.01 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.00461486;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=213.662;QD=16.5466;RBI=0.0708377;REFB=-0.00909094;REVB=0.0706872;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191956;STB=0.608592;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00884782;OID=.;OPOS=67236287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:7:12:20:5:7:12:20:5 chr16 67265599 . C T 31.07 PASS AF=0.0803571;AO=9;DP=112;FAO=9;FDP=112;FR=.;FRO=103;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=0.000401165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.797;QD=1.10966;RBI=0.0355223;REFB=-0.00276948;REVB=-0.03552;RO=102;SAF=6;SAR=3;SRF=56;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134883;STB=0.617017;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0314152;OID=.;OPOS=67265599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:112:112:102:103:9:9:0.0803571:3:6:56:46:3:6:56:47 chr16 67270900 . C T 193.28 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00196834;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=149.426;QD=12.0798;RBI=0.00477636;REFB=-0.0259952;REVB=-0.00435193;RO=40;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117821;STB=0.568006;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0347545;OID=.;OPOS=67270900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:10:14:19:21:10:14:19:21 chr16 67293784 . C T 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00811396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.174;QD=8.12763;RBI=0.0240949;REFB=0.00428117;REVB=-0.0226876;RO=29;SAF=7;SAR=4;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694491;STB=0.542638;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.014733;OID=.;OPOS=67293784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:4:7:20:9:4:7:20:9 chr16 67319274 . C T 332.76 PASS AF=0.269231;AO=46;DP=180;FAO=49;FDP=182;FR=.;FRO=133;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=60;FSRR=73;FWDB=0.097738;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.0478;QD=7.31347;RBI=0.156846;REFB=-0.0169902;REVB=0.12267;RO=134;SAF=23;SAR=23;SRF=60;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651149;STB=0.513411;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0406717;OID=.;OPOS=67319274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:182:134:133:46:49:0.269231:23:23:60:74:26:23:60:73 chr16 67321852 . G A 188.49 PASS AF=0.205298;AO=30;DP=150;FAO=31;FDP=151;FR=.;FRO=120;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=80;FWDB=-0.0160307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.826;QD=4.99304;RBI=0.0164749;REFB=-0.00201555;REVB=0.0037998;RO=119;SAF=10;SAR=20;SRF=40;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00400922;STB=0.518856;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00846023;OID=.;OPOS=67321852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:119:120:30:31:0.205298:20:10:40:79:20:11:40:80 chr16 67428400 . C T 55.71 PASS AF=0.144737;AO=11;DP=76;FAO=11;FDP=76;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=0.0196348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.696;QD=2.93203;RBI=0.0398158;REFB=-0.00192198;REVB=-0.0346377;RO=63;SAF=10;SAR=1;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472515;STB=0.837963;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0228898;OID=.;OPOS=67428400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:76:76:63:65:11:11:0.144737:1:10:38:25:1:10:40:25 chr16 67691171 . GT AG,AT 150.89 PASS AF=0,0.34;AO=2,14;DP=50;FAO=0,17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=0,3;FSAR=0,14;FSRF=4;FSRR=29;FWDB=-0.0396246,-0.0272449;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=104.447,159.981;QD=12.0711;RBI=0.0418,0.0281216;REFB=0.00541333,-0.00613943;REVB=-0.0133088,0.006967;RO=33;SAF=2,1;SAR=0,13;SRF=4;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.710519,-0.17267;STB=0.5,0.568209;STBP=1,0.614;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.00965855;OID=.,.;OPOS=67691171,67691171;OREF=GT,G;OALT=AG,A;OMAPALT=AG,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:50:50:33:33:2,14:0,17:0,0.34:0,13:2,1:4:29:0,14:0,3:4:29 chr16 67691668 . A G 352.89 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0941495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.722;QD=26.1399;RBI=0.0963441;REFB=-0.0190438;REVB=-0.0204464;RO=20;SAF=14;SAR=20;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793357;STB=0.543354;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0124811;OID=.;OPOS=67691668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:20:14:6:14:20:14:6:14 chr16 67709568 . G A 125.45 PASS AF=0.240506;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.01173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.742;QD=6.35201;RBI=0.0303501;REFB=-0.00337799;REVB=-0.0279917;RO=60;SAF=11;SAR=8;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00555522;STB=0.503416;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0143835;OID=.;OPOS=67709568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:60:60:19:19:0.240506:8:11:35:25:8:11:35:25 chr16 67760134 . GGA G 54.12 PASS AF=0.375;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0912974;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=200.081;QD=9.02064;RBI=0.091303;REFB=-0.0530948;REVB=0.00101155;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0.312661;SSEP=0;SSSB=-0.162764;STB=0.588033;STBP=0.463;TYPE=del;VARB=0.0788183;OID=.;OPOS=67760135;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:8:21:9:24:15:3:6:7:8:54:9:3:5:5:4 chr16 67942755 . T C 192.91 PASS AF=0.273684;AO=26;DP=95;FAO=26;FDP=95;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.00644865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.586;QD=8.12248;RBI=0.0121616;REFB=-0.00928215;REVB=-0.0103111;RO=69;SAF=14;SAR=12;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729924;STB=0.543656;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0227821;OID=.;OPOS=67942755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:69:69:26:26:0.273684:12:14:33:36:12:14:33:36 chr16 67964683 . G A 66.3 PASS AF=0.36;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0192089;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3994;QD=10.6074;RBI=0.0238287;REFB=-0.0151344;REVB=-0.0141006;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00743536;STB=0.504494;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0385025;OID=.;OPOS=67964683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:26:25:16:16:9:9:0.36:5:4:7:9:5:4:7:9 chr16 67986221 . G A 250.1 PASS AF=0.31;AO=30;DP=99;FAO=31;FDP=100;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.00961209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.073;QD=10.0041;RBI=0.0138082;REFB=-0.00915087;REVB=0.00991338;RO=68;SAF=13;SAR=17;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00941086;STB=0.510884;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.015997;OID=.;OPOS=67986221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:68:69:30:31:0.31:17:13:30:38:18:13:30:39 chr16 68025801 . G C 677.01 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5181;QD=60.1783;RBI=0.0288839;REFB=0.0438375;REVB=-0.0248644;RO=1;SAF=28;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164792;STB=0.508471;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.000929302;OID=.;OPOS=68025801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:15:28:1:0:15:29:1:0 chr16 68026992 . C CG 56.24 PASS AF=0.409091;AO=6;DP=24;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0134125;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=60.354;QD=10.226;RBI=0.0235871;REFB=0.000709406;REVB=-0.0194025;RO=17;SAF=6;SAR=0;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.745554;STB=0.84619;STBP=0.019;TYPE=ins;VARB=-0.0202926;OID=.;OPOS=68026993;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:6:24:9:22:13:8:1:5:8:56:17:6:0:7:10 chr16 68057096 . T C 769.41 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0501834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.231;QD=56.9936;RBI=0.0503075;REFB=0;REVB=-0.00353095;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000437226;OID=.;OPOS=68057096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr16 68344363 . A C 592.57 PASS AF=0.488;AO=61;DP=125;FAO=61;FDP=125;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0444751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.021;QD=18.9623;RBI=0.0446842;REFB=-0.0063895;REVB=-0.00431826;RO=64;SAF=26;SAR=35;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338918;STB=0.518732;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0107548;OID=.;OPOS=68344363;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:64:64:61:61:0.488:35:26:25:39:35:26:25:39 chr16 68344696 . C T 494.6 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0252109;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.752;QD=22.7401;RBI=0.0253693;REFB=-0.0147233;REVB=0.00283049;RO=39;SAF=20;SAR=27;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936883;STB=0.546108;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0044307;OID=.;OPOS=68344696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:39:40:47:47:0.54023:27:20:21:18:27:20:21:19 chr16 68381516 . G A 223.94 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00384813;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.265;QD=12.6163;RBI=0.0181821;REFB=-0.000651668;REVB=-0.0177702;RO=44;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444587;STB=0.525529;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.000468017;OID=.;OPOS=68381516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:44:44:27:27:0.380282:13:14:21:23:13:14:21:23 chr16 68387457 . C T 200.12 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.006848;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.014;QD=15.1035;RBI=0.020864;REFB=-0.00810089;REVB=-0.0197082;RO=29;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229999;STB=0.52468;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00698579;OID=.;OPOS=68387457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:30:23:23:0.433962:9:14:17:12:9:14:17:13 chr16 68389772 . C T 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=-0.0210646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.694;QD=16.6157;RBI=0.0262;REFB=-0.0264113;REVB=-0.0155795;RO=20;SAF=4;SAR=13;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202795;STB=0.576662;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0335776;OID=.;OPOS=68389772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:13:4:2:18:13:4:3:18 chr16 68398924 . C T 154.94 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0514551;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.112;QD=13.4727;RBI=0.0524721;REFB=-0.0309688;REVB=-0.0102809;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872883;STB=0.550961;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0360452;OID=.;OPOS=68398924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:9:8:16:13:9:8:16:13 chr16 68569440 . T G 1139.07 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0218141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.261;QD=59.1723;RBI=0.022658;REFB=-0.106041;REVB=0.00612632;RO=1;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114027;STB=0.506023;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000885062;OID=.;OPOS=68569440;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:41:35:0:1:41:35:0:1 chr16 68569459 . T C 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.09;QD=61.0492;RBI=0.0200508;REFB=0;REVB=0.0141315;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1793e-08;OID=.;OPOS=68569459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr16 68598007 . A G 740.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8686;QD=56.9508;RBI=0.0311655;REFB=0;REVB=0.0290113;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219221;OID=.;OPOS=68598007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr16 68599072 . A G 309.44 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00907099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.455;QD=16.0749;RBI=0.100417;REFB=-0.0153171;REVB=0.100007;RO=43;SAF=23;SAR=11;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785634;STB=0.544352;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0267179;OID=.;OPOS=68599072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:11:23:26:17:11:23:26:17 chr16 68713730 . G A 408.35 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0042069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.806;QD=20.4176;RBI=0.00995895;REFB=-0.00833212;REVB=0.00902677;RO=39;SAF=23;SAR=18;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200445;STB=0.511106;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00657648;OID=.;OPOS=68713730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:18:23:21:18:18:23:21:18 chr16 68713823 . C A 453.49 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0618909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8668;QD=19.7167;RBI=0.0621278;REFB=0.00320619;REVB=-0.00542018;RO=46;SAF=24;SAR=21;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693802;STB=0.543173;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00331527;OID=.;OPOS=68713823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:47:45:45:0.48913:21:24:28:18:21:24:29:18 chr16 68732049 . A C 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0565146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.168;QD=10.6681;RBI=0.0582062;REFB=-0.0147125;REVB=-0.0139309;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108084;STB=0.565086;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0248121;OID=.;OPOS=68732049;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:9:9:6:4:9:9 chr16 68732305 . C T 43.19 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0223343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.432;QD=6.17059;RBI=0.0269158;REFB=-0.0139985;REVB=-0.0150212;RO=21;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647997;STB=0.542045;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0536274;OID=.;OPOS=68732305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:2:5:14:7:2:5:14:7 chr16 68845648 . C T 332.16 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0169352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0216;QD=13.84;RBI=0.0196844;REFB=-0.00896966;REVB=-0.0100338;RO=59;SAF=24;SAR=13;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640095;STB=0.536536;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0138461;OID=.;OPOS=68845648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:59:59:37:37:0.385417:13:24:35:24:13:24:35:24 chr16 68857441 . T C 857.42 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000493399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.793;QD=57.1616;RBI=0.0232263;REFB=0;REVB=0.0232211;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179514;OID=.;OPOS=68857441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:34:24:0:0:36:24:0:0 chr16 68862165 . C T 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.01398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.252;QD=18.1541;RBI=0.013983;REFB=0.00378017;REVB=-0.000291309;RO=25;SAF=13;SAR=8;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149733;STB=0.5844;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00397398;OID=.;OPOS=68862165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:8:13:19:6:8:13:19:6 chr16 68868522 . T C 1605.35 PASS AF=0.964912;AO=110;DP=114;FAO=110;FDP=114;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0704269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.1544;QD=56.3281;RBI=0.0818128;REFB=-0.0752753;REVB=0.041634;RO=0;SAF=50;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49535e-08;STB=0.510431;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00177666;OID=.;OPOS=68868522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:114:114:0:4:110:110:0.964912:60:50:0:0:60:50:3:1 chr16 68869449 . A G 526.88 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.489;QD=56.9594;RBI=0.0301057;REFB=-0.0389116;REVB=-0.00943871;RO=1;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283378;STB=0.515143;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000193556;OID=.;OPOS=68869449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:1:1:35:36:0.972973:16:19:0:1:16:20:0:1 chr16 68893953 . T C 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0370243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.283;QD=11.5764;RBI=0.0370749;REFB=-0.00150828;REVB=0.00193667;RO=39;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00123247;STB=0.506324;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00308265;OID=.;OPOS=68893953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:40:23:23:0.365079:13:10:17:22:13:10:17:23 chr16 68919559 . T C 276.01 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.0114427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.217;QD=13.3017;RBI=0.0155869;REFB=-0.0155454;REVB=-0.0105837;RO=51;SAF=10;SAR=22;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494007;STB=0.528284;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0386865;OID=.;OPOS=68919559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:22:10:18:33:22:10:18:33 chr16 69008037 . C T 336.66 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.000619532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7828;QD=17.2644;RBI=0.0371717;REFB=0.00417596;REVB=-0.0371665;RO=42;SAF=14;SAR=22;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396746;STB=0.522243;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00575415;OID=.;OPOS=69008037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:22:14:18:24:22:14:18:24 chr16 69143577 . A G 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00106623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.624;QD=17.8004;RBI=0.00252668;REFB=-0.00523264;REVB=-0.00229069;RO=24;SAF=4;SAR=16;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374184;STB=0.715552;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00253599;OID=.;OPOS=69143577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:16:4:13:11:16:4:13:11 chr16 69199308 . G T 117.7 PASS AF=0.24;AO=18;DP=75;FAO=18;FDP=75;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=-0.00731276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.194;QD=6.27744;RBI=0.0133892;REFB=-0.00380014;REVB=-0.0112158;RO=57;SAF=8;SAR=10;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270791;STB=0.664571;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.011996;OID=.;OPOS=69199308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:57:57:18:18:0.24:10:8:38:19:10:8:38:19 chr16 69338336 . GT G 49.55 PASS AF=0.208696;AO=29;DP=115;FAO=24;FDP=115;FR=.;FRO=91;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=-0.0456777;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.8637;QD=1.72336;RBI=0.0498125;REFB=-0.0237813;REVB=0.0198704;RO=79;SAF=14;SAR=15;SRF=49;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167964;STB=0.573853;STBP=0.462;TYPE=del;VARB=0.0102502;OID=.;OPOS=69338337;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.208696:29:115:24:115:91:12:12:54:37:49:79:14:15:49:30 chr16 69355040 . A G 485.26 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0446007;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.255;QD=21.3301;RBI=0.0457176;REFB=-0.0160933;REVB=0.0100436;RO=42;SAF=25;SAR=22;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135033;STB=0.51764;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.014002;OID=.;OPOS=69355040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:42:44:47:47:0.516484:22:25:23:19:22:25:25:19 chr16 69377433 . G A 213.28 PASS AF=0.284314;AO=29;DP=102;FAO=29;FDP=102;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=25;FWDB=-0.00380648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.595;QD=8.36383;RBI=0.0140087;REFB=-0.000974433;REVB=-0.0134817;RO=73;SAF=16;SAR=13;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131779;STB=0.577726;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00255576;OID=.;OPOS=69377433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:73:73:29:29:0.284314:13:16:48:25:13:16:48:25 chr16 69499731 . T C 228.91 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0127179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.402;QD=16.064;RBI=0.0296387;REFB=0.000525451;REVB=-0.0267714;RO=31;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592558;STB=0.53349;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.000496506;OID=.;OPOS=69499731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:11:15:16:15:11:15:16:15 chr16 69704121 . AC ACTG,TG 379.11 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=21,3;DP=29;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11,2;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190725,0.00465844;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=2,2;MLLD=228.99,132.19;QD=54.1587;RBI=0.04848,0.0362417;REFB=0,0;REVB=0.0445707,0.0359411;RO=3;SAF=10,2;SAR=11,1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.11042,0.483116;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00642936,-0.0174454;OID=.,.;OPOS=69704123,69704121;OREF=-,AC;OALT=TG,TG;OMAPALT=ACTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:28:3:0:21,3:26,2:0.928571,0.0714286:11,1:10,2:0:3:15,0:11,2:0:0 chr16 69733267 . G A 607.85 PASS AF=0.446809;AO=63;DP=144;FAO=63;FDP=141;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=0.0136557;FXX=0.0275843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.422;QD=17.244;RBI=0.0382672;REFB=-0.00937482;REVB=-0.0357477;RO=76;SAF=36;SAR=27;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147312;STB=0.581792;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0117657;OID=.;OPOS=69733267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:141:76:78:63:63:0.446809:27:36:32:44:27:36:33:45 chr16 69733460 . G A 1576.4 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00134254;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5225;QD=60.0535;RBI=0.0240761;REFB=0;REVB=-0.0240386;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184419;OID=.;OPOS=69733460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:48:57:0:0:48:57:0:0 chr16 69733665 . T G 321.59 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0146176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.469;QD=16.4919;RBI=0.0152281;REFB=-0.009919;REVB=-0.00426857;RO=42;SAF=18;SAR=17;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106238;STB=0.552602;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0202331;OID=.;OPOS=69733665;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:17:18:17:25:17:18:18:25 chr16 69735271 . T A 2080.22 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.37;QD=62.563;RBI=0.065565;REFB=0;REVB=0.0548226;RO=0;SAF=77;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.88062e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127363;OID=.;OPOS=69735271;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:56:77:0:0:56:77:0:0 chr16 69736851 . G A 95.08 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00551687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3971;QD=11.1858;RBI=0.0856656;REFB=0.0251018;REVB=-0.0854878;RO=22;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199825;STB=0.620474;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.0239001;OID=.;OPOS=69736851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:9:3:9:13:9:3:9:13 chr16 69745145 . G A 226.7 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00507221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.588;QD=21.0884;RBI=0.00672048;REFB=-0.0152313;REVB=-0.0044088;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127519;STB=0.558087;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00927833;OID=.;OPOS=69745145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:21:22:22:0.511628:11:11:7:13:11:11:8:13 chr16 69963355 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.929;QD=57.6807;RBI=0.0298232;REFB=0;REVB=0.0157911;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79959e-05;OID=.;OPOS=69963355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr16 69963403 . G A 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.000487028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.194;QD=17.7314;RBI=0.0267841;REFB=-0.00455427;REVB=-0.0267796;RO=19;SAF=15;SAR=2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413501;STB=0.742227;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00177521;OID=.;OPOS=69963403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:2:15:11:8:2:15:11:8 chr16 69967897 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.019;QD=56.9381;RBI=0.0289541;REFB=0;REVB=-0.0158547;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02902e-05;OID=.;OPOS=69967897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr16 69970329 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.807;QD=62.9827;RBI=0.0212159;REFB=0;REVB=0.0204998;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128454;OID=.;OPOS=69970329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr16 69973297 . C T 568.32 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=112;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0109136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.747;QD=20.2972;RBI=0.0112335;REFB=-0.0121259;REVB=0.00266176;RO=54;SAF=31;SAR=27;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185602;STB=0.51022;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00933965;OID=.;OPOS=69973297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:54:54:58:58:0.517857:27:31:30:24:27:31:30:24 chr16 69988373 . T C 766.41 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2953;QD=63.8674;RBI=0.0476584;REFB=0;REVB=0.0296287;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.37526e-05;OID=.;OPOS=69988373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr16 70010589 . T C 405.63 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=41;FWDB=0.00990447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9164;QD=17.2608;RBI=0.0390082;REFB=-0.0122715;REVB=0.0377298;RO=52;SAF=10;SAR=32;SRF=11;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369943;STB=0.520675;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0134965;OID=.;OPOS=70010589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:32:10:11:41:32:10:11:41 chr16 70010610 . C T 451.08 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=44;FWDB=0.0178355;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.709;QD=15.9673;RBI=0.0275152;REFB=-0.00769807;REVB=-0.0209519;RO=63;SAF=13;SAR=37;SRF=19;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521922;STB=0.529268;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00910891;OID=.;OPOS=70010610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:63:63:50:50:0.442478:37:13:19:44:37:13:19:44 chr16 70016573 . G A 2467.58 PASS AF=0.993865;AO=161;DP=163;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0290708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.687;QD=60.5541;RBI=0.0440717;REFB=0.0137253;REVB=0.033124;RO=2;SAF=72;SAR=89;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105716;STB=0.502762;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.000107274;OID=.;OPOS=70016573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:163:2:1:161:162:0.993865:89:72:0:2:90:72:0:1 chr16 70064261 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.913;QD=39.2068;RBI=0.0184308;REFB=0;REVB=0.00726239;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000383172;OID=.;OPOS=70064261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr16 70161263 . T C 282.18 PASS AF=0.641026;AO=24;DP=38;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0155726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.682;QD=28.9415;RBI=0.0161117;REFB=-0.0160352;REVB=0.00413276;RO=14;SAF=17;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336256;STB=0.668601;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0102508;OID=.;OPOS=70161263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:14:14:24:25:0.641026:7:17:3:11:8:17:3:11 chr16 70164334 . A G 190.1 PASS AF=0.120283;AO=48;DP=423;FAO=51;FDP=424;FR=.;FRO=373;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=206;FSRR=167;FWDB=-0.00346477;FXX=0.00235289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.44;QD=1.79336;RBI=0.00681898;REFB=-0.00320334;REVB=-0.00587315;RO=373;SAF=24;SAR=24;SRF=206;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655951;STB=0.537421;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0250154;OID=.;OPOS=70164334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:423:424:373:373:48:51:0.120283:24:24:206:167:25:26:206:167 chr16 70165914 . T C 636.88 PASS AF=0.592233;AO=61;DP=103;FAO=61;FDP=103;FR=.;FRO=42;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.021957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.601;QD=24.7332;RBI=0.023391;REFB=-0.0217767;REVB=0.00806413;RO=42;SAF=38;SAR=23;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130889;STB=0.571405;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0256779;OID=.;OPOS=70165914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:42:42:61:61:0.592233:23:38:19:23:23:38:19:23 chr16 70170222 . G T 244.33 PASS AF=0.145946;AO=54;DP=370;FAO=54;FDP=370;FR=.;FRO=316;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=147;FSRR=169;FWDB=-0.0284615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.425;QD=2.64138;RBI=0.028773;REFB=-0.00196824;REVB=-0.00422257;RO=316;SAF=35;SAR=19;SRF=147;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234725;STB=0.655452;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.011101;OID=.;OPOS=70170222;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:370:370:316:316:54:54:0.145946:19:35:147:169:19:35:147:169 chr16 70182375 . T C 156.16 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0306674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.226;QD=9.46408;RBI=0.0327061;REFB=-0.0241678;REVB=-0.0113665;RO=45;SAF=5;SAR=16;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361073;STB=0.714731;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0254223;OID=.;OPOS=70182375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:16:5:24:21:16:5:24:21 chr16 70182390 . T G 211.38 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0111955;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.345;QD=11.9089;RBI=0.0423721;REFB=-0.0118584;REVB=0.0408663;RO=44;SAF=5;SAR=21;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341621;STB=0.72027;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0202475;OID=.;OPOS=70182390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:44:45:26:26:0.366197:21:5:20:24:21:5:22:23 chr16 70190401 . C T 311.99 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.012556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.994;QD=29.7135;RBI=0.012579;REFB=0.00513497;REVB=-0.000761145;RO=15;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118908;STB=0.565171;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.0033413;OID=.;OPOS=70190401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:27:27:0.642857:12:15:11:4:12:15:11:4 chr16 70191029 . T G 2811.02 PASS AF=0.747508;AO=225;DP=302;FAO=225;FDP=301;FR=.;FRO=76;FSAF=110;FSAR=115;FSRF=53;FSRR=23;FWDB=0.0009739;FXX=0.00331115;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.604;QD=37.3558;RBI=0.002717;REFB=-0.0422591;REVB=0.00253646;RO=74;SAF=110;SAR=115;SRF=51;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930605;STB=0.552538;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0153842;OID=.;OPOS=70191029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:301:74:76:225:225:0.747508:115:110:51:23:115:110:53:23 chr16 70191161 . C T 1826.39 PASS AF=0.640316;AO=161;DP=252;FAO=162;FDP=253;FR=.;FRO=91;FSAF=89;FSAR=73;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.00930875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1158;QD=28.8758;RBI=0.0134084;REFB=-0.0083262;REVB=-0.00965046;RO=90;SAF=89;SAR=72;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205558;STB=0.51192;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00458738;OID=.;OPOS=70191161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:253:90:91:161:162:0.640316:72:89:47:43:73:89:47:44 chr16 70191333 . T C 2588.45 PASS AF=0.889952;AO=186;DP=210;FAO=186;FDP=209;FR=.;FRO=23;FSAF=86;FSAR=100;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0166286;FXX=0.00476168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.196;QD=49.5398;RBI=0.0250542;REFB=-0.0310089;REVB=0.0187404;RO=23;SAF=86;SAR=100;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215313;STB=0.511362;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00357269;OID=.;OPOS=70191333;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:210:209:23:23:186:186:0.889952:100:86:13:10:100:86:13:10 chr16 70191556 . G A 107.52 PASS AF=0.105085;AO=30;DP=293;FAO=31;FDP=295;FR=.;FRO=264;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=132;FSRR=132;FWDB=0.00260375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.9498;QD=1.45783;RBI=0.0203782;REFB=-0.00424719;REVB=0.0202111;RO=235;SAF=10;SAR=20;SRF=111;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176515;STB=0.660799;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0496252;OID=.;OPOS=70191556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:295:235:264:30:31:0.105085:20:10:111:124:21:10:132:132 chr16 70191566 . A G 3231.2 PASS AF=0.826389;AO=237;DP=290;FAO=238;FDP=288;FR=.;FRO=50;FSAF=112;FSAR=126;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0439482;FXX=0.00689631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7084;QD=44.8778;RBI=0.0445418;REFB=0.0164348;REVB=0.00724782;RO=50;SAF=111;SAR=126;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226278;STB=0.512314;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00365707;OID=.;OPOS=70191566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:288:50:50:237:238:0.826389:126:111:20:30:126:112:20:30 chr16 70287172 . T TG 167.85 PASS AF=1;AO=3;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.184658;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.2294;QD=33.5699;RBI=0.279964;REFB=0;REVB=-0.210431;RO=17;SAF=1;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273679;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0388964;OID=.;OPOS=70287173;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:20:20:20:0:11:9:0:0:3:17:1:2:10:7 chr16 70287177 . A G 272.47 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3687;QD=51.8998;RBI=0.105326;REFB=0;REVB=-0.0233106;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0038338;OID=.;OPOS=70287177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr16 70303580 . G A 271.37 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0329591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.846;QD=23.5975;RBI=0.0354527;REFB=-0.0237605;REVB=0.013061;RO=20;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236738;STB=0.640916;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0289631;OID=.;OPOS=70303580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:15:10:14:6:15:10:15:6 chr16 70363344 . C A 185.33 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0285273;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0777;QD=12.1527;RBI=0.0377113;REFB=-0.0229195;REVB=-0.0246645;RO=36;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499216;STB=0.525525;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0452177;OID=.;OPOS=70363344;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:38:23:23:0.377049:13:10:14:22:13:10:15:23 chr16 70395387 . C T 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0384296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.738;QD=16.7506;RBI=0.0384369;REFB=-0.0273178;REVB=-0.000745388;RO=39;SAF=20;SAR=13;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164026;STB=0.509213;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0380368;OID=.;OPOS=70395387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:13:20:23:16:13:20:23:16 chr16 70503178 . G A 454.45 PASS AF=0.30198;AO=61;DP=201;FAO=61;FDP=202;FR=.;FRO=141;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=102;FSRR=39;FWDB=0.0486723;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7621;QD=8.99906;RBI=0.0507638;REFB=-0.00582974;REVB=0.0144212;RO=129;SAF=41;SAR=20;SRF=92;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561592;STB=0.541756;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0107425;OID=.;OPOS=70503178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:129:141:61:61:0.30198:20:41:92:37:20:41:102:39 chr16 70506907 . T C 388.19 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0181816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.035;QD=21.2708;RBI=0.0237756;REFB=-0.0229378;REVB=0.0153202;RO=34;SAF=18;SAR=21;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155385;STB=0.585731;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0186391;OID=.;OPOS=70506907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:21:18:22:12:21:18:22:12 chr16 70546234 . G A 187.35 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00498563;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.586;QD=14.1399;RBI=0.00581404;REFB=-0.00934965;REVB=-0.00299108;RO=33;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947294;STB=0.554745;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0147999;OID=.;OPOS=70546234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:33:31:22:22:0.415094:10:12:15:18:10:12:14:17 chr16 70548297 . G A 1395.68 PASS AF=0.98;AO=88;DP=90;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00459799;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1534;QD=55.8272;RBI=0.111279;REFB=0.0326204;REVB=0.111184;RO=1;SAF=63;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185746;STB=0.513886;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00169309;OID=.;OPOS=70548297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:90:100:1:2:88:98:0.98:25:63:0:1:35:63:0:2 chr16 70569215 . A T 399.74 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.00368616;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.237;QD=14.2763;RBI=0.0342849;REFB=-0.0106764;REVB=-0.0340862;RO=66;SAF=22;SAR=24;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385326;STB=0.52173;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0175543;OID=.;OPOS=70569215;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:66:46:46:0.410714:24:22:34:32:24:22:34:32 chr16 70602221 . C T 452.28 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.0255709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.374;QD=14.8289;RBI=0.0554125;REFB=-0.0111211;REVB=-0.0491597;RO=71;SAF=22;SAR=29;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136344;STB=0.576622;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0188866;OID=.;OPOS=70602221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:71:71:51:51:0.418033:29:22:40:31:29:22:40:31 chr16 70680894 . TCCC GTCC,TCCG,TCC 105.31 PASS AF=0,0,0.764706;AO=2,3,6;DP=15;FAO=0,0,13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=0,0,6;FSAR=0,0,7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.171703,-0.0732506,-0.166355;FXX=0;HRUN=1,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=14.1041,13.6833,17.223;QD=24.7797;RBI=0.198388,0.0733558,0.233483;REFB=-0.0239926,0.0308181,-0.0538216;REVB=0.0993773,0.0039267,0.16383;RO=4;SAF=2,0,2;SAR=0,3,4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.687939,-0.642277,0.0648362;STB=0.5,0.5,0.550382;STBP=1,1,0.515;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0,0,0.0201355;OID=.,.,.;OPOS=70680894,70680897,70680895;OREF=TC,C,C;OALT=GT,G,-;OMAPALT=GTCC,TCCG,TCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:18:15:17:4:4:2,3,6:0,0,13:0,0,0.764706:0,3,4:2,0,2:1:3:0,0,7:0,0,6:1:3 chr16 70697713 . G A 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=0.0021768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.318;QD=7.12513;RBI=0.141064;REFB=0.00216126;REVB=0.141047;RO=18;SAF=6;SAR=1;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798903;STB=0.549867;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00377805;OID=.;OPOS=70697713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:1:6:16:2:1:6:16:2 chr16 70726795 . C A 650.07 PASS AF=0.46;AO=69;DP=151;FAO=69;FDP=150;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.0288512;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.929;QD=17.3353;RBI=0.0447302;REFB=-0.019592;REVB=0.0341819;RO=81;SAF=39;SAR=30;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105602;STB=0.558636;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0205929;OID=.;OPOS=70726795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:81:81:69:69:0.46:30:39:37:44:30:39:37:44 chr16 70796515 . G A 1751.8 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0241011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.523;QD=59.8907;RBI=0.0281718;REFB=-0.0539219;REVB=0.0145871;RO=0;SAF=57;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=1.58855e-05;OID=.;OPOS=70796515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:0:1:116:116:0.991453:59:57:0:0:59:57:0:1 chr16 70818759 . A G 1933.57 PASS AF=0.992126;AO=116;DP=117;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0278958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.552;QD=60.8999;RBI=0.0423032;REFB=-0.035902;REVB=0.0318023;RO=1;SAF=59;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825902;STB=0.503999;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000124355;OID=.;OPOS=70818759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:127:1:1:116:126:0.992126:57:59:0:1:62:64:0:1 chr16 70884524 . C G 836.64 PASS AF=0.549296;AO=78;DP=142;FAO=78;FDP=142;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.0146315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.347;QD=23.5674;RBI=0.0185486;REFB=-0.00598014;REVB=-0.0114004;RO=64;SAF=34;SAR=44;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129945;STB=0.570998;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00373246;OID=.;OPOS=70884524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:64:64:78:78:0.549296:44:34:38:26:44:34:38:26 chr16 70884534 . T A 642.2 PASS AF=0.520325;AO=64;DP=122;FAO=64;FDP=123;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.000160855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.163;QD=20.8844;RBI=0.000161785;REFB=-0.0102972;REVB=-1.73136e-05;RO=58;SAF=29;SAR=35;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144172;STB=0.582866;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00544783;OID=.;OPOS=70884534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:58:59:64:64:0.520325:35:29:36:22:35:29:37:22 chr16 70886630 . C T 522.34 PASS AF=0.515464;AO=48;DP=95;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0217796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.816;QD=21.5398;RBI=0.0240402;REFB=-0.0299603;REVB=0.0101773;RO=45;SAF=27;SAR=21;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103522;STB=0.554891;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0367771;OID=.;OPOS=70886630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:45:47:48:50:0.515464:21:27:20:25:22:28:21:26 chr16 70889147 . A G 685.96 PASS AF=0.433526;AO=75;DP=171;FAO=75;FDP=173;FR=.;FRO=98;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=0.00466952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.505;QD=15.8602;RBI=0.00551249;REFB=-0.00584547;REVB=-0.0029297;RO=96;SAF=35;SAR=40;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401951;STB=0.521733;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00817893;OID=.;OPOS=70889147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:96:98:75:75:0.433526:40:35:41:55:40:35:42:56 chr16 70894087 . T C 945.05 PASS AF=0.379791;AO=109;DP=287;FAO=109;FDP=287;FR=.;FRO=178;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=81;FSRR=97;FWDB=0.0130642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.059;QD=13.1714;RBI=0.0456372;REFB=-0.00211972;REVB=0.0437274;RO=178;SAF=45;SAR=64;SRF=81;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474252;STB=0.526744;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0037494;OID=.;OPOS=70894087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:178:178:109:109:0.379791:64:45:81:97:64:45:81:97 chr16 70896015 . GA G 272.29 PASS AF=0.356688;AO=54;DP=158;FAO=56;FDP=157;FR=.;FRO=101;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=-0.160303;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.0754;QD=6.93722;RBI=0.166849;REFB=-0.0108443;REVB=-0.0462768;RO=97;SAF=29;SAR=25;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475204;STB=0.531417;STBP=0.575;TYPE=del;VARB=0.0148804;OID=.;OPOS=70896016;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.356688:54:158:56:157:101:31:25:51:50:99:97:29:25:48:49 chr16 70896118 . A G 582.45 PASS AF=0.379888;AO=68;DP=179;FAO=68;FDP=179;FR=.;FRO=111;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=61;FWDB=-0.0344432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5948;QD=13.0156;RBI=0.0372834;REFB=-0.0102378;REVB=-0.0142729;RO=110;SAF=36;SAR=32;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816803;STB=0.548838;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0147183;OID=.;OPOS=70896118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:110:111:68:68:0.379888:32:36:50:60:32:36:50:61 chr16 70896122 . A C 588.87 PASS AF=0.393064;AO=67;DP=172;FAO=68;FDP=173;FR=.;FRO=105;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=0.012795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4242;QD=13.6155;RBI=0.0185156;REFB=-0.0167953;REVB=0.0133834;RO=105;SAF=34;SAR=33;SRF=49;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441078;STB=0.529123;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0231375;OID=.;OPOS=70896122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:105:105:67:68:0.393064:33:34:49:56:33:35:49:56 chr16 70897039 . C G 595.68 PASS AF=0.424051;AO=66;DP=158;FAO=67;FDP=158;FR=.;FRO=91;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=60;FSRR=31;FWDB=0.00727807;FXX=0.00628891;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.392;QD=15.0806;RBI=0.0193446;REFB=-0.00867375;REVB=0.0179232;RO=90;SAF=42;SAR=24;SRF=59;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215209;STB=0.511057;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0107727;OID=.;OPOS=70897039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:90:91:66:67:0.424051:24:42:59:31:24:43:60:31 chr16 70902559 . C T 1140.72 PASS AF=0.440433;AO=122;DP=276;FAO=122;FDP=277;FR=.;FRO=155;FSAF=58;FSAR=64;FSRF=73;FSRR=82;FWDB=0.00373501;FXX=0.00359699;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.208;QD=16.4725;RBI=0.0139472;REFB=-0.0153976;REVB=-0.0134377;RO=153;SAF=58;SAR=64;SRF=71;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114294;STB=0.502492;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0199445;OID=.;OPOS=70902559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:277:153:155:122:122:0.440433:64:58:71:82:64:58:73:82 chr16 70902568 . C T 1125.63 PASS AF=0.449438;AO=120;DP=269;FAO=120;FDP=267;FR=.;FRO=147;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=76;FSRR=71;FWDB=0.00398732;FXX=0.00743467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.824;QD=16.8633;RBI=0.0142583;REFB=0.00541773;REVB=-0.0136894;RO=147;SAF=58;SAR=62;SRF=76;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334615;STB=0.518534;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00850983;OID=.;OPOS=70902568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:267:147:147:120:120:0.449438:62:58:76:71:62:58:76:71 chr16 70902683 . G A 203.29 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00705352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.135;QD=14.266;RBI=0.00821038;REFB=-0.0012216;REVB=-0.00420217;RO=33;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524146;STB=0.529929;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00160366;OID=.;OPOS=70902683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:15:9:14:19:15:9:14:19 chr16 70908736 . A G 412.03 PASS AF=0.380952;AO=48;DP=126;FAO=48;FDP=126;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.00241161;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.989;QD=13.0804;RBI=0.00584636;REFB=-0.0020429;REVB=0.00532579;RO=73;SAF=22;SAR=26;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663828;STB=0.541649;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00394868;OID=.;OPOS=70908736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:73:78:48:48:0.380952:26:22:38:35:26:22:41:37 chr16 70913386 . G A 733.82 PASS AF=0.493506;AO=76;DP=153;FAO=76;FDP=154;FR=.;FRO=78;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=0.00372846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.159;QD=19.0603;RBI=0.00634978;REFB=-0.0222347;REVB=0.00513987;RO=77;SAF=42;SAR=34;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173959;STB=0.512471;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0223602;OID=.;OPOS=70913386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:77:78:76:76:0.493506:34:42:44:33:34:42:45:33 chr16 70917855 . A G 646.0 PASS AF=0.440994;AO=71;DP=161;FAO=71;FDP=161;FR=.;FRO=90;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=0.00726337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2565;QD=16.0497;RBI=0.0214118;REFB=-0.00620232;REVB=-0.0201422;RO=89;SAF=40;SAR=31;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102721;STB=0.554176;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00619404;OID=.;OPOS=70917855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:89:90:71:71:0.440994:31:40:41:48:31:40:42:48 chr16 70917931 . C G 782.75 PASS AF=0.513514;AO=69;DP=142;FAO=76;FDP=148;FR=.;FRO=72;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.0248874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.1;QD=21.1555;RBI=0.0266483;REFB=-0.00731361;REVB=0.00952633;RO=72;SAF=41;SAR=28;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757029;STB=0.538814;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00869931;OID=.;OPOS=70917931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:148:72:72:69:76:0.513514:28:41:37:35:31:45:37:35 chr16 70926362 . C G 393.61 PASS AF=0.22069;AO=56;DP=288;FAO=64;FDP=290;FR=.,HEALED;FRO=226;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=91;FSRR=135;FWDB=-0.00651324;FXX=0.0102386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.416;QD=5.42911;RBI=0.0509124;REFB=-0.00983359;REVB=-0.050494;RO=176;SAF=29;SAR=27;SRF=88;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225286;STB=0.575839;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0283114;OID=.;OPOS=70926362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:290:176:226:56:64:0.22069:27:29:88:88:32:32:91:135 chr16 70937586 . G A 50.4 PASS AF=0.103175;AO=13;DP=126;FAO=13;FDP=126;FR=.;FRO=113;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=-0.00355609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.225;QD=1.59991;RBI=0.0136079;REFB=-0.000687876;REVB=0.013135;RO=113;SAF=8;SAR=5;SRF=55;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153516;STB=0.615207;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00799607;OID=.;OPOS=70937586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:126:126:113:113:13:13:0.103175:5:8:55:58:5:8:55:58 chr16 70942688 . A C 1054.11 PASS AF=0.441767;AO=110;DP=249;FAO=110;FDP=249;FR=.;FRO=139;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=60;FSRR=79;FWDB=-0.0192699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.842;QD=16.9335;RBI=0.0201002;REFB=-0.0110221;REVB=-0.00571749;RO=137;SAF=59;SAR=51;SRF=59;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105399;STB=0.558254;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0170327;OID=.;OPOS=70942688;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:137:139:110:110:0.441767:51:59:59:78:51:59:60:79 chr16 70954513 . T C 307.15 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=16;FWDB=-0.0426285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1986;QD=13.2106;RBI=0.104381;REFB=-0.0349904;REVB=-0.0952792;RO=56;SAF=20;SAR=15;SRF=40;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162581;STB=0.599947;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0554583;OID=.;OPOS=70954513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:56:58:35:35:0.376344:15:20:40:16:15:20:42:16 chr16 70954571 . CT TA 263.91 PASS AF=0.333333;AO=33;DP=103;FAO=35;FDP=105;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=24;FWDB=-0.0038013;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=231.97;QD=10.0538;RBI=0.0316751;REFB=-0.0126912;REVB=0.0314461;RO=69;SAF=19;SAR=14;SRF=45;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926611;STB=0.5403;STBP=0.593;TYPE=mnp;VARB=0.0182283;OID=.;OPOS=70954571;OREF=CT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:69:70:33:35:0.333333:14:19:45:24:14:21:46:24 chr16 70954606 . C T 197.76 PASS AF=0.298851;AO=26;DP=87;FAO=26;FDP=87;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.0256758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.169;QD=9.09227;RBI=0.028173;REFB=-0.0209916;REVB=-0.0115961;RO=61;SAF=18;SAR=8;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919636;STB=0.554629;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0536405;OID=.;OPOS=70954606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:61:61:26:26:0.298851:8:18:38:23:8:18:38:23 chr16 70954691 . T C 32.35 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0651489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4474;QD=2.64101;RBI=0.0974715;REFB=-0.00616698;REVB=-0.0725005;RO=43;SAF=4;SAR=2;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157904;STB=0.61931;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0368742;OID=.;OPOS=70954691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:2:4:23:20:2:4:23:20 chr16 70954717 . GT AG 37.37 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00224178;FXX=0.114253;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.222;QD=4.8223;RBI=0.0142979;REFB=-0.0115265;REVB=-0.0141211;RO=24;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153097;STB=0.621806;STBP=0.526;TYPE=mnp;VARB=0.0712118;OID=.;OPOS=70954717;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:31:31:24:25:6:6:0.193548:2:4:13:11:2:4:13:12 chr16 70954774 . A G 104.38 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0119673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.07;QD=10.4375;RBI=0.0498619;REFB=-0.0189163;REVB=-0.0484045;RO=27;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148068;STB=0.588105;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0382567;OID=.;OPOS=70954774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:6:7:18:9:6:7:18:9 chr16 70954809 . C A 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00246116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.577;QD=11.8818;RBI=0.00585893;REFB=-0.0159782;REVB=-0.00531693;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136651;STB=0.590651;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0212866;OID=.;OPOS=70954809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:28:15:15:0.348837:8:7:16:11:8:7:17:11 chr16 70954915 . G T 1475.03 PASS AF=0.954128;AO=103;DP=110;FAO=104;FDP=109;FR=.;FRO=5;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0128242;FXX=0.0353951;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.417;QD=54.1294;RBI=0.0132963;REFB=-0.122714;REVB=0.00351156;RO=3;SAF=51;SAR=52;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920549;STB=0.513759;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=9.83667e-05;OID=.;OPOS=70954915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:110:109:3:5:103:104:0.954128:52:51:2:1:52:52:4:1 chr16 70954945 . T A 487.8 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=118;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0175851;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.397;QD=16.6768;RBI=0.0178827;REFB=-0.0117369;REVB=-0.00324867;RO=63;SAF=23;SAR=30;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11847;STB=0.570205;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0130868;OID=.;OPOS=70954945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:63:64:53:53:0.452991:30:23:35:28:30:23:36:28 chr16 70972595 . T C 153.66 PASS AF=0.18;AO=27;DP=150;FAO=27;FDP=150;FR=.;FRO=123;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=86;FSRR=37;FWDB=0.0211035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9361;QD=4.09763;RBI=0.0221553;REFB=-0.0071743;REVB=-0.00674544;RO=122;SAF=13;SAR=14;SRF=85;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27868;STB=0.676312;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0278896;OID=.;OPOS=70972595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:122:123:27:27:0.18:14:13:85:37:14:13:86:37 chr16 70972620 . G C 768.49 PASS AF=0.544776;AO=72;DP=133;FAO=73;FDP=134;FR=.;FRO=61;FSAF=52;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.0245509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.766;QD=22.9398;RBI=0.0258952;REFB=-0.0243181;REVB=-0.00823501;RO=59;SAF=51;SAR=21;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933588;STB=0.555936;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0193994;OID=.;OPOS=70972620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:59:61:72:73:0.544776:21:51:36:23:21:52:37:24 chr16 70975667 . T C 418.89 PASS AF=0.382812;AO=49;DP=128;FAO=49;FDP=128;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.007476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.467;QD=13.0903;RBI=0.007494;REFB=-0.0122518;REVB=0.00051898;RO=78;SAF=28;SAR=21;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640695;STB=0.532718;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0258637;OID=.;OPOS=70975667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:78:79:49:49:0.382812:21:28:40:38:21:28:41:38 chr16 70986480 . G A 1196.04 PASS AF=0.515284;AO=117;DP=227;FAO=118;FDP=229;FR=.;FRO=111;FSAF=45;FSAR=73;FSRF=53;FSRR=58;FWDB=0.0386402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8628;QD=20.8916;RBI=0.0395744;REFB=0.0252094;REVB=-0.00854829;RO=110;SAF=45;SAR=72;SRF=52;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805887;STB=0.548233;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.0244494;OID=.;OPOS=70986480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:229:110:111:117:118:0.515284:72:45:52:58:73:45:53:58 chr16 70989299 . C T 654.9 PASS AF=0.391534;AO=74;DP=189;FAO=74;FDP=189;FR=.;FRO=115;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=57;FSRR=58;FWDB=0.0108442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.353;QD=13.8604;RBI=0.0371646;REFB=-0.013082;REVB=0.0355473;RO=115;SAF=32;SAR=42;SRF=57;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687611;STB=0.538761;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0219009;OID=.;OPOS=70989299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:115:115:74:74:0.391534:42:32:57:58:42:32:57:58 chr16 70989335 . G A 811.91 PASS AF=0.438424;AO=88;DP=198;FAO=89;FDP=203;FR=.;FRO=114;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=54;FSRR=60;FWDB=-0.0124579;FXX=0.00975562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.621;QD=15.9981;RBI=0.0198776;REFB=-0.0158326;REVB=-0.0154894;RO=110;SAF=35;SAR=53;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676326;STB=0.546374;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0196588;OID=.;OPOS=70989335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:203:110:114:88:89:0.438424:53:35:51:59:54:35:54:60 chr16 70993566 . A G 2365.45 PASS AF=0.74031;AO=190;DP=258;FAO=191;FDP=258;FR=.;FRO=67;FSAF=124;FSAR=67;FSRF=49;FSRR=18;FWDB=-0.00150663;FXX=0.00386085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8356;QD=36.6737;RBI=0.0186434;REFB=-0.00480038;REVB=-0.0185824;RO=67;SAF=123;SAR=67;SRF=49;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456809;STB=0.523743;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00169679;OID=.;OPOS=70993566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:67:67:190:191:0.74031:67:123:49:18:67:124:49:18 chr16 71008169 . T C 612.59 PASS AF=0.418182;AO=69;DP=165;FAO=69;FDP=165;FR=.;FRO=96;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=-0.00564284;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.392;QD=14.8506;RBI=0.0106495;REFB=-0.0125421;REVB=0.00903161;RO=94;SAF=30;SAR=39;SRF=42;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012582;STB=0.513885;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.015053;OID=.;OPOS=71008169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:94:96:69:69:0.418182:39:30:42:52:39:30:44:52 chr16 71012855 . T C 612.08 PASS AF=0.440789;AO=67;DP=152;FAO=67;FDP=152;FR=.;FRO=85;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=-0.01116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.174;QD=16.1072;RBI=0.0311337;REFB=-0.0086021;REVB=0.0290648;RO=84;SAF=28;SAR=39;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176163;STB=0.601141;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.012338;OID=.;OPOS=71012855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:84:85:67:67:0.440789:39:28:50:34:39:28:51:34 chr16 71015329 . G T 389.79 PASS AF=0.203647;AO=67;DP=329;FAO=67;FDP=329;FR=.;FRO=262;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=149;FSRR=113;FWDB=0.00213928;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.457;QD=4.73904;RBI=0.0024438;REFB=0.00125772;REVB=-0.00118139;RO=262;SAF=34;SAR=33;SRF=149;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792457;STB=0.548836;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.00573259;OID=.;OPOS=71015329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:329:262:262:67:67:0.203647:33:34:149:113:33:34:149:113 chr16 71025245 . C T 329.49 PASS AF=0.377358;AO=37;DP=105;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.00194716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.487;QD=12.4335;RBI=0.011536;REFB=-0.00307608;REVB=-0.0113705;RO=65;SAF=17;SAR=20;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172096;STB=0.605359;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00333199;OID=.;OPOS=71025245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:65:66:37:40:0.377358:20:17:40:25:22:18:41:25 chr16 71026076 . C G 277.84 PASS AF=0.311475;AO=38;DP=121;FAO=38;FDP=122;FR=.;FRO=84;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=0.0162158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.4191;QD=9.10952;RBI=0.016448;REFB=-0.0258893;REVB=-0.00275403;RO=80;SAF=21;SAR=17;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011658;STB=0.521461;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0541608;OID=.;OPOS=71026076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:80:84:38:38:0.311475:17:21:45:35:17:21:49:35 chr16 71026098 . C T 141.37 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=81;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0089403;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4025;QD=7.06846;RBI=0.00922419;REFB=-0.00249061;REVB=-0.00227087;RO=52;SAF=6;SAR=15;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133319;STB=0.680666;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00731246;OID=.;OPOS=71026098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:52:59:21:21:0.2625:15:6:20:32:16:5:27:32 chr16 71054178 . T C 693.39 PASS AF=0.446429;AO=75;DP=168;FAO=75;FDP=168;FR=.;FRO=93;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=54;FWDB=0.00167804;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.261;QD=16.5093;RBI=0.0101189;REFB=-0.0100454;REVB=0.00997876;RO=92;SAF=42;SAR=33;SRF=38;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144963;STB=0.577504;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0130595;OID=.;OPOS=71054178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:92:93:75:75:0.446429:33:42:38:54:33:42:39:54 chr16 71061495 . A G 1354.78 PASS AF=0.527778;AO=133;DP=252;FAO=133;FDP=252;FR=.;FRO=119;FSAF=81;FSAR=52;FSRF=78;FSRR=41;FWDB=0.00242049;FXX=0.00395241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.991;QD=21.5044;RBI=0.00578002;REFB=-0.0204113;REVB=0.0052488;RO=118;SAF=81;SAR=52;SRF=77;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397534;STB=0.523255;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0165198;OID=.;OPOS=71061495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:118:119:133:133:0.527778:52:81:77:41:52:81:78:41 chr16 71096112 . G A 329.88 PASS AF=0.241706;AO=51;DP=211;FAO=51;FDP=211;FR=.;FRO=160;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=75;FSRR=85;FWDB=-0.016585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3735;QD=6.25358;RBI=0.0212994;REFB=-0.00655092;REVB=-0.0133644;RO=158;SAF=33;SAR=18;SRF=74;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226068;STB=0.636106;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.01777;OID=.;OPOS=71096112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:158:160:51:51:0.241706:18:33:74:84:18:33:75:85 chr16 71098649 . T C 846.4 PASS AF=0.488636;AO=86;DP=177;FAO=86;FDP=176;FR=.;FRO=90;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=0.0141561;FXX=0.0056494;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5543;QD=19.2364;RBI=0.0141564;REFB=-0.00501097;REVB=8.58297e-05;RO=89;SAF=50;SAR=36;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152779;STB=0.581376;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00627406;OID=.;OPOS=71098649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:89:90:86:86:0.488636:36:50:37:52:36:50:38:52 chr16 71100830 . T C 123.29 PASS AF=0.228916;AO=19;DP=83;FAO=19;FDP=83;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.035611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.721;QD=5.94168;RBI=0.0359087;REFB=-0.00676554;REVB=0.00461468;RO=64;SAF=6;SAR=13;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101908;STB=0.563567;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0202069;OID=.;OPOS=71100830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:64:64:19:19:0.228916:13:6:25:39:13:6:25:39 chr16 71100838 . T C 182.78 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.00493717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.861;QD=9.74849;RBI=0.0126489;REFB=-0.000257299;REVB=-0.0116456;RO=51;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531508;STB=0.531152;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.000388282;OID=.;OPOS=71100838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:51:51:24:24:0.32:14:10:19:32:14:10:19:32 chr16 71101200 . T C 273.06 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.00670657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.29;QD=16.549;RBI=0.0152003;REFB=-0.00368906;REVB=0.0136408;RO=35;SAF=13;SAR=18;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27335;STB=0.652578;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00660723;OID=.;OPOS=71101200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:18:13:25:10:18:13:25:10 chr16 71101270 . C T 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0301922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.685;QD=15.2558;RBI=0.0517382;REFB=-0.00380433;REVB=-0.0420151;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150714;STB=0.586126;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0062192;OID=.;OPOS=71101270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:8:12:22:8:8:12:22:8 chr16 71103269 . T C 1763.53 PASS AF=0.455882;AO=185;DP=406;FAO=186;FDP=408;FR=.;FRO=222;FSAF=70;FSAR=116;FSRF=99;FSRR=123;FWDB=0.00731574;FXX=0.00487793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.064;QD=17.2895;RBI=0.00857262;REFB=-0.00953555;REVB=-0.00446875;RO=218;SAF=70;SAR=115;SRF=97;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680284;STB=0.539545;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0112618;OID=.;OPOS=71103269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:406:408:218:222:185:186:0.455882:115:70:97:121:116:70:99:123 chr16 71109846 . C T 171.88 PASS AF=0.192053;AO=29;DP=151;FAO=29;FDP=151;FR=.;FRO=122;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=63;FSRR=59;FWDB=-0.0005659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9866;QD=4.55322;RBI=0.0294961;REFB=-0.00678107;REVB=-0.0294907;RO=121;SAF=7;SAR=22;SRF=62;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358335;STB=0.730733;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0386923;OID=.;OPOS=71109846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:121:122:29:29:0.192053:22:7:62:59:22:7:63:59 chr16 71109904 . C A 872.92 PASS AF=0.53012;AO=86;DP=166;FAO=88;FDP=166;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=0.0284856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.222;QD=21.0343;RBI=0.0291491;REFB=-0.0151359;REVB=0.00618382;RO=75;SAF=38;SAR=48;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363044;STB=0.514947;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0123654;OID=.;OPOS=71109904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:75:78:86:88:0.53012:48:38:30:45:48:40:33:45 chr16 71113780 . C T 254.64 PASS AF=0.491228;AO=24;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0468704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.198;QD=17.8692;RBI=0.0484187;REFB=-0.011493;REVB=-0.0121464;RO=23;SAF=19;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247579;STB=0.588091;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0224061;OID=.;OPOS=71113780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:29:24:28:0.491228:5:19:13:10:9:19:15:14 chr16 71122408 . C T 64.62 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0395452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1807;QD=4.23758;RBI=0.0484581;REFB=0.00292345;REVB=-0.0280064;RO=50;SAF=5;SAR=6;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00679793;STB=0.504496;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.0162942;OID=.;OPOS=71122408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:50:50:11:11:0.180328:6:5:23:27:6:5:23:27 chr16 71127814 . C G 199.76 PASS AF=0.175115;AO=38;DP=217;FAO=38;FDP=217;FR=.;FRO=179;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=84;FSRR=95;FWDB=0.0043329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9992;QD=3.68213;RBI=0.00458097;REFB=-0.00811622;REVB=-0.00148705;RO=179;SAF=25;SAR=13;SRF=84;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243172;STB=0.655735;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0305378;OID=.;OPOS=71127814;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:179:179:38:38:0.175115:13:25:84:95:13:25:84:95 chr16 71149660 . G A 804.59 PASS AF=0.261261;AO=115;DP=443;FAO=116;FDP=444;FR=.;FRO=328;FSAF=47;FSAR=69;FSRF=148;FSRR=180;FWDB=-0.00454339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.78;QD=7.24856;RBI=0.0112674;REFB=-0.00133582;REVB=0.0103108;RO=325;SAF=46;SAR=69;SRF=147;SRR=178;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669725;STB=0.534814;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00301505;OID=.;OPOS=71149660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:443:444:325:328:115:116:0.261261:69:46:147:178:69:47:148:180 chr16 71163579 . C T 597.31 PASS AF=0.466165;AO=59;DP=130;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.017297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.269;QD=17.9641;RBI=0.043297;REFB=-0.0126846;REVB=0.0396919;RO=71;SAF=33;SAR=26;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160757;STB=0.573197;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0105155;OID=.;OPOS=71163579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:133:71:71:59:62:0.466165:26:33:28:43:29:33:28:43 chr16 71163693 . A G 254.96 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00368417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.726;QD=10.966;RBI=0.00495745;REFB=-0.0134117;REVB=0.0033171;RO=62;SAF=9;SAR=22;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287914;STB=0.668001;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0234618;OID=.;OPOS=71163693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:62:62:31:31:0.333333:22:9:33:29:22:9:33:29 chr16 71237702 . C T 254.4 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00337845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.288;QD=15.4181;RBI=0.0104533;REFB=0.00302517;REVB=-0.00989231;RO=36;SAF=10;SAR=19;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158542;STB=0.598193;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00378316;OID=.;OPOS=71237702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:29:29:0.439394:19:10:18:18:19:10:19:18 chr16 71264523 . T A 158.68 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0267133;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8642;QD=16.2752;RBI=0.0298765;REFB=-0.0270607;REVB=-0.0133794;RO=20;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238057;STB=0.669887;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0193545;OID=.;OPOS=71264523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:22:17:17:0.435897:13:4:9:11:13:4:11:11 chr16 71318577 . T C 231.3 PASS AF=0.318681;AO=29;DP=91;FAO=29;FDP=91;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00216443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.542;QD=10.167;RBI=0.00797838;REFB=-0.00855661;REVB=0.00767918;RO=62;SAF=15;SAR=14;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552712;STB=0.532297;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0236778;OID=.;OPOS=71318577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:62:62:29:29:0.318681:14:15:35:27:14:15:35:27 chr16 71319539 . C T 89.0 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00132101;FXX=0.0370233;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.024;QD=13.6919;RBI=0.00175811;REFB=-0.0105248;REVB=0.00116012;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950076;STB=0.531857;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0150594;OID=.;OPOS=71319539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:27:26:14:15:11:11:0.423077:5:6:9:5:5:6:9:6 chr16 71319646 . G A 428.36 PASS AF=0.458333;AO=42;DP=95;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00612885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2036;QD=17.8481;RBI=0.00680835;REFB=-0.0177199;REVB=0.00296493;RO=49;SAF=17;SAR=25;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103003;STB=0.570578;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0164266;OID=.;OPOS=71319646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:49:52:42:44:0.458333:25:17:25:24:26:18:28:24 chr16 71482794 . T A 271.53 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00975462;FXX=0.0327815;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.08;QD=18.4086;RBI=0.029428;REFB=-0.0181163;REVB=0.0277643;RO=30;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450249;STB=0.525188;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0132311;OID=.;OPOS=71482794;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:14:15:17:13:14:15:17:13 chr16 71487206 . T C 280.01 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0453172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8577;QD=11.9154;RBI=0.0518325;REFB=0.011781;REVB=-0.0251586;RO=61;SAF=17;SAR=16;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291161;STB=0.516786;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.027231;OID=.;OPOS=71487206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:61:61:33:33:0.351064:16:17:33:28:16:17:33:28 chr16 71509588 . G A 238.36 PASS AF=0.5;AO=24;DP=50;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0496836;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.9861;QD=18.3356;RBI=0.0506369;REFB=-0.0356115;REVB=0.00977952;RO=26;SAF=6;SAR=18;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29331;STB=0.647607;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.071399;OID=.;OPOS=71509588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:26:26:24:26:0.5:18:6:14:12:19:7:14:12 chr16 71509634 . G C 150.95 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00216031;FXX=0.0714116;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.8;QD=15.4817;RBI=0.00466555;REFB=-0.0170764;REVB=-0.00413527;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221869;STB=0.588123;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0321315;OID=.;OPOS=71509634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:23:15:16:0.410256:9:6:12:7:10:6:12:11 chr16 71509685 . C G 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00109681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.266;QD=21.0073;RBI=0.00267731;REFB=-0.00690886;REVB=-0.00244234;RO=17;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237147;STB=0.634001;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00772197;OID=.;OPOS=71509685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:13:6:10:7:13:6:10:7 chr16 71509796 . C G 112.22 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00061491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5257;QD=16.6252;RBI=0.0471425;REFB=-0.0134883;REVB=0.0471385;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103812;STB=0.559354;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0276502;OID=.;OPOS=71509796;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:4:9:11:3:4:9:11:3 chr16 71570704 . C T 308.41 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0197383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.036;QD=18.4123;RBI=0.0264523;REFB=-0.0166112;REVB=0.0176104;RO=34;SAF=20;SAR=13;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682443;STB=0.537995;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0191986;OID=.;OPOS=71570704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:13:20:23:11:13:20:23:11 chr16 71603771 . C A 252.84 PASS AF=0.5;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0224105;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.8377;QD=21.0696;RBI=0.035561;REFB=-0.0371538;REVB=-0.0276108;RO=22;SAF=15;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186198;STB=0.585034;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0357877;OID=.;OPOS=71603771;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:22:24:24:24:0.5:9:15:9:13:9:15:11:13 chr16 71660310 . G A 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=0.0997289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5592;QD=20.7375;RBI=0.0998707;REFB=-0.00525947;REVB=0.0053206;RO=16;SAF=14;SAR=4;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332558;STB=0.681672;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00814657;OID=.;OPOS=71660310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:4:14:16:0:4:14:16:0 chr16 71668552 . G A 250.21 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0498227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.713;QD=26.3374;RBI=0.053247;REFB=-0.0251802;REVB=-0.0187866;RO=14;SAF=7;SAR=16;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417642;STB=0.543042;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00876134;OID=.;OPOS=71668552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:15:23:23:0.605263:16:7:5:9:16:7:6:9 chr16 71668634 . T G 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0124204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.615;QD=11.4383;RBI=0.0133868;REFB=-0.00608445;REVB=-0.00499409;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565464;STB=0.533905;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0125538;OID=.;OPOS=71668634;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:7:7:4:5:7:7 chr16 71674882 . C G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00112191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.313;QD=14.0964;RBI=0.0319662;REFB=-0.00554225;REVB=-0.0319465;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245576;STB=0.642612;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00535443;OID=.;OPOS=71674882;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:6:5:10:4:6:5:10:4 chr16 71678932 . T C 138.32 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.00159084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.037;QD=8.92375;RBI=0.00736201;REFB=-0.00238748;REVB=-0.00718808;RO=43;SAF=7;SAR=12;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345622;STB=0.703383;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00427443;OID=.;OPOS=71678932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:12:7:29:14:12:7:29:14 chr16 71679057 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00854776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.863;QD=56.7063;RBI=0.0602287;REFB=0;REVB=-0.059619;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00045592;OID=.;OPOS=71679057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr16 71682796 . T C 193.26 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0245911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8519;QD=16.4474;RBI=0.0405316;REFB=-0.0179211;REVB=-0.0322194;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318301;STB=0.68835;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0237678;OID=.;OPOS=71682796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:8:12:7:19:8:12:7:20 chr16 71710428 . G A 1053.83 PASS AF=0.627586;AO=91;DP=145;FAO=91;FDP=145;FR=.;FRO=54;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=0.00914293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3145;QD=29.0712;RBI=0.0279085;REFB=0.0340682;REVB=-0.0263683;RO=54;SAF=49;SAR=42;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165709;STB=0.589454;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0160066;OID=.;OPOS=71710428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:54:54:91:91:0.627586:42:49:16:38:42:49:16:38 chr16 71712786 . A G 318.38 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0241507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.545;QD=18.1931;RBI=0.0267418;REFB=-0.00802642;REVB=0.0114833;RO=36;SAF=12;SAR=22;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166183;STB=0.592988;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00596577;OID=.;OPOS=71712786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:22:12:19:17:22:12:19:17 chr16 71762977 . ACAG A 212.77 PASS AF=0.5;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0128449;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=3;MLLD=207.867;QD=20.2633;RBI=0.025457;REFB=-0.000261338;REVB=-0.0219788;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038333;STB=0.523895;STBP=0.785;TYPE=del;VARB=0.000102994;OID=.;OPOS=71762978;OREF=CAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:20:45:21:42:21:11:10:12:9:99:22:11:9:13:9 chr16 71773190 . G T 154.69 PASS AF=0.377358;AO=18;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00395581;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=181.493;QD=11.6747;RBI=0.0177039;REFB=-0.000826016;REVB=0.0172563;RO=30;SAF=11;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494346;STB=0.529502;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.000708362;OID=.;OPOS=71773190;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:33:18:20:0.377358:7:11:17:13:7:13:20:13 chr16 71800384 . T A 383.3 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00750011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.105;QD=22.8834;RBI=0.00985731;REFB=-0.0243516;REVB=-0.00639649;RO=29;SAF=23;SAR=15;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414883;STB=0.52281;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0183429;OID=.;OPOS=71800384;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:15:23:19:10:15:23:19:10 chr16 71886530 . T A 555.86 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.111;QD=60.0928;RBI=0.0316146;REFB=0;REVB=-0.0178305;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28192e-05;OID=.;OPOS=71886530;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:13:23:0:0:14:23:0:0 chr16 71887381 . A G 213.86 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00350312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.724;QD=20.8644;RBI=0.0157709;REFB=-0.00457019;REVB=-0.0153769;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206443;STB=0.511617;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00358147;OID=.;OPOS=71887381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:10:10:11:10:10:10 chr16 71889173 . C T 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00525403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=385.224;QD=63.8873;RBI=0.0141992;REFB=0;REVB=0.0131913;RO=0;SAF=40;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77982e-06;OID=.;OPOS=71889173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:57:40:0:0:57:40:0:0 chr16 71890489 . C G 996.02 PASS AF=0.590604;AO=88;DP=149;FAO=88;FDP=149;FR=.;FRO=61;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.00647729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.959;QD=26.7388;RBI=0.00661145;REFB=-0.0211916;REVB=-0.00132516;RO=59;SAF=41;SAR=47;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14361;STB=0.570632;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0131262;OID=.;OPOS=71890489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:59:61:88:88:0.590604:47:41:39:20:47:41:39:22 chr16 71950450 . C T 917.65 PASS AF=0.50838;AO=91;DP=179;FAO=91;FDP=179;FR=.;FRO=88;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=-0.00532718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8403;QD=20.5061;RBI=0.0263373;REFB=-0.00909698;REVB=-0.025793;RO=87;SAF=54;SAR=37;SRF=34;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180047;STB=0.601447;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00770931;OID=.;OPOS=71950450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:87:88:91:91:0.50838:37:54:34:53:37:54:34:54 chr16 71956511 . AATGCCC A 118.26 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0242565;FXX=0.129011;HRUN=2;LEN=6;MLLD=280.677;QD=8.76024;RBI=0.0264549;REFB=-0.00853738;REVB=-0.0105588;RO=28;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870393;STB=0.639867;STBP=0.142;TYPE=del;VARB=0.0181267;OID=.;OPOS=71956512;OREF=ATGCCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:20:53:20:54:34:11:9:11:23:99:28:11:9:13:15 chr16 71976919 . G A 367.23 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.0634366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8475;QD=16.5047;RBI=0.07107;REFB=-0.0194766;REVB=0.0320427;RO=50;SAF=15;SAR=24;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917623;STB=0.551376;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0152222;OID=.;OPOS=71976919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:24:15:15:35:24:15:15:35 chr16 71981414 . C CTTTG 1346.0 PASS AF=0.892857;AO=91;DP=114;FAO=100;FDP=112;FR=.;FRO=12;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00754488;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=4;MLLD=275.425;QD=48.0714;RBI=0.0128368;REFB=-0.0145617;REVB=-0.0103855;RO=13;SAF=51;SAR=40;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235773;STB=0.506511;STBP=0.701;TYPE=ins;VARB=0.00147738;OID=.;OPOS=71981415;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.892857:91:114:100:112:12:56:44:6:6:49:13:51:40:6:7 chr16 71983772 . G C 323.57 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00546709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.795;QD=16.8088;RBI=0.0100938;REFB=-0.0106318;REVB=0.00848503;RO=42;SAF=17;SAR=18;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831608;STB=0.54664;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0128604;OID=.;OPOS=71983772;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:18:17:24:18:18:17:24:18 chr16 71986946 . A G 1098.25 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00526192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8783;QD=60.1782;RBI=0.0163255;REFB=0;REVB=-0.0154543;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162966;OID=.;OPOS=71986946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr16 71986995 . G A 723.39 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00847798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.234;QD=56.7366;RBI=0.0131979;REFB=0;REVB=0.0101148;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68729e-05;OID=.;OPOS=71986995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:31:19:0:0:31:20:0:0 chr16 71988106 . C T 1218.93 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00436873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.488;QD=58.7438;RBI=0.0304287;REFB=-0.0754565;REVB=0.0301135;RO=1;SAF=44;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106407;STB=0.501049;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00047855;OID=.;OPOS=71988106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:1:2:81:81:0.975904:37:44:1:0:37:44:1:1 chr16 72001110 . G A 327.87 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0131388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.94;QD=23.0081;RBI=0.0242949;REFB=-0.045517;REVB=0.0204356;RO=24;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982056;STB=0.554107;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0263906;OID=.;OPOS=72001110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:18:15:14:10:18:15:14:10 chr16 72001136 . G A 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00628722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.965;QD=15.2557;RBI=0.0183626;REFB=-0.00480206;REVB=0.0172527;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10423;STB=0.559941;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0114535;OID=.;OPOS=72001136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:10:10:12:18:10:10:12:18 chr16 72001909 . G A 167.04 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.0107137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9666;QD=8.24878;RBI=0.0117103;REFB=-0.0040686;REVB=-0.00472715;RO=52;SAF=9;SAR=14;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237312;STB=0.671391;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0119271;OID=.;OPOS=72001909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:58:23:23:0.283951:14:9:31:21:14:9:37:21 chr16 72003952 . G C 433.7 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0127693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=323.284;QD=23.4432;RBI=0.0130883;REFB=-0.0040445;REVB=0.00287179;RO=32;SAF=23;SAR=19;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621997;STB=0.534177;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00253545;OID=.;OPOS=72003952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:19:23:15:17:19:23:15:17 chr16 72007399 . C T 168.77 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0179371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.572;QD=16.0732;RBI=0.0186364;REFB=-0.0216044;REVB=-0.00505698;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298214;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0251464;OID=.;OPOS=72007399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:17:18:0.428571:9:8:12:12:9:9:12:12 chr16 72011181 . G T 941.06 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00739563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3769;QD=57.034;RBI=0.0555882;REFB=0.00615044;REVB=0.055094;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000296187;OID=.;OPOS=72011181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:0:1:64:65:0.984848:29:35:0:0:30:35:1:0 chr16 72011193 . A C 1026.22 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0696;QD=59.491;RBI=0.0399665;REFB=0;REVB=0.0161269;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377694;OID=.;OPOS=72011193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr16 72011261 . A G 1732.86 PASS AF=0.983051;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0244083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4588;QD=58.7411;RBI=0.036221;REFB=-0.0341892;REVB=-0.0267619;RO=2;SAF=44;SAR=71;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210922;STB=0.511109;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00755866;OID=.;OPOS=72011261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:118:2:2:115:116:0.983051:71:44:2:0:72:44:2:0 chr16 72013797 . G C 574.29 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00680594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.702;QD=60.4516;RBI=0.0228076;REFB=0;REVB=-0.0217685;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.00252e-05;OID=.;OPOS=72013797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:19:19:0:0 chr16 72020134 . T C 384.11 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0342021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7113;QD=17.66;RBI=0.03427;REFB=0.017275;REVB=-0.00215653;RO=47;SAF=24;SAR=16;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188601;STB=0.605452;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0221023;OID=.;OPOS=72020134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:16:24:19:28:16:24:19:28 chr16 72020218 . G A 311.83 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0213758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.952;QD=16.6311;RBI=0.0259532;REFB=-0.0231372;REVB=0.0147188;RO=38;SAF=17;SAR=17;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496211;STB=0.533314;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0237615;OID=.;OPOS=72020218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:41:34:34:0.453333:17:17:21:17:17:17:23:18 chr16 72020294 . G A 627.31 PASS AF=0.88;AO=42;DP=47;FAO=44;FDP=50;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0222838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7231;QD=50.185;RBI=0.0234463;REFB=-0.0848469;REVB=0.00729119;RO=2;SAF=12;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719999;STB=0.578686;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00556641;OID=.;OPOS=72020294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:47:50:2:6:42:44:0.88:30:12:2:0:32:12:5:1 chr16 72020323 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.856;QD=59.4356;RBI=0.0258217;REFB=0;REVB=0.0158012;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104033;OID=.;OPOS=72020323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr16 72032231 . T A 973.44 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.424;QD=58.9962;RBI=0.0373716;REFB=0;REVB=0.034361;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.822e-05;OID=.;OPOS=72032231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:30:35:0:0:30:36:0:0 chr16 72042682 . A C 955.14 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.83;QD=58.7777;RBI=0.0379361;REFB=0;REVB=0.0361535;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73263e-05;OID=.;OPOS=72042682;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr16 72089958 . ATG A,ATGTG 108.39 PASS AF=0.388889,0.277778;AO=6,5;DP=19;FAO=7,5;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=3,3;FSAR=4,2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0169187,0.0403294;FXX=0.09995;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=111.14,53.1055;QD=24.0874;RBI=0.0382349,0.0696218;REFB=-0.113219,-0.0967337;REVB=0.034288,-0.0567515;RO=6;SAF=3,3;SAR=3,2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0892949;STB=0.533237,0.555331;STBP=0.935,0.742;TYPE=del,ins;VARB=0.101481,0.125891;OID=.,.;OPOS=72089959,72089959;OREF=TG,-;OALT=-,TG;OMAPALT=A,ATGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889,0.277778:6,5:19:7,5:18:6:3,3:4,2:3:3:48:6:3,3:3,2:3:3 chr16 72146374 . C T 218.96 PASS AF=0.307692;AO=28;DP=91;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0646607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.153;QD=9.62467;RBI=0.0695723;REFB=-0.0188832;REVB=-0.0256771;RO=61;SAF=15;SAR=13;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448968;STB=0.536057;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0354117;OID=.;OPOS=72146374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:61:63:28:28:0.307692:13:15:35:26:13:15:37:26 chr16 72198358 . T C 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=-0.0126124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.778;QD=15.2378;RBI=0.0147583;REFB=-0.00964835;REVB=0.00766382;RO=36;SAF=15;SAR=13;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308772;STB=0.672755;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0152173;OID=.;OPOS=72198358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:13:15:8:28:13:15:8:28 chr16 72817194 . C G 124.91 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0.0469402;FXX=0.0322477;HRUN=6;LEN=1;MLLD=237.822;QD=16.6544;RBI=0.0469686;REFB=0.00489116;REVB=0.00163415;RO=16;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38225;STB=0.710325;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00620852;OID=.;OPOS=72817194;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:16:16:14:14:0.466667:11:3:0:16:11:3:0:16 chr16 72818965 . T TA 523.51 PASS AF=0.564885;AO=73;DP=134;FAO=74;FDP=131;FR=.;FRO=57;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.032485;FXX=0.0150365;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.8862;QD=15.985;RBI=0.0333961;REFB=-0.0200708;REVB=-0.00774782;RO=58;SAF=40;SAR=33;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08865;STB=0.542226;STBP=0.324;TYPE=ins;VARB=0.0123103;OID=.;OPOS=72818966;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.564885:73:134:74:131:57:41:33:37:20:99:58:40:33:38:20 chr16 72827758 . T C 851.1 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.829;QD=57.7016;RBI=0.0157785;REFB=0;REVB=0.0130904;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86889e-05;OID=.;OPOS=72827758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:23:34:0:0:23:36:0:0 chr16 72828403 . A G 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0169024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3846;QD=27.4992;RBI=0.0541339;REFB=0.00377177;REVB=-0.0514274;RO=10;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783405;STB=0.543433;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.0043353;OID=.;OPOS=72828403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:10:9:6:4:10:9:6:4 chr16 72828552 . C T 105.63 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0302746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5254;QD=7.54473;RBI=0.0505583;REFB=0.00571012;REVB=0.0404919;RO=40;SAF=10;SAR=5;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175518;STB=0.599863;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.0156912;OID=.;OPOS=72828552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:41:15:15:0.267857:5:10:21:19:5:10:22:19 chr16 72829630 . A G 232.2 PASS AF=0.421875;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0243815;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9604;QD=14.5126;RBI=0.0244649;REFB=-0.0241433;REVB=-0.00201843;RO=37;SAF=15;SAR=11;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167107;STB=0.604244;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0259353;OID=.;OPOS=72829630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:26:27:0.421875:11:15:27:10:12:15:27:10 chr16 72831652 . G A 132.13 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0157798;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.538;QD=13.5521;RBI=0.0376176;REFB=-0.0111427;REVB=0.034148;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218426;STB=0.557019;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0230122;OID=.;OPOS=72831652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:24:15:15:0.384615:7:8:7:15:8:7:9:15 chr16 72832135 . T A 1065.74 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240361;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.627;QD=60.0419;RBI=0.0244314;REFB=0;REVB=0.00437731;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59188e-05;OID=.;OPOS=72832135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr16 72991660 . C G 556.91 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00647295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1305;QD=60.2066;RBI=0.0148398;REFB=0;REVB=0.0133537;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83099e-05;OID=.;OPOS=72991660;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr16 72992667 . C G 48.0 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.022499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7803;QD=12.8007;RBI=0.0385648;REFB=0.0229414;REVB=0.0313216;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168179;STB=0.599733;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.00719346;OID=.;OPOS=72992667;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:2:6:4:3:2:6 chr16 72993831 . A C 57.41 PASS AF=0.32;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=-0.0187509;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2009;QD=9.18527;RBI=0.0342976;REFB=-0.0231086;REVB=0.0287181;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.546744;STB=0.799519;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0309833;OID=.;OPOS=72993831;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:26:25:13:17:8:8:0.32:4:4:13:0:4:4:16:1 chr16 73143402 . C CAGA 667.05 PASS AF=0.854839;AO=51;DP=63;FAO=53;FDP=62;FR=.;FRO=9;FSAF=44;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0204324;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=3;MLLD=256.668;QD=43.0352;RBI=0.0227862;REFB=0.0027227;REVB=-0.0100861;RO=10;SAF=42;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151636;STB=0.58775;STBP=0.012;TYPE=ins;VARB=-0.000407292;OID=.;OPOS=73143403;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.854839:51:63:53:62:9:44:9:4:5:48:10:42:9:5:5 chr16 73512206 . C A 554.61 PASS AF=0.95;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0481942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7138;QD=55.4609;RBI=0.0482775;REFB=-0.0357242;REVB=0.00283572;RO=2;SAF=10;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268759;STB=0.510568;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00130967;OID=.;OPOS=73512206;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:40:2:2:36:38:0.95:26:10:1:1:26:12:1:1 chr16 74366531 . A C 1280.94 PASS AF=0.853448;AO=89;DP=109;FAO=99;FDP=116;FR=.;FRO=17;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0575751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.847;QD=44.1702;RBI=0.0577058;REFB=0.00475682;REVB=-0.00388194;RO=16;SAF=38;SAR=51;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152655;STB=0.517925;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.000907065;OID=.;OPOS=74366531;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:109:116:16:17:89:99:0.853448:51:38:6:10:52:47:6:11 chr16 74394671 . T C 1162.29 PASS AF=0.542714;AO=108;DP=199;FAO=108;FDP=199;FR=.;FRO=91;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=-0.00894321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.031;QD=23.3627;RBI=0.00894587;REFB=-0.0266842;REVB=0.000218274;RO=91;SAF=59;SAR=49;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894099;STB=0.548777;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0151225;OID=.;OPOS=74394671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:91:91:108:108:0.542714:49:59:40:51:49:59:40:51 chr16 74394745 . A G 144.02 PASS AF=0.253012;AO=21;DP=83;FAO=21;FDP=83;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.014397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.968;QD=6.94059;RBI=0.0159009;REFB=0.00112127;REVB=0.00675009;RO=62;SAF=5;SAR=16;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341755;STB=0.710023;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00377085;OID=.;OPOS=74394745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:62:62:21:21:0.253012:16:5:31:31:16:5:31:31 chr16 74425358 . G A 189.23 PASS AF=0.106464;AO=54;DP=524;FAO=56;FDP=526;FR=.;FRO=470;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=309;FSRR=161;FWDB=-0.00678152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.353;QD=1.43899;RBI=0.0410107;REFB=-0.00036503;REVB=-0.0404461;RO=468;SAF=32;SAR=22;SRF=307;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836576;STB=0.548066;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00370323;OID=.;OPOS=74425358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:524:526:468:470:54:56:0.106464:22:32:307:161:22:34:309:161 chr16 74425548 . A G 634.86 PASS AF=0.263006;AO=89;DP=346;FAO=91;FDP=346;FR=.;FRO=255;FSAF=32;FSAR=59;FSRF=113;FSRR=142;FWDB=-0.0140226;FXX=0.00288176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2381;QD=7.33942;RBI=0.0165513;REFB=-0.00911976;REVB=0.00879275;RO=252;SAF=31;SAR=58;SRF=112;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125769;STB=0.570812;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0263707;OID=.;OPOS=74425548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:346:252:255:89:91:0.263006:58:31:112:140:59:32:113:142 chr16 74425702 . GG AA 129.17 PASS AF=0.109333;AO=28;DP=363;FAO=41;FDP=375;FR=.;FRO=334;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=164;FSRR=170;FWDB=-0.00841993;FXX=0.0157476;HRUN=2;LEN=2;MLLD=174.358;QD=1.37784;RBI=0.0086644;REFB=-0.00607254;REVB=-0.00204367;RO=327;SAF=22;SAR=6;SRF=163;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334828;STB=0.672356;STBP=0.027;TYPE=mnp;VARB=0.037483;OID=.;OPOS=74425702;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:375:327:334:28:41:0.109333:6:22:163:164:13:28:164:170 chr16 74425732 . G T 227.06 PASS AF=0.141667;AO=51;DP=364;FAO=51;FDP=360;FR=.,HEALED;FRO=309;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=157;FSRR=152;FWDB=-0.0119464;FXX=0.0136983;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.625;QD=2.52285;RBI=0.0753698;REFB=-0.0100404;REVB=-0.074417;RO=269;SAF=33;SAR=18;SRF=154;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10085;STB=0.621214;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.060629;OID=.;OPOS=74425732;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:364:360:269:309:51:51:0.141667:18:33:154:115:18:33:157:152 chr16 74425769 . C T 261.63 PASS AF=0.168254;AO=53;DP=315;FAO=53;FDP=315;FR=.;FRO=262;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=133;FSRR=129;FWDB=-0.00136988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2745;QD=3.32226;RBI=0.0372176;REFB=-0.012082;REVB=-0.0371924;RO=260;SAF=36;SAR=17;SRF=132;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226905;STB=0.646517;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0664304;OID=.;OPOS=74425769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:315:260:262:53:53:0.168254:17:36:132:128:17:36:133:129 chr16 74425787 . G T 248.61 PASS AF=0.193833;AO=44;DP=227;FAO=44;FDP=227;FR=.;FRO=183;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=99;FSRR=84;FWDB=0.139252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7227;QD=4.38081;RBI=0.139272;REFB=0.0165519;REVB=-0.00235624;RO=180;SAF=30;SAR=14;SRF=97;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191927;STB=0.619413;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0568954;OID=.;OPOS=74425787;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:180:183:44:44:0.193833:14:30:97:83:14:30:99:84 chr16 74425793 . T C 236.5 PASS AF=0.198068;AO=41;DP=207;FAO=41;FDP=207;FR=.;FRO=166;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=90;FSRR=76;FWDB=0.000211203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.587;QD=4.57005;RBI=0.0241329;REFB=-0.0153945;REVB=-0.024132;RO=163;SAF=28;SAR=13;SRF=90;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176707;STB=0.618917;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0299938;OID=.;OPOS=74425793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:163:166:41:41:0.198068:13:28:90:73:13:28:90:76 chr16 74425795 . G A 241.9 PASS AF=0.204082;AO=40;DP=197;FAO=40;FDP=196;FR=.;FRO=156;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=83;FSRR=73;FWDB=0.0160643;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6566;QD=4.93665;RBI=0.035606;REFB=-0.0381016;REVB=-0.0317762;RO=153;SAF=28;SAR=12;SRF=81;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228444;STB=0.641091;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0155635;OID=.;OPOS=74425795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:153:156:40:40:0.204082:12:28:81:72:12:28:83:73 chr16 74425826 . G A 213.33 PASS AF=0.283019;AO=30;DP=106;FAO=30;FDP=106;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=-0.0135371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.662;QD=8.04999;RBI=0.0150353;REFB=-0.00346102;REVB=0.00654271;RO=76;SAF=23;SAR=7;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244995;STB=0.647301;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00992844;OID=.;OPOS=74425826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:76:76:30:30:0.283019:7:23:45:31:7:23:45:31 chr16 74443789 . T TG,TGG 49.13 PASS AF=0.285714,0.107143;AO=7,3;DP=28;FAO=8,3;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=1,0;FSAR=7,3;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0741822,0.0438375;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=10.8298,16.7833;QD=7.01825;RBI=0.0754055,0.0445804;REFB=-0.0229183,-0.0138976;REVB=-0.0135275,-0.00810501;RO=17;SAF=1,0;SAR=6,3;SRF=5;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.254477,-0.545438;STB=0.68796,0.995027;STBP=0.293,0.224;TYPE=ins,ins;VARB=-0.100692,0.00807266;OID=.,.;OPOS=74443790,74443790;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=TG,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714,0.107143:7,3:28:8,3:28:17:1,0:7,3:5:12:26:17:1,0:6,3:5:12 chr16 74537591 . C T 640.38 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0115504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.831;QD=55.6848;RBI=0.0155538;REFB=-0.0601603;REVB=-0.0104168;RO=3;SAF=23;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162078;STB=0.508643;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00358727;OID=.;OPOS=74537591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:46:46:3:3:43:43:0.934783:20:23:2:1:20:23:2:1 chr16 74664743 . T C 430.07 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.023087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9424;QD=20.0032;RBI=0.023848;REFB=-0.0109017;REVB=-0.00597607;RO=43;SAF=30;SAR=13;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223085;STB=0.624217;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0167073;OID=.;OPOS=74664743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:13:30:20:23:13:30:20:23 chr16 74664810 . A T 1085.12 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116748;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5246;QD=60.2842;RBI=0.123262;REFB=0;REVB=0.0395402;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222088;OID=.;OPOS=74664810;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr16 74670458 . C T 688.43 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.189;QD=62.5844;RBI=0.0453524;REFB=0;REVB=-0.0424847;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208498;OID=.;OPOS=74670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr16 74695079 . G T 1604.46 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000404097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.138;QD=59.9799;RBI=0.0166646;REFB=0;REVB=-0.0166597;RO=0;SAF=45;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.7585e-05;OID=.;OPOS=74695079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:104:107:1:59:45:0:0:60:47:0:0 chr16 74750405 . G A 181.26 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0308061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.759;QD=16.4784;RBI=0.0379173;REFB=-0.0104509;REVB=-0.0221066;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00439071;STB=0.510991;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0177533;OID=.;OPOS=74750405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:25:19:19:0.431818:11:8:10:14:11:8:11:14 chr16 75203269 . A C 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00466783;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.745;QD=19.7024;RBI=0.0374483;REFB=-0.00803973;REVB=0.0371562;RO=16;SAF=5;SAR=12;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385524;STB=0.718056;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00814286;OID=.;OPOS=75203269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:12:5:12:4:12:5:12:4 chr16 75238096 . A G 109.71 PASS AF=0.236111;AO=17;DP=72;FAO=17;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0106606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.333;QD=6.09525;RBI=0.013857;REFB=-0.0137841;REVB=0.00885258;RO=53;SAF=4;SAR=13;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205863;STB=0.618896;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.067414;OID=.;OPOS=75238096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:53:55:17:17:0.236111:13:4:20:33:13:4:20:35 chr16 75238103 . C T 1135.12 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9065;QD=60.5399;RBI=0.0608898;REFB=0;REVB=0.0305147;RO=0;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588235;OID=.;OPOS=75238103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:48:27:0:0:48:27:0:0 chr16 75269267 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.713;QD=63.582;RBI=0.0168719;REFB=0;REVB=0.00333579;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.96728e-05;OID=.;OPOS=75269267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr16 75269352 . C A 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0267533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7029;QD=6.52627;RBI=0.0267851;REFB=0.00421177;REVB=-0.00130351;RO=20;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257095;STB=0.666173;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.0159538;OID=.;OPOS=75269352;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:2:5:10:10:2:5:10:10 chr16 75269534 . C T 563.97 PASS AF=0.95122;AO=38;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0403282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.958;QD=55.0217;RBI=0.0768166;REFB=-0.0720178;REVB=0.0653791;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208236;STB=0.503175;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00393511;OID=.;OPOS=75269534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:1:2:38:39:0.95122:16:22:1:0:17:22:1:1 chr16 75281964 . A C 692.98 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302991;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.904;QD=62.9982;RBI=0.0760177;REFB=0;REVB=0.0697184;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178489;OID=.;OPOS=75281964;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr16 75327916 . A G 785.12 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0499627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.752;QD=57.0999;RBI=0.0566476;REFB=0;REVB=0.026696;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112545;OID=.;OPOS=75327916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr16 75565242 . A C 50.31 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00163387;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=170.71;QD=14.3742;RBI=0.0120503;REFB=0.000596525;REVB=0.011939;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40817;STB=0.732842;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.000335702;OID=.;OPOS=75565242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:0:7:4:3:0:7 chr16 75565284 . G A 611.02 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.666;QD=61.1022;RBI=0.05521;REFB=0;REVB=0.0547825;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197716;OID=.;OPOS=75565284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr16 75565420 . A G 919.79 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.066;QD=58.3995;RBI=0.0408199;REFB=0;REVB=-0.0337522;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.49905e-05;OID=.;OPOS=75565420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr16 75574030 . C T 1190.8 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.017;QD=61.0667;RBI=0.0221223;REFB=0;REVB=-0.00789893;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75765e-05;OID=.;OPOS=75574030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:37:40:0:0:37:41:0:0 chr16 75590092 . G C 1077.66 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.745;QD=59.8698;RBI=0.130768;REFB=0;REVB=0.129929;RO=0;SAF=24;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010628;OID=.;OPOS=75590092;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:46:24:0:0:48:24:0:0 chr16 75590113 . C G 400.52 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00837934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.247;QD=21.3609;RBI=0.0100159;REFB=-0.00732752;REVB=-0.00548681;RO=34;SAF=11;SAR=29;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105701;STB=0.568592;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00538544;OID=.;OPOS=75590113;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:35:40:40:0.533333:29:11:13:21:29:11:14:21 chr16 75646576 . G T 2810.97 PASS AF=1;AO=179;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00328777;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.927;QD=62.4661;RBI=0.0126112;REFB=-0.00593563;REVB=0.0121751;RO=1;SAF=92;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514669;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22178e-06;OID=.;OPOS=75646576;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:180:180:1:0:179:180:1:87:92:1:0:88:92:0:0 chr16 75646685 . G T 1062.12 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0840789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8832;QD=59.8377;RBI=0.10278;REFB=0;REVB=-0.0591146;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00127678;OID=.;OPOS=75646685;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr16 75669878 . A G 537.55 PASS AF=0.467213;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0169689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.602;QD=17.6245;RBI=0.0173682;REFB=-0.0101998;REVB=0.00370284;RO=65;SAF=27;SAR=30;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06205;STB=0.534471;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00884774;OID=.;OPOS=75669878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:65:57:57:0.467213:30:27:35:30:30:27:35:30 chr16 75728368 . A G 456.17 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00779326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5473;QD=20.2742;RBI=0.0210207;REFB=0.0052936;REVB=0.0195227;RO=45;SAF=20;SAR=25;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408125;STB=0.522603;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.00876412;OID=.;OPOS=75728368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:25:20:18:27:25:20:18:27 chr16 76311602 . G GT 590.54 PASS AF=1;AO=50;DP=56;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.08496;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.948;QD=43.7437;RBI=0.156519;REFB=0;REVB=0.131453;RO=4;SAF=25;SAR=25;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695711;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00215139;OID=.;OPOS=76311603;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:56:54:54:0:29:25:0:0:10:4:25:25:4:0 chr16 76532583 . A G 686.69 PASS AF=0.607477;AO=61;DP=104;FAO=65;FDP=107;FR=.;FRO=42;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=0.0105877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.449;QD=25.6708;RBI=0.0390451;REFB=0.00588563;REVB=-0.0375822;RO=41;SAF=33;SAR=28;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217123;STB=0.62206;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00204073;OID=.;OPOS=76532583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:41:42:61:65:0.607477:28:33:10:31:29:36:10:32 chr16 76555128 . CT C 37.13 PASS AF=0.252874;AO=27;DP=87;FAO=22;FDP=87;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0712483;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.9162;QD=1.70733;RBI=0.169467;REFB=-0.0387698;REVB=0.153761;RO=51;SAF=14;SAR=13;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122918;STB=0.596367;STBP=0.307;TYPE=del;VARB=0.0450912;OID=.;OPOS=76555129;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.252874:27:87:22:87:65:9:13:35:30:37:51:14:13:27:24 chr16 76587750 . G A 168.4 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0153186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.409;QD=8.52685;RBI=0.0153615;REFB=-0.00153628;REVB=-0.00114742;RO=56;SAF=13;SAR=10;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00753027;STB=0.50448;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00362716;OID=.;OPOS=76587750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:56:56:23:23:0.291139:10:13:32:24:10:13:32:24 chr16 76902847 . T C 101.48 PASS AF=0.193182;AO=17;DP=88;FAO=17;FDP=88;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.0189284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.362;QD=4.61257;RBI=0.0220817;REFB=-0.00630871;REVB=0.0113718;RO=70;SAF=14;SAR=3;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523369;STB=0.829657;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0248646;OID=.;OPOS=76902847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:70:71:17:17:0.193182:3:14:28:42:3:14:29:42 chr16 76902850 . G A 101.45 PASS AF=0.195402;AO=17;DP=87;FAO=17;FDP=87;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.0219461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.886;QD=4.66453;RBI=0.022109;REFB=-0.000192964;REVB=-0.00267884;RO=70;SAF=14;SAR=3;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523369;STB=0.83295;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00121268;OID=.;OPOS=76902850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:70:70:17:17:0.195402:3:14:28:42:3:14:28:42 chr16 77228566 . G A 110.58 PASS AF=0.590909;AO=12;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0411061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.2027;QD=20.1057;RBI=0.0554303;REFB=-0.0809764;REVB=0.0371862;RO=9;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186247;STB=0.615207;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0649879;OID=.;OPOS=77228566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:22:9:9:12:13:0.590909:5:7:3:6:5:8:3:6 chr16 77228629 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2065;QD=51.9139;RBI=0.0204846;REFB=0;REVB=0.0112514;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000837062;OID=.;OPOS=77228629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr16 77228866 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.085336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.098;QD=64.1537;RBI=0.0871551;REFB=0;REVB=0.017714;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174041;OID=.;OPOS=77228866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:33:16:0:0:33:16:0:0 chr16 77228971 . C T 72.49 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0432794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.164;QD=12.0819;RBI=0.0445687;REFB=0.00461317;REVB=-0.0106424;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555787;STB=0.58316;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00388458;OID=.;OPOS=77228971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:23:24:13:14:9:10:0.416667:3:6:8:5:3:7:8:6 chr16 77233338 . C T 2169.01 PASS AF=0.486486;AO=216;DP=445;FAO=216;FDP=444;FR=.;FRO=228;FSAF=124;FSAR=92;FSRF=123;FSRR=105;FWDB=0.0117807;FXX=0.00671126;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.375;QD=19.5406;RBI=0.0123957;REFB=-0.0156437;REVB=0.00385581;RO=227;SAF=124;SAR=92;SRF=122;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347754;STB=0.518068;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0157079;OID=.;OPOS=77233338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:445:444:227:228:216:216:0.486486:92:124:122:105:92:124:123:105 chr16 77233394 . A G 4787.77 PASS AF=1;AO=308;DP=310;FAO=308;FDP=308;FR=.;FRO=0;FSAF=149;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212324;FXX=0.00964599;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.722;QD=62.1788;RBI=0.056946;REFB=0.11581;REVB=0.0528396;RO=1;SAF=149;SAR=159;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00319044;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249784;OID=.;OPOS=77233394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:310:308:1:0:308:308:1:159:149:1:0:159:149:0:0 chr16 77246795 . C G 253.16 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0296346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4137;QD=19.106;RBI=0.0297798;REFB=0.00166867;REVB=0.00293703;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499385;STB=0.527912;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.00237464;OID=.;OPOS=77246795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:14:13:14:12:14:13:14:12 chr16 77316150 . G T 218.81 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00743781;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.113;QD=13.6754;RBI=0.00895859;REFB=-0.0253807;REVB=0.00499353;RO=38;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187824;STB=0.607062;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0326192;OID=.;OPOS=77316150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:38:38:26:26:0.40625:11:15:15:23:11:15:15:23 chr16 77327018 . G A 452.93 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=19;FWDB=-0.00889329;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.2;QD=16.3219;RBI=0.0683299;REFB=-0.0185775;REVB=0.0677487;RO=61;SAF=34;SAR=16;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.009677;STB=0.505401;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0222509;OID=.;OPOS=77327018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:61:50:50:0.45045:16:34:42:19:16:34:42:19 chr16 77328895 . C T 454.87 PASS AF=0.462963;AO=49;DP=107;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.00189427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.913;QD=16.8469;RBI=0.0666238;REFB=0.00221826;REVB=0.0665968;RO=58;SAF=24;SAR=25;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740621;STB=0.5357;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00209879;OID=.;OPOS=77328895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:58:58:49:50:0.462963:25:24:24:34:26:24:24:34 chr16 77328990 . C A 184.39 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=36;FWDB=-0.0040072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.578;QD=10.1033;RBI=0.0044301;REFB=-0.000586096;REVB=-0.00188894;RO=49;SAF=8;SAR=16;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913869;STB=0.553149;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.000604574;OID=.;OPOS=77328990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:49:24:24:0.328767:16:8:13:36:16:8:13:36 chr16 77353973 . G T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.88;QD=57.7115;RBI=0.0310018;REFB=0;REVB=0.0233847;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199546;OID=.;OPOS=77353973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr16 77359919 . A T 976.4 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00349602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.344;QD=57.4355;RBI=0.0132003;REFB=0.0240748;REVB=0.012729;RO=1;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129467;STB=0.506847;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00116342;OID=.;OPOS=77359919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:36:31:0:1:36:31:0:1 chr16 77389956 . A G 850.32 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.256;QD=57.6486;RBI=0.0234427;REFB=0;REVB=-0.0100856;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73632e-05;OID=.;OPOS=77389956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr16 77769369 . C T 1047.01 PASS AF=0.425926;AO=115;DP=270;FAO=115;FDP=270;FR=.;FRO=155;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=74;FSRR=81;FWDB=0.0259189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.951;QD=15.5112;RBI=0.0278286;REFB=-0.0145523;REVB=0.0101314;RO=155;SAF=59;SAR=56;SRF=74;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367089;STB=0.520439;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0185695;OID=.;OPOS=77769369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:155:155:115:115:0.425926:56:59:74:81:56:59:74:81 chr16 77775672 . A G 355.43 PASS AF=0.396226;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0241407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9372;QD=13.4124;RBI=0.0312481;REFB=-0.00326673;REVB=-0.019841;RO=63;SAF=23;SAR=19;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0084917;STB=0.500453;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00217622;OID=.;OPOS=77775672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:64:42:42:0.396226:19:23:35:28:19:23:35:29 chr16 77896684 . G A 99.21 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0133976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.201;QD=6.50527;RBI=0.0140642;REFB=-3.50945e-05;REVB=-0.00427875;RO=46;SAF=7;SAR=8;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225315;STB=0.637758;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.000250868;OID=.;OPOS=77896684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:46:46:15:15:0.245902:8:7:30:16:8:7:30:16 chr16 78013112 . T A 342.03 PASS AF=0.430233;AO=34;DP=83;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00452781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2811;QD=15.9086;RBI=0.0269652;REFB=-0.038738;REVB=0.0265824;RO=48;SAF=21;SAR=13;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166291;STB=0.567531;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0379668;OID=.;OPOS=78013112;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:48:49:34:37:0.430233:13:21:22:26:16:21:22:27 chr16 78013123 . C T 1304.63 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.869;QD=61.3945;RBI=0.0262757;REFB=0;REVB=-0.00186021;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.25625e-05;OID=.;OPOS=78013123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:45:39:0:0:46:39:0:0 chr16 78013882 . A T 1572.69 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.691;QD=59.9118;RBI=0.0135997;REFB=0;REVB=-0.00715022;RO=0;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67921e-06;OID=.;OPOS=78013882;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:54:50:0:0:54:51:0:0 chr16 78063000 . T C 275.08 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.030768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3361;QD=15.4972;RBI=0.0396798;REFB=-0.0218411;REVB=0.0250562;RO=39;SAF=17;SAR=14;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934911;STB=0.558405;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0234069;OID=.;OPOS=78063000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:40:31:31:0.43662:14:17:25:14:14:17:26:14 chr16 78063064 . G T 169.48 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0423406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3831;QD=16.5344;RBI=0.0592572;REFB=-0.0106389;REVB=-0.0414571;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235989;STB=0.634008;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00976066;OID=.;OPOS=78063064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:9:9:17:6:9:9:17:6 chr16 78064351 . C G 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.00902917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.988;QD=12.3948;RBI=0.0103337;REFB=-0.0104494;REVB=0.00502587;RO=24;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131709;STB=0.57682;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0171609;OID=.;OPOS=78064351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:5:9:18:6:5:9:18:6 chr16 78064610 . C T 301.33 PASS AF=0.300752;AO=40;DP=133;FAO=40;FDP=133;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=0.00652072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.942;QD=9.06244;RBI=0.00652162;REFB=-0.00240464;REVB=-0.000108668;RO=93;SAF=29;SAR=11;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335295;STB=0.697068;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00410464;OID=.;OPOS=78064610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:93:93:40:40:0.300752:11:29:42:51:11:29:42:51 chr16 78065139 . A G 1102.53 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00453085;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.727;QD=58.8018;RBI=0.0142556;REFB=-0.0493088;REVB=0.0135164;RO=1;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106316;STB=0.505616;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=2.76272e-06;OID=.;OPOS=78065139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:44:30:0:1:44:30:0:1 chr16 78065972 . A G 634.46 PASS AF=0.420118;AO=71;DP=169;FAO=71;FDP=169;FR=.;FRO=98;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=0.00262812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8429;QD=15.0167;RBI=0.0437793;REFB=0.00128709;REVB=0.0437004;RO=97;SAF=47;SAR=24;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169182;STB=0.59241;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00191899;OID=.;OPOS=78065972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:97:98:71:71:0.420118:24:47:49:48:24:47:50:48 chr16 78066018 . A C 551.63 PASS AF=0.405405;AO=60;DP=148;FAO=60;FDP=148;FR=.;FRO=88;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=0.0080091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.567;QD=14.9089;RBI=0.0167558;REFB=-0.00606177;REVB=0.0147177;RO=88;SAF=41;SAR=19;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192391;STB=0.608679;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00882905;OID=.;OPOS=78066018;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:88:88:60:60:0.405405:19:41:45:43:19:41:45:43 chr16 78142306 . TTG T,TTT 114.87 PASS AF=0.371429,0.0285714;AO=5,5;DP=35;FAO=13,1;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7,0;FSAR=6,1;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0164289,-0.0166632;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=2,1;MLLD=222.207,222.782;QD=13.1274;RBI=0.0261417,0.0227307;REFB=0.020945,0.0209794;REVB=0.0203342,0.0154604;RO=18;SAF=2,4;SAR=3,1;SRF=10;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0.371429,0;SSSB=-0.177683,0.314974;STB=0.520516,0.991047;STBP=0.89,0.26;TYPE=del,snp;VARB=-0.0482378,-0.0449819;OID=.,.;OPOS=78142307,78142308;OREF=TG,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371429,0.0285714:5,5:35:13,1:35:21:7,0:6,1:12:9:81:18:2,4:3,1:10:8 chr16 78148943 . C G 414.0 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0358208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7607;QD=19.0344;RBI=0.0548797;REFB=0.0206552;REVB=-0.041577;RO=44;SAF=23;SAR=19;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00200887;STB=0.507443;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.0225504;OID=.;OPOS=78148943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:44:45:42:42:0.482759:19:23:24:20:19:23:24:21 chr16 78149000 . C T 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0020074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.908;QD=18.4582;RBI=0.0023682;REFB=0.00621754;REVB=-0.00125646;RO=41;SAF=21;SAR=17;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150658;STB=0.508402;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.00614582;OID=.;OPOS=78149000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:17:21:22:19:17:21:22:19 chr16 78312489 . G T 197.43 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0108518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.111;QD=18.3656;RBI=0.0111918;REFB=-0.00811844;REVB=0.00273791;RO=23;SAF=15;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219753;STB=0.633998;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00899753;OID=.;OPOS=78312489;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:23:19:20:0.465116:4:15:14:9:4:16:14:9 chr16 78312497 . C A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.179;QD=63.872;RBI=0.0239261;REFB=0;REVB=0.0231591;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5385e-05;OID=.;OPOS=78312497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:15:33:0:0:15:33:0:0 chr16 78466544 . G A 203.74 PASS AF=0.242188;AO=31;DP=128;FAO=31;FDP=128;FR=.;FRO=97;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=0.00556886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7407;QD=6.36671;RBI=0.00724888;REFB=0.00192254;REVB=0.00464048;RO=97;SAF=17;SAR=14;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669323;STB=0.54061;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00558202;OID=.;OPOS=78466544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:97:97:31:31:0.242188:14:17:48:49:14:17:48:49 chr16 78586531 . T C 2201.78 PASS AF=0.992908;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0404487;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1939;QD=62.462;RBI=0.0417857;REFB=-0.0302391;REVB=0.0104857;RO=0;SAF=68;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36214e-08;STB=0.503496;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000485908;OID=.;OPOS=78586531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:141:0:1:139:140:0.992908:71:68:0:0:71:69:0:1 chr16 78790846 . G A 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0102171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.109;QD=24.4929;RBI=0.0121571;REFB=0.00830834;REVB=0.00658829;RO=15;SAF=15;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992364;STB=0.555501;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00541009;OID=.;OPOS=78790846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:6:15:9:6:6:15:9:6 chr16 78790883 . A G 116.65 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0411996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.404;QD=11.6646;RBI=0.0468376;REFB=-0.00761143;REVB=0.0222789;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496759;STB=0.52937;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00742106;OID=.;OPOS=78790883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:6:8:16:10:6:8:16:10 chr16 79633805 . TGCC T 243.72 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105696;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=3;MLLD=239.256;QD=51.3084;RBI=0.123341;REFB=0;REVB=0.0635706;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000829576;OID=.;OPOS=79633806;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:20:19:19:0:9:10:0:0:4:0:8:10:0:0 chr16 81050965 . A T 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00246848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.975;QD=60.5468;RBI=0.0303277;REFB=0;REVB=-0.0302271;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59069e-05;OID=.;OPOS=81050965;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr16 81061827 . G A 1773.64 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000166129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.0195;QD=59.1212;RBI=0.0206098;REFB=0.0019656;REVB=-0.0206092;RO=2;SAF=48;SAR=70;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193753;STB=0.510202;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.000268108;OID=.;OPOS=81061827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:2:2:118:118:0.983333:70:48:2:0:70:48:2:0 chr16 81062171 . CA AT,TA 808.99 PASS AF=0.0175439,0.982456;AO=2,53;DP=57;FAO=1,56;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=1,33;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326826,-0.0253755;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=33.8314,162.079;QD=56.7715;RBI=0.0629129,0.0304837;REFB=0,0;REVB=0.0537576,0.0168919;RO=0;SAF=2,30;SAR=0,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.72004e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.01371,0.000117872;OID=.,.;OPOS=81062171,81062171;OREF=CA,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:57:57:0:0:2,53:1,56:0.0175439,0.982456:0,23:2,30:0:0:0,23:1,33:0:0 chr16 81077915 . T C 359.41 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.586;QD=55.2933;RBI=0.0676667;REFB=0;REVB=-0.00619346;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474186;OID=.;OPOS=81077915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:23:26:1:11:12:0:0:11:15:0:0 chr16 81095363 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.908;QD=45.8068;RBI=0.0248068;REFB=0;REVB=-0.0209831;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100057;OID=.;OPOS=81095363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr16 81142257 . T C 768.53 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5804;QD=56.928;RBI=0.0665558;REFB=0;REVB=0.00935363;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487877;OID=.;OPOS=81142257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:15:36:0:0:15:39:0:0 chr16 81145807 . C G 2101.67 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0477063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6084;QD=62.7364;RBI=0.0538542;REFB=0;REVB=0.0249876;RO=0;SAF=61;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.72667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102208;OID=.;OPOS=81145807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:73:61:0:0:73:61:0:0 chr16 81151122 . A C 1080.45 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5323;QD=60.0249;RBI=0.0254804;REFB=0;REVB=-0.00294696;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82018e-05;OID=.;OPOS=81151122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:28:44:0:0:28:44:0:0 chr16 81155308 . A T 311.36 PASS AF=0.426829;AO=34;DP=77;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0080848;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.1354;QD=15.1883;RBI=0.0227835;REFB=-0.0165588;REVB=0.0213008;RO=43;SAF=20;SAR=14;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168594;STB=0.501778;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0218597;OID=.;OPOS=81155308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:82:43:47:34:35:0.426829:14:20:26:17:15:20:27:20 chr16 81157324 . G A 199.03 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0113026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8262;QD=15.6101;RBI=0.0249815;REFB=-0.0325222;REVB=-0.0222784;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00630218;STB=0.503594;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0434922;OID=.;OPOS=81157324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:12:10:13:16:12:10:13:16 chr16 81173136 . T C 1029.69 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138412;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3077;QD=59.6923;RBI=0.0427977;REFB=0;REVB=-0.0404977;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000435969;OID=.;OPOS=81173136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:28:41:0:0:28:41:0:0 chr16 81174978 . A G 793.04 PASS AF=0.531915;AO=75;DP=141;FAO=75;FDP=141;FR=.;FRO=66;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0158454;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.425;QD=22.4975;RBI=0.0164436;REFB=-0.0244854;REVB=-0.00439502;RO=65;SAF=43;SAR=32;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168283;STB=0.506076;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0228516;OID=.;OPOS=81174978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:65:66:75:75:0.531915:32:43:36:29:32:43:37:29 chr16 81174992 . G T 832.03 PASS AF=0.528662;AO=83;DP=157;FAO=83;FDP=157;FR=.;FRO=74;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=0.00334204;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.582;QD=21.1981;RBI=0.00816421;REFB=-0.0103822;REVB=0.00744883;RO=74;SAF=44;SAR=39;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067692;STB=0.537048;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00602713;OID=.;OPOS=81174992;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:74:74:83:83:0.528662:39:44:45:29:39:44:45:29 chr16 81174999 . A G 925.62 PASS AF=0.5625;AO=86;DP=156;FAO=90;FDP=160;FR=.;FRO=70;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.0121415;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.894;QD=23.1404;RBI=0.013928;REFB=-0.0195299;REVB=0.00682453;RO=69;SAF=42;SAR=44;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626366;STB=0.539542;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.016461;OID=.;OPOS=81174999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:160:69:70:86:90:0.5625:44:42:39:30:48:42:39:31 chr16 81181097 . G T 600.16 PASS AF=0.586957;AO=54;DP=92;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.022096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.587;QD=26.0941;RBI=0.0234469;REFB=-0.0174716;REVB=-0.00784383;RO=38;SAF=24;SAR=30;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586754;STB=0.532008;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0109502;OID=.;OPOS=81181097;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:38:38:54:54:0.586957:30:24:14:24:30:24:14:24 chr16 81183325 . T A 370.55 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.00110107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.664;QD=14.8221;RBI=0.00360943;REFB=-0.00874263;REVB=-0.00343739;RO=60;SAF=27;SAR=13;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339806;STB=0.692213;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00785325;OID=.;OPOS=81183325;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:60:60:40:40:0.4:13:27:21:39:13:27:21:39 chr16 81185416 . A G 888.52 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0684691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.548;QD=56.414;RBI=0.0779308;REFB=-0.0682823;REVB=0.0372182;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.510635;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00153256;OID=.;OPOS=81185416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:23:39:0:0:23:39:0:1 chr16 81187568 . C T 118.72 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00417043;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.16;QD=12.1767;RBI=0.00700351;REFB=-0.0227125;REVB=0.00562642;RO=24;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827774;STB=0.533285;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0326319;OID=.;OPOS=81187568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:25:13:14:0.358974:5:8:13:11:6:8:13:12 chr16 81187571 . T A 124.54 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0289638;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.003;QD=12.7737;RBI=0.0297165;REFB=-0.00898575;REVB=-0.006646;RO=23;SAF=8;SAR=2;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355595;STB=0.711862;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0112069;OID=.;OPOS=81187571;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:40:39:23:24:10:10:0.25641:2:8:12:11:2:8:13:11 chr16 81187634 . GG CT 242.7 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00108772;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=179.353;QD=19.8122;RBI=0.0244724;REFB=-0.011858;REVB=0.0244483;RO=25;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678115;STB=0.523789;STBP=0.76;TYPE=mnp;VARB=0.015956;OID=.;OPOS=81187634;OREF=GG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:22:23:0.469388:9:13:13:12:10:13:13:12 chr16 81187665 . C T 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00791864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.844;QD=17.7533;RBI=0.0156925;REFB=-0.0119356;REVB=-0.0135481;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658101;STB=0.536979;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0109176;OID=.;OPOS=81187665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:11:14:17:10:11:14:17:10 chr16 81187709 . T A 200.94 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=3.0559e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3274;QD=15.1653;RBI=0.0582902;REFB=0.00808831;REVB=0.0582902;RO=30;SAF=13;SAR=10;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212184;STB=0.619526;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00794853;OID=.;OPOS=81187709;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:10:13:23:7:10:13:23:7 chr16 81190601 . T C 1394.77 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00427518;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.15;QD=62.6862;RBI=0.0547819;REFB=0;REVB=0.0546149;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86936e-05;OID=.;OPOS=81190601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr16 81190613 . A G 1437.77 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0213768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3636;QD=61.8397;RBI=0.0584346;REFB=0.107966;REVB=0.0543842;RO=1;SAF=47;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998003;STB=0.505262;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00145583;OID=.;OPOS=81190613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:45:47:1:0:45:47:1:0 chr16 81193322 . G A 736.12 PASS AF=0.525926;AO=71;DP=134;FAO=71;FDP=135;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.00609479;FXX=0.0073524;HRUN=5;LEN=1;MLLD=147.332;QD=21.811;RBI=0.0408579;REFB=0.00194342;REVB=-0.0404008;RO=63;SAF=37;SAR=34;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385078;STB=0.524816;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.00160511;OID=.;OPOS=81193322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:63:64:71:71:0.525926:34:37:30:33:34:37:30:34 chr16 81193358 . C G 647.98 PASS AF=0.461538;AO=66;DP=143;FAO=66;FDP=143;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.00462378;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8832;QD=18.1253;RBI=0.0623972;REFB=-0.0150284;REVB=0.0622257;RO=75;SAF=37;SAR=29;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392942;STB=0.522346;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00961328;OID=.;OPOS=81193358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:75:77:66:66:0.461538:29:37:39:36:29:37:40:37 chr16 81194382 . T C 453.37 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.00293743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.876;QD=16.3377;RBI=0.00364137;REFB=-0.019376;REVB=0.00215199;RO=60;SAF=22;SAR=28;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232176;STB=0.507689;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0219147;OID=.;OPOS=81194382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:61:50:50:0.45045:28:22:25:35:28:22:26:35 chr16 81198306 . C A 226.73 PASS AF=0.402985;AO=25;DP=65;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00875809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.755;QD=13.536;RBI=0.00923746;REFB=-0.0158842;REVB=0.00293711;RO=39;SAF=15;SAR=10;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668933;STB=0.526058;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0254498;OID=.;OPOS=81198306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:39:40:25:27:0.402985:10:15:21:18:11:16:22:18 chr16 81199520 . T C 203.86 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.0468515;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2002;QD=12.3552;RBI=0.0475685;REFB=-0.0134994;REVB=-0.00822849;RO=41;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283675;STB=0.661818;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0283501;OID=.;OPOS=81199520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:41:41:25:25:0.378788:11:14:12:29:11:14:12:29 chr16 81199538 . T C 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0229041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2015;QD=13.7473;RBI=0.0230584;REFB=-0.0171763;REVB=-0.002663;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151068;STB=0.586132;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0309589;OID=.;OPOS=81199538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:12:10:10:22:12:10:10:22 chr16 81199544 . G A 188.69 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00429011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.731;QD=14.2404;RBI=0.0393746;REFB=-0.0294503;REVB=0.0391402;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138483;STB=0.578878;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0289305;OID=.;OPOS=81199544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:12:10:10:21:12:10:10:21 chr16 81199554 . CA TG 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0283529;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=199.002;QD=16.8248;RBI=0.0283546;REFB=-0.0159119;REVB=0.00030458;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073897;STB=0.542129;STBP=0.63;TYPE=mnp;VARB=0.0200203;OID=.;OPOS=81199554;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:12:9:10:18:12:9:10:18 chr16 81208175 . C T 267.95 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0182475;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.321;QD=18.4792;RBI=0.0182475;REFB=-0.015131;REVB=-1.20214e-05;RO=29;SAF=18;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126275;STB=0.570682;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0139895;OID=.;OPOS=81208175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:29:29:29:29:0.5:11:18:14:15:11:18:14:15 chr16 81208336 . C T 190.09 PASS AF=0.308642;AO=25;DP=81;FAO=25;FDP=81;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0055743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.765;QD=9.38738;RBI=0.021329;REFB=-0.0175545;REVB=-0.0205877;RO=56;SAF=11;SAR=14;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287529;STB=0.516952;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0350226;OID=.;OPOS=81208336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:56:56:25:25:0.308642:14:11:26:30:14:11:26:30 chr16 81208515 . G A 183.38 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0259756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.981;QD=20.9582;RBI=0.0259822;REFB=-0.0378941;REVB=0.000585825;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161077;STB=0.590672;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0226206;OID=.;OPOS=81208515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:12:7:9:7:12:7:9:7 chr16 81209207 . T C 393.59 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.551;QD=56.2268;RBI=0.0125915;REFB=0;REVB=-0.00308366;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05375e-05;OID=.;OPOS=81209207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:11:16:0:0:11:17:0:0 chr16 81211496 . C A 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00923174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.737;QD=21.7465;RBI=0.00942163;REFB=-0.0205927;REVB=0.00188201;RO=20;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161987;STB=0.591027;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0127094;OID=.;OPOS=81211496;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:14:8:11:9:14:8:11:9 chr16 81211548 . G A 300.3 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00510294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6934;QD=24.514;RBI=0.0294607;REFB=-0.00221079;REVB=0.0290154;RO=22;SAF=10;SAR=17;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215829;STB=0.619971;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00190869;OID=.;OPOS=81211548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:17:10:14:8:17:10:14:8 chr16 81213378 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00391067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.679;QD=57.1773;RBI=0.0401264;REFB=0;REVB=0.0399354;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08047e-05;OID=.;OPOS=81213378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr16 81219213 . C T 470.93 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=41;FWDB=0.0608109;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.279;QD=20.0395;RBI=0.0609071;REFB=-0.0205174;REVB=0.00342186;RO=48;SAF=14;SAR=32;SRF=7;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188191;STB=0.603266;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0220274;OID=.;OPOS=81219213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:48:48:46:46:0.489362:32:14:7:41:32:14:7:41 chr16 81232275 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.933;QD=53.277;RBI=0.0246329;REFB=0;REVB=0.0205491;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9733e-05;OID=.;OPOS=81232275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr16 81232564 . T G 2580.46 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00924979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.5531;QD=61.4396;RBI=0.0330917;REFB=0;REVB=-0.0317727;RO=1;SAF=68;SAR=99;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00478325;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123671;OID=.;OPOS=81232564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:1:0:167:168:1:99:68:0:1:100:68:0:0 chr16 81241098 . C T 1434.42 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.377;QD=63.0516;RBI=0.0433348;REFB=0;REVB=0.0177745;RO=0;SAF=38;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95935e-05;OID=.;OPOS=81241098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:53:38:0:0:53:38:0:0 chr16 81241100 . G C 1400.42 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0144643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.067;QD=61.5567;RBI=0.0332631;REFB=0.00599718;REVB=0.0299536;RO=1;SAF=37;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126372;STB=0.506665;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=2.39682e-05;OID=.;OPOS=81241100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:53:37:1:0:53:37:1:0 chr16 81242102 . G A 1290.8 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000637848;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.499;QD=60.7438;RBI=0.0414136;REFB=-0.0369056;REVB=-0.0414087;RO=1;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108888;STB=0.505746;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000121587;OID=.;OPOS=81242102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:43:41:0:1:43:41:0:1 chr16 81242194 . T C 1207.4 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557578;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.795;QD=61.1341;RBI=0.0637936;REFB=0;REVB=0.0309949;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09583e-05;OID=.;OPOS=81242194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:79:0:0:71:79:1:42:29:0:0:43:36:0:0 chr16 81248745 . A G 2529.44 PASS AF=1;AO=162;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.819;QD=61.6937;RBI=0.0420776;REFB=0;REVB=0.00129105;RO=0;SAF=106;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86639e-05;OID=.;OPOS=81248745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:162:164:1:56:106:0:0:57:107:0:0 chr16 81249954 . T A 1011.6 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00143277;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.629;QD=59.5056;RBI=0.0270568;REFB=0;REVB=0.0270188;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01752e-05;OID=.;OPOS=81249954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:67:68:1:31:36:0:0:32:36:0:0 chr16 81253745 . C G 1506.47 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.359;QD=58.5038;RBI=0.0514293;REFB=0;REVB=0.0254888;RO=0;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279156;OID=.;OPOS=81253745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:103:0:0:97:103:1:43:54:0:0:44:59:0:0 chr16 81253759 . A G 1549.12 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2455;QD=63.8812;RBI=0.0242075;REFB=0;REVB=-0.00382678;RO=0;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131729;OID=.;OPOS=81253759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:43:54:0:0:43:54:0:0 chr16 81253917 . A C,G 725.58 PASS AF=0.0851064,0.914894;AO=3,43;DP=47;FAO=4,43;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=3,21;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226565,0.0155464;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=14.1562,218.826;QD=61.7514;RBI=0.0242413,0.0176409;REFB=0,0;REVB=0.00862104,0.00833724;RO=0;SAF=2,21;SAR=1,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.142533,-9.42475e-05;OID=.,.;OPOS=81253917,81253917;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:47:47:0:0:3,43:4,43:0.0851064,0.914894:1,22:2,21:0:0:1,22:3,21:0:0 chr16 81279120 . T C 191.35 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00891232;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.653;QD=13.4278;RBI=0.0114172;REFB=-0.0133608;REVB=0.00713602;RO=33;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129261;STB=0.566038;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0188368;OID=.;OPOS=81279120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:33:34:23:23:0.403509:9:14:16:17:9:14:17:17 chr16 81301694 . A T 327.9 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0182019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.339;QD=20.4937;RBI=0.0213951;REFB=-0.00661286;REVB=-0.0112447;RO=30;SAF=19;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00672861;STB=0.503729;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00500483;OID=.;OPOS=81301694;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:15:19:17:13:15:19:17:13 chr16 81388181 . C G 654.1 PASS AF=0.515873;AO=65;DP=127;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.00548891;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.709;QD=20.7651;RBI=0.00628595;REFB=0.00369186;REVB=-0.0030635;RO=60;SAF=33;SAR=32;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661452;STB=0.532019;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.00281128;OID=.;OPOS=81388181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:60:61:65:65:0.515873:32:33:35:25:32:33:35:26 chr16 81497952 . A G 1116.84 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.985;QD=60.3698;RBI=0.0330318;REFB=0;REVB=0.0327878;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08447e-05;OID=.;OPOS=81497952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:28:46:0:0:28:46:0:0 chr16 81679151 . A G 1571.55 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155856;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.434;QD=64.1448;RBI=0.0241484;REFB=0;REVB=-0.0184454;RO=0;SAF=56;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81847e-05;OID=.;OPOS=81679151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:98:0:0:98:98:1:42:56:0:0:42:56:0:0 chr16 81730192 . G A 317.25 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.000642085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.063;QD=25.8982;RBI=0.0198737;REFB=0.00188283;REVB=0.0198633;RO=21;SAF=17;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175679;STB=0.597295;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00157295;OID=.;OPOS=81730192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:11:17:8:13:11:17:8:13 chr16 81730243 . G A 92.07 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0673106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5837;QD=8.98238;RBI=0.0684889;REFB=-0.0187166;REVB=-0.0126493;RO=28;SAF=4;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310764;STB=0.677126;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0364512;OID=.;OPOS=81730243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:28:29:12:12:0.292683:8:4:17:11:8:4:17:12 chr16 81819768 . T C 877.06 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.633;QD=57.5124;RBI=0.0232697;REFB=0;REVB=0.0121136;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051048;OID=.;OPOS=81819768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:31:29:0:0:31:30:0:0 chr16 81902079 . T C 1259.38 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0236753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7759;QD=59.9703;RBI=0.0855498;REFB=-0.0458385;REVB=0.0822086;RO=1;SAF=28;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869025;STB=0.504503;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.000934249;OID=.;OPOS=81902079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:1:1:82:83:0.988095:54:28:0:1:55:28:0:1 chr16 81902283 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.433;QD=56.7065;RBI=0.0575511;REFB=0;REVB=0.0118018;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402874;OID=.;OPOS=81902283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr16 81929488 . C T 927.43 PASS AF=0.526012;AO=91;DP=173;FAO=91;FDP=173;FR=.;FRO=82;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.00194899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.159;QD=21.4434;RBI=0.00726787;REFB=-0.0289316;REVB=-0.00700167;RO=82;SAF=50;SAR=41;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324391;STB=0.517766;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0255271;OID=.;OPOS=81929488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:82:82:91:91:0.526012:41:50:42:40:41:50:42:40 chr16 81941319 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.462;QD=56.957;RBI=0.0359012;REFB=0;REVB=0.0314192;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69957e-05;OID=.;OPOS=81941319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr16 81971403 . T C 253.39 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0392253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6772;QD=15.1275;RBI=0.039325;REFB=-0.024179;REVB=0.00279926;RO=37;SAF=23;SAR=6;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124195;STB=0.584683;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0424596;OID=.;OPOS=81971403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:37:38:29:29:0.432836:6:23:26:11:6:23:26:12 chr16 81995543 . G T 154.94 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0418088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.301;QD=32.6186;RBI=0.0487767;REFB=-0.0299318;REVB=0.0251236;RO=4;SAF=12;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158002;STB=0.588107;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00900172;OID=.;OPOS=81995543;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:3:12:2:2:3:12:2:2 chr16 82131813 . G A 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00617747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.839;QD=18.7771;RBI=0.0201089;REFB=0.0221197;REVB=-0.0191365;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694935;STB=0.538893;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.0197397;OID=.;OPOS=82131813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:14:12:10:16:14:12:10:16 chr16 82203705 . A C 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0838574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.114;QD=6.016;RBI=0.0945948;REFB=-0.0253633;REVB=-0.0437733;RO=22;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352443;STB=0.727514;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0647575;OID=.;OPOS=82203705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:5:2:13:9:5:2:13:9 chr16 82203711 . G T 34.08 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0663714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.392;QD=4.54393;RBI=0.0678789;REFB=-0.00893944;REVB=0.014226;RO=23;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270373;STB=0.666112;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.11237;OID=.;OPOS=82203711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:23:24:6:6:0.2:4:2:13:10:4:2:13:11 chr16 82203742 . T C 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0893819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5842;QD=7.95477;RBI=0.0974411;REFB=0.000915504;REVB=0.0388026;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241269;STB=0.673008;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00340528;OID=.;OPOS=82203742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:27:18:19:8:8:0.296296:6:2:8:10:6:2:9:10 chr16 82203758 . C T 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.000514444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6907;QD=5.68925;RBI=0.0495275;REFB=0.0100579;REVB=0.0495249;RO=19;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39826;STB=0.768238;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0280102;OID=.;OPOS=82203758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:5:1:9:10:5:1:9:10 chr16 82203768 . G T 35.55 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00765688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.129;QD=5.68849;RBI=0.020743;REFB=-0.00420308;REVB=-0.0192781;RO=19;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39826;STB=0.768238;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00746457;OID=.;OPOS=82203768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:5:1:9:10:5:1:9:10 chr16 82673047 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00589574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.117;QD=57.7122;RBI=0.0392821;REFB=0;REVB=0.0388371;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94525e-05;OID=.;OPOS=82673047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr16 82903030 . A C 227.23 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281595;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0419;QD=50.4957;RBI=0.0905196;REFB=0;REVB=0.0860281;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0043249;OID=.;OPOS=82903030;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr16 83065664 . G A 2636.43 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.531;QD=62.0337;RBI=0.0203746;REFB=0;REVB=0.0154087;RO=0;SAF=86;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.98948e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97311e-05;OID=.;OPOS=83065664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:170:0:0:168:170:1:82:86:0:0:84:86:0:0 chr16 83205106 . T A 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=7.05259e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.151;QD=9.56963;RBI=0.00329613;REFB=-0.00667691;REVB=0.00329538;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19274;STB=0.629345;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0160535;OID=.;OPOS=83205106;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:14:15:8:8:0.347826:3:5:11:3:3:5:12:3 chr16 83205185 . G T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00582097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.369;QD=7.83717;RBI=0.038095;REFB=0.00274075;REVB=-0.0376477;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183097;STB=0.616089;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00502323;OID=.;OPOS=83205185;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:2:5:9:7:2:5:9:7 chr16 83214480 . C A 187.97 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.014808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.073;QD=20.3209;RBI=0.0155428;REFB=-0.0137827;REVB=-0.00472237;RO=16;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136709;STB=0.538864;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0113248;OID=.;OPOS=83214480;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:18:19:19:0.513514:8:11:9:7:8:11:9:9 chr16 83817019 . A G 658.07 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.737;QD=61.2154;RBI=0.0286951;REFB=0;REVB=-0.0270803;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74167e-05;OID=.;OPOS=83817019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:16:24:0:0:18:25:0:0 chr16 83941865 . G C 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0390164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.201;QD=12.5695;RBI=0.0462108;REFB=-0.0145701;REVB=-0.024762;RO=26;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00352433;STB=0.502072;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0243601;OID=.;OPOS=83941865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:11:4:7:19:11:4:7:19 chr16 83983071 . C T 871.28 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0178479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.866;QD=56.2114;RBI=0.0658208;REFB=0.0701827;REVB=0.0633548;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00015517;OID=.;OPOS=83983071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:34:27:0:0:34:27:0:1 chr16 83984776 . A C 838.52 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0886984;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9474;QD=56.8491;RBI=0.0892766;REFB=0;REVB=-0.0101441;RO=0;SAF=15;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257865;OID=.;OPOS=83984776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:56:59:1:41:15:0:0:43:16:0:0 chr16 83984844 . A C 905.87 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161064;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.064;QD=58.4434;RBI=0.0164003;REFB=0;REVB=0.016321;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65092e-05;OID=.;OPOS=83984844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr16 83984850 . C G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.653;QD=58.7816;RBI=0.0191003;REFB=0;REVB=0.0140287;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27317e-05;OID=.;OPOS=83984850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr16 84035446 . C G 628.64 PASS AF=0.410405;AO=71;DP=174;FAO=71;FDP=173;FR=.;FRO=102;FSAF=56;FSAR=15;FSRF=57;FSRR=45;FWDB=-0.026456;FXX=0.0057468;HRUN=5;LEN=1;MLLD=120.312;QD=14.535;RBI=0.0264571;REFB=-0.00787065;REVB=0.000247454;RO=100;SAF=56;SAR=15;SRF=56;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287539;STB=0.664637;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0166336;OID=.;OPOS=84035446;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:100:102:71:71:0.410405:15:56:56:44:15:56:57:45 chr16 84067004 . C T 227.37 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0224309;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.564;QD=18.1895;RBI=0.0226022;REFB=-0.019946;REVB=0.00277763;RO=26;SAF=6;SAR=18;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29331;STB=0.666518;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0145291;OID=.;OPOS=84067004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:18:6:14:12:18:6:14:12 chr16 84070500 . C G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.883;QD=64.4148;RBI=0.0448623;REFB=0;REVB=-0.0193536;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66732e-05;OID=.;OPOS=84070500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr16 84073559 . T C 267.33 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00144973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.462;QD=18.4367;RBI=0.0100905;REFB=-0.00878757;REVB=-0.00998582;RO=29;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309096;STB=0.517271;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.010933;OID=.;OPOS=84073559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:15:14:13:16:15:14:13:16 chr16 84115483 . G A 2382.79 PASS AF=0.9875;AO=157;DP=160;FAO=158;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0183224;FXX=0.00621079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.613;QD=59.5698;RBI=0.0252773;REFB=-0.0949539;REVB=0.0174135;RO=1;SAF=86;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665382;STB=0.506944;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000384171;OID=.;OPOS=84115483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:160:160:1:2:157:158:0.9875:71:86:0:1:71:87:0:2 chr16 84188304 . C T 81.48 PASS AF=0.159574;AO=15;DP=95;FAO=15;FDP=94;FR=.;FRO=79;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=-0.00818832;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.426;QD=3.46719;RBI=0.0594541;REFB=0.000819979;REVB=-0.0588876;RO=77;SAF=3;SAR=12;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485372;STB=0.825501;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0169777;OID=.;OPOS=84188304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:95:94:77:79:15:15:0.159574:12:3:46:31:12:3:48:31 chr16 84203612 . A G 190.24 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0972115;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.5168;QD=21.7421;RBI=0.12971;REFB=0.0106733;REVB=-0.0858753;RO=15;SAF=15;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438156;STB=0.737438;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0156471;OID=.;OPOS=84203612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:16:19:19:0.542857:4:15:4:11:4:15:5:11 chr16 84203730 . G C 36.23 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00362537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0289;QD=7.62685;RBI=0.0438971;REFB=-0.0130264;REVB=0.0437472;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391746;STB=0.736228;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0238013;OID=.;OPOS=84203730;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:11:2:3:3:11:2 chr16 84203939 . C T 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0193623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.752;QD=27.8596;RBI=0.0430838;REFB=0.00857895;REVB=0.0384879;RO=8;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982288;STB=0.554393;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.00131787;OID=.;OPOS=84203939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:10:7:2:6:10:7:2:6 chr16 84208335 . G T 489.5 PASS AF=0.428571;AO=53;DP=126;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.0381049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8803;QD=15.5395;RBI=0.0515621;REFB=0.0227793;REVB=0.0347371;RO=73;SAF=26;SAR=27;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025619;STB=0.505298;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.0288545;OID=.;OPOS=84208335;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:73:72:53:54:0.428571:27:26:34:39:28:26:34:38 chr16 84209634 . C G 269.4 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00609637;FXX=0.0285673;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.577;QD=15.8472;RBI=0.00637869;REFB=-0.00842569;REVB=-0.0018767;RO=38;SAF=12;SAR=18;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126316;STB=0.571381;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0127037;OID=.;OPOS=84209634;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:18:12:20:18:18:12:20:18 chr16 84209738 . T C 148.94 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0223086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4998;QD=18.6171;RBI=0.0311233;REFB=-0.0275133;REVB=-0.0217022;RO=15;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0079044;OID=.;OPOS=84209738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:10:6:5:10:10:6:6:10 chr16 84209816 . T C 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0158399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.842;QD=20.8978;RBI=0.0172459;REFB=-0.0368208;REVB=0.00682038;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251651;STB=0.642549;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0158728;OID=.;OPOS=84209816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:5:3:0:4:5:3:0:4 chr16 84212571 . CC AC,AT 226.57 PASS AF=0.133333,0.377778;AO=6,17;DP=45;FAO=6,17;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=4,11;FSAR=2,6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0190128,0.0147959;FXX=0.0217344;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=126.529,211.478;QD=20.1392;RBI=0.0356437,0.0299429;REFB=-0.0259074,-0.018107;REVB=0.0301494,0.0260318;RO=21;SAF=4,11;SAR=2,6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.22433,0.169315;STB=0.633691,0.586103;STBP=0.487,0.388;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0172392,0.0260464;OID=.,.;OPOS=84212571,84212571;OREF=C,CC;OALT=A,AT;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:45:45:21:22:6,17:6,17:0.133333,0.377778:2,6:4,11:10:11:2,6:4,11:11:11 chr16 84213114 . C T 401.46 PASS AF=0.6875;AO=32;DP=46;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00897056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.377;QD=33.4553;RBI=0.00898425;REFB=-0.0473723;REVB=0.000495747;RO=14;SAF=16;SAR=16;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398877;STB=0.515142;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0139671;OID=.;OPOS=84213114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:14:15:32:33:0.6875:16:16:8:6:17:16:8:7 chr16 84213434 . A T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0180317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.986;QD=18.2504;RBI=0.0230538;REFB=-0.0297619;REVB=-0.0143645;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863963;STB=0.5342;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0305993;OID=.;OPOS=84213434;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:9:6:7:7:9:6:7:8 chr16 84213669 . G A 194.94 PASS AF=0.258929;AO=29;DP=107;FAO=29;FDP=112;FR=.;FRO=83;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=-0.0226927;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.568;QD=6.96206;RBI=0.0228299;REFB=-0.0146016;REVB=0.00249892;RO=77;SAF=20;SAR=9;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106588;STB=0.571378;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0435141;OID=.;OPOS=84213669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:112:77:83:29:29:0.258929:9:20:47:30:9:20:50:33 chr16 84215390 . T C 164.14 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0114135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.989;QD=12.8734;RBI=0.01504;REFB=-0.00620474;REVB=0.00979453;RO=29;SAF=12;SAR=7;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107954;STB=0.583252;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00925121;OID=.;OPOS=84215390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:32:19:19:0.372549:7:12:21:8:7:12:24:8 chr16 84217062 . C T 417.37 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00918781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.651;QD=53.8542;RBI=0.00947903;REFB=-0.0478929;REVB=-0.00233159;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300657;STB=0.516118;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000584999;OID=.;OPOS=84217062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:15:15:0:1:15:15:0:1 chr16 84218565 . T C 211.46 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00460785;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.93;QD=18.796;RBI=0.00558842;REFB=-0.0195628;REVB=0.00316199;RO=23;SAF=15;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067669;STB=0.555501;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0207199;OID=.;OPOS=84218565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:6:15:15:8:6:15:15:9 chr16 84225184 . C T 456.69 PASS AF=0.458716;AO=49;DP=108;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00421841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.816;QD=16.7594;RBI=0.0043598;REFB=-0.0297207;REVB=-0.00110131;RO=56;SAF=20;SAR=29;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072165;STB=0.548368;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0366291;OID=.;OPOS=84225184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:56:59:49:50:0.458716:29:20:27:29:29:21:30:29 chr16 84228199 . G T 254.87 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0141723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.138;QD=17.8854;RBI=0.0191726;REFB=-0.00405191;REVB=0.0129127;RO=27;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800724;STB=0.544399;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0046339;OID=.;OPOS=84228199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:29:28:28:0.491228:15:13:15:12:15:13:16:13 chr16 84228237 . A C 538.87 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.639;QD=59.8742;RBI=0.0350336;REFB=0;REVB=0.0268853;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178057;OID=.;OPOS=84228237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:22:13:0:0:23:13:0:0 chr16 84228279 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.123292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.864;QD=11.4404;RBI=0.133488;REFB=-0.0152087;REVB=0.0511677;RO=14;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114636;STB=0.567433;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0140323;OID=.;OPOS=84228279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:8:1:1:13:8:1:1:13 chr16 84228305 . C G 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0918981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.57;QD=22.586;RBI=0.101362;REFB=-0.0099757;REVB=-0.042767;RO=6;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207895;STB=0.615214;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00289276;OID=.;OPOS=84228305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:10:1:0:6:10:1:0:6 chr16 84228770 . G C 197.72 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0040408;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.308;QD=18.8303;RBI=0.0088467;REFB=-0.0155854;REVB=0.00786994;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129545;STB=0.573387;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.016702;OID=.;OPOS=84228770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:9:13:9:11:9:13 chr16 84229436 . G A 83.0 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00838936;FXX=0.0869187;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.82;QD=15.8097;RBI=0.0256679;REFB=0.00553738;REVB=0.0242582;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20973;STB=0.622399;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00557499;OID=.;OPOS=84229436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:23:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:7:4:6:4:7:4 chr16 84229559 . T C 590.3 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00813857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0002;QD=60.5433;RBI=0.0149625;REFB=0;REVB=-0.0125555;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138515;OID=.;OPOS=84229559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:15:23:0:0:15:24:0:0 chr16 84229580 . C T 318.66 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0168859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.657;QD=32.6826;RBI=0.0249841;REFB=-0.0355049;REVB=0.018414;RO=12;SAF=17;SAR=10;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127764;STB=0.569571;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0162982;OID=.;OPOS=84229580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:12:12:27:27:0.692308:10:17:10:2:10:17:10:2 chr16 84230376 . T C 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0804077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.514;QD=17.378;RBI=0.0812267;REFB=-0.0143994;REVB=0.0115056;RO=9;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270831;STB=0.642565;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0123487;OID=.;OPOS=84230376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:9:10:11:11:0.52381:9:2:4:5:9:2:4:6 chr16 84230500 . A C 549.3 PASS AF=0.409091;AO=63;DP=155;FAO=63;FDP=154;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=-0.0199091;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.583;QD=14.2676;RBI=0.0218462;REFB=-0.0136079;REVB=-0.00899343;RO=90;SAF=29;SAR=34;SRF=50;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995232;STB=0.552545;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0170739;OID=.;OPOS=84230500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:90:91:63:63:0.409091:34:29:50:40:34:29:50:41 chr16 84256270 . G A 43.17 PASS AF=0.2;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00528778;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2255;QD=4.9342;RBI=0.00584905;REFB=0.000819365;REVB=0.00250014;RO=29;SAF=6;SAR=1;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.53061;STB=0.848981;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00660433;OID=.;OPOS=84256270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:36:35:29:28:7:7:0.2:1:6:12:17:1:6:12:16 chr16 84256605 . A G 512.16 PASS AF=0.462185;AO=54;DP=118;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.00813191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.257;QD=17.2156;RBI=0.0145272;REFB=-0.0064825;REVB=0.0120379;RO=62;SAF=21;SAR=33;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780535;STB=0.548369;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00594414;OID=.;OPOS=84256605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:62:64:54:55:0.462185:33:21:29:33:34:21:30:34 chr16 84270381 . G A 402.65 PASS AF=0.34507;AO=48;DP=142;FAO=49;FDP=142;FR=.;FRO=93;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=53;FSRR=40;FWDB=-0.00473265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7443;QD=11.3422;RBI=0.0301241;REFB=0.00508618;REVB=0.02975;RO=93;SAF=30;SAR=18;SRF=53;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659986;STB=0.52882;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.0121432;OID=.;OPOS=84270381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:93:93:48:49:0.34507:18:30:53:40:19:30:53:40 chr16 84270476 . G A 541.07 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0243793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.705;QD=22.3123;RBI=0.0291942;REFB=-0.0100517;REVB=0.0160609;RO=46;SAF=18;SAR=33;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943882;STB=0.552103;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00762555;OID=.;OPOS=84270476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:46:51:51:0.525773:33:18:21:25:33:18:21:25 chr16 84360533 . A G 187.65 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0772602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5464;QD=12.7217;RBI=0.0789245;REFB=-0.0184986;REVB=0.0161227;RO=36;SAF=13;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103988;STB=0.505983;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0414812;OID=.;OPOS=84360533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:10:13:20:16:10:13:20:16 chr16 84402275 . G C 740.83 PASS AF=0.903226;AO=27;DP=60;FAO=56;FDP=62;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00892489;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=188.616;QD=47.7954;RBI=0.0160654;REFB=0.0180722;REVB=0.0133583;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.534872;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.000473511;OID=.;OPOS=84402275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:60:62:0:6:27:56:0.903226:11:16:0:0:16:40:6:0 chr16 84438505 . C T 568.78 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00937686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.463;QD=22.7513;RBI=0.0827472;REFB=0.000295373;REVB=-0.0822142;RO=47;SAF=32;SAR=21;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117682;STB=0.564826;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.000732403;OID=.;OPOS=84438505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:21:32:22:25:21:32:22:25 chr16 84438512 . G A 1542.97 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845058;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1389;QD=59.9211;RBI=0.0197819;REFB=0;REVB=-0.0178861;RO=0;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426391;OID=.;OPOS=84438512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:49:54:0:0:49:54:0:0 chr16 84438757 . G A 192.97 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0184817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.669;QD=13.7839;RBI=0.0269191;REFB=-0.0180134;REVB=0.0195721;RO=33;SAF=7;SAR=16;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136058;STB=0.578242;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0338232;OID=.;OPOS=84438757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:16:7:14:19:16:7:14:19 chr16 84444349 . A C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000235185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.163;QD=60.5473;RBI=0.017098;REFB=0;REVB=0.0170964;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94609e-05;OID=.;OPOS=84444349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr16 84476200 . A T 117.43 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00224331;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.318;QD=13.0475;RBI=0.00303176;REFB=-0.00687811;REVB=-0.0020394;RO=23;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1951;STB=0.640815;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0118108;OID=.;OPOS=84476200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:22:13:14:0.388889:9:4:11:12:10:4:11:11 chr16 84485573 . C A 993.79 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296862;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.218;QD=59.3305;RBI=0.0875553;REFB=0;REVB=0.082369;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396626;OID=.;OPOS=84485573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr16 84485600 . G A 169.85 PASS AF=0.348485;AO=18;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0140737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.228;QD=10.2938;RBI=0.0704739;REFB=-0.00185368;REVB=0.0690543;RO=34;SAF=14;SAR=4;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312861;STB=0.564796;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00338271;OID=.;OPOS=84485600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:43:18:23:0.348485:4:14:18:16:8:15:24:19 chr16 84493144 . C G 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.405;QD=60.031;RBI=0.032637;REFB=0;REVB=0.0294264;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10492e-05;OID=.;OPOS=84493144;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr16 84494020 . G T 759.17 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00359288;FXX=0.0350816;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.737;QD=55.2122;RBI=0.0039995;REFB=-0.0713182;REVB=-0.00175705;RO=1;SAF=24;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192307;STB=0.5102;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000259407;OID=.;OPOS=84494020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:1:1:54:54:0.981818:30:24:1:0:30:24:1:0 chr16 84494127 . TG T 43.38 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.168655;FXX=0.049975;HRUN=5;LEN=1;MLLD=19.5925;QD=9.13308;RBI=0.170387;REFB=-0.00465051;REVB=0.0242343;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116701;STB=0.59674;STBP=0.56;TYPE=del;VARB=-0.0193482;OID=.;OPOS=84494128;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:7:20:7:19:12:3:4:7:5:43:11:3:4:6:5 chr16 84494275 . C T 696.69 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00962866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.44;QD=52.5801;RBI=0.0327024;REFB=-0.0266307;REVB=0.0312527;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.519223;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00067731;OID=.;OPOS=84494275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:0:2:51:51:0.962264:26:25:0:0:26:25:2:0 chr16 84516309 . G A 535.7 PASS AF=0.536842;AO=47;DP=92;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0550086;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1162;QD=22.5557;RBI=0.0550117;REFB=-0.00701275;REVB=-0.000580365;RO=44;SAF=15;SAR=32;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149161;STB=0.550517;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00810501;OID=.;OPOS=84516309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:44:44:47:51:0.536842:32:15:21:23:32:19:21:23 chr16 84520292 . C T 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0116145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.294;QD=27.1542;RBI=0.0836048;REFB=-0.0254129;REVB=-0.0827941;RO=6;SAF=13;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159997;STB=0.590759;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00974618;OID=.;OPOS=84520292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:1:13:5:1:1:13:5:1 chr16 84520325 . T C 216.87 PASS AF=1;AO=11;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9955;QD=48.193;RBI=0.0244902;REFB=0;REVB=0.000953969;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0291206;OID=.;OPOS=84520325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:11:18:1:4:7:0:0:9:9:0:0 chr16 84520396 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.241;QD=56.9381;RBI=0.05149;REFB=0;REVB=-0.0469885;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.2558e-05;OID=.;OPOS=84520396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr16 84520537 . T C 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00618719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.45;QD=61.3745;RBI=0.0133381;REFB=0;REVB=-0.0118162;RO=0;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.2178e-05;OID=.;OPOS=84520537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:49:31:0:0:49:31:0:0 chr16 84522897 . G C 718.06 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9646;QD=62.4401;RBI=0.0112108;REFB=0;REVB=0.0100396;RO=0;SAF=34;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167106;OID=.;OPOS=84522897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:11:34:0:0:11:35:0:0 chr16 84531071 . C T 480.76 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0105728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.931;QD=25.6403;RBI=0.024642;REFB=-0.0166143;REVB=0.0222586;RO=29;SAF=27;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110535;STB=0.554323;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0109242;OID=.;OPOS=84531071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:29:30:45:45:0.6:18:27:13:16:18:27:14:16 chr16 84600347 . T C 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00170212;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.546;QD=17.9529;RBI=0.0184582;REFB=-0.00998478;REVB=-0.0183796;RO=28;SAF=20;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144508;STB=0.581519;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00880125;OID=.;OPOS=84600347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:7:20:17:11:7:20:17:11 chr16 84623790 . G A 247.33 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0156276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.185;QD=13.7408;RBI=0.0365852;REFB=-0.00554044;REVB=-0.0330795;RO=43;SAF=19;SAR=10;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156605;STB=0.589526;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0111205;OID=.;OPOS=84623790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:10:19:22:21:10:19:22:21 chr16 84691044 . C T 182.25 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0503547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9374;QD=11.5715;RBI=0.0643;REFB=0.0124574;REVB=0.0399862;RO=39;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294405;STB=0.525779;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.0186984;OID=.;OPOS=84691044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:40:23:23:0.365079:13:10:18:21:13:10:19:21 chr16 84778690 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268024;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.057;QD=53.2772;RBI=0.0273207;REFB=0;REVB=0.00529614;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119311;OID=.;OPOS=84778690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr16 84778694 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.312;QD=53.2772;RBI=0.0250313;REFB=0;REVB=-0.0208817;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.58304e-05;OID=.;OPOS=84778694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr16 84778697 . G C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7018;QD=53.2769;RBI=0.0377269;REFB=0;REVB=-0.0352726;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000681107;OID=.;OPOS=84778697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr16 84879464 . A G 613.33 PASS AF=0.444444;AO=64;DP=144;FAO=64;FDP=144;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.0182293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.842;QD=17.037;RBI=0.0186485;REFB=-0.0070892;REVB=-0.00393173;RO=78;SAF=33;SAR=31;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280621;STB=0.51562;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00869558;OID=.;OPOS=84879464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:78:80:64:64:0.444444:31:33:38:40:31:33:39:41 chr16 84883102 . C T 275.71 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0350661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.603;QD=25.6477;RBI=0.0360295;REFB=-0.0188751;REVB=-0.00827614;RO=18;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128754;STB=0.571372;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.010922;OID=.;OPOS=84883102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:14:11:11:7:14:11:11:7 chr16 84906098 . C G 3037.79 PASS AF=1;AO=189;DP=191;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00526454;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.921;QD=63.2873;RBI=0.00600015;REFB=0;REVB=0.00287862;RO=0;SAF=93;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015813;OID=.;OPOS=84906098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:192:0:0:189:192:1:96:93:0:0:97:95:0:0 chr16 84922859 . C T 1157.43 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0236043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.633;QD=59.3555;RBI=0.0395597;REFB=-0.0267488;REVB=0.031746;RO=1;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116855;STB=0.506171;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000334289;OID=.;OPOS=84922859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:40:37:0:1:40:37:0:1 chr16 84942638 . T G 311.82 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0228201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.726;QD=19.1891;RBI=0.0251288;REFB=-0.014435;REVB=0.0105215;RO=31;SAF=14;SAR=19;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526423;STB=0.537713;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0134893;OID=.;OPOS=84942638;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:31:32:33:33:0.507692:19:14:15:16:19:14:16:16 chr16 84942916 . CTTTTTTC CTTTTTCT 32.64 PASS AF=0.111111;AO=7;DP=102;FAO=11;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=88;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=0.00753701;FXX=0.0294089;HRUN=6;LEN=2;MLLD=22.8407;QD=1.31869;RBI=0.0931758;REFB=-0.0367094;REVB=-0.0928704;RO=66;SAF=7;SAR=0;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.659378;STB=0.913245;STBP=0.007;TYPE=mnp;VARB=0.0714711;OID=.;OPOS=84942922;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.111111:7:102:11:99:88:10:1:38:50:31:66:7:0:25:41 chr16 85009463 . T C 335.63 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.00233402;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.754;QD=21.6535;RBI=0.0159051;REFB=-0.0283385;REVB=-0.0157329;RO=28;SAF=19;SAR=15;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193796;STB=0.60645;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0152983;OID=.;OPOS=85009463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:28:28:34:34:0.548387:15:19:22:6:15:19:22:6 chr16 85009970 . A G 338.05 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=0.011063;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.212;QD=13.2567;RBI=0.0169678;REFB=0.00469491;REVB=0.0128653;RO=62;SAF=26;SAR=14;SRF=43;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522432;STB=0.529591;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.00530131;OID=.;OPOS=85009970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:62:62:40:40:0.392157:14:26:43:19:14:26:43:19 chr16 85100976 . G A 320.71 PASS AF=0.297872;AO=42;DP=141;FAO=42;FDP=141;FR=.;FRO=99;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=63;FSRR=36;FWDB=-0.00204012;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.711;QD=9.09819;RBI=0.0545373;REFB=-0.00985877;REVB=0.0544991;RO=99;SAF=23;SAR=19;SRF=63;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109051;STB=0.563613;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0277643;OID=.;OPOS=85100976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:99:99:42:42:0.297872:19:23:63:36:19:23:63:36 chr16 85145925 . G A 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00269798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.099;QD=7.32291;RBI=0.0782631;REFB=-0.00669675;REVB=0.0782165;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331207;STB=0.709008;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0130575;OID=.;OPOS=85145925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:5:9:2:4:5:9 chr16 85706047 . A C 439.45 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0139811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.3271;QD=18.1216;RBI=0.0287005;REFB=-0.0281446;REVB=-0.0250649;RO=50;SAF=22;SAR=23;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652784;STB=0.525;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0244728;OID=.;OPOS=85706047;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:52:45:45:0.463918:23:22:21:29:23:22:23:29 chr16 85706285 . C A 468.18 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0234259;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.504;QD=22.5628;RBI=0.0235851;REFB=-0.0151333;REVB=-0.00273583;RO=38;SAF=25;SAR=20;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245245;STB=0.513507;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0133154;OID=.;OPOS=85706285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:38:38:45:45:0.542169:20:25:20:18:20:25:20:18 chr16 85711860 . C T 697.97 PASS AF=0.474359;AO=70;DP=152;FAO=74;FDP=156;FR=.;FRO=82;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=29;FSRR=53;FWDB=-0.00701053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.681;QD=17.8965;RBI=0.00713186;REFB=-0.0105597;REVB=-0.00130991;RO=81;SAF=23;SAR=47;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318418;STB=0.517371;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.011173;OID=.;OPOS=85711860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:156:81:82:70:74:0.474359:47:23:29:52:50:24:29:53 chr16 85813157 . G A 201.98 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.000641129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.2;QD=12.0584;RBI=0.022157;REFB=-0.0143809;REVB=-0.0221477;RO=41;SAF=16;SAR=9;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895629;STB=0.560651;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0145266;OID=.;OPOS=85813157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:42:25:25:0.373134:9:16:23:18:9:16:23:19 chr16 85813231 . A C 406.19 PASS AF=0.518987;AO=40;DP=78;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.00337125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2969;QD=20.5667;RBI=0.0524395;REFB=0.0199352;REVB=0.052331;RO=38;SAF=25;SAR=15;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564725;STB=0.53824;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.0155096;OID=.;OPOS=85813231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:38:38:40:41:0.518987:15:25:26:12:16:25:26:12 chr16 85814899 . T TAGTC 680.77 PASS AF=0.854839;AO=53;DP=64;FAO=53;FDP=62;FR=.;FRO=9;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0170882;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=4;MLLD=294.173;QD=43.9204;RBI=0.0174886;REFB=-0.027622;REVB=0.00372084;RO=10;SAF=33;SAR=20;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713874;STB=0.50682;STBP=0.811;TYPE=ins;VARB=0.00404657;OID=.;OPOS=85814900;OREF=-;OALT=AGTC;OMAPALT=TAGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.854839:53:64:53:62:9:33:20:6:3:48:10:33:20:6:4 chr16 85838653 . T C 1526.98 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299698;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.197;QD=59.8816;RBI=0.0452762;REFB=0;REVB=0.0339374;RO=0;SAF=53;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145227;OID=.;OPOS=85838653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:48:53:0:0:49:53:0:0 chr16 85839211 . G C 340.25 PASS AF=0.365217;AO=42;DP=115;FAO=42;FDP=115;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.0196577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.858;QD=11.8347;RBI=0.0506397;REFB=-0.0206599;REVB=-0.0466685;RO=73;SAF=21;SAR=21;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837208;STB=0.547804;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0261909;OID=.;OPOS=85839211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:73:73:42:42:0.365217:21:21:31:42:21:21:31:42 chr16 85948098 . G A 524.49 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.00611614;FXX=0.00884877;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.686;QD=18.7317;RBI=0.0311899;REFB=-0.00748302;REVB=0.0305843;RO=56;SAF=26;SAR=29;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106599;STB=0.553535;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00706584;OID=.;OPOS=85948098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:56:57:55:55:0.491071:29:26:20:36:29:26:21:36 chr16 85948141 . G A 181.97 PASS AF=0.265957;AO=25;DP=93;FAO=25;FDP=94;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.017534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.285;QD=7.74343;RBI=0.0208096;REFB=-0.0122091;REVB=-0.0112072;RO=68;SAF=6;SAR=19;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425827;STB=0.751948;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0461044;OID=.;OPOS=85948141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:68:69:25:25:0.265957:19:6:40:28:19:6:40:29 chr16 85954801 . G A 950.57 PASS AF=0.471698;AO=99;DP=218;FAO=100;FDP=212;FR=.;FRO=112;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=0.0208849;FXX=0.0275217;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.142;QD=17.9352;RBI=0.0209063;REFB=-0.0167681;REVB=-0.000944182;RO=107;SAF=40;SAR=59;SRF=47;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341684;STB=0.524541;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0190177;OID=.;OPOS=85954801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:212:107:112:99:100:0.471698:59:40:47:60:59:41:51:61 chr16 86069722 . A G 766.27 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1864;QD=63.8562;RBI=0.0674619;REFB=0;REVB=-0.0407382;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122748;OID=.;OPOS=86069722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr16 86069738 . C G 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0103685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.454;QD=20.769;RBI=0.0152302;REFB=-0.0050692;REVB=-0.0111558;RO=23;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817789;STB=0.553533;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00582935;OID=.;OPOS=86069738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:24:27:27:0.529412:15:12:8:15:15:12:8:16 chr16 86069788 . GT TG 155.76 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0165989;FXX=0.061212;HRUN=1;LEN=2;MLLD=130.667;QD=13.5445;RBI=0.0293957;REFB=-0.00705045;REVB=-0.0242608;RO=28;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182893;STB=0.593801;STBP=0.339;TYPE=mnp;VARB=0.00563984;OID=.;OPOS=86069788;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:46:28:29:17:17:0.369565:8:9:10:18:8:9:11:18 chr16 86069827 . A G 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00856775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.616;QD=13.0537;RBI=0.0113814;REFB=-0.00382542;REVB=-0.00749203;RO=35;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230433;STB=0.631701;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00681676;OID=.;OPOS=86069827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:10:13:12:23:10:13:12:23 chr16 86547496 . C T 929.0 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00374809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3362;QD=55.4627;RBI=0.00853901;REFB=0.0672143;REVB=-0.00767245;RO=2;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286092;STB=0.515147;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00224914;OID=.;OPOS=86547496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:32:33:0:2:32:33:0:2 chr16 86564671 . G T 220.53 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0253179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3265;QD=14.2275;RBI=0.028802;REFB=-0.0160546;REVB=-0.0137318;RO=35;SAF=15;SAR=11;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115173;STB=0.554223;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0223804;OID=.;OPOS=86564671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:11:15:24:11:11:15:24:12 chr16 86565826 . C G 406.56 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.0206076;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.6976;QD=15.9437;RBI=0.0791415;REFB=-0.00979714;REVB=-0.0764114;RO=52;SAF=22;SAR=23;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1769;STB=0.589193;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00697869;OID=.;OPOS=86565826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:52:57:45:45:0.441176:23:22:35:17:23:22:37:20 chr16 86565882 . G C 542.4 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.00945923;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.545;QD=21.4813;RBI=0.00959489;REFB=-0.00949142;REVB=0.00160774;RO=46;SAF=26;SAR=28;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160585;STB=0.582452;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00802215;OID=.;OPOS=86565882;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:46:47:54:54:0.534653:28:26:31:15:28:26:31:16 chr16 86588993 . T C 455.11 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.034561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0144;QD=18.024;RBI=0.061279;REFB=-0.0126809;REVB=-0.0506029;RO=53;SAF=23;SAR=25;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640836;STB=0.535626;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00970167;OID=.;OPOS=86588993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:48:48:0.475248:25:23:29:24:25:23:29:24 chr16 86614217 . G C 389.48 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00882115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.262;QD=21.6377;RBI=0.0223081;REFB=-0.0165507;REVB=-0.0204899;RO=33;SAF=16;SAR=23;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631153;STB=0.534866;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0148422;OID=.;OPOS=86614217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:23:16:16:17:23:16:16:17 chr16 86614222 . A C 402.03 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0254332;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.168;QD=21.4417;RBI=0.0261652;REFB=0.0366997;REVB=0.00614566;RO=35;SAF=16;SAR=24;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496679;STB=0.527459;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.0418202;OID=.;OPOS=86614222;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:35:35:40:40:0.533333:24:16:16:19:24:16:16:19 chr16 87350773 . C A 951.16 PASS AF=0.985714;AO=52;DP=72;FAO=69;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.181766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.976;QD=54.352;RBI=0.188637;REFB=-0.118227;REVB=0.0504479;RO=7;SAF=27;SAR=25;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107667;STB=0.505616;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00456737;OID=.;OPOS=87350773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:72:70:7:1:52:69:0.985714:25:27:7:0:25:44:1:0 chr16 87367726 . G A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00127389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.475;QD=9.76014;RBI=0.0280147;REFB=-0.018523;REVB=-0.0279857;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150055;STB=0.592941;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0393;OID=.;OPOS=87367726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:7:5:2:5:7:5 chr16 87417621 . G A 492.49 PASS AF=0.5;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00057916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.154;QD=18.9417;RBI=0.0101568;REFB=0.00164887;REVB=0.0101402;RO=50;SAF=28;SAR=24;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192625;STB=0.519396;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00172991;OID=.;OPOS=87417621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:52:52:52:0.5:24:28:28:22:24:28:30:22 chr16 87432468 . A C 49.24 PASS AF=0.173333;AO=13;DP=74;FAO=13;FDP=75;FR=.;FRO=62;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=18;FWDB=-0.0138228;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.1052;QD=2.62603;RBI=0.0909431;REFB=-0.0404218;REVB=-0.0898865;RO=60;SAF=1;SAR=12;SRF=45;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.729827;STB=0.946804;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.186671;OID=.;OPOS=87432468;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:74:75:60:62:13:13:0.173333:12:1:45:15:12:1:44:18 chr16 87436720 . G T 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5718;QD=61.3336;RBI=0.0311593;REFB=0;REVB=-0.0242788;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.84662e-05;OID=.;OPOS=87436720;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr16 87436764 . A G 937.49 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.012;QD=58.5928;RBI=0.00669551;REFB=0;REVB=0.000707928;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48394e-06;OID=.;OPOS=87436764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr16 87446368 . C T 294.2 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00617152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.932;QD=17.5641;RBI=0.00819446;REFB=-0.0108823;REVB=-0.00539088;RO=34;SAF=14;SAR=18;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138347;STB=0.584363;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0117102;OID=.;OPOS=87446368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:32:32:0.477612:18:14:20:14:18:14:21:14 chr16 87493737 . T C 475.99 PASS AF=0.494949;AO=48;DP=100;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=13;FWDB=-0.00315324;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.278;QD=19.2318;RBI=0.00825761;REFB=0.0047762;REVB=0.00763186;RO=50;SAF=15;SAR=33;SRF=37;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38527;STB=0.714835;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0021299;OID=.;OPOS=87493737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:50:50:48:49:0.494949:33:15:37:13:34:15:37:13 chr16 87678144 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.78;QD=47.8223;RBI=0.0596407;REFB=0;REVB=0.0566323;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636255;OID=.;OPOS=87678144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr16 87678165 . G A 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0620569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.239;QD=32.3682;RBI=0.0624009;REFB=0.00739365;REVB=-0.0065425;RO=3;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436406;STB=0.524235;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00120219;OID=.;OPOS=87678165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:7:6:1:2:7:6:1:2 chr16 87735517 . G A 146.58 PASS AF=0.222222;AO=22;DP=99;FAO=22;FDP=99;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.0116609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1564;QD=5.92236;RBI=0.0124338;REFB=-0.0307304;REVB=-0.00431549;RO=77;SAF=16;SAR=6;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229307;STB=0.643725;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0695754;OID=.;OPOS=87735517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:77:77:22:22:0.222222:6:16:43:34:6:16:43:34 chr16 87738853 . T C 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.043585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.317;QD=15.6445;RBI=0.0435898;REFB=-0.0136379;REVB=0.000643334;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252491;STB=0.631465;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0232897;OID=.;OPOS=87738853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:10:12:8:20:10:12:9:20 chr16 87742014 . G A 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0289141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.334;QD=23.6758;RBI=0.0306481;REFB=-0.0569541;REVB=0.0101628;RO=14;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884415;STB=0.525582;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.020626;OID=.;OPOS=87742014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:16:21:21:0.567568:8:13:7:7:8:13:9:7 chr16 87866138 . G C 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=-0.031033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2284;QD=9.67104;RBI=0.0431641;REFB=-0.00481674;REVB=-0.0300016;RO=36;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268689;STB=0.65719;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00907618;OID=.;OPOS=87866138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:9:7:8:28:9:7:8:28 chr16 88052161 . C A 2216.75 PASS AF=0.992958;AO=139;DP=139;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.138;QD=62.4436;RBI=0.0162327;REFB=-0.104215;REVB=0.00297037;RO=0;SAF=81;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502994;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000287984;OID=.;OPOS=88052161;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:142:0:1:139:141:0.992958:58:81:0:0:58:83:1:0 chr16 88105053 . T A 1279.66 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.915;QD=61.6705;RBI=0.0479243;REFB=0;REVB=0.00716169;RO=0;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58598e-05;OID=.;OPOS=88105053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:33:48:0:0:34:49:0:0 chr16 88123598 . C G 725.78 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.9458;QD=54.7758;RBI=0.0489205;REFB=-0.0849349;REVB=0.028517;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00450147;OID=.;OPOS=88123598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:53:0:0:52:53:1:30:22:0:0:30:23:0:0 chr16 88123697 . C A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0603;QD=57.1771;RBI=0.0631534;REFB=0;REVB=0.0626885;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000827545;OID=.;OPOS=88123697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr16 88124525 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00573818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.396;QD=45.8067;RBI=0.069614;REFB=0;REVB=-0.0693771;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0009662;OID=.;OPOS=88124525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr16 88134285 . A G 904.49 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.141204;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.1882;QD=57.4281;RBI=0.142026;REFB=0;REVB=0.0152647;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155039;OID=.;OPOS=88134285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:22:39:0:0:24:39:0:0 chr16 88494824 . G A 244.46 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00081774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6804;QD=15.5212;RBI=0.037171;REFB=-0.0234755;REVB=0.037162;RO=33;SAF=10;SAR=18;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156382;STB=0.590098;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0332301;OID=.;OPOS=88494824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:35:28:28:0.444444:18:10:17:16:18:10:18:17 chr16 88494947 . T C 1094.84 PASS AF=0.938272;AO=77;DP=81;FAO=76;FDP=81;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0237913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7611;QD=54.0659;RBI=0.0723511;REFB=0.00140614;REVB=-0.0683275;RO=4;SAF=36;SAR=41;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497298;STB=0.533325;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00226549;OID=.;OPOS=88494947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:81:81:4:5:77:76:0.938272:41:36:4:0:41:35:5:0 chr16 88494976 . A C 1374.17 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.504;QD=61.7606;RBI=0.0464141;REFB=0;REVB=0.0119125;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82138e-05;OID=.;OPOS=88494976;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:89:0:0:85:89:1:48:37:0:0:49:40:0:0 chr16 88495654 . A G 309.93 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8319;QD=51.6555;RBI=0.020207;REFB=0;REVB=-0.0134075;RO=1;SAF=13;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342828;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060533;OID=.;OPOS=88495654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:1:0:23:24:1:10:13:1:0:10:14:0:0 chr16 88496008 . T C 756.58 PASS AF=1;AO=40;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.182264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.075;QD=57.1002;RBI=0.182633;REFB=0;REVB=0.0116118;RO=0;SAF=0;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193654;OID=.;OPOS=88496008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:40:53:1:40:0:0:0:42:11:0:0 chr16 88497446 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.545;QD=35.5758;RBI=0.04645;REFB=0;REVB=0.024391;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854662;OID=.;OPOS=88497446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr16 88498221 . C T 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0282274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.863;QD=12.7371;RBI=0.0282276;REFB=-0.0103619;REVB=0.000110555;RO=28;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899355;STB=0.552567;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0221642;OID=.;OPOS=88498221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:7:9:18:10:7:9:18:10 chr16 88498297 . T G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.247;QD=54.5173;RBI=0.0588234;REFB=0;REVB=-0.0171594;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158442;OID=.;OPOS=88498297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr16 88499539 . C G 913.05 PASS AF=0.523256;AO=90;DP=172;FAO=90;FDP=172;FR=.;FRO=82;FSAF=56;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.010446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.176;QD=21.2336;RBI=0.0132424;REFB=-0.0221072;REVB=0.00813899;RO=78;SAF=56;SAR=34;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850997;STB=0.560136;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0193828;OID=.;OPOS=88499539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:78:82:90:90:0.523256:34:56:41:37:34:56:41:41 chr16 88500430 . G T 334.53 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00255687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.993;QD=27.3087;RBI=0.00376544;REFB=-0.0265849;REVB=0.00276423;RO=20;SAF=12;SAR=17;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648239;STB=0.535792;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0223588;OID=.;OPOS=88500430;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:17:12:10:10:17:12:10:10 chr16 88501034 . G C 46.23 PASS AF=0.368421;AO=8;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0656246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3696;QD=9.73333;RBI=0.114009;REFB=-0.0565404;REVB=-0.0932279;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313604;STB=0.618737;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0828876;OID=.;OPOS=88501034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:11:12:8:7:0.368421:4:4:9:2:3:4:9:3 chr16 88501386 . C A 61.05 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0416793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.497;QD=20.3491;RBI=0.211181;REFB=-0.0946077;REVB=0.207027;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935942;STB=0.545344;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0565053;OID=.;OPOS=88501386;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:12:12:5:4:7:8:0.666667:2:5:3:2:3:5:3:1 chr16 88501971 . T A 134.43 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00139253;FXX=0.0975372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.466;QD=14.5324;RBI=0.0262933;REFB=-0.014101;REVB=-0.0262564;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324157;STB=0.678336;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.056148;OID=.;OPOS=88501971;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:22:14:15:0.405405:4:10:8:12:5:10:8:14 chr16 88502505 . A G 323.18 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9041;QD=53.8633;RBI=0.00550799;REFB=0;REVB=0.00134799;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109806;OID=.;OPOS=88502505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr16 88502573 . G A 60.26 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0283841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1856;QD=6.02553;RBI=0.0314797;REFB=-0.011795;REVB=0.0136129;RO=31;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707689;STB=0.545355;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0355938;OID=.;OPOS=88502573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:4:5:19:12:4:5:19:12 chr16 88504850 . G C 258.33 PASS AF=0.340426;AO=30;DP=85;FAO=32;FDP=94;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.0534529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9815;QD=10.9926;RBI=0.0640858;REFB=-0.0452263;REVB=-0.0353521;RO=55;SAF=27;SAR=3;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413556;STB=0.716657;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0715664;OID=.;OPOS=88504850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:94:55:62:30:32:0.340426:3:27:37:18:5:27:37:25 chr16 88504868 . A G 1567.66 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328254;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.551;QD=63.986;RBI=0.0488467;REFB=0;REVB=-0.0361731;RO=0;SAF=27;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.53332e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50325e-05;OID=.;OPOS=88504868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:97:98:1:70:27:0:0:70:28:0:0 chr16 88505635 . A G 105.04 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0171475;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8314;QD=9.77129;RBI=0.0554526;REFB=-0.0201542;REVB=-0.0527347;RO=30;SAF=9;SAR=4;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340271;STB=0.520629;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0454088;OID=.;OPOS=88505635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:30:30:13:13:0.302326:4:9:20:10:4:9:20:10 chr16 88505734 . C T 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0982109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.834;QD=40.6387;RBI=0.098211;REFB=-0.0779103;REVB=-0.000125844;RO=1;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534678;STB=0.52937;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0072552;OID=.;OPOS=88505734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:8:6:0:1:8:6:0:1 chr16 88620383 . G A 214.41 PASS AF=0.525;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.010282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.375;QD=21.4414;RBI=0.0130104;REFB=-0.0267481;REVB=0.00797193;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113857;STB=0.55151;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0285704;OID=.;OPOS=88620383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:19:19:20:21:0.525:10:10:7:12:11:10:7:12 chr16 88633048 . C T 193.46 PASS AF=0.276596;AO=26;DP=94;FAO=26;FDP=94;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=-0.00849266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.456;QD=8.23219;RBI=0.00897319;REFB=-0.00814136;REVB=-0.00289703;RO=68;SAF=14;SAR=12;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205442;STB=0.621881;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0238096;OID=.;OPOS=88633048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:68:68:26:26:0.276596:12:14:25:43:12:14:25:43 chr16 88633052 . G C 471.85 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0345544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.739;QD=20.9712;RBI=0.0350678;REFB=-0.0101328;REVB=0.0059787;RO=44;SAF=18;SAR=28;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983099;STB=0.554431;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00810929;OID=.;OPOS=88633052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:28:18:22:22:28:18:22:22 chr16 88644005 . A G 712.87 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0252987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2662;QD=57.0298;RBI=0.042974;REFB=-0.0505487;REVB=-0.0347383;RO=2;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348091;STB=0.527261;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00749308;OID=.;OPOS=88644005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:50:50:2:3:47:47:0.94:26:21:0:2:26:21:0:3 chr16 88664722 . C T 433.51 PASS AF=0.426087;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.060962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.6331;QD=15.0785;RBI=0.0628871;REFB=-0.00966014;REVB=0.0154408;RO=64;SAF=19;SAR=30;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146825;STB=0.582909;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0108541;OID=.;OPOS=88664722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:64:66:49:49:0.426087:30:19:34:30:30:19:35:31 chr16 88705455 . AG AC,A 38.33 PASS AF=0.075,0.175;AO=3,13;DP=40;FAO=3,7;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=3,4;FSAR=0,3;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0339778,-0.15088;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=79.1843,10.1002;QD=3.83293;RBI=0.0392067,0.214984;REFB=-0.0100427,-0.0993238;REVB=-0.0195622,0.153145;RO=17;SAF=3,10;SAR=0,3;SRF=6;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0.355556;SSSB=0.666655,0.41818;STB=0.996184,0.53116;STBP=0.076,0.959;TYPE=snp,del;VARB=0.251941,-0.0928838;OID=.,.;OPOS=88705456,88705456;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.075,0.175:3,13:40:3,7:40:30:3,4:0,3:16:14:28:17:3,10:0,3:6:11 chr16 88713236 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00238673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.588;QD=61.3363;RBI=0.011369;REFB=0;REVB=-0.0111156;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16492e-05;OID=.;OPOS=88713236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr16 88717386 . T C 1088.46 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.616;QD=59.6416;RBI=0.0149144;REFB=0;REVB=-0.00644645;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65381e-05;OID=.;OPOS=88717386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:36:36:0:0:36:37:0:0 chr16 88724347 . G T 343.05 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00524948;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.693;QD=18.2959;RBI=0.00573783;REFB=-0.0389514;REVB=0.00231639;RO=38;SAF=21;SAR=15;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00414868;STB=0.510245;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0325851;OID=.;OPOS=88724347;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:39:36:36:0.48:15:21:22:16:15:21:22:17 chr16 88778615 . G A 336.83 PASS AF=0.376147;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.0133085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.795;QD=12.3608;RBI=0.0266477;REFB=-0.0165527;REVB=-0.0230864;RO=68;SAF=23;SAR=18;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186646;STB=0.510643;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0258497;OID=.;OPOS=88778615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:68:68:41:41:0.376147:18:23:37:31:18:23:37:31 chr16 88779739 . A G 432.04 PASS AF=0.387597;AO=50;DP=129;FAO=50;FDP=129;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=0.00704753;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.926;QD=13.3965;RBI=0.0108646;REFB=-0.0127526;REVB=-0.0082687;RO=76;SAF=32;SAR=18;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543967;STB=0.545555;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0166416;OID=.;OPOS=88779739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:76:79:50:50:0.387597:18:32:45:31:18:32:45:34 chr16 88780634 . AGGTGTGGGTGT AGGTGT,AGGTGTGTGTGG 391.83 PASS AF=0.655172,0.344828;AO=19,8;DP=30;FAO=19,10;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6,6;FSAR=13,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0098379,0.0990851;FXX=0.0333222;HRUN=3,3;LEN=6,5;MLLD=207.12,56.8164;QD=54.0457;RBI=0.0387499,0.0995793;REFB=0,0;REVB=0.0374803,-0.00990846;RO=0;SAF=6,4;SAR=13,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.851e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0246441,0.0933079;OID=.,.;OPOS=88780635,88780641;OREF=GGTGTG,GGTGT;OALT=-,TGTGG;OMAPALT=AGGTGT,AGGTGTGTGTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.655172,0.344828:19,8:30:19,10:29:0:6,6:13,4:0:0:72:0:6,4:13,4:0:0 chr16 88781040 . A G 183.51 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0202577;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.822;QD=13.3459;RBI=0.0204523;REFB=-0.0094069;REVB=-0.00281432;RO=33;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317698;STB=0.518256;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0153582;OID=.;OPOS=88781040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:10:12:17:16:10:12:17:16 chr16 88781125 . T C 334.21 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.092882;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3961;QD=51.4162;RBI=0.102255;REFB=-0.0898793;REVB=0.0427663;RO=1;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238057;STB=0.51281;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0020326;OID=.;OPOS=88781125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:27:26:1:1:25:25:0.961538:19:6:0:1:19:6:0:1 chr16 88781339 . G A 99.03 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0148425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.052;QD=14.6709;RBI=0.0170142;REFB=-0.00561002;REVB=-0.00831772;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134759;STB=0.578812;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00789434;OID=.;OPOS=88781339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:8:4:7:8:8:4:7:8 chr16 88781614 . G C 435.78 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.000525425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.677;QD=18.5436;RBI=0.0190628;REFB=-0.0119447;REVB=-0.0190555;RO=50;SAF=24;SAR=20;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625321;STB=0.534868;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0126008;OID=.;OPOS=88781614;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:20:24:24:26:20:24:24:26 chr16 88782676 . A G 394.28 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00237801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.746;QD=17.331;RBI=0.0171508;REFB=-0.0107991;REVB=-0.0169851;RO=48;SAF=16;SAR=25;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880387;STB=0.539549;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0134813;OID=.;OPOS=88782676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:50:41:41:0.450549:25:16:23:25:25:16:23:27 chr16 88783100 . T C 298.36 PASS AF=0.507937;AO=31;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00221813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.613;QD=18.9436;RBI=0.00936097;REFB=-0.0158892;REVB=0.00909437;RO=31;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586453;STB=0.538983;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0201494;OID=.;OPOS=88783100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:31:32:0.507937:18:13:15:16:19:13:15:16 chr16 88783521 . T C 314.38 PASS AF=0.607843;AO=30;DP=50;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0213131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7698;QD=24.6573;RBI=0.0213808;REFB=-0.00185469;REVB=-0.00170017;RO=19;SAF=21;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21127;STB=0.611885;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0022599;OID=.;OPOS=88783521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:19:20:30:31:0.607843:9:21:8:11:9:22:9:11 chr16 88786904 . G A 322.26 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0664717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2797;QD=16.526;RBI=0.0972053;REFB=-0.0152524;REVB=0.0709252;RO=43;SAF=20;SAR=15;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334604;STB=0.518786;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0304;OID=.;OPOS=88786904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:15:20:26:17:15:20:26:17 chr16 88787704 . G C 605.46 PASS AF=0.521368;AO=61;DP=116;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.00435922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.159;QD=20.6995;RBI=0.0116068;REFB=-0.0402451;REVB=0.0107571;RO=55;SAF=29;SAR=32;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138276;STB=0.571246;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0199376;OID=.;OPOS=88787704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:55:56:61:61:0.521368:32:29:35:20:32:29:35:21 chr16 88791458 . G A 610.81 PASS AF=0.535088;AO=60;DP=113;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.037657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6185;QD=21.4319;RBI=0.0524548;REFB=-0.0166117;REVB=0.0365166;RO=53;SAF=35;SAR=25;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206124;STB=0.615347;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0154807;OID=.;OPOS=88791458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:53:53:60:61:0.535088:25:35:18:35:25:36:18:35 chr16 88792047 . A G 1142.18 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000615617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0217;QD=59.3341;RBI=0.0373012;REFB=0;REVB=-0.0372961;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000598669;OID=.;OPOS=88792047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:29:45:0:0:30:47:0:0 chr16 88792097 . A G 875.67 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.246;QD=57.4211;RBI=0.0277171;REFB=0;REVB=0.0240639;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52486e-05;OID=.;OPOS=88792097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:27:32:0:0:27:34:0:0 chr16 88803124 . T C 1115.36 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00974045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.31;QD=60.2897;RBI=0.027973;REFB=0;REVB=0.0262224;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77247e-05;OID=.;OPOS=88803124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:29:45:0:0:29:45:0:0 chr16 88803982 . C G 145.55 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0633101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4074;QD=16.6342;RBI=0.0663198;REFB=-0.00359908;REVB=-0.0197524;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345603;STB=0.519831;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00653961;OID=.;OPOS=88803982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:9:10:9:7:9:10 chr16 88804734 . A G 483.27 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0717588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.443;QD=58.5782;RBI=0.0761341;REFB=0;REVB=0.0254376;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000839385;OID=.;OPOS=88804734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr16 88804924 . TCCC TCC,TCCA 376.61 PASS AF=0.931034,0.0689655;AO=25,3;DP=29;FAO=27,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14,2;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104171,0.0506336;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=24.9024,8.93657;QD=51.9467;RBI=0.105659,0.0575787;REFB=0,0;REVB=-0.0176688,0.0274142;RO=1;SAF=13,2;SAR=12,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0343588,-0.163246;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00892594,0.032702;OID=.,.;OPOS=88804925,88804927;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=TCC,TCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.931034,0.0689655:25,3:29:27,2:29:0:14,2:13,0:0:0:11:1:13,2:12,1:1:0 chr16 88808743 . A G 639.42 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.019228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.834;QD=55.6019;RBI=0.0360933;REFB=-0.0720466;REVB=0.0305452;RO=2;SAF=28;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323695;STB=0.525412;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00619346;OID=.;OPOS=88808743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:2:3:43:43:0.934783:15:28:2:0:15:28:3:0 chr16 88809368 . G T 342.21 PASS AF=0.486486;AO=35;DP=73;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0332657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.751;QD=18.4977;RBI=0.0333314;REFB=0.00374407;REVB=-0.00209192;RO=37;SAF=14;SAR=21;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813347;STB=0.5298;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.00324419;OID=.;OPOS=88809368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:37:38:35:36:0.486486:21:14:18:19:21:15:18:20 chr16 88809434 . A G 1590.98 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485799;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.277;QD=64.2819;RBI=0.059858;REFB=0;REVB=-0.034971;RO=0;SAF=38;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87569e-05;OID=.;OPOS=88809434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:61:38:0:0:61:38:0:0 chr16 88809480 . A G 1194.22 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213001;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2048;QD=61.2418;RBI=0.0255832;REFB=0;REVB=-0.0141706;RO=0;SAF=18;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70698e-05;OID=.;OPOS=88809480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:60:18:0:0:60:18:0:0 chr16 88809686 . T C 1398.9 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0203904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1044;QD=61.4899;RBI=0.0773326;REFB=-0.0955878;REVB=-0.074596;RO=1;SAF=66;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00712771;STB=0.503759;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00451161;OID=.;OPOS=88809686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:1:1:89:90:0.989011:23:66:1:0:24:66:1:0 chr16 88809773 . G C 1568.22 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.218;QD=59.1781;RBI=0.0720181;REFB=0;REVB=0.0364434;RO=0;SAF=58;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126515;OID=.;OPOS=88809773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:106:106:0:0:105:106:1:47:58:0:0:47:59:0:0 chr16 88809893 . GG AC 640.53 PASS AF=0.72;AO=54;DP=75;FAO=54;FDP=75;FR=.;FRO=21;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00402056;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=290.793;QD=34.1615;RBI=0.00899924;REFB=-0.026249;REVB=0.00805117;RO=21;SAF=29;SAR=25;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563943;STB=0.530389;STBP=0.404;TYPE=mnp;VARB=0.00964871;OID=.;OPOS=88809893;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:21:21:54:54:0.72:25:29:9:12:25:29:9:12 chr16 88872145 . T C 1060.64 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0038937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0641;QD=59.7545;RBI=0.00860659;REFB=0;REVB=0.00767545;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55988e-05;OID=.;OPOS=88872145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr16 88872229 . A G 1302.02 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00752188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.779;QD=62.0008;RBI=0.0240678;REFB=0;REVB=-0.0228622;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.7587e-05;OID=.;OPOS=88872229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chr16 88872511 . T C 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.635;QD=62.6704;RBI=0.0376385;REFB=0;REVB=0.0101648;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252939;OID=.;OPOS=88872511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr16 88874632 . C G 3067.54 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545501;FXX=0.0102559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7154;QD=63.5759;RBI=0.0547657;REFB=0;REVB=0.00485492;RO=0;SAF=92;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434352;OID=.;OPOS=88874632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:193:0:0:191:193:1:99:92:0:0:99:94:0:0 chr16 88884466 . C T 667.43 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0508296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0545;QD=54.4842;RBI=0.0551999;REFB=-0.0349879;REVB=-0.0215263;RO=4;SAF=28;SAR=17;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595771;STB=0.5318;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0326087;OID=.;OPOS=88884466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:49:49:4:4:45:45:0.918367:17:28:1:3:17:28:1:3 chr16 88902183 . G A 1676.76 PASS AF=0.974138;AO=113;DP=118;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0400049;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.453;QD=57.8192;RBI=0.0472969;REFB=-0.0912732;REVB=0.0252311;RO=3;SAF=53;SAR=60;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026115;STB=0.513759;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000782279;OID=.;OPOS=88902183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:118:116:3:3:113:113:0.974138:60:53:3:0:60:53:3:0 chr16 88921634 . C G 245.21 PASS AF=0.337079;AO=30;DP=89;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00103024;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.719;QD=11.0207;RBI=0.0223013;REFB=-0.00891749;REVB=-0.0222775;RO=58;SAF=24;SAR=6;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332336;STB=0.69175;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0149617;OID=.;OPOS=88921634;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:58:59:30:30:0.337079:6:24:32:26:6:24:33:26 chr16 88930170 . C T 42.78 PASS AF=0.123288;AO=9;DP=73;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.000778229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.922;QD=2.34413;RBI=0.0272476;REFB=-0.00117201;REVB=-0.0272365;RO=64;SAF=2;SAR=7;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461115;STB=0.82519;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00963209;OID=.;OPOS=88930170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:73:73:64:64:9:9:0.123288:7:2:40:24:7:2:40:24 chr16 89167140 . G C 199.58 PASS AF=0.45098;AO=18;DP=47;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0154863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.731;QD=15.6536;RBI=0.0869693;REFB=-0.0351759;REVB=0.0855794;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182975;STB=0.58024;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0815933;OID=.;OPOS=89167140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:29:28:18:23:0.45098:9:9:15:14:14:9:15:13 chr16 89235184 . T G 728.91 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.535;QD=57.1694;RBI=0.0374695;REFB=0;REVB=0.0244582;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43005e-05;OID=.;OPOS=89235184;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:21:29:0:0:22:29:0:0 chr16 89238215 . C T 317.35 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=3;FWDB=-0.0103629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.926;QD=20.4744;RBI=0.0444731;REFB=-0.0131381;REVB=0.0432489;RO=28;SAF=16;SAR=17;SRF=25;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338687;STB=0.690422;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.012656;OID=.;OPOS=89238215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:28:29:33:33:0.532258:17:16:25:3:17:16:26:3 chr16 89245890 . G C,T 739.2 PASS AF=0.0847458,0.898305;AO=5,51;DP=59;FAO=5,53;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=5,30;FSAR=0,23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0809421,0.0357977;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=7.55638,49.7118;QD=50.1152;RBI=0.0812369,0.100038;REFB=0.0879,-0.105134;REVB=-0.00691437,0.0934133;RO=3;SAF=5,29;SAR=0,22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.73361,-0.0104534;STB=0.5,0.508194;STBP=1,0.522;TYPE=snp,snp;VARB=0.259432,0.000975623;OID=.,.;OPOS=89245890,89245890;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:59:59:3:1:5,51:5,53:0.0847458,0.898305:0,22:5,29:2:1:0,23:5,30:1:0 chr16 89246670 . T C 451.06 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125833;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.898;QD=58.2006;RBI=0.0206922;REFB=0;REVB=-0.0164264;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104927;OID=.;OPOS=89246670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:18:13:0:0 chr16 89251776 . G A 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0250756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.435;QD=18.6422;RBI=0.0280873;REFB=-0.0165971;REVB=0.0126534;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448931;STB=0.5254;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0234061;OID=.;OPOS=89251776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:14:7:7:17:14:7:7:17 chr16 89251797 . G GT 33.54 PASS AF=0.333333;AO=3;DP=24;FAO=5;FDP=15;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0494345;FXX=0.374844;HRUN=0;LEN=1;MLLD=156.042;QD=8.94426;RBI=0.0500209;REFB=0.0028751;REVB=-0.00763696;RO=21;SAF=3;SAR=0;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.763432;STB=0.855917;STBP=0.103;TYPE=ins;VARB=-0.00483972;OID=.;OPOS=89251798;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:3:24:5:15:10:4:1:2:8:33:21:3:0:3:18 chr16 89251798 . C T 77.42 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0203585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.758;QD=13.4651;RBI=0.0211308;REFB=-0.00193688;REVB=0.00566063;RO=10;SAF=1;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4878;STB=0.759911;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00131387;OID=.;OPOS=89251798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:13:10:10:0.434783:9:1:5:5:9:1:5:8 chr16 89251851 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00824651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5641;QD=51.1846;RBI=0.0287719;REFB=0;REVB=-0.0275648;RO=0;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109697;OID=.;OPOS=89251851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:19:1:0:0:19:1:0:0 chr16 89256695 . G A 557.48 PASS AF=0.632911;AO=50;DP=78;FAO=50;FDP=79;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0125325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.68;QD=28.2266;RBI=0.0191287;REFB=-0.0202468;REVB=0.0144514;RO=28;SAF=18;SAR=32;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729772;STB=0.547574;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.013527;OID=.;OPOS=89256695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:28:29:50:50:0.632911:32:18:13:15:32:18:14:15 chr16 89259993 . A G 1590.67 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0321596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1647;QD=58.9139;RBI=0.0472576;REFB=-0.0298983;REVB=-0.0346272;RO=1;SAF=25;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186029;STB=0.509802;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.000254859;OID=.;OPOS=89259993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:82:25:1:0:82:25:1:0 chr16 89264552 . C T 148.23 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0259058;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.262;QD=10.5878;RBI=0.0268272;REFB=-0.00289663;REVB=-0.00697016;RO=37;SAF=12;SAR=7;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207599;STB=0.512182;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00789293;OID=.;OPOS=89264552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:37:37:19:19:0.339286:7:12:24:13:7:12:24:13 chr16 89264890 . G A 122.29 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0304142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.833;QD=15.2865;RBI=0.0334264;REFB=-0.0095631;REVB=-0.0138672;RO=17;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246747;STB=0.660139;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.01597;OID=.;OPOS=89264890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:18:14:14:0.4375:4:10:8:9:4:10:8:10 chr16 89265087 . A G 1183.43 PASS AF=0.987805;AO=75;DP=78;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0908013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5279;QD=57.7283;RBI=0.0908013;REFB=0.0356336;REVB=3.20284e-05;RO=2;SAF=41;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225198;STB=0.505262;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00332518;OID=.;OPOS=89265087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:82:2:1:75:81:0.987805:34:41:2:0:34:47:1:0 chr16 89265100 . GC AT,GT 1212.85 PASS AF=0.573171,0.426829;AO=47,34;DP=84;FAO=47,35;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=26,18;FSAR=21,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000450175,0.00668169;FXX=0.0238067;HRUN=4,3;LEN=2,1;MLLD=149.161,100.804;QD=59.1633;RBI=0.0107208,0.0154345;REFB=0,0;REVB=0.0107113,0.0139132;RO=0;SAF=26,17;SAR=21,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00108055,-0.00340125;OID=.,.;OPOS=89265100,89265101;OREF=GC,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:84:82:0:0:47,34:47,35:0.573171,0.426829:21,17:26,17:0:0:21,17:26,18:0:0 chr16 89265466 . A G 424.85 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100818;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.08;QD=56.646;RBI=0.101635;REFB=0;REVB=-0.0128637;RO=0;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000797566;OID=.;OPOS=89265466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:28:30:1:22:6:0:0:23:7:0:0 chr16 89289624 . G A 487.76 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.00221051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.974;QD=17.8994;RBI=0.00295721;REFB=-0.018499;REVB=0.00196436;RO=56;SAF=25;SAR=27;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845604;STB=0.551195;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0172846;OID=.;OPOS=89289624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:57:52:52:0.477064:27:25:32:24:27:25:33:24 chr16 89291210 . G GGTGA 223.48 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=89;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0229133;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=4;MLLD=287.943;QD=10.275;RBI=0.0230662;REFB=-0.0161509;REVB=-0.00265197;RO=61;SAF=14;SAR=14;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957568;STB=0.517229;STBP=0.843;TYPE=ins;VARB=0.0318475;OID=.;OPOS=89291211;OREF=-;OALT=GTGA;OMAPALT=GGTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321839:28:89:28:87:59:14:14:31:28:99:61:14:14:31:30 chr16 89291951 . C T 243.48 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.000175786;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.8;QD=14.9834;RBI=0.000283976;REFB=0.000864156;REVB=-0.000223029;RO=34;SAF=17;SAR=11;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107235;STB=0.507457;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.00067781;OID=.;OPOS=89291951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:34:37:28:28:0.430769:11:17:21:13:11:17:22:15 chr16 89293271 . A C 559.86 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00431643;FXX=0.010203;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.52;QD=23.0868;RBI=0.0133163;REFB=-0.0149423;REVB=0.0125973;RO=45;SAF=23;SAR=29;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172058;STB=0.509461;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0102583;OID=.;OPOS=89293271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:45:45:52:52:0.536082:29:23:19:26:29:23:19:26 chr16 89293291 . G A 385.94 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.000717441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.591;QD=14.8439;RBI=0.0419223;REFB=0.0109868;REVB=-0.0419162;RO=59;SAF=17;SAR=27;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057405;STB=0.528194;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.0137313;OID=.;OPOS=89293291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:60:44:44:0.423077:27:17:26:33:27:17:26:34 chr16 89293614 . A G 279.26 PASS AF=0.347368;AO=33;DP=95;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00309325;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=336.18;QD=11.7581;RBI=0.00481121;REFB=-0.0073571;REVB=-0.00368505;RO=62;SAF=20;SAR=13;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121547;STB=0.570275;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0120107;OID=.;OPOS=89293614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:62:62:33:33:0.347368:13:20:31:31:13:20:31:31 chr16 89294184 . G A 228.9 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00658671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.477;QD=16.0633;RBI=0.0257535;REFB=-0.0212766;REVB=-0.024897;RO=31;SAF=8;SAR=18;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212589;STB=0.620593;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0194023;OID=.;OPOS=89294184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:18:8:16:15:18:8:16:15 chr16 89294312 . G T 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0314753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.673;QD=12.7914;RBI=0.0318513;REFB=-0.00717378;REVB=-0.0048799;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00669221;STB=0.503931;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0101795;OID=.;OPOS=89294312;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:8:6:10:13:8:6:10:13 chr16 89294381 . T C 77.28 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0581353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1319;QD=13.4395;RBI=0.0632512;REFB=-0.00496687;REVB=0.0249199;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306446;STB=0.681047;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.025173;OID=.;OPOS=89294381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:8:5:7:3:8:5 chr16 89294439 . G T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0423644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.526;QD=13.6308;RBI=0.0701429;REFB=-0.00350592;REVB=-0.0559043;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200579;STB=0.620366;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00163997;OID=.;OPOS=89294439;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:6:2:4:5:6:2:4:5 chr16 89294511 . C T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0318148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.944;QD=16.7278;RBI=0.0340585;REFB=-0.0123014;REVB=0.0121574;RO=19;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16392;STB=0.594472;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0201799;OID=.;OPOS=89294511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:5:11:10:9:5:11:10:9 chr16 89294697 . C T 179.67 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0219702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3177;QD=15.6235;RBI=0.0818642;REFB=-0.0289414;REVB=0.078861;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157432;STB=0.582;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0255376;OID=.;OPOS=89294697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:13:6:12:14:13:6:12:15 chr16 89294798 . A G 97.52 PASS AF=0.325;AO=12;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0910897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0292;QD=9.75208;RBI=0.0915387;REFB=-0.0207499;REVB=0.00905557;RO=28;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410713;STB=0.768817;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0466709;OID=.;OPOS=89294798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:40:40:28:27:12:13:0.325:3:9:11:17:3:10:10:17 chr16 89299200 . C A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0175507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.128;QD=8.69141;RBI=0.0300334;REFB=-0.00236049;REVB=-0.0243717;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458431;STB=0.791773;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00696419;OID=.;OPOS=89299200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:16:17:8:8:0.32:2:6:5:11:2:6:5:12 chr16 89299227 . C T 120.6 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0254231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8849;QD=14.6176;RBI=0.0309415;REFB=-0.00393268;REVB=0.0176365;RO=19;SAF=12;SAR=2;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.535397;STB=0.81504;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00792228;OID=.;OPOS=89299227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:2:12:7:12:2:12:7:12 chr16 89299280 . T A 98.1 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0246776;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3189;QD=12.6584;RBI=0.0410497;REFB=-0.014445;REVB=-0.0328039;RO=19;SAF=11;SAR=1;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.616774;STB=0.873443;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0371121;OID=.;OPOS=89299280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:32:31:19:19:12:12:0.387097:1:11:8:11:1:11:8:11 chr16 89300015 . A G 134.57 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0756424;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4287;QD=44.858;RBI=0.122699;REFB=0;REVB=0.0966093;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00461277;OID=.;OPOS=89300015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr16 89300147 . A G 135.84 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0268176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.841;QD=38.8121;RBI=0.0782241;REFB=-0.0331652;REVB=0.0734835;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603742;STB=0.533282;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00343085;OID=.;OPOS=89300147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:6:7:1:0:6:7:1:0 chr16 89346563 . G A 37.62 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0515046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.524;QD=9.40505;RBI=0.0515315;REFB=0.00389266;REVB=0.00166545;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444295;STB=0.768453;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00659036;OID=.;OPOS=89346563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:2:8:2:4:2:8 chr16 89350178 . G A 817.3 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347693;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.211;QD=57.3546;RBI=0.0351485;REFB=0;REVB=0.00514898;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49618e-05;OID=.;OPOS=89350178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:57:57:1:37:20:0:0:37:20:0:0 chr16 89371644 . C T 312.2 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0145507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3196;QD=12.1241;RBI=0.0526852;REFB=-0.026186;REVB=0.050636;RO=65;SAF=15;SAR=23;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925794;STB=0.55303;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0387505;OID=.;OPOS=89371644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:65:65:38:38:0.368932:23:15:31:34:23:15:31:34 chr16 89590168 . T C,TATCTC 1197.49 PASS AF=0.108911,0.792079;AO=11,78;DP=101;FAO=11,80;FDP=101;FR=.;FRO=10;FSAF=2,37;FSAR=9,43;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00471716,-0.0117616;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,5;MLLD=77.7803,241.493;QD=47.4255;RBI=0.0140338,0.0124519;REFB=0.0039087,-0.0359208;REVB=-0.0132172,0.0040885;RO=10;SAF=2,36;SAR=9,42;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.243156,0.0132675;STB=0.642565,0.506989;STBP=0.249,0.736;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0432643,0.0060907;OID=.,.;OPOS=89590168,89590169;OREF=T,-;OALT=C,ATCTC;OMAPALT=C,TATCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:51:101:101:10:10:11,78:11,80:0.108911,0.792079:9,42:2,36:4:6:9,43:2,37:4:6 chr16 89590243 . G A 1496.21 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369726;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.251;QD=59.8485;RBI=0.00525807;REFB=0;REVB=0.00373866;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36221e-05;OID=.;OPOS=89590243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:54:45:0:0:55:45:0:0 chr16 89619410 . C T 210.34 PASS AF=0.313953;AO=27;DP=86;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.00836412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.964;QD=9.78304;RBI=0.0472383;REFB=-0.00854967;REVB=0.0464919;RO=59;SAF=18;SAR=9;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265725;STB=0.656133;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0187699;OID=.;OPOS=89619410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:59:59:27:27:0.313953:9:18:26:33:9:18:26:33 chr16 89662990 . T C 1212.19 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418502;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.323;QD=61.3765;RBI=0.0421467;REFB=0;REVB=-0.00499104;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.83261e-05;OID=.;OPOS=89662990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:44:34:0:0:44:35:0:0 chr16 89663025 . C T 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0458964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.919;QD=14.2704;RBI=0.053688;REFB=-0.0291271;REVB=-0.0278553;RO=33;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130998;STB=0.574718;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0475821;OID=.;OPOS=89663025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:14:10:18:15:14:10:18:15 chr16 89704365 . G C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0353138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.888;QD=15.3783;RBI=0.0410549;REFB=-0.00332441;REVB=0.020939;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268155;STB=0.653614;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00752061;OID=.;OPOS=89704365;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:11:3:6:6:11:3 chr16 89712097 . A T 84.4 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0209873;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.648;QD=9.6455;RBI=0.0465922;REFB=-0.0128798;REVB=-0.0415976;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15701;STB=0.595568;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.032976;OID=.;OPOS=89712097;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:36:35:24:24:11:11:0.314286:7:4:12:12:7:4:12:12 chr16 89712374 . A C 152.14 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.011518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.759;QD=30.4286;RBI=0.0693859;REFB=-0.00542462;REVB=0.0684233;RO=5;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179999;STB=0.599866;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00443482;OID=.;OPOS=89712374;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:9:6:4:1:9:6:4:1 chr16 89712380 . G A 149.75 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00615474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.767;QD=28.5245;RBI=0.0353641;REFB=-0.0429554;REVB=-0.0348244;RO=6;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300597;STB=0.666455;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0288435;OID=.;OPOS=89712380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:9:6:6:0:9:6:6:0 chr16 89713563 . C G 238.88 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0394761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.544;QD=11.7967;RBI=0.0495204;REFB=-0.0179479;REVB=-0.0298983;RO=52;SAF=16;SAR=13;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723101;STB=0.541638;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0387517;OID=.;OPOS=89713563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:52:29:29:0.358025:13:16:32:20:13:16:32:20 chr16 89724313 . C G 54.44 PASS AF=0.266667;AO=4;DP=15;FAO=4;FDP=15;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=7;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00187882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.459;QD=14.5175;RBI=0.00219409;REFB=-0.0241163;REVB=-0.00113316;RO=7;SAF=2;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699385;STB=0.545229;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.115366;OID=.;OPOS=89724313;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:15:15:7:7:4:4:0.266667:2:2:4:3:2:2:4:3 chr16 89762432 . C G 358.91 PASS AF=0.425287;AO=26;DP=88;FAO=37;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0193708;FXX=0.0113623;HRUN=6;LEN=1;MLLD=205.068;QD=16.5014;RBI=0.0455343;REFB=-0.0201422;REVB=-0.0412086;RO=34;SAF=7;SAR=19;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223585;STB=0.576619;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0182741;OID=.;OPOS=89762432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:34:49:26:37:0.425287:19:7:16:18:25:12:22:27 chr16 89764549 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00801162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.446;QD=15.839;RBI=0.00933954;REFB=0.00835071;REVB=0.00480011;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158056;STB=0.592984;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.0082837;OID=.;OPOS=89764549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:4:3:5:3:4:3 chr16 89777761 . C T 255.84 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0114699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.886;QD=15.7442;RBI=0.0115809;REFB=-0.0179885;REVB=0.00159964;RO=34;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00688244;STB=0.502144;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0232436;OID=.;OPOS=89777761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:36:29:29:0.446154:13:16:19:15:13:16:20:16 chr16 89782989 . A G 193.69 PASS AF=0.393443;AO=22;DP=57;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0611399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1316;QD=12.7006;RBI=0.0864038;REFB=-0.0374391;REVB=-0.0610535;RO=35;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153862;STB=0.54095;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0592725;OID=.;OPOS=89782989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:61:35:37:22:24:0.393443:10:12:14:21:12:12:16:21 chr16 89783187 . C T 1129.32 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00437857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9448;QD=60.2304;RBI=0.0287781;REFB=0;REVB=0.0284431;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176946;OID=.;OPOS=89783187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:42:33:0:0:42:33:0:0 chr16 89784065 . C T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.014276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.587;QD=10.0752;RBI=0.0453581;REFB=-0.00392489;REVB=-0.0430529;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409692;STB=0.749375;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00519559;OID=.;OPOS=89784065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:2:6:5:9:2:6:5:9 chr16 89785603 . A C 329.79 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0263112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5877;QD=15.7044;RBI=0.0503007;REFB=0.0136645;REVB=-0.0428706;RO=48;SAF=18;SAR=18;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633301;STB=0.535695;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.0200233;OID=.;OPOS=89785603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:18:18:27:21:18:18:27:21 chr16 89789898 . T C 395.38 PASS AF=0.373016;AO=47;DP=127;FAO=47;FDP=126;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=55;FSRR=24;FWDB=-0.0564138;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.73;QD=12.5518;RBI=0.058616;REFB=-0.00950345;REVB=-0.0159161;RO=77;SAF=28;SAR=19;SRF=53;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107877;STB=0.567035;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0170645;OID=.;OPOS=89789898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:77:79:47:47:0.373016:19:28:53:24:19:28:55:24 chr16 89799950 . C T 149.75 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0630597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2405;QD=14.6094;RBI=0.0640083;REFB=-0.0403945;REVB=0.0109789;RO=24;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904212;STB=0.552263;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0643294;OID=.;OPOS=89799950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:7:10:12:12:7:10:12:12 chr16 89805914 . T C 521.45 PASS AF=0.510204;AO=49;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0458267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3825;QD=21.2838;RBI=0.0544189;REFB=-0.0113499;REVB=-0.0293483;RO=49;SAF=26;SAR=23;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368987;STB=0.529833;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00770519;OID=.;OPOS=89805914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:48:49:50:0.510204:23:26:24:25:23:27:23:25 chr16 89806343 . C A 240.96 PASS AF=0.424242;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.000456478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=358.039;QD=14.6038;RBI=0.0132032;REFB=-0.00218183;REVB=-0.0131953;RO=38;SAF=17;SAR=10;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109752;STB=0.547743;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00290071;OID=.;OPOS=89806343;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:38:38:27:28:0.424242:10:17:20:18:11:17:20:18 chr16 89806347 . A T 970.55 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.382;QD=58.8213;RBI=0.029455;REFB=0;REVB=0.00531083;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35553e-05;OID=.;OPOS=89806347;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:28:37:0:0:29:37:0:0 chr16 89807233 . C G 486.3 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=9;FWDB=-0.0258049;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9439;QD=21.1436;RBI=0.0278352;REFB=-0.0401279;REVB=0.0104359;RO=45;SAF=31;SAR=16;SRF=36;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146393;STB=0.580369;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0331271;OID=.;OPOS=89807233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:16:31:36:9:16:31:36:9 chr16 89825065 . G A 143.24 PASS AF=0.372881;AO=16;DP=54;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00618083;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1953;QD=9.71126;RBI=0.03449;REFB=-0.0384283;REVB=0.0339316;RO=37;SAF=8;SAR=8;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110338;STB=0.644041;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.109285;OID=.;OPOS=89825065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:59:37:37:16:22:0.372881:8:8:22:15:14:8:22:15 chr16 89828437 . A G 313.74 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00828781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.333;QD=14.5928;RBI=0.012457;REFB=-0.0354513;REVB=-0.00929994;RO=51;SAF=17;SAR=18;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865545;STB=0.549044;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0500724;OID=.;OPOS=89828437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:18:17:29:22:18:17:29:22 chr16 89833549 . C A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00328092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.971;QD=18.8287;RBI=0.0204494;REFB=0.00222705;REVB=0.0201844;RO=21;SAF=5;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275908;STB=0.67087;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00333829;OID=.;OPOS=89833549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:15:5:11:10:15:5:12:10 chr16 89836323 . C T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.729;QD=56.9561;RBI=0.0558224;REFB=0;REVB=0.0514633;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222502;OID=.;OPOS=89836323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr16 89839766 . G C 100.76 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0168939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.102;QD=16.1223;RBI=0.0217815;REFB=-0.0215443;REVB=-0.0137488;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515126;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0257693;OID=.;OPOS=89839766;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:13:12:12:0.48:8:4:4:8:8:4:4:9 chr16 89845194 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.35;QD=62.3505;RBI=0.0244287;REFB=0;REVB=-0.00226019;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13965e-05;OID=.;OPOS=89845194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:15:27:0:0:16:27:0:0 chr16 89849480 . C T 709.84 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0298802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3242;QD=54.6031;RBI=0.0379665;REFB=-0.0417117;REVB=0.0234229;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177671;STB=0.50943;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000521459;OID=.;OPOS=89849480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:26:25:0:1:26:25:0:1 chr16 89857935 . G A 253.06 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0276886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.658;QD=15.1079;RBI=0.0310836;REFB=-0.00683132;REVB=-0.0141256;RO=38;SAF=8;SAR=21;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109;STB=0.561999;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00674457;OID=.;OPOS=89857935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:21:8:14:24:21:8:14:24 chr16 89858417 . C A 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00647632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.09;QD=18.3451;RBI=0.00703479;REFB=-0.0185541;REVB=-0.00274691;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160346;STB=0.578852;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0123911;OID=.;OPOS=89858417;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:11:6:9:8:11:6:9:9 chr16 89866043 . T C 698.86 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0569842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2705;QD=54.8128;RBI=0.0818112;REFB=-0.0888223;REVB=0.0587015;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.50943;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00262586;OID=.;OPOS=89866043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:24:26:0:0:24:26:1:0 chr16 89916879 . C CGAG 148.21 PASS AF=0.681818;AO=13;DP=35;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0487764;FXX=0.119952;HRUN=1;LEN=3;MLLD=264.971;QD=26.9474;RBI=0.0497865;REFB=-0.0360524;REVB=0.00997815;RO=21;SAF=0;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.784855;STB=0.866635;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.00443812;OID=.;OPOS=89916880;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=CGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.681818:13:35:15:22:7:1:14:6:1:49:21:0:13:8:13 chr16 89920957 . A G 283.74 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.010195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5288;QD=23.1622;RBI=0.0484361;REFB=0.00337838;REVB=-0.047351;RO=23;SAF=7;SAR=19;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367464;STB=0.520532;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.00385879;OID=.;OPOS=89920957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:19:7:7:16:19:7:7:16 chr16 89954138 . G C 213.5 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0799508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8754;QD=16.1135;RBI=0.085292;REFB=-0.0220112;REVB=-0.0297085;RO=29;SAF=15;SAR=9;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680509;STB=0.53843;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0276678;OID=.;OPOS=89954138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:9:15:20:9:9:15:20:9 chr16 89965055 . G A 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0190087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.186;QD=13.7737;RBI=0.0192055;REFB=0.00297045;REVB=0.00274269;RO=31;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210901;STB=0.512183;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.00717686;OID=.;OPOS=89965055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:8:12:18:13:8:12:18:13 chr16 89967183 . G A 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0325471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.561;QD=17.1563;RBI=0.0325976;REFB=-0.0233568;REVB=-0.00181376;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278045;STB=0.515905;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0323628;OID=.;OPOS=89967183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:8:9:10:10:8:9:10:10 chr16 89985940 . G A 262.56 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.00926096;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.877;QD=12.3557;RBI=0.00979492;REFB=-0.0118694;REVB=0.00318985;RO=54;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917276;STB=0.552598;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0195555;OID=.;OPOS=89985940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:54:31:31:0.364706:17:14:20:34:17:14:20:34 chr16 89986154 . G A 100.49 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0364468;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8064;QD=13.8603;RBI=0.0654832;REFB=-0.0267986;REVB=0.0544029;RO=17;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24777;STB=0.646796;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0342095;OID=.;OPOS=89986154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:17:17:12:12:0.413793:9:3:8:9:9:3:8:9 chr16 89986485 . C T 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0298969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.799;QD=16.8976;RBI=0.0311308;REFB=-0.0116307;REVB=-0.00867757;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157971;STB=0.590739;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00353266;OID=.;OPOS=89986485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:7:2:4:6:7:2 chr16 89986608 . A G 708.06 PASS AF=0.492958;AO=70;DP=142;FAO=70;FDP=142;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.00820751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.166;QD=19.9453;RBI=0.00825808;REFB=-0.00632885;REVB=-0.000912499;RO=72;SAF=34;SAR=36;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508178;STB=0.528028;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00535038;OID=.;OPOS=89986608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:72:72:70:70:0.492958:36:34:31:41:36:34:31:41 chr16 89986760 . A G 592.54 PASS AF=0.491935;AO=61;DP=124;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.0191924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0946;QD=19.1142;RBI=0.0713801;REFB=0.00895299;REVB=-0.0687515;RO=62;SAF=30;SAR=31;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810249;STB=0.548329;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0110837;OID=.;OPOS=89986760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:62:63:61:61:0.491935:31:30:25:37:31:30:25:38 chr16 89987201 . A G 481.85 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=67;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0151846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.894;QD=28.7674;RBI=0.0151909;REFB=-0.00192542;REVB=0.000437719;RO=23;SAF=28;SAR=16;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18572;STB=0.601061;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00151817;OID=.;OPOS=89987201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:23:23:44:44:0.656716:16:28:8:15:16:28:8:15 chr16 90025640 . G C 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0125496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.71;QD=11.5972;RBI=0.0132941;REFB=-0.00397561;REVB=0.0043865;RO=20;SAF=1;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.656286;STB=0.900921;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0187359;OID=.;OPOS=90025640;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:20:21:12:12:0.363636:11:1:13:7:11:1:14:7 chr16 90037828 . G A 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0140434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6332;QD=19.4077;RBI=0.0146178;REFB=0.00329074;REVB=-0.00405757;RO=28;SAF=21;SAR=9;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529194;STB=0.529393;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.00479176;OID=.;OPOS=90037828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:9:21:21:7:9:21:21:7 chr16 90038276 . G A 130.97 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0282788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.273;QD=10.2721;RBI=0.0290451;REFB=-0.0143481;REVB=0.00662752;RO=35;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104392;STB=0.506227;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.02719;OID=.;OPOS=90038276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:9:7:15:20:9:7:15:20 chr16 90038369 . A G 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00337911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4507;QD=12.0712;RBI=0.0322921;REFB=0.000154348;REVB=0.0321148;RO=40;SAF=13;SAR=11;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03649;STB=0.521035;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.000632249;OID=.;OPOS=90038369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:11:13:23:17:11:13:23:17 chr16 90038647 . A G 339.65 PASS AF=0.420455;AO=36;DP=87;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0268109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.278;QD=15.4388;RBI=0.0279237;REFB=-0.0134021;REVB=-0.00780439;RO=51;SAF=15;SAR=21;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036271;STB=0.527097;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0177689;OID=.;OPOS=90038647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:51:51:36:37:0.420455:21:15:23:28:22:15:23:28 chr16 90038786 . C A 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.229;QD=59.8548;RBI=0.0339826;REFB=0;REVB=0.00589942;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.60154e-05;OID=.;OPOS=90038786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr16 90048327 . G A 548.01 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0528858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.701;QD=20.4865;RBI=0.0529256;REFB=-0.021809;REVB=0.00205096;RO=49;SAF=26;SAR=30;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907693;STB=0.540346;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0107877;OID=.;OPOS=90048327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:49:51:56:56:0.523364:30:26:28:21:30:26:28:23 chr16 90095484 . C T 1685.4 PASS AF=0.966387;AO=114;DP=119;FAO=115;FDP=119;FR=.;FRO=4;FSAF=69;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00751799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.293;QD=56.652;RBI=0.0213285;REFB=-0.181478;REVB=0.0199596;RO=1;SAF=68;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693243;STB=0.503496;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.000757475;OID=.;OPOS=90095484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:119:119:1:4:114:115:0.966387:46:68:1:0:46:69:2:2 chr16 90096052 . CCTT ACTC,C,GCTC 1337.56 PASS AF=0,0.946237,0.0430108;AO=5,85,5;DP=99;FAO=0,88,4;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=0,26,3;FSAR=0,62,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0122044,0.0365547,-0.0117838;FXX=0.097078;HRUN=2,2,2;LEN=4,3,4;MLLD=68.7026,176.618,137.548;QD=57.5296;RBI=0.0284964,0.0428929,0.0338433;REFB=-0.0376064,-0.0386354,-0.0477613;REVB=0.0257507,0.0224401,0.0317256;RO=0;SAF=5,25,3;SAR=0,60,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.47492e-08,0;STB=0.5,0.509432,0.571096;STBP=1,0.161,0.672;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.00209839,0.0584459;OID=.,.,.;OPOS=90096052,90096053,90096052;OREF=CCTT,CTT,CCTT;OALT=ACTC,-,GCTC;OMAPALT=ACTC,C,GCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:11:99:93:0:1:5,85,5:0,88,4:0,0.946237,0.0430108:0,60,2:5,25,3:0:0:0,62,1:0,26,3:1:0 chr16 90097748 . C T 446.95 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.657;QD=57.6715;RBI=0.104269;REFB=0;REVB=0.104131;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000850335;OID=.;OPOS=90097748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr16 90109711 . A G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.833;QD=54.5157;RBI=0.0267181;REFB=0;REVB=-0.00280989;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000551789;OID=.;OPOS=90109711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr16 90110027 . G A 465.45 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.686;QD=58.1809;RBI=0.0320945;REFB=0;REVB=0.0277623;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237096;OID=.;OPOS=90110027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:30:32:1:13:17:0:0:13:19:0:0 chr16 90110284 . G A 649.44 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0250793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.283;QD=57.7281;RBI=0.0319598;REFB=-0.225993;REVB=0.0198106;RO=2;SAF=21;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000970065;STB=0.500517;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00204211;OID=.;OPOS=90110284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:45:45:2:2:43:43:0.955556:22:21:1:1:22:21:1:1 chr16 90110289 . C A 654.58 PASS AF=1;AO=38;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.098062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7105;QD=60.8912;RBI=0.111429;REFB=0;REVB=0.0529169;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000947134;OID=.;OPOS=90110289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:38:43:1:19:19:0:0:21:22:0:0 chr16 90130136 . C T 1267.96 PASS AF=0.976744;AO=85;DP=85;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00828887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.773;QD=58.9748;RBI=0.013017;REFB=0.03446;REVB=-0.0100368;RO=0;SAF=51;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515148;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=3.10741e-05;OID=.;OPOS=90130136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:86:0:2:85:84:0.976744:34:51:0:0:32:52:0:2 chr16 90160140 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.567;QD=35.5759;RBI=0.00581148;REFB=0;REVB=0.00360962;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0727e-05;OID=.;OPOS=90160140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr16 90160238 . C T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00442793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.467;QD=39.3178;RBI=0.0106096;REFB=-0.0219987;REVB=-0.0096414;RO=1;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128507;STB=0.571311;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000744102;OID=.;OPOS=90160238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:3:10:0:1:3:10:0:1 chr16 90160246 . G A 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00966845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.289;QD=36.3483;RBI=0.0183499;REFB=-0.0160997;REVB=-0.0155961;RO=1;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177567;STB=0.599799;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=6.26067e-05;OID=.;OPOS=90160246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:2:9:0:1:2:9:0:1 chr16 90160793 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.071475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4853;QD=46.8479;RBI=0.0745027;REFB=0;REVB=0.0210235;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00196183;OID=.;OPOS=90160793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr16 90160953 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.334;QD=39.2068;RBI=0.0498695;REFB=0;REVB=0.0492598;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620941;OID=.;OPOS=90160953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr16 90161034 . C A 536.2 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.456;QD=59.5775;RBI=0.114955;REFB=0;REVB=0.110724;RO=0;SAF=31;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357672;OID=.;OPOS=90161034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:3:31:0:0:4:32:0:0 chr16 90161065 . A T 734.83 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00837169;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.187;QD=63.8978;RBI=0.0133107;REFB=0;REVB=-0.0103484;RO=0;SAF=36;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122219;OID=.;OPOS=90161065;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:46:0:0:46:46:1:10:36:0:0:10:36:0:0 chr16 90161231 . T C 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5745;QD=56.7037;RBI=0.076395;REFB=0;REVB=-0.0727384;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011003;OID=.;OPOS=90161231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr16 90161578 . G A 192.9 PASS AF=0.612903;AO=18;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0905615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0376;QD=24.8907;RBI=0.0997422;REFB=-0.0472743;REVB=0.0417985;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127426;STB=0.542328;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0195589;OID=.;OPOS=90161578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:13:12:18:19:0.612903:8:10:5:8:9:10:5:7 chr16 90161585 . C A 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0134592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.354;QD=22.1441;RBI=0.035486;REFB=-0.00894606;REVB=-0.0328345;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111111;STB=0.562427;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00626239;OID=.;OPOS=90161585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:8:9:5:8:8:9:5:8 chr16 90161590 . G A 180.51 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0076397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.793;QD=23.2918;RBI=0.0313816;REFB=-0.0253447;REVB=-0.0304374;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127426;STB=0.57135;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0227648;OID=.;OPOS=90161590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:8:10:5:8:8:10:5:8 chr16 90161592 . G A 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0290959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3181;QD=22.144;RBI=0.0476865;REFB=0.0454134;REVB=-0.0377813;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111111;STB=0.562427;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.0572869;OID=.;OPOS=90161592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:8:9:5:8:8:9:5:8 chr16 90232832 . A C 1002.25 PASS AF=0.659091;AO=86;DP=132;FAO=87;FDP=132;FR=.;FRO=45;FSAF=65;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0168777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.305;QD=30.3712;RBI=0.023243;REFB=-0.0462118;REVB=-0.0159806;RO=44;SAF=64;SAR=22;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101539;STB=0.562269;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0212531;OID=.;OPOS=90232832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:44:45:86:87:0.659091:22:64:27:17:22:65:27:18 chr16 90232893 . C A 246.62 PASS AF=0.317308;AO=31;DP=102;FAO=33;FDP=104;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=21;FWDB=0.193655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3548;QD=9.48535;RBI=0.203524;REFB=-0.0264898;REVB=0.0626091;RO=66;SAF=15;SAR=16;SRF=45;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230907;STB=0.630144;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0546164;OID=.;OPOS=90232893;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:66:71:31:33:0.317308:16:15:45:21:16:17:50:21 chr17 6115 . G C 1190.43 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.067;QD=61.0478;RBI=0.0453594;REFB=0;REVB=0.0329976;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58599e-05;OID=.;OPOS=6115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:37:41:0:0:37:41:0:0 chr17 6157 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.378;QD=57.1775;RBI=0.0214241;REFB=0;REVB=0.0080062;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45382e-05;OID=.;OPOS=6157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr17 177329 . G C 74.53 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0410001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5083;QD=11.4659;RBI=0.0413709;REFB=-0.0133359;REVB=-0.00552674;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124271;STB=0.5998;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0362467;OID=.;OPOS=177329;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:25:26:16:16:9:10:0.384615:4:5:7:9:4:6:7:9 chr17 181474 . T C 2046.07 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.593;QD=62.4754;RBI=0.0523991;REFB=0;REVB=-0.0341445;RO=0;SAF=64;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126319;OID=.;OPOS=181474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:67:64:0:0:67:64:0:0 chr17 181479 . C A 1936.13 PASS AF=0.969697;AO=128;DP=132;FAO=128;FDP=132;FR=.;FRO=4;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0504308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.423;QD=58.6705;RBI=0.0524036;REFB=-0.186496;REVB=0.014243;RO=3;SAF=64;SAR=64;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021751;STB=0.507575;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00163108;OID=.;OPOS=181479;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:132:132:3:4:128:128:0.969697:64:64:0:3:64:64:1:3 chr17 292759 . C T 244.22 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0388098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.806;QD=23.259;RBI=0.0392424;REFB=-0.00457361;REVB=-0.00581061;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813913;STB=0.545415;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00402609;OID=.;OPOS=292759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:12:11:11:8:12:11:11:8 chr17 505105 . T C 392.07 PASS AF=0.364341;AO=47;DP=129;FAO=47;FDP=129;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=-0.000499399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8897;QD=12.1572;RBI=0.0272481;REFB=-0.00215207;REVB=0.0272436;RO=82;SAF=11;SAR=36;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223311;STB=0.628762;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00536581;OID=.;OPOS=505105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:82:82:47:47:0.364341:36:11:33:49:36:11:33:49 chr17 505139 . G A 369.28 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=-1.81896e-05;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3939;QD=14.6248;RBI=0.0154011;REFB=-0.0111289;REVB=0.015401;RO=56;SAF=9;SAR=33;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12301;STB=0.584397;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0101346;OID=.;OPOS=505139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:56:59:42:42:0.415842:33:9:17:39:33:9:19:40 chr17 526907 . G T 431.84 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0082023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.174;QD=23.0316;RBI=0.0218429;REFB=-0.000411931;REVB=-0.0202444;RO=32;SAF=19;SAR=23;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618958;STB=0.526066;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000150668;OID=.;OPOS=526907;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:33:42:42:0.56:23:19:12:20:23:19:13:20 chr17 648186 . G A 386.85 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0128533;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.368;QD=23.4454;RBI=0.0657208;REFB=-6.63532e-06;REVB=0.0644517;RO=28;SAF=17;SAR=21;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122883;STB=0.567532;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.000546706;OID=.;OPOS=648186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:28:28:38:38:0.575758:21:17:17:11:21:17:17:11 chr17 648498 . C T 314.12 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00578019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.723;QD=30.6457;RBI=0.00797081;REFB=0.00190246;REVB=-0.00548847;RO=14;SAF=14;SAR=13;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115246;STB=0.506324;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00110055;OID=.;OPOS=648498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:13:14:7:7:13:14:7:7 chr17 649547 . G C 93.85 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0230406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.3962;QD=10.726;RBI=0.0865657;REFB=-0.0260104;REVB=0.0834431;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911075;STB=0.569262;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0518392;OID=.;OPOS=649547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:35:35:22:23:12:12:0.342857:7:5:11:11:7:5:12:11 chr17 649935 . G C 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0173052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4262;QD=12.482;RBI=0.050218;REFB=-0.0302956;REVB=-0.0471421;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520805;STB=0.530676;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0234034;OID=.;OPOS=649935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:5:7:12:7:5:7:12:7 chr17 704017 . A G 506.75 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00435016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6588;QD=56.3056;RBI=0.0227633;REFB=-0.019712;REVB=0.0223438;RO=1;SAF=29;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158633;STB=0.50847;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00116692;OID=.;OPOS=704017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:6:29:1:0:6:29:1:0 chr17 800106 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.00110897;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=166.681;QD=11.0925;RBI=0.0259227;REFB=-0.0119561;REVB=-0.0258989;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.628983;STB=0.873803;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.000953099;OID=.;OPOS=800106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:1:4:0:6:1:4:0:6 chr17 908529 . A G 212.27 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00867878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.078;QD=27.3904;RBI=0.00964282;REFB=-0.0324284;REVB=0.00420272;RO=11;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360297;STB=0.51998;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0224143;OID=.;OPOS=908529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:12:8:5:6:12:8:5:6 chr17 915931 . G A 61.79 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0129191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.117;QD=7.26925;RBI=0.0130407;REFB=-0.00641805;REVB=-0.00177672;RO=25;SAF=8;SAR=1;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.53998;STB=0.847616;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0381384;OID=.;OPOS=915931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:1:8:12:13:1:8:12:13 chr17 925764 . A G 657.7 PASS AF=0.541667;AO=64;DP=121;FAO=65;FDP=120;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.00330474;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.753;QD=21.9233;RBI=0.0104222;REFB=-0.00873349;REVB=-0.00988436;RO=55;SAF=24;SAR=40;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191414;STB=0.599452;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00498733;OID=.;OPOS=925764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:55:55:64:65:0.541667:40:24:33:22:40:25:33:22 chr17 970413 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.89;QD=47.8222;RBI=0.0273617;REFB=0;REVB=0.000801823;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66876e-05;OID=.;OPOS=970413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr17 1183338 . C T 103.5 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0113566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6566;QD=18.8174;RBI=0.045945;REFB=-0.0468157;REVB=0.0445193;RO=10;SAF=11;SAR=1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.569681;STB=0.836256;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0408879;OID=.;OPOS=1183338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:1:11:4:6:1:11:4:6 chr17 1183354 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0975077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1807;QD=56.1895;RBI=0.158153;REFB=0;REVB=-0.124517;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00467966;OID=.;OPOS=1183354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr17 1183464 . A G 777.5 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.772;QD=63.4696;RBI=0.0230859;REFB=0;REVB=-0.0157077;RO=0;SAF=35;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.65826e-05;OID=.;OPOS=1183464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:14:35:0:0:14:35:0:0 chr17 1201721 . C T 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0095524;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=286.889;QD=17.542;RBI=0.0218315;REFB=-0.0224294;REVB=0.0196307;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101128;STB=0.55806;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0224569;OID=.;OPOS=1201721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:10:5:7:9:10:5:7:9 chr17 1209747 . A G 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00751827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.625;QD=8.69741;RBI=0.0188404;REFB=-0.00860025;REVB=0.0172753;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795555;STB=0.549158;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0159321;OID=.;OPOS=1209747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:5:9:4:3:5:9 chr17 1359363 . T G 276.56 PASS AF=0.430556;AO=30;DP=73;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0115833;FXX=0.0526247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.642;QD=15.3643;RBI=0.0123806;REFB=-0.00449357;REVB=-0.00437089;RO=39;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431759;STB=0.512812;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00420282;OID=.;OPOS=1359363;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:39:41:30:31:0.430556:18:12:14:25:19:12:15:26 chr17 1371123 . T C 186.16 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0265793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3472;QD=12.4104;RBI=0.0274663;REFB=-0.0069026;REVB=-0.00692365;RO=37;SAF=12;SAR=11;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137466;STB=0.578881;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0130451;OID=.;OPOS=1371123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:11:12:24:13:11:12:24:13 chr17 1373518 . T C 171.3 PASS AF=0.407407;AO=19;DP=51;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.002507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.643;QD=12.6887;RBI=0.0153479;REFB=-0.0236137;REVB=0.0151418;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137298;STB=0.590826;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0276983;OID=.;OPOS=1373518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:28:32:19:22:0.407407:10:9:17:11:13:9:18:14 chr17 1384066 . A G 945.21 PASS AF=1;AO=54;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.506;QD=58.167;RBI=0.0382171;REFB=0;REVB=-0.0351053;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219702;OID=.;OPOS=1384066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:54:65:1:23:31:0:0:26:39:0:0 chr17 1387520 . G A 211.67 PASS AF=0.382353;AO=22;DP=66;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00775425;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.321;QD=12.4511;RBI=0.0207509;REFB=-0.00386606;REVB=0.0192476;RO=39;SAF=15;SAR=7;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195504;STB=0.547908;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0031708;OID=.;OPOS=1387520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:39:42:22:26:0.382353:7:15:20:19:11:15:21:21 chr17 1388271 . CA AC,CAC 52.39 PASS AF=0.0181818,0.181818;AO=3,8;DP=63;FAO=1,10;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=1,8;FSAR=0,2;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.052261,-0.0546678;FXX=0.0833194;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=112.519,114.65;QD=3.81051;RBI=0.0645161,0.0644193;REFB=0.000352565,-0.000745793;REVB=-0.0378301,-0.0340774;RO=44;SAF=2,6;SAR=1,2;SRF=26;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0755418,0.213872;STB=0.98869,0.717471;STBP=0.491,0.178;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0257849,0.094403;OID=.,.;OPOS=1388271,1388273;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:63:55:44:44:3,8:1,10:0.0181818,0.181818:1,2:2,6:26:18:0,2:1,8:25:19 chr17 1424948 . A G 915.15 PASS AF=0.881579;AO=69;DP=78;FAO=67;FDP=76;FR=.;FRO=9;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00779145;FXX=0.0256377;HRUN=7;LEN=1;MLLD=263.654;QD=48.166;RBI=0.010418;REFB=0.0122891;REVB=0.00691573;RO=9;SAF=34;SAR=35;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377403;STB=0.522381;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00034209;OID=.;OPOS=1424948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:78:76:9:9:69:67:0.881579:35:34:6:3:35:32:6:3 chr17 1444945 . GA G 38.27 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.159295;FXX=0.031741;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.6247;QD=2.50944;RBI=0.256386;REFB=-0.0607397;REVB=-0.200896;RO=29;SAF=7;SAR=14;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322033;STB=0.595259;STBP=0.282;TYPE=del;VARB=-0.0289575;OID=.;OPOS=1444946;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344262:21:63:21:61:40:9:12:23:17:38:29:7:14:19:10 chr17 1489088 . C G 817.28 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6611;QD=57.3531;RBI=0.0350983;REFB=0;REVB=-0.0290228;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.10055e-05;OID=.;OPOS=1489088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:25:31:0:0:25:32:0:0 chr17 1516480 . T C 1498.64 PASS AF=0.989691;AO=89;DP=92;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0642624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.51;QD=61.7995;RBI=0.0645519;REFB=-0.0449501;REVB=0.00610664;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000198941;OID=.;OPOS=1516480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:97:0:1:89:96:0.989691:44:45:0:0:46:50:0:1 chr17 1538302 . C A 731.85 PASS AF=0.448864;AO=79;DP=174;FAO=79;FDP=176;FR=.;FRO=97;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=-0.0286512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4312;QD=16.633;RBI=0.0409544;REFB=-0.0196929;REVB=0.0292639;RO=95;SAF=47;SAR=32;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110232;STB=0.567236;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0243992;OID=.;OPOS=1538302;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:176:95:97:79:79:0.448864:32:47:46:49:32:47:46:51 chr17 1538546 . C T 537.25 PASS AF=0.421429;AO=58;DP=140;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=0.00619902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.045;QD=15.35;RBI=0.0120391;REFB=-0.012017;REVB=0.0103205;RO=80;SAF=23;SAR=35;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209095;STB=0.6069;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0224437;OID=.;OPOS=1538546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:80:81:58:59:0.421429:35:23:48:32:35:24:48:33 chr17 1538628 . C G 365.19 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.00287381;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.426;QD=14.3211;RBI=0.00795896;REFB=-0.026005;REVB=0.00742201;RO=57;SAF=26;SAR=16;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524292;STB=0.508942;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0278767;OID=.;OPOS=1538628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:57:60:42:42:0.411765:16:26:38:19:16:26:38:22 chr17 1542153 . G A 236.99 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00143878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.136;QD=19.7493;RBI=0.0178231;REFB=-0.0288861;REVB=-0.0177649;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181034;STB=0.519983;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0453461;OID=.;OPOS=1542153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:11:12:13:11:11:12:14:11 chr17 1542190 . G A 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0186082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.874;QD=21.971;RBI=0.0283194;REFB=-0.0315126;REVB=0.0213477;RO=17;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169743;STB=0.509527;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0241053;OID=.;OPOS=1542190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:11:9:8:9:11:9:8:9 chr17 1578514 . G A 180.09 PASS AF=0.252336;AO=27;DP=107;FAO=27;FDP=107;FR=.;FRO=80;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=-0.00673257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.454;QD=6.73225;RBI=0.0365079;REFB=-0.00421207;REVB=0.0358817;RO=80;SAF=11;SAR=16;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00950127;STB=0.505743;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0122045;OID=.;OPOS=1578514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:80:80:27:27:0.252336:16:11:32:48:16:11:32:48 chr17 1582636 . T C 196.26 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0109922;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.153;QD=10.6085;RBI=0.0138826;REFB=-0.00250197;REVB=0.00847919;RO=48;SAF=12;SAR=13;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000942226;STB=0.507037;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00610772;OID=.;OPOS=1582636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:49:25:25:0.337838:13:12:23:25:13:12:23:26 chr17 1611370 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0576346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8219;QD=15.2929;RBI=0.0576903;REFB=-0.0117555;REVB=-0.00253411;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381114;STB=0.713943;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0225027;OID=.;OPOS=1611370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:0:9:6:3:0:9 chr17 1629969 . C T 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0295288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.907;QD=22.5343;RBI=0.0339769;REFB=-0.00138549;REVB=0.0168072;RO=15;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00553291;STB=0.503102;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00204028;OID=.;OPOS=1629969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:10:9:7:8:10:9:7:8 chr17 1629975 . C T 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0192266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.975;QD=19.3697;RBI=0.0263803;REFB=-0.000411199;REVB=0.0180626;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818777;STB=0.5465;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000711254;OID=.;OPOS=1629975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:7:9:7:8:7:9:7:8 chr17 1630208 . C T 193.2 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0182446;FXX=0.0377287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.396;QD=15.1527;RBI=0.0198475;REFB=-0.00639607;REVB=0.00781373;RO=28;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255627;STB=0.637579;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0189759;OID=.;OPOS=1630208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:28:29:22:22:0.431373:7:15:12:16:7:15:13:16 chr17 1630395 . T C 248.73 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0137649;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3186;QD=16.0473;RBI=0.0179415;REFB=-0.0427398;REVB=0.0115076;RO=34;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191479;STB=0.51081;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0168658;OID=.;OPOS=1630395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:17:11:14:20:17:11:14:20 chr17 1630584 . A G 147.87 PASS AF=0.4;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0163077;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.089;QD=14.7869;RBI=0.0342908;REFB=-0.0159278;REVB=-0.0301649;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.022832;OID=.;OPOS=1630584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:24:24:16:16:0.4:6:10:15:9:6:10:15:9 chr17 1636934 . A G 434.9 PASS AF=0.518072;AO=42;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00195817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.751;QD=20.959;RBI=0.0237127;REFB=-0.0317476;REVB=-0.0236317;RO=40;SAF=24;SAR=18;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414409;STB=0.516122;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0323551;OID=.;OPOS=1636934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:42:43:0.518072:18:24:21:19:19:24:21:19 chr17 1637074 . A G 1029.27 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205366;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5002;QD=59.668;RBI=0.11105;REFB=0;REVB=-0.109135;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000650742;OID=.;OPOS=1637074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:29:39:0:0:29:40:0:0 chr17 1637302 . A G 1250.0 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0365102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.591;QD=60.2408;RBI=0.0381877;REFB=-0.0712621;REVB=-0.0111942;RO=1;SAF=36;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129728;STB=0.506848;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00283641;OID=.;OPOS=1637302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:46:36:1:0:46:36:1:0 chr17 1639454 . G A 330.58 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0195168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.622;QD=23.613;RBI=0.0206761;REFB=-0.0337744;REVB=0.00682603;RO=23;SAF=13;SAR=20;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00205888;STB=0.501133;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0224522;OID=.;OPOS=1639454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:20:13:9:14:20:13:9:14 chr17 1639458 . A G 753.61 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647517;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5848;QD=56.8758;RBI=0.0813833;REFB=0;REVB=-0.0492997;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202563;OID=.;OPOS=1639458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:34:18:0:0:34:19:0:0 chr17 1640709 . C T 257.71 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00340832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.152;QD=23.428;RBI=0.0268514;REFB=0.00408088;REVB=0.0266342;RO=20;SAF=18;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525437;STB=0.529387;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00291229;OID=.;OPOS=1640709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:6:18:14:6:6:18:14:6 chr17 1648294 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00276301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.25;QD=15.3789;RBI=0.01196;REFB=-0.0138241;REVB=0.0116365;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143325;STB=0.583194;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.012773;OID=.;OPOS=1648294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:8:6:7:5:8:6 chr17 1658360 . CT CTC,TC 78.93 PASS AF=0.358974,0.025641;AO=11,2;DP=43;FAO=14,1;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=1,0;FSAR=13,1;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.2198,-0.0256206;FXX=0.0249938;HRUN=0,5;LEN=1,2;MLLD=58.3787,68.2601;QD=8.09501;RBI=0.220047,0.0290911;REFB=-0.00301574,-0.0015606;REVB=-0.0104108,-0.0137795;RO=28;SAF=2,0;SAR=9,2;SRF=11;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.304571,-0.424235;STB=0.822182,0.987486;STBP=0.024,0.474;TYPE=ins,mnp;VARB=0.110891,-0.00469219;OID=.,.;OPOS=1658362,1658360;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:43:39:28:24:11,2:14,1:0.358974,0.025641:9,2:2,0:11:17:13,1:1,0:9:15 chr17 1673276 . C T 365.6 PASS AF=0.396396;AO=43;DP=111;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-0.0111915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2843;QD=13.1748;RBI=0.0213543;REFB=-0.0151603;REVB=0.0181867;RO=67;SAF=17;SAR=26;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593839;STB=0.518059;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0248564;OID=.;OPOS=1673276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:67:67:43:44:0.396396:26:17:23:44:27:17:24:43 chr17 1674429 . T C 416.88 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0110958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3742;QD=22.5338;RBI=0.0300214;REFB=0.00776803;REVB=0.0278956;RO=33;SAF=25;SAR=16;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127793;STB=0.570435;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00494076;OID=.;OPOS=1674429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:16:25:15:18:16:25:15:18 chr17 1680002 . T C 712.51 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00290102;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6229;QD=63.3339;RBI=0.00849052;REFB=0;REVB=-0.00797954;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000652394;OID=.;OPOS=1680002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr17 1686410 . T C 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00266842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.168;QD=57.1033;RBI=0.0112662;REFB=0;REVB=0.0109456;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17836e-05;OID=.;OPOS=1686410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr17 1690752 . G A 443.6 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0482262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2086;QD=17.7441;RBI=0.0738943;REFB=-0.0111257;REVB=0.0559875;RO=54;SAF=30;SAR=15;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188412;STB=0.601352;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0129467;OID=.;OPOS=1690752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:55:45:45:0.45:15:30:26:28:15:30:27:28 chr17 1703543 . G C 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00782032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.233;QD=6.31771;RBI=0.01165;REFB=0.00158135;REVB=0.00863509;RO=25;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171963;STB=0.610409;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00945319;OID=.;OPOS=1703543;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:5:3:13:12:5:3:13:12 chr17 1731268 . T C 355.04 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00883605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.547;QD=16.3238;RBI=0.0104173;REFB=-0.0139597;REVB=0.00551761;RO=49;SAF=16;SAR=22;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899947;STB=0.550645;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0166376;OID=.;OPOS=1731268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:22:16:25:24:22:16:25:24 chr17 1733399 . A G 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0805109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5351;QD=11.0925;RBI=0.116573;REFB=-0.0148388;REVB=-0.0843041;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429493;STB=0.7681;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0030435;OID=.;OPOS=1733399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:1:4:2:4:1:4:2:4 chr17 1795180 . T C 346.6 PASS AF=0.493151;AO=35;DP=74;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00564454;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.062;QD=18.9917;RBI=0.0263585;REFB=-0.00702547;REVB=0.025747;RO=37;SAF=15;SAR=20;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152296;STB=0.589927;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00451301;OID=.;OPOS=1795180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:37:37:35:36:0.493151:20:15:22:15:21:15:22:15 chr17 1801065 . G C 412.79 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00361748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.923;QD=18.7632;RBI=0.020911;REFB=-0.014216;REVB=-0.0205958;RO=44;SAF=30;SAR=12;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129815;STB=0.588191;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0152268;OID=.;OPOS=1801065;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:46:42:42:0.477273:12:30:26:18:12:30:26:20 chr17 1801144 . C T 616.27 PASS AF=0.450704;AO=64;DP=142;FAO=64;FDP=142;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=0.00436046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.752;QD=17.3596;RBI=0.00644544;REFB=0.000396224;REVB=-0.00474659;RO=78;SAF=34;SAR=30;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326226;STB=0.518152;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.000511065;OID=.;OPOS=1801144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:78:78:64:64:0.450704:30:34:44:34:30:34:44:34 chr17 1839674 . G C 713.7 PASS AF=0.603604;AO=67;DP=111;FAO=67;FDP=111;FR=.;FRO=44;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0074869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1505;QD=25.719;RBI=0.0491382;REFB=-0.0108919;REVB=-0.0485645;RO=44;SAF=38;SAR=29;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690236;STB=0.537472;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00622316;OID=.;OPOS=1839674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:44:44:67:67:0.603604:29:38:29:15:29:38:29:15 chr17 1840468 . C T 1040.52 PASS AF=0.649635;AO=89;DP=138;FAO=89;FDP=137;FR=.;FRO=48;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.00751752;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.626;QD=30.3801;RBI=0.0175365;REFB=-0.0189279;REVB=0.0158435;RO=48;SAF=42;SAR=47;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771217;STB=0.541568;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00996932;OID=.;OPOS=1840468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:48:48:89:89:0.649635:47:42:17:31:47:42:17:31 chr17 1943888 . T C 708.28 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00797427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.567;QD=62.9587;RBI=0.0401175;REFB=0;REVB=0.039317;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52371e-05;OID=.;OPOS=1943888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:28:16:0:0:29:16:0:0 chr17 1962394 . C T 555.99 PASS AF=0.95122;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0172075;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.5439;QD=54.2429;RBI=0.0274261;REFB=-0.182423;REVB=0.0213563;RO=2;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467955;STB=0.523797;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00335114;OID=.;OPOS=1962394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:40:41:2:2:38:39:0.95122:19:19:0:2:20:19:0:2 chr17 2196208 . G A 106.76 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0092912;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.148;QD=8.3735;RBI=0.00950671;REFB=-0.00598054;REVB=0.00201275;RO=35;SAF=7;SAR=7;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117907;STB=0.568531;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.013992;OID=.;OPOS=2196208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:35:37:14:14:0.27451:7:7:21:14:7:7:22:15 chr17 2202943 . T C 754.28 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.183;QD=56.927;RBI=0.0734286;REFB=0;REVB=-0.000842942;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207878;OID=.;OPOS=2202943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:23:27:0:0:23:30:0:0 chr17 2203167 . T G 1368.07 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4283;QD=61.4864;RBI=0.0259894;REFB=-0.0964919;REVB=-0.00814008;RO=0;SAF=35;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203246;OID=.;OPOS=2203167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:88:89:0:0:87:89:1:52:35:0:0:52:37:0:0 chr17 2203348 . T C 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0552125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.4;QD=40.756;RBI=0.0680393;REFB=0;REVB=-0.0397609;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103391;OID=.;OPOS=2203348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr17 2203453 . A G 788.48 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0776754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.504;QD=64.3659;RBI=0.0803633;REFB=0;REVB=-0.0206104;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153644;OID=.;OPOS=2203453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:49:0:0:45:49:1:20:25:0:0:20:29:0:0 chr17 2203569 . C T 165.82 PASS AF=0.277108;AO=23;DP=83;FAO=23;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0374025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0816;QD=7.99119;RBI=0.0387346;REFB=0.0114286;REVB=0.0100707;RO=60;SAF=14;SAR=9;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727246;STB=0.543651;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.0201013;OID=.;OPOS=2203569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:60:60:23:23:0.277108:9:14:33:27:9:14:33:27 chr17 2235484 . C T 250.82 PASS AF=0.313131;AO=31;DP=99;FAO=31;FDP=99;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0014216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.907;QD=10.134;RBI=0.00430472;REFB=0.000255631;REVB=0.00406321;RO=61;SAF=25;SAR=6;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32155;STB=0.713032;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.000341799;OID=.;OPOS=2235484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:68:31:31:0.313131:6:25:35:26:6:25:37:31 chr17 2236404 . T C 727.73 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0723552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9607;QD=63.2805;RBI=0.0728271;REFB=0;REVB=-0.00827744;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108166;OID=.;OPOS=2236404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:32:14:0:0:32:14:0:0 chr17 2266799 . G A 1153.47 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9374;QD=60.709;RBI=0.138778;REFB=0;REVB=0.119121;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182221;OID=.;OPOS=2266799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr17 2266812 . T C 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0701293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.97;QD=62.614;RBI=0.0764926;REFB=0;REVB=0.0305451;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.84857e-05;OID=.;OPOS=2266812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:51:37:0:0:51:37:0:0 chr17 2268311 . G A 2072.48 PASS AF=0.932886;AO=138;DP=149;FAO=139;FDP=149;FR=.;FRO=10;FSAF=92;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0164023;FXX=0.00666622;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.363;QD=55.6371;RBI=0.0324494;REFB=-0.128491;REVB=0.0279988;RO=3;SAF=91;SAR=47;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146025;STB=0.54807;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00313515;OID=.;OPOS=2268311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:149:149:3:10:138:139:0.932886:47:91:1:2:47:92:0:10 chr17 2274557 . C T 136.93 PASS AF=0.216495;AO=21;DP=97;FAO=21;FDP=97;FR=.;FRO=76;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.0170565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.316;QD=5.64646;RBI=0.0177451;REFB=-0.0085569;REVB=-0.00489534;RO=76;SAF=11;SAR=10;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133864;STB=0.50835;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0465721;OID=.;OPOS=2274557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:76:76:21:21:0.216495:10:11:39:37:10:11:39:37 chr17 2297571 . G A 42.46 PASS AF=0.194444;AO=8;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0403991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7889;QD=4.71737;RBI=0.119715;REFB=-0.0624069;REVB=-0.112693;RO=25;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166687;STB=0.51216;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.146175;OID=.;OPOS=2297571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:25:29:8:7:0.194444:4:4:16:9:3:4:17:12 chr17 2559056 . C T 263.29 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.02419;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.686;QD=20.65;RBI=0.0261664;REFB=-0.00595306;REVB=-0.00997625;RO=24;SAF=13;SAR=14;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126152;STB=0.570125;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00698452;OID=.;OPOS=2559056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:14:13:8:16:14:13:8:16 chr17 2588722 . TAA T 225.9 PASS AF=0.5;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0123296;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=182.704;QD=13.6906;RBI=0.0207264;REFB=-0.0167399;REVB=-0.0166603;RO=32;SAF=7;SAR=25;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348128;STB=0.706976;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0217116;OID=.;OPOS=2588723;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:32:66:33:66:33:7:26:19:14:99:32:7:25:18:14 chr17 2595964 . G A 55.01 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0258532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.654;QD=9.56665;RBI=0.0263741;REFB=-0.0107984;REVB=0.00521619;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185755;STB=0.615076;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0437743;OID=.;OPOS=2595964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:6:9:6:2:6:9 chr17 2600186 . G A 966.3 PASS AF=0.457399;AO=102;DP=223;FAO=102;FDP=223;FR=.;FRO=121;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=49;FSRR=72;FWDB=0.0578897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3196;QD=17.3327;RBI=0.0667024;REFB=-0.00914755;REVB=0.0331361;RO=120;SAF=46;SAR=56;SRF=49;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422743;STB=0.525334;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0111253;OID=.;OPOS=2600186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:120:121:102:102:0.457399:56:46:49:71:56:46:49:72 chr17 2601294 . G A 200.69 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0210885;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.657;QD=14.8656;RBI=0.0451927;REFB=-0.0108399;REVB=0.0399707;RO=28;SAF=8;SAR=15;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283822;STB=0.652042;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0149343;OID=.;OPOS=2601294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:31:23:23:0.425926:15:8:18:10:15:8:19:12 chr17 2601684 . G A 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00250362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.377;QD=3.33861;RBI=0.0100604;REFB=-0.00209372;REVB=0.00974387;RO=33;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113667;STB=0.596161;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00889047;OID=.;OPOS=2601684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:33:34:6:6:0.15:4:2:14:19:4:2:15:19 chr17 2606715 . G A 806.36 PASS AF=0.461538;AO=84;DP=182;FAO=84;FDP=182;FR=.;FRO=98;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=54;FSRR=44;FWDB=-0.0249592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8473;QD=17.7222;RBI=0.02765;REFB=-0.0125258;REVB=0.0118981;RO=98;SAF=44;SAR=40;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265454;STB=0.514702;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0155565;OID=.;OPOS=2606715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:98:98:84:84:0.461538:40:44:54:44:40:44:54:44 chr17 2868935 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.001;QD=56.9383;RBI=0.0285014;REFB=0;REVB=2.72251e-05;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3792e-05;OID=.;OPOS=2868935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr17 2883588 . C A 252.36 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0183213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0816;QD=16.2814;RBI=0.0187415;REFB=0.00474215;REVB=0.00394612;RO=33;SAF=12;SAR=17;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125231;STB=0.570421;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.0045416;OID=.;OPOS=2883588;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:17:12:18:15:17:12:18:15 chr17 2884545 . A G 521.6 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00499559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.04;QD=23.4429;RBI=0.00779381;REFB=0.00575441;REVB=0.00598228;RO=39;SAF=23;SAR=26;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00636227;STB=0.50253;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.00635834;OID=.;OPOS=2884545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:39:40:49:49:0.550562:26:23:18:21:26:23:19:21 chr17 2937663 . T TA 328.31 PASS AF=0.458333;AO=50;DP=123;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.075238;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.8696;QD=10.9436;RBI=0.0753179;REFB=-0.00473334;REVB=-0.00346942;RO=70;SAF=26;SAR=24;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685135;STB=0.505381;STBP=0.915;TYPE=ins;VARB=0.00617779;OID=.;OPOS=2937664;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:50:123:55:120:65:31:24:36:29:99:70:26:24:41:29 chr17 2940720 . C A 288.9 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00469334;FXX=0.0370325;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.522;QD=14.8152;RBI=0.010037;REFB=-0.0200861;REVB=0.0088721;RO=44;SAF=11;SAR=21;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188602;STB=0.595932;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0175892;OID=.;OPOS=2940720;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:44:46:32:32:0.410256:21:11:23:21:21:11:23:23 chr17 2940759 . A G 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.988;QD=63.4762;RBI=0.0329507;REFB=0;REVB=-0.0108148;RO=0;SAF=37;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.4981e-05;OID=.;OPOS=2940759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:57:37:0:0:57:37:0:0 chr17 2966032 . C G 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0181428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0811;QD=20.893;RBI=0.0182264;REFB=0.056026;REVB=0.00174467;RO=6;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174376;STB=0.5998;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.0328618;OID=.;OPOS=2966032;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:4:6:2:4:4:6:2:4 chr17 2966173 . G C 402.9 PASS AF=0.366412;AO=48;DP=131;FAO=48;FDP=131;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.00518747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.941;QD=12.3023;RBI=0.0164742;REFB=-0.0167548;REVB=-0.0156361;RO=83;SAF=28;SAR=20;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100052;STB=0.557101;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0290445;OID=.;OPOS=2966173;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:83:83:48:48:0.366412:20:28:41:42:20:28:41:42 chr17 2966191 . G A 437.45 PASS AF=0.368794;AO=50;DP=138;FAO=52;FDP=141;FR=.;FRO=89;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=0.0465505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7325;QD=12.4099;RBI=0.074859;REFB=-0.0122008;REVB=0.0586253;RO=88;SAF=26;SAR=24;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856681;STB=0.556018;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0196747;OID=.;OPOS=2966191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:141:88:89:50:52:0.368794:24:26:39:49:24:28:40:49 chr17 2966273 . G A 422.96 PASS AF=0.395161;AO=49;DP=124;FAO=49;FDP=124;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.00866838;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.716;QD=13.6438;RBI=0.00866846;REFB=-0.0154647;REVB=3.63158e-05;RO=74;SAF=21;SAR=28;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478344;STB=0.531456;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0199194;OID=.;OPOS=2966273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:74:75:49:49:0.395161:28:21:35:39:28:21:36:39 chr17 2966308 . C T 302.4 PASS AF=0.351852;AO=38;DP=108;FAO=38;FDP=108;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.00312869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6028;QD=11.1999;RBI=0.0341207;REFB=-0.0115854;REVB=-0.0339769;RO=70;SAF=13;SAR=25;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704138;STB=0.54059;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0164146;OID=.;OPOS=2966308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:70:70:38:38:0.351852:25:13:28:42:25:13:28:42 chr17 3101076 . G C 1108.59 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00437587;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.827;QD=57.589;RBI=0.0145533;REFB=0.0334007;REVB=0.0138799;RO=2;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205638;STB=0.510867;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=6.89787e-06;OID=.;OPOS=3101076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:45:30:0:2:45:30:0:2 chr17 3119008 . T C 1255.95 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00144604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5235;QD=59.1037;RBI=0.0181809;REFB=0.0787088;REVB=-0.0181233;RO=2;SAF=62;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150335;STB=0.507935;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00584744;OID=.;OPOS=3119008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:21:62:2:0:21:62:2:0 chr17 3119397 . G T 246.84 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0273381;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.091;QD=19.3599;RBI=0.0333817;REFB=-0.0111806;REVB=-0.0191564;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518425;STB=0.51063;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0204927;OID=.;OPOS=3119397;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:25:25:26:0.509804:12:13:15:11:12:14:14:11 chr17 3119611 . G A 689.12 PASS AF=0.511278;AO=68;DP=133;FAO=68;FDP=133;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=0.0130689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2842;QD=20.7253;RBI=0.0248125;REFB=-0.0155454;REVB=0.0210919;RO=65;SAF=33;SAR=35;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156177;STB=0.585749;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0139289;OID=.;OPOS=3119611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:65:65:68:68:0.511278:35:33:43:22:35:33:43:22 chr17 3119767 . C T 360.22 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0190017;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6989;QD=14.8545;RBI=0.0271589;REFB=0.0100721;REVB=-0.0194047;RO=58;SAF=16;SAR=23;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149869;STB=0.508489;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0213171;OID=.;OPOS=3119767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:58:58:39:39:0.402062:23:16:23:35:23:16:23:35 chr17 3181384 . C T 337.91 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00307046;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.265;QD=17.5538;RBI=0.00340998;REFB=-0.00184937;REVB=0.00148333;RO=41;SAF=24;SAR=12;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00866828;STB=0.504852;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00186648;OID=.;OPOS=3181384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:12:24:27:14:12:24:27:14 chr17 3195503 . C T 1211.78 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00312411;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.554;QD=61.3557;RBI=0.0153796;REFB=0;REVB=0.0150589;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24166e-05;OID=.;OPOS=3195503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr17 3213690 . T C 142.6 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.042007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.825;QD=8.26657;RBI=0.0433535;REFB=-0.00828566;REVB=-0.0107208;RO=49;SAF=5;SAR=15;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464557;STB=0.775959;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.020347;OID=.;OPOS=3213690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:49:20:20:0.289855:15:5:32:17:15:5:32:17 chr17 3213857 . C T 226.75 PASS AF=0.295918;AO=29;DP=98;FAO=29;FDP=98;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.0145214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.582;QD=9.25509;RBI=0.0182246;REFB=-0.00729349;REVB=-0.011012;RO=69;SAF=15;SAR=14;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149932;STB=0.588176;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0174476;OID=.;OPOS=3213857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:69:69:29:29:0.295918:14:15:27:42:14:15:27:42 chr17 3214181 . T G 328.5 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179964;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.856;QD=54.7493;RBI=0.0255149;REFB=0;REVB=0.0180869;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500481;OID=.;OPOS=3214181;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr17 3301549 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00106062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.692;QD=60.6098;RBI=0.0426884;REFB=0;REVB=0.0426752;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119235;OID=.;OPOS=3301549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr17 3324004 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0447337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.928;QD=33.4285;RBI=0.0448543;REFB=0;REVB=-0.0032878;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013788;OID=.;OPOS=3324004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr17 3324810 . A G 428.98 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049675;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.5299;QD=57.1979;RBI=0.0571129;REFB=0;REVB=-0.028183;RO=1;SAF=16;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281787;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615962;OID=.;OPOS=3324810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:1:0:27:30:1:11:16:1:0:11:19:0:0 chr17 3337057 . A G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7633;QD=57.8839;RBI=0.0259092;REFB=0;REVB=-0.0239009;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115042;OID=.;OPOS=3337057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:21:39:0:0:21:39:0:0 chr17 3343519 . T C 391.97 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00905688;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9751;QD=18.8901;RBI=0.029523;REFB=0.0196768;REVB=-0.0280995;RO=43;SAF=16;SAR=24;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189849;STB=0.605716;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0156577;OID=.;OPOS=3343519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:43:43:40:40:0.481928:24:16:26:17:24:16:26:17 chr17 3352294 . A G 442.02 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0155442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.804;QD=19.8662;RBI=0.0204217;REFB=-0.0160275;REVB=-0.0132448;RO=45;SAF=15;SAR=29;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16214;STB=0.59021;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0208221;OID=.;OPOS=3352294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:29:15:23:22:29:15:23:22 chr17 3352331 . C T 397.44 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0144848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.869;QD=20.6463;RBI=0.0161861;REFB=-0.019748;REVB=-0.00722358;RO=36;SAF=18;SAR=22;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160668;STB=0.594548;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0099439;OID=.;OPOS=3352331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:37:40:40:0.519481:22:18:23:13:22:18:24:13 chr17 3397702 . C T 271.61 PASS AF=0.359551;AO=31;DP=88;FAO=32;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0118498;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=124.593;QD=12.2072;RBI=0.0439385;REFB=-0.00468035;REVB=-0.0423105;RO=42;SAF=14;SAR=17;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236919;STB=0.522224;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00381702;OID=.;OPOS=3397702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:42:57:31:32:0.359551:17:14:18:24:18:14:23:34 chr17 3416555 . C A 224.86 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0313573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4031;QD=19.9871;RBI=0.034596;REFB=0.0171689;REVB=-0.0146152;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590749;STB=0.533303;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00537615;OID=.;OPOS=3416555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:11:11:13:10:11:11:13:10 chr17 3422032 . G A 1859.38 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00848194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.562;QD=61.4671;RBI=0.0158475;REFB=0;REVB=0.0133866;RO=0;SAF=57;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73619e-05;OID=.;OPOS=3422032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:64:57:0:0:64:57:0:0 chr17 3422077 . G A 1731.29 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.067;QD=60.747;RBI=0.0258264;REFB=0;REVB=0.0248734;RO=0;SAF=54;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109802;OID=.;OPOS=3422077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:59:54:0:0:60:54:0:0 chr17 3445901 . T G 998.13 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.311;QD=58.7135;RBI=0.0353623;REFB=0;REVB=0.0269156;RO=0;SAF=21;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000921943;OID=.;OPOS=3445901;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:46:21:0:0:46:22:0:0 chr17 3447914 . C T 272.69 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00456822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3614;QD=45.4481;RBI=0.0173566;REFB=-0.0915045;REVB=-0.0167447;RO=2;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615783;STB=0.533304;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0405011;OID=.;OPOS=3447914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:14:8:0:2:14:8:0:2 chr17 3458072 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.921;QD=57.0006;RBI=0.0119171;REFB=0;REVB=0.0112593;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50429e-05;OID=.;OPOS=3458072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr17 3486702 . G A 147.64 PASS AF=0.421053;AO=14;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0126102;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.989;QD=15.5405;RBI=0.0131497;REFB=0.00413274;REVB=0.00372791;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743153;STB=0.552566;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.0083856;OID=.;OPOS=3486702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:22:14:16:0.421053:6:8:11:6:8:8:13:9 chr17 3493200 . C G 444.75 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.0511864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.034;QD=20.4484;RBI=0.051578;REFB=0.00711829;REVB=0.00634419;RO=43;SAF=17;SAR=27;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254014;STB=0.640473;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00293135;OID=.;OPOS=3493200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:27:17:29:14:27:17:29:14 chr17 3495465 . C T 337.41 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=0.00102796;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.536;QD=19.8474;RBI=0.0387968;REFB=-0.00678609;REVB=0.0387832;RO=33;SAF=24;SAR=11;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753396;STB=0.541686;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00736587;OID=.;OPOS=3495465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:33:33:35:35:0.514706:11:24:25:8:11:24:25:8 chr17 3514028 . G C 453.82 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0397742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9361;QD=55.009;RBI=0.0452267;REFB=-0.0143804;REVB=-0.0215282;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513505;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00042153;OID=.;OPOS=3514028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:18:14:0:0:18:14:0:1 chr17 3553526 . A G 940.89 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00339059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2559;QD=57.0234;RBI=0.013532;REFB=0.0422535;REVB=0.0131004;RO=1;SAF=28;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165689;STB=0.508769;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00457872;OID=.;OPOS=3553526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:1:1:64:65:0.984848:36:28:1:0:37:28:1:0 chr17 3561396 . C T 1035.85 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.012492;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.755;QD=56.7589;RBI=0.019615;REFB=-0.0505847;REVB=0.0151227;RO=2;SAF=40;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230558;STB=0.512192;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000268586;OID=.;OPOS=3561396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:31:40:2:0:31:40:2:0 chr17 3563963 . C G 94.26 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0391049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.472;QD=10.4735;RBI=0.0407882;REFB=-0.0229772;REVB=-0.0115964;RO=24;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234851;STB=0.64127;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0376876;OID=.;OPOS=3563963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:8:4:13:11:8:4:13:11 chr17 3564400 . TT AG,TG 780.19 PASS AF=0.561404,0.438596;AO=30,25;DP=58;FAO=32,25;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22,15;FSAR=10,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317356,-0.00499303;FXX=0.0172384;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=70.2866,103.358;QD=54.7499;RBI=0.0593369,0.0274235;REFB=0,0;REVB=0.050137,0.0269651;RO=0;SAF=20,15;SAR=10,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0143462,0.040852;OID=.,.;OPOS=3564400,3564401;OREF=TT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:58:57:0:0:30,25:32,25:0.561404,0.438596:10,10:20,15:0:0:10,10:22,15:0:0 chr17 3568012 . A G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.607;QD=59.8556;RBI=0.0163809;REFB=0;REVB=0.00330871;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30619e-05;OID=.;OPOS=3568012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr17 3592823 . C T 129.94 PASS AF=0.222222;AO=20;DP=90;FAO=20;FDP=90;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.00685432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6876;QD=5.77523;RBI=0.00734177;REFB=-0.0086939;REVB=-0.00263055;RO=69;SAF=9;SAR=11;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376681;STB=0.516875;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0299556;OID=.;OPOS=3592823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:69:70:20:20:0.222222:11:9:29:40:11:9:30:40 chr17 3594276 . TG T 612.56 PASS AF=1;AO=48;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477712;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.3561;QD=43.7543;RBI=0.229163;REFB=0;REVB=-0.224128;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00381172;OID=.;OPOS=3594277;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:55:56:56:0:19:37:0:0:12:0:17:31:0:0 chr17 3627473 . C T 57.09 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.055204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.977;QD=28.547;RBI=0.0902071;REFB=-0.0221779;REVB=0.0713431;RO=1;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2842;STB=0.666107;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00317642;OID=.;OPOS=3627473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:6:1:1:0:6:1:1:0 chr17 3627840 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.938;QD=61.3357;RBI=0.0422525;REFB=0;REVB=0.0296954;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016764;OID=.;OPOS=3627840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr17 3628067 . G A 240.49 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0117944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.846;QD=28.293;RBI=0.0134406;REFB=-0.00707675;REVB=-0.00644533;RO=12;SAF=7;SAR=15;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12651;STB=0.570109;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00313542;OID=.;OPOS=3628067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:34:12:12:22:22:0.647059:15:7:6:6:15:7:6:6 chr17 3628212 . T C 545.22 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0225186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.934;QD=57.3919;RBI=0.0239777;REFB=-0.0682418;REVB=0.00823653;RO=1;SAF=15;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301944;STB=0.51612;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000688437;OID=.;OPOS=3628212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:22:15:1:0:22:15:1:0 chr17 3628362 . T C 255.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.547;QD=51.1758;RBI=0.100648;REFB=0;REVB=-0.00636577;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126647;OID=.;OPOS=3628362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr17 3629698 . A G 1899.5 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177634;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.87;QD=61.7724;RBI=0.0519765;REFB=0;REVB=0.0488468;RO=0;SAF=51;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.58913e-05;OID=.;OPOS=3629698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:72:51:0:0:72:51:0:0 chr17 3629848 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00147954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.548;QD=62.0219;RBI=0.0176611;REFB=0;REVB=-0.017599;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020726;OID=.;OPOS=3629848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr17 3629867 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00438652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.752;QD=58.5877;RBI=0.00445778;REFB=0;REVB=-0.000793929;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.30276e-05;OID=.;OPOS=3629867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr17 3632836 . G A 538.24 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.899;QD=59.8041;RBI=0.0387357;REFB=0;REVB=0.0197195;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194419;OID=.;OPOS=3632836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr17 3715351 . G A 113.74 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0898868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5302;QD=7.9818;RBI=0.0909481;REFB=-0.00164164;REVB=0.0138541;RO=41;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174171;STB=0.605077;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0133683;OID=.;OPOS=3715351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:7:9:17:24:7:9:17:24 chr17 3749411 . T G 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0227871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.702;QD=22.9154;RBI=0.022839;REFB=-0.0333903;REVB=-0.00153872;RO=4;SAF=7;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187655;STB=0.608433;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0171017;OID=.;OPOS=3749411;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:2:7:2:2:2:7:2:2 chr17 3788724 . C T 220.32 PASS AF=0.292453;AO=31;DP=106;FAO=31;FDP=106;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=26;FWDB=-0.0132046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6505;QD=8.31406;RBI=0.0171589;REFB=-0.0119958;REVB=0.0109574;RO=75;SAF=18;SAR=13;SRF=49;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913215;STB=0.553685;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.021943;OID=.;OPOS=3788724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:75:75:31:31:0.292453:13:18:49:26:13:18:49:26 chr17 3818788 . G A 1011.53 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423978;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.902;QD=59.5016;RBI=0.0468044;REFB=0;REVB=0.0198263;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18018e-05;OID=.;OPOS=3818788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr17 3818830 . A G 837.07 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00983625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1678;QD=55.8045;RBI=0.0255662;REFB=0.135565;REVB=0.0235982;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154685;STB=0.508194;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00166005;OID=.;OPOS=3818830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:29:30:1:0:29:30:1:0 chr17 3819002 . T C 728.98 PASS AF=1;AO=40;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.279;QD=57.1746;RBI=0.0356991;REFB=0;REVB=0.0336958;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132187;OID=.;OPOS=3819002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:40:51:1:13:27:0:0:22:29:0:0 chr17 3828086 . C G 1033.08 PASS AF=0.865169;AO=75;DP=87;FAO=77;FDP=89;FR=.;FRO=12;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.10518;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.4217;QD=46.4307;RBI=0.118442;REFB=-0.164313;REVB=0.0544575;RO=9;SAF=33;SAR=42;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046135;STB=0.539867;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0245803;OID=.;OPOS=3828086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:87:89:9:12:75:77:0.865169:42:33:6:3:42:35:9:3 chr17 3828702 . T C 994.64 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0361892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.574;QD=57.66;RBI=0.0389149;REFB=-0.0210789;REVB=0.0143078;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000329049;OID=.;OPOS=3828702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:69:0:1:66:68:0.985507:26:40:0:0:26:42:1:0 chr17 3839668 . G T 46.73 PASS AF=0.138462;AO=9;DP=65;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00323325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.879;QD=2.87577;RBI=0.00695201;REFB=-0.00477606;REVB=-0.0061544;RO=55;SAF=5;SAR=4;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034624;STB=0.517203;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0294338;OID=.;OPOS=3839668;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:65:65:55:56:9:9:0.138462:4:5:29:26:4:5:30:26 chr17 3840844 . C T 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00254502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.555;QD=8.6278;RBI=0.00749083;REFB=-0.0099608;REVB=-0.00704524;RO=27;SAF=2;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356989;STB=0.723682;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0348825;OID=.;OPOS=3840844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:9:2:12:15:9:2:12:15 chr17 3851061 . G A 195.2 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00675297;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.681;QD=15.3101;RBI=0.0442435;REFB=-0.0158211;REVB=0.0437251;RO=29;SAF=12;SAR=10;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147839;STB=0.583869;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0307895;OID=.;OPOS=3851061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:29:29:22:22:0.431373:10:12:20:9:10:12:20:9 chr17 3909404 . C A 492.0 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=0.015319;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.229;QD=17.2631;RBI=0.0260188;REFB=-0.0131183;REVB=0.0210311;RO=61;SAF=29;SAR=24;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106765;STB=0.559249;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0199276;OID=.;OPOS=3909404;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:61:61:53:53:0.464912:24:29:40:21:24:29:40:21 chr17 3920767 . G A 153.63 PASS AF=0.258824;AO=22;DP=85;FAO=22;FDP=85;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0265358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.882;QD=7.22947;RBI=0.0374029;REFB=-0.00983421;REVB=0.0263596;RO=63;SAF=8;SAR=14;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215821;STB=0.630782;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0259725;OID=.;OPOS=3920767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:63:63:22:22:0.258824:14:8:34:29:14:8:34:29 chr17 3947644 . T C 253.56 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0733776;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2273;QD=12.5214;RBI=0.0734361;REFB=-0.0148341;REVB=-0.00292942;RO=49;SAF=19;SAR=11;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283733;STB=0.650268;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0256882;OID=.;OPOS=3947644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:49:51:30:30:0.37037:11:19:18:31:11:19:20:31 chr17 3953083 . T C 320.16 PASS AF=0.357143;AO=39;DP=112;FAO=40;FDP=112;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0154932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.101;QD=11.4344;RBI=0.0162635;REFB=-0.00527026;REVB=-0.0049459;RO=72;SAF=19;SAR=20;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00120582;STB=0.508924;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00939504;OID=.;OPOS=3953083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:72:72:39:40:0.357143:20:19:35:37:20:20:35:37 chr17 3953102 . A G 261.24 PASS AF=0.327103;AO=34;DP=103;FAO=35;FDP=107;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0133317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.94;QD=9.76595;RBI=0.0146238;REFB=-0.00784615;REVB=-0.00601013;RO=68;SAF=14;SAR=20;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102363;STB=0.529713;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0164718;OID=.;OPOS=3953102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:107:68:72:34:35:0.327103:20:14:34:34:20:15:34:38 chr17 3966064 . A G 549.67 PASS AF=0.5;AO=57;DP=114;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.00549571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.751;QD=19.2865;RBI=0.00558354;REFB=-0.0185895;REVB=-0.000986437;RO=57;SAF=35;SAR=22;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145036;STB=0.580203;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0243317;OID=.;OPOS=3966064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:57:57:57:57:0.5:22:35:26:31:22:35:26:31 chr17 3968064 . A C 168.09 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00627357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.07;QD=11.7956;RBI=0.043315;REFB=-0.0236694;REVB=-0.0428583;RO=34;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254597;STB=0.50251;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0488363;OID=.;OPOS=3968064;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:34:36:21:21:0.368421:11:10:17:17:11:10:17:19 chr17 3977532 . G A 378.13 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0238036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.311;QD=18.9063;RBI=0.0326773;REFB=-0.00344466;REVB=-0.0223873;RO=41;SAF=13;SAR=26;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814196;STB=0.545431;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00285779;OID=.;OPOS=3977532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:26:13:17:24:26:13:17:24 chr17 3979949 . G A 154.69 PASS AF=0.365385;AO=18;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0110051;FXX=0.0370302;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.874;QD=11.8992;RBI=0.020122;REFB=-0.0111125;REVB=-0.0168458;RO=31;SAF=12;SAR=6;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100343;STB=0.537274;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0166622;OID=.;OPOS=3979949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:33:18:19:0.365385:6:12:18:13:7:12:19:14 chr17 3999199 . C T 508.54 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=122;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0149725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.94;QD=16.6735;RBI=0.0543621;REFB=0.00480777;REVB=-0.0522595;RO=67;SAF=31;SAR=24;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00353234;STB=0.50197;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.00804891;OID=.;OPOS=3999199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:67:67:55:55:0.45082:24:31:38:29:24:31:38:29 chr17 4015997 . A G 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00227117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.556;QD=15.1663;RBI=0.00229053;REFB=-0.0166133;REVB=-0.000297212;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192548;STB=0.521711;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0172576;OID=.;OPOS=4015997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:5:10:13:6:5:10:14:6 chr17 4067552 . C T 291.43 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0244289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4039;QD=16.8944;RBI=0.0252973;REFB=-0.0159551;REVB=-0.00657128;RO=37;SAF=18;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471824;STB=0.526492;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0120458;OID=.;OPOS=4067552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:14:18:19:18:14:18:19:18 chr17 4069735 . C A 513.64 PASS AF=0.398601;AO=57;DP=143;FAO=57;FDP=143;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.0387852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.433;QD=14.3676;RBI=0.0388391;REFB=-0.0124211;REVB=-0.0020444;RO=86;SAF=31;SAR=26;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220812;STB=0.512456;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0195315;OID=.;OPOS=4069735;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:86:86:57:57:0.398601:26:31:45:41:26:31:45:41 chr17 4084608 . C T 328.03 PASS AF=0.37;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0233241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1292;QD=13.1213;RBI=0.0233441;REFB=-0.0215392;REVB=0.000967528;RO=63;SAF=17;SAR=20;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10549;STB=0.560312;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0481194;OID=.;OPOS=4084608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:63:63:37:37:0.37:20:17:35:28:20:17:35:28 chr17 4088291 . C T 787.29 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381535;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.208;QD=57.2577;RBI=0.0386086;REFB=0;REVB=0.00591067;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137639;OID=.;OPOS=4088291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr17 4175203 . TA AT,T 92.18 PASS AF=0.173913,0.478261;AO=4,10;DP=24;FAO=4,11;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=0,1;FSAR=4,10;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.00481397,0.258805;FXX=0.0416493;HRUN=2,5;LEN=2,1;MLLD=209.452,12.529;QD=16.0308;RBI=0.069163,0.262884;REFB=-0.00572362,-0.0351458;REVB=-0.0689952,-0.0461333;RO=8;SAF=0,0;SAR=4,10;SRF=8;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.826069,-0.851555;STB=0.998329,0.899241;STBP=0,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.114718,0.104015;OID=.,.;OPOS=4175203,4175204;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:44:24:23:8:8:4,10:4,11:0.173913,0.478261:4,10:0,0:8:0:4,10:0,1:8:0 chr17 4337412 . C G 303.4 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0124035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.02;QD=14.4475;RBI=0.0145102;REFB=-0.0208013;REVB=-0.00752984;RO=47;SAF=14;SAR=20;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306699;STB=0.532145;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0335179;OID=.;OPOS=4337412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:50:34:34:0.404762:20:14:18:29:20:14:18:32 chr17 4439573 . C T 190.75 PASS AF=0.261682;AO=28;DP=107;FAO=28;FDP=107;FR=.;FRO=79;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=0.0178291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.078;QD=7.13084;RBI=0.0227527;REFB=-0.0137163;REVB=0.0141354;RO=78;SAF=15;SAR=13;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00338459;STB=0.506376;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0340033;OID=.;OPOS=4439573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:78:79:28:28:0.261682:13:15:42:36:13:15:43:36 chr17 4440907 . A G 360.74 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0336221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0326;QD=17.5971;RBI=0.0656947;REFB=0.00347415;REVB=-0.0564388;RO=44;SAF=9;SAR=29;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151901;STB=0.585574;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00570299;OID=.;OPOS=4440907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:29:9:16:28:29:9:16:28 chr17 4446414 . G A 130.23 PASS AF=0.56;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0302766;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7856;QD=20.8373;RBI=0.0303453;REFB=-0.0442257;REVB=0.00203962;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00546547;STB=0.503101;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0115238;OID=.;OPOS=4446414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:25:11:11:14:14:0.56:5:9:7:4:5:9:7:4 chr17 4446457 . G A 187.93 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0248758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.85;QD=20.3167;RBI=0.0283473;REFB=-0.0138605;REVB=0.0135928;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226446;STB=0.512807;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0136793;OID=.;OPOS=4446457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:18:18:19:0.513514:8:10:9:8:9:10:9:9 chr17 4453620 . T C 245.28 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0176967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.716;QD=13.2585;RBI=0.0243643;REFB=-0.0133507;REVB=0.0167465;RO=44;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176118;STB=0.591489;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0175509;OID=.;OPOS=4453620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:45:29:29:0.391892:15:14:14:30:15:14:15:30 chr17 4455500 . T C 1133.88 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.104;QD=58.9029;RBI=0.0200461;REFB=-0.149438;REVB=-0.00327465;RO=1;SAF=40;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011684;STB=0.506171;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000756262;OID=.;OPOS=4455500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:36:40:1:0:36:40:1:0 chr17 4455746 . C A 69.14 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00186137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2439;QD=6.14566;RBI=0.00750411;REFB=-0.00520508;REVB=-0.0072696;RO=35;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157155;STB=0.599808;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0251141;OID=.;OPOS=4455746;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:5:5:13:22:5:5:13:22 chr17 4461748 . G A 43.05 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=16;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.000890266;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.779;QD=9.06328;RBI=0.00928365;REFB=-0.0280975;REVB=-0.00924086;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513504;STB=0.734638;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0394745;OID=.;OPOS=4461748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:16:19:6:12:6:7:0.368421:2:4:0:6:2:5:4:8 chr17 4463023 . G A 2441.16 PASS AF=0.948276;AO=165;DP=177;FAO=165;FDP=174;FR=.;FRO=9;FSAF=93;FSAR=72;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0351227;FXX=0.0169482;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.832;QD=56.1185;RBI=0.0469894;REFB=-0.0556206;REVB=0.0312154;RO=8;SAF=93;SAR=72;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166833;STB=0.505424;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000339432;OID=.;OPOS=4463023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:177:174:8:9:165:165:0.948276:72:93:6:2:72:93:6:3 chr17 4497160 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.232;QD=64.415;RBI=0.0235067;REFB=0;REVB=0.0122263;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46323e-05;OID=.;OPOS=4497160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr17 4498573 . G A 71.37 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00251815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.142;QD=7.71585;RBI=0.0134561;REFB=-0.00238372;REVB=-0.0132183;RO=26;SAF=7;SAR=3;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105809;STB=0.528244;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0190469;OID=.;OPOS=4498573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:26:27:10:10:0.27027:3:7:18:8:3:7:18:9 chr17 4545580 . G GT 332.24 PASS AF=1;AO=3;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133771;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=70.7381;QD=49.2209;RBI=0.134762;REFB=0;REVB=0.016316;RO=24;SAF=3;SAR=0;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502898;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000643478;OID=.;OPOS=4545581;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:27:27:27:0:20:7:0:0:4:24:3:0:17:7 chr17 4545581 . C T 300.21 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.140903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.475;QD=44.475;RBI=0.141509;REFB=-0.0998665;REVB=0.0130825;RO=3;SAF=17;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750649;STB=0.540508;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00457251;OID=.;OPOS=4545581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:3:3:24:24:0.888889:7:17:3:0:7:17:3:0 chr17 4575283 . A G 771.69 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.1409e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.426;QD=62.9947;RBI=0.0121346;REFB=0;REVB=0.0121344;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71394e-05;OID=.;OPOS=4575283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:19:29:0:0:20:29:0:0 chr17 4620497 . C T 733.87 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0548304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.374;QD=61.1559;RBI=0.0635971;REFB=0.0187321;REVB=0.0322213;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208969;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00139992;OID=.;OPOS=4620497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:25:22:1:0:25:22:1:0 chr17 4622638 . C T 661.1 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0249521;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.541;QD=60.1002;RBI=0.0294314;REFB=0.00873231;REVB=0.0156078;RO=1;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268094;STB=0.514279;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=8.294e-05;OID=.;OPOS=4622638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:1:1:42:43:0.977273:17:25:0:1:17:26:0:1 chr17 4622686 . C T 218.28 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0175318;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.88;QD=22.388;RBI=0.0211525;REFB=-0.0121915;REVB=-0.0118349;RO=18;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420569;STB=0.523538;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0121475;OID=.;OPOS=4622686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:18:18:21:21:0.538462:8:13:12:6:8:13:12:6 chr17 4637886 . G A 1418.46 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110913;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.793;QD=63.0427;RBI=0.0182388;REFB=0;REVB=0.0144789;RO=0;SAF=51;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16149e-05;OID=.;OPOS=4637886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:38:51:0:0:39:51:0:0 chr17 4638484 . T C 724.88 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211442;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.65;QD=60.4066;RBI=0.0785007;REFB=0.0239604;REVB=0.0755994;RO=1;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284632;STB=0.513508;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00138156;OID=.;OPOS=4638484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:48:1:1:45:47:0.979167:16:29:0:1:18:29:0:1 chr17 4638530 . G A 269.54 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.00691747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.708;QD=14.1865;RBI=0.0232507;REFB=-0.0120337;REVB=0.0221978;RO=45;SAF=21;SAR=10;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137461;STB=0.507807;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0276824;OID=.;OPOS=4638530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:10:21:31:14:10:21:31:14 chr17 4638563 . G A 1054.11 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000770576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4503;QD=56.9787;RBI=0.000926996;REFB=-0.032213;REVB=0.000515301;RO=2;SAF=53;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154005;STB=0.508147;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000381533;OID=.;OPOS=4638563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:19:53:1:1:19:53:1:1 chr17 4638737 . A G 774.88 PASS AF=0.965517;AO=54;DP=57;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00900844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.105;QD=53.4402;RBI=0.0143363;REFB=-0.0455055;REVB=-0.0111525;RO=2;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303841;STB=0.515146;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.000993941;OID=.;OPOS=4638737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:58:2:2:54:56:0.965517:30:24:0:2:32:24:0:2 chr17 4641755 . C T 948.46 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00104495;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.044;QD=57.4821;RBI=0.0171285;REFB=-0.0553889;REVB=0.0170966;RO=1;SAF=27;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171739;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03432e-06;OID=.;OPOS=4641755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:66:66:1:0:65:66:1:38:27:1:0:38:28:0:0 chr17 4645324 . T C 429.33 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.017123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.738;QD=17.3465;RBI=0.017288;REFB=-0.0132502;REVB=0.00238327;RO=55;SAF=19;SAR=25;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771054;STB=0.543207;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0126259;OID=.;OPOS=4645324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:55:44:44:0.444444:25:19:28:27:25:19:28:27 chr17 4649378 . T C 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00785173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.756;QD=12.724;RBI=0.0201339;REFB=-0.00281307;REVB=0.0185397;RO=35;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711603;STB=0.533507;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00674142;OID=.;OPOS=4649378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:36:23:23:0.389831:14:9:16:19:14:9:16:20 chr17 4684095 . G A 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.00591905;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.284;QD=13.1196;RBI=0.0181668;REFB=0.00500003;REVB=0.0171755;RO=38;SAF=20;SAR=5;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166406;STB=0.596407;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.0074788;OID=.;OPOS=4684095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:5:20:26:12:5:20:26:12 chr17 4684133 . G C 248.21 PASS AF=0.405405;AO=29;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0397248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2467;QD=13.4168;RBI=0.0398491;REFB=-0.00598569;REVB=-0.00314423;RO=44;SAF=23;SAR=6;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213041;STB=0.643251;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00759397;OID=.;OPOS=4684133;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:29:30:0.405405:6:23:28:16:6:24:27:17 chr17 4686414 . A C 604.92 PASS AF=0.443662;AO=59;DP=138;FAO=63;FDP=142;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=0.0291349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.386;QD=17.0399;RBI=0.0291417;REFB=-0.0262132;REVB=0.000631591;RO=77;SAF=29;SAR=30;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107132;STB=0.546913;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0314422;OID=.;OPOS=4686414;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:142:77:79:59:63:0.443662:30:29:46:31:30:33:48:31 chr17 4686463 . A ACGCCTACCTGGCT 104.99 PASS AF=0.217949;AO=13;DP=79;FAO=17;FDP=78;FR=.;FRO=61;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.0246095;FXX=0;HRUN=1;LEN=13;MLLD=347.899;QD=5.38427;RBI=0.0252488;REFB=-0.01149;REVB=0.00564571;RO=62;SAF=2;SAR=11;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554392;STB=0.887127;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0322631;OID=.;OPOS=4686464;OREF=-;OALT=CGCCTACCTGGCT;OMAPALT=ACGCCTACCTGGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.217949:13:79:17:78:61:2:15:38:23:99:62:2:11:38:24 chr17 4689572 . T C 224.9 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0514149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1892;QD=19.9912;RBI=0.062644;REFB=-0.0328769;REVB=-0.035788;RO=23;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194578;STB=0.610175;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0315861;OID=.;OPOS=4689572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:15:7:12:11:15:7:12:11 chr17 4689640 . C T 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0046615;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.8315;QD=20.7548;RBI=0.0166389;REFB=-0.0345413;REVB=0.0159726;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144746;STB=0.581979;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0286516;OID=.;OPOS=4689640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:9:6:7:5:9:6:7:5 chr17 4693054 . G A 148.77 PASS AF=0.382979;AO=15;DP=51;FAO=18;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00359338;FXX=0.078416;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5141;QD=12.6609;RBI=0.040329;REFB=-0.0372616;REVB=-0.0401686;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261844;STB=0.510626;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0456528;OID=.;OPOS=4693054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:47:15:29:15:18:0.382979:6:9:13:2:9:9:14:15 chr17 4693170 . T C 249.09 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0546849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4785;QD=49.8182;RBI=0.0549583;REFB=0;REVB=0.00547526;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115465;OID=.;OPOS=4693170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:18:20:1:13:5:0:0:13:7:0:0 chr17 4712395 . A T 350.82 PASS AF=1;AO=20;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.363;QD=53.9723;RBI=0.0616958;REFB=0;REVB=0.0100267;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358441;OID=.;OPOS=4712395;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:20:26:1:18:2:0:0:20:6:0:0 chr17 4721376 . A G 221.27 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0146918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.492;QD=18.4393;RBI=0.0156854;REFB=-0.00366902;REVB=0.00549392;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097583;STB=0.541629;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00419188;OID=.;OPOS=4721376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:26:21:22:0.458333:11:10:15:11:11:11:15:11 chr17 4721674 . C T 51.95 PASS AF=0.2;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00924679;FXX=0.0476077;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.899;QD=5.19514;RBI=0.0874864;REFB=-0.0089066;REVB=-0.0869964;RO=30;SAF=7;SAR=1;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414997;STB=0.806806;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0153858;OID=.;OPOS=4721674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:41:40:30:32:8:8:0.2:1:7:18:12:1:7:18:14 chr17 4722133 . C T 191.27 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.408;QD=47.8176;RBI=0.0457961;REFB=0;REVB=-0.000471178;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136962;OID=.;OPOS=4722133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:13:16:1:11:2:0:0:13:3:0:0 chr17 4790996 . C T 187.08 PASS AF=0.375;AO=23;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0428094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8037;QD=11.6927;RBI=0.0627291;REFB=-0.0235448;REVB=0.0458507;RO=40;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303435;STB=0.642742;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0653898;OID=.;OPOS=4790996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:23:24:0.375:9:14:13:27:10:14:14:26 chr17 4793052 . C T 133.82 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0810629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9989;QD=25.4885;RBI=0.106336;REFB=-0.0635638;REVB=0.0688199;RO=7;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853821;STB=0.547876;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.039023;OID=.;OPOS=4793052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:6:8:3:4:6:8:3:4 chr17 4796271 . C T 437.35 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-9.10785e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.61;QD=18.8108;RBI=0.00106516;REFB=-0.0245426;REVB=0.00106125;RO=49;SAF=18;SAR=26;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172487;STB=0.596054;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0328032;OID=.;OPOS=4796271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:26:18:29:20:26:18:29:20 chr17 4796274 . T C 1396.64 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00032433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.02;QD=62.7702;RBI=0.0100797;REFB=0;REVB=0.0100745;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90894e-05;OID=.;OPOS=4796274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:46:42:0:0:46:43:0:0 chr17 4796286 . C T 1131.28 PASS AF=0.879121;AO=80;DP=91;FAO=80;FDP=91;FR=.;FRO=11;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00426453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.346;QD=49.7268;RBI=0.0204508;REFB=-0.092293;REVB=0.0200012;RO=8;SAF=39;SAR=41;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193175;STB=0.514989;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0033957;OID=.;OPOS=4796286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:91:91:8:11:80:80:0.879121:41:39:3:5:41:39:4:7 chr17 4801125 . CC AG,GC 71.81 PASS AF=0,0.323529;AO=3,9;DP=32;FAO=0,11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=0,2;FSAR=0,9;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.160477,-0.19787;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=259.761,210.3;QD=8.44831;RBI=0.160504,0.197879;REFB=0.00094828,0.00612117;REVB=0.00296956,0.00191974;RO=20;SAF=3,0;SAR=0,9;SRF=2;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.79206,-0.697507;STB=0.5,0.509075;STBP=1,0.998;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.0139788;OID=.,.;OPOS=4801125,4801125;OREF=CC,C;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:72:32:34:20:23:3,9:0,11:0,0.323529:0,9:3,0:2:18:0,9:0,2:4:19 chr17 4801163 . C A 194.98 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=-5.1642e-14;FXX=0.0294031;HRUN=6;LEN=1;MLLD=226.309;QD=23.6344;RBI=0.00567087;REFB=-0.0062587;REVB=-0.00567087;RO=12;SAF=0;SAR=19;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00385365;OID=.;OPOS=4801163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:12:14:19:19:0.575758:19:0:0:12:19:0:0:14 chr17 4801288 . A C 95.43 PASS AF=0.571429;AO=9;DP=18;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0401345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.079;QD=18.1775;RBI=0.0445799;REFB=-0.0222191;REVB=0.019406;RO=9;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321841;STB=0.644979;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0513681;OID=.;OPOS=4801288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:21:9:9:9:12:0.571429:8:1:0:9:11:1:0:9 chr17 4802317 . T C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0556171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.475;QD=14.0438;RBI=0.0661441;REFB=-0.0303583;REVB=0.0358019;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425125;STB=0.760793;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0238463;OID=.;OPOS=4802317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:3:1:4:1:3:1 chr17 4836973 . A G 126.38 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0337022;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.011;QD=16.3076;RBI=0.0337109;REFB=-0.0271432;REVB=-0.000768343;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112273;STB=0.578829;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0314221;OID=.;OPOS=4836973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:17:17:13:14:0.451613:4:9:10:7:4:10:10:7 chr17 4837660 . A C 263.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00612044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.339;QD=19.5191;RBI=0.0141051;REFB=-0.0128841;REVB=-0.012708;RO=26;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288887;STB=0.516117;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0114049;OID=.;OPOS=4837660;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:12:16:14:12:12:16:14:12 chr17 4849284 . G A 280.76 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0802541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5914;QD=16.7618;RBI=0.101675;REFB=-0.0239051;REVB=0.062427;RO=37;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661808;STB=0.521222;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0296068;OID=.;OPOS=4849284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:36:30:31:0.462687:15:15:16:21:16:15:16:20 chr17 4856376 . A G 281.23 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0194558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8469;QD=21.2251;RBI=0.0195824;REFB=-0.0314878;REVB=-0.00222298;RO=24;SAF=17;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328326;STB=0.518206;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0348213;OID=.;OPOS=4856376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:12:17:15:9:12:17:15:9 chr17 4862645 . CAT C,CAC 158.65 PASS AF=0.266667,0.133333;AO=11,8;DP=47;FAO=12,6;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=6,6;FSAR=6,0;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0131965,-0.0356838;FXX=0.0425441;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=203.892,114.656;QD=14.1018;RBI=0.0670739,0.0879928;REFB=-0.0298012,-0.0359863;REVB=-0.0657629,-0.0804325;RO=26;SAF=7,6;SAR=4,2;SRF=11;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.243363,0.387222;STB=0.538398,0.998185;STBP=0.76,0.008;TYPE=del,snp;VARB=0.0737386,0.0560524;OID=.,.;OPOS=4862646,4862647;OREF=AT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667,0.133333:11,8:47:12,6:45:27:6,6:6,0:12:15:86:26:7,6:4,2:11:15 chr17 4863410 . A G 760.9 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00224559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2265;QD=63.4086;RBI=0.0621304;REFB=0;REVB=-0.0620898;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000878055;OID=.;OPOS=4863410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:18:29:0:0:18:30:0:0 chr17 4875566 . T C 251.74 PASS AF=0.621622;AO=22;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0116746;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.711;QD=27.2149;RBI=0.0586244;REFB=-0.0242312;REVB=0.0574502;RO=14;SAF=15;SAR=7;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871933;STB=0.557593;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00816383;OID=.;OPOS=4875566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:22:23:0.621622:7:15:11:3:8:15:11:3 chr17 4883045 . C T 295.5 PASS AF=0.586957;AO=25;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0581885;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6553;QD=25.6958;RBI=0.0585444;REFB=-0.0454324;REVB=0.00644621;RO=18;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154372;STB=0.57706;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0214626;OID=.;OPOS=4883045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:19:25:27:0.586957:12:13:13:5:12:15:14:5 chr17 4883818 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00759436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.823;QD=33.4285;RBI=0.0220748;REFB=0;REVB=-0.0207274;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.10648e-05;OID=.;OPOS=4883818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr17 4890932 . C A 80.48 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.036807;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.6746;QD=17.8843;RBI=0.0720433;REFB=-0.0264696;REVB=0.0619312;RO=8;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371898;STB=0.71747;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0247826;OID=.;OPOS=4890932;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:2:8:3:5:2:8:3:5 chr17 4892176 . C G 294.18 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00186346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.339;QD=17.5632;RBI=0.00396168;REFB=-0.0271919;REVB=0.00349606;RO=35;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690545;STB=0.538652;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0241302;OID=.;OPOS=4892176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:15:17:16:19:15:17:16:19 chr17 4904564 . T C 215.58 PASS AF=0.430769;AO=24;DP=64;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.00835948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6747;QD=13.2662;RBI=0.0304061;REFB=-0.00469587;REVB=-0.0292344;RO=36;SAF=7;SAR=17;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177515;STB=0.575454;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00429391;OID=.;OPOS=4904564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:37:24:28:0.430769:17:7:10:26:17:11:10:27 chr17 4936336 . A T 235.44 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0181655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.435;QD=13.2642;RBI=0.0219224;REFB=-0.00701499;REVB=0.0122723;RO=43;SAF=7;SAR=21;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346123;STB=0.699099;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.013462;OID=.;OPOS=4936336;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:21:7:24:19:21:7:24:19 chr17 4936898 . C T 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0201365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.32;QD=12.0239;RBI=0.0685142;REFB=-0.0114033;REVB=-0.0654883;RO=20;SAF=11;SAR=1;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503523;STB=0.810814;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0243189;OID=.;OPOS=4936898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:1:11:12:8:1:11:12:8 chr17 4937575 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2101;QD=54.5151;RBI=0.0140802;REFB=0;REVB=0.00748786;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.61486e-05;OID=.;OPOS=4937575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr17 4996915 . AC A 287.2 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.586;QD=52.2178;RBI=0.0729015;REFB=0;REVB=0.00965402;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000628898;OID=.;OPOS=4996916;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:21:22:22:0:10:12:0:0:4:0:9:12:0:0 chr17 4997039 . G C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0570811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6595;QD=57.6803;RBI=0.0656755;REFB=0;REVB=0.0324811;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000467841;OID=.;OPOS=4997039;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr17 4997433 . G A 814.18 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8082;QD=56.1503;RBI=0.0463465;REFB=0;REVB=0.0383002;RO=1;SAF=23;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200621;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000887328;OID=.;OPOS=4997433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:1:0:57:58:1:34:23:1:0:34:24:0:0 chr17 4997787 . A G 940.95 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0142862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.011;QD=57.0275;RBI=0.016295;REFB=0.100954;REVB=0.00783783;RO=1;SAF=41;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113841;STB=0.506022;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.000264051;OID=.;OPOS=4997787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:24:41:1:0:24:41:1:0 chr17 4998030 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1816;QD=37.4882;RBI=0.02558;REFB=0;REVB=-0.0219158;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000418074;OID=.;OPOS=4998030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr17 4998586 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.567;QD=53.2768;RBI=0.00758191;REFB=0;REVB=0.00421792;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8032e-05;OID=.;OPOS=4998586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr17 4998852 . G C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.727;QD=57.6807;RBI=0.018668;REFB=0;REVB=-0.00198965;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.504e-05;OID=.;OPOS=4998852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr17 5036224 . C G 45.09 PASS AF=0.132353;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.000485924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.584;QD=2.65252;RBI=0.0257924;REFB=-0.00328633;REVB=-0.0257879;RO=59;SAF=6;SAR=3;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307606;STB=0.716524;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0496292;OID=.;OPOS=5036224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:68:68:59:59:9:9:0.132353:3:6:24:35:3:6:24:35 chr17 5036274 . C A 112.15 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00195171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.467;QD=8.46441;RBI=0.0024004;REFB=-0.00626997;REVB=-0.00139741;RO=38;SAF=11;SAR=4;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291326;STB=0.678035;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0180242;OID=.;OPOS=5036274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:4:11:19:19:4:11:19:19 chr17 5036281 . G C 130.91 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0121947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.713;QD=10.2677;RBI=0.0123138;REFB=-0.00308817;REVB=0.00170796;RO=35;SAF=12;SAR=4;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323168;STB=0.69448;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00689905;OID=.;OPOS=5036281;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:4:12:17:18:4:12:17:18 chr17 5042422 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00368827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.665;QD=63.5826;RBI=0.0200061;REFB=0;REVB=-0.0196632;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.31742e-05;OID=.;OPOS=5042422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:24:23:0:0 chr17 5042894 . T C 1640.64 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.776;QD=60.2069;RBI=0.0163318;REFB=0;REVB=0.00303557;RO=0;SAF=48;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7042e-05;OID=.;OPOS=5042894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:60:48:0:0:61:48:0:0 chr17 5071236 . A G 289.33 PASS AF=0.350515;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=97;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0117082;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.943;QD=11.9311;RBI=0.0249249;REFB=-0.0223569;REVB=-0.0220038;RO=63;SAF=13;SAR=21;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00167044;STB=0.500963;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0500933;OID=.;OPOS=5071236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:63:63:34:34:0.350515:21:13:24:39:21:13:24:39 chr17 5084763 . G A,T 729.31 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=50,2;DP=52;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0084774,-0.0191806;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.466,39.1281;QD=56.1006;RBI=0.013257,0.0197016;REFB=0,0;REVB=0.0101923,0.00450057;RO=0;SAF=21,0;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.20481e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00368626,0.0367148;OID=.,.;OPOS=5084763,5084763;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:52:0:0:50,2:50,2:0.961538,0.0384615:29,2:21,0:0:0:29,2:21,0:0:0 chr17 5085161 . A C 474.05 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.014538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.983;QD=18.962;RBI=0.0277572;REFB=-0.00263121;REVB=0.0236455;RO=53;SAF=24;SAR=23;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549738;STB=0.530599;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00178668;OID=.;OPOS=5085161;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:23:24:24:29:23:24:24:29 chr17 5085857 . C T 1443.08 PASS AF=0.959596;AO=92;DP=96;FAO=95;FDP=99;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0102178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.56;QD=58.3061;RBI=0.0114151;REFB=-0.052044;REVB=-0.00508936;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522722;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00225714;OID=.;OPOS=5085857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:96:99:0:4:92:95:0.959596:53:39:0:0:53:42:4:0 chr17 5238487 . C T 51.48 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0485925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.484;QD=3.5501;RBI=0.0493847;REFB=-0.00464792;REVB=0.00880973;RO=49;SAF=5;SAR=4;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129755;STB=0.589158;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0245994;OID=.;OPOS=5238487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:49:49:9:9:0.155172:4:5:22:27:4:5:22:27 chr17 5280440 . T C 1008.39 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3483;QD=59.3169;RBI=0.0325467;REFB=0;REVB=0.0297146;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418343;OID=.;OPOS=5280440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:26:42:0:0:26:42:0:0 chr17 5284698 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=335.428;QD=53.9112;RBI=0.0212466;REFB=0;REVB=0.00866289;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39065e-05;OID=.;OPOS=5284698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr17 5284719 . T C 438.37 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466444;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.896;QD=56.564;RBI=0.0891839;REFB=0;REVB=0.0890618;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590749;OID=.;OPOS=5284719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:31:0:0:30:31:1:12:18:0:0:13:18:0:0 chr17 5284770 . G A 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0283806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.886;QD=56.9478;RBI=0.0321951;REFB=0.05498;REVB=0.0152009;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301788;STB=0.51612;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.000272563;OID=.;OPOS=5284770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:15:21:0:1:15:21:0:1 chr17 5287297 . AG A 755.12 PASS AF=1;AO=62;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0917044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.2043;QD=45.7646;RBI=0.126421;REFB=0;REVB=-0.0870205;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.537815;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00553135;OID=.;OPOS=5287298;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:66:66:66:0:32:34:0:0:14:0:30:32:0:0 chr17 5288760 . A G 644.31 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0898246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.616;QD=61.3627;RBI=0.0928673;REFB=0;REVB=0.0235769;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264976;OID=.;OPOS=5288760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:40:42:1:26:14:0:0:28:14:0:0 chr17 5288769 . CA C 648.35 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00325899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.734;QD=61.7475;RBI=0.0559295;REFB=0;REVB=0.0558345;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000372454;OID=.;OPOS=5288770;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:43:42:42:0:13:29:0:0:4:0:13:29:0:0 chr17 5288794 . G C 689.09 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3055;QD=62.6445;RBI=0.0717692;REFB=0;REVB=-0.0585384;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000261848;OID=.;OPOS=5288794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr17 5289580 . A G 1087.5 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0172774;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.106;QD=58.7835;RBI=0.0177441;REFB=0.0778337;REVB=-0.00404304;RO=1;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150135;STB=0.507934;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.000376025;OID=.;OPOS=5289580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:73:73:0.986486:31:42:0:1:31:42:0:1 chr17 5290033 . T C 911.51 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0718;QD=56.9691;RBI=0.0661761;REFB=0;REVB=0.064671;RO=1;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171646;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00266422;OID=.;OPOS=5290033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:1:0:62:64:1:27:35:0:1:28:36:0:0 chr17 5290703 . G A 1481.45 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.516;QD=63.0403;RBI=0.0138521;REFB=0;REVB=-0.00874897;RO=0;SAF=53;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7175e-06;OID=.;OPOS=5290703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:40:53:0:0:40:54:0:0 chr17 5294976 . T A 1403.47 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.976;QD=62.3764;RBI=0.0178966;REFB=0;REVB=-0.0121267;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62373e-05;OID=.;OPOS=5294976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:47:42:0:0:48:42:0:0 chr17 5308377 . C T 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00187184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.612;QD=62.1623;RBI=0.0322765;REFB=0;REVB=0.0322222;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45878e-05;OID=.;OPOS=5308377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:32:53:0:0:32:53:0:0 chr17 5326089 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.342;QD=57.0007;RBI=0.0152717;REFB=0;REVB=0.0140892;RO=0;SAF=41;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13108e-05;OID=.;OPOS=5326089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:13:41:0:0:13:41:0:0 chr17 5326145 . C G 734.24 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0396885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.713;QD=61.1864;RBI=0.045072;REFB=-0.0733358;REVB=0.0213615;RO=1;SAF=36;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408345;STB=0.52173;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000991038;OID=.;OPOS=5326145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:11:36:0:1:11:36:0:1 chr17 5326162 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4359;QD=60.9779;RBI=0.0106779;REFB=0;REVB=-0.00480553;RO=0;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47383e-05;OID=.;OPOS=5326162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:11:28:0:0:11:28:0:0 chr17 5328633 . G A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00163619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.008;QD=51.9133;RBI=0.0330697;REFB=0;REVB=0.0330292;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189284;OID=.;OPOS=5328633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr17 5328661 . T C 40.02 PASS AF=0.227273;AO=4;DP=21;FAO=5;FDP=22;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00172669;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=82.4088;QD=7.27568;RBI=0.00858652;REFB=-0.019061;REVB=0.00841112;RO=0;SAF=2;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509396;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00898992;OID=.;OPOS=5328661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:21:22:0:17:4:5:0.227273:2:2:0:0:2:3:10:7 chr17 5334850 . G A 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6543;QD=63.2841;RBI=0.0401121;REFB=0;REVB=0.0336304;RO=0;SAF=12;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145424;OID=.;OPOS=5334850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:34:12:0:0:34:12:0:0 chr17 5334873 . GA G 879.28 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000446358;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.1441;QD=48.1797;RBI=0.0299393;REFB=0;REVB=-0.029936;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000713675;OID=.;OPOS=5334874;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:72:74:73:73:0:33:40:0:0:16:0:33:39:0:0 chr17 5347576 . G A 1084.31 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00025148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.7;QD=58.6112;RBI=0.0435948;REFB=-0.1102;REVB=0.0435941;RO=1;SAF=37;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012613;STB=0.506665;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00127434;OID=.;OPOS=5347576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:36:37:1:0:36:37:1:0 chr17 5356913 . C T 165.07 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0222247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.336;QD=14.0487;RBI=0.0232086;REFB=-0.010926;REVB=-0.00668583;RO=29;SAF=13;SAR=5;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33568;STB=0.695641;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.012898;OID=.;OPOS=5356913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:5:13:12:17:5:13:12:17 chr17 5393461 . T C 549.54 PASS AF=0.5;AO=57;DP=114;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0324688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0905;QD=19.282;RBI=0.0330115;REFB=0.00192956;REVB=-0.00596146;RO=57;SAF=16;SAR=41;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241598;STB=0.634113;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00185627;OID=.;OPOS=5393461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:57:57:57:57:0.5:41:16:30:27:41:16:30:27 chr17 5393603 . C T 163.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0226668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.696;QD=20.4553;RBI=0.0544768;REFB=0.000788142;REVB=-0.0495372;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101757;STB=0.557553;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.0019553;OID=.;OPOS=5393603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:10:7:8:7:10:7:8:7 chr17 5393784 . T TTTAA 264.3 PASS AF=0.517857;AO=24;DP=60;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00962348;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=4;MLLD=230.277;QD=18.8782;RBI=0.0237951;REFB=-0.0223075;REVB=-0.0217623;RO=32;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419086;STB=0.518506;STBP=0.781;TYPE=ins;VARB=0.0192853;OID=.;OPOS=5393785;OREF=-;OALT=TTAA;OMAPALT=TTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517857:24:60:29:56:27:15:14:15:12:99:32:13:11:16:16 chr17 5404011 . T C 270.76 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00199945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.683;QD=16.9227;RBI=0.00475958;REFB=-0.00392404;REVB=0.00431923;RO=34;SAF=7;SAR=23;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233685;STB=0.632404;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00273326;OID=.;OPOS=5404011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:23:7:15:19:23:7:15:19 chr17 5418107 . G A 432.87 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.014681;FXX=0.0265463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.477;QD=15.7408;RBI=0.0156061;REFB=-0.00767174;REVB=0.00529319;RO=61;SAF=29;SAR=19;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649266;STB=0.541617;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00667224;OID=.;OPOS=5418107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:61:62:48:48:0.436364:19:29:33:28:19:29:33:29 chr17 5418799 . G A 251.7 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00766201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.945;QD=17.0641;RBI=0.0366956;REFB=-0.0263594;REVB=-0.0358867;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712872;STB=0.539972;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.029311;OID=.;OPOS=5418799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:16:12:11:20:16:12:11:20 chr17 5424886 . G A 340.23 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0322809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0265;QD=18.1456;RBI=0.0334344;REFB=0.0116925;REVB=0.00870664;RO=39;SAF=17;SAR=19;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109098;STB=0.560852;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0172581;OID=.;OPOS=5424886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:19:17:23:16:19:17:23:16 chr17 5425077 . T C 130.94 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00160529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.367;QD=10.2699;RBI=0.0110468;REFB=-0.0160325;REVB=-0.0109295;RO=35;SAF=5;SAR=11;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239559;STB=0.643581;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0467055;OID=.;OPOS=5425077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:11:5:18:17:11:5:18:17 chr17 5440197 . T C 308.35 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.00251786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.853;QD=15.8126;RBI=0.0218417;REFB=-0.0187009;REVB=-0.0216961;RO=44;SAF=24;SAR=10;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547776;STB=0.530955;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.020211;OID=.;OPOS=5440197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:10:24:29:15:10:24:29:15 chr17 5487164 . C G 838.85 PASS AF=0.477778;AO=86;DP=180;FAO=86;FDP=180;FR=.;FRO=94;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=56;FSRR=38;FWDB=-0.0362384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5128;QD=18.6411;RBI=0.0659141;REFB=0.00607955;REVB=0.0550586;RO=94;SAF=48;SAR=38;SRF=56;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362319;STB=0.519995;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.0051712;OID=.;OPOS=5487164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:94:94:86:86:0.477778:38:48:56:38:38:48:56:38 chr17 5991344 . C T 1039.67 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0261824;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.424;QD=56.968;RBI=0.0453628;REFB=-0.081115;REVB=0.0370441;RO=1;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165877;STB=0.517236;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.000556342;OID=.;OPOS=5991344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:73:1:2:71:71:0.972603:28:43:0:1:28:43:0:2 chr17 6014176 . A G 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.342;QD=58.4186;RBI=0.0492595;REFB=0;REVB=-0.00120575;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171827;OID=.;OPOS=6014176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr17 6023792 . C T 169.48 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0284761;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.887;QD=15.7657;RBI=0.0289158;REFB=-0.0331414;REVB=-0.0050233;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00454262;STB=0.502615;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0481754;OID=.;OPOS=6023792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:14:11:8:10:14:11 chr17 6328930 . G A 250.23 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0147239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.824;QD=26.3396;RBI=0.048765;REFB=-0.0563372;REVB=0.046489;RO=13;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856894;STB=0.568663;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0419666;OID=.;OPOS=6328930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:13:15:23:23:0.605263:10:13:9:4:10:13:11:4 chr17 6329917 . C T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00638436;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.029;QD=19.4669;RBI=0.0451376;REFB=-0.0118194;REVB=0.0446838;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231686;STB=0.630237;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0163459;OID=.;OPOS=6329917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:12:10:17:7:12:10:17:7 chr17 6330068 . T C 559.37 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596588;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.852;QD=60.4729;RBI=0.0602844;REFB=0;REVB=0.00866208;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250915;OID=.;OPOS=6330068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:26:10:0:0:26:11:0:0 chr17 6331803 . T C 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9519;QD=56.9343;RBI=0.0511241;REFB=0;REVB=0.0495343;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425368;OID=.;OPOS=6331803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr17 6337247 . C G 335.75 PASS AF=0.514706;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00310248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.042;QD=19.7499;RBI=0.0781397;REFB=-0.00494431;REVB=0.0780781;RO=33;SAF=22;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149101;STB=0.571882;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00432022;OID=.;OPOS=6337247;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:33:33:34:35:0.514706:12:22:16:17:13:22:16:17 chr17 6353679 . A C 711.48 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0384569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=326.527;QD=52.7019;RBI=0.0417896;REFB=0.0286511;REVB=0.0163536;RO=2;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037641;STB=0.519992;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.000676324;OID=.;OPOS=6353679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:24:28:0:2:24:28:0:2 chr17 6364753 . A G 1320.12 PASS AF=1;AO=70;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.916;QD=62.1232;RBI=0.062016;REFB=0;REVB=0.00462532;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153438;OID=.;OPOS=6364753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:70:85:1:42:28:0:0:43:42:0:0 chr17 6377772 . G A 66.52 PASS AF=0.169014;AO=12;DP=71;FAO=12;FDP=71;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0299917;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3081;QD=3.74767;RBI=0.0463795;REFB=-0.0110585;REVB=-0.0353773;RO=57;SAF=5;SAR=7;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932821;STB=0.576343;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0524077;OID=.;OPOS=6377772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:71:71:57:59:12:12:0.169014:7:5:28:29:7:5:30:29 chr17 6381939 . G A 219.46 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00455036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.906;QD=17.9154;RBI=0.00530333;REFB=-0.0335971;REVB=0.00272388;RO=27;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070314;STB=0.503996;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0586176;OID=.;OPOS=6381939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:8:14:17:10:8:14:17:10 chr17 6483046 . T C 1732.99 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00324396;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.916;QD=60.8068;RBI=0.0217774;REFB=0;REVB=-0.0215344;RO=0;SAF=52;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.86981e-05;OID=.;OPOS=6483046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:62:52:0:0:62:52:0:0 chr17 6493198 . T C 3426.44 PASS AF=1;AO=215;DP=217;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707372;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9569;QD=62.2989;RBI=0.00899388;REFB=0;REVB=-0.00555449;RO=0;SAF=109;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.66327e-05;OID=.;OPOS=6493198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:217:220:0:0:215:220:1:106:109:0:0:108:112:0:0 chr17 6511781 . A G 1175.82 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0325912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.846;QD=59.5353;RBI=0.0403051;REFB=-0.0252684;REVB=0.0237132;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.50769;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000590218;OID=.;OPOS=6511781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:0:1:78:78:0.987342:46:32:0:0:46:32:1:0 chr17 6515387 . A G 1372.79 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.565;QD=62.3996;RBI=0.0289154;REFB=0;REVB=0.00711289;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53232e-05;OID=.;OPOS=6515387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:42:44:0:0:43:45:0:0 chr17 6515454 . C T 792.66 PASS AF=1;AO=42;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00188985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.023;QD=63.4131;RBI=0.0169599;REFB=0;REVB=0.0168543;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70939e-05;OID=.;OPOS=6515454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:42:50:1:14:28:0:0:21:29:0:0 chr17 6531648 . A G 3724.59 PASS AF=1;AO=235;DP=235;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.617;QD=63.3973;RBI=0.0440657;REFB=0;REVB=0.0197324;RO=0;SAF=147;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58548e-05;OID=.;OPOS=6531648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:235:235:0:0:235:235:1:88:147:0:0:88:147:0:0 chr17 6546259 . T C 1120.89 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0061258;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=287.076;QD=58.9944;RBI=0.00746313;REFB=-0.0477566;REVB=0.00426296;RO=1;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137127;STB=0.507244;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-2.70104e-05;OID=.;OPOS=6546259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:34:41:0:1:34:41:0:1 chr17 6556022 . A G 477.61 PASS AF=0.438017;AO=50;DP=118;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.0169468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.808;QD=15.7887;RBI=0.0171473;REFB=-0.00461757;REVB=-0.00261447;RO=68;SAF=31;SAR=19;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034227;STB=0.52036;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00664088;OID=.;OPOS=6556022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:121:68:68:50:53:0.438017:19:31:40:28:20:33:40:28 chr17 6556194 . T TAGAAG 191.96 PASS AF=0.265306;AO=26;DP=99;FAO=26;FDP=98;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.0139747;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=5;MLLD=287.937;QD=7.83526;RBI=0.0144077;REFB=-0.00122863;REVB=-0.00350568;RO=73;SAF=13;SAR=13;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143305;STB=0.581572;STBP=0.35;TYPE=ins;VARB=0.00306542;OID=.;OPOS=6556195;OREF=-;OALT=AGAAG;OMAPALT=TAGAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.265306:26:99:26:98:72:13:13:28:44:99:73:13:13:28:45 chr17 6556326 . G A 292.46 PASS AF=0.382022;AO=32;DP=87;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.00102299;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.642;QD=13.1444;RBI=0.00581683;REFB=-0.0126626;REVB=-0.00572616;RO=54;SAF=14;SAR=18;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118295;STB=0.572556;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.019847;OID=.;OPOS=6556326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:54:55:32:34:0.382022:18:14:18:36:19:15:18:37 chr17 6556538 . G C 1415.31 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1282;QD=62.9028;RBI=0.0303335;REFB=0;REVB=0.00462771;RO=0;SAF=55;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287902;OID=.;OPOS=6556538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:34:55:0:0:34:56:0:0 chr17 6556541 . A T 1438.42 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.848;QD=61.8676;RBI=0.0278757;REFB=-0.0723661;REVB=0.0242114;RO=0;SAF=59;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36474e-08;STB=0.507461;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000188213;OID=.;OPOS=6556541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:92:92:0.989247:33:59:0:0:33:59:0:1 chr17 6558768 . C T 555.29 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1448;QD=60.031;RBI=0.0383765;REFB=0;REVB=-0.0382592;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000628729;OID=.;OPOS=6558768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:10:26:0:0:10:27:0:0 chr17 6663894 . GC AG,GG 712.37 PASS AF=0.468085,0.531915;AO=22,25;DP=47;FAO=22,25;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=12,9;FSAR=10,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243787,0.0333083;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=102.554,135.57;QD=60.6269;RBI=0.0299107,0.0375272;REFB=0,0;REVB=0.0173299,0.0172871;RO=0;SAF=12,9;SAR=10,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00866517,0.00336322;OID=.,.;OPOS=6663894,6663895;OREF=GC,C;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:47:47:0:0:22,25:22,25:0.468085,0.531915:10,16:12,9:0:0:10,16:12,9:0:0 chr17 6683215 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498641;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.296;QD=55.6549;RBI=0.0275748;REFB=0;REVB=0.0271202;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125974;OID=.;OPOS=6683215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr17 6683584 . T C 189.85 PASS AF=0.308642;AO=25;DP=81;FAO=25;FDP=81;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0171219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5306;QD=9.37522;RBI=0.0171222;REFB=0.00156352;REVB=-9.97047e-05;RO=56;SAF=10;SAR=15;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978314;STB=0.557742;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00430753;OID=.;OPOS=6683584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:56:56:25:25:0.308642:15:10:27:29:15:10:27:29 chr17 6690161 . C T 1659.54 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.225;QD=60.3471;RBI=0.0365003;REFB=0;REVB=-0.0113676;RO=0;SAF=63;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3659e-05;OID=.;OPOS=6690161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:47:63:0:0:47:63:0:0 chr17 6716242 . G A 452.45 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0167051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.288;QD=22.3432;RBI=0.0167665;REFB=-0.0348076;REVB=-0.00143373;RO=37;SAF=26;SAR=18;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199248;STB=0.510978;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.032966;OID=.;OPOS=6716242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:18:26:21:16:18:26:21:16 chr17 6733672 . T C 2235.82 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5764;QD=63.4276;RBI=0.0541876;REFB=0;REVB=0.0519488;RO=0;SAF=74;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030316;OID=.;OPOS=6733672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:67:74:0:0:67:74:0:0 chr17 6902743 . G A 545.25 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0205062;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.207;QD=57.3946;RBI=0.0419158;REFB=-0.19591;REVB=0.0365572;RO=1;SAF=9;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492024;STB=0.526301;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00106443;OID=.;OPOS=6902743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:28:9:1:0:28:9:1:0 chr17 6902760 . A G 394.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.507;QD=56.3036;RBI=0.0478668;REFB=0;REVB=0.0399086;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280386;OID=.;OPOS=6902760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:21:5:0:0:22:6:0:0 chr17 6905061 . T G 689.38 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.265;QD=62.671;RBI=0.0468748;REFB=0;REVB=0.0231635;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183276;OID=.;OPOS=6905061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:30:13:0:0:31:13:0:0 chr17 6909838 . A G 242.41 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.000542583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.722;QD=12.5928;RBI=0.0150173;REFB=-0.0201367;REVB=-0.0150075;RO=48;SAF=17;SAR=12;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04384;STB=0.525123;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0303044;OID=.;OPOS=6909838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:12:17:30:18:12:17:30:18 chr17 6909873 . A G 261.89 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.000341894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.426;QD=14.7541;RBI=0.0135478;REFB=-0.0165503;REVB=-0.0135435;RO=40;SAF=17;SAR=13;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00857114;STB=0.503341;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0210616;OID=.;OPOS=6909873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:41:30:30:0.422535:13:17:23:17:13:17:23:18 chr17 6919093 . T C 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0142681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.075;QD=19.9284;RBI=0.0159008;REFB=-0.0291498;REVB=-0.00701835;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52377;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0251817;OID=.;OPOS=6919093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:8:9:12:12:0.571429:6:6:4:4:6:6:4:5 chr17 6920257 . C T 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0119175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.708;QD=17.0594;RBI=0.0123973;REFB=-0.0109434;REVB=-0.00341553;RO=38;SAF=9;SAR=24;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162495;STB=0.591657;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0116252;OID=.;OPOS=6920257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:24:9:16:22:24:9:16:22 chr17 6927599 . C T 137.96 PASS AF=0.221053;AO=21;DP=95;FAO=21;FDP=95;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.00550748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3085;QD=5.80898;RBI=0.0113746;REFB=-0.0017731;REVB=-0.00995231;RO=74;SAF=9;SAR=12;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00492987;STB=0.503065;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00626985;OID=.;OPOS=6927599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:74:74:21:21:0.221053:12:9:32:42:12:9:32:42 chr17 6929924 . T C 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.002;QD=60.8833;RBI=0.0411929;REFB=0;REVB=-0.0293428;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112599;OID=.;OPOS=6929924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:34:43:0:0:34:43:0:0 chr17 6930139 . C T 46.03 PASS AF=0.35;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0129005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.788;QD=9.20574;RBI=0.034666;REFB=-0.0191916;REVB=0.0321763;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414775;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0612991;OID=.;OPOS=6930139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:20:13:13:6:7:0.35:3:3:6:7:3:4:6:7 chr17 6942108 . C T 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0109143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.346;QD=22.1888;RBI=0.0110005;REFB=-0.0281068;REVB=-0.00137389;RO=22;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110138;STB=0.561745;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0244675;OID=.;OPOS=6942108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:9:15:11:11:9:15:11:11 chr17 6942111 . G T 192.35 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0133704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.011;QD=16.0292;RBI=0.023274;REFB=-0.0181454;REVB=0.0190502;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142165;STB=0.59082;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.036727;OID=.;OPOS=6942111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:28:20:20:0.416667:11:9:16:11:11:9:17:11 chr17 6943266 . G A 333.92 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0584657;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.812;QD=21.8966;RBI=0.0587363;REFB=0.00585423;REVB=-0.00563204;RO=26;SAF=11;SAR=23;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208178;STB=0.624045;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00425539;OID=.;OPOS=6943266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:27:34:34:0.557377:23:11:15:11:23:11:16:11 chr17 6979179 . A G 311.8 PASS AF=0.571429;AO=27;DP=48;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=9.34097e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.561;QD=25.4533;RBI=0.0063584;REFB=-0.0324564;REVB=-0.00635772;RO=19;SAF=6;SAR=21;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946382;STB=0.519985;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0270921;OID=.;OPOS=6979179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:19:21:27:28:0.571429:21:6:6:13:21:7:6:15 chr17 6981353 . G C 496.46 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0131116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.526;QD=20.9036;RBI=0.0200702;REFB=-0.0301985;REVB=-0.0151954;RO=47;SAF=23;SAR=25;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047136;STB=0.526074;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0299688;OID=.;OPOS=6981353;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:25:23:25:22:25:23:25:22 chr17 6981397 . A G 447.63 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00135191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.29;QD=21.0648;RBI=0.0240279;REFB=-0.0532603;REVB=-0.0239898;RO=41;SAF=21;SAR=23;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919942;STB=0.505086;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0293151;OID=.;OPOS=6981397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:23:21:20:21:23:21:20:21 chr17 7011144 . G A 92.07 PASS AF=0.27907;AO=11;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0377521;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5233;QD=8.56508;RBI=0.0603267;REFB=-0.00658008;REVB=0.0470542;RO=30;SAF=8;SAR=3;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169007;STB=0.63975;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0446826;OID=.;OPOS=7011144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:43:43:30:31:11:12:0.27907:3:8:18:12:3:9:18:13 chr17 7106623 . G A 276.44 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00640316;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.906;QD=20.1046;RBI=0.0520589;REFB=0.000443996;REVB=-0.0516636;RO=26;SAF=20;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140449;STB=0.578456;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.000378732;OID=.;OPOS=7106623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:26:26:29:29:0.527273:9:20:14:12:9:20:14:12 chr17 7147350 . T TC 1150.3 PASS AF=1;AO=106;DP=133;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00589592;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.9126;QD=38.6657;RBI=0.024558;REFB=0;REVB=-0.0238397;RO=21;SAF=48;SAR=58;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110831;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000429524;OID=.;OPOS=7147351;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:106:133:119:119:0:54:65:0:0:23:21:48:58:17:4 chr17 7185788 . T C 596.0 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.587;QD=61.1278;RBI=0.0563022;REFB=0;REVB=0.0123452;RO=0;SAF=8;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40413e-05;OID=.;OPOS=7185788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:29:8:0:0:30:9:0:0 chr17 7213694 . C A 788.51 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220199;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.925;QD=57.3464;RBI=0.0232572;REFB=0;REVB=0.00748478;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158443;OID=.;OPOS=7213694;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr17 7217463 . T C 1138.24 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135291;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.492;QD=60.7061;RBI=0.0145834;REFB=0;REVB=-0.00544418;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.35477e-05;OID=.;OPOS=7217463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:42:33:0:0:42:33:0:0 chr17 7219230 . A G 680.45 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2073;QD=61.8588;RBI=0.0824702;REFB=0;REVB=-0.0525392;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220427;OID=.;OPOS=7219230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:24:19:0:0:25:19:0:0 chr17 7221385 . G A 1237.74 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00582716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.272;QD=58.9402;RBI=0.0434518;REFB=-0.187198;REVB=0.0430593;RO=1;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133379;STB=0.501779;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000672367;OID=.;OPOS=7221385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:1:2:82:82:0.97619:35:47:0:1:35:47:1:1 chr17 7224921 . C G 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.788;QD=49.5902;RBI=0.0516746;REFB=0;REVB=0.0061206;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089864;OID=.;OPOS=7224921;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr17 7250215 . G A 123.44 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0567225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.423;QD=8.51316;RBI=0.0583232;REFB=-0.00656047;REVB=0.0135705;RO=38;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832452;STB=0.508918;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0137921;OID=.;OPOS=7250215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:41:17:17:0.293103:11:6:11:27:11:6:14:27 chr17 7252345 . C T 295.7 PASS AF=0.339286;AO=38;DP=110;FAO=38;FDP=112;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.0139595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.468;QD=10.5607;RBI=0.0221595;REFB=-0.00471671;REVB=-0.0172097;RO=72;SAF=17;SAR=21;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168928;STB=0.604965;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0136745;OID=.;OPOS=7252345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:72:74:38:38:0.339286:21:17:43:29:21:17:45:29 chr17 7258897 . C T 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0120066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.377;QD=6.59529;RBI=0.0132435;REFB=-0.0038367;REVB=0.00558865;RO=28;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161881;STB=0.603537;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0125058;OID=.;OPOS=7258897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:6:3:13:15:6:3:13:15 chr17 7286266 . C T 180.94 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00233821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.329;QD=12.9239;RBI=0.00432923;REFB=-0.026659;REVB=0.00364348;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110906;STB=0.571365;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0367964;OID=.;OPOS=7286266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:34:22:22:0.392857:11:11:20:13:11:11:21:13 chr17 7286326 . T A 325.8 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0160935;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.3;QD=24.5886;RBI=0.0162859;REFB=-0.0198954;REVB=-0.00249567;RO=21;SAF=19;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153766;STB=0.584562;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0133737;OID=.;OPOS=7286326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:21:21:32:32:0.603774:13:19:8:13:13:19:8:13 chr17 7290374 . C T 274.75 PASS AF=0.293651;AO=37;DP=131;FAO=37;FDP=126;FR=.;FRO=89;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=0.0694025;FXX=0.038165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4673;QD=8.72216;RBI=0.0694094;REFB=-0.0119029;REVB=0.000976476;RO=93;SAF=15;SAR=22;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147444;STB=0.57139;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0401448;OID=.;OPOS=7290374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:126:93:89:37:37:0.293651:22:15:49:44:22:15:45:44 chr17 7290695 . A G 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.021969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.063;QD=11.9197;RBI=0.0495955;REFB=-0.00228612;REVB=-0.0444643;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218747;STB=0.631215;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0019812;OID=.;OPOS=7290695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:3:6:3:4:3:6 chr17 7292107 . G A 409.65 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00773177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.794;QD=20.7419;RBI=0.083928;REFB=-0.0121934;REVB=0.0835711;RO=38;SAF=25;SAR=16;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200271;STB=0.511077;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0125156;OID=.;OPOS=7292107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:16:25:24:14:16:25:24:14 chr17 7307018 . AAAG A 117.65 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0273158;FXX=0.0188644;HRUN=4;LEN=3;MLLD=331.519;QD=9.04959;RBI=0.03166;REFB=-0.0121307;REVB=-0.0160062;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0.33858;SSSB=0.0346842;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0183746;OID=.;OPOS=7307019;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:20:53:20:52:32:10:10:16:16:99:30:10:10:14:16 chr17 7311988 . C T 147.76 PASS AF=0.236559;AO=22;DP=93;FAO=22;FDP=93;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=0.0101784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0394;QD=6.35543;RBI=0.0336254;REFB=-0.00655378;REVB=0.0320479;RO=71;SAF=14;SAR=8;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405983;STB=0.524977;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0259859;OID=.;OPOS=7311988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:71:71:22:22:0.236559:8:14:43:28:8:14:43:28 chr17 7318396 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.298;QD=56.9568;RBI=0.0371629;REFB=0;REVB=0.027111;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35262e-06;OID=.;OPOS=7318396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr17 7322245 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.211;QD=57.6805;RBI=0.0186924;REFB=0;REVB=0.0111505;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73443e-05;OID=.;OPOS=7322245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr17 7386055 . C T 1804.73 PASS AF=0.96124;AO=122;DP=129;FAO=124;FDP=129;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=80;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0115208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.324;QD=55.9607;RBI=0.0244824;REFB=-0.208074;REVB=0.0216023;RO=2;SAF=42;SAR=80;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0052746;STB=0.518636;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00130012;OID=.;OPOS=7386055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:129:129:2:5:122:124:0.96124:80:42:1:1:80:44:4:1 chr17 7386090 . G A 295.03 PASS AF=0.277778;AO=40;DP=145;FAO=40;FDP=144;FR=.;FRO=104;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=71;FWDB=-0.0190041;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0122;QD=8.19514;RBI=0.024252;REFB=-0.0160551;REVB=0.0150667;RO=103;SAF=20;SAR=20;SRF=33;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221022;STB=0.631883;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0272402;OID=.;OPOS=7386090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:103:104:40:40:0.277778:20:20:33:70:20:20:33:71 chr17 7386279 . TG CA 1194.33 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0102831;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=149.162;QD=59.7164;RBI=0.0195869;REFB=-0.0199194;REVB=0.0166705;RO=1;SAF=48;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976132;STB=0.505153;STBP=0.521;TYPE=mnp;VARB=0.000135059;OID=.;OPOS=7386279;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:31:48:1:0:31:48:1:0 chr17 7400137 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9825;QD=62.022;RBI=0.0427293;REFB=0;REVB=0.0361485;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105854;OID=.;OPOS=7400137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr17 7402600 . T C 766.35 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.385;QD=63.8625;RBI=0.0289302;REFB=0;REVB=0.0261207;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175458;OID=.;OPOS=7402600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:23:25:0:0 chr17 7404107 . T C 1529.85 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.097;QD=63.7437;RBI=0.0307612;REFB=0;REVB=0.0124533;RO=0;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112885;OID=.;OPOS=7404107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:43:53:0:0:43:53:0:0 chr17 7404991 . T C 1584.69 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272384;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8029;QD=59.7995;RBI=0.0293556;REFB=0;REVB=-0.0109463;RO=0;SAF=46;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106578;OID=.;OPOS=7404991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:59:46:0:0:59:47:0:0 chr17 7412403 . T C 883.75 PASS AF=0.554795;AO=81;DP=147;FAO=81;FDP=146;FR=.;FRO=65;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0398022;FXX=0.0135126;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4462;QD=24.2122;RBI=0.0923573;REFB=0.00861688;REVB=-0.0833406;RO=65;SAF=41;SAR=40;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00123919;STB=0.500676;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.00745002;OID=.;OPOS=7412403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:65:65:81:81:0.554795:40:41:33:32:40:41:33:32 chr17 7416683 . A C,G 203.22 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=2,15;DP=17;FAO=1,16;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260883,0.00633431;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.955,170.271;QD=47.8158;RBI=0.026147,0.0248942;REFB=0,0;REVB=0.00175123,0.0240748;RO=0;SAF=2,13;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0363219,0.00447809;OID=.,.;OPOS=7416683,7416683;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:17:17:0:0:2,15:1,16:0.0588235,0.941176:0,2:2,13:0:0:0,2:1,14:0:0 chr17 7460517 . G C 707.58 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7275;QD=62.8963;RBI=0.0387869;REFB=0;REVB=-0.0248306;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0398e-05;OID=.;OPOS=7460517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr17 7460559 . T G 358.31 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.495;QD=55.1245;RBI=0.0419594;REFB=0;REVB=0.0193419;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277614;OID=.;OPOS=7460559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:13:13:0:0 chr17 7462969 . A G 1050.6 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8941;QD=59.1885;RBI=0.0205126;REFB=0;REVB=-0.00439942;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.53887e-05;OID=.;OPOS=7462969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:33:37:0:0:33:38:0:0 chr17 7466577 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00922836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.266;QD=13.661;RBI=0.0117011;REFB=-0.0166765;REVB=-0.00719396;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263316;STB=0.515396;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0177719;OID=.;OPOS=7466577;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:9:5:8:13:9:5:8:13 chr17 7470285 . CA C 1459.91 PASS AF=1;AO=122;DP=128;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594516;FXX=0.00763301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.5612;QD=44.9204;RBI=0.0644968;REFB=0;REVB=-0.0250069;RO=2;SAF=67;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00152126;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000680586;OID=.;OPOS=7470286;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:122:128:130:130:0:71:59:0:0:27:2:67:55:1:1 chr17 7475159 . A T 1299.21 PASS AF=0.881818;AO=95;DP=106;FAO=97;FDP=110;FR=.;FRO=13;FSAF=32;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0560824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.283;QD=47.2439;RBI=0.0595349;REFB=0.0101247;REVB=-0.0199792;RO=11;SAF=31;SAR=64;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053553;STB=0.534599;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00218573;OID=.;OPOS=7475159;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:106:110:11:13:95:97:0.881818:64:31:1:10:65:32:1:12 chr17 7477938 . G C 852.56 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00641481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.487;QD=55.9059;RBI=0.0350189;REFB=-0.0783269;REVB=0.0344263;RO=1;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017801;STB=0.509431;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000215711;OID=.;OPOS=7477938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:1:1:59:60:0.983607:26:33:0:1:26:34:0:1 chr17 7490379 . G C 182.29 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045553;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=76.5173;QD=45.5732;RBI=0.0795968;REFB=0;REVB=0.065273;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172408;OID=.;OPOS=7490379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:12:16:1:2:10:0:0:6:10:0:0 chr17 7530271 . C T 550.69 PASS AF=0.95;AO=37;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0244296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.789;QD=55.0687;RBI=0.0309482;REFB=0.0700555;REVB=-0.0189996;RO=2;SAF=18;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049227;STB=0.524987;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00216892;OID=.;OPOS=7530271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:37:38:0.95:19:18:2:0:19:19:2:0 chr17 7535332 . A T 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00295148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.511;QD=4.81093;RBI=0.0198302;REFB=-0.00196992;REVB=0.0196093;RO=23;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235882;STB=0.654705;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00418437;OID=.;OPOS=7535332;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:3:3:7:16:3:3:7:16 chr17 7557419 . A G 972.03 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.727;QD=58.9106;RBI=0.0779389;REFB=0;REVB=0.0117825;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211002;OID=.;OPOS=7557419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr17 7577138 . C T 67.16 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00615087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.084;QD=5.26766;RBI=0.0143;REFB=-0.00436688;REVB=-0.0129095;RO=41;SAF=4;SAR=6;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137959;STB=0.59037;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0235794;OID=.;OPOS=7577138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:41:41:10:10:0.196078:6:4:21:20:6:4:21:20 chr17 7578115 . T C 443.4 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.93;QD=57.2127;RBI=0.0174164;REFB=0;REVB=-0.00998803;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.41278e-06;OID=.;OPOS=7578115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:19:11:0:0:20:11:0:0 chr17 7578458 . G A 44.03 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0251772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4719;QD=6.52334;RBI=0.0290109;REFB=-0.00376384;REVB=0.0144131;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357767;STB=0.728523;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0114183;OID=.;OPOS=7578458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:5:2:12:8:5:2:12:8 chr17 7579472 . G C 545.28 PASS AF=0.846154;AO=44;DP=52;FAO=44;FDP=52;FR=.;FRO=8;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00115413;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=230.037;QD=41.9448;RBI=0.00478665;REFB=-0.0465139;REVB=0.00464542;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.578548;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00383484;OID=.;OPOS=7579472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:52:52:0:8:44:44:0.846154:13:31:0:0:13:31:2:6 chr17 7613765 . G A 1547.21 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3832;QD=63.8025;RBI=0.0195188;REFB=0;REVB=-0.00429339;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51431e-05;OID=.;OPOS=7613765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:48:48:0:0:48:49:0:0 chr17 7614466 . A G 239.01 PASS AF=0.297297;AO=33;DP=111;FAO=33;FDP=111;FR=.;FRO=78;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=54;FWDB=-0.0620329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.539;QD=8.61282;RBI=0.0620554;REFB=-0.00242351;REVB=0.00167361;RO=78;SAF=14;SAR=19;SRF=24;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147288;STB=0.58596;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00652142;OID=.;OPOS=7614466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:78:78:33:33:0.297297:19:14:24:54:19:14:24:54 chr17 7614601 . G A 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292016;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.088;QD=58.9616;RBI=0.0329079;REFB=0;REVB=0.0151721;RO=0;SAF=20;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69728e-05;OID=.;OPOS=7614601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:46:20:0:0:46:20:0:0 chr17 7667308 . C T 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0205194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7361;QD=26.8489;RBI=0.0367067;REFB=0.00579334;REVB=-0.0304358;RO=7;SAF=4;SAR=11;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110509;STB=0.561957;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.00618613;OID=.;OPOS=7667308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:11:4:3:4:11:4:3:4 chr17 7674784 . C T 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00873939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.553;QD=15.8391;RBI=0.0217683;REFB=0.0204183;REVB=0.019937;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122922;STB=0.571264;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0142389;OID=.;OPOS=7674784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:6:2:1:6:6:2:1:6 chr17 7681412 . C G 727.06 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0351;QD=61.8772;RBI=0.0618251;REFB=0;REVB=-0.00357707;RO=1;SAF=22;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02089;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239107;OID=.;OPOS=7681412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:1:0:46:47:1:24:22:1:0:24:23:0:0 chr17 7690345 . C T 120.86 PASS AF=0.424242;AO=5;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00476635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.144;QD=14.6496;RBI=0.00490748;REFB=-0.0111131;REVB=-0.00116843;RO=16;SAF=4;SAR=1;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226714;STB=0.643871;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0292617;OID=.;OPOS=7690345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:16:19:5:14:0.424242:1:4:13:3:8:6:13:6 chr17 7722365 . C T 593.36 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.000593828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.537;QD=20.6385;RBI=0.00760577;REFB=-0.0191336;REVB=0.00758255;RO=54;SAF=27;SAR=33;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535249;STB=0.524264;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0167159;OID=.;OPOS=7722365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:54:55:60:60:0.521739:33:27:21:33:33:27:22:33 chr17 7750232 . T C 91.77 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0235642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.141;QD=30.5912;RBI=0.0441369;REFB=-0.00975961;REVB=0.0373202;RO=2;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220927;STB=0.624739;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.000454651;OID=.;OPOS=7750232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:3:7:0:2:3:7:0:2 chr17 7751388 . C A 241.7 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=20;FWDB=0.00887986;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=282.173;QD=21.9724;RBI=0.0089143;REFB=-0.0105709;REVB=-0.000782818;RO=19;SAF=8;SAR=15;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295057;STB=0.674578;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0092444;OID=.;OPOS=7751388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:21:23:23:0.522727:15:8:1:18:15:8:1:20 chr17 7751751 . C T 154.95 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0083574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8319;QD=22.9554;RBI=0.064757;REFB=-0.000578717;REVB=0.0642155;RO=11;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125162;STB=0.507033;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00183857;OID=.;OPOS=7751751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:9:7:5:6:9:7:5:6 chr17 7760704 . A G 579.26 PASS AF=0.442857;AO=60;DP=140;FAO=62;FDP=140;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.0225898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.884;QD=16.5501;RBI=0.022742;REFB=-0.00476207;REVB=-0.00262713;RO=77;SAF=26;SAR=34;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841264;STB=0.501628;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00860062;OID=.;OPOS=7760704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:77:78:60:62:0.442857:34:26:34:43:34:28:35:43 chr17 7761926 . C T 301.67 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0589776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3346;QD=25.1388;RBI=0.0658359;REFB=0.00319476;REVB=-0.0292578;RO=21;SAF=9;SAR=18;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00181559;OID=.;OPOS=7761926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:18:9:7:14:18:9:7:14 chr17 7802454 . A C 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0178747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.454;QD=13.4158;RBI=0.0178748;REFB=-0.0208148;REVB=-4.38262e-05;RO=37;SAF=9;SAR=16;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164123;STB=0.594088;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0201326;OID=.;OPOS=7802454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:16:9:19:18:16:9:19:18 chr17 7826457 . T C 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0800567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.419;QD=8.69689;RBI=0.0835431;REFB=0.0104931;REVB=0.0238825;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.550754;STB=0.844052;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0328539;OID=.;OPOS=7826457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:6:1:9:5:6:1:9:5 chr17 7843053 . C T 206.53 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.21;QD=48.5944;RBI=0.0557936;REFB=0;REVB=0.0331051;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000812001;OID=.;OPOS=7843053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:13:3:0:0:13:4:0:0 chr17 7847955 . C A 613.22 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0596;QD=61.3223;RBI=0.0371758;REFB=0;REVB=0.0371758;RO=0;SAF=0;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567954;OID=.;OPOS=7847955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:40:0:0:0:40:0:0:0 chr17 7849087 . C G 1540.58 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00958765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.4409;QD=59.8283;RBI=0.0180227;REFB=0;REVB=-0.0152609;RO=0;SAF=47;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161695;OID=.;OPOS=7849087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:55:47:0:0:55:48:0:0 chr17 7907189 . C T 418.18 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.016787;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8108;QD=19.6789;RBI=0.0185906;REFB=-0.0312345;REVB=0.00798783;RO=43;SAF=15;SAR=27;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373888;STB=0.533198;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0244256;OID=.;OPOS=7907189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:27:15:17:26:27:15:18:25 chr17 7909891 . C T 209.61 PASS AF=0.281553;AO=29;DP=103;FAO=29;FDP=103;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.00865298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.493;QD=8.14026;RBI=0.00865674;REFB=-0.00428418;REVB=0.000255115;RO=74;SAF=17;SAR=12;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00637227;STB=0.503788;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0107339;OID=.;OPOS=7909891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:74:74:29:29:0.281553:12:17:43:31:12:17:43:31 chr17 7909942 . G A 196.46 PASS AF=0.282609;AO=26;DP=94;FAO=26;FDP=92;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.00391177;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3713;QD=8.5417;RBI=0.0283888;REFB=-0.009288;REVB=0.028118;RO=64;SAF=15;SAR=11;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00147362;STB=0.500856;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0295906;OID=.;OPOS=7909942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:64:66:26:26:0.282609:11:15:37:27:11:15:38:28 chr17 7915912 . C T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00401966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.9853;QD=20.3162;RBI=0.0769165;REFB=0.0286959;REVB=0.0768114;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300454;STB=0.668342;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0236436;OID=.;OPOS=7915912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:11:8:14:4:11:8:14:4 chr17 7960625 . C T 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.015174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.977;QD=13.7268;RBI=0.02067;REFB=-0.00627478;REVB=-0.0140356;RO=36;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00804803;STB=0.504596;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00978236;OID=.;OPOS=7960625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:13:12:17:19:13:12:17:19 chr17 7983799 . A G 320.14 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.00615041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.187;QD=18.5588;RBI=0.00647653;REFB=-0.0168028;REVB=-0.00202926;RO=33;SAF=13;SAR=21;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105963;STB=0.569393;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0149294;OID=.;OPOS=7983799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:33:35:34:34:0.492754:21:13:9:24:21:13:9:26 chr17 7984157 . A C 92.91 PASS AF=0.444444;AO=10;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0222531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.4;QD=13.7648;RBI=0.0248234;REFB=-0.0193661;REVB=0.0110001;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11281;STB=0.509538;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0259588;OID=.;OPOS=7984157;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:26:27:15:15:10:12:0.444444:3:7:9:6:5:7:9:6 chr17 7999957 . G A 706.66 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7708;QD=62.8146;RBI=0.0693377;REFB=0;REVB=0.067862;RO=0;SAF=33;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000976088;OID=.;OPOS=7999957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:12:33:0:0:12:33:0:0 chr17 8023057 . A C 662.56 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0916396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.713;QD=57.6138;RBI=0.15403;REFB=-0.124065;REVB=0.123805;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00544861;OID=.;OPOS=8023057;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:46:0:1:44:45:0.978261:15:29:0:0:16:29:1:0 chr17 8023059 . ACC CCT,CGT 698.03 PASS AF=0.955556,0.0444444;AO=43,2;DP=46;FAO=43,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=14,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00916832,-0.0120374;FXX=0.0217344;HRUN=1,1;LEN=3,3;MLLD=194.258,73.0109;QD=62.0472;RBI=0.0196102,0.0129933;REFB=0,0;REVB=0.017335,0.0048915;RO=0;SAF=29,0;SAR=14,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.13233e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.000772573,0.00939787;OID=.,.;OPOS=8023059,8023059;OREF=ACC,ACC;OALT=CCT,CGT;OMAPALT=CCT,CGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:46:45:0:0:43,2:43,2:0.955556,0.0444444:14,2:29,0:0:0:14,2:29,0:0:0 chr17 8023143 . G A 576.18 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.256;QD=60.6507;RBI=0.0132676;REFB=0;REVB=0.011352;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38156e-05;OID=.;OPOS=8023143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:12:25:0:0:13:25:0:0 chr17 8024237 . T C 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6615;QD=57.8823;RBI=0.0585155;REFB=0;REVB=-0.0369593;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00058615;OID=.;OPOS=8024237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr17 8029071 . T G 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.0208889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.02;QD=14.3349;RBI=0.028508;REFB=-0.0073795;REVB=0.0194001;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302331;STB=0.672094;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0122106;OID=.;OPOS=8029071;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:21:5:8:9:21:5 chr17 8048169 . T C 153.47 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00666936;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.397;QD=13.345;RBI=0.00686705;REFB=-0.0156405;REVB=0.00163583;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502867;STB=0.529377;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0312266;OID=.;OPOS=8048169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:29:29:17:17:0.369565:8:9:14:15:8:9:14:15 chr17 8062583 . A G 404.17 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.000201163;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.52;QD=17.0178;RBI=0.00366504;REFB=-0.00633976;REVB=0.00365952;RO=53;SAF=23;SAR=19;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567521;STB=0.531792;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0082334;OID=.;OPOS=8062583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:19:23:32:21:19:23:32:21 chr17 8064083 . T G 338.48 PASS AF=0.315068;AO=31;DP=139;FAO=46;FDP=146;FR=.,HEALED;FRO=100;FSAF=44;FSAR=2;FSRF=87;FSRR=13;FWDB=-0.000741866;FXX=0.0394711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.263;QD=9.27351;RBI=0.0146506;REFB=-0.0106311;REVB=0.0146318;RO=77;SAF=31;SAR=0;SRF=73;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.737742;STB=0.715709;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0275108;OID=.;OPOS=8064083;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:146:77:100:31:46:0.315068:0:31:73:4:2:44:87:13 chr17 8076778 . C T 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0379645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.02;QD=18.6732;RBI=0.0456285;REFB=-0.00663956;REVB=-0.0253111;RO=36;SAF=20;SAR=15;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110723;STB=0.506169;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00704153;OID=.;OPOS=8076778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:15:20:21:15:15:20:21:15 chr17 8076802 . T A 311.37 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0168486;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5565;QD=18.0506;RBI=0.0238962;REFB=-0.00171792;REVB=-0.0169456;RO=34;SAF=20;SAR=13;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011059;STB=0.502761;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00485259;OID=.;OPOS=8076802;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:36:33:33:0.478261:13:20:21:13:13:20:22:14 chr17 8079029 . G C 175.14 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.025067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.699;QD=20.0162;RBI=0.0346431;REFB=-0.0176513;REVB=0.0239121;RO=17;SAF=3;SAR=15;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232863;STB=0.633635;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0207352;OID=.;OPOS=8079029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:15:3:6:11:15:3:6:11 chr17 8090908 . A G 328.89 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00645645;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4909;QD=23.0799;RBI=0.0460864;REFB=0.00897337;REVB=-0.0456319;RO=24;SAF=24;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16314;STB=0.590348;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0113108;OID=.;OPOS=8090908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:24:24:33:33:0.578947:9:24:13:11:9:24:13:11 chr17 8092694 . T G 192.46 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00938775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.905;QD=16.3796;RBI=0.0272563;REFB=-0.0125801;REVB=-0.0255886;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771642;STB=0.50442;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00962559;OID=.;OPOS=8092694;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:12:8:11:16:12:8:11:16 chr17 8108331 . A G 100.81 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0248456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.716;QD=10.612;RBI=0.0341203;REFB=-0.027295;REVB=-0.0233857;RO=25;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1302;STB=0.594433;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0558886;OID=.;OPOS=8108331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:12:13:0.342105:10:2:6:19:11:2:6:19 chr17 8108339 . G A 83.05 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0299036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1556;QD=9.49188;RBI=0.0339181;REFB=-0.0155964;REVB=-0.0160068;RO=24;SAF=2;SAR=9;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175994;STB=0.608803;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0433209;OID=.;OPOS=8108339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:9:2:7:17:9:2:7:17 chr17 8132763 . T C 134.2 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0137237;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.05;QD=24.4;RBI=0.0251504;REFB=-0.0322596;REVB=0.0210762;RO=8;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205435;STB=0.615223;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.017077;OID=.;OPOS=8132763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:23:22:8:8:14:14:0.636364:8:6:6:2:8:6:6:2 chr17 8135058 . C A 149.76 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00199634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.02;QD=28.5247;RBI=0.0318478;REFB=-0.00977993;REVB=-0.0317852;RO=6;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186818;STB=0.603639;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00901447;OID=.;OPOS=8135058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:7:8:1:5:7:8:1:5 chr17 8135061 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.298;QD=51.9166;RBI=0.0383178;REFB=0;REVB=0.0239877;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000897639;OID=.;OPOS=8135061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr17 8141707 . T C 1134.23 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1657;QD=60.4922;RBI=0.0571031;REFB=0;REVB=-0.0492568;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000386327;OID=.;OPOS=8141707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:31:44:0:0:31:44:0:0 chr17 8157310 . C T 744.8 PASS AF=0.616071;AO=69;DP=112;FAO=69;FDP=112;FR=.;FRO=43;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00520335;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=330.371;QD=26.5999;RBI=0.0150702;REFB=-0.00718345;REVB=0.0141434;RO=43;SAF=41;SAR=28;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430962;STB=0.523397;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00555621;OID=.;OPOS=8157310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:43:43:69:69:0.616071:28:41:23:20:28:41:23:20 chr17 8161149 . C T 531.6 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=0.00575557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.529;QD=22.8644;RBI=0.00722975;REFB=-0.00129871;REVB=-0.00437524;RO=43;SAF=31;SAR=19;SRF=32;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114505;STB=0.56274;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00127058;OID=.;OPOS=8161149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:43:50:50:0.537634:19:31:32:11:19:31:32:11 chr17 8167600 . T C 160.19 PASS AF=0.351852;AO=16;DP=51;FAO=19;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.0154672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.609;QD=11.8659;RBI=0.0157621;REFB=-0.0149138;REVB=-0.00303518;RO=33;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115338;STB=0.517224;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0228701;OID=.;OPOS=8167600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:33:33:16:19:0.351852:12:4:8:25:14:5:8:25 chr17 8168224 . T C 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00962953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.278;QD=27.2213;RBI=0.00962986;REFB=-0.00221967;REVB=-7.91698e-05;RO=16;SAF=17;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181702;STB=0.600748;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00153543;OID=.;OPOS=8168224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:8:17:7:9:8:17:7:9 chr17 8172732 . A G 191.01 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0526539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1955;QD=13.4044;RBI=0.0526711;REFB=-0.00365326;REVB=-0.00134707;RO=33;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248927;STB=0.63337;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00425941;OID=.;OPOS=8172732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:34:23:23:0.403509:9:14:12:21:9:14:13:21 chr17 8197921 . C T 184.08 PASS AF=0.32;AO=23;DP=77;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00110891;FXX=0.0506265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.174;QD=9.81766;RBI=0.00540686;REFB=-0.0039841;REVB=-0.00529192;RO=49;SAF=17;SAR=6;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406221;STB=0.713635;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00791566;OID=.;OPOS=8197921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:49:51:23:24:0.32:6:17:19:30:7:17:20:31 chr17 8215534 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00941802;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.356;QD=14.0449;RBI=0.0318138;REFB=-0.0268902;REVB=0.0303878;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543107;STB=0.533194;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0149132;OID=.;OPOS=8215534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:1:3:4:1:1:3 chr17 8216468 . T C 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0163412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.534;QD=21.5108;RBI=0.0223881;REFB=-0.0183744;REVB=-0.0153033;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28237;STB=0.657731;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0138208;OID=.;OPOS=8216468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:8:10:3:12:8:10:3:12 chr17 8249116 . C T 188.88 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0125407;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.884;QD=11.1107;RBI=0.0136196;REFB=-0.00387596;REVB=0.00531256;RO=44;SAF=11;SAR=13;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196736;STB=0.61371;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0076093;OID=.;OPOS=8249116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:13:11:28:16:13:11:28:16 chr17 8296694 . C T 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00143502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.822;QD=15.626;RBI=0.013941;REFB=-0.0176498;REVB=0.013867;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623899;STB=0.535925;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0206878;OID=.;OPOS=8296694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:11:8:13:14:11:8:13:14 chr17 8339283 . C T 580.05 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168356;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.773;QD=61.0576;RBI=0.0420637;REFB=0;REVB=0.0385476;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525607;OID=.;OPOS=8339283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr17 8339307 . G A 507.11 PASS AF=0.923077;AO=35;DP=38;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0492943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.978;QD=52.0116;RBI=0.0808431;REFB=-0.0409329;REVB=0.0640755;RO=2;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518991;STB=0.512813;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00154401;OID=.;OPOS=8339307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:39:2:3:35:36:0.923077:17:18:0:2:18:18:1:2 chr17 8378932 . A G 1381.23 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0221605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6611;QD=61.388;RBI=0.0731837;REFB=0.0310401;REVB=0.0697479;RO=1;SAF=48;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977167;STB=0.505153;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-8.41548e-05;OID=.;OPOS=8378932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:41:48:1:0:41:48:1:0 chr17 8383800 . C T 130.51 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=13;FWDB=-0.0182129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.985;QD=7.35261;RBI=0.0202873;REFB=-0.00552459;REVB=-0.00893679;RO=52;SAF=9;SAR=10;SRF=39;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336031;STB=0.69851;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0383009;OID=.;OPOS=8383800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:52:19:19:0.267606:10:9:39:13:10:9:39:13 chr17 8383894 . A G 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.524;QD=63.2852;RBI=0.0284237;REFB=0;REVB=0.0129714;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209117;OID=.;OPOS=8383894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr17 8396141 . G A 266.07 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0465116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8708;QD=11.9583;RBI=0.0638971;REFB=-0.0112116;REVB=0.0438123;RO=57;SAF=21;SAR=11;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188969;STB=0.609067;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0160915;OID=.;OPOS=8396141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:57:32:32:0.359551:11:21:28:29:11:21:28:29 chr17 8402669 . C T 279.39 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.073698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5912;QD=18.9415;RBI=0.0738786;REFB=-0.0295256;REVB=0.00516204;RO=28;SAF=11;SAR=19;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119684;STB=0.559441;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0113156;OID=.;OPOS=8402669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:29:30:30:0.508475:19:11:14:14:19:11:14:15 chr17 8416901 . C T 1156.76 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798987;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5665;QD=60.8821;RBI=0.120803;REFB=0;REVB=0.0906069;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146766;OID=.;OPOS=8416901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr17 8424270 . G A 1192.67 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126513;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.664;QD=61.1626;RBI=0.0138205;REFB=0;REVB=0.00556327;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.98427e-05;OID=.;OPOS=8424270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:37:41:0:0:37:41:0:0 chr17 8424438 . C T 129.63 PASS AF=0.167832;AO=24;DP=142;FAO=24;FDP=143;FR=.;FRO=119;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=84;FSRR=35;FWDB=-0.014082;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.505;QD=3.62596;RBI=0.0336689;REFB=-0.00309814;REVB=-0.0305826;RO=116;SAF=20;SAR=4;SRF=82;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224843;STB=0.65203;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0143829;OID=.;OPOS=8424438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:116:119:24:24:0.167832:4:20:82:34:4:20:84:35 chr17 8450357 . C A 862.89 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0150451;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.964;QD=54.7866;RBI=0.0330501;REFB=-0.125522;REVB=0.0294271;RO=2;SAF=32;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00147621;STB=0.500782;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000555835;OID=.;OPOS=8450357;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:63:2:2:61:61:0.968254:29:32:1:1:29:32:1:1 chr17 8647931 . G C 322.75 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0847992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9557;QD=53.7919;RBI=0.088609;REFB=0;REVB=0.025703;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108302;OID=.;OPOS=8647931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr17 8700778 . G A 290.86 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.01981;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.882;QD=19.0727;RBI=0.0213417;REFB=-0.0124818;REVB=0.00793926;RO=31;SAF=11;SAR=20;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916211;STB=0.557997;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00966313;OID=.;OPOS=8700778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:31:30:31:31:0.508197:20:11:14:17:20:11:14:16 chr17 8700982 . C T 47.5 PASS AF=0.35;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0216751;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1427;QD=9.49918;RBI=0.0248539;REFB=-0.0118076;REVB=0.0121618;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.622945;STB=0.878996;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0198064;OID=.;OPOS=8700982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:21:20:13:13:7:7:0.35:6:1:10:3:6:1:10:3 chr17 8701799 . G T 223.49 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00397431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.089;QD=14.8995;RBI=0.0136431;REFB=-0.0101164;REVB=-0.0130514;RO=32;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13588;STB=0.576864;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0106688;OID=.;OPOS=8701799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:34:26:26:0.433333:15:11:18:14:15:11:19:15 chr17 8725214 . A AG 378.21 PASS AF=1;AO=28;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.3936;QD=44.4956;RBI=0.0743705;REFB=0;REVB=-0.0697252;RO=5;SAF=6;SAR=22;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210349;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00355546;OID=.;OPOS=8725215;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:34:34:34:0:10:24:0:0:7:5:6:22:4:1 chr17 8725973 . A G 138.27 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0450595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.284;QD=8.92063;RBI=0.0459591;REFB=-0.00672897;REVB=0.00904838;RO=43;SAF=12;SAR=7;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169372;STB=0.600929;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0120289;OID=.;OPOS=8725973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:7:12:21:22:7:12:21:22 chr17 8792029 . A G 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0281087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4479;QD=15.1956;RBI=0.042919;REFB=-0.00426192;REVB=-0.0324337;RO=17;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431641;STB=0.74002;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00490622;OID=.;OPOS=8792029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:11:3:11:6:11:3:11:7 chr17 8792514 . G A 215.97 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00414086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1681;QD=15.1559;RBI=0.0410797;REFB=0.0159666;REVB=0.0408705;RO=32;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506399;STB=0.528729;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.0225099;OID=.;OPOS=8792514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:13:12:17:15:13:12:17:15 chr17 8814794 . C T 717.87 PASS AF=0.353909;AO=85;DP=241;FAO=86;FDP=243;FR=.;FRO=157;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=80;FSRR=77;FWDB=0.0490367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.7;QD=11.8167;RBI=0.0495676;REFB=-0.0143255;REVB=0.00723499;RO=156;SAF=35;SAR=50;SRF=79;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108566;STB=0.559184;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.023385;OID=.;OPOS=8814794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:243:156:157:85:86:0.353909:50:35:79:77:50:36:80:77 chr17 9066248 . C T 383.31 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0168139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.258;QD=22.8839;RBI=0.0238323;REFB=-0.0326813;REVB=0.0168901;RO=29;SAF=23;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125248;STB=0.568998;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0203709;OID=.;OPOS=9066248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:15:23:13:16:15:23:13:16 chr17 9066254 . T C 959.58 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00989617;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.391;QD=59.0513;RBI=0.0122576;REFB=0;REVB=0.00723296;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000638678;OID=.;OPOS=9066254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr17 9086712 . C T 205.84 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0388081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.41;QD=31.6685;RBI=0.0404928;REFB=-0.0175461;REVB=0.0115587;RO=7;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143169;STB=0.578864;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00355854;OID=.;OPOS=9086712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:11:8:5:2:11:8:5:2 chr17 9395231 . G A 351.89 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00765623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.82;QD=28.7256;RBI=0.0149852;REFB=-0.0109296;REVB=-0.0128817;RO=19;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102842;STB=0.556579;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00898674;OID=.;OPOS=9395231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:17:13:11:8:17:13:11:8 chr17 9471711 . T G 506.63 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402887;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.56;QD=59.603;RBI=0.0405142;REFB=0;REVB=0.00426868;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614878;OID=.;OPOS=9471711;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr17 9479098 . C A 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00387229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.423;QD=56.0119;RBI=0.0602561;REFB=-0.0630521;REVB=0.0601315;RO=1;SAF=16;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283217;STB=0.515143;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00318206;OID=.;OPOS=9479098;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:18:16:1:0:18:16:1:0 chr17 9489263 . G A 202.53 PASS AF=0.26087;AO=30;DP=114;FAO=30;FDP=115;FR=.;FRO=85;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=54;FWDB=-0.0211099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.772;QD=7.0444;RBI=0.0213632;REFB=-0.00421503;REVB=0.00327986;RO=84;SAF=12;SAR=18;SRF=31;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400592;STB=0.527454;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0110984;OID=.;OPOS=9489263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:84:85:30:30:0.26087:18:12:31:53:18:12:31:54 chr17 9515777 . G A 340.98 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0316803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5406;QD=20.9836;RBI=0.0334427;REFB=0.00321053;REVB=-0.0107134;RO=28;SAF=24;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161263;STB=0.576878;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.00243714;OID=.;OPOS=9515777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:28:30:35:35:0.538462:11:24:14:14:11:24:16:14 chr17 9549381 . C T 220.43 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00951281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.641;QD=24.4923;RBI=0.0581443;REFB=-0.0300092;REVB=0.0573609;RO=15;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150202;STB=0.508372;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0132561;OID=.;OPOS=9549381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:13:8:6:9:13:8:6:9 chr17 9549441 . C T 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0129918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.485;QD=7.32774;RBI=0.0238254;REFB=-0.00621772;REVB=0.0199716;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180698;STB=0.611399;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00710761;OID=.;OPOS=9549441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:5:3:5:16:5:3:5:16 chr17 9586165 . C T 120.09 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0126917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.72;QD=9.41881;RBI=0.0150144;REFB=-0.0114371;REVB=0.00802205;RO=35;SAF=8;SAR=7;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111293;STB=0.503932;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0255701;OID=.;OPOS=9586165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:36:15:15:0.294118:7:8:19:16:7:8:19:17 chr17 9631616 . C T 55.64 PASS AF=0.32;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0350015;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.737;QD=8.90189;RBI=0.0410114;REFB=-0.00836371;REVB=-0.0213737;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135949;STB=0.559852;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0169296;OID=.;OPOS=9631616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:24:25:16:17:8:8:0.32:4:4:6:10:4:4:7:10 chr17 9632247 . A G 429.73 PASS AF=0.488636;AO=41;DP=87;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.002384;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.396;QD=19.5331;RBI=0.00265538;REFB=-0.0133955;REVB=0.00116943;RO=45;SAF=22;SAR=19;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239863;STB=0.500264;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0135623;OID=.;OPOS=9632247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:45:45:41:43:0.488636:19:22:23:22:21:22:23:22 chr17 9712255 . G A 1204.65 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00337505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.386;QD=60.9951;RBI=0.0168217;REFB=0;REVB=0.0164796;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84705e-05;OID=.;OPOS=9712255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:39:38:0:0:39:40:0:0 chr17 9725101 . G A 181.19 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0541574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.015;QD=11.3241;RBI=0.0554514;REFB=-0.0356327;REVB=-0.0119095;RO=41;SAF=10;SAR=13;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191246;STB=0.610644;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0388512;OID=.;OPOS=9725101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:13:10:25:16:13:10:25:16 chr17 9725338 . G A 368.58 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0223399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.038;QD=16.7538;RBI=0.0344942;REFB=-0.0156413;REVB=0.0262826;RO=49;SAF=21;SAR=18;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01254;STB=0.507039;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.011928;OID=.;OPOS=9725338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:18:21:27:22:18:21:27:22 chr17 9725347 . A G 361.65 PASS AF=0.493506;AO=37;DP=76;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.998;QD=18.7871;RBI=0.0346206;REFB=-0.00823359;REVB=-0.0204982;RO=39;SAF=19;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713605;STB=0.545679;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0186564;OID=.;OPOS=9725347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:39:39:37:38:0.493506:18:19:17:22:18:20:17:22 chr17 9764531 . A G 563.06 PASS AF=0.437956;AO=60;DP=137;FAO=60;FDP=137;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.000287349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.628;QD=16.4396;RBI=0.011886;REFB=0.00716746;REVB=-0.0118825;RO=76;SAF=24;SAR=36;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00821464;STB=0.501519;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.00691158;OID=.;OPOS=9764531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:76:77:60:60:0.437956:36:24:31:45:36:24:31:46 chr17 9769199 . T C 449.26 PASS AF=0.53012;AO=42;DP=82;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0546979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6835;QD=21.6511;RBI=0.0761871;REFB=-9.12434e-05;REVB=0.0530341;RO=39;SAF=19;SAR=23;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599298;STB=0.533318;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=3.41088e-05;OID=.;OPOS=9769199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:39:39:42:44:0.53012:23:19:15:24:24:20:15:24 chr17 9801041 . C T 100.24 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.015807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6448;QD=8.01938;RBI=0.0268098;REFB=-0.0172306;REVB=-0.0216541;RO=37;SAF=9;SAR=4;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253026;STB=0.656895;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0434175;OID=.;OPOS=9801041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:37:37:13:13:0.26:4:9:18:19:4:9:18:19 chr17 9943064 . C T 388.86 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.0022265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.139;QD=16.2024;RBI=0.0162055;REFB=-0.0112064;REVB=-0.0160518;RO=55;SAF=23;SAR=18;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788641;STB=0.544296;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0226485;OID=.;OPOS=9943064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:18:23:35:20:18:23:35:20 chr17 9943073 . C T 413.89 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.0357018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3441;QD=16.3916;RBI=0.0402502;REFB=-0.0436468;REVB=0.0185865;RO=56;SAF=24;SAR=21;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919546;STB=0.551379;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0377784;OID=.;OPOS=9943073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:45:45:0.445545:21:24:35:21:21:24:35:21 chr17 10205015 . C T 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0103996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.109;QD=12.4832;RBI=0.0132496;REFB=-0.0445283;REVB=0.00820976;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220102;STB=0.629419;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0543017;OID=.;OPOS=10205015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:5:7:7:12:5:7:7:12 chr17 10216510 . G A 2531.18 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.393;QD=61.736;RBI=0.0597136;REFB=0;REVB=0.0476537;RO=0;SAF=89;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5559e-05;OID=.;OPOS=10216510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:164:0:0:161:164:1:72:89:0:0:74:90:0:0 chr17 10223714 . T C 740.3 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.713;QD=56.9466;RBI=0.111716;REFB=0;REVB=0.107632;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232598;OID=.;OPOS=10223714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr17 10236465 . G A 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.913;QD=59.5018;RBI=0.0280585;REFB=0;REVB=-0.0024733;RO=0;SAF=46;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48331e-05;OID=.;OPOS=10236465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:23:46:0:0:23:46:0:0 chr17 10243717 . G A 803.82 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572233;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5976;QD=57.4156;RBI=0.0572432;REFB=0;REVB=0.00150912;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00090541;OID=.;OPOS=10243717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr17 10297658 . A G 718.72 PASS AF=0.566667;AO=68;DP=124;FAO=68;FDP=120;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0088432;FXX=0.0399968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1181;QD=23.9573;RBI=0.0107247;REFB=-0.0378915;REVB=-0.00606775;RO=49;SAF=34;SAR=34;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548964;STB=0.516662;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0346528;OID=.;OPOS=10297658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:120:49:52:68:68:0.566667:34:34:28:21:34:34:28:24 chr17 10304261 . G A 103.39 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0180746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5777;QD=10.6044;RBI=0.0854393;REFB=-0.00908149;REVB=-0.0835056;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332952;STB=0.696688;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0195324;OID=.;OPOS=10304261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:8:5:18:8:8:5:18:8 chr17 10318635 . CA C,CG 1622.42 PASS AF=0.117117,0.882883;AO=14,95;DP=110;FAO=13,98;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=11,36;FSAR=2,62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344299,0.0518912;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.628,147.482;QD=58.4656;RBI=0.0503824,0.0621135;REFB=0,0;REVB=0.0367827,0.0341378;RO=0;SAF=12,35;SAR=2,60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.020533,-8.98747e-05;OID=.,.;OPOS=10318636,10318636;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.117117,0.882883:14,95:110:13,98:111:0:11,36:2,62:0:0:42:0:12,35:2,60:0:0 chr17 10318638 . T G 68.77 PASS AF=0.136364;AO=14;DP=110;FAO=15;FDP=110;FR=.;FRO=95;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=61;FWDB=-0.00288197;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.3142;QD=2.50065;RBI=0.00711861;REFB=-0.0228547;REVB=0.00650914;RO=96;SAF=12;SAR=2;SRF=35;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.569241;STB=0.896575;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.18877;OID=.;OPOS=10318638;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:110:110:96:95:14:15:0.136364:2:12:35:61:2:13:34:61 chr17 10346781 . T C 705.12 PASS AF=0.530769;AO=69;DP=131;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0385828;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.67;QD=21.696;RBI=0.0389486;REFB=-0.00403671;REVB=0.00532545;RO=60;SAF=23;SAR=46;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771194;STB=0.539314;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00336968;OID=.;OPOS=10346781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:60:61:69:69:0.530769:46:23:25:35:46:23:25:36 chr17 10348354 . T C 213.52 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0109963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.485;QD=16.1143;RBI=0.0123346;REFB=0.0109317;REVB=0.00558773;RO=29;SAF=18;SAR=6;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315996;STB=0.680253;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.013709;OID=.;OPOS=10348354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:6:18:13:16:6:18:13:16 chr17 10350385 . ATTT AT,ATTC,ATT 1077.16 PASS AF=0,0.0535714,0.9375;AO=17,6,34;DP=113;FAO=0,6,105;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=0,6,55;FSAR=0,0,50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.181902,-0.0783085,-0.375117;FXX=0.0344798;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=8.39453,206.778,12.7701;QD=38.4699;RBI=0.512255,0.1408,0.997201;REFB=0.0436179,-0.00363484,0.0366729;REVB=0.478871,0.117015,0.923957;RO=46;SAF=17,6,33;SAR=0,0,1;SRF=1;SRR=45;SSEN=0.452899,0,0.452899;SSEP=0,0,0;SSSB=0.890267,0.875737,0.859902;STB=0.5,0.5,0.504504;STBP=1,1,0.488;TYPE=del,snp,del;VARB=0,0.212498,-0.0259636;OID=.,.,.;OPOS=10350386,10350388,10350386;OREF=TT,T,T;OALT=-,C,-;OMAPALT=AT,ATTC,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0535714,0.9375:17,6,34:113:0,6,105:112:1:0,6,55:0,0,50:1:0:16:46:17,6,33:0,0,1:1:45 chr17 10355371 . C T 296.38 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0320872;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.3733;QD=18.2386;RBI=0.0926048;REFB=-0.0381706;REVB=0.0868681;RO=33;SAF=19;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127505;STB=0.571245;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0412536;OID=.;OPOS=10355371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:13:19:15:18:13:19:15:18 chr17 10355763 . T C 783.06 PASS AF=0.517241;AO=75;DP=145;FAO=75;FDP=145;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.0145619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.555;QD=21.6015;RBI=0.0454617;REFB=-0.00312505;REVB=0.0430664;RO=69;SAF=28;SAR=47;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432228;STB=0.528082;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00286062;OID=.;OPOS=10355763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:69:70:75:75:0.517241:47:28:29:40:47:28:30:40 chr17 10357915 . G A 293.29 PASS AF=0.386364;AO=33;DP=89;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0177275;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.179;QD=13.3316;RBI=0.0344373;REFB=-0.026029;REVB=-0.0295239;RO=52;SAF=24;SAR=9;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243578;STB=0.657797;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0264836;OID=.;OPOS=10357915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:52:54:33:34:0.386364:9:24:27:25:9:25:27:27 chr17 10363410 . A G 1181.63 PASS AF=0.502146;AO=117;DP=233;FAO=117;FDP=233;FR=.;FRO=116;FSAF=51;FSAR=66;FSRF=60;FSRR=56;FWDB=0.0125947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.252;QD=20.2855;RBI=0.0126637;REFB=-0.0164464;REVB=0.00132061;RO=114;SAF=51;SAR=66;SRF=60;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817546;STB=0.540737;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0169749;OID=.;OPOS=10363410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:114:116:117:117:0.502146:66:51:60:54:66:51:60:56 chr17 10412808 . G A 467.53 PASS AF=0.362416;AO=54;DP=149;FAO=54;FDP=149;FR=.;FRO=95;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=-0.0524906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4609;QD=12.5512;RBI=0.0556475;REFB=-0.000115819;REVB=-0.0184763;RO=94;SAF=27;SAR=27;SRF=55;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949929;STB=0.550317;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00055637;OID=.;OPOS=10412808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:94:95:54:54:0.362416:27:27:55:39:27:27:55:40 chr17 10415840 . A G 817.69 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.22;QD=57.382;RBI=0.0499159;REFB=0;REVB=0.0260418;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169165;OID=.;OPOS=10415840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:21:35:0:0:22:35:0:0 chr17 10427924 . G A 256.33 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00823702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.386;QD=13.491;RBI=0.0143051;REFB=-0.0254667;REVB=0.0116956;RO=43;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1661;STB=0.572378;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0407091;OID=.;OPOS=10427924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:43:46:30:30:0.394737:14:16:16:27:14:16:19:27 chr17 10448769 . A T 696.47 PASS AF=0.480263;AO=72;DP=152;FAO=73;FDP=152;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.006048;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.915;QD=18.3282;RBI=0.031838;REFB=-0.000426292;REVB=-0.0312583;RO=79;SAF=30;SAR=42;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1095;STB=0.555923;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.000387374;OID=.;OPOS=10448769;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:79:79:72:73:0.480263:42:30:42:37:42:31:42:37 chr17 10450816 . T C 881.91 PASS AF=0.551282;AO=86;DP=156;FAO=86;FDP=156;FR=.;FRO=70;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.00374384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.692;QD=22.613;RBI=0.00450686;REFB=-0.00853806;REVB=0.00250908;RO=69;SAF=53;SAR=33;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917321;STB=0.553767;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00708575;OID=.;OPOS=10450816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:69:70:86:86:0.551282:33:53:35:34:33:53:35:35 chr17 10536018 . G A 419.69 PASS AF=0.392;AO=46;DP=125;FAO=49;FDP=125;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.0224936;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.472;QD=13.4301;RBI=0.0288445;REFB=-0.0351489;REVB=0.0180566;RO=78;SAF=24;SAR=22;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804417;STB=0.554953;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0459933;OID=.;OPOS=10536018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:78:76:46:49:0.392:22:24:35:43:22:27:35:41 chr17 10541515 . C T 393.1 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=33;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0663282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9637;QD=19.6551;RBI=0.0761799;REFB=-0.0349952;REVB=-0.0374694;RO=39;SAF=33;SAR=7;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283522;STB=0.668823;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0360086;OID=.;OPOS=10541515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:40:40:40:0.5:7:33:23:16:7:33:23:17 chr17 10541640 . C T 143.02 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00172701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.612;QD=10.7939;RBI=0.0335113;REFB=-0.0274513;REVB=0.0334667;RO=35;SAF=8;SAR=10;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173066;STB=0.601549;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0420522;OID=.;OPOS=10541640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:10:8:21:14:10:8:21:14 chr17 10541741 . A G 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0357123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3919;QD=18.0506;RBI=0.0575527;REFB=0.0117887;REVB=-0.0451325;RO=8;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368125;STB=0.719451;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0203097;OID=.;OPOS=10541741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:9:1:3:5:9:1:3:5 chr17 10542471 . T G 175.28 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.000176675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.418;QD=10.0157;RBI=0.0334984;REFB=-0.00287544;REVB=0.0334979;RO=47;SAF=11;SAR=12;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134145;STB=0.578425;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00672975;OID=.;OPOS=10542471;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:12:11:28:19:12:11:28:19 chr17 10542765 . A G 505.58 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00449415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.779;QD=19.8265;RBI=0.00507073;REFB=-0.00907579;REVB=0.0023484;RO=50;SAF=16;SAR=36;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183879;STB=0.601917;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00802563;OID=.;OPOS=10542765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:36:16:25:25:36:16:25:25 chr17 10542886 . T C 296.56 PASS AF=0.377778;AO=35;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0050424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.052;QD=13.1803;RBI=0.0222766;REFB=-0.0237096;REVB=0.0216984;RO=55;SAF=21;SAR=14;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156561;STB=0.577382;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0397315;OID=.;OPOS=10542886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:56:35:34:0.377778:14:21:25:30:14:20:26:30 chr17 10543463 . T C 623.37 PASS AF=0.405714;AO=70;DP=175;FAO=71;FDP=175;FR=.;FRO=104;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=66;FWDB=0.0465575;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.834;QD=14.2485;RBI=0.0482922;REFB=-0.0168007;REVB=-0.0128272;RO=105;SAF=45;SAR=25;SRF=39;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286582;STB=0.665878;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0319735;OID=.;OPOS=10543463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:105:104:70:71:0.405714:25:45:39:66:25:46:38:66 chr17 10544416 . G T 405.52 PASS AF=0.555556;AO=38;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00234047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.367;QD=22.529;RBI=0.0094318;REFB=-0.00592383;REVB=-0.0091368;RO=32;SAF=18;SAR=20;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823774;STB=0.555528;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00450311;OID=.;OPOS=10544416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:38:40:0.555556:20:18:12:20:20:20:12:20 chr17 11523082 . A G 1572.46 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00302526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.36;QD=62.8986;RBI=0.00684182;REFB=0.0558344;REVB=0.00613664;RO=1;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870378;STB=0.504586;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.000227605;OID=.;OPOS=11523082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:54:45:0:1:54:45:0:1 chr17 11583089 . T C 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.074;QD=63.7518;RBI=0.0535757;REFB=0;REVB=0.0525982;RO=0;SAF=52;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51099e-05;OID=.;OPOS=11583089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:44:52:0:0:44:52:0:0 chr17 11648332 . C T 1140.67 PASS AF=0.974684;AO=73;DP=76;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.105374;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6573;QD=57.7555;RBI=0.105407;REFB=-0.110136;REVB=0.00262856;RO=1;SAF=20;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230591;STB=0.507203;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00119736;OID=.;OPOS=11648332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:79:1:2:73:77:0.974684:53:20:1:0:56:21:1:1 chr17 11650903 . C T 441.1 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0121059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6683;QD=17.4692;RBI=0.0189755;REFB=-0.0220661;REVB=0.0146122;RO=54;SAF=22;SAR=25;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228078;STB=0.512706;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0210406;OID=.;OPOS=11650903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:47:47:0.465347:25:22:24:30:25:22:24:30 chr17 11666849 . C T 190.36 PASS AF=0.247863;AO=29;DP=117;FAO=29;FDP=117;FR=.;FRO=88;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=0.0407032;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.577;QD=6.50789;RBI=0.0912749;REFB=-0.0137136;REVB=-0.0816967;RO=88;SAF=17;SAR=12;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190206;STB=0.614858;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0421927;OID=.;OPOS=11666849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:88:88:29:29:0.247863:12:17:38:50:12:17:38:50 chr17 11757355 . G A 257.54 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0167155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.022;QD=19.8111;RBI=0.0399773;REFB=-0.0106247;REVB=-0.036315;RO=25;SAF=10;SAR=17;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629878;STB=0.535206;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0207054;OID=.;OPOS=11757355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:17:10:11:14:17:10:11:14 chr17 11786951 . T C 288.86 PASS AF=0.545455;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00836164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.814;QD=21.0081;RBI=0.00854716;REFB=0.0172011;REVB=-0.00177114;RO=25;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00697044;STB=0.512187;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.0061373;OID=.;OPOS=11786951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:29:30:0.545455:13:16:14:11:14:16:14:11 chr17 11787936 . A G 194.51 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0203296;FXX=0.0666556;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.113;QD=13.8932;RBI=0.0204693;REFB=7.96226e-05;REVB=0.00238772;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690526;STB=0.539501;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.000101443;OID=.;OPOS=11787936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:56:33:33:23:23:0.410714:12:11:18:15:12:11:18:15 chr17 11865462 . G A 1079.63 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00601231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.606;QD=56.8224;RBI=0.0126423;REFB=-0.0582147;REVB=0.0111211;RO=2;SAF=31;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295377;STB=0.515147;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=6.97986e-05;OID=.;OPOS=11865462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:73:74:0.973684:42:31:2:0:42:32:2:0 chr17 12656111 . T C 410.27 PASS AF=0.569444;AO=39;DP=73;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00782994;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.473;QD=22.7927;RBI=0.0164312;REFB=-0.0165452;REVB=0.0144457;RO=24;SAF=16;SAR=23;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149946;STB=0.555528;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0226415;OID=.;OPOS=12656111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:24:31:39:41:0.569444:23:16:15:9:25:16:16:15 chr17 12820646 . G C 1661.11 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0431077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6693;QD=59.3252;RBI=0.0436032;REFB=-0.0368751;REVB=0.00655487;RO=1;SAF=52;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0079792;STB=0.504201;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000578222;OID=.;OPOS=12820646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:59:52:0:1:59:52:0:1 chr17 13399616 . A T 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.504;QD=62.349;RBI=0.0341268;REFB=0;REVB=-0.0163723;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62014e-05;OID=.;OPOS=13399616;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr17 14005439 . G A 819.55 PASS AF=0.604839;AO=75;DP=124;FAO=75;FDP=124;FR=.;FRO=49;FSAF=54;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0146471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.333;QD=26.437;RBI=0.0558419;REFB=0.000591042;REVB=0.0538867;RO=49;SAF=54;SAR=21;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275186;STB=0.649958;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-6.48398e-05;OID=.;OPOS=14005439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:49:49:75:75:0.604839:21:54:18:31:21:54:18:31 chr17 14095309 . A G 589.29 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=138;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=0.00471568;FXX=0.0425502;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.231;QD=17.4605;RBI=0.0146881;REFB=-0.0107877;REVB=-0.0139105;RO=72;SAF=38;SAR=23;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405458;STB=0.516405;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0165127;OID=.;OPOS=14095309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:135:72:74:61:61:0.451852:23:38:42:30:23:38:44:30 chr17 14110218 . C T 90.91 PASS AF=0.208333;AO=15;DP=72;FAO=15;FDP=72;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0027088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.767;QD=5.05038;RBI=0.00936758;REFB=0.00432182;REVB=0.00896738;RO=55;SAF=10;SAR=5;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242629;STB=0.666444;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.0209537;OID=.;OPOS=14110218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:72:72:55:57:15:15:0.208333:5:10:26:29:5:10:26:31 chr17 14111176 . C A 201.83 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.014932;FXX=0.0166639;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.758;QD=13.6831;RBI=0.01495;REFB=-0.00414407;REVB=-0.000733902;RO=33;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190743;STB=0.607754;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00708664;OID=.;OPOS=14111176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:33:35:24:24:0.40678:10:14:13:20:10:14:14:21 chr17 14140080 . C T 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0116684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.334;QD=23.1635;RBI=0.0131769;REFB=0.00137203;REVB=0.00612204;RO=21;SAF=20;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195691;STB=0.595159;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00151859;OID=.;OPOS=14140080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:23:26:26:0.530612:6:20:12:9:6:20:14:9 chr17 14140103 . A G 770.68 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0251373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.522;QD=55.0484;RBI=0.0251945;REFB=-0.0918193;REVB=0.00169664;RO=1;SAF=36;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129164;STB=0.506847;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000828484;OID=.;OPOS=14140103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:19:36:1:0:19:36:1:0 chr17 14248423 . T C 111.02 PASS AF=0.433333;AO=9;DP=32;FAO=13;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00366443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.888;QD=14.803;RBI=0.016761;REFB=-0.052235;REVB=-0.0163555;RO=18;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278625;STB=0.505147;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0190146;OID=.;OPOS=14248423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:30:18:17:9:13:0.433333:7:2:8:10:7:6:8:9 chr17 14249167 . C T 372.13 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00401991;FXX=0.0555478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.852;QD=21.8898;RBI=0.00631896;REFB=-0.0189385;REVB=-0.00487541;RO=34;SAF=20;SAR=17;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210922;STB=0.584012;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0169364;OID=.;OPOS=14249167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:68:34:31:37:37:0.544118:17:20:10:24:17:20:11:20 chr17 15207364 . T G 167.14 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00609983;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.579;QD=12.8566;RBI=0.0093286;REFB=-0.0139282;REVB=0.00705797;RO=33;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102275;STB=0.568897;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0248881;OID=.;OPOS=15207364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:33:32:20:20:0.384615:11:9:18:15:11:9:18:14 chr17 15215660 . T C 283.0 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00749581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.701;QD=14.8947;RBI=0.0251218;REFB=-0.0144476;REVB=0.0239774;RO=44;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116352;STB=0.565749;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0207005;OID=.;OPOS=15215660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:16:16:17:27:16:16:17:27 chr17 15234895 . C T 356.02 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0324705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6299;QD=30.2995;RBI=0.0362197;REFB=-0.00273891;REVB=0.016048;RO=17;SAF=23;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192403;STB=0.60625;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00158853;OID=.;OPOS=15234895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:17:30:30:0.638298:7:23:9:8:7:23:9:8 chr17 15311975 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00896443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.108;QD=43.4862;RBI=0.0757047;REFB=0;REVB=-0.075172;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00225901;OID=.;OPOS=15311975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr17 15341183 . A C 747.33 PASS AF=0.484472;AO=78;DP=161;FAO=78;FDP=161;FR=.;FRO=83;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.00437815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3351;QD=18.5672;RBI=0.011879;REFB=-0.0116535;REVB=0.0110428;RO=83;SAF=39;SAR=39;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00562456;STB=0.503105;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0206022;OID=.;OPOS=15341183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:83:83:78:78:0.484472:39:39:42:41:39:39:42:41 chr17 15343523 . AC ACCTT,TT 516.67 PASS AF=0.875,0.05;AO=35,2;DP=40;FAO=35,2;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=2,2;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.016549,0.0139562;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,2;MLLD=200.835,75.5734;QD=51.6668;RBI=0.0176559,0.0140065;REFB=-0.0495497,-0.0559119;REVB=0.00615312,0.00118584;RO=0;SAF=2,2;SAR=33,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.521727,0.995982;STBP=0.609,0.062;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00838199,-0.0512551;OID=.,.;OPOS=15343525,15343523;OREF=-,AC;OALT=CTT,TT;OMAPALT=ACCTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:40:40:0:3:35,2:35,2:0.875,0.05:33,0:2,2:0:0:33,0:2,2:0:3 chr17 15492409 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.273;QD=44.6898;RBI=0.0215877;REFB=0;REVB=-0.0112493;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231933;OID=.;OPOS=15492409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr17 15492426 . C T 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0257132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6041;QD=7.12529;RBI=0.112206;REFB=-0.00285531;REVB=-0.10922;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183138;STB=0.614158;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-4.55087e-05;OID=.;OPOS=15492426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:4:3:5:13:4:3:5:13 chr17 15496768 . C T 402.81 PASS AF=0.398305;AO=47;DP=118;FAO=47;FDP=118;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.00351527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.377;QD=13.6545;RBI=0.00351659;REFB=-0.0069113;REVB=-9.66626e-05;RO=71;SAF=14;SAR=33;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264058;STB=0.649934;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0109805;OID=.;OPOS=15496768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:71:71:47:47:0.398305:33:14:38:33:33:14:38:33 chr17 15620481 . C T 159.21 PASS AF=0.242105;AO=23;DP=95;FAO=23;FDP=95;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.0014186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.271;QD=6.70342;RBI=0.00912676;REFB=-0.00386813;REVB=-0.00901584;RO=72;SAF=10;SAR=13;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406806;STB=0.524815;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0207403;OID=.;OPOS=15620481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:72:72:23:23:0.242105:13:10:29:43:13:10:29:43 chr17 15690390 . C A 304.33 PASS AF=0.278912;AO=41;DP=147;FAO=41;FDP=147;FR=.;FRO=106;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=56;FSRR=50;FWDB=-0.0207912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.02;QD=8.28109;RBI=0.0207912;REFB=-0.0109151;REVB=1.50508e-05;RO=106;SAF=25;SAR=16;SRF=56;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101393;STB=0.560052;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0293176;OID=.;OPOS=15690390;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:106:106:41:41:0.278912:16:25:56:50:16:25:56:50 chr17 15975463 . C G 257.74 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0646826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2334;QD=30.3222;RBI=0.0720518;REFB=-0.0228978;REVB=-0.0317431;RO=10;SAF=12;SAR=11;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670433;STB=0.52172;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0266872;OID=.;OPOS=15975463;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:34:10:11:23:23:0.676471:11:12:4:6:11:12:5:6 chr17 16004808 . C T 162.9 PASS AF=0.22807;AO=26;DP=114;FAO=26;FDP=114;FR=.;FRO=88;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=62;FSRR=26;FWDB=0.0424118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.036;QD=5.71594;RBI=0.0445034;REFB=0.000523707;REVB=-0.0134831;RO=88;SAF=17;SAR=9;SRF=62;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726442;STB=0.544377;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.00129347;OID=.;OPOS=16004808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:88:88:26:26:0.22807:9:17:62:26:9:17:62:26 chr17 16041123 . G A 93.38 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0108453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6956;QD=6.44007;RBI=0.0118274;REFB=-0.00454922;REVB=-0.00471873;RO=44;SAF=4;SAR=10;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271255;STB=0.669852;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0129173;OID=.;OPOS=16041123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:44:44:14:14:0.241379:10:4:22:22:10:4:22:22 chr17 16068340 . C T 615.4 PASS AF=0.320158;AO=76;DP=253;FAO=81;FDP=253;FR=.;FRO=172;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=95;FSRR=77;FWDB=-0.00337034;FXX=0.0193791;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.771;QD=9.72961;RBI=0.011005;REFB=-0.015929;REVB=-0.0104762;RO=169;SAF=41;SAR=35;SRF=95;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272577;STB=0.531398;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0288802;OID=.;OPOS=16068340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:169:172:76:81:0.320158:35:41:95:74:40:41:95:77 chr17 16068343 . G A 634.35 PASS AF=0.318008;AO=83;DP=260;FAO=83;FDP=261;FR=.;FRO=178;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=96;FSRR=82;FWDB=-0.00532464;FXX=0.00381665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1109;QD=9.72182;RBI=0.0247822;REFB=-0.0306673;REVB=-0.0242035;RO=174;SAF=43;SAR=40;SRF=94;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261448;STB=0.514525;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.035379;OID=.;OPOS=16068343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:261:174:178:83:83:0.318008:40:43:94:80:40:43:96:82 chr17 16068362 . C T 755.42 PASS AF=0.33452;AO=94;DP=285;FAO=94;FDP=281;FR=.;FRO=187;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=95;FSRR=92;FWDB=-0.00342642;FXX=0.0140346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.734;QD=10.7533;RBI=0.021106;REFB=-0.0070997;REVB=-0.020826;RO=191;SAF=49;SAR=45;SRF=98;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958399;STB=0.508829;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0121883;OID=.;OPOS=16068362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:281:191:187:94:94:0.33452:45:49:98:93:45:49:95:92 chr17 16068377 . C G 770.69 PASS AF=0.326531;AO=96;DP=298;FAO=96;FDP=294;FR=.;FRO=198;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=92;FSRR=106;FWDB=0.00154837;FXX=0.0134224;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.764;QD=10.4856;RBI=0.0051379;REFB=-0.000404383;REVB=-0.00489903;RO=197;SAF=50;SAR=46;SRF=92;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630283;STB=0.537779;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.000667955;OID=.;OPOS=16068377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:294:197:198:96:96:0.326531:46:50:92:105:46:50:92:106 chr17 16068383 . G A 903.34 PASS AF=0.358306;AO=108;DP=306;FAO=110;FDP=307;FR=.;FRO=197;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=92;FSRR=105;FWDB=-0.0115421;FXX=0.00324665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.81;QD=11.7699;RBI=0.0116967;REFB=-0.00676914;REVB=-0.00189523;RO=196;SAF=58;SAR=50;SRF=91;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825102;STB=0.538618;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0116424;OID=.;OPOS=16068383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:307:196:197:108:110:0.358306:50:58:91:105:52:58:92:105 chr17 16068396 . G A 1011.23 PASS AF=0.382637;AO=117;DP=310;FAO=119;FDP=311;FR=.;FRO=192;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=86;FSRR=106;FWDB=-0.0143327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.375;QD=13.0061;RBI=0.020247;REFB=-0.00318131;REVB=0.0143008;RO=182;SAF=58;SAR=59;SRF=85;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031117;STB=0.529572;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0103278;OID=.;OPOS=16068396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:311:182:192:117:119:0.382637:59:58:85:97:60:59:86:106 chr17 16068463 . C T 279.54 PASS AF=0.178082;AO=52;DP=292;FAO=52;FDP=292;FR=.;FRO=240;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=110;FSRR=130;FWDB=-0.0218798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.388;QD=3.82927;RBI=0.0223403;REFB=-0.00641339;REVB=-0.00451231;RO=240;SAF=28;SAR=24;SRF=110;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103353;STB=0.565557;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0281417;OID=.;OPOS=16068463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:292:240:240:52:52:0.178082:24:28:110:130:24:28:110:130 chr17 16097870 . C A 38.95 PASS AF=0.0744681;AO=14;DP=188;FAO=14;FDP=188;FR=.;FRO=174;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=68;FSRR=106;FWDB=-0.0180025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1962;QD=0.828624;RBI=0.0180913;REFB=0.00676794;REVB=0.00178949;RO=173;SAF=4;SAR=10;SRF=67;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123319;STB=0.607946;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.0864872;OID=.;OPOS=16097870;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:188:188:173:174:14:14:0.0744681:10:4:67:106:10:4:68:106 chr17 16321032 . G C 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0119543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.623;QD=16.2791;RBI=0.0150195;REFB=-0.0396395;REVB=-0.00909285;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436236;STB=0.524573;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0368484;OID=.;OPOS=16321032;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:14:14:18:15:14:14:18:15 chr17 16325968 . A G 205.75 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00968767;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.933;QD=16.1371;RBI=0.0146786;REFB=-0.0160486;REVB=0.0110277;RO=30;SAF=3;SAR=20;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51995;STB=0.811052;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0160692;OID=.;OPOS=16325968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:30:28:23:23:0.45098:20:3:17:13:20:3:17:11 chr17 16326005 . A C 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0117695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.291;QD=16.5778;RBI=0.0168065;REFB=-0.013915;REVB=-0.0119974;RO=38;SAF=9;SAR=23;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27808;STB=0.65704;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0116815;OID=.;OPOS=16326005;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:23:9:21:17:23:9:21:17 chr17 16336992 . C G 122.18 PASS AF=0.4;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0209104;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.9472;QD=13.9629;RBI=0.1044;REFB=-0.022146;REVB=-0.102284;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215384;STB=0.702187;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0206878;OID=.;OPOS=16336992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:16:21:14:14:0.4:4:10:8:8:4:10:8:13 chr17 16346932 . G T 136.79 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00674758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.09;QD=18.239;RBI=0.0145824;REFB=-0.00407852;REVB=0.0129273;RO=15;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714283;STB=0.540927;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00449367;OID=.;OPOS=16346932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:11:4:5:10:11:4:5:10 chr17 16350239 . A G 158.03 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00712051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.975;QD=25.2853;RBI=0.0181758;REFB=-0.0116745;REVB=-0.016723;RO=9;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146799;STB=0.581988;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00422359;OID=.;OPOS=16350239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:9:7:6:3:9:7:6:3 chr17 16524929 . C A 543.34 PASS AF=0.581395;AO=50;DP=86;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00436533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.608;QD=25.2716;RBI=0.00628021;REFB=-0.00688758;REVB=-0.00451497;RO=36;SAF=20;SAR=30;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099518;STB=0.55448;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00475676;OID=.;OPOS=16524929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:36:36:50:50:0.581395:30:20:19:17:30:20:19:17 chr17 16526552 . G A 118.33 PASS AF=0.24;AO=18;DP=76;FAO=18;FDP=75;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0665145;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.754;QD=6.31092;RBI=0.071252;REFB=-0.00983693;REVB=-0.0255475;RO=57;SAF=8;SAR=10;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00730084;STB=0.5045;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0281846;OID=.;OPOS=16526552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:57:57:18:18:0.24:10:8:25:32:10:8:25:32 chr17 16537207 . C T 684.15 PASS AF=0.531746;AO=67;DP=126;FAO=67;FDP=126;FR=.;FRO=59;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0137306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.39;QD=21.7189;RBI=0.0287826;REFB=-0.0246614;REVB=-0.0252965;RO=58;SAF=38;SAR=29;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00155226;STB=0.504347;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0285824;OID=.;OPOS=16537207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:58:59:67:67:0.531746:29:38:33:25:29:38:34:25 chr17 16593761 . C T 129.71 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0114719;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.617;QD=12.3535;RBI=0.0295941;REFB=-0.00371175;REVB=0.0272801;RO=25;SAF=11;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163677;STB=0.604248;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00907118;OID=.;OPOS=16593761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:25:27:15:15:0.357143:4:11:15:10:4:11:16:11 chr17 16623514 . C A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.116145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.014;QD=10.0339;RBI=0.116907;REFB=-0.00131578;REVB=0.0133267;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112423;STB=0.571121;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00113799;OID=.;OPOS=16623514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:2:5:4:1:2:5 chr17 16635980 . G A 272.75 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0100727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4014;QD=24.2447;RBI=0.0182477;REFB=-0.00241055;REVB=-0.0152157;RO=20;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641943;STB=0.535686;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00195437;OID=.;OPOS=16635980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:13:12:8:12:13:12:8:12 chr17 16692262 . C T 96.64 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0102947;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3975;QD=20.345;RBI=0.0110969;REFB=0.0209846;REVB=-0.00414243;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335209;STB=0.519196;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.00534207;OID=.;OPOS=16692262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:4:4:6:5:4:4 chr17 16735618 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00588694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.93;QD=53.9112;RBI=0.0271555;REFB=0;REVB=0.0265097;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169626;OID=.;OPOS=16735618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr17 16746358 . G A 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0279695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.621;QD=51.5086;RBI=0.0285754;REFB=-0.102932;REVB=0.00585336;RO=1;SAF=18;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251148;STB=0.513503;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00163869;OID=.;OPOS=16746358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:8:18:1:0:8:18:1:0 chr17 16828713 . A T 513.46 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.0226985;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9962;QD=18.5032;RBI=0.0345531;REFB=-0.0240102;REVB=-0.0260518;RO=57;SAF=20;SAR=34;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194818;STB=0.510787;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0240425;OID=.;OPOS=16828713;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:57:57:54:54:0.486486:34:20:20:37:34:20:20:37 chr17 16828790 . TG CA 346.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0272352;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=2;MLLD=146.251;QD=21.6799;RBI=0.0336777;REFB=-0.027211;REVB=0.0198099;RO=29;SAF=8;SAR=27;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530325;STB=0.529394;STBP=0.681;TYPE=mnp;VARB=0.0193995;OID=.;OPOS=16828790;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:29:29:35:35:0.546875:27:8:8:21:27:8:8:21 chr17 16829159 . C T 219.07 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0182286;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.764;QD=13.9089;RBI=0.0190676;REFB=-0.00635673;REVB=-0.00559382;RO=34;SAF=19;SAR=7;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357552;STB=0.684537;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0103019;OID=.;OPOS=16829159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:34:37:26:26:0.412698:7:19:13:21:7:19:16:21 chr17 16836425 . G A 325.77 PASS AF=0.347458;AO=41;DP=118;FAO=41;FDP=118;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.00108952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.729;QD=11.043;RBI=0.0117567;REFB=-0.0120886;REVB=0.0117061;RO=77;SAF=25;SAR=16;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119158;STB=0.568627;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0228594;OID=.;OPOS=16836425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:77:77:41:41:0.347458:16:25:39:38:16:25:39:38 chr17 16842912 . A G 854.09 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302547;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.471;QD=57.9042;RBI=0.0303939;REFB=0;REVB=0.00290517;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162553;OID=.;OPOS=16842912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr17 16842991 . G A 1235.43 PASS AF=0.954023;AO=83;DP=87;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0103386;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.648;QD=56.8015;RBI=0.0129878;REFB=-0.196939;REVB=-0.00786102;RO=4;SAF=32;SAR=51;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124786;STB=0.506595;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00076745;OID=.;OPOS=16842991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:87:87:4:4:83:83:0.954023:51:32:1:3:51:32:1:3 chr17 16855878 . C T 490.18 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0131689;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.5736;QD=51.5975;RBI=0.0406433;REFB=-0.0150592;REVB=0.0384507;RO=2;SAF=16;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549407;STB=0.516607;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00259285;OID=.;OPOS=16855878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:2:3:35:35:0.921053:19:16:2:0:19:16:2:1 chr17 16892265 . G A 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0572139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.887;QD=18.1597;RBI=0.0666903;REFB=0.00561948;REVB=0.0342661;RO=39;SAF=18;SAR=18;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358126;STB=0.519989;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.00630396;OID=.;OPOS=16892265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:18:18:18:21:18:18:18:21 chr17 16892273 . A G 326.83 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0124992;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7008;QD=17.4311;RBI=0.0267128;REFB=-0.0106454;REVB=0.0236082;RO=40;SAF=17;SAR=18;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102121;STB=0.505718;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0157668;OID=.;OPOS=16892273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:40:40:35:35:0.466667:18:17:19:21:18:17:19:21 chr17 17039561 . CCAGCAG C,CCAG 336.75 PASS AF=0.62963,0.37037;AO=8,5;DP=24;FAO=17,10;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11,5;FSAR=6,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00951045,0.0352822;FXX=0.0689417;HRUN=2,1;LEN=6,3;MLLD=150.208,60.364;QD=49.8888;RBI=0.0141133,0.0984891;REFB=0,0;REVB=0.0104277,0.0919525;RO=0;SAF=6,3;SAR=2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.250253,0;SSEP=0,0;SSSB=5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0470213,0.0365466;OID=.,.;OPOS=17039562,17039562;OREF=CAGCAG,CAG;OALT=-,-;OMAPALT=C,CCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.62963,0.37037:8,5:24:17,10:27:0:11,5:6,5:0:0:77:0:6,3:2,2:0:0 chr17 17046024 . C A 657.44 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0523681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2954;QD=59.7671;RBI=0.066745;REFB=-0.068828;REVB=-0.0413822;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229007;STB=0.512189;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0145804;OID=.;OPOS=17046024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:23:20:1:0:23:20:1:0 chr17 17062241 . C G 4353.29 PASS AF=0.948387;AO=294;DP=311;FAO=294;FDP=310;FR=.;FRO=16;FSAF=139;FSAR=155;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00203307;FXX=0.00321533;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.404;QD=56.1714;RBI=0.00738328;REFB=-0.0699513;REVB=0.00709785;RO=14;SAF=139;SAR=155;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332985;STB=0.514327;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.000573107;OID=.;OPOS=17062241;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:311:310:14:16:294:294:0.948387:155:139:12:2:155:139:12:4 chr17 17069105 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.93;QD=64.4146;RBI=0.0384259;REFB=0;REVB=0.0173648;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165874;OID=.;OPOS=17069105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:22:27:0:0:22:28:0:0 chr17 17070424 . A G 465.0 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0175492;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.249;QD=18.4157;RBI=0.018382;REFB=-0.0117053;REVB=0.00547019;RO=53;SAF=29;SAR=20;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784114;STB=0.538129;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0138929;OID=.;OPOS=17070424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:53:52:49:49:0.485149:20:29:27:26:20:29:27:25 chr17 17168164 . G A 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.459;QD=59.5018;RBI=0.0281668;REFB=0;REVB=0.00641604;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14163e-05;OID=.;OPOS=17168164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr17 17179481 . G A 671.85 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0611295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9354;QD=52.6942;RBI=0.0633902;REFB=0.0196271;REVB=-0.0167782;RO=2;SAF=39;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328512;STB=0.517484;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.0107494;OID=.;OPOS=17179481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:10:39:1:1:10:39:1:1 chr17 17397818 . G C 319.0 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00700012;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.483;QD=15.3735;RBI=0.0347366;REFB=-0.0255391;REVB=-0.034024;RO=48;SAF=25;SAR=10;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173121;STB=0.598396;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0326101;OID=.;OPOS=17397818;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:10:25:27:21:10:25:27:21 chr17 17397982 . T C 2044.74 PASS AF=0.957447;AO=135;DP=141;FAO=135;FDP=141;FR=.;FRO=6;FSAF=73;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0530082;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.419;QD=58.0069;RBI=0.0535092;REFB=-0.0603119;REVB=0.00730499;RO=3;SAF=73;SAR=62;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022442;STB=0.508871;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00456396;OID=.;OPOS=17397982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:141:141:3:6:135:135:0.957447:62:73:0:3:62:73:2:4 chr17 17398043 . C T 303.06 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0101855;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.287;QD=14.6054;RBI=0.0117202;REFB=-0.00401103;REVB=-0.00579817;RO=49;SAF=15;SAR=19;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721056;STB=0.540901;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00568741;OID=.;OPOS=17398043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:19:15:25:24:19:15:25:24 chr17 17409560 . C T 208.74 PASS AF=0.444444;AO=22;DP=52;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00792507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0885;QD=15.4622;RBI=0.0108116;REFB=-0.0239943;REVB=0.00735424;RO=30;SAF=5;SAR=17;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176227;STB=0.548345;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0466003;OID=.;OPOS=17409560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:30:30:22:24:0.444444:17:5:11:19:17:7:11:19 chr17 17682484 . G A 436.04 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0237097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.971;QD=54.5049;RBI=0.0239679;REFB=-0.160662;REVB=-0.00350879;RO=1;SAF=21;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217036;STB=0.51162;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00112678;OID=.;OPOS=17682484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:10:21:1:0:10:21:1:0 chr17 17696531 . G C 695.12 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0486926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0749;QD=60.4452;RBI=0.0685391;REFB=-0.0623339;REVB=0.0482353;RO=1;SAF=24;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191802;STB=0.5102;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00191915;OID=.;OPOS=17696531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:21:24:1:0:21:24:1:0 chr17 17696755 . C A 1229.6 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.045069;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.434;QD=59.9807;RBI=0.0530473;REFB=-0.0931379;REVB=-0.0279786;RO=1;SAF=29;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160447;STB=0.508195;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000426851;OID=.;OPOS=17696755;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:1:1:80:81:0.987805:51:29:1:0:51:30:1:0 chr17 17715101 . G A 794.69 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00341941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.333;QD=54.806;RBI=0.0157095;REFB=0.0386698;REVB=0.0153329;RO=1;SAF=18;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254704;STB=0.512816;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-9.87561e-05;OID=.;OPOS=17715101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:1:1:56:57:0.982759:38:18:1:0:38:19:1:0 chr17 17722533 . C T 232.0 PASS AF=0.322222;AO=29;DP=90;FAO=29;FDP=90;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=-0.00210812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.665;QD=10.3113;RBI=0.00215846;REFB=9.28166e-05;REVB=0.000463429;RO=61;SAF=15;SAR=14;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1825;STB=0.605804;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.000172308;OID=.;OPOS=17722533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:61:61:29:29:0.322222:14:15:41:20:14:15:41:20 chr17 17896089 . TC T,TT 751.82 PASS AF=0.95082,0.0491803;AO=49,6;DP=59;FAO=58,3;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=55,3;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107342,0.111661;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.3815,6.31018;QD=49.2999;RBI=0.113886,0.364993;REFB=0,0;REVB=0.0380482,-0.347494;RO=0;SAF=49,3;SAR=0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0112173,0.112299;OID=.,.;OPOS=17896090,17896090;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.95082,0.0491803:49,6:59:58,3:61:0:55,3:3,0:0:0:9:0:49,3:0,3:0:0 chr17 17896205 . C T 1230.79 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.313;QD=61.5393;RBI=0.0596998;REFB=0;REVB=0.0141444;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210011;OID=.;OPOS=17896205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:44:36:0:0:44:36:0:0 chr17 17900877 . C T 203.49 PASS AF=0.325;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0135268;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.047;QD=10.1746;RBI=0.0152891;REFB=0.00306972;REVB=-0.00712605;RO=53;SAF=15;SAR=11;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781476;STB=0.552285;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.0053167;OID=.;OPOS=17900877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:53:54:26:26:0.325:11:15:27:26:11:15:27:27 chr17 17910419 . C T 764.15 PASS AF=0.5;AO=74;DP=149;FAO=74;FDP=148;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=0.0282056;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3619;QD=20.6526;RBI=0.0286676;REFB=-0.0088158;REVB=0.0051259;RO=73;SAF=37;SAR=37;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556108;STB=0.533775;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00923302;OID=.;OPOS=17910419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:73:74:74:74:0.5:37:37:41:32:37:37:42:32 chr17 17943184 . G T 33.51 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=13;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00290741;FXX=0.076864;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.51;QD=11.1715;RBI=0.0126021;REFB=0.00988959;REVB=0.0122621;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.010564;OID=.;OPOS=17943184;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:13:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:4:3:3:2:4:3 chr17 18003671 . T G 972.49 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.929;QD=58.9387;RBI=0.0370418;REFB=0;REVB=0.0337348;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87004e-05;OID=.;OPOS=18003671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:31:34:0:0:32:34:0:0 chr17 18023410 . C T 208.76 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0272694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0917;QD=18.1533;RBI=0.0621779;REFB=0.000169961;REVB=0.0558791;RO=25;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975156;STB=0.555502;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00133596;OID=.;OPOS=18023410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:13:8:12:13:13:8:12:13 chr17 18023897 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.703;QD=40.7629;RBI=0.0997274;REFB=0;REVB=0.0988835;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000913813;OID=.;OPOS=18023897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr17 18041507 . C T 257.96 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0325365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4405;QD=11.5937;RBI=0.0389222;REFB=-0.00150994;REVB=0.0213616;RO=58;SAF=12;SAR=19;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711765;STB=0.541202;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00449978;OID=.;OPOS=18041507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:58:58:31:31:0.348315:19:12:26:32:19:12:26:32 chr17 18047189 . G A 354.28 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0224173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.872;QD=27.7867;RBI=0.0356732;REFB=-0.0188094;REVB=-0.0277497;RO=18;SAF=20;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338223;STB=0.518507;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0125547;OID=.;OPOS=18047189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:18:33:33:0.647059:13:20:10:8:13:20:10:8 chr17 18052867 . T C 1252.32 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.104985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.0956;QD=59.6341;RBI=0.113349;REFB=0.11514;REVB=0.0427319;RO=1;SAF=67;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00701722;STB=0.503649;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.00758104;OID=.;OPOS=18052867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:82:83:0.988095:15:67:1:0:15:68:1:0 chr17 18077175 . T C 858.43 PASS AF=0.511905;AO=86;DP=167;FAO=86;FDP=168;FR=.;FRO=82;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.00912498;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.584;QD=20.4389;RBI=0.00944584;REFB=-0.0142008;REVB=-0.00244102;RO=81;SAF=38;SAR=48;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353219;STB=0.522608;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0116542;OID=.;OPOS=18077175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:81:82:86:86:0.511905:48:38:39:42:48:38:40:42 chr17 18087299 . C T 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0263743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.095;QD=40.6387;RBI=0.0346569;REFB=-0.0731874;REVB=0.0224833;RO=1;SAF=9;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478651;STB=0.526279;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00377086;OID=.;OPOS=18087299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:5:9:1:0:5:9:1:0 chr17 18137141 . A G 2368.52 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.998;QD=61.1231;RBI=0.0302159;REFB=0;REVB=0.0201357;RO=0;SAF=78;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39605e-05;OID=.;OPOS=18137141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:155:0:0:151:155:1:73:78:0:0:73:82:0:0 chr17 18148050 . A G 314.2 PASS AF=1;AO=2;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.861;QD=52.367;RBI=0.0561295;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=2;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52353e-05;OID=.;OPOS=18148050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:2:24:1:0:2:0:0:0:24:0:0 chr17 18181550 . GGCC GC,GGC,GGCT 57.6 PASS AF=0.261905,0.119048,0;AO=11,6,5;DP=52;FAO=11,5,0;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=4,3,0;FSAR=7,2,0;FSRF=25;FSRR=1;FWDB=-0.0102865,-0.0214865,-0.0248587;FXX=0.0232504;HRUN=7,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=16.4381,9.90989,169.426;QD=5.486;RBI=0.263396,0.259551,0.0757727;REFB=-0.090267,-0.13546,-0.0123592;REVB=-0.263196,-0.25866,-0.071579;RO=21;SAF=6,5,0;SAR=5,1,5;SRF=20;SRR=1;SSEN=0,0.355556,0;SSEP=0,0.305263,0;SSSB=-0.500513,-0.353656,-0.84717;STB=0.863441,0.860932,0.5;STBP=0.053,0.654,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.151124,-0.0412278,0;OID=.,.,.;OPOS=18181551,18181552,18181553;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GC,GGC,GGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.261905,0.119048,0:11,6,5:52:11,5,0:42:26:4,3,0:7,2,0:25:1:35:21:6,5,0:5,1,5:20:1 chr17 18186013 . C T 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0174005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.664;QD=10.8237;RBI=0.0205913;REFB=-0.0238747;REVB=0.0110102;RO=22;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337572;STB=0.69197;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0485653;OID=.;OPOS=18186013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:3:9:10:12:3:9:11:12 chr17 18284920 . C T 181.98 PASS AF=0.254902;AO=26;DP=102;FAO=26;FDP=102;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.0102261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.879;QD=7.13633;RBI=0.0102262;REFB=-0.00582964;REVB=4.81202e-05;RO=76;SAF=8;SAR=18;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289244;STB=0.675208;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.024484;OID=.;OPOS=18284920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:76:76:26:26:0.254902:18:8:41:35:18:8:41:35 chr17 18390993 . C T 179.11 PASS AF=0.365079;AO=21;DP=61;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.000262849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.158;QD=11.3722;RBI=0.0219139;REFB=-0.0254246;REVB=0.0219123;RO=40;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761189;STB=0.522369;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0242988;OID=.;OPOS=18390993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:40:40:21:23:0.365079:14:7:11:29:16:7:11:29 chr17 18391003 . G A 174.41 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.00195984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4106;QD=9.826;RBI=0.013102;REFB=-0.00114723;REVB=-0.0129546;RO=48;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185153;STB=0.51086;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00159482;OID=.;OPOS=18391003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:48:23:23:0.323944:15:8:16:32:15:8:16:32 chr17 18528623 . A G 1623.04 PASS AF=0.965217;AO=111;DP=115;FAO=111;FDP=115;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0368464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9747;QD=56.4536;RBI=0.0511284;REFB=0.045701;REVB=-0.0354465;RO=4;SAF=57;SAR=54;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156211;STB=0.508234;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00734759;OID=.;OPOS=18528623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:115:115:4:4:111:111:0.965217:54:57:3:1:54:57:3:1 chr17 18542519 . T G 88.6 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0776666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.9798;QD=15.4083;RBI=0.0797227;REFB=-0.0793308;REVB=-0.017989;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343697;STB=0.519964;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0815804;OID=.;OPOS=18542519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:5:7:6:5:5:7 chr17 18565350 . G C 775.68 PASS AF=0.423469;AO=83;DP=196;FAO=83;FDP=196;FR=.;FRO=113;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=60;FSRR=53;FWDB=-0.00844793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.901;QD=15.8302;RBI=0.00854728;REFB=-0.0110315;REVB=-0.00129939;RO=113;SAF=43;SAR=40;SRF=60;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133409;STB=0.50745;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.01745;OID=.;OPOS=18565350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:113:113:83:83:0.423469:40:43:60:53:40:43:60:53 chr17 18610134 . T G 302.07 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.000857747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1781;QD=14.3841;RBI=0.00401375;REFB=-0.00699795;REVB=0.00392103;RO=50;SAF=8;SAR=26;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365472;STB=0.708961;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0131299;OID=.;OPOS=18610134;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:26:8:28:22:26:8:28:22 chr17 18630995 . G A 410.97 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.00120267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9905;QD=18.4706;RBI=0.00233508;REFB=-0.0158609;REVB=0.00200154;RO=47;SAF=23;SAR=19;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876085;STB=0.548751;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0167351;OID=.;OPOS=18630995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:42:42:0.47191:19:23:30:17:19:23:30:17 chr17 18653070 . G A 332.83 PASS AF=0.493151;AO=35;DP=72;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.00307023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0863;QD=18.2371;RBI=0.0126312;REFB=-0.0340601;REVB=0.0122524;RO=37;SAF=26;SAR=9;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470233;STB=0.530956;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0361184;OID=.;OPOS=18653070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:37:37:35:36:0.493151:9:26:26:11:9:27:26:11 chr17 18694277 . G A 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.618;QD=55.4105;RBI=0.0275493;REFB=0.0904031;REVB=0.013903;RO=1;SAF=35;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132859;STB=0.50704;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.000332852;OID=.;OPOS=18694277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:22:35:1:0:22:35:1:0 chr17 18702220 . T C 3238.74 PASS AF=0.986111;AO=212;DP=217;FAO=213;FDP=216;FR=.;FRO=3;FSAF=88;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00956288;FXX=0.00917389;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.035;QD=59.9766;RBI=0.0217592;REFB=-0.103801;REVB=0.0195452;RO=5;SAF=88;SAR=124;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000682;STB=0.505928;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00188599;OID=.;OPOS=18702220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:217:216:5:3:212:213:0.986111:124:88:2:3:125:88:0:3 chr17 18880986 . C T 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.545;QD=58.0603;RBI=0.0535282;REFB=0;REVB=0.0487677;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.061e-05;OID=.;OPOS=18880986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:23:38:0:0:23:38:0:0 chr17 18881326 . G A 144.02 PASS AF=0.253012;AO=21;DP=83;FAO=21;FDP=83;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0282334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.715;QD=6.94053;RBI=0.0419216;REFB=-0.00479317;REVB=0.0309885;RO=62;SAF=12;SAR=9;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879946;STB=0.553582;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0107452;OID=.;OPOS=18881326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:62:62:21:21:0.253012:9:12:31:31:9:12:31:31 chr17 18881380 . T A 211.06 PASS AF=0.317647;AO=26;DP=83;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0228333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.305;QD=9.93202;RBI=0.024462;REFB=-0.0149761;REVB=0.00877688;RO=56;SAF=12;SAR=14;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00321291;STB=0.502644;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.033905;OID=.;OPOS=18881380;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:56:58:26:27:0.317647:14:12:26:30:15:12:26:32 chr17 18907029 . A C,G 701.56 PASS AF=0.155556,0.844444;AO=2,43;DP=45;FAO=7,38;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=7,24;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486315,0.00679927;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.6194,120.158;QD=62.3611;RBI=0.0686516,0.0138434;REFB=0,0;REVB=-0.0484565,-0.0120585;RO=0;SAF=2,29;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.13233e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0204398,-0.0129688;OID=.,.;OPOS=18907029,18907029;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:44:45:45:0:0:2,43:7,38:0.155556,0.844444:0,14:2,29:0:0:0,14:7,24:0:0 chr17 18918396 . G C 520.1 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8493;QD=59.44;RBI=0.116218;REFB=0;REVB=0.110551;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151564;OID=.;OPOS=18918396;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:12:22:0:0:13:22:0:0 chr17 18922801 . G A 208.25 PASS AF=0.275229;AO=28;DP=108;FAO=30;FDP=109;FR=.;FRO=79;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.0211873;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.537;QD=7.64226;RBI=0.0250104;REFB=-0.00905888;REVB=-0.0132898;RO=78;SAF=15;SAR=13;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153021;STB=0.606706;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0267633;OID=.;OPOS=18922801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:78:79:28:30:0.275229:13:15:32:46:13:17:33:46 chr17 18923124 . G A 533.57 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00513067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.206;QD=19.9465;RBI=0.0681256;REFB=-0.00761331;REVB=0.0679321;RO=51;SAF=30;SAR=25;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00313895;STB=0.506001;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00903471;OID=.;OPOS=18923124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:52:55:55:0.514019:25:30:28:23:25:30:29:23 chr17 18923180 . C T 499.46 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0133351;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.499;QD=16.7887;RBI=0.0186343;REFB=-0.0268921;REVB=-0.0130158;RO=64;SAF=27;SAR=27;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608656;STB=0.529401;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0243892;OID=.;OPOS=18923180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:64:65:54:54:0.453782:27:27:36:28:27:27:36:29 chr17 19319374 . T C 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0166123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1071;QD=14.6524;RBI=0.0166123;REFB=-0.0228691;REVB=0;RO=5;SAF=6;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0206288;OID=.;OPOS=19319374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:0:6:5:0:0:6:5:0 chr17 19355571 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00497241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.444;QD=16.8837;RBI=0.021981;REFB=-0.00312461;REVB=-0.0214112;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385658;STB=0.719723;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00472975;OID=.;OPOS=19355571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:5:10:4:13:5:10:4:13 chr17 19411482 . C T 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00115253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.564;QD=22.7239;RBI=0.0319953;REFB=-0.0277719;REVB=0.0319745;RO=16;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128079;STB=0.57136;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0206932;OID=.;OPOS=19411482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:8:12:12:4:8:12:12:4 chr17 19459351 . T C 75.18 PASS AF=0.159091;AO=14;DP=88;FAO=14;FDP=88;FR=.;FRO=74;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=0.00212676;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.03;QD=3.41738;RBI=0.0133206;REFB=0.00475738;REVB=0.0131498;RO=73;SAF=10;SAR=4;SRF=26;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428031;STB=0.774718;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0177407;OID=.;OPOS=19459351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:88:88:73:74:14:14:0.159091:4:10:26:47:4:10:27:47 chr17 19578873 . A T 1609.56 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00368066;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.445;QD=60.1705;RBI=0.00588325;REFB=0;REVB=0.0045897;RO=0;SAF=45;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79273e-05;OID=.;OPOS=19578873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:62:45:0:0:62:45:0:0 chr17 19608773 . G A 1506.53 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416338;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.573;QD=59.6644;RBI=0.0728705;REFB=0;REVB=0.0598058;RO=0;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5656e-05;OID=.;OPOS=19608773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:100:101:1:45:55:0:0:46:55:0:0 chr17 19617236 . G T 636.28 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850323;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.492;QD=62.0761;RBI=0.0452032;REFB=0;REVB=0.0443962;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82787e-05;OID=.;OPOS=19617236;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr17 19642952 . G C 619.96 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00942576;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.277;QD=59.0438;RBI=0.0175991;REFB=-0.109193;REVB=0.0148621;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000203406;OID=.;OPOS=19642952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:21:20:0:0:21:20:0:1 chr17 19645938 . A C 1108.94 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.701;QD=59.9425;RBI=0.0485599;REFB=0;REVB=-0.0418735;RO=0;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35168e-05;OID=.;OPOS=19645938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:27:46:0:0:28:46:0:0 chr17 19679697 . G A 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0143346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.514;QD=16.8246;RBI=0.0153251;REFB=-0.0107037;REVB=0.00542005;RO=27;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138058;STB=0.569654;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0151028;OID=.;OPOS=19679697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:13:8:14:13:13:8:14:14 chr17 19684415 . C T 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0351054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.873;QD=6.85052;RBI=0.0439845;REFB=-0.0130815;REVB=-0.0265;RO=31;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966674;STB=0.560856;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0229105;OID=.;OPOS=19684415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:5:5:13:18:5:5:13:18 chr17 19827800 . G A 1358.19 PASS AF=0.515385;AO=134;DP=265;FAO=134;FDP=260;FR=.;FRO=126;FSAF=48;FSAR=86;FSRF=50;FSRR=76;FWDB=-0.0311521;FXX=0.0188672;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0804;QD=20.8952;RBI=0.0383755;REFB=-0.000115088;REVB=-0.0224104;RO=122;SAF=48;SAR=86;SRF=49;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406295;STB=0.520115;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=7.23827e-05;OID=.;OPOS=19827800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:260:122:126:134:134:0.515385:86:48:49:73:86:48:50:76 chr17 20107773 . T C 1155.93 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0355429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7356;QD=59.2785;RBI=0.0751005;REFB=-0.0130178;REVB=-0.0661572;RO=1;SAF=44;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106357;STB=0.505617;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00135177;OID=.;OPOS=20107773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:33:44:1:0:33:44:1:0 chr17 20108239 . A T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.445;QD=61.3364;RBI=0.0369158;REFB=0;REVB=-0.00551822;RO=0;SAF=6;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.21163e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49386e-05;OID=.;OPOS=20108239;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:34:6:0:0:34:6:0:0 chr17 20109189 . C T 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7907;QD=60.3744;RBI=0.0163829;REFB=0;REVB=0.0111476;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.02984e-06;OID=.;OPOS=20109189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr17 20163529 . A G 753.0 PASS AF=1;AO=44;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.516;QD=55.7778;RBI=0.205781;REFB=0;REVB=0.0179126;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000693476;OID=.;OPOS=20163529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:44:54:1:25:19:0:0:24:30:0:0 chr17 20244263 . A AC 302.93 PASS AF=1;AO=3;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136057;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=161.075;QD=44.8789;RBI=0.144655;REFB=0;REVB=0.0491278;RO=24;SAF=1;SAR=2;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179144;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00123219;OID=.;OPOS=20244264;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:27:27:27:0:13:14:0:0:4:24:1:2:12:12 chr17 20244264 . G C 323.14 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.018938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.005;QD=47.8729;RBI=0.0495662;REFB=-0.0709065;REVB=0.0458056;RO=2;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274738;STB=0.501482;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00371504;OID=.;OPOS=20244264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:13:12:1:1:13:12:1:1 chr17 20361493 . T C 64.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00287038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.947;QD=9.91599;RBI=0.0836332;REFB=-0.00291471;REVB=-0.0835839;RO=17;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247444;STB=0.655324;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00685087;OID=.;OPOS=20361493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:8:1:4:13:8:1:4:13 chr17 20769862 . T A 197.72 PASS AF=0.5;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0131573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.559;QD=19.772;RBI=0.0207448;REFB=-0.0043371;REVB=-0.0160385;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164384;STB=0.580569;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00741504;OID=.;OPOS=20769862;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:19:20:0.5:8:11:15:5:8:12:15:5 chr17 20769866 . G A 198.51 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0170639;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9774;QD=18.4662;RBI=0.0263358;REFB=0.00146467;REVB=0.0200599;RO=24;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156069;STB=0.579924;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.0104981;OID=.;OPOS=20769866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:24:23:20:20:0.465116:8:12:18:6:8:12:17:6 chr17 20769896 . G T 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0136913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.148;QD=19.6969;RBI=0.029017;REFB=-0.00282571;REVB=-0.0255839;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104038;STB=0.558567;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00417771;OID=.;OPOS=20769896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:9:12:15:7:9:12:15:7 chr17 20769899 . G T 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0104206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.27;QD=19.6972;RBI=0.0648375;REFB=-0.00526079;REVB=-0.0639946;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132605;STB=0.558567;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00771695;OID=.;OPOS=20769899;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:9:12:15:6:9:12:15:7 chr17 20769904 . G A 185.29 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0286336;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2625;QD=17.2363;RBI=0.031043;REFB=0.00541863;REVB=0.0119908;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138984;STB=0.579127;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.00580472;OID=.;OPOS=20769904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:24:24:19:19:0.44186:9:10:16:8:9:10:16:8 chr17 20769954 . T G 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0323531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.469;QD=17.7533;RBI=0.0333512;REFB=-0.0289041;REVB=-0.00809782;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10358;STB=0.558236;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0265751;OID=.;OPOS=20769954;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:13:12:16:11:13:12:16:11 chr17 20769964 . C A 252.54 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0829018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0116;QD=21.0446;RBI=0.0925647;REFB=0.00783963;REVB=-0.0411765;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111914;STB=0.562884;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00617183;OID=.;OPOS=20769964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:14:10:13:11:14:10:13:11 chr17 20769968 . G A 251.23 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0264886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.079;QD=20.9355;RBI=0.03086;REFB=-0.00714429;REVB=-0.0158333;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111914;STB=0.562884;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00548355;OID=.;OPOS=20769968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:14:10:13:11:14:10:13:11 chr17 20769995 . C T 156.32 PASS AF=0.425;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0928834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0213;QD=15.6321;RBI=0.0954562;REFB=-0.00247285;REVB=0.0220124;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106282;STB=0.545941;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00822832;OID=.;OPOS=20769995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:23:17:17:0.425:8:9:14:8:8:9:14:9 chr17 20770002 . CC AG 143.18 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.017863;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=236.549;QD=15.0719;RBI=0.0241492;REFB=-0.0228691;REVB=0.0162511;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199743;STB=0.578851;STBP=0.411;TYPE=mnp;VARB=0.0417967;OID=.;OPOS=20770002;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:22:15:16:0.421053:8:7:14:7:8:8:14:8 chr17 20797873 . G GCAT 121.97 PASS AF=0.189655;AO=20;DP=117;FAO=22;FDP=116;FR=.;FRO=94;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=0.00775201;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=3;MLLD=298.14;QD=4.20588;RBI=0.00797748;REFB=-0.00481919;REVB=0.00188321;RO=91;SAF=13;SAR=7;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145866;STB=0.548522;STBP=0.61;TYPE=ins;VARB=0.021942;OID=.;OPOS=20797874;OREF=-;OALT=CAT;OMAPALT=GCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.189655:20:117:22:116:94:13:9:50:44:99:91:13:7:49:42 chr17 20797920 . C G 907.05 PASS AF=0.702703;AO=78;DP=111;FAO=78;FDP=111;FR=.;FRO=33;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00552976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.104;QD=32.6864;RBI=0.0112808;REFB=-0.0185132;REVB=-0.00983255;RO=33;SAF=39;SAR=39;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041904;STB=0.522517;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00522378;OID=.;OPOS=20797920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:33:33:78:78:0.702703:39:39:14:19:39:39:14:19 chr17 20799119 . A G 200.43 PASS AF=0.272727;AO=25;DP=106;FAO=30;FDP=110;FR=.;FRO=80;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=-0.0260514;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.875;QD=7.28832;RBI=0.0265487;REFB=-0.0206947;REVB=0.00511404;RO=80;SAF=8;SAR=17;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342316;STB=0.698097;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0458709;OID=.;OPOS=20799119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:110:80:80:25:30:0.272727:17:8:48:32:20:10:49:31 chr17 21117589 . C A 60.29 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0498577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.394;QD=17.2264;RBI=0.0550228;REFB=-0.00936498;REVB=0.0232749;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00850059;OID=.;OPOS=21117589;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:3:3:4:4:3:3 chr17 21132915 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5277;QD=42.1824;RBI=0.0378558;REFB=0;REVB=0.0197487;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157757;OID=.;OPOS=21132915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr17 21144074 . G A 1256.38 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0223358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.392;QD=59.1239;RBI=0.0224555;REFB=-0.204538;REVB=-0.00231587;RO=1;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119894;STB=0.512497;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000792235;OID=.;OPOS=21144074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:1:2:83:83:0.976471:39:44:0:1:39:44:0:2 chr17 21144155 . C G 388.91 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00527955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1231;QD=55.5591;RBI=0.0573153;REFB=0;REVB=0.0570716;RO=0;SAF=3;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360726;OID=.;OPOS=21144155;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:24:3:0:0:25:3:0:0 chr17 21144352 . G A 611.95 PASS AF=0.90566;AO=46;DP=52;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0133273;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.086;QD=46.1849;RBI=0.0229295;REFB=-0.090218;REVB=0.0186587;RO=5;SAF=25;SAR=21;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104696;STB=0.507483;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00220426;OID=.;OPOS=21144352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:52:53:5:5:46:48:0.90566:21:25:3:2:23:25:3:2 chr17 21194769 . C T 83.34 PASS AF=0.170455;AO=15;DP=87;FAO=15;FDP=88;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.00266401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9463;QD=3.78827;RBI=0.032849;REFB=-0.00896339;REVB=-0.0327408;RO=72;SAF=8;SAR=7;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111382;STB=0.57821;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0495272;OID=.;OPOS=21194769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:87:88:72:73:15:15:0.170455:7:8:32:40:7:8:32:41 chr17 21194771 . A T 83.3 PASS AF=0.170455;AO=15;DP=88;FAO=15;FDP=88;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.0221861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1859;QD=3.78648;RBI=0.042978;REFB=-0.0060875;REVB=-0.0368088;RO=73;SAF=8;SAR=7;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119009;STB=0.57821;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.032097;OID=.;OPOS=21194771;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:88:88:73:73:15:15:0.170455:7:8:32:41:7:8:32:41 chr17 21194785 . T C 160.74 PASS AF=0.25;AO=23;DP=92;FAO=23;FDP=92;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.00552857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.775;QD=6.98858;RBI=0.0227424;REFB=0.00159302;REVB=-0.0220602;RO=69;SAF=16;SAR=7;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321517;STB=0.695482;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00394168;OID=.;OPOS=21194785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:69:69:23:23:0.25:7:16:30:39:7:16:30:39 chr17 21194820 . G A 172.35 PASS AF=0.263736;AO=24;DP=91;FAO=24;FDP=91;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0160507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.802;QD=7.57589;RBI=0.0266316;REFB=-0.00721896;REVB=-0.0212514;RO=67;SAF=15;SAR=9;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215902;STB=0.630029;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0169759;OID=.;OPOS=21194820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:67:67:24:24:0.263736:9:15:30:37:9:15:30:37 chr17 21194843 . T C 175.41 PASS AF=0.282353;AO=24;DP=85;FAO=24;FDP=85;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0695869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.279;QD=8.25454;RBI=0.0708992;REFB=-0.0078216;REVB=-0.0135777;RO=61;SAF=16;SAR=8;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323126;STB=0.692151;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0350117;OID=.;OPOS=21194843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:61:61:24:24:0.282353:8:16:24:37:8:16:24:37 chr17 21194852 . G A 177.15 PASS AF=0.289157;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.00953253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.359;QD=8.53754;RBI=0.013423;REFB=0.000826959;REVB=-0.00945028;RO=58;SAF=16;SAR=8;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317159;STB=0.692756;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00135259;OID=.;OPOS=21194852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:58:59:24:24:0.289157:8:16:23:35:8:16:23:36 chr17 21194859 . G A 185.98 PASS AF=0.287356;AO=25;DP=87;FAO=25;FDP=87;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0160311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8605;QD=8.55085;RBI=0.0229775;REFB=0.0104024;REVB=-0.0164611;RO=62;SAF=17;SAR=8;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327984;STB=0.694669;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.016471;OID=.;OPOS=21194859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:62:62:25:25:0.287356:8:17:25:37:8:17:25:37 chr17 21199022 . A T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.033106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3697;QD=17.033;RBI=0.0397231;REFB=0.00770849;REVB=0.0219527;RO=22;SAF=6;SAR=12;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442307;STB=0.74975;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00142894;OID=.;OPOS=21199022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:12:6:18:4:12:6:18:4 chr17 21199037 . G A 158.48 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0409199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7562;QD=17.1325;RBI=0.0551955;REFB=-0.0154613;REVB=-0.037042;RO=20;SAF=5;SAR=12;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456411;STB=0.758753;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0115618;OID=.;OPOS=21199037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:12:5:16:4:12:5:16:4 chr17 21199083 . T A 161.49 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.081312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.524;QD=18.9984;RBI=0.0881281;REFB=-0.0270514;REVB=0.033984;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283807;STB=0.673269;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0102374;OID=.;OPOS=21199083;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:17:17:0.5:11:6:11:5:11:6:12:5 chr17 21199390 . C T 468.29 PASS AF=0.42623;AO=53;DP=124;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=-0.0380071;FXX=0.0161277;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9709;QD=15.3537;RBI=0.0393673;REFB=0.0202195;REVB=-0.0102589;RO=71;SAF=35;SAR=18;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608151;STB=0.515856;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.0324244;OID=.;OPOS=21199390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:71:70:53:52:0.42623:18:35:43:28:18:34:44:26 chr17 21199403 . C T 584.84 PASS AF=0.465649;AO=61;DP=131;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.000348466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.349;QD=17.8576;RBI=0.0436062;REFB=-0.0040921;REVB=-0.0436048;RO=70;SAF=39;SAR=22;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692029;STB=0.53849;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00338728;OID=.;OPOS=21199403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:70:70:61:61:0.465649:22:39:40:30:22:39:40:30 chr17 21201719 . T C 504.37 PASS AF=0.495327;AO=52;DP=105;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0684873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7945;QD=18.855;RBI=0.0689254;REFB=-0.00934029;REVB=-0.00775886;RO=53;SAF=29;SAR=23;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771886;STB=0.504131;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0158886;OID=.;OPOS=21201719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:53:54:52:53:0.495327:23:29:30:23:23:30:31:23 chr17 21202191 . C A 317.47 PASS AF=0.377551;AO=36;DP=90;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0135079;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=40.0117;QD=12.9577;RBI=0.0639211;REFB=-0.0461806;REVB=0.0624776;RO=54;SAF=23;SAR=13;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244493;STB=0.620159;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.075977;OID=.;OPOS=21202191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:98:54:61:36:37:0.377551:13:23:22:32:13:24:28:33 chr17 21202237 . G C 382.84 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0111521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1406;QD=17.602;RBI=0.0268011;REFB=-0.00866482;REVB=-0.0243706;RO=46;SAF=26;SAR=14;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306198;STB=0.665447;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0173409;OID=.;OPOS=21202237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:47:40:40:0.45977:14:26:15:31:14:26:16:31 chr17 21203893 . T C 474.0 PASS AF=0.511111;AO=43;DP=87;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0069721;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.989;QD=21.0665;RBI=0.0106228;REFB=-0.0131025;REVB=0.00801465;RO=44;SAF=22;SAR=21;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113941;STB=0.576336;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0144838;OID=.;OPOS=21203893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:44:44:43:46:0.511111:21:22:17:27:21:25:17:27 chr17 21203934 . G A 346.14 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0150168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.279;QD=19.5007;RBI=0.023147;REFB=-0.000151984;REVB=0.0176148;RO=35;SAF=18;SAR=18;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139659;STB=0.577423;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.000400933;OID=.;OPOS=21203934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:18:18:12:23:18:18:12:23 chr17 21203949 . C T 253.02 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.025973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3859;QD=17.4497;RBI=0.0378826;REFB=-0.0357623;REVB=0.0275771;RO=27;SAF=13;SAR=15;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150709;STB=0.568702;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.041241;OID=.;OPOS=21203949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:30:28:28:0.482759:15:13:8:19:15:13:10:20 chr17 21204187 . G T 384.64 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00432528;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.944;QD=17.2874;RBI=0.0140484;REFB=-0.0140574;REVB=0.0133659;RO=49;SAF=25;SAR=15;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960313;STB=0.553908;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0247111;OID=.;OPOS=21204187;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:49:49:40:40:0.449438:15:25:26:23:15:25:26:23 chr17 21204192 . C T 421.76 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00291762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.404;QD=18.1403;RBI=0.00369807;REFB=0.00906899;REVB=-0.00227228;RO=47;SAF=28;SAR=15;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769362;STB=0.563231;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00972099;OID=.;OPOS=21204192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:50:43:43:0.462366:15:28:27:20:15:28:27:23 chr17 21204210 . C T 417.83 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0075691;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1318;QD=15.4752;RBI=0.0146207;REFB=-0.00367471;REVB=0.012509;RO=60;SAF=31;SAR=16;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116648;STB=0.561709;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00518729;OID=.;OPOS=21204210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:60:61:47:47:0.435185:16:31:33:27:16:31:34:27 chr17 21204257 . G A 494.83 PASS AF=0.410448;AO=55;DP=134;FAO=55;FDP=134;FR=.;FRO=79;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.0239706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.436;QD=14.7711;RBI=0.024268;REFB=-0.00800345;REVB=0.00378739;RO=79;SAF=39;SAR=16;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265997;STB=0.650317;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0102541;OID=.;OPOS=21204257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:79:79:55:55:0.410448:16:39:37:42:16:39:37:42 chr17 21204266 . T C 484.85 PASS AF=0.409091;AO=54;DP=130;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.00651247;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.523;QD=14.6924;RBI=0.0298528;REFB=-0.00705943;REVB=-0.0291338;RO=76;SAF=38;SAR=16;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213185;STB=0.629089;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0107275;OID=.;OPOS=21204266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:76:78:54:54:0.409091:16:38:39:37:16:38:39:39 chr17 21204308 . G T 406.56 PASS AF=0.405172;AO=46;DP=116;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.0389405;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.795;QD=14.0193;RBI=0.0415764;REFB=-0.000744012;REVB=0.0145684;RO=69;SAF=33;SAR=13;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283806;STB=0.664508;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00116246;OID=.;OPOS=21204308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:69:69:46:47:0.405172:13:33:32:37:13:34:32:37 chr17 21205460 . C T 353.53 PASS AF=0.62963;AO=32;DP=52;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0280108;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.801;QD=26.187;RBI=0.0490718;REFB=-0.0467842;REVB=0.0402919;RO=20;SAF=19;SAR=13;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116491;STB=0.553161;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0220669;OID=.;OPOS=21205460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:20:20:32:34:0.62963:13:19:15:5:13:21:15:5 chr17 21206556 . C T 357.95 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00906448;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.725;QD=19.3485;RBI=0.0502271;REFB=-0.0223447;REVB=0.0494024;RO=37;SAF=10;SAR=27;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115332;STB=0.564424;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0176621;OID=.;OPOS=21206556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:37:37:37:37:0.5:27:10:14:23:27:10:14:23 chr17 21207813 . T G 116.66 PASS AF=0.144509;AO=25;DP=173;FAO=25;FDP=173;FR=.;FRO=148;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=88;FSRR=60;FWDB=-0.044054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0359;QD=2.69731;RBI=0.045479;REFB=0.000774288;REVB=-0.0112954;RO=146;SAF=6;SAR=19;SRF=87;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438283;STB=0.790045;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0049598;OID=.;OPOS=21207813;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:146:148:25:25:0.144509:19:6:87:59:19:6:88:60 chr17 21207835 . G A 127.34 PASS AF=0.154762;AO=26;DP=168;FAO=26;FDP=168;FR=.;FRO=142;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=76;FSRR=66;FWDB=0.0599827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3697;QD=3.03194;RBI=0.0600029;REFB=0.00402555;REVB=-0.0015562;RO=142;SAF=7;SAR=19;SRF=76;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340732;STB=0.725884;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0158044;OID=.;OPOS=21207835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:142:142:26:26:0.154762:19:7:76:66:19:7:76:66 chr17 21207844 . C T 738.42 PASS AF=0.487342;AO=77;DP=158;FAO=77;FDP=158;FR=.;FRO=81;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.000686556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.489;QD=18.6941;RBI=0.00757237;REFB=-0.023732;REVB=-0.00754118;RO=81;SAF=42;SAR=35;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082354;STB=0.545443;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0201841;OID=.;OPOS=21207844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:81:81:77:77:0.487342:35:42:37:44:35:42:37:44 chr17 21208413 . C T 191.25 PASS AF=0.265306;AO=26;DP=98;FAO=26;FDP=98;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.00124273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.389;QD=7.80595;RBI=0.00832477;REFB=-0.00488227;REVB=-0.00823149;RO=72;SAF=10;SAR=16;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142757;STB=0.58592;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0129858;OID=.;OPOS=21208413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:72:72:26:26:0.265306:16:10:36:36:16:10:36:36 chr17 21208449 . G T 179.82 PASS AF=0.303797;AO=24;DP=79;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0010196;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=235.125;QD=9.10463;RBI=0.0105953;REFB=-0.00415189;REVB=-0.0105461;RO=55;SAF=9;SAR=15;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201122;STB=0.618948;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0104485;OID=.;OPOS=21208449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:55:55:24:24:0.303797:15:9:30:25:15:9:30:25 chr17 21215483 . C T 634.43 PASS AF=0.440252;AO=69;DP=158;FAO=70;FDP=159;FR=.;FRO=89;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.0106098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.165;QD=15.9606;RBI=0.0107296;REFB=-0.00951092;REVB=0.00159864;RO=89;SAF=25;SAR=44;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193137;STB=0.601721;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0151229;OID=.;OPOS=21215483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:89:89:69:70:0.440252:44:25:49:40:44:26:49:40 chr17 21215537 . C A 698.32 PASS AF=0.474074;AO=59;DP=135;FAO=64;FDP=135;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00160248;FXX=0.0073524;HRUN=6;LEN=1;MLLD=253.334;QD=20.6909;RBI=0.0203447;REFB=-0.0173928;REVB=0.0202815;RO=48;SAF=27;SAR=32;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348127;STB=0.537724;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0160213;OID=.;OPOS=21215537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:48:56:59:64:0.474074:32:27:24:24:36:28:29:27 chr17 21215552 . C T 559.63 PASS AF=0.428571;AO=60;DP=140;FAO=60;FDP=140;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.000971795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.245;QD=15.9895;RBI=0.0132299;REFB=-0.000762912;REVB=0.0131942;RO=80;SAF=26;SAR=34;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430027;STB=0.524077;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.000965346;OID=.;OPOS=21215552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:80:80:60:60:0.428571:34:26:38:42:34:26:38:42 chr17 21215557 . G A 591.01 PASS AF=0.446043;AO=61;DP=139;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.0032316;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.632;QD=17.0074;RBI=0.012851;REFB=-0.0050972;REVB=-0.0124381;RO=74;SAF=26;SAR=35;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033234;STB=0.510705;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00758233;OID=.;OPOS=21215557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:74:77:61:62:0.446043:35:26:34:40:35:27:35:42 chr17 21216788 . C T 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00225991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.076;QD=12.8368;RBI=0.00994947;REFB=-0.00293846;REVB=0.00968941;RO=39;SAF=8;SAR=17;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239121;STB=0.637662;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0066668;OID=.;OPOS=21216788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:17:8:21:18:17:8:21:18 chr17 21216846 . G C 107.39 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0765471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3691;QD=7.81024;RBI=0.100265;REFB=-0.0076382;REVB=0.0647574;RO=40;SAF=6;SAR=9;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149486;STB=0.591119;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0277669;OID=.;OPOS=21216846;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:9:6:21:19:9:6:21:19 chr17 21217513 . G A 372.83 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=-0.028442;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4964;QD=14.3398;RBI=0.0292681;REFB=-0.00527388;REVB=-0.00690439;RO=61;SAF=17;SAR=26;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748387;STB=0.542104;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00456747;OID=.;OPOS=21217513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:61:61:43:43:0.413462:26:17:20:41:26:17:20:41 chr17 21217547 . T C 362.91 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=-0.00306229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.114;QD=14.0938;RBI=0.00331273;REFB=-0.00306842;REVB=0.00126356;RO=61;SAF=20;SAR=22;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157753;STB=0.588744;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00965194;OID=.;OPOS=21217547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:61:42:42:0.407767:22:20:20:41:22:20:20:41 chr17 21217586 . G T 337.02 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-7.52142e-05;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.327;QD=13.088;RBI=0.000307684;REFB=-0.00581016;REVB=-0.000298349;RO=60;SAF=20;SAR=20;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14153;STB=0.582484;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00747423;OID=.;OPOS=21217586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:60:63:40:40:0.38835:20:20:22:38:20:20:23:40 chr17 21217596 . C G 290.31 PASS AF=0.28;AO=24;DP=102;FAO=28;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0165027;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.016;QD=11.6125;RBI=0.0285189;REFB=-0.022779;REVB=-0.0232592;RO=56;SAF=9;SAR=15;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874493;STB=0.540788;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.060408;OID=.;OPOS=21217596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:56:64:24:28:0.28:15:9:25:31:15:13:26:38 chr17 21217660 . C T 250.81 PASS AF=0.313131;AO=31;DP=99;FAO=31;FDP=99;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.00322302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.821;QD=10.1338;RBI=0.0204459;REFB=-0.00846722;REVB=0.0201903;RO=67;SAF=18;SAR=13;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154889;STB=0.59527;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0182141;OID=.;OPOS=21217660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:67:68:31:31:0.313131:13:18:30:37:13:18:30:38 chr17 21217690 . C T 239.08 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0474291;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3633;QD=11.251;RBI=0.0493827;REFB=-0.0111758;REVB=0.0137524;RO=56;SAF=16;SAR=13;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790449;STB=0.545866;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0243324;OID=.;OPOS=21217690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:56:29:29:0.341176:13:16:27:29:13:16:27:29 chr17 21217727 . T C 101.3 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0596343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.638;QD=5.78833;RBI=0.0598296;REFB=-0.00894954;REVB=-0.00483059;RO=50;SAF=7;SAR=9;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17312;STB=0.631421;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0227383;OID=.;OPOS=21217727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:50:54:16:16:0.228571:9:7:29:21:9:7:33:21 chr17 21217749 . G C 60.81 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0150292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9502;QD=4.96434;RBI=0.0158035;REFB=-0.0314164;REVB=0.00488605;RO=39;SAF=4;SAR=6;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138338;STB=0.589983;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0669601;OID=.;OPOS=21217749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:49:49:39:39:10:10:0.204082:6:4:20:19:6:4:20:19 chr17 21318663 . G A 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.000874185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.45;QD=9.82138;RBI=0.0205984;REFB=-0.0232467;REVB=-0.0205799;RO=23;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122495;STB=0.573641;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0454285;OID=.;OPOS=21318663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:6:5:8:15:6:5:8:15 chr17 21318671 . G A 42.02 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0354825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.3904;QD=4.54281;RBI=0.044627;REFB=-0.00420976;REVB=0.0270658;RO=30;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00581892;STB=0.503926;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0392443;OID=.;OPOS=21318671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:4:3:13:17:4:3:13:17 chr17 21318698 . C T 102.37 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0536168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7321;QD=7.72635;RBI=0.0828608;REFB=-0.00326629;REVB=0.0631756;RO=38;SAF=5;SAR=9;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23307;STB=0.633954;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0143559;OID=.;OPOS=21318698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:39:14:14:0.264151:9:5:21:17:9:5:21:18 chr17 21318770 . G A 161.36 PASS AF=0.252747;AO=23;DP=91;FAO=23;FDP=91;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0177579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.292;QD=7.09269;RBI=0.0188483;REFB=-0.0101898;REVB=0.00631806;RO=68;SAF=8;SAR=15;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208235;STB=0.62671;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0298722;OID=.;OPOS=21318770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:68:68:23:23:0.252747:15:8:35:33:15:8:35:33 chr17 21318773 . G A 161.27 PASS AF=0.252747;AO=23;DP=91;FAO=23;FDP=91;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.011893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145;QD=7.0886;RBI=0.0158951;REFB=-0.0130814;REVB=-0.0105457;RO=67;SAF=8;SAR=15;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199422;STB=0.62671;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0375087;OID=.;OPOS=21318773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:67:68:23:23:0.252747:15:8:34:33:15:8:35:33 chr17 21318782 . G A 240.98 PASS AF=0.315789;AO=30;DP=95;FAO=30;FDP=95;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0126209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.475;QD=10.1463;RBI=0.0134621;REFB=-0.023529;REVB=-0.0046839;RO=65;SAF=19;SAR=11;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252917;STB=0.64778;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0337548;OID=.;OPOS=21318782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:65:65:30:30:0.315789:11:19:27:38:11:19:27:38 chr17 21318867 . G A 259.41 PASS AF=0.255172;AO=37;DP=145;FAO=37;FDP=145;FR=.;FRO=108;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=0.0481545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4882;QD=7.15621;RBI=0.0502317;REFB=0.00738453;REVB=-0.0142957;RO=107;SAF=22;SAR=15;SRF=52;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135236;STB=0.584535;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.0204943;OID=.;OPOS=21318867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:107:108:37:37:0.255172:15:22:52:55:15:22:52:56 chr17 21318897 . G C 239.9 PASS AF=0.25;AO=35;DP=140;FAO=35;FDP=140;FR=.;FRO=105;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=53;FSRR=52;FWDB=-0.0227135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.366;QD=6.85431;RBI=0.0363534;REFB=-0.0151413;REVB=-0.0283842;RO=105;SAF=18;SAR=17;SRF=53;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118585;STB=0.507142;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0342117;OID=.;OPOS=21318897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:105:105:35:35:0.25:17:18:53:52:17:18:53:52 chr17 21318912 . C A 187.1 PASS AF=0.211268;AO=30;DP=142;FAO=30;FDP=142;FR=.;FRO=112;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=57;FWDB=0.0281812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.904;QD=5.27037;RBI=0.0438867;REFB=-0.00643603;REVB=0.0336432;RO=111;SAF=18;SAR=12;SRF=54;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144543;STB=0.586344;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0281422;OID=.;OPOS=21318912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:111:112:30:30:0.211268:12:18:54:57:12:18:55:57 chr17 21318918 . G A 187.84 PASS AF=0.217391;AO=30;DP=138;FAO=30;FDP=138;FR=.;FRO=108;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=53;FSRR=55;FWDB=0.0303535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1377;QD=5.44454;RBI=0.0479526;REFB=-0.0088503;REVB=0.037123;RO=108;SAF=19;SAR=11;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182308;STB=0.612827;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0337084;OID=.;OPOS=21318918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:108:108:30:30:0.217391:11:19:53:55:11:19:53:55 chr17 21318948 . C T 131.03 PASS AF=0.193277;AO=23;DP=119;FAO=23;FDP=119;FR=.;FRO=96;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=0.0288667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5789;QD=4.40431;RBI=0.0295242;REFB=-0.00357159;REVB=-0.0061963;RO=95;SAF=12;SAR=11;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476088;STB=0.534277;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0180077;OID=.;OPOS=21318948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:95:96:23:23:0.193277:11:12:46:49:11:12:46:50 chr17 21318951 . CA CG,TG 378.44 PASS AF=0.217391,0.191304;AO=25,22;DP=115;FAO=25,22;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=12,12;FSAR=13,10;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0538359,-0.0364869;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=96.4823,194.787;QD=13.1633;RBI=0.0561082,0.0412354;REFB=-0.00169792,-0.00108784;REVB=-0.0158058,-0.0192111;RO=68;SAF=12,12;SAR=13,10;SRF=31;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0294555,0.110369;STB=0.517674,0.567344;STBP=0.856,0.487;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00874328,0.013668;OID=.,.;OPOS=21318952,21318951;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:68:68:25,22:25,22:0.217391,0.191304:13,10:12,12:31:37:13,10:12,12:31:37 chr17 21318969 . C T 186.17 PASS AF=0.259615;AO=27;DP=104;FAO=27;FDP=104;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.0287408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8853;QD=7.16041;RBI=0.0380705;REFB=-0.00870059;REVB=-0.0249666;RO=77;SAF=19;SAR=8;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267378;STB=0.661848;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0299819;OID=.;OPOS=21318969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:77:77:27:27:0.259615:8:19:38:39:8:19:38:39 chr17 21318981 . C T 186.77 PASS AF=0.254545;AO=28;DP=110;FAO=28;FDP=110;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.0147212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7783;QD=6.79173;RBI=0.0434001;REFB=-0.00866634;REVB=-0.0408272;RO=82;SAF=21;SAR=7;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365145;STB=0.721535;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.019282;OID=.;OPOS=21318981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:82:82:28:28:0.254545:7:21:38:44:7:21:38:44 chr17 21319007 . GG AC,GC 520.76 PASS AF=0.252747,0.307692;AO=23,28;DP=93;FAO=23,28;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=6,20;FSAR=17,8;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0206984,-0.0279501;FXX=0.0215031;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=209.836,205.779;QD=22.8906;RBI=0.030052,0.0328754;REFB=-0.0118799,-0.0173766;REVB=0.0217875,0.0173085;RO=40;SAF=6,20;SAR=17,8;SRF=19;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.257992,0.262335;STB=0.650703,0.650112;STBP=0.095,0.059;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0261018,-0.00316523;OID=.,.;OPOS=21319007,21319008;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:93:91:40:40:23,28:23,28:0.252747,0.307692:17,8:6,20:19:21:17,8:6,20:19:21 chr17 21319069 . G A 257.51 PASS AF=0.27907;AO=36;DP=129;FAO=36;FDP=129;FR=.;FRO=93;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=0.0262139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8717;QD=7.9849;RBI=0.0270683;REFB=-0.0103541;REVB=0.00674715;RO=93;SAF=23;SAR=13;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252571;STB=0.649468;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0366108;OID=.;OPOS=21319069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:93:93:36:36:0.27907:13:23:40:53:13:23:40:53 chr17 21319079 . C A 301.31 PASS AF=0.300752;AO=40;DP=133;FAO=40;FDP=133;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=-0.0113147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0773;QD=9.06203;RBI=0.0374538;REFB=0.00387054;REVB=0.0357038;RO=93;SAF=27;SAR=13;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269753;STB=0.658206;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00813273;OID=.;OPOS=21319079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:93:93:40:40:0.300752:13:27:42:51:13:27:42:51 chr17 21319087 . G A 311.89 PASS AF=0.303704;AO=41;DP=135;FAO=41;FDP=135;FR=.;FRO=94;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=0.0087507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.173;QD=9.24125;RBI=0.0136389;REFB=-0.00310435;REVB=0.0104617;RO=94;SAF=28;SAR=13;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295891;STB=0.673139;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00730761;OID=.;OPOS=21319087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:94:94:41:41:0.303704:13:28:41:53:13:28:41:53 chr17 21319110 . G A 323.13 PASS AF=0.308824;AO=42;DP=136;FAO=42;FDP=136;FR=.;FRO=94;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=0.0289083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9601;QD=9.5038;RBI=0.034602;REFB=-0.00629023;REVB=0.0190159;RO=94;SAF=28;SAR=14;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23945;STB=0.639932;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00656484;OID=.;OPOS=21319110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:94:94:42:42:0.308824:14:28:44:50:14:28:44:50 chr17 21319121 . C T 340.3 PASS AF=0.330769;AO=43;DP=131;FAO=43;FDP=130;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=-0.023589;FXX=0.00763301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.5328;QD=10.4707;RBI=0.0370029;REFB=-0.00350679;REVB=-0.0285092;RO=85;SAF=21;SAR=22;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101297;STB=0.565281;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0144947;OID=.;OPOS=21319121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:85:87:43:43:0.330769:22:21:49:36:22:21:51:36 chr17 21319171 . G A 314.28 PASS AF=0.308824;AO=41;DP=136;FAO=42;FDP=136;FR=.;FRO=94;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=-0.00218714;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9321;QD=9.24347;RBI=0.00307238;REFB=-0.0182309;REVB=-0.00215776;RO=95;SAF=30;SAR=11;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253048;STB=0.629226;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.03879;OID=.;OPOS=21319171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:95:94:41:42:0.308824:11:30:51:44:12:30:51:43 chr17 21319208 . C T 251.36 PASS AF=0.309091;AO=34;DP=110;FAO=34;FDP=110;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.0196445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.452;QD=9.14031;RBI=0.0199329;REFB=-0.0163035;REVB=-0.00337808;RO=76;SAF=23;SAR=11;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230363;STB=0.635278;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0259085;OID=.;OPOS=21319208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:76:76:34:34:0.309091:11:23:37:39:11:23:37:39 chr17 21319230 . G C 240.9 PASS AF=0.319149;AO=30;DP=94;FAO=30;FDP=94;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0618572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.115;QD=10.251;RBI=0.0641104;REFB=-0.022694;REVB=-0.0168474;RO=64;SAF=15;SAR=15;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363969;STB=0.521262;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0577155;OID=.;OPOS=21319230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:64:64:30:30:0.319149:15:15:34:30:15:15:34:30 chr17 21319251 . C T 119.9 PASS AF=0.211111;AO=19;DP=90;FAO=19;FDP=90;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.00962028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.611;QD=5.32884;RBI=0.0100727;REFB=0.00092125;REVB=-0.00298504;RO=66;SAF=13;SAR=6;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320757;STB=0.72118;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00173472;OID=.;OPOS=21319251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:66:71:19:19:0.211111:6:13:28:38:6:13:28:43 chr17 21319272 . C T 154.22 PASS AF=0.228571;AO=24;DP=105;FAO=24;FDP=105;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.0296053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.705;QD=5.87486;RBI=0.0389885;REFB=-0.00903799;REVB=-0.0253698;RO=80;SAF=13;SAR=11;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677059;STB=0.536903;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.064774;OID=.;OPOS=21319272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:80:81:24:24:0.228571:11:13:39:41:11:13:40:41 chr17 21319285 . C T 143.21 PASS AF=0.210526;AO=24;DP=114;FAO=24;FDP=114;FR=.;FRO=90;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=0.0284324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9411;QD=5.02488;RBI=0.0378643;REFB=-0.0158808;REVB=0.0250061;RO=90;SAF=12;SAR=12;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421352;STB=0.526294;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0735369;OID=.;OPOS=21319285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:90:90:24:24:0.210526:12:12:48:42:12:12:48:42 chr17 21319302 . T C 776.3 PASS AF=0.628319;AO=56;DP=113;FAO=71;FDP=113;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00251629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4766;QD=27.4795;RBI=0.00313075;REFB=-0.0302157;REVB=-0.00186276;RO=38;SAF=33;SAR=23;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122648;STB=0.534353;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0199037;OID=.;OPOS=21319302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:38:42:56:71:0.628319:23:33:23:15:37:34:24:18 chr17 21319311 . C T 205.59 PASS AF=0.248;AO=31;DP=125;FAO=31;FDP=125;FR=.;FRO=94;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=0.0101951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.867;QD=6.57894;RBI=0.0102512;REFB=-0.00576094;REVB=0.0010709;RO=94;SAF=17;SAR=14;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338801;STB=0.520485;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0277475;OID=.;OPOS=21319311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:94:94:31:31:0.248:14:17:49:45:14:17:49:45 chr17 21319369 . G A 247.3 PASS AF=0.244898;AO=36;DP=147;FAO=36;FDP=147;FR=.;FRO=111;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=62;FSRR=49;FWDB=-0.00389183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.5;QD=6.72923;RBI=0.00515782;REFB=-0.00945218;REVB=-0.00338478;RO=110;SAF=18;SAR=18;SRF=61;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681739;STB=0.544193;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.027633;OID=.;OPOS=21319369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:110:111:36:36:0.244898:18:18:61:49:18:18:62:49 chr17 21319392 . G A 215.37 PASS AF=0.226027;AO=33;DP=144;FAO=33;FDP=146;FR=.;FRO=113;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=-0.0225539;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.635;QD=5.90054;RBI=0.022968;REFB=-0.00977812;REVB=0.00434177;RO=111;SAF=17;SAR=16;SRF=58;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00930357;STB=0.5054;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.034784;OID=.;OPOS=21319392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:111:113:33:33:0.226027:16:17:58:53:16:17:59:54 chr17 21319399 . A G 568.98 PASS AF=0.42069;AO=61;DP=145;FAO=61;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.00414286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.043;QD=15.6959;RBI=0.0144771;REFB=-0.00400764;REVB=-0.0138717;RO=83;SAF=32;SAR=29;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570454;STB=0.506462;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00417035;OID=.;OPOS=21319399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:83:84:61:61:0.42069:29:32:44:39:29:32:45:39 chr17 21319407 . C T 207.79 PASS AF=0.22695;AO=32;DP=142;FAO=32;FDP=141;FR=.;FRO=109;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=57;FSRR=52;FWDB=0.0422103;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8395;QD=5.89474;RBI=0.0531778;REFB=0.00813221;REVB=-0.0323445;RO=109;SAF=17;SAR=15;SRF=57;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105183;STB=0.506443;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.00950995;OID=.;OPOS=21319407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:109:109:32:32:0.22695:15:17:57:52:15:17:57:52 chr17 21319436 . G A 166.04 PASS AF=0.234234;AO=26;DP=111;FAO=26;FDP=111;FR=.;FRO=85;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=-0.0115227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.826;QD=5.98342;RBI=0.01935;REFB=-0.00137145;REVB=-0.0155452;RO=83;SAF=16;SAR=10;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13809;STB=0.576212;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00241127;OID=.;OPOS=21319436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:83:85:26:26:0.234234:10:16:42:41:10:16:44:41 chr17 21319439 . T G 154.46 PASS AF=0.228571;AO=24;DP=106;FAO=24;FDP=105;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0148728;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.086;QD=5.88423;RBI=0.0148728;REFB=-0.00789313;REVB=-6.45379e-06;RO=81;SAF=15;SAR=9;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135821;STB=0.583871;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0133615;OID=.;OPOS=21319439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:81:81:24:24:0.228571:9:15:42:39:9:15:42:39 chr17 21319452 . G A 160.17 PASS AF=0.247312;AO=23;DP=93;FAO=23;FDP=93;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.00176859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.377;QD=6.88909;RBI=0.0127283;REFB=-0.0174005;REVB=-0.0126048;RO=68;SAF=15;SAR=8;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173685;STB=0.606842;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0518;OID=.;OPOS=21319452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:68:70:23:23:0.247312:8:15:35:33:8:15:36:34 chr17 21319465 . T C 144.02 PASS AF=0.25;AO=21;DP=85;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0450946;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0187;QD=6.85814;RBI=0.0494083;REFB=-0.00194699;REVB=-0.0201907;RO=64;SAF=14;SAR=7;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246217;STB=0.65585;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00447421;OID=.;OPOS=21319465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:64:63:21:21:0.25:7:14:30:34:7:14:29:34 chr17 21319470 . T C 143.29 PASS AF=0.247059;AO=20;DP=84;FAO=21;FDP=85;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.00702516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1306;QD=6.74302;RBI=0.00778481;REFB=-0.0086829;REVB=-0.00335416;RO=64;SAF=14;SAR=6;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307923;STB=0.661263;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0168043;OID=.;OPOS=21319470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:64:64:20:21:0.247059:6:14:29:35:7:14:29:35 chr17 21319473 . G A 329.86 PASS AF=0.433735;AO=35;DP=82;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00798841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.038;QD=15.8969;RBI=0.00862745;REFB=-0.0125505;REVB=0.00325855;RO=47;SAF=17;SAR=18;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00370402;STB=0.506021;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0126083;OID=.;OPOS=21319473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:47:47:35:36:0.433735:18:17:23:24:18:18:23:24 chr17 21319488 . C T 194.05 PASS AF=0.27957;AO=26;DP=93;FAO=26;FDP=93;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.0119095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.452;QD=8.34604;RBI=0.0128619;REFB=-0.00377416;REVB=0.00485703;RO=67;SAF=16;SAR=10;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201904;STB=0.62037;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0130315;OID=.;OPOS=21319488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:67:67:26:26:0.27957:10:16:30:37:10:16:30:37 chr17 21319519 . G C 156.8 PASS AF=0.23;AO=22;DP=100;FAO=23;FDP=100;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.00723251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.062;QD=6.27204;RBI=0.00726239;REFB=-0.0132036;REVB=0.000658115;RO=77;SAF=13;SAR=9;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217145;STB=0.613637;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0439585;OID=.;OPOS=21319519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:77:77:22:23:0.23:9:13:32:45:10:13:32:45 chr17 21319523 . C T 178.6 PASS AF=0.252427;AO=26;DP=103;FAO=26;FDP=103;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=0.00291771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.762;QD=6.93574;RBI=0.0142394;REFB=0.000563213;REVB=-0.0139373;RO=77;SAF=16;SAR=10;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24366;STB=0.646948;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00217799;OID=.;OPOS=21319523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:77:77:26:26:0.252427:10:16:32:45:10:16:32:45 chr17 21319527 . C T 192.34 PASS AF=0.264151;AO=28;DP=106;FAO=28;FDP=106;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.000264221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.375;QD=7.25827;RBI=0.0226126;REFB=-0.00271383;REVB=-0.0226111;RO=78;SAF=18;SAR=10;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281367;STB=0.668317;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00707226;OID=.;OPOS=21319527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:78:78:28:28:0.264151:10:18:32:46:10:18:32:46 chr17 21319543 . G A 265.77 PASS AF=0.324074;AO=35;DP=108;FAO=35;FDP=108;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=-0.00371901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.504;QD=9.84318;RBI=0.0178719;REFB=-0.0159299;REVB=-0.0174807;RO=73;SAF=21;SAR=14;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247834;STB=0.643556;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0394525;OID=.;OPOS=21319543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:73:73:35:35:0.324074:14:21:28:45:14:21:28:45 chr17 21319560 . G T 291.04 PASS AF=0.324786;AO=38;DP=118;FAO=38;FDP=117;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=50;FWDB=-0.0209684;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8575;QD=9.95007;RBI=0.0752608;REFB=0.0234273;REVB=0.0722808;RO=80;SAF=22;SAR=16;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234551;STB=0.64014;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0479023;OID=.;OPOS=21319560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:80:79:38:38:0.324786:16:22:30:50:16:22:29:50 chr17 21319650 . CGAG C 441.18 PASS AF=0.308511;AO=55;DP=184;FAO=58;FDP=188;FR=.;FRO=130;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=49;FSRR=81;FWDB=0.00803133;FXX=0.015706;HRUN=1;LEN=3;MLLD=215.863;QD=9.38684;RBI=0.0101322;REFB=-0.00966035;REVB=0.00617735;RO=122;SAF=31;SAR=24;SRF=49;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190562;STB=0.641808;STBP=0.016;TYPE=del;VARB=0.0218675;OID=.;OPOS=21319651;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.308511:55:184:58:188:130:34:24:49:81:99:122:31:24:49:73 chr17 21319682 . C T 371.83 PASS AF=0.266667;AO=52;DP=196;FAO=52;FDP=195;FR=.;FRO=143;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=63;FSRR=80;FWDB=-0.00524021;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.613;QD=7.62737;RBI=0.00584594;REFB=-0.0170285;REVB=-0.00259137;RO=144;SAF=26;SAR=26;SRF=64;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688401;STB=0.543573;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0288728;OID=.;OPOS=21319682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:144:143:52:52:0.266667:26:26:64:80:26:26:63:80 chr17 21319716 . G A 295.06 PASS AF=0.248588;AO=44;DP=179;FAO=44;FDP=177;FR=.;FRO=133;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=77;FWDB=-0.000572565;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.999;QD=6.66808;RBI=0.00978911;REFB=0.00391148;REVB=0.00977235;RO=127;SAF=26;SAR=18;SRF=52;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222816;STB=0.625894;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00532296;OID=.;OPOS=21319716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:177:127:133:44:44:0.248588:18:26:52:75:18:26:56:77 chr17 21319728 . T C 243.98 PASS AF=0.226744;AO=39;DP=173;FAO=39;FDP=172;FR=.;FRO=133;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=57;FSRR=76;FWDB=-0.025741;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.149;QD=5.67392;RBI=0.0258619;REFB=-0.0166208;REVB=-0.00249857;RO=131;SAF=22;SAR=17;SRF=55;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180864;STB=0.603666;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0704026;OID=.;OPOS=21319728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:131:133:39:39:0.226744:17:22:55:76:17:22:57:76 chr17 21319743 . A G 239.64 PASS AF=0.231707;AO=38;DP=164;FAO=38;FDP=164;FR=.;FRO=126;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=56;FSRR=70;FWDB=-0.0159651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.139;QD=5.84499;RBI=0.0270475;REFB=-0.00455524;REVB=-0.0218331;RO=126;SAF=24;SAR=14;SRF=56;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23493;STB=0.642783;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00991871;OID=.;OPOS=21319743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:126:126:38:38:0.231707:14:24:56:70:14:24:56:70 chr17 21319767 . C T 617.83 PASS AF=0.521368;AO=61;DP=161;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0108624;FXX=0.277761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.475;QD=21.1224;RBI=0.0129317;REFB=-0.0125335;REVB=0.00701677;RO=56;SAF=24;SAR=37;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125692;STB=0.569208;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0048713;OID=.;OPOS=21319767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:117:56:56:61:61:0.521368:37:24:30:26:37:24:30:26 chr17 21319785 . C T 468.02 PASS AF=0.362416;AO=53;DP=148;FAO=54;FDP=149;FR=.;FRO=95;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=0.00780292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.02;QD=12.5642;RBI=0.00958775;REFB=-0.0112102;REVB=0.0055713;RO=94;SAF=21;SAR=32;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152994;STB=0.57626;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0181116;OID=.;OPOS=21319785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:94:95:53:54:0.362416:32:21:50:44:32:22:50:45 chr17 21319786 . G A 258.37 PASS AF=0.251701;AO=37;DP=147;FAO=37;FDP=147;FR=.;FRO=110;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=60;FWDB=0.0277229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.333;QD=7.03035;RBI=0.0281348;REFB=-0.00333069;REVB=-0.00479627;RO=109;SAF=20;SAR=17;SRF=49;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112735;STB=0.564068;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0123555;OID=.;OPOS=21319786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:109:110:37:37:0.251701:17:20:49:60:17:20:50:60 chr17 21319845 . C T 308.32 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0156487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.681;QD=13.4053;RBI=0.0236613;REFB=-0.0351799;REVB=0.0177476;RO=56;SAF=22;SAR=13;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141982;STB=0.586989;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0305627;OID=.;OPOS=21319845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:56:57:35:35:0.380435:13:22:28:28:13:22:28:29 chr17 21319860 . C A 340.31 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00931269;FXX=0.246542;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.495;QD=24.7501;RBI=0.0149616;REFB=-0.0310787;REVB=-0.0117099;RO=21;SAF=21;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101789;STB=0.559962;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0243783;OID=.;OPOS=21319860;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:55:21:23:32:32:0.581818:11:21:11:10:11:21:12:11 chr17 21319868 . G T 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00275014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.158;QD=15.0177;RBI=0.00279756;REFB=-0.00760577;REVB=-0.000512906;RO=38;SAF=20;SAR=10;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938856;STB=0.556662;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0104967;OID=.;OPOS=21319868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:40:30:30:0.428571:10:20:22:16:10:20:23:17 chr17 21319908 . C T 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.01046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7615;QD=17.9526;RBI=0.011751;REFB=0.022142;REVB=-0.00535482;RO=26;SAF=18;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120425;STB=0.571374;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.0259091;OID=.;OPOS=21319908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:28:27:27:0.490909:9:18:14:12:9:18:15:13 chr17 21319955 . G A 229.52 PASS AF=0.52381;AO=20;DP=40;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.141043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.175;QD=21.8589;RBI=0.141088;REFB=-0.0280235;REVB=-0.00354737;RO=20;SAF=13;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305647;STB=0.657978;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0344504;OID=.;OPOS=21319955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:20:20:20:22:0.52381:7:13:6:14:8:14:6:14 chr17 21319977 . A G 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0175924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.105;QD=7.79847;RBI=0.0272781;REFB=-0.00576077;REVB=-0.0208471;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22078;STB=0.637985;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0157664;OID=.;OPOS=21319977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:3:6:11:12:3:6:11:12 chr17 21319989 . C A 167.56 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0134397;FXX=0.161238;HRUN=5;LEN=1;MLLD=151.16;QD=25.7783;RBI=0.0197132;REFB=-0.0260603;REVB=0.0144217;RO=9;SAF=10;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189362;STB=0.624844;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.012307;OID=.;OPOS=21319989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:31:26:9:10:16:16:0.615385:6:10:3:6:6:10:3:7 chr17 21319993 . T C 191.23 PASS AF=0.612903;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0140667;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.215;QD=24.6752;RBI=0.0201072;REFB=-0.000231804;REVB=0.0143676;RO=9;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669182;STB=0.531002;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.000333846;OID=.;OPOS=21319993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:32:31:9:12:18:19:0.612903:8:10:4:5:8:11:6:6 chr17 21320008 . C T 126.16 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.011415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.688;QD=10.9708;RBI=0.0154622;REFB=-0.00695378;REVB=-0.0104297;RO=31;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598134;STB=0.535666;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0377463;OID=.;OPOS=21320008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:6:9:17:14:6:9:17:14 chr17 21320012 . C T 126.04 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0169726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.057;QD=10.9599;RBI=0.0169747;REFB=-0.0223941;REVB=-0.000271096;RO=31;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598134;STB=0.535666;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.020066;OID=.;OPOS=21320012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:6:9:17:14:6:9:17:14 chr17 21320025 . C T 79.2 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0123356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.6667;QD=6.74071;RBI=0.013307;REFB=-0.0147746;REVB=-0.00499096;RO=34;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131966;STB=0.606103;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0490376;OID=.;OPOS=21320025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:34:36:11:11:0.234043:7:4:16:18:7:4:18:18 chr17 21320041 . G A 122.14 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0192241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.968;QD=9.21834;RBI=0.026351;REFB=-0.00555121;REVB=-0.0180225;RO=37;SAF=7;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119611;STB=0.571675;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0164929;OID=.;OPOS=21320041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:9:7:20:17:9:7:20:17 chr17 21320102 . C A 132.0 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00548435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.154;QD=7.65222;RBI=0.0139673;REFB=-0.00767547;REVB=-0.0128455;RO=47;SAF=12;SAR=7;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17114;STB=0.597097;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0216349;OID=.;OPOS=21320102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:50:19:19:0.275362:7:12:23:24:7:12:25:25 chr17 21320114 . T G 108.08 PASS AF=0.253968;AO=16;DP=63;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0360364;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4511;QD=6.86192;RBI=0.0478165;REFB=0.0014375;REVB=-0.0314292;RO=47;SAF=12;SAR=4;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332157;STB=0.705613;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00434694;OID=.;OPOS=21320114;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:47:47:16:16:0.253968:4:12:23:24:4:12:23:24 chr17 21320197 . G C 106.0 PASS AF=0.25;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00294296;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=214.077;QD=6.62526;RBI=0.0121819;REFB=-0.00715975;REVB=-0.011821;RO=48;SAF=6;SAR=10;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531005;STB=0.532745;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0223845;OID=.;OPOS=21320197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:48:48:16:16:0.25:10:6:20:28:10:6:20:28 chr17 21320210 . C T 110.82 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=72;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00108621;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.113;QD=6.24323;RBI=0.0117688;REFB=-0.00491554;REVB=-0.0117186;RO=52;SAF=6;SAR=11;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160606;STB=0.586815;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0153282;OID=.;OPOS=21320210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:52:54:17:17:0.239437:11:6:25:27:11:6:25:29 chr17 21320212 . A G 574.52 PASS AF=0.694444;AO=48;DP=70;FAO=50;FDP=72;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0120569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.104;QD=31.9178;RBI=0.019543;REFB=-0.00567071;REVB=0.0153805;RO=22;SAF=21;SAR=27;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100349;STB=0.504503;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00314501;OID=.;OPOS=21320212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:22:22:48:50:0.694444:27:21:10:12:28:22:10:12 chr17 21320252 . G T 310.71 PASS AF=0.327869;AO=40;DP=123;FAO=40;FDP=122;FR=.;FRO=82;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=-0.000207709;FXX=0.00812942;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.116;QD=10.1872;RBI=0.00271822;REFB=-0.0063514;REVB=-0.00271027;RO=82;SAF=20;SAR=20;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070788;STB=0.540963;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0167761;OID=.;OPOS=21320252;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:82:82:40:40:0.327869:20:20:46:36:20:20:46:36 chr17 21320263 . T C 380.58 PASS AF=0.356589;AO=46;DP=131;FAO=46;FDP=129;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.0050705;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.845;QD=11.8009;RBI=0.0321993;REFB=-0.0171563;REVB=-0.0317975;RO=85;SAF=26;SAR=20;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542698;STB=0.522826;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0262839;OID=.;OPOS=21320263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:85:83:46:46:0.356589:20:26:44:41:20:26:44:39 chr17 21320279 . C T 336.5 PASS AF=0.318519;AO=43;DP=136;FAO=43;FDP=135;FR=.;FRO=92;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=0.00667447;FXX=0.0073524;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5047;QD=9.97032;RBI=0.0312887;REFB=0.002086;REVB=-0.0305686;RO=91;SAF=23;SAR=20;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171582;STB=0.513348;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.00677915;OID=.;OPOS=21320279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:91:92:43:43:0.318519:20:23:50:41:20:23:51:41 chr17 21320350 . G A 304.95 PASS AF=0.3125;AO=40;DP=128;FAO=40;FDP=128;FR=.;FRO=88;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=-0.00391392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.784;QD=9.52954;RBI=0.0105779;REFB=0.000781456;REVB=-0.00982717;RO=88;SAF=23;SAR=17;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757049;STB=0.544142;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00148353;OID=.;OPOS=21320350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:88:88:40:40:0.3125:17:23:45:43:17:23:45:43 chr17 21320365 . T C 326.31 PASS AF=0.350427;AO=41;DP=118;FAO=41;FDP=117;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.012061;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0061;QD=11.156;RBI=0.0343711;REFB=-0.00131083;REVB=-0.0321855;RO=76;SAF=25;SAR=16;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111294;STB=0.564038;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00238714;OID=.;OPOS=21320365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:76:76:41:41:0.350427:16:25:39:37:16:25:39:37 chr17 21320787 . G A 348.86 PASS AF=0.248826;AO=53;DP=213;FAO=53;FDP=213;FR=.;FRO=160;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=118;FWDB=-0.017104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.543;QD=6.55127;RBI=0.0268798;REFB=-0.00772401;REVB=-0.0207359;RO=160;SAF=20;SAR=33;SRF=42;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162628;STB=0.596098;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0241946;OID=.;OPOS=21320787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:160:160:53:53:0.248826:33:20:42:118:33:20:42:118 chr17 21320796 . C T 969.14 PASS AF=0.484848;AO=96;DP=198;FAO=96;FDP=198;FR=.;FRO=102;FSAF=22;FSAR=74;FSRF=29;FSRR=73;FWDB=-0.0120125;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.77;QD=19.5785;RBI=0.0147153;REFB=-0.0105363;REVB=-0.00849928;RO=100;SAF=22;SAR=74;SRF=28;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639025;STB=0.538519;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0100152;OID=.;OPOS=21320796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:100:102:96:96:0.484848:74:22:28:72:74:22:29:73 chr17 21320798 . G C 704.53 PASS AF=0.507772;AO=96;DP=194;FAO=98;FDP=193;FR=.;FRO=95;FSAF=22;FSAR=76;FSRF=29;FSRR=66;FWDB=0.014132;FXX=0.0153053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.603;QD=14.6017;RBI=0.0300443;REFB=-0.0369721;REVB=0.0265132;RO=96;SAF=22;SAR=74;SRF=29;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885253;STB=0.553703;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.106941;OID=.;OPOS=21320798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:96:95:96:98:0.507772:74:22:29:67:76:22:29:66 chr17 21320980 . C G 640.45 PASS AF=0.44898;AO=66;DP=147;FAO=66;FDP=147;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=58;FWDB=-0.0105268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.145;QD=17.4271;RBI=0.0178277;REFB=-0.0218174;REVB=-0.0143879;RO=81;SAF=35;SAR=31;SRF=23;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242113;STB=0.633994;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0199141;OID=.;OPOS=21320980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:81:81:66:66:0.44898:31:35:23:58:31:35:23:58 chr17 21320991 . C T 223.81 PASS AF=0.253846;AO=33;DP=130;FAO=33;FDP=130;FR=.;FRO=97;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=62;FWDB=-0.0105268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.402;QD=6.8863;RBI=0.0126335;REFB=-0.0110277;REVB=-0.00698514;RO=95;SAF=15;SAR=18;SRF=34;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122762;STB=0.571387;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0407148;OID=.;OPOS=21320991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:95:97:33:33:0.253846:18:15:34:61:18:15:35:62 chr17 21320993 . G T 460.54 PASS AF=0.409449;AO=52;DP=127;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=53;FWDB=0.015523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.722;QD=14.5053;RBI=0.0182865;REFB=-0.0211008;REVB=-0.00966602;RO=75;SAF=27;SAR=25;SRF=22;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236352;STB=0.632195;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0344816;OID=.;OPOS=21320993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:75:75:52:52:0.409449:25:27:22:53:25:27:22:53 chr17 21321005 . C A 220.83 PASS AF=0.287037;AO=31;DP=109;FAO=31;FDP=108;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=0.0424242;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0795;QD=8.17897;RBI=0.0572516;REFB=-0.0184287;REVB=0.0384439;RO=75;SAF=13;SAR=18;SRF=27;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742545;STB=0.541304;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0529193;OID=.;OPOS=21321005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:75:77:31:31:0.287037:18:13:27:48:18:13:28:49 chr17 21321016 . T C 362.0 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=0.0523736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.337;QD=17.8764;RBI=0.0524375;REFB=-0.0176117;REVB=-0.00258729;RO=41;SAF=17;SAR=21;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197219;STB=0.618124;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0227891;OID=.;OPOS=21321016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:43:38:38:0.469136:21:17:10:31:21:17:10:33 chr17 21321029 . C G 143.33 PASS AF=0.319149;AO=14;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=27;FWDB=-0.0962706;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=240.492;QD=12.1984;RBI=0.0962814;REFB=-0.00392997;REVB=0.00144109;RO=29;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219117;STB=0.618916;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00704426;OID=.;OPOS=21321029;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:30:14:15:0.319149:11:3:3:26:12:3:3:27 chr17 21322972 . GT CC 140.1 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0178075;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=213.126;QD=10.988;RBI=0.0178598;REFB=-0.00650438;REVB=0.00136678;RO=33;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522456;STB=0.519698;STBP=0.834;TYPE=mnp;VARB=0.0152635;OID=.;OPOS=21322972;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:34:17:17:0.333333:9:8:14:19:9:8:15:19 chr17 21322975 . G A 74.2 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00252656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.703;QD=5.60018;RBI=0.0189041;REFB=0.00786181;REVB=-0.0187345;RO=41;SAF=5;SAR=6;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192243;STB=0.501727;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0176383;OID=.;OPOS=21322975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:41:42:11:11:0.207547:6:5:18:23:6:5:19:23 chr17 21323001 . C T 157.15 PASS AF=0.318182;AO=12;DP=68;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0194773;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.853;QD=9.52419;RBI=0.0209045;REFB=-0.00534912;REVB=-0.00759183;RO=33;SAF=6;SAR=6;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162974;STB=0.523787;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0133587;OID=.;OPOS=21323001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:33:45:12:21:0.318182:6:6:21:12:11:10:23:22 chr17 21323049 . C T 146.6 PASS AF=0.216216;AO=24;DP=111;FAO=24;FDP=111;FR=.;FRO=87;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.0192191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.922;QD=5.2827;RBI=0.0214976;REFB=-0.00737732;REVB=-0.00963195;RO=86;SAF=10;SAR=14;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764476;STB=0.552308;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0408971;OID=.;OPOS=21323049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:86:87:24:24:0.216216:14:10:41:45:14:10:42:45 chr17 21323056 . G T 96.99 PASS AF=0.159664;AO=19;DP=119;FAO=19;FDP=119;FR=.;FRO=100;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=-0.0158094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.344;QD=3.26032;RBI=0.0350722;REFB=-0.00643446;REVB=-0.0313069;RO=100;SAF=8;SAR=11;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752186;STB=0.549947;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0217396;OID=.;OPOS=21323056;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:119:119:100:100:19:19:0.159664:11:8:48:52:11:8:48:52 chr17 21323074 . T C 94.24 PASS AF=0.154472;AO=18;DP=121;FAO=19;FDP=123;FR=.;FRO=104;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=-0.0103594;FXX=0.00806387;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.395;QD=3.0648;RBI=0.0135575;REFB=0.00101288;REVB=-0.00874567;RO=102;SAF=6;SAR=12;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23586;STB=0.620028;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00626349;OID=.;OPOS=21323074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:121:123:102:104:18:19:0.154472:12:6:53:49:12:7:53:51 chr17 21323096 . G A 389.34 PASS AF=0.373016;AO=45;DP=125;FAO=47;FDP=126;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.0169307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.205;QD=12.3599;RBI=0.0179781;REFB=-0.00565629;REVB=-0.00604678;RO=75;SAF=17;SAR=28;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200652;STB=0.609445;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0141578;OID=.;OPOS=21323096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:75:79:45:47:0.373016:28:17:42:33:29:18:44:35 chr17 21323107 . A G 194.41 PASS AF=0.23622;AO=30;DP=128;FAO=30;FDP=127;FR=.;FRO=97;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=-0.0032921;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.745;QD=6.12322;RBI=0.0041207;REFB=-0.00499336;REVB=0.00247835;RO=88;SAF=11;SAR=19;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207866;STB=0.60728;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0222179;OID=.;OPOS=21323107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:88:97:30:30:0.23622:19:11:47:41:19:11:49:48 chr17 21323119 . T C 86.23 PASS AF=0.142857;AO=18;DP=126;FAO=18;FDP=126;FR=.;FRO=108;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=53;FSRR=55;FWDB=0.000727297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.61;QD=2.73735;RBI=0.00640043;REFB=-0.00402615;REVB=-0.00635897;RO=108;SAF=3;SAR=15;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432379;STB=0.799645;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0190862;OID=.;OPOS=21323119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:126:126:108:108:18:18:0.142857:15:3:53:55:15:3:53:55 chr17 21323136 . G A 54.65 PASS AF=0.117117;AO=13;DP=111;FAO=13;FDP=111;FR=.;FRO=98;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.0103066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.226;QD=1.96922;RBI=0.0105023;REFB=-0.00337161;REVB=0.00201809;RO=98;SAF=3;SAR=10;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32576;STB=0.738749;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0294386;OID=.;OPOS=21323136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:111:111:98:98:13:13:0.117117:10:3:48:50:10:3:48:50 chr17 21731368 . G A 50.64 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00909648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.138;QD=5.06435;RBI=0.0211735;REFB=-0.00190436;REVB=-0.0191199;RO=32;SAF=4;SAR=4;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755954;STB=0.549876;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0165613;OID=.;OPOS=21731368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:8:8:0.2:4:4:18:14:4:4:18:14 chr17 21825565 . G T 2291.65 PASS AF=0.980769;AO=154;DP=157;FAO=153;FDP=156;FR=.;FRO=3;FSAF=89;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0143807;FXX=0.0126574;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.555;QD=58.7603;RBI=0.0160256;REFB=-0.169768;REVB=0.00707225;RO=2;SAF=89;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144099;STB=0.504899;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=1.60384e-05;OID=.;OPOS=21825565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:157:156:2:3:154:153:0.980769:65:89:0:2:64:89:1:2 chr17 21826256 . A G 1125.15 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.626;QD=60.0079;RBI=0.0251525;REFB=0;REVB=0.0214392;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23043e-05;OID=.;OPOS=21826256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:33:41:0:0:33:42:0:0 chr17 22023528 . G C 347.18 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0128432;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.573;QD=16.7316;RBI=0.0128432;REFB=0.0115239;REVB=1.18053e-05;RO=48;SAF=22;SAR=15;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318646;STB=0.533498;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.0139193;OID=.;OPOS=22023528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:48:46:37:37:0.445783:15:22:30:18:15:22:30:16 chr17 22023591 . T C 461.46 PASS AF=0.60274;AO=43;DP=73;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0246296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.965;QD=25.2855;RBI=0.0257167;REFB=-0.00227977;REVB=0.00739815;RO=29;SAF=22;SAR=21;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972408;STB=0.547924;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00220502;OID=.;OPOS=22023591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:29:43:44:0.60274:21:22:11:18:22:22:11:18 chr17 22024047 . C T 126.57 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=398.248;QD=29.7802;RBI=0.00510498;REFB=-0.00751339;REVB=-0.00510498;RO=4;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158127;OID=.;OPOS=22024047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:13:0:0:4:13:0:0:4 chr17 25909816 . C T 284.59 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0259236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.8005;QD=29.9572;RBI=0.0310771;REFB=-0.0453917;REVB=0.0171392;RO=12;SAF=1;SAR=24;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185167;STB=0.571363;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0250344;OID=.;OPOS=25909816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:12:13:25:25:0.657895:24:1:0:12:24:1:1:12 chr17 25932609 . C T 520.89 PASS AF=0.482456;AO=54;DP=117;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0676117;FXX=0.0338954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.297;QD=18.2767;RBI=0.0695339;REFB=-0.0166755;REVB=0.0162364;RO=62;SAF=22;SAR=32;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166427;STB=0.583008;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0256775;OID=.;OPOS=25932609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:114:62:59:54:55:0.482456:32:22:36:26:33:22:33:26 chr17 25958304 . G A 304.34 PASS AF=0.364583;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=18;FWDB=0.0308461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5599;QD=12.6808;RBI=0.0309884;REFB=-0.0145818;REVB=-0.00296643;RO=61;SAF=22;SAR=13;SRF=43;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934509;STB=0.553343;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0336363;OID=.;OPOS=25958304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:61:61:35:35:0.364583:13:22:43:18:13:22:43:18 chr17 25970633 . G A 396.59 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.00312006;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.775;QD=17.8243;RBI=0.00568823;REFB=-0.0108139;REVB=-0.00475617;RO=47;SAF=22;SAR=19;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226307;STB=0.619327;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0156628;OID=.;OPOS=25970633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:48:41:41:0.460674:19:22:14:33:19:22:15:33 chr17 26449739 . GTTTTTTT GTTTTTT,GTTTTTTA 166.47 PASS AF=0.530864,0.0246914;AO=34,3;DP=83;FAO=43,2;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=21,0;FSAR=22,2;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.153076,-0.0727346;FXX=0.03571;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.44486,25.0708;QD=8.22058;RBI=0.16735,0.0761583;REFB=0.0285202,0.0101837;REVB=0.0676305,0.0225779;RO=29;SAF=15,1;SAR=19,2;SRF=13;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00597739,-0.123112;STB=0.520038,0.994267;STBP=0.702,0.192;TYPE=del,snp;VARB=-0.00919689,0.0328319;OID=.,.;OPOS=26449740,26449746;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=GTTTTTT,GTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.530864,0.0246914:34,3:83:43,2:81:36:21,0:22,2:16:20:99:29:15,1:19,2:13:16 chr17 26676135 . C T 1513.3 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8783;QD=59.9326;RBI=0.0489389;REFB=0;REVB=-0.0193133;RO=0;SAF=58;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165527;OID=.;OPOS=26676135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:43:58:0:0:43:58:0:0 chr17 26684394 . T G 88.16 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8908;QD=39.1837;RBI=0.0533495;REFB=0;REVB=0.0383323;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85561e-05;OID=.;OPOS=26684394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr17 26692224 . A AG 566.59 PASS AF=1;AO=48;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.267817;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.0552;QD=38.4131;RBI=0.26786;REFB=0.080671;REVB=0.00479189;RO=11;SAF=30;SAR=18;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731651;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000520949;OID=.;OPOS=26692225;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:59:59:59:0:40:19:0:0:8:11:30:18:9:2 chr17 26694861 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00413141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.855;QD=57.0813;RBI=0.0910224;REFB=0;REVB=0.0909286;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468792;OID=.;OPOS=26694861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr17 26708300 . T C 1400.07 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0431532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.861;QD=61.5414;RBI=0.0510666;REFB=-0.0915833;REVB=0.0273057;RO=1;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920359;STB=0.504853;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000695409;OID=.;OPOS=26708300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:51:39:0:1:51:39:0:1 chr17 26708302 . G T 1309.38 PASS AF=0.956044;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0339514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.845;QD=57.5551;RBI=0.0480865;REFB=0.0256229;REVB=0.0340532;RO=4;SAF=38;SAR=49;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158248;STB=0.508359;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.000109567;OID=.;OPOS=26708302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:91:4:4:87:87:0.956044:49:38:1:3:49:38:1:3 chr17 26708547 . CTTTC CTTCG 1094.45 PASS AF=1;AO=41;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.253034;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=48.0812;QD=60.8028;RBI=0.276324;REFB=0;REVB=-0.111033;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00136575;OID=.;OPOS=26708550;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CTTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:72:72:72:0:46:26:0:0:6:0:16:25:0:0 chr17 26727721 . GA G 1152.68 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445147;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.2498;QD=49.5775;RBI=0.0676013;REFB=0;REVB=-0.0508761;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00131078;OID=.;OPOS=26727722;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:91:93:93:93:0:49:44:0:0:20:0:48:43:0:0 chr17 26732439 . G A 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00524701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.088;QD=3.54006;RBI=0.051304;REFB=-0.00672936;REVB=-0.051035;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187708;STB=0.631171;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0474852;OID=.;OPOS=26732439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:29:32:6:6:0.157895:3:3:10:19:3:3:11:21 chr17 26824156 . A G 105.86 PASS AF=0.6;AO=11;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00738698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.075;QD=21.1718;RBI=0.00745105;REFB=-0.00763838;REVB=-0.00097499;RO=8;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00898424;STB=0.518487;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00369029;OID=.;OPOS=26824156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:11:12:0.6:4:7:5:3:4:8:5:3 chr17 26851602 . C T 251.77 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0170265;FXX=0.0166639;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.387;QD=17.0692;RBI=0.0198352;REFB=-0.00792981;REVB=-0.0101751;RO=29;SAF=22;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320324;STB=0.685407;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0137367;OID=.;OPOS=26851602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:31:28:28:0.474576:6:22:14:15:6:22:15:16 chr17 26857788 . T C 385.03 PASS AF=0.567164;AO=37;DP=68;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0255559;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.526;QD=22.9869;RBI=0.0257691;REFB=-0.00785161;REVB=0.00330732;RO=28;SAF=21;SAR=16;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316931;STB=0.518629;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00741822;OID=.;OPOS=26857788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:28:29:37:38:0.567164:16:21:17:11:16:22:18:11 chr17 26864302 . G C 339.5 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0253051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.505;QD=29.5219;RBI=0.0293297;REFB=-0.0166313;REVB=-0.0148285;RO=15;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236969;STB=0.627683;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0145994;OID=.;OPOS=26864302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:17:29:29:0.630435:17:12:12:3:17:12:13:4 chr17 26940606 . C T 328.99 PASS AF=0.273256;AO=47;DP=172;FAO=47;FDP=172;FR=.;FRO=125;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=64;FSRR=61;FWDB=-0.0142944;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=128.319;QD=7.65091;RBI=0.0146334;REFB=-0.00463267;REVB=0.00313179;RO=124;SAF=17;SAR=30;SRF=63;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182325;STB=0.610966;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.011011;OID=.;OPOS=26940606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:124:125:47:47:0.273256:30:17:63:61:30:17:64:61 chr17 27009749 . C T 385.14 PASS AF=0.405405;AO=44;DP=109;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.000688968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.306;QD=13.8789;RBI=0.0117973;REFB=-0.00381661;REVB=0.0117772;RO=65;SAF=21;SAR=23;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320879;STB=0.515606;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00573299;OID=.;OPOS=27009749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:65:66:44:45:0.405405:23:21:33:32:23:22:34:32 chr17 27030690 . C T 574.22 PASS AF=0.546392;AO=51;DP=96;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.043564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4197;QD=23.6792;RBI=0.0650723;REFB=-0.0517939;REVB=-0.0483381;RO=44;SAF=25;SAR=26;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684352;STB=0.537009;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0400533;OID=.;OPOS=27030690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:44:44:51:53:0.546392:26:25:18:26:27:26:18:26 chr17 27030815 . C T 261.99 PASS AF=0.326923;AO=34;DP=104;FAO=34;FDP=104;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.0304003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0027;QD=10.0764;RBI=0.0312361;REFB=-0.00387235;REVB=-0.00717724;RO=70;SAF=20;SAR=14;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031358;STB=0.518203;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0063294;OID=.;OPOS=27030815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:70:70:34:34:0.326923:14:20:43:27:14:20:43:27 chr17 27042123 . C T 71.79 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00325734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8273;QD=8.70241;RBI=0.00421239;REFB=-0.0145787;REVB=-0.00267094;RO=23;SAF=3;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34695;STB=0.712155;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0620743;OID=.;OPOS=27042123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:33:33:23:23:10:10:0.30303:7:3:14:9:7:3:14:9 chr17 27068133 . C T 464.02 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.00402244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5875;QD=19.334;RBI=0.0354597;REFB=-0.0153169;REVB=-0.0352308;RO=44;SAF=23;SAR=23;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602734;STB=0.552061;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0152737;OID=.;OPOS=27068133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:50:46:46:0.479167:23:23:19:25:23:23:20:30 chr17 27068995 . TC T 52.09 PASS AF=0.298969;AO=31;DP=97;FAO=29;FDP=97;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.281437;FXX=0.010203;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.81164;QD=2.14795;RBI=0.285569;REFB=-0.0657696;REVB=-0.0484052;RO=50;SAF=12;SAR=19;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123982;STB=0.522373;STBP=0.793;TYPE=del;VARB=0.0880845;OID=.;OPOS=27068996;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.298969:31:97:29:97:68:14:15:35:33:52:50:12:19:25:25 chr17 27085926 . G A 114.67 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0184216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.476;QD=12.3964;RBI=0.0187279;REFB=-0.0115182;REVB=-0.00337376;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864895;STB=0.550946;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0252461;OID=.;OPOS=27085926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:9:5:10:13:9:5:10:13 chr17 27185827 . C T 970.58 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6565;QD=58.823;RBI=0.0187157;REFB=0;REVB=-0.0125254;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135201;OID=.;OPOS=27185827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:37:28:0:0:37:29:0:0 chr17 27207453 . G A 277.58 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0117261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.096;QD=20.5616;RBI=0.0325605;REFB=0.00345395;REVB=0.0303758;RO=25;SAF=16;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158607;STB=0.588026;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00128245;OID=.;OPOS=27207453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:13:16:9:16:13:16:9:16 chr17 27207571 . C T 547.12 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.000638854;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.437;QD=20.2638;RBI=0.000779217;REFB=-0.0156193;REVB=-0.000446144;RO=52;SAF=23;SAR=33;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162017;STB=0.589254;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0176413;OID=.;OPOS=27207571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:52:52:56:56:0.518519:33:23:31:21:33:23:31:21 chr17 27225705 . G A 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.015904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.719;QD=9.91622;RBI=0.0230782;REFB=-0.0194623;REVB=-0.0167232;RO=17;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019992;STB=0.512168;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0191754;OID=.;OPOS=27225705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:2:7:13:4:2:7:13:4 chr17 27284443 . A G 591.43 PASS AF=0.484127;AO=61;DP=126;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.0165447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.798;QD=18.7757;RBI=0.016891;REFB=-0.0140026;REVB=0.0034028;RO=65;SAF=28;SAR=33;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556913;STB=0.530796;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0137603;OID=.;OPOS=27284443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:65:65:61:61:0.484127:33:28:26:39:33:28:26:39 chr17 27286851 . T C 512.37 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0146981;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.917;QD=17.0789;RBI=0.015146;REFB=-0.0302175;REVB=0.00365611;RO=64;SAF=28;SAR=27;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668664;STB=0.532613;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0317211;OID=.;OPOS=27286851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:64:65:55:55:0.458333:27:28:37:27:27:28:37:28 chr17 27290969 . T TG 127.11 PASS AF=0.35443;AO=25;DP=80;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=0.153618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.3083;QD=6.43611;RBI=0.157314;REFB=0.0386559;REVB=0.0338983;RO=48;SAF=12;SAR=13;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210489;STB=0.641045;STBP=0.071;TYPE=ins;VARB=-0.0541716;OID=.;OPOS=27290970;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35443:25:80:28:79:51:13:15:35:16:99:48:12:13:32:16 chr17 27422053 . C T 753.45 PASS AF=1;AO=45;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.182376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.442;QD=62.787;RBI=0.184091;REFB=0;REVB=0.0250712;RO=3;SAF=21;SAR=24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625285;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000956843;OID=.;OPOS=27422053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:3:0:45:48:1:24:21:3:0:24:24:0:0 chr17 27424316 . G A 334.49 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00263451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.182;QD=27.3057;RBI=0.015002;REFB=-0.020037;REVB=-0.0147688;RO=20;SAF=19;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443903;STB=0.524523;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0112877;OID=.;OPOS=27424316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:10:19:12:8:10:19:12:8 chr17 27424915 . G T 169.19 PASS AF=0.247423;AO=24;DP=97;FAO=24;FDP=97;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=-0.0101619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.113;QD=6.97673;RBI=0.0157998;REFB=-0.00827581;REVB=-0.0120984;RO=73;SAF=11;SAR=13;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16071;STB=0.597367;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0273077;OID=.;OPOS=27424915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:73:73:24:24:0.247423:13:11:43:30:13:11:43:30 chr17 27425172 . G A 129.34 PASS AF=0.3;AO=17;DP=61;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=38;FWDB=0.151154;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.503;QD=8.62287;RBI=0.152271;REFB=-0.0146593;REVB=-0.0184119;RO=43;SAF=5;SAR=12;SRF=5;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303154;STB=0.714115;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0612888;OID=.;OPOS=27425172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:43:42:17:18:0.3:12:5:5:38:12:6:4:38 chr17 27438469 . G A 695.8 PASS AF=0.945455;AO=46;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.032603;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=93.438;QD=50.6037;RBI=0.041766;REFB=-0.0790054;REVB=0.0261045;RO=3;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851744;STB=0.52499;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0064788;OID=.;OPOS=27438469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:55:55:3:2:46:52:0.945455:15:31:0:3:19:33:0:2 chr17 27441077 . C G 760.53 PASS AF=1;AO=46;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.091;QD=55.3112;RBI=0.0568581;REFB=0;REVB=0.0418913;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616505;OID=.;OPOS=27441077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:46:55:1:21:25:0:0:25:30:0:0 chr17 27493282 . C T 77.28 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0161386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.182;QD=6.06094;RBI=0.0186237;REFB=0.000682423;REVB=-0.00929443;RO=36;SAF=5;SAR=6;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550673;STB=0.574334;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.00345823;OID=.;OPOS=27493282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:36:40:11:11:0.215686:6:5:18:18:6:5:22:18 chr17 27493880 . GCTCCTTTTTCTCCTTT GCTCCTTT,GCTCCTTTTTCTCCTTC 132.45 PASS AF=0.277778,0.0555556;AO=15,2;DP=55;FAO=15,3;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=3,3;FSAR=12,0;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0513315,-0.0610649;FXX=0.0357079;HRUN=5,5;LEN=9,1;MLLD=209.001,255.592;QD=9.81097;RBI=0.0537764,0.0614963;REFB=-0.00762125,0.000647668;REVB=0.0160307,0.00727079;RO=24;SAF=3,2;SAR=12,0;SRF=6;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0770945,0.62448;STB=0.66642,0.997106;STBP=0.174,0.038;TYPE=del,snp;VARB=0.0210722,-0.0223447;OID=.,.;OPOS=27493881,27493896;OREF=CTCCTTTTT,T;OALT=-,C;OMAPALT=GCTCCTTT,GCTCCTTTTTCTCCTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277778,0.0555556:15,2:55:15,3:54:36:3,3:12,0:14:22:99:24:3,2:12,0:6:18 chr17 27580756 . C T 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.00665939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.818;QD=15.101;RBI=0.00962213;REFB=-0.0087344;REVB=0.00694535;RO=31;SAF=10;SAR=14;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314645;STB=0.677282;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0122226;OID=.;OPOS=27580756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:14:10:23:8:14:10:23:8 chr17 27588806 . C A 249.85 PASS AF=0.575;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0945784;FXX=0.0243843;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.4029;QD=24.9845;RBI=0.0966927;REFB=-0.062927;REVB=-0.0201102;RO=15;SAF=10;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743596;STB=0.535684;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.03775;OID=.;OPOS=27588806;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:15:17:23:23:0.575:13:10:5:10:13:10:6:11 chr17 27588980 . CAG C 77.91 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=31;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0156296;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=2;MLLD=206.278;QD=10.7467;RBI=0.015643;REFB=-0.0181984;REVB=0.00064823;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180374;STB=0.616207;STBP=0.395;TYPE=del;VARB=0.0332101;OID=.;OPOS=27588981;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:9:31:10:29:19:4:6:11:8:77:18:4:5:11:7 chr17 27835138 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.092;QD=53.9112;RBI=0.0285995;REFB=0;REVB=-0.0175901;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08119e-05;OID=.;OPOS=27835138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr17 27889578 . T C 2068.2 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0080609;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.992;QD=62.6727;RBI=0.022003;REFB=0;REVB=0.0204732;RO=0;SAF=83;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0203e-05;OID=.;OPOS=27889578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:132:0:0:132:132:1:49:83:0:0:49:83:0:0 chr17 27889986 . T C 941.67 PASS AF=0.984848;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0201491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.267;QD=57.0707;RBI=0.0356504;REFB=-0.0543686;REVB=0.0294103;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000184112;OID=.;OPOS=27889986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:66:0:1:63:65:0.984848:40:23:0:0:40:25:0:1 chr17 27901975 . A G 542.82 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114473;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.08;QD=60.3132;RBI=0.0686375;REFB=0;REVB=-0.0676762;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488846;OID=.;OPOS=27901975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr17 27904711 . G A 365.88 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0207157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.589;QD=18.7632;RBI=0.0207204;REFB=-0.00798954;REVB=0.000441485;RO=39;SAF=17;SAR=21;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106507;STB=0.564282;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0119113;OID=.;OPOS=27904711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:39:40:38:38:0.487179:21:17:13:26:21:17:13:27 chr17 27953298 . AAG A,AA 71.01 PASS AF=0.25,0.416667;AO=3,4;DP=17;FAO=3,5;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=2,3;FSAR=1,2;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0120548,0.0132097;FXX=0.249844;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=245.29,247.16;QD=23.6691;RBI=0.0375547,0.0356989;REFB=0.0173898,0.0222834;REVB=0.0355674,0.033165;RO=9;SAF=2,3;SAR=1,1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.123106,0.225088;STB=0.831735,0.749163;STBP=0.4,0.184;TYPE=del,del;VARB=-0.0152683,0.00557977;OID=.,.;OPOS=27953299,27953300;OREF=AG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.25,0.416667:3,4:17:3,5:12:4:2,3:1,2:0:4:31:9:2,3:1,1:5:4 chr17 28268800 . A C 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0209346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.007;QD=13.9953;RBI=0.0554486;REFB=-0.00441746;REVB=0.0513448;RO=41;SAF=21;SAR=8;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262015;STB=0.657506;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00690271;OID=.;OPOS=28268800;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:42:29:29:0.408451:8:21:20:21:8:21:20:22 chr17 28296327 . T G 169.15 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0686964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4603;QD=12.0818;RBI=0.0687204;REFB=-0.00335602;REVB=0.00181591;RO=35;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316408;STB=0.518307;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00771986;OID=.;OPOS=28296327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:12:9:14:21:12:9:14:21 chr17 28320248 . T A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.154;QD=59.6795;RBI=0.0148567;REFB=0;REVB=0.00308921;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36291e-05;OID=.;OPOS=28320248;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr17 28320270 . G A 161.42 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0140852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2024;QD=10.5851;RBI=0.0606707;REFB=-0.00262473;REVB=0.059013;RO=39;SAF=11;SAR=10;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163619;STB=0.517225;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00657469;OID=.;OPOS=28320270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:40:21:21:0.344262:10:11:21:18:10:11:22:18 chr17 28381141 . C G 151.52 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0064871;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.938;QD=12.3691;RBI=0.00702693;REFB=0.0011267;REVB=-0.00270098;RO=31;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155809;STB=0.599886;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00220243;OID=.;OPOS=28381141;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:31:32:17:17:0.346939:8:9:12:19:8:9:12:20 chr17 28407876 . T G 537.07 PASS AF=0.495575;AO=55;DP=114;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=14;FWDB=0.00351669;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0042;QD=19.0112;RBI=0.0242495;REFB=0.0192088;REVB=0.0239932;RO=59;SAF=32;SAR=23;SRF=45;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180357;STB=0.596785;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0210942;OID=.;OPOS=28407876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:59:57:55:56:0.495575:23:32:45:14:24:32:43:14 chr17 28444183 . A C 575.07 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.791;QD=60.5336;RBI=0.0492989;REFB=0;REVB=-0.0433761;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104747;OID=.;OPOS=28444183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr17 28511978 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.188;QD=44.6898;RBI=0.0261612;REFB=0;REVB=0.0198273;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04022e-05;OID=.;OPOS=28511978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr17 28576076 . T C 393.22 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0251812;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8495;QD=16.7327;RBI=0.0330443;REFB=-0.01889;REVB=0.0213969;RO=52;SAF=20;SAR=21;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121482;STB=0.501557;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0258326;OID=.;OPOS=28576076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:53:41:41:0.43617:21:20:26:26:21:20:26:27 chr17 28612448 . G C 634.23 PASS AF=0.5;AO=64;DP=128;FAO=64;FDP=128;FR=.;FRO=64;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.0067835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9104;QD=19.8198;RBI=0.0200772;REFB=-0.000520103;REVB=0.0188965;RO=64;SAF=40;SAR=24;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000737299;OID=.;OPOS=28612448;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:64:64:64:64:0.5:24:40:40:24:24:40:40:24 chr17 28656293 . C T 99.61 PASS AF=0.219178;AO=16;DP=73;FAO=16;FDP=73;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=16;FWDB=-0.0135686;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.613;QD=5.45826;RBI=0.0139685;REFB=-0.00694725;REVB=0.00331837;RO=56;SAF=8;SAR=8;SRF=41;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295584;STB=0.671044;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0156813;OID=.;OPOS=28656293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:56:57:16:16:0.219178:8:8:41:15:8:8:41:16 chr17 28750025 . G A 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0081294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.982;QD=19.2748;RBI=0.012965;REFB=-0.00216875;REVB=-0.0100998;RO=26;SAF=8;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218565;STB=0.62376;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00208995;OID=.;OPOS=28750025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:15:8:15:11:15:8:15:11 chr17 28794020 . A G 2050.57 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284254;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0891;QD=61.6714;RBI=0.0401989;REFB=-0.103815;REVB=0.0284243;RO=0;SAF=87;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502857;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00100151;OID=.;OPOS=28794020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:133:0:1:132:132:0.992481:45:87:0:0:45:87:1:0 chr17 28853530 . A C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.325;QD=62.6711;RBI=0.0510844;REFB=0;REVB=0.0302532;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139621;OID=.;OPOS=28853530;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr17 28900708 . G T 400.28 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0160545;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=246.791;QD=53.3701;RBI=0.0291236;REFB=-0.134073;REVB=0.0242989;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344827;STB=0.518506;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000841911;OID=.;OPOS=28900708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:13:16:0:1:13:16:0:1 chr17 29029728 . A C 484.15 PASS AF=0.541176;AO=45;DP=86;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0335681;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.805;QD=22.7834;RBI=0.0335682;REFB=-0.018806;REVB=-3.82118e-05;RO=39;SAF=19;SAR=26;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141052;STB=0.581205;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.017614;OID=.;OPOS=29029728;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:39:39:45:46:0.541176:26:19:23:16:27:19:23:16 chr17 29111368 . A G 295.7 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0522649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.607;QD=12.9976;RBI=0.0563118;REFB=-0.00819821;REVB=0.0209618;RO=57;SAF=16;SAR=18;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417833;STB=0.523919;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00926941;OID=.;OPOS=29111368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:57:34:34:0.373626:18:16:29:28:18:16:29:28 chr17 29486152 . G A 507.25 PASS AF=0.443548;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=0.00444264;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.064;QD=16.363;RBI=0.0125176;REFB=-0.013704;REVB=-0.0117027;RO=68;SAF=25;SAR=30;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146175;STB=0.585122;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0137524;OID=.;OPOS=29486152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:68:69:55:55:0.443548:30:25:41:27:30:25:42:27 chr17 29496819 . C T 236.82 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0349779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9627;QD=26.3133;RBI=0.0357375;REFB=-0.00886735;REVB=-0.00732945;RO=14;SAF=16;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716214;STB=0.53984;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00671998;OID=.;OPOS=29496819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:6:16:9:5:6:16:9:5 chr17 29508775 . G A 379.42 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0335376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.713;QD=19.2109;RBI=0.0335498;REFB=0.000841185;REVB=-0.000908058;RO=40;SAF=25;SAR=14;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133302;STB=0.574285;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00135619;OID=.;OPOS=29508775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:14:25:20:20:14:25:20:20 chr17 29528496 . T C 122.76 PASS AF=0.22619;AO=19;DP=84;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.00779505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.432;QD=5.8457;RBI=0.0132542;REFB=-9.88938e-05;REVB=-0.0107196;RO=65;SAF=5;SAR=14;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247457;STB=0.655474;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000184108;OID=.;OPOS=29528496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:65:65:19:19:0.22619:14:5:29:36:14:5:29:36 chr17 29553485 . G A 306.85 PASS AF=0.515625;AO=24;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0370954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.846;QD=19.1783;RBI=0.0379246;REFB=-0.0168878;REVB=-0.00788716;RO=23;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203563;STB=0.590984;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0159441;OID=.;OPOS=29553485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:23:31:24:33:0.515625:10:14:8:15:13:20:13:18 chr17 29646032 . G A 538.92 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0304431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.396;QD=17.8154;RBI=0.0310765;REFB=-0.0051292;REVB=0.0062423;RO=64;SAF=22;SAR=35;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111182;STB=0.561809;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00374432;OID=.;OPOS=29646032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:64:57:57:0.471074:35:22:32:32:35:22:32:32 chr17 29705947 . T C 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00379532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.133;QD=18.6413;RBI=0.0038042;REFB=-0.00978308;REVB=-0.000259642;RO=26;SAF=9;SAR=16;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524178;STB=0.529389;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00918654;OID=.;OPOS=29705947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:16:9:8:18:16:9:8:18 chr17 29857460 . G A 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00711291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.146;QD=14.1323;RBI=0.00756963;REFB=-0.00883378;REVB=0.00258956;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126949;STB=0.573834;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0173283;OID=.;OPOS=29857460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:12:7:15:16:12:7:15:16 chr17 29859430 . C T 102.06 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0017962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.41;QD=9.07221;RBI=0.00663925;REFB=-0.00819241;REVB=-0.00639166;RO=32;SAF=9;SAR=4;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481082;STB=0.529366;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0158614;OID=.;OPOS=29859430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:4:9:21:11:4:9:21:11 chr17 29890808 . C T 359.51 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0462381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.63;QD=19.9726;RBI=0.046245;REFB=-0.00847404;REVB=-0.000800653;RO=35;SAF=21;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0034459;STB=0.501912;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0111076;OID=.;OPOS=29890808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:16:21:20:15:16:21:20:15 chr17 30183857 . T C 676.98 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0209586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.801;QD=60.1761;RBI=0.0300629;REFB=-0.0897124;REVB=0.0215526;RO=1;SAF=30;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153996;STB=0.508193;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00112674;OID=.;OPOS=30183857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:13:30:1:0:14:30:1:0 chr17 30222002 . T C 747.02 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.201;QD=63.5765;RBI=0.0264175;REFB=0;REVB=0.0100092;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102174;OID=.;OPOS=30222002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr17 30315393 . C T 134.05 PASS AF=0.243902;AO=20;DP=82;FAO=20;FDP=82;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.00382431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.059;QD=6.53912;RBI=0.00550907;REFB=-0.00736968;REVB=-0.0039654;RO=61;SAF=8;SAR=12;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250098;STB=0.645791;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.020597;OID=.;OPOS=30315393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:61:62:20:20:0.243902:12:8:37:24:12:8:37:25 chr17 30348160 . T C 417.2 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0363175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.873;QD=17.204;RBI=0.036578;REFB=-0.0160487;REVB=-0.00435811;RO=53;SAF=21;SAR=22;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537573;STB=0.524484;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0182449;OID=.;OPOS=30348160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:54:43:43:0.443299:22:21:23:30:22:21:24:30 chr17 30470028 . G GC 64.56 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00912169;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.7117;QD=7.37824;RBI=0.0638436;REFB=-0.0146837;REVB=-0.0631886;RO=23;SAF=2;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509853;STB=0.821906;STBP=0.012;TYPE=ins;VARB=-0.0207042;OID=.;OPOS=30470029;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371429:12:36:13:35:22:2:11:14:8:64:23:2:10:14:9 chr17 30533970 . A G 310.1 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00192495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.319;QD=21.386;RBI=0.00208234;REFB=-0.0318444;REVB=0.000794168;RO=26;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0283397;OID=.;OPOS=30533970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:16:16:13:13:16:16:13:13 chr17 30665253 . TA T 139.38 PASS AF=0.371429;AO=41;DP=104;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0909605;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=12.8585;QD=5.30978;RBI=0.0968643;REFB=-0.0118404;REVB=0.0333;RO=58;SAF=23;SAR=18;SRF=31;SRR=27;SSEN=0.491525;SSEP=0;SSSB=0.0277808;STB=0.502232;STBP=0.985;TYPE=del;VARB=0.0295019;OID=.;OPOS=30665254;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371429:41:104:39:105:66:22:17:37:29:99:58:23:18:31:27 chr17 31039073 . C T 376.47 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.0657895;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9713;QD=14.3415;RBI=0.08318;REFB=-0.00207018;REVB=0.0508985;RO=62;SAF=25;SAR=19;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100218;STB=0.552549;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00212154;OID=.;OPOS=31039073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:105:62:61:44:44:0.419048:19:25:41:21:19:25:40:21 chr17 31320023 . G A 807.46 PASS AF=0.488235;AO=83;DP=170;FAO=83;FDP=170;FR=.;FRO=87;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=0.0224118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8007;QD=18.9992;RBI=0.0455208;REFB=-0.00742855;REVB=0.0396214;RO=87;SAF=39;SAR=44;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308989;STB=0.517031;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00857602;OID=.;OPOS=31320023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:87:87:83:83:0.488235:44:39:38:49:44:39:38:49 chr17 31324769 . T C 108.48 PASS AF=0.22973;AO=17;DP=74;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0141697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.571;QD=5.8639;RBI=0.0141782;REFB=0.00349822;REVB=0.0004931;RO=56;SAF=11;SAR=6;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756335;STB=0.555489;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.0118722;OID=.;OPOS=31324769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:56:57:17:17:0.22973:6:11:33:23:6:11:33:24 chr17 31340682 . C T 323.66 PASS AF=0.363636;AO=40;DP=111;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.011964;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3541;QD=11.7695;RBI=0.052501;REFB=-0.015968;REVB=-0.0511196;RO=67;SAF=16;SAR=24;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371619;STB=0.509429;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0254909;OID=.;OPOS=31340682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:67:70:40:40:0.363636:24:16:29:38:24:16:29:41 chr17 31618732 . A G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.011061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.531;QD=14.6539;RBI=0.058288;REFB=-0.00745715;REVB=0.0572289;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117469;STB=0.568802;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00802477;OID=.;OPOS=31618732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:2:6:5:3:2:6 chr17 32483237 . A G 443.35 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0158521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.514;QD=20.1525;RBI=0.0212608;REFB=-0.0199208;REVB=-0.0141681;RO=44;SAF=20;SAR=24;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624328;STB=0.534576;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0187917;OID=.;OPOS=32483237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:24:20:17:27:24:20:17:27 chr17 32483270 . C G 556.62 PASS AF=0.579545;AO=51;DP=88;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0360685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.132;QD=25.301;RBI=0.0463493;REFB=-0.0164543;REVB=0.0291088;RO=37;SAF=25;SAR=26;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236427;STB=0.51293;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00971142;OID=.;OPOS=32483270;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:37:51:51:0.579545:26:25:17:20:26:25:17:20 chr17 32583269 . T C 267.55 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.00403433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.646;QD=13.7203;RBI=0.012222;REFB=-0.0231046;REVB=0.0115369;RO=47;SAF=17;SAR=14;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168135;STB=0.59518;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0365118;OID=.;OPOS=32583269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:14:17:33:14:14:17:33:14 chr17 32583911 . C T 340.75 PASS AF=0.423913;AO=38;DP=91;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0552036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.629;QD=14.8152;RBI=0.057559;REFB=-0.0180008;REVB=0.0162973;RO=52;SAF=24;SAR=14;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214535;STB=0.630892;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0124812;OID=.;OPOS=32583911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:52:53:38:39:0.423913:14:24:22:30:14:25:22:31 chr17 32904586 . C T 449.7 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00847039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.734;QD=18.9348;RBI=0.0230634;REFB=0.00513223;REVB=-0.0214517;RO=50;SAF=26;SAR=19;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363346;STB=0.520239;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.0031758;OID=.;OPOS=32904586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:19:26:27:23:19:26:27:23 chr17 32953258 . G A 123.56 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0265173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.6158;QD=12.0551;RBI=0.0844659;REFB=-0.0301423;REVB=0.0801955;RO=25;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00336707;STB=0.535666;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0630098;OID=.;OPOS=32953258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:25:26:14:15:0.365854:5:9:16:9:5:10:16:10 chr17 32964868 . G A 416.8 PASS AF=0.488372;AO=41;DP=85;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0949091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6478;QD=19.3862;RBI=0.0978885;REFB=-0.027425;REVB=0.0239672;RO=44;SAF=19;SAR=22;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18063;STB=0.592916;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0295418;OID=.;OPOS=32964868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:44:44:41:42:0.488372:22:19:29:15:22:20:29:15 chr17 33286664 . A G 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00276906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.256;QD=12.9224;RBI=0.0027786;REFB=-0.00460773;REVB=-0.000229992;RO=34;SAF=7;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201251;STB=0.616329;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00738324;OID=.;OPOS=33286664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:15:7:17:17:15:7:17:17 chr17 33288363 . C T 822.71 PASS AF=0.43128;AO=90;DP=209;FAO=91;FDP=211;FR=.;FRO=120;FSAF=30;FSAR=61;FSRF=41;FSRR=79;FWDB=-0.0179563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.782;QD=15.5964;RBI=0.0215571;REFB=-0.0121839;REVB=-0.0119281;RO=117;SAF=29;SAR=61;SRF=41;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323151;STB=0.507676;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0193882;OID=.;OPOS=33288363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:211:117:120:90:91:0.43128:61:29:41:76:61:30:41:79 chr17 33288882 . T G 634.35 PASS AF=0.5;AO=64;DP=127;FAO=64;FDP=128;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.0381606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.006;QD=19.8236;RBI=0.0384456;REFB=-0.0149775;REVB=-0.00467263;RO=63;SAF=24;SAR=40;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00954635;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.016938;OID=.;OPOS=33288882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:63:64:64:64:0.5:40:24:23:40:40:24:24:40 chr17 33289113 . AAG A,AAA 75.44 PASS AF=0.304348,0;AO=11,3;DP=53;FAO=14,0;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=9,0;FSAR=5,0;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0402013,0.0103086;FXX=0.041658;HRUN=5,6;LEN=2,1;MLLD=21.1779,18.9884;QD=6.56003;RBI=0.0730621,0.108937;REFB=-0.046211,0.0109601;REVB=0.0610076,0.108448;RO=31;SAF=5,1;SAR=6,2;SRF=16;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0729858,-0.187617;STB=0.558738,0.5;STBP=0.59,1;TYPE=del,snp;VARB=0.165051,0;OID=.,.;OPOS=33289114,33289115;OREF=AG,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348,0:11,3:53:14,0:46:32:9,0:5,0:18:14:76:31:5,1:6,2:16:15 chr17 33289937 . A T 344.95 PASS AF=0.435294;AO=35;DP=84;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00799131;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.367;QD=16.2329;RBI=0.0153077;REFB=-0.00481225;REVB=0.0130562;RO=48;SAF=10;SAR=25;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173121;STB=0.569319;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00573111;OID=.;OPOS=33289937;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:48:48:35:37:0.435294:25:10:21:27:25:12:21:27 chr17 33319639 . G A 654.75 PASS AF=0.626374;AO=57;DP=91;FAO=57;FDP=91;FR=.;FRO=34;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0327428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.725;QD=28.7801;RBI=0.0437369;REFB=-0.0172271;REVB=0.0289969;RO=34;SAF=33;SAR=24;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955143;STB=0.551907;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0071614;OID=.;OPOS=33319639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:34:34:57:57:0.626374:24:33:15:19:24:33:15:19 chr17 33348541 . C T 403.49 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00566712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.893;QD=19.4451;RBI=0.0181788;REFB=-0.01064;REVB=0.0172729;RO=42;SAF=24;SAR=17;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787874;STB=0.543807;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0168936;OID=.;OPOS=33348541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:17:24:21:21:17:24:21:21 chr17 33445549 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00586469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.93;QD=57.1056;RBI=0.037902;REFB=0;REVB=0.0374455;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160397;OID=.;OPOS=33445549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr17 33448818 . T C 940.78 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0124888;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.1339;QD=57.0172;RBI=0.0290144;REFB=-0.0312921;REVB=-0.026189;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.506491;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000248366;OID=.;OPOS=33448818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:38:27:0:0:38:27:0:1 chr17 33457562 . T C 55.86 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.028696;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.319;QD=9.71433;RBI=0.0287197;REFB=-0.0166342;REVB=0.00116633;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398639;STB=0.695237;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0283071;OID=.;OPOS=33457562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:24:23:15:15:7:8:0.347826:3:4:3:12:4:4:3:12 chr17 33459096 . C T 269.48 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0231668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.173;QD=18.9107;RBI=0.0231921;REFB=-0.0143426;REVB=0.0010831;RO=27;SAF=19;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11762;STB=0.56447;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0153532;OID=.;OPOS=33459096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:28:28:29:0.508772:9:19:15:12:9:20:16:12 chr17 33459419 . G A 210.81 PASS AF=0.416667;AO=24;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0404171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1183;QD=14.0539;RBI=0.0413732;REFB=-0.0319628;REVB=0.00884338;RO=35;SAF=6;SAR=18;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840709;STB=0.555891;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0218396;OID=.;OPOS=33459419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:24:25:0.416667:18:6:11:24:19:6:11:24 chr17 33460175 . T C 105.2 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0499968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7905;QD=8.09237;RBI=0.0753371;REFB=0.00828053;REVB=-0.056356;RO=37;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336328;STB=0.693884;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.0403297;OID=.;OPOS=33460175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:38:14:14:0.269231:5:9:13:24:5:9:14:24 chr17 33460367 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00354694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.79;QD=16.884;RBI=0.0735148;REFB=-0.024187;REVB=0.0734292;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512395;STB=0.529373;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0303023;OID=.;OPOS=33460367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:7:8:10:7:7:8:10:7 chr17 33460431 . C T 276.81 PASS AF=0.462687;AO=27;DP=63;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0760954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7853;QD=16.5262;RBI=0.0798586;REFB=-0.0273089;REVB=0.0242258;RO=36;SAF=11;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944603;STB=0.508665;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0395282;OID=.;OPOS=33460431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:67:36:36:27:31:0.462687:16:11:18:18:16:15:18:18 chr17 33460516 . A G 128.26 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0452213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.041;QD=12.2147;RBI=0.0508481;REFB=-0.0108468;REVB=-0.02325;RO=26;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545943;STB=0.552051;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0240871;OID=.;OPOS=33460516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:27:15:15:0.357143:11:4:8:18:11:4:9:18 chr17 33464864 . C T 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.777;QD=57.1756;RBI=0.0381708;REFB=0;REVB=0.0365338;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615239;OID=.;OPOS=33464864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr17 33469279 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.111833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1659;QD=50.4132;RBI=0.145059;REFB=0;REVB=-0.0923887;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00691258;OID=.;OPOS=33469279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr17 33521059 . G A 341.96 PASS AF=0.349593;AO=43;DP=123;FAO=43;FDP=123;FR=.;FRO=80;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.00473819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.962;QD=11.1207;RBI=0.0200882;REFB=-0.00509503;REVB=-0.0195214;RO=80;SAF=22;SAR=21;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435382;STB=0.524988;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00997729;OID=.;OPOS=33521059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:80:80:43:43:0.349593:21:22:44:36:21:22:44:36 chr17 33591510 . G A 276.67 PASS AF=0.339806;AO=35;DP=103;FAO=35;FDP=103;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=-0.0314411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.222;QD=10.7444;RBI=0.0315348;REFB=-0.00655225;REVB=-0.00242995;RO=68;SAF=17;SAR=18;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184145;STB=0.605902;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00797078;OID=.;OPOS=33591510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:68:68:35:35:0.339806:18:17:44:24:18:17:44:24 chr17 33680807 . G A 190.84 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0849205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7026;QD=47.7107;RBI=0.0919696;REFB=0;REVB=-0.0353117;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0054108;OID=.;OPOS=33680807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr17 33680811 . C A 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1728;QD=48.7343;RBI=0.0526636;REFB=0;REVB=0.0477484;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000880416;OID=.;OPOS=33680811;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr17 33680840 . T C 435.81 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0305043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7678;QD=54.4761;RBI=0.0314412;REFB=0.00489827;REVB=-0.00761815;RO=1;SAF=7;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620412;STB=0.533311;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00107294;OID=.;OPOS=33680840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:24:7:1:0:24:7:1:0 chr17 33689926 . T C 2998.06 PASS AF=0.994792;AO=189;DP=191;FAO=191;FDP=192;FR=.;FRO=1;FSAF=105;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0436619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.391;QD=62.4597;RBI=0.0504811;REFB=0.0628738;REVB=-0.0253373;RO=1;SAF=104;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556923;STB=0.50289;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0059132;OID=.;OPOS=33689926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:191:192:1:1:189:191:0.994792:85:104:0:1:86:105:0:1 chr17 33749546 . A G 281.25 PASS AF=0.421053;AO=31;DP=75;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0175674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.292;QD=14.8024;RBI=0.0180049;REFB=-0.00608608;REVB=-0.00394526;RO=44;SAF=21;SAR=10;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192568;STB=0.61531;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00861625;OID=.;OPOS=33749546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:44:44:31:32:0.421053:10:21:22:22:10:22:22:22 chr17 33749919 . A C 233.56 PASS AF=0.5;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0150713;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.381;QD=20.3094;RBI=0.0207514;REFB=-0.027898;REVB=-0.0142645;RO=24;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519249;STB=0.523593;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0214138;OID=.;OPOS=33749919;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:23:22:23:0.5:8:14:14:10:8:15:14:9 chr17 33768334 . T G 1536.3 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0235187;FXX=0.0186898;HRUN=5;LEN=1;MLLD=160.948;QD=58.5258;RBI=0.028283;REFB=-0.0883019;REVB=0.0157098;RO=1;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870632;STB=0.504586;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.000197061;OID=.;OPOS=33768334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:105:1:1:103:104:0.990476:54:49:0:1:54:50:0:1 chr17 33768354 . C T 1189.7 PASS AF=0.987654;AO=78;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00363604;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2316;QD=58.7506;RBI=0.0844748;REFB=-0.10361;REVB=0.0843965;RO=3;SAF=38;SAR=40;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125755;STB=0.506328;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000678125;OID=.;OPOS=33768354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:3:1:78:80:0.987654:40:38:2:1:41:39:1:0 chr17 33769034 . G A 161.71 PASS AF=0.314286;AO=21;DP=69;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0302687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.468;QD=9.24083;RBI=0.0306175;REFB=0.00260435;REVB=0.00460852;RO=48;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235097;STB=0.618146;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.0217141;OID=.;OPOS=33769034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:48:48:21:22:0.314286:8:13:20:28:9:13:20:28 chr17 33769038 . C A 171.54 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.00420304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.564;QD=9.53016;RBI=0.0419655;REFB=-0.00582192;REVB=0.0417545;RO=49;SAF=13;SAR=10;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157081;STB=0.592247;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0128537;OID=.;OPOS=33769038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:49:23:23:0.319444:10:13:21:28:10:13:21:28 chr17 33771996 . G A 649.05 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000845492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.587;QD=61.8146;RBI=0.0378312;REFB=0;REVB=0.0378218;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109615;OID=.;OPOS=33771996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:21:19:0:0:23:19:0:0 chr17 33805150 . T C 2064.66 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00106454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8207;QD=62.5654;RBI=0.0810997;REFB=0;REVB=0.0810927;RO=0;SAF=51;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013403;OID=.;OPOS=33805150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:81:51:0:0:81:51:0:0 chr17 33806546 . G A 1746.49 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.06;QD=60.7475;RBI=0.0124974;REFB=0;REVB=-0.00232036;RO=0;SAF=57;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.64315e-05;OID=.;OPOS=33806546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:57:57:0:0:58:57:0:0 chr17 33806863 . G A 1518.26 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0121476;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.586;QD=62.6085;RBI=0.0126036;REFB=-0.10695;REVB=-0.00335963;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-1.29397e-05;OID=.;OPOS=33806863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:96:96:0.989691:51:45:0:0:51:45:1:0 chr17 33880003 . C G 669.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.633;QD=62.2509;RBI=0.0142016;REFB=0;REVB=0.0138109;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59667e-05;OID=.;OPOS=33880003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr17 33881631 . T C 2001.0 PASS AF=0.992424;AO=130;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00696839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.905;QD=60.6362;RBI=0.00761497;REFB=-0.131077;REVB=-0.00307072;RO=0;SAF=75;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503311;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000104573;OID=.;OPOS=33881631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:132:132:0:1:130:131:0.992424:55:75:0:0:56:75:1:0 chr17 33881718 . G A 1536.68 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0674731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1239;QD=58.5402;RBI=0.0719464;REFB=-0.0860499;REVB=-0.0249735;RO=1;SAF=59;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797558;STB=0.504201;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00109528;OID=.;OPOS=33881718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:45:59:1:0:45:59:1:0 chr17 33884804 . T C 1269.25 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.896;QD=60.4406;RBI=0.0190666;REFB=-0.132249;REVB=-0.0160063;RO=0;SAF=48;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000211274;OID=.;OPOS=33884804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:0:1:82:83:0.988095:34:48:0:0:35:48:1:0 chr17 33901965 . C G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00848741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.603;QD=57.5451;RBI=0.0110955;REFB=0;REVB=0.00714665;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5418e-05;OID=.;OPOS=33901965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr17 33984761 . C T 97.56 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0432445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9189;QD=13.9373;RBI=0.0467229;REFB=-0.00476719;REVB=-0.0176903;RO=16;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861339;STB=0.549921;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0078194;OID=.;OPOS=33984761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:28:16:16:12:12:0.428571:9:3:3:13:9:3:3:13 chr17 34069578 . C T 180.39 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0381406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.258;QD=16.0348;RBI=0.0381469;REFB=-0.0138763;REVB=-0.000691358;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141957;STB=0.581311;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0233851;OID=.;OPOS=34069578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:9:10:10:16:9:10:10:16 chr17 34073301 . C T 553.59 PASS AF=0.384615;AO=65;DP=170;FAO=65;FDP=169;FR=.;FRO=104;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=-0.00507783;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.172;QD=13.1027;RBI=0.0100009;REFB=-0.00388911;REVB=-0.00861583;RO=97;SAF=28;SAR=37;SRF=46;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467601;STB=0.554645;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0050901;OID=.;OPOS=34073301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:97:104:65:65:0.384615:37:28:46:51:37:28:54:50 chr17 34100350 . G C,GC 700.11 PASS AF=0,1;AO=6,41;DP=54;FAO=0,50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309469,0.0206232;FXX=0.019604;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=179.414,204.974;QD=56.0084;RBI=0.0404496,0.0442481;REFB=0,0;REVB=0.0260471,0.0391482;RO=3;SAF=3,20;SAR=3,21;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.28674,-0.0653301;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0133012,6.71639e-05;OID=.,.;OPOS=34100350,34100351;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:54:50:3:0:6,41:0,50:0,1:3,21:3,20:3:0:0,25:0,25:0:0 chr17 34182099 . G GT 260.2 PASS AF=0.364198;AO=58;DP=169;FAO=59;FDP=162;FR=.;FRO=103;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=66;FWDB=0.0683016;FXX=0.00613459;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.7187;QD=6.42469;RBI=0.068616;REFB=-0.0202652;REVB=0.00656151;RO=110;SAF=17;SAR=41;SRF=45;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14784;STB=0.539331;STBP=0.476;TYPE=ins;VARB=0.0258462;OID=.;OPOS=34182100;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.364198:58:169:59:162:103:18:41:37:66:99:110:17:41:45:65 chr17 34303777 . CA AC,C 31.16 PASS AF=0,0.121622;AO=3,17;DP=76;FAO=0,9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=0,1;FSAR=0,8;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.0952462,-0.148616;FXX=0.0263123;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=34.7162,12.8604;QD=1.68444;RBI=0.113942,0.149896;REFB=-0.0108964,-0.0301175;REVB=-0.0625374,-0.0195479;RO=52;SAF=0,6;SAR=3,11;SRF=20;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0.325581;SSSB=-0.416664,-0.0416833;STB=0.5,0.820456;STBP=1,0.081;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0285267;OID=.,.;OPOS=34303777,34303778;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:76:74:52:65:3,17:0,9:0,0.121622:3,11:0,6:20:32:0,8:0,1:26:39 chr17 34416537 . G A 403.95 PASS AF=0.401709;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0151187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.876;QD=13.8103;RBI=0.0302261;REFB=0.00101183;REVB=0.0261732;RO=69;SAF=27;SAR=20;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161677;STB=0.595189;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00142983;OID=.;OPOS=34416537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:69:70:47:47:0.401709:20:27:29:40:20:27:29:41 chr17 34431287 . G T 1788.55 PASS AF=1;AO=108;DP=111;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.656;QD=60.1194;RBI=0.0233833;REFB=0;REVB=0.0180703;RO=0;SAF=58;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429041;OID=.;OPOS=34431287;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:119:0:0:108:119:1:50:58:0:0:52:67:0:0 chr17 34431961 . T C 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.278;QD=45.8038;RBI=0.0168947;REFB=0;REVB=0.0159459;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118336;OID=.;OPOS=34431961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr17 34432663 . AT GA 498.02 PASS AF=0.419847;AO=55;DP=131;FAO=55;FDP=131;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=0.00830003;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=238.182;QD=15.2068;RBI=0.0141169;REFB=0.00195068;REVB=0.0114191;RO=76;SAF=30;SAR=25;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627822;STB=0.535199;STBP=0.518;TYPE=mnp;VARB=-0.00339435;OID=.;OPOS=34432663;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:76:76:55:55:0.419847:25:30:46:30:25:30:46:30 chr17 34437572 . C T 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0229698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.312;QD=10.5421;RBI=0.0332359;REFB=-0.0215351;REVB=-0.0240211;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953624;STB=0.556863;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0428678;OID=.;OPOS=34437572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:7:4:6:15:7:4:6:15 chr17 34437713 . T C 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0118109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.419;QD=11.9921;RBI=0.0207858;REFB=-0.00548213;REVB=-0.0171042;RO=33;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10762;STB=0.563308;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0110843;OID=.;OPOS=34437713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:12:6:14:19:12:6:14:19 chr17 34539815 . G C 393.23 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00284224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0779;QD=56.1761;RBI=0.0229425;REFB=0;REVB=-0.0227658;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000301132;OID=.;OPOS=34539815;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr17 34854280 . G A 356.43 PASS AF=0.39;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0175539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9321;QD=14.2571;RBI=0.0272542;REFB=0.00283328;REVB=0.0208484;RO=61;SAF=17;SAR=22;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251121;STB=0.514278;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.00735954;OID=.;OPOS=34854280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:61:61:39:39:0.39:22:17:28:33:22:17:28:33 chr17 34871721 . T C 166.41 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00387033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.613;QD=14.7923;RBI=0.0259499;REFB=-0.0153302;REVB=-0.0256596;RO=27;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234981;STB=0.636209;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0218626;OID=.;OPOS=34871721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:6:12:12:15:6:12:12:15 chr17 34893326 . A G 386.72 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0117485;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.323;QD=20.6252;RBI=0.037574;REFB=-0.00929475;REVB=0.03569;RO=36;SAF=19;SAR=20;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131253;STB=0.572561;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0118034;OID=.;OPOS=34893326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:20:19:23:13:20:19:23:13 chr17 34942595 . G A 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0320313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.447;QD=16.2717;RBI=0.0320825;REFB=-0.0157126;REVB=-0.00181285;RO=18;SAF=2;SAR=13;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155422;STB=0.590774;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0179115;OID=.;OPOS=34942595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:13:2:4:14:13:2:4:14 chr17 34956585 . CCA C 243.43 PASS AF=0.419355;AO=36;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00059668;FXX=0.0510152;HRUN=2;LEN=2;MLLD=210.581;QD=10.4702;RBI=0.0103809;REFB=-0.0100986;REVB=-0.0103637;RO=46;SAF=18;SAR=18;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0.303681;SSSB=0.0867366;STB=0.533096;STBP=0.628;TYPE=del;VARB=0.0121018;OID=.;OPOS=34956586;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:36:93:39:93:54:21:18:26:28:99:46:18:18:19:27 chr17 34958598 . G C 409.17 PASS AF=0.415929;AO=46;DP=112;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=0.00183994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.034;QD=14.484;RBI=0.00262894;REFB=-0.01184;REVB=0.00187775;RO=66;SAF=24;SAR=22;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137193;STB=0.582575;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0157943;OID=.;OPOS=34958598;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:66:66:46:47:0.415929:22:24:43:23:23:24:43:23 chr17 35478362 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.142;QD=57.3854;RBI=0.0338203;REFB=0;REVB=0.030028;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204612;OID=.;OPOS=35478362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:38:19:0:0:38:19:0:0 chr17 35545408 . C T 225.8 PASS AF=0.280702;AO=32;DP=114;FAO=32;FDP=114;FR=.;FRO=82;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=55;FWDB=-0.026326;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.826;QD=7.92273;RBI=0.0359905;REFB=0.00187126;REVB=0.024541;RO=77;SAF=13;SAR=19;SRF=22;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156226;STB=0.558617;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00351357;OID=.;OPOS=35545408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:77:82:32:32:0.280702:19:13:22:55:19:13:27:55 chr17 35609866 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.791;QD=59.6795;RBI=0.0434521;REFB=0;REVB=0.00289099;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8226e-05;OID=.;OPOS=35609866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr17 35696804 . G A 446.01 PASS AF=1;AO=27;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.312;QD=57.5497;RBI=0.0255217;REFB=0;REVB=0.0221497;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0028588;OID=.;OPOS=35696804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:27:31:1:14:13:0:0:15:16:0:0 chr17 35696820 . AAAAG A,AAGAG 363.92 PASS AF=0.740741,0.259259;AO=20,7;DP=27;FAO=20,7;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10,4;FSAR=10,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00375458,-0.029697;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=4,1;MLLD=218.989,92.5995;QD=53.9143;RBI=0.0370857,0.0297443;REFB=0,0;REVB=0.0368952,0.00167666;RO=0;SAF=10,4;SAR=10,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000387699,-0.00547275;OID=.,.;OPOS=35696821,35696822;OREF=AAAG,A;OALT=-,G;OMAPALT=A,AAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.740741,0.259259:20,7:27:20,7:27:0:10,4:10,3:0:0:44:0:10,4:10,3:0:0 chr17 35872988 . G A 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0010134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.315;QD=18.0355;RBI=0.00774695;REFB=-0.0156383;REVB=-0.00768038;RO=26;SAF=15;SAR=7;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383753;STB=0.724313;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0173804;OID=.;OPOS=35872988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:27:22:22:0.44898:7:15:7:19:7:15:7:20 chr17 35873324 . T C 1625.87 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.888;QD=59.1226;RBI=0.0140536;REFB=0.00199383;REVB=0.00919542;RO=1;SAF=60;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978608;STB=0.505154;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=7.50478e-06;OID=.;OPOS=35873324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:108:109:0.990909:48:60:0:1:48:61:0:1 chr17 35873399 . TA T 1401.62 PASS AF=1;AO=112;DP=120;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00852398;FXX=0.0249979;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.4541;QD=47.9187;RBI=0.00965607;REFB=0;REVB=-0.00453668;RO=0;SAF=59;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-6.18835e-06;OID=.;OPOS=35873400;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:112:120:117:117:0:59:58:0:0:25:0:59:53:0:0 chr17 35880281 . CT C 51.99 PASS AF=0.232558;AO=27;DP=87;FAO=20;FDP=86;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.137701;FXX=0.0114929;HRUN=6;LEN=1;MLLD=12.0465;QD=2.41809;RBI=0.137975;REFB=-0.019447;REVB=0.00867772;RO=54;SAF=13;SAR=14;SRF=26;SRR=28;SSEN=0.351351;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5999;STBP=0.365;TYPE=del;VARB=0.00737543;OID=.;OPOS=35880282;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232558:27:87:20:86:66:8:12:35:31:51:54:13:14:26:28 chr17 35896199 . C T 197.11 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0439632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4983;QD=10.9505;RBI=0.0477997;REFB=-0.0239006;REVB=-0.0187628;RO=47;SAF=3;SAR=22;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.545299;STB=0.823233;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.030076;OID=.;OPOS=35896199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:22:3:25:22:22:3:25:22 chr17 35902225 . C G 502.8 PASS AF=0.583333;AO=41;DP=77;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0367074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.622;QD=23.9426;RBI=0.0389003;REFB=-0.0106302;REVB=-0.0128765;RO=34;SAF=9;SAR=32;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226438;STB=0.581361;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0110653;OID=.;OPOS=35902225;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:84:34:35:41:49:0.583333:32:9:15:19:35:14:16:19 chr17 35937637 . T C 443.73 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00679581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.892;QD=17.2323;RBI=0.00798571;REFB=0.00420471;REVB=-0.00419387;RO=55;SAF=25;SAR=23;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460828;STB=0.525667;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00438779;OID=.;OPOS=35937637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:55:48:48:0.466019:23:25:26:29:23:25:26:29 chr17 35984410 . T C 249.45 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.000404118;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.994;QD=18.1417;RBI=0.00426437;REFB=-0.0225825;REVB=0.00424518;RO=28;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115009;STB=0.564468;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0225706;OID=.;OPOS=35984410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:12:15:12:16:12:15:12:16 chr17 35988672 . C T 239.57 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.000203213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5005;QD=11.9783;RBI=0.0235737;REFB=0.00358851;REVB=0.0235728;RO=50;SAF=16;SAR=13;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920598;STB=0.51091;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00552039;OID=.;OPOS=35988672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:50:51:29:29:0.3625:13:16:28:22:13:16:29:22 chr17 35995638 . T A 450.06 PASS AF=0.41129;AO=51;DP=124;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=20;FWDB=0.00790365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.952;QD=14.518;RBI=0.00882715;REFB=-0.00140892;REVB=0.00393076;RO=73;SAF=33;SAR=18;SRF=53;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935703;STB=0.552443;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00161254;OID=.;OPOS=35995638;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:73:73:51:51:0.41129:18:33:53:20:18:33:53:20 chr17 36003359 . A G 195.19 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0218681;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.006;QD=15.3093;RBI=0.0309667;REFB=-0.0240693;REVB=-0.0219254;RO=28;SAF=7;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188937;STB=0.619025;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0212112;OID=.;OPOS=36003359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:28:29:22:22:0.431373:15:7:14:14:15:7:15:14 chr17 36358847 . T A 3315.73 PASS AF=1;AO=214;DP=215;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5921;QD=61.688;RBI=0.0535582;REFB=-0.0429628;REVB=0.0459059;RO=1;SAF=126;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00538302;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000661034;OID=.;OPOS=36358847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:215:215:1:0:214:215:1:88:126:0:1:89:126:0:0 chr17 36474601 . A G 164.17 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0155288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.158;QD=11.1302;RBI=0.0344296;REFB=-0.0142337;REVB=0.0307287;RO=38;SAF=11;SAR=10;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613395;STB=0.535681;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0303851;OID=.;OPOS=36474601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:10:11:22:16:10:11:22:16 chr17 36476535 . C T 276.43 PASS AF=0.261438;AO=40;DP=153;FAO=40;FDP=153;FR=.;FRO=113;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=71;FWDB=0.00579141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.636;QD=7.22686;RBI=0.0325241;REFB=-0.00575498;REVB=-0.0320044;RO=112;SAF=23;SAR=17;SRF=42;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243421;STB=0.646782;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0203142;OID=.;OPOS=36476535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:112:113:40:40:0.261438:17:23:42:70:17:23:42:71 chr17 36478388 . G T 73.34 PASS AF=0.322581;AO=9;DP=30;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0180773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.674;QD=9.46292;RBI=0.0183932;REFB=-0.0182764;REVB=-0.00339434;RO=21;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365064;STB=0.67467;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0553492;OID=.;OPOS=36478388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:31:21:21:9:10:0.322581:3:6:7:14:4:6:7:14 chr17 36485362 . C T 45.92 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0844059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7788;QD=9.18386;RBI=0.134628;REFB=-0.0202819;REVB=0.104882;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272725;STB=0.666222;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0538648;OID=.;OPOS=36485362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:4:3:9:4:4:3:9:4 chr17 36485753 . G C 148.31 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0290755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.162;QD=21.1867;RBI=0.038715;REFB=-0.0297714;REVB=0.025563;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271432;STB=0.642653;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0104503;OID=.;OPOS=36485753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:11:12:13:14:0.5:4:9:4:7:5:9:4:8 chr17 36493598 . A G 102.88 PASS AF=0.325;AO=12;DP=39;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0519179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4059;QD=10.2876;RBI=0.0614769;REFB=-0.0241132;REVB=-0.0329232;RO=27;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13415;STB=0.541767;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0425346;OID=.;OPOS=36493598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:27:27:12:13:0.325:4:8:15:12:5:8:15:12 chr17 36617210 . A G 2011.0 PASS AF=0.992366;AO=131;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00506133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.01;QD=61.4047;RBI=0.00790536;REFB=0.0420661;REVB=-0.00607269;RO=0;SAF=84;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502994;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000741163;OID=.;OPOS=36617210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:0:1:131:130:0.992366:47:84:0:0:47:83:1:0 chr17 36635721 . C T 227.08 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0187934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9846;QD=11.3542;RBI=0.0273874;REFB=-6.74446e-05;REVB=-0.0199218;RO=52;SAF=15;SAR=13;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00309887;STB=0.501794;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.000167646;OID=.;OPOS=36635721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:28:28:0.35:13:15:28:24:13:15:28:24 chr17 36646386 . A G 3730.03 PASS AF=0.991632;AO=237;DP=239;FAO=237;FDP=239;FR=.;FRO=2;FSAF=114;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00872397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.774;QD=62.4273;RBI=0.0477609;REFB=-0.120095;REVB=0.0469574;RO=0;SAF=114;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.04804e-08;STB=0.504032;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000210274;OID=.;OPOS=36646386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:239:239:0:2:237:237:0.991632:123:114:0:0:123:114:0:2 chr17 36654005 . C T 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0568074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5316;QD=16.4256;RBI=0.0608127;REFB=-0.0167312;REVB=0.0217049;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079851;STB=0.546136;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00984635;OID=.;OPOS=36654005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:7:4:5:6:7:4 chr17 36699322 . A G 226.11 PASS AF=0.45614;AO=21;DP=52;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0132468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2394;QD=15.867;RBI=0.0829725;REFB=-0.005738;REVB=0.0819082;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242671;STB=0.560928;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.011507;OID=.;OPOS=36699322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:57:31:31:21:26:0.45614:12:9:14:17:17:9:14:17 chr17 36704829 . G A 356.86 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00875242;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.546;QD=24.1941;RBI=0.00888176;REFB=-0.00787243;REVB=0.00151023;RO=24;SAF=25;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238278;STB=0.6315;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0099506;OID=.;OPOS=36704829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:10:25:10:14:10:25:10:14 chr17 36830727 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0853912;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.054;QD=21.1691;RBI=0.0918252;REFB=-0.0153604;REVB=0.0337669;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505826;STB=0.529328;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0134299;OID=.;OPOS=36830727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:2:1:3:4:2:1 chr17 36861983 . T C 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.802;QD=55.6518;RBI=0.0320655;REFB=0;REVB=-0.00607824;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000849119;OID=.;OPOS=36861983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr17 36873149 . C T 537.75 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.00311831;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.726;QD=19.0352;RBI=0.018405;REFB=-0.00974164;REVB=-0.0181389;RO=55;SAF=21;SAR=35;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00651181;STB=0.515217;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0115346;OID=.;OPOS=36873149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:55:57:56:56:0.495575:35:21:21:34:35:21:23:34 chr17 36876652 . C T 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0459809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3155;QD=6.73522;RBI=0.049069;REFB=-0.00677864;REVB=0.0171327;RO=36;SAF=8;SAR=3;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256181;STB=0.663588;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0154464;OID=.;OPOS=36876652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:36:36:11:11:0.234043:3:8:19:17:3:8:19:17 chr17 36881872 . ACCCCCCC ACCCCCC,ACCCCCCA 46.08 PASS AF=0.243902,0.097561;AO=12,3;DP=41;FAO=10,4;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=3,1;FSAR=7,3;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0705984,-0.0231791;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=6.593,27.4862;QD=4.4955;RBI=0.095455,0.0593404;REFB=-0.106445,-0.0492301;REVB=0.0642459,0.0546261;RO=20;SAF=4,1;SAR=8,2;SRF=5;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.103661,0.110946;STB=0.528244,0.587768;STBP=0.864,0.784;TYPE=del,snp;VARB=0.0766677,0.0218907;OID=.,.;OPOS=36881873,36881879;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=ACCCCCC,ACCCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243902,0.097561:12,3:41:10,4:41:27:3,1:7,3:9:18:25:20:4,1:8,2:5:15 chr17 36882595 . T A 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0100327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.601;QD=12.0249;RBI=0.0107194;REFB=-0.018541;REVB=-0.00377488;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130519;STB=0.577644;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0175796;OID=.;OPOS=36882595;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:8:4:9:11:8:4:9:11 chr17 36890949 . T C,G 666.24 PASS AF=0.826923,0.153846;AO=40,8;DP=49;FAO=43,8;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=16,2;FSAR=27,6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129135,0.00834932;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.669,80.8532;QD=51.2491;RBI=0.0409188,0.0133498;REFB=0.0365102,-0.137086;REVB=0.0388277,-0.0104166;RO=1;SAF=16,2;SAR=24,6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0284076,-0.174483;STB=0.515144,0.599732;STBP=0.27,0.267;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00266138,0.028768;OID=.,.;OPOS=36890949,36890949;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:51:49:52:1:1:40,8:43,8:0.826923,0.153846:24,6:16,2:1:0:27,6:16,2:1:0 chr17 36894839 . G A 598.12 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300226;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2532;QD=61.3453;RBI=0.0300323;REFB=0;REVB=-0.000763913;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145863;OID=.;OPOS=36894839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr17 36909061 . A G 241.71 PASS AF=0.367089;AO=30;DP=80;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.00970803;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.593;QD=12.2385;RBI=0.0193647;REFB=-0.00228479;REVB=-0.0167555;RO=49;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736687;STB=0.544048;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00500599;OID=.;OPOS=36909061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:49:50:30:29:0.367089:17:13:18:31:16:13:19:31 chr17 36922196 . A G 437.81 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.037632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.403;QD=21.62;RBI=0.0390126;REFB=-0.00820664;REVB=0.0102863;RO=37;SAF=22;SAR=21;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066339;STB=0.530106;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00998739;OID=.;OPOS=36922196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:38:43:43:0.530864:21:22:16:21:21:22:17:21 chr17 36922839 . C G 291.43 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0080197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.123;QD=16.8942;RBI=0.0168338;REFB=-0.00696565;REVB=-0.0148007;RO=37;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349143;STB=0.519587;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00948585;OID=.;OPOS=36922839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:17:15:16:21:17:15:16:21 chr17 36926731 . T G 411.05 PASS AF=0.525641;AO=42;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0121781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7445;QD=21.0794;RBI=0.0576914;REFB=0.0380509;REVB=0.0563914;RO=34;SAF=15;SAR=27;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047536;STB=0.51999;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.0280151;OID=.;OPOS=36926731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:37:42:41:0.525641:27:15:14:20:26:15:15:22 chr17 36926767 . G A 414.53 PASS AF=0.539474;AO=40;DP=75;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0191425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.736;QD=21.8174;RBI=0.0220203;REFB=0.000502522;REVB=0.0108839;RO=34;SAF=18;SAR=22;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00742347;STB=0.50489;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.000146545;OID=.;OPOS=36926767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:34:35:40:41:0.539474:22:18:15:19:23:18:15:20 chr17 37017969 . T G 352.44 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0443097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6252;QD=21.0415;RBI=0.0455431;REFB=0.00618881;REVB=0.010527;RO=31;SAF=20;SAR=16;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166634;STB=0.592055;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00646931;OID=.;OPOS=37017969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:16:20:11:20:16:20:11:20 chr17 37023896 . G A 101.93 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00745557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.261;QD=11.019;RBI=0.0333799;REFB=-0.00765045;REVB=0.0325367;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164556;STB=0.615193;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0174751;OID=.;OPOS=37023896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:24:24:12:13:0.351351:9:3:9:15:10:3:9:15 chr17 37070658 . A G 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0209899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.413;QD=13.336;RBI=0.0245152;REFB=5.89458e-05;REVB=0.0126656;RO=23;SAF=3;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448652;STB=0.773812;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.000513895;OID=.;OPOS=37070658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:24:15:15:0.384615:12:3:14:9:12:3:15:9 chr17 37076331 . G A 107.39 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.053409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.677;QD=7.81008;RBI=0.0573286;REFB=-0.0137375;REVB=-0.0208338;RO=40;SAF=7;SAR=8;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997048;STB=0.506075;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0685713;OID=.;OPOS=37076331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:8:7:19:21:8:7:19:21 chr17 37101380 . T C 937.05 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00656274;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.215;QD=54.3218;RBI=0.0312667;REFB=-0.0777782;REVB=0.0305702;RO=3;SAF=35;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162046;STB=0.508584;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000281741;OID=.;OPOS=37101380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:3:3:66:66:0.956522:31:35:1:2:31:35:1:2 chr17 37213317 . C A 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.045213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6096;QD=19.6682;RBI=0.0951817;REFB=-0.0129003;REVB=0.0837576;RO=18;SAF=5;SAR=14;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467227;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0173598;OID=.;OPOS=37213317;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:14:5:4:14:14:5:5:14 chr17 37228765 . A G 90.68 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0236588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1937;QD=6.71683;RBI=0.0403533;REFB=0.000656878;REVB=0.0326901;RO=41;SAF=6;SAR=7;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149736;STB=0.59308;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.000115509;OID=.;OPOS=37228765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:7:6:24:17:7:6:24:17 chr17 37243927 . A G 300.49 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0130396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.371;QD=19.0784;RBI=0.0216045;REFB=-0.0221125;REVB=-0.0172256;RO=31;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698145;STB=0.538898;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0227073;OID=.;OPOS=37243927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:14:18:15:16:14:18:15:16 chr17 37316988 . T C 130.03 PASS AF=0.384615;AO=16;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00660026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.452;QD=13.3358;RBI=0.0359386;REFB=-0.00753883;REVB=-0.0353273;RO=22;SAF=13;SAR=3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368517;STB=0.691075;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0149466;OID=.;OPOS=37316988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:24:16:15:0.384615:3:13:11:11:3:12:13:11 chr17 37319029 . T G 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0255439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.492;QD=19.4209;RBI=0.0257462;REFB=-0.0187389;REVB=-0.00322116;RO=26;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113636;STB=0.501867;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0203555;OID=.;OPOS=37319029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:13:16:14:12:13:16:15:12 chr17 37319065 . C T 255.63 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.030279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.785;QD=17.9387;RBI=0.0311182;REFB=0.0059143;REVB=0.00717792;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142756;STB=0.579943;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.0117429;OID=.;OPOS=37319065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:16:12:17:12:16:12:17:12 chr17 37319103 . T C 266.15 PASS AF=0.5;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-8.67214e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.403;QD=21.292;RBI=0.0183519;REFB=-0.00539011;REVB=0.0183517;RO=24;SAF=8;SAR=17;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368669;STB=0.713676;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00550101;OID=.;OPOS=37319103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:25:25:25:0.5:17:8:18:6:17:8:19:6 chr17 37334243 . G A 215.84 PASS AF=0.413793;AO=20;DP=60;FAO=24;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0200479;FXX=0.0333278;HRUN=6;LEN=1;MLLD=45.6322;QD=14.8858;RBI=0.123258;REFB=-0.0633198;REVB=0.121616;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253371;STB=0.559274;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0327748;OID=.;OPOS=37334243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:19:31:20:24:0.413793:9:11:11:8:11:13:20:11 chr17 37410892 . C G 1304.5 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000117939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.559;QD=60.6746;RBI=0.00049487;REFB=-0.070779;REVB=-0.000480611;RO=1;SAF=36;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129756;STB=0.506665;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00014761;OID=.;OPOS=37410892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:84:85:0.988372:48:36:1:0:48:37:1:0 chr17 37420535 . G A 107.76 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00191272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.453;QD=6.95218;RBI=0.00279325;REFB=-0.0108627;REVB=-0.00203562;RO=46;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153648;STB=0.593884;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0414152;OID=.;OPOS=37420535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:46:46:16:16:0.258065:7:9:20:26:7:9:20:26 chr17 37563286 . A G 255.72 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00511042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.486;QD=15.7369;RBI=0.0152337;REFB=-0.00196991;REVB=0.014351;RO=36;SAF=23;SAR=6;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449322;STB=0.755193;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00138343;OID=.;OPOS=37563286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:6:23:13:23:6:23:13:23 chr17 37566572 . C T 161.42 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0109987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.281;QD=8.84496;RBI=0.0173603;REFB=-0.00437522;REVB=-0.0134316;RO=51;SAF=14;SAR=8;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129834;STB=0.577248;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0158013;OID=.;OPOS=37566572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:51:51:22:22:0.30137:8:14:27:24:8:14:27:24 chr17 37864598 . G A 127.72 PASS AF=0.210526;AO=20;DP=95;FAO=20;FDP=95;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.0134833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.053;QD=5.37778;RBI=0.0224779;REFB=-0.00705276;REVB=-0.0179849;RO=75;SAF=15;SAR=5;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230187;STB=0.646549;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0235286;OID=.;OPOS=37864598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:75:75:20:20:0.210526:5:15:44:31:5:15:44:31 chr17 37879658 . G A 188.88 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00813213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.743;QD=11.1105;RBI=0.0245165;REFB=-0.00809019;REVB=0.0231285;RO=43;SAF=3;SAR=21;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393631;STB=0.744436;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0155841;OID=.;OPOS=37879658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:44:24:24:0.352941:21:3:16:27:21:3:17:27 chr17 37898543 . T C 676.76 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0715651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.609;QD=60.1565;RBI=0.0912475;REFB=-0.161597;REVB=0.0566088;RO=1;SAF=32;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375364;STB=0.519991;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00288016;OID=.;OPOS=37898543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:12:32:0:1:12:32:0:1 chr17 38068621 . T C 549.09 PASS AF=0.573034;AO=49;DP=87;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00477189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.462;QD=24.6784;RBI=0.00771108;REFB=-0.00317405;REVB=-0.00605722;RO=37;SAF=29;SAR=20;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840618;STB=0.547288;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00266815;OID=.;OPOS=38068621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:37:38:49:51:0.573034:20:29:18:19:20:31:19:19 chr17 38121993 . G A 796.17 PASS AF=0.593496;AO=73;DP=125;FAO=73;FDP=123;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00688357;FXX=0.0314936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1917;QD=25.8916;RBI=0.00951446;REFB=0.00325125;REVB=-0.00656821;RO=52;SAF=34;SAR=39;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0032363;STB=0.505812;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.000606953;OID=.;OPOS=38121993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:52:50:73:73:0.593496:39:34:24:28:39:34:24:26 chr17 38122680 . G T 187.4 PASS AF=0.389831;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.000370078;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.459;QD=12.7052;RBI=0.00167536;REFB=-0.0199202;REVB=0.00163397;RO=36;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115404;STB=0.544984;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0225981;OID=.;OPOS=38122680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:36:36:22:23:0.389831:15:7:15:21:15:8:15:21 chr17 38122686 . G A 242.11 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0817451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8676;QD=16.9902;RBI=0.116345;REFB=-0.00232296;REVB=0.0827886;RO=30;SAF=9;SAR=18;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00645405;OID=.;OPOS=38122686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:18:9:10:20:18:9:10:20 chr17 38137364 . G A 424.09 PASS AF=0.891892;AO=31;DP=37;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.103301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.7345;QD=45.8479;RBI=0.113779;REFB=-0.205882;REVB=0.0476919;RO=3;SAF=18;SAR=13;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716363;STB=0.545428;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0430641;OID=.;OPOS=38137364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:3:4:31:33:0.891892:13:18:3:0:13:20:4:0 chr17 38173143 . G A 996.66 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.63;QD=58.6268;RBI=0.0177231;REFB=0;REVB=0.013534;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07204e-05;OID=.;OPOS=38173143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:36:31:0:0:36:32:0:0 chr17 38176256 . A T 243.54 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279715;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.9;QD=51.2708;RBI=0.0563497;REFB=0;REVB=0.0489171;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474014;OID=.;OPOS=38176256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr17 38176630 . G A 157.58 PASS AF=0.318841;AO=21;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0182394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.477;QD=9.13522;RBI=0.0495404;REFB=-0.00641249;REVB=0.0460605;RO=47;SAF=8;SAR=13;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794044;STB=0.559174;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0158303;OID=.;OPOS=38176630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:47:21:22:0.318841:13:8:21:26:14:8:21:26 chr17 38179492 . A G 1517.45 PASS AF=0.963303;AO=105;DP=109;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00814803;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.822;QD=55.6861;RBI=0.00870181;REFB=-0.0113651;REVB=-0.00305469;RO=4;SAF=46;SAR=59;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00437133;STB=0.502305;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=6.88009e-05;OID=.;OPOS=38179492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:109:109:4:4:105:105:0.963303:59:46:2:2:59:46:2:2 chr17 38191236 . GA G 90.75 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=79;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=38;FWDB=-0.155286;FXX=0.0253133;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.29488;QD=4.7143;RBI=0.160244;REFB=-0.0818345;REVB=-0.0395529;RO=35;SAF=8;SAR=28;SRF=4;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153078;STB=0.590116;STBP=0.302;TYPE=del;VARB=0.0699218;OID=.;OPOS=38191237;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:36:79:33:77:44:8:25:6:38:90:35:8:28:4:31 chr17 38246286 . A G 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0132167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.723;QD=18.9135;RBI=0.0217881;REFB=-0.0208965;REVB=-0.0173216;RO=28;SAF=5;SAR=24;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109135;STB=0.561358;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0177803;OID=.;OPOS=38246286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:24:5:7:21:24:5:7:21 chr17 38251911 . GTGT G 143.89 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=6;FWDB=-0.00369593;FXX=0.0533262;HRUN=1;LEN=3;MLLD=305.983;QD=8.1062;RBI=0.0050621;REFB=-0.0001215;REVB=-0.00345905;RO=50;SAF=16;SAR=4;SRF=44;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17081;STB=0.603872;STBP=0.446;TYPE=del;VARB=-0.000109311;OID=.;OPOS=38251912;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28169:20:75:20:71:51:16:4:45:6:99:50:16:4:44:6 chr17 38253407 . A AAGG,G 126.17 PASS AF=0.333333,0.0833333;AO=12,3;DP=41;FAO=12,3;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9,3;FSAR=3,0;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0144596,0.0114268;FXX=0.0270197;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=151.526,52.8645;QD=14.0188;RBI=0.0157741,0.015288;REFB=-0.0303898,-0.00286646;REVB=0.00630411,-0.0101563;RO=26;SAF=9,3;SAR=3,0;SRF=11;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.378237,0.597175;STB=0.713915,0.99668;STBP=0.072,0.05;TYPE=ins,snp;VARB=0.0441822,-0.0228218;OID=.,.;OPOS=38253408,38253407;OREF=-,A;OALT=AGG,G;OMAPALT=AAGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:36:26:21:12,3:12,3:0.333333,0.0833333:3,0:9,3:11:15:3,0:9,3:9:12 chr17 38253428 . G A 82.67 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0132754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.366;QD=8.93729;RBI=0.0187688;REFB=-0.0206694;REVB=-0.0132677;RO=26;SAF=9;SAR=2;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333898;STB=0.708664;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0418941;OID=.;OPOS=38253428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:2:9:15:11:2:9:15:11 chr17 38273561 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00460609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.338;QD=52.6132;RBI=0.0055098;REFB=0;REVB=-0.00302356;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.5339e-05;OID=.;OPOS=38273561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:8:13:0:0:8:14:0:0 chr17 38282585 . G A 420.46 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.00177061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.27;QD=16.4887;RBI=0.00893906;REFB=-0.0199359;REVB=0.00876195;RO=56;SAF=25;SAR=21;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112486;STB=0.562845;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0293958;OID=.;OPOS=38282585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:56:46:46:0.45098:21:25:24:32:21:25:24:32 chr17 38292206 . TAGAG T 210.85 PASS AF=0.28866;AO=26;DP=98;FAO=28;FDP=97;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.00892776;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=4;MLLD=282.179;QD=8.69468;RBI=0.0106636;REFB=-0.0120388;REVB=-0.00583168;RO=67;SAF=7;SAR=19;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364206;STB=0.701347;STBP=0.01;TYPE=del;VARB=0.0308806;OID=.;OPOS=38292207;OREF=AGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28866:26:98:28:97:69:8:20:39:30:99:67:7:19:38:29 chr17 38347000 . C T 151.56 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0217036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.163;QD=10.1038;RBI=0.0221264;REFB=-0.00990896;REVB=-0.00430508;RO=40;SAF=13;SAR=7;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901378;STB=0.553137;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0155673;OID=.;OPOS=38347000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:7:13:23:17:7:13:23:17 chr17 38350209 . G A 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00566678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.305;QD=5.9577;RBI=0.0188377;REFB=-0.0028922;REVB=-0.0179652;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463636;STB=0.768454;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.013541;OID=.;OPOS=38350209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:17:18:6:6:0.25:4:2:13:4:4:2:13:5 chr17 38350583 . G A 597.19 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00674157;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.118;QD=61.2502;RBI=0.0825826;REFB=0;REVB=0.082307;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347119;OID=.;OPOS=38350583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:28:10:0:0:29:10:0:0 chr17 38457151 . G A 1372.3 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.494;QD=61.6766;RBI=0.038199;REFB=0;REVB=0.0288859;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603985;OID=.;OPOS=38457151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:84:89:1:46:38:0:0:49:40:0:0 chr17 38513802 . GGGGCC G,GG,GGGC,TCGGGC 655.2 PASS AF=0.254545,0.181818,0.545455,0;AO=11,8,8,6;DP=65;FAO=14,10,30,0;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=14,8,8,0;FSAR=0,2,22,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00568852,-0.00495808,-0.0115025,0.00290436;FXX=0.191148;HRUN=4,4,4,4;LEN=5,4,2,5;MLLD=29.9838,32.6189,29.557,11.6347;QD=47.6506;RBI=0.0362423,0.0576826,0.111779,0.053833;REFB=-0.0773155,-0.0902028,-0.0923817,0.0965839;REVB=0.0357931,0.0574691,0.111186,-0.0537546;RO=1;SAF=11,8,1,0;SAR=0,0,7,6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.445946,0.445946,0.445946,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.826036,0.803989,0.0589957,0;STB=0.998638,0.599781,0.511104,0.5;STBP=0.027,0.143,0.626,1;TYPE=del,del,del,mnp;VARB=0.0470718,0.0265942,-0.0746347,0;OID=.,.,.,.;OPOS=38513803,38513804,38513805,38513802;OREF=GGGCC,GGCC,GC,GGGGC;OALT=-,-,-,TCGGG;OMAPALT=G,GG,GGGC,TCGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:77:65:55:1:1:11,8,8,6:14,10,30,0:0.254545,0.181818,0.545455,0:0,0,7,6:11,8,1,0:0:1:0,2,22,0:14,8,8,0:0:1 chr17 38546293 . C T 480.05 PASS AF=0.338983;AO=60;DP=177;FAO=60;FDP=177;FR=.;FRO=117;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=57;FSRR=60;FWDB=-0.0126561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.432;QD=10.8485;RBI=0.0219702;REFB=-0.00178024;REVB=-0.0179586;RO=115;SAF=38;SAR=22;SRF=55;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180543;STB=0.598507;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00444798;OID=.;OPOS=38546293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:115:117:60:60:0.338983:22:38:55:60:22:38:57:60 chr17 38600092 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0184191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.072;QD=23.2183;RBI=0.114145;REFB=-0.00394326;REVB=0.11265;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0182454;OID=.;OPOS=38600092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr17 38610179 . G A 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0369378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9246;QD=4.62972;RBI=0.0369379;REFB=0.00838092;REVB=-0.000113526;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30769;STB=0.69944;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.030349;OID=.;OPOS=38610179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:3:3:18:6:3:3:18:6 chr17 38612862 . C T 207.92 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=0.0230453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3369;QD=13.4139;RBI=0.0239391;REFB=-0.0259471;REVB=-0.00648028;RO=37;SAF=13;SAR=12;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253011;STB=0.643033;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0327761;OID=.;OPOS=38612862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:12:13:28:9:12:13:28:9 chr17 38906804 . A G 202.74 PASS AF=0.273585;AO=29;DP=106;FAO=29;FDP=106;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0226459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.503;QD=7.6505;RBI=0.043959;REFB=-0.0209777;REVB=-0.037677;RO=77;SAF=11;SAR=18;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125711;STB=0.57518;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0456627;OID=.;OPOS=38906804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:77:77:29:29:0.273585:18:11:37:40:18:11:37:40 chr17 38911212 . G A 955.11 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.323;QD=58.7757;RBI=0.0384041;REFB=0;REVB=-0.0350235;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240568;OID=.;OPOS=38911212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:32:32:0:0:32:33:0:0 chr17 38911327 . C G 279.93 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0231392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4485;QD=18.9786;RBI=0.0479551;REFB=-0.0191448;REVB=0.0420032;RO=28;SAF=19;SAR=11;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00890763;STB=0.51162;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00429501;OID=.;OPOS=38911327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:29:30:30:0.508475:11:19:18:10:11:19:19:10 chr17 38911363 . G A 251.67 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0223028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0632;QD=17.0626;RBI=0.0324125;REFB=-0.014819;REVB=0.0235194;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20042;STB=0.612361;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0250615;OID=.;OPOS=38911363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:16:12:20:11:16:12:20:11 chr17 38928014 . A G 634.91 PASS AF=0.467626;AO=65;DP=138;FAO=65;FDP=139;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.0123452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7279;QD=18.2706;RBI=0.0125572;REFB=-0.00309493;REVB=0.00229738;RO=73;SAF=38;SAR=27;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114166;STB=0.567017;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00358155;OID=.;OPOS=38928014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:73:74:65:65:0.467626:27:38:34:39:27:38:34:40 chr17 38935812 . A G 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.707;QD=60.0288;RBI=0.0480601;REFB=0;REVB=-0.0159878;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112497;OID=.;OPOS=38935812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:41:31:0:0:41:31:0:0 chr17 38936659 . C T 603.6 PASS AF=0.572816;AO=58;DP=103;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0303413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.073;QD=23.4407;RBI=0.0305717;REFB=-0.00476968;REVB=0.00374645;RO=43;SAF=37;SAR=21;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658495;STB=0.53659;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00434559;OID=.;OPOS=38936659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:43:44:58:59:0.572816:21:37:24:19:22:37:24:20 chr17 38938316 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0958105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.645;QD=13.486;RBI=0.0984443;REFB=0.00546496;REVB=-0.0226192;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29032;STB=0.666369;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00819554;OID=.;OPOS=38938316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:1:10:6:3:1:10 chr17 38938591 . C G 396.49 PASS AF=0.794872;AO=30;DP=39;FAO=31;FDP=39;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00975038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.702;QD=40.6658;RBI=0.0115604;REFB=-0.0388781;REVB=0.00621069;RO=8;SAF=6;SAR=24;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989254;STB=0.541733;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0160086;OID=.;OPOS=38938591;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:8:8:30:31:0.794872:24:6:3:5:24:7:3:5 chr17 38950239 . C T 373.33 PASS AF=0.371901;AO=45;DP=121;FAO=45;FDP=121;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=3.48711e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.607;QD=12.3415;RBI=0.00893561;REFB=-0.00798513;REVB=-0.00893554;RO=76;SAF=26;SAR=19;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312271;STB=0.517782;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0125468;OID=.;OPOS=38950239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:76:76:45:45:0.371901:19:26:46:30:19:26:46:30 chr17 38950251 . A G 362.34 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.00800525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.476;QD=13.2969;RBI=0.0412916;REFB=-0.0152712;REVB=-0.0405082;RO=63;SAF=24;SAR=19;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483394;STB=0.510836;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0238857;OID=.;OPOS=38950251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:66:43:43:0.394495:19:24:38:25:19:24:38:28 chr17 38955961 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.000453151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.223;QD=17.5414;RBI=0.00249209;REFB=-0.0082712;REVB=-0.00245055;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836314;STB=0.547763;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0122223;OID=.;OPOS=38955961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:8:7:6:10:8:7:6:10 chr17 38978536 . A C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.697;QD=51.1846;RBI=0.0201498;REFB=0;REVB=-0.00203754;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.87207e-05;OID=.;OPOS=38978536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr17 38990834 . G C 553.91 PASS AF=0.554348;AO=50;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0154026;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.071;QD=24.083;RBI=0.0249333;REFB=-0.0299554;REVB=0.0196069;RO=25;SAF=24;SAR=26;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199605;STB=0.501066;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0145473;OID=.;OPOS=38990834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:25:41:50:51:0.554348:26:24:4:21:26:25:20:21 chr17 38991003 . T C 950.62 PASS AF=0.513812;AO=92;DP=182;FAO=93;FDP=181;FR=.;FRO=88;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=26;FSRR=62;FWDB=0.00725239;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.461;QD=21.0082;RBI=0.0182789;REFB=-0.0109655;REVB=0.0167786;RO=88;SAF=47;SAR=45;SRF=26;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191752;STB=0.60664;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00792385;OID=.;OPOS=38991003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:88:88:92:93:0.513812:45:47:26:62:45:48:26:62 chr17 38991032 . T A 914.46 PASS AF=0.477612;AO=95;DP=201;FAO=96;FDP=201;FR=.;FRO=105;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=34;FSRR=71;FWDB=0.0381445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2003;QD=18.1983;RBI=0.0411634;REFB=-0.0307494;REVB=0.0154732;RO=105;SAF=48;SAR=47;SRF=35;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163655;STB=0.597109;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0427107;OID=.;OPOS=38991032;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:105:105:95:96:0.477612:47:48:35:70:47:49:34:71 chr17 39081713 . A G 2640.69 PASS AF=1;AO=170;DP=172;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199119;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5039;QD=62.1338;RBI=0.0200841;REFB=0;REVB=0.00262428;RO=0;SAF=83;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.85022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25821e-05;OID=.;OPOS=39081713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:172:170:0:0:170:170:1:87:83:0:0:87:83:0:0 chr17 39084504 . T C 902.62 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00633274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.284;QD=58.2334;RBI=0.053011;REFB=0;REVB=0.0526314;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015689;OID=.;OPOS=39084504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr17 39137575 . G A 262.07 PASS AF=0.253425;AO=37;DP=148;FAO=37;FDP=146;FR=.;FRO=109;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=62;FWDB=-0.0398183;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.38;QD=7.18;RBI=0.0398238;REFB=0.000770832;REVB=0.000661824;RO=109;SAF=17;SAR=20;SRF=47;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355165;STB=0.521305;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.00237401;OID=.;OPOS=39137575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:146:109:109:37:37:0.253425:20:17:47:62:20:17:47:62 chr17 39150167 . G A 195.57 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00984348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.382;QD=17.7794;RBI=0.0110704;REFB=-0.0134144;REVB=0.00506557;RO=24;SAF=16;SAR=4;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219221;STB=0.626366;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0154763;OID=.;OPOS=39150167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:4:16:15:9:4:16:15:9 chr17 39150284 . A G 247.78 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0114467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.976;QD=11.66;RBI=0.0361902;REFB=-0.0117375;REVB=-0.0343323;RO=54;SAF=12;SAR=18;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129364;STB=0.512307;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0334432;OID=.;OPOS=39150284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:55:30:30:0.352941:18:12:21:33:18:12:21:34 chr17 39150357 . A G 327.33 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0522022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.754;QD=17.6937;RBI=0.0529488;REFB=-0.00173009;REVB=-0.00886029;RO=39;SAF=10;SAR=25;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183884;STB=0.603386;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0023664;OID=.;OPOS=39150357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:25:10:18:21:25:10:18:21 chr17 39156027 . G A 313.8 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.00592454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.506;QD=14.5952;RBI=0.0155779;REFB=-0.0312361;REVB=-0.0144073;RO=51;SAF=13;SAR=22;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660093;STB=0.537325;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.043152;OID=.;OPOS=39156027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:22:13:16:35:22:13:16:35 chr17 39165142 . A AG 36.41 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0877885;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=46.2836;QD=3.93594;RBI=0.0885317;REFB=-0.00844059;REVB=0.0114471;RO=30;SAF=1;SAR=6;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.659452;STB=0.916301;STBP=0.06;TYPE=ins;VARB=0.0773982;OID=.;OPOS=39165143;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.189189:7:37:7:37:30:1:6:23:7:36:30:1:6:23:7 chr17 39186031 . C T 173.28 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0311422;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8012;QD=16.119;RBI=0.0369252;REFB=-0.0215751;REVB=0.0198402;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138692;STB=0.606289;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.022176;OID=.;OPOS=39186031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:17:18:0.418605:12:5:10:14:13:5:11:14 chr17 39186168 . A C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.028303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.9;QD=15.3789;RBI=0.0371395;REFB=-0.00347336;REVB=-0.0240475;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128654;STB=0.574206;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00335115;OID=.;OPOS=39186168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:4:10:7:5:4:10 chr17 39186220 . G A 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00862258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.513;QD=22.5999;RBI=0.00972206;REFB=-0.0210496;REVB=0.00449104;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295472;STB=0.516515;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0128569;OID=.;OPOS=39186220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:13:10:8:12:13:10:8:12 chr17 39190758 . T C 275.67 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00645022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.834;QD=25.6437;RBI=0.0497326;REFB=2.18851e-05;REVB=-0.0493125;RO=18;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691082;STB=0.538287;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.000332225;OID=.;OPOS=39190758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:12:13:11:7:12:13:11:7 chr17 39190953 . GG CA 48.86 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.0110296;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=2;MLLD=129.563;QD=11.4968;RBI=0.0870246;REFB=-0.00587332;REVB=0.0863228;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.545736;STB=0.8119;STBP=0.15;TYPE=mnp;VARB=0.00548823;OID=.;OPOS=39190953;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:10:0:4:3:10:0 chr17 39197176 . G A 30.72 PASS AF=0.263158;AO=5;DP=19;FAO=5;FDP=19;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0851083;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.746;QD=6.46719;RBI=0.0851088;REFB=-0.0082972;REVB=-0.000293327;RO=13;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.57433;STB=0.844921;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0460672;OID=.;OPOS=39197176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:19:19:13:14:5:5:0.263158:1:4:3:10:1:4:4:10 chr17 39197499 . G A 80.25 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0494038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.489;QD=16.8952;RBI=0.102814;REFB=-0.0613725;REVB=0.0901661;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575228;STB=0.533268;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0565506;OID=.;OPOS=39197499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:6:3:4:6:6:3 chr17 39203490 . G C 56.77 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0228758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1936;QD=11.9526;RBI=0.0394562;REFB=-0.0270857;REVB=-0.0321479;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224141;STB=0.635998;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0824347;OID=.;OPOS=39203490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:5:6:6:2:5:6 chr17 39203521 . GTGGTGTCTGAGGC G 44.56 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0248198;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=13;MLLD=319.83;QD=6.1467;RBI=0.0562855;REFB=-0.0209738;REVB=-0.0505177;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156386;STB=0.529326;STBP=0.852;TYPE=del;VARB=0.0577252;OID=.;OPOS=39203522;OREF=TGGTGTCTGAGGC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.241379:7:29:7:29:22:2:5:7:15:44:17:2:5:7:10 chr17 39216302 . T TG 107.13 PASS AF=0.425926;AO=19;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0649376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.9019;QD=7.93587;RBI=0.129471;REFB=-0.017056;REVB=-0.112008;RO=32;SAF=13;SAR=6;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00411151;STB=0.542133;STBP=0.618;TYPE=ins;VARB=-0.00884624;OID=.;OPOS=39216303;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425926:19:53:23:54:31:14:9:21:10:99:32:13:6:22:10 chr17 39305956 . G A 105.33 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0667142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.116;QD=11.0872;RBI=0.111584;REFB=-0.023208;REVB=0.0894439;RO=24;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769089;STB=0.521706;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0451262;OID=.;OPOS=39305956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:24:25:13:13:0.342105:9:4:6:18:9:4:7:18 chr17 39334133 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.462;QD=35.5759;RBI=0.00662617;REFB=0;REVB=0.00662617;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203624;OID=.;OPOS=39334133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr17 39334456 . G A 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3384;QD=57.5438;RBI=0.135336;REFB=0;REVB=0.0863246;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002288;OID=.;OPOS=39334456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr17 39340707 . C T 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0574794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.887;QD=61.1857;RBI=0.0748243;REFB=-0.145474;REVB=-0.0479041;RO=1;SAF=31;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149319;STB=0.507933;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00405517;OID=.;OPOS=39340707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:16:31:1:0:16:31:1:0 chr17 39341158 . G A 920.04 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2894;QD=58.4151;RBI=0.0432723;REFB=0;REVB=-0.0319716;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000228815;OID=.;OPOS=39341158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:29:32:0:0:29:34:0:0 chr17 39341266 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3029;QD=50.412;RBI=0.0211757;REFB=0;REVB=-0.0047938;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235312;OID=.;OPOS=39341266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr17 39341294 . T A 160.16 PASS AF=1;AO=9;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.881;QD=45.7604;RBI=0.033818;REFB=0;REVB=0.0126232;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104322;OID=.;OPOS=39341294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:9:14:1:4:5:0:0:5:9:0:0 chr17 39341473 . G C 248.15 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0369955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4116;QD=16.2718;RBI=0.0374908;REFB=-0.0125488;REVB=-0.00607372;RO=33;SAF=18;SAR=10;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319654;STB=0.679509;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0138223;OID=.;OPOS=39341473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:10:18:10:23:10:18:10:23 chr17 39346518 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.851;QD=51.9167;RBI=0.0490294;REFB=0;REVB=0.0066117;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455216;OID=.;OPOS=39346518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr17 39383335 . C G 650.97 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.5;QD=61.9969;RBI=0.0577805;REFB=0;REVB=0.0192512;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355606;OID=.;OPOS=39383335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr17 39388852 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8115;QD=33.4285;RBI=0.0822731;REFB=0;REVB=0.0803697;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00626303;OID=.;OPOS=39388852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr17 39394674 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.69;QD=58.1419;RBI=0.0116569;REFB=0;REVB=-0.000693582;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.9476e-05;OID=.;OPOS=39394674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr17 39394729 . C A 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.18033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5022;QD=42.1781;RBI=0.180331;REFB=0;REVB=0.000754438;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0101235;OID=.;OPOS=39394729;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr17 39406409 . C A 2374.2 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135706;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0363;QD=64.1676;RBI=0.0740365;REFB=0;REVB=0.0727822;RO=0;SAF=90;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114451;OID=.;OPOS=39406409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:147:148:1:57:90:0:0:57:91:0:0 chr17 39406447 . A G 2660.74 PASS AF=0.99422;AO=172;DP=173;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=107;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0264064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.892;QD=61.52;RBI=0.0276701;REFB=-0.000943934;REVB=-0.0082665;RO=1;SAF=107;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726616;STB=0.503816;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=1.41544e-05;OID=.;OPOS=39406447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:173:1:1:172:172:0.99422:65:107:0:1:65:107:0:1 chr17 39406567 . C A 2351.09 PASS AF=0.99359;AO=155;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0148602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.31;QD=60.2843;RBI=0.0226653;REFB=0.0771827;REVB=0.017114;RO=1;SAF=74;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638551;STB=0.503355;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.000126292;OID=.;OPOS=39406567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:156:1:1:155:155:0.99359:81:74:1:0:81:74:1:0 chr17 39406589 . A G 2354.46 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268894;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.227;QD=61.1548;RBI=0.0287755;REFB=0;REVB=0.0102465;RO=0;SAF=67;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59797e-05;OID=.;OPOS=39406589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:153:154:1:86:67:0:0:87:67:0:0 chr17 39412372 . G C 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0665;QD=59.8535;RBI=0.0219449;REFB=0;REVB=-0.0195352;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.0251e-05;OID=.;OPOS=39412372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr17 39432562 . A T 417.94 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0124564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.467;QD=53.9272;RBI=0.0130041;REFB=-0.109946;REVB=-0.00373403;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53331;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00066289;OID=.;OPOS=39432562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:7:23:0:0:7:23:0:1 chr17 39458604 . G A 188.21 PASS AF=0.241667;AO=29;DP=120;FAO=29;FDP=120;FR=.;FRO=91;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=64;FWDB=0.00763727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.979;QD=6.27353;RBI=0.00783614;REFB=-0.00404505;REVB=-0.0017542;RO=91;SAF=17;SAR=12;SRF=27;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352175;STB=0.709762;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0102948;OID=.;OPOS=39458604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:91:91:29:29:0.241667:12:17:27:64:12:17:27:64 chr17 39458765 . A G 538.53 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.08;QD=59.8369;RBI=0.0264303;REFB=0;REVB=0.0196287;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192678;OID=.;OPOS=39458765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:24:11:0:0:25:11:0:0 chr17 39535241 . G A 74.41 PASS AF=0.157303;AO=14;DP=89;FAO=14;FDP=89;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=23;FWDB=-0.0100467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.017;QD=3.34448;RBI=0.0110102;REFB=-0.00380955;REVB=-0.00450433;RO=74;SAF=8;SAR=6;SRF=52;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177165;STB=0.607965;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0172804;OID=.;OPOS=39535241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:89:89:74:75:14:14:0.157303:6:8:52:22:6:8:52:23 chr17 39535859 . A G 3657.42 PASS AF=1;AO=231;DP=233;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.201;QD=62.7883;RBI=0.0216146;REFB=0;REVB=0.00957789;RO=0;SAF=133;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18372e-05;OID=.;OPOS=39535859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:233:233:0:0:231:233:1:98:133:0:0:99:134:0:0 chr17 39580454 . T C 430.85 PASS AF=0.418803;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.0165981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.442;QD=14.7297;RBI=0.0170941;REFB=-0.00548355;REVB=0.00408813;RO=66;SAF=29;SAR=20;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125728;STB=0.570998;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00723674;OID=.;OPOS=39580454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:66:68:49:49:0.418803:20:29:31:35:20:29:32:36 chr17 39593768 . A G 786.87 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00349598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.559;QD=53.347;RBI=0.0504029;REFB=-0.108572;REVB=-0.0502815;RO=1;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122514;STB=0.512816;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00286674;OID=.;OPOS=39593768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:58:59:1:2:57:57:0.966102:38:19:0:1:38:19:0:2 chr17 39616430 . G T 274.25 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.038165;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.044;QD=19.9454;RBI=0.0696817;REFB=0.00544244;REVB=0.0583007;RO=24;SAF=20;SAR=9;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179392;STB=0.519467;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.00281926;OID=.;OPOS=39616430;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:26:29:29:0.527273:9:20:17:7:9:20:17:9 chr17 39619093 . GT AC 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0240208;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.869;QD=13.9482;RBI=0.0255244;REFB=-0.0207913;REVB=-0.00863093;RO=27;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133714;STB=0.578217;STBP=0.42;TYPE=mnp;VARB=0.0367477;OID=.;OPOS=39619093;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:12:5:11:16:12:5:11:16 chr17 39619115 . G A 238.33 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00114737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.169;QD=16.1582;RBI=0.00447907;REFB=-0.0158111;REVB=0.00432962;RO=31;SAF=7;SAR=20;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208791;STB=0.612156;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0170014;OID=.;OPOS=39619115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:20:7:14:17:20:7:14:18 chr17 39619193 . C T 505.56 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0032688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.439;QD=19.8258;RBI=0.0105776;REFB=-0.00627315;REVB=0.0100599;RO=50;SAF=18;SAR=34;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327755;STB=0.518115;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00636909;OID=.;OPOS=39619193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:34:18:19:31:34:18:19:31 chr17 39619219 . G A 523.71 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.0130673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.752;QD=19.951;RBI=0.0142822;REFB=-0.00590829;REVB=-0.00576413;RO=51;SAF=21;SAR=33;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709716;STB=0.539057;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00701788;OID=.;OPOS=39619219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:54:54:0.514286:33:21:16:35:33:21:16:35 chr17 39620399 . C T 394.73 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00148824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.885;QD=14.8953;RBI=0.0205829;REFB=-0.0241182;REVB=0.0205291;RO=60;SAF=22;SAR=23;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00565188;STB=0.50776;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0309996;OID=.;OPOS=39620399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:61:45:45:0.424528:23:22:29:31:23:22:29:32 chr17 39622068 . G T 476.6 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.016913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.281;QD=19.453;RBI=0.0318124;REFB=-0.0118796;REVB=-0.026944;RO=51;SAF=31;SAR=16;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147485;STB=0.58219;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0128875;OID=.;OPOS=39622068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:16:31:26:25:16:31:26:25 chr17 39622385 . A G 173.72 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.00835077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.948;QD=12.8683;RBI=0.0315426;REFB=-0.0162533;REVB=0.0304171;RO=33;SAF=12;SAR=9;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174729;STB=0.599911;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0225758;OID=.;OPOS=39622385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:9:12:24:9:9:12:24:9 chr17 39623363 . T C 260.67 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.00146949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.845;QD=14.4819;RBI=0.00710743;REFB=-0.0243764;REVB=0.00695386;RO=41;SAF=15;SAR=14;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147114;STB=0.564686;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0372506;OID=.;OPOS=39623363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:41:42:29:30:0.416667:14:15:27:14:14:16:27:15 chr17 39624240 . G C 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00896293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.798;QD=15.6036;RBI=0.0435464;REFB=-0.00959969;REVB=-0.042614;RO=38;SAF=11;SAR=19;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083611;STB=0.547293;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00959817;OID=.;OPOS=39624240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:19:11:17:21:19:11:17:21 chr17 39624326 . G C 251.68 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0165277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.755;QD=12.4287;RBI=0.016533;REFB=-0.0084441;REVB=0.000417789;RO=51;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607597;STB=0.534861;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0105109;OID=.;OPOS=39624326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:51:30:30:0.37037:16:14:21:30:16:14:21:30 chr17 39633317 . A G 190.33 PASS AF=0.59375;AO=15;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00718423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.529;QD=23.7906;RBI=0.0719821;REFB=-0.0446764;REVB=-0.0716226;RO=11;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980137;STB=0.548122;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0273624;OID=.;OPOS=39633317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:32:32:11:13:15:19:0.59375:5:10:6:5:8:11:6:7 chr17 39633318 . C G 31.56 PASS AF=0.176471;AO=4;DP=31;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.025225;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=73.9411;QD=3.71238;RBI=0.0262437;REFB=-0.00977621;REVB=0.00724091;RO=27;SAF=1;SAR=3;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444614;STB=0.862529;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.220438;OID=.;OPOS=39633318;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:31:34:27:28:4:6:0.176471:3:1:18:9:5:1:18:10 chr17 39633349 . G C 197.71 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0121095;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.963;QD=18.8298;RBI=0.012739;REFB=-0.016259;REVB=0.00395518;RO=22;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278132;STB=0.658253;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0158338;OID=.;OPOS=39633349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:6:14:9:13:6:14:9:13 chr17 39634625 . A G 448.94 PASS AF=0.683333;AO=39;DP=58;FAO=41;FDP=60;FR=.;FRO=19;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00476699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.941;QD=29.9291;RBI=0.00781807;REFB=-0.0560403;REVB=0.00619661;RO=18;SAF=24;SAR=15;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102109;STB=0.561067;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0232109;OID=.;OPOS=39634625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:18:19:39:41:0.683333:15:24:8:10:16:25:8:11 chr17 39637244 . A G 508.73 PASS AF=0.5;AO=48;DP=97;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0118675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.891;QD=20.7644;RBI=0.0403779;REFB=-0.0431508;REVB=0.0385945;RO=48;SAF=27;SAR=21;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379948;STB=0.510286;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0386517;OID=.;OPOS=39637244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:48:49:48:49:0.5:21:27:25:23:22:27:26:23 chr17 39643646 . G A 45.64 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0132811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.181;QD=8.6932;RBI=0.0239457;REFB=-0.0130024;REVB=-0.0199251;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162774;STB=0.599733;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0301341;OID=.;OPOS=39643646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:4:10:4:3:4:10 chr17 39646021 . A G 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.059;QD=56.9535;RBI=0.0723225;REFB=0;REVB=0.0309802;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272707;OID=.;OPOS=39646021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr17 39648609 . G A 405.02 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00121077;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.36;QD=16.3645;RBI=0.00666804;REFB=-0.00264491;REVB=-0.0065572;RO=57;SAF=27;SAR=17;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545354;STB=0.539212;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00312107;OID=.;OPOS=39648609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:57:55:44:44:0.444444:17:27:32:25:17:27:30:25 chr17 39659194 . T C 1319.42 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0262603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.651;QD=60.6631;RBI=0.027165;REFB=-0.0827997;REVB=0.00695232;RO=1;SAF=62;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00758071;STB=0.503936;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000341058;OID=.;OPOS=39659194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:85:86:0.988506:23:62:1:0:23:63:1:0 chr17 39659294 . G T 260.97 PASS AF=0.315315;AO=35;DP=111;FAO=35;FDP=111;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.0261369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3111;QD=9.40434;RBI=0.0373242;REFB=0.000207591;REVB=0.0266451;RO=76;SAF=25;SAR=10;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279356;STB=0.663859;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.000351596;OID=.;OPOS=39659294;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:76:76:35:35:0.315315:10:25:37:39:10:25:37:39 chr17 39659913 . G A 1192.96 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146145;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8461;QD=61.1776;RBI=0.0184385;REFB=0;REVB=0.0112426;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.42326e-05;OID=.;OPOS=39659913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr17 39661689 . G A 82.06 PASS AF=0.9;AO=5;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0466891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.725;QD=32.8222;RBI=0.0521256;REFB=0.0306328;REVB=0.0231776;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545355;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=1.07578e-05;OID=.;OPOS=39661689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:0:1:5:9:0.9:3:2:0:0:4:5:1:0 chr17 39670912 . G C 853.96 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00162666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0179;QD=55.9976;RBI=0.0244925;REFB=-0.0430896;REVB=-0.0244385;RO=1;SAF=13;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00993771;STB=0.505261;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00262685;OID=.;OPOS=39670912;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:47:13:0:1:47:13:0:1 chr17 39674641 . T C 1824.95 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00577178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.496;QD=60.3289;RBI=0.00587917;REFB=-0.0353786;REVB=-0.0011186;RO=1;SAF=49;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664388;STB=0.503496;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=2.88226e-06;OID=.;OPOS=39674641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:71:49:0:1:71:49:0:1 chr17 39681475 . A G 930.97 PASS AF=0.985075;AO=63;DP=64;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.476;QD=55.58;RBI=0.0132691;REFB=-0.0739974;REVB=-0.00430252;RO=1;SAF=28;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165659;STB=0.508769;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00173941;OID=.;OPOS=39681475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:67:1:1:63:66:0.985075:35:28:1:0:38:28:1:0 chr17 39723990 . T A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0175818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9927;QD=7.76198;RBI=0.0309615;REFB=-0.00855984;REVB=-0.0254852;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133506;STB=0.583077;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0151957;OID=.;OPOS=39723990;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:3:10:4:2:3:10 chr17 39727816 . T G 81.81 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.051977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7585;QD=9.62465;RBI=0.0549975;REFB=-0.04337;REVB=0.0179755;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178993;STB=0.608495;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.111404;OID=.;OPOS=39727816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:34:34:23:23:11:11:0.323529:4:7:11:12:4:7:11:12 chr17 39728050 . G A 175.45 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.117709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.575;QD=46.7869;RBI=0.124448;REFB=0;REVB=0.0403971;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228416;OID=.;OPOS=39728050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:13:1:0:0:14:1:0:0 chr17 39742718 . A G 269.53 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0104582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.967;QD=18.9141;RBI=0.0124445;REFB=-0.00270979;REVB=-0.00674471;RO=28;SAF=9;SAR=20;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115112;STB=0.56447;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00355092;OID=.;OPOS=39742718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:20:9:12:16:20:9:12:16 chr17 39742807 . C T 114.17 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0939246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.911;QD=18.2676;RBI=0.099669;REFB=-0.0371955;REVB=0.0333479;RO=12;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23066;STB=0.634379;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0209898;OID=.;OPOS=39742807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:25:25:12:12:13:13:0.52:11:2:4:8:11:2:4:8 chr17 39742894 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.10799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.785;QD=15.2589;RBI=0.108648;REFB=-0.00141922;REVB=0.0119366;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293682;STB=0.666317;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00130689;OID=.;OPOS=39742894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:6:1:0:6:6:1:0:6 chr17 39742898 . GC AT,GT 142.18 PASS AF=0.538462,0.461538;AO=7,6;DP=13;FAO=7,6;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=6,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013644,0.0935512;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=80.7743,69.393;QD=43.7463;RBI=0.0299824,0.0951341;REFB=0,0;REVB=0.0266981,-0.0172821;RO=0;SAF=1,0;SAR=6,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0207387,0.063726;OID=.,.;OPOS=39742898,39742899;OREF=GC,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:13:13:0:0:7,6:7,6:0.538462,0.461538:6,6:1,0:0:0:6,6:1,0:0:0 chr17 39743081 . G A 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00739332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.783;QD=23.758;RBI=0.0295238;REFB=-0.0190917;REVB=0.0285831;RO=22;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435819;STB=0.524253;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0163383;OID=.;OPOS=39743081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:12:14:13:9:12:14:13:9 chr17 39766504 . A G 273.97 PASS AF=0.956522;AO=19;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0831097;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.8304;QD=47.6471;RBI=0.150544;REFB=-0.0345673;REVB=-0.125524;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514273;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.000647915;OID=.;OPOS=39766504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:19:22:0.956522:5:14:0:0:5:17:1:0 chr17 39766611 . G A 104.69 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0191881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.476;QD=19.9414;RBI=0.0252223;REFB=-0.0612054;REVB=0.0163701;RO=9;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469487;STB=0.767007;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0110527;OID=.;OPOS=39766611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:21:21:9:9:12:12:0.571429:9:3:8:1:9:3:8:1 chr17 39767744 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2663;QD=57.6805;RBI=0.0220907;REFB=0;REVB=-0.0176284;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.98202e-05;OID=.;OPOS=39767744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:8:23:0:0:8:23:0:0 chr17 39775850 . C T 225.69 PASS AF=0.221557;AO=37;DP=167;FAO=37;FDP=167;FR=.;FRO=130;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=68;FSRR=62;FWDB=0.0193513;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.263;QD=5.40565;RBI=0.0300534;REFB=-0.014645;REVB=-0.0229942;RO=121;SAF=10;SAR=27;SRF=65;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34287;STB=0.702825;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0488779;OID=.;OPOS=39775850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:121:130:37:37:0.221557:27:10:65:56:27:10:68:62 chr17 39871700 . G A 348.92 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0168532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.889;QD=22.8797;RBI=0.0481386;REFB=-0.0412935;REVB=0.045092;RO=25;SAF=20;SAR=15;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129771;STB=0.563344;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.033935;OID=.;OPOS=39871700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:26:35:35:0.57377:15:20:10:15:15:20:11:15 chr17 39874267 . T A 453.37 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.010252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.575;QD=19.7117;RBI=0.0142387;REFB=-0.010173;REVB=0.00988118;RO=45;SAF=29;SAR=16;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125628;STB=0.571468;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00745328;OID=.;OPOS=39874267;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:47:45:45:0.48913:16:29:23:22:16:29:24:23 chr17 39874283 . T A 352.92 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0299248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1059;QD=15.8615;RBI=0.0347102;REFB=0.0329079;REVB=0.0175871;RO=51;SAF=24;SAR=14;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127653;STB=0.572088;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0390586;OID=.;OPOS=39874283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:14:24:26:25:14:24:26:25 chr17 39879729 . CAGA C,CAGC,CAGG 95.81 PASS AF=0.228571,0.0857143,0.0571429;AO=6,3,3;DP=36;FAO=8,3,2;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5,1,2;FSAR=3,2,0;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0127098,-0.0467903,-0.0590164;FXX=0;HRUN=1,2,2;LEN=3,1,1;MLLD=194.317,88.8518,44.4136;QD=10.9494;RBI=0.047444,0.0706991,0.159255;REFB=-0.0205941,-0.0298262,-0.0161696;REVB=-0.0457099,-0.0530002,-0.147916;RO=23;SAF=4,1,3;SAR=2,2,0;SRF=9;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.316493,-0.0666076,0.624482;STB=0.655357,0.570941,0.995447;STBP=0.316,0.9,0.095;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0249181,0.149905,-0.0284724;OID=.,.,.;OPOS=39879730,39879732,39879732;OREF=AGA,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CAGC,CAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.228571,0.0857143,0.0571429:6,3,3:36:8,3,2:35:22:5,1,2:3,2,0:9:13:47:23:4,1,3:2,2,0:9:14 chr17 39880340 . A C 261.17 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0330341;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.913;QD=24.2944;RBI=0.0330851;REFB=-0.00616396;REVB=-0.00183731;RO=19;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145677;STB=0.580582;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00529717;OID=.;OPOS=39880340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:19:19:24:24:0.55814:9:15:15:4:9:15:15:4 chr17 39880545 . C T 273.99 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=35;FWDB=0.0162481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.833;QD=15.2215;RBI=0.0334844;REFB=-0.0161217;REVB=-0.029278;RO=40;SAF=8;SAR=23;SRF=6;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154261;STB=0.590279;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0300817;OID=.;OPOS=39880545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:41:31:31:0.430556:23:8:6:34:23:8:6:35 chr17 39880573 . G A 167.89 PASS AF=0.339286;AO=18;DP=57;FAO=19;FDP=56;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=35;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=32;FWDB=-0.0635472;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.971;QD=11.9923;RBI=0.084303;REFB=-0.0174711;REVB=-0.0553963;RO=17;SAF=2;SAR=16;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124711;STB=0.599911;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0718285;OID=.;OPOS=39880573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:17:35:18:19:0.339286:16:2:3:14:16:3:3:32 chr17 39881289 . G C 261.23 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.00510809;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.565;QD=16.8535;RBI=0.026513;REFB=-0.0425914;REVB=0.0260162;RO=33;SAF=13;SAR=16;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232573;STB=0.630111;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0632362;OID=.;OPOS=39881289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:16:13:23:10:16:13:23:10 chr17 39883350 . G A 436.36 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0274225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.073;QD=21.286;RBI=0.0327598;REFB=-0.0040767;REVB=0.0179223;RO=37;SAF=23;SAR=20;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179768;STB=0.510524;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00534337;OID=.;OPOS=39883350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:39:43:43:0.52439:20:23:19:18:20:23:20:19 chr17 39883559 . G A 78.78 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00529069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.371;QD=15.0051;RBI=0.0223791;REFB=-0.00800244;REVB=0.0217447;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108107;STB=0.517207;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00486857;OID=.;OPOS=39883559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:3:7:8:2:3:7:8:3 chr17 39883595 . T C 67.97 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0107047;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.065;QD=9.37509;RBI=0.0117084;REFB=-0.010042;REVB=-0.00474316;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526258;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.018503;OID=.;OPOS=39883595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:31:29:18:20:9:9:0.310345:3:6:12:6:3:6:14:6 chr17 39883672 . G A 310.3 PASS AF=0.742857;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0100597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.886;QD=35.463;RBI=0.0102122;REFB=-0.0428978;REVB=-0.00175806;RO=9;SAF=18;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129222;STB=0.570675;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0147524;OID=.;OPOS=39883672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:9:9:26:26:0.742857:8:18:4:5:8:18:4:5 chr17 39884065 . C A 232.53 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=0;FWDB=-0.000498568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.788;QD=23.8487;RBI=0.101984;REFB=-0.00323248;REVB=0.101983;RO=17;SAF=21;SAR=0;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.64397;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00285613;OID=.;OPOS=39884065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:17:21:22:0.564103:0:21:17:0:1:21:17:0 chr17 39884091 . G C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.218;QD=60.6103;RBI=0.023129;REFB=0;REVB=0.0077837;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.344e-05;OID=.;OPOS=39884091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr17 39884583 . G A 803.5 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574884;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5635;QD=57.3928;RBI=0.0746327;REFB=0;REVB=0.0475934;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000978408;OID=.;OPOS=39884583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:57:56:1:21:36:0:0:20:36:0:0 chr17 39886379 . A AAG 66.56 PASS AF=1;AO=5;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213935;FXX=0.124844;HRUN=6;LEN=2;MLLD=251.85;QD=38.034;RBI=0.0562;REFB=0;REVB=-0.0519688;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277405;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000306716;OID=.;OPOS=39886380;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:7:7:7:0:4:3:0:0:4:1:4:1:0:1 chr17 39890715 . A T 1117.04 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.732;QD=60.3803;RBI=0.043044;REFB=0;REVB=0.0165803;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01659e-05;OID=.;OPOS=39890715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:36:37:0:0:36:38:0:0 chr17 39959189 . C G 614.09 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00895806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.778;QD=61.4093;RBI=0.017841;REFB=0;REVB=0.015429;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5982e-05;OID=.;OPOS=39959189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:17:22:0:0:18:22:0:0 chr17 39967442 . T C 333.95 PASS AF=0.6;AO=32;DP=54;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.022738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.717;QD=24.2872;RBI=0.0261916;REFB=-0.00422065;REVB=0.0129994;RO=22;SAF=20;SAR=12;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827492;STB=0.540122;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00255514;OID=.;OPOS=39967442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:22:22:32:33:0.6:12:20:16:6:12:21:16:6 chr17 39983808 . G C 1116.94 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00971067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6262;QD=60.3754;RBI=0.0266947;REFB=0;REVB=-0.0248658;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.88201e-05;OID=.;OPOS=39983808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:38:35:0:0:39:35:0:0 chr17 39983820 . G A 1080.44 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.36;QD=60.0244;RBI=0.0177588;REFB=0;REVB=0.0121305;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07803e-05;OID=.;OPOS=39983820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr17 39983849 . G C 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6675;QD=57.7107;RBI=0.0378728;REFB=0;REVB=-0.000594939;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369994;OID=.;OPOS=39983849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr17 39987130 . T C 1227.39 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3344;QD=61.3696;RBI=0.0242299;REFB=0;REVB=0.0138871;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284913;OID=.;OPOS=39987130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:36:44:0:0:36:44:0:0 chr17 39991867 . A ATATC 990.85 PASS AF=1;AO=60;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218867;FXX=0.0142837;HRUN=0;LEN=4;MLLD=323.82;QD=57.4407;RBI=0.0223435;REFB=0;REVB=-0.00449508;RO=1;SAF=27;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171579;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.63139e-06;OID=.;OPOS=39991868;OREF=-;OALT=TATC;OMAPALT=ATATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:71:69:69:0:34:35:0:0:5:1:27:33:1:0 chr17 39991914 . A G 187.93 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.016013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.269;QD=10.8942;RBI=0.0165831;REFB=-0.00248566;REVB=0.00431111;RO=45;SAF=7;SAR=17;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325699;STB=0.689876;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00375573;OID=.;OPOS=39991914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:17:7:26:19:17:7:26:19 chr17 39998141 . C T 689.14 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00707949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.179;QD=62.6492;RBI=0.0193613;REFB=0;REVB=0.0180206;RO=0;SAF=8;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.42054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82842e-05;OID=.;OPOS=39998141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:36:8:0:0:36:8:0:0 chr17 40010979 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.033;QD=57.1061;RBI=0.0249035;REFB=0;REVB=0.0142354;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28129e-05;OID=.;OPOS=40010979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr17 40048613 . A G 1438.06 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150506;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.164;QD=63.2116;RBI=0.0208301;REFB=0;REVB=0.0144004;RO=0;SAF=55;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204243;OID=.;OPOS=40048613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:92:91:1:37:55:0:0:36:55:0:0 chr17 40063775 . C T 195.86 PASS AF=0.288889;AO=26;DP=90;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0207958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.404;QD=8.70473;RBI=0.0371885;REFB=-0.00660824;REVB=0.0308304;RO=64;SAF=14;SAR=12;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647228;STB=0.538432;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0224174;OID=.;OPOS=40063775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:64:64:26:26:0.288889:12:14:31:33:12:14:31:33 chr17 40120419 . C T 148.3 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.00156074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.321;QD=7.80502;RBI=0.0105275;REFB=-0.00601132;REVB=-0.0104112;RO=55;SAF=8;SAR=13;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241026;STB=0.514498;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0309735;OID=.;OPOS=40120419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:55:55:21:21:0.276316:13:8:22:33:13:8:22:33 chr17 40125864 . G A 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0375822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.235;QD=22.5855;RBI=0.0389474;REFB=0.00959616;REVB=0.0102215;RO=6;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207895;STB=0.615214;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.00714946;OID=.;OPOS=40125864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:10:1:0:6:10:1:0:6 chr17 40126133 . G A 678.61 PASS AF=0.470588;AO=72;DP=153;FAO=72;FDP=153;FR=.;FRO=81;FSAF=56;FSAR=16;FSRF=52;FSRR=29;FWDB=-0.019659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.321;QD=17.7415;RBI=0.0272045;REFB=-0.0120044;REVB=-0.0188044;RO=81;SAF=56;SAR=16;SRF=52;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167028;STB=0.593192;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0110029;OID=.;OPOS=40126133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:81:81:72:72:0.470588:16:56:52:29:16:56:52:29 chr17 40126187 . G A 624.17 PASS AF=0.436709;AO=68;DP=159;FAO=69;FDP=158;FR=.;FRO=89;FSAF=52;FSAR=17;FSRF=57;FSRR=32;FWDB=0.0214934;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.155;QD=15.8018;RBI=0.0214934;REFB=-0.0127786;REVB=8.64987e-06;RO=90;SAF=51;SAR=17;SRF=57;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144747;STB=0.578935;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0196507;OID=.;OPOS=40126187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:90:89:68:69:0.436709:17:51:57:33:17:52:57:32 chr17 40146970 . G A 538.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00454679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.66;QD=59.8298;RBI=0.0267496;REFB=0;REVB=-0.0263603;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000228334;OID=.;OPOS=40146970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr17 40173851 . A C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.302;QD=62.9828;RBI=0.0247378;REFB=0;REVB=0.0186969;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.5371e-05;OID=.;OPOS=40173851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr17 40174435 . C T 203.99 PASS AF=0.277228;AO=28;DP=102;FAO=28;FDP=101;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.000584592;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.397;QD=8.07878;RBI=0.0302946;REFB=-0.0120593;REVB=-0.0302889;RO=72;SAF=21;SAR=7;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39282;STB=0.730796;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0330165;OID=.;OPOS=40174435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:72:73:28:28:0.277228:7:21:31:41:7:21:32:41 chr17 40179090 . G A 110.67 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0169678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.065;QD=26.0398;RBI=0.0403262;REFB=-0.0535262;REVB=0.0365827;RO=4;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341036;STB=0.67534;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0233551;OID=.;OPOS=40179090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:17:4:5:12:12:0.705882:10:2:3:1:10:2:3:2 chr17 40255672 . G A 150.21 PASS AF=0.327869;AO=12;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0223762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0152;QD=9.85004;RBI=0.0613519;REFB=-0.00693487;REVB=-0.0571258;RO=36;SAF=4;SAR=8;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205141;STB=0.52551;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0160048;OID=.;OPOS=40255672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:41:12:20:0.327869:8:4:18:18:9:11:21:20 chr17 40322252 . T C 1254.06 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1436;QD=61.1738;RBI=0.0384242;REFB=0;REVB=-0.0230843;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42172e-05;OID=.;OPOS=40322252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:38:43:0:0:39:43:0:0 chr17 40370800 . C T 47.76 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0752819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9362;QD=12.7351;RBI=0.0847699;REFB=-0.052545;REVB=0.0389688;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361846;STB=0.72179;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.116294;OID=.;OPOS=40370800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:8:7:7:0.466667:5:2:0:7:5:2:0:8 chr17 40469240 . C T 60.36 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0412147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6909;QD=4.23577;RBI=0.0423739;REFB=-0.00641453;REVB=0.0098436;RO=47;SAF=4;SAR=6;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262712;STB=0.673142;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0367198;OID=.;OPOS=40469240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:47:47:10:10:0.175439:6:4:29:18:6:4:29:18 chr17 40475056 . G A 437.59 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0084714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.565;QD=16.67;RBI=0.0275816;REFB=0.00144806;REVB=-0.0262484;RO=55;SAF=27;SAR=21;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341187;STB=0.510249;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.00280027;OID=.;OPOS=40475056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:55:57:48:48:0.457143:21:27:29:26:21:27:31:26 chr17 40689455 . T C 841.66 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0795413;FXX=0.0333278;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9955;QD=58.0454;RBI=0.0848422;REFB=0;REVB=0.0295189;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000744058;OID=.;OPOS=40689455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr17 40699124 . C T 58.75 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00150722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.649;QD=4.99996;RBI=0.0206403;REFB=-0.0114037;REVB=-0.0205852;RO=38;SAF=6;SAR=3;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295127;STB=0.694023;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0552002;OID=.;OPOS=40699124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:3:6:16:22:3:6:16:22 chr17 40699291 . G A 612.12 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.834;QD=58.2969;RBI=0.0909411;REFB=0.0200249;REVB=0.0890546;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.510633;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000365073;OID=.;OPOS=40699291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:0:1:40:41:0.97619:17:23:0:0:18:23:1:0 chr17 40699332 . T C,G 740.22 PASS AF=0.938776,0.0408163;AO=45,4;DP=49;FAO=46,2;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=26,0;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0215788,-0.0109595;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.472,130.336;QD=60.4262;RBI=0.0319906,0.0202321;REFB=-0.115555,-0.102199;REVB=0.0236168,-0.0170067;RO=0;SAF=26,0;SAR=19,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.15971e-08,0;STB=0.51219,0.5;STBP=0.319,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0019372,0.157019;OID=.,.;OPOS=40699332,40699332;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:49:49:0:1:45,4:46,2:0.938776,0.0408163:19,4:26,0:0:0:20,2:26,0:0:1 chr17 40705100 . C T 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0304252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.932;QD=61.1858;RBI=0.0532448;REFB=0.0791198;REVB=0.0436957;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208969;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.000228429;OID=.;OPOS=40705100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:25:22:1:0:25:22:1:0 chr17 40705852 . G A 155.27 PASS AF=0.268293;AO=22;DP=82;FAO=22;FDP=82;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.000648132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.605;QD=7.57433;RBI=0.00331232;REFB=-0.0218417;REVB=-0.00324829;RO=60;SAF=10;SAR=12;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17531;STB=0.60517;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0556053;OID=.;OPOS=40705852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:60:60:22:22:0.268293:12:10:36:24:12:10:36:24 chr17 40706906 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.467;QD=51.1846;RBI=0.0416324;REFB=0;REVB=0.036253;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362727;OID=.;OPOS=40706906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr17 40714804 . C A 230.35 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0497907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6015;QD=46.0697;RBI=0.0500204;REFB=-0.179733;REVB=-0.00478834;RO=1;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317459;STB=0.517223;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0112202;OID=.;OPOS=40714804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:1:1:19:19:0.95:14:5:0:1:14:5:0:1 chr17 40716235 . C T 188.04 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.015;QD=47.0093;RBI=0.0517791;REFB=0;REVB=-0.00586503;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219353;OID=.;OPOS=40716235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:10:5:0:0:10:6:0:0 chr17 40716520 . A G 1530.05 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.087;QD=63.7519;RBI=0.0222704;REFB=0;REVB=-0.00305338;RO=0;SAF=28;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5376e-05;OID=.;OPOS=40716520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:68:28:0:0:68:28:0:0 chr17 40722029 . A G 1203.4 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0042036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.673;QD=60.9318;RBI=0.0200101;REFB=0;REVB=0.0195636;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63862e-05;OID=.;OPOS=40722029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:76:79:1:33:43:0:0:35:44:0:0 chr17 40725379 . A T 386.73 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0244061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.557;QD=15.785;RBI=0.0251842;REFB=-0.014232;REVB=0.00621189;RO=57;SAF=22;SAR=19;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257853;STB=0.514537;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0222116;OID=.;OPOS=40725379;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:41:41:0.418367:19:22:32:25:19:22:32:25 chr17 40731597 . T A 2049.67 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121397;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8159;QD=62.5853;RBI=0.0145514;REFB=0;REVB=-0.00802305;RO=0;SAF=65;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24777e-05;OID=.;OPOS=40731597;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:129:131:1:64:65:0:0:66:65:0:0 chr17 40765986 . C T 314.94 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.00723554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.702;QD=19.9962;RBI=0.00763579;REFB=-0.0218603;REVB=-0.00243974;RO=29;SAF=9;SAR=24;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339377;STB=0.503647;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0228265;OID=.;OPOS=40765986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:30:33:33:0.52381:24:9:7:22:24:9:8:22 chr17 40766546 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.824;QD=45.805;RBI=0.0380827;REFB=0;REVB=0.0143051;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216061;OID=.;OPOS=40766546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr17 40811919 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0724949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6328;QD=49.5968;RBI=0.0730087;REFB=0;REVB=-0.00864685;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00193804;OID=.;OPOS=40811919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr17 40817740 . C T 329.55 PASS AF=0.373737;AO=35;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0236588;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.598;QD=13.3152;RBI=0.0259821;REFB=-0.0060907;REVB=-0.0107392;RO=61;SAF=22;SAR=13;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154443;STB=0.59622;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0153625;OID=.;OPOS=40817740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:62:35:37:0.373737:13:22:30:31:13:24:31:31 chr17 40818451 . G A,C 464.73 PASS AF=0.939394,0.0606061;AO=31,2;DP=33;FAO=31,2;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340617,-0.0466994;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=91.8614,9.05809;QD=56.3307;RBI=0.063894,0.0759196;REFB=0,0;REVB=0.0540578,-0.0598577;RO=0;SAF=12,0;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.47712e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000396531,0.118472;OID=.,.;OPOS=40818451,40818451;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:33:33:0:0:31,2:31,2:0.939394,0.0606061:19,2:12,0:0:0:19,2:12,0:0:0 chr17 40818699 . A G 1590.49 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.019;QD=60.0185;RBI=0.0215193;REFB=0;REVB=-0.00919659;RO=0;SAF=59;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55068e-05;OID=.;OPOS=40818699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:46:59:0:0:46:60:0:0 chr17 40823085 . C T 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0187442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.601;QD=5.78795;RBI=0.0188338;REFB=0.00604664;REVB=0.00183445;RO=23;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368418;STB=0.749167;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00437475;OID=.;OPOS=40823085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:6:1:9:14:6:1:9:14 chr17 40823415 . G GC 100.97 PASS AF=0.233463;AO=58;DP=281;FAO=60;FDP=257;FR=.;FRO=197;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=105;FSRR=92;FWDB=0.178516;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.3375;QD=1.57158;RBI=0.183927;REFB=-0.0408259;REVB=0.0442865;RO=201;SAF=31;SAR=27;SRF=108;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00362833;STB=0.513128;STBP=0.817;TYPE=ins;VARB=0.0289605;OID=.;OPOS=40823416;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233463:58:281:60:257:197:33:27:105:92:99:201:31:27:108:93 chr17 40835922 . A C 3093.33 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000497024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3689;QD=63.7799;RBI=0.0356661;REFB=0;REVB=-0.0356626;RO=0;SAF=90;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.7538e-05;OID=.;OPOS=40835922;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:194:0:0:194:194:1:104:90:0:0:104:90:0:0 chr17 40854534 . G GT 940.98 PASS AF=1;AO=66;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.1645;QD=45.3486;RBI=0.0676398;REFB=0;REVB=0.0454514;RO=13;SAF=32;SAR=34;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548263;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00166676;OID=.;OPOS=40854535;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:83:83:83:0:37:46:0:0:18:13:32:34:4:9 chr17 40854536 . G T 34.84 PASS AF=0.105882;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=85;FR=.;FRO=76;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.0263816;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.9669;QD=1.63945;RBI=0.0416695;REFB=-0.0310714;REVB=-0.0322546;RO=74;SAF=2;SAR=7;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309893;STB=0.729038;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.216017;OID=.;OPOS=40854536;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:83:85:74:76:9:9:0.105882:7:2:35:39:7:2:35:41 chr17 40926695 . A T 2805.15 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00491209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.042;QD=62.6849;RBI=0.0495877;REFB=0;REVB=0.0493438;RO=0;SAF=80;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56058e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09307e-05;OID=.;OPOS=40926695;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:179:0:0:175:179:1:95:80:0:0:98:81:0:0 chr17 40947916 . GC CG,G 169.57 PASS AF=0,1;AO=5,11;DP=18;FAO=0,17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128577,0.19645;FXX=0.0555247;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=82.9789,16.5019;QD=39.8996;RBI=0.238966,0.196513;REFB=0,0;REVB=-0.23862,0.00497772;RO=0;SAF=0,5;SAR=5,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0151047;OID=.,.;OPOS=40947916,40947917;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:18:17:0:0:5,11:0,17:0,1:5,6:0,5:0:0:0,12:0,5:0:0 chr17 40967952 . G A 38.16 PASS AF=0.104651;AO=9;DP=86;FAO=9;FDP=86;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.00733922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.694;QD=1.77475;RBI=0.0247408;REFB=-0.000903814;REVB=-0.0236272;RO=74;SAF=7;SAR=2;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336094;STB=0.743303;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00655143;OID=.;OPOS=40967952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:86:86:74:77:9:9:0.104651:2:7:37:37:2:7:40:37 chr17 40996751 . C T 314.97 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0629968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6787;QD=19.9978;RBI=0.0649126;REFB=-0.0100319;REVB=0.0156539;RO=30;SAF=20;SAR=13;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862707;STB=0.547762;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0164275;OID=.;OPOS=40996751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:13:20:21:9:13:20:21:9 chr17 41031723 . G A 41.63 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.00949892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.89;QD=4.16253;RBI=0.019337;REFB=-0.00482682;REVB=-0.0168431;RO=32;SAF=3;SAR=4;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346824;STB=0.734134;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.123784;OID=.;OPOS=41031723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:32:33:7:7:0.175:4:3:23:9:4:3:24:9 chr17 41116234 . G A 740.29 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0886;QD=56.9451;RBI=0.0424854;REFB=0;REVB=-0.0405819;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000644698;OID=.;OPOS=41116234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr17 41121208 . GGGC G,GG,GGG,GGGG 693.58 PASS AF=0.44,0.02,0.54,0;AO=14,11,12,11;DP=48;FAO=22,1,27,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0,13,0;FSAR=16,1,14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.07323e-05,-0.00453866,-0.00800764,-0.0106951;FXX=0.019604;HRUN=5,5,1,1;LEN=3,2,1,1;MLLD=224.616,228.385,227.337,222.398;QD=55.4861;RBI=0.0647276,0.0656774,0.0643424,0.0617171;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0647276,0.0655204,0.0638422,0.0607833;RO=0;SAF=3,2,6,8;SAR=11,9,6,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.0256069,-0.00995167,0.00478954,0.00380355;OID=.,.,.,.;OPOS=41121209,41121210,41121211,41121211;OREF=GGC,GC,C,C;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG,GGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.44,0.02,0.54,0:14,11,12,11:48:22,1,27,0:50:0:6,0,13,0:16,1,14,0:0:0:53:0:3,2,6,8:11,9,6,3:0:0 chr17 41121216 . G A 78.26 PASS AF=0.22;AO=10;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0113308;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=117.538;QD=6.2605;RBI=0.0167663;REFB=-0.0142852;REVB=0.0123581;RO=39;SAF=3;SAR=7;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815171;STB=0.578573;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00357527;OID=.;OPOS=41121216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:39:39:10:11:0.22:7:3:14:25:8:3:14:25 chr17 41121217 . G A 374.28 PASS AF=0.632653;AO=32;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00510808;FXX=0.019996;HRUN=7;LEN=1;MLLD=234.186;QD=30.5536;RBI=0.00556648;REFB=-0.013486;REVB=0.00221206;RO=17;SAF=7;SAR=25;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280668;STB=0.645467;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00363725;OID=.;OPOS=41121217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:18:32:31:0.632653:25:7:10:7:24:7:10:8 chr17 41133071 . T C,G 283.15 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=20,2;DP=22;FAO=20,2;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9,1;FSAR=11,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000453509,-0.0125613;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.933,155.131;QD=51.4814;RBI=0.00562302,0.0376915;REFB=0,0;REVB=0.0056047,-0.0355368;RO=0;SAF=9,1;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.0487e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00453818,0.0750283;OID=.,.;OPOS=41133071,41133071;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:22:22:0:0:20,2:20,2:0.909091,0.0909091:11,1:9,1:0:0:11,1:9,1:0:0 chr17 41165493 . A G 1058.82 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437418;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.259;QD=59.652;RBI=0.0513321;REFB=0;REVB=0.0268633;RO=0;SAF=52;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290763;OID=.;OPOS=41165493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:70:71:1:18:52:0:0:19:52:0:0 chr17 41165878 . C T 606.59 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.159;QD=60.6586;RBI=0.0272793;REFB=0;REVB=0.0150189;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.49359e-05;OID=.;OPOS=41165878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr17 41174025 . A C 247.61 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707665;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.494;QD=52.129;RBI=0.0710023;REFB=0;REVB=-0.00578283;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.001674;OID=.;OPOS=41174025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr17 41196406 . CTGG CGTA,CTAG,TAGG 644.69 PASS AF=0,0.952381,0.047619;AO=4,35,2;DP=46;FAO=0,40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30,0;FSAR=0,10,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00209383,0.00201985,-0.00236903;FXX=0.0869376;HRUN=1,7,1;LEN=3,1,2;MLLD=143.82,111.929,53.8119;QD=61.3987;RBI=0.0524033,0.0411292,0.0336883;REFB=0,0,0;REVB=0.0523615,0.0410795,0.0336049;RO=0;SAF=4,27,0;SAR=0,8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,mnp;VARB=0,-0.000489717,0.0542033;OID=.,.,.;OPOS=41196407,41196408,41196406;OREF=TGG,G,CT;OALT=GTA,A,TA;OMAPALT=CGTA,CTAG,TAGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:10:46:42:0:0:4,35,2:0,40,2:0,0.952381,0.047619:0,8,2:4,27,0:0:0:0,10,2:0,30,0:0:0 chr17 41223094 . T C 1553.91 PASS AF=1;AO=87;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.025;QD=64.0787;RBI=0.0567398;REFB=0;REVB=0.0258547;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197355;OID=.;OPOS=41223094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:87:97:1:44:43:0:0:46:51:0:0 chr17 41234470 . A G 1608.19 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5721;QD=59.0163;RBI=0.0158116;REFB=-0.0457012;REVB=0.00360046;RO=1;SAF=61;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771838;STB=0.504064;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000518265;OID=.;OPOS=41234470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:47:61:1:0:47:61:1:0 chr17 41244000 . T C 1270.93 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.466;QD=61.2497;RBI=0.0269819;REFB=0;REVB=0.0257265;RO=0;SAF=50;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09042e-05;OID=.;OPOS=41244000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:32:50:0:0:32:51:0:0 chr17 41244435 . T C 803.85 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5304;QD=64.3081;RBI=0.0219639;REFB=0;REVB=-0.0059669;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205663;OID=.;OPOS=41244435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr17 41244936 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.019;QD=63.5829;RBI=0.0480756;REFB=0;REVB=0.00148927;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102394;OID=.;OPOS=41244936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr17 41245237 . A G 840.84 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00728218;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.413;QD=56.0557;RBI=0.0679445;REFB=-0.187244;REVB=0.0675531;RO=1;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116518;STB=0.506171;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00573886;OID=.;OPOS=41245237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:60:1:1:59:59:0.983333:40:19:0:1:40:19:0:1 chr17 41245466 . G A 1625.92 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00309637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4754;QD=59.1242;RBI=0.0264443;REFB=-0.151052;REVB=-0.0262624;RO=0;SAF=46;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61771e-08;STB=0.505375;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00181862;OID=.;OPOS=41245466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:0:1:109:109:0.990909:63:46:0:0:63:46:1:0 chr17 41277185 . CCG C,CC,CCC 111.87 PASS AF=0.181818,0,0.818182;AO=2,2,6;DP=11;FAO=2,0,9;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,1;FSAR=0,0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428628,0.0274754,0.094804;FXX=0;HRUN=6,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=188.183,201.763,206.036;QD=40.6787;RBI=0.0436957,0.0291336,0.0953574;REFB=0,0,0;REVB=-0.00849073,-0.00968879,-0.010258;RO=0;SAF=2,1,0;SAR=0,1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.461538,0,0;SSEP=0.672515,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0334441,-0.0250104,0.00656102;OID=.,.,.;OPOS=41277186,41277187,41277187;OREF=CG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.181818,0,0.818182:2,2,6:11:2,0,9:11:0:2,0,1:0,0,8:0:0:5:0:2,1,0:0,1,6:0:0 chr17 41291953 . C G 1026.21 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6541;QD=59.4901;RBI=0.0310593;REFB=0;REVB=0.00381185;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244757;OID=.;OPOS=41291953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:34:34:0:0:35:34:0:0 chr17 41330024 . T C 1352.93 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0308836;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9762;QD=60.1302;RBI=0.0452426;REFB=-0.125908;REVB=0.033062;RO=2;SAF=39;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00242264;STB=0.501279;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00771454;OID=.;OPOS=41330024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:90:2:2:88:88:0.977778:49:39:1:1:49:39:1:1 chr17 41331460 . G A 632.24 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00920138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.626;QD=61.6815;RBI=0.0180008;REFB=0;REVB=0.0154714;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12774e-05;OID=.;OPOS=41331460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:17:23:0:0:18:23:0:0 chr17 41332804 . T C 589.92 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.040747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4473;QD=56.1827;RBI=0.0414801;REFB=-0.116414;REVB=0.0077644;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218106;STB=0.501193;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00782936;OID=.;OPOS=41332804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:1:2:40:40:0.952381:21:19:0:1:21:19:1:1 chr17 41361960 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.885;QD=59.5017;RBI=0.0187447;REFB=0;REVB=0.000683574;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09593e-05;OID=.;OPOS=41361960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr17 41362272 . C G 1357.58 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019981;FXX=0.0434735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1167;QD=61.7082;RBI=0.0242593;REFB=-0.0279038;REVB=0.0137576;RO=0;SAF=31;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00429e-08;STB=0.507935;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000308661;OID=.;OPOS=41362272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:88:0:1:87:87:0.988636:56:31:0:0:56:31:1:0 chr17 41445410 . A T 199.81 PASS AF=0.818182;AO=12;DP=17;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0135435;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=238.064;QD=36.3295;RBI=0.0204342;REFB=-0.0208084;REVB=0.0153013;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533296;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000647129;OID=.;OPOS=41445410;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:17:22:0:4:12:18:0.818182:6:6:0:0:12:6:2:2 chr17 41454935 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00496618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.424;QD=52.6132;RBI=0.0104935;REFB=0;REVB=0.00924392;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78492e-05;OID=.;OPOS=41454935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr17 41522213 . T A 301.48 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.0110468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1822;QD=16.7487;RBI=0.0569361;REFB=0.00575189;REVB=0.0558542;RO=39;SAF=17;SAR=16;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198229;STB=0.610624;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00573753;OID=.;OPOS=41522213;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:16:17:28:11:16:17:28:11 chr17 41601141 . C T 181.07 PASS AF=0.241379;AO=28;DP=116;FAO=28;FDP=116;FR=.;FRO=88;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=6.29243e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2828;QD=6.24365;RBI=0.0140233;REFB=0.00347115;REVB=-0.0140231;RO=88;SAF=6;SAR=22;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382132;STB=0.735115;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0062439;OID=.;OPOS=41601141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:88:88:28:28:0.241379:22:6:44:44:22:6:44:44 chr17 41603882 . T C 517.16 PASS AF=0.532609;AO=48;DP=91;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0239951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.22;QD=22.485;RBI=0.0240519;REFB=-0.0113901;REVB=0.00165257;RO=42;SAF=27;SAR=21;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698962;STB=0.536571;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00860842;OID=.;OPOS=41603882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:42:43:48:49:0.532609:21:27:27:15:22:27:27:16 chr17 41610114 . C T 177.44 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0139556;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.998;QD=21.5079;RBI=0.0226218;REFB=-0.046552;REVB=-0.0178041;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018107;STB=0.510193;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0335363;OID=.;OPOS=41610114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:8:10:8:7:8:10:8:7 chr17 41843979 . C G 1008.06 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00514766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0216;QD=58.4383;RBI=0.0297008;REFB=0;REVB=-0.0292513;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181008;OID=.;OPOS=41843979;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:36:31:0:0:36:33:0:0 chr17 41846508 . A G 1259.08 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010797;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.241;QD=61.4186;RBI=0.124153;REFB=0;REVB=0.123683;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166219;OID=.;OPOS=41846508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:82:0:0:75:82:1:27:48:0:0:32:50:0:0 chr17 41907079 . C T 152.71 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0511061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5651;QD=11.9776;RBI=0.051285;REFB=-0.0188271;REVB=0.00427964;RO=32;SAF=12;SAR=6;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155754;STB=0.583238;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0261137;OID=.;OPOS=41907079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:33:18:18:0.352941:6:12:17:15:6:12:18:15 chr17 41959808 . T C 3662.82 PASS AF=0.968379;AO=244;DP=253;FAO=245;FDP=253;FR=.;FRO=8;FSAF=103;FSAR=142;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00110767;FXX=0.00393685;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.976;QD=57.9102;RBI=0.0169019;REFB=-0.02593;REVB=-0.0168656;RO=8;SAF=102;SAR=142;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128273;STB=0.506623;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000974224;OID=.;OPOS=41959808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:253:253:8:8:244:245:0.968379:142:102:5:3:142:103:5:3 chr17 41960343 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.678;QD=58.5868;RBI=0.0254798;REFB=0;REVB=-0.0111212;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118063;OID=.;OPOS=41960343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr17 41960633 . CG GC 1676.23 PASS AF=1;AO=110;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170283;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=2;MLLD=191.01;QD=59.8654;RBI=0.0171901;REFB=0;REVB=0.00235332;RO=0;SAF=50;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49535e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.70411e-05;OID=.;OPOS=41960633;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:110:112:1:60:50:0:0:60:52:0:0 chr17 41961451 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0069862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.829;QD=57.6802;RBI=0.0111312;REFB=0;REVB=0.00866578;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33358e-06;OID=.;OPOS=41961451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr17 41994794 . C T 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.284;QD=60.0306;RBI=0.0314245;REFB=0;REVB=0.0183578;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54705e-05;OID=.;OPOS=41994794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:30:42:0:0:30:42:0:0 chr17 42030531 . G C 232.26 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0189907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.4;QD=23.821;RBI=0.0253404;REFB=-0.0236789;REVB=0.0167777;RO=17;SAF=8;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904992;STB=0.505046;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0109919;OID=.;OPOS=42030531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:14:8:6:11:14:8:6:11 chr17 42030743 . G C 796.14 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0172493;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.3001;QD=53.9753;RBI=0.0569517;REFB=-0.147879;REVB=0.0542767;RO=2;SAF=36;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00900834;STB=0.504778;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00310811;OID=.;OPOS=42030743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:60:59:2:2:57:57:0.966102:21:36:1:1:21:36:1:1 chr17 42085972 . C T 250.35 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0667636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0407;QD=20.028;RBI=0.100163;REFB=0.00719498;REVB=0.0746673;RO=26;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268995;STB=0.515139;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00423803;OID=.;OPOS=42085972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:16:8:8:18:16:8:8:18 chr17 42152103 . G A 161.66 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0489171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.842;QD=10.6008;RBI=0.0489175;REFB=0.00233287;REVB=-0.000208474;RO=38;SAF=6;SAR=15;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355284;STB=0.707348;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00297415;OID=.;OPOS=42152103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:38:40:21:21:0.344262:15:6:23:15:15:6:24:16 chr17 42154470 . A G 322.53 PASS AF=0.557377;AO=30;DP=57;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0109071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.476;QD=21.1494;RBI=0.0119233;REFB=-0.0232289;REVB=-0.00481678;RO=27;SAF=25;SAR=5;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528283;STB=0.733728;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0321743;OID=.;OPOS=42154470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:61:27:27:30:34:0.557377:5:25:7:20:8:26:7:20 chr17 42155403 . CGGGGG CGGGGA,CGGGG 396.55 PASS AF=0.658537,0.268293;AO=23,7;DP=41;FAO=27,11;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=15,2;FSAR=12,9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00659972,-0.107437;FXX=0.0465008;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=219.588,8.51382;QD=38.6882;RBI=0.0297456,0.25111;REFB=-0.0583103,-0.213338;REVB=-0.0290042,-0.226966;RO=3;SAF=11,2;SAR=12,5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0.611111;SSEP=0,0.408163;SSSB=-0.110682,-0.367917;STB=0.545421,0.713847;STBP=0.147,0.018;TYPE=snp,del;VARB=0.0274151,-0.178865;OID=.,.;OPOS=42155408,42155404;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=CGGGGA,CGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.658537,0.268293:23,7:41:27,11:41:3:15,2:12,9:3:0:63:3:11,2:12,5:3:0 chr17 42164885 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.04;QD=51.9158;RBI=0.0270955;REFB=0;REVB=-0.0147114;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9011e-05;OID=.;OPOS=42164885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr17 42213347 . G A 533.18 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00662537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.56;QD=23.1816;RBI=0.016657;REFB=-0.0186757;REVB=-0.0152827;RO=42;SAF=26;SAR=24;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115146;STB=0.563233;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0133978;OID=.;OPOS=42213347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:42:50:50:0.543478:24:26:16:26:24:26:16:26 chr17 42225547 . A C 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00320407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.459;QD=6.54484;RBI=0.0040843;REFB=-0.00866591;REVB=-0.00253288;RO=24;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980232;STB=0.562346;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0229994;OID=.;OPOS=42225547;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:4:4:10:14:4:4:10:14 chr17 42248346 . A T 661.26 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0256588;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2858;QD=60.115;RBI=0.0350483;REFB=-0.0180876;REVB=-0.0238749;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508193;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000460782;OID=.;OPOS=42248346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:0:1:43:43:0.977273:30:13:0:0:30:13:0:1 chr17 42249670 . C T 659.77 PASS AF=0.566372;AO=64;DP=113;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0228861;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.688;QD=23.3547;RBI=0.0247053;REFB=-0.00358924;REVB=0.00930492;RO=47;SAF=20;SAR=44;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249331;STB=0.527104;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00290545;OID=.;OPOS=42249670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:47:49:64:64:0.566372:44:20:16:31:44:20:18:31 chr17 42254527 . T G 125.65 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0173731;FXX=0.121921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.146;QD=13.961;RBI=0.0324271;REFB=-0.0235054;REVB=-0.0273804;RO=19;SAF=12;SAR=2;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.6564;STB=0.869722;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0147242;OID=.;OPOS=42254527;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:36:19:22:14:14:0.388889:2:12:3:16:2:12:5:17 chr17 42254992 . G A 320.33 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=-0.0091967;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.095;QD=13.347;RBI=0.0533583;REFB=-0.00413184;REVB=0.0525597;RO=58;SAF=24;SAR=12;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00701241;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00675901;OID=.;OPOS=42254992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:60:36:36:0.375:12:24:39:19:12:24:40:20 chr17 42255097 . T C 211.23 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00753595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.327;QD=12.07;RBI=0.0258968;REFB=-0.0175529;REVB=-0.0247761;RO=44;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189267;STB=0.608615;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0264976;OID=.;OPOS=42255097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:12:14:16:28:12:14:16:28 chr17 42266880 . G A 197.55 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0314775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7678;QD=26.3404;RBI=0.0339834;REFB=-0.0179926;REVB=0.0128077;RO=11;SAF=5;SAR=14;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00809242;STB=0.5045;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0105221;OID=.;OPOS=42266880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:14:5:3:8:14:5:3:8 chr17 42267918 . C T 53.12 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00401746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.901;QD=7.32743;RBI=0.00410686;REFB=-0.00458255;REVB=0.00085221;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325608;STB=0.702009;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0576133;OID=.;OPOS=42267918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:3:5:7:14:3:5:7:14 chr17 42270291 . A G 318.39 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00613369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.644;QD=23.1553;RBI=0.025796;REFB=-0.0077578;REVB=0.0250561;RO=23;SAF=20;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131337;STB=0.507242;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00579647;OID=.;OPOS=42270291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:12:20:14:9:12:20:14:9 chr17 42270813 . C T 55.07 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=54;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00860246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.183;QD=4.07957;RBI=0.0258394;REFB=0.00164823;REVB=-0.0243654;RO=44;SAF=2;SAR=6;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213872;STB=0.672658;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0124396;OID=.;OPOS=42270813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:54:44:45:8:9:0.166667:6:2:18:26:7:2:18:27 chr17 42287519 . C T 401.54 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=19;FWDB=0.0157775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0528;QD=14.7356;RBI=0.0569943;REFB=0.00641076;REVB=-0.054767;RO=60;SAF=22;SAR=24;SRF=42;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222904;STB=0.626035;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0113769;OID=.;OPOS=42287519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:63:46:46:0.422018:24:22:42:18:24:22:44:19 chr17 42326728 . G A 263.13 PASS AF=0.323232;AO=32;DP=99;FAO=32;FDP=99;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0992282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6038;QD=10.6317;RBI=0.105344;REFB=-0.00533064;REVB=-0.0353724;RO=67;SAF=12;SAR=20;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139323;STB=0.581344;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0138285;OID=.;OPOS=42326728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:67:67:32:32:0.323232:20:12:33:34:20:12:33:34 chr17 42392622 . T C 2283.92 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322686;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.273;QD=63.4421;RBI=0.00405331;REFB=0;REVB=0.00245289;RO=0;SAF=65;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251749;OID=.;OPOS=42392622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:0:0:143:144:1:78:65:0:0:79:65:0:0 chr17 42398052 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.341;QD=52.6132;RBI=0.0271646;REFB=0;REVB=0.0159662;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120645;OID=.;OPOS=42398052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr17 42398757 . C A,G 451.07 PASS AF=0.875,0.125;AO=29,2;DP=31;FAO=28,4;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11,2;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198145,-0.0250701;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=161.919,15.9546;QD=56.3833;RBI=0.0423733,0.0261514;REFB=0,0;REVB=0.0374551,-0.00744191;RO=0;SAF=12,1;SAR=17,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-6.0947e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000986067,0.12496;OID=.,.;OPOS=42398757,42398757;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:31:32:0:0:29,2:28,4:0.875,0.125:17,1:12,1:0:0:17,2:11,2:0:0 chr17 42427630 . T C 265.04 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0142701;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1627;QD=12.6211;RBI=0.0436534;REFB=-0.0135284;REVB=-0.0412551;RO=52;SAF=16;SAR=15;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101435;STB=0.563512;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0225715;OID=.;OPOS=42427630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:53:31:31:0.369048:15:16:22:30:15:16:22:31 chr17 42433359 . ACCCCA ACCCA,ACCCAC 33.12 PASS AF=0.357143,0.0357143;AO=10,2;DP=29;FAO=10,1;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=9,1;FSAR=1,0;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.165501,-0.0390408;FXX=0.0344709;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=13.2027,203.214;QD=4.73177;RBI=0.192945,0.0438432;REFB=-0.163756,-0.0168447;REVB=-0.0991823,-0.019951;RO=15;SAF=9,2;SAR=1,0;SRF=3;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.687184,0.691135;STB=0.892321,0.993395;STBP=0.007,0.213;TYPE=del,mnp;VARB=0.0439907,0.114965;OID=.,.;OPOS=42433360,42433363;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=ACCCA,ACCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143,0.0357143:10,2:29:10,1:28:17:9,1:1,0:5:12:29:15:9,2:1,0:3:12 chr17 42449789 . G A 605.54 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00837948;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.02;QD=59.0766;RBI=0.00945492;REFB=-0.147928;REVB=-0.00437948;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000438358;OID=.;OPOS=42449789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:25:15:0:0:25:15:0:1 chr17 42453065 . A C 822.93 PASS AF=1;AO=56;DP=60;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230938;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.994;QD=57.7491;RBI=0.0355786;REFB=0;REVB=0.0270651;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25199e-05;OID=.;OPOS=42453065;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:57:0:0:56:57:1:20:36:0:0:20:37:0:0 chr17 42454463 . G C 695.11 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2545;QD=61.7875;RBI=0.0479528;REFB=0;REVB=0.0409869;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218451;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000769036;OID=.;OPOS=42454463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:1:0:44:45:1:21:23:0:1:22:23:0:0 chr17 42734006 . T TC 60.24 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=69;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0294243;FXX=0.0298463;HRUN=0;LEN=1;MLLD=127.362;QD=3.70693;RBI=0.065991;REFB=-0.000464297;REVB=-0.0590679;RO=49;SAF=5;SAR=11;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379306;STB=0.825773;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.0118161;OID=.;OPOS=42734007;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.246154:16:69:16:65:49:3:13:31:18:60:49:5:11:31:18 chr17 42745385 . A G 225.58 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00793057;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1133;QD=19.6155;RBI=0.0238789;REFB=0.0189303;REVB=0.0225234;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194024;STB=0.609278;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0181287;OID=.;OPOS=42745385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:24:22:22:0.478261:10:12:8:16:10:12:8:16 chr17 42756235 . G A 43.2 PASS AF=0.10989;AO=10;DP=91;FAO=10;FDP=91;FR=.;FRO=81;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.00653042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4813;QD=1.89902;RBI=0.0359685;REFB=-0.00715559;REVB=-0.0353707;RO=79;SAF=8;SAR=2;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398154;STB=0.795864;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0816075;OID=.;OPOS=42756235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:91:91:79:81:10:10:0.10989:2:8:37:42:2:8:38:43 chr17 42851729 . C T 192.41 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.989;QD=45.273;RBI=0.0377791;REFB=0;REVB=0.0203581;RO=1;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699995;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462519;OID=.;OPOS=42851729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:16:17:1:0:15:17:1:9:6:1:0:9:8:0:0 chr17 42852604 . G T 808.76 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8913;QD=56.7552;RBI=0.0382378;REFB=0;REVB=0.0366785;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000819818;OID=.;OPOS=42852604;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:26:30:0:0:27:30:0:0 chr17 42852610 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00425809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.024;QD=57.1061;RBI=0.0226731;REFB=0;REVB=-0.0222696;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114873;OID=.;OPOS=42852610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:26:28:0:0:27:28:0:0 chr17 42854610 . T C 1088.68 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0007519;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8201;QD=60.4823;RBI=0.0424877;REFB=0;REVB=0.042481;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563163;OID=.;OPOS=42854610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr17 42855554 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.99;QD=64.1531;RBI=0.055583;REFB=0;REVB=0.0411206;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90836e-05;OID=.;OPOS=42855554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr17 42857430 . G A 1589.27 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138278;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6875;QD=64.2128;RBI=0.0732812;REFB=0;REVB=0.0719648;RO=0;SAF=61;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016921;OID=.;OPOS=42857430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:38:61:0:0:38:61:0:0 chr17 42857517 . C T 926.8 PASS AF=0.942857;AO=65;DP=69;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0587319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.416;QD=52.9601;RBI=0.0600116;REFB=0.0405965;REVB=0.0123268;RO=4;SAF=43;SAR=22;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493389;STB=0.526308;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.000340432;OID=.;OPOS=42857517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:69:70:4:4:65:66:0.942857:22:43:1:3:22:44:1:3 chr17 42880753 . C T 238.19 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=4.21321e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9783;QD=20.2715;RBI=0.0214329;REFB=0.0183199;REVB=-0.0214329;RO=23;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234593;STB=0.622533;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0166222;OID=.;OPOS=42880753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:24:23:23:0.489362:15:8:14:9:15:8:14:10 chr17 42925559 . C T 257.02 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00403808;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.425;QD=22.3495;RBI=0.0049173;REFB=-0.0216118;REVB=0.00280603;RO=22;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388191;STB=0.521721;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0143971;OID=.;OPOS=42925559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:22:22:24:24:0.521739:12:12:12:10:12:12:12:10 chr17 42961009 . C T 341.96 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0289516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.868;QD=30.3963;RBI=0.0297685;REFB=-0.0192393;REVB=-0.00692562;RO=16;SAF=12;SAR=17;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568903;STB=0.531228;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00851229;OID=.;OPOS=42961009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:17:12:8:8:17:12:8:8 chr17 42979670 . C A 188.26 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.000624972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.527;QD=14.2084;RBI=0.0143579;REFB=-0.00682273;REVB=0.0143443;RO=31;SAF=14;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601881;STB=0.534514;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0105112;OID=.;OPOS=42979670;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:8:14:18:13:8:14:18:13 chr17 42981239 . G GAGT,T 457.86 PASS AF=0.4,0.105263;AO=32,10;DP=95;FAO=38,10;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=20,0;FSAR=18,10;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0174301,0.0741228;FXX=0;HRUN=0,5;LEN=3,1;MLLD=263.579,70.0432;QD=19.2781;RBI=0.0191985,0.0741473;REFB=-0.00887782,-0.00346455;REVB=0.00804817,-0.00190709;RO=47;SAF=14,0;SAR=18,10;SRF=26;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.120856,-0.730494;STB=0.514918,0.998913;STBP=0.805,0;TYPE=ins,snp;VARB=0.0175666,-0.0453335;OID=.,.;OPOS=42981240,42981239;OREF=-,G;OALT=AGT,T;OMAPALT=GAGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:32,10:38,10:0.4,0.105263:18,10:14,0:26:21:18,10:20,0:26:21 chr17 42981499 . C T 118.81 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0224863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.725;QD=22.6299;RBI=0.0300847;REFB=-0.0105062;REVB=0.0199864;RO=7;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660951;STB=0.555473;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00816508;OID=.;OPOS=42981499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:7:8:13:13:0.619048:8:5:2:5:8:5:2:6 chr17 42981654 . A G 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00430666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=343.369;QD=16.1155;RBI=0.0131821;REFB=-0.00484378;REVB=0.0124588;RO=29;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311821;STB=0.51767;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00711139;OID=.;OPOS=42981654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:14:10:13:16:14:10:13:16 chr17 42982288 . A G 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.0109012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.395;QD=15.6451;RBI=0.0216231;REFB=-0.0309081;REVB=-0.0186741;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321393;STB=0.687348;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0250228;OID=.;OPOS=42982288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:12:10:22:6:12:10:23:6 chr17 42982729 . G A 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00255416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.602;QD=19.9671;RBI=0.0257952;REFB=0.00482272;REVB=0.0256685;RO=26;SAF=7;SAR=22;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220721;STB=0.623789;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00436909;OID=.;OPOS=42982729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:22:7:12:14:22:7:12:14 chr17 42984687 . G C 521.4 PASS AF=0.5;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00332735;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.755;QD=20.8561;RBI=0.0065847;REFB=-0.0184811;REVB=-0.00568217;RO=50;SAF=30;SAR=20;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372995;STB=0.520653;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0174966;OID=.;OPOS=42984687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:50:50:50:0.5:20:30:28:22:20:30:28:22 chr17 42987524 . T C 267.55 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0245943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.745;QD=13.7203;RBI=0.0258138;REFB=-0.0119498;REVB=-0.00784047;RO=47;SAF=17;SAR=14;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027921;STB=0.515903;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0251429;OID=.;OPOS=42987524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:14:17:27:20:14:17:27:20 chr17 43003767 . C A 135.93 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0248512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.66;QD=17.5391;RBI=0.0388369;REFB=-0.0131408;REVB=0.0298451;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158066;STB=0.590784;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0133778;OID=.;OPOS=43003767;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:5:10:8:8:5:10:8:8 chr17 43006235 . C A 290.45 PASS AF=0.324786;AO=38;DP=117;FAO=38;FDP=117;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.0119081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.42;QD=9.92991;RBI=0.0198661;REFB=-0.00205401;REVB=-0.0159016;RO=77;SAF=27;SAR=11;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2069;STB=0.613877;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0113793;OID=.;OPOS=43006235;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:77:79:38:38:0.324786:11:27:42:35:11:27:44:35 chr17 43011377 . C T 182.56 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00580535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2019;QD=9.73637;RBI=0.00717886;REFB=-0.00304395;REVB=-0.00422303;RO=51;SAF=15;SAR=9;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680238;STB=0.540036;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00602551;OID=.;OPOS=43011377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:51:51:24:24:0.32:9:15:29:22:9:15:29:22 chr17 43111558 . G A 96.49 PASS AF=0.631579;AO=11;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00800135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.934;QD=20.3132;RBI=0.0257868;REFB=-0.00724631;REVB=0.0245141;RO=7;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230775;STB=0.640758;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00402208;OID=.;OPOS=43111558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:19:19:7:7:11:12:0.631579:9:2:3:4:10:2:3:4 chr17 43171154 . C T 490.95 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.000626757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2066;QD=19.253;RBI=0.00952046;REFB=0.000659705;REVB=0.0094998;RO=51;SAF=24;SAR=27;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354689;STB=0.519623;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.00054585;OID=.;OPOS=43171154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:51:51:51:0.5:27:24:26:25:27:24:26:25 chr17 43174495 . G T 95.97 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=63;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.034206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.548;QD=5.64528;RBI=0.0634588;REFB=-0.00507099;REVB=-0.0534506;RO=47;SAF=14;SAR=2;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543371;STB=0.85386;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.161781;OID=.;OPOS=43174495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:63:68:47:52:16:16:0.235294:2:14:22:25:2:14:23:29 chr17 43181287 . A G 805.59 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00663018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.044;QD=64.447;RBI=0.0159792;REFB=0;REVB=0.0145388;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30504e-05;OID=.;OPOS=43181287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:21:28:0:0:22:28:0:0 chr17 43183420 . C T 492.67 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00687722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.496;QD=17.4395;RBI=0.0248638;REFB=-0.0135104;REVB=0.0238937;RO=58;SAF=28;SAR=25;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104343;STB=0.50268;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0121448;OID=.;OPOS=43183420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:60:53:53:0.469027:25:28:30:28:25:28:32:28 chr17 43192759 . ATCC A 64.95 PASS AF=0.409091;AO=6;DP=23;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.00831739;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=221.88;QD=11.8092;RBI=0.0265402;REFB=-0.0357613;REVB=-0.0252032;RO=14;SAF=0;SAR=6;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.666635;STB=0.557999;STBP=0.851;TYPE=del;VARB=0.049793;OID=.;OPOS=43192760;OREF=TCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:6:23:9:22:13:1:8:2:11:64:14:0:6:2:12 chr17 43192821 . A G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00407587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.292;QD=16.417;RBI=0.00610513;REFB=-0.00242555;REVB=0.00454531;RO=16;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047337;STB=0.527357;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00183001;OID=.;OPOS=43192821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:11:3:4:12:11:3:4:12 chr17 43227766 . T TTTGG 751.06 PASS AF=0.964286;AO=49;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0145825;FXX=0.0508388;HRUN=3;LEN=4;MLLD=281.796;QD=53.6474;RBI=0.0205483;REFB=0.0332404;REVB=-0.014477;RO=2;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348301;STB=0.516661;STBP=0.234;TYPE=ins;VARB=-0.000845119;OID=.;OPOS=43227767;OREF=-;OALT=TTGG;OMAPALT=TTTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.964286:49:56:54:56:2:25:29:0:2:7:2:23:26:0:2 chr17 43229299 . A C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.298;QD=55.0975;RBI=0.0383186;REFB=0;REVB=0.0120616;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207225;OID=.;OPOS=43229299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr17 43310394 . T TG 31.77 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=34;FWDB=0.0116882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.0678;QD=2.59354;RBI=0.0571109;REFB=-0.0423043;REVB=0.0559021;RO=39;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494643;STB=0.795533;STBP=0.113;TYPE=ins;VARB=0.112082;OID=.;OPOS=43310395;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.204082:10:49:10:49:39:5:5:5:34:31:39:5:5:5:34 chr17 43310456 . TGG TG,TGT 43.36 PASS AF=0.285714,0.0714286;AO=8,2;DP=28;FAO=8,2;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=2,0;FSAR=6,2;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.10171,-0.00394784;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.2791,213.468;QD=6.1948;RBI=0.191598,0.121495;REFB=0.00596789,0.00927496;REVB=-0.162373,-0.121431;RO=17;SAF=2,0;SAR=6,2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0.339286,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.323425,-0.540081;STB=0.687004,0.994543;STBP=0.238,0.186;TYPE=del,snp;VARB=-0.108688,0.1034;OID=.,.;OPOS=43310457,43310458;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714,0.0714286:8,2:28:8,2:28:18:2,0:6,2:9:9:34:17:2,0:6,2:9:8 chr17 43318778 . GC CG 482.01 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0114658;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=260.97;QD=53.5562;RBI=0.0130006;REFB=-0.139011;REVB=0.00612789;RO=2;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622008;STB=0.533314;STBP=0.132;TYPE=mnp;VARB=0.000709846;OID=.;OPOS=43318778;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:36:36:2:2:34:34:0.944444:14:20:0:2:14:20:0:2 chr17 43333125 . C T 343.03 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00694568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.06;QD=18.7959;RBI=0.0143008;REFB=0.000195083;REVB=-0.0125008;RO=37;SAF=13;SAR=23;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686818;STB=0.538316;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.000366651;OID=.;OPOS=43333125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:23:13:16:21:23:13:16:21 chr17 43333785 . AAGAC A,AAGA 343.08 PASS AF=0.310345,0.137931;AO=25,12;DP=88;FAO=27,12;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=11,1;FSAR=16,11;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0189796,-0.0340459;FXX=0.0113623;HRUN=2,1;LEN=4,1;MLLD=202.52,186.692;QD=15.7738;RBI=0.022272,0.036835;REFB=-0.0161742,-0.0102451;REVB=0.0116541,-0.0140602;RO=48;SAF=10,1;SAR=15,11;SRF=26;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.160299,-0.607142;STB=0.598942,0.90517;STBP=0.213,0.004;TYPE=del,del;VARB=0.0154249,0.0278605;OID=.,.;OPOS=43333786,43333789;OREF=AGAC,C;OALT=-,-;OMAPALT=A,AAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310345,0.137931:25,12:88:27,12:87:48:11,1:16,11:27:21:99:48:10,1:15,11:26:22 chr17 43340936 . G A 306.98 PASS AF=0.603774;AO=29;DP=51;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0217839;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.037;QD=23.1685;RBI=0.0528455;REFB=-0.0358827;REVB=0.0481468;RO=20;SAF=9;SAR=20;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337157;STB=0.502511;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0431442;OID=.;OPOS=43340936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:20:21:29:32:0.603774:20:9:7:13:20:12:8:13 chr17 43342141 . G C 386.45 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00442864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.129;QD=18.1858;RBI=0.0257044;REFB=-0.0162422;REVB=-0.0253201;RO=45;SAF=17;SAR=23;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823196;STB=0.545971;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0208346;OID=.;OPOS=43342141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:23:17:23:22:23:17:23:22 chr17 43351039 . C G 339.15 PASS AF=0.617021;AO=27;DP=45;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00489083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.405;QD=28.8635;RBI=0.0143815;REFB=-0.030145;REVB=0.0135243;RO=18;SAF=9;SAR=18;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128911;STB=0.579653;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0174659;OID=.;OPOS=43351039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:18:18:27:29:0.617021:18:9:9:9:20:9:9:9 chr17 43364293 . C CG 425.82 PASS AF=1;AO=36;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.7444;QD=44.8234;RBI=0.0900928;REFB=0;REVB=-0.0851537;RO=2;SAF=22;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406685;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00344627;OID=.;OPOS=43364294;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:39:38:38:0:24:14:0:0:8:2:22:14:2:0 chr17 43514180 . C T 181.27 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00437861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.885;QD=16.4795;RBI=0.0052817;REFB=-0.00631181;REVB=0.00295366;RO=25;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214855;STB=0.512302;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00986078;OID=.;OPOS=43514180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:8:11:15:10:8:11:15:10 chr17 43923180 . G A 834.34 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.413;QD=57.5406;RBI=0.0718917;REFB=0;REVB=0.0418541;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156024;OID=.;OPOS=43923180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr17 43923578 . C A 96.41 PASS AF=0.234375;AO=15;DP=64;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0539467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.622;QD=6.02586;RBI=0.0540232;REFB=-0.00853028;REVB=-0.00287468;RO=49;SAF=6;SAR=9;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18448;STB=0.614755;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0218909;OID=.;OPOS=43923578;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:64:64:49:49:15:15:0.234375:9:6:27:22:9:6:27:22 chr17 43923898 . A G 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.714;QD=56.7022;RBI=0.0413374;REFB=0;REVB=-0.00110313;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345905;OID=.;OPOS=43923898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr17 43924412 . T C 1520.8 PASS AF=0.979798;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0324772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.075;QD=61.4466;RBI=0.0329637;REFB=-0.0543454;REVB=0.00564271;RO=1;SAF=37;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797081;STB=0.508195;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000675425;OID=.;OPOS=43924412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:99:1:2:96:97:0.979798:59:37:0:1:60:37:0:2 chr17 44067382 . T C 588.71 PASS AF=0.975;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0913722;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9366;QD=58.8711;RBI=0.0946094;REFB=-0.14302;REVB=0.0245368;RO=1;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164521;STB=0.508767;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00737166;OID=.;OPOS=44067382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:40:1:1:39:39:0.975:28:11:0:1:28:11:0:1 chr17 44076676 . AT A 55.0 PASS AF=0.255556;AO=31;DP=90;FAO=23;FDP=90;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.0243563;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.8844;QD=2.44455;RBI=0.254041;REFB=-0.0197321;REVB=-0.252871;RO=56;SAF=15;SAR=16;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117457;STB=0.554408;STBP=0.635;TYPE=del;VARB=0.0171665;OID=.;OPOS=44076677;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255556:31:90:23:90:67:14:9:36:31:55:56:15:16:33:23 chr17 44077044 . T C 154.98 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000731681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7276;QD=44.2806;RBI=0.0279218;REFB=0;REVB=0.0279122;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00450997;OID=.;OPOS=44077044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:7:5:0:0:9:5:0:0 chr17 44117135 . C T 1168.4 PASS AF=0.910112;AO=81;DP=90;FAO=81;FDP=89;FR=.;FRO=8;FSAF=64;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.00574791;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.422;QD=52.5123;RBI=0.0316879;REFB=-0.03916;REVB=-0.0311623;RO=8;SAF=64;SAR=17;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17886;STB=0.595213;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000391094;OID=.;OPOS=44117135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:90:89:8:8:81:81:0.910112:17:64:0:8:17:64:0:8 chr17 44144014 . G A 94.88 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.0406169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6007;QD=5.75047;RBI=0.0608244;REFB=-0.000420791;REVB=0.0452755;RO=50;SAF=3;SAR=12;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192688;STB=0.634722;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00506266;OID=.;OPOS=44144014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:65:66:50:51:15:15:0.227273:12:3:16:34:12:3:17:34 chr17 44144993 . C G 843.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.453;QD=57.2033;RBI=0.0391117;REFB=0;REVB=0.0390875;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07998e-05;OID=.;OPOS=44144993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:35:22:0:0:36:23:0:0 chr17 44248499 . G C 915.55 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.985;QD=58.1301;RBI=0.0384613;REFB=0;REVB=-0.0163039;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31709e-05;OID=.;OPOS=44248499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:38:24:0:0:38:25:0:0 chr17 44248709 . CT C 64.17 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.00702997;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.792;QD=4.93637;RBI=0.0585296;REFB=0.0135935;REVB=0.0581058;RO=28;SAF=11;SAR=7;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205689;STB=0.52938;STBP=0.792;TYPE=del;VARB=-0.0213512;OID=.;OPOS=44248710;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154:18:52:18:52:34:12:6:24:10:64:28:11:7:22:6 chr17 44408406 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9387;QD=51.9157;RBI=0.0497378;REFB=0;REVB=0.0267767;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012982;OID=.;OPOS=44408406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr17 44950122 . T C 53.1 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0560299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8527;QD=7.32462;RBI=0.0596837;REFB=-0.0169441;REVB=-0.0205618;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196171;STB=0.646665;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0277051;OID=.;OPOS=44950122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:20:21:8:8:0.275862:6:2:8:12:6:2:9:12 chr17 44998563 . G A 592.62 PASS AF=0.42;AO=63;DP=150;FAO=63;FDP=150;FR=.;FRO=87;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.0104934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1599;QD=15.8031;RBI=0.0776037;REFB=-0.00936906;REVB=-0.076891;RO=81;SAF=31;SAR=32;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514984;STB=0.507934;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0122956;OID=.;OPOS=44998563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:81:87:63:63:0.42:32:31:44:37:32:31:44:43 chr17 45000529 . G C 220.64 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0252137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.599;QD=12.0898;RBI=0.0261069;REFB=-0.0257578;REVB=0.00677075;RO=44;SAF=14;SAR=13;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291315;STB=0.502031;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0441286;OID=.;OPOS=45000529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:46:27:27:0.369863:13:14:24:20:13:14:24:22 chr17 45000547 . G C 923.46 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0613352;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.6948;QD=58.6321;RBI=0.0852974;REFB=0;REVB=-0.059276;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00278199;OID=.;OPOS=45000547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr17 45008570 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0145407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.873;QD=20.0176;RBI=0.0255923;REFB=0.00686682;REVB=-0.0210603;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263017;STB=0.628438;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00573484;OID=.;OPOS=45008570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:17:18:18:0.514286:9:9:13:3:9:9:13:4 chr17 45214631 . G A 50.38 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0114791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.554;QD=4.7984;RBI=0.0385508;REFB=-0.00589112;REVB=-0.0368021;RO=32;SAF=6;SAR=2;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31426;STB=0.711948;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0192115;OID=.;OPOS=45214631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:32:34:8:8:0.190476:2:6:16:16:2:6:17:17 chr17 45214643 . A T 45.59 PASS AF=0.0952381;AO=4;DP=42;FAO=4;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00867588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.792;QD=4.34171;RBI=0.0179485;REFB=-0.00212687;REVB=-0.0157124;RO=34;SAF=3;SAR=1;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334203;STB=0.767927;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0177695;OID=.;OPOS=45214643;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:42:42:34:34:4:4:0.0952381:1:3:15:19:1:3:15:19 chr17 45214682 . A G 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00199654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.574;QD=4.156;RBI=0.0111439;REFB=0.00519184;REVB=0.0109636;RO=27;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526819;STB=0.856031;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00968419;OID=.;OPOS=45214682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:1:5:10:17:1:5:10:17 chr17 45219283 . T C 31.02 PASS AF=0.0757576;AO=7;DP=132;FAO=10;FDP=132;FR=.;FRO=122;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=66;FWDB=-0.02611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.791;QD=0.93989;RBI=0.0302093;REFB=-0.000166565;REVB=0.0151945;RO=122;SAF=1;SAR=6;SRF=56;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321832;STB=0.87163;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00139979;OID=.;OPOS=45219283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:132:132:122:122:7:10:0.0757576:6:1:56:66:9:1:56:66 chr17 45234343 . T G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0297787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.847;QD=13.5055;RBI=0.0301137;REFB=-0.00763581;REVB=-0.00447906;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113103;STB=0.566363;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0102492;OID=.;OPOS=45234343;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:9:8:7:5:9:8 chr17 45234360 . A C 86.01 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00581222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.612;QD=10.1186;RBI=0.034657;REFB=-0.0155246;REVB=-0.0341661;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178214;STB=0.574334;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0177038;OID=.;OPOS=45234360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:33:34:21:23:11:11:0.323529:6:5:13:8:6:5:13:10 chr17 45234403 . TT GG 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00225667;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=151.71;QD=8.81184;RBI=0.00225673;REFB=0.00250991;REVB=1.63678e-05;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186603;STB=0.614231;STBP=0.409;TYPE=mnp;VARB=-0.00600416;OID=.;OPOS=45234403;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:6:4:13:10:6:4:13:10 chr17 45234406 . CA C 34.59 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0337025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.966;QD=4.46309;RBI=0.0337027;REFB=-0.00599774;REVB=-0.000105659;RO=25;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308584;STB=0.707668;STBP=0.323;TYPE=del;VARB=0.00852057;OID=.;OPOS=45234407;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.193548:6:32:6:31:25:2:4:15:10:34:25:2:4:15:10 chr17 45234420 . T G 54.01 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0349612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6696;QD=8.3094;RBI=0.036093;REFB=0.00722963;REVB=0.00896772;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200918;STB=0.624688;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.0188761;OID=.;OPOS=45234420;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:18:18:8:8:0.307692:5:3:10:8:5:3:10:8 chr17 45258971 . A G 38.77 PASS AF=0.107143;AO=9;DP=84;FAO=9;FDP=84;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.068242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.242;QD=1.84637;RBI=0.0853523;REFB=0.00451955;REVB=0.0512643;RO=75;SAF=5;SAR=4;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120136;STB=0.590353;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.0360335;OID=.;OPOS=45258971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:84:84:75:75:9:9:0.107143:4:5:34:41:4:5:34:41 chr17 45266522 . T C 172.93 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0102483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3321;QD=11.3399;RBI=0.109504;REFB=-0.0288213;REVB=-0.109024;RO=39;SAF=7;SAR=15;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195504;STB=0.614066;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0477306;OID=.;OPOS=45266522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:15:7:19:20:15:7:19:20 chr17 45266535 . T C 240.93 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0248895;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.069;QD=14.3839;RBI=0.0481195;REFB=0.00491666;REVB=-0.0411824;RO=39;SAF=13;SAR=15;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235024;STB=0.513359;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.0154363;OID=.;OPOS=45266535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:15:13:19:20:15:13:19:20 chr17 45266571 . T A 400.04 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00353419;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.707;QD=23.8832;RBI=0.011728;REFB=-0.00958094;REVB=0.0111828;RO=27;SAF=20;SAR=19;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784962;STB=0.53515;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00961718;OID=.;OPOS=45266571;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:27:28:39:39:0.58209:19:20:11:16:19:20:12:16 chr17 45364540 . T C 652.98 PASS AF=0.643678;AO=56;DP=88;FAO=56;FDP=87;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00810023;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.892;QD=30.022;RBI=0.0215584;REFB=-0.0291882;REVB=0.0199788;RO=30;SAF=30;SAR=26;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444993;STB=0.529981;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0167503;OID=.;OPOS=45364540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:30:31:56:56:0.643678:26:30:14:16:26:30:14:17 chr17 45368337 . A C 2274.85 PASS AF=0.993197;AO=144;DP=146;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0360345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1916;QD=61.9008;RBI=0.0360443;REFB=-0.0977222;REVB=-0.000841912;RO=0;SAF=63;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.25873e-08;STB=0.503875;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.000715278;OID=.;OPOS=45368337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:146:147:0:1:144:146:0.993197:81:63:0:0:82:64:1:0 chr17 45369662 . G A 542.52 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0172607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2304;QD=21.4858;RBI=0.0810138;REFB=-0.0151331;REVB=-0.0791537;RO=47;SAF=31;SAR=23;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362392;STB=0.519933;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0117423;OID=.;OPOS=45369662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:47:47:54:54:0.534653:23:31:25:22:23:31:25:22 chr17 45369777 . A G 184.83 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0224598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.568;QD=12.12;RBI=0.0307466;REFB=0.00171963;REVB=-0.0209979;RO=36;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470834;STB=0.531559;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00919907;OID=.;OPOS=45369777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:38:23:23:0.377049:15:8:14:22:15:8:15:23 chr17 45369789 . G A 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.004436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.576;QD=11.1853;RBI=0.00451066;REFB=-0.00643815;REVB=-0.000817275;RO=35;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106253;STB=0.562579;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0115273;OID=.;OPOS=45369789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:14:5:12:23:14:5:12:23 chr17 45388586 . T A 1779.3 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=121;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0160083;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.323;QD=59.31;RBI=0.0870882;REFB=-0.0471658;REVB=0.0856042;RO=2;SAF=84;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271146;STB=0.514703;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00228481;OID=.;OPOS=45388586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:120:2:2:118:118:0.983333:34:84:0:2:33:85:0:2 chr17 45421563 . G A 513.99 PASS AF=0.510204;AO=49;DP=97;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.00266526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2071;QD=20.9793;RBI=0.0212102;REFB=0.0167382;REVB=-0.0210421;RO=48;SAF=24;SAR=25;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158107;STB=0.581601;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0165303;OID=.;OPOS=45421563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:48:48:49:50:0.510204:25:24:32:16:25:25:32:16 chr17 45425287 . C T 331.71 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0780726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1596;QD=12.6368;RBI=0.0909176;REFB=-0.00856062;REVB=-0.0465905;RO=65;SAF=18;SAR=22;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112548;STB=0.564071;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.014316;OID=.;OPOS=45425287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:65:65:40:40:0.380952:22:18:36:29:22:18:36:29 chr17 45451894 . G A 544.86 PASS AF=0.403846;AO=63;DP=156;FAO=63;FDP=156;FR=.;FRO=93;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.0796969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.103;QD=13.9706;RBI=0.0803199;REFB=0.000560052;REVB=-0.00998414;RO=92;SAF=31;SAR=32;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260612;STB=0.511298;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00112469;OID=.;OPOS=45451894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:92:93:63:63:0.403846:32:31:43:49:32:31:44:49 chr17 45468842 . A T 83.09 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00528465;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.863;QD=5.36067;RBI=0.0131642;REFB=0.000861499;REVB=-0.0120569;RO=47;SAF=10;SAR=3;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360893;STB=0.745112;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.002817;OID=.;OPOS=45468842;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:60:62:47:49:13:13:0.209677:3:10:23:24:3:10:23:26 chr17 45468871 . A G 139.79 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0149107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4493;QD=7.87531;RBI=0.0390511;REFB=-0.00282603;REVB=0.0360924;RO=50;SAF=10;SAR=10;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04767;STB=0.535176;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0115694;OID=.;OPOS=45468871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:51:20:20:0.28169:10:10:23:27:10:10:23:28 chr17 45490251 . C T 420.32 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0595832;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3858;QD=19.7798;RBI=0.0645034;REFB=0.00224502;REVB=-0.024709;RO=43;SAF=9;SAR=33;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336731;STB=0.688747;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00513601;OID=.;OPOS=45490251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:43:43:42:42:0.494118:33:9:23:20:33:9:23:20 chr17 45567593 . ATC A 202.81 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.0250406;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=2;MLLD=232.574;QD=15.601;RBI=0.0257653;REFB=-0.0465101;REVB=-0.00606758;RO=26;SAF=7;SAR=15;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148268;STB=0.591367;STBP=0.325;TYPE=del;VARB=0.0430164;OID=.;OPOS=45567594;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442308:22:55:23:52:29:8:15:6:23:99:26:7:15:5:21 chr17 45569815 . A G 278.18 PASS AF=0.375;AO=11;DP=36;FAO=15;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0104268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.927;QD=27.8183;RBI=0.0109124;REFB=-0.011963;REVB=0.00321912;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.589311;STB=0.755252;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0328894;OID=.;OPOS=45569815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:40:12:13:11:15:0.375:3:8:0:12:5:10:1:12 chr17 45699923 . AC AA,CA 58.03 PASS AF=0,0.333333;AO=2,7;DP=30;FAO=0,10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=0,9;FSAR=0,1;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00415823,0.00453705;FXX=0.0624805;HRUN=1,9;LEN=1,2;MLLD=207.278,33.0449;QD=7.73682;RBI=0.011668,0.14113;REFB=-0.00615531,-0.0712403;REVB=0.0109018,0.141058;RO=14;SAF=2,6;SAR=0,1;SRF=3;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.685297,0.638671;STB=0.5,0.8992;STBP=1,0.005;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0536994,0.0130148;OID=.,.;OPOS=45699924,45699923;OREF=C,AC;OALT=A,CA;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:55:30:30:14:20:2,7:0,10:0,0.333333:0,1:2,6:3:11:0,1:0,9:6:14 chr17 45700384 . C CCTA 252.55 PASS AF=0.375;AO=29;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.00296467;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=3;MLLD=191.639;QD=12.6274;RBI=0.0193695;REFB=-0.0167408;REVB=-0.0191413;RO=49;SAF=19;SAR=10;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223194;STB=0.545926;STBP=0.539;TYPE=ins;VARB=0.028006;OID=.;OPOS=45700385;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=CCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:29:80:30:80:50:19:11:35:15:99:49:19:10:33:16 chr17 45700388 . A C 39.08 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=52;FSRR=22;FWDB=-0.0226466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.744;QD=1.88346;RBI=0.0228325;REFB=-0.00200577;REVB=-0.00290837;RO=74;SAF=5;SAR=4;SRF=52;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18788;STB=0.636599;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0529805;OID=.;OPOS=45700388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:83:83:74:74:9:9:0.108434:4:5:52:22:4:5:52:22 chr17 45759767 . C T 806.46 PASS AF=0.527027;AO=72;DP=141;FAO=78;FDP=148;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.00191052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2844;QD=21.7963;RBI=0.027864;REFB=0.00495901;REVB=-0.0277985;RO=69;SAF=35;SAR=37;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702902;STB=0.53909;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00321504;OID=.;OPOS=45759767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:148:69:70:72:78:0.527027:37:35:39:30:41:37:39:31 chr17 45760349 . T C 1156.26 PASS AF=0.975;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0234936;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.911;QD=57.8132;RBI=0.0236169;REFB=-0.0907535;REVB=0.00240978;RO=1;SAF=33;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141253;STB=0.514702;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000261595;OID=.;OPOS=45760349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:1:2:77:78:0.975:44:33:1:0:45:33:2:0 chr17 45760429 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.103;QD=59.4356;RBI=0.039472;REFB=0;REVB=0.0083337;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127691;OID=.;OPOS=45760429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr17 45760433 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.15;QD=59.0187;RBI=0.0246896;REFB=0;REVB=0.0144207;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47529e-05;OID=.;OPOS=45760433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr17 45760958 . TA T 302.72 PASS AF=0.634921;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0797749;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.1731;QD=19.2203;RBI=0.0870247;REFB=-0.0260337;REVB=0.0347743;RO=23;SAF=16;SAR=24;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112195;STB=0.561259;STBP=0.23;TYPE=del;VARB=0.0140124;OID=.;OPOS=45760959;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.634921:40:64:40:63:23:16:24:13:10:99:23:16:24:13:10 chr17 45776727 . C T 253.23 PASS AF=0.264706;AO=36;DP=136;FAO=36;FDP=136;FR=.;FRO=100;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=67;FSRR=33;FWDB=-0.0234125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.792;QD=7.44782;RBI=0.0234513;REFB=-0.0150405;REVB=-0.00134777;RO=100;SAF=15;SAR=21;SRF=67;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305256;STB=0.680002;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0468875;OID=.;OPOS=45776727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:100:100:36:36:0.264706:21:15:67:33:21:15:67:33 chr17 45885687 . A G 399.3 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0106237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.131;QD=18.3584;RBI=0.021419;REFB=0.000489055;REVB=-0.0185987;RO=45;SAF=25;SAR=16;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312687;STB=0.512589;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00100058;OID=.;OPOS=45885687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:46:41:41:0.471264:16:25:26:19:16:25:27:19 chr17 45887951 . G T 143.94 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0116962;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.859;QD=14.3943;RBI=0.0145959;REFB=-0.030697;REVB=0.0087315;RO=24;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203965;STB=0.619051;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.051845;OID=.;OPOS=45887951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:5:11:12:12:5:11:12:12 chr17 45914464 . C T 232.29 PASS AF=0.253731;AO=34;DP=133;FAO=34;FDP=134;FR=.;FRO=100;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=57;FWDB=0.0414313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.652;QD=6.9339;RBI=0.0444487;REFB=-0.00367759;REVB=-0.0160976;RO=99;SAF=12;SAR=22;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105849;STB=0.560668;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0117254;OID=.;OPOS=45914464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:99:100:34:34:0.253731:22:12:43:56:22:12:43:57 chr17 45915788 . T C 934.98 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.095;QD=57.537;RBI=0.101373;REFB=0;REVB=0.0101114;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142232;OID=.;OPOS=45915788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:62:65:1:35:27:0:0:36:29:0:0 chr17 45915911 . C T 235.47 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00529689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.115;QD=13.2658;RBI=0.0133266;REFB=-0.011833;REVB=-0.0122287;RO=43;SAF=19;SAR=9;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137339;STB=0.578832;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0187684;OID=.;OPOS=45915911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:9:19:24:19:9:19:24:19 chr17 45959620 . T C 444.76 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.00248931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.972;QD=16.4727;RBI=0.00478705;REFB=-0.00517759;REVB=-0.0040889;RO=59;SAF=20;SAR=29;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132128;STB=0.57379;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00672473;OID=.;OPOS=45959620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:29:20:32:27:29:20:32:27 chr17 45994044 . C T 427.95 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.00233241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5778;QD=19.4523;RBI=0.0395969;REFB=-0.00542151;REVB=0.0395282;RO=45;SAF=32;SAR=11;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642578;STB=0.535817;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0183488;OID=.;OPOS=45994044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:11:32:31:14:11:32:31:14 chr17 45994094 . T C 490.96 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=10;FWDB=-0.0162288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.031;QD=19.2535;RBI=0.0218635;REFB=0.0131214;REVB=0.0146506;RO=50;SAF=34;SAR=17;SRF=41;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165145;STB=0.581366;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.017158;OID=.;OPOS=45994094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:51:51:51:0.5:17:34:41:9:17:34:41:10 chr17 45994154 . G A 264.3 PASS AF=0.378049;AO=29;DP=81;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0215454;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5475;QD=12.8924;RBI=0.0426616;REFB=-0.0553199;REVB=-0.0368213;RO=51;SAF=9;SAR=20;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167382;STB=0.562872;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.081847;OID=.;OPOS=45994154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:51:51:29:31:0.378049:20:9:23:28:20:11:23:28 chr17 46002744 . G T 167.65 PASS AF=0.368421;AO=20;DP=56;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00525115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.736;QD=11.7649;RBI=0.0195188;REFB=-0.00446904;REVB=-0.0187992;RO=36;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146072;STB=0.596923;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00857727;OID=.;OPOS=46002744;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:36:36:20:21:0.368421:9:11:15:21:9:12:15:21 chr17 46005792 . A ACT 614.72 PASS AF=0.477273;AO=62;DP=132;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0211743;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=2;MLLD=238.188;QD=18.6278;RBI=0.0212617;REFB=-0.0117389;REVB=-0.00192641;RO=68;SAF=36;SAR=26;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491803;STB=0.518675;STBP=0.673;TYPE=ins;VARB=0.0134966;OID=.;OPOS=46005793;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477273:62:132:63:132:69:36:27:37:32:99:68:36:26:36:32 chr17 46020698 . C T 470.42 PASS AF=0.40458;AO=53;DP=131;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.00977315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.428;QD=14.3639;RBI=0.0235203;REFB=-0.00340748;REVB=0.0213937;RO=77;SAF=25;SAR=28;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502309;STB=0.532093;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00505971;OID=.;OPOS=46020698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:77:78:53:53:0.40458:28:25:40:37:28:25:41:37 chr17 46024063 . G A 246.43 PASS AF=0.337079;AO=30;DP=89;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00539527;FXX=0.0111099;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.747;QD=11.0756;RBI=0.011563;REFB=-0.00310026;REVB=0.0102271;RO=59;SAF=20;SAR=10;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224463;STB=0.63068;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00606636;OID=.;OPOS=46024063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:59:59:30:30:0.337079:10:20:28:31:10:20:28:31 chr17 46026156 . A G 665.44 PASS AF=0.977778;AO=41;DP=43;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0087465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.578;QD=59.1506;RBI=0.0556712;REFB=-0.115671;REVB=-0.0549798;RO=1;SAF=24;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191513;STB=0.509087;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000204693;OID=.;OPOS=46026156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:45:1:1:41:44:0.977778:17:24:1:0:17:27:1:0 chr17 46029962 . ACTCTCTC ACTC,ACTCCATT 243.87 PASS AF=0.466667,0;AO=27,3;DP=64;FAO=28,0;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14,0;FSAR=14,0;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0187731,-0.00228877;FXX=0.0322529;HRUN=1,1;LEN=4,4;MLLD=182.762,132.24;QD=16.2578;RBI=0.01936,0.0053541;REFB=-0.0155067,-0.00668725;REVB=-0.00473076,0.00484024;RO=31;SAF=14,0;SAR=13,3;SRF=21;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.152448,-0.627383;STB=0.599931,0.5;STBP=0.165,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0165451,0;OID=.,.;OPOS=46029963,46029966;OREF=CTCT,TCTC;OALT=-,CATT;OMAPALT=ACTC,ACTCCATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667,0:27,3:64:28,0:60:32:14,0:14,0:22:10:99:31:14,0:13,3:21:10 chr17 46059071 . T C 255.97 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00916712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.45;QD=17.9631;RBI=0.0119312;REFB=-0.0162562;REVB=0.00763662;RO=29;SAF=8;SAR=19;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362487;STB=0.686045;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0144746;OID=.;OPOS=46059071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:29:29:27:28:0.491228:19:8:20:9:19:9:20:9 chr17 46132465 . C T 238.11 PASS AF=0.307692;AO=32;DP=106;FAO=32;FDP=104;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=47;FSRR=25;FWDB=0.0116316;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.853;QD=9.15795;RBI=0.0311549;REFB=6.66131e-05;REVB=0.0289021;RO=71;SAF=9;SAR=23;SRF=47;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434285;STB=0.748688;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-2.97007e-05;OID=.;OPOS=46132465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:71:72:32:32:0.307692:23:9:47:24:23:9:47:25 chr17 46137086 . C T 122.23 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00950195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9253;QD=9.22499;RBI=0.0267347;REFB=-0.0220973;REVB=0.0249891;RO=34;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112154;STB=0.579609;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0494113;OID=.;OPOS=46137086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:34:37:16:16:0.301887:6:10:18:16:6:10:19:18 chr17 46147945 . G A 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0114535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.278;QD=9.8303;RBI=0.0131126;REFB=-0.0032839;REVB=0.00638412;RO=26;SAF=9;SAR=3;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296205;STB=0.517828;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0065056;OID=.;OPOS=46147945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:3:9:20:6:3:9:20:6 chr17 46262171 . C T 1540.25 PASS AF=1;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00894007;FXX=0.0303;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.186;QD=64.1771;RBI=0.0152111;REFB=0;REVB=0.0123066;RO=0;SAF=56;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98573e-05;OID=.;OPOS=46262171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:96:0:0:96:96:1:40:56:0:0:40:56:0:0 chr17 46507417 . G A 724.41 PASS AF=0.463855;AO=77;DP=166;FAO=77;FDP=166;FR=.;FRO=89;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=-0.0199054;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.671;QD=17.4556;RBI=0.0199061;REFB=-0.00662394;REVB=0.000167841;RO=87;SAF=31;SAR=46;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143816;STB=0.585735;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00612831;OID=.;OPOS=46507417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:87:89:77:77:0.463855:46:31:48:39:46:31:50:39 chr17 46607021 . T C 2772.44 PASS AF=0.994413;AO=177;DP=178;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0437943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4117;QD=61.9539;RBI=0.0453676;REFB=0.0423211;REVB=0.011844;RO=1;SAF=78;SAR=99;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606399;STB=0.503184;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.000741172;OID=.;OPOS=46607021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:179:1:1:177:178:0.994413:99:78:1:0:100:78:1:0 chr17 46626811 . G GGACA 158.43 PASS AF=0.789474;AO=14;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00859005;FXX=0.049975;HRUN=3;LEN=4;MLLD=366.432;QD=33.354;RBI=0.00859277;REFB=0.0140163;REVB=-0.000216054;RO=4;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164838;STB=0.583231;STBP=0.282;TYPE=ins;VARB=-0.00581652;OID=.;OPOS=46626812;OREF=-;OALT=GACA;OMAPALT=GGACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.789474:14:19:15:19:4:5:10:0:4:21:4:5:9:0:4 chr17 46627001 . A T 213.32 PASS AF=0.201754;AO=21;DP=115;FAO=23;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0172767;FXX=0.0086949;HRUN=9;LEN=1;MLLD=20.6753;QD=7.48501;RBI=0.0558479;REFB=0.00125605;REVB=-0.0531084;RO=44;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210142;STB=0.581281;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.0106523;OID=.;OPOS=46627001;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:44:68:21:23:0.201754:9:12:17:27:10:13:31:37 chr17 46629593 . G T 698.22 PASS AF=0.913793;AO=53;DP=58;FAO=53;FDP=58;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0287799;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.537;QD=48.1528;RBI=0.0559598;REFB=-0.163682;REVB=0.0479918;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.551001;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00204781;OID=.;OPOS=46629593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:58:58:0:5:53:53:0.913793:31:22:0:0:31:22:5:0 chr17 46653036 . AAT A,AA,AAA 733.39 PASS AF=0.0155039,0.542636,0;AO=19,45,13;DP=137;FAO=2,70,0;FDP=129;FR=.;FRO=57;FSAF=0,25,0;FSAR=2,45,0;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0249852,0.0467255,0.0552901;FXX=0.00769172;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=225.463,229.966,228.379;QD=22.7408;RBI=0.0250024,0.0467449,0.0553153;REFB=-0.00323013,-0.00352775,-0.00351958;REVB=-0.000928948,-0.00134677,-0.00166847;RO=58;SAF=11,13,4;SAR=8,32,9;SRF=23;SRR=35;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.221227,-0.123229,-0.120946;STB=0.9938,0.513969,0.5;STBP=0.215,0.726,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.000990371,0.00475979,0;OID=.,.,.;OPOS=46653037,46653038,46653038;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0155039,0.542636,0:19,45,13:137:2,70,0:129:57:0,25,0:2,45,0:22:35:99:58:11,13,4:8,32,9:23:35 chr17 46670520 . T C 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00699819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.913;QD=56.0077;RBI=0.00804126;REFB=-0.00872706;REVB=0.00396071;RO=1;SAF=48;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377019;STB=0.519993;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=3.78571e-05;OID=.;OPOS=46670520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:12:48:0:1:12:48:0:1 chr17 46684929 . A G 377.55 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0530481;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.2;QD=20.9748;RBI=0.0531974;REFB=0.00703689;REVB=-0.00398296;RO=34;SAF=23;SAR=15;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284785;STB=0.657063;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0105586;OID=.;OPOS=46684929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:34:34:38:38:0.527778:15:23:9:25:15:23:9:25 chr17 46688135 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00177087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.433;QD=11.919;RBI=0.00535074;REFB=-0.0167913;REVB=-0.0050492;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218747;STB=0.631215;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0226647;OID=.;OPOS=46688135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:6:3:4:3:6:3 chr17 46688256 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5876;QD=63.5818;RBI=0.0513338;REFB=0;REVB=0.0388192;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000653686;OID=.;OPOS=46688256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:15:32:0:0:15:32:0:0 chr17 46689680 . C A 111.04 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00562571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.743;QD=15.8623;RBI=0.00747681;REFB=-0.0237709;REVB=0.00492483;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14609;STB=0.555467;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0235015;OID=.;OPOS=46689680;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:15:12:13:0.464286:9:3:5:8:9:4:6:9 chr17 46691746 . G A 222.03 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00477313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.844;QD=14.5591;RBI=0.0159895;REFB=-0.0164486;REVB=0.0152604;RO=35;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00446271;STB=0.502536;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0220338;OID=.;OPOS=46691746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:12:14:19:16:12:14:19:16 chr17 46805443 . A G 590.97 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=118;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00175856;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7229;QD=20.2041;RBI=0.0465914;REFB=-0.0112568;REVB=-0.0465582;RO=58;SAF=34;SAR=26;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905336;STB=0.545543;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0119149;OID=.;OPOS=46805443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:58:57:60:60:0.512821:26:34:27:31:26:34:27:30 chr17 46842983 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.433;QD=57.6804;RBI=0.0132738;REFB=0;REVB=-0.00263033;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189245;OID=.;OPOS=46842983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr17 46847364 . C A 203.37 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.000872342;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7257;QD=15.6435;RBI=0.0105588;REFB=-0.0177595;REVB=0.0105227;RO=29;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213625;STB=0.620985;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0308699;OID=.;OPOS=46847364;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:29:29:23:23:0.442308:10:13:10:19:10:13:10:19 chr17 46867302 . C T 486.32 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=13;FWDB=-0.0156365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.111;QD=18.8864;RBI=0.0273323;REFB=-0.0236009;REVB=0.0224177;RO=51;SAF=27;SAR=24;SRF=38;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199224;STB=0.613199;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0183303;OID=.;OPOS=46867302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:52:51:51:0.495146:24:27:38:13:24:27:39:13 chr17 46879003 . G A 218.37 PASS AF=0.304348;AO=28;DP=92;FAO=28;FDP=92;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.00962666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0852;QD=9.49435;RBI=0.0604065;REFB=-0.0144982;REVB=-0.0596345;RO=64;SAF=16;SAR=12;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664599;STB=0.539157;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0284506;OID=.;OPOS=46879003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:64:64:28:28:0.304348:12:16:33:31:12:16:33:31 chr17 46881748 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.93;QD=64.4154;RBI=0.0145569;REFB=0;REVB=0.0112386;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71153e-05;OID=.;OPOS=46881748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr17 46894377 . A C 212.54 PASS AF=0.525;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00244199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.062;QD=21.254;RBI=0.0161564;REFB=-0.0320923;REVB=-0.0159707;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206105;STB=0.521718;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0350414;OID=.;OPOS=46894377;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:19:19:20:21:0.525:9:11:10:9:9:12:10:9 chr17 46923384 . G A 320.23 PASS AF=0.328;AO=41;DP=126;FAO=41;FDP=125;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=53;FSRR=31;FWDB=-0.0125262;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.409;QD=10.2474;RBI=0.0143554;REFB=0.00265576;REVB=0.0070122;RO=84;SAF=18;SAR=23;SRF=53;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220075;STB=0.626812;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00614252;OID=.;OPOS=46923384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:84:84:41:41:0.328:23:18:53:31:23:18:53:31 chr17 46926615 . G A 251.05 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0298785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1513;QD=19.6903;RBI=0.0804064;REFB=0.016239;REVB=0.074649;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229215;STB=0.627359;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0133837;OID=.;OPOS=46926615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:13:13:19:6:13:13:19:6 chr17 46934007 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.16;QD=50.4126;RBI=0.0347908;REFB=0;REVB=0.0221277;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569802;OID=.;OPOS=46934007;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr17 46939658 . C G 101.53 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0130608;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.677;QD=8.64047;RBI=0.013808;REFB=-0.00269971;REVB=-0.00448067;RO=34;SAF=5;SAR=8;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17164;STB=0.605101;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00728349;OID=.;OPOS=46939658;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:8:5:18:16:8:5:18:16 chr17 46970836 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.456;QD=58.6005;RBI=0.0325949;REFB=0;REVB=0.0325388;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14101e-05;OID=.;OPOS=46970836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr17 46971140 . G A 245.11 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0110985;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1787;QD=22.8011;RBI=0.0142423;REFB=-0.00500662;REVB=0.0089256;RO=20;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904745;STB=0.550711;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00402153;OID=.;OPOS=46971140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:15:8:9:11:15:8:9:11 chr17 46972141 . ATTTTTTTT ATTTTTTT,ATTTTTTTA 36.09 PASS AF=0.315789,0.0526316;AO=14,3;DP=38;FAO=12,2;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7,1;FSAR=5,1;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0788908,-0.00150351;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.95828,22.7066;QD=3.79847;RBI=0.151085,0.0676218;REFB=-0.0822186,-0.0324427;REVB=-0.128853,-0.0676051;RO=17;SAF=5,2;SAR=9,1;SRF=10;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.220966,0.0909073;STB=0.555981,0.5;STBP=0.654,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0843382,0.0424491;OID=.,.;OPOS=46972142,46972149;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTTTTT,ATTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789,0.0526316:14,3:38:12,2:38:24:7,1:5,1:12:12:29:17:5,2:9,1:10:7 chr17 46972479 . ATCTC A 168.75 PASS AF=0.428571;AO=16;DP=44;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0132987;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=4;MLLD=252.905;QD=16.0714;RBI=0.0136296;REFB=-0.014181;REVB=0.00298535;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861018;STB=0.516111;STBP=0.879;TYPE=del;VARB=0.0234681;OID=.;OPOS=46972480;OREF=TCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:16:44:18:42:24:10:8:14:10:99:24:8:8:14:10 chr17 47000251 . C T 675.83 PASS AF=0.602041;AO=59;DP=98;FAO=59;FDP=98;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00805688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.18;QD=27.585;RBI=0.011311;REFB=-0.0138311;REVB=-0.00793886;RO=39;SAF=28;SAR=31;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102627;STB=0.555843;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00721815;OID=.;OPOS=47000251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:39:39:59:59:0.602041:31:28:24:15:31:28:24:15 chr17 47007963 . C T 152.69 PASS AF=0.551724;AO=15;DP=28;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0275045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.113;QD=21.0603;RBI=0.0387229;REFB=-0.0261614;REVB=0.0272574;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132271;STB=0.586102;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0117357;OID=.;OPOS=47007963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:13:15:16:0.551724:8:7:4:9:8:8:4:9 chr17 47014632 . A G 174.06 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00311442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.913;QD=19.3404;RBI=0.0271412;REFB=0.00128719;REVB=0.0269619;RO=18;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115755;STB=0.565149;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00130778;OID=.;OPOS=47014632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:6:12:14:4:6:12:14:4 chr17 47014651 . CT C 177.24 PASS AF=0.5;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00740844;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.146;QD=19.693;RBI=0.0676733;REFB=-0.0200886;REVB=-0.0672666;RO=18;SAF=13;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0127359;OID=.;OPOS=47014652;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:18:38:18:36:18:13:5:13:5:99:18:13:5:13:5 chr17 47014675 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00204613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.11;QD=60.978;RBI=0.103138;REFB=0;REVB=0.103118;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384608;OID=.;OPOS=47014675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:12:27:0:0:12:27:0:0 chr17 47026836 . G C 212.28 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0041992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.523;QD=27.3904;RBI=0.0310876;REFB=0.044624;REVB=0.0308027;RO=11;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360297;STB=0.51998;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.00789788;OID=.;OPOS=47026836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:8:12:6:5:8:12:6:5 chr17 47036042 . C A 390.0 PASS AF=0.43617;AO=40;DP=92;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.037262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.106;QD=16.5956;RBI=0.0575413;REFB=-0.0174826;REVB=-0.0438468;RO=52;SAF=25;SAR=15;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706108;STB=0.525594;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0315763;OID=.;OPOS=47036042;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:52:53:40:41:0.43617:15:25:29:23:16:25:30:23 chr17 47039132 . T C 148.07 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00574675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.8;QD=17.9483;RBI=0.00605736;REFB=-0.0136102;REVB=0.00191481;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458804;STB=0.544692;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0166523;OID=.;OPOS=47039132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:17:15:16:0.484848:6:9:11:6:7:9:11:6 chr17 47210429 . A G 1023.79 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0506087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8233;QD=59.3503;RBI=0.133025;REFB=0;REVB=-0.123022;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00167153;OID=.;OPOS=47210429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr17 47219406 . G A 38.36 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0142321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.662;QD=10.2297;RBI=0.0142359;REFB=-0.00721588;REVB=-0.00032948;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912889;STB=0.578703;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00805645;OID=.;OPOS=47219406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:8:9:6:6:0.4:2:4:6:2:2:4:7:2 chr17 47241604 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00210423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.477;QD=58.6004;RBI=0.00415404;REFB=0;REVB=-0.00358165;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09312e-05;OID=.;OPOS=47241604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr17 47243559 . C T 610.66 PASS AF=0.535088;AO=61;DP=114;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0532922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.835;QD=21.4266;RBI=0.0533035;REFB=0.000168927;REVB=0.0010963;RO=53;SAF=27;SAR=34;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400297;STB=0.521961;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.000385046;OID=.;OPOS=47243559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:53:53:61:61:0.535088:34:27:21:32:34:27:21:32 chr17 47293906 . G A 1480.49 PASS AF=0.990099;AO=97;DP=98;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00819609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.073;QD=58.6332;RBI=0.0146687;REFB=0.13437;REVB=0.0121653;RO=0;SAF=53;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.000451653;OID=.;OPOS=47293906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:101:0:1:97:100:0.990099:44:53:0:0:44:56:1:0 chr17 47297297 . T C 1375.0 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.020626;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.085;QD=59.1398;RBI=0.0212811;REFB=-0.0932488;REVB=0.00523957;RO=3;SAF=52;SAR=38;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152647;STB=0.508059;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.000285527;OID=.;OPOS=47297297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:3:3:90:90:0.967742:38:52:1:2:38:52:1:2 chr17 47300823 . G A 245.93 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00471407;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=214.556;QD=24.593;RBI=0.0302207;REFB=0.00145024;REVB=0.0298507;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795847;STB=0.544149;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00190156;OID=.;OPOS=47300823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:9:14:12:5:9:14:12:5 chr17 47373417 . T C 266.14 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00480847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.222;QD=21.2915;RBI=0.0819914;REFB=-0.0174451;REVB=0.0818502;RO=25;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147135;STB=0.582714;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0191339;OID=.;OPOS=47373417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:16:9:13:12:16:9:13:12 chr17 47588000 . C T 174.06 PASS AF=0.5;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0271227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2142;QD=19.3399;RBI=0.0374926;REFB=0.0017763;REVB=-0.0258855;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221765;STB=0.609637;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00487708;OID=.;OPOS=47588000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:18:18:18:0.5:8:10:5:12:8:10:6:12 chr17 47677008 . GTTA G 135.89 PASS AF=0.487179;AO=17;DP=41;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.000870684;FXX=0.0487686;HRUN=2;LEN=3;MLLD=273.674;QD=13.9369;RBI=0.00491145;REFB=-0.00822957;REVB=-0.00483366;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00286962;STB=0.515136;STBP=0.867;TYPE=del;VARB=0.0102506;OID=.;OPOS=47677009;OREF=TTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487179:17:41:19:39:20:8:11:9:11:99:19:8:9:9:10 chr17 47888852 . A G 537.68 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9254;QD=59.7417;RBI=0.133847;REFB=0;REVB=0.118597;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156719;OID=.;OPOS=47888852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:16:19:0:0:17:19:0:0 chr17 47903381 . C T 299.19 PASS AF=0.464789;AO=32;DP=70;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0343416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.755;QD=16.8556;RBI=0.0344985;REFB=-0.00331054;REVB=-0.00328623;RO=38;SAF=14;SAR=18;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607464;STB=0.540959;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00277026;OID=.;OPOS=47903381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:38:38:32:33:0.464789:18:14:19:19:19:14:19:19 chr17 48043431 . T A 50.51 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.00190376;FXX=0.0158705;HRUN=7;LEN=1;MLLD=16.4707;QD=3.25854;RBI=0.0271759;REFB=-0.00520749;REVB=-0.0271091;RO=30;SAF=1;SAR=10;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.719723;STB=0.923206;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0341818;OID=.;OPOS=48043431;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:55:62:30:51:11:11:0.177419:10:1:23:7:10:1:33:18 chr17 48067439 . G A 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00307996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.3863;QD=6.52571;RBI=0.00645025;REFB=-0.0162531;REVB=-0.00566741;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203368;STB=0.631788;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0511222;OID=.;OPOS=48067439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:5:2:9:11:5:2:9:11 chr17 48067953 . T C 347.53 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.00414292;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.628;QD=14.1847;RBI=0.0288687;REFB=-0.0102967;REVB=0.0285699;RO=58;SAF=31;SAR=7;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327555;STB=0.692038;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0111508;OID=.;OPOS=48067953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:58:60:38:38:0.387755:7:31:33:25:7:31:34:26 chr17 48070878 . C T 474.75 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00107721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.814;QD=21.5797;RBI=0.00822475;REFB=0.000838889;REVB=0.00815391;RO=42;SAF=26;SAR=20;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568427;STB=0.531392;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.000729248;OID=.;OPOS=48070878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:20:26:21:21:20:26:21:21 chr17 48072225 . G A 421.77 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0267894;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.447;QD=18.1408;RBI=0.0268701;REFB=-0.00864015;REVB=0.00208113;RO=50;SAF=16;SAR=27;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012504;STB=0.506979;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0110209;OID=.;OPOS=48072225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:27:16:18:32:27:16:18:32 chr17 48149386 . C T 440.85 PASS AF=0.53012;AO=43;DP=82;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00526013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.361;QD=21.2456;RBI=0.00530222;REFB=-0.00258263;REVB=-0.000666729;RO=39;SAF=23;SAR=20;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00309439;STB=0.50331;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00319463;OID=.;OPOS=48149386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:39:39:43:44:0.53012:20:23:21:18:20:24:21:18 chr17 48151353 . T C 334.22 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0200949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4738;QD=16.7108;RBI=0.0210051;REFB=0.000623056;REVB=-0.00611635;RO=44;SAF=19;SAR=17;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494505;STB=0.527762;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.00349982;OID=.;OPOS=48151353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:17:19:21:23:17:19:21:23 chr17 48155425 . G A 497.9 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=15;FWDB=0.0142294;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0242;QD=17.9423;RBI=0.0144311;REFB=-0.0191354;REVB=0.00240429;RO=58;SAF=33;SAR=20;SRF=43;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123486;STB=0.5682;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.022392;OID=.;OPOS=48155425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:58:53:53:0.477477:20:33:43:15:20:33:43:15 chr17 48166980 . C T 320.94 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00364007;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.073;QD=26.7451;RBI=0.00424144;REFB=0.00143484;REVB=-0.00217709;RO=19;SAF=16;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721598;STB=0.550862;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.000931623;OID=.;OPOS=48166980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:19:20:28:28:0.583333:12:16:9:10:12:16:9:11 chr17 48174908 . C T 617.42 PASS AF=0.453901;AO=64;DP=141;FAO=64;FDP=141;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=0.000922895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.168;QD=17.5154;RBI=0.0395258;REFB=-0.0218591;REVB=0.0395151;RO=77;SAF=32;SAR=32;SRF=48;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121306;STB=0.567355;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0282508;OID=.;OPOS=48174908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:77:77:64:64:0.453901:32:32:48:29:32:32:48:29 chr17 48183471 . G A 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00334431;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=225.636;QD=16.4273;RBI=0.00365568;REFB=0.0152871;REVB=0.00147634;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320029;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0106259;OID=.;OPOS=48183471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:10:11:11:11:0.5:4:7:6:4:4:7:7:4 chr17 48211533 . T G 125.17 PASS AF=0.608696;AO=12;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.00658242;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.633;QD=21.7685;RBI=0.00658242;REFB=-0.0136782;REVB=0;RO=10;SAF=12;SAR=0;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112723;OID=.;OPOS=48211533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:23:23:10:9:12:14:0.608696:0:12:10:0:0:14:9:0 chr17 48226640 . G C 678.45 PASS AF=0.290625;AO=93;DP=320;FAO=93;FDP=320;FR=.;FRO=227;FSAF=64;FSAR=29;FSRF=123;FSRR=104;FWDB=-0.00538002;FXX=0.00311517;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0489;QD=8.48064;RBI=0.0376109;REFB=-0.0103004;REVB=-0.0372242;RO=224;SAF=64;SAR=29;SRF=121;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190784;STB=0.610811;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0196529;OID=.;OPOS=48226640;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:320:224:227:93:93:0.290625:29:64:121:103:29:64:123:104 chr17 48226811 . C T 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0356303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.94;QD=23.8208;RBI=0.0356784;REFB=-0.0454062;REVB=-0.00185203;RO=17;SAF=5;SAR=17;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180829;STB=0.60167;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0318127;OID=.;OPOS=48226811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:17:5:7:10:17:5:7:10 chr17 48249117 . G A 390.72 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=117;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.00211883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.228;QD=13.358;RBI=0.00434311;REFB=-0.0127099;REVB=0.00379119;RO=70;SAF=18;SAR=28;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132916;STB=0.579784;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0156079;OID=.;OPOS=48249117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:70:71:46:46:0.393162:28:18:36:34:28:18:37:34 chr17 48258140 . T C 1157.3 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0279041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.483;QD=59.3487;RBI=0.0401632;REFB=0.0198787;REVB=0.0288868;RO=1;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155115;STB=0.508195;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.000142944;OID=.;OPOS=48258140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:76:77:0.987179:30:46:0:1:30:47:0:1 chr17 48258321 . C G,T 769.22 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=2,47;DP=49;FAO=2,47;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=1,30;FSAR=1,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436683,0.00443242;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.8387,136.911;QD=62.7937;RBI=0.0523827,0.0105664;REFB=0,0;REVB=-0.0289315,0.00959184;RO=0;SAF=1,30;SAR=1,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.215213,-0.000403513;OID=.,.;OPOS=48258321,48258321;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:49:49:0:0:2,47:2,47:0.0408163,0.959184:1,17:1,30:0:0:1,17:1,30:0:0 chr17 48262625 . T C 33.43 PASS AF=0.0826446;AO=9;DP=117;FAO=10;FDP=121;FR=.;FRO=111;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=56;FWDB=-0.00536362;FXX=0;HRUN=19;LEN=1;MLLD=192.356;QD=1.10496;RBI=0.0190869;REFB=2.53273e-05;REVB=-0.0183178;RO=106;SAF=1;SAR=8;SRF=53;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44216;STB=0.88495;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.000406184;OID=.;OPOS=48262625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:117:121:106:111:9:10:0.0826446:8:1:53:53:9:1:55:56 chr17 48265495 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0836528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.153;QD=53.9105;RBI=0.0847619;REFB=0;REVB=0.0136671;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031884;OID=.;OPOS=48265495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:20:4:0:0:20:4:0:0 chr17 48267291 . G C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.872;QD=53.2769;RBI=0.060264;REFB=0;REVB=-0.0183492;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365873;OID=.;OPOS=48267291;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr17 48267734 . C T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00441613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.758;QD=10.0742;RBI=0.0132748;REFB=-0.0124732;REVB=0.0125187;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133032;STB=0.581189;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00728779;OID=.;OPOS=48267734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:7:7:5:3:7:7 chr17 48268223 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.414;QD=56.9376;RBI=0.0198254;REFB=0;REVB=0.00504079;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00156e-05;OID=.;OPOS=48268223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:25:27:0:0:25:28:0:0 chr17 48356260 . G C 706.54 PASS AF=0.980769;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.436;QD=54.3491;RBI=0.0389709;REFB=-0.187562;REVB=0.0265641;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00298681;OID=.;OPOS=48356260;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:52:0:1:49:51:0.980769:24:25:0:0:25:26:0:1 chr17 48435746 . C T 335.45 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0172073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.523;QD=16.9848;RBI=0.0316061;REFB=-0.014545;REVB=-0.0265114;RO=43;SAF=21;SAR=15;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478775;STB=0.526867;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0181652;OID=.;OPOS=48435746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:15:21:23:20:15:21:23:20 chr17 48452776 . A C 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0173169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.175;QD=13.8996;RBI=0.0260433;REFB=-0.0184278;REVB=-0.0194519;RO=34;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177524;STB=0.510136;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0214289;OID=.;OPOS=48452776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:11:13:19:15:11:13:19:15 chr17 48456002 . G A 447.03 PASS AF=0.431034;AO=50;DP=115;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.011092;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.955;QD=15.4147;RBI=0.0129306;REFB=-0.0174406;REVB=0.00664591;RO=64;SAF=18;SAR=32;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205794;STB=0.607551;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.023342;OID=.;OPOS=48456002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:64:66:50:50:0.431034:32:18:36:28:32:18:36:30 chr17 48472270 . C T 247.31 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0107334;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7182;QD=20.1888;RBI=0.0252119;REFB=-0.00456826;REVB=-0.022813;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283313;STB=0.67042;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.011817;OID=.;OPOS=48472270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:25:23:24:0.489796:11:12:5:19:11:13:5:20 chr17 48598785 . G A 383.38 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0672282;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.59;QD=17.039;RBI=0.0674662;REFB=-0.0104804;REVB=-0.00566267;RO=52;SAF=23;SAR=17;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037311;STB=0.530953;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0109503;OID=.;OPOS=48598785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:52:50:40:40:0.444444:17:23:28:24:17:23:26:24 chr17 48599450 . A T 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0125542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.039;QD=13.9117;RBI=0.0146869;REFB=0.0087879;REVB=-0.00762221;RO=31;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142457;STB=0.58201;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0154055;OID=.;OPOS=48599450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:13:8:16:15:13:8:16:15 chr17 48603503 . C T 205.1 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0511356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.061;QD=15.777;RBI=0.0515784;REFB=-0.00360432;REVB=0.00674434;RO=29;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719429;STB=0.540866;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00604287;OID=.;OPOS=48603503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:11:12:13:16:11:12:13:16 chr17 48606537 . C G 248.58 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.017612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8129;QD=25.4951;RBI=0.0332886;REFB=-0.00451854;REVB=-0.0282479;RO=16;SAF=11;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123643;STB=0.568481;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0016887;OID=.;OPOS=48606537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:12:11:5:11:12:11:5:11 chr17 48607614 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0359598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.639;QD=19.646;RBI=0.0450925;REFB=-0.0203038;REVB=0.027207;RO=8;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43326;STB=0.747224;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0123284;OID=.;OPOS=48607614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:8:3:7:1:8:3:7:1 chr17 48608717 . T C 567.11 PASS AF=0.483607;AO=59;DP=122;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.001682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.469;QD=18.5937;RBI=0.0108252;REFB=0.00371883;REVB=-0.0106937;RO=63;SAF=37;SAR=22;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158595;STB=0.587938;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00386125;OID=.;OPOS=48608717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:63:63:59:59:0.483607:22:37:29:34:22:37:29:34 chr17 48610272 . G C 800.99 PASS AF=0.542857;AO=63;DP=128;FAO=76;FDP=140;FR=.;FRO=64;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0228913;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.395;QD=22.8854;RBI=0.0467261;REFB=-0.0346343;REVB=0.0407347;RO=65;SAF=39;SAR=24;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332234;STB=0.529759;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0245003;OID=.;OPOS=48610272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:140:65:64:63:76:0.542857:24:39:38:27:37:39:37:27 chr17 48613837 . A G 628.48 PASS AF=0.450331;AO=67;DP=152;FAO=68;FDP=151;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.00497937;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.908;QD=16.6486;RBI=0.00498745;REFB=-0.00472913;REVB=-0.000283893;RO=83;SAF=29;SAR=38;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144073;STB=0.583196;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00447888;OID=.;OPOS=48613837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:83:83:67:68:0.450331:38:29:48:35:39:29:48:35 chr17 48625469 . CAAAAAACA CAAAAACA,CAAAAACAG,CCAAAAACA 241.97 PASS AF=0.837838,0.0810811,0;AO=16,2,8;DP=39;FAO=31,3,0;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=16,0,0;FSAR=15,3,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0470274,-0.0474734,0.0441421;FXX=0.0512689;HRUN=6,6,6;LEN=1,3,1;MLLD=12.4172,61.0927,9.83777;QD=26.1585;RBI=0.0734995,0.0493847,0.0728775;REFB=-0.194574,-0.0188338,-0.0874548;REVB=0.0564854,-0.0136061,0.057988;RO=10;SAF=14,0,1;SAR=2,2,7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0.377953,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.384629,-0.57573,-0.45078;STB=0.513299,0.995542,0.5;STBP=0.701,0.106,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.122415,-0.0189878,-0.0637096;OID=.,.,.;OPOS=48625470,48625475,48625470;OREF=A,ACA,A;OALT=-,CAG,C;OMAPALT=CAAAAACA,CAAAAACAG,CCAAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.837838,0.0810811,0:16,2,8:39:31,3,0:37:3:16,0,0:15,3,0:2:1:11:10:14,0,1:2,2,7:5:5 chr17 48625677 . G A 191.44 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0447154;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.74;QD=16.6468;RBI=0.0452789;REFB=-0.0298142;REVB=-0.00712076;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230874;STB=0.640888;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0251139;OID=.;OPOS=48625677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:19:20:0.434783:11:8:17:9:12:8:17:9 chr17 48625928 . C G 491.01 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0154731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1947;QD=25.1801;RBI=0.0207729;REFB=-0.000989757;REVB=-0.0138599;RO=32;SAF=34;SAR=12;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130975;STB=0.571972;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000324942;OID=.;OPOS=48625928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:32:46:46:0.589744:12:34:19:13:12:34:19:13 chr17 48626389 . C T 337.43 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0377829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.2794;QD=20.1448;RBI=0.0380197;REFB=-0.0228738;REVB=-0.00423702;RO=32;SAF=19;SAR=16;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249217;STB=0.637509;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0183229;OID=.;OPOS=48626389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:16:19:8:24:16:19:8:24 chr17 48626398 . C T 291.44 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0365203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.679;QD=16.8951;RBI=0.0380215;REFB=-0.0248026;REVB=-0.0105784;RO=36;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131407;STB=0.565177;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0322274;OID=.;OPOS=48626398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:37:32:32:0.463768:16:16:13:23:16:16:14:23 chr17 48628092 . A G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.110246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4901;QD=11.0195;RBI=0.125734;REFB=-0.0514883;REVB=0.0604548;RO=8;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332419;STB=0.734403;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0279667;OID=.;OPOS=48628092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:8:8:5:6:0.428571:4:1:4:4:5:1:4:4 chr17 48628470 . T A 410.09 PASS AF=0.445545;AO=44;DP=102;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0278914;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3825;QD=16.2412;RBI=0.0278915;REFB=-0.00577535;REVB=-6.67106e-05;RO=56;SAF=22;SAR=22;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089243;STB=0.54343;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0104916;OID=.;OPOS=48628470;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:56:56:44:45:0.445545:22:22:23:33:23:22:23:33 chr17 48629458 . A G 1641.57 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8374;QD=60.2412;RBI=0.0506748;REFB=0;REVB=-0.0428263;RO=0;SAF=60;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000323681;OID=.;OPOS=48629458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:49:60:0:0:49:60:0:0 chr17 48653354 . C A 334.48 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0295046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.103;QD=27.3042;RBI=0.0331552;REFB=-0.0066099;REVB=-0.0151243;RO=20;SAF=18;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165414;STB=0.591365;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00420442;OID=.;OPOS=48653354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:11:18:8:12:11:18:8:12 chr17 48677168 . G A 157.75 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0160773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.326;QD=11.268;RBI=0.0243674;REFB=0.000359864;REVB=-0.0183109;RO=35;SAF=15;SAR=5;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339246;STB=0.692105;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.000465256;OID=.;OPOS=48677168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:35:36:20:20:0.357143:5:15:16:19:5:15:17:19 chr17 48703752 . T C 470.06 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0421972;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.995;QD=17.0932;RBI=0.0423005;REFB=-0.0192611;REVB=-0.00295494;RO=59;SAF=31;SAR=20;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815109;STB=0.545437;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0254174;OID=.;OPOS=48703752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:59:59:51:51:0.463636:20:31:31:28:20:31:31:28 chr17 48712705 . G A 976.95 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0385313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.732;QD=57.4676;RBI=0.0501568;REFB=0.0295601;REVB=0.03211;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=1.45338e-05;OID=.;OPOS=48712705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:0:1:66:67:0.985294:30:36:0:0:30:37:0:1 chr17 48712711 . C G 976.96 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00584413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.008;QD=57.4685;RBI=0.0158006;REFB=-0.142489;REVB=0.0146801;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00104472;OID=.;OPOS=48712711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:31:36:0:0:31:36:0:1 chr17 48761105 . C T 143.6 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=-0.00112847;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.732;QD=22.0929;RBI=0.0124093;REFB=-0.00793694;REVB=-0.0123579;RO=11;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469979;STB=0.761597;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0117225;OID=.;OPOS=48761105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:27:26:11:11:15:15:0.576923:5:10:0:11:5:10:0:11 chr17 48761443 . G A 96.22 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0524962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3692;QD=6.87282;RBI=0.0636838;REFB=-0.0344478;REVB=0.0360525;RO=42;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283754;STB=0.673038;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0844242;OID=.;OPOS=48761443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:56:56:42:42:14:14:0.25:6:8:14:28:6:8:14:28 chr17 48768486 . A G 624.79 PASS AF=0.508065;AO=63;DP=124;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0159621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.477;QD=20.1544;RBI=0.0253999;REFB=-0.0151538;REVB=-0.0197576;RO=60;SAF=25;SAR=38;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334916;STB=0.51501;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0199652;OID=.;OPOS=48768486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:60:61:63:63:0.508065:38:25:26:34:38:25:26:35 chr17 48777021 . C CG 30.2 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.02356;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=48.1982;QD=3.89721;RBI=0.0304098;REFB=-0.00478601;REVB=0.0192271;RO=26;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485636;STB=0.840992;STBP=0.106;TYPE=ins;VARB=0.0894504;OID=.;OPOS=48777022;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.193548:6:32:6:31:25:5:1:10:15:30:26:5:1:11:15 chr17 48784934 . T C 329.6 PASS AF=0.682927;AO=25;DP=40;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0267707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6016;QD=32.1565;RBI=0.0267923;REFB=-0.0413872;REVB=-0.00107643;RO=14;SAF=6;SAR=19;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397903;STB=0.563631;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0124099;OID=.;OPOS=48784934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:14:13:25:28:0.682927:19:6:4:10:19:9:2:11 chr17 48815465 . C G 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0014008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.64;QD=15.6509;RBI=0.0163592;REFB=-0.0132613;REVB=0.0162991;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304145;STB=0.675546;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0119508;OID=.;OPOS=48815465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:11:5:13:8:11:5:13:8 chr17 48822032 . C T 124.71 PASS AF=0.198113;AO=21;DP=107;FAO=21;FDP=106;FR=.;FRO=85;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=0.00423065;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.568;QD=4.70589;RBI=0.00781916;REFB=-0.00706573;REVB=0.00657578;RO=84;SAF=7;SAR=14;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12731;STB=0.577106;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.02952;OID=.;OPOS=48822032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:84:85:21:21:0.198113:14:7:36:48:14:7:36:49 chr17 48834023 . A G 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0036914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.376;QD=16.1191;RBI=0.0171248;REFB=0.0052875;REVB=0.0167222;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173529;STB=0.59984;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00469086;OID=.;OPOS=48834023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:4:9:6:6:4:9 chr17 48834032 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0218206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.662;QD=16.6271;RBI=0.0255182;REFB=0.00743049;REVB=0.0132302;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199178;STB=0.629024;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0219203;OID=.;OPOS=48834032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:6:7:4:9:6:7:4:10 chr17 48917333 . C T 399.11 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0146506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.389;QD=23.8273;RBI=0.031917;REFB=-0.0107847;REVB=0.0283558;RO=27;SAF=29;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328602;STB=0.688678;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00803778;OID=.;OPOS=48917333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:28:39:39:0.58209:10:29:9:18:10:29:9:19 chr17 48940422 . T C 249.71 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0147448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.177;QD=18.4974;RBI=0.0153593;REFB=0.00169578;REVB=-0.00430133;RO=27;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099885;STB=0.555821;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.00116354;OID=.;OPOS=48940422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:14:13:10:17:14:13:10:17 chr17 49063062 . A T 70.33 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0124811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0303;QD=7.03334;RBI=0.0349494;REFB=-0.0100503;REVB=0.0326448;RO=29;SAF=2;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298088;STB=0.705428;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0303145;OID=.;OPOS=49063062;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:29:30:10:10:0.25:8:2:12:17:8:2:13:17 chr17 49098590 . G A 621.25 PASS AF=0.345291;AO=77;DP=223;FAO=77;FDP=223;FR=.;FRO=146;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=93;FSRR=53;FWDB=-0.0352706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9893;QD=11.1435;RBI=0.0381789;REFB=-0.0185631;REVB=-0.0146153;RO=145;SAF=37;SAR=40;SRF=92;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175763;STB=0.601757;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0368283;OID=.;OPOS=49098590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:145:146:77:77:0.345291:40:37:92:53:40:37:93:53 chr17 49350802 . A C 370.09 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0173667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.507;QD=19.738;RBI=0.0174574;REFB=-0.00877586;REVB=0.00177784;RO=36;SAF=12;SAR=26;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196978;STB=0.617147;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00837499;OID=.;OPOS=49350802;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:36:37:38:38:0.506667:26:12:19:17:26:12:20:17 chr17 49713300 . G A 1785.77 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00039295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.029;QD=61.0521;RBI=0.0267959;REFB=0;REVB=0.026793;RO=0;SAF=49;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15086e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11824e-05;OID=.;OPOS=49713300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:68:49:0:0:68:49:0:0 chr17 51063068 . A G 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0148338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3997;QD=12.9223;RBI=0.0191667;REFB=-0.00564515;REVB=0.0121375;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791366;STB=0.553523;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00854681;OID=.;OPOS=51063068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:34:22:22:0.392857:11:11:14:19:11:11:14:20 chr17 51901084 . A G 698.89 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108115;FXX=0.0576812;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.554;QD=57.0519;RBI=0.0181297;REFB=0;REVB=-0.0145532;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144877;OID=.;OPOS=51901084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:26:22:0:0:26:23:0:0 chr17 51901385 . C T 863.07 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.897;QD=57.538;RBI=0.0275276;REFB=0;REVB=0.0240834;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015562;OID=.;OPOS=51901385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:56:60:1:33:23:0:0:35:25:0:0 chr17 51901643 . C T 923.18 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0118216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.979;QD=56.8108;RBI=0.0168602;REFB=-0.0362015;REVB=-0.0120215;RO=1;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108591;STB=0.505745;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.000323188;OID=.;OPOS=51901643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:43:21:0:1:43:21:0:1 chr17 51901703 . C G 417.95 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00255438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.955;QD=53.9294;RBI=0.0298653;REFB=-0.0513764;REVB=-0.0297558;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000384871;OID=.;OPOS=51901703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:18:12:0:0:18:12:0:1 chr17 51902252 . C T 1810.38 PASS AF=0.991667;AO=117;DP=119;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00652124;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.435;QD=60.346;RBI=0.0369587;REFB=-0.132678;REVB=0.0363788;RO=0;SAF=55;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07878e-08;STB=0.503999;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000228705;OID=.;OPOS=51902252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:120:0:1:117:119:0.991667:62:55:0:0:62:57:0:1 chr17 51902492 . A AAAT 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00234804;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=317.539;QD=40.7629;RBI=0.0270362;REFB=0;REVB=0.0269341;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000141843;OID=.;OPOS=51902493;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=AAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:10:10:10:0:5:5:0:0:4:0:5:5:0:0 chr17 53024662 . G A 49.22 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0265171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.689;QD=4.10162;RBI=0.0757581;REFB=-0.0181355;REVB=-0.0709658;RO=40;SAF=7;SAR=1;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.546541;STB=0.874064;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0777943;OID=.;OPOS=53024662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:40:40:8:8:0.166667:1:7:17:23:1:7:17:23 chr17 53076799 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00258121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.585;QD=58.4197;RBI=0.00749128;REFB=0;REVB=-0.00703254;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75714e-05;OID=.;OPOS=53076799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr17 53076986 . G A 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3167;QD=60.2279;RBI=0.0479774;REFB=0;REVB=0.0404354;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111468;OID=.;OPOS=53076986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr17 53400110 . T C 689.02 PASS AF=0.459627;AO=74;DP=160;FAO=74;FDP=161;FR=.;FRO=87;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=0.0135513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.653;QD=17.1184;RBI=0.0322166;REFB=-0.0101908;REVB=0.0292279;RO=86;SAF=38;SAR=36;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320382;STB=0.514455;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0109161;OID=.;OPOS=53400110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:86:87:74:74:0.459627:36:38:47:39:36:38:47:40 chr17 53400918 . GT G 182.85 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.060846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.8107;QD=10.4484;RBI=0.107072;REFB=-0.0826438;REVB=-0.0881028;RO=37;SAF=18;SAR=15;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00467095;STB=0.502616;STBP=0.981;TYPE=del;VARB=0.0843568;OID=.;OPOS=53400919;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.471429:33:70:33:70:37:18:15:20:17:99:37:18:15:20:17 chr17 53485186 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3045;QD=52.6124;RBI=0.0485348;REFB=0;REVB=0.0184952;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000769659;OID=.;OPOS=53485186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr17 53851228 . C T 1304.4 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0318343;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1743;QD=59.9723;RBI=0.0497734;REFB=-0.0774116;REVB=0.0382618;RO=2;SAF=47;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00265808;STB=0.501512;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00176755;OID=.;OPOS=53851228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:84:85:0.977011:37:47:1:1:37:48:1:1 chr17 54450038 . C A 575.84 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00617276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.845;QD=60.615;RBI=0.0953182;REFB=0;REVB=0.0951181;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178689;OID=.;OPOS=54450038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:14:23:0:0:15:23:0:0 chr17 54450134 . G A 918.88 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.587;QD=58.3417;RBI=0.0177412;REFB=0;REVB=0.0108976;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38171e-05;OID=.;OPOS=54450134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr17 54534634 . G A 655.24 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135402;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.565;QD=62.4034;RBI=0.0552581;REFB=0;REVB=-0.0535735;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000424398;OID=.;OPOS=54534634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr17 54921494 . A C 1301.74 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.573;QD=61.9878;RBI=0.00820668;REFB=0;REVB=-0.00713862;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.0694e-06;OID=.;OPOS=54921494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chr17 54978794 . G A 1309.53 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233459;FXX=0.0232531;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.543;QD=62.3588;RBI=0.0368012;REFB=0;REVB=0.0284482;RO=0;SAF=60;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71018e-05;OID=.;OPOS=54978794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:84:0:0:84:84:1:24:60:0:0:24:60:0:0 chr17 55027850 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.519;QD=56.9563;RBI=0.0279002;REFB=0;REVB=0.0244344;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253626;OID=.;OPOS=55027850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:27:24:0:0:27:25:0:0 chr17 55182811 . CT C 713.79 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480814;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.5077;QD=45.3202;RBI=0.0523671;REFB=0;REVB=0.0207483;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00155777;OID=.;OPOS=55182812;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:64:63:63:0:35:28:0:0:13:0:34:28:0:0 chr17 55183203 . T C 709.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.966;QD=63.0543;RBI=0.0498957;REFB=0;REVB=-0.0133147;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140864;OID=.;OPOS=55183203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:21:24:0:0 chr17 55183716 . T C 1227.62 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00838225;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.881;QD=60.6231;RBI=0.0333522;REFB=0;REVB=0.0322817;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20022e-05;OID=.;OPOS=55183716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:81:0:0:80:81:1:35:45:0:0:36:45:0:0 chr17 55198420 . C T 102.77 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=37;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0119948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.92;QD=10.5408;RBI=0.0170947;REFB=-0.00861171;REVB=-0.01218;RO=26;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28415;STB=0.702816;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0176056;OID=.;OPOS=55198420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:26:26:11:13:0.333333:7:4:16:10:9:4:16:10 chr17 55607022 . A G 364.05 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0349734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7339;QD=15.8281;RBI=0.0389831;REFB=0.00503362;REVB=-0.0172204;RO=53;SAF=26;SAR=13;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278035;STB=0.656853;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00748809;OID=.;OPOS=55607022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:13:26:21:32:13:26:21:32 chr17 55822171 . T C 569.91 PASS AF=0.577778;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00441491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.366;QD=25.3291;RBI=0.0107847;REFB=-0.0263143;REVB=-0.00983958;RO=37;SAF=31;SAR=21;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145935;STB=0.585375;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0203867;OID=.;OPOS=55822171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:37:38:52:52:0.577778:21:31:15:22:21:31:15:23 chr17 55822214 . T A 542.11 PASS AF=0.518519;AO=54;DP=107;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.015601;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3244;QD=20.078;RBI=0.0321269;REFB=-0.0364558;REVB=0.0280846;RO=50;SAF=32;SAR=22;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151007;STB=0.598238;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0128208;OID=.;OPOS=55822214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:50:52:54:56:0.518519:22:32:21:29:22:34:21:31 chr17 55822467 . G A 550.4 PASS AF=0.539216;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0201442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1072;QD=21.5842;RBI=0.0203012;REFB=0.0103679;REVB=-0.00252029;RO=47;SAF=35;SAR=20;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550786;STB=0.530292;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00895155;OID=.;OPOS=55822467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:47:47:55:55:0.539216:20:35:27:20:20:35:27:20 chr17 55822569 . ATTTTTTT ATTTTTTC,CATTTTTC,CATTTTTT,CCATTTTT 469.96 PASS AF=0.5,0,0,0;AO=28,5,5,4;DP=114;FAO=57,0,0,0;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=30,0,0,0;FSAR=27,0,0,0;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0974976,0.0415187,0.0264161,0.0138039;FXX=0.0172399;HRUN=7,1,1,1;LEN=1,8,2,3;MLLD=20.1244,31.8639,17.9674,43.3028;QD=16.49;RBI=0.201256,0.141436,0.22271,0.114278;REFB=0.00485563,-0.00241264,-0.0166926,-0.0071635;REVB=-0.176063,-0.135205,-0.221138,-0.113441;RO=37;SAF=18,0,1,0;SAR=10,5,4,4;SRF=25;SRR=12;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.036348,-0.695724,-0.507172,-0.658737;STB=0.517619,0.5,0.5,0.5;STBP=0.735,1,1,1;TYPE=snp,mnp,mnp,mnp;VARB=-0.0117735,0,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=55822576,55822569,55822569,55822569;OREF=T,ATTTTTTT,AT,ATT;OALT=C,CATTTTTC,CA,CCA;OMAPALT=ATTTTTTC,CATTTTTC,CATTTTTT,CCATTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:37:57:28,5,5,4:57,0,0,0:0.5,0,0,0:10,5,4,4:18,0,1,0:25:12:27,0,0,0:30,0,0,0:32:25 chr17 55962715 . G A 488.64 PASS AF=0.392857;AO=55;DP=140;FAO=55;FDP=140;FR=.;FRO=85;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=58;FWDB=0.043831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.415;QD=13.9611;RBI=0.0458648;REFB=-0.0275445;REVB=0.0135064;RO=85;SAF=27;SAR=28;SRF=27;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187922;STB=0.605597;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0287469;OID=.;OPOS=55962715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:85:85:55:55:0.392857:28:27:27:58:28:27:27:58 chr17 56386107 . G A 303.71 PASS AF=0.317073;AO=39;DP=131;FAO=39;FDP=123;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=32;FWDB=-0.0100266;FXX=0.061064;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9908;QD=9.87679;RBI=0.0101281;REFB=-0.0246679;REVB=0.00143027;RO=82;SAF=20;SAR=19;SRF=52;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142846;STB=0.572828;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0516359;OID=.;OPOS=56386107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:123:82:84:39:39:0.317073:19:20:52:30:19:20:52:32 chr17 56396587 . T C 221.21 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0394412;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.939;QD=23.9142;RBI=0.0482067;REFB=-0.0311358;REVB=-0.0277177;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141818;STB=0.564042;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.019694;OID=.;OPOS=56396587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:16:21:21:0.567568:11:10:10:5:11:10:10:6 chr17 56432362 . C G 843.36 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375298;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.795;QD=57.1769;RBI=0.0404948;REFB=0;REVB=0.0152101;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31323e-05;OID=.;OPOS=56432362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:55:59:1:30:25:0:0:32:27:0:0 chr17 56435160 . AC A 149.29 PASS AF=0.848485;AO=17;DP=33;FAO=28;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0846977;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.53879;QD=18.0953;RBI=0.267795;REFB=0.0273343;REVB=0.254048;RO=8;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169637;STB=0.545422;STBP=0.258;TYPE=del;VARB=0.039782;OID=.;OPOS=56435161;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.848485:17:33:28:33:5:14:14:4:1:12:8:9:8:4:4 chr17 56437543 . G A 142.97 PASS AF=0.244186;AO=21;DP=87;FAO=21;FDP=86;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0196711;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.404;QD=6.64974;RBI=0.0213427;REFB=-0.0027062;REVB=0.00828007;RO=66;SAF=17;SAR=4;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354879;STB=0.715561;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00564778;OID=.;OPOS=56437543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:66:65:21:21:0.244186:4:17:37:29:4:17:37:28 chr17 56540267 . C T 2216.82 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00233679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.547;QD=63.3376;RBI=0.0171438;REFB=0;REVB=0.0169838;RO=0;SAF=59;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23781e-06;OID=.;OPOS=56540267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:81:59:0:0:81:59:0:0 chr17 56544280 . T G 724.07 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0104297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.311;QD=59.1074;RBI=0.01067;REFB=-0.0161909;REVB=-0.00225162;RO=2;SAF=33;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276547;STB=0.5147;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=4.16177e-05;OID=.;OPOS=56544280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:14:33:2:0:14:33:2:0 chr17 56557572 . A G 413.89 PASS AF=0.321429;AO=53;DP=168;FAO=54;FDP=168;FR=.;FRO=114;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=53;FSRR=61;FWDB=-0.0157619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.027;QD=9.85447;RBI=0.0159967;REFB=-0.000527995;REVB=0.00273097;RO=114;SAF=27;SAR=26;SRF=53;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052438;STB=0.536314;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000947842;OID=.;OPOS=56557572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:114:114:53:54:0.321429:26:27:53:61:26:28:53:61 chr17 56568680 . C T 927.29 PASS AF=0.942857;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0188447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2879;QD=52.9881;RBI=0.0293955;REFB=0.0102079;REVB=-0.0225605;RO=4;SAF=31;SAR=35;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0032772;STB=0.501737;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.00700671;OID=.;OPOS=56568680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:70:70:4:4:66:66:0.942857:35:31:2:2:35:31:2:2 chr17 56585913 . C T 210.18 PASS AF=0.313953;AO=27;DP=86;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0421568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.613;QD=9.77563;RBI=0.04542;REFB=-0.00169794;REVB=0.0169048;RO=59;SAF=10;SAR=17;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105467;STB=0.562062;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00507393;OID=.;OPOS=56585913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:59:59:27:27:0.313953:17:10:27:32:17:10:27:32 chr17 56598179 . G T 94.85 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0227887;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.142;QD=10.2538;RBI=0.0229516;REFB=-0.0134587;REVB=-0.0027296;RO=25;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193011;STB=0.511609;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0319668;OID=.;OPOS=56598179;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:38:37:25:25:12:12:0.324324:5:7:15:10:5:7:15:10 chr17 56620167 . C T 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00818693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.088;QD=52.6094;RBI=0.00830289;REFB=0;REVB=-0.00138282;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.37016e-05;OID=.;OPOS=56620167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr17 56620501 . A G 2353.67 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722319;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.516;QD=61.1343;RBI=0.0266262;REFB=0;REVB=0.0256278;RO=0;SAF=79;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17641e-05;OID=.;OPOS=56620501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:154:154:1:75:79:0:0:75:79:0:0 chr17 56621286 . G T 1122.49 PASS AF=0.88764;AO=79;DP=91;FAO=79;FDP=89;FR=.;FRO=10;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0130115;FXX=0.0219756;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1814;QD=50.4491;RBI=0.013494;REFB=-0.102618;REVB=-0.00357614;RO=5;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597892;STB=0.503567;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0149461;OID=.;OPOS=56621286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:91:89:5:10:79:79:0.88764:37:42:0:5:37:42:5:5 chr17 56621359 . T C 1759.46 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00425785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.447;QD=60.1525;RBI=0.0945995;REFB=0;REVB=0.0945036;RO=0;SAF=64;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.79622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318474;OID=.;OPOS=56621359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:108:117:0:0:106:117:1:42:64:0:0:51:66:0:0 chr17 56636854 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.207;QD=58.061;RBI=0.0144851;REFB=0;REVB=0.00992629;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41533e-05;OID=.;OPOS=56636854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr17 56643109 . A G 1145.96 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360367;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.509;QD=61.118;RBI=0.0360919;REFB=0;REVB=-0.00199576;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24972e-05;OID=.;OPOS=56643109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr17 56659018 . C T 964.62 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0306809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.178;QD=55.9197;RBI=0.0383083;REFB=-0.121529;REVB=0.0229392;RO=2;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242219;STB=0.512817;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0017013;OID=.;OPOS=56659018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:67:67:0.971014:38:29:0:2:38:29:0:2 chr17 56709034 . G A 260.11 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385147;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.337;QD=52.0211;RBI=0.0390911;REFB=0;REVB=-0.00668822;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109034;OID=.;OPOS=56709034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr17 56709058 . G C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.184;QD=55.6554;RBI=0.039332;REFB=0;REVB=0.0369621;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132626;OID=.;OPOS=56709058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr17 56709077 . A G 508.06 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.072256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8864;QD=56.451;RBI=0.0724467;REFB=0.0425713;REVB=0.00525316;RO=1;SAF=20;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022817;STB=0.512188;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000198918;OID=.;OPOS=56709077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:15:20:1:0:15:20:1:0 chr17 56709103 . CAAAT C 439.32 PASS AF=1;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00129508;FXX=0.0789266;HRUN=3;LEN=4;MLLD=235.128;QD=50.2084;RBI=0.00492904;REFB=0;REVB=0.00475586;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.67345e-05;OID=.;OPOS=56709104;OREF=AAAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:38:35:35:0:20:15:0:0:7:0:20:15:0:0 chr17 56709159 . G C 115.65 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0727966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5529;QD=11.0146;RBI=0.0731442;REFB=-0.027133;REVB=0.00712267;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0586396;OID=.;OPOS=56709159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:7:7:14:14:7:7:14:14 chr17 56736547 . G A 336.26 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.21;QD=53.8022;RBI=0.0340579;REFB=0;REVB=-0.00875903;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344743;OID=.;OPOS=56736547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:14:11:0:0 chr17 56736596 . T A,TCCCAAACACAA 105.02 PASS AF=0.1,0.9;AO=4,6;DP=22;FAO=1,9;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322326,-0.00300263;FXX=0.0908265;HRUN=1,0;LEN=1,11;MLLD=253.315,308.889;QD=42.0087;RBI=0.0330496,0.00444473;REFB=0,0;REVB=0.00730315,0.00327716;RO=12;SAF=1,0;SAR=3,6;SRF=10;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.582086,-0.811405;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00958764,0.000210751;OID=.,.;OPOS=56736596,56736597;OREF=T,-;OALT=A,CCCAAACACAA;OMAPALT=A,TCCCAAACACAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:22:10:12:0:4,6:1,9:0.1,0.9:3,6:1,0:10:2:0,9:1,0:0:0 chr17 56736640 . A T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.142;QD=44.6893;RBI=0.117908;REFB=0;REVB=-0.00185817;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000977944;OID=.;OPOS=56736640;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr17 56755092 . TA T 582.57 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=29.9198;QD=47.5565;RBI=0.115537;REFB=0;REVB=-0.0445763;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00420574;OID=.;OPOS=56755093;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:49:49:49:0:25:24:0:0:10:0:25:23:0:0 chr17 56756977 . A G 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1147;QD=57.543;RBI=0.084885;REFB=0;REVB=0.0547099;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144063;OID=.;OPOS=56756977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr17 56771096 . C T 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.713;QD=56.705;RBI=0.0501491;REFB=0;REVB=0.0117953;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179069;OID=.;OPOS=56771096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr17 56833457 . G C,GGAACCC 73.99 PASS AF=0.0681818,0.181818;AO=3,8;DP=45;FAO=3,8;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=1,1;FSAR=2,7;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.0459104,-0.110689;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,6;MLLD=40.5416,120.462;QD=6.72641;RBI=0.0940686,0.11147;REFB=-0.0116305,-0.0248058;REVB=-0.0821044,-0.013169;RO=34;SAF=1,1;SAR=2,7;SRF=25;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.405223,-0.66001;STB=0.818075,0.91538;STBP=0.479,0.038;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0296516,0.0798209;OID=.,.;OPOS=56833457,56833458;OREF=G,-;OALT=C,GAACCC;OMAPALT=C,GGAACCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:52:45:44:34:33:3,8:3,8:0.0681818,0.181818:2,7:1,1:25:9:2,7:1,1:24:9 chr17 57059119 . GAAA GAA,GAAT 942.74 PASS AF=0.970588,0.0294118;AO=51,13;DP=68;FAO=66,2;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33,2;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523718,-0.00865988;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=23.4702,11.3266;QD=55.4555;RBI=0.0523836,0.14372;REFB=0,0;REVB=0.00110813,-0.143459;RO=0;SAF=30,2;SAR=21,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000345815,0.0104469;OID=.,.;OPOS=57059120,57059122;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAA,GAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.970588,0.0294118:51,13:68:66,2:68:0:33,2:33,0:0:0:5:0:30,2:21,11:0:0 chr17 57247170 . CAAAAAAA CAAAAAA,CAAAAA,CAAAAAAG 311.84 PASS AF=0.765957,0.106383,0.12766;AO=20,11,4;DP=46;FAO=36,5,6;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=3,3,6;FSAR=33,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00228353,0.00577645,0.0108319;FXX=0;HRUN=9,9,9;LEN=1,2,1;MLLD=7.4479,8.89135,191.941;QD=26.5394;RBI=0.238043,0.122638,0.0236195;REFB=0.025325,0.029807,0.0135456;REVB=0.238032,0.122502,0.0209892;RO=7;SAF=1,4,4;SAR=19,7,0;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.143279,0.298627,0.819748;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0973903,0.118247,0.112975;OID=.,.,.;OPOS=57247171,57247171,57247177;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=CAAAAAA,CAAAAA,CAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.765957,0.106383,0.12766:20,11,4:46:36,5,6:47:0:3,3,6:33,2,0:0:0:35:7:1,4,4:19,7,0:0:7 chr17 57287454 . A G 1066.14 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0294355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.222;QD=58.4187;RBI=0.0301095;REFB=0.0615185;REVB=-0.00633502;RO=1;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141159;STB=0.507461;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000231074;OID=.;OPOS=57287454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:33:39:0:1:33:39:0:1 chr17 57290383 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00496502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.181;QD=57.0006;RBI=0.0110714;REFB=0;REVB=-0.00989571;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.17082e-05;OID=.;OPOS=57290383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr17 57477235 . T G 164.88 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=-0.0365409;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2672;QD=13.4595;RBI=0.0387883;REFB=0.00960579;REVB=-0.0130114;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442915;STB=0.747113;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00957251;OID=.;OPOS=57477235;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:32:31:18:18:0.367347:11:7:26:6:11:7:25:6 chr17 57477616 . G A 670.59 PASS AF=0.540984;AO=64;DP=120;FAO=66;FDP=122;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.00710699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.286;QD=21.9864;RBI=0.0128238;REFB=-0.012337;REVB=-0.0106743;RO=56;SAF=25;SAR=39;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335846;STB=0.516524;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0103333;OID=.;OPOS=57477616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:56:56:64:66:0.540984:39:25:24:32:40:26:24:32 chr17 57478276 . T A 594.66 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=135;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.000125504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.125;QD=17.6197;RBI=0.00667502;REFB=-0.0087794;REVB=0.00667384;RO=71;SAF=41;SAR=21;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128677;STB=0.573038;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.020328;OID=.;OPOS=57478276;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:71:73:62:62:0.459259:21:41:38:33:21:41:39:34 chr17 57760343 . G T 329.4 PASS AF=0.291391;AO=44;DP=151;FAO=44;FDP=151;FR=.;FRO=107;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=62;FSRR=45;FWDB=-0.00173588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.152;QD=8.72586;RBI=0.0221098;REFB=-0.00702484;REVB=-0.0220415;RO=106;SAF=26;SAR=18;SRF=61;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019139;STB=0.508376;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0175728;OID=.;OPOS=57760343;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:106:107:44:44:0.291391:18:26:61:45:18:26:62:45 chr17 57951973 . G A 306.7 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0197083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.523;QD=22.7186;RBI=0.021912;REFB=-0.0254844;REVB=-0.00957699;RO=23;SAF=8;SAR=23;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295212;STB=0.66393;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0100415;OID=.;OPOS=57951973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:23:8:14:9:23:8:14:9 chr17 57958422 . G A 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00352839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.056;QD=10.9363;RBI=0.00513192;REFB=-0.000614895;REVB=0.00372653;RO=34;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134796;STB=0.579903;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00141713;OID=.;OPOS=57958422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:8:8:13:21:8:8:13:21 chr17 57963537 . A G 458.83 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00978829;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0138;QD=23.2318;RBI=0.00984877;REFB=-0.0139861;REVB=0.00108981;RO=35;SAF=19;SAR=25;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439296;STB=0.524159;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.015385;OID=.;OPOS=57963537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:35:35:44:44:0.556962:25:19:17:18:25:19:17:18 chr17 58024275 . A G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00319015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.219;QD=12.0517;RBI=0.0137516;REFB=-0.000887102;REVB=0.0133765;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140406;STB=0.583156;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00354842;OID=.;OPOS=58024275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:9:4:4:5:9:4 chr17 58024324 . A G 214.3 PASS AF=0.477273;AO=13;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00741197;FXX=0.0222173;HRUN=9;LEN=1;MLLD=269.829;QD=19.4819;RBI=0.00996667;REFB=-0.00745869;REVB=-0.00666312;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991777;STB=0.536551;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00286218;OID=.;OPOS=58024324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:12:18:13:21:0.477273:5:8:6:6:11:10:10:8 chr17 58031412 . A G 252.74 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0104745;FXX=0.0487686;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.522;QD=25.9219;RBI=0.0112088;REFB=-0.0193309;REVB=-0.00399035;RO=16;SAF=14;SAR=9;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303835;STB=0.667973;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0172682;OID=.;OPOS=58031412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:16:16:23:23:0.589744:9:14:3:13:9:14:3:13 chr17 58256327 . A T 589.46 PASS AF=0.480315;AO=61;DP=127;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0239795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9096;QD=18.5657;RBI=0.077345;REFB=-0.00814245;REVB=-0.0735339;RO=63;SAF=33;SAR=28;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134998;STB=0.51028;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00727104;OID=.;OPOS=58256327;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:63:66:61:61:0.480315:28:33:35:28:28:33:37:29 chr17 58348810 . G A 81.58 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0178644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.632;QD=6.04298;RBI=0.0178864;REFB=-0.00363791;REVB=-0.000887231;RO=41;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436912;STB=0.520513;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00927859;OID=.;OPOS=58348810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:41:42:12:12:0.222222:8:4:15:26:8:4:15:27 chr17 58786625 . A G 1929.44 PASS AF=0.984496;AO=126;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0103394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4375;QD=59.8277;RBI=0.0326106;REFB=-0.0929973;REVB=0.0309281;RO=3;SAF=66;SAR=60;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231619;STB=0.508063;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0159567;OID=.;OPOS=58786625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:129:129:3:2:126:127:0.984496:60:66:0:3:61:66:0:2 chr17 58824567 . T C 1008.23 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.341;QD=59.3074;RBI=0.0693084;REFB=0;REVB=0.0444073;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000982484;OID=.;OPOS=58824567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr17 58977537 . C T 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00177316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.416;QD=18.7441;RBI=0.0172915;REFB=0.0106026;REVB=-0.0172004;RO=4;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120201;STB=0.571204;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00707052;OID=.;OPOS=58977537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:6:1:1:3:6:1:1:3 chr17 59482169 . C G 270.43 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0433713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.128;QD=28.4657;RBI=0.0487401;REFB=-0.042497;REVB=0.022238;RO=9;SAF=23;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18997;STB=0.721745;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0391508;OID=.;OPOS=59482169;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:9:13:25:25:0.657895:2:23:7:2:2:23:8:5 chr17 59482173 . G A 274.12 PASS AF=0.615385;AO=28;DP=43;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0248286;FXX=0.0930016;HRUN=6;LEN=1;MLLD=281.286;QD=28.1144;RBI=0.0510787;REFB=-0.0120906;REVB=-0.0446383;RO=14;SAF=22;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171321;STB=0.739239;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00486066;OID=.;OPOS=59482173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:39:14:15:28:24:0.615385:6:22:8:6:2:22:9:6 chr17 59485555 . C T 274.38 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00790665;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.916;QD=25.524;RBI=0.0277672;REFB=-0.0171497;REVB=-0.0266177;RO=18;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154372;STB=0.5853;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0133596;OID=.;OPOS=59485555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:12:13:13:5:12:13:13:5 chr17 59533868 . G C 746.04 PASS AF=0.5;AO=77;DP=154;FAO=77;FDP=154;FR=.;FRO=77;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=-0.0149527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7864;QD=19.3776;RBI=0.0393767;REFB=-0.0171337;REVB=0.0364272;RO=76;SAF=41;SAR=36;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147312;STB=0.577445;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0171135;OID=.;OPOS=59533868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:76:77:77:77:0.5:36:41:28:48:36:41:29:48 chr17 59534987 . T G 153.62 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00149553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.226;QD=21.9456;RBI=0.0170699;REFB=-0.0199549;REVB=0.0170043;RO=12;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179039;STB=0.599886;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0196516;OID=.;OPOS=59534987;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:6:10:10:2:6:10:10:2 chr17 59667953 . G A 306.86 PASS AF=0.345133;AO=39;DP=113;FAO=39;FDP=113;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.00745214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.8;QD=10.8624;RBI=0.0132621;REFB=-0.0112408;REVB=-0.0109703;RO=74;SAF=19;SAR=20;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299197;STB=0.517233;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0206111;OID=.;OPOS=59667953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:74:74:39:39:0.345133:20:19:38:36:20:19:38:36 chr17 59668021 . G C 257.2 PASS AF=0.344444;AO=31;DP=90;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0646379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4966;QD=11.4309;RBI=0.0725609;REFB=-0.0101559;REVB=-0.0329702;RO=56;SAF=17;SAR=14;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142497;STB=0.515142;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0162615;OID=.;OPOS=59668021;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:59:31:31:0.344444:14:17:30:26:14:17:31:28 chr17 59668352 . C T 798.45 PASS AF=0.49697;AO=82;DP=165;FAO=82;FDP=165;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=62;FSRR=21;FWDB=0.0168508;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6447;QD=19.3563;RBI=0.0180866;REFB=-0.0115011;REVB=0.0065709;RO=82;SAF=37;SAR=45;SRF=61;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262244;STB=0.645899;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00873104;OID=.;OPOS=59668352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:82:83:82:82:0.49697:45:37:61:21:45:37:62:21 chr17 59760174 . G A 118.31 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00126412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.476;QD=12.7905;RBI=0.0171777;REFB=-0.0152284;REVB=-0.0171311;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948902;STB=0.540483;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0390057;OID=.;OPOS=59760174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:7:7:9:13:7:7:10:13 chr17 59760996 . A G 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.00662109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.057;QD=16.1722;RBI=0.0156951;REFB=-0.0242749;REVB=-0.0142302;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293785;STB=0.666481;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0331757;OID=.;OPOS=59760996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:4:16:8:8:4:16 chr17 59763347 . A G 544.04 PASS AF=0.525773;AO=48;DP=95;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.00221895;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.903;QD=22.4344;RBI=0.00661263;REFB=-0.0144614;REVB=-0.00622922;RO=44;SAF=24;SAR=24;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138139;STB=0.597062;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0131699;OID=.;OPOS=59763347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:44:46:48:51:0.525773:24:24:15:29:25:26:14:32 chr17 59763465 . T C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.911;QD=60.0305;RBI=0.0378363;REFB=0;REVB=0.0349421;RO=0;SAF=18;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185308;OID=.;OPOS=59763465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:54:18:0:0:54:18:0:0 chr17 59924502 . T C 236.51 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.00659744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.049;QD=13.5148;RBI=0.0132508;REFB=0.0033634;REVB=0.0114916;RO=41;SAF=10;SAR=18;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751929;STB=0.531652;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00364241;OID=.;OPOS=59924502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:42:28:28:0.4:18:10:12:29:18:10:13:29 chr17 59955426 . T G 1419.39 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0100331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.36;QD=61.7127;RBI=0.0100474;REFB=-0.124739;REVB=0.000535058;RO=1;SAF=37;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869802;STB=0.504586;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000922257;OID=.;OPOS=59955426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:54:37:0:1:54:37:0:1 chr17 59969000 . T C 329.37 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0364091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.166;QD=20.9126;RBI=0.0396711;REFB=-0.0107066;REVB=0.0157535;RO=29;SAF=19;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090307;STB=0.512813;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00995472;OID=.;OPOS=59969000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:29:33:34:0.539683:14:19:17:12:15:19:17:12 chr17 60020137 . AAAG A 69.63 PASS AF=0.375;AO=9;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0103122;FXX=0;HRUN=5;LEN=3;MLLD=199.579;QD=8.70426;RBI=0.0120875;REFB=8.23982e-05;REVB=0.0063062;RO=20;SAF=2;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.511704;STB=0.832778;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=-5.03418e-05;OID=.;OPOS=60020138;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:9:31:12:32:20:2:10:14:6:69:20:2:7:14:6 chr17 60040329 . C T 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.00468177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.071;QD=16.0289;RBI=0.0182732;REFB=0.00159204;REVB=-0.0176632;RO=30;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247048;STB=0.638981;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00145802;OID=.;OPOS=60040329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:11:14:9:21:11:14:9:21 chr17 60043884 . G A 997.57 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130362;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.005;QD=59.5561;RBI=0.0148563;REFB=0;REVB=-0.00712513;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42119e-05;OID=.;OPOS=60043884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:32:34:0:0:32:35:0:0 chr17 60043929 . T C 449.83 PASS AF=0.581081;AO=42;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0241295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.388;QD=24.315;RBI=0.0302335;REFB=-0.00824091;REVB=0.0182164;RO=31;SAF=25;SAR=17;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161356;STB=0.591613;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00533071;OID=.;OPOS=60043929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:42:43:0.581081:17:25:12:19:17:26:12:19 chr17 60083208 . G T 174.06 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0738857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7848;QD=19.3405;RBI=0.0988766;REFB=0.0225163;REVB=-0.0657076;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723083;STB=0.528814;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.0261847;OID=.;OPOS=60083208;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:11:7:8:9:11:7:8:10 chr17 60348325 . G A 1718.55 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.014328;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7253;QD=59.7757;RBI=0.0290316;REFB=-0.0873433;REVB=0.0252497;RO=1;SAF=43;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664169;STB=0.503496;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0008204;OID=.;OPOS=60348325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:115:1:1:114:114:0.991304:71:43:0:1:71:43:0:1 chr17 60351457 . G A 3135.66 PASS AF=1;AO=195;DP=199;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319285;FXX=0.0150746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.867;QD=63.993;RBI=0.0459072;REFB=0;REVB=-0.0329854;RO=0;SAF=113;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781373;OID=.;OPOS=60351457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:196:0:0:195:196:1:82:113:0:0:83:113:0:0 chr17 60503892 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.876;QD=47.8219;RBI=0.0317346;REFB=0;REVB=0.0154374;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603008;OID=.;OPOS=60503892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr17 60525047 . C T 621.12 PASS AF=0.559633;AO=60;DP=108;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.00753544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.484;QD=22.7933;RBI=0.0576302;REFB=0.0107092;REVB=-0.0571354;RO=48;SAF=37;SAR=23;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252085;STB=0.518254;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.00938053;OID=.;OPOS=60525047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:48:48:60:61:0.559633:23:37:31:17:24:37:31:17 chr17 60683503 . A G 534.89 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00142318;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.641;QD=23.006;RBI=0.0306258;REFB=-0.0137124;REVB=0.0305927;RO=45;SAF=21;SAR=29;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791717;STB=0.553558;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0102349;OID=.;OPOS=60683503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:45:43:50:50:0.537634:29:21:23:22:29:21:23:20 chr17 60690271 . C G 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0237276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.602;QD=12.6376;RBI=0.0322098;REFB=-0.0133696;REVB=-0.0217825;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289406;STB=0.669353;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0313268;OID=.;OPOS=60690271;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:5:8:7:14:5:8:7:14 chr17 60742279 . C T 35.21 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00641545;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.825;QD=4.54324;RBI=0.0309818;REFB=-0.00617771;REVB=-0.0303103;RO=25;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236394;STB=0.516075;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0195969;OID=.;OPOS=60742279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:32:31:25:25:6:6:0.193548:3:3:12:13:3:3:12:13 chr17 60753904 . A C 727.65 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9963;QD=57.0705;RBI=0.0192905;REFB=0;REVB=0.0156135;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231767;OID=.;OPOS=60753904;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr17 60758273 . G C 851.18 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6038;QD=57.7069;RBI=0.067875;REFB=0;REVB=-0.0655627;RO=0;SAF=40;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000831056;OID=.;OPOS=60758273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:19:40:0:0:19:40:0:0 chr17 60766224 . A G 1572.95 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00351394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1194;QD=59.9219;RBI=0.0036408;REFB=0;REVB=0.000952697;RO=0;SAF=54;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2457e-05;OID=.;OPOS=60766224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:51:54:0:0:51:54:0:0 chr17 60767015 . G A 1105.62 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0388368;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.582;QD=58.9662;RBI=0.0693711;REFB=-0.0108836;REVB=0.0574809;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000180766;OID=.;OPOS=60767015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:0:1:74:74:0.986667:39:35:0:0:39:35:0:1 chr17 60767359 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00399727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.877;QD=13.455;RBI=0.0161692;REFB=-0.0214038;REVB=-0.0156673;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829035;STB=0.51905;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0365959;OID=.;OPOS=60767359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:7:4:4:10:7:4:5:10 chr17 60769803 . A G 159.56 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0256463;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.387;QD=11.6046;RBI=0.0365673;REFB=-0.00643347;REVB=-0.0260659;RO=34;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459067;STB=0.537276;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0127352;OID=.;OPOS=60769803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:34:35:20:20:0.363636:12:8:15:19:12:8:16:19 chr17 60813627 . G A 380.76 PASS AF=0.481481;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00143485;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0863;QD=18.8029;RBI=0.00296129;REFB=-0.00317022;REVB=-0.00259045;RO=42;SAF=19;SAR=19;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112094;STB=0.568147;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00465635;OID=.;OPOS=60813627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:42:42:38:39:0.481481:19:19:16:26:19:20:16:26 chr17 60814273 . A G 176.16 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00945029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.249;QD=10.2123;RBI=0.0178797;REFB=-0.0128027;REVB=-0.0151781;RO=46;SAF=11;SAR=12;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494647;STB=0.528942;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0180023;OID=.;OPOS=60814273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:46:23:23:0.333333:12:11:24:22:12:11:24:22 chr17 61391843 . A AT 32.65 PASS AF=0.0967742;AO=16;DP=127;FAO=12;FDP=124;FR=.;FRO=112;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=39;FSRR=73;FWDB=-0.00286905;FXX=0.0158718;HRUN=0;LEN=1;MLLD=104.249;QD=1.05327;RBI=0.0324033;REFB=-0.00209805;REVB=-0.032276;RO=107;SAF=15;SAR=1;SRF=35;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.685177;STB=0.941519;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.166727;OID=.;OPOS=61391844;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0967742:16:127:12:124:112:11:1:39:73:32:107:15:1:35:72 chr17 61482517 . G T 68.11 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.000705343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.411;QD=5.55984;RBI=0.00207555;REFB=0.00015212;REVB=0.00195203;RO=39;SAF=4;SAR=6;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258796;STB=0.666349;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00075202;OID=.;OPOS=61482517;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:39:39:10:10:0.204082:6:4:24:15:6:4:24:15 chr17 61499674 . CTTTTTTA CTTTTT,CTTTTTA,CTTTTTAA 125.11 PASS AF=0.391304,0,0;AO=11,7,6;DP=55;FAO=18,0,0;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=11,0,0;FSAR=7,0,0;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0919353,0.155191,0.070879;FXX=0.0212721;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=20.5802,10.5846,17.1359;QD=10.8787;RBI=0.0930847,0.159391,0.0866958;REFB=-0.114814,-0.117207,-0.00105057;REVB=0.0145826,-0.036348,-0.0499233;RO=24;SAF=6,4,5;SAR=5,3,1;SRF=9;SRR=15;SSEN=0.456311,0.456311,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.190887,0.229073,0.523806;STB=0.651495,0.5,0.5;STBP=0.115,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.18541,0.023087,0;OID=.,.,.;OPOS=61499680,61499675,61499680;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTA,CTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304,0,0:11,7,6:55:18,0,0:46:28:11,0,0:7,0,0:10:18:99:24:6,4,5:5,3,1:9:15 chr17 61511843 . G A 63.8 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00790502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.514;QD=4.11604;RBI=0.0115619;REFB=-0.00371459;REVB=0.00843735;RO=50;SAF=5;SAR=6;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316182;STB=0.51325;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0181769;OID=.;OPOS=61511843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:50:51:11:11:0.177419:6:5:24:26:6:5:24:27 chr17 61559923 . C T 983.41 PASS AF=0.945205;AO=69;DP=74;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00372959;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.837;QD=53.8856;RBI=0.0468049;REFB=-0.0691599;REVB=0.0466561;RO=1;SAF=41;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113915;STB=0.523249;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00305841;OID=.;OPOS=61559923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:74:73:1:4:69:69:0.945205:28:41:1:0:28:41:4:0 chr17 61562309 . C T 328.92 PASS AF=0.866667;AO=25;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.030492;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.852;QD=43.8557;RBI=0.0322994;REFB=-0.198727;REVB=0.0106532;RO=2;SAF=11;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771382;STB=0.538432;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00339934;OID=.;OPOS=61562309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:30:30:2:4:25:26:0.866667:14:11:2:0:14:12:3:1 chr17 61562774 . T C 563.72 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00349431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7996;QD=57.8177;RBI=0.00441585;REFB=-0.117996;REVB=0.00269992;RO=1;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176841;STB=0.509429;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00281534;OID=.;OPOS=61562774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:26:12:0:1:26:12:0:1 chr17 61564052 . A G 632.07 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.291;QD=61.6653;RBI=0.0574455;REFB=0;REVB=0.046784;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486711;OID=.;OPOS=61564052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr17 61566031 . G A 769.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5721;QD=56.9904;RBI=0.0668695;REFB=0;REVB=0.0576795;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118377;OID=.;OPOS=61566031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:26:27:0:0:27:27:0:0 chr17 61573761 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0913694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.0134;QD=58.1417;RBI=0.0913845;REFB=0;REVB=0.00165864;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00179875;OID=.;OPOS=61573761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr17 61615877 . TGC T 44.09 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0512962;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=132.217;QD=6.53188;RBI=0.0516037;REFB=-0.0293694;REVB=-0.00562567;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229193;STB=0.659364;STBP=0.385;TYPE=del;VARB=0.0537626;OID=.;OPOS=61615878;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:7:27:7:27:20:3:4:13:7:44:19:3:4:12:7 chr17 61657271 . C T 202.7 PASS AF=0.273585;AO=29;DP=106;FAO=29;FDP=106;FR=.;FRO=77;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.0212774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.688;QD=7.64887;RBI=0.0221555;REFB=0.00510376;REVB=-0.00617566;RO=77;SAF=9;SAR=20;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139207;STB=0.58357;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0114659;OID=.;OPOS=61657271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:77:77:29:29:0.273585:20:9:32:45:20:9:32:45 chr17 61781348 . C CCAGAAT,T 77.73 PASS AF=0.157143,0.0428571;AO=11,3;DP=74;FAO=11,3;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=6,2;FSAR=5,1;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.00101775,-0.0179143;FXX=0.0410903;HRUN=1,1;LEN=6,1;MLLD=218.65,115.439;QD=4.44183;RBI=0.0382028,0.0187951;REFB=-0.00813203,-0.00122828;REVB=-0.0381892,-0.00568638;RO=58;SAF=6,2;SAR=5,1;SRF=33;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0294885,0.0877771;STB=0.506837,0.611004;STBP=0.969,0.711;TYPE=ins,snp;VARB=0.0412567,-0.0103767;OID=.,.;OPOS=61781349,61781348;OREF=-,C;OALT=CAGAAT,T;OMAPALT=CCAGAAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:74:70:58:56:11,3:11,3:0.157143,0.0428571:5,1:6,2:33:25:5,1:6,2:31:25 chr17 61781803 . CG C 42.44 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.113958;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=13.1286;QD=6.52962;RBI=0.118769;REFB=0.0646659;REVB=0.0334635;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0.5;SSEP=0;SSSB=0.00947861;STB=0.576773;STBP=0.577;TYPE=del;VARB=-0.0590976;OID=.;OPOS=61781804;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:9:26:10:26:16:5:5:10:6:42:11:5:4:6:5 chr17 61805747 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00294671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.658;QD=58.1421;RBI=0.0115269;REFB=0;REVB=0.0111439;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34191e-05;OID=.;OPOS=61805747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr17 61838259 . G A 695.8 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0132344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.2659;QD=60.5044;RBI=0.0534743;REFB=-0.00378996;REVB=-0.0518107;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0002716;OID=.;OPOS=61838259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:21:24:0:0:21:24:0:1 chr17 61895330 . C T 219.67 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00635204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.536;QD=17.5735;RBI=0.0267392;REFB=-0.0330214;REVB=0.0259738;RO=27;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262375;STB=0.525524;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0597427;OID=.;OPOS=61895330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:12:10:13:14:12:10:14:14 chr17 61901197 . T A 715.01 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0156957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.322;QD=60.8515;RBI=0.0177705;REFB=-0.0255921;REVB=0.00833291;RO=1;SAF=27;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170959;STB=0.509087;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-6.26524e-05;OID=.;OPOS=61901197;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:19:27:1:0:19:27:1:0 chr17 61903445 . G C 1713.25 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00693687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.247;QD=60.6461;RBI=0.0244402;REFB=0;REVB=-0.0234351;RO=0;SAF=55;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06609e-05;OID=.;OPOS=61903445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:58:55:0:0:58:55:0:0 chr17 61906846 . T C 740.81 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0099065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.42;QD=56.9855;RBI=0.0220326;REFB=0;REVB=0.0196798;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28174e-05;OID=.;OPOS=61906846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:29:22:0:0:30:22:0:0 chr17 61908271 . C T 1624.37 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.623;QD=60.1617;RBI=0.0224561;REFB=0;REVB=-0.012751;RO=0;SAF=44;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71845e-06;OID=.;OPOS=61908271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:64:44:0:0:64:44:0:0 chr17 61908556 . C T 993.97 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214686;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.085;QD=59.3413;RBI=0.0226145;REFB=0;REVB=0.00710721;RO=0;SAF=46;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48651e-05;OID=.;OPOS=61908556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:21:46:0:0:21:46:0:0 chr17 61910167 . G A 1302.5 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.392;QD=62.0237;RBI=0.0169991;REFB=0;REVB=0.0143298;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86754e-05;OID=.;OPOS=61910167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:36:47:0:0:37:47:0:0 chr17 62019103 . G T 547.87 PASS AF=0.55102;AO=53;DP=101;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.000902067;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.876;QD=22.3619;RBI=0.0110049;REFB=-0.00112359;REVB=-0.0109678;RO=44;SAF=17;SAR=36;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399468;STB=0.515146;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00203395;OID=.;OPOS=62019103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:98:44:44:53:54:0.55102:36:17:16:28:36:18:16:28 chr17 62020348 . T C 482.01 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0208897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.099;QD=20.5108;RBI=0.0364767;REFB=-0.0226909;REVB=-0.0299028;RO=47;SAF=21;SAR=26;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578463;STB=0.532046;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0271718;OID=.;OPOS=62020348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:26:21:24:23:26:21:24:23 chr17 62041068 . T C 2170.2 PASS AF=0.985816;AO=139;DP=142;FAO=139;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000645477;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.903;QD=61.5659;RBI=0.0441273;REFB=-0.114889;REVB=0.0441225;RO=1;SAF=82;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826796;STB=0.508619;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00293937;OID=.;OPOS=62041068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:141:1:2:139:139:0.985816:57:82:0:1:57:82:0:2 chr17 62121480 . T C 704.75 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000456859;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.155;QD=59.9788;RBI=0.0721291;REFB=-0.0525687;REVB=0.0721277;RO=1;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240908;STB=0.51219;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0014599;OID=.;OPOS=62121480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:1:1:45:46:0.978723:19:26:0:1:20:26:0:1 chr17 62125272 . A G 2053.61 PASS AF=0.985185;AO=133;DP=135;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00071328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.87;QD=60.8477;RBI=0.0177187;REFB=-0.135857;REVB=0.0177044;RO=2;SAF=61;SAR=72;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013019;STB=0.506848;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000473486;OID=.;OPOS=62125272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:135:135:2:2:133:133:0.985185:72:61:0:2:72:61:0:2 chr17 62141455 . A G 1116.71 PASS AF=0.962025;AO=75;DP=80;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0225276;FXX=0.0365809;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7117;QD=56.5423;RBI=0.0248029;REFB=-0.0828951;REVB=-0.0103774;RO=3;SAF=30;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201052;STB=0.510754;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00280311;OID=.;OPOS=62141455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:79:3:3:75:76:0.962025:45:30:2:1:46:30:2:1 chr17 62568057 . T C 336.66 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.014452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.293;QD=14.7984;RBI=0.0144574;REFB=-0.00199711;REVB=0.000397323;RO=54;SAF=23;SAR=14;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149274;STB=0.584699;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00221727;OID=.;OPOS=62568057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:14:23:26:28:14:23:26:28 chr17 62782689 . T C 1588.36 PASS AF=0.981982;AO=108;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00910262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2216;QD=57.2381;RBI=0.0357343;REFB=-0.0487531;REVB=0.0345555;RO=3;SAF=39;SAR=69;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00154412;STB=0.502783;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00542171;OID=.;OPOS=62782689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:111:111:3:2:108:109:0.981982:69:39:1:2:70:39:1:1 chr17 62796759 . A C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0479555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.719;QD=59.4341;RBI=0.0499782;REFB=0;REVB=0.0140745;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.26433e-05;OID=.;OPOS=62796759;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr17 62820746 . G T 1053.3 PASS AF=0.96;AO=75;DP=78;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00240291;FXX=0.0384566;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.951;QD=56.176;RBI=0.0364357;REFB=0.0213464;REVB=0.0363564;RO=3;SAF=43;SAR=32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694269;STB=0.504503;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.000214097;OID=.;OPOS=62820746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:75:3:3:75:72:0.96:32:43:2:1:32:40:2:1 chr17 63533768 . G A 182.97 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0352855;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.712;QD=43.0509;RBI=0.0700184;REFB=-0.0657225;REVB=0.0604774;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053738;STB=0.529375;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000691445;OID=.;OPOS=63533768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:8:8:0:1:8:8:0:1 chr17 63533789 . T C 503.37 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524726;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.787;QD=59.2196;RBI=0.0564161;REFB=0;REVB=0.020722;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178771;OID=.;OPOS=63533789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:20:13:0:0:20:14:0:0 chr17 63534250 . T C 769.97 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152902;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.631;QD=64.1645;RBI=0.0592439;REFB=0;REVB=0.0572368;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191813;OID=.;OPOS=63534250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr17 63554591 . G A 107.41 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0173331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4949;QD=12.6365;RBI=0.0488669;REFB=-0.00556901;REVB=0.0456896;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326158;STB=0.692012;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0255969;OID=.;OPOS=63554591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:9:4:13:8:9:4:13:8 chr17 64023642 . A G,T 1858.44 PASS AF=0.959677,0.0403226;AO=117,6;DP=123;FAO=119,5;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=48,5;FSAR=71,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484681,0.0383742;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=244.848,191.135;QD=59.9497;RBI=0.0486387,0.0383863;REFB=0,0;REVB=0.00407051,-0.000962911;RO=0;SAF=47,5;SAR=70,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.19108e-08,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000102279,0.0369027;OID=.,.;OPOS=64023642,64023642;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:123:124:0:0:117,6:119,5:0.959677,0.0403226:70,1:47,5:0:0:71,0:48,5:0:0 chr17 64208230 . G A 1571.82 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011584;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.896;QD=64.1561;RBI=0.0116808;REFB=0;REVB=-0.00150064;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.24609e-06;OID=.;OPOS=64208230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:49:49:0:0:49:49:0:0 chr17 64210757 . C A 213.5 PASS AF=0.412698;AO=25;DP=64;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00867857;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.49;QD=13.5556;RBI=0.0233907;REFB=-0.0225002;REVB=0.0217211;RO=36;SAF=16;SAR=9;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204465;STB=0.592521;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0186293;OID=.;OPOS=64210757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:36:37:25:26:0.412698:9:16:16:20:10:16:17:20 chr17 64684550 . G T 216.05 PASS AF=0.265625;AO=34;DP=128;FAO=34;FDP=128;FR=.,HEALED;FRO=94;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.0328398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6478;QD=6.75139;RBI=0.19928;REFB=-0.0359593;REVB=-0.196555;RO=71;SAF=15;SAR=19;SRF=48;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268913;STB=0.551075;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.105587;OID=.;OPOS=64684550;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:71:94:34:34:0.265625:19:15:48:23:19:15:48:46 chr17 64783081 . G A 2031.43 PASS AF=1;AO=129;DP=133;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00206864;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2975;QD=62.0285;RBI=0.00293071;REFB=0;REVB=0.002076;RO=0;SAF=51;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28766e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145975;OID=.;OPOS=64783081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:131:0:0:129:131:1:78:51:0:0:78:53:0:0 chr17 64800898 . G A 482.49 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0111225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.319;QD=16.0831;RBI=0.0394995;REFB=-0.0187261;REVB=-0.0379012;RO=67;SAF=28;SAR=25;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506169;STB=0.528291;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0214271;OID=.;OPOS=64800898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:67:67:53:53:0.441667:25:28:32:35:25:28:32:35 chr17 64801021 . A G 789.16 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733014;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.46;QD=64.4211;RBI=0.082376;REFB=0;REVB=0.0375861;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000683453;OID=.;OPOS=64801021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr17 64801373 . C T 131.24 PASS AF=0.271429;AO=19;DP=70;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00854997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.01;QD=7.49962;RBI=0.0131618;REFB=-0.00378719;REVB=-0.0100066;RO=49;SAF=10;SAR=9;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923075;STB=0.540498;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0120128;OID=.;OPOS=64801373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:51:19:19:0.271429:9:10:22:27:9:10:24:27 chr17 64880788 . G A 243.78 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00389391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.032;QD=15.2364;RBI=0.00389833;REFB=-0.00941166;REVB=-0.000185516;RO=36;SAF=14;SAR=14;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828595;STB=0.546842;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0118099;OID=.;OPOS=64880788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:14:14:21:15:14:14:21:15 chr17 64881075 . A G 225.45 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0349707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.829;QD=10.9974;RBI=0.0370769;REFB=-0.0126687;REVB=-0.0123185;RO=52;SAF=15;SAR=13;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616438;STB=0.535689;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0165421;OID=.;OPOS=64881075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:52:54:28:28:0.341463:13:15:25:27:13:15:26:28 chr17 65027740 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301535;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.614;QD=53.9112;RBI=0.0367237;REFB=0;REVB=0.0365997;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9588e-05;OID=.;OPOS=65027740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr17 65028095 . TAAAAA TAAAA,TAAAAC,TAAA 40.4 PASS AF=0.166667,0.0666667,0.1;AO=8,2,3;DP=30;FAO=5,2,3;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=1,0,0;FSAR=4,2,3;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0572038,0.0496906,0.0294007;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=12.488,23.1718,26.0893;QD=5.38705;RBI=0.236644,0.0628392,0.130925;REFB=-0.147,-0.0847104,-0.0735825;REVB=-0.229626,-0.0384657,-0.127581;RO=15;SAF=0,0,0;SAR=8,2,3;SRF=14;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.849469,-0.788553,-0.811401;STB=0.875524,0.996827,0.997685;STBP=0.162,0.036,0.009;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.0115785,0.0337148,0.0936418;OID=.,.,.;OPOS=65028096,65028100,65028096;OREF=A,A,AA;OALT=-,C,-;OMAPALT=TAAAA,TAAAAC,TAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667,0.0666667,0.1:8,2,3:30:5,2,3:30:20:1,0,0:4,2,3:15:5:21:15:0,0,0:8,2,3:14:1 chr17 65040919 . C T 220.29 PASS AF=0.266667;AO=32;DP=120;FAO=32;FDP=120;FR=.;FRO=88;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=0.0204451;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.677;QD=7.34285;RBI=0.0226087;REFB=-0.0081837;REVB=0.00965141;RO=87;SAF=19;SAR=13;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526223;STB=0.536186;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0179846;OID=.;OPOS=65040919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:87:88:32:32:0.266667:13:19:48:39:13:19:48:40 chr17 65052271 . G A 501.0 PASS AF=0.394366;AO=56;DP=142;FAO=56;FDP=142;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.00962452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.053;QD=14.1126;RBI=0.014326;REFB=-0.0173589;REVB=-0.0106114;RO=86;SAF=37;SAR=19;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1669;STB=0.594539;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0186164;OID=.;OPOS=65052271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:86:86:56:56:0.394366:19:37:44:42:19:37:44:42 chr17 65066879 . A G,T 711.05 PASS AF=0.943396,0.0377358;AO=49,2;DP=52;FAO=50,2;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=29,2;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00521316,0.0034631;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=200.269,127.786;QD=53.6639;RBI=0.0368338,0.00402877;REFB=-0.032628,-0.0712402;REVB=0.036463,0.00205862;RO=0;SAF=29,2;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.511623,0.993266;STBP=0.309,0.227;TYPE=snp,snp;VARB=0.000384157,0.0480442;OID=.,.;OPOS=65066879,65066879;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:53:0:1:49,2:50,2:0.943396,0.0377358:20,0:29,2:0:0:21,0:29,2:0:1 chr17 65104666 . T G 1977.3 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.323;QD=61.7906;RBI=0.050758;REFB=0;REVB=0.0406585;RO=0;SAF=59;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19275e-05;OID=.;OPOS=65104666;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:127:128:1:68:59:0:0:68:60:0:0 chr17 65104743 . G A 1859.85 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.469;QD=61.4827;RBI=0.0468797;REFB=0;REVB=0.044184;RO=0;SAF=52;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22654e-05;OID=.;OPOS=65104743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:120:121:1:68:52:0:0:69:52:0:0 chr17 65146241 . TC AT 59.2 PASS AF=0.310345;AO=8;DP=30;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0081003;FXX=0.0333222;HRUN=4;LEN=2;MLLD=154.472;QD=8.16548;RBI=0.0240225;REFB=-0.000762412;REVB=0.0226156;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538376;STBP=0.794;TYPE=mnp;VARB=0.00445005;OID=.;OPOS=65146241;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:30:29:20:20:8:9:0.310345:4:4:10:10:5:4:10:10 chr17 65404916 . AAG A 129.17 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.00242983;FXX=0.0434688;HRUN=3;LEN=2;MLLD=35.8971;QD=11.7423;RBI=0.0315399;REFB=-0.00736717;REVB=-0.0314462;RO=26;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318023;STB=0.709409;STBP=0.018;TYPE=del;VARB=0.00856812;OID=.;OPOS=65404917;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:19:46:20:44:24:13:7:6:18:99:26:12:7:8:18 chr17 65574283 . A G 889.5 PASS AF=0.955224;AO=63;DP=69;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0254463;FXX=0.0289813;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.034;QD=53.1043;RBI=0.0309802;REFB=-0.0998435;REVB=0.017671;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154807;STB=0.508164;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00166477;OID=.;OPOS=65574283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:67:1:3:63:64:0.955224:33:30:1:0:33:31:2:1 chr17 65717525 . T C 400.32 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0143867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.161;QD=21.3501;RBI=0.0145119;REFB=-0.0128901;REVB=-0.00190231;RO=33;SAF=23;SAR=17;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267662;STB=0.632549;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0153543;OID=.;OPOS=65717525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:35:40:40:0.533333:17:23:8:25:17:23:10:25 chr17 65734425 . A G 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0150288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.63;QD=14.231;RBI=0.0179343;REFB=-0.0121329;REVB=-0.00978644;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163169;STB=0.592337;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0176156;OID=.;OPOS=65734425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:14:12:11:25:14:12:11:25 chr17 65736895 . A G 210.17 PASS AF=0.277778;AO=30;DP=108;FAO=30;FDP=108;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=0.0128955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4436;QD=7.78414;RBI=0.039371;REFB=0.019845;REVB=0.0371992;RO=78;SAF=16;SAR=14;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164105;STB=0.597244;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0497999;OID=.;OPOS=65736895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:78:78:30:30:0.277778:14:16:31:47:14:16:31:47 chr17 65739627 . A G 208.9 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.00943117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.844;QD=13.4774;RBI=0.0226516;REFB=-0.011576;REVB=-0.0205948;RO=35;SAF=16;SAR=9;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154362;STB=0.560012;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0211194;OID=.;OPOS=65739627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:35:37:25:25:0.403226:9:16:27:8:9:16:27:10 chr17 65978851 . T G 716.27 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0886608;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0053;QD=57.3013;RBI=0.106417;REFB=0;REVB=0.0588545;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167937;OID=.;OPOS=65978851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:25:24:0:0:26:24:0:0 chr17 65989047 . TT CC,TC 401.98 PASS AF=0.0689655,0.931034;AO=2,27;DP=29;FAO=2,27;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=1,17;FSAR=1,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145001,-0.0290121;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=13.5882,43.1123;QD=55.4454;RBI=0.0145024,0.0290124;REFB=0,0;REVB=-0.000258432,-0.000128283;RO=0;SAF=1,17;SAR=1,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0990696,-0.0133193;OID=.,.;OPOS=65989047,65989048;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:29:0:0:2,27:2,27:0.0689655,0.931034:1,10:1,17:0:0:1,10:1,17:0:0 chr17 65989084 . GCCCG GCC,GCCG 72.95 PASS AF=0.444444,0;AO=9,3;DP=25;FAO=12,0;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=3,0;FSAR=9,0;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.114287,-0.221619;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=26.3681,13.2484;QD=10.8073;RBI=0.149407,0.300183;REFB=-0.110119,-0.114236;REVB=0.096234,0.202472;RO=11;SAF=3,3;SAR=6,0;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.356162,0.582558;STB=0.763205,0.5;STBP=0.027,1;TYPE=del,del;VARB=0.139714,0;OID=.,.;OPOS=65989087,65989085;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCC,GCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444,0:9,3:25:12,0:27:15:3,0:9,0:11:4:71:11:3,3:6,0:8:3 chr17 66016006 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.915;QD=62.6711;RBI=0.022882;REFB=0;REVB=-0.00800602;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.33164e-05;OID=.;OPOS=66016006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr17 66016096 . C T 504.58 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00482678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4578;QD=56.0641;RBI=0.0117329;REFB=-0.0429936;REVB=-0.010694;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267062;STB=0.513506;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0208676;OID=.;OPOS=66016096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:17:17:0:1:18:17:0:1 chr17 66195838 . A T 141.53 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00190801;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.686;QD=12.8659;RBI=0.034577;REFB=-0.0143942;REVB=-0.0345243;RO=27;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697015;STB=0.556889;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0245368;OID=.;OPOS=66195838;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:27:28:16:16:0.363636:11:5:10:17:11:5:11:17 chr17 66246416 . A G 428.8 PASS AF=0.44;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0181737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.536;QD=17.1521;RBI=0.0181805;REFB=-0.00374183;REVB=-0.000498111;RO=56;SAF=18;SAR=26;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200251;STB=0.511231;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00423821;OID=.;OPOS=66246416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:56:44:44:0.44:26:18:24:32:26:18:24:32 chr17 66253095 . T A 272.76 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0236072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.922;QD=24.245;RBI=0.0243322;REFB=-5.23412e-06;REVB=0.0058956;RO=19;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998414;STB=0.545418;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00034653;OID=.;OPOS=66253095;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:25:25:0.555556:15:10:10:9:15:10:10:10 chr17 66264542 . A T 342.57 PASS AF=0.29932;AO=44;DP=148;FAO=44;FDP=147;FR=.;FRO=103;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=58;FWDB=-0.0499998;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3066;QD=9.3215;RBI=0.060933;REFB=0.00222267;REVB=0.0348259;RO=104;SAF=25;SAR=19;SRF=46;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15034;STB=0.591357;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00516937;OID=.;OPOS=66264542;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:104:103:44:44:0.29932:19:25:46:58:19:25:45:58 chr17 66264567 . TTA T 119.27 PASS AF=0.302326;AO=21;DP=36;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=43;FWDB=-0.0509322;FXX=0.165033;HRUN=2;LEN=2;MLLD=150.365;QD=5.5474;RBI=0.0521622;REFB=-0.0303443;REVB=-0.011261;RO=5;SAF=4;SAR=17;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00541167;STB=0.548887;STBP=0.606;TYPE=del;VARB=0.114825;OID=.;OPOS=66264568;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.302326:21:36:26:86:60:6:20:17:43:99:5:4:17:1:4 chr17 66267650 . T G 393.16 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00887987;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.687;QD=17.0938;RBI=0.0177109;REFB=-0.0135613;REVB=0.015324;RO=51;SAF=22;SAR=19;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319362;STB=0.517896;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0163022;OID=.;OPOS=66267650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:19:22:29:22:19:22:29:22 chr17 66270082 . A G 225.35 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0252604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.492;QD=27.3146;RBI=0.0268561;REFB=0.00204652;REVB=0.0091194;RO=12;SAF=8;SAR=13;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246589;STB=0.513665;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00126362;OID=.;OPOS=66270082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:13:8:5:7:13:8:5:7 chr17 66364749 . T C 164.21 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.034152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3047;QD=11.1326;RBI=0.0348859;REFB=-0.0176034;REVB=0.00711822;RO=36;SAF=6;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276348;STB=0.663104;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0198683;OID=.;OPOS=66364749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:36:38:21:21:0.355932:15:6:19:17:15:6:20:18 chr17 66364804 . T C 286.69 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.000981835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.465;QD=13.3342;RBI=0.0187827;REFB=-0.00364052;REVB=-0.018757;RO=51;SAF=8;SAR=25;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254346;STB=0.649253;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00758483;OID=.;OPOS=66364804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:53:33:33:0.383721:25:8:23:28:25:8:24:29 chr17 66391016 . G A 403.11 PASS AF=0.644068;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0119622;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.858;QD=27.3296;RBI=0.0419949;REFB=-0.0332395;REVB=-0.0402552;RO=21;SAF=12;SAR=26;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013161;STB=0.507183;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0161266;OID=.;OPOS=66391016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:21:21:38:38:0.644068:26:12:7:14:26:12:7:14 chr17 66391276 . G A 533.16 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00548616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.129;QD=23.181;RBI=0.0109875;REFB=-0.0110889;REVB=0.00951987;RO=42;SAF=28;SAR=22;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109106;STB=0.559976;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00913771;OID=.;OPOS=66391276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:42:50:50:0.543478:22:28:18:24:22:28:18:24 chr17 66422292 . A G 93.37 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0112942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.875;QD=9.8283;RBI=0.0173327;REFB=-0.01737;REVB=-0.0131478;RO=26;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108659;STB=0.565925;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0221544;OID=.;OPOS=66422292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:4:8:15:11:4:8:15:11 chr17 66449122 . G A 434.84 PASS AF=0.396825;AO=49;DP=125;FAO=50;FDP=126;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.00137046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.985;QD=13.8044;RBI=0.00253372;REFB=-0.00863369;REVB=0.00213109;RO=75;SAF=24;SAR=25;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089235;STB=0.5476;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0077577;OID=.;OPOS=66449122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:75:76:49:50:0.396825:25:24:43:32:25:25:44:32 chr17 66526871 . CT C,TC 67.8 PASS AF=0.418605,0;AO=18,2;DP=44;FAO=18,0;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=2,0;FSAR=16,0;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0587075,-0.0117953;FXX=0.0227221;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=11.7595,47.3374;QD=6.30706;RBI=0.0921264,0.0160111;REFB=-0.0958555,-0.0250629;REVB=0.0709979,-0.0108271;RO=22;SAF=3,0;SAR=15,2;SRF=16;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.554938,-0.617381;STB=0.863198,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.159204,0.0895226;OID=.,.;OPOS=66526872,66526871;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:43:22:25:18,2:18,0:0.418605,0:15,2:3,0:16:6:16,0:2,0:17:8 chr17 66528585 . TA T 60.68 PASS AF=0.371429;AO=27;DP=68;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0396549;FXX=0.0410903;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.77988;QD=3.4674;RBI=0.206725;REFB=-0.117957;REVB=-0.202886;RO=35;SAF=9;SAR=18;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293915;STB=0.725812;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=0.0673813;OID=.;OPOS=66528586;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371429:27:68:26:70:44:6:20:25:19:60:35:9:18:22:13 chr17 66533655 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.611;QD=63.2867;RBI=0.0175697;REFB=0;REVB=0.00651305;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33783e-05;OID=.;OPOS=66533655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr17 66536749 . C T 311.31 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.00952624;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.8086;QD=13.8361;RBI=0.0170947;REFB=0.00777273;REVB=0.0141943;RO=55;SAF=20;SAR=15;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720605;STB=0.540961;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.0157464;OID=.;OPOS=66536749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:55:55:35:35:0.388889:15:20:35:20:15:20:35:20 chr17 66538239 . G T 633.86 PASS AF=0.606383;AO=56;DP=94;FAO=57;FDP=94;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0475835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1262;QD=26.9729;RBI=0.0735473;REFB=-0.0371467;REVB=0.0560804;RO=38;SAF=24;SAR=32;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924858;STB=0.55804;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0247476;OID=.;OPOS=66538239;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:38:37:56:57:0.606383:32:24:21:17:33:24:21:16 chr17 66539847 . C T 374.11 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0328294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3921;QD=18.0293;RBI=0.0349804;REFB=0.00830906;REVB=0.012077;RO=44;SAF=17;SAR=22;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396697;STB=0.522162;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.00819064;OID=.;OPOS=66539847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:22:17:21:23:22:17:21:23 chr17 66596463 . C T 483.66 PASS AF=0.5;AO=46;DP=95;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.000562058;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.111;QD=20.5812;RBI=0.0432918;REFB=-0.0220339;REVB=0.0432882;RO=47;SAF=17;SAR=29;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207642;STB=0.618364;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0305046;OID=.;OPOS=66596463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:47:47:46:47:0.5:29:17:28:19:30:17:28:19 chr17 66872802 . G C 1662.11 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448181;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1026;QD=60.4404;RBI=0.0458762;REFB=0;REVB=-0.00979614;RO=0;SAF=51;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000647831;OID=.;OPOS=66872802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:110:110:1:59:51:0:0:59:51:0:0 chr17 66918367 . T C 41.38 PASS AF=0.148936;AO=6;DP=39;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0116152;FXX=0.059988;HRUN=45;LEN=1;MLLD=125.236;QD=3.52136;RBI=0.0267337;REFB=-0.000449412;REVB=-0.0240786;RO=31;SAF=4;SAR=2;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689729;STB=0.539452;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00114624;OID=.;OPOS=66918367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:47:31:40:6:7:0.148936:2:4:19:12:2:5:27:13 chr17 66928434 . C T 293.56 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=58;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0111502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.132;QD=19.9021;RBI=0.0114227;REFB=-0.0216995;REVB=-0.00248052;RO=28;SAF=17;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890661;STB=0.555642;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0224306;OID=.;OPOS=66928434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:28:30:31:0.525424:13:17:13:15:13:18:13:15 chr17 66981198 . C T 446.76 PASS AF=0.45045;AO=46;DP=108;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.033281;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.342;QD=16.0994;RBI=0.0361151;REFB=-0.0181691;REVB=0.0140241;RO=62;SAF=29;SAR=17;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16914;STB=0.589792;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0314101;OID=.;OPOS=66981198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:62:61:46:50:0.45045:17:29:29:33:19:31:28:33 chr17 66985992 . T G 211.19 PASS AF=0.313953;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.00389131;FXX=0.0114929;HRUN=7;LEN=1;MLLD=263.634;QD=9.82285;RBI=0.00512396;REFB=-0.00313702;REVB=-0.00333357;RO=57;SAF=15;SAR=12;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214545;STB=0.623321;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00528515;OID=.;OPOS=66985992;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:57:59:27:27:0.313953:12:15:21:36:12:15:22:37 chr17 67017930 . T C 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00296301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.272;QD=15.7844;RBI=0.0452206;REFB=-0.0120533;REVB=-0.0451234;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167604;STB=0.597015;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0155753;OID=.;OPOS=67017930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:5:9:8:9:5:9:8:9 chr17 67028260 . T C 322.83 PASS AF=0.363636;AO=40;DP=110;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.000648345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8848;QD=11.7394;RBI=0.0066072;REFB=0.00326054;REVB=-0.00657531;RO=69;SAF=21;SAR=19;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516972;STB=0.534043;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00436565;OID=.;OPOS=67028260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:69:70:40:40:0.363636:19:21:33:36:19:21:33:37 chr17 67031457 . C T 944.21 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00506653;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.341;QD=57.2248;RBI=0.025885;REFB=-0.139585;REVB=-0.0253844;RO=1;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200902;STB=0.510201;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.000415524;OID=.;OPOS=67031457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:64:65:0.984848:23:41:0:1:24:41:0:1 chr17 67081830 . T C 483.96 PASS AF=0.445378;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.00600691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.461;QD=16.2676;RBI=0.0119972;REFB=-0.0006228;REVB=0.010385;RO=66;SAF=18;SAR=35;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903758;STB=0.550596;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00126117;OID=.;OPOS=67081830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:66:66:53:53:0.445378:35:18:28:38:35:18:28:38 chr17 67101718 . C T 1135.23 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.912;QD=60.5454;RBI=0.0230534;REFB=0;REVB=-0.00349643;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104187;OID=.;OPOS=67101718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:45:30:0:0:45:30:0:0 chr17 67125840 . C T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00814887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.93;QD=17.8401;RBI=0.0113214;REFB=-0.0230561;REVB=0.0078594;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1854;STB=0.605911;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0251942;OID=.;OPOS=67125840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:9:5:8:6:9:5 chr17 67178316 . A G 427.35 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.026524;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.532;QD=16.4364;RBI=0.0354621;REFB=-0.0180863;REVB=0.023538;RO=56;SAF=29;SAR=18;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201267;STB=0.616971;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0193871;OID=.;OPOS=67178316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:57:47:47:0.451923:18:29:23:33:18:29:23:34 chr17 67210992 . T C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0578521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.346;QD=16.4265;RBI=0.0841997;REFB=-0.0291462;REVB=0.0611779;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225542;STB=0.627711;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0278373;OID=.;OPOS=67210992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:3:8:10:1:3:8:10:1 chr17 67212031 . A G 215.93 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0473971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.342;QD=15.1527;RBI=0.0507661;REFB=-0.0253512;REVB=0.0181854;RO=32;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260879;STB=0.647927;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0409278;OID=.;OPOS=67212031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:9:16:12:20:9:16:12:20 chr17 67212423 . G A 416.12 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00398875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.832;QD=22.1929;RBI=0.0178981;REFB=0.00425981;REVB=0.017448;RO=34;SAF=15;SAR=26;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231943;STB=0.627875;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00309267;OID=.;OPOS=67212423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:26:15:22:12:26:15:22:12 chr17 67215712 . C T 390.97 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.001468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.4;QD=16.6369;RBI=0.0253374;REFB=-0.0129377;REVB=-0.0252949;RO=53;SAF=26;SAR=15;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238697;STB=0.634081;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0189489;OID=.;OPOS=67215712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:15:26:21:32:15:26:21:32 chr17 67219768 . C T 481.96 PASS AF=0.406015;AO=54;DP=133;FAO=54;FDP=133;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.00714771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.363;QD=14.495;RBI=0.00737038;REFB=-0.0107563;REVB=0.00179799;RO=79;SAF=22;SAR=32;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249309;STB=0.514051;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0130331;OID=.;OPOS=67219768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:79:79:54:54:0.406015:32:22:34:45:32:22:34:45 chr17 67257281 . C T 529.89 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=127;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.0251185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.784;QD=16.5589;RBI=0.0284333;REFB=-0.0155013;REVB=-0.0133235;RO=70;SAF=41;SAR=16;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120343;STB=0.573035;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.026579;OID=.;OPOS=67257281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:70:71:57:57:0.445312:16:41:43:27:16:41:43:28 chr17 67260926 . A G 735.05 PASS AF=0.529851;AO=71;DP=134;FAO=71;FDP=134;FR=.;FRO=63;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0102551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3674;QD=21.9417;RBI=0.100587;REFB=-0.0210927;REVB=0.100063;RO=62;SAF=39;SAR=32;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409649;STB=0.518103;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0175221;OID=.;OPOS=67260926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:62:63:71:71:0.529851:32:39:37:25:32:39:37:26 chr17 67267317 . T C 244.33 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.00722926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.842;QD=17.4524;RBI=0.00725877;REFB=0.00371513;REVB=0.000653866;RO=29;SAF=21;SAR=6;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681525;STB=0.538432;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.00555169;OID=.;OPOS=67267317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:6:21:21:8:6:21:21:8 chr17 67273882 . C A 955.38 PASS AF=0.598592;AO=84;DP=141;FAO=85;FDP=142;FR=.;FRO=57;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0106753;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.684;QD=26.9121;RBI=0.0111202;REFB=-0.0157034;REVB=-0.00311396;RO=57;SAF=41;SAR=43;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675769;STB=0.534021;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00963346;OID=.;OPOS=67273882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:57:57:84:85:0.598592:43:41:33:24:43:42:33:24 chr17 67290840 . T C 1012.7 PASS AF=0.513089;AO=98;DP=192;FAO=98;FDP=191;FR=.;FRO=93;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=0.0131853;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.556;QD=21.2084;RBI=0.0189754;REFB=-0.0174051;REVB=0.013646;RO=93;SAF=37;SAR=61;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163763;STB=0.589898;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0173952;OID=.;OPOS=67290840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:93:93:98:98:0.513089:61:37:52:41:61:37:52:41 chr17 67304447 . C T 455.1 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00169566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.662;QD=18.0238;RBI=0.010475;REFB=-0.00654276;REVB=0.0103369;RO=52;SAF=21;SAR=27;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588925;STB=0.537967;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0101682;OID=.;OPOS=67304447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:53:48:48:0.475248:27:21:26:26:27:21:27:26 chr17 67513003 . C A 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00746022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.81;QD=59.8557;RBI=0.00960493;REFB=0;REVB=0.00604978;RO=0;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93293e-05;OID=.;OPOS=67513003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:45:26:0:0:45:26:0:0 chr17 67513055 . A G 850.45 PASS AF=0.925373;AO=62;DP=67;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.020407;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=227.398;QD=50.7731;RBI=0.0210493;REFB=-0.000672779;REVB=0.00516038;RO=1;SAF=19;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108552;STB=0.508157;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=5.62144e-05;OID=.;OPOS=67513055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:67:67:1:5:62:62:0.925373:43:19:0:1:43:19:2:3 chr17 67982157 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.426;QD=60.3767;RBI=0.0359465;REFB=0;REVB=0.00836371;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.99318e-05;OID=.;OPOS=67982157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:44:30:0:0:44:30:0:0 chr17 68130905 . GAC G 111.95 PASS AF=0.368421;AO=12;DP=40;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0177028;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=222.844;QD=11.7837;RBI=0.0194865;REFB=-0.0190804;REVB=-0.00814468;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17127;STB=0.563023;STBP=0.614;TYPE=del;VARB=0.0358045;OID=.;OPOS=68130906;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:12:40:14:38:24:10:4:19:5:99:20:8:4:16:4 chr17 70643565 . A G 413.03 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=6.67251e-06;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.41;QD=24.2957;RBI=0.000744148;REFB=-0.00332421;REVB=-0.000744118;RO=28;SAF=28;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192022;STB=0.605714;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00192778;OID=.;OPOS=70643565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:28:40:40:0.588235:12:28:13:15:12:28:13:15 chr17 70643798 . A G 288.22 PASS AF=0.534483;AO=30;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.025396;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.267;QD=19.8772;RBI=0.0259212;REFB=-0.0178599;REVB=-0.00519119;RO=25;SAF=16;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141304;STB=0.582268;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0165439;OID=.;OPOS=70643798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:27:30:31:0.534483:14:16:9:16:14:17:10:17 chr17 70645013 . G A 230.76 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0210751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.156;QD=17.7511;RBI=0.0274821;REFB=-0.00935577;REVB=0.0176383;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174178;STB=0.597371;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0106092;OID=.;OPOS=70645013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:11:14:20:7:11:14:20:7 chr17 70660158 . T C 1227.16 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6686;QD=61.3579;RBI=0.0513851;REFB=0;REVB=0.0257429;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149865;OID=.;OPOS=70660158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr17 70943990 . T C 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.62;QD=62.6704;RBI=0.0666021;REFB=0;REVB=0.0592314;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021367;OID=.;OPOS=70943990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr17 71027797 . C A 205.63 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00410972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.83;QD=16.7859;RBI=0.0207635;REFB=-0.00841945;REVB=-0.0203527;RO=28;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478369;STB=0.527318;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00933477;OID=.;OPOS=71027797;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:11:10:12:16:11:10:12:16 chr17 71027833 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.000524864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.434;QD=14.0964;RBI=0.00996703;REFB=-0.0218511;REVB=-0.0099532;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200253;STB=0.617431;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0159199;OID=.;OPOS=71027833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:6:8:4:7:6:8 chr17 71166701 . A G 276.18 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0358315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0282;QD=13.3098;RBI=0.0362643;REFB=0.00833803;REVB=-0.00558593;RO=51;SAF=12;SAR=20;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168287;STB=0.596269;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00872063;OID=.;OPOS=71166701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:20:12:27:24:20:12:27:24 chr17 71167102 . T C 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=8.81028e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1582;QD=18.2487;RBI=0.0174927;REFB=0.0556206;REVB=-0.0174924;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379419;STB=0.521706;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.0355685;OID=.;OPOS=71167102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:6:7:7:5:6:7:7:5 chr17 71167133 . T C 68.23 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.161442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0016;QD=16.0533;RBI=0.165155;REFB=0.00065625;REVB=-0.0348231;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368153;STB=0.576719;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00184967;OID=.;OPOS=71167133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:17:17:7:8:8:8:0.470588:6:2:2:5:6:2:3:5 chr17 71167537 . G GA 31.37 PASS AF=0.384615;AO=3;DP=30;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.119603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.3025;QD=4.82633;RBI=0.120748;REFB=-0.0216091;REVB=-0.0165902;RO=26;SAF=1;SAR=2;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582917;STB=0.713815;STBP=0.113;TYPE=ins;VARB=-0.0283093;OID=.;OPOS=71167538;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:3:30:10:26:16:2:8:8:8:31:26:1:2:10:16 chr17 71167541 . G A 54.76 PASS AF=0.307692;AO=9;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.077479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4059;QD=8.42503;RBI=0.0936624;REFB=-0.000266366;REVB=-0.0526275;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30146;STB=0.813055;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0143964;OID=.;OPOS=71167541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:17:18:9:8:0.307692:7:2:8:9:7:1:9:9 chr17 71192663 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0283493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6996;QD=13.4857;RBI=0.0438521;REFB=-0.005598;REVB=0.0334563;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166393;STB=0.597497;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0126414;OID=.;OPOS=71192663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:8:3:4:5:8:3 chr17 71192873 . A G 144.16 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0101854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5718;QD=24.0271;RBI=0.0111306;REFB=-0.0343418;REVB=0.00448846;RO=9;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179928;STB=0.59988;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0128901;OID=.;OPOS=71192873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:5:10:8:1:5:10:8:1 chr17 71196809 . A G 546.68 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.00965619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8657;QD=17.3548;RBI=0.0284888;REFB=0.00522298;REVB=-0.0268025;RO=68;SAF=23;SAR=35;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172174;STB=0.595793;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00701608;OID=.;OPOS=71196809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:68:68:58:58:0.460317:35:23:39:29:35:23:39:29 chr17 71197748 . G A 188.93 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0217526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4613;QD=20.9919;RBI=0.0833087;REFB=-0.0258522;REVB=0.0804187;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957355;STB=0.553879;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0268855;OID=.;OPOS=71197748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:10:9:10:7:10:9:10:7 chr17 71205854 . A G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0096844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.431;QD=16.8983;RBI=0.045394;REFB=-0.0233552;REVB=-0.044349;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784731;STB=0.574318;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0123383;OID=.;OPOS=71205854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:8:9:10:10:0.526316:6:4:4:4:6:4:5:4 chr17 71232687 . T C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00205007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.885;QD=17.4015;RBI=0.0219904;REFB=-0.01729;REVB=-0.0218946;RO=13;SAF=11;SAR=2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20961;STB=0.622427;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0179319;OID=.;OPOS=71232687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:2:11:9:4:2:11:9:4 chr17 71232804 . C A 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00975365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3242;QD=57.1759;RBI=0.0356347;REFB=0;REVB=-0.0342739;RO=0;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000491665;OID=.;OPOS=71232804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:16:35:0:0:16:35:0:0 chr17 71232807 . T C 200.42 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00466907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.232;QD=15.1261;RBI=0.021547;REFB=-0.00343935;REVB=-0.021035;RO=30;SAF=16;SAR=7;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334398;STB=0.519067;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00482247;OID=.;OPOS=71232807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:7:16:20:10:7:16:20:10 chr17 71232881 . G C 329.82 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0193412;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6817;QD=15.5207;RBI=0.0227065;REFB=-0.00649603;REVB=0.0118955;RO=49;SAF=21;SAR=15;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305453;STB=0.517232;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00959895;OID=.;OPOS=71232881;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:49:49:36:36:0.423529:15:21:30:19:15:21:30:19 chr17 71233130 . A G 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0193783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.817;QD=17.1552;RBI=0.0362425;REFB=-0.0542938;REVB=0.0306268;RO=19;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381231;STB=0.50174;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0779555;OID=.;OPOS=71233130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:11:6:6:13:11:6:7:13 chr17 71238426 . AC A 119.44 PASS AF=0.258621;AO=45;DP=173;FAO=45;FDP=174;FR=.;FRO=129;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=70;FSRR=59;FWDB=0.0330735;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.6449;QD=2.74574;RBI=0.0346202;REFB=0.016043;REVB=-0.0102325;RO=119;SAF=28;SAR=17;SRF=63;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116636;STB=0.578576;STBP=0.227;TYPE=del;VARB=-0.0438263;OID=.;OPOS=71238427;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258621:45:173:45:174:129:29:16:70:59:99:119:28:17:63:56 chr17 71238433 . G A 1009.48 PASS AF=0.530055;AO=95;DP=182;FAO=97;FDP=183;FR=.;FRO=86;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.00528502;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9678;QD=22.0651;RBI=0.00670772;REFB=-0.00551789;REVB=0.00413063;RO=85;SAF=55;SAR=40;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229118;STB=0.519793;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.012817;OID=.;OPOS=71238433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:85:86:95:97:0.530055:40:55:47:38:40:57:47:39 chr17 71239087 . G T 692.15 PASS AF=0.519084;AO=68;DP=131;FAO=68;FDP=131;FR=.;FRO=63;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=0.00884198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.081;QD=21.1344;RBI=0.014638;REFB=-0.00809511;REVB=-0.0116658;RO=62;SAF=42;SAR=26;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435368;STB=0.500713;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00752016;OID=.;OPOS=71239087;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:62:63:68:68:0.519084:26:42:38:24:26:42:39:24 chr17 71239215 . AA TT 170.71 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=0.00456005;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=2;MLLD=175.192;QD=15.1742;RBI=0.00478167;REFB=-0.00129963;REVB=-0.00143887;RO=27;SAF=13;SAR=5;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128875;STB=0.573695;STBP=0.51;TYPE=mnp;VARB=0.00434398;OID=.;OPOS=71239215;OREF=AA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:5:13:22:5:5:13:22:5 chr17 71239234 . T G 46.31 PASS AF=0.304348;AO=8;DP=24;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00767709;FXX=0.0416493;HRUN=24;LEN=1;MLLD=145.382;QD=8.05368;RBI=0.0206899;REFB=-0.0132519;REVB=-0.0192128;RO=15;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456052;STB=0.761037;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0166442;OID=.;OPOS=71239234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:23:15:16:8:7:0.304348:1:7:8:7:1:6:9:7 chr17 71244630 . C T 954.93 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.038;QD=58.7649;RBI=0.032212;REFB=0;REVB=0.0321828;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17106e-05;OID=.;OPOS=71244630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:25:39:0:0:25:40:0:0 chr17 71354114 . C T 159.52 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0247316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1975;QD=17.7246;RBI=0.0287949;REFB=-0.0117991;REVB=-0.0147477;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165154;STB=0.594481;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0234179;OID=.;OPOS=71354114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:6:11:9:10:6:11:9:10 chr17 71365314 . A G 1937.11 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107959;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.514;QD=61.9875;RBI=0.011101;REFB=0;REVB=-0.00258468;RO=0;SAF=58;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349489;OID=.;OPOS=71365314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:124:125:1:66:58:0:0:67:58:0:0 chr17 71384016 . C T 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.004286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.275;QD=16.5776;RBI=0.0104623;REFB=-0.0127244;REVB=-0.00954409;RO=38;SAF=18;SAR=14;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121878;STB=0.568224;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0116925;OID=.;OPOS=71384016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:14:18:26:12:14:18:26:12 chr17 71410891 . C T 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0159535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.634;QD=55.0442;RBI=0.020187;REFB=-0.0401412;REVB=-0.0123693;RO=1;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145046;STB=0.507689;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000219912;OID=.;OPOS=71410891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:32:23:0:1:32:23:0:1 chr17 71426656 . G T 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0430714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1006;QD=5.95781;RBI=0.0527513;REFB=-0.00960221;REVB=0.0304558;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346032;STB=0.736115;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0254081;OID=.;OPOS=71426656;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:17:18:6:6:0.25:2:4:6:11:2:4:6:12 chr17 71429894 . CG C 84.49 PASS AF=0.513514;AO=20;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0518837;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.2566;QD=9.1341;RBI=0.0562398;REFB=-0.0766855;REVB=-0.0217023;RO=17;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131193;STB=0.596445;STBP=0.247;TYPE=del;VARB=0.0923501;OID=.;OPOS=71429895;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.513514:20:37:19:37:18:9:10:5:13:84:17:9:11:5:12 chr17 71429908 . G C 129.08 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0396355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6408;QD=13.2391;RBI=0.0396795;REFB=-0.0153958;REVB=0.0018693;RO=24;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094546;STB=0.55548;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0059836;OID=.;OPOS=71429908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:10:5:10:14:10:5:10:14 chr17 71468267 . G A 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00723074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.43;QD=16.0289;RBI=0.0240272;REFB=-0.00165868;REVB=0.0229134;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179413;STB=0.601078;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00354688;OID=.;OPOS=71468267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:12:13:10:20:12:13:10:20 chr17 71503636 . T C 387.83 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0200216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.377;QD=15.9929;RBI=0.0263075;REFB=-0.00975267;REVB=0.0170652;RO=54;SAF=16;SAR=25;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181307;STB=0.523001;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0128592;OID=.;OPOS=71503636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:56:41:41:0.42268:25:16:22:32:25:16:24:32 chr17 71746427 . G A 394.2 PASS AF=0.460674;AO=40;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.00444071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.721;QD=17.7169;RBI=0.0111142;REFB=0.0244094;REVB=0.0101885;RO=46;SAF=21;SAR=19;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144514;STB=0.559727;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00695524;OID=.;OPOS=71746427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:48:40:41:0.460674:19:21:31:15:19:22:31:17 chr17 71746435 . C T 422.19 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.0468818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.396;QD=18.1589;RBI=0.0517942;REFB=-0.0116772;REVB=-0.0220167;RO=48;SAF=22;SAR=21;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147791;STB=0.580074;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00965818;OID=.;OPOS=71746435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:48:50:43:43:0.462366:21:22:32:16:21:22:33:17 chr17 71746479 . C G 582.07 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.00410533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5673;QD=19.0843;RBI=0.00631234;REFB=-0.0212548;REVB=0.00479498;RO=62;SAF=26;SAR=34;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105945;STB=0.558578;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0132594;OID=.;OPOS=71746479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:62:62:60:60:0.491803:34:26:34:28:34:26:34:28 chr17 71746508 . T C 558.83 PASS AF=0.468254;AO=56;DP=123;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.00469138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.422;QD=17.7406;RBI=0.00469624;REFB=-0.0150998;REVB=-0.000213425;RO=66;SAF=25;SAR=31;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523117;STB=0.537024;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0140953;OID=.;OPOS=71746508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:66:67:56:59:0.468254:31:25:33:33:34:25:33:34 chr17 71746796 . A G 452.71 PASS AF=0.646154;AO=42;DP=65;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0727593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2537;QD=27.8589;RBI=0.0733686;REFB=-0.00167568;REVB=0.00943586;RO=23;SAF=15;SAR=27;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00660447;STB=0.503595;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-6.28916e-05;OID=.;OPOS=71746796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:23:23:42:42:0.646154:27:15:8:15:27:15:8:15 chr17 71747278 . G C 484.51 PASS AF=0.37931;AO=55;DP=145;FAO=55;FDP=145;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=57;FSRR=33;FWDB=-0.0094564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.668;QD=13.3657;RBI=0.0152863;REFB=-0.0107542;REVB=-0.0120103;RO=90;SAF=36;SAR=19;SRF=57;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254048;STB=0.514422;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0161517;OID=.;OPOS=71747278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:90:90:55:55:0.37931:19:36:57:33:19:36:57:33 chr17 71747323 . T C 289.91 PASS AF=0.402439;AO=32;DP=80;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0278828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.501;QD=14.1419;RBI=0.0279294;REFB=-0.0208342;REVB=0.0016123;RO=45;SAF=20;SAR=12;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215136;STB=0.516748;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0238384;OID=.;OPOS=71747323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:45:49:32:33:0.402439:12:20:29:16:13:20:31:18 chr17 71747336 . G A 282.76 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0105674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1086;QD=14.8822;RBI=0.0233918;REFB=0.0103582;REVB=-0.0208688;RO=43;SAF=21;SAR=11;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314338;STB=0.526865;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.0125803;OID=.;OPOS=71747336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:43:44:32:32:0.421053:11:21:27:16:11:21:27:17 chr17 71747394 . C T 386.61 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00706698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.1546;QD=20.8979;RBI=0.0129894;REFB=0.00531461;REVB=0.0108987;RO=35;SAF=22;SAR=17;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163674;STB=0.590456;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00211719;OID=.;OPOS=71747394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:17:22:13:22:17:22:13:22 chr17 71747397 . G A 403.71 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0192561;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0489;QD=21.822;RBI=0.0216538;REFB=-0.00125338;REVB=-0.00990404;RO=34;SAF=22;SAR=18;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16289;STB=0.589768;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00114246;OID=.;OPOS=71747397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:18:22:12:22:18:22:12:22 chr17 71752500 . C CT 1459.31 PASS AF=1;AO=90;DP=96;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257853;FXX=0.0208312;HRUN=0;LEN=1;MLLD=194.078;QD=62.0985;RBI=0.0320792;REFB=0;REVB=0.0190839;RO=4;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461622;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.91291e-05;OID=.;OPOS=71752501;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:90:96:94:94:0:51:43:0:0:8:4:51:39:0:4 chr17 72209858 . A G 754.62 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0889667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.807;QD=54.8813;RBI=0.0896819;REFB=-0.00910009;REVB=-0.0113033;RO=1;SAF=15;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303766;STB=0.516123;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00033356;OID=.;OPOS=72209858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:39:15:1:0:39:15:1:0 chr17 72303449 . G A 462.3 PASS AF=0.303922;AO=62;DP=204;FAO=62;FDP=204;FR=.;FRO=142;FSAF=16;FSAR=46;FSRF=69;FSRR=73;FWDB=0.00724583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.091;QD=9.06471;RBI=0.0141372;REFB=-0.0121977;REVB=0.0121391;RO=141;SAF=16;SAR=46;SRF=68;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290052;STB=0.672456;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0227154;OID=.;OPOS=72303449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:141:142:62:62:0.303922:46:16:68:73:46:16:69:73 chr17 72308319 . G A 1426.18 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0357433;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5387;QD=62.0076;RBI=0.0564166;REFB=-0.00761122;REVB=0.0436492;RO=1;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938661;STB=0.504949;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=7.75729e-05;OID=.;OPOS=72308319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:92:1:1:91:91:0.98913:50:41:0:1:50:41:0:1 chr17 72346855 . T C 321.09 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=38;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.017838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.376;QD=33.799;RBI=0.0192969;REFB=-0.0186781;REVB=-0.00736041;RO=11;SAF=19;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147265;STB=0.580724;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0100222;OID=.;OPOS=72346855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:11:11:27:27:0.710526:8:19:5:6:8:19:5:6 chr17 72349067 . C T 122.99 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=36;FWDB=0.0171611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9354;QD=7.34277;RBI=0.0236468;REFB=-0.0365467;REVB=0.0162686;RO=49;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456966;STB=0.770383;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0413469;OID=.;OPOS=72349067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:49:49:18:18:0.268657:6:12:13:36:6:12:13:36 chr17 72350412 . G A 216.79 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0325867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4736;QD=23.4371;RBI=0.041098;REFB=-0.0525386;REVB=0.0250431;RO=16;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182745;STB=0.510194;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0479118;OID=.;OPOS=72350412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:14:7:5:11:14:7:5:11 chr17 72351406 . C T 401.93 PASS AF=0.33557;AO=49;DP=149;FAO=50;FDP=149;FR=.;FRO=99;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.00647858;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4387;QD=10.79;RBI=0.0138117;REFB=-0.0322056;REVB=0.012198;RO=71;SAF=16;SAR=33;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109234;STB=0.587086;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0372296;OID=.;OPOS=72351406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:71:99:49:50:0.33557:33:16:30:41:33:17:46:53 chr17 72351761 . A G 1446.97 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.336;QD=62.2351;RBI=0.0157689;REFB=0;REVB=0.00591946;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39033e-05;OID=.;OPOS=72351761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:93:0:0:87:93:1:38:49:0:0:41:52:0:0 chr17 72366695 . C A 704.56 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0529386;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.8151;QD=58.7133;RBI=0.0557058;REFB=-0.165576;REVB=-0.0173392;RO=1;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268486;STB=0.505811;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0081371;OID=.;OPOS=72366695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:48:1:2:46:46:0.958333:17:29:0:1:17:29:1:1 chr17 72368550 . T C 770.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347336;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1083;QD=57.0718;RBI=0.0400165;REFB=0;REVB=0.0198719;RO=0;SAF=11;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336538;OID=.;OPOS=72368550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:43:11:0:0:43:11:0:0 chr17 72429927 . G A 328.64 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00834435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5537;QD=15.4654;RBI=0.0575814;REFB=-0.030376;REVB=0.0569736;RO=48;SAF=9;SAR=27;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338691;STB=0.687788;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0313194;OID=.;OPOS=72429927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:49:36:36:0.423529:27:9:27:21:27:9:27:22 chr17 72439700 . T G 189.58 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.891;QD=47.3947;RBI=0.0553691;REFB=0;REVB=0.0118663;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040754;OID=.;OPOS=72439700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr17 72439773 . AGGGGGC AGGG,AGGGC,AGGGG,AGGGGC 386.84 PASS AF=0,0,0,0.96875;AO=7,7,7,33;DP=64;FAO=0,0,0,62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=0,0,0,43;FSAR=0,0,0,19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.147093,-0.128768,-0.24093,-0.256753;FXX=0;HRUN=5,5,5,5;LEN=3,2,2,1;MLLD=13.7299,9.9744,7.03144,10.1412;QD=24.1773;RBI=0.148324,0.145913,0.241857,0.288436;REFB=0.0685589,0.075983,0.0832057,0.116045;REVB=-0.0190733,-0.0686258,0.021156,-0.131428;RO=4;SAF=7,6,6,19;SAR=0,1,1,14;SRF=3;SRR=1;SSEN=0.414179,0.414179,0.414179,0.414179;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.760919,0.120201,0.120201,-0.0361038;STB=0.5,0.5,0.5,0.507073;STBP=1,1,1,0.558;TYPE=del,del,del,del;VARB=0,0.0112406,0.0468449,-0.027764;OID=.,.,.,.;OPOS=72439777,72439774,72439778,72439774;OREF=GGC,GG,GC,G;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=AGGG,AGGGC,AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/4:0,0,0,0.96875:7,7,7,33:64:0,0,0,62:64:2:0,0,0,43:0,0,0,19:1:1:3:4:7,6,6,19:0,1,1,14:3:1 chr17 72439808 . TGG TG,TGC 395.49 PASS AF=0.409091,0.0272727;AO=44,4;DP=110;FAO=45,3;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=24,1;FSAR=21,2;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.176822,-0.108634;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.5346,32.1549;QD=14.3814;RBI=0.182688,0.108801;REFB=0.00170854,0.0083886;REVB=-0.0459209,-0.00602853;RO=61;SAF=23,2;SAR=21,2;SRF=34;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0358788,-0.0558357;STB=0.518185,0.711524;STBP=0.743,0.533;TYPE=del,snp;VARB=-0.0186772,0.011058;OID=.,.;OPOS=72439809,72439810;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TG,TGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091,0.0272727:44,4:110:45,3:110:62:24,1:21,2:35:27:99:61:23,2:21,2:34:27 chr17 72469958 . A G 879.68 PASS AF=0.511628;AO=87;DP=171;FAO=88;FDP=172;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.0259915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5803;QD=20.4576;RBI=0.0327103;REFB=-0.0227331;REVB=-0.0198597;RO=84;SAF=33;SAR=54;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100402;STB=0.557216;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0197534;OID=.;OPOS=72469958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:84:84:87:88:0.511628:54:33:41:43:55:33:41:43 chr17 72537878 . G A 609.99 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.056471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.339;QD=58.0942;RBI=0.0572444;REFB=-0.0348764;REVB=0.00937754;RO=2;SAF=15;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146634;OID=.;OPOS=72537878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:42:2:0:40:42:1:25:15:2:0:25:17:0:0 chr17 72584764 . C T 582.31 PASS AF=0.552381;AO=58;DP=105;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=-0.0518265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0435;QD=22.1831;RBI=0.0530466;REFB=-0.0285382;REVB=-0.0113116;RO=47;SAF=33;SAR=25;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2354;STB=0.62863;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0230051;OID=.;OPOS=72584764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:47:47:58:58:0.552381:25:33:13:34:25:33:13:34 chr17 72588326 . A C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.00515918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.07;QD=14.262;RBI=0.00644943;REFB=-0.00987429;REVB=0.00387015;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261239;STB=0.649829;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00818863;OID=.;OPOS=72588326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:6:18:8:8:6:18 chr17 72588778 . C T 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0265535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.811;QD=21.2674;RBI=0.0313296;REFB=-0.0118953;REVB=0.0166269;RO=14;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455802;STB=0.525662;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00967614;OID=.;OPOS=72588778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:7:10:9:5:7:10:9:5 chr17 72589114 . C G 154.27 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0109891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.359;QD=10.6392;RBI=0.0262069;REFB=-0.0156645;REVB=-0.0237916;RO=38;SAF=16;SAR=4;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208243;STB=0.623717;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.014576;OID=.;OPOS=72589114;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:4:16:25:13:4:16:25:13 chr17 72589435 . T C 333.02 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0431703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.195;QD=16.4456;RBI=0.0451109;REFB=-0.00754837;REVB=-0.0130891;RO=43;SAF=21;SAR=15;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1375;STB=0.577277;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00961969;OID=.;OPOS=72589435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:45:36:36:0.444444:15:21:19:24:15:21:20:25 chr17 72590267 . T C 267.34 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0120156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.711;QD=21.824;RBI=0.0128442;REFB=-0.0112289;REVB=-0.00453849;RO=24;SAF=3;SAR=22;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21521;STB=0.622528;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0103088;OID=.;OPOS=72590267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:22:3:6:18:22:3:6:18 chr17 72691928 . T C 409.94 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.00742871;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.4459;QD=15.6168;RBI=0.0100724;REFB=0.0102879;REVB=-0.00680207;RO=59;SAF=25;SAR=21;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102801;STB=0.557596;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00867194;OID=.;OPOS=72691928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:59:46:46:0.438095:21:25:26:33:21:25:26:33 chr17 72700943 . A G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0526893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.82;QD=14.0787;RBI=0.0553803;REFB=-0.0236836;REVB=-0.0170532;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122388;STB=0.571312;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0132588;OID=.;OPOS=72700943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:10:6:6:6:10:6 chr17 72744798 . G C 115.91 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.71;QD=42.1484;RBI=0.0688818;REFB=0;REVB=0.0248721;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000921357;OID=.;OPOS=72744798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr17 72773794 . C A 198.68 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0112162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.928;QD=19.3837;RBI=0.0164287;REFB=-0.00490835;REVB=-0.0120042;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133747;STB=0.585871;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00428959;OID=.;OPOS=72773794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:19:20:0.487805:9:10:8:13:9:11:8:13 chr17 72784932 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00321618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.426;QD=17.3208;RBI=0.0484906;REFB=-0.0146174;REVB=0.0483838;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259185;STB=0.647307;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0152113;OID=.;OPOS=72784932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:9:7:13:5:9:7:13:5 chr17 72838649 . C A 823.18 PASS AF=0.445596;AO=86;DP=193;FAO=86;FDP=193;FR=.;FRO=107;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=48;FSRR=59;FWDB=0.00304679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.801;QD=17.0607;RBI=0.00326608;REFB=-0.0134338;REVB=0.00117657;RO=107;SAF=44;SAR=42;SRF=48;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628279;STB=0.534898;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0174587;OID=.;OPOS=72838649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:107:107:86:86:0.445596:42:44:48:59:42:44:48:59 chr17 72838739 . G A 387.83 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=42;FWDB=0.00737175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.448;QD=15.9931;RBI=0.011869;REFB=-0.00714761;REVB=-0.00930216;RO=56;SAF=6;SAR=35;SRF=14;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179249;STB=0.602354;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00744386;OID=.;OPOS=72838739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:56:41:41:0.42268:35:6:14:42:35:6:14:42 chr17 72860076 . G T 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.00260025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.636;QD=9.83005;RBI=0.0523921;REFB=-0.00349077;REVB=-0.0523276;RO=26;SAF=8;SAR=4;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13969;STB=0.583205;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00756172;OID=.;OPOS=72860076;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:4:8:20:6:4:8:20:6 chr17 72860253 . A G 665.42 PASS AF=0.485507;AO=66;DP=137;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.0225073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.622;QD=19.2876;RBI=0.0230035;REFB=-0.00622778;REVB=0.0047519;RO=71;SAF=31;SAR=35;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311677;STB=0.521166;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00566847;OID=.;OPOS=72860253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:71:71:66:67:0.485507:35:31:31:40:35:32:31:40 chr17 72862593 . C T 887.84 PASS AF=0.52381;AO=88;DP=168;FAO=88;FDP=168;FR=.;FRO=80;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=0.0104477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.499;QD=21.139;RBI=0.0280521;REFB=-0.0180429;REVB=0.0260339;RO=77;SAF=56;SAR=32;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354846;STB=0.531027;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0188189;OID=.;OPOS=72862593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:77:80:88:88:0.52381:32:56:46:31:32:56:46:34 chr17 72863030 . T C 118.83 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.000486334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6723;QD=14.8541;RBI=0.0200503;REFB=-0.000762905;REVB=0.0200444;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304843;STB=0.687798;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00138766;OID=.;OPOS=72863030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:13:14:0.4375:9:4:11:7:10:4:11:7 chr17 72875670 . C T 124.75 PASS AF=0.2;AO=21;DP=110;FAO=21;FDP=105;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=0.00761254;FXX=0.0454504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.926;QD=4.75234;RBI=0.0120284;REFB=-0.00386142;REVB=-0.00931301;RO=74;SAF=11;SAR=10;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467137;STB=0.566333;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0171616;OID=.;OPOS=72875670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:105:74:84:21:21:0.2:10:11:36:38:10:11:37:47 chr17 72889685 . G A 753.21 PASS AF=0.669903;AO=42;DP=105;FAO=69;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=54;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=34;FWDB=0.0883314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.663;QD=29.2507;RBI=0.0891893;REFB=-0.0448367;REVB=-0.0123404;RO=46;SAF=27;SAR=15;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330503;STB=0.765546;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0164452;OID=.;OPOS=72889685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:46:34:42:69:0.669903:15:27:13:33:15:54:0:34 chr17 72889696 . A G 579.31 PASS AF=0.611765;AO=51;DP=84;FAO=52;FDP=85;FR=.;FRO=33;FSAF=43;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=33;FWDB=-0.0330347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3014;QD=27.2617;RBI=0.0482445;REFB=-0.0393038;REVB=-0.0351603;RO=32;SAF=43;SAR=8;SRF=0;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.610502;STB=0.823404;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0174082;OID=.;OPOS=72889696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:32:33:51:52:0.611765:8:43:0:32:9:43:0:33 chr17 72926420 . G A 278.87 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0156533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.624;QD=21.8721;RBI=0.0171422;REFB=-0.00964446;REVB=-0.00698775;RO=22;SAF=15;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100176;STB=0.545422;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00619589;OID=.;OPOS=72926420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:28:28:0.54902:13:15:9:13:13:15:10:13 chr17 72927123 . G T 1036.09 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0176202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.271;QD=56.7723;RBI=0.0245598;REFB=0.0159251;REVB=0.0171088;RO=2;SAF=5;SAR=66;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785649;STB=0.541711;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-2.20523e-05;OID=.;OPOS=72927123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:66:5:1:1:66:5:1:1 chr17 72937605 . G A 362.5 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0334397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.453;QD=20.7142;RBI=0.0345071;REFB=-0.00973656;REVB=-0.00851618;RO=32;SAF=19;SAR=18;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148859;STB=0.515073;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0138147;OID=.;OPOS=72937605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:37:37:0.528571:18:19:17:15:18:19:18:15 chr17 72937851 . G A 295.75 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0133337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2233;QD=22.3208;RBI=0.0177928;REFB=-0.0189271;REVB=0.0117811;RO=23;SAF=13;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0011567;STB=0.50064;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.013943;OID=.;OPOS=72937851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:17:13:10:13:17:13:10:13 chr17 72938100 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.058;QD=62.6711;RBI=0.0303649;REFB=0;REVB=0.0255958;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118912;OID=.;OPOS=72938100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr17 72939446 . C T 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.065574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.868;QD=22.9154;RBI=0.0693375;REFB=-0.00605294;REVB=0.022533;RO=4;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197751;STB=0.6109;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0026327;OID=.;OPOS=72939446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:7:2:0:4:7:2:0:4 chr17 72948369 . A G 651.55 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2703;QD=62.0524;RBI=0.0254107;REFB=0;REVB=0.0141546;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338396;OID=.;OPOS=72948369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:16:25:0:0:16:26:0:0 chr17 72949167 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.88;QD=51.9167;RBI=0.0259344;REFB=0;REVB=0.0104177;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215913;OID=.;OPOS=72949167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:4:17:0:0:4:17:0:0 chr17 72949649 . C T 1376.03 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0415911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.504;QD=59.1842;RBI=0.0651095;REFB=-0.026001;REVB=0.0500942;RO=3;SAF=45;SAR=45;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305498;STB=0.516125;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00125879;OID=.;OPOS=72949649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:3:3:90:90:0.967742:45:45:3:0:45:45:3:0 chr17 72952017 . A G 1244.09 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.879;QD=61.4365;RBI=0.0358662;REFB=0;REVB=0.00101778;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129864;OID=.;OPOS=72952017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:41:39:0:0:41:40:0:0 chr17 72955131 . G T 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.000377727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.866;QD=13.3419;RBI=0.0162817;REFB=-0.0165451;REVB=0.0162773;RO=32;SAF=7;SAR=14;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274301;STB=0.658076;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0355125;OID=.;OPOS=72955131;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:14:7:19:13:14:7:19:13 chr17 72999773 . C T 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0214735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.706;QD=24.8178;RBI=0.026332;REFB=-0.00349531;REVB=0.0152403;RO=18;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561095;STB=0.531224;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00215863;OID=.;OPOS=72999773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:9:15:10:8:9:15:10:8 chr17 72999856 . C T 86.28 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0447607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0331;QD=12.3253;RBI=0.0460543;REFB=-0.0145672;REVB=-0.0108388;RO=17;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452116;STB=0.770897;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0369491;OID=.;OPOS=72999856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:2:9:7:10:2:9:7:10 chr17 72999939 . C T 72.38 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0296114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.128;QD=8.51491;RBI=0.0567419;REFB=0.0110485;REVB=0.0484026;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197651;STB=0.512171;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0438727;OID=.;OPOS=72999939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:4:6:14:10:4:6:14:10 chr17 73000061 . A G 549.62 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.00590373;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.614;QD=19.1173;RBI=0.01038;REFB=-0.00760034;REVB=-0.00853759;RO=58;SAF=25;SAR=32;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880448;STB=0.548573;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00773479;OID=.;OPOS=73000061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:58:58:57:57:0.495652:32:25:20:38:32:25:20:38 chr17 73016621 . C T 302.24 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.016602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.086;QD=19.4995;RBI=0.0176652;REFB=-0.00728744;REVB=-0.00603599;RO=30;SAF=20;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140845;STB=0.578463;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00890124;OID=.;OPOS=73016621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:12:20:14:16:12:20:14:16 chr17 73037868 . C G 557.13 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.679;QD=60.2301;RBI=0.0278303;REFB=0;REVB=0.0261113;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101878;OID=.;OPOS=73037868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:14:22:0:0:15:22:0:0 chr17 73038746 . T C 393.23 PASS AF=0.4;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.00615165;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.486;QD=13.6777;RBI=0.015722;REFB=-0.0101984;REVB=-0.0144685;RO=69;SAF=25;SAR=21;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997294;STB=0.556369;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0122676;OID=.;OPOS=73038746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:69:69:46:46:0.4:21:25:31:38:21:25:31:38 chr17 73059820 . C G 2140.85 PASS AF=0.965517;AO=138;DP=144;FAO=140;FDP=145;FR=.;FRO=5;FSAF=76;FSAR=64;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0345134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.07;QD=59.0578;RBI=0.0513792;REFB=-0.0360445;REVB=0.038061;RO=4;SAF=75;SAR=63;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246777;STB=0.508945;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00069037;OID=.;OPOS=73059820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:144:145:4:5:138:140:0.965517:63:75:4:0:64:76:4:1 chr17 73060073 . T C 1138.71 PASS AF=0.930233;AO=79;DP=86;FAO=80;FDP=86;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0407456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.574;QD=52.9633;RBI=0.0491462;REFB=-0.161224;REVB=0.0274798;RO=3;SAF=33;SAR=46;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00600861;STB=0.517799;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00540409;OID=.;OPOS=73060073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:86:86:3:6:79:80:0.930233:46:33:1:2:47:33:1:5 chr17 73060111 . G A 803.4 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.149;QD=55.4071;RBI=0.0172955;REFB=-0.0756691;REVB=0.00129617;RO=0;SAF=16;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.92381e-08;STB=0.515146;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00363347;OID=.;OPOS=73060111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:41:16:0:0:41:16:1:0 chr17 73061940 . CT AC,C 55.24 PASS AF=0,0.212963;AO=4,26;DP=109;FAO=0,23;FDP=108;FR=.;FRO=85;FSAF=0,11;FSAR=0,12;FSRF=28;FSRR=57;FWDB=0.0208201,-0.0122706;FXX=0.0270246;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=23.8102,9.42733;QD=2.04581;RBI=0.0465726,0.0500707;REFB=-0.0173668,-0.0307205;REVB=0.0416597,0.0485439;RO=64;SAF=3,7;SAR=1,19;SRF=24;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.346765,-0.14652;STB=0.5,0.618486;STBP=1,0.215;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.0261543;OID=.,.;OPOS=73061940,73061941;OREF=CT,T;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:56:109:108:64:85:4,26:0,23:0,0.212963:1,19:3,7:24:40:0,12:0,11:28:57 chr17 73085975 . G A 441.88 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101734;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.587;QD=55.2347;RBI=0.0113651;REFB=-0.143465;REVB=0.00506627;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512187;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00158688;OID=.;OPOS=73085975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:32:32:0:1:31:31:0.96875:20:11:0:0:20:11:0:1 chr17 73089852 . T C 110.66 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0474139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.667;QD=15.2628;RBI=0.0502204;REFB=0.00110469;REVB=0.0165533;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230345;STB=0.513348;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00341655;OID=.;OPOS=73089852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:7:9:7:6:7:9 chr17 73110279 . C T 446.79 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.00423311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.721;QD=16.7024;RBI=0.0274793;REFB=-0.0248627;REVB=0.0271513;RO=57;SAF=28;SAR=21;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422765;STB=0.527461;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0257495;OID=.;OPOS=73110279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:58:49:49:0.457944:21:28:35:22:21:28:36:22 chr17 73127217 . G C 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0121925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8445;QD=21.0152;RBI=0.0389657;REFB=0.0266173;REVB=0.0370091;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715741;STB=0.540489;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.0191954;OID=.;OPOS=73127217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:10:6:6:7:10:6:6:7 chr17 73221439 . C T 1450.44 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=102;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0509099;FXX=0.0294089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.142;QD=58.6035;RBI=0.0543678;REFB=-0.114233;REVB=0.0190797;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.505154;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000304522;OID=.;OPOS=73221439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:99:0:1:98:98:0.989899:50:48:0:0:50:48:1:0 chr17 73222847 . C T 1078.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.702;QD=59.9134;RBI=0.0294372;REFB=0;REVB=0.00193083;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82107e-05;OID=.;OPOS=73222847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:41:30:0:0:42:30:0:0 chr17 73222865 . G A 775.36 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0038689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.785;QD=53.4733;RBI=0.00664196;REFB=-0.000606571;REVB=-0.00539882;RO=1;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140753;STB=0.514701;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-2.98593e-05;OID=.;OPOS=73222865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:1:2:56:56:0.965517:33:23:0:1:33:23:0:2 chr17 73230856 . C T 2571.26 PASS AF=0.988235;AO=168;DP=170;FAO=168;FDP=170;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0141498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.44;QD=60.5002;RBI=0.035162;REFB=-0.104633;REVB=0.0321893;RO=2;SAF=83;SAR=85;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000133362;STB=0.50007;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000458022;OID=.;OPOS=73230856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:170:170:2:2:168:168:0.988235:85:83:1:1:85:83:1:1 chr17 73257986 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.294;QD=33.4285;RBI=0.0496605;REFB=0;REVB=0.0411904;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021995;OID=.;OPOS=73257986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr17 73258479 . C T 905.97 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00638555;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.151;QD=56.6228;RBI=0.0272877;REFB=-0.0305919;REVB=0.02653;RO=1;SAF=28;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165659;STB=0.508769;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=8.78279e-05;OID=.;OPOS=73258479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:35:28:1:0:35:28:1:0 chr17 73269530 . A G 1157.7 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0171588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6438;QD=59.3694;RBI=0.061041;REFB=-0.038774;REVB=-0.0585797;RO=1;SAF=41;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114041;STB=0.506023;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000383565;OID=.;OPOS=73269530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:36:41:1:0:36:41:1:0 chr17 73269676 . C T 1083.83 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517827;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2752;QD=60.2127;RBI=0.0519611;REFB=0;REVB=0.00430118;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396372;OID=.;OPOS=73269676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr17 73279624 . A G 845.8 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.388;QD=57.3422;RBI=0.024275;REFB=0;REVB=-0.0155816;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30093e-05;OID=.;OPOS=73279624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:38:20:0:0:38:21:0:0 chr17 73315368 . C T 923.81 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0193522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.308;QD=56.8501;RBI=0.0233884;REFB=0.0952356;REVB=0.0131343;RO=1;SAF=46;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269626;STB=0.514281;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00432152;OID=.;OPOS=73315368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:1:1:63:64:0.984615:17:46:0:1:17:47:0:1 chr17 73402246 . C A 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7342;QD=45.8034;RBI=0.0400055;REFB=0;REVB=-0.0164142;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00247612;OID=.;OPOS=73402246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr17 73488794 . C T 784.77 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.688;QD=64.0627;RBI=0.114981;REFB=0;REVB=0.00332025;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475605;OID=.;OPOS=73488794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr17 73495692 . C G 730.02 PASS AF=1;AO=32;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.244864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.1084;QD=56.1551;RBI=0.24496;REFB=0;REVB=-0.00686481;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00361449;OID=.;OPOS=73495692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:32:52:1:24:8:0:0:25:27:0:0 chr17 73498483 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.61;QD=48.7373;RBI=0.0257236;REFB=0;REVB=0.0246462;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77593e-05;OID=.;OPOS=73498483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr17 73498623 . A G 138.75 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=3;FWDB=-0.0113975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.584;QD=12.065;RBI=0.13003;REFB=-0.00789744;REVB=-0.129529;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=26;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408782;STB=0.736625;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.014993;OID=.;OPOS=73498623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:7:9:26:3:7:9:27:3 chr17 73509823 . T C 328.72 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00827496;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.752;QD=20.2287;RBI=0.0414342;REFB=-0.031237;REVB=0.0405994;RO=29;SAF=14;SAR=20;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117223;STB=0.565655;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0269122;OID=.;OPOS=73509823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:29:31:34:34:0.523077:20:14:16:13:20:14:17:14 chr17 73518203 . G C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.947;QD=58.2396;RBI=0.0233144;REFB=0;REVB=0.0165372;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04671e-05;OID=.;OPOS=73518203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:41:21:0:0:41:21:0:0 chr17 73518284 . G C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.146;QD=61.6815;RBI=0.0426783;REFB=0;REVB=0.0127721;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268941;OID=.;OPOS=73518284;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr17 73519413 . C T 883.92 PASS AF=0.954545;AO=62;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0350839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.8338;QD=53.5709;RBI=0.0955445;REFB=-0.0501712;REVB=0.0888699;RO=3;SAF=32;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159167;STB=0.507934;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00200523;OID=.;OPOS=73519413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:3:3:62:63:0.954545:30:32:1:2:31:32:1:2 chr17 73552185 . G A 358.87 PASS AF=1;AO=24;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7345;QD=55.2105;RBI=0.147019;REFB=0;REVB=0.14529;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147458;OID=.;OPOS=73552185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:24:26:1:15:9:0:0:17:9:0:0 chr17 73565171 . T C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0525717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7176;QD=12.3289;RBI=0.108325;REFB=0.00330648;REVB=-0.0947129;RO=17;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452116;STB=0.770897;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0125313;OID=.;OPOS=73565171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:2:9:7:10:2:9:7:10 chr17 73571030 . A G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00596909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.982;QD=15.5714;RBI=0.00604401;REFB=-0.0093234;REVB=-0.000948645;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181234;STB=0.617991;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0110473;OID=.;OPOS=73571030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:11:11:0.478261:7:4:2:9:7:4:2:10 chr17 73571155 . T C 430.99 PASS AF=0.44898;AO=43;DP=97;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0676919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3042;QD=17.5915;RBI=0.0918551;REFB=-1.53878e-05;REVB=0.06209;RO=52;SAF=4;SAR=39;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512718;STB=0.799829;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-8.83614e-05;OID=.;OPOS=73571155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:52:54:43:44:0.44898:39:4:23:29:40:4:24:30 chr17 73586233 . C G 485.92 PASS AF=0.381944;AO=55;DP=145;FAO=55;FDP=144;FR=.;FRO=89;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=-0.0530571;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1665;QD=13.4977;RBI=0.0536653;REFB=-0.0176108;REVB=-0.0080567;RO=87;SAF=29;SAR=26;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265938;STB=0.507475;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0257487;OID=.;OPOS=73586233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:87:89:55:55:0.381944:26:29:48:39:26:29:48:41 chr17 73587784 . A G 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00487452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.382;QD=14.8962;RBI=0.005697;REFB=-0.0043975;REVB=-0.00294871;RO=44;SAF=12;SAR=20;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15374;STB=0.587193;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00439595;OID=.;OPOS=73587784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:20:12:23:21:20:12:23:21 chr17 73590830 . T G 1249.42 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481103;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.426;QD=61.6995;RBI=0.0497569;REFB=0;REVB=0.0126945;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87353e-05;OID=.;OPOS=73590830;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:41:39:0:0:41:40:0:0 chr17 73602081 . G A 278.2 PASS AF=0.727273;AO=24;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0929573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8098;QD=33.7208;RBI=0.100535;REFB=0.0447983;REVB=-0.0382912;RO=9;SAF=17;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147717;STB=0.581126;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0167239;OID=.;OPOS=73602081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:9:9:24:24:0.727273:7:17:4:5:7:17:4:5 chr17 73609112 . G A 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0203496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8723;QD=9.47627;RBI=0.10543;REFB=-0.0115379;REVB=0.103448;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790598;STB=0.547852;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.044349;OID=.;OPOS=73609112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:6:4:7:14:6:4:7:14 chr17 73609139 . C T 365.07 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00464048;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.857;QD=33.1879;RBI=0.0413493;REFB=-0.0366016;REVB=0.0410881;RO=13;SAF=8;SAR=22;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798835;STB=0.562001;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.020786;OID=.;OPOS=73609139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:13:14:30:30:0.681818:22:8:5:8:22:8:6:8 chr17 73612642 . A AT 163.08 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.7055;QD=43.487;RBI=0.102598;REFB=0;REVB=0.0662634;RO=1;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100543;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.017009;OID=.;OPOS=73612643;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:15:15:15:0:10:5:0:0:4:1:10:4:0:1 chr17 73613904 . G A 471.7 PASS AF=0.375;AO=54;DP=143;FAO=54;FDP=144;FR=.;FRO=90;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=55;FSRR=35;FWDB=-0.0170005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.58;QD=13.1028;RBI=0.0191347;REFB=-0.0122861;REVB=0.00878174;RO=86;SAF=29;SAR=25;SRF=54;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100161;STB=0.546858;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0221053;OID=.;OPOS=73613904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:86:90:54:54:0.375:25:29:54:32:25:29:55:35 chr17 73616853 . G C 93.18 PASS AF=0.294118;AO=9;DP=36;FAO=10;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.021038;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.546;QD=10.9626;RBI=0.0279817;REFB=-0.0132414;REVB=-0.0184492;RO=23;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138392;STB=0.672723;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0362075;OID=.;OPOS=73616853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:36:34:23:22:9:10:0.294118:4:5:10:13:3:7:10:12 chr17 73616864 . C A 180.46 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0154845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4112;QD=16.4056;RBI=0.0423785;REFB=-0.0195541;REVB=-0.0394483;RO=24;SAF=14;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254427;STB=0.659508;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0148283;OID=.;OPOS=73616864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:5:14:12:12:5:14:12:13 chr17 73616920 . A G 313.64 PASS AF=0.485714;AO=32;DP=69;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00411215;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.131;QD=17.9224;RBI=0.018449;REFB=-0.0235494;REVB=0.0179848;RO=35;SAF=21;SAR=11;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000923101;STB=0.504584;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0235174;OID=.;OPOS=73616920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:36:32:34:0.485714:11:21:23:12:12:22:23:13 chr17 73617104 . A C 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.016996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.173;QD=7.32292;RBI=0.0170011;REFB=-0.0105619;REVB=-0.00041702;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289152;STB=0.518456;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0218964;OID=.;OPOS=73617104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:5:9:4:2:5:9 chr17 73625286 . G A 454.25 PASS AF=0.358974;AO=54;DP=156;FAO=56;FDP=156;FR=.;FRO=100;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=0.00831732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.609;QD=11.6474;RBI=0.00897734;REFB=-0.0197669;REVB=-0.00337859;RO=99;SAF=38;SAR=16;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248924;STB=0.647004;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0353319;OID=.;OPOS=73625286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:99:100:54:56:0.358974:16:38:49:50:16:40:50:50 chr17 73625430 . G A 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0634868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.171;QD=21.474;RBI=0.0890898;REFB=-0.0383173;REVB=0.0625013;RO=24;SAF=13;SAR=18;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105673;STB=0.546189;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0331097;OID=.;OPOS=73625430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:25:31:31:0.553571:18:13:7:17:18:13:8:17 chr17 73625478 . T C 994.23 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.114;QD=57.6364;RBI=0.0220063;REFB=-0.0290275;REVB=0.00908725;RO=1;SAF=28;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165801;STB=0.508769;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000128815;OID=.;OPOS=73625478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:40:28:1:0:40:28:1:0 chr17 73626923 . G T 129.73 PASS AF=0.375;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0030554;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=168.915;QD=12.9729;RBI=0.00762068;REFB=-0.00757944;REVB=-0.00698135;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296492;STB=0.608563;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0132768;OID=.;OPOS=73626923;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:40:17:25:15:15:0.375:6:9:15:2:6:9:19:6 chr17 73626925 . G T 94.65 PASS AF=0.315789;AO=13;DP=35;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.00755313;FXX=0.0256345;HRUN=12;LEN=1;MLLD=156.998;QD=9.9631;RBI=0.017324;REFB=-0.0049774;REVB=-0.0155907;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370845;STB=0.710237;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00760182;OID=.;OPOS=73626925;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:38:22:26:13:12:0.315789:6:7:19:3:6:6:21:5 chr17 73627565 . A G 1171.97 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.234;QD=60.8816;RBI=0.0441746;REFB=0;REVB=0.0137383;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102374;OID=.;OPOS=73627565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr17 73658888 . G A 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00914603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.499;QD=11.2612;RBI=0.0275054;REFB=-0.00158361;REVB=-0.0259402;RO=30;SAF=6;SAR=9;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257285;STB=0.651978;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00338878;OID=.;OPOS=73658888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:9:6:19:11:9:6:19:11 chr17 73687495 . G A 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0215516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.656;QD=15.6536;RBI=0.0338368;REFB=-0.0112713;REVB=-0.0260855;RO=31;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22898;STB=0.637962;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.019339;OID=.;OPOS=73687495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:9:17:13:18:9:17:13:19 chr17 73687566 . G A 34.13 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.0426511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.911;QD=4.01552;RBI=0.0479686;REFB=-0.00438162;REVB=-0.0219516;RO=28;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550933;STB=0.846678;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0317138;OID=.;OPOS=73687566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:2:4:5:23:2:4:5:23 chr17 73698557 . C T 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.511;QD=57.5442;RBI=0.0287211;REFB=0;REVB=0.00518446;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175646;OID=.;OPOS=73698557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr17 73729660 . G A 430.99 PASS AF=0.353333;AO=53;DP=150;FAO=53;FDP=150;FR=.;FRO=97;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=-0.0224478;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.763;QD=11.4929;RBI=0.0249016;REFB=-0.0146154;REVB=0.0107791;RO=97;SAF=24;SAR=29;SRF=42;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226951;STB=0.512972;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0217646;OID=.;OPOS=73729660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:97:97:53:53:0.353333:29:24:42:55:29:24:42:55 chr17 73750859 . C G 166.43 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00364713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.0484;QD=31.6999;RBI=0.0420209;REFB=-0.0589497;REVB=0.0418623;RO=5;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135303;STB=0.575066;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0195514;OID=.;OPOS=73750859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:11:5:3:2:11:5:3:2 chr17 73753503 . T C 85.37 PASS AF=0.366667;AO=12;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00960516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.184;QD=11.3822;RBI=0.0438723;REFB=-0.0147246;REVB=-0.042808;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282827;STB=0.636116;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0228999;OID=.;OPOS=73753503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:18:19:12:11:0.366667:8:4:11:7:7:4:11:8 chr17 73760130 . CG C 31.35 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.0460783;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.7748;QD=3.68774;RBI=0.0546547;REFB=0.0270958;REVB=0.0293926;RO=25;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0.34;SSSB=-0.16408;STB=0.599717;STBP=0.677;TYPE=del;VARB=-0.0603365;OID=.;OPOS=73760131;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294:8:34:8:34:26:1:7:5:21:31:25:1:7:5:20 chr17 73760820 . G A 155.09 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0158327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.229;QD=15.131;RBI=0.0214218;REFB=-0.0180162;REVB=0.0144299;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674181;STB=0.552263;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0229707;OID=.;OPOS=73760820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:10:7:11:12:10:7:12:12 chr17 73812909 . A G 1005.69 PASS AF=0.409253;AO=103;DP=270;FAO=115;FDP=281;FR=.;FRO=166;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=83;FSRR=83;FWDB=0.0150802;FXX=0.00354597;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5628;QD=14.3158;RBI=0.0155183;REFB=-0.0233289;REVB=0.00366133;RO=166;SAF=57;SAR=46;SRF=83;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587325;STB=0.518003;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0337509;OID=.;OPOS=73812909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:281:166:166:103:115:0.409253:46:57:83:83:54:61:83:83 chr17 73816026 . A G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0198722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.935;QD=17.8285;RBI=0.0758453;REFB=-0.0361544;REVB=-0.0731957;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10822;STB=0.562393;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0341546;OID=.;OPOS=73816026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:8:4:5:6:8:4:5:6 chr17 73819525 . C T 416.11 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0447943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.85;QD=16.9839;RBI=0.0453288;REFB=-0.0103505;REVB=0.0069408;RO=55;SAF=17;SAR=26;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609553;STB=0.53423;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0134269;OID=.;OPOS=73819525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:55:43:43:0.438776:26:17:25:30:26:17:25:30 chr17 73824121 . T C 536.53 PASS AF=0.367816;AO=64;DP=171;FAO=64;FDP=174;FR=.;FRO=110;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=60;FWDB=-0.0752666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3963;QD=12.334;RBI=0.0792257;REFB=-0.0109;REVB=-0.0247315;RO=107;SAF=40;SAR=24;SRF=48;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195918;STB=0.608661;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0168895;OID=.;OPOS=73824121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:174:107:110:64:64:0.367816:24:40:48:59:24:40:50:60 chr17 73827205 . T C 1168.94 PASS AF=0.495726;AO=116;DP=237;FAO=116;FDP=234;FR=.;FRO=118;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=60;FSRR=58;FWDB=-0.0255961;FXX=0.0126577;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.636;QD=19.9819;RBI=0.0256371;REFB=-0.0182866;REVB=0.00144999;RO=114;SAF=61;SAR=55;SRF=58;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154678;STB=0.508782;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0166183;OID=.;OPOS=73827205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:234:114:118:116:116:0.495726:55:61:58:56:55:61:60:58 chr17 73831594 . G A 54.31 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00407039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3483;QD=8.68891;RBI=0.0317494;REFB=-0.011301;REVB=0.0314874;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298145;STB=0.679608;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0362963;OID=.;OPOS=73831594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:4:4:13:4:4:4:13:4 chr17 73836162 . C G 177.17 PASS AF=0.6;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0402539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5452;QD=23.6229;RBI=0.0405697;REFB=-0.0301975;REVB=-0.00505214;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326793;STB=0.666502;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0349347;OID=.;OPOS=73836162;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:30:12:12:17:18:0.6:8:9:1:11:9:9:1:11 chr17 73843040 . G A 454.36 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0158292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.966;QD=17.4753;RBI=0.0296313;REFB=-0.0268774;REVB=0.025049;RO=55;SAF=24;SAR=25;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508771;STB=0.52829;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0325352;OID=.;OPOS=73843040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:55:49:49:0.471154:25:24:24:31:25:24:24:31 chr17 73886888 . A G 206.01 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.000728608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.272;QD=23.5437;RBI=0.0456869;REFB=-0.0178936;REVB=0.0456811;RO=15;SAF=15;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247208;STB=0.639195;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00895788;OID=.;OPOS=73886888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:5:15:7:8:5:15:7:8 chr17 73888354 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.04607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8934;QD=14.7015;RBI=0.0672223;REFB=0.0170841;REVB=-0.0489529;RO=15;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234649;STB=0.638051;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0203001;OID=.;OPOS=73888354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:3:9:8:7:3:9:8:7 chr17 73888423 . A G 63.69 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0243499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.603;QD=9.09914;RBI=0.0246337;REFB=-0.00466412;REVB=0.00372836;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120817;STB=0.590353;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00552303;OID=.;OPOS=73888423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:18:19:9:9:0.321429:5:4:10:8:5:4:11:8 chr17 73888427 . A C 77.83 PASS AF=0.37037;AO=8;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.222923;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.5883;QD=11.5308;RBI=0.240793;REFB=-0.0181572;REVB=-0.0910307;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168369;STB=0.576773;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0616217;OID=.;OPOS=73888427;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:27:13:16:8:10:0.37037:5:3:7:6:5:5:10:6 chr17 73897344 . G A 109.29 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0277561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5722;QD=14.1022;RBI=0.0370379;REFB=-0.0248644;REVB=0.0245236;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35308;STB=0.70557;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0104786;OID=.;OPOS=73897344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:4:9:6:12:4:9:6:12 chr17 73897833 . A G 41.36 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0218412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.429;QD=3.93887;RBI=0.0269178;REFB=-0.000702675;REVB=-0.0157331;RO=35;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150934;STB=0.605743;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00644426;OID=.;OPOS=73897833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:5:2:14:21:5:2:14:21 chr17 73900688 . T C 870.77 PASS AF=0.481283;AO=73;DP=171;FAO=90;FDP=187;FR=.;FRO=97;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=0.0353445;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.428;QD=18.626;RBI=0.0420489;REFB=-0.0378455;REVB=0.0227788;RO=97;SAF=34;SAR=39;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124793;STB=0.547085;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0398564;OID=.;OPOS=73900688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:187:97:97:73:90:0.481283:39:34:44:53:41:49:44:53 chr17 73917372 . A G 402.06 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.010053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.187;QD=21.7331;RBI=0.0222751;REFB=-0.00275413;REVB=-0.0198775;RO=34;SAF=17;SAR=23;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137373;STB=0.507582;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00300264;OID=.;OPOS=73917372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:23:17:15:19:23:17:15:19 chr17 73922941 . T C 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00740123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.052;QD=16.6186;RBI=0.0138843;REFB=-0.0085689;REVB=0.0117471;RO=27;SAF=5;SAR=18;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14578;STB=0.576588;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00899387;OID=.;OPOS=73922941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:18:5:9:18:18:5:9:19 chr17 73949540 . G C 457.46 PASS AF=0.666667;AO=33;DP=63;FAO=42;FDP=63;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00462786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4335;QD=29.0453;RBI=0.0446651;REFB=-0.0113653;REVB=-0.0444247;RO=21;SAF=15;SAR=18;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11612;STB=0.516271;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00526895;OID=.;OPOS=73949540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:21:21:33:42:0.666667:18:15:13:8:18:24:13:8 chr17 73997474 . G A 156.24 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0095714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.931;QD=15.6238;RBI=0.0127074;REFB=-0.00587045;REVB=0.00835859;RO=23;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294677;STB=0.669369;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00928975;OID=.;OPOS=73997474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:6:11:8:15:6:11:8:15 chr17 74003981 . C T 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.000102578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.484;QD=17.5879;RBI=0.0198814;REFB=0.0119706;REVB=-0.0198811;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293388;STB=0.665935;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0198778;OID=.;OPOS=74003981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:9:13:8:20:9:13:8:20 chr17 74004696 . G A 109.66 PASS AF=0.197802;AO=18;DP=91;FAO=18;FDP=91;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=-0.0510684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9433;QD=4.82029;RBI=0.0515897;REFB=-0.00164576;REVB=0.00731582;RO=71;SAF=13;SAR=5;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198665;STB=0.618908;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00984942;OID=.;OPOS=74004696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:71:73:18:18:0.197802:5:13:41:30:5:13:43:30 chr17 74005743 . G A 100.8 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.019569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.269;QD=8.22832;RBI=0.0541517;REFB=-0.00536727;REVB=-0.0504922;RO=35;SAF=9;SAR=4;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476853;STB=0.544414;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.019666;OID=.;OPOS=74005743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:36:13:13:0.265306:4:9:23:12:4:9:23:13 chr17 74014628 . G A 497.13 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00270889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0404;QD=23.6728;RBI=0.00464527;REFB=-0.0138476;REVB=0.00377365;RO=37;SAF=25;SAR=22;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028776;STB=0.515794;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0129083;OID=.;OPOS=74014628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:37:47:47:0.559524:22:25:21:16:22:25:21:16 chr17 74014668 . T C 394.75 PASS AF=0.565217;AO=37;DP=68;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00762793;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.989;QD=22.8841;RBI=0.0203547;REFB=-0.0279884;REVB=0.0188714;RO=30;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487931;STB=0.537984;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0187674;OID=.;OPOS=74014668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:30:30:37:39:0.565217:17:20:18:12:19:20:18:12 chr17 74017554 . G T 68.44 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0158029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.405;QD=5.70344;RBI=0.0288718;REFB=-0.00397703;REVB=0.024163;RO=38;SAF=5;SAR=5;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129245;STB=0.583171;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0128359;OID=.;OPOS=74017554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:5:5:23:15:5:5:23:15 chr17 74017573 . C G 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0369012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.486;QD=5.12633;RBI=0.0372602;REFB=-0.00642869;REVB=0.00516041;RO=36;SAF=4;SAR=5;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167843;STB=0.618791;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0238355;OID=.;OPOS=74017573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:36:37:9:9:0.195652:5:4:21:15:5:4:22:15 chr17 74017594 . A G 59.19 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0350966;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.095;QD=5.14728;RBI=0.0436541;REFB=-5.78867e-05;REVB=-0.0259598;RO=37;SAF=4;SAR=5;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181654;STB=0.618791;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00160852;OID=.;OPOS=74017594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:47:46:37:37:9:9:0.195652:5:4:22:15:5:4:22:15 chr17 74056413 . C T 710.08 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0639915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.2789;QD=54.6215;RBI=0.0650387;REFB=-0.0515885;REVB=0.0116237;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177671;STB=0.50943;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00121933;OID=.;OPOS=74056413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:26:25:0:1:26:25:0:1 chr17 74066447 . T A 993.92 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234383;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.277;QD=59.3382;RBI=0.0244706;REFB=0;REVB=0.00703232;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74906e-05;OID=.;OPOS=74066447;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:25:42:0:0:25:42:0:0 chr17 74077797 . C T 1534.8 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148211;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.164;QD=63.9502;RBI=0.0189668;REFB=0;REVB=0.0118352;RO=0;SAF=60;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417849;OID=.;OPOS=74077797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:36:60:0:0:36:60:0:0 chr17 74080143 . C A 103.24 PASS AF=0.202381;AO=17;DP=84;FAO=17;FDP=84;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.00141218;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.884;QD=4.91634;RBI=0.021863;REFB=-0.00372678;REVB=0.0218173;RO=67;SAF=6;SAR=11;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104846;STB=0.56693;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0161346;OID=.;OPOS=74080143;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:67:67:17:17:0.202381:11:6:29:38:11:6:29:38 chr17 74080443 . C T 1172.14 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0617896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1165;QD=58.607;RBI=0.0733909;REFB=-0.0866976;REVB=0.0396013;RO=2;SAF=24;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172084;STB=0.504503;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00132273;OID=.;OPOS=74080443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:2:1:78:79:0.9875:54:24:0:2:55:24:0:1 chr17 74085331 . C T 119.41 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00517028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.488;QD=8.84519;RBI=0.012321;REFB=-0.00659015;REVB=-0.0111837;RO=38;SAF=14;SAR=2;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.553271;STB=0.838076;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0329856;OID=.;OPOS=74085331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:2:14:17:21:2:14:17:21 chr17 74135997 . G A 238.66 PASS AF=0.274194;AO=34;DP=124;FAO=34;FDP=124;FR=.;FRO=90;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=-0.0198442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.198;QD=7.69874;RBI=0.023278;REFB=-0.0139247;REVB=-0.0121686;RO=90;SAF=15;SAR=19;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00404062;STB=0.502402;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0300545;OID=.;OPOS=74135997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:90:90:34:34:0.274194:19:15:40:50:19:15:40:50 chr17 74152366 . A G 301.78 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0298592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9864;QD=25.1483;RBI=0.040192;REFB=0.0395327;REVB=-0.026904;RO=20;SAF=21;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174659;STB=0.590289;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0341266;OID=.;OPOS=74152366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:21:27:27:0.5625:6:21:12:8:6:21:13:8 chr17 74286082 . C T 267.95 PASS AF=0.5;AO=20;DP=59;FAO=29;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0344697;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.151;QD=18.4796;RBI=0.0360725;REFB=-0.0189793;REVB=0.0106332;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139181;STB=0.585538;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0283016;OID=.;OPOS=74286082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:30:29:20:29:0.5:10:10:11:19:13:16:11:18 chr17 74286106 . C T 269.3 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0269847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1274;QD=16.5723;RBI=0.0370846;REFB=0.000219312;REVB=-0.025438;RO=35;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131923;STB=0.574157;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00150666;OID=.;OPOS=74286106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:13:17:15:20:13:17:15:20 chr17 74287204 . C G 327.85 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0270994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5393;QD=23.007;RBI=0.0352465;REFB=-0.0274489;REVB=0.0225375;RO=24;SAF=18;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666256;STB=0.536719;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0278097;OID=.;OPOS=74287204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:15:18:11:13:15:18:11:13 chr17 74287389 . T C 167.4 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0175617;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.269;QD=12.8768;RBI=0.0187549;REFB=-0.021155;REVB=0.00658285;RO=32;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14527;STB=0.59552;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0283602;OID=.;OPOS=74287389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:19:20:0.384615:12:7:16:16:13:7:16:16 chr17 74287594 . G A 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0147898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3528;QD=14.6971;RBI=0.0179188;REFB=-0.00106529;REVB=-0.0101167;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12648;STB=0.572423;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.000497257;OID=.;OPOS=74287594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:11:10:18:12:11:10:18:12 chr17 74289500 . G A 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0180837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.097;QD=29.5805;RBI=0.0182383;REFB=-0.00298369;REVB=0.00236953;RO=10;SAF=15;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785164;STB=0.543436;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00118806;OID=.;OPOS=74289500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:6:15:6:4:6:15:6:4 chr17 74289705 . A G 50.14 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.000338973;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.036;QD=13.3708;RBI=0.141769;REFB=-0.00933616;REVB=-0.141769;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.561098;STB=0.838983;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00275637;OID=.;OPOS=74289705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:16:15:8:8:7:7:0.466667:1:6:2:6:1:6:2:6 chr17 74289839 . G A 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0175824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.166;QD=17.5879;RBI=0.0247432;REFB=0.00701458;REVB=-0.0174094;RO=28;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911027;STB=0.551678;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00751461;OID=.;OPOS=74289839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:13:9:9:19:13:9:9:19 chr17 74289875 . C T 363.19 PASS AF=0.475;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0962081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2281;QD=18.1593;RBI=0.120887;REFB=-0.0244882;REVB=0.0731968;RO=41;SAF=15;SAR=23;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042644;STB=0.518433;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0302061;OID=.;OPOS=74289875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:41:42:38:38:0.475:23:15:18:23:23:15:18:24 chr17 74289908 . A G 422.95 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00819815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.266;QD=18.3889;RBI=0.0266146;REFB=-0.0104161;REVB=-0.0253205;RO=49;SAF=16;SAR=27;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364195;STB=0.520333;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0114378;OID=.;OPOS=74289908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:27:16:20:29:27:16:20:29 chr17 74290097 . T A 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.000175638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.442;QD=14.4905;RBI=0.00138162;REFB=-0.0148435;REVB=-0.00137041;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176753;STB=0.602511;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0238151;OID=.;OPOS=74290097;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:12:7:16:14:12:7:16:14 chr17 74307737 . T C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00768141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.243;QD=14.6657;RBI=0.0269001;REFB=-0.00197795;REVB=0.0257801;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296633;STB=0.517218;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00302668;OID=.;OPOS=74307737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:9:12:9:6:9:12 chr17 74309034 . C T 250.24 PASS AF=0.306306;AO=34;DP=111;FAO=34;FDP=111;FR=.;FRO=77;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.0150551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.843;QD=9.01775;RBI=0.0189928;REFB=0.00358921;REVB=-0.0115789;RO=77;SAF=12;SAR=22;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214956;STB=0.626133;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.012426;OID=.;OPOS=74309034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:77:77:34:34:0.306306:22:12:41:36:22:12:41:36 chr17 74382489 . A G 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0175408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.874;QD=8.30758;RBI=0.0487881;REFB=-0.00290932;REVB=-0.0455258;RO=18;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450262;STB=0.777113;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00675375;OID=.;OPOS=74382489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:2:6:6:12:2:6:6:12 chr17 74387284 . C T 1444.43 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0248117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.645;QD=60.8182;RBI=0.0316637;REFB=-0.0164334;REVB=0.0196715;RO=2;SAF=45;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000644282;STB=0.50034;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000196709;OID=.;OPOS=74387284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:93:93:0.978947:48:45:1:1:48:45:1:1 chr17 74388059 . G A 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0195635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.399;QD=15.6454;RBI=0.0266908;REFB=-0.0099908;REVB=-0.0181568;RO=29;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746387;STB=0.542611;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0091777;OID=.;OPOS=74388059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:13:9:14:15:13:9:14:15 chr17 74467017 . G C 238.45 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=67;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0079112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.257;QD=14.0264;RBI=0.0136257;REFB=-0.0111406;REVB=-0.0110938;RO=39;SAF=17;SAR=10;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711052;STB=0.54238;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0178028;OID=.;OPOS=74467017;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:39:40:27:28:0.411765:10:17:22:17:10:18:23:17 chr17 74470522 . C T 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00602364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.169;QD=28.0163;RBI=0.0161122;REFB=-0.0046768;REVB=-0.0149439;RO=20;SAF=20;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918233;STB=0.55069;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00317021;OID=.;OPOS=74470522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:10:20:11:9:10:20:11:9 chr17 74475024 . G A 481.58 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0102868;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.025;QD=53.5085;RBI=0.0637717;REFB=-0.159932;REVB=0.0629366;RO=2;SAF=18;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00306052;STB=0.501638;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00232494;OID=.;OPOS=74475024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:16:18:1:1:16:18:1:1 chr17 74475975 . C A 458.88 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0267734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.591;QD=20.8582;RBI=0.0538595;REFB=-0.0434534;REVB=0.0467336;RO=42;SAF=20;SAR=25;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056575;STB=0.524411;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0350652;OID=.;OPOS=74475975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:43:45:45:0.511364:25:20:16:26:25:20:17:26 chr17 74541129 . A G 519.88 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6083;QD=59.4147;RBI=0.0299581;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=35;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000234301;OID=.;OPOS=74541129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:0:35:0:0:0:35:0:0 chr17 74652491 . T C 699.41 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0582957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.706;QD=54.856;RBI=0.0650383;REFB=-0.13672;REVB=0.0288374;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507689;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0005908;OID=.;OPOS=74652491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:50:50:0.980392:32:18:0:0:32:18:0:1 chr17 74652501 . AT AA,TA 683.17 PASS AF=0.0888889,0.911111;AO=4,37;DP=41;FAO=4,41;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=3,14;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0730932,0.0719594;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=188.354,206.132;QD=60.7263;RBI=0.175099,0.127538;REFB=0,0;REVB=0.159113,0.105298;RO=0;SAF=3,14;SAR=1,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,3.91909e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0409613,0.00754118;OID=.,.;OPOS=74652502,74652501;OREF=T,AT;OALT=A,TA;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:41:45:0:0:4,37:4,41:0.0888889,0.911111:1,23:3,14:0:0:1,27:3,14:0:0 chr17 74732507 . A G 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.65;QD=63.5804;RBI=0.0205487;REFB=0;REVB=0.00995248;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199984;OID=.;OPOS=74732507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr17 74733099 . G A 3230.13 PASS AF=1;AO=208;DP=211;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256885;FXX=0.00943352;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.132;QD=61.5264;RBI=0.0389771;REFB=-0.0898907;REVB=0.0293141;RO=1;SAF=117;SAR=91;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405425;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08309e-05;OID=.;OPOS=74733099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:211:210:1:0:208:210:1:91:117:1:0:91:119:0:0 chr17 74846671 . C A 178.87 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0808708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.89;QD=15.2228;RBI=0.0810278;REFB=0.000780256;REVB=0.00504116;RO=28;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156503;STB=0.590928;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.000395946;OID=.;OPOS=74846671;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:14:5:11:17:14:5:11:17 chr17 74857676 . A G 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.494;QD=59.3226;RBI=0.0220476;REFB=0;REVB=0.0109339;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.15631e-05;OID=.;OPOS=74857676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr17 74878259 . G A 496.02 PASS AF=0.494845;AO=47;DP=96;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.000242824;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.543;QD=20.4545;RBI=0.0563836;REFB=-0.0157599;REVB=0.0563831;RO=49;SAF=26;SAR=21;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361186;STB=0.525619;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0167578;OID=.;OPOS=74878259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:49:49:47:48:0.494845:21:26:29:20:22:26:29:20 chr17 74899373 . C T 506.53 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0436845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6616;QD=20.4659;RBI=0.0688626;REFB=-0.0196207;REVB=0.0532327;RO=50;SAF=27;SAR=22;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137024;STB=0.575851;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0255374;OID=.;OPOS=74899373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:49:49:0.494949:22:27:20:30:22:27:20:30 chr17 74928758 . C T 236.24 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00903697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.135;QD=19.6866;RBI=0.00958598;REFB=-0.0249622;REVB=0.00319751;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105241;STB=0.544588;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0205447;OID=.;OPOS=74928758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:25:25:22:23:0.479167:13:9:13:12:13:10:13:12 chr17 74936576 . G A 196.05 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=63;FAO=24;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0396227;FXX=0.0967586;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9519;QD=14.0038;RBI=0.0628494;REFB=-0.0121412;REVB=0.0487862;RO=31;SAF=3;SAR=18;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415834;STB=0.659858;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0218653;OID=.;OPOS=74936576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:56:31:32:21:24:0.428571:18:3:14:17:18:6:16:16 chr17 74942478 . C T 1677.98 PASS AF=0.966102;AO=114;DP=118;FAO=114;FDP=118;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0431067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.433;QD=56.8808;RBI=0.0431096;REFB=-0.178802;REVB=0.000502635;RO=1;SAF=50;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0094022;STB=0.519227;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00045757;OID=.;OPOS=74942478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:118:118:1:4:114:114:0.966102:64:50:1:0:64:50:4:0 chr17 74946408 . CTTTTTTTT CTTTTTTT,CTTTTTTTA,TCTTTTTTT 316.99 PASS AF=0.716216,0.027027,0.216216;AO=42,3,5;DP=75;FAO=53,2,16;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=6,0,11;FSAR=47,2,5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-1.45034,-0.69879,-0.164811;FXX=0.0512755;HRUN=8,8,1;LEN=1,1,2;MLLD=6.17982,11.7408,17.0627;QD=17.1343;RBI=1.45509,0.69886,0.17972;REFB=-0.0677399,-0.126632,0.0126537;REVB=-0.117507,-0.00993797,-0.071669;RO=7;SAF=2,1,1;SAR=40,2,4;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0754295,0.535261,0.404236;STB=0.515458,0.5,0.615235;STBP=0.626,1,0.04;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0711317,0.0814272,-0.119403;OID=.,.,.;OPOS=74946409,74946416,74946408;OREF=T,T,CT;OALT=-,A,TC;OMAPALT=CTTTTTTT,CTTTTTTTA,TCTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:34:75:74:7:3:42,3,5:53,2,16:0.716216,0.027027,0.216216:40,2,4:2,1,1:0:7:47,2,5:6,0,11:0:3 chr17 75085434 . G A 2667.58 PASS AF=0.988571;AO=173;DP=175;FAO=173;FDP=175;FR=.;FRO=2;FSAF=102;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0169251;FXX=0.0056815;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.021;QD=60.9732;RBI=0.0293315;REFB=-0.0809404;REVB=0.0239557;RO=1;SAF=102;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665679;STB=0.501057;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00015538;OID=.;OPOS=75085434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:175:175:1:2:173:173:0.988571:71:102:0:1:71:102:1:1 chr17 75148710 . G A 121.71 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0028756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.87;QD=7.05539;RBI=0.00431161;REFB=-0.00439952;REVB=0.00321261;RO=50;SAF=6;SAR=12;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160204;STB=0.591732;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00873475;OID=.;OPOS=75148710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:50:51:18:18:0.26087:12:6:23:27:12:6:23:28 chr17 75158213 . T G 398.6 PASS AF=0.414414;AO=44;DP=110;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.00750141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.39;QD=14.3638;RBI=0.00926806;REFB=-0.0177397;REVB=-0.00544296;RO=64;SAF=17;SAR=27;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105297;STB=0.560422;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0270367;OID=.;OPOS=75158213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:64:65:44:46:0.414414:27:17:31:33:28:18:32:33 chr17 75158256 . C T 205.96 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0040096;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.404;QD=10.6993;RBI=0.00833742;REFB=-0.00765756;REVB=-0.00730997;RO=49;SAF=12;SAR=14;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145777;STB=0.58327;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0157068;OID=.;OPOS=75158256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:49:51:26:26:0.337662:14:12:29:20:14:12:30:21 chr17 75158261 . C G 240.56 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0142808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4386;QD=12.1802;RBI=0.0142814;REFB=-0.0444843;REVB=0.000131346;RO=50;SAF=14;SAR=15;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128642;STB=0.573863;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0390039;OID=.;OPOS=75158261;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:15:14:30:20:15:14:30:20 chr17 75186923 . G A 96.8 PASS AF=0.205128;AO=16;DP=78;FAO=16;FDP=78;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0113293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.851;QD=4.96416;RBI=0.033068;REFB=0.00598181;REVB=0.0310668;RO=62;SAF=6;SAR=10;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783543;STB=0.549937;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.0424376;OID=.;OPOS=75186923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:78:78:62:62:16:16:0.205128:10:6:27:35:10:6:27:35 chr17 75190846 . A C 1153.54 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.617;QD=60.7126;RBI=0.0526843;REFB=0;REVB=0.0489014;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144638;OID=.;OPOS=75190846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:43:33:0:0:43:33:0:0 chr17 75190962 . C T 175.33 PASS AF=0.392157;AO=19;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=0.127697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.566;QD=13.7516;RBI=0.128851;REFB=-0.0160185;REVB=-0.0172051;RO=32;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236999;STB=0.662436;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0297454;OID=.;OPOS=75190962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:31:19:20:0.392157:11:8:7:25:11:9:6:25 chr17 75199648 . G T 79.46 PASS AF=0.206349;AO=13;DP=63;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=12;FWDB=-0.00102294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.09;QD=5.04482;RBI=0.0209962;REFB=-0.00756648;REVB=-0.0209713;RO=50;SAF=9;SAR=4;SRF=38;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104877;STB=0.56617;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0293423;OID=.;OPOS=75199648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:63:63:50:50:13:13:0.206349:4:9:38:12:4:9:38:12 chr17 75209465 . G A 40.92 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0157448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.449;QD=3.63776;RBI=0.0290327;REFB=-0.00018825;REVB=-0.0243926;RO=37;SAF=2;SAR=5;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188652;STB=0.645822;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.000290256;OID=.;OPOS=75209465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:37:38:7:7:0.155556:5:2:16:21:5:2:17:21 chr17 75209816 . G C 217.98 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=37;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0135494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.372;QD=22.9454;RBI=0.0489829;REFB=-0.0652392;REVB=0.0470716;RO=17;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544063;STB=0.514498;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0504486;OID=.;OPOS=75209816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:17:20:21:0.552632:7:13:10:7:8:13:10:7 chr17 75303298 . T C 971.04 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.21;QD=58.8509;RBI=0.0331997;REFB=0;REVB=0.0197479;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76467e-05;OID=.;OPOS=75303298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:36:28:0:0:38:28:0:0 chr17 75401191 . C T 428.93 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.00625837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.958;QD=15.7405;RBI=0.0220441;REFB=-0.0102033;REVB=-0.021137;RO=60;SAF=27;SAR=21;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127972;STB=0.575969;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0115411;OID=.;OPOS=75401191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:61:48:48:0.440367:21:27:26:34:21:27:26:35 chr17 75425078 . G C 416.13 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0115083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.431;QD=16.985;RBI=0.0115807;REFB=-0.0141307;REVB=0.00129291;RO=55;SAF=24;SAR=19;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103593;STB=0.558113;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0183082;OID=.;OPOS=75425078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:55:43:43:0.438776:19:24:25:30:19:24:25:30 chr17 75425206 . A G 178.08 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.00623452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.528;QD=10.6317;RBI=0.0369183;REFB=-0.0237178;REVB=-0.036388;RO=44;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146516;STB=0.584677;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0258044;OID=.;OPOS=75425206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:14:9:12:32:14:9:12:32 chr17 75425455 . C CG 121.58 PASS AF=0.488889;AO=8;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0253011;FXX=0.0217344;HRUN=0;LEN=1;MLLD=194.113;QD=10.8069;RBI=0.0518638;REFB=-0.0321148;REVB=0.0452737;RO=33;SAF=6;SAR=2;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197392;STB=0.565349;STBP=0.43;TYPE=ins;VARB=0.0407401;OID=.;OPOS=75425456;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488889:8:46:22:45:23:15:7:13:10:99:33:6:2:20:13 chr17 75425456 . A G 140.97 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0118437;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.302;QD=12.5311;RBI=0.0324753;REFB=-0.0206186;REVB=0.0302386;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127887;STB=0.56153;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0251655;OID=.;OPOS=75425456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:45:25:29:16:16:0.355556:7:9:17:8:7:9:19:10 chr17 75426849 . A G 149.08 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0724634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.811;QD=18.6354;RBI=0.0871358;REFB=0.0138645;REVB=-0.048391;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165217;STB=0.593637;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0193164;OID=.;OPOS=75426849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:8:8:5:11:8:8:5:11 chr17 75471846 . C T 90.58 PASS AF=0.229508;AO=13;DP=61;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00898826;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1727;QD=5.93988;RBI=0.0182512;REFB=-0.0033007;REVB=-0.0158846;RO=47;SAF=6;SAR=7;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865599;STB=0.524555;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0073402;OID=.;OPOS=75471846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:61:61:47:47:13:14:0.229508:7:6:25:22:7:7:25:22 chr17 75478481 . C T 356.49 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.000118652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.134;QD=19.2696;RBI=0.0079749;REFB=-0.0105151;REVB=-0.00797401;RO=37;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485505;STB=0.526993;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00964246;OID=.;OPOS=75478481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:19:18:20:17:19:18:20:17 chr17 75483566 . G A 235.66 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0250128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.928;QD=11.09;RBI=0.0275848;REFB=-0.00912839;REVB=-0.0116311;RO=55;SAF=11;SAR=18;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670132;STB=0.533875;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0181084;OID=.;OPOS=75483566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:55:56:29:29:0.341176:18:11:24:31:18:11:24:32 chr17 75494705 . A G 743.58 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0371029;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.791;QD=55.0797;RBI=0.0431387;REFB=-0.159443;REVB=0.0220074;RO=1;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01291;STB=0.506847;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00201767;OID=.;OPOS=75494705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:54:1:1:53:53:0.981481:36:17:0:1:36:17:0:1 chr17 75495065 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.591;QD=51.1846;RBI=0.0264955;REFB=0;REVB=0.0124156;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139082;OID=.;OPOS=75495065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr17 75495397 . T C 364.98 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0020725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.219;QD=52.1401;RBI=0.0118422;REFB=-0.230008;REVB=0.0116594;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371713;STB=0.519985;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00738806;OID=.;OPOS=75495397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:12:15:0:1:12:15:0:1 chr17 75495480 . C T 103.55 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0383335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8692;QD=18.8265;RBI=0.0685545;REFB=-0.0490785;REVB=0.0568354;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579899;STB=0.533277;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0277505;OID=.;OPOS=75495480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:8:4:4:6:8:4:4:6 chr17 75495504 . C G 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0308057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.517;QD=21.1726;RBI=0.0311534;REFB=-0.047989;REVB=-0.0046414;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222221;STB=0.624812;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0119249;OID=.;OPOS=75495504;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:7:5:1:7:7:5:1:7 chr17 75496342 . T C 119.47 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113589;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2411;QD=43.4428;RBI=0.0188361;REFB=0;REVB=0.0150259;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114527;OID=.;OPOS=75496342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr17 75496361 . A G 134.77 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7787;QD=41.4683;RBI=0.0574968;REFB=0;REVB=-0.0117788;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00405274;OID=.;OPOS=75496361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:7:6:0:0 chr17 75548870 . GA G 107.11 PASS AF=0.312977;AO=48;DP=136;FAO=41;FDP=131;FR=.;FRO=90;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=-0.217617;FXX=0.036762;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.5063;QD=3.27042;RBI=0.219867;REFB=-0.042035;REVB=-0.0313714;RO=75;SAF=30;SAR=18;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0.351351;SSSB=0.254201;STB=0.644638;STBP=0.031;TYPE=del;VARB=-0.000927564;OID=.;OPOS=75548871;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.312977:48:136:41:131:90:26:15:38:52:99:75:30:18:29:46 chr17 75558676 . A T 158.13 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0783815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.487;QD=45.1801;RBI=0.200652;REFB=0;REVB=0.18471;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0047379;OID=.;OPOS=75558676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:3:10:0:0:4:10:0:0 chr17 75559019 . C G,T 755.16 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=3,51;DP=54;FAO=3,51;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=3,24;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00130144,0.00387108;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=217.563,289.149;QD=55.9377;RBI=0.00804856,0.0069729;REFB=0,0;REVB=0.00794264,0.00579966;RO=0;SAF=3,24;SAR=0,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0204216,-0.000798702;OID=.,.;OPOS=75559019,75559019;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:54:54:0:0:3,51:3,51:0.0555556,0.944444:0,27:3,24:0:0:0,27:3,24:0:0 chr17 76060866 . C G 438.12 PASS AF=0.348101;AO=55;DP=158;FAO=55;FDP=158;FR=.;FRO=103;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=66;FSRR=37;FWDB=-0.0136442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4299;QD=11.0917;RBI=0.0144622;REFB=0.00936703;REVB=-0.00479468;RO=102;SAF=25;SAR=30;SRF=65;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205578;STB=0.619708;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0283361;OID=.;OPOS=76060866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:102:103:55:55:0.348101:30:25:65:37:30:25:66:37 chr17 76060954 . A C 307.87 PASS AF=0.348214;AO=39;DP=112;FAO=39;FDP=112;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=0.00729532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1112;QD=10.9953;RBI=0.0118076;REFB=-0.0100284;REVB=0.00928422;RO=73;SAF=19;SAR=20;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130739;STB=0.575042;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00796153;OID=.;OPOS=76060954;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:73:73:39:39:0.348214:20:19:44:29:20:19:44:29 chr17 76063047 . A G 128.79 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0173477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7524;QD=12.5653;RBI=0.0788824;REFB=0.00202005;REVB=0.0769512;RO=26;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229423;STB=0.634439;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00229757;OID=.;OPOS=76063047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:9:6:16:10:9:6:16:10 chr17 76093866 . T C 423.04 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.000848452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.342;QD=21.1518;RBI=0.0504437;REFB=0.013687;REVB=-0.0504366;RO=38;SAF=18;SAR=24;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00660145;STB=0.503648;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.0149856;OID=.;OPOS=76093866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:24:18:16:22:24:18:16:22 chr17 76105731 . C T 559.2 PASS AF=0.451128;AO=59;DP=133;FAO=60;FDP=133;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.00793711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.332;QD=16.8181;RBI=0.0128444;REFB=-0.00543722;REVB=0.0100985;RO=70;SAF=32;SAR=27;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414386;STB=0.529579;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00656053;OID=.;OPOS=76105731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:70:73:59:60:0.451128:27:32:35:35:28:32:35:38 chr17 76105754 . G A 659.97 PASS AF=0.465278;AO=67;DP=145;FAO=67;FDP=144;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.0219713;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.287;QD=18.3325;RBI=0.0263087;REFB=-0.00333984;REVB=0.0144709;RO=77;SAF=30;SAR=37;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019215;STB=0.510662;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0039306;OID=.;OPOS=76105754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:77:77:67:67:0.465278:37:30:36:41:37:30:36:41 chr17 76106150 . GAAAAA AGAAAA,GAAA,GAA,G 111.81 PASS AF=0.25,0.05,0.5,0.15;AO=2,4,5,2;DP=20;FAO=5,1,10,3;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=0,1,7,3;FSAR=5,0,3,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00663719,0.0468629,0.0245472,0.0171572;FXX=0.0908678;HRUN=1,14,14,14;LEN=2,2,3,5;MLLD=17.8869,6.47662,10.9457,14.1461;QD=22.3612;RBI=0.0541367,0.0506757,0.028674,0.0179343;REFB=-0.155682,-0.129844,-0.10615,-0.0660887;REVB=-0.0537283,-0.0192845,-0.0148201,-0.00522216;RO=2;SAF=0,3,3,2;SAR=2,1,2,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0.407562,0.281149,0.727176;STB=0.5,0.989913,0.57128,0.994936;STBP=1,0.496,0.267,0.122;TYPE=mnp,del,del,del;VARB=-0.15842,0.0163214,0.0263301,0.0241762;OID=.,.,.,.;OPOS=76106150,76106151,76106151,76106151;OREF=GA,AA,AAA,AAAAA;OALT=AG,-,-,-;OMAPALT=AGAAAA,GAAA,GAA,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:14:20:20:2:1:2,4,5,2:5,1,10,3:0.25,0.05,0.5,0.15:2,1,2,0:0,3,3,2:0:2:5,0,3,0:0,1,7,3:0:1 chr17 76113396 . C T 162.21 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00140484;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.66;QD=9.01178;RBI=0.00966536;REFB=-0.0104216;REVB=-0.00956272;RO=49;SAF=13;SAR=9;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00111936;STB=0.506539;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0212598;OID=.;OPOS=76113396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:49:50:22:22:0.305556:9:13:29:20:9:13:30:20 chr17 76121004 . G A 639.06 PASS AF=0.592233;AO=61;DP=104;FAO=61;FDP=103;FR=.;FRO=42;FSAF=47;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=9;FWDB=0.0250557;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5571;QD=24.8177;RBI=0.0270854;REFB=-0.0125882;REVB=0.0102876;RO=43;SAF=47;SAR=14;SRF=33;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00326195;STB=0.508857;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00910349;OID=.;OPOS=76121004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:43:42:61:61:0.592233:14:47:33:10:14:47:33:9 chr17 76121864 . A G 127.17 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.00716933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.47;QD=11.5608;RBI=0.0103691;REFB=-0.00228603;REVB=0.00749131;RO=28;SAF=9;SAR=6;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136409;STB=0.588125;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0024764;OID=.;OPOS=76121864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:29:15:15:0.340909:6:9:20:8:6:9:21:8 chr17 76157266 . T C 830.66 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370775;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.264;QD=57.2868;RBI=0.00870155;REFB=0;REVB=0.00787208;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128161;OID=.;OPOS=76157266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:56:58:1:27:29:0:0:27:31:0:0 chr17 76178748 . T C 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0551588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.724;QD=59.8372;RBI=0.0651308;REFB=0;REVB=0.0346342;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156396;OID=.;OPOS=76178748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr17 76183043 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.783;QD=57.2007;RBI=0.0317303;REFB=0;REVB=-0.0254304;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212149;OID=.;OPOS=76183043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr17 76188753 . C A 588.33 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.877;QD=60.3414;RBI=0.0449334;REFB=0;REVB=0.0327783;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024846;OID=.;OPOS=76188753;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:20:19:0:0 chr17 76188773 . C CT 485.11 PASS AF=1;AO=40;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0855438;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.9273;QD=45.1268;RBI=0.0875187;REFB=0;REVB=0.0184875;RO=3;SAF=21;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185633;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00516076;OID=.;OPOS=76188774;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:44:43:43:0:24:19:0:0:9:3:21:19:2:1 chr17 76210367 . G C 345.32 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0416297;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3059;QD=16.4436;RBI=0.0480529;REFB=0.00751776;REVB=-0.0240009;RO=48;SAF=19;SAR=18;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13372;STB=0.570099;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0106739;OID=.;OPOS=76210367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:48:47:37:37:0.440476:18:19:31:17:18:19:30:17 chr17 76219591 . G A 397.43 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0250222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9083;QD=20.646;RBI=0.0797164;REFB=0.00989463;REVB=0.0756875;RO=37;SAF=19;SAR=21;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607824;STB=0.533621;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.0072603;OID=.;OPOS=76219591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:21:19:15:22:21:19:15:22 chr17 76267843 . G A 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0229688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6089;QD=13.3356;RBI=0.088165;REFB=0.0126003;REVB=-0.0851205;RO=24;SAF=12;SAR=3;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187154;STB=0.610949;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.0368711;OID=.;OPOS=76267843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:3:12:16:8:3:12:16:8 chr17 76367052 . A G 782.45 PASS AF=0.610169;AO=72;DP=119;FAO=72;FDP=118;FR=.;FRO=46;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0110247;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6447;QD=26.5236;RBI=0.0329025;REFB=-0.0399486;REVB=-0.0310005;RO=46;SAF=39;SAR=33;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805812;STB=0.543684;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0246502;OID=.;OPOS=76367052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:46:46:72:72:0.610169:33:39:30:16:33:39:30:16 chr17 76395430 . C T 1139.01 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00235774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6498;QD=59.1694;RBI=0.0165969;REFB=-0.0347137;REVB=0.0164286;RO=1;SAF=53;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884626;STB=0.504672;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.000721468;OID=.;OPOS=76395430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:23:53:1:0:23:53:1:0 chr17 76415702 . C T 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00348115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.57;QD=16.5274;RBI=0.0116494;REFB=-0.00770862;REVB=-0.0111171;RO=29;SAF=17;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132004;STB=0.574817;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0102364;OID=.;OPOS=76415702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:8:17:16:13:8:17:16:13 chr17 76421578 . C T 160.45 PASS AF=0.297297;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00859838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.922;QD=8.67305;RBI=0.026264;REFB=-0.00588437;REVB=-0.0248166;RO=50;SAF=8;SAR=14;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273573;STB=0.648646;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0187575;OID=.;OPOS=76421578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:50:52:22:22:0.297297:14:8:30:20:14:8:30:22 chr17 76423097 . G A 1434.38 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00664916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.437;QD=63.0498;RBI=0.00763061;REFB=0;REVB=-0.00374365;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.93097e-06;OID=.;OPOS=76423097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:42:48:0:0:43:48:0:0 chr17 76433898 . T C 766.37 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.477;QD=63.864;RBI=0.0482573;REFB=0;REVB=0.0465056;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376407;OID=.;OPOS=76433898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chr17 76449505 . G C 272.94 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00485325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.616;QD=19.8505;RBI=0.00522948;REFB=-0.0132796;REVB=-0.00194768;RO=26;SAF=12;SAR=16;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108648;STB=0.552596;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0138901;OID=.;OPOS=76449505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:28:29:0.527273:16:12:8:18:17:12:8:18 chr17 76451921 . A G 1232.06 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0309047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.559;QD=60.1004;RBI=0.0324226;REFB=-0.118645;REVB=-0.00980437;RO=1;SAF=35;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133364;STB=0.507041;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000441042;OID=.;OPOS=76451921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:46:35:1:0:46:35:1:0 chr17 76462770 . G A 466.38 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0169266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.796;QD=16.8064;RBI=0.0170251;REFB=-0.0251459;REVB=0.00182858;RO=59;SAF=27;SAR=24;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00385262;STB=0.502127;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0248053;OID=.;OPOS=76462770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:60:51:51:0.459459:24:27:31:28:24:27:32:28 chr17 76464916 . G A 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00718582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.504;QD=10.7151;RBI=0.00859526;REFB=-0.00584912;REVB=-0.00471619;RO=29;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214125;STB=0.627274;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0160114;OID=.;OPOS=76464916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:8:6:18:11:8:6:18:11 chr17 76468817 . G A 118.92 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00793639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.469;QD=13.2132;RBI=0.0304565;REFB=-0.0217393;REVB=0.0294043;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274841;STB=0.516106;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0331631;OID=.;OPOS=76468817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:12:10:6:8:12:10 chr17 76468839 . C T 168.9 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0267727;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.226;QD=24.129;RBI=0.0268533;REFB=-0.0470063;REVB=0.0020792;RO=10;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00806144;STB=0.519628;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0273498;OID=.;OPOS=76468839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:10:11:17:17:0.607143:10:7:4:6:10:7:4:7 chr17 76468843 . C T 207.24 PASS AF=0.633333;AO=17;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0924652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.216;QD=27.6314;RBI=0.0926581;REFB=-0.0344839;REVB=0.00597594;RO=9;SAF=5;SAR=12;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028895;STB=0.511616;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0234539;OID=.;OPOS=76468843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:30:30:9:10:17:19:0.633333:12:5:3:6:12:7:4:6 chr17 76471366 . G A 215.18 PASS AF=0.5;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0144463;FXX=0.0454442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.321;QD=20.4937;RBI=0.0155849;REFB=-0.00698697;REVB=-0.0058475;RO=21;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0126617;OID=.;OPOS=76471366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:21:21:21:21:0.5:8:13:13:8:8:13:13:8 chr17 76472768 . G A 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00114217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.314;QD=58.6;RBI=0.0279921;REFB=0;REVB=-0.0279688;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.47463e-05;OID=.;OPOS=76472768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr17 76482432 . A G 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0117016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4887;QD=13.4057;RBI=0.024416;REFB=-0.00596323;REVB=0.0214292;RO=33;SAF=19;SAR=4;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41319;STB=0.734577;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.010904;OID=.;OPOS=76482432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:4:19:16:17:4:19:17:17 chr17 76491127 . TG CC 1609.93 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102328;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=2;MLLD=282.612;QD=60.1843;RBI=0.0125449;REFB=0;REVB=-0.00725696;RO=0;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00010015;OID=.;OPOS=76491127;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:59:48:0:0:59:48:0:0 chr17 76496492 . A G 2360.75 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.494;QD=60.1466;RBI=0.0572751;REFB=0;REVB=0.0426583;RO=0;SAF=70;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34832e-05;OID=.;OPOS=76496492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:138:157:0:0:138:157:1:68:70:0:0:82:75:0:0 chr17 76497920 . C A 1339.36 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0289362;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.9186;QD=60.1959;RBI=0.0291898;REFB=-0.138314;REVB=-0.00383896;RO=1;SAF=45;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104136;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00315615;OID=.;OPOS=76497920;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:89:1:1:87:88:0.988764:42:45:1:0:43:45:1:0 chr17 76498692 . C T 986.82 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.813;QD=58.9146;RBI=0.0521298;REFB=0;REVB=0.00326337;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50434e-05;OID=.;OPOS=76498692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:33:32:0:0:33:34:0:0 chr17 76503560 . C A 688.69 PASS AF=0.511278;AO=68;DP=133;FAO=68;FDP=133;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=-0.0378062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1746;QD=20.7123;RBI=0.0464648;REFB=-0.0087858;REVB=-0.0270123;RO=65;SAF=26;SAR=42;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041748;STB=0.522946;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00967053;OID=.;OPOS=76503560;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:65:65:68:68:0.511278:42:26:22:43:42:26:22:43 chr17 76503593 . T C 566.56 PASS AF=0.444444;AO=60;DP=136;FAO=60;FDP=135;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=0.0313108;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1727;QD=16.7868;RBI=0.0315107;REFB=-0.00855639;REVB=-0.0035442;RO=73;SAF=28;SAR=32;SRF=26;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110499;STB=0.55243;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0151185;OID=.;OPOS=76503593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:73:75:60:60:0.444444:32:28:26:47:32:28:28:47 chr17 76525565 . A G 282.25 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0195569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8119;QD=22.5796;RBI=0.0197238;REFB=0.00798089;REVB=0.00256108;RO=24;SAF=16;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656402;STB=0.536713;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00754852;OID=.;OPOS=76525565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:10:16:13:11:10:16:13:11 chr17 76528591 . C T 143.26 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0138213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.461;QD=14.6938;RBI=0.0234508;REFB=-0.0113637;REVB=-0.018945;RO=23;SAF=13;SAR=3;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220583;STB=0.629775;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0252358;OID=.;OPOS=76528591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:3:13:15:8:3:13:15:8 chr17 76528790 . A G 472.96 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0130675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.551;QD=17.5172;RBI=0.0134885;REFB=-0.0143614;REVB=0.00334362;RO=57;SAF=20;SAR=31;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193929;STB=0.607801;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0183569;OID=.;OPOS=76528790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:51:51:0.472222:31:20:34:23:31:20:34:23 chr17 76535948 . T C 575.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8775;QD=60.6031;RBI=0.0284121;REFB=0;REVB=0.00464677;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304538;OID=.;OPOS=76535948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr17 76557862 . T C 980.66 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0108149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.805;QD=56.0378;RBI=0.014788;REFB=0.0448345;REVB=0.0100857;RO=2;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262374;STB=0.51351;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00036258;OID=.;OPOS=76557862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:70:2:2:67:68:0.971429:35:32:0:2:36:32:0:2 chr17 76557885 . G A 242.53 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00358922;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.458;QD=12.4374;RBI=0.0049144;REFB=-0.0016524;REVB=-0.0033569;RO=49;SAF=11;SAR=18;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167143;STB=0.596173;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00421859;OID=.;OPOS=76557885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:49:49:29:29:0.371795:18:11:26:23:18:11:26:23 chr17 76563192 . GC G 160.53 PASS AF=0.294118;AO=62;DP=204;FAO=60;FDP=204;FR=.;FRO=144;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=90;FSRR=54;FWDB=0.113758;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.1035;QD=3.1477;RBI=0.114798;REFB=-0.0113137;REVB=0.0154185;RO=123;SAF=28;SAR=34;SRF=76;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190839;STB=0.599415;STBP=0.076;TYPE=del;VARB=0.0387468;OID=.;OPOS=76563193;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118:62:204:60:204:144:29:31:90:54:99:123:28:34:76:47 chr17 76567707 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00436457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.526;QD=62.0215;RBI=0.00436668;REFB=0;REVB=-0.000135618;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.58296e-05;OID=.;OPOS=76567707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr17 76571044 . G A 284.41 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0133975;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6037;QD=17.5023;RBI=0.0232846;REFB=-0.0265718;REVB=0.0190442;RO=34;SAF=7;SAR=24;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321399;STB=0.681691;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0440159;OID=.;OPOS=76571044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:34:34:31:31:0.476923:24:7:18:16:24:7:18:16 chr17 76672002 . T C 48.57 PASS AF=0.307692;AO=7;DP=28;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00896666;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.021;QD=7.47239;RBI=0.0174464;REFB=-0.00887172;REVB=0.0149659;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025065;STB=0.538366;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0213584;OID=.;OPOS=76672002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:28:26:20:18:7:8:0.307692:3:4:11:9:4:4:10:8 chr17 76798548 . TTTTTTC T 162.02 PASS AF=0.438596;AO=17;DP=53;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00487017;FXX=0.173888;HRUN=7;LEN=6;MLLD=172.494;QD=11.3699;RBI=0.00624489;REFB=-0.0155797;REVB=0.00390898;RO=13;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148936;STB=0.533307;STBP=0.695;TYPE=del;VARB=0.0205527;OID=.;OPOS=76798549;OREF=TTTTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.438596:17:53:25:57:32:10:15:11:21:99:13:7:10:3:10 chr17 76799795 . G A 334.81 PASS AF=0.296053;AO=45;DP=152;FAO=45;FDP=152;FR=.;FRO=107;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=64;FWDB=-0.00629034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.844;QD=8.81078;RBI=0.017378;REFB=-0.0293606;REVB=0.0161995;RO=106;SAF=28;SAR=17;SRF=43;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256659;STB=0.652595;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0615202;OID=.;OPOS=76799795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:106:107:45:45:0.296053:17:28:43:63:17:28:43:64 chr17 76799859 . CTG CCG,GCT 305.6 PASS AF=0.296,0;AO=29,5;DP=131;FAO=37,0;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=15,0;FSAR=22,0;FSRF=24;FSRR=55;FWDB=-0.00821873,0.00210855;FXX=0.045798;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=154.327,78.851;QD=9.77917;RBI=0.0240796,0.1542;REFB=-0.0120895,-0.00843496;REVB=-0.0226336,-0.154185;RO=36;SAF=12,0;SAR=17,5;SRF=9;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.172404,-0.546779;STB=0.573732,0.5;STBP=0.305,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0206419,0;OID=.,.;OPOS=76799860,76799859;OREF=T,CTG;OALT=C,GCT;OMAPALT=CCG,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:125:36:79:29,5:37,0:0.296,0:17,5:12,0:9:27:22,0:15,0:24:55 chr17 76799898 . A G 220.51 PASS AF=0.268908;AO=32;DP=119;FAO=32;FDP=119;FR=.;FRO=87;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=62;FWDB=0.00822723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.325;QD=7.41195;RBI=0.00992525;REFB=-0.00282332;REVB=-0.00555186;RO=87;SAF=13;SAR=19;SRF=25;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15785;STB=0.593185;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00830843;OID=.;OPOS=76799898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:87:87:32:32:0.268908:19:13:25:62:19:13:25:62 chr17 76823227 . T G 176.24 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0182792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.278;QD=29.374;RBI=0.0185994;REFB=-0.0155383;REVB=0.00343631;RO=7;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126622;STB=0.569755;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00240845;OID=.;OPOS=76823227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:11:6:1:6:11:6:1:6 chr17 76823260 . A C 71.82 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0794859;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1954;QD=16.8996;RBI=0.0845635;REFB=-0.0142374;REVB=0.0288613;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207482;STB=0.618816;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0164966;OID=.;OPOS=76823260;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:1:7:6:3:1:7 chr17 76887360 . G C 286.49 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.11726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6307;QD=19.7579;RBI=0.150398;REFB=-0.0693655;REVB=-0.0941785;RO=18;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204685;STB=0.59079;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0401108;OID=.;OPOS=76887360;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:18:25:29:29:0.5:15:14:14:4:15:14:17:8 chr17 76887658 . G A 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0101383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.001;QD=16.4079;RBI=0.033238;REFB=-0.011655;REVB=0.0316541;RO=27;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274036;STB=0.519981;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0128655;OID=.;OPOS=76887658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:29:21:21:0.42:8:13:16:11:8:13:17:12 chr17 76887854 . C A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00447836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.815;QD=12.2122;RBI=0.00740004;REFB=-0.0189449;REVB=-0.00589109;RO=22;SAF=11;SAR=2;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438363;STB=0.764243;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0422723;OID=.;OPOS=76887854;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:2:11:11:11:2:11:11:11 chr17 76970879 . A G 1453.27 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00305996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0783;QD=63.1857;RBI=0.0191049;REFB=0;REVB=0.0188583;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66212e-05;OID=.;OPOS=76970879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:42:50:0:0:42:50:0:0 chr17 76988785 . G A 172.85 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0345227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.575;QD=19.2055;RBI=0.0347574;REFB=-0.0042774;REVB=0.0040325;RO=18;SAF=14;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414893;STB=0.736565;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00654589;OID=.;OPOS=76988785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:4:14:6:12:4:14:6:12 chr17 76993546 . A G 229.54 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0194432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.633;QD=22.3938;RBI=0.0217665;REFB=-0.0110382;REVB=-0.00978479;RO=19;SAF=18;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391039;STB=0.721699;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00708188;OID=.;OPOS=76993546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:4:18:8:11:4:18:8:11 chr17 77039835 . G A 1066.13 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00831086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4794;QD=58.4181;RBI=0.105946;REFB=-0.071546;REVB=0.105619;RO=1;SAF=44;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106287;STB=0.505616;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00158423;OID=.;OPOS=77039835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:28:44:1:0:28:44:1:0 chr17 77039852 . G A 1358.52 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.837;QD=62.4608;RBI=0.0590121;REFB=0;REVB=0.0528995;RO=0;SAF=55;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140292;OID=.;OPOS=77039852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:31:55:0:0:32:55:0:0 chr17 77040128 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00387683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.689;QD=52.6132;RBI=0.0227808;REFB=0;REVB=0.0224485;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234341;OID=.;OPOS=77040128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr17 77040185 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00164639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.195;QD=39.2068;RBI=0.00175006;REFB=0;REVB=-0.000593397;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.63885e-06;OID=.;OPOS=77040185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr17 77042718 . C T 771.81 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00812476;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.852;QD=61.7447;RBI=0.0533057;REFB=0.074249;REVB=0.0526828;RO=1;SAF=29;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015953;STB=0.508471;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000270859;OID=.;OPOS=77042718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:20:29:1:0:20:29:1:0 chr17 77043759 . C T 263.99 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.014069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.592;QD=15.304;RBI=0.014605;REFB=-0.00545845;REVB=0.00392056;RO=39;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160778;STB=0.509085;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00875194;OID=.;OPOS=77043759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:18:12:15:24:18:12:15:24 chr17 77073566 . G A 517.22 PASS AF=0.393103;AO=57;DP=146;FAO=57;FDP=145;FR=.;FRO=88;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=0.00579132;FXX=0.0268438;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.721;QD=14.2682;RBI=0.00631049;REFB=-0.00933173;REVB=-0.00250656;RO=88;SAF=39;SAR=18;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160238;STB=0.590876;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0137393;OID=.;OPOS=77073566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:88:88:57:57:0.393103:18:39:48:40:18:39:48:40 chr17 77075670 . C T 505.36 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0113146;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.339;QD=22.7127;RBI=0.0141272;REFB=-0.0124951;REVB=0.00845906;RO=40;SAF=23;SAR=25;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584816;STB=0.537619;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00669284;OID=.;OPOS=77075670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:41:48:48:0.539326:25:23:22:18:25:23:23:18 chr17 77075673 . A G 510.19 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00530439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.192;QD=23.7296;RBI=0.00799476;REFB=-0.00404312;REVB=-0.00598161;RO=36;SAF=24;SAR=24;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434409;STB=0.511623;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00784622;OID=.;OPOS=77075673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:36:38:48:48:0.55814:24:24:20:16:24:24:20:18 chr17 77704912 . T C 1184.98 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.76;QD=60.768;RBI=0.0206057;REFB=0;REVB=0.0110731;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85652e-05;OID=.;OPOS=77704912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:41:36:0:0:41:37:0:0 chr17 77705045 . T C 1695.9 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.636;QD=60.5677;RBI=0.0329871;REFB=0;REVB=0.00635602;RO=0;SAF=69;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18459e-05;OID=.;OPOS=77705045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:42:69:0:0:42:70:0:0 chr17 77710912 . C T 288.53 PASS AF=0.291045;AO=39;DP=134;FAO=39;FDP=134;FR=.;FRO=95;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=59;FSRR=36;FWDB=-0.0167807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.35;QD=8.61267;RBI=0.0316447;REFB=-0.0131181;REVB=-0.026829;RO=95;SAF=25;SAR=14;SRF=59;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258838;STB=0.515244;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0332495;OID=.;OPOS=77710912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:95:95:39:39:0.291045:14:25:59:36:14:25:59:36 chr17 77758691 . G A 709.74 PASS AF=0.496454;AO=70;DP=141;FAO=70;FDP=141;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0254351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6738;QD=20.1345;RBI=0.0280197;REFB=0.000637048;REVB=-0.0117541;RO=71;SAF=29;SAR=41;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470481;STB=0.52596;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.000956226;OID=.;OPOS=77758691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:71:71:70:70:0.496454:41:29:33:38:41:29:33:38 chr17 77768654 . C A 451.23 PASS AF=0.380597;AO=51;DP=143;FAO=51;FDP=134;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=64;FSRR=19;FWDB=-0.00616674;FXX=0.0758568;HRUN=8;LEN=1;MLLD=277.763;QD=13.4694;RBI=0.00810594;REFB=-0.00520051;REVB=-0.00526094;RO=71;SAF=35;SAR=16;SRF=55;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111878;STB=0.563878;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00755388;OID=.;OPOS=77768654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:134:71:83:51:51:0.380597:16:35:55:16:16:35:64:19 chr17 77772068 . G A 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0198763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.409;QD=15.1663;RBI=0.0221088;REFB=-0.0206952;REVB=-0.00968163;RO=20;SAF=11;SAR=4;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422687;STB=0.74404;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0501014;OID=.;OPOS=77772068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:4:11:6:14:4:11:6:14 chr17 77807475 . C T 168.68 PASS AF=0.244898;AO=24;DP=98;FAO=24;FDP=98;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0025156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7161;QD=6.8847;RBI=0.00857893;REFB=0.0015834;REVB=-0.00820181;RO=74;SAF=16;SAR=8;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163174;STB=0.599914;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00572771;OID=.;OPOS=77807475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:74:74:24:24:0.244898:8:16:40:34:8:16:40:34 chr17 77917849 . C T 191.02 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0472554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4034;QD=13.4049;RBI=0.0483912;REFB=-0.00363637;REVB=0.0104225;RO=34;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845597;STB=0.548547;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00746317;OID=.;OPOS=77917849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:14:9:16:18:14:9:16:18 chr17 77925393 . G A 1276.62 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0367276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.243;QD=60.076;RBI=0.0500036;REFB=-0.014925;REVB=0.0339329;RO=2;SAF=28;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00808011;STB=0.50877;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000253172;OID=.;OPOS=77925393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:2:1:83:84:0.988235:55:28:1:1:56:28:1:0 chr17 77984141 . C T 535.49 PASS AF=0.426471;AO=58;DP=136;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=50;FSRR=28;FWDB=-0.00838898;FXX=0.00729874;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.8316;QD=15.7498;RBI=0.0230396;REFB=-0.0182409;REVB=-0.021458;RO=77;SAF=36;SAR=22;SRF=49;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170411;STB=0.512455;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0343175;OID=.;OPOS=77984141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:77:78:58:58:0.426471:22:36:49:28:22:36:50:28 chr17 78013724 . G C 670.24 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0391459;FXX=0.0377287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.575;QD=52.5681;RBI=0.0467029;REFB=0.0172191;REVB=0.0254707;RO=2;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408602;STB=0.520825;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=4.01436e-05;OID=.;OPOS=78013724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:48:49:0.960784:22:26:0:2:23:26:0:2 chr17 78023722 . C T 415.93 PASS AF=0.5;AO=41;DP=83;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.0260172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7563;QD=19.8063;RBI=0.053499;REFB=0.0031358;REVB=0.0467466;RO=42;SAF=16;SAR=25;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127163;STB=0.576237;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00213741;OID=.;OPOS=78023722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:42:42:41:42:0.5:25:16:11:31:25:17:11:31 chr17 78032695 . A C 167.89 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0683576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.302;QD=15.6181;RBI=0.0704865;REFB=-0.0435825;REVB=0.0171927;RO=25;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733128;STB=0.542325;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0484899;OID=.;OPOS=78032695;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:12:6:10:15:12:6:10:15 chr17 78055758 . T G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00842092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.189;QD=61.6834;RBI=0.0212843;REFB=0;REVB=-0.0195476;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.49031e-05;OID=.;OPOS=78055758;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr17 78063957 . A G 300.9 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0731424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.451;QD=14.1598;RBI=0.0734196;REFB=-0.024867;REVB=-0.00637397;RO=48;SAF=24;SAR=10;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247992;STB=0.649032;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0560138;OID=.;OPOS=78063957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:51:34:34:0.4:10:24:23:25:10:24:24:27 chr17 78063964 . A G 198.04 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0504628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.285;QD=11.157;RBI=0.0507695;REFB=0.000139554;REVB=0.00557159;RO=46;SAF=17;SAR=8;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209541;STB=0.622095;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00117471;OID=.;OPOS=78063964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:8:17:23:23:8:17:23:23 chr17 78063966 . A G 201.85 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0231005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.549;QD=12.0506;RBI=0.0476548;REFB=-0.0400445;REVB=-0.0416815;RO=42;SAF=17;SAR=8;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253377;STB=0.646506;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0506526;OID=.;OPOS=78063966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:8:17:19:23:8:17:19:23 chr17 78063996 . A G 87.17 PASS AF=0.342857;AO=11;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.07306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7749;QD=9.96228;RBI=0.0832563;REFB=-0.0351325;REVB=-0.039923;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980574;STB=0.596995;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.105834;OID=.;OPOS=78063996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:35:35:24:23:11:12:0.342857:5:6:11:13:5:7:10:13 chr17 78064015 . G C 271.19 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.229009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6716;QD=51.6551;RBI=0.229529;REFB=0;REVB=-0.0154423;RO=1;SAF=6;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704612;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00249538;OID=.;OPOS=78064015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:1:0:18:21:1:12:6:1:0:13:8:0:0 chr17 78069097 . G A 632.16 PASS AF=0.547826;AO=59;DP=111;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0214822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.489;QD=21.9882;RBI=0.0229041;REFB=-0.0178909;REVB=0.00794437;RO=51;SAF=41;SAR=18;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20306;STB=0.6164;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0167835;OID=.;OPOS=78069097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:115:51:52:59:63:0.547826:18:41:24:27:18:45:25:27 chr17 78071052 . T C 958.29 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00403098;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.777;QD=58.9718;RBI=0.0148503;REFB=0;REVB=0.0142928;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52599e-05;OID=.;OPOS=78071052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr17 78073355 . A G 399.0 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0066192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.422;QD=18.3446;RBI=0.0252764;REFB=-0.0183176;REVB=-0.0243943;RO=45;SAF=25;SAR=16;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527005;STB=0.536214;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.020625;OID=.;OPOS=78073355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:46:41:41:0.471264:16:25:25:20:16:25:25:21 chr17 78073562 . A G 171.55 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0176848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.27;QD=20.7937;RBI=0.0181405;REFB=0.00324714;REVB=0.00404055;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013838;STB=0.536544;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00123814;OID=.;OPOS=78073562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:14:15:17:18:0.545455:10:7:6:8:11:7:7:8 chr17 78078709 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.718;QD=59.6792;RBI=0.0173911;REFB=0;REVB=0.012532;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30533e-05;OID=.;OPOS=78078709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:28:42:0:0:28:42:0:0 chr17 78079597 . A G 740.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0587988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5227;QD=56.9506;RBI=0.0588095;REFB=0;REVB=-0.00112032;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000746049;OID=.;OPOS=78079597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr17 78079669 . G A 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00933397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.65;QD=57.1746;RBI=0.0803472;REFB=0;REVB=0.0798032;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481889;OID=.;OPOS=78079669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr17 78082504 . G A 1175.64 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000374484;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.283;QD=61.072;RBI=0.00102974;REFB=0;REVB=0.000959228;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239782;OID=.;OPOS=78082504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr17 78084769 . G A 375.49 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0189189;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.743;QD=18.3165;RBI=0.034658;REFB=-0.0429457;REVB=-0.0290387;RO=42;SAF=27;SAR=12;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00199708;STB=0.510911;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0420413;OID=.;OPOS=78084769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:43:39:39:0.47561:12:27:29:13:12:27:29:14 chr17 78087109 . A G 113.29 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0141077;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.198;QD=16.1844;RBI=0.014949;REFB=-0.0178752;REVB=-0.00494426;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369821;STB=0.680587;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0125284;OID=.;OPOS=78087109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:15:15:12:13:0.464286:4:8:4:11:5:8:4:11 chr17 78091405 . G A 1626.32 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00562571;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.725;QD=60.234;RBI=0.0356256;REFB=0;REVB=0.0351787;RO=0;SAF=60;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71637e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44104e-05;OID=.;OPOS=78091405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:47:60:0:0:48:60:0:0 chr17 78092063 . G A 597.12 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306695;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.547;QD=59.7124;RBI=0.0461288;REFB=0;REVB=0.0344564;RO=0;SAF=30;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79891e-05;OID=.;OPOS=78092063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:9:30:0:0:9:31:0:0 chr17 78113832 . G A 284.01 PASS AF=0.541667;AO=25;DP=47;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0107737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.885;QD=23.6677;RBI=0.0118026;REFB=-0.0328914;REVB=-0.00481968;RO=22;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130674;STB=0.562453;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0176352;OID=.;OPOS=78113832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:22:25:26:0.541667:13:12:14:8:13:13:14:8 chr17 78162170 . G A,C 1349.95 PASS AF=0.933333,0.0555556;AO=84,5;DP=90;FAO=84,5;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=52,4;FSAR=32,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0482784,-0.00290409;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.1411,131.288;QD=59.9978;RBI=0.0489636,0.00395642;REFB=-0.143853,-0.177899;REVB=0.00816298,-0.00268692;RO=0;SAF=52,4;SAR=32,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.504761,0.555346;STBP=0.504,0.649;TYPE=snp,snp;VARB=-4.37589e-05,0.0780442;OID=.,.;OPOS=78162170,78162170;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:90:90:0:1:84,5:84,5:0.933333,0.0555556:32,1:52,4:0:0:32,1:52,4:1:0 chr17 78171944 . G C 248.38 PASS AF=0.589744;AO=17;DP=40;FAO=23;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00862929;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2704;QD=25.4747;RBI=0.172925;REFB=-0.0142928;REVB=0.17271;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193005;STB=0.644614;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0156195;OID=.;OPOS=78171944;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:16:16:17:23:0.589744:8:9:12:4:14:9:12:4 chr17 78172351 . G A 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0128674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.37;QD=5.78796;RBI=0.0297032;REFB=-0.00603775;REVB=0.0267714;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045161;STB=0.529329;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0232869;OID=.;OPOS=78172351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:4:3:9:14:4:3:9:14 chr17 78176113 . G A 159.27 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0158923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.454;QD=8.38266;RBI=0.023144;REFB=-0.00548479;REVB=-0.0168249;RO=53;SAF=10;SAR=12;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087392;STB=0.55842;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0209096;OID=.;OPOS=78176113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:53:54:22:22:0.289474:12:10:28:25:12:10:29:25 chr17 78178034 . T TG 50.41 PASS AF=0.244898;AO=25;DP=99;FAO=24;FDP=98;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.11369;FXX=0.0101;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.3622;QD=2.05741;RBI=0.146431;REFB=-0.0110719;REVB=-0.0922863;RO=69;SAF=14;SAR=11;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997224;STB=0.510196;STBP=0.907;TYPE=ins;VARB=-0.116258;OID=.;OPOS=78178035;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.244898:25:99:24:98:74:12:12:38:36:50:69:14:11:33:36 chr17 78178893 . C T 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.00766091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6619;QD=12.9419;RBI=0.0107526;REFB=-0.0084162;REVB=0.00754515;RO=25;SAF=1;SAR=14;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345759;STB=0.711497;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0061878;OID=.;OPOS=78178893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:14:1:5:20:14:1:5:20 chr17 78178916 . C T 256.46 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=-0.0147796;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=337.299;QD=22.7961;RBI=0.0168194;REFB=-0.0128378;REVB=-0.00802847;RO=21;SAF=4;SAR=20;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036858;STB=0.520531;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0109738;OID=.;OPOS=78178916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:20:4:3:18:20:4:3:18 chr17 78219065 . C A 526.76 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0348939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.354;QD=56.9465;RBI=0.0629782;REFB=-0.0422422;REVB=0.0524278;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00131026;OID=.;OPOS=78219065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:1:0:18:18:1:0 chr17 78261790 . G GC 45.49 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=0.0350613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.963;QD=5.05448;RBI=0.046916;REFB=-0.0360562;REVB=0.031174;RO=27;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.639323;STB=0.888312;STBP=0.027;TYPE=ins;VARB=0.0913208;OID=.;OPOS=78261791;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277778:10:37:10:36:26:8:2:4:22:45:27:8:2:5:22 chr17 78261819 . C T 63.05 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0195134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1708;QD=8.69669;RBI=0.0199864;REFB=-0.0229112;REVB=0.00432208;RO=20;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289506;STB=0.680978;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0632787;OID=.;OPOS=78261819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:7:2:9:11:7:2:9:11 chr17 78263596 . CA C 51.3 PASS AF=0.56;AO=12;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0664417;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.3209;QD=8.20841;RBI=0.161595;REFB=-0.0556801;REVB=0.147304;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181486;STB=0.55165;STBP=0.606;TYPE=del;VARB=0.118916;OID=.;OPOS=78263597;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.56:12:25:14:25:11:6:8:6:5:28:11:5:7:7:4 chr17 78268601 . G A 128.82 PASS AF=0.260274;AO=18;DP=72;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0148268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.937;QD=7.05857;RBI=0.0289808;REFB=-0.0146306;REVB=0.0249009;RO=53;SAF=12;SAR=6;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152869;STB=0.601741;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0239298;OID=.;OPOS=78268601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:53:54:18:19:0.260274:6:12:29:24:6:13:30:24 chr17 78293189 . A T 1523.05 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0177723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.149;QD=58.5787;RBI=0.0177986;REFB=-0.00964032;REVB=0.000968533;RO=0;SAF=51;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-4.47337e-05;OID=.;OPOS=78293189;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:103:103:0.990385:52:51:0:0:52:51:0:1 chr17 78298938 . A G 1462.18 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0240002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.303;QD=60.9243;RBI=0.0312036;REFB=0.0414055;REVB=-0.0199412;RO=2;SAF=11;SAR=83;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011289;STB=0.505951;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00826694;OID=.;OPOS=78298938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:2:2:94:94:0.979167:83:11:0:2:83:11:0:2 chr17 78313616 . G A 366.21 PASS AF=0.37931;AO=44;DP=116;FAO=44;FDP=116;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0395487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.545;QD=12.6278;RBI=0.0407858;REFB=-0.000646538;REVB=0.00996906;RO=70;SAF=20;SAR=24;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338411;STB=0.519676;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00115139;OID=.;OPOS=78313616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:70:72:44:44:0.37931:24:20:34:36:24:20:35:37 chr17 78327358 . G A 521.52 PASS AF=0.5;AO=54;DP=109;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.00599843;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.385;QD=18.9643;RBI=0.007432;REFB=-0.0398399;REVB=-0.00438788;RO=54;SAF=33;SAR=21;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536222;STB=0.509669;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0373193;OID=.;OPOS=78327358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:54:55:54:55:0.5:21:33:36:18:21:34:35:20 chr17 78350271 . C T 358.62 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00331729;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.313;QD=16.8763;RBI=0.0136681;REFB=-0.00446893;REVB=0.0132594;RO=46;SAF=12;SAR=26;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271268;STB=0.658143;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00300221;OID=.;OPOS=78350271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:46:47:38:38:0.447059:26:12:27:19:26:12:28:19 chr17 78353492 . C T 195.1 PASS AF=0.273684;AO=26;DP=95;FAO=26;FDP=95;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.0175014;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7295;QD=8.21463;RBI=0.0238642;REFB=-0.0106044;REVB=0.0162234;RO=68;SAF=14;SAR=12;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792766;STB=0.540953;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.01599;OID=.;OPOS=78353492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:68:69:26:26:0.273684:12:14:41:27:12:14:41:28 chr17 78354661 . C T 205.35 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00796571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.394;QD=14.6675;RBI=0.00805425;REFB=-0.020692;REVB=0.00119099;RO=32;SAF=18;SAR=6;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116274;STB=0.566608;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0243473;OID=.;OPOS=78354661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:6:18:21:11:6:18:21:11 chr17 78360160 . G A 686.27 PASS AF=0.503704;AO=68;DP=135;FAO=68;FDP=135;FR=.;FRO=67;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0145111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.205;QD=20.3341;RBI=0.0204278;REFB=-0.0112135;REVB=0.0143778;RO=67;SAF=41;SAR=27;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471343;STB=0.525988;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0107395;OID=.;OPOS=78360160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:67:67:68:68:0.503704:27:41:37:30:27:41:37:30 chr17 78396004 . A G 339.44 PASS AF=0.507042;AO=35;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00189927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.66;QD=19.1235;RBI=0.0183167;REFB=-0.0235074;REVB=0.018218;RO=34;SAF=25;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18216;STB=0.600296;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0259858;OID=.;OPOS=78396004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:35:35:36:0.507042:10:25:18:16:10:26:19:16 chr17 78401588 . G T 231.06 PASS AF=0.55;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0984531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8239;QD=23.1059;RBI=0.100009;REFB=0.000137773;REVB=0.0175747;RO=18;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987524;STB=0.538426;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.002367;OID=.;OPOS=78401588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:18:21:22:0.55:14:7:8:10:14:8:8:10 chr17 78444658 . T G 704.05 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446408;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3254;QD=57.4735;RBI=0.0670695;REFB=0;REVB=0.0500551;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19386e-05;OID=.;OPOS=78444658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr17 78445702 . A G 1083.51 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180042;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.415;QD=60.1953;RBI=0.0201761;REFB=0;REVB=-0.00910621;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8491e-06;OID=.;OPOS=78445702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:44:28:0:0:44:28:0:0 chr17 78796991 . G A 310.98 PASS AF=0.347826;AO=40;DP=115;FAO=40;FDP=115;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0264291;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.339;QD=10.8166;RBI=0.0264343;REFB=-0.0254576;REVB=0.000522341;RO=75;SAF=25;SAR=15;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15191;STB=0.587539;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0496815;OID=.;OPOS=78796991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:75:75:40:40:0.347826:15:25:37:38:15:25:37:38 chr17 78854223 . A G 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00564636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1754;QD=58.9611;RBI=0.0715224;REFB=0;REVB=-0.0712991;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000791726;OID=.;OPOS=78854223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr17 78896529 . C T 774.3 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.115703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3305;QD=52.4951;RBI=0.115905;REFB=-0.163871;REVB=0.00684131;RO=2;SAF=29;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00116172;STB=0.508769;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00274287;OID=.;OPOS=78896529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:59:59:2:1:56:58:0.983051:27:29:1:1:28:30:0:1 chr17 78921117 . C T 1561.39 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000270334;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7642;QD=60.0535;RBI=0.0222947;REFB=0;REVB=-0.0222931;RO=0;SAF=46;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283282;OID=.;OPOS=78921117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:58:46:0:0:58:46:0:0 chr17 78923342 . C T 119.92 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00723737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.028;QD=14.5355;RBI=0.0337478;REFB=-0.0152637;REVB=-0.0329626;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154289;STB=0.599867;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.016174;OID=.;OPOS=78923342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:19:14:14:0.424242:6:8:13:5:6:8:14:5 chr17 78978436 . G A 52.85 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0109479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.258;QD=7.0465;RBI=0.118018;REFB=-0.00187093;REVB=0.117509;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0246752;OID=.;OPOS=78978436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:4:4:11:11:4:4:11:11 chr17 79059230 . C T 4182.06 PASS AF=1;AO=267;DP=272;FAO=267;FDP=267;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00278075;FXX=0.0183817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.433;QD=62.6526;RBI=0.0171038;REFB=-0.0608856;REVB=0.0168762;RO=1;SAF=105;SAR=162;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451897;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43766e-05;OID=.;OPOS=79059230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:272:267:1:0:267:267:1:162:105:1:0:162:105:0:0 chr17 79077746 . G A 93.17 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0170205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2138;QD=9.80703;RBI=0.0204724;REFB=-0.00703961;REVB=0.0113763;RO=25;SAF=10;SAR=2;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1302;STB=0.5713;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0403439;OID=.;OPOS=79077746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:25:26:12:12:0.315789:2:10:19:6:2:10:20:6 chr17 79082862 . G A 687.72 PASS AF=1;AO=38;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.493;QD=62.5201;RBI=0.0257963;REFB=0;REVB=0.02029;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183674;OID=.;OPOS=79082862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:38:44:1:19:19:0:0:22:22:0:0 chr17 79084112 . C T 199.94 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00808149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.797;QD=11.5905;RBI=0.00845736;REFB=-0.0227299;REVB=-0.00249328;RO=44;SAF=19;SAR=6;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291764;STB=0.670442;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0281535;OID=.;OPOS=79084112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:6:19:23:21:6:19:23:21 chr17 79091103 . G T 727.1 PASS AF=1;AO=41;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.941;QD=63.2259;RBI=0.0469736;REFB=0;REVB=-0.00635102;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07147e-05;OID=.;OPOS=79091103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:41:46:1:24:17:0:0:24:22:0:0 chr17 79093822 . A G 563.72 PASS AF=0.974359;AO=36;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7433;QD=57.8172;RBI=0.0771629;REFB=0.114347;REVB=-0.075179;RO=3;SAF=20;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651857;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.0158807;OID=.;OPOS=79093822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:3:1:36:38:0.974359:16:20:3:0:16:22:1:0 chr17 79095009 . C T 147.46 PASS AF=0.259259;AO=21;DP=84;FAO=21;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00398093;FXX=0.0470533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.072;QD=7.28205;RBI=0.00408105;REFB=-0.00424542;REVB=0.000898417;RO=58;SAF=14;SAR=7;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246851;STB=0.661003;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.01131;OID=.;OPOS=79095009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:81:58:60:21:21:0.259259:7:14:27:31:7:14:27:33 chr17 79095144 . G A 757.08 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0432978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.902;QD=50.472;RBI=0.0674132;REFB=-0.065444;REVB=0.0516705;RO=4;SAF=34;SAR=22;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464322;STB=0.524682;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00507358;OID=.;OPOS=79095144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:60:60:4:4:56:56:0.933333:22:34:1:3:22:34:1:3 chr17 79095629 . C A 133.65 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0706167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.897;QD=23.2441;RBI=0.0707549;REFB=-0.0366241;REVB=-0.00441974;RO=8;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521708;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0174554;OID=.;OPOS=79095629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:23:23:8:9:14:14:0.608696:7:7:4:4:7:7:4:5 chr17 79095914 . G A 162.49 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0146719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5712;QD=19.6957;RBI=0.0196824;REFB=-0.0516622;REVB=0.0131199;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825894;STB=0.546708;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0526367;OID=.;OPOS=79095914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:6:10:9:8:6:10 chr17 79140505 . C G 667.03 PASS AF=0.916667;AO=27;DP=49;FAO=44;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0366987;FXX=0.039992;HRUN=7;LEN=1;MLLD=114.524;QD=55.5863;RBI=0.0448172;REFB=-0.192163;REVB=-0.0257252;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.525412;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00747653;OID=.;OPOS=79140505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:49:48:0:3:27:44:0.916667:9:18:0:0:16:28:3:0 chr17 79171967 . A G 393.12 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00126498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.079;QD=56.1604;RBI=0.105201;REFB=0;REVB=-0.105194;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000794532;OID=.;OPOS=79171967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr17 79173184 . T C 459.65 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141673;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5825;QD=57.456;RBI=0.0145279;REFB=0;REVB=-0.0032168;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235805;OID=.;OPOS=79173184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:31:32:1:9:22:0:0:9:23:0:0 chr17 79173224 . T C,G 526.76 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=34,2;DP=36;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470425,-0.0195866;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.951,170.048;QD=58.529;RBI=0.048972,0.0198218;REFB=0,0;REVB=0.0136109,0.0030443;RO=0;SAF=20,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.48532e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00186889,0.193573;OID=.,.;OPOS=79173224,79173224;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:36:0:0:34,2:34,2:0.944444,0.0555556:14,0:20,2:0:0:14,0:20,2:0:0 chr17 79174221 . T C 1686.65 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133397;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.212;QD=60.7803;RBI=0.0214877;REFB=0;REVB=0.0168456;RO=0;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000982151;OID=.;OPOS=79174221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:111:0:0:111:111:1:54:57:0:0:54:57:0:0 chr17 79182778 . T C 1153.35 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0081971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3251;QD=60.7025;RBI=0.0191322;REFB=0;REVB=-0.0172873;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000228587;OID=.;OPOS=79182778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr17 79202955 . CT C,CC,CG 570.78 PASS AF=0.205128,0.794872,0;AO=8,29,2;DP=39;FAO=8,31,0;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=2,4,0;FSAR=6,27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521425,0.0540762,0.0423077;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=244.068,252.37,222.092;QD=58.5416;RBI=0.0554005,0.0567723,0.046068;REFB=0,0,0;REVB=0.0187184,0.0172875,0.0182296;RO=0;SAF=1,5,0;SAR=7,24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-4.78849e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0233675,0.00529549,-0.0222739;OID=.,.,.;OPOS=79202956,79202956,79202956;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.205128,0.794872,0:8,29,2:39:8,31,0:39:0:2,4,0:6,27,0:0:0:27:0:1,5,0:7,24,2:0:0 chr17 79219500 . AATG A 1328.95 PASS AF=0.916667;AO=114;DP=132;FAO=121;FDP=132;FR=.;FRO=11;FSAF=53;FSAR=68;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00308199;FXX=0.0434751;HRUN=2;LEN=3;MLLD=276.454;QD=40.2713;RBI=0.00332995;REFB=0.0104541;REVB=0.0012609;RO=0;SAF=48;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31232e-08;STB=0.531915;STBP=0.02;TYPE=del;VARB=-0.000889741;OID=.;OPOS=79219501;OREF=ATG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.916667:114:132:121:132:11:53:68:9:2:12:0:48:66:0:0 chr17 79220224 . G C 780.0 PASS AF=1;AO=39;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.7611;QD=63.6732;RBI=0.196691;REFB=0;REVB=0.192472;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00312466;OID=.;OPOS=79220224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:39:49:1:20:19:0:0:27:22:0:0 chr17 79288263 . C T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0188264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.678;QD=10.4723;RBI=0.018996;REFB=-0.00681698;REVB=-0.00253264;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27231;STB=0.661906;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0118394;OID=.;OPOS=79288263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:5:7:8:16:5:7:8:16 chr17 79409309 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00954686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.647;QD=35.5756;RBI=0.0985542;REFB=0;REVB=-0.0980907;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00174191;OID=.;OPOS=79409309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr17 79409434 . A G 43.57 PASS AF=0.6;AO=5;DP=9;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0279528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.447;QD=17.4292;RBI=0.0844066;REFB=-0.274502;REVB=0.0796436;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.599679;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0109691;OID=.;OPOS=79409434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:9:10:3:4:5:6:0.6:2:3:1:2:3:3:1:3 chr17 79410256 . G A 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00362793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6024;QD=19.057;RBI=0.0282198;REFB=-0.0523446;REVB=-0.0279857;RO=20;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177504;STB=0.601046;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0611247;OID=.;OPOS=79410256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:6:13:10:10:6:13:10:10 chr17 79414307 . A G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0114409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.33;QD=8.81131;RBI=0.0284458;REFB=-0.0183654;REVB=0.0260436;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346033;STB=0.521666;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0336544;OID=.;OPOS=79414307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:7:4:2:4:7:4 chr17 79419025 . G A 45.54 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0800631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.879;QD=26.0254;RBI=0.0830741;REFB=-0.0545398;REVB=0.0221634;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0124362;OID=.;OPOS=79419025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:1:0:3:3:1:0 chr17 79424516 . A G 208.86 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0192835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1402;QD=22.579;RBI=0.0830969;REFB=-0.00766747;REVB=-0.0808285;RO=16;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111098;STB=0.561741;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0173931;OID=.;OPOS=79424516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:8:13:12:4:8:13:12:4 chr17 79424537 . C T 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00613815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.787;QD=26.3128;RBI=0.0381786;REFB=0.0277875;REVB=0.0376819;RO=12;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108339;STB=0.559942;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.014845;OID=.;OPOS=79424537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:8:12:9:3:8:12:9:3 chr17 79425459 . G A 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0121094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4222;QD=11.3692;RBI=0.0201335;REFB=0.00676211;REVB=0.0160848;RO=19;SAF=2;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315314;STB=0.691913;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00866918;OID=.;OPOS=79425459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:9:2:8:11:9:2:8:11 chr17 79426579 . G A 332.02 PASS AF=0.304965;AO=43;DP=141;FAO=43;FDP=141;FR=.;FRO=98;FSAF=38;FSAR=5;FSRF=80;FSRR=18;FWDB=0.00720726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.128;QD=9.41908;RBI=0.0252376;REFB=3.19145e-06;REVB=0.0241866;RO=97;SAF=38;SAR=5;SRF=80;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145368;STB=0.596943;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=5.72423e-05;OID=.;OPOS=79426579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:97:98:43:43:0.304965:5:38:80:17:5:38:80:18 chr17 79430675 . C T 158.4 PASS AF=0.253165;AO=20;DP=79;FAO=20;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.00720086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.119;QD=8.02043;RBI=0.0401582;REFB=0.00361219;REVB=0.0395073;RO=56;SAF=13;SAR=7;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784525;STB=0.547704;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.00736374;OID=.;OPOS=79430675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:56:56:20:20:0.253165:7:13:33:23:7:13:33:23 chr17 79478019 . G A 1120.78 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00743576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.858;QD=58.9882;RBI=0.0109689;REFB=-0.00302824;REVB=0.00806394;RO=1;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111316;STB=0.505746;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=2.39779e-05;OID=.;OPOS=79478019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:1:1:74:75:0.986842:42:32:0:1:43:32:0:1 chr17 79496190 . G A 565.05 PASS AF=0.479675;AO=58;DP=122;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=19;FWDB=-0.0178299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.829;QD=18.3755;RBI=0.0236965;REFB=-0.0287815;REVB=0.0156083;RO=64;SAF=36;SAR=22;SRF=45;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849;STB=0.543196;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0286549;OID=.;OPOS=79496190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:64:64:58:59:0.479675:22:36:45:19:22:37:45:19 chr17 79496289 . G A 534.84 PASS AF=0.741935;AO=46;DP=63;FAO=46;FDP=62;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.010143;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.662;QD=34.5056;RBI=0.0301951;REFB=-0.0391256;REVB=0.0284405;RO=16;SAF=22;SAR=24;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403054;STB=0.52173;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0115099;OID=.;OPOS=79496289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:16:16:46:46:0.741935:24:22:9:7:24:22:9:7 chr17 79507107 . CGGG CCGG,CGG,CGGC 93.13 PASS AF=0,0.538462,0;AO=4,4,4;DP=25;FAO=0,14,0;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=0,8,0;FSAR=0,6,0;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.191642,0.00665686,-0.133928;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=15.897,16.6608,17.5867;QD=14.3284;RBI=0.206515,0.00763786,0.137954;REFB=-0.0818029,-0.0572997,0.00563653;REVB=-0.0769532,-0.00374475,-0.0330854;RO=11;SAF=2,1,3;SAR=2,3,1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0492666,-0.328321,0.241825;STB=0.5,0.50561,0.5;STBP=1,0.987,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.0286465,0.0406126,0.0595034;OID=.,.,.;OPOS=79507108,79507108,79507110;OREF=G,G,G;OALT=C,-,C;OMAPALT=CCGG,CGG,CGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.538462,0:4,4,4:25:0,14,0:26:12:0,8,0:0,6,0:7:5:72:11:2,1,3:2,3,1:6:5 chr17 79507170 . T C 728.24 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.849;QD=63.3249;RBI=0.0472422;REFB=0;REVB=0.0471363;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79952e-05;OID=.;OPOS=79507170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:24:22:0:0 chr17 79507272 . G A 476.37 PASS AF=0.657534;AO=41;DP=69;FAO=48;FDP=73;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00347237;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.845;QD=26.1027;RBI=0.0721857;REFB=-0.0252158;REVB=0.0721022;RO=22;SAF=12;SAR=29;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015567;STB=0.511623;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0155001;OID=.;OPOS=79507272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:22:25:41:48:0.657534:29:12:6:16:34:14:8:17 chr17 79508400 . T C,G 718.12 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=49,2;DP=51;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24,2;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157119,0.0115791;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.622,140.168;QD=56.3228;RBI=0.0235853,0.01187;REFB=0,0;REVB=0.0235329,0.00261151;RO=0;SAF=24,2;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00142132,0.0281101;OID=.,.;OPOS=79508400,79508400;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:0:0:49,2:49,2:0.960784,0.0392157:25,0:24,2:0:0:25,0:24,2:0:0 chr17 79511135 . A G 254.41 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=-0.0357195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.077;QD=15.4185;RBI=0.0360318;REFB=-0.00968967;REVB=0.00473366;RO=37;SAF=15;SAR=14;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270425;STB=0.651069;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0153698;OID=.;OPOS=79511135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:14:15:29:8:14:15:29:8 chr17 79514028 . C G 120.79 PASS AF=0.301887;AO=15;DP=52;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.000266266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.401;QD=9.11648;RBI=0.0133913;REFB=-0.00797967;REVB=0.0133886;RO=34;SAF=5;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230513;STB=0.627626;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0221739;OID=.;OPOS=79514028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:34:37:15:16:0.301887:10:5:18:16:11:5:18:19 chr17 79514129 . G A 68.83 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0132678;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.859;QD=15.2947;RBI=0.0153807;REFB=-0.0529111;REVB=-0.00778018;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22915;STB=0.636033;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0402931;OID=.;OPOS=79514129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:2:7:5:4:2:7:5:4 chr17 79514832 . G A 158.66 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0111557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.068;QD=17.1526;RBI=0.0114304;REFB=-0.00637849;REVB=-0.00249107;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131045;STB=0.574991;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00586548;OID=.;OPOS=79514832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:7:10:9:11:7:10:9:11 chr17 79525118 . T G 125.41 PASS AF=0.340909;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0117362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.049;QD=11.4012;RBI=0.0174261;REFB=-0.0027051;REVB=0.0128813;RO=28;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124419;STB=0.603033;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00914667;OID=.;OPOS=79525118;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:29:14:15:0.340909:9:5:13:15:10:5:14:15 chr17 79532583 . G A 316.24 PASS AF=0.426829;AO=34;DP=81;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0257289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.168;QD=15.4263;RBI=0.0361043;REFB=-0.0289838;REVB=0.0253287;RO=47;SAF=16;SAR=18;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041083;STB=0.514278;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0345075;OID=.;OPOS=79532583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:47:47:34:35:0.426829:18:16:24:23:18:17:24:23 chr17 79555990 . C T 119.78 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.001515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.993;QD=7.98499;RBI=0.00590788;REFB=0.00335243;REVB=0.00571033;RO=43;SAF=9;SAR=8;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076204;STB=0.545934;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0109575;OID=.;OPOS=79555990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:43:17:17:0.283333:8:9:20:23:8:9:20:23 chr17 79589242 . G A 1661.21 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.057;QD=59.329;RBI=0.0259543;REFB=0.00827858;REVB=0.0227325;RO=1;SAF=47;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999396;STB=0.505262;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-3.8505e-05;OID=.;OPOS=79589242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:64:47:1:0:64:47:1:0 chr17 79596811 . C G,T 960.43 PASS AF=0.0571429,0.914286;AO=4,64;DP=70;FAO=4,64;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=1,23;FSAR=3,41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0313772,0.00499891;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=16.2741,306.377;QD=54.8817;RBI=0.0416435,0.00507851;REFB=0.0152596,-0.0769609;REVB=-0.0273798,-0.000895624;RO=1;SAF=1,23;SAR=3,41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.119989,0.0113822;STB=0.599463,0.504614;STBP=0.614,0.777;TYPE=snp,snp;VARB=0.0182489,0.000642035;OID=.,.;OPOS=79596811,79596811;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:70:70:1:2:4,64:4,64:0.0571429,0.914286:3,41:1,23:0:1:3,41:1,23:1:1 chr17 79609410 . G T 690.56 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578886;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.41;QD=62.7782;RBI=0.0580111;REFB=0;REVB=-0.00376793;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122631;OID=.;OPOS=79609410;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:23:21:0:0 chr17 79612161 . C T 1190.99 PASS AF=0.921348;AO=82;DP=89;FAO=82;FDP=89;FR=.;FRO=7;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00379597;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.11;QD=53.5274;RBI=0.0472834;REFB=0.0293722;REVB=0.0471307;RO=7;SAF=51;SAR=31;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375207;STB=0.519854;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.000338755;OID=.;OPOS=79612161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:89:89:7:7:82:82:0.921348:31:51:6:1:31:51:6:1 chr17 79612333 . G A 259.93 PASS AF=1;AO=17;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00866512;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.751;QD=51.9851;RBI=0.0761191;REFB=0;REVB=0.0756243;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018981;OID=.;OPOS=79612333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:17:20:1:7:10:0:0:7:13:0:0 chr17 79612382 . T C 134.31 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0660176;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8765;QD=44.7682;RBI=0.097107;REFB=0;REVB=0.071214;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428327;OID=.;OPOS=79612382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr17 79612397 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00197883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.309;QD=51.1844;RBI=0.00840066;REFB=0;REVB=-0.00816427;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.40729e-05;OID=.;OPOS=79612397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr17 79612413 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.91;QD=59.4349;RBI=0.024464;REFB=0;REVB=0.0208345;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46822e-05;OID=.;OPOS=79612413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr17 79612443 . T C 844.68 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.904;QD=55.3886;RBI=0.0582302;REFB=0;REVB=0.0581313;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565704;OID=.;OPOS=79612443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:61:0:0:55:61:1:25:30:0:0:28:33:0:0 chr17 79614481 . A G 418.41 PASS AF=0.967742;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0505726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.718;QD=53.9883;RBI=0.0669837;REFB=0.0750355;REVB=0.0439229;RO=1;SAF=24;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190064;STB=0.509428;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.000271205;OID=.;OPOS=79614481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:31:1:1:28:30:0.967742:4:24:1:0:4:26:1:0 chr17 79614932 . TTAAC T 336.46 PASS AF=0.9375;AO=28;DP=31;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0159967;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=4;MLLD=255.699;QD=42.0571;RBI=0.016866;REFB=0.00176494;REVB=-0.00534499;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531229;STBP=0.235;TYPE=del;VARB=-4.76957e-05;OID=.;OPOS=79614933;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9375:28:31:30:32:2:15:15:0:2:5:0:13:15:0:0 chr17 79637349 . T C 2296.06 PASS AF=1;AO=144;DP=148;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00074176;FXX=0.0270252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.258;QD=63.7796;RBI=0.0126692;REFB=0;REVB=0.0126475;RO=0;SAF=57;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.6794e-07;OID=.;OPOS=79637349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:144:0:0:144:144:1:87:57:0:0:87:57:0:0 chr17 79674000 . C T 199.76 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.0229524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.177;QD=9.51248;RBI=0.0687282;REFB=-0.0192702;REVB=0.0647824;RO=58;SAF=14;SAR=12;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773516;STB=0.54542;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0293355;OID=.;OPOS=79674000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:58:58:26:26:0.309524:12:14:35:23:12:14:35:23 chr17 79686934 . A G 253.4 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0224996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.45;QD=12.8306;RBI=0.0366671;REFB=-0.0145247;REVB=-0.0289525;RO=47;SAF=19;SAR=11;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304768;STB=0.513257;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0264164;OID=.;OPOS=79686934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:49:30:30:0.379747:11:19:31:16:11:19:32:17 chr17 79766922 . CT TC 34.96 PASS AF=0.0952381;AO=12;DP=128;FAO=12;FDP=126;FR=.;FRO=114;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=58;FSRR=56;FWDB=-0.0422034;FXX=0.0156238;HRUN=4;LEN=2;MLLD=103.508;QD=1.10984;RBI=0.0425664;REFB=-0.00615304;REVB=-0.00554705;RO=103;SAF=11;SAR=1;SRF=47;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.551184;STB=0.900144;STBP=0.009;TYPE=mnp;VARB=0.122088;OID=.;OPOS=79766922;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:128:126:103:114:12:12:0.0952381:1:11:47:56:1:11:58:56 chr17 79784100 . TGCACACACACACACACACACACAC CACACACACACACACACACACACAC,TGCACACACACACACACACACACACAC,TGCACACACACACACACACACACCT 43.99 PASS AF=0.0909091,0.454545,0;AO=2,3,2;DP=20;FAO=1,5,0;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=0,1,0;FSAR=1,4,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0548764,-0.104551,-0.127509;FXX=0.266489;HRUN=1,0,1;LEN=2,2,2;MLLD=94.2973,74.3767,124.314;QD=15.9952;RBI=0.0943843,0.149515,0.127558;REFB=-0.0694066,-0.102349,-0.0174226;REVB=0.0767918,0.106883,0.00352077;RO=7;SAF=0,0,0;SAR=2,3,2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.67228,-0.722194,-0.67228;STB=0.990101,0.726279,0.5;STBP=0.486,0.238,1;TYPE=mnp,ins,mnp;VARB=0.0667466,0.16187,0;OID=.,.,.;OPOS=79784100,79784102,79784123;OREF=TG,-,AC;OALT=CA,CA,CT;OMAPALT=CACACACACACACACACACACACAC,TGCACACACACACACACACACACACAC,TGCACACACACACACACACACACCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:20:11:7:5:2,3,2:1,5,0:0.0909091,0.454545,0:2,3,2:0,0,0:5:2:1,4,0:0,1,0:3:2 chr17 79801977 . C T 118.23 PASS AF=0.5;AO=11;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0233669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.857;QD=16.8894;RBI=0.0233727;REFB=-0.0133877;REVB=0.000524434;RO=14;SAF=10;SAR=1;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.616468;STB=0.68394;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00813811;OID=.;OPOS=79801977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:11:14:0.5:1:10:5:9:4:10:5:9 chr17 79803101 . A G 180.47 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0151509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4207;QD=16.0422;RBI=0.0152932;REFB=-0.00739391;REVB=0.00208112;RO=26;SAF=12;SAR=7;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157223;STB=0.589387;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0116269;OID=.;OPOS=79803101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:7:12:20:6:7:12:20:6 chr17 79825897 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.064;QD=53.9108;RBI=0.010469;REFB=0;REVB=-0.00937336;RO=0;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60462e-05;OID=.;OPOS=79825897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:4:20:0:0:4:20:0:0 chr17 79871703 . G A 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0335066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.113;QD=12.2757;RBI=0.0337202;REFB=-0.0303449;REVB=-0.00378951;RO=31;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500547;STB=0.519208;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0320604;OID=.;OPOS=79871703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:32:17:17:0.346939:8:9:15:16:8:9:16:16 chr17 79872241 . A G 677.39 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0344388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.383;QD=56.449;RBI=0.0353297;REFB=-0.138272;REVB=0.00788416;RO=3;SAF=25;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132117;STB=0.507039;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00101073;OID=.;OPOS=79872241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:3:3:45:45:0.9375:20:25:2:1:20:25:2:1 chr17 79880797 . G A 404.06 PASS AF=0.279412;AO=56;DP=202;FAO=57;FDP=204;FR=.;FRO=147;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=62;FSRR=85;FWDB=0.0535951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1886;QD=7.92272;RBI=0.0536059;REFB=-0.0153088;REVB=0.00107525;RO=146;SAF=33;SAR=23;SRF=63;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192147;STB=0.624447;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.040593;OID=.;OPOS=79880797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:204:146:147:56:57:0.279412:23:33:63:83:23:34:62:85 chr17 79891147 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.629;QD=59.5014;RBI=0.0159486;REFB=0;REVB=0.00329343;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89712e-05;OID=.;OPOS=79891147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:28:41:0:0:28:41:0:0 chr17 79899172 . G A 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.000973743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.8;QD=7.3276;RBI=0.0410662;REFB=-0.0198401;REVB=-0.0410546;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273308;STB=0.517198;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0511738;OID=.;OPOS=79899172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:4:4:11:10:4:4:11:10 chr17 79910595 . C T 359.41 PASS AF=0.276243;AO=50;DP=180;FAO=50;FDP=181;FR=.;FRO=131;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=58;FSRR=73;FWDB=0.00622014;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.985;QD=7.94286;RBI=0.0122478;REFB=-0.00377088;REVB=-0.0105508;RO=129;SAF=21;SAR=29;SRF=58;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368626;STB=0.516799;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0117989;OID=.;OPOS=79910595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:129:131:50:50:0.276243:29:21:58:71:29:21:58:73 chr17 79918542 . C T 304.24 PASS AF=0.260116;AO=45;DP=173;FAO=45;FDP=173;FR=.;FRO=128;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=80;FSRR=48;FWDB=0.0182166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7976;QD=7.03448;RBI=0.041979;REFB=-0.000453009;REVB=0.0378205;RO=127;SAF=23;SAR=22;SRF=80;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148686;STB=0.584587;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00291616;OID=.;OPOS=79918542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:127:128:45:45:0.260116:22:23:80:47:22:23:80:48 chr17 79918675 . CG C 46.92 PASS AF=0.292683;AO=13;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.164324;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.5233;QD=4.57803;RBI=0.195463;REFB=0.00992968;REVB=0.105847;RO=27;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270736;STB=0.641207;STBP=0.293;TYPE=del;VARB=-0.0482096;OID=.;OPOS=79918676;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292683:13:41:12:41:29:7:5:11:18:46:27:8:5:10:17 chr17 79941443 . G A 169.45 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0215337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9269;QD=16.5314;RBI=0.0597364;REFB=-0.0276694;REVB=0.0557201;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149345;STB=0.585274;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0281119;OID=.;OPOS=79941443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:9:9:8:15:9:9:8:15 chr17 80012631 . G A 204.3 PASS AF=0.396226;AO=17;DP=54;FAO=21;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=0.0394408;FXX=0.036357;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.957;QD=15.4192;RBI=0.0678405;REFB=-0.0259764;REVB=-0.0551975;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369839;STB=0.719454;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.047516;OID=.;OPOS=80012631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:23:29:17:21:0.396226:10:7:2:21:10:11:4:25 chr17 80013235 . A G 1339.72 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.332;QD=62.3127;RBI=0.034353;REFB=0;REVB=0.00885021;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.94574e-05;OID=.;OPOS=80013235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:44:42:0:0:44:42:0:0 chr17 80039481 . G A 853.63 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6708;QD=55.9758;RBI=0.0208736;REFB=-0.168575;REVB=-0.0115017;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145205;STB=0.50769;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00847815;OID=.;OPOS=80039481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:32:28:0:1:32:28:0:1 chr17 80046067 . C A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0410683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.067;QD=16.1724;RBI=0.0410742;REFB=-0.0260367;REVB=0.000694262;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.486615;STB=0.775338;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0308148;OID=.;OPOS=80046067;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:5:11:3:17:5:11:3:17 chr17 80051183 . A G 483.72 PASS AF=0.434426;AO=52;DP=121;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0026824;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.907;QD=15.8595;RBI=0.0404194;REFB=-0.00207324;REVB=-0.0403303;RO=67;SAF=22;SAR=30;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100476;STB=0.557945;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00406276;OID=.;OPOS=80051183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:67:69:52:53:0.434426:30:22:35:32:30:23:37:32 chr17 80099639 . C A 952.91 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00672204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6854;QD=58.6406;RBI=0.0465153;REFB=0;REVB=-0.046027;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000540866;OID=.;OPOS=80099639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr17 80103737 . T C 1625.72 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0396223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.952;QD=59.1172;RBI=0.0409971;REFB=0.049896;REVB=0.010528;RO=1;SAF=22;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210833;STB=0.511109;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-4.84903e-05;OID=.;OPOS=80103737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:87:22:1:0:87:22:1:0 chr17 80136418 . C T 1232.83 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0920178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0961;QD=60.1379;RBI=0.102822;REFB=-0.10007;REVB=0.0458811;RO=1;SAF=46;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101833;STB=0.505375;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00302822;OID=.;OPOS=80136418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:82:1:1:81:81:0.987805:35:46:1:0:35:46:1:0 chr17 80151881 . G A 2739.0 PASS AF=0.99435;AO=176;DP=178;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.014594;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.978;QD=61.8984;RBI=0.0445463;REFB=0.0669885;REVB=0.0420878;RO=1;SAF=98;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00483293;STB=0.502538;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-7.67918e-05;OID=.;OPOS=80151881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:177:1:1:176:176:0.99435:78:98:1:0:78:98:1:0 chr17 80159566 . T C 632.65 PASS AF=0.923077;AO=49;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0509608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8191;QD=48.6651;RBI=0.0698607;REFB=0.00664997;REVB=-0.0477861;RO=3;SAF=26;SAR=23;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512583;STB=0.537022;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0140957;OID=.;OPOS=80159566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:52:52:3:4:49:48:0.923077:23:26:3:0:23:25:4:0 chr17 80195582 . T C 677.96 PASS AF=0.928571;AO=49;DP=55;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.000563758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.455;QD=48.4254;RBI=0.0363217;REFB=-0.0927445;REVB=0.0363173;RO=4;SAF=29;SAR=20;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496101;STB=0.522152;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.001739;OID=.;OPOS=80195582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:55:56:4:4:49:52:0.928571:20:29:1:3:23:29:1:3 chr17 80280865 . G A 454.85 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00290025;FXX=0.0263123;HRUN=5;LEN=1;MLLD=153.082;QD=24.5864;RBI=0.0201351;REFB=-0.0152419;REVB=0.0199252;RO=31;SAF=20;SAR=23;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635993;STB=0.534867;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0187128;OID=.;OPOS=80280865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:23:20:17:14:23:20:17:14 chr17 80320561 . G A 310.6 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0107638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.175;QD=23.4415;RBI=0.0263432;REFB=-0.0405525;REVB=0.0240438;RO=22;SAF=15;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909561;STB=0.55009;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0251746;OID=.;OPOS=80320561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:16:15:8:14:16:15:8:14 chr17 80321075 . C A 119.03 PASS AF=0.206522;AO=19;DP=92;FAO=19;FDP=92;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.0256145;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.86;QD=5.17521;RBI=0.0316382;REFB=-0.00619029;REVB=-0.0185707;RO=73;SAF=9;SAR=10;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110317;STB=0.569404;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0253132;OID=.;OPOS=80321075;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:73:73:19:19:0.206522:10:9:41:32:10:9:41:32 chr17 80350331 . G A 937.12 PASS AF=0.519774;AO=91;DP=176;FAO=92;FDP=177;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.0274143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.454;QD=21.1778;RBI=0.0447445;REFB=-0.0184851;REVB=0.0353629;RO=85;SAF=35;SAR=56;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465429;STB=0.527568;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0179957;OID=.;OPOS=80350331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:85:85:91:92:0.519774:56:35:37:48:57:35:37:48 chr17 80361846 . C T 97.24 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0255415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.892;QD=6.17373;RBI=0.0591668;REFB=-0.0178005;REVB=-0.0533698;RO=47;SAF=8;SAR=7;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507538;STB=0.538411;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.055272;OID=.;OPOS=80361846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:47:48:15:15:0.238095:7:8:27:20:7:8:28:20 chr17 80373452 . C T 198.33 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0601519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3198;QD=13.2218;RBI=0.060852;REFB=-0.0274908;REVB=0.00920431;RO=36;SAF=16;SAR=8;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181818;STB=0.604562;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0408655;OID=.;OPOS=80373452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:8:16:18:18:8:16:18:18 chr17 80377690 . T G 102.28 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00192446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4436;QD=9.09172;RBI=0.0200257;REFB=-0.00777006;REVB=0.019933;RO=31;SAF=2;SAR=11;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27782;STB=0.66637;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0484932;OID=.;OPOS=80377690;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:32:13:13:0.288889:11:2:10:21:11:2:10:22 chr17 80391684 . A G 1153.24 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00228415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.102;QD=60.697;RBI=0.0292787;REFB=0;REVB=-0.0291895;RO=0;SAF=26;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174403;OID=.;OPOS=80391684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:50:26:0:0:50:26:0:0 chr17 80394530 . G T 453.91 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2104;QD=55.0191;RBI=0.0559428;REFB=-0.0937221;REVB=0.052518;RO=1;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444006;STB=0.523794;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00386699;OID=.;OPOS=80394530;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:10:22:0:1:10:22:0:1 chr17 80397963 . G A 125.14 PASS AF=0.684211;AO=12;DP=20;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0815863;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9059;QD=26.3451;RBI=0.0990507;REFB=0.00502787;REVB=0.0561669;RO=6;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334867;STB=0.666432;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00150735;OID=.;OPOS=80397963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:20:19:6:6:12:13:0.684211:5:7:0:6:6:7:0:6 chr17 80401541 . T G 443.37 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0266187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.735;QD=20.1533;RBI=0.0338168;REFB=-0.0109718;REVB=-0.0208571;RO=44;SAF=14;SAR=30;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907269;STB=0.550435;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0132699;OID=.;OPOS=80401541;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:30:14:18:26:30:14:18:26 chr17 80401946 . A G 91.22 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0769386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0051;QD=17.3755;RBI=0.0783538;REFB=-0.0232;REVB=0.0148244;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518484;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00791917;OID=.;OPOS=80401946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:10:10:10:11:0.52381:4:6:6:4:4:7:6:4 chr17 80439733 . C T 795.74 PASS AF=0.555556;AO=74;DP=135;FAO=75;FDP=135;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0116918;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.778;QD=23.5774;RBI=0.0149146;REFB=-0.0076569;REVB=0.00925988;RO=58;SAF=29;SAR=45;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892445;STB=0.551836;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00772768;OID=.;OPOS=80439733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:58:60:74:75:0.555556:45:29:29:29:46:29:30:30 chr17 80452592 . G C 460.62 PASS AF=0.970588;AO=31;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0849174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.812;QD=54.1905;RBI=0.0889994;REFB=-0.109261;REVB=0.0266446;RO=1;SAF=18;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252169;STB=0.512188;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00315552;OID=.;OPOS=80452592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:33:34:1:1:31:33:0.970588:13:18:1:0:13:20:1:0 chr17 80452676 . A AG 94.07 PASS AF=0.655172;AO=15;DP=31;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.229479;FXX=0.0333222;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.14085;QD=12.9752;RBI=0.280879;REFB=-0.0728919;REVB=0.161964;RO=13;SAF=11;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303438;STB=0.511616;STBP=0.892;TYPE=ins;VARB=0.0675382;OID=.;OPOS=80452677;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.655172:15:31:19:29:10:12:7:6:4:24:13:11:4:5:8 chr17 80481088 . T C 261.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.012893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.089;QD=17.1668;RBI=0.0141668;REFB=-0.0232786;REVB=-0.00587092;RO=31;SAF=8;SAR=21;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269841;STB=0.660901;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.03218;OID=.;OPOS=80481088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:32:29:29:0.47541:21:8:17:14:21:8:18:14 chr17 80559399 . C T 87.73 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0244878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.016;QD=6.88107;RBI=0.0554178;REFB=-0.0107523;REVB=-0.049714;RO=39;SAF=7;SAR=5;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553069;STB=0.534825;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0456224;OID=.;OPOS=80559399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:5:7:21:18:5:7:21:18 chr17 80585094 . C T 232.24 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0188433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.33;QD=23.8195;RBI=0.0291727;REFB=-0.0104539;REVB=-0.0222705;RO=17;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458209;STB=0.525524;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00729804;OID=.;OPOS=80585094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:9:13:11:6:9:13:11:6 chr17 80614933 . T C 556.49 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00348349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9271;QD=60.1612;RBI=0.0392316;REFB=0;REVB=-0.0390766;RO=0;SAF=29;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000484828;OID=.;OPOS=80614933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:8:29:0:0:8:29:0:0 chr17 80615040 . A C 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.325;QD=61.3752;RBI=0.0332244;REFB=0;REVB=-0.0111128;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.21063e-05;OID=.;OPOS=80615040;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:36:44:0:0:36:44:0:0 chr17 80618869 . G A 181.47 PASS AF=0.219697;AO=29;DP=133;FAO=29;FDP=132;FR=.;FRO=103;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=-0.0167507;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7108;QD=5.49902;RBI=0.0275124;REFB=-0.00257469;REVB=-0.0218254;RO=99;SAF=18;SAR=11;SRF=45;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208533;STB=0.62771;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00759826;OID=.;OPOS=80618869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:99:103:29:29:0.219697:11:18:45:54:11:18:47:56 chr17 80626104 . T C 335.39 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=35;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=6;FWDB=-0.00868509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1414;QD=16.9815;RBI=0.0187529;REFB=-0.0134241;REVB=0.0166205;RO=41;SAF=35;SAR=1;SRF=35;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4732;STB=0.77265;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0218572;OID=.;OPOS=80626104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:43:36:36:0.455696:1:35:35:6:1:35:37:6 chr17 80674643 . C G 272.47 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00466924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.04;QD=51.8996;RBI=0.0312872;REFB=0;REVB=-0.0309368;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000396313;OID=.;OPOS=80674643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr17 80696410 . A C,G 453.12 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=29,2;DP=31;FAO=30,2;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19,2;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267236,0.00059993;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.177,130.861;QD=56.6399;RBI=0.041155,0.0281477;REFB=0,0;REVB=0.0312983,0.0281413;RO=0;SAF=18,2;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00234078,0.107273;OID=.,.;OPOS=80696410,80696410;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:32:0:0:29,2:30,2:0.9375,0.0625:11,0:18,2:0:0:11,0:19,2:0:0 chr17 80700592 . T C 1530.47 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.404;QD=63.7695;RBI=0.0431731;REFB=0;REVB=0.0180427;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85151e-05;OID=.;OPOS=80700592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:49:47:0:0:49:47:0:0 chr17 80706928 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.479;QD=55.0984;RBI=0.0161208;REFB=0;REVB=0.0128757;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252767;OID=.;OPOS=80706928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:7:19:0:0:7:19:0:0 chr17 80708601 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0005456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.363;QD=51.1846;RBI=0.0113078;REFB=0;REVB=0.0112946;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14317e-05;OID=.;OPOS=80708601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr17 80828132 . G A 271.67 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0116149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.348;QD=14.685;RBI=0.0376742;REFB=-0.0201843;REVB=0.0358391;RO=43;SAF=20;SAR=11;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142004;STB=0.580709;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0206355;OID=.;OPOS=80828132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:11:20:22:21:11:20:22:21 chr17 80861345 . G A 360.09 PASS AF=0.300613;AO=49;DP=165;FAO=49;FDP=163;FR=.;FRO=114;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=63;FSRR=51;FWDB=-0.00448236;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.693;QD=8.83645;RBI=0.00598864;REFB=-0.0278999;REVB=0.00397142;RO=111;SAF=29;SAR=20;SRF=60;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623046;STB=0.528073;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0606398;OID=.;OPOS=80861345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:163:111:114:49:49:0.300613:20:29:60:51:20:29:63:51 chr17 80887451 . A G 1264.81 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.527;QD=61.6978;RBI=0.0287973;REFB=0;REVB=0.0191051;RO=1;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137211;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103151;OID=.;OPOS=80887451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:1:0:80:82:1:34:46:0:1:36:46:0:0 chr17 80895745 . T C 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.292;QD=61.8523;RBI=0.0542134;REFB=0;REVB=0.0513648;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157326;OID=.;OPOS=80895745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:39:44:0:0:39:44:0:0 chr17 80895769 . A G 1192.11 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9489;QD=60.36;RBI=0.0496438;REFB=0;REVB=-0.0478617;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436232;OID=.;OPOS=80895769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:36:41:0:0:36:43:0:0 chr17 80895933 . A G 465.27 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.257;QD=58.1589;RBI=0.0843236;REFB=0;REVB=0.0799183;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301507;OID=.;OPOS=80895933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:16:13:0:0:19:13:0:0 chr17 80899281 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00147503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.629;QD=59.0185;RBI=0.0243142;REFB=0;REVB=0.0242694;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011248;OID=.;OPOS=80899281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr17 80992932 . A C 521.34 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.0246307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.996;QD=23.4308;RBI=0.0740161;REFB=0.00384506;REVB=-0.0697976;RO=40;SAF=25;SAR=24;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177098;STB=0.596922;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00398091;OID=.;OPOS=80992932;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:40:49:49:0.550562:24:25:29:11:24:25:29:11 chr17 81006629 . C T 586.58 PASS AF=0.54;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00694775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.674;QD=23.4632;RBI=0.00731572;REFB=0.00428449;REVB=-0.00229097;RO=46;SAF=22;SAR=32;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421765;STB=0.523185;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00419307;OID=.;OPOS=81006629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:46:54:54:0.54:32:22:21:25:32:22:21:25 chr17 81043039 . A G 375.25 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.682;QD=55.5929;RBI=0.0103717;REFB=0;REVB=0.0103717;RO=1;SAF=0;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57309e-05;OID=.;OPOS=81043039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:1:0:25:27:1:25:0:0:1:27:0:0:0 chr17 81050982 . G C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.838;QD=62.671;RBI=0.0449813;REFB=0;REVB=0.03812;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241179;OID=.;OPOS=81050982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr18 47492 . G A 310.3 PASS AF=0.742857;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00142932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.053;QD=35.4631;RBI=0.011383;REFB=-0.04117;REVB=0.011293;RO=9;SAF=12;SAR=14;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443946;STB=0.52421;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0145234;OID=.;OPOS=47492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:9:9:26:26:0.742857:14:12:5:4:14:12:5:4 chr18 47649 . C T 1234.25 PASS AF=0.447917;AO=129;DP=289;FAO=129;FDP=288;FR=.;FRO=159;FSAF=73;FSAR=56;FSRF=75;FSRR=84;FWDB=-0.00812636;FXX=0.0103089;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.589;QD=17.1424;RBI=0.00845133;REFB=-0.00745722;REVB=-0.00232106;RO=149;SAF=73;SAR=56;SRF=73;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741951;STB=0.552185;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00788215;OID=.;OPOS=47649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:288:149:159:129:129:0.447917:56:73:73:76:56:73:75:84 chr18 48104 . T C 55.03 PASS AF=0.113043;AO=13;DP=115;FAO=13;FDP=115;FR=.;FRO=102;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=63;FWDB=-0.00828399;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8419;QD=1.91399;RBI=0.0905486;REFB=-0.00520706;REVB=0.0901688;RO=100;SAF=7;SAR=6;SRF=39;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18045;STB=0.636165;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0512726;OID=.;OPOS=48104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:115:115:100:102:13:13:0.113043:6:7:39:61:6:7:39:63 chr18 49034 . G A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0363317;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.565;QD=16.3859;RBI=0.0386743;REFB=-0.00598829;REVB=-0.0132556;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14199;STB=0.583142;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0048909;OID=.;OPOS=49034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:4:4:3:6:4:4 chr18 49169 . C T 141.76 PASS AF=0.823529;AO=13;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0135785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.727;QD=33.3552;RBI=0.0289113;REFB=-0.0691789;REVB=0.0255243;RO=3;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159262;STB=0.57884;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00864222;OID=.;OPOS=49169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:3:3:13:14:0.823529:7:6:0:3:8:6:0:3 chr18 49546 . G A 149.54 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.50644e-22;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.9939;QD=46.0123;RBI=0.0216098;REFB=0;REVB=-0.0216098;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000990868;OID=.;OPOS=49546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:12:0:0:0:13:0:0:0 chr18 224131 . G A 359.93 PASS AF=0.403846;AO=41;DP=101;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00791868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.965;QD=13.8435;RBI=0.016014;REFB=-0.00569296;REVB=-0.0139191;RO=60;SAF=19;SAR=22;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384846;STB=0.528479;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.010046;OID=.;OPOS=224131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:60:62:41:42:0.403846:22:19:30:30:23:19:31:31 chr18 225118 . C CGG 35.39 PASS AF=0.216667;AO=9;DP=66;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.062089;FXX=0;HRUN=7;LEN=2;MLLD=15.5192;QD=2.35917;RBI=0.0725796;REFB=0.00150197;REVB=-0.0375866;RO=48;SAF=5;SAR=4;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11851;STB=0.51161;STBP=0.941;TYPE=ins;VARB=-0.0161739;OID=.;OPOS=225119;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.216667:9:66:13:60:47:6:7:21:26:35:48:5:4:22:26 chr18 252559 . G A 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.511;QD=59.1419;RBI=0.0259084;REFB=0;REVB=-0.0185893;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20931e-06;OID=.;OPOS=252559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr18 334742 . C T 542.3 PASS AF=0.412587;AO=59;DP=143;FAO=59;FDP=143;FR=.;FRO=84;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=0.0265817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.661;QD=15.1693;RBI=0.0317162;REFB=-0.000417312;REVB=0.0173011;RO=83;SAF=23;SAR=36;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345216;STB=0.516443;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.000657762;OID=.;OPOS=334742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:83:84:59:59:0.412587:36:23:35:48:36:23:35:49 chr18 334758 . T C 2024.83 PASS AF=1;AO=128;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364777;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.378;QD=62.3024;RBI=0.0723499;REFB=0;REVB=0.0722579;RO=0;SAF=49;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33587e-05;OID=.;OPOS=334758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:128:130:1:79:49:0:0:81:49:0:0 chr18 334994 . A G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00193433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.437;QD=61.2133;RBI=0.0139016;REFB=0;REVB=0.0137664;RO=0;SAF=54;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.279e-06;OID=.;OPOS=334994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:25:54:0:0:25:54:0:0 chr18 580623 . T C 230.67 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0169544;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8551;QD=16.1871;RBI=0.0221855;REFB=-0.0147402;REVB=-0.0143088;RO=30;SAF=10;SAR=16;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870705;STB=0.555514;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.026557;OID=.;OPOS=580623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:30:31:26:26:0.45614:16:10:9:21:16:10:9:22 chr18 581201 . T A 659.89 PASS AF=0.404372;AO=72;DP=181;FAO=74;FDP=183;FR=.;FRO=109;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=59;FSRR=50;FWDB=0.0399492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0431;QD=14.4238;RBI=0.0511198;REFB=-0.00614516;REVB=0.0318951;RO=108;SAF=32;SAR=40;SRF=59;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108524;STB=0.564866;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00924349;OID=.;OPOS=581201;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:183:108:109:72:74:0.404372:40:32:59:49:42:32:59:50 chr18 581203 . TT GA 614.82 PASS AF=0.393258;AO=70;DP=182;FAO=70;FDP=178;FR=.;FRO=108;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=59;FSRR=49;FWDB=0.0109114;FXX=0.0219768;HRUN=2;LEN=2;MLLD=180.527;QD=13.8162;RBI=0.011305;REFB=-0.00261327;REVB=0.00295693;RO=108;SAF=33;SAR=37;SRF=59;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804663;STB=0.545325;STBP=0.351;TYPE=mnp;VARB=0.00339978;OID=.;OPOS=581203;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:178:108:108:70:70:0.393258:37:33:59:49:37:33:59:49 chr18 586700 . T C 301.2 PASS AF=0.4;AO=33;DP=84;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0377522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5427;QD=14.174;RBI=0.039267;REFB=-0.00999637;REVB=-0.0108014;RO=50;SAF=23;SAR=10;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241111;STB=0.628247;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0115086;OID=.;OPOS=586700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:50:51:33:34:0.4:10:23:24:26:11:23:24:27 chr18 586714 . A G 277.0 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00783726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.756;QD=13.5122;RBI=0.0081597;REFB=-0.0239251;REVB=0.00227115;RO=50;SAF=20;SAR=12;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178195;STB=0.601788;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0338816;OID=.;OPOS=586714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:12:20:23:27:12:20:23:27 chr18 586736 . C T 765.11 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0256227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.12;QD=51.8718;RBI=0.0390879;REFB=-0.0149438;REVB=-0.0295184;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526306;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0015681;OID=.;OPOS=586736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:0:3:56:56:0.949153:27:29:0:0:27:29:0:3 chr18 641426 . G A 167.9 PASS AF=0.22314;AO=27;DP=121;FAO=27;FDP=121;FR=.;FRO=94;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=59;FSRR=35;FWDB=-0.0178585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.02;QD=5.5503;RBI=0.021046;REFB=0.00205499;REVB=0.0111358;RO=93;SAF=8;SAR=19;SRF=58;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399347;STB=0.746455;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00689678;OID=.;OPOS=641426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:93:94:27:27:0.22314:19:8:58:35:19:8:59:35 chr18 658064 . G C 1623.46 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.607;QD=60.1281;RBI=0.0222441;REFB=0;REVB=-0.00183818;RO=0;SAF=55;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37445e-05;OID=.;OPOS=658064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:52:55:0:0:53:55:0:0 chr18 691266 . A G 203.22 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0168834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.118;QD=21.9697;RBI=0.0533409;REFB=-0.0278057;REVB=-0.0505984;RO=17;SAF=15;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159398;STB=0.590068;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0227056;OID=.;OPOS=691266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:5:15:10:7:5:15:10:7 chr18 706558 . C T 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0593637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.026;QD=11.7417;RBI=0.0595402;REFB=-0.0248458;REVB=0.00458008;RO=36;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716143;STB=0.541626;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0349421;OID=.;OPOS=706558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:13:8:16:20:13:8:16:20 chr18 722009 . TAA T 150.37 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00178568;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=163.802;QD=12.0296;RBI=0.0205445;REFB=-0.00164397;REVB=0.0204667;RO=26;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00659676;STB=0.509083;STBP=0.949;TYPE=del;VARB=0.00268167;OID=.;OPOS=722010;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46:23:50:23:50:27:9:14:11:16:99:26:9:14:10:16 chr18 722365 . CT CTG,TG 179.09 PASS AF=0.432432,0.0810811;AO=16,3;DP=38;FAO=16,3;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=10,0;FSAR=6,3;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0107643,-0.00377362;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,2;MLLD=163.143,142.779;QD=19.3606;RBI=0.0138301,0.0186625;REFB=0.00251511,-0.0102397;REVB=-0.00868338,0.018277;RO=19;SAF=10,0;SAR=6,3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.194019,-0.572041;STB=0.624844,0.99558;STBP=0.201,0.138;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00834942,0.0413384;OID=.,.;OPOS=722367,722365;OREF=-,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:19:18:16,3:16,3:0.432432,0.0810811:6,3:10,0:8:11:6,3:10,0:7:11 chr18 722402 . T C 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00152634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.641;QD=15.626;RBI=0.0357407;REFB=-0.0602891;REVB=0.0357081;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623899;STB=0.535925;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0535787;OID=.;OPOS=722402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:11:8:13:14:11:8:13:14 chr18 724612 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00929597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.004;QD=55.0983;RBI=0.0725179;REFB=0;REVB=0.0719197;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194744;OID=.;OPOS=724612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr18 907675 . G A 1176.88 PASS AF=0.975309;AO=77;DP=80;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0332581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2312;QD=58.1175;RBI=0.0628013;REFB=-0.153975;REVB=0.053272;RO=2;SAF=19;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472382;STB=0.523803;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00295228;OID=.;OPOS=907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:81:2:2:77:79:0.975309:58:19:2:0:59:20:2:0 chr18 2538644 . G A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0568254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0259;QD=12.2128;RBI=0.0632777;REFB=0.0163382;REVB=-0.0278377;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156584;STB=0.591793;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.0548557;OID=.;OPOS=2538644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:7:6:7:15:7:6:7:15 chr18 2539016 . C G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5049;QD=57.3855;RBI=0.057089;REFB=0;REVB=0.0532441;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362773;OID=.;OPOS=2539016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:21:36:0:0:21:36:0:0 chr18 2547500 . G T 590.82 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0135598;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.343;QD=20.0278;RBI=0.0146098;REFB=-0.00644402;REVB=0.00543854;RO=57;SAF=25;SAR=35;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978489;STB=0.558385;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00748108;OID=.;OPOS=2547500;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:57:58:60:60:0.508475:35:25:30:27:35:25:31:27 chr18 2595443 . G T 127.79 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00688211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2708;QD=8.24466;RBI=0.011877;REFB=0.000239097;REVB=0.00967987;RO=43;SAF=15;SAR=3;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432973;STB=0.771271;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.000795663;OID=.;OPOS=2595443;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:44:18:18:0.290323:3:15:22:21:3:15:22:22 chr18 2616457 . G C 1406.05 PASS AF=0.448795;AO=148;DP=329;FAO=149;FDP=332;FR=.;FRO=183;FSAF=56;FSAR=93;FSRF=78;FSRR=105;FWDB=-0.0044589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.603;QD=16.9404;RBI=0.00526029;REFB=-0.0126501;REVB=-0.00279085;RO=178;SAF=56;SAR=92;SRF=76;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502648;STB=0.529168;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0168605;OID=.;OPOS=2616457;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:332:178:183:148:149:0.448795:92:56:76:102:93:56:78:105 chr18 2705700 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9604;QD=58.0607;RBI=0.0419756;REFB=0;REVB=0.0386874;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312847;OID=.;OPOS=2705700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr18 2707619 . G A 600.66 PASS AF=0.4375;AO=63;DP=145;FAO=63;FDP=144;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=-0.0381788;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.668;QD=16.6851;RBI=0.0387288;REFB=0.00137703;REVB=-0.00650339;RO=79;SAF=32;SAR=31;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489798;STB=0.519852;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.00214146;OID=.;OPOS=2707619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:79:81:63:63:0.4375:31:32:44:35:31:32:44:37 chr18 2724930 . A T 491.63 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0116524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.199;QD=25.2118;RBI=0.0438755;REFB=-0.00183367;REVB=-0.0422999;RO=32;SAF=17;SAR=29;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148382;STB=0.581293;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00116851;OID=.;OPOS=2724930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:32:46:46:0.589744:29:17:18:14:29:17:18:14 chr18 2740714 . A G 554.23 PASS AF=0.52;AO=50;DP=98;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0500108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.806;QD=22.1693;RBI=0.0522963;REFB=-0.0130367;REVB=0.015291;RO=48;SAF=37;SAR=13;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221206;STB=0.614464;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00938945;OID=.;OPOS=2740714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:48:48:50:52:0.52:13:37:25:23:14:38:25:23 chr18 2750444 . C T 377.47 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.00980916;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.043;QD=13.9804;RBI=0.01047;REFB=-0.0074952;REVB=-0.00366093;RO=64;SAF=22;SAR=22;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114934;STB=0.564786;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0142412;OID=.;OPOS=2750444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:64:64:44:44:0.407407:22:22:25:39:22:22:25:39 chr18 2750477 . A G 266.57 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0506147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9772;QD=13.4971;RBI=0.0530569;REFB=-0.001615;REVB=0.0159117;RO=48;SAF=15;SAR=16;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495196;STB=0.528237;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00312479;OID=.;OPOS=2750477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:16:15:21:27:16:15:21:27 chr18 2763697 . C T 639.84 PASS AF=0.454545;AO=68;DP=152;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=55;FSRR=29;FWDB=-0.00606871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.988;QD=16.6191;RBI=0.0079623;REFB=-0.00743731;REVB=0.00515451;RO=83;SAF=34;SAR=34;SRF=54;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149176;STB=0.591774;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00830557;OID=.;OPOS=2763697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:83:84:68:70:0.454545:34:34:54:29:36:34:55:29 chr18 2777820 . C T 127.21 PASS AF=0.25;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.025824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.102;QD=6.69515;RBI=0.035623;REFB=-0.00551499;REVB=-0.0245381;RO=57;SAF=13;SAR=6;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138894;STB=0.585492;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0197542;OID=.;OPOS=2777820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:57:57:19:19:0.25:6:13:33:24:6:13:33:24 chr18 2778962 . G C 282.87 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.0389257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3368;QD=12.572;RBI=0.0394891;REFB=-0.0223784;REVB=0.00664685;RO=57;SAF=15;SAR=18;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137402;STB=0.578467;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0415638;OID=.;OPOS=2778962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:57:33:33:0.366667:18:15:19:38:18:15:19:38 chr18 2778979 . G T 1495.5 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.129014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5604;QD=62.3125;RBI=0.129043;REFB=0.0634351;REVB=-0.00270745;RO=1;SAF=38;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00824724;STB=0.504347;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00491546;OID=.;OPOS=2778979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:57:38:0:1:57:38:0:1 chr18 2891478 . T C 209.63 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0197874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1825;QD=18.634;RBI=0.0295319;REFB=-0.0112509;REVB=-0.0219224;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188537;STB=0.578873;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0155439;OID=.;OPOS=2891478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:20:21:0.466667:11:9:15:8:11:10:15:9 chr18 2913431 . T C 1527.25 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171196;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5788;QD=58.7404;RBI=0.0175423;REFB=-0.114185;REVB=-0.00382803;RO=1;SAF=44;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.007975;STB=0.504201;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.000576029;OID=.;OPOS=2913431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:104:1:1:103:103:0.990385:59:44:0:1:59:44:0:1 chr18 2914073 . TA T 447.6 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.9164;QD=45.9075;RBI=0.0602646;REFB=0;REVB=0.0302551;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00290811;OID=.;OPOS=2914074;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:38:39:39:0:15:24:0:0:8:0:12:24:0:0 chr18 2920288 . G A 1008.4 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.921;QD=59.3177;RBI=0.0559475;REFB=0;REVB=0.0252516;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022862;OID=.;OPOS=2920288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr18 2946163 . G A 1167.38 PASS AF=0.5;AO=116;DP=232;FAO=116;FDP=232;FR=.;FRO=116;FSAF=69;FSAR=47;FSRF=67;FSRR=49;FWDB=-0.00870229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.985;QD=20.1273;RBI=0.0106384;REFB=-0.017981;REVB=0.00611925;RO=116;SAF=69;SAR=47;SRF=67;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162292;STB=0.508911;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0179381;OID=.;OPOS=2946163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:116:116:116:116:0.5:47:69:67:49:47:69:67:49 chr18 2946291 . C T 3860.65 PASS AF=1;AO=243;DP=244;FAO=243;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029285;FXX=0.00409819;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0355;QD=63.5498;RBI=0.0365389;REFB=-0.0944478;REVB=-0.0218513;RO=1;SAF=112;SAR=131;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00423674;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231357;OID=.;OPOS=2946291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:244:243:1:0:243:243:1:131:112:1:0:131:112:0:0 chr18 3067278 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.706;QD=63.2867;RBI=0.012624;REFB=0;REVB=-0.00273682;RO=0;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57816e-05;OID=.;OPOS=3067278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:14:32:0:0:14:32:0:0 chr18 3075503 . C A,CAAA 1385.55 PASS AF=0.0449438,0.955056;AO=5,82;DP=96;FAO=4,85;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=3,52;FSAR=1,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0755017,0.00611303;FXX=0.0631512;HRUN=1,0;LEN=1,3;MLLD=59.5354,209.62;QD=62.2719;RBI=0.0862361,0.00705173;REFB=0,0;REVB=-0.0416674,-0.00351536;RO=7;SAF=4,50;SAR=1,32;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.112423,-0.0163753;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0645078,0.00046019;OID=.,.;OPOS=3075503,3075504;OREF=C,-;OALT=A,AAA;OMAPALT=A,CAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:96:89:7:0:5,82:4,85:0.0449438,0.955056:1,32:4,50:5:2:1,33:3,52:0:0 chr18 3075712 . C A 1871.89 PASS AF=0.976378;AO=124;DP=127;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00438299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3908;QD=58.9572;RBI=0.0341653;REFB=0.00508249;REVB=-0.0338829;RO=1;SAF=60;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785291;STB=0.504321;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.000928646;OID=.;OPOS=3075712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:127:127:1:3:124:124:0.976378:64:60:1:0:64:60:2:1 chr18 3168816 . G A 371.36 PASS AF=0.416667;AO=39;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00749253;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.881;QD=15.4732;RBI=0.0242761;REFB=-0.0142685;REVB=-0.0230909;RO=55;SAF=19;SAR=20;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149795;STB=0.520823;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0180645;OID=.;OPOS=3168816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:56:39:40:0.416667:20:19:26:29:20:20:26:30 chr18 3176040 . C G 458.97 PASS AF=0.511364;AO=44;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.000427463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.941;QD=20.8621;RBI=0.0017418;REFB=0.00306922;REVB=-0.00168853;RO=42;SAF=23;SAR=21;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103814;STB=0.556427;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00245895;OID=.;OPOS=3176040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:43:44:45:0.511364:21:23:17:25:22:23:17:26 chr18 3188976 . A G 856.44 PASS AF=0.470899;AO=87;DP=189;FAO=89;FDP=189;FR=.;FRO=100;FSAF=27;FSAR=62;FSRF=29;FSRR=71;FWDB=0.00753768;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.853;QD=18.1256;RBI=0.00773239;REFB=-0.0203873;REVB=-0.00172431;RO=98;SAF=25;SAR=62;SRF=29;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996086;STB=0.508422;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0165319;OID=.;OPOS=3188976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:98:100:87:89:0.470899:62:25:29:69:62:27:29:71 chr18 3256112 . A G 173.76 PASS AF=0.338235;AO=21;DP=66;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00696109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.822;QD=10.2213;RBI=0.0117164;REFB=-0.0179906;REVB=-0.00942425;RO=44;SAF=10;SAR=11;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105403;STB=0.522445;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.033435;OID=.;OPOS=3256112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:44:45:21:23:0.338235:11:10:25:19:11:12:25:20 chr18 3457675 . TTC T 152.77 PASS AF=0.32967;AO=31;DP=90;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00319514;FXX=0.0215031;HRUN=3;LEN=2;MLLD=219.227;QD=6.71527;RBI=0.00505756;REFB=-0.0178058;REVB=-0.00392045;RO=54;SAF=17;SAR=14;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739485;STB=0.527841;STBP=0.74;TYPE=del;VARB=0.0404441;OID=.;OPOS=3457676;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32967:31:90:30:91:61:16:14:30:31:99:54:17:14:26:28 chr18 3571217 . T C 1008.42 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00410006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6994;QD=59.3186;RBI=0.149129;REFB=0;REVB=0.149073;RO=1;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154913;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000760752;OID=.;OPOS=3571217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:1:0:67:68:1:30:37:0:1:31:37:0:0 chr18 3598067 . G A 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0171262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.388;QD=8.81183;RBI=0.0191754;REFB=-0.0116466;REVB=0.00862509;RO=23;SAF=1;SAR=9;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261075;STB=0.666262;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0220014;OID=.;OPOS=3598067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:9:1:5:18:9:1:5:18 chr18 3729175 . C T 512.71 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.00725812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.628;QD=20.3052;RBI=0.0402177;REFB=-0.0212155;REVB=0.0395574;RO=49;SAF=34;SAR=18;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204209;STB=0.511274;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0212851;OID=.;OPOS=3729175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:49:52:52:0.514851:18:34:31:18:18:34:31:18 chr18 5292030 . A G 1491.23 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=97;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0076459;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4326;QD=62.1344;RBI=0.0434828;REFB=-0.143496;REVB=-0.0428053;RO=2;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236911;STB=0.506328;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00129869;OID=.;OPOS=5292030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:96:2:1:94:95:0.989583:39:55:0:2:39:56:0:1 chr18 5410574 . A G 1115.64 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00796388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.07;QD=60.305;RBI=0.0208898;REFB=0;REVB=-0.0193122;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92458e-05;OID=.;OPOS=5410574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:41:32:0:0:42:32:0:0 chr18 5630531 . G A 1608.29 PASS AF=0.957265;AO=111;DP=118;FAO=112;FDP=117;FR=.;FRO=5;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0204751;FXX=0.00847386;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.75;QD=54.9842;RBI=0.0310491;REFB=-0.113854;REVB=0.0233413;RO=5;SAF=58;SAR=53;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263782;STB=0.513585;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00172106;OID=.;OPOS=5630531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:118:117:5:5:111:112:0.957265:53:58:1:4:54:58:1:4 chr18 5955911 . C T 727.53 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00603991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.253;QD=63.2631;RBI=0.0134051;REFB=0;REVB=-0.0119673;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.63577e-05;OID=.;OPOS=5955911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr18 5955932 . G A 670.03 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1028;QD=62.3287;RBI=0.0675471;REFB=0;REVB=0.0535251;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142191;OID=.;OPOS=5955932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr18 5956145 . T C 792.49 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.502;QD=54.6543;RBI=0.0348393;REFB=-0.00156577;REVB=0.029823;RO=0;SAF=42;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517235;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00013737;OID=.;OPOS=5956145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:0:1:56:57:0.982759:14:42:0:0:14:43:0:1 chr18 5956238 . C T 1135.19 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9815;QD=60.5432;RBI=0.0523596;REFB=0;REVB=-0.0513426;RO=0;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000331224;OID=.;OPOS=5956238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:28:47:0:0:28:47:0:0 chr18 5960165 . G A 2640.35 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.079;QD=62.1259;RBI=0.0200123;REFB=0;REVB=-0.00671016;RO=0;SAF=100;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.01746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.931e-06;OID=.;OPOS=5960165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:70:100:0:0:70:100:0:0 chr18 5969537 . T C 531.74 PASS AF=0.590361;AO=48;DP=81;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00905159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6802;QD=25.6258;RBI=0.032555;REFB=-0.0358487;REVB=-0.0312714;RO=33;SAF=14;SAR=34;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183815;STB=0.587119;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.024668;OID=.;OPOS=5969537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:33:34:48:49:0.590361:34:14:17:16:34:15:17:17 chr18 6046717 . T C 968.95 PASS AF=0.411321;AO=109;DP=266;FAO=109;FDP=265;FR=.;FRO=156;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=97;FSRR=59;FWDB=0.00421169;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8664;QD=14.6257;RBI=0.0190041;REFB=-0.00425498;REVB=0.0185316;RO=153;SAF=53;SAR=56;SRF=94;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133816;STB=0.579496;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00763255;OID=.;OPOS=6046717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:265:153:156:109:109:0.411321:56:53:94:59:56:53:97:59 chr18 6455000 . C T 1116.88 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.145;QD=60.3718;RBI=0.0343958;REFB=0;REVB=0.0259488;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207281;OID=.;OPOS=6455000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr18 6455037 . T C 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.776;QD=58.5998;RBI=0.0334071;REFB=0;REVB=0.0320677;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110911;OID=.;OPOS=6455037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr18 6889973 . A G 391.82 PASS AF=0.428571;AO=43;DP=103;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.00856386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.528;QD=14.9264;RBI=0.00873878;REFB=-0.0106577;REVB=-0.00173972;RO=60;SAF=19;SAR=24;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00894152;STB=0.506491;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0181023;OID=.;OPOS=6889973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:60:60:43:45:0.428571:24:19:26:34:26:19:26:34 chr18 6890434 . A G 360.52 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0106473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.779;QD=17.5863;RBI=0.0134147;REFB=-0.00898312;REVB=0.00816014;RO=44;SAF=18;SAR=20;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623844;STB=0.534865;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0131447;OID=.;OPOS=6890434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:20:18:18:26:20:18:18:26 chr18 6912143 . A C 304.07 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.016229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1818;QD=19.9388;RBI=0.0174117;REFB=0.0145475;REVB=-0.0063076;RO=29;SAF=13;SAR=19;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00667621;STB=0.503709;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.0136889;OID=.;OPOS=6912143;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:19:13:12:17:19:13:12:17 chr18 6928180 . G T 197.56 PASS AF=0.633333;AO=18;DP=29;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0373778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.105;QD=26.3417;RBI=0.0492263;REFB=0.0174892;REVB=-0.0320332;RO=11;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694283;STB=0.507035;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.0103438;OID=.;OPOS=6928180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:30:11:11:18:19:0.633333:10:8:5:6:10:9:5:6 chr18 6955526 . C T 100.43 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=36;FWDB=0.101622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.376;QD=6.69515;RBI=0.102161;REFB=-0.00844953;REVB=-0.0104729;RO=45;SAF=2;SAR=13;SRF=9;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147826;STB=0.593222;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0155387;OID=.;OPOS=6955526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:45:45:15:15:0.25:13:2:9:36:13:2:9:36 chr18 6956655 . G T 129.8 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0210736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.044;QD=7.21123;RBI=0.0212543;REFB=-0.018618;REVB=-0.00276563;RO=52;SAF=6;SAR=13;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116005;STB=0.579531;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0331507;OID=.;OPOS=6956655;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:52:53:19:19:0.263889:13:6:21:31:13:6:22:31 chr18 6980523 . T C 1087.6 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000894861;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.015;QD=58.789;RBI=0.00517297;REFB=-0.0321028;REVB=0.00509498;RO=1;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133231;STB=0.50704;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=6.46511e-06;OID=.;OPOS=6980523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:35:38:0:1:35:38:0:1 chr18 6985631 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.597;QD=57.6802;RBI=0.0662229;REFB=0;REVB=0.0256945;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656958;OID=.;OPOS=6985631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr18 7023334 . C T 38.91 PASS AF=0.194444;AO=5;DP=34;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0625988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6092;QD=4.32352;RBI=0.0824783;REFB=-0.0315541;REVB=0.0537035;RO=29;SAF=2;SAR=3;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166146;STB=0.624653;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0818191;OID=.;OPOS=7023334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:34:36:29:29:5:7:0.194444:3:2:12:17:3:4:12:17 chr18 7231492 . T C 243.43 PASS AF=0.322581;AO=29;DP=93;FAO=30;FDP=93;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0060293;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.824;QD=10.4703;RBI=0.0123907;REFB=-0.00958068;REVB=0.0108249;RO=63;SAF=16;SAR=13;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00452802;STB=0.50432;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0189106;OID=.;OPOS=7231492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:63:63:29:30:0.322581:13:16:35:28:14:16:34:29 chr18 8387195 . G A 1931.28 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263647;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.458;QD=61.8009;RBI=0.048813;REFB=0;REVB=0.0410805;RO=0;SAF=65;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122519;OID=.;OPOS=8387195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:59:65:0:0:59:66:0:0 chr18 8387219 . G C 1574.78 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276383;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8765;QD=59.9917;RBI=0.0302454;REFB=0;REVB=0.0122845;RO=0;SAF=46;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.29395e-05;OID=.;OPOS=8387219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:59:46:0:0:58:47:0:0 chr18 8471976 . A G 288.8 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0135884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6439;QD=21.0035;RBI=0.0226182;REFB=-0.00986594;REVB=0.0180814;RO=25;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491545;STB=0.527255;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00818999;OID=.;OPOS=8471976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:15:15:14:11:15:15:14:11 chr18 8783835 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.481;QD=60.9784;RBI=0.0216947;REFB=0;REVB=0.0161434;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121444;OID=.;OPOS=8783835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr18 8784370 . A G 1733.53 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00149234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.829;QD=59.7769;RBI=0.0221038;REFB=0.0664323;REVB=-0.0220534;RO=1;SAF=59;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840467;STB=0.504424;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00029257;OID=.;OPOS=8784370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:56:59:0:1:56:59:0:1 chr18 8784421 . C T 261.19 PASS AF=0.251613;AO=39;DP=155;FAO=39;FDP=155;FR=.;FRO=116;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=62;FSRR=54;FWDB=0.0179035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.135;QD=6.74032;RBI=0.0332362;REFB=-0.00110585;REVB=-0.0280019;RO=115;SAF=16;SAR=23;SRF=61;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149519;STB=0.592814;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00372583;OID=.;OPOS=8784421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:115:116:39:39:0.251613:23:16:61:54:23:16:62:54 chr18 8786117 . C A,CA,CCA 144.73 PASS AF=0,1,0;AO=4,5,2;DP=15;FAO=0,13,0;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4,0;FSAR=0,9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0832476,-0.0550519,-0.0176077;FXX=0.133244;HRUN=11,0,11;LEN=1,1,2;MLLD=254.002,274.094,272.393;QD=44.5334;RBI=0.0833655,0.055193,0.017937;REFB=0,0,0;REVB=0.0044324,0.00394456,0.00342127;RO=0;SAF=2,0,0;SAR=2,5,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.000274483,0.000592992,0.00927967;OID=.,.,.;OPOS=8786117,8786118,8786118;OREF=C,-,-;OALT=A,A,CA;OMAPALT=A,CA,CCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:15:13:0:0:4,5,2:0,13,0:0,1,0:2,5,2:2,0,0:0:0:0,9,0:0,4,0:0:0 chr18 8786354 . G A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0235249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=346.925;QD=20.2097;RBI=0.0257498;REFB=-0.0173143;REVB=-0.0104706;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696635;STB=0.539509;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.015074;OID=.;OPOS=8786354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:8:5:3:7:8:5:3:7 chr18 8809445 . G C 529.43 PASS AF=0.452381;AO=57;DP=127;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.00251;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6078;QD=16.8074;RBI=0.0124994;REFB=-0.0136089;REVB=0.0122448;RO=68;SAF=30;SAR=27;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463921;STB=0.529402;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0248082;OID=.;OPOS=8809445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:68:69:57:57:0.452381:27:30:39:29:27:30:40:29 chr18 8825192 . A G 48.56 PASS AF=0.357143;AO=4;DP=13;FAO=5;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.054416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.383;QD=13.875;RBI=0.0548771;REFB=-0.029646;REVB=0.00709908;RO=7;SAF=2;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699385;STB=0.517172;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0273895;OID=.;OPOS=8825192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:13:14:7:7:4:5:0.357143:2:2:4:3:2:3:4:3 chr18 8826083 . G C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.099;QD=56.9569;RBI=0.029477;REFB=0;REVB=0.0162861;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90405e-05;OID=.;OPOS=8826083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:18:34:0:0:18:34:0:0 chr18 9117867 . T C 677.07 PASS AF=0.475524;AO=68;DP=143;FAO=68;FDP=143;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=0.0285262;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.684;QD=18.939;RBI=0.0286773;REFB=-0.0261404;REVB=0.00293996;RO=75;SAF=28;SAR=40;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165459;STB=0.591592;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0250755;OID=.;OPOS=9117867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:75:75:68:68:0.475524:40:28:44:31:40:28:44:31 chr18 9255982 . A G 263.23 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0499979;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.1864;QD=13.4988;RBI=0.0611934;REFB=-0.0105894;REVB=-0.0352823;RO=47;SAF=13;SAR=18;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164387;STB=0.509364;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0140576;OID=.;OPOS=9255982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:18:13:19:28:18:13:19:28 chr18 9278070 . G C 453.73 PASS AF=0.483871;AO=44;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00284184;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.103;QD=19.5155;RBI=0.00637474;REFB=-0.00046185;REVB=0.00570625;RO=48;SAF=24;SAR=20;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359432;STB=0.526;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.000607407;OID=.;OPOS=9278070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:44:45:0.483871:20:24:28:20:21:24:28:20 chr18 9283697 . T C 462.73 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0219975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.968;QD=22.0349;RBI=0.0250273;REFB=-0.0196652;REVB=0.0119363;RO=39;SAF=24;SAR=21;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113964;STB=0.562674;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0146495;OID=.;OPOS=9283697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:21:24:26:13:21:24:26:13 chr18 9402174 . A G 270.75 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0219002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.424;QD=16.9217;RBI=0.0255944;REFB=-0.0105984;REVB=-0.0132459;RO=33;SAF=18;SAR=12;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245632;STB=0.644078;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0187139;OID=.;OPOS=9402174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:34:30:30:0.46875:12:18:11:22:12:18:11:23 chr18 9518126 . G A 611.57 PASS AF=0.440789;AO=67;DP=152;FAO=67;FDP=152;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=-0.00773277;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7827;QD=16.094;RBI=0.01317;REFB=-0.0148953;REVB=0.0106608;RO=84;SAF=35;SAR=32;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816274;STB=0.542038;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0169322;OID=.;OPOS=9518126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:84:85:67:67:0.440789:32:35:37:47:32:35:38:47 chr18 9562042 . C T 330.83 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0142038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.508;QD=25.4483;RBI=0.0292886;REFB=-0.00595855;REVB=-0.025614;RO=19;SAF=18;SAR=14;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096258;STB=0.562461;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00299665;OID=.;OPOS=9562042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:19:20:32:32:0.615385:14:18:8:11:14:18:8:12 chr18 9618005 . A G 501.57 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7018;QD=59.0076;RBI=0.0993595;REFB=0;REVB=0.0985281;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204258;OID=.;OPOS=9618005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr18 9618049 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.102;QD=58.5874;RBI=0.0258912;REFB=0;REVB=-0.00842643;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016208;OID=.;OPOS=9618049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr18 9887546 . G A 39.07 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0166963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.673;QD=12.0213;RBI=0.0477242;REFB=-0.061959;REVB=0.0447083;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392853;STB=0.523732;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0217232;OID=.;OPOS=9887546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:6:1:1:5:6:1 chr18 9887847 . G A 110.23 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0184259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8812;QD=14.6977;RBI=0.0790062;REFB=-0.0367514;REVB=0.0768275;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170437;STB=0.615207;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0569369;OID=.;OPOS=9887847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:17:17:12:13:0.433333:7:5:10:7:8:5:10:7 chr18 9887857 . G A 104.82 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00767165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.097;QD=10.7503;RBI=0.00789443;REFB=-0.00486654;REVB=-0.00186223;RO=26;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339943;STB=0.702816;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0106745;OID=.;OPOS=9887857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:4:9:10:16:4:9:10:16 chr18 9888069 . A G 693.37 PASS AF=0.446429;AO=75;DP=169;FAO=75;FDP=168;FR=.;FRO=93;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=57;FWDB=0.00179525;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2415;QD=16.5087;RBI=0.00679986;REFB=0.00859298;REVB=-0.00655859;RO=94;SAF=38;SAR=37;SRF=36;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123598;STB=0.566068;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.0185499;OID=.;OPOS=9888069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:94:93:75:75:0.446429:37:38:36:58:37:38:36:57 chr18 9954785 . TAAAAAAAAAT TAAAAAAAAT,TAAAAAAATAA 207.83 PASS AF=0.843137,0.156863;AO=17,4;DP=54;FAO=43,8;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=10,8;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.292941,0.111185;FXX=0.0555453;HRUN=9,9;LEN=1,3;MLLD=5.31148,21.9365;QD=16.3007;RBI=0.662133,0.190804;REFB=0.0915714,0.0882124;REVB=0.593806,0.155061;RO=18;SAF=5,4;SAR=12,0;SRF=4;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0815483,0.757217;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00769848,0.0489984;OID=.,.;OPOS=9954786,9954793;OREF=A,AAT;OALT=-,TAA;OMAPALT=TAAAAAAAAT,TAAAAAAATAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.843137,0.156863:17,4:54:43,8:51:0:10,8:33,0:0:0:40:18:5,4:12,0:4:14 chr18 9955960 . A G 365.33 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.0269409;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.352;QD=14.3265;RBI=0.0269419;REFB=-0.00107947;REVB=0.000228886;RO=59;SAF=21;SAR=21;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131919;STB=0.568595;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00191574;OID=.;OPOS=9955960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:59:60:42:42:0.411765:21:21:22:37:21:21:23:37 chr18 10454960 . C G 348.35 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0946961;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.7317;QD=53.5916;RBI=0.094697;REFB=0;REVB=0.000429476;RO=1;SAF=10;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044143;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245809;OID=.;OPOS=10454960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:1:0:25:26:1:15:10:1:0:15:11:0:0 chr18 10681711 . C T 746.98 PASS AF=0.503311;AO=73;DP=148;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=0.00397333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.89;QD=19.7875;RBI=0.00484957;REFB=-0.0133923;REVB=-0.00278047;RO=72;SAF=38;SAR=35;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118398;STB=0.562408;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.012799;OID=.;OPOS=10681711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:151:72:75:73:76:0.503311:35:38:28:44:35:41:31:44 chr18 10702024 . T C 285.26 PASS AF=0.264901;AO=40;DP=151;FAO=40;FDP=151;FR=.;FRO=111;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=62;FSRR=49;FWDB=-0.013948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.46;QD=7.55642;RBI=0.0242322;REFB=-0.00755798;REVB=-0.0198155;RO=110;SAF=22;SAR=18;SRF=62;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170051;STB=0.50636;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0206236;OID=.;OPOS=10702024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:110:111:40:40:0.264901:18:22:62:48:18:22:62:49 chr18 10740954 . C T 177.5 PASS AF=0.245455;AO=27;DP=109;FAO=27;FDP=110;FR=.;FRO=83;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=-0.0198615;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.726;QD=6.45453;RBI=0.0214294;REFB=-0.0117631;REVB=-0.00804594;RO=79;SAF=10;SAR=17;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214522;STB=0.621019;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0387705;OID=.;OPOS=10740954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:79:83:27:27:0.245455:17:10:43:36:17:10:44:39 chr18 10741011 . G A 1330.94 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000159393;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.114;QD=59.8176;RBI=0.011991;REFB=0.034833;REVB=0.0119899;RO=2;SAF=43;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215262;STB=0.511361;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.000870778;OID=.;OPOS=10741011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:44:43:2:0:44:43:2:0 chr18 10748603 . A T 205.35 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00571483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.657;QD=14.668;RBI=0.0102197;REFB=-0.00198323;REVB=-0.00847244;RO=32;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125692;STB=0.57137;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00310206;OID=.;OPOS=10748603;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:12:12:20:12:12:12:20:12 chr18 10752666 . C T 337.43 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00897842;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.076;QD=19.8491;RBI=0.0165243;REFB=0.00768104;REVB=0.0138723;RO=32;SAF=16;SAR=19;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117177;STB=0.571866;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00917683;OID=.;OPOS=10752666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:32:33:35:35:0.514706:19:16:19:13:19:16:20:13 chr18 10758023 . G A 1561.75 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=109;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00705408;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.691;QD=57.8425;RBI=0.00753579;REFB=-0.0304367;REVB=0.00265105;RO=2;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175704;STB=0.509257;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0020003;OID=.;OPOS=10758023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:109:108:2:2:106:106:0.981481:53:53:0:2:53:53:0:2 chr18 10762962 . G A 1413.94 PASS AF=0.968421;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0196739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1246;QD=59.5341;RBI=0.0538343;REFB=-0.0370375;REVB=0.0501106;RO=3;SAF=36;SAR=56;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00364323;STB=0.501923;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00821743;OID=.;OPOS=10762962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:95:3:3:92:92:0.968421:56:36:1:2:56:36:1:2 chr18 10763007 . T C 1339.73 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8226;QD=62.3132;RBI=0.0348992;REFB=0;REVB=0.0180367;RO=0;SAF=32;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.29281e-05;OID=.;OPOS=10763007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:54:32:0:0:54:32:0:0 chr18 10787047 . G A 854.13 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165366;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.828;QD=57.9069;RBI=0.016877;REFB=0;REVB=0.00337247;RO=0;SAF=40;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66415e-05;OID=.;OPOS=10787047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:19:40:0:0:19:40:0:0 chr18 11609754 . G A 278.8 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.021024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.473;QD=21.8666;RBI=0.0222335;REFB=-0.0363888;REVB=0.00723338;RO=21;SAF=19;SAR=9;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763854;STB=0.555889;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0257503;OID=.;OPOS=11609754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:23:28:28:0.54902:9:19:16:5:9:19:18:5 chr18 11609863 . G A 545.58 PASS AF=0.53271;AO=54;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00663704;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.3;QD=20.3955;RBI=0.00664058;REFB=-0.0239812;REVB=0.000216728;RO=50;SAF=37;SAR=17;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190546;STB=0.602068;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0140623;OID=.;OPOS=11609863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:50:50:54:57:0.53271:17:37:24:26:18:39:24:26 chr18 11609903 . CA GG 1731.48 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258665;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=333.745;QD=60.7537;RBI=0.0262694;REFB=0;REVB=-0.00458361;RO=0;SAF=62;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.46089e-05;OID=.;OPOS=11609903;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:52:62:0:0:52:62:0:0 chr18 11610052 . T C 337.75 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0260992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.681;QD=15.0109;RBI=0.0275239;REFB=-0.0264946;REVB=-0.00874041;RO=53;SAF=14;SAR=23;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269936;STB=0.652402;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0406945;OID=.;OPOS=11610052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:23:14:34:19:23:14:34:19 chr18 11610073 . G A 324.77 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.0346235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.336;QD=14.5965;RBI=0.0376147;REFB=-0.00167741;REVB=-0.0146997;RO=53;SAF=13;SAR=23;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290385;STB=0.664323;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00138149;OID=.;OPOS=11610073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:23:13:34:19:23:13:34:19 chr18 11610163 . G C 942.11 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=71;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00991388;FXX=0.028165;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4432;QD=54.6148;RBI=0.0143377;REFB=-0.132446;REVB=0.0103578;RO=2;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262331;STB=0.505953;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0176624;OID=.;OPOS=11610163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:69:2:3:66:66:0.956522:35:31:0:2:35:31:1:2 chr18 11610332 . G T 315.87 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0032042;FXX=0.0416623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.192;QD=13.7334;RBI=0.0137912;REFB=-0.0148214;REVB=0.0134138;RO=56;SAF=17;SAR=18;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538809;STB=0.525125;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.02645;OID=.;OPOS=11610332;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:92:56:57:35:35:0.380435:18:17:30:26:18:17:30:27 chr18 11610349 . G A 400.29 PASS AF=0.5125;AO=34;DP=73;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0851916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.9689;QD=20.0146;RBI=0.154726;REFB=-0.0389148;REVB=0.129161;RO=38;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525226;STB=0.500305;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0443364;OID=.;OPOS=11610349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:80:38:39:34:41:0.5125:16:18:18:20:21:20:19:20 chr18 11610362 . G C 48.47 PASS AF=0.131579;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.00893055;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.445;QD=2.55104;RBI=0.0127249;REFB=-0.00705843;REVB=-0.00906475;RO=66;SAF=8;SAR=2;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448061;STB=0.815715;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0351832;OID=.;OPOS=11610362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:76:76:66:66:10:10:0.131579:2:8:28:38:2:8:28:38 chr18 11610382 . C A 222.24 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0307495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6721;QD=16.462;RBI=0.032421;REFB=0.0160542;REVB=0.0102757;RO=29;SAF=8;SAR=16;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118808;STB=0.549959;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00296809;OID=.;OPOS=11610382;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:29:24:25:0.462963:16:8:13:16:16:9:13:16 chr18 11619521 . G A 43.73 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=-0.00607682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.589;QD=6.24688;RBI=0.0183484;REFB=-0.00604182;REVB=0.0173129;RO=21;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.602515;STB=0.861355;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0471128;OID=.;OPOS=11619521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:2:5:3:18:2:5:3:18 chr18 11619523 . C A 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.00389053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.224;QD=9.84392;RBI=0.00426862;REFB=-0.0105833;REVB=0.0017564;RO=20;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.637699;STB=0.872965;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0201208;OID=.;OPOS=11619523;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:2:8:3:17:2:8:3:17 chr18 11619541 . G C 61.68 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.016857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.699;QD=7.25664;RBI=0.0182657;REFB=-0.00539921;REVB=-0.00703395;RO=25;SAF=1;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51103;STB=0.831147;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00450675;OID=.;OPOS=11619541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:8:1:12:13:8:1:12:13 chr18 11619551 . TCTG TTG,TTGT,TTTG 353.81 PASS AF=0,0.0384615,0.961538;AO=8,2,16;DP=27;FAO=0,1,25;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,13;FSAR=0,0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575151,0.0580255,0.0700285;FXX=0.0370233;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=244.98,163.617,253.939;QD=54.432;RBI=0.0784503,0.078248,0.0858046;REFB=0,0,0;REVB=0.0533523,0.0524956,0.0495825;RO=0;SAF=3,2,9;SAR=5,0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-4.46938e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.00823959,0.0367311,0.0032556;OID=.,.,.;OPOS=11619552,11619552,11619552;OREF=C,CTG,C;OALT=-,TGT,T;OMAPALT=TTG,TTGT,TTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0384615,0.961538:8,2,16:27:0,1,25:26:0:0,1,13:0,0,12:0:0:6:0:3,2,9:5,0,7:0:0 chr18 11619799 . ATGT A 1362.12 PASS AF=0.969697;AO=86;DP=101;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0210728;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=3;MLLD=197.954;QD=55.0353;RBI=0.0389406;REFB=-0.032127;REVB=0.0327462;RO=3;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334073;STB=0.516126;STBP=0.086;TYPE=del;VARB=0.000733818;OID=.;OPOS=11619800;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.969697:86:101:96:99:3:51:45:0:3:6:3:45:41:0:3 chr18 11619908 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.164;QD=44.6898;RBI=0.0508117;REFB=0;REVB=0.0122913;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107414;OID=.;OPOS=11619908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:7:6:0:0 chr18 11625886 . T C 1840.89 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.122;QD=61.3628;RBI=0.0380929;REFB=0;REVB=-0.0259959;RO=0;SAF=55;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58264e-06;OID=.;OPOS=11625886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:64:55:0:0:64:56:0:0 chr18 11639356 . G C 3256.84 PASS AF=1;AO=209;DP=209;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.009;QD=62.035;RBI=0.0513899;REFB=0;REVB=0.049069;RO=0;SAF=117;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07779e-05;OID=.;OPOS=11639356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:210:0:0:209:210:1:92:117:0:0:93:117:0:0 chr18 11752495 . A G 55.31 PASS AF=0.142857;AO=11;DP=77;FAO=11;FDP=77;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.043387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1812;QD=2.87303;RBI=0.0509569;REFB=-0.00436105;REVB=-0.0267241;RO=66;SAF=5;SAR=6;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018767;STB=0.51304;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0191652;OID=.;OPOS=11752495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:77:77:66:66:11:11:0.142857:6:5:31:35:6:5:31:35 chr18 11853053 . A G 817.69 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.113;QD=57.3817;RBI=0.0280803;REFB=0;REVB=0.0198229;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99734e-05;OID=.;OPOS=11853053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:37:19:0:0:38:19:0:0 chr18 11853731 . A G 1452.97 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.068;QD=63.1726;RBI=0.0159883;REFB=0;REVB=-0.0111008;RO=0;SAF=57;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.1659e-05;OID=.;OPOS=11853731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:35:57:0:0:35:57:0:0 chr18 11876673 . C T 318.63 PASS AF=0.293706;AO=42;DP=143;FAO=42;FDP=143;FR=.;FRO=101;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=-0.00435549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.423;QD=8.91281;RBI=0.0082513;REFB=-0.00775563;REVB=-0.00700812;RO=99;SAF=28;SAR=14;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200024;STB=0.6183;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0115835;OID=.;OPOS=11876673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:99:101:42:42:0.293706:14:28:50:49:14:28:51:50 chr18 11999115 . T C 318.71 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0430328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.755;QD=20.8989;RBI=0.0451621;REFB=-0.015746;REVB=0.0137038;RO=28;SAF=15;SAR=18;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821543;STB=0.545427;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0114346;OID=.;OPOS=11999115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:18:15:10:18:18:15:10:18 chr18 12009939 . G A 289.37 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00538552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1334;QD=13.9456;RBI=0.0445432;REFB=0.00597701;REVB=0.0442165;RO=50;SAF=13;SAR=20;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155596;STB=0.588614;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.0079941;OID=.;OPOS=12009939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:20:13:27:23:20:13:27:23 chr18 12057390 . G A 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00288465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.171;QD=7.0478;RBI=0.0179718;REFB=0.0036495;REVB=-0.0177388;RO=22;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351349;STB=0.723561;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.0137421;OID=.;OPOS=12057390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:6:2:12:10:6:2:12:10 chr18 12094031 . G T 997.98 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0755529;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.0714;QD=56.2243;RBI=0.0767892;REFB=-0.10221;REVB=-0.013724;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502302;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00314368;OID=.;OPOS=12094031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:0:2:69:69:0.971831:40:29:0:0:40:29:1:1 chr18 12304091 . TA T 348.76 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260677;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=10.6153;QD=29.6816;RBI=0.064952;REFB=0;REVB=0.0594915;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00433096;OID=.;OPOS=12304092;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:17:47:47:0:17:30:0:0:8:0:10:5:0:0 chr18 12311003 . G A 433.38 PASS AF=0.316384;AO=56;DP=178;FAO=56;FDP=177;FR=.;FRO=121;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=80;FWDB=-0.0213435;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.514;QD=9.79395;RBI=0.0318291;REFB=-0.00678891;REVB=0.0236125;RO=119;SAF=21;SAR=35;SRF=40;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495581;STB=0.526708;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0119381;OID=.;OPOS=12311003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:119:121:56:56:0.316384:35:21:40:79:35:21:41:80 chr18 12449444 . C T 80.31 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0275659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8486;QD=7.47109;RBI=0.0352961;REFB=0.00542649;REVB=-0.022044;RO=32;SAF=9;SAR=2;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386257;STB=0.745848;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0175951;OID=.;OPOS=12449444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:2:9:17:15:2:9:17:15 chr18 12658600 . A G 424.18 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.006868;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=321.377;QD=18.6453;RBI=0.016559;REFB=-0.0104646;REVB=-0.0150675;RO=48;SAF=23;SAR=20;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330757;STB=0.518434;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0107158;OID=.;OPOS=12658600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:20:23:24:24:20:23:24:24 chr18 12662148 . G A 334.79 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.0149714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0874;QD=14.3997;RBI=0.0150631;REFB=-0.0025774;REVB=-0.00166039;RO=56;SAF=21;SAR=16;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122645;STB=0.569325;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00326534;OID=.;OPOS=12662148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:37:37:0.397849:16:21:38:18:16:21:38:18 chr18 12697383 . G A 250.82 PASS AF=0.313131;AO=31;DP=99;FAO=31;FDP=99;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0143171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.003;QD=10.1343;RBI=0.0179212;REFB=-0.00107685;REVB=-0.0107791;RO=68;SAF=18;SAR=13;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435847;STB=0.525531;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00176399;OID=.;OPOS=12697383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:68:68:31:31:0.313131:13:18:37:31:13:18:37:31 chr18 12718593 . A G 444.42 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0521613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5392;QD=23.0866;RBI=0.0521794;REFB=-0.000668721;REVB=0.00137417;RO=34;SAF=23;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280746;STB=0.515438;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0014682;OID=.;OPOS=12718593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:34:43:43:0.558442:20:23:17:17:20:23:17:17 chr18 12760740 . T A 353.43 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0505665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9085;QD=18.6015;RBI=0.0700939;REFB=-0.0500419;REVB=-0.0485406;RO=38;SAF=20;SAR=17;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179211;STB=0.592335;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0303564;OID=.;OPOS=12760740;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:39:37:37:0.486842:17:20:13:25:17:20:14:25 chr18 12984144 . C A 785.82 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.945;QD=64.1484;RBI=0.0244194;REFB=0;REVB=0.0116142;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.82711e-05;OID=.;OPOS=12984144;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr18 13001512 . G C 902.66 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.683;QD=58.2361;RBI=0.0249525;REFB=0;REVB=-0.00907437;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4389e-05;OID=.;OPOS=13001512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr18 13001523 . G A 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00360501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.025;QD=56.6222;RBI=0.0204976;REFB=0.0181596;REVB=0.0201781;RO=1;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017815;STB=0.509431;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000330248;OID=.;OPOS=13001523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:26:37:0:1:26:37:0:1 chr18 13056333 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.795;QD=59.1431;RBI=0.0538265;REFB=0;REVB=0.0145362;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273276;OID=.;OPOS=13056333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr18 13068132 . T C 2015.8 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606832;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.335;QD=62.5055;RBI=0.0624864;REFB=0;REVB=0.0149031;RO=0;SAF=70;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60588e-05;OID=.;OPOS=13068132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:129:0:0:125:129:1:55:70:0:0:55:74:0:0 chr18 13069782 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.376;QD=59.8391;RBI=0.0812196;REFB=0;REVB=0.0783758;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043142;OID=.;OPOS=13069782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr18 13095609 . T C 1910.8 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187849;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.381;QD=61.6386;RBI=0.0382588;REFB=0;REVB=0.0333296;RO=0;SAF=60;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23877e-05;OID=.;OPOS=13095609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:64:60:0:0:63:61:0:0 chr18 13116432 . G T 3260.64 PASS AF=1;AO=211;DP=213;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00366432;FXX=0.00938923;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.256;QD=61.8131;RBI=0.0109554;REFB=-0.0329368;REVB=-0.0103244;RO=1;SAF=100;SAR=111;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427265;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23192e-06;OID=.;OPOS=13116432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:213:211:1:0:211:211:1:111:100:0:1:111:100:0:0 chr18 14105016 . C A 137.76 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00929073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.531;QD=19.0014;RBI=0.0364351;REFB=-0.0297837;REVB=-0.0352307;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250535;STB=0.514267;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0249792;OID=.;OPOS=14105016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:9:6:6:8:9:6:6:8 chr18 14105923 . T C 1134.34 PASS AF=0.939759;AO=78;DP=83;FAO=78;FDP=83;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00987162;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=256.405;QD=54.6668;RBI=0.0099613;REFB=-0.0825578;REVB=-0.00133364;RO=3;SAF=38;SAR=40;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125755;STB=0.518834;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000249642;OID=.;OPOS=14105923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:83:83:3:5:78:78:0.939759:40:38:2:1:40:38:4:1 chr18 14105967 . T TA 94.68 PASS AF=0.347826;AO=22;DP=78;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0204735;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.8919;QD=5.48851;RBI=0.0364525;REFB=-0.000646772;REVB=0.0301598;RO=54;SAF=16;SAR=6;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324737;STB=0.63355;STBP=0.107;TYPE=ins;VARB=-0.0100269;OID=.;OPOS=14105968;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:22:78:24:69:45:16:8:21:24:94:54:16:6:25:29 chr18 14106039 . T C 374.35 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0608704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.032;QD=31.8599;RBI=0.066332;REFB=-0.0491677;REVB=0.0263577;RO=16;SAF=14;SAR=17;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887061;STB=0.504851;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0243202;OID=.;OPOS=14106039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:17:14:7:9:17:14:7:9 chr18 14186473 . T C 47.77 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0380343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.182;QD=3.67441;RBI=0.038035;REFB=0.00257051;REVB=0.000234275;RO=44;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256807;STB=0.672696;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.0334224;OID=.;OPOS=14186473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:44:44:8:8:0.153846:4:4:13:31:4:4:13:31 chr18 14186497 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.598;QD=59.4356;RBI=0.0281767;REFB=0;REVB=-0.0236819;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.32321e-05;OID=.;OPOS=14186497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr18 14187255 . A T 72.08 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0175964;FXX=0.0652032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1621;QD=6.70552;RBI=0.0331352;REFB=-0.0232753;REVB=-0.0280769;RO=33;SAF=5;SAR=5;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182456;STB=0.511605;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.065899;OID=.;OPOS=14187255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:46:43:33:33:10:10:0.232558:5:5:17:16:5:5:17:16 chr18 14187273 . C G 112.57 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0107425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.289;QD=9.18972;RBI=0.0134328;REFB=-0.00435459;REVB=-0.00806464;RO=35;SAF=8;SAR=6;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676631;STB=0.541117;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0181904;OID=.;OPOS=14187273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:6:8:18:17:6:8:18:17 chr18 14187304 . G A 92.0 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0108086;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.832;QD=6.94315;RBI=0.0128253;REFB=-0.00246467;REVB=-0.00690385;RO=40;SAF=8;SAR=5;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11157;STB=0.569624;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00722968;OID=.;OPOS=14187304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:54:53:40:40:13:13:0.245283:5:8:21:19:5:8:21:19 chr18 14187327 . T G 61.45 PASS AF=0.178571;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00357442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.881;QD=4.38934;RBI=0.0148309;REFB=0.00117348;REVB=0.0143937;RO=46;SAF=5;SAR=5;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0103847;OID=.;OPOS=14187327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:56:56:46:46:10:10:0.178571:5:5:23:23:5:5:23:23 chr18 14513678 . T G 49.22 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0150104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.619;QD=4.10171;RBI=0.0164945;REFB=-0.00337975;REVB=0.00683789;RO=40;SAF=3;SAR=5;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211041;STB=0.643974;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0164696;OID=.;OPOS=14513678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:40:40:8:8:0.166667:5:3:22:18:5:3:22:18 chr18 14524966 . T C 369.37 PASS AF=0.283333;AO=51;DP=180;FAO=51;FDP=180;FR=.;FRO=129;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=66;FSRR=63;FWDB=0.0377144;FXX=0.00552456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4074;QD=8.20813;RBI=0.0428439;REFB=-0.00381234;REVB=0.0203278;RO=128;SAF=16;SAR=35;SRF=65;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243785;STB=0.646629;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0117887;OID=.;OPOS=14524966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:128:129:51:51:0.283333:35:16:65:63:35:16:66:63 chr18 14533104 . AG AC,GC 245.03 PASS AF=0.509804,0;AO=26,2;DP=53;FAO=26,0;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=19,0;FSAR=7,0;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0105251,0.0040438;FXX=0.0377287;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=143.331,99.8809;QD=19.218;RBI=0.0160546,0.00758146;REFB=-0.00232957,-0.00591272;REVB=-0.0121233,-0.00641297;RO=25;SAF=19,2;SAR=7,0;SRF=18;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0118986,0.402785;STB=0.506662,0.5;STBP=0.963,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00223657,0;OID=.,.;OPOS=14533105,14533104;OREF=G,AG;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:25:25:26,2:26,0:0.509804,0:7,0:19,2:18:7:7,0:19,0:18:7 chr18 14537949 . A G 264.08 PASS AF=0.326733;AO=32;DP=100;FAO=33;FDP=101;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.0130399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.807;QD=10.4584;RBI=0.013067;REFB=-0.00630078;REVB=-0.000840974;RO=66;SAF=18;SAR=14;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210166;STB=0.628024;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.014523;OID=.;OPOS=14537949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:66:68:32:33:0.326733:14:18:25:41:14:19:26:42 chr18 14542648 . C A 179.0 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00404017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.294;QD=12.5615;RBI=0.00466887;REFB=-0.0156297;REVB=-0.00233995;RO=34;SAF=6;SAR=16;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167192;STB=0.590319;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0360276;OID=.;OPOS=14542648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:22:22:0.385965:16:6:14:20:16:6:14:21 chr18 14543057 . T G 338.54 PASS AF=0.435294;AO=36;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00112159;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.09;QD=15.9312;RBI=0.00720138;REFB=-0.0166171;REVB=0.0071135;RO=48;SAF=11;SAR=25;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269323;STB=0.667012;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0203762;OID=.;OPOS=14543057;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:36:37:0.435294:25:11:27:21:26:11:28:20 chr18 14543098 . C T 361.04 PASS AF=0.433333;AO=38;DP=89;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.00256209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.632;QD=16.0462;RBI=0.00313824;REFB=-0.00901712;REVB=0.00181225;RO=51;SAF=12;SAR=26;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300135;STB=0.672953;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0114894;OID=.;OPOS=14543098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:51:51:38:39:0.433333:26:12:31:20:27:12:31:20 chr18 14543139 . T C 1100.59 PASS AF=0.986667;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0266652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6681;QD=58.6984;RBI=0.05777;REFB=-0.0260534;REVB=-0.0512479;RO=1;SAF=35;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133212;STB=0.506665;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000225051;OID=.;OPOS=14543139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:75:1:1:72:74:0.986667:37:35:1:0:37:37:1:0 chr18 14752957 . G A 1380.85 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00718492;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.858;QD=62.7661;RBI=0.00746208;REFB=0;REVB=-0.00201483;RO=0;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.45058e-05;OID=.;OPOS=14752957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:54:34:0:0:54:34:0:0 chr18 14759244 . G C 1323.5 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-9.40964e-06;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.197;QD=62.2825;RBI=0.000800953;REFB=0;REVB=-0.000800898;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128973;OID=.;OPOS=14759244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:40:44:0:0:41:44:0:0 chr18 14779969 . C G 320.3 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=-0.00362475;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.619;QD=12.6852;RBI=0.00907541;REFB=-0.0132434;REVB=-0.00832011;RO=59;SAF=19;SAR=19;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136355;STB=0.594012;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0196501;OID=.;OPOS=14779969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:101:59:63:38:38:0.376238:19:19:22:37:19:19:22:41 chr18 14780024 . T C 31.9 PASS AF=0.0841121;AO=8;DP=106;FAO=9;FDP=107;FR=.;FRO=98;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=60;FWDB=0.064354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.979;QD=1.19248;RBI=0.0646356;REFB=-0.00314949;REVB=0.0060273;RO=98;SAF=1;SAR=7;SRF=38;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333547;STB=0.820217;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0379689;OID=.;OPOS=14780024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:106:107:98:98:8:9:0.0841121:7:1:38:60:8:1:38:60 chr18 14796214 . G T 260.52 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0129644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.703;QD=14.4731;RBI=0.0155045;REFB=-0.00510174;REVB=-0.0085038;RO=41;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164295;STB=0.586534;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00971848;OID=.;OPOS=14796214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:42:30:30:0.416667:12:18:18:23:12:18:19:23 chr18 14848820 . C T 277.24 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00071172;FXX=0.0677851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.119;QD=20.1628;RBI=0.00137202;REFB=-0.00147741;REVB=0.00117299;RO=24;SAF=17;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171732;STB=0.594935;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000510277;OID=.;OPOS=14848820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:55:24:26:29:29:0.527273:12:17:9:15:12:17:10:16 chr18 14848821 . G A 228.4 PASS AF=0.457627;AO=23;DP=55;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00485105;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.761;QD=15.4845;RBI=0.00490597;REFB=-0.0143296;REVB=-0.00073201;RO=29;SAF=8;SAR=15;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236222;STB=0.605519;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0174631;OID=.;OPOS=14848821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:59:29:32:23:27:0.457627:15:8:17:12:17:10:18:14 chr18 14850375 . G A 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.000968033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.495;QD=14.3346;RBI=0.0155655;REFB=-0.0117757;REVB=-0.0155354;RO=26;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107046;STB=0.562424;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0245447;OID=.;OPOS=14850375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:12:5:10:16:12:5:10:16 chr18 18529872 . A G 123.67 PASS AF=0.309091;AO=14;DP=53;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0195358;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.28;QD=8.99446;RBI=0.0321254;REFB=-0.0168041;REVB=0.0255028;RO=39;SAF=9;SAR=5;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663243;STB=0.608575;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0275469;OID=.;OPOS=18529872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:39:38:14:17:0.309091:5:9:27:12:8:9:26:12 chr18 18529880 . G A 127.8 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.0155415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.371;QD=8.24506;RBI=0.0187058;REFB=0.00475249;REVB=-0.0104101;RO=44;SAF=10;SAR=8;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184787;STB=0.609552;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.0245182;OID=.;OPOS=18529880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:44:18:18:0.290323:8:10:31:13:8:10:31:13 chr18 19034556 . T C 1694.29 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.395;QD=59.9749;RBI=0.0746409;REFB=0;REVB=-0.0130112;RO=0;SAF=48;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37569e-05;OID=.;OPOS=19034556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:110:113:1:62:48:0:0:62:51:0:0 chr18 19048751 . T G 204.39 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0122951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.84;QD=22.7103;RBI=0.025448;REFB=-0.00648687;REVB=0.0222807;RO=16;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138107;STB=0.577271;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00931313;OID=.;OPOS=19048751;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:11:9:10:6:11:9:10:6 chr18 19070219 . C T 475.13 PASS AF=0.385714;AO=53;DP=140;FAO=54;FDP=140;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.00965242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.742;QD=13.575;RBI=0.0123347;REFB=-0.00750768;REVB=0.00767952;RO=85;SAF=33;SAR=20;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142456;STB=0.576584;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0157995;OID=.;OPOS=19070219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:85:86:53:54:0.385714:20:33:42:43:21:33:42:44 chr18 19079853 . A G 1084.32 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0213173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.677;QD=58.6118;RBI=0.0248975;REFB=0.0880377;REVB=0.012863;RO=1;SAF=33;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141179;STB=0.507461;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.000308402;OID=.;OPOS=19079853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:40:33:1:0:40:33:1:0 chr18 19088404 . C T 107.22 PASS AF=0.220779;AO=17;DP=77;FAO=17;FDP=77;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=-0.00106474;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.992;QD=5.56987;RBI=0.00391204;REFB=0.00116813;REVB=0.00376436;RO=60;SAF=7;SAR=10;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290482;STB=0.679272;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00780011;OID=.;OPOS=19088404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:60:60:17:17:0.220779:10:7:39:21:10:7:39:21 chr18 19100758 . A ATCT 277.77 PASS AF=0.516667;AO=26;DP=62;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0170423;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=3;MLLD=173.647;QD=18.5177;RBI=0.0724794;REFB=-0.054596;REVB=-0.0704473;RO=31;SAF=15;SAR=11;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203183;STB=0.601238;STBP=0.135;TYPE=ins;VARB=0.0383212;OID=.;OPOS=19100759;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.516667:26:62:31:60:29:16:15:21:8:99:31:15:11:24:7 chr18 19119974 . GATATATATATATATATAT GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC 397.32 PASS AF=0.622951,0.0327869;AO=29,3;DP=59;FAO=38,2;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=18,2;FSAR=20,0;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.128889,-0.05211;FXX=0.0468677;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=62.6609,65.8988;QD=26.0539;RBI=0.136741,0.0629092;REFB=-0.12466,-0.0483628;REVB=0.0456703,0.0352436;RO=18;SAF=16,3;SAR=13,0;SRF=8;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0747791,0.625404;STB=0.516121,0.99525;STBP=0.766,0.107;TYPE=del,snp;VARB=0.083692,0.166933;OID=.,.;OPOS=19119975,19119992;OREF=AT,T;OALT=-,C;OMAPALT=GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.622951,0.0327869:29,3:59:38,2:61:21:18,2:20,0:9:12:99:18:16,3:13,0:8:10 chr18 19120652 . T C 177.45 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0194788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.86;QD=21.5095;RBI=0.0197711;REFB=0.00876949;REVB=-0.00338707;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17785;STB=0.599891;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00468036;OID=.;OPOS=19120652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:10:8:10:5:10:8:10:5 chr18 19153494 . C T 1475.69 PASS AF=0.980583;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0390356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3275;QD=57.3085;RBI=0.0399483;REFB=0.0105781;REVB=-0.00849064;RO=2;SAF=53;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00111965;STB=0.500676;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00131628;OID=.;OPOS=19153494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:103:2:2:100:101:0.980583:47:53:1:1:47:54:1:1 chr18 19153907 . G A 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0076085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.204;QD=13.0367;RBI=0.0570797;REFB=0.00061377;REVB=0.0565703;RO=30;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598383;STB=0.515678;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00078126;OID=.;OPOS=19153907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:32:18:18:0.36:10:8:15:15:10:8:15:17 chr18 19154143 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6693;QD=60.9782;RBI=0.0205084;REFB=0;REVB=-0.00858326;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000358429;OID=.;OPOS=19154143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr18 19154497 . G A 85.53 PASS AF=0.230769;AO=11;DP=51;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0150026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.389;QD=6.57956;RBI=0.0199623;REFB=-0.0033999;REVB=-0.0131687;RO=40;SAF=5;SAR=6;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176812;STB=0.638142;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00750767;OID=.;OPOS=19154497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:51:52:40:40:11:12:0.230769:6:5:24:16:7:5:24:16 chr18 19373962 . T TATG 921.9 PASS AF=1;AO=62;DP=68;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160612;FXX=0.0596926;HRUN=0;LEN=3;MLLD=249.28;QD=58.5335;RBI=0.0183629;REFB=0;REVB=-0.00890129;RO=1;SAF=25;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185094;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.48309e-05;OID=.;OPOS=19373963;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:68:63:63:0:26:37:0:0:5:1:25:37:1:0 chr18 19450386 . T C 563.53 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0071459;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.2855;QD=57.7977;RBI=0.0250775;REFB=-0.100931;REVB=0.0240378;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283818;STB=0.515144;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00255436;OID=.;OPOS=19450386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:16:22:0:1:16:22:0:1 chr18 19508949 . G A 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.005;QD=57.1987;RBI=0.0231219;REFB=0;REVB=-0.00461134;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162748;OID=.;OPOS=19508949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr18 19710668 . A C 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0134521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7422;QD=13.784;RBI=0.0419275;REFB=-0.0016495;REVB=0.0397109;RO=33;SAF=12;SAR=11;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00678824;STB=0.503885;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0038293;OID=.;OPOS=19710668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:11:12:17:16:11:12:17:16 chr18 19751161 . C T 166.02 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0531652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3261;QD=14.7573;RBI=0.0542334;REFB=-0.0188898;REVB=-0.010711;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961317;STB=0.555495;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0307715;OID=.;OPOS=19751161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:9:9:11:16:9:9:11:16 chr18 19840623 . A G 1425.05 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.029;QD=61.9588;RBI=0.0653045;REFB=-0.0600971;REVB=-0.00150626;RO=1;SAF=42;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111514;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067406;OID=.;OPOS=19840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:91:92:1:0:90:92:1:48:42:1:0:48:44:0:0 chr18 19995753 . T C 818.21 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00340516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.269;QD=57.4179;RBI=0.0121426;REFB=0;REVB=-0.0116554;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59735e-05;OID=.;OPOS=19995753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:34:22:0:0:34:23:0:0 chr18 20838286 . G T 211.14 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.111459;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4808;QD=19.1947;RBI=0.119876;REFB=-0.0175552;REVB=-0.0441281;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100971;STB=0.557321;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0131837;OID=.;OPOS=20838286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:14:7:10:13:14:7:10:13 chr18 20953720 . G A 263.97 PASS AF=0.483333;AO=28;DP=59;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0726518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9248;QD=17.5982;RBI=0.124175;REFB=0.0106266;REVB=0.100703;RO=31;SAF=7;SAR=21;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277385;STB=0.661318;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00668019;OID=.;OPOS=20953720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:31:31:28:29:0.483333:21:7:16:15:22:7:16:15 chr18 20965034 . G A 88.11 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00786827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.548;QD=14.0974;RBI=0.00808541;REFB=-0.0112264;REVB=-0.00186126;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777652;STB=0.525501;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0113858;OID=.;OPOS=20965034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:6:5:7:6:6:5:7:7 chr18 21017836 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.724;QD=59.4356;RBI=0.0195884;REFB=0;REVB=0.00816342;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267062;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85729e-05;OID=.;OPOS=21017836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:1:0:34:35:1:17:17:1:0:17:18:0:0 chr18 21100240 . C T 2306.95 PASS AF=0.987261;AO=154;DP=157;FAO=155;FDP=157;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0192305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.251;QD=58.7759;RBI=0.0248631;REFB=-0.0819642;REVB=0.0157595;RO=3;SAF=73;SAR=81;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191449;STB=0.506666;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000917143;OID=.;OPOS=21100240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:157:157:3:2:154:155:0.987261:81:73:3:0:81:74:2:0 chr18 21109250 . T C 649.76 PASS AF=1;AO=20;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.025;QD=61.8814;RBI=0.026972;REFB=0;REVB=0.0133894;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24143e-05;OID=.;OPOS=21109250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:20:42:1:10:10:0:0:19:23:0:0 chr18 21111853 . T C 513.87 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.00655034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.193;QD=21.8666;RBI=0.0172839;REFB=-0.00755864;REVB=0.0159946;RO=45;SAF=32;SAR=17;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31227;STB=0.672027;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00782841;OID=.;OPOS=21111853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:17:32:13:32:17:32:13:32 chr18 21119777 . G A 399.65 PASS AF=0.571429;AO=39;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00077135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.069;QD=22.8371;RBI=0.00366238;REFB=-0.00188141;REVB=-0.00358023;RO=30;SAF=16;SAR=23;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636614;STB=0.540661;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00149886;OID=.;OPOS=21119777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:30:39:40:0.571429:23:16:10:20:23:17:10:20 chr18 21120444 . T C 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0575188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.393;QD=19;RBI=0.0603866;REFB=0.00753012;REVB=0.0183884;RO=17;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292682;STB=0.667771;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00501709;OID=.;OPOS=21120444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:13:4:9:8:13:4:9:8 chr18 21124945 . C G 958.13 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137116;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.596;QD=58.962;RBI=0.0140062;REFB=0;REVB=-0.00285722;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09668e-05;OID=.;OPOS=21124945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr18 21140432 . T C 62.46 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0206218;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.805;QD=13.1495;RBI=0.0267045;REFB=-0.0158225;REVB=0.0169667;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795566;STB=0.547823;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0116773;OID=.;OPOS=21140432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:6:5:3:5:6:5 chr18 21413869 . T C 888.62 PASS AF=0.483871;AO=86;DP=183;FAO=90;FDP=186;FR=.;FRO=96;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=-0.00705792;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.873;QD=19.1101;RBI=0.0127349;REFB=-0.0336005;REVB=0.0106002;RO=97;SAF=45;SAR=41;SRF=41;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961718;STB=0.537626;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0385744;OID=.;OPOS=21413869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:186:97:96:86:90:0.483871:41:45:41:56:45:45:41:55 chr18 21416982 . C T 140.65 PASS AF=0.212963;AO=23;DP=108;FAO=23;FDP=108;FR=.;FRO=85;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.0407986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8806;QD=5.20938;RBI=0.0461097;REFB=0.0105013;REVB=0.0214844;RO=85;SAF=11;SAR=12;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00516608;STB=0.503223;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0357535;OID=.;OPOS=21416982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:85:85:23:23:0.212963:12:11:41:44:12:11:41:44 chr18 21437931 . G C 570.04 PASS AF=0.491667;AO=59;DP=120;FAO=59;FDP=120;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.000241356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.807;QD=19.0013;RBI=0.00100518;REFB=-0.0168641;REVB=0.000975773;RO=61;SAF=31;SAR=28;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598972;STB=0.533095;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0173792;OID=.;OPOS=21437931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:61:61:59:59:0.491667:28:31:36:25:28:31:36:25 chr18 21441717 . C T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0535773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.885;QD=10.8847;RBI=0.0539459;REFB=-0.0374146;REVB=-0.00629542;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222569;STB=0.636033;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0347271;OID=.;OPOS=21441717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:7:2:6:9:7:2:6:9 chr18 21481127 . AG A 63.96 PASS AF=0.25;AO=24;DP=88;FAO=22;FDP=88;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0842395;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.9932;QD=2.90727;RBI=0.0919576;REFB=-0.0087064;REVB=0.0368769;RO=59;SAF=13;SAR=11;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194842;STB=0.546176;STBP=0.582;TYPE=del;VARB=0.0320717;OID=.;OPOS=21481128;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:24:88:22:88:66:13:9:35:31:63:59:13:11:31:28 chr18 21481233 . C G 373.61 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0103703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.323;QD=23.3504;RBI=0.0308828;REFB=-0.0372525;REVB=0.0290896;RO=27;SAF=16;SAR=21;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665458;STB=0.536607;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0285033;OID=.;OPOS=21481233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:21:16:14:13:21:16:14:13 chr18 21511034 . C A 467.02 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0168086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5026;QD=16.8297;RBI=0.0175859;REFB=0.0302766;REVB=-0.00517057;RO=60;SAF=29;SAR=22;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00193721;STB=0.501079;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.0353476;OID=.;OPOS=21511034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:60:51:51:0.459459:22:29:34:26:22:29:34:26 chr18 21511089 . A G 1408.18 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.176;QD=60.5668;RBI=0.0502796;REFB=0;REVB=-0.0125876;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232299;OID=.;OPOS=21511089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:93:0:0:90:93:1:43:47:0:0:44:49:0:0 chr18 21513768 . C T 468.09 PASS AF=0.398496;AO=53;DP=133;FAO=53;FDP=133;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.0121826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5171;QD=14.0779;RBI=0.0125687;REFB=0.00138012;REVB=-0.00309124;RO=80;SAF=33;SAR=20;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938167;STB=0.553052;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00278827;OID=.;OPOS=21513768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:80:80:53:53:0.398496:20:33:43:37:20:33:43:37 chr18 21710321 . C T 2908.41 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137485;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.133;QD=63.2263;RBI=0.0263928;REFB=0;REVB=-0.022529;RO=0;SAF=55;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9601e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25776e-06;OID=.;OPOS=21710321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:184:0:0:184:184:1:129:55:0:0:129:55:0:0 chr18 21723133 . G A 130.01 PASS AF=0.21978;AO=20;DP=92;FAO=20;FDP=91;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0187425;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4817;QD=5.71477;RBI=0.0251044;REFB=-0.00861643;REVB=-0.0167019;RO=71;SAF=12;SAR=8;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236343;STB=0.646409;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0293783;OID=.;OPOS=21723133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:71:71:20:20:0.21978:8:12:29:42:8:12:29:42 chr18 21736933 . T G 425.71 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.00414252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.237;QD=15.3409;RBI=0.00418417;REFB=0.00368136;REVB=-0.000588934;RO=63;SAF=25;SAR=23;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352584;STB=0.519766;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00387611;OID=.;OPOS=21736933;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:63:48:48:0.432432:23:25:35:28:23:25:35:28 chr18 21739725 . T C 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0100478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.403;QD=22.3981;RBI=0.0136885;REFB=0.010583;REVB=-0.00929607;RO=19;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102074;STB=0.505716;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0086294;OID=.;OPOS=21739725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:13:9:8:11:13:9:8:11 chr18 21759055 . G C 1179.27 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.357;QD=60.4752;RBI=0.0230537;REFB=0;REVB=0.00790567;RO=0;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3417e-05;OID=.;OPOS=21759055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:29:48:0:0:30:48:0:0 chr18 21759190 . G C 374.63 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0692389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9013;QD=49.951;RBI=0.103376;REFB=-0.0129169;REVB=0.0767625;RO=1;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489106;STB=0.549963;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000764232;OID=.;OPOS=21759190;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:1:2:28:28:0.933333:9:19:0:1:9:19:0:2 chr18 21798307 . G A 366.27 PASS AF=0.333333;AO=45;DP=137;FAO=46;FDP=138;FR=.;FRO=92;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=0.00660143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.978;QD=10.6165;RBI=0.00699202;REFB=-0.00264251;REVB=-0.00230424;RO=92;SAF=21;SAR=24;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101562;STB=0.564944;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00586167;OID=.;OPOS=21798307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:92:92:45:46:0.333333:24:21:51:41:25:21:51:41 chr18 22008810 . A G 416.11 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=16;FWDB=0.00219798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.66;QD=16.9839;RBI=0.0134395;REFB=0.00669045;REVB=0.0132585;RO=54;SAF=21;SAR=22;SRF=39;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232453;STB=0.623175;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0108273;OID=.;OPOS=22008810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:55:43:43:0.438776:22:21:39:15:22:21:39:16 chr18 22020543 . C G 1539.56 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397599;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.457;QD=59.7886;RBI=0.0398898;REFB=0;REVB=-0.0032168;RO=0;SAF=41;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03859e-05;OID=.;OPOS=22020543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:61:41:0:0:61:42:0:0 chr18 22057925 . G A 30.49 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=49;FSRR=0;FWDB=0.0103953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.9178;QD=2.21725;RBI=0.0103953;REFB=-0.0599398;REVB=0;RO=49;SAF=6;SAR=0;SRF=49;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0801588;OID=.;OPOS=22057925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:49:49:6:6:0.109091:0:6:49:0:0:6:49:0 chr18 22775185 . C T 359.57 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0155781;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.233;QD=22.4728;RBI=0.0726827;REFB=-0.00600047;REVB=-0.0709936;RO=27;SAF=25;SAR=11;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315083;STB=0.653066;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00285193;OID=.;OPOS=22775185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:28:36:36:0.5625:11:25:8:19:11:25:10:18 chr18 22805996 . C T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0100575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.264;QD=11.1978;RBI=0.0276744;REFB=-0.00701587;REVB=-0.0257821;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198826;STB=0.617462;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.011328;OID=.;OPOS=22805996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:6:6:15:7:6:6:15:7 chr18 23597811 . T C 1054.54 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000961568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.592;QD=57.002;RBI=0.0353164;REFB=-0.125579;REVB=0.0353033;RO=1;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165901;STB=0.517237;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000675311;OID=.;OPOS=23597811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:1:2:72:72:0.972973:28:44:0:1:28:44:0:2 chr18 23873463 . T C 4190.84 PASS AF=1;AO=267;DP=268;FAO=267;FDP=267;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194513;FXX=0.00743467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.115;QD=62.7842;RBI=0.0245723;REFB=0;REVB=0.0150147;RO=0;SAF=113;SAR=154;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70619e-05;OID=.;OPOS=23873463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:268:267:0:0:267:267:1:154:113:0:0:154:113:0:0 chr18 23879134 . T C 272.29 PASS AF=0.846154;AO=25;DP=29;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00474022;FXX=0.103413;HRUN=10;LEN=1;MLLD=351.848;QD=41.8909;RBI=0.00677254;REFB=0.0221509;REVB=-0.00483711;RO=4;SAF=11;SAR=14;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154613;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00179241;OID=.;OPOS=23879134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:29:26:4:4:25:22:0.846154:14:11:2:2:11:11:2:2 chr18 24035399 . A G 613.28 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3652;QD=61.3281;RBI=0.0460706;REFB=0;REVB=-0.0289751;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107242;OID=.;OPOS=24035399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr18 24127731 . C T 117.61 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0139914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.318;QD=7.5876;RBI=0.015272;REFB=-0.0194573;REVB=-0.0061215;RO=43;SAF=9;SAR=8;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904691;STB=0.56806;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0377172;OID=.;OPOS=24127731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:45:17:17:0.274194:8:9:26:17:8:9:28:17 chr18 24269386 . G A 442.96 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=45;FWDB=-0.00213534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.55;QD=16.2555;RBI=0.0361997;REFB=-0.017851;REVB=-0.0361367;RO=59;SAF=23;SAR=26;SRF=14;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233525;STB=0.622998;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0130911;OID=.;OPOS=24269386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:59:60:49:49:0.449541:26:23:14:45:26:23:15:45 chr18 24445692 . C T 417.2 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.026356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.653;QD=15.4519;RBI=0.0268138;REFB=-0.0113738;REVB=0.00493384;RO=61;SAF=21;SAR=26;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124143;STB=0.506961;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0130299;OID=.;OPOS=24445692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:61:47:47:0.435185:26:21:28:33:26:21:28:33 chr18 25543387 . G A 668.47 PASS AF=0.555556;AO=64;DP=116;FAO=65;FDP=117;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0266917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.086;QD=22.8535;RBI=0.027072;REFB=-0.0240813;REVB=0.00452213;RO=52;SAF=35;SAR=29;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00894359;STB=0.508607;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0196729;OID=.;OPOS=25543387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:52:52:64:65:0.555556:29:35:29:23:30:35:29:23 chr18 25565082 . A G 2309.95 PASS AF=1;AO=151;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.719;QD=60.3908;RBI=0.0459998;REFB=0;REVB=0.0386117;RO=1;SAF=76;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00621784;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157651;OID=.;OPOS=25565082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:153:153:1:0:151:153:1:75:76:1:0:75:78:0:0 chr18 25570228 . G C 2191.72 PASS AF=0.967532;AO=149;DP=154;FAO=149;FDP=154;FR=.;FRO=5;FSAF=99;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00673908;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=275.591;QD=56.9278;RBI=0.0111783;REFB=-0.00734521;REVB=0.00891843;RO=5;SAF=99;SAR=50;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181727;STB=0.509565;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=2.00484e-05;OID=.;OPOS=25570228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:154:154:5:5:149:149:0.967532:50:99:2:3:50:99:2:3 chr18 25616451 . A T 328.77 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00094816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.17;QD=15.4716;RBI=0.00787103;REFB=-0.0132444;REVB=-0.00781371;RO=49;SAF=21;SAR=15;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963275;STB=0.554425;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0192131;OID=.;OPOS=25616451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:15:21:24:25:15:21:24:25 chr18 28570025 . G T 1693.82 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7637;QD=60.4935;RBI=0.0428509;REFB=0;REVB=0.00824023;RO=0;SAF=61;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108898;OID=.;OPOS=28570025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:50:61:0:0:50:62:0:0 chr18 28586964 . A G 1901.92 PASS AF=0.984252;AO=122;DP=124;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00421858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.011;QD=59.9031;RBI=0.0340547;REFB=-0.0031764;REVB=0.0337924;RO=2;SAF=57;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163748;STB=0.508619;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=5.79367e-05;OID=.;OPOS=28586964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:127:2:2:122:125:0.984252:65:57:2:0:68:57:2:0 chr18 28587982 . C CT,T 61.64 PASS AF=0.326531,0;AO=8,4;DP=50;FAO=16,0;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=15,0;FSAR=1,0;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.211203,-0.0961031;FXX=0.019996;HRUN=3,2;LEN=1,1;MLLD=15.3552,23.541;QD=5.03205;RBI=0.211476,0.0976614;REFB=0.00370179,0.00685486;REVB=-0.0107438,0.0173766;RO=34;SAF=7,4;SAR=1,0;SRF=17;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.496183,0.589895;STB=0.896409,0.5;STBP=0.003,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.117937,0;OID=.,.;OPOS=28587983,28587982;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:50:49:34:33:8,4:16,0:0.326531,0:1,0:7,4:17:17:1,0:15,0:16:17 chr18 28610988 . C T 1079.22 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0474218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1307;QD=56.0636;RBI=0.050148;REFB=0.0107584;REVB=-0.0163096;RO=3;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480244;STB=0.525417;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0029304;OID=.;OPOS=28610988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:3:3:74:74:0.961039:28:46:0:3:28:46:0:3 chr18 28611061 . A T 1645.1 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276156;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.15;QD=60.3706;RBI=0.0355414;REFB=0;REVB=0.0223734;RO=0;SAF=60;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341976;OID=.;OPOS=28611061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:108:109:1:48:60:0:0:48:61:0:0 chr18 28611139 . A C 637.35 PASS AF=0.907407;AO=49;DP=54;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0164189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.629;QD=47.2113;RBI=0.0176468;REFB=-0.120917;REVB=0.00646762;RO=3;SAF=16;SAR=33;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804056;STB=0.567539;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00327274;OID=.;OPOS=28611139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:54:54:3:5:49:49:0.907407:33:16:3:0:33:16:5:0 chr18 28720072 . G A 570.04 PASS AF=0.458015;AO=60;DP=131;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.00688253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.673;QD=17.4057;RBI=0.00971308;REFB=-0.00591159;REVB=0.00685381;RO=71;SAF=28;SAR=32;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803803;STB=0.544701;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00698514;OID=.;OPOS=28720072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:71:71:60:60:0.458015:32:28:39:32:32:28:39:32 chr18 28722039 . G A 537.45 PASS AF=0.51;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0812451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8262;QD=21.4979;RBI=0.0857332;REFB=0.0169538;REVB=0.0273756;RO=48;SAF=24;SAR=27;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.007556;STB=0.50943;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.0167728;OID=.;OPOS=28722039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:48:49:51:51:0.51:27:24:23:25:27:24:24:25 chr18 28722103 . T C 449.23 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0037824;FXX=0.0471654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.623;QD=17.7911;RBI=0.0329363;REFB=-0.0188348;REVB=0.0327183;RO=48;SAF=21;SAR=27;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379948;STB=0.51814;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0188795;OID=.;OPOS=28722103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:48:53:48:48:0.475248:27:21:23:25:27:21:25:28 chr18 28734749 . A G 267.66 PASS AF=0.351648;AO=31;DP=92;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=0.0193112;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.384;QD=11.7653;RBI=0.0193612;REFB=-0.0034051;REVB=0.00139117;RO=56;SAF=14;SAR=17;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149991;STB=0.589106;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00367157;OID=.;OPOS=28734749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:56:59:31:32:0.351648:17:14:18:38:18:14:18:41 chr18 28968371 . G A 873.33 PASS AF=0.421053;AO=96;DP=228;FAO=96;FDP=228;FR=.;FRO=132;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=67;FSRR=65;FWDB=-0.00406482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0881;QD=15.3216;RBI=0.0643408;REFB=0.00283458;REVB=0.0642123;RO=131;SAF=55;SAR=41;SRF=67;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642342;STB=0.538212;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00341595;OID=.;OPOS=28968371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:131:132:96:96:0.421053:41:55:67:64:41:55:67:65 chr18 28968959 . C T 1065.67 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124137;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2095;QD=60.0378;RBI=0.0249403;REFB=0;REVB=0.0216314;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93802e-05;OID=.;OPOS=28968959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr18 28986333 . A C 1029.71 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022974;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.038;QD=59.6936;RBI=0.0230779;REFB=0;REVB=-0.00218762;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54261e-05;OID=.;OPOS=28986333;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr18 28993183 . A G 376.06 PASS AF=0.75;AO=30;DP=41;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0221196;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0382;QD=37.6055;RBI=0.0228499;REFB=-0.00435999;REVB=0.0057308;RO=10;SAF=13;SAR=17;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156494;STB=0.508498;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.000789499;OID=.;OPOS=28993183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:41:40:10:10:30:30:0.75:17:13:4:6:17:13:4:6 chr18 28993501 . C A 279.59 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0537613;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.8088;QD=48.624;RBI=0.0601668;REFB=-0.100534;REVB=-0.0270141;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523788;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00325425;OID=.;OPOS=28993501;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:0:1:22:22:0.956522:10:12:0:0:10:12:0:1 chr18 29055957 . A G 1803.89 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00649414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6501;QD=61.1487;RBI=0.0418361;REFB=0;REVB=0.041329;RO=0;SAF=64;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160449;OID=.;OPOS=29055957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:54:64:0:0:54:64:0:0 chr18 29104698 . C T 346.81 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.02856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.694;QD=22.3749;RBI=0.0367118;REFB=-0.000548069;REVB=0.0230669;RO=26;SAF=13;SAR=22;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729862;STB=0.549971;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.000281062;OID=.;OPOS=29104698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:27:35:35:0.564516:22:13:12:14:22:13:13:14 chr18 29122799 . G A 168.44 PASS AF=0.607143;AO=12;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0231826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.671;QD=24.0625;RBI=0.0512434;REFB=-0.0214994;REVB=0.0456996;RO=11;SAF=11;SAR=1;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.708749;STB=0.764394;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0169337;OID=.;OPOS=29122799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:12:17:0.607143:1:11:1:10:4:13:1:10 chr18 29126670 . T C 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00142259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.998;QD=21.227;RBI=0.00964409;REFB=-0.00620828;REVB=0.00953859;RO=24;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541011;STB=0.530006;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00651486;OID=.;OPOS=29126670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:14:15:14:10:14:15:14:10 chr18 29339910 . G T 301.19 PASS AF=0.958333;AO=24;DP=25;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0307208;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.26;QD=50.1979;RBI=0.0312704;REFB=-0.19113;REVB=-0.00583699;RO=1;SAF=7;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616508;STB=0.538427;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00167391;OID=.;OPOS=29339910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:24:1:1:24:23:0.958333:17:7:1:0:17:6:1:0 chr18 29410479 . T A 394.62 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.00573803;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.277;QD=19.7308;RBI=0.0333358;REFB=-0.00922713;REVB=0.0328382;RO=40;SAF=15;SAR=25;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267062;STB=0.648075;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0117144;OID=.;OPOS=29410479;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:25:15:27:13:25:15:27:13 chr18 29497573 . A G 1525.7 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.287;QD=59.8312;RBI=0.0294207;REFB=0;REVB=0.0207183;RO=0;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57337e-05;OID=.;OPOS=29497573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:48:54:0:0:48:54:0:0 chr18 29598847 . C T 427.13 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00640205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.079;QD=24.7613;RBI=0.0162494;REFB=-0.030766;REVB=0.014935;RO=27;SAF=22;SAR=19;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120104;STB=0.558111;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0195193;OID=.;OPOS=29598847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:28:41:41:0.594203:19:22:10:17:19:22:11:17 chr18 29710880 . A AAG,G 1241.85 PASS AF=0.836066,0;AO=86,14;DP=123;FAO=102,0;FDP=122;FR=.;FRO=20;FSAF=50,0;FSAR=52,0;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0216007,0.0222768;FXX=0.00812942;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=303.514,161.136;QD=40.7163;RBI=0.0229327,0.0223212;REFB=-0.019238,-0.00932034;REVB=0.00770165,-0.00140748;RO=20;SAF=46,2;SAR=40,12;SRF=15;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0770572,-0.61237;STB=0.542528,0.5;STBP=0.027,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00903982,0;OID=.,.;OPOS=29710881,29710880;OREF=-,A;OALT=AG,G;OMAPALT=AAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:20:20:86,14:102,0:0.836066,0:40,12:46,2:15:5:52,0:50,0:15:5 chr18 29795076 . T A,C 1518.27 PASS AF=0.0412371,0.958763;AO=4,93;DP=97;FAO=4,93;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=3,40;FSAR=1,53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00077069,0.00269464;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.723,189.491;QD=62.6091;RBI=0.00792141,0.0263584;REFB=0,0;REVB=0.00788383,0.0262203;RO=0;SAF=3,40;SAR=1,53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,4.92821e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.044663,-0.00155508;OID=.,.;OPOS=29795076,29795076;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:97:97:0:0:4,93:4,93:0.0412371,0.958763:1,53:3,40:0:0:1,53:3,40:0:0 chr18 29795101 . T C 1612.97 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.963;QD=64.5187;RBI=0.073712;REFB=0;REVB=0.0724083;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88491e-05;OID=.;OPOS=29795101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:100:0:0:91:100:1:48:43:0:0:57:43:0:0 chr18 29847632 . C T 66.01 PASS AF=0.115108;AO=16;DP=139;FAO=16;FDP=139;FR=.;FRO=123;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=62;FWDB=0.0557124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7702;QD=1.89967;RBI=0.0558135;REFB=0.00698116;REVB=0.00335636;RO=123;SAF=7;SAR=9;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716698;STB=0.551784;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.0495951;OID=.;OPOS=29847632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:139:139:123:123:16:16:0.115108:9:7:61:62:9:7:61:62 chr18 30349691 . C T 396.93 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0032537;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.209;QD=23.0106;RBI=0.00398494;REFB=-0.012339;REVB=0.00230068;RO=28;SAF=15;SAR=24;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629294;STB=0.522133;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00947778;OID=.;OPOS=30349691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:28:30:39:39:0.565217:24:15:13:15:24:15:13:17 chr18 30804756 . C T 1227.35 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9094;QD=61.3675;RBI=0.102699;REFB=0;REVB=-0.0911919;RO=0;SAF=56;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104312;OID=.;OPOS=30804756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:23:56:0:0:23:57:0:0 chr18 30846895 . A T 1674.89 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.854;QD=59.8174;RBI=0.0404125;REFB=0;REVB=-0.0329844;RO=0;SAF=57;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38166e-05;OID=.;OPOS=30846895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:112:0:0:104:112:1:47:57:0:0:49:63:0:0 chr18 30908047 . A T 131.24 PASS AF=0.470588;AO=5;DP=24;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0150099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.281;QD=15.4405;RBI=0.0417277;REFB=-0.0057148;REVB=0.0389346;RO=16;SAF=5;SAR=0;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.656709;STB=0.512696;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00341195;OID=.;OPOS=30908047;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:34:16:18:5:16:0.470588:0:5:11:5:5:11:12:6 chr18 31320229 . A G 1124.71 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0487899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5736;QD=58.4266;RBI=0.0583683;REFB=-0.173388;REVB=0.0320374;RO=1;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101759;STB=0.505262;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00340753;OID=.;OPOS=31320229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:75:76:0.987013:46:29:0:1:47:29:0:1 chr18 31324878 . C A 98.42 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0162505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.831;QD=7.71957;RBI=0.0240416;REFB=-0.0152042;REVB=-0.0177178;RO=37;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190693;STB=0.605812;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0495896;OID=.;OPOS=31324878;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:37:38:13:13:0.254902:6:7:14:23:6:7:15:23 chr18 31324934 . A G 819.29 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5069;QD=55.5451;RBI=0.0219393;REFB=-0.120596;REVB=0.00141013;RO=1;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116494;STB=0.506171;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00133999;OID=.;OPOS=31324934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:40:18:0:1:40:18:0:1 chr18 31803074 . C A 256.96 PASS AF=0.276923;AO=36;DP=130;FAO=36;FDP=130;FR=.;FRO=94;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=59;FSRR=35;FWDB=-0.00823654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.538;QD=7.90632;RBI=0.00897784;REFB=-0.00883741;REVB=-0.00357225;RO=94;SAF=20;SAR=16;SRF=59;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903438;STB=0.553386;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0207743;OID=.;OPOS=31803074;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:94:94:36:36:0.276923:16:20:59:35:16:20:59:35 chr18 32470291 . G A 204.59 PASS AF=0.284211;AO=27;DP=95;FAO=27;FDP=95;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=0.0119425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0032;QD=8.61418;RBI=0.0323453;REFB=-0.00660984;REVB=-0.0300599;RO=68;SAF=17;SAR=10;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351677;STB=0.502091;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0147786;OID=.;OPOS=32470291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:68:68:27:27:0.284211:10:17:43:25:10:17:43:25 chr18 32721078 . C T 235.58 PASS AF=0.45;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.091194;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1427;QD=15.705;RBI=0.0913872;REFB=-0.0436896;REVB=-0.00593781;RO=33;SAF=16;SAR=10;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131143;STB=0.581688;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0574427;OID=.;OPOS=32721078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:33:26:27:0.45:10:16:16:17:10:17:16:17 chr18 33647254 . A C 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.026;QD=62.3465;RBI=0.0321035;REFB=0;REVB=-0.0138819;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28899e-05;OID=.;OPOS=33647254;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr18 33694120 . G A 548.98 PASS AF=0.467742;AO=57;DP=123;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=0.0198118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.497;QD=17.7091;RBI=0.0211305;REFB=-0.00842784;REVB=-0.00734795;RO=66;SAF=34;SAR=23;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040344;STB=0.527768;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00967306;OID=.;OPOS=33694120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:66:66:57:58:0.467742:23:34:42:24:24:34:42:24 chr18 33702162 . G A 326.42 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.00825156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.691;QD=17.4093;RBI=0.0103919;REFB=0.0011909;REVB=-0.00631692;RO=35;SAF=19;SAR=16;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131257;STB=0.571833;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000912904;OID=.;OPOS=33702162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:35:40:35:35:0.466667:16:19:24:11:16:19:27:13 chr18 33706614 . C G 1975.37 PASS AF=0.992248;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0128378;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.808;QD=61.2517;RBI=0.0516349;REFB=0.0942274;REVB=0.0500136;RO=0;SAF=61;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22321e-08;STB=0.503703;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.000129806;OID=.;OPOS=33706614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:129:0:1:127:128:0.992248:66:61:0:0:67:61:0:1 chr18 33713287 . T A 614.27 PASS AF=0.480916;AO=63;DP=131;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0203879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2163;QD=18.7564;RBI=0.0205508;REFB=-0.0338969;REVB=-0.00258258;RO=68;SAF=25;SAR=38;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084852;STB=0.547019;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0362657;OID=.;OPOS=33713287;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:68:68:63:63:0.480916:38:25:33:35:38:25:33:35 chr18 33718326 . A C 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00238999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.968;QD=17.0948;RBI=0.0127435;REFB=0.0027546;REVB=-0.0125174;RO=41;SAF=18;SAR=17;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214838;STB=0.512041;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.00319845;OID=.;OPOS=33718326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:17:18:22:19:17:18:22:19 chr18 33719434 . C T 285.78 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0180259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1532;QD=13.1394;RBI=0.0236255;REFB=-0.00502251;REVB=-0.0152718;RO=54;SAF=12;SAR=21;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292938;STB=0.516768;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00853046;OID=.;OPOS=33719434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:54:33:33:0.37931:21:12:21:33:21:12:21:33 chr18 33725931 . G A 562.76 PASS AF=0.504348;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0149294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6385;QD=19.5741;RBI=0.0382148;REFB=-0.00840331;REVB=-0.0351778;RO=57;SAF=20;SAR=38;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169423;STB=0.593717;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0114191;OID=.;OPOS=33725931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:57:57:58:58:0.504348:38:20:30:27:38:20:30:27 chr18 33750046 . C T 649.62 PASS AF=0.457516;AO=70;DP=153;FAO=70;FDP=153;FR=.;FRO=83;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.00329904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0556;QD=16.9835;RBI=0.100119;REFB=-0.0446712;REVB=-0.100064;RO=81;SAF=44;SAR=26;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169016;STB=0.600654;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0518617;OID=.;OPOS=33750046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:81:83:70:70:0.457516:26:44:37:44:26:44:37:46 chr18 33754507 . A G 474.54 PASS AF=0.628571;AO=44;DP=70;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0231117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9249;QD=27.1166;RBI=0.0231414;REFB=-0.00209457;REVB=-0.00117253;RO=26;SAF=23;SAR=21;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107456;STB=0.505857;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00166016;OID=.;OPOS=33754507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:26:26:44:44:0.628571:21:23:14:12:21:23:14:12 chr18 33779821 . C A 1552.74 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00586472;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.586;QD=64.0304;RBI=0.0347491;REFB=0;REVB=-0.0342506;RO=0;SAF=56;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256487;OID=.;OPOS=33779821;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:41:56:0:0:41:56:0:0 chr18 33779855 . C T 267.83 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.00150493;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.878;QD=13.7349;RBI=0.0169357;REFB=-0.0035647;REVB=0.0168687;RO=47;SAF=18;SAR=13;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398009;STB=0.522654;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00417141;OID=.;OPOS=33779855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:13:18:29:18:13:18:29:18 chr18 33779896 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.756;QD=57.8848;RBI=0.0400403;REFB=0;REVB=-0.00309855;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36298e-05;OID=.;OPOS=33779896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:22:38:0:0:22:38:0:0 chr18 33780020 . A G 1030.0 PASS AF=1;AO=60;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5181;QD=58.8573;RBI=0.0136606;REFB=0;REVB=0.0127074;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48509e-05;OID=.;OPOS=33780020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:60:70:1:35:25:0:0:37:33:0:0 chr18 33780021 . C G 37.0 PASS AF=0.112676;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0579769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.5093;QD=2.08451;RBI=0.0622087;REFB=-0.023468;REVB=-0.0225523;RO=63;SAF=6;SAR=2;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371164;STB=0.774849;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0323633;OID=.;OPOS=33780021;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:71:71:63:63:8:8:0.112676:2:6:27:36:2:6:27:36 chr18 33785093 . G A 571.7 PASS AF=0.58427;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00290108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.823;QD=25.6945;RBI=0.0158257;REFB=-0.0155629;REVB=0.0155576;RO=37;SAF=23;SAR=29;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13589;STB=0.574229;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0104206;OID=.;OPOS=33785093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:37:37:52:52:0.58427:29:23:23:14:29:23:23:14 chr18 33785138 . C T 169.39 PASS AF=0.244898;AO=24;DP=99;FAO=24;FDP=98;FR=.;FRO=74;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.00841584;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.236;QD=6.91397;RBI=0.0397906;REFB=-0.00523124;REVB=-0.0388904;RO=74;SAF=13;SAR=11;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683388;STB=0.541632;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00947154;OID=.;OPOS=33785138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:74:74:24:24:0.244898:11:13:36:38:11:13:36:38 chr18 33785185 . A G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00635687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.384;QD=57.3847;RBI=0.0173302;REFB=0;REVB=-0.0161223;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12719e-05;OID=.;OPOS=33785185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr18 33831189 . C A 588.27 PASS AF=0.517241;AO=59;DP=113;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0215352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6531;QD=20.2852;RBI=0.0572814;REFB=-0.0118731;REVB=-0.0530792;RO=54;SAF=30;SAR=29;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735863;STB=0.508618;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.01124;OID=.;OPOS=33831189;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:116:54:56:59:60:0.517241:29:30:27:27:30:30:27:29 chr18 34267141 . G T 113.36 PASS AF=0.216867;AO=18;DP=83;FAO=18;FDP=83;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.000170231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.618;QD=5.46295;RBI=0.0168333;REFB=-0.00394956;REVB=-0.0168324;RO=65;SAF=7;SAR=11;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927041;STB=0.558233;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0138876;OID=.;OPOS=34267141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:65:65:18:18:0.216867:11:7:30:35:11:7:30:35 chr18 34398914 . C T 278.85 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0289807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3132;QD=21.8705;RBI=0.030505;REFB=0.00357494;REVB=0.0095224;RO=23;SAF=9;SAR=19;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632387;STB=0.535186;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00290557;OID=.;OPOS=34398914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:19:9:9:14:19:9:9:14 chr18 34824547 . T G 170.73 PASS AF=0.264706;AO=22;DP=99;FAO=27;FDP=102;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=-0.0109374;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=49.3038;QD=6.69535;RBI=0.0249317;REFB=-0.0416369;REVB=-0.0224046;RO=39;SAF=18;SAR=4;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259063;STB=0.733132;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0420062;OID=.;OPOS=34824547;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:39:75:22:27:0.264706:4:18:25:14:4:23:46:29 chr18 34850846 . G A 119.38 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0561827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.996;QD=14.0452;RBI=0.0561827;REFB=-0.0216326;REVB=-7.52305e-05;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697263;STB=0.557438;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0357762;OID=.;OPOS=34850846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:20:13:14:0.411765:5:8:11:9:5:9:11:9 chr18 34854795 . G A 66.76 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00117694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.988;QD=12.717;RBI=0.0736215;REFB=-0.00299223;REVB=0.0736121;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202897;STB=0.644834;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0142295;OID=.;OPOS=34854795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:6:3:6:5:6:3:7:5 chr18 39613900 . G A 202.87 PASS AF=0.27551;AO=27;DP=98;FAO=27;FDP=98;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0165668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.021;QD=8.28021;RBI=0.0165834;REFB=-0.000825371;REVB=-0.000741725;RO=71;SAF=13;SAR=14;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139247;STB=0.508315;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00238932;OID=.;OPOS=39613900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:71:71:27:27:0.27551:14:13:35:36:14:13:35:36 chr18 39761310 . A G 802.93 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.487;QD=55.3744;RBI=0.0214289;REFB=-0.0378122;REVB=0.00730503;RO=1;SAF=17;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269172;STB=0.512816;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000207567;OID=.;OPOS=39761310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:55:57:0.982759:38:17:1:0:38:19:1:0 chr18 39761342 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.038;QD=63.2866;RBI=0.0239173;REFB=0;REVB=0.00101839;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.4431e-05;OID=.;OPOS=39761342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr18 40323497 . G T 372.32 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.479;QD=55.1584;RBI=0.00308831;REFB=0;REVB=-0.00222813;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2774e-07;OID=.;OPOS=40323497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:7:19:0:0:7:20:0:0 chr18 40857245 . AT A 60.79 PASS AF=0.286885;AO=35;DP=123;FAO=35;FDP=122;FR=.;FRO=87;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=-0.101658;FXX=0.00812942;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.65658;QD=1.99318;RBI=0.190488;REFB=-0.0548507;REVB=0.161094;RO=76;SAF=21;SAR=14;SRF=41;SRR=35;SSEN=0.5;SSEP=0;SSSB=0.072598;STB=0.581404;STBP=0.287;TYPE=del;VARB=0.0143702;OID=.;OPOS=40857246;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.286885:35:123:35:122:87:22:13:45:42:60:76:21:14:41:35 chr18 41412126 . A G 50.08 PASS AF=0.163265;AO=6;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0262163;FXX=0.019996;HRUN=7;LEN=1;MLLD=121.159;QD=4.08781;RBI=0.026255;REFB=-0.00865582;REVB=-0.00142534;RO=40;SAF=6;SAR=0;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.622482;STB=0.801671;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.121767;OID=.;OPOS=41412126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:49:49:40:41:6:8:0.163265:0:6:23:17:1:7:24:17 chr18 42456653 . G A 143.49 PASS AF=0.31746;AO=19;DP=62;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.0832043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1555;QD=9.11042;RBI=0.0833919;REFB=-0.0177898;REVB=-0.00558994;RO=43;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116906;STB=0.588958;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0140753;OID=.;OPOS=42456653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:43:43:19:20:0.31746:12:7:12:31:12:8:12:31 chr18 42456670 . C CTCTT,T 187.7 PASS AF=0.275362,0.0869565;AO=19,6;DP=69;FAO=19,6;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=7,2;FSAR=12,4;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0222496,-0.00308959;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=4,1;MLLD=231.837,79.121;QD=10.881;RBI=0.0278703,0.00423825;REFB=-0.017234,-0.00949521;REVB=-0.0167841,0.00290125;RO=44;SAF=7,2;SAR=12,4;SRF=14;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0647475,0.0201199;STB=0.538422,0.515102;STBP=0.734,0.949;TYPE=ins,snp;VARB=0.0471204,0.0665018;OID=.,.;OPOS=42456671,42456670;OREF=-,C;OALT=TCTT,T;OMAPALT=CTCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:19,6:19,6:0.275362,0.0869565:12,4:7,2:14:30:12,4:7,2:14:30 chr18 42532606 . G A 712.77 PASS AF=0.539062;AO=69;DP=126;FAO=69;FDP=128;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0236512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.738;QD=22.274;RBI=0.0241702;REFB=-0.00518386;REVB=0.00498187;RO=57;SAF=36;SAR=33;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126325;STB=0.560578;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00381914;OID=.;OPOS=42532606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:57:59:69:69:0.539062:33:36:21:36:33:36:23:36 chr18 42532693 . C A 315.54 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00177753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.979;QD=25.2429;RBI=0.0288161;REFB=0.0134315;REVB=0.0287612;RO=22;SAF=12;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158147;STB=0.508766;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.00986635;OID=.;OPOS=42532693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:16:12:9:13:16:12:9:13 chr18 42533130 . A G 1259.49 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00228318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.113;QD=61.4387;RBI=0.054852;REFB=0;REVB=0.0548044;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011151;OID=.;OPOS=42533130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:35:46:0:0:36:46:0:0 chr18 43206985 . A G 2197.75 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.002;QD=63.2447;RBI=0.0126952;REFB=0;REVB=-0.00248951;RO=0;SAF=55;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55853e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4372e-06;OID=.;OPOS=43206985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:84:55:0:0:84:55:0:0 chr18 43252883 . G A 466.29 PASS AF=0.47619;AO=49;DP=104;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0193854;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.761;QD=17.7636;RBI=0.025084;REFB=0.0128093;REVB=0.0159189;RO=51;SAF=29;SAR=20;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165572;STB=0.584599;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.0139958;OID=.;OPOS=43252883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:51:55:49:50:0.47619:20:29:21:30:21:29:23:32 chr18 43262359 . G A 218.92 PASS AF=0.287129;AO=29;DP=101;FAO=29;FDP=101;FR=.;FRO=72;FSAF=3;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=47;FWDB=-0.0389377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5454;QD=8.67027;RBI=0.0466913;REFB=-0.0241865;REVB=-0.0257669;RO=72;SAF=3;SAR=26;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436656;STB=0.768514;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0574621;OID=.;OPOS=43262359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:72:72:29:29:0.287129:26:3:25:47:26:3:25:47 chr18 43307246 . C T 228.12 PASS AF=0.48;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0026923;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.478;QD=18.2495;RBI=0.0668995;REFB=-0.018014;REVB=-0.0668453;RO=26;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187882;STB=0.605971;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0122219;OID=.;OPOS=43307246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:26:26:24:24:0.48:9:15:11:15:9:15:11:15 chr18 43307338 . C A 329.95 PASS AF=0.576271;AO=31;DP=56;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00402595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.865;QD=22.3698;RBI=0.0251478;REFB=-0.041279;REVB=0.0248235;RO=25;SAF=16;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354459;STB=0.513018;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0337945;OID=.;OPOS=43307338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:25:25:31:34:0.576271:15:16:14:11:16:18:14:11 chr18 43310415 . G A 271.95 PASS AF=0.396226;AO=17;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0249156;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.1;QD=20.5248;RBI=0.0425574;REFB=-0.0593778;REVB=0.0345014;RO=23;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37192;STB=0.740519;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0602048;OID=.;OPOS=43310415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:24:17:21:0.396226:6:11:6:17:6:15:6:18 chr18 43311054 . G A 350.07 PASS AF=0.281609;AO=49;DP=174;FAO=49;FDP=174;FR=.;FRO=125;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=73;FSRR=52;FWDB=-0.00413225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.866;QD=8.04753;RBI=0.0060705;REFB=-0.00168132;REVB=0.00444696;RO=125;SAF=25;SAR=24;SRF=73;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904161;STB=0.55313;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00453483;OID=.;OPOS=43311054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:125:125:49:49:0.281609:24:25:73:52:24:25:73:52 chr18 43316538 . A G 1171.42 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.504;QD=60.8528;RBI=0.04316;REFB=0;REVB=0.0184487;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33608e-05;OID=.;OPOS=43316538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:48:28:0:0:49:28:0:0 chr18 43319519 . G A 323.88 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0141704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6611;QD=17.046;RBI=0.0148526;REFB=0.00239077;REVB=0.0044498;RO=41;SAF=14;SAR=21;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849166;STB=0.54746;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00494054;OID=.;OPOS=43319519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:21:14:13:28:21:14:13:28 chr18 43416974 . T A 211.39 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00528253;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.529;QD=18.79;RBI=0.00806251;REFB=-0.0120858;REVB=-0.00609089;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677185;STB=0.538425;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0107293;OID=.;OPOS=43416974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:12:9:12:12:12:9:12:12 chr18 43420177 . G A 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0267958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.198;QD=10.5424;RBI=0.0283243;REFB=-0.0114992;REVB=-0.00917867;RO=20;SAF=3;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401147;STB=0.726859;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0201473;OID=.;OPOS=43420177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:20:21:11:11:0.34375:8:3:13:7:8:3:13:8 chr18 43440239 . G A 279.19 PASS AF=0.290076;AO=38;DP=131;FAO=38;FDP=131;FR=.;FRO=93;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=60;FWDB=0.0169061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9838;QD=8.52502;RBI=0.0173303;REFB=-0.00685527;REVB=-0.0038108;RO=93;SAF=17;SAR=21;SRF=33;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114915;STB=0.567333;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0166516;OID=.;OPOS=43440239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:93:93:38:38:0.290076:21:17:33:60:21:17:33:60 chr18 43464657 . G A 550.97 PASS AF=0.539216;AO=51;DP=98;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0091494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.116;QD=21.6067;RBI=0.033686;REFB=-0.035924;REVB=0.0324196;RO=46;SAF=22;SAR=29;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782717;STB=0.551981;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0216482;OID=.;OPOS=43464657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:46:47:51:55:0.539216:29:22:24:22:33:22:24:23 chr18 43481075 . G A 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0119595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.169;QD=24.493;RBI=0.0346321;REFB=-0.0125968;REVB=0.0325016;RO=13;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578375;STB=0.508372;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00929596;OID=.;OPOS=43481075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:15:21:21:0.583333:13:8:6:7:13:8:6:9 chr18 43490602 . G A 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00808915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.152;QD=19.44;RBI=0.0126786;REFB=-0.000853419;REVB=0.00976283;RO=29;SAF=21;SAR=10;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021879;STB=0.512187;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000761868;OID=.;OPOS=43490602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:10:21:19:10:10:21:19:10 chr18 43497710 . A G 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.014294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.038;QD=16.1561;RBI=0.0146349;REFB=-0.0107703;REVB=0.00314032;RO=18;SAF=9;SAR=18;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939938;STB=0.62781;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0121483;OID=.;OPOS=43497710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:18:32:27:27:0.457627:18:9:4:14:18:9:18:14 chr18 43563677 . T C 358.75 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0549683;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.313;QD=16.8823;RBI=0.0549748;REFB=-0.0156728;REVB=0.000850143;RO=46;SAF=22;SAR=16;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299662;STB=0.521728;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0204217;OID=.;OPOS=43563677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:46:47:38:38:0.447059:16:22:28:18:16:22:29:18 chr18 43565380 . A G 279.21 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.0105272;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.493;QD=16.1862;RBI=0.0237537;REFB=-0.00764574;REVB=0.0212936;RO=38;SAF=18;SAR=12;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117472;STB=0.558103;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0111322;OID=.;OPOS=43565380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:30:31:0.449275:12:18:27:11:12:19:27:11 chr18 43565399 . C A 261.65 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.0124401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.265;QD=14.7408;RBI=0.0167208;REFB=-0.00740874;REVB=0.0111727;RO=41;SAF=17;SAR=13;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20431;STB=0.614708;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00684816;OID=.;OPOS=43565399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:13:17:31:10:13:17:31:10 chr18 43568717 . T C 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.000822701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.937;QD=25.4293;RBI=0.00629815;REFB=0.00103301;REVB=0.00624419;RO=15;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261134;STB=0.645434;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0010848;OID=.;OPOS=43568717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:15:7:10:5:15:7:10:5 chr18 43701587 . G A 165.69 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00538088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.271;QD=11.4267;RBI=0.021643;REFB=-0.0167866;REVB=-0.0209634;RO=37;SAF=10;SAR=11;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129463;STB=0.575093;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0288116;OID=.;OPOS=43701587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:11:10:22:15:11:10:22:15 chr18 43795894 . C T 191.26 PASS AF=0.25;AO=29;DP=116;FAO=29;FDP=116;FR=.;FRO=87;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.000295921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.576;QD=6.59507;RBI=0.015758;REFB=-0.00480146;REVB=0.0157552;RO=86;SAF=18;SAR=11;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137289;STB=0.587605;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0116261;OID=.;OPOS=43795894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:86:87:29:29:0.25:11:18:44:42:11:18:44:43 chr18 43833701 . T TCTG 425.75 PASS AF=0.37037;AO=50;DP=135;FAO=50;FDP=135;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=0.00418092;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=265.615;QD=12.6149;RBI=0.00418604;REFB=0.00220976;REVB=-0.000207033;RO=85;SAF=25;SAR=25;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123861;STB=0.570343;STBP=0.25;TYPE=ins;VARB=-0.0036708;OID=.;OPOS=43833702;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:50:135:50:135:85:25:25:33:52:99:85:25:25:33:52 chr18 43843736 . T G 708.33 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4232;QD=62.9623;RBI=0.06628;REFB=0;REVB=0.0608983;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013423;OID=.;OPOS=43843736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr18 44040660 . T C 1525.59 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6161;QD=59.827;RBI=0.0336453;REFB=0;REVB=0.0254638;RO=0;SAF=43;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78223e-06;OID=.;OPOS=44040660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:59:43:0:0:59:43:0:0 chr18 44087535 . G A 591.47 PASS AF=0.45;AO=62;DP=139;FAO=63;FDP=140;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.00959428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2814;QD=16.8992;RBI=0.0207414;REFB=0.00341215;REVB=0.018389;RO=77;SAF=31;SAR=31;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193565;STB=0.515071;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.00231825;OID=.;OPOS=44087535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:77:77:62:63:0.45:31:31:40:37:32:31:40:37 chr18 44104691 . C T 369.41 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.00103408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.939;QD=16.9844;RBI=0.0821807;REFB=-0.0164216;REVB=0.0821742;RO=48;SAF=22;SAR=17;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403209;STB=0.522592;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0207186;OID=.;OPOS=44104691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:17:22:29:19:17:22:29:19 chr18 44555312 . G C 41.13 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00906383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.531;QD=16.4535;RBI=0.0271396;REFB=-0.045205;REVB=-0.0255814;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279564;STB=0.66611;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0231687;OID=.;OPOS=44555312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:2:4:1:3:2:4:1:3 chr18 44559470 . C T 186.47 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00824012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.953;QD=10.6552;RBI=0.0125683;REFB=-0.0320111;REVB=-0.00949008;RO=45;SAF=12;SAR=12;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622878;STB=0.542822;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0352465;OID=.;OPOS=44559470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:46:24:24:0.342857:12:12:25:20:12:12:26:20 chr18 44561136 . C T 107.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0464625;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.287;QD=10.7392;RBI=0.0466613;REFB=-0.0322255;REVB=0.00430237;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1922;STB=0.615207;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0365034;OID=.;OPOS=44561136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:27:27:13:13:0.325:8:5:15:12:8:5:15:12 chr18 44561242 . C T 154.04 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0356668;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.039;QD=13.6925;RBI=0.0369246;REFB=-0.0272406;REVB=-0.00955521;RO=28;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102001;STB=0.535478;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0843244;OID=.;OPOS=44561242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:28:28:17:17:0.377778:10:7:9:19:10:7:10:18 chr18 44561955 . C G 313.24 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00336647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.801;QD=19.5777;RBI=0.00401431;REFB=-0.00674063;REVB=-0.00218669;RO=30;SAF=13;SAR=20;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350409;STB=0.512813;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00556099;OID=.;OPOS=44561955;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:31:33:33:0.515625:20:13:13:17:20:13:13:18 chr18 44610718 . T C 463.12 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00700921;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=292.609;QD=17.4762;RBI=0.0215647;REFB=-0.00974752;REVB=-0.0203938;RO=54;SAF=34;SAR=16;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161637;STB=0.601244;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0106349;OID=.;OPOS=44610718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:56:50:50:0.471698:16:34:28:26:16:34:28:28 chr18 44682459 . CAGCT C 156.58 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.010883;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=4;MLLD=250.874;QD=14.9125;RBI=0.0360997;REFB=-0.0121846;REVB=-0.0344202;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556242;STB=0.532126;STBP=0.732;TYPE=del;VARB=0.0161577;OID=.;OPOS=44682460;OREF=AGCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404762:17:44:17:42:25:10:7:16:9:99:25:10:7:16:9 chr18 44682490 . A G 286.01 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0110373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.336;QD=22.0006;RBI=0.014349;REFB=-0.0305468;REVB=0.009169;RO=23;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383817;STB=0.521262;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0239866;OID=.;OPOS=44682490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:14:15:13:10:14:15:13:10 chr18 44757387 . GA G 180.45 PASS AF=0.316384;AO=57;DP=178;FAO=56;FDP=177;FR=.;FRO=121;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=63;FSRR=58;FWDB=-0.0761068;FXX=0.00561766;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.1574;QD=4.07794;RBI=0.0768387;REFB=0.0073966;REVB=0.0105805;RO=107;SAF=34;SAR=23;SRF=54;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106007;STB=0.522641;STBP=0.666;TYPE=del;VARB=-0.0257878;OID=.;OPOS=44757388;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.316384:57:178:56:177:121:31:25:63:58:99:107:34:23:54:53 chr18 44760901 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0615988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1063;QD=16.9315;RBI=0.0800679;REFB=0.00171927;REVB=-0.0511513;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784743;STB=0.545377;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.00593835;OID=.;OPOS=44760901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:8:4:5:7:8:4:5:7 chr18 45359459 . C A 231.14 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00929512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.2966;QD=16.5098;RBI=0.0286472;REFB=-0.00807466;REVB=-0.0270972;RO=30;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204458;STB=0.615296;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0161656;OID=.;OPOS=45359459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:10:16:12:18:10:16:12:18 chr18 45555829 . T C 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00936416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9983;QD=15.1958;RBI=0.0553123;REFB=-0.0206778;REVB=-0.0545138;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158093;STB=0.590811;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0215056;OID=.;OPOS=45555829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:9:9:9:17:9:9:9:17 chr18 45566276 . G A 240.41 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00720848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.929;QD=28.2832;RBI=0.0332365;REFB=-0.0200165;REVB=0.0324454;RO=12;SAF=8;SAR=14;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210425;STB=0.511617;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00999896;OID=.;OPOS=45566276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:14:8:4:8:14:8:4:8 chr18 45567152 . G A 144.4 PASS AF=0.25;AO=21;DP=85;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0231781;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.143;QD=6.87637;RBI=0.0546022;REFB=-0.0122522;REVB=-0.0494386;RO=61;SAF=11;SAR=10;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591684;STB=0.53564;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0234487;OID=.;OPOS=45567152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:61:63:21:21:0.25:10:11:29:32:10:11:30:33 chr18 45696158 . G A 154.95 PASS AF=0.375;AO=15;DP=47;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00176038;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.482;QD=12.9125;RBI=0.00239883;REFB=-0.00850657;REVB=-0.00162955;RO=32;SAF=9;SAR=6;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439694;STB=0.545403;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0171124;OID=.;OPOS=45696158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:32:30:15:18:0.375:6:9:18:14:6:12:18:12 chr18 45696204 . T C 155.13 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00446962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.284;QD=10.6985;RBI=0.00665506;REFB=-0.0174942;REVB=-0.00493074;RO=37;SAF=13;SAR=7;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127107;STB=0.567204;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0135498;OID=.;OPOS=45696204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:37:38:20:20:0.344828:7:13:20:17:7:13:21:17 chr18 45696256 . A G 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00947018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.659;QD=12.7371;RBI=0.0293475;REFB=0.00363411;REVB=-0.0277775;RO=28;SAF=13;SAR=3;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419999;STB=0.749659;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.006033;OID=.;OPOS=45696256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:3:13:13:15:3:13:13:15 chr18 46001932 . A G 1158.68 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00032666;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.273;QD=60.983;RBI=0.0195062;REFB=0;REVB=0.0195035;RO=0;SAF=63;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64935e-05;OID=.;OPOS=46001932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:13:63:0:0:13:63:0:0 chr18 46146012 . C T 934.38 PASS AF=0.350769;AO=114;DP=326;FAO=114;FDP=325;FR=.;FRO=211;FSAF=46;FSAR=68;FSRF=118;FSRR=93;FWDB=0.0463808;FXX=0.00306739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8838;QD=11.5001;RBI=0.0464901;REFB=-0.00345241;REVB=-0.00318642;RO=210;SAF=46;SAR=68;SRF=118;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180309;STB=0.600909;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0051428;OID=.;OPOS=46146012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:325:210:211:114:114:0.350769:68:46:118:92:68:46:118:93 chr18 46284587 . T C 543.24 PASS AF=0.53125;AO=50;DP=95;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-7.63835e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9181;QD=22.6351;RBI=0.0340968;REFB=0.00445216;REVB=-0.0340967;RO=44;SAF=35;SAR=15;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624655;STB=0.545436;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00424291;OID=.;OPOS=46284587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:44:45:50:51:0.53125:15:35:28:16:15:36:28:17 chr18 46343666 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0888386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2816;QD=12.8682;RBI=0.0930626;REFB=-0.0191105;REVB=-0.0277193;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231514;STB=0.635527;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0301662;OID=.;OPOS=46343666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:5:11:5:6:5:11 chr18 46385948 . A G 122.57 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0427706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.472;QD=15.8157;RBI=0.0458159;REFB=-0.0357775;REVB=-0.0164248;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112273;STB=0.531973;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0393849;OID=.;OPOS=46385948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:17:13:14:0.451613:9:4:7:10:9:5:7:10 chr18 46446589 . T C 553.59 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.00141185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.4324;QD=18.3006;RBI=0.0173973;REFB=-0.0138833;REVB=0.0173399;RO=63;SAF=29;SAR=29;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372716;STB=0.520654;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0168686;OID=.;OPOS=46446589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:63:63:58:58:0.479339:29:29:34:29:29:29:34:29 chr18 46545924 . A G 2262.51 PASS AF=0.986301;AO=144;DP=146;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0233858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.712;QD=61.9865;RBI=0.0234794;REFB=-0.0633968;REVB=0.00209432;RO=2;SAF=18;SAR=126;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748874;STB=0.503936;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.000187458;OID=.;OPOS=46545924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:146:146:2:2:144:144:0.986301:126:18:0:2:126:18:0:2 chr18 46545973 . C A 681.07 PASS AF=0.395833;AO=76;DP=193;FAO=76;FDP=192;FR=.;FRO=116;FSAF=5;FSAR=71;FSRF=11;FSRR=105;FWDB=-0.0352846;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.733;QD=14.189;RBI=0.0386975;REFB=-0.036872;REVB=-0.01589;RO=114;SAF=5;SAR=71;SRF=10;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863144;STB=0.563474;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0529859;OID=.;OPOS=46545973;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:114:116:76:76:0.395833:71:5:10:104:71:5:11:105 chr18 46545979 . A C 3054.42 PASS AF=1;AO=192;DP=194;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=176;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401042;FXX=0.00515437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.37;QD=63.304;RBI=0.0713319;REFB=0;REVB=0.0589906;RO=0;SAF=17;SAR=175;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11066e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120216;OID=.;OPOS=46545979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:194:193:0:0:192:193:1:175:17:0:0:176:17:0:0 chr18 46576058 . T C 406.8 PASS AF=0.698113;AO=37;DP=53;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=31;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00304884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.864;QD=30.7021;RBI=0.0433852;REFB=-0.0149973;REVB=0.043278;RO=16;SAF=31;SAR=6;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253832;STB=0.513805;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00595797;OID=.;OPOS=46576058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:16:16:37:37:0.698113:6:31:13:3:6:31:13:3 chr18 47013723 . A T 314.59 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00900565;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.497;QD=17.0048;RBI=0.0249685;REFB=-0.0269429;REVB=0.0232879;RO=39;SAF=10;SAR=24;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247115;STB=0.646375;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0303742;OID=.;OPOS=47013723;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:39:40:34:34:0.459459:24:10:21:18:24:10:22:18 chr18 47014953 . G GTGT 118.85 PASS AF=0.378378;AO=13;DP=40;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0155262;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=155.826;QD=12.8491;RBI=0.0249181;REFB=-0.00820286;REVB=0.0194897;RO=26;SAF=4;SAR=9;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.516832;STB=0.746982;STBP=0.036;TYPE=ins;VARB=0.0232541;OID=.;OPOS=47014954;OREF=-;OALT=TGT;OMAPALT=GTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.378378:13:40:14:37:23:5:9:18:5:99:26:4:9:21:5 chr18 47017820 . A G 571.97 PASS AF=0.454545;AO=60;DP=132;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=25;FWDB=-0.00899478;FXX=0.0222206;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.6904;QD=17.3323;RBI=0.0174201;REFB=0.00597027;REVB=0.0149183;RO=72;SAF=34;SAR=26;SRF=48;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101519;STB=0.548422;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00462198;OID=.;OPOS=47017820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:72:72:60:60:0.454545:26:34:48:24:26:34:47:25 chr18 47093864 . C T 704.53 PASS AF=0.5;AO=70;DP=141;FAO=70;FDP=140;FR=.;FRO=70;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0153117;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5519;QD=20.1295;RBI=0.0490186;REFB=-0.0318618;REVB=-0.0465658;RO=69;SAF=43;SAR=27;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112129;STB=0.56577;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0367501;OID=.;OPOS=47093864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:69:70:70:70:0.5:27:43:34:35:27:43:34:36 chr18 47352677 . A C 39.21 PASS AF=0.121951;AO=8;DP=82;FAO=10;FDP=82;FR=.;FRO=72;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.0131099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.86;QD=1.91287;RBI=0.016629;REFB=0.000959499;REVB=-0.0102301;RO=72;SAF=2;SAR=6;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321428;STB=0.791487;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0133014;OID=.;OPOS=47352677;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:82:82:72:72:8:10:0.121951:6:2:38:34:8:2:38:34 chr18 47369758 . C T 1518.08 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546109;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.645;QD=59.5327;RBI=0.0553039;REFB=0;REVB=0.00872725;RO=0;SAF=35;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243791;OID=.;OPOS=47369758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:102:0:0:95:102:1:60:35:0:0:60:42:0:0 chr18 47383243 . C T 896.78 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014098;FXX=0.0312451;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.2821;QD=57.857;RBI=0.0663544;REFB=0;REVB=0.0648394;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023885;OID=.;OPOS=47383243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr18 47421391 . G A 705.31 PASS AF=0.631068;AO=65;DP=104;FAO=65;FDP=103;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.00870321;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.317;QD=27.3907;RBI=0.0900268;REFB=-0.0342617;REVB=0.0896051;RO=38;SAF=31;SAR=34;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140516;STB=0.576077;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0248793;OID=.;OPOS=47421391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:38:38:65:65:0.631068:34:31:26:12:34:31:26:12 chr18 47563299 . T C 989.11 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000931476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0606;QD=59.0515;RBI=0.0055557;REFB=0;REVB=0.00547706;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12524e-05;OID=.;OPOS=47563299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr18 47733498 . G T 290.16 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.004957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.438;QD=16.5808;RBI=0.0111101;REFB=-0.0105852;REVB=-0.009943;RO=34;SAF=23;SAR=9;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166315;STB=0.571382;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0217766;OID=.;OPOS=47733498;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:38:32:32:0.457143:9:23:19:15:9:23:23:15 chr18 47777244 . C T 690.8 PASS AF=0.443787;AO=72;DP=166;FAO=75;FDP=169;FR=.;FRO=94;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=57;FSRR=37;FWDB=-0.00100743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.821;QD=16.3503;RBI=0.00391877;REFB=-0.0196276;REVB=-0.00378706;RO=94;SAF=44;SAR=28;SRF=57;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0050398;STB=0.504067;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.026315;OID=.;OPOS=47777244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:169:94:94:72:75:0.443787:28:44:57:37:29:46:57:37 chr18 47777937 . G A 326.17 PASS AF=0.523077;AO=33;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0777743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.254;QD=20.0717;RBI=0.0802602;REFB=0.0139135;REVB=0.0198207;RO=31;SAF=18;SAR=15;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137248;STB=0.567528;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00930733;OID=.;OPOS=47777937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:33:34:0.523077:15:18:12:19:16:18:12:19 chr18 47795629 . C A 1732.3 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00385687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3258;QD=59.7346;RBI=0.0261522;REFB=-0.014566;REVB=-0.0258662;RO=1;SAF=67;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999571;STB=0.503703;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00035256;OID=.;OPOS=47795629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:114:115:0.991379:47:67:0:1:48:67:1:0 chr18 47801800 . G A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.049199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7743;QD=15.9166;RBI=0.0647946;REFB=0.00774029;REVB=0.042164;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127637;STB=0.573658;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.00787578;OID=.;OPOS=47801800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:6:9:6:7:6:9 chr18 47803354 . C T 542.56 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0193584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.481;QD=21.4874;RBI=0.0216467;REFB=-0.00958794;REVB=0.00968662;RO=46;SAF=24;SAR=30;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640236;STB=0.529137;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0105031;OID=.;OPOS=47803354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:46:47:54:54:0.534653:30:24:17:29:30:24:18:29 chr18 47809871 . G T 116.13 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.030964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6629;QD=11.3299;RBI=0.0495402;REFB=-0.00144261;REVB=-0.0386711;RO=25;SAF=1;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.620573;STB=0.870159;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00289853;OID=.;OPOS=47809871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:27:14:14:0.341463:13:1:13:12:13:1:13:14 chr18 47810251 . C G 512.42 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00510984;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.366;QD=21.5754;RBI=0.010421;REFB=-0.0271028;REVB=-0.00908227;RO=45;SAF=34;SAR=15;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172141;STB=0.591127;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0269607;OID=.;OPOS=47810251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:46:49:49:0.515789:15:34:23:22:15:34:24:22 chr18 47810351 . A G 973.55 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130318;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.682;QD=59.0029;RBI=0.0667991;REFB=0;REVB=0.0655156;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08201e-05;OID=.;OPOS=47810351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:63:66:1:25:38:0:0:28:38:0:0 chr18 47811374 . G A 232.11 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.15241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7203;QD=23.8066;RBI=0.15471;REFB=0.0126844;REVB=-0.0265748;RO=14;SAF=19;SAR=3;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957549;STB=0.517751;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.0201504;OID=.;OPOS=47811374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:39:14:17:22:22:0.564103:3:19:12:2:3:19:15:2 chr18 47908556 . G A 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.623;QD=62.3489;RBI=0.0407351;REFB=0;REVB=-0.00256504;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.64399e-05;OID=.;OPOS=47908556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr18 48190440 . G A 763.86 PASS AF=0.49375;AO=79;DP=160;FAO=79;FDP=160;FR=.;FRO=81;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.0210167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8433;QD=19.0964;RBI=0.0525898;REFB=-0.0257244;REVB=0.0482078;RO=81;SAF=40;SAR=39;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568184;STB=0.531301;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0291736;OID=.;OPOS=48190440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:81:81:79:79:0.49375:39:40:36:45:39:40:36:45 chr18 48255790 . C T 157.46 PASS AF=0.190141;AO=27;DP=144;FAO=27;FDP=142;FR=.;FRO=115;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=47;FSRR=68;FWDB=0.0183032;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.506;QD=4.43553;RBI=0.0193658;REFB=-0.0107137;REVB=0.00632661;RO=115;SAF=11;SAR=16;SRF=47;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00170145;STB=0.501079;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0502513;OID=.;OPOS=48255790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:142:115:115:27:27:0.190141:16:11:47:68:16:11:47:68 chr18 48325430 . T G 620.85 PASS AF=0.463768;AO=64;DP=138;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=0.0149176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5567;QD=17.9955;RBI=0.0722968;REFB=-0.0273939;REVB=0.0707411;RO=74;SAF=38;SAR=26;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218925;STB=0.621378;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0274207;OID=.;OPOS=48325430;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:74:74:64:64:0.463768:26:38:27:47:26:38:27:47 chr18 48331524 . G A 226.13 PASS AF=0.292929;AO=29;DP=98;FAO=29;FDP=99;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=51;FWDB=-0.00748938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4731;QD=9.13637;RBI=0.0470566;REFB=-0.00980916;REVB=-0.0464568;RO=69;SAF=12;SAR=17;SRF=19;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178225;STB=0.607527;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0211704;OID=.;OPOS=48331524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:69:70:29:29:0.292929:17:12:19:50:17:12:19:51 chr18 48331553 . T C 215.19 PASS AF=0.285714;AO=30;DP=105;FAO=30;FDP=105;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=54;FWDB=0.0316523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6687;QD=8.19766;RBI=0.0317821;REFB=-0.010737;REVB=0.00286941;RO=74;SAF=10;SAR=20;SRF=21;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691356;STB=0.544089;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0393664;OID=.;OPOS=48331553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:74:75:30:30:0.285714:20:10:21:53:20:10:21:54 chr18 48333203 . C G 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0348853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.034;QD=18.9664;RBI=0.035754;REFB=-0.0136284;REVB=0.00783386;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283243;STB=0.658957;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0221743;OID=.;OPOS=48333203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:10:12:6:19:10:12:6:19 chr18 48577782 . G C 370.63 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00899353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.14;QD=17.2384;RBI=0.0136574;REFB=-0.0290359;REVB=-0.0102782;RO=45;SAF=27;SAR=12;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165244;STB=0.606879;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0240685;OID=.;OPOS=48577782;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:45:47:39:39:0.453488:12:27:24:21:12:27:24:23 chr18 48633216 . G T 218.07 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00496081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.655;QD=15.5767;RBI=0.00551807;REFB=-0.0234068;REVB=-0.00241651;RO=29;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145168;STB=0.565165;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0187391;OID=.;OPOS=48633216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:31:25:25:0.446429:10:15:13:16:10:15:15:16 chr18 48723217 . C T 254.6 PASS AF=0.956522;AO=20;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0217988;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.77;QD=44.2786;RBI=0.0654155;REFB=-0.0551565;REVB=0.0616766;RO=3;SAF=17;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202381;STB=0.514273;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00149527;OID=.;OPOS=48723217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:23:3:1:20:22:0.956522:3:17:1:2:5:17:1:0 chr18 49072801 . C T 243.79 PASS AF=0.32967;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=-0.02814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.984;QD=10.7162;RBI=0.0353445;REFB=0.00956208;REVB=-0.0213863;RO=60;SAF=18;SAR=12;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316461;STB=0.676485;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0250556;OID=.;OPOS=49072801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:60:61:30:30:0.32967:12:18:19:41:12:18:20:41 chr18 49867224 . T C 2329.03 PASS AF=0.975155;AO=156;DP=161;FAO=157;FDP=161;FR=.;FRO=4;FSAF=78;FSAR=79;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0383579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.313;QD=57.864;RBI=0.0383944;REFB=-0.102674;REVB=0.00167478;RO=4;SAF=77;SAR=79;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121884;STB=0.506289;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00165898;OID=.;OPOS=49867224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:161:161:4:4:156:157:0.975155:79:77:3:1:79:78:3:1 chr18 50432602 . C G 832.35 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0115484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5603;QD=52.8476;RBI=0.0305003;REFB=-0.0612651;REVB=-0.0282294;RO=3;SAF=31;SAR=29;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134849;STB=0.507152;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0123779;OID=.;OPOS=50432602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:3:3:60:60:0.952381:29:31:2:1:29:31:2:1 chr18 50936994 . T C 390.8 PASS AF=0.361538;AO=46;DP=129;FAO=47;FDP=130;FR=.;FRO=83;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.00276395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.009;QD=12.0245;RBI=0.0054528;REFB=-0.0133112;REVB=0.00470039;RO=83;SAF=16;SAR=30;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208841;STB=0.609343;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0168789;OID=.;OPOS=50936994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:83:83:46:47:0.361538:30:16:44:39:30:17:44:39 chr18 50942653 . C T 513.32 PASS AF=0.427481;AO=56;DP=132;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=24;FWDB=-0.0199518;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.944;QD=15.674;RBI=0.031115;REFB=-0.00187153;REVB=-0.0238762;RO=73;SAF=37;SAR=19;SRF=51;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435077;STB=0.512407;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00226098;OID=.;OPOS=50942653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:73:75:56:56:0.427481:19:37:51:22:19:37:51:24 chr18 51681244 . T C 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=9.95562e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.779;QD=18.5412;RBI=0.0391865;REFB=-0.0316933;REVB=0.0391864;RO=35;SAF=22;SAR=12;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22725;STB=0.626867;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0191627;OID=.;OPOS=51681244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:12:22:14:21:12:22:14:21 chr18 51795957 . GCGACGAC GCGAC,GCGA 716.0 PASS AF=1,0;AO=34,12;DP=53;FAO=50,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037688,-0.0175163;FXX=0.0740604;HRUN=1,1;LEN=3,4;MLLD=187.356,181.553;QD=57.2803;RBI=0.0621641,0.0240042;REFB=0,0;REVB=0.0494367,0.0164129;RO=0;SAF=11,0;SAR=23,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000376708,0;OID=.,.;OPOS=51795958,51795961;OREF=CGA,CGAC;OALT=-,-;OMAPALT=GCGAC,GCGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:34,12:53:50,0:50:0:13,0:37,0:0:0:4:0:11,0:23,12:0:0 chr18 51820805 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.107;QD=54.5176;RBI=0.0900276;REFB=0;REVB=-0.0607028;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33974e-05;OID=.;OPOS=51820805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr18 52265308 . A C 1116.82 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2487;QD=60.3685;RBI=0.0271717;REFB=0;REVB=0.00150688;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176143;OID=.;OPOS=52265308;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:39:34:0:0:39:35:0:0 chr18 52570281 . G A 753.63 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0019055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.777;QD=61.521;RBI=0.0248871;REFB=-0.117914;REVB=0.0248141;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000487179;OID=.;OPOS=52570281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:27:21:0:0:27:21:0:1 chr18 53177774 . G C 582.96 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0435038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0281;QD=58.2962;RBI=0.0456962;REFB=-0.0396997;REVB=0.0139843;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516121;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0152091;OID=.;OPOS=53177774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:38:39:0.975:15:23:0:0:15:24:0:1 chr18 53303101 . C G 1822.33 PASS AF=1;AO=66;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000244187;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.178;QD=62.302;RBI=0.132822;REFB=0;REVB=0.132822;RO=0;SAF=56;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257742;OID=.;OPOS=53303101;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:66:117:1:10:56:0:0:60:57:0:0 chr18 54270272 . CT C 37.59 PASS AF=0.242424;AO=29;DP=100;FAO=24;FDP=99;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.0442254;FXX=0.009999;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.17618;QD=1.51888;RBI=0.101435;REFB=-0.0784375;REVB=-0.0912867;RO=60;SAF=14;SAR=15;SRF=30;SRR=30;SSEN=0.555556;SSEP=0;SSSB=-0.0199199;STB=0.546639;STBP=0.624;TYPE=del;VARB=0.0326369;OID=.;OPOS=54270273;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.242424:29:100:24:99:75:13:11:36:39:37:60:14:15:30:30 chr18 54293658 . T C 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00671834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.96;QD=14.2415;RBI=0.00702961;REFB=-0.0212743;REVB=-0.00206866;RO=31;SAF=7;SAR=15;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211422;STB=0.621507;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0369864;OID=.;OPOS=54293658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:15:7:16:15:15:7:16:15 chr18 54293683 . C T 90.1 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0298552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.704;QD=7.66792;RBI=0.0393573;REFB=-0.00927897;REVB=0.0256449;RO=35;SAF=1;SAR=11;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.578511;STB=0.871519;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0194643;OID=.;OPOS=54293683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:11:1:17:18:11:1:17:18 chr18 54339818 . C G 1065.6 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0363937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3332;QD=58.3889;RBI=0.0376278;REFB=-0.0378613;REVB=-0.00955772;RO=1;SAF=39;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119732;STB=0.506327;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00287319;OID=.;OPOS=54339818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:33:39:1:0:33:39:1:0 chr18 54448778 . G A 448.27 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00169748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.183;QD=17.5793;RBI=0.0293914;REFB=-0.0161805;REVB=0.0293424;RO=53;SAF=25;SAR=23;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107663;STB=0.511034;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0192879;OID=.;OPOS=54448778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:54:48:48:0.470588:23:25:27:26:23:25:27:27 chr18 54624667 . G A 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00997565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.255;QD=6.85034;RBI=0.0103882;REFB=-0.00480148;REVB=0.00289855;RO=31;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192755;STB=0.512171;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0159268;OID=.;OPOS=54624667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:5:5:16:15:5:5:16:15 chr18 55021725 . A C 300.49 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0220916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.814;QD=19.0784;RBI=0.0259681;REFB=-0.0112096;REVB=0.0136493;RO=31;SAF=14;SAR=18;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126168;STB=0.570253;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0119831;OID=.;OPOS=55021725;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:18:14:18:13:18:14:18:13 chr18 55027334 . G T 303.37 PASS AF=0.563636;AO=30;DP=54;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0432294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9766;QD=22.0631;RBI=0.0462714;REFB=-0.0431294;REVB=0.0165005;RO=23;SAF=22;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116833;STB=0.562548;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0155242;OID=.;OPOS=55027334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:23:24:30:31:0.563636:8:22:14:9:8:23:15:9 chr18 55034359 . T C 294.52 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00686958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.936;QD=15.1038;RBI=0.0072657;REFB=-0.00101919;REVB=0.0023663;RO=44;SAF=19;SAR=14;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145259;STB=0.575712;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00179899;OID=.;OPOS=55034359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:45:33:33:0.423077:14:19:19:25:14:19:20:25 chr18 55103554 . CG C 32.38 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0105807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.643;QD=7.61853;RBI=0.0859945;REFB=-0.0779667;REVB=-0.0853411;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0.252469;SSEP=0;SSSB=-0.359862;STB=0.730829;STBP=0.227;TYPE=del;VARB=0.127886;OID=.;OPOS=55103555;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:6:17:6:17:11:1:5:5:6:32:11:1:5:5:6 chr18 55145377 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.688;QD=57.6798;RBI=0.0131111;REFB=0;REVB=0.00537694;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118248;OID=.;OPOS=55145377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr18 55145575 . C G 1491.68 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.117;QD=63.4759;RBI=0.0357964;REFB=0;REVB=0.0334558;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133917;OID=.;OPOS=55145575;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:49:45:0:0:49:45:0:0 chr18 55145765 . G C 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0112256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.948;QD=56.0119;RBI=0.0231025;REFB=-0.0318706;REVB=0.0201919;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252651;STB=0.513506;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000228957;OID=.;OPOS=55145765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:16:18:1:0:16:18:1:0 chr18 55145906 . C T 724.49 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00840443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5755;QD=62.9991;RBI=0.00850076;REFB=0;REVB=0.0012761;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.49057e-05;OID=.;OPOS=55145906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:29:16:0:0:29:17:0:0 chr18 55146453 . T C 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00739582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.197;QD=54.7459;RBI=0.00771667;REFB=-0.0389739;REVB=-0.00220203;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184728;STB=0.5098;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=1.16558e-05;OID=.;OPOS=55146453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:25:28:0:1:25:28:0:1 chr18 55150557 . G T 1525.43 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0764982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8099;QD=59.8209;RBI=0.0788772;REFB=0;REVB=-0.0192257;RO=0;SAF=44;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000528285;OID=.;OPOS=55150557;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:58:44:0:0:58:44:0:0 chr18 55153852 . GA AA,AG,G 56.77 PASS AF=0.0416667,0.0138889,0.25;AO=11,4,8;DP=64;FAO=3,1,18;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=3,0,10;FSAR=0,1,8;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0105134,0.0426341,0.261075;FXX=0;HRUN=1,1,8;LEN=1,2,1;MLLD=191.417,31.1046,7.12204;QD=3.15416;RBI=0.0193863,0.0630612,0.296995;REFB=0.00172257,0.0218989,-0.0430595;REVB=-0.016288,0.0464656,0.141583;RO=35;SAF=7,0,2;SAR=4,4,6;SRF=21;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0464745,-0.628407,-0.41388;STB=0.996002,0.991509,0.518252;STBP=0.125,0.272,0.87;TYPE=snp,mnp,del;VARB=-0.106915,-0.0299608,0.0689173;OID=.,.,.;OPOS=55153852,55153852,55153853;OREF=G,GA,A;OALT=A,AG,-;OMAPALT=AA,AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:41:64:72:35:50:11,4,8:3,1,18:0.0416667,0.0138889,0.25:4,4,6:7,0,2:21:14:0,1,8:3,0,10:29:21 chr18 55154066 . A G 1742.55 PASS AF=1;AO=113;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125643;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.149;QD=59.0696;RBI=0.0402183;REFB=-0.0844859;REVB=0.0382054;RO=1;SAF=61;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0090437;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000746815;OID=.;OPOS=55154066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:117:118:1:0:113:118:1:52:61:0:1:57:61:0:0 chr18 55155489 . A G 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.542;QD=62.9079;RBI=0.0314856;REFB=0;REVB=-0.00148957;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85296e-05;OID=.;OPOS=55155489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:44:46:0:0:44:46:0:0 chr18 55158489 . A AATTCTGC 539.55 PASS AF=0.793103;AO=43;DP=61;FAO=46;FDP=58;FR=.;FRO=12;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.00335361;FXX=0;HRUN=3;LEN=7;MLLD=281.952;QD=37.2105;RBI=0.0106638;REFB=-0.0236389;REVB=0.0101227;RO=16;SAF=23;SAR=20;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14182;STB=0.578834;STBP=0.035;TYPE=ins;VARB=0.00713556;OID=.;OPOS=55158490;OREF=-;OALT=ATTCTGC;OMAPALT=AATTCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.793103:43:61:46:58:12:25:21:11:1:76:16:23:20:13:3 chr18 55221590 . TC T 230.07 PASS AF=0.308333;AO=75;DP=244;FAO=74;FDP=240;FR=.;FRO=166;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=101;FSRR=65;FWDB=0.111183;FXX=0.0163928;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.9169;QD=3.83453;RBI=0.134138;REFB=0.000597815;REVB=-0.0750423;RO=153;SAF=43;SAR=32;SRF=92;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0.414179;SSSB=-0.0336102;STB=0.509962;STBP=0.839;TYPE=del;VARB=0.0138651;OID=.;OPOS=55221591;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.308333:75:244:74:240:166:44:30:101:65:99:153:43:32:92:61 chr18 55221648 . T C 1213.53 PASS AF=0.575916;AO=110;DP=193;FAO=110;FDP=191;FR=.;FRO=81;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=54;FSRR=27;FWDB=-0.0037828;FXX=0.0103622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.447;QD=25.4142;RBI=0.00414523;REFB=-0.0107005;REVB=0.00169511;RO=81;SAF=60;SAR=50;SRF=54;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964867;STB=0.552316;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00712283;OID=.;OPOS=55221648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:191:81:81:110:110:0.575916:50:60:54:27:50:60:54:27 chr18 55226383 . G C 293.6 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.0191352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.0625;QD=14.6799;RBI=0.0199203;REFB=-0.0253873;REVB=0.00553729;RO=46;SAF=21;SAR=12;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673927;STB=0.528661;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0366724;OID=.;OPOS=55226383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:46:47:33:33:0.4125:12:21:32:14:12:21:32:15 chr18 55313783 . A T 197.13 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0317272;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.087;QD=10.9519;RBI=0.0317319;REFB=-0.00761713;REVB=-0.000547824;RO=47;SAF=14;SAR=11;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795229;STB=0.546228;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0154584;OID=.;OPOS=55313783;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:11:14:23:24:11:14:23:24 chr18 55314820 . C A 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.719;QD=61.2128;RBI=0.0451233;REFB=0;REVB=0.034236;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21504e-05;OID=.;OPOS=55314820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr18 55317676 . C T 706.05 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0357919;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2268;QD=54.3116;RBI=0.0741656;REFB=-0.0622376;REVB=-0.0649574;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.51219;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000666633;OID=.;OPOS=55317676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:52:0:1:51:51:0.980769:20:31:0:0:20:31:0:1 chr18 55335240 . A G 53.4 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0274446;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.018;QD=6.8902;RBI=0.0325079;REFB=-0.00819757;REVB=-0.0174229;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214822;STB=0.632738;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0203376;OID=.;OPOS=55335240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:32:31:23:23:8:8:0.258065:5:3:5:18:5:3:5:18 chr18 55346232 . A G 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0025689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4024;QD=46.0576;RBI=0.0189418;REFB=-0.010826;REVB=0.0187668;RO=1;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399998;STB=0.521716;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00210918;OID=.;OPOS=55346232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:11:8:0:1:11:8:0:1 chr18 55362532 . T G 1526.06 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.248;QD=59.8456;RBI=0.0550467;REFB=0;REVB=0.0338836;RO=0;SAF=38;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58122e-05;OID=.;OPOS=55362532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:63:38:0:0:63:39:0:0 chr18 55364852 . A G 415.4 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.0312425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.004;QD=15.2441;RBI=0.0319667;REFB=0.00369413;REVB=-0.00676573;RO=62;SAF=28;SAR=19;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00108322;STB=0.500608;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.0060782;OID=.;OPOS=55364852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:62:47:47:0.431193:19:28:37:25:19:28:37:25 chr18 56148796 . A G 340.69 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.779;QD=54.5104;RBI=0.0555836;REFB=0;REVB=0.000308837;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143619;OID=.;OPOS=56148796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr18 56149099 . T C 1992.99 PASS AF=0.977778;AO=131;DP=135;FAO=132;FDP=135;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=78;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.06387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.729;QD=59.0517;RBI=0.0651114;REFB=-0.167109;REVB=0.0126538;RO=3;SAF=53;SAR=78;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261387;STB=0.513511;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00127429;OID=.;OPOS=56149099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:135:135:3:3:131:132:0.977778:78:53:3:0:78:54:3:0 chr18 56196451 . C T 230.14 PASS AF=0.395833;AO=16;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.000532256;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.95;QD=19.1787;RBI=0.00919262;REFB=-0.00949801;REVB=-0.00917719;RO=24;SAF=5;SAR=11;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359746;STB=0.643882;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0395447;OID=.;OPOS=56196451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:24:25:16:19:0.395833:11:5:16:8:11:8:17:8 chr18 56202418 . T C 183.35 PASS AF=0.941176;AO=14;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0366512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.1142;QD=43.1403;RBI=0.0387458;REFB=-0.162482;REVB=-0.012567;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529375;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00349629;OID=.;OPOS=56202418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:17:17:0:1:14:16:0.941176:7:7:0:0:8:8:1:0 chr18 56202768 . C A 522.74 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.00219988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8496;QD=18.5039;RBI=0.0145624;REFB=-0.000426513;REVB=-0.0143953;RO=56;SAF=36;SAR=19;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179606;STB=0.591912;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.000587933;OID=.;OPOS=56202768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:58:55:55:0.486726:19:36:26:30:19:36:28:30 chr18 56202982 . A T 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.976;QD=60.8832;RBI=0.0134044;REFB=0;REVB=0.00819359;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60973e-05;OID=.;OPOS=56202982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:45:32:0:0:45:32:0:0 chr18 56203074 . G A 641.05 PASS AF=0.485075;AO=65;DP=134;FAO=65;FDP=134;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0177332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.104;QD=19.1358;RBI=0.0179793;REFB=-0.020978;REVB=0.00296455;RO=68;SAF=36;SAR=29;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117561;STB=0.561192;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0217373;OID=.;OPOS=56203074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:68:69:65:65:0.485075:29:36:29:39:29:36:30:39 chr18 56203120 . C T 753.35 PASS AF=0.493671;AO=78;DP=158;FAO=78;FDP=158;FR=.;FRO=80;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.00435933;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.774;QD=19.0721;RBI=0.00626058;REFB=-0.0120726;REVB=-0.00449345;RO=79;SAF=39;SAR=39;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00578009;STB=0.506327;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0118026;OID=.;OPOS=56203120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:79:80:78:78:0.493671:39:39:40:39:39:39:41:39 chr18 56203411 . G C 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.347;QD=60.2275;RBI=0.0301227;REFB=0;REVB=0.0292627;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220362;OID=.;OPOS=56203411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr18 56203447 . A G 669.95 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.89;QD=62.3205;RBI=0.041687;REFB=0;REVB=0.0313693;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344492;OID=.;OPOS=56203447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:22:21:0:0 chr18 56203891 . G T 767.23 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00819074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.839;QD=63.9359;RBI=0.0590522;REFB=0;REVB=0.0584814;RO=0;SAF=34;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37482e-05;OID=.;OPOS=56203891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:13:34:0:0:13:35:0:0 chr18 56203898 . T G 772.79 PASS AF=1;AO=41;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213622;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.64;QD=64.3994;RBI=0.0217128;REFB=0;REVB=-0.00388636;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266156;OID=.;OPOS=56203898;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:41:48:1:14:27:0:0:14:34:0:0 chr18 56204250 . A C 843.24 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0147059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0624;QD=54.4024;RBI=0.0181982;REFB=-0.0669013;REVB=-0.0107197;RO=1;SAF=24;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192526;STB=0.519993;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00783686;OID=.;OPOS=56204250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:62:1:2:59:60:0.967742:35:24:1:0:36:24:2:0 chr18 56204387 . ACAGTTGATGTGTCCT A 133.62 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.000540778;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=15;MLLD=489.886;QD=7.74603;RBI=0.00265033;REFB=-0.00803336;REVB=-0.00259457;RO=50;SAF=9;SAR=10;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164918;STB=0.524514;STBP=0.789;TYPE=del;VARB=0.0233842;OID=.;OPOS=56204388;OREF=CAGTTGATGTGTCCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275362:19:72:19:69:50:9:10:22:28:99:50:9:10:23:27 chr18 56204410 . C T 224.75 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00161461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.936;QD=10.8314;RBI=0.00997932;REFB=-0.0117336;REVB=-0.00984783;RO=55;SAF=12;SAR=16;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904438;STB=0.505259;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0223665;OID=.;OPOS=56204410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:55:55:28:28:0.337349:16:12:24:31:16:12:24:31 chr18 56204644 . T G 229.05 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0349685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.114;QD=16.3607;RBI=0.0353131;REFB=-0.0370769;REVB=-0.00492149;RO=30;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153358;STB=0.59419;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0350419;OID=.;OPOS=56204644;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:25:26:0.464286:11:14:12:18:11:15:12:18 chr18 56204671 . A T 352.28 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00722625;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9325;QD=20.7225;RBI=0.0320983;REFB=-0.00640344;REVB=-0.0312743;RO=32;SAF=14;SAR=22;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149254;STB=0.596985;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00416328;OID=.;OPOS=56204671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:32:32:36:36:0.529412:22:14:18:14:22:14:19:13 chr18 56204747 . G A 1826.77 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.001131;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.756;QD=60.3892;RBI=0.00138521;REFB=-0.0738835;REVB=-0.00079977;RO=0;SAF=67;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=7.07462e-05;OID=.;OPOS=56204747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:120:121:0:1:120:120:0.991736:53:67:0:0:53:67:0:1 chr18 56204932 . T G 158.92 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00495869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.821;QD=10.0899;RBI=0.00788062;REFB=-0.00124771;REVB=-0.00612499;RO=41;SAF=9;SAR=12;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175601;STB=0.609763;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00195382;OID=.;OPOS=56204932;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:41:42:21:21:0.333333:12:9:24:17:12:9:25:17 chr18 56204945 . C G 229.18 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00506137;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.644;QD=13.8898;RBI=0.016369;REFB=0.0125568;REVB=-0.0155668;RO=38;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623281;STB=0.527007;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.0080243;OID=.;OPOS=56204945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:39:27:27:0.409091:14:13:16:22:14:13:17:22 chr18 56204977 . C T 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00896237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.285;QD=12.785;RBI=0.0167398;REFB=-0.00460766;REVB=-0.0141385;RO=43;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137108;STB=0.578665;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00464035;OID=.;OPOS=56204977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:11:16:20:23:11:16:20:23 chr18 56204991 . C T 170.61 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00499528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.409;QD=10.8324;RBI=0.00507965;REFB=-0.0179617;REVB=0.00092195;RO=41;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142595;STB=0.583137;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0315625;OID=.;OPOS=56204991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:9:13:19:22:9:13:19:22 chr18 56205262 . A C 180.49 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00950234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.735;QD=16.0431;RBI=0.014395;REFB=-0.0267494;REVB=0.010813;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973853;STB=0.556037;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0217896;OID=.;OPOS=56205262;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:12:7:12:14:12:7:12:14 chr18 56246442 . T C 1063.07 PASS AF=1;AO=41;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.272163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.7705;QD=59.0595;RBI=0.276746;REFB=0;REVB=-0.0501545;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00458426;OID=.;OPOS=56246442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:41:72:1:24:17:0:0:30:42:0:0 chr18 56247180 . T C 725.91 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.622;QD=63.1227;RBI=0.0196948;REFB=0;REVB=0.0163821;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108333;OID=.;OPOS=56247180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr18 56247567 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.531;QD=60.977;RBI=0.0364326;REFB=0;REVB=-0.029998;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.4093e-05;OID=.;OPOS=56247567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:15:23:0:0:15:24:0:0 chr18 56247600 . C A 283.42 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000318376;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.494;QD=49.2898;RBI=0.00669715;REFB=-0.0324236;REVB=-0.00668958;RO=1;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709088;STB=0.538425;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000265316;OID=.;OPOS=56247600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:23:1:1:22:22:0.956522:6:16:0:1:6:16:0:1 chr18 56279025 . T G 681.73 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0135834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.002;QD=53.4691;RBI=0.033533;REFB=-0.0365414;REVB=0.0306587;RO=1;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184525;STB=0.50943;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000249244;OID=.;OPOS=56279025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:49:50:0.980392:25:24:0:1:26:24:0:1 chr18 56470255 . G C 410.73 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037873;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.1978;QD=54.7633;RBI=0.268248;REFB=0;REVB=0.268221;RO=1;SAF=24;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131832;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0092109;OID=.;OPOS=56470255;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:1:0:27:30:1:3:24:0:1:6:24:0:0 chr18 56470264 . T TGG 55.31 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0276412;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=45.1366;QD=7.3753;RBI=0.03346;REFB=-0.00477037;REVB=0.0188556;RO=21;SAF=8;SAR=2;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626297;STB=0.548916;STBP=0.795;TYPE=ins;VARB=0.00816779;OID=.;OPOS=56470265;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:10:31:10:30:20:8:2:15:5:55:21:8:2:16:5 chr18 56585562 . C A 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.00578153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.325;QD=10.4385;RBI=0.0348696;REFB=-0.0055818;REVB=-0.034387;RO=27;SAF=7;SAR=6;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23763;STB=0.640121;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0136274;OID=.;OPOS=56585562;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:6:7:20:7:6:7:20:7 chr18 56585881 . T C 63.77 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00381405;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.463;QD=4.11441;RBI=0.00786165;REFB=-0.00381708;REVB=-0.00687449;RO=52;SAF=3;SAR=8;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179443;STB=0.611082;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0158482;OID=.;OPOS=56585881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:63:62:52:51:11:11:0.177419:8:3:21:31:8:3:20:31 chr18 56586514 . C T 68.68 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0120696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.661;QD=5.84503;RBI=0.0132413;REFB=-0.00041064;REVB=0.00544578;RO=37;SAF=6;SAR=4;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170563;STB=0.60995;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00222325;OID=.;OPOS=56586514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:4:6:17:20:4:6:17:20 chr18 56587016 . C T 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0152453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.751;QD=11.5972;RBI=0.0185644;REFB=-0.00760015;REVB=0.0105933;RO=21;SAF=3;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399758;STB=0.738058;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00996994;OID=.;OPOS=56587016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:9:3:13:8:9:3:13:8 chr18 56587802 . A C 160.1 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00309742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.198;QD=12.3153;RBI=0.0756221;REFB=-0.0188647;REVB=-0.0755587;RO=26;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232505;STB=0.692422;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0311671;OID=.;OPOS=56587802;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:26:32:19:19:0.365385:6:13:12:14:6:13:12:20 chr18 56593521 . T G 779.12 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0945977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9946;QD=62.3292;RBI=0.105334;REFB=-0.0519394;REVB=0.0463314;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166916;OID=.;OPOS=56593521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:50:0:0:49:50:1:20:29:0:0:20:30:0:0 chr18 56887507 . C A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00909022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3573;QD=35.5752;RBI=0.0555751;REFB=0;REVB=0.0548266;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0036314;OID=.;OPOS=56887507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr18 57021814 . TA T 47.11 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.136204;FXX=0.020404;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.7952;QD=3.92613;RBI=0.145408;REFB=-0.090611;REVB=0.0509096;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267471;STB=0.670369;STBP=0.052;TYPE=del;VARB=0.0796213;OID=.;OPOS=57021815;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:21:49:21:48:27:12:9:7:20:47:22:11:10:5:17 chr18 57640352 . C CAA,CAAA 711.62 PASS AF=1,0;AO=45,10;DP=71;FAO=59,0;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00708608,-0.0048346;FXX=0.15712;HRUN=4,4;LEN=2,3;MLLD=29.922,21.4032;QD=48.2452;RBI=0.0969403,0.0650679;REFB=0,0;REVB=-0.096681,-0.0648881;RO=11;SAF=16,2;SAR=29,8;SRF=0;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.149092,0.3654;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0144497,0.0314149;OID=.,.;OPOS=57640353,57640353;OREF=-,-;OALT=AA,AAA;OMAPALT=CAA,CAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:45,10:71:59,0:59:0:21,0:38,0:0:0:12:11:16,2:29,8:0:11 chr18 59166541 . C T 837.61 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023394;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.331;QD=57.7663;RBI=0.0242109;REFB=0;REVB=-0.0062358;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292329;OID=.;OPOS=59166541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr18 59170304 . C G 1491.68 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.446;QD=63.4756;RBI=0.0401404;REFB=0;REVB=0.03368;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106955;OID=.;OPOS=59170304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:49:45:0:0:49:45:0:0 chr18 59483487 . C T 117.61 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00130771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.339;QD=7.58753;RBI=0.00520331;REFB=-0.0032653;REVB=-0.00503631;RO=45;SAF=7;SAR=10;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066751;STB=0.540492;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00992057;OID=.;OPOS=59483487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:45:17:17:0.274194:10:7:21:24:10:7:21:24 chr18 59780393 . T A 261.3 PASS AF=0.364706;AO=30;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0156382;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.256;QD=12.2962;RBI=0.0186529;REFB=-0.0200047;REVB=0.0101673;RO=54;SAF=22;SAR=8;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17946;STB=0.583848;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0393836;OID=.;OPOS=59780393;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:54:30:31:0.364706:8:22:32:22:9:22:32:22 chr18 59805532 . T C 1415.1 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2327;QD=62.8934;RBI=0.042432;REFB=0;REVB=0.0260621;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.62884e-05;OID=.;OPOS=59805532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:47:43:0:0:47:43:0:0 chr18 59807635 . T C 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00751088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.346;QD=6.85062;RBI=0.0507175;REFB=0.00170351;REVB=0.0501583;RO=27;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263994;STB=0.678909;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00170966;OID=.;OPOS=59807635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:27:31:10:10:0.243902:4:6:10:17:4:6:11:20 chr18 59814268 . G A 329.11 PASS AF=0.377551;AO=36;DP=97;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.00369121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.266;QD=13.4331;RBI=0.0148318;REFB=-0.0194211;REVB=0.0143652;RO=59;SAF=20;SAR=16;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196718;STB=0.616913;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0283201;OID=.;OPOS=59814268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:59:61:36:37:0.377551:16:20:22:37:16:21:23:38 chr18 59814324 . G C 1066.16 PASS AF=0.986301;AO=73;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.010921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.486;QD=58.4198;RBI=0.0216181;REFB=0.0374214;REVB=-0.0186567;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.506022;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000168411;OID=.;OPOS=59814324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:73:72:0.986301:42:31:0:0:41:31:0:1 chr18 59925828 . C T 233.38 PASS AF=0.299065;AO=32;DP=107;FAO=32;FDP=107;FR=.;FRO=75;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0228186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.625;QD=8.72439;RBI=0.0251368;REFB=0.00108384;REVB=-0.0105438;RO=75;SAF=17;SAR=15;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767919;STB=0.545161;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00338686;OID=.;OPOS=59925828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:75:75:32:32:0.299065:15:17:35:40:15:17:35:40 chr18 60025550 . C T 62.54 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0138834;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.955;QD=6.94844;RBI=0.0149386;REFB=-0.00660681;REVB=0.00551477;RO=27;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262625;STB=0.666296;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0108399;OID=.;OPOS=60025550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:36:36:27:27:9:9:0.25:3:6:12:15:3:6:12:15 chr18 60027241 . C T 1256.15 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0342697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.463;QD=59.1128;RBI=0.0351805;REFB=-0.167296;REVB=0.00795294;RO=1;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997129;STB=0.501586;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00115073;OID=.;OPOS=60027241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:1:2:83:83:0.976471:47:36:0:1:47:36:1:1 chr18 60036083 . A G 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00872933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2598;QD=63.2825;RBI=0.0109836;REFB=0;REVB=-0.0066662;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118594;OID=.;OPOS=60036083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr18 60111488 . G A 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.119087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6656;QD=20.7372;RBI=0.119158;REFB=-0.018147;REVB=-0.00409943;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421209;STB=0.523783;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0129994;OID=.;OPOS=60111488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:7:9:11:7:7:9 chr18 60237388 . A G 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00223968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2562;QD=59.8541;RBI=0.00241173;REFB=0;REVB=-0.000894572;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86579e-05;OID=.;OPOS=60237388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr18 60241732 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.217;QD=54.5173;RBI=0.0279093;REFB=0;REVB=-0.00126827;RO=0;SAF=20;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84494e-05;OID=.;OPOS=60241732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:5:20:0:0:5:20:0:0 chr18 60242268 . G T 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0247555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.657;QD=14.4906;RBI=0.0279676;REFB=-0.0056703;REVB=0.0130135;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229186;STB=0.51326;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00927715;OID=.;OPOS=60242268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:11:8:12:18:11:8:12:18 chr18 60244856 . A G 3366.69 PASS AF=1;AO=215;DP=215;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.128;QD=62.3461;RBI=0.0399204;REFB=0;REVB=0.0380921;RO=0;SAF=118;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75011e-05;OID=.;OPOS=60244856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:216:0:0:215:216:1:97:118:0:0:98:118:0:0 chr18 60562298 . A T 288.58 PASS AF=0.34;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.000818303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.018;QD=11.5433;RBI=0.0345123;REFB=-0.00932072;REVB=-0.0345026;RO=66;SAF=9;SAR=25;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20554;STB=0.619898;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.026074;OID=.;OPOS=60562298;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:66:66:34:34:0.34:25:9:28:38:25:9:28:38 chr18 60612431 . G A 143.34 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00735859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.076;QD=9.88532;RBI=0.0207115;REFB=-0.0153757;REVB=0.0193602;RO=39;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433016;STB=0.525521;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0281406;OID=.;OPOS=60612431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:10:9:17:22:10:9:17:22 chr18 60795120 . C T 294.93 PASS AF=0.27972;AO=40;DP=143;FAO=40;FDP=143;FR=.;FRO=103;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=64;FWDB=-0.0370646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.222;QD=8.24986;RBI=0.0377154;REFB=-0.00279867;REVB=-0.00697612;RO=102;SAF=19;SAR=21;SRF=39;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114099;STB=0.570033;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0042602;OID=.;OPOS=60795120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:102:103:40:40:0.27972:21:19:39:63:21:19:39:64 chr18 60995261 . G C 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0154605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.108;QD=22.534;RBI=0.0155798;REFB=-0.00453221;REVB=-0.00192386;RO=24;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323374;STB=0.517846;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00459126;OID=.;OPOS=60995261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:16:16:13:11:16:16:13:11 chr18 60998678 . G C 550.51 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=87;FAO=50;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00360566;FXX=0.0229859;HRUN=6;LEN=1;MLLD=260.755;QD=25.9065;RBI=0.0536283;REFB=-0.00772567;REVB=-0.053507;RO=25;SAF=21;SAR=19;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196879;STB=0.554172;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0060536;OID=.;OPOS=60998678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:25:35:40:50:0.588235:19:21:20:5:28:22:20:15 chr18 61022791 . C T 181.05 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0140298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.843;QD=11.3158;RBI=0.0158322;REFB=-0.00546124;REVB=-0.00733651;RO=41;SAF=9;SAR=14;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268086;STB=0.515567;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0131963;OID=.;OPOS=61022791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:14:9:17:24:14:9:17:24 chr18 61154235 . G A 219.52 PASS AF=0.23741;AO=33;DP=137;FAO=33;FDP=139;FR=.;FRO=106;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=-0.0198569;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.942;QD=6.31717;RBI=0.0233068;REFB=-0.00736462;REVB=-0.012203;RO=103;SAF=17;SAR=16;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250016;STB=0.518733;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0175937;OID=.;OPOS=61154235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:103:106:33:33:0.23741:16:17:51:52:16:17:52:54 chr18 61156606 . G C 263.14 PASS AF=0.336842;AO=30;DP=93;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0115534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2116;QD=11.0795;RBI=0.0195818;REFB=-0.0233386;REVB=0.0158103;RO=63;SAF=22;SAR=8;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280601;STB=0.650078;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0379921;OID=.;OPOS=61156606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:63:63:30:32:0.336842:8:22:32:31:9:23:32:31 chr18 61160287 . T C 714.05 PASS AF=0.552;AO=69;DP=126;FAO=69;FDP=125;FR=.;FRO=56;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0220411;FXX=0.00793588;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.6282;QD=22.8497;RBI=0.0511447;REFB=0.0402137;REVB=-0.0461517;RO=57;SAF=38;SAR=31;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782821;STB=0.553369;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0344614;OID=.;OPOS=61160287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:57:56:69:69:0.552:31:38:26:31:30:39:25:31 chr18 61160385 . T C 315.6 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00934836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.278;QD=17.5332;RBI=0.0110343;REFB=-0.0219438;REVB=0.00586199;RO=37;SAF=13;SAR=21;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225894;STB=0.506893;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0212664;OID=.;OPOS=61160385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:34:34:0.472222:21:13:15:22:21:13:15:23 chr18 61170721 . T C 612.92 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.371;QD=61.2924;RBI=0.0487888;REFB=0;REVB=0.0254271;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622395;OID=.;OPOS=61170721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr18 61170782 . A G 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0224123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.502;QD=18.9487;RBI=0.0245407;REFB=-0.0300592;REVB=0.00999667;RO=27;SAF=5;SAR=23;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474707;STB=0.767571;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0133156;OID=.;OPOS=61170782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:23:5:18:9:23:5:18:9 chr18 61170925 . T C 1534.01 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0165989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.604;QD=62.6128;RBI=0.0221163;REFB=-0.139313;REVB=0.0146153;RO=0;SAF=53;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000406746;OID=.;OPOS=61170925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:0:1:97:97:0.989796:44:53:0:0:44:53:1:0 chr18 61233907 . C T 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0500501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9666;QD=55.096;RBI=0.056277;REFB=0;REVB=0.0257312;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000450957;OID=.;OPOS=61233907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr18 61234004 . G C 752.23 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00754515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.983;QD=61.4066;RBI=0.0166123;REFB=-0.0618822;REVB=0.0148;RO=1;SAF=30;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015421;STB=0.507933;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=3.47351e-05;OID=.;OPOS=61234004;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:17:30:1:0:17:31:1:0 chr18 61264298 . G A 1954.78 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0084548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.156;QD=61.0868;RBI=0.0161929;REFB=-0.100837;REVB=0.0138104;RO=1;SAF=74;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00888125;STB=0.504672;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-4.24566e-05;OID=.;OPOS=61264298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:128:1:1:127:127:0.992188:53:74:0:1:53:74:0:1 chr18 61264468 . C T 885.12 PASS AF=0.927536;AO=64;DP=69;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0341748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.024;QD=51.3115;RBI=0.0376212;REFB=-0.152458;REVB=0.01573;RO=4;SAF=24;SAR=40;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438188;STB=0.517236;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0066526;OID=.;OPOS=61264468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:69:69:4:5:64:64:0.927536:40:24:3:1:40:24:3:2 chr18 61322995 . T C 1937.11 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507536;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.859;QD=61.9876;RBI=0.0533215;REFB=0;REVB=-0.0163479;RO=0;SAF=65;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.57407e-05;OID=.;OPOS=61322995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:60:65:0:0:60:65:0:0 chr18 61326597 . A C 740.3 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.016;QD=56.9464;RBI=0.0498928;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=52;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167817;OID=.;OPOS=61326597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:0:52:0:0:0:52:0:0 chr18 61326602 . A G 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0065544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.978;QD=56.8271;RBI=0.0065544;REFB=-0.0710088;REVB=0;RO=1;SAF=64;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216675;OID=.;OPOS=61326602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:0:64:1:0:0:64:1:0 chr18 61326609 . T G 993.13 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.283;QD=57.5729;RBI=0.0126529;REFB=-0.0810588;REVB=0;RO=0;SAF=67;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357269;OID=.;OPOS=61326609;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:0:1:67:68:0.985507:0:67:0:0:0:68:1:0 chr18 61377579 . A C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.556;QD=61.6951;RBI=0.0386888;REFB=0;REVB=0.00881584;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38961e-05;OID=.;OPOS=61377579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:43:39:0:0:43:39:0:0 chr18 61379838 . T G 1044.32 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1295;QD=59.6753;RBI=0.0420827;REFB=0;REVB=0.0388739;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116603;OID=.;OPOS=61379838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr18 61379914 . T C 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0265991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.467;QD=20.899;RBI=0.0336645;REFB=-0.0149697;REVB=0.0206347;RO=24;SAF=8;SAR=20;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161053;STB=0.589995;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0160019;OID=.;OPOS=61379914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:20:8:11:13:20:8:11:13 chr18 61383354 . C T 394.28 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.00693245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.634;QD=17.331;RBI=0.00726125;REFB=-0.00937186;REVB=-0.0021603;RO=50;SAF=19;SAR=22;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123279;STB=0.56883;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0134867;OID=.;OPOS=61383354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:22:19:17:33:22:19:17:33 chr18 61387312 . G A 1822.93 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817598;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.375;QD=61.275;RBI=0.0268597;REFB=0;REVB=-0.0255851;RO=0;SAF=50;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000213564;OID=.;OPOS=61387312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:117:119:1:67:50:0:0:67:52:0:0 chr18 61387333 . T A 1556.47 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00692156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.997;QD=59.8642;RBI=0.00695402;REFB=0;REVB=0.000671149;RO=0;SAF=42;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07062e-05;OID=.;OPOS=61387333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:62:42:0:0:62:42:0:0 chr18 61387389 . G A 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.623;QD=60.883;RBI=0.0488204;REFB=0;REVB=-0.041165;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012193;OID=.;OPOS=61387389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr18 61390316 . C A 758.9 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00920008;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.336;QD=53.2563;RBI=0.00920162;REFB=-0.125603;REVB=0.000168028;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502267;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.000493078;OID=.;OPOS=61390316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:0:2:55:55:0.964912:31:24:0:0:31:24:1:1 chr18 61390332 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00879264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.465;QD=57.3857;RBI=0.00928141;REFB=0;REVB=0.00297221;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.8105e-06;OID=.;OPOS=61390332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr18 61390361 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.291;QD=57.8849;RBI=0.0127986;REFB=0;REVB=0.00683443;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64945e-06;OID=.;OPOS=61390361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr18 61390570 . T G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212856;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.742;QD=59.4357;RBI=0.0230096;REFB=0;REVB=0.00873867;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31507e-05;OID=.;OPOS=61390570;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr18 61647069 . G A 478.71 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0171293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.08;QD=22.5273;RBI=0.0172715;REFB=-0.0107581;REVB=-0.00221233;RO=39;SAF=28;SAR=18;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103496;STB=0.557043;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0101596;OID=.;OPOS=61647069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:46:46:0.541176:18:28:19:20:18:28:19:20 chr18 62036875 . G A 1589.6 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.856;QD=59.9848;RBI=0.0169729;REFB=0;REVB=-0.00125509;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5016e-06;OID=.;OPOS=62036875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:104:106:1:52:52:0:0:54:52:0:0 chr18 63489378 . C T 1524.87 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0578;QD=59.2182;RBI=0.02873;REFB=0;REVB=-0.00779853;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21421e-05;OID=.;OPOS=63489378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:101:103:1:54:47:0:0:54:49:0:0 chr18 63530016 . A G 1641.95 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.945;QD=60.255;RBI=0.0391087;REFB=0;REVB=-0.0298564;RO=0;SAF=59;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.97208e-06;OID=.;OPOS=63530016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:49:59:0:0:49:60:0:0 chr18 63547671 . GA G 58.72 PASS AF=0.375;AO=20;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.105819;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.5196;QD=4.19438;RBI=0.106461;REFB=-0.0280612;REVB=0.0116746;RO=29;SAF=6;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0.420724;SSSB=-0.300826;STB=0.60196;STBP=0.249;TYPE=del;VARB=-0.00693391;OID=.;OPOS=63547672;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:20:56:21:56:35:8:13:19:16:58:29:6:14:17:12 chr18 64235652 . C T 169.13 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.00947716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.148;QD=8.67326;RBI=0.0218392;REFB=-0.0118516;REVB=-0.0196758;RO=54;SAF=9;SAR=14;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255746;STB=0.644614;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0339982;OID=.;OPOS=64235652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:54:55:23:23:0.294872:14:9:33:21:14:9:33:22 chr18 65178103 . GCACACACACACACACAC GCACACACACACACAACA,GCACACACACACACACACA,GCACACACACACACAC 282.21 PASS AF=0.0263158,0,0.631579;AO=2,4,17;DP=40;FAO=1,0,24;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=1,0,9;FSAR=0,0,15;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0578607,-0.105889,-0.0493608;FXX=0.0256345;HRUN=1,0,1;LEN=3,1,2;MLLD=94.9929,58.6619,150.564;QD=29.7059;RBI=0.0657931,0.117411,0.0745625;REFB=-0.0535097,-0.050749,-0.0954612;REVB=-0.0313188,-0.0507237,-0.0558844;RO=9;SAF=2,4,5;SAR=0,0,12;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.565098,0.687014,-0.178529;STB=0.986032,0.5,0.612151;STBP=0.508,1,0.068;TYPE=mnp,ins,del;VARB=0.0622307,0,0.0779054;OID=.,.,.;OPOS=65178118,65178121,65178104;OREF=CAC,-,CA;OALT=ACA,A,-;OMAPALT=GCACACACACACACAACA,GCACACACACACACACACA,GCACACACACACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0263158,0,0.631579:2,4,17:40:1,0,24:38:13:1,0,9:0,0,15:9:4:99:9:2,4,5:0,0,12:5:4 chr18 65178280 . T C 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.000200709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.424;QD=17.4901;RBI=0.00721032;REFB=-0.0127269;REVB=0.00720753;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123838;STB=0.569183;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.013785;OID=.;OPOS=65178280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:16:12:9:21:16:12:9:21 chr18 65182392 . T C 862.9 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00735751;FXX=0.0156226;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.279;QD=54.7873;RBI=0.00749466;REFB=-0.127502;REVB=0.00142722;RO=2;SAF=32;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285886;STB=0.515147;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.000100493;OID=.;OPOS=65182392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:63:2:2:61:61:0.968254:29:32:2:0:29:32:2:0 chr18 66358514 . TAA T 491.24 PASS AF=0.53125;AO=68;DP=130;FAO=68;FDP=128;FR=.;FRO=60;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=0.0110206;FXX=0.0153834;HRUN=3;LEN=2;MLLD=44.9965;QD=15.3511;RBI=0.0252436;REFB=0.0377167;REVB=0.0227109;RO=53;SAF=43;SAR=25;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00791253;STB=0.508935;STBP=0.838;TYPE=del;VARB=-0.0304398;OID=.;OPOS=66358515;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125:68:130:68:128:60:43:25:39:21:99:53:43:25:34:19 chr18 66504093 . A C 1691.05 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.573;QD=60.3947;RBI=0.0502448;REFB=0;REVB=0.0276731;RO=0;SAF=68;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3652e-05;OID=.;OPOS=66504093;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:112:0:0:109:112:1:41:68:0:0:43:69:0:0 chr18 66504459 . A T 954.17 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000193775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.438;QD=55.3141;RBI=0.0365168;REFB=-0.116953;REVB=0.0365162;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50341;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.000700431;OID=.;OPOS=66504459;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:0:2:66:67:0.971014:40:26:0:0:41:26:1:1 chr18 66513615 . A G 137.85 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00447893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5165;QD=11.4876;RBI=0.0457561;REFB=-0.00252422;REVB=-0.0455364;RO=32;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703329;STB=0.541615;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0073693;OID=.;OPOS=66513615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:8:8:18:14:8:8:18:14 chr18 66513662 . T C 288.26 PASS AF=0.542373;AO=13;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.026526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.494;QD=19.5427;RBI=0.0374716;REFB=-0.0165;REVB=0.0264667;RO=27;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270736;STB=0.545426;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0132211;OID=.;OPOS=66513662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:13:32:0.542373:5:8:10:17:17:15:10:17 chr18 66513663 . G C 121.18 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0162483;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=105.629;QD=8.21583;RBI=0.0200828;REFB=0.00567425;REVB=0.011803;RO=41;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328267;STB=0.512281;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.00693482;OID=.;OPOS=66513663;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:41:42:17:17:0.288136:10:7:18:23:10:7:18:24 chr18 66526176 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00690298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.338;QD=46.8477;RBI=0.015603;REFB=0;REVB=0.0139929;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72031e-05;OID=.;OPOS=66526176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr18 66542006 . G T 357.8 PASS AF=0.447059;AO=33;DP=80;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0259065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.523;QD=16.8375;RBI=0.0270364;REFB=-0.0130092;REVB=-0.00773434;RO=47;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240131;STB=0.629653;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0198898;OID=.;OPOS=66542006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:85:47:47:33:38:0.447059:14:19:16:31:16:22:16:31 chr18 66678326 . T C 452.45 PASS AF=0.626866;AO=41;DP=66;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.0123467;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.9;QD=27.0119;RBI=0.0144491;REFB=-0.0024183;REVB=0.00750579;RO=25;SAF=19;SAR=22;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216421;STB=0.612404;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0017116;OID=.;OPOS=66678326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:25:25:41:42:0.626866:22:19:4:21:23:19:4:21 chr18 67345034 . T C 1511.29 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206537;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.997;QD=59.853;RBI=0.0302481;REFB=0;REVB=0.0220992;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020722;OID=.;OPOS=67345034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:52:49:0:0:52:49:0:0 chr18 67365668 . A G 254.38 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00162353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.01;QD=13.0453;RBI=0.00804369;REFB=-0.00791717;REVB=0.00787814;RO=47;SAF=15;SAR=15;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340758;STB=0.525624;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0156165;OID=.;OPOS=67365668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:48:30:30:0.384615:15:15:22:25:15:15:22:26 chr18 67531642 . T C 1735.66 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390069;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.867;QD=60.9003;RBI=0.0687919;REFB=0;REVB=0.0566638;RO=0;SAF=44;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160954;OID=.;OPOS=67531642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:108:114:0:0:108:114:1:64:44:0:0:68:46:0:0 chr18 67718688 . A G 2031.1 PASS AF=0.977941;AO=131;DP=136;FAO=133;FDP=136;FR=.;FRO=3;FSAF=83;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000543008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.508;QD=59.7384;RBI=0.00546288;REFB=-0.0123682;REVB=0.00543583;RO=2;SAF=82;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00383939;STB=0.501002;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.000104751;OID=.;OPOS=67718688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:136:136:2:3:131:133:0.977941:49:82:1:1:50:83:2:1 chr18 67806833 . A C 469.42 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0118399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.11;QD=23.1811;RBI=0.0181368;REFB=-0.0106401;REVB=0.013739;RO=36;SAF=20;SAR=25;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112118;STB=0.561616;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00693876;OID=.;OPOS=67806833;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:36:45:45:0.555556:25:20:21:15:25:20:21:15 chr18 67863850 . T TCTC 583.85 PASS AF=0.813559;AO=47;DP=61;FAO=48;FDP=59;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=39;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00968101;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=3;MLLD=177.408;QD=39.583;RBI=0.01532;REFB=-0.035829;REVB=0.0118735;RO=13;SAF=9;SAR=38;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265869;STB=0.636824;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.00804974;OID=.;OPOS=67863851;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.813559:47:61:48:59:11:9:39:8:3:66:13:9:38:9:4 chr18 67871343 . A C 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.007;QD=59.9374;RBI=0.0553393;REFB=0;REVB=0.0280124;RO=0;SAF=45;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025265;OID=.;OPOS=67871343;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:56:45:0:0:56:45:0:0 chr18 68180137 . G A 198.03 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0316155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.396;QD=11.1567;RBI=0.0346053;REFB=0.00707479;REVB=0.0140707;RO=45;SAF=21;SAR=4;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540241;STB=0.819851;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0195437;OID=.;OPOS=68180137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:46:25:25:0.352113:4:21:17:28:4:21:17:29 chr18 70209177 . C T 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0726332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.694;QD=62.1621;RBI=0.0868547;REFB=0;REVB=0.0476252;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226637;OID=.;OPOS=70209177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:42:43:0:0:42:43:0:0 chr18 70417297 . C T 145.19 PASS AF=0.259259;AO=21;DP=81;FAO=21;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0290096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.194;QD=7.16962;RBI=0.0439333;REFB=-0.00798016;REVB=-0.0329935;RO=60;SAF=9;SAR=12;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206975;STB=0.624884;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.021113;OID=.;OPOS=70417297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:60:60:21:21:0.259259:12:9:36:24:12:9:36:24 chr18 70417396 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0701986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.8;QD=58.061;RBI=0.0708288;REFB=0;REVB=0.00942792;RO=0;SAF=43;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212098;OID=.;OPOS=70417396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:18:43:0:0:18:43:0:0 chr18 70532840 . T G 2584.69 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00155216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.266;QD=61.9087;RBI=0.00731119;REFB=0;REVB=-0.00714453;RO=0;SAF=85;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.64483e-06;OID=.;OPOS=70532840;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:167:0:0:165:167:1:80:85:0:0:81:86:0:0 chr18 71927987 . T C 82.29 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0337136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0263;QD=8.89651;RBI=0.0589909;REFB=0.0115858;REVB=-0.0484078;RO=24;SAF=8;SAR=3;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081694;STB=0.590735;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.0402035;OID=.;OPOS=71927987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:24:26:11:11:0.297297:3:8:16:8:3:8:16:10 chr18 72009309 . C T 722.36 PASS AF=0.42246;AO=78;DP=187;FAO=79;FDP=187;FR=.;FRO=108;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=-0.0194148;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.418;QD=15.4516;RBI=0.0209573;REFB=-0.0138659;REVB=0.00789149;RO=107;SAF=39;SAR=39;SRF=52;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145011;STB=0.507041;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0192168;OID=.;OPOS=72009309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:107:108:78:79:0.42246:39:39:52:55:40:39:52:56 chr18 72009544 . C T 91.06 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00190666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.202;QD=6.07085;RBI=0.0226782;REFB=-0.00352883;REVB=0.0225979;RO=46;SAF=8;SAR=6;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00775191;STB=0.504847;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0100021;OID=.;OPOS=72009544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:46:46:14:14:0.233333:6:8:26:20:6:8:26:20 chr18 72020983 . A G 446.79 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0198321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.086;QD=16.7024;RBI=0.0204997;REFB=-0.00608012;REVB=0.0051889;RO=57;SAF=18;SAR=31;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019199;STB=0.506947;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00611603;OID=.;OPOS=72020983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:58:49:49:0.457944:31:18:22:35:31:18:22:36 chr18 72021717 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1479;QD=54.5154;RBI=0.0243126;REFB=0;REVB=0.00214636;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000608218;OID=.;OPOS=72021717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr18 72103782 . T C 818.91 PASS AF=0.461957;AO=85;DP=184;FAO=85;FDP=184;FR=.;FRO=99;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.0157521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5419;QD=17.8023;RBI=0.0248779;REFB=-0.00723346;REVB=0.0192557;RO=98;SAF=48;SAR=37;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924829;STB=0.553975;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00656497;OID=.;OPOS=72103782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:98:99:85:85:0.461957:37:48:46:52:37:48:46:53 chr18 72114181 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0151634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.113;QD=12.8601;RBI=0.0218917;REFB=-0.0235531;REVB=0.0157898;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168179;STB=0.599733;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0200564;OID=.;OPOS=72114181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:6:2:3:4:6:2 chr18 72114455 . C T 982.93 PASS AF=1;AO=49;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.7;QD=59.5717;RBI=0.143578;REFB=0;REVB=0.126746;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383801;OID=.;OPOS=72114455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:49:66:1:16:33:0:0:32:34:0:0 chr18 72114490 . G A 322.96 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0616812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4762;QD=21.8957;RBI=0.0835748;REFB=-0.000262895;REVB=0.056393;RO=26;SAF=18;SAR=15;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669931;STB=0.537015;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.000166672;OID=.;OPOS=72114490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:15:18:12:14:15:18:12:14 chr18 72223591 . G GTGC 713.02 PASS AF=0.9;AO=52;DP=61;FAO=54;FDP=60;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.058082;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=3;MLLD=235.698;QD=47.5347;RBI=0.0758171;REFB=-0.125197;REVB=0.048731;RO=9;SAF=36;SAR=16;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655419;STB=0.537487;STBP=0.112;TYPE=ins;VARB=0.0121644;OID=.;OPOS=72223592;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=GTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:52:61:54:60:6:37:17:6:0:27:9:36:16:8:1 chr18 72228124 . A G 1712.89 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.44;QD=60.6334;RBI=0.0384879;REFB=0;REVB=-0.012879;RO=0;SAF=58;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03648e-05;OID=.;OPOS=72228124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:55:58:0:0:55:58:0:0 chr18 72234635 . C T 400.59 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00715437;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.014;QD=18.4179;RBI=0.00995781;REFB=-0.0248586;REVB=-0.00692625;RO=46;SAF=17;SAR=24;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0015527;STB=0.500866;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0291628;OID=.;OPOS=72234635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:24:17:19:27:24:17:19:27 chr18 72244224 . G A 259.55 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0219201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.855;QD=11.9334;RBI=0.0221439;REFB=0.00438037;REVB=0.00314042;RO=56;SAF=7;SAR=24;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390013;STB=0.726539;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00837578;OID=.;OPOS=72244224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:56:31:31:0.356322:24:7:31:25:24:7:31:25 chr18 72343008 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.487;QD=59.4348;RBI=0.0582605;REFB=0;REVB=0.0294647;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507526;OID=.;OPOS=72343008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr18 72344223 . T C 452.6 PASS AF=0.385185;AO=52;DP=135;FAO=52;FDP=135;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.0173596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.656;QD=13.4103;RBI=0.0175372;REFB=-0.00458475;REVB=-0.00248955;RO=83;SAF=31;SAR=21;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125032;STB=0.570908;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00782032;OID=.;OPOS=72344223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:83:83:52:52:0.385185:21:31:40:43:21:31:40:43 chr18 72345890 . A C 475.94 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0390024;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.9833;QD=21.6338;RBI=0.0392415;REFB=0.00858623;REVB=0.00432543;RO=41;SAF=19;SAR=27;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12705;STB=0.564713;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00462105;OID=.;OPOS=72345890;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:41:42:46:46:0.522727:27:19:23:18:27:19:23:19 chr18 72346494 . C G 177.86 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0229474;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3637;QD=17.7855;RBI=0.0351918;REFB=-0.00760107;REVB=0.0266811;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674485;STB=0.53842;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0062061;OID=.;OPOS=72346494;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:6:12:16:6:6:12:16:6 chr18 72347482 . T C 382.98 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.00121151;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.293;QD=17.408;RBI=0.0127776;REFB=-0.0169299;REVB=-0.01272;RO=48;SAF=15;SAR=25;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217878;STB=0.512189;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0185443;OID=.;OPOS=72347482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:25:15:17:31:25:15:17:31 chr18 72775887 . G A 337.83 PASS AF=0.522388;AO=34;DP=66;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.000222253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.222;QD=20.1688;RBI=0.0172209;REFB=-0.0245682;REVB=0.0172195;RO=32;SAF=12;SAR=22;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785054;STB=0.533194;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0267528;OID=.;OPOS=72775887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:32:32:34:35:0.522388:22:12:14:18:22:13:14:18 chr18 72776121 . G A 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00157363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.493;QD=61.3756;RBI=0.0236673;REFB=0;REVB=0.0236149;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107551;OID=.;OPOS=72776121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr18 72914280 . G A 71.66 PASS AF=0.6;AO=8;DP=14;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0192208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.909;QD=19.1085;RBI=0.0262602;REFB=-0.00694514;REVB=0.017893;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21129;STB=0.571265;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00495157;OID=.;OPOS=72914280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:6:6:8:9:0.6:2:6:3:3:3:6:3:3 chr18 72920909 . C A 221.35 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00655475;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.263;QD=17.361;RBI=0.00730436;REFB=-0.00952776;REVB=-0.00322319;RO=27;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483186;STB=0.52725;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0101721;OID=.;OPOS=72920909;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:11:13:16:11:11:13:16:11 chr18 72997721 . A G 156.0 PASS AF=0.271605;AO=22;DP=81;FAO=22;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00419306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.674;QD=7.7035;RBI=0.00984003;REFB=-0.0125688;REVB=-0.00890193;RO=57;SAF=6;SAR=16;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278347;STB=0.68068;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0171111;OID=.;OPOS=72997721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:57:59:22:22:0.271605:16:6:28:29:16:6:30:29 chr18 73001026 . GAAAAAAAAAA GAAAAAAAAA,GAAAAAAAA,GAAAAAAAAAG 190.4 PASS AF=0.181818,0.636364,0.181818;AO=13,4,3;DP=34;FAO=6,21,6;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5,2;FSAR=5,16,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162619,-0.024042,0.0173691;FXX=0.0294031;HRUN=12,12,12;LEN=1,2,1;MLLD=4.7567,7.27497,271.289;QD=23.0791;RBI=0.303063,0.158962,0.0196665;REFB=0.0556467,0.0703361,0.0166725;REVB=0.302626,0.157133,0.00922411;RO=5;SAF=1,0,1;SAR=12,4,2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.35687,-0.700982,-0.0671606;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00486039,0.0925641,-0.0229817;OID=.,.,.;OPOS=73001027,73001027,73001036;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GAAAAAAAAA,GAAAAAAAA,GAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.181818,0.636364,0.181818:13,4,3:34:6,21,6:33:0:1,5,2:5,16,4:0:0:37:5:1,0,1:12,4,2:2:3 chr18 74153385 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.044357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.272;QD=23.2228;RBI=0.0761305;REFB=0.0478373;REVB=0.0618733;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.000888267;OID=.;OPOS=74153385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chr18 74208284 . G A 627.7 PASS AF=0.477612;AO=64;DP=134;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=24;FWDB=0.0384373;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7282;QD=18.7372;RBI=0.0898174;REFB=0.00844925;REVB=0.0811773;RO=70;SAF=30;SAR=34;SRF=46;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176629;STB=0.597565;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00942038;OID=.;OPOS=74208284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:70:70:64:64:0.477612:34:30:46:24:34:30:46:24 chr18 74611127 . A G 1283.4 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.798;QD=61.8508;RBI=0.0677832;REFB=0;REVB=0.0238781;RO=0;SAF=27;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236899;OID=.;OPOS=74611127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:56:27:0:0:56:27:0:0 chr18 74635026 . G T 228.19 PASS AF=0.295918;AO=29;DP=100;FAO=29;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=24;FWDB=-0.0189841;FXX=0.019998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.418;QD=9.31395;RBI=0.235037;REFB=-0.02062;REVB=-0.234269;RO=55;SAF=23;SAR=6;SRF=45;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446496;STB=0.628318;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0321006;OID=.;OPOS=74635026;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:55:69:29:29:0.295918:6:23:45:10:6:23:45:24 chr18 74671768 . T C 374.73 PASS AF=0.453488;AO=38;DP=88;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.000817801;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.706;QD=17.4291;RBI=0.0173021;REFB=0.000437646;REVB=-0.0172827;RO=47;SAF=17;SAR=21;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000557598;STB=0.50605;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.000621724;OID=.;OPOS=74671768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:47:47:38:39:0.453488:21:17:21:26:22:17:21:26 chr18 74672747 . C T 159.13 PASS AF=0.242105;AO=23;DP=95;FAO=23;FDP=95;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.0523936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.85;QD=6.70009;RBI=0.0596243;REFB=-0.00928173;REVB=-0.02846;RO=71;SAF=13;SAR=10;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375136;STB=0.528626;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0309944;OID=.;OPOS=74672747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:71:72:23:23:0.242105:10:13:38:33:10:13:38:34 chr18 74680259 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.344;QD=57.0007;RBI=0.0171291;REFB=0;REVB=0.00553633;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78136e-05;OID=.;OPOS=74680259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr18 74692336 . A G 461.27 PASS AF=0.443478;AO=50;DP=114;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=-0.0243271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.937;QD=16.0442;RBI=0.0244583;REFB=-0.0241031;REVB=-0.00252983;RO=64;SAF=28;SAR=22;SRF=43;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115966;STB=0.569956;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0323402;OID=.;OPOS=74692336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:64:64:50:51:0.443478:22:28:43:21:23:28:43:21 chr18 74701984 . G A 1057.84 PASS AF=0.526042;AO=101;DP=192;FAO=101;FDP=192;FR=.;FRO=91;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=0.0253739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8379;QD=22.0383;RBI=0.0296803;REFB=-0.0146834;REVB=0.0153976;RO=91;SAF=53;SAR=48;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357301;STB=0.51955;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0143872;OID=.;OPOS=74701984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:91:91:101:101:0.526042:48:53:44:47:48:53:44:47 chr18 74702864 . G A 206.64 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00562688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1742;QD=13.1198;RBI=0.0320834;REFB=-0.0123251;REVB=0.0315861;RO=38;SAF=8;SAR=17;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326178;STB=0.68672;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.018575;OID=.;OPOS=74702864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:17:8:24:14:17:8:24:14 chr18 74962645 . T C 461.22 PASS AF=0.443478;AO=51;DP=115;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=15;FWDB=-0.0215775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.773;QD=16.0425;RBI=0.0311967;REFB=-0.024514;REVB=-0.022531;RO=64;SAF=36;SAR=15;SRF=49;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743452;STB=0.541386;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0277205;OID=.;OPOS=74962645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:64:64:51:51:0.443478:15:36:49:15:15:36:49:15 chr18 74980809 . GT AT,TA 509.04 PASS AF=0.942857,0.0571429;AO=29,2;DP=34;FAO=33,2;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15,1;FSAR=18,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211365,-0.00445105;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=83.5399,52.9717;QD=58.1764;RBI=0.021725,0.00515162;REFB=0,0;REVB=0.00502249,-0.0025937;RO=0;SAF=13,1;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00229003,0.0809251;OID=.,.;OPOS=74980809,74980809;OREF=G,GT;OALT=A,TA;OMAPALT=AT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:35:0:0:29,2:33,2:0.942857,0.0571429:16,1:13,1:0:0:18,1:15,1:0:0 chr18 75796809 . G A 135.05 PASS AF=0.7;AO=13;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0370348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8067;QD=27.0092;RBI=0.0422816;REFB=-0.0345243;REVB=0.0203999;RO=6;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382089;STB=0.687242;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0175536;OID=.;OPOS=75796809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:13:14:0.7:4:9:0:6:5:9:0:6 chr18 76752126 . C T 198.57 PASS AF=0.266055;AO=29;DP=112;FAO=29;FDP=109;FR=.;FRO=80;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.0424317;FXX=0.0521694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.945;QD=7.287;RBI=0.0431839;REFB=-0.0226424;REVB=-0.0080253;RO=70;SAF=12;SAR=17;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181281;STB=0.508447;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0555593;OID=.;OPOS=76752126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:109:70:80:29:29:0.266055:17:12:30:40:17:12:34:46 chr18 76752226 . G A 160.7 PASS AF=0.297297;AO=22;DP=74;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0259639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.11;QD=8.68628;RBI=0.0259687;REFB=-0.0137562;REVB=0.000498856;RO=52;SAF=8;SAR=14;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738506;STB=0.544001;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0274774;OID=.;OPOS=76752226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:52:52:22:22:0.297297:14:8:22:30:14:8:22:30 chr18 76754466 . C T 689.19 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.838;QD=62.6534;RBI=0.0455387;REFB=0;REVB=0.0440432;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169474;OID=.;OPOS=76754466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:33:11:0:0:33:11:0:0 chr18 77067000 . T G 403.21 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0092099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.873;QD=24.813;RBI=0.0131942;REFB=-0.0111349;REVB=-0.00944807;RO=26;SAF=19;SAR=20;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934291;STB=0.551155;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00961548;OID=.;OPOS=77067000;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:26:26:39:39:0.6:20:19:16:10:20:19:16:10 chr18 77246406 . T G 344.25 PASS AF=0.452381;AO=35;DP=80;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0229873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.542;QD=16.3926;RBI=0.023294;REFB=-0.0227849;REVB=-0.0037676;RO=44;SAF=17;SAR=18;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590689;STB=0.511899;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0304018;OID=.;OPOS=77246406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:44:46:35:38:0.452381:18:17:24:20:19:19:24:22 chr18 77287890 . G A 179.6 PASS AF=0.292683;AO=24;DP=83;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00227574;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7798;QD=8.76081;RBI=0.0137668;REFB=-0.00326585;REVB=0.0135774;RO=55;SAF=8;SAR=16;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171261;STB=0.610075;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00675096;OID=.;OPOS=77287890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:55:58:24:24:0.292683:16:8:26:29:16:8:28:30 chr18 77420703 . C G 126.23 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00640234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7441;QD=8.27728;RBI=0.0299941;REFB=-0.0463396;REVB=-0.0293028;RO=39;SAF=11;SAR=7;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144183;STB=0.571348;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0322638;OID=.;OPOS=77420703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:39:43:18:18:0.295082:7:11:19:20:7:11:22:21 chr18 77439532 . T C 202.39 PASS AF=0.625;AO=17;DP=29;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00339608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.074;QD=25.2984;RBI=0.0224983;REFB=-0.0347762;REVB=0.0222405;RO=12;SAF=11;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289954;STB=0.629502;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0286655;OID=.;OPOS=77439532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:29:32:12:12:17:20:0.625:6:11:3:9:8:12:3:9 chr18 77475317 . G A 132.48 PASS AF=0.232558;AO=20;DP=87;FAO=20;FDP=86;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0316508;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2073;QD=6.16188;RBI=0.0319704;REFB=-0.00200934;REVB=-0.00450919;RO=66;SAF=9;SAR=11;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136716;STB=0.584212;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00651242;OID=.;OPOS=77475317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:66:66:20:20:0.232558:11:9:37:29:11:9:37:29 chr18 77513721 . T C 2036.93 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.614;QD=62.1962;RBI=0.0185142;REFB=0;REVB=-0.00163596;RO=0;SAF=66;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.98038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112514;OID=.;OPOS=77513721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:64:66:0:0:65:66:0:0 chr18 77513951 . GT G 43.39 PASS AF=0.270833;AO=11;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00139868;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.7095;QD=3.61577;RBI=0.0644574;REFB=0.0168996;REVB=0.0644422;RO=33;SAF=5;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0.461538;SSSB=-0.0724969;STB=0.575046;STBP=0.574;TYPE=del;VARB=-0.0178092;OID=.;OPOS=77513952;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.270833:11:48:13:48:35:5:8:17:18:43:33:5:6:17:16 chr18 77728135 . G T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00635116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.7;QD=58.7817;RBI=0.0380385;REFB=0;REVB=-0.0375045;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.33519e-05;OID=.;OPOS=77728135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr18 77736735 . T C 821.57 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0512799;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.4594;QD=56.6599;RBI=0.0772501;REFB=0;REVB=0.0577749;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0031722;OID=.;OPOS=77736735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:31:25:0:0:33:25:0:0 chr18 77772974 . C A 40.25 PASS AF=0.113924;AO=8;DP=79;FAO=9;FDP=79;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.0157841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6951;QD=2.03792;RBI=0.0189921;REFB=-0.00534211;REVB=0.0105624;RO=70;SAF=5;SAR=3;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241318;STB=0.623004;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0658329;OID=.;OPOS=77772974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:79:79:70:70:8:9:0.113924:3:5:29:41:4:5:29:41 chr18 77773006 . A G 86.29 PASS AF=0.185185;AO=15;DP=81;FAO=15;FDP=81;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0124806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.378;QD=4.26126;RBI=0.0193835;REFB=-0.00115898;REVB=-0.0148308;RO=66;SAF=7;SAR=8;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152965;STB=0.509921;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0143274;OID=.;OPOS=77773006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:81:81:66:66:15:15:0.185185:8:7:30:36:8:7:30:36 chr18 77773035 . G A 92.76 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00599903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.501;QD=5.37735;RBI=0.0246299;REFB=-0.00119288;REVB=-0.0238882;RO=54;SAF=7;SAR=8;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642244;STB=0.540487;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00469577;OID=.;OPOS=77773035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:69:54:54:15:15:0.217391:8:7:28:26:8:7:28:26 chr18 77805856 . A C 264.79 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=0.000987136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7281;QD=20.7681;RBI=0.0236506;REFB=0.00521326;REVB=0.02363;RO=24;SAF=12;SAR=15;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322127;STB=0.677846;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0132037;OID=.;OPOS=77805856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:15:12:20:4:15:12:20:4 chr18 77894844 . G A 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0148845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.476;QD=19.1085;RBI=0.0270684;REFB=0.00139765;REVB=-0.0226086;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152681;STB=0.588041;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00139997;OID=.;OPOS=77894844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:4:5:2:4:4:5:2:4 chr18 77895078 . A G 165.74 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0125122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.685;QD=14.4119;RBI=0.0170248;REFB=-0.00347811;REVB=-0.011545;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617053;STB=0.52049;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0036904;OID=.;OPOS=77895078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:18:18:0.391304:7:11:18:9:7:11:18:10 chr18 77896242 . C T 205.37 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.0250946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7328;QD=12.8357;RBI=0.030806;REFB=-0.0145258;REVB=0.0178682;RO=38;SAF=15;SAR=10;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125347;STB=0.577123;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0444877;OID=.;OPOS=77896242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:39:25:25:0.390625:10:15:27:11:10:15:28:11 chr18 77918221 . C T 270.16 PASS AF=0.538462;AO=27;DP=51;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00636777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.411;QD=20.7812;RBI=0.0257602;REFB=-0.0103626;REVB=0.0249607;RO=24;SAF=10;SAR=17;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182253;STB=0.606664;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00993831;OID=.;OPOS=77918221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:24:27:28:0.538462:17:10:14:10:18:10:14:10 chr19 282753 . G A 97.63 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.014636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.341;QD=24.4082;RBI=0.0249854;REFB=-0.0307919;REVB=0.0202498;RO=5;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304345;STB=0.51721;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0121091;OID=.;OPOS=282753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:6:5:2:3:6:5:2:3 chr19 362283 . C T 429.28 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.021662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.248;QD=15.7535;RBI=0.0248925;REFB=-0.00713426;REVB=-0.0122635;RO=61;SAF=22;SAR=26;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657739;STB=0.536778;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0115772;OID=.;OPOS=362283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:61:48:48:0.440367:26:22:24:37:26:22:24:37 chr19 367089 . G A 677.9 PASS AF=0.515385;AO=67;DP=130;FAO=67;FDP=130;FR=.;FRO=63;FSAF=46;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=13;FWDB=0.0119772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.753;QD=20.8586;RBI=0.0260427;REFB=0.0180342;REVB=0.0231251;RO=63;SAF=46;SAR=21;SRF=50;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115375;STB=0.563111;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0144876;OID=.;OPOS=367089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:63:63:67:67:0.515385:21:46:50:13:21:46:50:13 chr19 371213 . T C 141.68 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0053105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.235;QD=14.5317;RBI=0.0187975;REFB=-0.0191211;REVB=-0.0180318;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140917;STB=0.581298;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0347018;OID=.;OPOS=371213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:23:15:16:0.410256:9:6:6:16:9:7:7:16 chr19 372661 . C A 142.56 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0458826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4293;QD=14.256;RBI=0.0460226;REFB=-0.00196741;REVB=-0.00358689;RO=22;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578709;STB=0.51437;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00119201;OID=.;OPOS=372661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:24:16:16:0.4:11:5:8:14:11:5:8:16 chr19 407900 . AG GC,GG 284.38 PASS AF=0,0.516129;AO=3,28;DP=62;FAO=0,32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=0,19;FSAR=0,13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0104734,0.0144663;FXX=0.0158705;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=113.002,128.469;QD=18.347;RBI=0.0276622,0.015092;REFB=-0.0519564,-0.0813124;REVB=0.0256028,0.00430067;RO=31;SAF=3,16;SAR=0,12;SRF=13;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.577707,0.141823;STB=0.5,0.578044;STBP=1,0.194;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.037925;OID=.,.;OPOS=407900,407900;OREF=AG,A;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:62:62:31:30:3,28:0,32:0,0.516129:0,12:3,16:13:18:0,13:0,19:13:17 chr19 453160 . A G 1568.5 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.749;QD=64.0203;RBI=0.0160999;REFB=0;REVB=0.00524265;RO=0;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71413e-05;OID=.;OPOS=453160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:51:46:0:0:52:46:0:0 chr19 463528 . G A 816.46 PASS AF=0.459459;AO=85;DP=185;FAO=85;FDP=185;FR=.;FRO=100;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=64;FSRR=36;FWDB=0.0641334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6238;QD=17.6532;RBI=0.0673325;REFB=-0.00723136;REVB=0.0205078;RO=100;SAF=43;SAR=42;SRF=64;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131328;STB=0.572613;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0108407;OID=.;OPOS=463528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:100:100:85:85:0.459459:42:43:64:36:42:43:64:36 chr19 464207 . C A 44.72 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00804666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.849;QD=25.5536;RBI=0.0158852;REFB=-0.0141154;REVB=-0.0136964;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277405;STB=0.666027;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00339966;OID=.;OPOS=464207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:5:6:0.857143:1:4:0:1:1:5:0:1 chr19 498524 . A G 716.46 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451459;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.786;QD=57.3171;RBI=0.0454588;REFB=0;REVB=-0.0053246;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163156;OID=.;OPOS=498524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr19 501900 . C A 67.08 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0659724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.89;QD=26.8335;RBI=0.107069;REFB=-0.14604;REVB=0.0843298;RO=1;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286738;STB=0.635964;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00953957;OID=.;OPOS=501900;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:10:10:1:2:8:8:0.8:1:7:0:1:1:7:1:1 chr19 549678 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0474895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.914;QD=56.7065;RBI=0.0514213;REFB=0;REVB=-0.0197204;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224039;OID=.;OPOS=549678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr19 579010 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00485646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.256;QD=13.486;RBI=0.037053;REFB=-0.00164337;REVB=0.0367334;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566031;STB=0.533262;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00399546;OID=.;OPOS=579010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:2:7:9:2:2:7:9:2 chr19 579100 . C T 102.08 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0289623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.775;QD=10.4699;RBI=0.0297394;REFB=-0.0156504;REVB=0.00675418;RO=25;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160057;STB=0.551103;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0339445;OID=.;OPOS=579100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:12:13:0.333333:5:7:11:14:6:7:12:14 chr19 579157 . T C 70.9 PASS AF=0.384615;AO=8;DP=23;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0518741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.654;QD=10.9084;RBI=0.0519215;REFB=-0.0202043;REVB=-0.00221722;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311237;STB=0.642621;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0242566;OID=.;OPOS=579157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:23:26:15:16:8:10:0.384615:5:3:2:13:7:3:2:14 chr19 579252 . AGGGTGCCTTCCCGAAGG A 94.57 PASS AF=0.52;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0119631;FXX=0.0740466;HRUN=3;LEN=17;MLLD=288.294;QD=15.1318;RBI=0.0276275;REFB=-0.0232768;REVB=0.0249031;RO=10;SAF=11;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423661;STB=0.720916;STBP=0.059;TYPE=del;VARB=0.0186097;OID=.;OPOS=579253;OREF=GGGTGCCTTCCCGAAGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52:13:29:13:25:12:11:2:6:6:74:10:11:2:4:6 chr19 579450 . G A 632.37 PASS AF=0.647059;AO=55;DP=85;FAO=55;FDP=85;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00878906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.538;QD=29.7584;RBI=0.0272799;REFB=-0.020716;REVB=0.0258253;RO=30;SAF=29;SAR=26;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257503;STB=0.513961;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00890434;OID=.;OPOS=579450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:30:30:55:55:0.647059:26:29:17:13:26:29:17:13 chr19 579627 . C T 535.4 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=39;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00288446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8414;QD=23.7955;RBI=0.062219;REFB=-0.0221202;REVB=0.0621521;RO=40;SAF=39;SAR=11;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186407;STB=0.603048;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0242297;OID=.;OPOS=579627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:40:50:50:0.555556:11:39:24:16:11:39:24:16 chr19 580388 . C G 391.89 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=116;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.0152301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9352;QD=13.3979;RBI=0.018582;REFB=-0.0127537;REVB=0.0106458;RO=69;SAF=28;SAR=18;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160645;STB=0.51173;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0128682;OID=.;OPOS=580388;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:69:71:46:46:0.393162:18:28:41:28:19:27:43:28 chr19 582775 . A G 171.88 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00421672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6534;QD=18.0926;RBI=0.0685813;REFB=-0.0381027;REVB=-0.0684516;RO=20;SAF=15;SAR=3;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187089;STB=0.607974;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0336566;OID=.;OPOS=582775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:3:15:14:6:3:15:14:6 chr19 582927 . T A 136.17 PASS AF=0.292308;AO=17;DP=63;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00643091;FXX=0.0441112;HRUN=7;LEN=1;MLLD=240.715;QD=8.37984;RBI=0.0227888;REFB=-0.00431159;REVB=-0.0218625;RO=34;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991854;STB=0.564449;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00756787;OID=.;OPOS=582927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:34:46:17:19:0.292308:8:9:15:19:9:10:20:26 chr19 605171 . T C 2350.84 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0816752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.135;QD=63.1099;RBI=0.0817203;REFB=0;REVB=0.00271478;RO=1;SAF=57;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00827016;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142401;OID=.;OPOS=605171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:149:1:0:146:149:1:89:57:1:0:91:58:0:0 chr19 613898 . T C 223.2 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0228514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.995;QD=17.169;RBI=0.0230339;REFB=-0.0304095;REVB=-0.00289347;RO=26;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153553;STB=0.58133;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0409057;OID=.;OPOS=613898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:24:25:0.480769:9:15:12:14:10:15:12:15 chr19 619021 . G C 167.39 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0162604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.039;QD=23.0882;RBI=0.0634014;REFB=-0.0431098;REVB=0.0612808;RO=11;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246492;STB=0.647426;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0505076;OID=.;OPOS=619021;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:29:11:12:17:17:0.586207:7:10:10:1:7:10:11:1 chr19 620392 . G A 223.37 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0531091;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3851;QD=18.6137;RBI=0.0541893;REFB=0.00143443;REVB=0.0107658;RO=27;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107117;STB=0.549954;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00122522;OID=.;OPOS=620392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:27:26:22:22:0.458333:13:9:14:13:13:9:13:13 chr19 621063 . A G 353.95 PASS AF=0.44186;AO=39;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0347555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1793;QD=16.4629;RBI=0.0631361;REFB=0.00220763;REVB=-0.0527088;RO=46;SAF=20;SAR=19;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135692;STB=0.567333;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00494227;OID=.;OPOS=621063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:48:39:38:0.44186:19:20:30:16:18:20:31:17 chr19 621070 . G A 439.41 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.010266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.019;QD=19.7487;RBI=0.0129033;REFB=-0.0473365;REVB=0.00781693;RO=45;SAF=21;SAR=23;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212076;STB=0.617164;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.039719;OID=.;OPOS=621070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:23:21:32:13:23:21:32:13 chr19 621712 . A G 115.45 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0541983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3471;QD=8.39632;RBI=0.0868542;REFB=-0.0260886;REVB=-0.067869;RO=39;SAF=7;SAR=9;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148084;STB=0.589054;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0607829;OID=.;OPOS=621712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:9:7:22:17:9:7:22:17 chr19 625198 . A G 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00913633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.171;QD=14.119;RBI=0.0120014;REFB=-0.0163898;REVB=-0.00778205;RO=36;SAF=16;SAR=11;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00962579;STB=0.508229;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0208368;OID=.;OPOS=625198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:38:27:27:0.415385:11:16:21:15:11:16:22:16 chr19 641215 . T C 237.66 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0023968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.362;QD=18.6403;RBI=0.0171356;REFB=-0.0173209;REVB=-0.0169671;RO=25;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284601;STB=0.645855;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0267694;OID=.;OPOS=641215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:13:12:20:5:13:12:20:6 chr19 647820 . C T 78.15 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0266314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.628;QD=6.25173;RBI=0.0275633;REFB=0.00762333;REVB=-0.00710646;RO=39;SAF=10;SAR=1;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460969;STB=0.810106;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0185928;OID=.;OPOS=647820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:39:39:11:11:0.22:1:10:25:14:1:10:25:14 chr19 651852 . C T 360.01 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00489851;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8946;QD=25.264;RBI=0.0209968;REFB=-0.0163434;REVB=0.0204174;RO=22;SAF=8;SAR=27;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23147;STB=0.627828;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00752147;OID=.;OPOS=651852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:27:8:11:11:27:8:11:11 chr19 687142 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.583;QD=42.1826;RBI=0.0607814;REFB=0;REVB=0.0319093;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000933019;OID=.;OPOS=687142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr19 691909 . T C 419.89 PASS AF=0.417391;AO=47;DP=114;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.0449077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.761;QD=14.6049;RBI=0.0450904;REFB=-0.040867;REVB=-0.00405469;RO=66;SAF=24;SAR=23;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131196;STB=0.562178;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0445264;OID=.;OPOS=691909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:66:67:47:48:0.417391:23:24:42:24:23:25:42:25 chr19 726203 . G A 336.06 PASS AF=0.347107;AO=42;DP=122;FAO=42;FDP=121;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=-0.0310981;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8318;QD=11.1093;RBI=0.0356241;REFB=-0.00921116;REVB=0.0173778;RO=71;SAF=18;SAR=24;SRF=48;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267716;STB=0.623199;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0219655;OID=.;OPOS=726203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:71:79:42:42:0.347107:24:18:48:23:24:18:49:30 chr19 731144 . A G 312.6 PASS AF=0.361111;AO=39;DP=108;FAO=39;FDP=108;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0301638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9751;QD=11.5776;RBI=0.0326775;REFB=-0.0303716;REVB=-0.0125682;RO=69;SAF=23;SAR=16;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076977;STB=0.544159;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0572419;OID=.;OPOS=731144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:69:69:39:39:0.361111:16:23:36:33:16:23:36:33 chr19 746367 . G A 185.17 PASS AF=0.380952;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0175676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.098;QD=11.757;RBI=0.0197046;REFB=-0.01942;REVB=0.00892465;RO=39;SAF=9;SAR=14;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501672;STB=0.512185;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0334347;OID=.;OPOS=746367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:39:39:23:24:0.380952:14:9:17:22:14:10:17:22 chr19 756985 . T G 241.07 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0420176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6985;QD=14.6103;RBI=0.045055;REFB=0.000942952;REVB=-0.0162626;RO=38;SAF=7;SAR=21;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255869;STB=0.64644;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00317457;OID=.;OPOS=756985;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:21:7:18:20:21:7:18:20 chr19 757399 . A C 281.65 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.017732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.048;QD=17.0698;RBI=0.0180493;REFB=-0.0075675;REVB=-0.00336958;RO=35;SAF=23;SAR=8;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241881;STB=0.636672;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0126903;OID=.;OPOS=757399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:8:23:18:17:8:23:18:17 chr19 757412 . A G 304.1 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0113283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.656;QD=17.3774;RBI=0.0133243;REFB=-0.023452;REVB=-0.00701477;RO=37;SAF=24;SAR=9;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11747;STB=0.566112;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0292974;OID=.;OPOS=757412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:9:24:23:14:9:24:23:14 chr19 757606 . T C 311.64 PASS AF=0.577778;AO=23;DP=43;FAO=26;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0182855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.085;QD=27.7009;RBI=0.0191982;REFB=-0.027865;REVB=0.00584925;RO=17;SAF=18;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137802;STB=0.540449;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0167697;OID=.;OPOS=757606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:17:17:23:26:0.577778:5:18:11:6:7:19:11:6 chr19 856014 . C T 278.71 PASS AF=0.54717;AO=28;DP=52;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.131672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8421;QD=21.0343;RBI=0.132309;REFB=-0.0334848;REVB=-0.0129735;RO=24;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132722;STB=0.579506;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0244061;OID=.;OPOS=856014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:24:24:28:29:0.54717:15:13:15:9:16:13:15:9 chr19 880066 . G A 237.3 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0168491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.536;QD=18.6117;RBI=0.0229881;REFB=-0.0101272;REVB=-0.0156384;RO=26;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126906;STB=0.571371;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0129314;OID=.;OPOS=880066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:15:10:14:12:15:10:14:12 chr19 885818 . A G 189.17 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0678495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5358;QD=13.0464;RBI=0.0712168;REFB=-0.0105972;REVB=-0.0216399;RO=35;SAF=15;SAR=8;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00576295;STB=0.503308;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0129462;OID=.;OPOS=885818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:8:15:23:12:8:15:23:12 chr19 900951 . A G 664.04 PASS AF=0.541667;AO=58;DP=111;FAO=65;FDP=120;FR=.;FRO=55;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0684535;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.722;QD=22.1347;RBI=0.0689162;REFB=-0.0340596;REVB=0.00797233;RO=51;SAF=33;SAR=25;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117247;STB=0.599452;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0313755;OID=.;OPOS=900951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:120:51:55:58:65:0.541667:25:33:22:29:25:40:22:33 chr19 901507 . A G 304.59 PASS AF=0.422222;AO=33;DP=85;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0143922;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.614;QD=13.5372;RBI=0.0354007;REFB=-0.0103846;REVB=0.0323431;RO=49;SAF=16;SAR=17;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176561;STB=0.581353;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0116322;OID=.;OPOS=901507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:90:49:52:33:38:0.422222:17:16:32:17:20:18:32:20 chr19 965043 . T C 446.85 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.201;QD=57.6578;RBI=0.0430836;REFB=0;REVB=-0.00130199;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180675;OID=.;OPOS=965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:15:15:0:0:15:16:0:0 chr19 972813 . AA CA,GC 38.68 PASS AF=0.0652174,0;AO=2,2;DP=37;FAO=3,0;FDP=46;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=39;FSAF=1,0;FSAR=2,0;FSRF=7;FSRR=32;FWDB=0.0323085,0.0324754;FXX=0.0212721;HRUN=30,30;LEN=1,2;MLLD=121.148,145.887;QD=3.36342;RBI=0.0331456,0.0397159;REFB=-0.00725568,-0.00591644;REVB=-0.00740176,-0.0228626;RO=27;SAF=0,0;SAR=2,2;SRF=6;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.375613,-0.375613;STB=0.67907,0.5;STBP=0.807,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0180703,0;OID=.,.;OPOS=972813,972813;OREF=A,AA;OALT=C,GC;OMAPALT=CA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:37:46:27:39:2,2:3,0:0.0652174,0:2,2:0,0:6:21:2,0:1,0:7:32 chr19 984533 . T C 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.020603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.2;QD=15.1719;RBI=0.029482;REFB=-0.0108986;REVB=0.0210881;RO=24;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253895;STB=0.645902;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0190418;OID=.;OPOS=984533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:7:10:8:16:7:10:8:16 chr19 990281 . G A 325.52 PASS AF=0.62;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0210395;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.258;QD=26.0418;RBI=0.0236591;REFB=-0.03552;REVB=-0.010821;RO=18;SAF=26;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274416;STB=0.668992;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0138055;OID=.;OPOS=990281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:18:19:31:31:0.62:5:26:10:8:5:26:10:9 chr19 990317 . GGCCCCCT GCCCCT,GGCCCCT,GGCCCCTC,GGGCCCCT 173.54 PASS AF=0.232558,0.372093,0,0;AO=7,13,2,5;DP=44;FAO=10,16,0,0;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=3,14,0,0;FSAR=7,2,0,0;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.143968,-0.220665,-0.201578,-0.0856114;FXX=0;HRUN=5,5,5,5;LEN=2,1,2,1;MLLD=17.1547,11.7317,39.1006,11.0417;QD=16.1428;RBI=0.220731,0.224338,0.211502,0.227921;REFB=-0.0433852,-0.144009,-0.0194292,-0.110639;REVB=-0.167319,0.0404309,-0.0640268,0.211232;RO=15;SAF=1,12,2,4;SAR=6,1,0,1;SRF=7;SRR=8;SSEN=0.305556,0,0,0;SSEP=0,0.555556,0,0;SSSB=-0.425239,0.585429,0.554201,0.393696;STB=0.683837,0.7238,0.5,0.5;STBP=0.154,0.054,1,1;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=0.0686758,0.0912982,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=990318,990319,990323,990319;OREF=GC,C,CT,C;OALT=-,-,TC,G;OMAPALT=GCCCCT,GGCCCCT,GGCCCCTC,GGGCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.232558,0.372093,0,0:7,13,2,5:44:10,16,0,0:43:17:3,14,0,0:7,2,0,0:10:7:78:15:1,12,2,4:6,1,0,1:7:8 chr19 991063 . A C 137.84 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.011663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.926;QD=19.0126;RBI=0.0279342;REFB=-0.0101424;REVB=-0.025383;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262026;STB=0.518494;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0120439;OID=.;OPOS=991063;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:12:14:15:15:0.517241:8:7:6:6:8:7:6:8 chr19 991129 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=-0.00383757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.291;QD=10.0752;RBI=0.0237727;REFB=-0.00612294;REVB=0.0234609;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.479345;STB=0.76885;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.011885;OID=.;OPOS=991129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:2:6:14:0:2:6:14:0 chr19 1003172 . C T 523.45 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.00586457;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.096;QD=18.5293;RBI=0.00859128;REFB=-0.0141978;REVB=-0.00627829;RO=58;SAF=27;SAR=28;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103783;STB=0.557399;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0150175;OID=.;OPOS=1003172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:58:55:55:0.486726:28:27:22:36:28:27:22:36 chr19 1004740 . T C 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.000385412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.233;QD=13.8305;RBI=0.00118684;REFB=-0.0107866;REVB=-0.00112252;RO=39;SAF=19;SAR=8;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159581;STB=0.591461;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0120662;OID=.;OPOS=1004740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:8:19:22:17:8:19:22:17 chr19 1008683 . G A 90.18 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0235855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5043;QD=16.3964;RBI=0.0952189;REFB=-0.0173455;REVB=0.0922516;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822389;STB=0.547738;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0296251;OID=.;OPOS=1008683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:7:4:5:6:7:4:5:6 chr19 1008879 . G C 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0409284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.228;QD=16.2711;RBI=0.0508738;REFB=0.0187263;REVB=-0.030216;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183537;STB=0.604806;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.037984;OID=.;OPOS=1008879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:13:5:7:8:13:5 chr19 1009585 . C G 622.76 PASS AF=0.564815;AO=61;DP=108;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=48;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00226403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7478;QD=23.0651;RBI=0.00683698;REFB=0.00273218;REVB=0.00645124;RO=44;SAF=48;SAR=13;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252151;STB=0.629098;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.001037;OID=.;OPOS=1009585;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:44:47:61:61:0.564815:13:48:23:21:13:48:26:21 chr19 1009883 . A G 172.88 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.066006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7461;QD=18.6892;RBI=0.142579;REFB=-0.005678;REVB=-0.126381;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517222;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00414766;OID=.;OPOS=1009883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:7:11:11:7:7:11:11:8 chr19 1014398 . A G 213.06 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00730714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.566;QD=14.6936;RBI=0.0114965;REFB=-0.0178192;REVB=-0.00887559;RO=33;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117542;STB=0.566615;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0288504;OID=.;OPOS=1014398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:13:12:12:21:13:12:12:21 chr19 1021622 . ATTTTTG ATTTTG,ATTTTGT 58.66 PASS AF=0.578947,0;AO=5,5;DP=19;FAO=11,0;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=8,0;FSAR=3,0;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0434647,-0.166575;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=11.049,122.185;QD=12.3502;RBI=0.0449505,0.169477;REFB=-0.121533,-0.0101383;REVB=-0.0114615,-0.0312291;RO=9;SAF=2,5;SAR=3,0;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.046104,0.739778;STB=0.659488,0.5;STBP=0.138,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.125316,0;OID=.,.;OPOS=1021623,1021627;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=ATTTTG,ATTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.578947,0:5,5:19:11,0:19:8:8,0:3,0:3:5:33:9:2,5:3,0:4:5 chr19 1032689 . G T 201.67 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0728776;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.1379;QD=29.8776;RBI=0.0728867;REFB=-0.0287021;REVB=0.00114925;RO=8;SAF=6;SAR=13;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361417;STB=0.519979;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00959645;OID=.;OPOS=1032689;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:13:6:3:5:13:6:3:5 chr19 1036552 . T C 922.3 PASS AF=0.489362;AO=93;DP=189;FAO=92;FDP=188;FR=.;FRO=96;FSAF=61;FSAR=31;FSRF=76;FSRR=20;FWDB=-0.0757808;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.533;QD=19.6235;RBI=0.075803;REFB=-0.0134637;REVB=-0.00183755;RO=94;SAF=62;SAR=31;SRF=74;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130619;STB=0.577179;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00984326;OID=.;OPOS=1036552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:94:96:93:92:0.489362:31:62:74:20:31:61:76:20 chr19 1036574 . C T 570.19 PASS AF=0.402439;AO=66;DP=164;FAO=66;FDP=164;FR=.;FRO=98;FSAF=51;FSAR=15;FSRF=69;FSRR=29;FWDB=0.0162237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.904;QD=13.9071;RBI=0.0187397;REFB=-0.0179134;REVB=0.00937902;RO=88;SAF=51;SAR=15;SRF=63;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783305;STB=0.554879;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0354653;OID=.;OPOS=1036574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:88:98:66:66:0.402439:15:51:63:25:15:51:69:29 chr19 1038995 . A C 1353.73 PASS AF=0.465574;AO=143;DP=306;FAO=142;FDP=305;FR=.;FRO=163;FSAF=58;FSAR=84;FSRF=85;FSRR=78;FWDB=-0.0167953;FXX=0.00326787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.54;QD=17.7539;RBI=0.0176829;REFB=-0.00487108;REVB=-0.00553191;RO=161;SAF=59;SAR=84;SRF=84;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105907;STB=0.56109;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00494695;OID=.;OPOS=1038995;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:305:161:163:143:142:0.465574:84:59:84:77:84:58:85:78 chr19 1042809 . A G 94.43 PASS AF=0.55;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00465354;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.863;QD=18.8854;RBI=0.00549593;REFB=-0.0161704;REVB=-0.00292401;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320029;STB=0.514825;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0123501;OID=.;OPOS=1042809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:21:20:10:9:11:11:0.55:7:4:4:6:7:4:3:6 chr19 1045173 . G A 215.08 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0562664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4802;QD=21.508;RBI=0.0582948;REFB=-0.0269835;REVB=-0.0152436;RO=19;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686565;STB=0.538426;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0293526;OID=.;OPOS=1045173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:14:7:5:14:14:7:5:14 chr19 1047002 . A G 73.84 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.03656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1553;QD=9.8449;RBI=0.0734572;REFB=-0.0352153;REVB=-0.0637129;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111111;STB=0.567431;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0526285;OID=.;OPOS=1047002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:10:10:6:4:10:10 chr19 1047161 . A G 434.27 PASS AF=0.483516;AO=40;DP=88;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0003685;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.771;QD=19.0889;RBI=0.00717525;REFB=-0.0277597;REVB=-0.00716578;RO=45;SAF=17;SAR=23;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10321;STB=0.550052;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0236627;OID=.;OPOS=1047161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:45:47:40:44:0.483516:23:17:24:21:23:21:27:20 chr19 1047537 . A C 239.89 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.080188;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1896;QD=20.4165;RBI=0.0810955;REFB=-0.0358223;REVB=0.0120985;RO=24;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13796;STB=0.577793;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0324124;OID=.;OPOS=1047537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:24:24:23:23:0.489362:14:9:13:11:14:9:13:11 chr19 1049305 . C A 1570.21 PASS AF=0.564885;AO=146;DP=261;FAO=148;FDP=262;FR=.;FRO=114;FSAF=68;FSAR=80;FSRF=62;FSRR=52;FWDB=0.0188981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.694;QD=23.9726;RBI=0.0815623;REFB=-0.0131894;REVB=0.0793427;RO=112;SAF=68;SAR=78;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559616;STB=0.536741;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0107082;OID=.;OPOS=1049305;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:262:112:114:146:148:0.564885:78:68:60:52:80:68:62:52 chr19 1052005 . C T 308.41 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00432211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.196;QD=18.4127;RBI=0.0142307;REFB=-0.0355226;REVB=-0.0135585;RO=34;SAF=19;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696002;STB=0.53886;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.042761;OID=.;OPOS=1052005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:14:19:17:17:14:19:17:17 chr19 1053524 . C G 205.18 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0189978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9815;QD=15.7829;RBI=0.0271407;REFB=-0.0262252;REVB=-0.0193831;RO=29;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978835;STB=0.555508;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0371027;OID=.;OPOS=1053524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:11:12:18:11:11:12:18:11 chr19 1054060 . A G 449.68 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0117396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.284;QD=18.9337;RBI=0.0159082;REFB=-0.0160977;REVB=-0.0107357;RO=50;SAF=23;SAR=22;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103372;STB=0.55746;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0275214;OID=.;OPOS=1054060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:22:23:31:19:22:23:31:19 chr19 1054650 . C T 132.0 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0101813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5325;QD=7.65192;RBI=0.0170015;REFB=-0.015261;REVB=-0.0136159;RO=49;SAF=5;SAR=14;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220275;STB=0.642697;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0371129;OID=.;OPOS=1054650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:50:19:19:0.275362:14:5:21:28:14:5:22:28 chr19 1055191 . G A 154.78 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.000396475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.744;QD=22.9308;RBI=0.0213562;REFB=-0.0265768;REVB=0.0213525;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165224;STB=0.592481;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0201156;OID=.;OPOS=1055191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:8:8:3:8:8:8:3:8 chr19 1056065 . A G 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00613553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.27;QD=9.91641;RBI=0.0206079;REFB=-0.00746605;REVB=-0.0196733;RO=16;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407633;STB=0.77973;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.036513;OID=.;OPOS=1056065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:8:1:6:10:8:1:7:10 chr19 1056492 . G C 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.4512;QD=42.1736;RBI=0.069141;REFB=0;REVB=-0.0237921;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021912;OID=.;OPOS=1056492;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr19 1058176 . A G 215.49 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00267576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2584;QD=13.06;RBI=0.020744;REFB=-0.00448167;REVB=0.0205708;RO=39;SAF=12;SAR=14;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160372;STB=0.598079;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0234985;OID=.;OPOS=1058176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:40:26:26:0.393939:14:12:24:15:14:12:25:15 chr19 1059004 . A G 287.66 PASS AF=0.577778;AO=24;DP=43;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.057762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1354;QD=25.5693;RBI=0.0601366;REFB=-0.0339016;REVB=-0.016732;RO=19;SAF=16;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119295;STB=0.538977;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0152151;OID=.;OPOS=1059004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:19:19:24:26:0.577778:8:16:10:9:10:16:10:9 chr19 1062192 . T C 246.68 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0328995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.128;QD=15.9149;RBI=0.0335207;REFB=-0.0095302;REVB=-0.00642375;RO=34;SAF=5;SAR=23;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403003;STB=0.730479;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0182398;OID=.;OPOS=1062192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:23:5:18:16:23:5:18:16 chr19 1064193 . G A 731.25 PASS AF=0.518248;AO=69;DP=135;FAO=71;FDP=137;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0113367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.587;QD=21.3504;RBI=0.0238016;REFB=-0.0254168;REVB=0.0209283;RO=65;SAF=22;SAR=47;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190903;STB=0.606244;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0254988;OID=.;OPOS=1064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:65:66:69:71:0.518248:47:22:34:31:49:22:34:32 chr19 1068631 . G A 253.53 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.00425208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4955;QD=12.8372;RBI=0.0438435;REFB=-0.0145433;REVB=0.0436368;RO=48;SAF=11;SAR=19;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333669;STB=0.513967;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.041997;OID=.;OPOS=1068631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:49:30:30:0.379747:19:11:19:29:19:11:19:30 chr19 1068734 . T C 784.57 PASS AF=0.520833;AO=75;DP=144;FAO=75;FDP=144;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.00203966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.815;QD=21.7937;RBI=0.028163;REFB=-0.0140554;REVB=-0.0280891;RO=69;SAF=26;SAR=49;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423377;STB=0.523266;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0240263;OID=.;OPOS=1068734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:69:69:75:75:0.520833:49:26:27:42:49:26:27:42 chr19 1068738 . G A 798.28 PASS AF=0.527778;AO=76;DP=144;FAO=76;FDP=144;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=0.0416761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.024;QD=22.1744;RBI=0.0453758;REFB=-0.0199201;REVB=0.0179461;RO=68;SAF=25;SAR=51;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510077;STB=0.528007;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.023824;OID=.;OPOS=1068738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:68:68:76:76:0.527778:51:25:26:42:51:25:26:42 chr19 1074000 . A T 1832.6 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00489606;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.468;QD=59.5968;RBI=0.0168469;REFB=-0.0210467;REVB=0.0161197;RO=2;SAF=78;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00486723;STB=0.502562;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.000356001;OID=.;OPOS=1074000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:2:2:121:121:0.98374:43:78:1:1:43:78:1:1 chr19 1077985 . A G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00469708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.695;QD=14.0791;RBI=0.025529;REFB=-0.0034242;REVB=-0.0250932;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109071;STB=0.563993;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00705176;OID=.;OPOS=1077985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:9:7:4:8:9:7 chr19 1080311 . G C 247.87 PASS AF=1;AO=15;DP=21;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.196603;FXX=0.0951928;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.9677;QD=52.1823;RBI=0.199553;REFB=0;REVB=-0.0341856;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00662846;OID=.;OPOS=1080311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:19:0:0:15:19:1:3:12:0:0:4:15:0:0 chr19 1081617 . A G 66.02 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0504902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2791;QD=26.408;RBI=0.0777927;REFB=-0.0310936;REVB=-0.0591815;RO=2;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218484;STB=0.624686;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0591223;OID=.;OPOS=1081617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:3:5:0:2:3:5:0:2 chr19 1085966 . A G 192.98 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0143303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.359;QD=10.0248;RBI=0.0478488;REFB=0.00638389;REVB=-0.0456525;RO=52;SAF=8;SAR=17;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215555;STB=0.626794;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.0181911;OID=.;OPOS=1085966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:52:25:25:0.324675:17:8:26:26:17:8:26:26 chr19 1089479 . C T 311.33 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0287891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1377;QD=14.1513;RBI=0.0740417;REFB=-0.0206127;REVB=0.0682155;RO=52;SAF=13;SAR=22;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197553;STB=0.607034;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0445393;OID=.;OPOS=1089479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:53:35:35:0.397727:22:13:29:23:22:13:29:24 chr19 1094004 . G A 1512.28 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.208;QD=63.6749;RBI=0.0408397;REFB=0;REVB=0.0026439;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11999e-05;OID=.;OPOS=1094004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:46:47:0:0:46:49:0:0 chr19 1105213 . C T 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0592362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.223;QD=13.6997;RBI=0.0592429;REFB=-0.00977818;REVB=0.000893099;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130602;STB=0.575953;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0247291;OID=.;OPOS=1105213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:8:10:13:17:8:10:13:17 chr19 1109126 . G A 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00764385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.014;QD=4.81089;RBI=0.0138026;REFB=-0.0029962;REVB=-0.0114927;RO=23;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128769;STB=0.585928;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0163567;OID=.;OPOS=1109126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:3:3:9:14:3:3:9:14 chr19 1231142 . T C 400.26 PASS AF=0.966667;AO=24;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0252634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.864;QD=53.3675;RBI=0.0528777;REFB=-0.0611016;REVB=0.0464523;RO=0;SAF=22;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.48349e-08;STB=0.509797;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.000863699;OID=.;OPOS=1231142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:24:29:0.966667:2:22:0:0:4:25:1:0 chr19 1235487 . G A 185.77 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0313369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.412;QD=19.0532;RBI=0.0450112;REFB=-0.0311404;REVB=0.0323111;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159688;STB=0.590073;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0335083;OID=.;OPOS=1235487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:14:6:9:10:14:6 chr19 1255634 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00916562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.058;QD=11.1042;RBI=0.0368031;REFB=-0.0231273;REVB=0.0356435;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52739;STB=0.841088;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0273372;OID=.;OPOS=1255634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:9:10:7:7:0.411765:1:6:3:6:1:6:3:7 chr19 1256998 . C T 564.25 PASS AF=0.475806;AO=59;DP=124;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.0153254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.551;QD=18.2016;RBI=0.0164555;REFB=-0.00664347;REVB=0.005993;RO=65;SAF=39;SAR=20;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09333;STB=0.551869;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0143863;OID=.;OPOS=1256998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:65:65:59:59:0.475806:20:39:37:28:20:39:37:28 chr19 1258499 . AT A 59.49 PASS AF=0.315789;AO=28;DP=94;FAO=30;FDP=95;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0348767;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.20679;QD=2.50472;RBI=0.0885608;REFB=-0.0526408;REVB=0.0814041;RO=46;SAF=16;SAR=12;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14738;STB=0.594873;STBP=0.223;TYPE=del;VARB=0.0342376;OID=.;OPOS=1258500;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:28:94:30:95:65:18:12:30:35:59:46:16:12:20:26 chr19 1271584 . C T 73.18 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0127946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5067;QD=9.14715;RBI=0.0427129;REFB=0.00601482;REVB=0.0407515;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222398;STB=0.624766;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.0119322;OID=.;OPOS=1271584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:32:20:22:10:10:0.3125:5:5:6:14:5:5:7:15 chr19 1272040 . T C 2456.8 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00988103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.778;QD=61.4199;RBI=0.0101116;REFB=0;REVB=0.00214718;RO=0;SAF=78;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28824e-05;OID=.;OPOS=1272040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:82:78:0:0:82:78:0:0 chr19 1277275 . G C 612.09 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8351;QD=59.7156;RBI=0.062258;REFB=0;REVB=0.0110692;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061993;OID=.;OPOS=1277275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:18:21:0:0:18:23:0:0 chr19 1279041 . G T 206.41 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.011616;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.887;QD=14.7436;RBI=0.0135483;REFB=-0.0164797;REVB=-0.00697322;RO=31;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204622;STB=0.624896;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0173793;OID=.;OPOS=1279041;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:31:32:24:24:0.428571:9:15:13:18:9:15:13:19 chr19 1321754 . G A 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.00483329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.76;QD=21.065;RBI=0.0117799;REFB=-0.00360676;REVB=0.0107427;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158016;STB=0.588166;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00310584;OID=.;OPOS=1321754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:14:10:6:18:14:10:6:18 chr19 1357082 . T C 726.7 PASS AF=0.443182;AO=78;DP=177;FAO=78;FDP=176;FR=.;FRO=98;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=0.00231892;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.212;QD=16.5159;RBI=0.0115584;REFB=-0.0144731;REVB=0.0113234;RO=98;SAF=40;SAR=38;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536292;STB=0.529832;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0192339;OID=.;OPOS=1357082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:98:98:78:78:0.443182:38:40:45:53:38:40:45:53 chr19 1358726 . C T 911.78 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0486142;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.251;QD=55.2596;RBI=0.0494593;REFB=-0.0896868;REVB=0.00910403;RO=1;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011663;STB=0.504031;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00024407;OID=.;OPOS=1358726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:64:64:0.969697:40:24:0:1:40:24:1:1 chr19 1360575 . G A 279.8 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00029497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6115;QD=14.1672;RBI=0.0329525;REFB=-0.000305492;REVB=0.0329512;RO=46;SAF=10;SAR=22;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138384;STB=0.586863;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00147619;OID=.;OPOS=1360575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:47:32:32:0.405063:22:10:20:26:22:10:21:26 chr19 1370675 . C G 276.33 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0201061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.837;QD=15.7904;RBI=0.0221025;REFB=-0.0117798;REVB=-0.00917968;RO=39;SAF=14;SAR=17;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210235;STB=0.618108;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00966163;OID=.;OPOS=1370675;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:17:14:26:13:17:14:26:13 chr19 1371190 . G A 344.64 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00153156;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.393;QD=14.0668;RBI=0.00900117;REFB=-0.0200799;REVB=0.00886991;RO=60;SAF=21;SAR=17;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110173;STB=0.562668;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0409534;OID=.;OPOS=1371190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:60:38:38:0.387755:17:21:27:33:17:21:27:33 chr19 1388538 . C T 84.46 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0168043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.245;QD=10.558;RBI=0.0246417;REFB=-0.0147128;REVB=-0.0180231;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760866;STB=0.545372;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0326233;OID=.;OPOS=1388538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:32:19:21:11:11:0.34375:6:5:10:9:6:5:11:10 chr19 1389064 . G T 98.54 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0188814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.508;QD=14.0778;RBI=0.02231;REFB=-0.00442237;REVB=-0.011884;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134759;STB=0.563993;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0113339;OID=.;OPOS=1389064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:15:16:12:12:0.428571:4:8:8:7:4:8:9:7 chr19 1389423 . C T 164.36 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00394156;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5435;QD=12.4046;RBI=0.00549005;REFB=-0.0261934;REVB=-0.00382162;RO=31;SAF=14;SAR=6;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278643;STB=0.524204;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0233633;OID=.;OPOS=1389423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:33:20:20:0.377358:6:14:21:10:6:14:22:11 chr19 1389517 . C A 501.56 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00471284;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.137;QD=21.5723;RBI=0.0150917;REFB=-0.00619762;REVB=-0.0143369;RO=44;SAF=33;SAR=15;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194166;STB=0.60313;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00481601;OID=.;OPOS=1389517;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:45:48:48:0.516129:15:33:21:23:15:33:22:23 chr19 1461988 . C T 122.62 PASS AF=0.169118;AO=23;DP=136;FAO=23;FDP=136;FR=.;FRO=113;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=62;FSRR=51;FWDB=-7.78833e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.796;QD=3.60643;RBI=0.020765;REFB=-0.00770556;REVB=-0.0207649;RO=111;SAF=10;SAR=13;SRF=62;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156735;STB=0.593828;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0433188;OID=.;OPOS=1461988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:111:113:23:23:0.169118:13:10:62:49:13:10:62:51 chr19 1495634 . G A 225.09 PASS AF=0.415385;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0134839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.121;QD=13.8518;RBI=0.0207614;REFB=-0.0161787;REVB=0.0157867;RO=38;SAF=11;SAR=15;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161309;STB=0.578174;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0204435;OID=.;OPOS=1495634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:38:38:26:27:0.415385:15:11:22:16:15:12:22:16 chr19 1497543 . A G 101.54 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00722106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.502;QD=16.9231;RBI=0.0140856;REFB=-0.0159047;REVB=-0.0120938;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722214;STB=0.541598;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0106863;OID=.;OPOS=1497543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:7:5:6:6:7:5 chr19 1510661 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.022;QD=35.5759;RBI=0.0804336;REFB=0;REVB=0.0789331;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0029662;OID=.;OPOS=1510661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr19 1533972 . C G 417.4 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0267483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0302;QD=25.2967;RBI=0.0372837;REFB=-0.0586272;REVB=0.025973;RO=25;SAF=16;SAR=24;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223169;STB=0.614401;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0378513;OID=.;OPOS=1533972;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:26:40:40:0.606061:24:16:18:7:24:16:18:8 chr19 1534042 . T C 371.75 PASS AF=0.828571;AO=28;DP=39;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0290665;FXX=0.102538;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.3246;QD=42.4855;RBI=0.0495399;REFB=-0.0622101;REVB=-0.0401167;RO=6;SAF=17;SAR=11;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145248;STB=0.572227;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0185186;OID=.;OPOS=1534042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:39:35:6:6:28:29:0.828571:11:17:1:5:12:17:1:5 chr19 1535084 . G A 633.61 PASS AF=0.464286;AO=64;DP=140;FAO=65;FDP=140;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=-0.0032035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.425;QD=18.1032;RBI=0.00320536;REFB=-0.0154813;REVB=-0.000109271;RO=75;SAF=32;SAR=32;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123213;STB=0.563857;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.024998;OID=.;OPOS=1535084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:75:75:64:65:0.464286:32:32:47:28:32:33:47:28 chr19 1535193 . GCCC G,GCCA 270.33 PASS AF=0.333333,0.0740741;AO=26,7;DP=81;FAO=27,6;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=19,4;FSAR=8,2;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00360215,-0.0310829;FXX=0.0121936;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=47.5675,246.446;QD=13.3497;RBI=0.0102698,0.0324538;REFB=-0.00259954,-0.00670058;REVB=0.00961731,-0.00933283;RO=45;SAF=18,5;SAR=8,2;SRF=17;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.343557,0.386479;STB=0.697966,0.7287;STBP=0.017,0.276;TYPE=del,snp;VARB=0.0114645,0.0438961;OID=.,.;OPOS=1535194,1535196;OREF=CCC,C;OALT=-,A;OMAPALT=G,GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.0740741:26,7:81:27,6:81:48:19,4:8,2:19:29:99:45:18,5:8,2:17:28 chr19 1535205 . G C 256.7 PASS AF=0.4;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00592411;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5335;QD=13.6906;RBI=0.0526291;REFB=-0.0279791;REVB=-0.0522946;RO=44;SAF=19;SAR=11;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256251;STB=0.639411;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0416309;OID=.;OPOS=1535205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:44:45:30:30:0.4:11:19:17:27:11:19:18:27 chr19 1609267 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224847;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.63;QD=57.1062;RBI=0.0268339;REFB=0;REVB=-0.0146457;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.66494e-05;OID=.;OPOS=1609267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr19 1622116 . G A 122.12 PASS AF=0.684211;AO=11;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0134621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5143;QD=25.7093;RBI=0.014896;REFB=-0.0173946;REVB=-0.0063767;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23253;STB=0.594902;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0227756;OID=.;OPOS=1622116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:11:13:0.684211:6:5:5:1:6:7:5:1 chr19 1624007 . A G 1049.45 PASS AF=0.410526;AO=117;DP=285;FAO=117;FDP=285;FR=.;FRO=168;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=84;FSRR=84;FWDB=-0.0321457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7624;QD=14.7291;RBI=0.0583794;REFB=0.000797605;REVB=-0.048732;RO=168;SAF=58;SAR=59;SRF=84;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00450763;STB=0.502519;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00182271;OID=.;OPOS=1624007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:285:168:168:117:117:0.410526:59:58:84:84:59:58:84:84 chr19 1625652 . G A 219.86 PASS AF=0.364865;AO=26;DP=73;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.000312382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.39;QD=11.8843;RBI=0.0876015;REFB=-0.0072292;REVB=0.087601;RO=47;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106629;STB=0.54926;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0109854;OID=.;OPOS=1625652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:47:47:26:27:0.364865:13:13:19:28:14:13:19:28 chr19 1754653 . C T 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00556334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.318;QD=16.065;RBI=0.0105784;REFB=-0.0149377;REVB=0.00899729;RO=22;SAF=16;SAR=2;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.560614;STB=0.815911;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.022346;OID=.;OPOS=1754653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:24:18:18:0.428571:2:16:9:13:2:16:11:13 chr19 1782798 . A G 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.602;QD=59.8363;RBI=0.015128;REFB=0;REVB=0.00340911;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128289;OID=.;OPOS=1782798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr19 1789556 . C T 710.26 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0362824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4484;QD=54.6355;RBI=0.0376733;REFB=0.0119692;REVB=0.0101421;RO=1;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015962;STB=0.508471;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000625767;OID=.;OPOS=1789556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:29:22:0:1:29:22:0:1 chr19 1789960 . T C 255.14 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.00826671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.551;QD=22.1857;RBI=0.00834929;REFB=-0.00125394;REVB=0.00117141;RO=22;SAF=8;SAR=16;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399222;STB=0.722048;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00194154;OID=.;OPOS=1789960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:16:8:18:4:16:8:18:4 chr19 1791839 . C T 179.32 PASS AF=0.289157;AO=24;DP=86;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0822734;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3567;QD=8.6419;RBI=0.0832192;REFB=-0.00136128;REVB=-0.0125107;RO=62;SAF=12;SAR=12;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388836;STB=0.506019;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00772038;OID=.;OPOS=1791839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:83:62:59:24:24:0.289157:12:12:33:29:12:12:30:29 chr19 1796166 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00128395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.949;QD=58.4196;RBI=0.0322408;REFB=0;REVB=0.0322152;RO=0;SAF=43;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58754e-05;OID=.;OPOS=1796166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:20:43:0:0:20:43:0:0 chr19 1810605 . T C 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.304;QD=51.1809;RBI=0.0244181;REFB=0;REVB=0.00430654;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73644e-05;OID=.;OPOS=1810605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr19 1811547 . A G 786.54 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.634;QD=64.2076;RBI=0.0590349;REFB=0;REVB=0.0581697;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.35552e-05;OID=.;OPOS=1811547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:17:31:0:0:18:31:0:0 chr19 1811603 . C T 306.03 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0318015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.398;QD=20.4018;RBI=0.0328974;REFB=-0.0295227;REVB=-0.00842052;RO=28;SAF=24;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178947;STB=0.599933;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0340287;OID=.;OPOS=1811603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:8:24:16:12:8:24:16:12 chr19 1816448 . G A 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0153366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0539;QD=15.6181;RBI=0.100406;REFB=-0.0116339;REVB=0.0992282;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129868;STB=0.574388;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0124761;OID=.;OPOS=1816448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:10:8:8:17:10:8:8:17 chr19 1817301 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0080862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.577;QD=14.1698;RBI=0.0224704;REFB=-0.0386773;REVB=-0.020965;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271484;STB=0.660047;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0323219;OID=.;OPOS=1817301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:3:7:5:7:3:7:5:7 chr19 1819125 . T C 471.83 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00602114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.643;QD=20.9704;RBI=0.0257043;REFB=-0.0163428;REVB=0.0249891;RO=44;SAF=20;SAR=26;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137605;STB=0.576075;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0139376;OID=.;OPOS=1819125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:26:20:26:18:26:20:26:18 chr19 1821637 . A G 739.9 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.668;QD=56.9157;RBI=0.0445269;REFB=0;REVB=0.00193427;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79774e-05;OID=.;OPOS=1821637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr19 1825927 . TCTC T 393.82 PASS AF=0.44;AO=41;DP=103;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00797445;FXX=0.0476145;HRUN=1;LEN=3;MLLD=243.5;QD=15.7528;RBI=0.00845719;REFB=-0.00961842;REVB=-0.00281641;RO=57;SAF=15;SAR=26;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186291;STB=0.551637;STBP=0.394;TYPE=del;VARB=0.00809166;OID=.;OPOS=1825928;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:41:103:44:100:56:18:26:28:28:99:57:15:26:31:26 chr19 1827565 . A G 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0203404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5905;QD=10.2403;RBI=0.0847357;REFB=-0.00486855;REVB=-0.0822582;RO=19;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254339;STB=0.654357;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00971853;OID=.;OPOS=1827565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:3:7:9:10:3:7:9:10 chr19 1827792 . G A 44.91 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0270837;FXX=0.187383;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.898;QD=13.8191;RBI=0.0619844;REFB=-0.0158886;REVB=0.0557543;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45721;STB=0.756614;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.050762;OID=.;OPOS=1827792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:16:13:6:7:6:6:0.461538:5:1:4:2:5:1:4:3 chr19 1880950 . T C 428.52 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.040261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.498;QD=22.2607;RBI=0.0419722;REFB=-0.0464853;REVB=-0.0118624;RO=35;SAF=16;SAR=26;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653782;STB=0.536065;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0491937;OID=.;OPOS=1880950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:26:16:16:19:26:16:16:19 chr19 1925970 . T C 65.27 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00309299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.223;QD=10.8788;RBI=0.0126025;REFB=0.00203194;REVB=-0.012217;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232278;STB=0.513987;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.00263227;OID=.;OPOS=1925970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:8:7:4:5:8:7 chr19 1986520 . G A 315.21 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0199655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.379;QD=14.8334;RBI=0.0256821;REFB=-0.00426884;REVB=0.0161539;RO=50;SAF=7;SAR=28;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361204;STB=0.707052;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0159862;OID=.;OPOS=1986520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:28:7:25:25:28:7:25:25 chr19 1997363 . A G 506.46 PASS AF=0.647887;AO=46;DP=71;FAO=46;FDP=71;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0120291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5535;QD=28.5331;RBI=0.0344267;REFB=-0.00341807;REVB=-0.0322568;RO=24;SAF=22;SAR=24;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11855;STB=0.570701;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00279859;OID=.;OPOS=1997363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:24:25:46:46:0.647887:24:22:16:8:24:22:17:8 chr19 2041032 . T C 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00717762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.289;QD=13.9119;RBI=0.0311609;REFB=-0.00317828;REVB=-0.030323;RO=31;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758736;STB=0.543684;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00426927;OID=.;OPOS=2041032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:8:13:17:14:8:13:17:14 chr19 2098303 . A C 181.99 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=12;FWDB=-0.0221317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.124;QD=9.57814;RBI=0.115884;REFB=-0.00248723;REVB=-0.113751;RO=52;SAF=21;SAR=3;SRF=40;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219774;STB=0.632402;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00391093;OID=.;OPOS=2098303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:52:52:24:24:0.315789:3:21:40:12:3:21:40:12 chr19 2110746 . G A 639.32 PASS AF=0.445946;AO=66;DP=147;FAO=66;FDP=148;FR=.;FRO=82;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=54;FSRR=28;FWDB=-0.00050864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.76;QD=17.279;RBI=0.043268;REFB=-0.0124708;REVB=0.043265;RO=78;SAF=44;SAR=22;SRF=53;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141384;STB=0.505049;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.016828;OID=.;OPOS=2110746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:78:82:66:66:0.445946:22:44:53:25:22:44:54:28 chr19 2111359 . TGGGGGC TGGC,TGGG,TGGGC,TGGGG,TTGGGGC 474.72 PASS AF=0,0.45098,0,0.45098,0;AO=5,5,6,5,3;DP=42;FAO=0,23,0,23,0;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=0,6,0,6,0;FSAR=0,17,0,17,0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0529338,0.0422913,0.0783012,0.0259921,0.0906448;FXX=0.0192271;HRUN=5,5,5,5,5;LEN=3,3,2,2,1;MLLD=17.1129,23.2539,15.7923,20.563,7.10898;QD=37.2332;RBI=0.30661,0.142543,0.458635,0.105859,0.377804;REFB=-0.0538982,-0.0724586,-0.0781465,-0.0963108,-0.0334729;REVB=-0.302006,-0.136125,-0.451902,0.102618,-0.366769;RO=6;SAF=0,5,0,5,1;SAR=5,0,6,0,2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.791225,0.694502,-0.802799,0.694502,-0.46422;STB=0.5,0.646923,0.5,0.646923,0.5;STBP=1,0.005,1,0.005,1;TYPE=del,del,del,del,snp;VARB=0,-0.00760833,0,0.0655267,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=2111360,2111363,2111360,2111364,2111360;OREF=GGG,GGC,GG,GC,G;OALT=-,-,-,-,T;OMAPALT=TGGC,TGGG,TGGGC,TGGGG,TTGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.45098,0,0.45098,0:5,5,6,5,3:42:0,23,0,23,0:51:5:0,6,0,6,0:0,17,0,17,0:5:0:97:6:0,5,0,5,1:5,0,6,0,2:5:1 chr19 2116215 . C T 174.79 PASS AF=0.272727;AO=24;DP=89;FAO=24;FDP=88;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.0143707;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.379;QD=7.94482;RBI=0.0251488;REFB=-0.00636127;REVB=-0.0206384;RO=60;SAF=12;SAR=12;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120163;STB=0.579481;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0210337;OID=.;OPOS=2116215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:60:64:24:24:0.272727:12:12:36:24:12:12:39:25 chr19 2116281 . T C 354.14 PASS AF=0.521127;AO=35;DP=69;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=-0.0520983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1964;QD=19.9515;RBI=0.0560078;REFB=-0.00863054;REVB=-0.0205584;RO=31;SAF=20;SAR=15;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211804;STB=0.624645;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00648445;OID=.;OPOS=2116281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:31:34:35:37:0.521127:15:20:25:6:17:20:27:7 chr19 2116649 . A G 759.41 PASS AF=0.493827;AO=76;DP=158;FAO=80;FDP=162;FR=.;FRO=82;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=52;FSRR=30;FWDB=-0.00099006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.456;QD=18.7509;RBI=0.00472298;REFB=-0.0296407;REVB=-0.00461804;RO=79;SAF=45;SAR=31;SRF=51;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517274;STB=0.51813;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0149899;OID=.;OPOS=2116649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:162:79:82:76:80:0.493827:31:45:51:28:32:48:52:30 chr19 2138654 . T G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0503;QD=63.5821;RBI=0.0249831;REFB=0;REVB=0.0241541;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231874;OID=.;OPOS=2138654;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr19 2249477 . G T 223.86 PASS AF=0.321839;AO=27;DP=88;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0018224;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.711;QD=10.2926;RBI=0.0130188;REFB=-0.0106653;REVB=0.0128906;RO=57;SAF=12;SAR=15;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544671;STB=0.518505;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0280793;OID=.;OPOS=2249477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:57:59:27:28:0.321839:15:12:28:29:15:13:29:30 chr19 2249583 . G A 278.21 PASS AF=0.727273;AO=24;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0125209;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=185.089;QD=33.7221;RBI=0.0125344;REFB=-0.0189114;REVB=0.00058133;RO=9;SAF=11;SAR=13;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00697082;STB=0.503814;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00487096;OID=.;OPOS=2249583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:9:9:24:24:0.727273:13:11:4:5:13:11:4:5 chr19 2249634 . G A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0239279;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.731;QD=18.8866;RBI=0.023929;REFB=-0.00863602;REVB=0.000231686;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396203;STB=0.726763;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00818237;OID=.;OPOS=2249634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:0:5:3:5:0:5 chr19 2251817 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.644;QD=53.2756;RBI=0.0128353;REFB=0;REVB=0.00784867;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011974;OID=.;OPOS=2251817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr19 2255311 . C G 142.7 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0368449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5925;QD=15.4271;RBI=0.0388689;REFB=-0.0292681;REVB=-0.0123793;RO=19;SAF=5;SAR=11;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258601;STB=0.622186;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0411036;OID=.;OPOS=2255311;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:21:16:16:0.432432:11:5:2:17:11:5:3:18 chr19 2278755 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0139787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.224;QD=13.631;RBI=0.016142;REFB=-0.00289625;REVB=0.00807228;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926992;STB=0.55541;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00279327;OID=.;OPOS=2278755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:6:2:3:6:6:2:3:6 chr19 2278936 . G A 485.99 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.091843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5601;QD=23.9993;RBI=0.0949508;REFB=0.00774517;REVB=0.024094;RO=35;SAF=22;SAR=24;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956491;STB=0.55244;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.004424;OID=.;OPOS=2278936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:35:46:46:0.567901:24:22:21:14:24:22:21:14 chr19 2339958 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.501;QD=57.5452;RBI=0.0169553;REFB=0;REVB=0.011232;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29558e-05;OID=.;OPOS=2339958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr19 2340154 . G GC 1021.04 PASS AF=1;AO=90;DP=111;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0738984;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.3767;QD=38.8967;RBI=0.234839;REFB=0;REVB=0.222909;RO=18;SAF=55;SAR=35;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182328;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00307424;OID=.;OPOS=2340155;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:90:111:105:105:0:63:42:0:0:20:18:55:35:10:8 chr19 2341059 . GT AC,GC 142.19 PASS AF=0.461538,0.538462;AO=6,7;DP=13;FAO=6,7;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6,1;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344938,0.0448298;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=148.256,132.956;QD=43.7494;RBI=0.0375312,0.0448397;REFB=0,0;REVB=0.014791,0.000942648;RO=0;SAF=6,1;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00539518,-0.00396234;OID=.,.;OPOS=2341059,2341060;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:13:13:0:0:6,7:6,7:0.461538,0.538462:0,6:6,1:0:0:0,6:6,1:0:0 chr19 2341322 . A AC 38.1 PASS AF=0.1;AO=21;DP=175;FAO=16;FDP=160;FR=.;FRO=144;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=74;FSRR=70;FWDB=-0.0170439;FXX=0.0243888;HRUN=0;LEN=1;MLLD=74.7071;QD=0.952562;RBI=0.0836231;REFB=-0.00321579;REVB=-0.0818678;RO=149;SAF=19;SAR=2;SRF=81;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505886;STB=0.922299;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.143286;OID=.;OPOS=2341323;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1:21:175:16:160:144:15:1:74:70:38:149:19:2:81:68 chr19 2341333 . C T 514.38 PASS AF=0.386076;AO=61;DP=158;FAO=61;FDP=158;FR=.;FRO=97;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=0.0123824;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=123.152;QD=13.0224;RBI=0.0222188;REFB=-0.00935732;REVB=0.0184485;RO=92;SAF=33;SAR=28;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143739;STB=0.509727;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0213871;OID=.;OPOS=2341333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:92:97:61:61:0.386076:28:33:51:41:28:33:54:43 chr19 2344022 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0974889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4783;QD=10.0752;RBI=0.0977835;REFB=-0.0155891;REVB=0.00758399;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912387;STB=0.581189;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0203074;OID=.;OPOS=2344022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:13:14:8:8:0.363636:5:3:6:7:5:3:7:7 chr19 2353150 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.237;QD=51.9163;RBI=0.0496471;REFB=0;REVB=0.0221294;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023734;OID=.;OPOS=2353150;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr19 2389866 . C T 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00715188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.808;QD=11.6201;RBI=0.061898;REFB=-0.0172455;REVB=-0.0614834;RO=35;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156074;STB=0.509082;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0294448;OID=.;OPOS=2389866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:10:10:18:17:10:10:18:17 chr19 2396555 . GC G,GT 163.96 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=2,11;DP=14;FAO=1,14;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662769,0.0677915;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.517,141.386;QD=43.7221;RBI=0.118687,0.104242;REFB=0,0;REVB=0.0984581,0.0791873;RO=0;SAF=2,6;SAR=0,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0317546,0.00329098;OID=.,.;OPOS=2396556,2396556;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0666667,0.933333:2,11:14:1,14:15:0:1,8:0,6:0:0:6:0:2,6:0,5:0:0 chr19 2396611 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.18;QD=49.5988;RBI=0.0383402;REFB=0;REVB=0.0264694;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.66636e-06;OID=.;OPOS=2396611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr19 2398849 . A G 1804.13 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.931;QD=61.1571;RBI=0.0112889;REFB=0;REVB=0.00349694;RO=0;SAF=60;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56456e-05;OID=.;OPOS=2398849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:58:60:0:0:58:60:0:0 chr19 2433890 . A G 120.56 PASS AF=0.4;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00858775;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.427;QD=13.7778;RBI=0.0215539;REFB=-0.0191956;REVB=-0.0197692;RO=21;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578865;STB=0.533931;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0250255;OID=.;OPOS=2433890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:21:21:14:14:0.4:10:4:7:14:10:4:7:14 chr19 2714720 . A G 259.95 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194024;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.213;QD=51.9906;RBI=0.0349685;REFB=0;REVB=0.029092;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153387;OID=.;OPOS=2714720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr19 2714771 . T C 375.59 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00489049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8564;QD=55.643;RBI=0.0530477;REFB=0;REVB=-0.0528218;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00034376;OID=.;OPOS=2714771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr19 2717256 . C G 526.73 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0263934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.884;QD=56.944;RBI=0.064993;REFB=0.019462;REVB=0.0593926;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021769;STB=0.511621;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000185709;OID=.;OPOS=2717256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:15:21:1:0:15:21:1:0 chr19 2732986 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.38;QD=45.8068;RBI=0.0491879;REFB=0;REVB=0.0180828;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589688;OID=.;OPOS=2732986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr19 2761512 . G A 216.45 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00176628;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.161;QD=15.1896;RBI=0.0293286;REFB=-0.00732345;REVB=0.0292754;RO=32;SAF=17;SAR=8;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266507;STB=0.515139;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0156028;OID=.;OPOS=2761512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:32:32:25:25:0.438596:8:17:21:11:8:17:21:11 chr19 2762585 . A C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.506;QD=60.9785;RBI=0.0609596;REFB=0;REVB=0.02445;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462399;OID=.;OPOS=2762585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr19 2767192 . G T 306.09 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00983382;FXX=0.0348797;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.9976;QD=14.7514;RBI=0.0101377;REFB=-0.0653623;REVB=0.00246348;RO=46;SAF=14;SAR=20;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908625;STB=0.546735;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0441965;OID=.;OPOS=2767192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:46:49:34:34:0.409639:20:14:23:23:20:14:24:25 chr19 2852695 . G A 213.58 PASS AF=0.28;AO=28;DP=97;FAO=28;FDP=100;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.0505227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.743;QD=8.54313;RBI=0.0508889;REFB=-0.00529026;REVB=-0.006094;RO=68;SAF=14;SAR=14;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141281;STB=0.599931;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.018862;OID=.;OPOS=2852695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:68:72:28:28:0.28:14:14:42:26:14:14:46:26 chr19 2853566 . A G 424.73 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0477145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9671;QD=51.4824;RBI=0.0478265;REFB=-0.179717;REVB=-0.00327068;RO=2;SAF=12;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133849;STB=0.507182;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00959915;OID=.;OPOS=2853566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:19:12:1:1:19:12:1:1 chr19 2867371 . G A 293.05 PASS AF=0.304688;AO=39;DP=128;FAO=39;FDP=128;FR=.;FRO=89;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=0.0172836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.414;QD=9.15777;RBI=0.0209991;REFB=-0.00683649;REVB=0.0119263;RO=89;SAF=17;SAR=22;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200987;STB=0.617089;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0158425;OID=.;OPOS=2867371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:89:89:39:39:0.304688:22:17:54:35:22:17:54:35 chr19 2896818 . C T 435.28 PASS AF=0.4;AO=50;DP=125;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0201922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7784;QD=13.9288;RBI=0.0263845;REFB=0.0063546;REVB=-0.0169829;RO=75;SAF=28;SAR=22;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428336;STB=0.524199;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.0170717;OID=.;OPOS=2896818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:75:75:50:50:0.4:22:28:39:36:22:28:39:36 chr19 2896948 . T C 502.74 PASS AF=0.4;AO=56;DP=140;FAO=56;FDP=140;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.0537513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.344;QD=14.3641;RBI=0.0551601;REFB=-0.00155297;REVB=0.0123866;RO=83;SAF=32;SAR=24;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698894;STB=0.53607;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00582543;OID=.;OPOS=2896948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:83:84:56:56:0.4:24:32:42:41:24:32:43:41 chr19 2896953 . A G 536.33 PASS AF=0.42963;AO=58;DP=135;FAO=58;FDP=135;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.00114502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.188;QD=15.8912;RBI=0.00522963;REFB=-0.00662676;REVB=0.00510274;RO=77;SAF=34;SAR=24;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954541;STB=0.55347;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00879185;OID=.;OPOS=2896953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:77:77:58:58:0.42963:24:34:38:39:24:34:38:39 chr19 2915738 . T A 462.27 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00435679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.706;QD=18.1283;RBI=0.00676495;REFB=-0.00966593;REVB=-0.00517522;RO=51;SAF=18;SAR=31;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117104;STB=0.576177;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00701006;OID=.;OPOS=2915738;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:53:49:49:0.480392:31:18:25:26:31:18:27:26 chr19 2917186 . T C 193.78 PASS AF=0.328947;AO=26;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.0299543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.015;QD=10.1989;RBI=0.0300238;REFB=-0.00550689;REVB=-0.00204281;RO=50;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205108;STB=0.599287;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0103984;OID=.;OPOS=2917186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:51:26:25:0.328947:13:13:16:34:13:12:17:34 chr19 2917287 . C A 235.67 PASS AF=0.405797;AO=25;DP=66;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=0.0311857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3941;QD=13.6619;RBI=0.0507921;REFB=-0.00858948;REVB=-0.040091;RO=41;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325034;STB=0.683774;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0137676;OID=.;OPOS=2917287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:41:41:25:28:0.405797:12:13:9:32:13:15:9:32 chr19 2917612 . T C 293.61 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00451955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.257;QD=19.9054;RBI=0.00613363;REFB=0.00543436;REVB=-0.00414669;RO=28;SAF=15;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780386;STB=0.543331;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.00426965;OID=.;OPOS=2917612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:16:15:11:17:16:15:11:17 chr19 2993493 . C T 313.07 PASS AF=0.255556;AO=46;DP=181;FAO=46;FDP=180;FR=.;FRO=134;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=66;FSRR=68;FWDB=0.0371948;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.848;QD=6.95704;RBI=0.0380223;REFB=-0.00404847;REVB=-0.00788952;RO=132;SAF=30;SAR=16;SRF=66;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193144;STB=0.621248;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0187324;OID=.;OPOS=2993493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:132:134:46:46:0.255556:16:30:66:66:16:30:66:68 chr19 2994903 . T C 427.04 PASS AF=0.329341;AO=52;DP=165;FAO=55;FDP=167;FR=.;FRO=112;FSAF=13;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=81;FWDB=0.0271529;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.564;QD=10.2284;RBI=0.0271767;REFB=-0.0139001;REVB=-0.00113791;RO=107;SAF=10;SAR=42;SRF=31;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159809;STB=0.536105;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0257025;OID=.;OPOS=2994903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:167:107:112:52:55:0.329341:42:10:31:76:42:13:31:81 chr19 2994921 . G A 554.06 PASS AF=0.340102;AO=66;DP=197;FAO=67;FDP=197;FR=.;FRO=130;FSAF=12;FSAR=55;FSRF=39;FSRR=91;FWDB=-0.0364883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.341;QD=11.2499;RBI=0.0448083;REFB=-0.00904362;REVB=0.0260075;RO=130;SAF=12;SAR=54;SRF=39;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193953;STB=0.615498;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0204009;OID=.;OPOS=2994921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:130:130:66:67:0.340102:54:12:39:91:55:12:39:91 chr19 2997897 . G A 113.33 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=41;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00387072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.488;QD=10.7929;RBI=0.004406;REFB=-0.0107124;REVB=0.00210484;RO=27;SAF=4;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245315;STB=0.620515;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0294599;OID=.;OPOS=2997897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:27:28:13:14:0.333333:9:4:14:13:9:5:15:13 chr19 3000702 . G A 174.58 PASS AF=0.282353;AO=23;DP=84;FAO=24;FDP=85;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.000861915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8555;QD=8.21553;RBI=0.0368674;REFB=0.000258964;REVB=0.0368573;RO=61;SAF=10;SAR=13;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166902;STB=0.611559;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.000149035;OID=.;OPOS=3000702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:61:61:23:24:0.282353:13:10:35:26:14:10:35:26 chr19 3014639 . A G 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0115269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.428;QD=12.9421;RBI=0.0142866;REFB=0.0103776;REVB=-0.00844028;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05679;STB=0.533289;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.0202396;OID=.;OPOS=3014639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:7:8:12:13:7:8:12:13 chr19 3028871 . G C 110.7 PASS AF=0.5;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0149268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.637;QD=17.0316;RBI=0.0187762;REFB=-0.041994;REVB=-0.0113902;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10868;STB=0.546694;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0364952;OID=.;OPOS=3028871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:12:13:0.5:4:8:10:3:4:9:10:3 chr19 3062857 . T C 2082.53 PASS AF=0.964789;AO=136;DP=144;FAO=137;FDP=142;FR=.;FRO=5;FSAF=61;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0241003;FXX=0.0138879;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.693;QD=58.6627;RBI=0.0599776;REFB=-0.0557251;REVB=0.0549226;RO=6;SAF=61;SAR=75;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365197;STB=0.515921;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00138555;OID=.;OPOS=3062857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:144:142:6:5:136:137:0.964789:75:61:0:6:76:61:0:5 chr19 3119239 . C T 678.11 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0029296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.418;QD=60.2766;RBI=0.0208613;REFB=-0.126476;REVB=0.0206546;RO=1;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025382;STB=0.513507;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000738301;OID=.;OPOS=3119239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:1:1:44:44:0.977778:18:26:0:1:18:26:0:1 chr19 3122243 . C T 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0238448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.204;QD=18.7956;RBI=0.0281543;REFB=-0.0171947;REVB=0.0149697;RO=27;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589451;STB=0.533305;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0242631;OID=.;OPOS=3122243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:14:9:9:18:14:9:9:18 chr19 3150238 . A G 656.35 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000564557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.056;QD=59.6686;RBI=0.015779;REFB=-0.112726;REVB=-0.0157689;RO=1;SAF=16;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284313;STB=0.514279;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000810104;OID=.;OPOS=3150238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:1:1:42:43:0.977273:26:16:1:0:26:17:1:0 chr19 3155902 . G A 421.75 PASS AF=0.625;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00112319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.311;QD=26.3597;RBI=0.0132123;REFB=-0.0158843;REVB=-0.0131645;RO=24;SAF=12;SAR=28;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151973;STB=0.58329;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0091963;OID=.;OPOS=3155902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:24:40:40:0.625:28:12:12:12:28:12:12:12 chr19 3179172 . G A 165.39 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0736032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1007;QD=9.72856;RBI=0.0752857;REFB=-0.0089677;REVB=-0.0158273;RO=46;SAF=8;SAR=14;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110902;STB=0.565399;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0209286;OID=.;OPOS=3179172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:46:22:22:0.323529:14:8:21:25:14:8:21:25 chr19 3186085 . G T 226.41 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0200691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.328;QD=17.0874;RBI=0.0273323;REFB=-0.0246233;REVB=-0.018555;RO=28;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590111;STB=0.523791;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0202147;OID=.;OPOS=3186085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:28:24:25:0.471698:10:14:18:10:10:15:18:10 chr19 3207422 . T C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0364725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.314;QD=14.9786;RBI=0.0426505;REFB=-0.0175965;REVB=0.0221093;RO=10;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515122;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0205686;OID=.;OPOS=3207422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:2:8:8:2:2:8:9:2 chr19 3207646 . A G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0297893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.473;QD=8.81072;RBI=0.0500564;REFB=0.00113727;REVB=-0.0402273;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238861;STB=0.646611;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00824376;OID=.;OPOS=3207646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:3:8:3:3:3:8 chr19 3449019 . G A 248.37 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0112465;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.38;QD=13.6091;RBI=0.0186822;REFB=-0.0251953;REVB=-0.0149178;RO=44;SAF=20;SAR=9;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278615;STB=0.659441;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0278123;OID=.;OPOS=3449019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:44:44:29:29:0.39726:9:20:19:25:9:20:19:25 chr19 3452488 . C T 160.31 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0243544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.3169;QD=10.3426;RBI=0.0303337;REFB=-0.0200467;REVB=0.0180832;RO=41;SAF=8;SAR=13;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203078;STB=0.618934;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0316176;OID=.;OPOS=3452488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:13:8:23:18:13:8:23:18 chr19 3534463 . C T 1155.85 PASS AF=0.497835;AO=115;DP=233;FAO=115;FDP=231;FR=.;FRO=116;FSAF=77;FSAR=38;FSRF=88;FSRR=28;FWDB=0.00535945;FXX=0.00858332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.643;QD=20.0147;RBI=0.0124488;REFB=-0.0117223;REVB=-0.011236;RO=116;SAF=77;SAR=38;SRF=88;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956574;STB=0.552317;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0138784;OID=.;OPOS=3534463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:231:116:116:115:115:0.497835:38:77:88:28:38:77:88:28 chr19 3534841 . C CA 220.33 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135391;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=206.173;QD=46.3842;RBI=0.13541;REFB=0;REVB=-0.00227811;RO=17;SAF=1;SAR=1;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882671;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000388587;OID=.;OPOS=3534842;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:19:19:19:0:8:11:0:0:4:17:1:1:7:10 chr19 3534842 . G A 202.28 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0316275;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.574;QD=44.9514;RBI=0.0320328;REFB=-0.194649;REVB=-0.00507916;RO=1;SAF=7;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609958;STB=0.533294;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00175016;OID=.;OPOS=3534842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:18:1:1:17:17:0.944444:10:7:1:0:10:7:1:0 chr19 3543397 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113202;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.774;QD=53.2772;RBI=0.0139327;REFB=0;REVB=0.00812232;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81477e-05;OID=.;OPOS=3543397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr19 3543426 . C T 82.65 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0418912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.478;QD=19.4467;RBI=0.0422026;REFB=-0.0615073;REVB=0.00511738;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109203;STB=0.529353;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0369904;OID=.;OPOS=3543426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:16:17:6:7:10:10:0.588235:5:5:2:4:5:5:3:4 chr19 3548231 . A G 375.01 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=34;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0319939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.392;QD=16.1294;RBI=0.104563;REFB=-0.0111143;REVB=-0.0995478;RO=52;SAF=34;SAR=6;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31246;STB=0.675573;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0107757;OID=.;OPOS=3548231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:53:40:40:0.430108:6:34:33:19:6:34:34:19 chr19 3576314 . CCTT C 453.44 PASS AF=0.877551;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00671473;FXX=0.039208;HRUN=2;LEN=3;MLLD=237.69;QD=37.0153;RBI=0.00676828;REFB=-0.0353952;REVB=-0.000849764;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.524909;STBP=0.41;TYPE=del;VARB=0.00583424;OID=.;OPOS=3576315;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.877551:43:46:43:49:6:15:28:1:5:16:0:15:28:0:0 chr19 3590131 . C T 253.72 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0285028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6816;QD=19.517;RBI=0.0287389;REFB=-0.0242642;REVB=-0.00367665;RO=25;SAF=16;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255595;STB=0.647283;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0165533;OID=.;OPOS=3590131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:26:27:0.519231:10:16:8:17:10:17:8:17 chr19 3592171 . T C 132.62 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00631855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7169;QD=15.1569;RBI=0.101636;REFB=-0.0336442;REVB=-0.101439;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820866;STB=0.547465;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0144561;OID=.;OPOS=3592171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:11:9:8:7:11:9 chr19 3592855 . A C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0549722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.621;QD=11.9197;RBI=0.0561881;REFB=-0.0156758;REVB=-0.0116259;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118071;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0193399;OID=.;OPOS=3592855;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:4:5:3:4:4:5 chr19 3593004 . A G 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0190905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3323;QD=15.577;RBI=0.0794256;REFB=-0.00696649;REVB=-0.0770972;RO=30;SAF=3;SAR=21;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47864;STB=0.777503;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00820719;OID=.;OPOS=3593004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:21:3:15:15:21:3:15:15 chr19 3595776 . G A 206.23 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.00193755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.421;QD=17.1859;RBI=0.057234;REFB=-0.0211081;REVB=0.0572012;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259962;STB=0.646929;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0175451;OID=.;OPOS=3595776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:11:10:20:7:11:10:20:7 chr19 3595794 . A G 99.98 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0229666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.778;QD=7.40588;RBI=0.0381958;REFB=-0.00345421;REVB=-0.0305198;RO=39;SAF=10;SAR=4;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133595;STB=0.595095;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00852334;OID=.;OPOS=3595794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:40:14:14:0.259259:4:10:24:15:4:10:24:16 chr19 3600390 . G A 725.73 PASS AF=0.48125;AO=76;DP=161;FAO=77;FDP=160;FR=.;FRO=83;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=0.022688;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.316;QD=18.1431;RBI=0.0228452;REFB=-0.0232852;REVB=-0.00267481;RO=82;SAF=39;SAR=37;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335176;STB=0.518514;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0224396;OID=.;OPOS=3600390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:82:83:76:77:0.48125:37:39:45:37:38:39:45:38 chr19 3610887 . C T 272.57 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00181163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.52;QD=12.5319;RBI=0.0206381;REFB=-0.0189556;REVB=-0.0205584;RO=55;SAF=22;SAR=10;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187615;STB=0.608225;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0191589;OID=.;OPOS=3610887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:32:32:0.367816:10:22:29:26:10:22:29:26 chr19 3611765 . A G 392.29 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.825;QD=56.041;RBI=0.0303473;REFB=0;REVB=0.016362;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119393;OID=.;OPOS=3611765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:25:28:1:14:11:0:0:16:12:0:0 chr19 3611972 . G A 1645.32 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375438;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.296;QD=60.3788;RBI=0.044543;REFB=0;REVB=0.0239697;RO=0;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231496;OID=.;OPOS=3611972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:55:54:0:0:55:54:0:0 chr19 3613555 . C T 170.51 PASS AF=0.302632;AO=23;DP=76;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0226828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.354;QD=8.97394;RBI=0.02418;REFB=-0.0131014;REVB=0.00837648;RO=52;SAF=9;SAR=14;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194512;STB=0.621056;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0239225;OID=.;OPOS=3613555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:52:53:23:23:0.302632:14:9:29:23:14:9:30:23 chr19 3614403 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.307;QD=57.2376;RBI=0.0424394;REFB=0;REVB=0.0335189;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90263e-05;OID=.;OPOS=3614403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr19 3633115 . C A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.046;QD=44.6896;RBI=0.0427873;REFB=0;REVB=-0.0155874;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197836;OID=.;OPOS=3633115;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr19 3653525 . C T 769.37 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017811;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=221.546;QD=56.9904;RBI=0.0194433;REFB=0;REVB=0.0077981;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75152e-05;OID=.;OPOS=3653525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr19 3730041 . C T 300.31 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0450612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1981;QD=24.5154;RBI=0.0551434;REFB=0.0174822;REVB=0.0317849;RO=22;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149647;STB=0.508315;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.0143719;OID=.;OPOS=3730041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:14:13:11:11:14:13:11:11 chr19 3738649 . A C 292.75 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00142309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5948;QD=17.2206;RBI=0.0424751;REFB=0.000413774;REVB=-0.0424512;RO=36;SAF=8;SAR=24;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985625;STB=0.555519;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.00138877;OID=.;OPOS=3738649;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:24:8:12:24:24:8:12:24 chr19 3738971 . A G 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.039023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9611;QD=17.5685;RBI=0.047121;REFB=-0.00974762;REVB=-0.026412;RO=31;SAF=9;SAR=20;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795523;STB=0.544715;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00854554;OID=.;OPOS=3738971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:20:9:12:19:20:9:12:19 chr19 3746087 . G A 491.14 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00589264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.611;QD=19.8439;RBI=0.00630036;REFB=-0.012121;REVB=-0.00222965;RO=50;SAF=14;SAR=34;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152667;STB=0.581161;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0089253;OID=.;OPOS=3746087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:50:51:48:48:0.484848:34:14:22:28:34:14:22:29 chr19 3750205 . T TG,TGG 713.06 PASS AF=0,1;AO=10,47;DP=81;FAO=0,66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=0,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626199,0.0344406;FXX=0.0571347;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=12.0765,21.1887;QD=43.2157;RBI=0.0628788,0.0347804;REFB=0,0;REVB=0.00569987,0.00485038;RO=16;SAF=7,14;SAR=3,33;SRF=10;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0875907,-0.170012;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0151211,0.00405254;OID=.,.;OPOS=3750206,3750206;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=TG,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:10,47:81:0,66:66:0:0,27:0,39:0:0:13:16:7,14:3,33:10:6 chr19 3750615 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.758;QD=62.022;RBI=0.0378416;REFB=0;REVB=-0.00178879;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39179e-05;OID=.;OPOS=3750615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr19 3750622 . A C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.235;QD=62.6711;RBI=0.036568;REFB=0;REVB=-0.0139371;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129817;OID=.;OPOS=3750622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr19 3752563 . G A 365.19 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0114473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.437;QD=26.5589;RBI=0.0402969;REFB=-0.0235248;REVB=0.0386368;RO=20;SAF=11;SAR=24;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168691;STB=0.592538;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0260308;OID=.;OPOS=3752563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:24:11:11:9:24:11:11:9 chr19 3752874 . A G 746.21 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00763947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.359;QD=63.5074;RBI=0.036327;REFB=0;REVB=0.0355146;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197431;OID=.;OPOS=3752874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:28:18:0:0:29:18:0:0 chr19 3753769 . C T 1029.65 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377948;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.719;QD=59.6898;RBI=0.0493646;REFB=0;REVB=0.0317555;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118847;OID=.;OPOS=3753769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:44:25:0:0:44:25:0:0 chr19 3762698 . C T 431.0 PASS AF=0.44898;AO=42;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0308994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.976;QD=17.592;RBI=0.0317357;REFB=-0.0153976;REVB=-0.00723753;RO=54;SAF=29;SAR=13;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891417;STB=0.558827;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0222688;OID=.;OPOS=3762698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:42:44:0.44898:13:29:33:21:13:31:33:21 chr19 3767265 . C T 740.36 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0433086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.151;QD=56.9504;RBI=0.0450028;REFB=0;REVB=0.012232;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.13906e-05;OID=.;OPOS=3767265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:29:22:0:0:29:23:0:0 chr19 3831449 . G A 41.24 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.032985;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.91;QD=16.4944;RBI=0.0336246;REFB=-0.0539643;REVB=-0.00652693;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0097686;OID=.;OPOS=3831449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:2:2:3:3:2:2 chr19 3831525 . C A 287.66 PASS AF=0.694444;AO=24;DP=35;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0200734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8316;QD=31.9625;RBI=0.107129;REFB=-0.0576249;REVB=0.105231;RO=11;SAF=9;SAR=15;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047844;STB=0.530781;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0278237;OID=.;OPOS=3831525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:35:36:11:11:24:25:0.694444:15:9:5:6:16:9:5:6 chr19 3831709 . C T 131.89 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0166427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.806;QD=14.6548;RBI=0.0172312;REFB=0.00415768;REVB=-0.00446487;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289981;STB=0.665207;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00729526;OID=.;OPOS=3831709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:7:8:17:4:7:8:17:4 chr19 3831765 . G A 346.01 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0133475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.739;QD=24.7153;RBI=0.0167189;REFB=-0.0159955;REVB=0.0100681;RO=22;SAF=21;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142301;STB=0.507808;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0102483;OID=.;OPOS=3831765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:13:21:14:8:13:21:14:8 chr19 3977486 . A G 306.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00155332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.047;QD=53.2678;RBI=0.0552964;REFB=0;REVB=0.0552746;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000538767;OID=.;OPOS=3977486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr19 3979408 . A G 483.24 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.249;QD=58.5749;RBI=0.0211154;REFB=0;REVB=-0.00760303;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259985;OID=.;OPOS=3979408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:12:21:0:0 chr19 4028783 . CC TC,TT 579.55 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=35,2;DP=39;FAO=37,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=24,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239812,0.0203577;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=161.556,82.9017;QD=59.4411;RBI=0.0359736,0.0300097;REFB=0,0;REVB=0.0268142,0.0220487;RO=0;SAF=11,0;SAR=24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000997745,-0.0123008;OID=.,.;OPOS=4028783,4028783;OREF=C,CC;OALT=T,TT;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:39:0:0:35,2:37,2:0.948718,0.0512821:24,2:11,0:0:0:24,2:13,0:0:0 chr19 4033462 . T C 2302.57 PASS AF=0.986486;AO=145;DP=148;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0424504;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.308;QD=62.2317;RBI=0.0425044;REFB=0.0788705;REVB=0.00214212;RO=0;SAF=77;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.02491e-08;STB=0.500371;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.000925166;OID=.;OPOS=4033462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:148:148:0:2:145:146:0.986486:68:77:0:0:69:77:1:1 chr19 4042858 . G A 671.82 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00627875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.256;QD=52.6919;RBI=0.0288074;REFB=-0.033706;REVB=0.0281148;RO=1;SAF=23;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200211;STB=0.520825;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.000643502;OID=.;OPOS=4042858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:1:2:49:49:0.960784:26:23:1:0:26:23:2:0 chr19 4042923 . A G 1153.51 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.365;QD=60.7112;RBI=0.00864572;REFB=0;REVB=-0.00759877;RO=0;SAF=48;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.04704e-05;OID=.;OPOS=4042923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:28:48:0:0:28:48:0:0 chr19 4043024 . T C 1012.43 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0420148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.599;QD=57.8532;RBI=0.0477656;REFB=0.0198154;REVB=-0.0227224;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00037851;OID=.;OPOS=4043024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:0:1:69:69:0.985714:31:38:0:0:30:39:0:1 chr19 4101062 . G T 476.07 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.050382;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.633;QD=56.0078;RBI=0.0524636;REFB=-0.0934633;REVB=0.0146317;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.518507;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00113224;OID=.;OPOS=4101062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:34:0:1:33:33:0.970588:20:13:0:0:20:13:1:0 chr19 4180836 . C T 740.7 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.5;QD=56.9767;RBI=0.0683502;REFB=0;REVB=0.0651814;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017819;OID=.;OPOS=4180836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:19:32:0:0:19:33:0:0 chr19 4186395 . T G 218.58 PASS AF=0.468085;AO=19;DP=44;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00400893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.791;QD=18.6028;RBI=0.0133055;REFB=-0.00758341;REVB=0.0126872;RO=25;SAF=14;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199577;STB=0.542818;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00826337;OID=.;OPOS=4186395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:25:25:19:22:0.468085:5:14:14:11:8:14:14:11 chr19 4216910 . G A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00072532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.873;QD=20.8972;RBI=0.0327179;REFB=-0.0139038;REVB=0.0327098;RO=4;SAF=7;SAR=1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467971;STB=0.776952;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00509865;OID=.;OPOS=4216910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:1:7:1:3:1:7:1:3 chr19 4217207 . T G 787.65 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146595;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.226;QD=57.2839;RBI=0.0251493;REFB=0;REVB=0.0204349;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52369e-05;OID=.;OPOS=4217207;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr19 4236996 . G A 669.75 PASS AF=0.528;AO=66;DP=125;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.0103667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.229;QD=21.432;RBI=0.0141922;REFB=-0.0117562;REVB=0.00969286;RO=58;SAF=37;SAR=29;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372596;STB=0.523873;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00893719;OID=.;OPOS=4236996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:58:59:66:66:0.528:29:37:35:23:29:37:36:23 chr19 4237067 . A G 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0142914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.736;QD=16.7848;RBI=0.0414453;REFB=-0.0461025;REVB=-0.0389033;RO=33;SAF=20;SAR=9;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251107;STB=0.514129;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0459245;OID=.;OPOS=4237067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:9:20:22:11:9:20:22:11 chr19 4251069 . T C 324.08 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0211647;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8206;QD=16.6196;RBI=0.0224834;REFB=-0.017228;REVB=0.00758656;RO=42;SAF=15;SAR=20;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235125;STB=0.520434;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0276896;OID=.;OPOS=4251069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:42:43:35:35:0.448718:20:15:19:23:20:15:20:23 chr19 4254375 . C T 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00759099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.521;QD=17.7307;RBI=0.0188542;REFB=-0.00394525;REVB=-0.0172585;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955401;STB=0.554393;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00519574;OID=.;OPOS=4254375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:9:8:7:12:9:8:7:12 chr19 4280186 . C T 479.53 PASS AF=0.51087;AO=45;DP=90;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0184287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0889;QD=20.8492;RBI=0.0318403;REFB=0.0496648;REVB=0.0259651;RO=45;SAF=27;SAR=18;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413373;STB=0.531327;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.0101422;OID=.;OPOS=4280186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:45:45:45:47:0.51087:18:27:25:20:18:29:25:20 chr19 4306311 . T C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00634911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.369;QD=18.4438;RBI=0.00651422;REFB=-0.0054409;REVB=0.00145735;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320985;STB=0.685364;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00615513;OID=.;OPOS=4306311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:6:3:8:3:6:3 chr19 4325433 . G A 251.9 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00046033;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.748;QD=20.5635;RBI=0.00374817;REFB=-0.011731;REVB=0.00371979;RO=22;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186198;STB=0.575852;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0157814;OID=.;OPOS=4325433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:22:25:24:24:0.489796:15:9:13:9:15:9:13:12 chr19 4333711 . C T 596.32 PASS AF=0.5;AO=61;DP=122;FAO=61;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.00807074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5497;QD=19.5514;RBI=0.0586915;REFB=-0.00746077;REVB=0.0581339;RO=61;SAF=32;SAR=29;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00849972;OID=.;OPOS=4333711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:61:61:61:61:0.5:29:32:32:29:29:32:32:29 chr19 4354999 . C G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.018901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.773;QD=15.3789;RBI=0.0190656;REFB=0.000602844;REVB=0.00249984;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00143767;OID=.;OPOS=4354999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:7:7:6:6:7:7 chr19 4357555 . A G 1508.94 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0255208;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7098;QD=57.4835;RBI=0.0261977;REFB=-0.014278;REVB=-0.00591665;RO=2;SAF=52;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178979;STB=0.509432;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000258011;OID=.;OPOS=4357555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:105:2:2:103:103:0.980952:51:52:2:0:51:52:2:0 chr19 4409680 . C T 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.097053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7776;QD=20.8915;RBI=0.118166;REFB=0.0189255;REVB=0.0674084;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109203;STB=0.562377;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.000626881;OID=.;OPOS=4409680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:5:5:4:2:5:5:4:2 chr19 4442336 . C T 316.59 PASS AF=0.347826;AO=40;DP=115;FAO=40;FDP=115;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=3.61536e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.582;QD=11.012;RBI=0.0106408;REFB=-0.0268444;REVB=-0.0106408;RO=71;SAF=15;SAR=25;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119159;STB=0.579024;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0532527;OID=.;OPOS=4442336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:71:75:40:40:0.347826:25:15:34:37:25:15:37:38 chr19 4442999 . T G 1196.78 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00791143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.034;QD=60.5966;RBI=0.00901126;REFB=0;REVB=0.00431417;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117594;OID=.;OPOS=4442999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:33:45:0:0:33:46:0:0 chr19 4446364 . G A 73.45 PASS AF=0.285714;AO=5;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00928194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4092;QD=8.39433;RBI=0.0418711;REFB=-0.0166868;REVB=-0.0408293;RO=17;SAF=1;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281448;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0445855;OID=.;OPOS=4446364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:35:35:17:25:5:10:0.285714:4:1:7:10:4:6:15:10 chr19 4454000 . G A 148.92 PASS AF=0.5;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0158175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.27;QD=18.6149;RBI=0.0467273;REFB=-0.0146893;REVB=-0.0439687;RO=14;SAF=15;SAR=1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543043;STB=0.807174;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0361081;OID=.;OPOS=4454000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:14:16:16:16:0.5:1:15:8:6:1:15:10:6 chr19 4454083 . C T 102.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00342596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6548;QD=9.09257;RBI=0.00899018;REFB=-0.0209897;REVB=-0.00831181;RO=31;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117318;STB=0.583204;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0096917;OID=.;OPOS=4454083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:31:32:13:13:0.288889:8:5:15:16:8:5:16:16 chr19 4493705 . G A 313.57 PASS AF=0.333333;AO=41;DP=123;FAO=41;FDP=123;FR=.;FRO=82;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=-0.0058869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0895;QD=10.1972;RBI=0.0112459;REFB=-0.0123623;REVB=0.00958205;RO=79;SAF=24;SAR=17;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184471;STB=0.508346;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0236682;OID=.;OPOS=4493705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:79:82:41:41:0.333333:17:24:45:34:17:24:47:35 chr19 4493708 . A G 517.93 PASS AF=0.444444;AO=56;DP=126;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=-0.0369298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.197;QD=16.4421;RBI=0.0370959;REFB=-0.0219943;REVB=0.00350603;RO=67;SAF=30;SAR=26;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120372;STB=0.55222;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0299013;OID=.;OPOS=4493708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:67:70:56:56:0.444444:26:30:44:23:26:30:44:26 chr19 4508945 . A G 817.78 PASS AF=1;AO=47;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.945;QD=57.3883;RBI=0.0525926;REFB=0;REVB=0.0466465;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01109e-05;OID=.;OPOS=4508945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:47:57:1:23:24:0:0:24:33:0:0 chr19 4510560 . C T 427.03 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00450259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.598;QD=24.7552;RBI=0.0266631;REFB=-0.0308339;REVB=0.0262802;RO=27;SAF=24;SAR=17;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103175;STB=0.564071;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00932767;OID=.;OPOS=4510560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:28:41:41:0.594203:17:24:12:15:17:24:12:16 chr19 4511043 . C CT 107.2 PASS AF=0.418605;AO=19;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0128707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.686;QD=9.97209;RBI=0.0780049;REFB=-0.0243691;REVB=-0.0769358;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133281;STB=0.54289;STBP=0.658;TYPE=ins;VARB=0.0220727;OID=.;OPOS=4511044;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418605:19:43:18:43:25:11:7:17:8:99:24:11:8:17:7 chr19 4511140 . C G 69.25 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0039647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.526;QD=16.2953;RBI=0.0306396;REFB=-0.0259818;REVB=0.030382;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238988;STB=0.639683;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0121933;OID=.;OPOS=4511140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:3:5:3:6:3:5 chr19 4511281 . G A 212.54 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0556276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.589;QD=19.7713;RBI=0.056478;REFB=-0.0160229;REVB=0.00976362;RO=22;SAF=2;SAR=18;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.599729;STB=0.796557;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.007381;OID=.;OPOS=4511281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:22:20:21:0.488372:18:2:14:8:18:3:14:8 chr19 4511350 . T A 489.47 PASS AF=0.787234;AO=36;DP=46;FAO=37;FDP=47;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00834523;FXX=0.040808;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.659;QD=41.657;RBI=0.00839391;REFB=-0.0146853;REVB=-0.000902707;RO=9;SAF=12;SAR=24;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895435;STB=0.556067;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00550925;OID=.;OPOS=4511350;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:46:47:9:10:36:37:0.787234:24:12:5:4:24:13:6:4 chr19 4511453 . G A 737.75 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.086997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3376;QD=56.7503;RBI=0.106202;REFB=0;REVB=0.0609134;RO=1;SAF=27;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171217;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167779;OID=.;OPOS=4511453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:1:0:51:52:1:24:27:1:0:24:28:0:0 chr19 4511479 . A T 199.55 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00258226;FXX=0.061212;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.999;QD=17.3522;RBI=0.00470655;REFB=-0.0215891;REVB=0.00393492;RO=26;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528231;STB=0.530272;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00969004;OID=.;OPOS=4511479;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:26:26:20:20:0.434783:14:6:9:17:14:6:9:17 chr19 4511491 . A G 220.41 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0206736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2796;QD=18.3679;RBI=0.0445712;REFB=-0.00287775;REVB=-0.0394866;RO=26;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283464;STB=0.533304;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.000749413;OID=.;OPOS=4511491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:21:22:0.458333:14:7:8:18:14:8:8:18 chr19 4511525 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.78;QD=57.7123;RBI=0.0113858;REFB=0;REVB=-0.0108057;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.97107e-05;OID=.;OPOS=4511525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:40:19:0:0:40:19:0:0 chr19 4511647 . C G 406.63 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0468362;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4727;QD=54.2178;RBI=0.0625431;REFB=-0.119182;REVB=0.0414488;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300429;STB=0.516118;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00975811;OID=.;OPOS=4511647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:30:30:1:1:29:29:0.966667:14:15:1:0:14:15:1:0 chr19 4511677 . A G 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0197225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.033;QD=7.32766;RBI=0.0284378;REFB=-0.0109399;REVB=-0.0204873;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171993;STB=0.608422;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0246898;OID=.;OPOS=4511677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:5:3:11:10:5:3:11:10 chr19 4511725 . T C 345.42 PASS AF=0.935484;AO=27;DP=29;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0738502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.003;QD=44.5705;RBI=0.087562;REFB=-0.0833548;REVB=-0.0470452;RO=1;SAF=17;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265715;STB=0.524983;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00670441;OID=.;OPOS=4511725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:29:31:1:2:27:29:0.935484:10:17:1:0:10:19:2:0 chr19 4511730 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.518;QD=59.4356;RBI=0.013951;REFB=0;REVB=-0.0138478;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07062e-05;OID=.;OPOS=4511730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr19 4511737 . T C 278.98 PASS AF=0.641026;AO=24;DP=38;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0151339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7946;QD=28.6135;RBI=0.0456265;REFB=-0.0141772;REVB=0.0430435;RO=14;SAF=13;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279067;STB=0.521722;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00987033;OID=.;OPOS=4511737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:14:14:24:25:0.641026:11:13:7:7:11:14:7:7 chr19 4511746 . A T 68.03 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00384271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1263;QD=5.91593;RBI=0.00803075;REFB=-0.0163941;REVB=0.0070517;RO=36;SAF=6;SAR=4;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155208;STB=0.5998;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.123256;OID=.;OPOS=4511746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:4:6:17:19:4:6:17:19 chr19 4511791 . A C 107.43 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0377223;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.572;QD=6.61083;RBI=0.0444216;REFB=-0.00553749;REVB=-0.0234586;RO=48;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101757;STB=0.569146;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0198121;OID=.;OPOS=4511791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:48:49:16:16:0.246154:8:8:20:28:8:8:20:29 chr19 4511830 . A G 279.27 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.000564963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.196;QD=18.9337;RBI=0.00409903;REFB=-0.0148221;REVB=-0.00405991;RO=29;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165103;STB=0.591868;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0199848;OID=.;OPOS=4511830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:14:16:10:19:14:16:10:19 chr19 4511908 . C T 145.77 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=80;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0326233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.775;QD=7.28826;RBI=0.0336686;REFB=-0.0130243;REVB=-0.0083245;RO=57;SAF=8;SAR=13;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15639;STB=0.58295;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0294968;OID=.;OPOS=4511908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:57:59:21:21:0.2625:13:8:29:28:13:8:29:30 chr19 4511920 . T C 65.47 PASS AF=0.141304;AO=13;DP=92;FAO=13;FDP=92;FR=.;FRO=79;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.0124798;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.266;QD=2.84645;RBI=0.0166941;REFB=-0.00704004;REVB=-0.0110881;RO=79;SAF=3;SAR=10;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389056;STB=0.768817;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0576108;OID=.;OPOS=4511920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:92:92:79:79:13:13:0.141304:10:3:43:36:10:3:43:36 chr19 4511927 . G A 320.1 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.00753892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.354;QD=13.6211;RBI=0.0107968;REFB=-0.0161197;REVB=-0.00772893;RO=57;SAF=16;SAR=20;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162421;STB=0.597137;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0151551;OID=.;OPOS=4511927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:58:36:36:0.382979:20:16:34:23:20:16:35:23 chr19 4511929 . A G 293.74 PASS AF=0.357895;AO=34;DP=94;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.0141592;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.79;QD=12.3682;RBI=0.0455917;REFB=-0.00396748;REVB=-0.0433373;RO=59;SAF=15;SAR=19;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166855;STB=0.594788;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0273571;OID=.;OPOS=4511929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:59:61:34:34:0.357895:19:15:35:24:19:15:36:25 chr19 4511955 . T C 1394.51 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034605;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.263;QD=62.6747;RBI=0.0359388;REFB=0;REVB=-0.00969992;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63937e-05;OID=.;OPOS=4511955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:42:46:0:0:42:47:0:0 chr19 4512669 . T C 1479.13 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000441255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6945;QD=58.5794;RBI=0.039119;REFB=-0.0276534;REVB=0.0391165;RO=1;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921125;STB=0.504853;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.000325828;OID=.;OPOS=4512669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:51:49:0:1:51:49:0:1 chr19 4513044 . CA TG 49.8 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192625;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=131.445;QD=33.2024;RBI=0.135636;REFB=0;REVB=0.134262;RO=0;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00396467;OID=.;OPOS=4513044;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:5:0:0:0:5:1:0:0 chr19 4513143 . CA TG 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00913058;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=171.549;QD=48.626;RBI=0.0521;REFB=-0.144515;REVB=0.0512937;RO=1;SAF=17;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264303;STB=0.514273;STBP=0.637;TYPE=mnp;VARB=0.00334913;OID=.;OPOS=4513143;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:5:17:1:0:5:17:1:0 chr19 4513559 . A G 1066.55 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777881;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.523;QD=60.0872;RBI=0.0123631;REFB=0;REVB=0.00960915;RO=0;SAF=24;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123656;OID=.;OPOS=4513559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:46:24:0:0:47:24:0:0 chr19 4524983 . G A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0151495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.237;QD=13.505;RBI=0.0160386;REFB=-0.00763056;REVB=-0.00526572;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147429;STB=0.586067;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0291566;OID=.;OPOS=4524983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:6:11:6:6:6:11 chr19 4534017 . C G 203.31 PASS AF=0.526316;AO=18;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0131609;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.303;QD=21.4012;RBI=0.0622474;REFB=-0.0500468;REVB=0.0608402;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222193;STB=0.631456;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0536357;OID=.;OPOS=4534017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:18:18:20:0.526316:8:10:15:4:10:10:14:4 chr19 4542981 . C A 106.24 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.137095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9033;QD=11.8043;RBI=0.137222;REFB=-0.0146014;REVB=0.00589941;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290827;STB=0.517215;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0339465;OID=.;OPOS=4542981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:6:7:13:10:6:7:13:10 chr19 4558431 . C G 55.33 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.000623244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.825;QD=10.0595;RBI=0.0257729;REFB=-0.0041233;REVB=-0.0257653;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00385767;OID=.;OPOS=4558431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:7:7:4:4:7:7 chr19 4682877 . GCAG CAGG,GC 452.29 PASS AF=0.162791,0.72093;AO=3,17;DP=46;FAO=7,31;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=0,15;FSAR=7,16;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.13764,0.039054;FXX=0.0652032;HRUN=5,1;LEN=3,2;MLLD=22.7297,166.58;QD=42.0736;RBI=0.144612,0.0392316;REFB=-0.0308122,-0.11778;REVB=0.0443615,0.0037291;RO=4;SAF=0,8;SAR=3,9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.683038,-0.0102057;STB=0.99785,0.516119;STBP=0.013,0.684;TYPE=mnp,del;VARB=0.136004,0.0202223;OID=.,.;OPOS=4682877,4682879;OREF=GCA,AG;OALT=CAG,-;OMAPALT=CAGG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:40:46:43:4:5:3,17:7,31:0.162791,0.72093:3,9:0,8:2:2:7,16:0,15:3:2 chr19 4694639 . G A 286.18 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.000643275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.503;QD=20.4415;RBI=0.00494005;REFB=-0.00307211;REVB=-0.00489799;RO=25;SAF=19;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023074;STB=0.529928;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.003633;OID=.;OPOS=4694639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:26:29:30:0.535714:10:19:17:8:11:19:18:8 chr19 4703958 . C T 308.33 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0246963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.436;QD=15.8119;RBI=0.0311566;REFB=-0.0161266;REVB=-0.0189953;RO=44;SAF=19;SAR=15;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591667;STB=0.533364;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0230243;OID=.;OPOS=4703958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:15:19:22:22:15:19:22:22 chr19 4769740 . C A 902.66 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.657;QD=58.2364;RBI=0.0720955;REFB=0;REVB=0.00356334;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237698;OID=.;OPOS=4769740;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr19 4794257 . T G 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00278906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.456;QD=24.1271;RBI=0.0115362;REFB=-0.0237024;REVB=-0.011194;RO=11;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15749;STB=0.588131;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0135225;OID=.;OPOS=4794257;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:10:7:7:4:10:7:7:4 chr19 4794948 . A AAACCTCAC 107.12 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.015964;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=8;MLLD=317.807;QD=11.5802;RBI=0.0226636;REFB=-0.0101009;REVB=-0.0160869;RO=26;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529367;STBP=0.809;TYPE=ins;VARB=0.0241806;OID=.;OPOS=4794949;OREF=-;OALT=AACCTCAC;OMAPALT=AAACCTCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.351351:13:40:13:37:24:6:7:10:14:99:26:6:7:12:14 chr19 4816718 . C T 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0525897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.124;QD=17.542;RBI=0.0558887;REFB=-0.0192334;REVB=-0.0189175;RO=14;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333241;STB=0.664884;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0210504;OID=.;OPOS=4816718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:16:15:15:0.483871:11:4:9:5:11:4:9:7 chr19 4816719 . G A 87.22 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0172394;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.381;QD=12.0306;RBI=0.0223952;REFB=-0.00805809;REVB=-0.014295;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219335;STB=0.629404;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0141027;OID=.;OPOS=4816719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:30:29:18:18:11:11:0.37931:5:6:6:12:5:6:6:12 chr19 4818378 . T C 900.83 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.193;QD=58.1182;RBI=0.0338205;REFB=0;REVB=-0.002212;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0811e-05;OID=.;OPOS=4818378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:31:29:0:0:31:31:0:0 chr19 4847713 . A G 823.1 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.638;QD=56.7654;RBI=0.0320445;REFB=0;REVB=0.0135978;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058658;OID=.;OPOS=4847713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:30:26:0:0:32:26:0:0 chr19 4847874 . A G 837.95 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440111;FXX=0.0333278;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.6666;QD=57.7894;RBI=0.0442542;REFB=0;REVB=0.00463189;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226796;OID=.;OPOS=4847874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:58:58:1:39:19:0:0:39:19:0:0 chr19 4852106 . A G 1380.82 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00493711;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.288;QD=62.7646;RBI=0.00746298;REFB=0;REVB=0.00559652;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30217e-05;OID=.;OPOS=4852106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:42:46:0:0:42:46:0:0 chr19 4852137 . C T 525.17 PASS AF=0.615385;AO=48;DP=78;FAO=48;FDP=78;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0293298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.31;QD=26.9319;RBI=0.0305464;REFB=-0.023147;REVB=0.00853465;RO=29;SAF=26;SAR=22;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135433;STB=0.566994;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0164552;OID=.;OPOS=4852137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:29:30:48:48:0.615385:22:26:10:19:22:26:11:19 chr19 4859937 . T C 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00860837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.107;QD=19.4668;RBI=0.020169;REFB=-0.014434;REVB=0.0182397;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2411;STB=0.63624;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0147691;OID=.;OPOS=4859937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:14:8:15:9:14:8:15:9 chr19 4932725 . G A 291.2 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00244691;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.09;QD=16.6399;RBI=0.0131253;REFB=-0.0102;REVB=-0.0128952;RO=38;SAF=16;SAR=16;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508299;STB=0.528554;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00912377;OID=.;OPOS=4932725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:38:38:32:32:0.457143:16:16:21:17:16:16:21:17 chr19 4945914 . A C 236.29 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00276987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.758;QD=17.5032;RBI=0.0398778;REFB=-0.00118793;REVB=-0.0397814;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517474;STB=0.538432;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00128915;OID=.;OPOS=4945914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:28:26:26:0.481481:12:14:13:14:12:14:13:15 chr19 4945917 . C T 238.48 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0021483;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.438;QD=17.9988;RBI=0.0155451;REFB=-0.0114118;REVB=0.015396;RO=25;SAF=14;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120775;STB=0.547789;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0355049;OID=.;OPOS=4945917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:25:27:26:26:0.490566:12:14:10:15:12:14:12:15 chr19 4945974 . T C 330.84 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.194;QD=52.9345;RBI=0.0983995;REFB=0;REVB=0.086018;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198705;OID=.;OPOS=4945974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:25:0:0:22:25:1:13:9:0:0:15:10:0:0 chr19 4950770 . C T 594.62 PASS AF=0.616279;AO=53;DP=86;FAO=53;FDP=86;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.016469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.104;QD=27.6567;RBI=0.0223689;REFB=-0.0253021;REVB=0.0151373;RO=33;SAF=25;SAR=28;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768311;STB=0.54178;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0161107;OID=.;OPOS=4950770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:33:33:53:53:0.616279:28:25:12:21:28:25:12:21 chr19 4954454 . C T 882.38 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0218586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.011;QD=56.024;RBI=0.0219638;REFB=-0.0215117;REVB=-0.00214722;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.510635;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000474374;OID=.;OPOS=4954454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:0:1:62:62:0.984127:23:39:0:0:23:39:0:1 chr19 4954679 . G GC 469.01 PASS AF=1;AO=31;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444439;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.5102;QD=41.6899;RBI=0.0444665;REFB=0;REVB=-0.00141701;RO=14;SAF=26;SAR=5;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.530341;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00113828;OID=.;OPOS=4954680;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:46:45:45:0:26:19:0:0:9:14:26:5:0:14 chr19 5041178 . T C 1570.72 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5579;QD=59.2723;RBI=0.032367;REFB=0;REVB=0.0307759;RO=1;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903911;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.65414e-05;OID=.;OPOS=5041178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:1:0:105:106:1:52:53:0:1:53:53:0:0 chr19 5110794 . A G 126.0 PASS AF=0.313725;AO=17;DP=53;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0507593;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7807;QD=9.88202;RBI=0.0616991;REFB=-0.00973459;REVB=-0.0350754;RO=32;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988031;STB=0.513631;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0176273;OID=.;OPOS=5110794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:32:35:17:16:0.313725:7:10:16:16:7:9:19:16 chr19 5114112 . G A 546.39 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=94;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.084803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4105;QD=23.2506;RBI=0.103164;REFB=-0.00625337;REVB=0.0587471;RO=42;SAF=23;SAR=28;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118254;STB=0.569977;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00580194;OID=.;OPOS=5114112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:42:43:51:51:0.542553:28:23:25:17:28:23:26:17 chr19 5114116 . T G 501.53 PASS AF=0.527473;AO=45;DP=88;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00711077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.277;QD=22.0453;RBI=0.0235158;REFB=-0.0214023;REVB=0.022415;RO=43;SAF=22;SAR=23;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102102;STB=0.568796;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0188044;OID=.;OPOS=5114116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:43:43:45:48:0.527473:23:22:26:17:26:22:26:17 chr19 5114448 . G A 34.76 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0332145;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.938;QD=4.08901;RBI=0.0357842;REFB=-0.0146738;REVB=-0.0133158;RO=28;SAF=4;SAR=2;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312052;STB=0.521666;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0718304;OID=.;OPOS=5114448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:34:28:28:6:6:0.176471:2:4:18:10:2:4:18:10 chr19 5133937 . C T 493.63 PASS AF=0.322917;AO=62;DP=192;FAO=62;FDP=192;FR=.;FRO=130;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=74;FSRR=56;FWDB=-0.0139382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.038;QD=10.284;RBI=0.0217521;REFB=-0.0161524;REVB=-0.0166998;RO=130;SAF=25;SAR=37;SRF=74;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193814;STB=0.611688;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0412325;OID=.;OPOS=5133937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:130:130:62:62:0.322917:37:25:74:56:37:25:74:56 chr19 5135392 . A G 1705.26 PASS AF=0.966667;AO=115;DP=119;FAO=116;FDP=120;FR=.;FRO=4;FSAF=78;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0175139;FXX=0.00826378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.83;QD=56.8421;RBI=0.0223142;REFB=-0.0418911;REVB=0.0138269;RO=4;SAF=78;SAR=37;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486096;STB=0.524996;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000186169;OID=.;OPOS=5135392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:119:120:4:4:115:116:0.966667:37:78:0:4:38:78:0:4 chr19 5144089 . G A 201.69 PASS AF=0.27;AO=27;DP=100;FAO=27;FDP=100;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.0257267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3077;QD=8.06739;RBI=0.0257695;REFB=-0.0119516;REVB=-0.00148455;RO=73;SAF=16;SAR=11;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154525;STB=0.592524;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0260167;OID=.;OPOS=5144089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:73:73:27:27:0.27:11:16:34:39:11:16:34:39 chr19 5206775 . A G 426.84 PASS AF=1;AO=25;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00152725;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.18;QD=56.9114;RBI=0.0672436;REFB=0;REVB=0.0672263;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00391109;OID=.;OPOS=5206775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:25:30:1:12:13:0:0:15:15:0:0 chr19 5208015 . C T 157.11 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0022176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.184;QD=9.66844;RBI=0.0119744;REFB=-0.00224212;REVB=0.0117672;RO=44;SAF=9;SAR=12;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235349;STB=0.637805;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00503287;OID=.;OPOS=5208015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:12:9:28:16:12:9:28:16 chr19 5214697 . A G 1071.6 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.24;QD=59.5331;RBI=0.0414122;REFB=0;REVB=-0.0393954;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.87872e-05;OID=.;OPOS=5214697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:70:72:1:29:41:0:0:29:43:0:0 chr19 5273494 . A G 466.1 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.019149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2533;QD=21.9342;RBI=0.0208291;REFB=-0.0231619;REVB=0.00819557;RO=39;SAF=31;SAR=14;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933239;STB=0.547037;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0190796;OID=.;OPOS=5273494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:39:40:45:45:0.529412:14:31:23:16:14:31:24:16 chr19 5455611 . C T 160.27 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0848786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5755;QD=10.3401;RBI=0.111148;REFB=0.000390311;REVB=0.0717596;RO=41;SAF=15;SAR=6;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133771;STB=0.578869;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00416412;OID=.;OPOS=5455611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:6:15:25:16:6:15:25:16 chr19 5455735 . G A 194.0 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0273658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3315;QD=16.8696;RBI=0.0273812;REFB=-0.0224844;REVB=-0.000918582;RO=25;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150189;STB=0.577589;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0393253;OID=.;OPOS=5455735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:14:6:11:14:14:6:11:15 chr19 5455796 . A G 556.98 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0789428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.139;QD=60.2145;RBI=0.0790064;REFB=0;REVB=-0.00317121;RO=0;SAF=7;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265948;OID=.;OPOS=5455796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:29:7:0:0:29:8:0:0 chr19 5455971 . G T 237.28 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0687881;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.95;QD=17.908;RBI=0.0688185;REFB=-0.014577;REVB=-0.00204714;RO=27;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240382;STB=0.513503;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0502977;OID=.;OPOS=5455971;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:17:9:10:17:17:9:10:17 chr19 5455978 . T C 260.53 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00784148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.866;QD=18.9474;RBI=0.00824339;REFB=-0.0218432;REVB=0.00254257;RO=26;SAF=10;SAR=18;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103607;STB=0.507037;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0122753;OID=.;OPOS=5455978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:18:10:9:17:18:10:10:17 chr19 5455990 . G A 346.53 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0154995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.337;QD=22.3565;RBI=0.0248793;REFB=-0.0360781;REVB=0.0194614;RO=27;SAF=13;SAR=22;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000894641;STB=0.500493;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0288421;OID=.;OPOS=5455990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:22:13:10:17:22:13:10:17 chr19 5456450 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.932;QD=61.6836;RBI=0.0293893;REFB=0;REVB=0.020041;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.17414e-06;OID=.;OPOS=5456450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr19 5590297 . AG A 166.19 PASS AF=1;AO=3;DP=23;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.195465;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.30802;QD=24.6212;RBI=0.272548;REFB=-0.0144224;REVB=0.189936;RO=4;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0.309524;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00547601;OID=.;OPOS=5590298;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:23:27:27:0:11:16:0:0:3:4:0:3:0:4 chr19 5590305 . GCCCCC GCCCC,GCCCCG 124.68 PASS AF=0.555556,0.0444444;AO=20,5;DP=47;FAO=25,2;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=7,2;FSAR=18,0;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0368931,0.00153504;FXX=0.0425441;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.1122,21.9102;QD=11.0824;RBI=0.0591145,0.0456165;REFB=-0.108826,-0.0577709;REVB=0.046189,0.0455907;RO=18;SAF=5,5;SAR=15,0;SRF=1;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.254152,0.841028;STB=0.594932,0.997996;STBP=0.241,0.008;TYPE=del,snp;VARB=0.145409,0.0572229;OID=.,.;OPOS=5590306,5590310;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556,0.0444444:20,5:47:25,2:45:18:7,2:18,0:2:16:80:18:5,5:15,0:1:17 chr19 5649943 . C T 226.44 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00570612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.612;QD=17.0896;RBI=0.00770239;REFB=-0.020192;REVB=0.00517369;RO=28;SAF=15;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422594;STB=0.523791;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0201751;OID=.;OPOS=5649943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:10:15:18:10:10:15:18:10 chr19 5766090 . T C 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6333;QD=59.4319;RBI=0.0223964;REFB=0;REVB=0.0189824;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00149e-05;OID=.;OPOS=5766090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr19 5772897 . C T 593.3 PASS AF=0.546296;AO=59;DP=107;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0336987;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.996;QD=21.9741;RBI=0.0352424;REFB=-0.0154979;REVB=0.0103161;RO=46;SAF=21;SAR=38;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155385;STB=0.582299;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0124581;OID=.;OPOS=5772897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:46:49:59:59:0.546296:38:21:25:21:38:21:26:23 chr19 5772950 . G A 320.77 PASS AF=0.420455;AO=35;DP=85;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.0054488;FXX=0.0222198;HRUN=6;LEN=1;MLLD=127.488;QD=14.5804;RBI=0.0106119;REFB=-0.0122663;REVB=-0.00910615;RO=50;SAF=19;SAR=16;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249464;STB=0.626309;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0116527;OID=.;OPOS=5772950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:50:51:35:37:0.420455:16:19:15:35:18:19:15:36 chr19 5778517 . A T 92.68 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0191426;FXX=0.0781128;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7009;QD=6.28369;RBI=0.0205389;REFB=-0.00198814;REVB=0.00744361;RO=42;SAF=8;SAR=6;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171706;STB=0.628393;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0292321;OID=.;OPOS=5778517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:64:59:42:45:14:14:0.237288:6:8:18:24:6:8:18:27 chr19 5783634 . T C 30.88 PASS AF=0.5;AO=3;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0297977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.205;QD=12.3535;RBI=0.0375606;REFB=0.0207658;REVB=-0.0228669;RO=5;SAF=2;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247694;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0192579;OID=.;OPOS=5783634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:3:5:0.5:1:2:2:3:3:2:2:3 chr19 5783905 . G A 213.51 PASS AF=0.645161;AO=17;DP=29;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.114231;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3626;QD=27.5492;RBI=0.178485;REFB=-0.0308925;REVB=0.137143;RO=12;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195298;STB=0.612796;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0274206;OID=.;OPOS=5783905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:31:12:11:17:20:0.645161:7:10:10:2:10:10:9:2 chr19 5784370 . C T 255.68 PASS AF=0.657143;AO=22;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0198287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.598;QD=29.2201;RBI=0.0389055;REFB=-0.0181344;REVB=0.0334732;RO=12;SAF=18;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692563;STB=0.516115;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00414072;OID=.;OPOS=5784370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:22:23:0.657143:4:18:9:3:5:18:9:3 chr19 5785670 . C T 332.07 PASS AF=0.33871;AO=42;DP=124;FAO=42;FDP=124;FR=.;FRO=82;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.0372967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.984;QD=10.7118;RBI=0.0399921;REFB=-0.0230231;REVB=-0.0144335;RO=82;SAF=17;SAR=25;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686408;STB=0.53962;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0443562;OID=.;OPOS=5785670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:82:82:42:42:0.33871:25:17:38:44:25:17:38:44 chr19 5786815 . G A 240.56 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00416763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.771;QD=21.3833;RBI=0.0262387;REFB=-0.0323655;REVB=-0.0259056;RO=21;SAF=17;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209302;STB=0.609764;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0272236;OID=.;OPOS=5786815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:22:23:23:0.511111:6:17:11:10:6:17:12:10 chr19 5789565 . T C 142.37 PASS AF=0.4;AO=14;DP=38;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0204649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.377;QD=14.2369;RBI=0.0261306;REFB=-0.0167116;REVB=0.016248;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134352;STB=0.610975;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0229238;OID=.;OPOS=5789565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:24:24:14:16:0.4:7:7:15:9:9:7:15:9 chr19 5831672 . G C 111.4 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0348395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5112;QD=15.9143;RBI=0.0383753;REFB=-0.0081624;REVB=0.0160895;RO=15;SAF=11;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376485;STB=0.72223;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0123749;OID=.;OPOS=5831672;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:2:11:8:7:2:11:8:7 chr19 5831724 . T C 40.3 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.013179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0704;QD=14.6528;RBI=0.0326548;REFB=-0.0398723;REVB=-0.0298773;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435573;STB=0.526224;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0120691;OID=.;OPOS=5831724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:4:1:1:5:4:1 chr19 5832209 . G A 461.88 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00551887;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.65;QD=21.4826;RBI=0.00831635;REFB=-0.0205636;REVB=-0.00622123;RO=41;SAF=19;SAR=26;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148187;STB=0.508184;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0179453;OID=.;OPOS=5832209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:41:45:45:0.523256:26:19:18:23:26:19:18:23 chr19 5844537 . A G 740.94 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0125937;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.736;QD=54.8845;RBI=0.023954;REFB=-0.0578844;REVB=0.0203763;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513508;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000833826;OID=.;OPOS=5844537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:35:18:0:0:35:18:1:0 chr19 5844649 . G A 187.77 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0444615;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.853;QD=44.1806;RBI=0.0471056;REFB=0.00339275;REVB=0.0155599;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481057;STB=0.526283;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000446957;OID=.;OPOS=5844649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:17:1:1:16:16:0.941176:9:7:0:1:9:7:0:1 chr19 5866637 . C T 45.97 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0158205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7445;QD=9.19379;RBI=0.0204557;REFB=-0.0401935;REVB=0.0129672;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277775;STB=0.517191;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0487712;OID=.;OPOS=5866637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:5:2:4:9:5:2:4:9 chr19 5866654 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00934589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.159;QD=46.8476;RBI=0.013885;REFB=0;REVB=-0.0102688;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214379;OID=.;OPOS=5866654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr19 5866724 . G A 96.23 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.556;QD=38.4908;RBI=0.069155;REFB=0;REVB=0.0534486;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00538896;OID=.;OPOS=5866724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:5:5:0:0 chr19 5866736 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.741;QD=37.4875;RBI=0.0286503;REFB=0;REVB=0.0200584;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015653;OID=.;OPOS=5866736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr19 5867177 . G A 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00738168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.833;QD=36.3482;RBI=0.0528003;REFB=-0.0399811;REVB=0.0522818;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00895645;OID=.;OPOS=5867177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:5:6:1:0:5:6:1:0 chr19 5867748 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.966;QD=45.8055;RBI=0.0555558;REFB=0;REVB=0.0499771;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133028;OID=.;OPOS=5867748;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr19 5892954 . T C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.026;QD=58.1398;RBI=0.00602189;REFB=0;REVB=-0.00499887;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40467e-05;OID=.;OPOS=5892954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr19 5914010 . G A 204.93 PASS AF=0.306818;AO=26;DP=87;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0171534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.89;QD=9.31517;RBI=0.0184413;REFB=-0.0143917;REVB=-0.00677089;RO=61;SAF=13;SAR=13;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107122;STB=0.574966;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0306436;OID=.;OPOS=5914010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:61:61:26:27:0.306818:13:13:25:36:13:14:25:36 chr19 5915151 . C CG 43.03 PASS AF=0.275;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.149821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.2638;QD=4.30338;RBI=0.160733;REFB=0.00287003;REVB=-0.0582131;RO=31;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537584;STB=0.607294;STBP=0.451;TYPE=ins;VARB=-0.0253762;OID=.;OPOS=5915152;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275:11:43:11:40:29:6:5:20:9:43:31:7:4:21:10 chr19 5917153 . G A 90.62 PASS AF=0.25;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0482241;FXX=0.020404;HRUN=5;LEN=1;MLLD=146.554;QD=7.55198;RBI=0.0517504;REFB=-0.00822592;REVB=-0.018776;RO=35;SAF=3;SAR=9;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205458;STB=0.621734;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0210194;OID=.;OPOS=5917153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:48:35:36:12:12:0.25:9:3:14:21:9:3:14:22 chr19 6016215 . T C 318.04 PASS AF=0.30597;AO=41;DP=139;FAO=41;FDP=134;FR=.;FRO=93;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=-0.00589593;FXX=0.0359686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.567;QD=9.49385;RBI=0.00799454;REFB=-0.00771203;REVB=-0.00539914;RO=93;SAF=15;SAR=26;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193337;STB=0.613061;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0193083;OID=.;OPOS=6016215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:134:93:93:41:41:0.30597:26:15:49:44:26:15:49:44 chr19 6156483 . T C 1435.71 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.876;QD=62.422;RBI=0.114659;REFB=0;REVB=0.107048;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212821;OID=.;OPOS=6156483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:92:0:0:88:92:1:40:48:0:0:44:48:0:0 chr19 6210509 . C T 297.78 PASS AF=0.342342;AO=38;DP=111;FAO=38;FDP=111;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0094051;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.277;QD=10.7308;RBI=0.0146108;REFB=-0.00962615;REVB=-0.0111812;RO=73;SAF=27;SAR=11;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23189;STB=0.634571;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0131763;OID=.;OPOS=6210509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:73:73:38:38:0.342342:11:27:38:35:11:27:38:35 chr19 6375831 . G A 414.15 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0324757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.048;QD=24.3616;RBI=0.0342862;REFB=-0.0188247;REVB=0.0109942;RO=27;SAF=22;SAR=18;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237983;STB=0.635773;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0119151;OID=.;OPOS=6375831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:27:28:40:40:0.588235:18:22:6:21:18:22:6:22 chr19 6376722 . A G 423.85 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=123;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.000150365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6451;QD=13.7839;RBI=0.065516;REFB=-0.00169904;REVB=-0.0655158;RO=74;SAF=29;SAR=20;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155456;STB=0.587867;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00184352;OID=.;OPOS=6376722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:74:74:49:49:0.398374:20:29:33:41:20:29:33:41 chr19 6411830 . C G 2140.48 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00295392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.923;QD=62.9553;RBI=0.0176886;REFB=0;REVB=0.0174402;RO=0;SAF=85;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63445e-05;OID=.;OPOS=6411830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:51:85:0:0:51:85:0:0 chr19 6415443 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=19;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.652;QD=56.7058;RBI=0.0194973;REFB=0;REVB=0.0181685;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224459;OID=.;OPOS=6415443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:19:29:1:9:10:0:0:17:12:0:0 chr19 6427408 . G A 230.75 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0162191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.678;QD=17.7498;RBI=0.0771278;REFB=0.000734611;REVB=0.0754032;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140118;STB=0.578804;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000735101;OID=.;OPOS=6427408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:11:14:11:16:11:14:11:16 chr19 6477256 . G T 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0103994;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=243.915;QD=6.48201;RBI=0.0129942;REFB=-0.00160863;REVB=-0.00779111;RO=33;SAF=5;SAR=5;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203549;STB=0.627668;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00369543;OID=.;OPOS=6477256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:5:5:22:11:5:5:22:11 chr19 6496182 . C T 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0366234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.154;QD=11.4392;RBI=0.0371709;REFB=-0.0206554;REVB=0.00635636;RO=24;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130276;STB=0.577857;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0250834;OID=.;OPOS=6496182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:9:4:10:14:9:4:10:14 chr19 6535080 . T C 1002.78 PASS AF=0.477064;AO=104;DP=218;FAO=104;FDP=218;FR=.;FRO=114;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=79;FSRR=35;FWDB=0.000187947;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.588;QD=18.3996;RBI=0.047167;REFB=-0.0115886;REVB=-0.0471666;RO=114;SAF=54;SAR=50;SRF=79;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166765;STB=0.59162;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.016743;OID=.;OPOS=6535080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:114:114:104:104:0.477064:50:54:79:35:50:54:79:35 chr19 6586268 . G A 652.0 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.658;QD=62.0949;RBI=0.0443932;REFB=0;REVB=0.0402641;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140045;OID=.;OPOS=6586268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:28:13:0:0:29:13:0:0 chr19 6665020 . T C 958.64 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.102593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8188;QD=57.2325;RBI=0.105366;REFB=-0.00826157;REVB=-0.0240136;RO=0;SAF=45;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47552e-08;STB=0.511624;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.000497997;OID=.;OPOS=6665020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:21:45:0:0:21:45:0:1 chr19 6669934 . G A 203.09 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0022549;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.782;QD=15.6223;RBI=0.0102362;REFB=-0.00538134;REVB=-0.00998477;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812293;STB=0.546178;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0107205;OID=.;OPOS=6669934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:13:10:15:14:13:10:15:14 chr19 6677989 . G A 295.71 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00243064;FXX=0.0285673;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.387;QD=17.3949;RBI=0.00661481;REFB=-0.0306057;REVB=-0.00615205;RO=36;SAF=20;SAR=12;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247488;STB=0.6386;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0255403;OID=.;OPOS=6677989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:12:20:13:23:12:20:13:23 chr19 6679511 . C T 383.66 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0387369;FXX=0.0681741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.089;QD=18.7151;RBI=0.040025;REFB=-0.0221343;REVB=-0.0100725;RO=40;SAF=10;SAR=29;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130711;STB=0.57378;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0341348;OID=.;OPOS=6679511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:43:39:39:0.47561:29:10:15:25:29:10:16:27 chr19 6696597 . G A 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.204;QD=51.1821;RBI=0.0430028;REFB=0;REVB=-0.0367057;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.25964e-05;OID=.;OPOS=6696597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr19 6697406 . A G 2086.32 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.99;QD=61.817;RBI=0.0216222;REFB=-0.079417;REVB=-0.0123373;RO=1;SAF=72;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760521;STB=0.503999;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000562978;OID=.;OPOS=6697406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:1:1:134:134:0.992593:62:72:0:1:62:72:0:1 chr19 6702157 . C G 1044.35 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00384217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.572;QD=59.677;RBI=0.191647;REFB=0;REVB=0.191609;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665183;OID=.;OPOS=6702157;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr19 6709704 . C T 106.85 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0330336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.891;QD=12.2116;RBI=0.0358236;REFB=0.00324965;REVB=0.0138603;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129953;STB=0.50768;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00343283;OID=.;OPOS=6709704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:4:9:15:7:4:9:15:7 chr19 6709848 . C T 269.1 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0185502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0322;QD=29.0923;RBI=0.0185918;REFB=-0.00588551;REVB=0.00124253;RO=13;SAF=16;SAR=8;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135908;STB=0.57441;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00115055;OID=.;OPOS=6709848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:8:16:11:2:8:16:11:2 chr19 6712372 . C T 45.4 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=3.08303e-05;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.933;QD=6.26244;RBI=0.0386498;REFB=-0.00506731;REVB=-0.0386498;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288006;STB=0.65343;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0131683;OID=.;OPOS=6712372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:31:29:19:22:7:7:0.241379:4:3:13:6:4:3:14:8 chr19 6713291 . C T 282.59 PASS AF=0.574468;AO=23;DP=44;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0265197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.4146;QD=24.0503;RBI=0.152245;REFB=-0.0332277;REVB=0.149917;RO=21;SAF=15;SAR=8;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344262;STB=0.675927;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0247562;OID=.;OPOS=6713291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:21:20:23:27:0.574468:8:15:5:16:9:18:5:15 chr19 6731057 . T C 224.89 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0250228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6157;QD=19.9903;RBI=0.0435909;REFB=0.00439485;REVB=-0.0356935;RO=23;SAF=15;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194578;STB=0.610175;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00605692;OID=.;OPOS=6731057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:7:15:11:12:7:15:11:12 chr19 6731078 . GC G 153.04 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0260769;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.8842;QD=13.3078;RBI=0.0404305;REFB=-0.000541617;REVB=-0.030897;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=7;SSEN=0.249497;SSEP=0;SSSB=-0.15984;STB=0.586886;STBP=0.216;TYPE=del;VARB=0.00409098;OID=.;OPOS=6731079;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.521739:23:47:24:46:22:12:12:15:7:99:21:11:12:14:7 chr19 6737481 . T C 261.29 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.84;QD=49.7703;RBI=0.0536919;REFB=0;REVB=0.0495837;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279759;OID=.;OPOS=6737481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:19:21:1:7:12:0:0:8:13:0:0 chr19 6737509 . G A 289.6 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.955;QD=52.6549;RBI=0.0472825;REFB=0;REVB=0.0313939;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397088;OID=.;OPOS=6737509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:9:12:0:0:9:13:0:0 chr19 6744587 . G A 115.69 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0239099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.297;QD=7.23078;RBI=0.0834992;REFB=-0.0240331;REVB=0.0800027;RO=47;SAF=15;SAR=2;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.614137;STB=0.875254;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0310208;OID=.;OPOS=6744587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:47:47:17:17:0.265625:2:15:18:29:2:15:18:29 chr19 6754140 . C T 338.62 PASS AF=0.358333;AO=40;DP=120;FAO=43;FDP=120;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=0.0548907;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3671;QD=11.2872;RBI=0.0553266;REFB=-0.00610308;REVB=0.00693096;RO=77;SAF=26;SAR=14;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643465;STB=0.562839;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0110548;OID=.;OPOS=6754140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:77:77:40:43:0.358333:14:26:46:31:14:29:45:32 chr19 6833777 . A G 1749.32 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.247;QD=60.846;RBI=0.049772;REFB=0;REVB=0.0469452;RO=0;SAF=63;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49198e-05;OID=.;OPOS=6833777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:52:63:0:0:52:63:0:0 chr19 6833989 . G T 640.56 PASS AF=0.977273;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182773;FXX=0.0222173;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.103;QD=58.2326;RBI=0.0313994;REFB=-0.108998;REVB=0.0255316;RO=1;SAF=15;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302497;STB=0.515144;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0110899;OID=.;OPOS=6833989;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:44:1:1:41:43:0.977273:26:15:1:0:27:16:1:0 chr19 6896483 . G A 784.05 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2882;QD=64.0042;RBI=0.0505155;REFB=0;REVB=-0.0343898;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000768936;OID=.;OPOS=6896483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr19 6897464 . C G 804.41 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0561199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.924;QD=55.4765;RBI=0.0636152;REFB=-0.00188762;REVB=0.0299573;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.508194;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0002281;OID=.;OPOS=6897464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:58:0:1:56:57:0.982759:30:26:0:0:30:27:0:1 chr19 6901891 . G A 1498.68 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1112;QD=62.4448;RBI=0.03867;REFB=0;REVB=-0.0153359;RO=1;SAF=42;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111562;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564432;OID=.;OPOS=6901891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:96:96:1:0:95:96:1:53:42:1:0:53:43:0:0 chr19 6903920 . A G 842.92 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00899919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.43;QD=53.5186;RBI=0.0156755;REFB=-0.188291;REVB=0.0128349;RO=3;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398368;STB=0.513884;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0049836;OID=.;OPOS=6903920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:3:2:60:61:0.968254:34:26:0:3:35:26:0:2 chr19 6904137 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.337;QD=57.3851;RBI=0.0166258;REFB=0;REVB=-0.0106489;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93847e-06;OID=.;OPOS=6904137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr19 6913811 . A G 790.5 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.051;QD=56.4643;RBI=0.0339128;REFB=0;REVB=-0.0176978;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407579;OID=.;OPOS=6913811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:32:23:0:0:32:24:0:0 chr19 6919624 . A C 1343.58 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0177644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2143;QD=61.0717;RBI=0.0409587;REFB=0.016908;REVB=-0.0369059;RO=1;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114167;STB=0.506023;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.000615912;OID=.;OPOS=6919624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:41:46:0:1:41:46:0:1 chr19 6919753 . A G 708.49 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.152;QD=62.9766;RBI=0.059519;REFB=0;REVB=-0.0219122;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05274e-05;OID=.;OPOS=6919753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr19 6974556 . C A 152.47 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=45;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0077353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.47;QD=13.2585;RBI=0.00776225;REFB=0.00361145;REVB=-0.000646267;RO=28;SAF=11;SAR=5;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136739;STB=0.540935;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.00410495;OID=.;OPOS=6974556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:28:29:16:17:0.369565:5:11:16:12:6:11:17:12 chr19 7005905 . T A 465.34 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1272;QD=56.4052;RBI=0.0376124;REFB=0;REVB=0.0370154;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00436215;OID=.;OPOS=7005905;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:11:20:0:0:11:22:0:0 chr19 7076418 . C A 279.0 PASS AF=0.336449;AO=36;DP=107;FAO=36;FDP=107;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0169143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1087;QD=10.4298;RBI=0.0656574;REFB=-0.00987251;REVB=-0.0634414;RO=71;SAF=20;SAR=16;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183236;STB=0.605692;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.018355;OID=.;OPOS=7076418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:71:71:36:36:0.336449:16:20:28:43:16:20:28:43 chr19 7117101 . C T 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0254548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.324;QD=6.92891;RBI=0.0274304;REFB=0.000554735;REVB=0.0102216;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225087;STB=0.644671;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00384225;OID=.;OPOS=7117101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:4:2:8:7:4:2:8:7 chr19 7125297 . G A 508.33 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0219279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7832;QD=56.4813;RBI=0.0601064;REFB=0.0201192;REVB=-0.0559637;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00125409;OID=.;OPOS=7125297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:0:1:34:35:0.972222:16:18:0:0:16:19:0:1 chr19 7504982 . C T 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0551123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8086;QD=11.439;RBI=0.0560854;REFB=-0.0242677;REVB=0.010402;RO=24;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827774;STB=0.549279;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00802003;OID=.;OPOS=7504982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:5:8:13:11:5:8:13:11 chr19 7524855 . C T 805.97 PASS AF=0.506098;AO=82;DP=165;FAO=83;FDP=164;FR=.;FRO=81;FSAF=57;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.041216;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6304;QD=19.6577;RBI=0.0964929;REFB=-0.0273904;REVB=0.0872475;RO=79;SAF=56;SAR=26;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169065;STB=0.602245;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0289741;OID=.;OPOS=7524855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:79:81:82:83:0.506098:26:56:40:39:26:57:40:41 chr19 7528734 . A G 347.19 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0309222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0677;QD=51.435;RBI=0.0375509;REFB=-0.157295;REVB=-0.0213045;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526295;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00450265;OID=.;OPOS=7528734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:9:17:0:0:9:17:0:1 chr19 7532011 . G C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00232946;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.421;QD=8.81111;RBI=0.0161247;REFB=-0.00261945;REVB=0.0159556;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272391;STB=0.675005;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0100556;OID=.;OPOS=7532011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:4:7:5:1:4:7 chr19 7533767 . T G 595.11 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.53;QD=61.0364;RBI=0.0385533;REFB=0;REVB=0.0378196;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120267;OID=.;OPOS=7533767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:20:19:0:0 chr19 7533850 . A G 837.03 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0383249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.343;QD=55.8021;RBI=0.057118;REFB=0.0442348;REVB=0.0423516;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159925;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-7.44021e-05;OID=.;OPOS=7533850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:29:30:0:1:29:30:0:1 chr19 7538039 . A G 2008.4 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.644;QD=62.2758;RBI=0.0326181;REFB=0;REVB=0.0104643;RO=0;SAF=73;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24595e-05;OID=.;OPOS=7538039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:56:73:0:0:56:73:0:0 chr19 7538117 . A G 1468.61 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0125752;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.584;QD=61.1919;RBI=0.0146389;REFB=0.0731345;REVB=-0.00749406;RO=1;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111554;STB=0.511625;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000161747;OID=.;OPOS=7538117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:96:1:2:94:94:0.979167:42:52:0:1:42:52:0:2 chr19 7547074 . A C 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0126826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.838;QD=18.4835;RBI=0.0190711;REFB=-0.0107847;REVB=-0.0142429;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462776;STB=0.526288;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0122341;OID=.;OPOS=7547074;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:9:10:10:11:9:10:10:11 chr19 7569282 . A G 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0170617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.551;QD=11.257;RBI=0.0263183;REFB=-0.022394;REVB=-0.0200388;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434779;STB=0.526249;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0480919;OID=.;OPOS=7569282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:5:7:5:3:5:7 chr19 7570978 . T C 880.83 PASS AF=0.984127;AO=58;DP=60;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.10704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3318;QD=55.9255;RBI=0.121409;REFB=-0.0322933;REVB=0.0572945;RO=2;SAF=11;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196531;STB=0.504853;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0094023;OID=.;OPOS=7570978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:63:2:1:58:62:0.984127:47:11:0:2:51:11:0:1 chr19 7570990 . A G 281.25 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=24;FWDB=0.0278798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8316;QD=21.2267;RBI=0.0322909;REFB=-0.0329936;REVB=0.0162916;RO=24;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335909;STB=0.681724;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0293022;OID=.;OPOS=7570990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:21:8:0:24:21:8:0:24 chr19 7571030 . T A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0077623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.198;QD=57.6807;RBI=0.0221088;REFB=0;REVB=0.0207013;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37353e-05;OID=.;OPOS=7571030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:23:8:0:0:23:8:0:0 chr19 7573098 . T A 444.55 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0002549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.66;QD=20.4389;RBI=0.0187838;REFB=-0.00518224;REVB=0.0187821;RO=43;SAF=28;SAR=16;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948112;STB=0.552607;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00313544;OID=.;OPOS=7573098;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:16:28:23:20:16:28:23:20 chr19 7573287 . C T 243.77 PASS AF=0.32967;AO=30;DP=91;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.00376726;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.619;QD=10.7151;RBI=0.00487695;REFB=-0.00704344;REVB=0.00309716;RO=61;SAF=10;SAR=20;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552453;STB=0.532236;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0153031;OID=.;OPOS=7573287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:61:61:30:30:0.32967:20:10:23:38:20:10:23:38 chr19 7573297 . T C 170.71 PASS AF=0.287356;AO=21;DP=83;FAO=25;FDP=87;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.00927587;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.146;QD=7.84851;RBI=0.0383532;REFB=-0.0183874;REVB=-0.0372145;RO=58;SAF=0;SAR=21;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.780606;STB=0.734051;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0344027;OID=.;OPOS=7573297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:58:62:21:25:0.287356:21:0:26:32:21:4:26:36 chr19 7573301 . C T 197.36 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.010896;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.6956;QD=9.39818;RBI=0.0500705;REFB=-0.0287979;REVB=-0.0488706;RO=53;SAF=5;SAR=21;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332327;STB=0.688752;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0507418;OID=.;OPOS=7573301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:53:58:26:26:0.309524:21:5:23:30:21:5:24:34 chr19 7593589 . C T 599.2 PASS AF=0.4375;AO=63;DP=144;FAO=63;FDP=144;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=0.0120992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.818;QD=16.6443;RBI=0.0218619;REFB=-0.00659311;REVB=0.0182085;RO=81;SAF=28;SAR=35;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125697;STB=0.507018;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0130454;OID=.;OPOS=7593589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:81:81:63:63:0.4375:35:28:37:44:35:28:37:44 chr19 7620606 . G A 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.00301904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.092;QD=14.8514;RBI=0.0203753;REFB=-0.0187452;REVB=0.0201504;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260866;STB=0.649205;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0306424;OID=.;OPOS=7620606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:10:9:21:8:10:9:21:8 chr19 7675418 . G A 199.94 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0183559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.396;QD=11.5907;RBI=0.0383878;REFB=-0.00609023;REVB=0.0337148;RO=44;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160649;STB=0.592949;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00947965;OID=.;OPOS=7675418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:10:15:20:24:10:15:20:24 chr19 7687428 . G A 315.37 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0285806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.654;QD=24.2593;RBI=0.0287384;REFB=-0.00104779;REVB=0.00300775;RO=21;SAF=14;SAR=17;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884878;STB=0.548642;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.000670026;OID=.;OPOS=7687428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:17:14:7:14:17:14:7:14 chr19 7688614 . T C 163.63 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0267023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.428;QD=20.4532;RBI=0.0299344;REFB=0.000540203;REVB=-0.0135297;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209241;STB=0.618045;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00154453;OID=.;OPOS=7688614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:10:7:10:5:10:7:10:5 chr19 7705452 . G A 171.89 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0242223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5776;QD=18.5822;RBI=0.0757313;REFB=-0.0039124;REVB=0.0717531;RO=19;SAF=13;SAR=5;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791356;STB=0.5447;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00941882;OID=.;OPOS=7705452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:5:13:15:4:5:13:15:4 chr19 7711221 . T C 486.97 PASS AF=0.51087;AO=46;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00410116;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.121;QD=21.1725;RBI=0.00439099;REFB=-0.0103299;REVB=-0.00156886;RO=45;SAF=27;SAR=19;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127937;STB=0.563778;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0102408;OID=.;OPOS=7711221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:46:47:0.51087:19:27:20:25:20:27:20:25 chr19 7712277 . A G 409.14 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=12;FWDB=-0.00273553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.978;QD=17.9841;RBI=0.0162645;REFB=-0.0263514;REVB=-0.0160328;RO=49;SAF=27;SAR=15;SRF=37;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123078;STB=0.568353;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0302424;OID=.;OPOS=7712277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:15:27:37:12:15:27:37:12 chr19 7743879 . C T 329.98 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0186881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.226;QD=31.4267;RBI=0.0187603;REFB=-0.0120101;REVB=0.0016448;RO=14;SAF=20;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518044;STB=0.528435;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00712055;OID=.;OPOS=7743879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:8:20:9:5:8:20:9:5 chr19 7747445 . G A 332.0 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0029222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.246;QD=16.1949;RBI=0.00909827;REFB=-0.0182377;REVB=0.00861622;RO=46;SAF=22;SAR=14;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251432;STB=0.514156;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.033647;OID=.;OPOS=7747445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:14:22:27:19:14:22:27:19 chr19 7755056 . G A 60.76 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00385494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1809;QD=6.39528;RBI=0.0100431;REFB=0.00347274;REVB=-0.0092738;RO=29;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123519;STB=0.578146;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.0156451;OID=.;OPOS=7755056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:4:5:19:10:4:5:19:10 chr19 7761667 . A G 94.68 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0489828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.236;QD=10.8209;RBI=0.0490693;REFB=0.00322546;REVB=0.00291377;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716318;STB=0.542786;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.0103385;OID=.;OPOS=7761667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:6:6:10:13:6:6:10:13 chr19 7763248 . G A 128.26 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00338732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.908;QD=12.2153;RBI=0.00750851;REFB=-0.00492756;REVB=0.00670103;RO=27;SAF=3;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236711;STB=0.641765;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00809205;OID=.;OPOS=7763248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:12:3:10:17:12:3:10:17 chr19 7913974 . T C 250.3 PASS AF=0.361446;AO=29;DP=84;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0619445;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.737;QD=12.0627;RBI=0.062155;REFB=0.00756341;REVB=-0.00511075;RO=53;SAF=11;SAR=18;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419243;STB=0.532688;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.013925;OID=.;OPOS=7913974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:53:53:29:30:0.361446:18:11:22:31:19:11:22:31 chr19 7916620 . A G 311.54 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0237705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.129;QD=19.1719;RBI=0.0421801;REFB=-0.0114544;REVB=-0.0348443;RO=31;SAF=17;SAR=16;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572276;STB=0.52335;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0118186;OID=.;OPOS=7916620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:32:33:33:0.507692:16:17:18:13:16:17:18:14 chr19 7928462 . T C 939.22 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.835;QD=58.7009;RBI=0.0675961;REFB=0;REVB=0.0599537;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158539;OID=.;OPOS=7928462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:64:0:0:60:64:1:36:24:0:0:36:28:0:0 chr19 7928788 . A C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0723543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.266;QD=60.2279;RBI=0.0742134;REFB=0;REVB=-0.016507;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000610498;OID=.;OPOS=7928788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr19 7936208 . A G 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00921441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.528;QD=7.62863;RBI=0.0348719;REFB=-0.0115453;REVB=-0.0336325;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144365;STB=0.590679;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0254211;OID=.;OPOS=7936208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:3:5:10:10:3:5:10:10 chr19 7938306 . A AG,G 832.75 PASS AF=0.983871,0.016129;AO=53,3;DP=62;FAO=61,1;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=48,1;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0449373,0.00058645;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=24.917,202.719;QD=53.7257;RBI=0.0461334,0.0414421;REFB=0,0;REVB=0.0104369,-0.041438;RO=6;SAF=46,2;SAR=7,1;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.235331,0.46422;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000304328,0.0187005;OID=.,.;OPOS=7938307,7938306;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:62:62:6:0:53,3:61,1:0.983871,0.016129:7,1:46,2:1:5:13,0:48,1:0:0 chr19 7944348 . TC T 499.55 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223787;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.0979;QD=45.4134;RBI=0.0250017;REFB=0;REVB=0.011148;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000823178;OID=.;OPOS=7944349;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:45:44:44:0:19:25:0:0:9:0:19:24:0:0 chr19 7944700 . A G 546.0 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0251362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3596;QD=20.2222;RBI=0.0307285;REFB=-0.0321257;REVB=-0.0176752;RO=50;SAF=28;SAR=28;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102985;STB=0.564792;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.02916;OID=.;OPOS=7944700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:50:52:56:56:0.518519:28:28:19:31:28:28:19:33 chr19 7963914 . A C 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00543965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.938;QD=62.9811;RBI=0.0285868;REFB=0;REVB=0.0280645;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141059;OID=.;OPOS=7963914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr19 7963949 . A G 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0310142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8541;QD=9.4915;RBI=0.0419878;REFB=0.00859912;REVB=-0.0283037;RO=18;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476868;STB=0.789691;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0170335;OID=.;OPOS=7963949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:2:7:6:12:2:7:6:12 chr19 7963976 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.809;QD=51.9158;RBI=0.0408013;REFB=0;REVB=0.0231573;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370592;OID=.;OPOS=7963976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr19 7964441 . G A 295.07 PASS AF=0.336283;AO=37;DP=112;FAO=38;FDP=113;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=0.0127819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.609;QD=10.4451;RBI=0.0256843;REFB=-0.0151096;REVB=0.0222779;RO=73;SAF=16;SAR=21;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741391;STB=0.542089;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0254694;OID=.;OPOS=7964441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:73:75:37:38:0.336283:21:16:27:46:22:16:27:48 chr19 7964727 . G A 148.98 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0453712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.877;QD=18.623;RBI=0.0618424;REFB=-0.0269083;REVB=0.0420231;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552398;STB=0.531457;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0197443;OID=.;OPOS=7964727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:7:9:8:8:7:9:8:8 chr19 7965339 . C T 410.12 PASS AF=0.355072;AO=48;DP=137;FAO=49;FDP=138;FR=.;FRO=89;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=-0.000740391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.226;QD=11.8874;RBI=0.0138667;REFB=-0.00624008;REVB=0.0138469;RO=89;SAF=22;SAR=26;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167077;STB=0.600662;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0107812;OID=.;OPOS=7965339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:89:89:48:49:0.355072:26:22:54:35:27:22:54:35 chr19 7967812 . G T 359.5 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00938291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.336;QD=19.9725;RBI=0.00941733;REFB=-0.00922905;REVB=0.000804465;RO=35;SAF=13;SAR=24;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722759;STB=0.540171;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00961303;OID=.;OPOS=7967812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:24:13:15:20:24:13:15:20 chr19 7975184 . G T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00544296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.803;QD=16.1721;RBI=0.0741801;REFB=-0.0198582;REVB=0.0739802;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296329;STB=0.668724;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0253734;OID=.;OPOS=7975184;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:9:7:15:5:9:7:15:5 chr19 7986638 . C G 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00925235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.333;QD=21.377;RBI=0.0145676;REFB=-0.0256172;REVB=-0.0112521;RO=22;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174487;STB=0.509795;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0252996;OID=.;OPOS=7986638;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:10:13:12:10:10:13:12:10 chr19 7997608 . C T 49.56 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00457869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.571;QD=4.30943;RBI=0.0199885;REFB=-0.00491552;REVB=-0.019457;RO=38;SAF=6;SAR=2;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228832;STB=0.658113;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0254152;OID=.;OPOS=7997608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:38:38:8:8:0.173913:2:6:22:16:2:6:22:16 chr19 8138054 . C A 784.75 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1438;QD=62.78;RBI=0.0456169;REFB=0;REVB=0.0409515;RO=1;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140498;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000755127;OID=.;OPOS=8138054;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:1:0:49:50:1:33:16:0:1:34:16:0:0 chr19 8145921 . C T 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0256583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8776;QD=27.8588;RBI=0.0331028;REFB=0.00814542;REVB=0.0209152;RO=7;SAF=14;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280702;STB=0.686866;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00868621;OID=.;OPOS=8145921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:7:8:17:17:0.68:3:14:3:4:3:14:3:5 chr19 8152725 . A G 322.83 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.00189243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.969;QD=14.1902;RBI=0.00552713;REFB=0.0011742;REVB=0.00519306;RO=55;SAF=20;SAR=16;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126282;STB=0.571736;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00153079;OID=.;OPOS=8152725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:55:36:36:0.395604:16:20:24:31:16:20:24:31 chr19 8159362 . G T 107.41 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00839168;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.506;QD=12.6369;RBI=0.0105828;REFB=-0.00510637;REVB=-0.00644781;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117418;STB=0.550382;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0083906;OID=.;OPOS=8159362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:21:13:13:0.382353:6:7:13:7:6:7:13:8 chr19 8159409 . G T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.106;QD=56.7062;RBI=0.0510631;REFB=0;REVB=0.0458609;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029863;OID=.;OPOS=8159409;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr19 8160334 . G A 131.98 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0455775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7177;QD=14.6648;RBI=0.0456461;REFB=0.0168546;REVB=0.00250178;RO=21;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174613;STB=0.59988;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.0219345;OID=.;OPOS=8160334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:10:5:4:17:10:5:4:17 chr19 8161450 . C T 308.16 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0138581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.602;QD=20.8919;RBI=0.0138581;REFB=0.0086857;REVB=2.49634e-05;RO=27;SAF=23;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517153;STB=0.528717;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.00814479;OID=.;OPOS=8161450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:9:23:18:9:9:23:18:9 chr19 8165868 . G A 438.02 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0154361;FXX=0.0120467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.33;QD=21.3669;RBI=0.0292833;REFB=-0.0424897;REVB=-0.0248845;RO=38;SAF=15;SAR=28;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659275;STB=0.531522;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0304607;OID=.;OPOS=8165868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:38:39:43:43:0.52439:28:15:16:22:28:15:16:23 chr19 8176006 . G A 72.83 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00748963;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.152;QD=7.87391;RBI=0.00938469;REFB=-0.00650934;REVB=0.00565488;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730335;STB=0.560318;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0216758;OID=.;OPOS=8176006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:36:37:26:27:10:10:0.27027:6:4:12:14:6:4:13:14 chr19 8176009 . C T 161.37 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0446008;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.929;QD=17.9297;RBI=0.0446653;REFB=-0.0141381;REVB=-0.00239943;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247833;STB=0.640865;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0191281;OID=.;OPOS=8176009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:19:19:17:17:0.472222:7:10:6:13:7:10:6:13 chr19 8176569 . G A 142.13 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00219753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.144;QD=14.2127;RBI=0.00261484;REFB=-0.0104649;REVB=-0.00141711;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216853;STB=0.624853;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0174516;OID=.;OPOS=8176569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:7:17:8:8:7:17 chr19 8176640 . C T 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00611616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.457;QD=17.3253;RBI=0.00621929;REFB=-0.00224523;REVB=-0.00112789;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1182;STB=0.567499;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00250757;OID=.;OPOS=8176640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:8:12:12:13:8:12:12:13 chr19 8176919 . C T 270.01 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00428481;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.636;QD=22.9799;RBI=0.0101284;REFB=-0.0104378;REVB=0.00917745;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105324;STB=0.558623;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0109408;OID=.;OPOS=8176919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:14:11:7:15:14:11:7:15 chr19 8191238 . C T 571.61 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1477;QD=60.1694;RBI=0.0603706;REFB=0;REVB=-0.0299693;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364868;OID=.;OPOS=8191238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:14:23:0:0:14:24:0:0 chr19 8191248 . A G 542.24 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142366;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.572;QD=60.2492;RBI=0.0174944;REFB=0;REVB=0.0101673;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.732e-05;OID=.;OPOS=8191248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr19 8191401 . G A 113.17 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0210482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.597;QD=17.4114;RBI=0.0928631;REFB=-0.0319165;REVB=0.0904462;RO=11;SAF=10;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575094;STB=0.551099;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0224456;OID=.;OPOS=8191401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:13:13:13:0.5:3:10:9:2:3:10:9:4 chr19 8196444 . C T 851.58 PASS AF=1;AO=42;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.701;QD=57.7339;RBI=0.0676;REFB=0;REVB=0.0643292;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318811;OID=.;OPOS=8196444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:42:59:1:18:24:0:0:27:32:0:0 chr19 8196499 . G A 319.01 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00912214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.697;QD=15.7535;RBI=0.0195863;REFB=-0.0258807;REVB=-0.0173323;RO=46;SAF=16;SAR=19;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043271;STB=0.524402;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0288653;OID=.;OPOS=8196499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:19:16:23:23:19:16:23:23 chr19 8201279 . C T 302.24 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0043257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.293;QD=19.4996;RBI=0.0314483;REFB=-0.0210547;REVB=0.0311493;RO=30;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309879;STB=0.517231;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0165106;OID=.;OPOS=8201279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:15:17:17:13:15:17:17:13 chr19 8203188 . G A 283.93 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0145022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.406;QD=21.0319;RBI=0.0496872;REFB=-0.0266913;REVB=0.0475237;RO=24;SAF=17;SAR=11;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128623;STB=0.571168;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0372566;OID=.;OPOS=8203188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:28:28:0.518519:11:17:18:6:11:17:18:6 chr19 8203328 . G A 1232.04 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032035;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.572;QD=61.6018;RBI=0.0324494;REFB=0;REVB=0.00516916;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352514;OID=.;OPOS=8203328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr19 8212228 . C T 118.66 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0475752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.413;QD=13.1843;RBI=0.055097;REFB=-0.0190881;REVB=-0.02779;RO=22;SAF=10;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404825;STB=0.523775;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0405762;OID=.;OPOS=8212228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:4:10:15:7:4:10:15:7 chr19 8319455 . C T 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0409898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.489;QD=19.44;RBI=0.0412194;REFB=-0.0145617;REVB=-0.0043439;RO=29;SAF=18;SAR=13;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259962;STB=0.644121;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0285652;OID=.;OPOS=8319455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:13:18:8:21:13:18:8:21 chr19 8320555 . G A 112.24 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0151762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.008;QD=16.6276;RBI=0.0224578;REFB=-0.00712082;REVB=0.016554;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301241;STB=0.670362;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00925135;OID=.;OPOS=8320555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:12:2:6:7:12:2 chr19 8321937 . C T 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0120255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.593;QD=18.6412;RBI=0.0120288;REFB=-0.031757;REVB=-0.000285221;RO=25;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111642;STB=0.554411;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0317262;OID=.;OPOS=8321937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:9:16:13:12:9:16:14:12 chr19 8326904 . G A 203.22 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0226963;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.737;QD=21.9703;RBI=0.0232565;REFB=-0.0103141;REVB=-0.00507361;RO=17;SAF=13;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244757;STB=0.637463;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00914311;OID=.;OPOS=8326904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:7:13:6:11:7:13:6:11 chr19 8367033 . T C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00282424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.661;QD=61.6816;RBI=0.0197082;REFB=0;REVB=0.0195048;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132905;OID=.;OPOS=8367033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr19 8368781 . C T 68.44 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0490084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9392;QD=5.70326;RBI=0.0552603;REFB=-0.0097242;REVB=-0.025532;RO=36;SAF=2;SAR=8;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489658;STB=0.7994;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0302402;OID=.;OPOS=8368781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:36:38:10:10:0.208333:8:2:22:14:8:2:22:16 chr19 8376431 . G A 313.22 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=26;FWDB=-0.000600041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.24;QD=19.576;RBI=0.0162914;REFB=-0.00366848;REVB=0.0162803;RO=31;SAF=14;SAR=19;SRF=5;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246744;STB=0.635648;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00376853;OID=.;OPOS=8376431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:19:14:5:26:19:14:5:26 chr19 8387207 . G A 633.1 PASS AF=0.452229;AO=66;DP=153;FAO=71;FDP=157;FR=.;FRO=86;FSAF=48;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.00700521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.893;QD=16.1299;RBI=0.0554566;REFB=-0.0176922;REVB=0.0550124;RO=85;SAF=47;SAR=19;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292054;STB=0.632713;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0183344;OID=.;OPOS=8387207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:157:85:86:66:71:0.452229:19:47:37:48:23:48:38:48 chr19 8398714 . A G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0129456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.787;QD=19.0178;RBI=0.0144373;REFB=-0.0493578;REVB=0.00639113;RO=14;SAF=13;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470675;STB=0.773382;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0301539;OID=.;OPOS=8398714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:2:13:6:8:2:13:6:8 chr19 8398889 . TC T 36.17 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0405085;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.6992;QD=8.03864;RBI=0.04739;REFB=-0.0612706;REVB=0.0245943;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163877;STB=0.798934;STBP=0.102;TYPE=del;VARB=0.0769947;OID=.;OPOS=8398890;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:18:6:18:12:1:5:7:5:36:9:2:5:4:5 chr19 8398949 . CTCGCTGTCGCCA C 65.39 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00121167;FXX=0;HRUN=1;LEN=12;MLLD=289.602;QD=10.8975;RBI=0.00937123;REFB=-0.012315;REVB=0.00929257;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248624;STB=0.659885;STBP=0.302;TYPE=del;VARB=0.0234619;OID=.;OPOS=8398950;OREF=TCGCTGTCGCCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:9:24:9:24:15:5:4:12:3:65:14:5:4:11:3 chr19 8454236 . A G 1291.0 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165426;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.607;QD=60.753;RBI=0.0169464;REFB=0.0302489;REVB=-0.00367757;RO=1;SAF=29;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00853551;STB=0.504503;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000587618;OID=.;OPOS=8454236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:85:1:1:84:84:0.988235:55:29:0:1:55:29:0:1 chr19 8486884 . G A 444.53 PASS AF=0.45;AO=44;DP=99;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0123698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.098;QD=17.7811;RBI=0.0209632;REFB=-0.0208525;REVB=0.0169246;RO=51;SAF=29;SAR=15;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736673;STB=0.540128;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0252817;OID=.;OPOS=8486884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:51:55:44:45:0.45:15:29:30:21:15:30:33:22 chr19 8503797 . A G 147.05 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.00294367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.823;QD=9.19062;RBI=0.0083747;REFB=-0.0122466;REVB=-0.0078403;RO=42;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474197;STB=0.784234;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0236987;OID=.;OPOS=8503797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:44:20:20:0.3125:6:14:11:31:6:14:11:33 chr19 8503864 . AC A,CA 262.25 PASS AF=0.611111,0;AO=24,2;DP=47;FAO=33,0;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=13,0;FSAR=20,0;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.168138,-0.112614;FXX=0.0526223;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=20.9897,20.4776;QD=19.4257;RBI=0.169178,0.123805;REFB=-0.0482802,0.0110077;REVB=0.0187311,0.0514372;RO=19;SAF=6,0;SAR=18,2;SRF=4;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0.308176,0;SSSB=0.0428396,-0.418663;STB=0.544884,0.5;STBP=0.451,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0258914,0;OID=.,.;OPOS=8503865,8503864;OREF=C,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:54:19:21:24,2:33,0:0.611111,0:18,2:6,0:4:15:20,0:13,0:6:15 chr19 8551094 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.975;QD=37.4885;RBI=0.0420065;REFB=0;REVB=0.0380881;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051129;OID=.;OPOS=8551094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr19 8551112 . G T 31.0 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0579981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6093;QD=12.3996;RBI=0.0642265;REFB=-0.0173918;REVB=0.027591;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363118;STB=0.726279;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.012427;OID=.;OPOS=8551112;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:2:3:1:4:2:3 chr19 8553630 . C G,T 1861.0 PASS AF=0.0325203,0.96748;AO=5,117;DP=122;FAO=4,119;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=4,52;FSAR=0,67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00983355,0.0103548;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.918,118.223;QD=60.5205;RBI=0.0117523,0.0168171;REFB=0,0;REVB=-0.00643569,0.0132511;RO=0;SAF=5,50;SAR=0,67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0779849,4.56192e-05;OID=.,.;OPOS=8553630,8553630;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:122:123:0:0:5,117:4,119:0.0325203,0.96748:0,67:5,50:0:0:0,67:4,52:0:0 chr19 8563456 . C G 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00869226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7316;QD=40.7575;RBI=0.0856813;REFB=0;REVB=-0.0852393;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00467545;OID=.;OPOS=8563456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr19 8564523 . T G 81.37 PASS AF=0.282051;AO=12;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0676096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4258;QD=8.34575;RBI=0.0955199;REFB=0.0120521;REVB=-0.0674759;RO=23;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254163;STB=0.715194;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.0467706;OID=.;OPOS=8564523;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:23:28:12:11:0.282051:5:7:8:15:4:7:9:19 chr19 8567475 . T C 331.44 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00253105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.493;QD=18.6726;RBI=0.0225566;REFB=-0.0116957;REVB=0.0224141;RO=32;SAF=8;SAR=27;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324508;STB=0.711646;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0299213;OID=.;OPOS=8567475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:36:35:35:0.492958:27:8:18:14:27:8:22:14 chr19 8567500 . G A 278.89 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0487526;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.7727;QD=16.4056;RBI=0.0576906;REFB=0.00412085;REVB=0.0308446;RO=35;SAF=6;SAR=25;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405983;STB=0.744509;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00331287;OID=.;OPOS=8567500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:37:31:31:0.455882:25:6:20:15:25:6:22:15 chr19 8578000 . G A 281.98 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00140614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.107;QD=14.6484;RBI=0.0123384;REFB=-0.00717616;REVB=0.012258;RO=45;SAF=19;SAR=13;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169853;STB=0.509634;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00906115;OID=.;OPOS=8578000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:13:19:26:19:13:19:26:19 chr19 8578035 . T C 338.13 PASS AF=0.576271;AO=33;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0207325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.78;QD=22.9243;RBI=0.048075;REFB=-0.00194031;REVB=0.0433747;RO=19;SAF=18;SAR=15;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582983;STB=0.513018;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00157661;OID=.;OPOS=8578035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:19:25:33:34:0.576271:15:18:12:7:16:18:14:11 chr19 8578118 . A G 422.57 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.0173601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6133;QD=17.6072;RBI=0.0696834;REFB=-0.00914908;REVB=-0.0674863;RO=52;SAF=25;SAR=19;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859143;STB=0.547877;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0178376;OID=.;OPOS=8578118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:19:25:34:18:19:25:34:18 chr19 8578199 . T C 500.2 PASS AF=0.408759;AO=55;DP=137;FAO=56;FDP=137;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=-0.00746507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.143;QD=14.6045;RBI=0.00779427;REFB=-0.00682459;REVB=-0.0022413;RO=78;SAF=34;SAR=21;SRF=49;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111078;STB=0.501365;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0119897;OID=.;OPOS=8578199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:78:81:55:56:0.408759:21:34:49:29:22:34:49:32 chr19 8642301 . C T 154.82 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0628944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.481;QD=14.7443;RBI=0.0629599;REFB=-0.00249797;REVB=0.0028715;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091655;STB=0.55301;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00435552;OID=.;OPOS=8642301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:8:9:11:14:8:9:11:14 chr19 8645786 . A C 664.72 PASS AF=1;AO=34;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.832;QD=61.8343;RBI=0.061287;REFB=0;REVB=0.0527876;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00270579;OID=.;OPOS=8645786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:34:43:1:15:19:0:0:16:27:0:0 chr19 8654246 . C T 130.67 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0146562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.5;QD=13.7544;RBI=0.0147763;REFB=-0.0296295;REVB=0.00188014;RO=23;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656827;STB=0.538409;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0225727;OID=.;OPOS=8654246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:10:5:9:14:10:5:9:14 chr19 8661413 . G A 210.92 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00499739;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.461;QD=14.0611;RBI=0.0050362;REFB=-0.013486;REVB=0.000623999;RO=31;SAF=16;SAR=9;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284233;STB=0.524944;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.012577;OID=.;OPOS=8661413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:31:35:25:25:0.416667:9:16:19:12:9:16:21:14 chr19 8669931 . G C 1060.35 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0605445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.152;QD=58.1016;RBI=0.0617788;REFB=-0.00426154;REVB=0.0122874;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000120233;OID=.;OPOS=8669931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:71:72:0.986301:35:36:0:0:36:36:0:1 chr19 8670209 . G A 70.5 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0295117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.493;QD=7.04963;RBI=0.0456252;REFB=-0.00929233;REVB=0.0347954;RO=30;SAF=4;SAR=6;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234693;STB=0.646773;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0446172;OID=.;OPOS=8670209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:6:4:18:12:6:4:18:12 chr19 8808373 . G T 1138.53 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321186;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9682;QD=60.7215;RBI=0.101074;REFB=0;REVB=0.0958352;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113164;OID=.;OPOS=8808373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr19 8808900 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.125;QD=48.7369;RBI=0.0234717;REFB=0;REVB=-0.00366183;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244182;OID=.;OPOS=8808900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr19 8808942 . A G 340.09 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0271;QD=54.4143;RBI=0.0814633;REFB=0;REVB=-0.0758424;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00263203;OID=.;OPOS=8808942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr19 8841558 . T C 939.43 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052164;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.686;QD=58.7145;RBI=0.0565445;REFB=0;REVB=-0.0218219;RO=0;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30878e-05;OID=.;OPOS=8841558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:63:64:1:41:22:0:0:42:22:0:0 chr19 8953801 . T C 753.31 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7432;QD=61.4948;RBI=0.0295962;REFB=-0.114313;REVB=-0.0274632;RO=1;SAF=29;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159432;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00158862;OID=.;OPOS=8953801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:18:29:1:0:19:29:1:0 chr19 8953922 . C T 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2455;QD=56.9556;RBI=0.0212589;REFB=0;REVB=-0.00285624;RO=0;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010453;OID=.;OPOS=8953922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:38:14:0:0:38:14:0:0 chr19 8961981 . C G 1936.63 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153457;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9915;QD=61.9723;RBI=0.0493054;REFB=0;REVB=0.0468565;RO=0;SAF=66;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158148;OID=.;OPOS=8961981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:124:125:1:58:66:0:0:59:66:0:0 chr19 8973548 . C T 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0117333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.925;QD=6.02723;RBI=0.0127248;REFB=-0.0080201;REVB=-0.00492444;RO=31;SAF=6;SAR=3;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186126;STB=0.620415;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0279139;OID=.;OPOS=8973548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:3:6:16:15:3:6:16:15 chr19 8979212 . C T 252.76 PASS AF=0.375;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.000718056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2887;QD=12.6382;RBI=0.0546556;REFB=-0.00189938;REVB=-0.0546509;RO=49;SAF=16;SAR=14;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639699;STB=0.529392;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00278033;OID=.;OPOS=8979212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:49:50:30:30:0.375:14:16:29:20:14:16:29:21 chr19 8982271 . G A 287.55 PASS AF=0.450704;AO=29;DP=68;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0736909;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.7268;QD=16.2;RBI=0.128708;REFB=-0.026744;REVB=0.105524;RO=39;SAF=10;SAR=19;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343403;STB=0.65339;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0357574;OID=.;OPOS=8982271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:39:39:29:32:0.450704:19:10:27:12:19:13:27:12 chr19 8987218 . G T 458.79 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0198525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.073;QD=16.992;RBI=0.0381056;REFB=-0.0300159;REVB=0.0325257;RO=58;SAF=24;SAR=26;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473913;STB=0.526384;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0340814;OID=.;OPOS=8987218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:58:50:50:0.462963:26:24:25:33:26:24:25:33 chr19 8996019 . A T 135.05 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0201889;FXX=0.0768935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.924;QD=22.5083;RBI=0.0211808;REFB=-0.060496;REVB=-0.00640572;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147608;STB=0.583217;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0333439;OID=.;OPOS=8996019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:25:24:10:10:14:14:0.583333:7:7:7:3:7:7:7:3 chr19 8999438 . A T 92.12 PASS AF=0.161905;AO=17;DP=105;FAO=17;FDP=105;FR=.;FRO=88;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=56;FSRR=32;FWDB=-0.0284226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4016;QD=3.50928;RBI=0.0292963;REFB=0.000535302;REVB=-0.00710148;RO=88;SAF=5;SAR=12;SRF=56;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413726;STB=0.768619;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00139043;OID=.;OPOS=8999438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:105:105:88:88:17:17:0.161905:12:5:56:32:12:5:56:32 chr19 8999441 . G A 33.41 PASS AF=0.0865385;AO=9;DP=104;FAO=9;FDP=104;FR=.;FRO=95;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=59;FSRR=36;FWDB=0.0845873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1316;QD=1.28509;RBI=0.0894076;REFB=0.00554512;REVB=0.0289605;RO=94;SAF=1;SAR=8;SRF=59;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.547461;STB=0.915225;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0176728;OID=.;OPOS=8999441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:104:104:94:95:9:9:0.0865385:8:1:59:35:8:1:59:36 chr19 8999445 . C T 506.29 PASS AF=0.5;AO=52;DP=105;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00320607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.973;QD=19.1054;RBI=0.0111201;REFB=-0.0252385;REVB=0.0106479;RO=51;SAF=33;SAR=19;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116143;STB=0.559439;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0199916;OID=.;OPOS=8999445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:51:53:52:53:0.5:19:33:26:25:19:34:28:25 chr19 8999449 . G T 77.34 PASS AF=0.145631;AO=15;DP=99;FAO=15;FDP=103;FR=.;FRO=88;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=58;FSRR=30;FWDB=-0.0072422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1773;QD=3.00337;RBI=0.0241486;REFB=0.000802093;REVB=-0.0230371;RO=84;SAF=5;SAR=10;SRF=54;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373836;STB=0.758731;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00709471;OID=.;OPOS=8999449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:99:103:84:88:15:15:0.145631:10:5:54:30:10:5:58:30 chr19 8999453 . C T 246.06 PASS AF=0.313725;AO=32;DP=102;FAO=32;FDP=102;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.0429838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.27;QD=9.64926;RBI=0.0476639;REFB=-0.00270224;REVB=0.0205972;RO=70;SAF=20;SAR=12;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133445;STB=0.507808;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00501345;OID=.;OPOS=8999453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:70:70:32:32:0.313725:12:20:43:27:12:20:43:27 chr19 8999478 . T C 58.18 PASS AF=0.122449;AO=12;DP=98;FAO=12;FDP=98;FR=.;FRO=86;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=58;FSRR=28;FWDB=-0.0385172;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.979;QD=2.37452;RBI=0.0390217;REFB=-0.00665378;REVB=-0.0062545;RO=85;SAF=4;SAR=8;SRF=58;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409398;STB=0.774609;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0382454;OID=.;OPOS=8999478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:98:98:85:86:12:12:0.122449:8:4:58:27:8:4:58:28 chr19 9001822 . A G 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00816753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.874;QD=20.2683;RBI=0.00817073;REFB=-0.020224;REVB=0.000228669;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148028;STB=0.594505;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0210058;OID=.;OPOS=9001822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:21:21:21:0.5:12:9:12:8:12:9:13:8 chr19 9001833 . A G 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00330311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.985;QD=20.5466;RBI=0.0246957;REFB=0.0103877;REVB=0.0244738;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161331;STB=0.590826;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00966807;OID=.;OPOS=9001833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:13:9:13:9:13:9:13:9 chr19 9001835 . G A 194.79 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00666149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.477;QD=16.9381;RBI=0.025909;REFB=-0.0057242;REVB=-0.0250379;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682441;STB=0.528356;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00793342;OID=.;OPOS=9001835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:11:9:13:12:11:9:13:13 chr19 9002504 . T C 123.56 PASS AF=0.188034;AO=22;DP=117;FAO=22;FDP=117;FR=.;FRO=95;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=-0.0259595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2672;QD=4.22419;RBI=0.0425582;REFB=-0.00276298;REVB=-0.033724;RO=92;SAF=7;SAR=15;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196797;STB=0.631456;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0125765;OID=.;OPOS=9002504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:92:95:22:22:0.188034:15:7:43:49:15:7:45:50 chr19 9002519 . G C 111.27 PASS AF=0.184211;AO=17;DP=111;FAO=21;FDP=114;FR=.;FRO=93;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.0088465;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.998;QD=3.90435;RBI=0.0688705;REFB=-0.0170824;REVB=0.0683;RO=91;SAF=3;SAR=14;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349882;STB=0.592502;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0956738;OID=.;OPOS=9002519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:91:93:17:21:0.184211:14:3:38:53:14:7:41:52 chr19 9002576 . T C 48.71 PASS AF=0.105263;AO=12;DP=114;FAO=12;FDP=114;FR=.;FRO=102;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=57;FWDB=-0.0438921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6313;QD=1.70897;RBI=0.0756757;REFB=-0.00578499;REVB=-0.0616466;RO=101;SAF=3;SAR=9;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237428;STB=0.685387;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0505248;OID=.;OPOS=9002576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:114:114:101:102:12:12:0.105263:9:3:44:57:9:3:45:57 chr19 9002587 . C T 31.07 PASS AF=0.0803571;AO=9;DP=112;FAO=9;FDP=112;FR=.;FRO=103;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=-0.0229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9146;QD=1.10967;RBI=0.0284921;REFB=0.000349098;REVB=-0.0169525;RO=100;SAF=2;SAR=7;SRF=43;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250075;STB=0.723609;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00569961;OID=.;OPOS=9002587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:112:112:100:103:9:9:0.0803571:7:2:43:57:7:2:46:57 chr19 9002597 . C T 32.23 PASS AF=0.0833333;AO=9;DP=109;FAO=9;FDP=108;FR=.;FRO=99;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=0.0646869;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7815;QD=1.19381;RBI=0.066041;REFB=0.00216655;REVB=-0.013305;RO=100;SAF=2;SAR=7;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288067;STB=0.736289;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0175309;OID=.;OPOS=9002597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:109:108:100:99:9:9:0.0833333:7:2:47:53:7:2:46:53 chr19 9003615 . C T 598.43 PASS AF=0.469697;AO=62;DP=132;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=-0.0191581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7789;QD=18.1341;RBI=0.0307156;REFB=-0.0361047;REVB=-0.0240087;RO=70;SAF=29;SAR=33;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107168;STB=0.559328;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0449947;OID=.;OPOS=9003615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:70:70:62:62:0.469697:33:29:25:45:33:29:25:45 chr19 9003618 . C T 697.4 PASS AF=0.514925;AO=69;DP=134;FAO=69;FDP=134;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0100186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.691;QD=20.8178;RBI=0.0313982;REFB=-0.0127352;REVB=-0.0297569;RO=65;SAF=24;SAR=45;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120152;STB=0.566212;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00980308;OID=.;OPOS=9003618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:65:65:69:69:0.514925:45:24:31:34:45:24:31:34 chr19 9003640 . G T 582.45 PASS AF=0.465649;AO=60;DP=130;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.00306307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.115;QD=17.7846;RBI=0.0304499;REFB=-0.0115324;REVB=-0.0302954;RO=70;SAF=28;SAR=32;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934459;STB=0.547471;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0126929;OID=.;OPOS=9003640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:70:70:60:61:0.465649:32:28:26:44:33:28:26:44 chr19 9003645 . G A 649.61 PASS AF=0.507812;AO=65;DP=128;FAO=65;FDP=128;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0339609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.759;QD=20.3004;RBI=0.0388212;REFB=-0.014118;REVB=0.0188081;RO=62;SAF=21;SAR=44;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167073;STB=0.596847;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0302139;OID=.;OPOS=9003645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:62:63:65:65:0.507812:44:21:31:31:44:21:32:31 chr19 9005719 . A G 465.07 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00502987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9911;QD=58.1338;RBI=0.00808456;REFB=0;REVB=0.00632934;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79141e-05;OID=.;OPOS=9005719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr19 9006370 . A G 137.95 PASS AF=0.221053;AO=21;DP=94;FAO=21;FDP=95;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0317165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.198;QD=5.80823;RBI=0.03575;REFB=-0.0104737;REVB=-0.0164962;RO=71;SAF=5;SAR=16;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366986;STB=0.716965;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0241913;OID=.;OPOS=9006370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:71:74:21:21:0.221053:16:5:37:34:16:5:37:37 chr19 9006415 . TT CA 144.96 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.00947324;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=192.154;QD=8.40365;RBI=0.0134984;REFB=-0.00467254;REVB=-0.00961584;RO=48;SAF=4;SAR=14;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221628;STB=0.636198;STBP=0.223;TYPE=mnp;VARB=0.0261018;OID=.;OPOS=9006415;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:18:18:0.26087:14:4:18:30:14:4:18:30 chr19 9006418 . G A 142.6 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-8.68952e-06;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.974;QD=8.26654;RBI=0.00408059;REFB=-0.0128515;REVB=-0.00408059;RO=49;SAF=6;SAR=14;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116267;STB=0.56996;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0308518;OID=.;OPOS=9006418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:49:20:20:0.289855:14:6:19:30:14:6:19:30 chr19 9014551 . T C 411.51 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00265252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3465;QD=18.4947;RBI=0.0310502;REFB=0.0243722;REVB=0.0309367;RO=47;SAF=23;SAR=19;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351912;STB=0.519625;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.0291462;OID=.;OPOS=9014551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:42:42:0.47191:19:23:24:23:19:23:24:23 chr19 9014569 . A G 346.29 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00172769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.312;QD=16.892;RBI=0.00578408;REFB=-0.0108618;REVB=0.00552003;RO=41;SAF=21;SAR=16;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12091;STB=0.54344;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0147011;OID=.;OPOS=9014569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:45:37:37:0.45122:16:21:18:23:16:21:22:23 chr19 9019605 . C G 919.28 PASS AF=0.55625;AO=89;DP=160;FAO=89;FDP=160;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.00778846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.897;QD=22.982;RBI=0.00833546;REFB=-0.0313993;REVB=0.00296981;RO=71;SAF=37;SAR=52;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291174;STB=0.515884;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0246684;OID=.;OPOS=9019605;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:71:71:89:89:0.55625:52:37:32:39:52:37:32:39 chr19 9020154 . A G 460.79 PASS AF=0.677419;AO=42;DP=62;FAO=42;FDP=62;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0073113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.109;QD=29.7287;RBI=0.0104481;REFB=-0.0164142;REVB=0.00746381;RO=20;SAF=13;SAR=29;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935919;STB=0.550925;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00970218;OID=.;OPOS=9020154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:20:20:42:42:0.677419:29:13:9:11:29:13:9:11 chr19 9024871 . C T 260.26 PASS AF=0.392405;AO=30;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.000686244;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.238;QD=13.1777;RBI=0.0108659;REFB=-0.00768327;REVB=-0.0108442;RO=48;SAF=16;SAR=14;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00900383;STB=0.515538;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0116709;OID=.;OPOS=9024871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:30:31:0.392405:14:16:26:22:15:16:26:22 chr19 9024994 . C T 279.15 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00327602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.944;QD=21.8943;RBI=0.00397231;REFB=-0.011053;REVB=0.00224654;RO=21;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117731;STB=0.568579;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00935954;OID=.;OPOS=9024994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:21:23:27:28:0.54902:13:14:14:7:14:14:15:8 chr19 9025654 . T G 54.72 PASS AF=0.118812;AO=12;DP=100;FAO=12;FDP=101;FR=.;FRO=89;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=-0.0418183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.783;QD=2.16707;RBI=0.0493812;REFB=-0.00129826;REVB=-0.0262627;RO=88;SAF=9;SAR=3;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413333;STB=0.788282;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0168509;OID=.;OPOS=9025654;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:100:101:88:89:12:12:0.118812:3:9:35:53:3:9:36:53 chr19 9026257 . G A 950.73 PASS AF=0.465116;AO=101;DP=214;FAO=100;FDP=215;FR=.;FRO=115;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=51;FSRR=64;FWDB=-0.00523646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.708;QD=17.6881;RBI=0.0178486;REFB=-0.0105439;REVB=0.0170632;RO=113;SAF=43;SAR=58;SRF=50;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163162;STB=0.512833;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0134045;OID=.;OPOS=9026257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:113:115:101:100:0.465116:58:43:50:63:58:42:51:64 chr19 9026318 . A G 770.11 PASS AF=0.433862;AO=82;DP=189;FAO=82;FDP=189;FR=.;FRO=107;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=44;FSRR=63;FWDB=0.0130275;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.264;QD=16.2986;RBI=0.0152477;REFB=-0.0117038;REVB=-0.00792321;RO=105;SAF=33;SAR=49;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173394;STB=0.505153;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0117954;OID=.;OPOS=9026318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:105:107:82:82:0.433862:49:33:44:61:49:33:44:63 chr19 9028373 . G A 447.0 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.00710946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6395;QD=18.433;RBI=0.0200855;REFB=-0.0040713;REVB=0.0187852;RO=51;SAF=28;SAR=17;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456732;STB=0.529399;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0066788;OID=.;OPOS=9028373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:51:52:45:45:0.463918:17:28:34:17:17:28:35:17 chr19 9033314 . G A 153.96 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00269652;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.1809;QD=13.9965;RBI=0.02066;REFB=-0.0390205;REVB=0.0204833;RO=27;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101589;STB=0.559251;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0428606;OID=.;OPOS=9033314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:6:11:15:12:6:11:15:12 chr19 9048342 . C T 598.67 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218618;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5571;QD=61.402;RBI=0.0785073;REFB=0;REVB=0.075402;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045763;OID=.;OPOS=9048342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:25:13:0:0:25:14:0:0 chr19 9048895 . A C 325.84 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0629601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1973;QD=17.3781;RBI=0.0629605;REFB=-0.00188344;REVB=0.00020426;RO=39;SAF=18;SAR=17;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228082;STB=0.505718;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00247575;OID=.;OPOS=9048895;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:40:35:35:0.466667:17:18:21:18:17:18:21:19 chr19 9049726 . G A 447.57 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0392669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.701;QD=21.3128;RBI=0.0427554;REFB=-0.024665;REVB=0.0169155;RO=40;SAF=18;SAR=26;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361741;STB=0.519991;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0193564;OID=.;OPOS=9049726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:26:18:18:22:26:18:18:22 chr19 9056982 . G A 268.25 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0168487;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9985;QD=18.4996;RBI=0.0169211;REFB=0.00571365;REVB=-0.00156263;RO=29;SAF=10;SAR=19;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985918;STB=0.555234;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.00808384;OID=.;OPOS=9056982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:29:29:29:29:0.5:19:10:13:16:19:10:13:16 chr19 9057408 . A G 2255.09 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.419;QD=63.5237;RBI=0.0346712;REFB=0;REVB=0.018766;RO=0;SAF=59;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35412e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46737e-05;OID=.;OPOS=9057408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:141:142:1:82:59:0:0:82:60:0:0 chr19 9057687 . A G 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.415;QD=60.0298;RBI=0.061303;REFB=0;REVB=-0.00352615;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146501;OID=.;OPOS=9057687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:46:26:0:0:46:26:0:0 chr19 9057721 . C T 229.41 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.00775088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5438;QD=14.1176;RBI=0.0371769;REFB=-0.00990742;REVB=-0.0363599;RO=38;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165502;STB=0.593574;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0113564;OID=.;OPOS=9057721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:15:12:11:27:15:12:11:27 chr19 9058907 . G C 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.218;QD=61.681;RBI=0.0349624;REFB=0;REVB=0.0268142;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269339;OID=.;OPOS=9058907;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr19 9058942 . C T 225.23 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0224512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.198;QD=15.2695;RBI=0.0239195;REFB=-0.00628376;REVB=-0.00825136;RO=33;SAF=18;SAR=8;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244804;STB=0.639234;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0143557;OID=.;OPOS=9058942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:8:18:15:18:8:18:15:18 chr19 9059159 . T G 290.56 PASS AF=0.428571;AO=28;DP=72;FAO=30;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0174779;FXX=0.0277739;HRUN=7;LEN=1;MLLD=259.803;QD=16.6035;RBI=0.0230605;REFB=-0.0281342;REVB=-0.0150435;RO=22;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360531;STB=0.576947;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0213579;OID=.;OPOS=9059159;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:22:38:28:30:0.428571:14:14:12:10:16:14:23:15 chr19 9059307 . C T 546.37 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.00351704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.044;QD=18.8402;RBI=0.00686592;REFB=-0.0181657;REVB=-0.00589672;RO=59;SAF=32;SAR=25;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110959;STB=0.561382;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0162332;OID=.;OPOS=9059307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:59:57:57:0.491379:25:32:26:33:25:32:26:33 chr19 9059808 . A G 1549.19 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0083997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.606;QD=63.8842;RBI=0.0128687;REFB=0;REVB=0.00974923;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91152e-06;OID=.;OPOS=9059808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:49:47:0:0:50:47:0:0 chr19 9060541 . C T 321.4 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=35;FWDB=-0.0206372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.886;QD=16.2733;RBI=0.0241323;REFB=-0.0185261;REVB=-0.012509;RO=44;SAF=7;SAR=28;SRF=9;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0069912;STB=0.503935;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.01861;OID=.;OPOS=9060541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:28:7:9:35:28:7:9:35 chr19 9060605 . G A 1234.58 PASS AF=0.988095;AO=81;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0241481;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.394;QD=58.7896;RBI=0.10556;REFB=-0.117788;REVB=0.102761;RO=1;SAF=31;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00937721;STB=0.504761;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00120479;OID=.;OPOS=9060605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:1:1:81:83:0.988095:50:31:0:1:52:31:0:1 chr19 9060656 . C T 543.25 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0195596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8595;QD=22.6356;RBI=0.0547307;REFB=-0.00916392;REVB=-0.0511162;RO=45;SAF=20;SAR=31;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461275;STB=0.525414;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00708363;OID=.;OPOS=9060656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:45:51:51:0.53125:31:20:20:25:31:20:20:25 chr19 9060812 . T C 938.03 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.647;QD=58.627;RBI=0.0496548;REFB=0;REVB=0.0102261;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111477;OID=.;OPOS=9060812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:26:37:0:0:27:37:0:0 chr19 9061559 . C G 189.35 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.00275485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.661;QD=9.23656;RBI=0.0319004;REFB=0.00410082;REVB=-0.0317812;RO=57;SAF=13;SAR=12;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157463;STB=0.592556;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0093775;OID=.;OPOS=9061559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:57:57:25:25:0.304878:12:13:22:35:12:13:22:35 chr19 9061687 . G T 154.76 PASS AF=0.26506;AO=22;DP=83;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.0185676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.54;QD=7.45847;RBI=0.0213024;REFB=-0.0170018;REVB=0.0104421;RO=61;SAF=9;SAR=13;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407518;STB=0.524549;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0354968;OID=.;OPOS=9061687;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:61:61:22:22:0.26506:13:9:23:38:13:9:23:38 chr19 9062415 . T G 333.95 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00276517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.841;QD=14.2108;RBI=0.00325006;REFB=0.00407769;REVB=-0.00170784;RO=57;SAF=14;SAR=23;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668772;STB=0.538072;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.00502319;OID=.;OPOS=9062415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:57:37:37:0.393617:23:14:25:32:23:14:25:32 chr19 9062544 . T G 797.1 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0572942;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7091;QD=54.9726;RBI=0.0993359;REFB=-0.0413234;REVB=-0.081148;RO=3;SAF=26;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513483;STB=0.509431;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000436893;OID=.;OPOS=9062544;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:3:1:56:57:0.982759:30:26:3:0:31:26:1:0 chr19 9063678 . T G 471.12 PASS AF=0.433333;AO=52;DP=120;FAO=52;FDP=120;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0209419;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.974;QD=15.7038;RBI=0.0263612;REFB=0.00216857;REVB=0.0160109;RO=68;SAF=32;SAR=20;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119286;STB=0.566903;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00228752;OID=.;OPOS=9063678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:68:68:52:52:0.433333:20:32:34:34:20:32:34:34 chr19 9063935 . G A 541.7 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0209002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3801;QD=22.3383;RBI=0.0228149;REFB=-0.0372301;REVB=-0.00914896;RO=46;SAF=30;SAR=21;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150983;STB=0.583199;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0356941;OID=.;OPOS=9063935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:46:51:51:0.525773:21:30:19:27:21:30:19:27 chr19 9064590 . AT A 39.32 PASS AF=0.212389;AO=26;DP=113;FAO=24;FDP=113;FR=.;FRO=89;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=55;FWDB=0.080961;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.2999;QD=1.3919;RBI=0.10398;REFB=-0.0221109;REVB=-0.0652462;RO=75;SAF=11;SAR=15;SRF=29;SRR=46;SSEN=0.325581;SSEP=0;SSSB=0.0463433;STB=0.561091;STBP=0.515;TYPE=del;VARB=-0.0498729;OID=.;OPOS=9064591;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.212389:26:113:24:113:89:11:13:34:55:39:75:11:15:29:46 chr19 9065203 . T C 174.29 PASS AF=0.529412;AO=16;DP=32;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0320199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.453;QD=20.5053;RBI=0.0330264;REFB=-0.0515846;REVB=0.00809117;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137855;STB=0.584323;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0340893;OID=.;OPOS=9065203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:15:16:16:18:0.529412:9:7:9:6:10:8:10:6 chr19 9065510 . G A 671.78 PASS AF=0.5;AO=66;DP=133;FAO=67;FDP=134;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0521819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7526;QD=20.0532;RBI=0.102554;REFB=-0.0270033;REVB=0.0882853;RO=66;SAF=26;SAR=40;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285533;STB=0.507729;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0208927;OID=.;OPOS=9065510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:66:67:66:67:0.5:40:26:28:38:40:27:28:39 chr19 9065632 . T C 390.94 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0244813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.512;QD=16.6357;RBI=0.0250647;REFB=-0.0165271;REVB=-0.00537644;RO=52;SAF=17;SAR=24;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310005;STB=0.521799;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0186101;OID=.;OPOS=9065632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:53:41:41:0.43617:24:17:20:32:24:17:20:33 chr19 9066259 . T C 752.89 PASS AF=0.496815;AO=74;DP=153;FAO=78;FDP=157;FR=.;FRO=79;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=0.00656204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.022;QD=19.1819;RBI=0.121783;REFB=-0.00708989;REVB=0.121606;RO=75;SAF=45;SAR=29;SRF=50;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569417;STB=0.522621;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00709856;OID=.;OPOS=9066259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:157:75:79:74:78:0.496815:29:45:50:25:32:46:50:29 chr19 9068530 . C T 689.35 PASS AF=0.511278;AO=68;DP=133;FAO=68;FDP=133;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.00441008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.601;QD=20.7324;RBI=0.0319225;REFB=-0.00997453;REVB=-0.0316164;RO=65;SAF=39;SAR=29;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00389833;STB=0.502145;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00847741;OID=.;OPOS=9068530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:65:65:68:68:0.511278:29:39:37:28:29:39:37:28 chr19 9070079 . C G 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00606083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.781;QD=15.1597;RBI=0.0372862;REFB=-0.0200479;REVB=-0.0367903;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194315;STB=0.599874;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.027421;OID=.;OPOS=9070079;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:22:16:16:0.421053:10:6:12:9:10:6:12:10 chr19 9070194 . A G 739.4 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.005564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.823;QD=54.77;RBI=0.0327165;REFB=-0.089102;REVB=0.0322399;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016526;STB=0.508471;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000531345;OID=.;OPOS=9070194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:1:1:52:53:0.981481:28:24:0:1:29:24:0:1 chr19 9070225 . G C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4362;QD=58.4193;RBI=0.0280634;REFB=0;REVB=-0.00289685;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198174;OID=.;OPOS=9070225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr19 9070837 . G A 1469.74 PASS AF=0.979592;AO=95;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00686343;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.688;QD=59.9896;RBI=0.0107147;REFB=-0.133222;REVB=-0.0082279;RO=3;SAF=58;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168362;STB=0.513155;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00211125;OID=.;OPOS=9070837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:98:98:3:2:95:96:0.979592:37:58:1:2:37:59:0:2 chr19 9070965 . G A 484.69 PASS AF=0.387324;AO=55;DP=142;FAO=55;FDP=142;FR=.;FRO=87;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=-0.0105945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.296;QD=13.6532;RBI=0.0250583;REFB=-0.0203242;REVB=-0.0227085;RO=87;SAF=35;SAR=20;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120865;STB=0.56855;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0310801;OID=.;OPOS=9070965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:87:87:55:55:0.387324:20:35:46:41:20:35:46:41 chr19 9071763 . T A 1443.87 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=104;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0214337;FXX=0.0288434;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.671;QD=57.1829;RBI=0.0231433;REFB=-0.0121553;REVB=0.00872953;RO=2;SAF=43;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00250801;STB=0.501322;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000228361;OID=.;OPOS=9071763;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:101:2:2:99:99:0.980198:56:43:1:1:56:43:1:1 chr19 9072313 . A G 178.73 PASS AF=0.73913;AO=15;DP=21;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0619244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.616;QD=31.0836;RBI=0.0886821;REFB=-0.0519535;REVB=0.0634814;RO=6;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128827;STB=0.554851;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00584623;OID=.;OPOS=9072313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:21:23:6:6:15:17:0.73913:9:6:1:5:11:6:1:5 chr19 9072742 . T C 223.71 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0153053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9356;QD=12.7836;RBI=0.0207587;REFB=-0.00471763;REVB=0.0140239;RO=43;SAF=16;SAR=11;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112652;STB=0.564658;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0119794;OID=.;OPOS=9072742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:11:16:21:22:11:16:21:22 chr19 9074950 . G T 483.98 PASS AF=0.412214;AO=54;DP=131;FAO=54;FDP=131;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.0193847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.445;QD=14.7779;RBI=0.0233506;REFB=0.00759779;REVB=-0.0130187;RO=77;SAF=25;SAR=29;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860472;STB=0.548387;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.0145064;OID=.;OPOS=9074950;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:77:77:54:54:0.412214:29:25:42:35:29:25:42:35 chr19 9075217 . T A 474.25 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0319274;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4518;QD=23.7123;RBI=0.0329151;REFB=-0.00913596;REVB=0.00800303;RO=35;SAF=16;SAR=29;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620068;STB=0.533978;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00523897;OID=.;OPOS=9075217;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:35:35:45:45:0.5625:29:16:10:25:29:16:10:25 chr19 9075346 . T A 608.9 PASS AF=0.516949;AO=61;DP=119;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0161052;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.375;QD=20.6407;RBI=0.0210381;REFB=-0.00950612;REVB=0.013536;RO=58;SAF=20;SAR=41;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833072;STB=0.549313;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0078005;OID=.;OPOS=9075346;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:58:57:61:61:0.516949:41:20:24:34:41:20:24:33 chr19 9075565 . C T 851.26 PASS AF=0.551724;AO=78;DP=144;FAO=80;FDP=145;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0411953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1245;QD=23.4829;RBI=0.0497527;REFB=-0.00443597;REVB=-0.0278975;RO=64;SAF=32;SAR=46;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230985;STB=0.514282;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00748367;OID=.;OPOS=9075565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:64:65:78:80:0.551724:46:32:28:36:48:32:28:37 chr19 9075584 . T A 532.87 PASS AF=0.417266;AO=57;DP=138;FAO=58;FDP=139;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.000954907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8;QD=15.3344;RBI=0.00261496;REFB=-0.0143854;REVB=0.00243437;RO=80;SAF=26;SAR=31;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459567;STB=0.524185;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0311524;OID=.;OPOS=9075584;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:80:81:57:58:0.417266:31:26:33:47:32:26:33:48 chr19 9075635 . G A 457.31 PASS AF=0.489362;AO=45;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00819014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.926;QD=19.4601;RBI=0.0155462;REFB=-0.00926852;REVB=0.0132139;RO=48;SAF=19;SAR=26;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341359;STB=0.523641;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0106747;OID=.;OPOS=9075635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:48:45:46:0.489362:26:19:22:26:27:19:22:26 chr19 9075737 . T C 673.9 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155729;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8924;QD=62.6879;RBI=0.0161212;REFB=0;REVB=0.00416866;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000313819;OID=.;OPOS=9075737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr19 9075969 . C T 159.43 PASS AF=0.357143;AO=17;DP=57;FAO=20;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.119366;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.6478;QD=11.3875;RBI=0.162888;REFB=-0.0328171;REVB=-0.110834;RO=20;SAF=15;SAR=2;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.548523;STB=0.788027;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0391617;OID=.;OPOS=9075969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:20:36:17:20:0.357143:2:15:8:12:4:16:13:23 chr19 9076083 . G A 124.8 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.0301143;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1557;QD=8.05173;RBI=0.0397125;REFB=-0.0183251;REVB=-0.0258885;RO=44;SAF=12;SAR=6;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515966;STB=0.530831;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0544968;OID=.;OPOS=9076083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:44:18:18:0.290323:6:12:31:13:6:12:31:13 chr19 9076163 . C T 302.03 PASS AF=0.360825;AO=35;DP=98;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=-0.0496274;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7309;QD=12.4549;RBI=0.0570679;REFB=-0.00363161;REVB=-0.0281757;RO=63;SAF=15;SAR=20;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261695;STB=0.655089;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0103544;OID=.;OPOS=9076163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:63:62:35:35:0.360825:20:15:42:21:20:15:42:20 chr19 9076278 . G A 224.67 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0216907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.452;QD=17.621;RBI=0.0226321;REFB=-0.0199995;REVB=0.00645954;RO=27;SAF=4;SAR=20;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869346;STB=0.549407;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0183723;OID=.;OPOS=9076278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:20:4:6:21:20:4:6:21 chr19 9076728 . C T 104.33 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0797611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9985;QD=10.4334;RBI=0.0871467;REFB=-0.0041558;REVB=-0.0351099;RO=26;SAF=2;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510449;STB=0.817661;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00406343;OID=.;OPOS=9076728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:27:13:13:0.325:11:2:15:11:11:2:16:11 chr19 9076858 . C T 138.98 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0128282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.376;QD=12.0849;RBI=0.0261362;REFB=-0.0230495;REVB=-0.0227714;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198548;STB=0.625516;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0416916;OID=.;OPOS=9076858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:7:9:11:18:7:9:11:19 chr19 9076929 . T G 205.8 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00869946;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.887;QD=10.8313;RBI=0.0141982;REFB=-0.0133895;REVB=-0.0112209;RO=50;SAF=11;SAR=15;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504157;STB=0.529266;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0249247;OID=.;OPOS=9076929;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:50:26:26:0.342105:15:11:19:31:15:11:19:31 chr19 9076950 . C A 211.0 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0145377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.044;QD=12.0571;RBI=0.0188153;REFB=-0.00641278;REVB=-0.0119445;RO=44;SAF=10;SAR=16;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786852;STB=0.545419;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0162537;OID=.;OPOS=9076950;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:16:10:20:24:16:10:20:24 chr19 9076991 . C T 184.01 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0218338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.2;QD=11.1522;RBI=0.0245381;REFB=-0.006344;REVB=0.0111984;RO=42;SAF=7;SAR=17;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217954;STB=0.626938;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0179328;OID=.;OPOS=9076991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:17:7:20:22:17:7:20:22 chr19 9077060 . C T 83.83 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0578904;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6264;QD=9.31473;RBI=0.0603132;REFB=-0.0138341;REVB=0.0169231;RO=25;SAF=2;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490443;STB=0.800482;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00746491;OID=.;OPOS=9077060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:36:25:25:11:11:0.305556:9:2:15:10:9:2:15:10 chr19 9077196 . C T 305.49 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0211229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.706;QD=17.7098;RBI=0.0361221;REFB=-0.00479616;REVB=-0.0293023;RO=35;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229445;STB=0.504048;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00453167;OID=.;OPOS=9077196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:36:33:33:0.478261:19:14:14:21:19:14:15:21 chr19 9077264 . T G 364.11 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00314955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.437;QD=15.8308;RBI=0.0309387;REFB=-0.0118796;REVB=-0.0307779;RO=51;SAF=16;SAR=23;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15945;STB=0.600171;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0157266;OID=.;OPOS=9077264;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:53:39:39:0.423913:23:16:29:22:23:16:31:22 chr19 9077436 . G A 277.56 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00251993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.789;QD=16.0907;RBI=0.01188;REFB=-0.00866552;REVB=0.0116097;RO=38;SAF=21;SAR=10;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183088;STB=0.603499;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.011583;OID=.;OPOS=9077436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:10:21:19:19:10:21:19:19 chr19 9077803 . T C 346.38 PASS AF=0.576271;AO=20;DP=60;FAO=34;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00663209;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.482;QD=23.4831;RBI=0.114754;REFB=-0.0126293;REVB=0.114562;RO=15;SAF=15;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809188;STB=0.517756;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00837536;OID=.;OPOS=9077803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:15:25:20:34:0.576271:5:15:10:5:19:15:10:15 chr19 9080462 . C G 2438.89 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0035501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.385;QD=61.3557;RBI=0.0338328;REFB=0;REVB=0.033646;RO=0;SAF=57;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87693e-05;OID=.;OPOS=9080462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:102:57:0:0:102:57:0:0 chr19 9082514 . C A 371.22 PASS AF=0.389381;AO=44;DP=113;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.013455;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.105;QD=13.1403;RBI=0.0167233;REFB=-0.0215547;REVB=-0.00993147;RO=68;SAF=18;SAR=26;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00295846;STB=0.502081;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0336356;OID=.;OPOS=9082514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:68:69:44:44:0.389381:26:18:28:40:26:18:28:41 chr19 9087615 . T A 1080.71 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151399;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.3027;QD=59.2172;RBI=0.104437;REFB=0;REVB=0.103334;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141172;OID=.;OPOS=9087615;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:73:0:0:68:73:1:29:39:0:0:34:39:0:0 chr19 9088017 . T G 210.71 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0495782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4668;QD=14.0472;RBI=0.0767466;REFB=-0.00939003;REVB=0.0585836;RO=35;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171981;STB=0.597503;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0150941;OID=.;OPOS=9088017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:13:12:11:24:13:12:11:24 chr19 9088722 . G A 483.92 PASS AF=0.468468;AO=51;DP=112;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0116318;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.54;QD=17.4385;RBI=0.0142632;REFB=-0.0174914;REVB=0.00825478;RO=59;SAF=28;SAR=23;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16841;STB=0.597286;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.017817;OID=.;OPOS=9088722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:59:59:51:52:0.468468:23:28:22:37:23:29:22:37 chr19 9088975 . G A 365.58 PASS AF=0.295858;AO=50;DP=169;FAO=50;FDP=169;FR=.;FRO=119;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=59;FSRR=60;FWDB=-0.00721927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.972;QD=8.6527;RBI=0.015885;REFB=-0.0116771;REVB=0.0141497;RO=119;SAF=21;SAR=29;SRF=59;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919438;STB=0.55381;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0176046;OID=.;OPOS=9088975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:119:119:50:50:0.295858:29:21:59:60:29:21:59:60 chr19 9204307 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00576641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.517;QD=64.1531;RBI=0.0255029;REFB=0;REVB=0.0248424;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6293e-05;OID=.;OPOS=9204307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr19 9213026 . T C 374.09 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.088554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2375;QD=31.8377;RBI=0.0953143;REFB=0.0112267;REVB=-0.0352561;RO=15;SAF=10;SAR=21;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214694;STB=0.629016;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0145595;OID=.;OPOS=9213026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:15:16:31:31:0.659574:21:10:10:5:21:10:11:5 chr19 9213079 . A C 358.03 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.010226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8763;QD=31.1334;RBI=0.0119144;REFB=-0.0181628;REVB=0.0061142;RO=16;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160473;STB=0.587838;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00857433;OID=.;OPOS=9213079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:17:13:11:5:17:13:11:5 chr19 9213132 . A G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0270259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7521;QD=21.9445;RBI=0.0453355;REFB=-0.0340351;REVB=0.0363992;RO=12;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334215;STB=0.518844;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0268886;OID=.;OPOS=9213132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:6:10:7:5:6:10:7:5 chr19 9251220 . C T 330.9 PASS AF=0.433735;AO=35;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.000878243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.169;QD=15.9468;RBI=0.00215769;REFB=-0.00787549;REVB=0.00197087;RO=47;SAF=12;SAR=23;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133893;STB=0.58115;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0116394;OID=.;OPOS=9251220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:35:36:0.433735:23:12:22:25:24:12:22:25 chr19 9251258 . T C 157.59 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0284208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1698;QD=11.2562;RBI=0.0383977;REFB=-0.0154474;REVB=-0.0258194;RO=35;SAF=6;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274193;STB=0.652827;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0213576;OID=.;OPOS=9251258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:35:36:20:20:0.357143:14:6:19:16:14:6:19:17 chr19 9267292 . G A 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0177432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.627;QD=11.8414;RBI=0.0194593;REFB=0.00774323;REVB=-0.00799024;RO=39;SAF=14;SAR=9;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133777;STB=0.577457;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0165261;OID=.;OPOS=9267292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:9:14:19:20:9:14:19:20 chr19 9271707 . C T 291.37 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00754961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.534;QD=16.8911;RBI=0.0285727;REFB=-0.0275304;REVB=0.0275573;RO=37;SAF=13;SAR=19;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257576;STB=0.514463;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0254887;OID=.;OPOS=9271707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:19:13:16:21:19:13:16:21 chr19 9271786 . C T 238.32 PASS AF=0.30303;AO=30;DP=99;FAO=30;FDP=99;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.00500469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.697;QD=9.62925;RBI=0.0173655;REFB=-0.000648505;REVB=0.0166287;RO=69;SAF=7;SAR=23;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288437;STB=0.671667;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00109265;OID=.;OPOS=9271786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:69:69:30:30:0.30303:23:7:31:38:23:7:31:38 chr19 9271969 . C A 331.06 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0231002;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4176;QD=21.0199;RBI=0.0293846;REFB=-0.0526984;REVB=0.0181614;RO=28;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732215;STB=0.549213;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0356105;OID=.;OPOS=9271969;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:28:29:34:34:0.539683:20:14:14:14:20:14:15:14 chr19 9273800 . A G 627.97 PASS AF=0.508065;AO=63;DP=125;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=17;FWDB=0.000182709;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.094;QD=20.2572;RBI=0.0167643;REFB=-0.037627;REVB=-0.0167633;RO=60;SAF=33;SAR=30;SRF=44;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18871;STB=0.598261;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0278683;OID=.;OPOS=9273800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:60:61:63:63:0.508065:30:33:44:16:30:33:44:17 chr19 9296664 . T C 324.07 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0160801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.632;QD=28.8057;RBI=0.0160993;REFB=-0.016513;REVB=-0.000784778;RO=17;SAF=18;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202461;STB=0.61157;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0153022;OID=.;OPOS=9296664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:10:18:6:11:10:18:6:11 chr19 9297274 . G A 370.16 PASS AF=0.673913;AO=30;DP=45;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0108187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8491;QD=32.1879;RBI=0.0109535;REFB=-0.00863835;REVB=-0.00171294;RO=15;SAF=21;SAR=9;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244496;STB=0.521159;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00253875;OID=.;OPOS=9297274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:15:15:30:31:0.673913:9:21:11:4:10:21:11:4 chr19 9297381 . A C 304.12 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00568182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.796;QD=17.3781;RBI=0.0104091;REFB=-0.00593306;REVB=0.00872155;RO=37;SAF=20;SAR=13;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112906;STB=0.506325;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00874391;OID=.;OPOS=9297381;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:13:20:22:15:13:20:22:15 chr19 9297874 . G A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.037553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.714;QD=15.6508;RBI=0.0383989;REFB=-0.00531535;REVB=-0.00801545;RO=21;SAF=4;SAR=12;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414625;STB=0.739422;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0103416;OID=.;OPOS=9297874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:12:4:14:7:12:4:14:7 chr19 9298364 . C T 147.7 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0334776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2066;QD=26.8552;RBI=0.0340814;REFB=-0.0523736;REVB=0.00638723;RO=7;SAF=11;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197586;STB=0.610954;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0239874;OID=.;OPOS=9298364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:4:11:3:4:4:11:3:4 chr19 9325116 . G A 537.11 PASS AF=0.518519;AO=55;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0039181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.412;QD=19.8929;RBI=0.00391851;REFB=-0.0177063;REVB=-5.66714e-05;RO=52;SAF=27;SAR=28;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418791;STB=0.518512;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0132548;OID=.;OPOS=9325116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:52:52:55:56:0.518519:28:27:28:24:28:28:28:24 chr19 9325252 . G A 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.00096802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.5;QD=17.4224;RBI=0.00952946;REFB=-0.00898784;REVB=-0.00948017;RO=34;SAF=17;SAR=14;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122655;STB=0.568485;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.014798;OID=.;OPOS=9325252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:14:17:23:11:14:17:23:11 chr19 9346427 . T C 286.23 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0160728;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.845;QD=16.5928;RBI=0.0185426;REFB=-0.0256687;REVB=0.00924623;RO=36;SAF=19;SAR=12;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113829;STB=0.542142;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0325596;OID=.;OPOS=9346427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:38:31:31:0.449275:12:19:26:10:12:19:26:12 chr19 9346599 . C G 183.53 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0417761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6533;QD=11.8408;RBI=0.0510762;REFB=-0.00592996;REVB=-0.029386;RO=38;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842002;STB=0.558815;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0103417;OID=.;OPOS=9346599;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:39:23:23:0.370968:15:8:16:22:15:8:17:22 chr19 9346762 . T G 180.86 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0682023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0006;QD=16.4421;RBI=0.0717343;REFB=-0.0231081;REVB=0.0222319;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592025;STB=0.533945;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0193992;OID=.;OPOS=9346762;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:12:13:11:8:12:13 chr19 9362138 . G A 183.07 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0152922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.704;QD=25.2503;RBI=0.0261902;REFB=-0.024244;REVB=0.021262;RO=11;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927626;STB=0.551667;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0308189;OID=.;OPOS=9362138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:9:9:4:7:9:9:4:7 chr19 9362216 . CTTTTTTTA CTTTTTTA,CTTTTTTAT,TCTTTTTTA 81.71 PASS AF=0.485714,0,0.0857143;AO=14,2,2;DP=36;FAO=17,0,3;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=8,0,0;FSAR=9,0,3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0667443,-0.122656,-0.0652864;FXX=0.0540395;HRUN=7,7,1;LEN=1,2,2;MLLD=9.58727,18.3066,21.8263;QD=9.33802;RBI=0.110068,0.138251,0.0654809;REFB=-0.00314917,0.00268155,0.00512826;REVB=0.0875224,0.063787,-0.00504231;RO=13;SAF=5,2,0;SAR=9,0,2;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0461491,0.637912,-0.490041;STB=0.533294,0.5,0.995577;STBP=0.705,1,0.139;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0430613,0,-0.0772602;OID=.,.,.;OPOS=9362217,9362223,9362216;OREF=T,TA,CT;OALT=-,AT,TC;OMAPALT=CTTTTTTA,CTTTTTTAT,TCTTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:36:35:13:15:14,2,2:17,0,3:0.485714,0,0.0857143:9,0,2:5,2,0:4:9:9,0,3:8,0,0:6:9 chr19 9362297 . C T 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0231724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.445;QD=18.1185;RBI=0.0237;REFB=-0.000795524;REVB=0.00497278;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138956;STB=0.578862;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0004582;OID=.;OPOS=9362297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:9:9:13:7:9:9:13:7 chr19 9362343 . C T 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00928617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.358;QD=21.3768;RBI=0.0110907;REFB=-0.00941719;REVB=-0.00606394;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161771;STB=0.509083;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0126932;OID=.;OPOS=9362343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:9:14:13:9:9:14:13:9 chr19 9362443 . C T 263.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00933092;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=286.736;QD=19.519;RBI=0.0158194;REFB=-0.0122328;REVB=-0.0127744;RO=26;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735725;STB=0.540955;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0120838;OID=.;OPOS=9362443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:12:16:17:9:12:16:17:9 chr19 9434872 . C T 337.27 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.000518487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.095;QD=13.0979;RBI=0.0220413;REFB=-0.0107868;REVB=-0.0220352;RO=63;SAF=13;SAR=27;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665877;STB=0.537945;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0179025;OID=.;OPOS=9434872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:63:40:40:0.38835:27:13:24:39:27:13:24:39 chr19 9449888 . A G 765.8 PASS AF=0.47093;AO=80;DP=172;FAO=81;FDP=172;FR=.;FRO=91;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=-0.0203155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.949;QD=17.8092;RBI=0.0203976;REFB=-0.0212041;REVB=0.00182812;RO=91;SAF=39;SAR=41;SRF=35;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993606;STB=0.557858;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0196833;OID=.;OPOS=9449888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:91:91:80:81:0.47093:41:39:35:56:41:40:35:56 chr19 9452026 . ACT ACA,A 279.39 PASS AF=0.0925926,0.462963;AO=5,24;DP=54;FAO=5,25;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=5,15;FSAR=0,10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0179047,-0.00666065;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=68.7193,234.656;QD=20.6957;RBI=0.0525317,0.0142981;REFB=-0.00247246,-0.00410563;REVB=-0.0493862,-0.012652;RO=22;SAF=5,15;SAR=0,9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.692133,0.148545;STB=0.997661,0.54996;STBP=0.019,0.523;TYPE=snp,del;VARB=0.012202,0.0057038;OID=.,.;OPOS=9452028,9452027;OREF=T,CT;OALT=A,-;OMAPALT=ACA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0925926,0.462963:5,24:54:5,25:54:24:5,15:0,10:12:12:99:22:5,15:0,9:10:12 chr19 9489745 . T C 407.72 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.000791019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.274;QD=15.3856;RBI=0.00267038;REFB=0.00159821;REVB=-0.00255053;RO=59;SAF=28;SAR=18;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136232;STB=0.58136;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00134809;OID=.;OPOS=9489745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:60:46:46:0.433962:18:28:28:31:18:28:28:32 chr19 9490814 . C T 203.57 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0103548;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.544;QD=15.6594;RBI=0.0106448;REFB=-0.0117674;REVB=-0.0024675;RO=29;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125424;STB=0.571366;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0159762;OID=.;OPOS=9490814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:29:29:23:23:0.442308:9:14:14:15:9:14:14:15 chr19 9492141 . C T 426.86 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=4;FWDB=5.25377e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5891;QD=21.8903;RBI=0.00570669;REFB=-0.0103109;REVB=-0.00570645;RO=36;SAF=29;SAR=13;SRF=32;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214019;STB=0.616592;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00947221;OID=.;OPOS=9492141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:13:29:32:4:13:29:32:4 chr19 9492169 . C T 169.77 PASS AF=0.26087;AO=24;DP=92;FAO=24;FDP=92;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=49;FSRR=19;FWDB=-0.00593039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6447;QD=7.38146;RBI=0.00610981;REFB=-0.00571232;REVB=0.00146977;RO=68;SAF=22;SAR=2;SRF=49;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417856;STB=0.764616;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0138931;OID=.;OPOS=9492169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:68:68:24:24:0.26087:2:22:49:19:2:22:49:19 chr19 9492370 . A T 124.86 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=32;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00366913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.012;QD=14.27;RBI=0.030944;REFB=-0.0159487;REVB=0.0307257;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105621;STB=0.538411;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0456386;OID=.;OPOS=9492370;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:35:20:20:12:15:0.428571:6:6:12:8:7:8:12:8 chr19 9524185 . A G 637.67 PASS AF=0.45;AO=71;DP=160;FAO=72;FDP=160;FR=.;FRO=88;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.103984;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.2574;QD=15.9418;RBI=0.106085;REFB=-0.0296368;REVB=0.0210107;RO=81;SAF=43;SAR=28;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144557;STB=0.587054;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0816254;OID=.;OPOS=9524185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:81:88:71:72:0.45:28:43:37:44:28:44:40:48 chr19 9968468 . C T 193.48 PASS AF=0.276596;AO=26;DP=94;FAO=26;FDP=94;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.00946836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1183;QD=8.23321;RBI=0.0102638;REFB=-0.00222531;REVB=-0.0039619;RO=67;SAF=13;SAR=13;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631097;STB=0.53189;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00664998;OID=.;OPOS=9968468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:67:68:26:26:0.276596:13:13:30:37:13:13:31:37 chr19 10071063 . T C 50.75 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=22;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0116957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1415;QD=8.82663;RBI=0.0451855;REFB=-0.0403158;REVB=-0.0436456;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211684;STB=0.561641;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0489871;OID=.;OPOS=10071063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:22:23:15:15:7:8:0.347826:5:2:7:8:5:3:7:8 chr19 10071347 . C T 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0300183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.795;QD=11.5637;RBI=0.0300424;REFB=-0.0124922;REVB=-0.00120382;RO=29;SAF=4;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185567;STB=0.610954;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00234337;OID=.;OPOS=10071347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:11:4:12:17:11:4:12:17 chr19 10071414 . G A 333.71 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00232399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.251;QD=21.8824;RBI=0.00470112;REFB=-0.0231991;REVB=0.00408651;RO=27;SAF=14;SAR=20;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975541;STB=0.553722;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0203017;OID=.;OPOS=10071414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:20:14:8:19:20:14:8:19 chr19 10077419 . C G 101.85 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.227;QD=40.741;RBI=0.0557683;REFB=0;REVB=0.00743526;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302068;OID=.;OPOS=10077419;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:4:6:0:0 chr19 10078589 . T C 570.14 PASS AF=0.508475;AO=54;DP=112;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0187165;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.6425;QD=19.3267;RBI=0.0781919;REFB=-0.00220996;REVB=0.0759188;RO=58;SAF=23;SAR=31;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053744;STB=0.541533;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00243281;OID=.;OPOS=10078589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:118:58:58:54:60:0.508475:31:23:28:30:35:25:29:29 chr19 10079093 . C T 240.62 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00231282;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.321;QD=13.7499;RBI=0.019927;REFB=-0.00863126;REVB=-0.0197923;RO=41;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191683;STB=0.614208;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0173289;OID=.;OPOS=10079093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:42:28:28:0.4:14:14:13:28:14:14:13:29 chr19 10079139 . G C 38.03 PASS AF=0.109756;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=82;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=72;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=56;FWDB=-0.0903439;FXX=0.0120467;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.0755;QD=1.85509;RBI=0.0923362;REFB=-0.00932532;REVB=0.0190777;RO=50;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.743352;STB=0.949367;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.180067;OID=.;OPOS=10079139;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:83:82:50:72:9:9:0.109756:1:8:8:42:1:8:16:56 chr19 10081276 . C G 361.07 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.00114621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.324;QD=20.3418;RBI=0.0012049;REFB=-0.0161262;REVB=-0.000371466;RO=34;SAF=25;SAR=12;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602754;STB=0.533316;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0131861;OID=.;OPOS=10081276;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:12:25:25:9:12:25:25:9 chr19 10084292 . C G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.901;QD=60.6096;RBI=0.0618254;REFB=0;REVB=0.00897596;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137821;OID=.;OPOS=10084292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr19 10084422 . C T 45.36 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.0193109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.636;QD=8.24694;RBI=0.0397101;REFB=-0.00913244;REVB=0.0346984;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.619457;STB=0.868863;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0119884;OID=.;OPOS=10084422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:14:15:7:7:0.318182:5:2:13:1:5:2:14:1 chr19 10085054 . G A 128.73 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00692843;FXX=0.0370233;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.995;QD=19.8043;RBI=0.0133364;REFB=-0.0201717;REVB=-0.0113955;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00986172;STB=0.50561;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0229923;OID=.;OPOS=10085054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:5:7:8:6:5:7 chr19 10088271 . C G 801.11 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00403068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3446;QD=57.2223;RBI=0.00810143;REFB=0;REVB=-0.00702757;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124259;OID=.;OPOS=10088271;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:18:38:0:0:18:38:0:0 chr19 10089262 . G A 962.09 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00170644;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.466;QD=57.4381;RBI=0.00774906;REFB=-0.141636;REVB=-0.00755883;RO=1;SAF=15;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304518;STB=0.516124;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.000411219;OID=.;OPOS=10089262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:51:15:1:0:51:15:1:0 chr19 10090070 . C T 226.66 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0340883;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.771;QD=20.1476;RBI=0.0365615;REFB=-0.021373;REVB=-0.0132186;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413286;STB=0.536049;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0236832;OID=.;OPOS=10090070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:22:23:22:22:0.488889:13:9:10:12:13:9:11:12 chr19 10100061 . C A 222.85 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0145724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6447;QD=14.8568;RBI=0.0201672;REFB=-0.00183334;REVB=0.0139413;RO=33;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924233;STB=0.541192;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00297721;OID=.;OPOS=10100061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:15:11:11:22:15:11:12:22 chr19 10102676 . A G 170.43 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0546222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.576;QD=25.2493;RBI=0.0599963;REFB=-0.0165681;REVB=0.0248186;RO=10;SAF=11;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10284;STB=0.557534;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0195962;OID=.;OPOS=10102676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:6:11:5:5:6:11:5:5 chr19 10108850 . A G 75.61 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0203919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.092;QD=13.1501;RBI=0.0204389;REFB=-0.0172847;REVB=-0.00138631;RO=13;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.519322;STB=0.751595;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0213854;OID=.;OPOS=10108850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:22:23:13:13:9:10:0.434783:2:7:3:10:3:7:3:10 chr19 10112346 . T C 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00630132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.463;QD=61.8526;RBI=0.0291953;REFB=0;REVB=0.0285071;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44583e-05;OID=.;OPOS=10112346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:39:44:0:0:39:44:0:0 chr19 10131999 . T C 321.88 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=64;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00739248;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.134;QD=20.4368;RBI=0.00827176;REFB=-0.0414409;REVB=-0.00371124;RO=27;SAF=18;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111944;STB=0.568733;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0296372;OID=.;OPOS=10131999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:27:29:33:34:0.539683:15:18:11:16:16:18:11:18 chr19 10132290 . C T 208.32 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=72;FAO=16;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0242297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.04;QD=11.5732;RBI=0.0273809;REFB=-0.00413338;REVB=0.0127527;RO=44;SAF=1;SAR=11;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.584021;STB=0.902543;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00591984;OID=.;OPOS=10132290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:12:16:0.222222:11:1:22:22:15:1:22:22 chr19 10132859 . T A 30.95 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=15;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0725008;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.228;QD=8.25215;RBI=0.0732999;REFB=-0.00851182;REVB=-0.0107936;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236266;STB=0.64655;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0125778;OID=.;OPOS=10132859;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:15:15:10:10:5:5:0.333333:3:2:2:8:3:2:2:8 chr19 10218332 . A G 158.66 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.021963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5303;QD=17.1521;RBI=0.0296574;REFB=-0.00732813;REVB=-0.0199297;RO=20;SAF=4;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136756;STB=0.578848;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0275326;OID=.;OPOS=10218332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:13:4:7:13:13:4:7:13 chr19 10218524 . C G 265.63 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.0191447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8082;QD=17.7088;RBI=0.0247557;REFB=-0.0146041;REVB=-0.0156947;RO=31;SAF=17;SAR=12;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153153;STB=0.58531;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00900578;OID=.;OPOS=10218524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:12:17:23:8:12:17:23:8 chr19 10220616 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.000910879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.764;QD=12.1824;RBI=0.0188776;REFB=-0.014619;REVB=-0.0188556;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146256;STB=0.586045;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0288442;OID=.;OPOS=10220616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:11:4:4:6:11:4 chr19 10224526 . C T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0275149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.062;QD=13.2052;RBI=0.0279601;REFB=-0.0373414;REVB=0.00496996;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145035;STB=0.587932;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0377863;OID=.;OPOS=10224526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:3:3:4:2:3:3 chr19 10224548 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0138716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.019;QD=12.0155;RBI=0.0204527;REFB=-0.0381193;REVB=-0.0150296;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.037586;OID=.;OPOS=10224548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:4:3:3:3:4:3 chr19 10225777 . A G 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0114587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.668;QD=9.21733;RBI=0.0139693;REFB=-0.0123866;REVB=-0.00799004;RO=36;SAF=10;SAR=6;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088424;STB=0.538415;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0260241;OID=.;OPOS=10225777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:37:16:16:0.301887:6:10:25:11:6:10:25:12 chr19 10229297 . C A 277.01 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.00412496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.33;QD=13.5124;RBI=0.0159562;REFB=0.00356552;REVB=-0.0154137;RO=48;SAF=23;SAR=9;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654248;STB=0.542622;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.00471184;OID=.;OPOS=10229297;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:50:32:32:0.390244:9:23:32:16:9:23:33:17 chr19 10265312 . T C 648.11 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0552175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.045;QD=61.7248;RBI=0.0554841;REFB=0;REVB=0.00543193;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124783;OID=.;OPOS=10265312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr19 10267077 . T C 618.75 PASS AF=0.571429;AO=60;DP=106;FAO=60;FDP=105;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.00703391;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.438;QD=23.5714;RBI=0.0224508;REFB=-0.00909769;REVB=0.0213205;RO=43;SAF=22;SAR=38;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114555;STB=0.558121;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00427811;OID=.;OPOS=10267077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:43:45:60:60:0.571429:38:22:10:33:38:22:11:34 chr19 10271034 . C G 381.78 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00199808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0993;QD=17.1585;RBI=0.00955665;REFB=-0.0170265;REVB=0.00934544;RO=48;SAF=13;SAR=27;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23826;STB=0.639443;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0239034;OID=.;OPOS=10271034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:49:40:40:0.449438:27:13:27:21:27:13:28:21 chr19 10273372 . T C 137.01 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0225876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.062;QD=11.1848;RBI=0.0267027;REFB=-0.0116342;REVB=0.0142419;RO=33;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515226;STB=0.530574;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0418555;OID=.;OPOS=10273372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:8:8:18:15:8:8:18:15 chr19 10395683 . A G 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0554267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9863;QD=18.767;RBI=0.0992017;REFB=0.0384524;REVB=-0.0822731;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200664;STB=0.615062;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.0340143;OID=.;OPOS=10395683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:5:1:0:3:5:1:0:3 chr19 10402938 . G A 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00892672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.139;QD=6.482;RBI=0.010023;REFB=-0.0106603;REVB=-0.00455784;RO=33;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182456;STB=0.511605;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0247268;OID=.;OPOS=10402938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:5:5:16:17:5:5:16:17 chr19 10403368 . G A 222.69 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00456715;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.9375;QD=12.5456;RBI=0.0240814;REFB=-0.00167033;REVB=0.0236444;RO=40;SAF=14;SAR=13;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857156;STB=0.54504;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00336466;OID=.;OPOS=10403368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:44:27:27:0.380282:13:14:24:16:13:14:26:18 chr19 10415781 . T C 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0304303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.675;QD=14.1955;RBI=0.0323477;REFB=0.00230591;REVB=-0.0109716;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340922;STB=0.519829;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00409913;OID=.;OPOS=10415781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:11:11:8:7:11:11 chr19 10426628 . T C 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0132769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0818;QD=22.1439;RBI=0.0421968;REFB=-0.00933533;REVB=-0.0400537;RO=13;SAF=2;SAR=15;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174999;STB=0.599866;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00750027;OID=.;OPOS=10426628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:15:2:3:10:15:2:3:10 chr19 10428991 . GGC G,GG,GGG 219.62 PASS AF=0.0671642,0.343284,0;AO=24,26,13;DP=149;FAO=9,46,0;FDP=134;FR=.;FRO=79;FSAF=3,28,0;FSAR=6,18,0;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.0947381,-0.0184365,0.0777505;FXX=0.0694396;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=17.5183,10.5773,12.6744;QD=6.55582;RBI=0.104479,0.0855607,0.153356;REFB=-0.0187926,-0.0818769,-0.0659928;REVB=-0.0440522,0.0835508,0.132186;RO=69;SAF=17,15,1;SAR=7,11,12;SRF=35;SRR=34;SSEN=0.30137,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.257743,0.0851523,-0.583785;STB=0.666297,0.557982,0.5;STBP=0.322,0.338,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.134054,0.0631737,0;OID=.,.,.;OPOS=10428992,10428993,10428993;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0671642,0.343284,0:24,26,13:149:9,46,0:134:79:3,28,0:6,18,0:41:38:99:69:17,15,1:7,11,12:35:34 chr19 10439375 . G A 52.75 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0317154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2177;QD=7.03381;RBI=0.0317347;REFB=-0.0120578;REVB=0.00110799;RO=21;SAF=7;SAR=1;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.547183;STB=0.841658;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.091198;OID=.;OPOS=10439375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:21:22:8:8:0.266667:1:7:9:12:1:7:10:12 chr19 10449392 . A G 214.63 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00475981;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.167;QD=20.4411;RBI=0.0129084;REFB=-0.0127443;REVB=0.0119988;RO=22;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267774;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119754;OID=.;OPOS=10449392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:22:21:21:21:0.5:8:13:13:9:8:13:13:8 chr19 10463140 . C T 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0582596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3298;QD=10.8834;RBI=0.0583458;REFB=-0.0287335;REVB=0.0031702;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212338;STB=0.62828;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0313125;OID=.;OPOS=10463140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:3:6:7:8:3:6:7:8 chr19 10475652 . C A 354.38 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0865116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.41;QD=19.1559;RBI=0.0878387;REFB=-0.0268907;REVB=0.0152111;RO=37;SAF=11;SAR=25;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178098;STB=0.603624;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0259361;OID=.;OPOS=10475652;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:37:37:36:37:0.5:25:11:18:19:26:11:18:19 chr19 10488969 . G T 561.82 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=122;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0284224;FXX=0.0403193;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.587;QD=18.8847;RBI=0.0326357;REFB=-0.0228952;REVB=0.0160392;RO=59;SAF=20;SAR=38;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109322;STB=0.57079;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0190289;OID=.;OPOS=10488969;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:119:59:61:58:58:0.487395:38:20:27:32:38:20:29:32 chr19 10570139 . C T 143.35 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0303255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.631;QD=9.88584;RBI=0.0346781;REFB=-0.0227644;REVB=0.0168206;RO=39;SAF=4;SAR=15;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300843;STB=0.680137;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0327458;OID=.;OPOS=10570139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:15:4:17:22:15:4:17:22 chr19 10577843 . C A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00565053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.214;QD=17.9405;RBI=0.0056562;REFB=-0.00880045;REVB=0.000253175;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159409;STB=0.590698;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0108136;OID=.;OPOS=10577843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:11:8:13:9:11:8:13:9 chr19 10578015 . G A 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0173195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.609;QD=11.7419;RBI=0.0237635;REFB=-0.0109718;REVB=0.0162707;RO=36;SAF=11;SAR=10;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958943;STB=0.555504;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0212518;OID=.;OPOS=10578015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:10:11:22:14:10:11:22:14 chr19 10579474 . T G 335.75 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.033124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6158;QD=19.7497;RBI=0.0555733;REFB=-0.0417302;REVB=0.0446228;RO=33;SAF=20;SAR=15;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231235;STB=0.628028;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0403801;OID=.;OPOS=10579474;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:15:20:10:23:15:20:10:23 chr19 10600442 . G C 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0371436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.836;QD=9.47558;RBI=0.0486218;REFB=-0.0214578;REVB=-0.0313756;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264681;STB=0.516097;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0473838;OID=.;OPOS=10600442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:5:5:10:11:5:5:10:11 chr19 10602800 . G A 57.84 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00621562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6526;QD=4.72202;RBI=0.00891056;REFB=-0.00573202;REVB=0.00638469;RO=40;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158612;STB=0.605152;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0285271;OID=.;OPOS=10602800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:49:49:40:40:9:9:0.183673:4:5:17:23:4:5:17:23 chr19 10657613 . C T 81.8 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0438502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.64;QD=5.4533;RBI=0.0438924;REFB=-0.00256371;REVB=-0.00192233;RO=46;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18019;STB=0.603905;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0189879;OID=.;OPOS=10657613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:60:60:46:47:13:13:0.216667:6:7:18:28:6:7:19:28 chr19 10668452 . A G 135.56 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307353;FXX=0.076864;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.903;QD=45.1859;RBI=0.0381177;REFB=0;REVB=-0.0225455;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037089;OID=.;OPOS=10668452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr19 10668673 . A G 275.61 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00767553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.084;QD=18.0728;RBI=0.0244584;REFB=-0.0333524;REVB=0.0232228;RO=31;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146482;STB=0.508191;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0278814;OID=.;OPOS=10668673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:15:15:16:15:15:15:16:15 chr19 10670184 . C G 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.918;QD=57.8836;RBI=0.0408185;REFB=0;REVB=0.0348561;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255293;OID=.;OPOS=10670184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:23:37:0:0:23:37:0:0 chr19 10683477 . A G 1093.45 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00671497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.555;QD=59.915;RBI=0.0316678;REFB=0;REVB=0.0309476;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86488e-05;OID=.;OPOS=10683477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:73:0:0:69:73:1:38:31:0:0:42:31:0:0 chr19 10692000 . T C 1226.43 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00174306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.119;QD=61.3213;RBI=0.00930516;REFB=0;REVB=-0.00914045;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35288e-05;OID=.;OPOS=10692000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:36:43:0:0:37:43:0:0 chr19 10738639 . C T 654.79 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230165;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4317;QD=62.3613;RBI=0.0230848;REFB=0;REVB=-0.00177409;RO=0;SAF=5;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52432e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254107;OID=.;OPOS=10738639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:36:5:0:0:36:6:0:0 chr19 10742170 . A G 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9631;QD=59.0138;RBI=0.0580662;REFB=0;REVB=-0.0464632;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000999687;OID=.;OPOS=10742170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr19 10753065 . T C 211.04 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0340017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.199;QD=9.93115;RBI=0.0447018;REFB=-0.00208625;REVB=0.0290196;RO=58;SAF=9;SAR=18;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200251;STB=0.617797;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00976358;OID=.;OPOS=10753065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:58:58:27:27:0.317647:18:9:29:29:18:9:29:29 chr19 10794630 . G T 1508.86 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302719;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.791;QD=58.5965;RBI=0.0438418;REFB=-0.0794361;REVB=0.031713;RO=1;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102026;STB=0.505375;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000147182;OID=.;OPOS=10794630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:46:56:0:1:46:56:0:1 chr19 10891015 . C G 260.88 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00390292;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.799;QD=12.2765;RBI=0.0902105;REFB=-0.0181148;REVB=0.090126;RO=50;SAF=11;SAR=20;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968015;STB=0.547914;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0312303;OID=.;OPOS=10891015;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:54:31:31:0.364706:20:11:22:28:20:11:23:31 chr19 10939792 . T C 871.22 PASS AF=0.556291;AO=83;DP=150;FAO=84;FDP=151;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=65;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-0.00313821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.663;QD=23.0787;RBI=0.00575912;REFB=-0.00678305;REVB=-0.00482898;RO=67;SAF=19;SAR=64;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136865;STB=0.576626;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00440453;OID=.;OPOS=10939792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:67:67:83:84:0.556291:64:19:24:43:65:19:24:43 chr19 10941991 . A T 78.3 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00249276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.168;QD=14.9148;RBI=0.0213114;REFB=-0.0124144;REVB=-0.0211651;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231477;STB=0.63608;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0117585;OID=.;OPOS=10941991;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:6:5:7:3:6:5 chr19 11032374 . G A 275.12 PASS AF=0.336634;AO=34;DP=101;FAO=34;FDP=101;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.0311141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0437;QD=10.8957;RBI=0.0541747;REFB=-0.00731579;REVB=0.0443487;RO=63;SAF=16;SAR=18;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120632;STB=0.555262;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00983411;OID=.;OPOS=11032374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:63:67:34:34:0.336634:18:16:23:40:18:16:26:41 chr19 11038371 . G C 60.76 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0322214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.002;QD=6.39528;RBI=0.0338622;REFB=-0.0150383;REVB=-0.0104129;RO=29;SAF=1;SAR=8;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.585812;STB=0.877176;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0617265;OID=.;OPOS=11038371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:8:1:17:12:8:1:17:12 chr19 11132522 . C T 226.73 PASS AF=0.295918;AO=29;DP=98;FAO=29;FDP=98;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.00793095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.308;QD=9.25433;RBI=0.00903703;REFB=-0.00819665;REVB=-0.0043322;RO=69;SAF=17;SAR=12;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796494;STB=0.504703;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0205417;OID=.;OPOS=11132522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:69:69:29:29:0.295918:12:17:40:29:12:17:40:29 chr19 11144157 . C T 146.33 PASS AF=0.410256;AO=19;DP=40;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0550706;FXX=0.0487686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.7157;QD=15.0084;RBI=0.0576213;REFB=-0.0319899;REVB=-0.0169539;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864484;STB=0.599877;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.043287;OID=.;OPOS=11144157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:21:23:19:16:0.410256:9:10:13:8:9:7:14:9 chr19 11172481 . G A 640.01 PASS AF=0.262431;AO=92;DP=358;FAO=95;FDP=362;FR=.;FRO=267;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=139;FSRR=128;FWDB=-0.026787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.665;QD=7.07192;RBI=0.0474027;REFB=-0.00967942;REVB=0.0391085;RO=261;SAF=44;SAR=48;SRF=139;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677856;STB=0.542324;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0316911;OID=.;OPOS=11172481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:362:261:267:92:95:0.262431:48:44:139:122:51:44:139:128 chr19 11213382 . G A 215.24 PASS AF=0.285714;AO=30;DP=105;FAO=30;FDP=105;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.00762717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4213;QD=8.19956;RBI=0.0119841;REFB=-0.00453394;REVB=-0.0092436;RO=75;SAF=19;SAR=11;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217252;STB=0.628813;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0114604;OID=.;OPOS=11213382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:75:75:30:30:0.285714:11:19:34:41:11:19:34:41 chr19 11224265 . A G 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0276305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.259;QD=16.5359;RBI=0.0499822;REFB=-0.0130231;REVB=0.0416506;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651628;STB=0.551474;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0222065;OID=.;OPOS=11224265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:11:7:10:12:11:7:11:12 chr19 11227602 . C T 563.52 PASS AF=0.597701;AO=35;DP=84;FAO=52;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0242145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8294;QD=25.9087;RBI=0.0288096;REFB=0.00118803;REVB=-0.0156094;RO=31;SAF=21;SAR=14;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309296;STB=0.608085;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.000634326;OID=.;OPOS=11227602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:31:35:35:52:0.597701:14:21:7:24:23:29:10:25 chr19 11227603 . G T 97.48 PASS AF=0.2;AO=16;DP=79;FAO=17;FDP=85;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.00804143;FXX=0.0229859;HRUN=5;LEN=1;MLLD=123.132;QD=4.58721;RBI=0.0388783;REFB=-0.0119683;REVB=-0.0380376;RO=62;SAF=6;SAR=10;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157897;STB=0.535924;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0794492;OID=.;OPOS=11227603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:79:85:62:68:16:17:0.2:10:6:31:31:10:7:31:37 chr19 11230881 . T C 169.5 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0258327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3375;QD=10.5935;RBI=0.0368431;REFB=0.0202734;REVB=-0.0262695;RO=42;SAF=12;SAR=10;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567967;STB=0.533111;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.0409058;OID=.;OPOS=11230881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:10:12:25:17:10:12:25:17 chr19 11233941 . A G 260.78 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00409755;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.531;QD=52.1566;RBI=0.00615641;REFB=0;REVB=-0.00459471;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109584;OID=.;OPOS=11233941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:21:20:1:12:9:0:0:11:9:0:0 chr19 11242044 . G A 329.47 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0345511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.189;QD=20.9185;RBI=0.0437055;REFB=-0.00358128;REVB=0.0267655;RO=29;SAF=18;SAR=15;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644391;STB=0.542348;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00355359;OID=.;OPOS=11242044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:29:33:34:0.539683:15:18:18:11:16:18:18:11 chr19 11242765 . A G 327.94 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.055158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0078;QD=30.5063;RBI=0.0558138;REFB=0.00370589;REVB=-0.00853058;RO=15;SAF=11;SAR=17;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00475071;STB=0.502607;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.00349858;OID=.;OPOS=11242765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:17:11:6:9:17:11:6:9 chr19 11244187 . TTATATATATATATAT TTATATATATAT,TTATATATATATAT,TTATATATATATATAC 221.62 PASS AF=0.111111,0.0555556,0.833333;AO=2,6,8;DP=17;FAO=2,1,15;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,13;FSAR=2,1,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0658551,0.144659,0.187605;FXX=0.0526039;HRUN=1,1,1;LEN=4,2,1;MLLD=157.514,50.4014,52.3776;QD=49.248;RBI=0.0660537,0.148618,0.188333;REFB=0,0,0;REVB=0.00511911,0.0340764,-0.0165477;RO=0;SAF=0,5,6;SAR=2,1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.18042e-08,5.58669e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0110542,0.132611,0.0360157;OID=.,.,.;OPOS=11244188,11244188,11244202;OREF=TATA,TA,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=TTATATATATAT,TTATATATATATAT,TTATATATATATATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.111111,0.0555556,0.833333:2,6,8:17:2,1,15:18:0:0,0,13:2,1,2:0:0:12:0:0,5,6:2,1,2:0:0 chr19 11303459 . GCCCCCCCCCC GCCCCC,GCCCCCCCCCG 173.35 PASS AF=0.4,0.5;AO=4,3;DP=23;FAO=8,10;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=2,2;FSAR=6,8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.291234,-0.180721;FXX=0.130378;HRUN=12,12;LEN=5,1;MLLD=20.5564,179.734;QD=34.6693;RBI=0.295825,0.181038;REFB=-0.257069,-0.0623019;REVB=0.0519135,0.0107153;RO=1;SAF=2,0;SAR=2,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.166656,0;STB=0.562335,0.571275;STBP=0.572,0.366;TYPE=del,snp;VARB=0.192058,-8.58478e-05;OID=.,.;OPOS=11303460,11303469;OREF=CCCCC,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCCCC,GCCCCCCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.4,0.5:4,3:23:8,10:20:2:2,2:6,8:1:1:55:1:2,0:2,3:0:1 chr19 11303943 . A G 471.91 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0237049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0466;QD=55.5183;RBI=0.0819082;REFB=-0.0341803;REVB=-0.078403;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509798;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00811134;OID=.;OPOS=11303943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:8:25:0:0:8:25:1:0 chr19 11319491 . G A 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0843447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.294;QD=15.7832;RBI=0.0856512;REFB=0.00340021;REVB=0.0149031;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482911;STB=0.775503;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.000696591;OID=.;OPOS=11319491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:10:4:14:3:10:4:14:3 chr19 11319636 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0247873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.0758;QD=17.3212;RBI=0.0618527;REFB=-0.0364732;REVB=0.0566688;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670294;STB=0.538413;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0403018;OID=.;OPOS=11319636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:6:10:10:8:6:10:10:8 chr19 11326119 . A G 168.45 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.000639114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.268;QD=10.3663;RBI=0.0122225;REFB=-0.0139562;REVB=-0.0122058;RO=42;SAF=10;SAR=12;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183364;STB=0.59825;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0292813;OID=.;OPOS=11326119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:43:22:22:0.338462:12:10:26:16:12:10:26:17 chr19 11326125 . C T 160.31 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00386786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.232;QD=10.3427;RBI=0.00527307;REFB=-0.0221193;REVB=0.00358398;RO=41;SAF=10;SAR=11;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1777;STB=0.603563;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.03948;OID=.;OPOS=11326125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:11:10:26:15:11:10:26:15 chr19 11327608 . T C 205.25 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0254082;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.761;QD=22.1888;RBI=0.0475899;REFB=-0.0272631;REVB=-0.0402396;RO=17;SAF=16;SAR=4;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307652;STB=0.517224;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.024285;OID=.;OPOS=11327608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:17:17:20:20:0.540541:4:16:14:3:4:16:14:3 chr19 11327626 . A G 229.41 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0216807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.677;QD=22.3816;RBI=0.0467313;REFB=-0.00531166;REVB=-0.0413975;RO=19;SAF=17;SAR=5;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199829;STB=0.511172;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00682856;OID=.;OPOS=11327626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:5:17:15:4:5:17:15:4 chr19 11358799 . G A 169.01 PASS AF=0.5;AO=13;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.000231405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.7347;QD=18.7794;RBI=0.0227573;REFB=-0.0949278;REVB=0.0227561;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199178;STB=0.58123;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0459558;OID=.;OPOS=11358799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:17:13:18:0.5:7:6:9:4:7:11:13:4 chr19 11361563 . G A 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0185718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.867;QD=7.52632;RBI=0.0187576;REFB=-0.0102729;REVB=-0.00263377;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35202;STB=0.713877;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0278791;OID=.;OPOS=11361563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:5:4:18:6:5:4:18:6 chr19 11363146 . A T 505.75 PASS AF=0.840909;AO=37;DP=44;FAO=37;FDP=44;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0163881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.8;QD=45.9768;RBI=0.0213494;REFB=-0.0283635;REVB=-0.0136831;RO=5;SAF=7;SAR=30;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243385;STB=0.666566;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0154913;OID=.;OPOS=11363146;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:44:44:5:7:37:37:0.840909:30:7:5:0:30:7:7:0 chr19 11459665 . G GA 95.6 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0660098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.431;QD=11.5884;RBI=0.121716;REFB=-0.0416367;REVB=0.102261;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341044;STB=0.693203;STBP=0.048;TYPE=ins;VARB=0.0596708;OID=.;OPOS=11459666;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484848:16:33:16:33:17:6:10:13:4:95:17:6:10:13:4 chr19 11472141 . G A 61.37 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0289853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2876;QD=18.8833;RBI=0.185594;REFB=-0.0632921;REVB=0.183317;RO=5;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233315;STB=0.631318;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.05428;OID=.;OPOS=11472141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:1:7:5:0:1:7:5:0 chr19 11473296 . C T 331.12 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.00897392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.933;QD=15.9575;RBI=0.0106734;REFB=-0.0182513;REVB=0.00577841;RO=47;SAF=13;SAR=23;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464352;STB=0.526108;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.021732;OID=.;OPOS=11473296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:23:13:15:32:23:13:15:32 chr19 11476225 . TGGGGGGC TGGGGGC,TGGGGGCG 675.46 PASS AF=0.959732,0.0402685;AO=24,7;DP=143;FAO=143,6;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=100,0;FSAR=43,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.858068,0.0400873;FXX=0.00666622;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=6.28069,174.079;QD=18.1333;RBI=1.04555,0.141111;REFB=0,0;REVB=-0.597406,-0.135297;RO=81;SAF=18,0;SAR=6,7;SRF=74;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0.490196,0;SSSB=-0.348213,-0.820597;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0105927,0.295094;OID=.,.;OPOS=11476226,11476231;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGGGC,TGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.959732,0.0402685:24,7:143:143,6:149:0:100,0:43,6:0:0:6:81:18,0:6,7:74:7 chr19 11508165 . C T 280.42 PASS AF=0.354839;AO=32;DP=92;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=0.0173086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.697;QD=12.0609;RBI=0.0177852;REFB=-0.0234491;REVB=0.00408951;RO=59;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233692;STB=0.644831;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0384982;OID=.;OPOS=11508165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:59:60:32:33:0.354839:15:17:19:40:15:18:19:41 chr19 11508177 . G A 320.05 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00863841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.891;QD=16.0025;RBI=0.0313491;REFB=-0.00776306;REVB=0.0301354;RO=45;SAF=15;SAR=20;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522648;STB=0.529395;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00457337;OID=.;OPOS=11508177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:20:15:17:28:20:15:17:28 chr19 11516007 . T G 186.57 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00521174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.314;QD=20.1698;RBI=0.0310124;REFB=-0.0339304;REVB=-0.0305713;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808369;STB=0.509794;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.02102;OID=.;OPOS=11516007;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:18:18:19:0.513514:12:6:4:12:13:6:6:12 chr19 11517152 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00850238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.028;QD=13.6307;RBI=0.0362888;REFB=-0.0377427;REVB=0.0352787;RO=9;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398438;STB=0.743945;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0287838;OID=.;OPOS=11517152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:1:7:5:4:1:7:5:4 chr19 11526759 . G A 1202.18 PASS AF=0.954545;AO=81;DP=90;FAO=84;FDP=88;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0174212;FXX=0.0222198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.0836;QD=54.6445;RBI=0.127399;REFB=-0.148659;REVB=0.126202;RO=4;SAF=39;SAR=42;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206446;STB=0.501631;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0044476;OID=.;OPOS=11526759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:90:88:4:4:81:84:0.954545:42:39:1:3:45:39:2:2 chr19 11529958 . C T 339.67 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0936275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.322;QD=15.4394;RBI=0.0937713;REFB=-0.0201952;REVB=-0.00519129;RO=50;SAF=8;SAR=29;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187893;STB=0.60314;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0345113;OID=.;OPOS=11529958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:51:37:37:0.420455:29:8:18:32:29:8:18:33 chr19 11534547 . T A 90.29 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0787024;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7116;QD=24.0776;RBI=0.0788654;REFB=-0.00158861;REVB=0.00506796;RO=5;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176021;STB=0.599808;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0101902;OID=.;OPOS=11534547;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:16:15:5:5:10:10:0.666667:5:5:1:4:5:5:1:4 chr19 11559075 . C T 763.64 PASS AF=0.366255;AO=89;DP=243;FAO=89;FDP=243;FR=.;FRO=154;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=89;FSRR=65;FWDB=0.0110614;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.851;QD=12.5701;RBI=0.0178375;REFB=-0.017294;REVB=-0.0139937;RO=149;SAF=50;SAR=39;SRF=88;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325615;STB=0.510402;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0268484;OID=.;OPOS=11559075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:149:154:89:89:0.366255:39:50:88:61:39:50:89:65 chr19 11664068 . A G 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00479625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.96;QD=8.99487;RBI=0.0269015;REFB=-0.0206601;REVB=-0.0264705;RO=28;SAF=9;SAR=3;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307691;STB=0.679682;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0616825;OID=.;OPOS=11664068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:28:29:12:12:0.292683:3:9:14:14:3:9:15:14 chr19 11708464 . G C 306.9 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0256554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5988;QD=18.0531;RBI=0.0400307;REFB=0.0318243;REVB=0.0307288;RO=35;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573308;STB=0.532049;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.0355417;OID=.;OPOS=11708464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:14:19:18:17:14:19:18:17 chr19 11891003 . G A 790.09 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00921332;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.778;QD=64.4973;RBI=0.00948753;REFB=0;REVB=-0.00226452;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.6937e-05;OID=.;OPOS=11891003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:17:31:0:0:18:31:0:0 chr19 11892935 . G C 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.000584798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.458;QD=18.0731;RBI=0.0218602;REFB=-0.00729906;REVB=-0.0218524;RO=31;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778746;STB=0.543595;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0083625;OID=.;OPOS=11892935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:12:18:16:15:12:18:16:15 chr19 11918048 . G A 148.63 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.023798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.176;QD=10.8098;RBI=0.0297331;REFB=-0.0255365;REVB=0.0178246;RO=36;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209677;STB=0.622515;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0315107;OID=.;OPOS=11918048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:8:11:14:22:8:11:14:22 chr19 11918093 . ATTTTTT ATTTTT,ATTTTTA 138.89 PASS AF=0.552632,0.0526316;AO=17,2;DP=41;FAO=21,2;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=15,1;FSAR=6,1;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00453725,0.0219276;FXX=0.0731529;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=11.2947,15.9803;QD=14.6199;RBI=0.192192,0.115;REFB=-0.0153176,0.0184085;REVB=0.192138,0.11289;RO=16;SAF=13,1;SAR=4,1;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.207948,-0.062606;STB=0.555501,0.587386;STBP=0.498,0.786;TYPE=del,snp;VARB=0.0374166,0.098494;OID=.,.;OPOS=11918094,11918099;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.552632,0.0526316:17,2:41:21,2:38:15:15,1:6,1:9:6:70:16:13,1:4,1:9:7 chr19 11941221 . T A 903.77 PASS AF=0.444954;AO=97;DP=222;FAO=97;FDP=218;FR=.;FRO=121;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=43;FSRR=78;FWDB=-0.00894806;FXX=0.0180172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.776;QD=16.5829;RBI=0.0091574;REFB=-0.0146809;REVB=-0.0019468;RO=121;SAF=37;SAR=60;SRF=43;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278368;STB=0.515442;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0177413;OID=.;OPOS=11941221;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:218:121:121:97:97:0.444954:60:37:43:78:60:37:43:78 chr19 11942362 . A G 373.84 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00080243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.868;QD=14.8054;RBI=0.000802441;REFB=-0.00393319;REVB=-4.15001e-06;RO=59;SAF=19;SAR=23;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756748;STB=0.542688;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00616528;OID=.;OPOS=11942362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:42:42:0.415842:23:19:31:28:23:19:31:28 chr19 11942615 . A C 172.09 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0330987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.102;QD=18.1148;RBI=0.033413;REFB=-0.0137555;REVB=-0.00457209;RO=20;SAF=3;SAR=15;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283788;STB=0.516111;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00554295;OID=.;OPOS=11942615;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:15:3:3:17:15:3:3:17 chr19 11942771 . G A 153.47 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00121442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.511;QD=21.9246;RBI=0.0247558;REFB=-0.0117013;REVB=-0.024726;RO=12;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11081;STB=0.562422;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0111094;OID=.;OPOS=11942771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:7:9:5:7:7:9:5:7 chr19 11943697 . G A 247.95 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.043;QD=49.5906;RBI=0.0374452;REFB=0;REVB=0.0362243;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199425;OID=.;OPOS=11943697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:11:9:0:0 chr19 12016269 . A G 364.28 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0248879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4338;QD=21.118;RBI=0.0499055;REFB=-0.0202084;REVB=0.0432568;RO=31;SAF=20;SAR=17;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178492;STB=0.604596;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.017348;OID=.;OPOS=12016269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:32:37:37:0.536232:17:20:10:21:17:20:10:22 chr19 12222381 . C G 822.4 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100891;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.567;QD=57.712;RBI=0.0235434;REFB=0;REVB=0.0212721;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43159e-05;OID=.;OPOS=12222381;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:56:57:1:22:34:0:0:22:35:0:0 chr19 12222785 . G A 496.41 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0374277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4356;QD=20.9013;RBI=0.0380238;REFB=0.01109;REVB=-0.00670641;RO=47;SAF=20;SAR=28;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849934;STB=0.54705;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.0114382;OID=.;OPOS=12222785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:28:20:24:23:28:20:24:23 chr19 12222861 . T C 260.52 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0101754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.726;QD=14.4733;RBI=0.0217487;REFB=0.000639252;REVB=0.0192215;RO=42;SAF=3;SAR=27;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.562621;STB=0.826944;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000758166;OID=.;OPOS=12222861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:27:3:22:20:27:3:22:20 chr19 12253327 . C T 597.12 PASS AF=0.39548;AO=69;DP=168;FAO=70;FDP=177;FR=.;FRO=107;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=64;FSRR=43;FWDB=-0.099612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7124;QD=13.4943;RBI=0.116472;REFB=-0.0514768;REVB=-0.0603583;RO=99;SAF=35;SAR=34;SRF=57;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720922;STB=0.550861;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0747867;OID=.;OPOS=12253327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:177:99:107:69:70:0.39548:34:35:57:42:34:36:64:43 chr19 12256358 . T G 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=3;FWDB=0.00278969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.419;QD=14.7416;RBI=0.00867364;REFB=-0.0251428;REVB=0.00821277;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=22;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381207;STB=0.714496;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0308334;OID=.;OPOS=12256358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:8:9:22:3:8:9:22:3 chr19 12256912 . C T 306.59 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0465041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.031;QD=27.2523;RBI=0.0474168;REFB=0.00542627;REVB=-0.00925868;RO=18;SAF=11;SAR=16;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562431;STB=0.531012;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.00574349;OID=.;OPOS=12256912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:16:11:6:12:16:11:6:12 chr19 12383540 . G C 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0201056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.741;QD=18.998;RBI=0.0269509;REFB=-0.0075808;REVB=-0.0179475;RO=28;SAF=9;SAR=22;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165366;STB=0.613164;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00753939;OID=.;OPOS=12383540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:28:30:31:31:0.508197:22:9:13:15:22:9:15:15 chr19 12384580 . T C 213.47 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0351077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.326;QD=16.1111;RBI=0.0383261;REFB=-0.0126045;REVB=0.0153734;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978671;STB=0.505542;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0156867;OID=.;OPOS=12384580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:13:11:13:16:13:11:13:16 chr19 12405552 . T C 598.73 PASS AF=0.378947;AO=68;DP=185;FAO=72;FDP=190;FR=.;FRO=118;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=55;FSRR=63;FWDB=-0.0668703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.163;QD=12.6048;RBI=0.0693019;REFB=-0.0200939;REVB=-0.0181965;RO=116;SAF=35;SAR=33;SRF=54;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054603;STB=0.521047;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0415398;OID=.;OPOS=12405552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:190:116:118:68:72:0.378947:33:35:54:62:36:36:55:63 chr19 12461112 . A G 70.85 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00806956;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6763;QD=4.49854;RBI=0.0475547;REFB=-0.00810615;REVB=0.046865;RO=51;SAF=6;SAR=6;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109946;STB=0.571312;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0191619;OID=.;OPOS=12461112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:64:63:51:51:12:12:0.190476:6:6:21:30:6:6:21:30 chr19 12502457 . A G 182.26 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0147489;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.038;QD=9.34666;RBI=0.0193813;REFB=-0.0117977;REVB=-0.012574;RO=54;SAF=11;SAR=13;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113583;STB=0.566966;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0162714;OID=.;OPOS=12502457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:54:54:24:24:0.307692:13:11:30:24:13:11:30:24 chr19 12541214 . G T 234.7 PASS AF=0.371795;AO=28;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.000857828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2698;QD=12.0359;RBI=0.0600025;REFB=0.011241;REVB=-0.0599964;RO=49;SAF=11;SAR=17;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864504;STB=0.558353;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0281702;OID=.;OPOS=12541214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:28:29:0.371795:17:11:23:26:18:11:23:26 chr19 12541532 . C A 410.54 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00813303;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.819;QD=18.0458;RBI=0.0121421;REFB=-0.00278502;REVB=-0.00901575;RO=50;SAF=22;SAR=20;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157797;STB=0.503671;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00367567;OID=.;OPOS=12541532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:50:49:42:42:0.461538:20:22:27:23:20:22:26:23 chr19 12541542 . C T 495.03 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0109191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.966;QD=20.6263;RBI=0.0124205;REFB=-0.0140378;REVB=-0.00591959;RO=48;SAF=29;SAR=19;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960118;STB=0.553216;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0118991;OID=.;OPOS=12541542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:19:29:24:24:19:29:24:24 chr19 12541544 . A C 479.37 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0159256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.734;QD=19.9738;RBI=0.0223662;REFB=-0.00990295;REVB=-0.0157042;RO=46;SAF=29;SAR=18;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126686;STB=0.566532;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0169096;OID=.;OPOS=12541544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:49:47:47:0.489583:18:29:22:24:18:29:24:25 chr19 12541795 . C A 623.6 PASS AF=0.564815;AO=61;DP=108;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0049907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.595;QD=23.0962;RBI=0.0109156;REFB=-0.00652594;REVB=0.00970788;RO=47;SAF=26;SAR=35;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101547;STB=0.555537;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00781499;OID=.;OPOS=12541795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:47:47:61:61:0.564815:35:26:26:21:35:26:26:21 chr19 12542355 . A G 237.25 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00418052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.673;QD=11.4338;RBI=0.0120448;REFB=-0.00624507;REVB=0.0112961;RO=51;SAF=12;SAR=17;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199421;STB=0.504285;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0127621;OID=.;OPOS=12542355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:54:29:29:0.349398:17:12:22:29:17:12:22:32 chr19 12542653 . TT GA 290.36 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0144558;FXX=0.0270234;HRUN=5;LEN=2;MLLD=297.689;QD=16.1309;RBI=0.0191387;REFB=-0.00821437;REVB=0.0125427;RO=40;SAF=17;SAR=15;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144247;STB=0.580937;STBP=0.269;TYPE=mnp;VARB=0.0108809;OID=.;OPOS=12542653;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:15:17:27:13:15:17:27:13 chr19 12551715 . A C 160.9 PASS AF=0.362069;AO=18;DP=55;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0275062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.286;QD=11.0964;RBI=0.0289538;REFB=-0.0190289;REVB=-0.0090406;RO=37;SAF=5;SAR=13;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194825;STB=0.534214;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0308389;OID=.;OPOS=12551715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:37:37:18:21:0.362069:13:5:16:21:13:8:16:21 chr19 12624559 . G A 162.3 PASS AF=0.305556;AO=21;DP=71;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0060459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.771;QD=9.01667;RBI=0.0272608;REFB=-0.00861241;REVB=0.0265819;RO=50;SAF=13;SAR=8;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960787;STB=0.536049;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0312765;OID=.;OPOS=12624559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:50:50:21:22:0.305556:8:13:27:23:9:13:27:23 chr19 12707978 . G A 387.83 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.0183451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.751;QD=15.993;RBI=0.0239979;REFB=-0.0116859;REVB=0.0154712;RO=56;SAF=26;SAR=15;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0096452;STB=0.505432;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0132649;OID=.;OPOS=12707978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:56:41:41:0.42268:15:26:36:20:15:26:36:20 chr19 12779185 . C T 112.43 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0287215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.516;QD=6.61337;RBI=0.0312115;REFB=-0.00802975;REVB=-0.0122161;RO=51;SAF=12;SAR=5;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133192;STB=0.582423;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0244779;OID=.;OPOS=12779185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:51:51:17:17:0.25:5:12:31:20:5:12:31:20 chr19 12798982 . C T 114.07 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0328084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.607;QD=10.1397;RBI=0.0431825;REFB=-0.0252801;REVB=-0.0280774;RO=31;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254683;STB=0.65278;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.089574;OID=.;OPOS=12798982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:5:9:13:18:5:9:13:18 chr19 12800805 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0464845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.92;QD=15.8821;RBI=0.0533745;REFB=-0.0100829;REVB=0.0262303;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293173;STB=0.562382;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0140482;OID=.;OPOS=12800805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:9:10:0.5:7:2:2:8:7:3:2:8 chr19 12816110 . C T 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.028643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3798;QD=18.796;RBI=0.0497414;REFB=-0.0139854;REVB=0.0406668;RO=25;SAF=8;SAR=15;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368379;STB=0.704529;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0163429;OID=.;OPOS=12816110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:27:23:23:0.46:15:8:19:6:15:8:20:7 chr19 12817526 . G A 68.89 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0210685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.205;QD=5.99083;RBI=0.0255435;REFB=-0.00401312;REVB=0.0144427;RO=36;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153711;STB=0.599791;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0126788;OID=.;OPOS=12817526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:7:3:15:21:7:3:15:21 chr19 12876964 . G C 45.67 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00906448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.6;QD=8.69813;RBI=0.0326481;REFB=-0.0159771;REVB=-0.0313645;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115383;STB=0.594327;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0175503;OID=.;OPOS=12876964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:13:14:7:7:0.333333:3:4:6:7:3:4:6:8 chr19 12878647 . C T 325.17 PASS AF=0.420455;AO=35;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.01185;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=159.521;QD=14.7804;RBI=0.0140863;REFB=-0.0134762;REVB=-0.00761596;RO=50;SAF=21;SAR=14;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638582;STB=0.543746;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0210857;OID=.;OPOS=12878647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:51:35:37:0.420455:14:21:27:23:14:23:28:23 chr19 12958697 . T C 118.31 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0293584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.339;QD=12.7905;RBI=0.138908;REFB=0.000596161;REVB=-0.13577;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172385;STB=0.59987;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00410603;OID=.;OPOS=12958697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:5:9:18:5:5:9:18:5 chr19 12963143 . T C 32.91 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0869794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9704;QD=2.99149;RBI=0.0870134;REFB=-0.00237781;REVB=-0.00243276;RO=38;SAF=4;SAR=2;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452259;STB=0.53322;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00706779;OID=.;OPOS=12963143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:38:38:6:6:0.136364:2:4:24:14:2:4:24:14 chr19 12985576 . A G 182.74 PASS AF=0.359375;AO=24;DP=65;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0183111;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.943;QD=11.4213;RBI=0.0273064;REFB=-0.0049737;REVB=-0.0202569;RO=41;SAF=16;SAR=8;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30018;STB=0.666075;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00914161;OID=.;OPOS=12985576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:41:41:24:23:0.359375:8:16:16:25:8:15:16:25 chr19 12985706 . C T 245.16 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0368653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.063;QD=15.5657;RBI=0.0370112;REFB=-0.0115492;REVB=-0.00328344;RO=35;SAF=10;SAR=18;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744214;STB=0.542138;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0138063;OID=.;OPOS=12985706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:18:10:15:20:18:10:15:20 chr19 12989560 . G A 588.73 PASS AF=0.476562;AO=61;DP=128;FAO=61;FDP=128;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0148188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.957;QD=18.3977;RBI=0.019109;REFB=-0.0049365;REVB=0.0120648;RO=67;SAF=25;SAR=36;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223376;STB=0.512384;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00610063;OID=.;OPOS=12989560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:67:67:61:61:0.476562:36:25:29:38:36:25:29:38 chr19 12996740 . A G 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=1.68361e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.986;QD=8.25461;RBI=0.0115926;REFB=-0.0127771;REVB=-0.0115926;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883056;STB=0.555373;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0291605;OID=.;OPOS=12996740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:7:5:3:3:7:5 chr19 13008171 . A G 435.24 PASS AF=0.825;AO=33;DP=40;FAO=33;FDP=40;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00783638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.013;QD=43.5236;RBI=0.00837885;REFB=-0.0588125;REVB=-0.00296583;RO=7;SAF=23;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471711;STB=0.525468;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0140217;OID=.;OPOS=13008171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:7:7:33:33:0.825:10:23:4:3:10:23:4:3 chr19 13010520 . A G 405.53 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00197234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.168;QD=22.5296;RBI=0.0197458;REFB=-0.0149586;REVB=-0.0196471;RO=31;SAF=14;SAR=26;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825806;STB=0.534251;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0125517;OID=.;OPOS=13010520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:32:40:40:0.555556:26:14:8:23:26:14:9:23 chr19 13050434 . A G 231.29 PASS AF=0.318681;AO=29;DP=91;FAO=29;FDP=91;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0205333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.09;QD=10.1666;RBI=0.0225473;REFB=-0.00302029;REVB=-0.00931473;RO=62;SAF=17;SAR=12;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210797;STB=0.622953;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00958113;OID=.;OPOS=13050434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:62:62:29:29:0.318681:12:17:25:37:12:17:25:37 chr19 13184759 . C T 116.68 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0211025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1605;QD=11.6678;RBI=0.0330612;REFB=-0.00108752;REVB=0.0254505;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160666;STB=0.595449;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00384182;OID=.;OPOS=13184759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:9:5:13:13:9:5:13:13 chr19 13211729 . G A 53.79 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00719803;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=122;QD=11.3247;RBI=0.0514145;REFB=-0.0110234;REVB=-0.0509081;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090156;STB=0.507025;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00854202;OID=.;OPOS=13211729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:18:19:11:11:7:8:0.421053:2:5:7:4:3:5:7:4 chr19 13215846 . G A 307.03 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0243468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.097;QD=18.0604;RBI=0.0243552;REFB=-0.0142395;REVB=-0.000639695;RO=35;SAF=17;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000797851;STB=0.500446;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0149257;OID=.;OPOS=13215846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:16:17:18:17:16:17:18:17 chr19 13220749 . C T 94.98 PASS AF=0.288889;AO=12;DP=44;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00607141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.468;QD=8.44304;RBI=0.0197196;REFB=-0.0075905;REVB=-0.0187617;RO=32;SAF=5;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989688;STB=0.583204;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0359203;OID=.;OPOS=13220749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:44:45:32:32:12:13:0.288889:7:5:16:16:8:5:16:16 chr19 13220763 . G A 90.42 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0129547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.231;QD=7.86293;RBI=0.0388664;REFB=-0.00947723;REVB=0.0366438;RO=33;SAF=5;SAR=7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117165;STB=0.56194;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0285032;OID=.;OPOS=13220763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:33:34:12:12:0.26087:7:5:17:16:7:5:17:17 chr19 13317457 . T C 106.83 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.001253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.745;QD=12.209;RBI=0.0157068;REFB=-0.00975992;REVB=0.0156567;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11893;STB=0.570619;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0135243;OID=.;OPOS=13317457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:4:9:13:9:4:9:13:9 chr19 13317490 . GTTATTATTA GTTATTA,GTTATTAT 85.26 PASS AF=0.291667,0.208333;AO=6,4;DP=28;FAO=7,5;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=4,4;FSAR=3,1;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0183932,0.0178439;FXX=0.199933;HRUN=2,2;LEN=3,2;MLLD=265.575,267.283;QD=14.2102;RBI=0.0567257,0.0599932;REFB=-0.00674787,-0.00539403;REVB=0.053661,0.0572781;RO=16;SAF=5,3;SAR=1,1;SRF=13;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0403691,-0.103446;STB=0.618737,0.551506;STBP=0.517,0.863;TYPE=del,del;VARB=-0.00781914,0.0260897;OID=.,.;OPOS=13317491,13317498;OREF=TTA,TA;OALT=-,-;OMAPALT=GTTATTA,GTTATTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667,0.208333:6,4:28:7,5:24:12:4,4:3,1:9:3:35:16:5,3:1,1:13:3 chr19 13319693 . A G 129.11 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.493;QD=43.0358;RBI=0.121515;REFB=0;REVB=-0.101379;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.001191;OID=.;OPOS=13319693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:1:10:0:0:1:11:0:0 chr19 13319766 . C T 716.3 PASS AF=0.62;AO=62;DP=100;FAO=62;FDP=100;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00197325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.218;QD=28.6519;RBI=0.0257926;REFB=-0.0183054;REVB=0.025717;RO=38;SAF=32;SAR=30;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255885;STB=0.513893;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0161698;OID=.;OPOS=13319766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:38:38:62:62:0.62:30:32:21:17:30:32:21:17 chr19 13366039 . G A 158.91 PASS AF=0.278481;AO=22;DP=79;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0552936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.547;QD=8.04582;RBI=0.0554767;REFB=-0.02071;REVB=0.00450348;RO=57;SAF=12;SAR=10;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127978;STB=0.57659;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0493188;OID=.;OPOS=13366039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:57:57:22:22:0.278481:10:12:25:32:10:12:25:32 chr19 13387904 . A G 84.99 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0192138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.211;QD=10.3023;RBI=0.0370828;REFB=-0.00490996;REVB=0.031717;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136395;STB=0.603574;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0102781;OID=.;OPOS=13387904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:33:21:22:11:11:0.333333:8:3:8:13:8:3:9:13 chr19 13414594 . C T 212.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00337857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.731;QD=20.268;RBI=0.00443996;REFB=0.00797839;REVB=0.00288071;RO=20;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286653;STB=0.525523;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00859418;OID=.;OPOS=13414594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:21:21:21:0.5:8:13:13:7:8:13:14:7 chr19 13445208 . C T 575.18 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.99;QD=60.5448;RBI=0.0339561;REFB=0;REVB=0.0170239;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252083;OID=.;OPOS=13445208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:16:21:0:0:16:22:0:0 chr19 13885309 . C T 263.71 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0119193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.606;QD=26.3711;RBI=0.0321086;REFB=-0.0201872;REVB=0.0298143;RO=16;SAF=16;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081814;STB=0.545416;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.015577;OID=.;OPOS=13885309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:8:16:9:7:8:16:9:7 chr19 13885484 . A G 195.79 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0635735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2567;QD=17.7994;RBI=0.0639349;REFB=-0.00630721;REVB=0.00678788;RO=24;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165835;STB=0.594901;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0059138;OID=.;OPOS=13885484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:14:6:11:13:14:6:11:13 chr19 13988416 . A G 470.28 PASS AF=0.611111;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0321745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.183;QD=26.1265;RBI=0.044587;REFB=-0.0597356;REVB=-0.0308675;RO=28;SAF=19;SAR=25;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997261;STB=0.554474;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.041117;OID=.;OPOS=13988416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:28:44:44:0.611111:25:19:16:12:25:19:16:12 chr19 14000170 . T C 414.0 PASS AF=0.5375;AO=35;DP=73;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0121556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5907;QD=20.6997;RBI=0.0214904;REFB=-0.0227236;REVB=0.0177223;RO=37;SAF=18;SAR=17;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752635;STB=0.525905;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0315388;OID=.;OPOS=14000170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:80:37:37:35:43:0.5375:17:18:16:21:22:21:16:21 chr19 14000400 . A G 320.01 PASS AF=0.507463;AO=33;DP=66;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00505011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.571;QD=19.1049;RBI=0.0122366;REFB=-0.00505544;REVB=-0.0111459;RO=31;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526423;STB=0.536607;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0041956;OID=.;OPOS=14000400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:31:33:33:34:0.507463:14:19:16:15:15:19:16:17 chr19 14000870 . C T 409.8 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.015192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.212;QD=20.7495;RBI=0.0176115;REFB=-0.0220413;REVB=-0.0089088;RO=38;SAF=30;SAR=11;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247582;STB=0.637789;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0204463;OID=.;OPOS=14000870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:11:30:18:20:11:30:18:20 chr19 14001117 . G A 57.35 PASS AF=0.321429;AO=8;DP=27;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0465858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.687;QD=8.19271;RBI=0.0466223;REFB=-0.0116588;REVB=-0.00184447;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062059;STB=0.5998;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0202617;OID=.;OPOS=14001117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:27:28:19:19:8:9:0.321429:6:2:4:15:6:3:4:15 chr19 14015711 . C A 270.03 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0549373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0286;QD=22.9812;RBI=0.0591325;REFB=0.00976569;REVB=-0.0218757;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163482;STB=0.591144;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00935477;OID=.;OPOS=14015711;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:14:11:14:8:14:11:14:8 chr19 14030689 . T C 152.89 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.0357471;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3376;QD=13.0119;RBI=0.0493024;REFB=0.00684269;REVB=-0.0339539;RO=30;SAF=15;SAR=2;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177269;STB=0.605918;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.0163685;OID=.;OPOS=14030689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:30:30:17:17:0.361702:2:15:24:6:2:15:24:6 chr19 14038791 . C T 158.92 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0106532;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.634;QD=16.2998;RBI=0.0162035;REFB=-0.0221206;REVB=-0.0122091;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117594;STB=0.567489;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.037317;OID=.;OPOS=14038791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:22:22:17:17:0.435897:8:9:9:13:8:9:9:13 chr19 14073254 . GCCCCG CGCCCG,GCCCG,GCCCGC 129.41 PASS AF=0,0.8,0;AO=2,18,2;DP=30;FAO=0,24,0;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=0,22,0;FSAR=0,2,0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0647065,-0.129136,-0.181402;FXX=0;HRUN=1,4,4;LEN=2,1,2;MLLD=50.8658,9.24874,9.79269;QD=17.2547;RBI=0.226769,0.149588,0.185931;REFB=-0.0203814,-0.170049,-0.081247;REVB=-0.217342,0.0755021,0.0407864;RO=6;SAF=0,18,2;SAR=2,0,0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0.333333,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.794076,0,0;STB=0.5,0.559955,0.5;STBP=1,0.654,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.027197,0.11421,0;OID=.,.,.;OPOS=14073254,14073255,14073258;OREF=GC,C,CG;OALT=CG,-,GC;OMAPALT=CGCCCG,GCCCG,GCCCGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:17:30:30:6:6:2,18,2:0,24,0:0,0.8,0:2,0,0:0,18,2:6:0:0,2,0:0,22,0:6:0 chr19 14083761 . T C 99.87 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00366676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3949;QD=15.365;RBI=0.0557475;REFB=-0.00208799;REVB=-0.0556268;RO=14;SAF=10;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169434;STB=0.599815;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-9.21671e-05;OID=.;OPOS=14083761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:2:10:10:4:2:10:10:4 chr19 14141666 . G T 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0319929;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=333.856;QD=16.7551;RBI=0.0336791;REFB=-0.00952711;REVB=-0.010523;RO=28;SAF=6;SAR=18;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199192;STB=0.613535;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00884977;OID=.;OPOS=14141666;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:18:6:12:16:18:6:12:16 chr19 14185226 . T C 130.34 PASS AF=0.56;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0150333;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.42;QD=20.8548;RBI=0.0164575;REFB=0.00405332;REVB=0.00669675;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156775;STB=0.588119;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.0060274;OID=.;OPOS=14185226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:25:11:11:14:14:0.56:9:5:2:9:9:5:2:9 chr19 14200109 . T A 123.14 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0014751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.624;QD=16.4186;RBI=0.00299647;REFB=-0.0417501;REVB=0.00260824;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057851;STB=0.533286;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0399667;OID=.;OPOS=14200109;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:7:9:7:7:7:9 chr19 14231325 . C G 462.74 PASS AF=0.484536;AO=45;DP=88;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0349527;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.0043;QD=19.0821;RBI=0.115818;REFB=-0.046536;REVB=-0.110418;RO=42;SAF=20;SAR=25;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780391;STB=0.545838;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0444189;OID=.;OPOS=14231325;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:97:42:50:45:47:0.484536:25:20:15:27:25:22:19:31 chr19 14231330 . A G 400.96 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.0197075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.527;QD=16.3656;RBI=0.0484832;REFB=0.0144467;REVB=-0.0442971;RO=56;SAF=21;SAR=21;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18219;STB=0.601994;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.019779;OID=.;OPOS=14231330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:56:42:42:0.428571:21:21:18:38:21:21:18:38 chr19 14512489 . G A 92.67 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0113411;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=95.3625;QD=13.2388;RBI=0.0424422;REFB=-0.00165167;REVB=0.0408989;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317216;STB=0.697354;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00414533;OID=.;OPOS=14512489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:27:28:16:16:11:12:0.428571:7:4:11:5:8:4:11:5 chr19 14513417 . G A 33.47 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0145595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.096;QD=3.43268;RBI=0.0410657;REFB=-0.0133597;REVB=-0.038398;RO=33;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183294;STB=0.631132;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0411032;OID=.;OPOS=14513417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:33:33:6:6:0.153846:2:4:17:16:2:4:17:16 chr19 14517594 . C T 172.09 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0983018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8241;QD=18.1143;RBI=0.0983531;REFB=-0.0101014;REVB=-0.00317586;RO=20;SAF=14;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252279;STB=0.645214;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0132534;OID=.;OPOS=14517594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:4:14:11:9:4:14:11:9 chr19 14561722 . A G 144.33 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6296;QD=44.4076;RBI=0.105467;REFB=0;REVB=-0.00172389;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00259509;OID=.;OPOS=14561722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:6:6:0:0:6:7:0:0 chr19 14574524 . C T 145.65 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.000149884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.567;QD=10.0445;RBI=0.00867263;REFB=-0.0168238;REVB=-0.00867133;RO=36;SAF=4;SAR=15;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245019;STB=0.646089;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0381193;OID=.;OPOS=14574524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:39:19:19:0.327586:15:4:14:22:15:4:15:24 chr19 14578380 . TC T 100.09 PASS AF=0.4375;AO=18;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0532705;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.2108;QD=8.34061;RBI=0.216495;REFB=-0.0319564;REVB=0.209839;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0.4;SSSB=0.158093;STB=0.61166;STBP=0.19;TYPE=del;VARB=0.0595486;OID=.;OPOS=14578381;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:18:48:21:48:27:12:9:10:17:99:26:9:9:9:17 chr19 14582468 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.815;QD=39.2053;RBI=0.051717;REFB=0;REVB=0.0484544;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015163;OID=.;OPOS=14582468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr19 14590236 . C T 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4211;QD=60.029;RBI=0.024807;REFB=0;REVB=0.0207921;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17645e-05;OID=.;OPOS=14590236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr19 14590262 . G A 539.7 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00953819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.425;QD=24.5319;RBI=0.00985958;REFB=-0.014557;REVB=-0.00249686;RO=37;SAF=27;SAR=23;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125023;STB=0.57366;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00906685;OID=.;OPOS=14590262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:38:50:50:0.568182:23:27:14:23:23:27:14:24 chr19 14682804 . G C 331.95 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00437519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.847;QD=16.1928;RBI=0.01699;REFB=-0.0195738;REVB=-0.016417;RO=46;SAF=17;SAR=19;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814102;STB=0.54574;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.021598;OID=.;OPOS=14682804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:19:17:18:28:19:17:18:28 chr19 14736316 . T C 238.09 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0292693;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.7223;QD=20.2633;RBI=0.0302397;REFB=0.0165286;REVB=0.00759907;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175897;STB=0.598375;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0199107;OID=.;OPOS=14736316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:13:10:6:18:13:10:6:18 chr19 14752325 . C T 1511.61 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143694;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.211;QD=59.8657;RBI=0.0148126;REFB=0;REVB=0.003596;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03857e-05;OID=.;OPOS=14752325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:52:49:0:0:52:49:0:0 chr19 14769339 . C G 3890.5 PASS AF=1;AO=243;DP=245;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=193;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058991;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5514;QD=63.2601;RBI=0.0605979;REFB=-0.00852733;REVB=0.0138624;RO=1;SAF=192;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00247626;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181403;OID=.;OPOS=14769339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:245:246:1:0:243:246:1:51:192:1:0:53:193:0:0 chr19 14817548 . T A 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2247;QD=63.2821;RBI=0.0349913;REFB=0;REVB=-0.00586403;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407462;OID=.;OPOS=14817548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr19 14829749 . C T 1044.35 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00122983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.86;QD=59.6771;RBI=0.0138823;REFB=0;REVB=0.0138278;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22395e-05;OID=.;OPOS=14829749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr19 14847013 . G C 142.6 PASS AF=0.4;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0608018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8725;QD=14.2603;RBI=0.0900286;REFB=-0.0105727;REVB=-0.0663949;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215761;STB=0.610975;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.014918;OID=.;OPOS=14847013;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:23:24:16:16:0.4:9:7:15:8:9:7:15:9 chr19 14862430 . C G 1411.41 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.856;QD=62.7294;RBI=0.0173975;REFB=0;REVB=0.00744742;RO=0;SAF=56;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03155e-05;OID=.;OPOS=14862430;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:33:56:0:0:34:56:0:0 chr19 14876125 . T C 234.44 PASS AF=0.45;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00762668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.087;QD=15.6294;RBI=0.0181246;REFB=-0.0171052;REVB=0.0164419;RO=33;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230813;STB=0.522371;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0223159;OID=.;OPOS=14876125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:33:26:27:0.45:12:14:17:16:12:15:17:16 chr19 14877043 . C T 926.83 PASS AF=0.476923;AO=93;DP=195;FAO=93;FDP=195;FR=.;FRO=102;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=56;FSRR=46;FWDB=0.0154582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.062;QD=19.0118;RBI=0.028666;REFB=0.00167762;REVB=-0.0241409;RO=102;SAF=53;SAR=40;SRF=56;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201037;STB=0.511099;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.00210873;OID=.;OPOS=14877043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:102:102:93:93:0.476923:40:53:56:46:40:53:56:46 chr19 14887510 . AC A 30.11 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00255801;FXX=0.0454339;HRUN=5;LEN=1;MLLD=22.5013;QD=5.73504;RBI=0.0885742;REFB=-0.0244413;REVB=0.0885373;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.402062;SSSB=0.493865;STB=0.818575;STBP=0.074;TYPE=del;VARB=0.0751113;OID=.;OPOS=14887511;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:6:22:6:21:15:5:1:6:9:30:15:5:1:6:9 chr19 14910438 . C T 472.83 PASS AF=0.971429;AO=30;DP=33;FAO=34;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.138799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.684;QD=54.0376;RBI=0.139922;REFB=0.0468514;REVB=0.017692;RO=1;SAF=4;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103025;STB=0.533313;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.000230085;OID=.;OPOS=14910438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:35:1:1:30:34:0.971429:26:4:1:0:27:7:1:0 chr19 14910573 . C T 282.67 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0126647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.677;QD=28.9922;RBI=0.0250959;REFB=-0.0159415;REVB=0.0216658;RO=14;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594869;STB=0.532761;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0122839;OID=.;OPOS=14910573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:13:12:8:6:13:12:8:6 chr19 14938616 . T C 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0144995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.821;QD=20.5426;RBI=0.0184549;REFB=0.00428612;REVB=-0.011417;RO=25;SAF=17;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323122;STB=0.682218;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00353736;OID=.;OPOS=14938616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:7:17:9:16:7:17:9:16 chr19 14974930 . G A 1043.28 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.41;QD=59.6158;RBI=0.0199149;REFB=0;REVB=0.0150275;RO=0;SAF=45;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47085e-05;OID=.;OPOS=14974930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:24:45:0:0:25:45:0:0 chr19 14975368 . A G 175.38 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0542;QD=46.767;RBI=0.0519177;REFB=0;REVB=0.0463377;RO=0;SAF=14;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449442;OID=.;OPOS=14975368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:1:14:0:0:1:14:0:0 chr19 14991643 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.000919183;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.239;QD=17.3212;RBI=0.0178251;REFB=0.00168098;REVB=0.0178013;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169121;STB=0.596892;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00139974;OID=.;OPOS=14991643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:6:10:8:10:6:10:8:10 chr19 14991963 . C A 236.85 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00713504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.136;QD=26.3172;RBI=0.00989578;REFB=-0.0156127;REVB=-0.00685695;RO=14;SAF=13;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140711;STB=0.507805;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0073206;OID=.;OPOS=14991963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:9:13:8:6:9:13:8:6 chr19 14992031 . A G 70.53 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0456873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.989;QD=17.6329;RBI=0.0477906;REFB=-0.0377158;REVB=-0.0140217;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122922;STB=0.545351;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0636855;OID=.;OPOS=14992031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:6:7:9:9:0.5625:3:6:3:3:3:6:4:3 chr19 14992042 . A G 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.013713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.898;QD=15.8391;RBI=0.0421161;REFB=-0.0162238;REVB=-0.0398211;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446316;STB=0.526249;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0172386;OID=.;OPOS=14992042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:4:3:3:5:4:3 chr19 14992045 . C T 59.28 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0499074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.7237;QD=15.8084;RBI=0.0747845;REFB=-0.0266757;REVB=0.0556954;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446316;STB=0.526249;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0310245;OID=.;OPOS=14992045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:4:3:3:5:4:3 chr19 15052982 . GT GTATC,TC 758.14 PASS AF=0.838235,0.0441176;AO=52,3;DP=70;FAO=57,3;FDP=68;FR=.;FRO=8;FSAF=31,3;FSAR=26,0;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=7.81355e-06,-0.0256096;FXX=0.0285673;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=136.802,152.174;QD=44.5964;RBI=0.00454445,0.0276965;REFB=-0.0149647,-0.0284759;REVB=0.00454444,-0.0105473;RO=9;SAF=26,3;SAR=26,0;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0460236,0.703681;STB=0.536204,0.996971;STBP=0.095,0.034;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00314098,0.0109123;OID=.,.;OPOS=15052984,15052982;OREF=-,GT;OALT=ATC,TC;OMAPALT=GTATC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:68:9:8:52,3:57,3:0.838235,0.0441176:26,0:26,3:3:6:26,0:31,3:2:6 chr19 15075188 . GAGA G 124.12 PASS AF=0.264706;AO=17;DP=70;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.0132916;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=3;MLLD=210.031;QD=7.30102;RBI=0.0179073;REFB=-0.0114667;REVB=0.0120002;RO=50;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447443;STB=0.505488;STBP=0.972;TYPE=del;VARB=0.0288901;OID=.;OPOS=15075189;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264706:17:70:18:68:50:6:12:17:33:99:50:6:11:16:34 chr19 15083693 . C A 149.14 PASS AF=0.516129;AO=12;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.021746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.498;QD=19.2443;RBI=0.024686;REFB=-0.0171494;REVB=0.0116837;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256705;STB=0.578216;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0205825;OID=.;OPOS=15083693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:12:16:0.516129:4:8:6:9:7:9:6:9 chr19 15131330 . G A 269.88 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0242295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0539;QD=22.9684;RBI=0.0353417;REFB=0.0123557;REVB=0.0257288;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263821;STB=0.51472;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.0101438;OID=.;OPOS=15131330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:14:11:9:13:14:11:9:13 chr19 15133762 . G C 1227.45 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00658237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3246;QD=61.3726;RBI=0.0274392;REFB=0;REVB=-0.0266379;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176851;OID=.;OPOS=15133762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:34:46:0:0:34:46:0:0 chr19 15133787 . C A 997.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000234171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.814;QD=58.6849;RBI=0.0225415;REFB=0;REVB=0.0225403;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518831;OID=.;OPOS=15133787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:30:37:0:0:30:38:0:0 chr19 15133926 . C A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157016;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.278;QD=39.2068;RBI=0.00498699;REFB=0;REVB=-0.00473335;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.85313e-05;OID=.;OPOS=15133926;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr19 15198263 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.619;QD=51.1846;RBI=0.05458;REFB=0;REVB=-0.048464;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00137706;OID=.;OPOS=15198263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr19 15198292 . C G 128.22 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00338424;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.243;QD=18.3177;RBI=0.0076474;REFB=0.00751525;REVB=0.00685781;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293275;STB=0.666444;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00531876;OID=.;OPOS=15198292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:10:5:9:4:10:5:9:4 chr19 15198363 . A C 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0256084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.945;QD=11.6341;RBI=0.0465901;REFB=0.00153063;REVB=-0.0389211;RO=16;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501911;STB=0.7994;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00275299;OID=.;OPOS=15198363;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:2:8:5:11:2:8:5:11 chr19 15198507 . T C 179.69 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0255215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8147;QD=15.6252;RBI=0.0847652;REFB=-0.0023618;REVB=-0.0808319;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137074;STB=0.578864;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.000147825;OID=.;OPOS=15198507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:11:8:15:12:11:8:15:12 chr19 15198631 . A C 349.89 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00973246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.415;QD=17.7161;RBI=0.0154526;REFB=-0.00475862;REVB=-0.0120026;RO=41;SAF=19;SAR=18;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909668;STB=0.556289;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00571916;OID=.;OPOS=15198631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:42:37:37:0.468354:18:19:25:16:18:19:26:16 chr19 15198720 . A T 269.3 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0118371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.94;QD=16.5724;RBI=0.0120642;REFB=-0.0194182;REVB=-0.00232975;RO=35;SAF=21;SAR=9;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218945;STB=0.623676;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00609662;OID=.;OPOS=15198720;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:9:21:17:18:9:21:17:18 chr19 15198764 . T C 1487.72 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127859;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.415;QD=63.3071;RBI=0.0306943;REFB=0;REVB=0.0279045;RO=0;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118045;OID=.;OPOS=15198764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:93:94:1:43:50:0:0:43:51:0:0 chr19 15221149 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.025826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.054;QD=8.8111;RBI=0.0266468;REFB=-0.00929319;REVB=-0.00656278;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346033;STB=0.521666;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0139548;OID=.;OPOS=15221149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:4:7:4:2:4:7 chr19 15224592 . G C 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=5;FWDB=-0.000211342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.122;QD=17.423;RBI=0.0229274;REFB=-0.018147;REVB=-0.0229265;RO=33;SAF=29;SAR=2;SRF=28;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244981;STB=0.636257;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0172401;OID=.;OPOS=15224592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:34:31:31:0.476923:2:29:28:5:2:29:29:5 chr19 15225348 . T C 248.21 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0300283;FXX=0.0454339;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.2999;QD=47.2789;RBI=0.0496464;REFB=0.117792;REVB=-0.0395356;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400637;STB=0.521717;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.0102693;OID=.;OPOS=15225348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:21:1:1:20:20:0.952381:9:11:1:0:9:11:1:0 chr19 15225358 . T A 160.04 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5287;QD=42.6759;RBI=0.035498;REFB=0;REVB=0.0183942;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206209;OID=.;OPOS=15225358;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:14:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:9:6:0:0 chr19 15226431 . G A 49.22 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00901907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3245;QD=4.10163;RBI=0.0183303;REFB=-0.00317121;REVB=0.015958;RO=40;SAF=4;SAR=4;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.023546;OID=.;OPOS=15226431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:40:40:8:8:0.166667:4:4:20:20:4:4:20:20 chr19 15226970 . G A 306.16 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0889903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.571;QD=53.2453;RBI=0.0908069;REFB=0;REVB=-0.0180725;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184882;OID=.;OPOS=15226970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr19 15227030 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00149858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.092;QD=50.4129;RBI=0.0101679;REFB=0;REVB=0.0100569;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400125;OID=.;OPOS=15227030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr19 15233581 . C A 132.11 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00335627;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.132;QD=13.9061;RBI=0.00380663;REFB=-0.0245583;REVB=-0.00179607;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371963;STB=0.52171;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0377133;OID=.;OPOS=15233581;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:23:23:15:15:0.394737:6:9:13:10:6:9:13:10 chr19 15278057 . A G 439.85 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0455614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.479;QD=19.3341;RBI=0.0474528;REFB=-0.0144323;REVB=-0.0132638;RO=36;SAF=30;SAR=14;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289713;STB=0.616384;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0256239;OID=.;OPOS=15278057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:91:36:47:44:44:0.483516:14:30:12:24:14:30:22:25 chr19 15285052 . T C 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.01631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.692;QD=9.56962;RBI=0.02334;REFB=-0.00765055;REVB=0.0166954;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379089;STB=0.732738;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0169728;OID=.;OPOS=15285052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:9:6:6:2:9:6 chr19 15292437 . T C 418.31 PASS AF=0.525;AO=38;DP=76;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0285793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.647;QD=20.9153;RBI=0.0291387;REFB=-0.0399005;REVB=-0.00568197;RO=37;SAF=17;SAR=21;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349784;STB=0.512494;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0531767;OID=.;OPOS=15292437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:80:37:38:38:42:0.525:21:17:18:19:21:21:18:20 chr19 15295134 . G A 1396.35 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.888;QD=62.7574;RBI=0.0502464;REFB=0;REVB=0.0268347;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028091;OID=.;OPOS=15295134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:49:40:0:0:49:40:0:0 chr19 15302844 . T C 61.44 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0235006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.5269;QD=18.9049;RBI=0.0265803;REFB=-0.0563783;REVB=0.0124191;RO=5;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121731;STB=0.57124;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0382003;OID=.;OPOS=15302844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:2:6:3:2:2:6:3:2 chr19 15338370 . G A 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0325752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.199;QD=14.097;RBI=0.0423839;REFB=-0.02232;REVB=0.0271155;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061658;STB=0.536026;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0323119;OID=.;OPOS=15338370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:10:8:5:8:10:8 chr19 15338401 . C A 115.07 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0342454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3331;QD=19.1787;RBI=0.0386469;REFB=-0.048242;REVB=0.0179118;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155247;STB=0.588105;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0466527;OID=.;OPOS=15338401;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:8:3:6:7:8:3 chr19 15465966 . C T 42.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0250944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.013;QD=4.85444;RBI=0.0251135;REFB=-0.00214431;REVB=0.000980345;RO=28;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127616;STB=0.585123;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00644925;OID=.;OPOS=15465966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:4:3:15:13:4:3:15:13 chr19 15490485 . C T 416.88 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.023483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.668;QD=17.1908;RBI=0.0292724;REFB=-0.0295641;REVB=0.0174763;RO=53;SAF=29;SAR=14;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260764;STB=0.641841;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0465212;OID=.;OPOS=15490485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:54:43:43:0.443299:14:29:22:31:14:29:23:31 chr19 15508362 . G C 2064.93 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.55;QD=62.5737;RBI=0.0148665;REFB=0;REVB=-0.00882544;RO=0;SAF=77;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.43479e-05;OID=.;OPOS=15508362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:55:77:0:0:55:77:0:0 chr19 15533821 . A G 651.12 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.483;QD=62.0115;RBI=0.0298864;REFB=0;REVB=0.0145781;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165461;OID=.;OPOS=15533821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr19 15538230 . G A 583.83 PASS AF=0.619048;AO=52;DP=85;FAO=52;FDP=84;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00437145;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.695;QD=27.8013;RBI=0.04341;REFB=-0.011269;REVB=0.0431894;RO=32;SAF=25;SAR=27;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134667;STB=0.50733;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00955621;OID=.;OPOS=15538230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:32:32:52:52:0.619048:27:25:16:16:27:25:16:16 chr19 15549939 . C T 639.08 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.131554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1876;QD=59.4493;RBI=0.165268;REFB=-0.112618;REVB=0.100035;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00628833;OID=.;OPOS=15549939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:19:23:0:0:19:23:0:1 chr19 15559079 . G A 268.59 PASS AF=0.355556;AO=31;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0276412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.407;QD=11.9373;RBI=0.0292355;REFB=-0.00837003;REVB=0.0095223;RO=56;SAF=7;SAR=24;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225468;STB=0.599933;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0112477;OID=.;OPOS=15559079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:58:31:32:0.355556:24:7:22:34:24:8:22:36 chr19 15565549 . G A 205.75 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0114932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.267;QD=23.5147;RBI=0.027831;REFB=-0.013854;REVB=-0.025347;RO=15;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873407;STB=0.548969;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0134143;OID=.;OPOS=15565549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:14:6:6:9:14:6:6:9 chr19 15586526 . G A 97.32 PASS AF=0.4;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00279569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.541;QD=12.9754;RBI=0.0169846;REFB=-0.0015417;REVB=0.0167529;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361791;STB=0.723054;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00319926;OID=.;OPOS=15586526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:30:17:18:12:12:0.4:8:4:12:5:8:4:13:5 chr19 15586537 . C T 86.48 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.013049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2707;QD=12.354;RBI=0.0153344;REFB=0.00572275;REVB=0.00805398;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285657;STB=0.66849;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00884398;OID=.;OPOS=15586537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:11:6:7:4:11:6 chr19 15586982 . C T 278.87 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0103051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.241;QD=21.8719;RBI=0.0129276;REFB=-0.00728413;REVB=-0.00780567;RO=23;SAF=19;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24098;STB=0.634154;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00695035;OID=.;OPOS=15586982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:9:19:9:14:9:19:9:14 chr19 15726487 . G T 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00793691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.836;QD=14.1389;RBI=0.0210345;REFB=-0.0340219;REVB=0.0194797;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00761006;STB=0.512802;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0460796;OID=.;OPOS=15726487;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:6:8:11:8:6:8:11:9 chr19 15729056 . C G 249.38 PASS AF=0.414286;AO=26;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0196909;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.9284;QD=14.2503;RBI=0.0205331;REFB=-0.0240876;REVB=0.00582052;RO=35;SAF=7;SAR=19;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537882;STB=0.504584;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0286009;OID=.;OPOS=15729056;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:41:26:29:0.414286:19:7:8:27:20:9:13:28 chr19 15730498 . G GC 1720.93 PASS AF=1;AO=114;DP=122;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723521;FXX=0.00861995;HRUN=0;LEN=1;MLLD=59.6236;QD=59.8584;RBI=0.0901668;REFB=0;REVB=-0.0538073;RO=8;SAF=54;SAR=60;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498506;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000120692;OID=.;OPOS=15730499;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:114:122:115:115:0:54:61:0:0:10:8:54:60:7:1 chr19 15739597 . A C 575.99 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00994418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.821;QD=60.6308;RBI=0.0150008;REFB=0;REVB=0.0112311;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11876e-05;OID=.;OPOS=15739597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:19:17:0:0:19:19:0:0 chr19 15757927 . T C 530.06 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0104615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.589;QD=22.5556;RBI=0.0264108;REFB=-0.0191615;REVB=-0.0242505;RO=44;SAF=19;SAR=31;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180932;STB=0.599702;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0200061;OID=.;OPOS=15757927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:44:50:50:0.531915:31:19:26:18:31:19:26:18 chr19 15760895 . C T 478.17 PASS AF=0.647059;AO=44;DP=68;FAO=44;FDP=68;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00186113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.486;QD=28.1279;RBI=0.00339285;REFB=-0.0253966;REVB=-0.00283683;RO=24;SAF=26;SAR=18;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167029;STB=0.590868;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0195215;OID=.;OPOS=15760895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:24:24:44:44:0.647059:18:26:8:16:18:26:8:16 chr19 15763721 . G A 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0144464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.299;QD=16.1562;RBI=0.0152555;REFB=-0.0150822;REVB=-0.00490224;RO=32;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00115183;STB=0.50065;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0174705;OID=.;OPOS=15763721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:16:11:13:19:16:11:13:19 chr19 15769379 . G C 110.92 PASS AF=0.255319;AO=10;DP=48;FAO=12;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00994812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.386;QD=9.44016;RBI=0.0154412;REFB=-0.00336073;REVB=0.0118096;RO=26;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447464;STB=0.580507;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0229089;OID=.;OPOS=15769379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:48:47:26:32:10:12:0.255319:5:5:12:14:4:8:18:14 chr19 15769529 . GC TT 322.71 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00335153;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=2;MLLD=238.874;QD=18.9829;RBI=0.00413092;REFB=-0.016126;REVB=0.0024149;RO=33;SAF=19;SAR=15;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426559;STB=0.530018;STBP=0.67;TYPE=mnp;VARB=0.0150007;OID=.;OPOS=15769529;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:33:34:34:34:0.5:15:19:20:13:15:19:21:13 chr19 15769625 . A G 322.91 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0354074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.066;QD=19.2782;RBI=0.0354624;REFB=0.000652814;REVB=-0.00197359;RO=33;SAF=18;SAR=16;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172596;STB=0.595764;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.000654561;OID=.;OPOS=15769625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:16:18:11:22:16:18:11:22 chr19 15784061 . C A 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1149;QD=62.3478;RBI=0.0583142;REFB=0;REVB=0.0144389;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000891122;OID=.;OPOS=15784061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr19 15784386 . C T 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0446425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.255;QD=54.8225;RBI=0.0578138;REFB=-0.100441;REVB=0.0367354;RO=1;SAF=15;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303442;STB=0.516122;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.000773053;OID=.;OPOS=15784386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:35:15:1:0:35:15:1:0 chr19 15789098 . A G 1117.36 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0928941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9072;QD=60.3977;RBI=0.0952586;REFB=0;REVB=-0.0210922;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000632042;OID=.;OPOS=15789098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:72:74:1:32:40:0:0:32:42:0:0 chr19 15789140 . A G 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.458;QD=62.1622;RBI=0.00508051;REFB=0;REVB=-0.00251629;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05521e-06;OID=.;OPOS=15789140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:36:49:0:0:36:49:0:0 chr19 15791180 . C T 1327.34 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150439;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.877;QD=62.463;RBI=0.04598;REFB=0;REVB=0.0434492;RO=1;SAF=51;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919817;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116249;OID=.;OPOS=15791180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:1:0:84:85:1:33:51:1:0:33:52:0:0 chr19 15793235 . T C 511.91 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00293257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.4;QD=18.615;RBI=0.0242656;REFB=-0.0113638;REVB=0.0240878;RO=56;SAF=16;SAR=38;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101207;STB=0.556219;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0082422;OID=.;OPOS=15793235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:56:54:54:0.490909:38:16:22:34:38:16:22:34 chr19 15807884 . A G 146.74 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0141568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4225;QD=10.6717;RBI=0.0217015;REFB=-0.0126031;REVB=-0.016448;RO=36;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10274;STB=0.559939;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0463991;OID=.;OPOS=15807884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:11:8:12:24:11:8:12:24 chr19 15838967 . G A 379.98 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0333096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.32;QD=16.8879;RBI=0.0333938;REFB=-0.0234071;REVB=0.00236969;RO=49;SAF=17;SAR=23;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104187;STB=0.56407;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0324469;OID=.;OPOS=15838967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:50:40:40:0.444444:23:17:26:23:23:17:27:23 chr19 15839174 . C T 92.33 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0764619;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.337;QD=16.7868;RBI=0.0771579;REFB=-0.00543195;REVB=-0.0103402;RO=12;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347389;STB=0.677055;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00501533;OID=.;OPOS=15839174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:22:12:11:11:11:0.5:9:2:6:6:9:2:5:6 chr19 15852223 . A C 260.17 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.025095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5218;QD=16.7848;RBI=0.0307974;REFB=0.0192676;REVB=-0.0178528;RO=33;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030655;STB=0.517229;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.019383;OID=.;OPOS=15852223;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:15:14:17:16:15:14:17:16 chr19 15852242 . C A 362.45 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0368834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8188;QD=19.0761;RBI=0.0556413;REFB=-0.0332069;REVB=0.0416602;RO=37;SAF=21;SAR=17;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130283;STB=0.565573;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0287429;OID=.;OPOS=15852242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:38:38:38:0.5:17:21:15:22:17:21:16:22 chr19 15852872 . G A 529.73 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=119;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0145442;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6866;QD=17.9571;RBI=0.0348849;REFB=-0.0187716;REVB=0.0317084;RO=62;SAF=23;SAR=33;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131029;STB=0.572751;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0224159;OID=.;OPOS=15852872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:62:62:56:56:0.474576:33:23:34:28:33:23:34:28 chr19 15881953 . A G 688.08 PASS AF=0.564103;AO=66;DP=119;FAO=66;FDP=117;FR=.;FRO=51;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00478379;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.098;QD=23.524;RBI=0.00478408;REFB=-0.0174142;REVB=5.28383e-05;RO=49;SAF=40;SAR=26;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281141;STB=0.525743;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0150445;OID=.;OPOS=15881953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:49:51:66:66:0.564103:26:40:28:21:26:40:28:23 chr19 15905002 . T C 441.89 PASS AF=0.416667;AO=49;DP=121;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0312415;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.215;QD=14.7298;RBI=0.0343584;REFB=-0.0132157;REVB=-0.0142993;RO=71;SAF=24;SAR=25;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180934;STB=0.51167;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0161646;OID=.;OPOS=15905002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:71:70:49:50:0.416667:25:24:36:35:26:24:35:35 chr19 15905431 . T C 480.26 PASS AF=0.489583;AO=46;DP=95;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0270585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.162;QD=20.0109;RBI=0.0271992;REFB=-0.0248349;REVB=0.00276345;RO=49;SAF=25;SAR=21;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310179;STB=0.511106;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0280951;OID=.;OPOS=15905431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:49:49:46:47:0.489583:21:25:25:24:22:25:25:24 chr19 15905529 . C A 84.31 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0109914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.001;QD=10.5383;RBI=0.0183679;REFB=-0.00195652;REVB=0.0147163;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136395;STB=0.582623;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00677195;OID=.;OPOS=15905529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:8:3:8:13:8:3:8:13 chr19 15918455 . G A 373.99 PASS AF=0.542857;AO=37;DP=69;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00905536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.352;QD=21.3706;RBI=0.00988249;REFB=-0.00947944;REVB=0.0039578;RO=31;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096005;STB=0.550808;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00855529;OID=.;OPOS=15918455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:31:32:37:38:0.542857:21:16:17:14:22:16:17:15 chr19 16034714 . A G 1080.92 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7008;QD=60.0511;RBI=0.0458061;REFB=0;REVB=-0.0220614;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06066e-05;OID=.;OPOS=16034714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:39:32:0:0:39:33:0:0 chr19 16045141 . T C 779.57 PASS AF=1;AO=41;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.56;QD=56.6957;RBI=0.0819587;REFB=0;REVB=0.0416985;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81977e-05;OID=.;OPOS=16045141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:41:55:1:15:26:0:0:20:35:0:0 chr19 16136528 . G GCAGCACCTGGC 313.64 PASS AF=0.230415;AO=48;DP=225;FAO=50;FDP=217;FR=.;FRO=167;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=77;FSRR=90;FWDB=-0.0269333;FXX=0.0269046;HRUN=1;LEN=11;MLLD=349.663;QD=5.7814;RBI=0.0284971;REFB=-0.0120038;REVB=-0.00931031;RO=170;SAF=15;SAR=33;SRF=79;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203297;STB=0.614411;STBP=0.064;TYPE=ins;VARB=0.0368975;OID=.;OPOS=16136529;OREF=-;OALT=CAGCACCTGGC;OMAPALT=GCAGCACCTGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230415:48:225:50:217:167:16:34:77:90:99:170:15:33:79:91 chr19 16136923 . T C 794.55 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00174469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.534;QD=63.5641;RBI=0.00211497;REFB=0;REVB=0.00119548;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04063e-05;OID=.;OPOS=16136923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:22:27:0:0:22:28:0:0 chr19 16145533 . A G 325.26 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00683379;FXX=0.0315756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1744;QD=14.1418;RBI=0.0198285;REFB=-0.00046703;REVB=0.0186137;RO=47;SAF=18;SAR=18;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963199;STB=0.543454;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000440039;OID=.;OPOS=16145533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:92:47:56:36:36:0.391304:18:18:28:19:18:18:32:24 chr19 16145539 . G A 372.45 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0041392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.156;QD=15.202;RBI=0.00658506;REFB=0.00760693;REVB=-0.00512152;RO=58;SAF=19;SAR=21;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115991;STB=0.565516;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00849394;OID=.;OPOS=16145539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:58:40:40:0.408163:21:19:34:24:21:19:34:24 chr19 16145653 . G A 481.01 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0126685;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.432;QD=22.6358;RBI=0.0130552;REFB=-0.00350742;REVB=-0.00315362;RO=39;SAF=21;SAR=25;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152799;STB=0.584017;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00374754;OID=.;OPOS=16145653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:39:39:46:46:0.541176:25:21:25:14:25:21:25:14 chr19 16145731 . C A 240.37 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00618353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.8497;QD=21.3666;RBI=0.0333322;REFB=0.0053671;REVB=-0.0327536;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100633;STB=0.556372;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00338276;OID=.;OPOS=16145731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:11:12:14:8:11:12:14:8 chr19 16146400 . A G 1593.27 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0094309;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.152;QD=60.1234;RBI=0.0132392;REFB=0;REVB=-0.00929169;RO=0;SAF=67;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96066e-05;OID=.;OPOS=16146400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:39:67:0:0:39:67:0:0 chr19 16238279 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00613968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.565;QD=56.7065;RBI=0.00932804;REFB=0;REVB=-0.00702259;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01303e-05;OID=.;OPOS=16238279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr19 16268207 . TAA TA,T 285.61 PASS AF=1,0;AO=32,4;DP=40;FAO=42,0;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018534,-0.0103686;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=9.59808,9.08338;QD=27.2014;RBI=0.0936728,0.0493787;REFB=0,0;REVB=-0.091821,-0.0482778;RO=3;SAF=16,3;SAR=16,1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0798291,-0.281139;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00431062,-0.0125376;OID=.,.;OPOS=16268208,16268208;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:32,4:40:42,0:42:0:23,0:19,0:0:0:6:3:16,3:16,1:3:0 chr19 16275655 . C T 372.0 PASS AF=0.367521;AO=37;DP=118;FAO=43;FDP=117;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=70;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0274642;FXX=0.00847386;HRUN=8;LEN=1;MLLD=177.941;QD=12.718;RBI=0.033985;REFB=-0.0210204;REVB=0.0200174;RO=42;SAF=16;SAR=21;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502674;STB=0.544983;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0362967;OID=.;OPOS=16275655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:42:70:37:43:0.367521:21:16:16:26:24:19:36:34 chr19 16284288 . G T 211.94 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0438366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.386;QD=12.2865;RBI=0.0446621;REFB=-0.00679223;REVB=0.00854712;RO=43;SAF=11;SAR=15;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243165;STB=0.639241;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0104644;OID=.;OPOS=16284288;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:15:11:28:15:15:11:28:15 chr19 16301312 . A G 124.28 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0303142;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.315;QD=15.5351;RBI=0.0303301;REFB=-0.0312831;REVB=0.000983193;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143297;STB=0.583212;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0566012;OID=.;OPOS=16301312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:18:18:14:14:0.4375:9:5:9:9:9:5:9:9 chr19 16337243 . C T 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00316383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.067;QD=7.76206;RBI=0.0735067;REFB=-0.00306396;REVB=0.0734386;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414775;STB=0.526228;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00873957;OID=.;OPOS=16337243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:7:6:3:3:7:6 chr19 16593573 . G A 229.68 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0180511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.541;QD=11.9316;RBI=0.0232788;REFB=0.00228971;REVB=0.0146991;RO=49;SAF=10;SAR=18;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362776;STB=0.520943;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.0045092;OID=.;OPOS=16593573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:28:28:0.363636:18:10:19:30:18:10:19:30 chr19 16611978 . T C 323.0 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00209413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.112;QD=21.8982;RBI=0.00657676;REFB=-0.00445574;REVB=-0.00623445;RO=26;SAF=22;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780044;STB=0.543183;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00402051;OID=.;OPOS=16611978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:11:22:15:11:11:22:15:11 chr19 16612011 . T C 314.88 PASS AF=0.54386;AO=25;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00206104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.187;QD=22.0969;RBI=0.0210575;REFB=-0.0142026;REVB=0.0209564;RO=22;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319934;STB=0.539;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0112929;OID=.;OPOS=16612011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:24:25:31:0.54386:10:15:14:8:13:18:16:8 chr19 16628850 . G A 217.53 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00961431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.798;QD=22.8982;RBI=0.0436832;REFB=-0.000917007;REVB=-0.0426121;RO=17;SAF=15;SAR=6;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050693;STB=0.528276;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.000395519;OID=.;OPOS=16628850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:6:15:13:4:6:15:13:4 chr19 16667761 . G A 83.33 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0114487;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.008;QD=6.28875;RBI=0.0168491;REFB=-0.00596949;REVB=0.012362;RO=41;SAF=4;SAR=8;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329889;STB=0.706985;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0427043;OID=.;OPOS=16667761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:8:4:25:16:8:4:25:16 chr19 16860105 . G A 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.525;QD=58.9627;RBI=0.0247632;REFB=0;REVB=0.0123788;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28783e-05;OID=.;OPOS=16860105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr19 16860396 . C T 300.08 PASS AF=0.364583;AO=34;DP=96;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.00425146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1851;QD=12.5033;RBI=0.00786376;REFB=-0.0138432;REVB=0.00661542;RO=60;SAF=22;SAR=12;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560146;STB=0.534863;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0189142;OID=.;OPOS=16860396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:61:34:35:0.364583:12:22:36:24:12:23:37:24 chr19 16872853 . C T 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00382373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.881;QD=12.4823;RBI=0.0154655;REFB=0.00326858;REVB=-0.0149854;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819582;STB=0.548307;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.00613692;OID=.;OPOS=16872853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:11:8:6:6:11:8 chr19 16899838 . A T 2393.03 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212996;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.076;QD=64.2424;RBI=0.0285011;REFB=0;REVB=-0.0189378;RO=0;SAF=89;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05574e-06;OID=.;OPOS=16899838;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:149:149:1:60:89:0:0:60:89:0:0 chr19 16976286 . A G 1534.37 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00164826;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.747;QD=63.9321;RBI=0.028814;REFB=0;REVB=0.0287668;RO=0;SAF=64;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000311699;OID=.;OPOS=16976286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:32:64:0:0:32:64:0:0 chr19 16976289 . T C 545.09 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=105;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.012632;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.308;QD=21.1687;RBI=0.0205377;REFB=-0.00923489;REVB=-0.0161936;RO=50;SAF=39;SAR=16;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126846;STB=0.55644;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00839378;OID=.;OPOS=16976289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:50:48:55:55:0.533981:16:39:29:21:16:39:29:19 chr19 16980318 . G A 421.59 PASS AF=0.357143;AO=50;DP=140;FAO=50;FDP=140;FR=.;FRO=90;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=0.023537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.026;QD=12.0455;RBI=0.026466;REFB=-0.0135612;REVB=-0.0121021;RO=89;SAF=25;SAR=25;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629598;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0303879;OID=.;OPOS=16980318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:89:90:50:50:0.357143:25:25:44:45:25:25:45:45 chr19 17006708 . G A 99.2 PASS AF=0.161538;AO=21;DP=130;FAO=21;FDP=130;FR=.;FRO=109;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=60;FWDB=-0.0636487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.935;QD=3.05243;RBI=0.0711993;REFB=-0.0264293;REVB=-0.0319088;RO=107;SAF=8;SAR=13;SRF=48;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882754;STB=0.559188;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.152129;OID=.;OPOS=17006708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:107:109:21:21:0.161538:13:8:48:59:13:8:49:60 chr19 17006714 . G A 153.24 PASS AF=0.206107;AO=27;DP=130;FAO=27;FDP=131;FR=.;FRO=104;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=56;FWDB=-0.0386904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9135;QD=4.67902;RBI=0.118749;REFB=-0.0265739;REVB=-0.11227;RO=91;SAF=7;SAR=20;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247985;STB=0.673884;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.13303;OID=.;OPOS=17006714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:91:104:27:27:0.206107:20:7:40:51:20:7:48:56 chr19 17006740 . G A 55.15 PASS AF=0.116071;AO=13;DP=112;FAO=13;FDP=112;FR=.;FRO=99;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=68;FWDB=-0.0660383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4705;QD=1.96971;RBI=0.0690394;REFB=-0.0138645;REVB=0.0201341;RO=99;SAF=7;SAR=6;SRF=31;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278184;STB=0.694108;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.113277;OID=.;OPOS=17006740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:112:112:99:99:13:13:0.116071:6:7:31:68:6:7:31:68 chr19 17017792 . G A 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0285278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.047;QD=6.54445;RBI=0.0285477;REFB=-0.00526008;REVB=-0.00106789;RO=24;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511092;STB=0.532704;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0166719;OID=.;OPOS=17017792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:3:5:14:10:3:5:14:10 chr19 17025292 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0056947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.279;QD=58.5864;RBI=0.0158915;REFB=0;REVB=0.0148361;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.141e-05;OID=.;OPOS=17025292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr19 17088299 . T C 102.29 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00966161;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.508;QD=15.7371;RBI=0.011106;REFB=-0.0272156;REVB=0.00547681;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28665;STB=0.666389;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0202446;OID=.;OPOS=17088299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:14:14:12:12:0.461538:4:8:5:9:4:8:5:9 chr19 17088319 . G T 100.24 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0100365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2594;QD=15.4218;RBI=0.053547;REFB=-0.0343126;REVB=0.052598;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233296;STB=0.666389;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0544052;OID=.;OPOS=17088319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:14:11:12:0.461538:4:7:5:8:4:8:5:9 chr19 17091368 . T G 244.37 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00891026;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.57;QD=12.8618;RBI=0.0228816;REFB=-0.0251197;REVB=-0.0210754;RO=47;SAF=12;SAR=17;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106257;STB=0.506088;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0356842;OID=.;OPOS=17091368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:47:47:29:29:0.381579:17:12:19:28:17:12:19:28 chr19 17170885 . C T 228.43 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00104577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.259;QD=21.7549;RBI=0.0161667;REFB=-0.0152152;REVB=0.0161328;RO=20;SAF=7;SAR=15;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179173;STB=0.510041;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0110365;OID=.;OPOS=17170885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:15:7:6:14:15:7:6:14 chr19 17213217 . C T 497.19 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0145275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.532;QD=23.6757;RBI=0.0147733;REFB=-0.0102201;REVB=-0.00268357;RO=37;SAF=33;SAR=14;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210025;STB=0.615755;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0121478;OID=.;OPOS=17213217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:37:47:47:0.559524:14:33:17:20:14:33:17:20 chr19 17263501 . A G 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0234219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.322;QD=10.1418;RBI=0.0234304;REFB=-0.0165557;REVB=0.000633065;RO=25;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267325;STB=0.516102;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0362817;OID=.;OPOS=17263501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:7:5:11:14:7:5:11:14 chr19 17273893 . G T 151.87 PASS AF=0.447368;AO=15;DP=36;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0306631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.738;QD=15.986;RBI=0.0486378;REFB=-0.0465431;REVB=0.0377547;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296633;STB=0.523337;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0482611;OID=.;OPOS=17273893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:21:21:15:17:0.447368:6:9:12:9:8:9:12:9 chr19 17303774 . T G 412.79 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.00392745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.313;QD=18.7634;RBI=0.0208058;REFB=-0.0355959;REVB=-0.0204318;RO=46;SAF=23;SAR=19;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791832;STB=0.544032;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0158556;OID=.;OPOS=17303774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:19:23:29:17:19:23:29:17 chr19 17305440 . T C 205.15 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0458223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0842;QD=15.7809;RBI=0.0460065;REFB=-0.0271828;REVB=-0.00411259;RO=28;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153784;STB=0.594516;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0317426;OID=.;OPOS=17305440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:12:11:9:19:12:11:9:20 chr19 17312992 . C T 187.67 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.000820052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2759;QD=12.723;RBI=0.00510507;REFB=-0.0203217;REVB=0.00503878;RO=36;SAF=15;SAR=8;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170428;STB=0.509795;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0268451;OID=.;OPOS=17312992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:8:15:24:12:8:15:24:12 chr19 17316782 . T C 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0197397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.996;QD=16.9415;RBI=0.0240798;REFB=-0.0152776;REVB=0.0137906;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972961;STB=0.555498;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0196095;OID=.;OPOS=17316782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:9:10:15:9:9:10:15:9 chr19 17317955 . A G 399.42 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=0.0822302;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1599;QD=16.138;RBI=0.084943;REFB=-0.055348;REVB=-0.0212958;RO=56;SAF=18;SAR=24;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249919;STB=0.644002;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0921564;OID=.;OPOS=17317955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:56:57:42:42:0.424242:24:18:38:18:24:18:39:18 chr19 17330060 . T C 1715.33 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0257701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3663;QD=59.6636;RBI=0.0309612;REFB=0.0630919;REVB=-0.0171609;RO=1;SAF=52;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759775;STB=0.503999;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000239541;OID=.;OPOS=17330060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:114:114:0.991304:62:52:0:1:62:52:0:1 chr19 17337871 . A G 174.43 PASS AF=0.527778;AO=11;DP=26;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0339486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.378;QD=19.3807;RBI=0.052333;REFB=-0.0525505;REVB=0.0398276;RO=15;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467914;STB=0.507878;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0170839;OID=.;OPOS=17337871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:36:15:17:11:19:0.527778:10:1:6:9:12:7:6:11 chr19 17337882 . C G 171.56 PASS AF=0.529412;AO=15;DP=31;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.000120542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.243;QD=20.1835;RBI=0.00636054;REFB=-0.0250374;REVB=0.00635939;RO=15;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53842;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0199157;OID=.;OPOS=17337882;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:15:16:15:18:0.529412:11:4:4:11:11:7:5:11 chr19 17338099 . G C 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0526747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.469;QD=10.8236;RBI=0.0529938;REFB=-0.0159703;REVB=-0.00580699;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288153;STB=0.517213;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0379538;OID=.;OPOS=17338099;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:7:5:9:14:7:5:9:14 chr19 17339112 . G A 211.77 PASS AF=0.446429;AO=23;DP=54;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00486687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.411;QD=15.1261;RBI=0.0111835;REFB=-0.0237562;REVB=0.010069;RO=31;SAF=16;SAR=7;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582431;STB=0.521792;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0309124;OID=.;OPOS=17339112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:31:31:23:25:0.446429:7:16:20:11:8:17:20:11 chr19 17351535 . G A 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0360864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.931;QD=11.5636;RBI=0.0360898;REFB=-0.00599438;REVB=-0.000490252;RO=28;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082336;STB=0.558206;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.010342;OID=.;OPOS=17351535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:29:15:15:0.340909:7:8:17:11:7:8:18:11 chr19 17366278 . T C 624.81 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.073;QD=60.9569;RBI=0.0297192;REFB=0;REVB=0.0177174;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106201;OID=.;OPOS=17366278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:25:15:0:0:25:16:0:0 chr19 17366313 . C T 137.64 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0407307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.129;QD=18.9847;RBI=0.0408065;REFB=0.0360603;REVB=-0.00248508;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325116;STB=0.518494;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.0207963;OID=.;OPOS=17366313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:6:8:8:7:6:8 chr19 17367435 . T C 216.09 PASS AF=0.5;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0287836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6067;QD=19.6444;RBI=0.0288152;REFB=-0.0248357;REVB=0.00134853;RO=22;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267774;STB=0.524207;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0266913;OID=.;OPOS=17367435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:21:22:0.5:13:8:9:13:14:8:9:13 chr19 17370190 . T G 169.64 PASS AF=0.338462;AO=20;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0560091;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0335;QD=10.4395;RBI=0.0667499;REFB=-0.00534457;REVB=0.0363115;RO=40;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285139;STB=0.507685;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0119785;OID=.;OPOS=17370190;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:43:20:22:0.338462:11:9:19:21:11:11:22:21 chr19 17392572 . G C 92.36 PASS AF=0.16129;AO=20;DP=123;FAO=20;FDP=124;FR=.;FRO=104;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=45;FSRR=59;FWDB=0.00614894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3513;QD=2.97943;RBI=0.039965;REFB=-0.00175168;REVB=-0.0394891;RO=102;SAF=19;SAR=1;SRF=44;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.67323;STB=0.946384;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0378781;OID=.;OPOS=17392572;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:123:124:102:104:20:20:0.16129:1:19:44:58:1:19:45:59 chr19 17394245 . G A 291.77 PASS AF=0.327586;AO=38;DP=117;FAO=38;FDP=116;FR=.;FRO=78;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.00810546;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.081;QD=10.0611;RBI=0.0090775;REFB=-0.0156287;REVB=-0.00408687;RO=78;SAF=25;SAR=13;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244808;STB=0.642126;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0280028;OID=.;OPOS=17394245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:78:78:38:38:0.327586:13:25:35:43:13:25:35:43 chr19 17451981 . G A 721.48 PASS AF=0.534351;AO=69;DP=132;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.00583508;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0404;QD=22.03;RBI=0.0315277;REFB=-0.0305497;REVB=0.030983;RO=61;SAF=37;SAR=32;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107777;STB=0.555105;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0290078;OID=.;OPOS=17451981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:61:61:69:70:0.534351:32:37:25:36:33:37:25:36 chr19 17463214 . C T 670.54 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.343;QD=62.3753;RBI=0.0539846;REFB=0;REVB=0.0278015;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048249;OID=.;OPOS=17463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:26:16:0:0:27:16:0:0 chr19 17476994 . G A 111.38 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.0572552;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6329;QD=7.5512;RBI=0.0574241;REFB=-0.0265815;REVB=0.00440119;RO=42;SAF=7;SAR=9;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325114;STB=0.699166;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0649155;OID=.;OPOS=17476994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:43:16:16:0.271186:9:7:30:12:9:7:31:12 chr19 17547292 . A G 1030.29 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261184;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.576;QD=59.7272;RBI=0.0272163;REFB=0;REVB=-0.00765213;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00358e-05;OID=.;OPOS=17547292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr19 17556054 . A G 193.04 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00871422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.861;QD=13.7887;RBI=0.0346327;REFB=-0.0140071;REVB=0.0335184;RO=31;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625972;STB=0.538428;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.01858;OID=.;OPOS=17556054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:33:23:23:0.410714:14:9:14:17:14:9:15:18 chr19 17611490 . T G 360.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0356051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.029;QD=20.0289;RBI=0.0356306;REFB=-0.00241519;REVB=0.00134783;RO=34;SAF=15;SAR=22;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031808;STB=0.511622;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00165974;OID=.;OPOS=17611490;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:34:35:37:37:0.513889:22:15:15:19:22:15:15:20 chr19 17616170 . CG CA,GC 403.01 PASS AF=0.428571,0;AO=37,5;DP=99;FAO=42,0;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=15,0;FSAR=27,0;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0422092,-0.126254;FXX=0.0101;HRUN=1,4;LEN=1,2;MLLD=53.2379,181.825;QD=16.4495;RBI=0.0429976,0.132045;REFB=-0.0281789,-0.00536114;REVB=0.00819612,-0.038676;RO=43;SAF=11,5;SAR=26,0;SRF=14;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0319653,0.679561;STB=0.564189,0.5;STBP=0.29,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0406444,0.0446581;OID=.,.;OPOS=17616171,17616170;OREF=G,CG;OALT=A,GC;OMAPALT=CA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:43:56:37,5:42,0:0.428571,0:26,0:11,5:14:29:27,0:15,0:26:30 chr19 17628587 . A G 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0296643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9739;QD=18.4948;RBI=0.0301035;REFB=0.00751734;REVB=0.00512385;RO=30;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119522;STB=0.566623;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00528358;OID=.;OPOS=17628587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:15:15:19:11:15:15:19:11 chr19 17648350 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00706198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.217;QD=51.9164;RBI=0.0169327;REFB=0;REVB=-0.0153898;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026546;OID=.;OPOS=17648350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr19 17651370 . A G 187.88 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0123348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.838;QD=20.3109;RBI=0.0259581;REFB=-0.0455515;REVB=0.0228402;RO=18;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304836;STB=0.67223;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0232235;OID=.;OPOS=17651370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:13:6:12:6:13:6:12:6 chr19 17691655 . G A 123.01 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00423967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.527;QD=16.4007;RBI=0.0500422;REFB=-0.00913139;REVB=0.0498623;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291666;STB=0.666444;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0171573;OID=.;OPOS=17691655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:8:6:12:4:8:6:12:4 chr19 17692324 . T G 64.06 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0139619;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.408;QD=6.92576;RBI=0.0254543;REFB=-0.0142598;REVB=0.0212834;RO=28;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658693;STB=0.541577;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0244581;OID=.;OPOS=17692324;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:37:37:28:28:9:9:0.243243:6:3:8:20:6:3:8:20 chr19 17746947 . A G 1872.54 PASS AF=0.991803;AO=81;DP=119;FAO=121;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.074975;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.511;QD=61.3948;RBI=0.0767171;REFB=0;REVB=0.0162561;RO=0;SAF=11;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167648;OID=.;OPOS=17746947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:122:0:0:81:121:0.991803:70:11:0:0:74:47:0:0 chr19 17768900 . G A 168.57 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=78;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00189975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.807;QD=8.64437;RBI=0.00956941;REFB=-0.00761285;REVB=-0.00937894;RO=55;SAF=9;SAR=14;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141055;STB=0.583917;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0217602;OID=.;OPOS=17768900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:55:55:23:23:0.294872:14:9:28:27:14:9:28:27 chr19 17777508 . C G 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000481695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0682;QD=57.1742;RBI=0.0893257;REFB=0;REVB=-0.0893245;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00074455;OID=.;OPOS=17777508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr19 17845333 . C A 334.5 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0586761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0059;QD=27.3061;RBI=0.0891856;REFB=-0.0255783;REVB=0.0671654;RO=20;SAF=9;SAR=20;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00896927;STB=0.504947;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0191061;OID=.;OPOS=17845333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:20:9:6:14:20:9:6:14 chr19 17885270 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.334;QD=53.9111;RBI=0.0410934;REFB=0;REVB=0.0294983;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160519;OID=.;OPOS=17885270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr19 17886940 . G A 638.94 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0394642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.303;QD=59.4362;RBI=0.0594109;REFB=-0.138341;REVB=0.0444097;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517233;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000831376;OID=.;OPOS=17886940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:28:14:0:0:28:14:1:0 chr19 17887024 . T C 884.15 PASS AF=0.954545;AO=62;DP=65;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.036763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.894;QD=53.5848;RBI=0.0479227;REFB=-0.00319388;REVB=0.030742;RO=3;SAF=16;SAR=46;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298013;STB=0.515785;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000254983;OID=.;OPOS=17887024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:66:3:3:62:63:0.954545:46:16:0:3:46:17:0:3 chr19 17892591 . A G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.064;QD=54.5158;RBI=0.044547;REFB=0;REVB=0.0241344;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402257;OID=.;OPOS=17892591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr19 17932138 . T C 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0974372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1085;QD=51.1809;RBI=0.103738;REFB=0;REVB=0.0356027;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00144832;OID=.;OPOS=17932138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr19 18047283 . T G 353.78 PASS AF=0.457831;AO=36;DP=82;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0173208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6456;QD=17.0494;RBI=0.0382741;REFB=-0.0151898;REVB=-0.0341306;RO=42;SAF=18;SAR=18;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045763;STB=0.542147;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0222331;OID=.;OPOS=18047283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:42:45:36:38:0.457831:18:18:23:19:19:19:26:19 chr19 18179214 . G A 928.91 PASS AF=0.506944;AO=71;DP=145;FAO=73;FDP=144;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.018249;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.725;QD=25.803;RBI=0.0232658;REFB=-0.0273134;REVB=-0.0144316;RO=40;SAF=34;SAR=37;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179758;STB=0.548876;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0214311;OID=.;OPOS=18179214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:40:50:71:73:0.506944:37:34:30:10:38:35:30:20 chr19 18188389 . C T 256.22 PASS AF=0.321101;AO=34;DP=109;FAO=35;FDP=109;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0100612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.449;QD=9.40263;RBI=0.0191567;REFB=-0.00621307;REVB=0.0163019;RO=71;SAF=23;SAR=11;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140686;STB=0.583193;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.012757;OID=.;OPOS=18188389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:71:74:34:35:0.321101:11:23:40:31:12:23:40:34 chr19 18191664 . C G 227.99 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0364667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.205;QD=21.2088;RBI=0.0369354;REFB=-0.0126615;REVB=0.00586563;RO=20;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134517;STB=0.584342;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0110517;OID=.;OPOS=18191664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:21:22:22:0.511628:12:10:6:14:12:10:6:15 chr19 18234441 . C T 288.85 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0358822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.97;QD=21.0073;RBI=0.0564278;REFB=-0.00970487;REVB=0.0435495;RO=25;SAF=9;SAR=21;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128205;STB=0.571379;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00637882;OID=.;OPOS=18234441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:21:9:11:14:21:9:11:14 chr19 18245512 . C T 104.9 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00831359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.3;QD=13.1121;RBI=0.0137383;REFB=-0.0261606;REVB=-0.0109374;RO=19;SAF=9;SAR=3;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179646;STB=0.531744;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0450692;OID=.;OPOS=18245512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:12:13:0.40625:3:9:14:5:4:9:14:5 chr19 18248146 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.336;QD=57.6807;RBI=0.0211821;REFB=0;REVB=-0.00535549;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1679e-05;OID=.;OPOS=18248146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr19 18255359 . G A 249.81 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0337049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0782;QD=16.654;RBI=0.0401096;REFB=-0.0140782;REVB=0.021743;RO=32;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00862073;STB=0.504851;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0277625;OID=.;OPOS=18255359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:16:12:14:18:16:12:14:18 chr19 18257750 . C T 465.59 PASS AF=0.434426;AO=51;DP=120;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.047201;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.242;QD=15.2653;RBI=0.047328;REFB=-0.00454243;REVB=-0.00346509;RO=69;SAF=29;SAR=22;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268202;STB=0.503021;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00669717;OID=.;OPOS=18257750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:69:69:51:53:0.434426:22:29:41:28:22:31:40:29 chr19 18258308 . C T 192.43 PASS AF=0.203704;AO=33;DP=162;FAO=33;FDP=162;FR=.;FRO=129;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=62;FSRR=67;FWDB=-0.0400356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.494;QD=4.75132;RBI=0.0400732;REFB=-0.00893801;REVB=-0.00173418;RO=129;SAF=12;SAR=21;SRF=62;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152401;STB=0.595344;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0391553;OID=.;OPOS=18258308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:129:129:33:33:0.203704:21:12:62:67:21:12:62:67 chr19 18273047 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.001;QD=57.2025;RBI=0.0397113;REFB=0;REVB=-0.00014049;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100396;OID=.;OPOS=18273047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr19 18279638 . T C 1286.78 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00070243;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6486;QD=62.0135;RBI=0.00950801;REFB=0;REVB=-0.00948203;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.10881e-05;OID=.;OPOS=18279638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:82:83:1:38:44:0:0:39:44:0:0 chr19 18284651 . G T 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0125705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.513;QD=18.2489;RBI=0.0285411;REFB=0.00719765;REVB=0.0256237;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379419;STB=0.521706;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00623401;OID=.;OPOS=18284651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:5:7:7:6:5:7 chr19 18288069 . A G 574.27 PASS AF=0.465116;AO=60;DP=130;FAO=60;FDP=129;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.00397393;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.052;QD=17.8069;RBI=0.0144957;REFB=-0.0233851;REVB=-0.0139403;RO=69;SAF=22;SAR=38;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833521;STB=0.546376;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0198854;OID=.;OPOS=18288069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:69:69:60:60:0.465116:38:22:31:38:38:22:31:38 chr19 18288898 . T C 326.74 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00660336;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.048;QD=14.852;RBI=0.0301102;REFB=-0.00556668;REVB=0.0293772;RO=51;SAF=17;SAR=19;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00169726;STB=0.50506;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00696078;OID=.;OPOS=18288898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:52:36:36:0.409091:19:17:24:27:19:17:25:27 chr19 18288947 . A C 221.69 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0129697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.508;QD=10.1927;RBI=0.0410826;REFB=-0.0118724;REVB=0.0389817;RO=59;SAF=11;SAR=17;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116188;STB=0.568038;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0283342;OID=.;OPOS=18288947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:59:59:28:28:0.321839:17:11:29:30:17:11:29:30 chr19 18305578 . G C 743.19 PASS AF=0.673913;AO=61;DP=91;FAO=62;FDP=92;FR=.;FRO=30;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0357113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9142;QD=32.3128;RBI=0.0458242;REFB=-0.0250404;REVB=0.0287152;RO=29;SAF=31;SAR=30;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00539735;STB=0.510866;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00739647;OID=.;OPOS=18305578;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:29:30:61:62:0.673913:30:31:15:14:31:31:16:14 chr19 18306990 . G C 797.29 PASS AF=0.669811;AO=69;DP=104;FAO=71;FDP=106;FR=.;FRO=35;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0265085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1484;QD=30.0862;RBI=0.0478268;REFB=-0.00519854;REVB=0.0398084;RO=35;SAF=41;SAR=28;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223109;STB=0.517378;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00319132;OID=.;OPOS=18306990;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:35:35:69:71:0.669811:28:41:22:13:30:41:22:13 chr19 18307002 . T C 143.89 PASS AF=0.210526;AO=24;DP=114;FAO=24;FDP=114;FR=.;FRO=90;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=53;FSRR=37;FWDB=-0.0505134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.562;QD=5.04883;RBI=0.0537969;REFB=-0.0110867;REVB=-0.0185068;RO=90;SAF=19;SAR=5;SRF=53;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296734;STB=0.688946;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0451298;OID=.;OPOS=18307002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:90:90:24:24:0.210526:5:19:53:37:5:19:53:37 chr19 18311199 . A G 761.66 PASS AF=0.625;AO=70;DP=112;FAO=70;FDP=112;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.0156672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0422;QD=27.2021;RBI=0.0305849;REFB=0.00248784;REVB=0.0262674;RO=42;SAF=29;SAR=41;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111121;STB=0.560069;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00162933;OID=.;OPOS=18311199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:42:42:70:70:0.625:41:29:11:31:41:29:11:31 chr19 18329240 . T C 248.94 PASS AF=0.432836;AO=26;DP=63;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0438693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3765;QD=14.8622;RBI=0.0456419;REFB=-0.0137199;REVB=0.0125963;RO=36;SAF=19;SAR=7;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111382;STB=0.501709;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0243841;OID=.;OPOS=18329240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:67:36:38:26:29:0.432836:7:19:23:13:10:19:25:13 chr19 18329784 . C T 422.96 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00286358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.717;QD=18.3894;RBI=0.00694447;REFB=-0.000724924;REVB=0.00632658;RO=49;SAF=20;SAR=23;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00409528;STB=0.502284;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00122363;OID=.;OPOS=18329784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:23:20:23:26:23:20:23:26 chr19 18359037 . G A 339.28 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0142746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.045;QD=20.5627;RBI=0.0192056;REFB=-0.019858;REVB=-0.0128488;RO=31;SAF=12;SAR=22;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601719;STB=0.527844;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0175133;OID=.;OPOS=18359037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:31:31:34:35:0.530303:22:12:9:22:23:12:9:22 chr19 18368810 . G T 569.22 PASS AF=0.542857;AO=57;DP=105;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.000406623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.998;QD=21.6847;RBI=0.015825;REFB=-0.020073;REVB=0.0158198;RO=48;SAF=30;SAR=27;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00457661;STB=0.502512;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0127329;OID=.;OPOS=18368810;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:48:48:57:57:0.542857:27:30:25:23:27:30:25:23 chr19 18368969 . G A 1534.25 PASS AF=0.58159;AO=139;DP=239;FAO=139;FDP=239;FR=.;FRO=100;FSAF=70;FSAR=69;FSRF=59;FSRR=41;FWDB=0.0180068;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.605;QD=25.6779;RBI=0.0190079;REFB=-0.00716016;REVB=0.00608708;RO=98;SAF=70;SAR=69;SRF=57;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596197;STB=0.536167;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00511874;OID=.;OPOS=18368969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:98:100:139:139:0.58159:69:70:57:41:69:70:59:41 chr19 18368988 . G A 1479.71 PASS AF=0.592105;AO=134;DP=228;FAO=135;FDP=228;FR=.;FRO=93;FSAF=66;FSAR=69;FSRF=55;FSRR=38;FWDB=0.0307493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.018;QD=25.9598;RBI=0.0329667;REFB=-0.0236185;REVB=0.0118864;RO=92;SAF=66;SAR=68;SRF=54;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709555;STB=0.54175;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.013919;OID=.;OPOS=18368988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:92:93:134:135:0.592105:68:66:54:38:69:66:55:38 chr19 18369120 . G A 514.54 PASS AF=0.626667;AO=46;DP=74;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0162391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.612;QD=27.4419;RBI=0.016563;REFB=-0.00336613;REVB=0.00325934;RO=28;SAF=25;SAR=21;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00542511;STB=0.506587;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00202598;OID=.;OPOS=18369120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:28:28:46:47:0.626667:21:25:15:13:21:26:15:13 chr19 18369211 . T G 228.62 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00930959;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4209;QD=13.6488;RBI=0.0322178;REFB=0.00663282;REVB=0.0308434;RO=40;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843064;STB=0.548137;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00349652;OID=.;OPOS=18369211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:12:15:19:21:12:15:19:21 chr19 18369270 . C T 130.81 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00227589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.943;QD=12.4583;RBI=0.00249087;REFB=-0.00242107;REVB=0.00101231;RO=26;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678697;STB=0.515041;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00356986;OID=.;OPOS=18369270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:26:26:15:16:0.380952:6:9:14:12:7:9:14:12 chr19 18369581 . G T 66.74 PASS AF=0.357143;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00570457;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=31.8419;QD=9.53476;RBI=0.10585;REFB=-0.0253718;REVB=0.105696;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482718;STB=0.775545;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0504548;OID=.;OPOS=18369581;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:25:28:16:18:9:10:0.357143:2:7:5:11:2:8:7:11 chr19 18369596 . GT AC 55.51 PASS AF=0.32;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0203651;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=2;MLLD=143.361;QD=8.88139;RBI=0.0444049;REFB=-0.0131774;REVB=-0.0394596;RO=17;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377676;STB=0.734096;STBP=0.116;TYPE=mnp;VARB=0.0276048;OID=.;OPOS=18369596;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:26:25:17:17:8:8:0.32:2:6:7:10:2:6:7:10 chr19 18370062 . CA AG,CAG 504.25 PASS AF=0.0857143,0.914286;AO=3,31;DP=36;FAO=3,32;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=3,14;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00456249,-0.0166494;FXX=0.0277701;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=9.52445,29.5599;QD=57.6289;RBI=0.0116779,0.0665134;REFB=0,0;REVB=-0.0107498,-0.0643958;RO=0;SAF=3,14;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0207836,-0.00607064;OID=.,.;OPOS=18370062,18370064;OREF=CA,-;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:36:35:0:0:3,31:3,32:0.0857143,0.914286:0,17:3,14:0:0:0,18:3,14:0:0 chr19 18370571 . T C 37.95 PASS AF=0.375;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0555811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.71;QD=9.4877;RBI=0.0571224;REFB=-0.000571207;REVB=-0.0131798;RO=10;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.614607;STB=0.856375;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00136269;OID=.;OPOS=18370571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:10:10:5:6:0.375:2:3:0:10:2:4:0:10 chr19 18371394 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.000403232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.725;QD=11.0198;RBI=0.0155077;REFB=-0.0184065;REVB=0.0155024;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162008;STB=0.599657;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0248368;OID=.;OPOS=18371394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:4:4:4:2:4:4 chr19 18371439 . T A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0132821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.776;QD=16.199;RBI=0.0311993;REFB=-0.0310843;REVB=-0.0282309;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0145599;OID=.;OPOS=18371439;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:1:2:2:3:1:2 chr19 18375563 . G A 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=-0.0148328;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.899;QD=15.4099;RBI=0.0493142;REFB=-0.0178335;REVB=0.0470306;RO=34;SAF=19;SAR=8;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113097;STB=0.563509;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0217475;OID=.;OPOS=18375563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:8:19:27:7:8:19:27:7 chr19 18375659 . C T 689.2 PASS AF=0.477124;AO=72;DP=155;FAO=73;FDP=153;FR=.;FRO=80;FSAF=54;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=0.0147055;FXX=0.0192295;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7733;QD=18.0184;RBI=0.0519664;REFB=0.00117518;REVB=-0.0498423;RO=78;SAF=54;SAR=18;SRF=49;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140026;STB=0.579749;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00159561;OID=.;OPOS=18375659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:153:78:80:72:73:0.477124:18:54:49:29:19:54:49:31 chr19 18376407 . T A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0147422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.631;QD=11.257;RBI=0.0147495;REFB=-0.0116938;REVB=-0.000461981;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284261;STB=0.670319;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0155516;OID=.;OPOS=18376407;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:4:8:3:5:4:8 chr19 18376522 . T G 184.28 PASS AF=0.42;AO=19;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.035533;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.536;QD=14.7426;RBI=0.0355466;REFB=-0.0100389;REVB=0.000983096;RO=30;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719015;STB=0.501009;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0138595;OID=.;OPOS=18376522;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:29:19:21:0.42:7:12:17:13:8:13:18:11 chr19 18377274 . A G 164.11 PASS AF=0.372549;AO=18;DP=50;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0107803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.327;QD=12.8716;RBI=0.111122;REFB=-0.0075373;REVB=-0.110598;RO=31;SAF=15;SAR=3;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241152;STB=0.645787;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0218969;OID=.;OPOS=18377274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:31:32:18:19:0.372549:3:15:21:10:3:16:22:10 chr19 18377496 . C G 441.02 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00591325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5527;QD=22.33;RBI=0.0296207;REFB=-0.00246244;REVB=-0.0290244;RO=35;SAF=25;SAR=18;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789142;STB=0.537617;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00164759;OID=.;OPOS=18377496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:36:43:43:0.544304:18:25:17:18:18:25:18:18 chr19 18378219 . A G 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0289345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.025;QD=11.3359;RBI=0.0348694;REFB=-0.0116481;REVB=-0.0194595;RO=43;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150935;STB=0.58697;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0200275;OID=.;OPOS=18378219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:13:11:14:29:13:11:14:29 chr19 18390863 . GAAAAAAAAAAAAAAG AGGAAAAAAAAAAAAG,GGAAAAAAAAAAAAGT 179.27 PASS AF=0.857143,0.107143;AO=2,2;DP=29;FAO=24,3;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=18,1;FSAR=6,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.152977,-0.329523;FXX=0.0344709;HRUN=1,14;LEN=3,15;MLLD=18.5008,8.89347;QD=25.6105;RBI=0.153452,0.339806;REFB=-0.0759526,-0.377902;REVB=-0.0120743,-0.0829613;RO=0;SAF=1,0;SAR=1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.513502,0.665547;STBP=0.632,0.558;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.0821879,0.15541;OID=.,.;OPOS=18390863,18390864;OREF=GAA,AAAAAAAAAAAAAAG;OALT=AGG,GAAAAAAAAAAAAGT;OMAPALT=AGGAAAAAAAAAAAAG,GGAAAAAAAAAAAAGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:29:28:0:1:2,2:24,3:0.857143,0.107143:1,2:1,0:0:0:6,2:18,1:1:0 chr19 18392894 . C T 272.14 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4447;QD=51.8358;RBI=0.033076;REFB=0;REVB=-0.00868956;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123081;OID=.;OPOS=18392894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr19 18392913 . A G 277.87 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0527;QD=50.5226;RBI=0.0343919;REFB=0;REVB=0.0286126;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000911463;OID=.;OPOS=18392913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:9:11:0:0:10:12:0:0 chr19 18444320 . C T 37.51 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0207201;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.461;QD=7.14475;RBI=0.0521618;REFB=0.00651478;REVB=0.04787;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260867;STB=0.644671;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00733183;OID=.;OPOS=18444320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:22:21:14:15:6:6:0.285714:2:4:6:8:2:4:7:8 chr19 18444360 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0836826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.518;QD=44.6895;RBI=0.0861032;REFB=0;REVB=-0.0202728;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00120035;OID=.;OPOS=18444360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr19 18497024 . G C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00922514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.432;QD=16.6271;RBI=0.0174445;REFB=-0.00525365;REVB=0.0148056;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169167;STB=0.59755;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00568103;OID=.;OPOS=18497024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:8:6:8:5:8:6 chr19 18502835 . G A 400.26 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00279774;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.589;QD=18.6165;RBI=0.00396004;REFB=-0.0120545;REVB=-0.00280261;RO=45;SAF=14;SAR=27;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596812;STB=0.533317;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0119746;OID=.;OPOS=18502835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:27:14:18:27:27:14:18:27 chr19 18538742 . A C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0326059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.042;QD=17.3212;RBI=0.0330934;REFB=-0.0160577;REVB=0.0056592;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154651;STB=0.588128;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0136319;OID=.;OPOS=18538742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:12:6:8:8:12:6 chr19 18546678 . T C 210.64 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0193009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.58;QD=14.0425;RBI=0.032661;REFB=-0.00404246;REVB=0.026348;RO=35;SAF=19;SAR=6;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361596;STB=0.707561;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00524253;OID=.;OPOS=18546678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:6:19:15:20:6:19:15:20 chr19 18547305 . T A 482.44 PASS AF=0.608108;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0297452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9094;QD=26.078;RBI=0.0407126;REFB=-0.0212264;REVB=0.0277981;RO=27;SAF=21;SAR=24;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864541;STB=0.560117;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0136668;OID=.;OPOS=18547305;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:27:29:45:45:0.608108:24:21:16:11:24:21:18:11 chr19 18553580 . CAGAT C 49.28 PASS AF=0.186047;AO=7;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=9.51979e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=293.041;QD=4.5839;RBI=0.0137544;REFB=-0.0126379;REVB=0.0137541;RO=33;SAF=5;SAR=2;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106208;STB=0.521418;STBP=0.932;TYPE=del;VARB=0.0573193;OID=.;OPOS=18553581;OREF=AGAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.186047:7:43:8:43:35:5:3:21:14:49:33:5:2:21:12 chr19 18561504 . C T 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0280189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.373;QD=7.76153;RBI=0.0315623;REFB=-0.00970298;REVB=-0.0145299;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439476;STB=0.783281;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.032857;OID=.;OPOS=18561504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:5:1:7:6:5:1:7:6 chr19 18562438 . C T 198.35 PASS AF=0.4;AO=23;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0212621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.625;QD=13.2234;RBI=0.0225816;REFB=-0.00692364;REVB=0.00760591;RO=36;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040102;STB=0.53387;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0134736;OID=.;OPOS=18562438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:23:24:0.4:13:10:17:19:14:10:17:19 chr19 18572472 . G A 138.48 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0127301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.244;QD=11.7858;RBI=0.030762;REFB=-0.00252357;REVB=0.0280044;RO=28;SAF=7;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219928;STB=0.654364;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00779834;OID=.;OPOS=18572472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:31:16:16:0.340426:9:7:18:10:9:7:21:10 chr19 18679379 . C G 230.71 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0141501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4156;QD=17.7468;RBI=0.0588804;REFB=-0.0189558;REVB=0.0571549;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210285;STB=0.618227;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0234673;OID=.;OPOS=18679379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:15:10:17:10:15:10:17:10 chr19 18684563 . C T 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0093719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.685;QD=24.0275;RBI=0.0495953;REFB=-0.0129687;REVB=-0.0487018;RO=8;SAF=9;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253752;STB=0.642653;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00432918;OID=.;OPOS=18684563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:5:9:2:6:5:9:2:6 chr19 18700047 . A G 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.00175015;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.429;QD=12.9421;RBI=0.0201328;REFB=-0.0122838;REVB=-0.0200566;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311192;STB=0.679525;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0100618;OID=.;OPOS=18700047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:7:8:6:19:7:8:6:19 chr19 18700205 . T C 140.68 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00678785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0129;QD=13.0863;RBI=0.00689299;REFB=6.99567e-05;REVB=0.0011993;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179783;STB=0.604526;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000183783;OID=.;OPOS=18700205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:8:8:9:18:8:8:9:18 chr19 18710535 . G A 295.45 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0137953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9793;QD=17.9061;RBI=0.0458514;REFB=-0.0129002;REVB=0.0437269;RO=34;SAF=10;SAR=22;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101484;STB=0.556925;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0098327;OID=.;OPOS=18710535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:22:10:14:20:22:10:14:20 chr19 18726856 . T C 421.31 PASS AF=0.443396;AO=46;DP=105;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.00415175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.179;QD=15.8983;RBI=0.00492315;REFB=-0.00681248;REVB=-0.00264583;RO=59;SAF=21;SAR=25;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169784;STB=0.599323;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00918975;OID=.;OPOS=18726856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:59:59:46:47:0.443396:25:21:37:22:26:21:37:22 chr19 18775077 . C T 876.64 PASS AF=0.407563;AO=97;DP=238;FAO=97;FDP=238;FR=.;FRO=141;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=82;FSRR=59;FWDB=0.0144929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.153;QD=14.7334;RBI=0.0207051;REFB=-0.0124739;REVB=0.014787;RO=137;SAF=53;SAR=44;SRF=78;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024314;STB=0.521094;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0165335;OID=.;OPOS=18775077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:137:141:97:97:0.407563:44:53:78:59:44:53:82:59 chr19 18779121 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0153897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8538;QD=15.3784;RBI=0.0194876;REFB=-0.0168116;REVB=-0.0119551;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0170824;OID=.;OPOS=18779121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:7:7:6:6:7:7 chr19 18966767 . C T 301.78 PASS AF=0.35;AO=35;DP=100;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0119448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.016;QD=12.0713;RBI=0.0129235;REFB=0.000223013;REVB=0.00493332;RO=64;SAF=7;SAR=28;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410133;STB=0.73528;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000476266;OID=.;OPOS=18966767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:64:65:35:35:0.35:28:7:34:30:28:7:34:31 chr19 18977937 . G C 481.24 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0125871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.027;QD=15.9088;RBI=0.0160682;REFB=-0.0144239;REVB=0.0099876;RO=68;SAF=27;SAR=26;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645278;STB=0.536069;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.02405;OID=.;OPOS=18977937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:68:68:53:53:0.438017:26:27:39:29:26:27:39:29 chr19 19017796 . G A 248.28 PASS AF=0.375;AO=29;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0145394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.411;QD=12.4138;RBI=0.0700312;REFB=-0.0230181;REVB=0.0685053;RO=51;SAF=18;SAR=11;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150105;STB=0.51308;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0326807;OID=.;OPOS=19017796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:50:29:30:0.375:11:18:31:20:12:18:31:19 chr19 19017862 . G A 525.59 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0121768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3228;QD=21.6736;RBI=0.0331576;REFB=-0.0100964;REVB=0.0308408;RO=47;SAF=28;SAR=22;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012905;STB=0.507122;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00867812;OID=.;OPOS=19017862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:22:28:27:20:22:28:27:20 chr19 19033089 . G A 251.27 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=8;FWDB=-0.0202731;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.54;QD=14.3581;RBI=0.0242906;REFB=-0.00803177;REVB=-0.0133803;RO=41;SAF=18;SAR=11;SRF=33;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216106;STB=0.621188;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0131027;OID=.;OPOS=19033089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:11:18:33:8:11:18:33:8 chr19 19035428 . G T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0206044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.785;QD=7.83717;RBI=0.0206053;REFB=-0.00521628;REVB=0.00019226;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354434;STB=0.522323;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.012179;OID=.;OPOS=19035428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:2:5:11:5:2:5:11:5 chr19 19040312 . G C 92.45 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.122511;FXX=0.0999001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3544;QD=41.0872;RBI=0.123796;REFB=0;REVB=-0.0177949;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0101376;OID=.;OPOS=19040312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr19 19136378 . C T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0135271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.53;QD=14.6505;RBI=0.031948;REFB=0.000846254;REVB=-0.028943;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498307;STB=0.52843;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00155265;OID=.;OPOS=19136378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:10:13:16:15:10:13:16:15 chr19 19136541 . C T 746.95 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0149;QD=63.57;RBI=0.0154738;REFB=0;REVB=0.00695663;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39259e-05;OID=.;OPOS=19136541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr19 19168474 . C T 86.6 PASS AF=0.215385;AO=14;DP=65;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.0162596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.278;QD=5.32894;RBI=0.0216197;REFB=-0.0106748;REVB=0.0142491;RO=51;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883944;STB=0.55548;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.027283;OID=.;OPOS=19168474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:65:65:51:51:14:14:0.215385:9:5:15:36:9:5:15:36 chr19 19212591 . G A 121.03 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0225339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.429;QD=6.91605;RBI=0.0260392;REFB=-0.00224766;REVB=0.0130486;RO=52;SAF=13;SAR=5;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171429;STB=0.605611;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00564996;OID=.;OPOS=19212591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:52:52:18:18:0.257143:5:13:31:21:5:13:31:21 chr19 19230868 . A G 1862.9 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.801;QD=61.0787;RBI=0.0337327;REFB=0;REVB=0.0300505;RO=2;SAF=63;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166593;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01316e-05;OID=.;OPOS=19230868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:2:0:119:122:1:56:63:0:2:59:63:0:0 chr19 19243175 . C T 343.05 PASS AF=0.756757;AO=28;DP=37;FAO=28;FDP=37;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00601269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.043;QD=37.0868;RBI=0.0247356;REFB=-0.0430135;REVB=0.0239937;RO=9;SAF=14;SAR=14;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248379;STB=0.513504;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0123347;OID=.;OPOS=19243175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:9:9:28:28:0.756757:14:14:4:5:14:14:4:5 chr19 19267910 . G A 216.31 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0187003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0784;QD=22.1855;RBI=0.0195618;REFB=-0.0216536;REVB=-0.00574152;RO=18;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110708;STB=0.561985;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0130897;OID=.;OPOS=19267910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:11:10:11:7:11:10:11:7 chr19 19312496 . C G 233.56 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.148;QD=24.5852;RBI=0.0374424;REFB=-0.00474607;REVB=0.0187663;RO=16;SAF=5;SAR=17;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118915;STB=0.565639;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00331215;OID=.;OPOS=19312496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:17:5:2:14:17:5:2:14 chr19 19344692 . C T 538.56 PASS AF=0.548387;AO=49;DP=90;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=34;FWDB=0.0493495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9617;QD=23.1639;RBI=0.0599582;REFB=-0.017944;REVB=-0.034053;RO=41;SAF=25;SAR=24;SRF=8;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261369;STB=0.650818;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0316664;OID=.;OPOS=19344692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:41:42:49:51:0.548387:24:25:8:33:24:27:8:34 chr19 19446936 . G A 1493.74 PASS AF=1;AO=93;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202973;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1508;QD=62.239;RBI=0.0203108;REFB=-0.0747828;REVB=0.000741567;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00439332;OID=.;OPOS=19446936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:97:96:0:0:93:96:1:47:46:0:0:50:46:0:0 chr19 19449686 . G T 1541.03 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169849;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.764;QD=59.8459;RBI=0.0169911;REFB=0;REVB=0.000458546;RO=0;SAF=56;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.70978e-07;OID=.;OPOS=19449686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:47:56:0:0:47:56:0:0 chr19 19467085 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.002;QD=50.4135;RBI=0.0121648;REFB=0;REVB=0.00998967;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69144e-05;OID=.;OPOS=19467085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr19 19467937 . T C 382.57 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0101986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.322;QD=52.7685;RBI=0.0276461;REFB=0.0280293;REVB=0.0256961;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344547;STB=0.518505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00567393;OID=.;OPOS=19467937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:15:13:1:0:15:13:1:0 chr19 19468710 . C G 975.28 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0921059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.377;QD=59.1081;RBI=0.0945083;REFB=0;REVB=0.0211738;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200602;OID=.;OPOS=19468710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:66:0:0:60:66:1:34:26:0:0:34:32:0:0 chr19 19468734 . G A 741.9 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00846778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.147;QD=63.1405;RBI=0.00847125;REFB=0;REVB=0.00024252;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18042e-05;OID=.;OPOS=19468734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:20:27:0:0 chr19 19674440 . GC G 62.01 PASS AF=0.214286;AO=21;DP=112;FAO=24;FDP=112;FR=.;FRO=88;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=0.104316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.8161;QD=2.21454;RBI=0.157701;REFB=-0.0263398;REVB=-0.11827;RO=78;SAF=2;SAR=19;SRF=34;SRR=44;SSEN=0.511335;SSEP=0;SSSB=-0.52973;STB=0.859014;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0870963;OID=.;OPOS=19674441;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286:21:112:24:112:88:2:22:38:50:62:78:2:19:34:44 chr19 19681004 . G A 203.46 PASS AF=0.262712;AO=30;DP=117;FAO=31;FDP=118;FR=.;FRO=87;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=-0.0208274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.069;QD=6.89697;RBI=0.0219209;REFB=-0.0146171;REVB=0.00683715;RO=85;SAF=15;SAR=15;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079742;STB=0.566715;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.042879;OID=.;OPOS=19681004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:85:87:30:31:0.262712:15:15:37:48:15:16:37:50 chr19 19735257 . G T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.266;QD=63.2868;RBI=0.0446575;REFB=0;REVB=0.00770191;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00561e-05;OID=.;OPOS=19735257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr19 19758294 . G A 70.74 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.023624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.05;QD=7.25541;RBI=0.0242375;REFB=0.00356027;REVB=0.00541877;RO=29;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218031;STB=0.636097;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00719375;OID=.;OPOS=19758294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:6:4:17:12:6:4:17:12 chr19 19760407 . G A 273.41 PASS AF=0.300813;AO=37;DP=122;FAO=37;FDP=123;FR=.;FRO=86;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=0.000976629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.183;QD=8.89148;RBI=0.0142632;REFB=-0.0105862;REVB=-0.0142297;RO=85;SAF=30;SAR=7;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335432;STB=0.704628;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0126852;OID=.;OPOS=19760407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:85:86:37:37:0.300813:7:30:49:36:7:30:49:37 chr19 19760420 . C A 373.72 PASS AF=0.340741;AO=46;DP=135;FAO=46;FDP=135;FR=.;FRO=89;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=67;FSRR=22;FWDB=-0.0281055;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.851;QD=11.0733;RBI=0.0282767;REFB=-0.0113377;REVB=0.00310698;RO=89;SAF=19;SAR=27;SRF=67;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377271;STB=0.713721;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0226741;OID=.;OPOS=19760420;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:89:89:46:46:0.340741:27:19:67:22:27:19:67:22 chr19 19855654 . C T 286.49 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00472658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.578;QD=24.3822;RBI=0.0188796;REFB=-0.0136284;REVB=-0.0182783;RO=21;SAF=7;SAR=19;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189396;STB=0.605917;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0153859;OID=.;OPOS=19855654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:19:7:10:11:19:7:10:11 chr19 20002439 . G T 92.56 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0216028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.728;QD=9.02997;RBI=0.0231667;REFB=0.0127068;REVB=0.00836748;RO=25;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157864;STB=0.536525;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.0309996;OID=.;OPOS=20002439;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:25:29:12:12:0.292683:6:6:16:9:6:6:16:13 chr19 20003109 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0087356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.863;QD=46.8477;RBI=0.0149118;REFB=0;REVB=0.0120851;RO=0;SAF=13;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434547;OID=.;OPOS=20003109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:2:13:0:0:2:13:0:0 chr19 20044041 . G T 75.28 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0055282;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.835;QD=10.3829;RBI=0.122325;REFB=-0.00849014;REVB=-0.1222;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192793;STB=0.616207;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0136066;OID=.;OPOS=20044041;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:8:11:4:6:8:11 chr19 20044332 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0275943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.224;QD=14.6524;RBI=0.0310285;REFB=-0.0220815;REVB=-0.014189;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207272;STB=0.624573;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.013489;OID=.;OPOS=20044332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:3:2:4:2:3:2 chr19 20117685 . G A 502.23 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00920115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.922;QD=22.0761;RBI=0.00920158;REFB=-0.00731661;REVB=-8.90959e-05;RO=42;SAF=16;SAR=32;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149628;STB=0.578092;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00772927;OID=.;OPOS=20117685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:43:48:48:0.527473:32:16:21:21:32:16:21:22 chr19 20135066 . G T 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0016803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.978;QD=26.3986;RBI=0.0132057;REFB=-0.00197068;REVB=-0.0130984;RO=10;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951104;STB=0.552788;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00216244;OID=.;OPOS=20135066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:8:10:7:3:8:10:7:3 chr19 20150125 . T C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0381456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.502;QD=11.8306;RBI=0.0402111;REFB=-0.0148871;REVB=-0.0127217;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697097;STB=0.541327;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0268832;OID=.;OPOS=20150125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:7:11:6:5:7:11 chr19 20228941 . A G 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0397362;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.612;QD=20.8979;RBI=0.0491117;REFB=-0.00985574;REVB=0.0288616;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749496;STB=0.543368;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00335568;OID=.;OPOS=20228941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:3:5:2:2:3:5:2:2 chr19 20229486 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0152086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.808;QD=13.2052;RBI=0.0315949;REFB=-0.0173689;REVB=0.0276936;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138347;STB=0.583063;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0594186;OID=.;OPOS=20229486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:4:2:3:3:4:2 chr19 20369503 . C G 750.81 PASS AF=0.470238;AO=79;DP=168;FAO=79;FDP=168;FR=.;FRO=89;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=-0.00600297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.89;QD=17.8765;RBI=0.0321638;REFB=0.00670792;REVB=-0.0315987;RO=86;SAF=29;SAR=50;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284198;STB=0.527318;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00894303;OID=.;OPOS=20369503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:86:89:79:79:0.470238:50:29:34:52:50:29:37:52 chr19 20727463 . T C 265.44 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.04696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.063;QD=27.2244;RBI=0.0472875;REFB=0.00557509;REVB=0.00555563;RO=15;SAF=16;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100145;STB=0.555508;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.00281104;OID=.;OPOS=20727463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:8:16:8:7:8:16:8:7 chr19 20727932 . G A 62.24 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.77;QD=35.5662;RBI=0.11837;REFB=0;REVB=0.0105837;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0029214;OID=.;OPOS=20727932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr19 20808149 . A G 609.83 PASS AF=0.560748;AO=60;DP=107;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=1.74497e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.094;QD=22.7974;RBI=0.0546521;REFB=-0.0125616;REVB=0.054652;RO=45;SAF=26;SAR=34;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21527;STB=0.616434;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0152749;OID=.;OPOS=20808149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:45:47:60:60:0.560748:34:26:32:13:34:26:33:14 chr19 21299774 . T TATA 315.91 PASS AF=0.892857;AO=24;DP=29;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00435195;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=238.757;QD=45.1302;RBI=0.015218;REFB=-0.0711996;REVB=-0.0145825;RO=4;SAF=14;SAR=10;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455365;STB=0.548349;STBP=0.185;TYPE=ins;VARB=0.00111064;OID=.;OPOS=21299775;OREF=-;OALT=ATA;OMAPALT=TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.892857:24:29:25:28:3:14:11:3:0:13:4:14:10:3:1 chr19 21300462 . A G 512.41 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0104683;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.077;QD=55.3953;RBI=0.0105338;REFB=0.0469619;REVB=-0.00117284;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.514278;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.0011271;OID=.;OPOS=21300462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:35:36:0.972973:16:19:0:0:17:19:0:1 chr19 21477431 . T C 1463.44 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0245874;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.243;QD=60.9765;RBI=0.031052;REFB=-0.0614269;REVB=0.0189655;RO=0;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512192;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00015531;OID=.;OPOS=21477431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:0:2:94:94:0.979167:54:40:0:0:54:40:2:0 chr19 21492062 . G A 442.43 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0202332;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.113;QD=55.3036;RBI=0.0394379;REFB=-0.096993;REVB=0.0338522;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515142;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00275604;OID=.;OPOS=21492062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:33:32:0:1:31:31:0.96875:16:15:0:0:16:15:0:1 chr19 21544571 . G A 1487.48 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277262;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.506;QD=62.6307;RBI=0.041406;REFB=0;REVB=0.0307524;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234726;OID=.;OPOS=21544571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:95:0:0:90:95:1:50:40:0:0:52:43:0:0 chr19 21606429 . G T 598.24 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.593;QD=59.8235;RBI=0.0319037;REFB=0;REVB=0.0283564;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05645e-05;OID=.;OPOS=21606429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:19:21:0:0 chr19 21609743 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.03;QD=51.9167;RBI=0.0107335;REFB=0;REVB=0.000222271;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.06588e-05;OID=.;OPOS=21609743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr19 21688602 . C G 734.1 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00211404;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.629;QD=59.9266;RBI=0.0278153;REFB=0.0695597;REVB=0.0277348;RO=1;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171015;STB=0.508768;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-2.47346e-05;OID=.;OPOS=21688602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:27:20:0:1:28:20:0:1 chr19 21719401 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265345;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.259;QD=55.0987;RBI=0.026604;REFB=0;REVB=0.00192196;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80364e-05;OID=.;OPOS=21719401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr19 22115982 . A G 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.077646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3754;QD=47.8177;RBI=0.0797536;REFB=0;REVB=0.0182138;RO=0;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00415327;OID=.;OPOS=22115982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:15:1:0:0:15:1:0:0 chr19 22154711 . G C 59.47 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00851428;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6525;QD=5.28645;RBI=0.0120757;REFB=-0.00936049;REVB=0.0085633;RO=35;SAF=5;SAR=4;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128571;STB=0.568381;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0418665;OID=.;OPOS=22154711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:35:36:9:9:0.2:4:5:23:12:4:5:23:13 chr19 22156585 . G T 188.63 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1225;QD=47.1579;RBI=0.0891205;REFB=0;REVB=0.059299;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224741;OID=.;OPOS=22156585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr19 22375868 . C T 1471.01 PASS AF=0.990291;AO=94;DP=95;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0355204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4768;QD=57.1267;RBI=0.0358044;REFB=-0.034813;REVB=-0.00450112;RO=1;SAF=55;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854356;STB=0.504131;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00492674;OID=.;OPOS=22375868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:103:1:1:94:102:0.990291:39:55:1:0:42:60:1:0 chr19 22498943 . T C 45.54 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.011849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.035;QD=26.0246;RBI=0.0525692;REFB=-0.038132;REVB=-0.0512165;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0107831;OID=.;OPOS=22498943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:1:0:2:4:1:0 chr19 22604979 . C T 140.54 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.059776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9743;QD=13.0733;RBI=0.0646128;REFB=-0.0077143;REVB=-0.0245284;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139475;STB=0.581296;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00858904;OID=.;OPOS=22604979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:8:8:17:10:8:8:17:10 chr19 23328940 . G A 671.88 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0145626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.787;QD=52.6961;RBI=0.0275624;REFB=-0.0548863;REVB=0.0234012;RO=2;SAF=24;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0007528;STB=0.5004;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00203788;OID=.;OPOS=23328940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:25:24:1:1:25:24:1:1 chr19 23405457 . T G 55.72 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.213855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.4872;QD=24.7664;RBI=0.242607;REFB=-0.141709;REVB=0.114561;RO=2;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223089;STB=0.631145;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0750844;OID=.;OPOS=23405457;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:9:9:2:2:7:7:0.777778:6:1:1:1:6:1:1:1 chr19 23406165 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.965;QD=43.486;RBI=0.124633;REFB=0;REVB=0.123996;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000709349;OID=.;OPOS=23406165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr19 23406801 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.38;QD=51.9167;RBI=0.0449657;REFB=0;REVB=-0.00278049;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167891;OID=.;OPOS=23406801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr19 23542697 . G C 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00969504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.063;QD=28.1411;RBI=0.0296302;REFB=0.0144841;REVB=0.0279991;RO=7;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110844;STB=0.561719;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00318413;OID=.;OPOS=23542697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:10:6:4:3:10:6:4:3 chr19 23545250 . A G 379.62 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00506421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.15;QD=16.6864;RBI=0.0069243;REFB=-0.00313249;REVB=0.00472226;RO=49;SAF=23;SAR=17;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182552;STB=0.601585;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0059785;OID=.;OPOS=23545250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:51:40:40:0.43956:17:23:19:30:17:23:20:31 chr19 23837365 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1742;QD=53.2765;RBI=0.0316052;REFB=0;REVB=-0.0269826;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00120411;OID=.;OPOS=23837365;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr19 23869823 . T G 224.78 PASS AF=0.55;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.041239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3647;QD=22.4783;RBI=0.0676026;REFB=-0.0119959;REVB=0.0535673;RO=18;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723453;STB=0.529927;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.015045;OID=.;OPOS=23869823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:18:21:22:0.55:11:10:7:11:12:10:7:11 chr19 23927468 . A G 934.86 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.969;QD=58.4288;RBI=0.020356;REFB=0;REVB=0.0184077;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50356e-05;OID=.;OPOS=23927468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:62:64:1:37:25:0:0:38:26:0:0 chr19 24010928 . A AAG,AG,G 236.85 PASS AF=0.333333,0.444444,0;AO=4,8,7;DP=33;FAO=9,12,0;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=4,6,0;FSAR=5,6,0;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0196786,-0.0207252,-0.0286249;FXX=0.0999667;HRUN=20,0,20;LEN=2,1,1;MLLD=213.406,215.368,180.363;QD=35.0896;RBI=0.0246458,0.025455,0.0352913;REFB=0.0167652,0.0160532,-0.16031;REVB=-0.014838,-0.0147791,-0.0206421;RO=11;SAF=3,4,4;SAR=1,4,3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.241825,-0.043798,0.0263346;STB=0.545355,0.555464,0.5;STBP=0.729,0.523,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.0145581,0.00129562,-0.0125498;OID=.,.,.;OPOS=24010929,24010929,24010928;OREF=-,-,A;OALT=AG,G,G;OMAPALT=AAG,AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:33:27:11:6:4,8,7:9,12,0:0.333333,0.444444,0:1,4,3:3,4,4:6:5:5,6,0:4,6,0:2:4 chr19 24182688 . C T 35.26 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0112562;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.941;QD=4.54982;RBI=0.0122358;REFB=-0.000919671;REVB=0.00479738;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148935;STB=0.580384;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0333469;OID=.;OPOS=24182688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:32:31:24:25:6:6:0.193548:3:3:9:15:3:3:10:15 chr19 24184261 . C T 872.02 PASS AF=0.567376;AO=80;DP=141;FAO=80;FDP=141;FR=.;FRO=61;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0178203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.191;QD=24.7381;RBI=0.0441539;REFB=0.00144393;REVB=0.0403981;RO=61;SAF=41;SAR=39;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356777;STB=0.519441;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.000955551;OID=.;OPOS=24184261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:61:61:80:80:0.567376:39:41:34:27:39:41:34:27 chr19 29724086 . A C 727.13 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7438;QD=63.2289;RBI=0.0194034;REFB=0;REVB=-0.0104499;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229174;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135144;OID=.;OPOS=29724086;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:1:0:45:46:1:25:20:1:0:25:21:0:0 chr19 29724111 . T G 785.04 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.177482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7452;QD=57.0939;RBI=0.18071;REFB=0;REVB=-0.0340035;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169785;OID=.;OPOS=29724111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr19 30097268 . C G 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0294575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.055;QD=41.8679;RBI=0.0368986;REFB=0.00519001;REVB=-0.0222208;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519974;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.000407737;OID=.;OPOS=30097268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:15:15:0.9375:3:12:0:0:3:12:1:0 chr19 30101339 . G A 313.01 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0181917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7112;QD=19.5633;RBI=0.0763413;REFB=-0.0344067;REVB=0.0741422;RO=31;SAF=13;SAR=20;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518951;STB=0.528876;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0340202;OID=.;OPOS=30101339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:20:13:14:17:20:13:14:17 chr19 30102856 . A G 1190.4 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.431;QD=61.0464;RBI=0.0238929;REFB=0;REVB=-0.017204;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51611e-06;OID=.;OPOS=30102856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:36:42:0:0:36:42:0:0 chr19 30156599 . G GC 213.54 PASS AF=1;AO=3;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.080343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=10.5218;QD=30.5063;RBI=0.186322;REFB=0;REVB=0.16811;RO=23;SAF=3;SAR=0;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.5877;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0130586;OID=.;OPOS=30156600;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:28:28:28:0:15:13:0:0:5:23:3:0:11:12 chr19 30156601 . G C 283.33 PASS AF=0.857143;AO=22;DP=28;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0418521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5126;QD=40.4758;RBI=0.0463263;REFB=-0.0397101;REVB=0.0198627;RO=5;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116928;STB=0.535685;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0473245;OID=.;OPOS=30156601;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:28:28:5:4:22:24:0.857143:12:10:4:1:12:12:3:1 chr19 30165639 . C T 379.86 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0475327;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=174.436;QD=46.0442;RBI=0.0486943;REFB=-0.0078003;REVB=0.0105727;RO=3;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111288;STB=0.546605;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000178697;OID=.;OPOS=30165639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:33:3:4:29:29:0.878788:11:18:0:3:11:18:1:3 chr19 30193721 . G A 825.22 PASS AF=0.553957;AO=77;DP=139;FAO=77;FDP=139;FR=.;FRO=62;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.0284855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.891;QD=23.7474;RBI=0.0290341;REFB=-0.0254459;REVB=-0.00561768;RO=62;SAF=40;SAR=37;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900242;STB=0.549114;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.025144;OID=.;OPOS=30193721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:62:62:77:77:0.553957:37:40:39:23:37:40:39:23 chr19 30500118 . GTGATGATGATGATGATGATGATGAT GTGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC 1353.48 PASS AF=0.322917,0.65625,0.0208333;AO=29,56,4;DP=99;FAO=31,63,2;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=13,36,1;FSAR=18,27,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000524337,0.00528788,0.00528425;FXX=0.0495;HRUN=1,1,1;LEN=6,3,1;MLLD=127.724,117.892,111.89;QD=56.3948;RBI=0.0202858,0.0613292,0.0138018;REFB=0,0,0;REVB=0.0202791,0.0611008,-0.0127501;RO=0;SAF=11,30,3;SAR=18,26,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.29784e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0424794,-0.00149274,-0.0380785;OID=.,.,.;OPOS=30500119,30500119,30500143;OREF=TGATGA,TGA,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=GTGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.322917,0.65625,0.0208333:29,56,4:99:31,63,2:96:0:13,36,1:18,27,1:0:0:99:0:11,30,3:18,26,1:0:0 chr19 30935690 . C T 35.64 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0315979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.579;QD=5.94021;RBI=0.0332748;REFB=0.00014383;REVB=-0.0104299;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000238525;OID=.;OPOS=30935690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:3:3:9:9:3:3:9:9 chr19 31039631 . C T 120.31 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=25;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0247394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2417;QD=18.5091;RBI=0.0383773;REFB=0.0138111;REVB=0.0293389;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131312;STB=0.568865;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00269317;OID=.;OPOS=31039631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:11:12:13:14:0.538462:5:8:5:6:5:9:6:6 chr19 31768416 . A G 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0150822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.408;QD=9.91648;RBI=0.026066;REFB=-0.0181614;REVB=-0.0212595;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126056;STB=0.575601;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.028502;OID=.;OPOS=31768416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:3:6:13:4:3:6:13:4 chr19 31769763 . G A 169.77 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=76;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00258497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.596;QD=8.81945;RBI=0.0103881;REFB=0.00104145;REVB=0.0100613;RO=52;SAF=14;SAR=9;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106816;STB=0.577252;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00242424;OID=.;OPOS=31769763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:52:54:23:23:0.298701:9:14:27:25:9:14:27:27 chr19 31770009 . C T 309.5 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0102882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.151;QD=16.0778;RBI=0.0247889;REFB=-0.00851828;REVB=0.0225531;RO=42;SAF=20;SAR=14;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408123;STB=0.530403;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0101052;OID=.;OPOS=31770009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:42:43:34:34:0.441558:14:20:23:19:14:20:23:20 chr19 31770507 . G A 265.1 PASS AF=0.274074;AO=37;DP=135;FAO=37;FDP=135;FR=.;FRO=98;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=57;FSRR=41;FWDB=0.00802225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.004;QD=7.85489;RBI=0.00881141;REFB=0.00111525;REVB=-0.00364479;RO=98;SAF=18;SAR=19;SRF=57;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116222;STB=0.568826;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.00236786;OID=.;OPOS=31770507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:98:98:37:37:0.274074:19:18:57:41:19:18:57:41 chr19 31770511 . G A 248.75 PASS AF=0.266667;AO=35;DP=135;FAO=36;FDP=135;FR=.;FRO=99;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=55;FSRR=44;FWDB=0.0449209;FXX=0.0073524;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.513;QD=7.3704;RBI=0.0460631;REFB=-0.00626365;REVB=0.0101942;RO=99;SAF=16;SAR=19;SRF=55;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121005;STB=0.560852;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0266825;OID=.;OPOS=31770511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:99:99:35:36:0.266667:19:16:55:44:19:17:55:44 chr19 32083696 . T C 2115.64 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.369;QD=62.6857;RBI=0.0317857;REFB=0;REVB=0.029505;RO=0;SAF=86;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119362;OID=.;OPOS=32083696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:135:0:0:133:135:1:47:86:0:0:49:86:0:0 chr19 32843945 . G A 83.45 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0169068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.645;QD=6.29788;RBI=0.016931;REFB=-0.000363726;REVB=-0.000904842;RO=40;SAF=11;SAR=1;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.569975;STB=0.868838;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0006862;OID=.;OPOS=32843945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:40:41:12:12:0.226415:1:11:21:19:1:11:22:19 chr19 32873698 . A G 584.05 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00502359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.584;QD=59.9022;RBI=0.0285655;REFB=0;REVB=0.0281203;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74984e-05;OID=.;OPOS=32873698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:17:21:0:0:17:22:0:0 chr19 32930069 . G A 805.04 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00834696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0649;QD=64.4034;RBI=0.0108975;REFB=0;REVB=0.00700598;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55661e-05;OID=.;OPOS=32930069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr19 33088126 . TAG T 685.9 PASS AF=1;AO=41;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272901;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=2;MLLD=162.613;QD=62.3549;RBI=0.0468755;REFB=0;REVB=0.0467959;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000172114;OID=.;OPOS=33088127;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:44:44:44:0:22:22:0:0:4:0:21:20:0:0 chr19 33095258 . C T 102.68 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0134818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.968;QD=7.08106;RBI=0.0143129;REFB=-0.00760968;REVB=-0.00480605;RO=43;SAF=8;SAR=7;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030153;STB=0.518494;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0159335;OID=.;OPOS=33095258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:43:43:15:15:0.258621:7:8:24:19:7:8:24:19 chr19 33110204 . T C 222.92 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00456033;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.516;QD=16.5128;RBI=0.0361799;REFB=-0.00260436;REVB=0.0358913;RO=30;SAF=8;SAR=17;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332175;STB=0.679856;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00664179;OID=.;OPOS=33110204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:30:29:25:25:0.462963:17:8:20:10:17:8:19:10 chr19 33117666 . T C 429.59 PASS AF=0.505882;AO=42;DP=84;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00786846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.076;QD=20.2158;RBI=0.0124148;REFB=-0.0205739;REVB=0.00960289;RO=42;SAF=21;SAR=21;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021448;STB=0.506021;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0197838;OID=.;OPOS=33117666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:42:42:42:43:0.505882:21:21:22:20:21:22:22:20 chr19 33167879 . G A 79.39 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0166905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.63;QD=15.8789;RBI=0.0296177;REFB=-0.0287854;REVB=0.024467;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253163;STB=0.646773;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0577832;OID=.;OPOS=33167879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:7:3:6:4:7:3 chr19 33168383 . T G 447.35 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=-0.0112695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.766;QD=20.807;RBI=0.0286086;REFB=-0.0161253;REVB=0.0262954;RO=41;SAF=14;SAR=30;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512843;STB=0.532405;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0214514;OID=.;OPOS=33168383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:41:42:44:44:0.511628:30:14:11:30:30:14:11:31 chr19 33168412 . C T 387.81 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00558634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.656;QD=18.4671;RBI=0.0098194;REFB=-0.0238862;REVB=-0.00807548;RO=43;SAF=14;SAR=26;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455618;STB=0.520661;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0255316;OID=.;OPOS=33168412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:44:40:40:0.47619:26:14:17:26:26:14:17:27 chr19 33168605 . G A 640.5 PASS AF=0.581633;AO=57;DP=98;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0336301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.861;QD=26.1427;RBI=0.0336837;REFB=-0.0369387;REVB=0.00189975;RO=41;SAF=30;SAR=27;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643743;STB=0.535123;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0285431;OID=.;OPOS=33168605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:41:41:57:57:0.581633:27:30:25:16:27:30:25:16 chr19 33168641 . C T 623.61 PASS AF=0.571429;AO=56;DP=98;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0129305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.513;QD=25.4534;RBI=0.0132958;REFB=-0.0223212;REVB=-0.00309497;RO=42;SAF=28;SAR=28;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130808;STB=0.571404;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0173691;OID=.;OPOS=33168641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:42:42:56:56:0.571429:28:28:28:14:28:28:28:14 chr19 33169003 . A C 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00150677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.04;QD=13.334;RBI=0.039397;REFB=-0.00762785;REVB=0.0393682;RO=37;SAF=11;SAR=15;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937251;STB=0.554189;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00905983;OID=.;OPOS=33169003;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:39:26:26:0.4:15:11:19:18:15:11:20:19 chr19 33169097 . G T 350.4 PASS AF=0.457831;AO=37;DP=82;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00360193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.9;QD=16.8868;RBI=0.0358151;REFB=-0.0146401;REVB=-0.0356335;RO=45;SAF=13;SAR=24;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739808;STB=0.530815;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0212321;OID=.;OPOS=33169097;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:45:45:37:38:0.457831:24:13:19:26:24:14:19:26 chr19 33239450 . C G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.929;QD=62.0217;RBI=0.0366807;REFB=0;REVB=0.00777794;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.29702e-05;OID=.;OPOS=33239450;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr19 33246948 . A G 487.51 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0177563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6495;QD=21.667;RBI=0.0246772;REFB=-0.00479035;REVB=0.017137;RO=41;SAF=21;SAR=26;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698726;STB=0.53637;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00491999;OID=.;OPOS=33246948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:43:47:47:0.522222:26:21:15:26:26:21:16:27 chr19 33281924 . A G 1803.92 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5798;QD=61.1497;RBI=0.0515611;REFB=0;REVB=-0.0295521;RO=0;SAF=71;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35232e-05;OID=.;OPOS=33281924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:47:71:0:0:47:71:0:0 chr19 33293687 . G A 214.03 PASS AF=0.27193;AO=31;DP=114;FAO=31;FDP=114;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.0270912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.96;QD=7.50995;RBI=0.0282762;REFB=-0.00726717;REVB=0.00810005;RO=81;SAF=21;SAR=10;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21534;STB=0.629544;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0243567;OID=.;OPOS=33293687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:81:83:31:31:0.27193:10:21:41:40:10:21:42:41 chr19 33333155 . G A 1015.24 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0155038;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.062;QD=58.0138;RBI=0.015508;REFB=-0.0401723;REVB=0.000362714;RO=1;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145434;STB=0.50769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-3.42533e-05;OID=.;OPOS=33333155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:70:1:1:69:69:0.985714:32:37:0:1:32:37:0:1 chr19 33353041 . G A 647.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00692166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.177;QD=61.6431;RBI=0.0254485;REFB=0;REVB=0.0244891;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81178e-05;OID=.;OPOS=33353041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:26:15:0:0:26:16:0:0 chr19 33353061 . G T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.239;QD=62.9826;RBI=0.0457426;REFB=0;REVB=0.00278146;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131698;OID=.;OPOS=33353061;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr19 33353464 . G A 1391.25 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0724708;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7893;QD=61.8335;RBI=0.0756936;REFB=-0.0244911;REVB=0.021852;RO=1;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101917;STB=0.505375;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000884431;OID=.;OPOS=33353464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:90:1:1:89:89:0.988889:46:43:0:1:46:43:0:1 chr19 33353854 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306183;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.418;QD=55.0987;RBI=0.0412994;REFB=0;REVB=-0.0277157;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57956e-06;OID=.;OPOS=33353854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr19 33355055 . A G 754.28 PASS AF=1;AO=45;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.825;QD=56.9268;RBI=0.0604807;REFB=0;REVB=0.0573659;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276749;OID=.;OPOS=33355055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:45:53:1:20:25:0:0:28:25:0:0 chr19 33355081 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.634;QD=58.4196;RBI=0.0690765;REFB=0;REVB=0.059186;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213428;OID=.;OPOS=33355081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr19 33390796 . G A 1523.38 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251002;FXX=0.0404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3574;QD=64.1421;RBI=0.0452571;REFB=0;REVB=-0.0376588;RO=0;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88511e-05;OID=.;OPOS=33390796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:42:52:0:0:43:52:0:0 chr19 33430816 . T G 2686.89 PASS AF=1;AO=168;DP=176;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751004;FXX=0.0327851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4956;QD=60.7206;RBI=0.0794549;REFB=0;REVB=0.0259425;RO=0;SAF=78;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00839e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00381556;OID=.;OPOS=33430816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:177:0:0:168:177:1:90:78:0:0:90:87:0:0 chr19 33439187 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0081;QD=55.6558;RBI=0.0370614;REFB=0;REVB=-0.030599;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189652;OID=.;OPOS=33439187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr19 33444556 . T C 380.14 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=49;FWDB=-0.0431128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0287;QD=14.9074;RBI=0.0628161;REFB=0.00101094;REVB=-0.0456853;RO=58;SAF=34;SAR=9;SRF=10;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.592548;STB=0.83263;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0020508;OID=.;OPOS=33444556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:58:59:43:43:0.421569:9:34:10:48:9:34:10:49 chr19 33444576 . C T 316.8 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=49;FWDB=0.0211408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.192;QD=12.9304;RBI=0.0211601;REFB=-0.0221064;REVB=0.00090373;RO=58;SAF=30;SAR=6;SRF=12;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.638603;STB=0.864595;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0142299;OID=.;OPOS=33444576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:62:36:36:0.367347:6:30:12:46:6:30:13:49 chr19 33444588 . T G 239.82 PASS AF=0.306122;AO=30;DP=99;FAO=30;FDP=98;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=53;FWDB=-0.00387338;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.828;QD=9.78853;RBI=0.0209956;REFB=0.00848025;REVB=0.0206352;RO=59;SAF=28;SAR=2;SRF=8;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.800371;STB=0.946844;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0182339;OID=.;OPOS=33444588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:59:68:30:30:0.306122:2:28:8:51:2:28:15:53 chr19 33467515 . T C 318.38 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.00956298;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.075;QD=17.937;RBI=0.0101658;REFB=-0.0145393;REVB=-0.00344857;RO=37;SAF=21;SAR=13;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308563;STB=0.517231;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0197642;OID=.;OPOS=33467515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:37:37:34:34:0.478873:13:21:24:13:13:21:24:13 chr19 33470874 . A G 320.07 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.00243666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.918;QD=16.0036;RBI=0.0085935;REFB=-0.00622645;REVB=0.00824081;RO=42;SAF=21;SAR=14;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686515;STB=0.526301;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00786919;OID=.;OPOS=33470874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:45:35:35:0.4375:14:21:28:14:14:21:29:16 chr19 33487071 . G C,T 353.89 PASS AF=0.322581,0.580645;AO=10,18;DP=31;FAO=10,18;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=2,5;FSAR=8,13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0754507,-0.0147714;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=133.766,62.3531;QD=45.6634;RBI=0.0755037,0.0164514;REFB=0.01589,-0.00422797;REVB=0.00282772,-0.00724271;RO=3;SAF=2,5;SAR=8,13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.244374,-0.118638;STB=0.639689,0.565142;STBP=0.16,0.194;TYPE=snp,snp;VARB=0.0207701,-0.000811419;OID=.,.;OPOS=33487071,33487071;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:78:31:31:3:3:10,18:10,18:0.322581,0.580645:8,13:2,5:2:1:8,13:2,5:2:1 chr19 33490500 . C T 104.6 PASS AF=0.166667;AO=20;DP=120;FAO=20;FDP=120;FR=.;FRO=100;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=62;FWDB=0.0756557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3904;QD=3.48668;RBI=0.0816657;REFB=-0.00835195;REVB=-0.0307491;RO=100;SAF=7;SAR=13;SRF=38;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410224;STB=0.527;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0435989;OID=.;OPOS=33490500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:100:100:20:20:0.166667:13:7:38:62:13:7:38:62 chr19 33490566 . T C 64.97 PASS AF=0.114286;AO=16;DP=140;FAO=16;FDP=140;FR=.;FRO=124;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=75;FWDB=0.00105589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.815;QD=1.85638;RBI=0.0307556;REFB=-0.00342973;REVB=-0.0307375;RO=122;SAF=7;SAR=9;SRF=48;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556646;STB=0.538414;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0279761;OID=.;OPOS=33490566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:140:140:122:124:16:16:0.114286:9:7:48:74:9:7:49:75 chr19 33490585 . G A 189.54 PASS AF=0.222222;AO=30;DP=135;FAO=30;FDP=135;FR=.;FRO=105;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=62;FWDB=-0.0177285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.428;QD=5.61603;RBI=0.031552;REFB=0.00431213;REVB=0.0261003;RO=105;SAF=11;SAR=19;SRF=43;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570226;STB=0.535187;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0250007;OID=.;OPOS=33490585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:105:105:30:30:0.222222:19:11:43:62:19:11:43:62 chr19 33498978 . A G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00982931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.817;QD=57.7116;RBI=0.010492;REFB=0;REVB=0.00366958;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47321e-05;OID=.;OPOS=33498978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr19 33499071 . G A 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0169721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.323;QD=18.0736;RBI=0.0181078;REFB=0.00344031;REVB=0.00631195;RO=31;SAF=15;SAR=15;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732914;STB=0.540956;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.0029432;OID=.;OPOS=33499071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:15:15:18:13:15:15:18:13 chr19 33572089 . G C 166.51 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.0531311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5182;QD=10.4071;RBI=0.165936;REFB=-0.0391263;REVB=0.1572;RO=36;SAF=8;SAR=17;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425428;STB=0.742944;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.143659;OID=.;OPOS=33572089;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:36:38:25:26:0.40625:17:8:27:9:18:8:28:10 chr19 33579128 . T C 245.98 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0416717;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8195;QD=15.1374;RBI=0.0457801;REFB=-0.0054722;REVB=0.0189549;RO=36;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098423;STB=0.561601;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00946497;OID=.;OPOS=33579128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:16:12:12:24:16:12:12:25 chr19 33586739 . G C 275.05 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0044171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0019;QD=15.4955;RBI=0.0230165;REFB=-0.0123151;REVB=-0.0225886;RO=38;SAF=18;SAR=13;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180584;STB=0.587432;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0162637;OID=.;OPOS=33586739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:40:31:31:0.43662:13:18:15:23:13:18:17:23 chr19 33600764 . T C 315.56 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00275956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.836;QD=25.2444;RBI=0.0029758;REFB=-0.0214304;REVB=-0.00111364;RO=22;SAF=15;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135851;STB=0.575231;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.017723;OID=.;OPOS=33600764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:13:15:8:14:13:15:8:14 chr19 33602757 . C T 402.84 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0608482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.784;QD=18.7365;RBI=0.0618769;REFB=-0.0290382;REVB=-0.0112357;RO=45;SAF=22;SAR=19;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390114;STB=0.521729;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0388592;OID=.;OPOS=33602757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:19:22:26:19:19:22:26:19 chr19 33605300 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.442;QD=59.0171;RBI=0.0416455;REFB=0;REVB=0.00269319;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359588;OID=.;OPOS=33605300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr19 33605312 . T C 418.33 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00242202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.448;QD=53.9781;RBI=0.0595488;REFB=-0.0684221;REVB=-0.0594996;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300657;STB=0.516118;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000246715;OID=.;OPOS=33605312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:15:15:0:1:15:15:0:1 chr19 33608733 . C A 235.89 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0234451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.722;QD=18.8708;RBI=0.0236571;REFB=-0.021645;REVB=-0.00316019;RO=26;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139724;STB=0.589395;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0219847;OID=.;OPOS=33608733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:14:9:14:12:14:9:15:12 chr19 33635761 . C T 296.89 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00746299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.593;QD=16.7262;RBI=0.00747938;REFB=-0.0114872;REVB=-0.000494821;RO=37;SAF=13;SAR=20;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154313;STB=0.500447;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0145453;OID=.;OPOS=33635761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:20:13:14:23:20:13:15:23 chr19 33647379 . T C 251.3 PASS AF=0.466667;AO=19;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0344795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.732;QD=22.3378;RBI=0.0381972;REFB=-0.0267718;REVB=0.0164374;RO=19;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578687;STB=0.509082;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0159089;OID=.;OPOS=33647379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:19:21:0.466667:14:5:6:13:14:7:7:13 chr19 33668046 . G A 676.77 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0289871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.943;QD=60.1572;RBI=0.0413524;REFB=-0.026081;REVB=0.0294919;RO=1;SAF=26;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017728;STB=0.50943;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000514368;OID=.;OPOS=33668046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:18:26:1:0:18:26:1:0 chr19 33696708 . T C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0253527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.409;QD=15.839;RBI=0.0314073;REFB=-0.0249878;REVB=-0.0185381;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946669;STB=0.526249;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.019746;OID=.;OPOS=33696708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:6:7:8:8:0.533333:3:5:3:3:3:5:4:3 chr19 33697380 . C T 312.88 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=11;FWDB=-0.00713216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.399;QD=14.3854;RBI=0.012326;REFB=-0.0191224;REVB=-0.0100529;RO=52;SAF=28;SAR=7;SRF=41;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186995;STB=0.510632;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0288008;OID=.;OPOS=33697380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:52:35:35:0.402299:7:28:41:11:7:28:41:11 chr19 33698291 . T C 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0454334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7518;QD=11.5972;RBI=0.0461915;REFB=-0.0132723;REVB=-0.00833437;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11507;STB=0.568413;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0196724;OID=.;OPOS=33698291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:7:5:11:10:7:5:11:10 chr19 33698448 . G A 200.13 PASS AF=0.433962;AO=21;DP=52;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0129026;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6042;QD=15.1043;RBI=0.123233;REFB=-0.0208082;REVB=0.122555;RO=30;SAF=14;SAR=7;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144581;STB=0.54388;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0293607;OID=.;OPOS=33698448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:30:30:21:23:0.433962:7:14:16:14:9:14:16:14 chr19 33706718 . C T 485.52 PASS AF=0.36875;AO=59;DP=160;FAO=59;FDP=160;FR=.;FRO=101;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=0.0103164;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.47;QD=12.1381;RBI=0.0185442;REFB=-0.0102847;REVB=0.0154096;RO=100;SAF=30;SAR=29;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127654;STB=0.510278;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0169839;OID=.;OPOS=33706718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:100:101:59:59:0.36875:29:30:52:48:29:30:53:48 chr19 33878837 . G A 615.95 PASS AF=0.457143;AO=61;DP=138;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.0914665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1562;QD=17.5987;RBI=0.101265;REFB=0.00938248;REVB=0.043456;RO=76;SAF=35;SAR=26;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478458;STB=0.519849;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00840762;OID=.;OPOS=33878837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:76:76:61:64:0.457143:26:35:40:36:28:36:40:36 chr19 33892709 . G A 277.02 PASS AF=0.336735;AO=33;DP=98;FAO=33;FDP=98;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.00195098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.14;QD=11.3068;RBI=0.0290514;REFB=-0.0160802;REVB=-0.0289859;RO=65;SAF=21;SAR=12;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985439;STB=0.557246;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0271612;OID=.;OPOS=33892709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:65:65:33:33:0.336735:12:21:36:29:12:21:36:29 chr19 34583921 . G A 192.38 PASS AF=0.270833;AO=26;DP=94;FAO=26;FDP=96;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.00732473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.536;QD=8.01595;RBI=0.013182;REFB=0.00127321;REVB=-0.0109596;RO=68;SAF=9;SAR=17;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2243;STB=0.644243;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00533526;OID=.;OPOS=34583921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:68:70:26:26:0.270833:17:9:36:32:17:9:38:32 chr19 34718305 . G T 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00253595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.653;QD=9.26732;RBI=0.0653786;REFB=-0.0116853;REVB=-0.0653294;RO=45;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196006;STB=0.607494;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0126975;OID=.;OPOS=34718305;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:46:21:21:0.313433:9:12:18:27:9:12:19:27 chr19 34842488 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.094;QD=57.7121;RBI=0.0174624;REFB=0;REVB=-0.00679295;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.61369e-05;OID=.;OPOS=34842488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr19 34843761 . C A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479028;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.19;QD=39.2068;RBI=0.0613444;REFB=0;REVB=0.0383206;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378474;OID=.;OPOS=34843761;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr19 34868642 . A G 486.88 PASS AF=0.569767;AO=40;DP=79;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0308909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.082;QD=22.6454;RBI=0.0320472;REFB=-0.0253209;REVB=-0.00853067;RO=37;SAF=18;SAR=22;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786474;STB=0.513059;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0216735;OID=.;OPOS=34868642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:86:37:37:40:49:0.569767:22:18:20:17:24:25:20:17 chr19 34869880 . G A 175.77 PASS AF=0.372881;AO=21;DP=58;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.022419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.398;QD=11.9169;RBI=0.0241543;REFB=-0.0153077;REVB=0.00898983;RO=37;SAF=17;SAR=4;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294616;STB=0.681089;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0195516;OID=.;OPOS=34869880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:37:37:21:22:0.372881:4:17:22:15:4:18:22:15 chr19 34949765 . G T 88.2 PASS AF=0.194805;AO=15;DP=77;FAO=15;FDP=77;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.00912273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3791;QD=4.58192;RBI=0.0385974;REFB=-0.0115945;REVB=-0.0375038;RO=61;SAF=9;SAR=6;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273492;STB=0.678169;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0388161;OID=.;OPOS=34949765;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:77:77:61:62:15:15:0.194805:6:9:23:38:6:9:23:39 chr19 34959979 . A G 205.48 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0107893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.654;QD=16.4386;RBI=0.0161994;REFB=-0.0247312;REVB=0.0120835;RO=29;SAF=14;SAR=7;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882352;STB=0.550675;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0295262;OID=.;OPOS=34959979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:7:14:17:12:7:14:17:12 chr19 34972146 . G C 144.75 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0809532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0853;QD=15.6488;RBI=0.0927566;REFB=0.0115158;REVB=0.045281;RO=21;SAF=3;SAR=13;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198346;STB=0.615953;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00896757;OID=.;OPOS=34972146;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:13:3:7:14:13:3:7:14 chr19 35175208 . A G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0566875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6592;QD=12.8607;RBI=0.0929742;REFB=-0.0200693;REVB=0.0736935;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402505;STB=0.740074;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0369211;OID=.;OPOS=35175208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:2:5:2:6:2:5:2:6 chr19 35175775 . C T 544.2 PASS AF=0.542553;AO=50;DP=93;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00376359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7254;QD=23.1572;RBI=0.0262544;REFB=-0.045375;REVB=0.0259832;RO=43;SAF=23;SAR=27;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823821;STB=0.539984;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0511146;OID=.;OPOS=35175775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:43:43:50:51:0.542553:27:23:24:19:27:24:24:19 chr19 35232568 . A G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.136198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1683;QD=18.4434;RBI=0.140022;REFB=0.0018793;REVB=0.0324994;RO=9;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270831;STB=0.658211;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00589581;OID=.;OPOS=35232568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:9:2:4:5:9:2:4:5 chr19 35250304 . G A 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00581852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.874;QD=12.083;RBI=0.0174409;REFB=-0.0033774;REVB=-0.0164417;RO=35;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928427;STB=0.553795;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00474165;OID=.;OPOS=35250304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:9:12:17:18:9:12:17:18 chr19 35270362 . G C 769.32 PASS AF=0.544776;AO=72;DP=135;FAO=73;FDP=134;FR=.;FRO=61;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.00426804;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7499;QD=22.9647;RBI=0.00579317;REFB=-0.00392801;REVB=0.00391723;RO=61;SAF=46;SAR=26;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195258;STB=0.608829;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0033106;OID=.;OPOS=35270362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:61:61:72:73:0.544776:26:46:25:36:26:47:25:36 chr19 35434238 . A G 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.771;QD=60.0309;RBI=0.0175958;REFB=0;REVB=0.0118684;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39314e-05;OID=.;OPOS=35434238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr19 35434512 . T C 1010.14 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00879722;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.666;QD=59.42;RBI=0.00882833;REFB=0;REVB=0.000740466;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83975e-05;OID=.;OPOS=35434512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:26:42:0:0:26:42:0:0 chr19 35435006 . G A 447.36 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.391;QD=57.7233;RBI=0.0225505;REFB=0;REVB=-0.0172008;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.8537e-07;OID=.;OPOS=35435006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:12:18:0:0:12:19:0:0 chr19 35435069 . A G 515.72 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0290593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.544;QD=54.2864;RBI=0.0371867;REFB=-0.172872;REVB=0.0232036;RO=2;SAF=20;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445303;STB=0.523796;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00251078;OID=.;OPOS=35435069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:38:38:2:2:36:36:0.947368:16:20:2:0:16:20:2:0 chr19 35435589 . C T 493.78 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107273;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6242;QD=56.4323;RBI=0.0358128;REFB=-0.0964187;REVB=-0.0341684;RO=1;SAF=16;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283217;STB=0.515143;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00235955;OID=.;OPOS=35435589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:1:1:34:34:0.971429:18:16:1:0:18:16:1:0 chr19 35449082 . G A 2798.83 PASS AF=1;AO=178;DP=180;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211625;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6755;QD=62.895;RBI=0.0332174;REFB=0;REVB=0.0256037;RO=0;SAF=97;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.37985e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373407;OID=.;OPOS=35449082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:178:0:0:178:178:1:81:97:0:0:81:97:0:0 chr19 35450229 . C G,T 808.24 PASS AF=0.0491803,0.918033;AO=3,56;DP=61;FAO=3,56;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=0,31;FSAR=3,25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.031047,0.00928313;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.0246,275.139;QD=52.9995;RBI=0.0586948,0.0139446;REFB=-0.0131105,-0.0151471;REVB=-0.0498112,-0.0104055;RO=1;SAF=0,31;SAR=3,25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.727144,-0.0149682;STB=0.994603,0.501867;STBP=0.202,0.886;TYPE=snp,snp;VARB=0.155494,0.000544392;OID=.,.;OPOS=35450229,35450229;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:61:61:1:2:3,56:3,56:0.0491803,0.918033:3,25:0,31:1:0:3,25:0,31:1:1 chr19 35577870 . G A 311.79 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00343486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3077;QD=16.6289;RBI=0.00345061;REFB=-0.00799997;REVB=0.000329369;RO=41;SAF=15;SAR=19;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209135;STB=0.617102;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0131531;OID=.;OPOS=35577870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:19:15:27:14:19:15:27:14 chr19 35590180 . T A 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0130063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.677;QD=22.5829;RBI=0.0133682;REFB=-0.0231026;REVB=0.00308924;RO=23;SAF=18;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296056;STB=0.657019;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0244471;OID=.;OPOS=35590180;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:24:26:26:0.52:8:18:8:15:8:18:9:15 chr19 35597352 . T C 241.84 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00975533;FXX=0.142789;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.832;QD=53.7431;RBI=0.0607152;REFB=0;REVB=0.0599263;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102271;OID=.;OPOS=35597352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr19 35597462 . A G 93.87 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.012484;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.565;QD=8.93972;RBI=0.023861;REFB=-0.00915968;REVB=-0.0203346;RO=31;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182844;STB=0.622741;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0295664;OID=.;OPOS=35597462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:44:42:31:30:12:12:0.285714:8:4:15:16:8:4:15:15 chr19 35597620 . C T 135.92 PASS AF=0.321429;AO=17;DP=55;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00940235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.968;QD=9.70869;RBI=0.00940827;REFB=0.000725331;REVB=-0.00033373;RO=38;SAF=11;SAR=6;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260379;STB=0.666481;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00254595;OID=.;OPOS=35597620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:38:38:17:18:0.321429:6:11:16:22:6:12:16:22 chr19 35597729 . C T 82.27 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0330839;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.6086;QD=8.89415;RBI=0.0346297;REFB=-0.013624;REVB=0.010231;RO=26;SAF=2;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37212;STB=0.732088;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0181961;OID=.;OPOS=35597729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:9:2:12:14:9:2:12:14 chr19 35610245 . A G 83.38 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00927668;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.504;QD=9.01413;RBI=0.0123459;REFB=-0.0114202;REVB=0.00814646;RO=24;SAF=8;SAR=3;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081694;STB=0.5031;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0169268;OID=.;OPOS=35610245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:38:37:24:26:11:11:0.297297:3:8:16:8:3:8:19:7 chr19 35612168 . T A 67.58 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00339662;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.692;QD=11.7535;RBI=0.00469007;REFB=-0.0115291;REVB=0.00323415;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435168;STB=0.76178;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0178672;OID=.;OPOS=35612168;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:24:23:14:14:9:9:0.391304:2:7:5:9:2:7:5:9 chr19 35614336 . T C 275.42 PASS AF=0.390244;AO=31;DP=81;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0357883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2292;QD=13.4351;RBI=0.0493338;REFB=-0.00616025;REVB=-0.0339561;RO=50;SAF=22;SAR=9;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133523;STB=0.559284;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0200515;OID=.;OPOS=35614336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:50:50:31:32:0.390244:9:22:30:20:10:22:30:20 chr19 35614525 . ATTTTTTTTA ATTTTTTTA,ATTTTTTTT,ATTTTTTTTT 208.99 PASS AF=0.0666667,0.333333,0.2;AO=6,6,13;DP=46;FAO=3,15,9;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=3,5,5;FSAR=0,10,4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0998494,-0.145254,-0.129874;FXX=0.0217344;HRUN=8,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=7.69142,17.6788,21.0916;QD=18.5765;RBI=0.376015,0.163298,0.24762;REFB=-0.119894,-0.036945,0.0413297;REVB=0.362515,-0.074616,-0.210828;RO=13;SAF=5,4,5;SAR=1,2,8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.216016,-0.0316032,-0.263617;STB=0.995265,0.679762,0.576108;STBP=0.156,0.069,0.636;TYPE=del,del,snp;VARB=0.119514,0.0405934,-0.00177474;OID=.,.,.;OPOS=35614526,35614534,35614534;OREF=T,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=ATTTTTTTA,ATTTTTTTT,ATTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0666667,0.333333,0.2:6,6,13:46:3,15,9:45:18:3,5,5:0,10,4:12:6:56:13:5,4,5:1,2,8:9:4 chr19 35616315 . GC AT 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00633963;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=273.37;QD=20.8931;RBI=0.0149985;REFB=0.0164668;REVB=0.0135928;RO=6;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251221;STB=0.644436;STBP=0.19;TYPE=mnp;VARB=-0.00764327;OID=.;OPOS=35616315;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:7:3:4:2:7:3:4:2 chr19 35616663 . A G 174.2 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0181892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.307;QD=11.613;RBI=0.0240396;REFB=-0.0285314;REVB=0.015718;RO=37;SAF=10;SAR=12;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179581;STB=0.610681;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0684911;OID=.;OPOS=35616663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:38:22:22:0.366667:12:10:23:14:12:10:24:14 chr19 35616692 . C T 148.01 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.000137943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6719;QD=9.39719;RBI=0.00140901;REFB=-0.0110153;REVB=-0.00140224;RO=43;SAF=6;SAR=14;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326375;STB=0.693096;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0217234;OID=.;OPOS=35616692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:14:6:25:18:14:6:25:18 chr19 35617122 . A G 295.68 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0125423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.037;QD=20.392;RBI=0.057209;REFB=-0.0207078;REVB=-0.0558172;RO=27;SAF=11;SAR=20;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141441;STB=0.507855;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0167521;OID=.;OPOS=35617122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:20:11:10:17:20:11:10:17 chr19 35622422 . C T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0151875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.477;QD=12.7388;RBI=0.0177754;REFB=-0.0122596;REVB=0.00923613;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341689;STB=0.705344;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0319823;OID=.;OPOS=35622422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:6:4:6:2:6:4 chr19 35622695 . A G 755.76 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0253227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.376;QD=54.9641;RBI=0.0253304;REFB=-0.0983158;REVB=0.000623487;RO=1;SAF=33;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140615;STB=0.50704;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00151681;OID=.;OPOS=35622695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:55:1:1:52:54:0.981818:19:33:1:0:19:35:1:0 chr19 35648365 . T G 419.3 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0158709;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.75;QD=15.6746;RBI=0.0158958;REFB=-0.0311773;REVB=0.000890219;RO=60;SAF=21;SAR=26;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866584;STB=0.548546;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0397026;OID=.;OPOS=35648365;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:60:60:47:47:0.439252:26:21:32:28:26:21:32:28 chr19 35649324 . C G 497.83 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.716;QD=58.5679;RBI=0.0458768;REFB=0;REVB=0.0236354;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92324e-05;OID=.;OPOS=35649324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:19:12:0:0:22:12:0:0 chr19 35655151 . T C 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0529164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.041;QD=6.25135;RBI=0.0537169;REFB=-0.0165792;REVB=-0.00923887;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100585;STB=0.565004;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0342899;OID=.;OPOS=35655151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:10:7:3:3:10:7 chr19 35660450 . T C 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00296059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.596;QD=15.6262;RBI=0.0152979;REFB=-0.00219061;REVB=-0.0150087;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184637;STB=0.605463;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00222743;OID=.;OPOS=35660450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:9:10:19:8:9:10:19:8 chr19 35660508 . G A 238.26 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=0.0136352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9979;QD=16.153;RBI=0.0263143;REFB=0.0245681;REVB=0.022506;RO=31;SAF=17;SAR=10;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154806;STB=0.592321;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.021286;OID=.;OPOS=35660508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:10:17:24:7:10:17:25:7 chr19 35741375 . C T 338.01 PASS AF=0.430233;AO=36;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0263854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.414;QD=15.7215;RBI=0.0367352;REFB=-0.00193428;REVB=0.0255595;RO=47;SAF=28;SAR=8;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366511;STB=0.701307;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00348097;OID=.;OPOS=35741375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:49:36:37:0.430233:8:28:21:26:9:28:21:28 chr19 35741456 . T C 745.48 PASS AF=0.489933;AO=73;DP=149;FAO=73;FDP=149;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.0371953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0886;QD=20.013;RBI=0.0444832;REFB=0.00577488;REVB=-0.024398;RO=74;SAF=38;SAR=35;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117165;STB=0.563926;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0106146;OID=.;OPOS=35741456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:74:76:73:73:0.489933:35:38:29:45:35:38:30:46 chr19 35770056 . G A 291.14 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0161496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.62;QD=26.4669;RBI=0.0273769;REFB=-0.0292456;REVB=0.0221062;RO=18;SAF=18;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262578;STB=0.514512;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0173076;OID=.;OPOS=35770056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:8:18:13:5:8:18:13:5 chr19 35790503 . G A 274.74 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0524399;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1502;QD=24.4216;RBI=0.0775488;REFB=0.00458542;REVB=0.0571303;RO=20;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145316;STB=0.580583;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.000708746;OID=.;OPOS=35790503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:20:20:25:25:0.555556:12:13:14:6:12:13:14:6 chr19 35836530 . G A 277.22 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00124665;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.482;QD=15.8409;RBI=0.0258025;REFB=-0.00488895;REVB=0.0257723;RO=35;SAF=12;SAR=19;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127983;STB=0.513505;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00573509;OID=.;OPOS=35836530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:35:39:31:31:0.442857:19:12:14:21:19:12:16:23 chr19 35843086 . G A 94.51 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00893609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.241;QD=21.0022;RBI=0.0102517;REFB=-0.0413975;REVB=0.00502421;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795615;STB=0.545372;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0805532;OID=.;OPOS=35843086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:6:5:4:3:6:5:4:3 chr19 35849811 . C A 139.44 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.0460839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3004;QD=9.14329;RBI=0.0785497;REFB=0.00385283;REVB=0.0636108;RO=41;SAF=10;SAR=9;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184749;STB=0.614598;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00614394;OID=.;OPOS=35849811;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:42:19:19:0.311475:9:10:28:13:9:10:29:13 chr19 35863707 . G A 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0249079;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=171.221;QD=22.6784;RBI=0.0739149;REFB=-0.0127045;REVB=0.0695917;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00340779;OID=.;OPOS=35863707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:6:4:2:3:6:4:2:3 chr19 35898796 . T TC 216.32 PASS AF=0.430108;AO=36;DP=97;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0138791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.0566;QD=9.30387;RBI=0.070978;REFB=-0.00895387;REVB=-0.0696078;RO=60;SAF=25;SAR=11;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224227;STB=0.675093;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=0.00847482;OID=.;OPOS=35898797;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.430108:36:97:40:93:53:29:11:23:30:99:60:25:11:30:30 chr19 35898899 . A G 196.24 PASS AF=0.342466;AO=24;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0312035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4778;QD=10.7528;RBI=0.0493954;REFB=-0.00686237;REVB=-0.0382917;RO=48;SAF=20;SAR=4;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.524007;STB=0.812162;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0155706;OID=.;OPOS=35898899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:48:24:25:0.342466:4:20:19:29:4:21:19:29 chr19 35899969 . GCCT GCT,GCTC 407.15 PASS AF=0.447917,0.0104167;AO=34,6;DP=94;FAO=43,1;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=22,0;FSAR=21,1;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00248579,-0.0792388;FXX=0.0103082;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=30.0322,30.209;QD=16.9647;RBI=0.0404702,0.182312;REFB=0.00464388,-0.0210183;REVB=-0.0403938,-0.164192;RO=47;SAF=19,0;SAR=15,6;SRF=21;SRR=26;SSEN=0.347542,0;SSEP=0,0;SSSB=0.114683,-0.607656;STB=0.53788,0.988918;STBP=0.541,0.469;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00517676,-0.0593727;OID=.,.;OPOS=35899970,35899971;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCT,GCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447917,0.0104167:34,6:94:43,1:96:52:22,0:21,1:23:29:99:47:19,0:15,6:21:26 chr19 35991375 . C T 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00558198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.487;QD=9.85697;RBI=0.0243561;REFB=-0.0164021;REVB=-0.0237078;RO=40;SAF=14;SAR=6;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264385;STB=0.664238;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0296905;OID=.;OPOS=35991375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:41:20:20:0.327869:6:14:19:21:6:14:19:22 chr19 35991442 . T G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00471947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.229;QD=57.237;RBI=0.0160874;REFB=0;REVB=-0.0153796;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.90012e-05;OID=.;OPOS=35991442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr19 35996856 . A G 32.04 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0359174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.393;QD=2.56315;RBI=0.0375347;REFB=-0.000928587;REVB=-0.0108995;RO=44;SAF=5;SAR=1;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478093;STB=0.853318;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0186686;OID=.;OPOS=35996856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:1:5:18:26:1:5:18:26 chr19 36002381 . C T 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00272654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.182;QD=24.1899;RBI=0.0324721;REFB=-0.0243015;REVB=0.0323574;RO=6;SAF=11;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322321;STB=0.687107;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0129985;OID=.;OPOS=36002381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:1:11:4:2:1:11:4:2 chr19 36002710 . C A 283.12 PASS AF=0.476923;AO=29;DP=63;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00380554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.695;QD=17.4229;RBI=0.00406423;REFB=-0.0145134;REVB=0.00142682;RO=32;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106531;STB=0.554421;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.015246;OID=.;OPOS=36002710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:32:34:29:31:0.476923:16:13:18:14:16:15:20:14 chr19 36004106 . A G 428.24 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3595;QD=57.0988;RBI=0.0512326;REFB=0;REVB=-0.0398287;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122434;OID=.;OPOS=36004106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr19 36004171 . C A 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00792921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.736;QD=24.0274;RBI=0.0234446;REFB=-0.0173388;REVB=0.022063;RO=8;SAF=2;SAR=12;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125598;STB=0.571317;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0136737;OID=.;OPOS=36004171;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:12:2:2:6:12:2:2:6 chr19 36017928 . G C 360.51 PASS AF=1;AO=14;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.228865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.069;QD=55.4627;RBI=0.230308;REFB=0;REVB=0.0257452;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00303825;OID=.;OPOS=36017928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:14:26:1:12:2:0:0:14:12:0:0 chr19 36017950 . C T 105.38 PASS AF=0.464286;AO=7;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0727405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0688;QD=15.0548;RBI=0.0727863;REFB=-0.0460186;REVB=-0.00258373;RO=12;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286112;STB=0.502758;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.059883;OID=.;OPOS=36017950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:15:7:13:0.464286:6:1:4:8:7:6:7:8 chr19 36018750 . G A 169.1 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.0310618;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7982;QD=10.4062;RBI=0.035172;REFB=-0.0172403;REVB=0.0164995;RO=42;SAF=8;SAR=14;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402736;STB=0.723952;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0340391;OID=.;OPOS=36018750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:42:43:22:22:0.338462:14:8:31:11:14:8:31:12 chr19 36033460 . C T 564.77 PASS AF=0.547368;AO=51;DP=94;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00245961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.891;QD=23.7797;RBI=0.0173214;REFB=0.00314257;REVB=0.0171458;RO=42;SAF=26;SAR=25;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050751;STB=0.536828;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00555062;OID=.;OPOS=36033460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:42:43:51:52:0.547368:25:26:24:18:26:26:25:18 chr19 36050969 . A G 121.54 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00542871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.713;QD=15.1919;RBI=0.00770222;REFB=-0.0178775;REVB=0.00546381;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841846;STB=0.540482;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0243528;OID=.;OPOS=36050969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:18:14:14:0.4375:8:6:7:9:8:6:9:9 chr19 36066570 . A G 3249.02 PASS AF=0.846975;AO=235;DP=278;FAO=238;FDP=281;FR=.;FRO=43;FSAF=88;FSAR=150;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00525782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.994;QD=46.2494;RBI=0.0063338;REFB=0.00155807;REVB=0.00353162;RO=43;SAF=88;SAR=147;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634865;STB=0.534125;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.000233231;OID=.;OPOS=36066570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:281:43:43:235:238:0.846975:147:88:25:18:150:88:25:18 chr19 36066577 . A G 3038.99 PASS AF=0.827839;AO=225;DP=273;FAO=226;FDP=273;FR=.;FRO=47;FSAF=87;FSAR=139;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00577855;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.19;QD=44.5273;RBI=0.0508158;REFB=-0.00834344;REVB=0.0504862;RO=46;SAF=87;SAR=138;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523281;STB=0.526388;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00144585;OID=.;OPOS=36066577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:46:47:225:226:0.827839:138:87:25:21:139:87:25:22 chr19 36066634 . A G 2558.13 PASS AF=0.861751;AO=186;DP=216;FAO=187;FDP=217;FR=.;FRO=30;FSAF=84;FSAR=103;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0302624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5913;QD=47.1545;RBI=0.0316462;REFB=0.0046667;REVB=-0.00925589;RO=30;SAF=84;SAR=102;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479559;STB=0.525586;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00175497;OID=.;OPOS=36066634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:30:30:186:187:0.861751:102:84:19:11:103:84:19:11 chr19 36066642 . A G 2323.63 PASS AF=0.852217;AO=173;DP=203;FAO=173;FDP=203;FR=.;FRO=30;FSAF=81;FSAR=92;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0251884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.622;QD=45.7859;RBI=0.0251986;REFB=-0.00205517;REVB=0.000717818;RO=30;SAF=81;SAR=92;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554548;STB=0.529335;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.000306369;OID=.;OPOS=36066642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:30:30:173:173:0.852217:92:81:20:10:92:81:20:10 chr19 36066645 . A G 2234.22 PASS AF=0.832512;AO=169;DP=203;FAO=169;FDP=203;FR=.;FRO=34;FSAF=82;FSAR=87;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00581304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.743;QD=44.024;RBI=0.0113948;REFB=-0.0322219;REVB=0.00980052;RO=32;SAF=82;SAR=87;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326338;STB=0.52217;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0075565;OID=.;OPOS=36066645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:32:34:169:169:0.832512:87:82:19:13:87:82:21:13 chr19 36066661 . A G 1653.92 PASS AF=0.783133;AO=130;DP=166;FAO=130;FDP=166;FR=.;FRO=36;FSAF=72;FSAR=58;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0198914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.534;QD=39.8534;RBI=0.0198919;REFB=0.00357701;REVB=0.000141411;RO=36;SAF=72;SAR=58;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352162;STB=0.518732;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.00102688;OID=.;OPOS=36066661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:36:36:130:130:0.783133:58:72:23:13:58:72:23:13 chr19 36066667 . A G 1407.5 PASS AF=0.733333;AO=110;DP=150;FAO=110;FDP=150;FR=.;FRO=40;FSAF=67;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0154063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.897;QD=37.5334;RBI=0.0154984;REFB=-0.0192065;REVB=0.00168745;RO=40;SAF=67;SAR=43;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348145;STB=0.518601;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0065602;OID=.;OPOS=36066667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:40:40:110:110:0.733333:43:67:27:13:43:67:27:13 chr19 36066744 . C T 54.65 PASS AF=0.115385;AO=12;DP=103;FAO=12;FDP=104;FR=.;FRO=92;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=0.00529076;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.979;QD=2.10198;RBI=0.00749864;REFB=0.00109636;REVB=-0.0053139;RO=90;SAF=4;SAR=8;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229248;STB=0.666389;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.0107749;OID=.;OPOS=36066744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:103:104:90:92:12:12:0.115385:8:4:47:43:8:4:48:44 chr19 36124665 . C T 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00038874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.731;QD=5.44233;RBI=0.0160684;REFB=-0.0214133;REVB=-0.0160637;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335001;STB=0.699354;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0964684;OID=.;OPOS=36124665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:19:20:6:6:0.230769:2:4:7:12:2:4:8:12 chr19 36159524 . G A 233.69 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0351719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.398;QD=24.5984;RBI=0.0352575;REFB=-0.0215154;REVB=-0.00245495;RO=16;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148256;STB=0.582824;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0224025;OID=.;OPOS=36159524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:15:7:8:8:15:7:8:8 chr19 36168914 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9445;QD=51.9167;RBI=0.0365266;REFB=0;REVB=0.0222076;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160233;OID=.;OPOS=36168914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr19 36214632 . A AG 1490.6 PASS AF=1;AO=121;DP=134;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.169591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.0649;QD=46.2203;RBI=0.178077;REFB=0;REVB=-0.0543195;RO=11;SAF=44;SAR=77;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015424;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00206529;OID=.;OPOS=36214633;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:121:134:129:129:0:48:81:0:0:27:11:44:77:5:6 chr19 36215615 . C T 216.37 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0135537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.102;QD=11.0959;RBI=0.0270008;REFB=-0.0362894;REVB=-0.0233525;RO=50;SAF=10;SAR=17;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126326;STB=0.567729;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0524804;OID=.;OPOS=36215615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:50:51:27:27:0.346154:17:10:24:26:17:10:24:27 chr19 36218637 . C T 160.46 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0120935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.446;QD=8.91416;RBI=0.0121151;REFB=-0.00801906;REVB=-0.000724283;RO=50;SAF=8;SAR=14;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251925;STB=0.648988;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0103335;OID=.;OPOS=36218637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:50:22:22:0.305556:14:8:29:21:14:8:29:21 chr19 36224705 . A G 1079.24 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.826;QD=59.9578;RBI=0.0321801;REFB=0;REVB=0.0249402;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54743e-05;OID=.;OPOS=36224705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:40:31:0:0:41:31:0:0 chr19 36235431 . A G 593.97 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8125;QD=60.9204;RBI=0.106021;REFB=0;REVB=0.102235;RO=0;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157847;OID=.;OPOS=36235431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:11:28:0:0:11:28:0:0 chr19 36236909 . G C 1713.41 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00969166;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.352;QD=59.0831;RBI=0.0316508;REFB=-0.0824037;REVB=0.0301305;RO=2;SAF=36;SAR=78;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120196;STB=0.503144;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.000215965;OID=.;OPOS=36236909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:2:1:114:115:0.991379:78:36:0:2:79:36:0:1 chr19 36243089 . T C 867.03 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1477;QD=56.8544;RBI=0.0521591;REFB=0;REVB=-0.000149261;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223384;OID=.;OPOS=36243089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:61:0:0:57:61:1:25:32:0:0:27:34:0:0 chr19 36243813 . G A 2254.2 PASS AF=0.979592;AO=144;DP=147;FAO=144;FDP=147;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00861198;FXX=0.0134219;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.124;QD=61.3387;RBI=0.0197083;REFB=0.00323904;REVB=0.0177271;RO=3;SAF=70;SAR=74;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00700877;STB=0.503686;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.000153996;OID=.;OPOS=36243813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:147:147:3:3:144:144:0.979592:74:70:2:1:74:70:2:1 chr19 36246574 . C T 72.5 PASS AF=0.642857;AO=8;DP=13;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.151324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0063;QD=20.7139;RBI=0.174577;REFB=-0.044822;REVB=-0.0870522;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121731;STB=0.526256;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.057723;OID=.;OPOS=36246574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:14:5:5:8:9:0.642857:6:2:2:3:6:3:2:3 chr19 36258742 . C T 171.65 PASS AF=0.234783;AO=27;DP=116;FAO=27;FDP=115;FR=.;FRO=88;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=0.0889564;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.066;QD=5.97043;RBI=0.0890911;REFB=-0.0166324;REVB=-0.0048969;RO=78;SAF=14;SAR=13;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246202;STB=0.520657;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0425436;OID=.;OPOS=36258742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:78:88:27:27:0.234783:13:14:42:36:13:14:48:40 chr19 36258937 . AGGG AGG,AGGC 706.3 PASS AF=0.944444,0.037037;AO=46,3;DP=52;FAO=51,2;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=36,1;FSAR=15,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.190199,-0.132495;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=27.3775,7.51776;QD=52.3183;RBI=0.205016,0.13346;REFB=0.0747458,0.11131;REVB=-0.0765226,0.0160269;RO=0;SAF=35,1;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.31358e-08,0;STB=0.506847,0.665164;STBP=0.608,0.662;TYPE=del,snp;VARB=-0.00441402,-0.0515467;OID=.,.;OPOS=36258938,36258940;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AGG,AGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.944444,0.037037:46,3:52:51,2:54:1:36,1:15,1:1:0:7:0:35,1:11,2:0:0 chr19 36259434 . C T 143.31 PASS AF=0.25;AO=21;DP=83;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.0213671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.03;QD=6.82425;RBI=0.0215372;REFB=-0.0036978;REVB=-0.00270132;RO=61;SAF=5;SAR=16;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446185;STB=0.778503;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0047413;OID=.;OPOS=36259434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:61:63:21:21:0.25:16:5:37:24:16:5:39:24 chr19 36273534 . G A 670.21 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0806093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.47;QD=62.3453;RBI=0.0984628;REFB=0;REVB=0.0565426;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578234;OID=.;OPOS=36273534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr19 36275074 . G A 641.59 PASS AF=0.977273;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00254879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2675;QD=58.3267;RBI=0.0184342;REFB=-0.100141;REVB=0.0182572;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.510199;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00173847;OID=.;OPOS=36275074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:41:44:0:1:41:43:0.977273:17:24:0:0:19:24:1:0 chr19 36302921 . T C 3015.98 PASS AF=1;AO=187;DP=190;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036572;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.332;QD=63.1619;RBI=0.0418364;REFB=0;REVB=-0.0203169;RO=0;SAF=121;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.29617e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31902e-06;OID=.;OPOS=36302921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:191:0:0:187:191:1:66:121:0:0:67:124:0:0 chr19 36322270 . C T 754.6 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.461;QD=54.88;RBI=0.0296395;REFB=-0.135553;REVB=0.00817512;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177809;STB=0.50943;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00417146;OID=.;OPOS=36322270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:28:26:1:0:28:26:1:0 chr19 36334419 . G A 173.69 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=3;FWDB=0.0145433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.548;QD=12.8662;RBI=0.0384466;REFB=-0.00669606;REVB=-0.0355898;RO=32;SAF=14;SAR=7;SRF=29;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326534;STB=0.687363;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0182296;OID=.;OPOS=36334419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:7:14:29:3:7:14:30:3 chr19 36342267 . G A 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0634327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4788;QD=20.7371;RBI=0.0669337;REFB=0.0224509;REVB=-0.0213637;RO=16;SAF=12;SAR=6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34142;STB=0.692099;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0139777;OID=.;OPOS=36342267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:6:12:4:12:6:12:4:12 chr19 36355595 . A G 784.72 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0818316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.193;QD=64.0585;RBI=0.0918552;REFB=0;REVB=-0.0417248;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00160271;OID=.;OPOS=36355595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr19 36365684 . G T 274.62 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0160052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.524;QD=17.7175;RBI=0.0670426;REFB=-0.0474836;REVB=0.0651041;RO=31;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287648;STB=0.501079;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.044362;OID=.;OPOS=36365684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:32:29:30:0.483871:14:15:17:14:14:16:17:15 chr19 36370011 . G A 196.65 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0630159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2917;QD=18.2925;RBI=0.0674886;REFB=-0.0283293;REVB=-0.0241598;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337905;STB=0.519211;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0372721;OID=.;OPOS=36370011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:8:12:13:10:8:12:13:10 chr19 36387360 . G A 89.1 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0187344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.149;QD=5.74818;RBI=0.0223756;REFB=-0.00603905;REVB=0.0122348;RO=48;SAF=6;SAR=8;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415056;STB=0.52603;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0188813;OID=.;OPOS=36387360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:48:48:14:14:0.225806:8:6:19:29:8:6:19:29 chr19 36387881 . A G 286.88 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00404132;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.475;QD=20.132;RBI=0.0139666;REFB=-0.0134401;REVB=-0.0133691;RO=26;SAF=13;SAR=17;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417262;STB=0.530592;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00855006;OID=.;OPOS=36387881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:27:30:30:0.526316:17:13:10:16:17:13:10:17 chr19 36393186 . T C 162.56 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0481958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8503;QD=19.7037;RBI=0.0502781;REFB=0.00266591;REVB=-0.0143196;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183655;STB=0.60427;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00585388;OID=.;OPOS=36393186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:11:6:9:7:11:6:9:7 chr19 36394272 . T C 112.56 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0168991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.645;QD=17.3168;RBI=0.0264433;REFB=-0.028214;REVB=-0.0203388;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103751;STB=0.538863;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0272319;OID=.;OPOS=36394272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:13:12:13:0.5:6:6:8:5:6:7:8:5 chr19 36394678 . T C 763.58 PASS AF=0.496855;AO=79;DP=159;FAO=79;FDP=159;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.016708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8659;QD=19.2096;RBI=0.058425;REFB=-0.00669104;REVB=-0.055985;RO=80;SAF=31;SAR=48;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543956;STB=0.529986;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.008218;OID=.;OPOS=36394678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:80:80:79:79:0.496855:48:31:36:44:48:31:36:44 chr19 36398414 . C A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0656019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.126;QD=10.0335;RBI=0.0659203;REFB=0.0145524;REVB=-0.00647086;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274957;STB=0.517172;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0183057;OID=.;OPOS=36398414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:3:4:3:2:3:4 chr19 36430990 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0076667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.025;QD=12.7303;RBI=0.00775245;REFB=0.00376058;REVB=-0.00114983;RO=12;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11806;STB=0.571253;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.00441331;OID=.;OPOS=36430990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:8:1:2:10:8:1:2:10 chr19 36486445 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.033;QD=56.1916;RBI=0.0720412;REFB=0;REVB=0.0536062;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275759;OID=.;OPOS=36486445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:7:21:0:0:7:21:0:0 chr19 36497358 . C G 315.63 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=71;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00172611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.339;QD=17.5347;RBI=0.0252756;REFB=-0.0375813;REVB=0.0252166;RO=36;SAF=11;SAR=22;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262378;STB=0.638805;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0566591;OID=.;OPOS=36497358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:36:38:33:34:0.472222:22:11:22:14:23:11:22:16 chr19 36497373 . A G 325.97 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0234042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6666;QD=17.3853;RBI=0.0234426;REFB=-0.0221027;REVB=0.00134205;RO=40;SAF=12;SAR=23;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312742;STB=0.674845;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0285272;OID=.;OPOS=36497373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:23:12:27:13:23:12:27:13 chr19 36499173 . C T 133.95 PASS AF=0.421053;AO=14;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0948098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7747;QD=14.1001;RBI=0.109114;REFB=-0.0082305;REVB=0.0540089;RO=20;SAF=4;SAR=10;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449731;STB=0.672868;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0166123;OID=.;OPOS=36499173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:22:14:16:0.421053:10:4:15:5:10:6:15:7 chr19 36510182 . G A 120.73 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0087433;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.247;QD=9.11135;RBI=0.0291005;REFB=-0.0126078;REVB=-0.027756;RO=36;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128962;STB=0.584803;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0367668;OID=.;OPOS=36510182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:37:16:16:0.301887:8:8:14:22:8:8:14:23 chr19 36530562 . T C 156.83 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0190695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5972;QD=16.0855;RBI=0.0323802;REFB=-0.0250771;REVB=0.0261693;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192683;STB=0.610978;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0425936;OID=.;OPOS=36530562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:11:6:12:10:11:6:12:10 chr19 36530913 . C T 111.73 PASS AF=0.275862;AO=15;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0372997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.46;QD=7.70567;RBI=0.0374277;REFB=0.000829079;REVB=-0.00309239;RO=42;SAF=8;SAR=7;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104841;STB=0.586102;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00174154;OID=.;OPOS=36530913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:15:16:0.275862:7:8:26:16:8:8:26:16 chr19 36549684 . G A 245.38 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0383884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9636;QD=13.0868;RBI=0.0654673;REFB=-0.0181048;REVB=0.0530311;RO=43;SAF=17;SAR=12;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019995;STB=0.514276;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0288989;OID=.;OPOS=36549684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:43:46:29:29:0.386667:12:17:26:17:12:17:28:18 chr19 36590329 . T C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00123544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.956;QD=11.2569;RBI=0.00137834;REFB=-0.00632125;REVB=-0.000611158;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192383;STB=0.617332;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00829301;OID=.;OPOS=36590329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:5:7:6:2:5:7 chr19 36592627 . G A 1035.75 PASS AF=0.436293;AO=113;DP=262;FAO=113;FDP=259;FR=.;FRO=146;FSAF=37;FSAR=76;FSRF=43;FSRR=103;FWDB=0.0435644;FXX=0.0114499;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9992;QD=15.9961;RBI=0.048292;REFB=-0.010965;REVB=0.0208389;RO=144;SAF=37;SAR=76;SRF=41;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499661;STB=0.521369;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0142314;OID=.;OPOS=36592627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:259:144:146:113:113:0.436293:76:37:41:103:76:37:43:103 chr19 36594659 . A T 805.65 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04724;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.064;QD=57.5462;RBI=0.0538661;REFB=0;REVB=0.0258831;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155178;OID=.;OPOS=36594659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr19 36595436 . A C 242.33 PASS AF=0.473684;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00806248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.869;QD=17.0053;RBI=0.0480074;REFB=-0.0364;REVB=-0.0473255;RO=30;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091505;STB=0.541802;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0467297;OID=.;OPOS=36595436;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:30:26:27:0.473684:12:14:19:11:12:15:19:11 chr19 36602729 . G C 302.66 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0421399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4243;QD=17.0511;RBI=0.0424922;REFB=0.00924372;REVB=0.00546104;RO=37;SAF=19;SAR=14;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209395;STB=0.609732;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0121463;OID=.;OPOS=36602729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:14:19:13:24:14:19:14:24 chr19 36603703 . T A 352.5 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0265111;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.281;QD=21.045;RBI=0.0266372;REFB=-0.0182006;REVB=0.00258902;RO=29;SAF=15;SAR=21;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054342;STB=0.51653;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0217273;OID=.;OPOS=36603703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:31:36:36:0.537313:21:15:14:15:21:15:14:17 chr19 36604398 . G A 666.94 PASS AF=0.336066;AO=82;DP=245;FAO=82;FDP=244;FR=.;FRO=162;FSAF=22;FSAR=60;FSRF=46;FSRR=116;FWDB=0.0152474;FXX=0.00812975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1392;QD=10.9335;RBI=0.0550663;REFB=-0.026552;REVB=0.0529132;RO=160;SAF=22;SAR=60;SRF=45;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188567;STB=0.513075;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0478608;OID=.;OPOS=36604398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:244:160:162:82:82:0.336066:60:22:45:115:60:22:46:116 chr19 36604735 . CA C 188.86 PASS AF=0.305882;AO=23;DP=86;FAO=26;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.00193069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.934;QD=8.88728;RBI=0.00692781;REFB=-0.00840146;REVB=-0.00665334;RO=60;SAF=7;SAR=16;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207126;STB=0.592764;STBP=0.286;TYPE=del;VARB=0.0209401;OID=.;OPOS=36604736;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305882:23:86:26:85:59:9:17:28:31:99:60:7:16:28:32 chr19 36642884 . T C 465.31 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.917;QD=58.164;RBI=0.0214176;REFB=0;REVB=0.0112344;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35753e-05;OID=.;OPOS=36642884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:20:10:0:0:21:11:0:0 chr19 36674305 . A G 607.23 PASS AF=0.893617;AO=42;DP=47;FAO=42;FDP=47;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0187597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.674;QD=51.6793;RBI=0.0188101;REFB=-0.0151349;REVB=-0.00137645;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505627;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00311624;OID=.;OPOS=36674305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:47:47:0:5:42:42:0.893617:19:23:0:0:19:23:3:2 chr19 36728290 . A G 103.52 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00814676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.553;QD=18.821;RBI=0.010113;REFB=0.0108677;REVB=0.00599186;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145313;STB=0.583194;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.00862166;OID=.;OPOS=36728290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:7:5:6:4:7:5:6:4 chr19 36885067 . A T 102.89 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0107947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.72;QD=17.8943;RBI=0.0212966;REFB=-0.00243396;REVB=0.0183582;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183634;STB=0.605879;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00102129;OID=.;OPOS=36885067;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:23:23:11:11:12:12:0.521739:4:8:5:6:4:8:5:6 chr19 36939572 . C T 255.35 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.00125449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.437;QD=13.2652;RBI=0.0166589;REFB=0.00198226;REVB=-0.0166116;RO=47;SAF=17;SAR=13;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789833;STB=0.54502;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00249101;OID=.;OPOS=36939572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:13:17:30:17:13:17:30:17 chr19 36940760 . G T 94.72 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0809936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1387;QD=10.8248;RBI=0.0895989;REFB=-0.0125602;REVB=-0.0383146;RO=23;SAF=11;SAR=1;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.642327;STB=0.891166;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0100941;OID=.;OPOS=36940760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:1:11:9:14:1:11:9:14 chr19 37004938 . T C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0296616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9622;QD=17.4273;RBI=0.0566296;REFB=-0.0208633;REVB=0.04824;RO=23;SAF=15;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30382;STB=0.675472;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0463409;OID=.;OPOS=37004938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:4:15:12:11:4:15:12:11 chr19 37039069 . A C 603.15 PASS AF=0.545455;AO=60;DP=110;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0426596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.621;QD=21.9329;RBI=0.0459899;REFB=-0.0108403;REVB=-0.0171821;RO=49;SAF=26;SAR=34;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382991;STB=0.524837;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00632414;OID=.;OPOS=37039069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:49:50:60:60:0.545455:34:26:19:30:34:26:19:31 chr19 37068081 . G C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.014;QD=60.2292;RBI=0.0257663;REFB=0;REVB=0.00691235;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.19374e-05;OID=.;OPOS=37068081;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr19 37117302 . A G 155.64 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=29;FAO=16;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0164183;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.977;QD=22.2335;RBI=0.0330128;REFB=-0.0406136;REVB=0.0286406;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122788;STB=0.587265;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0310713;OID=.;OPOS=37117302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:13:12:12:16:0.571429:8:4:6:7:11:5:6:6 chr19 37210805 . C T 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00624866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1267;QD=19.9759;RBI=0.037513;REFB=-0.0145404;REVB=-0.036989;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0149405;OID=.;OPOS=37210805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:9:11:11:9:9:11:11:9 chr19 37239278 . C A 295.1 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0444022;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9298;QD=27.4515;RBI=0.0908895;REFB=0.0157176;REVB=-0.0793054;RO=17;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147606;STB=0.581334;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.0100246;OID=.;OPOS=37239278;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:17:17:26:26:0.604651:13:13:12:5:13:13:12:5 chr19 37241141 . A G 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00127518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.771;QD=19.9053;RBI=0.0233279;REFB=-0.0181967;REVB=-0.023293;RO=27;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133701;STB=0.574418;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0154011;OID=.;OPOS=37241141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:18:12:15:12:18:12:15:12 chr19 37310344 . T C 293.59 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0152764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.474;QD=19.9044;RBI=0.0210371;REFB=-0.0213694;REVB=0.0144634;RO=28;SAF=17;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162105;STB=0.589964;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0208464;OID=.;OPOS=37310344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:14:17:10:18:14:17:10:18 chr19 37382692 . T A 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0520326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0817;QD=4.62989;RBI=0.078855;REFB=0.0110222;REVB=-0.0592513;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536394;STB=0.536461;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.0401548;OID=.;OPOS=37382692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:4:2:9:15:4:2:9:15 chr19 37441111 . C T 414.47 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00676551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.744;QD=21.8143;RBI=0.0310274;REFB=-0.0134368;REVB=-0.0302808;RO=35;SAF=25;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819309;STB=0.545252;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0143021;OID=.;OPOS=37441111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:16:25:18:17:16:25:18:17 chr19 37441462 . T C 46.76 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=14;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00647018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.893;QD=12.4683;RBI=0.0189255;REFB=-0.0220023;REVB=0.0177852;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162008;STB=0.624625;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0514894;OID=.;OPOS=37441462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:14:15:8:8:6:7:0.466667:4:2:4:4:5:2:4:4 chr19 37441980 . A G 267.7 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0223516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.803;QD=16.2239;RBI=0.0409939;REFB=-0.0160733;REVB=0.0343642;RO=36;SAF=15;SAR=15;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807533;STB=0.545424;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0271177;OID=.;OPOS=37441980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:15:15:21:15:15:15:21:15 chr19 37690375 . C T 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0322682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.697;QD=23.3814;RBI=0.0322829;REFB=-0.00932474;REVB=-0.00097549;RO=14;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199634;STB=0.51117;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00679315;OID=.;OPOS=37690375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:10:9:7:7:10:9:7:7 chr19 37690420 . C T 734.38 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237524;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.828;QD=61.1983;RBI=0.0593131;REFB=-0.12571;REVB=0.0543494;RO=1;SAF=23;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200087;STB=0.510634;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.000413644;OID=.;OPOS=37690420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:24:23:1:0:24:23:1:0 chr19 37825633 . A T 346.27 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0214502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4222;QD=16.8913;RBI=0.0247218;REFB=-0.0171903;REVB=-0.0122904;RO=45;SAF=20;SAR=17;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722268;STB=0.540519;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0264364;OID=.;OPOS=37825633;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:17:20:21:24:17:20:21:24 chr19 37854235 . G T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0105984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.429;QD=14.0438;RBI=0.01385;REFB=-0.0505575;REVB=-0.00891609;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118169;STB=0.571155;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0207591;OID=.;OPOS=37854235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:1:3:3:2:1:3 chr19 37854580 . C T 91.22 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.012338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.422;QD=17.376;RBI=0.0688052;REFB=-0.0358008;REVB=-0.0676899;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122798;STB=0.571292;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0208685;OID=.;OPOS=37854580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:4:6:8:3:4:6 chr19 37879589 . A G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00732657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.818;QD=15.9167;RBI=0.0077702;REFB=-0.0063705;REVB=0.00258793;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367163;STB=0.713936;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00426471;OID=.;OPOS=37879589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:10:3:9:6:10:3:9:6 chr19 37916812 . GTTCT GTTCC,GT 130.13 PASS AF=0.0666667,0.433333;AO=2,12;DP=27;FAO=2,13;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=0,8;FSAR=2,5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0178809,0.00989357;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=46.4847,186.941;QD=17.3507;RBI=0.0410482,0.00996896;REFB=-0.00674519,-0.0123628;REVB=0.036949,0.00122369;RO=11;SAF=0,7;SAR=2,5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.663928,-0.126749;STB=0.995901,0.529367;STBP=0.094,0.758;TYPE=snp,del;VARB=0.0690775,0.0212291;OID=.,.;OPOS=37916816,37916813;OREF=T,TTC;OALT=C,-;OMAPALT=GTTCC,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0666667,0.433333:2,12:27:2,13:30:15:0,8:2,5:10:5:99:11:0,7:2,5:8:3 chr19 38030265 . G A 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00340839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.933;QD=15.268;RBI=0.0192272;REFB=-0.00426127;REVB=-0.0189227;RO=33;SAF=17;SAR=9;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229738;STB=0.630362;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00564782;OID=.;OPOS=38030265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:9:17:14:19:9:17:14:19 chr19 38033251 . C T 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0083215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1136;QD=17.0998;RBI=0.0808474;REFB=-0.00264513;REVB=-0.080418;RO=15;SAF=12;SAR=2;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188477;STB=0.609991;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.000644472;OID=.;OPOS=38033251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:2:12:11:4:2:12:11:4 chr19 38046967 . G A 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00764614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.782;QD=13.8995;RBI=0.0145599;REFB=0.000193346;REVB=0.0123906;RO=33;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100723;STB=0.566418;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.000211277;OID=.;OPOS=38046967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:34:24:24:0.413793:10:14:16:17:10:14:16:18 chr19 38055612 . A T 422.19 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00979495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.913;QD=14.9449;RBI=0.00995926;REFB=-0.0110099;REVB=-0.00180162;RO=65;SAF=28;SAR=20;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109661;STB=0.561638;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0149728;OID=.;OPOS=38055612;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:65:65:48:48:0.424779:20:28:31:34:20:28:31:34 chr19 38056574 . T A 484.89 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0280373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8479;QD=26.5694;RBI=0.0281143;REFB=-0.0197306;REVB=0.00207898;RO=28;SAF=26;SAR=19;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212305;STB=0.511579;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0122064;OID=.;OPOS=38056574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:28:28:45:45:0.616438:19:26:17:11:19:26:17:11 chr19 38063125 . C CT 888.43 PASS AF=1;AO=72;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00806594;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.3717;QD=44.4213;RBI=0.278732;REFB=0;REVB=0.278616;RO=10;SAF=46;SAR=26;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105596;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00458676;OID=.;OPOS=38063126;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:72:82:80:80:0:47:33:0:0:17:10:46:26:2:8 chr19 38091932 . A T 278.8 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0114642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8785;QD=21.867;RBI=0.0153494;REFB=-0.0256429;REVB=-0.0102066;RO=23;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221253;STB=0.622323;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0188485;OID=.;OPOS=38091932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:15:13:17:6:15:13:17:6 chr19 38189440 . T C 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.000742449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=330.943;QD=20.3969;RBI=0.00209123;REFB=-0.0145368;REVB=-0.00195499;RO=27;SAF=13;SAR=18;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141935;STB=0.578406;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0128686;OID=.;OPOS=38189440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:18:13:7:20:18:13:7:20 chr19 38189616 . T C 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0102312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.152;QD=11.9922;RBI=0.0114728;REFB=-0.00575157;REVB=0.00519118;RO=33;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111228;STB=0.565145;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0135438;OID=.;OPOS=38189616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:8:10:15:18:8:10:15:18 chr19 38202516 . A C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00300661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.265;QD=60.2301;RBI=0.15167;REFB=0;REVB=0.15164;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530145;OID=.;OPOS=38202516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr19 38229824 . T C 79.42 PASS AF=0.34375;AO=10;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00945683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3767;QD=9.92699;RBI=0.0345546;REFB=-0.0160717;REVB=0.0332353;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207796;STB=0.576329;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0185766;OID=.;OPOS=38229824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:32:32:21:21:10:11:0.34375:7:3:10:11:7:4:10:11 chr19 38230720 . C G 381.43 PASS AF=0.654545;AO=36;DP=55;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00641543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.579;QD=27.7406;RBI=0.0191704;REFB=-0.00881594;REVB=0.0180651;RO=19;SAF=17;SAR=19;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325581;STB=0.517757;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00564311;OID=.;OPOS=38230720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:19:19:36:36:0.654545:19:17:8:11:19:17:8:11 chr19 38314767 . A G 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.000293934;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.094;QD=15.2681;RBI=0.0113496;REFB=-0.00214308;REVB=0.0113458;RO=33;SAF=10;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131143;STB=0.57441;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00292493;OID=.;OPOS=38314767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:16:10:17:16:16:10:17:16 chr19 38376485 . T A 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.00735188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.049;QD=18.4387;RBI=0.0207406;REFB=0.0154031;REVB=0.0193938;RO=29;SAF=17;SAR=12;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130912;STB=0.572816;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0224679;OID=.;OPOS=38376485;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:12:17:21:8:12:17:21:8 chr19 38377564 . T C 329.2 PASS AF=0.522388;AO=34;DP=63;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00012797;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.7761;QD=19.6537;RBI=0.0415484;REFB=-0.0304606;REVB=0.0415482;RO=29;SAF=13;SAR=21;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171174;STB=0.607082;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0276009;OID=.;OPOS=38377564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:67:29:32:34:35:0.522388:21:13:17:12:21:14:20:12 chr19 38377773 . G A 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0150287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4433;QD=14.2416;RBI=0.0333611;REFB=-0.00646621;REVB=-0.0297843;RO=31;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115523;STB=0.565979;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0138923;OID=.;OPOS=38377773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:11:11:19:12:11:11:19:12 chr19 38378107 . G A 220.4 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0412679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0357;QD=16.0289;RBI=0.0417194;REFB=0.00652707;REVB=-0.00612157;RO=30;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733835;STB=0.550979;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.00820262;OID=.;OPOS=38378107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:30:24:25:0.454545:13:11:16:14:14:11:16:14 chr19 38378539 . G C 388.31 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.00163911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.601;QD=21.2775;RBI=0.0353075;REFB=-0.0220513;REVB=-0.0352694;RO=34;SAF=20;SAR=19;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138856;STB=0.576532;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0187654;OID=.;OPOS=38378539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:19:20:23:11:19:20:23:11 chr19 38379446 . C T 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0151068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.772;QD=19.1727;RBI=0.0177174;REFB=-0.00237639;REVB=-0.00925696;RO=31;SAF=8;SAR=25;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183254;STB=0.505047;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00157072;OID=.;OPOS=38379446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:32:33:33:0.507692:25:8:8:23:25:8:8:24 chr19 38382328 . C T 433.67 PASS AF=0.393701;AO=50;DP=127;FAO=50;FDP=127;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.0182421;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6732;QD=13.6589;RBI=0.0302064;REFB=-0.00370847;REVB=-0.0240759;RO=75;SAF=21;SAR=29;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134675;STB=0.583798;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00514059;OID=.;OPOS=38382328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:75:77:50:50:0.393701:29:21:41:34:29:21:43:34 chr19 38572323 . TGGGC TGG,TGGC 106.58 PASS AF=0.571429,0;AO=10,4;DP=29;FAO=16,0;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=11,0;FSAR=5,0;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.250259,0.0794235;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=22.1461,11.2499;QD=15.2257;RBI=0.252409,0.123213;REFB=-0.148948,-0.151941;REVB=-0.0328684,0.0941986;RO=12;SAF=6,4;SAR=4,0;SRF=4;SRR=8;SSEN=0.286088,0.286088;SSEP=0,0;SSSB=0.243833,0.731329;STB=0.687265,0.5;STBP=0.028,1;TYPE=del,del;VARB=0.115624,0;OID=.,.;OPOS=38572326,38572324;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGG,TGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429,0:10,4:29:16,0:28:12:11,0:5,0:3:9:61:12:6,4:4,0:4:8 chr19 38600988 . G A 200.68 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0047864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1434;QD=20.5822;RBI=0.0187667;REFB=-0.0204144;REVB=0.0181461;RO=17;SAF=4;SAR=16;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110482;STB=0.579624;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0144832;OID=.;OPOS=38600988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:19:20:20:0.512821:16:4:5:12:16:4:6:13 chr19 38652993 . C T 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000565397;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=358.917;QD=44.0924;RBI=0.0302751;REFB=-0.0363186;REVB=0.0302699;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482085;STB=0.526285;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00028379;OID=.;OPOS=38652993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:8:9:1:0:8:9:1:0 chr19 38698997 . G T 255.92 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00956727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.848;QD=51.1843;RBI=0.0750035;REFB=0;REVB=-0.0743908;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217369;OID=.;OPOS=38698997;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:6:13:0:0:6:14:0:0 chr19 38706989 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.02;QD=61.3364;RBI=0.0175419;REFB=0;REVB=0.0136261;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01369e-06;OID=.;OPOS=38706989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr19 38709568 . C T 575.6 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.042;QD=60.5899;RBI=0.0374255;REFB=0;REVB=0.0287025;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294312;OID=.;OPOS=38709568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr19 38794895 . T C 557.92 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0240992;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.723;QD=18.7535;RBI=0.0296546;REFB=-0.000539839;REVB=-0.0172807;RO=61;SAF=29;SAR=29;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379519;STB=0.521001;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.000474643;OID=.;OPOS=38794895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:61:61:58:58:0.487395:29:29:28:33:29:29:28:33 chr19 38795550 . G GAAGAAGGAGAAGGGC 236.51 PASS AF=0.405797;AO=25;DP=76;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0188737;FXX=0.0920931;HRUN=2;LEN=15;MLLD=265.928;QD=13.7104;RBI=0.0195144;REFB=-0.0267475;REVB=-0.00495938;RO=43;SAF=9;SAR=16;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169716;STB=0.604752;STBP=0.162;TYPE=ins;VARB=0.0404901;OID=.;OPOS=38795551;OREF=-;OALT=AAGAAGGAGAAGGGC;OMAPALT=GAAGAAGGAGAAGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.405797:25:76:28:69:41:9:19:20:21:99:43:9:16:22:21 chr19 38798086 . T C 98.46 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0297883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5978;QD=14.0659;RBI=0.0575007;REFB=-0.0132776;REVB=-0.0491832;RO=16;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473986;STB=0.77542;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0250502;OID=.;OPOS=38798086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:3:9:4:12:3:9:4:12 chr19 38800176 . G A 177.99 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0159196;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.924;QD=13.6914;RBI=0.0410146;REFB=-0.0250978;REVB=0.0377989;RO=30;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177517;STB=0.52629;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0298743;OID=.;OPOS=38800176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:30:31:21:21:0.403846:15:6:9:21:15:6:10:21 chr19 38817944 . G A 224.8 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0286661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.79;QD=13.0319;RBI=0.0286669;REFB=-0.00533753;REVB=0.000203385;RO=41;SAF=8;SAR=19;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216253;STB=0.632504;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00434844;OID=.;OPOS=38817944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:41:42:27:27:0.391304:19:8:20:21:19:8:21:21 chr19 38847431 . T C 524.87 PASS AF=0.510204;AO=49;DP=97;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00852655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.193;QD=21.4234;RBI=0.0269408;REFB=-0.00581925;REVB=0.0255559;RO=48;SAF=27;SAR=22;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027194;STB=0.50943;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00523783;OID=.;OPOS=38847431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:48:48:49:50:0.510204:22:27:25:23:23:27:25:23 chr19 38852453 . C T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0439418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.884;QD=16.1718;RBI=0.0447139;REFB=-0.00581912;REVB=0.00827345;RO=20;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11895;STB=0.568875;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00961701;OID=.;OPOS=38852453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:12:4:7:13:12:4:7:13 chr19 38853442 . C G 310.64 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.013425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5452;QD=16.3495;RBI=0.0463882;REFB=0.000334601;REVB=-0.044403;RO=42;SAF=21;SAR=13;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118297;STB=0.566627;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00113316;OID=.;OPOS=38853442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:13:21:21:21:13:21:21:21 chr19 38876352 . G A 253.73 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00520805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.75;QD=28.1927;RBI=0.0384315;REFB=-0.0396507;REVB=0.038077;RO=13;SAF=8;SAR=15;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27534;STB=0.652041;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0288938;OID=.;OPOS=38876352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:15:8:10:3:15:8:10:3 chr19 38893856 . G C 171.27 PASS AF=0.422222;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.000644349;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.554;QD=15.2239;RBI=0.0261209;REFB=-0.0089919;REVB=-0.026113;RO=26;SAF=13;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207586;STB=0.629484;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0224417;OID=.;OPOS=38893856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:26:18:19:0.422222:5:13:14:12:5:14:14:12 chr19 38912764 . A G 439.87 PASS AF=0.575342;AO=28;DP=74;FAO=42;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0613133;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8341;QD=24.1023;RBI=0.0614918;REFB=-0.0132493;REVB=0.00468215;RO=18;SAF=9;SAR=19;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358208;STB=0.710618;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0108669;OID=.;OPOS=38912764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:18:31:28:42:0.575342:19:9:15:3:31:11:23:8 chr19 38931499 . G A 258.14 PASS AF=0.304348;AO=35;DP=115;FAO=35;FDP=115;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.0101422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.444;QD=8.97874;RBI=0.0240993;REFB=-0.0171659;REVB=0.0218612;RO=80;SAF=19;SAR=16;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212942;STB=0.51248;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0310543;OID=.;OPOS=38931499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:80:80:35:35:0.304348:16:19:42:38:16:19:42:38 chr19 38935280 . A G 485.3 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.00700012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8465;QD=17.8093;RBI=0.0237294;REFB=-0.00687833;REVB=-0.0226734;RO=57;SAF=38;SAR=14;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248397;STB=0.638724;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0064006;OID=.;OPOS=38935280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:57:57:52:52:0.477064:14:38:28:29:14:38:28:29 chr19 38939408 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.17;QD=64.4152;RBI=0.0165807;REFB=0;REVB=0.0118813;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137341;OID=.;OPOS=38939408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr19 38946182 . G A 1029.98 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.513;QD=58.0272;RBI=0.0663083;REFB=-0.138611;REVB=0.0650779;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00102657;OID=.;OPOS=38946182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:30:40:0:0:30:40:1:0 chr19 38949904 . C T 678.38 PASS AF=1;AO=34;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542094;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.58;QD=61.671;RBI=0.0545081;REFB=0;REVB=0.00569827;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723798;OID=.;OPOS=38949904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:34:44:1:24:10:0:0:25:19:0:0 chr19 38951019 . C T 148.29 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0213224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.606;QD=7.80471;RBI=0.0251424;REFB=-0.0144401;REVB=-0.0133228;RO=54;SAF=8;SAR=13;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787144;STB=0.541626;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0382889;OID=.;OPOS=38951019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:54:55:21:21:0.276316:13:8:24:30:13:8:24:31 chr19 38956803 . G A 2438.96 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.79;QD=61.3576;RBI=0.0458122;REFB=0;REVB=0.0319417;RO=0;SAF=68;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36345e-05;OID=.;OPOS=38956803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:159:0:0:157:159:1:89:68:0:0:89:70:0:0 chr19 39212281 . G A 189.63 PASS AF=0.245763;AO=29;DP=118;FAO=29;FDP=118;FR=.;FRO=89;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.0222963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.621;QD=6.42812;RBI=0.0326995;REFB=-0.0195401;REVB=0.0239193;RO=88;SAF=21;SAR=8;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252307;STB=0.658605;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0489554;OID=.;OPOS=39212281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:88:89:29:29:0.245763:8:21:47:41:8:21:47:42 chr19 39214321 . G A 71.87 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00065159;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.837;QD=6.11624;RBI=0.00681246;REFB=-0.00255615;REVB=-0.00678123;RO=36;SAF=4;SAR=6;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220091;STB=0.64971;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0126486;OID=.;OPOS=39214321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:48:47:36:37:10:10:0.212766:6:4:21:15:6:4:22:15 chr19 39233120 . C T 458.21 PASS AF=0.363636;AO=56;DP=155;FAO=56;FDP=154;FR=.;FRO=98;FSAF=8;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=-0.00470155;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.364;QD=11.9015;RBI=0.0090722;REFB=-0.00522074;REVB=0.00775888;RO=94;SAF=8;SAR=48;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411232;STB=0.742473;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0166102;OID=.;OPOS=39233120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:94:98:56:56:0.363636:48:8:40:54:48:8:42:56 chr19 39292669 . ATCT A 123.84 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0263818;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=3;MLLD=305.552;QD=8.69055;RBI=0.0264354;REFB=-0.00484279;REVB=-0.00168184;RO=39;SAF=10;SAR=7;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328836;STB=0.508537;STBP=0.946;TYPE=del;VARB=0.0155875;OID=.;OPOS=39292670;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.298246:17:60:17:57:40:10:7:24:16:99:39:10:7:24:15 chr19 39359921 . C T 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0185509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.016;QD=6.59538;RBI=0.0300784;REFB=-0.00331011;REVB=-0.0236765;RO=27;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16099;STB=0.608481;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00953532;OID=.;OPOS=39359921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:27:28:9:9:0.243243:6:3:6:21:6:3:6:22 chr19 39360272 . G A 759.26 PASS AF=0.287671;AO=105;DP=365;FAO=105;FDP=365;FR=.;FRO=260;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=164;FSRR=96;FWDB=-0.0182513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.241;QD=8.32063;RBI=0.0280117;REFB=-0.00787113;REVB=-0.0212496;RO=258;SAF=55;SAR=50;SRF=164;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138484;STB=0.576909;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.026196;OID=.;OPOS=39360272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:365:258:260:105:105:0.287671:50:55:164:94:50:55:164:96 chr19 39367111 . T C 442.97 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0367467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7745;QD=23.9444;RBI=0.0668178;REFB=0.0063633;REVB=-0.0558059;RO=31;SAF=18;SAR=25;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000588509;STB=0.500323;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00419903;OID=.;OPOS=39367111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:25:18:13:18:25:18:13:18 chr19 39385532 . T C 344.87 PASS AF=0.925926;AO=20;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0867586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.78;QD=51.0916;RBI=0.0874248;REFB=-0.151861;REVB=0.0107722;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438656;STB=0.518504;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00283037;OID=.;OPOS=39385532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:20:25:0.925926:10:10:1:0:12:13:1:0 chr19 39432783 . T C 1592.25 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00130848;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.107;QD=60.0849;RBI=0.0254293;REFB=0;REVB=0.0253956;RO=0;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72108e-05;OID=.;OPOS=39432783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:49:57:0:0:49:57:0:0 chr19 39433299 . A G 767.2 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.818;QD=63.9331;RBI=0.0201929;REFB=0;REVB=-0.0119571;RO=0;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53982e-05;OID=.;OPOS=39433299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:14:33:0:0:14:34:0:0 chr19 39516094 . C T 208.39 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00328581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.716;QD=11.4184;RBI=0.00365613;REFB=-0.00808098;REVB=-0.00160336;RO=47;SAF=14;SAR=12;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054619;STB=0.531621;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0123536;OID=.;OPOS=39516094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:12:14:23:24:12:14:23:24 chr19 39589189 . C T 1022.77 PASS AF=0.554286;AO=97;DP=176;FAO=97;FDP=175;FR=.;FRO=78;FSAF=70;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=-0.0133667;FXX=0.0056815;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.538;QD=23.3777;RBI=0.013397;REFB=-0.0290579;REVB=0.000901332;RO=78;SAF=70;SAR=27;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102416;STB=0.556008;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0223043;OID=.;OPOS=39589189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:78:78:97:97:0.554286:27:70:48:30:27:70:48:30 chr19 39590955 . G A 85.54 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00916731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.598;QD=11.798;RBI=0.0284776;REFB=-0.01924;REVB=-0.0269617;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191819;STB=0.612712;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.020148;OID=.;OPOS=39590955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:5:6:13:5:5:6:13:5 chr19 39591919 . C G 97.31 PASS AF=0.4;AO=11;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00671206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.048;QD=12.9747;RBI=0.00861468;REFB=-0.0166462;REVB=-0.00540008;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162248;STB=0.615195;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0234552;OID=.;OPOS=39591919;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:11:12:0.4:5:6:7:11:5:7:7:11 chr19 39592138 . C T 359.97 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00742949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.896;QD=19.9981;RBI=0.0164675;REFB=-0.00507984;REVB=0.0146963;RO=34;SAF=23;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826365;STB=0.539884;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00680674;OID=.;OPOS=39592138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:35:37:37:0.513889:14:23:18:16:14:23:19:16 chr19 39669750 . G A 75.44 PASS AF=0.185714;AO=13;DP=73;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.00183997;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.846;QD=4.31061;RBI=0.00520543;REFB=-0.0029904;REVB=-0.00486939;RO=56;SAF=6;SAR=7;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642886;STB=0.547812;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0115324;OID=.;OPOS=39669750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:73:70:56:57:13:13:0.185714:7:6:23:33:7:6:23:34 chr19 39688901 . G T 150.27 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0568696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2118;QD=12.2671;RBI=0.062049;REFB=-0.0281655;REVB=0.024818;RO=31;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346604;STB=0.69209;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0536016;OID=.;OPOS=39688901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:32:17:17:0.346939:6:11:10:21:6:11:11:21 chr19 39734325 . G A 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0245298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.578;QD=21.0078;RBI=0.0340581;REFB=-0.0203301;REVB=0.0236271;RO=25;SAF=22;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263435;STB=0.646955;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0159016;OID=.;OPOS=39734325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:8:22:11:14:8:22:11:14 chr19 39735106 . T C 34.0 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.017826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8214;QD=3.88516;RBI=0.0676062;REFB=0.00636428;REVB=0.0652137;RO=29;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463487;STB=0.82414;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0460845;OID=.;OPOS=39735106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:35:35:29:29:6:6:0.171429:1:5:13:16:1:5:13:16 chr19 39866374 . C T 130.46 PASS AF=0.224719;AO=20;DP=89;FAO=20;FDP=89;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=46;FWDB=-0.00087748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.863;QD=5.8635;RBI=0.016684;REFB=-0.0058718;REVB=0.0166609;RO=69;SAF=9;SAR=11;SRF=23;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151314;STB=0.592975;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0194881;OID=.;OPOS=39866374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:69:69:20:20:0.224719:11:9:23:46:11:9:23:46 chr19 39874383 . TGGGGGC TGGGGC,TGGGGCG 323.12 PASS AF=0.866667,0.0166667;AO=35,3;DP=61;FAO=52,1;FDP=60;FR=.;FRO=7;FSAF=8,1;FSAR=44,0;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.120996,-0.156082;FXX=0.0163908;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.51043,21.9494;QD=21.5412;RBI=0.146265,0.157387;REFB=-0.167089,-0.00824307;REVB=0.0821781,-0.0202205;RO=17;SAF=1,3;SAR=34,0;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.664027,0.620678;STB=0.584035,0.987707;STBP=0.016,0.502;TYPE=del,mnp;VARB=0.120993,-0.0322702;OID=.,.;OPOS=39874384,39874388;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGGC,TGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.866667,0.0166667:35,3:61:52,1:60:7:8,1:44,0:4:3:14:17:1,3:34,0:8:9 chr19 39880003 . A G 231.45 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0174833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.004;QD=12.3442;RBI=0.0241346;REFB=-0.0179942;REVB=-0.0166377;RO=46;SAF=14;SAR=14;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470648;STB=0.519986;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0347955;OID=.;OPOS=39880003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:47:28:28:0.373333:14:14:21:25:14:14:22:25 chr19 39888511 . G A 82.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0242547;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.563;QD=8.47333;RBI=0.028546;REFB=-0.00856807;REVB=-0.0150525;RO=28;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306342;STB=0.518834;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0339153;OID=.;OPOS=39888511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:40:39:28:28:11:11:0.282051:6:5:12:16:6:5:12:16 chr19 39891161 . T C 484.01 PASS AF=0.412214;AO=54;DP=131;FAO=54;FDP=131;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=50;FWDB=0.0132951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.046;QD=14.779;RBI=0.0284831;REFB=-0.00869887;REVB=0.0251898;RO=77;SAF=17;SAR=37;SRF=27;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425393;STB=0.523969;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.013731;OID=.;OPOS=39891161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:77:77:54:54:0.412214:37:17:27:50:37:17:27:50 chr19 39891219 . C T 431.94 PASS AF=0.390625;AO=50;DP=128;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=-0.0289995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.057;QD=13.498;RBI=0.0298301;REFB=-0.00690629;REVB=-0.00699039;RO=78;SAF=13;SAR=37;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143122;STB=0.581552;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0110353;OID=.;OPOS=39891219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:78:78:50:50:0.390625:37:13:29:49:37:13:29:49 chr19 39909600 . A C 406.51 PASS AF=0.27619;AO=58;DP=210;FAO=58;FDP=210;FR=.;FRO=152;FSAF=44;FSAR=14;FSRF=108;FSRR=44;FWDB=-0.0039475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.305;QD=7.7431;RBI=0.0142841;REFB=-0.00223888;REVB=-0.0137278;RO=150;SAF=44;SAR=14;SRF=108;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618457;STB=0.545283;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0046401;OID=.;OPOS=39909600;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:150:152:58:58:0.27619:14:44:108:42:14:44:108:44 chr19 39913634 . G A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0497943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.103;QD=14.7983;RBI=0.0498077;REFB=-0.0136385;REVB=-0.00115634;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148238;STB=0.586311;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0161585;OID=.;OPOS=39913634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:8:5:6:5:8:5 chr19 39914132 . C T 78.64 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=0.0157472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8146;QD=4.91521;RBI=0.0284299;REFB=-0.00676678;REVB=-0.0236703;RO=51;SAF=4;SAR=9;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497662;STB=0.531744;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0276591;OID=.;OPOS=39914132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:64:51:51:13:13:0.203125:9:4:14:37:9:4:14:37 chr19 39914174 . G A 103.93 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00193456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.848;QD=10.1397;RBI=0.00824741;REFB=-0.0096653;REVB=-0.00801731;RO=28;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130915;STB=0.579579;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0187692;OID=.;OPOS=39914174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:10:3:9:19:10:3:9:19 chr19 39914748 . G A 499.58 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.918;QD=58.7745;RBI=0.0170209;REFB=0;REVB=-0.00518992;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18977e-05;OID=.;OPOS=39914748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:19:13:0:0:19:15:0:0 chr19 39915757 . C CG 195.7 PASS AF=1;AO=2;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270827;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=144.221;QD=46.0481;RBI=0.0975111;REFB=0;REVB=-0.0936747;RO=16;SAF=0;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.560396;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000934502;OID=.;OPOS=39915758;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:18:17:17:0:8:9:0:0:4:16:0:2:9:7 chr19 39915758 . C G 162.99 PASS AF=0.882353;AO=13;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00112445;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=183.276;QD=38.3499;RBI=0.0622112;REFB=-0.17961;REVB=0.0622011;RO=2;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128919;STB=0.562417;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00364689;OID=.;OPOS=39915758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:17:17:2:2:13:15:0.882353:6:7:0:2:7:8:0:2 chr19 39916110 . GGGA G 794.91 PASS AF=1;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259045;FXX=0.0579626;HRUN=3;LEN=3;MLLD=178.528;QD=48.9172;RBI=0.0262028;REFB=0;REVB=0.00394266;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.318824;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.2634e-05;OID=.;OPOS=39916111;OREF=GGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:69:65:65:0:35:30:0:0:14:0:35:30:0:0 chr19 39926509 . A C 689.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.398;QD=62.6641;RBI=0.0309404;REFB=0;REVB=0.0228696;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130801;OID=.;OPOS=39926509;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr19 39926521 . G A,C 631.24 PASS AF=0.904762,0.0952381;AO=39,3;DP=42;FAO=38,4;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=21,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337748,0.0244866;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=88.0781,8.05647;QD=60.1185;RBI=0.0339169,0.0408458;REFB=0,0;REVB=-0.00310132,-0.0326923;RO=0;SAF=17,0;SAR=22,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00134461,0.197906;OID=.,.;OPOS=39926521,39926521;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:42:42:0:0:39,3:38,4:0.904762,0.0952381:22,3:17,0:0:0:21,4:17,0:0:0 chr19 39931963 . G A 372.3 PASS AF=0.298246;AO=51;DP=172;FAO=51;FDP=171;FR=.;FRO=120;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=72;FSRR=48;FWDB=0.0179417;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.083;QD=8.70868;RBI=0.0209486;REFB=-0.0126579;REVB=0.0108137;RO=118;SAF=32;SAR=19;SRF=72;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219597;STB=0.52038;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0312249;OID=.;OPOS=39931963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:118:120:51:51:0.298246:19:32:72:46:19:32:72:48 chr19 39932023 . T C 520.61 PASS AF=0.393548;AO=61;DP=155;FAO=61;FDP=155;FR=.;FRO=94;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=0.00397964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.521;QD=13.4351;RBI=0.0321564;REFB=-0.0128498;REVB=0.0319092;RO=94;SAF=39;SAR=22;SRF=42;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209246;STB=0.618213;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0157774;OID=.;OPOS=39932023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:94:94:61:61:0.393548:22:39:42:52:22:39:42:52 chr19 39932066 . T C 1412.22 PASS AF=0.970297;AO=92;DP=92;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.028667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.349;QD=55.9295;RBI=0.0581864;REFB=0.00383121;REVB=0.0506345;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514283;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.000158811;OID=.;OPOS=39932066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:101:0:3:92:98:0.970297:46:46:0:0:47:51:3:0 chr19 39944082 . C T 1045.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.488;QD=59.7419;RBI=0.0386944;REFB=0;REVB=0.034829;RO=0;SAF=21;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233591;OID=.;OPOS=39944082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:47:21:0:0:48:22:0:0 chr19 39948981 . T G 296.16 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00738061;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.165;QD=20.0783;RBI=0.0137442;REFB=-0.00922503;REVB=0.0115944;RO=27;SAF=10;SAR=21;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254821;STB=0.520292;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00851404;OID=.;OPOS=39948981;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:28:31:31:0.525424:21:10:8:19:21:10:8:20 chr19 39955533 . G A 262.71 PASS AF=0.54717;AO=26;DP=52;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0570729;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.5736;QD=19.827;RBI=0.109475;REFB=-0.00018194;REVB=0.0934205;RO=26;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545423;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0044547;OID=.;OPOS=39955533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:26:24:26:29:0.54717:12:14:14:12:15:14:14:10 chr19 39960865 . G A 257.31 PASS AF=0.304348;AO=35;DP=115;FAO=35;FDP=115;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=56;FSRR=24;FWDB=-0.00806284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.929;QD=8.95004;RBI=0.0142274;REFB=-0.00773934;REVB=0.0117222;RO=80;SAF=21;SAR=14;SRF=56;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12824;STB=0.574586;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0271252;OID=.;OPOS=39960865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:80:80:35:35:0.304348:14:21:56:24:14:21:56:24 chr19 39963546 . G A 161.47 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0419484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.373;QD=18.9967;RBI=0.0862677;REFB=-0.0517633;REVB=0.075382;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540683;STB=0.53065;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0553444;OID=.;OPOS=39963546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:10:7:6:11:10:7:6:11 chr19 39967318 . T C 195.06 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0521579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.927;QD=27.8663;RBI=0.052343;REFB=-0.0294117;REVB=0.00439843;RO=8;SAF=4;SAR=15;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201339;STB=0.599886;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00879195;OID=.;OPOS=39967318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:28:28:8:9:19:19:0.678571:15:4:4:4:15:4:4:5 chr19 39967320 . T C 190.86 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0372184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3439;QD=30.5383;RBI=0.0413423;REFB=-0.0639522;REVB=0.0179994;RO=7;SAF=4;SAR=14;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219182;STB=0.622074;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0596662;OID=.;OPOS=39967320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:14:4:4:3:14:4:4:3 chr19 39967322 . T C 176.16 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.036715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4439;QD=29.3593;RBI=0.0572664;REFB=-0.14294;REVB=0.0439483;RO=7;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212956;STB=0.618896;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.047476;OID=.;OPOS=39967322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:13:4:4:3:13:4:4:3 chr19 39967324 . T C 76.34 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0427554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0871;QD=13.2759;RBI=0.0460754;REFB=-0.0347661;REVB=-0.0171734;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14276;STB=0.585181;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0760104;OID=.;OPOS=39967324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:23:13:13:10:10:0.434783:8:2:4:9:8:2:4:9 chr19 39971432 . G C 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0596503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.524;QD=9.56964;RBI=0.0608065;REFB=-0.020086;REVB=-0.0118014;RO=15;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333037;STB=0.711227;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0295271;OID=.;OPOS=39971432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:7:1:5:10:7:1:5:10 chr19 39978808 . C T 200.43 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0138599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.678;QD=9.54434;RBI=0.0479914;REFB=-0.0178262;REVB=-0.0459465;RO=56;SAF=16;SAR=10;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951441;STB=0.557394;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0474846;OID=.;OPOS=39978808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:56:58:26:26:0.309524:10:16:30:26:10:16:31:27 chr19 39991237 . C G 560.37 PASS AF=0.55;AO=55;DP=101;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00216862;FXX=0.00990001;HRUN=5;LEN=1;MLLD=120.903;QD=22.4146;RBI=0.0475019;REFB=-0.0362314;REVB=0.0474523;RO=41;SAF=39;SAR=16;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209246;STB=0.638295;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0158841;OID=.;OPOS=39991237;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:41:45:55:55:0.55:16:39:19:22:16:39:19:26 chr19 39994711 . T C 1308.59 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9049;QD=61.5805;RBI=0.0444218;REFB=0;REVB=0.0415297;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588155;OID=.;OPOS=39994711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:49:35:0:0:50:35:0:0 chr19 39996027 . C T 548.58 PASS AF=0.523364;AO=55;DP=107;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00659637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.991;QD=20.5075;RBI=0.0076368;REFB=-0.00988031;REVB=0.0038482;RO=51;SAF=31;SAR=24;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815879;STB=0.539658;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00873063;OID=.;OPOS=39996027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:51:55:56:0.523364:24:31:24:27:25:31:24:27 chr19 40009396 . A G 322.75 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0483912;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.5996;QD=47.8152;RBI=0.0501892;REFB=-0.0824737;REVB=0.0133133;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403161;STB=0.504501;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00444184;OID=.;OPOS=40009396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:1:2:25:25:0.925926:14:11:1:0:14:11:1:1 chr19 40023308 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.472;QD=46.848;RBI=0.0225301;REFB=0;REVB=0.0168547;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124092;OID=.;OPOS=40023308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr19 40030654 . G C 279.03 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=2;FWDB=-0.0110657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.218;QD=21.8849;RBI=0.040971;REFB=-0.0181288;REVB=0.0394484;RO=22;SAF=17;SAR=11;SRF=20;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270714;STB=0.654054;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00920894;OID=.;OPOS=40030654;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:28:28:0.54902:11:17:20:2:11:17:21:2 chr19 40149297 . T A 1396.27 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00440967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7023;QD=62.7538;RBI=0.0340738;REFB=0;REVB=0.0337873;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140215;OID=.;OPOS=40149297;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:49:40:0:0:49:40:0:0 chr19 40170053 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0361525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.739;QD=12.0157;RBI=0.0380698;REFB=-0.0214461;REVB=-0.0119292;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090705;STB=0.555365;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0286907;OID=.;OPOS=40170053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:3:4:4:2:3:4 chr19 40170103 . A C 49.61 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0231049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2817;QD=15.2644;RBI=0.0616159;REFB=0.0366037;REVB=0.05712;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218735;STB=0.627576;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.0220746;OID=.;OPOS=40170103;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:1:5:4:3:1:5 chr19 40357683 . T G 236.57 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00650644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.284;QD=15.771;RBI=0.0667797;REFB=-0.00687955;REVB=-0.066462;RO=32;SAF=25;SAR=2;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477834;STB=0.791571;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00699449;OID=.;OPOS=40357683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:33:27:27:0.45:2:25:21:11:2:25:21:12 chr19 40363020 . G A 869.64 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247855;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.939;QD=57.9759;RBI=0.0727321;REFB=0;REVB=0.0683786;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266551;OID=.;OPOS=40363020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:28:31:0:0:29:31:0:0 chr19 40363926 . C G 825.49 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409688;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4384;QD=57.9295;RBI=0.0494393;REFB=0;REVB=-0.0276732;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000980388;OID=.;OPOS=40363926;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr19 40366362 . G C 747.06 PASS AF=1;AO=39;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.664;QD=62.2548;RBI=0.0287733;REFB=0;REVB=0.0258272;RO=0;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143496;OID=.;OPOS=40366362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:39:48:1:29:10:0:0:29:19:0:0 chr19 40368327 . CTTC CTC,CTTT 239.17 PASS AF=0.741935,0.193548;AO=8,5;DP=31;FAO=23,6;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=10,5;FSAR=13,1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.196978,-0.0316;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=14.7862,132.223;QD=30.8608;RBI=0.564916,0.0322786;REFB=-0.0377442,0.0361727;REVB=0.529462,-0.00658436;RO=15;SAF=7,4;SAR=1,1;SRF=4;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.63044,0.555549;STB=0.505296,0.624528;STBP=0.877,0.367;TYPE=del,snp;VARB=0.12947,0.0751754;OID=.,.;OPOS=40368328,40368330;OREF=T,C;OALT=-,T;OMAPALT=CTC,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.741935,0.193548:8,5:31:23,6:31:2:10,5:13,1:1:1:37:15:7,4:1,1:4:11 chr19 40368395 . C T 837.08 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00977433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.146;QD=55.8051;RBI=0.0351816;REFB=0.013435;REVB=0.0337965;RO=1;SAF=27;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171544;STB=0.509088;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.000515549;OID=.;OPOS=40368395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:32:27:1:0:32:27:1:0 chr19 40368498 . AA CC 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274774;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=197.505;QD=59.0187;RBI=0.0293923;REFB=0;REVB=0.0104354;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.65657e-05;OID=.;OPOS=40368498;OREF=AA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr19 40368520 . G C 214.63 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00236341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.0443;QD=37.3265;RBI=0.0499054;REFB=-0.196409;REVB=-0.0498494;RO=3;SAF=5;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121159;STB=0.59882;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0279551;OID=.;OPOS=40368520;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:23:23:3:4:19:19:0.826087:14:5:2:1:14:5:3:1 chr19 40376880 . T C 195.44 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00796458;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3111;QD=48.8598;RBI=0.00898709;REFB=0;REVB=-0.00416331;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000973769;OID=.;OPOS=40376880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr19 40392585 . T G 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0179454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7355;QD=6.52642;RBI=0.0257251;REFB=-0.00222142;REVB=-0.0184321;RO=20;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374923;STB=0.749167;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00346042;OID=.;OPOS=40392585;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:6:1:8:12:6:1:8:12 chr19 40581216 . C T 213.53 PASS AF=0.28;AO=28;DP=100;FAO=28;FDP=100;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0994775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7209;QD=8.5412;RBI=0.111248;REFB=-0.0129064;REVB=-0.049803;RO=72;SAF=16;SAR=12;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119914;STB=0.571378;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0336482;OID=.;OPOS=40581216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:72:72:28:28:0.28:12:16:34:38:12:16:34:38 chr19 40582039 . T A 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0122988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.658;QD=12.0244;RBI=0.0123097;REFB=-0.0107293;REVB=0.000518618;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196261;STB=0.583194;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0146274;OID=.;OPOS=40582039;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:18:20:12:12:0.375:5:7:7:11:5:7:9:11 chr19 40719076 . T C 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.304;QD=45.8041;RBI=0.0186048;REFB=0;REVB=0.0103429;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282562;OID=.;OPOS=40719076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr19 40739513 . A G 621.67 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00454938;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.451;QD=57.83;RBI=0.0324495;REFB=-0.0825629;REVB=0.032129;RO=1;SAF=29;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159086;STB=0.508471;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00219021;OID=.;OPOS=40739513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:1:1:41:42:0.976744:12:29:1:0:13:29:1:0 chr19 40886756 . G A 226.66 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00496769;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.313;QD=20.1472;RBI=0.0429398;REFB=-0.00379824;REVB=0.0426515;RO=22;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515138;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00297964;OID=.;OPOS=40886756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:22:23:22:22:0.488889:8:14:14:8:8:14:14:9 chr19 40886993 . C T 264.01 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0285689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.731;QD=15.3051;RBI=0.0298444;REFB=-0.030363;REVB=0.00863168;RO=39;SAF=10;SAR=20;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110136;STB=0.562457;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0420941;OID=.;OPOS=40886993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:20:10:17:22:20:10:17:22 chr19 40900865 . C T 1507.29 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0288448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.766;QD=58.5354;RBI=0.049726;REFB=-0.0819727;REVB=0.0405049;RO=1;SAF=56;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839763;STB=0.504424;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00030811;OID=.;OPOS=40900865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:46:56:1:0:46:56:1:0 chr19 40903419 . C T 146.07 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0644779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8223;QD=8.98876;RBI=0.0725534;REFB=-0.0297218;REVB=0.0332656;RO=45;SAF=13;SAR=7;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00709509;STB=0.504212;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0435513;OID=.;OPOS=40903419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:45:20:20:0.307692:7:13:29:16:7:13:29:16 chr19 41078220 . G C 318.98 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0152951;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.719;QD=31.12;RBI=0.0620556;REFB=-0.0110371;REVB=0.0601412;RO=14;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190041;STB=0.60424;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00844998;OID=.;OPOS=41078220;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:16:11:10:4:16:11:10:4 chr19 41086697 . C T 60.04 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00483846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.9;QD=5.85753;RBI=0.00924202;REFB=-0.00635457;REVB=-0.00787427;RO=32;SAF=7;SAR=2;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385053;STB=0.750834;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0338653;OID=.;OPOS=41086697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:32:32:9:9:0.219512:2:7:15:17:2:7:15:17 chr19 41088339 . C T 101.01 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=72;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00320276;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3993;QD=5.69062;RBI=0.0212847;REFB=-0.00500214;REVB=0.0210424;RO=50;SAF=8;SAR=8;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735627;STB=0.535167;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0214123;OID=.;OPOS=41088339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:50:55:16:16:0.225352:8:8:28:22:8:8:30:25 chr19 41117288 . GC G,GG 53.38 PASS AF=0.458333,0;AO=7,2;DP=22;FAO=11,0;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5,0;FSAR=6,0;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.142559,-0.0870107;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.8563,16.0546;QD=8.89686;RBI=0.161272,0.121468;REFB=-0.0752431,-0.0982853;REVB=0.0754024,0.0847566;RO=9;SAF=4,1;SAR=3,1;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0.375,0;SSSB=0.318742,0.307174;STB=0.50381,0.5;STBP=0.964,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0718679,0.061283;OID=.,.;OPOS=41117289,41117289;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333,0:7,2:22:11,0:24:13:5,0:6,0:6:7:51:9:4,1:3,1:2:7 chr19 41123093 . A AG,G 715.04 PASS AF=1,0;AO=43,2;DP=57;FAO=49,0;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.09753,-0.0851361;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=26.2698,105.846;QD=58.3706;RBI=0.226008,0.0900661;REFB=0,0;REVB=-0.203881,-0.0293897;RO=9;SAF=26,1;SAR=17,1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0164906,-0.0568293;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00723873,0;OID=.,.;OPOS=41123094,41123093;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:49:9:0:43,2:49,0:1,0:17,1:26,1:5:4:22,0:27,0:0:0 chr19 41188693 . G A 126.78 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0231486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.89;QD=8.04967;RBI=0.0233977;REFB=-0.006835;REVB=-0.00340553;RO=45;SAF=13;SAR=5;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24095;STB=0.646101;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0340487;OID=.;OPOS=41188693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:45:18:18:0.285714:5:13:24:21:5:13:24:21 chr19 41211056 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.582;QD=46.848;RBI=0.0433434;REFB=0;REVB=0.0109663;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000466839;OID=.;OPOS=41211056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr19 41255500 . C G 59.38 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.128864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2411;QD=15.8342;RBI=0.151288;REFB=-0.00785165;REVB=0.079259;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122361;STB=0.53325;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00281102;OID=.;OPOS=41255500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:6:7:8:8:0.533333:4:4:4:2:4:4:4:3 chr19 41289756 . G A 182.52 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.0134375;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.549;QD=23.5515;RBI=0.0334826;REFB=-0.0328543;REVB=0.0306678;RO=10;SAF=14;SAR=4;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123022;STB=0.597607;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00919039;OID=.;OPOS=41289756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:31:31:10:13:18:18:0.580645:4:14:9:1:4:14:12:1 chr19 41349754 . C T 63.8 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=43;FSRR=8;FWDB=0.0101921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.472;QD=4.11606;RBI=0.0212208;REFB=0.00136025;REVB=-0.018613;RO=50;SAF=9;SAR=2;SRF=43;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958891;STB=0.53602;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.00543616;OID=.;OPOS=41349754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:50:51:11:11:0.177419:2:9:43:7:2:9:43:8 chr19 41350664 . A T 1596.67 PASS AF=0.990909;AO=105;DP=107;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.144663;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.446;QD=58.0608;RBI=0.14486;REFB=0.0202085;REVB=-0.00754935;RO=2;SAF=40;SAR=65;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00447061;STB=0.503816;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000176872;OID=.;OPOS=41350664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:110:2:1:105:109:0.990909:65:40:1:1:65:44:0:1 chr19 41354606 . G T 44.5 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00703664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.01;QD=3.12312;RBI=0.00750634;REFB=-0.0062475;REVB=-0.0026136;RO=48;SAF=7;SAR=1;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.49802;STB=0.862073;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0307941;OID=.;OPOS=41354606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:48:49:8:8:0.140351:1:7:23:25:1:7:23:26 chr19 41356281 . T C 1872.01 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0203085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4252;QD=60.3874;RBI=0.0462169;REFB=-0.00919539;REVB=-0.0415159;RO=1;SAF=57;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714433;STB=0.503759;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000108609;OID=.;OPOS=41356281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:66:57:0:1:66:57:0:1 chr19 41381647 . A C 31.68 PASS AF=0.157895;AO=4;DP=37;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00611983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4451;QD=3.33447;RBI=0.0137179;REFB=-0.016582;REVB=0.0122771;RO=31;SAF=2;SAR=2;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903003;STB=0.592276;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0382681;OID=.;OPOS=41381647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:37:38:31:32:4:6:0.157895:2:2:13:18:4:2:14:18 chr19 41383215 . G C 395.94 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0129107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2113;QD=20.3044;RBI=0.0455636;REFB=0.00869597;REVB=-0.0436962;RO=38;SAF=16;SAR=24;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103851;STB=0.557349;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.00888673;OID=.;OPOS=41383215;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:24:16:11:27:24:16:11:27 chr19 41383799 . G A 399.26 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.00431409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2002;QD=15.356;RBI=0.0255696;REFB=-0.00687787;REVB=0.0252031;RO=58;SAF=20;SAR=25;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158601;STB=0.593179;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0167917;OID=.;OPOS=41383799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:59:45:45:0.432692:25:20:35:23:25:20:36:23 chr19 41384675 . T C 749.65 PASS AF=0.5;AO=73;DP=146;FAO=73;FDP=146;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.0421397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2174;QD=20.5383;RBI=0.0447073;REFB=0.00583468;REVB=0.0149328;RO=73;SAF=32;SAR=41;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380847;STB=0.520967;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00534561;OID=.;OPOS=41384675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:73:73:73:73:0.5:41:32:29:44:41:32:29:44 chr19 41386136 . A C 311.83 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0595722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.766;QD=16.6308;RBI=0.0615009;REFB=-0.0353274;REVB=0.0152813;RO=41;SAF=19;SAR=15;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999298;STB=0.555971;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0354119;OID=.;OPOS=41386136;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:15:19:27:14:15:19:27:14 chr19 41386420 . A C 457.87 PASS AF=0.641791;AO=42;DP=66;FAO=43;FDP=67;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0565026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8414;QD=27.3352;RBI=0.0641187;REFB=-0.000928753;REVB=-0.0303096;RO=23;SAF=23;SAR=19;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169328;STB=0.50597;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.000350195;OID=.;OPOS=41386420;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:23:24:42:43:0.641791:19:23:12:11:19:24:13:11 chr19 41386486 . CA AG 350.89 PASS AF=0.631579;AO=32;DP=55;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0133401;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=2;MLLD=154.057;QD=24.6238;RBI=0.0203166;REFB=-0.0302881;REVB=-0.0153234;RO=19;SAF=20;SAR=12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00477158;STB=0.505926;STBP=0.929;TYPE=mnp;VARB=0.0179729;OID=.;OPOS=41386486;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:19:21:32:36:0.631579:12:20:12:7:16:20:12:9 chr19 41386494 . A C 340.18 PASS AF=0.618182;AO=32;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0363429;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.414;QD=24.7402;RBI=0.0391334;REFB=-0.00860225;REVB=-0.0145124;RO=20;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267776;STB=0.504883;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00746827;OID=.;OPOS=41386494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:21:32:34:0.618182:14:18:12:8:15:19:12:9 chr19 41386527 . G A 341.94 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0148615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.846;QD=30.3948;RBI=0.0171915;REFB=-0.0270535;REVB=0.00864181;RO=16;SAF=14;SAR=15;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293866;STB=0.516118;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0166997;OID=.;OPOS=41386527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:15:14:7:9:15:14:7:9 chr19 41387620 . A G 114.23 PASS AF=0.222222;AO=17;DP=80;FAO=18;FDP=81;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00230038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1904;QD=5.64085;RBI=0.0301531;REFB=-0.0156045;REVB=-0.0300653;RO=63;SAF=8;SAR=9;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328638;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0367942;OID=.;OPOS=41387620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:63:63:17:18:0.222222:9:8:28:35:10:8:28:35 chr19 41387647 . A G 114.81 PASS AF=0.225;AO=18;DP=80;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0347514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8077;QD=5.74043;RBI=0.047286;REFB=0.000206538;REVB=-0.0320671;RO=61;SAF=8;SAR=10;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229784;STB=0.507034;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.00333458;OID=.;OPOS=41387647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:61:62:18:18:0.225:10:8:26:35:10:8:27:35 chr19 41387656 . A T 115.97 PASS AF=0.230769;AO=18;DP=78;FAO=18;FDP=78;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.00331136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.375;QD=5.94724;RBI=0.00743228;REFB=-0.00331558;REVB=-0.00665385;RO=60;SAF=8;SAR=10;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01397;STB=0.508661;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.018155;OID=.;OPOS=41387656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:60:60:18:18:0.230769:10:8:26:34:10:8:26:34 chr19 41404196 . A G 540.46 PASS AF=0.525253;AO=49;DP=96;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0117692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.915;QD=21.8369;RBI=0.0138474;REFB=-0.0220523;REVB=0.00729639;RO=46;SAF=34;SAR=15;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844725;STB=0.552218;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0305158;OID=.;OPOS=41404196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:46:47:49:52:0.525253:15:34:28:18:15:37:29:18 chr19 41405962 . T G 245.38 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0289796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.266;QD=15.5796;RBI=0.0396191;REFB=-0.0388639;REVB=0.0270159;RO=34;SAF=9;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200087;STB=0.605492;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0597023;OID=.;OPOS=41405962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:35:27:28:0.444444:18:9:18:16:18:10:19:16 chr19 41414481 . G A 478.05 PASS AF=0.394161;AO=54;DP=137;FAO=54;FDP=137;FR=.;FRO=83;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.00843534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.719;QD=13.9576;RBI=0.0126611;REFB=-0.0138072;REVB=-0.00944178;RO=83;SAF=20;SAR=34;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578806;STB=0.532751;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0180067;OID=.;OPOS=41414481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:83:83:54:54:0.394161:34:20:35:48:34:20:35:48 chr19 41442300 . T C 281.41 PASS AF=0.517241;AO=29;DP=57;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00823739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.796;QD=19.4075;RBI=0.00967333;REFB=-0.029872;REVB=-0.00507137;RO=28;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143316;STB=0.57105;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0195454;OID=.;OPOS=41442300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:28:29:30:0.517241:14:15:19:9:14:16:19:9 chr19 41512841 . G T 557.0 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0113195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2773;QD=18.5666;RBI=0.0204878;REFB=-0.0235167;REVB=-0.0170768;RO=60;SAF=31;SAR=27;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107965;STB=0.559258;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0248597;OID=.;OPOS=41512841;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:60:62:58:58:0.483333:27:31:25:35:27:31:26:36 chr19 41518245 . G A 551.23 PASS AF=0.579545;AO=50;DP=90;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00329467;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.956;QD=25.0558;RBI=0.0217005;REFB=-0.00551577;REVB=-0.0214489;RO=35;SAF=34;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135345;STB=0.557354;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00316862;OID=.;OPOS=41518245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:35:37:50:51:0.579545:16:34:18:17:17:34:20:17 chr19 41531522 . G T 612.28 PASS AF=0.508197;AO=62;DP=122;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0117671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8994;QD=20.0748;RBI=0.0614242;REFB=-0.0324577;REVB=0.0602865;RO=60;SAF=32;SAR=30;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014396;STB=0.507934;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0320505;OID=.;OPOS=41531522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:60:60:62:62:0.508197:30:32:30:30:30:32:30:30 chr19 41531656 . A C 467.42 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.000367954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.01;QD=16.8438;RBI=0.00693415;REFB=-0.010693;REVB=0.00692438;RO=59;SAF=30;SAR=21;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0049601;STB=0.506576;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0147895;OID=.;OPOS=41531656;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:60:51:51:0.459459:21:30:35:24:21:30:36:24 chr19 41531705 . G A 356.55 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=1;FWDB=-0.00161823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.022;QD=19.2731;RBI=0.030317;REFB=0.0114381;REVB=0.0302738;RO=37;SAF=22;SAR=15;SRF=36;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390473;STB=0.711861;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00555739;OID=.;OPOS=41531705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:15:22:36:1:15:22:36:1 chr19 41532005 . G A 1072.27 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0477606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.176;QD=57.1879;RBI=0.0580805;REFB=-0.0718254;REVB=0.0330495;RO=1;SAF=27;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171952;STB=0.503714;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.000888268;OID=.;OPOS=41532005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:1:2:73:73:0.973333:46:27:1:0:46:27:1:1 chr19 41533103 . C T 273.41 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0123784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.211;QD=12.7166;RBI=0.0232486;REFB=-0.022526;REVB=0.0196793;RO=54;SAF=20;SAR=12;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139793;STB=0.580306;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0338293;OID=.;OPOS=41533103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:54:32:32:0.372093:12:20:27:27:12:20:27:27 chr19 41622107 . G GC 190.79 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0699581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.0463;QD=10.7488;RBI=0.0699663;REFB=0.00159141;REVB=-0.00107286;RO=40;SAF=15;SAR=16;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190304;STB=0.60698;STBP=0.127;TYPE=ins;VARB=-0.00114188;OID=.;OPOS=41622108;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.43662:31:71:31:71:40:15:16:27:13:99:40:15:16:27:13 chr19 41622189 . G A 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=-0.0121424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.871;QD=14.9208;RBI=0.0414106;REFB=-0.0159015;REVB=0.0395904;RO=36;SAF=16;SAR=12;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218924;STB=0.627825;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0245579;OID=.;OPOS=41622189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:37:28:28:0.430769:12:16:28:8:12:16:29:8 chr19 41626381 . C T 262.8 PASS AF=0.428571;AO=29;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0180913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5999;QD=15.017;RBI=0.0434457;REFB=-0.00593997;REVB=-0.0394998;RO=40;SAF=22;SAR=7;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34078;STB=0.69902;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0060375;OID=.;OPOS=41626381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:29:30:0.428571:7:22:18:22:7:23:18:22 chr19 41627868 . G A 141.2 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.014938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.843;QD=13.4476;RBI=0.0266902;REFB=0.00587378;REVB=0.0221184;RO=25;SAF=12;SAR=4;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445139;STB=0.749687;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00470945;OID=.;OPOS=41627868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:16:16:0.380952:4:12:8:17:4:12:9:17 chr19 41700493 . GT CC,CT 762.14 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=2,44;DP=47;FAO=2,47;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=2,22;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195411,0.0959686;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=178.87,171.138;QD=62.2158;RBI=0.0350817,0.103031;REFB=0,0;REVB=0.0291354,0.0374889;RO=0;SAF=2,20;SAR=0,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.30465e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0419575,0.000283815;OID=.,.;OPOS=41700493,41700493;OREF=GT,G;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:47:49:0:0:2,44:2,47:0.0408163,0.959184:0,24:2,20:0:0:0,25:2,22:0:0 chr19 41743861 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00152854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.76;QD=59.0187;RBI=0.00161598;REFB=0;REVB=-0.000524389;RO=0;SAF=28;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65942e-06;OID=.;OPOS=41743861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:6:28:0:0:6:28:0:0 chr19 41748153 . A G 147.21 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0113534;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=375.017;QD=16.3564;RBI=0.0311181;REFB=-0.0192549;REVB=-0.028973;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138256;STB=0.579042;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0181634;OID=.;OPOS=41748153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:20:20:16:16:0.444444:7:9:14:6:7:9:14:6 chr19 41829991 . G A 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00675933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.133;QD=11.2669;RBI=0.00742513;REFB=-0.02271;REVB=-0.00307311;RO=35;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237237;STB=0.521717;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0365833;OID=.;OPOS=41829991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:36:20:20:0.357143:11:9:15:20:11:9:15:21 chr19 41848139 . GC G 203.14 PASS AF=1;AO=17;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.283778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.8813;QD=31.2522;RBI=0.289794;REFB=0;REVB=0.0587425;RO=5;SAF=3;SAR=14;SRF=3;SRR=2;SSEN=0.397173;SSEP=0;SSSB=-0.24425;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.019867;OID=.;OPOS=41848140;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:25:26:26:0:8:18:0:0:4:5:3:14:3:2 chr19 41858921 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0492391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9134;QD=16.8227;RBI=0.0521993;REFB=-0.0725302;REVB=0.0173286;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775494;STB=0.54533;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0329432;OID=.;OPOS=41858921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:1:4:5:2:1:4 chr19 41869392 . T C 241.03 PASS AF=0.479167;AO=24;DP=49;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=1;FWDB=-0.00800773;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.053;QD=20.0858;RBI=0.0172524;REFB=-0.0128367;REVB=0.0152814;RO=24;SAF=20;SAR=4;SRF=23;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241061;STB=0.644098;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00800569;OID=.;OPOS=41869392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:24:25:24:23:0.479167:4:20:23:1:4:19:24:1 chr19 41889748 . T C 448.95 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0200088;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3037;QD=16.9415;RBI=0.0285409;REFB=-0.0274176;REVB=-0.0203528;RO=57;SAF=23;SAR=26;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813369;STB=0.54526;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0383508;OID=.;OPOS=41889748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:57:57:49:49:0.462264:26:23:22:35:26:23:22:35 chr19 41903220 . G A 253.89 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0117607;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.636;QD=17.2126;RBI=0.0150901;REFB=-0.015357;REVB=-0.00945497;RO=31;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168037;STB=0.594172;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0160692;OID=.;OPOS=41903220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:31:31:28:28:0.474576:13:15:11:20:13:15:11:20 chr19 41928541 . AGG AG,AGC 30.75 PASS AF=0.222222,0.0555556;AO=7,2;DP=36;FAO=8,2;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=1,0;FSAR=7,2;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.140446,-0.0793632;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.5673,29.1031;QD=3.41708;RBI=0.250919,0.129115;REFB=0.0165827,0.0123314;REVB=-0.207931,-0.101844;RO=24;SAF=0,0;SAR=7,2;SRF=15;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.755903,-0.547397;STB=0.8864,0.996093;STBP=0.023,0.07;TYPE=del,snp;VARB=-0.136634,-0.159054;OID=.,.;OPOS=41928542,41928543;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AG,AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222,0.0555556:7,2:36:8,2:36:26:1,0:7,2:17:9:21:24:0,0:7,2:15:9 chr19 41928652 . C T 39.8 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0476432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1255;QD=5.30689;RBI=0.0755686;REFB=0.0139058;REVB=0.0586577;RO=23;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413825;STB=0.765061;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0315227;OID=.;OPOS=41928652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:30:30:23:23:7:7:0.233333:2:5:8:15:2:5:8:15 chr19 41930396 . A G 193.33 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0210581;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9043;QD=22.0943;RBI=0.0243664;REFB=-0.0283907;REVB=0.0122588;RO=15;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115188;STB=0.561395;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0235027;OID=.;OPOS=41930396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:15:16:18:19:0.542857:13:5:6:9:13:6:7:9 chr19 41932084 . G T 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.032779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.488;QD=6.93033;RBI=0.0372091;REFB=0.00297912;REVB=0.0176085;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468168;STB=0.799199;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00482482;OID=.;OPOS=41932084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:21:14:15:6:6:0.285714:4:2:11:3:4:2:12:3 chr19 41932120 . C T 37.46 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00416685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.487;QD=8.81375;RBI=0.0119512;REFB=-0.0316736;REVB=0.0112012;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471991;STB=0.784921;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0325078;OID=.;OPOS=41932120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:9:2:4:2:9:2 chr19 41932275 . T C 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0136729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5824;QD=22.8309;RBI=0.0353856;REFB=-0.0217086;REVB=0.0326373;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520923;STB=0.529372;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0261035;OID=.;OPOS=41932275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:10:5:4:6:10:5:4:6 chr19 41937095 . G A 363.09 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0148571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.091;QD=15.6167;RBI=0.0225623;REFB=-0.0212025;REVB=0.0169801;RO=53;SAF=19;SAR=20;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612282;STB=0.539627;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0293211;OID=.;OPOS=41937095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:54:39:39:0.419355:20:19:29:24:20:19:30:24 chr19 41939297 . C G 266.16 PASS AF=0.47619;AO=28;DP=61;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.000840182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.838;QD=16.8987;RBI=0.0209858;REFB=-0.0401774;REVB=0.020969;RO=33;SAF=16;SAR=12;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197467;STB=0.605167;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0506614;OID=.;OPOS=41939297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:33:33:28:30:0.47619:12:16:12:21:13:17:12:21 chr19 41944237 . T C 210.81 PASS AF=0.416667;AO=24;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00248506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.713;QD=14.0537;RBI=0.0172756;REFB=-0.0123705;REVB=-0.017096;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916862;STB=0.563708;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0228802;OID=.;OPOS=41944237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:24:25:0.416667:11:13:22:13:12:13:22:13 chr19 41945837 . T A 293.65 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.000614011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.864;QD=19.9087;RBI=0.0213486;REFB=0.000991386;REVB=0.0213397;RO=28;SAF=20;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18913;STB=0.605312;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.000348573;OID=.;OPOS=41945837;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:11:20:12:16:11:20:12:16 chr19 41949870 . T C 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00430937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.555;QD=60.7162;RBI=0.0398615;REFB=0;REVB=0.0396279;RO=0;SAF=58;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02911e-05;OID=.;OPOS=41949870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:18:58:0:0:18:58:0:0 chr19 42070360 . C T 1135.03 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3235;QD=60.535;RBI=0.0530369;REFB=0;REVB=0.0464182;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402689;OID=.;OPOS=42070360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:44:31:0:0:44:31:0:0 chr19 42070528 . G C 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.512;QD=59.1422;RBI=0.029364;REFB=0;REVB=0.023307;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92198e-05;OID=.;OPOS=42070528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr19 42071289 . T C 2132.4 PASS AF=0.985612;AO=137;DP=140;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00477237;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1632;QD=61.3639;RBI=0.00479091;REFB=0.173065;REVB=-0.000421005;RO=1;SAF=72;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725792;STB=0.500368;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-6.65273e-05;OID=.;OPOS=42071289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:139:1:2:137:137:0.985612:65:72:0:1:65:72:1:1 chr19 42083849 . C A 1634.06 PASS AF=0.982301;AO=104;DP=107;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0982923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9678;QD=57.8427;RBI=0.103075;REFB=0.0846837;REVB=0.0310339;RO=3;SAF=56;SAR=48;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010962;STB=0.509998;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00102876;OID=.;OPOS=42083849;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:107:113:3:2:104:111:0.982301:48:56:1:2:49:62:0:2 chr19 42085873 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.33;QD=58.4196;RBI=0.0391101;REFB=0;REVB=0.0226496;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56345e-05;OID=.;OPOS=42085873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr19 42132273 . C T 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0276821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.914;QD=9.56964;RBI=0.0285364;REFB=-0.0106424;REVB=0.00693012;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407156;STB=0.738668;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0127136;OID=.;OPOS=42132273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:2:13:4:4:2:13 chr19 42132314 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.937;QD=51.9165;RBI=0.048269;REFB=0;REVB=0.000249753;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035765;OID=.;OPOS=42132314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr19 42133319 . AG A 51.3 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=81;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.029088;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.46614;QD=2.53328;RBI=0.149894;REFB=-0.062572;REVB=0.147045;RO=41;SAF=11;SAR=18;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381826;STB=0.54051;STBP=0.631;TYPE=del;VARB=0.0406838;OID=.;OPOS=42133320;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:29:81:27:81:54:9:18:21:33:51:41:11:18:17:24 chr19 42190859 . A T 280.17 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0398121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6147;QD=14.5545;RBI=0.0405792;REFB=-0.0296531;REVB=-0.00785255;RO=45;SAF=21;SAR=11;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200519;STB=0.613962;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0439258;OID=.;OPOS=42190859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:11:21:21:24:11:21:21:24 chr19 42221607 . A G 892.2 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0619058;FXX=0.0447694;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.111;QD=55.7622;RBI=0.0621514;REFB=-0.109621;REVB=-0.00552019;RO=2;SAF=35;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00386671;STB=0.502048;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00133179;OID=.;OPOS=42221607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:64:64:2:2:62:62:0.96875:27:35:1:1:27:35:1:1 chr19 42260569 . G A 558.36 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=110;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.026705;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4411;QD=20.304;RBI=0.0309924;REFB=0.0057929;REVB=0.0157279;RO=53;SAF=23;SAR=34;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126872;STB=0.56993;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00822088;OID=.;OPOS=42260569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:53:53:57:57:0.518182:34:23:29:24:34:23:29:24 chr19 42265889 . G T 400.63 PASS AF=0.446809;AO=41;DP=95;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.0109616;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4153;QD=17.048;RBI=0.0145692;REFB=-0.00401408;REVB=-0.00959704;RO=49;SAF=19;SAR=22;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222321;STB=0.630549;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00956605;OID=.;OPOS=42265889;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:49:52:41:42:0.446809:22:19:34:15:23:19:36:16 chr19 42312933 . G A 430.37 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0045906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.61;QD=21.2526;RBI=0.0762229;REFB=-0.0262476;REVB=0.0760846;RO=38;SAF=25;SAR=18;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249801;STB=0.513793;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0230995;OID=.;OPOS=42312933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:18:25:21:17:18:25:21:17 chr19 42315281 . G T 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.000243554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.266;QD=22.1889;RBI=0.00336201;REFB=-0.00518284;REVB=-0.00335318;RO=22;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821868;STB=0.545918;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00368461;OID=.;OPOS=42315281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:11:13:14:8:11:13:14:8 chr19 42342319 . A G 75.61 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.000754067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.995;QD=11.2015;RBI=0.00547496;REFB=-0.0111112;REVB=-0.00542278;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217976;STB=0.615758;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0142029;OID=.;OPOS=42342319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:27:16:17:10:10:0.37037:3:7:8:8:3:7:9:8 chr19 42354629 . T C 403.14 PASS AF=0.644068;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00196756;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.049;QD=27.3316;RBI=0.00430532;REFB=-0.0102973;REVB=0.00382943;RO=21;SAF=19;SAR=19;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10881;STB=0.559291;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00548183;OID=.;OPOS=42354629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:21:21:38:38:0.644068:19:19:7:14:19:19:7:14 chr19 42375384 . T C 112.07 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=63;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0527428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1354;QD=6.79183;RBI=0.0533041;REFB=0.00056061;REVB=0.00771497;RO=48;SAF=10;SAR=5;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325119;STB=0.733963;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.010551;OID=.;OPOS=42375384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:48:48:15:18:0.272727:5:10:19:29:5:13:19:29 chr19 42383338 . G A 41.67 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00920586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135;QD=4.16655;RBI=0.00962715;REFB=-0.00442794;REVB=-0.00281674;RO=32;SAF=4;SAR=3;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669247;STB=0.529329;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0153741;OID=.;OPOS=42383338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:32:33:7:7:0.175:3:4:20:12:3:4:20:13 chr19 42392130 . T C 315.56 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00124954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.275;QD=25.2444;RBI=0.00562362;REFB=-0.0299482;REVB=0.00548304;RO=22;SAF=9;SAR=19;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152;STB=0.584553;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0160463;OID=.;OPOS=42392130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:19:9:11:11:19:9:11:11 chr19 42392310 . C T 237.17 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0518883;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.084;QD=17.5682;RBI=0.0518888;REFB=-0.0334252;REVB=0.000227994;RO=25;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.537009;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.033615;OID=.;OPOS=42392310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:25:28:25:26:0.481481:13:12:12:13:13:13:12:16 chr19 42392842 . G T 261.82 PASS AF=0.258741;AO=37;DP=143;FAO=37;FDP=143;FR=.;FRO=106;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=67;FWDB=-0.0238912;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.707;QD=7.32376;RBI=0.0248548;REFB=-0.00379052;REVB=0.00685353;RO=97;SAF=16;SAR=21;SRF=31;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144617;STB=0.54933;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0104872;OID=.;OPOS=42392842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:97:106:37:37:0.258741:21:16:31:66:21:16:39:67 chr19 42402681 . A AC,C 41.41 PASS AF=0.110169,0.00847458;AO=13,6;DP=119;FAO=13,1;FDP=118;FR=.;FRO=104;FSAF=9,1;FSAR=4,0;FSRF=39;FSRR=65;FWDB=-0.0185478,-0.0231146;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=74.2696,176.438;QD=1.40379;RBI=0.0515485,0.0281811;REFB=-0.00727625,-0.00191047;REVB=-0.048096,-0.016121;RO=100;SAF=9,2;SAR=4,4;SRF=39;SRR=61;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.355479,-0.0589123;STB=0.76347,0.992489;STBP=0.052,0.267;TYPE=ins,snp;VARB=0.193461,0.115603;OID=.,.;OPOS=42402682,42402681;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:119:118:100:104:13,6:13,1:0.110169,0.00847458:4,4:9,2:39:61:4,0:9,1:39:65 chr19 42463447 . C T 243.87 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0363543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.701;QD=18.759;RBI=0.0395158;REFB=-0.0348525;REVB=0.0154874;RO=26;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216766;STB=0.520108;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0317802;OID=.;OPOS=42463447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:26:26:25:26:0.5:15:10:11:15:16:10:11:15 chr19 42486240 . C T 196.41 PASS AF=0.292135;AO=26;DP=89;FAO=26;FDP=89;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.0367042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2552;QD=8.82752;RBI=0.0411238;REFB=-0.00719307;REVB=-0.0185465;RO=61;SAF=16;SAR=10;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312665;STB=0.509084;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0288779;OID=.;OPOS=42486240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:61:63:26:26:0.292135:10:16:36:25:10:16:38:25 chr19 42489516 . A C 1992.45 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0360279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.71;QD=61.3062;RBI=0.0441168;REFB=0.0411593;REVB=0.0254615;RO=1;SAF=67;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760358;STB=0.503999;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-1.89535e-06;OID=.;OPOS=42489516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:1:1:129:129:0.992308:62:67:0:1:62:67:0:1 chr19 42572987 . C T 498.18 PASS AF=0.566265;AO=44;DP=79;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0149471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.57;QD=24.0086;RBI=0.0323936;REFB=-0.016038;REVB=0.028739;RO=33;SAF=21;SAR=23;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147329;STB=0.55269;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0196831;OID=.;OPOS=42572987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:33:36:44:47:0.566265:23:21:22:11:24:23:22:14 chr19 42585112 . G A 93.15 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0354308;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.207;QD=6.42392;RBI=0.037132;REFB=-0.0135187;REVB=-0.0111107;RO=44;SAF=2;SAR=12;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466669;STB=0.79721;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0397096;OID=.;OPOS=42585112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:60:58:44:44:14:14:0.241379:12:2:21:23:12:2:21:23 chr19 42599579 . G A 81.22 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0183317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.305;QD=5.32567;RBI=0.0473507;REFB=-0.0108231;REVB=0.0436582;RO=48;SAF=10;SAR=3;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210051;STB=0.636136;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0338836;OID=.;OPOS=42599579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:48:48:13:13:0.213115:3:10:30:18:3:10:30:18 chr19 42621469 . G A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0167993;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.382;QD=16.8984;RBI=0.0168188;REFB=-0.0192073;REVB=0.000808817;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456945;STB=0.761894;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.014286;OID=.;OPOS=42621469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:8:1:7:3:8:1 chr19 42729630 . C T 611.32 PASS AF=0.438356;AO=64;DP=146;FAO=64;FDP=146;FR=.;FRO=82;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.0399509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.669;QD=16.7485;RBI=0.0636766;REFB=-0.0335639;REVB=-0.0495846;RO=82;SAF=38;SAR=26;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083479;STB=0.546629;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0359795;OID=.;OPOS=42729630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:82:82:64:64:0.438356:26:38:42:40:26:38:42:40 chr19 42736267 . A G 1376.02 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0777192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.132;QD=62.5463;RBI=0.0784987;REFB=0;REVB=0.0110351;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104553;OID=.;OPOS=42736267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:46:42:0:0:46:42:0:0 chr19 42753419 . G A 78.65 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00239909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.064;QD=4.91592;RBI=0.0117757;REFB=-0.0134214;REVB=0.0115288;RO=51;SAF=4;SAR=9;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233247;STB=0.650634;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0322335;OID=.;OPOS=42753419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:64:51:51:13:13:0.203125:9:4:25:26:9:4:25:26 chr19 42791170 . C T 236.48 PASS AF=0.289474;AO=33;DP=114;FAO=33;FDP=114;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=0.0113043;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.564;QD=8.29742;RBI=0.0141851;REFB=-0.0173262;REVB=-0.00856914;RO=80;SAF=23;SAR=10;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112977;STB=0.572908;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0486819;OID=.;OPOS=42791170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:80:81:33:33:0.289474:10:23:49:31:10:23:49:32 chr19 42873010 . G A 37.11 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0616044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.779;QD=2.65059;RBI=0.0618204;REFB=-0.00737096;REVB=0.00516313;RO=49;SAF=4;SAR=3;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501102;STB=0.536739;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0355646;OID=.;OPOS=42873010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:49:49:7:7:0.125:3:4:30:19:3:4:30:19 chr19 42880356 . TCTC T 139.54 PASS AF=0.215686;AO=22;DP=104;FAO=22;FDP=102;FR=.;FRO=80;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=-0.0171682;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=3;MLLD=198.882;QD=5.47227;RBI=0.0307905;REFB=-0.0165572;REVB=-0.0255599;RO=80;SAF=9;SAR=13;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236616;STB=0.637357;STBP=0.16;TYPE=del;VARB=0.0601574;OID=.;OPOS=42880357;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.215686:22:104:22:102:80:9:13:47:33:99:80:9:13:48:32 chr19 42911769 . G A 37.1 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0112281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4707;QD=8.24349;RBI=0.0831459;REFB=-0.0196368;REVB=0.0823843;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367359;STB=0.721627;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0211187;OID=.;OPOS=42911769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:2:10:3:3:2:10 chr19 43348671 . C T 501.66 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0247481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6146;QD=18.58;RBI=0.0400522;REFB=0.00276103;REVB=0.0314915;RO=55;SAF=25;SAR=28;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000949056;STB=0.500526;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.00268491;OID=.;OPOS=43348671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:28:25:26:29:28:25:26:29 chr19 43371292 . A T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0189658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.256;QD=10.8849;RBI=0.0204338;REFB=-0.0109964;REVB=0.00760505;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469885;STB=0.52824;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00899442;OID=.;OPOS=43371292;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:9:6:4:5:9:6 chr19 43372386 . T C 944.63 PASS AF=0.456621;AO=100;DP=221;FAO=100;FDP=219;FR=.;FRO=119;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=52;FSRR=67;FWDB=0.0247089;FXX=0.00904936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.056;QD=17.2535;RBI=0.0249529;REFB=0.0096252;REVB=-0.00348114;RO=119;SAF=47;SAR=53;SRF=52;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325981;STB=0.518045;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.0137348;OID=.;OPOS=43372386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:219:119:119:100:100:0.456621:53:47:52:67:53:47:52:67 chr19 43372473 . G A 198.55 PASS AF=0.295455;AO=26;DP=88;FAO=26;FDP=88;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0126734;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.321;QD=9.02504;RBI=0.0155773;REFB=0.00386814;REVB=0.00905756;RO=62;SAF=12;SAR=14;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839767;STB=0.5497;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.0176827;OID=.;OPOS=43372473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:62:62:26:26:0.295455:14:12:33:29:14:12:33:29 chr19 43372941 . T C 630.04 PASS AF=0.48855;AO=64;DP=131;FAO=64;FDP=131;FR=.;FRO=67;FSAF=56;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=12;FWDB=0.00825188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.288;QD=19.2378;RBI=0.0617074;REFB=-0.00424349;REVB=-0.0611531;RO=66;SAF=56;SAR=8;SRF=55;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810995;STB=0.557749;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00334471;OID=.;OPOS=43372941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:66:67:64:64:0.48855:8:56:55:11:8:56:55:12 chr19 43382174 . C A 929.73 PASS AF=0.597122;AO=82;DP=136;FAO=83;FDP=139;FR=.;FRO=56;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.000584601;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.202;QD=26.7547;RBI=0.00079555;REFB=-0.0077593;REVB=0.000539575;RO=54;SAF=38;SAR=44;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268528;STB=0.524251;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00433029;OID=.;OPOS=43382174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:139:54:56:82:83:0.597122:44:38:27:27:45:38:29:27 chr19 43382368 . T G 763.09 PASS AF=0.386957;AO=88;DP=229;FAO=89;FDP=230;FR=.;FRO=141;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=65;FSRR=76;FWDB=0.0063333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8773;QD=13.2711;RBI=0.00714106;REFB=0.000905601;REVB=-0.00329909;RO=140;SAF=44;SAR=44;SRF=65;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389226;STB=0.520476;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00285284;OID=.;OPOS=43382368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:230:140:141:88:89:0.386957:44:44:65:75:45:44:65:76 chr19 43382374 . C G 865.91 PASS AF=0.40678;AO=96;DP=236;FAO=96;FDP=236;FR=.;FRO=140;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=66;FSRR=74;FWDB=-0.018677;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.375;QD=14.6765;RBI=0.0192944;REFB=-0.0114086;REVB=-0.0048419;RO=140;SAF=44;SAR=52;SRF=66;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139458;STB=0.507811;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0139539;OID=.;OPOS=43382374;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:140:140:96:96:0.40678:52:44:66:74:52:44:66:74 chr19 43383680 . G T 654.04 PASS AF=0.481752;AO=66;DP=138;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.00144473;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9896;QD=19.096;RBI=0.0139333;REFB=-0.00873849;REVB=-0.0138582;RO=71;SAF=42;SAR=24;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072126;STB=0.53996;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0122404;OID=.;OPOS=43383680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:71:71:66:66:0.481752:24:42:40:31:24:42:40:31 chr19 43411767 . C T 760.97 PASS AF=0.440217;AO=81;DP=185;FAO=81;FDP=184;FR=.;FRO=103;FSAF=57;FSAR=24;FSRF=71;FSRR=32;FWDB=0.00298269;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.416;QD=16.5428;RBI=0.0615651;REFB=-0.0116595;REVB=-0.0614928;RO=102;SAF=57;SAR=24;SRF=70;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020719;STB=0.509576;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0144142;OID=.;OPOS=43411767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:102:103:81:81:0.440217:24:57:70:32:24:57:71:32 chr19 43420451 . G C 993.9 PASS AF=0.47907;AO=103;DP=215;FAO=103;FDP=215;FR=.;FRO=112;FSAF=60;FSAR=43;FSRF=74;FSRR=38;FWDB=-0.00467119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.691;QD=18.4912;RBI=0.00490507;REFB=-0.0188099;REVB=0.00149657;RO=111;SAF=60;SAR=43;SRF=73;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737917;STB=0.542451;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0222418;OID=.;OPOS=43420451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:111:112:103:103:0.47907:43:60:73:38:43:60:74:38 chr19 43439793 . G A 2335.71 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.4;QD=61.0642;RBI=0.0178667;REFB=0;REVB=0.0145874;RO=0;SAF=108;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33979e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11844e-06;OID=.;OPOS=43439793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:45:108:0:0:45:108:0:0 chr19 43519362 . C T 2597.69 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000183315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.19;QD=61.8498;RBI=0.00726204;REFB=0;REVB=0.00725973;RO=0;SAF=91;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.287e-06;OID=.;OPOS=43519362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:168:0:0:166:168:1:75:91:0:0:75:93:0:0 chr19 43519442 . T C 2273.2 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0233641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.97;QD=60.2173;RBI=0.0382117;REFB=0.0530643;REVB=0.0302367;RO=0;SAF=77;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-2.65352e-05;OID=.;OPOS=43519442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:0:1:150:150:0.993377:73:77:0:0:73:77:0:1 chr19 43529026 . CA TG 1527.65 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00481694;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.212;QD=59.9078;RBI=0.00789982;REFB=0;REVB=0.00626133;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00067005;OID=.;OPOS=43529026;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:46:56:0:0:46:56:0:0 chr19 43530514 . AGGGG AGGG,AGGGC 41.38 PASS AF=0.122807,0.0438596;AO=21,5;DP=114;FAO=14,5;FDP=114;FR=.;FRO=95;FSAF=5,5;FSAR=9,0;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=-0.162868,0.00464888;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.9261,24.5358;QD=1.45196;RBI=0.244827,0.124906;REFB=-0.0584388,-0.0410278;REVB=-0.182796,-0.124819;RO=75;SAF=4,5;SAR=17,0;SRF=43;SRR=32;SSEN=0.583333,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.485008,0.483869;STB=0.68764,0.997609;STBP=0.16,0.037;TYPE=del,snp;VARB=0.140805,0.0208884;OID=.,.;OPOS=43530515,43530518;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AGGG,AGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.122807,0.0438596:21,5:114:14,5:114:95:5,5:9,0:55:40:28:75:4,5:17,0:43:32 chr19 43679410 . A G 3095.72 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00575016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.807;QD=63.8292;RBI=0.0663945;REFB=0;REVB=0.0661451;RO=0;SAF=107;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33781e-05;OID=.;OPOS=43679410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:192:194:0:0:192:194:1:85:107:0:0:87:107:0:0 chr19 43680051 . C T 2960.9 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.363;QD=63.3347;RBI=0.0209904;REFB=0;REVB=0.0144899;RO=0;SAF=125;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18132e-05;OID=.;OPOS=43680051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:187:0:0:187:187:1:62:125:0:0:62:125:0:0 chr19 43683224 . C T 453.54 PASS AF=0.243816;AO=69;DP=283;FAO=69;FDP=283;FR=.;FRO=214;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=109;FSRR=105;FWDB=-0.0120255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8495;QD=6.4104;RBI=0.0436374;REFB=-0.00410677;REVB=-0.0419477;RO=214;SAF=45;SAR=24;SRF=109;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184639;STB=0.610955;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0135818;OID=.;OPOS=43683224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:214:214:69:69:0.243816:24:45:109:105:24:45:109:105 chr19 43687589 . G A 715.53 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210011;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1045;QD=57.2428;RBI=0.048145;REFB=0;REVB=0.0433231;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455203;OID=.;OPOS=43687589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr19 43687613 . T C 771.39 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164142;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.074;QD=57.1399;RBI=0.0520988;REFB=0;REVB=0.0494455;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250025;OID=.;OPOS=43687613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr19 43690506 . G C 1368.49 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.282;QD=62.2043;RBI=0.0302603;REFB=0;REVB=0.0258575;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39688e-05;OID=.;OPOS=43690506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:88:0:0:79:88:1:33:46:0:0:36:52:0:0 chr19 43699336 . T C 2986.08 PASS AF=0.989583;AO=190;DP=192;FAO=190;FDP=192;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=136;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.016309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.29;QD=62.21;RBI=0.0376814;REFB=-0.127691;REVB=0.0339692;RO=2;SAF=54;SAR=136;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00524727;STB=0.502755;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00213256;OID=.;OPOS=43699336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:192:192:2:2:190:190:0.989583:136:54:1:1:136:54:1:1 chr19 43699417 . A G 2848.7 PASS AF=1;AO=170;DP=177;FAO=181;FDP=181;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=64;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8195;QD=62.9547;RBI=0.0712993;REFB=0;REVB=0.0644424;RO=0;SAF=64;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217207;OID=.;OPOS=43699417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:181:0:0:170:181:1:106:64:0:0:117:64:0:0 chr19 43772270 . G T 3037.52 PASS AF=0.995025;AO=195;DP=198;FAO=200;FDP=201;FR=.;FRO=1;FSAF=109;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0463755;FXX=0.00985173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2892;QD=60.4481;RBI=0.0873944;REFB=-0.0281157;REVB=0.0740749;RO=1;SAF=108;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00438942;STB=0.502283;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000927848;OID=.;OPOS=43772270;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:198:201:1:1:195:200:0.995025:87:108:1:0:91:109:1:0 chr19 43772302 . C T 3181.34 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.77;QD=63.9466;RBI=0.0381922;REFB=0;REVB=0.0376899;RO=0;SAF=93;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71843e-05;OID=.;OPOS=43772302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:199:0:0:197:199:1:104:93:0:0:106:93:0:0 chr19 43773599 . T C 1437.68 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00531186;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.778;QD=63.1946;RBI=0.00734642;REFB=0;REVB=0.00507485;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.3599e-06;OID=.;OPOS=43773599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr19 43864548 . C A 382.88 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0283785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.977;QD=17.4038;RBI=0.0292196;REFB=-0.0116735;REVB=0.00696027;RO=47;SAF=24;SAR=16;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465458;STB=0.532694;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0162473;OID=.;OPOS=43864548;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:48:40:40:0.454545:16:24:26:21:16:24:26:22 chr19 43910649 . G T 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00809499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.934;QD=24.4929;RBI=0.0194527;REFB=-0.0295753;REVB=0.0176884;RO=14;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746985;STB=0.559941;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0157446;OID=.;OPOS=43910649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:15:21:21:0.583333:14:7:6:8:14:7:7:8 chr19 43910764 . A G 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00285887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.669;QD=56.9545;RBI=0.0398391;REFB=0;REVB=0.0397364;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156439;OID=.;OPOS=43910764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr19 43922061 . A G 498.37 PASS AF=0.45;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0135341;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9257;QD=16.6125;RBI=0.0142165;REFB=0.00274751;REVB=0.00435156;RO=65;SAF=19;SAR=35;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113111;STB=0.559703;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00126803;OID=.;OPOS=43922061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:65:66:54:54:0.45:35:19:30:35:35:19:30:36 chr19 43965029 . G A 212.79 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.038791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3986;QD=20.2659;RBI=0.0392716;REFB=0.0057609;REVB=0.00612516;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424061;STB=0.523895;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00464968;OID=.;OPOS=43965029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:10:11:12:9:10:11:12:9 chr19 43979589 . G T 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00793665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.034;QD=18.6418;RBI=0.0128628;REFB=-0.0250369;REVB=0.0101223;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136018;STB=0.576852;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0340226;OID=.;OPOS=43979589;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:11:10:8:16:11:10:8:16 chr19 43983602 . G A 514.33 PASS AF=0.294872;AO=69;DP=235;FAO=69;FDP=234;FR=.;FRO=165;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=90;FSRR=75;FWDB=-0.00200834;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.836;QD=8.79194;RBI=0.00815162;REFB=-0.0159966;REVB=-0.00790034;RO=161;SAF=27;SAR=42;SRF=88;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186859;STB=0.608664;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0474946;OID=.;OPOS=43983602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:234:161:165:69:69:0.294872:42:27:88:73:42:27:90:75 chr19 44047550 . T C 527.93 PASS AF=0.973684;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0619929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3533;QD=55.5711;RBI=0.0699897;REFB=-0.175681;REVB=0.0324876;RO=1;SAF=14;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032238;STB=0.51612;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0238129;OID=.;OPOS=44047550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:38:1:1:35:37:0.973684:21:14:1:0:22:15:1:0 chr19 44047813 . C T 150.4 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0269374;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.749;QD=11.1405;RBI=0.0300792;REFB=-0.00566595;REVB=-0.0133841;RO=35;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102573;STB=0.560279;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0121429;OID=.;OPOS=44047813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:35:35:19:19:0.351852:13:6:14:21:13:6:14:21 chr19 44047826 . T A 693.44 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294526;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.353;QD=63.0396;RBI=0.0333106;REFB=0;REVB=0.0155608;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270326;OID=.;OPOS=44047826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr19 44055726 . T C 262.73 PASS AF=0.508772;AO=24;DP=52;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.0442738;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.442;QD=18.4369;RBI=0.0462563;REFB=-0.0404061;REVB=-0.0133966;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235065;STB=0.651069;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0369563;OID=.;OPOS=44055726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:57:26:28:24:29:0.508772:15:9:4:22:15:14:5:23 chr19 44081288 . A G 674.88 PASS AF=0.756757;AO=55;DP=77;FAO=56;FDP=74;FR=.;FRO=18;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.00937265;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2775;QD=36.48;RBI=0.0351439;REFB=-0.0316404;REVB=-0.033871;RO=17;SAF=29;SAR=26;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105475;STB=0.56357;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00705321;OID=.;OPOS=44081288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:74:17:18:55:56:0.756757:26:29:13:4:27:29:14:4 chr19 44082945 . T C 574.34 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.251;QD=60.4569;RBI=0.0323632;REFB=0;REVB=0.0306946;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21652e-05;OID=.;OPOS=44082945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:18:20:0:0 chr19 44102989 . TGGGGGC TCGGGGC,TGGGGC,TGGGGG 202.97 PASS AF=0,0.581395,0.127907;AO=5,35,9;DP=90;FAO=0,50,11;FDP=86;FR=.;FRO=25;FSAF=0,32,11;FSAR=0,18,0;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.125581,-0.123336,-0.0479829;FXX=0.0444395;HRUN=5,5,4;LEN=1,1,1;MLLD=24.1051,8.99133,10.7021;QD=9.4404;RBI=0.148201,0.152402,0.0773478;REFB=0.0148347,-0.0610565,-0.152516;REVB=-0.0786962,-0.0895232,0.0606657;RO=24;SAF=4,20,9;SAR=1,15,0;SRF=13;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0.347962;SSSB=0.328085,0.022395,0.747231;STB=0.5,0.556031,0.998839;STBP=1,0.183,0.001;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0587504,0.141578;OID=.,.,.;OPOS=44102990,44102990,44102995;OREF=G,G,C;OALT=C,-,-;OMAPALT=TCGGGGC,TGGGGC,TGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.581395,0.127907:5,35,9:90:0,50,11:86:25:0,32,11:0,18,0:12:13:78:24:4,20,9:1,15,0:13:11 chr19 44118188 . A C 152.3 PASS AF=0.551724;AO=15;DP=28;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0351626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.586;QD=21.0073;RBI=0.0351962;REFB=-0.0229191;REVB=0.00153899;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243222;STB=0.633334;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00708456;OID=.;OPOS=44118188;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:12:13:15:16:0.551724:7:8:10:2:7:9:11:2 chr19 44118353 . G A 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=0.00357767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.057;QD=19.4078;RBI=0.0169094;REFB=-0.0177572;REVB=-0.0165266;RO=28;SAF=21;SAR=9;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133679;STB=0.573867;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0217516;OID=.;OPOS=44118353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:9:21:23:5:9:21:23:5 chr19 44126738 . G A 1135.05 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.551;QD=60.5361;RBI=0.0232533;REFB=0;REVB=-0.00852405;RO=0;SAF=59;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.86572e-05;OID=.;OPOS=44126738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:16:59:0:0:16:59:0:0 chr19 44128331 . G A 118.6 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00881708;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.46;QD=7.53016;RBI=0.0792838;REFB=-0.0192922;REVB=-0.078792;RO=46;SAF=15;SAR=2;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.594062;STB=0.864357;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0273056;OID=.;OPOS=44128331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:46:46:17:17:0.269841:2:15:19:27:2:15:19:27 chr19 44156472 . T C 226.79 PASS AF=0.472727;AO=23;DP=52;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0456249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0044;QD=16.4941;RBI=0.064044;REFB=0.00408109;REVB=0.0449445;RO=29;SAF=13;SAR=10;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163471;STB=0.618096;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00135119;OID=.;OPOS=44156472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:29:29:23:26:0.472727:10:13:21:8:13:13:21:8 chr19 44222793 . G A 142.6 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=0.0179017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.909;QD=8.26655;RBI=0.0212112;REFB=-0.0144394;REVB=0.0113772;RO=49;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361616;STB=0.712517;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.018288;OID=.;OPOS=44222793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:49:20:20:0.289855:8:12:14:35:8:12:14:35 chr19 44223113 . G A 1117.82 PASS AF=0.518692;AO=111;DP=214;FAO=111;FDP=214;FR=.;FRO=103;FSAF=66;FSAR=45;FSRF=82;FSRR=21;FWDB=-0.00140285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.244;QD=20.8938;RBI=0.0136171;REFB=-0.0188844;REVB=0.0135446;RO=101;SAF=66;SAR=45;SRF=81;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196244;STB=0.604558;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0218903;OID=.;OPOS=44223113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:101:103:111:111:0.518692:45:66:81:20:45:66:82:21 chr19 44273516 . T C 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0158848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.522;QD=8.7385;RBI=0.0187753;REFB=-0.00597098;REVB=-0.0100092;RO=20;SAF=8;SAR=1;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339117;STB=0.717355;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.01285;OID=.;OPOS=44273516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:1:8:14:6:1:8:14:6 chr19 44302624 . T C 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0253617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.819;QD=15.7842;RBI=0.025374;REFB=-0.0112016;REVB=-0.000788008;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258764;STB=0.648446;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0154735;OID=.;OPOS=44302624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:6:8:5:12:6:8:5:12 chr19 44303066 . C G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.153;QD=55.6561;RBI=0.0683889;REFB=0;REVB=0.052971;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390071;OID=.;OPOS=44303066;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr19 44351107 . G A 109.69 PASS AF=0.55;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0453748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4523;QD=21.9369;RBI=0.0499965;REFB=-0.142297;REVB=-0.0209947;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219729;STB=0.63135;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0102262;OID=.;OPOS=44351107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:19:20:6:6:10:11:0.55:5:5:5:1:6:5:5:1 chr19 44351166 . GGGAGAT G 300.29 PASS AF=0.660377;AO=34;DP=52;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00486467;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=6;MLLD=291.706;QD=22.6633;RBI=0.00861944;REFB=-0.0205663;REVB=-0.00711546;RO=16;SAF=14;SAR=20;SRF=8;SRR=8;SSEN=0.621918;SSEP=0;SSSB=-0.0528839;STB=0.524576;STBP=0.623;TYPE=del;VARB=0.0134037;OID=.;OPOS=44351167;OREF=GGAGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.660377:34:52:35:53:18:15:20:9:9:95:16:14:20:8:8 chr19 44351694 . C T 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0103692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.137;QD=19.9285;RBI=0.0334784;REFB=-0.00487281;REVB=-0.0318321;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295756;STB=0.666419;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00090387;OID=.;OPOS=44351694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:6:6:1:8:6:6:1:8 chr19 44351836 . G A 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0165382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.163;QD=16.7313;RBI=0.0167319;REFB=-0.0255185;REVB=0.00253874;RO=36;SAF=11;SAR=20;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294736;STB=0.665294;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0306169;OID=.;OPOS=44351836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:20:11:24:12:20:11:24:12 chr19 44352665 . TG CA 283.66 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00961623;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=347.093;QD=19.9056;RBI=0.0115988;REFB=-0.00587076;REVB=0.0064853;RO=27;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257429;STB=0.642521;STBP=0.031;TYPE=mnp;VARB=0.00541414;OID=.;OPOS=44352665;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:17:13:20:7:17:13:20:7 chr19 44352688 . G A 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0156827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.622;QD=21.9722;RBI=0.0263813;REFB=-0.00386802;REVB=-0.0212139;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15984;STB=0.589315;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00399078;OID=.;OPOS=44352688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:12:11:14:7:12:11:14:7 chr19 44377357 . C T 582.31 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00653604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.28;QD=58.2314;RBI=0.019302;REFB=0.0281212;REVB=0.0181617;RO=1;SAF=12;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374593;STB=0.51999;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00023055;OID=.;OPOS=44377357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:27:12:1:0:27:12:1:0 chr19 44417575 . A G 310.12 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0762651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4047;QD=21.3878;RBI=0.0779702;REFB=0.0360842;REVB=-0.0162165;RO=26;SAF=19;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139001;STB=0.576958;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0269785;OID=.;OPOS=44417575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:13:19:11:15:13:19:11:15 chr19 44418077 . C T 281.96 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.0354853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8161;QD=14.6472;RBI=0.038069;REFB=0.00721575;REVB=0.0137858;RO=45;SAF=15;SAR=17;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202687;STB=0.614389;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0100768;OID=.;OPOS=44418077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:17:15:30:15:17:15:30:15 chr19 44418343 . C T 253.11 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00468237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.875;QD=15.1113;RBI=0.0099843;REFB=-0.016259;REVB=-0.00881826;RO=38;SAF=10;SAR=19;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108955;STB=0.56184;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0179903;OID=.;OPOS=44418343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:19:10:17:21:19:10:17:21 chr19 44418544 . A G 175.75 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0295766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3815;QD=10.1884;RBI=0.0338193;REFB=-0.00719991;REVB=0.0164004;RO=46;SAF=11;SAR=12;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247589;STB=0.514489;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0138153;OID=.;OPOS=44418544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:46:23:23:0.333333:12:11:23:23:12:11:23:23 chr19 44418776 . G A 248.32 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.0245238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.52;QD=11.6858;RBI=0.0255217;REFB=-0.0138651;REVB=0.00706671;RO=54;SAF=15;SAR=15;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165827;STB=0.599936;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0208;OID=.;OPOS=44418776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:54:55:30:30:0.352941:15:15:35:19:15:15:36:19 chr19 44419030 . A G 715.52 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0010272;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.306;QD=57.2414;RBI=0.02256;REFB=0;REVB=0.0225366;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42108e-05;OID=.;OPOS=44419030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr19 44470189 . T A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.98;QD=56.9381;RBI=0.0353145;REFB=0;REVB=-0.000948456;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001365;OID=.;OPOS=44470189;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr19 44470420 . T C 923.2 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254549;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.865;QD=58.6158;RBI=0.0254991;REFB=0;REVB=-0.00150047;RO=0;SAF=20;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50354e-05;OID=.;OPOS=44470420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:43:20:0:0:43:20:0:0 chr19 44470548 . A G 740.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4753;QD=56.9506;RBI=0.0842604;REFB=0;REVB=0.0766978;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512349;OID=.;OPOS=44470548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr19 44470663 . G C 1227.51 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.739;QD=61.3756;RBI=0.0136942;REFB=0;REVB=-0.00847435;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48528e-06;OID=.;OPOS=44470663;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:78:80:1:40:38:0:0:41:39:0:0 chr19 44471209 . T A 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9821;QD=64.4133;RBI=0.0342377;REFB=0;REVB=0.0280756;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03626e-05;OID=.;OPOS=44471209;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr19 44471323 . G A 904.12 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103257;FXX=0.0454477;HRUN=5;LEN=1;MLLD=143.286;QD=57.4041;RBI=0.022213;REFB=0;REVB=0.0196672;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208486;OID=.;OPOS=44471323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:61:63:1:29:32:0:0:29:34:0:0 chr19 44494215 . T C 851.03 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1799;QD=57.6967;RBI=0.0348136;REFB=0;REVB=0.0305345;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419647;OID=.;OPOS=44494215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr19 44496070 . A G 1196.25 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140826;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.488;QD=59.8123;RBI=0.0249705;REFB=-0.0588711;REVB=0.0206205;RO=1;SAF=33;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141287;STB=0.507461;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=2.38446e-05;OID=.;OPOS=44496070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:1:1:79:79:0.9875:46:33:1:0:46:33:1:0 chr19 44500478 . A T 1026.31 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.801;QD=59.496;RBI=0.0491107;REFB=0;REVB=0.0235531;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011592;OID=.;OPOS=44500478;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr19 44500701 . C T 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00869854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.191;QD=9.67051;RBI=0.010463;REFB=-0.0116138;REVB=0.0058146;RO=33;SAF=7;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540173;STB=0.543424;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.03261;OID=.;OPOS=44500701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:36:16:16:0.307692:9:7:16:17:9:7:18:18 chr19 44500761 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.115;QD=58.6006;RBI=0.0111873;REFB=0;REVB=-0.00227091;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88046e-05;OID=.;OPOS=44500761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr19 44501116 . A G 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123022;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=316.234;QD=58.6486;RBI=0.0145793;REFB=0.0167829;REVB=-0.00782367;RO=1;SAF=7;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140049;STB=0.507459;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.000233871;OID=.;OPOS=44501116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:33:7:0:1:33:7:0:1 chr19 44501227 . A G 738.27 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5546;QD=56.7899;RBI=0.0784298;REFB=0;REVB=-0.0613704;RO=2;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335981;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00145094;OID=.;OPOS=44501227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:2:0:50:52:1:27:23:0:2:29:23:0:0 chr19 44501518 . G A 2388.35 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.282;QD=64.1168;RBI=0.0131497;REFB=0;REVB=0.00763474;RO=0;SAF=67;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.67496e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21089e-06;OID=.;OPOS=44501518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:82:67:0:0:82:67:0:0 chr19 44511223 . T G 1556.01 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0188;QD=59.8464;RBI=0.0244076;REFB=0;REVB=0.0146317;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76532e-05;OID=.;OPOS=44511223;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:48:56:0:0:48:56:0:0 chr19 44515352 . T G 316.92 PASS AF=0.364486;AO=39;DP=112;FAO=39;FDP=107;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0184649;FXX=0.0446389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.556;QD=11.8475;RBI=0.0224137;REFB=-0.00259138;REVB=0.0127053;RO=69;SAF=18;SAR=21;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187108;STB=0.524483;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00455211;OID=.;OPOS=44515352;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:107:69:68:39:39:0.364486:21:18:33:36:21:18:34:34 chr19 44515514 . C A 654.91 PASS AF=0.528455;AO=65;DP=123;FAO=65;FDP=123;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00599616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.707;QD=21.2979;RBI=0.00984887;REFB=-0.0205864;REVB=-0.00781321;RO=58;SAF=31;SAR=34;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246811;STB=0.51355;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0176744;OID=.;OPOS=44515514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:58:58:65:65:0.528455:34:31:26:32:34:31:26:32 chr19 44564981 . G A 346.92 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0118625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.862;QD=13.3431;RBI=0.0427386;REFB=-0.0195213;REVB=-0.0410593;RO=63;SAF=25;SAR=16;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769611;STB=0.543719;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0278152;OID=.;OPOS=44564981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:63:63:41:41:0.394231:16:25:34:29:16:25:34:29 chr19 44570551 . G A 337.08 PASS AF=0.627451;AO=31;DP=50;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0061032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.214;QD=26.4374;RBI=0.00881045;REFB=-0.0450939;REVB=-0.00635413;RO=19;SAF=20;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491596;STB=0.518123;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0245768;OID=.;OPOS=44570551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:19:19:31:32:0.627451:11:20:11:8:12:20:11:8 chr19 44591360 . G A 376.76 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.000199778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.321;QD=18.6054;RBI=0.00969131;REFB=-0.00813504;REVB=-0.00968925;RO=42;SAF=16;SAR=23;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028338;STB=0.515781;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00753435;OID=.;OPOS=44591360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:23:16:16:26:23:16:16:26 chr19 44610665 . A G 1115.69 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.941;QD=60.3078;RBI=0.0326695;REFB=0;REVB=0.0145269;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2122e-05;OID=.;OPOS=44610665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr19 44610798 . A T 1302.12 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.832;QD=62.0056;RBI=0.0479021;REFB=0;REVB=0.0380662;RO=0;SAF=53;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103894;OID=.;OPOS=44610798;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:31:53:0:0:31:53:0:0 chr19 44611066 . T C 756.79 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0390901;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0731;QD=55.0389;RBI=0.0565068;REFB=-0.0127561;REVB=0.0408042;RO=1;SAF=24;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192307;STB=0.5102;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00235073;OID=.;OPOS=44611066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:1:1:54:54:0.981818:30:24:1:0:30:24:1:0 chr19 44611420 . A G 888.57 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00558146;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=322.522;QD=56.4171;RBI=0.00559539;REFB=-0.0378534;REVB=-0.000394497;RO=1;SAF=22;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209743;STB=0.511108;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=6.98062e-05;OID=.;OPOS=44611420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:40:22:1:0:40:22:1:0 chr19 44612005 . A G 756.44 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.759;QD=55.0138;RBI=0.0237094;REFB=0;REVB=0.00365353;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472249;OID=.;OPOS=44612005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:55:0:0:50:55:1:29:21:0:0:30:25:0:0 chr19 44612014 . A T 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.322;QD=57.5432;RBI=0.0634738;REFB=0;REVB=-0.0118649;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0122e-05;OID=.;OPOS=44612014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr19 44612231 . A G 711.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000370267;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.282;QD=63.2271;RBI=0.0141418;REFB=0;REVB=0.0141369;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121349;OID=.;OPOS=44612231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:25:19:0:0:25:20:0:0 chr19 44636575 . A G 327.71 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0143274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9755;QD=15.2425;RBI=0.109491;REFB=-0.0113718;REVB=-0.10855;RO=50;SAF=18;SAR=18;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14437;STB=0.581351;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0157126;OID=.;OPOS=44636575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:18:18:18:32:18:18:18:32 chr19 44652954 . G A 495.95 PASS AF=0.37037;AO=60;DP=164;FAO=60;FDP=162;FR=.;FRO=102;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=0.00438327;FXX=0.0121944;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.104;QD=12.2457;RBI=0.0324744;REFB=-0.0209892;REVB=0.0321772;RO=102;SAF=37;SAR=23;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110235;STB=0.562716;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0319257;OID=.;OPOS=44652954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:162:102:102:60:60:0.37037:23:37:53:49:23:37:53:49 chr19 44660967 . A G 161.65 PASS AF=0.515152;AO=18;DP=31;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0262789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1824;QD=19.5935;RBI=0.0713722;REFB=-0.0148632;REVB=-0.0663582;RO=13;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944578;STB=0.510626;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0103342;OID=.;OPOS=44660967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:13:16:18:17:0.515152:13:5:5:8:12:5:5:11 chr19 44721699 . C T 628.53 PASS AF=0.588235;AO=60;DP=102;FAO=60;FDP=102;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00166544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.918;QD=24.6484;RBI=0.0120859;REFB=-0.0204098;REVB=0.0119706;RO=42;SAF=33;SAR=27;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379644;STB=0.520703;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0119635;OID=.;OPOS=44721699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:42:42:60:60:0.588235:27:33:21:21:27:33:21:21 chr19 44739399 . T C 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00274448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.259;QD=8.08964;RBI=0.0507125;REFB=0.0125237;REVB=0.0506382;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244319;STB=0.651833;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0208442;OID=.;OPOS=44739399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:6:3:12:10:6:3:12:10 chr19 44764064 . A G 1415.16 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5118;QD=62.8959;RBI=0.070385;REFB=0;REVB=-0.0489791;RO=0;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000720381;OID=.;OPOS=44764064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:54:36:0:0:54:36:0:0 chr19 44778405 . A C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.781;QD=48.7373;RBI=0.077953;REFB=0;REVB=0.054577;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557029;OID=.;OPOS=44778405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr19 44778797 . T A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0027007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.308;QD=17.9407;RBI=0.0134362;REFB=-0.0198321;REVB=-0.013162;RO=22;SAF=2;SAR=17;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509034;STB=0.797452;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0274639;OID=.;OPOS=44778797;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:17:2:11:11:17:2:11:11 chr19 44778799 . G A 183.88 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0944359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.746;QD=17.9399;RBI=0.0956572;REFB=-0.0114722;REVB=-0.0152366;RO=22;SAF=2;SAR=17;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509034;STB=0.797452;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0170016;OID=.;OPOS=44778799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:17:2:11:11:17:2:11:11 chr19 44792701 . T G 447.86 PASS AF=0.565789;AO=44;DP=77;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0366399;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.684;QD=23.5716;RBI=0.0438776;REFB=-0.00869828;REVB=0.0241404;RO=33;SAF=25;SAR=19;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0060325;STB=0.521187;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00648759;OID=.;OPOS=44792701;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:33:33:44:43:0.565789:19:25:19:14:19:24:20:13 chr19 44792969 . G A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.069;QD=51.9135;RBI=0.0105771;REFB=0;REVB=0.0013765;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.82621e-05;OID=.;OPOS=44792969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr19 44832684 . T G 990.99 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.976;QD=59.1634;RBI=0.0402216;REFB=0;REVB=-0.00405727;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08972e-05;OID=.;OPOS=44832684;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:36:30:0:0:36:31:0:0 chr19 44832875 . A G 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000349222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.32;QD=58.4193;RBI=0.0267831;REFB=0;REVB=0.0267809;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132976;OID=.;OPOS=44832875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr19 44832992 . C G 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8829;QD=58.4179;RBI=0.0204853;REFB=0;REVB=-0.00164821;RO=0;SAF=41;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172864;OID=.;OPOS=44832992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:22:41:0:0:22:41:0:0 chr19 44833506 . C T 1126.8 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0457412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4192;QD=57.7846;RBI=0.0570214;REFB=-0.0191405;REVB=0.0340467;RO=2;SAF=36;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255619;STB=0.51351;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00317987;OID=.;OPOS=44833506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:40:36:2:0:40:36:2:0 chr19 44833851 . G C 1105.82 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462149;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.703;QD=60.593;RBI=0.0391576;REFB=0;REVB=0.038884;RO=0;SAF=47;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197747;OID=.;OPOS=44833851;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:26:47:0:0:26:47:0:0 chr19 44840789 . T C 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.069;QD=60.7162;RBI=0.0467014;REFB=0;REVB=0.0431833;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79086e-05;OID=.;OPOS=44840789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:33:43:0:0:33:43:0:0 chr19 44871293 . T C 325.12 PASS AF=0.38;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=0.00955342;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5327;QD=13.0049;RBI=0.0321368;REFB=-0.0104584;REVB=-0.030684;RO=61;SAF=14;SAR=24;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32063;STB=0.676833;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0194151;OID=.;OPOS=44871293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:61:62:38:38:0.38:24:14:41:20:24:14:41:21 chr19 44890697 . A G 172.85 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0172186;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.104;QD=17.7277;RBI=0.041583;REFB=-0.0138307;REVB=0.0378505;RO=21;SAF=5;SAR=13;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478406;STB=0.770609;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0256098;OID=.;OPOS=44890697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:21:21:18:18:0.461538:13:5:17:4:13:5:17:4 chr19 44891784 . T C 808.58 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00385781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.568;QD=53.9055;RBI=0.0132726;REFB=-0.0361471;REVB=0.0126996;RO=1;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200666;STB=0.520826;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00167527;OID=.;OPOS=44891784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:1:2:58:58:0.966667:23:35:0:1:23:35:0:2 chr19 44898673 . C T 68.44 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0155127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.543;QD=5.70309;RBI=0.0238653;REFB=-0.00359186;REVB=-0.0181359;RO=37;SAF=8;SAR=2;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376721;STB=0.740221;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0174429;OID=.;OPOS=44898673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:37:38:10:10:0.208333:2:8:19:18:2:8:20:18 chr19 44930880 . G A 1166.74 PASS AF=0.366048;AO=139;DP=382;FAO=138;FDP=377;FR=.;FRO=239;FSAF=76;FSAR=62;FSRF=124;FSRR=115;FWDB=-0.0180635;FXX=0.0130887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.671;QD=12.3792;RBI=0.0278416;REFB=-0.00239282;REVB=-0.0211864;RO=233;SAF=76;SAR=63;SRF=119;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402035;STB=0.520344;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00356993;OID=.;OPOS=44930880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:377:233:239:139:138:0.366048:63:76:119:114:62:76:124:115 chr19 44934489 . G A 422.91 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00636519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9816;QD=18.3875;RBI=0.0585865;REFB=-0.0111956;REVB=0.0582397;RO=49;SAF=21;SAR=22;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597499;STB=0.533318;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0133536;OID=.;OPOS=44934489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:22:21:27:22:22:21:27:22 chr19 44981318 . G A 56.77 PASS AF=0.32;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0262237;FXX=0.0740466;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.265;QD=9.0826;RBI=0.026232;REFB=-0.00796668;REVB=-0.000660231;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266321;STB=0.679182;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0125714;OID=.;OPOS=44981318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:24:25:16:17:8:8:0.32:5:3:10:6:5:3:11:6 chr19 44981516 . C T 62.66 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0035754;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4758;QD=17.9038;RBI=0.0364235;REFB=-0.0363876;REVB=-0.0362476;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946669;STB=0.555414;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0247798;OID=.;OPOS=44981516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:15:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:3:3:3:5:3:3 chr19 44981525 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0312633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.621;QD=15.293;RBI=0.0319631;REFB=-0.0369239;REVB=0.0066517;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0145487;OID=.;OPOS=44981525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:6:3:3:6:6:3 chr19 44981883 . C G 1284.87 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.363;QD=61.1844;RBI=0.0523081;REFB=0;REVB=0.0521516;RO=1;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116936;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98793e-05;OID=.;OPOS=44981883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:1:0:83:84:1:40:43:0:1:41:43:0:0 chr19 44983567 . C G 2044.05 PASS AF=0.977941;AO=133;DP=137;FAO=133;FDP=136;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00478196;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.211;QD=60.1191;RBI=0.00607351;REFB=-0.0178894;REVB=-0.00374438;RO=2;SAF=62;SAR=71;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000957008;STB=0.50444;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-2.80018e-06;OID=.;OPOS=44983567;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:137:136:2:3:133:133:0.977941:71:62:1:1:71:62:2:1 chr19 45001346 . G A 427.84 PASS AF=0.581081;AO=41;DP=72;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.030921;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.231;QD=23.1263;RBI=0.0320514;REFB=-0.0440049;REVB=-0.00843712;RO=30;SAF=24;SAR=17;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192676;STB=0.597714;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.02225;OID=.;OPOS=45001346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:30:31:41:43:0.581081:17:24:10:20:19:24:10:21 chr19 45016990 . CT CC,C 2026.42 PASS AF=0.0294118,0.970588;AO=7,128;DP=136;FAO=4,132;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=2,80;FSAR=2,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356926,-0.00983221;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=7.07682,27.2799;QD=59.6006;RBI=0.0607292,0.0903176;REFB=0,0;REVB=0.0491332,0.0897808;RO=1;SAF=4,77;SAR=3,51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0971198,-0.00613204;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0410977,0.000352179;OID=.,.;OPOS=45016991,45016991;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0294118,0.970588:7,128:136:4,132:136:0:2,80:2,52:0:0:5:1:4,77:3,51:1:0 chr19 45024581 . C G 492.83 PASS AF=0.741379;AO=44;DP=59;FAO=43;FDP=58;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.034338;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.248;QD=33.9884;RBI=0.0371282;REFB=-0.05241;REVB=-0.0141211;RO=14;SAF=23;SAR=21;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218783;STB=0.522881;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00716485;OID=.;OPOS=45024581;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:14:15:44:43:0.741379:21:23:8:6:21:22:9:6 chr19 45028169 . C T 492.1 PASS AF=0.395683;AO=55;DP=141;FAO=55;FDP=139;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.00580706;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0573;QD=14.1611;RBI=0.0214415;REFB=-0.00569571;REVB=-0.0206402;RO=83;SAF=27;SAR=28;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545941;STB=0.527049;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00763418;OID=.;OPOS=45028169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:139:83:84:55:55:0.395683:28:27:45:38:28:27:45:39 chr19 45050756 . T C 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0131287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.119;QD=15.6454;RBI=0.0133065;REFB=-0.0226867;REVB=-0.00216767;RO=29;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978278;STB=0.555507;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0172447;OID=.;OPOS=45050756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:14:8:8:21:14:8:8:21 chr19 45150715 . C T 115.19 PASS AF=0.19;AO=19;DP=100;FAO=19;FDP=100;FR=.;FRO=81;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.0226504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.207;QD=4.60769;RBI=0.0315466;REFB=-0.0143059;REVB=-0.0219578;RO=81;SAF=10;SAR=9;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254777;STB=0.516316;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0523733;OID=.;OPOS=45150715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:81:81:19:19:0.19:9:10:41:40:9:10:41:40 chr19 45153329 . G A 301.11 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00121222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.615;QD=14.1699;RBI=0.0128184;REFB=-0.010966;REVB=-0.012761;RO=51;SAF=10;SAR=24;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260992;STB=0.649032;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0129457;OID=.;OPOS=45153329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:24:10:27:24:24:10:27:24 chr19 45162038 . A G 866.39 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00774253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8685;QD=57.7593;RBI=0.0286804;REFB=0;REVB=0.0276155;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014605;OID=.;OPOS=45162038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr19 45179666 . C T 127.19 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0462991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.726;QD=11.5627;RBI=0.0474558;REFB=-0.00351871;REVB=0.0104134;RO=29;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285067;STB=0.666465;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00952772;OID=.;OPOS=45179666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:7:8:8:21:7:8:8:21 chr19 45211316 . C T 474.34 PASS AF=0.522727;AO=45;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0711498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8336;QD=21.561;RBI=0.0826335;REFB=-0.0132083;REVB=0.0420239;RO=42;SAF=25;SAR=20;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780391;STB=0.538055;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0149231;OID=.;OPOS=45211316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:45:46:0.522727:20:25:27:15:20:26:27:15 chr19 45285718 . G A 126.0 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=78;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0340395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.142;QD=6.4616;RBI=0.0408304;REFB=-0.0113031;REVB=-0.0225484;RO=59;SAF=8;SAR=11;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246366;STB=0.515135;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0337985;OID=.;OPOS=45285718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:59:59:19:19:0.24359:11:8:26:33:11:8:26:33 chr19 45296832 . A G 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0156115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.939;QD=22.3981;RBI=0.0184228;REFB=-0.0303607;REVB=-0.00978169;RO=19;SAF=15;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305148;STB=0.670984;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0159702;OID=.;OPOS=45296832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:7:15:6:13:7:15:6:13 chr19 45296846 . A AC 123.29 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0498177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.7102;QD=14.0909;RBI=0.13518;REFB=0.0154966;REVB=0.125665;RO=17;SAF=12;SAR=6;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361362;STB=0.670414;STBP=0.043;TYPE=ins;VARB=0.000689698;OID=.;OPOS=45296847;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.542857:18:36:19:35:16:12:7:4:12:85:17:12:6:4:13 chr19 45297451 . C G 47.81 PASS AF=0.153846;AO=7;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0089768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.724;QD=3.678;RBI=0.0103263;REFB=-0.00705039;REVB=-0.00510385;RO=43;SAF=6;SAR=1;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460077;STB=0.846432;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.011103;OID=.;OPOS=45297451;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:43:44:7:8:0.153846:1:6:21:22:1:7:22:22 chr19 45297454 . A C 120.05 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0257429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.637;QD=9.60376;RBI=0.029997;REFB=-0.0241152;REVB=0.0153988;RO=31;SAF=10;SAR=5;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177104;STB=0.62996;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0529364;OID=.;OPOS=45297454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:35:15:15:0.3:5:10:16:15:5:10:17:18 chr19 45315539 . G A 181.52 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.015207;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.955;QD=24.2021;RBI=0.0205898;REFB=-0.0501656;REVB=0.0138812;RO=11;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699535;STB=0.526996;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00880442;OID=.;OPOS=45315539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:30:11:12:18:18:0.6:13:5:4:7:13:5:4:8 chr19 45389224 . A G 753.95 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.433;QD=62.8293;RBI=0.0265133;REFB=0;REVB=0.0107122;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357226;OID=.;OPOS=45389224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:33:14:0:0:34:14:0:0 chr19 45395714 . T C 435.0 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0433444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.4468;QD=20.9639;RBI=0.0449746;REFB=0.00864332;REVB=-0.0119991;RO=40;SAF=17;SAR=26;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136309;STB=0.575447;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00871135;OID=.;OPOS=45395714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:26:17:22:18:26:17:22:18 chr19 45397229 . G A 252.63 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.022681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7057;QD=19.066;RBI=0.0737072;REFB=-0.00965988;REVB=0.0701308;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119713;STB=0.566759;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0118765;OID=.;OPOS=45397229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:14:13:9:17:14:13:9:17 chr19 45397286 . C T 224.89 PASS AF=0.436364;AO=23;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0461806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7858;QD=16.3556;RBI=0.0478932;REFB=-0.0309609;REVB=0.0126929;RO=28;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110635;STB=0.53843;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0359978;OID=.;OPOS=45397286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:29:23:24:0.436364:14:9:8:20:15:9:9:20 chr19 45448036 . T C 937.88 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00704802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.201;QD=56.8409;RBI=0.0120697;REFB=-0.00796305;REVB=-0.00979809;RO=1;SAF=39;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119581;STB=0.506171;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=2.17321e-05;OID=.;OPOS=45448036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:1:1:64:65:0.984848:25:39:1:0:25:40:1:0 chr19 45448465 . T G 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0334036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.949;QD=21.0155;RBI=0.0356772;REFB=-0.00279371;REVB=-0.0125325;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152971;STB=0.586102;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00219881;OID=.;OPOS=45448465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:8:8:9:4:8:8:9:4 chr19 45476422 . T C 938.3 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.631;QD=58.6436;RBI=0.0250702;REFB=0;REVB=-0.00647955;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15801e-05;OID=.;OPOS=45476422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:33:29:0:0:33:31:0:0 chr19 45488567 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.649;QD=48.7373;RBI=0.0229874;REFB=0;REVB=0.00375619;RO=0;SAF=13;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136081;OID=.;OPOS=45488567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:2:13:0:0:4:13:0:0 chr19 45490636 . T C 543.93 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302359;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6343;QD=60.4364;RBI=0.0461748;REFB=0;REVB=0.0348984;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000908731;OID=.;OPOS=45490636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr19 45561063 . A G 1457.39 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0135686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7235;QD=62.0165;RBI=0.0313942;REFB=-0.0379846;REVB=-0.0283106;RO=1;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106533;STB=0.505617;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000165144;OID=.;OPOS=45561063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:44:49:0:1:44:49:0:1 chr19 45575278 . C A 64.77 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.00693098;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.102;QD=15.2402;RBI=0.00708325;REFB=-0.00342382;REVB=0.00146082;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.633614;STB=0.79683;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00345403;OID=.;OPOS=45575278;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:8:9:0.529412:1:7:1:7:2:7:1:7 chr19 45575328 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0348176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.318;QD=18.767;RBI=0.0388405;REFB=-0.0371846;REVB=-0.0172139;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194334;STB=0.614989;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0137471;OID=.;OPOS=45575328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:1:2:2:4:1:2 chr19 45728059 . T C 236.83 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0167661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9452;QD=26.3148;RBI=0.0565654;REFB=0.0152027;REVB=-0.0540236;RO=14;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146067;STB=0.580576;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.0114175;OID=.;OPOS=45728059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:9:13:11:3:9:13:11:3 chr19 45728123 . C T 247.33 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0727903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8914;QD=28.2658;RBI=0.0779358;REFB=-0.0228285;REVB=-0.027849;RO=11;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728244;STB=0.518501;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0106012;OID=.;OPOS=45728123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:35:35:11:12:21:21:0.6:8:13:8:3:8:13:8:4 chr19 45801018 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00489457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1202;QD=33.4285;RBI=0.0291341;REFB=0;REVB=0.02872;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0028404;OID=.;OPOS=45801018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr19 45868309 . T G 224.21 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00396565;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.843;QD=25.6242;RBI=0.0314164;REFB=-0.0340013;REVB=0.0311651;RO=14;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359042;STB=0.519981;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0258342;OID=.;OPOS=45868309;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:8:13:8:6:8:13:8:6 chr19 45882962 . T A 205.43 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0167938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7233;QD=12.8391;RBI=0.0169994;REFB=-0.00568928;REVB=0.00263584;RO=37;SAF=16;SAR=9;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191341;STB=0.595558;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00948268;OID=.;OPOS=45882962;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:39:25:25:0.390625:9:16:17:20:9:16:19:20 chr19 45909934 . G A 303.05 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00628884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.254;QD=25.7913;RBI=0.00692442;REFB=-0.0194126;REVB=-0.00289795;RO=19;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220304;STB=0.502391;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0137578;OID=.;OPOS=45909934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:20:27:27:0.574468:12:15:10:9:12:15:11:9 chr19 45910003 . G T 367.31 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0288825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.37;QD=21.9287;RBI=0.0350077;REFB=-0.05657;REVB=0.0197823;RO=28;SAF=14;SAR=23;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699876;STB=0.556266;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0550665;OID=.;OPOS=45910003;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:30:37:37:0.552239:23:14:13:15:23:14:15:15 chr19 45911703 . A C 256.38 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0400161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9925;QD=11.2694;RBI=0.0524989;REFB=0.00782153;REVB=-0.0339831;RO=58;SAF=12;SAR=19;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514013;STB=0.531644;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.0143739;OID=.;OPOS=45911703;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:58:60:31:31:0.340659:19:12:25:33:19:12:26:34 chr19 45911871 . GA AG,G 63.27 PASS AF=0,0.428571;AO=2,22;DP=56;FAO=0,24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=0,9;FSAR=0,15;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.102133,-0.0693073;FXX=0.0175408;HRUN=1,8;LEN=2,1;MLLD=20.8276,7.28872;QD=4.51948;RBI=0.105274,0.0777188;REFB=-0.0774625,-0.13418;REVB=-0.025523,-0.0351669;RO=24;SAF=1,7;SAR=1,15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0787327,-0.100027;STB=0.5,0.537352;STBP=1,0.641;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.134626;OID=.,.;OPOS=45911871,45911872;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:65:56:56:24:32:2,22:0,24:0,0.428571:1,15:1,7:10:14:0,15:0,9:14:18 chr19 45912002 . A C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.012698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=384.33;QD=10.3792;RBI=0.0149045;REFB=-0.0139655;REVB=-0.0078043;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189101;STB=0.613789;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0259082;OID=.;OPOS=45912002;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:10:6:5:4:10:6 chr19 45912343 . A G 305.1 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0280816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4479;QD=15.0666;RBI=0.0314906;REFB=-0.00696113;REVB=-0.0142506;RO=47;SAF=16;SAR=18;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041083;STB=0.523242;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00996286;OID=.;OPOS=45912343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:18:16:24:23:18:16:24:23 chr19 45912406 . G A 175.4 PASS AF=0.388889;AO=20;DP=53;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00625934;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.537;QD=12.9927;RBI=0.00626461;REFB=-0.00228471;REVB=0.000256919;RO=33;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926754;STB=0.534726;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0060089;OID=.;OPOS=45912406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:33:33:20:21:0.388889:8:12:17:16:9:12:17:16 chr19 45912489 . CAAG C 49.36 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0122135;FXX=0.0937207;HRUN=2;LEN=3;MLLD=197.589;QD=6.80797;RBI=0.0164914;REFB=-0.0180045;REVB=-0.0110814;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13278;STB=0.671292;STBP=0.262;TYPE=del;VARB=0.0478832;OID=.;OPOS=45912490;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310345:9:27:9:29:20:5:4:6:14:49:12:5:4:5:7 chr19 45923653 . A G 363.71 PASS AF=0.394495;AO=42;DP=109;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=0.0369203;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.66;QD=13.3471;RBI=0.0373023;REFB=-0.032169;REVB=0.0053244;RO=65;SAF=23;SAR=19;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739082;STB=0.529603;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0339147;OID=.;OPOS=45923653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:66:42:43:0.394495:19:23:40:25:19:24:40:26 chr19 45977883 . C T 112.77 PASS AF=0.25;AO=18;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.063685;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.082;QD=6.63337;RBI=0.0829048;REFB=-0.0226829;REVB=-0.0530794;RO=50;SAF=13;SAR=5;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23688;STB=0.62671;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0877972;OID=.;OPOS=45977883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:51:18:17:0.25:5:13:27:23:5:12:28:23 chr19 46026970 . T A 714.66 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0897986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8709;QD=60.8222;RBI=0.090694;REFB=-0.0289474;REVB=-0.0127124;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000201817;OID=.;OPOS=46026970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:24:22:0:0:24:22:1:0 chr19 46029187 . T C 779.66 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00436163;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.105;QD=51.9771;RBI=0.134163;REFB=-0.0846782;REVB=-0.134092;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524582;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000194807;OID=.;OPOS=46029187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:60:0:3:57:57:0.95:28:29:0:0:28:29:3:0 chr19 46029811 . GAAAAAAAAAT AGAAAAAAAAT,GAAAAAAAAT,GAAAAAAAATA,GAAAAAAATAT 181.08 PASS AF=0,0.780822,0,0.123288;AO=3,23,3,7;DP=79;FAO=0,57,0,9;FDP=73;FR=.;FRO=7;FSAF=0,38,0,8;FSAR=0,19,0,1;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.109439,-0.289094,-0.282354,-0.0473846;FXX=0.0394685;HRUN=1,9,9,9;LEN=2,1,2,1;MLLD=16.0446,4.71503,15.706,167.33;QD=9.92193;RBI=0.12398,0.36165,0.330327,0.0474014;REFB=-0.0898364,-0.241097,-0.113084,-0.00795597;REVB=0.0582598,0.217291,0.171442,0.00126006;RO=22;SAF=0,19,3,6;SAR=3,4,0,1;SRF=4;SRR=18;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.48359,0.568078,0.737491,0.686632;STB=0.5,0.561775,0.5,0.860661;STBP=1,0.004,1,0.009;TYPE=mnp,del,mnp,snp;VARB=-0.008808,0.108648,0,0.0401719;OID=.,.,.,.;OPOS=46029811,46029812,46029820,46029819;OREF=GA,A,AT,A;OALT=AG,-,TA,T;OMAPALT=AGAAAAAAAAT,GAAAAAAAAT,GAAAAAAAATA,GAAAAAAATAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:47:79:73:22:7:3,23,3,7:0,57,0,9:0,0.780822,0,0.123288:3,4,0,1:0,19,3,6:4:18:0,19,0,1:0,38,0,8:1:6 chr19 46029981 . T C 3075.21 PASS AF=0.994872;AO=192;DP=193;FAO=194;FDP=195;FR=.;FRO=1;FSAF=112;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0113592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2154;QD=63.0813;RBI=0.0275874;REFB=0.0345842;REVB=0.0251402;RO=1;SAF=110;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00577203;STB=0.50303;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.000675108;OID=.;OPOS=46029981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:193:195:1:1:192:194:0.994872:82:110:0:1:82:112:0:1 chr19 46057081 . A G 447.24 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0059246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.386;QD=57.7087;RBI=0.0071905;REFB=0;REVB=-0.00407461;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06016e-06;OID=.;OPOS=46057081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:18:13:0:0 chr19 46094597 . G A 324.61 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00510538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.852;QD=19.6734;RBI=0.0101816;REFB=-0.0244229;REVB=0.00880908;RO=32;SAF=22;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187422;STB=0.604333;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0166814;OID=.;OPOS=46094597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:12:22:14:18:12:22:14:18 chr19 46095651 . A G 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.988;QD=59.8327;RBI=0.055766;REFB=0;REVB=-0.0382463;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26193e-05;OID=.;OPOS=46095651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr19 46154806 . T C 51.05 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0288905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3635;QD=5.37379;RBI=0.0347787;REFB=-0.0470079;REVB=-0.0193623;RO=30;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112662;STB=0.574136;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0674766;OID=.;OPOS=46154806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:5:3:14:16:5:3:14:16 chr19 46154820 . G A 50.92 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0216389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.3515;QD=5.22267;RBI=0.0409027;REFB=-0.022159;REVB=-0.0347101;RO=30;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313685;STB=0.698109;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0619233;OID=.;OPOS=46154820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:39:30:31:8:8:0.205128:6:2:15:15:6:2:15:16 chr19 46154902 . G GC 81.61 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00788719;FXX=0.0149231;HRUN=0;LEN=1;MLLD=136.642;QD=4.9458;RBI=0.0149795;REFB=-0.00273881;REVB=0.0127349;RO=50;SAF=8;SAR=10;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21022;STB=0.629001;STBP=0.204;TYPE=ins;VARB=0.00201433;OID=.;OPOS=46154903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:18:68:18:66:48:8:10:30:18:81:50:8:10:31:19 chr19 46154906 . C CT 81.59 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00409401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=339.718;QD=4.94472;RBI=0.0149219;REFB=0.00196682;REVB=0.0143493;RO=48;SAF=8;SAR=10;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214681;STB=0.629001;STBP=0.204;TYPE=ins;VARB=-0.00681817;OID=.;OPOS=46154907;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:18:66:18:66:48:8:10:30:18:81:48:8:10:30:18 chr19 46155049 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0115554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.718;QD=16.8231;RBI=0.0521979;REFB=0.02441;REVB=-0.0509028;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413035;STB=0.749164;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.0178835;OID=.;OPOS=46155049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:6:1:3:2:6:1:3:2 chr19 46206262 . G A 303.06 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00698622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.718;QD=14.6053;RBI=0.0103354;REFB=-0.0198177;REVB=0.0076166;RO=49;SAF=13;SAR=21;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281939;STB=0.515999;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0308743;OID=.;OPOS=46206262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:21:13:20:29:21:13:20:29 chr19 46215203 . C T 237.86 PASS AF=0.272;AO=34;DP=125;FAO=34;FDP=125;FR=.;FRO=91;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=0.028395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.589;QD=7.61148;RBI=0.0284827;REFB=-0.0100051;REVB=-0.002234;RO=88;SAF=15;SAR=19;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00247034;STB=0.506904;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0251251;OID=.;OPOS=46215203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:88:91:34:34:0.272:19:15:39:49:19:15:41:50 chr19 46262286 . C A 329.38 PASS AF=0.5;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0231588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.577;QD=18.8217;RBI=0.0302051;REFB=-0.0194974;REVB=-0.0193912;RO=30;SAF=16;SAR=19;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358596;STB=0.556971;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.021171;OID=.;OPOS=46262286;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:70:30:35:35:35:0.5:19:16:15:15:19:16:20:15 chr19 46268902 . C T 199.98 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0163381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.719;QD=21.0506;RBI=0.0182278;REFB=-0.0385776;REVB=-0.00808211;RO=17;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246804;STB=0.624877;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0194133;OID=.;OPOS=46268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:8:12:5:12:8:12:6:12 chr19 46269076 . G A 99.14 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0318055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.771;QD=14.6871;RBI=0.0320937;REFB=-0.0262706;REVB=0.00429097;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163849;STB=0.509538;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0230585;OID=.;OPOS=46269076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:6:9:7:5:6:9 chr19 46269313 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0879225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.493;QD=37.4885;RBI=0.0899959;REFB=0;REVB=-0.0192069;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00182768;OID=.;OPOS=46269313;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr19 46281758 . C T 203.34 PASS AF=0.346667;AO=25;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0213685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.609;QD=10.845;RBI=0.0331841;REFB=-0.01168;REVB=0.0253884;RO=49;SAF=13;SAR=12;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804922;STB=0.558238;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.03469;OID=.;OPOS=46281758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:49:25:26:0.346667:12:13:22:27:12:14:22:27 chr19 46287200 . C G 105.85 PASS AF=0.6;AO=11;DP=19;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0172847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.422;QD=21.1706;RBI=0.0178606;REFB=-0.0135446;REVB=-0.00449876;RO=7;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110704;STB=0.518487;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0058378;OID=.;OPOS=46287200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:20:7:8:11:12:0.6:3:8:5:2:4:8:5:3 chr19 46289392 . G C 280.28 PASS AF=0.851852;AO=20;DP=26;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00964287;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=211.782;QD=41.5222;RBI=0.0230945;REFB=-0.149257;REVB=-0.020985;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533304;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00196043;OID=.;OPOS=46289392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:26:27:0:4:20:23:0.851852:4:16:0:0:7:16:2:2 chr19 46289503 . C T 74.13 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0205405;FXX=0.0731529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0371;QD=7.80289;RBI=0.0265978;REFB=-0.0113968;REVB=0.0168976;RO=27;SAF=3;SAR=7;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48377;STB=0.781057;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0360456;OID=.;OPOS=46289503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:38:38:27:28:10:10:0.263158:7:3:20:7:7:3:20:8 chr19 46289883 . C T 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0083298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3693;QD=11.1312;RBI=0.0333311;REFB=-0.0121305;REVB=0.0322735;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092771;STB=0.555446;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0216148;OID=.;OPOS=46289883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:7:10:5:5:7:10 chr19 46318286 . G A 1035.62 PASS AF=0.543478;AO=97;DP=185;FAO=100;FDP=184;FR=.;FRO=84;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=0.0309086;FXX=0.00540511;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7777;QD=22.5135;RBI=0.118129;REFB=-0.0577877;REVB=0.114014;RO=85;SAF=57;SAR=40;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111009;STB=0.548547;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0485053;OID=.;OPOS=46318286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:85:84:97:100:0.543478:40:57:39:46:43:57:39:45 chr19 46319415 . G C 215.22 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0213972;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.224;QD=37.4295;RBI=0.0214466;REFB=-0.0550373;REVB=0.0014547;RO=2;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182147;STB=0.569542;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00530433;OID=.;OPOS=46319415;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:2:4:19:19:0.826087:4:15:0:2:4:15:2:2 chr19 46345670 . G A 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00425787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.439;QD=14.5584;RBI=0.00467198;REFB=-0.0174795;REVB=-0.001923;RO=35;SAF=17;SAR=9;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203106;STB=0.615692;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0258342;OID=.;OPOS=46345670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:9:17:16:19:9:17:16:19 chr19 46375380 . C A 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=27;FWDB=-0.0782468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.874;QD=15.6455;RBI=0.0789234;REFB=-0.01225;REVB=0.0103121;RO=28;SAF=1;SAR=21;SRF=2;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125671;STB=0.567498;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0138293;OID=.;OPOS=46375380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:21:1:2:26:21:1:2:27 chr19 46375767 . G A 117.22 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0181637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.924;QD=8.52496;RBI=0.0181649;REFB=0.00716119;REVB=0.000214431;RO=39;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045242;STB=0.527239;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.0139608;OID=.;OPOS=46375767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:8:8:18:21:8:8:18:21 chr19 46394187 . C T 144.03 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00581689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.65;QD=15.1609;RBI=0.0807283;REFB=-0.00615349;REVB=0.0805185;RO=22;SAF=13;SAR=3;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283311;STB=0.666433;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00412488;OID=.;OPOS=46394187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:3:13:13:9:3:13:13:9 chr19 46404579 . A G 435.61 PASS AF=0.96875;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.963;QD=54.4514;RBI=0.015077;REFB=0.0157977;REVB=0.00862246;RO=1;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216718;STB=0.511104;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00062749;OID=.;OPOS=46404579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:32:1:1:29:31:0.96875:21:8:0:1:22:9:0:1 chr19 46443389 . C G 223.87 PASS AF=1;AO=15;DP=21;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.205;QD=49.7487;RBI=0.22811;REFB=0;REVB=0.22811;RO=3;SAF=0;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.834996;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00857134;OID=.;OPOS=46443389;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:18:3:0:15:18:1:15:0:1:2:18:0:0:0 chr19 46443886 . C A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0169779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.389;QD=20.8979;RBI=0.0169779;REFB=0.00202369;REVB=0;RO=4;SAF=8;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000719997;OID=.;OPOS=46443886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:0:8:4:0:0:8:4:0 chr19 46511548 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.699;QD=40.7622;RBI=0.0247392;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00153974;OID=.;OPOS=46511548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:0:10:0:0:0:10:0:0 chr19 46520026 . A G 534.87 PASS AF=0.588889;AO=45;DP=82;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00134142;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.267;QD=23.7719;RBI=0.00429633;REFB=-0.0263729;REVB=-0.00408154;RO=28;SAF=22;SAR=23;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143677;STB=0.538642;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0128255;OID=.;OPOS=46520026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:90:28:37:45:53:0.588889:23:22:8:20:28:25:14:23 chr19 46543566 . C T 192.81 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0160203;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.24;QD=14.8311;RBI=0.0160914;REFB=-0.0112159;REVB=0.00151043;RO=30;SAF=16;SAR=6;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00774137;STB=0.504421;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0133725;OID=.;OPOS=46543566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:30:30:22:22:0.423077:6:16:22:8:6:16:22:8 chr19 46627592 . G A 276.77 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0300448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4148;QD=13.6677;RBI=0.0303967;REFB=-0.0107075;REVB=-0.00461209;RO=46;SAF=10;SAR=22;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205701;STB=0.637592;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0265083;OID=.;OPOS=46627592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:49:32:32:0.395062:22:10:23:23:22:10:26:23 chr19 46811984 . A G 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0715896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.003;QD=18.0503;RBI=0.0743328;REFB=-0.0110078;REVB=0.0200073;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103689;STB=0.538383;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00945962;OID=.;OPOS=46811984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:7:8:10:10:0.555556:3:7:4:3:3:7:5:3 chr19 46815310 . G A 234.7 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.029841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.016;QD=18.7764;RBI=0.0299607;REFB=-0.028268;REVB=-0.00267542;RO=27;SAF=14;SAR=9;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097699;STB=0.555094;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0370984;OID=.;OPOS=46815310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:9:14:19:8:9:14:19:8 chr19 46815472 . C T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.140377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.721;QD=10.0749;RBI=0.140944;REFB=-0.0310391;REVB=0.0126382;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307039;STB=0.678239;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0222161;OID=.;OPOS=46815472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:6:2:1:13:6:2:1:13 chr19 46815499 . T C 117.62 PASS AF=0.590909;AO=12;DP=21;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00721025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.875;QD=21.3858;RBI=0.0225677;REFB=-0.0172735;REVB=-0.0213849;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209806;STB=0.599854;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00735627;OID=.;OPOS=46815499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:22:9:9:12:13:0.590909:6:6:2:7:7:6:2:7 chr19 46823702 . A G 291.02 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00546502;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.069;QD=16.6298;RBI=0.0122449;REFB=-0.0239123;REVB=-0.0109577;RO=38;SAF=15;SAR=17;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020758;STB=0.511662;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0292178;OID=.;OPOS=46823702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:38:38:32:32:0.457143:17:15:17:21:17:15:17:21 chr19 46823751 . C T 270.26 PASS AF=0.418919;AO=30;DP=73;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0109543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.781;QD=14.6085;RBI=0.0147267;REFB=-2.59969e-05;REVB=-0.00984272;RO=42;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147563;STB=0.51091;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.000114089;OID=.;OPOS=46823751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:42:43:30:31:0.418919:16:14:19:23:16:15:20:23 chr19 46914808 . TG T 41.64 PASS AF=0.37931;AO=8;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0161617;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.7347;QD=5.74334;RBI=0.0746627;REFB=0.00811102;REVB=-0.0728925;RO=15;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0.397849;SSEP=0;SSSB=-0.399313;STB=0.669074;STBP=0.222;TYPE=del;VARB=-0.0540548;OID=.;OPOS=46914809;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:8:29:11:29:18:2:9:7:11:41:15:1:7:6:9 chr19 46914921 . G A 37.57 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0290884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.903;QD=8.83885;RBI=0.0604089;REFB=-0.00923667;REVB=-0.0529443;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.596766;STB=0.784921;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0224344;OID=.;OPOS=46914921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:17:9:11:6:6:0.352941:2:4:0:9:2:4:2:9 chr19 46971773 . T G 156.14 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0224354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6502;QD=15.6141;RBI=0.0225484;REFB=-0.0103994;REVB=-0.00225486;RO=23;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188981;STB=0.609969;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0148621;OID=.;OPOS=46971773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:13:4:9:14:13:4:9:14 chr19 46997522 . C T 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0685721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.298;QD=20.5632;RBI=0.0704635;REFB=-0.0321287;REVB=0.0162161;RO=25;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894955;STB=0.549771;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0211784;OID=.;OPOS=46997522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:17:12:13:12:17:12:13:12 chr19 46997817 . C T 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00190844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.245;QD=11.4396;RBI=0.00804336;REFB=-0.0177874;REVB=-0.00781367;RO=24;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824663;STB=0.549218;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0311445;OID=.;OPOS=46997817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:9:4:9:15:9:4:9:15 chr19 47105493 . G A 172.42 PASS AF=0.382979;AO=11;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0381335;FXX=0.020829;HRUN=5;LEN=1;MLLD=118.715;QD=14.6744;RBI=0.0557466;REFB=-0.0511328;REVB=-0.0406635;RO=20;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310237;STB=0.563039;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0649919;OID=.;OPOS=47105493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:29:11:18:0.382979:3:8:9:11:10:8:10:19 chr19 47113151 . C T 74.05 PASS AF=0.155556;AO=14;DP=90;FAO=14;FDP=90;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0447289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.266;QD=3.29117;RBI=0.0449023;REFB=-0.00682649;REVB=-0.00394239;RO=76;SAF=10;SAR=4;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214141;STB=0.64604;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0342311;OID=.;OPOS=47113151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:90:90:76:76:14:14:0.155556:4:10:42:34:4:10:42:34 chr19 47124714 . T G 318.28 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0302631;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.997;QD=15.1561;RBI=0.0338725;REFB=-0.011022;REVB=-0.0152148;RO=51;SAF=23;SAR=12;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200344;STB=0.601354;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0162194;OID=.;OPOS=47124714;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:51:49:35:35:0.416667:12:23:24:27:12:23:24:25 chr19 47126847 . GC AT 430.95 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0498116;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=2;MLLD=127.292;QD=21.8203;RBI=0.0606196;REFB=-0.0215836;REVB=0.0345476;RO=37;SAF=21;SAR=21;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172462;STB=0.594893;STBP=0.068;TYPE=mnp;VARB=0.019027;OID=.;OPOS=47126847;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:37:37:42:42:0.531646:21:21:26:11:21:21:26:11 chr19 47177913 . A G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.167;QD=57.8839;RBI=0.0528772;REFB=0;REVB=0.0149175;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024442;OID=.;OPOS=47177913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr19 47212593 . A G 181.21 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.055416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0902;QD=16.4738;RBI=0.0571545;REFB=0.00690004;REVB=-0.0139891;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137654;STB=0.578864;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.011536;OID=.;OPOS=47212593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:14:11:11:8:14:11 chr19 47223543 . T C 748.35 PASS AF=0.521739;AO=72;DP=138;FAO=72;FDP=138;FR=.;FRO=66;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=21;FWDB=-0.00705301;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.045;QD=21.6914;RBI=0.0855171;REFB=-0.00907518;REVB=-0.0852257;RO=65;SAF=47;SAR=25;SRF=45;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038218;STB=0.51546;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00890469;OID=.;OPOS=47223543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:65:66:72:72:0.521739:25:47:45:20:25:47:45:21 chr19 47226127 . C T 216.96 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00865112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1102;QD=11.2708;RBI=0.0536037;REFB=-0.0150871;REVB=0.0529009;RO=50;SAF=12;SAR=15;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847312;STB=0.549096;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0256449;OID=.;OPOS=47226127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:15:12:26:24:15:12:26:24 chr19 47282162 . G A 156.02 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00347187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.152;QD=10.9491;RBI=0.00723244;REFB=-0.00799953;REVB=0.00634463;RO=37;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251715;STB=0.514691;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0130827;OID=.;OPOS=47282162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:12:8:14:23:12:8:14:23 chr19 47341797 . CG C 42.72 PASS AF=0.106383;AO=13;DP=95;FAO=10;FDP=94;FR=.;FRO=84;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=59;FSRR=25;FWDB=-0.173696;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.933;QD=1.81777;RBI=0.173994;REFB=0.000609421;REVB=0.0101736;RO=82;SAF=6;SAR=7;SRF=57;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292703;STB=0.81836;STBP=0.074;TYPE=del;VARB=-0.00398992;OID=.;OPOS=47341798;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.106383:13:95:10:94:84:3:7:59:25:42:82:6:7:57:25 chr19 47424371 . T C 783.07 PASS AF=0.517241;AO=75;DP=144;FAO=75;FDP=145;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.0216481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.114;QD=21.6019;RBI=0.0236489;REFB=-0.0164065;REVB=-0.00952006;RO=69;SAF=32;SAR=43;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108673;STB=0.563163;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0168843;OID=.;OPOS=47424371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:69:70:75:75:0.517241:43:32:38:31:43:32:39:31 chr19 47543774 . G A 3127.13 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744263;FXX=0.00507588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6108;QD=63.819;RBI=0.0745907;REFB=0;REVB=-0.00495045;RO=0;SAF=83;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240057;OID=.;OPOS=47543774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:192:196:0:0:192:196:1:109:83:0:0:110:86:0:0 chr19 47548577 . G A 49.38 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.105188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5311;QD=4.20275;RBI=0.109124;REFB=-0.00615456;REVB=-0.0290405;RO=39;SAF=2;SAR=6;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273433;STB=0.689155;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0636745;OID=.;OPOS=47548577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:39:39:8:8:0.170213:6:2:18:21:6:2:18:21 chr19 47761646 . G C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.603;QD=54.5177;RBI=0.0364235;REFB=0;REVB=0.0275257;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144185;OID=.;OPOS=47761646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr19 47768128 . G C 358.07 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6509;QD=55.0881;RBI=0.0637444;REFB=0;REVB=0.0330061;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192235;OID=.;OPOS=47768128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:6:19:0:0:6:20:0:0 chr19 47770015 . A C 850.54 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0713;QD=57.6641;RBI=0.0317545;REFB=0;REVB=0.027467;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275458;OID=.;OPOS=47770015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:21:38:0:0:21:38:0:0 chr19 47774447 . G A 306.23 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.231;QD=53.258;RBI=0.141138;REFB=0;REVB=0.0146945;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104098;OID=.;OPOS=47774447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr19 47774572 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.088;QD=51.9158;RBI=0.023839;REFB=0;REVB=0.0237933;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155354;OID=.;OPOS=47774572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr19 47774772 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.337;QD=55.6561;RBI=0.0355586;REFB=0;REVB=-0.018096;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51603e-05;OID=.;OPOS=47774772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr19 47778857 . C G 301.34 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0756032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.028;QD=44.6432;RBI=0.0888064;REFB=-0.0394044;REVB=0.0465911;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440956;STB=0.565163;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.000809104;OID=.;OPOS=47778857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:27:27:1:3:24:24:0.888889:14:10:1:0:14:10:3:0 chr19 47813165 . G A 461.86 PASS AF=0.971429;AO=32;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0424064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.527;QD=52.7837;RBI=0.0557866;REFB=-0.155096;REVB=0.0362469;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00691383;OID=.;OPOS=47813165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:34:35:0:1:32:34:0.971429:17:15:0:0:17:17:0:1 chr19 47823038 . G A 358.06 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00899651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3148;QD=55.0859;RBI=0.0140772;REFB=0;REVB=-0.0108272;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000516169;OID=.;OPOS=47823038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr19 47823484 . T C 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.282;QD=62.9813;RBI=0.035446;REFB=0;REVB=0.0130769;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018657;OID=.;OPOS=47823484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr19 47823871 . G T 801.14 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00650079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2658;QD=57.2245;RBI=0.00970143;REFB=0;REVB=-0.00720122;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.5978e-05;OID=.;OPOS=47823871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr19 47844833 . G A 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.043017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1302;QD=19.3694;RBI=0.0449205;REFB=-0.0439085;REVB=-0.0129377;RO=15;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117906;STB=0.566425;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0485381;OID=.;OPOS=47844833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:11:5:3:12:11:5:3:12 chr19 47870328 . C T 49.06 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=0.0130318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=346.041;QD=4.00459;RBI=0.0130542;REFB=-0.00155037;REVB=-0.000764934;RO=41;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516538;STB=0.535127;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00810723;OID=.;OPOS=47870328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:41:41:8:8:0.163265:6:2:9:32:6:2:9:32 chr19 47935352 . T C 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111987;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.134;QD=45.804;RBI=0.0435348;REFB=0;REVB=0.0420698;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441909;OID=.;OPOS=47935352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr19 47960552 . C T 49.56 PASS AF=0.173913;AO=7;DP=45;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=31;FWDB=-0.0208262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.571;QD=4.30949;RBI=0.0221647;REFB=-0.000874774;REVB=-0.00758591;RO=38;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898986;STB=0.595475;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00387137;OID=.;OPOS=47960552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:46:38:38:7:8:0.173913:6:1:7:31:7:1:7:31 chr19 47969322 . G A 147.01 PASS AF=0.269231;AO=21;DP=78;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.000565628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.139;QD=7.53889;RBI=0.00540058;REFB=-0.00465301;REVB=0.00537088;RO=57;SAF=8;SAR=13;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197215;STB=0.618934;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0133283;OID=.;OPOS=47969322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:57:57:21:21:0.269231:13:8:31:26:13:8:31:26 chr19 47980153 . G A 404.14 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00562226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.618;QD=17.0163;RBI=0.0307746;REFB=-0.00778938;REVB=0.0302567;RO=53;SAF=24;SAR=18;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00546679;STB=0.503066;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.011285;OID=.;OPOS=47980153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:18:24:30:23:18:24:30:23 chr19 48035472 . ATC A 123.32 PASS AF=0.298246;AO=16;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0482277;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=2;MLLD=277.657;QD=8.65366;RBI=0.0513443;REFB=-0.00986139;REVB=-0.0176161;RO=36;SAF=8;SAR=8;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321224;STB=0.555491;STBP=0.58;TYPE=del;VARB=0.0226523;OID=.;OPOS=48035473;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.298246:16:57:17:57:40:8:9:22:18:99:36:8:8:19:17 chr19 48049175 . C G 350.88 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.00668741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0154;QD=18.2276;RBI=0.0384919;REFB=-0.0145732;REVB=0.0379065;RO=40;SAF=15;SAR=22;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225245;STB=0.625453;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0176856;OID=.;OPOS=48049175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:22:15:26:14:22:15:26:14 chr19 48084319 . G A 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00248235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.612;QD=13.7741;RBI=0.030062;REFB=-0.009835;REVB=-0.0299593;RO=31;SAF=14;SAR=6;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103332;STB=0.559938;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0108593;OID=.;OPOS=48084319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:6:14:19:12:6:14:19:12 chr19 48182946 . T C 74.9 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9044;QD=37.4479;RBI=0.112132;REFB=0;REVB=0.105373;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00230289;OID=.;OPOS=48182946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr19 48229268 . C G 95.97 PASS AF=0.387097;AO=11;DP=30;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0253319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.852;QD=12.3835;RBI=0.0279291;REFB=-0.0292208;REVB=0.0117614;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020408;STB=0.516102;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0501986;OID=.;OPOS=48229268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:30:31:19:19:11:12:0.387097:5:6:10:9:6:6:10:9 chr19 48244194 . A G 282.24 PASS AF=0.52;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00460388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.427;QD=22.5792;RBI=0.0949923;REFB=-0.00239085;REVB=-0.0948806;RO=22;SAF=21;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277047;STB=0.68375;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00104544;OID=.;OPOS=48244194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:22:24:26:26:0.52:5:21:12:10:5:21:12:12 chr19 48244377 . C T 313.41 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00552292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.199;QD=19.5878;RBI=0.00722584;REFB=-0.02741;REVB=-0.00465942;RO=30;SAF=23;SAR=10;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317112;STB=0.683492;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0168257;OID=.;OPOS=48244377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:30:31:33:33:0.515625:10:23:10:20:10:23:10:21 chr19 48244569 . G A 159.71 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.020933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3035;QD=26.6189;RBI=0.037816;REFB=-0.096847;REVB=0.0314938;RO=8;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225441;STB=0.624853;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.046863;OID=.;OPOS=48244569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:24:24:8:8:16:16:0.666667:8:8:7:1:8:8:7:1 chr19 48255804 . A G 187.92 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0134443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4182;QD=20.3161;RBI=0.013463;REFB=-0.0316638;REVB=0.000709577;RO=17;SAF=4;SAR=15;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979281;STB=0.546507;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0231506;OID=.;OPOS=48255804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:18:19:19:0.513514:15:4:5:12:15:4:5:13 chr19 48351527 . T C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00827493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.192;QD=12.0516;RBI=0.0518965;REFB=0.00212744;REVB=0.0512326;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170594;STB=0.510181;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00996983;OID=.;OPOS=48351527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:6:7:5:4:6:7 chr19 48352054 . G C 92.59 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00543091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2099;QD=9.25859;RBI=0.0187127;REFB=-0.0325301;REVB=-0.0179072;RO=25;SAF=5;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246456;STB=0.654226;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0401636;OID=.;OPOS=48352054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:25:28:12:12:0.3:7:5:16:9:7:5:18:10 chr19 48389425 . A G 1625.82 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0279946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.218;QD=59.1207;RBI=0.0286348;REFB=-0.0135471;REVB=-0.00602078;RO=1;SAF=58;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921694;STB=0.504853;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=3.04172e-05;OID=.;OPOS=48389425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:51:58:0:1:51:58:0:1 chr19 48525507 . G A 954.92 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5952;QD=58.7642;RBI=0.0159677;REFB=0;REVB=0.0159293;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84022e-05;OID=.;OPOS=48525507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr19 48543862 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00116169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.085;QD=57.0008;RBI=0.0455239;REFB=0;REVB=0.045509;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97003e-05;OID=.;OPOS=48543862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr19 48598823 . A G 678.4 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.411;QD=61.6727;RBI=0.0323125;REFB=0;REVB=0.0303599;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407162;OID=.;OPOS=48598823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:22:21:0:0:23:21:0:0 chr19 48601454 . T C 353.5 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0131887;FXX=0.0459717;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.782;QD=17.0362;RBI=0.0244264;REFB=-0.0126491;REVB=0.0205599;RO=44;SAF=18;SAR=19;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752866;STB=0.528705;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.014515;OID=.;OPOS=48601454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:83:44:46:37:37:0.445783:19:18:18:26:19:18:20:26 chr19 48602948 . T C 169.48 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00767555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.382;QD=16.5349;RBI=0.0357597;REFB=-0.00314456;REVB=0.0349263;RO=22;SAF=5;SAR=13;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388185;STB=0.71209;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00845976;OID=.;OPOS=48602948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:13:5:15:7:13:5:15:8 chr19 48608598 . C G 236.07 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=50;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0227536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3153;QD=18.515;RBI=0.0301454;REFB=-0.0533111;REVB=0.0197741;RO=26;SAF=19;SAR=5;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801686;STB=0.55168;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0584804;OID=.;OPOS=48608598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:26:24:25:0.490196:5:19:19:7:5:20:19:7 chr19 48613788 . T G 186.14 PASS AF=0.201258;AO=32;DP=163;FAO=32;FDP=159;FR=.;FRO=127;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=88;FSRR=39;FWDB=-0.0278649;FXX=0.0245384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.107;QD=4.68274;RBI=0.037145;REFB=-0.0130274;REVB=0.0245621;RO=116;SAF=7;SAR=25;SRF=83;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.578394;STB=0.841119;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0494228;OID=.;OPOS=48613788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:159:116:127:32:32:0.201258:25:7:83:33:25:7:88:39 chr19 48621036 . C G 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0117184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.314;QD=14.904;RBI=0.011735;REFB=-0.0231426;REVB=-0.000625119;RO=34;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236807;STB=0.633238;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0335529;OID=.;OPOS=48621036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:13:13:9:25:13:13:9:25 chr19 48622427 . A G 819.62 PASS AF=0.40708;AO=92;DP=224;FAO=92;FDP=226;FR=.;FRO=134;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=62;FSRR=72;FWDB=-0.00252505;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.416;QD=14.5065;RBI=0.0270333;REFB=-0.0089388;REVB=-0.0269151;RO=132;SAF=53;SAR=39;SRF=60;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128102;STB=0.567404;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0266578;OID=.;OPOS=48622427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:226:132:134:92:92:0.40708:39:53:60:72:39:53:62:72 chr19 48668979 . AG A 30.11 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=58;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0220955;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.879;QD=2.15053;RBI=0.0236641;REFB=-0.000762146;REVB=-0.00847221;RO=48;SAF=2;SAR=4;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148285;STB=0.616884;STBP=0.63;TYPE=del;VARB=0.00823187;OID=.;OPOS=48668980;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.107143:6:58:6:56:50:2:4:23:27:30:48:2:4:22:26 chr19 48697961 . C T 237.61 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0302017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6747;QD=13.7746;RBI=0.0345536;REFB=0.0106619;REVB=0.0167873;RO=41;SAF=8;SAR=20;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298511;STB=0.670869;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.013891;OID=.;OPOS=48697961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:20:8:23:18:20:8:23:18 chr19 48789763 . C T 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00137316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8996;QD=12.0242;RBI=0.0175779;REFB=-0.00449111;REVB=-0.0175242;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280966;STB=0.666389;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00704363;OID=.;OPOS=48789763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:8:4:12:8:8:4:12:8 chr19 48800301 . C T 791.41 PASS AF=0.372951;AO=90;DP=246;FAO=91;FDP=244;FR=.;FRO=153;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=66;FSRR=87;FWDB=0.0183764;FXX=0.0121453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.921;QD=12.974;RBI=0.0259022;REFB=-0.0198893;REVB=-0.0182547;RO=153;SAF=43;SAR=47;SRF=66;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051903;STB=0.525952;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.031012;OID=.;OPOS=48800301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:244:153:153:90:91:0.372951:47:43:66:87:48:43:66:87 chr19 48821738 . C G 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0108138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8397;QD=10.1404;RBI=0.0142252;REFB=-0.00538707;REVB=0.00924224;RO=28;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324398;STB=0.692863;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00988357;OID=.;OPOS=48821738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:5:8:9:19:5:8:9:19 chr19 48823545 . G A 447.6 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0101283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.19;QD=21.0634;RBI=0.0158467;REFB=-0.0077643;REVB=-0.0121875;RO=39;SAF=24;SAR=20;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15087;STB=0.579834;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0134384;OID=.;OPOS=48823545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:41:44:44:0.517647:20:24:28:11:20:24:29:12 chr19 48835668 . G C 460.22 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00205546;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3903;QD=18.0477;RBI=0.00342844;REFB=-0.0127246;REVB=-0.00274396;RO=52;SAF=21;SAR=28;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129758;STB=0.502856;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0133716;OID=.;OPOS=48835668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:53:49:49:0.480392:28:21:23:29:28:21:23:30 chr19 48836673 . G T 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0409688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.036;QD=20.838;RBI=0.0411397;REFB=0.00517243;REVB=-0.00374628;RO=5;SAF=7;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275108;STB=0.659987;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00329933;OID=.;OPOS=48836673;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:2:7:2:3:2:7:2:3 chr19 48863386 . C T 273.53 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.012651;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.282;QD=14.9877;RBI=0.0163732;REFB=-0.0145688;REVB=-0.010394;RO=42;SAF=14;SAR=17;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493231;STB=0.527932;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0174563;OID=.;OPOS=48863386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:42:42:31:31:0.424658:17:14:21:21:17:14:21:21 chr19 48869178 . C T 250.18 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00939322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.72;QD=16.6786;RBI=0.0181686;REFB=-0.0138041;REVB=0.015552;RO=31;SAF=23;SAR=4;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324854;STB=0.703277;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00938383;OID=.;OPOS=48869178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:27:28:0.466667:4:23:19:12:4:24:19:13 chr19 48908215 . C T 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.000909849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.205;QD=4.46122;RBI=0.0187754;REFB=-0.00687678;REVB=0.0187534;RO=25;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710764;STB=0.548228;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0334981;OID=.;OPOS=48908215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:3:3:14:11:3:3:14:11 chr19 48918157 . C T 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0113405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.21;QD=7.32292;RBI=0.0131803;REFB=-0.0200312;REVB=-0.00671674;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187917;STB=0.620278;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0240883;OID=.;OPOS=48918157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:7:7:4:2:7:7 chr19 48949286 . G T 208.85 PASS AF=0.606061;AO=19;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0328985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0431;QD=25.3153;RBI=0.0360185;REFB=-0.0525534;REVB=0.0146636;RO=13;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158253;STB=0.594502;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0295395;OID=.;OPOS=48949286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:19:20:0.606061:10:9:9:4:11:9:9:4 chr19 48981760 . G A 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0116768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.798;QD=12.4823;RBI=0.012759;REFB=-0.00552406;REVB=-0.00514246;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600117;STB=0.535459;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00931085;OID=.;OPOS=48981760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:9:10:7:5:9:10 chr19 48985178 . TA T 523.62 PASS AF=0.438424;AO=87;DP=206;FAO=89;FDP=203;FR=.;FRO=114;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=53;FSRR=61;FWDB=-0.00747306;FXX=0.0145624;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.7539;QD=10.3177;RBI=0.0828465;REFB=-0.00386529;REVB=-0.0825088;RO=112;SAF=37;SAR=50;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491291;STB=0.515172;STBP=0.692;TYPE=del;VARB=0.00489674;OID=.;OPOS=48985179;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.438424:87:206:89:203:114:39:50:53:61:99:112:37:50:53:59 chr19 49096065 . C T 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.026749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.695;QD=22.7197;RBI=0.0298118;REFB=0.00110091;REVB=-0.0131619;RO=9;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288369;STB=0.662347;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00156539;OID=.;OPOS=49096065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:9:5:7:2:9:5:7:2 chr19 49102399 . C T 1177.23 PASS AF=0.515556;AO=116;DP=225;FAO=116;FDP=225;FR=.;FRO=109;FSAF=67;FSAR=49;FSRF=65;FSRR=44;FWDB=-0.00277784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.032;QD=20.9285;RBI=0.00283505;REFB=-0.0228624;REVB=-0.000566629;RO=108;SAF=67;SAR=49;SRF=65;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219893;STB=0.50933;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0213508;OID=.;OPOS=49102399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:108:109:116:116:0.515556:49:67:65:43:49:67:65:44 chr19 49116359 . T C 62.71 PASS AF=0.290323;AO=8;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0508336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5111;QD=8.09126;RBI=0.0685372;REFB=-0.0038643;REVB=-0.0459706;RO=21;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501648;STB=0.734212;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0061173;OID=.;OPOS=49116359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:21:22:8:9:0.290323:2:6:6:15:3:6:7:15 chr19 49116438 . A G 246.53 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0629824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4439;QD=15.6527;RBI=0.0630307;REFB=-0.00932959;REVB=-0.00246713;RO=33;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192849;STB=0.590488;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0094628;OID=.;OPOS=49116438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:33:35:28:28:0.444444:13:15:11:22:13:15:13:22 chr19 49116555 . A G 596.48 PASS AF=0.953488;AO=39;DP=41;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0314503;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9769;QD=55.486;RBI=0.0345415;REFB=-0.138574;REVB=-0.0142826;RO=2;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360381;STB=0.517849;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00791052;OID=.;OPOS=49116555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:41:43:2:2:39:41:0.953488:25:14:0:2:27:14:0:2 chr19 49183705 . G A 155.7 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0159729;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5014;QD=11.9772;RBI=0.0177873;REFB=-0.0128568;REVB=-0.00782663;RO=33;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209157;STB=0.512182;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0186699;OID=.;OPOS=49183705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:33:33:19:19:0.365385:9:10:18:15:9:10:18:15 chr19 49206603 . C T 417.86 PASS AF=0.967742;AO=26;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0481337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3677;QD=53.917;RBI=0.0768176;REFB=-0.0453986;REVB=0.0598673;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029965;STB=0.516118;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00347721;OID=.;OPOS=49206603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:26:30:0.967742:11:15:1:0:15:15:1:0 chr19 49206631 . A T 614.42 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.04;QD=61.4417;RBI=0.0300306;REFB=0;REVB=0.0282769;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14046e-05;OID=.;OPOS=49206631;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:18:20:0:0:18:22:0:0 chr19 49207438 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00842902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.907;QD=47.8224;RBI=0.0119261;REFB=0;REVB=0.00843704;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09726e-05;OID=.;OPOS=49207438;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:14:2:0:0:14:2:0:0 chr19 49217261 . A G 392.54 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.82;QD=56.0776;RBI=0.0819296;REFB=0;REVB=-0.0800105;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105458;OID=.;OPOS=49217261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr19 49217305 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.345;QD=59.8394;RBI=0.046584;REFB=0;REVB=0.0271119;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205259;OID=.;OPOS=49217305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr19 49219968 . C T 120.98 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0109094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.164;QD=6.91285;RBI=0.0608289;REFB=0.00312266;REVB=0.0598426;RO=50;SAF=11;SAR=7;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112109;STB=0.555312;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.0075476;OID=.;OPOS=49219968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:50:52:18:18:0.257143:7:11:26:24:7:11:28:24 chr19 49244219 . CG AA 1180.71 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010765;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=255.799;QD=60.5494;RBI=0.0518652;REFB=0;REVB=0.0507357;RO=0;SAF=62;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000951602;OID=.;OPOS=49244219;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:15:62:0:0:15:63:0:0 chr19 49247786 . G A 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00396689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.867;QD=61.0489;RBI=0.0384122;REFB=0;REVB=0.0382068;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89455e-05;OID=.;OPOS=49247786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr19 49254504 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.332;QD=39.2036;RBI=0.0485694;REFB=0;REVB=0.00972982;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122839;OID=.;OPOS=49254504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr19 49259529 . A G 1586.06 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.44;QD=64.0832;RBI=0.0261596;REFB=0;REVB=0.00533806;RO=0;SAF=61;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43492e-05;OID=.;OPOS=49259529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:96:99:1:35:61:0:0:36:63:0:0 chr19 49261368 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.047;QD=48.7373;RBI=0.0444129;REFB=0;REVB=-0.0231189;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2561e-05;OID=.;OPOS=49261368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr19 49296428 . C T 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00780016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.447;QD=7.96569;RBI=0.0194103;REFB=-0.0020396;REVB=-0.0177741;RO=26;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282484;STB=0.675777;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00847707;OID=.;OPOS=49296428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:3:7:12:14:3:7:12:14 chr19 49299533 . A G 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.795;QD=63.4766;RBI=0.0374058;REFB=0;REVB=0.0240355;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71982e-05;OID=.;OPOS=49299533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:48:46:0:0:48:46:0:0 chr19 49334940 . C T 89.46 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.00224127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.47;QD=7.30302;RBI=0.0179896;REFB=-0.00686909;REVB=-0.0178494;RO=37;SAF=9;SAR=3;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720451;STB=0.545376;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0204752;OID=.;OPOS=49334940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:3:9:26:11:3:9:26:11 chr19 49339098 . T C 521.32 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.100771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2608;QD=23.4299;RBI=0.103094;REFB=-0.0175828;REVB=-0.0217608;RO=39;SAF=28;SAR=21;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892406;STB=0.543671;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0123475;OID=.;OPOS=49339098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:39:40:49:49:0.550562:21:28:18:21:21:28:19:21 chr19 49360716 . G A 211.43 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0107699;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=182.16;QD=19.2208;RBI=0.0350637;REFB=-0.0135841;REVB=-0.0333688;RO=20;SAF=15;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245661;STB=0.675503;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0143832;OID=.;OPOS=49360716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:20:23:21:21:0.477273:6:15:9:11:6:15:9:14 chr19 49416456 . G A 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0113463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.176;QD=9.1104;RBI=0.0114872;REFB=-0.000820534;REVB=0.00179364;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266321;STB=0.662868;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000748022;OID=.;OPOS=49416456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:3:5:6:10:3:5:6:10 chr19 49421966 . T C 369.5 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00955938;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.108;QD=22.0598;RBI=0.0222717;REFB=-0.0145567;REVB=-0.0201158;RO=29;SAF=24;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191999;STB=0.613799;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0102591;OID=.;OPOS=49421966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:30:37:37:0.552239:13:24:12:17:13:24:12:18 chr19 49438363 . G A 289.75 PASS AF=0.508197;AO=30;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0119295;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.989;QD=18.9999;RBI=0.0215066;REFB=-0.0279175;REVB=0.0178947;RO=31;SAF=15;SAR=15;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732914;STB=0.540629;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0258974;OID=.;OPOS=49438363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:30:30:31:0.508197:15:15:18:13:16:15:17:13 chr19 49442933 . T C 498.03 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.00212877;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.937;QD=20.9695;RBI=0.00275976;REFB=-0.00524999;REVB=0.0017563;RO=48;SAF=27;SAR=21;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168132;STB=0.598395;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00290022;OID=.;OPOS=49442933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:48:47:48:48:0.505263:21:27:18:30:21:27:17:30 chr19 49442937 . G A 492.41 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00698489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.695;QD=20.0985;RBI=0.0155789;REFB=-0.000317288;REVB=0.0139253;RO=49;SAF=18;SAR=30;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163129;STB=0.595815;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.000303901;OID=.;OPOS=49442937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:50:48:48:0.489796:30:18:27:22:30:18:28:22 chr19 49445817 . T C 265.56 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0462218;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.363;QD=17.7039;RBI=0.0474653;REFB=-0.0122979;REVB=0.0107935;RO=31;SAF=8;SAR=21;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212713;STB=0.619938;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0127652;OID=.;OPOS=49445817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:31:31:29:29:0.483333:21:8:15:16:21:8:15:16 chr19 49464847 . C T 193.77 PASS AF=0.266667;AO=28;DP=105;FAO=28;FDP=105;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=27;FWDB=-0.00831807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5202;QD=7.38171;RBI=0.0187489;REFB=-0.0219064;REVB=0.0168027;RO=75;SAF=20;SAR=8;SRF=49;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863541;STB=0.555514;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0611009;OID=.;OPOS=49464847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:75:77:28:28:0.266667:8:20:49:26:8:20:50:27 chr19 49469087 . T C 172.09 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0508457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.702;QD=18.1146;RBI=0.0603061;REFB=-0.00640685;REVB=-0.0324276;RO=19;SAF=13;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965588;STB=0.545402;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0227747;OID=.;OPOS=49469087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:20:18:18:0.473684:5:13:12:7:5:13:13:7 chr19 49474204 . G A 149.92 PASS AF=0.23913;AO=22;DP=92;FAO=22;FDP=92;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.00968864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.314;QD=6.5182;RBI=0.00968864;REFB=0.00155678;REVB=2.88925e-06;RO=70;SAF=11;SAR=11;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070973;STB=0.543439;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00527454;OID=.;OPOS=49474204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:70:70:22:22:0.23913:11:11:39:31:11:11:39:31 chr19 49485548 . G A 258.28 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0248971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9252;QD=16.3986;RBI=0.0250738;REFB=0.0132743;REVB=0.00297138;RO=34;SAF=13;SAR=16;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161231;STB=0.590601;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.0144355;OID=.;OPOS=49485548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:16:13:21:13:16:13:21:13 chr19 49489201 . C T 42.86 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00142444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.016;QD=4.76261;RBI=0.0326498;REFB=-0.0135676;REVB=-0.0326187;RO=26;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102829;STB=0.599733;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0965834;OID=.;OPOS=49489201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:36:26:29:7:7:0.194444:4:3:9:17:4:3:9:20 chr19 49513273 . C T 229.46 PASS AF=0.594595;AO=21;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0189515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.632;QD=24.807;RBI=0.0189932;REFB=-0.0119236;REVB=0.00125932;RO=15;SAF=5;SAR=16;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205263;STB=0.590822;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0123527;OID=.;OPOS=49513273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:21:22:0.594595:16:5:7:8:16:6:7:8 chr19 49513349 . C G 157.53 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0783194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.646;QD=17.0303;RBI=0.0815145;REFB=-0.0074412;REVB=-0.0225981;RO=19;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597576;STB=0.527365;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0142879;OID=.;OPOS=49513349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:16:17:0.459459:11:5:7:12:11:6:8:12 chr19 49519058 . T C 1170.13 PASS AF=0.522727;AO=115;DP=215;FAO=115;FDP=220;FR=.;FRO=105;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=62;FSRR=43;FWDB=-0.037326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5995;QD=21.2751;RBI=0.0616989;REFB=-0.00748216;REVB=-0.0491277;RO=100;SAF=58;SAR=57;SRF=60;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816036;STB=0.541132;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0112952;OID=.;OPOS=49519058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:220:100:105:115:115:0.522727:57:58:60:40:57:58:62:43 chr19 49519466 . A G 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00100411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.911;QD=19.9761;RBI=0.148403;REFB=-0.00920862;REVB=-0.1484;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136701;STB=0.576849;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0112066;OID=.;OPOS=49519466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:9:11:14:6:9:11:14:6 chr19 49519561 . C T 62.41 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0246315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.188;QD=7.80072;RBI=0.0405027;REFB=-0.0158183;REVB=-0.0321521;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636181;STB=0.555432;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0333834;OID=.;OPOS=49519561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:32:22:23:9:9:0.28125:5:4:11:11:5:4:12:11 chr19 49520315 . T C 268.54 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0111677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.222;QD=13.9503;RBI=0.0138808;REFB=-0.0181625;REVB=-0.00824371;RO=46;SAF=21;SAR=10;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217197;STB=0.624043;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0297389;OID=.;OPOS=49520315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:10:21:22:24:10:21:22:24 chr19 49520372 . A T 316.88 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0091311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.327;QD=15.2713;RBI=0.0189826;REFB=-0.0220866;REVB=-0.0166422;RO=43;SAF=26;SAR=9;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337254;STB=0.667068;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0171676;OID=.;OPOS=49520372;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:48:35:35:0.421687:9:26:18:25:9:26:23:25 chr19 49557572 . T C 78.37 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.00130335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.455;QD=5.59784;RBI=0.00934788;REFB=-0.00925877;REVB=-0.00925658;RO=44;SAF=5;SAR=7;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319758;STB=0.6997;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0346567;OID=.;OPOS=49557572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:56:56:44:44:12:12:0.214286:7:5:30:14:7:5:30:14 chr19 49558667 . T C 90.36 PASS AF=0.172043;AO=16;DP=93;FAO=16;FDP=93;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0588425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.1497;QD=3.88642;RBI=0.0588457;REFB=-0.018639;REVB=-0.000613171;RO=77;SAF=7;SAR=9;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103142;STB=0.567701;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0543567;OID=.;OPOS=49558667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:93:93:77:77:16:16:0.172043:9:7:40:37:9:7:40:37 chr19 49559518 . C G 57.33 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.037181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8511;QD=12.7398;RBI=0.0512311;REFB=0.00548557;REVB=-0.0352448;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245631;STB=0.514669;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.0119812;OID=.;OPOS=49559518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:6:4:3:5:6:4 chr19 49559693 . T C 61.48 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00307027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.608;QD=7.02592;RBI=0.107495;REFB=-0.0114793;REVB=-0.107451;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828821;STB=0.575003;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0189436;OID=.;OPOS=49559693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:35:24:26:9:9:0.257143:5:4:9:15:5:4:9:17 chr19 49560461 . G A 207.62 PASS AF=0.536585;AO=19;DP=39;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0505418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.5779;QD=20.2552;RBI=0.163893;REFB=-0.0699454;REVB=0.155905;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122806;STB=0.60274;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.058947;OID=.;OPOS=49560461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:20:19:19:22:0.536585:12:7:10:10:15:7:10:9 chr19 49607905 . G A 109.09 PASS AF=0.232877;AO=17;DP=73;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0650113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.703;QD=5.97743;RBI=0.0655676;REFB=-0.00140068;REVB=-0.00852269;RO=55;SAF=4;SAR=13;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234218;STB=0.642404;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00403549;OID=.;OPOS=49607905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:55:56:17:17:0.232877:13:4:22:33:13:4:22:34 chr19 49621964 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.434;QD=62.9822;RBI=0.0702795;REFB=0;REVB=0.0692291;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247953;OID=.;OPOS=49621964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr19 49652937 . G A 142.5 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=3;FWDB=0.0202066;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.8689;QD=13.571;RBI=0.0247473;REFB=-0.00152701;REVB=0.0142872;RO=26;SAF=12;SAR=4;SRF=23;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219165;STB=0.624869;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.000774408;OID=.;OPOS=49652937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:26:26:16:16:0.380952:4:12:23:3:4:12:23:3 chr19 49658084 . G A 404.14 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0083281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.667;QD=19.4766;RBI=0.0271477;REFB=-0.0297282;REVB=0.0258388;RO=42;SAF=19;SAR=22;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981073;STB=0.554487;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0397896;OID=.;OPOS=49658084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:22:19:24:18:22:19:24:18 chr19 49658367 . C T 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00266293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.854;QD=14.9478;RBI=0.0149776;REFB=-0.0230481;REVB=-0.014739;RO=42;SAF=22;SAR=9;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2054;STB=0.616942;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0256986;OID=.;OPOS=49658367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:9:22:22:20:9:22:22:20 chr19 49685880 . C T 206.35 PASS AF=0.284211;AO=27;DP=96;FAO=27;FDP=95;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.0166147;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1527;QD=8.68832;RBI=0.0210388;REFB=-0.00392738;REVB=0.0129067;RO=66;SAF=7;SAR=20;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203765;STB=0.624901;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0159259;OID=.;OPOS=49685880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:66:68:27:27:0.284211:20:7:27:39:20:7:28:40 chr19 49699866 . C T 390.99 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.000481412;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4948;QD=24.4366;RBI=0.0261982;REFB=-0.00737642;REVB=0.0261938;RO=27;SAF=22;SAR=16;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184495;STB=0.594059;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00564188;OID=.;OPOS=49699866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:27:26:38:38:0.59375:16:22:9:18:16:22:9:17 chr19 49839015 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.72;QD=37.4882;RBI=0.012975;REFB=0;REVB=-0.00305488;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143994;OID=.;OPOS=49839015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr19 49850545 . C T 123.2 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0149747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.002;QD=7.35513;RBI=0.0230654;REFB=-0.0118799;REVB=-0.0175434;RO=49;SAF=8;SAR=10;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302921;STB=0.518374;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.041449;OID=.;OPOS=49850545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:49:49:18:18:0.268657:10:8:23:26:10:8:23:26 chr19 49869051 . T G 338.96 PASS AF=0.627451;AO=31;DP=50;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00361987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.048;QD=26.5849;RBI=0.0476678;REFB=-0.0389082;REVB=-0.0475301;RO=19;SAF=17;SAR=14;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159811;STB=0.591184;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.018494;OID=.;OPOS=49869051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:19:19:31:32:0.627451:14:17:6:13:14:18:6:13 chr19 49878115 . G A 199.75 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0130196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.378;QD=9.51177;RBI=0.0136162;REFB=-0.00873842;REVB=0.0039864;RO=58;SAF=12;SAR=14;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00468988;STB=0.50276;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0159052;OID=.;OPOS=49878115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:58:58:26:26:0.309524:14:12:27:31:14:12:27:31 chr19 49878196 . G A 134.41 PASS AF=0.275362;AO=11;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.00490025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.044;QD=7.79183;RBI=0.0403361;REFB=-0.0292626;REVB=0.0400373;RO=49;SAF=10;SAR=1;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.668084;STB=0.647446;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0573874;OID=.;OPOS=49878196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:50:11:19:0.275362:1:10:16:33:9:10:16:34 chr19 49894152 . C T 721.86 PASS AF=0.685393;AO=59;DP=91;FAO=61;FDP=89;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.034579;FXX=0.0326052;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.505;QD=32.4432;RBI=0.0345853;REFB=-0.0558955;REVB=0.000660014;RO=25;SAF=22;SAR=37;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391549;STB=0.534589;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0253072;OID=.;OPOS=49894152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:25:28:59:61:0.685393:37:22:11:14:37:24:14:14 chr19 49899076 . G A 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.024365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.15;QD=16.8246;RBI=0.0331157;REFB=0.00118764;REVB=0.0224276;RO=27;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274036;STB=0.50718;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.00138892;OID=.;OPOS=49899076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:8:13:16:11:8:13:17:11 chr19 49901318 . T C 143.33 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00879624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.654;QD=9.88502;RBI=0.0121273;REFB=-0.0196997;REVB=0.00834849;RO=38;SAF=9;SAR=10;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891462;STB=0.543433;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0302304;OID=.;OPOS=49901318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:38:39:19:19:0.327586:10:9:21:17:10:9:21:18 chr19 49934649 . C T 532.87 PASS AF=0.294606;AO=71;DP=241;FAO=71;FDP=241;FR=.;FRO=170;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=99;FSRR=71;FWDB=0.0472769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4268;QD=8.84431;RBI=0.0542838;REFB=-0.000970028;REVB=0.0266764;RO=169;SAF=46;SAR=25;SRF=99;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797522;STB=0.549171;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00281262;OID=.;OPOS=49934649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:169:170:71:71:0.294606:25:46:99:70:25:46:99:71 chr19 49950298 . C T 1471.71 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1887;QD=63.2994;RBI=0.0305697;REFB=0;REVB=0.0200454;RO=0;SAF=57;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12719e-05;OID=.;OPOS=49950298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:36:57:0:0:36:57:0:0 chr19 49950356 . C G 344.85 PASS AF=0.521739;AO=34;DP=65;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0043403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5653;QD=19.991;RBI=0.0172024;REFB=-0.0407099;REVB=-0.0166459;RO=31;SAF=20;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118237;STB=0.562666;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0430888;OID=.;OPOS=49950356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:69:31:33:34:36:0.521739:14:20:14:17:16:20:14:19 chr19 49954803 . C T 323.58 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00281926;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.99;QD=16.8095;RBI=0.014923;REFB=-0.0220199;REVB=-0.0146543;RO=42;SAF=21;SAR=14;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756977;STB=0.542529;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0309472;OID=.;OPOS=49954803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:14:21:22:20:14:21:22:20 chr19 49954807 . T G 310.58 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0328534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9562;QD=16.3464;RBI=0.0405181;REFB=-0.0130683;REVB=-0.0237144;RO=42;SAF=20;SAR=14;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064419;STB=0.536256;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0284975;OID=.;OPOS=49954807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:14:20:22:20:14:20:22:20 chr19 49964977 . C G 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00498171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.177;QD=21.6304;RBI=0.00681614;REFB=-0.0198986;REVB=0.00465213;RO=24;SAF=17;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539703;STB=0.529905;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0138701;OID=.;OPOS=49964977;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:13:17:12:12:13:17:12:12 chr19 49965173 . A T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2181;QD=53.2765;RBI=0.0575384;REFB=0;REVB=0.0123417;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123491;OID=.;OPOS=49965173;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr19 49967680 . G A 257.16 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0262089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0096;QD=23.3779;RBI=0.0375054;REFB=-0.00338627;REVB=0.0268281;RO=20;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105204;STB=0.558774;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00306766;OID=.;OPOS=49967680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:9:15:10:10:9:15:10:10 chr19 49983673 . C T 173.13 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0117337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.371;QD=36.4476;RBI=0.0296264;REFB=-0.0592216;REVB=-0.0272037;RO=3;SAF=14;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121691;STB=0.567475;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00527597;OID=.;OPOS=49983673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:2:14:2:1:2:14:2:1 chr19 49994470 . T A 104.13 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0320827;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4224;QD=9.6868;RBI=0.0472752;REFB=-0.0163657;REVB=-0.0347224;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348466;STB=0.535261;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.049278;OID=.;OPOS=49994470;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:29:30:13:13:0.302326:5:8:17:12:5:8:17:13 chr19 49994476 . T C 103.49 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0929948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.513;QD=9.85592;RBI=0.0930045;REFB=-0.0108127;REVB=-0.00134321;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552878;STB=0.533283;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0226908;OID=.;OPOS=49994476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:6:7:17:12:6:7:17:12 chr19 50027849 . G A 258.95 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=90;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0172894;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.127;QD=11.6381;RBI=0.018371;REFB=-0.0136423;REVB=-0.0062105;RO=58;SAF=15;SAR=16;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207237;STB=0.511975;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0262276;OID=.;OPOS=50027849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:58:58:31:31:0.348315:16:15:27:31:16:15:27:31 chr19 50093628 . C T 66.73 PASS AF=0.625;AO=8;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4245;QD=16.682;RBI=0.0797737;REFB=-0.216691;REVB=0.0797737;RO=8;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.108517;OID=.;OPOS=50093628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:16:16:8:6:8:10:0.625:8:0:0:8:10:0:0:6 chr19 50140092 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.945;QD=47.8223;RBI=0.0162339;REFB=0;REVB=-0.00656822;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50563e-05;OID=.;OPOS=50140092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr19 50155918 . T G 45.17 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.0269393;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4678;QD=3.01114;RBI=0.0416733;REFB=-0.0093565;REVB=-0.0317953;RO=49;SAF=1;SAR=7;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.592686;STB=0.912182;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.11184;OID=.;OPOS=50155918;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:57:60:49:52:8:8:0.133333:7:1:32:17:7:1:35:17 chr19 50156896 . T C 678.13 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0106554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.366;QD=60.2778;RBI=0.0439046;REFB=-0.168393;REVB=-0.0425919;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.510199;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000937303;OID=.;OPOS=50156896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:0:1:44:44:0.977778:20:24:0:0:20:24:1:0 chr19 50157946 . T C 71.64 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0962631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.843;QD=19.1036;RBI=0.0967844;REFB=0.0142556;REVB=0.010032;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232701;STB=0.636032;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00515156;OID=.;OPOS=50157946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:7:2:3:3:7:2:3:3 chr19 50161045 . C T 60.51 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.062438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8882;QD=6.20628;RBI=0.0624747;REFB=-0.000167789;REVB=-0.00213936;RO=28;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062786;STB=0.534807;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0043812;OID=.;OPOS=50161045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:28:30:9:9:0.230769:5:4:11:17:5:4:12:18 chr19 50162909 . C G 428.14 PASS AF=0.464646;AO=45;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=0.005311;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.44;QD=17.2986;RBI=0.0085492;REFB=-0.0130488;REVB=0.0066994;RO=54;SAF=21;SAR=24;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193866;STB=0.596818;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0203756;OID=.;OPOS=50162909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:53:45:46:0.464646:24:21:36:18:24:22:35:18 chr19 50172146 . C T 96.74 PASS AF=0.234375;AO=15;DP=64;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0140562;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.953;QD=6.04618;RBI=0.0149529;REFB=-0.00601124;REVB=0.00510035;RO=49;SAF=8;SAR=7;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783736;STB=0.548792;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0212659;OID=.;OPOS=50172146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:64:64:49:49:15:15:0.234375:7:8:23:26:7:8:23:26 chr19 50183788 . G A 217.55 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0260967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4009;QD=18.1287;RBI=0.0500461;REFB=-0.0025095;REVB=0.0427034;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283873;STB=0.645712;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00612036;OID=.;OPOS=50183788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:26:21:22:0.458333:11:10:20:6:11:11:20:6 chr19 50243380 . G A 62.96 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0123948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.43;QD=8.39472;RBI=0.0306887;REFB=-0.00721058;REVB=0.0280743;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219511;STB=0.636055;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0192484;OID=.;OPOS=50243380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:21:21:9:9:0.3:6:3:11:10:6:3:11:10 chr19 50295222 . G A 319.19 PASS AF=0.293706;AO=42;DP=144;FAO=42;FDP=143;FR=.;FRO=101;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=-0.0305016;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.908;QD=8.92842;RBI=0.0340542;REFB=-0.00768817;REVB=-0.0151441;RO=101;SAF=29;SAR=13;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198584;STB=0.617182;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0277873;OID=.;OPOS=50295222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:101:101:42:42:0.293706:13:29:54:47:13:29:54:47 chr19 50310466 . G A 666.35 PASS AF=0.617021;AO=58;DP=94;FAO=58;FDP=94;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0221902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.393;QD=28.3553;RBI=0.0255771;REFB=-0.0330027;REVB=0.0127193;RO=36;SAF=31;SAR=27;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743615;STB=0.540386;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0126832;OID=.;OPOS=50310466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:36:36:58:58:0.617021:27:31:23:13:27:31:23:13 chr19 50314687 . G A 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0309193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.907;QD=11.9167;RBI=0.032867;REFB=0.0176493;REVB=0.0111462;RO=37;SAF=14;SAR=8;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107977;STB=0.562643;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.0305819;OID=.;OPOS=50314687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:8:14:20:17:8:14:20:17 chr19 50322482 . C G 913.19 PASS AF=0.59854;AO=82;DP=137;FAO=82;FDP=137;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0838847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7453;QD=26.6624;RBI=0.0911545;REFB=0.00133084;REVB=0.0356721;RO=55;SAF=34;SAR=48;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137541;STB=0.574678;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-2.11905e-05;OID=.;OPOS=50322482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:55:55:82:82:0.59854:48:34:33:22:48:34:33:22 chr19 50338784 . C T 623.32 PASS AF=0.508065;AO=63;DP=125;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0204673;FXX=0.00799936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.0657;QD=20.1071;RBI=0.0303871;REFB=-0.0160924;REVB=0.0224602;RO=60;SAF=24;SAR=39;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332132;STB=0.514951;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0201217;OID=.;OPOS=50338784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:60:61:63:63:0.508065:39:24:25:35:39:24:25:36 chr19 50354211 . C T 685.68 PASS AF=0.980769;AO=48;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.262005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4415;QD=52.7443;RBI=0.262841;REFB=-0.0512276;REVB=0.0209477;RO=3;SAF=17;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372732;STB=0.507933;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00147586;OID=.;OPOS=50354211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:52:3:1:48:51:0.980769:31:17:2:1:31:20:0:1 chr19 50358133 . T G 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.141892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.655;QD=25.4669;RBI=0.144604;REFB=-0.0300914;REVB=0.0278748;RO=3;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198601;STB=0.615086;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00863861;OID=.;OPOS=50358133;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:8:1:1:2:8:1:1:2 chr19 50360300 . CAAG C 139.02 PASS AF=0.287037;AO=29;DP=109;FAO=31;FDP=108;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=-0.0115755;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=3;MLLD=238.557;QD=5.14879;RBI=0.0116195;REFB=-0.0127232;REVB=0.00100936;RO=68;SAF=17;SAR=12;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332791;STB=0.521183;STBP=0.826;TYPE=del;VARB=0.0413659;OID=.;OPOS=50360301;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.287037:29:109:31:108:77:19:12:45:32:99:68:17:12:38:30 chr19 50360989 . A G 430.17 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0279667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.839;QD=22.6404;RBI=0.0354993;REFB=-0.00476465;REVB=-0.0218647;RO=34;SAF=28;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191082;STB=0.605453;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00308728;OID=.;OPOS=50360989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:14:28:15:19:14:28:15:19 chr19 50364721 . A C 273.14 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.0629938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.465;QD=12.7042;RBI=0.0645507;REFB=-0.0112594;REVB=0.0140919;RO=53;SAF=14;SAR=18;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110338;STB=0.555355;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0204774;OID=.;OPOS=50364721;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:53:54:32:32:0.372093:18:14:18:35:18:14:19:35 chr19 50383591 . A G 1302.04 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00402106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.443;QD=62.0018;RBI=0.00914092;REFB=0;REVB=0.00820899;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47371e-06;OID=.;OPOS=50383591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr19 50383636 . T C 1111.47 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175611;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.17;QD=60.9026;RBI=0.0180668;REFB=0;REVB=0.00424429;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.04615e-05;OID=.;OPOS=50383636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr19 50386248 . C T 444.64 PASS AF=0.356164;AO=52;DP=148;FAO=52;FDP=146;FR=.;FRO=94;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=0.0834071;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2034;QD=12.182;RBI=0.0866522;REFB=-0.0171749;REVB=0.0234917;RO=92;SAF=32;SAR=20;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707079;STB=0.548403;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0244186;OID=.;OPOS=50386248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:146:92:94:52:52:0.356164:20:32:51:41:20:32:51:43 chr19 50387750 . G C 523.75 PASS AF=0.569767;AO=49;DP=85;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.010661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.165;QD=24.3606;RBI=0.0665919;REFB=-0.0329655;REVB=-0.065733;RO=36;SAF=31;SAR=18;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178196;STB=0.50509;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0360395;OID=.;OPOS=50387750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:36:37:49:49:0.569767:18:31:22:14:18:31:23:14 chr19 50393269 . A G 188.52 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00915161;FXX=0.0644953;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.016;QD=26.003;RBI=0.0199863;REFB=-0.00585811;REVB=-0.0177679;RO=11;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262489;STB=0.647131;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00497002;OID=.;OPOS=50393269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:29:29:11:11:18:18:0.62069:13:5:7:4:13:5:7:4 chr19 50399266 . C T 91.34 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00470158;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.876;QD=7.943;RBI=0.0186873;REFB=-0.00904621;REVB=0.0180862;RO=32;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126812;STB=0.526272;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0161766;OID=.;OPOS=50399266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:45:46:32:34:12:12:0.26087:7:5:13:19:7:5:13:21 chr19 50399384 . G C,GC 1113.95 PASS AF=0.0267857,0.973214;AO=4,74;DP=112;FAO=3,109;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=3,48;FSAR=0,61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147742,-0.036589;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=201.54,14.6068;QD=39.784;RBI=0.0175453,0.187723;REFB=0.0258331,-0.00485907;REVB=-0.00946378,0.184123;RO=32;SAF=4,29;SAR=0,45;SRF=17;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.585911,-0.0804246;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0387227,0.0055974;OID=.,.;OPOS=50399384,50399385;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:112:112:32:0:4,74:3,109:0.0267857,0.973214:0,45:4,29:17:15:0,61:3,48:0:0 chr19 50404939 . T G 222.03 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.00383182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.1095;QD=14.5593;RBI=0.018553;REFB=-0.00153549;REVB=0.018153;RO=35;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217767;STB=0.622862;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00188966;OID=.;OPOS=50404939;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:13:13:10:25:13:13:10:25 chr19 50411742 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00717016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.787;QD=57.1062;RBI=0.0245466;REFB=0;REVB=0.023476;RO=0;SAF=39;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104982;OID=.;OPOS=50411742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:16:39:0:0:16:39:0:0 chr19 50412324 . G A 339.95 PASS AF=0.383178;AO=40;DP=108;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=49;FWDB=0.0173309;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4334;QD=12.7085;RBI=0.049564;REFB=-0.0294883;REVB=0.0464352;RO=60;SAF=16;SAR=24;SRF=15;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173312;STB=0.589307;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0494465;OID=.;OPOS=50412324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:60:66:40:41:0.383178:24:16:15:45:25:16:17:49 chr19 50412417 . G A 294.76 PASS AF=0.96;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0721882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3447;QD=47.1609;RBI=0.0771616;REFB=-0.0670771;REVB=0.0272541;RO=2;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514159;STB=0.513502;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00541463;OID=.;OPOS=50412417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:25:25:2:1:23:24:0.96:17:6:0:2:18:6:0:1 chr19 50435747 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0974;QD=33.4282;RBI=0.083152;REFB=0;REVB=-0.083152;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00716665;OID=.;OPOS=50435747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr19 50452750 . T C 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.025141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6146;QD=7.52586;RBI=0.0305979;REFB=-0.0282507;REVB=-0.0174403;RO=24;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305426;STB=0.694188;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0723461;OID=.;OPOS=50452750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:2:7:13:11:2:7:13:11 chr19 50453317 . C T 841.85 PASS AF=0.561151;AO=78;DP=139;FAO=78;FDP=139;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00194768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.812;QD=24.2259;RBI=0.00286324;REFB=-0.0373216;REVB=-0.00209873;RO=59;SAF=33;SAR=45;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682727;STB=0.537805;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0327949;OID=.;OPOS=50453317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:59:61:78:78:0.561151:45:33:30:29:45:33:31:30 chr19 50455180 . C T 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0338952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6952;QD=13.5048;RBI=0.0362309;REFB=0.0516934;REVB=0.0127982;RO=17;SAF=11;SAR=1;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394685;STB=0.741055;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0679934;OID=.;OPOS=50455180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:1:11:12:5:1:11:12:5 chr19 50462124 . G A 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00539606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.122;QD=11.6174;RBI=0.00630783;REFB=-0.0163115;REVB=-0.0032667;RO=34;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873671;STB=0.551048;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.024278;OID=.;OPOS=50462124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:8:11:17:17:8:11:17:17 chr19 50462298 . G C 176.48 PASS AF=0.285714;AO=24;DP=84;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0089117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.514;QD=8.40399;RBI=0.0142398;REFB=-0.00573236;REVB=-0.0111065;RO=60;SAF=10;SAR=14;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139728;STB=0.583264;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0208369;OID=.;OPOS=50462298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:60:60:24:24:0.285714:14:10:32:28:14:10:32:28 chr19 50463982 . T G 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.028654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.49;QD=8.89997;RBI=0.0307152;REFB=-0.00753594;REVB=-0.0110621;RO=26;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147025;STB=0.590735;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0199489;OID=.;OPOS=50463982;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:8:3:10:16:8:3:10:16 chr19 50464023 . C G 89.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0373849;FXX=0.0666445;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1874;QD=12.7567;RBI=0.0637909;REFB=-0.0176745;REVB=0.0516879;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380751;STB=0.699657;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0139292;OID=.;OPOS=50464023;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:30:28:19:17:11:11:0.392857:4:7:5:14:4:7:5:12 chr19 50475114 . G C 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00217507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8598;QD=15.6193;RBI=0.0497562;REFB=-0.0160333;REVB=0.0497086;RO=25;SAF=3;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454448;STB=0.765438;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0207607;OID=.;OPOS=50475114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:15:3:14:11:15:3:14:11 chr19 50485454 . A G 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0629954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4879;QD=17.5683;RBI=0.062996;REFB=0.000815305;REVB=0.000278998;RO=31;SAF=17;SAR=12;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18251;STB=0.602216;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.000188288;OID=.;OPOS=50485454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:12:17:12:19:12:17:12:19 chr19 50510971 . CCTGGTCTTCTGAGGGCTACAG C,CCTGGTCTTCTGAGGGCTACCC 204.35 PASS AF=0.197802,0.10989;AO=17,10;DP=105;FAO=18,10;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=16,7;FSAR=2,3;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.0144027,-0.0298384;FXX=0.107833;HRUN=2,1;LEN=21,2;MLLD=308.426,269.816;QD=8.98251;RBI=0.0236904,0.0301106;REFB=-0.00927054,-0.00750238;REVB=-0.0188095,0.00403996;RO=52;SAF=15,7;SAR=2,3;SRF=32;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.435316,0.114949;STB=0.790484,0.57782;STBP=0.021,0.632;TYPE=del,mnp;VARB=0.035595,0.0326517;OID=.,.;OPOS=50510972,50510991;OREF=CTGGTCTTCTGAGGGCTACAG,AG;OALT=-,CC;OMAPALT=C,CCTGGTCTTCTGAGGGCTACCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.197802,0.10989:17,10:105:18,10:91:63:16,7:2,3:39:24:99:52:15,7:2,3:32:20 chr19 50562372 . T C 302.25 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00961755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.547;QD=19.4997;RBI=0.0237159;REFB=-0.0110776;REVB=0.0216782;RO=30;SAF=13;SAR=19;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140237;STB=0.578044;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00800263;OID=.;OPOS=50562372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:19:13:17:13:19:13:17:13 chr19 50562459 . T G 527.35 PASS AF=0.524752;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.00216215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6515;QD=20.8851;RBI=0.00517881;REFB=-0.0211282;REVB=0.00470586;RO=48;SAF=28;SAR=25;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659757;STB=0.536306;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0215688;OID=.;OPOS=50562459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:48:48:53:53:0.524752:25:28:29:19:25:28:29:19 chr19 50662530 . T TC 37.11 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0425206;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=58.7094;QD=3.45231;RBI=0.0969274;REFB=0.00192114;REVB=0.0871029;RO=36;SAF=6;SAR=1;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411961;STB=0.795923;STBP=0.133;TYPE=ins;VARB=-0.00869251;OID=.;OPOS=50662531;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.162791:7:43:7:43:36:6:1:20:16:37:36:6:1:20:16 chr19 50665984 . C G 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0289894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2851;QD=16.0339;RBI=0.0375713;REFB=0.00116818;REVB=0.0239002;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208877;STB=0.619716;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00123595;OID=.;OPOS=50665984;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:12:8:17:11:12:8:17:11 chr19 50666389 . G A 100.84 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.0140258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.515;QD=16.1346;RBI=0.131963;REFB=-0.0324536;REVB=0.131215;RO=13;SAF=10;SAR=2;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166531;STB=0.594459;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.056194;OID=.;OPOS=50666389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:2:10:12:1:2:10:12:1 chr19 50720985 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0498392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5939;QD=11.9541;RBI=0.0566723;REFB=-0.0184526;REVB=0.0269779;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32983;STB=0.695742;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0260402;OID=.;OPOS=50720985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:3:8:3:5:3:8 chr19 50726570 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.637;QD=62.982;RBI=0.0302395;REFB=0;REVB=0.0287873;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220581;OID=.;OPOS=50726570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr19 50762418 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2547;QD=51.9166;RBI=0.0425528;REFB=0;REVB=-0.0404105;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000483694;OID=.;OPOS=50762418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr19 50771609 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.097117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.034;QD=58.1417;RBI=0.11722;REFB=0;REVB=0.0656412;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158137;OID=.;OPOS=50771609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr19 50796905 . G A 745.69 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.938;QD=55.2366;RBI=0.0535293;REFB=-0.0574327;REVB=-0.00223435;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000643579;OID=.;OPOS=50796905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:54:0:0:52:54:1:26:26:0:0:27:27:0:0 chr19 50818228 . G A 53.41 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0954335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8053;QD=23.7371;RBI=0.0954335;REFB=-0.279876;REVB=0;RO=2;SAF=7;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0910098;OID=.;OPOS=50818228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:0:7:2:0:0:7:2:0 chr19 50826353 . C T 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=23;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.605;QD=5.78797;RBI=0.0193282;REFB=-0.0094267;REVB=-0.0193282;RO=22;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00841422;OID=.;OPOS=50826353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:22:23:7:7:0.233333:7:0:0:22:7:0:0:23 chr19 50838342 . G A 76.52 PASS AF=0.19403;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=67;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00186012;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.688;QD=4.56845;RBI=0.0242949;REFB=-0.00989355;REVB=-0.0242236;RO=53;SAF=7;SAR=6;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108992;STB=0.501153;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.043324;OID=.;OPOS=50838342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:66:67:53:54:13:13:0.19403:6:7:29:24:6:7:29:25 chr19 50881089 . G C,GC 37.93 PASS AF=0.037037,0.296296;AO=2,6;DP=29;FAO=1,8;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=1,1;FSAR=0,7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0185405,0.0742782;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=31.4411,17.9953;QD=5.61945;RBI=0.0961971,0.0759281;REFB=-0.0259153,-0.0577693;REVB=-0.0943935,-0.0157423;RO=21;SAF=1,0;SAR=1,6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0228352,-0.716647;STB=0.990673,0.786654;STBP=0.26,0.092;TYPE=snp,ins;VARB=0.101872,0.0904565;OID=.,.;OPOS=50881089,50881090;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:29:27:21:18:2,6:1,8:0.037037,0.296296:1,6:1,0:11:10:0,7:1,1:8:10 chr19 50881820 . A AAAC,AAC 33.54 PASS AF=0.714286,0;AO=4,2;DP=8;FAO=5,0;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3,0;FSAR=2,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0371849,0.0250107;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=3,2;MLLD=239.116,228.562;QD=19.1679;RBI=0.0444326,0.0374848;REFB=-0.0873188,-0.0932836;REVB=0.0243214,0.0279208;RO=2;SAF=2,2;SAR=2,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.277405,0;STB=0.62455,0.5;STBP=0.425,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0267848,0;OID=.,.;OPOS=50881821,50881821;OREF=-,-;OALT=AAC,AC;OMAPALT=AAAC,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286,0:4,2:8:5,0:7:2:3,0:2,0:2:0:10:2:2,2:2,0:2:0 chr19 50882274 . G A 85.62 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0141311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.542;QD=6.58627;RBI=0.0328033;REFB=-0.0153691;REVB=-0.0296036;RO=40;SAF=2;SAR=10;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347359;STB=0.725378;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0594965;OID=.;OPOS=50882274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:40:40:12:12:0.230769:10:2:16:24:10:2:16:24 chr19 50905771 . C T 40.18 PASS AF=0.269231;AO=6;DP=25;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=0.0258867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3123;QD=6.18154;RBI=0.0487356;REFB=-0.00291822;REVB=0.0412921;RO=19;SAF=5;SAR=1;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148719;STB=0.560817;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0100708;OID=.;OPOS=50905771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:25:26:19:19:6:7:0.269231:1:5:17:2:1:6:17:2 chr19 50918737 . G A 449.01 PASS AF=0.408;AO=51;DP=125;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.0247876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.273;QD=14.3682;RBI=0.0260467;REFB=-0.021106;REVB=-0.00800038;RO=73;SAF=34;SAR=17;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132218;STB=0.5714;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0303072;OID=.;OPOS=50918737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:73:74:51:51:0.408:17:34:40:33:17:34:41:33 chr19 50967605 . G A 167.7 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00297184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.229;QD=13.6899;RBI=0.0172937;REFB=-0.00533706;REVB=0.0170365;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124548;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0158225;OID=.;OPOS=50967605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:30:18:18:0.367347:9:9:15:9:9:9:15:15 chr19 50979632 . AG AA,A 78.63 PASS AF=0.025641,0.307692;AO=2,10;DP=39;FAO=1,12;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=1,7;FSAR=0,5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.010118,0.0873508;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=29.9637,21.4105;QD=8.06459;RBI=0.114705,0.238017;REFB=0.0156811,0.0311941;REVB=0.114258,0.221408;RO=24;SAF=2,6;SAR=0,4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.505776,0.162206;STB=0.991247,0.608517;STBP=0.231,0.39;TYPE=snp,del;VARB=0.112754,-0.0353084;OID=.,.;OPOS=50979633,50979633;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.025641,0.307692:2,10:39:1,12:39:26:1,7:0,5:11:15:73:24:2,6:0,4:11:13 chr19 51169473 . C A 208.82 PASS AF=0.275229;AO=29;DP=108;FAO=30;FDP=109;FR=.;FRO=79;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=-0.00804718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.892;QD=7.66307;RBI=0.0359692;REFB=-0.00422513;REVB=0.0350575;RO=78;SAF=11;SAR=18;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267971;STB=0.638899;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0154761;OID=.;OPOS=51169473;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:78:79:29:30:0.275229:18:11:47:31:18:12:47:32 chr19 51207775 . C T 165.66 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0611655;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5252;QD=20.7079;RBI=0.0958575;REFB=0.0175057;REVB=-0.0738068;RO=15;SAF=3;SAR=13;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.568129;STB=0.786152;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0151873;OID=.;OPOS=51207775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:16:17:0.53125:13:3:13:2:13:4:13:2 chr19 51274806 . G A 144.26 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0045212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.279;QD=8.61242;RBI=0.00843546;REFB=-0.0113513;REVB=-0.00712149;RO=47;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244077;STB=0.644081;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0244994;OID=.;OPOS=51274806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:47:20:20:0.298507:9:11:16:31:9:11:16:31 chr19 51297825 . GC AA 366.56 PASS AF=0.433333;AO=38;DP=91;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0298202;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=2;MLLD=158.403;QD=16.2915;RBI=0.0366781;REFB=-0.00898034;REVB=-0.0213552;RO=50;SAF=16;SAR=22;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00108917;STB=0.502607;STBP=0.969;TYPE=mnp;VARB=0.0149367;OID=.;OPOS=51297825;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:50:51:38:39:0.433333:22:16:21:29:22:17:22:29 chr19 51301395 . C T 390.74 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=117;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.00770909;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.512;QD=13.3588;RBI=0.0145076;REFB=-0.0109388;REVB=0.0122898;RO=71;SAF=25;SAR=21;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692326;STB=0.539217;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0173693;OID=.;OPOS=51301395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:71:71:46:46:0.393162:21:25:34:37:21:25:34:37 chr19 51301456 . G A 223.52 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00938886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.563;QD=14.9012;RBI=0.0270139;REFB=-0.0139712;REVB=0.0253298;RO=34;SAF=17;SAR=9;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703782;STB=0.540024;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0161556;OID=.;OPOS=51301456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:9:17:20:14:9:17:20:14 chr19 51302066 . A G 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0110228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.127;QD=22.831;RBI=0.0426278;REFB=-0.0113037;REVB=-0.041178;RO=10;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194206;STB=0.608559;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0161259;OID=.;OPOS=51302066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:7:8:8:2:7:8:8:2 chr19 51302154 . G A 124.87 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0109645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.958;QD=17.8391;RBI=0.0960179;REFB=-0.0157426;REVB=0.0953899;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0210349;OID=.;OPOS=51302154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:7:7:7:7:7:7 chr19 51302202 . T A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.124479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2219;QD=11.2553;RBI=0.136739;REFB=-0.0203975;REVB=0.0565916;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117224;STB=0.526249;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0348893;OID=.;OPOS=51302202;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:11:12:8:8:0.4:5:3:4:7:5:3:5:7 chr19 51321813 . A G 419.49 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.000421192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.589;QD=20.2164;RBI=0.0142581;REFB=-0.0225161;REVB=-0.0142519;RO=38;SAF=26;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149991;STB=0.590178;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0133895;OID=.;OPOS=51321813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:41:42:42:0.506024:16:26:17:21:16:26:18:23 chr19 51321961 . G A 72.34 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.02748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.157;QD=8.51063;RBI=0.0275678;REFB=-0.000285164;REVB=0.00219801;RO=24;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193506;STB=0.620003;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.000296647;OID=.;OPOS=51321961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:7:3:11:13:7:3:11:13 chr19 51323232 . T C 359.49 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00314724;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=140.922;QD=19.9716;RBI=0.0031974;REFB=-0.00206537;REVB=0.000564127;RO=33;SAF=16;SAR=21;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191119;STB=0.512188;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00227173;OID=.;OPOS=51323232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:35:37:37:0.513889:21:16:15:18:21:16:16:19 chr19 51323473 . C G 57.82 PASS AF=0.25;AO=10;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0323159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.324;QD=6.42476;RBI=0.0397671;REFB=-0.0183407;REVB=-0.0231755;RO=25;SAF=9;SAR=1;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.587509;STB=0.850193;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0446838;OID=.;OPOS=51323473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:36:36:25:27:10:9:0.25:1:9:11:14:1:8:13:14 chr19 51323501 . A G 168.59 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0111263;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.167;QD=15.3261;RBI=0.011841;REFB=-0.0123854;REVB=-0.00405154;RO=26;SAF=14;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285067;STB=0.666465;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0168942;OID=.;OPOS=51323501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:4:14:14:12:4:14:14:12 chr19 51330932 . G T 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.00197844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.649;QD=23.5284;RBI=0.0367981;REFB=-0.0189142;REVB=0.0367449;RO=15;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254792;STB=0.640823;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0137998;OID=.;OPOS=51330932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:9:11:13:2:9:11:13:2 chr19 51379893 . C T 248.34 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=15;FWDB=0.00629527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.261;QD=11.6866;RBI=0.0826437;REFB=0.00222036;REVB=0.0824036;RO=55;SAF=13;SAR=17;SRF=40;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322587;STB=0.684019;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00245483;OID=.;OPOS=51379893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:55:30:30:0.352941:17:13:40:15:17:13:40:15 chr19 51381777 . C T 783.07 PASS AF=0.517241;AO=75;DP=145;FAO=75;FDP=145;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=54;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=-0.0196157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.997;QD=21.602;RBI=0.0204261;REFB=-0.00556793;REVB=-0.00569664;RO=69;SAF=21;SAR=54;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411291;STB=0.520156;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00555165;OID=.;OPOS=51381777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:69:70:75:75:0.517241:54:21:22:47:54:21:22:48 chr19 51411636 . G T 1044.72 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.131;QD=59.6983;RBI=0.0424346;REFB=0;REVB=0.0257858;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174755;OID=.;OPOS=51411636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:38:30:0:0:40:30:0:0 chr19 51452250 . T C 1245.81 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00521361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.094;QD=61.5214;RBI=0.0130238;REFB=0;REVB=0.0119347;RO=0;SAF=56;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10582e-05;OID=.;OPOS=51452250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:25:56:0:0:25:56:0:0 chr19 51485622 . A G 3915.42 PASS AF=1;AO=245;DP=245;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00532001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5359;QD=63.9253;RBI=0.0507795;REFB=0;REVB=-0.0505001;RO=0;SAF=127;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.66075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123563;OID=.;OPOS=51485622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:245:245:0:0:245:245:1:118:127:0:0:118:127:0:0 chr19 51487175 . T G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.926;QD=52.6112;RBI=0.0344336;REFB=0;REVB=-0.00307206;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017201;OID=.;OPOS=51487175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr19 51507053 . C T 436.39 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00514639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.779;QD=21.2872;RBI=0.0292504;REFB=-0.00136195;REVB=0.0287941;RO=39;SAF=23;SAR=20;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700576;STB=0.538664;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00136166;OID=.;OPOS=51507053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:20:23:24:15:20:23:24:15 chr19 51512490 . G A 397.41 PASS AF=0.365672;AO=46;DP=134;FAO=49;FDP=134;FR=.;FRO=85;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.00683168;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1943;QD=11.8629;RBI=0.0219156;REFB=-0.0401212;REVB=-0.0208236;RO=77;SAF=27;SAR=19;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609501;STB=0.553968;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0703851;OID=.;OPOS=51512490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:77:85:46:49:0.365672:19:27:41:36:19:30:45:40 chr19 51512574 . C T 268.44 PASS AF=0.329897;AO=32;DP=97;FAO=32;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0139492;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.73;QD=11.0697;RBI=0.0187576;REFB=-0.0112226;REVB=-0.0125406;RO=64;SAF=15;SAR=17;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542831;STB=0.53604;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0239206;OID=.;OPOS=51512574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:64:65:32:32:0.329897:17:15:27:37:17:15:27:38 chr19 51517731 . A G 583.59 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.00246525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.579;QD=20.8426;RBI=0.0323447;REFB=-0.0215933;REVB=-0.0322506;RO=52;SAF=39;SAR=20;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602673;STB=0.529635;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.017946;OID=.;OPOS=51517731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:52:53:59:59:0.526786:20:39:31:21:20:39:32:21 chr19 51519236 . A G 110.7 PASS AF=0.705882;AO=10;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00165963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.585;QD=26.0483;RBI=0.023677;REFB=-0.0830092;REVB=0.0236188;RO=3;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141327;STB=0.521702;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0279576;OID=.;OPOS=51519236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:3:5:10:12:0.705882:8:2:0:3:8:4:2:3 chr19 51519259 . C T 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00220734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.85;QD=21.0064;RBI=0.00978823;REFB=-0.0312603;REVB=0.00953609;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0026009;STB=0.501465;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0303302;OID=.;OPOS=51519259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:10:9:8:9:10:9:8:9 chr19 51519364 . T G 201.57 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.093004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8187;QD=18.3243;RBI=0.0930238;REFB=-0.0192824;REVB=-0.00191739;RO=23;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00224885;STB=0.508466;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0202728;OID=.;OPOS=51519364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:23:20:21:0.477273:13:7:8:15:14:7:8:15 chr19 51520487 . A C 122.3 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0597378;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7161;QD=8.43426;RBI=0.0600491;REFB=-0.00415159;REVB=-0.00610664;RO=40;SAF=11;SAR=6;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231578;STB=0.630992;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0154686;OID=.;OPOS=51520487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:40:41:17:17:0.293103:6:11:18:22:6:11:19:22 chr19 51528012 . C T 1400.31 PASS AF=0.314879;AO=182;DP=579;FAO=182;FDP=578;FR=.;FRO=396;FSAF=108;FSAR=74;FSRF=190;FSRR=206;FWDB=0.0602662;FXX=0.00344822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.179;QD=9.69073;RBI=0.0690701;REFB=-0.0108648;REVB=0.0337441;RO=392;SAF=108;SAR=74;SRF=188;SRR=204;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136139;STB=0.578282;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0248875;OID=.;OPOS=51528012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:579:578:392:396:182:182:0.314879:74:108:188:204:74:108:190:206 chr19 51530693 . G A 1454.97 PASS AF=0.971154;AO=99;DP=102;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0469528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.602;QD=55.9603;RBI=0.0591465;REFB=-0.135586;REVB=0.0359686;RO=3;SAF=67;SAR=32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000643479;STB=0.500549;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0034127;OID=.;OPOS=51530693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:102:104:3:3:99:101:0.971154:32:67:2:1:32:69:2:1 chr19 51535130 . A G 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4664;QD=53.2695;RBI=0.0387733;REFB=0;REVB=0.00816063;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000337841;OID=.;OPOS=51535130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr19 51566943 . G A 448.99 PASS AF=0.404762;AO=51;DP=127;FAO=51;FDP=126;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=0.0123086;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.24;QD=14.2535;RBI=0.0192116;REFB=-0.00537733;REVB=-0.0147507;RO=74;SAF=22;SAR=29;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184106;STB=0.607102;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00677645;OID=.;OPOS=51566943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:74:75:51:51:0.404762:29:22:45:29:29:22:46:29 chr19 51582183 . G A 120.88 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0017518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.01;QD=8.19508;RBI=0.0297213;REFB=-0.00508601;REVB=0.0296697;RO=42;SAF=7;SAR=10;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105088;STB=0.563305;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.013742;OID=.;OPOS=51582183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:42:17:17:0.288136:10:7:21:21:10:7:21:21 chr19 51628529 . A G 1434.27 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.498;QD=63.0446;RBI=0.0346025;REFB=0;REVB=0.00924975;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.94496e-05;OID=.;OPOS=51628529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:44:46:0:0:45:46:0:0 chr19 51630482 . C A 938.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.279;QD=58.6318;RBI=0.094642;REFB=0;REVB=0.0430315;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218227;OID=.;OPOS=51630482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:35:28:0:0:35:29:0:0 chr19 51656454 . A T 836.64 PASS AF=1;AO=51;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514038;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.028;QD=57.6993;RBI=0.0515217;REFB=0;REVB=0.00348335;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174818;OID=.;OPOS=51656454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:51:58:1:28:23:0:0:28:30:0:0 chr19 51835892 . T TG 419.9 PASS AF=1;AO=31;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.200573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.6788;QD=38.1727;RBI=0.207768;REFB=0;REVB=0.0542028;RO=10;SAF=12;SAR=19;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090773;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00533867;OID=.;OPOS=51835893;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:45:44:44:0:17:27:0:0:9:10:12:19:2:8 chr19 51837171 . A G 482.59 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=20;FWDB=0.00479825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1451;QD=16.0864;RBI=0.0642108;REFB=-0.0154669;REVB=-0.0640313;RO=64;SAF=25;SAR=28;SRF=45;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225584;STB=0.62682;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0121093;OID=.;OPOS=51837171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:64:67:53:53:0.441667:28:25:45:19:28:25:47:20 chr19 51841417 . C T 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0198299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.759;QD=47.8144;RBI=0.029024;REFB=0.0514164;REVB=0.0211936;RO=1;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279913;STB=0.515137;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.000262417;OID=.;OPOS=51841417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:16:5:0:1:16:5:0:1 chr19 51843808 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4036;QD=53.9097;RBI=0.0683648;REFB=0;REVB=0.0324471;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151298;OID=.;OPOS=51843808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:16:7:0:0:17:7:0:0 chr19 51844978 . G T 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00851146;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.59;QD=55.0448;RBI=0.00929257;REFB=0.0174631;REVB=0.0037292;RO=1;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165384;STB=0.508769;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=1.04523e-05;OID=.;OPOS=51844978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:28:27:0:1:28:27:0:1 chr19 51845371 . T G 1214.63 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0668696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1861;QD=58.5366;RBI=0.0709693;REFB=0.0255857;REVB=0.0237719;RO=2;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210352;STB=0.511108;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00937606;OID=.;OPOS=51845371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:2:2:81:81:0.975904:44:37:0:2:44:37:0:2 chr19 51883762 . C T 77.57 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0449705;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.925;QD=11.9335;RBI=0.0572908;REFB=-0.0145542;REVB=0.0354949;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289664;STB=0.671317;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0275307;OID=.;OPOS=51883762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:27:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:5:11:4:6:5:11 chr19 51892683 . T C 77.3 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.00750529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9214;QD=13.4437;RBI=0.0535695;REFB=-0.0121301;REVB=-0.0530411;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277947;STB=0.670322;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0365143;OID=.;OPOS=51892683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:12:13:10:10:0.434783:3:7:11:1:3:7:12:1 chr19 51920196 . G T 78.05 PASS AF=0.2;AO=12;DP=64;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.016099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9092;QD=4.80319;RBI=0.0201737;REFB=-0.00231982;REVB=0.0121573;RO=52;SAF=4;SAR=8;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177302;STB=0.53508;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.011722;OID=.;OPOS=51920196;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:65:52:52:12:13:0.2:8:4:18:34:9:4:18:34 chr19 51920613 . C T 663.76 PASS AF=0.956522;AO=45;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0231209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1961;QD=57.7183;RBI=0.0657893;REFB=-0.11109;REVB=0.0615927;RO=1;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177343;STB=0.519222;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00708004;OID=.;OPOS=51920613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:1:2:45:44:0.956522:26:19:0:1:25:19:0:2 chr19 51957556 . T C 486.36 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=35;FWDB=0.0210176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.218;QD=21.3787;RBI=0.0213445;REFB=0.00145617;REVB=-0.00372112;RO=44;SAF=15;SAR=32;SRF=9;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121675;STB=0.566809;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00122095;OID=.;OPOS=51957556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:32:15:9:35:32:15:9:35 chr19 51961535 . G A 112.46 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0119666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.091;QD=6.61507;RBI=0.0171012;REFB=-0.00453946;REVB=-0.0122168;RO=51;SAF=9;SAR=8;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725881;STB=0.544451;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0204715;OID=.;OPOS=51961535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:51:51:17:17:0.25:8:9:30:21:8:9:30:21 chr19 51984725 . T A 2463.67 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00630458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.03;QD=61.2091;RBI=0.0428064;REFB=0;REVB=0.0423396;RO=0;SAF=82;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71031e-05;OID=.;OPOS=51984725;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:160:161:1:78:82:0:0:78:83:0:0 chr19 51984727 . A G 716.08 PASS AF=0.469136;AO=76;DP=162;FAO=76;FDP=162;FR=.;FRO=86;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.0150905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.51;QD=17.681;RBI=0.0180865;REFB=-0.00838727;REVB=-0.0099698;RO=85;SAF=40;SAR=36;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307389;STB=0.513985;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0100867;OID=.;OPOS=51984727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:85:86:76:76:0.469136:36:40:42:43:36:40:43:43 chr19 52000624 . T G 362.31 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0220494;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.118;QD=17.4605;RBI=0.0444246;REFB=-0.0178861;REVB=-0.0385665;RO=47;SAF=16;SAR=22;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150834;STB=0.573024;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0155472;OID=.;OPOS=52000624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:47:45:38:38:0.457831:22:16:27:20:22:16:25:20 chr19 52000672 . G A 363.37 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.023237;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.782;QD=17.9439;RBI=0.0264107;REFB=-0.0149341;REVB=0.0125525;RO=43;SAF=17;SAR=21;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148541;STB=0.582914;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00907446;OID=.;OPOS=52000672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:43:43:38:38:0.469136:21:17:26:17:21:17:26:17 chr19 52001485 . G A 130.53 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0990305;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.472;QD=12.7344;RBI=0.100651;REFB=0.0145766;REVB=0.0179901;RO=25;SAF=1;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.525985;STB=0.818149;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0218168;OID=.;OPOS=52001485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:25:26:15:15:0.365854:14:1:9:16:14:1:9:17 chr19 52002488 . C A 434.32 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00268962;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.038;QD=17.0322;RBI=0.0264684;REFB=-0.00932542;REVB=-0.0263314;RO=55;SAF=30;SAR=17;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761587;STB=0.542549;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00991529;OID=.;OPOS=52002488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:55:55:47:47:0.460784:17:30:31:24:17:30:31:24 chr19 52002729 . G A 477.73 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0104841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.926;QD=22.2198;RBI=0.0609206;REFB=0.00103716;REVB=0.0600117;RO=40;SAF=31;SAR=15;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00104374;STB=0.500575;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.000981408;OID=.;OPOS=52002729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:15:31:27:13:15:31:27:13 chr19 52004743 . G A 246.28 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00324216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.749;QD=13.495;RBI=0.00400451;REFB=-0.014367;REVB=0.00235042;RO=43;SAF=16;SAR=13;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042216;STB=0.51759;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0255229;OID=.;OPOS=52004743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:44:29:29:0.39726:13:16:22:21:13:16:23:21 chr19 52004759 . C T 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00160095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3027;QD=14.948;RBI=0.0394003;REFB=-0.00718147;REVB=-0.0393678;RO=42;SAF=19;SAR=12;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140841;STB=0.57984;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00843935;OID=.;OPOS=52004759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:12:19:20:22:12:19:20:22 chr19 52004795 . G T 155.16 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=9.79116e-05;FXX=0.0483793;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.164;QD=10.5195;RBI=0.00712589;REFB=-0.00971216;REVB=-0.00712522;RO=37;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750837;STB=0.559264;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0111123;OID=.;OPOS=52004795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:37:39:20:20:0.338983:10:10:16:21:10:10:16:23 chr19 52004894 . C T 154.06 PASS AF=0.358491;AO=18;DP=51;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.03506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.174;QD=11.627;RBI=0.0372849;REFB=-0.00110503;REVB=-0.012687;RO=33;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176893;STB=0.624138;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00176298;OID=.;OPOS=52004894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:33:34:18:19:0.358491:8:10:13:20:8:11:13:21 chr19 52032964 . C G 333.48 PASS AF=0.649123;AO=27;DP=56;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00198642;FXX=0.0172384;HRUN=6;LEN=1;MLLD=175.891;QD=23.4021;RBI=0.00235252;REFB=-0.0571677;REVB=0.00126036;RO=10;SAF=13;SAR=14;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00918014;STB=0.544354;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0339859;OID=.;OPOS=52032964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:10:20:27:37:0.649123:14:13:5:5:14:23:10:10 chr19 52033742 . G A 352.91 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.00145786;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.129;QD=15.8613;RBI=0.00369362;REFB=-0.011891;REVB=0.00339374;RO=51;SAF=17;SAR=21;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200959;STB=0.612902;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0166574;OID=.;OPOS=52033742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:21:17:33:18:21:17:33:18 chr19 52076960 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.507;QD=52.6132;RBI=0.033915;REFB=0;REVB=0.0278828;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151875;OID=.;OPOS=52076960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr19 52076974 . C T 294.18 PASS AF=0.96;AO=22;DP=23;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.956;QD=47.0692;RBI=0.0639465;REFB=-0.0173756;REVB=0.0612855;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439896;STB=0.52379;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00506692;OID=.;OPOS=52076974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:25:1:1:22:24:0.96:10:12:0:1:10:14:0:1 chr19 52077030 . TGGGGTTTG T 310.27 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00622962;FXX=0;HRUN=4;LEN=8;MLLD=265.887;QD=45.9658;RBI=0.0184185;REFB=0;REVB=-0.017333;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.60148e-05;OID=.;OPOS=52077031;OREF=GGGGTTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:27:27:27:0:13:14:0:0:6:0:12:14:0:0 chr19 52077069 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0012585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.669;QD=60.2307;RBI=0.016648;REFB=0;REVB=-0.0166004;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.29763e-05;OID=.;OPOS=52077069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr19 52090014 . C T 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00411925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.769;QD=10.1407;RBI=0.0325205;REFB=-0.00265745;REVB=-0.0322585;RO=28;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124171;STB=0.574513;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00608518;OID=.;OPOS=52090014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:6:7:12:16:6:7:12:16 chr19 52090191 . G A 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00187393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.783;QD=15.6261;RBI=0.0304437;REFB=-0.00638779;REVB=0.030386;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24054;STB=0.639327;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00718056;OID=.;OPOS=52090191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:5:12:11:12:5:12:11:12 chr19 52090444 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00606795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.398;QD=14.0439;RBI=0.0601216;REFB=-0.0335071;REVB=-0.0598146;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118169;STB=0.571155;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00590713;OID=.;OPOS=52090444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:1:3:3:2:1:3 chr19 52130488 . G A 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.021288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8056;QD=16.4434;RBI=0.0276178;REFB=0.0120725;REVB=-0.0175944;RO=27;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173955;STB=0.599898;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0171723;OID=.;OPOS=52130488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:7:13:13:14:7:13:13:14 chr19 52132325 . A T 315.79 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.031265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5491;QD=15.0378;RBI=0.0385614;REFB=-0.024812;REVB=-0.0225717;RO=49;SAF=19;SAR=16;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547787;STB=0.530998;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0309682;OID=.;OPOS=52132325;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:16:19:24:25:16:19:24:25 chr19 52220351 . G A 324.14 PASS AF=0.444444;AO=35;DP=80;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00534622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.748;QD=16.0071;RBI=0.00556965;REFB=-0.00883361;REVB=0.00156169;RO=45;SAF=20;SAR=15;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0064776;STB=0.503169;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0135847;OID=.;OPOS=52220351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:45:45:35:36:0.444444:15:20:26:19:15:21:26:19 chr19 52223121 . A G 673.97 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0040136;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.524;QD=62.6947;RBI=0.00524381;REFB=0;REVB=0.00337469;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.70515e-05;OID=.;OPOS=52223121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr19 52223180 . A G 851.12 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.45;QD=57.7031;RBI=0.0087167;REFB=0;REVB=0.00826172;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87837e-05;OID=.;OPOS=52223180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr19 52249211 . T G 432.05 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0126014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.853;QD=20.3317;RBI=0.0176987;REFB=0.00509282;REVB=-0.0124277;RO=42;SAF=35;SAR=8;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186485;STB=0.604342;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00488183;OID=.;OPOS=52249211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:8:35:28:14:8:35:28:14 chr19 52249672 . A C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0292739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3368;QD=18.7439;RBI=0.0292749;REFB=-0.0458712;REVB=-0.000244278;RO=4;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219787;STB=0.62471;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0313047;OID=.;OPOS=52249672;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:6:1:0:4:6:1:0:4 chr19 52249702 . G T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0147353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=381.778;QD=11.9197;RBI=0.0148713;REFB=0.00169743;REVB=0.00200665;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267754;STB=0.66611;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.00309558;OID=.;OPOS=52249702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:6:1:3:6:6:1:3:6 chr19 52249917 . C T 159.73 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00343848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.362;QD=11.6167;RBI=0.00547812;REFB=-0.00387606;REVB=0.00426459;RO=35;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392169;STB=0.522829;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00742971;OID=.;OPOS=52249917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:11:9:17:18:11:9:17:18 chr19 52249947 . C G 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00698774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0634;QD=20.9185;RBI=0.0211431;REFB=0.0118764;REVB=-0.019955;RO=26;SAF=11;SAR=20;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276244;STB=0.653055;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00404662;OID=.;OPOS=52249947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:20:11:18:8:20:11:18:8 chr19 52250216 . A G 1866.03 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0350226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5554;QD=59.713;RBI=0.0354134;REFB=0.0160763;REVB=-0.00524684;RO=1;SAF=53;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673909;STB=0.507041;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-5.24601e-05;OID=.;OPOS=52250216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:125:1:2:123:123:0.984:70:53:0:1:70:53:0:2 chr19 52506985 . T C 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.985;QD=62.6697;RBI=0.0318844;REFB=0;REVB=-0.0166614;RO=0;SAF=33;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84494e-05;OID=.;OPOS=52506985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:11:33:0:0:11:33:0:0 chr19 52520607 . C T 200.9 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.443;QD=47.2703;RBI=0.00903925;REFB=0;REVB=-0.00769941;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526402;OID=.;OPOS=52520607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:12:4:0:0:12:5:0:0 chr19 52521296 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.95;QD=58.6006;RBI=0.0343253;REFB=0;REVB=0.0307037;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29139e-05;OID=.;OPOS=52521296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:24:40:0:0:24:40:0:0 chr19 52537576 . T G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.808;QD=59.4348;RBI=0.0286185;REFB=0;REVB=0.00499496;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23812e-05;OID=.;OPOS=52537576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr19 52619065 . T C 191.83 PASS AF=0.369231;AO=23;DP=64;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0210035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.163;QD=11.8047;RBI=0.028877;REFB=-0.0146603;REVB=0.0198176;RO=38;SAF=16;SAR=7;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350913;STB=0.673326;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0261806;OID=.;OPOS=52619065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:38:41:23:24:0.369231:7:16:14:24:8:16:16:25 chr19 52716310 . G A 52.23 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0398855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1449;QD=3.07254;RBI=0.0432085;REFB=-0.0052941;REVB=0.0166169;RO=58;SAF=6;SAR=4;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060524;STB=0.542084;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.03238;OID=.;OPOS=52716310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:58:58:10:10:0.147059:4:6:32:26:4:6:32:26 chr19 52762384 . C A 266.05 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.062484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8264;QD=21.2836;RBI=0.0877748;REFB=-0.0225723;REVB=-0.0616455;RO=25;SAF=15;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212274;STB=0.618953;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0230668;OID=.;OPOS=52762384;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:10:15:9:16:10:15:9:16 chr19 52785385 . G A 42.56 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.000702683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.582;QD=2.83705;RBI=0.00917849;REFB=-0.00462588;REVB=0.00915155;RO=52;SAF=3;SAR=5;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173469;STB=0.624688;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0240245;OID=.;OPOS=52785385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:52:52:8:8:0.133333:5:3:27:25:5:3:27:25 chr19 52803669 . CTG C 221.58 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0188487;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=2;MLLD=225.13;QD=21.1031;RBI=0.0278201;REFB=-0.0247106;REVB=0.0204618;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183224;STB=0.599914;STBP=0.203;TYPE=del;VARB=0.0283051;OID=.;OPOS=52803670;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381:21:42:22:42:20:12:10:15:5:99:19:11:10:14:5 chr19 52825032 . C T 312.87 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00810838;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.801;QD=16.912;RBI=0.0189981;REFB=-0.0022662;REVB=-0.0171808;RO=40;SAF=15;SAR=19;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152129;STB=0.585258;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00197523;OID=.;OPOS=52825032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:19:15:24:16:19:15:24:16 chr19 52825235 . A G 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0321836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.785;QD=10.1733;RBI=0.0389094;REFB=0.00560483;REVB=0.0218668;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114905;STB=0.571184;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.0228915;OID=.;OPOS=52825235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:4:5:4:2:4:5 chr19 52856955 . C T 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00480078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.885;QD=19.9987;RBI=0.0321595;REFB=0.00761669;REVB=-0.0317992;RO=29;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273066;STB=0.507214;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.00703145;OID=.;OPOS=52856955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:30:33:33:0.52381:17:16:15:14:17:16:15:15 chr19 52917590 . G A 230.42 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0375928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.015;QD=17.7243;RBI=0.0469397;REFB=0.00206458;REVB=0.028109;RO=27;SAF=21;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381126;STB=0.718109;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00670333;OID=.;OPOS=52917590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:4:21:14:13:4:21:14:13 chr19 52937339 . G A 129.4 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0126651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2561;QD=12.9398;RBI=0.0549677;REFB=-0.0152862;REVB=0.0534887;RO=25;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694862;STB=0.540927;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0294863;OID=.;OPOS=52937339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:11:4:8:17:11:4:8:17 chr19 52938361 . C A 382.54 PASS AF=0.39823;AO=45;DP=112;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0412693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4636;QD=13.5413;RBI=0.0753257;REFB=0.00547046;REVB=-0.0630144;RO=67;SAF=27;SAR=18;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679253;STB=0.53453;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.00987625;OID=.;OPOS=52938361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:67:68:45:45:0.39823:18:27:36:31:18:27:37:31 chr19 52938417 . A G 335.8 PASS AF=0.376147;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.00171593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1613;QD=12.3229;RBI=0.0138839;REFB=-0.0159929;REVB=0.0137775;RO=65;SAF=23;SAR=18;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041229;STB=0.510643;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00984665;OID=.;OPOS=52938417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:68:41:41:0.376147:18:23:34:31:18:23:37:31 chr19 52938459 . A G 289.51 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0233913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3728;QD=13.9521;RBI=0.0264162;REFB=-0.00957884;REVB=-0.0122746;RO=50;SAF=20;SAR=13;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114097;STB=0.565016;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.013646;OID=.;OPOS=52938459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:13:20:25:25:13:20:25:25 chr19 52941171 . T C 309.52 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0694114;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.0658;QD=18.7585;RBI=0.0772233;REFB=-0.0072813;REVB=-0.0338452;RO=33;SAF=21;SAR=12;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00725958;OID=.;OPOS=52941171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:12:21:21:12:12:21:21:12 chr19 52941227 . T C 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0164641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7533;QD=11.2611;RBI=0.0356716;REFB=-0.0112385;REVB=-0.0316448;RO=30;SAF=11;SAR=4;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171153;STB=0.602595;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.011987;OID=.;OPOS=52941227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:4:11:18:12:4:11:18:12 chr19 52941618 . A C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00576522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.498;QD=12.0156;RBI=0.0122673;REFB=0.00169046;REVB=0.0108281;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191087;STB=0.61502;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00267104;OID=.;OPOS=52941618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:2:5:3:3:2:5 chr19 52941847 . A T 248.59 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00689865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.142;QD=25.4963;RBI=0.010234;REFB=-0.0156158;REVB=0.00755931;RO=16;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128396;STB=0.571366;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0169707;OID=.;OPOS=52941847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:14:9:9:7:14:9:9:7 chr19 52954507 . T C 1131.62 PASS AF=0.52093;AO=112;DP=215;FAO=112;FDP=215;FR=.;FRO=103;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=54;FSRR=49;FWDB=-0.0125914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.641;QD=21.0535;RBI=0.0198532;REFB=-0.01588;REVB=-0.0153495;RO=102;SAF=61;SAR=51;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133577;STB=0.509819;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0165556;OID=.;OPOS=52954507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:102:103:112:112:0.52093:51:61:54:48:51:61:54:49 chr19 53014346 . G A 167.12 PASS AF=0.4;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00784393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.673;QD=14.8549;RBI=0.0152907;REFB=-0.0149684;REVB=-0.0131255;RO=27;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393329;STB=0.736565;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00996414;OID=.;OPOS=53014346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:27:17:18:0.4:4:13:11:16:4:14:11:16 chr19 53015384 . A G 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0150951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.906;QD=21.1722;RBI=0.0169847;REFB=-0.0191434;REVB=-0.00778591;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177776;STB=0.59985;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0173365;OID=.;OPOS=53015384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:8:4:1:7:8:4:1:7 chr19 53015864 . T G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0279698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5636;QD=16.8984;RBI=0.0756382;REFB=-0.0030519;REVB=0.0702768;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318185;STB=0.518481;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00588415;OID=.;OPOS=53015864;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:3:6:7:3:3:6 chr19 53015987 . C G 160.51 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.00977544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2264;QD=18.3441;RBI=0.0402847;REFB=0.0145043;REVB=0.0390806;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326008;STB=0.682977;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0157424;OID=.;OPOS=53015987;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:8:9:3:15:8:9:3:15 chr19 53056465 . G A 225.88 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0162583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3391;QD=13.287;RBI=0.0379285;REFB=-0.00920263;REVB=-0.0342671;RO=41;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111538;STB=0.563829;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0122012;OID=.;OPOS=53056465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:11:16:20:21:11:16:20:21 chr19 53057925 . C A 80.84 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0133508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.601;QD=12.4371;RBI=0.0134987;REFB=-0.0107699;REVB=0.00199292;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306545;STB=0.695286;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0252033;OID=.;OPOS=53057925;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:25:26:15:15:10:11:0.423077:7:3:9:6:8:3:9:6 chr19 53059235 . T G 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0196537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.214;QD=21.1727;RBI=0.0243183;REFB=0.0027306;REVB=0.0143218;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594792;STB=0.533841;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.00112313;OID=.;OPOS=53059235;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:7:5:4:4:7:5:4:4 chr19 53075519 . G T 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00606857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.549;QD=15.6261;RBI=0.0157284;REFB=-0.0113139;REVB=-0.0145105;RO=22;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824789;STB=0.523439;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0154584;OID=.;OPOS=53075519;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:17:17:0.425:5:12:17:5:5:12:17:6 chr19 53075597 . C T 184.34 PASS AF=0.273684;AO=26;DP=95;FAO=26;FDP=95;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.00115329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.396;QD=7.76176;RBI=0.0481822;REFB=-0.00410281;REVB=-0.0481684;RO=69;SAF=18;SAR=8;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183283;STB=0.610346;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0121936;OID=.;OPOS=53075597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:69:69:26:26:0.273684:8:18:38:31:8:18:38:31 chr19 53077411 . T C 1824.62 PASS AF=0.991736;AO=119;DP=120;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0278352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2449;QD=60.318;RBI=0.0297572;REFB=-0.0262841;REVB=-0.0105209;RO=1;SAF=62;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826032;STB=0.504347;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000101295;OID=.;OPOS=53077411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:121:1:1:119:120:0.991736:57:62:0:1:57:63:0:1 chr19 53085659 . C T 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.00234235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.628;QD=21.5108;RBI=0.00645547;REFB=0.00978853;REVB=-0.00601552;RO=15;SAF=11;SAR=7;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371779;STB=0.707185;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00855542;OID=.;OPOS=53085659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:7:11:2:13:7:11:2:13 chr19 53085813 . T C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00282449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.036;QD=16.8984;RBI=0.00412591;REFB=-0.00721749;REVB=0.00300756;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453193;STB=0.526263;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00931727;OID=.;OPOS=53085813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:4:5:5:5:4:5 chr19 53086124 . C A 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0183541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.62;QD=13.7475;RBI=0.020259;REFB=0.00812756;REVB=0.00857645;RO=32;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801421;STB=0.546057;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00826932;OID=.;OPOS=53086124;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:14:8:14:18:14:8:14:18 chr19 53116643 . T C 250.21 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0820483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.719;QD=26.3376;RBI=0.084025;REFB=0.00215934;REVB=-0.018118;RO=15;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104034;STB=0.557554;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.000385891;OID=.;OPOS=53116643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:11:12:10:5:11:12:10:5 chr19 53117531 . C T 239.31 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0205521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.87;QD=20.8097;RBI=0.0247225;REFB=-0.0204667;REVB=-0.0137409;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189373;STB=0.52172;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0268162;OID=.;OPOS=53117531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:11:12:11:11:11:12:11:12 chr19 53117809 . C A 351.79 PASS AF=0.468354;AO=36;DP=78;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.000408729;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.4951;QD=17.8122;RBI=0.0403021;REFB=-0.0171301;REVB=0.0403;RO=42;SAF=26;SAR=10;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641879;STB=0.522496;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0186872;OID=.;OPOS=53117809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:42:42:36:37:0.468354:10:26:28:14:11:26:28:14 chr19 53209553 . GG AT 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00979958;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=157.306;QD=21.839;RBI=0.0104663;REFB=0.0106954;REVB=0.00367573;RO=24;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196157;STB=0.609592;STBP=0.14;TYPE=mnp;VARB=-0.00689914;OID=.;OPOS=53209553;OREF=GG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:11:14:8:16:11:14:8:16 chr19 53270384 . A G 241.18 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0303162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.217;QD=14.6167;RBI=0.031069;REFB=-0.015046;REVB=-0.00679791;RO=38;SAF=22;SAR=6;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483827;STB=0.77513;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0131954;OID=.;OPOS=53270384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:6:22:12:26:6:22:12:26 chr19 53302942 . C T 62.11 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0837679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.037;QD=35.4923;RBI=0.0844451;REFB=0;REVB=-0.0106734;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635854;OID=.;OPOS=53302942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:3:3:0:0:3:4:0:0 chr19 53303527 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00745682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.342;QD=56.1914;RBI=0.0093553;REFB=0;REVB=0.00564956;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47291e-05;OID=.;OPOS=53303527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr19 53303890 . C G 285.88 PASS AF=0.92;AO=22;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0012037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2841;QD=45.7401;RBI=0.0123217;REFB=-0.0541893;REVB=0.0122627;RO=2;SAF=9;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921477;STB=0.549956;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00255688;OID=.;OPOS=53303890;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:22:23:0.92:13:9:2:0:14:9:2:0 chr19 53304563 . T C 1237.45 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0157479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2653;QD=58.9261;RBI=0.0655607;REFB=-0.00530189;REVB=0.0636413;RO=2;SAF=37;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249076;STB=0.513155;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000710811;OID=.;OPOS=53304563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:45:37:2:0:45:37:2:0 chr19 53321171 . G A 508.75 PASS AF=0.526882;AO=48;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00528624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.962;QD=21.8818;RBI=0.00634318;REFB=-0.0238953;REVB=-0.00350595;RO=44;SAF=31;SAR=17;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510898;STB=0.521;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0207533;OID=.;OPOS=53321171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:44:48:49:0.526882:17:31:26:18:18:31:26:18 chr19 53344118 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0533;QD=42.1817;RBI=0.0454652;REFB=0;REVB=-0.0371414;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00350493;OID=.;OPOS=53344118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr19 53345321 . T G 1476.54 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0696583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.265;QD=62.1701;RBI=0.0809698;REFB=0.0661559;REVB=0.0412774;RO=1;SAF=50;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938906;STB=0.504949;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00133939;OID=.;OPOS=53345321;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:44:50:1:0:44:50:1:0 chr19 53391402 . A G 286.68 PASS AF=0.252941;AO=43;DP=170;FAO=43;FDP=170;FR=.;FRO=127;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=90;FSRR=37;FWDB=-0.0176001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5714;QD=6.7455;RBI=0.0194625;REFB=-0.00610952;REVB=-0.008308;RO=126;SAF=30;SAR=13;SRF=89;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128926;STB=0.509799;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0119698;OID=.;OPOS=53391402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:126:127:43:43:0.252941:13:30:89:37:13:30:90:37 chr19 53453777 . C T 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.000861136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.248;QD=23.8208;RBI=0.0171513;REFB=0.000106906;REVB=0.0171297;RO=17;SAF=5;SAR=17;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215003;STB=0.617887;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-6.20859e-06;OID=.;OPOS=53453777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:17:5:1:16:17:5:1:16 chr19 53453873 . T C 138.24 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0179603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.018;QD=19.7487;RBI=0.0314429;REFB=-0.0101669;REVB=0.0258086;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112427;STB=0.564015;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0164871;OID=.;OPOS=53453873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:10:5:6:7:10:5:6:7 chr19 53454475 . C CACT,T 217.65 PASS AF=0.338462,0.0769231;AO=22,5;DP=65;FAO=22,5;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=13,2;FSAR=9,3;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0137864,-0.0157769;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=3,1;MLLD=222.919,120.183;QD=13.3939;RBI=0.0317269,0.0342472;REFB=-0.0100856,-0.00770397;REVB=-0.028575,-0.0303967;RO=38;SAF=13,2;SAR=9,3;SRF=22;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.01346,-0.202053;STB=0.507805,0.653951;STBP=0.935,0.51;TYPE=ins,snp;VARB=0.0118014,0.0480113;OID=.,.;OPOS=53454476,53454475;OREF=-,C;OALT=ACT,T;OMAPALT=CACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:22,5:22,5:0.338462,0.0769231:9,3:13,2:22:16:9,3:13,2:22:16 chr19 53454543 . G A 189.83 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0224803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2158;QD=11.333;RBI=0.0376499;REFB=-0.0087287;REVB=0.0302019;RO=43;SAF=10;SAR=14;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181098;STB=0.604852;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0182172;OID=.;OPOS=53454543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:14:10:25:18:14:10:25:18 chr19 53454789 . A T 492.23 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0245553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3091;QD=17.424;RBI=0.041314;REFB=-0.0103578;REVB=-0.0332247;RO=59;SAF=19;SAR=34;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162879;STB=0.59543;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0119195;OID=.;OPOS=53454789;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:59:60:53:53:0.469027:34:19:31:28:34:19:32:28 chr19 53553686 . G A 330.63 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00429041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.541;QD=23.6162;RBI=0.0196765;REFB=-0.0113726;REVB=0.019203;RO=23;SAF=15;SAR=18;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502677;STB=0.527671;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00767257;OID=.;OPOS=53553686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:18:15:12:11:18:15:12:11 chr19 53576589 . C G 201.43 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0175074;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.737;QD=13.2087;RBI=0.0175497;REFB=-0.0035184;REVB=-0.00121823;RO=35;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00124218;STB=0.515849;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00399747;OID=.;OPOS=53576589;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:61:35:37:24:24:0.393443:13:11:16:19:13:11:16:21 chr19 53577419 . G C 267.68 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0716979;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1025;QD=15.9808;RBI=0.0729701;REFB=0.03353;REVB=-0.0135666;RO=38;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934306;STB=0.562267;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.0655084;OID=.;OPOS=53577419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:38:37:30:30:0.447761:17:13:13:25:17:13:12:25 chr19 53612311 . T C 283.55 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0105354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.266;QD=23.1466;RBI=0.0342579;REFB=-0.00436509;REVB=0.0325976;RO=23;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915079;STB=0.550982;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0046473;OID=.;OPOS=53612311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:13:13:14:9:13:13:14:9 chr19 53612720 . T C 238.31 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00701307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.094;QD=16.1564;RBI=0.0797018;REFB=-0.0239075;REVB=0.0793926;RO=31;SAF=17;SAR=10;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28676;STB=0.668184;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0201687;OID=.;OPOS=53612720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:10:17:10:21:10:17:10:22 chr19 53612745 . T C 204.09 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0280454;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.185;QD=12.3693;RBI=0.0293498;REFB=-0.0167652;REVB=0.00865237;RO=41;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155844;STB=0.58958;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.026259;OID=.;OPOS=53612745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:41:41:25:25:0.378788:11:14:17:24:11:14:17:24 chr19 53612757 . T G 243.17 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00355101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.719;QD=12.7985;RBI=0.00934283;REFB=-0.00222112;REVB=0.00864169;RO=47;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135487;STB=0.577564;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0059791;OID=.;OPOS=53612757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:13:16:20:27:13:16:20:27 chr19 53612989 . A G 128.88 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00129294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4109;QD=8.45088;RBI=0.0053016;REFB=-0.00169085;REVB=0.00514153;RO=43;SAF=10;SAR=8;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519256;STB=0.531101;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0046546;OID=.;OPOS=53612989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:8:10:22:21:8:10:22:21 chr19 53645291 . T C 171.2 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0196913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.943;QD=12.4508;RBI=0.0243519;REFB=-0.0132579;REVB=-0.0143271;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137136;STB=0.507929;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0425205;OID=.;OPOS=53645291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:9:12:19:15:9:12:19:15 chr19 53667804 . C T 151.89 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0293112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3186;QD=8.55702;RBI=0.047339;REFB=-0.0313288;REVB=-0.0371731;RO=49;SAF=13;SAR=8;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222868;STB=0.625549;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0232839;OID=.;OPOS=53667804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:50:21:21:0.295775:8:13:21:28:8:13:22:28 chr19 53667913 . A G 177.97 PASS AF=0.289157;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0303064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4471;QD=8.57708;RBI=0.030885;REFB=-0.00306583;REVB=0.00595047;RO=54;SAF=15;SAR=9;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292557;STB=0.684984;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00874424;OID=.;OPOS=53667913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:54:59:24:24:0.289157:9:15:20:34:9:15:21:38 chr19 53667940 . A G 250.7 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0190215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.98;QD=14.5331;RBI=0.0192283;REFB=-0.000794106;REVB=-0.00281227;RO=39;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107994;STB=0.567683;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00113046;OID=.;OPOS=53667940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:14:15:16:23:14:15:16:24 chr19 53669273 . TG CA,CG 621.18 PASS AF=0.27907,0.72093;AO=15,27;DP=43;FAO=12,31;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=9,12;FSAR=3,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00602587,0.0718412;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=118.891,114.347;QD=57.7843;RBI=0.0153156,0.0722554;REFB=0.0331503,-0.0563006;REVB=0.0140804,0.00772511;RO=1;SAF=12,8;SAR=3,19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0365123,-0.0545937;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0199349,-0.00048613;OID=.,.;OPOS=53669273,53669273;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:91:43:43:1:0:15,27:12,31:0.27907,0.72093:3,19:12,8:1:0:3,19:9,12:0:0 chr19 53669492 . A G 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00119986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.518;QD=24.3828;RBI=0.00223405;REFB=-0.00609465;REVB=0.00188449;RO=21;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134144;STB=0.574412;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00502153;OID=.;OPOS=53669492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:13:13:14:7:13:13:14:7 chr19 53727097 . G A 243.49 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184283;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=341.817;QD=51.2603;RBI=0.0210875;REFB=0;REVB=-0.0102508;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06416e-05;OID=.;OPOS=53727097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr19 53740822 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00532739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.537;QD=45.8055;RBI=0.011093;REFB=0;REVB=-0.00973003;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121377;OID=.;OPOS=53740822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr19 53741068 . C T 784.64 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00619401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7857;QD=57.0645;RBI=0.0462107;REFB=0;REVB=0.0457937;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304812;OID=.;OPOS=53741068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:25:28:0:0:25:30:0:0 chr19 53741188 . C T 1415.32 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.79;QD=62.903;RBI=0.0123745;REFB=0;REVB=0.00677413;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.9122e-06;OID=.;OPOS=53741188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:43:47:0:0:43:47:0:0 chr19 53761740 . T C 360.86 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0339091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8594;QD=20.6207;RBI=0.0504337;REFB=-0.0407611;REVB=-0.0373327;RO=33;SAF=22;SAR=15;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244752;STB=0.635187;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0366195;OID=.;OPOS=53761740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:15:22:10:23:15:22:10:23 chr19 53762537 . C T 527.06 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.00384267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.643;QD=21.9607;RBI=0.00757364;REFB=-0.00311956;REVB=-0.0065264;RO=46;SAF=35;SAR=15;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695414;STB=0.538446;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00258083;OID=.;OPOS=53762537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:46:50:50:0.520833:15:35:29:17:15:35:29:17 chr19 53770261 . T C 51.09 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0390084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.032;QD=5.37826;RBI=0.0443168;REFB=-0.0232362;REVB=0.0210314;RO=29;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139236;STB=0.517198;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0278813;OID=.;OPOS=53770261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:29:30:8:8:0.210526:6:2:7:22:6:2:8:22 chr19 53784899 . C T 478.31 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0217066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.431;QD=16.7828;RBI=0.0246587;REFB=-0.0209481;REVB=0.0116994;RO=62;SAF=18;SAR=34;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929456;STB=0.551928;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0196745;OID=.;OPOS=53784899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:62:62:52:52:0.45614:34:18:27:35:34:18:27:35 chr19 53787375 . C T 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0254303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1757;QD=7.95441;RBI=0.040132;REFB=-0.00446395;REVB=-0.0310463;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171661;STB=0.607206;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00363766;OID=.;OPOS=53787375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:5:3:10:9:5:3:10:9 chr19 53793042 . G A 212.72 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0228914;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.225;QD=16.0542;RBI=0.0287965;REFB=0.00955309;REVB=0.0174706;RO=29;SAF=15;SAR=9;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680509;STB=0.53843;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00987808;OID=.;OPOS=53793042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:29:24:24:0.45283:9:15:20:9:9:15:20:9 chr19 53793574 . A G 252.18 PASS AF=0.316832;AO=32;DP=101;FAO=32;FDP=101;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=22;FWDB=-0.0312491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.151;QD=9.98733;RBI=0.031458;REFB=-0.0110133;REVB=-0.00361969;RO=69;SAF=17;SAR=15;SRF=47;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179663;STB=0.604092;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0202105;OID=.;OPOS=53793574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:69:69:32:32:0.316832:15:17:47:22:15:17:47:22 chr19 53793798 . C T 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00340004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.738;QD=8.69805;RBI=0.00432899;REFB=-0.0130278;REVB=0.00267953;RO=14;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388841;STB=0.749167;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0136234;OID=.;OPOS=53793798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:1:6:8:6:1:6:8:6 chr19 53793888 . C A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0255481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.2;QD=13.6317;RBI=0.0256047;REFB=-0.0388214;REVB=0.00170188;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295251;STB=0.676948;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.02761;OID=.;OPOS=53793888;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:2:6:4:5:2:6:4:5 chr19 53793911 . T A 77.87 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00638771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0804;QD=14.1574;RBI=0.0338289;REFB=-0.00122354;REVB=0.0332203;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773769;STB=0.545364;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00343948;OID=.;OPOS=53793911;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:5:7:5:5:5:7 chr19 53794858 . G A 310.48 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0130644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.798;QD=14.4409;RBI=0.0217731;REFB=-0.0277645;REVB=-0.0174181;RO=51;SAF=15;SAR=20;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650154;STB=0.536892;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0435369;OID=.;OPOS=53794858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:20:15:25:26:20:15:25:26 chr19 53854397 . G C 197.55 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0170544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.082;QD=18.8138;RBI=0.0211899;REFB=-0.00780196;REVB=-0.012576;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638525;STB=0.54541;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0060174;OID=.;OPOS=53854397;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:12:8:7:14:12:8:7:15 chr19 53875494 . A T 746.95 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.419;QD=63.5704;RBI=0.0975507;REFB=0;REVB=0.0949556;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151331;OID=.;OPOS=53875494;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr19 53875523 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.086;QD=57.2377;RBI=0.0291965;REFB=0;REVB=0.0261565;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68451e-05;OID=.;OPOS=53875523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr19 53875569 . G A 739.09 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0133007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.624;QD=54.7471;RBI=0.0352144;REFB=-0.105391;REVB=0.0326059;RO=1;SAF=21;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219051;STB=0.511624;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000740461;OID=.;OPOS=53875569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:32:21:1:0:32:21:1:0 chr19 53884180 . CA C 35.9 PASS AF=0.295455;AO=12;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0595293;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=12.5266;QD=3.26388;RBI=0.0630336;REFB=-0.0513133;REVB=0.0207243;RO=30;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0.302326;SSSB=0.468439;STB=0.605379;STBP=0.361;TYPE=del;VARB=0.116901;OID=.;OPOS=53884181;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.295455:12:44:13:44:31:7:6:12:19:35:30:9:3:10:20 chr19 53911973 . A G 109.0 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0675909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.171;QD=36.3323;RBI=0.0864126;REFB=-0.0218027;REVB=0.0538387;RO=1;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177567;STB=0.599799;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00163411;OID=.;OPOS=53911973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:9:2:1:0:9:2:1:0 chr19 53912242 . G A 323.56 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.47;QD=53.9262;RBI=0.0117769;REFB=0;REVB=-0.00211332;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128469;OID=.;OPOS=53912242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:7:16:0:0:7:17:0:0 chr19 53952885 . TC T 275.96 PASS AF=1;AO=25;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153153;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.0927;QD=35.6079;RBI=0.155929;REFB=-0.0320349;REVB=0.0292902;RO=3;SAF=17;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.423503;SSSB=0.00303005;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.012275;OID=.;OPOS=53952886;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:31:31:31:0:21:10:0:0:4:3:17:8:2:1 chr19 53958126 . T G 411.05 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.891;QD=56.6966;RBI=0.056376;REFB=0;REVB=0.0482801;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143825;OID=.;OPOS=53958126;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:15:13:0:0:15:14:0:0 chr19 53958263 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0652143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.789;QD=62.3509;RBI=0.0654324;REFB=0;REVB=0.00533799;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00029461;OID=.;OPOS=53958263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr19 53959343 . G A 257.86 PASS AF=0.954545;AO=19;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.080295;FXX=0.0832986;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8503;QD=46.8832;RBI=0.141928;REFB=-0.104325;REVB=0.117031;RO=2;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765591;STB=0.518501;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00932683;OID=.;OPOS=53959343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:22:2:1:19:21:0.954545:11:8:0:2:13:8:0:1 chr19 53959568 . G C 400.2 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0384722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.704;QD=53.3595;RBI=0.0495595;REFB=0.0197333;REVB=0.0312416;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300429;STB=0.516118;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000846288;OID=.;OPOS=53959568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:14:15:1:0:14:15:1:0 chr19 53990002 . G A 1721.61 PASS AF=0.635593;AO=148;DP=234;FAO=150;FDP=236;FR=.;FRO=86;FSAF=60;FSAR=90;FSRF=32;FSRR=54;FWDB=0.0033025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.951;QD=29.1799;RBI=0.00800891;REFB=-0.00221304;REVB=0.00729631;RO=85;SAF=59;SAR=89;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157248;STB=0.510637;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0015051;OID=.;OPOS=53990002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:236:85:86:148:150:0.635593:89:59:32:53:90:60:32:54 chr19 53993764 . A T 803.44 PASS AF=0.982759;AO=58;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00578517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.362;QD=55.4097;RBI=0.0196862;REFB=-0.0117744;REVB=0.0188169;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5098;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=9.67277e-05;OID=.;OPOS=53993764;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:58:57:0.982759:32:26:0:0:32:25:1:0 chr19 53995002 . CGG CG,CGA 200.59 PASS AF=0.176471,0.823529;AO=3,12;DP=17;FAO=3,14;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2,4;FSAR=1,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.135255,-0.10794;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=30.7046,45.5365;QD=47.1986;RBI=0.138292,0.125986;REFB=0,0;REVB=0.0288213,0.0649733;RO=0;SAF=1,4;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.126047,0.0188059;OID=.,.;OPOS=53995003,53995004;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=CG,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.176471,0.823529:3,12:17:3,14:17:0:2,4:1,10:0:0:13:0:1,4:2,8:0:0 chr19 54191743 . A G 168.88 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0127598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2239;QD=24.1252;RBI=0.0127752;REFB=0.00811257;REVB=0.000626235;RO=10;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085608;STB=0.564778;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.00831315;OID=.;OPOS=54191743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:10:11:17:17:0.607143:8:9:4:6:8:9:4:7 chr19 54313267 . G A 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00824301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6494;QD=7.67877;RBI=0.0209059;REFB=-0.0125109;REVB=-0.0192123;RO=31;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00350616;STB=0.502179;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0261959;OID=.;OPOS=54313267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:6:5:14:17:6:5:14:17 chr19 54377665 . G A 167.98 PASS AF=0.586207;AO=16;DP=28;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00787105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.962;QD=23.1698;RBI=0.0536901;REFB=-0.00874885;REVB=0.05311;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512181;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00473057;OID=.;OPOS=54377665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:12:12:16:17:0.586207:8:8:6:6:9:8:6:6 chr19 54378099 . GA AG 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150973;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=75.1105;QD=37.4885;RBI=0.0698253;REFB=0;REVB=0.0681736;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00651786;OID=.;OPOS=54378099;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr19 54378475 . T G 67.2 PASS AF=0.5625;AO=5;DP=12;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.103727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.185;QD=16.7993;RBI=0.10417;REFB=-0.0902813;REVB=0.00959019;RO=7;SAF=0;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.683376;STB=0.599799;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0229193;OID=.;OPOS=54378475;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:12:16:7:7:5:9:0.5625:5:0:1:6:6:3:1:6 chr19 54378477 . T G 98.52 PASS AF=0.785714;AO=7;DP=10;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.102873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.819;QD=28.1489;RBI=0.102874;REFB=-0.0980228;REVB=-0.000234123;RO=3;SAF=0;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.771117;STB=0.516099;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0151229;OID=.;OPOS=54378477;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:14:3:3:7:11:0.785714:7:0:1:2:8:3:1:2 chr19 54378479 . T G 47.8 PASS AF=0.583333;AO=4;DP=9;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.102469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.611;QD=15.9339;RBI=0.102626;REFB=-0.00912138;REVB=0.00566533;RO=5;SAF=0;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.672226;STB=0.599732;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00666363;OID=.;OPOS=54378479;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:9:12:5:5:4:7:0.583333:4:0:1:4:4:3:1:4 chr19 54378481 . T G 46.02 PASS AF=0.583333;AO=4;DP=9;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.103281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.867;QD=15.3403;RBI=0.104173;REFB=-0.0055888;REVB=-0.0136092;RO=5;SAF=0;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.672226;STB=0.599732;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00506316;OID=.;OPOS=54378481;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:9:12:5:5:4:7:0.583333:4:0:1:4:4:3:1:4 chr19 54378483 . T G 45.38 PASS AF=0.583333;AO=4;DP=10;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0839856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.697;QD=15.1276;RBI=0.0839968;REFB=-0.0251267;REVB=-0.00137321;RO=6;SAF=0;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.684163;STB=0.599732;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0190507;OID=.;OPOS=54378483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:10:12:6:5:4:7:0.583333:4:0:2:4:4:3:1:4 chr19 54378627 . T A 3787.36 PASS AF=1;AO=236;DP=242;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00324312;FXX=0.00812975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.909;QD=62.0879;RBI=0.00329592;REFB=-0.0622903;REVB=0.00058761;RO=0;SAF=160;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467299;OID=.;OPOS=54378627;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:242:244:0:0:236:244:1:76:160:0:0:82:162:0:0 chr19 54378789 . C G 4150.73 PASS AF=1;AO=259;DP=266;FAO=269;FDP=269;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420253;FXX=0.0692018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4517;QD=61.721;RBI=0.043989;REFB=-0.000228483;REVB=0.0129963;RO=1;SAF=98;SAR=161;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00483967;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00083799;OID=.;OPOS=54378789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:266:269:1:0:259:269:1:161:98:1:0:167:102:0:0 chr19 54378807 . A G 90.11 PASS AF=0.136691;AO=18;DP=139;FAO=19;FDP=139;FR=.;FRO=120;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=99;FWDB=-0.0223776;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=203.228;QD=2.59323;RBI=0.0235821;REFB=-0.00123056;REVB=-0.0074402;RO=119;SAF=5;SAR=13;SRF=21;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182395;STB=0.608082;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00463486;OID=.;OPOS=54378807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:139:139:119:120:18:19:0.136691:13:5:21:98:14:5:21:99 chr19 54378808 . A G 73.39 PASS AF=0.132812;AO=16;DP=126;FAO=17;FDP=128;FR=.;FRO=111;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=91;FWDB=-0.0581182;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=202.513;QD=2.29335;RBI=0.0583649;REFB=-0.00100094;REVB=-0.00536069;RO=109;SAF=2;SAR=14;SRF=20;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136084;STB=0.60871;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00300255;OID=.;OPOS=54378808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:126:128:109:111:16:17:0.132812:14:2:20:89:15:2:20:91 chr19 54378810 . A G 53.16 PASS AF=0.125;AO=13;DP=104;FAO=13;FDP=104;FR=.;FRO=91;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=76;FWDB=-0.0422333;FXX=0.0188661;HRUN=15;LEN=1;MLLD=46.2034;QD=2.0448;RBI=0.0436557;REFB=-0.000843382;REVB=-0.0110532;RO=89;SAF=2;SAR=11;SRF=14;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0080808;STB=0.517977;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.049526;OID=.;OPOS=54378810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:104:104:89:91:13:13:0.125:11:2:14:75:11:2:15:76 chr19 54378812 . A G 42.65 PASS AF=0.106383;AO=12;DP=93;FAO=10;FDP=94;FR=.;FRO=84;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=72;FWDB=0.0182073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5814;QD=1.81506;RBI=0.0189441;REFB=0.00117325;REVB=-0.00523203;RO=81;SAF=2;SAR=10;SRF=11;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745015;STB=0.590703;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.0764322;OID=.;OPOS=54378812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:93:94:81:84:12:10:0.106383:10:2:11:70:9:1:12:72 chr19 54379573 . C T 508.11 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0346868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3888;QD=56.4569;RBI=0.0380566;REFB=-0.0318976;REVB=0.0156567;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301623;STB=0.51612;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00108217;OID=.;OPOS=54379573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:20:15:1:0:20:15:1:0 chr19 54385820 . C T 3812.66 PASS AF=0.987755;AO=241;DP=245;FAO=242;FDP=245;FR=.;FRO=3;FSAF=120;FSAR=122;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0197571;FXX=0.00406488;HRUN=3;LEN=1;MLLD=332.221;QD=62.2475;RBI=0.0264944;REFB=-0.0240032;REVB=0.0176525;RO=3;SAF=119;SAR=122;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00376024;STB=0.50199;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.000119035;OID=.;OPOS=54385820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:245:245:3:3:241:242:0.987755:122:119:1:2:122:120:1:2 chr19 54394965 . T C 536.21 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.00924826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.643;QD=17.4378;RBI=0.0112769;REFB=0.000214202;REVB=-0.00645269;RO=66;SAF=22;SAR=35;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385423;STB=0.521447;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.000221039;OID=.;OPOS=54394965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:66:66:57:57:0.463415:35:22:28:38:35:22:28:38 chr19 54409996 . C T 260.16 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00646918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.979;QD=14.4533;RBI=0.0161962;REFB=-0.0115567;REVB=-0.0148481;RO=42;SAF=19;SAR=11;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415373;STB=0.523606;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0222147;OID=.;OPOS=54409996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:11:19:25:17:11:19:25:17 chr19 54561792 . G A 400.03 PASS AF=0.533333;AO=39;DP=74;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00208524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.582;QD=21.3348;RBI=0.0191351;REFB=-0.0355793;REVB=-0.0190211;RO=35;SAF=21;SAR=18;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093739;STB=0.544888;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0258538;OID=.;OPOS=54561792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:35:35:39:40:0.533333:18:21:15:20:19:21:15:20 chr19 54600232 . A C 807.54 PASS AF=0.488235;AO=83;DP=169;FAO=83;FDP=170;FR=.;FRO=87;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.0125238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.7718;QD=19.001;RBI=0.0563246;REFB=0.00578796;REVB=-0.0549146;RO=85;SAF=35;SAR=48;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781527;STB=0.54349;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00632392;OID=.;OPOS=54600232;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:85:87:83:83:0.488235:48:35:43:42:48:35:44:43 chr19 54606209 . T G 74.61 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0238882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.07;QD=10.6583;RBI=0.0696745;REFB=-0.021783;REVB=-0.0654515;RO=18;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309114;STB=0.689235;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0338348;OID=.;OPOS=54606209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:2:8:10:8:2:8:10:8 chr19 54632508 . G A 479.91 PASS AF=0.338983;AO=59;DP=177;FAO=60;FDP=177;FR=.;FRO=117;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=68;FSRR=49;FWDB=0.00507692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0922;QD=10.8455;RBI=0.00585864;REFB=-0.0154909;REVB=0.00292378;RO=117;SAF=28;SAR=31;SRF=68;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122962;STB=0.575256;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.028759;OID=.;OPOS=54632508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:117:117:59:60:0.338983:31:28:68:49:32:28:68:49 chr19 54649543 . C T 127.22 PASS AF=0.25;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0389487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7324;QD=6.69595;RBI=0.0397398;REFB=-0.00458552;REVB=0.00788967;RO=57;SAF=13;SAR=6;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202094;STB=0.624319;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00900871;OID=.;OPOS=54649543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:57:57:19:19:0.25:6:13:30:27:6:13:30:27 chr19 54649670 . CT C,CC 254.47 PASS AF=0.05,0.95;AO=3,16;DP=19;FAO=1,19;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10456,0.0931622;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=264.494,273.066;QD=50.8948;RBI=0.105215,0.0935624;REFB=0,0;REVB=0.0117221,0.00864447;RO=0;SAF=2,7;SAR=1,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000553681,0.00249823;OID=.,.;OPOS=54649671,54649671;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.05,0.95:3,16:19:1,19:20:0:1,9:0,10:0:0:5:0:2,7:1,9:0:0 chr19 54659640 . C T 119.96 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00768885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1227;QD=9.40893;RBI=0.0117169;REFB=-0.0125531;REVB=0.00884129;RO=35;SAF=8;SAR=7;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446778;STB=0.515768;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0501031;OID=.;OPOS=54659640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:36:15:15:0.294118:7:8:20:15:7:8:20:16 chr19 54664209 . G C 347.85 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0309285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3476;QD=19.8774;RBI=0.0616973;REFB=-0.0359316;REVB=0.0533852;RO=33;SAF=24;SAR=12;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851916;STB=0.541643;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0288293;OID=.;OPOS=54664209;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:34:36:36:0.514286:12:24:19:14:12:24:20:14 chr19 54664752 . A C 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00462561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.573;QD=14.4;RBI=0.00893808;REFB=-0.0108621;REVB=-0.00764807;RO=34;SAF=14;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00120728;STB=0.500687;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0135568;OID=.;OPOS=54664752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:11:14:19:15:11:14:19:15 chr19 54665970 . C T 164.03 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.113495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3149;QD=12.8648;RBI=0.113633;REFB=-0.0081629;REVB=-0.00558373;RO=32;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10486;STB=0.56058;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0219542;OID=.;OPOS=54665970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:12:7:9:23:12:7:9:23 chr19 54674742 . C T 206.82 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0223221;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.629;QD=16.221;RBI=0.0224035;REFB=-0.00984694;REVB=-0.00190857;RO=28;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350151;STB=0.519839;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00961292;OID=.;OPOS=54674742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:28:28:23:23:0.45098:9:14:18:10:9:14:18:10 chr19 54676763 . C T 536.39 PASS AF=0.471074;AO=56;DP=121;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.00127153;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.281;QD=17.7318;RBI=0.0038866;REFB=-0.00569017;REVB=0.00367272;RO=64;SAF=29;SAR=27;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429702;STB=0.519224;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00749825;OID=.;OPOS=54676763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:64:56:57:0.471074:27:29:36:28:27:30:36:28 chr19 54676814 . G GC 248.3 PASS AF=0.483146;AO=39;DP=93;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0522508;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.5366;QD=11.1597;RBI=0.0555633;REFB=-0.00770524;REVB=-0.0188981;RO=52;SAF=21;SAR=18;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393983;STB=0.572895;STBP=0.186;TYPE=ins;VARB=-0.002959;OID=.;OPOS=54676815;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483146:39:93:43:89:46:22:21:30:16:99:52:21:18:30:22 chr19 54677189 . C T 293.84 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=0.0363671;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.695;QD=14.3338;RBI=0.0395672;REFB=-0.0198361;REVB=-0.0155883;RO=47;SAF=21;SAR=12;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100914;STB=0.537875;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0297828;OID=.;OPOS=54677189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:82:47:49:33:33:0.402439:12:21:34:13:12:21:34:15 chr19 54677759 . T C 816.89 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00886156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.756;QD=57.3255;RBI=0.037656;REFB=0;REVB=0.0365984;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97669e-05;OID=.;OPOS=54677759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:30:26:0:0:31:26:0:0 chr19 54697079 . C T 235.67 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0111184;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.874;QD=11.0905;RBI=0.0112083;REFB=-0.000583363;REVB=0.00141664;RO=55;SAF=12;SAR=17;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168639;STB=0.59184;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.000971337;OID=.;OPOS=54697079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:56:29:29:0.341176:17:12:31:24:17:12:31:25 chr19 54697172 . T C 301.05 PASS AF=0.353535;AO=34;DP=98;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0285079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.796;QD=12.1636;RBI=0.0344432;REFB=-0.0143726;REVB=-0.0193297;RO=64;SAF=15;SAR=19;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171283;STB=0.58758;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0315976;OID=.;OPOS=54697172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:64:64:34:35:0.353535:19:15:38:26:19:16:38:26 chr19 54725798 . G T 905.9 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0893893;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.1205;QD=55.7478;RBI=0.18099;REFB=-0.0685783;REVB=0.157375;RO=2;SAF=45;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496118;STB=0.512816;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00471058;OID=.;OPOS=54725798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:65:2:1:63:64:0.984615:18:45:0:2:19:45:0:1 chr19 54725930 . C T 626.87 PASS AF=0.481203;AO=64;DP=133;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=46;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=24;FWDB=0.00389554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0533;QD=18.8533;RBI=0.0849652;REFB=0.0216414;REVB=-0.0848759;RO=69;SAF=46;SAR=18;SRF=45;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741616;STB=0.541163;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.0236949;OID=.;OPOS=54725930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:69:69:64:64:0.481203:18:46:45:24:18:46:45:24 chr19 54725995 . G A 598.39 PASS AF=0.469697;AO=62;DP=132;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0315156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4642;QD=18.133;RBI=0.032408;REFB=-0.0104477;REVB=0.00755268;RO=70;SAF=43;SAR=19;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129144;STB=0.571909;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0117383;OID=.;OPOS=54725995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:70:70:62:62:0.469697:19:43:40:30:19:43:40:30 chr19 54726162 . T G 57.1 PASS AF=0.129032;AO=12;DP=93;FAO=12;FDP=93;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=57;FSRR=24;FWDB=0.00515375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.533;QD=2.45597;RBI=0.00916661;REFB=-0.00199458;REVB=0.0075806;RO=81;SAF=7;SAR=5;SRF=57;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161584;STB=0.611684;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0121487;OID=.;OPOS=54726162;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:93:93:81:81:12:12:0.129032:5:7:57:24:5:7:57:24 chr19 54726226 . T C 31.99 PASS AF=0.0609756;AO=15;DP=246;FAO=15;FDP=246;FR=.;FRO=231;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=130;FSRR=101;FWDB=0.00404736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.612;QD=0.520197;RBI=0.00409061;REFB=-0.000468238;REVB=-0.000593224;RO=230;SAF=11;SAR=4;SRF=130;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184755;STB=0.671662;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0110638;OID=.;OPOS=54726226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:246:246:230:231:15:15:0.0609756:4:11:130:100:4:11:130:101 chr19 54726241 . C T 39.3 PASS AF=0.0661479;AO=17;DP=256;FAO=17;FDP=257;FR=.;FRO=240;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=136;FSRR=104;FWDB=0.00354816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9409;QD=0.611686;RBI=0.0498425;REFB=0.00209872;REVB=0.049716;RO=228;SAF=13;SAR=4;SRF=127;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239597;STB=0.701747;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.0227113;OID=.;OPOS=54726241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:256:257:228:240:17:17:0.0661479:4:13:127:101:4:13:136:104 chr19 54726816 . A T 431.63 PASS AF=0.351724;AO=49;DP=142;FAO=51;FDP=145;FR=.;FRO=94;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.0230771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.206;QD=11.9069;RBI=0.035513;REFB=-0.0173764;REVB=-0.026993;RO=93;SAF=26;SAR=23;SRF=53;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451489;STB=0.509709;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0318082;OID=.;OPOS=54726816;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:145:93:94:49:51:0.351724:23:26:53:40:23:28:53:41 chr19 54726833 . T C 409.14 PASS AF=0.355072;AO=48;DP=137;FAO=49;FDP=138;FR=.;FRO=89;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.0925238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0511;QD=11.859;RBI=0.0995236;REFB=-0.0278874;REVB=-0.0366648;RO=89;SAF=29;SAR=19;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624632;STB=0.541102;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0472386;OID=.;OPOS=54726833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:89:89:48:49:0.355072:19:29:49:40:19:30:49:40 chr19 54726839 . C T 334.11 PASS AF=0.315789;AO=42;DP=139;FAO=42;FDP=133;FR=.;FRO=91;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=0.0126103;FXX=0.0499964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6441;QD=10.0485;RBI=0.0126512;REFB=-0.0214942;REVB=-0.00101646;RO=90;SAF=25;SAR=17;SRF=50;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477488;STB=0.532095;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0301867;OID=.;OPOS=54726839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:133:90:91:42:42:0.315789:17:25:50:40:17:25:50:41 chr19 54726843 . C G 357.36 PASS AF=0.333333;AO=44;DP=134;FAO=45;FDP=135;FR=.;FRO=90;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=-0.0166536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.945;QD=10.5885;RBI=0.0179917;REFB=-0.0208634;REVB=-0.00680863;RO=88;SAF=28;SAR=16;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959708;STB=0.54618;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.03542;OID=.;OPOS=54726843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:88:90:44:45:0.333333:16:28:49:39:17:28:50:40 chr19 54726861 . C T 343.17 PASS AF=0.344;AO=43;DP=124;FAO=43;FDP=125;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0176384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.601;QD=10.9814;RBI=0.0216269;REFB=-0.00847519;REVB=-0.0125143;RO=78;SAF=26;SAR=17;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119351;STB=0.577524;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0514595;OID=.;OPOS=54726861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:78:82:43:43:0.344:17:26:39:39:17:26:40:42 chr19 54726872 . C G 325.71 PASS AF=0.37037;AO=39;DP=108;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0328097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.948;QD=12.0632;RBI=0.0336007;REFB=-0.0207195;REVB=-0.0072477;RO=68;SAF=24;SAR=15;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193657;STB=0.616221;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.05825;OID=.;OPOS=54726872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:68:68:39:40:0.37037:15:24:30:38:15:25:30:38 chr19 54746051 . A C 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0892;QD=33.422;RBI=0.00120585;REFB=0;REVB=-0.00120585;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131762;OID=.;OPOS=54746051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr19 54746081 . T C 152.98 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000568046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.855;QD=40.7944;RBI=0.0107557;REFB=-0.100187;REVB=0.0107407;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518492;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.000743633;OID=.;OPOS=54746081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:15:15:0:1:14:14:0.933333:13:1:0:0:13:1:0:1 chr19 54754752 . T C 315.8 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0360114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0269;QD=15.0381;RBI=0.0360487;REFB=-0.0256184;REVB=0.00163953;RO=49;SAF=21;SAR=14;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519039;STB=0.529395;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0374336;OID=.;OPOS=54754752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:14:21:27:22:14:21:27:22 chr19 54767879 . T C 2066.84 PASS AF=0.992537;AO=131;DP=132;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00224925;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.928;QD=61.6966;RBI=0.0359224;REFB=0.0119242;REVB=0.0358519;RO=1;SAF=69;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760425;STB=0.503999;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=9.51205e-05;OID=.;OPOS=54767879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:134:1:1:131:133:0.992537:62:69:0:1:62:71:0:1 chr19 54782919 . C T 375.07 PASS AF=0.5;AO=38;DP=79;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0070592;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1343;QD=19.2343;RBI=0.0130381;REFB=-0.0278951;REVB=-0.0109617;RO=39;SAF=24;SAR=14;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11207;STB=0.566975;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0373206;OID=.;OPOS=54782919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:39:39:38:39:0.5:14:24:20:19:14:25:20:19 chr19 54783375 . T A 2281.47 PASS AF=0.986395;AO=145;DP=147;FAO=145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0389946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.711;QD=62.0808;RBI=0.0410853;REFB=0.0128323;REVB=-0.0129392;RO=2;SAF=90;SAR=55;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169758;STB=0.508927;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.000194352;OID=.;OPOS=54783375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:147:147:2:2:145:145:0.986395:55:90:0:2:55:90:0:2 chr19 54783923 . A G 725.45 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7196;QD=63.0829;RBI=0.0793084;REFB=0;REVB=-0.0684103;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00140467;OID=.;OPOS=54783923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr19 54784130 . T C 407.89 PASS AF=0.577465;AO=38;DP=68;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0727169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7105;QD=22.9799;RBI=0.0748972;REFB=-0.0115222;REVB=0.01794;RO=23;SAF=24;SAR=14;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817304;STB=0.504321;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0117066;OID=.;OPOS=54784130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:23:30:38:41:0.577465:14:24:17:6:16:25:18:12 chr19 54786022 . G C 62.38 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0147729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.73;QD=7.79728;RBI=0.0431517;REFB=-0.00538652;REVB=-0.0405442;RO=23;SAF=7;SAR=2;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179616;STB=0.61376;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0153053;OID=.;OPOS=54786022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:2:7:15:8:2:7:15:8 chr19 54803185 . G T 902.97 PASS AF=0.449074;AO=97;DP=216;FAO=97;FDP=216;FR=.;FRO=119;FSAF=59;FSAR=38;FSRF=74;FSRR=45;FWDB=-0.013752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0623;QD=16.7216;RBI=0.0644631;REFB=-0.00303757;REVB=0.0629792;RO=119;SAF=59;SAR=38;SRF=74;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142232;STB=0.507887;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00355914;OID=.;OPOS=54803185;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:119:119:97:97:0.449074:38:59:74:45:38:59:74:45 chr19 54849463 . C T 334.41 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0321438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.112;QD=19.3859;RBI=0.0640459;REFB=0.00427576;REVB=0.0553954;RO=34;SAF=15;SAR=20;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152377;STB=0.50847;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.00354043;OID=.;OPOS=54849463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:20:15:14:20:20:15:14:20 chr19 54849481 . T G 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.049646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.502;QD=16.5617;RBI=0.0497413;REFB=-0.00690344;REVB=-0.00307838;RO=30;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294248;STB=0.527645;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0079627;OID=.;OPOS=54849481;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:31:27:27:0.465517:17:10:12:18:17:10:13:18 chr19 54867572 . C T 435.08 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0234591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.362;QD=16.4181;RBI=0.028097;REFB=-0.0134552;REVB=-0.0154632;RO=58;SAF=21;SAR=27;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236761;STB=0.513216;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.017002;OID=.;OPOS=54867572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:58:48:48:0.45283:27:21:24:34:27:21:24:34 chr19 54871664 . G C 270.65 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00102823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4447;QD=16.9159;RBI=0.0183366;REFB=-0.00640481;REVB=-0.0183077;RO=34;SAF=19;SAR=11;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140364;STB=0.507878;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00868852;OID=.;OPOS=54871664;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:11:19:22:12:11:19:22:12 chr19 54946784 . A G 298.7 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00895355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.71;QD=23.8963;RBI=0.00896078;REFB=-0.0212754;REVB=0.000359847;RO=23;SAF=8;SAR=19;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303045;STB=0.66909;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.013503;OID=.;OPOS=54946784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:19:8:15:8:19:8:15:8 chr19 54947509 . G A 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0150124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8749;QD=16.9927;RBI=0.0603837;REFB=-0.0468797;REVB=0.0584878;RO=30;SAF=14;SAR=13;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17276;STB=0.59683;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0511183;OID=.;OPOS=54947509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:13:14:10:20:13:14:10:20 chr19 55009497 . A C 30.6 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=58;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00830405;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.691;QD=2.22561;RBI=0.00914892;REFB=-0.00305157;REVB=0.00384;RO=52;SAF=4;SAR=2;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107391;STB=0.607227;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0209091;OID=.;OPOS=55009497;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:58:55:52:49:6:6:0.109091:2:4:30:22:2:4:27:22 chr19 55014124 . G A 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00818955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.046;QD=9.67077;RBI=0.014533;REFB=-0.00554355;REVB=-0.0120058;RO=36;SAF=7;SAR=9;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198759;STB=0.618339;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.014078;OID=.;OPOS=55014124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:9:7:22:14:9:7:22:14 chr19 55019402 . A G 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0632896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.752;QD=24.493;RBI=0.0652868;REFB=-0.00744586;REVB=-0.0160247;RO=15;SAF=16;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303626;STB=0.670484;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0124213;OID=.;OPOS=55019402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:5:16:6:9:5:16:6:9 chr19 55045042 . G A 836.75 PASS AF=0.541667;AO=76;DP=145;FAO=78;FDP=144;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0228788;FXX=0.0136977;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.23;QD=23.2431;RBI=0.0249207;REFB=-0.0377938;REVB=-0.00987955;RO=65;SAF=33;SAR=43;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363916;STB=0.515683;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0322733;OID=.;OPOS=55045042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:65:66:76:78:0.541667:43:33:31:34:44:34:31:35 chr19 55085399 . G A 945.2 PASS AF=0.460829;AO=100;DP=217;FAO=100;FDP=217;FR=.;FRO=117;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=62;FSRR=55;FWDB=-0.00668997;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.523;QD=17.4231;RBI=0.00805116;REFB=-0.0284169;REVB=-0.00447945;RO=115;SAF=48;SAR=52;SRF=62;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571522;STB=0.526892;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0309993;OID=.;OPOS=55085399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:115:117:100:100:0.460829:52:48:62:53:52:48:62:55 chr19 55086775 . C T 309.15 PASS AF=0.348214;AO=33;DP=112;FAO=39;FDP=112;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0100287;FXX=0.0260847;HRUN=5;LEN=1;MLLD=150.353;QD=11.0412;RBI=0.0100296;REFB=-0.00543344;REVB=-0.000134853;RO=46;SAF=8;SAR=25;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820496;STB=0.563516;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00711624;OID=.;OPOS=55086775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:46:73:33:39:0.348214:25:8:14:32:25:14:33:40 chr19 55098667 . G A 583.16 PASS AF=0.403614;AO=67;DP=166;FAO=67;FDP=166;FR=.;FRO=99;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=0.0166789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7334;QD=14.0519;RBI=0.023586;REFB=-0.00483994;REVB=-0.0166767;RO=99;SAF=33;SAR=34;SRF=48;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00815645;STB=0.504586;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00858634;OID=.;OPOS=55098667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:99:99:67:67:0.403614:34:33:48:51:34:33:48:51 chr19 55105722 . G C 413.26 PASS AF=0.431193;AO=46;DP=108;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.00771347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.449;QD=15.1655;RBI=0.012061;REFB=-0.00913716;REVB=-0.00927203;RO=61;SAF=31;SAR=15;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272025;STB=0.647042;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0361583;OID=.;OPOS=55105722;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:61:62:46:47:0.431193:15:31:25:36:16:31:25:37 chr19 55105727 . A G 463.5 PASS AF=0.447368;AO=50;DP=113;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.0125593;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.175;QD=16.2632;RBI=0.0252583;REFB=-0.00787863;REVB=-0.0219146;RO=62;SAF=34;SAR=16;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307788;STB=0.650828;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0153373;OID=.;OPOS=55105727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:62:63:50:51:0.447368:16:34:23:39:17:34:25:38 chr19 55105743 . A G 527.58 PASS AF=0.438462;AO=57;DP=130;FAO=57;FDP=130;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.00426866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.601;QD=16.2332;RBI=0.00430612;REFB=-0.012112;REVB=-0.000566768;RO=72;SAF=38;SAR=19;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241064;STB=0.638694;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0122382;OID=.;OPOS=55105743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:72:73:57:57:0.438462:19:38:31:41:19:38:31:42 chr19 55106317 . A G 450.7 PASS AF=0.339286;AO=57;DP=168;FAO=57;FDP=168;FR=.;FRO=111;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=65;FSRR=46;FWDB=0.0248318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.447;QD=10.731;RBI=0.0264869;REFB=-0.00196993;REVB=-0.00921629;RO=111;SAF=31;SAR=26;SRF=65;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486758;STB=0.527909;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00645854;OID=.;OPOS=55106317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:111:111:57:57:0.339286:26:31:65:46:26:31:65:46 chr19 55106338 . A C 325.7 PASS AF=0.290323;AO=45;DP=155;FAO=45;FDP=155;FR=.;FRO=110;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=64;FSRR=46;FWDB=-0.0074077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.669;QD=8.40517;RBI=0.0147539;REFB=-0.0100158;REVB=-0.0127595;RO=106;SAF=25;SAR=20;SRF=63;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474484;STB=0.518942;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0213009;OID=.;OPOS=55106338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:106:110:45:45:0.290323:20:25:63:43:20:25:64:46 chr19 55106590 . A G 394.81 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=96;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.00306471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.311;QD=16.1147;RBI=0.0125593;REFB=-0.0223238;REVB=-0.0121796;RO=56;SAF=19;SAR=20;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162093;STB=0.568596;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0228295;OID=.;OPOS=55106590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:56:56:39:42:0.428571:20:19:36:20:20:22:36:20 chr19 55106865 . T C 431.1 PASS AF=0.551282;AO=41;DP=76;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00758832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.225;QD=22.1077;RBI=0.0137781;REFB=-0.0177403;REVB=0.0115002;RO=33;SAF=16;SAR=25;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00314052;STB=0.526734;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0109602;OID=.;OPOS=55106865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:33:35:41:43:0.551282:25:16:13:20:27:16:15:20 chr19 55107308 . G C 315.23 PASS AF=0.460526;AO=32;DP=73;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00392061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.922;QD=16.5911;RBI=0.0219628;REFB=-0.0313337;REVB=-0.0216101;RO=41;SAF=18;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504649;STB=0.548359;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0422786;OID=.;OPOS=55107308;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:41:41:32:35:0.460526:14:18:21:20:14:21:21:20 chr19 55107313 . T C 300.96 PASS AF=0.435897;AO=33;DP=77;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00725355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.472;QD=15.4336;RBI=0.00727012;REFB=-0.0294626;REVB=-0.000490542;RO=42;SAF=19;SAR=14;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994346;STB=0.580597;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0211775;OID=.;OPOS=55107313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:42:44:33:34:0.435897:14:19:20:22:13:21:21:23 chr19 55107336 . C T 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0401525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4253;QD=13.5519;RBI=0.0424144;REFB=0.0125804;REVB=-0.0136659;RO=35;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16353;STB=0.593145;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.0124913;OID=.;OPOS=55107336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:12:12:12:23:12:12:12:23 chr19 55107343 . T C 201.53 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00345488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.123;QD=13.8989;RBI=0.0106704;REFB=-0.00230447;REVB=-0.0100956;RO=33;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138772;STB=0.586137;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00316406;OID=.;OPOS=55107343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:34:24:24:0.413793:12:12:12:21:12:12:12:22 chr19 55142101 . G A 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.019884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1174;QD=14.3998;RBI=0.0274945;REFB=0.00580394;REVB=0.0189887;RO=34;SAF=16;SAR=9;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146134;STB=0.583382;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0136709;OID=.;OPOS=55142101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:9:16:17:17:9:16:17:17 chr19 55142739 . A C 216.68 PASS AF=0.454545;AO=23;DP=53;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0107237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.606;QD=15.7588;RBI=0.0112926;REFB=-0.00963906;REVB=-0.0035392;RO=29;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147856;STB=0.565166;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0115334;OID=.;OPOS=55142739;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:29:30:23:25:0.454545:10:13:12:17:12:13:12:18 chr19 55143083 . T C 862.23 PASS AF=0.548387;AO=83;DP=153;FAO=85;FDP=155;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.00689102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.768;QD=22.2512;RBI=0.00689208;REFB=-0.0055583;REVB=0.0001211;RO=70;SAF=35;SAR=48;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1607;STB=0.58048;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00344936;OID=.;OPOS=55143083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:70:70:83:85:0.548387:48:35:43:27:48:37:43:27 chr19 55143452 . T C 258.58 PASS AF=0.351648;AO=28;DP=91;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00972694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.163;QD=11.3662;RBI=0.00985176;REFB=-0.00978233;REVB=-0.00156329;RO=48;SAF=6;SAR=22;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195688;STB=0.625768;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0167118;OID=.;OPOS=55143452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:59:28:32:0.351648:22:6:17:31:23:9:27:32 chr19 55143491 . G T 542.87 PASS AF=0.415493;AO=59;DP=142;FAO=59;FDP=142;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.0314119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.61;QD=15.2921;RBI=0.0328799;REFB=-0.00801618;REVB=0.00971488;RO=80;SAF=25;SAR=34;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144395;STB=0.520275;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00802088;OID=.;OPOS=55143491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:80:83:59:59:0.415493:34:25:35:45:34:25:38:45 chr19 55145078 . CTTTTA CTTTA,CTTTAC 48.61 PASS AF=0.2,0;AO=18,5;DP=91;FAO=18,0;FDP=90;FR=.;FRO=72;FSAF=16,0;FSAR=2,0;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.284772,-0.18453;FXX=0.0109878;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=14.4,24.8639;QD=2.16052;RBI=0.292803,0.185005;REFB=-0.055052,-0.0284701;REVB=-0.0681034,-0.0132392;RO=55;SAF=17,5;SAR=1,0;SRF=15;SRR=40;SSEN=0.488372,0;SSEP=0,0;SSSB=0.758043,0.679998;STB=0.888457,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0737698,0.0162486;OID=.,.;OPOS=55145079,55145082;OREF=T,TA;OALT=-,AC;OMAPALT=CTTTA,CTTTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2,0:18,5:91:18,0:90:72:16,0:2,0:29:43:48:55:17,5:1,0:15:40 chr19 55148088 . G A 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0146255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9278;QD=14.2411;RBI=0.0178593;REFB=-0.000768797;REVB=-0.0102493;RO=31;SAF=16;SAR=6;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326971;STB=0.687995;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.000313572;OID=.;OPOS=55148088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:6:16:13:18:6:16:13:18 chr19 55174498 . T C 428.76 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00923864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8732;QD=57.1686;RBI=0.0989057;REFB=0;REVB=-0.0984733;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00234721;OID=.;OPOS=55174498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr19 55178162 . A G 333.23 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9703;QD=53.317;RBI=0.0810703;REFB=0;REVB=-0.069896;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00288467;OID=.;OPOS=55178162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:15:10:0:0 chr19 55179364 . A G 195.8 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00662872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.804;QD=17.7999;RBI=0.0085437;REFB=-0.000661972;REVB=0.00539026;RO=24;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263231;STB=0.64985;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.000716787;OID=.;OPOS=55179364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:13:7:15:9:13:7:15:9 chr19 55237616 . C T 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.087;QD=61.0492;RBI=0.0118526;REFB=0;REVB=-0.00381358;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16648e-06;OID=.;OPOS=55237616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:40:38:0:0:40:38:0:0 chr19 55237677 . C T 876.95 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0300776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.522;QD=54.8094;RBI=0.0367217;REFB=-0.0640428;REVB=0.021067;RO=2;SAF=22;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00931961;STB=0.504938;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00255718;OID=.;OPOS=55237677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:40:22:1:1:40:22:1:1 chr19 55239223 . G A 1587.79 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00556496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.167;QD=64.1532;RBI=0.0394555;REFB=0;REVB=0.0390611;RO=0;SAF=60;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08029e-05;OID=.;OPOS=55239223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:39:60:0:0:39:60:0:0 chr19 55246731 . C A,T 1533.38 PASS AF=0.537736,0.462264;AO=55,49;DP=105;FAO=57,49;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=29,28;FSAR=28,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237778,0.0187493;FXX=0.0185168;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=244.329,55.3321;QD=57.8636;RBI=0.029943,0.0647178;REFB=0,0;REVB=0.0181988,-0.0619424;RO=1;SAF=27,28;SAR=28,21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0165384,0.021881;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0218017,0.0162312;OID=.,.;OPOS=55246731,55246731;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:105:106:1:0:55,49:57,49:0.537736,0.462264:28,21:27,28:0:1:28,21:29,28:0:0 chr19 55246741 . T C 469.12 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00817237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.159;QD=17.059;RBI=0.0135791;REFB=-0.0133024;REVB=0.0108446;RO=59;SAF=28;SAR=23;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555503;STB=0.530936;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0142913;OID=.;OPOS=55246741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:59:59:51:51:0.463636:23:28:29:30:23:28:29:30 chr19 55247306 . A G 348.88 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.00313234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.01;QD=15.0056;RBI=0.0381694;REFB=0.0100487;REVB=-0.0380407;RO=55;SAF=26;SAR=12;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350145;STB=0.697884;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0146267;OID=.;OPOS=55247306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:55:38:38:0.408602:12:26:19:36:12:26:19:36 chr19 55247353 . C A 354.35 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0207425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.992;QD=21.4757;RBI=0.027338;REFB=0.00458344;REVB=0.0178077;RO=30;SAF=10;SAR=26;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379212;STB=0.709779;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00725311;OID=.;OPOS=55247353;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:26:10:22:8:26:10:22:8 chr19 55247514 . C T 360.24 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0339394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.861;QD=32.0216;RBI=0.0399943;REFB=0.0042175;REVB=-0.0211581;RO=15;SAF=19;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217052;STB=0.511878;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.00187392;OID=.;OPOS=55247514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:15:30:30:0.666667:11:19:9:6:11:19:9:6 chr19 55250036 . T C 307.78 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0191208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5226;QD=24.1397;RBI=0.0901256;REFB=-0.00717932;REVB=0.0880739;RO=21;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908415;STB=0.549968;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00641049;OID=.;OPOS=55250036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:12:18:15:6:12:18:15:6 chr19 55250061 . C A 296.9 PASS AF=0.5625;AO=26;DP=47;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0143895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.56;QD=24.7415;RBI=0.0255903;REFB=-0.0698128;REVB=0.0211614;RO=18;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225035;STB=0.571378;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0244754;OID=.;OPOS=55250061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:18:21:26:27:0.5625:12:14:15:3:12:15:15:6 chr19 55250928 . G C 258.1 PASS AF=0.149333;AO=56;DP=375;FAO=56;FDP=375;FR=.;FRO=319;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=183;FSRR=136;FWDB=-0.00201545;FXX=0.0026595;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.93;QD=2.75303;RBI=0.0052357;REFB=-0.00236335;REVB=0.00483223;RO=319;SAF=40;SAR=16;SRF=183;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195059;STB=0.630134;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0163038;OID=.;OPOS=55250928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:375:375:319:319:56:56:0.149333:16:40:183:136:16:40:183:136 chr19 55250953 . G C 43.08 PASS AF=0.0589681;AO=24;DP=407;FAO=24;FDP=407;FR=.;FRO=383;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=222;FSRR=161;FWDB=-0.00821635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.57;QD=0.423412;RBI=0.0258728;REFB=-0.00204798;REVB=-0.0245336;RO=383;SAF=15;SAR=9;SRF=222;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490091;STB=0.544485;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0341934;OID=.;OPOS=55250953;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:407:407:383:383:24:24:0.0589681:9:15:222:161:9:15:222:161 chr19 55251010 . C A 364.44 PASS AF=0.117166;AO=53;DP=389;FAO=43;FDP=367;FR=.,HEALED;FRO=287;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=136;FSRR=151;FWDB=-0.055258;FXX=0.0417744;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.936;QD=3.9721;RBI=0.0553617;REFB=-0.0012138;REVB=-0.00338597;RO=218;SAF=25;SAR=28;SRF=64;SRR=154;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23895;STB=0.507636;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.037841;OID=.;OPOS=55251010;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:389:367:218:287:53:43:0.117166:28:25:64:154:23:20:136:151 chr19 55251013 . G T 481.8 PASS AF=0.218919;AO=81;DP=368;FAO=81;FDP=370;FR=.;FRO=289;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=165;FSRR=124;FWDB=-0.0238547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5691;QD=5.2086;RBI=0.0320402;REFB=-0.00842787;REVB=0.0213899;RO=281;SAF=31;SAR=50;SRF=157;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223594;STB=0.644956;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0303037;OID=.;OPOS=55251013;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:368:370:281:289:81:81:0.218919:50:31:157:124:50:31:165:124 chr19 55253465 . C G 151.99 PASS AF=0.25;AO=22;DP=88;FAO=22;FDP=88;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0107878;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.276;QD=6.9085;RBI=0.0108547;REFB=0.00188348;REVB=0.0012035;RO=66;SAF=13;SAR=9;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570492;STB=0.534778;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.0063502;OID=.;OPOS=55253465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:66:66:22:22:0.25:9:13:36:30:9:13:36:30 chr19 55253521 . C G 948.47 PASS AF=0.538012;AO=92;DP=171;FAO=92;FDP=171;FR=.;FRO=79;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=0.00307041;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.225;QD=22.1865;RBI=0.0360205;REFB=-0.0108476;REVB=0.0358894;RO=79;SAF=49;SAR=43;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314906;STB=0.517207;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00481448;OID=.;OPOS=55253521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:79:79:92:92:0.538012:43:49:45:34:43:49:45:34 chr19 55253544 . A G 281.27 PASS AF=0.220096;AO=46;DP=210;FAO=46;FDP=209;FR=.;FRO=163;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=98;FSRR=65;FWDB=-0.0277399;FXX=0.00476168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4638;QD=5.38306;RBI=0.0808667;REFB=0.00146874;REVB=-0.07596;RO=161;SAF=17;SAR=29;SRF=96;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283389;STB=0.675985;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00670557;OID=.;OPOS=55253544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:161:163:46:46:0.220096:29:17:96:65:29:17:98:65 chr19 55253552 . T A 293.89 PASS AF=0.221198;AO=48;DP=217;FAO=48;FDP=217;FR=.;FRO=169;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=99;FSRR=70;FWDB=0.000562992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=364.99;QD=5.41727;RBI=0.00132085;REFB=0.00556275;REVB=0.00119486;RO=169;SAF=19;SAR=29;SRF=99;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238795;STB=0.645236;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0154033;OID=.;OPOS=55253552;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:169:169:48:48:0.221198:29:19:99:70:29:19:99:70 chr19 55253601 . G A 479.27 PASS AF=0.299539;AO=65;DP=215;FAO=65;FDP=217;FR=.;FRO=152;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=85;FSRR=67;FWDB=-0.02807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.36;QD=8.83446;RBI=0.0316961;REFB=0.0018332;REVB=0.0147214;RO=150;SAF=36;SAR=29;SRF=84;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747827;STB=0.503804;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.00395135;OID=.;OPOS=55253601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:217:150:152:65:65:0.299539:29:36:84:66:29:36:85:67 chr19 55255377 . C T 115.77 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00913419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.63;QD=7.23555;RBI=0.00927416;REFB=-0.0104092;REVB=0.00160521;RO=47;SAF=7;SAR=10;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944627;STB=0.557553;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0199553;OID=.;OPOS=55255377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:47:47:17:17:0.265625:10:7:23:24:10:7:23:24 chr19 55255490 . A C 227.9 PASS AF=0.20765;AO=40;DP=184;FAO=38;FDP=183;FR=.;FRO=145;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=70;FSRR=75;FWDB=0.00728955;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.05;QD=4.98136;RBI=0.0112819;REFB=-0.00396434;REVB=-0.00861066;RO=144;SAF=20;SAR=20;SRF=71;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00884048;STB=0.534465;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0104862;OID=.;OPOS=55255490;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:144:145:40:38:0.20765:20:20:71:73:18:20:70:75 chr19 55255493 . C T 245.52 PASS AF=0.215054;AO=40;DP=186;FAO=40;FDP=186;FR=.;FRO=146;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=70;FSRR=76;FWDB=-0.00528813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.2;QD=5.27997;RBI=0.00530361;REFB=-0.00465252;REVB=0.000404919;RO=145;SAF=20;SAR=20;SRF=69;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307536;STB=0.516121;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.014915;OID=.;OPOS=55255493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:145:146:40:40:0.215054:20:20:69:76:20:20:70:76 chr19 55258778 . G A 1833.91 PASS AF=0.900709;AO=126;DP=140;FAO=127;FDP=141;FR=.;FRO=14;FSAF=81;FSAR=46;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00851643;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.531;QD=52.0258;RBI=0.0184644;REFB=-0.0125981;REVB=-0.016383;RO=14;SAF=80;SAR=46;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129072;STB=0.507102;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.000930879;OID=.;OPOS=55258778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:140:141:14:14:126:127:0.900709:46:80:8:6:46:81:8:6 chr19 55258808 . C T 545.15 PASS AF=0.403846;AO=63;DP=156;FAO=63;FDP=156;FR=.;FRO=93;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=57;FSRR=36;FWDB=0.0695447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8294;QD=13.9781;RBI=0.097369;REFB=0.0208839;REVB=0.0681488;RO=85;SAF=39;SAR=24;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456891;STB=0.503875;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.0305308;OID=.;OPOS=55258808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:85:93:63:63:0.403846:24:39:49:36:24:39:57:36 chr19 55258830 . CG TA 794.88 PASS AF=0.476744;AO=82;DP=173;FAO=82;FDP=172;FR=.;FRO=90;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.0164373;FXX=0.0114936;HRUN=2;LEN=2;MLLD=175.14;QD=18.4855;RBI=0.0170572;REFB=0.00815842;REVB=0.00455643;RO=88;SAF=48;SAR=34;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382462;STB=0.521885;STBP=0.578;TYPE=mnp;VARB=-0.00908007;OID=.;OPOS=55258830;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:88:90:82:82:0.476744:34:48:48:40:34:48:49:41 chr19 55263898 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.829;QD=51.1846;RBI=0.040937;REFB=0;REVB=-0.00524753;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00148314;OID=.;OPOS=55263898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr19 55266447 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00518206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.555;QD=54.5168;RBI=0.094838;REFB=0;REVB=-0.0946964;RO=0;SAF=22;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.65945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000610255;OID=.;OPOS=55266447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:3:22:0:0:3:22:0:0 chr19 55266496 . A G 170.32 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=0;FWDB=-0.0437618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8453;QD=17.0317;RBI=0.0447013;REFB=-0.000139029;REVB=-0.00911644;RO=22;SAF=14;SAR=4;SRF=22;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402224;STB=0.719841;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00121506;OID=.;OPOS=55266496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:4:14:22:0:4:14:22:0 chr19 55267623 . A C 1411.16 PASS AF=0.970874;AO=70;DP=103;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0581476;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.591;QD=54.8022;RBI=0.0582544;REFB=-0.021926;REVB=-0.00352462;RO=2;SAF=15;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219597;STB=0.503434;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00187081;OID=.;OPOS=55267623;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:103:2:3:70:100:0.970874:55:15:1:1:55:45:1:2 chr19 55275334 . A G 885.77 PASS AF=0.5625;AO=81;DP=145;FAO=81;FDP=144;FR=.;FRO=63;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=19;FWDB=0.0171762;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.393;QD=24.6048;RBI=0.023481;REFB=-0.0290081;REVB=0.0160105;RO=63;SAF=50;SAR=31;SRF=44;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702344;STB=0.538225;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0236606;OID=.;OPOS=55275334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:63:63:81:81:0.5625:31:50:44:19:31:50:44:19 chr19 55275348 . C T 69.04 PASS AF=0.111111;AO=17;DP=153;FAO=17;FDP=153;FR=.;FRO=136;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=88;FSRR=48;FWDB=-0.00524702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.765;QD=1.80495;RBI=0.00530728;REFB=-0.00224445;REVB=-0.000797507;RO=136;SAF=11;SAR=6;SRF=88;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.017086;OID=.;OPOS=55275348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:153:153:136:136:17:17:0.111111:6:11:88:48:6:11:88:48 chr19 55275387 . A G 183.72 PASS AF=0.1875;AO=33;DP=172;FAO=33;FDP=176;FR=.;FRO=143;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=93;FSRR=50;FWDB=-0.0142131;FXX=0.0056494;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.122;QD=4.17554;RBI=0.0374537;REFB=-0.00147393;REVB=-0.0346521;RO=139;SAF=22;SAR=11;SRF=89;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373119;STB=0.514759;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00645737;OID=.;OPOS=55275387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:176:139:143:33:33:0.1875:11:22:89:50:11:22:93:50 chr19 55281315 . G T 162.35 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00882475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1859;QD=38.1989;RBI=0.0583432;REFB=0.0111342;REVB=0.057672;RO=2;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129617;STB=0.571332;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00287194;OID=.;OPOS=55281315;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:9:6:2:0:9:6:2:0 chr19 55282351 . C A 2740.02 PASS AF=0.919048;AO=190;DP=208;FAO=193;FDP=210;FR=.;FRO=17;FSAF=61;FSAR=132;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0899691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9325;QD=52.1908;RBI=0.0921907;REFB=-0.142216;REVB=0.0201166;RO=15;SAF=59;SAR=131;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869633;STB=0.54074;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0288958;OID=.;OPOS=55282351;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:208:210:15:17:190:193:0.919048:131:59:13:2:132:61:13:4 chr19 55284824 . G C 277.64 PASS AF=0.5;AO=27;DP=58;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0228246;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.807;QD=18.5095;RBI=0.0229723;REFB=-0.013594;REVB=-0.00260128;RO=30;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484632;STB=0.516767;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0153945;OID=.;OPOS=55284824;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:30:30:27:30:0.5:14:13:16:14:14:16:17:13 chr19 55284858 . G A 1153.54 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00333442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0216;QD=60.7128;RBI=0.0140478;REFB=0;REVB=-0.0136464;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.81682e-05;OID=.;OPOS=55284858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr19 55284962 . C G 62.65 PASS AF=0.117188;AO=15;DP=129;FAO=15;FDP=128;FR=.;FRO=113;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=0.0459418;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0506;QD=1.9579;RBI=0.0460604;REFB=-0.00470422;REVB=0.00330355;RO=114;SAF=6;SAR=9;SRF=58;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133167;STB=0.592353;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0378441;OID=.;OPOS=55284962;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:129:128:114:113:15:15:0.117188:9:6:58:56:9:6:57:56 chr19 55284976 . A G 63.63 PASS AF=0.120968;AO=15;DP=124;FAO=15;FDP=124;FR=.;FRO=109;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=-0.0389981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.499;QD=2.05266;RBI=0.0426908;REFB=-0.00275038;REVB=0.0173682;RO=109;SAF=6;SAR=9;SRF=56;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139854;STB=0.599867;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0432037;OID=.;OPOS=55284976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:124:124:109:109:15:15:0.120968:9:6:56:53:9:6:56:53 chr19 55284986 . C A 398.88 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.00783329;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.401;QD=14.2457;RBI=0.00972631;REFB=-0.00591422;REVB=0.00576548;RO=66;SAF=19;SAR=27;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107576;STB=0.56071;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00980739;OID=.;OPOS=55284986;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:66:66:46:46:0.410714:27:19:34:32:27:19:34:32 chr19 55284987 . G A 69.42 PASS AF=0.131579;AO=15;DP=114;FAO=15;FDP=114;FR=.;FRO=99;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=-0.00927881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.502;QD=2.4359;RBI=0.0100973;REFB=-0.0032245;REVB=-0.00398246;RO=97;SAF=6;SAR=9;SRF=46;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933491;STB=0.574368;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0248264;OID=.;OPOS=55284987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:114:114:97:99:15:15:0.131579:9:6:46:51:9:6:48:51 chr19 55285045 . G T 530.09 PASS AF=0.583333;AO=49;DP=84;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0589525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3458;QD=25.2422;RBI=0.0662156;REFB=-0.0387255;REVB=0.0301515;RO=35;SAF=22;SAR=27;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178809;STB=0.597651;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0298721;OID=.;OPOS=55285045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:35:35:49:49:0.583333:27:22:24:11:27:22:24:11 chr19 55285053 . T G 35.95 PASS AF=0.108108;AO=8;DP=75;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.000227432;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.607;QD=1.94299;RBI=0.0403013;REFB=-0.000172496;REVB=0.0403007;RO=64;SAF=3;SAR=5;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25339;STB=0.685833;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00222896;OID=.;OPOS=55285053;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:75:74:64:66:8:8:0.108108:5:3:38:26:5:3:39:27 chr19 55285082 . T C 63.77 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.08709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9375;QD=4.72335;RBI=0.0899686;REFB=0.00727774;REVB=-0.0225762;RO=43;SAF=4;SAR=6;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137541;STB=0.581925;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.035081;OID=.;OPOS=55285082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:43:44:10:10:0.185185:6:4:22:21:6:4:22:22 chr19 55286650 . T C 727.4 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212609;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.217;QD=57.0508;RBI=0.0261894;REFB=0;REVB=0.0152924;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37313e-05;OID=.;OPOS=55286650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:29:21:0:0:30:21:0:0 chr19 55286665 . T A 93.09 PASS AF=0.245902;AO=13;DP=62;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.028417;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.126;QD=6.10394;RBI=0.0285327;REFB=-0.0121189;REVB=0.00256664;RO=46;SAF=8;SAR=5;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295552;STB=0.621875;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0348116;OID=.;OPOS=55286665;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:62:61:46:46:13:15:0.245902:5:8:17:29:7:8:17:29 chr19 55286769 . C A 209.26 PASS AF=0.217949;AO=27;DP=156;FAO=34;FDP=156;FR=.;FRO=122;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=63;FSRR=59;FWDB=-0.0116642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.289;QD=5.36555;RBI=0.0191825;REFB=-0.00879739;REVB=-0.0152288;RO=84;SAF=16;SAR=11;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570887;STB=0.535774;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0341112;OID=.;OPOS=55286769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:84:122:27:34:0.217949:11:16:46:38:18:16:63:59 chr19 55286770 . C G 90.84 PASS AF=0.127273;AO=21;DP=165;FAO=21;FDP=165;FR=.;FRO=144;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=77;FSRR=67;FWDB=-0.0380162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.842;QD=2.20227;RBI=0.0568973;REFB=-0.00194898;REVB=-0.0423328;RO=144;SAF=7;SAR=14;SRF=77;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250724;STB=0.674534;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0305424;OID=.;OPOS=55286770;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:165:165:144:144:21:21:0.127273:14:7:77:67:14:7:77:67 chr19 55286773 . AGG GCA 90.34 PASS AF=0.126506;AO=21;DP=166;FAO=21;FDP=166;FR=.;FRO=145;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=75;FSRR=70;FWDB=-0.0341792;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=271.402;QD=2.17677;RBI=0.0488054;REFB=-0.00407897;REVB=-0.0348389;RO=139;SAF=7;SAR=14;SRF=69;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207175;STB=0.661136;STBP=0.15;TYPE=mnp;VARB=0.050706;OID=.;OPOS=55286773;OREF=AGG;OALT=GCA;OMAPALT=GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:166:166:139:145:21:21:0.126506:14:7:69:70:14:7:75:70 chr19 55286781 . G A 254.25 PASS AF=0.232558;AO=40;DP=173;FAO=40;FDP=172;FR=.;FRO=132;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=61;FSRR=71;FWDB=-0.0241558;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.82;QD=5.91273;RBI=0.0248195;REFB=-0.0048714;REVB=-0.00570139;RO=133;SAF=30;SAR=10;SRF=61;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376312;STB=0.727428;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0228577;OID=.;OPOS=55286781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:133:132:40:40:0.232558:10:30:61:72:10:30:61:71 chr19 55286795 . TG CA,CG 1088.48 PASS AF=0.241379,0.362069;AO=42,63;DP=174;FAO=42,63;FDP=174;FR=.;FRO=69;FSAF=22,39;FSAR=20,24;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.00311554,-0.000981343;FXX=0.00571396;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=226.075,132.14;QD=25.0224;RBI=0.00525512,0.00233047;REFB=-0.00437859,-0.00947211;REVB=-0.00423198,-0.00211377;RO=67;SAF=22,39;SAR=20,24;SRF=34;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0176917,0.106913;STB=0.510304,0.560159;STBP=0.901,0.213;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0136212,0.00628373;OID=.,.;OPOS=55286795,55286795;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:174:174:67:69:42,63:42,63:0.241379,0.362069:20,24:22,39:34:33:20,24:22,39:35:34 chr19 55286809 . G A 304.66 PASS AF=0.257143;AO=44;DP=174;FAO=45;FDP=175;FR=.;FRO=130;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=68;FSRR=62;FWDB=0.000299164;FXX=0.0056815;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.404;QD=6.96368;RBI=0.019404;REFB=-0.00972522;REVB=-0.0194017;RO=126;SAF=31;SAR=13;SRF=68;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217898;STB=0.64858;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0261045;OID=.;OPOS=55286809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:126:130:44:45:0.257143:13:31:68:58:13:32:68:62 chr19 55286822 . C T 341.02 PASS AF=0.260638;AO=49;DP=187;FAO=49;FDP=188;FR=.;FRO=139;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=82;FSRR=57;FWDB=0.000241409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.316;QD=7.25577;RBI=0.00981366;REFB=-0.00728272;REVB=-0.00981069;RO=135;SAF=27;SAR=22;SRF=82;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711981;STB=0.529231;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0289591;OID=.;OPOS=55286822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:135:139:49:49:0.260638:22:27:82:53:22:27:82:57 chr19 55286854 . A G 1589.79 PASS AF=0.633484;AO=140;DP=220;FAO=140;FDP=221;FR=.;FRO=81;FSAF=77;FSAR=63;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.00639861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.16;QD=28.7744;RBI=0.0123886;REFB=-0.0119376;REVB=0.0106083;RO=80;SAF=77;SAR=63;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339654;STB=0.520707;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00677972;OID=.;OPOS=55286854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:221:80:81:140:140:0.633484:63:77:40:40:63:77:40:41 chr19 55290108 . A G 43.22 PASS AF=0.0855263;AO=13;DP=148;FAO=13;FDP=152;FR=.;FRO=139;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=80;FSRR=59;FWDB=0.00651302;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.1584;QD=1.13732;RBI=0.0107546;REFB=0.000258548;REVB=0.00855811;RO=135;SAF=4;SAR=9;SRF=78;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305076;STB=0.735065;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00517096;OID=.;OPOS=55290108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:148:152:135:139:13:13:0.0855263:9:4:78:57:9:4:80:59 chr19 55294927 . A G 2745.0 PASS AF=1;AO=174;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00613849;FXX=0.016853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.265;QD=62.7428;RBI=0.0207155;REFB=0;REVB=0.0197851;RO=0;SAF=72;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.56705e-05;OID=.;OPOS=55294927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:175:0:0:174:175:1:102:72:0:0:103:72:0:0 chr19 55294931 . T C 737.57 PASS AF=0.44382;AO=79;DP=178;FAO=79;FDP=178;FR=.;FRO=99;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=40;FSRR=59;FWDB=-0.0357765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6434;QD=16.5746;RBI=0.0459687;REFB=-0.00553793;REVB=0.0288646;RO=99;SAF=34;SAR=45;SRF=40;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269761;STB=0.514998;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00763473;OID=.;OPOS=55294931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:99:99:79:79:0.44382:45:34:40:59:45:34:40:59 chr19 55294969 . A G 818.15 PASS AF=0.452632;AO=85;DP=189;FAO=86;FDP=190;FR=.;FRO=104;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=62;FWDB=0.00286669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9869;QD=17.2242;RBI=0.0156852;REFB=-0.00772902;REVB=-0.015421;RO=104;SAF=37;SAR=48;SRF=42;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318542;STB=0.521192;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0100832;OID=.;OPOS=55294969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:104:104:85:86:0.452632:48:37:42:62:48:38:42:62 chr19 55297784 . C T 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0132571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8562;QD=4.0173;RBI=0.0200805;REFB=-0.0016576;REVB=0.0150822;RO=28;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119068;STB=0.583048;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0136141;OID=.;OPOS=55297784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:2:4:16:12:2:4:16:12 chr19 55299773 . A C 986.33 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0347453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9082;QD=55.5681;RBI=0.043472;REFB=0.0166998;REVB=-0.0261262;RO=1;SAF=41;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113897;STB=0.503208;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-5.78035e-05;OID=.;OPOS=55299773;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:71:1:2:68:69:0.971831:27:41:1:0:27:42:1:1 chr19 55317456 . G A 152.43 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00174458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.195;QD=40.6467;RBI=0.0183079;REFB=-0.150818;REVB=-0.0182246;RO=1;SAF=5;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824047;STB=0.545388;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00297104;OID=.;OPOS=55317456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:9:5:1:0:9:5:1:0 chr19 55317669 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.787;QD=51.1846;RBI=0.0459857;REFB=0;REVB=-0.00266861;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293957;OID=.;OPOS=55317669;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr19 55320279 . G A 1157.24 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0537714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3413;QD=59.3457;RBI=0.0554327;REFB=0.0604883;REVB=-0.0134691;RO=1;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111359;STB=0.505881;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00175532;OID=.;OPOS=55320279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:42:35:0:1:42:35:0:1 chr19 55324635 . T C 803.89 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.883;QD=64.3109;RBI=0.0520377;REFB=0;REVB=-0.0499735;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000244889;OID=.;OPOS=55324635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr19 55325455 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.39;QD=48.7365;RBI=0.0250044;REFB=0;REVB=-0.0128306;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212583;OID=.;OPOS=55325455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr19 55327930 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.73;QD=46.8479;RBI=0.0322818;REFB=0;REVB=-0.0133006;RO=0;SAF=14;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000636935;OID=.;OPOS=55327930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:1:14:0:0:1:14:0:0 chr19 55327960 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00734157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7706;QD=46.8478;RBI=0.0367751;REFB=0;REVB=-0.0360349;RO=0;SAF=14;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117564;OID=.;OPOS=55327960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:1:14:0:0:1:14:0:0 chr19 55328959 . G T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.48;QD=61.336;RBI=0.0190679;REFB=0;REVB=-0.00561116;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30134e-05;OID=.;OPOS=55328959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr19 55328993 . G C 677.38 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.768;QD=61.5796;RBI=0.0299335;REFB=0;REVB=0.0269827;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137545;OID=.;OPOS=55328993;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:18:25:0:0:19:25:0:0 chr19 55329021 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00627544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.455;QD=62.0209;RBI=0.0103151;REFB=0;REVB=0.0081866;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96303e-06;OID=.;OPOS=55329021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr19 55329783 . A G 537.16 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00628255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.948;QD=59.6847;RBI=0.115332;REFB=0;REVB=-0.115161;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000520394;OID=.;OPOS=55329783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr19 55329901 . A G 651.15 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.806;QD=62.0147;RBI=0.0382242;REFB=0;REVB=0.0215537;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268478;OID=.;OPOS=55329901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr19 55329922 . A T 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0512238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9207;QD=58.1363;RBI=0.138827;REFB=0;REVB=0.129031;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152647;OID=.;OPOS=55329922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr19 55333096 . T C 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00503384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.495;QD=55.0931;RBI=0.0139006;REFB=0;REVB=0.0129572;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50237e-05;OID=.;OPOS=55333096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr19 55344191 . C T 97.34 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0420167;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.859;QD=11.7988;RBI=0.0420279;REFB=-0.00158171;REVB=0.000970611;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11507;STB=0.568413;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00394623;OID=.;OPOS=55344191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:10:11:5:7:10:11 chr19 55344239 . T G 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0667991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8622;QD=15.6189;RBI=0.0786444;REFB=-0.012546;REVB=-0.0415068;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036135;STB=0.52081;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0232313;OID=.;OPOS=55344239;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:13:12:8:10:13:12 chr19 55346565 . G T 85.87 PASS AF=0.156863;AO=16;DP=104;FAO=16;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=86;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=33;FWDB=-0.00494446;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.823;QD=3.36747;RBI=0.0500397;REFB=-0.00838434;REVB=-0.0497948;RO=67;SAF=8;SAR=8;SRF=52;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36259;STB=0.597921;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0283855;OID=.;OPOS=55346565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:104:102:67:86:16:16:0.156863:8:8:52:15:8:8:53:33 chr19 55346592 . G A 106.81 PASS AF=0.183673;AO=18;DP=94;FAO=18;FDP=98;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=-0.022529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9451;QD=4.35963;RBI=0.0254663;REFB=-0.00377162;REVB=-0.0118732;RO=76;SAF=8;SAR=10;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184807;STB=0.634601;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.016396;OID=.;OPOS=55346592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:98:76:80:18:18:0.183673:10:8:45:31:10:8:49:31 chr19 55358655 . A G 354.67 PASS AF=0.303797;AO=48;DP=160;FAO=48;FDP=158;FR=.;FRO=110;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=76;FWDB=0.00297413;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.782;QD=8.97901;RBI=0.015016;REFB=-0.0160072;REVB=-0.0147186;RO=110;SAF=30;SAR=18;SRF=34;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364102;STB=0.709889;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0353346;OID=.;OPOS=55358655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:158:110:110:48:48:0.303797:18:30:34:76:18:30:34:76 chr19 55358658 . T C 243.55 PASS AF=0.2375;AO=38;DP=160;FAO=38;FDP=160;FR=.;FRO=122;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=81;FWDB=0.00383736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.104;QD=6.0888;RBI=0.00691455;REFB=-0.00451183;REVB=-0.00575202;RO=120;SAF=24;SAR=14;SRF=41;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352152;STB=0.71463;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00770428;OID=.;OPOS=55358658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:120:122:38:38:0.2375:14:24:41:79:14:24:41:81 chr19 55358686 . A C 221.46 PASS AF=0.225;AO=36;DP=163;FAO=36;FDP=160;FR=.;FRO=124;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=90;FWDB=-0.0220035;FXX=0.0184038;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.25;QD=5.53639;RBI=0.0237853;REFB=-0.00329628;REVB=-0.00903238;RO=124;SAF=20;SAR=16;SRF=34;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352529;STB=0.710355;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0206651;OID=.;OPOS=55358686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:160:124:124:36:36:0.225:16:20:34:90:16:20:34:90 chr19 55358734 . G A 829.89 PASS AF=0.59375;AO=76;DP=128;FAO=76;FDP=128;FR=.;FRO=52;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=51;FWDB=0.0132418;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0456;QD=25.9339;RBI=0.0246284;REFB=-0.0071606;REVB=-0.0207657;RO=51;SAF=36;SAR=40;SRF=1;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347451;STB=0.688772;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00124875;OID=.;OPOS=55358734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:51:52:76:76:0.59375:40:36:1:50:40:36:1:51 chr19 55359210 . TG AT 40.1 PASS AF=0.0765027;AO=14;DP=183;FAO=14;FDP=183;FR=.;FRO=169;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=90;FSRR=79;FWDB=-0.0224703;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.315;QD=0.876436;RBI=0.0299372;REFB=-0.00368481;REVB=-0.0197819;RO=169;SAF=9;SAR=5;SRF=90;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125398;STB=0.604165;STBP=0.43;TYPE=mnp;VARB=0.0436953;OID=.;OPOS=55359210;OREF=TG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:183:183:169:169:14:14:0.0765027:5:9:90:79:5:9:90:79 chr19 55359227 . A G 35.61 PASS AF=0.0722222;AO=13;DP=180;FAO=13;FDP=180;FR=.;FRO=167;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=89;FSRR=78;FWDB=-0.030549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.978;QD=0.791376;RBI=0.0305756;REFB=-0.00499644;REVB=0.00127287;RO=167;SAF=8;SAR=5;SRF=89;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916022;STB=0.577773;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0583693;OID=.;OPOS=55359227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:180:180:167:167:13:13:0.0722222:5:8:89:78:5:8:89:78 chr19 55359255 . C G 61.43 PASS AF=0.1;AO=17;DP=170;FAO=17;FDP=170;FR=.;FRO=153;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=79;FSRR=74;FWDB=-0.0235916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.62;QD=1.44552;RBI=0.0550266;REFB=-0.00584579;REVB=-0.0497128;RO=151;SAF=6;SAR=11;SRF=77;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188933;STB=0.646886;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0713351;OID=.;OPOS=55359255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:170:170:151:153:17:17:0.1:11:6:77:74:11:6:79:74 chr19 55359272 . C G 2199.57 PASS AF=0.972603;AO=142;DP=146;FAO=142;FDP=146;FR=.;FRO=4;FSAF=65;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.03835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6906;QD=60.2623;RBI=0.0387575;REFB=-0.110583;REVB=0.00560578;RO=1;SAF=65;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725932;STB=0.501166;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00760881;OID=.;OPOS=55359272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:146:146:1:4:142:142:0.972603:77:65:1:0:77:65:2:2 chr19 55359371 . A G 91.7 PASS AF=0.181818;AO=16;DP=88;FAO=16;FDP=88;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0297739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4612;QD=4.16805;RBI=0.031872;REFB=0.0069328;REVB=0.0113727;RO=72;SAF=6;SAR=10;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225305;STB=0.645887;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.0217361;OID=.;OPOS=55359371;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:88:88:72:72:16:16:0.181818:10:6:40:32:10:6:40:32 chr19 55359426 . A G 98.34 PASS AF=0.213333;AO=16;DP=75;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.000149666;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.262;QD=5.24478;RBI=0.00872408;REFB=-0.00769621;REVB=-0.00872279;RO=59;SAF=7;SAR=9;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253427;STB=0.516;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0277167;OID=.;OPOS=55359426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:75:75:59:59:16:16:0.213333:9:7:27:32:9:7:27:32 chr19 55361942 . G T 683.13 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0161122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.05;QD=52.5488;RBI=0.0650159;REFB=-0.0971031;REVB=0.0629878;RO=1;SAF=41;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049451;STB=0.520296;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00139871;OID=.;OPOS=55361942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:1:2:50:50:0.961538:9:41:0:1:9:41:1:1 chr19 55362719 . G T 1940.47 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536101;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.394;QD=61.6022;RBI=0.0611917;REFB=0;REVB=0.0295023;RO=0;SAF=64;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212176;OID=.;OPOS=55362719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:126:0:0:123:126:1:59:64:0:0:60:66:0:0 chr19 55363704 . G A 114.02 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0445639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4172;QD=18.2433;RBI=0.0565851;REFB=-0.00117158;REVB=-0.0348702;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182354;STB=0.603623;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00072365;OID=.;OPOS=55363704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:3:9:7:6:3:9 chr19 55365320 . G T 292.41 PASS AF=0.357895;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.0052788;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.53;QD=12.3119;RBI=0.0499053;REFB=-0.00101863;REVB=0.0496254;RO=61;SAF=21;SAR=13;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00627728;STB=0.503609;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00196462;OID=.;OPOS=55365320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:61:61:34:34:0.357895:13:21:38:23:13:21:38:23 chr19 55378008 . C T 207.78 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0144092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.251;QD=17.6838;RBI=0.0259494;REFB=-0.0192425;REVB=0.0215811;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125597;STB=0.58174;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.037084;OID=.;OPOS=55378008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:9:12:11:14:9:12:11:15 chr19 55396900 . A G 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0157659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.723;QD=11.1851;RBI=0.0177615;REFB=0.000167652;REVB=0.00817983;RO=34;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289123;STB=0.507804;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.000342703;OID=.;OPOS=55396900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:35:19:19:0.351852:10:9:17:17:10:9:17:18 chr19 55399643 . T C 160.59 PASS AF=0.384615;AO=17;DP=50;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0230357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2507;QD=12.3529;RBI=0.02569;REFB=-0.00039434;REVB=0.0113725;RO=32;SAF=5;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304284;STB=0.5999;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00445846;OID=.;OPOS=55399643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:32:32:17:20:0.384615:12:5:18:14:12:8:18:14 chr19 55399684 . C T 105.61 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0248244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7587;QD=11.4177;RBI=0.0251087;REFB=-0.0304603;REVB=-0.00376757;RO=23;SAF=3;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340636;STB=0.694123;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0722872;OID=.;OPOS=55399684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:10:3:12:11:10:3:12:12 chr19 55418054 . A C 522.32 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.00374647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2006;QD=21.1039;RBI=0.0479708;REFB=-0.0121485;REVB=-0.0478243;RO=49;SAF=26;SAR=24;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101587;STB=0.556076;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0116118;OID=.;OPOS=55418054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:24:26:31:18:24:26:31:18 chr19 55420801 . C A 1153.44 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.656;QD=60.7073;RBI=0.0496185;REFB=0;REVB=0.0283729;RO=0;SAF=25;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80181e-05;OID=.;OPOS=55420801;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:51:25:0:0:51:25:0:0 chr19 55423530 . C T 260.15 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00230221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.626;QD=16.7842;RBI=0.0501211;REFB=0.00258132;REVB=0.0500682;RO=33;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091965;STB=0.551688;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.00261914;OID=.;OPOS=55423530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:16:13:18:15:16:13:18:15 chr19 55441902 . T A,C 436.68 PASS AF=0.0645161,0.935484;AO=2,29;DP=31;FAO=2,29;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02503,0.022134;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.422,192.134;QD=56.3461;RBI=0.0480311,0.0425534;REFB=0,0;REVB=-0.0409937,0.0363439;RO=0;SAF=0,15;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.92057e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.110779,0.000929274;OID=.,.;OPOS=55441902,55441902;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:31:0:0:2,29:2,29:0.0645161,0.935484:2,14:0,15:0:0:2,14:0,15:0:0 chr19 55441995 . A G 677.81 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.592;QD=61.6189;RBI=0.0199336;REFB=0;REVB=0.0123237;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227526;OID=.;OPOS=55441995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:25:18:0:0:26:18:0:0 chr19 55451232 . C T 287.87 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00442377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.456;QD=18.5724;RBI=0.0103548;REFB=-0.00730473;REVB=0.00936224;RO=30;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462129;STB=0.516322;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0134774;OID=.;OPOS=55451232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:31:31:31:0.5:14:17:18:12:14:17:18:13 chr19 55451797 . C T 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0145626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.273;QD=18.4899;RBI=0.0228363;REFB=-0.0146812;REVB=-0.0175905;RO=25;SAF=6;SAR=16;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13892;STB=0.571361;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0234501;OID=.;OPOS=55451797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:16:6:10:15:16:6:10:16 chr19 55493651 . C T 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.168;QD=62.6668;RBI=0.00657367;REFB=0;REVB=0.00150827;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27092e-05;OID=.;OPOS=55493651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr19 55494157 . G A 729.49 PASS AF=0.979592;AO=46;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.157073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3358;QD=59.5504;RBI=0.159174;REFB=-0.15055;REVB=0.0257792;RO=2;SAF=24;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375754;STB=0.5098;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00694663;OID=.;OPOS=55494157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:49:2:1:46:48:0.979592:22:24:2:0:23:25:1:0 chr19 55494632 . A G 634.38 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7745;QD=60.4168;RBI=0.0414058;REFB=0;REVB=0.032265;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00783207;OID=.;OPOS=55494632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:17:23:0:0:19:23:0:0 chr19 55494740 . T C 501.45 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.3371;QD=58.9935;RBI=0.0207731;REFB=0;REVB=0.0147408;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0313e-06;OID=.;OPOS=55494740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr19 55525596 . T C 62.05 PASS AF=1;AO=5;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.428;QD=35.4587;RBI=0.0471973;REFB=0;REVB=0.042881;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00512877;OID=.;OPOS=55525596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:5:7:1:2:3:0:0:4:3:0:0 chr19 55525894 . G A 688.92 PASS AF=0.978723;AO=43;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0108686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.6283;QD=58.6311;RBI=0.011089;REFB=-0.074455;REVB=-0.00219984;RO=2;SAF=35;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419324;STB=0.526304;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00137627;OID=.;OPOS=55525894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:46:47:2:1:43:46:0.978723:8:35:1:1:9:37:0:1 chr19 55526345 . T G 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.519;QD=50.8368;RBI=0.0148193;REFB=-0.0298577;REVB=0.00687525;RO=1;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054487;STB=0.529388;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000146106;OID=.;OPOS=55526345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:8:17:0:1:8:17:0:1 chr19 55526359 . A T 182.43 PASS AF=1;AO=11;DP=24;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663461;FXX=0.391134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6966;QD=52.1219;RBI=0.0752849;REFB=0;REVB=-0.0355809;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000998286;OID=.;OPOS=55526359;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:24:14:0:0:11:14:1:3:8:0:0:2:12:0:0 chr19 55526368 . G T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00927928;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.786;QD=19.1803;RBI=0.0359584;REFB=-0.0357127;REVB=0.0347404;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976611;STB=0.555473;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0223079;OID=.;OPOS=55526368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:5:8:8:3:5:8:8:3 chr19 55527081 . C T 1420.43 PASS AF=0.98913;AO=92;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0495701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.619;QD=61.7578;RBI=0.0551101;REFB=-0.174933;REVB=0.0240815;RO=0;SAF=36;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507041;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000381617;OID=.;OPOS=55527081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:92:91:0.98913:56:36:0:0:56:35:1:0 chr19 55530035 . C T 800.59 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3699;QD=57.185;RBI=0.0428879;REFB=0;REVB=-0.00454631;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192875;OID=.;OPOS=55530035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr19 55536595 . G A 1139.08 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00574318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.35;QD=59.1731;RBI=0.00662442;REFB=0.022161;REVB=-0.00330134;RO=1;SAF=30;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155115;STB=0.508195;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=2.48086e-06;OID=.;OPOS=55536595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:46:30:1:0:46:30:1:0 chr19 55538980 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.931;QD=58.9623;RBI=0.00892583;REFB=0;REVB=-0.00222388;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53005e-05;OID=.;OPOS=55538980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr19 55539061 . A G 1395.81 PASS AF=0.960784;AO=97;DP=101;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=65;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0445522;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5139;QD=54.7377;RBI=0.044938;REFB=-0.00801682;REVB=0.00587549;RO=4;SAF=64;SAR=33;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132901;STB=0.507132;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.000162328;OID=.;OPOS=55539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:101:102:4:4:97:98:0.960784:33:64:2:2:33:65:2:2 chr19 55539072 . T G 1492.4 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00951733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.685;QD=58.5256;RBI=0.00959114;REFB=-0.000732008;REVB=0.0011876;RO=0;SAF=65;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506848;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=3.68318e-05;OID=.;OPOS=55539072;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:0:1:101:101:0.990196:36:65:0:0:36:65:0:1 chr19 55559715 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.456;QD=62.6711;RBI=0.025847;REFB=0;REVB=0.0205377;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44257e-05;OID=.;OPOS=55559715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr19 55570574 . A G 1527.07 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314102;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.799;QD=59.885;RBI=0.0333268;REFB=0;REVB=0.0111389;RO=0;SAF=39;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34645e-05;OID=.;OPOS=55570574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:102:0:0:102:102:1:63:39:0:0:63:39:0:0 chr19 55593441 . G C 44.41 PASS AF=0.210526;AO=4;DP=19;FAO=4;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00618631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.158;QD=9.34913;RBI=0.00784961;REFB=-0.00702858;REVB=-0.00483176;RO=12;SAF=1;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205016;STB=0.642093;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00677329;OID=.;OPOS=55593441;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:19:19:12:12:4:4:0.210526:3:1:5:7:3:1:5:7 chr19 55593835 . C CG,G 70.12 PASS AF=0.305556,0.111111;AO=10,3;DP=36;FAO=11,4;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9,4;FSAR=2,0;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.080331,0.00109059;FXX=0.0270197;HRUN=7,1;LEN=1,1;MLLD=7.97908,59.9145;QD=7.79091;RBI=0.170143,0.0805319;REFB=-0.112378,-0.00291655;REVB=-0.149985,-0.0805245;RO=21;SAF=9,3;SAR=1,0;SRF=17;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.212608,0.4919;STB=0.557411,0.996013;STBP=0.725,0.184;TYPE=ins,snp;VARB=0.00659496,0.0118545;OID=.,.;OPOS=55593836,55593835;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:36:36:21:21:10,3:11,4:0.305556,0.111111:1,0:9,3:17:4:2,0:9,4:16:5 chr19 55610366 . G A 216.01 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00965033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5969;QD=22.1545;RBI=0.020698;REFB=-0.0311578;REVB=-0.0183106;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194103;STB=0.608594;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0209104;OID=.;OPOS=55610366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:9:12:6:12:9:12:6:12 chr19 55614923 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0532408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7191;QD=51.9151;RBI=0.053264;REFB=0;REVB=0.00157203;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0017116;OID=.;OPOS=55614923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr19 55644325 . A C 375.62 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.307;QD=55.6476;RBI=0.0239422;REFB=0;REVB=0.000861465;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.61986e-05;OID=.;OPOS=55644325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:12:15:0:0 chr19 55653297 . A C 227.8 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0040458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7688;QD=23.3641;RBI=0.0334237;REFB=-0.0571741;REVB=0.0331779;RO=17;SAF=14;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164856;STB=0.57481;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0462691;OID=.;OPOS=55653297;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:17:21:22:0.564103:7:14:8:9:8:14:8:9 chr19 55660537 . T C 501.55 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0134;QD=59.0062;RBI=0.0973788;REFB=0;REVB=0.0929789;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000924996;OID=.;OPOS=55660537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr19 55671337 . C T 343.85 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00765768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9687;QD=52.8992;RBI=0.0488493;REFB=0;REVB=0.0482453;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131465;OID=.;OPOS=55671337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:15:10:0:0:16:10:0:0 chr19 55699454 . T C 1058.03 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0192;QD=59.6071;RBI=0.116068;REFB=0;REVB=-0.107918;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000516269;OID=.;OPOS=55699454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr19 55738634 . T C 773.38 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00527986;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2645;QD=57.2876;RBI=0.054454;REFB=0;REVB=0.0541974;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00341543;OID=.;OPOS=55738634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:17:37:0:0:17:37:0:0 chr19 55739689 . G A 627.7 PASS AF=0.516393;AO=63;DP=119;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0042251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.424;QD=20.5803;RBI=0.0398755;REFB=-0.0551496;REVB=-0.039651;RO=56;SAF=35;SAR=28;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325569;STB=0.522928;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0491726;OID=.;OPOS=55739689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:56:59:63:63:0.516393:28:35:29:27:28:35:30:29 chr19 55741885 . G A 141.84 PASS AF=0.241379;AO=21;DP=87;FAO=21;FDP=87;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-1.81248e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.234;QD=6.52136;RBI=0.00484077;REFB=-0.00832066;REVB=0.00484074;RO=66;SAF=7;SAR=14;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138408;STB=0.585282;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0349841;OID=.;OPOS=55741885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:66:66:21:21:0.241379:14:7:29:37:14:7:29:37 chr19 55751431 . G A 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00855188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.936;QD=15.166;RBI=0.00855189;REFB=0.0068667;REVB=-1.76397e-05;RO=20;SAF=2;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32374;STB=0.692003;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0170461;OID=.;OPOS=55751431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:13:2:7:13:13:2:7:13 chr19 55791091 . C T 676.06 PASS AF=1;AO=39;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.284;QD=61.46;RBI=0.0706808;REFB=0;REVB=0.064418;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236896;OID=.;OPOS=55791091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:39:44:1:22:17:0:0:27:17:0:0 chr19 55856083 . T C 134.44 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0134885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.92;QD=8.1477;RBI=0.0274371;REFB=-0.0208617;REVB=-0.0238926;RO=46;SAF=14;SAR=5;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466394;STB=0.770371;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0427235;OID=.;OPOS=55856083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:47:19:19:0.287879:5:14:15:31:5:14:16:31 chr19 55856211 . C T 276.14 PASS AF=0.336735;AO=33;DP=98;FAO=33;FDP=98;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.00197175;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.349;QD=11.2712;RBI=0.0212701;REFB=-0.0114141;REVB=-0.0211785;RO=65;SAF=9;SAR=24;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219207;STB=0.628017;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0248047;OID=.;OPOS=55856211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:65:65:33:33:0.336735:24:9:29:36:24:9:29:36 chr19 55859439 . C A 421.15 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.03212;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.391;QD=14.6485;RBI=0.0331828;REFB=-0.00715624;REVB=-0.00833069;RO=67;SAF=13;SAR=35;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205693;STB=0.616499;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00629946;OID=.;OPOS=55859439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:67:67:48:48:0.417391:35:13:30:37:35:13:30:37 chr19 55865062 . T C 419.65 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0112277;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.742;QD=24.3278;RBI=0.0200103;REFB=0.00218072;REVB=-0.0165635;RO=29;SAF=22;SAR=18;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00133282;STB=0.500732;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00211;OID=.;OPOS=55865062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:29:40:40:0.57971:18:22:16:13:18:22:16:13 chr19 55869903 . T C 60.79 PASS AF=0.875;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216004;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.439;QD=30.3926;RBI=0.178731;REFB=-0.0632293;REVB=0.177421;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.54533;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0121577;OID=.;OPOS=55869903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:6:8:0:1:6:7:0.875:1:5:0:0:2:5:1:0 chr19 55870104 . G C 1438.42 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00274595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.515;QD=61.8677;RBI=0.0056707;REFB=0.0134014;REVB=0.00496151;RO=1;SAF=59;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141475;STB=0.507461;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-2.21729e-05;OID=.;OPOS=55870104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:33:59:0:1:33:59:0:1 chr19 55870289 . C T 676.86 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00419565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0907;QD=60.1655;RBI=0.0869107;REFB=-0.100977;REVB=0.0868094;RO=1;SAF=16;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028453;STB=0.515145;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00325152;OID=.;OPOS=55870289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:1:1:44:44:0.977778:28:16:1:0:28:16:1:0 chr19 55870351 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0530669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.22;QD=58.1419;RBI=0.0530678;REFB=0;REVB=-0.000307673;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012168;OID=.;OPOS=55870351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr19 55870600 . C G 789.51 PASS AF=1;AO=42;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0714759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.828;QD=57.4191;RBI=0.089695;REFB=0;REVB=0.0541884;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116034;OID=.;OPOS=55870600;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:42:55:1:14:28:0:0:26:29:0:0 chr19 55871019 . A G 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4728;QD=43.4797;RBI=0.083234;REFB=0;REVB=0.0535888;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00631035;OID=.;OPOS=55871019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr19 55872397 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.63;QD=55.0987;RBI=0.0190145;REFB=0;REVB=0.00744722;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169386;OID=.;OPOS=55872397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:7:19:0:0:7:19:0:0 chr19 55872531 . C G 113.98 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0168521;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.0423;QD=18.2374;RBI=0.025557;REFB=-0.0358781;REVB=-0.0192137;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239512;STB=0.636165;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0319717;OID=.;OPOS=55872531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:6:7:3:9:6:7:3:9 chr19 55872566 . A G 329.55 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.564;QD=52.7278;RBI=0.0378093;REFB=0;REVB=-5.07672e-05;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175309;OID=.;OPOS=55872566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:15:8:0:0:17:8:0:0 chr19 55873642 . C T 1098.39 PASS AF=0.986486;AO=69;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.539;QD=59.3724;RBI=0.0265992;REFB=0;REVB=0.0159401;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179063;OID=.;OPOS=55873642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:0:0:69:73:0.986486:26:43:0:0:29:44:0:0 chr19 55877231 . C T 300.36 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0305142;FXX=0.0243843;HRUN=6;LEN=1;MLLD=75.2586;QD=30.0361;RBI=0.0513893;REFB=-0.0361488;REVB=0.0413491;RO=14;SAF=17;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23757;STB=0.630757;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00427509;OID=.;OPOS=55877231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:9:17:4:10:9:17:4:10 chr19 55879872 . C T 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0231962;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=175.834;QD=17.4542;RBI=0.0248011;REFB=-0.0234852;REVB=0.00877675;RO=28;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888254;STB=0.560394;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0239465;OID=.;OPOS=55879872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:27:27:0.482143:17:10:13:15:17:10:14:15 chr19 55889054 . G A 272.23 PASS AF=0.235955;AO=42;DP=180;FAO=42;FDP=178;FR=.;FRO=136;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=65;FSRR=71;FWDB=0.0021689;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.883;QD=6.11763;RBI=0.0142351;REFB=-0.0130734;REVB=-0.0140689;RO=134;SAF=16;SAR=26;SRF=63;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114773;STB=0.575688;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0311387;OID=.;OPOS=55889054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:178:134:136:42:42:0.235955:26:16:63:71:26:16:65:71 chr19 55913038 . C T 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.535;QD=63.871;RBI=0.0344126;REFB=0;REVB=0.0267363;RO=0;SAF=36;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220878;OID=.;OPOS=55913038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:12:36:0:0:12:36:0:0 chr19 55993064 . C T 141.78 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0404494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.876;QD=11.12;RBI=0.0621079;REFB=-0.0281822;REVB=0.04713;RO=34;SAF=5;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24437;STB=0.645299;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0496169;OID=.;OPOS=55993064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:12:5:17:17:12:5:17:17 chr19 55999993 . A G,T 1717.78 PASS AF=0.974359,0.025641;AO=110,7;DP=117;FAO=114,3;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=68,3;FSAR=46,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411135,-0.00310804;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.6156,128.128;QD=58.7275;RBI=0.0415564,0.0137775;REFB=0,0;REVB=0.00605096,0.0134223;RO=0;SAF=69,2;SAR=41,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00297221,0.0498665;OID=.,.;OPOS=55999993,55999993;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:117:117:0:0:110,7:114,3:0.974359,0.025641:41,5:69,2:0:0:46,0:68,3:0:0 chr19 56000797 . C T 68.61 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279031;FXX=0.124844;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.838;QD=39.2082;RBI=0.0297583;REFB=0;REVB=-0.010343;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224194;OID=.;OPOS=56000797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr19 56011460 . C T 264.27 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.128164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5063;QD=48.0494;RBI=0.133909;REFB=-0.157099;REVB=0.0388003;RO=1;SAF=13;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341946;STB=0.518501;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0168576;OID=.;OPOS=56011460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:22:22:1:1:21:21:0.954545:8:13:1:0:8:13:1:0 chr19 56024519 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.595;QD=60.9782;RBI=0.0185062;REFB=0;REVB=0.00277905;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26601e-05;OID=.;OPOS=56024519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr19 56030009 . C T 263.07 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000664287;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.142;QD=47.8315;RBI=0.0334063;REFB=-0.170712;REVB=0.0333997;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401224;STB=0.521719;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000905183;OID=.;OPOS=56030009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:1:1:21:21:0.954545:11:10:0:1:11:10:0:1 chr19 56041255 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.83;QD=42.1826;RBI=0.0385702;REFB=0;REVB=0.0124379;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296377;OID=.;OPOS=56041255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr19 56047448 . A G 1580.83 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253269;FXX=0.0186898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.716;QD=60.2221;RBI=0.0298732;REFB=0;REVB=-0.0158417;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8985e-05;OID=.;OPOS=56047448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:55:50:0:0:55:50:0:0 chr19 56052337 . A AC,C 267.34 PASS AF=1,0;AO=16,5;DP=25;FAO=24,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528457,-0.112467;FXX=0;HRUN=3,4;LEN=1,1;MLLD=18.3634,6.17851;QD=44.557;RBI=0.083168,0.196698;REFB=0,0;REVB=-0.0642202,-0.161373;RO=3;SAF=4,3;SAR=12,2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.031269,0.165639;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000587594,0;OID=.,.;OPOS=56052338,56052337;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:24:3:0:16,5:24,0:1,0:12,2:4,3:1:2:15,0:9,0:0:0 chr19 56052770 . C T 271.93 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00481878;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.53;QD=23.1433;RBI=0.05109;REFB=-0.0141711;REVB=0.0508622;RO=21;SAF=15;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103031;STB=0.547787;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00985825;OID=.;OPOS=56052770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:21:22:25:25:0.531915:10:15:10:11:10:15:11:11 chr19 56056184 . A G 277.69 PASS AF=0.333333;AO=36;DP=109;FAO=36;FDP=108;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=-0.0445216;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1808;QD=10.2847;RBI=0.0786918;REFB=-0.00527809;REVB=-0.0648862;RO=72;SAF=17;SAR=19;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143289;STB=0.582777;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00807621;OID=.;OPOS=56056184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:72:72:36:36:0.333333:19:17:43:29:19:17:43:29 chr19 56103984 . C T 490.76 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0285812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.558;QD=22.3073;RBI=0.0286137;REFB=-0.00724636;REVB=-0.00136147;RO=41;SAF=26;SAR=21;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116874;STB=0.564372;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0112222;OID=.;OPOS=56103984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:21:26:17:24:21:26:17:24 chr19 56114045 . C T 191.55 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.097;QD=47.8865;RBI=0.0811641;REFB=0;REVB=0.07967;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000852804;OID=.;OPOS=56114045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:7:8:0:0:7:9:0:0 chr19 56114237 . G A 1296.23 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0639887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6351;QD=59.5966;RBI=0.144302;REFB=-0.156964;REVB=0.129339;RO=2;SAF=38;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00233037;STB=0.506492;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0157296;OID=.;OPOS=56114237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:87:87:2:1:85:86:0.988506:47:38:1:1:48:38:1:0 chr19 56128167 . G A 127.32 PASS AF=0.163265;AO=24;DP=147;FAO=24;FDP=147;FR=.;FRO=123;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=66;FSRR=57;FWDB=-0.00959655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.925;QD=3.46453;RBI=0.0112061;REFB=-0.0054127;REVB=0.00578653;RO=123;SAF=10;SAR=14;SRF=66;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152292;STB=0.599692;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0290963;OID=.;OPOS=56128167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:123:123:24:24:0.163265:14:10:66:57:14:10:66:57 chr19 56133535 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00921496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.559;QD=21.1691;RBI=0.0646127;REFB=-0.0539515;REVB=0.0639522;RO=3;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368547;STB=0.719257;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0725901;OID=.;OPOS=56133535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:6:1:2:1:6:1:2:1 chr19 56154518 . GTTT G 292.3 PASS AF=0.59375;AO=36;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.036925;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=91.1026;QD=18.2688;RBI=0.0387379;REFB=-0.031342;REVB=-0.0117118;RO=25;SAF=11;SAR=25;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467949;STB=0.501824;STBP=0.976;TYPE=del;VARB=0.0169673;OID=.;OPOS=56154519;OREF=TTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.59375:36:64:38:64:26:13:25:9:17:99:25:11:25:9:16 chr19 56160399 . T C 740.33 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0062185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2698;QD=56.9483;RBI=0.0429169;REFB=0;REVB=-0.042464;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000434336;OID=.;OPOS=56160399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr19 56162776 . C T 338.7 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.101497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1381;QD=15.2225;RBI=0.102281;REFB=-0.0193411;REVB=-0.0126385;RO=52;SAF=11;SAR=26;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223633;STB=0.627047;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0411249;OID=.;OPOS=56162776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:26:11:26:26:26:11:26:26 chr19 56180968 . C T 994.45 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582462;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.326;QD=59.3701;RBI=0.0696293;REFB=0;REVB=0.0381525;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175671;OID=.;OPOS=56180968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr19 56241265 . A G 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00625083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.019;QD=57.4358;RBI=0.0114868;REFB=0.0247132;REVB=0.00963708;RO=1;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103874;STB=0.505493;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=7.86568e-06;OID=.;OPOS=56241265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:45:22:0:1:45:22:0:1 chr19 56274086 . G A 164.56 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00165201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.417;QD=13.7137;RBI=0.0291509;REFB=-0.0125415;REVB=0.029104;RO=30;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486333;STB=0.528271;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.024529;OID=.;OPOS=56274086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:10:8:12:18:10:8:12:18 chr19 56274424 . C A 151.18 PASS AF=0.170588;AO=29;DP=170;FAO=29;FDP=170;FR=.;FRO=141;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=89;FWDB=-0.023714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.426;QD=3.55706;RBI=0.0240822;REFB=-0.00247112;REVB=-0.00419547;RO=137;SAF=7;SAR=22;SRF=50;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185773;STB=0.625449;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00856326;OID=.;OPOS=56274424;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:137:141:29:29:0.170588:22:7:50:87:22:7:52:89 chr19 56274453 . G A 59.39 PASS AF=0.105263;AO=15;DP=151;FAO=16;FDP=152;FR=.;FRO=136;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=49;FSRR=87;FWDB=-0.0176107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5903;QD=1.56288;RBI=0.0605813;REFB=-0.00247519;REVB=0.0579652;RO=135;SAF=2;SAR=13;SRF=48;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33113;STB=0.779063;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0209845;OID=.;OPOS=56274453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:151:152:135:136:15:16:0.105263:13:2:48:87:14:2:49:87 chr19 56283289 . A G 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00471263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1852;QD=3.33899;RBI=0.0206016;REFB=-0.0033875;REVB=0.0200554;RO=34;SAF=4;SAR=2;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629272;STB=0.5453;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0179945;OID=.;OPOS=56283289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:2:4:21:13:2:4:21:13 chr19 56283297 . G A 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0223432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.725;QD=11.3691;RBI=0.0225973;REFB=-0.0352871;REVB=0.00337916;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054687;STB=0.503262;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0333042;OID=.;OPOS=56283297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:4:7:12:7:4:7:12:7 chr19 56284090 . G A 1127.72 PASS AF=0.830189;AO=88;DP=106;FAO=88;FDP=106;FR=.;FRO=18;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.00105545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.829;QD=42.5555;RBI=0.0936413;REFB=-0.00888673;REVB=0.0936353;RO=17;SAF=32;SAR=56;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179885;STB=0.591528;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0051057;OID=.;OPOS=56284090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:17:18:88:88:0.830189:56:32:16:1:56:32:16:2 chr19 56284457 . G A 49.49 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0281986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3701;QD=4.49909;RBI=0.0337993;REFB=-0.0138531;REVB=0.018634;RO=35;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170279;STB=0.60782;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.05305;OID=.;OPOS=56284457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:35:36:8:8:0.181818:6:2:13:22:6:2:13:23 chr19 56284507 . T G 58.16 PASS AF=0.15493;AO=11;DP=72;FAO=11;FDP=71;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.00881668;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.603;QD=3.27642;RBI=0.0137108;REFB=-0.00262217;REVB=-0.0105001;RO=60;SAF=2;SAR=9;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315152;STB=0.721771;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0219101;OID=.;OPOS=56284507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:72:71:60:60:11:11:0.15493:9:2:24:36:9:2:24:36 chr19 56284511 . C G 57.59 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=72;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0277826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.058;QD=3.19944;RBI=0.0301768;REFB=-0.00166755;REVB=-0.0117798;RO=61;SAF=2;SAR=9;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325075;STB=0.729264;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0213051;OID=.;OPOS=56284511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:72:72:61:61:11:11:0.152778:9:2:25:36:9:2:25:36 chr19 56284529 . C A 32.56 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00610992;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7322;QD=1.97308;RBI=0.0160845;REFB=0.0017053;REVB=-0.0148788;RO=58;SAF=1;SAR=6;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359892;STB=0.794969;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00473089;OID=.;OPOS=56284529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:66:58:59:7:7:0.106061:6:1:24:34:6:1:25:34 chr19 56284535 . A G 33.34 PASS AF=0.107692;AO=6;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.000410734;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.36;QD=2.05161;RBI=0.0155493;REFB=-0.00130889;REVB=0.0155439;RO=59;SAF=1;SAR=5;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317886;STB=0.788538;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0223541;OID=.;OPOS=56284535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:65:59:58:6:7:0.107692:5:1:25:34:6:1:24:34 chr19 56307583 . A G 902.54 PASS AF=1;AO=43;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.607;QD=58.2286;RBI=0.0265896;REFB=0;REVB=0.00816922;RO=0;SAF=11;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110762;OID=.;OPOS=56307583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:43:62:1:32:11:0:0:44:18:0:0 chr19 56320200 . C T 2103.29 PASS AF=0.971631;AO=136;DP=138;FAO=137;FDP=141;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0423823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.956;QD=59.6677;RBI=0.0575399;REFB=-0.0284052;REVB=-0.0389176;RO=1;SAF=53;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00888477;STB=0.504099;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.000484172;OID=.;OPOS=56320200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:138:141:1:4:136:137:0.971631:83:53:1:0:84:53:1:3 chr19 56321295 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9131;QD=54.5176;RBI=0.0322488;REFB=0;REVB=-0.0156742;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100387;OID=.;OPOS=56321295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr19 56321414 . C A 901.5 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172084;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7512;QD=58.1611;RBI=0.114604;REFB=0;REVB=0.113305;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682346;OID=.;OPOS=56321414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:59:62:1:30:29:0:0:33:29:0:0 chr19 56369189 . G A 744.58 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.027;QD=56.1944;RBI=0.0233706;REFB=0;REVB=0.00155728;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100442;OID=.;OPOS=56369189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:50:53:1:32:18:0:0:34:19:0:0 chr19 56369215 . C T 806.05 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.858;QD=64.4838;RBI=0.0820291;REFB=0;REVB=0.0736666;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055682;OID=.;OPOS=56369215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:28:21:0:0:29:21:0:0 chr19 56369593 . T C 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.687;QD=64.1503;RBI=0.0225548;REFB=0;REVB=0.00802283;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61085e-05;OID=.;OPOS=56369593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:35:14:0:0:35:14:0:0 chr19 56373462 . G A 120.27 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0259268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.936;QD=6.77591;RBI=0.0261666;REFB=-0.0159837;REVB=0.0035343;RO=52;SAF=11;SAR=7;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190224;STB=0.505741;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0505458;OID=.;OPOS=56373462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:53:18:18:0.253521:7:11:31:21:7:11:32:21 chr19 56392920 . C T 503.99 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.013542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.417;QD=18.8408;RBI=0.0218598;REFB=-0.0156686;REVB=-0.01716;RO=54;SAF=24;SAR=29;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0093112;STB=0.505153;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0161919;OID=.;OPOS=56392920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:54:54:53:53:0.495327:29:24:25:29:29:24:25:29 chr19 56419263 . T C 319.3 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00120429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.562;QD=13.4441;RBI=0.0168803;REFB=-0.00581198;REVB=-0.0168373;RO=59;SAF=12;SAR=24;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179576;STB=0.602882;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0099179;OID=.;OPOS=56419263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:59:59:36:36:0.378947:24:12:29:30:24:12:29:30 chr19 56423074 . C G 110.9 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0133591;FXX=0.0869376;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.826;QD=10.5622;RBI=0.0140706;REFB=-0.010809;REVB=0.00441776;RO=28;SAF=8;SAR=5;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332767;STB=0.50387;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0241966;OID=.;OPOS=56423074;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:42:28:29:13:13:0.309524:5:8:18:10:5:8:18:11 chr19 56423254 . G A 210.28 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0174991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1262;QD=15.5764;RBI=0.0244604;REFB=0.00657409;REVB=-0.0170908;RO=30;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508818;STB=0.528822;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00597816;OID=.;OPOS=56423254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:10:14:19:11:10:14:19:11 chr19 56423668 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0312263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.171;QD=18.4437;RBI=0.0336352;REFB=0.00782471;REVB=0.0124998;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258248;STB=0.514825;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.0342138;OID=.;OPOS=56423668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:7:4:3:6:7:4:3:6 chr19 56423692 . C T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00317041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.303;QD=21.1726;RBI=0.0236463;REFB=-0.00277429;REVB=-0.0234328;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231045;STB=0.630934;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00432979;OID=.;OPOS=56423692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:5:7:2:6:5:7:2:6 chr19 56423728 . A G 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0280337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.581;QD=18.6444;RBI=0.0283155;REFB=-0.017461;REVB=0.00398535;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324097;STB=0.518492;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0271493;OID=.;OPOS=56423728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:7:6:7:7:7:6 chr19 56423893 . G A 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0297765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.912;QD=12.7982;RBI=0.0468736;REFB=-0.0162997;REVB=-0.0362008;RO=41;SAF=12;SAR=14;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105712;STB=0.560594;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0237215;OID=.;OPOS=56423893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:14:12:23:18:14:12:23:18 chr19 56424443 . T C 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0130682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.272;QD=13.4417;RBI=0.0241294;REFB=-0.0123411;REVB=-0.0202843;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20469;STB=0.620451;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0156456;OID=.;OPOS=56424443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:5:8:4:6:5:8 chr19 56443519 . C G,T 952.6 PASS AF=0.0422535,0.915493;AO=3,65;DP=71;FAO=3,65;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=0,38;FSAR=3,27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0157241,0.00718459;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=180.017,61.2812;QD=53.6674;RBI=0.0159618,0.0233817;REFB=-0.0930859,-0.12092;REVB=-0.00274435,-0.0222505;RO=3;SAF=0,38;SAR=3,27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.767807,-0.0358431;STB=0.996656,0.518982;STBP=0.041,0.203;TYPE=snp,snp;VARB=0.207199,0.000728374;OID=.,.;OPOS=56443519,56443519;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:71:71:3:3:3,65:3,65:0.0422535,0.915493:3,27:0,38:3:0:3,27:0,38:3:0 chr19 56459342 . C T 537.8 PASS AF=1;AO=35;DP=38;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127519;FXX=0.0526177;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.797;QD=59.7558;RBI=0.0236707;REFB=0;REVB=0.0199422;RO=1;SAF=14;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032238;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153207;OID=.;OPOS=56459342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:36:1:0:35:36:1:21:14:1:0:21:15:0:0 chr19 56459614 . G C 803.42 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2545;QD=64.2735;RBI=0.0801703;REFB=0;REVB=0.0565373;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137258;OID=.;OPOS=56459614;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr19 56477687 . A G 819.53 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00950944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8296;QD=55.5615;RBI=0.0170154;REFB=-0.104804;REVB=0.01411;RO=1;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177973;STB=0.509431;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00256517;OID=.;OPOS=56477687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:26:32:0:1:26:32:0:1 chr19 56477710 . T C 744.84 PASS AF=1;AO=45;DP=54;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453372;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.25;QD=57.2954;RBI=0.0682844;REFB=0;REVB=0.0510617;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281559;OID=.;OPOS=56477710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:52:0:0:45:52:1:23:22:0:0:29:23:0:0 chr19 56487603 . A G 1792.26 PASS AF=0.869863;AO=126;DP=146;FAO=127;FDP=146;FR=.;FRO=19;FSAF=77;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=-0.0161564;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5044;QD=49.103;RBI=0.0235231;REFB=-0.0500257;REVB=-0.017097;RO=19;SAF=76;SAR=50;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137968;STB=0.573106;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0336267;OID=.;OPOS=56487603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:146:146:19:19:126:127:0.869863:50:76:1:18:50:77:1:18 chr19 56499279 . G C 520.05 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.977;QD=59.4348;RBI=0.0562217;REFB=0;REVB=0.0154257;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.45434e-05;OID=.;OPOS=56499279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:26:8:0:0:27:8:0:0 chr19 56511082 . C G 774.77 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.879;QD=63.2469;RBI=0.0468684;REFB=0;REVB=0.00040972;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43623e-05;OID=.;OPOS=56511082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:23:25:0:0:23:26:0:0 chr19 56511090 . T C 753.29 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000489048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.477;QD=56.852;RBI=0.00298133;REFB=0;REVB=-0.00294094;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.63515e-06;OID=.;OPOS=56511090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr19 56515334 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.322;QD=57.5452;RBI=0.0171051;REFB=0;REVB=0.0067729;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55768e-05;OID=.;OPOS=56515334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr19 56527179 . T TC 233.73 PASS AF=0.652174;AO=29;DP=48;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0666019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.3846;QD=20.3246;RBI=0.081399;REFB=0.0226603;REVB=-0.0467973;RO=18;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143938;STB=0.554217;STBP=0.302;TYPE=ins;VARB=-0.00818187;OID=.;OPOS=56527180;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.652174:29:48:30:46:16:16:14:11:5:83:18:15:14:13:5 chr19 56538976 . G C 54.65 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0168352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.623;QD=9.10844;RBI=0.0182504;REFB=-0.0202205;REVB=0.00704652;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202856;STB=0.624687;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0333751;OID=.;OPOS=56538976;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:9:7:5:3:9:7 chr19 56539240 . C T 416.11 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0181127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.083;QD=22.1926;RBI=0.0181214;REFB=-0.0153995;REVB=-0.000562126;RO=34;SAF=20;SAR=21;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130756;STB=0.57195;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0182286;OID=.;OPOS=56539240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:21:20:22:12:21:20:22:12 chr19 56549510 . T C 740.76 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829686;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.512;QD=56.9812;RBI=0.0097973;REFB=0;REVB=0.00521048;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59544e-06;OID=.;OPOS=56549510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr19 56549532 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.145;QD=63.2868;RBI=0.0345323;REFB=0;REVB=0.018034;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24754e-05;OID=.;OPOS=56549532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr19 56565164 . G A 638.37 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.070923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.905;QD=59.3828;RBI=0.0811021;REFB=-0.0638538;REVB=0.039338;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00129332;OID=.;OPOS=56565164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:28:14:0:0:28:14:0:1 chr19 56569629 . C G 933.47 PASS AF=0.513966;AO=92;DP=179;FAO=92;FDP=179;FR=.;FRO=87;FSAF=32;FSAR=60;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.00017248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.245;QD=20.8596;RBI=0.0147572;REFB=-0.0111925;REVB=-0.0147562;RO=87;SAF=32;SAR=60;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947757;STB=0.552088;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0159011;OID=.;OPOS=56569629;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:87:87:92:92:0.513966:60:32:39:48:60:32:39:48 chr19 56572832 . G A 475.56 PASS AF=0.576923;AO=44;DP=77;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.015712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.2;QD=24.3879;RBI=0.0193608;REFB=-0.0109023;REVB=0.0113126;RO=32;SAF=20;SAR=24;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16155;STB=0.588198;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.010108;OID=.;OPOS=56572832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:32:33:44:45:0.576923:24:20:8:24:25:20:8:25 chr19 56663213 . GA G,GG 33.7 PASS AF=0.116279,0.0697674;AO=6,4;DP=45;FAO=5,3;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=2,1;FSAR=3,2;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00192055,-0.00664249;FXX=0.0444346;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=15.9951,27.3129;QD=3.13469;RBI=0.105927,0.0382474;REFB=-0.0522868,-0.0363442;REVB=-0.105909,-0.0376662;RO=31;SAF=3,2;SAR=3,2;SRF=13;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0962443,0.0903003;STB=0.550815,0.617379;STBP=0.78,0.696;TYPE=del,snp;VARB=0.109615,0.214204;OID=.,.;OPOS=56663214,56663214;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.116279,0.0697674:6,4:45:5,3:43:35:2,1:3,2:16:19:17:31:3,2:3,2:13:18 chr19 56663245 . C CT 124.76 PASS AF=0.471698;AO=19;DP=55;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0220688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.1718;QD=9.41586;RBI=0.0242042;REFB=-0.053104;REVB=0.00994041;RO=36;SAF=14;SAR=5;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390984;STB=0.590836;STBP=0.231;TYPE=ins;VARB=0.0964859;OID=.;OPOS=56663246;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.471698:19:55:25:53:28:15:10:12:16:99:36:14:5:14:22 chr19 56688570 . G A 667.33 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9498;QD=62.0771;RBI=0.0639898;REFB=0;REVB=0.0398132;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131357;OID=.;OPOS=56688570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr19 56693620 . C G 348.76 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0261483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0562;QD=22.8694;RBI=0.0270343;REFB=-0.0346022;REVB=-0.00686427;RO=25;SAF=14;SAR=21;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130339;STB=0.559408;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0189841;OID=.;OPOS=56693620;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:26:35:35:0.57377:21:14:6:19:21:14:7:19 chr19 56702323 . C T 579.96 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=135;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=45;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=0.00531978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.226;QD=17.1841;RBI=0.0101026;REFB=-0.010395;REVB=-0.00858851;RO=74;SAF=16;SAR=45;SRF=24;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075444;STB=0.542154;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.011293;OID=.;OPOS=56702323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:74:74:61:61:0.451852:45:16:24:50:45:16:24:50 chr19 56703248 . G A 386.62 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=32;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0245022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.882;QD=20.8982;RBI=0.0251131;REFB=-0.0121923;REVB=0.00550547;RO=35;SAF=32;SAR=7;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170116;STB=0.594988;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0202984;OID=.;OPOS=56703248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:7:32:24:11:7:32:24:11 chr19 56704101 . G A 236.19 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0336715;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.412;QD=17.4953;RBI=0.0347447;REFB=-0.00762473;REVB=-0.00856865;RO=28;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329222;STB=0.518504;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00992266;OID=.;OPOS=56704101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:28:28:26:26:0.481481:13:13:13:15:13:13:13:15 chr19 56704260 . C T 311.74 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0347694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9302;QD=16.6259;RBI=0.0348276;REFB=-0.0131143;REVB=-0.00201171;RO=40;SAF=19;SAR=15;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809551;STB=0.538984;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0196931;OID=.;OPOS=56704260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:41:34:34:0.453333:15:19:19:21:15:19:20:21 chr19 56704399 . G A 198.34 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0486618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.03;QD=13.2227;RBI=0.0494917;REFB=-0.00562596;REVB=0.0090251;RO=36;SAF=5;SAR=19;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138426;STB=0.580081;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00717909;OID=.;OPOS=56704399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:19:5:11:25:19:5:11:25 chr19 56717325 . T G 124.81 PASS AF=0.314815;AO=16;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00234231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.116;QD=9.24483;RBI=0.0371813;REFB=-0.0115637;REVB=0.0371075;RO=36;SAF=11;SAR=5;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13105;STB=0.557534;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0245067;OID=.;OPOS=56717325;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:37:16:17:0.314815:5:11:21:15:6:11:21:16 chr19 56717353 . A G 141.93 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=9.89146e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.892;QD=9.62207;RBI=0.0183527;REFB=-0.0154029;REVB=0.0183525;RO=38;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899906;STB=0.537031;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0360776;OID=.;OPOS=56717353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:40:19:19:0.322034:8:11:19:19:8:11:21:19 chr19 56718585 . A G 582.05 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.012391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7814;QD=19.0837;RBI=0.0126061;REFB=-0.0132346;REVB=0.00231882;RO=62;SAF=23;SAR=37;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346707;STB=0.51918;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0107233;OID=.;OPOS=56718585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:62:62:60:60:0.491803:37:23:26:36:37:23:26:36 chr19 56718608 . G A 482.32 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.00396808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.884;QD=17.3809;RBI=0.0128441;REFB=-0.0391067;REVB=0.0122157;RO=59;SAF=24;SAR=28;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529098;STB=0.529401;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0194545;OID=.;OPOS=56718608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:59:52:52:0.468468:28:24:24:35:28:24:24:35 chr19 56821528 . C T 127.35 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.0304738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5496;QD=9.26156;RBI=0.0353815;REFB=-0.00391433;REVB=-0.0179777;RO=38;SAF=13;SAR=4;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081967;STB=0.549235;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00895817;OID=.;OPOS=56821528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:4:13:27:11:4:13:27:11 chr19 56827938 . C A 1194.22 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0542524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5272;QD=59.7108;RBI=0.0671604;REFB=-0.00181134;REVB=-0.0395877;RO=1;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133333;STB=0.50704;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.000742943;OID=.;OPOS=56827938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:35:44:0:1:35:44:0:1 chr19 56888454 . A C 180.04 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0574027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.256;QD=11.0793;RBI=0.057613;REFB=0.0491655;REVB=0.00491908;RO=42;SAF=16;SAR=7;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150821;STB=0.588155;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.0858759;OID=.;OPOS=56888454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:7:16:24:18:7:16:24:18 chr19 56888526 . A T 84.06 PASS AF=0.323529;AO=10;DP=33;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0526097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.656;QD=9.88983;RBI=0.0526203;REFB=-0.00422336;REVB=0.00105335;RO=23;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259722;STB=0.677629;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0116081;OID=.;OPOS=56888526;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:33:34:23:23:10:11:0.323529:3:7:11:12:3:8:11:12 chr19 56895496 . C T 144.59 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0307808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1487;QD=17.0101;RBI=0.0500446;REFB=-0.00197403;REVB=-0.0394589;RO=15;SAF=13;SAR=2;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.538459;STB=0.846305;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000353228;OID=.;OPOS=56895496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:18:15:16:0.470588:2:13:5:10:2:14:5:13 chr19 56935527 . A G 323.24 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.455;QD=53.8738;RBI=0.0267954;REFB=0;REVB=0.0115908;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255806;OID=.;OPOS=56935527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr19 56952821 . C T 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0271606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.26;QD=18.458;RBI=0.0278427;REFB=-0.00949088;REVB=-0.00612501;RO=41;SAF=16;SAR=22;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152588;STB=0.585062;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00871345;OID=.;OPOS=56952821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:22:16:24:17:22:16:24:17 chr19 56953585 . T C 330.61 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0104051;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.978;QD=50.8629;RBI=0.0158756;REFB=-0.170412;REVB=0.0119903;RO=0;SAF=2;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34264e-08;STB=0.51063;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.000895122;OID=.;OPOS=56953585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:23:2:0:0:23:2:0:1 chr19 56953863 . T C 1662.37 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222717;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9939;QD=60.4497;RBI=0.0227116;REFB=0;REVB=0.00444833;RO=0;SAF=63;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194037;OID=.;OPOS=56953863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:109:110:1:46:63:0:0:46:64:0:0 chr19 56981382 . T C 1568.5 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.777;QD=64.0203;RBI=0.0378411;REFB=0;REVB=-0.00469943;RO=0;SAF=38;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28814e-05;OID=.;OPOS=56981382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:60:38:0:0:60:38:0:0 chr19 57036653 . G A 194.35 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0257246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.945;QD=24.294;RBI=0.0379896;REFB=0.00625721;REVB=0.0279545;RO=13;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106855;STB=0.559934;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.00409053;OID=.;OPOS=57036653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:14:5:5:8:14:5:5:8 chr19 57036678 . G A 210.88 PASS AF=0.714286;AO=19;DP=27;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00101354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.456;QD=30.1252;RBI=0.0306904;REFB=0.0027319;REVB=0.0306736;RO=8;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108862;STB=0.564449;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000295719;OID=.;OPOS=57036678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:28:8:8:19:20:0.714286:13:6:4:4:14:6:4:4 chr19 57058998 . C G 214.76 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.0400153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.139;QD=10.7382;RBI=0.0400153;REFB=-0.00145146;REVB=4.44597e-06;RO=52;SAF=9;SAR=18;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016211;STB=0.504669;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00206792;OID=.;OPOS=57058998;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:53:27:27:0.3375:18:9:18:34:18:9:18:35 chr19 57062073 . T C 1418.77 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00105651;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.993;QD=63.0563;RBI=0.0146522;REFB=0;REVB=-0.0146141;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.99653e-05;OID=.;OPOS=57062073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:47:43:0:0:47:43:0:0 chr19 57065189 . T C 516.48 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00847659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.5402;QD=19.129;RBI=0.0146937;REFB=0.00550886;REVB=0.0120022;RO=54;SAF=29;SAR=25;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0109132;OID=.;OPOS=57065189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:54:54:54:0.5:25:29:29:25:25:29:29:25 chr19 57088850 . T C 300.46 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0247086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.499;QD=19.077;RBI=0.0248384;REFB=0.000623561;REVB=0.00253621;RO=31;SAF=19;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154398;STB=0.586016;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.000808054;OID=.;OPOS=57088850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:13:19:13:18:13:19:13:18 chr19 57089050 . C T 242.27 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.016169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4131;QD=14.9087;RBI=0.0178963;REFB=-0.0160967;REVB=0.0076709;RO=37;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135642;STB=0.507687;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0261062;OID=.;OPOS=57089050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:14:14:18:19:14:14:18:19 chr19 57132798 . C T 59.37 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0155055;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.575;QD=5.05272;RBI=0.0531002;REFB=-0.00934265;REVB=-0.0507859;RO=36;SAF=5;SAR=4;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344365;STB=0.502387;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.080732;OID=.;OPOS=57132798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:48:47:36:38:9:9:0.191489:4:5:21:15:4:5:21:17 chr19 57135023 . T C 221.3 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00370333;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.477;QD=17.357;RBI=0.0119953;REFB=-0.0107755;REVB=-0.0114093;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131253;STB=0.507407;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0111344;OID=.;OPOS=57135023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:13:11:12:15:13:11:12:15 chr19 57175578 . C T 145.49 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2975;QD=44.7669;RBI=0.138376;REFB=0;REVB=-0.0903431;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620734;OID=.;OPOS=57175578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:8:4:0:0:8:5:0:0 chr19 57293394 . A G 1472.51 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2018;QD=63.3339;RBI=0.0342428;REFB=0;REVB=-0.0107167;RO=0;SAF=57;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195097;OID=.;OPOS=57293394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:36:57:0:0:36:57:0:0 chr19 57327108 . C T 257.91 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0172825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.679;QD=18.4224;RBI=0.0378478;REFB=-0.0051709;REVB=-0.0336716;RO=28;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16063;STB=0.58991;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00643725;OID=.;OPOS=57327108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:17:11:16:12:17:11:16:12 chr19 57335022 . G A 1319.19 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.938;QD=62.0797;RBI=0.0629674;REFB=0;REVB=0.0585141;RO=0;SAF=31;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218303;OID=.;OPOS=57335022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:54:31:0:0:54:31:0:0 chr19 57433619 . C T 780.18 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00943644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.603;QD=63.6878;RBI=0.0110904;REFB=0;REVB=-0.00582675;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63972e-05;OID=.;OPOS=57433619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:18:29:0:0:18:31:0:0 chr19 57433712 . T C 210.28 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00489348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.24;QD=15.5765;RBI=0.0258475;REFB=-0.00998821;REVB=-0.02538;RO=30;SAF=18;SAR=6;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332394;STB=0.689833;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0282542;OID=.;OPOS=57433712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:6:18:13:17:6:18:13:17 chr19 57641146 . A G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00360817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.441;QD=14.0792;RBI=0.0104841;REFB=-0.0139853;REVB=-0.00984362;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208227;STB=0.512175;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0157109;OID=.;OPOS=57641146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:9:7:5:7:9:7 chr19 57641799 . G A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00055397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.645;QD=20.2097;RBI=0.00129458;REFB=0.0241692;REVB=-0.00117007;RO=10;SAF=2;SAR=11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180648;STB=0.604216;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.018126;OID=.;OPOS=57641799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:11:2:3:7:11:2:3:7 chr19 57642782 . C A 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.986;QD=57.1741;RBI=0.0164682;REFB=0;REVB=-0.0111365;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.76817e-05;OID=.;OPOS=57642782;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr19 57643051 . G A 156.27 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0644594;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2643;QD=9.47066;RBI=0.0657261;REFB=-0.00417694;REVB=0.0128416;RO=45;SAF=9;SAR=12;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120947;STB=0.571361;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00454357;OID=.;OPOS=57643051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:45:45:21:21:0.318182:12:9:24:21:12:9:24:21 chr19 57643099 . G A 164.36 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0371375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4441;QD=13.6964;RBI=0.0429045;REFB=-0.00497343;REVB=0.021485;RO=30;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856516;STB=0.549944;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00782578;OID=.;OPOS=57643099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:11:7:14:16:11:7:14:16 chr19 57647015 . A G 297.0 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0208951;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4295;QD=20.4828;RBI=0.0428861;REFB=-0.0141452;REVB=0.0374514;RO=26;SAF=21;SAR=10;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219672;STB=0.524984;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0172692;OID=.;OPOS=57647015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:26:27:31:31:0.534483:10:21:17:9:10:21:17:10 chr19 57647236 . T C 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0245261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.342;QD=14.2704;RBI=0.0263261;REFB=-0.00554994;REVB=-0.00956742;RO=31;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716874;STB=0.555675;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00856628;OID=.;OPOS=57647236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:33:24:24:0.421053:13:11:12:19:13:11:12:21 chr19 57649901 . G A 205.79 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00835143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.153;QD=10.8309;RBI=0.012125;REFB=-0.0188101;REVB=-0.00879029;RO=49;SAF=15;SAR=11;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165957;STB=0.589649;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0306423;OID=.;OPOS=57649901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:49:50:26:26:0.342105:11:15:21:28:11:15:22:28 chr19 57649940 . A T 124.34 PASS AF=0.234568;AO=19;DP=81;FAO=19;FDP=81;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00880416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.063;QD=6.14036;RBI=0.0140976;REFB=-0.00750767;REVB=0.0110105;RO=61;SAF=7;SAR=12;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155135;STB=0.602269;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0268852;OID=.;OPOS=57649940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:61:62:19:19:0.234568:12:7:30:31:12:7:31:31 chr19 57742472 . G C 770.0 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0936108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2833;QD=57.037;RBI=0.115157;REFB=0;REVB=0.0670685;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153647;OID=.;OPOS=57742472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:22:31:0:0:22:32:0:0 chr19 57742489 . C T 789.6 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225152;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.352;QD=64.4568;RBI=0.0356697;REFB=0;REVB=0.0276657;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184723;OID=.;OPOS=57742489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:21:27:0:0:21:28:0:0 chr19 57742493 . AGGACGAGCAGGATT A 330.59 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00213567;FXX=0.0666445;HRUN=2;LEN=14;MLLD=395.024;QD=47.2266;RBI=0.0218493;REFB=0;REVB=0.0217447;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.35344e-05;OID=.;OPOS=57742494;OREF=GGACGAGCAGGATT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:29:28:28:0:14:14:0:0:6:0:14:14:0:0 chr19 57770505 . ATTTTTTTG ATTTTTTG,ATTTTTTGT,ATTTTTTTTG 30.94 PASS AF=0.380952,0,0;AO=6,2,3;DP=21;FAO=8,0,0;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3,0,0;FSAR=5,0,0;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.168731,-0.0148135,-0.164028;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=10.0487,119.847,7.98696;QD=5.89406;RBI=0.168803,0.0201422,0.164034;REFB=0.0120432,-0.00606332,-0.00745797;REVB=-0.00491418,-0.013648,0.00140291;RO=8;SAF=3,0,2;SAR=3,2,1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.116777,-0.55315,0.296653;STB=0.506313,0.5,0.5;STBP=0.995,1,1;TYPE=del,mnp,ins;VARB=-0.00968155,0,0.0239797;OID=.,.,.;OPOS=57770506,57770512,57770506;OREF=T,TG,-;OALT=-,GT,T;OMAPALT=ATTTTTTG,ATTTTTTGT,ATTTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952,0,0:6,2,3:21:8,0,0:21:13:3,0,0:5,0,0:5:8:32:8:3,0,2:3,2,1:3:5 chr19 57773447 . T G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.062;QD=53.2772;RBI=0.0282085;REFB=0;REVB=0.0115603;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161366;OID=.;OPOS=57773447;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr19 57832257 . T C 76.63 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0200756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.073;QD=12.7714;RBI=0.0215177;REFB=-0.00758807;REVB=-0.0077446;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945612;STB=0.526264;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0119991;OID=.;OPOS=57832257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:13:14:10:10:0.416667:6:4:4:9:6:4:5:9 chr19 57838018 . C G 142.69 PASS AF=0.6;AO=8;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0276489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.815;QD=22.8297;RBI=0.0318627;REFB=-0.0253099;REVB=0.0158357;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245631;STB=0.580537;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0173775;OID=.;OPOS=57838018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:8:15:0.6:5:3:4:6:6:9:4:6 chr19 57839150 . A G 446.95 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.533;QD=57.6704;RBI=0.0380163;REFB=0;REVB=0.0300666;RO=0;SAF=25;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220483;OID=.;OPOS=57839150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:6:25:0:0:6:25:0:0 chr19 57839567 . T A 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3419;QD=58.0576;RBI=0.0482791;REFB=0;REVB=0.0437826;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045262;OID=.;OPOS=57839567;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr19 57840547 . A G 419.32 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0122583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4984;QD=25.8046;RBI=0.0129236;REFB=0.00236617;REVB=-0.00409325;RO=25;SAF=13;SAR=27;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202681;STB=0.611099;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0013583;OID=.;OPOS=57840547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:25:40:40:0.615385:27:13:15:10:27:13:15:10 chr19 57868336 . A G 725.46 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.396;QD=61.7414;RBI=0.0146443;REFB=0;REVB=0.00479684;RO=1;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170959;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137214;OID=.;OPOS=57868336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:1:0:46:47:1:27:19:0:1:28:19:0:0 chr19 57909872 . G A 1318.72 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.706;QD=62.0575;RBI=0.0165839;REFB=0;REVB=-0.00807637;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.42701e-05;OID=.;OPOS=57909872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:40:45:0:0:40:45:0:0 chr19 57931553 . C T 358.09 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00552917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.022;QD=19.6214;RBI=0.0118253;REFB=-0.00316109;REVB=0.010453;RO=36;SAF=14;SAR=23;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183555;STB=0.602039;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00547792;OID=.;OPOS=57931553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:23:14:21:15:23:14:21:15 chr19 57956828 . T G 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.523;QD=57.3827;RBI=0.0363487;REFB=0;REVB=0.0304525;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316512;OID=.;OPOS=57956828;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr19 57967049 . G T 1305.94 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0344233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0194;QD=60.7415;RBI=0.0355996;REFB=-0.111508;REVB=0.00907569;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.505262;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00176091;OID=.;OPOS=57967049;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:0:1:83:85:0.988372:38:45:0:0:38:47:1:0 chr19 57967133 . G A 955.01 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.366;QD=58.7697;RBI=0.0676268;REFB=0;REVB=0.036298;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000879804;OID=.;OPOS=57967133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr19 57984426 . C A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00490138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.433;QD=57.1058;RBI=0.01372;REFB=0;REVB=0.0128146;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15058e-05;OID=.;OPOS=57984426;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:19:36:0:0:19:36:0:0 chr19 57984918 . A G 1320.57 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.629;QD=62.1443;RBI=0.0227358;REFB=0;REVB=0.0208889;RO=0;SAF=54;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18751e-05;OID=.;OPOS=57984918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:31:54:0:0:31:54:0:0 chr19 57985460 . T A 1300.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0619296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9307;QD=61.9115;RBI=0.0725385;REFB=0;REVB=-0.0377697;RO=0;SAF=53;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000808232;OID=.;OPOS=57985460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:31:53:0:0:31:53:0:0 chr19 57985566 . G C 1767.61 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.804;QD=60.9522;RBI=0.0182479;REFB=0;REVB=0.0179376;RO=0;SAF=69;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89769e-05;OID=.;OPOS=57985566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:47:69:0:0:47:69:0:0 chr19 57987905 . G A 2016.19 PASS AF=0.984962;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0133556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.096;QD=60.6373;RBI=0.0212889;REFB=-0.148914;REVB=0.0165784;RO=0;SAF=73;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508473;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00042828;OID=.;OPOS=57987905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:133:0:2:131:131:0.984962:58:73:0:0:58:73:0:2 chr19 57988666 . A AGCC 147.09 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0369757;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=3;MLLD=135.583;QD=34.609;RBI=0.0378413;REFB=-0.0953089;REVB=0.0080476;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177944;STB=0.57884;STBP=0.2;TYPE=ins;VARB=0.0222868;OID=.;OPOS=57988667;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=AGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.823529:14:24:14:17:3:8:6:3:0:15:10:8:6:8:2 chr19 58001512 . T A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.211;QD=60.2046;RBI=0.0380716;REFB=0;REVB=0.0373049;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24364e-05;OID=.;OPOS=58001512;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr19 58003141 . A G 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0325179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.125;QD=26.571;RBI=0.0697314;REFB=-0.00169345;REVB=-0.0616851;RO=4;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.575869;STB=0.832591;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0043013;OID=.;OPOS=58003141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:1:10:0:4:1:10:0:4 chr19 58003488 . A G 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0079;QD=58.238;RBI=0.0793215;REFB=0;REVB=0.078097;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578714;OID=.;OPOS=58003488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr19 58003580 . A G 2312.96 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.751;QD=60.8675;RBI=0.0298983;REFB=0;REVB=0.0103414;RO=0;SAF=63;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98883e-05;OID=.;OPOS=58003580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:152:0:0:151:152:1:88:63:0:0:88:64:0:0 chr19 58003613 . C T 2332.62 PASS AF=0.993548;AO=152;DP=154;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0402046;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8687;QD=60.1967;RBI=0.0402418;REFB=-0.0304618;REVB=0.00172914;RO=0;SAF=59;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84351e-08;STB=0.502673;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000117093;OID=.;OPOS=58003613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:155:0:1:152:154:0.993548:93:59:0:0:93:61:0:1 chr19 58004346 . G C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3555;QD=57.8845;RBI=0.0213728;REFB=0;REVB=0.00190595;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137894;OID=.;OPOS=58004346;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr19 58004931 . A G 152.47 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0501713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.663;QD=40.6584;RBI=0.0546302;REFB=-0.013725;REVB=0.0216171;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538406;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00143287;OID=.;OPOS=58004931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:14:14:0.933333:6:8:0:0:6:8:0:1 chr19 58011421 . G T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.000875171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.693;QD=17.2295;RBI=0.00260063;REFB=-0.00753995;REVB=-0.00244895;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771948;STB=0.545336;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00865871;OID=.;OPOS=58011421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:2:4:6:2:2:4 chr19 58016048 . C T 248.33 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.00382912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.879;QD=11.6859;RBI=0.00434706;REFB=-0.000816193;REVB=0.00205785;RO=55;SAF=13;SAR=17;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18503;STB=0.606602;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00133225;OID=.;OPOS=58016048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:55:30:30:0.352941:17:13:33:22:17:13:33:22 chr19 58038964 . T A 1375.74 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0911;QD=62.5336;RBI=0.121189;REFB=0;REVB=0.117612;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114027;OID=.;OPOS=58038964;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:88:0:0:83:88:1:33:50:0:0:38:50:0:0 chr19 58058536 . A G 1199.67 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4604;QD=60.743;RBI=0.0354887;REFB=0;REVB=-0.0317081;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120357;OID=.;OPOS=58058536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr19 58058739 . T C 322.38 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00573467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.787;QD=16.5323;RBI=0.0536963;REFB=0.00303201;REVB=-0.0533892;RO=43;SAF=18;SAR=17;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112149;STB=0.562879;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00522955;OID=.;OPOS=58058739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:17:18:27:16:17:18:27:16 chr19 58117223 . T A 169.48 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00712232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.638;QD=16.535;RBI=0.0420124;REFB=0.00577332;REVB=0.0414042;RO=23;SAF=4;SAR=14;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107344;STB=0.561971;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.0114798;OID=.;OPOS=58117223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:14:4:7:16:14:4:7:16 chr19 58151338 . TG GT,T,TT 210.88 PASS AF=0.0142857,0.328571,0.0428571;AO=5,18,4;DP=71;FAO=1,23,3;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=1,15,2;FSAR=0,8,1;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0184892,0.0361555,0.0356534;FXX=0.0140825;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=223.366,230.704,233.965;QD=12.0503;RBI=0.0231133,0.0386169,0.0369753;REFB=-0.00458188,-0.00582018,-0.00528345;REVB=-0.0138698,-0.0135663,-0.00979855;RO=41;SAF=5,11,2;SAR=0,7,2;SRF=21;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.605151,0.11717,-0.0129984;STB=0.98931,0.580039,0.626006;STBP=0.478,0.314,0.71;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0422734,0.00958326,0.0220259;OID=.,.,.;OPOS=58151338,58151339,58151339;OREF=TG,G,G;OALT=GT,-,T;OMAPALT=GT,T,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:71:70:41:43:5,18,4:1,23,3:0.0142857,0.328571,0.0428571:0,7,2:5,11,2:21:20:0,8,1:1,15,2:23:20 chr19 58200099 . T C 237.3 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00855073;FXX=0.0302984;HRUN=6;LEN=1;MLLD=55.108;QD=14.8313;RBI=0.020734;REFB=-0.00322868;REVB=-0.0188887;RO=35;SAF=20;SAR=7;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164691;STB=0.58246;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00520533;OID=.;OPOS=58200099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:35:37:27:27:0.421875:7:20:21:14:7:20:23:14 chr19 58200628 . G T 276.16 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0375597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6308;QD=15.7806;RBI=0.0390182;REFB=0.000697356;REVB=-0.0105682;RO=39;SAF=20;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185536;STB=0.604846;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.0018493;OID=.;OPOS=58200628;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:11:20:18:21:11:20:18:21 chr19 58201360 . C T 237.66 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00493474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.954;QD=18.6403;RBI=0.0122995;REFB=0.0121186;REVB=0.0112661;RO=26;SAF=17;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653606;STB=0.536812;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00936548;OID=.;OPOS=58201360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:8:17:16:10:8:17:16:10 chr19 58202016 . ATTCAT A 44.44 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0034575;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=309.851;QD=8.46424;RBI=0.0066267;REFB=-0.0212673;REVB=-0.00565322;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168697;STB=0.605742;STBP=0.593;TYPE=del;VARB=0.0383424;OID=.;OPOS=58202017;OREF=TTCAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:21:7:21:14:5:2:8:6:44:14:5:2:8:6 chr19 58213404 . C T 51.66 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0244874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.541;QD=5.90435;RBI=0.0343728;REFB=-0.000810381;REVB=0.0241217;RO=27;SAF=7;SAR=1;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.565647;STB=0.867673;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00892505;OID=.;OPOS=58213404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:1:7:11:16:1:7:11:16 chr19 58213952 . C A 529.69 PASS AF=0.43609;AO=58;DP=132;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=0.0271462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8526;QD=15.9306;RBI=0.0271852;REFB=0.00328578;REVB=-0.00145626;RO=74;SAF=32;SAR=26;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298901;STB=0.519993;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00330626;OID=.;OPOS=58213952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:74:75:58:58:0.43609:26:32:43:31:26:32:44:31 chr19 58258466 . G T 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00377746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.512;QD=18.7769;RBI=0.0118906;REFB=0.00287173;REVB=-0.0112746;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136531;STB=0.576412;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00244475;OID=.;OPOS=58258466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:14:12:16:10:14:12:16:10 chr19 58301766 . TG T 352.81 PASS AF=0.390805;AO=66;DP=174;FAO=68;FDP=174;FR=.;FRO=106;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=72;FSRR=34;FWDB=-0.164496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.3008;QD=8.11068;RBI=0.176949;REFB=-0.0150889;REVB=-0.0652062;RO=103;SAF=32;SAR=34;SRF=70;SRR=33;SSEN=0.754237;SSEP=0;SSSB=-0.210179;STB=0.609165;STBP=0.031;TYPE=del;VARB=0.0211261;OID=.;OPOS=58301767;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390805:66:174:68:174:106:34:34:72:34:99:103:32:34:70:33 chr19 58352522 . G A 546.73 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0217729;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.25;QD=20.2491;RBI=0.0224686;REFB=-0.0245679;REVB=-0.00554812;RO=52;SAF=20;SAR=36;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437711;STB=0.524139;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0174735;OID=.;OPOS=58352522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:52:52:56:56:0.518519:36:20:21:31:36:20:21:31 chr19 58374130 . C T 250.94 PASS AF=0.489796;AO=22;DP=47;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0182917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.055;QD=20.4852;RBI=0.0194079;REFB=-0.0160763;REVB=0.00648716;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194024;STB=0.591763;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0210648;OID=.;OPOS=58374130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:24:25:22:24:0.489796:12:10:16:8:12:12:17:8 chr19 58378690 . G A 276.55 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00146605;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.276;QD=52.6754;RBI=0.0145676;REFB=0;REVB=0.0144937;RO=0;SAF=3;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93285e-05;OID=.;OPOS=58378690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:18:3:0:0:18:3:0:0 chr19 58385630 . C T 40.23 PASS AF=0.291667;AO=8;DP=23;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0416048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.878;QD=6.70469;RBI=0.105112;REFB=0.0115544;REVB=-0.0965278;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106688;STB=0.51216;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.0294543;OID=.;OPOS=58385630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:23:24:15:17:8:7:0.291667:4:4:9:6:3:4:10:7 chr19 58385748 . G A 66.62 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0700391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.879;QD=13.3245;RBI=0.0895649;REFB=-0.0143063;REVB=-0.0558246;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.564879;STB=0.839346;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0139839;OID=.;OPOS=58385748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:20:10:11:9:9:0.45:2:7:1:9:2:7:1:10 chr19 58385953 . G GC 401.05 PASS AF=1;AO=9;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514485;FXX=0.0322477;HRUN=0;LEN=1;MLLD=82.7018;QD=53.4736;RBI=0.0616101;REFB=0;REVB=0.0338947;RO=21;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364049;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-2.00915e-05;OID=.;OPOS=58385954;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:31:30:30:0:13:17:0:0:4:21:2:7:11:10 chr19 58385954 . T C 213.37 PASS AF=0.55;AO=20;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.00754342;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=91.6995;QD=21.3365;RBI=0.0365365;REFB=-0.00178133;REVB=0.0357493;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283663;STB=0.666528;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00213261;OID=.;OPOS=58385954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:18:20:22:0.55:10:10:3:15:10:12:3:15 chr19 58385983 . T C 146.57 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0235782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6563;QD=10.4694;RBI=0.0240002;REFB=-0.0198642;REVB=-0.00448099;RO=37;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287522;STB=0.666508;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0405449;OID=.;OPOS=58385983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:9:10:10:27:9:10:10:27 chr19 58420152 . C A 362.05 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.000912036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.382;QD=17.879;RBI=0.0137104;REFB=0.00477501;REVB=0.0136801;RO=43;SAF=25;SAR=13;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782794;STB=0.543836;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00548642;OID=.;OPOS=58420152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:13:25:25:18:13:25:25:18 chr19 58420162 . T C 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00851174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.333;QD=16.7506;RBI=0.0429676;REFB=-0.00970319;REVB=0.042116;RO=39;SAF=19;SAR=14;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365568;STB=0.520535;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0118317;OID=.;OPOS=58420162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:14:19:21:18:14:19:21:18 chr19 58420167 . T C 298.8 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00343952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.678;QD=16.1515;RBI=0.00465112;REFB=-0.0095173;REVB=-0.00313092;RO=41;SAF=19;SAR=14;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391578;STB=0.522052;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00568363;OID=.;OPOS=58420167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:14:19:22:19:14:19:22:19 chr19 58420699 . C A 195.57 PASS AF=0.285714;AO=23;DP=88;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0199324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.778;QD=8.59639;RBI=0.0225955;REFB=-0.00921513;REVB=0.0106421;RO=65;SAF=6;SAR=17;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283017;STB=0.596939;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0270731;OID=.;OPOS=58420699;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:65:65:23:26:0.285714:17:6:31:34:17:9:31:34 chr19 58439306 . G A 138.43 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.041418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.285;QD=11.7808;RBI=0.0417411;REFB=-0.00780394;REVB=-0.00518379;RO=31;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885007;STB=0.55242;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0123307;OID=.;OPOS=58439306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:6:10:17:14:6:10:17:14 chr19 58453342 . T C 335.46 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00143021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.963;QD=16.9851;RBI=0.00143596;REFB=-0.0202109;REVB=0.00012831;RO=43;SAF=14;SAR=22;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172219;STB=0.509653;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0250707;OID=.;OPOS=58453342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:22:14:16:27:22:14:16:27 chr19 58455381 . C T 1133.72 PASS AF=1;AO=51;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0930848;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.199;QD=61.2819;RBI=0.0931367;REFB=0;REVB=-0.00310775;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203579;OID=.;OPOS=58455381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:51:74:1:29:22:0:0:30:44:0:0 chr19 58549593 . C G 35.74 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0387292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.39;QD=5.95673;RBI=0.0403446;REFB=-0.00459853;REVB=0.011302;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185376;STB=0.624531;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0612372;OID=.;OPOS=58549593;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:5:1:5:13:5:1:5:13 chr19 58565021 . G A 133.6 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0152925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.893;QD=7.976;RBI=0.0152928;REFB=-0.0127419;REVB=0.000103612;RO=48;SAF=12;SAR=7;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135285;STB=0.581496;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0300746;OID=.;OPOS=58565021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:48:19:19:0.283582:7:12:25:23:7:12:25:23 chr19 58572959 . G A 435.04 PASS AF=0.462264;AO=47;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.00106972;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.132;QD=16.4167;RBI=0.0227285;REFB=-0.00590142;REVB=0.0227033;RO=52;SAF=25;SAR=22;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981938;STB=0.546488;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00751767;OID=.;OPOS=58572959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:57:47:49:0.462264:22:25:33:19:24:25:34:23 chr19 58572976 . TGGG TGGA,TGG 727.06 PASS AF=0.485981,0.271028;AO=51,30;DP=109;FAO=52,29;FDP=107;FR=.;FRO=26;FSAF=28,28;FSAR=24,1;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=-0.00255458,5.68554e-05;FXX=0.0183469;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=59.2652,18.1334;QD=27.1796;RBI=0.0268269,0.0131114;REFB=-0.044963,-0.0731615;REVB=0.026705,0.0131112;RO=24;SAF=28,30;SAR=23,0;SRF=2;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0.375;SSSB=0.271199,0.886087;STB=0.626413,0.952304;STBP=0.004,0;TYPE=snp,del;VARB=-0.00250667,0.187876;OID=.,.;OPOS=58572979,58572977;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=TGGA,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.485981,0.271028:51,30:109:52,29:107:26:28,28:24,1:4:22:99:24:28,30:23,0:2:22 chr19 58581572 . G A 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00458793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.172;QD=26.0488;RBI=0.0275881;REFB=-0.0252017;REVB=0.0272039;RO=5;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214373;STB=0.618873;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00620695;OID=.;OPOS=58581572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:4:8:5:0:4:8:5:0 chr19 58600044 . TGGGC TGGC,TGGGT 348.0 PASS AF=0.631579,0.368421;AO=14,9;DP=40;FAO=24,14;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=6,2;FSAR=18,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.515742,-0.0196933;FXX=0.0499875;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=7.65101,210.156;QD=36.6311;RBI=0.552048,0.048924;REFB=-0.0353942,-0.0151478;REVB=0.196894,0.0447854;RO=10;SAF=1,2;SAR=13,7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.53223,-0.286347;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.185905,0.00861836;OID=.,.;OPOS=58600045,58600048;OREF=G,C;OALT=-,T;OMAPALT=TGGC,TGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.631579,0.368421:14,9:40:24,14:38:0:6,2:18,12:0:0:99:10:1,2:13,7:5:5 chr19 58600080 . C T 302.04 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00909277;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.67;QD=24.6561;RBI=0.0333755;REFB=-0.0123717;REVB=0.0321131;RO=22;SAF=9;SAR=18;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563422;STB=0.531227;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0117617;OID=.;OPOS=58600080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:22:22:27:27:0.55102:18:9:6:16:18:9:6:16 chr19 58718360 . A AG,G 365.03 PASS AF=1,0;AO=21,2;DP=28;FAO=27,0;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0741536,-0.0467351;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=28.3333,199.581;QD=54.0791;RBI=0.161719,0.0469901;REFB=0,0;REVB=-0.143716,-0.00488933;RO=5;SAF=6,1;SAR=15,1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0480677,0.0967026;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00334127,0;OID=.,.;OPOS=58718361,58718360;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:5:0:21,2:27,0:1,0:15,1:6,1:2:3:18,0:9,0:0:0 chr19 58718412 . C T 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00367271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.964;QD=17.3782;RBI=0.0245349;REFB=-0.00880869;REVB=-0.0242584;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455781;STB=0.526268;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0110708;OID=.;OPOS=58718412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:6:4:5:6:6:4 chr19 58774071 . A G 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00288602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.953;QD=14.6973;RBI=0.00295846;REFB=-0.00720378;REVB=-0.000650684;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200386;STB=0.615248;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00804222;OID=.;OPOS=58774071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:8:8:7:16:8:8:7:16 chr19 58790675 . T C 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0215392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.008;QD=12.2129;RBI=0.0647278;REFB=-0.0156797;REVB=-0.061039;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138413;STB=0.570619;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0265073;OID=.;OPOS=58790675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:13:13:0.371429:9:4:9:12:9:4:9:13 chr19 58790713 . G C 44.14 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0339333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0024;QD=6.53887;RBI=0.0695672;REFB=0.00375044;REVB=-0.0607299;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282546;STB=0.666173;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.0286227;OID=.;OPOS=58790713;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:19:20:7:7:0.259259:5:2:10:9:5:2:10:10 chr19 58805783 . C T 339.97 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0243899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.631;QD=29.5625;RBI=0.0243956;REFB=-0.0328243;REVB=0.000525622;RO=17;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708204;STB=0.538895;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.019727;OID=.;OPOS=58805783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:15:14:10:7:15:14:10:7 chr19 58806083 . T C 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0105569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.477;QD=24.3825;RBI=0.0127276;REFB=-0.0266457;REVB=0.00710934;RO=21;SAF=10;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369017;STB=0.520532;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0129936;OID=.;OPOS=58806083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:16:10:9:12:16:10:9:12 chr19 58863674 . G A 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0200213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.492;QD=3.64933;RBI=0.0609503;REFB=-0.000307253;REVB=0.0575681;RO=31;SAF=5;SAR=1;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.459088;STB=0.824585;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0017333;OID=.;OPOS=58863674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:1:5:14:17:1:5:14:17 chr19 58864479 . TG CA,CG,GG 721.73 PASS AF=0.0384615,0.942308,0.0192308;AO=2,49,2;DP=53;FAO=2,49,1;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24,0;FSAR=2,25,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0656329,-0.038077,-0.0121477;FXX=0.0188644;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=79.5567,109.681,121.117;QD=55.5173;RBI=0.0664592,0.0382781,0.0121489;REFB=0,0,0;REVB=-0.0104477,-0.00391839,0.000170188;RO=0;SAF=0,24,0;SAR=2,25,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,snp;VARB=-0.0237502,0.00487901,0.030723;OID=.,.,.;OPOS=58864479,58864479,58864479;OREF=TG,T,T;OALT=CA,C,G;OMAPALT=CA,CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:52:0:0:2,49,2:2,49,1:0.0384615,0.942308,0.0192308:2,25,2:0,24,0:0:0:2,25,1:0,24,0:0:0 chr19 58868480 . G T 91.63 PASS AF=0.55;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0455018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7315;QD=18.3255;RBI=0.0664462;REFB=-0.0351321;REVB=0.0484219;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130908;STB=0.53839;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0312081;OID=.;OPOS=58868480;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:9:9:10:11:0.55:3:7:5:4:4:7:5:4 chr19 58870087 . TG T 370.63 PASS AF=0.513043;AO=54;DP=115;FAO=59;FDP=115;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.017537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.0235;QD=12.8914;RBI=0.0543305;REFB=-0.00829398;REVB=-0.0514223;RO=53;SAF=30;SAR=24;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0.445813;SSSB=0.092173;STB=0.546406;STBP=0.313;TYPE=del;VARB=0.00704137;OID=.;OPOS=58870088;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.513043:54:115:59:115:56:33:26:26:30:99:53:30:24:24:29 chr19 58879965 . A G 151.69 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.591;QD=43.3397;RBI=0.255041;REFB=0;REVB=0.250782;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0043681;OID=.;OPOS=58879965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:12:14:1:1:11:0:0:3:11:0:0 chr19 58879976 . C T 152.59 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0861861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.862;QD=40.6912;RBI=0.100559;REFB=-0.0747979;REVB=0.0518078;RO=1;SAF=11;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395718;STB=0.521709;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00374316;OID=.;OPOS=58879976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:15:15:1:1:14:14:0.933333:3:11:1:0:3:11:1:0 chr19 58880016 . G C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0248132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.835;QD=12.3961;RBI=0.0286212;REFB=-0.0491766;REVB=0.0142645;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0598235;OID=.;OPOS=58880016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:3:2:2:3:3:2 chr19 58880184 . T C 361.99 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0160566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.557;QD=17.8762;RBI=0.0423181;REFB=-0.0199453;REVB=-0.0391536;RO=42;SAF=16;SAR=22;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141361;STB=0.572878;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0280545;OID=.;OPOS=58880184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:43:38:38:0.469136:22:16:24:18:22:16:24:19 chr19 58880242 . T C 220.36 PASS AF=0.369863;AO=26;DP=72;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0192693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.632;QD=12.0744;RBI=0.0193581;REFB=-0.00172435;REVB=-0.00185243;RO=43;SAF=9;SAR=17;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232187;STB=0.610174;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00274388;OID=.;OPOS=58880242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:43:46:26:27:0.369863:17:9:24:19:17:10:25:21 chr19 58904396 . G A 430.73 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00472633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.4407;QD=15.9531;RBI=0.013023;REFB=0.000336053;REVB=0.0121351;RO=58;SAF=30;SAR=18;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108963;STB=0.562175;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00032147;OID=.;OPOS=58904396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:60:48:48:0.444444:18:30:30:28:18:30:31:29 chr19 58945961 . AC A,AA,AT 647.79 PASS AF=0.0697674,0.0232558,0.906977;AO=11,2,29;DP=43;FAO=3,1,39;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,22;FSAR=2,1,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013227,0.0157489,0.0105209;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=147.676,130.311,157.199;QD=60.2591;RBI=0.0429524,0.0323466,0.0783655;REFB=0,0,0;REVB=0.0408651,0.0282538,0.0776561;RO=0;SAF=1,0,22;SAR=10,2,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.013899,-0.11837,0.00614366;OID=.,.,.;OPOS=58945962,58945962,58945962;OREF=C,C,C;OALT=-,A,T;OMAPALT=A,AA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0697674,0.0232558,0.906977:11,2,29:43:3,1,39:43:0:1,0,22:2,1,17:0:0:10:0:1,0,22:10,2,7:0:0 chr19 58982044 . C T 600.33 PASS AF=0.521008;AO=63;DP=120;FAO=62;FDP=119;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0217413;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8512;QD=20.1793;RBI=0.0542007;REFB=-0.0141457;REVB=-0.0496491;RO=57;SAF=30;SAR=33;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785372;STB=0.539522;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0129792;OID=.;OPOS=58982044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:57:57:63:62:0.521008:33:30:22:35:33:29:22:35 chr19 58982384 . A G 898.38 PASS AF=1;AO=51;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657318;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.421;QD=57.9599;RBI=0.0758077;REFB=0;REVB=0.0377642;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74283e-06;OID=.;OPOS=58982384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:51:62:1:32:19:0:0:33:29:0:0 chr19 58983296 . G A 158.09 PASS AF=0.425;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0124763;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.438;QD=15.8093;RBI=0.0158888;REFB=-0.00227396;REVB=0.0098384;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288764;STB=0.50442;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00261397;OID=.;OPOS=58983296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:22:23:17:17:0.425:8:9:11:11:8:9:12:11 chr19 58992065 . G A 82.08 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.0339088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1696;QD=8.87362;RBI=0.0346458;REFB=-0.0279649;REVB=0.0071078;RO=25;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262624;STB=0.658988;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0690576;OID=.;OPOS=58992065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:25:26:11:11:0.297297:10:1:5:20:10:1:5:21 chr19 59059729 . G A 2332.97 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129333;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3764;QD=60.9927;RBI=0.0827088;REFB=0;REVB=0.0816914;RO=0;SAF=75;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.67699e-05;OID=.;OPOS=59059729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:146:153:0:0:145:153:1:70:75:0:0:77:76:0:0 chr19 59061326 . G A 346.23 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.041665;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2837;QD=21.9826;RBI=0.0688919;REFB=-0.0175741;REVB=0.0548646;RO=28;SAF=18;SAR=17;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126221;STB=0.569581;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0117335;OID=.;OPOS=59061326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:17:18:10:18:17:18:10:18 chr20 76962 . T C 420.38 PASS AF=0.477778;AO=40;DP=88;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.0504731;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.232;QD=18.6835;RBI=0.0584245;REFB=-0.0673086;REVB=0.0294261;RO=47;SAF=25;SAR=15;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104761;STB=0.554426;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0748961;OID=.;OPOS=76962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:47:47:40:43:0.477778:15:25:34:13:17:26:33:14 chr20 126155 . GCAAA G 207.71 PASS AF=0.351351;AO=25;DP=75;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00549519;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=4;MLLD=330.816;QD=11.2275;RBI=0.0056494;REFB=0.00328559;REVB=0.00131097;RO=45;SAF=16;SAR=9;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147248;STB=0.589404;STBP=0.274;TYPE=del;VARB=-0.0052923;OID=.;OPOS=126156;OREF=CAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.351351:25:75:26:74:48:16:10:23:25:99:45:16:9:23:22 chr20 126310 . ACC A 1398.93 PASS AF=1;AO=108;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00232775;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=34.6845;QD=49.0853;RBI=0.0352765;REFB=0;REVB=0.0351996;RO=0;SAF=61;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000121471;OID=.;OPOS=126311;OREF=CC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:108:113:114:114:0:65:49:0:0:25:0:61:47:0:0 chr20 138178 . GC G 302.09 PASS AF=0.564103;AO=40;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0115132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.2502;QD=15.4916;RBI=0.0271761;REFB=-0.00611137;REVB=0.0246167;RO=28;SAF=17;SAR=23;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110338;STB=0.558113;STBP=0.268;TYPE=del;VARB=0.011314;OID=.;OPOS=138179;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.564103:40:78:44:78:34:20:24:20:14:99:28:17:23:16:12 chr20 139456 . G A 301.69 PASS AF=0.574468;AO=26;DP=46;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0609881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9435;QD=25.6759;RBI=0.0805039;REFB=-0.0182194;REVB=0.0525483;RO=20;SAF=11;SAR=15;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592601;STB=0.525517;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0189111;OID=.;OPOS=139456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:20:20:26:27:0.574468:15:11:7:13:16:11:7:13 chr20 139576 . C A 291.55 PASS AF=0.563636;AO=28;DP=52;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0236931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.723;QD=21.2033;RBI=0.0321446;REFB=-0.0302255;REVB=0.0217236;RO=24;SAF=10;SAR=18;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527817;STB=0.501204;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0220185;OID=.;OPOS=139576;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:24:24:28:31:0.563636:18:10:10:14:18:13:10:14 chr20 168728 . T A 384.15 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0038125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.934;QD=17.6621;RBI=0.00440769;REFB=0.000450761;REVB=0.00221192;RO=47;SAF=20;SAR=20;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102711;STB=0.505744;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.00052384;OID=.;OPOS=168728;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:20:20:24:23:20:20:24:23 chr20 170198 . T C 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00381405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.403;QD=18.0733;RBI=0.0310486;REFB=-0.00754414;REVB=0.0308135;RO=31;SAF=17;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104695;STB=0.558559;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00925548;OID=.;OPOS=170198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:13:17:14:17:13:17:14:17 chr20 210144 . G T 419.84 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00515986;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.229;QD=22.3913;RBI=0.0101384;REFB=-0.000669486;REVB=-0.00872713;RO=34;SAF=24;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119299;STB=0.565783;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00191648;OID=.;OPOS=210144;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:17:24:15:19:17:24:15:19 chr20 210306 . C G 255.18 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0294571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.447;QD=22.1893;RBI=0.0303403;REFB=0.0083036;REVB=-0.00726727;RO=22;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287651;STB=0.516115;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.00714333;OID=.;OPOS=210306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:8:16:14:8:8:16:14:8 chr20 238435 . CTGGTCT C 87.64 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0112565;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=6;MLLD=310.63;QD=10.9554;RBI=0.0118475;REFB=-0.0129544;REVB=0.00369518;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202967;STB=0.618863;STBP=0.492;TYPE=del;VARB=0.025745;OID=.;OPOS=238436;OREF=TGGTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34375:11:34:11:32:21:3:8:3:18:87:21:3:8:3:18 chr20 256727 . T A 246.12 PASS AF=0.39726;AO=28;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=10;FWDB=0.0211347;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.887;QD=13.4859;RBI=0.0249623;REFB=-0.00896543;REVB=0.013283;RO=45;SAF=18;SAR=10;SRF=35;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168353;STB=0.602041;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0252935;OID=.;OPOS=256727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:44:28:29:0.39726:10:18:35:10:11:18:34:10 chr20 257733 . A G 253.94 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00363719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.408;QD=21.6118;RBI=0.0162764;REFB=-0.00927799;REVB=0.0158648;RO=23;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239829;STB=0.634038;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00857198;OID=.;OPOS=257733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:14:10:16:7:14:10:16:7 chr20 259969 . G C 710.34 PASS AF=0.45509;AO=76;DP=168;FAO=76;FDP=167;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=32;FSRR=59;FWDB=0.00128287;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8791;QD=17.0141;RBI=0.00186882;REFB=-0.0328873;REVB=0.00135894;RO=91;SAF=29;SAR=47;SRF=32;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314011;STB=0.517417;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0278848;OID=.;OPOS=259969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:91:91:76:76:0.45509:47:29:32:59:47:29:32:59 chr20 279483 . T C 134.3 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0370536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.753;QD=9.42483;RBI=0.0413778;REFB=0.00600001;REVB=-0.0184159;RO=37;SAF=8;SAR=10;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07867;STB=0.546823;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.0140664;OID=.;OPOS=279483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:37:39:18:18:0.315789:10:8:19:18:10:8:20:19 chr20 279774 . A C 38.02 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0106712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.34;QD=9.5043;RBI=0.0964991;REFB=-0.0151919;REVB=-0.0959072;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210115;STB=0.545299;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0345448;OID=.;OPOS=279774;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:7:10:6:6:0.375:2:4:6:1:2:4:6:4 chr20 308525 . AG AC,A,CA 59.39 PASS AF=0.0714286,0.357143,0;AO=2,10,3;DP=28;FAO=2,10,0;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=0,6,0;FSAR=2,4,0;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0413582,-0.00286624,-0.0142845;FXX=0;HRUN=3,3,1;LEN=1,1,2;MLLD=131.805,12.8413,22.5174;QD=8.48421;RBI=0.0754958,0.0595961,0.0371203;REFB=-0.0163463,-0.113261,-0.0662036;REVB=-0.0631594,-0.0595271,-0.0342618;RO=12;SAF=0,6,3;SAR=2,4,0;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.286966,0;SSSB=-0.671794,-0.151473,0.569201;STB=0.997225,0.643818,0.5;STBP=0.023,0.342,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0639708,0.132816,0;OID=.,.,.;OPOS=308526,308526,308525;OREF=G,G,AG;OALT=C,-,CA;OMAPALT=AC,A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:28:28:12:16:2,10,3:2,10,0:0.0714286,0.357143,0:2,4,0:0,6,3:9:3:2,4,0:0,6,0:13:3 chr20 368789 . CT TC 49.57 PASS AF=0.175439;AO=9;DP=63;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0444043;FXX=0.109358;HRUN=6;LEN=2;MLLD=63.4397;QD=3.47843;RBI=0.0598141;REFB=-0.0185945;REVB=-0.0400748;RO=26;SAF=8;SAR=1;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.6721;STB=0.874667;STBP=0.016;TYPE=mnp;VARB=0.187336;OID=.;OPOS=368789;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:63:57:26:47:9:10:0.175439:1:8:7:19:1:9:23:24 chr20 368905 . A G 112.13 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0737514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.928;QD=8.46227;RBI=0.0756814;REFB=-0.00427273;REVB=-0.0169826;RO=38;SAF=5;SAR=10;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142056;STB=0.586548;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0209173;OID=.;OPOS=368905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:10:5:17:21:10:5:17:21 chr20 371972 . T C 698.64 PASS AF=0.469799;AO=69;DP=148;FAO=70;FDP=149;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=-0.0341586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9261;QD=18.7554;RBI=0.0663281;REFB=-0.00193398;REVB=-0.056856;RO=79;SAF=35;SAR=34;SRF=49;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109142;STB=0.56374;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00179452;OID=.;OPOS=371972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:79:79:69:70:0.469799:34:35:49:30:35:35:49:30 chr20 372013 . A AC 30.67 PASS AF=0.105882;AO=27;DP=171;FAO=18;FDP=170;FR=.;FRO=152;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=80;FSRR=72;FWDB=-0.0517726;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=15.7976;QD=0.721569;RBI=0.15225;REFB=-0.0416196;REVB=-0.143177;RO=137;SAF=14;SAR=13;SRF=77;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559975;STB=0.738611;STBP=0.044;TYPE=ins;VARB=0.209126;OID=.;OPOS=372014;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.105882:27:171:18:170:152:14:4:80:72:30:137:14:13:77:60 chr20 372217 . G A 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=-0.0116153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.627;QD=17.8268;RBI=0.0119604;REFB=-0.0174243;REVB=0.00285215;RO=11;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320624;STB=0.677208;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.012124;OID=.;OPOS=372217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:10:2:0:11:10:2:0:11 chr20 377234 . G A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00783471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.183;QD=11.6341;RBI=0.0219685;REFB=-0.00321965;REVB=0.020524;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965511;STB=0.557266;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00761071;OID=.;OPOS=377234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:11:5:4:6:11:5 chr20 397928 . C T 1803.86 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00558996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5829;QD=61.1478;RBI=0.0181101;REFB=0;REVB=0.0172258;RO=0;SAF=48;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60527e-05;OID=.;OPOS=397928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:69:48:0:0:70:48:0:0 chr20 418199 . T A 338.88 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0129215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.816;QD=15.2306;RBI=0.0135464;REFB=-0.0284839;REVB=-0.00406683;RO=51;SAF=19;SAR=18;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00380739;STB=0.503342;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0338543;OID=.;OPOS=418199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:52:37:37:0.41573:18:19:26:25:18:19:27:25 chr20 428553 . T C 351.87 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0289781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9276;QD=15.6384;RBI=0.0525246;REFB=0.000488607;REVB=0.0438076;RO=52;SAF=26;SAR=12;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179954;STB=0.601947;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=9.87328e-05;OID=.;OPOS=428553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:12:26:27:25:12:26:27:25 chr20 480554 . G A 271.12 PASS AF=0.263889;AO=38;DP=144;FAO=38;FDP=144;FR=.;FRO=106;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=-0.00946089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.154;QD=7.53105;RBI=0.04275;REFB=-0.00280242;REVB=-0.04169;RO=104;SAF=21;SAR=17;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111739;STB=0.566292;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00645733;OID=.;OPOS=480554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:104:106:38:38:0.263889:17:21:48:56:17:21:49:57 chr20 628890 . T C 311.54 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0633662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0426;QD=19.1719;RBI=0.0642437;REFB=0.0364029;REVB=-0.0105821;RO=31;SAF=19;SAR=14;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163602;STB=0.583205;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0356037;OID=.;OPOS=628890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:32:33:33:0.507692:14:19:12:19:14:19:13:19 chr20 642650 . G C 55.38 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0549632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3195;QD=10.0687;RBI=0.0709742;REFB=0.0214254;REVB=0.0449042;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409692;STB=0.749375;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.0367036;OID=.;OPOS=642650;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:2:6:5:9:2:6:5:9 chr20 744415 . G A 161.15 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00687255;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2635;QD=17.9052;RBI=0.00916452;REFB=-0.0221838;REVB=-0.0060627;RO=19;SAF=14;SAR=3;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518067;STB=0.529693;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0402485;OID=.;OPOS=744415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:19:19:17:17:0.472222:3:14:15:4:3:14:15:4 chr20 744570 . G A 1008.03 PASS AF=0.507538;AO=99;DP=200;FAO=101;FDP=199;FR=.;FRO=98;FSAF=62;FSAR=39;FSRF=78;FSRR=20;FWDB=-0.0153992;FXX=0.00994975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.425;QD=20.2619;RBI=0.0159396;REFB=-0.0287611;REVB=0.00411527;RO=95;SAF=61;SAR=38;SRF=78;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205076;STB=0.598798;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0263358;OID=.;OPOS=744570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:95:98:99:101:0.507538:38:61:78:17:39:62:78:20 chr20 745963 . G A 260.4 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0241112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.692;QD=24.7996;RBI=0.0241115;REFB=-0.0489;REVB=0.000106857;RO=16;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474226;STB=0.531224;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0192679;OID=.;OPOS=745963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:16:18:24:24:0.571429:15:9:7:9:15:9:8:10 chr20 825678 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00396845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.947;QD=59.4342;RBI=0.0149127;REFB=0;REVB=-0.014375;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.61579e-05;OID=.;OPOS=825678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr20 826492 . G C 422.93 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00437081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.101;QD=18.3883;RBI=0.0307359;REFB=-0.00477342;REVB=0.0304235;RO=49;SAF=24;SAR=19;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849022;STB=0.547368;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00733592;OID=.;OPOS=826492;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:19:24:23:26:19:24:23:26 chr20 826513 . C G 272.5 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0113408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4767;QD=14.9314;RBI=0.0210968;REFB=0.0107632;REVB=-0.0177893;RO=42;SAF=12;SAR=19;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187717;STB=0.606314;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00937718;OID=.;OPOS=826513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:19:12:24:18:19:12:24:18 chr20 826710 . C T 153.14 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0891992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8611;QD=13.9221;RBI=0.101655;REFB=-0.0176305;REVB=0.048756;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252606;STB=0.646886;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0343782;OID=.;OPOS=826710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:11:6:16:11:11:6:16:11 chr20 853433 . GTTG GT,GTG,GTGG 654.24 PASS AF=0,0.529412,0.470588;AO=7,21,21;DP=52;FAO=0,27,24;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18,19;FSAR=0,9,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278164,-0.0578801,-0.0875252;FXX=0.0192271;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=10.8794,22.3934,22.5049;QD=51.3133;RBI=0.423174,0.074988,0.383614;REFB=0,0,0;REVB=-0.422259,-0.0476769,0.373495;RO=0;SAF=0,17,19;SAR=7,4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-4.45803e-08,-3.98875e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.006181,0.0242035;OID=.,.,.;OPOS=853435,853434,853435;OREF=TG,T,T;OALT=-,-,G;OMAPALT=GT,GTG,GTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.529412,0.470588:7,21,21:52:0,27,24:51:0:0,18,19:0,9,5:0:0:99:0:0,17,19:7,4,2:0:0 chr20 853502 . G A 409.81 PASS AF=0.387097;AO=47;DP=123;FAO=48;FDP=124;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.0328073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7257;QD=13.2196;RBI=0.0619317;REFB=-0.000784382;REVB=0.0525283;RO=76;SAF=19;SAR=28;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105496;STB=0.551609;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00237363;OID=.;OPOS=853502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:76:76:47:48:0.387097:28:19:38:38:28:20:38:38 chr20 854940 . T C 545.17 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0465045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.518;QD=57.3859;RBI=0.0534459;REFB=0.0147905;REVB=0.02634;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208135;STB=0.511105;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00744639;OID=.;OPOS=854940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:15:22:1:0:15:22:1:0 chr20 860426 . G A 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0147089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.35;QD=13.7477;RBI=0.0162537;REFB=0.00730104;REVB=-0.00691594;RO=32;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129425;STB=0.574008;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.0082759;OID=.;OPOS=860426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:11:11:20:12:11:11:20:12 chr20 939126 . GTTTT GTTTA,GTTT,GTTTTA 190.21 PASS AF=0.104478,0.358209,0;AO=11,14,14;DP=69;FAO=7,24,0;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=4,15,0;FSAR=3,9,0;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.227826,-0.0430733,-0.407832;FXX=0.0289813;HRUN=4,4,8;LEN=1,1,1;MLLD=17.1041,15.8332,6.14602;QD=11.3558;RBI=0.230096,0.0727897,0.430163;REFB=-0.0211729,0.0550556,-0.102724;REVB=-0.0322442,0.0586774,-0.136796;RO=19;SAF=7,8,9;SAR=4,6,5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.22826,0.148346,0.221272;STB=0.513475,0.543441,0.5;STBP=0.95,0.622,1;TYPE=snp,del,ins;VARB=-0.0368259,-0.0758724,8.85826e-05;OID=.,.,.;OPOS=939130,939127,939131;OREF=T,T,-;OALT=A,-,A;OMAPALT=GTTTA,GTTT,GTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.104478,0.358209,0:11,14,14:69:7,24,0:67:36:4,15,0:3,9,0:20:16:99:19:7,8,9:4,6,5:8:11 chr20 939161 . A G 197.75 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0532049;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0429;QD=12.9674;RBI=0.0545414;REFB=-0.00233964;REVB=0.0120001;RO=37;SAF=15;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924018;STB=0.553146;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00510016;OID=.;OPOS=939161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:9:15:20:17:9:15:20:17 chr20 948686 . G A 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0391213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.228;QD=17.0891;RBI=0.0395896;REFB=-0.0224508;REVB=0.00607121;RO=28;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147504;STB=0.508314;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0243636;OID=.;OPOS=948686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:12:13:15:13:12:13:15:13 chr20 1099523 . T G 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.48;QD=59.6786;RBI=0.0295232;REFB=0;REVB=0.0201963;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08056e-05;OID=.;OPOS=1099523;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr20 1210647 . T C 242.88 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.00660259;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.81;QD=15.4206;RBI=0.017965;REFB=-0.00641899;REVB=0.0167077;RO=34;SAF=9;SAR=19;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366078;STB=0.712092;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00693863;OID=.;OPOS=1210647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:19:9:24:10:19:9:25:10 chr20 1214814 . A C 183.95 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0845625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8776;QD=12.062;RBI=0.0849996;REFB=-0.0171007;REVB=0.00860848;RO=36;SAF=16;SAR=7;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356217;STB=0.527159;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0438068;OID=.;OPOS=1214814;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:38:23:23:0.377049:7:16:24:12:7:16:25:13 chr20 1220996 . A G 215.08 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=0.00304948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.519;QD=10.7541;RBI=0.0131985;REFB=-0.0191059;REVB=0.0128414;RO=51;SAF=10;SAR=17;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345032;STB=0.707563;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0378134;OID=.;OPOS=1220996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:51:53:27:27:0.3375:17:10:35:16:17:10:37:16 chr20 1221038 . T C 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0184044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.322;QD=23.598;RBI=0.0199044;REFB=-0.0231895;REVB=0.00758039;RO=21;SAF=16;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214426;STB=0.619622;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0170825;OID=.;OPOS=1221038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:9:16:8:13:9:16:8:13 chr20 1291076 . G C 753.89 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.06;QD=56.897;RBI=0.0778384;REFB=0;REVB=0.0114483;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138438;OID=.;OPOS=1291076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr20 1293008 . C T 1434.05 PASS AF=0.961538;AO=99;DP=103;FAO=100;FDP=104;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=72;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0122335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.319;QD=55.156;RBI=0.0214251;REFB=-0.120415;REVB=0.0175891;RO=0;SAF=27;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521979;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=8.87786e-05;OID=.;OPOS=1293008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:103:104:0:4:99:100:0.961538:72:27:0:0:72:28:3:1 chr20 1298794 . G A 979.94 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012685;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.095;QD=59.3901;RBI=0.0143348;REFB=0;REVB=-0.0066766;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.45442e-05;OID=.;OPOS=1298794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr20 1424303 . G A 731.46 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00782644;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.408;QD=63.6054;RBI=0.0095117;REFB=0;REVB=0.00540549;RO=0;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131897;OID=.;OPOS=1424303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:14:32:0:0:14:32:0:0 chr20 1426393 . C T 3541.51 PASS AF=1;AO=225;DP=227;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0517695;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.402;QD=62.9601;RBI=0.0517768;REFB=0;REVB=0.000866945;RO=0;SAF=111;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.7942e-05;OID=.;OPOS=1426393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:227:225:0:0:225:225:1:114:111:0:0:114:111:0:0 chr20 1433781 . T C 203.42 PASS AF=0.278351;AO=27;DP=97;FAO=27;FDP=97;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.020864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.916;QD=8.38845;RBI=0.0219154;REFB=-0.0189681;REVB=-0.00670665;RO=69;SAF=7;SAR=20;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201154;STB=0.627624;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0323972;OID=.;OPOS=1433781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:69:70:27:27:0.278351:20:7:28:41:20:7:29:41 chr20 1454493 . C T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0517608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0062;QD=22.341;RBI=0.0561024;REFB=-0.00388233;REVB=-0.0216404;RO=14;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245556;STB=0.638141;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00201101;OID=.;OPOS=1454493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:12:6:9:5:12:6:9:5 chr20 1457910 . C A 2051.63 PASS AF=0.978417;AO=130;DP=135;FAO=136;FDP=139;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0361098;FXX=0.00714235;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.199;QD=59.0398;RBI=0.0367018;REFB=-0.208877;REVB=-0.006565;RO=3;SAF=62;SAR=68;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00616813;STB=0.503597;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00158358;OID=.;OPOS=1457910;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:135:139:3:3:130:136:0.978417:68:62:1:2:68:68:1:2 chr20 1459060 . T G 1415.33 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3311;QD=62.9035;RBI=0.040206;REFB=0;REVB=0.0387457;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76602e-05;OID=.;OPOS=1459060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:43:47:0:0:43:47:0:0 chr20 1532595 . T C 1861.92 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00644139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.933;QD=60.5502;RBI=0.0127408;REFB=0.029481;REVB=0.0109925;RO=1;SAF=52;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904818;STB=0.504761;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=4.22842e-06;OID=.;OPOS=1532595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:70:52:1:0:70:52:1:0 chr20 1546911 . C G 356.38 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.738;QD=52.7974;RBI=0.128509;REFB=0;REVB=0.128471;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00369076;OID=.;OPOS=1546911;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:10:15:0:0:12:15:0:0 chr20 1551485 . C T 689.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0031915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.219;QD=62.6646;RBI=0.0410142;REFB=0;REVB=-0.0408899;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000641155;OID=.;OPOS=1551485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr20 1552430 . T C 4939.57 PASS AF=1;AO=312;DP=314;FAO=316;FDP=316;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00996947;FXX=0.00628911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.704;QD=62.5262;RBI=0.0245193;REFB=-0.123748;REVB=0.0224011;RO=0;SAF=150;SAR=162;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117127;OID=.;OPOS=1552430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:314:316:0:0:312:316:1:162:150:0:0:164:152:0:0 chr20 1559101 . T G 6144.36 PASS AF=1;AO=387;DP=388;FAO=387;FDP=387;FR=.;FRO=0;FSAF=197;FSAR=190;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00868039;FXX=0.00257725;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.576;QD=63.5076;RBI=0.0208009;REFB=0.0332209;REVB=0.0189031;RO=1;SAF=197;SAR=190;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00241635;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147769;OID=.;OPOS=1559101;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:388:387:1:0:387:387:1:190:197:1:0:190:197:0:0 chr20 1592139 . G T 61.27 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.2;QD=35.0124;RBI=0.194404;REFB=0;REVB=0.131859;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00444737;OID=.;OPOS=1592139;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr20 1592141 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=338.812;QD=35.5759;RBI=0.011236;REFB=0;REVB=0.0109097;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.83495e-05;OID=.;OPOS=1592141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr20 1592152 . AGG GAC 222.84 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00222856;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=131.238;QD=49.5189;RBI=0.0523148;REFB=0;REVB=0.0522673;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000547592;OID=.;OPOS=1592152;OREF=AGG;OALT=GAC;OMAPALT=GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:4:13:0:0:5:13:0:0 chr20 1592175 . T G 355.6 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.833;QD=54.7074;RBI=0.0259159;REFB=0;REVB=0.0236755;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9915e-05;OID=.;OPOS=1592175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:6:18:0:0:8:18:0:0 chr20 1592193 . C T 428.98 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.127;QD=57.1966;RBI=0.038454;REFB=0;REVB=0.0380774;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59123e-05;OID=.;OPOS=1592193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:11:18:0:0:12:18:0:0 chr20 1592215 . C G 472.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00428276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.7156;QD=55.6442;RBI=0.115468;REFB=0;REVB=0.115388;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00621561;OID=.;OPOS=1592215;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:13:18:0:0:15:19:0:0 chr20 1592265 . A G 499.57 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.031133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9253;QD=54.0078;RBI=0.0646463;REFB=-0.0120311;REVB=-0.0566559;RO=2;SAF=18;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00144371;STB=0.500772;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00714577;OID=.;OPOS=1592265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:17:18:1:1:17:18:1:1 chr20 1592284 . G A 538.31 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.090008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6606;QD=59.812;RBI=0.0907222;REFB=0;REVB=0.0113612;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114368;OID=.;OPOS=1592284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr20 1592312 . T C 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.724;QD=55.6496;RBI=0.0288242;REFB=0;REVB=0.00943563;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190104;OID=.;OPOS=1592312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr20 1592343 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8072;QD=33.4275;RBI=0.0632163;REFB=0;REVB=-0.0354744;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00846973;OID=.;OPOS=1592343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr20 1610939 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.121;QD=56.7066;RBI=0.0141474;REFB=0;REVB=-0.0123506;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54117e-05;OID=.;OPOS=1610939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:7:22:0:0:7:22:0:0 chr20 1615959 . T C 1695.27 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.895;QD=60.5452;RBI=0.0343465;REFB=0;REVB=0.0127321;RO=0;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83914e-05;OID=.;OPOS=1615959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:50:62:0:0:50:62:0:0 chr20 1616137 . G A 580.16 PASS AF=0.418919;AO=62;DP=148;FAO=62;FDP=148;FR=.;FRO=86;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=0.00224977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1066;QD=15.6801;RBI=0.0200779;REFB=-0.00583108;REVB=-0.0199514;RO=85;SAF=27;SAR=35;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121086;STB=0.571126;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00862652;OID=.;OPOS=1616137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:85:86:62:62:0.418919:35:27:47:38:35:27:48:38 chr20 1616206 . A C,G 1622.7 PASS AF=0.036036,0.963964;AO=4,104;DP=109;FAO=4,107;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=4,52;FSAR=0,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00639693,-0.0127399;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.557,143.17;QD=58.4755;RBI=0.0167079,0.0142737;REFB=0,0;REVB=0.0154348,0.0064369;RO=0;SAF=4,52;SAR=0,52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0412505,-0.00136979;OID=.,.;OPOS=1616206,1616206;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:109:111:0:0:4,104:4,107:0.036036,0.963964:0,52:4,52:0:0:0,55:4,52:0:0 chr20 1616892 . A G 1201.42 PASS AF=0.485714;AO=118;DP=248;FAO=119;FDP=245;FR=.;FRO=126;FSAF=74;FSAR=45;FSRF=80;FSRR=46;FWDB=-0.000878942;FXX=0.0120963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.052;QD=19.615;RBI=0.00849082;REFB=-0.0131943;REVB=-0.0084452;RO=124;SAF=74;SAR=44;SRF=80;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180675;STB=0.507171;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0129479;OID=.;OPOS=1616892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:245:124:126:118:119:0.485714:44:74:80:44:45:74:80:46 chr20 1617069 . A G 1301.38 PASS AF=0.597938;AO=115;DP=193;FAO=116;FDP=194;FR=.;FRO=78;FSAF=69;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.0127384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2986;QD=26.8325;RBI=0.0176789;REFB=-0.00681214;REVB=-0.0122588;RO=77;SAF=68;SAR=47;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641147;STB=0.538958;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00407494;OID=.;OPOS=1617069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:77:78:115:116:0.597938:47:68:39:38:47:69:39:39 chr20 1629906 . C T 1055.06 PASS AF=0.435606;AO=115;DP=264;FAO=115;FDP=264;FR=.;FRO=149;FSAF=51;FSAR=64;FSRF=72;FSRR=77;FWDB=0.0072438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.058;QD=15.9858;RBI=0.00725937;REFB=-0.00722985;REVB=-0.000475147;RO=147;SAF=51;SAR=64;SRF=71;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402222;STB=0.522601;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0095113;OID=.;OPOS=1629906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:147:149:115:115:0.435606:64:51:71:76:64:51:72:77 chr20 1895889 . G C 207.09 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5661;QD=48.7273;RBI=0.0406565;REFB=0;REVB=-0.0367292;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00188397;OID=.;OPOS=1895889;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr20 1895950 . CCT GTC 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171815;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=179.795;QD=52.6132;RBI=0.0211201;REFB=0;REVB=0.0122824;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000165196;OID=.;OPOS=1895950;OREF=CCT;OALT=GTC;OMAPALT=GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr20 1895963 . A G 508.21 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000774313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.348;QD=56.4682;RBI=0.00284052;REFB=-0.0535455;REVB=-0.00273295;RO=1;SAF=23;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199081;STB=0.510632;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000128447;OID=.;OPOS=1895963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:12:23:1:0:12:23:1:0 chr20 1895965 . C A 535.75 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.77;QD=57.9189;RBI=0.172088;REFB=0;REVB=0.122853;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00800103;OID=.;OPOS=1895965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:12:23:0:0:12:25:0:0 chr20 1895984 . C A 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.219;QD=63.8694;RBI=0.0597972;REFB=0;REVB=0.0528023;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330571;OID=.;OPOS=1895984;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr20 1895990 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.802;QD=64.4154;RBI=0.0139582;REFB=0;REVB=-0.00607792;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19803e-05;OID=.;OPOS=1895990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:18:32:0:0:18:32:0:0 chr20 1896051 . CCGA C,CTGA 761.7 PASS AF=1,0;AO=45,2;DP=47;FAO=48,0;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00858358,-0.0393929;FXX=0.039992;HRUN=4,4;LEN=3,1;MLLD=264.542,49.9228;QD=63.4752;RBI=0.015553,0.0394141;REFB=0,0;REVB=0.0129698,0.00129102;RO=0;SAF=29,1;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.576471,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.49331e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00030703,0;OID=.,.;OPOS=1896052,1896052;OREF=CGA,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,CTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:45,2:47:48,0:48:0:31,0:17,0:0:0:4:0:29,1:16,1:0:0 chr20 1896059 . GT AC 789.23 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137428;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=2;MLLD=234.111;QD=64.4267;RBI=0.0275129;REFB=0;REVB=0.0238347;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.07185e-05;OID=.;OPOS=1896059;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:17:32:0:0:17:32:0:0 chr20 1896100 . C T 733.92 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.964;QD=56.455;RBI=0.0778004;REFB=0;REVB=0.0625693;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151019;OID=.;OPOS=1896100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:20:31:0:0:21:31:0:0 chr20 1902300 . C T 409.45 PASS AF=0.278302;AO=58;DP=211;FAO=59;FDP=212;FR=.;FRO=153;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=79;FSRR=74;FWDB=-0.00106016;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.214;QD=7.7254;RBI=0.00106556;REFB=-0.00499385;REVB=0.000107146;RO=152;SAF=35;SAR=23;SRF=79;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104498;STB=0.568984;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0118985;OID=.;OPOS=1902300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:212:152:153:58:59:0.278302:23:35:79:73:23:36:79:74 chr20 1903108 . G A 590.93 PASS AF=0.342466;AO=74;DP=218;FAO=75;FDP=219;FR=.;FRO=144;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=45;FSRR=99;FWDB=0.00628441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.036;QD=10.7932;RBI=0.00638169;REFB=-0.00659496;REVB=-0.00111;RO=140;SAF=27;SAR=47;SRF=44;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639121;STB=0.534536;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0117217;OID=.;OPOS=1903108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:140:144:74:75:0.342466:47:27:44:96:48:27:45:99 chr20 1959939 . G A 716.1 PASS AF=0.547619;AO=69;DP=126;FAO=69;FDP=126;FR=.;FRO=57;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0266601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.268;QD=22.7333;RBI=0.0277037;REFB=-0.0036949;REVB=0.00753212;RO=57;SAF=45;SAR=24;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124901;STB=0.568493;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00445086;OID=.;OPOS=1959939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:57:57:69:69:0.547619:24:45:29:28:24:45:29:28 chr20 2082732 . C G 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0237664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9854;QD=17.6459;RBI=0.0364008;REFB=-0.0146663;REVB=0.0275713;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381184;STB=0.719537;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.01036;OID=.;OPOS=2082732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:6:1:6:3:6:1 chr20 2127684 . C T 1052.94 PASS AF=0.504717;AO=107;DP=212;FAO=107;FDP=212;FR=.;FRO=105;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=59;FSRR=46;FWDB=-0.0260794;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3453;QD=19.8668;RBI=0.026147;REFB=-0.0109532;REVB=0.00187857;RO=104;SAF=60;SAR=47;SRF=57;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115344;STB=0.500582;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0120225;OID=.;OPOS=2127684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:104:105:107:107:0.504717:47:60:57:47:47:60:59:46 chr20 2127930 . C T 320.76 PASS AF=0.387097;AO=35;DP=91;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.0594262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9784;QD=13.796;RBI=0.0896566;REFB=-0.0187576;REVB=0.067133;RO=56;SAF=16;SAR=19;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902356;STB=0.564238;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0293089;OID=.;OPOS=2127930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:56:57:35:36:0.387097:19:16:21:35:19:17:21:36 chr20 2290333 . C A 562.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.193;QD=59.2083;RBI=0.0784501;REFB=0;REVB=0.0396401;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182642;OID=.;OPOS=2290333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:19:17:0:0:20:18:0:0 chr20 2308848 . C T 162.59 PASS AF=0.270588;AO=22;DP=85;FAO=23;FDP=85;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0351205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.685;QD=7.65142;RBI=0.0353744;REFB=-0.0070188;REVB=-0.00423006;RO=62;SAF=13;SAR=9;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207199;STB=0.636247;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0308349;OID=.;OPOS=2308848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:62:62:22:23:0.270588:9:13:26:36:9:14:26:36 chr20 2321105 . G C 464.23 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.00914146;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.246;QD=16.4328;RBI=0.0195567;REFB=0.00328213;REVB=-0.0172886;RO=62;SAF=23;SAR=28;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154053;STB=0.508596;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00400453;OID=.;OPOS=2321105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:62:62:51:51:0.451327:28:23:27:35:28:23:27:35 chr20 2375262 . A G 480.69 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00632972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.956;QD=20.2396;RBI=0.0239123;REFB=-0.00645108;REVB=-0.0230594;RO=48;SAF=32;SAR=15;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175572;STB=0.597658;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00693406;OID=.;OPOS=2375262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:48:47:47:0.494737:15:32:24:24:15:32:24:24 chr20 2442434 . G T 105.73 PASS AF=0.21519;AO=17;DP=79;FAO=17;FDP=79;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.00705553;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.911;QD=5.35316;RBI=0.0324047;REFB=-0.00827672;REVB=-0.0316273;RO=62;SAF=13;SAR=4;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443797;STB=0.777782;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0263031;OID=.;OPOS=2442434;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:62:62:17:17:0.21519:4:13:25:37:4:13:25:37 chr20 2539387 . G A 168.65 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=55;FAO=21;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=31;FWDB=0.00196242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2732;QD=11.8351;RBI=0.0936088;REFB=-0.0573411;REVB=0.0935882;RO=34;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405948;STB=0.625749;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0997702;OID=.;OPOS=2539387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:34:36:13:21:0.368421:7:6:5:29:15:6:5:31 chr20 2591232 . C T 241.19 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0139365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.663;QD=14.6176;RBI=0.0211971;REFB=-0.0233226;REVB=0.0159716;RO=38;SAF=18;SAR=10;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688333;STB=0.539142;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0228522;OID=.;OPOS=2591232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:10:18:22:16:10:18:22:16 chr20 2593863 . T C 629.53 PASS AF=0.445205;AO=65;DP=147;FAO=65;FDP=146;FR=.;FRO=81;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=56;FSRR=25;FWDB=0.00770762;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.93;QD=17.2474;RBI=0.0123383;REFB=-0.00334808;REVB=0.00963461;RO=82;SAF=46;SAR=19;SRF=57;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150787;STB=0.51085;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00326309;OID=.;OPOS=2593863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:82:81:65:65:0.445205:19:46:57:25:19:46:56:25 chr20 2618140 . T C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00218079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.333;QD=58.4187;RBI=0.0109866;REFB=0;REVB=0.010768;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15783e-05;OID=.;OPOS=2618140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr20 2621998 . T C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.060315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.267;QD=17.8403;RBI=0.0627493;REFB=-0.00204331;REVB=0.0173083;RO=14;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866803;STB=0.549925;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00274263;OID=.;OPOS=2621998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:11:3:4:10:11:3:4:10 chr20 2633936 . T C 1227.18 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.825;QD=61.3589;RBI=0.0788796;REFB=0;REVB=-0.0739073;RO=0;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.7615e-05;OID=.;OPOS=2633936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:31:49:0:0:31:49:0:0 chr20 2637071 . T C 217.03 PASS AF=0.525;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00631491;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.429;QD=21.7031;RBI=0.0149299;REFB=0.00300911;REVB=-0.0135286;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624822;STB=0.521718;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00169193;OID=.;OPOS=2637071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:20:19:21:21:0.525:12:9:10:10:12:9:9:10 chr20 2640677 . G A 95.43 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0274199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.335;QD=11.2267;RBI=0.0559429;REFB=-0.0156328;REVB=-0.0487623;RO=21;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478794;STB=0.791214;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0133586;OID=.;OPOS=2640677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:34:21:22:12:12:0.352941:3:9:6:15:3:9:6:16 chr20 2644407 . C G 846.51 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.036;QD=57.3904;RBI=0.0295783;REFB=0;REVB=-0.0134271;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24883e-05;OID=.;OPOS=2644407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:23:35:0:0:24:35:0:0 chr20 2739583 . T C 260.87 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0210612;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6612;QD=18.9723;RBI=0.0534698;REFB=0.0305164;REVB=-0.0491472;RO=28;SAF=19;SAR=9;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514276;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.0293956;OID=.;OPOS=2739583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:28:27:28:28:0.509091:9:19:19:9:9:19:19:8 chr20 2816821 . C T 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0736176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3207;QD=20.8963;RBI=0.0877352;REFB=-0.042893;REVB=-0.0477276;RO=4;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171168;STB=0.599732;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0516129;OID=.;OPOS=2816821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:2:6:2:2:2:6:2:2 chr20 2820537 . C T 154.75 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0142283;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.11;QD=13.4568;RBI=0.0142546;REFB=-0.00677988;REVB=-0.00086629;RO=31;SAF=4;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200233;STB=0.586987;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0111098;OID=.;OPOS=2820537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:31:29:17:17:0.369565:13:4:12:19:13:4:10:19 chr20 2840773 . C T 261.74 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0020336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.339;QD=17.1633;RBI=0.0122028;REFB=-0.00751325;REVB=-0.0120322;RO=32;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398906;STB=0.522373;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00899334;OID=.;OPOS=2840773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:13:16:19:13:13:16:19:13 chr20 2840923 . T C 234.69 PASS AF=0.255474;AO=33;DP=136;FAO=35;FDP=137;FR=.;FRO=102;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=57;FSRR=45;FWDB=-0.0272772;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.695;QD=6.85228;RBI=0.0455373;REFB=-0.0178528;REVB=-0.0364636;RO=101;SAF=18;SAR=15;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113307;STB=0.533231;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0495541;OID=.;OPOS=2840923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:101:102:33:35:0.255474:15:18:56:45:17:18:57:45 chr20 2967430 . G A 489.79 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0162243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.941;QD=19.5916;RBI=0.0163977;REFB=-0.0225071;REVB=-0.00237828;RO=52;SAF=19;SAR=29;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994196;STB=0.555296;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0273562;OID=.;OPOS=2967430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:29:19:26:26:29:19:26:26 chr20 2996497 . C T 955.1 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.715;QD=58.775;RBI=0.0233894;REFB=0;REVB=0.0152597;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61703e-05;OID=.;OPOS=2996497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:25:39:0:0:26:39:0:0 chr20 3025107 . C T 214.99 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0246981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.322;QD=15.0872;RBI=0.0613588;REFB=-0.0431866;REVB=-0.0561685;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122833;STB=0.533871;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0988857;OID=.;OPOS=3025107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:57:28:32:25:25:0.438596:14:11:16:12:14:11:16:16 chr20 3026345 . A AGCCCC 126.22 PASS AF=0.326531;AO=13;DP=55;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.07757;FXX=0.0925755;HRUN=1;LEN=5;MLLD=119.826;QD=10.3034;RBI=0.0816302;REFB=-0.0273822;REVB=-0.0254243;RO=33;SAF=0;SAR=13;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.787241;STB=0.878522;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.0395338;OID=.;OPOS=3026346;OREF=-;OALT=GCCCC;OMAPALT=AGCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326531:13:55:16:49:33:1:15:15:18:99:33:0:13:18:15 chr20 3074835 . C T 531.42 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0679665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5936;QD=18.3247;RBI=0.0691615;REFB=-0.00320607;REVB=0.0128015;RO=58;SAF=33;SAR=23;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833069;STB=0.546887;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00203522;OID=.;OPOS=3074835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:58:60:56:56:0.482759:23:33:29:29:23:33:30:30 chr20 3090848 . T G 285.56 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0357043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8284;QD=15.6472;RBI=0.0375241;REFB=-0.013523;REVB=-0.0115439;RO=40;SAF=20;SAR=12;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174675;STB=0.592276;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0127979;OID=.;OPOS=3090848;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:41:32:32:0.438356:12:20:18:22:12:20:19:22 chr20 3090942 . A G 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.010511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.243;QD=18.9387;RBI=0.0126173;REFB=-0.00742306;REVB=0.0069796;RO=29;SAF=13;SAR=17;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10449;STB=0.558285;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00658446;OID=.;OPOS=3090942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:17:13:16:13:17:13:16:13 chr20 3127458 . C T 177.12 PASS AF=0.289157;AO=24;DP=83;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.00395472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.465;QD=8.53572;RBI=0.0194113;REFB=-0.0020137;REVB=-0.0190042;RO=59;SAF=18;SAR=6;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379076;STB=0.726514;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00365637;OID=.;OPOS=3127458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:59:59:24:24:0.289157:6:18:26:33:6:18:26:33 chr20 3128578 . A C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0401794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2245;QD=11.1974;RBI=0.0498469;REFB=-0.00726432;REVB=-0.0295013;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198826;STB=0.617462;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0136572;OID=.;OPOS=3128578;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:6:6:15:7:6:6:15:7 chr20 3193893 . A C 310.42 PASS AF=0.372549;AO=37;DP=105;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0178643;FXX=0.0555504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.21;QD=12.1732;RBI=0.0255209;REFB=-0.0100214;REVB=0.0182259;RO=63;SAF=20;SAR=17;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343511;STB=0.52281;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0125509;OID=.;OPOS=3193893;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:102:63:64:37:38:0.372549:17:20:36:27:18:20:36:28 chr20 3193978 . G A 767.42 PASS AF=0.630631;AO=70;DP=109;FAO=70;FDP=111;FR=.;FRO=41;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0133253;FXX=0.0176975;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.8064;QD=27.6547;RBI=0.0787439;REFB=0.0169486;REVB=0.0776082;RO=39;SAF=34;SAR=36;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135584;STB=0.562547;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00873087;OID=.;OPOS=3193978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:39:41:70:70:0.630631:36:34:11:28:36:34:13:28 chr20 3204084 . G A 993.54 PASS AF=0.554913;AO=92;DP=169;FAO=96;FDP=173;FR=.;FRO=77;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=0.0227984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3214;QD=22.9719;RBI=0.0358575;REFB=-0.0267302;REVB=0.0276766;RO=76;SAF=51;SAR=41;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429375;STB=0.51584;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0277982;OID=.;OPOS=3204084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:173:76:77:92:96:0.554913:41:51:46:30:42:54:46:31 chr20 3214581 . C T 522.02 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0228888;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.411;QD=54.9492;RBI=0.041059;REFB=-0.012718;REVB=0.0340873;RO=2;SAF=20;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00553034;STB=0.502957;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000446451;OID=.;OPOS=3214581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:39:38:2:2:36:36:0.947368:16:20:1:1:16:20:1:1 chr20 3218634 . G C 959.42 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0548;QD=58.1464;RBI=0.0613822;REFB=0;REVB=-0.0425069;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000751038;OID=.;OPOS=3218634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:64:66:1:27:37:0:0:27:39:0:0 chr20 3232031 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00418066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.475;QD=62.6704;RBI=0.00672925;REFB=0;REVB=-0.00527303;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.41801e-06;OID=.;OPOS=3232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr20 3285140 . T C 688.84 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2359;QD=62.6215;RBI=0.0506123;REFB=0;REVB=0.0193212;RO=0;SAF=10;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179334;OID=.;OPOS=3285140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:34:10:0:0:34:10:0:0 chr20 3340782 . G A 30.48 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0645199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5773;QD=11.0845;RBI=0.072022;REFB=-0.0260896;REVB=0.0320054;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231195;STB=0.639509;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0742159;OID=.;OPOS=3340782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:5:1:2:3:5:1 chr20 3362033 . T C 276.55 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141104;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.132;QD=52.6753;RBI=0.0455678;REFB=0;REVB=0.043328;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356613;OID=.;OPOS=3362033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr20 3515924 . G A 736.69 PASS AF=0.397196;AO=85;DP=214;FAO=85;FDP=214;FR=.;FRO=129;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=67;FSRR=62;FWDB=-0.0128229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.459;QD=13.77;RBI=0.0198663;REFB=-0.00444655;REVB=0.0151737;RO=127;SAF=37;SAR=48;SRF=65;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820036;STB=0.55086;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00654285;OID=.;OPOS=3515924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:127:129:85:85:0.397196:48:37:65:62:48:37:67:62 chr20 3515951 . C T 794.09 PASS AF=0.396476;AO=90;DP=228;FAO=90;FDP=227;FR=.;FRO=137;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=70;FSRR=67;FWDB=-0.0109433;FXX=0.0130429;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.931;QD=13.9928;RBI=0.0158735;REFB=-0.00135905;REVB=0.0114984;RO=128;SAF=35;SAR=55;SRF=64;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118853;STB=0.574896;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.002215;OID=.;OPOS=3515951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:128:137:90:90:0.396476:55:35:64:64:55:35:70:67 chr20 3564672 . C T 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0240496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.937;QD=14.6858;RBI=0.0246184;REFB=-0.0192884;REVB=-0.00526137;RO=42;SAF=17;SAR=14;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483311;STB=0.533194;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0232895;OID=.;OPOS=3564672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:43:31:31:0.418919:14:17:25:17:14:17:26:17 chr20 3624848 . C T 650.24 PASS AF=0.5;AO=64;DP=131;FAO=66;FDP=132;FR=.;FRO=66;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00384547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.854;QD=19.7042;RBI=0.0239362;REFB=-0.0360304;REVB=-0.0236253;RO=66;SAF=37;SAR=27;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100304;STB=0.553382;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0268194;OID=.;OPOS=3624848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:66:66:64:66:0.5:27:37:31:35:28:38:31:35 chr20 3628918 . T C 358.52 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0258507;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.103;QD=19.3795;RBI=0.0260998;REFB=-0.0104569;REVB=0.00359728;RO=37;SAF=23;SAR=14;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256217;STB=0.514256;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0103203;OID=.;OPOS=3628918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:14:23:22:15:14:23:22:15 chr20 3630100 . A T 288.83 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00085411;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.866;QD=16.0462;RBI=0.0139011;REFB=0.00273226;REVB=0.0138748;RO=40;SAF=12;SAR=20;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12648;STB=0.571383;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00307848;OID=.;OPOS=3630100;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:40:40:32:32:0.444444:20:12:20:20:20:12:20:20 chr20 3640823 . C T 119.59 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0163239;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.777;QD=12.9283;RBI=0.0205676;REFB=-0.0048266;REVB=0.0125123;RO=22;SAF=10;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942026;STB=0.545388;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.01312;OID=.;OPOS=3640823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:22:23:14:14:0.378378:4:10:14:8:4:10:15:8 chr20 3649632 . ATCTGGACT A 164.9 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00568586;FXX=0;HRUN=1;LEN=8;MLLD=298.402;QD=13.4609;RBI=0.0110984;REFB=-0.00468913;REVB=0.00953127;RO=28;SAF=16;SAR=2;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398464;STB=0.742526;STBP=0.036;TYPE=del;VARB=0.00764768;OID=.;OPOS=3649633;OREF=TCTGGACT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.367347:18:49:18:49:31:16:2:20:11:99:28:16:2:18:10 chr20 3651742 . C G 405.69 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=-0.00916764;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.012;QD=17.2633;RBI=0.0187054;REFB=-0.0163082;REVB=-0.0163047;RO=52;SAF=22;SAR=20;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188649;STB=0.605081;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0161354;OID=.;OPOS=3651742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:20:22:37:15:20:22:37:15 chr20 3655219 . T C 164.72 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0237763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.165;QD=14.0186;RBI=0.0331891;REFB=-0.0146303;REVB=-0.023156;RO=28;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118818;STB=0.553785;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0292796;OID=.;OPOS=3655219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:28:29:17:18:0.382979:5:12:17:11:6:12:17:12 chr20 3672836 . G A 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0111528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8603;QD=17.6173;RBI=0.0166409;REFB=-0.00215259;REVB=-0.0123504;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237604;STB=0.634035;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0016224;OID=.;OPOS=3672836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:15:9:17:10:15:9:17:10 chr20 3675333 . G A 336.61 PASS AF=0.5;AO=35;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0280875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.948;QD=18.7005;RBI=0.0345261;REFB=-0.0160955;REVB=0.0200786;RO=35;SAF=15;SAR=20;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51421;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0124329;OID=.;OPOS=3675333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:36:35:36:0.5:20:15:15:20:21:15:16:20 chr20 3675498 . T G 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.00232187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.137;QD=21.7444;RBI=0.00891205;REFB=-0.0178093;REVB=-0.00860428;RO=9;SAF=14;SAR=1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105601;STB=0.538406;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.010614;OID=.;OPOS=3675498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:9:11:15:15:0.576923:1:14:8:1:1:14:10:1 chr20 3677357 . T C 1098.77 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8817;QD=60.2064;RBI=0.0754271;REFB=0;REVB=-0.0412472;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194884;OID=.;OPOS=3677357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:43:29:0:0:43:30:0:0 chr20 3677736 . T G 163.32 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-6.6674e-05;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.084;QD=12.0975;RBI=0.0279859;REFB=-0.0212291;REVB=-0.0279858;RO=34;SAF=14;SAR=6;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258803;STB=0.651007;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0304131;OID=.;OPOS=3677736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:6:14:16:18:6:14:16:18 chr20 3682011 . G A 348.64 PASS AF=0.381818;AO=42;DP=110;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.00126317;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.644;QD=12.6777;RBI=0.018781;REFB=0.000660235;REVB=0.0187385;RO=68;SAF=21;SAR=21;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11202;STB=0.563607;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.000995987;OID=.;OPOS=3682011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:68:68:42:42:0.381818:21:21:41:27:21:21:41:27 chr20 3682275 . A G 231.13 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0125133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.123;QD=23.7058;RBI=0.0125393;REFB=-0.0343847;REVB=0.000807493;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893511;STB=0.558087;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0237772;OID=.;OPOS=3682275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:17:21:22:0.564103:11:10:10:7:12:10:10:7 chr20 3686436 . C T 762.12 PASS AF=0.420513;AO=82;DP=195;FAO=82;FDP=195;FR=.;FRO=113;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=61;FSRR=52;FWDB=-0.00518217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.163;QD=15.6331;RBI=0.00963237;REFB=-0.00845533;REVB=-0.00811958;RO=111;SAF=39;SAR=43;SRF=61;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760335;STB=0.537155;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0122271;OID=.;OPOS=3686436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:111:113:82:82:0.420513:43:39:61:50:43:39:61:52 chr20 3784110 . C T 275.69 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00891672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.857;QD=25.6452;RBI=0.0114092;REFB=-0.0232156;REVB=-0.00711771;RO=18;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569477;STB=0.531573;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0130692;OID=.;OPOS=3784110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:13:12:10:8:13:12:10:8 chr20 3838441 . C G 1382.79 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110889;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1973;QD=60.1214;RBI=0.110971;REFB=0;REVB=0.00426557;RO=0;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246855;OID=.;OPOS=3838441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:92:0:0:88:92:1:52:36:0:0:52:40:0:0 chr20 3843027 . C A 206.85 PASS AF=0.278846;AO=29;DP=104;FAO=29;FDP=104;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.00414511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.817;QD=7.95589;RBI=0.00891465;REFB=-0.00982576;REVB=-0.00789234;RO=75;SAF=14;SAR=15;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195302;STB=0.51162;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0246137;OID=.;OPOS=3843027;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:75:75:29:29:0.278846:15:14:35:40:15:14:35:40 chr20 3846397 . C T 400.87 PASS AF=0.482353;AO=34;DP=79;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.00580622;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.462;QD=18.8645;RBI=0.0990057;REFB=-0.0254766;REVB=0.0988353;RO=44;SAF=23;SAR=11;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00612608;STB=0.55272;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0314638;OID=.;OPOS=3846397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:85:44:44:34:41:0.482353:11:23:30:14:16:25:31:13 chr20 4053254 . A G 734.26 PASS AF=0.496689;AO=75;DP=151;FAO=75;FDP=151;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=50;FSRR=26;FWDB=0.00178824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.965;QD=19.4507;RBI=0.0195232;REFB=-0.0253803;REVB=-0.0194412;RO=76;SAF=24;SAR=51;SRF=50;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310563;STB=0.671245;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0233233;OID=.;OPOS=4053254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:76:76:75:75:0.496689:51:24:50:26:51:24:50:26 chr20 4124037 . TACACACACACACACAC T,TACACACACAC 267.39 PASS AF=0.481481,0.518519;AO=13,8;DP=30;FAO=13,14;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=4,7;FSAR=9,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137569,-0.041669;FXX=0.181763;HRUN=1,1;LEN=16,6;MLLD=467.494,89.1482;QD=39.613;RBI=0.0148635,0.0428335;REFB=0,0;REVB=0.00562775,0.00991977;RO=0;SAF=4,4;SAR=9,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0156951,0.0365582;OID=.,.;OPOS=4124038,4124038;OREF=ACACACACACACACAC,ACACAC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TACACACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.481481,0.518519:13,8:30:13,14:27:0:4,7:9,7:0:0:99:0:4,4:9,4:0:0 chr20 4163302 . A G 271.66 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=8;FWDB=-0.0027202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.16;QD=14.6842;RBI=0.00315846;REFB=-0.0426292;REVB=-0.00160511;RO=43;SAF=20;SAR=11;SRF=35;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204029;STB=0.614148;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0683788;OID=.;OPOS=4163302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:11:20:35:8:11:20:35:8 chr20 4164283 . A G 235.67 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0227569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.242;QD=11.0905;RBI=0.0235491;REFB=-0.0119197;REVB=-0.00605656;RO=55;SAF=16;SAR=13;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190231;STB=0.603461;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0373382;OID=.;OPOS=4164283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:55:56:29:29:0.341176:13:16:21:34:13:16:22:34 chr20 4229218 . G A 453.88 PASS AF=0.7;AO=41;DP=60;FAO=42;FDP=60;FR=.;FRO=18;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.041335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.061;QD=30.2588;RBI=0.0582885;REFB=-0.0187122;REVB=0.041097;RO=19;SAF=25;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081664;STB=0.554072;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0086311;OID=.;OPOS=4229218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:19:18:41:42:0.7:16:25:9:10:16:26:8:10 chr20 4682176 . TA T 46.42 PASS AF=0.319444;AO=21;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.186055;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.49208;QD=2.57875;RBI=0.192276;REFB=-0.032731;REVB=0.0485157;RO=39;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205694;STB=0.634729;STBP=0.135;TYPE=del;VARB=-0.0376694;OID=.;OPOS=4682177;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.319444:21:72:23:72:49:14:9:20:29:46:39:12:9:15:24 chr20 4707552 . C T 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00722208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.464;QD=13.4159;RBI=0.00752253;REFB=-0.0183162;REVB=-0.00210478;RO=36;SAF=12;SAR=13;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135072;STB=0.56807;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0355741;OID=.;OPOS=4707552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:37:25:25:0.403226:13:12:22:14:13:12:22:15 chr20 4707861 . G A 273.42 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0115582;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5743;QD=17.3602;RBI=0.0224215;REFB=0.028732;REVB=-0.0192128;RO=32;SAF=16;SAR=14;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1736;STB=0.603706;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.0304397;OID=.;OPOS=4707861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:14:16:11:21:14:16:11:22 chr20 4708130 . T C 619.85 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00621932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3704;QD=59.0334;RBI=0.00624488;REFB=-0.0707521;REVB=-0.000564347;RO=1;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208425;STB=0.511106;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00905332;OID=.;OPOS=4708130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:1:1:40:41:0.97619:22:18:0:1:22:19:0:1 chr20 4713176 . A G 455.37 PASS AF=0.511364;AO=43;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0312604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.75;QD=20.6984;RBI=0.0355792;REFB=-0.0447146;REVB=0.0169902;RO=43;SAF=16;SAR=27;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108479;STB=0.567994;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0369022;OID=.;OPOS=4713176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:43:45:0.511364:27:16:21:22:29:16:21:22 chr20 4762577 . C G 2178.7 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.963;QD=63.1508;RBI=0.0177196;REFB=0;REVB=0.013207;RO=0;SAF=63;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.51641e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75518e-07;OID=.;OPOS=4762577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:137:138:1:74:63:0:0:74:64:0:0 chr20 4762869 . G A 592.89 PASS AF=0.42;AO=63;DP=150;FAO=63;FDP=150;FR=.;FRO=87;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.00622754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.765;QD=15.8104;RBI=0.0102224;REFB=-0.00320356;REVB=0.00810651;RO=87;SAF=22;SAR=41;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1442;STB=0.581019;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00359466;OID=.;OPOS=4762869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:87:87:63:63:0.42:41:22:42:45:41:22:42:45 chr20 4764682 . T C 660.6 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.105;QD=60.0549;RBI=0.137611;REFB=0;REVB=0.0312023;RO=1;SAF=15;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302234;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027155;OID=.;OPOS=4764682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:1:0:39:44:1:24:15:1:0:26:18:0:0 chr20 4834338 . C T 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0366849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.642;QD=18.1179;RBI=0.0367338;REFB=0.0253864;REVB=-0.00189396;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188164;STB=0.60682;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.027055;OID=.;OPOS=4834338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:10:8:13:7:10:8:13:7 chr20 4843543 . C T 119.6 PASS AF=0.25;AO=18;DP=72;FAO=18;FDP=72;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0411141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.178;QD=6.64462;RBI=0.0425569;REFB=-0.000497893;REVB=-0.0109873;RO=54;SAF=13;SAR=5;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323747;STB=0.699141;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00210878;OID=.;OPOS=4843543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:54:54:18:18:0.25:5:13:25:29:5:13:25:29 chr20 4854682 . A G 328.6 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0286325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.043;QD=18.0053;RBI=0.0286364;REFB=-0.00409363;REVB=0.000476912;RO=37;SAF=18;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050436;STB=0.521115;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00508648;OID=.;OPOS=4854682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:38:35:35:0.479452:17:18:17:20:17:18:18:20 chr20 4880308 . G A 294.88 PASS AF=0.352381;AO=37;DP=104;FAO=37;FDP=105;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=47;FSRR=21;FWDB=-0.00997321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.215;QD=11.2336;RBI=0.0248129;REFB=-0.018856;REVB=0.0227204;RO=67;SAF=21;SAR=16;SRF=46;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139606;STB=0.583335;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0343832;OID=.;OPOS=4880308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:67:68:37:37:0.352381:16:21:46:21:16:21:47:21 chr20 5283256 . C G 904.28 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00173943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5713;QD=56.5177;RBI=0.0703298;REFB=0.103525;REVB=-0.0703083;RO=1;SAF=17;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101571;STB=0.505375;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00311466;OID=.;OPOS=5283256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:46:17:0:1:46:17:0:1 chr20 5283318 . C T 242.4 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0124624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9759;QD=14.9167;RBI=0.0585321;REFB=-0.0556599;REVB=-0.05719;RO=37;SAF=9;SAR=19;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060497;STB=0.53417;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0791723;OID=.;OPOS=5283318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:19:9:10:27:19:9:10:27 chr20 5283376 . G A 727.77 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.69;QD=63.2843;RBI=0.0294108;REFB=0;REVB=0.0221979;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25386e-05;OID=.;OPOS=5283376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:29:16:0:0:30:16:0:0 chr20 5296541 . C T 224.86 PASS AF=0.35;AO=27;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=48;FWDB=0.0799776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.957;QD=11.2431;RBI=0.0802827;REFB=-0.0110416;REVB=0.00699357;RO=52;SAF=5;SAR=22;SRF=5;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194753;STB=0.656164;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0229485;OID=.;OPOS=5296541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:27:28:0.35:22:5:5:47:22:6:4:48 chr20 5296798 . T C 3361.51 PASS AF=0.982143;AO=220;DP=223;FAO=220;FDP=224;FR=.;FRO=4;FSAF=105;FSAR=115;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0364533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4783;QD=60.0269;RBI=0.0531394;REFB=0.071337;REVB=-0.0386646;RO=3;SAF=106;SAR=114;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00381119;STB=0.500407;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.00306242;OID=.;OPOS=5296798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:223:224:3:4:220:220:0.982143:114:106:1:2:115:105:2:2 chr20 5454286 . G A 297.33 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0391907;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.001;QD=34.9803;RBI=0.0392058;REFB=-0.0617061;REVB=-0.00108958;RO=7;SAF=17;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169314;STB=0.568067;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0181974;OID=.;OPOS=5454286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:35:34:7:9:25:25:0.735294:8:17:2:5:8:17:4:5 chr20 5454400 . A T 90.32 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.040107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0376;QD=16.4217;RBI=0.0504519;REFB=0.019931;REVB=-0.0306076;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874175;STB=0.55037;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.0135138;OID=.;OPOS=5454400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:7:4:3:8:7:4:3:8 chr20 5454416 . G A 55.85 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0394625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.448;QD=10.6384;RBI=0.0453843;REFB=-0.0272112;REVB=-0.0224153;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162774;STB=0.599733;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0422091;OID=.;OPOS=5454416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:6:2:5:8:6:2:5:8 chr20 5527176 . T A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00425627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.56;QD=13.6309;RBI=0.0159841;REFB=-0.00959942;REVB=0.015407;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380371;STB=0.726689;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0100371;OID=.;OPOS=5527176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:6:2:6:3:6:2:6:3 chr20 5527291 . A G 57.07 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00278311;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.366;QD=12.0142;RBI=0.0377489;REFB=-0.0178154;REVB=-0.0376462;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930819;STB=0.578755;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.019965;OID=.;OPOS=5527291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:19:10:11:8:8:0.421053:4:4:4:6:4:4:4:7 chr20 5843812 . T C 310.63 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0615581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4757;QD=23.4441;RBI=0.0854892;REFB=-0.0205182;REVB=0.0593212;RO=20;SAF=9;SAR=22;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129427;STB=0.557241;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0162456;OID=.;OPOS=5843812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:22:31:31:0.584906:22:9:3:17:22:9:4:18 chr20 5903323 . G A 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0065225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.569;QD=24.1899;RBI=0.0432039;REFB=-0.0193515;REVB=0.0427087;RO=6;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157135;STB=0.588097;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00396074;OID=.;OPOS=5903323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:7:5:1:5:7:5:1:5 chr20 5903388 . A C 85.26 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00818188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5004;QD=11.3685;RBI=0.0205006;REFB=0.0185806;REVB=0.0187971;RO=19;SAF=10;SAR=1;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269228;STB=0.666295;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0312691;OID=.;OPOS=5903388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:1:10:15:4:1:10:15:4 chr20 5903517 . A G 983.93 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.813;QD=58.7423;RBI=0.0341057;REFB=0;REVB=0.0202463;RO=0;SAF=21;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11151e-05;OID=.;OPOS=5903517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:45:21:0:0:45:22:0:0 chr20 5903848 . C G 211.8 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0267219;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.2106;QD=16.6117;RBI=0.0633154;REFB=0.00356018;REVB=-0.0574002;RO=26;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678974;STB=0.541264;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00787911;OID=.;OPOS=5903848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:26:28:23:23:0.45098:14:9:12:14:14:9:13:15 chr20 5903894 . A G 210.0 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0856287;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6261;QD=15.5552;RBI=0.0926015;REFB=0.00802511;REVB=-0.0352529;RO=30;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408864;STB=0.541632;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.0160016;OID=.;OPOS=5903894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:30:30:24:24:0.444444:13:11:15:15:13:11:16:14 chr20 5904028 . C T 208.72 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0075281;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.162;QD=17.3931;RBI=0.00831064;REFB=-0.0366056;REVB=-0.00352058;RO=27;SAF=6;SAR=15;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344309;STB=0.696779;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.040499;OID=.;OPOS=5904028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:27:27:21:21:0.4375:15:6:17:10:15:6:17:10 chr20 5923203 . TT CC 2217.33 PASS AF=1;AO=138;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216368;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=2;MLLD=156.06;QD=63.3523;RBI=0.0272889;REFB=0;REVB=0.0166292;RO=0;SAF=61;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.94787e-05;OID=.;OPOS=5923203;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:138:140:1:77:61:0:0:77:63:0:0 chr20 5924807 . CT C 81.31 PASS AF=0.373913;AO=48;DP=115;FAO=43;FDP=115;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.118907;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.6023;QD=2.82818;RBI=0.220876;REFB=-0.0731043;REVB=-0.186138;RO=50;SAF=29;SAR=19;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152793;STB=0.55443;STBP=0.388;TYPE=del;VARB=0.0486751;OID=.;OPOS=5924808;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.373913:48:115:43:115:72:28:15:41:31:81:50:29:19:31:19 chr20 5933108 . C A 1686.39 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00907389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.11;QD=60.2284;RBI=0.0128894;REFB=0;REVB=-0.00915426;RO=0;SAF=56;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.15736e-08;OID=.;OPOS=5933108;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:111:112:1:55:56:0:0:56:56:0:0 chr20 5982604 . T C 1368.49 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00586478;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.843;QD=61.5053;RBI=0.0150957;REFB=-0.0248805;REVB=-0.0139099;RO=1;SAF=23;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00723579;STB=0.503816;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=1.95467e-05;OID=.;OPOS=5982604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:89:1:1:88:88:0.988764:65:23:0:1:65:23:0:1 chr20 5988095 . A G 1749.43 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.977;QD=60.8496;RBI=0.0305738;REFB=0;REVB=-0.0112513;RO=0;SAF=41;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26408e-05;OID=.;OPOS=5988095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:114:115:1:73:41:0:0:74:41:0:0 chr20 6032927 . C T 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0205621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.866;QD=33.9784;RBI=0.0549523;REFB=0.00228568;REVB=0.0509604;RO=2;SAF=1;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258461;STB=0.646759;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.000321622;OID=.;OPOS=6032927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:11:1:1:1:11:1:1:1 chr20 6064710 . A G 1939.34 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145961;FXX=0.00757518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.681;QD=59.2166;RBI=0.114782;REFB=-0.0354448;REVB=0.113851;RO=1;SAF=89;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166565;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180244;OID=.;OPOS=6064710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:119:131:1:0:117:131:1:28:89:0:1:42:89:0:0 chr20 6065729 . C T 785.39 PASS AF=0.938462;AO=59;DP=63;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.116525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.988;QD=48.3314;RBI=0.147856;REFB=-0.0646137;REVB=0.0910137;RO=3;SAF=31;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434962;STB=0.512973;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00361419;OID=.;OPOS=6065729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:63:65:3:4:59:61:0.938462:28:31:3:0:28:33:3:1 chr20 6065731 . T C 673.67 PASS AF=0.84127;AO=53;DP=65;FAO=53;FDP=63;FR=.;FRO=10;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0142011;FXX=0.0307645;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.849;QD=42.7725;RBI=0.0175374;REFB=-0.180007;REVB=0.0102902;RO=9;SAF=32;SAR=21;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13562;STB=0.56514;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00199496;OID=.;OPOS=6065731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:65:63:9:10:53:53:0.84127:21:32:1:8:21:32:2:8 chr20 6075651 . TAA T 183.04 PASS AF=0.460317;AO=25;DP=64;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0622804;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=2;MLLD=39.3636;QD=11.6217;RBI=0.114928;REFB=0.00754057;REVB=0.0965903;RO=31;SAF=7;SAR=18;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33454;STB=0.63324;STBP=0.075;TYPE=del;VARB=-0.00700389;OID=.;OPOS=6075652;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.460317:25:64:29:63:34:10:19:20:14:99:31:7:18:19:12 chr20 6093191 . ATTTTT ATTTTC,ATTTT 53.12 PASS AF=0.039604,0.138614;AO=4,15;DP=101;FAO=4,14;FDP=101;FR=.;FRO=83;FSAF=4,12;FSAR=0,2;FSRF=53;FSRR=30;FWDB=-0.0113481,-0.0162592;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=61.8867,12.713;QD=2.10389;RBI=0.0163889,0.0412964;REFB=-0.00399557,-0.0169302;REVB=0.0118244,0.0379608;RO=72;SAF=4,13;SAR=0,2;SRF=46;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.416341,0.371082;STB=0.996742,0.74667;STBP=0.07,0.07;TYPE=snp,del;VARB=0.0737515,-0.0332037;OID=.,.;OPOS=6093196,6093192;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=ATTTTC,ATTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.039604,0.138614:4,15:101:4,14:101:83:4,12:0,2:53:30:37:72:4,13:0,2:46:26 chr20 6751034 . A G 1109.82 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00633206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.769;QD=59.9904;RBI=0.045443;REFB=0;REVB=0.0449997;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012854;OID=.;OPOS=6751034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:74:0:0:71:74:1:38:33:0:0:40:34:0:0 chr20 6758916 . C T 56.81 PASS AF=0.163934;AO=10;DP=61;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.00439666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.379;QD=3.72517;RBI=0.0444887;REFB=-0.00240374;REVB=0.0442709;RO=51;SAF=4;SAR=6;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228784;STB=0.65355;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.017168;OID=.;OPOS=6758916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:61:51:51:10:10:0.163934:6:4:30:21:6:4:30:21 chr20 6759115 . A T 1880.4 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0160705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7308;QD=60.658;RBI=0.01897;REFB=-0.0776552;REVB=0.0100798;RO=0;SAF=65;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000905656;OID=.;OPOS=6759115;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:0:1:123:123:0.991935:58:65:0:0:58:65:0:1 chr20 7614374 . G A 419.98 PASS AF=0.561644;AO=37;DP=69;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0322693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2603;QD=23.0124;RBI=0.0728245;REFB=-0.0234467;REVB=0.0652847;RO=32;SAF=23;SAR=14;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118552;STB=0.585833;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0158411;OID=.;OPOS=7614374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:32:32:37:41:0.561644:14:23:24:8:18:23:24:8 chr20 7863999 . C A,T 1398.16 PASS AF=0.924731,0.0645161;AO=84,6;DP=91;FAO=86,6;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=41,1;FSAR=45,5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0230097,0.00617517;FXX=0.0210504;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.1871,163.487;QD=60.1361;RBI=0.0284779,0.0114077;REFB=-0.0711448,-0.111923;REVB=-0.0167793,-0.00959177;RO=1;SAF=40,1;SAR=44,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0116948,-0.281147;STB=0.506023,0.666027;STBP=0.323,0.127;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00602457,0.0519944;OID=.,.;OPOS=7863999,7863999;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:91:93:1:1:84,6:86,6:0.924731,0.0645161:44,5:40,1:1:0:45,5:41,1:1:0 chr20 7915210 . C A 449.02 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.00472823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.981;QD=16.9441;RBI=0.0316151;REFB=-0.00780177;REVB=-0.0312595;RO=57;SAF=28;SAR=21;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00741363;STB=0.504131;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0092712;OID=.;OPOS=7915210;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:57:49:49:0.462264:21:28:33:24:21:28:33:24 chr20 7962707 . C A 1231.9 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114083;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.554;QD=61.5949;RBI=0.0344009;REFB=0;REVB=0.0324542;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03699e-05;OID=.;OPOS=7962707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:81:80:1:37:44:0:0:36:44:0:0 chr20 7963039 . TCC TC,TCT,TGC 1144.63 PASS AF=0.0843373,0.915663,0;AO=13,62,6;DP=83;FAO=7,76,0;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=2,46,0;FSAR=5,30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367612,0.0673057,-0.00956646;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=18.8706,35.3267,128.487;QD=55.1627;RBI=0.0627982,0.170383,0.145721;REFB=0,0,0;REVB=-0.050914,0.156526,-0.145406;RO=0;SAF=3,45,0;SAR=10,17,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0289913,0.0238527,0.0366046;OID=.,.,.;OPOS=7963040,7963041,7963040;OREF=C,C,C;OALT=-,T,G;OMAPALT=TC,TCT,TGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0843373,0.915663,0:13,62,6:83:7,76,0:83:0:2,46,0:5,30,0:0:0:16:0:3,45,0:10,17,6:0:0 chr20 7963043 . G T 66.25 PASS AF=0.168675;AO=13;DP=76;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=23;FWDB=0.0171453;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=28.5267;QD=3.19297;RBI=0.0281611;REFB=-0.0128715;REVB=-0.0223402;RO=60;SAF=2;SAR=11;SRF=43;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.633128;STB=0.89115;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0402311;OID=.;OPOS=7963043;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:76:83:60:69:13:14:0.168675:11:2:43:17:12:2:46:23 chr20 7999642 . G A 2177.42 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1726;QD=63.1135;RBI=0.0103522;REFB=0;REVB=-0.00799542;RO=0;SAF=86;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70885e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04856e-06;OID=.;OPOS=7999642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:52:86:0:0:52:86:0:0 chr20 8717758 . G A 435.68 PASS AF=0.630769;AO=41;DP=65;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0363063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5761;QD=26.8113;RBI=0.0383853;REFB=0.0437147;REVB=0.0124613;RO=24;SAF=11;SAR=30;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18042;STB=0.598907;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0242243;OID=.;OPOS=8717758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:24:24:41:41:0.630769:30:11:12:12:30:11:12:12 chr20 8755243 . T C 1026.94 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.492;QD=59.533;RBI=0.0821276;REFB=0;REVB=0.0793913;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012822;OID=.;OPOS=8755243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:28:40:0:0:29:40:0:0 chr20 8769180 . C T 668.21 PASS AF=1;AO=36;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.187079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5998;QD=62.1592;RBI=0.189029;REFB=0;REVB=-0.027086;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239982;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00279206;OID=.;OPOS=8769180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:1:0:36:43:1:17:19:1:0:17:26:0:0 chr20 8811896 . C T 359.48 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00616317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.53;QD=19.9714;RBI=0.0161223;REFB=-0.000256765;REVB=-0.0148978;RO=35;SAF=18;SAR=19;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493335;STB=0.527367;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=8.02328e-05;OID=.;OPOS=8811896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:19:18:19:16:19:18:19:16 chr20 8864548 . G A 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0161751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.667;QD=16.5039;RBI=0.0397259;REFB=-0.011892;REVB=-0.0362838;RO=30;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130876;STB=0.573714;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00623992;OID=.;OPOS=8864548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:12:14:12:18:12:14:12:18 chr20 8865006 . C T 1246.74 PASS AF=0.521552;AO=121;DP=232;FAO=121;FDP=232;FR=.;FRO=111;FSAF=90;FSAR=31;FSRF=58;FSRR=53;FWDB=0.0040235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.413;QD=21.4955;RBI=0.0248818;REFB=-0.0146553;REVB=-0.0245543;RO=108;SAF=90;SAR=31;SRF=57;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215182;STB=0.622303;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0138554;OID=.;OPOS=8865006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:108:111:121:121:0.521552:31:90:57:51:31:90:58:53 chr20 9288522 . G A 451.51 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.00404497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.271;QD=17.2002;RBI=0.0206402;REFB=-0.00612938;REVB=0.02024;RO=54;SAF=25;SAR=24;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114287;STB=0.552947;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00574201;OID=.;OPOS=9288522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:56:49:49:0.466667:24:25:21:33:24:25:23:33 chr20 9424810 . A C 365.4 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000919549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2591;QD=52.1998;RBI=0.00627556;REFB=-0.185703;REVB=-0.00620783;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516117;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00538249;OID=.;OPOS=9424810;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:0:1:27:27:0.964286:12:15:0:0:12:15:1:0 chr20 9424904 . C A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00802366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.408;QD=55.0987;RBI=0.0103661;REFB=0;REVB=0.0065633;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.34424e-06;OID=.;OPOS=9424904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr20 9460659 . A C 296.14 PASS AF=0.566038;AO=29;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0192276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9722;QD=22.35;RBI=0.0720845;REFB=-0.0529613;REVB=0.0694729;RO=24;SAF=17;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714065;STB=0.519732;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0388282;OID=.;OPOS=9460659;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:23:29:30:0.566038:12:17:12:12:13:17:12:11 chr20 9519735 . CTTTTTT CTTTTCT,C,CT,CTT 537.65 PASS AF=0.272727,0.454545,0.151515,0.0151515;AO=5,14,7,7;DP=69;FAO=18,30,10,1;FDP=66;FR=.;FRO=7;FSAF=1,19,6,0;FSAR=17,11,4,1;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00653533,0.0345892,0.0410293,0.0528687;FXX=0.0704126;HRUN=16,16,16,16;LEN=1,6,5,4;MLLD=167.493,15.9607,14.6419,11.2594;QD=32.5849;RBI=0.034394,0.0451127,0.0519603,0.0736474;REFB=-0.0506448,-0.153561,-0.183704,-0.226615;REVB=-0.0337674,-0.028961,-0.031882,-0.0512722;RO=3;SAF=0,9,6,4;SAR=5,5,1,3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.794084,-0.129617,-0.175667,-0.2378;STB=0.888335,0.577729,0.683913,0.997454;STBP=0,0.086,0.177,0.056;TYPE=snp,del,del,del;VARB=0.0108926,0.0520058,0.0570462,0.203031;OID=.,.,.,.;OPOS=9519740,9519736,9519736,9519736;OREF=T,TTTTTT,TTTTT,TTTT;OALT=C,-,-,-;OMAPALT=CTTTTCT,C,CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.272727,0.454545,0.151515,0.0151515:5,14,7,7:69:18,30,10,1:66:7:1,19,6,0:17,11,4,1:7:0:99:3:0,9,6,4:5,5,1,3:3:0 chr20 10006682 . T A 270.79 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0103098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3051;QD=12.1705;RBI=0.0171379;REFB=-0.0112129;REVB=0.01369;RO=57;SAF=16;SAR=16;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487989;STB=0.528072;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0195933;OID=.;OPOS=10006682;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:57:32:32:0.359551:16:16:26:31:16:16:26:31 chr20 10019093 . A G 261.79 PASS AF=0.455882;AO=26;DP=63;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0307272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0945;QD=15.3994;RBI=0.0641766;REFB=-0.0520531;REVB=0.0563425;RO=37;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162119;STB=0.530786;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0508651;OID=.;OPOS=10019093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:68:37:37:26:31:0.455882:10:16:17:20:15:16:17:20 chr20 10393992 . G T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7139;QD=12.396;RBI=0.114955;REFB=0.00616544;REVB=0.0489761;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20967;STB=0.630995;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00801022;OID=.;OPOS=10393992;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:2:3:4:1:2:3 chr20 10632335 . G A 276.28 PASS AF=0.333333;AO=33;DP=99;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.0540183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.329;QD=11.1628;RBI=0.0550205;REFB=-0.0102355;REVB=0.0104538;RO=66;SAF=13;SAR=20;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257043;STB=0.648561;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0212372;OID=.;OPOS=10632335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:66:66:33:33:0.333333:20:13:41:25:20:13:41:25 chr20 10653469 . C T 474.63 PASS AF=0.628571;AO=44;DP=70;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00356877;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=234.138;QD=27.1217;RBI=0.0182637;REFB=-0.0077908;REVB=0.0179116;RO=26;SAF=30;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107447;STB=0.558712;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00529028;OID=.;OPOS=10653469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:26:26:44:44:0.628571:14:30:14:12:14:30:14:12 chr20 11791008 . C T 1618.64 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021771;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7162;QD=59.9496;RBI=0.0237622;REFB=0;REVB=-0.00952186;RO=0;SAF=45;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54414e-05;OID=.;OPOS=11791008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:62:45:0:0:62:46:0:0 chr20 11799680 . C T 63.8 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0358341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.152;QD=4.11586;RBI=0.0402314;REFB=-0.00366361;REVB=-0.0182889;RO=51;SAF=5;SAR=6;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140597;STB=0.592857;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0280952;OID=.;OPOS=11799680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:51:51:11:11:0.177419:6:5:29:22:6:5:29:22 chr20 11903654 . G A 741.88 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0623073;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.812;QD=57.0679;RBI=0.0657941;REFB=0;REVB=0.0211347;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103118;OID=.;OPOS=11903654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr20 11907058 . C T 1050.0 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00781125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.363;QD=58.3335;RBI=0.0158076;REFB=-0.152874;REVB=-0.0137428;RO=1;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122822;STB=0.506492;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00107641;OID=.;OPOS=11907058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:38:33:0:1:38:33:0:1 chr20 13029764 . A C 1482.81 PASS AF=0.980952;AO=102;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0222128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.221;QD=56.4882;RBI=0.0224189;REFB=-0.0513562;REVB=-0.00303285;RO=2;SAF=18;SAR=84;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200119;STB=0.505881;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000182351;OID=.;OPOS=13029764;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:105:105:2:2:102:103:0.980952:84:18:1:1:84:19:0:2 chr20 13029862 . C T 902.38 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2731;QD=58.218;RBI=0.0404309;REFB=0;REVB=0.0208607;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152456;OID=.;OPOS=13029862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr20 13029920 . C G 1411.11 PASS AF=0.980198;AO=94;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00220613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.637;QD=55.8856;RBI=0.0551576;REFB=-0.107961;REVB=0.0551134;RO=2;SAF=57;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249363;STB=0.505881;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000841252;OID=.;OPOS=13029920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:2:1:94:99:0.980198:37:57:0:2:42:57:0:1 chr20 13053018 . T G 909.9 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00852357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.347;QD=52.7476;RBI=0.0153036;REFB=-0.0605956;REVB=-0.0127102;RO=3;SAF=28;SAR=37;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199599;STB=0.518764;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00322471;OID=.;OPOS=13053018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:69:69:3:4:65:65:0.942029:37:28:2:1:37:28:3:1 chr20 13053035 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.933;QD=58.9626;RBI=0.022888;REFB=0;REVB=-0.0152861;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45465e-06;OID=.;OPOS=13053035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:36:29:0:0:37:29:0:0 chr20 13597717 . G A 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0588167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.909;QD=15.5752;RBI=0.0617282;REFB=0.0221887;REVB=0.018734;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105835;STB=0.559952;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.0274307;OID=.;OPOS=13597717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:14:11:17:14:14:11:17:14 chr20 13605903 . A T 381.5 PASS AF=0.704545;AO=31;DP=44;FAO=31;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0203992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.681;QD=34.6813;RBI=0.0208019;REFB=-0.0179709;REVB=0.00407316;RO=13;SAF=13;SAR=18;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194059;STB=0.510567;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0077742;OID=.;OPOS=13605903;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:13:13:31:31:0.704545:18:13:5:8:18:13:5:8 chr20 13747441 . A G 1781.14 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347891;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.278;QD=60.8936;RBI=0.0664948;REFB=0;REVB=0.0566682;RO=0;SAF=74;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91839e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019293;OID=.;OPOS=13747441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:115:117:1:41:74:0:0:42:75:0:0 chr20 13756690 . CTCATCTTCATCCTCCTCT C 149.32 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0169635;FXX=0.0677851;HRUN=1;LEN=18;MLLD=311.229;QD=10.8593;RBI=0.0191907;REFB=-0.0292661;REVB=-0.00897357;RO=34;SAF=17;SAR=2;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353047;STB=0.724298;STBP=0.049;TYPE=del;VARB=0.0648276;OID=.;OPOS=13756691;OREF=TCATCTTCATCCTCCTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.345455:19:60:19:55:36:17:2:25:11:99:34:17:2:24:10 chr20 13830839 . TA T 78.9 PASS AF=0.431034;AO=29;DP=59;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0627715;FXX=0.0169463;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.2214;QD=5.44107;RBI=0.0921777;REFB=-0.0598262;REVB=-0.0675017;RO=25;SAF=21;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0.558824;SSEP=0;SSSB=0.156755;STB=0.659169;STBP=0.061;TYPE=del;VARB=0.0294361;OID=.;OPOS=13830840;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431034:29:59:25:58:33:19:6:17:16:78:25:21:8:14:11 chr20 13847420 . A G 742.71 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0101599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.04;QD=53.0505;RBI=0.0318185;REFB=-0.0202567;REVB=-0.0301528;RO=2;SAF=26;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348761;STB=0.518512;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00490976;OID=.;OPOS=13847420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:28:26:2:0:28:26:2:0 chr20 13954028 . A G 285.95 PASS AF=0.37931;AO=32;DP=86;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.00538687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6418;QD=13.1469;RBI=0.0770832;REFB=-0.00621413;REVB=0.0768947;RO=54;SAF=23;SAR=9;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443025;STB=0.531949;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0112104;OID=.;OPOS=13954028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:54:54:32:33:0.37931:9:23:37:17:9:24:37:17 chr20 14203735 . T C 1302.12 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00763818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4921;QD=62.0056;RBI=0.0487421;REFB=0;REVB=0.0481399;RO=0;SAF=59;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240659;OID=.;OPOS=14203735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:25:59:0:0:25:59:0:0 chr20 14306896 . G A 1092.45 PASS AF=0.563536;AO=102;DP=181;FAO=102;FDP=181;FR=.;FRO=79;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0213535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1224;QD=24.1425;RBI=0.0218048;REFB=0.000547781;REVB=-0.00441335;RO=79;SAF=62;SAR=40;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103951;STB=0.556628;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.000631391;OID=.;OPOS=14306896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:79:79:102:102:0.563536:40:62:38:41:40:62:38:41 chr20 14306953 . G T 907.55 PASS AF=0.439462;AO=99;DP=223;FAO=98;FDP=223;FR=.;FRO=125;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=63;FSRR=62;FWDB=-0.0292223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1388;QD=16.279;RBI=0.030057;REFB=0.000930666;REVB=-0.00703416;RO=122;SAF=50;SAR=49;SRF=62;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00313059;STB=0.502242;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00121196;OID=.;OPOS=14306953;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:122:125:99:98:0.439462:49:50:62:60:49:49:63:62 chr20 14307165 . G A 53.24 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0111239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.215;QD=3.80261;RBI=0.0275915;REFB=-0.00389209;REVB=-0.0252498;RO=47;SAF=5;SAR=4;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00292725;STB=0.502004;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0160133;OID=.;OPOS=14307165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:47:47:9:9:0.160714:4:5:26:21:4:5:26:21 chr20 14307634 . C A 286.06 PASS AF=0.256983;AO=38;DP=173;FAO=46;FDP=179;FR=.;FRO=133;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=52;FSRR=81;FWDB=0.00777976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.878;QD=6.39231;RBI=0.0135014;REFB=-0.0013752;REVB=-0.0110347;RO=131;SAF=15;SAR=23;SRF=51;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00720619;STB=0.500255;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00441925;OID=.;OPOS=14307634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:179:131:133:38:46:0.256983:23:15:51:80:28:18:52:81 chr20 16033620 . T C 646.72 PASS AF=0.5;AO=65;DP=130;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.00210407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.477;QD=19.8989;RBI=0.00228107;REFB=0.00838593;REVB=0.000880994;RO=65;SAF=38;SAR=27;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112356;STB=0.562004;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.0115556;OID=.;OPOS=16033620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:65:65:65:65:0.5:27:38:30:35:27:38:30:35 chr20 16033818 . ATTTG A 77.67 PASS AF=0.265625;AO=15;DP=63;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.00208424;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=4;MLLD=200.734;QD=4.85417;RBI=0.00475473;REFB=-0.00860338;REVB=-0.00427357;RO=43;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296307;STB=0.636872;STBP=0.21;TYPE=del;VARB=0.021088;OID=.;OPOS=16033819;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.265625:15:63:17:64:47:9:8:16:31:77:43:9:6:15:28 chr20 16252981 . C A 337.09 PASS AF=0.461538;AO=35;DP=77;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.00634077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.09;QD=17.2867;RBI=0.00694639;REFB=-0.0103278;REVB=-0.00283672;RO=40;SAF=20;SAR=15;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102622;STB=0.57474;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0115461;OID=.;OPOS=16252981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:40:42:35:36:0.461538:15:20:27:13:16:20:29:13 chr20 16359567 . A G 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.623;QD=62.3488;RBI=0.0454532;REFB=0;REVB=0.0318793;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281738;OID=.;OPOS=16359567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr20 16486698 . G A 727.16 PASS AF=0.575;AO=69;DP=120;FAO=69;FDP=120;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00948426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.436;QD=24.2387;RBI=0.0371733;REFB=-0.0113203;REVB=-0.0359431;RO=50;SAF=28;SAR=41;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271712;STB=0.511219;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00704967;OID=.;OPOS=16486698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:50:51:69:69:0.575:41:28:22:28:41:28:22:29 chr20 16493533 . T C 173.21 PASS AF=0.5625;AO=16;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0138247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.57;QD=21.6508;RBI=0.028995;REFB=-0.0458809;REVB=0.0254871;RO=14;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106233;STB=0.524448;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0290225;OID=.;OPOS=16493533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:14:16:18:0.5625:6:10:7:7:8:10:7:7 chr20 16553944 . CGGGGT CGGGT,CGGGTC 127.49 PASS AF=0.9375,0;AO=7,5;DP=16;FAO=15,0;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=8,0;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.298297,-0.0734404;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=14.9887,11.3295;QD=31.8726;RBI=0.298576,0.083379;REFB=-0.0562085,-0.025695;REVB=-0.0128997,0.0394787;RO=3;SAF=1,5;SAR=6,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0.404762,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.368547,0.73361;STB=0.533289,0.5;STBP=0.559,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0410892,0.0307407;OID=.,.;OPOS=16553945,16553948;OREF=G,GT;OALT=-,TC;OMAPALT=CGGGT,CGGGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9375,0:7,5:16:15,0:16:1:8,0:7,0:0:1:5:3:1,5:6,0:2:1 chr20 16712401 . TAAAAAG TAAAA,TAAAAG,TTAAAAG 68.95 PASS AF=0,0.245283,0;AO=6,12,2;DP=53;FAO=0,13,0;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=0,11,0;FSAR=0,2,0;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0707007,0.0223291,0.0127853;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=25.9801,13.2474,26.9698;QD=5.20374;RBI=0.28487,0.125653,0.049664;REFB=-0.0270726,-0.0643141,-0.0232885;REVB=-0.275957,-0.123653,-0.0479901;RO=29;SAF=1,9,1;SAR=5,3,1;SRF=20;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.572591,0.0874741,-0.181313;STB=0.5,0.782565,0.5;STBP=1,0.041,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0863981,0.0912227,0;OID=.,.,.;OPOS=16712406,16712402,16712402;OREF=AG,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAAAA,TAAAAG,TTAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.245283,0:6,12,2:53:0,13,0:53:40:0,11,0:0,2,0:21:19:69:29:1,9,1:5,3,1:20:9 chr20 16729138 . T C 671.57 PASS AF=0.592593;AO=62;DP=106;FAO=64;FDP=108;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=10;FSRR=34;FWDB=0.0636599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.719;QD=24.8729;RBI=0.0647683;REFB=-0.0241338;REVB=0.0119311;RO=44;SAF=18;SAR=44;SRF=10;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599715;STB=0.541654;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0174566;OID=.;OPOS=16729138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:44:44:62:64:0.592593:44:18:10:34:44:20:10:34 chr20 16729654 . A AAGATG 50.0 PASS AO=41;DP=64;LEN=5;RO=23;SAF=27;SAR=27;SRF=6;SRR=4;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=16729655;OREF=-;OALT=AGATG;OMAPALT=AAGATG GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:64:23:41:27:27:6:4 chr20 16963522 . G C 987.77 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0682516;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4715;QD=58.9716;RBI=0.0760171;REFB=0;REVB=-0.0334711;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00443449;OID=.;OPOS=16963522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:66:67:1:33:33:0:0:34:33:0:0 chr20 16963542 . A G 1009.62 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.864;QD=59.3896;RBI=0.0461867;REFB=0;REVB=0.0390048;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56836e-05;OID=.;OPOS=16963542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:33:33:0:0:34:34:0:0 chr20 17189761 . C G 543.29 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0548069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8887;QD=18.5738;RBI=0.0629818;REFB=0.00341061;REVB=0.0310309;RO=59;SAF=20;SAR=37;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181243;STB=0.605023;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00513069;OID=.;OPOS=17189761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:59:60:57:57:0.487179:37:20:32:27:37:20:33:27 chr20 17464516 . T C 281.64 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00383308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.616;QD=17.0688;RBI=0.00384552;REFB=-0.0118431;REVB=-0.000309052;RO=35;SAF=14;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032397;STB=0.518179;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0165407;OID=.;OPOS=17464516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:17:14:17:18:17:14:17:18 chr20 17469659 . G A 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0143939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.159;QD=12.2287;RBI=0.0810941;REFB=-0.00235719;REVB=-0.0798064;RO=36;SAF=6;SAR=16;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342991;STB=0.698843;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0090873;OID=.;OPOS=17469659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:16:6:21:15:16:6:21:15 chr20 17470035 . C G 323.88 PASS AF=0.622222;AO=27;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00700613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.67;QD=28.7888;RBI=0.0222409;REFB=-0.0124518;REVB=0.0211086;RO=17;SAF=14;SAR=13;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156697;STB=0.577724;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00709902;OID=.;OPOS=17470035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:27:28:0.622222:13:14:5:12:14:14:5:12 chr20 17475567 . C T 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00410235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.108;QD=8.2462;RBI=0.0375904;REFB=-0.00187763;REVB=-0.0373659;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37647;STB=0.713674;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00860115;OID=.;OPOS=17475567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:14:15:7:7:0.318182:5:2:9:5:5:2:9:6 chr20 17594714 . GC G 1078.43 PASS AF=0.545455;AO=102;DP=188;FAO=102;FDP=187;FR=.;FRO=85;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=23;FSRR=62;FWDB=-0.0363138;FXX=0.0105815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.378;QD=23.068;RBI=0.0398082;REFB=-0.0172677;REVB=-0.0163096;RO=84;SAF=48;SAR=54;SRF=22;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176025;STB=0.592197;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=0.0273404;OID=.;OPOS=17594715;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:102:188:102:187:85:48:54:23:62:99:84:48:54:22:62 chr20 17594729 . G A 732.54 PASS AF=0.408163;AO=80;DP=196;FAO=80;FDP=196;FR=.;FRO=116;FSAF=17;FSAR=63;FSRF=57;FSRR=59;FWDB=-0.0134502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.321;QD=14.9498;RBI=0.0138659;REFB=-0.00591365;REVB=-0.00336987;RO=114;SAF=17;SAR=63;SRF=56;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337423;STB=0.69205;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00755876;OID=.;OPOS=17594729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:114:116:80:80:0.408163:63:17:56:58:63:17:57:59 chr20 17596155 . C A 393.4 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0180613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.608;QD=15.4273;RBI=0.0180613;REFB=-0.0132678;REVB=-3.60023e-05;RO=57;SAF=21;SAR=23;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110521;STB=0.556079;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0242905;OID=.;OPOS=17596155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:58:44:44:0.431373:23:21:21:36:23:21:22:36 chr20 17597482 . G A 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0368167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0318;QD=14.262;RBI=0.0381395;REFB=-0.00486402;REVB=0.00995721;RO=24;SAF=4;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395556;STB=0.730474;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00549203;OID=.;OPOS=17597482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:12:4:15:9:12:4:15:9 chr20 17600357 . G A 497.33 PASS AF=0.5;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00797253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.423;QD=19.1281;RBI=0.0160193;REFB=-0.00793989;REVB=0.0138945;RO=51;SAF=20;SAR=32;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011452;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00998378;OID=.;OPOS=17600357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:52:52:52:0.5:32:20:19:32:32:20:20:32 chr20 17602196 . A G 247.53 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0109551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.064;QD=11.5131;RBI=0.0109884;REFB=-0.0114946;REVB=0.000854076;RO=55;SAF=22;SAR=8;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326619;STB=0.685117;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0245591;OID=.;OPOS=17602196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:56:30:30:0.348837:8:22:25:30:8:22:26:30 chr20 17602594 . TGGGGGGT TGGGGGT,TGGGGGTG 53.27 PASS AF=0.345455,0.0181818;AO=17,2;DP=55;FAO=19,1;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=9,1;FSAR=10,0;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.17595,0.0270542;FXX=0.017854;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=10.1624,21.3267;QD=3.87395;RBI=0.205045,0.0662892;REFB=-0.0774606,-0.0493835;REVB=-0.105286,-0.0605171;RO=30;SAF=3,2;SAR=14,0;SRF=24;SRR=6;SSEN=0.697674,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.629236,0.354952;STB=0.635704,0.986457;STBP=0.167,0.487;TYPE=del,mnp;VARB=0.107604,-0.0156286;OID=.,.;OPOS=17602595,17602600;OREF=G,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=TGGGGGT,TGGGGGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.345455,0.0181818:17,2:55:19,1:55:35:9,1:10,0:24:11:50:30:3,2:14,0:24:6 chr20 17605240 . A T 1156.93 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0042225;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.316;QD=60.8912;RBI=0.0170773;REFB=0;REVB=0.016547;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10587e-05;OID=.;OPOS=17605240;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:32:44:0:0:32:44:0:0 chr20 17608233 . C T 1030.28 PASS AF=0.481818;AO=106;DP=220;FAO=106;FDP=220;FR=.;FRO=114;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=66;FSRR=48;FWDB=0.0228448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.947;QD=18.7324;RBI=0.0271996;REFB=-0.0127675;REVB=0.0147625;RO=113;SAF=61;SAR=45;SRF=65;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000240058;STB=0.501844;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0148167;OID=.;OPOS=17608233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:113:114:106:106:0.481818:45:61:65:48:45:61:66:48 chr20 17705677 . A G 1610.66 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.507;QD=59.6539;RBI=0.015888;REFB=0;REVB=-0.00802581;RO=0;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194662;OID=.;OPOS=17705677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:106:108:1:49:57:0:0:50:58:0:0 chr20 17716416 . C G 440.49 PASS AF=0.494382;AO=43;DP=88;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00987035;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6613;QD=19.7972;RBI=0.0315034;REFB=-0.017282;REVB=0.0299173;RO=45;SAF=21;SAR=22;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821601;STB=0.550665;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0158256;OID=.;OPOS=17716416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:45:45:43:44:0.494382:22:21:26:19:23:21:26:19 chr20 18143117 . T G 648.54 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2795;QD=61.766;RBI=0.0150501;REFB=0;REVB=0.00871252;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.84929e-05;OID=.;OPOS=18143117;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:42:0:0:38:42:1:19:19:0:0:22:20:0:0 chr20 18143355 . C T 2268.35 PASS AF=0.97973;AO=145;DP=148;FAO=145;FDP=148;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=75;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.000217405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.633;QD=61.3066;RBI=0.0133519;REFB=0.0169895;REVB=0.0133501;RO=2;SAF=70;SAR=75;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133917;STB=0.510488;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-4.78473e-05;OID=.;OPOS=18143355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:148:148:2:3:145:145:0.97973:75:70:2:0:75:70:3:0 chr20 18167977 . T C 1819.33 PASS AF=1;AO=113;DP=116;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129202;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.949;QD=61.154;RBI=0.129383;REFB=0;REVB=-0.00683862;RO=0;SAF=42;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.03664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101684;OID=.;OPOS=18167977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:119:0:0:113:119:1:71:42:0:0:71:48:0:0 chr20 18296072 . T A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5166;QD=58.1416;RBI=0.0357638;REFB=0;REVB=0.0326927;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603019;OID=.;OPOS=18296072;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr20 18309650 . GT G 736.88 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605568;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.1587;QD=46.055;RBI=0.0701724;REFB=0;REVB=0.0354547;RO=1;SAF=36;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129378;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00444611;OID=.;OPOS=18309651;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:65:64:64:0:37:27:0:0:12:1:36:27:1:0 chr20 18445963 . A G 769.96 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00911095;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6347;QD=64.1636;RBI=0.0130118;REFB=0;REVB=0.00928967;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.57471e-05;OID=.;OPOS=18445963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:47:48:1:22:25:0:0:22:26:0:0 chr20 18523002 . C G 393.13 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2521;QD=56.1613;RBI=0.110381;REFB=0;REVB=-0.0156343;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227568;OID=.;OPOS=18523002;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr20 18573108 . T G 851.21 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.582;QD=57.7093;RBI=0.0506681;REFB=0;REVB=0.0476028;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139866;OID=.;OPOS=18573108;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:27:31:0:0:28:31:0:0 chr20 18744118 . A G 103.88 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0910157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9884;QD=6.29596;RBI=0.116981;REFB=-0.00697836;REVB=0.0734893;RO=50;SAF=7;SAR=9;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149144;STB=0.591991;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0202579;OID=.;OPOS=18744118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:50:50:16:16:0.242424:9:7:28:22:9:7:28:22 chr20 18790456 . G T 829.47 PASS AF=0.506024;AO=84;DP=166;FAO=84;FDP=166;FR=.;FRO=82;FSAF=59;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.00914916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7481;QD=19.9872;RBI=0.0236177;REFB=0.00703548;REVB=-0.0217736;RO=82;SAF=59;SAR=25;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118668;STB=0.565448;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00798297;OID=.;OPOS=18790456;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:82:82:84:84:0.506024:25:59:48:34:25:59:48:34 chr20 19261623 . G A 474.07 PASS AF=0.36478;AO=58;DP=159;FAO=58;FDP=159;FR=.;FRO=101;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=0.00264697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0054;QD=11.9263;RBI=0.0215439;REFB=-0.0136821;REVB=0.0213807;RO=101;SAF=18;SAR=40;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162964;STB=0.593187;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0362811;OID=.;OPOS=19261623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:101:101:58:58:0.36478:40:18:45:56:40:18:45:56 chr20 19560664 . G A 2178.64 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00908825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.679;QD=63.1489;RBI=0.00909268;REFB=0;REVB=0.0002839;RO=0;SAF=65;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43793e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73337e-05;OID=.;OPOS=19560664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:73:65:0:0:73:65:0:0 chr20 19702049 . G A 618.7 PASS AF=0.5;AO=60;DP=123;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.0025559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.635;QD=19.6413;RBI=0.0099188;REFB=-0.00539148;REVB=0.00958384;RO=63;SAF=30;SAR=30;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955993;STB=0.539911;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0053244;OID=.;OPOS=19702049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:63:63:60:63:0.5:30:30:25:38:33:30:25:38 chr20 19951534 . T A 771.29 PASS AF=0.510204;AO=74;DP=146;FAO=75;FDP=147;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=25;FWDB=-0.0390947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4326;QD=20.9876;RBI=0.0403518;REFB=0.000629152;REVB=0.0099937;RO=71;SAF=38;SAR=36;SRF=46;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120365;STB=0.565462;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.000886632;OID=.;OPOS=19951534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:71:72:74:75:0.510204:36:38:46:25:36:39:47:25 chr20 19970705 . C T 404.56 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0201186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.215;QD=17.0341;RBI=0.0269215;REFB=-0.00335349;REVB=-0.0178888;RO=53;SAF=19;SAR=23;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375894;STB=0.521067;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00115645;OID=.;OPOS=19970705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:23:19:22:31:23:19:22:31 chr20 19983022 . AT A 152.63 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00456827;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.80789;QD=11.3057;RBI=0.191854;REFB=-0.0898183;REVB=0.191799;RO=21;SAF=10;SAR=20;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0.4;SSSB=0.126174;STB=0.533564;STBP=0.564;TYPE=del;VARB=0.113997;OID=.;OPOS=19983023;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:30:54:36:54:18:11:25:4:14:37:21:10:20:4:17 chr20 20006368 . T C 788.87 PASS AF=0.496933;AO=81;DP=163;FAO=81;FDP=163;FR=.;FRO=82;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=0.00581948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.911;QD=19.3588;RBI=0.0169623;REFB=-0.00872964;REVB=0.0159328;RO=82;SAF=48;SAR=33;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173503;STB=0.595528;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00571;OID=.;OPOS=20006368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:82:82:81:81:0.496933:33:48:33:49:33:48:33:49 chr20 20032998 . T C 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0418821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.304;QD=14.0964;RBI=0.0465874;REFB=-0.00247071;REVB=-0.0204029;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326367;STB=0.688722;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00265972;OID=.;OPOS=20032998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:5:13:5:8:5:13 chr20 20033137 . T A 1567.66 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00659109;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.275;QD=58.0616;RBI=0.0183152;REFB=-0.0848115;REVB=0.0170881;RO=2;SAF=59;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158148;STB=0.508332;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00161157;OID=.;OPOS=20033137;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:108:2:2:106:106:0.981481:47:59:2:0:47:59:2:0 chr20 20033242 . A T 314.86 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0483921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4357;QD=17.4924;RBI=0.0521873;REFB=-0.0182011;REVB=-0.0195378;RO=38;SAF=20;SAR=14;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00901742;STB=0.505048;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0202577;OID=.;OPOS=20033242;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:14:20:22:16:14:20:22:16 chr20 20033319 . A G 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0141353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.816;QD=18.2509;RBI=0.0329206;REFB=-0.0428089;REVB=-0.0297314;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583331;STB=0.533289;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0380132;OID=.;OPOS=20033319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:7:8:7:8:7:8:7:8 chr20 20033380 . A G 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0372669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6152;QD=24.0662;RBI=0.0411463;REFB=0.0182389;REVB=-0.0174413;RO=10;SAF=12;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332096;STB=0.687252;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0146494;OID=.;OPOS=20033380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:4:12:3:7:4:12:3:7 chr20 20050397 . G A 1212.32 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246026;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.086;QD=61.3831;RBI=0.0250037;REFB=0;REVB=-0.00446073;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34362e-05;OID=.;OPOS=20050397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr20 20152462 . A C 324.05 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0309975;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1951;QD=19.3462;RBI=0.0337574;REFB=-0.00445408;REVB=0.0133687;RO=33;SAF=24;SAR=10;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287458;STB=0.660453;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00391076;OID=.;OPOS=20152462;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:10:24:13:20:10:24:13:20 chr20 20341333 . G C 2411.03 PASS AF=1;AO=157;DP=160;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00631567;FXX=0.0187488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.297;QD=61.4275;RBI=0.0245899;REFB=0;REVB=0.023765;RO=0;SAF=88;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16489e-05;OID=.;OPOS=20341333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:157:0:0:157:157:1:69:88:0:0:69:88:0:0 chr20 20341346 . GT G 177.26 PASS AF=0.315152;AO=54;DP=165;FAO=52;FDP=165;FR=.;FRO=113;FSAF=41;FSAR=11;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=-0.0082571;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.1368;QD=4.29714;RBI=0.0776499;REFB=-0.00584524;REVB=-0.0772097;RO=105;SAF=41;SAR=13;SRF=54;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310445;STB=0.718079;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0205915;OID=.;OPOS=20341347;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315152:54:165:52:165:113:41:11:57:56:99:105:41:13:54:51 chr20 20350516 . T G 762.31 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.082;QD=60.9847;RBI=0.0869035;REFB=0;REVB=0.0839944;RO=0;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185551;OID=.;OPOS=20350516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:50:0:0:45:50:1:32:13:0:0:36:14:0:0 chr20 20373813 . C T 784.43 PASS AF=0.544118;AO=74;DP=135;FAO=74;FDP=136;FR=.;FRO=62;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0119408;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.577;QD=23.0714;RBI=0.0170147;REFB=-0.0271899;REVB=0.012121;RO=59;SAF=44;SAR=30;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139659;STB=0.580314;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0277194;OID=.;OPOS=20373813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:59:62:74:74:0.544118:30:44:25:34:30:44:26:36 chr20 20377421 . A AC 98.04 PASS AF=0.6875;AO=18;DP=35;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.157234;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.20144;QD=12.2551;RBI=0.15749;REFB=-0.102803;REVB=0.00896908;RO=14;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556163;STB=0.514273;STBP=0.788;TYPE=ins;VARB=0.0694821;OID=.;OPOS=20377422;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6875:18:35:22:32:10:12:10:5:5:28:14:9:9:6:8 chr20 20484043 . A G 332.89 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0120973;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.107;QD=18.7546;RBI=0.0166265;REFB=-0.00861571;REVB=-0.011406;RO=36;SAF=15;SAR=20;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115678;STB=0.564479;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00818496;OID=.;OPOS=20484043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:36:36:35:35:0.492958:20:15:20:16:20:15:20:16 chr20 20693088 . C T 437.91 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0747024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1906;QD=21.625;RBI=0.0780665;REFB=-0.00346067;REVB=0.0226701;RO=38;SAF=26;SAR=17;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113198;STB=0.562544;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00504094;OID=.;OPOS=20693088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:17:26:18:20:17:26:18:20 chr20 21142523 . C G 1008.12 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00979772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.467;QD=59.3014;RBI=0.0564633;REFB=0;REVB=0.0556067;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39624e-05;OID=.;OPOS=21142523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr20 21142813 . T C 841.77 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00357662;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3994;QD=56.1177;RBI=0.0162535;REFB=-0.0718067;REVB=0.0158551;RO=1;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177973;STB=0.509431;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000246117;OID=.;OPOS=21142813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:58:59:0.983333:26:32:0:1:26:33:0:1 chr20 21362703 . TA T 1607.61 PASS AF=1;AO=132;DP=138;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809759;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=22.7857;QD=45.9316;RBI=0.0774319;REFB=-0.0617279;REVB=-0.0770073;RO=2;SAF=69;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=-0.013576;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00173994;OID=.;OPOS=21362704;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:132:138:140:140:0:74:66:0:0:21:2:69:63:2:0 chr20 22562674 . T C 727.03 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338024;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.142;QD=57.0221;RBI=0.033803;REFB=0;REVB=-0.000188248;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45704e-05;OID=.;OPOS=22562674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr20 23016970 . T G 500.97 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.0204234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.631;QD=17.1272;RBI=0.02079;REFB=-0.0217973;REVB=-0.00388693;RO=63;SAF=30;SAR=24;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786059;STB=0.543673;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0193488;OID=.;OPOS=23016970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:63:54:54:0.461538:24:30:40:23:24:30:40:23 chr20 23017017 . T C 2339.05 PASS AF=0.986667;AO=147;DP=149;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000159028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.695;QD=62.3747;RBI=0.010486;REFB=-0.0798948;REVB=0.0104848;RO=0;SAF=85;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99978e-08;STB=0.501013;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.000226263;OID=.;OPOS=23017017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:150:0:2:147:148:0.986667:62:85:0:0:63:85:1:1 chr20 23017044 . C T 741.98 PASS AF=0.503448;AO=73;DP=144;FAO=73;FDP=145;FR=.;FRO=72;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=0.000264514;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.048;QD=20.4685;RBI=0.006209;REFB=-0.00692046;REVB=-0.00620336;RO=70;SAF=47;SAR=26;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147331;STB=0.517532;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00784838;OID=.;OPOS=23017044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:70:72:73:73:0.503448:26:47:44:26:26:47:44:28 chr20 23017082 . T C 1774.5 PASS AF=0.945312;AO=121;DP=128;FAO=121;FDP=128;FR=.;FRO=7;FSAF=67;FSAR=54;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.047652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.176;QD=55.4531;RBI=0.0504728;REFB=0.0352847;REVB=-0.0166373;RO=7;SAF=67;SAR=54;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470843;STB=0.524819;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0146228;OID=.;OPOS=23017082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:128:128:7:7:121:121:0.945312:54:67:7:0:54:67:7:0 chr20 23064912 . T C 133.49 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0312823;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6546;QD=14.8324;RBI=0.0529962;REFB=0.0158526;REVB=-0.0427786;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197969;STB=0.615227;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.021356;OID=.;OPOS=23064912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:21:21:15:15:0.416667:5:10:10:11:5:10:10:11 chr20 23065342 . A G 429.01 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.0137488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1024;QD=15.7433;RBI=0.0926872;REFB=-0.0130616;REVB=-0.0916618;RO=61;SAF=14;SAR=34;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981194;STB=0.555139;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0165497;OID=.;OPOS=23065342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:61:48:48:0.440367:34:14:23:38:34:14:23:38 chr20 23066338 . G C 291.16 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00873409;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.986;QD=26.4695;RBI=0.0261443;REFB=-0.003815;REVB=-0.0246423;RO=17;SAF=20;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114035;STB=0.582891;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00236284;OID=.;OPOS=23066338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:17:18:26:26:0.590909:6:20:11:6:6:20:11:7 chr20 23335120 . CTT CTC,C 125.06 PASS AF=0.0833333,0.5;AO=3,11;DP=24;FAO=2,12;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=1,9;FSAR=1,3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00284444,0.0119413;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=225.622,51.8686;QD=20.8425;RBI=0.0188787,0.0246093;REFB=0.00379075,0.0141789;REVB=0.0186632,0.021518;RO=10;SAF=1,9;SAR=2,2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0766313,0.400039;STB=0.582527,0.674689;STBP=0.877,0.1;TYPE=snp,del;VARB=0.0111161,-0.0150645;OID=.,.;OPOS=23335122,23335121;OREF=T,TT;OALT=C,-;OMAPALT=CTC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0833333,0.5:3,11:24:2,12:24:10:1,9:1,3:4:6:81:10:1,9:2,2:4:6 chr20 23345844 . A C 327.5 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0191314;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.974;QD=20.154;RBI=0.0315117;REFB=-0.00304977;REVB=0.0250395;RO=32;SAF=23;SAR=11;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268175;STB=0.655841;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00440603;OID=.;OPOS=23345844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:32:31:34:34:0.523077:11:23:12:20:11:23:11:20 chr20 23352480 . A G 285.13 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.048999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3926;QD=23.7606;RBI=0.0501776;REFB=0.0219302;REVB=0.0108114;RO=21;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760601;STB=0.554413;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0192;OID=.;OPOS=23352480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:21:22:26:26:0.541667:10:16:11:10:10:16:11:11 chr20 23355423 . C T 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0126359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.531;QD=9.91657;RBI=0.0203522;REFB=-0.00115695;REVB=0.0159545;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912882;STB=0.555432;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00307675;OID=.;OPOS=23355423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:8:9:4:5:8:9 chr20 23421101 . G A 404.04 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0341512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.876;QD=19.0136;RBI=0.0345368;REFB=-0.0165062;REVB=0.00514638;RO=44;SAF=18;SAR=23;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161298;STB=0.5897;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0153897;OID=.;OPOS=23421101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:23:18:27:17:23:18:27:17 chr20 23424613 . T C 370.27 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00562368;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.881;QD=19.2349;RBI=0.0081603;REFB=-0.0104216;REVB=-0.0059131;RO=39;SAF=21;SAR=17;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174844;STB=0.597106;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0175228;OID=.;OPOS=23424613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:39:39:38:38:0.493506:17:21:14:25:17:21:14:25 chr20 23424638 . C T 363.02 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00918056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.467;QD=18.151;RBI=0.0156532;REFB=-0.00489255;REVB=0.0126783;RO=42;SAF=21;SAR=17;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072033;STB=0.540216;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00653656;OID=.;OPOS=23424638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:17:21:20:22:17:21:20:22 chr20 23432528 . A G 346.84 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0223186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.76;QD=22.3768;RBI=0.0223354;REFB=-0.0105706;REVB=0.000865512;RO=27;SAF=16;SAR=19;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995703;STB=0.554796;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00816502;OID=.;OPOS=23432528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:19:16:9:18:19:16:9:18 chr20 23472391 . A G 3091.41 PASS AF=0.981043;AO=197;DP=200;FAO=207;FDP=211;FR=.;FRO=4;FSAF=84;FSAR=123;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00825142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.555;QD=58.6049;RBI=0.00959906;REFB=-0.112834;REVB=0.00490468;RO=0;SAF=78;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55947e-08;STB=0.50185;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.000423995;OID=.;OPOS=23472391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:200:211:0:4:197:207:0.981043:119:78:0:0:123:84:2:2 chr20 23531276 . G A 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00335159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.27;QD=21.5459;RBI=0.00486194;REFB=-0.0191258;REVB=-0.00352212;RO=10;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531474;STB=0.530077;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0107788;OID=.;OPOS=23531276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:8:6:5:5:8:6:5:5 chr20 23546639 . T G 554.86 PASS AF=0.41958;AO=59;DP=142;FAO=60;FDP=143;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.00493901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.341;QD=15.5205;RBI=0.00580979;REFB=-0.0100549;REVB=-0.00305939;RO=82;SAF=26;SAR=33;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061812;STB=0.532621;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0124077;OID=.;OPOS=23546639;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:82:83:59:60:0.41958:33:26:41:41:33:27:42:41 chr20 23586360 . G A 1670.01 PASS AF=0.974138;AO=112;DP=115;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0511262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8358;QD=57.5867;RBI=0.0861596;REFB=0.00313188;REVB=0.0693512;RO=3;SAF=67;SAR=45;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135986;STB=0.506934;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.000837107;OID=.;OPOS=23586360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:116:3:3:112:113:0.974138:45:67:1:2:46:67:1:2 chr20 23618395 . T C 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000879796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.448;QD=62.3141;RBI=0.013733;REFB=0;REVB=0.0137048;RO=0;SAF=32;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92021e-05;OID=.;OPOS=23618395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:54:32:0:0:54:32:0:0 chr20 23729722 . G T 3880.05 PASS AF=1;AO=251;DP=252;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204439;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2338;QD=61.8335;RBI=0.02971;REFB=-0.0584778;REVB=-0.0215576;RO=1;SAF=126;SAR=125;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00376829;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115828;OID=.;OPOS=23729722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:252:251:1:0:251:251:1:125:126:1:0:125:126:0:0 chr20 23731494 . A G 1246.59 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0986677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1796;QD=61.5601;RBI=0.10421;REFB=0;REVB=0.0335332;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256213;OID=.;OPOS=23731494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:32:48:0:0:33:48:0:0 chr20 23860178 . A G 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0144863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.254;QD=14.0442;RBI=0.0214078;REFB=-0.00401838;REVB=-0.015762;RO=39;SAF=14;SAR=14;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131215;STB=0.514695;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00341387;OID=.;OPOS=23860178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:14:14:19:20:14:14:19:21 chr20 24939590 . G C 1093.66 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0348805;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.275;QD=57.5611;RBI=0.0348826;REFB=0.0206122;REVB=-0.00038233;RO=2;SAF=47;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197053;STB=0.510414;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000291001;OID=.;OPOS=24939590;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:76:2:2:74:74:0.973684:27:47:2:0:27:47:2:0 chr20 24952147 . G A 699.26 PASS AF=0.454545;AO=74;DP=166;FAO=75;FDP=165;FR=.;FRO=90;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=55;FSRR=35;FWDB=-0.00788307;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.829;QD=16.9518;RBI=0.0100476;REFB=-0.00979274;REVB=0.00622989;RO=90;SAF=43;SAR=31;SRF=55;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030635;STB=0.521184;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0115142;OID=.;OPOS=24952147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:90:90:74:75:0.454545:31:43:55:35:32:43:55:35 chr20 24954887 . A T 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.013;QD=56.7051;RBI=0.0955007;REFB=0;REVB=0.0885723;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567683;OID=.;OPOS=24954887;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr20 24995814 . C T 228.81 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0157152;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=183.628;QD=11.734;RBI=0.0206813;REFB=-0.0199404;REVB=0.0134443;RO=50;SAF=13;SAR=15;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271569;STB=0.515671;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0363266;OID=.;OPOS=24995814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:15:13:22:28:15:13:22:28 chr20 25011423 . T C 217.58 PASS AF=0.4;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00503019;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.734;QD=13.3898;RBI=0.0208779;REFB=-0.00916512;REVB=-0.0202629;RO=40;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930336;STB=0.562453;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0159174;OID=.;OPOS=25011423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:40:39:26:26:0.4:14:12:15:25:14:12:14:25 chr20 25027526 . G A 253.09 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0279103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9986;QD=15.1098;RBI=0.0280979;REFB=-0.0271725;REVB=-0.00324148;RO=38;SAF=11;SAR=18;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116203;STB=0.506574;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0340066;OID=.;OPOS=25027526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:18:11:14:24:18:11:14:24 chr20 25059564 . C T 698.46 PASS AF=0.535433;AO=68;DP=127;FAO=68;FDP=127;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0441228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.684;QD=21.9988;RBI=0.044355;REFB=-0.0192688;REVB=-0.00453335;RO=59;SAF=33;SAR=35;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769712;STB=0.542184;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0146758;OID=.;OPOS=25059564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:59:59:68:68:0.535433:35:33:34:25:35:33:34:25 chr20 25187213 . G A 390.97 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0233351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.244;QD=16.6369;RBI=0.0252786;REFB=-0.0053035;REVB=-0.00972013;RO=52;SAF=23;SAR=18;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801681;STB=0.539887;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00721103;OID=.;OPOS=25187213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:53:41:41:0.43617:18:23:25:27:18:23:26:27 chr20 25193949 . G A 370.11 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00868193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.836;QD=14.0993;RBI=0.0104018;REFB=0.00594508;REVB=0.00572898;RO=61;SAF=26;SAR=17;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152457;STB=0.581617;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00542636;OID=.;OPOS=25193949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:62:43:43:0.409524:17:26:28:33:17:26:29:33 chr20 25195387 . A AT 526.31 PASS AF=1;AO=13;DP=103;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123709;FXX=0.1386;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.96069;QD=24.1979;RBI=0.0719564;REFB=0.00972578;REVB=-0.070885;RO=86;SAF=8;SAR=5;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156924;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0200332;OID=.;OPOS=25195388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:103:87:87:0:50:37:0:0:7:86:8:5:42:44 chr20 25195394 . C T 1390.43 PASS AF=0.970588;AO=87;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0712644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7531;QD=54.5268;RBI=0.0777149;REFB=-0.253427;REVB=0.0309998;RO=3;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326438;STB=0.514849;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00281552;OID=.;OPOS=25195394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:102:102:3:3:87:99:0.970588:42:45:0:3:49:50:0:3 chr20 25195509 . A G 1693.02 PASS AF=0.95082;AO=116;DP=122;FAO=116;FDP=122;FR=.;FRO=6;FSAF=65;FSAR=51;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.000560863;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=278.103;QD=55.5087;RBI=0.00580224;REFB=-0.0923511;REVB=0.00577507;RO=3;SAF=65;SAR=51;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214114;STB=0.513667;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.000291041;OID=.;OPOS=25195509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:122:122:3:6:116:116:0.95082:51:65:3:0:51:65:5:1 chr20 25207074 . T C 1446.73 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00887746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.957;QD=62.9014;RBI=0.0244606;REFB=0;REVB=0.0227928;RO=0;SAF=37;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44494e-05;OID=.;OPOS=25207074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:54:37:0:0:54:38:0:0 chr20 25259006 . G T 608.37 PASS AF=0.56701;AO=55;DP=97;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00566474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.449;QD=25.0873;RBI=0.00626515;REFB=-0.00499855;REVB=0.00267633;RO=42;SAF=33;SAR=22;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173575;STB=0.595007;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00278567;OID=.;OPOS=25259006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:42:42:55:55:0.56701:22:33:16:26:22:33:16:26 chr20 25260931 . A G 1606.79 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.893;QD=60.067;RBI=0.0126625;REFB=0;REVB=-0.000472774;RO=0;SAF=60;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71637e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93251e-05;OID=.;OPOS=25260931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:47:60:0:0:47:60:0:0 chr20 25262769 . G A 176.61 PASS AF=0.396226;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00336053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.549;QD=13.3294;RBI=0.0350992;REFB=-0.00563593;REVB=0.034938;RO=32;SAF=13;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983877;STB=0.535546;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00774032;OID=.;OPOS=25262769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:32:32:20:21:0.396226:7:13:18:14:8:13:18:14 chr20 25264814 . T C 465.04 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4063;QD=58.13;RBI=0.0383244;REFB=0;REVB=0.0318573;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000727766;OID=.;OPOS=25264814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr20 25268920 . T C 850.96 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1587;QD=57.6925;RBI=0.0489311;REFB=0;REVB=0.0465469;RO=0;SAF=39;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070568;OID=.;OPOS=25268920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:20:39:0:0:20:39:0:0 chr20 25269024 . C T 116.45 PASS AF=0.233766;AO=18;DP=77;FAO=18;FDP=77;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.00637799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2046;QD=6.04927;RBI=0.0181499;REFB=-0.0055925;REVB=-0.0169923;RO=58;SAF=8;SAR=10;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00478384;STB=0.502921;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0337436;OID=.;OPOS=25269024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:58:59:18:18:0.233766:10:8:26:32:10:8:26:33 chr20 25276297 . G A 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.314;QD=58.6001;RBI=0.0151595;REFB=0;REVB=-0.00674879;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.48972e-05;OID=.;OPOS=25276297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr20 25282944 . A G 1080.52 PASS AF=0.986667;AO=71;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0256499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.546;QD=57.6278;RBI=0.0258255;REFB=-0.0327685;REVB=0.00300654;RO=1;SAF=30;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155009;STB=0.507934;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=5.4686e-05;OID=.;OPOS=25282944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:75:75:1:1:71:74:0.986667:41:30:1:0:43:31:1:0 chr20 25450670 . G A 88.8 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0166518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4115;QD=6.45819;RBI=0.0198902;REFB=-0.0138002;REVB=-0.0108784;RO=41;SAF=11;SAR=2;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.516201;STB=0.820373;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0299917;OID=.;OPOS=25450670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:41:42:13:13:0.236364:2:11:18:23:2:11:19:23 chr20 25456888 . A G 1877.42 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.681;QD=61.5548;RBI=0.0500267;REFB=0;REVB=-0.0457621;RO=0;SAF=39;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.24584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124968;OID=.;OPOS=25456888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:83:39:0:0:83:39:0:0 chr20 25457049 . GCTCCCA G 541.57 PASS AF=1;AO=35;DP=38;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211847;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=6;MLLD=228.171;QD=60.1748;RBI=0.029089;REFB=0;REVB=0.0199344;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.96682e-05;OID=.;OPOS=25457050;OREF=CTCCCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:38:36:36:0:22:14:0:0:4:0:21:14:0:0 chr20 25591862 . A T 238.17 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.182454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.681;QD=50.1404;RBI=0.186293;REFB=0;REVB=0.0376228;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136858;OID=.;OPOS=25591862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:19:0:0:14:19:1:11:3:0:0:12:7:0:0 chr20 25591864 . A T 179.9 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.197661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.338;QD=44.974;RBI=0.200791;REFB=0;REVB=0.0353134;RO=1;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821523;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141711;OID=.;OPOS=25591864;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:16:1:0:13:16:1:8:5:1:0:9:7:0:0 chr20 25595829 . C T 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.000520209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.914;QD=12.0831;RBI=0.0145002;REFB=0.000781281;REVB=-0.0144908;RO=35;SAF=15;SAR=6;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724467;STB=0.542127;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.00146492;OID=.;OPOS=25595829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:6:15:23:12:6:15:23:12 chr20 25595868 . G A 219.23 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0170368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6898;QD=12.0126;RBI=0.0267578;REFB=0.00620271;REVB=-0.0206331;RO=46;SAF=18;SAR=9;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118623;STB=0.568575;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0108345;OID=.;OPOS=25595868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:9:18:26:20:9:18:26:20 chr20 25596776 . C T 134.11 PASS AF=0.2;AO=23;DP=116;FAO=23;FDP=115;FR=.;FRO=92;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=0.0119826;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3488;QD=4.66477;RBI=0.0366101;REFB=0.00201812;REVB=-0.0345936;RO=92;SAF=17;SAR=6;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315035;STB=0.700294;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0112842;OID=.;OPOS=25596776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:92:92:23:23:0.2:6:17:46:46:6:17:46:46 chr20 25657029 . G A 162.44 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0107386;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4801;QD=10.4797;RBI=0.0220227;REFB=-0.0194115;REVB=-0.0192271;RO=41;SAF=9;SAR=12;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255374;STB=0.648514;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0180253;OID=.;OPOS=25657029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:12:9:27:14:12:9:27:14 chr20 25745617 . G A 103.09 PASS AF=0.174757;AO=18;DP=103;FAO=18;FDP=103;FR=.;FRO=85;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.0509645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1436;QD=4.0035;RBI=0.0516483;REFB=-0.00445475;REVB=0.00837624;RO=85;SAF=9;SAR=9;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970608;STB=0.563038;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0129079;OID=.;OPOS=25745617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:85:85:18:18:0.174757:9:9:49:36:9:9:49:36 chr20 25755672 . G T 172.36 PASS AF=0.263736;AO=24;DP=91;FAO=24;FDP=91;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-0.00487617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.564;QD=7.57602;RBI=0.00810347;REFB=-0.00811778;REVB=-0.00647219;RO=67;SAF=19;SAR=5;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.515764;STB=0.808979;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.037506;OID=.;OPOS=25755672;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:67:67:24:24:0.263736:5:19:24:43:5:19:24:43 chr20 26063560 . G A 776.35 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228271;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.98;QD=57.5071;RBI=0.0233206;REFB=0;REVB=0.00477256;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128611;OID=.;OPOS=26063560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:52:54:1:35:17:0:0:36:18:0:0 chr20 26094564 . T G 3236.78 PASS AF=0.519802;AO=314;DP=611;FAO=315;FDP=606;FR=.;FRO=291;FSAF=160;FSAR=155;FSRF=144;FSRR=147;FWDB=-0.0366896;FXX=0.0114191;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.216;QD=21.3649;RBI=0.0417585;REFB=-0.00754471;REVB=-0.019941;RO=290;SAF=160;SAR=154;SRF=144;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114556;STB=0.506286;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0141535;OID=.;OPOS=26094564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:611:606:290:291:314:315:0.519802:154:160:144:146:155:160:144:147 chr20 26094567 . T C 3686.08 PASS AF=0.567164;AO=341;DP=605;FAO=342;FDP=603;FR=.;FRO=261;FSAF=171;FSAR=171;FSRF=132;FSRR=129;FWDB=0.00571887;FXX=0.00495041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.207;QD=24.4516;RBI=0.0211692;REFB=-0.0134201;REVB=0.0203821;RO=256;SAF=171;SAR=170;SRF=128;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00116221;STB=0.502487;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0135323;OID=.;OPOS=26094567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:605:603:256:261:341:342:0.567164:170:171:128:128:171:171:132:129 chr20 26094605 . G A 2636.18 PASS AF=0.50289;AO=261;DP=521;FAO=261;FDP=519;FR=.;FRO=258;FSAF=126;FSAR=135;FSRF=123;FSRR=135;FWDB=-0.00686541;FXX=0.00764804;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.527;QD=20.3174;RBI=0.0187812;REFB=-0.0241087;REVB=-0.0174814;RO=249;SAF=126;SAR=135;SRF=117;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115361;STB=0.502994;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0193789;OID=.;OPOS=26094605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:521:519:249:258:261:261:0.50289:135:126:117:132:135:126:123:135 chr20 26094609 . C A 2510.5 PASS AF=0.497041;AO=250;DP=506;FAO=252;FDP=507;FR=.;FRO=255;FSAF=119;FSAR=133;FSRF=121;FSRR=134;FWDB=-0.034103;FXX=0.00196847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1241;QD=19.8067;RBI=0.0421983;REFB=0.0128891;REVB=-0.0248531;RO=255;SAF=118;SAR=132;SRF=121;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00232143;STB=0.501154;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0128345;OID=.;OPOS=26094609;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:506:507:255:255:250:252:0.497041:132:118:121:134:133:119:121:134 chr20 26188912 . A C 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0141155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.279;QD=23.4005;RBI=0.0181457;REFB=-0.165531;REVB=-0.0114026;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203264;STB=0.615125;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00919646;OID=.;OPOS=26188912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:5:3:0:3:5:3:0:3 chr20 29623210 . C T 49.52 PASS AF=0.0742188;AO=19;DP=257;FAO=19;FDP=256;FR=.;FRO=237;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=107;FSRR=130;FWDB=-0.0119618;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.243;QD=0.773763;RBI=0.012267;REFB=-0.00200486;REVB=-0.00271899;RO=235;SAF=14;SAR=5;SRF=106;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315708;STB=0.757252;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0201541;OID=.;OPOS=29623210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:257:256:235:237:19:19:0.0742188:5:14:106:129:5:14:107:130 chr20 29623223 . T C 558.13 PASS AF=0.296875;AO=76;DP=256;FAO=76;FDP=256;FR=.;FRO=180;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=83;FSRR=97;FWDB=0.00550448;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.286;QD=8.72085;RBI=0.00550695;REFB=-0.000493451;REVB=-0.000164889;RO=178;SAF=38;SAR=38;SRF=82;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047425;STB=0.527337;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.000912115;OID=.;OPOS=29623223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:178:180:76:76:0.296875:38:38:82:96:38:38:83:97 chr20 29623224 . C A 49.74 PASS AF=0.0745098;AO=19;DP=256;FAO=19;FDP=255;FR=.;FRO=236;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=106;FSRR=130;FWDB=-0.0350795;FXX=0.0077818;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.176;QD=0.780281;RBI=0.0374813;REFB=-3.21061e-05;REVB=-0.0132013;RO=224;SAF=14;SAR=5;SRF=100;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324222;STB=0.758772;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00101027;OID=.;OPOS=29623224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:256:255:224:236:19:19:0.0745098:5:14:100:124:5:14:106:130 chr20 29623248 . AAAGAAG AAAGAAA,AAAG,AGTGAAG 847.14 PASS AF=0.0847458,0.309322,0.0381356;AO=20,72,9;DP=249;FAO=20,73,9;FDP=236;FR=.;FRO=134;FSAF=9,37,5;FSAR=11,36,4;FSRF=61;FSRR=73;FWDB=-0.0172442,0.00133522,-0.0103948;FXX=0.0483851;HRUN=2,2,3;LEN=1,3,2;MLLD=36.3643,169.448,171.055;QD=14.3582;RBI=0.103286,0.04171,0.0104754;REFB=0.0296632,-0.00236576,-0.000869714;REVB=0.101836,0.0416886,0.00129678;RO=119;SAF=9,37,5;SAR=11,35,4;SRF=61;SRR=58;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0789703,0.0014143,0.0460875;STB=0.504583,0.533386,0.593017;STBP=0.971,0.516,0.619;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0412456,0.00386051,0.0248341;OID=.,.,.;OPOS=29623254,29623249,29623249;OREF=G,AAG,AA;OALT=A,-,GT;OMAPALT=AAAGAAA,AAAG,AGTGAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0847458,0.309322,0.0381356:20,72,9:249:20,73,9:236:134:9,37,5:11,36,4:61:73:99:119:9,37,5:11,35,4:61:58 chr20 29623263 . C T 56.63 PASS AF=0.0803213;AO=20;DP=251;FAO=20;FDP=249;FR=.;FRO=229;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=108;FSRR=121;FWDB=-0.00579613;FXX=0.00796781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.807;QD=0.909762;RBI=0.00737901;REFB=-0.00188962;REVB=-0.00456668;RO=230;SAF=9;SAR=11;SRF=107;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175126;STB=0.51998;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0217072;OID=.;OPOS=29623263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:251:249:230:229:20:20:0.0803213:11:9:107:123:11:9:108:121 chr20 29624020 . G GT 239.97 PASS AF=0.592593;AO=50;DP=110;FAO=64;FDP=108;FR=.;FRO=44;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.107492;FXX=0.0181802;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.09081;QD=8.88787;RBI=0.109348;REFB=-0.0395761;REVB=0.0200591;RO=47;SAF=26;SAR=24;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010477;STB=0.512757;STBP=0.72;TYPE=ins;VARB=0.0472777;OID=.;OPOS=29624021;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.592593:50:110:64:108:44:34:30:22:22:99:47:26:24:25:22 chr20 29624068 . T C 92.79 PASS AF=0.125;AO=21;DP=175;FAO=22;FDP=176;FR=.;FRO=154;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=76;FSRR=78;FWDB=-0.000854383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.232;QD=2.10879;RBI=0.00897064;REFB=-0.0017115;REVB=0.00892986;RO=154;SAF=10;SAR=11;SRF=76;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215106;STB=0.505677;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00645634;OID=.;OPOS=29624068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:175:176:154:154:21:22:0.125:11:10:76:78:11:11:76:78 chr20 29624070 . G A 1062.31 PASS AF=0.574713;AO=99;DP=174;FAO=100;FDP=174;FR=.;FRO=74;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.00455007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.115;QD=24.4209;RBI=0.0131079;REFB=-0.00181172;REVB=-0.0122929;RO=73;SAF=46;SAR=53;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437121;STB=0.528553;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00103123;OID=.;OPOS=29624070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:73:74:99:100:0.574713:53:46:38:35:54:46:39:35 chr20 29625876 . C T 190.58 PASS AF=0.223881;AO=30;DP=135;FAO=30;FDP=134;FR=.;FRO=104;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=56;FSRR=48;FWDB=0.0042312;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.366;QD=5.68899;RBI=0.0193677;REFB=-0.00463749;REVB=-0.0188998;RO=104;SAF=17;SAR=13;SRF=56;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359917;STB=0.52214;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0202091;OID=.;OPOS=29625876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:104:104:30:30:0.223881:13:17:56:48:13:17:56:48 chr20 29625877 . G A 198.83 PASS AF=0.226277;AO=31;DP=137;FAO=31;FDP=137;FR=.;FRO=106;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=-0.00815517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.094;QD=5.80517;RBI=0.0435065;REFB=0.00235967;REVB=-0.0427353;RO=106;SAF=17;SAR=14;SRF=58;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00154908;STB=0.50095;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.00766808;OID=.;OPOS=29625877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:106:106:31:31:0.226277:14:17:58:48:14:17:58:48 chr20 29625925 . C CTTG 240.1 PASS AF=0.280992;AO=32;DP=125;FAO=34;FDP=121;FR=.;FRO=87;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=-0.011927;FXX=0.0162588;HRUN=2;LEN=3;MLLD=256.822;QD=7.93727;RBI=0.0287619;REFB=-0.010095;REVB=-0.0261724;RO=91;SAF=12;SAR=20;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188961;STB=0.584176;STBP=0.251;TYPE=ins;VARB=0.0233397;OID=.;OPOS=29625926;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=CTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.280992:32:125:34:121:87:14:20:46:41:99:91:12:20:48:43 chr20 29625935 . A G 49.67 PASS AF=0.107143;AO=9;DP=109;FAO=12;FDP=112;FR=.;FRO=100;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=-0.0143809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.83;QD=1.774;RBI=0.0261582;REFB=0.00022845;REVB=-0.0218504;RO=99;SAF=3;SAR=6;SRF=40;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840942;STB=0.573123;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00158533;OID=.;OPOS=29625935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:109:112:99:100:9:12:0.107143:6:3:40:59:8:4:41:59 chr20 29625965 . G A 32.41 PASS AF=0.0733333;AO=11;DP=149;FAO=11;FDP=150;FR=.;FRO=139;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=59;FSRR=80;FWDB=0.0034964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.474;QD=0.864249;RBI=0.0404128;REFB=0.0020167;REVB=-0.0402612;RO=138;SAF=5;SAR=6;SRF=58;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382374;STB=0.528205;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.0298392;OID=.;OPOS=29625965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:149:150:138:139:11:11:0.0733333:6:5:58:80:6:5:59:80 chr20 29625971 . C A 32.18 PASS AF=0.0728477;AO=12;DP=151;FAO=11;FDP=151;FR=.;FRO=140;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=60;FSRR=80;FWDB=-0.029969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3431;QD=0.852318;RBI=0.0328966;REFB=-0.000109858;REVB=-0.0135665;RO=138;SAF=5;SAR=7;SRF=60;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207983;STB=0.524346;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.000835917;OID=.;OPOS=29625971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:151:151:138:140:12:11:0.0728477:7:5:60:78:6:5:60:80 chr20 29625979 . C A 94.67 PASS AF=0.133333;AO=21;DP=150;FAO=20;FDP=150;FR=.;FRO=130;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=60;FSRR=70;FWDB=-0.00218915;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.71;QD=2.52443;RBI=0.00704855;REFB=-0.00271129;REVB=-0.00669997;RO=127;SAF=6;SAR=15;SRF=58;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226636;STB=0.59976;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0202589;OID=.;OPOS=29625979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:150:150:127:130:21:20:0.133333:15:6:58:69:13:7:60:70 chr20 29625984 . TG CC,TA 143.31 PASS AF=0.0993377,0.0860927;AO=15,13;DP=152;FAO=15,13;FDP=151;FR=.;FRO=123;FSAF=6,7;FSAR=9,6;FSRF=54;FSRR=69;FWDB=0.00359807,-0.0511698;FXX=0.00657851;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=248.785,63.1634;QD=3.79619;RBI=0.00699082,0.0538385;REFB=-0.000328974,-0.00403672;REVB=0.00599379,-0.0167402;RO=119;SAF=6,7;SAR=9,6;SRF=53;SRR=66;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0563625,0.109916;STB=0.535666,0.589091;STBP=0.788,0.529;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00536257,0.0352892;OID=.,.;OPOS=29625984,29625985;OREF=TG,G;OALT=CC,A;OMAPALT=CC,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:152:151:119:123:15,13:15,13:0.0993377,0.0860927:9,6:6,7:53:66:9,6:6,7:54:69 chr20 29628237 . C A 182.86 PASS AF=0.138047;AO=41;DP=298;FAO=41;FDP=297;FR=.;FRO=256;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=105;FSRR=151;FWDB=-0.026185;FXX=0.00335559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.4;QD=2.46269;RBI=0.0267573;REFB=-0.00317389;REVB=-0.00550416;RO=247;SAF=24;SAR=17;SRF=104;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20814;STB=0.647641;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0153028;OID=.;OPOS=29628237;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:297:247:256:41:41:0.138047:17:24:104:143:17:24:105:151 chr20 29628243 . T C 32.07 PASS AF=0.0574324;AO=16;DP=297;FAO=17;FDP=296;FR=.;FRO=279;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=124;FSRR=155;FWDB=0.0768366;FXX=0.00671118;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.618;QD=0.433365;RBI=0.0770624;REFB=-8.32717e-05;REVB=-0.00589452;RO=277;SAF=6;SAR=10;SRF=124;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744825;STB=0.58934;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00171682;OID=.;OPOS=29628243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:297:296:277:279:16:17:0.0574324:10:6:124:153:11:6:124:155 chr20 29628254 . A G 144.9 PASS AF=0.122034;AO=36;DP=296;FAO=36;FDP=295;FR=.;FRO=259;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=113;FSRR=146;FWDB=-0.00341068;FXX=0.00337826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.878;QD=1.96474;RBI=0.0045154;REFB=-0.00137271;REVB=-0.00295906;RO=259;SAF=15;SAR=21;SRF=113;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252229;STB=0.51761;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0271786;OID=.;OPOS=29628254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:295:259:259:36:36:0.122034:21:15:113:146:21:15:113:146 chr20 29628271 . C T 1156.04 PASS AF=0.429066;AO=124;DP=290;FAO=124;FDP=289;FR=.;FRO=165;FSAF=53;FSAR=71;FSRF=69;FSRR=96;FWDB=-0.0357451;FXX=0.00344816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.393;QD=16.0005;RBI=0.0367864;REFB=-0.0229578;REVB=-0.00869051;RO=162;SAF=53;SAR=71;SRF=67;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144466;STB=0.505395;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0305953;OID=.;OPOS=29628271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:289:162:165:124:124:0.429066:71:53:67:95:71:53:69:96 chr20 29628328 . C G 92.35 PASS AF=0.13245;AO=20;DP=150;FAO=20;FDP=151;FR=.;FRO=131;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=89;FWDB=-0.0471915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0833;QD=2.44625;RBI=0.0510871;REFB=-0.00859463;REVB=-0.0195666;RO=129;SAF=10;SAR=10;SRF=41;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235101;STB=0.655489;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.041052;OID=.;OPOS=29628328;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:150:151:129:131:20:20:0.13245:10:10:41:88:10:10:42:89 chr20 29628361 . A C 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0175413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.458;QD=13.0605;RBI=0.017605;REFB=-0.0181985;REVB=-0.00149557;RO=39;SAF=10;SAR=16;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831725;STB=0.541031;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0226606;OID=.;OPOS=29628361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:39:40:26:26:0.393939:16:10:18:21:16:10:18:22 chr20 29628415 . T A 32.6 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.032266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.009;QD=2.77407;RBI=0.0462039;REFB=-0.0119478;REVB=0.0330713;RO=41;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142944;STB=0.510603;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0351571;OID=.;OPOS=29628415;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:41:41:6:6:0.12766:3:3:21:20:3:3:21:20 chr20 29628431 . C T 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0283384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.741;QD=24.8178;RBI=0.0285263;REFB=-0.0230038;REVB=0.00326935;RO=18;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322235;STB=0.517913;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00967193;OID=.;OPOS=29628431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:13:11:9:9:13:11:9:9 chr20 29630666 . T C 313.88 PASS AF=0.237374;AO=47;DP=197;FAO=47;FDP=198;FR=.;FRO=151;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=83;FSRR=68;FWDB=0.00467962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.3875;QD=6.34097;RBI=0.0100133;REFB=-0.0163204;REVB=-0.00885256;RO=150;SAF=30;SAR=17;SRF=82;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119661;STB=0.570312;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.01574;OID=.;OPOS=29630666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:150:151:47:47:0.237374:17:30:82:68:17:30:83:68 chr20 29630674 . A T 330.96 PASS AF=0.242857;AO=51;DP=210;FAO=51;FDP=210;FR=.;FRO=159;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=89;FSRR=70;FWDB=0.00596863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.902;QD=6.30407;RBI=0.0133407;REFB=-0.00135889;REVB=-0.0119311;RO=159;SAF=33;SAR=18;SRF=89;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114939;STB=0.569384;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00294986;OID=.;OPOS=29630674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:159:159:51:51:0.242857:18:33:89:70:18:33:89:70 chr20 29630681 . G A 300.5 PASS AF=0.227488;AO=48;DP=219;FAO=48;FDP=211;FR=.;FRO=163;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=91;FSRR=72;FWDB=-0.00812782;FXX=0.036528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.489;QD=5.69666;RBI=0.0090583;REFB=-0.00461805;REVB=-0.00399891;RO=156;SAF=31;SAR=17;SRF=91;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083485;STB=0.570837;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00971712;OID=.;OPOS=29630681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:211:156:163:48:48:0.227488:17:31:91:65:17:31:91:72 chr20 29630695 . C A 118.22 PASS AF=0.121849;AO=29;DP=238;FAO=29;FDP=238;FR=.;FRO=209;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=115;FSRR=94;FWDB=-0.00921483;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.523;QD=1.98693;RBI=0.0237292;REFB=-0.00508315;REVB=-0.0218669;RO=209;SAF=20;SAR=9;SRF=115;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182311;STB=0.628916;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0414817;OID=.;OPOS=29630695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:209:209:29:29:0.121849:9:20:115:94:9:20:115:94 chr20 29630697 . A G 426.39 PASS AF=0.254098;AO=62;DP=244;FAO=62;FDP=244;FR=.;FRO=182;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=97;FSRR=85;FWDB=0.0148154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1861;QD=6.99001;RBI=0.0266415;REFB=-0.00581786;REVB=0.0221422;RO=178;SAF=39;SAR=23;SRF=95;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122264;STB=0.573818;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0209344;OID=.;OPOS=29630697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:178:182:62:62:0.254098:23:39:95:83:23:39:97:85 chr20 29630725 . T C 800.99 PASS AF=0.34507;AO=98;DP=284;FAO=98;FDP=284;FR=.;FRO=186;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=95;FSRR=91;FWDB=-0.0239959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.065;QD=11.2815;RBI=0.0294099;REFB=0.000366889;REVB=-0.017004;RO=185;SAF=58;SAR=40;SRF=95;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911214;STB=0.55386;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.000707845;OID=.;OPOS=29630725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:185:186:98:98:0.34507:40:58:95:90:40:58:95:91 chr20 29632635 . C G 46.15 PASS AF=0.0928571;AO=13;DP=140;FAO=13;FDP=140;FR=.;FRO=127;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=59;FSRR=68;FWDB=-0.012594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.379;QD=1.31868;RBI=0.0251047;REFB=-0.00110655;REVB=-0.0217172;RO=127;SAF=4;SAR=9;SRF=59;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188701;STB=0.647766;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0133913;OID=.;OPOS=29632635;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:140:140:127:127:13:13:0.0928571:9:4:59:68:9:4:59:68 chr20 29632638 . C A 171.75 PASS AF=0.205674;AO=23;DP=137;FAO=29;FDP=141;FR=.;FRO=112;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=62;FWDB=0.00932581;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.908;QD=4.87232;RBI=0.0125731;REFB=-0.0103772;REVB=-0.0084328;RO=109;SAF=9;SAR=14;SRF=48;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642485;STB=0.501483;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0392952;OID=.;OPOS=29632638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:141:109:112:23:29:0.205674:14:9:48:61:16:13:50:62 chr20 29632660 . G T 31.29 PASS AF=0.0681818;AO=12;DP=177;FAO=12;FDP=176;FR=.;FRO=164;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=77;FSRR=87;FWDB=-0.0132579;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0202;QD=0.711099;RBI=0.0341658;REFB=-9.31978e-05;REVB=-0.0314885;RO=160;SAF=4;SAR=8;SRF=74;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142835;STB=0.630129;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.000566966;OID=.;OPOS=29632660;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:177:176:160:164:12:12:0.0681818:8:4:74:86:8:4:77:87 chr20 29632662 . G C 393.03 PASS AF=0.312883;AO=51;DP=178;FAO=51;FDP=163;FR=.;FRO=112;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=63;FWDB=-0.00607879;FXX=0.0893805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.477;QD=9.64484;RBI=0.0223664;REFB=-0.0093477;REVB=-0.0215245;RO=112;SAF=25;SAR=26;SRF=49;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625289;STB=0.53626;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0224209;OID=.;OPOS=29632662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:163:112:112:51:51:0.312883:26:25:49:63:26:25:49:63 chr20 29632674 . T A,TA 78.02 PASS AF=0.00613497,0.165644;AO=7,31;DP=190;FAO=1,27;FDP=163;FR=.;FRO=135;FSAF=1,10;FSAR=0,17;FSRF=63;FSRR=72;FWDB=-0.025832,-0.119158;FXX=0.128335;HRUN=2,5;LEN=1,1;MLLD=29.3794,12.6849;QD=1.91462;RBI=0.0443556,0.14813;REFB=-0.0167059,-0.0384448;REVB=-0.0360572,-0.0879987;RO=146;SAF=6,11;SAR=1,20;SRF=67;SRR=79;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.355068,-0.137624;STB=0.990764,0.582294;STBP=0.285,0.352;TYPE=snp,ins;VARB=0.0364065,-0.0108728;OID=.,.;OPOS=29632674,29632675;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:78:190:163:146:135:7,31:1,27:0.00613497,0.165644:1,20:6,11:67:79:0,17:1,10:63:72 chr20 29632680 . G A 80.6 PASS AF=0.111702;AO=21;DP=185;FAO=21;FDP=188;FR=.;FRO=167;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=75;FSRR=92;FWDB=-0.0514008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6798;QD=1.71489;RBI=0.102392;REFB=-0.00231392;REVB=-0.0885557;RO=163;SAF=9;SAR=12;SRF=74;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317326;STB=0.518501;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0145432;OID=.;OPOS=29632680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:185:188:163:167:21:21:0.111702:12:9:74:89:12:9:75:92 chr20 29632707 . G A 177.07 PASS AF=0.173684;AO=33;DP=190;FAO=33;FDP=190;FR=.;FRO=157;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=64;FSRR=93;FWDB=0.0029912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.863;QD=3.72783;RBI=0.0154452;REFB=-0.00193424;REVB=-0.0151528;RO=157;SAF=15;SAR=18;SRF=64;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613676;STB=0.539335;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0155132;OID=.;OPOS=29632707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:157:157:33:33:0.173684:18:15:64:93:18:15:64:93 chr20 29632709 . C T 168.49 PASS AF=0.169312;AO=32;DP=189;FAO=32;FDP=189;FR=.;FRO=157;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=65;FSRR=92;FWDB=-0.0177695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.533;QD=3.56598;RBI=0.0185736;REFB=-0.0102733;REVB=-0.00540589;RO=156;SAF=14;SAR=18;SRF=65;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273267;STB=0.519907;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0267413;OID=.;OPOS=29632709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:156:157:32:32:0.169312:18:14:65:91:18:14:65:92 chr20 29632714 . CT AG 153.41 PASS AF=0.163934;AO=30;DP=183;FAO=30;FDP=183;FR=.;FRO=153;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=63;FSRR=90;FWDB=-0.00588755;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=274.195;QD=3.35332;RBI=0.0114136;REFB=-0.00412421;REVB=-0.00977786;RO=152;SAF=14;SAR=16;SRF=62;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764665;STB=0.546361;STBP=0.632;TYPE=mnp;VARB=0.0251434;OID=.;OPOS=29632714;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:152:153:30:30:0.163934:16:14:62:90:16:14:63:90 chr20 29633887 . G A 71.31 PASS AF=0.106742;AO=19;DP=179;FAO=19;FDP=178;FR=.;FRO=159;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=98;FSRR=61;FWDB=-0.0369136;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.173;QD=1.6024;RBI=0.049414;REFB=-0.00741692;REVB=-0.0328501;RO=149;SAF=7;SAR=12;SRF=92;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29892;STB=0.711257;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0472609;OID=.;OPOS=29633887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:179:178:149:159:19:19:0.106742:12:7:92:57:12:7:98:61 chr20 29633900 . A G 187.12 PASS AF=0.182796;AO=34;DP=186;FAO=34;FDP=186;FR=.;FRO=152;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=85;FSRR=67;FWDB=0.0584142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1644;QD=4.02412;RBI=0.0901834;REFB=0.000589631;REVB=0.0687083;RO=152;SAF=21;SAR=13;SRF=85;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773657;STB=0.549349;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00041527;OID=.;OPOS=29633900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:152:152:34:34:0.182796:13:21:85:67:13:21:85:67 chr20 29633915 . C T 45.78 PASS AF=0.0824176;AO=15;DP=182;FAO=15;FDP=182;FR=.;FRO=167;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=92;FSRR=75;FWDB=-0.0442258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.237;QD=1.00623;RBI=0.0628581;REFB=-0.00208017;REVB=-0.0446678;RO=156;SAF=5;SAR=10;SRF=82;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222303;STB=0.695087;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0301865;OID=.;OPOS=29633915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:182:182:156:167:15:15:0.0824176:10:5:82:74:10:5:92:75 chr20 29633916 . G A,T 1326.34 PASS AF=0.318436,0.351955;AO=57,63;DP=179;FAO=57,63;FDP=179;FR=.;FRO=59;FSAF=32,31;FSAR=25,32;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.020511,-0.00323285;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.5962,105.504;QD=29.6389;RBI=0.0328037,0.035019;REFB=-0.00246058,-0.00381408;REVB=-0.0256004,-0.0348694;RO=52;SAF=32,31;SAR=25,32;SRF=24;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0868013,0.0252099;STB=0.518489,0.516124;STBP=0.717,0.75;TYPE=snp,snp;VARB=0.016477,0.0236265;OID=.,.;OPOS=29633916,29633916;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:179:179:52:59:57,63:57,63:0.318436,0.351955:25,32:32,31:24:28:25,32:32,31:31:28 chr20 29633929 . A G 653.99 PASS AF=0.414773;AO=73;DP=176;FAO=73;FDP=176;FR=.;FRO=103;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=-0.00735648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.403;QD=14.8634;RBI=0.00850366;REFB=-0.0128835;REVB=0.00426549;RO=103;SAF=36;SAR=37;SRF=57;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062895;STB=0.535221;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0118798;OID=.;OPOS=29633929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:103:103:73:73:0.414773:37:36:57:46:37:36:57:46 chr20 29633938 . A G 317.51 PASS AF=0.267442;AO=45;DP=172;FAO=46;FDP=172;FR=.;FRO=126;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=68;FSRR=58;FWDB=-0.0392992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1432;QD=7.38383;RBI=0.0393335;REFB=0.000489582;REVB=0.00164212;RO=126;SAF=21;SAR=24;SRF=68;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901714;STB=0.56071;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00300458;OID=.;OPOS=29633938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:126:126:45:46:0.267442:24:21:68:58:25:21:68:58 chr20 29633952 . C T 492.41 PASS AF=0.378205;AO=59;DP=156;FAO=59;FDP=156;FR=.;FRO=97;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=-0.00486842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.86;QD=12.6258;RBI=0.0125251;REFB=-0.02162;REVB=-0.0115402;RO=97;SAF=29;SAR=30;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714385;STB=0.540468;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0264941;OID=.;OPOS=29633952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:97:97:59:59:0.378205:30:29:54:43:30:29:54:43 chr20 29652138 . C G 115.0 PASS AF=0.110714;AO=31;DP=297;FAO=31;FDP=280;FR=.;FRO=249;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=111;FSRR=138;FWDB=0.0662203;FXX=0.063543;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4829;QD=1.64286;RBI=0.0687771;REFB=0.00143924;REVB=0.0185784;RO=248;SAF=19;SAR=12;SRF=110;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207623;STB=0.646166;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0111716;OID=.;OPOS=29652138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:280:248:249:31:31:0.110714:12:19:110:138:12:19:111:138 chr20 29652147 . A G 103.76 PASS AF=0.106762;AO=30;DP=282;FAO=30;FDP=281;FR=.;FRO=251;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=103;FSRR=148;FWDB=-0.000975097;FXX=0.0140346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9547;QD=1.47699;RBI=0.0307637;REFB=-0.00564706;REVB=-0.0307482;RO=248;SAF=19;SAR=11;SRF=101;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273157;STB=0.692292;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0822981;OID=.;OPOS=29652147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:281:248:251:30:30:0.106762:11:19:101:147:11:19:103:148 chr20 29652164 . GC GT,TT 146.14 PASS AF=0.0811966,0.0683761;AO=19,16;DP=250;FAO=19,16;FDP=234;FR=.;FRO=199;FSAF=8,4;FSAR=11,12;FSRF=74;FSRR=125;FWDB=-0.0278925,-0.0144819;FXX=0.0639974;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=69.2234,99.436;QD=2.49815;RBI=0.0881189,0.0369062;REFB=-0.00412701,-0.00450341;REVB=-0.083588,-0.0339462;RO=197;SAF=8,4;SAR=11,12;SRF=73;SRR=124;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0620064,-0.151965;STB=0.546686,0.630553;STBP=0.67,0.333;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0375954,0.0324623;OID=.,.;OPOS=29652165,29652164;OREF=C,GC;OALT=T,TT;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:250:234:197:199:19,16:19,16:0.0811966,0.0683761:11,12:8,4:73:124:11,12:8,4:74:125 chr20 29652166 . G A 114.66 PASS AF=0.116935;AO=26;DP=245;FAO=29;FDP=248;FR=.;FRO=219;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=80;FSRR=139;FWDB=-0.0102814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.897;QD=1.84934;RBI=0.0110658;REFB=-0.00184908;REVB=-0.00409199;RO=219;SAF=9;SAR=17;SRF=80;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025514;STB=0.544789;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0272757;OID=.;OPOS=29652166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:248:219:219:26:29:0.116935:17:9:80:139:17:12:80:139 chr20 29652172 . TG CA,CG 2528.89 PASS AF=0.302632,0.548246;AO=69,125;DP=230;FAO=69,125;FDP=228;FR=.;FRO=34;FSAF=14,47;FSAR=55,78;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0420946,-0.0222615;FXX=0.00869527;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=148.731,100.855;QD=44.3665;RBI=0.044585,0.0291896;REFB=0.0131832,0.0236347;REVB=0.0146923,-0.0188801;RO=33;SAF=14,47;SAR=55,78;SRF=11;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.111711,0.0179386;STB=0.570154,0.505267;STBP=0.077,0.804;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0152719,0.00101905;OID=.,.;OPOS=29652172,29652172;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:230:228:33:34:69,125:69,125:0.302632,0.548246:55,78:14,47:11:22:55,78:14,47:12:22 chr20 29652182 . C T 32.5 PASS AF=0.0639269;AO=14;DP=219;FAO=14;FDP=219;FR=.;FRO=205;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=53;FSRR=152;FWDB=0.00569104;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9304;QD=0.593537;RBI=0.00880113;REFB=-0.0020654;REVB=0.00671356;RO=200;SAF=5;SAR=9;SRF=48;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154493;STB=0.606495;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0305302;OID=.;OPOS=29652182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:219:219:200:205:14:14:0.0639269:9:5:48:152:9:5:53:152 chr20 29652191 . C T 1973.34 PASS AF=0.737557;AO=158;DP=216;FAO=163;FDP=221;FR=.;FRO=58;FSAF=42;FSAR=121;FSRF=17;FSRR=41;FWDB=0.0436713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9664;QD=35.7166;RBI=0.0481643;REFB=-0.0302476;REVB=-0.0203129;RO=57;SAF=38;SAR=120;SRF=16;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269052;STB=0.512012;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0133003;OID=.;OPOS=29652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:221:57:58:158:163:0.737557:120:38:16:41:121:42:17:41 chr20 29652194 . C T 276.42 PASS AF=0.210762;AO=46;DP=223;FAO=47;FDP=223;FR=.;FRO=176;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=129;FWDB=0.026586;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.251;QD=4.95817;RBI=0.0273641;REFB=-0.00373149;REVB=0.00647909;RO=175;SAF=10;SAR=36;SRF=47;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893484;STB=0.534958;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0213615;OID=.;OPOS=29652194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:175:176:46:47:0.210762:36:10:47:128:36:11:47:129 chr20 29652196 . T C 186.98 PASS AF=0.164444;AO=37;DP=220;FAO=37;FDP=225;FR=.;FRO=188;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=51;FSRR=137;FWDB=-0.0465272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.555;QD=3.32412;RBI=0.0487554;REFB=-0.00758008;REVB=0.0145707;RO=182;SAF=9;SAR=28;SRF=45;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00697011;STB=0.530789;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0454071;OID=.;OPOS=29652196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:225:182:188:37:37:0.164444:28:9:45:137:28:9:51:137 chr20 29652235 . CG CC,GC 1335.5 PASS AF=0.666667,0.120567;AO=92,17;DP=159;FAO=94,17;FDP=141;FR=.;FRO=30;FSAF=20,2;FSAR=74,15;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0259798,-0.0117297;FXX=0.124216;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=81.9557,178.506;QD=37.8866;RBI=0.0259993,0.0163138;REFB=-0.0263122,-0.000437639;REVB=-0.00100685,0.0113381;RO=27;SAF=18,2;SAR=74,15;SRF=10;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.109141,-0.396225;STB=0.552227,0.741099;STBP=0.066,0.037;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0105521,-0.00846721;OID=.,.;OPOS=29652236,29652235;OREF=G,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:141:27:30:92,17:94,17:0.666667,0.120567:74,15:18,2:10:17:74,15:20,2:11:19 chr20 29652254 . G A 147.05 PASS AF=0.203252;AO=25;DP=123;FAO=25;FDP=123;FR=.;FRO=98;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=73;FWDB=-0.0519737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.787;QD=4.78216;RBI=0.0552792;REFB=-0.00217693;REVB=0.018829;RO=98;SAF=7;SAR=18;SRF=25;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402297;STB=0.525125;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00721633;OID=.;OPOS=29652254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:98:98:25:25:0.203252:18:7:25:73:18:7:25:73 chr20 29652267 . C G 41.81 PASS AF=0.103093;AO=10;DP=97;FAO=10;FDP=97;FR=.;FRO=87;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=57;FWDB=-0.0413375;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1417;QD=1.72408;RBI=0.0423893;REFB=0.00045338;REVB=0.00938455;RO=86;SAF=1;SAR=9;SRF=29;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371275;STB=0.807942;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00705688;OID=.;OPOS=29652267;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:97:97:86:87:10:10:0.103093:9:1:29:57:9:1:30:57 chr20 29891172 . C T 320.42 PASS AF=0.252688;AO=47;DP=185;FAO=47;FDP=186;FR=.;FRO=139;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=59;FSRR=80;FWDB=0.00124232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9254;QD=6.89075;RBI=0.0257605;REFB=-0.00190168;REVB=-0.0257305;RO=138;SAF=22;SAR=25;SRF=59;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510347;STB=0.532858;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00466103;OID=.;OPOS=29891172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:138:139:47:47:0.252688:25:22:59:79:25:22:59:80 chr20 29965014 . T C 515.39 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0264113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.507;QD=24.8382;RBI=0.0292374;REFB=-0.0216629;REVB=0.0125406;RO=35;SAF=22;SAR=26;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173803;STB=0.594986;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.015186;OID=.;OPOS=29965014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:35:48:48:0.578313:26:22:24:11:26:22:24:11 chr20 29978216 . T C 287.38 PASS AF=0.388235;AO=32;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.00515193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.859;QD=13.5237;RBI=0.00539549;REFB=-0.0154534;REVB=0.00160281;RO=52;SAF=13;SAR=19;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910047;STB=0.562045;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0194497;OID=.;OPOS=29978216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:52:32:33:0.388235:19:13:17:35:19:14:17:35 chr20 30064331 . A G 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1416;QD=16.4542;RBI=0.0159361;REFB=0.012833;REVB=0.0159361;RO=4;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00696329;OID=.;OPOS=30064331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:6:0:0:4:6:0:0:4 chr20 30070239 . C A 351.3 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0648931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.5;QD=18.0154;RBI=0.0651269;REFB=-0.0425069;REVB=0.0055141;RO=38;SAF=21;SAR=16;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379899;STB=0.503524;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0521412;OID=.;OPOS=30070239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:38:41:37:37:0.474359:16:21:20:18:16:21:23:18 chr20 30193539 . ACCCCCG ACCCC,ACCCCG,ACCCCGG 51.28 PASS AF=0.222222,0.0185185,0;AO=7,9,5;DP=60;FAO=12,1,0;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=6,1,0;FSAR=6,0,0;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0923614,-0.0672477,0.0216994;FXX=0.0181785;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=23.7167,12.1763,20.1622;QD=3.79872;RBI=0.0994238,0.0672599,0.0420919;REFB=-0.0463951,-0.0569893,-0.0137903;REVB=-0.0368028,-0.00128234,0.0360675;RO=35;SAF=2,7,5;SAR=5,2,0;SRF=15;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.184532,0.423956,0.657139;STB=0.603608,0.992483,0.5;STBP=0.439,0.249,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.173217,0.0216768,0;OID=.,.,.;OPOS=30193544,30193540,30193544;OREF=CG,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=ACCCC,ACCCCG,ACCCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222,0.0185185,0:7,9,5:60:12,1,0:54:41:6,1,0:6,0,0:15:26:50:35:2,7,5:5,2,0:15:20 chr20 30433147 . G A 269.84 PASS AF=0.315789;AO=36;DP=114;FAO=36;FDP=114;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.0225653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.162;QD=9.4679;RBI=0.0233498;REFB=-0.011605;REVB=0.00600173;RO=78;SAF=20;SAR=16;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504035;STB=0.529395;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0387856;OID=.;OPOS=30433147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:78:78:36:36:0.315789:16:20:40:38:16:20:40:38 chr20 30452782 . C T 201.67 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.00861131;FXX=0.028165;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.759;QD=11.6911;RBI=0.00889464;REFB=-0.0107419;REVB=0.0022271;RO=44;SAF=9;SAR=16;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230165;STB=0.513297;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0168214;OID=.;OPOS=30452782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:44:44:25:25:0.362319:16:9:15:29:16:9:15:29 chr20 30467684 . T G 119.49 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0298249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6564;QD=13.6556;RBI=0.0300452;REFB=-0.000307445;REVB=-0.00363218;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775117;STB=0.545388;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.00108682;OID=.;OPOS=30467684;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:5:9:12:9:5:9:12:9 chr20 30513735 . C T 296.48 PASS AF=0.492308;AO=31;DP=64;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00677754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.618;QD=18.2452;RBI=0.0564953;REFB=-0.0240819;REVB=0.0560873;RO=33;SAF=14;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586805;STB=0.523566;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0287918;OID=.;OPOS=30513735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:33:33:31:32:0.492308:17:14:17:16:17:15:17:16 chr20 30746248 . T C 1810.19 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.066133;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1795;QD=60.3398;RBI=0.0762492;REFB=-0.0100155;REVB=0.037952;RO=0;SAF=55;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98352e-08;STB=0.504504;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000489003;OID=.;OPOS=30746248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:0:1:119:119:0.991667:64:55:0:0:64:55:1:0 chr20 30777800 . T C 833.02 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.92;QD=57.4499;RBI=0.0447752;REFB=0;REVB=0.0395023;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120164;OID=.;OPOS=30777800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:35:21:0:0:36:22:0:0 chr20 30777860 . A G 351.25 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9627;QD=54.039;RBI=0.058383;REFB=0;REVB=0.0187488;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00274218;OID=.;OPOS=30777860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:13:13:0:0 chr20 30795819 . T C 915.48 PASS AF=1;AO=53;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631195;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.806;QD=58.1259;RBI=0.101582;REFB=0;REVB=0.0795922;RO=0;SAF=42;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149719;OID=.;OPOS=30795819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:53:63:1:11:42:0:0:10:53:0:0 chr20 30904625 . C T 87.87 PASS AF=0.194805;AO=15;DP=77;FAO=15;FDP=77;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.00273262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.667;QD=4.56479;RBI=0.0126959;REFB=-0.00281848;REVB=-0.0123984;RO=61;SAF=8;SAR=7;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109665;STB=0.51387;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0102129;OID=.;OPOS=30904625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:77:77:61:62:15:15:0.194805:7:8:32:29:7:8:32:30 chr20 30922398 . C T 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.933;QD=63.8704;RBI=0.0277515;REFB=0;REVB=-0.0194384;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19896e-07;OID=.;OPOS=30922398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr20 31022959 . T C 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.819;QD=63.1948;RBI=0.0341794;REFB=0;REVB=0.0320268;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2096e-05;OID=.;OPOS=31022959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:43:49:0:0:43:49:0:0 chr20 31024274 . T C 820.38 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180738;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.649;QD=57.5708;RBI=0.0327105;REFB=0;REVB=0.0272638;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119175;OID=.;OPOS=31024274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr20 31025163 . A G 468.28 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580912;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.395;QD=58.5353;RBI=0.0640791;REFB=0;REVB=-0.0270471;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000730099;OID=.;OPOS=31025163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr20 31025535 . A G 1430.54 PASS AF=1;AO=95;DP=98;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488191;FXX=0.0588178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.47;QD=59.6058;RBI=0.0336466;REFB=0;REVB=0.0332906;RO=0;SAF=59;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167507;OID=.;OPOS=31025535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:96:0:0:95:96:1:36:59:0:0:36:60:0:0 chr20 31041555 . AG GA 37.56 PASS AF=0.193548;AO=4;DP=30;FAO=6;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00605066;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=2;MLLD=151.658;QD=4.84596;RBI=0.0271766;REFB=0.00390113;REVB=-0.0264945;RO=16;SAF=1;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352936;STB=0.742329;STBP=0.253;TYPE=mnp;VARB=0.0223335;OID=.;OPOS=31041555;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:30:31:16:24:4:6:0.193548:3:1:9:7:5:1:10:14 chr20 31196471 . A G 242.74 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0391691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5378;QD=22.5805;RBI=0.0400985;REFB=-0.00824893;REVB=-0.00858284;RO=19;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111486;STB=0.551822;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0103088;OID=.;OPOS=31196471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:20:23:23:0.534884:9:14:9:10:9:14:10:10 chr20 31386347 . T C 526.67 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0363406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.201;QD=56.9377;RBI=0.0446531;REFB=-0.0297225;REVB=0.0259473;RO=1;SAF=17;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267359;STB=0.514278;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000284102;OID=.;OPOS=31386347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:19:17:1:0:19:17:1:0 chr20 31386449 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0719444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.554;QD=37.4885;RBI=0.072295;REFB=0;REVB=0.00711131;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006762;OID=.;OPOS=31386449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr20 31388636 . T C 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.105;QD=59.3222;RBI=0.0602625;REFB=0;REVB=0.0413567;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173551;OID=.;OPOS=31388636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:27:41:0:0:27:41:0:0 chr20 31427635 . C T 495.35 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0276213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6211;QD=26.0712;RBI=0.0302443;REFB=-0.0345444;REVB=0.0123199;RO=30;SAF=24;SAR=22;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130128;STB=0.570904;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0190756;OID=.;OPOS=31427635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:30:46:46:0.605263:22:24:21:9:22:24:21:9 chr20 31436747 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.338;QD=59.0187;RBI=0.00552763;REFB=0;REVB=-0.00102182;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39073e-05;OID=.;OPOS=31436747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr20 31494382 . G A 307.98 PASS AF=0.425;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0247011;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.256;QD=15.3989;RBI=0.02482;REFB=-0.0158018;REVB=-0.00242602;RO=45;SAF=26;SAR=8;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443101;STB=0.746075;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0395115;OID=.;OPOS=31494382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:45:46:34:34:0.425:8:26:15:30:8:26:16:30 chr20 31518340 . A G 777.81 PASS AF=0.570312;AO=73;DP=128;FAO=73;FDP=128;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.01546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9042;QD=24.3064;RBI=0.0328303;REFB=-0.0243657;REVB=-0.0289623;RO=55;SAF=34;SAR=39;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770375;STB=0.542003;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.017722;OID=.;OPOS=31518340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:55:55:73:73:0.570312:39:34:31:24:39:34:31:24 chr20 31531604 . G A 88.78 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0344647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.849;QD=6.457;RBI=0.0383974;REFB=-0.0019675;REVB=0.0169277;RO=42;SAF=9;SAR=4;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158227;STB=0.59984;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0282194;OID=.;OPOS=31531604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:42:42:13:13:0.236364:4:9:24:18:4:9:24:18 chr20 31584178 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.248;QD=59.5017;RBI=0.0305211;REFB=0;REVB=0.00758576;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5116e-05;OID=.;OPOS=31584178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr20 31587752 . G C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00517064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.897;QD=54.5176;RBI=0.0458432;REFB=0;REVB=0.0455507;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290001;OID=.;OPOS=31587752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr20 31587793 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00924632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8747;QD=56.1907;RBI=0.0526583;REFB=0;REVB=0.0518402;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000730413;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr20 31609142 . A G 279.6 PASS AF=0.421053;AO=31;DP=74;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0246443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2519;QD=14.7156;RBI=0.0261722;REFB=-0.032894;REVB=0.00881157;RO=43;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336869;STB=0.515245;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0187374;OID=.;OPOS=31609142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:43:44:31:32:0.421053:19:12:18:25:19:13:19:25 chr20 31622083 . G A 562.25 PASS AF=0.6;AO=51;DP=85;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.03214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.022;QD=26.4589;RBI=0.0323438;REFB=-0.0310121;REVB=-0.00362541;RO=34;SAF=20;SAR=31;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207879;STB=0.613393;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0145065;OID=.;OPOS=31622083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:34:34:51:51:0.6:31:20:23:11:31:20:23:11 chr20 31627291 . A G 273.26 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0204701;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.836;QD=19.5188;RBI=0.0235272;REFB=-0.00959039;REVB=0.0115976;RO=29;SAF=10;SAR=19;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701033;STB=0.546953;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00828284;OID=.;OPOS=31627291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:29:27:29:29:0.517857:19:10:8:21:19:10:7:20 chr20 31652292 . G A 351.92 PASS AF=0.448276;AO=36;DP=83;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00141852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4287;QD=16.1803;RBI=0.0264714;REFB=-0.0257433;REVB=0.0264333;RO=46;SAF=10;SAR=26;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220012;STB=0.613576;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0351702;OID=.;OPOS=31652292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:46:48:36:39:0.448276:26:10:22:24:27:12:24:24 chr20 31656632 . C G 705.2 PASS AF=0.447059;AO=76;DP=171;FAO=76;FDP=170;FR=.;FRO=94;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=54;FSRR=40;FWDB=0.0066671;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.894;QD=16.5929;RBI=0.0212428;REFB=-0.00326229;REVB=0.0201695;RO=94;SAF=49;SAR=27;SRF=54;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742851;STB=0.541381;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00598535;OID=.;OPOS=31656632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:94:94:76:76:0.447059:27:49:54:40:27:49:54:40 chr20 31671209 . G C 337.77 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00695957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3682;QD=15.0119;RBI=0.00698263;REFB=0.0142319;REVB=-0.000567014;RO=53;SAF=20;SAR=17;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149277;STB=0.584332;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.0100933;OID=.;OPOS=31671209;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:17:20:21:32:17:20:21:32 chr20 31671599 . A G 173.28 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.042563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.783;QD=16.5027;RBI=0.0432208;REFB=-0.0375531;REVB=0.0075119;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611687;STB=0.516778;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0364917;OID=.;OPOS=31671599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:23:18:19:0.452381:8:10:13:8:8:11:14:9 chr20 31671663 . T C 182.79 PASS AF=0.411765;AO=20;DP=50;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0348218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3903;QD=14.3364;RBI=0.0350173;REFB=-0.00367935;REVB=0.00369558;RO=28;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870393;STB=0.580929;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00425058;OID=.;OPOS=31671663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:30:20:21:0.411765:9:11:13:15:9:12:13:17 chr20 31673846 . A G 386.39 PASS AF=0.476744;AO=39;DP=84;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00443533;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.432;QD=17.9718;RBI=0.0178489;REFB=-0.0224748;REVB=-0.0172891;RO=45;SAF=17;SAR=22;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13553;STB=0.559609;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0315166;OID=.;OPOS=31673846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:45:45:39:41:0.476744:22:17:26:19:22:19:26:19 chr20 31676804 . A C 277.92 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.031166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7126;QD=13.7243;RBI=0.0589971;REFB=-0.0190254;REVB=-0.0500933;RO=49;SAF=18;SAR=14;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120285;STB=0.568524;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0240429;OID=.;OPOS=31676804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:14:18:22:27:14:18:22:27 chr20 31678534 . T C 383.19 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0114522;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.629;QD=14.5976;RBI=0.0126189;REFB=-0.013602;REVB=0.00529933;RO=61;SAF=24;SAR=20;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890529;STB=0.55015;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0217435;OID=.;OPOS=31678534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:61:61:44:44:0.419048:20:24:28:33:20:24:28:33 chr20 31688241 . T C 565.55 PASS AF=0.537736;AO=55;DP=106;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0195294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.412;QD=21.3415;RBI=0.0196323;REFB=-0.00617433;REVB=-0.00200833;RO=49;SAF=32;SAR=23;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044657;STB=0.514395;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00473454;OID=.;OPOS=31688241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:49:55:57:0.537736:23:32:26:23:25:32:26:23 chr20 31688260 . C T 581.67 PASS AF=0.522124;AO=59;DP=113;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.00474795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2464;QD=20.59;RBI=0.0170731;REFB=-0.00802392;REVB=0.0163996;RO=54;SAF=34;SAR=25;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145468;STB=0.508002;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00529948;OID=.;OPOS=31688260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:54:54:59:59:0.522124:25:34:32:22:25:34:32:22 chr20 31757102 . C G 227.13 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00342041;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.545;QD=13.3606;RBI=0.00803052;REFB=-0.00986575;REVB=0.00726568;RO=40;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0067848;STB=0.510909;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00939308;OID=.;OPOS=31757102;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:41:27:27:0.397059:14:13:19:21:14:13:19:22 chr20 31761885 . G A 527.1 PASS AF=0.470588;AO=56;DP=119;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=20;FWDB=0.0135139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.855;QD=17.7175;RBI=0.013543;REFB=-0.00652449;REVB=0.000886934;RO=62;SAF=29;SAR=27;SRF=43;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168286;STB=0.587814;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00963112;OID=.;OPOS=31761885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:62:63:56:56:0.470588:27:29:43:19:27:29:43:20 chr20 31767470 . G C 320.26 PASS AF=0.492754;AO=33;DP=66;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0165124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9103;QD=18.5655;RBI=0.0233241;REFB=-0.0315964;REVB=0.0164729;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012643;STB=0.522772;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0480102;OID=.;OPOS=31767470;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:32:35:33:34:0.492754:18:15:15:17:19:15:17:18 chr20 31812206 . A G 478.17 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=38;FWDB=0.0571413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4867;QD=20.5663;RBI=0.0647571;REFB=0.00294365;REVB=0.0304688;RO=45;SAF=24;SAR=23;SRF=7;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315251;STB=0.665391;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00405879;OID=.;OPOS=31812206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:46:47:47:0.505376:23:24:7:38:23:24:8:38 chr20 31812923 . G A 1824.94 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0293284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.997;QD=60.3285;RBI=0.0335992;REFB=-0.0108135;REVB=-0.0163937;RO=1;SAF=68;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693477;STB=0.503649;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-4.00368e-05;OID=.;OPOS=31812923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:52:68:1:0:52:68:1:0 chr20 31814277 . C T 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0322875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.505;QD=12.0591;RBI=0.0322916;REFB=-0.00367271;REVB=0.00051234;RO=40;SAF=8;SAR=17;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175806;STB=0.603975;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00427568;OID=.;OPOS=31814277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:42:25:25:0.373134:17:8:19:21:17:8:20:22 chr20 31830955 . T C 282.97 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.111914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2314;QD=14.8934;RBI=0.113449;REFB=0.00492272;REVB=-0.0185984;RO=44;SAF=17;SAR=15;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145886;STB=0.508259;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.00981528;OID=.;OPOS=31830955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:15:17:24:20:15:17:24:20 chr20 31876681 . A G 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0444427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.785;QD=9.14896;RBI=0.0491329;REFB=-0.0059603;REVB=-0.0209495;RO=40;SAF=12;SAR=6;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27988;STB=0.666481;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0157879;OID=.;OPOS=31876681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:6:12:17:23:6:12:17:23 chr20 31897554 . G C 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000512357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.833;QD=62.9787;RBI=0.0146697;REFB=0;REVB=-0.0146608;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.91099e-05;OID=.;OPOS=31897554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr20 31984863 . G T 106.83 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.01288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.239;QD=12.2093;RBI=0.0129668;REFB=-0.0228073;REVB=-0.00149786;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890352;STB=0.552551;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.032822;OID=.;OPOS=31984863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:6:7:10:12:6:7:10:12 chr20 32212690 . C T 1251.16 PASS AF=0.910891;AO=91;DP=107;FAO=92;FDP=101;FR=.;FRO=9;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0091624;FXX=0.0648088;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.732;QD=49.551;RBI=0.00927154;REFB=-0.0719407;REVB=-0.00141837;RO=9;SAF=40;SAR=51;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767397;STB=0.540719;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000342728;OID=.;OPOS=32212690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:107:101:9:9:91:92:0.910891:51:40:8:1:52:40:8:1 chr20 32212691 . G T 52.29 PASS AF=0.11215;AO=9;DP=103;FAO=12;FDP=107;FR=.;FRO=95;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=-0.0180749;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=71.6713;QD=1.95467;RBI=0.0223218;REFB=0.0129457;REVB=0.013098;RO=94;SAF=8;SAR=1;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479196;STB=0.911578;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0125438;OID=.;OPOS=32212691;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:103:107:94:95:9:12:0.11215:1:8:44:50:1:11:44:51 chr20 32248163 . C T 1157.4 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00979452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.636;QD=59.3538;RBI=0.0173414;REFB=0.00280446;REVB=0.0143106;RO=1;SAF=40;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116855;STB=0.506171;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=3.79331e-05;OID=.;OPOS=32248163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:37:40:1:0:37:40:1:0 chr20 32264159 . GCCCCCCCA GCCCCCCA,GCCCCCCAC 55.76 PASS AF=0.388235,0;AO=25,14;DP=86;FAO=33,0;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=15,0;FSAR=18,0;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0836143,-0.0861878;FXX=0.0229859;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.37865,17.3323;QD=2.6238;RBI=0.0836622,0.246107;REFB=-0.102581,-0.0313767;REVB=0.00283175,-0.230522;RO=35;SAF=18,0;SAR=7,14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.22911,-0.785347;STB=0.53959,0.5;STBP=0.584,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.14727,0;OID=.,.;OPOS=32264160,32264166;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=GCCCCCCA,GCCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388235,0:25,14:86:33,0:85:52:15,0:18,0:27:25:56:35:18,0:7,14:18:17 chr20 32295541 . C T 171.37 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0103322;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.155;QD=42.8427;RBI=0.0390901;REFB=0.0197741;REVB=0.0376999;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545392;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-1.81564e-05;OID=.;OPOS=32295541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:16:0:1:15:15:0.9375:5:10:0:0:5:10:0:1 chr20 32345106 . G A 62.06 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0180262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.693;QD=7.52193;RBI=0.0583628;REFB=-0.0079044;REVB=-0.0555093;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207656;STB=0.628863;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0274699;OID=.;OPOS=32345106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:5:4:15:9:5:4:15:9 chr20 32379263 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00145259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.44;QD=56.7066;RBI=0.00780331;REFB=0;REVB=0.00766692;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70025e-05;OID=.;OPOS=32379263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr20 32664864 . C CCAG 125.59 PASS AF=1;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590125;FXX=0.411523;HRUN=2;LEN=3;MLLD=197.449;QD=50.236;RBI=0.0607213;REFB=0;REVB=-0.0143038;RO=25;SAF=9;SAR=1;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.635125;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000263294;OID=.;OPOS=32664865;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=CCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:10:35:10:10:0:9:1:0:0:3:25:9:1:9:16 chr20 32664866 . G A 227.23 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0157853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.706;QD=28.4039;RBI=0.0232461;REFB=-0.0082468;REVB=0.0170648;RO=11;SAF=6;SAR=15;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38732;STB=0.714081;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00342904;OID=.;OPOS=32664866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:15:6:10:1:15:6:10:1 chr20 32664880 . T C 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0354739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9069;QD=8.24622;RBI=0.0613826;REFB=-0.0263586;REVB=-0.0500941;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.519455;STB=0.81321;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0341244;OID=.;OPOS=32664880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:12:3:5:2:12:3 chr20 32664926 . G A 164.83 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0145234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.598;QD=21.268;RBI=0.0356273;REFB=-0.0380138;REVB=0.0325327;RO=14;SAF=14;SAR=3;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499467;STB=0.528267;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0262561;OID=.;OPOS=32664926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:3:14:11:3:3:14:11:3 chr20 32665009 . C T 485.12 PASS AF=0.616438;AO=44;DP=71;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=0.0340562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.13;QD=26.5817;RBI=0.045732;REFB=-0.0359472;REVB=0.030522;RO=27;SAF=28;SAR=16;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171595;STB=0.577345;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.015752;OID=.;OPOS=32665009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:27:28:44:45:0.616438:16:28:23:4:16:29:23:5 chr20 32693274 . G T 195.86 PASS AF=0.288889;AO=26;DP=90;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.014069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.479;QD=8.70496;RBI=0.0331604;REFB=-0.0161071;REVB=-0.0300279;RO=64;SAF=9;SAR=17;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188679;STB=0.61239;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0378085;OID=.;OPOS=32693274;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:64:64:26:26:0.288889:17:9:32:32:17:9:32:32 chr20 32971986 . G C 182.93 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0149161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.991;QD=17.4221;RBI=0.0230183;REFB=-0.00532447;REVB=0.0175315;RO=22;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247003;STB=0.63262;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00537072;OID=.;OPOS=32971986;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:23:19:19:0.452381:14:5:11:11:14:5:11:12 chr20 32972053 . TGCA T 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00494921;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=302.111;QD=15.626;RBI=0.0107323;REFB=-0.0140229;REVB=-0.00952295;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104816;STB=0.571347;STBP=0.458;TYPE=del;VARB=0.0170188;OID=.;OPOS=32972054;OREF=GCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425:17:37:17:40:23:8:9:8:15:99:17:8:9:6:11 chr20 33104592 . G C 288.81 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0242656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7855;QD=16.2708;RBI=0.0625193;REFB=0.00932914;REVB=0.0576181;RO=39;SAF=16;SAR=16;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188563;STB=0.605571;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00674696;OID=.;OPOS=33104592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:16:16:27:12:16:16:27:12 chr20 33324481 . A G 486.03 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00151818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.968;QD=24.0014;RBI=0.0119847;REFB=-0.0077535;REVB=0.0118882;RO=35;SAF=28;SAR=18;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00717271;STB=0.503935;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00576654;OID=.;OPOS=33324481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:35:46:46:0.567901:18:28:21:14:18:28:21:14 chr20 33337751 . T C 377.01 PASS AF=0.430108;AO=39;DP=92;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00647337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.6785;QD=16.2155;RBI=0.0124163;REFB=-0.005283;REVB=0.0105952;RO=51;SAF=20;SAR=19;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167249;STB=0.512676;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00814227;OID=.;OPOS=33337751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:51:53:39:40:0.430108:19:20:27:24:19:21:29:24 chr20 33345720 . T C 466.9 PASS AF=0.7;AO=42;DP=60;FAO=42;FDP=60;FR=.;FRO=18;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0383145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.872;QD=31.1269;RBI=0.0435182;REFB=-0.0610227;REVB=0.0206357;RO=18;SAF=26;SAR=16;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281612;STB=0.515247;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0276823;OID=.;OPOS=33345720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:18:18:42:42:0.7:16:26:12:6:16:26:12:6 chr20 33370019 . G A 205.18 PASS AF=0.287234;AO=27;DP=94;FAO=27;FDP=94;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.0474023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4642;QD=8.73118;RBI=0.0605868;REFB=0.00652675;REVB=-0.037733;RO=67;SAF=16;SAR=11;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241862;STB=0.514345;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.0277662;OID=.;OPOS=33370019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:67:67:27:27:0.287234:11:16:41:26:11:16:41:26 chr20 33439103 . C T 354.13 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.025572;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.0559;QD=21.4623;RBI=0.0264749;REFB=0.0361867;REVB=0.00685543;RO=30;SAF=15;SAR=21;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419353;STB=0.523183;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.0276463;OID=.;OPOS=33439103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:21:15:14:16:21:15:14:16 chr20 33447388 . G A 121.54 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0666832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.286;QD=15.1929;RBI=0.0712342;REFB=0.0109163;REVB=0.025053;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253924;STB=0.514685;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.0221347;OID=.;OPOS=33447388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:5:9:12:6:5:9:12:6 chr20 33451148 . G A 319.32 PASS AF=0.353982;AO=38;DP=111;FAO=40;FDP=113;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=20;FWDB=0.00344409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4293;QD=11.3035;RBI=0.116484;REFB=0.00678129;REVB=0.116433;RO=73;SAF=28;SAR=10;SRF=53;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157355;STB=0.520333;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.0106952;OID=.;OPOS=33451148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:73:73:38:40:0.353982:10:28:53:20:12:28:53:20 chr20 33462951 . G T 243.82 PASS AF=0.482759;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0164033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0048;QD=16.8155;RBI=0.0198741;REFB=-0.0164794;REVB=-0.0112211;RO=30;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618881;STB=0.541854;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.027439;OID=.;OPOS=33462951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:27:28:0.482759:17:10:13:17:18:10:13:17 chr20 33464513 . C T 79.7 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0332169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.02;QD=7.08472;RBI=0.0368345;REFB=-0.00550775;REVB=0.0159192;RO=34;SAF=4;SAR=7;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166334;STB=0.604745;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0186529;OID=.;OPOS=33464513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:7:4:17:17:7:4:17:17 chr20 33470694 . C T 738.93 PASS AF=0.605263;AO=68;DP=113;FAO=69;FDP=114;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00616942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.942;QD=25.9274;RBI=0.00911055;REFB=-0.00878245;REVB=0.00670377;RO=45;SAF=24;SAR=44;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07158;STB=0.534403;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00486812;OID=.;OPOS=33470694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:45:45:68:69:0.605263:44:24:20:25:44:25:20:25 chr20 33565480 . C T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00747755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.722;QD=10.6342;RBI=0.0468922;REFB=-0.0113336;REVB=-0.0462922;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242792;STB=0.646696;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0262915;OID=.;OPOS=33565480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:5:8:3:5:5:8 chr20 33572941 . A G 63.28 PASS AF=0.5;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0258371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.477;QD=14.0624;RBI=0.030149;REFB=-0.0299254;REVB=-0.0155374;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645053;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0205064;OID=.;OPOS=33572941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:18:18:9:9:8:9:0.5:3:5:5:4:4:5:5:4 chr20 33578276 . C T 61.48 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0160173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.476;QD=7.02673;RBI=0.0184627;REFB=-0.0029036;REVB=0.00918236;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200736;STB=0.627162;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0148872;OID=.;OPOS=33578276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:3:6:13:13:3:6:13:13 chr20 33578899 . T C 420.08 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0264021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.745;QD=14.6116;RBI=0.0267956;REFB=-0.00118039;REVB=0.0045753;RO=66;SAF=29;SAR=19;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124504;STB=0.566086;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00149814;OID=.;OPOS=33578899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:66:67:48:48:0.417391:19:29:32:34:19:29:33:34 chr20 33581955 . G A 377.47 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.018279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.295;QD=16.2352;RBI=0.0299267;REFB=-0.0183255;REVB=0.0236957;RO=53;SAF=19;SAR=21;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919667;STB=0.551717;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0265448;OID=.;OPOS=33581955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:40:40:0.430108:21:19:30:23:21:19:30:23 chr20 33583331 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0732522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6101;QD=44.6897;RBI=0.091132;REFB=0;REVB=-0.0542139;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00585258;OID=.;OPOS=33583331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr20 33584289 . C T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00817257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.917;QD=19.5231;RBI=0.00863525;REFB=-0.0223433;REVB=0.00278866;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799787;STB=0.545391;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0174704;OID=.;OPOS=33584289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:4:8:8:6:4:8 chr20 33591006 . G A 499.45 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=0.0270166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9246;QD=16.9306;RBI=0.0302202;REFB=-0.00755686;REVB=0.0135411;RO=62;SAF=20;SAR=34;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276228;STB=0.645249;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00637394;OID=.;OPOS=33591006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:64:54:54:0.457627:34:20:41:21:34:20:41:23 chr20 33657126 . G A 296.71 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0529353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4572;QD=15.6165;RBI=0.0549665;REFB=-0.00523931;REVB=0.0148045;RO=43;SAF=13;SAR=20;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165385;STB=0.593367;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0157432;OID=.;OPOS=33657126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:20:13:24:19:20:13:24:19 chr20 33862818 . C T 37.85 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.0109709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.021;QD=2.75278;RBI=0.0158928;REFB=-0.00620103;REVB=0.0114987;RO=45;SAF=4;SAR=3;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630321;STB=0.567382;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0283033;OID=.;OPOS=33862818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:45:48:7:7:0.127273:3:4:28:17:3:4:31:17 chr20 33867753 . G GC 48.15 PASS AF=0.368421;AO=3;DP=26;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00983335;FXX=0.269127;HRUN=0;LEN=1;MLLD=181.462;QD=10.1371;RBI=0.0151627;REFB=-0.0148786;REVB=-0.0115418;RO=22;SAF=0;SAR=3;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.662913;STB=0.644727;STBP=0.413;TYPE=ins;VARB=0.0269965;OID=.;OPOS=33867754;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:3:26:7:19:12:2:5:6:6:48:22:0:3:15:7 chr20 33867754 . G C 75.65 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.000272439;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=137.751;QD=11.6382;RBI=0.0121112;REFB=-0.0115191;REVB=-0.0121081;RO=16;SAF=9;SAR=1;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.605166;STB=0.867601;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0204528;OID=.;OPOS=33867754;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:1:9:6:10:1:9:6:10 chr20 33874797 . G C 145.54 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00888787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.771;QD=16.1715;RBI=0.043025;REFB=-0.0313474;REVB=-0.042097;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238186;STB=0.637504;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0366765;OID=.;OPOS=33874797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:5:11:9:11:5:11:9:11 chr20 33969530 . C T 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0606642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.348;QD=21.9721;RBI=0.0607783;REFB=-0.00132026;REVB=0.00372244;RO=21;SAF=5;SAR=18;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806656;STB=0.545413;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0020422;OID=.;OPOS=33969530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:18:5:6:15:18:5:6:15 chr20 33971914 . C T 241.05 PASS AF=0.344828;AO=29;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0222892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2668;QD=11.0825;RBI=0.0302462;REFB=0.00988001;REVB=-0.0204457;RO=56;SAF=15;SAR=14;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102821;STB=0.563177;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.0214754;OID=.;OPOS=33971914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:57:29:30:0.344828:14:15:34:22:15:15:34:23 chr20 33974163 . T A 156.42 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00460186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.518;QD=24.0651;RBI=0.00979462;REFB=-0.018535;REVB=0.00864624;RO=10;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432421;STB=0.524241;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0088292;OID=.;OPOS=33974163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:7:9:5:5:7:9:5:5 chr20 34062642 . C T 329.82 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00904206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.079;QD=15.7057;RBI=0.0651812;REFB=-0.0045525;REVB=-0.064551;RO=46;SAF=24;SAR=12;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174024;STB=0.611507;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00564495;OID=.;OPOS=34062642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:48:36:36:0.428571:12:24:23:23:12:24:23:25 chr20 34090519 . G A 277.88 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0283133;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.349;QD=16.1088;RBI=0.0311206;REFB=-0.0227112;REVB=-0.0129169;RO=38;SAF=7;SAR=24;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231185;STB=0.631487;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0238026;OID=.;OPOS=34090519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:24:7:16:22:24:7:16:22 chr20 34116282 . T C 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0075133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.26;QD=17.5683;RBI=0.0607356;REFB=-0.00896256;REVB=-0.0602691;RO=31;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307414;STB=0.517229;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00833297;OID=.;OPOS=34116282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:14:15:15:16:14:15:15:16 chr20 34130710 . G A 138.08 PASS AF=0.325;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.000994348;FXX=0.0697512;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.979;QD=13.8081;RBI=0.00340874;REFB=-0.00724102;REVB=0.00326049;RO=21;SAF=1;SAR=12;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416349;STB=0.793528;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0147185;OID=.;OPOS=34130710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:40:21:24:13:13:0.325:12:1:6:15:12:1:8:16 chr20 34131396 . C T 361.15 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.00717852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.91;QD=14.3029;RBI=0.00744194;REFB=-0.00337574;REVB=-0.00196246;RO=60;SAF=21;SAR=20;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117667;STB=0.566442;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00493163;OID=.;OPOS=34131396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:60:41:41:0.405941:20:21:24:36:20:21:24:36 chr20 34144107 . T C 803.41 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0541551;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.926;QD=55.4078;RBI=0.0544293;REFB=-0.0650761;REVB=0.00545653;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.50746;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00012715;OID=.;OPOS=34144107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:33:24:0:0:33:24:0:1 chr20 34147169 . TTCCTCCTCCT TTCCTCCT,TTCCTCCTCTG 91.71 PASS AF=0.23913,0.0434783;AO=10,2;DP=46;FAO=11,2;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=2,0;FSAR=9,2;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0409513,-0.00332185;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,2;MLLD=178.837,95.9566;QD=7.97478;RBI=0.0409598,0.00520982;REFB=-0.0123065,-0.0131274;REVB=0.000833935,-0.00401343;RO=29;SAF=1,0;SAR=9,2;SRF=17;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.606005,-0.502779;STB=0.830741,0.996025;STBP=0.027,0.101;TYPE=del,mnp;VARB=0.0394102,0.0824593;OID=.,.;OPOS=34147170,34147178;OREF=TCC,CT;OALT=-,TG;OMAPALT=TTCCTCCT,TTCCTCCTCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.23913,0.0434783:10,2:46:11,2:46:33:2,0:9,2:21:12:77:29:1,0:9,2:17:12 chr20 34147998 . A G 517.78 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.00517883;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.394;QD=17.7019;RBI=0.0194435;REFB=-0.0107875;REVB=-0.0187412;RO=60;SAF=24;SAR=31;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10695;STB=0.550964;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0102729;OID=.;OPOS=34147998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:62:55:55:0.470085:31:24:33:27:31:24:33:29 chr20 34152782 . C T 148.43 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0118718;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.01;QD=10.7949;RBI=0.0280482;REFB=-0.00986305;REVB=-0.0254119;RO=36;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119335;STB=0.569984;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0165794;OID=.;OPOS=34152782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:36:36:19:19:0.345455:11:8:19:17:11:8:19:17 chr20 34164422 . T C 1301.86 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0447409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5583;QD=61.9931;RBI=0.0511621;REFB=0;REVB=-0.0248156;RO=0;SAF=51;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000539213;OID=.;OPOS=34164422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:33:51:0:0:33:51:0:0 chr20 34167382 . G A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00526363;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.571;QD=7.76266;RBI=0.00611905;REFB=-0.0170057;REVB=-0.00312042;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603259;STB=0.538331;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0338433;OID=.;OPOS=34167382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:5:8:4:2:5:8 chr20 34170035 . C G 397.3 PASS AF=0.882353;AO=30;DP=34;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0687132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.28;QD=46.7415;RBI=0.0779872;REFB=-0.191536;REVB=0.0368849;RO=3;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103179;STB=0.57138;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00797106;OID=.;OPOS=34170035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:34:34:3:4:30:30:0.882353:12:18:0:3:12:18:0:4 chr20 34170316 . C A 508.52 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00359838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.411;QD=56.5019;RBI=0.0450965;REFB=-0.0992194;REVB=0.0449527;RO=1;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283378;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000526485;OID=.;OPOS=34170316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:16:19:0:1:16:19:0:1 chr20 34173046 . C T 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0218347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.98;QD=10.2709;RBI=0.0234028;REFB=-0.0196162;REVB=-0.00842238;RO=34;SAF=8;SAR=8;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134796;STB=0.568543;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0521727;OID=.;OPOS=34173046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:35:16:16:0.313725:8:8:21:13:8:8:21:14 chr20 34173178 . A G 54.07 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0163619;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.805;QD=6.97731;RBI=0.0520883;REFB=-0.0169576;REVB=-0.0494518;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286331;STB=0.677032;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0240088;OID=.;OPOS=34173178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:31:31:23:23:8:8:0.258065:4:4:6:17:4:4:6:17 chr20 34179907 . C T 1819.61 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1109;QD=61.1633;RBI=0.0444306;REFB=0;REVB=-0.0148592;RO=0;SAF=50;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309446;OID=.;OPOS=34179907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:69:50:0:0:69:50:0:0 chr20 34183479 . C T 386.3 PASS AF=0.4875;AO=32;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.0123842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5295;QD=19.3149;RBI=0.0505065;REFB=-0.0534576;REVB=-0.0489646;RO=32;SAF=19;SAR=13;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221771;STB=0.603124;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0706819;OID=.;OPOS=34183479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:32:39:32:39:0.4875:13:19:11:21:20:19:11:28 chr20 34186953 . T C 425.51 PASS AF=0.477778;AO=41;DP=89;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.0565154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0655;QD=18.9113;RBI=0.0727738;REFB=-0.0237976;REVB=-0.045848;RO=47;SAF=24;SAR=17;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118039;STB=0.554426;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0184426;OID=.;OPOS=34186953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:47:47:41:43:0.477778:17:24:33:14:17:26:33:14 chr20 34187552 . C T 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0234712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.677;QD=17.6172;RBI=0.0489244;REFB=-0.020643;REVB=0.0429267;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164399;STB=0.592757;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0230385;OID=.;OPOS=34187552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:14:10:16:11:14:10:16:11 chr20 34187697 . A G 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.00669592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.934;QD=7.95467;RBI=0.0434128;REFB=0.0125473;REVB=-0.0428933;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446746;STB=0.768678;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0142277;OID=.;OPOS=34187697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:3:5:4:15:3:5:4:15 chr20 34187728 . T G 121.93 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00810889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.715;QD=15.2418;RBI=0.0415213;REFB=-0.0270589;REVB=0.0407218;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397707;STB=0.738799;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0098019;OID=.;OPOS=34187728;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:18:14:14:0.4375:4:10:4:11:4:10:5:13 chr20 34190077 . G A 600.85 PASS AF=0.623529;AO=54;DP=87;FAO=53;FDP=85;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00302103;FXX=0.0229859;HRUN=5;LEN=1;MLLD=290.363;QD=28.2753;RBI=0.00570335;REFB=-0.0122224;REVB=0.00483751;RO=30;SAF=24;SAR=30;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806114;STB=0.52961;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00719709;OID=.;OPOS=34190077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:30:32:54:53:0.623529:30:24:17:13:29:24:17:15 chr20 34190970 . C T 443.16 PASS AF=0.6;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0340029;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0627;QD=25.3235;RBI=0.0949474;REFB=-0.0430445;REVB=0.08865;RO=28;SAF=15;SAR=27;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161566;STB=0.588565;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.031092;OID=.;OPOS=34190970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:28:28:42:42:0.6:27:15:16:12:27:15:16:12 chr20 34194054 . T C 124.74 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0092447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0325;QD=10.1825;RBI=0.0404727;REFB=3.59302e-05;REVB=-0.0394027;RO=34;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149979;STB=0.590043;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00213598;OID=.;OPOS=34194054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:6:9:16:18:6:9:16:18 chr20 34194243 . A G 367.68 PASS AF=0.62069;AO=21;DP=59;FAO=36;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.100842;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.747;QD=25.3573;RBI=0.117047;REFB=-0.0883641;REVB=0.059422;RO=19;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686565;STB=0.531233;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0529684;OID=.;OPOS=34194243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:19:22:21:36:0.62069:14:7:5:14:20:16:8:14 chr20 34215234 . C CA 90.63 PASS AF=0.475;AO=16;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.098111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.4542;QD=9.06349;RBI=0.0991225;REFB=-0.0533139;REVB=-0.0141247;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454969;STB=0.529381;STBP=0.698;TYPE=ins;VARB=0.0511984;OID=.;OPOS=34215235;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.475:16:39:19:40:21:8:11:10:11:90:22:8:8:10:12 chr20 34218673 . G C 251.56 PASS AF=0.518519;AO=26;DP=51;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00792643;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.157;QD=18.6341;RBI=0.0105041;REFB=-0.00188366;REVB=-0.00689259;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15811;STB=0.590488;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00324258;OID=.;OPOS=34218673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:25:26:26:28:0.518519:13:13:17:8:15:13:17:9 chr20 34219496 . T C 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0136612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.208;QD=12.0827;RBI=0.0160893;REFB=-0.0121462;REVB=-0.00849926;RO=35;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535415;STB=0.531054;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0319982;OID=.;OPOS=34219496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:8:13:20:15:8:13:20:15 chr20 34241686 . CTT C 75.15 PASS AF=0.264706;AO=17;DP=69;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0149213;FXX=0.0144907;HRUN=5;LEN=2;MLLD=31.686;QD=4.42048;RBI=0.068715;REFB=-1.09276e-05;REVB=-0.0670754;RO=40;SAF=10;SAR=7;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750536;STB=0.596931;STBP=0.374;TYPE=del;VARB=-0.00223403;OID=.;OPOS=34241687;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264706:17:69:18:68:50:11:7:24:26:75:40:10:7:21:19 chr20 34243017 . C T 484.03 PASS AF=0.418605;AO=51;DP=131;FAO=54;FDP=129;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0068925;FXX=0.0373106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.055;QD=15.0088;RBI=0.00892716;REFB=-0.0107622;REVB=0.00567341;RO=75;SAF=25;SAR=26;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736047;STB=0.506894;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0150412;OID=.;OPOS=34243017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:75:75:51:54:0.418605:26:25:42:33:26:28:38:37 chr20 34312495 . T C 204.38 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0572384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6375;QD=14.5985;RBI=0.059887;REFB=-0.0166204;REVB=-0.0176129;RO=32;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062728;STB=0.535685;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0148456;OID=.;OPOS=34312495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:12:12:14:18:12:12:14:18 chr20 34324456 . A T 223.2 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.00632797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.2558;QD=10.5037;RBI=0.00689689;REFB=-0.00506311;REVB=-0.00274298;RO=56;SAF=21;SAR=7;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412909;STB=0.736355;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00872197;OID=.;OPOS=34324456;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:57:28:28:0.329412:7:21:22:34:7:21:23:34 chr20 34324484 . A C 271.73 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00475089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.671;QD=12.3514;RBI=0.0126002;REFB=-0.000622025;REVB=0.0116702;RO=56;SAF=25;SAR=7;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444829;STB=0.75685;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00085286;OID=.;OPOS=34324484;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:56:32:32:0.363636:7:25:22:34:7:25:22:34 chr20 34328523 . CAAAG C 118.73 PASS AF=0.297619;AO=25;DP=85;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.011105;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=4;MLLD=249.328;QD=5.65402;RBI=0.0174837;REFB=-0.0160167;REVB=-0.0135041;RO=56;SAF=18;SAR=7;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310093;STB=0.690109;STBP=0.02;TYPE=del;VARB=0.0415349;OID=.;OPOS=34328524;OREF=AAAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297619:25:85:25:84:59:18:7:27:32:99:56:18:7:26:30 chr20 34357783 . AATTTT A 30.55 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=15;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00619058;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=5;MLLD=249.654;QD=8.14792;RBI=0.0356879;REFB=-0.00339953;REVB=0.0351468;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378245;STB=0.726281;STBP=0.28;TYPE=del;VARB=0.00913707;OID=.;OPOS=34357784;OREF=ATTTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:5:15:5:15:10:1:4:5:5:30:7:1:4:4:3 chr20 34502107 . G A 151.9 PASS AF=0.395349;AO=16;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00752417;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8505;QD=14.1305;RBI=0.00911172;REFB=-0.00396954;REVB=0.0051391;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517787;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0069534;OID=.;OPOS=34502107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:16:17:0.395349:8:8:13:13:8:9:13:13 chr20 34542365 . C G 929.04 PASS AF=0.573248;AO=88;DP=155;FAO=90;FDP=157;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=66;FSRF=19;FSRR=48;FWDB=0.0168788;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.826;QD=23.6698;RBI=0.022956;REFB=-0.00721532;REVB=-0.0155591;RO=60;SAF=24;SAR=64;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253261;STB=0.509148;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00575776;OID=.;OPOS=34542365;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:157:60:67:88:90:0.573248:64:24:18:42:66:24:19:48 chr20 34596371 . C T 345.29 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00875708;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.898;QD=16.6403;RBI=0.0181511;REFB=-0.0273441;REVB=0.015899;RO=43;SAF=25;SAR=12;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252816;STB=0.626199;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0273169;OID=.;OPOS=34596371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:46:37:37:0.445783:12:25:18:25:12:25:21:25 chr20 35061023 . C T 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0359667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.563;QD=9.85803;RBI=0.0507328;REFB=-0.0195055;REVB=-0.0357801;RO=28;SAF=4;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227554;STB=0.627703;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0356323;OID=.;OPOS=35061023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:29:13:13:0.309524:9:4:14:14:9:4:14:15 chr20 35281656 . G A 227.39 PASS AF=0.35;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00154718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.819;QD=11.3695;RBI=0.0290109;REFB=-0.00616031;REVB=-0.0289696;RO=49;SAF=17;SAR=11;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108886;STB=0.582973;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0148911;OID=.;OPOS=35281656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:49:52:28:28:0.35:11:17:25:24:11:17:25:27 chr20 35282083 . C T 188.18 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00476632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.638;QD=10.9091;RBI=0.0295406;REFB=-0.0394837;REVB=-0.0291536;RO=35;SAF=12;SAR=12;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25429;STB=0.565164;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0369379;OID=.;OPOS=35282083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:45:24:24:0.347826:12:12:26:9:12:12:27:18 chr20 35710453 . T C 208.7 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0726985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0125;QD=18.1474;RBI=0.0799818;REFB=0.000685657;REVB=-0.0333471;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418656;STB=0.523787;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.00316753;OID=.;OPOS=35710453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:10:11:12:13:10:11:12:13 chr20 35717480 . G A 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0450895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.239;QD=12.3948;RBI=0.0718168;REFB=-0.00389686;REVB=-0.055898;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33698;STB=0.695401;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00817681;OID=.;OPOS=35717480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:8:6:18:6:8:6:18:6 chr20 35740794 . T C 441.95 PASS AF=0.416667;AO=50;DP=121;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0414737;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.805;QD=14.7316;RBI=0.0455783;REFB=0.00860244;REVB=0.0189027;RO=66;SAF=23;SAR=27;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025308;STB=0.531696;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.0131759;OID=.;OPOS=35740794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:66:70:50:50:0.416667:27:23:32:34:27:23:36:34 chr20 35748189 . C T 182.62 PASS AF=0.245614;AO=28;DP=114;FAO=28;FDP=114;FR=.;FRO=86;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=0.0323291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9757;QD=6.40761;RBI=0.0380986;REFB=-0.000839786;REVB=-0.0201578;RO=80;SAF=20;SAR=8;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368819;STB=0.741925;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00503523;OID=.;OPOS=35748189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:80:86:28:28:0.245614:8:20:33:47:8:20:33:53 chr20 35769592 . T C 243.24 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0292901;FXX=0.0128189;HRUN=6;LEN=1;MLLD=48.0474;QD=12.6359;RBI=0.0522533;REFB=-0.0185673;REVB=0.0432724;RO=48;SAF=11;SAR=18;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886775;STB=0.550985;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0308059;OID=.;OPOS=35769592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:18:11:22:26:18:11:22:26 chr20 35769647 . G T 262.48 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0613944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.9997;QD=12.8038;RBI=0.0659817;REFB=0.00156996;REVB=-0.0241726;RO=48;SAF=13;SAR=18;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489721;STB=0.53016;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.00195814;OID=.;OPOS=35769647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:48:51:31:31:0.378049:18:13:18:30:18:13:19:32 chr20 35783494 . T C 329.5 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00837814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8309;QD=15.6903;RBI=0.0221494;REFB=0.0196366;REVB=0.0205038;RO=48;SAF=23;SAR=13;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015161;STB=0.508554;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.0245351;OID=.;OPOS=35783494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:13:23:30:18:13:23:30:18 chr20 35807788 . TGGC ACTC,TGCT,TGGCTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACTC 118.96 PASS AF=0.121212,0.0909091,0.212121;AO=4,3,5;DP=42;FAO=4,3,7;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4,0,4;FSAR=0,3,3;FSRF=19;FSRR=0;FWDB=-0.0127511,0.0485273,-0.00385079;FXX=0.214235;HRUN=1,2,3;LEN=3,2,29;MLLD=242.574,36.9301,531.151;QD=14.4198;RBI=0.0170049,0.179824,0.0202065;REFB=-0.0125432,0.0108729,-0.00164735;REVB=0.0112506,0.173152,0.0198362;RO=20;SAF=4,0,3;SAR=0,3,2;SRF=19;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.528804,-0.826428,-0.554951;STB=0.5,0.999085,0.851388;STBP=1,0.001,0.374;TYPE=mnp,mnp,ins;VARB=0.00614058,0.117301,0.00474561;OID=.,.,.;OPOS=35807788,35807790,35807791;OREF=TGG,GC,-;OALT=ACT,CT,CTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT;OMAPALT=ACTC,TGCT,TGGCTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:57:42:33:20:19:4,3,5:4,3,7:0.121212,0.0909091,0.212121:0,3,2:4,0,3:19:1:0,3,3:4,0,4:19:0 chr20 35865054 . C T 276.34 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0149195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6078;QD=13.4798;RBI=0.0166628;REFB=-0.0133499;REVB=-0.00742019;RO=50;SAF=13;SAR=19;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101422;STB=0.557923;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0282703;OID=.;OPOS=35865054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:19:13:25:25:19:13:25:25 chr20 36030939 . G C 1194.25 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0238499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4185;QD=59.7125;RBI=0.0629256;REFB=-0.0275364;REVB=0.0582307;RO=1;SAF=53;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884956;STB=0.504672;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00076832;OID=.;OPOS=36030939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:26:53:1:0:26:53:1:0 chr20 36146148 . T C 2304.83 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00272878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.49;QD=63.5815;RBI=0.00509724;REFB=0;REVB=0.0043053;RO=0;SAF=79;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10363e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19966e-05;OID=.;OPOS=36146148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:144:145:1:65:79:0:0:65:80:0:0 chr20 36146380 . TACACACACACACACAG TACACACACACACACA,TACACACACACACACGA,TACACACACACACAG 136.99 PASS AF=0,0,0.390244;AO=6,3,10;DP=42;FAO=0,0,16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=0,0,7;FSAR=0,0,9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.182534,-0.112797,-0.0450013;FXX=0.0238039;HRUN=3,1,1;LEN=1,2,2;MLLD=14.2469,29.973,138.282;QD=13.3648;RBI=0.350899,0.260623,0.0684112;REFB=-0.0811988,-0.0879242,-0.0524202;REVB=-0.299686,-0.234949,-0.0515265;RO=12;SAF=3,0,5;SAR=3,3,5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0.482659,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.637912,0;STB=0.5,0.5,0.523336;STBP=1,1,0.841;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.0525918,0,0.0769593;OID=.,.,.;OPOS=36146396,36146395,36146381;OREF=G,AG,AC;OALT=-,GA,-;OMAPALT=TACACACACACACACA,TACACACACACACACGA,TACACACACACACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.390244:6,3,10:42:0,0,16:41:25:0,0,7:0,0,9:10:15:99:12:3,0,5:3,3,5:6:6 chr20 36361375 . G A 232.39 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=10;FWDB=0.00277652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.779;QD=12.5619;RBI=0.0216951;REFB=-0.00156916;REVB=-0.0215167;RO=46;SAF=15;SAR=13;SRF=36;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278896;STB=0.657639;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00376865;OID=.;OPOS=36361375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:13:15:36:10:13:15:36:10 chr20 36488412 . G A 68.87 PASS AF=0.181818;AO=12;DP=66;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0147703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6318;QD=4.17422;RBI=0.0197913;REFB=0.00471638;REVB=0.0131732;RO=54;SAF=5;SAR=7;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117957;STB=0.507759;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0164348;OID=.;OPOS=36488412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:66:66:54:54:12:12:0.181818:7:5:23:31:7:5:23:31 chr20 36603611 . A C 358.69 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0160767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.048;QD=17.2863;RBI=0.0180073;REFB=-0.0201502;REVB=-0.00811203;RO=44;SAF=19;SAR=19;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654055;STB=0.530105;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0303264;OID=.;OPOS=36603611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:45:38:38:0.457831:19:19:25:19:19:19:25:20 chr20 36603780 . T C 132.69 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.014902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.621;QD=15.1648;RBI=0.0235229;REFB=-0.0383019;REVB=-0.0182005;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165407;STB=0.509566;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.065929;OID=.;OPOS=36603780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:9:11:8:7:9:11 chr20 36603807 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.961;QD=57.6807;RBI=0.0499523;REFB=0;REVB=0.0131603;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135575;OID=.;OPOS=36603807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr20 36761014 . G A 1679.96 PASS AF=0.95082;AO=115;DP=121;FAO=116;FDP=122;FR=.;FRO=6;FSAF=67;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00227076;FXX=0.00812942;HRUN=5;LEN=1;MLLD=149.519;QD=55.0805;RBI=0.0192719;REFB=-0.131152;REVB=0.0191377;RO=3;SAF=66;SAR=49;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118457;STB=0.520572;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00110608;OID=.;OPOS=36761014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:121:122:3:6:115:116:0.95082:49:66:1:2:49:67:1:5 chr20 36761202 . G A 1387.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.95;QD=62.3715;RBI=0.0336498;REFB=0;REVB=0.0134538;RO=0;SAF=27;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77058e-05;OID=.;OPOS=36761202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:89:0:0:86:89:1:59:27:0:0:61:28:0:0 chr20 36766732 . G A 213.16 PASS AF=0.269565;AO=31;DP=113;FAO=31;FDP=115;FR=.;FRO=84;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=51;FSRR=33;FWDB=-0.0193127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.109;QD=7.4141;RBI=0.0193479;REFB=-0.0150791;REVB=-0.00116698;RO=82;SAF=16;SAR=15;SRF=49;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999251;STB=0.566794;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0414882;OID=.;OPOS=36766732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:82:84:31:31:0.269565:15:16:49:33:15:16:51:33 chr20 36770588 . C T 1407.87 PASS AF=0.978723;AO=91;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0184881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.184;QD=59.9094;RBI=0.0571234;REFB=-0.0429176;REVB=0.0540488;RO=3;SAF=69;SAR=22;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603573;STB=0.520829;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000773877;OID=.;OPOS=36770588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:94:3:2:91:92:0.978723:22:69:0:3:23:69:0:2 chr20 36932660 . C T 398.24 PASS AF=0.385246;AO=47;DP=122;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0616499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8539;QD=13.057;RBI=0.0664175;REFB=-0.00545547;REVB=-0.0247099;RO=75;SAF=19;SAR=28;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112207;STB=0.563731;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0227507;OID=.;OPOS=36932660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:75:75:47:47:0.385246:28:19:38:37:28:19:38:37 chr20 36932676 . G C 420.73 PASS AF=0.388889;AO=49;DP=126;FAO=49;FDP=126;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.0180165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.172;QD=13.3566;RBI=0.0192822;REFB=-0.0144759;REVB=-0.00687078;RO=77;SAF=19;SAR=30;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116347;STB=0.56601;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0203961;OID=.;OPOS=36932676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:77:77:49:49:0.388889:30:19:38:39:30:19:38:39 chr20 36940314 . C T 182.91 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0379485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.751;QD=17.4195;RBI=0.0391453;REFB=-0.00869448;REVB=-0.00960532;RO=23;SAF=14;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188871;STB=0.608574;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.01037;OID=.;OPOS=36940314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:5:14:13:10:5:14:13:10 chr20 36952425 . A C 308.6 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0147909;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.409;QD=15.6254;RBI=0.0148297;REFB=-0.00455039;REVB=-0.00107272;RO=45;SAF=19;SAR=15;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025976;STB=0.514664;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0077861;OID=.;OPOS=36952425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:15:19:24:21:15:19:24:21 chr20 36989381 . G A 487.43 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0117786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.905;QD=21.6637;RBI=0.0712821;REFB=-0.00503847;REVB=-0.0703022;RO=43;SAF=25;SAR=22;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228271;STB=0.512596;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0048728;OID=.;OPOS=36989381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:22:25:24:19:22:25:24:19 chr20 37005536 . T C 1798.9 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370497;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.559;QD=60.9796;RBI=0.0372018;REFB=0;REVB=-0.00336036;RO=0;SAF=38;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58688e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298551;OID=.;OPOS=37005536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:118:0:0:115:118:1:77:38:0:0:77:41:0:0 chr20 37062583 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.782;QD=56.9561;RBI=0.0130858;REFB=0;REVB=0.0116196;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91021e-05;OID=.;OPOS=37062583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr20 37203484 . T C 173.6 PASS AF=0.309859;AO=14;DP=72;FAO=22;FDP=71;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=48;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0267423;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9473;QD=9.78006;RBI=0.103132;REFB=0.00431592;REVB=-0.0996046;RO=33;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111862;STB=0.538426;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.00953116;OID=.;OPOS=37203484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:33:48:14:22:0.309859:9:5:9:24:14:8:20:28 chr20 37203813 . C T 1097.32 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00580693;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7024;QD=60.1273;RBI=0.0532597;REFB=0;REVB=0.0529422;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671318;OID=.;OPOS=37203813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr20 37356530 . G A 157.23 PASS AF=0.278481;AO=22;DP=79;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.00465294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5727;QD=7.96115;RBI=0.00537105;REFB=0.00941666;REVB=0.00268297;RO=57;SAF=6;SAR=16;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387507;STB=0.732056;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0141124;OID=.;OPOS=37356530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:57:57:22:22:0.278481:16:6:34:23:16:6:34:23 chr20 37356572 . C T 212.93 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0644177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.497;QD=13.3081;RBI=0.0649049;REFB=-0.0176699;REVB=-0.00793797;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1536;STB=0.578066;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0233627;OID=.;OPOS=37356572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:38:26:26:0.40625:13:13:13:24:13:13:14:24 chr20 37356947 . C T 203.42 PASS AF=0.278351;AO=27;DP=97;FAO=27;FDP=97;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.00307604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.727;QD=8.38836;RBI=0.01991;REFB=-0.00742545;REVB=0.0196709;RO=70;SAF=15;SAR=12;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118702;STB=0.570724;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0141992;OID=.;OPOS=37356947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:70:70:27:27:0.278351:12:15:32:38:12:15:32:38 chr20 37464736 . C T 315.85 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00950221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.348;QD=15.0406;RBI=0.0174426;REFB=-0.0184975;REVB=-0.0146271;RO=49;SAF=19;SAR=16;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117372;STB=0.566358;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0206195;OID=.;OPOS=37464736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:16:19:21:28:16:19:21:28 chr20 37501507 . T C 1061.49 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=76;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00553647;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.317;QD=57.3779;RBI=0.0172932;REFB=-0.0399316;REVB=0.0163829;RO=2;SAF=30;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304847;STB=0.516124;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00281534;OID=.;OPOS=37501507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:74:2:2:72:72:0.972973:42:30:2:0:42:30:2:0 chr20 37601243 . A G 270.62 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.021135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.86;QD=14.433;RBI=0.0213248;REFB=-0.00729495;REVB=0.00283841;RO=44;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143137;STB=0.581145;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0108903;OID=.;OPOS=37601243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:14:17:18:26:14:17:18:26 chr20 37977945 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00309345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.66;QD=61.3362;RBI=0.026003;REFB=0;REVB=0.0258184;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193481;OID=.;OPOS=37977945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr20 37981504 . C T 658.35 PASS AF=0.588785;AO=63;DP=107;FAO=63;FDP=107;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00527653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.115;QD=24.6112;RBI=0.02395;REFB=-0.0160064;REVB=0.0233615;RO=43;SAF=28;SAR=35;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101995;STB=0.560147;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0103048;OID=.;OPOS=37981504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:43:44:63:63:0.588785:35:28:25:18:35:28:26:18 chr20 39315600 . TC CT 36.2 PASS AF=0.333333;AO=3;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0645488;FXX=0;HRUN=11;LEN=2;MLLD=29.5233;QD=8.04505;RBI=0.0651222;REFB=-0.186204;REVB=-0.00862329;RO=10;SAF=1;SAR=2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411706;STB=0.686962;STBP=0.339;TYPE=mnp;VARB=0.0612401;OID=.;OPOS=39315600;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:18:18:10:10:3:6:0.333333:2:1:3:7:3:3:2:8 chr20 39609426 . C T 870.11 PASS AF=0.514793;AO=87;DP=169;FAO=87;FDP=169;FR=.;FRO=82;FSAF=56;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=0.0395066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7834;QD=20.5944;RBI=0.0457279;REFB=-0.0019166;REVB=0.0230277;RO=81;SAF=56;SAR=31;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708643;STB=0.536499;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00220923;OID=.;OPOS=39609426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:81:82:87:87:0.514793:31:56:46:35:31:56:47:35 chr20 39634616 . C T 1513.52 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00973749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2075;QD=59.9415;RBI=0.0360162;REFB=0;REVB=0.0346748;RO=0;SAF=37;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143232;OID=.;OPOS=39634616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:63:37:0:0:64:37:0:0 chr20 39797465 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.23;QD=62.9822;RBI=0.0150692;REFB=0;REVB=-0.00872001;RO=0;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.33866e-05;OID=.;OPOS=39797465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:32:13:0:0:32:13:0:0 chr20 39801245 . C A 339.06 PASS AF=0.295302;AO=44;DP=149;FAO=44;FDP=149;FR=.;FRO=105;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=59;FSRR=46;FWDB=0.0666843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9663;QD=9.10222;RBI=0.0697474;REFB=-0.0034501;REVB=-0.0204425;RO=105;SAF=28;SAR=16;SRF=59;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935423;STB=0.554962;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.008257;OID=.;OPOS=39801245;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:105:105:44:44:0.295302:16:28:59:46:16:28:59:46 chr20 39807769 . G A 1985.97 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9262;QD=62.0616;RBI=0.062911;REFB=0;REVB=-0.0552061;RO=0;SAF=60;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.72597e-05;OID=.;OPOS=39807769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:68:60:0:0:68:60:0:0 chr20 39811823 . G A 186.38 PASS AF=0.301205;AO=25;DP=83;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0530277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3171;QD=8.9822;RBI=0.0991898;REFB=-0.0314019;REVB=-0.0838253;RO=57;SAF=9;SAR=16;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217634;STB=0.623075;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0811558;OID=.;OPOS=39811823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:57:58:25:25:0.301205:16:9:31:26:16:9:31:27 chr20 39813663 . G A 238.28 PASS AF=0.244755;AO=35;DP=142;FAO=35;FDP=143;FR=.;FRO=108;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=66;FWDB=-0.0104793;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.685;QD=6.66513;RBI=0.110787;REFB=-0.00814679;REVB=0.11029;RO=106;SAF=17;SAR=18;SRF=42;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112473;STB=0.573453;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0199821;OID=.;OPOS=39813663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:106:108:35:35:0.244755:18:17:42:64:18:17:42:66 chr20 39983354 . C T 345.16 PASS AF=0.316547;AO=44;DP=139;FAO=44;FDP=139;FR=.;FRO=95;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=64;FSRR=31;FWDB=-0.00866932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.604;QD=9.93265;RBI=0.0231425;REFB=-0.00975214;REVB=-0.0214573;RO=93;SAF=19;SAR=25;SRF=64;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294512;STB=0.66097;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0189305;OID=.;OPOS=39983354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:93:95:44:44:0.316547:25:19:64:29:25:19:64:31 chr20 39986085 . A C 747.0 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000777766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7972;QD=63.5742;RBI=0.039228;REFB=0;REVB=-0.0392203;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000536998;OID=.;OPOS=39986085;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr20 39986540 . G A 2316.52 PASS AF=0.993506;AO=152;DP=153;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0338937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3567;QD=60.1695;RBI=0.0578226;REFB=-0.0681136;REVB=0.0468473;RO=1;SAF=75;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630036;STB=0.503268;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.000448297;OID=.;OPOS=39986540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:153:154:1:1:152:153:0.993506:77:75:1:0:77:76:1:0 chr20 39990614 . C T 1341.53 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.307;QD=62.397;RBI=0.0166229;REFB=0;REVB=0.0132457;RO=0;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79962e-06;OID=.;OPOS=39990614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:86:0:0:83:86:1:34:49:0:0:37:49:0:0 chr20 40034097 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.734;QD=37.4885;RBI=0.0372189;REFB=0;REVB=-0.0197727;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48745e-05;OID=.;OPOS=40034097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr20 40043913 . C T 871.1 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0521403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0976;QD=56.1999;RBI=0.0884766;REFB=-0.0443586;REVB=0.0714808;RO=2;SAF=38;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871088;STB=0.506491;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00141955;OID=.;OPOS=40043913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:2:1:60:61:0.983871:22:38:1:1:23:38:1:0 chr20 40179920 . C T 220.3 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.348;QD=48.9544;RBI=0.0454135;REFB=0;REVB=-0.00803143;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320326;OID=.;OPOS=40179920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr20 40701456 . G A 941.37 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128191;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.076;QD=58.8356;RBI=0.0128814;REFB=0;REVB=-0.00126535;RO=0;SAF=19;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.5191e-05;OID=.;OPOS=40701456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:45:19:0:0:45:19:0:0 chr20 40702071 . G A 171.44 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0203247;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.661;QD=16.7255;RBI=0.031581;REFB=-0.0121297;REVB=-0.0241716;RO=23;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33269;STB=0.689098;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0142171;OID=.;OPOS=40702071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:23:18:18:0.439024:7:11:6:17:7:11:6:17 chr20 40714479 . G A 253.11 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0177242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.041;QD=15.111;RBI=0.0180294;REFB=-0.0266602;REVB=0.00330295;RO=38;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435988;STB=0.524674;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0320675;OID=.;OPOS=40714479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:14:15:18:20:14:15:18:20 chr20 40827928 . G A 312.66 PASS AF=0.282051;AO=44;DP=156;FAO=44;FDP=156;FR=.;FRO=112;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=65;FSRR=47;FWDB=0.0227899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7556;QD=8.01689;RBI=0.0229195;REFB=-0.0167609;REVB=-0.00243476;RO=112;SAF=20;SAR=24;SRF=65;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152265;STB=0.589555;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0348892;OID=.;OPOS=40827928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:112:112:44:44:0.282051:24:20:65:47:24:20:65:47 chr20 41306600 . A G 454.96 PASS AF=0.385185;AO=52;DP=135;FAO=52;FDP=135;FR=.;FRO=83;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.00793626;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.804;QD=13.4804;RBI=0.0194545;REFB=-5.91083e-05;REVB=-0.0177621;RO=81;SAF=17;SAR=35;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108297;STB=0.563268;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-1.60711e-05;OID=.;OPOS=41306600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:81:83:52:52:0.385185:35:17:34:47:35:17:35:48 chr20 41419904 . G A 467.19 PASS AF=0.651515;AO=43;DP=66;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00848714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.055;QD=28.3148;RBI=0.00860626;REFB=-0.0222167;REVB=0.00142694;RO=22;SAF=27;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831242;STB=0.554227;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0138616;OID=.;OPOS=41419904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:22:23:43:43:0.651515:16:27:11:11:16:27:11:12 chr20 41692175 . C T 291.57 PASS AF=0.516667;AO=30;DP=59;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=26;FWDB=0.00807564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.111;QD=19.438;RBI=0.0162613;REFB=0.0032765;REVB=0.0141143;RO=28;SAF=15;SAR=15;SRF=3;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345423;STB=0.697022;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00461672;OID=.;OPOS=41692175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:28:29:30:31:0.516667:15:15:3:25:15:16:3:26 chr20 42089177 . C T 265.16 PASS AF=0.3;AO=36;DP=120;FAO=36;FDP=120;FR=.;FRO=84;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=33;FWDB=-0.0268055;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.277;QD=8.83877;RBI=0.0270233;REFB=0.00120954;REVB=0.00342367;RO=84;SAF=16;SAR=20;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192263;STB=0.612371;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00477137;OID=.;OPOS=42089177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:84:84:36:36:0.3:20:16:51:33:20:16:51:33 chr20 42089511 . T C 1020.11 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371128;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.241;QD=59.1368;RBI=0.0411055;REFB=0;REVB=0.017672;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93646e-05;OID=.;OPOS=42089511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:69:0:0:64:69:1:37:27:0:0:39:30:0:0 chr20 42157405 . C T 330.85 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0362485;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.43;QD=21.3454;RBI=0.0370418;REFB=-0.00531004;REVB=-0.00762511;RO=27;SAF=20;SAR=14;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230972;STB=0.619068;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0067866;OID=.;OPOS=42157405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:28:34:34:0.548387:14:20:8:19:14:20:9:19 chr20 42164722 . T C 643.21 PASS AF=0.52459;AO=64;DP=122;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0437853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7568;QD=21.089;RBI=0.046903;REFB=0.0160736;REVB=0.0168147;RO=58;SAF=36;SAR=28;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00945441;STB=0.505196;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.0102332;OID=.;OPOS=42164722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:58:58:64:64:0.52459:28:36:32:26:28:36:32:26 chr20 42164929 . C T 99.23 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0175574;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7291;QD=7.35072;RBI=0.0235654;REFB=-0.00856548;REVB=0.0157183;RO=39;SAF=5;SAR=9;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303057;STB=0.675921;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0297956;OID=.;OPOS=42164929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:39:40:14:14:0.259259:9:5:24:15:9:5:24:16 chr20 42196550 . T G 377.93 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00173232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.824;QD=24.3824;RBI=0.0340105;REFB=-0.0316502;REVB=-0.0339664;RO=25;SAF=17;SAR=20;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044163;STB=0.524216;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0231205;OID=.;OPOS=42196550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:20:17:10:15:20:17:10:15 chr20 42199708 . T G 69.98 PASS AF=0.692308;AO=8;DP=12;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0144897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.953;QD=21.5326;RBI=0.0263621;REFB=-0.0855308;REVB=0.0220229;RO=4;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529348;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0227442;OID=.;OPOS=42199708;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:12:13:4:4:8:9:0.692308:2:6:3:1:3:6:3:1 chr20 42199712 . T G 49.43 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00549402;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.862;QD=12.3578;RBI=0.0483224;REFB=-0.020498;REVB=-0.048009;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.558176;STB=0.82253;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0302338;OID=.;OPOS=42199712;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:17:16:10:9:7:7:0.4375:1:6:3:7:1:6:3:6 chr20 42225114 . G A 1138.54 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00713469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.902;QD=59.9231;RBI=0.0169581;REFB=0;REVB=0.0153842;RO=0;SAF=49;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52717e-06;OID=.;OPOS=42225114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:25:49:0:0:26:50:0:0 chr20 42310509 . T C 699.59 PASS AF=1;AO=39;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.843;QD=62.1859;RBI=0.0530631;REFB=0;REVB=0.0373843;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000739825;OID=.;OPOS=42310509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:39:45:1:22:17:0:0:23:22:0:0 chr20 42328639 . T C 1113.38 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6373;QD=60.1826;RBI=0.0441156;REFB=0;REVB=0.0410903;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140874;OID=.;OPOS=42328639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:37:36:0:0:37:37:0:0 chr20 42425127 . G A 212.22 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00571436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.187;QD=12.3025;RBI=0.0087094;REFB=-0.0191247;REVB=0.00657264;RO=43;SAF=16;SAR=10;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188357;STB=0.608417;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0304415;OID=.;OPOS=42425127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:10:16:19:24:10:16:19:24 chr20 42425178 . A G 163.76 PASS AF=0.367347;AO=17;DP=48;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00913936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.543;QD=13.3678;RBI=0.0263335;REFB=-0.00979304;REVB=0.0246966;RO=31;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217139;STB=0.601254;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0133225;OID=.;OPOS=42425178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:31:31:17:18:0.367347:6:11:14:17:7:11:14:17 chr20 42743454 . A G 158.46 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0068847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.903;QD=17.131;RBI=0.0326253;REFB=-0.00510006;REVB=-0.0318906;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00304274;STB=0.50174;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0198511;OID=.;OPOS=42743454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:6:11:13:7:6:11:13:7 chr20 42744587 . G C 66.53 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0743182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6024;QD=26.6115;RBI=0.074635;REFB=-0.0649561;REVB=-0.00686856;RO=2;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110633;STB=0.562356;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0235169;OID=.;OPOS=42744587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:1:7:2:0:1:7:2:0 chr20 42815190 . G A 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.467;QD=58.5859;RBI=0.0613243;REFB=0;REVB=0.019524;RO=0;SAF=6;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325029;OID=.;OPOS=42815190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:27:6:0:0:27:6:0:0 chr20 42825929 . C T 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0114678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.779;QD=10.7535;RBI=0.0149319;REFB=0.00166301;REVB=-0.00956296;RO=26;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095591;STB=0.557431;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.00180462;OID=.;OPOS=42825929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:9:4:10:16:9:4:10:16 chr20 42826350 . A C 201.84 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0151044;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.246;QD=13.6839;RBI=0.0159378;REFB=-0.0081152;REVB=-0.00508633;RO=38;SAF=18;SAR=6;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182176;STB=0.623652;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0102156;OID=.;OPOS=42826350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:59:38:35:24:24:0.40678:6:18:23:15:6:18:20:15 chr20 42826379 . C T 107.43 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0307196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.191;QD=12.639;RBI=0.0309077;REFB=-0.00273531;REVB=0.00340482;RO=21;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243042;STB=0.644919;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000971294;OID=.;OPOS=42826379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:3:10:12:9:3:10:12:9 chr20 42908965 . G C 834.3 PASS AF=0.553191;AO=68;DP=131;FAO=78;FDP=141;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0035125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.398;QD=23.6681;RBI=0.0242104;REFB=-0.0377868;REVB=0.0239542;RO=62;SAF=35;SAR=33;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574221;STB=0.544651;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0268455;OID=.;OPOS=42908965;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:141:62:63:68:78:0.553191:33:35:36:26:40:38:37:26 chr20 42939750 . T C 34.8 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0160751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5591;QD=23.2007;RBI=0.0796143;REFB=0.0201225;REVB=0.0779745;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.0635493;OID=.;OPOS=42939750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr20 43048362 . C T 124.93 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0151337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.696;QD=7.68771;RBI=0.0401085;REFB=-0.00520821;REVB=-0.0371438;RO=47;SAF=8;SAR=10;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229948;STB=0.513874;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0151186;OID=.;OPOS=43048362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:47:18:18:0.276923:10:8:20:27:10:8:20:27 chr20 43059211 . A C 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0366237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.772;QD=28.0161;RBI=0.0844231;REFB=0.0102524;REVB=0.0760655;RO=20;SAF=19;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638011;STB=0.535187;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.00454001;OID=.;OPOS=43059211;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:11:19:11:9:11:19:11:9 chr20 43059940 . C T 139.45 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0177073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.433;QD=9.14417;RBI=0.0264345;REFB=-0.0170657;REVB=-0.0196274;RO=42;SAF=11;SAR=8;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369489;STB=0.521945;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0366358;OID=.;OPOS=43059940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:42:19:19:0.311475:8:11:23:19:8:11:23:19 chr20 43089819 . G A 296.35 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0151731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.034;QD=49.3909;RBI=0.0405496;REFB=-0.0697787;REVB=0.0376038;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319244;STB=0.517226;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0455762;OID=.;OPOS=43089819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:14:9:0:1:14:9:0:1 chr20 43118143 . C T 136.71 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0582554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3165;QD=10.9364;RBI=0.0654323;REFB=0.00212451;REVB=0.0297941;RO=34;SAF=4;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307143;STB=0.684538;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00122417;OID=.;OPOS=43118143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:12:4:17:17:12:4:17:17 chr20 43264927 . C T 638.84 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00541532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.381;QD=59.4267;RBI=0.00914082;REFB=-0.0676281;REVB=-0.00736402;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513507;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-3.52058e-05;OID=.;OPOS=43264927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:18:24:0:0:18:24:0:1 chr20 43378770 . A G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00733836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.769;QD=60.8836;RBI=0.0301767;REFB=0;REVB=0.0292708;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10282e-05;OID=.;OPOS=43378770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr20 43379263 . CA C,CC 115.35 PASS AF=0.181818,0.818182;AO=3,7;DP=10;FAO=2,9;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236799,0.0231644;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=247.149,254.257;QD=41.9461;RBI=0.0487584,0.0516084;REFB=0,0;REVB=0.0426221,0.0461177;RO=0;SAF=1,2;SAR=2,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0132574,0.00228441;OID=.,.;OPOS=43379264,43379264;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.181818,0.818182:3,7:10:2,9:11:0:1,2:1,7:0:0:7:0:1,2:2,5:0:0 chr20 43379454 . T C 292.69 PASS AF=0.923077;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0169389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.171;QD=45.0286;RBI=0.0187957;REFB=-0.111886;REVB=0.00814564;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.549958;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0379075;OID=.;OPOS=43379454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:24:26:0:2:22:24:0.923077:7:15:0:0:9:15:0:2 chr20 43571822 . G A 518.77 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.000927204;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.337;QD=20.344;RBI=0.0138907;REFB=-0.00269059;REVB=0.0138597;RO=47;SAF=18;SAR=35;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153513;STB=0.595938;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00269899;OID=.;OPOS=43571822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:47:49:53:53:0.519608:35:18:24:23:35:18:26:23 chr20 43585027 . G A 92.17 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00426085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2793;QD=6.24858;RBI=0.0382769;REFB=0.000932324;REVB=0.0380391;RO=43;SAF=6;SAR=8;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156501;STB=0.596018;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00102712;OID=.;OPOS=43585027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:43:45:14:14:0.237288:8:6:24:19:8:6:25:20 chr20 43708297 . T G 837.49 PASS AF=0.535484;AO=82;DP=155;FAO=83;FDP=155;FR=.;FRO=72;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=0.00228219;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.504;QD=21.6126;RBI=0.00351792;REFB=-0.00327383;REVB=-0.00267719;RO=72;SAF=44;SAR=38;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885535;STB=0.545587;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00269987;OID=.;OPOS=43708297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:72:72:82:83:0.535484:38:44:46:26:38:45:46:26 chr20 43933021 . G T 481.51 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0447334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.43;QD=53.5011;RBI=0.0531284;REFB=-0.143596;REVB=0.0286627;RO=2;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389367;STB=0.520821;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00227962;OID=.;OPOS=43933021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:23:11:0:2:23:11:0:2 chr20 43933127 . G A 117.22 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00790995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.625;QD=8.52512;RBI=0.0131687;REFB=-0.00926871;REVB=0.0105284;RO=39;SAF=9;SAR=7;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955761;STB=0.557307;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0286049;OID=.;OPOS=43933127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:7:9:25:14:7:9:25:14 chr20 43933163 . T C 1072.23 PASS AF=0.973333;AO=72;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0264627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8691;QD=57.1856;RBI=0.0521235;REFB=-0.0865653;REVB=0.0449064;RO=2;SAF=40;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00287303;STB=0.501668;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00606902;OID=.;OPOS=43933163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:72:73:0.973333:32:40:1:1:32:41:1:1 chr20 43951032 . C T 2008.35 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00429785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7325;QD=62.2744;RBI=0.0682492;REFB=0;REVB=0.0681137;RO=0;SAF=60;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340487;OID=.;OPOS=43951032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:69:60:0:0:69:60:0:0 chr20 43995880 . T G 1573.47 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0163661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.735;QD=58.8213;RBI=0.0194334;REFB=-0.0444091;REVB=-0.0104788;RO=1;SAF=45;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771739;STB=0.504064;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000725722;OID=.;OPOS=43995880;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:61:45:0:1:61:45:0:1 chr20 43996012 . G T 253.06 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.011176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7344;QD=22.0052;RBI=0.0284979;REFB=-0.007055;REVB=0.026215;RO=22;SAF=12;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116647;STB=0.565164;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00488167;OID=.;OPOS=43996012;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:12:12:8:14:12:12:8:14 chr20 43996132 . C T 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00433897;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=291.38;QD=19.6972;RBI=0.0123512;REFB=-0.00529245;REVB=0.011564;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196547;STB=0.511101;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00531412;OID=.;OPOS=43996132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:11:10:10:12:11:10:10:12 chr20 43996454 . G T 367.72 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0207196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2458;QD=21.9534;RBI=0.0358017;REFB=-0.00727467;REVB=0.0291969;RO=29;SAF=30;SAR=7;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103888;STB=0.573434;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00565325;OID=.;OPOS=43996454;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:30:37:37:0.552239:7:30:21:8:7:30:21:9 chr20 43996466 . C T 233.47 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=-0.00392209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.314;QD=15.0625;RBI=0.0102626;REFB=-0.0173037;REVB=-0.00948356;RO=35;SAF=18;SAR=9;SRF=28;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159904;STB=0.589683;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0161215;OID=.;OPOS=43996466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:9:18:28:7:9:18:28:7 chr20 44005936 . C T 317.15 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0575525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.238;QD=13.3537;RBI=0.0577004;REFB=-0.00226913;REVB=0.00412878;RO=59;SAF=19;SAR=17;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578122;STB=0.533003;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00431924;OID=.;OPOS=44005936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:59:59:36:36:0.378947:17:19:28:31:17:19:28:31 chr20 44038574 . A G 95.98 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00660991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.764;QD=22.5843;RBI=0.00783819;REFB=0.00308009;REVB=-0.00421265;RO=6;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461225;STB=0.526267;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.00263163;OID=.;OPOS=44038574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:3:8:4:2:3:8:4:2 chr20 44054349 . T C 2607.9 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.306;QD=61.7256;RBI=0.0234154;REFB=0;REVB=0.0103898;RO=0;SAF=94;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100309;OID=.;OPOS=44054349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:169:0:0:168:169:1:74:94:0:0:74:95:0:0 chr20 44163825 . G T 537.01 PASS AF=0.432836;AO=58;DP=134;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.030515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0517;QD=16.0301;RBI=0.0569701;REFB=-0.0103835;REVB=-0.0481085;RO=76;SAF=24;SAR=34;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348205;STB=0.519487;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0125363;OID=.;OPOS=44163825;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:76:76:58:58:0.432836:34:24:34:42:34:24:34:42 chr20 44174423 . G A 314.51 PASS AF=0.34188;AO=40;DP=117;FAO=40;FDP=117;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.00084724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.914;QD=10.7526;RBI=0.0133531;REFB=-0.00280593;REVB=-0.0133262;RO=77;SAF=16;SAR=24;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137413;STB=0.57927;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00510677;OID=.;OPOS=44174423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:77:77:40:40:0.34188:24:16:40:37:24:16:40:37 chr20 44188489 . A C 283.11 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.00422699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.869;QD=17.4221;RBI=0.0147182;REFB=0.0129135;REVB=0.0140982;RO=34;SAF=19;SAR=12;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636449;STB=0.535578;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00692735;OID=.;OPOS=44188489;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:12:19:23:11:12:19:23:11 chr20 44238741 . T G 314.21 PASS AF=0.375;AO=37;DP=92;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.000159804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.309;QD=13.092;RBI=0.0496927;REFB=-0.0025808;REVB=-0.0496925;RO=55;SAF=21;SAR=16;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11907;STB=0.611049;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00317735;OID=.;OPOS=44238741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:55:60:37:36:0.375:16:21:25:30:14:22:26:34 chr20 44314609 . A G 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3003;QD=58.4183;RBI=0.0795599;REFB=0;REVB=-0.0746328;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000504771;OID=.;OPOS=44314609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr20 44352620 . G A 363.58 PASS AF=0.372881;AO=43;DP=117;FAO=44;FDP=118;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=27;FWDB=-0.0120193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.005;QD=12.3248;RBI=0.0203212;REFB=0.00862084;REVB=-0.0163856;RO=74;SAF=16;SAR=27;SRF=47;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286487;STB=0.652993;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0193738;OID=.;OPOS=44352620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:74:74:43:44:0.372881:27:16:47:27:27:17:47:27 chr20 44378577 . T C 265.38 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0247398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.99;QD=17.9915;RBI=0.0247557;REFB=-0.00977169;REVB=0.000886155;RO=29;SAF=10;SAR=19;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332909;STB=0.692354;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00756503;OID=.;OPOS=44378577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:30:29:29:0.491525:19:10:21:8:19:10:22:8 chr20 44417643 . A G 607.32 PASS AF=1;AO=39;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.172153;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3461;QD=57.8402;RBI=0.175873;REFB=-0.0489322;REVB=0.0359802;RO=2;SAF=26;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347063;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119802;OID=.;OPOS=44417643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:42:2:0:39:42:1:13:26:2:0:13:29:0:0 chr20 44417675 . G C 536.25 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0569235;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.7502;QD=55.0004;RBI=0.0571229;REFB=-0.0280222;REVB=-0.00476921;RO=2;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932598;STB=0.549972;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000995152;OID=.;OPOS=44417675;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:9:28:0:2:9:28:0:2 chr20 44418564 . A G 1134.65 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.501;QD=60.5148;RBI=0.0498061;REFB=0;REVB=0.0390024;RO=0;SAF=52;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85492e-05;OID=.;OPOS=44418564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:75:0:0:72:75:1:20:52:0:0:23:52:0:0 chr20 44452697 . C A 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.832;QD=60.8836;RBI=0.041416;REFB=0;REVB=0.0170633;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93013e-05;OID=.;OPOS=44452697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr20 44462924 . G A 201.34 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0185972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.503;QD=28.763;RBI=0.046746;REFB=-0.0508115;REVB=0.0428875;RO=9;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148089;STB=0.581666;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.016207;OID=.;OPOS=44462924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:9:10:7:2:9:10:7:2 chr20 44469290 . G A 110.66 PASS AF=0.5;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0203614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.025;QD=17.0239;RBI=0.0242101;REFB=-0.0225026;REVB=-0.0130975;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0190101;OID=.;OPOS=44469290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:12:13:0.5:5:7:7:5:5:8:8:5 chr20 44469420 . G A 152.8 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0260326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2245;QD=10.3594;RBI=0.0277748;REFB=-0.00329215;REVB=0.0096821;RO=39;SAF=14;SAR=6;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102538;STB=0.506018;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00854682;OID=.;OPOS=44469420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:6:14:27:12:6:14:27:12 chr20 44470676 . T C 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.00313848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.16;QD=14.2309;RBI=0.0154676;REFB=-0.0201895;REVB=-0.0151459;RO=36;SAF=14;SAR=12;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193086;STB=0.609058;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0235067;OID=.;OPOS=44470676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:12:14:26:10:12:14:26:10 chr20 44501458 . A G 195.79 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0107627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.287;QD=17.7989;RBI=0.010778;REFB=-0.0281113;REVB=0.000573009;RO=24;SAF=15;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228891;STB=0.631438;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0311252;OID=.;OPOS=44501458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:5:15:13:11:5:15:13:11 chr20 44505973 . T C 65.87 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0206171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2015;QD=11.4565;RBI=0.0510866;REFB=-0.0310002;REVB=0.0467416;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527668;STB=0.83635;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0322319;OID=.;OPOS=44505973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:23:14:14:8:9:0.391304:7:1:8:6:8:1:8:6 chr20 44506418 . G A 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.587;QD=13.4057;RBI=0.0131677;REFB=-0.012848;REVB=-0.00604129;RO=34;SAF=11;SAR=12;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11407;STB=0.565293;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.017871;OID=.;OPOS=44506418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:12:11:20:14:12:11:20:14 chr20 44512792 . CTG C 98.18 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0393904;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=230.11;QD=13.5414;RBI=0.0420113;REFB=-0.0106988;REVB=-0.0146064;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140607;STB=0.53211;STBP=0.822;TYPE=del;VARB=0.00959651;OID=.;OPOS=44512793;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413793:11:29:12:29:17:7:5:9:8:98:16:7:4:8:8 chr20 44513289 . T C 1026.11 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00867483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0974;QD=59.4847;RBI=0.0268591;REFB=0;REVB=0.0254196;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29108e-05;OID=.;OPOS=44513289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr20 44513357 . G A 1346.97 PASS AF=1;AO=65;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.062;QD=61.9297;RBI=0.0717606;REFB=0;REVB=0.0152258;RO=0;SAF=17;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.33797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529418;OID=.;OPOS=44513357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:65:87:1:48:17:0:0:63:24:0:0 chr20 44515559 . G A 323.05 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00745661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.204;QD=23.9299;RBI=0.0145615;REFB=-0.00966024;REVB=0.0125074;RO=21;SAF=16;SAR=16;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085813;STB=0.537014;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00674847;OID=.;OPOS=44515559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:21:22:32:32:0.592593:16:16:8:13:16:16:9:13 chr20 44523547 . G A 738.95 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.079;QD=56.8422;RBI=0.0375177;REFB=0;REVB=0.0130752;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117305;OID=.;OPOS=44523547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr20 44578674 . T A 517.21 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0260131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8828;QD=25.2296;RBI=0.027859;REFB=-0.00974937;REVB=-0.00997206;RO=33;SAF=20;SAR=28;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228572;STB=0.618425;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00577008;OID=.;OPOS=44578674;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:33:34:48:48:0.585366:28:20:24:9:28:20:24:10 chr20 44578961 . A G 570.03 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0106809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.568;QD=22.8011;RBI=0.0148631;REFB=-0.0131831;REVB=-0.0103359;RO=47;SAF=22;SAR=31;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118644;STB=0.565325;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0124647;OID=.;OPOS=44578961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:31:22:26:21:31:22:26:21 chr20 44596207 . C G 206.22 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00571563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.606;QD=17.1849;RBI=0.0244011;REFB=-0.0313789;REVB=-0.0237223;RO=27;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458562;STB=0.509082;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0444702;OID=.;OPOS=44596207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:27:20:21:0.4375:8:12:15:12:9:12:15:12 chr20 44637624 . C T 1011.44 PASS AF=0.55814;AO=87;DP=172;FAO=96;FDP=172;FR=.;FRO=76;FSAF=68;FSAR=28;FSRF=54;FSRR=22;FWDB=0.00836893;FXX=0.0114936;HRUN=5;LEN=1;MLLD=71.4768;QD=23.5217;RBI=0.0364231;REFB=-0.0304328;REVB=-0.0354486;RO=52;SAF=63;SAR=24;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271571;STB=0.501173;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0215705;OID=.;OPOS=44637624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:52:76:87:96:0.55814:24:63:36:16:28:68:54:22 chr20 44640229 . C T 473.24 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=0.00642472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.825;QD=23.9616;RBI=0.0069985;REFB=-0.0212275;REVB=0.00277523;RO=32;SAF=26;SAR=19;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163381;STB=0.598296;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0148139;OID=.;OPOS=44640229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:34:45:45:0.56962:19:26:25:7:19:26:27:7 chr20 44642406 . G C 230.37 PASS AF=0.421875;AO=26;DP=63;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0199493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3439;QD=14.3981;RBI=0.0330547;REFB=0.00584344;REVB=-0.026356;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417449;STB=0.512752;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00948021;OID=.;OPOS=44642406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:37:37:26:27:0.421875:13:13:17:20:14:13:17:20 chr20 44642833 . A C 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0311255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.4;QD=13.0148;RBI=0.0371988;REFB=-0.0276196;REVB=-0.0203703;RO=32;SAF=14;SAR=6;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286821;STB=0.666496;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0518023;OID=.;OPOS=44642833;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:6:14:14:18:6:14:14:18 chr20 44664491 . C A 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0285411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.906;QD=13.3343;RBI=0.0313954;REFB=-0.00366544;REVB=0.0130798;RO=39;SAF=18;SAR=8;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200296;STB=0.615098;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00537121;OID=.;OPOS=44664491;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:8:18:20:19:8:18:20:19 chr20 44665946 . T C 535.85 PASS AF=0.463918;AO=34;DP=96;FAO=45;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00318805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.386;QD=22.0968;RBI=0.00499864;REFB=-0.0195401;REVB=0.00385004;RO=18;SAF=19;SAR=15;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375888;STB=0.552231;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0176253;OID=.;OPOS=44665946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:18:42:34:45:0.463918:15:19:9:9:22:23:26:16 chr20 44671880 . C T 580.99 PASS AF=0.448529;AO=61;DP=136;FAO=61;FDP=136;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.0223149;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.909;QD=17.0879;RBI=0.0229806;REFB=0.00451548;REVB=0.00549088;RO=75;SAF=28;SAR=33;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00566436;STB=0.503156;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00396724;OID=.;OPOS=44671880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:75:75:61:61:0.448529:33:28:34:41:33:28:34:41 chr20 44674573 . C A 154.16 PASS AF=0.221239;AO=25;DP=113;FAO=25;FDP=113;FR=.;FRO=88;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.0285021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.087;QD=5.45683;RBI=0.03112;REFB=-0.0101574;REVB=-0.0124934;RO=88;SAF=9;SAR=16;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151145;STB=0.59381;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0311856;OID=.;OPOS=44674573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:88:88:25:25:0.221239:16:9:42:46:16:9:42:46 chr20 44678348 . G A 1226.04 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0063522;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.947;QD=57.696;RBI=0.0134114;REFB=-0.0494299;REVB=0.0118116;RO=3;SAF=40;SAR=42;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103251;STB=0.505455;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.000226429;OID=.;OPOS=44678348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:85:3:3:82:82:0.964706:42:40:1:2:42:40:1:2 chr20 44685881 . C T 211.39 PASS AF=0.240602;AO=32;DP=133;FAO=32;FDP=133;FR=.;FRO=101;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=0.00837123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.92;QD=6.35761;RBI=0.0109191;REFB=-0.00396294;REVB=-0.00701062;RO=101;SAF=12;SAR=20;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912391;STB=0.55552;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0121405;OID=.;OPOS=44685881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:101:101:32:32:0.240602:20:12:45:56:20:12:45:56 chr20 44688730 . G A 2368.66 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7652;QD=61.1266;RBI=0.015216;REFB=0;REVB=0.00742129;RO=0;SAF=66;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59131e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73382e-05;OID=.;OPOS=44688730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:89:66:0:0:89:66:0:0 chr20 44691350 . T G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00107264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.484;QD=62.0217;RBI=0.0190018;REFB=0;REVB=0.0189715;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03828e-05;OID=.;OPOS=44691350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr20 44746982 . T C 359.26 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.16;QD=55.2712;RBI=0.0888853;REFB=0;REVB=0.0837938;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488977;OID=.;OPOS=44746982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:23:26:1:8:15:0:0:11:15:0:0 chr20 44815333 . G A 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.00330925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.551;QD=11.8156;RBI=0.0043067;REFB=-0.0102765;REVB=0.00275618;RO=41;SAF=8;SAR=16;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438233;STB=0.749812;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.01041;OID=.;OPOS=44815333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:16:8:31:10:16:8:31:10 chr20 44839044 . C T 91.82 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00422196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.601;QD=8.74443;RBI=0.0210927;REFB=-0.0117705;REVB=0.0206658;RO=30;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199858;STB=0.622741;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.031517;OID=.;OPOS=44839044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:8:4:15:15:8:4:15:15 chr20 44869878 . C T 172.49 PASS AF=0.385965;AO=21;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0430494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.01;QD=12.1044;RBI=0.0432038;REFB=-0.0159418;REVB=-0.00364981;RO=35;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312681;STB=0.501606;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0259682;OID=.;OPOS=44869878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:35:35:21:22:0.385965:9:12:19:16:10:12:19:16 chr20 44996182 . A G 708.48 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.412;QD=62.976;RBI=0.153304;REFB=0;REVB=0.00282289;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000657093;OID=.;OPOS=44996182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr20 45003945 . T C 260.46 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0354794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1817;QD=16.8039;RBI=0.0358133;REFB=-0.0115325;REVB=-0.00487913;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436236;STB=0.53331;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0113987;OID=.;OPOS=45003945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:33:33:28:29:0.467742:14:14:15:18:14:15:15:18 chr20 45085437 . C CTTT,T 674.42 PASS AF=0.492424,0.0378788;AO=51,9;DP=134;FAO=65,5;FDP=132;FR=.;FRO=62;FSAF=27,4;FSAR=38,1;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=-0.0109788,-0.0138955;FXX=0.0149243;HRUN=0,1;LEN=3,1;MLLD=233.681,95.5826;QD=20.4371;RBI=0.0245381,0.0954342;REFB=0.00108878,0.0114791;REVB=-0.021945,-0.0944172;RO=64;SAF=24,6;SAR=27,3;SRF=23;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.112149,0.357438;STB=0.530737,0.861944;STBP=0.477,0.172;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00151816,0.00570575;OID=.,.;OPOS=45085438,45085437;OREF=-,C;OALT=TTT,T;OMAPALT=CTTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:64:62:51,9:65,5:0.492424,0.0378788:27,3:24,6:23:41:38,1:27,4:22:40 chr20 45188666 . G T 383.48 PASS AF=0.295455;AO=52;DP=175;FAO=52;FDP=176;FR=.;FRO=124;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=68;FSRR=56;FWDB=-0.00699635;FXX=0.0056494;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.334;QD=8.71536;RBI=0.00782084;REFB=-0.00775304;REVB=-0.00349524;RO=122;SAF=27;SAR=25;SRF=66;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261977;STB=0.520597;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0241615;OID=.;OPOS=45188666;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:122:124:52:52:0.295455:25:27:66:56:25:27:68:56 chr20 45204266 . G A 602.19 PASS AF=0.597826;AO=55;DP=91;FAO=55;FDP=92;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0496131;FXX=0.0212743;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1166;QD=26.1822;RBI=0.0500806;REFB=-0.0154823;REVB=-0.00682683;RO=36;SAF=30;SAR=25;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153076;STB=0.577575;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0123513;OID=.;OPOS=45204266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:36:37:55:55:0.597826:25:30:12:24:25:30:13:24 chr20 45354533 . C T 143.01 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00109077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.792;QD=10.7929;RBI=0.0120362;REFB=-0.0146674;REVB=0.0119867;RO=34;SAF=7;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157482;STB=0.58377;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0417858;OID=.;OPOS=45354533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:35:18:18:0.339623:11:7:18:16:11:7:18:17 chr20 45817255 . A C 640.29 PASS AF=0.44898;AO=65;DP=147;FAO=66;FDP=147;FR=.;FRO=81;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=0.00661929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.628;QD=17.4228;RBI=0.0125041;REFB=0.00874837;REVB=0.0106084;RO=78;SAF=38;SAR=27;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133686;STB=0.565737;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.0103815;OID=.;OPOS=45817255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:78:81:65:66:0.44898:27:38:35:43:28:38:37:44 chr20 45839078 . C T 43.59 PASS AF=0.269231;AO=6;DP=25;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0708175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0791;QD=6.70609;RBI=0.1036;REFB=0.00278094;REVB=0.0756159;RO=19;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235388;STB=0.526239;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.00650228;OID=.;OPOS=45839078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:25:26:19:19:6:7:0.269231:1:5:13:6:2:5:13:6 chr20 45853037 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3982;QD=62.3508;RBI=0.0509425;REFB=0;REVB=-0.0288008;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76249e-05;OID=.;OPOS=45853037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:13:30:0:0:13:30:0:0 chr20 46268394 . C T 527.55 PASS AF=0.438462;AO=57;DP=130;FAO=57;FDP=130;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.0268816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.179;QD=16.2323;RBI=0.0269122;REFB=-0.00818546;REVB=-0.00128235;RO=72;SAF=25;SAR=32;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00592748;STB=0.500137;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00913692;OID=.;OPOS=46268394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:72:73:57:57:0.438462:32:25:32:40:32:25:32:41 chr20 46268493 . A G 323.58 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00599246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0029;QD=16.8094;RBI=0.0140667;REFB=0.00924493;REVB=0.0127264;RO=42;SAF=14;SAR=21;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523293;STB=0.529395;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.0205076;OID=.;OPOS=46268493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:21:14:19:23:21:14:19:23 chr20 46279827 . G A 47.16 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00968251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.81;QD=11.0963;RBI=0.025318;REFB=-0.0456553;REVB=-0.0233934;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101245;STB=0.562306;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0605185;OID=.;OPOS=46279827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:1:6:8:2:1:6:8:2 chr20 46279835 . AACAG AA,A 55.26 PASS AF=1,0;AO=3,2;DP=10;FAO=7,0;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141876,0.127258;FXX=0.124844;HRUN=1,2;LEN=3,4;MLLD=130.375,116.372;QD=31.5775;RBI=0.209743,0.177486;REFB=0,0;REVB=0.154478,0.12372;RO=2;SAF=3,0;SAR=0,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.727176;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0098226,0;OID=.,.;OPOS=46279837,46279836;OREF=CAG,ACAG;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:3,2:10:7,0:7:0:5,0:2,0:0:0:3:2:3,0:0,2:2:0 chr20 46279866 . A G 121.53 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0143399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.154;QD=14.7307;RBI=0.0147713;REFB=-0.0855475;REVB=0.00354354;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012103;STB=0.507032;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0787105;OID=.;OPOS=46279866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:5:9:12:7:5:9:12:7 chr20 46279869 . G A 77.48 PASS AF=0.34375;AO=9;DP=30;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0270301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.665;QD=9.68554;RBI=0.0296663;REFB=-0.0306245;REVB=-0.0122254;RO=21;SAF=9;SAR=0;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.75903;STB=0.729264;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0740982;OID=.;OPOS=46279869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:30:32:21:21:9:11:0.34375:0:9:11:10:2:9:11:10 chr20 46365571 . A G 604.28 PASS AF=0.435065;AO=67;DP=154;FAO=67;FDP=154;FR=.;FRO=87;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=55;FWDB=-0.0270215;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.826;QD=15.6956;RBI=0.0276096;REFB=-0.0250719;REVB=-0.00566825;RO=87;SAF=29;SAR=38;SRF=32;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677886;STB=0.537776;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0302413;OID=.;OPOS=46365571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:87:87:67:67:0.435065:38:29:32:55:38:29:32:55 chr20 47241618 . A G 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00559157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.019;QD=18.9665;RBI=0.00820408;REFB=0.00388675;REVB=-0.00600343;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131765;STB=0.574402;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00378651;OID=.;OPOS=47241618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:11:11:9:16:11:11:9:16 chr20 47253150 . T C 905.94 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416047;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4979;QD=58.4479;RBI=0.0446975;REFB=0;REVB=0.0163375;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000640608;OID=.;OPOS=47253150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr20 47262549 . C T 233.66 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0701564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.675;QD=24.5959;RBI=0.0763821;REFB=0.00547472;REVB=0.0302043;RO=16;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116966;STB=0.565158;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.00215884;OID=.;OPOS=47262549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:9:13:7:9:9:13:7:9 chr20 47267996 . C T 229.27 PASS AF=0.308511;AO=29;DP=94;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=-0.000960914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.458;QD=9.7561;RBI=0.0107737;REFB=-0.011589;REVB=0.0107307;RO=65;SAF=10;SAR=19;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00831841;STB=0.504883;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0283096;OID=.;OPOS=47267996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:65:65:29:29:0.308511:19:10:22:43:19:10:22:43 chr20 47307618 . G A 692.39 PASS AF=0.422222;AO=76;DP=180;FAO=76;FDP=180;FR=.;FRO=104;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=65;FSRR=39;FWDB=-0.000474968;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1658;QD=15.3864;RBI=0.0107347;REFB=-0.0212048;REVB=0.0107242;RO=104;SAF=41;SAR=35;SRF=65;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897933;STB=0.550106;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0364031;OID=.;OPOS=47307618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:104:104:76:76:0.422222:35:41:65:39:35:41:65:39 chr20 47630449 . C T 724.15 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00891404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.237;QD=54.6527;RBI=0.0177545;REFB=-0.0675262;REVB=0.0153546;RO=1;SAF=21;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218994;STB=0.511623;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00037215;OID=.;OPOS=47630449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:31:21:1:0:31:21:1:0 chr20 47650893 . G A 142.36 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0106307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1256;QD=8.25252;RBI=0.0170771;REFB=-0.0108059;REVB=-0.0133647;RO=43;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383868;STB=0.673993;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0266826;OID=.;OPOS=47650893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:49:20:20:0.289855:8:12:11:32:8:12:17:32 chr20 47872450 . CT C 49.17 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=73;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.220599;FXX=0.0270234;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.58313;QD=2.73191;RBI=0.220832;REFB=-0.0490685;REVB=-0.0101331;RO=37;SAF=8;SAR=14;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107977;STB=0.513877;STBP=0.854;TYPE=del;VARB=0.0268249;OID=.;OPOS=47872451;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:22:73:24:72:48:12:12:25:23:49:37:8:14:17:20 chr20 48120777 . G A 231.79 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=-0.00547251;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5539;QD=15.7149;RBI=0.0729107;REFB=-0.010716;REVB=-0.072705;RO=30;SAF=14;SAR=12;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224179;STB=0.644122;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0118805;OID=.;OPOS=48120777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:32:26:27:0.457627:12:14:23:7:13:14:25:7 chr20 48129706 . G T 462.35 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=68;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00106242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.404;QD=27.1968;RBI=0.0180353;REFB=-0.00748588;REVB=0.018004;RO=25;SAF=18;SAR=25;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421826;STB=0.523002;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00454089;OID=.;OPOS=48129706;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:25:43:43:0.632353:25:18:12:13:25:18:12:13 chr20 48411429 . A T 52.76 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0400675;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=33.8142;QD=21.106;RBI=0.105875;REFB=-0.00440987;REVB=0.0980008;RO=3;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368547;STB=0.719257;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0143373;OID=.;OPOS=48411429;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:1:6:1:2:1:6:1:2 chr20 48429508 . GG CC 370.98 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147538;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=239.579;QD=54.9605;RBI=0.149275;REFB=0;REVB=0.022705;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000317953;OID=.;OPOS=48429508;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:21:6:0:0:21:6:0:0 chr20 48491258 . T G 1048.09 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0168954;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.725;QD=58.2273;RBI=0.0179044;REFB=-0.0900465;REVB=0.00592558;RO=1;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145478;STB=0.50769;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=2.07672e-05;OID=.;OPOS=48491258;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:32:39:0:1:32:39:0:1 chr20 48522392 . G A 325.37 PASS AF=0.568966;AO=31;DP=56;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0347695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8286;QD=22.4394;RBI=0.149019;REFB=-0.0193546;REVB=0.144906;RO=25;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00312318;STB=0.511034;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0158587;OID=.;OPOS=48522392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:25:25:31:33:0.568966:16:15:12:13:18:15:12:13 chr20 48522585 . G A 191.0 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0141106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.224;QD=13.4038;RBI=0.0143161;REFB=-0.00999644;REVB=-0.002417;RO=34;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226173;STB=0.512966;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0141941;OID=.;OPOS=48522585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:12:11:17:17:12:11:17:17 chr20 48524827 . A G 211.84 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0275013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5937;QD=16.6148;RBI=0.0275929;REFB=-0.0222302;REVB=0.00224647;RO=28;SAF=18;SAR=5;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212632;STB=0.621914;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0277733;OID=.;OPOS=48524827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:5:18:17:11:5:18:17:11 chr20 48569240 . TG T 468.05 PASS AF=0.454545;AO=74;DP=172;FAO=75;FDP=165;FR=.;FRO=90;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=-0.00843749;FXX=0.0406953;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.4303;QD=11.3466;RBI=0.0111863;REFB=0.00219255;REVB=0.0073445;RO=88;SAF=24;SAR=50;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159515;STB=0.598317;STBP=0.024;TYPE=del;VARB=-0.00158895;OID=.;OPOS=48569241;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:74:172:75:165:90:24:51:44:46:99:88:24:50:42:46 chr20 48569278 . T C 698.54 PASS AF=0.436782;AO=76;DP=174;FAO=76;FDP=174;FR=.;FRO=98;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=-0.0112844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.752;QD=16.0583;RBI=0.0189717;REFB=-0.00802227;REVB=0.0152509;RO=98;SAF=29;SAR=47;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16294;STB=0.590899;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0121863;OID=.;OPOS=48569278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:98:98:76:76:0.436782:47:29:53:45:47:29:53:45 chr20 48700947 . T C 965.31 PASS AF=0.52514;AO=94;DP=179;FAO=94;FDP=179;FR=.;FRO=85;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=0.00771977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.874;QD=21.5712;RBI=0.0122085;REFB=-0.00486246;REVB=0.00945798;RO=85;SAF=43;SAR=51;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062485;STB=0.534215;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00440347;OID=.;OPOS=48700947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:85:85:94:94:0.52514:51:43:45:40:51:43:45:40 chr20 48713049 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404244;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.203;QD=56.1915;RBI=0.0140343;REFB=0;REVB=0.0134395;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45802e-05;OID=.;OPOS=48713049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr20 48729677 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.775;QD=44.6897;RBI=0.0555894;REFB=0;REVB=0.0531333;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334288;OID=.;OPOS=48729677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr20 48746189 . C T 642.16 PASS AF=0.579439;AO=62;DP=107;FAO=62;FDP=107;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=47;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0278154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.091;QD=24.0058;RBI=0.02784;REFB=-0.0233035;REVB=-0.00117064;RO=44;SAF=15;SAR=47;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248659;STB=0.642432;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0118344;OID=.;OPOS=48746189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:44:45:62:62:0.579439:47:15:23:21:47:15:24:21 chr20 49045981 . C T 84.74 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0258721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.895;QD=10.9337;RBI=0.0428491;REFB=-0.0167724;REVB=-0.0341567;RO=20;SAF=10;SAR=1;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485807;STB=0.802879;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0553443;OID=.;OPOS=49045981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:1:10:12:8:1:10:12:8 chr20 49196284 . C T 144.57 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0359128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.798;QD=15.629;RBI=0.0378003;REFB=-0.0119216;REVB=0.0117954;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268139;STB=0.677233;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0212568;OID=.;OPOS=49196284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:21:16:16:0.432432:9:7:3:15:9:7:3:18 chr20 49197898 . C T 271.74 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0123073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.934;QD=12.3516;RBI=0.023442;REFB=-0.0186554;REVB=-0.0199514;RO=56;SAF=20;SAR=12;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254404;STB=0.645977;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0357023;OID=.;OPOS=49197898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:56:32:32:0.363636:12:20:22:34:12:20:22:34 chr20 49214156 . A G 301.57 PASS AF=0.4;AO=33;DP=84;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00476305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.18;QD=14.1917;RBI=0.00528388;REFB=-0.00441063;REVB=-0.00228752;RO=45;SAF=22;SAR=11;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210491;STB=0.573869;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00536573;OID=.;OPOS=49214156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:45:51:33:34:0.4:11:22:21:24:12:22:27:24 chr20 49367076 . T G 1989.41 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.181;QD=62.169;RBI=0.0997204;REFB=0;REVB=0.094425;RO=0;SAF=49;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200149;OID=.;OPOS=49367076;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:128:0:0:126:128:1:77:49:0:0:79:49:0:0 chr20 49369006 . A G 1501.49 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7014;QD=62.5619;RBI=0.0377096;REFB=-0.0522884;REVB=0.0215544;RO=1;SAF=58;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810635;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000661036;OID=.;OPOS=49369006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:96:96:1:0:95:96:1:37:58:1:0:37:59:0:0 chr20 49369584 . TAAAAAT ATAAAAT,TAAAAT,TAAAATA 92.37 PASS AF=0.0810811,0.27027,0.135135;AO=4,7,5;DP=42;FAO=3,10,5;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=0,6,5;FSAR=3,4,0;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00929717,-0.0665169,-0.0417763;FXX=0.119019;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=89.4076,13.695,18.3439;QD=9.98623;RBI=0.0291015,0.108521,0.0598094;REFB=0.00670222,-0.0307268,-0.0412439;REVB=0.0275765,0.0857457,0.0428007;RO=19;SAF=0,5,5;SAR=4,2,0;SRF=7;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.613472,0.385725,0.728945;STB=0.995179,0.679662,0.998169;STBP=0.171,0.165,0.004;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.220858,0.0564949,0.130102;OID=.,.,.;OPOS=49369584,49369585,49369589;OREF=TA,A,AT;OALT=AT,-,TA;OMAPALT=ATAAAAT,TAAAAT,TAAAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:42:37:19:19:4,7,5:3,10,5:0.0810811,0.27027,0.135135:4,2,0:0,5,5:7:12:3,4,0:0,6,5:6:13 chr20 49369605 . C CCT 92.63 PASS AF=0.25;AO=9;DP=54;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0100977;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=163.48;QD=6.61651;RBI=0.0369286;REFB=-0.0091891;REVB=-0.0355212;RO=43;SAF=4;SAR=5;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915515;STB=0.581274;STBP=0.533;TYPE=ins;VARB=0.0216809;OID=.;OPOS=49369606;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:9:54:14:56:42:4:10:16:26:92:43:4:5:16:27 chr20 49369613 . T TC 142.57 PASS AF=0.555556;AO=12;DP=64;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.000917347;FXX=0.181777;HRUN=0;LEN=1;MLLD=134.214;QD=15.8411;RBI=0.0783224;REFB=0.00660694;REVB=0.0783171;RO=46;SAF=5;SAR=7;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607639;STB=0.535677;STBP=0.69;TYPE=ins;VARB=-0.00778999;OID=.;OPOS=49369614;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:12:64:20:36:16:5:15:5:11:99:46:5:7:17:29 chr20 49369614 . T C 171.71 PASS AF=0.354839;AO=24;DP=64;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.00635465;FXX=0.0312451;HRUN=11;LEN=1;MLLD=140.208;QD=11.0777;RBI=0.0157208;REFB=-0.0161905;REVB=-0.0143792;RO=39;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485073;STB=0.505046;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0304979;OID=.;OPOS=49369614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:39:40:24:22:0.354839:15:9:13:26:15:7:13:27 chr20 49369624 . A T 559.01 PASS AF=0.907407;AO=42;DP=51;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0293869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.3389;QD=41.4078;RBI=0.167985;REFB=-0.0862631;REVB=0.165394;RO=9;SAF=16;SAR=26;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561488;STB=0.507689;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0612015;OID=.;OPOS=49369624;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:51:54:9:5:42:49:0.907407:26:16:2:7:33:16:2:3 chr20 49507344 . G C 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00624383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.498;QD=25.2873;RBI=0.0358987;REFB=0.0228661;REVB=0.0353515;RO=9;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168365;STB=0.594472;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.0164391;OID=.;OPOS=49507344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:11:5:5:4:11:5:5:4 chr20 49509184 . G A 572.19 PASS AF=0.504348;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.00343092;FXX=0.0495827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.457;QD=19.9024;RBI=0.0261665;REFB=-0.00485413;REVB=-0.0259406;RO=55;SAF=28;SAR=30;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154912;STB=0.574507;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00368166;OID=.;OPOS=49509184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:115:55:57:58:58:0.504348:30:28:17:38:30:28:19:38 chr20 49577558 . C T 494.04 PASS AF=0.652174;AO=45;DP=69;FAO=45;FDP=69;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.014003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8375;QD=28.6402;RBI=0.014301;REFB=0.00907783;REVB=0.00290405;RO=24;SAF=21;SAR=24;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745581;STB=0.540523;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00278244;OID=.;OPOS=49577558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:24:24:45:45:0.652174:24:21:14:10:24:21:14:10 chr20 50092027 . T G 572.63 PASS AF=0.47619;AO=58;DP=126;FAO=60;FDP=126;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.0095027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.119;QD=18.1787;RBI=0.0103;REFB=-0.00940093;REVB=0.00397351;RO=66;SAF=19;SAR=39;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230359;STB=0.633159;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0127326;OID=.;OPOS=50092027;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:66:66:58:60:0.47619:39:19:37:29:41:19:37:29 chr20 50140627 . G C 236.1 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00466046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.373;QD=19.2731;RBI=0.00579619;REFB=-0.0238014;REVB=0.00344615;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328143;STB=0.527249;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0458872;OID=.;OPOS=50140627;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:13:10:10:15:13:10:10:16 chr20 50217620 . A G 953.55 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0059757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0476;QD=58.68;RBI=0.0279671;REFB=0;REVB=0.0273212;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76882e-05;OID=.;OPOS=50217620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr20 50230275 . G A 132.51 PASS AF=0.232558;AO=20;DP=87;FAO=20;FDP=86;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00951147;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.743;QD=6.16309;RBI=0.0101462;REFB=-0.0170038;REVB=0.0035324;RO=66;SAF=13;SAR=7;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225212;STB=0.639204;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0513175;OID=.;OPOS=50230275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:66:66:20:20:0.232558:7:13:31:35:7:13:31:35 chr20 50287736 . C T 1818.89 PASS AF=0.991803;AO=116;DP=118;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.935;QD=59.6358;RBI=0.0600293;REFB=0.0843052;REVB=0.0591555;RO=0;SAF=73;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-5.10304e-05;OID=.;OPOS=50287736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:118:122:0:1:116:121:0.991803:43:73:0:0:48:73:1:0 chr20 50287790 . A G 1548.86 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1494;QD=63.8704;RBI=0.0357119;REFB=0;REVB=0.0352076;RO=0;SAF=56;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141851;OID=.;OPOS=50287790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:41:56:0:0:41:56:0:0 chr20 50406981 . C T 175.6 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00646858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5707;QD=13.773;RBI=0.00800606;REFB=0.00153738;REVB=0.00471747;RO=31;SAF=4;SAR=16;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377092;STB=0.720479;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00355962;OID=.;OPOS=50406981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:16:4:16:15:16:4:16:15 chr20 50407502 . A C 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00398968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.106;QD=16.0426;RBI=0.0179645;REFB=-0.0271071;REVB=-0.0175159;RO=26;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135953;STB=0.578229;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.023452;OID=.;OPOS=50407502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:7:12:13:13:7:12:13:13 chr20 50408482 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00502771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.754;QD=62.0215;RBI=0.0104827;REFB=0;REVB=0.00919829;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70222e-05;OID=.;OPOS=50408482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:14:27:0:0:14:28:0:0 chr20 50769596 . C T 34.42 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.11375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3208;QD=4.3029;RBI=0.114516;REFB=-0.0200642;REVB=0.0132309;RO=26;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112425;STB=0.577511;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.101959;OID=.;OPOS=50769596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:4:2:11:15:4:2:11:15 chr20 50803444 . C T 345.1 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0301954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.186;QD=16.6314;RBI=0.0302242;REFB=-0.00127508;REVB=0.00131794;RO=46;SAF=19;SAR=18;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812119;STB=0.504561;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00164546;OID=.;OPOS=50803444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:18:19:24:22:18:19:24:22 chr20 50803573 . G A 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.029068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.512;QD=9.1323;RBI=0.030018;REFB=0.0115343;REVB=-0.00749227;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113609;STB=0.56948;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.0148544;OID=.;OPOS=50803573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:4:6:11:11:4:6:11:11 chr20 51870849 . T C 1936.39 PASS AF=0.992366;AO=127;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.070356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.646;QD=59.1263;RBI=0.0754688;REFB=-0.145313;REVB=0.0273053;RO=3;SAF=64;SAR=63;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747808;STB=0.503816;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0011982;OID=.;OPOS=51870849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:131:3:1:127:130:0.992366:63:64:1:2:65:65:0:1 chr20 52105972 . C T 785.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00147761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.894;QD=57.1027;RBI=0.00151118;REFB=0;REVB=-0.000316777;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.37315e-06;OID=.;OPOS=52105972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr20 52583505 . C T 949.53 PASS AF=0.565217;AO=90;DP=160;FAO=91;FDP=161;FR=.;FRO=70;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=-0.0550083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.552;QD=23.5907;RBI=0.055018;REFB=-0.0185014;REVB=-0.00103275;RO=70;SAF=50;SAR=40;SRF=22;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191902;STB=0.601167;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0133552;OID=.;OPOS=52583505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:70:70:90:91:0.565217:40:50:22:48:41:50:22:48 chr20 52611540 . C A 90.97 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00402248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9765;QD=10.3964;RBI=0.0388558;REFB=-0.0244239;REVB=-0.038647;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11507;STB=0.596995;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0286241;OID=.;OPOS=52611540;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:35:35:21:23:12:12:0.342857:5:7:10:11:5:7:10:13 chr20 52645166 . A G 784.39 PASS AF=0.413146;AO=82;DP=206;FAO=88;FDP=213;FR=.;FRO=125;FSAF=28;FSAR=60;FSRF=79;FSRR=46;FWDB=0.0109424;FXX=0.0138882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1959;QD=14.7304;RBI=0.0542035;REFB=-0.011724;REVB=-0.0530875;RO=122;SAF=22;SAR=60;SRF=76;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383991;STB=0.68381;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0249097;OID=.;OPOS=52645166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:213:122:125:82:88:0.413146:60:22:76:46:60:28:79:46 chr20 52674615 . A G 971.37 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.932;QD=58.8706;RBI=0.0415287;REFB=0;REVB=0.0274151;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121244;OID=.;OPOS=52674615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:64:66:1:26:38:0:0:27:39:0:0 chr20 52675188 . G T 785.69 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7744;QD=64.1378;RBI=0.101249;REFB=0;REVB=-0.0911396;RO=0;SAF=36;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00182612;OID=.;OPOS=52675188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:13:36:0:0:13:36:0:0 chr20 52684993 . CAG C 181.58 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0133716;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.047;QD=16.5074;RBI=0.0345569;REFB=-0.0185729;REVB=0.031865;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117542;STB=0.600845;STBP=0.277;TYPE=del;VARB=0.0253845;OID=.;OPOS=52684994;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431818:19:44:19:44:25:8:11:15:10:99:22:8:11:12:10 chr20 52775528 . C T 636.17 PASS AF=0.579439;AO=61;DP=106;FAO=62;FDP=107;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.00975675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.557;QD=23.7819;RBI=0.0283997;REFB=0.00186142;REVB=-0.0266712;RO=44;SAF=26;SAR=35;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17768;STB=0.594207;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00206325;OID=.;OPOS=52775528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:44:45:61:62:0.579439:35:26:29:15:36:26:29:16 chr20 52786219 . G A 500.68 PASS AF=0.573171;AO=47;DP=82;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00862198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.936;QD=24.4234;RBI=0.0101034;REFB=-0.0253981;REVB=-0.00526694;RO=35;SAF=22;SAR=25;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360214;STB=0.519742;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0161299;OID=.;OPOS=52786219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:35:47:47:0.573171:25:22:18:17:25:22:18:17 chr20 54824029 . G A 312.82 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.00285371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.924;QD=21.9524;RBI=0.0125983;REFB=0.00376936;REVB=0.0122709;RO=22;SAF=9;SAR=23;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368972;STB=0.725649;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00359968;OID=.;OPOS=54824029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:25:32:32:0.561404:23:9:17:5:23:9:20:5 chr20 54944791 . C G 383.61 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.016338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.974;QD=20.1898;RBI=0.0163433;REFB=-0.0132927;REVB=-0.000418382;RO=36;SAF=22;SAR=17;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665916;STB=0.542281;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0118809;OID=.;OPOS=54944791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:36:37:39:39:0.513158:17:22:23:13:17:22:24:13 chr20 54961463 . T C 1555.24 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014945;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.926;QD=64.1338;RBI=0.0153742;REFB=0;REVB=-0.00360723;RO=0;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.00664e-05;OID=.;OPOS=54961463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:95:97:1:53:42:0:0:54:43:0:0 chr20 54961541 . A T 922.59 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0360677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.0061;QD=56.7747;RBI=0.0443537;REFB=-0.079768;REVB=0.0258142;RO=1;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119581;STB=0.506327;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000888194;OID=.;OPOS=54961541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:39:25:0:1:39:25:0:1 chr20 54970699 . G A 190.04 PASS AF=0.308642;AO=25;DP=81;FAO=25;FDP=81;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0328069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.487;QD=9.38468;RBI=0.0448825;REFB=-0.00433858;REVB=-0.0306291;RO=56;SAF=10;SAR=15;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179642;STB=0.605827;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00540334;OID=.;OPOS=54970699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:56:56:25:25:0.308642:15:10:31:25:15:10:31:25 chr20 55028167 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.863;QD=46.848;RBI=0.0263852;REFB=0;REVB=0.00332181;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128585;OID=.;OPOS=55028167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr20 55033476 . C G 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9663;QD=64.15;RBI=0.024894;REFB=0;REVB=-0.00702931;RO=0;SAF=37;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143478;OID=.;OPOS=55033476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:12:37:0:0:12:37:0:0 chr20 55033635 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.942;QD=53.2771;RBI=0.0540411;REFB=0;REVB=0.0398229;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005232;OID=.;OPOS=55033635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr20 55033647 . T C 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.167;QD=50.4094;RBI=0.0325059;REFB=0;REVB=0.0150139;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288414;OID=.;OPOS=55033647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr20 55033713 . G A 120.21 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456829;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.04;QD=43.7114;RBI=0.078766;REFB=0;REVB=0.0641651;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000911929;OID=.;OPOS=55033713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr20 55066633 . T G 322.93 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.00199956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3719;QD=16.7757;RBI=0.0178165;REFB=0.0163849;REVB=0.0177039;RO=42;SAF=22;SAR=13;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657822;STB=0.536822;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.0220016;OID=.;OPOS=55066633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:13:22:29:13:13:22:29:13 chr20 55072472 . A G 387.22 PASS AF=1;AO=22;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0937178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9764;QD=53.4099;RBI=0.0994304;REFB=0;REVB=0.0332173;RO=0;SAF=0;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000708653;OID=.;OPOS=55072472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:22:29:1:22:0:0:0:28:1:0:0 chr20 55088404 . A G 955.62 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.191;QD=58.8076;RBI=0.0359775;REFB=0;REVB=0.0306078;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102035;OID=.;OPOS=55088404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:26:38:0:0:26:39:0:0 chr20 55108504 . T C 436.65 PASS AF=0.354839;AO=54;DP=155;FAO=55;FDP=155;FR=.;FRO=100;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=65;FWDB=-0.015451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.341;QD=11.2684;RBI=0.0154542;REFB=-0.0020761;REVB=-0.000312122;RO=99;SAF=28;SAR=26;SRF=34;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197754;STB=0.613254;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00423761;OID=.;OPOS=55108504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:99:100:54:55:0.354839:26:28:34:65:26:29:35:65 chr20 55108617 . C A 476.85 PASS AF=0.45614;AO=49;DP=111;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.0356737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.365;QD=16.7315;RBI=0.0385499;REFB=-0.0341852;REVB=-0.014611;RO=61;SAF=22;SAR=27;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727791;STB=0.529278;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0302845;OID=.;OPOS=55108617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:61:62:49:52:0.45614:27:22:23:38:30:22:23:39 chr20 55111273 . C T 216.4 PASS AF=0.5;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00489083;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.843;QD=20.6093;RBI=0.0147999;REFB=-0.0122502;REVB=-0.0139684;RO=20;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234192;STB=0.6295;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00857621;OID=.;OPOS=55111273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:20:21:20:21:0.5:6:14:9:11:6:15:10:11 chr20 55111364 . A C 201.45 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00239502;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.215;QD=13.8931;RBI=0.0156951;REFB=-0.0159174;REVB=-0.0155113;RO=30;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733835;STB=0.575652;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0193012;OID=.;OPOS=55111364;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:30:34:24:24:0.413793:11:13:14:16:11:13:14:20 chr20 55213724 . T C 41.66 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0137385;FXX=0.017854;HRUN=21;LEN=1;MLLD=107.341;QD=3.02997;RBI=0.0248219;REFB=-0.000503823;REVB=-0.0206732;RO=40;SAF=0;SAR=8;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.728721;STB=0.892704;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0049194;OID=.;OPOS=55213724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:49:55:40:47:8:8:0.145455:8:0:24:16:7:1:29:18 chr20 55263662 . T G 159.48 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0633836;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4155;QD=16.7876;RBI=0.0633892;REFB=0.021291;REVB=-0.000847616;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00541022;STB=0.503102;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.0296982;OID=.;OPOS=55263662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:21:17:17:0.447368:8:9:11:10:8:9:11:10 chr20 55748206 . G A 755.58 PASS AF=1;AO=46;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961126;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8405;QD=57.0246;RBI=0.0716775;REFB=0;REVB=0.0710302;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340728;OID=.;OPOS=55748206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:46:53:1:17:29:0:0:17:36:0:0 chr20 55912844 . CTT CCT,C,CT 379.66 PASS AF=0,0.25,0.678571;AO=3,26,34;DP=80;FAO=0,21,57;FDP=84;FR=.;FRO=6;FSAF=0,5,22;FSAR=0,16,35;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0827451,0.0532891,0.106567;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=14.4213,10.8213,7.03672;QD=18.0792;RBI=0.104374,0.0599611,0.120355;REFB=-0.0236558,-0.0044976,-0.00689646;REVB=0.0636173,-0.0274884,-0.0559364;RO=15;SAF=3,7,10;SAR=0,19,24;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.589173,-0.243027,-0.18878;STB=0.5,0.615266,0.527832;STBP=1,0.065,0.198;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0254742,-9.72298e-05;OID=.,.,.;OPOS=55912845,55912845,55912845;OREF=T,TT,T;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCT,C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.25,0.678571:3,26,34:80:0,21,57:84:6:0,5,22:0,16,35:4:2:40:15:3,7,10:0,19,24:9:6 chr20 55934834 . T A 454.25 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0216679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.4983;QD=17.9899;RBI=0.0216941;REFB=-0.00201804;REVB=0.00106603;RO=52;SAF=25;SAR=23;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195067;STB=0.505987;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00428133;OID=.;OPOS=55934834;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:52:53:48:48:0.475248:23:25:26:26:23:25:27:26 chr20 56090807 . A G 145.19 PASS AF=0.256098;AO=21;DP=83;FAO=21;FDP=82;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.0375692;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.879;QD=7.08244;RBI=0.0387661;REFB=-0.0132123;REVB=-0.00955839;RO=58;SAF=4;SAR=17;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533006;STB=0.823827;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.029883;OID=.;OPOS=56090807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:58:61:21:21:0.256098:17:4:37:21:17:4:39:22 chr20 56098733 . T C 686.3 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139004;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.698;QD=54.9039;RBI=0.0196457;REFB=-0.0642372;REVB=0.0138828;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165122;STB=0.508768;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000195161;OID=.;OPOS=56098733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:28:21:0:1:28:21:0:1 chr20 56131216 . A G 727.72 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7536;QD=63.2797;RBI=0.0617294;REFB=0;REVB=-0.0587924;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125001;OID=.;OPOS=56131216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr20 56137895 . G C 559.4 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0394594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5202;QD=57.3745;RBI=0.116843;REFB=-0.106251;REVB=0.109979;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267628;STB=0.514278;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00666509;OID=.;OPOS=56137895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:17:21:0:1:17:21:0:1 chr20 56139403 . T C 1175.89 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0115469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2252;QD=59.5388;RBI=0.0306538;REFB=0.0543456;REVB=-0.0283959;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00128449;OID=.;OPOS=56139403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:47:31:0:0:47:31:0:1 chr20 56140697 . T TG 75.41 PASS AF=0.291139;AO=21;DP=80;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0666421;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.5719;QD=3.81798;RBI=0.0691549;REFB=-0.0010036;REVB=-0.0184727;RO=55;SAF=7;SAR=14;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153188;STB=0.527373;STBP=0.764;TYPE=ins;VARB=-0.0536778;OID=.;OPOS=56140698;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291139:21:80:23:79:56:9:14:24:32:75:55:7:14:25:30 chr20 56179422 . C A 411.39 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.661;QD=56.7432;RBI=0.0216201;REFB=0;REVB=0.0112346;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.34945e-05;OID=.;OPOS=56179422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:20:8:0:0:21:8:0:0 chr20 56182296 . A C 1769.88 PASS AF=0.991525;AO=115;DP=116;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.059345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.047;QD=59.9961;RBI=0.0627914;REFB=-0.0773644;REVB=0.0205166;RO=1;SAF=58;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825856;STB=0.504273;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000576102;OID=.;OPOS=56182296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:118:1:1:115:117:0.991525:57:58:0:1:58:59:0:1 chr20 56186884 . T C 1433.36 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605473;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4603;QD=62.3199;RBI=0.0902997;REFB=-0.0524029;REVB=0.066993;RO=0;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0009188;OID=.;OPOS=56186884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:91:92:0:0:90:92:1:53:37:0:0:53:39:0:0 chr20 56190634 . C T 247.58 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00632984;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.765;QD=19.4184;RBI=0.0322728;REFB=-0.00593699;REVB=-0.031646;RO=25;SAF=23;SAR=3;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.561501;STB=0.819601;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00313013;OID=.;OPOS=56190634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:3:23:9:16:3:23:9:16 chr20 56227532 . T C 92.21 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0275313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.523;QD=18.441;RBI=0.0352848;REFB=-0.00506011;REVB=0.0220691;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236841;STB=0.636115;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00278928;OID=.;OPOS=56227532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:4:7:3:6:4:7:3:6 chr20 56793706 . G A 316.65 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0344752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9933;QD=15.4465;RBI=0.0345037;REFB=-0.00710122;REVB=-0.00140197;RO=46;SAF=12;SAR=23;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188726;STB=0.501547;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0142419;OID=.;OPOS=56793706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:47:35:35:0.426829:23:12:15:31:23:12:16:31 chr20 56793764 . G A 189.87 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00618178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.929;QD=11.3353;RBI=0.00657633;REFB=-0.0126777;REVB=0.0022436;RO=43;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707674;STB=0.54095;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0342331;OID=.;OPOS=56793764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:13:11:17:26:13:11:17:26 chr20 56807969 . A G 369.61 PASS AF=0.382609;AO=44;DP=118;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=0.0240783;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.536;QD=12.8561;RBI=0.0294897;REFB=0.00851712;REVB=0.0170258;RO=70;SAF=26;SAR=18;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058886;STB=0.536852;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.0115116;OID=.;OPOS=56807969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:115:70:71:44:44:0.382609:18:26:45:25:18:26:46:25 chr20 56814892 . G T 514.54 PASS AF=0.626667;AO=47;DP=75;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0205496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9841;QD=27.442;RBI=0.0307407;REFB=0.0142775;REVB=-0.0228627;RO=28;SAF=26;SAR=21;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133828;STB=0.572851;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00845424;OID=.;OPOS=56814892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:28:28:47:47:0.626667:21:26:10:18:21:26:10:18 chr20 56826020 . A G 208.82 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.011213;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.009;QD=25.3116;RBI=0.0158671;REFB=-0.0124453;REVB=-0.0112265;RO=13;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170103;STB=0.594502;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0050063;OID=.;OPOS=56826020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:11:9:9:4:11:9:9:4 chr20 56846506 . TA T 32.82 PASS AF=0.235294;AO=28;DP=103;FAO=24;FDP=102;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=0.105636;FXX=0.0097078;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.76201;QD=1.28704;RBI=0.111484;REFB=-0.0418521;REVB=0.0356347;RO=63;SAF=11;SAR=17;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243019;STB=0.538429;STBP=0.711;TYPE=del;VARB=-0.0429907;OID=.;OPOS=56846507;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294:28:103:24:102:78:9:15:33:45:32:63:11:17:26:37 chr20 57020556 . G C 633.6 PASS AF=0.464286;AO=65;DP=140;FAO=65;FDP=140;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.0376831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.782;QD=18.1029;RBI=0.038248;REFB=0.000712519;REVB=0.00654952;RO=74;SAF=43;SAR=22;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175251;STB=0.601436;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00096941;OID=.;OPOS=57020556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:74:75:65:65:0.464286:22:43:36:38:22:43:36:39 chr20 57045667 . T C 2651.53 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00853204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.5;QD=62.0242;RBI=0.0257446;REFB=0;REVB=0.0242896;RO=0;SAF=76;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77781e-05;OID=.;OPOS=57045667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:171:0:0:166:171:1:90:76:0:0:95:76:0:0 chr20 57045765 . A G 1012.38 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152407;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.235;QD=59.5516;RBI=0.0221063;REFB=0;REVB=-0.0160128;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35243e-05;OID=.;OPOS=57045765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr20 57244493 . G A 1054.3 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0256558;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.659;QD=58.572;RBI=0.0288301;REFB=-0.0317973;REVB=-0.0131511;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.506665;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000884799;OID=.;OPOS=57244493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:72:0:1:71:71:0.986111:37:34:0:0:37:34:0:1 chr20 57266134 . G A 344.5 PASS AF=0.368421;AO=43;DP=115;FAO=42;FDP=114;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=-0.0364709;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.53;QD=12.0877;RBI=0.0389481;REFB=-0.0152263;REVB=0.0136687;RO=70;SAF=27;SAR=16;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000774017;STB=0.503991;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0296877;OID=.;OPOS=57266134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:70:72:43:42:0.368421:16:27:44:26:16:26:45:27 chr20 57266853 . C G 203.92 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=-0.0193783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.205;QD=10.4575;RBI=0.0212845;REFB=-0.00420562;REVB=0.00880409;RO=52;SAF=14;SAR=12;SRF=38;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228289;STB=0.631487;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00966043;OID=.;OPOS=57266853;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:52:26:26:0.333333:12:14:38:14:12:14:38:14 chr20 57268867 . C A 211.22 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.0283617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.659;QD=12.0699;RBI=0.0283912;REFB=0.000594799;REVB=-0.00129559;RO=43;SAF=3;SAR=23;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305233;STB=0.676307;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00111997;OID=.;OPOS=57268867;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:44:26:26:0.371429:23:3:12:31:23:3:12:32 chr20 57269495 . G A 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0102938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.966;QD=15.1596;RBI=0.0388718;REFB=0.00252707;REVB=0.037484;RO=22;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619123;STB=0.535671;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.00194264;OID=.;OPOS=57269495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:6:10:15:7:6:10:15:7 chr20 57280575 . T C 1715.32 PASS AF=0.991304;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0421515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7586;QD=59.6632;RBI=0.0466732;REFB=0.0777939;REVB=0.0200409;RO=1;SAF=52;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090437;STB=0.504761;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000750524;OID=.;OPOS=57280575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:113:114:0.991304:61:52:1:0:62:52:1:0 chr20 57290347 . C G 544.42 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0282634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2127;QD=20.5442;RBI=0.0725411;REFB=-0.0181752;REVB=-0.0668086;RO=45;SAF=25;SAR=31;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383629;STB=0.522252;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0169997;OID=.;OPOS=57290347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:45:50:56:56:0.528302:31:25:18:27:31:25:20:30 chr20 57478807 . C T 1993.28 PASS AF=0.984848;AO=129;DP=132;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0553861;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7858;QD=60.4024;RBI=0.0562838;REFB=0.0668051;REVB=-0.0100123;RO=3;SAF=67;SAR=62;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208003;STB=0.507245;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.0041226;OID=.;OPOS=57478807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:132:3:2:129:130:0.984848:62:67:3:0:62:68:2:0 chr20 57564954 . G T 198.37 PASS AF=0.4;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0157453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.989;QD=13.2248;RBI=0.0349592;REFB=-0.0112443;REVB=-0.0312127;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122355;STB=0.576426;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0196268;OID=.;OPOS=57564954;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:35:36:24:24:0.4:11:13:23:12:11:13:24:12 chr20 57571762 . CA C,CG 1757.33 PASS AF=0.151261,0.848739;AO=21,98;DP=120;FAO=18,101;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=18,42;FSAR=0,59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672612,0.0653444;FXX=0.00833264;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.979,188.334;QD=59.0699;RBI=0.0678899,0.0656857;REFB=0,0;REVB=0.00921776,0.00668674;RO=1;SAF=21,39;SAR=0,59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.012006;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.029283,0.0113861;OID=.,.;OPOS=57571763,57571763;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.151261,0.848739:21,98:120:18,101:119:0:18,42:0,59:0:0:46:1:21,39:0,59:1:0 chr20 57572675 . A G 1176.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000194964;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.563;QD=61.1222;RBI=0.0143223;REFB=0;REVB=0.014321;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20364e-05;OID=.;OPOS=57572675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:34:42:0:0:34:43:0:0 chr20 57599016 . T G 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0373284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.05;QD=59.0421;RBI=0.0378338;REFB=0.0189261;REVB=-0.00616359;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.512189;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-6.97767e-05;OID=.;OPOS=57599016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:20:21:0:0:20:21:0:1 chr20 57612390 . C G 834.3 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7822;QD=57.5381;RBI=0.02335;REFB=0;REVB=0.0197174;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22671e-05;OID=.;OPOS=57612390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr20 57829301 . T C 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00509092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.057;QD=62.6664;RBI=0.00864477;REFB=0;REVB=0.00698674;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07244e-05;OID=.;OPOS=57829301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr20 57833518 . G A 205.27 PASS AF=0.428571;AO=23;DP=55;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00530262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.914;QD=14.662;RBI=0.00696973;REFB=-0.0105012;REVB=0.00452321;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146121;STB=0.583264;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0122363;OID=.;OPOS=57833518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:32:23:24:0.428571:10:13:13:18:10:14:14:18 chr20 57833740 . T C 342.27 PASS AF=0.393939;AO=40;DP=98;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00207465;FXX=0.0198;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.7083;QD=13.8291;RBI=0.0325987;REFB=0.00956813;REVB=0.0325326;RO=58;SAF=16;SAR=24;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335327;STB=0.541041;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.0154178;OID=.;OPOS=57833740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:58:60:40:39:0.393939:24:16:25:33:24:15:27:33 chr20 57834150 . A T 281.93 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.037124;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.9634;QD=23.4938;RBI=0.0623964;REFB=-0.0850603;REVB=-0.050151;RO=20;SAF=15;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214971;STB=0.514695;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0712834;OID=.;OPOS=57834150;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:22:26:26:0.541667:11:15:11:9:11:15:12:10 chr20 58443602 . C T 122.46 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=9;FWDB=-0.0305248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.887;QD=8.44575;RBI=0.0693827;REFB=-0.0181902;REVB=-0.0623073;RO=40;SAF=15;SAR=2;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230124;STB=0.636877;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.018183;OID=.;OPOS=58443602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:41:17:17:0.293103:2:15:31:9:2:15:32:9 chr20 58520787 . GT GG,G 67.87 PASS AF=0.272727,0.5;AO=4,5;DP=24;FAO=6,11;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=3,5;FSAR=3,6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0830841,-0.144806;FXX=0.0832986;HRUN=10,10;LEN=1,1;MLLD=14.8856,5.65574;QD=12.3395;RBI=0.172675,0.173946;REFB=-0.0147005,-0.0786941;REVB=0.151373,0.0963752;RO=6;SAF=2,2;SAR=2,3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.156622,0.0621951;STB=0.545304,0.545372;STBP=0.816,0.669;TYPE=snp,del;VARB=0.00439116,0.122004;OID=.,.;OPOS=58520788,58520788;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.272727,0.5:4,5:24:6,11:22:5:3,5:3,6:3:2:30:6:2,2:2,3:2:4 chr20 58547124 . C T 315.34 PASS AF=0.285714;AO=44;DP=156;FAO=44;FDP=154;FR=.;FRO=110;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=58;FSRR=52;FWDB=-0.0065648;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.504;QD=8.19052;RBI=0.0135397;REFB=-0.00488399;REVB=-0.0118418;RO=110;SAF=19;SAR=25;SRF=58;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115793;STB=0.568151;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0129298;OID=.;OPOS=58547124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:154:110:110:44:44:0.285714:25:19:58:52:25:19:58:52 chr20 58883534 . T C 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00521108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.652;QD=19.6682;RBI=0.0111268;REFB=-0.00787332;REVB=0.00983109;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00799136;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00577546;OID=.;OPOS=58883534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:19:19:19:0.5:8:11:10:7:8:11:11:8 chr20 60293852 . G C 403.16 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0191313;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6593;QD=21.7924;RBI=0.0416972;REFB=0.00509681;REVB=-0.0370493;RO=35;SAF=21;SAR=19;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137465;STB=0.570225;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.00386408;OID=.;OPOS=60293852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:35:34:40:40:0.540541:19:21:24:11:19:21:23:11 chr20 60293919 . C A 1830.61 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0247003;FXX=0.0162588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0515;QD=60.516;RBI=0.0268275;REFB=0.0604058;REVB=0.0104695;RO=1;SAF=74;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00637648;STB=0.503355;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000533138;OID=.;OPOS=60293919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:121:1:1:120:120:0.991736:46:74:1:0:46:74:1:0 chr20 60294279 . A G 107.71 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0315623;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.951;QD=11.9676;RBI=0.0361484;REFB=0.00376356;REVB=0.0176218;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33535;STB=0.66642;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00671252;OID=.;OPOS=60294279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:21:23:13:13:0.361111:5:8:6:15:5:8:8:15 chr20 60294296 . G A 121.54 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0298211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7833;QD=15.192;RBI=0.031717;REFB=0.00219818;REVB=0.0108015;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323285;STB=0.687798;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00342438;OID=.;OPOS=60294296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:4:10:7:11:4:10:7:11 chr20 60294388 . C T 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00274957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.711;QD=27.3838;RBI=0.061799;REFB=0.00812626;REVB=-0.0617378;RO=3;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29369;STB=0.666324;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00730281;OID=.;OPOS=60294388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:7:3:3:0:7:3:3:0 chr20 60485627 . C T 286.74 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0171134;FXX=0.0114929;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.564;QD=13.3368;RBI=0.0260252;REFB=-0.0260427;REVB=0.0196072;RO=50;SAF=9;SAR=24;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26025;STB=0.657434;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0430046;OID=.;OPOS=60485627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:50:53:33:33:0.383721:24:9:25:25:24:9:27:26 chr20 60503350 . A G 899.58 PASS AF=0.473958;AO=91;DP=192;FAO=91;FDP=192;FR=.;FRO=101;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=0.0118986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1446;QD=18.7413;RBI=0.0195248;REFB=-0.0161339;REVB=-0.0154804;RO=100;SAF=39;SAR=52;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493666;STB=0.524881;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0187272;OID=.;OPOS=60503350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:100:101:91:91:0.473958:52:39:48:52:52:39:48:53 chr20 60511860 . C T 400.52 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00723734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.712;QD=53.4023;RBI=0.0373748;REFB=-0.167151;REVB=0.0366674;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282257;STB=0.515141;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00122158;OID=.;OPOS=60511860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:16:13:0:1:16:13:0:1 chr20 60572663 . C A 1276.75 PASS AF=0.976744;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0629083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0858;QD=59.3839;RBI=0.0833127;REFB=-0.159235;REVB=0.0546219;RO=2;SAF=46;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201434;STB=0.510202;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00260262;OID=.;OPOS=60572663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:84:86:2:2:82:84:0.976744:36:46:2:0:36:48:2:0 chr20 60712511 . A G 341.84 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0114262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.017;QD=18.478;RBI=0.0120119;REFB=-0.00481268;REVB=-0.003705;RO=38;SAF=15;SAR=21;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716709;STB=0.539884;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0035376;OID=.;OPOS=60712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:21:15:13:25:21:15:13:25 chr20 60713311 . G A 172.92 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00475428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6188;QD=11.3387;RBI=0.00480251;REFB=-0.00702514;REVB=0.00067894;RO=39;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221359;STB=0.628625;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0143821;OID=.;OPOS=60713311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:8:14:17:22:8:14:17:22 chr20 60713332 . A G 188.46 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0164504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7119;QD=15.3848;RBI=0.0504287;REFB=-0.0185207;REVB=0.04767;RO=29;SAF=13;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219646;STB=0.602001;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0393462;OID=.;OPOS=60713332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:29:29:19:20:0.408163:6:13:14:15:7:13:14:15 chr20 60738559 . C T 42.74 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0498844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6451;QD=6.57564;RBI=0.063695;REFB=-0.00475991;REVB=0.0396055;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107842;STB=0.569413;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0389582;OID=.;OPOS=60738559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:26:26:19:19:7:7:0.269231:2:5:12:7:2:5:12:7 chr20 60756541 . GT G 54.44 PASS AF=0.317308;AO=39;DP=105;FAO=33;FDP=104;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.16991;FXX=0.0188661;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.78885;QD=2.09392;RBI=0.213126;REFB=-0.118108;REVB=0.128659;RO=49;SAF=18;SAR=21;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136747;STB=0.562005;STBP=0.415;TYPE=del;VARB=0.068023;OID=.;OPOS=60756542;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.317308:39:105:33:104:71:12:21:32:39:54:49:18:21:16:33 chr20 60768497 . C T 359.29 PASS AF=0.493333;AO=29;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0109856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.959;QD=19.1623;RBI=0.0284742;REFB=-0.020453;REVB=0.0262697;RO=37;SAF=17;SAR=12;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046196;STB=0.520162;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0195111;OID=.;OPOS=60768497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:38:29:37:0.493333:12:17:20:17:19:18:20:18 chr20 60808026 . C T 400.94 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0147982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.409;QD=18.0198;RBI=0.0174383;REFB=-0.0286336;REVB=-0.00922534;RO=45;SAF=20;SAR=22;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118169;STB=0.50429;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0214657;OID=.;OPOS=60808026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:47:42:42:0.47191:22:20:22:23:22:20:22:25 chr20 60831300 . G A 1014.53 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0142301;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.75;QD=57.9729;RBI=0.0154353;REFB=-0.129293;REVB=0.00597933;RO=1;SAF=33;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141097;STB=0.507461;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000189366;OID=.;OPOS=60831300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:36:33:1:0:36:33:1:0 chr20 60881330 . G A 1185.1 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.926;QD=60.7744;RBI=0.0800653;REFB=0;REVB=0.0788121;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21526e-05;OID=.;OPOS=60881330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr20 60881780 . T C 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9102;QD=58.2379;RBI=0.0237098;REFB=0;REVB=0.0131788;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.04196e-05;OID=.;OPOS=60881780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr20 60887581 . G A 142.44 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.102137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5508;QD=22.7896;RBI=0.112344;REFB=-0.00151602;REVB=0.0467874;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477344;STB=0.526846;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00436879;OID=.;OPOS=60887581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:8:7:4:6:8:7:4:6 chr20 60888251 . C T 55.04 PASS AF=0.151515;AO=10;DP=66;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0449098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8957;QD=3.33579;RBI=0.0600988;REFB=0.000951557;REVB=0.0399373;RO=54;SAF=3;SAR=7;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165599;STB=0.602435;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.00290134;OID=.;OPOS=60888251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:66:66:54:56:10:10:0.151515:7:3:23:31:7:3:23:33 chr20 60892526 . A G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.416;QD=60.8835;RBI=0.0168553;REFB=0;REVB=-0.00521327;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21519e-06;OID=.;OPOS=60892526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr20 60893639 . G C 367.06 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0144035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.266;QD=18.8236;RBI=0.0180126;REFB=-0.0226108;REVB=-0.0108163;RO=40;SAF=18;SAR=20;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218876;STB=0.512189;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0223116;OID=.;OPOS=60893639;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:20:18:18:22:20:18:18:22 chr20 60895697 . C T 225.0 PASS AF=0.677419;AO=20;DP=32;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.111607;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7908;QD=29.0319;RBI=0.114563;REFB=-0.0232003;REVB=0.0258542;RO=8;SAF=8;SAR=12;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826611;STB=0.542817;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0103674;OID=.;OPOS=60895697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:32:31:8:10:20:21:0.677419:12:8:2:6:12:9:3:7 chr20 60897487 . CG CA,TG 617.33 PASS AF=0.510638,0.446809;AO=18,20;DP=47;FAO=24,21;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=11,8;FSAR=13,13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.11199,0.0262671;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=36.5257,47.7895;QD=52.5388;RBI=0.13389,0.117352;REFB=0.00261153,-0.179926;REVB=0.0733809,0.114375;RO=2;SAF=7,7;SAR=11,13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0764328,0.0657793;STB=0.535685,0.535681;STBP=0.243,0.317;TYPE=snp,snp;VARB=0.0223903,0.0123778;OID=.,.;OPOS=60897488,60897487;OREF=G,C;OALT=A,T;OMAPALT=CA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:47:47:2:2:18,20:24,21:0.510638,0.446809:11,13:7,7:0:2:13,13:11,8:0:2 chr20 60897772 . T C 423.12 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.0318895;FXX=0.0434735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5565;QD=19.2327;RBI=0.0383541;REFB=-0.0362283;REVB=0.0213095;RO=41;SAF=26;SAR=16;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854888;STB=0.530835;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0297246;OID=.;OPOS=60897772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:88:41:46:42:42:0.477273:16:26:29:12:16:26:31:15 chr20 60898908 . C T 320.74 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.046079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7572;QD=21.3829;RBI=0.0887489;REFB=-0.0219102;REVB=0.0758491;RO=26;SAF=24;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070934;STB=0.533313;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0263224;OID=.;OPOS=60898908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:27:33:33:0.55:9:24:17:9:9:24:18:9 chr20 60899182 . C T 183.77 PASS AF=0.6;AO=14;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0357102;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0078;QD=24.503;RBI=0.0526905;REFB=0.0177201;REVB=0.0387437;RO=7;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.559936;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.0017275;OID=.;OPOS=60899182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:30:30:7:12:14:18:0.6:4:10:5:2:7:11:9:3 chr20 60900481 . A G 1751.48 PASS AF=0.983471;AO=108;DP=112;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0270172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.6749;QD=57.9;RBI=0.0336617;REFB=0.00960034;REVB=0.0200793;RO=4;SAF=41;SAR=67;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264399;STB=0.501975;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.000241679;OID=.;OPOS=60900481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:121:4:2:108:119:0.983471:67:41:3:1:73:46:1:1 chr20 60900579 . C A 1043.49 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3605;QD=59.6281;RBI=0.0640517;REFB=0;REVB=0.0196922;RO=0;SAF=22;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576634;OID=.;OPOS=60900579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:48:22:0:0:48:22:0:0 chr20 60904853 . T C 534.16 PASS AF=0.789474;AO=45;DP=57;FAO=45;FDP=57;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0194288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.677;QD=37.4846;RBI=0.0242038;REFB=-0.000130283;REVB=0.0144343;RO=11;SAF=15;SAR=30;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217955;STB=0.626449;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=1.29832e-05;OID=.;OPOS=60904853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:57:57:11:12:45:45:0.789474:30:15:10:1:30:15:11:1 chr20 60904854 . G C 68.25 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0254418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6651;QD=4.7895;RBI=0.0254836;REFB=-0.0322883;REVB=-0.00145984;RO=46;SAF=10;SAR=1;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.657524;STB=0.921908;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.154339;OID=.;OPOS=60904854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:46:46:11:11:0.192982:1:10:16:30:1:10:16:30 chr20 60905664 . C T 81.22 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0380731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5597;QD=5.32579;RBI=0.0434617;REFB=0.000323025;REVB=0.0209608;RO=48;SAF=5;SAR=8;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168645;STB=0.607429;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00026829;OID=.;OPOS=60905664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:48:48:13:13:0.213115:8:5:25:23:8:5:25:23 chr20 60907446 . T C 1349.76 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0204078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.392;QD=59.9893;RBI=0.0585007;REFB=-0.0806383;REVB=0.0548257;RO=2;SAF=56;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0061905;STB=0.503267;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00045638;OID=.;OPOS=60907446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:2:2:88:88:0.977778:32:56:1:1:32:56:1:1 chr20 60907448 . C T 35.51 PASS AF=0.129412;AO=18;DP=92;FAO=11;FDP=85;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=23;FWDB=0.0462347;FXX=0.0760787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.935;QD=1.67095;RBI=0.0608504;REFB=-0.0274572;REVB=-0.0395617;RO=71;SAF=7;SAR=11;SRF=51;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400503;STB=0.55098;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.122808;OID=.;OPOS=60907448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:92:85:71:74:18:11:0.129412:11:7:51:20:4:7:51:23 chr20 60907675 . G A 545.26 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0209322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.504;QD=57.3957;RBI=0.0308926;REFB=0.0238721;REVB=0.0227199;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346573;STB=0.518508;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.000218988;OID=.;OPOS=60907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:13:24:0:1:13:24:0:1 chr20 60908964 . G A 135.87 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0856324;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4023;QD=45.2906;RBI=0.15755;REFB=0;REVB=0.132247;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0174592;OID=.;OPOS=60908964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr20 60908969 . T C 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00485697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.713;QD=49.5938;RBI=0.0325124;REFB=0;REVB=-0.0321476;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126929;OID=.;OPOS=60908969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr20 60909060 . A G 739.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00769353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.878;QD=62.9583;RBI=0.0171595;REFB=0;REVB=-0.0153381;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.59088e-05;OID=.;OPOS=60909060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:21:25:0:0:21:26:0:0 chr20 60911958 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0398883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.424;QD=12.861;RBI=0.0446482;REFB=-0.0282577;REVB=-0.0200595;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172968;STB=0.603481;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0171188;OID=.;OPOS=60911958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:5:3:4:3:5:3 chr20 60912683 . T C 613.22 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.347;QD=61.3218;RBI=0.10517;REFB=0;REVB=-0.104546;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000812598;OID=.;OPOS=60912683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr20 60913127 . A G 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0238319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.286;QD=17.7532;RBI=0.0310161;REFB=0.00134049;REVB=-0.0198504;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00415439;STB=0.502338;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.00122671;OID=.;OPOS=60913127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:11:14:15:12:11:14:15:12 chr20 60917294 . G A 140.08 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0782355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3397;QD=20.7528;RBI=0.0803609;REFB=-0.0231228;REVB=-0.0183598;RO=12;SAF=4;SAR=11;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207143;STB=0.615253;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0136017;OID=.;OPOS=60917294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:11:4:1:11:11:4:1:11 chr20 60920624 . A G 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0409927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.384;QD=27.592;RBI=0.0814607;REFB=0.00949365;REVB=0.0703949;RO=5;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132375;STB=0.573803;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00669391;OID=.;OPOS=60920624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:6:7:4:1:6:7:4:1 chr20 60920887 . G A 179.68 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0201885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0953;QD=15.6242;RBI=0.0214575;REFB=-0.0025341;REVB=-0.00726969;RO=27;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102876;STB=0.559429;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00558801;OID=.;OPOS=60920887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:6:13:16:11:6:13:16:11 chr20 60921643 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.654;QD=52.6119;RBI=0.0837554;REFB=0;REVB=0.0835719;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000676322;OID=.;OPOS=60921643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr20 60927349 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.528;QD=57.5451;RBI=0.0248939;REFB=0;REVB=0.0191046;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37022e-05;OID=.;OPOS=60927349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr20 60927412 . G A 183.09 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0293859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.201;QD=13.3152;RBI=0.0329593;REFB=-0.014018;REVB=0.014926;RO=33;SAF=14;SAR=8;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161765;STB=0.593134;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0169891;OID=.;OPOS=60927412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:8:14:16:17:8:14:16:17 chr20 60937597 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9655;QD=55.0965;RBI=0.109676;REFB=0;REVB=0.0129464;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00220222;OID=.;OPOS=60937597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:20:6:0:0:20:6:0:0 chr20 60963494 . C T 2243.1 PASS AF=0.974359;AO=150;DP=155;FAO=152;FDP=156;FR=.;FRO=4;FSAF=79;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0150351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0776;QD=57.5154;RBI=0.0595351;REFB=0.0402497;REVB=-0.0576053;RO=5;SAF=78;SAR=72;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00491316;STB=0.500507;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.0172835;OID=.;OPOS=60963494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:155:156:5:4:150:152:0.974359:72:78:3:2:73:79:2:2 chr20 60966318 . G T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.621;QD=60.2304;RBI=0.0769857;REFB=0;REVB=0.0708976;RO=0;SAF=30;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107301;OID=.;OPOS=60966318;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:7:30:0:0:7:30:0:0 chr20 60989365 . C T 262.84 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0959098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0868;QD=47.7894;RBI=0.116273;REFB=0.0264023;REVB=0.0657327;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517225;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00325241;OID=.;OPOS=60989365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:20:21:0.954545:7:13:0:0:7:14:1:0 chr20 61039958 . T C 343.85 PASS AF=0.371681;AO=42;DP=113;FAO=42;FDP=113;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.00909541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.322;QD=12.1718;RBI=0.0127523;REFB=-0.00472412;REVB=-0.00893844;RO=67;SAF=20;SAR=22;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176917;STB=0.519384;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0102893;OID=.;OPOS=61039958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:67:71:42:42:0.371681:22:20:33:34:22:20:36:35 chr20 61040453 . C G 168.17 PASS AF=0.298701;AO=22;DP=75;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=14;FWDB=-0.0148447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4438;QD=8.73598;RBI=0.0734067;REFB=-0.00327901;REVB=-0.07189;RO=52;SAF=17;SAR=5;SRF=40;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00585465;STB=0.541102;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00677216;OID=.;OPOS=61040453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:52:54:22:23:0.298701:5:17:40:12:5:18:40:14 chr20 61040951 . C T 432.85 PASS AF=0.359155;AO=51;DP=142;FAO=51;FDP=142;FR=.;FRO=91;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.0303374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8258;QD=12.1931;RBI=0.0304945;REFB=-0.00888628;REVB=-0.00309085;RO=89;SAF=21;SAR=30;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931677;STB=0.55367;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0215496;OID=.;OPOS=61040951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:89:91:51:51:0.359155:30:21:44:45:30:21:45:46 chr20 61048549 . G A 439.47 PASS AF=0.5375;AO=42;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0286153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.988;QD=21.9737;RBI=0.0290052;REFB=-0.0186398;REVB=0.00473972;RO=37;SAF=15;SAR=27;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269208;STB=0.63945;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0135914;OID=.;OPOS=61048549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:42:43:0.5375:27:15:25:12:27:16:25:12 chr20 61162267 . T C 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0413079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4879;QD=9.44611;RBI=0.0537765;REFB=-0.00841211;REVB=-0.0344321;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726992;STB=0.545299;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0143915;OID=.;OPOS=61162267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:4:6:4:2:4:6 chr20 61167883 . G A 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.071293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.211;QD=24.2042;RBI=0.0717124;REFB=-0.0156538;REVB=-0.00774439;RO=12;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179487;STB=0.599893;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0064494;OID=.;OPOS=61167883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:9:9:9:3:9:9:9:3 chr20 61326380 . C T 725.95 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0033037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.394;QD=60.4957;RBI=0.0299367;REFB=-0.053049;REVB=0.0297538;RO=1;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284632;STB=0.51428;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00183822;OID=.;OPOS=61326380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:45:47:0.979167:16:29:0:1:17:30:0:1 chr20 61442853 . C T 266.95 PASS AF=0.307692;AO=36;DP=117;FAO=36;FDP=117;FR=.;FRO=81;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.0197023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.396;QD=9.12634;RBI=0.0197359;REFB=0.00093389;REVB=0.00115098;RO=80;SAF=19;SAR=17;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622209;STB=0.532018;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.00191409;OID=.;OPOS=61442853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:80:81:36:36:0.307692:17:19:38:42:17:19:39:42 chr20 61448933 . C A 224.24 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00115335;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.411;QD=19.4988;RBI=0.0231291;REFB=-0.0144259;REVB=0.0231004;RO=18;SAF=11;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17956;STB=0.608601;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00879538;OID=.;OPOS=61448933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:18:24:22:22:0.478261:11:11:5:13:11:11:7:17 chr20 61467800 . A G 333.58 PASS AF=0.425287;AO=32;DP=86;FAO=37;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0331509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.58;QD=15.3368;RBI=0.0356157;REFB=-0.0036863;REVB=-0.013019;RO=40;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691267;STB=0.511272;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00753981;OID=.;OPOS=61467800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:40:50:32:37:0.425287:19:13:19:21:20:17:22:28 chr20 61488943 . G A 83.52 PASS AF=0.2;AO=14;DP=71;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00797333;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.036;QD=4.77251;RBI=0.0082257;REFB=4.55889e-05;REVB=-0.00202189;RO=56;SAF=6;SAR=8;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449776;STB=0.528884;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.000631425;OID=.;OPOS=61488943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:71:70:56:56:14:14:0.2:8:6:26:30:8:6:26:30 chr20 61511659 . G A 145.08 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=80;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=19;FWDB=-0.00300696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.501;QD=7.25375;RBI=0.0121009;REFB=-0.0120802;REVB=-0.0117213;RO=59;SAF=12;SAR=9;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136677;STB=0.582015;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0384663;OID=.;OPOS=61511659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:59:59:21:21:0.2625:9:12:40:19:9:12:40:19 chr20 61512606 . T C 726.89 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00642321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.991;QD=57.0106;RBI=0.00784111;REFB=0;REVB=0.00449726;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45657e-05;OID=.;OPOS=61512606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:35:15:0:0:35:16:0:0 chr20 61513134 . C T 166.54 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=65;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.00300943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.806;QD=10.0933;RBI=0.00334015;REFB=-0.00584519;REVB=0.00144912;RO=44;SAF=9;SAR=12;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235349;STB=0.648118;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00784129;OID=.;OPOS=61513134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:44:44:21:22:0.333333:12:9:28:16:13:9:28:16 chr20 61522455 . T C 526.87 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00418723;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8255;QD=20.2643;RBI=0.0405515;REFB=-0.00657664;REVB=0.0403347;RO=49;SAF=25;SAR=29;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584602;STB=0.537023;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00644218;OID=.;OPOS=61522455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:49:50:54:54:0.519231:29:25:26:23:29:25:27:23 chr20 61528074 . T C 591.25 PASS AF=0.434483;AO=62;DP=145;FAO=63;FDP=145;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.0125672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.577;QD=16.3104;RBI=0.0163467;REFB=-0.0273506;REVB=0.0104537;RO=82;SAF=30;SAR=32;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208651;STB=0.516209;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0405173;OID=.;OPOS=61528074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:82:82:62:63:0.434483:32:30:38:44:32:31:38:44 chr20 61575004 . C T 391.33 PASS AF=0.266355;AO=57;DP=215;FAO=57;FDP=214;FR=.;FRO=157;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=66;FSRR=91;FWDB=0.0204304;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.603;QD=7.3145;RBI=0.022808;REFB=-0.0103869;REVB=-0.0101391;RO=156;SAF=23;SAR=34;SRF=65;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168306;STB=0.51279;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0287435;OID=.;OPOS=61575004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:214:156:157:57:57:0.266355:34:23:65:91:34:23:66:91 chr20 61576777 . A G 217.5 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00137518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.974;QD=13.5939;RBI=0.0571238;REFB=-0.0309332;REVB=-0.0571073;RO=37;SAF=16;SAR=9;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00981845;STB=0.502658;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0328044;OID=.;OPOS=61576777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:37:38:25:26:0.40625:9:16:24:13:9:17:25:13 chr20 61577275 . T C 1280.54 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.385;QD=60.9781;RBI=0.0342618;REFB=0;REVB=0.000877835;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297282;OID=.;OPOS=61577275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:84:0:0:78:84:1:42:36:0:0:42:42:0:0 chr20 61588159 . A G 521.0 PASS AF=0.635135;AO=47;DP=75;FAO=47;FDP=74;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.065982;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6713;QD=28.1622;RBI=0.0677338;REFB=-0.0329467;REVB=-0.0153053;RO=27;SAF=22;SAR=25;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00900976;STB=0.504903;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0185774;OID=.;OPOS=61588159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:27:27:47:47:0.635135:25:22:13:14:25:22:13:14 chr20 61594679 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00456537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.712;QD=59.1432;RBI=0.0204014;REFB=0;REVB=0.0198841;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45956e-05;OID=.;OPOS=61594679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:42:25:0:0:42:25:0:0 chr20 61597946 . CTTA CTA,CTAC 1476.3 PASS AF=1,0;AO=86,6;DP=96;FAO=94,0;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=40,0;FSAR=54,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239574,-0.0468322;FXX=0.0208312;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=32.4105,15.1743;QD=62.8214;RBI=0.0239587,0.0730523;REFB=0,0;REVB=-0.000246356,-0.0560659;RO=0;SAF=35,5;SAR=51,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000332472,0;OID=.,.;OPOS=61597947,61597948;OREF=T,TA;OALT=-,AC;OMAPALT=CTA,CTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:86,6:96:94,0:94:0:40,0:54,0:0:0:8:0:35,5:51,1:0:0 chr20 61826840 . G A 199.48 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0114033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.023;QD=15.6452;RBI=0.0224645;REFB=-0.0183437;REVB=-0.0193551;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902056;STB=0.562105;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0300662;OID=.;OPOS=61826840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:29:29:21:22:0.431373:9:12:14:15:9:13:14:15 chr20 61834695 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0676;QD=64.1533;RBI=0.0366009;REFB=0;REVB=0.0305082;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397639;OID=.;OPOS=61834695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr20 61869826 . C T 583.57 PASS AF=0.495868;AO=60;DP=121;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0248736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3697;QD=19.2916;RBI=0.0328941;REFB=0.0171597;REVB=0.021525;RO=59;SAF=38;SAR=22;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101089;STB=0.557197;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0177113;OID=.;OPOS=61869826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:59:61:60:60:0.495868:22:38:31:28:22:38:32:29 chr20 61870727 . G C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0256854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.435;QD=14.9786;RBI=0.0286584;REFB=-0.0135401;REVB=0.0127107;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375933;STB=0.713935;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0290595;OID=.;OPOS=61870727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:10:1:5:5:10:1 chr20 61873080 . T A 85.76 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0218984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.957;QD=11.8292;RBI=0.0289226;REFB=-0.035297;REVB=-0.0188939;RO=18;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666957;STB=0.539924;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0564303;OID=.;OPOS=61873080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:9:2:4:14:9:2:4:14 chr20 61878950 . A C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6286;QD=13.6309;RBI=0.143558;REFB=0.0183954;REVB=0.143558;RO=9;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00851166;OID=.;OPOS=61878950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:8:0:0:9:8:0:0:9 chr20 61879009 . G T 69.29 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.251;QD=30.7937;RBI=0.0309345;REFB=-0.105182;REVB=0.0309345;RO=1;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00347018;OID=.;OPOS=61879009;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:8:0:0:1:8:0:0:1 chr20 61880169 . T G 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0339146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.543;QD=7.62907;RBI=0.0354797;REFB=-0.000658852;REVB=-0.0104215;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462506;STB=0.77813;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00160942;OID=.;OPOS=61880169;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:3:5:4:16:3:5:4:16 chr20 61881296 . A G 1190.31 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.139;QD=61.0416;RBI=0.01241;REFB=0;REVB=0.0065648;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88214e-05;OID=.;OPOS=61881296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr20 61918164 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.184;QD=48.7373;RBI=0.0727491;REFB=0;REVB=0.0692994;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482389;OID=.;OPOS=61918164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr20 61941747 . A G 495.48 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.864;QD=58.2922;RBI=0.0248888;REFB=0;REVB=0.0132286;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185318;OID=.;OPOS=61941747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:15:17:0:0:15:19:0:0 chr20 61951489 . G C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7262;QD=35.5706;RBI=0.0192948;REFB=0;REVB=0.0139769;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92815e-05;OID=.;OPOS=61951489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr20 61956782 . T C 1070.52 PASS AF=0.925926;AO=76;DP=81;FAO=75;FDP=81;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0140332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2946;QD=52.8651;RBI=0.0445793;REFB=-0.0345901;REVB=-0.0423129;RO=5;SAF=25;SAR=51;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171356;STB=0.514015;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0116066;OID=.;OPOS=61956782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:81:81:5:6:76:75:0.925926:51:25:1:4:50:25:1:5 chr20 61959477 . C T 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0469592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.17;QD=12.0826;RBI=0.0475906;REFB=-0.0119748;REVB=0.0077268;RO=34;SAF=5;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280557;STB=0.657372;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0128104;OID=.;OPOS=61959477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:34:35:21:21:0.375:16:5:16:18:16:5:16:19 chr20 61981104 . C T 519.49 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.176;QD=59.3698;RBI=0.0378027;REFB=0;REVB=-0.0162682;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70665e-05;OID=.;OPOS=61981104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr20 61981134 . G A 110.04 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.010572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.44;QD=15.7193;RBI=0.031014;REFB=-0.0256141;REVB=0.0291564;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985294;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0817434;OID=.;OPOS=61981134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:7:6:8:6:7:6:8:7 chr20 61981536 . A G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00119419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8316;QD=59.0164;RBI=0.0192486;REFB=0;REVB=-0.0192115;RO=0;SAF=28;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240464;OID=.;OPOS=61981536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:6:28:0:0:6:28:0:0 chr20 61981554 . C A 717.25 PASS AF=1;AO=44;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076645;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.462;QD=57.3799;RBI=0.0619629;REFB=0;REVB=0.061487;RO=0;SAF=33;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424853;OID=.;OPOS=61981554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:44:50:1:11:33:0:0:16:34:0:0 chr20 61981574 . C T 306.59 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00740016;FXX=0.031741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.65;QD=20.1042;RBI=0.00750866;REFB=-0.00814686;REVB=-0.00127183;RO=28;SAF=20;SAR=12;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821255;STB=0.533313;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0058826;OID=.;OPOS=61981574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:28:29:32:32:0.52459:12:20:20:8:12:20:20:9 chr20 61982085 . A G 1343.71 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0242658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.232;QD=61.0776;RBI=0.036013;REFB=-0.0810157;REVB=-0.0266103;RO=1;SAF=36;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129795;STB=0.506848;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000654353;OID=.;OPOS=61982085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:51:36:1:0:51:36:1:0 chr20 61982124 . A G 1311.21 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.309;QD=61.7039;RBI=0.0459329;REFB=0;REVB=0.0164539;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011176;OID=.;OPOS=61982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:46:38:0:0:46:39:0:0 chr20 62038277 . T G 2405.0 PASS AF=1;AO=122;DP=157;FAO=166;FDP=166;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=88;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194143;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1055;QD=57.9519;RBI=0.278736;REFB=0;REVB=0.27806;RO=0;SAF=82;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0131319;OID=.;OPOS=62038277;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:157:166:0:0:122:166:1:40:82:0:0:78:88:0:0 chr20 62038381 . C T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.055;QD=21.8421;RBI=0.0273608;REFB=-0.0644839;REVB=0.0273608;RO=2;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0595751;OID=.;OPOS=62038381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:6:0:0:2:6:0:0:2 chr20 62070966 . G A 381.93 PASS AF=0.487805;AO=36;DP=78;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=9.50803e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.185;QD=18.6308;RBI=0.0336446;REFB=-0.0132773;REVB=0.0336445;RO=42;SAF=29;SAR=7;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37092;STB=0.676665;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0127289;OID=.;OPOS=62070966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:82:42:42:36:40:0.487805:7:29:20:22:9:31:20:22 chr20 62120430 . C T 218.78 PASS AF=0.287129;AO=29;DP=101;FAO=29;FDP=101;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.0378818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9651;QD=8.66435;RBI=0.0393826;REFB=-0.00635851;REVB=0.0107682;RO=71;SAF=13;SAR=16;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104024;STB=0.566326;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0208736;OID=.;OPOS=62120430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:71:72:29:29:0.287129:16:13:38:33:16:13:39:33 chr20 62126185 . A G 301.84 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00377061;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1542;QD=19.1646;RBI=0.0997587;REFB=-0.0147561;REVB=-0.0996874;RO=31;SAF=21;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1589;STB=0.588728;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0117748;OID=.;OPOS=62126185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:31:31:32:32:0.507937:11:21:15:16:11:21:15:16 chr20 62126299 . C T 638.18 PASS AF=0.512;AO=64;DP=125;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.00907702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.769;QD=20.4216;RBI=0.0179574;REFB=-0.00950692;REVB=-0.0154943;RO=61;SAF=29;SAR=35;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779014;STB=0.542894;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00915231;OID=.;OPOS=62126299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:61:61:64:64:0.512:35:29:33:28:35:29:33:28 chr20 62172219 . G A 1158.7 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00449084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.603;QD=60.1922;RBI=0.125613;REFB=0;REVB=0.125533;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195382;OID=.;OPOS=62172219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:77:0:0:73:77:1:32:41:0:0:36:41:0:0 chr20 62173562 . G T 1102.5 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00514348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.364;QD=58.8001;RBI=0.00845692;REFB=-0.0538665;REVB=0.00671298;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.506665;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=4.26054e-05;OID=.;OPOS=62173562;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:0:1:73:74:0.986667:36:37:0:0:37:37:1:0 chr20 62174724 . G A 1043.06 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2287;QD=59.6033;RBI=0.149475;REFB=0;REVB=0.145386;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118308;OID=.;OPOS=62174724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:29:40:0:0:30:40:0:0 chr20 62187187 . T C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0152397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.018;QD=13.4559;RBI=0.0155703;REFB=-0.0154827;REVB=-0.00319135;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542807;STB=0.531857;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0266362;OID=.;OPOS=62187187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:9:6:5:6:9:6 chr20 62187439 . T C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0786489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.356;QD=16.1994;RBI=0.0826856;REFB=0.0111947;REVB=0.0255199;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361596;STB=0.713517;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00421713;OID=.;OPOS=62187439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:3:0:3:2:3:0 chr20 62191321 . A G 579.19 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.021;QD=59.4045;RBI=0.0307885;REFB=0;REVB=-0.0267827;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305282;OID=.;OPOS=62191321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:11:27:0:0:12:27:0:0 chr20 62191937 . G A 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0104596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.295;QD=23.0943;RBI=0.0161123;REFB=-0.00435326;REVB=-0.0122557;RO=11;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218894;STB=0.637293;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00137732;OID=.;OPOS=62191937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:11:12:17:17:0.586207:10:7:8:3:10:7:9:3 chr20 62193445 . G A 202.95 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00849915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.734;QD=12.2997;RBI=0.00854374;REFB=-0.0111617;REVB=-0.0008718;RO=41;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00106759;STB=0.500615;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0211468;OID=.;OPOS=62193445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:14:11:18:23:14:11:18:23 chr20 62194030 . G C 1540.53 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.442;QD=59.8266;RBI=0.0246221;REFB=0;REVB=0.00281337;RO=0;SAF=61;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29881e-05;OID=.;OPOS=62194030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:42:61:0:0:42:61:0:0 chr20 62194103 . A G 670.08 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.044;QD=62.333;RBI=0.0245741;REFB=0;REVB=0.0176574;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97929e-05;OID=.;OPOS=62194103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr20 62194128 . G A 178.91 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0386045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9073;QD=15.2267;RBI=0.0624205;REFB=0.0183027;REVB=0.0490511;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226;STB=0.629823;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.0133771;OID=.;OPOS=62194128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:11:8:18:10:11:8:18:10 chr20 62194659 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0936298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.857;QD=16.1987;RBI=0.101041;REFB=-0.00063553;REVB=0.0379842;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116878;STB=0.57112;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00314736;OID=.;OPOS=62194659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:1:2:4:1:1:2 chr20 62194713 . A C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0384091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.736;QD=19.1341;RBI=0.0388585;REFB=0.074418;REVB=0.00589281;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212944;STB=0.62455;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.00395252;OID=.;OPOS=62194713;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:0:2:3:2:0:2 chr20 62195220 . C T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0519149;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.6865;QD=15.8818;RBI=0.0524204;REFB=-0.0101387;REVB=-0.00726231;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916023;STB=0.553088;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00846015;OID=.;OPOS=62195220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:3:7:6:4:3:7 chr20 62195672 . C T 132.67 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0220915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.916;QD=15.1618;RBI=0.040948;REFB=-0.0132851;REVB=0.0344776;RO=20;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250154;STB=0.646841;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0334805;OID=.;OPOS=62195672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:12:3:8:12:12:3:8:12 chr20 62196033 . C T 221.9 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.074569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7985;QD=18.492;RBI=0.0777479;REFB=0.00323259;REVB=0.0220047;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000935223;OID=.;OPOS=62196033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:11:11:13:13:11:11:13:13 chr20 62196182 . G C 300.12 PASS AF=0.516129;AO=31;DP=61;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0333174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3812;QD=19.3625;RBI=0.0356521;REFB=-0.0258415;REVB=0.0126895;RO=30;SAF=12;SAR=19;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424692;STB=0.513505;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0281246;OID=.;OPOS=62196182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:30:30:31:32:0.516129:19:12:13:17:19:13:13:17 chr20 62196807 . T C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00183494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.356;QD=60.2296;RBI=0.0405298;REFB=0;REVB=0.0404882;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225486;OID=.;OPOS=62196807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr20 62196884 . A G 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.629;QD=59.8555;RBI=0.0302768;REFB=0;REVB=-0.0263417;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.23706e-05;OID=.;OPOS=62196884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr20 62198236 . G A 227.63 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0677473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.139;QD=28.4541;RBI=0.0694071;REFB=-0.0798426;REVB=-0.0150882;RO=11;SAF=16;SAR=5;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497202;STB=0.527401;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0195298;OID=.;OPOS=62198236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:32:32:11:11:21:21:0.65625:5:16:9:2:5:16:9:2 chr20 62198348 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.679;QD=59.6794;RBI=0.0546202;REFB=0;REVB=0.00572003;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30857e-05;OID=.;OPOS=62198348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr20 62198662 . A G 349.47 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8746;QD=53.7651;RBI=0.106659;REFB=0;REVB=-0.101929;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00182835;OID=.;OPOS=62198662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:6:19:0:0:6:20:0:0 chr20 62200575 . TG CA,CG 712.4 PASS AF=0.446809,0.553191;AO=21,26;DP=47;FAO=21,26;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=11,12;FSAR=10,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192782,-0.0383089;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=54.5916,54.4268;QD=60.6298;RBI=0.0929303,0.101626;REFB=0,0;REVB=0.0909087,0.094129;RO=0;SAF=11,12;SAR=10,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.51176e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00771397,0.0133817;OID=.,.;OPOS=62200575,62200575;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:47:47:0:0:21,26:21,26:0.446809,0.553191:10,14:11,12:0:0:10,14:11,12:0:0 chr20 62200860 . A G 1302.4 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.745;QD=62.0189;RBI=0.0666178;REFB=0;REVB=0.0474275;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194898;OID=.;OPOS=62200860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:36:47:0:0:36:48:0:0 chr20 62221364 . G A 62.99 PASS AF=0.3;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0102752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.237;QD=8.39875;RBI=0.0110609;REFB=-0.00817194;REVB=0.00409427;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22771;STB=0.651856;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0117656;OID=.;OPOS=62221364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:29:30:20:21:9:9:0.3:5:4:13:7:5:4:14:7 chr20 62221610 . T C 1027.87 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369382;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.041;QD=59.5869;RBI=0.0372196;REFB=0;REVB=0.00456798;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146992;OID=.;OPOS=62221610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr20 62221766 . C T 122.5 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00469518;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.954;QD=14.8483;RBI=0.00527211;REFB=-0.0114854;REVB=-0.00239801;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103377;STB=0.570033;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0164813;OID=.;OPOS=62221766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:15:19:14:14:0.424242:9:5:7:8:9:5:9:10 chr20 62227081 . A C,G 1071.43 PASS AF=0.0277778,0.972222;AO=3,69;DP=74;FAO=2,70;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=0,38;FSAR=2,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00260929,-0.013346;FXX=0.0270234;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.9501,106.052;QD=59.5238;RBI=0.00607633,0.0282241;REFB=0,0;REVB=0.00548757,0.0248693;RO=0;SAF=0,38;SAR=3,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.108799,0.000820338;OID=.,.;OPOS=62227081,62227081;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:74:72:0:0:3,69:2,70:0.0277778,0.972222:3,31:0,38:0:0:2,32:0,38:0:0 chr20 62236148 . T C 310.85 PASS AF=0.507692;AO=32;DP=64;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00336057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.259;QD=19.129;RBI=0.0358741;REFB=-0.0361153;REVB=0.0357163;RO=32;SAF=20;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115424;STB=0.553402;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0347088;OID=.;OPOS=62236148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:32:32:32:33:0.507692:12:20:16:16:13:20:16:16 chr20 62309554 . C T 162.9 PASS AF=0.261364;AO=23;DP=88;FAO=23;FDP=88;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=-0.0133501;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.313;QD=7.40439;RBI=0.0185557;REFB=-0.00748827;REVB=-0.0128875;RO=65;SAF=9;SAR=14;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321494;STB=0.69186;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0226149;OID=.;OPOS=62309554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:65:65:23:23:0.261364:14:9:43:22:14:9:43:22 chr20 62319464 . T C 211.86 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0249694;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.064;QD=19.2601;RBI=0.0267539;REFB=-0.0104394;REVB=-0.00960728;RO=24;SAF=16;SAR=4;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12426;STB=0.555499;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0121081;OID=.;OPOS=62319464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:23:20:21:0.477273:4:16:17:7:4:17:17:6 chr20 62320968 . T C 224.91 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00800894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.069;QD=19.992;RBI=0.00802306;REFB=-0.010683;REVB=0.000475813;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016718;STB=0.509425;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0146884;OID=.;OPOS=62320968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:13:9:9:14:13:9:9:14 chr20 62321655 . G A 449.83 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00810632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.383;QD=24.3151;RBI=0.0106007;REFB=-0.0100926;REVB=0.00683102;RO=31;SAF=32;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202577;STB=0.611709;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00539978;OID=.;OPOS=62321655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:11:32:16:15:11:32:16:15 chr20 62322288 . T C 365.51 PASS AF=0.46988;AO=35;DP=80;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.024643;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.96;QD=17.6147;RBI=0.0246553;REFB=-0.02307;REVB=0.000779978;RO=44;SAF=9;SAR=26;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244818;STB=0.581154;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0214378;OID=.;OPOS=62322288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:44:44:35:39:0.46988:26:9:21:23:26:13:21:23 chr20 62324289 . C T 1324.21 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279021;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4369;QD=62.3158;RBI=0.0749035;REFB=0;REVB=0.0695126;RO=0;SAF=54;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571908;OID=.;OPOS=62324289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:31:54:0:0:31:54:0:0 chr20 62326110 . A C 532.9 PASS AF=0.543478;AO=49;DP=91;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0536495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1028;QD=23.1697;RBI=0.0643636;REFB=-0.019378;REVB=-0.0355583;RO=42;SAF=29;SAR=20;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380518;STB=0.524654;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.020132;OID=.;OPOS=62326110;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:42:42:49:50:0.543478:20:29:23:19:20:30:23:19 chr20 62328267 . C T 426.94 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0792196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3895;QD=27.5443;RBI=0.0803425;REFB=-0.0256934;REVB=0.0133853;RO=22;SAF=17;SAR=23;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196022;STB=0.510685;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0195528;OID=.;OPOS=62328267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:22:22:40:40:0.645161:23:17:10:12:23:17:10:12 chr20 62328375 . A G 766.5 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00123145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.192;QD=63.8752;RBI=0.0143314;REFB=0;REVB=-0.0142784;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.35435e-05;OID=.;OPOS=62328375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:25:23:0:0 chr20 62328453 . T C 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0154227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.657;QD=19.9928;RBI=0.0186174;REFB=-0.0188003;REVB=0.0104282;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141866;STB=0.580049;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0198432;OID=.;OPOS=62328453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:9:13:10:13:9:13:10:13 chr20 62328742 . C T 340.47 PASS AF=0.6;AO=29;DP=49;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0141338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.035;QD=27.2375;RBI=0.0152202;REFB=-0.0552155;REVB=-0.00564693;RO=19;SAF=10;SAR=19;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592377;STB=0.535187;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0339766;OID=.;OPOS=62328742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:19:20:29:30:0.6:19:10:8:11:19:11:9:11 chr20 62328829 . C G 393.41 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0101422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.825;QD=22.4803;RBI=0.0117699;REFB=-0.0193797;REVB=0.00597209;RO=31;SAF=19;SAR=20;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546472;STB=0.530087;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0151371;OID=.;OPOS=62328829;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:20:19:13:18:20:19:13:18 chr20 62331989 . T G 366.8 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0448812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.883;QD=24.453;RBI=0.0465622;REFB=0.00156682;REVB=-0.0123984;RO=24;SAF=16;SAR=20;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146552;STB=0.58011;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00405892;OID=.;OPOS=62331989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:20:16:6:18:20:16:6:18 chr20 62332641 . T C 886.34 PASS AF=0.661017;AO=78;DP=118;FAO=78;FDP=118;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0102154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.758;QD=30.0454;RBI=0.0225383;REFB=-0.00760354;REVB=0.0200903;RO=39;SAF=30;SAR=48;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658053;STB=0.531878;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00605498;OID=.;OPOS=62332641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:39:40:78:78:0.661017:48:30:19:20:48:30:19:21 chr20 62340115 . C G 425.17 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803997;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.016;QD=56.6887;RBI=0.0216938;REFB=0;REVB=0.0201489;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382665;OID=.;OPOS=62340115;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:19:10:0:0:20:10:0:0 chr20 62372813 . G A 842.54 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0497618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.437;QD=54.3573;RBI=0.0511002;REFB=-0.0508287;REVB=0.0116189;RO=1;SAF=15;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103743;STB=0.510635;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00305342;OID=.;OPOS=62372813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:1:2:60:60:0.967742:45:15:0:1:45:15:1:1 chr20 62373707 . G T 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0261807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.131;QD=13.0148;RBI=0.0598858;REFB=-0.0284198;REVB=-0.0538598;RO=32;SAF=15;SAR=5;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194389;STB=0.613515;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0476699;OID=.;OPOS=62373707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:5:15:19:13:5:15:19:13 chr20 62378349 . C T 189.8 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0696087;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5911;QD=19.9793;RBI=0.102136;REFB=0.0115262;REVB=0.0747428;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927571;STB=0.578431;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.0115302;OID=.;OPOS=62378349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:10:9:11:8:10:9:12:7 chr20 62378364 . C T 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00838304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.865;QD=22.1891;RBI=0.0116152;REFB=-0.00679334;REVB=-0.00803978;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893511;STB=0.536551;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00567017;OID=.;OPOS=62378364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:21:21:0.538462:11:10:10:7:11:10:10:8 chr20 62421591 . G A 361.13 PASS AF=0.302469;AO=49;DP=163;FAO=49;FDP=162;FR=.;FRO=113;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=58;FSRR=55;FWDB=0.00387394;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.788;QD=8.91674;RBI=0.00485933;REFB=-0.00866582;REVB=0.00293354;RO=112;SAF=29;SAR=20;SRF=58;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894937;STB=0.555533;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.016452;OID=.;OPOS=62421591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:112:113:49:49:0.302469:20:29:58:54:20:29:58:55 chr20 62474905 . G A 107.35 PASS AF=0.253968;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=-0.00649352;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.373;QD=6.81576;RBI=0.0067615;REFB=-0.00874399;REVB=-0.00188469;RO=46;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268198;STB=0.666481;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0215123;OID=.;OPOS=62474905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:46:47:16:16:0.253968:8:8:13:33:8:8:13:34 chr20 62522466 . A G 819.06 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00249804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.18;QD=56.4867;RBI=0.0306823;REFB=0;REVB=0.0305805;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192181;OID=.;OPOS=62522466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:55:58:1:29:26:0:0:30:28:0:0 chr20 62540460 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0537;QD=55.0983;RBI=0.0554949;REFB=0;REVB=0.0223352;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142304;OID=.;OPOS=62540460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr20 62576991 . G A 302.83 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0201143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.502;QD=17.0607;RBI=0.0252402;REFB=-0.0148892;REVB=0.0152473;RO=37;SAF=19;SAR=14;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00789446;STB=0.512612;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0173619;OID=.;OPOS=62576991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:14:19:21:16:14:19:21:17 chr20 62595216 . C T 286.65 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.000481136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.669;QD=13.3325;RBI=0.0310703;REFB=-0.00360097;REVB=-0.0310666;RO=51;SAF=21;SAR=12;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097226;STB=0.545629;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00336511;OID=.;OPOS=62595216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:51:53:33:33:0.383721:12:21:28:23:12:21:30:23 chr20 62654157 . C T 68.6 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0223434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.075;QD=4.8138;RBI=0.023268;REFB=-0.00461092;REVB=-0.00649397;RO=45;SAF=4;SAR=7;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260309;STB=0.675703;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0119866;OID=.;OPOS=62654157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:45:46:11:11:0.192982:7:4:26:19:7:4:27:19 chr20 62698333 . A T 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0106901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.174;QD=13.0537;RBI=0.0174825;REFB=-0.00510266;REVB=0.0138333;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222449;STB=0.512771;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00753896;OID=.;OPOS=62698333;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:11:12:19:16:11:12:19:16 chr20 62705642 . G A 116.14 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0261063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4184;QD=11.3309;RBI=0.0268853;REFB=-0.0156929;REVB=0.00642514;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152478;STB=0.609607;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0584497;OID=.;OPOS=62705642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:27:14:14:0.341463:7:7:16:9:7:7:18:9 chr20 62714783 . C G 2828.43 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.886;QD=62.8539;RBI=0.0716361;REFB=0;REVB=0.0327237;RO=0;SAF=56;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.18699e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150691;OID=.;OPOS=62714783;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:180:0:0:178:180:1:122:56:0:0:123:57:0:0 chr20 62737318 . G A 1012.03 PASS AF=0.934211;AO=71;DP=77;FAO=71;FDP=76;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0295343;FXX=0.0129853;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.639;QD=53.2646;RBI=0.033954;REFB=-0.0705312;REVB=0.0167512;RO=3;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464348;STB=0.526388;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00160805;OID=.;OPOS=62737318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:77:76:3:5:71:71:0.934211:29:42:0:3:29:42:1:4 chr20 62863580 . C T 730.54 PASS AF=0.546875;AO=70;DP=129;FAO=70;FDP=128;FR=.;FRO=58;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.00181822;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.588;QD=22.8294;RBI=0.0250016;REFB=-0.0174893;REVB=0.0249354;RO=58;SAF=39;SAR=31;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189582;STB=0.510376;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0161165;OID=.;OPOS=62863580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:58:58:70:70:0.546875:31:39:31:27:31:39:31:27 chr20 62873488 . C T 373.71 PASS AF=0.294798;AO=51;DP=173;FAO=51;FDP=173;FR=.;FRO=122;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=60;FSRR=62;FWDB=0.013318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.7198;QD=8.6407;RBI=0.0141386;REFB=7.83063e-05;REVB=0.00474653;RO=121;SAF=24;SAR=27;SRF=59;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205127;STB=0.514981;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.000183462;OID=.;OPOS=62873488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:121:122:51:51:0.294798:27:24:59:62:27:24:60:62 chr21 9907271 . A G 1110.88 PASS AF=0.533981;AO=109;DP=205;FAO=110;FDP=206;FR=.;FRO=96;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=-0.0589716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8816;QD=21.5705;RBI=0.103789;REFB=-0.00901114;REVB=-0.0854075;RO=96;SAF=49;SAR=60;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790497;STB=0.544924;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00831462;OID=.;OPOS=9907271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:96:96:109:110:0.533981:60:49:52:44:61:49:52:44 chr21 9907324 . G C 551.33 PASS AF=0.310345;AO=71;DP=232;FAO=72;FDP=232;FR=.;FRO=160;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=71;FSRR=89;FWDB=-0.0127294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.593;QD=9.50575;RBI=0.0129977;REFB=-0.0172833;REVB=-0.00262707;RO=159;SAF=38;SAR=33;SRF=71;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105501;STB=0.557741;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0329442;OID=.;OPOS=9907324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:159:160:71:72:0.310345:33:38:71:88:34:38:71:89 chr21 9907340 . A G 1470.8 PASS AF=0.622642;AO=133;DP=212;FAO=132;FDP=212;FR=.;FRO=80;FSAF=56;FSAR=76;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.000166312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.27;QD=27.7509;RBI=0.00520384;REFB=-0.0192349;REVB=-0.00520118;RO=79;SAF=56;SAR=77;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333185;STB=0.514708;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0106552;OID=.;OPOS=9907340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:79:80:133:132:0.622642:77:56:37:42:76:56:37:43 chr21 9907345 . C T 409.0 PASS AF=0.278846;AO=58;DP=207;FAO=58;FDP=208;FR=.;FRO=150;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=71;FSRR=79;FWDB=0.00839319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.926;QD=7.86533;RBI=0.0162433;REFB=-0.0110142;REVB=-0.0139069;RO=149;SAF=21;SAR=37;SRF=71;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144073;STB=0.582848;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0293164;OID=.;OPOS=9907345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:208:149:150:58:58:0.278846:37:21:71:78:37:21:71:79 chr21 9907375 . T C 862.95 PASS AF=0.5;AO=87;DP=174;FAO=87;FDP=174;FR=.;FRO=87;FSAF=29;FSAR=58;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=6.60413e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9163;QD=19.8379;RBI=0.00848883;REFB=-0.00120252;REVB=-0.00848857;RO=86;SAF=29;SAR=58;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190172;STB=0.607974;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0011027;OID=.;OPOS=9907375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:86:87:87:87:0.5:58:29:46:40:58:29:47:40 chr21 9907384 . G A 832.96 PASS AF=0.512195;AO=84;DP=164;FAO=84;FDP=164;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.00162513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.254;QD=20.316;RBI=0.0138967;REFB=-0.0227249;REVB=0.0138014;RO=79;SAF=30;SAR=54;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170017;STB=0.590805;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0110733;OID=.;OPOS=9907384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:79:80:84:84:0.512195:54:30:43:36:54:30:43:37 chr21 9907397 . C T 813.91 PASS AF=0.527397;AO=77;DP=146;FAO=77;FDP=146;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0283831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6815;QD=22.2988;RBI=0.0312911;REFB=-0.00842649;REVB=-0.0131732;RO=69;SAF=26;SAR=51;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141513;STB=0.577774;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0165465;OID=.;OPOS=9907397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:69:69:77:77:0.527397:51:26:34:35:51:26:34:35 chr21 9907416 . C T 235.62 PASS AF=0.263566;AO=34;DP=129;FAO=34;FDP=129;FR=.;FRO=95;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=55;FWDB=-0.0689148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.911;QD=7.30617;RBI=0.0689412;REFB=-0.034037;REVB=-0.00190866;RO=93;SAF=9;SAR=25;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199119;STB=0.629739;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0450161;OID=.;OPOS=9907416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:93:95:34:34:0.263566:25:9:38:55:25:9:40:55 chr21 9907419 . A G 251.53 PASS AF=0.291667;AO=34;DP=118;FAO=35;FDP=120;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=-0.0323352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.522;QD=8.3844;RBI=0.0329986;REFB=-0.0207597;REVB=-0.00658346;RO=84;SAF=10;SAR=24;SRF=31;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10266;STB=0.573726;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0425743;OID=.;OPOS=9907419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:84:85:34:35:0.291667:24:10:31:53:25:10:32:53 chr21 9907422 . G A 223.62 PASS AF=0.275862;AO=32;DP=117;FAO=32;FDP=116;FR=.;FRO=84;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=54;FWDB=0.0181301;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5466;QD=7.711;RBI=0.0409541;REFB=-0.0221411;REVB=0.0367224;RO=84;SAF=9;SAR=23;SRF=30;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107079;STB=0.564109;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0408312;OID=.;OPOS=9907422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:84:84:32:32:0.275862:23:9:30:54:23:9:30:54 chr21 9908330 . AC GC,GG 2406.23 PASS AF=0.355828,0.644172;AO=56,105;DP=163;FAO=58,105;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=36,62;FSAR=22,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00179566,-0.00164429;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=153.635,114.96;QD=59.0486;RBI=0.0162526,0.0427789;REFB=0,0;REVB=-0.0161531,-0.0427473;RO=0;SAF=35,62;SAR=21,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0136893,0.00348141;OID=.,.;OPOS=9908330,9908330;OREF=A,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=GC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:163:163:0:0:56,105:58,105:0.355828,0.644172:21,43:35,62:0:0:22,43:36,62:0:0 chr21 9909078 . G A 1125.38 PASS AF=0.542289;AO=109;DP=201;FAO=109;FDP=201;FR=.;FRO=92;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=0.00182183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.031;QD=22.3957;RBI=0.0356718;REFB=-0.0273024;REVB=0.0356252;RO=92;SAF=51;SAR=58;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178669;STB=0.509748;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0257089;OID=.;OPOS=9909078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:92:92:109:109:0.542289:58:51:45:47:58:51:45:47 chr21 9909080 . G A 319.89 PASS AF=0.238806;AO=48;DP=201;FAO=48;FDP=201;FR=.;FRO=153;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=72;FSRR=81;FWDB=-0.00172717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.817;QD=6.36598;RBI=0.021249;REFB=-0.0121758;REVB=0.0211787;RO=153;SAF=25;SAR=23;SRF=72;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06329;STB=0.538175;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0331566;OID=.;OPOS=9909080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:153:153:48:48:0.238806:23:25:72:81:23:25:72:81 chr21 9909103 . G A 71.79 PASS AF=0.0940171;AO=22;DP=235;FAO=22;FDP=234;FR=.;FRO=212;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=112;FSRR=100;FWDB=-0.00801939;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.921;QD=1.22724;RBI=0.0210662;REFB=-0.00310256;REVB=0.0194801;RO=207;SAF=6;SAR=16;SRF=109;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303436;STB=0.730442;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0358053;OID=.;OPOS=9909103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:235:234:207:212:22:22:0.0940171:16:6:109:98:16:6:112:100 chr21 9909124 . C T 72.11 PASS AF=0.0869565;AO=24;DP=276;FAO=24;FDP=276;FR=.;FRO=252;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=127;FSRR=125;FWDB=0.00832698;FXX=0.00360998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.563;QD=1.04507;RBI=0.00840477;REFB=-0.00178847;REVB=-0.00114085;RO=251;SAF=11;SAR=13;SRF=126;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512609;STB=0.541632;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0283453;OID=.;OPOS=9909124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:276:276:251:252:24:24:0.0869565:13:11:126:125:13:11:127:125 chr21 9909149 . G A 188.32 PASS AF=0.145907;AO=41;DP=281;FAO=41;FDP=281;FR=.;FRO=240;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=108;FSRR=132;FWDB=-0.000212995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.125;QD=2.68076;RBI=0.00632537;REFB=-0.00516606;REVB=0.00632179;RO=240;SAF=27;SAR=14;SRF=108;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26515;STB=0.675841;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0306525;OID=.;OPOS=9909149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:240:240:41:41:0.145907:14:27:108:132:14:27:108:132 chr21 9909176 . C A 2327.94 PASS AF=0.712687;AO=192;DP=268;FAO=191;FDP=268;FR=.;FRO=77;FSAF=88;FSAR=103;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.0682135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1195;QD=34.7453;RBI=0.0683647;REFB=0.0389159;REVB=0.00454484;RO=75;SAF=89;SAR=103;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087018;STB=0.50946;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.0140152;OID=.;OPOS=9909176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:75:77:192:191:0.712687:103:89:36:39:103:88:38:39 chr21 9909179 . C A 121.18 PASS AF=0.117871;AO=31;DP=265;FAO=31;FDP=263;FR=.;FRO=232;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=111;FSRR=121;FWDB=-0.0162173;FXX=0.0112778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.777;QD=1.84308;RBI=0.0180492;REFB=-0.00215839;REVB=-0.00792298;RO=230;SAF=16;SAR=15;SRF=109;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527758;STB=0.533181;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0260173;OID=.;OPOS=9909179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:263:230:232:31:31:0.117871:15:16:109:121:15:16:111:121 chr21 9909208 . C T 172.63 PASS AF=0.155844;AO=35;DP=230;FAO=36;FDP=231;FR=.;FRO=195;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=90;FSRR=105;FWDB=0.00952818;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.657;QD=2.98925;RBI=0.0176903;REFB=-0.00818065;REVB=-0.0149051;RO=192;SAF=17;SAR=18;SRF=90;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218139;STB=0.53245;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0874493;OID=.;OPOS=9909208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:231:192:195:35:36:0.155844:18:17:90:102:18:18:90:105 chr21 9909218 . GT AC 79.63 PASS AF=0.107692;AO=21;DP=196;FAO=21;FDP=195;FR=.;FRO=174;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=78;FSRR=96;FWDB=-0.0275869;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=2;MLLD=164.95;QD=1.63339;RBI=0.027729;REFB=-0.00249287;REVB=0.00280299;RO=172;SAF=10;SAR=11;SRF=76;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423119;STB=0.525001;STBP=0.824;TYPE=mnp;VARB=0.0287193;OID=.;OPOS=9909218;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:196:195:172:174:21:21:0.107692:11:10:76:96:11:10:78:96 chr21 9909274 . G A 94.89 PASS AF=0.166667;AO=17;DP=100;FAO=17;FDP=102;FR=.;FRO=85;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=-0.00735534;FXX=0.0192289;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.876;QD=3.72101;RBI=0.00944436;REFB=-0.002016;REVB=-0.0059241;RO=82;SAF=2;SAR=15;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444389;STB=0.796248;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0131408;OID=.;OPOS=9909274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:100:102:82:85:17:17:0.166667:15:2:33:49:15:2:33:52 chr21 10181174 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0175856;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.539;QD=20.0177;RBI=0.0183086;REFB=-0.00562444;REVB=0.00509424;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804767;STB=0.545405;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0045362;OID=.;OPOS=10181174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:10:8:6:11:10:8:6:11 chr21 10181184 . T C 176.85 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0160404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.227;QD=18.1385;RBI=0.0247748;REFB=-0.0283585;REVB=-0.018881;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702603;STB=0.563967;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0183003;OID=.;OPOS=10181184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:19:20:18:19:0.487179:10:8:7:12:10:9:7:13 chr21 10862598 . C T 343.88 PASS AF=0.207885;AO=58;DP=276;FAO=58;FDP=279;FR=.;FRO=221;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=135;FSRR=86;FWDB=-0.00927015;FXX=0.00711718;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.831;QD=4.93018;RBI=0.00958612;REFB=-0.00370405;REVB=-0.0024409;RO=217;SAF=20;SAR=38;SRF=131;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324761;STB=0.703637;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00949793;OID=.;OPOS=10862598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:279:217:221:58:58:0.207885:38:20:131:86:38:20:135:86 chr21 10862599 . C T 1137.04 PASS AF=0.437276;AO=122;DP=279;FAO=122;FDP=279;FR=.;FRO=157;FSAF=79;FSAR=43;FSRF=76;FSRR=81;FWDB=0.00676132;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.302;QD=16.3017;RBI=0.00699701;REFB=-0.00607138;REVB=0.00180078;RO=157;SAF=79;SAR=43;SRF=76;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170893;STB=0.595088;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00511896;OID=.;OPOS=10862599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:157:157:122:122:0.437276:43:79:76:81:43:79:76:81 chr21 10862618 . T C 2079.47 PASS AF=0.61794;AO=186;DP=302;FAO=186;FDP=301;FR=.;FRO=115;FSAF=113;FSAR=73;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=-0.00322524;FXX=0.00331115;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.957;QD=27.6342;RBI=0.00805317;REFB=-0.00320962;REVB=0.00737912;RO=114;SAF=113;SAR=73;SRF=52;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109009;STB=0.557295;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00221766;OID=.;OPOS=10862618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:301:114:115:186:186:0.61794:73:113:52:62:73:113:53:62 chr21 10862846 . A T 2001.11 PASS AF=0.77;AO=140;DP=186;FAO=154;FDP=200;FR=.;FRO=46;FSAF=80;FSAR=74;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0354516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.796;QD=40.0222;RBI=0.036145;REFB=-0.0113861;REVB=-0.00704595;RO=45;SAF=66;SAR=74;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181497;STB=0.50052;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00247764;OID=.;OPOS=10862846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:200:45:46:140:154:0.77:74:66:23:22:74:80:24:22 chr21 10862853 . G A 811.51 PASS AF=0.42654;AO=91;DP=212;FAO=90;FDP=211;FR=.;FRO=121;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=64;FSRR=57;FWDB=-0.0159309;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7724;QD=15.3841;RBI=0.019293;REFB=0.0112388;REVB=-0.0108823;RO=118;SAF=52;SAR=39;SRF=63;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385997;STB=0.521901;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.0155316;OID=.;OPOS=10862853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:118:121:91:90:0.42654:39:52:63:55:39:51:64:57 chr21 10862874 . A G 904.45 PASS AF=0.4375;AO=98;DP=224;FAO=98;FDP=224;FR=.;FRO=126;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=69;FSRR=57;FWDB=0.0123518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3619;QD=16.1509;RBI=0.0332356;REFB=-0.0212115;REVB=-0.0308552;RO=121;SAF=53;SAR=45;SRF=66;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00465084;STB=0.503854;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0304104;OID=.;OPOS=10862874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:121:126:98:98:0.4375:45:53:66:55:45:53:69:57 chr21 10862947 . G A 1084.78 PASS AF=0.480519;AO=110;DP=232;FAO=111;FDP=231;FR=.;FRO=120;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=60;FSRR=60;FWDB=0.00298013;FXX=0.00858332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.886;QD=18.7841;RBI=0.0113854;REFB=-0.000298434;REVB=-0.0109885;RO=121;SAF=58;SAR=52;SRF=62;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141596;STB=0.511709;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.000374109;OID=.;OPOS=10862947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:231:121:120:110:111:0.480519:52:58:62:59:53:58:60:60 chr21 10906989 . C T 107.3 PASS AF=0.126263;AO=25;DP=198;FAO=25;FDP=198;FR=.;FRO=173;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=81;FSRR=92;FWDB=-0.0174591;FXX=0.00502487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9162;QD=2.16757;RBI=0.022708;REFB=0.00499378;REVB=-0.0145201;RO=173;SAF=13;SAR=12;SRF=81;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649351;STB=0.545125;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.0389905;OID=.;OPOS=10906989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:173:173:25:25:0.126263:12:13:81:92:12:13:81:92 chr21 10907041 . C A 75.67 PASS AF=0.128788;AO=17;DP=132;FAO=17;FDP=132;FR=.;FRO=115;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=69;FWDB=-0.00899953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.83;QD=2.29299;RBI=0.011653;REFB=5.39592e-05;REVB=-0.00740281;RO=113;SAF=7;SAR=10;SRF=45;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175015;STB=0.510606;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.000420662;OID=.;OPOS=10907041;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:132:132:113:115:17:17:0.128788:10:7:45:68:10:7:46:69 chr21 10909712 . C T 231.54 PASS AF=0.231788;AO=35;DP=151;FAO=35;FDP=151;FR=.;FRO=116;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=76;FWDB=-0.0460155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3911;QD=6.13351;RBI=0.0502344;REFB=-0.00741722;REVB=0.0201512;RO=116;SAF=11;SAR=24;SRF=40;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043619;STB=0.526663;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0287692;OID=.;OPOS=10909712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:116:116:35:35:0.231788:24:11:40:76:24:11:40:76 chr21 10910311 . T G 734.11 PASS AF=0.645833;AO=62;DP=96;FAO=62;FDP=96;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00940482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.878;QD=30.5879;RBI=0.0320113;REFB=-0.00429609;REVB=0.0305986;RO=34;SAF=31;SAR=31;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769551;STB=0.541653;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00223005;OID=.;OPOS=10910311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:34:34:62:62:0.645833:31:31:13:21:31:31:13:21 chr21 10910340 . C G 39.59 PASS AF=0.0980392;AO=9;DP=102;FAO=10;FDP=102;FR=.;FRO=92;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=-0.0125702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.234;QD=1.5526;RBI=0.0132308;REFB=-0.000304472;REVB=0.0041284;RO=92;SAF=4;SAR=5;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0013916;STB=0.542084;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00286884;OID=.;OPOS=10910340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:102:102:92:92:9:10:0.0980392:5:4:41:51:6:4:41:51 chr21 10910347 . A G 1606.79 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0268;QD=64.2717;RBI=0.0310754;REFB=0;REVB=0.0158104;RO=0;SAF=43;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145903;OID=.;OPOS=10910347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:56:43:0:0:56:44:0:0 chr21 10920098 . T C 1641.36 PASS AF=0.965517;AO=112;DP=116;FAO=112;FDP=116;FR=.;FRO=4;FSAF=66;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00417828;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.708;QD=56.5986;RBI=0.0300798;REFB=-0.0511752;REVB=0.0297881;RO=4;SAF=66;SAR=46;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108822;STB=0.505735;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000482757;OID=.;OPOS=10920098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:116:116:4:4:112:112:0.965517:46:66:3:1:46:66:3:1 chr21 10921939 . C T 50.05 PASS AF=0.102362;AO=13;DP=127;FAO=13;FDP=127;FR=.;FRO=114;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=62;FWDB=-0.0367076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.364;QD=1.57638;RBI=0.0396277;REFB=-0.00015798;REVB=-0.01493;RO=114;SAF=3;SAR=10;SRF=52;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283818;STB=0.717661;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00074128;OID=.;OPOS=10921939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:127:127:114:114:13:13:0.102362:10:3:52:62:10:3:52:62 chr21 10933882 . T C 235.14 PASS AF=0.157377;AO=48;DP=305;FAO=48;FDP=305;FR=.;FRO=257;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=129;FSRR=128;FWDB=-0.00619601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.338;QD=3.08374;RBI=0.0125723;REFB=-0.00310337;REVB=0.0109395;RO=257;SAF=27;SAR=21;SRF=129;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783239;STB=0.55115;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.015062;OID=.;OPOS=10933882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:257:257:48:48:0.157377:21:27:129:128:21:27:129:128 chr21 10934956 . A G 333.17 PASS AF=0.156463;AO=69;DP=441;FAO=69;FDP=441;FR=.;FRO=372;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=239;FSRR=133;FWDB=-0.0180974;FXX=0.00226239;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.596;QD=3.02194;RBI=0.0181333;REFB=-0.00335038;REVB=0.00114095;RO=371;SAF=43;SAR=26;SRF=238;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255281;STB=0.517463;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0197064;OID=.;OPOS=10934956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:441:441:371:372:69:69:0.156463:26:43:238:133:26:43:239:133 chr21 10935004 . A T 132.47 PASS AF=0.108824;AO=37;DP=340;FAO=37;FDP=340;FR=.;FRO=303;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=192;FSRR=111;FWDB=0.00114907;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=282.806;QD=1.55847;RBI=0.00555719;REFB=-0.000873343;REVB=0.0054371;RO=302;SAF=26;SAR=11;SRF=192;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926898;STB=0.56944;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00909625;OID=.;OPOS=10935004;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:340:302:303:37:37:0.108824:11:26:192:110:11:26:192:111 chr21 10942756 . G A 604.68 PASS AF=0.236641;AO=93;DP=393;FAO=93;FDP=393;FR=.;FRO=300;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=171;FSRR=129;FWDB=-0.00313678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2661;QD=6.1545;RBI=0.0247398;REFB=-0.00244285;REVB=-0.0245402;RO=299;SAF=49;SAR=44;SRF=170;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05337;STB=0.533121;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.011127;OID=.;OPOS=10942756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:393:299:300:93:93:0.236641:44:49:170:129:44:49:171:129 chr21 10942924 . CCTT C 74.69 PASS AF=0.154206;AO=33;DP=222;FAO=33;FDP=214;FR=.;FRO=181;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=75;FSRR=106;FWDB=0.0077812;FXX=0.0360344;HRUN=2;LEN=3;MLLD=229.847;QD=1.39602;RBI=0.00778148;REFB=0.000292788;REVB=6.61506e-05;RO=175;SAF=12;SAR=21;SRF=72;SRR=103;SSEN=0.256819;SSEP=0;SSSB=-0.0644714;STB=0.545183;STBP=0.618;TYPE=del;VARB=-0.00152693;OID=.;OPOS=10942925;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.154206:33:222:33:214:181:12:21:75:106:74:175:12:21:72:103 chr21 10943003 . C T 145.76 PASS AF=0.159341;AO=29;DP=184;FAO=29;FDP=182;FR=.;FRO=153;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=71;FSRR=82;FWDB=-0.0336092;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3499;QD=3.20361;RBI=0.0338837;REFB=-0.00149407;REVB=-0.00430402;RO=154;SAF=13;SAR=16;SRF=73;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331415;STB=0.51336;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00608815;OID=.;OPOS=10943003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:182:154:153:29:29:0.159341:16:13:73:81:16:13:71:82 chr21 10951387 . T G 124.48 PASS AF=0.0843806;AO=45;DP=572;FAO=47;FDP=557;FR=.;FRO=510;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=236;FSRR=274;FWDB=0.00352823;FXX=0.0296162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.638;QD=0.893932;RBI=0.0107431;REFB=-0.00223307;REVB=-0.0101472;RO=508;SAF=20;SAR=25;SRF=235;SRR=273;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213153;STB=0.534473;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0214798;OID=.;OPOS=10951387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:572:557:508:510:45:47:0.0843806:25:20:235:273:27:20:236:274 chr21 10951426 . G T 141.22 PASS AF=0.0934394;AO=47;DP=503;FAO=47;FDP=503;FR=.;FRO=456;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=200;FSRR=256;FWDB=-0.00725069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8832;QD=1.12301;RBI=0.0246811;REFB=-0.00353645;REVB=-0.023592;RO=450;SAF=20;SAR=27;SRF=196;SRR=254;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123465;STB=0.512064;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0432371;OID=.;OPOS=10951426;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:503:503:450:456:47:47:0.0934394:27:20:196:254:27:20:200:256 chr21 10959806 . G T 68.82 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0017491;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.598;QD=4.10884;RBI=0.00336339;REFB=-0.00189986;REVB=-0.00287281;RO=55;SAF=4;SAR=8;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241989;STB=0.659732;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00687357;OID=.;OPOS=10959806;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:68:67:55:55:12:12:0.179104:8:4:29:26:8:4:29:26 chr21 10970003 . G A 233.51 PASS AF=0.23125;AO=37;DP=160;FAO=37;FDP=160;FR=.;FRO=123;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=60;FSRR=63;FWDB=0.00360562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.601;QD=5.83763;RBI=0.00845463;REFB=-0.00406764;REVB=-0.00764724;RO=123;SAF=15;SAR=22;SRF=60;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105052;STB=0.564068;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0133542;OID=.;OPOS=10970003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:123:123:37:37:0.23125:22:15:60:63:22:15:60:63 chr21 10970017 . C T 229.27 PASS AF=0.22561;AO=37;DP=164;FAO=37;FDP=164;FR=.;FRO=127;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=62;FSRR=65;FWDB=-0.0269599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.042;QD=5.59192;RBI=0.0361029;REFB=-0.0106085;REVB=0.0240122;RO=127;SAF=15;SAR=22;SRF=62;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105857;STB=0.56482;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0718081;OID=.;OPOS=10970017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:127:127:37:37:0.22561:22:15:62:65:22:15:62:65 chr21 11029604 . GA TG 30.37 PASS AF=0.0804598;AO=17;DP=180;FAO=14;FDP=174;FR=.;FRO=160;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=89;FSRR=71;FWDB=-0.00436893;FXX=0.0333315;HRUN=1;LEN=2;MLLD=241.826;QD=0.698133;RBI=0.00989766;REFB=-0.00813748;REVB=-0.00888122;RO=159;SAF=10;SAR=7;SRF=89;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345778;STB=0.730348;STBP=0.081;TYPE=mnp;VARB=0.0903967;OID=.;OPOS=11029604;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:180:174:159:160:17:14:0.0804598:7:10:89:70:3:11:89:71 chr21 11029616 . G T 603.1 PASS AF=0.355;AO=71;DP=195;FAO=71;FDP=200;FR=.;FRO=129;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=70;FSRR=59;FWDB=-0.0643535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1571;QD=12.0619;RBI=0.0728685;REFB=0.0159706;REVB=-0.0341827;RO=124;SAF=40;SAR=31;SRF=65;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442679;STB=0.513548;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.0342404;OID=.;OPOS=11029616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:200:124:129:71:71:0.355:31:40:65:59:31:40:70:59 chr21 11029624 . C T 191.93 PASS AF=0.175879;AO=35;DP=199;FAO=35;FDP=199;FR=.;FRO=164;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=95;FSRR=69;FWDB=-0.0159032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.255;QD=3.85785;RBI=0.0808592;REFB=-0.00494845;REVB=-0.0792799;RO=163;SAF=17;SAR=18;SRF=94;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117029;STB=0.576781;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0249595;OID=.;OPOS=11029624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:163:164:35:35:0.175879:18:17:94:69:18:17:95:69 chr21 11029630 . GC G 190.68 PASS AF=0.178571;AO=33;DP=196;FAO=35;FDP=196;FR=.;FRO=161;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=92;FSRR=69;FWDB=0.00160002;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.744;QD=3.89136;RBI=0.00865554;REFB=-0.00116478;REVB=0.00850637;RO=158;SAF=17;SAR=16;SRF=91;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786454;STB=0.547077;STBP=0.537;TYPE=del;VARB=0.0122711;OID=.;OPOS=11029631;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.178571:33:196:35:196:161:18:17:92:69:99:158:17:16:91:67 chr21 11029653 . C T 157.0 PASS AF=0.154589;AO=32;DP=208;FAO=32;FDP=207;FR=.;FRO=175;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=92;FSRR=83;FWDB=-0.0192656;FXX=0.00480746;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.351;QD=3.03382;RBI=0.0210121;REFB=0.00136304;REVB=-0.00838728;RO=174;SAF=18;SAR=14;SRF=91;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509581;STB=0.531325;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00648489;OID=.;OPOS=11029653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:207:174:175:32:32:0.154589:14:18:91:83:14:18:92:83 chr21 11029679 . C G 515.8 PASS AF=0.323671;AO=68;DP=206;FAO=67;FDP=207;FR=.;FRO=140;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=72;FSRR=68;FWDB=0.000628558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.693;QD=9.96721;RBI=0.028973;REFB=-0.00664545;REVB=-0.0289661;RO=130;SAF=36;SAR=32;SRF=64;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425975;STB=0.505486;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0149956;OID=.;OPOS=11029679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:130:140:68:67:0.323671:32:36:64:66:32:35:72:68 chr21 11038753 . GAAAAT GAAA,GAAAT 104.31 PASS AF=0.216346,0;AO=36,27;DP=213;FAO=45,0;FDP=208;FR=.;FRO=163;FSAF=44,0;FSAR=1,0;FSRF=157;FSRR=6;FWDB=-0.118372,-0.132472;FXX=0.0234731;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=23.6045,12.825;QD=2.00603;RBI=0.286637,0.273078;REFB=-0.0612501,-0.0674988;REVB=-0.261054,-0.238795;RO=128;SAF=32,27;SAR=4,0;SRF=124;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0.368573,0.368573;SSSB=-0.365843,0.63801;STB=0.605052,0.5;STBP=0.564,1;TYPE=del,del;VARB=0.182996,0;OID=.,.;OPOS=11038757,11038754;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAA,GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.216346,0:36,27:213:45,0:208:163:44,0:1,0:157:6:99:128:32,27:4,0:124:4 chr21 11038802 . G A 442.61 PASS AF=0.192308;AO=80;DP=421;FAO=80;FDP=416;FR=.;FRO=336;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=192;FSRR=144;FWDB=0.0274875;FXX=0.0118762;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3565;QD=4.2559;RBI=0.0285427;REFB=-0.0039505;REVB=-0.00768892;RO=337;SAF=43;SAR=37;SRF=193;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461422;STB=0.527666;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0419683;OID=.;OPOS=11038802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:421:416:337:336:80:80:0.192308:37:43:193:144:37:43:192:144 chr21 11038843 . G C 2508.32 PASS AF=0.645646;AO=215;DP=333;FAO=215;FDP=333;FR=.;FRO=118;FSAF=134;FSAR=81;FSRF=57;FSRR=61;FWDB=0.0674103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7141;QD=30.13;RBI=0.0722918;REFB=-0.0323266;REVB=0.0261141;RO=118;SAF=134;SAR=81;SRF=57;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958798;STB=0.551547;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0211415;OID=.;OPOS=11038843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:333:118:118:215:215:0.645646:81:134:57:61:81:134:57:61 chr21 11049584 . C T 76.77 PASS AF=0.115152;AO=19;DP=165;FAO=19;FDP=165;FR=.;FRO=146;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=75;FSRR=71;FWDB=-0.00824582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.781;QD=1.8611;RBI=0.0102214;REFB=-0.00165839;REVB=-0.00604017;RO=141;SAF=10;SAR=9;SRF=73;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010632;STB=0.51117;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0118134;OID=.;OPOS=11049584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:165:165:141:146:19:19:0.115152:9:10:73:68:9:10:75:71 chr21 11049592 . C T 78.02 PASS AF=0.11236;AO=20;DP=178;FAO=20;FDP=178;FR=.;FRO=158;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=81;FSRR=77;FWDB=0.0429441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.437;QD=1.75322;RBI=0.0429606;REFB=-0.00179512;REVB=-0.00119161;RO=158;SAF=10;SAR=10;SRF=81;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155491;STB=0.511225;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.018892;OID=.;OPOS=11049592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:178:178:158:158:20:20:0.11236:10:10:81:77:10:10:81:77 chr21 11057855 . A T 677.28 PASS AF=0.651685;AO=58;DP=89;FAO=58;FDP=89;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00177538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.201;QD=30.4397;RBI=0.00569777;REFB=-0.0239848;REVB=0.00541411;RO=31;SAF=25;SAR=33;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05528;STB=0.529954;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0141142;OID=.;OPOS=11057855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:31:31:58:58:0.651685:33:25:16:15:33:25:16:15 chr21 11057866 . C T 70.35 PASS AF=0.138614;AO=14;DP=101;FAO=14;FDP=101;FR=.;FRO=87;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=-0.0541968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7492;QD=2.78622;RBI=0.0542225;REFB=-0.00137246;REVB=-0.00166703;RO=87;SAF=1;SAR=13;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.601578;STB=0.921086;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00835943;OID=.;OPOS=11057866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:101:101:87:87:14:14:0.138614:13:1:47:40:13:1:47:40 chr21 11057888 . T A 280.9 PASS AF=0.339623;AO=35;DP=106;FAO=36;FDP=106;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.0176746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.714;QD=10.5999;RBI=0.0255054;REFB=-0.00860282;REVB=0.0183884;RO=70;SAF=10;SAR=25;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305667;STB=0.661355;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0117973;OID=.;OPOS=11057888;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:70:70:35:36:0.339623:25:10:38:32:25:11:38:32 chr21 11057905 . A T 55.78 PASS AF=0.118182;AO=13;DP=108;FAO=13;FDP=110;FR=.;FRO=97;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=56;FWDB=-0.0124645;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.1255;QD=2.02849;RBI=0.049681;REFB=0.00179646;REVB=-0.0480919;RO=95;SAF=10;SAR=3;SRF=40;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414543;STB=0.793645;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0101737;OID=.;OPOS=11057905;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:108:110:95:97:13:13:0.118182:3:10:40:55:3:10:41:56 chr21 11057929 . T C 129.9 PASS AF=0.201835;AO=22;DP=110;FAO=22;FDP=109;FR=.;FRO=87;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=52;FWDB=0.00869552;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.257;QD=4.76682;RBI=0.0270052;REFB=-0.00679517;REVB=0.0255669;RO=86;SAF=15;SAR=7;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340473;STB=0.716409;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0129559;OID=.;OPOS=11057929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:86:87:22:22:0.201835:7:15:35:51:7:15:35:52 chr21 11058226 . G C 735.13 PASS AF=0.412371;AO=80;DP=195;FAO=80;FDP=194;FR=.;FRO=114;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=61;FSRR=53;FWDB=-0.00630019;FXX=0.00512794;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.795;QD=15.1574;RBI=0.00872439;REFB=-0.00631368;REVB=0.00603511;RO=112;SAF=45;SAR=35;SRF=61;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188536;STB=0.516293;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00974656;OID=.;OPOS=11058226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:112:114:80:80:0.412371:35:45:61:51:35:45:61:53 chr21 11097557 . A G 99.98 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00464488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.565;QD=7.40608;RBI=0.00575665;REFB=-0.00799486;REVB=0.00340062;RO=40;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667376;STB=0.540926;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0296723;OID=.;OPOS=11097557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:40:40:14:14:0.259259:8:6:15:25:8:6:15:25 chr21 11097574 . T A 117.61 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.034645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.015;QD=7.58798;RBI=0.0365587;REFB=-0.0112676;REVB=0.0116729;RO=45;SAF=7;SAR=10;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399754;STB=0.524243;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0215823;OID=.;OPOS=11097574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:45:17:17:0.274194:10:7:20:25:10:7:20:25 chr21 11097608 . C T 34.03 PASS AF=0.101266;AO=8;DP=79;FAO=8;FDP=79;FR=.;FRO=71;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0119225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.578;QD=1.72301;RBI=0.011991;REFB=-0.00373326;REVB=-0.00128052;RO=71;SAF=3;SAR=5;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137718;STB=0.606759;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0341979;OID=.;OPOS=11097608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:79:79:71:71:8:8:0.101266:5:3:35:36:5:3:35:36 chr21 11098674 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.808;QD=57.5452;RBI=0.0587506;REFB=0;REVB=0.0372559;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149729;OID=.;OPOS=11098674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:20:37:0:0:20:38:0:0 chr21 11098723 . T C 80.42 PASS AF=0.186667;AO=14;DP=75;FAO=14;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0420095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.73;QD=4.28893;RBI=0.0540732;REFB=-0.00445427;REVB=-0.0340457;RO=61;SAF=4;SAR=10;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372815;STB=0.740408;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0292604;OID=.;OPOS=11098723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:75:75:61:61:14:14:0.186667:10:4:36:25:10:4:36:25 chr21 11098732 . C T 55.79 PASS AF=0.144737;AO=11;DP=76;FAO=11;FDP=76;FR=.;FRO=65;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=0.0230534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.56;QD=2.9361;RBI=0.0232893;REFB=-0.0155515;REVB=0.00330662;RO=65;SAF=1;SAR=10;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.618878;STB=0.920634;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0491582;OID=.;OPOS=11098732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:76:76:65:65:11:11:0.144737:10:1:40:25:10:1:40:25 chr21 11098756 . C A 84.62 PASS AF=0.189873;AO=14;DP=80;FAO=15;FDP=79;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.00190043;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.73;QD=4.28447;RBI=0.0119901;REFB=-0.0134612;REVB=0.0118385;RO=65;SAF=4;SAR=10;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430985;STB=0.78412;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0519051;OID=.;OPOS=11098756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:80:79:65:64:14:15:0.189873:10:4:42:23:11:4:41:23 chr21 11098763 . C T 96.79 PASS AF=0.205128;AO=16;DP=78;FAO=16;FDP=78;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.0110075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.083;QD=4.96349;RBI=0.0139419;REFB=-0.0106096;REVB=0.00855636;RO=62;SAF=4;SAR=12;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456319;STB=0.786248;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0633379;OID=.;OPOS=11098763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:78:78:62:62:16:16:0.205128:12:4:39:23:12:4:39:23 chr21 14419915 . A G 192.82 PASS AF=0.138801;AO=44;DP=317;FAO=44;FDP=317;FR=.;FRO=273;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=163;FSRR=110;FWDB=-0.0186825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.727;QD=2.43309;RBI=0.0203144;REFB=-0.00372809;REVB=0.00797741;RO=272;SAF=19;SAR=25;SRF=162;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207661;STB=0.639433;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0299341;OID=.;OPOS=14419915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:317:272:273:44:44:0.138801:25:19:162:110:25:19:163:110 chr21 14420005 . A G 958.37 PASS AF=0.33518;AO=120;DP=362;FAO=121;FDP=361;FR=.;FRO=240;FSAF=53;FSAR=68;FSRF=142;FSRR=98;FWDB=0.00435745;FXX=0.00276235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.633;QD=10.619;RBI=0.00438528;REFB=-0.00899429;REVB=-0.000493275;RO=233;SAF=52;SAR=68;SRF=137;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177634;STB=0.601126;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0214489;OID=.;OPOS=14420005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:362:361:233:240:120:121:0.33518:68:52:137:96:68:53:142:98 chr21 14743819 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0202481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.199;QD=16.6264;RBI=0.040007;REFB=0.00520647;REVB=-0.0345047;RO=14;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21426;STB=0.624791;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00424637;OID=.;OPOS=14743819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:10:3:6:8:10:3:6:8 chr21 14778721 . A T 432.69 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0892244;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8746;QD=57.6922;RBI=0.0893491;REFB=0;REVB=-0.00471976;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154576;OID=.;OPOS=14778721;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:31:30:1:11:20:0:0:11:19:0:0 chr21 14982716 . TG CA,CG 44.17 PASS AF=0,0.175;AO=4,3;DP=40;FAO=0,7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=0,5;FSAR=0,2;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=-0.0693019,-0.0156774;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=211.207,152.945;QD=4.41656;RBI=0.0699456,0.0168084;REFB=-0.000142738,-0.00752012;REVB=-0.00946768,0.00606132;RO=31;SAF=4,1;SAR=0,2;SRF=7;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.728085,0.141827;STB=0.5,0.852934;STBP=1,0.118;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0291993;OID=.,.;OPOS=14982716,14982716;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:44:40:40:31:33:4,3:0,7:0,0.175:0,2:4,1:7:24:0,2:0,5:7:26 chr21 14982886 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1744;QD=51.1844;RBI=0.0409889;REFB=0;REVB=0.0130756;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000654553;OID=.;OPOS=14982886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr21 14982952 . A G 106.95 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00386302;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.345;QD=42.7821;RBI=0.00503992;REFB=0;REVB=0.00323696;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131639;OID=.;OPOS=14982952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr21 15013735 . A G 2283.96 PASS AF=0.987013;AO=152;DP=154;FAO=152;FDP=154;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=86;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0210062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.044;QD=59.3237;RBI=0.0406909;REFB=-0.020973;REVB=0.0348494;RO=2;SAF=66;SAR=86;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141941;STB=0.507462;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000582342;OID=.;OPOS=15013735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:154:154:2:2:152:152:0.987013:86:66:2:0:86:66:2:0 chr21 15457003 . C A 369.65 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=0.00522973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2352;QD=22.4031;RBI=0.0132951;REFB=-0.0417513;REVB=-0.0122234;RO=29;SAF=21;SAR=16;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308163;STB=0.668705;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.027259;OID=.;OPOS=15457003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:16:21:5:24:16:21:5:24 chr21 15457034 . A T 422.32 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0164702;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=318.837;QD=20.8552;RBI=0.0164782;REFB=0.00567413;REVB=-0.000513406;RO=39;SAF=23;SAR=19;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184873;STB=0.602047;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0060308;OID=.;OPOS=15457034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:19:23:13:26:19:23:13:26 chr21 15457086 . A G 428.54 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4063;QD=22.262;RBI=0.0354155;REFB=0.0051056;REVB=0.015589;RO=35;SAF=21;SAR=21;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106146;STB=0.558414;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00377146;OID=.;OPOS=15457086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:21:21:13:22:21:21:13:22 chr21 15457318 . T G 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0235401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.489;QD=5.39765;RBI=0.0237891;REFB=0.00526987;REVB=0.00343286;RO=35;SAF=7;SAR=2;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369547;STB=0.744113;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00614042;OID=.;OPOS=15457318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:2:7:17:18:2:7:17:18 chr21 15457339 . T G 103.81 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0230496;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.537;QD=7.98568;RBI=0.0248109;REFB=-0.000644359;REVB=0.00918126;RO=38;SAF=11;SAR=3;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342282;STB=0.712634;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.027609;OID=.;OPOS=15457339;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:38:38:14:14:0.269231:3:11:20:18:3:11:20:18 chr21 15457350 . TA CG 114.92 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.000511381;FXX=0.0377287;HRUN=3;LEN=2;MLLD=274.228;QD=9.01344;RBI=0.0282733;REFB=0.00605023;REVB=-0.0282687;RO=35;SAF=12;SAR=3;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424879;STB=0.751777;STBP=0.033;TYPE=mnp;VARB=-0.0117349;OID=.;OPOS=15457350;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:35:36:15:15:0.294118:3:12:16:19:3:12:17:19 chr21 15457374 . G C 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0145114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.145;QD=11.7808;RBI=0.0174689;REFB=-0.00222264;REVB=0.0097254;RO=31;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379083;STB=0.724985;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00468863;OID=.;OPOS=15457374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:4:12:13:18:4:12:13:18 chr21 15457399 . G C 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00413357;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.928;QD=12.2166;RBI=0.00468815;REFB=-0.00492332;REVB=-0.00221187;RO=27;SAF=12;SAR=3;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419129;STB=0.749643;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00806382;OID=.;OPOS=15457399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:3:12:12:15:3:12:12:15 chr21 15457410 . C G 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00410944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9073;QD=10.4386;RBI=0.01048;REFB=0.00473695;REVB=-0.00964069;RO=27;SAF=11;SAR=2;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4024;STB=0.747135;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0289747;OID=.;OPOS=15457410;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:2:11:15:12:2:11:15:12 chr21 15457434 . G A 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.013824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.448;QD=6.31766;RBI=0.0147249;REFB=-0.0015578;REVB=0.00507148;RO=25;SAF=7;SAR=1;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415128;STB=0.776955;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0193445;OID=.;OPOS=15457434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:1:7:15:10:1:7:15:10 chr21 15457440 . C T 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0138859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.286;QD=9.09986;RBI=0.0264974;REFB=-0.00238204;REVB=0.0225676;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427526;STB=0.526256;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0180574;OID=.;OPOS=15457440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:3:6:12:7:3:6:12:7 chr21 15457463 . CACACACAGT C 137.57 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0063059;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=289.743;QD=42.3298;RBI=0.0128675;REFB=0;REVB=0.0112164;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000432779;OID=.;OPOS=15457464;OREF=ACACACAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:12:13:13:0:8:5:0:0:4:0:7:5:0:0 chr21 15481365 . G T 444.16 PASS AF=0.418033;AO=47;DP=118;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0141834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.944;QD=14.5626;RBI=0.0142739;REFB=-0.0182129;REVB=0.00160508;RO=70;SAF=19;SAR=28;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419953;STB=0.511426;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0264783;OID=.;OPOS=15481365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:122:70:71:47:51:0.418033:28:19:31:39:29:22:32:39 chr21 15516976 . T A 1368.32 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0214451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9815;QD=60.1459;RBI=0.0328866;REFB=-0.0285187;REVB=0.0249327;RO=1;SAF=41;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114189;STB=0.511902;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00225032;OID=.;OPOS=15516976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:1:2:89:89:0.978022:48:41:1:0:48:41:2:0 chr21 15593495 . T G 188.78 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0334554;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.8169;QD=14.2476;RBI=0.0410735;REFB=-0.00372562;REVB=0.0238278;RO=31;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159446;STB=0.591465;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00404371;OID=.;OPOS=15593495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:14:8:16:15:14:8:16:15 chr21 15596772 . T G 1437.68 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0321075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0524;QD=61.8355;RBI=0.0598716;REFB=0.0167797;REVB=-0.0505343;RO=1;SAF=61;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00770909;STB=0.504064;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.000368347;OID=.;OPOS=15596772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:31:61:1:0:31:61:1:0 chr21 15646397 . A G 1556.82 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.223;QD=59.8775;RBI=0.0326314;REFB=0;REVB=0.0283853;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5547e-05;OID=.;OPOS=15646397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:56:47:0:0:56:48:0:0 chr21 15671835 . G A 665.47 PASS AF=0.478571;AO=67;DP=141;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.011449;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8311;QD=19.0133;RBI=0.027474;REFB=0.00561159;REVB=-0.0249748;RO=72;SAF=37;SAR=30;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00314092;STB=0.502262;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00665493;OID=.;OPOS=15671835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:72:73:67:67:0.478571:30:37:40:32:30:37:40:33 chr21 15926544 . G A 2078.81 PASS AF=0.978261;AO=134;DP=137;FAO=135;FDP=138;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000746177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.216;QD=60.2554;RBI=0.000765543;REFB=-0.0108297;REVB=0.000171103;RO=3;SAF=76;SAR=58;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00421886;STB=0.502292;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-1.29773e-05;OID=.;OPOS=15926544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:137:138:3:3:134:135:0.978261:58:76:2:1:59:76:2:1 chr21 15954593 . G A 443.91 PASS AF=0.425;AO=46;DP=114;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.0149944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2168;QD=14.797;RBI=0.0185152;REFB=-0.0140795;REVB=-0.0108619;RO=67;SAF=20;SAR=26;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454229;STB=0.515783;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0120261;OID=.;OPOS=15954593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:120:67:69:46:51:0.425:26:20:32:35:28:23:33:36 chr21 15954660 . T C 648.76 PASS AF=0.471429;AO=66;DP=140;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.00443072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.301;QD=18.536;RBI=0.0271102;REFB=0.0131993;REVB=-0.0267457;RO=72;SAF=35;SAR=31;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371252;STB=0.512616;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.0166312;OID=.;OPOS=15954660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:72:74:66:66:0.471429:31:35:41:31:31:35:41:33 chr21 15964920 . C G 151.91 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00458045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.921;QD=8.68078;RBI=0.0177251;REFB=-0.0147509;REVB=0.017123;RO=49;SAF=11;SAR=10;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321642;STB=0.519108;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0369139;OID=.;OPOS=15964920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:49:21:21:0.3:10:11:27:22:10:11:27:22 chr21 15974409 . T C 888.41 PASS AF=0.902778;AO=65;DP=72;FAO=65;FDP=72;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0254642;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.099;QD=49.356;RBI=0.0286861;REFB=-0.163056;REVB=0.0132086;RO=4;SAF=21;SAR=44;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410324;STB=0.504163;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00183662;OID=.;OPOS=15974409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:72:72:4:7:65:65:0.902778:44:21:0:4:44:21:2:5 chr21 16335469 . T C 1970.93 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.04;QD=62.0765;RBI=0.0847189;REFB=0;REVB=0.0815627;RO=0;SAF=63;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292546;OID=.;OPOS=16335469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:64:63:0:0:64:63:0:0 chr21 16340289 . C T 998.94 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0124914;FXX=0.0142837;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.404;QD=57.9096;RBI=0.013535;REFB=-0.158338;REVB=0.00521159;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122766;STB=0.506492;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000620174;OID=.;OPOS=16340289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:38:30:0:1:38:30:0:1 chr21 16424469 . C T 447.95 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00559099;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.264;QD=20.8347;RBI=0.022803;REFB=-0.0213739;REVB=-0.0221069;RO=42;SAF=18;SAR=26;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184517;STB=0.602059;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0171154;OID=.;OPOS=16424469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:42:42:44:44:0.511628:26:18:26:16:26:18:26:16 chr21 16986637 . G A 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.037381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.614;QD=11.3324;RBI=0.0414737;REFB=-0.00652967;REVB=-0.0179646;RO=27;SAF=9;SAR=5;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158474;STB=0.50942;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0072743;OID=.;OPOS=16986637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:5:9:17:10:5:9:17:10 chr21 17205787 . C T 986.55 PASS AF=0.58125;AO=93;DP=161;FAO=93;FDP=160;FR=.;FRO=67;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0147903;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.333;QD=24.6639;RBI=0.0155817;REFB=-0.021754;REVB=-0.00490261;RO=67;SAF=40;SAR=53;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254961;STB=0.513857;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.014434;OID=.;OPOS=17205787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:67:67:93:93:0.58125:53:40:31:36:53:40:31:36 chr21 19161403 . A G 442.61 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0257136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8215;QD=17.1887;RBI=0.0600602;REFB=-0.0217119;REVB=0.0542775;RO=52;SAF=26;SAR=22;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210931;STB=0.502037;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0194823;OID=.;OPOS=19161403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:55:48:48:0.466019:22:26:27:25:22:26:30:25 chr21 19163391 . GAACTC G 368.54 PASS AF=0.526316;AO=49;DP=97;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00259203;FXX=0.0306091;HRUN=2;LEN=5;MLLD=286.419;QD=15.5175;RBI=0.00816875;REFB=-0.00855298;REVB=0.00774661;RO=41;SAF=24;SAR=25;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790916;STB=0.53573;STBP=0.466;TYPE=del;VARB=0.00744107;OID=.;OPOS=19163392;OREF=AACTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316:49:97:50:95:45:24:26:25:20:99:41:24:25:24:17 chr21 19163707 . C T 490.99 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.00704875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.56;QD=17.2276;RBI=0.00927989;REFB=-0.0156859;REVB=-0.00603586;RO=55;SAF=29;SAR=24;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322602;STB=0.505515;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0174597;OID=.;OPOS=19163707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:55:61:53:53:0.464912:24:29:32:23:24:29:34:27 chr21 19165259 . ACT A 366.97 PASS AF=0.396396;AO=43;DP=111;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=0.00561026;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=171.829;QD=13.2242;RBI=0.0207;REFB=-0.0191447;REVB=-0.0199252;RO=67;SAF=25;SAR=18;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172802;STB=0.503815;STBP=0.96;TYPE=del;VARB=0.0301176;OID=.;OPOS=19165260;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396396:43:111:44:111:67:26:18:40:27:99:67:25:18:40:27 chr21 19169155 . G C 449.76 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00522556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.879;QD=24.3113;RBI=0.0501568;REFB=-0.0541255;REVB=0.0498838;RO=30;SAF=24;SAR=19;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118431;STB=0.558113;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0307914;OID=.;OPOS=19169155;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:31:43:43:0.581081:19:24:12:18:19:24:13:18 chr21 19169218 . G C 399.21 PASS AF=0.471264;AO=23;DP=86;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00890435;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.972;QD=18.3543;RBI=0.010527;REFB=-0.00220125;REVB=-0.00561528;RO=35;SAF=21;SAR=2;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504342;STB=0.503664;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00263037;OID=.;OPOS=19169218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:35:46:23:41:0.471264:2:21:21:14:19:22:25:21 chr21 19666910 . A G 119.51 PASS AF=0.348837;AO=8;DP=44;FAO=15;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00655132;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9684;QD=11.1169;RBI=0.0520996;REFB=-0.0137343;REVB=0.051686;RO=27;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661942;STB=0.59004;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0255039;OID=.;OPOS=19666910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:27:28:8:15:0.348837:4:4:12:15:10:5:13:15 chr21 19670118 . G A 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0173856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.519;QD=14.6163;RBI=0.0184999;REFB=-0.00252141;REVB=-0.00632354;RO=38;SAF=9;SAR=19;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137592;STB=0.578396;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00374977;OID=.;OPOS=19670118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:19:9:17:21:19:9:17:21 chr21 21728991 . C A 691.15 PASS AF=0.607477;AO=65;DP=107;FAO=65;FDP=107;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.000611715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8618;QD=25.8372;RBI=0.0101807;REFB=0.00368154;REVB=-0.0101623;RO=41;SAF=34;SAR=31;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424745;STB=0.518406;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.00259696;OID=.;OPOS=21728991;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:41:42:65:65:0.607477:31:34:19:22:31:34:20:22 chr21 22746187 . T C 359.52 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0142281;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.12;QD=19.6997;RBI=0.0315325;REFB=-0.00727941;REVB=-0.02814;RO=36;SAF=23;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159692;STB=0.588807;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00800119;OID=.;OPOS=22746187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:14:23:16:20:14:23:16:20 chr21 24804558 . T C 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0191412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.084;QD=12.143;RBI=0.0233416;REFB=-0.00289574;REVB=0.0133584;RO=33;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063848;STB=0.537274;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0192953;OID=.;OPOS=24804558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:12:7:14:19:12:7:14:19 chr21 24804562 . G A 164.12 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0132615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.964;QD=12.8723;RBI=0.020109;REFB=-0.00522219;REVB=-0.0151164;RO=32;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779238;STB=0.545406;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00748751;OID=.;OPOS=24804562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:12:7:14:18:12:7:14:18 chr21 26965148 . G A 1114.67 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.611;QD=59.4491;RBI=0.0243302;REFB=0;REVB=-0.0212964;RO=0;SAF=51;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383644;OID=.;OPOS=26965148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:73:75:1:22:51:0:0:24:51:0:0 chr21 26965205 . T C 1117.07 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=80;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0120618;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.441;QD=56.5605;RBI=0.0601747;REFB=-0.0777274;REVB=0.0589534;RO=3;SAF=45;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00554743;STB=0.510867;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00285044;OID=.;OPOS=26965205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:80:79:3:2:76:77:0.974684:31:45:2:1:32:45:2:0 chr21 26969703 . T C 691.19 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00358443;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.2643;QD=52.1654;RBI=0.0129352;REFB=-0.0863448;REVB=0.0124287;RO=2;SAF=23;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351305;STB=0.501866;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00348115;OID=.;OPOS=26969703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:28:23:1:1:28:23:1:1 chr21 26978950 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1412;QD=55.0984;RBI=0.0469647;REFB=0;REVB=-0.0314687;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29704e-05;OID=.;OPOS=26978950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr21 27056250 . A G 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.019313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3178;QD=27.2349;RBI=0.0196906;REFB=-0.00963321;REVB=0.0038376;RO=14;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636059;STB=0.535181;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00601751;OID=.;OPOS=27056250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:11:12:6:8:11:12:6:8 chr21 27086557 . G A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00289969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.754;QD=14.0792;RBI=0.0537164;REFB=-0.00230603;REVB=-0.0536381;RO=16;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270626;STB=0.659715;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00452581;OID=.;OPOS=27086557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:9:3:8:8:9:3:8:8 chr21 27563105 . G A 299.9 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.0257817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.834;QD=14.1128;RBI=0.0405567;REFB=-0.0097617;REVB=-0.0313073;RO=51;SAF=19;SAR=15;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274908;STB=0.655087;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0322243;OID=.;OPOS=27563105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:15:19:15:36:15:19:15:36 chr21 28212760 . G A 713.24 PASS AF=0.545455;AO=58;DP=129;FAO=66;FDP=121;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0177239;FXX=0.123179;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.419;QD=23.5782;RBI=0.0178134;REFB=-0.0217632;REVB=-0.00178363;RO=47;SAF=35;SAR=23;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245752;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0205916;OID=.;OPOS=28212760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:121:47:55:58:66:0.545455:23:35:27:20:30:36:30:25 chr21 28216657 . CG C 34.17 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=49;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.126319;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.5602;QD=2.68013;RBI=0.126802;REFB=-0.0435204;REVB=-0.0110574;RO=30;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672479;STB=0.747566;STBP=0.076;TYPE=del;VARB=0.0306422;OID=.;OPOS=28216658;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294:16:49:12:51:39:2:10:17:22:34:30:6:10:13:17 chr21 28326276 . G A 1652.7 PASS AF=0.973913;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0207697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.714;QD=57.4853;RBI=0.0223572;REFB=-0.0184475;REVB=0.00827431;RO=3;SAF=63;SAR=49;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00524228;STB=0.502762;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00040859;OID=.;OPOS=28326276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:115:3:3:112:112:0.973913:49:63:2:1:49:63:2:1 chr21 30250555 . T C 1153.56 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00591859;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.973;QD=60.7136;RBI=0.00843691;REFB=0;REVB=0.00601264;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36765e-08;OID=.;OPOS=30250555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:33:42:0:0:34:42:0:0 chr21 30250615 . T C 1152.84 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00886174;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.203;QD=56.9306;RBI=0.00905153;REFB=-0.0548607;REVB=-0.00184385;RO=2;SAF=36;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255682;STB=0.507632;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.000170868;OID=.;OPOS=30250615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:81:2:3:78:78:0.962963:42:36:2:0:42:36:2:1 chr21 30255347 . C A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00616784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.423;QD=13.4416;RBI=0.0389679;REFB=-0.0135422;REVB=0.0384767;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603878;STB=0.535642;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0169062;OID=.;OPOS=30255347;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:7:6:4:6:7:6 chr21 30257560 . C G 1170.93 PASS AF=0.522727;AO=115;DP=221;FAO=115;FDP=220;FR=.;FRO=105;FSAF=44;FSAR=71;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=-0.00831951;FXX=0.00452468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4878;QD=21.2896;RBI=0.0723825;REFB=-0.0338136;REVB=0.0719028;RO=105;SAF=44;SAR=71;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101169;STB=0.555401;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0366397;OID=.;OPOS=30257560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:220:105:105:115:115:0.522727:71:44:52:53:71:44:52:53 chr21 30257566 . GTT GT,GTC 3085.14 PASS AF=0.180095,0.819905;AO=36,164;DP=213;FAO=38,173;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=8,81;FSAR=30,92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.144159,-0.0690949;FXX=0.014018;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.7878,42.9578;QD=58.4861;RBI=0.163686,0.104339;REFB=0,0;REVB=-0.0775337,-0.078183;RO=0;SAF=7,74;SAR=29,90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0337198,-0.00313109;OID=.,.;OPOS=30257567,30257568;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GT,GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.180095,0.819905:36,164:213:38,173:211:0:8,81:30,92:0:0:99:0:7,74:29,90:0:0 chr21 30257570 . A C 167.08 PASS AF=0.180556;AO=39;DP=216;FAO=39;FDP=216;FR=.;FRO=177;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=84;FSRR=93;FWDB=-0.0332621;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.6029;QD=3.09402;RBI=0.0632263;REFB=-0.0336075;REVB=-0.0537699;RO=177;SAF=7;SAR=32;SRF=84;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415087;STB=0.768797;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.196481;OID=.;OPOS=30257570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:177:177:39:39:0.180556:32:7:84:93:32:7:84:93 chr21 30331935 . G A 187.02 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00100241;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.49;QD=10.39;RBI=0.00430811;REFB=0.0114339;REVB=0.00418987;RO=46;SAF=15;SAR=9;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950661;STB=0.557505;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.0124858;OID=.;OPOS=30331935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:46:48:24:24:0.333333:9:15:25:21:9:15:26:22 chr21 30339120 . C A 147.69 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.059728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.635;QD=26.8523;RBI=0.0597868;REFB=-0.00449103;REVB=-0.00265162;RO=7;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689833;STB=0.538411;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.000822349;OID=.;OPOS=30339120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:9:6:2:5:9:6:2:5 chr21 30339234 . T C 185.38 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0291613;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.379;QD=17.2444;RBI=0.0303185;REFB=-0.0165802;REVB=-0.00829631;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131851;STB=0.544507;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0223504;OID=.;OPOS=30339234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:24:18:19:0.44186:11:7:12:11:11:8:12:12 chr21 30341891 . A G 957.92 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01467;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.815;QD=58.9491;RBI=0.016708;REFB=0;REVB=-0.00799664;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68471e-05;OID=.;OPOS=30341891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr21 30408670 . A T 612.23 PASS AF=0.473684;AO=63;DP=133;FAO=63;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.0136375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.557;QD=18.4128;RBI=0.0141425;REFB=-0.0148103;REVB=0.00374534;RO=69;SAF=22;SAR=41;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195096;STB=0.612204;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0124941;OID=.;OPOS=30408670;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:69:70:63:63:0.473684:41:22:38:31:41:22:39:31 chr21 30511691 . G A 234.98 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0588337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2415;QD=15.4083;RBI=0.0592531;REFB=-0.00357324;REVB=-0.00703713;RO=33;SAF=14;SAR=13;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176057;STB=0.605318;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00492367;OID=.;OPOS=30511691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:34:27:27:0.442623:13:14:23:10:13:14:24:10 chr21 30552839 . A G 425.41 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00605282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.975;QD=18.907;RBI=0.0203207;REFB=-0.00907731;REVB=-0.0193983;RO=47;SAF=23;SAR=20;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141749;STB=0.578803;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0147761;OID=.;OPOS=30552839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:20:23:18:29:20:23:18:29 chr21 30552877 . T C 420.47 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0207517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.529;QD=16.4891;RBI=0.0214745;REFB=-0.00847476;REVB=0.00552439;RO=56;SAF=23;SAR=23;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877462;STB=0.548998;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0137374;OID=.;OPOS=30552877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:56:46:46:0.45098:23:23:23:33:23:23:23:33 chr21 30714857 . C T 287.19 PASS AF=0.345794;AO=36;DP=106;FAO=37;FDP=107;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=0.0142144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7644;QD=10.736;RBI=0.0364933;REFB=0.00182048;REVB=0.0336112;RO=70;SAF=21;SAR=15;SRF=22;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300558;STB=0.677329;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0126794;OID=.;OPOS=30714857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:70:70:36:37:0.345794:15:21:22:48:15:22:22:48 chr21 30716955 . TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG TTGTGTGTGTGTGTGTGTG,TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTA,TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG 254.14 PASS AF=0.318182,0.227273,0.454545;AO=6,2,4;DP=24;FAO=7,5,10;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5,4,6;FSAR=2,1,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00224334,-0.00894497,0.00658281;FXX=0.290229;HRUN=1,1,1;LEN=14,7,8;MLLD=198.055,71.5771,159.231;QD=46.2068;RBI=0.00408264,0.0191528,0.00734076;REFB=-0.100054,-0.114188,-0.112443;REVB=-0.00341106,-0.0169357,0.00324859;RO=0;SAF=5,2,4;SAR=1,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.18042e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.0152746,0.100587,0.00782964;OID=.,.,.;OPOS=30716956,30716981,30716956;OREF=TGTGTGTGTGTGTG,GTGTGTG,TGTGTGTG;OALT=-,ATGTGTA,-;OMAPALT=TTGTGTGTGTGTGTGTGTG,TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTA,TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.318182,0.227273,0.454545:6,2,4:24:7,5,10:22:0:5,4,6:2,1,4:0:0:61:0:5,2,4:1,0,0:0:0 chr21 30717151 . C T 1340.46 PASS AF=0.946809;AO=89;DP=95;FAO=89;FDP=94;FR=.;FRO=5;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00299674;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.653;QD=57.0407;RBI=0.0507795;REFB=-0.0305779;REVB=-0.050691;RO=5;SAF=57;SAR=32;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00441321;STB=0.502332;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00120118;OID=.;OPOS=30717151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:95:94:5:5:89:89:0.946809:32:57:3:2:32:57:3:2 chr21 30718201 . G A 670.06 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.874;QD=62.3315;RBI=0.0451207;REFB=0;REVB=0.044496;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116528;OID=.;OPOS=30718201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:22:19:0:0:24:19:0:0 chr21 30830393 . T G 841.08 PASS AF=0.442308;AO=91;DP=206;FAO=92;FDP=208;FR=.;FRO=116;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=48;FSRR=68;FWDB=-0.0301098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5431;QD=16.1747;RBI=0.0517761;REFB=-0.00122693;REVB=0.0421208;RO=115;SAF=37;SAR=54;SRF=48;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112061;STB=0.500431;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00173576;OID=.;OPOS=30830393;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:208:115:116:91:92:0.442308:54:37:48:67:54:38:48:68 chr21 30969901 . T C 333.15 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0297915;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3049;QD=21.4938;RBI=0.0308412;REFB=-0.017943;REVB=0.00797792;RO=27;SAF=14;SAR=20;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230972;STB=0.634251;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0158571;OID=.;OPOS=30969901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:27:28:34:34:0.548387:20:14:19:8:20:14:20:8 chr21 30971183 . G A 227.23 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00559528;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.113;QD=17.1496;RBI=0.0293383;REFB=-0.000390967;REVB=-0.0287998;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150375;STB=0.584311;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0012508;OID=.;OPOS=30971183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:14:11:8:20:14:11:8:20 chr21 30973567 . A T 366.06 PASS AF=0.475;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.00274567;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.568;QD=18.3031;RBI=0.0513209;REFB=0.00887622;REVB=-0.0512474;RO=41;SAF=15;SAR=23;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263902;STB=0.651984;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0144701;OID=.;OPOS=30973567;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:41:42:38:38:0.475:23:15:28:13:23:15:29:13 chr21 31538692 . C T 208.44 PASS AF=0.525;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.012364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.05;QD=20.8436;RBI=0.0266195;REFB=-0.0264211;REVB=0.023574;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113857;STB=0.55151;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0234478;OID=.;OPOS=31538692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:19:19:20:21:0.525:10:10:12:7:10:11:12:7 chr21 31587793 . A G 233.76 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00314175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.595;QD=19.4797;RBI=0.0204412;REFB=-0.0113537;REVB=0.0201984;RO=25;SAF=16;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178422;STB=0.578242;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0117169;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:25:25:22:23:0.479167:6:16:14:11:7:16:14:11 chr21 31655212 . A C 1486.02 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00407647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.493;QD=63.2351;RBI=0.0276037;REFB=0;REVB=0.027301;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30827e-05;OID=.;OPOS=31655212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:39:54:0:0:39:55:0:0 chr21 31691824 . T TG 40.08 PASS AF=0.324324;AO=11;DP=40;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.161186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.3931;QD=4.33292;RBI=0.162587;REFB=-0.0459486;REVB=-0.0212949;RO=28;SAF=10;SAR=1;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.727008;STB=0.890944;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0376825;OID=.;OPOS=31691825;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.324324:11:40:12:37:25:10:2:4:21:40:28:10:1:6:22 chr21 31709691 . G A 349.54 PASS AF=0.452381;AO=37;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00135628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.407;QD=16.6446;RBI=0.00163674;REFB=-0.0134018;REVB=0.000916193;RO=46;SAF=15;SAR=22;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369884;STB=0.529168;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0180284;OID=.;OPOS=31709691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:37:38:0.452381:22:15:17:29:22:16:17:29 chr21 31744127 . A T 466.14 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0460749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.001;QD=25.197;RBI=0.0468865;REFB=-0.00787594;REVB=-0.00868633;RO=30;SAF=26;SAR=18;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142037;STB=0.577742;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0141117;OID=.;OPOS=31744127;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:30:44:44:0.594595:18:26:12:18:18:26:12:18 chr21 31768539 . G C 1859.74 PASS AF=0.96875;AO=124;DP=128;FAO=124;FDP=128;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=69;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0420818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.866;QD=58.1167;RBI=0.0420846;REFB=-0.0373815;REVB=-0.00048134;RO=1;SAF=55;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0085601;STB=0.509677;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000942896;OID=.;OPOS=31768539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:128:128:1:4:124:124:0.96875:69:55:1:0:69:55:3:1 chr21 31913981 . AG A 1368.88 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290771;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.074;QD=62.9369;RBI=0.0311024;REFB=0;REVB=-0.0110399;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.01233e-05;OID=.;OPOS=31913982;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:85:88:87:87:0:47:40:0:0:7:0:46:39:0:0 chr21 31914000 . T A 1491.19 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00346778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.623;QD=63.4548;RBI=0.00476117;REFB=0;REVB=0.00326241;RO=1;SAF=53;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886206;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.6418e-07;OID=.;OPOS=31914000;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:1:0:93:94:1:40:53:1:0:40:54:0:0 chr21 31971054 . C T 179.73 PASS AF=0.257732;AO=25;DP=97;FAO=25;FDP=97;FR=.;FRO=72;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.0391046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9755;QD=7.41145;RBI=0.0651468;REFB=-0.00409524;REVB=0.0521051;RO=72;SAF=11;SAR=14;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124495;STB=0.575125;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0173527;OID=.;OPOS=31971054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:72:72:25:25:0.257732:14:11:39:33:14:11:39:33 chr21 32090908 . C T 519.79 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.565;QD=59.4048;RBI=0.0256224;REFB=0;REVB=-0.019773;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113573;OID=.;OPOS=32090908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr21 32119495 . C G 607.86 PASS AF=0.56701;AO=55;DP=97;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.0313688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.606;QD=25.0663;RBI=0.0316101;REFB=-0.00789807;REVB=0.00389838;RO=42;SAF=18;SAR=37;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601772;STB=0.532857;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00509189;OID=.;OPOS=32119495;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:42:42:55:55:0.56701:37:18:11:31:37:18:11:31 chr21 32201969 . GA G 1932.13 PASS AF=1;AO=158;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.772;QD=47.7069;RBI=0.0465555;REFB=0;REVB=-0.0342006;RO=0;SAF=70;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42551e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000491797;OID=.;OPOS=32201970;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:158:162:162:162:0:70:92:0:0:35:0:70:88:0:0 chr21 32410582 . C T 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00523712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.284;QD=26.3417;RBI=0.0187982;REFB=0.013344;REVB=-0.0180539;RO=11;SAF=10;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106918;STB=0.559378;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00900095;OID=.;OPOS=32410582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:9:10:4:7:9:10:4:7 chr21 32410619 . A G 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.029009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.835;QD=19.4209;RBI=0.0333808;REFB=-0.0260753;REVB=0.0165153;RO=27;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654384;STB=0.53644;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0225266;OID=.;OPOS=32410619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:14:15:16:11:14:15:16:11 chr21 32493031 . A G 2764.5 PASS AF=1;AO=174;DP=176;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257181;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.776;QD=62.1235;RBI=0.0298181;REFB=0;REVB=-0.0150896;RO=0;SAF=108;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00363681;OID=.;OPOS=32493031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:178:0:0:174:178:1:66:108:0:0:69:109:0:0 chr21 32567591 . CT C 143.08 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.035861;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.7846;QD=9.86776;RBI=0.0386015;REFB=0.0385093;REVB=0.0142853;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352784;STB=0.519984;STBP=0.845;TYPE=del;VARB=-0.0489021;OID=.;OPOS=32567592;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431034:25:58:25:58:33:13:12:16:17:99:31:13:12:15:16 chr21 32638549 . CC AT 157.27 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00719882;FXX=0.0689417;HRUN=6;LEN=2;MLLD=268.058;QD=23.2995;RBI=0.00836295;REFB=-0.0131947;REVB=-0.00425628;RO=10;SAF=12;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201004;STB=0.599867;STBP=0.277;TYPE=mnp;VARB=0.00829533;OID=.;OPOS=32638549;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:29:27:10:11:16:16:0.592593:4:12:5:5:4:12:6:5 chr21 33346936 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00490898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.539;QD=57.8844;RBI=0.045188;REFB=0;REVB=0.0449206;RO=0;SAF=43;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187596;OID=.;OPOS=33346936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:17:43:0:0:17:43:0:0 chr21 33368187 . TT CC,TC 1202.48 PASS AF=0.0375,0.9625;AO=3,77;DP=80;FAO=3,77;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=0,40;FSAR=3,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234619,-0.0380097;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=55.478,110.099;QD=60.1241;RBI=0.0287343,0.0380171;REFB=0,0;REVB=-0.0165891,-0.000753989;RO=0;SAF=0,40;SAR=3,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.170589,-0.00257049;OID=.,.;OPOS=33368187,33368188;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:80:80:0:0:3,77:3,77:0.0375,0.9625:3,37:0,40:0:0:3,37:0,40:0:0 chr21 33370900 . T C 1135.21 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8403;QD=60.5448;RBI=0.0705292;REFB=0;REVB=0.0667802;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297539;OID=.;OPOS=33370900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr21 33371150 . T TC 58.54 PASS AF=0.297872;AO=13;DP=48;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0403569;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.767;QD=4.98173;RBI=0.157255;REFB=0.00688251;REVB=-0.151989;RO=34;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252573;STB=0.682115;STBP=0.128;TYPE=ins;VARB=-0.0255024;OID=.;OPOS=33371151;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297872:13:48:14:47:33:8:6:10:23:58:34:7:6:11:23 chr21 33372749 . T C 3858.64 PASS AF=1;AO=207;DP=225;FAO=249;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758348;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.602;QD=61.9862;RBI=0.0784752;REFB=-0.0325599;REVB=0.0201854;RO=1;SAF=105;SAR=102;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00464743;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234144;OID=.;OPOS=33372749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:225:249:1:0:207:249:1:102:105:0:1:127:122:0:0 chr21 33374318 . C T 1587.7 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00815629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.967;QD=64.1495;RBI=0.0106684;REFB=0;REVB=0.00687682;RO=0;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86591e-06;OID=.;OPOS=33374318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:45:54:0:0:45:54:0:0 chr21 33694224 . C G 900.81 PASS AF=1;AO=55;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.169296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0103;QD=55.4342;RBI=0.179394;REFB=-0.0451358;REVB=0.0593372;RO=2;SAF=41;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626877;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0040917;OID=.;OPOS=33694224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:65:2:0:55:65:1:14:41:0:2:19:46:0:0 chr21 33697588 . G A 111.75 PASS AF=0.246575;AO=18;DP=73;FAO=18;FDP=73;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.000447893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.908;QD=6.12347;RBI=0.0394463;REFB=-7.28351e-05;REVB=-0.0394437;RO=55;SAF=13;SAR=5;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294283;STB=0.681826;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00012436;OID=.;OPOS=33697588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:55:55:18:18:0.246575:5:13:27:28:5:13:27:28 chr21 33709719 . C T 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00569293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.109;QD=10.7535;RBI=0.0090784;REFB=-0.0193081;REVB=-0.00707163;RO=26;SAF=3;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433429;STB=0.759595;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.027339;OID=.;OPOS=33709719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:10:3:16:10:10:3:16:10 chr21 33719695 . C T 719.75 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999938;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0005;QD=62.5871;RBI=0.0158482;REFB=-0.0480242;REVB=-0.0122954;RO=1;SAF=33;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03755;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00887553;OID=.;OPOS=33719695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:46:1:0:45:46:1:12:33:0:1:13:33:0:0 chr21 33721642 . C T 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00294548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.344;QD=15.101;RBI=0.0651672;REFB=-0.00901346;REVB=-0.0651006;RO=31;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120773;STB=0.568571;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00990555;OID=.;OPOS=33721642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:13:11:18:13:13:11:18:13 chr21 33749533 . A C 1788.13 PASS AF=0.991597;AO=116;DP=117;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0383968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.668;QD=60.1051;RBI=0.0458264;REFB=0.0526918;REVB=0.025015;RO=1;SAF=67;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703596;STB=0.503703;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-2.12439e-05;OID=.;OPOS=33749533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:119:1:1:116:118:0.991597:49:67:1:0:51:67:1:0 chr21 33785227 . C CA 239.85 PASS AF=1;AO=5;DP=43;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.169226;FXX=0.465008;HRUN=0;LEN=1;MLLD=64.8407;QD=41.7137;RBI=0.211076;REFB=0;REVB=-0.126157;RO=38;SAF=0;SAR=5;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.709758;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0303506;OID=.;OPOS=33785228;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:5:43:23:23:0:7:16:0:0:4:38:0:5:27:11 chr21 33785228 . C A 524.64 PASS AF=0.883721;AO=37;DP=43;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0333094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.777;QD=48.8036;RBI=0.0515049;REFB=-0.159147;REVB=0.0392841;RO=5;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172069;STB=0.562128;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00763689;OID=.;OPOS=33785228;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:43:43:5:5:37:38:0.883721:11:26:0:5:12:26:1:4 chr21 33840208 . A G 1409.57 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00902186;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.146;QD=60.6266;RBI=0.00904193;REFB=0.0655291;REVB=-0.000602161;RO=2;SAF=29;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015045;STB=0.507935;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=1.11723e-05;OID=.;OPOS=33840208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:93:2:2:91:91:0.978495:62:29:0:2:62:29:0:2 chr21 33887130 . C CA 1014.14 PASS AF=1;AO=10;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116406;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=97.9321;QD=49.47;RBI=0.123595;REFB=0;REVB=0.0415384;RO=73;SAF=3;SAR=7;SRF=47;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397683;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000800519;OID=.;OPOS=33887131;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:83:82:82:0:49:33:0:0:6:73:3:7:47:26 chr21 33887131 . G A,C 1085.52 PASS AF=0.879518,0.0722892;AO=72,7;DP=83;FAO=73,6;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=46,0;FSAR=27,6;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0588004,0.0282045;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=131.133,13.6834;QD=52.3142;RBI=0.067178,0.0810305;REFB=-0.0790053,0.0718874;REVB=0.0324868,-0.0759634;RO=3;SAF=46,0;SAR=26,7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0298481,-0.812474;STB=0.520828,0.997995;STBP=0.128,0.002;TYPE=snp,snp;VARB=0.00329688,0.167309;OID=.,.;OPOS=33887131,33887131;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:83:83:3:4:72,7:73,6:0.879518,0.0722892:26,7:46,0:3:0:27,6:46,0:4:0 chr21 34029034 . G A 224.75 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0393756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2988;QD=10.8314;RBI=0.0785654;REFB=-0.00948466;REVB=-0.0679859;RO=55;SAF=14;SAR=14;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135068;STB=0.578259;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0138576;OID=.;OPOS=34029034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:55:55:28:28:0.337349:14:14:34:21:14:14:34:21 chr21 34127589 . G A 229.29 PASS AF=0.308511;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.027789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.623;QD=9.75713;RBI=0.0304984;REFB=-0.0175421;REVB=-0.012567;RO=63;SAF=11;SAR=18;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975136;STB=0.558627;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0287464;OID=.;OPOS=34127589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:63:65:29:29:0.308511:18:11:29:34:18:11:30:35 chr21 34163742 . A G 1530.31 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302326;FXX=0.0377323;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131;QD=60.0123;RBI=0.0380315;REFB=0;REVB=0.0230734;RO=0;SAF=41;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.50347e-05;OID=.;OPOS=34163742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:102:0:0:102:102:1:61:41:0:0:61:41:0:0 chr21 34166190 . A T 1824.53 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0161117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7085;QD=59.3342;RBI=0.0594447;REFB=0.0334307;REVB=-0.0572196;RO=2;SAF=78;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120241;STB=0.506328;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000904075;OID=.;OPOS=34166190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:2:2:121:121:0.98374:43:78:2:0:43:78:2:0 chr21 34166343 . C T 1250.04 PASS AF=0.934066;AO=85;DP=91;FAO=85;FDP=91;FR=.;FRO=6;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0267342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3241;QD=54.947;RBI=0.0278255;REFB=-0.0822752;REVB=0.00771641;RO=5;SAF=38;SAR=47;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263315;STB=0.507594;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0385925;OID=.;OPOS=34166343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:91:91:5:6:85:85:0.934066:47:38:1:4:47:38:2:4 chr21 34169315 . TGC GCT,TGCT 798.01 PASS AF=0,1;AO=2,44;DP=50;FAO=0,50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022644,0.0263893;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=3,1;MLLD=135.819,160.598;QD=63.8407;RBI=0.0290988,0.0361912;REFB=0,0;REVB=-0.0182754,0.024767;RO=0;SAF=1,23;SAR=1,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.2717e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.000176703;OID=.,.;OPOS=34169315,34169318;OREF=TGC,-;OALT=GCT,T;OMAPALT=GCT,TGCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:50:50:0:0:2,44:0,50:0,1:1,21:1,23:0:0:0,22:0,28:0:0 chr21 34400350 . C G 287.45 PASS AF=0.383721;AO=32;DP=87;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.000780656;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6386;QD=13.3698;RBI=0.0182356;REFB=-0.00450845;REVB=-0.0182189;RO=54;SAF=17;SAR=15;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034247;STB=0.522279;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00861613;OID=.;OPOS=34400350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:54:53:32:33:0.383721:15:17:27:27:15:18:27:26 chr21 34444137 . G A 551.36 PASS AF=0.52;AO=52;DP=100;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00148782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9578;QD=22.0544;RBI=0.0311257;REFB=0.0097839;REVB=-0.0310901;RO=48;SAF=27;SAR=25;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377868;STB=0.520825;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.00936756;OID=.;OPOS=34444137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:48:48:52:52:0.52:25:27:27:21:25:27:27:21 chr21 34614255 . T G 803.81 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0796695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.656;QD=64.3049;RBI=0.0803467;REFB=0;REVB=0.0104098;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004587;OID=.;OPOS=34614255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:17:32:0:0:17:33:0:0 chr21 34634878 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3405;QD=43.486;RBI=0.0479743;REFB=0;REVB=0.0462558;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015532;OID=.;OPOS=34634878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr21 34634991 . C A 208.57 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.00505676;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.285;QD=13.4564;RBI=0.0103093;REFB=0.0125678;REVB=0.00898391;RO=38;SAF=14;SAR=10;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113469;STB=0.588168;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0217683;OID=.;OPOS=34634991;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:37:24:25:0.403226:10:14:26:12:11:14:26:11 chr21 34640788 . A G 1476.49 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.005;QD=62.1679;RBI=0.0202724;REFB=0.108454;REVB=-0.0141547;RO=1;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854286;STB=0.504504;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000200049;OID=.;OPOS=34640788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:1:1:93:94:0.989474:55:38:0:1:55:39:0:1 chr21 34666376 . A G 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1525;QD=60.2277;RBI=0.0386217;REFB=0;REVB=-0.0176872;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000617105;OID=.;OPOS=34666376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr21 34668747 . A G 575.76 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3985;QD=60.6063;RBI=0.123178;REFB=0;REVB=0.11615;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125187;OID=.;OPOS=34668747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:13:24:0:0:13:25:0:0 chr21 34715699 . G C 523.59 PASS AF=0.389262;AO=58;DP=150;FAO=58;FDP=149;FR=.;FRO=91;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.0171964;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5326;QD=14.0561;RBI=0.0221087;REFB=-0.0290157;REVB=-0.0138953;RO=91;SAF=36;SAR=22;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115545;STB=0.565422;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0446103;OID=.;OPOS=34715699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:91:91:58:58:0.389262:22:36:47:44:22:36:47:44 chr21 34821570 . G A 410.92 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.767;QD=56.678;RBI=0.0359655;REFB=0;REVB=0.0342179;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275172;OID=.;OPOS=34821570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr21 34821648 . CAA C 380.62 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401295;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=232.236;QD=47.5775;RBI=0.101793;REFB=0;REVB=0.0935491;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000477643;OID=.;OPOS=34821649;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:32:32:32:0:19:13:0:0:7:0:18:13:0:0 chr21 34822150 . T A 990.55 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0754589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7626;QD=57.4232;RBI=0.076425;REFB=-0.109913;REVB=0.0121134;RO=1;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160186;STB=0.508472;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00327232;OID=.;OPOS=34822150;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:29:39:0:1:29:39:0:1 chr21 34822452 . T C 313.49 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0110061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.256;QD=50.1576;RBI=0.0329964;REFB=-0.116533;REVB=0.0311067;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343222;STB=0.518503;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00179666;OID=.;OPOS=34822452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:13:11:0:1:13:11:0:1 chr21 34828035 . TA T 35.28 PASS AF=0.319149;AO=14;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0506209;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.4668;QD=3.00273;RBI=0.223742;REFB=-0.0626621;REVB=-0.21794;RO=27;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0.34252;SSEP=0;SSSB=-0.144185;STB=0.585803;STBP=0.424;TYPE=del;VARB=0.0361247;OID=.;OPOS=34828036;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.319149:14:47:15:47:32:7:8:19:13:35:27:7:7:17:10 chr21 34871429 . GT G,GTT,TT 69.0 PASS AF=0,0.301887,0;AO=14,23,9;DP=107;FAO=0,32,0;FDP=106;FR=.;FRO=74;FSAF=0,18,0;FSAR=0,14,0;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=-0.123949,0.12146,-0.010717;FXX=0.00934492;HRUN=8,8,1;LEN=1,1,1;MLLD=8.64402,6.78888,262.471;QD=2.60392;RBI=0.233796,0.243413,0.0124541;REFB=-0.00229122,-2.08769e-05,0.000377887;REVB=0.198235,-0.210944,-0.00634431;RO=50;SAF=12,8,8;SAR=2,15,1;SRF=30;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.395426,-0.289915,0.432995;STB=0.5,0.542347,0.5;STBP=1,0.577,1;TYPE=del,ins,snp;VARB=0.024967,0.0138181,0;OID=.,.,.;OPOS=34871430,34871430,34871429;OREF=T,-,G;OALT=-,T,T;OMAPALT=G,GTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:77:107:106:50:74:14,23,9:0,32,0:0,0.301887,0:2,15,1:12,8,8:30:20:0,14,0:0,18,0:46:28 chr21 34897113 . C T 1862.2 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00443007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.717;QD=60.5595;RBI=0.0103291;REFB=-0.150499;REVB=0.00933091;RO=0;SAF=47;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98065e-08;STB=0.503311;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000165955;OID=.;OPOS=34897113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:0:1:122:122:0.99187:75:47:0:0:75:47:0:1 chr21 34925142 . C T 1008.35 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8455;QD=59.3149;RBI=0.0542879;REFB=0;REVB=-0.0460106;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.86877e-05;OID=.;OPOS=34925142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr21 34926043 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00227968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.32;QD=48.7373;RBI=0.0736993;REFB=0;REVB=0.073664;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000595414;OID=.;OPOS=34926043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr21 34945721 . T C 770.51 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00262966;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.71;QD=64.209;RBI=0.0650497;REFB=0;REVB=0.0649965;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222345;OID=.;OPOS=34945721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr21 34948684 . G GA 1069.52 PASS AF=1;AO=86;DP=98;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0928653;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.506;QD=46.001;RBI=0.109079;REFB=0;REVB=0.0572218;RO=10;SAF=37;SAR=49;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139519;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00190042;OID=.;OPOS=34948685;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:86:98:93:93:0:40:53:0:0:19:10:37:49:5:5 chr21 34948696 . GA G,GC 1354.86 PASS AF=0.911111,0.0888889;AO=86,4;DP=90;FAO=82,8;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0;FSAR=44,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056318,0.0542657;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.3648,84.1469;QD=60.216;RBI=0.0595343,0.059627;REFB=0,0;REVB=-0.0193035,0.0247107;RO=0;SAF=38,0;SAR=48,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00237669,0.00484695;OID=.,.;OPOS=34948697,34948697;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.911111,0.0888889:86,4:90:82,8:90:0:38,0:44,8:0:0:32:0:38,0:48,4:0:0 chr21 35144572 . G A 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0600656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.9879;QD=8.24592;RBI=0.0719087;REFB=-0.0152597;REVB=-0.0395345;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526099;STB=0.832323;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0502376;OID=.;OPOS=35144572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:6:1:9:6:6:1:9:6 chr21 35201281 . G A 1475.86 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181534;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.215;QD=63.4779;RBI=0.0184126;REFB=0;REVB=0.00307833;RO=0;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00347e-05;OID=.;OPOS=35201281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:43:50:0:0:43:50:0:0 chr21 35237608 . T C 557.12 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0491054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.273;QD=60.2294;RBI=0.0502606;REFB=0;REVB=-0.0107139;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000407586;OID=.;OPOS=35237608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:19:17:0:0:19:18:0:0 chr21 35260481 . T C 512.55 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0114058;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5905;QD=23.8395;RBI=0.0169393;REFB=-0.00228083;REVB=0.0125239;RO=37;SAF=23;SAR=25;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804759;STB=0.5492;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00262437;OID=.;OPOS=35260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:37:38:48:48:0.55814:25:23:14:23:25:23:14:24 chr21 35275955 . G A 555.69 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8221;QD=60.0747;RBI=0.0352239;REFB=0;REVB=0.0223427;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279752;OID=.;OPOS=35275955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:21:15:0:0:21:16:0:0 chr21 35281393 . A G 427.46 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00497648;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.1;QD=18.7895;RBI=0.0212348;REFB=-0.00980844;REVB=-0.0206435;RO=48;SAF=26;SAR=17;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613648;STB=0.53423;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0118402;OID=.;OPOS=35281393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:17:26:26:22:17:26:26:22 chr21 35467645 . A G 2428.71 PASS AF=0.981707;AO=161;DP=164;FAO=161;FDP=164;FR=.;FRO=3;FSAF=83;FSAR=78;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00983202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.582;QD=59.2368;RBI=0.0195499;REFB=-0.069951;REVB=-0.0168976;RO=3;SAF=83;SAR=78;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168848;STB=0.508875;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-6.92499e-05;OID=.;OPOS=35467645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:164:164:3:3:161:161:0.981707:78:83:3:0:78:83:3:0 chr21 35469193 . C A 563.7 PASS AF=0.974359;AO=39;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0263562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6636;QD=57.8154;RBI=0.0403348;REFB=0.0177234;REVB=-0.0305327;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.0054627;OID=.;OPOS=35469193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:39:38:0.974359:14:25:0:0:14:24:1:0 chr21 35469708 . G A,GA 834.37 PASS AF=0,1;AO=6,65;DP=97;FAO=0,91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=0,47;FSAR=0,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684994,0.125705;FXX=0.0108684;HRUN=4,6;LEN=1,1;MLLD=11.8453,11.5737;QD=36.6755;RBI=0.0731442,0.131321;REFB=0,0;REVB=-0.0256499,-0.0379934;RO=22;SAF=5,28;SAR=1,37;SRF=16;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.180615,-0.13951;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00247439;OID=.,.;OPOS=35469708,35469709;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:97:91:22:0:6,65:0,91:0,1:1,37:5,28:16:6:0,44:0,47:0:0 chr21 35469726 . G GT 990.37 PASS AF=1;AO=83;DP=87;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0602501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.8075;QD=47.7284;RBI=0.0628265;REFB=0;REVB=-0.0178072;RO=2;SAF=46;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00244347;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00119005;OID=.;OPOS=35469727;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:83:87:83:83:0:46:37:0:0:18:2:46:37:1:1 chr21 35469852 . C A 1261.03 PASS AF=0.944444;AO=85;DP=90;FAO=85;FDP=90;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00276037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6987;QD=56.0459;RBI=0.00880351;REFB=-0.00100751;REVB=0.00835956;RO=4;SAF=39;SAR=46;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179074;STB=0.515108;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000394688;OID=.;OPOS=35469852;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:90:90:4:5:85:85:0.944444:46:39:1:3:45:40:1:4 chr21 35470042 . G T 748.88 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.247;QD=56.5193;RBI=0.0191887;REFB=0;REVB=0.0130434;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11373e-05;OID=.;OPOS=35470042;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:53:0:0:47:53:1:27:20:0:0:30:23:0:0 chr21 35470210 . T G 685.93 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0180571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.492;QD=58.3772;RBI=0.0203569;REFB=-0.0173356;REVB=0.00939933;RO=2;SAF=22;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408209;STB=0.521729;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000128802;OID=.;OPOS=35470210;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:23:22:2:0:23:22:2:0 chr21 35470213 . C A 696.39 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0126263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1308;QD=59.267;RBI=0.0934096;REFB=-0.106312;REVB=-0.0925523;RO=2;SAF=22;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408209;STB=0.510634;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00153178;OID=.;OPOS=35470213;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:2:1:45:46:0.978723:23:22:2:0:23:23:1:0 chr21 35474671 . ATTTCTG A 1595.58 PASS AF=0.890909;AO=144;DP=154;FAO=147;FDP=165;FR=.;FRO=18;FSAF=94;FSAR=53;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0151729;FXX=0.0178561;HRUN=3;LEN=6;MLLD=281.555;QD=38.6808;RBI=0.0312047;REFB=-0.0514975;REVB=0.0272675;RO=0;SAF=92;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509843;STBP=0.496;TYPE=del;VARB=0.00529996;OID=.;OPOS=35474672;OREF=TTTCTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.890909:144:154:147:165:18:94:53:13:5:24:0:92:52:0:0 chr21 35497669 . C T 746.47 PASS AF=0.550388;AO=71;DP=130;FAO=71;FDP=129;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0246894;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.971;QD=23.1463;RBI=0.0317877;REFB=-0.017099;REVB=-0.0200223;RO=58;SAF=35;SAR=36;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509625;STB=0.527861;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0114345;OID=.;OPOS=35497669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:58:58:71:71:0.550388:36:35:25:33:36:35:25:33 chr21 35757862 . T C 290.96 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00696698;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.999;QD=13.3773;RBI=0.0157691;REFB=-0.00519863;REVB=0.0141465;RO=50;SAF=6;SAR=27;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395641;STB=0.742556;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0414858;OID=.;OPOS=35757862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:50:54:33:33:0.37931:27:6:25:25:27:6:28:26 chr21 35773137 . C T 616.09 PASS AF=0.571429;AO=60;DP=105;FAO=60;FDP=105;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0111164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.5865;QD=23.47;RBI=0.0212763;REFB=-0.00513587;REVB=0.0181412;RO=45;SAF=24;SAR=36;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889152;STB=0.548622;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00426065;OID=.;OPOS=35773137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:45:45:60:60:0.571429:36:24:23:22:36:24:23:22 chr21 35821821 . T C,G 743.11 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=51,2;DP=53;FAO=51,2;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29,1;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138756,0.0111045;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=214.216,158.667;QD=56.0835;RBI=0.015206,0.0112136;REFB=0,0;REVB=0.00622028,-0.00156033;RO=0;SAF=29,1;SAR=22,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000414883,0.0194443;OID=.,.;OPOS=35821821,35821821;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:53:0:0:51,2:51,2:0.962264,0.0377358:22,1:29,1:0:0:22,1:29,1:0:0 chr21 35890409 . C T 776.33 PASS AF=0.509677;AO=79;DP=156;FAO=79;FDP=155;FR=.;FRO=76;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.00358498;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.762;QD=20.0343;RBI=0.0113194;REFB=-0.0204193;REVB=0.0107367;RO=76;SAF=39;SAR=40;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760291;STB=0.541765;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0208149;OID=.;OPOS=35890409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:76:76:79:79:0.509677:40:39:44:32:40:39:44:32 chr21 35893737 . T C 798.43 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7859;QD=63.8741;RBI=0.0218155;REFB=0;REVB=0.0167606;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016748;OID=.;OPOS=35893737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:30:19:0:0:31:19:0:0 chr21 36042203 . G C 145.18 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0089149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9852;QD=44.672;RBI=0.0263072;REFB=0;REVB=-0.0247506;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00152155;OID=.;OPOS=36042203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr21 36042579 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.703;QD=37.4883;RBI=0.023271;REFB=0;REVB=0.019798;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265738;OID=.;OPOS=36042579;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr21 36042584 . G A 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0169067;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=177.526;QD=26.6015;RBI=0.0534408;REFB=-0.0139791;REVB=0.050696;RO=2;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110633;STB=0.562356;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.000598249;OID=.;OPOS=36042584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:1:7:2:0:1:7:2:0 chr21 36410954 . G T 39.53 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0872048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4528;QD=13.1755;RBI=0.0928355;REFB=-0.0516662;REVB=0.0318394;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0289952;OID=.;OPOS=36410954;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:1:5:5:1:1:5:5:1 chr21 36411119 . G T 320.44 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00450848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.238;QD=27.2718;RBI=0.0453534;REFB=0.00193829;REVB=0.0451287;RO=19;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600617;STB=0.533095;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.00134113;OID=.;OPOS=36411119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:11:17:13:6:11:17:13:6 chr21 37420650 . G A 327.24 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00994529;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.213;QD=19.8328;RBI=0.0146814;REFB=-0.00850398;REVB=-0.0107997;RO=32;SAF=13;SAR=21;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780303;STB=0.543412;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.012969;OID=.;OPOS=37420650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:32:32:34:34:0.515152:21:13:15:17:21:13:15:17 chr21 37420655 . GCAGGCAACTCT G,GCAGGCAACACT 131.35 PASS AF=0.326923,0;AO=17,2;DP=57;FAO=17,0;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=7,0;FSAR=10,0;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0309427,-0.117009;FXX=0.0714158;HRUN=1,1;LEN=11,1;MLLD=406.973,69.5227;QD=10.1034;RBI=0.0312971,0.11838;REFB=0.00154597,0.00254312;REVB=0.00469641,-0.0179666;RO=30;SAF=7,2;SAR=10,0;SRF=9;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.129874,0.565343;STB=0.528269,0.5;STBP=0.805,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00273806,0;OID=.,.;OPOS=37420656,37420664;OREF=CAGGCAACTCT,T;OALT=-,A;OMAPALT=G,GCAGGCAACACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326923,0:17,2:57:17,0:52:35:7,0:10,0:13:22:99:30:7,2:10,0:9:21 chr21 37429679 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000429015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8087;QD=51.1842;RBI=0.00667782;REFB=0;REVB=0.00666403;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170112;OID=.;OPOS=37429679;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr21 37442632 . G C 295.72 PASS AF=0.534483;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00255462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.167;QD=20.3944;RBI=0.0160028;REFB=-0.0497676;REVB=0.0157976;RO=27;SAF=16;SAR=14;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082956;STB=0.538437;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0319394;OID=.;OPOS=37442632;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:27:27:30:31:0.534483:14:16:17:10:14:17:17:10 chr21 37443480 . T G 307.67 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0415837;FXX=0.0192271;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.621;QD=24.1311;RBI=0.0486438;REFB=-0.0425874;REVB=0.0252392;RO=14;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106827;STB=0.555519;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0208543;OID=.;OPOS=37443480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:14:21:30:30:0.588235:14:16:10:4:14:16:14:7 chr21 37444120 . C T 551.11 PASS AF=0.453846;AO=59;DP=130;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.00105889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.133;QD=16.9573;RBI=0.0163742;REFB=-0.0114449;REVB=0.0163399;RO=71;SAF=28;SAR=31;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594156;STB=0.533079;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0210611;OID=.;OPOS=37444120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:71:71:59:59:0.453846:31:28:38:33:31:28:38:33 chr21 37444696 . C T 308.56 PASS AF=0.4;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00732356;FXX=0.0449388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.505;QD=14.5204;RBI=0.0103572;REFB=-0.0115922;REVB=-0.00732372;RO=49;SAF=12;SAR=22;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105269;STB=0.562006;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0183608;OID=.;OPOS=37444696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:49:51:34:34:0.4:22:12:22:27:22:12:23:28 chr21 37444973 . C T 323.48 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0113125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.287;QD=16.8039;RBI=0.020034;REFB=-0.0154531;REVB=0.0165345;RO=41;SAF=20;SAR=15;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104248;STB=0.552209;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0255127;OID=.;OPOS=37444973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:42:35:35:0.454545:15:20:19:22:15:20:20:22 chr21 37507745 . C T 436.44 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0043999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.494;QD=21.2898;RBI=0.0285514;REFB=0.00149112;REVB=0.0282103;RO=38;SAF=25;SAR=18;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00213543;STB=0.504082;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.00120122;OID=.;OPOS=37507745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:38:39:43:43:0.52439:18:25:22:16:18:25:23:16 chr21 37518706 . G A 223.52 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0398716;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.349;QD=18.2462;RBI=0.039905;REFB=-0.0331457;REVB=-0.00163207;RO=26;SAF=4;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367384;STB=0.704859;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0435363;OID=.;OPOS=37518706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:27:22:22:0.44898:18:4:13:13:18:4:13:14 chr21 37609571 . T C 280.23 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0573894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4912;QD=16.7302;RBI=0.0573999;REFB=0.00448215;REVB=-0.00110143;RO=35;SAF=14;SAR=17;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133373;STB=0.56492;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.0027688;OID=.;OPOS=37609571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:36:31:31:0.462687:17:14:11:24:17:14:12:24 chr21 37617630 . T G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.212;QD=56.1915;RBI=0.0161895;REFB=0;REVB=0.0161106;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02639e-05;OID=.;OPOS=37617630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr21 37664501 . G A 451.75 PASS AF=0.646154;AO=44;DP=65;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0343636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2799;QD=27.8002;RBI=0.0381564;REFB=0.00728945;REVB=-0.0165849;RO=21;SAF=33;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222853;STB=0.606754;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00781008;OID=.;OPOS=37664501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:21:23:44:42:0.646154:11:33:9:12:11:31:11:12 chr21 37741352 . G A 460.32 PASS AF=0.393939;AO=54;DP=134;FAO=52;FDP=132;FR=.;FRO=80;FSAF=10;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=-0.0158029;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.743;QD=13.949;RBI=0.016449;REFB=-0.0120426;REVB=-0.00456516;RO=79;SAF=11;SAR=43;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251459;STB=0.662092;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0223419;OID=.;OPOS=37741352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:79:80:54:52:0.393939:43:11:31:48:42:10:32:48 chr21 37781046 . C T 450.24 PASS AF=0.478723;AO=44;DP=93;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0736253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.409;QD=19.1592;RBI=0.101474;REFB=-0.0261912;REVB=0.06983;RO=49;SAF=18;SAR=26;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189688;STB=0.515412;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0311956;OID=.;OPOS=37781046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:49:49:44:45:0.478723:26:18:21:28:27:18:21:28 chr21 38081562 . T G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.621;QD=35.5759;RBI=0.00509435;REFB=0;REVB=0.00509435;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67238e-05;OID=.;OPOS=38081562;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr21 38081577 . C G 74.94 PASS AF=1;AO=7;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.71;QD=37.4675;RBI=0.0635203;REFB=0;REVB=0.0635203;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00296184;OID=.;OPOS=38081577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:7:8:1:7:0:0:0:8:0:0:0 chr21 38103367 . C T 102.43 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.032567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.897;QD=7.73067;RBI=0.0333069;REFB=0.000448007;REVB=-0.00698166;RO=39;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181225;STB=0.613064;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00114315;OID=.;OPOS=38103367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:39:39:14:14:0.264151:11:3:13:26:11:3:13:26 chr21 38117308 . C A 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0157628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.429;QD=16.993;RBI=0.0181425;REFB=-0.0237623;REVB=-0.00898241;RO=30;SAF=11;SAR=16;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209526;STB=0.617674;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0169492;OID=.;OPOS=38117308;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:16:11:19:11:16:11:19:11 chr21 38118089 . G C 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.015225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.047;QD=23.0011;RBI=0.0153503;REFB=-0.0292223;REVB=0.00195747;RO=22;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103552;STB=0.557337;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.018895;OID=.;OPOS=38118089;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:17:12:12:10:17:12:12:10 chr21 38131420 . GT G 84.03 PASS AF=0.317308;AO=38;DP=105;FAO=33;FDP=104;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0802573;FXX=0.0095229;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.2026;QD=3.23183;RBI=0.0922752;REFB=-0.034616;REVB=0.0455354;RO=61;SAF=23;SAR=15;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0.551724;SSSB=-0.0201204;STB=0.589687;STBP=0.224;TYPE=del;VARB=0.0268276;OID=.;OPOS=38131421;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.317308:38:105:33:104:71:23:10:41:30:84:61:23:15:38:23 chr21 38437951 . T G 707.24 PASS AF=0.430168;AO=77;DP=179;FAO=77;FDP=179;FR=.;FRO=102;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=0.0208207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7909;QD=15.8043;RBI=0.0308421;REFB=-0.0221699;REVB=0.0227537;RO=102;SAF=49;SAR=28;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172913;STB=0.596648;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0292357;OID=.;OPOS=38437951;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:102:102:77:77:0.430168:28:49:48:54:28:49:48:54 chr21 38444863 . C T 1362.13 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497444;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.93;QD=62.6268;RBI=0.0501111;REFB=0;REVB=0.00605134;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130298;OID=.;OPOS=38444863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:40:47:0:0:40:47:0:0 chr21 38444881 . G A 468.2 PASS AF=0.60274;AO=44;DP=73;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0100128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.301;QD=25.6546;RBI=0.0109068;REFB=-0.00188139;REVB=-0.00432462;RO=29;SAF=28;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116174;STB=0.563607;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00124648;OID=.;OPOS=38444881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:29:44:44:0.60274:16:28:14:15:16:28:14:15 chr21 38444890 . A G 201.98 PASS AF=0.373134;AO=24;DP=65;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0362137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.365;QD=12.0587;RBI=0.0366123;REFB=0.00664048;REVB=-0.00538791;RO=40;SAF=10;SAR=14;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248626;STB=0.649007;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00517246;OID=.;OPOS=38444890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:40:42:24:25:0.373134:14:10:26:14:15:10:27:15 chr21 38468958 . A G 443.36 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0185366;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.631;QD=20.1525;RBI=0.0314613;REFB=-0.000928465;REVB=0.0254206;RO=44;SAF=20;SAR=24;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061581;STB=0.534146;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000849014;OID=.;OPOS=38468958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:24:20:23:21:24:20:23:21 chr21 38495269 . GA AT,GAT 1285.95 PASS AF=0.0537634,0.946237;AO=7,75;DP=96;FAO=5,88;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=4,50;FSAR=1,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102384,-0.0866693;FXX=0.0210504;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=94.8536,24.9007;QD=55.3099;RBI=0.105316,0.108742;REFB=0.0368289,-0.00450564;REVB=-0.0246754,0.0656753;RO=6;SAF=6,37;SAR=1,38;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.293682,-0.070782;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.103237,-0.00671428;OID=.,.;OPOS=38495269,38495271;OREF=GA,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:96:93:6:0:7,75:5,88:0.0537634,0.946237:1,38:6,37:6:0:1,38:4,50:0:0 chr21 38512956 . A G 265.74 PASS AF=0.430556;AO=30;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00201399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.201;QD=14.7635;RBI=0.0070195;REFB=-0.00423976;REVB=-0.00672438;RO=42;SAF=21;SAR=9;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265075;STB=0.626781;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0131631;OID=.;OPOS=38512956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:41:30:31:0.430556:9:21:19:23:10:21:19:22 chr21 38524226 . A G 222.87 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00679655;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=208.395;QD=18.9674;RBI=0.0261139;REFB=-0.0175172;REVB=-0.025214;RO=23;SAF=17;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267051;STB=0.636867;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0153906;OID=.;OPOS=38524226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:25:22:22:0.468085:5:17:12:11:5:17:14:11 chr21 38524242 . CAA CA,C 64.22 PASS AF=0.585366,0;AO=17,5;DP=41;FAO=24,0;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=15,0;FSAR=9,0;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.134345,0.0662015;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=6.78484,12.1211;QD=6.26501;RBI=0.140437,0.0692486;REFB=-0.0525491,-0.0254868;REVB=-0.0409117,-0.0203158;RO=16;SAF=11,2;SAR=6,3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0383959,-0.319494;STB=0.536394,0.5;STBP=0.611,1;TYPE=del,del;VARB=0.0488265,0.0633748;OID=.,.;OPOS=38524243,38524243;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.585366,0:17,5:41:24,0:41:17:15,0:9,0:12:5:38:16:11,2:6,3:11:5 chr21 38525356 . T C 1048.98 PASS AF=0.559322;AO=98;DP=176;FAO=99;FDP=177;FR=.;FRO=78;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=0.0428529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4182;QD=23.7059;RBI=0.0436488;REFB=-0.00654663;REVB=0.00829747;RO=77;SAF=40;SAR=58;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169968;STB=0.504051;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00819286;OID=.;OPOS=38525356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:77:78:98:99:0.559322:58:40:33:44:58:41:33:45 chr21 38525603 . A G 310.64 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0221203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.3;QD=16.3493;RBI=0.036046;REFB=-0.0184014;REVB=0.0284606;RO=41;SAF=12;SAR=22;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122771;STB=0.502537;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0125394;OID=.;OPOS=38525603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:42:34:34:0.447368:22:12:14:27:22:12:15:27 chr21 38532058 . TG T 1510.48 PASS AF=1;AO=124;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254983;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.4969;QD=47.9518;RBI=0.0284759;REFB=0;REVB=-0.0126773;RO=1;SAF=64;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736617;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000193936;OID=.;OPOS=38532059;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:124:127:126:126:0:65:61:0:0:27:1:64:60:1:0 chr21 38532068 . G GA 1314.45 PASS AF=1;AO=109;DP=126;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.6573;QD=44.9385;RBI=0.220982;REFB=0;REVB=0.1892;RO=16;SAF=54;SAR=55;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313029;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00343417;OID=.;OPOS=38532069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:109:126:117:117:0:55:62:0:0:24:16:54:55:10:6 chr21 38568009 . G C 589.3 PASS AF=0.476923;AO=61;DP=129;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.000849236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.425;QD=18.1324;RBI=0.0297936;REFB=-0.00204071;REVB=0.0297815;RO=68;SAF=37;SAR=24;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158352;STB=0.590743;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00178104;OID=.;OPOS=38568009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:68:68:61:62:0.476923:24:37:30:38:24:38:30:38 chr21 38568308 . C T 62.38 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.084296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.11;QD=7.7977;RBI=0.0845029;REFB=-0.00113761;REVB=-0.0059107;RO=23;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163444;STB=0.5998;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.0013998;OID=.;OPOS=38568308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:6:3:5:18:6:3:5:18 chr21 38878639 . C T 228.65 PASS AF=0.305263;AO=29;DP=95;FAO=29;FDP=95;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.00749492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.708;QD=9.62723;RBI=0.0251379;REFB=0.000595756;REVB=-0.0239946;RO=66;SAF=16;SAR=13;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114434;STB=0.567248;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00121368;OID=.;OPOS=38878639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:66:66:29:29:0.305263:13:16:30:36:13:16:30:36 chr21 38885442 . A G 1029.49 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00723686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.637;QD=57.9997;RBI=0.00726477;REFB=-0.00076558;REVB=-0.000636165;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=2.18471e-05;OID=.;OPOS=38885442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:0:1:70:70:0.985915:37:33:0:0:37:33:0:1 chr21 38997701 . G A 1556.14 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.248;QD=58.7222;RBI=0.0224384;REFB=0;REVB=0.00207963;RO=2;SAF=53;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017568;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24056e-05;OID=.;OPOS=38997701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:106:106:2:0:104:106:1:51:53:2:0:51:55:0:0 chr21 39086965 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.668;QD=63.5818;RBI=0.0159309;REFB=0;REVB=0.00356966;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50822e-05;OID=.;OPOS=39086965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr21 39213020 . G A 182.35 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00319557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5516;QD=13.762;RBI=0.0268352;REFB=-0.030146;REVB=-0.0266443;RO=31;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557524;STB=0.532225;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0273601;OID=.;OPOS=39213020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:20:20:0.377358:12:8:14:17:12:8:14:17 chr21 39672624 . C G 1083.87 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00819836;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.717;QD=60.215;RBI=0.00827029;REFB=0;REVB=-0.00108838;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5487e-05;OID=.;OPOS=39672624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr21 39870310 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.423;QD=57.6807;RBI=0.0135751;REFB=0;REVB=0.00606461;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84123e-05;OID=.;OPOS=39870310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr21 40191431 . T G 550.75 PASS AF=0.437037;AO=59;DP=135;FAO=59;FDP=135;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.00115737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.788;QD=16.3184;RBI=0.00798619;REFB=-0.0193319;REVB=0.00790188;RO=73;SAF=32;SAR=27;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468483;STB=0.513303;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0333188;OID=.;OPOS=40191431;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:73:76:59:59:0.437037:27:32:43:30:27:32:43:33 chr21 40191638 . A G 273.93 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00866104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.869;QD=15.2181;RBI=0.016711;REFB=-0.00343518;REVB=0.0142913;RO=40;SAF=14;SAR=17;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147145;STB=0.589277;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00395102;OID=.;OPOS=40191638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:41:31:31:0.430556:17:14:24:16:17:14:25:16 chr21 40195277 . T A 3407.93 PASS AF=0.986607;AO=221;DP=224;FAO=221;FDP=224;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=154;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0516497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8001;QD=60.8559;RBI=0.0609621;REFB=-0.121457;REVB=-0.0323835;RO=1;SAF=67;SAR=154;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00308415;STB=0.500478;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00139337;OID=.;OPOS=40195277;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:224:224:1:3:221:221:0.986607:154:67:0:1:154:67:1:2 chr21 40552307 . A G 567.61 PASS AF=0.451128;AO=60;DP=133;FAO=60;FDP=133;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.0338333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.936;QD=17.0711;RBI=0.0362055;REFB=-0.0148854;REVB=0.0128898;RO=73;SAF=29;SAR=31;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00382832;STB=0.502132;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0203369;OID=.;OPOS=40552307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:73:73:60:60:0.451128:31:29:35:38:31:29:35:38 chr21 40571246 . A G 620.35 PASS AF=0.496063;AO=63;DP=127;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.00829394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.37;QD=19.5385;RBI=0.014728;REFB=7.12923e-05;REVB=0.0121706;RO=63;SAF=33;SAR=30;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128998;STB=0.574604;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-4.35049e-05;OID=.;OPOS=40571246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:63:64:63:63:0.496063:30:33:24:39:30:33:24:40 chr21 40574305 . A G 373.93 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0132887;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.973;QD=17.3922;RBI=0.0205764;REFB=-0.00874699;REVB=0.0157098;RO=46;SAF=27;SAR=12;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218935;STB=0.618258;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0118018;OID=.;OPOS=40574305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:46:47:39:39:0.453488:12:27:22:24:12:27:23:24 chr21 40584598 . C T 372.23 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00414706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2114;QD=15.1932;RBI=0.0170012;REFB=-0.00891586;REVB=-0.0164876;RO=58;SAF=23;SAR=17;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13255;STB=0.574962;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0188273;OID=.;OPOS=40584598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:58:40:40:0.408163:17:23:26:32:17:23:26:32 chr21 40670460 . G C 698.89 PASS AF=0.469799;AO=69;DP=149;FAO=70;FDP=149;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=52;FWDB=-0.0031395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.567;QD=18.7622;RBI=0.013449;REFB=-0.00573228;REVB=-0.0130774;RO=79;SAF=30;SAR=39;SRF=27;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924883;STB=0.547606;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00585734;OID=.;OPOS=40670460;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:79:79:69:70:0.469799:39:30:27:52:40:30:27:52 chr21 40686020 . C T 442.03 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0122486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.717;QD=19.8665;RBI=0.0163054;REFB=-0.00950455;REVB=0.0107628;RO=45;SAF=26;SAR=18;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536026;STB=0.529767;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0109284;OID=.;OPOS=40686020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:18:26:24:21:18:26:24:21 chr21 40686078 . G C 482.89 PASS AF=0.5;AO=46;DP=93;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0559312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.323;QD=20.5487;RBI=0.056196;REFB=-0.00452833;REVB=-0.005449;RO=47;SAF=26;SAR=20;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108006;STB=0.564005;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00412544;OID=.;OPOS=40686078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:47:47:46:47:0.5:20:26:21:26:20:27:21:26 chr21 40686327 . T C 209.69 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0280787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.04;QD=18.6386;RBI=0.0281411;REFB=-0.0317775;REVB=-0.00187357;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100971;STB=0.571359;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0328318;OID=.;OPOS=40686327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:14:7:10:13:14:7:11:13 chr21 40769290 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.663;QD=56.7066;RBI=0.0569015;REFB=0;REVB=0.0456113;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051724;OID=.;OPOS=40769290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr21 40823981 . G A 1553.54 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00082217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.21;QD=62.7692;RBI=0.0366972;REFB=-0.120002;REVB=0.036688;RO=0;SAF=41;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55487e-08;STB=0.504347;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.000139257;OID=.;OPOS=40823981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:99:0:1:97:98:0.989899:56:41:0:0:57:41:0:1 chr21 40871810 . T C 1476.09 PASS AF=1;AO=83;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7648;QD=62.8123;RBI=0.0927422;REFB=0;REVB=0.076122;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000704247;OID=.;OPOS=40871810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:83:94:1:36:47:0:0:47:47:0:0 chr21 40883671 . G A,GAGA 752.9 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=2,46;DP=49;FAO=2,46;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129233,0.0502869;FXX=0.020404;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=54.1809,229.548;QD=62.7413;RBI=0.0175495,0.0504719;REFB=0,0;REVB=-0.0118732,0.00431799;RO=0;SAF=1,23;SAR=1,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0818516,0.00259216;OID=.,.;OPOS=40883671,40883672;OREF=G,-;OALT=A,AGA;OMAPALT=A,GAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:49:48:0:0:2,46:2,46:0.0416667,0.958333:1,23:1,23:0:0:1,23:1,23:0:0 chr21 40969826 . G C 1224.33 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.54;QD=61.2167;RBI=0.0253976;REFB=0;REVB=0.0225141;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78618e-05;OID=.;OPOS=40969826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:41:37:0:0:42:38:0:0 chr21 41032740 . T C 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00183242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.265;QD=14.0471;RBI=0.0198734;REFB=-0.0192511;REVB=-0.0197888;RO=29;SAF=13;SAR=5;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200392;STB=0.617277;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0289781;OID=.;OPOS=41032740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:5:13:16:13:5:13:16:13 chr21 41032804 . G A 393.18 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0101375;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9307;QD=19.1795;RBI=0.0517456;REFB=-0.0192141;REVB=0.0507429;RO=41;SAF=21;SAR=19;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781336;STB=0.524988;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0244239;OID=.;OPOS=41032804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:41:42:40:40:0.487805:19:21:18:23:19:21:20:22 chr21 41137499 . A G 1000.24 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0201411;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.033;QD=56.3517;RBI=0.0206056;REFB=-0.0461766;REVB=0.00435036;RO=1;SAF=30;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154963;STB=0.501867;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000174976;OID=.;OPOS=41137499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:1:2:69:69:0.971831:39:30:1:0:39:30:1:1 chr21 41137507 . G C 1153.55 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6789;QD=60.7132;RBI=0.0202081;REFB=0;REVB=0.0128456;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51447e-05;OID=.;OPOS=41137507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:44:32:0:0:44:32:0:0 chr21 41165462 . C A 1396.0 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.946;QD=62.7416;RBI=0.0261966;REFB=0;REVB=0.0149499;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51806e-05;OID=.;OPOS=41165462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:45:43:0:0:46:43:0:0 chr21 41297992 . C T 575.25 PASS AF=0.438849;AO=61;DP=139;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.062947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6441;QD=16.554;RBI=0.0635132;REFB=0.00302933;REVB=0.00846186;RO=78;SAF=30;SAR=31;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468634;STB=0.526158;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00362941;OID=.;OPOS=41297992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:78:78:61:61:0.438849:31:30:42:36:31:30:42:36 chr21 41416066 . C T 668.33 PASS AF=0.623656;AO=58;DP=93;FAO=58;FDP=93;FR=.;FRO=35;FSAF=47;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=7.09872e-06;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.989;QD=28.7455;RBI=0.0568356;REFB=-0.0136589;REVB=-0.0568356;RO=32;SAF=47;SAR=11;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00230262;STB=0.539286;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00774215;OID=.;OPOS=41416066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:32:35:58:58:0.623656:11:47:26:6:11:47:26:9 chr21 41434841 . T C 451.34 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.0135757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7843;QD=17.194;RBI=0.0141492;REFB=0.00138382;REVB=0.00398761;RO=56;SAF=31;SAR=18;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262047;STB=0.645774;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.000714522;OID=.;OPOS=41434841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:49:49:0.466667:18:31:20:36:18:31:20:36 chr21 41447058 . G C 405.53 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.056254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9715;QD=19.7819;RBI=0.0566531;REFB=0.00184966;REVB=-0.0067128;RO=41;SAF=19;SAR=22;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157182;STB=0.586876;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00220803;OID=.;OPOS=41447058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:22:19:12:29:22:19:12:29 chr21 41455854 . G A 551.35 PASS AF=0.453846;AO=58;DP=130;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.017432;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.876;QD=16.9646;RBI=0.0174337;REFB=-0.00961262;REVB=0.000249268;RO=71;SAF=31;SAR=27;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287342;STB=0.520821;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0133293;OID=.;OPOS=41455854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:71:71:58:59:0.453846:27:31:40:31:28:31:40:31 chr21 41719762 . G A 850.93 PASS AF=0.402542;AO=94;DP=236;FAO=95;FDP=236;FR=.;FRO=141;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=86;FSRR=55;FWDB=0.0126523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.3;QD=14.4226;RBI=0.0163474;REFB=-0.00641766;REVB=-0.0103516;RO=141;SAF=55;SAR=39;SRF=86;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274936;STB=0.519094;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00736557;OID=.;OPOS=41719762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:141:141:94:95:0.402542:39:55:86:55:40:55:86:55 chr21 41725630 . G C 200.94 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0173688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.147;QD=21.1519;RBI=0.020399;REFB=-0.0266796;REVB=-0.0106977;RO=18;SAF=14;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359949;STB=0.708116;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.018828;OID=.;OPOS=41725630;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:19:20:0.526316:5:14:6:12:5:15:6:12 chr21 42556885 . A G 263.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0624362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.364;QD=19.519;RBI=0.0683301;REFB=-0.00202362;REVB=0.0277621;RO=26;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127499;STB=0.571185;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00322775;OID=.;OPOS=42556885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:17:11:14:12:17:11:14:12 chr21 42622786 . C T 328.76 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0414099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.614;QD=15.471;RBI=0.0419625;REFB=-0.0105195;REVB=-0.00678763;RO=49;SAF=15;SAR=21;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756045;STB=0.54272;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0138613;OID=.;OPOS=42622786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:21:15:24:25:21:15:24:25 chr21 42717662 . T C 1289.02 PASS AF=0.966292;AO=85;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0369853;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.781;QD=57.9336;RBI=0.0483728;REFB=-0.0813913;REVB=0.0311771;RO=3;SAF=49;SAR=36;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016022;STB=0.508563;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00188752;OID=.;OPOS=42717662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:3:3:85:86:0.966292:36:49:1:2:36:50:1:2 chr21 42754377 . T C 35.93 PASS AF=0.0957447;AO=9;DP=94;FAO=9;FDP=94;FR=.;FRO=85;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=-0.00589964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.438;QD=1.52886;RBI=0.0242379;REFB=-0.00503134;REVB=-0.023509;RO=85;SAF=2;SAR=7;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229019;STB=0.684337;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.030341;OID=.;OPOS=42754377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:94:94:85:85:9:9:0.0957447:7:2:34:51:7:2:34:51 chr21 42775555 . A G 323.42 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1973;QD=53.9032;RBI=0.0447492;REFB=0;REVB=-0.0299678;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00162047;OID=.;OPOS=42775555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr21 42807837 . G A 257.19 PASS AF=0.344444;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0149425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.727;QD=11.4305;RBI=0.0215993;REFB=-0.0173428;REVB=-0.0155965;RO=58;SAF=16;SAR=15;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181814;STB=0.505018;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0320289;OID=.;OPOS=42807837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:58:59:31:31:0.344444:15:16:29:29:15:16:30:29 chr21 42824661 . A G 250.29 PASS AF=0.306306;AO=34;DP=111;FAO=34;FDP=111;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.0217287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.189;QD=9.01935;RBI=0.0256222;REFB=-0.00567048;REVB=0.013578;RO=75;SAF=20;SAR=14;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065693;STB=0.548358;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0134977;OID=.;OPOS=42824661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:75:77:34:34:0.306306:14:20:40:35:14:20:40:37 chr21 42838074 . C T 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0141036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.408;QD=6.81339;RBI=0.0287246;REFB=0.00569225;REVB=-0.0250238;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.008787;STB=0.505602;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0151259;OID=.;OPOS=42838074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:3:4:11:8:3:4:11:8 chr21 42839706 . G A 286.72 PASS AF=0.252941;AO=43;DP=170;FAO=43;FDP=170;FR=.;FRO=127;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=69;FSRR=58;FWDB=-0.0228782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.234;QD=6.74631;RBI=0.0230054;REFB=-0.0013573;REVB=0.00241647;RO=127;SAF=25;SAR=18;SRF=69;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482579;STB=0.52894;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00386599;OID=.;OPOS=42839706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:127:127:43:43:0.252941:18:25:69:58:18:25:69:58 chr21 42845374 . G A 493.06 PASS AF=0.380952;AO=56;DP=148;FAO=56;FDP=147;FR=.;FRO=91;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=0.0171469;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.484;QD=13.4166;RBI=0.01948;REFB=-0.0320644;REVB=0.0092441;RO=91;SAF=30;SAR=26;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330722;STB=0.518746;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0378744;OID=.;OPOS=42845374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:91:91:56:56:0.380952:26:30:46:45:26:30:46:45 chr21 42848560 . CAG C 154.32 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.018509;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=243.729;QD=21.2851;RBI=0.0197681;REFB=0.000889351;REVB=-0.00694227;RO=12;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221621;STB=0.640851;STBP=0.119;TYPE=del;VARB=-0.00113586;OID=.;OPOS=42848561;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.551724:16:31:16:29:13:10:6:4:9:99:12:10:6:4:8 chr21 42852497 . C T 583.23 PASS AF=0.576087;AO=53;DP=92;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=40;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00742601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.987;QD=25.3577;RBI=0.0266254;REFB=-0.0108058;REVB=-0.0255689;RO=38;SAF=40;SAR=13;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942606;STB=0.561015;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00870658;OID=.;OPOS=42852497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:38:39:53:53:0.576087:13:40:25:13:13:40:25:14 chr21 43161022 . C T 119.57 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.011554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.179;QD=17.7136;RBI=0.0347826;REFB=-0.0837709;REVB=0.0328075;RO=13;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374176;STB=0.715643;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0479689;OID=.;OPOS=43161022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:11:3:8:5:11:3:8:5 chr21 43161357 . T C 343.28 PASS AF=0.674419;AO=28;DP=42;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00947426;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9414;QD=31.933;RBI=0.0356527;REFB=-0.0178717;REVB=-0.0343708;RO=13;SAF=11;SAR=17;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130827;STB=0.564311;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00700221;OID=.;OPOS=43161357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:13:14:28:29:0.674419:17:11:8:5:18:11:8:6 chr21 43161805 . G A 296.55 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0214697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.402;QD=22.3811;RBI=0.0292225;REFB=-0.0169288;REVB=0.0198245;RO=22;SAF=19;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140959;STB=0.569705;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0154271;OID=.;OPOS=43161805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:22:23:30:30:0.566038:11:19:10:12:11:19:11:12 chr21 43161877 . C T 260.41 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.069902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.081;QD=18.9392;RBI=0.070557;REFB=-0.00741586;REVB=-0.00959149;RO=27;SAF=16;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111794;STB=0.562455;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00807652;OID=.;OPOS=43161877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:12:16:12:15:12:16:12:15 chr21 43162150 . G A 462.27 PASS AF=0.373239;AO=53;DP=143;FAO=53;FDP=142;FR=.;FRO=89;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=0.00378378;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.524;QD=13.0218;RBI=0.0217906;REFB=-0.000282977;REVB=0.0214596;RO=78;SAF=22;SAR=31;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143975;STB=0.543257;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.000435158;OID=.;OPOS=43162150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:78:89:53:53:0.373239:31:22:43:35:31:22:43:46 chr21 43164232 . C A 85.89 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0481875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.396;QD=12.7247;RBI=0.0614704;REFB=-0.0152638;REVB=0.038165;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169053;STB=0.586057;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0165002;OID=.;OPOS=43164232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:26:27:15:16:10:11:0.407407:5:5:10:5:5:6:11:5 chr21 43166847 . C T 189.26 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0514875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.882;QD=13.0526;RBI=0.0630693;REFB=-0.0259302;REVB=-0.0364249;RO=35;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317182;STB=0.680089;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.049567;OID=.;OPOS=43166847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:10:13:9:26:10:13:9:26 chr21 43171305 . C T 151.55 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0248971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.943;QD=10.1034;RBI=0.0274262;REFB=-0.0120468;REVB=-0.0115035;RO=40;SAF=5;SAR=15;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13754;STB=0.581546;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0179197;OID=.;OPOS=43171305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:15:5:14:26:15:5:14:26 chr21 43218520 . G A 259.63 PASS AF=0.32381;AO=34;DP=105;FAO=34;FDP=105;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=-0.00936897;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.701;QD=9.89051;RBI=0.0113561;REFB=-0.00187379;REVB=0.0064175;RO=71;SAF=16;SAR=18;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106361;STB=0.561686;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00452212;OID=.;OPOS=43218520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:71:71:34:34:0.32381:18:16:27:44:18:16:27:44 chr21 43218807 . C T 404.81 PASS AF=0.4375;AO=41;DP=95;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0375026;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6795;QD=16.867;RBI=0.0655329;REFB=0.00400072;REVB=0.0537411;RO=50;SAF=32;SAR=9;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280073;STB=0.657453;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00280625;OID=.;OPOS=43218807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:50:54:41:42:0.4375:9:32:27:23:10:32:28:26 chr21 43219728 . A T 684.28 PASS AF=0.527559;AO=67;DP=127;FAO=67;FDP=127;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0082629;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.675;QD=21.552;RBI=0.0113541;REFB=0.00734989;REVB=0.00778722;RO=60;SAF=31;SAR=36;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0034422;STB=0.50189;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.00838554;OID=.;OPOS=43219728;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:60:60:67:67:0.527559:36:31:28:32:36:31:28:32 chr21 43220380 . C A 1194.34 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.574;QD=60.4731;RBI=0.0216409;REFB=0;REVB=0.0212583;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53464e-05;OID=.;OPOS=43220380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:34:44:0:0:34:45:0:0 chr21 43221483 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.984;QD=47.8224;RBI=0.0502104;REFB=0;REVB=-0.0483449;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151885;OID=.;OPOS=43221483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr21 43221797 . G C 134.57 PASS AF=0.414634;AO=15;DP=39;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0141749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0544;QD=13.1285;RBI=0.0491107;REFB=-0.0240009;REVB=0.0470205;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305018;STB=0.660844;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0235231;OID=.;OPOS=43221797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:22:24:15:17:0.414634:8:7:4:18:8:9:6:18 chr21 43221826 . T C 348.31 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.164175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.9;QD=49.7579;RBI=0.165286;REFB=-0.181583;REVB=-0.0191346;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00645889;OID=.;OPOS=43221826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:28:28:0:0:26:28:1:18:8:0:0:18:10:0:0 chr21 43236176 . G A 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00626386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.8;QD=8.23033;RBI=0.00708127;REFB=-0.00247192;REVB=-0.00330279;RO=25;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474515;STB=0.529352;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00615772;OID=.;OPOS=43236176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:6:4:11:14:6:4:11:14 chr21 43239972 . A G 304.9 PASS AF=0.586957;AO=26;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00686776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.053;QD=26.5131;RBI=0.0318955;REFB=-0.0308847;REVB=0.0311473;RO=18;SAF=17;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200988;STB=0.62677;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0214295;OID=.;OPOS=43239972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:19:26:27:0.586957:9:17:7:11:9:18:7:12 chr21 43241479 . G T 182.01 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0145673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.624;QD=9.57945;RBI=0.0382269;REFB=-0.00882144;REVB=-0.0353425;RO=51;SAF=9;SAR=15;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113722;STB=0.574261;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0194031;OID=.;OPOS=43241479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:52:24:24:0.315789:15:9:24:27:15:9:25:27 chr21 43243585 . A C,G 2638.17 PASS AF=0.0804598,0.91954;AO=14,156;DP=170;FAO=14,160;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=14,83;FSAR=0,77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166115,0.0239708;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=178.083,70.6417;QD=60.6475;RBI=0.0231581,0.0464725;REFB=0,0;REVB=-0.0161356,-0.0398132;RO=0;SAF=14,79;SAR=0,77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.46824e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.1734,-0.000722866;OID=.,.;OPOS=43243585,43243585;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:41:170:174:0:0:14,156:14,160:0.0804598,0.91954:0,77:14,79:0:0:0,77:14,83:0:0 chr21 43256252 . C T 1568.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.077;QD=64.0206;RBI=0.012076;REFB=0;REVB=0.00589881;RO=0;SAF=56;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8757e-05;OID=.;OPOS=43256252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:42:56:0:0:42:56:0:0 chr21 43267260 . C T 1012.14 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.893;QD=57.8368;RBI=0.0220375;REFB=-0.111324;REVB=0.0161611;RO=1;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154963;STB=0.508194;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000465374;OID=.;OPOS=43267260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:30:39:0:1:30:39:0:1 chr21 43305619 . C T 298.11 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0160146;FXX=0.042851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.558;QD=17.7976;RBI=0.0514791;REFB=-0.00969619;REVB=0.0489247;RO=33;SAF=22;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112189;STB=0.582431;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0107354;OID=.;OPOS=43305619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:67:33:35:32:32:0.477612:10:22:19:14:10:22:19:16 chr21 43306075 . G C 154.35 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0107591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.601;QD=10.6446;RBI=0.0108459;REFB=-0.0106215;REVB=0.00136957;RO=37;SAF=3;SAR=17;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211364;STB=0.643079;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0223149;OID=.;OPOS=43306075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:38:20:20:0.344828:17:3:10:27:17:3:11:27 chr21 43306101 . A G 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.000157295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.996;QD=12.083;RBI=0.00811604;REFB=0.00419065;REVB=0.00811452;RO=32;SAF=3;SAR=18;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233338;STB=0.620559;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00886322;OID=.;OPOS=43306101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:35:21:21:0.375:18:3:9:23:18:3:9:26 chr21 43314868 . G C 426.66 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0399149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9352;QD=19.1756;RBI=0.0409108;REFB=0.00314676;REVB=-0.00897213;RO=46;SAF=20;SAR=23;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112808;STB=0.562699;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.00414636;OID=.;OPOS=43314868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:23:20:27:19:23:20:27:19 chr21 43315057 . C T 272.51 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.674;QD=51.9074;RBI=0.0782572;REFB=0;REVB=0.0102378;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007044;OID=.;OPOS=43315057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr21 43327117 . C T 108.76 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00539287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.511;QD=7.13161;RBI=0.0157931;REFB=0.00177794;REVB=-0.0148439;RO=45;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187818;STB=0.511468;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=-0.00462095;OID=.;OPOS=43327117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:45:16:16:0.262295:9:7:19:26:9:7:19:26 chr21 43327183 . G T 591.8 PASS AF=0.521739;AO=59;DP=114;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0103783;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.699;QD=20.5845;RBI=0.0535012;REFB=-0.019826;REVB=-0.0524849;RO=54;SAF=35;SAR=24;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177136;STB=0.587525;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0156084;OID=.;OPOS=43327183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:54:55:59:60:0.521739:24:35:21:33:25:35:22:33 chr21 43327793 . C T 359.58 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00281838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.379;QD=17.3291;RBI=0.00457377;REFB=-0.0134465;REVB=0.00360223;RO=45;SAF=13;SAR=25;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127475;STB=0.571582;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0163196;OID=.;OPOS=43327793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:25:13:21:24:25:13:21:24 chr21 43327856 . A G 462.56 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0339761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.371;QD=22.0267;RBI=0.0403304;REFB=0.00900169;REVB=-0.0217294;RO=39;SAF=18;SAR=27;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312509;STB=0.517234;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.00828804;OID=.;OPOS=43327856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:27:18:17:22:27:18:17:22 chr21 43408317 . T TAAAGA 179.69 PASS AF=0.431818;AO=17;DP=49;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0131165;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=5;MLLD=207.098;QD=16.335;RBI=0.0211671;REFB=-0.0133731;REVB=0.0166134;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996966;STB=0.571354;STBP=0.439;TYPE=ins;VARB=0.0192158;OID=.;OPOS=43408318;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=TAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431818:17:49:19:44:25:9:10:15:10:99:29:9:8:18:11 chr21 43413731 . C T 578.9 PASS AF=0.442029;AO=62;DP=140;FAO=61;FDP=138;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=-0.0286057;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.489;QD=16.7798;RBI=0.0287155;REFB=-0.00180291;REVB=0.00250873;RO=76;SAF=35;SAR=27;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412344;STB=0.52101;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00182583;OID=.;OPOS=43413731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:76:77:62:61:0.442029:27:35:46:30:26:35:47:30 chr21 43496304 . C T 234.68 PASS AF=0.261538;AO=34;DP=130;FAO=34;FDP=130;FR=.;FRO=96;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=51;FSRR=45;FWDB=-0.00428263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.83;QD=7.22095;RBI=0.0102731;REFB=0.00443594;REVB=0.00933791;RO=94;SAF=12;SAR=22;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221697;STB=0.632798;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0130324;OID=.;OPOS=43496304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:94:96:34:34:0.261538:22:12:50:44:22:12:51:45 chr21 43504228 . T C 1254.21 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139718;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.288;QD=61.1811;RBI=0.0178163;REFB=0;REVB=0.0110548;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98833e-05;OID=.;OPOS=43504228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:79:82:1:45:34:0:0:45:37:0:0 chr21 43510427 . T C 1283.38 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.634;QD=61.8494;RBI=0.0158569;REFB=0;REVB=0.00722713;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64562e-05;OID=.;OPOS=43510427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:35:48:0:0:35:48:0:0 chr21 43510437 . A C 1231.46 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.362;QD=60.071;RBI=0.0337563;REFB=-0.0565786;REVB=0.0212306;RO=1;SAF=44;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106396;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139692;OID=.;OPOS=43510437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:81:82:1:0:80:82:1:36:44:1:0:36:46:0:0 chr21 43513989 . C T 230.26 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0191563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6172;QD=17.7125;RBI=0.0203364;REFB=-0.0155635;REVB=0.0068268;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726928;STB=0.540925;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.030729;OID=.;OPOS=43513989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:11:14:13:14:11:14:13:14 chr21 43531008 . T C 1593.06 PASS AF=0.990654;AO=104;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480782;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4544;QD=59.5537;RBI=0.0549786;REFB=0;REVB=0.026667;RO=0;SAF=67;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00652441;OID=.;OPOS=43531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:108:107:0:0:104:106:0.990654:37:67:0:0:40:66:0:0 chr21 43531553 . A C 403.8 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0017474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.252;QD=22.1263;RBI=0.0408324;REFB=-0.00658967;REVB=-0.040795;RO=33;SAF=17;SAR=23;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000635293;STB=0.50035;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00792791;OID=.;OPOS=43531553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:23:17:14:19:23:17:14:19 chr21 43531632 . T C 1287.12 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.617;QD=61.2914;RBI=0.036755;REFB=0;REVB=-0.0352678;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.71299e-05;OID=.;OPOS=43531632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:81:84:1:36:45:0:0:37:47:0:0 chr21 43531808 . A C 61.34 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0492039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8135;QD=18.8747;RBI=0.0504162;REFB=0.0222137;REVB=0.0109897;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33733;STB=0.691896;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0292152;OID=.;OPOS=43531808;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:0:5:4:4:0:5 chr21 43547165 . G A 493.88 PASS AF=0.54023;AO=45;DP=86;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00140952;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.164;QD=22.707;RBI=0.0166102;REFB=-0.00221631;REVB=-0.0165503;RO=40;SAF=26;SAR=19;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194893;STB=0.533618;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00163581;OID=.;OPOS=43547165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:40:40:45:47:0.54023:19:26:24:16:21:26:25:15 chr21 43547788 . T C 1162.79 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.117;QD=60.4049;RBI=0.0191007;REFB=0;REVB=-0.0158135;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.01718e-06;OID=.;OPOS=43547788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:27:48:0:0:27:50:0:0 chr21 43547873 . G A 754.67 PASS AF=0.545455;AO=72;DP=132;FAO=72;FDP=132;FR=.;FRO=60;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.0328397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.474;QD=22.8687;RBI=0.0382812;REFB=0.00987427;REVB=-0.0196724;RO=60;SAF=43;SAR=29;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00239885;STB=0.501312;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.00771132;OID=.;OPOS=43547873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:60:60:72:72:0.545455:29:43:36:24:29:43:36:24 chr21 43708296 . G A 302.99 PASS AF=0.35514;AO=38;DP=107;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=24;FWDB=-0.00682697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.701;QD=11.3268;RBI=0.0130158;REFB=-0.00714911;REVB=0.0110816;RO=67;SAF=19;SAR=19;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158429;STB=0.598081;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0150179;OID=.;OPOS=43708296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:67:69:38:38:0.35514:19:19:43:24:19:19:45:24 chr21 43711661 . G A 163.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0151925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.331;QD=13.3673;RBI=0.0273429;REFB=0.000157066;REVB=0.0227337;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276363;STB=0.516111;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.000221919;OID=.;OPOS=43711661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:8:10:18:13:8:10:18:13 chr21 43786512 . C T 271.9 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0253819;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.939;QD=16.9935;RBI=0.0300262;REFB=-0.0305752;REVB=-0.0160415;RO=34;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806824;STB=0.545233;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0385149;OID=.;OPOS=43786512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:34:34:30:30:0.46875:16:14:13:21:16:14:13:21 chr21 43786606 . G A 419.42 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0122691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.139;QD=20.213;RBI=0.0243353;REFB=-0.0126472;REVB=-0.0210161;RO=40;SAF=14;SAR=28;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155164;STB=0.593175;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0120307;OID=.;OPOS=43786606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:41:42:42:0.506024:28:14:20:20:28:14:21:20 chr21 43792869 . C T 1419.78 PASS AF=0.98913;AO=86;DP=87;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0251628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.08;QD=61.7297;RBI=0.0449626;REFB=-0.0396099;REVB=0.0372621;RO=1;SAF=41;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114156;STB=0.505617;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000800237;OID=.;OPOS=43792869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:92:1:1:86:91:0.98913:45:41:1:0:47:44:1:0 chr21 43805637 . C T 1264.72 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00502033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3438;QD=61.6938;RBI=0.00577716;REFB=0;REVB=0.00285863;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11529e-05;OID=.;OPOS=43805637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr21 43824106 . A G 925.09 PASS AF=0.473171;AO=94;DP=202;FAO=97;FDP=205;FR=.;FRO=108;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=0.0364581;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.945;QD=18.0505;RBI=0.0375872;REFB=-0.0325278;REVB=0.00914362;RO=107;SAF=41;SAR=53;SRF=54;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663871;STB=0.519052;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.036985;OID=.;OPOS=43824106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:205:107:108:94:97:0.473171:53:41:54:53:52:45:54:54 chr21 43824123 . G C 843.15 PASS AF=0.491429;AO=85;DP=174;FAO=86;FDP=175;FR=.;FRO=89;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.00825206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.727;QD=19.2719;RBI=0.00876679;REFB=-0.0253224;REVB=-0.00295973;RO=87;SAF=31;SAR=54;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914757;STB=0.547033;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0204908;OID=.;OPOS=43824123;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:87:89:85:86:0.491429:54:31:40:47:54:32:41:48 chr21 43824136 . C T 729.08 PASS AF=0.475309;AO=77;DP=162;FAO=77;FDP=162;FR=.;FRO=85;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.0752647;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.4577;QD=18.0019;RBI=0.0896591;REFB=-0.0279556;REVB=0.0487235;RO=80;SAF=27;SAR=50;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143954;STB=0.578741;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0300669;OID=.;OPOS=43824136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:80:85:77:77:0.475309:50:27:40:40:50:27:42:43 chr21 43855067 . A C 547.97 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.00201231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.294;QD=19.0597;RBI=0.00231241;REFB=-0.0178326;REVB=-0.00113924;RO=57;SAF=27;SAR=30;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159026;STB=0.504586;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0191609;OID=.;OPOS=43855067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:57:58:57:57:0.495652:30:27:28:29:30:27:28:30 chr21 43863521 . A G 283.1 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.040222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6833;QD=17.4217;RBI=0.0402256;REFB=0.00257106;REVB=-0.000538688;RO=34;SAF=15;SAR=16;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151127;STB=0.584363;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00193381;OID=.;OPOS=43863521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:16:15:11:23:16:15:11:23 chr21 43905887 . C T 351.73 PASS AF=0.3;AO=48;DP=160;FAO=48;FDP=160;FR=.;FRO=112;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=55;FSRR=57;FWDB=0.0126481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.268;QD=8.79318;RBI=0.0168771;REFB=-0.011341;REVB=0.0111742;RO=111;SAF=23;SAR=25;SRF=54;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00876425;STB=0.508339;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0283718;OID=.;OPOS=43905887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:111:112:48:48:0.3:25:23:54:57:25:23:55:57 chr21 43985955 . G A 254.33 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0461146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.93;QD=15.4142;RBI=0.0461166;REFB=-0.0168937;REVB=-0.000426238;RO=36;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253099;STB=0.504851;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0256409;OID=.;OPOS=43985955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:29:29:0.439394:12:17:22:14:12:17:22:15 chr21 44180443 . C T 251.68 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0337926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1701;QD=12.4285;RBI=0.0413306;REFB=-0.0043637;REVB=0.0237967;RO=49;SAF=17;SAR=13;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171835;STB=0.523714;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00759588;OID=.;OPOS=44180443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:51:30:30:0.37037:13:17:27:22:13:17:27:24 chr21 44180514 . A G 149.67 PASS AF=0.283784;AO=21;DP=74;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00418513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.752;QD=8.09036;RBI=0.0231918;REFB=-0.00594604;REVB=-0.0228111;RO=53;SAF=12;SAR=9;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052101;STB=0.53122;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0158646;OID=.;OPOS=44180514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:53:53:21:21:0.283784:9:12:28:25:9:12:28:25 chr21 44293793 . G A 90.43 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0237677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.784;QD=7.86316;RBI=0.0246667;REFB=-0.00594843;REVB=0.00659842;RO=34;SAF=8;SAR=4;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132298;STB=0.508183;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0182899;OID=.;OPOS=44293793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:4:8:23:11:4:8:23:11 chr21 44371114 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.707;QD=51.9167;RBI=0.0470426;REFB=0;REVB=-0.0457389;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000387889;OID=.;OPOS=44371114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr21 44430325 . T C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00282092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.887;QD=17.4015;RBI=0.00847632;REFB=-0.0112735;REVB=0.00799315;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075581;STB=0.543555;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00996503;OID=.;OPOS=44430325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:9:4:5:8:9:4:5:8 chr21 44437142 . A G 115.6 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00942462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5919;QD=11.0094;RBI=0.0444097;REFB=-0.0176048;REVB=0.0433981;RO=27;SAF=1;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523779;STB=0.838085;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0435636;OID=.;OPOS=44437142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:28:14:14:0.333333:13:1:10:17:13:1:11:17 chr21 44450227 . C T 204.61 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0214727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5403;QD=10.6292;RBI=0.0231277;REFB=-0.00584353;REVB=-0.00859152;RO=51;SAF=17;SAR=9;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212017;STB=0.623756;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0101638;OID=.;OPOS=44450227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:51:26:26:0.337662:9:17:24:27:9:17:24:27 chr21 44480616 . G A 301.35 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0183997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.224;QD=24.6;RBI=0.0277201;REFB=-0.0370737;REVB=0.0207329;RO=19;SAF=12;SAR=15;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579177;STB=0.504584;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0246592;OID=.;OPOS=44480616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:19:22:27:27:0.55102:15:12:7:12:15:12:10:12 chr21 44487844 . G A 182.06 PASS AF=0.254717;AO=27;DP=106;FAO=27;FDP=106;FR=.;FRO=79;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.0183932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8836;QD=6.8702;RBI=0.0743336;REFB=-0.0236844;REVB=0.072022;RO=75;SAF=10;SAR=17;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00388146;STB=0.527306;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0606641;OID=.;OPOS=44487844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:75:79:27:27:0.254717:17:10:28:47:17:10:32:47 chr21 44589215 . C T 422.31 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00846494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.307;QD=20.855;RBI=0.0171609;REFB=-0.0228752;REVB=0.0149278;RO=38;SAF=19;SAR=23;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410959;STB=0.52919;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.024071;OID=.;OPOS=44589215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:39:42:42:0.518519:23:19:19:19:23:19:20:19 chr21 44748660 . G A 311.36 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0017307;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.019;QD=12.0917;RBI=0.0346413;REFB=-0.00119983;REVB=-0.034598;RO=65;SAF=21;SAR=17;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358449;STB=0.520487;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00616182;OID=.;OPOS=44748660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:65:65:38:38:0.368932:17:21:38:27:17:21:38:27 chr21 44749141 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1541;QD=46.847;RBI=0.0726237;REFB=0;REVB=-0.0184478;RO=0;SAF=14;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211734;OID=.;OPOS=44749141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:1:14:0:0:1:14:0:0 chr21 44835508 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00388525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4097;QD=55.6555;RBI=0.0738422;REFB=0;REVB=0.0737399;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100778;OID=.;OPOS=44835508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr21 44837551 . G A 361.75 PASS AF=0.848485;AO=28;DP=33;FAO=28;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0456266;FXX=0.0294031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.459;QD=43.849;RBI=0.0545037;REFB=-0.0581477;REVB=0.0298139;RO=3;SAF=24;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25023;STB=0.692146;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00064829;OID=.;OPOS=44837551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:33:33:3:5:28:28:0.848485:4:24:0:3:4:24:0:5 chr21 44837555 . G A,T 570.2 PASS AF=0.925,0.05;AO=37,2;DP=40;FAO=37,2;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=27,2;FSAR=10,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0629367,0.0663232;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=230.761,186.546;QD=57.0203;RBI=0.0820936,0.0841365;REFB=-0.160872,-0.162145;REVB=0.05271,0.0517704;RO=0;SAF=27,2;SAR=10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.67388e-08,0;STB=0.509086,0.5;STBP=0.59,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0023183,-0.0912287;OID=.,.;OPOS=44837555,44837555;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:40:0:1:37,2:37,2:0.925,0.05:10,0:27,2:0:0:10,0:27,2:1:0 chr21 44838332 . CGG CGC,CG 34.29 PASS AF=0.0869565,0.26087;AO=2,5;DP=24;FAO=2,6;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=0,1;FSAR=2,5;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0109681,-0.122667;FXX=0.0416493;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=233.936,15.3206;QD=5.96273;RBI=0.0532032,0.23213;REFB=-0.00436875,-0.0849759;REVB=-0.0520604,-0.197072;RO=14;SAF=0,0;SAR=2,5;SRF=12;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.731324,-0.807466;STB=0.997062,0.889351;STBP=0.034,0.059;TYPE=snp,del;VARB=0.0475695,-0.0420327;OID=.,.;OPOS=44838334,44838333;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0869565,0.26087:2,5:24:2,6:23:15:0,1:2,5:12:3:23:14:0,0:2,5:12:2 chr21 45092257 . T A 1496.54 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.96;QD=62.3558;RBI=0.0341292;REFB=-0.0690704;REVB=0.0268088;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000254068;OID=.;OPOS=45092257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:96:0:1:95:95:0.989583:44:51:0:0:44:51:0:1 chr21 45096206 . G A 747.62 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00988839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.598;QD=63.6268;RBI=0.0637105;REFB=0;REVB=0.0629384;RO=0;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108459;OID=.;OPOS=45096206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:15:31:0:0:16:31:0:0 chr21 45107518 . A G 1077.34 PASS AF=1;AO=72;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129672;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.126;QD=58.2347;RBI=0.0190759;REFB=0;REVB=0.0139908;RO=1;SAF=43;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108729;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144603;OID=.;OPOS=45107518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:75:74:1:0:72:74:1:29:43:1:0:29:45:0:0 chr21 45107562 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.137;QD=58.0603;RBI=0.0420298;REFB=0;REVB=0.0326345;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88173e-05;OID=.;OPOS=45107562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr21 45152500 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.652;QD=63.8719;RBI=0.0294755;REFB=0;REVB=-0.00229243;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21816e-05;OID=.;OPOS=45152500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr21 45163611 . C T 113.95 PASS AF=0.185185;AO=20;DP=108;FAO=20;FDP=108;FR=.;FRO=88;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.0120287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.678;QD=4.22018;RBI=0.0296919;REFB=-0.00256537;REVB=0.0271463;RO=86;SAF=14;SAR=6;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259676;STB=0.675957;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0120612;OID=.;OPOS=45163611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:86:88:20:20:0.185185:6:14:43:43:6:14:43:45 chr21 45168884 . G A 401.96 PASS AF=0.685185;AO=37;DP=54;FAO=37;FDP=54;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0100174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.342;QD=29.7747;RBI=0.0156622;REFB=-0.0303069;REVB=0.0120398;RO=17;SAF=18;SAR=19;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921035;STB=0.505007;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0135881;OID=.;OPOS=45168884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:17:17:37:37:0.685185:19:18:8:9:19:18:8:9 chr21 45181189 . C G 529.67 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=109;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0224205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.978;QD=19.4375;RBI=0.0228954;REFB=-0.00881915;REVB=0.00463895;RO=54;SAF=26;SAR=29;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741838;STB=0.540958;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.01025;OID=.;OPOS=45181189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:54:54:55:55:0.504587:29:26:30:24:29:26:30:24 chr21 45209559 . C T 367.74 PASS AF=0.357143;AO=45;DP=126;FAO=45;FDP=126;FR=.;FRO=81;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.018316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2796;QD=11.6744;RBI=0.0251707;REFB=-0.00144708;REVB=-0.0172653;RO=75;SAF=17;SAR=28;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11523;STB=0.591861;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00380213;OID=.;OPOS=45209559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:75:81:45:45:0.357143:28:17:36:39:28:17:42:39 chr21 45212626 . T C 384.82 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0356083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0509;QD=15.3927;RBI=0.0584287;REFB=-0.00947719;REVB=0.0463245;RO=59;SAF=11;SAR=30;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128826;STB=0.573211;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0140574;OID=.;OPOS=45212626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:59:41:41:0.41:30:11:22:37:30:11:22:37 chr21 45215051 . A G 461.92 PASS AF=0.409449;AO=52;DP=128;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.0187376;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.763;QD=14.5487;RBI=0.0293595;REFB=-0.0195488;REVB=-0.0226027;RO=73;SAF=21;SAR=31;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513538;STB=0.529985;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0207639;OID=.;OPOS=45215051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:73:75:52:52:0.409449:31:21:33:40:31:21:34:41 chr21 45217559 . T C 302.63 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0299454;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.702;QD=16.8127;RBI=0.0376618;REFB=-0.0153274;REVB=-0.0228403;RO=39;SAF=9;SAR=24;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178951;STB=0.601091;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0223914;OID=.;OPOS=45217559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:39:39:33:33:0.458333:24:9:17:22:24:9:17:22 chr21 45217929 . T C 262.05 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.00243616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.414;QD=12.4784;RBI=0.00285728;REFB=-0.00616447;REVB=-0.00149304;RO=52;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15682;STB=0.583471;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0110011;OID=.;OPOS=45217929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:53:31:31:0.369048:14:17:21:31:14:17:22:31 chr21 45219524 . T C 180.98 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.000634089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3034;QD=16.4531;RBI=0.00136276;REFB=-0.00817043;REVB=-0.00120625;RO=25;SAF=11;SAR=8;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237462;STB=0.634145;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00514907;OID=.;OPOS=45219524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:8:11:20:5:8:11:20:5 chr21 45220787 . A G 1061.93 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00229383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.979;QD=59.8271;RBI=0.00233625;REFB=0;REVB=-0.000443226;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.84857e-06;OID=.;OPOS=45220787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:30:40:0:0:31:40:0:0 chr21 45223475 . G A 199.52 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0297432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.257;QD=15.6488;RBI=0.0498977;REFB=-0.0219901;REVB=0.0400639;RO=25;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097583;STB=0.526291;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0217636;OID=.;OPOS=45223475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:29:22:22:0.431373:16:6:9:16:16:6:9:20 chr21 45402820 . G A 823.54 PASS AF=0.55;AO=77;DP=140;FAO=77;FDP=140;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.00465451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.255;QD=23.5298;RBI=0.00675235;REFB=-0.021875;REVB=-0.00489181;RO=62;SAF=37;SAR=40;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947304;STB=0.547933;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0192443;OID=.;OPOS=45402820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:62:63:77:77:0.55:40:37:37:25:40:37:37:26 chr21 45482950 . C T 519.62 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0163511;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.17;QD=18.0737;RBI=0.0166096;REFB=-0.010345;REVB=0.00291929;RO=60;SAF=29;SAR=26;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103721;STB=0.557496;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00962959;OID=.;OPOS=45482950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:60:60:55:55:0.478261:26:29:25:35:26:29:25:35 chr21 45503121 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.038;QD=51.9166;RBI=0.0397388;REFB=0;REVB=-0.0165065;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422355;OID=.;OPOS=45503121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr21 45506819 . T C 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.813;QD=62.7621;RBI=0.0140356;REFB=0;REVB=0.0121493;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07936e-05;OID=.;OPOS=45506819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:44:45:0:0:44:45:0:0 chr21 45522693 . G A 506.54 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0465696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.3727;QD=20.4661;RBI=0.0599597;REFB=-0.00377256;REVB=0.0377681;RO=43;SAF=29;SAR=20;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128184;STB=0.586912;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00315747;OID=.;OPOS=45522693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:43:50:49:49:0.494949:20:29:19:24:20:29:21:29 chr21 45523416 . C T 404.87 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00307149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.939;QD=32.3895;RBI=0.00821768;REFB=-0.029305;REVB=0.00762209;RO=17;SAF=17;SAR=16;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00888264;STB=0.504851;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0139323;OID=.;OPOS=45523416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:33:33:0.66:16:17:9:8:16:17:9:8 chr21 45544594 . T C 674.96 PASS AF=0.507576;AO=67;DP=132;FAO=67;FDP=132;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=0.00243981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.082;QD=20.4533;RBI=0.00585967;REFB=-0.00510491;REVB=0.00532757;RO=64;SAF=34;SAR=33;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906902;STB=0.553224;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00414752;OID=.;OPOS=45544594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:64:65:67:67:0.507576:33:34:39:25:33:34:40:25 chr21 45547913 . C A 505.73 PASS AF=0.350282;AO=61;DP=174;FAO=62;FDP=177;FR=.;FRO=115;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=30;FSRR=85;FWDB=0.0887042;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=169.634;QD=11.4288;RBI=0.0887587;REFB=-0.00339827;REVB=-0.00311079;RO=107;SAF=17;SAR=44;SRF=30;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00234177;STB=0.510979;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00582825;OID=.;OPOS=45547913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:177:107:115:61:62:0.350282:44:17:30:77:45:17:30:85 chr21 45564766 . C G 671.41 PASS AF=0.470199;AO=71;DP=152;FAO=71;FDP=151;FR=.;FRO=80;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=-0.00394271;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.793;QD=17.7857;RBI=0.0103764;REFB=-0.0065838;REVB=0.00959821;RO=79;SAF=41;SAR=30;SRF=48;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295266;STB=0.512276;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00599498;OID=.;OPOS=45564766;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:79:80:71:71:0.470199:30:41:48:31:30:41:48:32 chr21 45565473 . C T 154.36 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.00910321;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.443;QD=10.6453;RBI=0.013402;REFB=-0.00865042;REVB=-0.00983594;RO=38;SAF=3;SAR=17;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202188;STB=0.62065;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0152363;OID=.;OPOS=45565473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:17:3:10:28:17:3:10:28 chr21 45649494 . A G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5716;QD=59.0166;RBI=0.042887;REFB=0;REVB=-0.0082269;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000950131;OID=.;OPOS=45649494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr21 45649499 . G A 468.56 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321869;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.962;QD=58.5696;RBI=0.0363218;REFB=0;REVB=0.0168307;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36803e-05;OID=.;OPOS=45649499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr21 45649778 . A G 1737.82 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0240291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.171;QD=58.909;RBI=0.0265977;REFB=-0.109846;REVB=0.0114035;RO=2;SAF=80;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117243;STB=0.506172;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00208895;OID=.;OPOS=45649778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:2:2:116:116:0.983051:36:80:2:0:36:80:2:0 chr21 45649848 . T C 1683.66 PASS AF=0.982609;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=94;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00119238;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.668;QD=58.5622;RBI=0.0016997;REFB=-0.117421;REVB=-0.00121129;RO=2;SAF=94;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999577;STB=0.505262;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=7.48224e-05;OID=.;OPOS=45649848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:2:2:113:113:0.982609:19:94:2:0:19:94:2:0 chr21 45708277 . C T 398.1 PASS AF=0.655172;AO=37;DP=61;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.00457978;FXX=0.0491723;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.085;QD=27.4554;RBI=0.00478776;REFB=-0.0247975;REVB=0.00139581;RO=17;SAF=21;SAR=16;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154935;STB=0.5988;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0209764;OID=.;OPOS=45708277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:58:17:20:37:38:0.655172:16:21:14:3:16:22:17:3 chr21 45710700 . T C 137.78 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=0.0256541;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4178;QD=8.74764;RBI=0.0316732;REFB=0.00487649;REVB=-0.0185757;RO=44;SAF=11;SAR=8;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186715;STB=0.609823;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0109477;OID=.;OPOS=45710700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:44:44:19:19:0.301587:8:11:32:12:8:11:32:12 chr21 45712977 . T C 417.43 PASS AF=0.438776;AO=42;DP=99;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00701737;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.795;QD=17.0378;RBI=0.0112874;REFB=-0.0151071;REVB=-0.00884096;RO=57;SAF=23;SAR=19;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934342;STB=0.56815;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0204777;OID=.;OPOS=45712977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:57:55:42:43:0.438776:19:23:26:31:19:24:24:31 chr21 45717550 . T C 1081.94 PASS AF=0.527094;AO=107;DP=203;FAO=107;FDP=203;FR=.;FRO=96;FSAF=66;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=0.00216254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.349;QD=21.3191;RBI=0.00774791;REFB=-0.0242567;REVB=0.00744;RO=93;SAF=66;SAR=41;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161041;STB=0.590862;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0164037;OID=.;OPOS=45717550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:93:96:107:107:0.527094:41:66:40:53:41:66:41:55 chr21 45725715 . A G 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0129944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.799;QD=17.454;RBI=0.013201;REFB=0.000690397;REVB=0.00232628;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00117844;STB=0.500662;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.000976537;OID=.;OPOS=45725715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:13:14:15:14:13:14:15:14 chr21 45732116 . C T 506.26 PASS AF=0.594937;AO=47;DP=79;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=9.82704e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.52;QD=25.6336;RBI=0.00280917;REFB=-0.00154343;REVB=0.00280915;RO=32;SAF=26;SAR=21;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176897;STB=0.596544;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00120517;OID=.;OPOS=45732116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:32:47:47:0.594937:21:26:10:22:21:26:10:22 chr21 45750346 . C A 1375.54 PASS AF=0.95098;AO=96;DP=101;FAO=97;FDP=102;FR=.;FRO=5;FSAF=66;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0142605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.306;QD=53.9428;RBI=0.0200135;REFB=-0.0662185;REVB=0.014042;RO=3;SAF=66;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234371;STB=0.515622;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0041027;OID=.;OPOS=45750346;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:101:102:3:5:96:97:0.95098:30:66:1:2:31:66:2:3 chr21 45838421 . C T 306.64 PASS AF=0.613636;AO=25;DP=42;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0413253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4679;QD=27.8762;RBI=0.0708725;REFB=-0.0219906;REVB=0.0575772;RO=17;SAF=17;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205936;STB=0.603096;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0110936;OID=.;OPOS=45838421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:17:17:25:27:0.613636:8:17:7:10:9:18:7:10 chr21 45844751 . A G 3140.11 PASS AF=0.99;AO=196;DP=199;FAO=198;FDP=200;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=120;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0357289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.831;QD=62.8021;RBI=0.0383032;REFB=-0.0438622;REVB=-0.0138052;RO=1;SAF=78;SAR=118;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00401921;STB=0.50111;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.000372632;OID=.;OPOS=45844751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:199:200:1:2:196:198:0.99:118:78:0:1:120:78:1:1 chr21 45878637 . A G 480.32 PASS AF=1;AO=29;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.311;QD=58.2201;RBI=0.0624727;REFB=0;REVB=0.0308309;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251415;OID=.;OPOS=45878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:29:33:1:19:10:0:0:23:10:0:0 chr21 45970812 . G A 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0124706;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.203;QD=24.3281;RBI=0.0543091;REFB=-0.0304176;REVB=0.0528579;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145918;STB=0.583115;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00433396;OID=.;OPOS=45970812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:2:5:2:0:2:5:2:0 chr21 45970993 . C G 48.32 PASS AF=0.4375;AO=4;DP=17;FAO=7;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0664214;FXX=0.0587889;HRUN=4;LEN=1;MLLD=28.9919;QD=12.0792;RBI=0.0791007;REFB=-0.0552392;REVB=0.0429548;RO=9;SAF=1;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225088;STB=0.730929;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0719715;OID=.;OPOS=45970993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:17:16:9:9:4:7:0.4375:3:1:4:5:6:1:4:5 chr21 45999653 . C G 80.03 PASS AF=0.5;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0114943;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.492;QD=16.0064;RBI=0.0204018;REFB=-0.0304922;REVB=0.0168556;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865477;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0282764;OID=.;OPOS=45999653;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:20:12:10:9:10:0.5:6:3:5:7:6:4:4:6 chr21 45999753 . C G 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0263135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.296;QD=10.1735;RBI=0.0343973;REFB=-0.0146191;REVB=-0.0221535;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33738;STB=0.713469;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0247222;OID=.;OPOS=45999753;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:5:1:4:5:5:1:4:5 chr21 45999908 . A C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0340052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.669;QD=10.6346;RBI=0.037729;REFB=-0.0176641;REVB=-0.016344;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.638284;STB=0.88413;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0129169;OID=.;OPOS=45999908;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:7:1:10:3:7:1:10:3 chr21 46011745 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.242;QD=12.0155;RBI=0.0327112;REFB=-0.0536067;REVB=0.00371101;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32405;STB=0.69176;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0796284;OID=.;OPOS=46011745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:6:1:3:3:6:1 chr21 46011751 . C T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.000126417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.537;QD=13.2051;RBI=0.0152733;REFB=-0.0276254;REVB=0.0152728;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280783;STB=0.666171;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0130959;OID=.;OPOS=46011751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:5:1:3:3:5:1 chr21 46012285 . A G 326.06 PASS AF=0.75;AO=27;DP=36;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0657411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5253;QD=36.2291;RBI=0.0699702;REFB=-0.0494033;REVB=-0.0239569;RO=8;SAF=16;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141435;STB=0.509547;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0235485;OID=.;OPOS=46012285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:8:9:27:27:0.75:11:16:5:3:11:16:5:4 chr21 46020527 . C T 198.35 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.0203947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.257;QD=13.2236;RBI=0.0496789;REFB=-0.0417285;REVB=-0.0452996;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210906;STB=0.606427;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0753484;OID=.;OPOS=46020527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:36:24:24:0.4:10:14:27:8:10:14:27:9 chr21 46021370 . T C 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00654987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.82;QD=14.6525;RBI=0.0284445;REFB=-0.00920229;REVB=-0.0276801;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392076;STB=0.739831;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00356495;OID=.;OPOS=46021370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:3:2:5:1:3:2 chr21 46021607 . A G 182.19 PASS AF=0.575758;AO=18;DP=31;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0162667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9052;QD=22.0833;RBI=0.0414866;REFB=-0.0513549;REVB=0.0381645;RO=13;SAF=12;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103373;STB=0.526998;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0527577;OID=.;OPOS=46021607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:13:14:18:19:0.575758:6:12:7:6:7:12:8:6 chr21 46021722 . G A 371.94 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.00685627;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.159;QD=17.2995;RBI=0.0379881;REFB=-0.018896;REVB=0.0373642;RO=46;SAF=27;SAR=12;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679499;STB=0.533725;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0261677;OID=.;OPOS=46021722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:47:39:39:0.453488:12:27:29:17:12:27:30:17 chr21 46021759 . A G 470.43 PASS AF=0.528736;AO=44;DP=85;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.00468906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.783;QD=21.6291;RBI=0.00511957;REFB=-0.0306267;REVB=-0.00205491;RO=36;SAF=27;SAR=17;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046298;STB=0.539666;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0283724;OID=.;OPOS=46021759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:36:41:44:46:0.528736:17:27:24:12:17:29:29:12 chr21 46021934 . C T 221.96 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00849721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.217;QD=14.5548;RBI=0.00901013;REFB=-0.00309322;REVB=-0.00299663;RO=33;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529505;STB=0.546564;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00474778;OID=.;OPOS=46021934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:35:26:26:0.42623:14:12:17:16:14:12:19:16 chr21 46021946 . C G 212.37 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0344487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1289;QD=14.3981;RBI=0.0464803;REFB=-0.00478775;REVB=-0.0312042;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796197;STB=0.545295;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00844269;OID=.;OPOS=46021946;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:13:12:19:15:13:12:19:15 chr21 46021954 . CTG C 193.18 PASS AF=0.410714;AO=20;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.000808476;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=2;MLLD=261.772;QD=13.7985;RBI=0.000848727;REFB=-0.0049642;REVB=0.000258272;RO=31;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509175;STB=0.539501;STBP=0.639;TYPE=del;VARB=0.00711665;OID=.;OPOS=46021955;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410714:20:56:23:56:33:11:12:18:15:99:31:10:10:17:14 chr21 46032094 . A G 178.72 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00267017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.884;QD=22.3401;RBI=0.0182224;REFB=-0.0197924;REVB=0.0180257;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695042;STB=0.538964;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0138027;OID=.;OPOS=46032094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:8:10:9:5:8:10:9:5 chr21 46047633 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9886;QD=55.0976;RBI=0.0321586;REFB=0;REVB=-0.0164335;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000712712;OID=.;OPOS=46047633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr21 46047710 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0020493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.735;QD=56.1916;RBI=0.0281273;REFB=0;REVB=0.0280525;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53675e-05;OID=.;OPOS=46047710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr21 46047856 . C CT 171.47 PASS AF=1;AO=6;DP=18;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408089;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=178.893;QD=42.8663;RBI=0.0564339;REFB=0;REVB=-0.0562862;RO=12;SAF=6;SAR=0;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.682639;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0015522;OID=.;OPOS=46047857;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:18:16:16:0:14:2:0:0:4:12:6:0:10:2 chr21 46047857 . C T 70.65 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0372852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.33;QD=17.6619;RBI=0.0375441;REFB=-0.153946;REVB=0.00440206;RO=6;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267143;STB=0.666386;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0124881;OID=.;OPOS=46047857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:6:7:9:9:0.5625:2:7:6:0:2:7:7:0 chr21 46047924 . C CT 132.4 PASS AF=1;AO=2;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132476;FXX=0.0713776;HRUN=0;LEN=1;MLLD=101.628;QD=40.7376;RBI=0.146309;REFB=0;REVB=0.0621018;RO=11;SAF=1;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246437;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00380321;OID=.;OPOS=46047925;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:14:13:13:0:9:4:0:0:4:11:1:1:8:3 chr21 46047925 . G C,T 134.66 PASS AF=0.142857,0.785714;AO=2,11;DP=14;FAO=2,11;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=2,8;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0600071,0.0510005;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=15.8189,143.251;QD=38.4747;RBI=0.0806945,0.0877879;REFB=0.148991,-0.0236329;REVB=0.0539513,0.0714539;RO=1;SAF=2,8;SAR=0,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.697199,0.127515;STB=0.993266,0.571292;STBP=0.227,0.289;TYPE=snp,snp;VARB=0.0452354,0.00215567;OID=.,.;OPOS=46047925,46047925;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:14:14:1:1:2,11:2,11:0.142857,0.785714:0,3:2,8:0:1:0,3:2,8:0:1 chr21 46047971 . T C 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0256698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.338;QD=28.5377;RBI=0.0845443;REFB=-0.00535473;REVB=0.0805531;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674964;STB=0.538356;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00150746;OID=.;OPOS=46047971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:1:6:1:0:1:6:1:0 chr21 46048265 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696406;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.304;QD=47.8224;RBI=0.0648834;REFB=0;REVB=0.0645086;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318252;OID=.;OPOS=46048265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr21 46057391 . A G 81.74 PASS AF=0.354839;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0547554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.505;QD=10.5471;RBI=0.0564804;REFB=-0.0172536;REVB=0.0138521;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177664;STB=0.558174;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0479426;OID=.;OPOS=46057391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:30:31:20:20:10:11:0.354839:3:7:11:9:4:7:11:9 chr21 46057393 . T A 73.37 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0397425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5409;QD=9.46746;RBI=0.0411026;REFB=-0.00703524;REVB=-0.010486;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207796;STB=0.627321;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0169085;OID=.;OPOS=46057393;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:3:7:11:10:3:7:11:10 chr21 46057417 . AG CC 72.5 PASS AF=0.37037;AO=8;DP=25;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0164644;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=174.893;QD=10.741;RBI=0.0467152;REFB=-0.055939;REVB=0.0437177;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228754;STB=0.578349;STBP=0.573;TYPE=mnp;VARB=0.0734158;OID=.;OPOS=46057417;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:25:27:16:17:8:10:0.37037:2:6:9:7:3:7:10:7 chr21 46057422 . T A 73.92 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0270711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.958;QD=10.9512;RBI=0.0629295;REFB=-0.0204443;REVB=-0.0568091;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129954;STB=0.578349;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0603358;OID=.;OPOS=46057422;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:27:27:17:17:10:10:0.37037:3:7:10:7:3:7:10:7 chr21 46057548 . A C 148.09 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00909694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1012;QD=17.9507;RBI=0.0198081;REFB=-0.0192176;REVB=-0.0175956;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142319;STB=0.605934;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0213092;OID=.;OPOS=46057548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:17:16:16:0.484848:8:8:5:10:8:8:5:12 chr21 46057590 . A T 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0101504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.817;QD=15.6509;RBI=0.0530264;REFB=-0.0212858;REVB=-0.0520458;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313232;STB=0.678484;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0116669;OID=.;OPOS=46057590;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:7:9:5:16:7:9:5:16 chr21 46057958 . C T 68.05 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.103153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.136;QD=14.3269;RBI=0.118481;REFB=-0.0166714;REVB=0.0582857;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040409;STB=0.523757;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0291186;OID=.;OPOS=46057958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:4:6:5:4:4:6 chr21 46067180 . C T 108.77 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0114511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.97;QD=24.1704;RBI=0.0256568;REFB=0.0113768;REVB=0.0229596;RO=6;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245493;STB=0.63617;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00303882;OID=.;OPOS=46067180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:4:8:6:0:4:8:6:0 chr21 46077946 . A G 271.72 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.030094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.454;QD=23.6282;RBI=0.0340005;REFB=-0.023486;REVB=-0.0158236;RO=20;SAF=20;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334248;STB=0.68069;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0160496;OID=.;OPOS=46077946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:5:20:9:11:5:20:10:11 chr21 46086377 . A G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0042114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.55;QD=10.6346;RBI=0.018312;REFB=-0.00346344;REVB=0.0178212;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364734;STB=0.713848;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00686303;OID=.;OPOS=46086377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:2:11:4:4:2:11 chr21 46086718 . GA CG 113.43 PASS AF=0.619048;AO=12;DP=22;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0453017;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=2;MLLD=138.196;QD=21.606;RBI=0.0565737;REFB=-0.0632482;REVB=-0.0338871;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00793731;STB=0.514683;STBP=0.951;TYPE=mnp;VARB=0.041754;OID=.;OPOS=46086718;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:22:21:7:8:12:13:0.619048:7:5:3:4:7:6:4:4 chr21 46086757 . GC AT 70.76 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0365683;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.025;QD=17.6912;RBI=0.0831253;REFB=-0.061366;REVB=0.0746497;RO=7;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368153;STB=0.523757;STBP=0.884;TYPE=mnp;VARB=0.0409524;OID=.;OPOS=46086757;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:8:9:0.5625:2:6:5:2:3:6:5:2 chr21 46233836 . C A 186.16 PASS AF=0.377049;AO=20;DP=59;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0318419;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.952;QD=12.2071;RBI=0.0426266;REFB=-0.0217015;REVB=0.0283393;RO=38;SAF=13;SAR=7;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143775;STB=0.524474;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0198265;OID=.;OPOS=46233836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:38:38:20:23:0.377049:7:13:20:18:10:13:20:18 chr21 46271452 . C T 461.36 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00932925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.73;QD=18.831;RBI=0.0216032;REFB=-0.0135171;REVB=-0.0194849;RO=52;SAF=9;SAR=37;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256538;STB=0.644529;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0150273;OID=.;OPOS=46271452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:37:9:21:31:37:9:21:31 chr21 46313426 . C T 337.77 PASS AF=0.271186;AO=48;DP=178;FAO=48;FDP=177;FR=.;FRO=129;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=61;FSRR=68;FWDB=0.00916743;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.139;QD=7.63315;RBI=0.0169631;REFB=-0.00826067;REVB=-0.0142725;RO=127;SAF=20;SAR=28;SRF=59;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059685;STB=0.54153;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0172061;OID=.;OPOS=46313426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:127:129:48:48:0.271186:28:20:59:68:28:20:61:68 chr21 46314907 . T A 955.17 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.877;QD=58.7798;RBI=0.0359453;REFB=0;REVB=0.0138718;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115952;OID=.;OPOS=46314907;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:31:33:0:0:32:33:0:0 chr21 46320313 . C T 476.15 PASS AF=0.510638;AO=45;DP=90;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0187926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2633;QD=20.2616;RBI=0.0741531;REFB=-0.0166167;REVB=0.0717323;RO=45;SAF=12;SAR=33;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263707;STB=0.646194;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.024899;OID=.;OPOS=46320313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:94:45:46:45:48:0.510638:33:12:24:21:35:13:25:21 chr21 46323364 . T C 396.06 PASS AF=0.320988;AO=52;DP=162;FAO=52;FDP=162;FR=.;FRO=110;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=70;FSRR=40;FWDB=0.0234281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2056;QD=9.77929;RBI=0.0237654;REFB=-0.00717762;REVB=0.00398978;RO=110;SAF=26;SAR=26;SRF=70;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160761;STB=0.592558;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0148238;OID=.;OPOS=46323364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:110:110:52:52:0.320988:26:26:70:40:26:26:70:40 chr21 46326996 . C T 162.79 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00771822;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=138.9;QD=10.8524;RBI=0.00816986;REFB=-0.00183194;REVB=0.00267875;RO=37;SAF=3;SAR=18;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385378;STB=0.719754;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00255289;OID=.;OPOS=46326996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:39:21:21:0.35:18:3:15:22:18:3:15:24 chr21 46328026 . G A 1361.03 PASS AF=0.533058;AO=129;DP=241;FAO=129;FDP=242;FR=.;FRO=113;FSAF=46;FSAR=83;FSRF=47;FSRR=66;FWDB=-0.0198593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.912;QD=22.4963;RBI=0.0238714;REFB=-0.00448808;REVB=0.0132458;RO=111;SAF=46;SAR=83;SRF=47;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605035;STB=0.529674;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00441792;OID=.;OPOS=46328026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:242:111:113:129:129:0.533058:83:46:47:64:83:46:47:66 chr21 46328099 . T C 2003.25 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.731;QD=62.1162;RBI=0.0240862;REFB=0;REVB=0.00664671;RO=0;SAF=40;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02135e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72966e-05;OID=.;OPOS=46328099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:129:0:0:127:129:1:87:40:0:0:88:41:0:0 chr21 46330628 . C T 403.21 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0111931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.177;QD=24.8131;RBI=0.0111963;REFB=-0.0154027;REVB=0.000267665;RO=26;SAF=16;SAR=23;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177299;STB=0.597118;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00713284;OID=.;OPOS=46330628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:26:26:39:39:0.6:23:16:17:9:23:16:17:9 chr21 46353637 . T C 922.81 PASS AF=0.39924;AO=105;DP=266;FAO=105;FDP=263;FR=.;FRO=158;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=88;FSRR=70;FWDB=-0.00946242;FXX=0.0149807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.132;QD=14.0352;RBI=0.0218673;REFB=0.000385443;REVB=0.019714;RO=154;SAF=62;SAR=43;SRF=84;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488972;STB=0.520656;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.000647292;OID=.;OPOS=46353637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:263:154:158:105:105:0.39924:43:62:84:70:43:62:88:70 chr21 46353678 . G A 673.52 PASS AF=0.379147;AO=80;DP=211;FAO=80;FDP=211;FR=.;FRO=131;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=71;FSRR=60;FWDB=0.0457369;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8628;QD=12.7681;RBI=0.0533798;REFB=-0.0170085;REVB=0.0275235;RO=130;SAF=41;SAR=39;SRF=71;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369609;STB=0.518329;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.020047;OID=.;OPOS=46353678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:130:131:80:80:0.379147:39:41:71:59:39:41:71:60 chr21 46353949 . C G 216.7 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00222485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.358;QD=13.3355;RBI=0.00848936;REFB=-0.0257186;REVB=0.00819264;RO=39;SAF=15;SAR=11;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679611;STB=0.538892;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0366012;OID=.;OPOS=46353949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:11:15:20:19:11:15:20:19 chr21 46353985 . A G 190.4 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0286184;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.72;QD=11.717;RBI=0.0286245;REFB=-0.0116292;REVB=-0.000589848;RO=41;SAF=15;SAR=9;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126174;STB=0.573061;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0209939;OID=.;OPOS=46353985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:41:41:24:24:0.369231:9:15:21:20:9:15:21:20 chr21 46354055 . A G 385.09 PASS AF=0.441176;AO=43;DP=100;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00284119;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.712;QD=15.1015;RBI=0.107349;REFB=-0.0114234;REVB=-0.107311;RO=49;SAF=31;SAR=12;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141639;STB=0.598072;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00681847;OID=.;OPOS=46354055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:49:57:43:45:0.441176:12:31:29:20:14:31:30:27 chr21 46355710 . A G 619.37 PASS AF=0.411765;AO=69;DP=170;FAO=70;FDP=170;FR=.;FRO=100;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=-0.00219109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.253;QD=14.5733;RBI=0.007052;REFB=-0.0134972;REVB=-0.00670297;RO=100;SAF=33;SAR=36;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649828;STB=0.540271;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0160408;OID=.;OPOS=46355710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:100:100:69:70:0.411765:36:33:54:46:37:33:54:46 chr21 46572572 . A G 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.764;QD=61.3746;RBI=0.0426038;REFB=0;REVB=-0.0104726;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78034e-05;OID=.;OPOS=46572572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:44:36:0:0:44:36:0:0 chr21 46641968 . G A 528.75 PASS AF=0.354497;AO=56;DP=174;FAO=67;FDP=189;FR=.;FRO=122;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=71;FSRR=51;FWDB=0.0303938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.386;QD=11.1904;RBI=0.0304664;REFB=-0.0332426;REVB=0.00210225;RO=116;SAF=32;SAR=24;SRF=67;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.007356;STB=0.541004;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0608246;OID=.;OPOS=46641968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:189:116:122:56:67:0.354497:24:32:67:49:24:43:71:51 chr21 46705345 . G A 688.94 PASS AF=0.92;AO=46;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0132659;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=287.339;QD=55.1151;RBI=0.0134943;REFB=-0.0506961;REVB=0.00247222;RO=1;SAF=20;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229252;STB=0.545435;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00116739;OID=.;OPOS=46705345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:50:50:1:4:46:46:0.92:26:20:1:0:26:20:4:0 chr21 46705621 . G A 494.7 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00639855;FXX=0.0198;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.842;QD=19.9879;RBI=0.00645493;REFB=-0.0182664;REVB=-0.000851241;RO=47;SAF=28;SAR=22;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172729;STB=0.594514;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.014533;OID=.;OPOS=46705621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:47:49:50:50:0.505051:22:28:17:30:22:28:18:31 chr21 46875564 . T C 1674.86 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.868;QD=60.3552;RBI=0.109659;REFB=0;REVB=-0.0017945;RO=0;SAF=45;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53129e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121384;OID=.;OPOS=46875564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:66:45:0:0:66:45:0:0 chr21 46876366 . G A 113.81 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00484342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.706;QD=9.89671;RBI=0.0306278;REFB=-0.0217378;REVB=0.0302425;RO=32;SAF=9;SAR=5;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133245;STB=0.580528;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0591451;OID=.;OPOS=46876366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:5:9:17:15:5:9:17:15 chr21 46888626 . C T 38.47 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=19;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0293227;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4462;QD=8.549;RBI=0.0350731;REFB=-0.0080488;REVB=-0.0192432;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090156;STB=0.559795;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0165969;OID=.;OPOS=46888626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:19:18:11:12:7:6:0.333333:5:2:4:7:4:2:5:7 chr21 46898243 . C G 3142.15 PASS AF=1;AO=187;DP=188;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185711;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.922;QD=61.3103;RBI=0.0472994;REFB=-0.0531344;REVB=0.0435011;RO=1;SAF=95;SAR=92;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498592;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70846e-05;OID=.;OPOS=46898243;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:188:205:1:0:187:205:1:92:95:1:0:101:104:0:0 chr21 46910233 . T C 442.13 PASS AF=0.248201;AO=66;DP=276;FAO=69;FDP=278;FR=.;FRO=209;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=128;FSRR=81;FWDB=-0.0194635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.58;QD=6.36164;RBI=0.0264439;REFB=-0.00474355;REVB=-0.0179012;RO=205;SAF=40;SAR=26;SRF=126;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113657;STB=0.502958;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0230017;OID=.;OPOS=46910233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:278:205:209:66:69:0.248201:26:40:126:79:27:42:128:81 chr21 46911188 . C G 1990.85 PASS AF=0.933775;AO=140;DP=151;FAO=141;FDP=151;FR=.;FRO=10;FSAF=60;FSAR=81;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0194756;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=285.649;QD=52.7377;RBI=0.0214091;REFB=-0.195197;REVB=0.00889093;RO=11;SAF=59;SAR=81;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808106;STB=0.538456;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000587548;OID=.;OPOS=46911188;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:151:151:11:10:140:141:0.933775:81:59:11:0:81:60:10:0 chr21 46950863 . C T 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.0577573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.667;QD=16.4265;RBI=0.0583415;REFB=-0.0121351;REVB=-0.00823566;RO=11;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341546;STB=0.689415;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0184146;OID=.;OPOS=46950863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:9:2:0:11:9:2:0:11 chr21 46951556 . A G 303.94 PASS AF=0.52459;AO=31;DP=60;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0337172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.684;QD=19.9302;RBI=0.0337174;REFB=-0.0481202;REVB=-0.000118254;RO=27;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956892;STB=0.540958;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0278841;OID=.;OPOS=46951556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:27:29:31:32:0.52459:15:16:17:10:16:16:17:12 chr21 46957794 . T C 594.74 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=135;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.0267472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.275;QD=17.6219;RBI=0.02804;REFB=-0.0191382;REVB=0.00841578;RO=71;SAF=39;SAR=23;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147846;STB=0.590158;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0318737;OID=.;OPOS=46957794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:71:73:62:62:0.459259:23:39:34:37:23:39:34:39 chr21 47329352 . T C 1466.3 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.318;QD=62.3958;RBI=0.0346576;REFB=0;REVB=0.0144696;RO=1;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117006;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282578;OID=.;OPOS=47329352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:94:1:0:89:94:1:40:49:0:1:45:49:0:0 chr21 47404266 . C T 272.5 PASS AF=0.217822;AO=44;DP=202;FAO=44;FDP=202;FR=.;FRO=158;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=84;FSRR=74;FWDB=-0.000808367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.855;QD=5.3961;RBI=0.0814703;REFB=-0.00812645;REVB=0.0814663;RO=158;SAF=28;SAR=16;SRF=84;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137097;STB=0.584377;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0234685;OID=.;OPOS=47404266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:158:158:44:44:0.217822:16:28:84:74:16:28:84:74 chr21 47409503 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00856508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.136;QD=57.6802;RBI=0.0100703;REFB=0;REVB=-0.00529626;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.08316e-05;OID=.;OPOS=47409503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr21 47410931 . T C 411.55 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.000237662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.199;QD=18.4967;RBI=0.00430048;REFB=-0.00779942;REVB=0.0042939;RO=47;SAF=22;SAR=20;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482194;STB=0.526869;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00477168;OID=.;OPOS=47410931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:42:42:0.47191:20:22:27:20:20:22:27:20 chr21 47417415 . C A 388.21 PASS AF=0.857143;AO=30;DP=35;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0903351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.4618;QD=44.3666;RBI=0.0912343;REFB=-0.0892027;REVB=0.0127778;RO=5;SAF=4;SAR=26;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218328;STB=0.618957;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0207182;OID=.;OPOS=47417415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:35:35:5:5:30:30:0.857143:26:4:3:2:26:4:3:2 chr21 47420723 . G C 622.0 PASS AF=0.565657;AO=56;DP=99;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=0.00821263;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.933;QD=25.1311;RBI=0.0142228;REFB=-0.0162241;REVB=-0.0116121;RO=40;SAF=25;SAR=31;SRF=32;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265624;STB=0.627219;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00866958;OID=.;OPOS=47420723;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:40:43:56:56:0.565657:31:25:32:8:31:25:32:11 chr21 47420726 . C G 1377.86 PASS AF=1;AO=73;DP=93;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0884137;FXX=0.0631512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1474;QD=61.9263;RBI=0.110506;REFB=0;REVB=0.0662921;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000782115;OID=.;OPOS=47420726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:93:89:0:0:73:89:1:28:45:0:0:39:50:0:0 chr21 47423016 . G A 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0379673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.604;QD=8.06716;RBI=0.0477405;REFB=-0.00644818;REVB=0.0289421;RO=33;SAF=8;SAR=4;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0219554;OID=.;OPOS=47423016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:4:8:22:11:4:8:22:11 chr21 47423040 . A G 199.44 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.0207537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3641;QD=15.6424;RBI=0.0400683;REFB=-0.00244662;REVB=-0.0342747;RO=29;SAF=12;SAR=10;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297034;STB=0.666536;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00160523;OID=.;OPOS=47423040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:10:12:24:5:10:12:24:5 chr21 47423507 . G A 204.04 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0319654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.859;QD=22.6713;RBI=0.0320193;REFB=-0.0339308;REVB=0.0018567;RO=15;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388861;STB=0.533865;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0258051;OID=.;OPOS=47423507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:16:20:20:0.555556:9:11:9:6:9:11:10:6 chr21 47423636 . C T 415.53 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0145644;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.637;QD=19.1046;RBI=0.0321612;REFB=-0.00371198;REVB=0.0286744;RO=45;SAF=20;SAR=22;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114712;STB=0.563765;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0048632;OID=.;OPOS=47423636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:45:45:42:42:0.482759:22:20:27:18:22:20:27:18 chr21 47532440 . C T 238.19 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.00960447;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.668;QD=19.8492;RBI=0.0238923;REFB=-0.0244071;REVB=0.0218768;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175897;STB=0.605975;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0164377;OID=.;OPOS=47532440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:24:25:23:23:0.479167:10:13:18:6:10:13:19:6 chr21 47536546 . C T 534.21 PASS AF=0.486957;AO=55;DP=116;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.000968638;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6646;QD=18.5812;RBI=0.0340171;REFB=-0.0227464;REVB=-0.0340034;RO=57;SAF=26;SAR=29;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974059;STB=0.54817;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0336832;OID=.;OPOS=47536546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:57:59:55:56:0.486957:29:26:33:24:29:27:34:25 chr21 47538960 . G A 186.2 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0739762;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.486;QD=46.551;RBI=0.101036;REFB=0;REVB=0.0688166;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305151;OID=.;OPOS=47538960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:16:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:7:9:0:0 chr21 47542861 . A G 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8142;QD=59.4295;RBI=0.0296404;REFB=0;REVB=-0.0200005;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000559057;OID=.;OPOS=47542861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr21 47544838 . G A 338.43 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0234593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4156;QD=26.5437;RBI=0.0234619;REFB=0.0147028;REVB=0.0003442;RO=19;SAF=9;SAR=23;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149313;STB=0.582225;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0114757;OID=.;OPOS=47544838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:23:9:9:10:23:9:9:10 chr21 47545155 . A G 811.81 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000769289;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2427;QD=56.9689;RBI=0.0720528;REFB=0;REVB=-0.0720487;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268633;OID=.;OPOS=47545155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:0:0:56:57:1:22:34:0:0:22:35:0:0 chr21 47545346 . C T 111.8 PASS AF=0.44;AO=9;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.00656417;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.273;QD=17.8879;RBI=0.00657368;REFB=-0.00523389;REVB=0.000353476;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29032;STB=0.659953;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00950647;OID=.;OPOS=47545346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:25:25:11:11:9:11:0.44:3:6:10:1:4:7:10:1 chr21 47545768 . G A 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00678049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2032;QD=12.0239;RBI=0.0721679;REFB=-0.00712449;REVB=-0.0718486;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735466;STB=0.543407;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00341557;OID=.;OPOS=47545768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:5:7:13:7:5:7:13:7 chr21 47545823 . G A 173.68 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00775748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.5136;QD=12.8654;RBI=0.0475955;REFB=-0.00135812;REVB=0.046959;RO=33;SAF=10;SAR=11;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137033;STB=0.578874;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0030951;OID=.;OPOS=47545823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:11:10:20:13:11:10:20:13 chr21 47545826 . C T 203.07 PASS AF=0.428571;AO=23;DP=55;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.000264606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.44;QD=14.5049;RBI=0.00925111;REFB=-0.00823097;REVB=0.00924733;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737873;STB=0.530096;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0296453;OID=.;OPOS=47545826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:32:23:24:0.428571:11:12:19:13:11:13:19:13 chr21 47545913 . G A 541.75 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=86;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00980124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.524;QD=24.9078;RBI=0.0111296;REFB=-0.0230117;REVB=-0.00527299;RO=36;SAF=19;SAR=31;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948641;STB=0.558535;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0166425;OID=.;OPOS=47545913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:36:37:50:50:0.574713:31:19:18:18:31:19:19:18 chr21 47551909 . G A 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00432248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.546;QD=23.0883;RBI=0.0213754;REFB=-0.00896229;REVB=0.0209337;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292275;STB=0.51634;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00625603;OID=.;OPOS=47551909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:9:13:10:8:9:13:10:8 chr21 47552386 . G A 496.45 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0269072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.638;QD=20.9033;RBI=0.0419306;REFB=-0.0154735;REVB=0.0321587;RO=45;SAF=23;SAR=25;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305134;STB=0.526629;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0136911;OID=.;OPOS=47552386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:47:48:48:0.505263:25:23:20:25:25:23:20:27 chr21 47556792 . AC A,AT 280.49 PASS AF=0.277778,0.527778;AO=8,18;DP=36;FAO=10,19;FDP=36;FR=.;FRO=7;FSAF=10,17;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0415562,0.000729364;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=16.6909,156.921;QD=31.1651;RBI=0.0454452,0.0163409;REFB=-0.0888171,-0.0278194;REVB=-0.0183942,0.0163246;RO=7;SAF=8,16;SAR=0,2;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0.8,0;SSSB=0.840898,0.565751;STB=0.998822,0.817781;STBP=0,0;TYPE=del,snp;VARB=-0.121799,0.0286851;OID=.,.;OPOS=47556793,47556793;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.277778,0.527778:8,18:36:10,19:36:7:10,17:0,2:0:7:57:7:8,16:0,2:0:7 chr21 47557222 . G A 200.36 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0110169;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.821;QD=19.0823;RBI=0.0168027;REFB=-0.0198809;REVB=-0.0126869;RO=21;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244909;STB=0.64985;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0407713;OID=.;OPOS=47557222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:21:22:20:20:0.47619:13:7:13:8:13:7:14:8 chr21 47575372 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4514;QD=44.6893;RBI=0.160612;REFB=0;REVB=0.0415104;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00868136;OID=.;OPOS=47575372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr21 47608580 . G A 512.37 PASS AF=0.515789;AO=48;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.00628382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.94;QD=21.5736;RBI=0.00817248;REFB=-0.0250462;REVB=0.00522523;RO=43;SAF=29;SAR=19;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856157;STB=0.52054;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.021755;OID=.;OPOS=47608580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:46:48:49:0.515789:19:29:30:13:19:30:30:16 chr21 47609677 . A G 208.65 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0155267;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0842;QD=13.461;RBI=0.0513534;REFB=-0.00538707;REVB=-0.0489498;RO=36;SAF=18;SAR=7;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657946;STB=0.531856;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.013;OID=.;OPOS=47609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:36:37:25:25:0.403226:7:18:24:12:7:18:25:12 chr21 47610066 . T C 201.38 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0100816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6814;QD=13.8884;RBI=0.0196942;REFB=-0.0232814;REVB=-0.0169182;RO=34;SAF=16;SAR=8;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820364;STB=0.546629;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0307716;OID=.;OPOS=47610066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:8:16:25:9:8:16:25:9 chr21 47612466 . A G 161.68 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-4.32053e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.036;QD=9.94955;RBI=0.00603266;REFB=-0.0251828;REVB=0.0060325;RO=43;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657557;STB=0.538427;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0509972;OID=.;OPOS=47612466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:11:11:19:24:11:11:19:24 chr21 47612471 . T C 212.36 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0349562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2466;QD=12.4917;RBI=0.0502891;REFB=-0.00558235;REVB=0.0361533;RO=40;SAF=15;SAR=11;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108227;STB=0.562452;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00627076;OID=.;OPOS=47612471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:42:26:26:0.382353:11:15:19:21:11:15:20:22 chr21 47612512 . C CTG 96.41 PASS AF=0.26;AO=12;DP=56;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0689941;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=2;MLLD=146.05;QD=7.7129;RBI=0.0740354;REFB=-0.0236538;REVB=-0.0268526;RO=41;SAF=6;SAR=6;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165267;STB=0.597414;STBP=0.446;TYPE=ins;VARB=0.0737453;OID=.;OPOS=47612513;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26:12:56:13:50:37:6:7:22:15:96:41:6:6:26:15 chr21 47613004 . T C 88.42 PASS AF=0.223881;AO=16;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0104083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7516;QD=5.27852;RBI=0.10386;REFB=-0.034691;REVB=-0.103337;RO=51;SAF=8;SAR=8;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012031;STB=0.540701;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.121838;OID=.;OPOS=47613004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:67:67:51:52:16:15:0.223881:8:8:25:26:7:8:25:27 chr21 47613570 . T C 44.21 PASS AF=0.121212;AO=3;DP=33;FAO=4;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.118994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0216;QD=5.3584;RBI=0.11965;REFB=-0.0751409;REVB=-0.0125131;RO=24;SAF=1;SAR=2;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482269;STB=0.611646;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.193413;OID=.;OPOS=47613570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:33:33:24:25:3:4:0.121212:2:1:9:15:3:1:9:16 chr21 47613623 . C T 45.61 PASS AF=0.123457;AO=14;DP=81;FAO=10;FDP=81;FR=.;FRO=71;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.0208953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=35.3806;QD=2.25247;RBI=0.126484;REFB=-0.0453773;REVB=-0.124746;RO=66;SAF=4;SAR=10;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130633;STB=0.565324;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.213001;OID=.;OPOS=47613623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:81:81:66:71:14:10:0.123457:10:4:25:41:7:3:26:45 chr21 47613639 . C T 69.26 PASS AF=0.184615;AO=12;DP=65;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00227606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8478;QD=4.26237;RBI=0.0995312;REFB=-0.0235977;REVB=-0.0995051;RO=51;SAF=3;SAR=9;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200416;STB=0.651903;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.133846;OID=.;OPOS=47613639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:65:65:51:53:12:12:0.184615:9:3:20:31:9:3:22:31 chr21 47614443 . A G 272.72 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0825662;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8816;QD=14.7418;RBI=0.0864129;REFB=0.00361941;REVB=-0.0254953;RO=43;SAF=10;SAR=21;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247773;STB=0.640841;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00737225;OID=.;OPOS=47614443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:43:43:31:31:0.418919:21:10:24:19:21:10:24:19 chr21 47614469 . A C 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0154173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.167;QD=14.4326;RBI=0.0158418;REFB=-0.0160813;REVB=-0.00364267;RO=44;SAF=12;SAR=19;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955842;STB=0.554341;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0238165;OID=.;OPOS=47614469;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:19:12:21:23:19:12:21:23 chr21 47635212 . G A 152.08 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0091809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.088;QD=13.224;RBI=0.0123126;REFB=-0.00463198;REVB=-0.00820438;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161133;STB=0.593801;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0222219;OID=.;OPOS=47635212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:9:8:18:11:9:8:18:11 chr21 47660749 . A C 442.62 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0198669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.899;QD=22.6983;RBI=0.0208988;REFB=-0.0249671;REVB=0.00648596;RO=35;SAF=18;SAR=25;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125023;STB=0.56883;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00746586;OID=.;OPOS=47660749;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:25:18:20:15:25:18:20:15 chr21 47660867 . G A 457.05 PASS AF=0.556962;AO=42;DP=77;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0130072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.629;QD=23.1417;RBI=0.0235571;REFB=0.00462391;REVB=-0.0196405;RO=35;SAF=17;SAR=25;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115201;STB=0.559926;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00447609;OID=.;OPOS=47660867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:35:35:42:44:0.556962:25:17:19:16:26:18:19:16 chr21 47676711 . G A 329.72 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0344078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6763;QD=32.1682;RBI=0.068516;REFB=-0.000869368;REVB=0.0592499;RO=13;SAF=12;SAR=16;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108558;STB=0.559398;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00310975;OID=.;OPOS=47676711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:13:28:28:0.682927:16:12:8:5:16:12:8:5 chr21 47685939 . A G 401.67 PASS AF=0.436893;AO=44;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0243616;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.962;QD=15.5988;RBI=0.0245923;REFB=-0.00998193;REVB=0.00336069;RO=58;SAF=22;SAR=22;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104844;STB=0.552119;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0108738;OID=.;OPOS=47685939;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:58:44:45:0.436893:22:22:35:23:22:23:35:23 chr21 47721985 . A ATGG 52.13 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=25;FSRR=0;FWDB=-0.022815;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=132.94;QD=6.31915;RBI=0.022815;REFB=-0.030193;REVB=0;RO=28;SAF=8;SAR=0;SRF=27;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.629306;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0864288;OID=.;OPOS=47721986;OREF=-;OALT=TGG;OMAPALT=ATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.242424:8:36:8:33:25:8:0:25:0:52:28:8:0:27:1 chr21 47734659 . G A 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.013747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.261;QD=16.5779;RBI=0.0137586;REFB=-0.0146013;REVB=-0.000564986;RO=36;SAF=23;SAR=9;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411554;STB=0.730017;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0134271;OID=.;OPOS=47734659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:38:32:32:0.457143:9:23:10:26:9:23:11:27 chr21 47773103 . C A 226.99 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0384436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.843;QD=15.6542;RBI=0.0433565;REFB=-0.0356525;REVB=-0.0200467;RO=30;SAF=19;SAR=7;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408915;STB=0.730592;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0390595;OID=.;OPOS=47773103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:32:26:26:0.448276:7:19:9:21:7:19:10:22 chr21 47775449 . A AC 32.37 PASS AF=0.155556;AO=8;DP=47;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0261772;FXX=0.0217344;HRUN=0;LEN=1;MLLD=57.6557;QD=2.87709;RBI=0.0299028;REFB=-0.00118984;REVB=-0.0144545;RO=36;SAF=3;SAR=5;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249011;STB=0.72264;STBP=0.243;TYPE=ins;VARB=0.00462988;OID=.;OPOS=47775450;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.155556:8:47:7:45:38:2:5:21:17:32:36:3:5:21:15 chr21 47777063 . G A 721.74 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.337;QD=56.6072;RBI=0.0311032;REFB=0;REVB=0.0284757;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35012e-05;OID=.;OPOS=47777063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:30:20:0:0:31:20:0:0 chr21 47783796 . T C 805.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000794525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.327;QD=64.4115;RBI=0.0152684;REFB=0;REVB=-0.0152478;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131427;OID=.;OPOS=47783796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr21 47786817 . C G 1253.33 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00232721;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8328;QD=60.4016;RBI=0.0683736;REFB=-0.0911581;REVB=0.068334;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.507041;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00136169;OID=.;OPOS=47786817;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:0:1:82:82:0.987952:47:35:0:0:47:35:1:0 chr21 47787002 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.525;QD=57.3853;RBI=0.0123189;REFB=0;REVB=0.00319898;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41643e-05;OID=.;OPOS=47787002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:37:20:0:0:37:20:0:0 chr21 47811272 . C T 181.42 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.071537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.277;QD=32.9862;RBI=0.0721266;REFB=-0.0110154;REVB=0.00920303;RO=5;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292344;STB=0.51611;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00704827;OID=.;OPOS=47811272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:9:8:2:3:9:8:2:3 chr21 47836653 . C T 160.28 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0185038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9045;QD=10.3406;RBI=0.0226139;REFB=-0.0184135;REVB=-0.0129999;RO=39;SAF=15;SAR=6;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317809;STB=0.700741;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0128569;OID=.;OPOS=47836653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:41:21:21:0.33871:6:15:17:22:6:15:17:24 chr21 47850484 . G C 679.91 PASS AF=0.575221;AO=64;DP=113;FAO=65;FDP=113;FR=.;FRO=48;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0206902;FXX=0.0258598;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.812;QD=24.0676;RBI=0.0794958;REFB=-0.0138652;REVB=-0.0767561;RO=47;SAF=35;SAR=29;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00494668;STB=0.501369;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00868159;OID=.;OPOS=47850484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:47:48:64:65:0.575221:29:35:26:21:30:35:26:22 chr21 47851753 . A G 480.88 PASS AF=0.698413;AO=43;DP=63;FAO=44;FDP=63;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0166726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.147;QD=30.5321;RBI=0.0169329;REFB=-0.0210887;REVB=0.00295807;RO=20;SAF=18;SAR=25;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106904;STB=0.544642;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00839057;OID=.;OPOS=47851753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:20:19:43:44:0.698413:25:18:12:8:25:19:11:8 chr21 47863757 . A C 337.9 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0053226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.108;QD=17.553;RBI=0.0160622;REFB=-0.00445943;REVB=0.0151547;RO=41;SAF=14;SAR=22;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733544;STB=0.540936;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00678621;OID=.;OPOS=47863757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:22:14:13:28:22:14:13:28 chr21 47910523 . A G 245.34 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0102206;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.171;QD=22.8219;RBI=0.0511642;REFB=-0.0326947;REVB=0.0501329;RO=20;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043852;STB=0.524568;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0235261;OID=.;OPOS=47910523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:7:16:13:7:7:16:13:7 chr21 47924312 . G A 364.22 PASS AF=0.343511;AO=45;DP=131;FAO=45;FDP=131;FR=.;FRO=86;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=-0.00457708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3929;QD=11.1213;RBI=0.007238;REFB=-0.00153338;REVB=-0.00560705;RO=85;SAF=22;SAR=23;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995736;STB=0.552974;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00353027;OID=.;OPOS=47924312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:85:86:45:45:0.343511:23:22:49:36:23:22:49:37 chr21 47945533 . GCTC G 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0020173;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=290.877;QD=17.0333;RBI=0.00360477;REFB=-0.0149303;REVB=-0.00298745;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536527;STB=0.530692;STBP=0.698;TYPE=del;VARB=0.0181319;OID=.;OPOS=47945534;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:18:40:18:40:22:8:10:11:11:99:22:8:10:11:11 chr21 47959692 . G A 394.62 PASS AF=0.5;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0209566;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5217;QD=19.7307;RBI=0.020965;REFB=0.00667873;REVB=-0.000594463;RO=41;SAF=21;SAR=19;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122991;STB=0.575721;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.0115527;OID=.;OPOS=47959692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:41:40:40:40:0.5:19:21:27:14:19:21:27:13 chr21 47959698 . C T 390.59 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0192353;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.948;QD=18.8236;RBI=0.0287261;REFB=-0.0230219;REVB=0.0213352;RO=43;SAF=22;SAR=18;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962307;STB=0.553479;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0184886;OID=.;OPOS=47959698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:43:43:40:40:0.481928:18:22:28:15:18:22:28:15 chr21 47961711 . G A 637.5 PASS AF=0.471014;AO=65;DP=139;FAO=65;FDP=138;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.0277054;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8664;QD=18.4782;RBI=0.0284538;REFB=-0.00278184;REVB=0.00648322;RO=72;SAF=35;SAR=30;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563737;STB=0.534375;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00236306;OID=.;OPOS=47961711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:72:73:65:65:0.471014:30:35:43:29:30:35:44:29 chr21 47970581 . G A 250.68 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0219248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6182;QD=14.532;RBI=0.0320556;REFB=-0.00591591;REVB=0.0233851;RO=40;SAF=15;SAR=14;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335312;STB=0.519025;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00814372;OID=.;OPOS=47970581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:14:15:22:18:14:15:22:18 chr21 47974582 . A G 265.52 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.097759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9401;QD=13.2759;RBI=0.0990262;REFB=-0.0280256;REVB=-0.0157911;RO=48;SAF=14;SAR=17;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151899;STB=0.501628;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0392501;OID=.;OPOS=47974582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:49:31:31:0.3875:17:14:21:27:17:14:22:27 chr21 47978321 . G C,GC 1627.68 PASS AF=0,1;AO=6,101;DP=114;FAO=0,111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=0,54;FSAR=0,57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394301,-0.0146405;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=10.2647,29.615;QD=58.6551;RBI=0.0963469,0.0908846;REFB=0,0;REVB=0.087909,0.0896976;RO=6;SAF=1,50;SAR=5,51;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.550714,-0.0359117;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0171619,0.001129;OID=.,.;OPOS=47978321,47978322;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:9:114:111:6:0:6,101:0,111:0,1:5,51:1,50:5:1:0,57:0,54:0:0 chr21 47985655 . C T 311.58 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0108857;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.024;QD=21.488;RBI=0.0116985;REFB=0.00804312;REVB=-0.00428465;RO=26;SAF=14;SAR=18;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141685;STB=0.578078;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00592755;OID=.;OPOS=47985655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:26:26:32:32:0.551724:18:14:7:19:18:14:7:19 chr21 48022230 . C G 219.13 PASS AF=0.369863;AO=26;DP=74;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0204981;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.487;QD=12.0073;RBI=0.0214199;REFB=-0.00595736;REVB=-0.00621609;RO=46;SAF=11;SAR=15;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179753;STB=0.589059;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00827997;OID=.;OPOS=48022230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:46:46:26:27:0.369863:15:11:27:19:15:12:27:19 chr21 48063476 . C G 1641.02 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00328403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1539;QD=60.2209;RBI=0.028976;REFB=0;REVB=0.0287893;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132822;OID=.;OPOS=48063476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:57:52:0:0:57:52:0:0 chr21 48084820 . C G 469.5 PASS AF=0.398496;AO=53;DP=132;FAO=53;FDP=133;FR=.;FRO=80;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.0303585;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.217;QD=14.1204;RBI=0.044032;REFB=-0.0186956;REVB=-0.0318933;RO=78;SAF=28;SAR=25;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0028182;STB=0.509522;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0289869;OID=.;OPOS=48084820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:78:80:53:53:0.398496:25:28:41:37:25:28:41:39 chr22 17072483 . A G 1194.61 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0242075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.21;QD=59.7306;RBI=0.0245555;REFB=-0.0886409;REVB=0.0041193;RO=1;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122951;STB=0.506492;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000262661;OID=.;OPOS=17072483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:38:41:0:1:38:41:0:1 chr22 17073066 . A G 328.93 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618644;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.629;QD=54.821;RBI=0.0714408;REFB=0;REVB=0.0357294;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000886859;OID=.;OPOS=17073066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr22 17073475 . C T 765.84 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.359;QD=63.8196;RBI=0.0475909;REFB=0;REVB=0.0458861;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314517;OID=.;OPOS=17073475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr22 17264565 . G T 1264.71 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.871;QD=61.6931;RBI=0.0400566;REFB=0;REVB=0.015733;RO=0;SAF=48;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.70103e-05;OID=.;OPOS=17264565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:34:48:0:0:34:48:0:0 chr22 17264904 . A G 399.28 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.00363911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.312;QD=15.3571;RBI=0.00867217;REFB=-0.0143464;REVB=0.00787168;RO=59;SAF=22;SAR=23;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0026647;STB=0.501496;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0203463;OID=.;OPOS=17264904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:59:45:45:0.432692:23:22:29:30:23:22:29:30 chr22 17265124 . A C 545.17 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000153837;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.158;QD=57.386;RBI=0.0228172;REFB=-0.0501205;REVB=0.0228167;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267496;STB=0.514278;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000277795;OID=.;OPOS=17265124;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:20:17:1:0:20:17:1:0 chr22 17265194 . G A 80.29 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.000994557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.916;QD=7.46904;RBI=0.0119599;REFB=-0.0171527;REVB=-0.0119185;RO=32;SAF=5;SAR=6;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128039;STB=0.579688;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0373531;OID=.;OPOS=17265194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:6:5:18:14:6:5:18:14 chr22 17443674 . T G 33.47 PASS AF=0.112676;AO=9;DP=70;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0715236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.822;QD=1.88554;RBI=0.0818976;REFB=-0.0304161;REVB=-0.0398947;RO=60;SAF=8;SAR=1;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.592845;STB=0.899423;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.19963;OID=.;OPOS=17443674;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:70:71:60:63:9:8:0.112676:1:8:22:38:1:7:24:39 chr22 17468873 . G A 291.43 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0128718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.061;QD=16.8944;RBI=0.0134319;REFB=-0.0128143;REVB=0.00383832;RO=36;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761845;STB=0.534225;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0148127;OID=.;OPOS=17468873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:37:32:32:0.463768:15:17:22:14:15:17:22:15 chr22 17578720 . G A 120.26 PASS AF=0.214286;AO=16;DP=94;FAO=21;FDP=98;FR=.;FRO=77;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.000311512;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7908;QD=4.90845;RBI=0.0092821;REFB=-0.0148397;REVB=0.00927687;RO=73;SAF=8;SAR=8;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112621;STB=0.630252;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0980945;OID=.;OPOS=17578720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:98:73:77:16:21:0.214286:8:8:30:43:9:12:31:46 chr22 17586471 . C T 853.52 PASS AF=0.52795;AO=83;DP=159;FAO=85;FDP=161;FR=.;FRO=76;FSAF=54;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=0.0122879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.993;QD=21.2054;RBI=0.0141671;REFB=-0.0187799;REVB=0.00705077;RO=76;SAF=52;SAR=31;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196628;STB=0.515167;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0179037;OID=.;OPOS=17586471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:76:76:83:85:0.52795:31:52:46:30:31:54:46:30 chr22 17589297 . G A 811.98 PASS AF=0.578512;AO=61;DP=122;FAO=70;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0102523;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.926;QD=26.8424;RBI=0.0139847;REFB=-0.00551656;REVB=0.00951109;RO=41;SAF=36;SAR=25;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337948;STB=0.509476;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0278674;OID=.;OPOS=17589297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:41:44:61:70:0.578512:25:36:26:15:27:43:26:18 chr22 17589794 . C A 180.83 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0128568;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.2834;QD=22.6038;RBI=0.0498495;REFB=-0.0637369;REVB=0.048163;RO=14;SAF=14;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681316;STB=0.538417;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0270258;OID=.;OPOS=17589794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:14:14:18:18:0.5625:4:14:10:4:4:14:10:4 chr22 17600293 . G A 61.52 PASS AF=0.615385;AO=7;DP=12;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0519557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0647;QD=18.928;RBI=0.119453;REFB=-0.0196466;REVB=0.107562;RO=5;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258845;STB=0.646763;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0164119;OID=.;OPOS=17600293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:12:13:5:5:7:8:0.615385:1:6:5:0:2:6:5:0 chr22 17600497 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0340637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.155;QD=23.2183;RBI=0.0517008;REFB=0.00492173;REVB=0.0388927;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000463208;OID=.;OPOS=17600497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr22 17600977 . G A 263.48 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00961717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.957;QD=17.5655;RBI=0.137007;REFB=-0.010356;REVB=0.136669;RO=30;SAF=20;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184524;STB=0.613416;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00837643;OID=.;OPOS=17600977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:31:29:29:0.483333:9:20:15:15:9:20:15:16 chr22 17602839 . G A 237.63 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00419239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.564;QD=18.6378;RBI=0.00504279;REFB=-0.0426271;REVB=0.00280242;RO=26;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160967;STB=0.590478;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0295393;OID=.;OPOS=17602839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:10:15:11:15:10:15:11:15 chr22 17603503 . G A 261.07 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0206115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6582;QD=13.0535;RBI=0.0362964;REFB=-0.0149456;REVB=0.0298763;RO=49;SAF=18;SAR=13;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246528;STB=0.640229;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0243936;OID=.;OPOS=17603503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:49:31:31:0.3875:13:18:17:32:13:18:17:32 chr22 17622267 . C T 208.16 PASS AF=0.64;AO=13;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0301714;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.933;QD=33.3061;RBI=0.03027;REFB=-0.00474716;REVB=-0.00244171;RO=5;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264305;STB=0.63142;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00564462;OID=.;OPOS=17622267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:25:25:5:5:13:16:0.64:6:7:0:5:7:9:0:5 chr22 17630486 . C A 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00663117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.05;QD=12.5626;RBI=0.0196613;REFB=-0.00152826;REVB=-0.0185093;RO=35;SAF=17;SAR=5;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15616;STB=0.590913;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00291218;OID=.;OPOS=17630486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:5:17:23:12:5:17:23:12 chr22 17640399 . G GGGC 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=64;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00835954;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=185.128;QD=8.88631;RBI=0.0347888;REFB=-0.00985032;REVB=-0.0337695;RO=49;SAF=4;SAR=11;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00213812;STB=0.549931;STBP=0.717;TYPE=ins;VARB=0.0230103;OID=.;OPOS=17640400;OREF=-;OALT=GGC;OMAPALT=GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.288462:15:64:15:52:37:4:11:12:25:99:49:4:11:13:36 chr22 17690409 . G A 189.16 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.0414669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.964;QD=9.22725;RBI=0.0419768;REFB=0.00078911;REVB=0.00652298;RO=56;SAF=14;SAR=11;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255242;STB=0.642339;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00207116;OID=.;OPOS=17690409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:56:57:25:25:0.304878:11:14:19:37:11:14:20:37 chr22 17990852 . G A 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00394405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.464;QD=12.8973;RBI=0.0148489;REFB=-0.00371798;REVB=-0.0143155;RO=30;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114873;STB=0.567012;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0072131;OID=.;OPOS=17990852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:9:8:11:19:9:8:11:19 chr22 18021604 . C T 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0141692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.963;QD=20.1561;RBI=0.021988;REFB=-0.00210968;REVB=0.0168139;RO=25;SAF=17;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143077;STB=0.579751;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00230024;OID=.;OPOS=18021604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:11:17:11:14:11:17:11:14 chr22 18111431 . T C 341.96 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.051907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6412;QD=30.3962;RBI=0.0580828;REFB=0.0210611;REVB=0.026063;RO=16;SAF=16;SAR=13;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741399;STB=0.540679;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.0107408;OID=.;OPOS=18111431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:13:16:7:9:13:16:7:9 chr22 18209612 . CA C,CG 382.85 PASS AF=1,0;AO=8,18;DP=27;FAO=28,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.157443,-0.142812;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=27.7963,14.2434;QD=54.6923;RBI=0.157481,0.547664;REFB=0,0;REVB=-0.00346519,-0.528716;RO=0;SAF=8,2;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00632433,0;OID=.,.;OPOS=18209613,18209613;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:8,18:27:28,0:28:0:13,0:15,0:0:0:4:0:8,2:0,16:0:0 chr22 18211983 . T C 2177.69 PASS AF=0.985816;AO=139;DP=144;FAO=139;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00935994;FXX=0.0208319;HRUN=2;LEN=1;MLLD=352.633;QD=61.7786;RBI=0.00982418;REFB=-0.0391315;REVB=0.00298431;RO=1;SAF=67;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655795;STB=0.500255;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-5.60865e-05;OID=.;OPOS=18211983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:144:141:1:2:139:139:0.985816:72:67:0:1:72:67:1:1 chr22 18226771 . G A 238.11 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00742482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6129;QD=17.9706;RBI=0.0098318;REFB=-0.0156552;REVB=-0.00644487;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01751;STB=0.52828;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0219863;OID=.;OPOS=18226771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:27:26:26:0.490566:13:13:12:13:13:13:12:15 chr22 18300240 . T C 689.55 PASS AF=0.523077;AO=67;DP=133;FAO=68;FDP=130;FR=.;FRO=62;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=17;FWDB=-0.00941721;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.898;QD=21.2169;RBI=0.0192361;REFB=8.17999e-07;REVB=-0.0167733;RO=62;SAF=40;SAR=27;SRF=45;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120434;STB=0.562755;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=5.73698e-06;OID=.;OPOS=18300240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:130:62:62:67:68:0.523077:27:40:45:17:27:41:45:17 chr22 18300775 . G A 109.94 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0176336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4016;QD=14.6592;RBI=0.049173;REFB=-0.019976;REVB=0.0459025;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113103;STB=0.538402;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0328225;OID=.;OPOS=18300775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:17:17:12:13:0.433333:5:7:8:9:6:7:8:9 chr22 18304821 . G A 139.08 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0637629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.469;QD=12.0938;RBI=0.0664853;REFB=-0.036745;REVB=-0.0188304;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852039;STB=0.563171;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0719811;OID=.;OPOS=18304821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:46:26:30:16:16:0.347826:11:5:10:16:11:5:12:18 chr22 18304891 . C T 96.41 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.01452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.26;QD=10.712;RBI=0.0145827;REFB=-0.0135842;REVB=-0.00135127;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212154;STB=0.628802;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0185664;OID=.;OPOS=18304891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:36:36:24:24:12:12:0.333333:9:3:10:14:9:3:10:14 chr22 18305797 . C T 126.63 PASS AF=0.4375;AO=9;DP=36;FAO=14;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0415333;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.161;QD=15.8285;RBI=0.0417029;REFB=-0.0246751;REVB=0.00375708;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35593;STB=0.724282;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0299361;OID=.;OPOS=18305797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:32:21:18:9:14:0.4375:4:5:5:16:5:9:4:14 chr22 18310439 . G A 514.77 PASS AF=0.401408;AO=57;DP=142;FAO=57;FDP=142;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.00522619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6464;QD=14.5006;RBI=0.0316013;REFB=-0.0137641;REVB=0.0311662;RO=84;SAF=25;SAR=32;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274674;STB=0.512252;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0208071;OID=.;OPOS=18310439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:84:85:57:57:0.401408:32:25:39:45:32:25:39:46 chr22 18324564 . C T 767.17 PASS AF=0.692308;AO=63;DP=92;FAO=63;FDP=91;FR=.;FRO=28;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.0567465;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.846;QD=33.7218;RBI=0.0839464;REFB=-0.0738771;REVB=0.0618615;RO=28;SAF=42;SAR=21;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787738;STB=0.54236;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0168926;OID=.;OPOS=18324564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:28:28:63:63:0.692308:21:42:22:6:21:42:22:6 chr22 18364030 . CT C,GC 251.07 PASS AF=0.484076,0;AO=56,7;DP=157;FAO=76,0;FDP=157;FR=.;FRO=81;FSAF=35,0;FSAR=41,0;FSRF=29;FSRR=52;FWDB=0.0597036,-0.0215018;FXX=0.0248432;HRUN=6,1;LEN=1,2;MLLD=7.93546,41.1758;QD=6.39656;RBI=0.0667337,0.126763;REFB=-0.194785,-0.0182894;REVB=-0.0298138,-0.124926;RO=71;SAF=24,0;SAR=32,7;SRF=32;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0225152,-0.576871;STB=0.553652,0.5;STBP=0.202,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.199384,0.143593;OID=.,.;OPOS=18364031,18364030;OREF=T,CT;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:71:81:56,7:76,0:0.484076,0:32,7:24,0:32:39:41,0:35,0:29:52 chr22 18367052 . G C 45.1 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0531649;FXX=0.0508388;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.3621;QD=3.2213;RBI=0.068348;REFB=-0.027165;REVB=-0.0429529;RO=38;SAF=2;SAR=6;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444022;STB=0.749376;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.144919;OID=.;OPOS=18367052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:59:56:38:48:8:8:0.142857:6:2:24:14:6:2:26:22 chr22 18368739 . C T 215.08 PASS AF=0.24812;AO=33;DP=132;FAO=33;FDP=133;FR=.;FRO=100;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=56;FSRR=44;FWDB=-0.0785065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6213;QD=6.46853;RBI=0.0786237;REFB=-0.00503337;REVB=0.00429158;RO=90;SAF=21;SAR=12;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116696;STB=0.559963;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0215483;OID=.;OPOS=18368739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:90:100:33:33:0.24812:12:21:49:41:12:21:56:44 chr22 18379671 . G A 250.68 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=7;FWDB=-0.0165119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.152;QD=14.5324;RBI=0.0554596;REFB=0.0095109;REVB=0.0529445;RO=39;SAF=21;SAR=8;SRF=32;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13131;STB=0.578264;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.0149645;OID=.;OPOS=18379671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:8:21:32:7:8:21:33:7 chr22 18443524 . C G 46.45 PASS AF=0.222222;AO=4;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=28;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.0884523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.1889;QD=5.16128;RBI=0.0889033;REFB=-0.0155011;REVB=0.00894433;RO=19;SAF=3;SAR=1;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162898;STB=0.721776;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0875023;OID=.;OPOS=18443524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:19:28:4:8:0.222222:1:3:16:3:4:4:22:6 chr22 18571828 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.919;QD=63.2866;RBI=0.0216016;REFB=0;REVB=-0.0162927;RO=0;SAF=11;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.10639e-06;OID=.;OPOS=18571828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:35:11:0:0:35:11:0:0 chr22 18607020 . C T 321.7 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0224179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.661;QD=21.8101;RBI=0.0321318;REFB=-0.00152978;REVB=-0.0230194;RO=25;SAF=22;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122665;STB=0.560938;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00113703;OID=.;OPOS=18607020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:26:33:33:0.559322:11:22:13:12:11:22:14:12 chr22 18609642 . C T 355.55 PASS AF=0.553846;AO=35;DP=64;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0285664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5482;QD=21.8799;RBI=0.0337779;REFB=-0.0157381;REVB=-0.0180252;RO=29;SAF=18;SAR=17;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822353;STB=0.550697;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0267467;OID=.;OPOS=18609642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:29:29:35:36:0.553846:17:18:12:17:17:19:12:17 chr22 18609688 . T C 117.6 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0107276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.591;QD=7.58736;RBI=0.0115516;REFB=-0.00519571;REVB=-0.00428463;RO=45;SAF=8;SAR=9;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00471112;STB=0.502854;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0104074;OID=.;OPOS=18609688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:45:17:17:0.274194:9:8:21:24:9:8:21:24 chr22 18628436 . T C 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00283651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8696;QD=13.9115;RBI=0.0381671;REFB=-0.000636596;REVB=-0.0380615;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747104;STB=0.542921;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00148209;OID=.;OPOS=18628436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:10:11:14:17:10:11:14:17 chr22 18628499 . G T 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00664032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.497;QD=59.9373;RBI=0.00743587;REFB=0;REVB=0.00334639;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11759e-06;OID=.;OPOS=18628499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:47:54:0:0:47:54:0:0 chr22 18628632 . C T 624.23 PASS AF=0.53913;AO=61;DP=114;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00388704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7356;QD=21.7122;RBI=0.0150034;REFB=-0.00588592;REVB=0.0144911;RO=53;SAF=30;SAR=31;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00104776;STB=0.504346;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00582739;OID=.;OPOS=18628632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:53:53:61:62:0.53913:31:30:26:27:31:31:26:27 chr22 18628715 . C T 711.65 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0114133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.956;QD=52.7144;RBI=0.0133007;REFB=-0.0474232;REVB=0.00682963;RO=1;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140615;STB=0.5147;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000712402;OID=.;OPOS=18628715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:54:1:2:52:52:0.962963:33:19:0:1:33:19:0:2 chr22 18650682 . C T 412.74 PASS AF=0.396694;AO=48;DP=121;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.0030783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.537;QD=13.6442;RBI=0.0130181;REFB=0.00161786;REVB=-0.0126489;RO=72;SAF=30;SAR=18;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061707;STB=0.53994;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00280676;OID=.;OPOS=18650682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:72:73:48:48:0.396694:18:30:41:31:18:30:41:32 chr22 18870940 . C A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0586525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6942;QD=10.1733;RBI=0.0613205;REFB=-0.0084369;REVB=-0.0178911;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114905;STB=0.571184;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00480753;OID=.;OPOS=18870940;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:5:4:2:4:5:4 chr22 18870955 . CG GA 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0133424;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=207.773;QD=11.9197;RBI=0.0225455;REFB=-0.0129277;REVB=-0.0181736;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163877;STB=0.5997;STBP=0.569;TYPE=mnp;VARB=0.0226172;OID=.;OPOS=18870955;OREF=CG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:5:4:2:5:5:4 chr22 18870974 . T G 91.11 PASS AF=0.45;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.17667;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.8498;QD=18.2222;RBI=0.177384;REFB=-0.0739293;REVB=-0.0159009;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0237501;OID=.;OPOS=18870974;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:21:20:9:9:9:9:0.45:4:5:5:4:4:5:5:4 chr22 18896169 . C T 346.28 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00692609;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.22;QD=16.8919;RBI=0.0125896;REFB=-0.010631;REVB=0.0105132;RO=45;SAF=22;SAR=15;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147418;STB=0.582736;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0142973;OID=.;OPOS=18896169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:15:22:20:25:15:22:20:25 chr22 18896189 . T C 303.86 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0193629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2853;QD=14.8224;RBI=0.0194608;REFB=-0.00403171;REVB=-0.00194926;RO=47;SAF=22;SAR=12;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269852;STB=0.646972;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00600646;OID=.;OPOS=18896189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:48:34:34:0.414634:12:22:18:29:12:22:19:29 chr22 18897578 . G A 645.59 PASS AF=0.464789;AO=62;DP=139;FAO=66;FDP=142;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.00869117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.207;QD=18.1856;RBI=0.00993186;REFB=-0.0109042;REVB=0.0048068;RO=76;SAF=28;SAR=34;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00888437;STB=0.503225;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.015693;OID=.;OPOS=18897578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:142:76:76:62:66:0.464789:34:28:35:41:36:30:35:41 chr22 18900750 . G A 635.87 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.944;QD=60.5586;RBI=0.0527149;REFB=0;REVB=0.0288045;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041501;OID=.;OPOS=18900750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:20:20:0:0:21:21:0:0 chr22 18901004 . C T 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0214499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.283;QD=44.0929;RBI=0.0271123;REFB=-0.0734926;REVB=-0.0165824;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523782;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0013726;OID=.;OPOS=18901004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:7:10:0:0:7:10:1:0 chr22 18904414 . A G 657.08 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301458;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.6368;QD=62.5786;RBI=0.0314392;REFB=0;REVB=0.00892496;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136068;OID=.;OPOS=18904414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr22 18907124 . G A 1165.85 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0208305;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.113;QD=58.2925;RBI=0.0228292;REFB=-0.0825574;REVB=0.00934146;RO=2;SAF=43;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00245095;STB=0.501295;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000809743;OID=.;OPOS=18907124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:80:80:2:2:78:78:0.975:35:43:1:1:35:43:1:1 chr22 18908875 . A G 854.39 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0788946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0068;QD=55.1222;RBI=0.0992491;REFB=-0.075875;REVB=-0.0602166;RO=2;SAF=35;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262048;STB=0.506847;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00286388;OID=.;OPOS=18908875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:2:1:60:61:0.983871:25:35:2:0:25:36:1:0 chr22 18912678 . A G 1641.7 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0257;QD=60.246;RBI=0.0248409;REFB=0;REVB=-0.00838817;RO=0;SAF=65;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.98958e-05;OID=.;OPOS=18912678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:43:65:0:0:44:65:0:0 chr22 19026613 . A G 416.66 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0703707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9569;QD=19.6076;RBI=0.0855899;REFB=-0.00975284;REVB=-0.0487196;RO=43;SAF=15;SAR=27;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316393;STB=0.517552;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0115568;OID=.;OPOS=19026613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:27:15:14:29:27:15:14:29 chr22 19028643 . C T 519.47 PASS AF=0.30531;AO=69;DP=226;FAO=69;FDP=226;FR=.;FRO=157;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=92;FSRR=65;FWDB=0.0172426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.246;QD=9.1942;RBI=0.0219934;REFB=0.000691094;REVB=-0.0136529;RO=157;SAF=40;SAR=29;SRF=92;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.007722;STB=0.504479;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00245621;OID=.;OPOS=19028643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:157:157:69:69:0.30531:29:40:92:65:29:40:92:65 chr22 19034240 . A G 626.04 PASS AF=0.53913;AO=58;DP=110;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0298134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.959;QD=21.7755;RBI=0.034017;REFB=-0.0318094;REVB=0.0163804;RO=52;SAF=40;SAR=18;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14224;STB=0.593444;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0192966;OID=.;OPOS=19034240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:115:52:53:58:62:0.53913:18:40:28:24:18:44:28:25 chr22 19048413 . A G 418.21 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.0144055;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.053;QD=14.2979;RBI=0.0165891;REFB=-0.00568864;REVB=-0.00822684;RO=69;SAF=25;SAR=23;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135106;STB=0.576006;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00811726;OID=.;OPOS=19048413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:69:69:48:48:0.410256:23:25:27:42:23:25:27:42 chr22 19119545 . C T 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0182952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.185;QD=17.3255;RBI=0.0330045;REFB=-4.04397e-05;REVB=0.0274697;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494707;STB=0.528189;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.000127894;OID=.;OPOS=19119545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:9:11:15:10:9:11:15:10 chr22 19119686 . C T 240.04 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00308608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.867;QD=21.3366;RBI=0.00638246;REFB=-0.00760115;REVB=-0.00558676;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056904;STB=0.531972;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00710991;OID=.;OPOS=19119686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:9:14:12:10:9:14:12:10 chr22 19119751 . C T 57.33 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0811294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.063;QD=12.7405;RBI=0.0820592;REFB=0.0530079;REVB=-0.0123179;RO=10;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45078;STB=0.776954;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.042259;OID=.;OPOS=19119751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:7:1:5:5:7:1:5:5 chr22 19119938 . G A 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00286244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.8;QD=26.0488;RBI=0.0310525;REFB=-0.026049;REVB=0.0309203;RO=5;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214373;STB=0.618873;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.013604;OID=.;OPOS=19119938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:4:8:5:0:4:8:5:0 chr22 19163577 . C CAT 1136.32 PASS AF=1;AO=74;DP=80;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389278;FXX=0.0749906;HRUN=0;LEN=2;MLLD=265.89;QD=61.4225;RBI=0.0472924;REFB=0;REVB=0.0268552;RO=6;SAF=43;SAR=31;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595854;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.45138e-05;OID=.;OPOS=19163578;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:74:80:74:74:0:43:31:0:0:6:6:43:31:1:5 chr22 19167409 . T C 640.09 PASS AF=0.547826;AO=63;DP=115;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.0272323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3325;QD=22.2639;RBI=0.0273829;REFB=0.000644975;REVB=0.00286809;RO=52;SAF=27;SAR=36;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869633;STB=0.547543;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000290392;OID=.;OPOS=19167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:52:52:63:63:0.547826:36:27:17:35:36:27:17:35 chr22 19167421 . G A 332.06 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0169572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.248;QD=13.8357;RBI=0.116728;REFB=0.00155511;REVB=0.115489;RO=59;SAF=14;SAR=23;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322312;STB=0.518377;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00274488;OID=.;OPOS=19167421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:59:59:37:37:0.385417:23:14:24:35:23:14:24:35 chr22 19170956 . C T 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.030133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.363;QD=16.993;RBI=0.0313843;REFB=0.00928874;REVB=0.0087737;RO=30;SAF=20;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188738;STB=0.606896;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0129363;OID=.;OPOS=19170956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:7:20:17:13:7:20:17:13 chr22 19172006 . T C,G 2182.62 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=134,6;DP=140;FAO=135,5;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=71,4;FSAR=64,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126957,0.00923614;FXX=0.0070917;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=160.136,110.203;QD=62.3605;RBI=0.016831,0.0119627;REFB=0,0;REVB=-0.0110498,0.00760265;RO=0;SAF=69,6;SAR=65,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000302119,0.0376938;OID=.,.;OPOS=19172006,19172006;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:140:140:0:0:134,6:135,5:0.964286,0.0357143:65,0:69,6:0:0:64,1:71,4:0:0 chr22 19188853 . C T 98.98 PASS AF=0.216216;AO=16;DP=74;FAO=16;FDP=74;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0161753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.092;QD=5.35032;RBI=0.0504545;REFB=-0.0121957;REVB=-0.0477914;RO=56;SAF=8;SAR=8;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11111;STB=0.553987;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0425357;OID=.;OPOS=19188853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:74:74:56:58:16:16:0.216216:8:8:33:23:8:8:33:25 chr22 19189003 . A AC,C 739.65 PASS AF=1,0;AO=33,15;DP=55;FAO=48,0;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269539,-0.255898;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=25.5207,5.04719;QD=61.6375;RBI=0.111997,0.258576;REFB=0,0;REVB=0.108705,0.037122;RO=7;SAF=11,15;SAR=22,0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.132115,0.82388;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00400436,0;OID=.,.;OPOS=19189004,19189003;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:48:7:0:33,15:48,0:1,0:22,0:11,15:5:2:22,0:26,0:0:0 chr22 19195771 . G A 98.39 PASS AF=0.213333;AO=16;DP=75;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.0181816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.726;QD=5.24769;RBI=0.0324737;REFB=0.000159225;REVB=-0.0269068;RO=59;SAF=8;SAR=8;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159622;STB=0.59988;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.000638241;OID=.;OPOS=19195771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:75:75:59:59:16:16:0.213333:8:8:22:37:8:8:22:37 chr22 19197896 . T C 937.3 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.239;QD=58.5813;RBI=0.0157974;REFB=0;REVB=0.00949054;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18796e-05;OID=.;OPOS=19197896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr22 19220703 . G A 240.25 PASS AF=0.3;AO=33;DP=109;FAO=33;FDP=110;FR=.;FRO=77;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=-0.0495374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.767;QD=8.73627;RBI=0.052157;REFB=-0.00800332;REVB=-0.0163218;RO=75;SAF=12;SAR=21;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305156;STB=0.685285;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0190111;OID=.;OPOS=19220703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:75:77:33:33:0.3:21:12:47:28:21:12:49:28 chr22 19230365 . T C 201.87 PASS AF=0.320988;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0306612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1678;QD=9.96865;RBI=0.0601441;REFB=-0.000428296;REVB=-0.0517418;RO=55;SAF=9;SAR=17;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447907;STB=0.526295;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00109756;OID=.;OPOS=19230365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:55:55:26:26:0.320988:17:9:21:34:17:9:21:34 chr22 19263214 . G A 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0137736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.198;QD=16.993;RBI=0.0145688;REFB=-0.000852887;REVB=0.00474715;RO=30;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744622;STB=0.541802;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.000933085;OID=.;OPOS=19263214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:15:12:11:19:15:12:11:19 chr22 19318912 . C T 521.99 PASS AF=0.474576;AO=55;DP=119;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0246849;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.533;QD=17.6947;RBI=0.0421966;REFB=-0.0438214;REVB=0.0342229;RO=62;SAF=31;SAR=24;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165282;STB=0.51443;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0493919;OID=.;OPOS=19318912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:62:62:55:56:0.474576:24:31:36:26:25:31:36:26 chr22 19353360 . C T 268.56 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0289166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.367;QD=13.9513;RBI=0.0306108;REFB=-0.014217;REVB=0.0100426;RO=46;SAF=11;SAR=20;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157227;STB=0.589707;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0173204;OID=.;OPOS=19353360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:20:11:23:23:20:11:23:23 chr22 19398309 . CAAAG C,CAAAGA 118.13 PASS AF=0.5,0.227273;AO=8,5;DP=21;FAO=11,5;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=5,3;FSAR=6,2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00904379,-0.146091;FXX=0;HRUN=3,9;LEN=4,1;MLLD=195.529,6.44749;QD=21.4777;RBI=0.00935183,0.146312;REFB=-0.00686096,-0.098725;REVB=0.00238047,0.0080363;RO=2;SAF=5,2;SAR=3,3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.14689,-0.281149;STB=0.63135,0.639509;STBP=0.187,0.538;TYPE=del,ins;VARB=0.00997607,0.0876454;OID=.,.;OPOS=19398310,19398314;OREF=AAAG,-;OALT=-,A;OMAPALT=C,CAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.227273:8,5:21:11,5:22:6:5,3:6,2:5:1:31:2:5,2:3,3:2:0 chr22 19423250 . G A 326.2 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.000528058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5305;QD=20.0741;RBI=0.0396459;REFB=-0.0157003;REVB=-0.0396423;RO=31;SAF=15;SAR=19;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00907792;STB=0.505038;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0140192;OID=.;OPOS=19423250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:19:15:14:17:19:15:14:17 chr22 19444146 . G A 117.71 PASS AF=0.24;AO=18;DP=75;FAO=18;FDP=75;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00792138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.832;QD=6.27782;RBI=0.0173031;REFB=0.00428829;REVB=0.0153834;RO=57;SAF=10;SAR=8;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00730084;STB=0.5045;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.0110761;OID=.;OPOS=19444146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:57:57:18:18:0.24:8:10:32:25:8:10:32:25 chr22 19444181 . G A 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00469663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.547;QD=15.1014;RBI=0.00689689;REFB=-0.00702762;REVB=-0.00505063;RO=31;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353606;STB=0.520107;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0136121;OID=.;OPOS=19444181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:14:10:14:17:14:10:14:17 chr22 19458224 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0102302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.877;QD=12.9746;RBI=0.0104146;REFB=-0.00135478;REVB=-0.00195113;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225979;STB=0.634375;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00303436;OID=.;OPOS=19458224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:3:9:10:8:3:9:10:8 chr22 19459268 . G A 148.98 PASS AF=0.28;AO=21;DP=75;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.0070808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.965;QD=7.94533;RBI=0.0105088;REFB=-0.0085655;REVB=-0.00776514;RO=54;SAF=11;SAR=10;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15178;STB=0.590418;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0198368;OID=.;OPOS=19459268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:54:54:21:21:0.28:10:11:35:19:10:11:35:19 chr22 19511925 . G A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0135265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.02;QD=16.4544;RBI=0.0632114;REFB=-0.00338189;REVB=0.0617472;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119263;STB=0.571183;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00311804;OID=.;OPOS=19511925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:2:2:4:2:2:2 chr22 19750773 . T C 498.12 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0040073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1409;QD=21.1968;RBI=0.00480896;REFB=-0.0246832;REVB=-0.00265851;RO=46;SAF=25;SAR=23;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117314;STB=0.564706;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0181343;OID=.;OPOS=19750773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:46:48:48:0.510638:23:25:30:16:23:25:30:16 chr22 19751829 . C T 265.24 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0793895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9471;QD=15.6025;RBI=0.11089;REFB=-0.0120179;REVB=0.0774205;RO=38;SAF=22;SAR=8;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599571;STB=0.533957;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0206762;OID=.;OPOS=19751829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:8:22:26:12:8:22:26:12 chr22 19766782 . C T 427.26 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0313041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2936;QD=17.2632;RBI=0.0336062;REFB=-0.0269008;REVB=-0.0122242;RO=54;SAF=26;SAR=18;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397747;STB=0.515752;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0457402;OID=.;OPOS=19766782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:55:44:44:0.444444:18:26:34:20:18:26:34:21 chr22 19776159 . T TG 837.61 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124494;FXX=0.0169463;HRUN=0;LEN=1;MLLD=344.873;QD=57.7659;RBI=0.0151596;REFB=0;REVB=0.0086503;RO=1;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145145;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.04249e-06;OID=.;OPOS=19776160;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:59:58:58:0:26:32:0:0:5:1:26:32:0:1 chr22 19789541 . A C 784.02 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.514;QD=57.02;RBI=0.0484045;REFB=0;REVB=0.0478799;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48206e-05;OID=.;OPOS=19789541;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:20:33:0:0:21:34:0:0 chr22 19868218 . A G 157.86 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.010726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6225;QD=16.6171;RBI=0.0313062;REFB=-0.0149426;REVB=-0.0294114;RO=21;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235218;STB=0.635595;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0117421;OID=.;OPOS=19868218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:12:5:11:10:12:5:11:10 chr22 19898886 . C T 494.29 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0228639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.742;QD=16.2061;RBI=0.0242275;REFB=0.00122145;REVB=0.00801351;RO=67;SAF=27;SAR=27;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221992;STB=0.516387;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.001559;OID=.;OPOS=19898886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:67:68:54:54:0.442623:27:27:35:32:27:27:36:32 chr22 19907099 . C A 1702.69 PASS AF=0.974576;AO=114;DP=118;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0602551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0075;QD=57.7184;RBI=0.0775418;REFB=-0.119032;REVB=0.0488062;RO=1;SAF=52;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904417;STB=0.503051;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00275651;OID=.;OPOS=19907099;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:118:118:1:3:114:115:0.974576:62:52:1:0:63:52:1:2 chr22 19907117 . G GA 1249.63 PASS AF=1;AO=14;DP=114;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068653;FXX=0.0430997;HRUN=0;LEN=1;MLLD=139.756;QD=45.0318;RBI=0.103908;REFB=0;REVB=-0.0779973;RO=97;SAF=13;SAR=1;SRF=37;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.637791;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00264572;OID=.;OPOS=19907118;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:114:111:111:0:48:63:0:0:9:97:13:1:37:60 chr22 19907118 . G A,C 1554.85 PASS AF=0.836207,0.12069;AO=97,14;DP=116;FAO=97,14;FDP=116;FR=.;FRO=5;FSAF=37,14;FSAR=60,0;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0337245,0.0286679;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=194.931,101.431;QD=53.6154;RBI=0.0404835,0.0292951;REFB=-0.0956642,-0.0706129;REVB=0.0223958,0.00602934;RO=3;SAF=37,14;SAR=60,0;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0231214,0.848346;STB=0.500963,0.998791;STBP=0.978,0.002;TYPE=snp,snp;VARB=0.00131141,0.128325;OID=.,.;OPOS=19907118,19907118;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:62:116:116:3:5:97,14:97,14:0.836207,0.12069:60,0:37,14:0:3:60,0:37,14:2:3 chr22 19920949 . G A 266.33 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00135261;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.852;QD=18.0562;RBI=0.0111925;REFB=-0.0293666;REVB=0.0111105;RO=30;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137143;STB=0.576692;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0294221;OID=.;OPOS=19920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:30:30:29:29:0.491525:16:13:18:12:16:13:18:12 chr22 19921003 . T C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0766754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.057;QD=63.8706;RBI=0.076694;REFB=0;REVB=0.00168777;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000284872;OID=.;OPOS=19921003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr22 19951207 . C G 612.46 PASS AF=0.539823;AO=60;DP=112;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00250377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8477;QD=21.68;RBI=0.0182674;REFB=-0.0372534;REVB=0.018095;RO=51;SAF=38;SAR=22;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124107;STB=0.567311;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0338033;OID=.;OPOS=19951207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:51:52:60:61:0.539823:22:38:25:26:23:38:25:27 chr22 19951346 . C T 162.56 PASS AF=0.261364;AO=23;DP=88;FAO=23;FDP=88;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=0.0196894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4456;QD=7.389;RBI=0.0197139;REFB=-0.0123924;REVB=0.000984281;RO=64;SAF=9;SAR=14;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261396;STB=0.661388;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0332896;OID=.;OPOS=19951346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:64:65:23:23:0.261364:14:9:39:25:14:9:40:25 chr22 19959473 . C T 133.73 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0336353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.769;QD=7.98369;RBI=0.0643092;REFB=-0.0152951;REVB=0.0548118;RO=48;SAF=10;SAR=9;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561395;STB=0.533716;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.025422;OID=.;OPOS=19959473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:48:19:19:0.283582:9:10:23:25:9:10:23:25 chr22 19959955 . A G 362.0 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.041794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.28;QD=17.8765;RBI=0.0435834;REFB=-0.0200965;REVB=-0.0123601;RO=43;SAF=20;SAR=18;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123951;STB=0.569175;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0178994;OID=.;OPOS=19959955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:18:20:17:26:18:20:17:26 chr22 19960498 . C A 52.87 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.035963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.156;QD=7.0491;RBI=0.0377222;REFB=-0.0216336;REVB=-0.0113855;RO=22;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341461;STB=0.521684;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0618141;OID=.;OPOS=19960498;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:6:2:6:16:6:2:6:16 chr22 19965047 . G A 252.85 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0723878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.249;QD=21.5194;RBI=0.0733315;REFB=-0.00928317;REVB=0.0117267;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401138;STB=0.509083;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0135191;OID=.;OPOS=19965047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:23:24:0.510638:14:9:10:13:14:10:10:13 chr22 19969075 . A G 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0166107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.904;QD=12.6376;RBI=0.0167975;REFB=-0.0217895;REVB=-0.00249761;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224007;STB=0.653114;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0440633;OID=.;OPOS=19969075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:21:13:13:0.382353:7:6:13:6:7:6:15:6 chr22 20044023 . C T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0384594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.025;QD=10.4719;RBI=0.0386199;REFB=-0.0164768;REVB=0.00351691;RO=24;SAF=1;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.581816;STB=0.860722;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0104889;OID=.;OPOS=20044023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:11:1:12:12:11:1:12:12 chr22 20127723 . C T 172.2 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0296001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.609;QD=9.70142;RBI=0.0298886;REFB=-0.0035853;REVB=-0.00414318;RO=47;SAF=14;SAR=9;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359417;STB=0.511618;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0131476;OID=.;OPOS=20127723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:48:23:23:0.323944:9:14:30:17:9:14:30:18 chr22 20136379 . C A 322.34 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00168559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1835;QD=16.5302;RBI=0.0237424;REFB=-0.0182814;REVB=0.0236825;RO=43;SAF=26;SAR=9;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231234;STB=0.630882;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.022704;OID=.;OPOS=20136379;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:9:26:23:20:9:26:23:20 chr22 20137723 . C T 90.43 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0164982;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.33;QD=7.86354;RBI=0.0165074;REFB=-0.0130156;REVB=0.000552911;RO=33;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779022;STB=0.562393;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0289525;OID=.;OPOS=20137723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:33:34:12:12:0.26087:8:4:13:20:8:4:14:20 chr22 20138105 . T C 440.98 PASS AF=0.544304;AO=42;DP=78;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0556035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.689;QD=22.328;RBI=0.0559111;REFB=-0.0137747;REVB=0.00585718;RO=35;SAF=22;SAR=20;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394485;STB=0.522245;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00989226;OID=.;OPOS=20138105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:35:36:42:43:0.544304:20:22:20:15:20:23:21:15 chr22 20230236 . G A 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.000531647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.679;QD=6.39478;RBI=0.0847616;REFB=-0.00552478;REVB=0.0847599;RO=29;SAF=6;SAR=3;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153032;STB=0.509782;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0179767;OID=.;OPOS=20230236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:3:6:19:10:3:6:19:10 chr22 20230454 . G A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0313294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.589;QD=11.6343;RBI=0.0433447;REFB=-0.0267754;REVB=-0.0299539;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334607;STB=0.6996;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0308086;OID=.;OPOS=20230454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:3:7:6:10:3:7:6:10 chr22 20302797 . ACC AAC,A,AC 151.0 PASS AF=0.047619,0.0714286,0.452381;AO=6,4,11;DP=38;FAO=2,3,19;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=1,2,13;FSAR=1,1,6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.100198,-0.0115598,-0.0224421;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=18.783,22.6819,14.8537;QD=14.3805;RBI=0.120876,0.0316784,0.0587333;REFB=-0.0533928,-0.049896,-0.0945252;REVB=-0.0676111,-0.0294939,-0.0542767;RO=17;SAF=1,2,10;SAR=5,2,1;SRF=12;SRR=5;SSEN=0,0.353952,0.353952;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.576055,-0.241343,0.375057;STB=0.698327,0.555204,0.521717;STBP=0.704,0.88,0.821;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0237717,0.0523672,0.0633408;OID=.,.,.;OPOS=20302798,20302798,20302798;OREF=C,CC,C;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAC,A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.047619,0.0714286,0.452381:6,4,11:38:2,3,19:42:18:1,2,13:1,1,6:13:5:99:17:1,2,10:5,2,1:12:5 chr22 20458029 . A C 65.89 PASS AF=0.169014;AO=12;DP=71;FAO=12;FDP=71;FR=.;FRO=59;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00112507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.291;QD=3.71195;RBI=0.048868;REFB=-0.0127805;REVB=-0.048855;RO=57;SAF=2;SAR=10;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384648;STB=0.753715;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0529782;OID=.;OPOS=20458029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:71:71:57:59:12:12:0.169014:10:2:25:32:10:2:25:34 chr22 20771144 . A T 1307.67 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00194875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.479;QD=60.822;RBI=0.0193032;REFB=-0.0886711;REVB=0.0192046;RO=1;SAF=52;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141381;STB=0.507461;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000675683;OID=.;OPOS=20771144;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:86:1:1:85:85:0.988372:33:52:0:1:33:52:0:1 chr22 20784050 . T A 174.83 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0350615;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.216;QD=17.9315;RBI=0.0525874;REFB=-0.00943914;REVB=0.0391935;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224476;STB=0.512806;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0121466;OID=.;OPOS=20784050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:21:21:18:18:0.461538:9:9:10:11:9:9:10:11 chr22 20800835 . A G 271.43 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00960949;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.304;QD=17.7986;RBI=0.0174884;REFB=-0.0159557;REVB=-0.0146117;RO=30;SAF=12;SAR=17;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765761;STB=0.54103;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0264482;OID=.;OPOS=20800835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:29:30:0.491803:17:12:10:20:17:13:11:20 chr22 20847472 . A T 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.00338464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.816;QD=15.5772;RBI=0.0185647;REFB=-0.00203304;REVB=-0.0182536;RO=29;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253997;STB=0.649883;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00185365;OID=.;OPOS=20847472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:11:13:8:21:11:13:8:22 chr22 20862646 . T G 211.2 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0167041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.176;QD=9.93897;RBI=0.0189929;REFB=-0.00263858;REVB=-0.0090389;RO=58;SAF=7;SAR=20;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369409;STB=0.717324;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00556231;OID=.;OPOS=20862646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:58:58:27:27:0.317647:20:7:33:25:20:7:33:25 chr22 20891497 . GC GCCCTA,G 181.81 PASS AF=0.385965,0;AO=22,11;DP=58;FAO=22,0;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=10,0;FSAR=12,0;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.006452,-0.0787054;FXX=0.0172384;HRUN=3,3;LEN=4,1;MLLD=214.276,16.5994;QD=12.7584;RBI=0.00941203,0.316834;REFB=-0.00731194,-0.151065;REVB=-0.00685259,-0.306903;RO=22;SAF=10,0;SAR=12,11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0806656,-0.791021;STB=0.53395,0.5;STBP=0.705,1;TYPE=ins,del;VARB=0.00941675,0.0588148;OID=.,.;OPOS=20891499,20891498;OREF=-,C;OALT=CCTA,-;OMAPALT=GCCCTA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385965,0:22,11:58:22,0:57:35:10,0:12,0:14:21:99:22:10,0:12,11:12:10 chr22 20909370 . C T 114.83 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=-0.00407347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.097;QD=7.06664;RBI=0.00936074;REFB=-0.00943216;REVB=0.00842795;RO=47;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025827;STB=0.502181;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0289668;OID=.;OPOS=20909370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:48:17:17:0.261538:12:5:13:34:12:5:14:34 chr22 20940085 . G A 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00829109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.738;QD=10.3775;RBI=0.0555771;REFB=-0.043755;REVB=0.0549552;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124271;STB=0.575055;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0842928;OID=.;OPOS=20940085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:9:7:5:4:9:7 chr22 21044848 . A T 230.81 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0138267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.84;QD=38.4684;RBI=0.0138277;REFB=-0.0473132;REVB=-0.000167252;RO=4;SAF=11;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153754;STB=0.508395;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0118636;OID=.;OPOS=21044848;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:24:4:4:20:20:0.833333:9:11:2:2:9:11:2:2 chr22 21066789 . A G 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.000630519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.151;QD=16.4059;RBI=0.0201246;REFB=-0.0186266;REVB=-0.0201147;RO=37;SAF=17;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137584;STB=0.577309;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0236175;OID=.;OPOS=21066789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:14:17:15:22:14:17:15:22 chr22 21066897 . G A 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0704476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.098;QD=19.9285;RBI=0.0737744;REFB=0.0265347;REVB=-0.0219041;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104918;STB=0.559899;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00221986;OID=.;OPOS=21066897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:7:5:5:4:7:5:5:4 chr22 21068912 . C T 98.29 PASS AF=0.177083;AO=17;DP=96;FAO=17;FDP=96;FR=.;FRO=79;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0417945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.906;QD=4.09533;RBI=0.0524428;REFB=-0.0109079;REVB=-0.0316775;RO=78;SAF=9;SAR=8;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371214;STB=0.518996;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0633469;OID=.;OPOS=21068912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:96:96:78:79:17:17:0.177083:8:9:39:39:8:9:40:39 chr22 21073011 . T C 686.79 PASS AF=0.410811;AO=76;DP=185;FAO=76;FDP=185;FR=.;FRO=109;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=51;FSRR=58;FWDB=0.00857755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.595;QD=14.8496;RBI=0.0105042;REFB=9.82967e-05;REVB=-0.0060634;RO=109;SAF=44;SAR=32;SRF=51;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117154;STB=0.565697;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.000121167;OID=.;OPOS=21073011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:109:109:76:76:0.410811:32:44:51:58:32:44:51:58 chr22 21079909 . A G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00379779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.895;QD=18.8286;RBI=0.00974197;REFB=-0.0218717;REVB=-0.00897122;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238229;STB=0.62252;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0247929;OID=.;OPOS=21079909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:12:8:14:7:12:8:14:8 chr22 21141300 . T C 306.14 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0307434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.241;QD=15.3071;RBI=0.0324344;REFB=0.00248663;REVB=0.0103359;RO=46;SAF=15;SAR=19;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157894;STB=0.508923;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.0033143;OID=.;OPOS=21141300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:19:15:21:25:19:15:21:25 chr22 21167787 . G A 291.37 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0106444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.526;QD=14.3888;RBI=0.0125959;REFB=-0.00304813;REVB=-0.00673464;RO=47;SAF=13;SAR=20;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14427;STB=0.588181;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00536842;OID=.;OPOS=21167787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:48:33:33:0.407407:20:13:25:22:20:13:26:22 chr22 21213416 . A G 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00541339;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=359.177;QD=17.9561;RBI=0.0257903;REFB=-0.00096857;REVB=-0.0252157;RO=17;SAF=15;SAR=1;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.674092;STB=0.894921;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00119134;OID=.;OPOS=21213416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:1:15:6:11:1:15:6:11 chr22 21301005 . T C 526.54 PASS AF=1;AO=20;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0969453;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.637;QD=60.1756;RBI=0.101065;REFB=0;REVB=0.028563;RO=0;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618863;OID=.;OPOS=21301005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:20:35:1:19:1:0:0:23:12:0:0 chr22 21304320 . G A 126.02 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=78;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0149219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.907;QD=6.46269;RBI=0.0236865;REFB=-0.00278264;REVB=-0.0183953;RO=59;SAF=15;SAR=4;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47103;STB=0.789169;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00919885;OID=.;OPOS=21304320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:59:59:19:19:0.24359:4:15:24:35:4:15:24:35 chr22 21304408 . A G 739.21 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0258803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.425;QD=54.7563;RBI=0.0276568;REFB=-0.0938885;REVB=-0.00975231;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.511107;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00066918;OID=.;OPOS=21304408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:22:31:0:0:22:31:0:1 chr22 21306743 . A G 886.9 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0473793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6316;QD=56.3113;RBI=0.0715896;REFB=-0.0650243;REVB=0.0536682;RO=1;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129354;STB=0.506847;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00190668;OID=.;OPOS=21306743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:36:26:0:1:36:26:0:1 chr22 21307712 . AAAC A 375.4 PASS AF=0.847826;AO=30;DP=37;FAO=39;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0428984;FXX=0.079984;HRUN=4;LEN=3;MLLD=157.973;QD=32.6436;RBI=0.072853;REFB=-0.0909013;REVB=0.0588837;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.325513;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508193;STBP=0.829;TYPE=del;VARB=0.00793942;OID=.;OPOS=21307713;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.847826:30:37:39:46:7:26:13:5:2:23:0:21:9:0:0 chr22 21327589 . C T 335.86 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0180378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.201;QD=22.3904;RBI=0.0228629;REFB=-0.0154324;REVB=-0.0140482;RO=25;SAF=20;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174974;STB=0.604228;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0117133;OID=.;OPOS=21327589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:25:26:34:34:0.566667:14:20:9:16:14:20:9:17 chr22 21331043 . A T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.058;QD=55.098;RBI=0.0401291;REFB=0;REVB=0.0360726;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334193;OID=.;OPOS=21331043;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr22 21335259 . C A 135.87 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00924338;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.322;QD=9.70528;RBI=0.0212034;REFB=-0.0304906;REVB=-0.0190826;RO=38;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241442;STB=0.641874;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0500904;OID=.;OPOS=21335259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:8:10:13:25:8:10:13:25 chr22 21335606 . C T 613.27 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0922432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5866;QD=61.3268;RBI=0.0926065;REFB=0;REVB=0.00819446;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000891314;OID=.;OPOS=21335606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:20:19:0:0:21:19:0:0 chr22 21335611 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00591452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.825;QD=61.684;RBI=0.0112475;REFB=0;REVB=0.00956689;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12073e-05;OID=.;OPOS=21335611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr22 21337325 . G A 289.72 PASS AF=0.508197;AO=30;DP=60;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0442438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.588;QD=18.9978;RBI=0.0458561;REFB=-0.0269764;REVB=0.0120524;RO=29;SAF=17;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133701;STB=0.507458;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.025534;OID=.;OPOS=21337325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:29:30:30:31:0.508197:13:17:16:13:14:17:16:14 chr22 21348914 . C T 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00123799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.847;QD=21.3769;RBI=0.00420414;REFB=-0.0201341;REVB=-0.00401773;RO=22;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100633;STB=0.556372;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0188929;OID=.;OPOS=21348914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:12:11:8:14:12:11:8:14 chr22 21354970 . C G 1712.4 PASS AF=0.991379;AO=111;DP=111;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0071398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.748;QD=59.0484;RBI=0.0284624;REFB=-0.0414742;REVB=0.0275523;RO=0;SAF=68;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58685e-08;STB=0.505746;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=3.91748e-05;OID=.;OPOS=21354970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:116:0:1:111:115:0.991379:43:68:0:0:43:72:0:1 chr22 21356824 . G A 829.48 PASS AF=0.506024;AO=84;DP=166;FAO=84;FDP=166;FR=.;FRO=82;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.00776814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.151;QD=19.9876;RBI=0.0116469;REFB=-0.024715;REVB=0.00867791;RO=81;SAF=49;SAR=35;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699485;STB=0.541741;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0243795;OID=.;OPOS=21356824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:81:82:84:84:0.506024:35:49:41:40:35:49:41:41 chr22 21356892 . AAGAC A 305.82 PASS AF=0.414634;AO=48;DP=130;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.0222886;FXX=0.0159987;HRUN=3;LEN=4;MLLD=267.645;QD=9.94526;RBI=0.022566;REFB=-0.0130276;REVB=-0.00352766;RO=74;SAF=25;SAR=23;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223306;STB=0.544973;STBP=0.404;TYPE=del;VARB=0.0223141;OID=.;OPOS=21356893;OREF=AGAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414634:48:130:51:123:72:28:23:34:38:99:74:25:23:37:37 chr22 21356925 . T A 391.35 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0316368;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.5836;QD=19.3261;RBI=0.0390012;REFB=-0.000399648;REVB=0.0228081;RO=36;SAF=24;SAR=16;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180743;STB=0.617589;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=8.80303e-05;OID=.;OPOS=21356925;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:36:41:40:40:0.493827:16:24:14:22:16:24:15:26 chr22 21370237 . T G 433.56 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0203889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3039;QD=23.4357;RBI=0.0805564;REFB=-0.0218937;REVB=-0.0779334;RO=31;SAF=21;SAR=21;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374267;STB=0.527014;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.028511;OID=.;OPOS=21370237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:32:42:42:0.567568:21:21:14:17:21:21:14:18 chr22 21384578 . C T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.034884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3819;QD=15.8821;RBI=0.0521057;REFB=-0.0123511;REVB=-0.0387055;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215579;STB=0.5998;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0267288;OID=.;OPOS=21384578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:9:10:10:10:0.5:4:6:3:6:4:6:4:6 chr22 21570296 . A G 130.69 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.563;QD=43.5631;RBI=0.00398587;REFB=0;REVB=0.00398587;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57159e-05;OID=.;OPOS=21570296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:11:0:0:0:12:0:0:0 chr22 21797094 . C G 227.09 PASS AF=0.95;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0736332;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=41.0438;QD=45.4179;RBI=0.189013;REFB=0.0605396;REVB=0.174081;RO=2;SAF=13;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493825;STB=0.518499;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0035152;OID=.;OPOS=21797094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:2:1:18:19:0.95:5:13:1:1:6:13:1:0 chr22 21800444 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.207;QD=59.1432;RBI=0.0387994;REFB=0;REVB=0.0307897;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011163;OID=.;OPOS=21800444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr22 21801588 . T A 804.92 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970783;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.626;QD=57.494;RBI=0.0117255;REFB=0;REVB=0.00657615;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211208;OID=.;OPOS=21801588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr22 21822725 . T C 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9268;QD=62.9797;RBI=0.0389797;REFB=0;REVB=-0.0155981;RO=0;SAF=4;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000520852;OID=.;OPOS=21822725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:41:4:0:0:41:4:0:0 chr22 21841121 . TTCTTA T 50.0 PASS AO=41;DP=74;LEN=5;RO=33;SAF=24;SAR=23;SRF=5;SRR=22;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=21841122;OREF=TCTTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:74:33:41:23:24:5:22 chr22 21984205 . A G 150.59 PASS AF=0.287671;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00929939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5682;QD=8.25175;RBI=0.056711;REFB=-0.00474113;REVB=-0.0559434;RO=50;SAF=14;SAR=7;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180143;STB=0.609417;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0106222;OID=.;OPOS=21984205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:50:52:21:21:0.287671:7:14:26:24:7:14:27:25 chr22 22317316 . G A 127.81 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00426194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.817;QD=8.24585;RBI=0.00745894;REFB=-0.00610856;REVB=0.00612141;RO=42;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473977;STB=0.509081;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0134701;OID=.;OPOS=22317316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:44:18:18:0.290323:10:8:17:25:10:8:19:25 chr22 22516998 . C T 321.05 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0220763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.975;QD=13.8086;RBI=0.0248697;REFB=-0.0131751;REVB=0.0114517;RO=57;SAF=10;SAR=26;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19299;STB=0.610673;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0217145;OID=.;OPOS=22516998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:57:36:36:0.387097:26:10:25:32:26:10:25:32 chr22 22517026 . T C 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00582282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.641;QD=61.2132;RBI=0.00582861;REFB=0;REVB=-0.000259713;RO=0;SAF=28;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69621e-06;OID=.;OPOS=22517026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:51:28:0:0:51:28:0:0 chr22 22550401 . C G 267.55 PASS AF=0.397436;AO=27;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0283616;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.921;QD=13.7203;RBI=0.028539;REFB=-0.023858;REVB=-0.00317754;RO=38;SAF=11;SAR=16;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693357;STB=0.528907;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0343853;OID=.;OPOS=22550401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:47:27:31:0.397436:16:11:18:20:16:15:25:22 chr22 22550450 . C G 565.65 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0365277;FXX=0.0208312;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5385;QD=24.07;RBI=0.0365562;REFB=-0.00525148;REVB=-0.00144304;RO=44;SAF=27;SAR=25;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110519;STB=0.551001;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0037488;OID=.;OPOS=22550450;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:44:42:52:52:0.553191:25:27:17:27:25:27:17:25 chr22 22550510 . T G 1573.43 PASS AF=0.955752;AO=108;DP=118;FAO=108;FDP=113;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0177367;FXX=0.0423693;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.566;QD=55.6965;RBI=0.0177758;REFB=0.00126537;REVB=-0.00117779;RO=5;SAF=49;SAR=59;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123611;STB=0.50652;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-7.74832e-05;OID=.;OPOS=22550510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:118:113:5:5:108:108:0.955752:59:49:3:2:59:49:3:2 chr22 22569448 . T A 362.37 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0289592;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5177;QD=20.1315;RBI=0.0696112;REFB=-0.0351701;REVB=-0.0633015;RO=36;SAF=16;SAR=21;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604904;STB=0.512188;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0334045;OID=.;OPOS=22569448;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:36:35:37:37:0.513889:21:16:18:18:21:16:16:19 chr22 22569554 . C A 393.4 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0194551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.629;QD=22.48;RBI=0.0298989;REFB=-0.025579;REVB=-0.0227034;RO=31;SAF=20;SAR=19;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546472;STB=0.530087;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0241296;OID=.;OPOS=22569554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:19:20:18:13:19:20:18:13 chr22 22569640 . T G 196.47 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0409198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7971;QD=18.2763;RBI=0.0783149;REFB=-0.0115438;REVB=-0.0667742;RO=22;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198794;STB=0.626734;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0288741;OID=.;OPOS=22569640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:6:14:11:11:6:14:11:12 chr22 22599380 . G A 219.57 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0273856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.108;QD=13.5121;RBI=0.0288152;REFB=-0.0128024;REVB=0.00896375;RO=38;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084158;STB=0.54791;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0141519;OID=.;OPOS=22599380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:12:15:18:20:12:15:18:20 chr22 22681721 . T C 205.27 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=-0.0289659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6495;QD=14.6624;RBI=0.0414831;REFB=-0.00132025;REVB=-0.0296956;RO=31;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308141;STB=0.678442;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.000195881;OID=.;OPOS=22681721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:32:24:24:0.428571:12:12:6:25:12:12:6:26 chr22 22681765 . G A 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=-0.0037682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.771;QD=19.1094;RBI=0.0037915;REFB=-0.0173867;REVB=-0.000419666;RO=26;SAF=12;SAR=15;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269959;STB=0.649025;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0266779;OID=.;OPOS=22681765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:15:12:4:22:15:12:4:22 chr22 22698027 . A G 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0473;QD=56.9539;RBI=0.0434275;REFB=0;REVB=-0.0390954;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000606658;OID=.;OPOS=22698027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr22 22707275 . C A 275.15 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.0151497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.88;QD=12.9484;RBI=0.0190843;REFB=-0.0203202;REVB=-0.0116059;RO=51;SAF=19;SAR=13;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829539;STB=0.543738;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0310828;OID=.;OPOS=22707275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:53:32:32:0.376471:13:19:34:17:13:19:35:18 chr22 22707299 . A C 280.68 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0618726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0036;QD=12.0721;RBI=0.0738131;REFB=-0.0151186;REVB=-0.0402512;RO=57;SAF=19;SAR=14;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435909;STB=0.516076;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0257253;OID=.;OPOS=22707299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:60:33:33:0.354839:14:19:35:22:14:19:36:24 chr22 22707309 . C T 290.84 PASS AF=0.350515;AO=34;DP=97;FAO=34;FDP=97;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.00397733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4278;QD=11.9934;RBI=0.0439622;REFB=-0.00523834;REVB=0.0437819;RO=63;SAF=19;SAR=15;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881882;STB=0.550686;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0103642;OID=.;OPOS=22707309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:63:63:34:34:0.350515:15:19:40:23:15:19:40:23 chr22 22707473 . C G 164.39 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0579241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9432;QD=13.6991;RBI=0.0933367;REFB=0.0248625;REVB=0.0731884;RO=30;SAF=11;SAR=7;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103552;STB=0.559936;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.0345151;OID=.;OPOS=22707473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:7:11:21:9:7:11:21:9 chr22 22707555 . A G 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0777134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.847;QD=7.03195;RBI=0.122743;REFB=-0.00163443;REVB=0.095008;RO=24;SAF=2;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496474;STB=0.822877;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0114503;OID=.;OPOS=22707555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:24:26:9:9:0.257143:7:2:16:8:7:2:18:8 chr22 22707557 . C G 53.17 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00467205;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0352;QD=6.07632;RBI=0.0329941;REFB=-0.0104501;REVB=0.0326616;RO=27;SAF=1;SAR=7;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.638597;STB=0.902334;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0461638;OID=.;OPOS=22707557;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:35:35:27:27:8:8:0.228571:7:1:19:8:7:1:19:8 chr22 22707608 . C A 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0367309;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.626;QD=6.02664;RBI=0.0383392;REFB=-0.00464651;REVB=-0.010988;RO=30;SAF=2;SAR=7;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477068;STB=0.79396;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0387613;OID=.;OPOS=22707608;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:30:31:9:9:0.225:7:2:19:11:7:2:19:12 chr22 22707621 . G A 70.51 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0563872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.249;QD=7.0511;RBI=0.061203;REFB=-0.0268947;REVB=0.0237969;RO=29;SAF=2;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492066;STB=0.814923;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0294327;OID=.;OPOS=22707621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:29:30:10:10:0.25:8:2:18:11:8:2:19:11 chr22 22707638 . AG GA 69.54 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00368523;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=216.127;QD=6.18162;RBI=0.0190411;REFB=-0.00593698;REVB=-0.0186811;RO=34;SAF=2;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468981;STB=0.7922;STBP=0.043;TYPE=mnp;VARB=0.0190596;OID=.;OPOS=22707638;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:34:35:10:10:0.222222:8:2:20:14:8:2:20:15 chr22 22707646 . T C 59.16 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0110993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.663;QD=5.25886;RBI=0.0111016;REFB=-0.00471983;REVB=0.000226772;RO=36;SAF=2;SAR=7;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435163;STB=0.78474;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0157189;OID=.;OPOS=22707646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:7:2:21:15:7:2:21:15 chr22 22707696 . G C 41.35 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0256593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.67;QD=3.93848;RBI=0.0268652;REFB=-0.00230537;REVB=0.00795856;RO=35;SAF=2;SAR=5;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216976;STB=0.651721;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00734103;OID=.;OPOS=22707696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:5:2:16:19:5:2:16:19 chr22 22707713 . G T 42.11 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0188576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.286;QD=4.55264;RBI=0.0196592;REFB=-0.00367183;REVB=-0.00555673;RO=30;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109926;STB=0.574997;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00293887;OID=.;OPOS=22707713;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:5:2:11:19:5:2:11:19 chr22 22707728 . C T 51.25 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0286005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.25;QD=5.54028;RBI=0.028668;REFB=-0.0162486;REVB=0.00196531;RO=28;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104561;STB=0.589924;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0139215;OID=.;OPOS=22707728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:28:29:8:8:0.216216:6:2:9:19:6:2:10:19 chr22 22707782 . T C 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00210967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.264;QD=7.12511;RBI=0.00882551;REFB=-0.0042093;REVB=-0.00856965;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633268;STB=0.540421;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0111842;OID=.;OPOS=22707782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:5:2:6:12:5:2:6:12 chr22 22712467 . T G 473.35 PASS AF=0.485714;AO=50;DP=104;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=13;FWDB=0.0175514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.264;QD=18.0325;RBI=0.0232448;REFB=-0.00361039;REVB=0.0152403;RO=52;SAF=28;SAR=22;SRF=39;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182657;STB=0.61152;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0035709;OID=.;OPOS=22712467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:52:54:50:51:0.485714:22:28:39:13:23:28:41:13 chr22 22724394 . T C 712.93 PASS AF=0.480769;AO=75;DP=157;FAO=75;FDP=156;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.0121653;FXX=0.00636902;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.826;QD=18.2802;RBI=0.0126626;REFB=-0.00223832;REVB=0.00351403;RO=80;SAF=28;SAR=47;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121948;STB=0.564647;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00204312;OID=.;OPOS=22724394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:80:81:75:75:0.480769:47:28:40:40:47:28:40:41 chr22 22730634 . G A 290.1 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0120978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2985;QD=16.5768;RBI=0.013238;REFB=-0.00166505;REVB=-0.0053749;RO=38;SAF=18;SAR=14;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00966392;STB=0.505431;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00196067;OID=.;OPOS=22730634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:14:18:21:17:14:18:21:17 chr22 22730787 . G A 174.42 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00594501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.602;QD=9.82629;RBI=0.0180275;REFB=-0.00579301;REVB=-0.017019;RO=48;SAF=12;SAR=11;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713631;STB=0.541836;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0105667;OID=.;OPOS=22730787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:48:23:23:0.323944:11:12:28:20:11:12:28:20 chr22 22842206 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.58;QD=56.9997;RBI=0.0340031;REFB=0;REVB=0.0230189;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260873;OID=.;OPOS=22842206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:32:21:0:0:32:22:0:0 chr22 22842957 . T G 1897.39 PASS AF=0.969231;AO=126;DP=130;FAO=126;FDP=130;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0191844;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.837;QD=58.3812;RBI=0.019205;REFB=-0.00169405;REVB=0.000889188;RO=3;SAF=45;SAR=81;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148175;STB=0.504772;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=1.86889e-05;OID=.;OPOS=22842957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:130:130:3:4:126:126:0.969231:81:45:2:1:81:45:2:2 chr22 22843118 . C T 1171.98 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.912;QD=60.8819;RBI=0.00397177;REFB=0;REVB=-0.00362285;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.37817e-06;OID=.;OPOS=22843118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:35:42:0:0:35:42:0:0 chr22 22868493 . G T 712.26 PASS AF=0.44;AO=77;DP=175;FAO=77;FDP=175;FR=.;FRO=98;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=-0.0157383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.765;QD=16.2802;RBI=0.0175946;REFB=0.00490844;REVB=-0.0078661;RO=98;SAF=47;SAR=30;SRF=43;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173547;STB=0.596689;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0113237;OID=.;OPOS=22868493;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:98:98:77:77:0.44:30:47:43:55:30:47:43:55 chr22 22868497 . G C 699.09 PASS AF=0.436782;AO=76;DP=174;FAO=76;FDP=174;FR=.;FRO=98;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=-0.00585302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.465;QD=16.0711;RBI=0.0217851;REFB=-0.00339445;REVB=-0.0209842;RO=97;SAF=44;SAR=32;SRF=41;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15689;STB=0.584519;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00382173;OID=.;OPOS=22868497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:97:98:76:76:0.436782:32:44:41:56:32:44:42:56 chr22 22868773 . G A 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00193086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.055;QD=24.2461;RBI=0.00774918;REFB=-0.0145113;REVB=0.00750477;RO=20;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558334;STB=0.531059;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0139938;OID=.;OPOS=22868773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:13:12:11:9:13:12:11:9 chr22 22868776 . G A 267.35 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0114433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8463;QD=21.8244;RBI=0.0260611;REFB=0.0152991;REVB=0.0234144;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538525;STB=0.530155;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.0246117;OID=.;OPOS=22868776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:13:12:13:11:13:12:13:11 chr22 22869123 . T C 910.97 PASS AF=0.476684;AO=90;DP=192;FAO=92;FDP=193;FR=.;FRO=101;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=0.0389886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3184;QD=18.8802;RBI=0.0403086;REFB=-0.0154256;REVB=0.010231;RO=100;SAF=46;SAR=44;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296292;STB=0.513456;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0118485;OID=.;OPOS=22869123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:100:101:90:92:0.476684:44:46:48:52:45:47:49:52 chr22 22869209 . C G 530.08 PASS AF=0.47541;AO=51;DP=115;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0767317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8957;QD=17.3798;RBI=0.0836167;REFB=-0.0320428;REVB=-0.0332264;RO=63;SAF=24;SAR=27;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418352;STB=0.549898;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0405113;OID=.;OPOS=22869209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:122:63:64:51:58:0.47541:27:24:27:36:28:30:27:37 chr22 22869218 . T C 546.52 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=114;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0454131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.3737;QD=18.8454;RBI=0.06063;REFB=-0.0080069;REVB=0.0401702;RO=57;SAF=27;SAR=30;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639627;STB=0.542947;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00943159;OID=.;OPOS=22869218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:57:59:57:57:0.491379:30:27:23:34:30:27:23:36 chr22 22869538 . A G 113.82 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0210888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.531;QD=9.89719;RBI=0.0249102;REFB=0.00164365;REVB=0.0132582;RO=31;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100565;STB=0.571326;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00523652;OID=.;OPOS=22869538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:32:14:14:0.304348:6:8:15:16:6:8:15:17 chr22 22869545 . T G 113.83 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0110449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.693;QD=9.89823;RBI=0.0130051;REFB=-0.00130418;REVB=0.00686612;RO=32;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118442;STB=0.571326;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00495526;OID=.;OPOS=22869545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:6:8:15:17:6:8:15:17 chr22 22869548 . T C 104.42 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00277864;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.475;QD=9.71338;RBI=0.0236573;REFB=-0.00695026;REVB=0.0234936;RO=30;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443735;STB=0.52684;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0162416;OID=.;OPOS=22869548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:6:7:15:15:6:7:15:15 chr22 22869649 . G C 180.67 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0283584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2198;QD=13.898;RBI=0.0330465;REFB=-0.00472178;REVB=-0.0169667;RO=31;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289481;STB=0.516618;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00665803;OID=.;OPOS=22869649;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:8:13:20:11:8:13:20:11 chr22 22869742 . C A 483.6 PASS AF=0.5;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0244511;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.111;QD=20.5785;RBI=0.0249959;REFB=-0.011055;REVB=-0.00518984;RO=46;SAF=29;SAR=18;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682062;STB=0.533225;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0114034;OID=.;OPOS=22869742;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:46:47:47:47:0.5:18:29:25:21:18:29:26:21 chr22 22890881 . G T 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0127682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.254;QD=6.85039;RBI=0.0178545;REFB=-0.00111692;REVB=0.0124802;RO=31;SAF=5;SAR=5;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17523;STB=0.609547;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00506536;OID=.;OPOS=22890881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:5:5:20:11:5:5:20:11 chr22 22890921 . G A 193.73 PASS AF=0.375;AO=23;DP=63;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0166667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.212;QD=12.1081;RBI=0.0178703;REFB=0.00432677;REVB=0.00644726;RO=40;SAF=19;SAR=4;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416112;STB=0.749766;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0149058;OID=.;OPOS=22890921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:40:40:23:24:0.375:4:19:20:20:4:20:20:20 chr22 22899234 . A G 755.79 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000875117;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4362;QD=57.0409;RBI=0.0187027;REFB=0;REVB=-0.0186822;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126422;OID=.;OPOS=22899234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:52:53:1:33:19:0:0:33:20:0:0 chr22 22986606 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.29;QD=37.4883;RBI=0.0359247;REFB=0;REVB=-0.0178586;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000747241;OID=.;OPOS=22986606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr22 22986764 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.686;QD=42.1826;RBI=0.0421481;REFB=0;REVB=0.0376409;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231682;OID=.;OPOS=22986764;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr22 22989256 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.053;QD=40.7629;RBI=0.0554244;REFB=0;REVB=-0.0369271;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38632e-05;OID=.;OPOS=22989256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr22 22989270 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.912;QD=40.7629;RBI=0.0370257;REFB=0;REVB=-0.00657115;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000666475;OID=.;OPOS=22989270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr22 22989281 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0715352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.189;QD=43.4862;RBI=0.0962367;REFB=0;REVB=0.0643756;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.95978e-05;OID=.;OPOS=22989281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr22 23029263 . T C 392.12 PASS AF=0.43617;AO=42;DP=95;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.149236;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6052;QD=16.686;RBI=0.167654;REFB=-0.00540834;REVB=-0.076397;RO=53;SAF=15;SAR=27;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210602;STB=0.629173;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00391236;OID=.;OPOS=23029263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:53:53:42:41:0.43617:27:15:30:23:27:14:30:23 chr22 23029698 . T C 1347.21 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374148;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.039;QD=62.6608;RBI=0.0479947;REFB=0;REVB=0.0300602;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.01999e-05;OID=.;OPOS=23029698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:86:0:0:86:86:1:49:37:0:0:49:37:0:0 chr22 23040462 . T C 409.9 PASS AF=0.518987;AO=40;DP=78;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00531768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.367;QD=20.7542;RBI=0.00553723;REFB=-0.0146637;REVB=-0.00154377;RO=38;SAF=21;SAR=19;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118108;STB=0.559145;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0142458;OID=.;OPOS=23040462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:38:38:40:41:0.518987:19:21:25:13:19:22:25:13 chr22 23040767 . G T 881.99 PASS AF=0.463918;AO=90;DP=194;FAO=90;FDP=194;FR=.;FRO=104;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=45;FSRR=59;FWDB=-0.005434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.808;QD=18.1853;RBI=0.0164767;REFB=0.00170533;REVB=0.0155549;RO=104;SAF=38;SAR=52;SRF=45;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103711;STB=0.50574;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00206068;OID=.;OPOS=23040767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:104:104:90:90:0.463918:52:38:45:59:52:38:45:59 chr22 23047069 . C A 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00551178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.892;QD=13.8496;RBI=0.008764;REFB=-0.0119595;REVB=0.00681381;RO=25;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147043;STB=0.585262;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0210743;OID=.;OPOS=23047069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:8:8:9:16:8:8:9:16 chr22 23047104 . G A 188.93 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0634577;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.0712;QD=12.809;RBI=0.0636134;REFB=-0.0266588;REVB=0.00444782;RO=31;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952689;STB=0.584129;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0356862;OID=.;OPOS=23047104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:36:23:23:0.389831:14:9:15:16:14:9:19:17 chr22 23047144 . C T 333.65 PASS AF=0.433735;AO=35;DP=80;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00249043;FXX=0.0235266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.245;QD=16.0797;RBI=0.0155421;REFB=-0.0302813;REVB=0.0153413;RO=45;SAF=16;SAR=19;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539797;STB=0.50972;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0152126;OID=.;OPOS=23047144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:45:47:35:36:0.433735:19:16:23:22:19:17:23:24 chr22 23047146 . CCT TAC 307.76 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00868616;FXX=0.0459717;HRUN=4;LEN=3;MLLD=277.021;QD=14.8318;RBI=0.0268162;REFB=-0.0144865;REVB=-0.0253705;RO=49;SAF=17;SAR=17;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318574;STB=0.518062;STBP=0.793;TYPE=mnp;VARB=0.0354935;OID=.;OPOS=23047146;OREF=CCT;OALT=TAC;OMAPALT=TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:49:49:34:34:0.409639:17:17:23:26:17:17:23:26 chr22 23047290 . G A 502.44 PASS AF=0.509804;AO=53;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0170183;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.2102;QD=19.7036;RBI=0.0791045;REFB=-0.0328361;REVB=0.0772522;RO=49;SAF=19;SAR=34;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11948;STB=0.558638;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0305854;OID=.;OPOS=23047290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:50:53:52:0.509804:34:19:24:25:33:19:24:26 chr22 23054916 . G T 150.76 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0189595;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.697;QD=9.88585;RBI=0.0205711;REFB=-0.00140711;REVB=-0.00798165;RO=42;SAF=11;SAR=9;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249174;STB=0.524103;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00379719;OID=.;OPOS=23054916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:42:41:20:20:0.327869:9:11:24:18:9:11:24:17 chr22 23055421 . G A 330.04 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0152207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.028;QD=18.3356;RBI=0.0159577;REFB=-0.0173615;REVB=0.00479366;RO=37;SAF=22;SAR=13;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748524;STB=0.541644;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0195377;OID=.;OPOS=23055421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:13:22:26:11:13:22:26:11 chr22 23055440 . C A 1006.08 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.58;QD=59.1814;RBI=0.059274;REFB=0;REVB=0.0212147;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148986;OID=.;OPOS=23055440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:68:0:0:62:68:1:28:34:0:0:29:39:0:0 chr22 23055533 . G A 603.73 PASS AF=0.45;AO=63;DP=140;FAO=63;FDP=140;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.00796946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.698;QD=17.2494;RBI=0.0112062;REFB=-0.0148141;REVB=0.00787822;RO=76;SAF=37;SAR=26;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137929;STB=0.580334;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0207345;OID=.;OPOS=23055533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:76:77:63:63:0.45:26:37:34:42:26:37:34:43 chr22 23055539 . G T 648.58 PASS AF=0.471429;AO=66;DP=140;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.0178997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2501;QD=18.531;RBI=0.0423834;REFB=-0.00470852;REVB=0.0384182;RO=73;SAF=39;SAR=27;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132418;STB=0.577;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00570711;OID=.;OPOS=23055539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:73:74:66:66:0.471429:27:39:33:40:27:39:33:41 chr22 23055601 . G A 250.12 PASS AF=0.251748;AO=36;DP=144;FAO=36;FDP=143;FR=.;FRO=107;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=57;FSRR=50;FWDB=-0.0040535;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.066;QD=6.99642;RBI=0.00423128;REFB=0.000448136;REVB=-0.00121362;RO=107;SAF=16;SAR=20;SRF=57;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109576;STB=0.565855;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00168429;OID=.;OPOS=23055601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:107:107:36:36:0.251748:20:16:57:50:20:16:57:50 chr22 23055691 . G A 427.03 PASS AF=0.46;AO=43;DP=99;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0622648;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.862;QD=17.0812;RBI=0.063622;REFB=-0.0358972;REVB=-0.013071;RO=54;SAF=21;SAR=22;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482917;STB=0.508279;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.044508;OID=.;OPOS=23055691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:54:54:43:46:0.46:22:21:29:25:22:24:29:25 chr22 23063178 . C T 460.09 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0538201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1619;QD=21.3997;RBI=0.0583402;REFB=-0.0669605;REVB=0.022516;RO=41;SAF=29;SAR=16;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367041;STB=0.520242;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0620728;OID=.;OPOS=23063178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:41:45:45:0.523256:16:29:28:13:16:29:28:13 chr22 23077555 . T C 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00618185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.309;QD=59.6791;RBI=0.0396324;REFB=0;REVB=0.0391473;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43737e-05;OID=.;OPOS=23077555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr22 23089941 . ACT A 294.8 PASS AF=0.52459;AO=25;DP=62;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0597055;FXX=0.061529;HRUN=1;LEN=2;MLLD=221.413;QD=19.3312;RBI=0.0598295;REFB=-0.0211241;REVB=-0.00384946;RO=28;SAF=13;SAR=12;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25237;STB=0.662552;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=0.0258835;OID=.;OPOS=23089942;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52459:25:62:32:61:29:20:12:8:21:99:28:13:12:7:21 chr22 23090399 . G C 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00460781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.004;QD=17.3781;RBI=0.0150752;REFB=-0.0188953;REVB=0.0143538;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13078;STB=0.575089;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0147882;OID=.;OPOS=23090399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:7:3:5:6:7:3 chr22 23101215 . CA C,CG 220.13 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,16;DP=18;FAO=1,17;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1,7;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00194221,-0.00596897;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=161.34,182.12;QD=48.9176;RBI=0.0257124,0.0230057;REFB=0,0;REVB=0.0256389,0.0222179;RO=0;SAF=1,7;SAR=1,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0679226,-0.00772464;OID=.,.;OPOS=23101216,23101216;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0555556,0.944444:2,16:18:1,17:18:0:1,7:0,10:0:0:6:0:1,7:1,9:0:0 chr22 23101221 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.799;QD=50.4134;RBI=0.0362919;REFB=0;REVB=0.0166083;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279334;OID=.;OPOS=23101221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr22 23101247 . GC AT 63.87 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00841952;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.916;QD=9.12395;RBI=0.0465709;REFB=-0.0230177;REVB=0.0458035;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912882;STB=0.555432;STBP=0.755;TYPE=mnp;VARB=0.0369029;OID=.;OPOS=23101247;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:17:19:9:9:0.321429:5:4:9:8:5:4:10:9 chr22 23101280 . C T 594.09 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.387;QD=60.9324;RBI=0.0702216;REFB=0;REVB=0.0680585;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503701;OID=.;OPOS=23101280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:17:22:0:0 chr22 23101301 . A G 735.99 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.475;QD=62.6376;RBI=0.033275;REFB=0;REVB=0.0310862;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93786e-05;OID=.;OPOS=23101301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:18:27:0:0:19:28:0:0 chr22 23101559 . G T 2047.92 PASS AF=0.992481;AO=131;DP=132;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00437914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.07;QD=61.5917;RBI=0.0129602;REFB=-0.0417037;REVB=-0.0121979;RO=1;SAF=48;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0097982;STB=0.505154;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000643878;OID=.;OPOS=23101559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:133:1:1:131:132:0.992481:83:48:1:0:84:48:1:0 chr22 23101568 . T G 712.8 PASS AF=0.539062;AO=69;DP=128;FAO=69;FDP=128;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=-0.0018283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.033;QD=22.2751;RBI=0.0175604;REFB=-0.00330687;REVB=-0.0174649;RO=59;SAF=31;SAR=38;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12457;STB=0.568063;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00370467;OID=.;OPOS=23101568;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:59:59:69:69:0.539062:38:31:18:41:38:31:18:41 chr22 23101698 . C T 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0254531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.384;QD=10.7535;RBI=0.0300072;REFB=-0.0092716;REVB=-0.0158926;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459377;STB=0.527385;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0187033;OID=.;OPOS=23101698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:8:5:9:17:8:5:9:17 chr22 23114327 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.334;QD=60.6088;RBI=0.0556473;REFB=0;REVB=-0.0302691;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70632e-05;OID=.;OPOS=23114327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr22 23114350 . A G 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.749;QD=57.6731;RBI=0.0702103;REFB=0;REVB=-0.0262572;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321861;OID=.;OPOS=23114350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr22 23114993 . G A 664.82 PASS AF=0.472973;AO=70;DP=152;FAO=70;FDP=148;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.0067576;FXX=0.0263141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.699;QD=17.968;RBI=0.00676315;REFB=-0.0105034;REVB=0.000273828;RO=75;SAF=32;SAR=38;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00896713;STB=0.515899;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0122093;OID=.;OPOS=23114993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:148:75:78:70:70:0.472973:38:32:35:40:38:32:38:40 chr22 23241705 . G A 225.26 PASS AF=0.617647;AO=19;DP=33;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.048279;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.7426;QD=26.5015;RBI=0.0518163;REFB=-0.00716722;REVB=0.0188165;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.696808;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00386066;OID=.;OPOS=23241705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:0:13:19:21:0.617647:9:10:0:0:11:10:13:0 chr22 23241751 . GCT CTA,GCTA,GTA 533.01 PASS AF=0,1,0;AO=2,20,4;DP=36;FAO=0,37,0;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20,0;FSAR=0,17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264162,0.0236291,0.00586536;FXX=0;HRUN=4,0,1;LEN=3,1,2;MLLD=70.2204,82.442,80.6429;QD=57.6231;RBI=0.0319887,0.0699241,0.0905738;REFB=0,0,0;REVB=0.0180405,0.0658107,-0.0903837;RO=5;SAF=0,17,0;SAR=2,3,4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.589598,0.255115,-0.700982;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,ins,mnp;VARB=0.015365,0.000414818,0;OID=.,.,.;OPOS=23241751,23241754,23241752;OREF=GCT,-,CT;OALT=CTA,A,TA;OMAPALT=CTA,GCTA,GTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:36:37:5:0:2,20,4:0,37,0:0,1,0:2,3,4:0,17,0:2:3:0,17,0:0,20,0:0:0 chr22 23241754 . G A 30.58 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0291639;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.0315;QD=2.98329;RBI=0.0306857;REFB=-0.00494523;REVB=0.00954353;RO=35;SAF=2;SAR=4;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215425;STB=0.655216;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00842422;OID=.;OPOS=23241754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:41:41:35:35:6:6:0.146341:4:2:18:17:4:2:18:17 chr22 23247082 . C G 1775.01 PASS AF=0.622568;AO=158;DP=257;FAO=160;FDP=257;FR=.;FRO=97;FSAF=109;FSAR=51;FSRF=63;FSRR=34;FWDB=-0.0260676;FXX=0.011538;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.1703;QD=27.6266;RBI=0.028725;REFB=-0.00258421;REVB=0.0120668;RO=97;SAF=109;SAR=49;SRF=64;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245266;STB=0.513665;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00129393;OID=.;OPOS=23247082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:97:97:158:160:0.622568:49:109:64:33:51:109:63:34 chr22 23248758 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00750803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.754;QD=16.1724;RBI=0.0178891;REFB=-0.0190119;REVB=0.0162373;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.527743;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0218448;OID=.;OPOS=23248758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:20:16:16:0.444444:8:8:9:9:8:8:11:9 chr22 23256464 . G C 2084.35 PASS AF=0.971429;AO=136;DP=140;FAO=136;FDP=140;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.023324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8799;QD=59.5528;RBI=0.0321385;REFB=-0.0103283;REVB=-0.0221106;RO=4;SAF=50;SAR=86;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00688057;STB=0.503621;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00238329;OID=.;OPOS=23256464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:140:140:4:4:136:136:0.971429:86:50:1:3:86:50:1:3 chr22 23263602 . C T 2043.01 PASS AF=0.986486;AO=88;DP=148;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0173558;FXX=0.00671096;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.352;QD=55.2164;RBI=0.123493;REFB=-0.113139;REVB=0.122268;RO=1;SAF=69;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00681954;STB=0.506848;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0020388;OID=.;OPOS=23263602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:148:148:1:2:88:146:0.986486:19:69:1:0:74:72:2:0 chr22 23503170 . A G 619.93 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0030193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7167;QD=59.0406;RBI=0.0325072;REFB=0.0727602;REVB=-0.0323667;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218198;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00601983;OID=.;OPOS=23503170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:21:20:0:1:21:20:0:1 chr22 23503205 . G C 583.61 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0592337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.782;QD=56.9373;RBI=0.0698607;REFB=-0.0797091;REVB=0.0370389;RO=2;SAF=15;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111001;STB=0.516121;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000712758;OID=.;OPOS=23503205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:2:1:39:40:0.97561:24:15:1:1:25:15:1:0 chr22 23503755 . G GA 231.58 PASS AF=1;AO=4;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.177996;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=186.089;QD=42.1048;RBI=0.190841;REFB=0;REVB=-0.0688331;RO=19;SAF=3;SAR=1;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267813;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000563441;OID=.;OPOS=23503756;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:23:22:22:0:12:10:0:0:4:19:3:1:10:9 chr22 23503756 . G A,C 264.44 PASS AF=0.863636,0.136364;AO=18,3;DP=23;FAO=19,3;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10,3;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517768,0.0547082;FXX=0.0434594;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=197.592,92.3969;QD=48.0806;RBI=0.0549045,0.0558145;REFB=-0.0282076,-0.0264269;REVB=0.0182665,0.0110575;RO=1;SAF=9,3;SAR=9,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0483018,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00245403,0.0439251;OID=.,.;OPOS=23503756,23503756;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:23:22:1:0:18,3:19,3:0.863636,0.136364:9,0:9,3:1:0:9,0:10,3:0:0 chr22 23504862 . C T 336.98 PASS AF=0.818182;AO=27;DP=33;FAO=27;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0650973;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.747;QD=40.8458;RBI=0.0881787;REFB=-0.0318385;REVB=0.0594797;RO=3;SAF=10;SAR=17;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120689;STB=0.615298;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000755688;OID=.;OPOS=23504862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:33:33:3:6:27:27:0.818182:17:10:3:0:17:10:6:0 chr22 23504916 . G A 808.21 PASS AF=1;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00128245;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.385;QD=57.729;RBI=0.00752778;REFB=0;REVB=0.00741774;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377444;OID=.;OPOS=23504916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:55:56:1:27:28:0:0:28:28:0:0 chr22 23504959 . C T 1127.52 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.248;QD=59.3432;RBI=0.0921421;REFB=-0.0276737;REVB=0.0891468;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248095;OID=.;OPOS=23504959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:75:76:0:0:74:76:1:38:36:0:0:40:36:0:0 chr22 23513128 . C G 2664.93 PASS AF=1;AO=170;DP=172;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198767;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8784;QD=62.3375;RBI=0.0204225;REFB=0;REVB=-0.00469019;RO=0;SAF=107;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86421e-05;OID=.;OPOS=23513128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:172:171:0:0:170:171:1:63:107:0:0:64:107:0:0 chr22 23513523 . A C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4213;QD=57.2024;RBI=0.0484031;REFB=0;REVB=-0.00505509;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000577452;OID=.;OPOS=23513523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:7:23:0:0:7:23:0:0 chr22 23585132 . A G 740.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00652836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.213;QD=54.8197;RBI=0.0467799;REFB=-0.190762;REVB=0.0463221;RO=1;SAF=20;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229721;STB=0.51219;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00149526;OID=.;OPOS=23585132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:54:1:1:53:53:0.981481:33:20:1:0:33:20:1:0 chr22 23634786 . G A 215.27 PASS AF=0.28866;AO=28;DP=97;FAO=28;FDP=97;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0507543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.798;QD=8.87728;RBI=0.0511912;REFB=-0.0168984;REVB=-0.00667404;RO=69;SAF=15;SAR=13;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515477;STB=0.53056;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0688086;OID=.;OPOS=23634786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:69:69:28:28:0.28866:13:15:34:35:13:15:34:35 chr22 23917223 . G A 365.92 PASS AF=0.528571;AO=36;DP=69;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.000757401;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.292;QD=20.9096;RBI=0.00141473;REFB=-0.0110078;REVB=0.0011949;RO=33;SAF=7;SAR=29;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335863;STB=0.668103;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00821367;OID=.;OPOS=23917223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:33:33:36:37:0.528571:29:7:17:16:29:8:17:16 chr22 23962744 . T TTTC 114.46 PASS AF=0.290909;AO=13;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0238518;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=254.407;QD=8.32432;RBI=0.0294959;REFB=-0.0161735;REVB=0.0173523;RO=39;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101731;STB=0.552176;STBP=0.644;TYPE=ins;VARB=0.0387144;OID=.;OPOS=23962745;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290909:13:55:16:55:39:6:10:12:27:99:39:5:8:12:27 chr22 24034288 . A G 396.72 PASS AF=0.57971;AO=36;DP=65;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00758532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1565;QD=22.9984;RBI=0.0374224;REFB=0.00835061;REVB=0.0366456;RO=28;SAF=29;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303517;STB=0.647439;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00490185;OID=.;OPOS=24034288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:69:28:29:36:40:0.57971:7:29:14:14:9:31:14:15 chr22 24035970 . C T 297.86 PASS AF=0.44;AO=32;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0126863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.011;QD=15.886;RBI=0.028819;REFB=-0.0156166;REVB=-0.0258765;RO=42;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790934;STB=0.552027;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0203156;OID=.;OPOS=24035970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:32:33:0.44:15:17:19:23:15:18:19:23 chr22 24036563 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00473713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6297;QD=15.5722;RBI=0.00473785;REFB=-0.100783;REVB=-8.24223e-05;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359136;STB=0.709289;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0715774;OID=.;OPOS=24036563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:8:3:8:4:8:3:8:4 chr22 24038847 . T C 130.3 PASS AF=0.3;AO=9;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0448402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.0026;QD=13.03;RBI=0.0582493;REFB=-0.0317275;REVB=0.0371797;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241617;STB=0.565115;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.11624;OID=.;OPOS=24038847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:40:40:24:24:9:12:0.3:5:4:6:18:8:4:6:18 chr22 24086107 . A G 911.76 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00788672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.157;QD=55.2579;RBI=0.0400721;REFB=0.118999;REVB=-0.0392883;RO=2;SAF=43;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214621;STB=0.51136;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00169807;OID=.;OPOS=24086107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:21:43:2:0:21:43:2:0 chr22 24086948 . G C 441.82 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.010626;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.897;QD=19.8571;RBI=0.0106265;REFB=-0.0353103;REVB=9.27499e-05;RO=45;SAF=16;SAR=28;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158651;STB=0.588194;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0227418;OID=.;OPOS=24086948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:28:16:24:21:28:16:24:21 chr22 24087319 . A C 456.85 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0289781;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.796;QD=17.7419;RBI=0.0295381;REFB=-0.00362966;REVB=-0.00572426;RO=50;SAF=35;SAR=14;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283035;STB=0.64173;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00466758;OID=.;OPOS=24087319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:103:50:54:49:49:0.475728:14:35:21:29:14:35:25:29 chr22 24107895 . C T 88.78 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0599416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6915;QD=14.7974;RBI=0.0969064;REFB=0.0112496;REVB=0.0761437;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0065293;STB=0.50381;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00585421;OID=.;OPOS=24107895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:7:6:5:6:7:6 chr22 24108412 . G A 144.95 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0274;QD=44.6013;RBI=0.124885;REFB=0;REVB=0.0268708;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00332864;OID=.;OPOS=24108412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr22 24143502 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110073;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.32;QD=53.2772;RBI=0.111292;REFB=0;REVB=0.0164245;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426963;OID=.;OPOS=24143502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr22 24158899 . C A 726.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00803087;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.667;QD=54.8024;RBI=0.017294;REFB=-0.00054295;REVB=-0.0153163;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=1.16473e-05;OID=.;OPOS=24158899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:0:1:52:52:0.981132:22:30:0:0:22:30:0:1 chr22 24224655 . G A 207.4 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0203502;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.451;QD=15.0838;RBI=0.024091;REFB=-0.0122414;REVB=-0.0128935;RO=30;SAF=16;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26383;STB=0.658404;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00841096;OID=.;OPOS=24224655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:30:31:24:24:0.436364:8:16:12:18:8:16:12:19 chr22 24224659 . C A 228.6 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0174674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.824;QD=16.0419;RBI=0.0211529;REFB=-0.0379694;REVB=0.0119304;RO=30;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204458;STB=0.623561;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0158063;OID=.;OPOS=24224659;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:10:16:12:18:10:16:12:19 chr22 24237463 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00484596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.485;QD=59.8391;RBI=0.0105954;REFB=0;REVB=0.00942229;RO=0;SAF=29;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78747e-05;OID=.;OPOS=24237463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:7:29:0:0:7:29:0:0 chr22 24238079 . T A 102.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0223729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.041;QD=9.0923;RBI=0.0300881;REFB=-0.0177628;REVB=0.0201182;RO=31;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633165;STB=0.549412;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0268852;OID=.;OPOS=24238079;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:32:13:13:0.288889:6:7:15:16:6:7:15:17 chr22 24459438 . T C 2334.71 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.499;QD=60.6418;RBI=0.053769;REFB=0;REVB=0.0305705;RO=1;SAF=71;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665205;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144367;OID=.;OPOS=24459438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:154:1:0:149:154:1:78:71:1:0:79:75:0:0 chr22 24472173 . C T 576.47 PASS AF=0.47619;AO=60;DP=126;FAO=60;FDP=126;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.0128025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.465;QD=18.3007;RBI=0.0143701;REFB=-0.0215372;REVB=-0.00652669;RO=65;SAF=33;SAR=27;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476814;STB=0.521732;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0187274;OID=.;OPOS=24472173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:65:66:60:60:0.47619:27:33:39:26:27:33:39:27 chr22 24535243 . TTA T,TTT 319.09 PASS AF=0.49505,0;AO=28,26;DP=116;FAO=50,0;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=15,0;FSAR=35,0;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.100089,0.140381;FXX=0.090082;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=20.8945,14.5438;QD=12.6371;RBI=0.103598,0.141689;REFB=-0.112702,0.000406443;REVB=-0.0267322,0.0192086;RO=54;SAF=12,1;SAR=16,25;SRF=17;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.135429,-0.610062;STB=0.519714,0.5;STBP=0.704,1;TYPE=del,snp;VARB=0.137122,0;OID=.,.;OPOS=24535244,24535245;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.49505,0:28,26:116:50,0:101:51:15,0:35,0:17:34:99:54:12,1:16,25:17:37 chr22 24535532 . CAAAAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAGT,CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAA 525.57 PASS AF=0.0533333,0.84,0.0933333,0.0133333,0;AO=10,15,5,14,11;DP=87;FAO=4,63,7,1,0;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26,3,1,0;FSAR=4,37,4,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.69674,-0.467313,-0.292982,-0.298706,-0.254387;FXX=0.14771;HRUN=15,15,15,15,15;LEN=2,3,2,4,5;MLLD=7.17296,9.57428,125.598,10.4664,10.9063;QD=28.0303;RBI=0.709778,0.476033,0.294337,0.306176,0.260102;REFB=-0.158972,-0.134183,-0.0503685,-0.107882,-0.0917699;REVB=0.135421,0.0907018,0.0282126,0.0672177,0.0542251;RO=2;SAF=0,6,2,6,9;SAR=10,9,3,8,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0.0910485,0.212944,0.100822,0.29369;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,del,del;VARB=0.0960279,0.063224,-0.0285806,0.0165246,0.0662237;OID=.,.,.,.,.;OPOS=24535533,24535533,24535545,24535533,24535533;OREF=AA,AAA,AA,AAAA,AAAAA;OALT=-,-,GT,-,-;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAGT,CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0533333,0.84,0.0933333,0.0133333,0:10,15,5,14,11:87:4,63,7,1,0:75:0:0,26,3,1,0:4,37,4,0,0:0:0:34:2:0,6,2,6,9:10,9,3,8,2:0:2 chr22 24535559 . T C 570.98 PASS AF=0.421053;AO=64;DP=152;FAO=64;FDP=152;FR=.;FRO=88;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.00149599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.926;QD=15.0259;RBI=0.0142092;REFB=0.0158681;REVB=0.0141303;RO=87;SAF=34;SAR=30;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852206;STB=0.550846;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.0228526;OID=.;OPOS=24535559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:87:88:64:64:0.421053:30:34:39:48:30:34:39:49 chr22 24546298 . G A 208.78 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0160064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.049;QD=18.1544;RBI=0.0316435;REFB=-0.013634;REVB=-0.0272966;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028018;STB=0.515908;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0131328;OID=.;OPOS=24546298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:12:9:10:15:12:9:10:15 chr22 24573527 . TGA T 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.00519889;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=205.403;QD=10.6681;RBI=0.0231697;REFB=-0.0230901;REVB=0.0225788;RO=18;SAF=8;SAR=2;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170123;STB=0.599828;STBP=0.605;TYPE=del;VARB=0.0377503;OID=.;OPOS=24573528;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:10:28:10:28:18:8:2:16:2:74:18:8:2:16:2 chr22 24579049 . G A 204.01 PASS AF=0.28125;AO=27;DP=96;FAO=27;FDP=96;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=20;FWDB=-0.00229703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.393;QD=8.50048;RBI=0.00466159;REFB=-0.0191117;REVB=-0.00405637;RO=69;SAF=9;SAR=18;SRF=49;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432371;STB=0.753079;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0308234;OID=.;OPOS=24579049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:69:69:27:27:0.28125:18:9:49:20:18:9:49:20 chr22 24579157 . GA TC 117.4 PASS AF=0.195876;AO=19;DP=98;FAO=19;FDP=97;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.00595132;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=2;MLLD=266.684;QD=4.84142;RBI=0.0179455;REFB=-0.00616759;REVB=-0.0169299;RO=78;SAF=6;SAR=13;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296225;STB=0.688451;STBP=0.078;TYPE=mnp;VARB=0.027992;OID=.;OPOS=24579157;OREF=GA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:78:78:19:19:0.195876:13:6:43:35:13:6:43:35 chr22 24580779 . AC A 50.74 PASS AF=0.198413;AO=32;DP=127;FAO=25;FDP=126;FR=.;FRO=101;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=-0.0926879;FXX=0.0078734;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.5207;QD=1.61076;RBI=0.0936797;REFB=-0.0112073;REVB=-0.0135954;RO=88;SAF=14;SAR=18;SRF=52;SRR=36;SSEN=0.334694;SSEP=0;SSSB=-0.1865;STB=0.559447;STBP=0.545;TYPE=del;VARB=0.0127825;OID=.;OPOS=24580780;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.198413:32:127:25:126:101:12:13:56:45:50:88:14:18:52:36 chr22 24717850 . A G 752.9 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00444127;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.873;QD=64.0763;RBI=0.0044978;REFB=0;REVB=-0.000710847;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218346;OID=.;OPOS=24717850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr22 24718429 . G A 42.02 PASS AF=0.175;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0160186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.219;QD=4.20238;RBI=0.0162731;REFB=-0.017417;REVB=0.00286696;RO=32;SAF=1;SAR=6;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.534578;STB=0.856124;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.056876;OID=.;OPOS=24718429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:39:40:32:33:7:7:0.175:6:1:19:13:6:1:19:14 chr22 24761467 . G A 1025.86 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.988;QD=59.4699;RBI=0.0491989;REFB=0;REVB=0.0472913;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39809e-05;OID=.;OPOS=24761467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:25:42:0:0:26:43:0:0 chr22 24964128 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.847;QD=57.1774;RBI=0.0220883;REFB=0;REVB=-0.00910098;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.63515e-05;OID=.;OPOS=24964128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr22 25003922 . G A 161.69 PASS AF=0.255556;AO=23;DP=87;FAO=23;FDP=90;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0460673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.603;QD=7.1862;RBI=0.0487666;REFB=-0.00747517;REVB=-0.0159997;RO=64;SAF=17;SAR=6;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219411;STB=0.643111;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0305903;OID=.;OPOS=25003922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:64:67:23:23:0.255556:6:17:37:27:6:17:38:29 chr22 25045927 . C A 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0154685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.374;QD=6.8072;RBI=0.0187972;REFB=-0.0105537;REVB=0.0106798;RO=27;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184833;STB=0.615148;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0244971;OID=.;OPOS=25045927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:5:4:8:19:5:4:8:19 chr22 25145453 . C T 642.61 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0075859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.148;QD=61.2006;RBI=0.024361;REFB=0;REVB=0.0231498;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534744;OID=.;OPOS=25145453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:29:12:0:0:29:13:0:0 chr22 25145471 . A G 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0268484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.928;QD=17.956;RBI=0.0274242;REFB=-0.0150585;REVB=-0.00559005;RO=17;SAF=3;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31754;STB=0.683952;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0213586;OID=.;OPOS=25145471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:13:3:8:9:13:3:8:9 chr22 25291182 . TTTC T 165.36 PASS AF=0.510638;AO=21;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0183057;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=199.25;QD=14.0728;RBI=0.0260675;REFB=-0.0253678;REVB=0.0185585;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930091;STB=0.55491;STBP=0.478;TYPE=del;VARB=0.017104;OID=.;OPOS=25291183;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.510638:21:46:24:47:23:11:13:8:15:99:24:9:12:8:16 chr22 25320196 . G A 41.51 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=4;FWDB=-0.00539881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.387;QD=4.04932;RBI=0.0640132;REFB=0.0013054;REVB=0.0637851;RO=34;SAF=5;SAR=2;SRF=30;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31447;STB=0.699589;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00404855;OID=.;OPOS=25320196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:2:5:30:4:2:5:30:4 chr22 25435140 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00474744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.451;QD=47.8223;RBI=0.0243366;REFB=0;REVB=0.0238691;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526923;OID=.;OPOS=25435140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr22 25437054 . GA G 39.52 PASS AF=0.314286;AO=17;DP=34;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0432093;FXX=0.0540395;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.66088;QD=4.51602;RBI=0.13502;REFB=-0.070482;REVB=-0.127919;RO=15;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154764;STB=0.555457;STBP=0.67;TYPE=del;VARB=0.0763522;OID=.;OPOS=25437055;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:17:34:11:35:24:5:6:9:15:39:15:6:11:8:7 chr22 25577733 . T C 696.08 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0463623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.47;QD=59.2411;RBI=0.0520744;REFB=-0.0360098;REVB=-0.0237125;RO=2;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493883;STB=0.512815;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000410525;OID=.;OPOS=25577733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:2:1:45:46:0.978723:18:27:0:2:19:27:0:1 chr22 25601196 . C G 785.88 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4442;QD=64.1538;RBI=0.0204148;REFB=0;REVB=0.0196941;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249696;OID=.;OPOS=25601196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:18:30:0:0:19:30:0:0 chr22 25627604 . G A 586.79 PASS AF=0.495868;AO=59;DP=123;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.00804092;FXX=0.0162588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.149;QD=19.3981;RBI=0.0159462;REFB=-0.00580528;REVB=0.0137704;RO=61;SAF=29;SAR=30;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153213;STB=0.512534;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00545926;OID=.;OPOS=25627604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:61:61:59:60:0.495868:30:29:31:30:31:29:31:30 chr22 25714110 . T C 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0291839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.469;QD=16.884;RBI=0.0501758;REFB=-0.0446037;REVB=-0.0408156;RO=17;SAF=13;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505338;STB=0.795465;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0083162;OID=.;OPOS=25714110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:2:13:7:10:2:13:7:10 chr22 25714113 . A G 128.7 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0319226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.107;QD=15.5994;RBI=0.0360649;REFB=-0.0452598;REVB=0.0167817;RO=18;SAF=12;SAR=2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478053;STB=0.787434;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0383164;OID=.;OPOS=25714113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:18:14:15:0.454545:2:12:8:10:2:13:8:10 chr22 25714180 . A G 61.81 PASS AF=0.264706;AO=8;DP=33;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.015597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.878;QD=7.27167;RBI=0.0438111;REFB=-0.00676108;REVB=-0.0409407;RO=24;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390754;STB=0.756169;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0183609;OID=.;OPOS=25714180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:34:24:25:8:9:0.264706:2:6:10:14:2:7:11:14 chr22 25714182 . A G 51.88 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-3.92059e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.493;QD=6.10371;RBI=0.0372612;REFB=-0.0030718;REVB=-0.0372611;RO=26;SAF=7;SAR=1;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.527407;STB=0.845837;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0136476;OID=.;OPOS=25714182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:1:7:12:14:1:7:12:14 chr22 25714220 . C G 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0143939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.586;QD=6.85054;RBI=0.0204568;REFB=-0.00929448;REVB=-0.0145361;RO=30;SAF=9;SAR=1;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550237;STB=0.851259;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0274282;OID=.;OPOS=25714220;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:30:31:10:10:0.243902:1:9:15:15:1:9:16:15 chr22 25715756 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0125939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.829;QD=16.9414;RBI=0.0184762;REFB=-0.0163352;REVB=-0.0135191;RO=24;SAF=17;SAR=2;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272973;STB=0.659991;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0234436;OID=.;OPOS=25715756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:2:17:18:6:2:17:18:6 chr22 25715774 . G A 283.74 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.00272311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.268;QD=23.1623;RBI=0.026225;REFB=-0.0152705;REVB=0.0260832;RO=23;SAF=19;SAR=7;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108242;STB=0.559957;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0149313;OID=.;OPOS=25715774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:7:19:19:4:7:19:19:4 chr22 25715909 . CA AC,C,CC 923.8 PASS AF=0.060241,0.903614,0;AO=5,10,3;DP=82;FAO=5,75,0;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=0,51,0;FSAR=5,24,0;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.147309,0.866813,0.440689;FXX=0.0348797;HRUN=2,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=156.75,16.6045,7.0441;QD=44.5206;RBI=0.165728,0.875978,0.440882;REFB=0.00831129,-0.0395679,-0.0789894;REVB=-0.0759325,-0.126383,-0.0130327;RO=56;SAF=0,0,0;SAR=5,10,3;SRF=51;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.81008,-0.85257,-0.760512;STB=0.5,0.529404,0.5;STBP=1,0.021,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.104979,0.0350588,0;OID=.,.,.;OPOS=25715909,25715910,25715910;OREF=CA,A,A;OALT=AC,-,C;OMAPALT=AC,C,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:82:83:56:3:5,10,3:5,75,0:0.060241,0.903614,0:5,10,3:0,0,0:51:5:5,24,0:0,51,0:0:3 chr22 25750578 . C G 430.07 PASS AF=0.390625;AO=50;DP=128;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0061917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.497;QD=13.4398;RBI=0.0274778;REFB=-0.00496179;REVB=0.0267711;RO=76;SAF=24;SAR=26;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490638;STB=0.519115;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00843405;OID=.;OPOS=25750578;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:76:78:50:50:0.390625:26:24:33:43:26:24:35:43 chr22 25753387 . C T 214.49 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00915731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.177;QD=12.8051;RBI=0.0113601;REFB=-0.0151087;REVB=0.00672273;RO=40;SAF=9;SAR=17;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268418;STB=0.646945;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0222371;OID=.;OPOS=25753387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:41:26:26:0.38806:17:9:24:16:17:9:24:17 chr22 25755885 . C T 626.6 PASS AF=0.442177;AO=65;DP=148;FAO=65;FDP=147;FR=.;FRO=82;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.0297717;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2406;QD=17.0502;RBI=0.0327182;REFB=-0.00702956;REVB=-0.0135694;RO=83;SAF=40;SAR=25;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760947;STB=0.54544;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0104454;OID=.;OPOS=25755885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:83:82:65:65:0.442177:25:40:45:38:25:40:44:38 chr22 25756024 . C T 608.35 PASS AF=0.572816;AO=59;DP=103;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.00236679;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6405;QD=23.6252;RBI=0.00246934;REFB=0.0102516;REVB=0.000704223;RO=44;SAF=33;SAR=26;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800327;STB=0.543662;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.00985458;OID=.;OPOS=25756024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:44:44:59:59:0.572816:26:33:29:15:26:33:29:15 chr22 26159289 . G A 724.09 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0177754;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=315.256;QD=59.1095;RBI=0.0190934;REFB=-0.04647;REVB=-0.00697086;RO=1;SAF=25;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184413;STB=0.501307;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0018325;OID=.;OPOS=26159289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:1:2:47:47:0.959184:22:25:1:0:22:25:1:1 chr22 26164079 . C T 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.859;QD=57.6789;RBI=0.0408474;REFB=0;REVB=-0.0131682;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183562;OID=.;OPOS=26164079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr22 26166900 . G C 716.04 PASS AF=0.978723;AO=44;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0139635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.695;QD=60.9399;RBI=0.0244164;REFB=-0.00928991;REVB=0.0200296;RO=1;SAF=26;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017728;STB=0.50943;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000194544;OID=.;OPOS=26166900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:44:46:0.978723:18:26:1:0:20:26:1:0 chr22 26173661 . T C 404.69 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00641214;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.37;QD=55.8186;RBI=0.0507846;REFB=0;REVB=0.0503782;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266119;OID=.;OPOS=26173661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:15:13:0:0:16:13:0:0 chr22 26193982 . C G 1256.63 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.222;QD=59.8396;RBI=0.0672077;REFB=-0.123758;REVB=0.0549277;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00333428;OID=.;OPOS=26193982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:80:84:0:0:80:84:1:45:35:0:0:48:36:0:0 chr22 26194045 . T C 908.87 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364227;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.035;QD=58.6369;RBI=0.0365601;REFB=0;REVB=0.00316775;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94393e-05;OID=.;OPOS=26194045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:41:20:0:0:41:21:0:0 chr22 26239850 . C A 393.21 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3732;QD=56.1726;RBI=0.104087;REFB=0;REVB=-0.0845679;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000533942;OID=.;OPOS=26239850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr22 26853905 . C A 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.000887605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.129;QD=17.9529;RBI=0.00489806;REFB=-0.0220088;REVB=0.00481696;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162503;STB=0.52757;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0213083;OID=.;OPOS=26853905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:28:27:27:0.490909:14:13:13:13:14:13:15:13 chr22 26854441 . G A 326.04 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0283978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7654;QD=17.3889;RBI=0.0304482;REFB=-0.00589992;REVB=0.0109845;RO=40;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373877;STB=0.520932;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00843048;OID=.;OPOS=26854441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:17:18:19:21:17:18:19:21 chr22 26859942 . C T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0190533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.694;QD=17.8275;RBI=0.0269036;REFB=-0.0222416;REVB=0.0189941;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457974;STB=0.526272;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0235102;OID=.;OPOS=26859942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:7:5:4:7:7:5:4:7 chr22 26861502 . G A 233.07 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00124087;FXX=0.0131562;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.695;QD=12.4303;RBI=0.0237868;REFB=-0.00582608;REVB=0.0237544;RO=46;SAF=16;SAR=12;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101164;STB=0.564839;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00811938;OID=.;OPOS=26861502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:46:47:28:28:0.373333:12:16:22:24:12:16:22:25 chr22 26862212 . T C 223.81 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00502822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.646;QD=14.9209;RBI=0.0144594;REFB=-0.0200701;REVB=0.013557;RO=34;SAF=18;SAR=7;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151713;STB=0.565662;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0202816;OID=.;OPOS=26862212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:34:25:26:0.433333:7:18:20:14:8:18:20:14 chr22 26884039 . G A 382.22 PASS AF=0.4875;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0100863;FXX=0.0361402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.495;QD=19.1108;RBI=0.0168285;REFB=0.0131417;REVB=-0.0134709;RO=38;SAF=15;SAR=23;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166476;STB=0.601735;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00700875;OID=.;OPOS=26884039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:80:38:41:38:39:0.4875:23:15:22:16:23:16:25:16 chr22 26895337 . G A 367.59 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0189431;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.597;QD=21.6231;RBI=0.0218128;REFB=0.00220032;REVB=-0.0108147;RO=30;SAF=23;SAR=14;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101272;STB=0.504214;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00184559;OID=.;OPOS=26895337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:30:31:37:37:0.544118:14:23:19:11:14:23:19:12 chr22 26902285 . G A 106.24 PASS AF=0.28;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0232325;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.411;QD=8.49947;RBI=0.0238088;REFB=0.00033472;REVB=0.00520663;RO=39;SAF=7;SAR=7;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201818;STB=0.659795;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00107521;OID=.;OPOS=26902285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:50:39:36:14:14:0.28:7:7:26:13:7:7:26:10 chr22 26924177 . T C 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0144108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.215;QD=9.91666;RBI=0.0331407;REFB=0.00261155;REVB=-0.0298435;RO=16;SAF=8;SAR=1;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.658095;STB=0.902385;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00612908;OID=.;OPOS=26924177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:1:8:4:12:1:8:4:13 chr22 26932150 . G A 1624.26 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8909;QD=60.1579;RBI=0.0489962;REFB=0;REVB=-0.0449794;RO=0;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00038658;OID=.;OPOS=26932150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:54:54:0:0:54:54:0:0 chr22 26937327 . C G 465.57 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.586;QD=58.1967;RBI=0.0732403;REFB=0;REVB=0.0431124;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164441;OID=.;OPOS=26937327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:16:16:0:0 chr22 27012203 . TGGGGC TGGG,TGGGC,TGGGCC 280.84 PASS AF=1,0,0;AO=9,8,2;DP=36;FAO=22,0,0;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0,0;FSAR=16,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.2412,0.53529,0.43394;FXX=0.119952;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=24.8977,15.3993,6.26641;QD=51.0619;RBI=0.255678,0.606395,0.589224;REFB=0,0,0;REVB=0.0848147,-0.284919,-0.398599;RO=12;SAF=3,0,1;SAR=6,8,1;SRF=12;SRR=0;SSEN=0.594203,0.594203,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.586787,-0.857136,-0.725467;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0106428,0,0;OID=.,.,.;OPOS=27012207,27012204,27012207;OREF=GC,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=TGGG,TGGGC,TGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:9,8,2:36:22,0,0:22:0:6,0,0:16,0,0:0:0:3:12:3,0,1:6,8,1:12:0 chr22 27021457 . T C 937.0 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0071424;FXX=0.0302984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.954;QD=58.5625;RBI=0.0180615;REFB=0;REVB=0.0165892;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448397;OID=.;OPOS=27021457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:63:64:1:23:40:0:0:24:40:0:0 chr22 28144379 . GA G 31.29 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0179581;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.1312;QD=4.81373;RBI=0.0568527;REFB=-0.0574072;REVB=-0.053942;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937493;STB=0.538385;STBP=0.764;TYPE=del;VARB=0.0760006;OID=.;OPOS=28144380;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:9:26:10:26:16:5:5:9:7:31:11:4:5:6:5 chr22 28192993 . C T 306.99 PASS AF=0.574074;AO=30;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0303015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.519;QD=22.7396;RBI=0.0348175;REFB=-0.0454612;REVB=0.0171486;RO=23;SAF=17;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13719;STB=0.580593;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00857797;OID=.;OPOS=28192993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:30:31:0.574074:13:17:9:14:13:18:9:14 chr22 28195279 . C T 185.08 PASS AF=0.347826;AO=23;DP=68;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.00228874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.928;QD=10.7292;RBI=0.0054338;REFB=-0.00413343;REVB=0.00492827;RO=45;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327543;STB=0.671997;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00693947;OID=.;OPOS=28195279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:45:45:23:24:0.347826:9:14:14:31:10:14:14:31 chr22 28248840 . C T 329.99 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0139074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.73;QD=18.3329;RBI=0.0142088;REFB=0.000185981;REVB=-0.00291123;RO=37;SAF=25;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178195;STB=0.59994;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.000223414;OID=.;OPOS=28248840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:10:25:20:17:10:25:20:17 chr22 28316590 . CT CTG,CTGG,TG 1087.96 PASS AF=0.964706,0,0.0235294;AO=69,9,4;DP=86;FAO=82,0,2;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=21,0,2;FSAR=61,0,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0603835,-0.0313227,-0.034393;FXX=0.0116266;HRUN=2,2,3;LEN=1,2,2;MLLD=20.8434,8.63434,10.9186;QD=51.1979;RBI=0.176744,0.0940489,0.0932571;REFB=-0.00893661,-0.00944741,0.0639933;REVB=-0.166109,-0.0886797,-0.0866834;RO=1;SAF=21,0,2;SAR=48,9,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.00974824,0,0.166656;STB=0.504064,0.5,0.993266;STBP=0.605,1,0.227;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=-0.00632734,0,-0.012453;OID=.,.,.;OPOS=28316592,28316592,28316590;OREF=-,-,CT;OALT=G,GG,TG;OMAPALT=CTG,CTGG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:5:86:85:1:1:69,9,4:82,0,2:0.964706,0,0.0235294:48,9,2:21,0,2:0:1:61,0,0:21,0,2:0:1 chr22 28379106 . G A 180.53 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.011375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.236;QD=9.25785;RBI=0.0135191;REFB=-0.0123026;REVB=-0.00730579;RO=54;SAF=11;SAR=13;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263741;STB=0.653969;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0328944;OID=.;OPOS=28379106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:54:54:24:24:0.307692:13:11:37:17:13:11:37:17 chr22 28389453 . T C 258.53 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.0169179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.252;QD=16.4146;RBI=0.0178294;REFB=-0.00541887;REVB=0.00562769;RO=34;SAF=14;SAR=15;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241823;STB=0.63487;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00421682;OID=.;OPOS=28389453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:15:14:8:26:15:14:8:26 chr22 28394729 . C T 143.24 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0188629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7968;QD=14.6909;RBI=0.0565616;REFB=-0.00586226;REVB=0.0533236;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238533;STB=0.636211;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0116728;OID=.;OPOS=28394729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:7:9:18:5:7:9:18:5 chr22 28424993 . C T 239.29 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0418611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1388;QD=20.808;RBI=0.0702232;REFB=-0.0584087;REVB=-0.0563822;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192511;STB=0.60779;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0480514;OID=.;OPOS=28424993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:11:12:7:16:11:12:7:16 chr22 28425030 . A G 108.75 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0120567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2653;QD=7.13127;RBI=0.0220079;REFB=-0.0106498;REVB=-0.0184115;RO=45;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432562;STB=0.759782;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0269115;OID=.;OPOS=28425030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:45:16:16:0.262295:5:11:14:31:5:11:14:31 chr22 28504183 . G A 227.27 PASS AF=0.292929;AO=29;DP=99;FAO=29;FDP=99;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.0254089;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5714;QD=9.18264;RBI=0.0477172;REFB=-0.00971309;REVB=0.0403896;RO=70;SAF=10;SAR=19;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106035;STB=0.562918;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0264697;OID=.;OPOS=28504183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:70:70:29:29:0.292929:19:10:30:40:19:10:30:40 chr22 28504258 . A G 462.57 PASS AF=0.412698;AO=51;DP=125;FAO=52;FDP=126;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0169111;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.057;QD=14.6849;RBI=0.0264732;REFB=-0.0116374;REVB=0.0203678;RO=73;SAF=25;SAR=26;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112374;STB=0.507933;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0229085;OID=.;OPOS=28504258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:73:74:51:52:0.412698:26:25:35:38:26:26:36:38 chr22 29182500 . C A 1641.9 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.121;QD=60.2533;RBI=0.0167439;REFB=0;REVB=-0.0152142;RO=0;SAF=39;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84033e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.49866e-06;OID=.;OPOS=29182500;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:70:39:0:0:70:39:0:0 chr22 29445451 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6623;QD=12.0156;RBI=0.0797653;REFB=0.0329893;REVB=0.0797653;RO=7;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0152278;OID=.;OPOS=29445451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:6:0:0:7:6:0:0:7 chr22 29446611 . A C 1362.53 PASS AF=1;AO=60;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=59;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.338;QD=62.6451;RBI=0.13281;REFB=0;REVB=0.119252;RO=0;SAF=48;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307657;OID=.;OPOS=29446611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:60:87:1:12:48:0:0:28:59:0:0 chr22 29450107 . A G 388.03 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.082192;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.6288;QD=21.2617;RBI=0.0978072;REFB=0.00717045;REVB=0.0530163;RO=34;SAF=17;SAR=22;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295789;STB=0.51635;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.00680418;OID=.;OPOS=29450107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:22:17:16:18:22:17:16:18 chr22 29450923 . A G 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.060602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.56;QD=11.3238;RBI=0.0615163;REFB=-0.0220316;REVB=0.0105667;RO=40;SAF=4;SAR=19;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.479127;STB=0.775836;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0249157;OID=.;OPOS=29450923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:41:23:23:0.359375:19:4:23:17:19:4:23:18 chr22 29453027 . A G,T 996.23 PASS AF=0.985714,0.0142857;AO=67,3;DP=70;FAO=69,1;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43,1;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180737,0.0062047;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=104.963,66.4462;QD=56.9275;RBI=0.0346876,0.0210364;REFB=0,0;REVB=0.0296069,0.0201005;RO=0;SAF=41,3;SAR=26,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00146931,0.0267827;OID=.,.;OPOS=29453027,29453027;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:70:70:0:0:67,3:69,1:0.985714,0.0142857:26,0:41,3:0:0:26,0:43,1:0:0 chr22 29453193 . G C 340.77 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00847198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.042;QD=15.6677;RBI=0.0107383;REFB=-0.0220501;REVB=-0.00659816;RO=49;SAF=20;SAR=17;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03077;STB=0.523352;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0287947;OID=.;OPOS=29453193;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:50:37:37:0.425287:17:20:25:24:17:20:25:25 chr22 29454778 . G A 416.68 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0106345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.764;QD=19.6082;RBI=0.0317845;REFB=-0.00137503;REVB=0.0299527;RO=43;SAF=21;SAR=21;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953887;STB=0.552916;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00200303;OID=.;OPOS=29454778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:21:21:26:17:21:21:26:17 chr22 29456699 . A G 602.79 PASS AF=0.417178;AO=68;DP=165;FAO=68;FDP=163;FR=.;FRO=95;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=-0.00815413;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.186;QD=14.7924;RBI=0.0222564;REFB=-0.00963822;REVB=-0.0207089;RO=95;SAF=28;SAR=40;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434545;STB=0.524365;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0127198;OID=.;OPOS=29456699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:163:95:95:68:68:0.417178:40:28:43:52:40:28:43:52 chr22 29534621 . A G 562.96 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0127204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2014;QD=24.2131;RBI=0.0432119;REFB=0.00743017;REVB=-0.0412972;RO=41;SAF=33;SAR=19;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421125;STB=0.523109;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00668588;OID=.;OPOS=29534621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:41:52:52:0.55914:19:33:24:17:19:33:24:17 chr22 29534664 . C T 618.86 PASS AF=0.525424;AO=62;DP=118;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.00440363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.417;QD=20.9784;RBI=0.0127792;REFB=-0.0417253;REVB=0.0119965;RO=56;SAF=35;SAR=27;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218164;STB=0.511987;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0377432;OID=.;OPOS=29534664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:56:56:62:62:0.525424:27:35:33:23:27:35:33:23 chr22 29534707 . C T 213.57 PASS AF=0.242424;AO=32;DP=133;FAO=32;FDP=132;FR=.;FRO=100;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=62;FSRR=38;FWDB=0.00791968;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.41;QD=6.47182;RBI=0.0271662;REFB=0.00200356;REVB=0.0259862;RO=100;SAF=11;SAR=21;SRF=62;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336538;STB=0.702445;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00925138;OID=.;OPOS=29534707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:100:100:32:32:0.242424:21:11:62:38:21:11:62:38 chr22 29537965 . G A 502.91 PASS AF=0.4;AO=56;DP=140;FAO=56;FDP=140;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.00518563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.366;QD=14.369;RBI=0.0155788;REFB=-0.00908323;REVB=-0.0146904;RO=84;SAF=25;SAR=31;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572254;STB=0.53228;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0129347;OID=.;OPOS=29537965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:84:84:56:56:0.4:31:25:42:42:31:25:42:42 chr22 29542182 . AT A 273.89 PASS AF=0.406504;AO=49;DP=128;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=0.0944705;FXX=0.0390594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.4504;QD=8.90687;RBI=0.0964281;REFB=-0.0299217;REVB=0.0193311;RO=73;SAF=23;SAR=26;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092012;STB=0.557569;STBP=0.295;TYPE=del;VARB=0.0531819;OID=.;OPOS=29542183;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.406504:49:128:50:123:73:24:26:28:45:99:73:23:26:28:45 chr22 29542748 . C A 2213.34 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00584503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2458;QD=62.7899;RBI=0.0124201;REFB=0;REVB=-0.0109587;RO=0;SAF=67;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.81632e-06;OID=.;OPOS=29542748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:141:0:0:138:141:1:71:67:0:0:71:70:0:0 chr22 29621128 . C G 74.84 PASS AF=0.357143;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0157877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.252;QD=10.6907;RBI=0.0323213;REFB=-0.00900886;REVB=-0.0282032;RO=17;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30146;STB=0.720827;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0377555;OID=.;OPOS=29621128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:17:18:9:10:0.357143:2:7:9:8:2:8:9:9 chr22 29656736 . G A 193.78 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.00318931;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.915;QD=10.1991;RBI=0.0188599;REFB=-0.0160403;REVB=-0.0185883;RO=50;SAF=13;SAR=12;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138661;STB=0.572584;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0288145;OID=.;OPOS=29656736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:50:51:25:25:0.328947:12:13:32:18:12:13:32:19 chr22 29659960 . C T 217.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0663592;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3908;QD=21.7099;RBI=0.0681719;REFB=-0.0187536;REVB=0.0156162;RO=18;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238123;STB=0.643226;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0157649;OID=.;OPOS=29659960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:21:21:0.525:12:9:13:5:12:9:14:5 chr22 29678548 . T C 174.92 PASS AF=0.275862;AO=23;DP=88;FAO=24;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=-0.0233549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.621;QD=8.04216;RBI=0.0235886;REFB=-0.0117563;REVB=0.00331257;RO=48;SAF=5;SAR=18;SRF=7;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133573;STB=0.574403;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0114026;OID=.;OPOS=29678548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:48:63:23:24:0.275862:18:5:7:41:18:6:21:42 chr22 29704125 . C T 371.75 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00319749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.298;QD=17.4942;RBI=0.0134099;REFB=-0.00831225;REVB=-0.0130231;RO=46;SAF=18;SAR=21;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120779;STB=0.567533;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0116659;OID=.;OPOS=29704125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:21:18:27:19:21:18:27:19 chr22 29727866 . C T 227.03 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0285404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.448;QD=21.1187;RBI=0.0286239;REFB=-0.0131128;REVB=0.00218505;RO=21;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174248;STB=0.509795;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0276405;OID=.;OPOS=29727866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:13:9:9:12:13:9:9:12 chr22 29727886 . TG CG,GC 283.46 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=20,2;DP=22;FAO=20,2;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=12,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225349,0.0127985;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=98.0647,67.9447;QD=51.5372;RBI=0.0241891,0.0145434;REFB=0,0;REVB=0.00879162,0.00690703;RO=0;SAF=8,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000425271,-0.00527915;OID=.,.;OPOS=29727886,29727886;OREF=T,TG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:22:22:0:0:20,2:20,2:0.909091,0.0909091:12,2:8,0:0:0:12,2:8,0:0:0 chr22 29755888 . T C 480.95 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0013804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.418;QD=22.9025;RBI=0.0138427;REFB=-0.000160583;REVB=-0.0137737;RO=38;SAF=22;SAR=24;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254795;STB=0.514013;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=6.62025e-05;OID=.;OPOS=29755888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:24:22:17:21:24:22:17:21 chr22 29837537 . T C 315.53 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0201599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.978;QD=25.2425;RBI=0.0305825;REFB=-0.00774546;REVB=0.0229971;RO=22;SAF=12;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209521;STB=0.51162;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0123155;OID=.;OPOS=29837537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:16:12:10:12:16:12:10:12 chr22 29837566 . TTCC T 230.16 PASS AF=0.516667;AO=29;DP=59;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.012263;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=230.999;QD=15.3436;RBI=0.012267;REFB=-0.0138245;REVB=0.000314017;RO=21;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672786;STB=0.581145;STBP=0.195;TYPE=del;VARB=0.0112687;OID=.;OPOS=29837567;OREF=TCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.516667:29:59:31:60:29:14:17:18:11:99:21:14:15:12:9 chr22 29837830 . C T 385.01 PASS AF=0.277487;AO=53;DP=191;FAO=53;FDP=191;FR=.;FRO=138;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=55;FSRR=83;FWDB=-0.00954081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9803;QD=8.06309;RBI=0.00989141;REFB=-0.00700301;REVB=0.00261014;RO=137;SAF=18;SAR=35;SRF=54;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721368;STB=0.546039;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0171046;OID=.;OPOS=29837830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:137:138:53:53:0.277487:35:18:54:83:35:18:55:83 chr22 29885861 . T C 181.92 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000727998;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.216;QD=48.5123;RBI=0.0562234;REFB=0;REVB=0.0562187;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168928;OID=.;OPOS=29885861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr22 29886387 . G A 62.13 PASS AF=0.3;AO=8;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00724803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.907;QD=8.28415;RBI=0.0113645;REFB=-0.0102713;REVB=-0.00875321;RO=21;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460327;STB=0.722937;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00684402;OID=.;OPOS=29886387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:21:21:8:9:0.3:2:6:7:14:3:6:7:14 chr22 29886413 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.865;QD=60.6087;RBI=0.0548211;REFB=0;REVB=0.0545478;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253554;OID=.;OPOS=29886413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr22 29886893 . G T 512.48 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0400352;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.332;QD=56.9425;RBI=0.0405946;REFB=0.0102423;REVB=0.00671579;RO=1;SAF=10;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444566;STB=0.521726;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000240015;OID=.;OPOS=29886893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:34:35:0.972222:24:10:1:0:24:11:1:0 chr22 29904354 . G A 504.16 PASS AF=0.509804;AO=50;DP=100;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00765516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.465;QD=19.7709;RBI=0.010724;REFB=-0.0167083;REVB=0.00751012;RO=49;SAF=24;SAR=26;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462089;STB=0.5294;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0158756;OID=.;OPOS=29904354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:49:50:50:52:0.509804:26:24:21:28:26:26:22:28 chr22 29913074 . G A 231.3 PASS AF=0.315217;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0140811;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2423;QD=10.0567;RBI=0.0156548;REFB=-0.00940417;REVB=0.00684063;RO=63;SAF=13;SAR=16;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698478;STB=0.540918;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0332395;OID=.;OPOS=29913074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:63:63:29:29:0.315217:16:13:32:31:16:13:32:31 chr22 29913272 . C T 370.57 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00167133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.098;QD=19.7636;RBI=0.0269874;REFB=-0.0355209;REVB=0.0269356;RO=37;SAF=21;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108438;STB=0.506021;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0185925;OID=.;OPOS=29913272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:17:21:20:17:17:21:20:17 chr22 29957137 . CCA C 259.2 PASS AF=0.529412;AO=35;DP=70;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=31;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0184007;FXX=0.0285673;HRUN=4;LEN=2;MLLD=176.592;QD=15.247;RBI=0.0259033;REFB=-0.0122671;REVB=-0.0182318;RO=32;SAF=30;SAR=5;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360729;STB=0.720785;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0211546;OID=.;OPOS=29957138;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:35:70:36:68:32:31:5:17:15:99:32:30:5:18:14 chr22 29957570 . G A 432.67 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0187342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.079;QD=16.1744;RBI=0.0218553;REFB=-0.0114546;REVB=-0.0112555;RO=59;SAF=21;SAR=27;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136437;STB=0.57622;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0154824;OID=.;OPOS=29957570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:59:48:48:0.448598:27:21:34:25:27:21:34:25 chr22 29960335 . A G 448.16 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.00808782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.31;QD=17.5749;RBI=0.0120893;REFB=-0.0146415;REVB=-0.00898545;RO=54;SAF=29;SAR=19;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22073;STB=0.622721;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0140531;OID=.;OPOS=29960335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:54:48:48:0.470588:19:29:20:34:19:29:20:34 chr22 30221201 . G A 396.06 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=31;FWDB=0.0175234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.309;QD=20.311;RBI=0.0471519;REFB=-0.0636394;REVB=0.0437748;RO=38;SAF=15;SAR=25;SRF=7;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189851;STB=0.604269;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.030036;OID=.;OPOS=30221201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:25:15:7:31:25:15:7:31 chr22 30234192 . TGCC T 105.69 PASS AF=0.6875;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00376922;FXX=0.157812;HRUN=1;LEN=3;MLLD=175.254;QD=26.4212;RBI=0.0342317;REFB=-0.0727693;REVB=0.0340236;RO=4;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516928;STB=0.576329;STBP=0.371;TYPE=del;VARB=0.0348574;OID=.;OPOS=30234193;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6875:10:19:11:16:5:4:7:3:2:32:4:4:6:2:2 chr22 30403996 . C T 340.94 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0131979;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.43;QD=15.323;RBI=0.013334;REFB=-0.00842744;REVB=0.00190082;RO=49;SAF=17;SAR=20;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03077;STB=0.512501;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.013101;OID=.;OPOS=30403996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:49:52:37:37:0.41573:20:17:24:25:20:17:25:27 chr22 30422656 . G T 197.41 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00390629;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7463;QD=14.6226;RBI=0.0814642;REFB=-0.00711801;REVB=-0.0813705;RO=31;SAF=6;SAR=17;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365687;STB=0.709328;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00770096;OID=.;OPOS=30422656;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:17:6:19:12:17:6:19:12 chr22 30422708 . C T 242.76 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.028836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.89;QD=15.1725;RBI=0.0434192;REFB=-0.0238854;REVB=0.0324609;RO=35;SAF=5;SAR=23;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393495;STB=0.733856;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0312412;OID=.;OPOS=30422708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:23:5:18:17:23:5:19:17 chr22 30423460 . C T 353.87 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00981445;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.801;QD=18.3827;RBI=0.0380843;REFB=0.00179712;REVB=0.036798;RO=40;SAF=22;SAR=15;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00522348;STB=0.502914;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00148493;OID=.;OPOS=30423460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:40:40:37:37:0.480519:15:22:24:16:15:22:24:16 chr22 30638721 . G A 361.57 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0381733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2941;QD=32.87;RBI=0.043927;REFB=-0.0111231;REVB=0.0217344;RO=13;SAF=16;SAR=14;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891438;STB=0.558244;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0061579;OID=.;OPOS=30638721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:13:14:30:30:0.681818:14:16:9:4:14:16:10:4 chr22 30681257 . C G 243.74 PASS AF=0.538462;AO=19;DP=40;FAO=21;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0240384;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.061;QD=24.9989;RBI=0.0322249;REFB=-0.0306491;REVB=0.0214616;RO=16;SAF=13;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108875;STB=0.575146;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0212265;OID=.;OPOS=30681257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:16:16:19:21:0.538462:6:13:9:7:6:15:9:7 chr22 30714684 . A C 250.79 PASS AF=0.392857;AO=16;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00637807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.885;QD=17.9134;RBI=0.0172489;REFB=-0.0235669;REVB=0.0160264;RO=28;SAF=12;SAR=4;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394736;STB=0.584761;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.048305;OID=.;OPOS=30714684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:16:22:0.392857:4:12:11:17:10:12:11:17 chr22 30766640 . C T 157.0 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.160378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.025;QD=16.1021;RBI=0.160429;REFB=-0.00377747;REVB=-0.0040721;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428787;STB=0.524662;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.005705;OID=.;OPOS=30766640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:7:10:12:10:7:10:12:10 chr22 30770603 . T A 255.67 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00564425;FXX=0.0476115;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.837;QD=17.0444;RBI=0.00564504;REFB=-0.00952774;REVB=9.44754e-05;RO=32;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442133;STB=0.510302;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0110227;OID=.;OPOS=30770603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:32:32:27:28:0.466667:18:9:12:20:18:10:12:20 chr22 30771554 . T G 1048.72 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278053;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.001;QD=59.927;RBI=0.0855084;REFB=0;REVB=-0.0808613;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.89343e-05;OID=.;OPOS=30771554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:35:33:0:0:35:35:0:0 chr22 30782089 . A G 238.33 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0128361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9362;QD=16.1581;RBI=0.0525462;REFB=0.00717085;REVB=-0.0509543;RO=31;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134461;STB=0.58432;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.010412;OID=.;OPOS=30782089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:32:27:27:0.457627:11:16:14:17:11:16:14:18 chr22 30793137 . G A 87.45 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0549756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5517;QD=13.4543;RBI=0.0664747;REFB=-0.00707636;REVB=-0.0373708;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193627;STB=0.611475;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.019045;OID=.;OPOS=30793137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:8:3:2:13:8:3:2:13 chr22 30819758 . G A 519.96 PASS AF=0.519608;AO=54;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00156568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0639;QD=20.3906;RBI=0.0288094;REFB=0.0142398;REVB=-0.0287669;RO=48;SAF=30;SAR=24;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606221;STB=0.522719;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0129761;OID=.;OPOS=30819758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:49:54:53:0.519608:24:30:30:18:23:30:30:19 chr22 30823218 . G T 136.08 PASS AF=0.347826;AO=15;DP=48;FAO=16;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0416456;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.131;QD=11.8333;RBI=0.0440006;REFB=-0.0103957;REVB=0.014202;RO=12;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273624;STB=0.919662;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0128399;OID=.;OPOS=30823218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:12:30:15:16:0.347826:14:1:0:12:15:1:19:11 chr22 30856121 . G A 369.23 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00978458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8029;QD=25.0324;RBI=0.00995592;REFB=-0.0530794;REVB=-0.00183911;RO=22;SAF=20;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038759;STB=0.530286;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0337299;OID=.;OPOS=30856121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:23:36:36:0.610169:16:20:11:11:16:20:11:12 chr22 30857373 . A C 196.91 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00728462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.691;QD=12.9123;RBI=0.0158174;REFB=-0.00332125;REVB=-0.0140401;RO=37;SAF=12;SAR=12;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128775;STB=0.57371;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00501785;OID=.;OPOS=30857373;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:12:12:23:14:12:12:23:14 chr22 30857448 . A G 217.8 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00416322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.502;QD=16.7536;RBI=0.00451276;REFB=-0.015556;REVB=-0.00174143;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736317;STB=0.541632;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0170717;OID=.;OPOS=30857448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:13:11:15:13:13:11:15:13 chr22 30860830 . C T 274.55 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.017612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3005;QD=16.8956;RBI=0.0221009;REFB=-0.0183152;REVB=-0.0133516;RO=33;SAF=9;SAR=22;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223598;STB=0.619637;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0212577;OID=.;OPOS=30860830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:34:31:31:0.476923:22:9:17:16:22:9:17:17 chr22 30862400 . T A 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0235628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.215;QD=13.2873;RBI=0.0240474;REFB=-0.0143973;REVB=0.00480342;RO=41;SAF=14;SAR=13;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190839;STB=0.510909;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0225455;OID=.;OPOS=30862400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:13:14:22:19:13:14:22:19 chr22 30921659 . C T 281.47 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0112698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2836;QD=19.4117;RBI=0.0832209;REFB=-0.0168769;REVB=0.0824543;RO=25;SAF=14;SAR=16;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12207;STB=0.535939;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0161686;OID=.;OPOS=30921659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:28:30:30:0.517241:16:14:8:17:16:14:11:17 chr22 30927975 . C T 175.57 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0743966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3652;QD=46.8187;RBI=0.0811315;REFB=0;REVB=-0.0323647;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161844;OID=.;OPOS=30927975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr22 30928662 . G A 270.89 PASS AF=0.318584;AO=36;DP=113;FAO=36;FDP=113;FR=.;FRO=77;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.00671086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.825;QD=9.58911;RBI=0.0269478;REFB=-0.022807;REVB=-0.0260988;RO=77;SAF=12;SAR=24;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119014;STB=0.56958;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0476697;OID=.;OPOS=30928662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:77:77:36:36:0.318584:24:12:33:44:24:12:33:44 chr22 30928836 . T G 402.42 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.00970412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.968;QD=16.5946;RBI=0.0146006;REFB=-0.0247063;REVB=-0.0109091;RO=55;SAF=24;SAR=18;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869978;STB=0.548758;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0219103;OID=.;OPOS=30928836;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:55:42:42:0.43299:18:24:36:19:18:24:36:19 chr22 30973025 . G A 682.19 PASS AF=0.527559;AO=67;DP=127;FAO=67;FDP=127;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00844487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.223;QD=21.4864;RBI=0.0606447;REFB=-0.0294568;REVB=0.0600539;RO=58;SAF=29;SAR=38;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864261;STB=0.547717;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0403673;OID=.;OPOS=30973025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:58:60:67:67:0.527559:38:29:31:27:38:29:32:28 chr22 30975861 . C T 213.63 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0115584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6045;QD=20.8417;RBI=0.0341342;REFB=-0.0373235;REVB=0.0321176;RO=19;SAF=5;SAR=16;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854914;STB=0.569663;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0430721;OID=.;OPOS=30975861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:20:21:21:0.512195:16:5:6:13:16:5:7:13 chr22 30985261 . G A 123.29 PASS AF=0.228916;AO=19;DP=83;FAO=19;FDP=83;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.00866274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.403;QD=5.94173;RBI=0.00993112;REFB=-0.00121439;REVB=-0.00485635;RO=64;SAF=14;SAR=5;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373677;STB=0.731897;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00256032;OID=.;OPOS=30985261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:64:64:19:19:0.228916:5:14:28:36:5:14:28:36 chr22 31011610 . G C 324.04 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0053193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.197;QD=28.8032;RBI=0.0158354;REFB=-0.00893727;REVB=0.0149153;RO=17;SAF=18;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123429;STB=0.568057;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00818007;OID=.;OPOS=31011610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:10:18:8:9:10:18:8:9 chr22 31032920 . A G 107.99 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00523309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.238;QD=13.0898;RBI=0.0707687;REFB=-0.0121213;REVB=-0.0705749;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414547;STB=0.507031;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0271852;OID=.;OPOS=31032920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:13:13:0.393939:6:7:11:8:6:7:11:9 chr22 31060029 . G C 178.69 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0675691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9218;QD=22.3367;RBI=0.0784157;REFB=-0.00986618;REVB=0.0397924;RO=14;SAF=11;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25027;STB=0.640258;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0114494;OID=.;OPOS=31060029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:7:11:4:10:7:11:4:10 chr22 31090067 . T TCCACAACTA 319.41 PASS AF=0.5;AO=29;DP=69;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0161056;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=9;MLLD=342.184;QD=18.7887;RBI=0.0253334;REFB=-0.0117013;REVB=-0.0195547;RO=34;SAF=22;SAR=7;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356565;STB=0.654451;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=0.0125471;OID=.;OPOS=31090068;OREF=-;OALT=CCACAACTA;OMAPALT=TCCACAACTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:29:69:34:68:34:24:10:14:20:99:34:22:7:14:20 chr22 31127604 . C T 266.52 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0230152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.164;QD=15.9114;RBI=0.0251755;REFB=-0.00674922;REVB=-0.0102032;RO=37;SAF=21;SAR=9;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410055;STB=0.730286;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0207027;OID=.;OPOS=31127604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:9:21:10:27:9:21:10:27 chr22 31266546 . T C 955.19 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.092;QD=58.7808;RBI=0.021125;REFB=0;REVB=-0.00384075;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67294e-05;OID=.;OPOS=31266546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:30:34:0:0:30:35:0:0 chr22 31289119 . AC A 54.01 PASS AF=0.412698;AO=25;DP=65;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.122209;FXX=0.0307645;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.93508;QD=3.42937;RBI=0.204841;REFB=-0.093836;REVB=0.164392;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242676;STB=0.539652;STBP=0.628;TYPE=del;VARB=0.0867457;OID=.;OPOS=31289120;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.412698:25:65:26:63:37:13:13:16:21:54:27:15:10:9:18 chr22 31302125 . C G 94.88 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.041131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4955;QD=14.0558;RBI=0.0945847;REFB=-0.0337466;REVB=0.0851734;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264132;STB=0.649747;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0498113;OID=.;OPOS=31302125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:26:27:14:15:11:12:0.444444:4:7:5:9:4:8:6:9 chr22 31302233 . T C 238.22 PASS AF=0.465517;AO=24;DP=56;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00338658;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.52;QD=16.4292;RBI=0.00379499;REFB=-0.0245419;REVB=-0.00171261;RO=30;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872152;STB=0.52939;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0312891;OID=.;OPOS=31302233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:30:31:24:27:0.465517:15:9:11:19:16:11:11:20 chr22 31303619 . TAAA TAA,TA,T,TATA 1568.93 PASS AF=0.253394,0.321267,0.239819,0.18552;AO=44,43,52,45;DP=234;FAO=56,71,53,41;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=30,55,35,18;FSAR=26,16,18,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687727,0.00191586,0.00123759,-0.00399756;FXX=0.0595719;HRUN=11,11,11,11;LEN=1,2,3,1;MLLD=5.71608,10.6313,12.1358,169.487;QD=28.397;RBI=0.025175,0.0150645,0.0110718,0.0300923;REFB=0.153431,0.0969902,0.0698288,0.0178968;REVB=0.0242174,0.0149422,0.0110024,-0.0298256;RO=15;SAF=29,38,32,17;SAR=15,5,20,28;SRF=8;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0643848,0.300758,0.0357917,-0.0751104;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.0282178,0.00783879,0.0403399,0.00738796;OID=.,.,.,.;OPOS=31303620,31303620,31303620,31303621;OREF=A,AA,AAA,A;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=TAA,TA,T,TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.253394,0.321267,0.239819,0.18552:44,43,52,45:234:56,71,53,41:221:0:30,55,35,18:26,16,18,23:0:0:99:15:29,38,32,17:15,5,20,28:8:7 chr22 31333631 . T C 404.33 PASS AF=0.45;AO=44;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.0166361;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.934;QD=16.1732;RBI=0.0232661;REFB=-0.00509679;REVB=-0.016265;RO=50;SAF=24;SAR=20;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111697;STB=0.55733;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00471661;OID=.;OPOS=31333631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:55:44:45:0.45:20:24:33:17:21:24:35:20 chr22 31342376 . G C 494.29 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.00429076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.418;QD=16.2064;RBI=0.022259;REFB=-0.0156816;REVB=0.0218416;RO=68;SAF=23;SAR=31;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015507;STB=0.508666;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0191052;OID=.;OPOS=31342376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:68:54:54:0.442623:31:23:30:38:31:23:30:38 chr22 31354653 . G A 369.3 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.000544511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=360.559;QD=25.0372;RBI=0.000545019;REFB=-0.00999947;REVB=-2.35353e-05;RO=23;SAF=22;SAR=14;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643244;STB=0.535192;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00711434;OID=.;OPOS=31354653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:14:22:16:7:14:22:16:7 chr22 31493141 . C T 202.67 PASS AF=0.273585;AO=29;DP=106;FAO=29;FDP=106;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.0117907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.39;QD=7.64784;RBI=0.0189581;REFB=-0.0208277;REVB=-0.0148456;RO=77;SAF=16;SAR=13;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709483;STB=0.542344;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0534671;OID=.;OPOS=31493141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:77:77:29:29:0.273585:13:16:38:39:13:16:38:39 chr22 31521404 . G A 285.79 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=22;FWDB=0.0225522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0037;QD=21.9836;RBI=0.0372521;REFB=-0.0319319;REVB=0.02965;RO=23;SAF=10;SAR=19;SRF=1;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298285;STB=0.662268;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0186024;OID=.;OPOS=31521404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:19:10:1:22:19:10:1:22 chr22 31521604 . G A 123.13 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0090191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4657;QD=7.351;RBI=0.0107895;REFB=-0.0130902;REVB=0.0059219;RO=47;SAF=7;SAR=11;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192232;STB=0.514715;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0343189;OID=.;OPOS=31521604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:47:49:18:18:0.268657:11:7:19:28:11:7:20:29 chr22 31533796 . G C 1540.6 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.718;QD=59.8291;RBI=0.0474843;REFB=0;REVB=0.0439053;RO=0;SAF=65;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07964e-05;OID=.;OPOS=31533796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:37:65:0:0:37:66:0:0 chr22 31533967 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.645;QD=39.2067;RBI=0.0305836;REFB=0;REVB=-0.00944939;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000744182;OID=.;OPOS=31533967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr22 31535872 . G C 553.83 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1558;QD=59.8733;RBI=0.0414034;REFB=0;REVB=-0.032943;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000729106;OID=.;OPOS=31535872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:16:20:0:0:17:20:0:0 chr22 31536133 . A C 815.89 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7921;QD=57.2551;RBI=0.0179853;REFB=0;REVB=-0.0140208;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207408;OID=.;OPOS=31536133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr22 31602671 . C T 114.92 PASS AF=0.188119;AO=19;DP=101;FAO=19;FDP=101;FR=.;FRO=82;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.0219986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.244;QD=4.55108;RBI=0.0221246;REFB=0.00399699;REVB=-0.00235781;RO=81;SAF=3;SAR=16;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427055;STB=0.777317;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00994871;OID=.;OPOS=31602671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:81:82:19:19:0.188119:16:3:37:44:16:3:37:45 chr22 31602710 . G T 30.66 PASS AF=0.0985915;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0556798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9492;QD=1.72751;RBI=0.0561929;REFB=-9.88091e-05;REVB=0.00757606;RO=64;SAF=2;SAR=5;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215912;STB=0.671761;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00702758;OID=.;OPOS=31602710;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:71:64:64:7:7:0.0985915:5:2:30:34:5:2:30:34 chr22 31663842 . C G 1014.82 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0039826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.479;QD=57.1727;RBI=0.0246685;REFB=-0.138705;REVB=0.0243448;RO=1;SAF=32;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145412;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368531;OID=.;OPOS=31663842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:71:1:0:68:71:1:36:32:1:0:37:34:0:0 chr22 31675561 . C A 113.49 PASS AF=0.216867;AO=18;DP=84;FAO=18;FDP=83;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.00328447;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.028;QD=5.46939;RBI=0.00817925;REFB=-0.00579846;REVB=-0.00749082;RO=65;SAF=9;SAR=9;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164666;STB=0.602301;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0243563;OID=.;OPOS=31675561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:65:65:18:18:0.216867:9:9:41:24:9:9:41:24 chr22 31679110 . G C 615.44 PASS AF=0.877551;AO=43;DP=49;FAO=43;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0150175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.604;QD=50.2398;RBI=0.0179842;REFB=-0.134948;REVB=0.0098948;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199809;STB=0.504288;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00267547;OID=.;OPOS=31679110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:49:49:1:6:43:43:0.877551:23:20:0:1:23:20:3:3 chr22 31859859 . A G 1406.14 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012923;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.315;QD=63.1975;RBI=0.0129234;REFB=0;REVB=0.000102807;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000724811;OID=.;OPOS=31859859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:43:45:0:0:43:46:0:0 chr22 31859865 . G A 163.4 PASS AF=0.261364;AO=22;DP=85;FAO=23;FDP=88;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0109073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4563;QD=7.42716;RBI=0.0111518;REFB=-0.0225009;REVB=-0.00232214;RO=63;SAF=10;SAR=12;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846138;STB=0.565161;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0740098;OID=.;OPOS=31859865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:63:65:22:23:0.261364:12:10:33:30:13:10:34:31 chr22 31971258 . T C 710.7 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0130051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3361;QD=54.6692;RBI=0.0311153;REFB=-0.107592;REVB=0.0282671;RO=1;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184631;STB=0.5098;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00147407;OID=.;OPOS=31971258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:25:26:0:1:25:26:0:1 chr22 32011225 . T C 106.02 PASS AF=0.916667;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0797432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4351;QD=35.3411;RBI=0.0836574;REFB=0.0588298;REVB=-0.0252898;RO=1;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596689;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0102438;OID=.;OPOS=32011225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:12:1:1:10:11:0.916667:7:3:0:1:7:4:0:1 chr22 32015450 . T G 722.41 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00120694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4372;QD=62.8185;RBI=0.0118703;REFB=0;REVB=0.0118088;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01088e-05;OID=.;OPOS=32015450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:26:18:0:0:28:18:0:0 chr22 32108477 . C A 69.94 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0031266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.477;QD=6.66139;RBI=0.00406153;REFB=-0.000224028;REVB=-0.00259237;RO=32;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176605;STB=0.511213;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00176027;OID=.;OPOS=32108477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:7:3:10:22:7:3:10:22 chr22 32109535 . A C 109.59 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0157542;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.868;QD=12.1766;RBI=0.0176264;REFB=-0.00256776;REVB=-0.00790527;RO=18;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301131;STB=0.726905;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0038892;OID=.;OPOS=32109535;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:18:23:13:13:0.361111:10:3:9:9:10:3:13:10 chr22 32110163 . G A 251.54 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0162532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.563;QD=22.3592;RBI=0.0300141;REFB=-0.0187139;REVB=-0.0252325;RO=21;SAF=6;SAR=17;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287671;STB=0.666518;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0200047;OID=.;OPOS=32110163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:21:23:24:0.533333:17:6:12:9:18:6:12:9 chr22 32112461 . T C 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00571568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.462;QD=19.5232;RBI=0.013083;REFB=-0.0222907;REVB=-0.0117684;RO=12;SAF=11;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34056;STB=0.695897;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0150605;OID=.;OPOS=32112461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:3:11:5:7:3:11:5:7 chr22 32153371 . A G 242.4 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00116933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.169;QD=12.5923;RBI=0.0146781;REFB=-0.00524241;REVB=0.0146314;RO=47;SAF=15;SAR=14;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158542;STB=0.502241;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0083648;OID=.;OPOS=32153371;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:48:29:29:0.376623:14:15:25:22:14:15:25:23 chr22 32211412 . A C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0202764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.62;QD=19.3688;RBI=0.0256524;REFB=0.000224164;REVB=0.0157135;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390506;STB=0.723701;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.000286904;OID=.;OPOS=32211412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:7:3:6:1:7:3:6:1 chr22 32222476 . C G 483.19 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0438404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3034;QD=21.475;RBI=0.0613422;REFB=0.0091267;REVB=0.0429056;RO=41;SAF=28;SAR=19;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558272;STB=0.516043;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.00761549;OID=.;OPOS=32222476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:43:47:47:0.522222:19:28:27:14:19:28:27:16 chr22 32330242 . T C 288.39 PASS AF=0.34;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0013985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.371;QD=11.5355;RBI=0.0265932;REFB=-0.00297722;REVB=-0.0265564;RO=66;SAF=20;SAR=14;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671772;STB=0.538899;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00850707;OID=.;OPOS=32330242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:66:66:34:34:0.34:14:20:35:31:14:20:35:31 chr22 32334021 . T A 669.29 PASS AF=0.587156;AO=64;DP=109;FAO=64;FDP=109;FR=.;FRO=45;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0204075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.124;QD=24.5611;RBI=0.0208497;REFB=-0.00801422;REVB=-0.00427127;RO=45;SAF=35;SAR=29;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236774;STB=0.512898;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00522516;OID=.;OPOS=32334021;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:45:45:64:64:0.587156:29:35:26:19:29:35:26:19 chr22 32334203 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00403677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.723;QD=14.799;RBI=0.00510538;REFB=-0.00177346;REVB=-0.0031256;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114818;STB=0.581059;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00203809;OID=.;OPOS=32334203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:12:13:11:11:0.458333:7:4:3:9:7:4:3:10 chr22 32377135 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00449149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.938;QD=60.2301;RBI=0.0456367;REFB=0;REVB=0.0454151;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346741;OID=.;OPOS=32377135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr22 32554985 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.542;QD=58.4197;RBI=0.0167854;REFB=0;REVB=-0.0081321;RO=0;SAF=41;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35159e-05;OID=.;OPOS=32554985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:22:41:0:0:22:41:0:0 chr22 32754103 . A C 156.85 PASS AF=0.23;AO=23;DP=100;FAO=23;FDP=100;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.0106482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.557;QD=6.27393;RBI=0.0110122;REFB=-0.0030413;REVB=0.00280768;RO=76;SAF=19;SAR=4;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419456;STB=0.767233;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00622087;OID=.;OPOS=32754103;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:76:77:23:23:0.23:4:19:40:36:4:19:40:37 chr22 32754230 . A G 361.5 PASS AF=0.366667;AO=44;DP=120;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.0271999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6327;QD=12.0499;RBI=0.0330846;REFB=-0.0195415;REVB=0.018835;RO=75;SAF=20;SAR=24;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311612;STB=0.513011;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0171332;OID=.;OPOS=32754230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:75:76:44:44:0.366667:24:20:32:43:24:20:33:43 chr22 32754232 . C T 360.49 PASS AF=0.363636;AO=44;DP=121;FAO=44;FDP=121;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.0160133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.953;QD=11.917;RBI=0.0201517;REFB=-0.0223838;REVB=0.0122339;RO=77;SAF=20;SAR=24;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146005;STB=0.508342;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0367479;OID=.;OPOS=32754232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:77:77:44:44:0.363636:24:20:34:43:24:20:34:43 chr22 32754306 . T C 524.27 PASS AF=0.414286;AO=57;DP=139;FAO=58;FDP=140;FR=.;FRO=82;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.0212284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.255;QD=14.979;RBI=0.0212467;REFB=-0.0306801;REVB=0.000881186;RO=80;SAF=24;SAR=33;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438143;STB=0.52241;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0281964;OID=.;OPOS=32754306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:80:82:57:58:0.414286:33:24:37:43:34:24:37:45 chr22 32756407 . A G 390.68 PASS AF=0.328767;AO=48;DP=146;FAO=48;FDP=146;FR=.;FRO=98;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=55;FSRR=43;FWDB=-0.0121909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.146;QD=10.7036;RBI=0.0780636;REFB=-0.0130314;REVB=-0.0771058;RO=97;SAF=29;SAR=19;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566557;STB=0.529746;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0215249;OID=.;OPOS=32756407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:97:98:48:48:0.328767:19:29:54:43:19:29:55:43 chr22 32756554 . C T 727.94 PASS AF=0.384615;AO=85;DP=221;FAO=85;FDP=221;FR=.;FRO=136;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=60;FSRR=76;FWDB=0.0128036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.132;QD=13.1753;RBI=0.0222317;REFB=-0.0100614;REVB=-0.0181746;RO=135;SAF=44;SAR=41;SRF=60;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079586;STB=0.54695;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0182437;OID=.;OPOS=32756554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:135:136:85:85:0.384615:41:44:60:75:41:44:60:76 chr22 32756555 . G C 797.26 PASS AF=0.40724;AO=90;DP=221;FAO=90;FDP=221;FR=.;FRO=131;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=64;FSRR=67;FWDB=-0.014095;FXX=0.0045043;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7187;QD=14.4301;RBI=0.0234233;REFB=0.00756943;REVB=0.0187078;RO=131;SAF=39;SAR=51;SRF=64;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589137;STB=0.533022;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0142501;OID=.;OPOS=32756555;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:131:131:90:90:0.40724:51:39:64:67:51:39:64:67 chr22 32756744 . A G 447.59 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0411125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8324;QD=21.0631;RBI=0.0419176;REFB=-0.00893751;REVB=0.00817607;RO=41;SAF=24;SAR=20;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136694;STB=0.507556;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0078361;OID=.;OPOS=32756744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:20:24:23:18:20:24:23:18 chr22 32759025 . G C 359.58 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00243308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.29;QD=17.3291;RBI=0.00410798;REFB=-0.0232121;REVB=-0.00330993;RO=45;SAF=16;SAR=22;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448818;STB=0.525148;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0235066;OID=.;OPOS=32759025;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:22:16:21:24:22:16:21:24 chr22 32784051 . T C 83.17 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00820255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.484;QD=9.50481;RBI=0.0302598;REFB=-0.00473036;REVB=0.0291269;RO=23;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130723;STB=0.554817;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.010801;OID=.;OPOS=32784051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:23:24:11:11:0.314286:7:4:6:17:7:4:7:17 chr22 32795641 . C T 476.37 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.00200262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4973;QD=16.7146;RBI=0.0334576;REFB=-0.0323521;REVB=0.0333976;RO=62;SAF=25;SAR=27;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285189;STB=0.515894;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0380474;OID=.;OPOS=32795641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:62:62:52:52:0.45614:27:25:28:34:27:25:28:34 chr22 32811952 . A G 368.35 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0353112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.523;QD=16.743;RBI=0.0353344;REFB=-0.0231236;REVB=-0.00127831;RO=48;SAF=22;SAR=17;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634735;STB=0.541596;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0280189;OID=.;OPOS=32811952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:49:39:39:0.443182:17:22:24:24:17:22:24:25 chr22 32909251 . G A 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00010961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.307;QD=58.1405;RBI=0.0146365;REFB=0;REVB=0.0146361;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31349e-05;OID=.;OPOS=32909251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr22 33253280 . T C 401.33 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.000146108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9015;QD=16.5498;RBI=0.0192831;REFB=0.00819908;REVB=-0.0192825;RO=55;SAF=19;SAR=23;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914169;STB=0.551252;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00825966;OID=.;OPOS=33253280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:55:42:42:0.43299:23:19:20:35:23:19:20:35 chr22 33253290 . TCC TC,TCT 1019.45 PASS AF=0.390805,0.54023;AO=29,47;DP=84;FAO=34,47;FDP=87;FR=.;FRO=6;FSAF=1,23;FSAR=33,24;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.048449,0.00775577;FXX=0.0113623;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.9878,188.542;QD=46.8711;RBI=0.0809446,0.0191583;REFB=-0.0621672,-0.0397203;REVB=-0.0648438,-0.0175183;RO=6;SAF=0,23;SAR=29,24;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.86967,-0.00225565;STB=0.785468,0.501204;STBP=0.005,0.933;TYPE=del,snp;VARB=-0.0152765,0.0411518;OID=.,.;OPOS=33253291,33253292;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TC,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.390805,0.54023:29,47:84:34,47:87:6:1,23:33,24:3:3:99:6:0,23:29,24:3:3 chr22 34022284 . G A 198.97 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00612067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.303;QD=11.3698;RBI=0.00623698;REFB=0.0020715;REVB=0.00119891;RO=45;SAF=9;SAR=16;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171279;STB=0.599451;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00677069;OID=.;OPOS=34022284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:16:9:23:22:16:9:23:22 chr22 35463162 . A G 2013.17 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00738255;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.262;QD=62.4239;RBI=0.0281765;REFB=0;REVB=0.0271921;RO=0;SAF=58;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1079e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93124e-05;OID=.;OPOS=35463162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:129:129:1:71:58:0:0:71:58:0:0 chr22 35463179 . T C 2086.53 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0158563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.019;QD=61.8233;RBI=0.0158815;REFB=-0.0771696;REVB=-0.000894616;RO=0;SAF=62;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71502e-08;STB=0.503999;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000331765;OID=.;OPOS=35463179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:0:1:134:134:0.992593:72:62:0:0:72:62:1:0 chr22 35463249 . C T 344.35 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.00442152;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.155;QD=13.1182;RBI=0.00466528;REFB=-0.0140426;REVB=-0.00148828;RO=64;SAF=17;SAR=24;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798806;STB=0.504537;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0191526;OID=.;OPOS=35463249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:64:41:41:0.390476:24:17:27:37:24:17:27:37 chr22 35480467 . C T 543.91 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00014684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.634;QD=19.9599;RBI=0.00131396;REFB=-0.0213419;REVB=0.00130572;RO=50;SAF=28;SAR=28;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514474;STB=0.532099;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0153855;OID=.;OPOS=35480467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:50:53:56:56:0.513761:28:28:28:22:28:28:30:23 chr22 35660875 . G T 284.13 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.00186703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2857;QD=15.1537;RBI=0.0192946;REFB=-0.00346846;REVB=-0.0192041;RO=42;SAF=18;SAR=14;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133641;STB=0.566225;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00445314;OID=.;OPOS=35660875;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:43:32:32:0.426667:14:18:29:13:14:18:29:14 chr22 35679951 . T C 1362.57 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.024;QD=61.239;RBI=0.0249081;REFB=-0.072666;REVB=-0.0196098;RO=1;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977072;STB=0.505153;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-1.10711e-05;OID=.;OPOS=35679951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:48:40:0:1:48:40:0:1 chr22 35719834 . G A 40.02 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0672289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2265;QD=3.20158;RBI=0.0672542;REFB=-0.00103422;REVB=-0.00184417;RO=43;SAF=3;SAR=4;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161518;STB=0.511595;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0438823;OID=.;OPOS=35719834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:43:43:7:7:0.14:4:3:19:24:4:3:19:24 chr22 35783080 . C T 146.38 PASS AF=0.265823;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0129613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.426;QD=7.4114;RBI=0.012966;REFB=-0.0234803;REVB=0.000347499;RO=58;SAF=14;SAR=7;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167467;STB=0.60167;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0413191;OID=.;OPOS=35783080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:58:58:21:21:0.265823:7:14:31:27:7:14:31:27 chr22 35817553 . C T 346.01 PASS AF=0.4;AO=35;DP=92;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.015496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.701;QD=14.5689;RBI=0.0494647;REFB=-0.0316979;REVB=0.0469748;RO=53;SAF=20;SAR=15;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046246;STB=0.505325;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0411664;OID=.;OPOS=35817553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:53:57:35:38:0.4:15:20:28:25:17:21:32:25 chr22 36007045 . G A 1212.13 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138394;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.829;QD=61.3737;RBI=0.0622364;REFB=0;REVB=0.0606781;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138462;OID=.;OPOS=36007045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr22 36007075 . C T 1271.18 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6985;QD=61.2617;RBI=0.0134977;REFB=0;REVB=-0.00143351;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511129;OID=.;OPOS=36007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:37:45:0:0:37:46:0:0 chr22 36122517 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.368;QD=58.5876;RBI=0.0428801;REFB=0;REVB=-0.0406991;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253784;OID=.;OPOS=36122517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr22 36123083 . C T 505.41 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00542849;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.488;QD=59.4596;RBI=0.0324686;REFB=0;REVB=0.0320116;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129423;OID=.;OPOS=36123083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr22 36537893 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.066716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.74;QD=48.7368;RBI=0.0670203;REFB=0;REVB=0.00637944;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000456689;OID=.;OPOS=36537893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr22 36545137 . A T 1377.55 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.933;QD=62.616;RBI=0.0165377;REFB=0;REVB=0.0137827;RO=0;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81674e-05;OID=.;OPOS=36545137;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:39:48:0:0:39:49:0:0 chr22 36556823 . G T 1025.96 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5872;QD=59.4761;RBI=0.0218554;REFB=0;REVB=0.00184282;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108983;OID=.;OPOS=36556823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr22 36573945 . A G 747.96 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.061;QD=63.656;RBI=0.0302487;REFB=0;REVB=0.0252308;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332997;OID=.;OPOS=36573945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:26:21:0:0 chr22 36575664 . G A 1449.14 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00359267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.848;QD=57.3915;RBI=0.0045091;REFB=0.0746762;REVB=-0.00272483;RO=2;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189652;STB=0.509998;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.000369079;OID=.;OPOS=36575664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:2:2:99:99:0.980198:49:50:0:2:49:50:0:2 chr22 36575680 . G T 375.91 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00839914;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.064;QD=17.6901;RBI=0.0129328;REFB=-0.0151077;REVB=-0.00983415;RO=49;SAF=19;SAR=20;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083435;STB=0.530424;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0174921;OID=.;OPOS=36575680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:85:49:46:39:39:0.458824:20:19:28:21:20:19:25:21 chr22 36587202 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.635;QD=53.9108;RBI=0.0225375;REFB=0;REVB=0.0200695;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101363;OID=.;OPOS=36587202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr22 36587223 . G C,T 385.29 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=2,26;DP=28;FAO=2,26;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2,11;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709467,0.0110662;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=205.322,231.108;QD=55.0409;RBI=0.00709681,0.0122909;REFB=0,0;REVB=0.00017409,0.0053485;RO=0;SAF=2,11;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00784742,-0.000199594;OID=.,.;OPOS=36587223,36587223;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:28:28:0:0:2,26:2,26:0.0714286,0.928571:0,15:2,11:0:0:0,15:2,11:0:0 chr22 36587279 . A G 755.1 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00221802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.842;QD=55.933;RBI=0.0242722;REFB=0;REVB=0.0241706;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147968;OID=.;OPOS=36587279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:24:29:0:0:24:30:0:0 chr22 36587486 . A G 1180.44 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0103717;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.8475;QD=58.2933;RBI=0.0111571;REFB=-0.0870005;REVB=0.00411201;RO=2;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236559;STB=0.512497;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00208583;OID=.;OPOS=36587486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:2:2:79:79:0.975309:39:40:0:2:39:40:0:2 chr22 36587511 . C T 868.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2588;QD=57.88;RBI=0.0406932;REFB=0;REVB=-0.0188874;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000509251;OID=.;OPOS=36587511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:33:26:0:0:34:26:0:0 chr22 36587845 . A ACT 261.61 PASS AF=0.785714;AO=21;DP=29;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00566167;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.656;QD=37.3735;RBI=0.0172442;REFB=-0.0276548;REVB=-0.0162883;RO=6;SAF=15;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233885;STB=0.503728;STBP=0.97;TYPE=ins;VARB=0.00468431;OID=.;OPOS=36587846;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.785714:21:29:22:28:6:15:7:4:2:36:6:15:6:4:2 chr22 36587952 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0734045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5269;QD=46.848;RBI=0.0828309;REFB=0;REVB=0.0383762;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115999;OID=.;OPOS=36587952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr22 36591380 . A G 772.61 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00634887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.567;QD=61.8087;RBI=0.0634431;REFB=-0.13051;REVB=0.0631246;RO=1;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184525;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000831932;OID=.;OPOS=36591380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:25:24:0:1:25:24:0:1 chr22 36598049 . C G 644.13 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0447165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7395;QD=58.5575;RBI=0.0647951;REFB=-0.191023;REVB=0.0468917;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0252612;OID=.;OPOS=36598049;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:0:1:42:43:0.977273:19:23:0:0:19:24:1:0 chr22 36598058 . T C 652.63 PASS AF=1;AO=40;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00141476;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.715;QD=56.7501;RBI=0.0208555;REFB=0;REVB=-0.0208075;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109186;OID=.;OPOS=36598058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:46:0:0:40:46:1:20:20:0:0:22:24:0:0 chr22 36623731 . T C 1473.91 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00679975;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.763;QD=63.3938;RBI=0.0174711;REFB=0;REVB=0.0160935;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68474e-06;OID=.;OPOS=36623731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:51:42:0:0:51:42:0:0 chr22 36661330 . G A 1472.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.866;QD=63.3325;RBI=0.0295287;REFB=0;REVB=-0.0122612;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67446e-05;OID=.;OPOS=36661330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:41:51:0:0:42:51:0:0 chr22 36661536 . C A 766.18 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00625757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4242;QD=63.848;RBI=0.00878938;REFB=0;REVB=0.0061722;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38181e-07;OID=.;OPOS=36661536;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr22 36661566 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.396;QD=57.0007;RBI=0.0402752;REFB=0;REVB=-0.00383316;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13484e-05;OID=.;OPOS=36661566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr22 36661646 . G A 1025.63 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3681;QD=59.4571;RBI=0.102877;REFB=0;REVB=0.070992;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139984;OID=.;OPOS=36661646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr22 36661842 . G A 573.24 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00248128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.549;QD=55.9262;RBI=0.0439989;REFB=-0.0606997;REVB=0.0439289;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267753;STB=0.527763;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000427139;OID=.;OPOS=36661842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:1:2:39:39:0.95122:22:17:1:0:22:17:2:0 chr22 36677400 . G A 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.144;QD=58.6002;RBI=0.0182036;REFB=0;REVB=0.0172756;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80816e-05;OID=.;OPOS=36677400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:23:41:0:0:23:41:0:0 chr22 36678453 . C G 817.64 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.176;QD=57.378;RBI=0.0529243;REFB=0;REVB=0.00689341;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174319;OID=.;OPOS=36678453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:29:27:0:0:29:28:0:0 chr22 36678476 . C A 675.76 PASS AF=0.956522;AO=41;DP=45;FAO=44;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0481212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.923;QD=58.7613;RBI=0.0605273;REFB=-0.159419;REVB=0.0367139;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199652;STB=0.510199;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=7.63988e-05;OID=.;OPOS=36678476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:41:44:0.956522:23:18:0:1:24:20:0:1 chr22 36680234 . G A 294.41 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=0.00884417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.072;QD=15.0977;RBI=0.0305691;REFB=-0.0101537;REVB=0.0292618;RO=43;SAF=8;SAR=25;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484348;STB=0.518661;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00896662;OID=.;OPOS=36680234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:45:33:33:0.423077:25:8:12:31:25:8:12:33 chr22 36684328 . G A 102.25 PASS AF=0.276596;AO=12;DP=46;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0221074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.791;QD=8.70213;RBI=0.0275159;REFB=-0.0136239;REVB=0.0163826;RO=34;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105495;STB=0.536368;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0277608;OID=.;OPOS=36684328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:34:34:12:13:0.276596:6:6:14:20:7:6:14:20 chr22 36684354 . T C 225.85 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00685146;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.145;QD=17.0452;RBI=0.039425;REFB=-0.00195945;REVB=-0.0388251;RO=28;SAF=8;SAR=17;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178834;STB=0.601202;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00382293;OID=.;OPOS=36684354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:28:28:25:25:0.471698:17:8:14:14:17:8:14:14 chr22 36684358 . C A 228.87 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00490631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.917;QD=16.0612;RBI=0.00568123;REFB=-0.0115651;REVB=0.00286435;RO=30;SAF=8;SAR=18;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195135;STB=0.620593;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0300792;OID=.;OPOS=36684358;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:18:8:15:15:18:8:16:15 chr22 36691607 . A C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.262;QD=59.0179;RBI=0.0124974;REFB=0;REVB=-0.00172621;RO=0;SAF=27;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9092e-05;OID=.;OPOS=36691607;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:7:27:0:0:7:27:0:0 chr22 36700175 . A G 587.98 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=104;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0143094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.331;QD=22.6146;RBI=0.0167619;REFB=-0.00450637;REVB=-0.0087293;RO=44;SAF=28;SAR=30;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315217;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00431691;OID=.;OPOS=36700175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:44:46:58:58:0.557692:30:28:23:21:29:29:23:23 chr22 36872875 . G A 185.73 PASS AF=0.252252;AO=28;DP=110;FAO=28;FDP=111;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=-0.0521133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0706;QD=6.69294;RBI=0.0708463;REFB=-0.0108221;REVB=-0.0479937;RO=81;SAF=6;SAR=22;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468264;STB=0.782462;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0108565;OID=.;OPOS=36872875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:81:83:28:28:0.252252:22:6:48:33:22:6:49:34 chr22 36876667 . C T 391.5 PASS AF=0.292818;AO=53;DP=181;FAO=53;FDP=181;FR=.;FRO=128;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=78;FSRR=50;FWDB=-0.0395071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.086;QD=8.65199;RBI=0.0406201;REFB=-0.0109857;REVB=-0.00944355;RO=127;SAF=32;SAR=21;SRF=78;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131579;STB=0.504145;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0262463;OID=.;OPOS=36876667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:127:128:53:53:0.292818:21:32:78:49:21:32:78:50 chr22 36885912 . C T 232.76 PASS AF=0.282051;AO=31;DP=115;FAO=33;FDP=117;FR=.;FRO=84;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.0032486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.519;QD=7.9576;RBI=0.0201521;REFB=-0.00476645;REVB=0.0198885;RO=82;SAF=20;SAR=11;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19466;STB=0.623453;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00818918;OID=.;OPOS=36885912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:82:84:31:33:0.282051:11:20:40:42:11:22:42:42 chr22 36897424 . G A 294.46 PASS AF=0.251429;AO=44;DP=176;FAO=44;FDP=175;FR=.;FRO=131;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=60;FSRR=71;FWDB=-0.0146156;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.238;QD=6.73052;RBI=0.0146343;REFB=-0.000612441;REVB=0.000740153;RO=123;SAF=13;SAR=31;SRF=54;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191772;STB=0.630476;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00194322;OID=.;OPOS=36897424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:123:131:44:44:0.251429:31:13:54:69:31:13:60:71 chr22 36907733 . C T 363.58 PASS AF=0.372881;AO=44;DP=118;FAO=44;FDP=118;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.0236454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.37;QD=12.3248;RBI=0.0317097;REFB=-0.0112045;REVB=-0.0211282;RO=74;SAF=18;SAR=26;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173833;STB=0.599033;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0249569;OID=.;OPOS=36907733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:74:74:44:44:0.372881:26:18:42:32:26:18:42:32 chr22 36960522 . G A 160.8 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.0237999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.691;QD=15.688;RBI=0.0570815;REFB=-0.0128356;REVB=0.0518832;RO=23;SAF=15;SAR=2;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11917;STB=0.507238;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0259857;OID=.;OPOS=36960522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:23:17:18:0.439024:2:15:19:4:3:15:19:4 chr22 36962505 . T C 88.98 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00654675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.59;QD=7.11855;RBI=0.0164973;REFB=-0.00504255;REVB=-0.0151427;RO=38;SAF=9;SAR=3;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200768;STB=0.627679;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0170167;OID=.;OPOS=36962505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:38:38:12:12:0.24:3:9:23:15:3:9:23:15 chr22 37163329 . C T 858.7 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00749414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.525;QD=54.5208;RBI=0.0600703;REFB=0.114176;REVB=0.059601;RO=2;SAF=30;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304298;STB=0.516124;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00378743;OID=.;OPOS=37163329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:31:30:2:0:31:30:2:0 chr22 37196971 . C A 429.4 PASS AF=1;AO=19;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.553;QD=57.2538;RBI=0.145023;REFB=0;REVB=0.142598;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111409;OID=.;OPOS=37196971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:19:30:1:9:10:0:0:19:11:0:0 chr22 37267767 . A G 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0348356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.846;QD=10.4722;RBI=0.0402558;REFB=-0.00607025;REVB=-0.0201745;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470445;STB=0.528254;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0234257;OID=.;OPOS=37267767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:5:7:13:11:5:7:13:11 chr22 37268257 . C T 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00653083;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.833;QD=21.613;RBI=0.0125507;REFB=-0.00152527;REVB=-0.0107176;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310605;STB=0.673436;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00147781;OID=.;OPOS=37268257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:15:9:17:6:15:9:17:6 chr22 37271882 . T C 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00623085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.453;QD=13.3359;RBI=0.0297318;REFB=-0.0163592;REVB=-0.0290716;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106613;STB=0.562416;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0296241;OID=.;OPOS=37271882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:9:6:12:12:9:6:12:12 chr22 37326821 . G A 137.78 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0342078;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.63;QD=16.7007;RBI=0.037509;REFB=-0.0212055;REVB=0.0153867;RO=18;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243262;STB=0.641056;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0242736;OID=.;OPOS=37326821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:18:18:15:15:0.454545:11:4:9:9:11:4:9:9 chr22 37333568 . C T 149.59 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.021285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.6121;QD=12.2113;RBI=0.0261963;REFB=-0.00788983;REVB=0.0152707;RO=32;SAF=2;SAR=15;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156709;STB=0.593935;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0169673;OID=.;OPOS=37333568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:15:2:6:26:15:2:6:26 chr22 37333794 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.038;QD=58.1421;RBI=0.0234302;REFB=0;REVB=0.0136956;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81929e-05;OID=.;OPOS=37333794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr22 37398195 . C T 427.95 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.00787725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3088;QD=19.4524;RBI=0.0353571;REFB=-0.0306288;REVB=-0.0344684;RO=45;SAF=28;SAR=15;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290571;STB=0.661343;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0285471;OID=.;OPOS=37398195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:15:28:15:30:15:28:15:30 chr22 37398201 . C A 425.21 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00232554;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.817;QD=18.4874;RBI=0.00265147;REFB=-0.0167288;REVB=0.00127364;RO=49;SAF=27;SAR=16;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247461;STB=0.637945;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.013575;OID=.;OPOS=37398201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:16:27:18:31:16:27:18:31 chr22 37409319 . T C 621.23 PASS AF=0.571429;AO=56;DP=98;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.026458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7223;QD=25.3562;RBI=0.0452175;REFB=-0.0245151;REVB=0.0366688;RO=42;SAF=30;SAR=26;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104148;STB=0.556849;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0191425;OID=.;OPOS=37409319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:42:42:56:56:0.571429:26:30:28:14:26:30:28:14 chr22 37453452 . C T 860.87 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678257;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.004;QD=56.4502;RBI=0.101368;REFB=-0.090679;REVB=0.075333;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018009;OID=.;OPOS=37453452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:61:0:0:58:61:1:35:23:0:0:37:24:0:0 chr22 37462926 . G A 582.36 PASS AF=0.455224;AO=61;DP=135;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.0259715;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.399;QD=17.3838;RBI=0.0271361;REFB=-0.0194886;REVB=0.00786449;RO=73;SAF=34;SAR=27;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00934232;STB=0.505199;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0237309;OID=.;OPOS=37462926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:73:73:61:61:0.455224:27:34:40:33:27:34:40:33 chr22 37462936 . A G 562.06 PASS AF=0.460938;AO=58;DP=127;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0213145;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.206;QD=17.5645;RBI=0.0213669;REFB=-0.0307849;REVB=-0.00149618;RO=68;SAF=35;SAR=23;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880048;STB=0.539322;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0305997;OID=.;OPOS=37462936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:68:69:58:59:0.460938:23:35:35:33:24:35:36:33 chr22 37469591 . G A 216.37 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00740829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.647;QD=15.1841;RBI=0.0127391;REFB=-0.00654829;REVB=-0.0103634;RO=32;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531483;STB=0.539536;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00766618;OID=.;OPOS=37469591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:32:32:24:25:0.438596:10:14:17:15:10:15:17:15 chr22 37480797 . C T 275.34 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.00940474;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9192;QD=21.5955;RBI=0.0370038;REFB=-0.0437337;REVB=-0.0357887;RO=20;SAF=19;SAR=9;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10995;STB=0.555889;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0186637;OID=.;OPOS=37480797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:20:23:28:28:0.54902:9:19:16:4:9:19:18:5 chr22 37485724 . T C 1038.14 PASS AF=0.504808;AO=105;DP=210;FAO=105;FDP=208;FR=.;FRO=103;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=0.0168203;FXX=0.00952336;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.351;QD=19.9642;RBI=0.017356;REFB=-0.00430646;REVB=-0.00427888;RO=103;SAF=62;SAR=43;SRF=56;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432364;STB=0.523742;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00390792;OID=.;OPOS=37485724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:208:103:103:105:105:0.504808:43:62:56:47:43:62:56:47 chr22 37531436 . G A 373.49 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0526793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.044;QD=23.3428;RBI=0.0551312;REFB=-0.0171585;REVB=0.0162584;RO=26;SAF=16;SAR=21;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108723;STB=0.552135;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0153505;OID=.;OPOS=37531436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:27:37:37:0.578125:21:16:15:11:21:16:15:12 chr22 37578234 . G A 108.0 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0136545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.484;QD=13.0912;RBI=0.0405604;REFB=0.00229568;REVB=0.0381929;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523328;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.00205645;OID=.;OPOS=37578234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:20:20:12:13:0.393939:6:6:10:10:6:7:10:10 chr22 37578388 . C T 286.04 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0103257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.576;QD=18.1612;RBI=0.0337077;REFB=-0.0348414;REVB=0.0320872;RO=32;SAF=11;SAR=20;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246442;STB=0.637771;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0229356;OID=.;OPOS=37578388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:20:11:20:12:20:11:20:12 chr22 37578579 . C T 1171.76 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2862;QD=60.8705;RBI=0.0414891;REFB=0;REVB=-0.00292931;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275451;OID=.;OPOS=37578579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:31:46:0:0:31:46:0:0 chr22 37578616 . C T 254.0 PASS AF=0.329787;AO=31;DP=94;FAO=31;FDP=94;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0145541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9194;QD=10.8085;RBI=0.0152436;REFB=-0.0189106;REVB=0.00453275;RO=63;SAF=20;SAR=11;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708415;STB=0.541304;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0455349;OID=.;OPOS=37578616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:63:63:31:31:0.329787:11:20:37:26:11:20:37:26 chr22 37578652 . G A 1266.09 PASS AF=0.942308;AO=90;DP=97;FAO=98;FDP=104;FR=.;FRO=6;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.01182;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.603;QD=48.6956;RBI=0.0494978;REFB=-0.121676;REVB=0.0480658;RO=6;SAF=56;SAR=34;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0055959;STB=0.506126;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00123005;OID=.;OPOS=37578652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:97:104:6:6:90:98:0.942308:34:56:4:2:39:59:3:3 chr22 37602583 . G GC 359.35 PASS AF=1;AO=30;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.144524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.5285;QD=41.0689;RBI=0.174893;REFB=0;REVB=-0.0984917;RO=3;SAF=16;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226687;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00822983;OID=.;OPOS=37602584;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:36:35:35:0:20:15:0:0:7:3:16:14:2:1 chr22 37603745 . G A 257.76 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0123124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.793;QD=30.3241;RBI=0.0169295;REFB=-0.0392055;REVB=0.0116195;RO=11;SAF=13;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117907;STB=0.506488;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0148032;OID=.;OPOS=37603745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:11:11:23:23:0.676471:10:13:6:5:10:13:6:5 chr22 37637653 . G C 552.27 PASS AF=0.47541;AO=57;DP=122;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0051746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.959;QD=18.1071;RBI=0.00591934;REFB=-0.00465212;REVB=0.00287437;RO=64;SAF=36;SAR=21;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187464;STB=0.607044;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00410722;OID=.;OPOS=37637653;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:64:64:57:58:0.47541:21:36:28:36:21:37:28:36 chr22 37678551 . A G 358.11 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0122085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.962;QD=22.3815;RBI=0.0167911;REFB=-0.0323408;REVB=0.011528;RO=27;SAF=13;SAR=23;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385287;STB=0.514917;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0250723;OID=.;OPOS=37678551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:28:36:36:0.5625:23:13:11:16:23:13:11:17 chr22 37678565 . G A 426.93 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.017923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.693;QD=21.8936;RBI=0.0193316;REFB=-0.0367863;REVB=0.00724428;RO=36;SAF=17;SAR=25;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382226;STB=0.521063;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0266343;OID=.;OPOS=37678565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:25:17:13:23:25:17:13:23 chr22 37699377 . T C 698.95 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00602095;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.315;QD=54.8195;RBI=0.0245333;REFB=-0.0457848;REVB=0.023783;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513508;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00352882;OID=.;OPOS=37699377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:18:32:0:0:18:32:0:1 chr22 37770066 . G T 1230.45 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0219724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3232;QD=60.0219;RBI=0.0298898;REFB=-0.117525;REVB=-0.0202636;RO=0;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28649e-08;STB=0.505153;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00106493;OID=.;OPOS=37770066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:33:48:0:0:33:48:1:0 chr22 37770357 . A G 1201.31 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0094599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.6999;QD=59.3237;RBI=0.0148395;REFB=-0.0324103;REVB=-0.0114334;RO=1;SAF=51;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166052;STB=0.50877;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00044159;OID=.;OPOS=37770357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:81:1:1:79:80:0.987654:28:51:0:1:28:52:0:1 chr22 37771158 . G A 950.34 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4887;QD=58.4827;RBI=0.0806524;REFB=0;REVB=0.0462884;RO=1;SAF=27;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171708;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102573;OID=.;OPOS=37771158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:1:0:64:65:1:37:27:1:0:37:28:0:0 chr22 37771983 . CCA CCG,GCC 698.0 PASS AF=0.98,0.02;AO=39,2;DP=51;FAO=49,1;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400062,0.0210868;FXX=0.019604;HRUN=1,2;LEN=1,3;MLLD=105.567,76.2048;QD=55.84;RBI=0.0596511,0.049534;REFB=0,0;REVB=0.0442466,0.0448215;RO=0;SAF=13,2;SAR=26,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00429875,-0.0258715;OID=.,.;OPOS=37771985,37771983;OREF=A,CCA;OALT=G,GCC;OMAPALT=CCG,GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:51:50:0:0:39,2:49,1:0.98,0.02:26,0:13,2:0:0:33,0:16,1:0:0 chr22 37875479 . A G 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00318636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.974;QD=3.83354;RBI=0.0344271;REFB=0.000423943;REVB=-0.0342793;RO=36;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379151;STB=0.758798;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00485122;OID=.;OPOS=37875479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:36:36:7:7:0.162791:2:5:14:22:2:5:14:22 chr22 37900276 . A G 150.35 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0650392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.334;QD=23.1301;RBI=0.0668224;REFB=-0.0214921;REVB=-0.0153342;RO=10;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233879;STB=0.63359;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0137658;OID=.;OPOS=37900276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:26:26:10:10:13:13:0.5:9:4:6:4:9:4:6:4 chr22 37900762 . G A 312.11 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0220655;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.807;QD=14.0275;RBI=0.0333642;REFB=-0.0195163;REVB=-0.0250257;RO=51;SAF=16;SAR=19;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346762;STB=0.51483;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0330778;OID=.;OPOS=37900762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:51:54:35:35:0.393258:19:16:25:26:19:16:26:28 chr22 37906308 . GCTCCTT G 577.4 PASS AF=0.295203;AO=76;DP=223;FAO=80;FDP=271;FR=.;FRO=191;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=102;FSRR=89;FWDB=-0.056339;FXX=0.0390057;HRUN=1;LEN=6;MLLD=159.594;QD=8.52254;RBI=0.0565968;REFB=-0.0161132;REVB=-0.00539681;RO=99;SAF=39;SAR=37;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122817;STB=0.532754;STBP=0.491;TYPE=del;VARB=0.0489098;OID=.;OPOS=37906309;OREF=CTCCTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.295203:76:223:80:271:191:39:41:102:89:99:99:39:37:52:47 chr22 37966686 . C T 528.51 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0353768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4557;QD=17.9154;RBI=0.0754364;REFB=-0.0290625;REVB=-0.0666268;RO=62;SAF=29;SAR=27;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289712;STB=0.516074;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0305758;OID=.;OPOS=37966686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:62:56:56:0.474576:27:29:34:28:27:29:34:28 chr22 38043320 . C A 117.4 PASS AF=0.24;AO=18;DP=75;FAO=18;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.00311999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.397;QD=6.26137;RBI=0.0294355;REFB=-0.000156761;REVB=0.0292697;RO=47;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360995;STB=0.601121;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00114571;OID=.;OPOS=38043320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:57:18:18:0.24:10:8:8:39:10:8:18:39 chr22 38051999 . C T 530.59 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=103;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.0213034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.079;QD=20.6053;RBI=0.0388532;REFB=-0.0165939;REVB=-0.0324921;RO=49;SAF=31;SAR=23;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522206;STB=0.528725;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0153938;OID=.;OPOS=38051999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:49:54:54:0.524272:23:31:31:18:23:31:31:18 chr22 38062112 . C G 327.92 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0171151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.225;QD=20.4951;RBI=0.0176192;REFB=-0.0305135;REVB=-0.0041845;RO=30;SAF=23;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130693;STB=0.572665;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0197881;OID=.;OPOS=38062112;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:11:23:16:14:11:23:16:14 chr22 38065655 . A G 338.08 PASS AF=0.6;AO=28;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.017893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.908;QD=27.0464;RBI=0.0260116;REFB=-0.0400934;REVB=0.0188797;RO=21;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461096;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.039808;OID=.;OPOS=38065655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:20:28:30:0.6:13:15:10:11:15:15:10:10 chr22 38074343 . C T 414.55 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0209478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.059;QD=19.9782;RBI=0.0303091;REFB=-0.0158422;REVB=0.0219052;RO=40;SAF=22;SAR=20;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453061;STB=0.530551;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.012562;OID=.;OPOS=38074343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:41:42:42:0.506024:20:22:23:17:20:22:24:17 chr22 38074434 . G A 466.5 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0485301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.042;QD=22.4821;RBI=0.0590363;REFB=-0.0212171;REVB=0.0336173;RO=37;SAF=22;SAR=23;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686353;STB=0.531102;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0210974;OID=.;OPOS=38074434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:38:45:45:0.542169:23:22:15:22:23:22:16:22 chr22 38119213 . G A 321.79 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0441255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.379;QD=23.8363;RBI=0.0443618;REFB=-0.0280563;REVB=0.0045722;RO=22;SAF=18;SAR=14;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559834;STB=0.530787;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0222038;OID=.;OPOS=38119213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:14:18:14:8:14:18:14:8 chr22 38119251 . G A 208.38 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00102455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.764;QD=11.4179;RBI=0.0126123;REFB=-0.020118;REVB=-0.0125706;RO=46;SAF=14;SAR=12;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00557715;STB=0.504234;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0327895;OID=.;OPOS=38119251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:47:26:26:0.356164:12:14:25:21:12:14:25:22 chr22 38119754 . TCAA T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0200261;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=306.857;QD=14.1699;RBI=0.0200721;REFB=-0.00661846;REVB=0.00135711;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11072;STB=0.545364;STBP=0.719;TYPE=del;VARB=0.00632035;OID=.;OPOS=38119755;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:10:23:10:22:12:5:5:5:7:77:13:5:5:5:8 chr22 38121152 . C A 303.9 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0362357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8675;QD=19.9281;RBI=0.0515764;REFB=0.00715715;REVB=0.0367028;RO=29;SAF=20;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15409;STB=0.58572;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00500407;OID=.;OPOS=38121152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:12:20:13:16:12:20:13:16 chr22 38122122 . T C 204.08 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=48;FWDB=-0.0570095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0135;QD=10.4655;RBI=0.0624871;REFB=0.0082032;REVB=-0.0255843;RO=52;SAF=9;SAR=17;SRF=4;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404302;STB=0.725685;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0180808;OID=.;OPOS=38122122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:52:26:26:0.333333:17:9:4:48:17:9:4:48 chr22 38122448 . C T 106.1 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.201078;FXX=0.173837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1105;QD=22.3374;RBI=0.20266;REFB=-0.0213874;REVB=0.0252686;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32916;STB=0.64333;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0545996;OID=.;OPOS=38122448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:21:19:7:8:11:11:0.578947:6:5:0:7:6:5:1:7 chr22 38122462 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.111;QD=46.8475;RBI=0.0196619;REFB=0;REVB=-0.0152089;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.71812e-05;OID=.;OPOS=38122462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr22 38129332 . G A 516.84 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0409135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3508;QD=17.8221;RBI=0.116649;REFB=-0.0130217;REVB=0.109239;RO=59;SAF=33;SAR=22;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134194;STB=0.574885;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0151351;OID=.;OPOS=38129332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:59:61:55:55:0.474138:22:33:27:32:22:33:28:33 chr22 38130459 . G T 313.66 PASS AF=0.507692;AO=31;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.00309428;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.952;QD=19.3024;RBI=0.0179845;REFB=-0.0114682;REVB=0.0177163;RO=19;SAF=14;SAR=17;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959595;STB=0.603389;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00946664;OID=.;OPOS=38130459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:19:32:31:33:0.507692:17:14:6:13:18:15:8:24 chr22 38130472 . T C 1246.01 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00313795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.306;QD=61.5315;RBI=0.0253317;REFB=0;REVB=-0.0251365;RO=0;SAF=29;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.22913e-05;OID=.;OPOS=38130472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:51:29:0:0:52:29:0:0 chr22 38155255 . CG C 37.28 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.100672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.968;QD=3.04286;RBI=0.197832;REFB=0.00204764;REVB=0.170301;RO=34;SAF=8;SAR=3;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0.320755;SSSB=-0.0590207;STB=0.588087;STBP=0.583;TYPE=del;VARB=0.000763402;OID=.;OPOS=38155256;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22449:11:49:11:49:38:7:4:28:10:37:34:8:3:26:8 chr22 38164106 . C T 322.39 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0140936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.106;QD=16.5329;RBI=0.0194918;REFB=-0.015935;REVB=-0.0134648;RO=43;SAF=9;SAR=26;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184833;STB=0.604587;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0180438;OID=.;OPOS=38164106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:26:9:18:25:26:9:18:25 chr22 38202399 . T C 59.84 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=0.000462575;FXX=0.0832986;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.039;QD=10.8803;RBI=0.000462575;REFB=-0.0121706;REVB=0;RO=14;SAF=8;SAR=0;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.056684;OID=.;OPOS=38202399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:23:22:14:14:8:8:0.363636:0:8:14:0:0:8:14:0 chr22 38202552 . T C 1127.27 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0169463;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6304;QD=57.8086;RBI=0.0172271;REFB=0.00516977;REVB=0.00309805;RO=2;SAF=23;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175225;STB=0.509257;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=9.23713e-06;OID=.;OPOS=38202552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:53:23:0:2:53:23:0:2 chr22 38202641 . G GT 208.97 PASS AF=1;AO=3;DP=29;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564156;FXX=0.130378;HRUN=0;LEN=1;MLLD=194.986;QD=41.7937;RBI=0.128914;REFB=0;REVB=-0.115914;RO=26;SAF=1;SAR=2;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150457;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00940197;OID=.;OPOS=38202642;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:29:20:20:0:5:15:0:0:3:26:1:2:9:17 chr22 38202642 . G T 323.19 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00260663;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.451;QD=47.8794;RBI=0.0187868;REFB=0.102394;REVB=-0.0186051;RO=2;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515236;STB=0.527756;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.000829957;OID=.;OPOS=38202642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:17:8:0:2:17:8:0:2 chr22 38202734 . G C 310.45 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774272;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.477;QD=53.9909;RBI=0.0196517;REFB=0;REVB=0.0180621;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.83107e-05;OID=.;OPOS=38202734;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr22 38204089 . C T 452.63 PASS AF=0.694915;AO=41;DP=59;FAO=41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.020442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.468;QD=30.6867;RBI=0.0204423;REFB=-0.0240925;REVB=0.000114086;RO=18;SAF=22;SAR=19;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170677;STB=0.592206;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0136067;OID=.;OPOS=38204089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:18:18:41:41:0.694915:19:22:15:3:19:22:15:3 chr22 38205989 . T C 539.29 PASS AF=0.52381;AO=55;DP=105;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0148337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.282;QD=20.5442;RBI=0.0176315;REFB=-0.0294959;REVB=0.0095306;RO=50;SAF=16;SAR=39;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126846;STB=0.570104;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0230066;OID=.;OPOS=38205989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:50:50:55:55:0.52381:39:16:21:29:39:16:21:29 chr22 38251629 . C G 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0244419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.242;QD=17.6172;RBI=0.0322194;REFB=-0.0123434;REVB=0.0209925;RO=27;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237604;STB=0.634035;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0105303;OID=.;OPOS=38251629;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:9:15:10:17:9:15:10:17 chr22 38273749 . T C 76.13 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0165744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9415;QD=12.1814;RBI=0.0168664;REFB=0.0025672;REVB=-0.00312464;RO=15;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376273;STB=0.726777;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00629724;OID=.;OPOS=38273749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:2:8:7:8:2:8:7:8 chr22 38323507 . G T 110.93 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0163711;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.341;QD=13.4456;RBI=0.0580745;REFB=-0.0103271;REVB=0.0557193;RO=20;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00935326;STB=0.505486;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0219185;OID=.;OPOS=38323507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:33:20:20:13:13:0.393939:4:9:14:6:4:9:14:6 chr22 38328870 . C T 152.09 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0274644;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6843;QD=19.6243;RBI=0.0551307;REFB=-0.0760565;REVB=-0.0478027;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251235;STB=0.514268;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0380276;OID=.;OPOS=38328870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:15:15:16:16:0.516129:7:9:8:7:7:9:8:7 chr22 38341134 . T C 294.48 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.029836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.046;QD=15.1017;RBI=0.0305261;REFB=-0.020938;REVB=-0.00645378;RO=45;SAF=12;SAR=21;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219665;STB=0.624337;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0280755;OID=.;OPOS=38341134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:21:12:26:19:21:12:26:19 chr22 38382239 . G A 340.56 PASS AF=0.277457;AO=48;DP=174;FAO=48;FDP=173;FR=.;FRO=125;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=78;FSRR=47;FWDB=0.0146943;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7779;QD=7.8742;RBI=0.0388641;REFB=-0.0151884;REVB=0.0359791;RO=122;SAF=28;SAR=20;SRF=77;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607888;STB=0.530518;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0299218;OID=.;OPOS=38382239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:122:125:48:48:0.277457:20:28:77:45:20:28:78:47 chr22 38474696 . A G 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.996;QD=63.8708;RBI=0.0216202;REFB=0;REVB=-0.0187015;RO=0;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51441e-05;OID=.;OPOS=38474696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:34:14:0:0:34:14:0:0 chr22 38477342 . T A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.403;QD=33.4285;RBI=0.0692477;REFB=0;REVB=-0.0582877;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000271152;OID=.;OPOS=38477342;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr22 38477930 . G A 534.91 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.022525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9172;QD=54.8621;RBI=0.0634126;REFB=-0.0246864;REVB=0.0592772;RO=2;SAF=16;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00659507;STB=0.503524;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00726282;OID=.;OPOS=38477930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:21:16:1:1:21:16:1:1 chr22 38506509 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00737147;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.227;QD=56.7066;RBI=0.00819643;REFB=0;REVB=0.00358372;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.94076e-06;OID=.;OPOS=38506509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:23:6:0:0:23:6:0:0 chr22 38611080 . C G 1158.98 PASS AF=0.491525;AO=115;DP=237;FAO=116;FDP=236;FR=.;FRO=120;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=44;FSRR=76;FWDB=-0.0219658;FXX=0.00840301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7329;QD=19.6437;RBI=0.0611571;REFB=-0.0348664;REVB=-0.0570763;RO=117;SAF=55;SAR=60;SRF=42;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110476;STB=0.559332;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0195889;OID=.;OPOS=38611080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:236:117:120:115:116:0.491525:60:55:42:75:60:56:44:76 chr22 38615536 . A T 223.89 PASS AF=1;AO=3;DP=16;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122263;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=161.787;QD=40.7075;RBI=0.0798395;REFB=-0.051164;REVB=0.0788978;RO=0;SAF=1;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00374326;OID=.;OPOS=38615536;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:16:22:0:0:3:22:1:2:1:0:0:16:6:0:0 chr22 38823136 . T C 373.87 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1056;QD=55.3886;RBI=0.0424113;REFB=0;REVB=0.0386163;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108546;OID=.;OPOS=38823136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:11:15:0:0:11:16:0:0 chr22 38877461 . T G 493.76 PASS AF=0.375796;AO=56;DP=154;FAO=59;FDP=157;FR=.;FRO=98;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.023286;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.694;QD=12.5798;RBI=0.0335805;REFB=-0.0156352;REVB=0.0241953;RO=98;SAF=19;SAR=37;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174861;STB=0.61044;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0326725;OID=.;OPOS=38877461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:157:98:98:56:59:0.375796:37:19:48:50:40:19:48:50 chr22 38903624 . T C 393.45 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0145067;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.323;QD=19.9217;RBI=0.0226176;REFB=-0.0124778;REVB=0.0173526;RO=37;SAF=8;SAR=32;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232602;STB=0.621555;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00515784;OID=.;OPOS=38903624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:39:40:40:0.506329:32:8:15:22:32:8:15:24 chr22 38993370 . C T 450.97 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=4.30742e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.911;QD=19.1902;RBI=0.000774238;REFB=-0.0137121;REVB=0.000773038;RO=49;SAF=18;SAR=27;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938042;STB=0.552014;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.01461;OID=.;OPOS=38993370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:27:18:15:34:27:18:15:34 chr22 39069181 . T C 217.88 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.00276404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.897;QD=16.7603;RBI=0.0470485;REFB=-0.00580795;REVB=0.0469673;RO=27;SAF=15;SAR=9;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202869;STB=0.619476;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00708061;OID=.;OPOS=39069181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:9:15:22:5:9:15:23:5 chr22 39079964 . T C 220.4 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0236709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.008;QD=24.4884;RBI=0.0238265;REFB=-0.00113774;REVB=0.00271876;RO=15;SAF=4;SAR=17;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862829;STB=0.548338;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.000794073;OID=.;OPOS=39079964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:17:4:4:11:17:4:4:11 chr22 39127728 . C G 34.89 PASS AF=0.116883;AO=11;DP=76;FAO=9;FDP=77;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=-0.0459648;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.6832;QD=1.81247;RBI=0.0939423;REFB=-0.00630138;REVB=-0.0819292;RO=63;SAF=11;SAR=0;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.661235;STB=0.792865;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.187435;OID=.;OPOS=39127728;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:76:77:63:68:11:9:0.116883:0:11:39:24:1:8:44:24 chr22 39130843 . C G 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00962716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.487;QD=14.2621;RBI=0.0256751;REFB=0.00252084;REVB=-0.0238019;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861018;STB=0.549938;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.00341534;OID=.;OPOS=39130843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:14:10:8:8:14:10 chr22 39134207 . C T 534.68 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0253071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.692;QD=23.5024;RBI=0.0329257;REFB=-0.0163153;REVB=0.0210631;RO=41;SAF=28;SAR=22;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194263;STB=0.510672;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0128886;OID=.;OPOS=39134207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:41:50:50:0.549451:22:28:22:19:22:28:22:19 chr22 39138358 . C T 131.3 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0630912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.073;QD=14.1947;RBI=0.068444;REFB=-0.0324364;REVB=0.0265345;RO=22;SAF=2;SAR=13;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173152;STB=0.602494;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0496035;OID=.;OPOS=39138358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:13:2:5:17:13:2:5:17 chr22 39178701 . A G 273.89 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0146009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1665;QD=17.6705;RBI=0.0155302;REFB=-0.0209071;REVB=0.00529164;RO=31;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168549;STB=0.502187;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0357388;OID=.;OPOS=39178701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:32:30:30:0.483871:13:17:17:14:13:17:18:14 chr22 39222652 . G A 447.9 PASS AF=0.626866;AO=42;DP=67;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0103993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.463;QD=26.7402;RBI=0.0115389;REFB=-0.0354535;REVB=0.00499994;RO=25;SAF=28;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1361;STB=0.574432;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0188129;OID=.;OPOS=39222652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:25:42:42:0.626866:14:28:12:13:14:28:12:13 chr22 39358104 . A G 65.19 PASS AF=0.142857;AO=13;DP=91;FAO=13;FDP=91;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=53;FSRR=25;FWDB=-0.0302899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8108;QD=2.86544;RBI=0.0341375;REFB=-0.00693678;REVB=-0.0157446;RO=75;SAF=9;SAR=4;SRF=52;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00149913;STB=0.51275;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0766048;OID=.;OPOS=39358104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:91:91:75:78:13:13:0.142857:4:9:52:23:4:9:53:25 chr22 39358108 . A G 65.52 PASS AF=0.142857;AO=13;DP=87;FAO=13;FDP=91;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=53;FSRR=25;FWDB=-0.0648614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.173;QD=2.88007;RBI=0.0648952;REFB=-0.0163026;REVB=0.0020966;RO=74;SAF=9;SAR=4;SRF=49;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428227;STB=0.51275;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0638505;OID=.;OPOS=39358108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:87:91:74:78:13:13:0.142857:4:9:49:25:4:9:53:25 chr22 39358111 . C T 65.21 PASS AF=0.141304;AO=13;DP=92;FAO=13;FDP=92;FR=.;FRO=79;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=53;FSRR=26;FWDB=0.000794776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.7;QD=2.83532;RBI=0.0131503;REFB=0.000666391;REVB=-0.0131263;RO=79;SAF=9;SAR=4;SRF=53;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305615;STB=0.521202;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.0138357;OID=.;OPOS=39358111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:92:92:79:79:13:13:0.141304:4:9:53:26:4:9:53:26 chr22 39358132 . G T 49.88 PASS AF=0.119565;AO=11;DP=92;FAO=11;FDP=92;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=53;FSRR=28;FWDB=0.000159586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.031;QD=2.16889;RBI=0.0751999;REFB=-0.00381096;REVB=0.0751997;RO=81;SAF=7;SAR=4;SRF=53;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237963;STB=0.51721;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.016941;OID=.;OPOS=39358132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:92:92:81:81:11:11:0.119565:4:7:53:28:4:7:53:28 chr22 39358136 . A G 50.58 PASS AF=0.120879;AO=11;DP=92;FAO=11;FDP=91;FR=.;FRO=80;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=52;FSRR=28;FWDB=-0.0131478;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.663;QD=2.22311;RBI=0.0140525;REFB=-0.00378931;REVB=-0.00496055;RO=76;SAF=7;SAR=4;SRF=49;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110913;STB=0.51302;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0253077;OID=.;OPOS=39358136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:92:91:76:80:11:11:0.120879:4:7:49:27:4:7:52:28 chr22 39358173 . T G 33.67 PASS AF=0.103093;AO=7;DP=92;FAO=10;FDP=97;FR=.;FRO=87;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=-0.068282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.577;QD=1.3886;RBI=0.0688577;REFB=-0.0111427;REVB=-0.00888505;RO=85;SAF=7;SAR=0;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.530863;STB=0.620591;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.11674;OID=.;OPOS=39358173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:92:97:85:87:7:10:0.103093:0:7:50:35:3:7:50:37 chr22 39381826 . A G 784.79 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.802;QD=57.0753;RBI=0.00790224;REFB=0;REVB=-0.00766113;RO=0;SAF=40;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2366e-05;OID=.;OPOS=39381826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:14:40:0:0:15:40:0:0 chr22 39381999 . T C 759.3 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00071168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3965;QD=63.2752;RBI=0.090665;REFB=0;REVB=-0.0906622;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00077841;OID=.;OPOS=39381999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:28:19:0:0:29:19:0:0 chr22 39382079 . C A 447.16 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.507;QD=57.6985;RBI=0.0308968;REFB=0;REVB=0.0139851;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123891;OID=.;OPOS=39382079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:21:9:0:0:22:9:0:0 chr22 39387558 . C T 437.92 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00108069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.204;QD=21.6258;RBI=0.0226106;REFB=0.0237753;REVB=-0.0225847;RO=38;SAF=22;SAR=21;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124896;STB=0.506893;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=-0.0090343;OID=.;OPOS=39387558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:21:22:20:18:21:22:20:18 chr22 39440149 . C T 565.45 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689976;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8027;QD=59.5215;RBI=0.0711948;REFB=0;REVB=-0.0175509;RO=1;SAF=13;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346573;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000965405;OID=.;OPOS=39440149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:1:0:37:38:1:24:13:1:0:24:14:0:0 chr22 39441096 . G T 1806.37 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0528938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.659;QD=60.2125;RBI=0.0595181;REFB=-0.0732459;REVB=0.0272884;RO=1;SAF=73;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646281;STB=0.503401;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000701383;OID=.;OPOS=39441096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:46:73:1:0:46:73:1:0 chr22 39441166 . G A 188.48 PASS AF=0.220588;AO=13;DP=65;FAO=15;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0991839;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.787;QD=11.0871;RBI=0.105478;REFB=0.0246449;REVB=0.0358919;RO=27;SAF=4;SAR=9;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426379;STB=0.618164;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.101762;OID=.;OPOS=39441166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:27:37:13:15:0.220588:9:4:19:8:9:6:21:16 chr22 39441203 . C T 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.447;QD=59.1429;RBI=0.0489315;REFB=0;REVB=-0.0179782;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51804e-05;OID=.;OPOS=39441203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr22 39445554 . G A 1011.74 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00919688;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.114;QD=59.5139;RBI=0.00944443;REFB=0;REVB=-0.00214818;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267572;OID=.;OPOS=39445554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr22 39477123 . T C 493.61 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0226594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.037;QD=22.9586;RBI=0.024215;REFB=0.0226612;REVB=0.00853917;RO=37;SAF=16;SAR=31;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188942;STB=0.605298;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00764844;OID=.;OPOS=39477123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:37:39:47:47:0.546512:31:16:21:16:31:16:22:17 chr22 39497509 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0499756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4488;QD=56.1898;RBI=0.0589019;REFB=0;REVB=-0.0311749;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00181503;OID=.;OPOS=39497509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr22 39530037 . G A 42.38 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00679809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.066;QD=3.68526;RBI=0.0258886;REFB=-0.00901026;REVB=-0.0249801;RO=38;SAF=2;SAR=5;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205397;STB=0.637173;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0254913;OID=.;OPOS=39530037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:46:46:38:39:7:7:0.152174:5:2:17:21:5:2:17:22 chr22 39709009 . G A 1031.33 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0825719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.198;QD=58.1028;RBI=0.0854645;REFB=-0.126951;REVB=0.0220466;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00065436;OID=.;OPOS=39709009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:37:33:0:0:37:33:1:0 chr22 39712981 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.461;QD=57.7124;RBI=0.0236486;REFB=0;REVB=0.000688054;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95017e-05;OID=.;OPOS=39712981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr22 39715593 . C G 469.78 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.0382104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.318;QD=23.1988;RBI=0.042126;REFB=-0.0347512;REVB=-0.0177358;RO=30;SAF=23;SAR=7;SRF=26;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136485;STB=0.576239;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0256509;OID=.;OPOS=39715593;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:30:36:30:45:0.555556:7:23:26:4:20:25:26:10 chr22 39770597 . A G 239.39 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.503;QD=50.398;RBI=0.0175387;REFB=0;REVB=-0.00676244;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197803;OID=.;OPOS=39770597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr22 39773692 . G A 50.16 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0423857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.352;QD=4.77682;RBI=0.0445177;REFB=-0.00685734;REVB=-0.0136115;RO=33;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504693;STB=0.814524;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0615086;OID=.;OPOS=39773692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:42:33:34:8:8:0.190476:2:6:10:23:2:6:11:23 chr22 39777822 . C CCAA 929.35 PASS AF=1;AO=59;DP=67;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269701;FXX=0.0454477;HRUN=3;LEN=3;MLLD=296.04;QD=59.0064;RBI=0.0281565;REFB=0;REVB=0.00808735;RO=7;SAF=24;SAR=35;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626635;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.22629e-05;OID=.;OPOS=39777823;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:67:63:63:0:28:35:0:0:5:7:24:35:5:2 chr22 39781585 . C T 1549.25 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00139306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0495;QD=63.8867;RBI=0.0202853;REFB=0;REVB=0.0202374;RO=0;SAF=35;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.81934e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102485;OID=.;OPOS=39781585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:62:35:0:0:62:35:0:0 chr22 39884031 . G A 132.74 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00551095;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9434;QD=9.15477;RBI=0.099109;REFB=-0.00383235;REVB=0.0989557;RO=41;SAF=8;SAR=10;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218622;STB=0.638951;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0193008;OID=.;OPOS=39884031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:41:40:18:18:0.310345:10:8:26:15:10:8:26:14 chr22 39907941 . G C 502.38 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00124427;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.058;QD=21.8425;RBI=0.0296895;REFB=-0.0285942;REVB=-0.0296634;RO=44;SAF=26;SAR=22;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231891;STB=0.512792;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0231219;OID=.;OPOS=39907941;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:44:44:48:48:0.521739:22:26:25:19:22:26:25:19 chr22 39966777 . C T 46.38 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0084427;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.859;QD=9.76388;RBI=0.00965284;REFB=-0.0471816;REVB=-0.00467955;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369272;STB=0.733907;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0213205;OID=.;OPOS=39966777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:1:6:7:5:1:6:7:5 chr22 39966856 . C T 519.31 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0203146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6813;QD=50.6644;RBI=0.0337504;REFB=-0.0517407;REVB=0.026952;RO=2;SAF=19;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467732;STB=0.501319;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0762435;OID=.;OPOS=39966856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:41:41:2:4:37:37:0.902439:18:19:2:0:18:19:2:2 chr22 40054948 . T C 484.16 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0711567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.542;QD=55.3322;RBI=0.0781592;REFB=-0.0485388;REVB=0.0323354;RO=1;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321794;STB=0.516119;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=8.83142e-05;OID=.;OPOS=40054948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:32:33:0.942857:14:18:0:1:15:18:0:1 chr22 40057273 . T C 1697.78 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7538;QD=60.0984;RBI=0.0580143;REFB=0;REVB=0.0511374;RO=0;SAF=82;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247263;OID=.;OPOS=40057273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:30:82:0:0:31:82:0:0 chr22 40574170 . T A 373.02 PASS AF=0.794872;AO=19;DP=39;FAO=31;FDP=39;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.101017;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=33.7592;QD=38.2588;RBI=0.102519;REFB=-0.0248495;REVB=0.0174842;RO=1;SAF=4;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101694;STB=0.503309;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00811345;OID=.;OPOS=40574170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:1:8:19:31:0.794872:15:4:1:0:16:15:4:4 chr22 40673999 . C T 1366.81 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2187;QD=62.1276;RBI=0.0236878;REFB=0;REVB=0.00570854;RO=0;SAF=56;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131528;OID=.;OPOS=40673999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:85:88:1:29:56:0:0:31:57:0:0 chr22 40720704 . A G 3238.45 PASS AF=1;AO=210;DP=211;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472051;FXX=0.00473911;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4194;QD=61.6847;RBI=0.0691525;REFB=-0.0225414;REVB=-0.0505347;RO=1;SAF=131;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00362284;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183828;OID=.;OPOS=40720704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:211:210:1:0:210:210:1:79:131:1:0:79:131:0:0 chr22 40722745 . A G 1309.51 PASS AF=0.956044;AO=86;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.015681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.348;QD=57.5608;RBI=0.0352797;REFB=-0.17128;REVB=0.0316032;RO=1;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114156;STB=0.522722;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00106271;OID=.;OPOS=40722745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:91:1:4:86:87:0.956044:41:45:0:1:42:45:0:4 chr22 40726749 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.34;QD=57.5452;RBI=0.0184133;REFB=0;REVB=0.000974261;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01366e-05;OID=.;OPOS=40726749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:39:19:0:0:39:19:0:0 chr22 40726762 . A G 754.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3543;QD=56.9334;RBI=0.0673469;REFB=0;REVB=0.00804092;RO=0;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000842922;OID=.;OPOS=40726762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:37:16:0:0:37:16:0:0 chr22 40803112 . C T 180.15 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0113257;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8773;QD=15.6651;RBI=0.0391759;REFB=-0.00655846;REVB=-0.037503;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141957;STB=0.569404;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0082224;OID=.;OPOS=40803112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:9:10:10:16:9:10:11:16 chr22 40803172 . G A 104.41 PASS AF=0.325;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.017247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.466;QD=10.4407;RBI=0.0253681;REFB=-0.000140694;REVB=-0.0186033;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459377;STB=0.537134;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.000646245;OID=.;OPOS=40803172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:26:27:13:13:0.325:8:5:9:17:8:5:9:18 chr22 40803186 . G T 708.19 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7394;QD=62.9506;RBI=0.0412747;REFB=0;REVB=0.0304908;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000843503;OID=.;OPOS=40803186;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr22 40808676 . A T 240.82 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0184889;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.1357;QD=16.6082;RBI=0.0286509;REFB=-0.0127482;REVB=-0.0218868;RO=31;SAF=18;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884645;STB=0.549962;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0111746;OID=.;OPOS=40808676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:31:31:27:27:0.465517:9:18:18:13:9:18:18:13 chr22 40814500 . T C 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00558296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.261;QD=15.7841;RBI=0.0113386;REFB=0.00245403;REVB=0.00986887;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352603;STB=0.685842;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.000567582;OID=.;OPOS=40814500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:5:9:4:12:5:9:5:12 chr22 40814594 . C T 53.91 PASS AF=0.5;AO=6;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0100288;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.649;QD=15.4016;RBI=0.0266303;REFB=-0.0322995;REVB=0.0246698;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194334;STB=0.55539;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0314529;OID=.;OPOS=40814594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:14:14:3:5:6:7:0.5:2:4:1:2:2:5:3:2 chr22 40814663 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0168393;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=340.335;QD=12.3961;RBI=0.0192476;REFB=-0.016381;REVB=0.00932244;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0153854;OID=.;OPOS=40814663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:3:2:3:2:3:2 chr22 41075543 . A G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.68;QD=52.6102;RBI=0.0152401;REFB=0;REVB=-0.00178058;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46437e-05;OID=.;OPOS=41075543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr22 41075695 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.465;QD=48.737;RBI=0.0681915;REFB=0;REVB=-0.01389;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284032;OID=.;OPOS=41075695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr22 41523688 . C T 263.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.016707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.62;QD=19.5189;RBI=0.0326809;REFB=-0.00501116;REVB=0.0280877;RO=26;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735725;STB=0.540955;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00730713;OID=.;OPOS=41523688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:12:16:17:9:12:16:17:9 chr22 41547944 . A G 326.04 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0177156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1962;QD=17.3889;RBI=0.0453784;REFB=0.0121386;REVB=-0.0417774;RO=40;SAF=18;SAR=17;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154451;STB=0.586159;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.0154937;OID=.;OPOS=41547944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:17:18:27:13:17:18:27:13 chr22 41551039 . T A 631.64 PASS AF=0.525;AO=63;DP=120;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.00432553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.313;QD=21.0546;RBI=0.0135679;REFB=0.00262778;REVB=-0.0128599;RO=57;SAF=24;SAR=39;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607434;STB=0.533323;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00201274;OID=.;OPOS=41551039;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:57:57:63:63:0.525:39:24:18:39:39:24:18:39 chr22 41564512 . C T 111.98 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0558826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4752;QD=8.95797;RBI=0.071493;REFB=-0.0194942;REVB=-0.0445913;RO=36;SAF=6;SAR=8;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149312;STB=0.59078;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0420035;OID=.;OPOS=41564512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:8:6:20:16:8:6:20:16 chr22 41573500 . G T 149.49 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0293203;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.499;QD=9.6447;RBI=0.0295626;REFB=-0.0189266;REVB=0.00377691;RO=41;SAF=10;SAR=10;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097546;STB=0.548339;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0140145;OID=.;OPOS=41573500;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:41:42:20:20:0.322581:10:10:24:17:10:10:24:18 chr22 41574887 . C T 130.52 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00682937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.16;QD=7.35305;RBI=0.00683832;REFB=-0.0117573;REVB=-0.000349746;RO=52;SAF=10;SAR=9;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550023;STB=0.533298;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0220185;OID=.;OPOS=41574887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:52:19:19:0.267606:9:10:25:27:9:10:25:27 chr22 41604353 . C T 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0054687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.036;QD=27.3837;RBI=0.127426;REFB=0.0101802;REVB=0.127309;RO=3;SAF=9;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394666;STB=0.729154;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.000494214;OID=.;OPOS=41604353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:1:9:1:2:1:9:1:2 chr22 41604399 . G A 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0188846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.807;QD=6.5736;RBI=0.0505849;REFB=0.00827623;REVB=-0.0469276;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467764;STB=0.805374;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0295625;OID=.;OPOS=41604399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:5:1:9:7:5:1:9:7 chr22 41610024 . G A 359.15 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.051538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.127;QD=14.8102;RBI=0.0518352;REFB=0.000414402;REVB=0.00554282;RO=58;SAF=23;SAR=16;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131681;STB=0.574656;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.0013651;OID=.;OPOS=41610024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:58:39:39:0.402062:16:23:27:31:16:23:27:31 chr22 41617318 . G C 362.95 PASS AF=0.458824;AO=38;DP=84;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.014794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.296;QD=17.08;RBI=0.0149276;REFB=-0.0133644;REVB=-0.00199263;RO=45;SAF=23;SAR=15;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715203;STB=0.540317;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0150887;OID=.;OPOS=41617318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:45:46:38:39:0.458824:15:23:24:21:15:24:25:21 chr22 41623351 . A G 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00664905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.3;QD=24.2041;RBI=0.015081;REFB=-0.0111518;REVB=0.0135362;RO=12;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399999;STB=0.522363;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00672731;OID=.;OPOS=41623351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:10:8:6:6:10:8:6:6 chr22 41645757 . C G 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.605;QD=55.6526;RBI=0.0160297;REFB=0;REVB=0.015107;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210717;OID=.;OPOS=41645757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr22 41829794 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=351.506;QD=46.848;RBI=0.039493;REFB=0;REVB=-0.00304847;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.80331e-05;OID=.;OPOS=41829794;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr22 41833116 . C T 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.909;QD=58.1405;RBI=0.0359879;REFB=0;REVB=0.0128628;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027512;OID=.;OPOS=41833116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr22 41903813 . A C 402.57 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=17;FWDB=-0.0109834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.181;QD=15.6336;RBI=0.0113248;REFB=-0.0084993;REVB=-0.00275953;RO=58;SAF=29;SAR=16;SRF=41;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070155;STB=0.539222;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0122371;OID=.;OPOS=41903813;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:58:45:45:0.436893:16:29:41:17:16:29:41:17 chr22 41925283 . AG A 91.81 PASS AF=0.652174;AO=14;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0305045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.8566;QD=15.967;RBI=0.0312363;REFB=-0.0520518;REVB=0.00672184;RO=8;SAF=1;SAR=13;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.346804;SSSB=-0.566778;STB=0.831099;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.0342336;OID=.;OPOS=41925284;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.652174:14:23:15:23:8:1:14:5:3:47:8:1:13:5:3 chr22 42059768 . G T 767.04 PASS AF=0.636364;AO=70;DP=110;FAO=70;FDP=110;FR=.;FRO=40;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0140556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.38;QD=27.8923;RBI=0.0150094;REFB=-0.0427704;REVB=0.00526516;RO=39;SAF=32;SAR=38;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121149;STB=0.560832;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0249525;OID=.;OPOS=42059768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:39:40:70:70:0.636364:38:32:25:14:38:32:25:15 chr22 42089511 . T G 40.65 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0153885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.548;QD=3.4594;RBI=0.0383045;REFB=-0.00767091;REVB=0.0350775;RO=40;SAF=5;SAR=2;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179412;STB=0.628752;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0330795;OID=.;OPOS=42089511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:2:5:23:17:2:5:23:17 chr22 42089623 . T C 1050.54 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0279346;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.195;QD=58.3633;RBI=0.0279348;REFB=-0.16247;REVB=0.000107234;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000487424;OID=.;OPOS=42089623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:72:0:1:71:71:0.986111:38:33:0:0:38:33:0:1 chr22 42159229 . G T 1116.91 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00469491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8296;QD=60.3736;RBI=0.0268245;REFB=0;REVB=0.0264104;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223844;OID=.;OPOS=42159229;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr22 42336172 . G A 278.87 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0202911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.625;QD=21.8719;RBI=0.0277785;REFB=-0.0242823;REVB=0.0189714;RO=23;SAF=9;SAR=19;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577786;STB=0.531997;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0157599;OID=.;OPOS=42336172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:19:9:6:17:19:9:6:17 chr22 42416056 . A G 978.21 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370872;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.277;QD=59.2855;RBI=0.041646;REFB=0;REVB=0.0189454;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54881e-05;OID=.;OPOS=42416056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr22 42423110 . G C 784.99 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.931;QD=57.0905;RBI=0.0235345;REFB=0;REVB=-0.0115549;RO=1;SAF=22;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209328;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54352e-05;OID=.;OPOS=42423110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:1:0:53:55:1:31:22:1:0:31:24:0:0 chr22 42428727 . A T 2326.43 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4972;QD=63.3042;RBI=0.0386102;REFB=0;REVB=0.0363798;RO=1;SAF=80;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0074882;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831313;OID=.;OPOS=42428727;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:147:1:0:143:147:1:63:80:0:1:66:81:0:0 chr22 42463814 . C T 699.02 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00620277;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.511;QD=60.7847;RBI=0.0228259;REFB=-0.0325348;REVB=0.0219669;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514279;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000865476;OID=.;OPOS=42463814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:28:17:0:0:28:17:1:0 chr22 42473603 . C T 351.17 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0131755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.165;QD=23.4116;RBI=0.015273;REFB=-0.0322547;REVB=-0.0077247;RO=24;SAF=14;SAR=21;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13695;STB=0.583844;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0293604;OID=.;OPOS=42473603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:25:35:35:0.583333:21:14:14:10:21:14:15:10 chr22 42522613 . G C 227.26 PASS AF=0.48;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00297271;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.202;QD=18.1809;RBI=0.0195135;REFB=-0.0312304;REVB=-0.0192858;RO=25;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543959;STB=0.539967;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0199956;OID=.;OPOS=42522613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:25:26:24:24:0.48:12:12:14:11:12:12:15:11 chr22 42523943 . A C,G 757.99 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=2,52;DP=54;FAO=2,52;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110431,0.0330015;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.269,101.063;QD=56.1471;RBI=0.0188396,0.0336046;REFB=0,0;REVB=-0.0152636,-0.00633786;RO=0;SAF=2,23;SAR=0,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.84538e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.168091,-0.0010376;OID=.,.;OPOS=42523943,42523943;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:54:54:0:0:2,52:2,52:0.037037,0.962963:0,29:2,23:0:0:0,29:2,23:0:0 chr22 42524795 . A G 51.26 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.000693498;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1613;QD=4.45762;RBI=0.0516447;REFB=-0.00258124;REVB=-0.05164;RO=36;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185293;STB=0.644803;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.0147149;OID=.;OPOS=42524795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:44:46:36:38:8:8:0.173913:3:5:17:19:3:5:17:21 chr22 42525132 . G C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0155439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.766;QD=12.3961;RBI=0.0157362;REFB=0.00134592;REVB=-0.0024529;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487487;STB=0.798798;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00165414;OID=.;OPOS=42525132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:1:4:1:4:1:4 chr22 42525756 . G A 220.28 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00136299;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.493;QD=15.4582;RBI=0.0325958;REFB=-0.0165542;REVB=0.0325673;RO=28;SAF=17;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111127;STB=0.505197;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0191559;OID=.;OPOS=42525756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:31:25:26:0.45614:8:17:16:12:9:17:20:11 chr22 42525829 . C T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0483851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.772;QD=8.81108;RBI=0.0484453;REFB=-0.0103924;REVB=0.00241391;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22268;STB=0.639526;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0158373;OID=.;OPOS=42525829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:5:6:2:4:5:6 chr22 42526694 . G A 536.48 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0226905;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.466;QD=23.5816;RBI=0.0267656;REFB=-0.0200807;REVB=0.0141964;RO=41;SAF=14;SAR=36;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210891;STB=0.616389;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0156562;OID=.;OPOS=42526694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:41:41:50:50:0.549451:36:14:21:20:36:14:21:20 chr22 42536313 . G A 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0150475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.625;QD=15.6262;RBI=0.0214124;REFB=-0.0142224;REVB=0.0152337;RO=27;SAF=5;SAR=14;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873333;STB=0.550506;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0200962;OID=.;OPOS=42536313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:14:5:9:18:14:5:9:18 chr22 42537196 . T C 395.3 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000474618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.844;QD=54.524;RBI=0.0831334;REFB=0;REVB=0.0831321;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000385343;OID=.;OPOS=42537196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:27:29:1:12:15:0:0:13:16:0:0 chr22 42537252 . G A 55.88 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.017396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.815;QD=4.21756;RBI=0.0223451;REFB=-0.00228531;REVB=0.0140244;RO=43;SAF=3;SAR=6;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246666;STB=0.657875;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0141102;OID=.;OPOS=42537252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:43:44:9:9:0.169811:6:3:23:20:6:3:23:21 chr22 42537271 . T C 544.36 PASS AF=0.685714;AO=48;DP=70;FAO=48;FDP=70;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0334905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.187;QD=31.1061;RBI=0.0344707;REFB=-0.0171176;REVB=0.00816153;RO=21;SAF=24;SAR=24;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401846;STB=0.51428;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00992454;OID=.;OPOS=42537271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:21:22:48:48:0.685714:24:24:9:12:24:24:10:12 chr22 42537404 . G C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.97;QD=62.6708;RBI=0.0319306;REFB=0;REVB=-0.0245554;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245679;OID=.;OPOS=42537404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr22 42537596 . CA CG,TG 305.36 PASS AF=0.253333,0.213333;AO=19,16;DP=75;FAO=19,16;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=11,9;FSAR=8,7;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0173954,0.0261914;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=154.169,181.299;QD=16.286;RBI=0.0233196,0.0345555;REFB=-0.0168388,-0.0116006;REVB=-0.0155308,0.0225409;RO=40;SAF=11,9;SAR=8,7;SRF=26;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.085157,-0.107314;STB=0.550134,0.564438;STBP=0.623,0.573;TYPE=snp,mnp;VARB=0.01848,0.0183142;OID=.,.;OPOS=42537597,42537596;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:19,16:19,16:0.253333,0.213333:8,7:11,9:26:14:8,7:11,9:26:14 chr22 42538029 . A G 1251.03 PASS AF=0.987952;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0253543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.084;QD=60.2906;RBI=0.0320644;REFB=-0.0213784;REVB=0.0196287;RO=1;SAF=32;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145648;STB=0.507245;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000237275;OID=.;OPOS=42538029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:83:1:1:80:82:0.987952:48:32:1:0:48:34:1:0 chr22 42538508 . AG GA 368.81 PASS AF=0.903226;AO=27;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0142461;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=129.755;QD=47.5879;RBI=0.0156139;REFB=0.00194773;REVB=-0.00639079;RO=3;SAF=8;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792451;STB=0.543446;STBP=0.176;TYPE=mnp;VARB=-0.000152917;OID=.;OPOS=42538508;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:31:3:3:27:28:0.903226:19:8:2:1:20:8:2:1 chr22 42538514 . T TC 267.78 PASS AF=0.933333;AO=26;DP=31;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00283516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.3727;QD=35.7035;RBI=0.0751139;REFB=-0.0676064;REVB=-0.0750604;RO=5;SAF=6;SAR=20;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208059;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=ins;VARB=0.0260805;OID=.;OPOS=42538515;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333:26:31:28:30:2:8:20:1:1:6:5:6:20:4:1 chr22 42538669 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0295545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.832;QD=11.8301;RBI=0.0296933;REFB=-0.0220078;REVB=0.00286831;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16979;STB=0.596102;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0432571;OID=.;OPOS=42538669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:16:18:11:11:0.37931:5:6:6:10:5:6:7:11 chr22 42538670 . G T 139.79 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0208543;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.017;QD=19.2807;RBI=0.0290952;REFB=-0.0177954;REVB=0.0202886;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166822;STB=0.585249;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.042557;OID=.;OPOS=42538670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:11:14:15:15:0.517241:10:5:6:5:10:5:7:7 chr22 42538876 . A T 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5095;QD=48.7306;RBI=0.0761979;REFB=0;REVB=-0.0219038;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000803982;OID=.;OPOS=42538876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr22 42539007 . G A 36.86 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.0875829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.688;QD=7.75911;RBI=0.0875978;REFB=-0.00976648;REVB=-0.00161593;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498727;STB=0.782133;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0289349;OID=.;OPOS=42539007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:5:1:0:13:5:1:0:13 chr22 42606257 . C T 336.14 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00212399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.632;QD=28.0117;RBI=0.0347925;REFB=-0.00359965;REVB=0.0347276;RO=19;SAF=11;SAR=18;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2189;STB=0.620606;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00482103;OID=.;OPOS=42606257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:18:11:13:6:18:11:13:6 chr22 42610240 . TG T 99.0 PASS AF=0.324786;AO=37;DP=116;FAO=38;FDP=117;FR=.;FRO=79;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=0.105694;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.0028;QD=3.38476;RBI=0.206049;REFB=0.0128636;REVB=0.176876;RO=67;SAF=9;SAR=28;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420495;STB=0.720375;STBP=0;TYPE=del;VARB=-0.0543298;OID=.;OPOS=42610241;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.324786:37:116:38:117:79:9:29:43:36:99:67:9:28:41:26 chr22 42912029 . G T 93.36 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0959124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5167;QD=9.82749;RBI=0.0968231;REFB=-0.0175041;REVB=0.013249;RO=26;SAF=3;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447329;STB=0.768795;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0424016;OID=.;OPOS=42912029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:9:3:17:9:9:3:17:9 chr22 42912106 . C T 313.81 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0285152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.949;QD=30.6151;RBI=0.033009;REFB=-0.0186801;REVB=-0.0166276;RO=14;SAF=20;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265177;STB=0.646349;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0140429;OID=.;OPOS=42912106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:7:20:5:9:7:20:5:9 chr22 42961277 . T C 73.33 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0135752;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.434;QD=11.2815;RBI=0.0275775;REFB=-0.00805338;REVB=-0.0240049;RO=17;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30146;STB=0.713815;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0197147;OID=.;OPOS=42961277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:26:26:17:16:9:10:0.384615:2:7:9:8:2:8:8:8 chr22 42961298 . T A 51.43 PASS AF=0.4;AO=7;DP=19;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00295062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.854;QD=10.2868;RBI=0.0142525;REFB=-0.0169437;REVB=-0.0139437;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311223;STB=0.709978;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0225244;OID=.;OPOS=42961298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:19:20:12:12:7:8:0.4:2:5:5:7:2:6:5:7 chr22 42965169 . A AG 344.51 PASS AF=0.618182;AO=31;DP=56;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00864219;FXX=0.017854;HRUN=0;LEN=1;MLLD=155.662;QD=25.0549;RBI=0.0212089;REFB=-0.00765222;REVB=-0.0193683;RO=21;SAF=18;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112106;STB=0.579352;STBP=0.141;TYPE=ins;VARB=0.00740553;OID=.;OPOS=42965170;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.618182:31:56:34:55:21:20:14:8:13:99:21:18:13:9:12 chr22 42970032 . T C 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00787493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.059;QD=20.4856;RBI=0.0150922;REFB=-0.0176592;REVB=0.0128748;RO=11;SAF=2;SAR=12;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520586;STB=0.799519;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0108499;OID=.;OPOS=42970032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:12:2:8:3:12:2:8:3 chr22 43036245 . G A 370.65 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0081433;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.816;QD=17.2393;RBI=0.0164486;REFB=-0.00329891;REVB=0.0142914;RO=47;SAF=23;SAR=16;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200163;STB=0.612007;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00485784;OID=.;OPOS=43036245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:16:23:18:29:16:23:18:29 chr22 43088668 . G A 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0201447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.008;QD=14.0969;RBI=0.0292506;REFB=-0.00129772;REVB=0.0212082;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355378;STB=0.520679;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00168834;OID=.;OPOS=43088668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:9:4:5:13:9:4:5:13 chr22 43089858 . C T 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.0225804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.934;QD=10.3791;RBI=0.0245474;REFB=0.000973093;REVB=0.00962797;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3728;STB=0.716607;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00433067;OID=.;OPOS=43089858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:14:2:4:5:14:2 chr22 43193641 . G A 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0127187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.41;QD=19.44;RBI=0.0153712;REFB=0.00278576;REVB=-0.00863184;RO=29;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145956;STB=0.581145;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.00239679;OID=.;OPOS=43193641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:14:17:11:18:14:17:11:18 chr22 43206950 . A C 150.94 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0543221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2812;QD=11.181;RBI=0.0791429;REFB=-0.0089534;REVB=0.0575561;RO=35;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28632;STB=0.667805;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0207413;OID=.;OPOS=43206950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:6:13:15:20:6:13:15:20 chr22 43435812 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479173;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.581;QD=54.5176;RBI=0.0678483;REFB=0;REVB=0.0480345;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519158;OID=.;OPOS=43435812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr22 43455432 . G A 545.64 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=103;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.00309993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.986;QD=21.19;RBI=0.0200921;REFB=-0.00555163;REVB=-0.0198515;RO=48;SAF=33;SAR=22;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207236;STB=0.613858;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00282049;OID=.;OPOS=43455432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:48:48:55:55:0.533981:22:33:17:31:22:33:17:31 chr22 43459864 . G A 422.65 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0332799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5645;QD=14.9611;RBI=0.0338577;REFB=-0.00942707;REVB=0.00622816;RO=65;SAF=19;SAR=29;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208081;STB=0.511694;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0118489;OID=.;OPOS=43459864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:65:65:48:48:0.424779:29:19:27:38:29:19:27:38 chr22 43465814 . A G 484.26 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0181425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6407;QD=23.6225;RBI=0.0195394;REFB=-0.00159345;REVB=-0.0072553;RO=36;SAF=19;SAR=27;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201195;STB=0.610363;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00141992;OID=.;OPOS=43465814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:36:46:46:0.560976:27:19:24:12:27:19:24:12 chr22 43466217 . A G 37.51 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00999856;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.954;QD=7.14475;RBI=0.0158037;REFB=-0.00661952;REVB=-0.0122387;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192221;STB=0.644671;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0201512;OID=.;OPOS=43466217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:22:21:16:15:6:6:0.285714:2:4:8:8:2:4:7:8 chr22 43466247 . G C 175.11 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.105;QD=46.6961;RBI=0.0643503;REFB=0;REVB=0.0322798;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388322;OID=.;OPOS=43466247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:8:6:0:0:8:7:0:0 chr22 43558926 . A G 785.12 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.048028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0559;QD=57.0996;RBI=0.0636895;REFB=0;REVB=-0.0418289;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010529;OID=.;OPOS=43558926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr22 43563472 . CCT C 261.09 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00735914;FXX=0.0192289;HRUN=4;LEN=2;MLLD=167.296;QD=10.2387;RBI=0.0153809;REFB=-0.0268562;REVB=-0.0135061;RO=59;SAF=23;SAR=20;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0.317697;SSSB=0.00975253;STB=0.505492;STBP=0.943;TYPE=del;VARB=0.0389384;OID=.;OPOS=43563473;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421569:43:106:43:102:59:23:20:31:28:99:59:23:20:31:28 chr22 43563502 . TGGGGC TGC,TGGC,TGGG 628.05 PASS AF=0,0,1;AO=7,24,10;DP=64;FAO=0,0,61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,19;FSAR=0,0,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153763,0.227174,-0.0367039;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=3,2,2;MLLD=13.353,9.47503,19.4682;QD=41.1836;RBI=0.402085,0.598017,0.0566359;REFB=0,0,0;REVB=-0.371523,-0.553187,-0.0431328;RO=3;SAF=0,0,10;SAR=7,24,0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0.509542,0.509542,0.509542;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.771117,-0.861581,0.817835;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0,-0.000230296;OID=.,.,.;OPOS=43563503,43563503,43563506;OREF=GGG,GG,GC;OALT=-,-,-;OMAPALT=TGC,TGGC,TGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1:7,24,10:64:0,0,61:61:0:0,0,19:0,0,42:0:0:12:3:0,0,10:7,24,0:1:2 chr22 43563663 . A AC 75.64 PASS AF=0.53125;AO=14;DP=34;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.252015;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.7272;QD=9.45507;RBI=0.269188;REFB=-0.00872979;REVB=0.0946084;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143297;STB=0.533294;STBP=0.705;TYPE=ins;VARB=-0.0179905;OID=.;OPOS=43563664;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125:14:34:17:32:15:8:9:6:9:58:18:5:9:9:9 chr22 43563672 . A G 102.3 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0303384;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.3196;QD=13.1998;RBI=0.0349608;REFB=-0.00426284;REVB=-0.0173736;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176841;STB=0.568421;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0218239;OID=.;OPOS=43563672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:12:13:0.419355:8:4:9:9:8:5:9:9 chr22 43564146 . C T 264.17 PASS AF=0.282443;AO=37;DP=131;FAO=37;FDP=131;FR=.;FRO=94;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=58;FSRR=36;FWDB=-0.0122133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.358;QD=8.06639;RBI=0.0141268;REFB=-0.00711961;REVB=-0.00709935;RO=92;SAF=15;SAR=22;SRF=58;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266965;STB=0.648549;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0239637;OID=.;OPOS=43564146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:92:94:37:37:0.282443:22:15:58:34:22:15:58:36 chr22 43567876 . G A 298.1 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.062773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.492;QD=20.919;RBI=0.066693;REFB=-0.0671855;REVB=-0.0225279;RO=25;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291155;STB=0.524871;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.047394;OID=.;OPOS=43567876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:25:26:31:31:0.54386:16:15:13:12:16:15:14:12 chr22 43606143 . C T 414.58 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00605532;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4844;QD=18.4259;RBI=0.0238895;REFB=-0.011227;REVB=0.0231093;RO=46;SAF=18;SAR=24;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570921;STB=0.517907;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0168735;OID=.;OPOS=43606143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:90:46:48:42:42:0.466667:24:18:17:29:24:18:19:29 chr22 43606215 . G A 415.44 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0431845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8597;QD=19.3226;RBI=0.0620939;REFB=0.0223979;REVB=0.0446179;RO=44;SAF=23;SAR=19;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04399;STB=0.52446;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.0181891;OID=.;OPOS=43606215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:19:23:22:22:19:23:22:22 chr22 43610207 . A G 357.48 PASS AF=0.319149;AO=45;DP=142;FAO=45;FDP=141;FR=.;FRO=96;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=70;FSRR=26;FWDB=-0.0489656;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9816;QD=10.1414;RBI=0.049536;REFB=-0.0097775;REVB=0.00749586;RO=95;SAF=13;SAR=32;SRF=69;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48373;STB=0.778774;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0196272;OID=.;OPOS=43610207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:95:96:45:45:0.319149:32:13:69:26:32:13:70:26 chr22 43623395 . C G 136.59 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0762077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8678;QD=18.2124;RBI=0.110678;REFB=0.0378716;REVB=0.0802618;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116279;STB=0.566284;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.0313986;OID=.;OPOS=43623395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:8:7:9:6:8:7:9:6 chr22 43623418 . G C 105.63 PASS AF=0.448276;AO=10;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.109636;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.9904;QD=14.5694;RBI=0.111386;REFB=-0.0530141;REVB=0.0196668;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.55547;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0397382;OID=.;OPOS=43623418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:10:13:0.448276:6:4:6:9:6:7:7:9 chr22 43894121 . C T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0388829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4259;QD=8.69087;RBI=0.0655859;REFB=0.0198459;REVB=0.052817;RO=17;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213508;STB=0.635966;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.031664;OID=.;OPOS=43894121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:7:1:4:13:7:1:4:13 chr22 43936219 . C T 437.35 PASS AF=0.473118;AO=43;DP=92;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.0342912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.392;QD=18.8106;RBI=0.03504;REFB=-0.016096;REVB=0.00720491;RO=49;SAF=19;SAR=24;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199558;STB=0.603436;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0136269;OID=.;OPOS=43936219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:49:49:43:44:0.473118:24:19:32:17:24:20:32:17 chr22 44079645 . T C 476.32 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00811005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.351;QD=21.9;RBI=0.0313012;REFB=-0.00559302;REVB=0.0302323;RO=40;SAF=25;SAR=21;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997811;STB=0.560512;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00588814;OID=.;OPOS=44079645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:40:41:46:46:0.528736:21:25:17:23:21:25:17:24 chr22 44083442 . T C 1008.45 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1247;QD=59.3206;RBI=0.0656971;REFB=0;REVB=0.0592196;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506649;OID=.;OPOS=44083442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr22 44112845 . C T 2246.57 PASS AF=0.986207;AO=143;DP=146;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0648891;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.377;QD=61.9743;RBI=0.065397;REFB=-0.108112;REVB=0.00813438;RO=2;SAF=62;SAR=81;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115956;STB=0.506097;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000462912;OID=.;OPOS=44112845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:146:145:2:2:143:143:0.986207:81:62:0:2:81:62:0:2 chr22 44178103 . T C 980.47 PASS AF=0.505263;AO=95;DP=189;FAO=96;FDP=190;FR=.;FRO=94;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=0.0375679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.925;QD=20.6414;RBI=0.0456648;REFB=-0.0159688;REVB=0.0259601;RO=94;SAF=47;SAR=48;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00476374;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0173816;OID=.;OPOS=44178103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:94:94:95:96:0.505263:48:47:47:47:48:48:47:47 chr22 44221565 . C A,CAATA 1100.66 PASS AF=0.0365854,0.902439;AO=5,70;DP=88;FAO=3,74;FDP=82;FR=.;FRO=5;FSAF=2,32;FSAR=1,42;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0178521,-0.0155749;FXX=0.0465062;HRUN=1,2;LEN=1,4;MLLD=135.425,147.291;QD=53.6907;RBI=0.0181022,0.0161857;REFB=-0.0142997,0.0301785;REVB=0.00299872,0.00440434;RO=10;SAF=3,28;SAR=2,42;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.105052,-0.0243534;STB=0.599397,0.523539;STBP=0.809,0.13;TYPE=snp,ins;VARB=0.0920231,-0.00605172;OID=.,.;OPOS=44221565,44221566;OREF=C,-;OALT=A,AATA;OMAPALT=A,CAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:16:88:82:10:5:5,70:3,74:0.0365854,0.902439:2,42:3,28:5:5:1,42:2,32:4:1 chr22 44282276 . A G 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.000190455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.161;QD=13.7478;RBI=0.00912125;REFB=-0.00522214;REVB=0.00911926;RO=32;SAF=19;SAR=3;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415842;STB=0.743977;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00592369;OID=.;OPOS=44282276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:3:19:18:14:3:19:18:14 chr22 44282307 . G A 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0381342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5747;QD=12.8691;RBI=0.0417344;REFB=0.00732335;REVB=0.0169571;RO=33;SAF=17;SAR=4;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365621;STB=0.714059;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0198823;OID=.;OPOS=44282307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:4:17:17:16:4:17:17:16 chr22 44285765 . A G 330.04 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0232968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.52;QD=18.3354;RBI=0.025929;REFB=-0.0103594;REVB=0.011383;RO=36;SAF=9;SAR=26;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197547;STB=0.605714;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0103224;OID=.;OPOS=44285765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:37:35:35:0.486111:26:9:16:20:26:9:16:21 chr22 44287062 . A G 273.89 PASS AF=0.430556;AO=30;DP=70;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0131393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9336;QD=15.2161;RBI=0.045698;REFB=-0.067325;REVB=-0.0437683;RO=39;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00260719;STB=0.502761;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0341513;OID=.;OPOS=44287062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:39:41:30:31:0.430556:17:13:17:22:18:13:17:24 chr22 44287629 . G A 444.29 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0108672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.33;QD=23.0798;RBI=0.0440386;REFB=-0.0220961;REVB=0.0426767;RO=34;SAF=21;SAR=22;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329343;STB=0.518108;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0241658;OID=.;OPOS=44287629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:34:43:43:0.558442:22:21:18:16:22:21:18:16 chr22 44322922 . T G 315.85 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00355524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.176;QD=15.0405;RBI=0.00885045;REFB=-0.0145079;REVB=-0.00810498;RO=47;SAF=17;SAR=18;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252935;STB=0.514278;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.020519;OID=.;OPOS=44322922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:49:35:35:0.416667:18:17:24:23:18:17:25:24 chr22 44342116 . A G 433.44 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.010316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.471;QD=50.9927;RBI=0.0191169;REFB=-0.0470397;REVB=0.0160945;RO=2;SAF=11;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775224;STB=0.538437;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000400077;OID=.;OPOS=44342116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:31:32:0.941176:20:11:2:0:20:12:2:0 chr22 44368204 . A G 1505.64 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0640232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1685;QD=59.6293;RBI=0.0660636;REFB=0;REVB=0.016292;RO=0;SAF=41;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000304233;OID=.;OPOS=44368204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:99:101:1:58:41:0:0:59:42:0:0 chr22 44379822 . T C 958.15 PASS AF=0.931507;AO=68;DP=74;FAO=68;FDP=73;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00343734;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.681;QD=52.5016;RBI=0.0265398;REFB=0.0253504;REVB=0.0263163;RO=2;SAF=37;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248623;STB=0.509928;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.0013046;OID=.;OPOS=44379822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:74:73:2:5:68:68:0.931507:31:37:2:0:31:37:2:3 chr22 44379838 . A G 1180.25 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0166452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.249;QD=59.0124;RBI=0.024802;REFB=0.014885;REVB=0.0183868;RO=1;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119826;STB=0.506328;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000456102;OID=.;OPOS=44379838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:1:1:78:79:0.9875:39:39:0:1:39:40:0:1 chr22 44386281 . C T 1208.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.342;QD=61.2122;RBI=0.0368889;REFB=0;REVB=0.0206008;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191765;OID=.;OPOS=44386281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:48:31:0:0:48:31:0:0 chr22 44489868 . T C 739.1 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8185;QD=62.902;RBI=0.0403532;REFB=0;REVB=-0.0336;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000435823;OID=.;OPOS=44489868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:32:14:0:0:33:14:0:0 chr22 44489896 . T C 379.52 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233521;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.825;QD=56.2254;RBI=0.0243367;REFB=0;REVB=-0.00685209;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154379;OID=.;OPOS=44489896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:22:5:0:0:22:5:0:0 chr22 44546582 . A G 1415.39 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.895;QD=62.9062;RBI=0.0121195;REFB=0;REVB=-0.0032694;RO=0;SAF=28;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88997e-05;OID=.;OPOS=44546582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:62:28:0:0:62:28:0:0 chr22 44559755 . C T 830.2 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5226;QD=57.2549;RBI=0.0598131;REFB=0;REVB=0.0330647;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554292;OID=.;OPOS=44559755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:31:26:0:0:31:27:0:0 chr22 44568932 . G A 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0050321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7299;QD=20.5632;RBI=0.0186803;REFB=0.011192;REVB=-0.0179898;RO=31;SAF=14;SAR=21;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206614;STB=0.614393;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0114237;OID=.;OPOS=44568932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:21:14:20:11:21:14:20:11 chr22 44582499 . T C 425.68 PASS AF=0.494118;AO=41;DP=87;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=9;FWDB=-0.00488257;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.92;QD=20.0321;RBI=0.0110133;REFB=-0.00861038;REVB=-0.00987183;RO=42;SAF=29;SAR=12;SRF=34;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119314;STB=0.549334;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00685285;OID=.;OPOS=44582499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:42:43:41:42:0.494118:12:29:34:8:12:30:34:9 chr22 44602229 . A C 341.86 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=5;FWDB=0.00973895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.001;QD=18.4792;RBI=0.0170767;REFB=-0.00508541;REVB=-0.0140274;RO=38;SAF=26;SAR=10;SRF=33;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185228;STB=0.601991;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00417812;OID=.;OPOS=44602229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:10:26:33:5:10:26:33:5 chr22 44965320 . G A 916.07 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00630852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8853;QD=55.5192;RBI=0.080521;REFB=-0.216915;REVB=0.0802735;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505745;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00795348;OID=.;OPOS=44965320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:64:65:0.984848:42:22:0:0:43:22:0:1 chr22 45075738 . T C 292.47 PASS AF=0.555556;AO=28;DP=51;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00800977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.188;QD=21.6645;RBI=0.0202834;REFB=-0.000911065;REVB=0.018635;RO=23;SAF=12;SAR=16;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310483;STB=0.507552;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00101076;OID=.;OPOS=45075738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:23:24:28:30:0.555556:16:12:9:14:17:13:10:14 chr22 45110493 . G A 226.43 PASS AF=0.48;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0197056;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.256;QD=18.1145;RBI=0.0198155;REFB=-0.0212091;REVB=0.00208414;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616294;STB=0.521721;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.02844;OID=.;OPOS=45110493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:23:24:0.48:13:10:13:13:13:11:13:13 chr22 45126775 . TA AC,CA 1403.3 PASS AF=0.0659341,0.934066;AO=6,79;DP=92;FAO=6,85;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=6,47;FSAR=0,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198153,-0.0263184;FXX=0.0108684;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=62.2045,106.597;QD=61.6837;RBI=0.0266733,0.0577781;REFB=0,0;REVB=0.0178555,0.0514359;RO=0;SAF=6,41;SAR=0,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00287401,0.00100973;OID=.,.;OPOS=45126775,45126775;OREF=TA,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:92:91:0:0:6,79:6,85:0.0659341,0.934066:0,38:6,41:0:0:0,38:6,47:0:0 chr22 45128232 . T C 482.73 PASS AF=0.364198;AO=59;DP=162;FAO=59;FDP=162;FR=.;FRO=103;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=66;FWDB=0.0159306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1948;QD=11.9192;RBI=0.027383;REFB=-0.00700506;REVB=-0.0222721;RO=103;SAF=18;SAR=41;SRF=37;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068895;STB=0.539331;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00843377;OID=.;OPOS=45128232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:103:103:59:59:0.364198:41:18:37:66:41:18:37:66 chr22 45198009 . A C,G 783.34 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=3,53;DP=56;FAO=4,52;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=4,30;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00323072,0.0256265;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=164.396,61.8252;QD=55.9528;RBI=0.00558394,0.0345569;REFB=0,0;REVB=0.00455443,-0.0231833;RO=0;SAF=3,31;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.76368e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.18583,-0.00101016;OID=.,.;OPOS=45198009,45198009;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:56:56:0:0:3,53:4,52:0.0714286,0.928571:0,22:3,31:0:0:0,22:4,30:0:0 chr22 45204236 . G A 211.14 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0343944;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.903;QD=11.8952;RBI=0.034511;REFB=-0.00590557;REVB=-0.002835;RO=45;SAF=8;SAR=18;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162472;STB=0.594264;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0102003;OID=.;OPOS=45204236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:45:45:26:26:0.366197:18:8:20:25:18:8:20:25 chr22 45244930 . C T 246.14 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.107157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9434;QD=13.4872;RBI=0.107747;REFB=-0.0125894;REVB=0.011266;RO=43;SAF=11;SAR=18;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928009;STB=0.560814;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0152873;OID=.;OPOS=45244930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:44:29:29:0.39726:18:11:20:23:18:11:21:23 chr22 45255580 . G C 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00214619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.842;QD=11.9167;RBI=0.0122417;REFB=-0.0116547;REVB=-0.0120521;RO=37;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073233;STB=0.542335;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0241519;OID=.;OPOS=45255580;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:11:11:16:21:11:11:16:21 chr22 45255637 . G C 312.76 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00388811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8194;QD=16.9058;RBI=0.0789245;REFB=-0.0179319;REVB=-0.0788287;RO=40;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368436;STB=0.520649;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0162104;OID=.;OPOS=45255637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:20:14:15:25:20:14:15:25 chr22 45258324 . C T 369.44 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0316007;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.146;QD=25.0467;RBI=0.036904;REFB=0.0234426;REVB=0.0190603;RO=21;SAF=14;SAR=22;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218349;STB=0.602967;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00802269;OID=.;OPOS=45258324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:21:23:36:36:0.610169:22:14:15:6:22:14:15:8 chr22 45277909 . A G 245.14 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00906113;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.538;QD=22.8039;RBI=0.0139478;REFB=-0.0243147;REVB=-0.0106037;RO=20;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814471;STB=0.545416;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0184171;OID=.;OPOS=45277909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:9:14:14:6:9:14:14:6 chr22 45278187 . A T 316.59 PASS AF=0.421687;AO=34;DP=81;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0290718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.82;QD=15.2575;RBI=0.0292185;REFB=-0.00811255;REVB=-0.00292474;RO=46;SAF=13;SAR=21;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208092;STB=0.622858;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00831462;OID=.;OPOS=45278187;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:46:48:34:35:0.421687:21:13:27:19:22:13:28:20 chr22 45566843 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00454192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.803;QD=58.0611;RBI=0.0155566;REFB=0;REVB=0.0148788;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59887e-05;OID=.;OPOS=45566843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr22 45566912 . C A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.654;QD=57.7124;RBI=0.0204097;REFB=0;REVB=0.0152953;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15689e-05;OID=.;OPOS=45566912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr22 45577231 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.71;QD=55.6557;RBI=0.0220902;REFB=0;REVB=-0.00455367;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128713;OID=.;OPOS=45577231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr22 45583898 . A G 700.9 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.030741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.999;QD=50.9747;RBI=0.0322498;REFB=-0.177249;REVB=0.00974876;RO=3;SAF=29;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113463;STB=0.50603;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00165057;OID=.;OPOS=45583898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:55:55:3:3:52:52:0.945455:23:29:2:1:23:29:2:1 chr22 45593055 . G A 239.16 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0136189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.137;QD=27.3323;RBI=0.0269826;REFB=-0.0844608;REVB=0.0232936;RO=12;SAF=8;SAR=14;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210425;STB=0.522707;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0396853;OID=.;OPOS=45593055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:12:13:22:22:0.628571:14:8:4:8:14:8:4:9 chr22 45601188 . C T 340.19 PASS AF=0.383178;AO=41;DP=107;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00207403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.466;QD=12.7174;RBI=0.0111643;REFB=-0.00249386;REVB=-0.01097;RO=66;SAF=22;SAR=19;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03972;STB=0.522602;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00392205;OID=.;OPOS=45601188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:66:66:41:41:0.383178:19:22:33:33:19:22:33:33 chr22 45603631 . C G 1450.65 PASS AF=0.55144;AO=134;DP=233;FAO=134;FDP=243;FR=.;FRO=109;FSAF=77;FSAR=57;FSRF=64;FSRR=45;FWDB=-0.000188557;FXX=0.0161937;HRUN=6;LEN=1;MLLD=164.89;QD=23.8789;RBI=0.0294952;REFB=-0.026292;REVB=0.0294946;RO=99;SAF=77;SAR=57;SRF=56;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00717574;STB=0.505757;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.008046;OID=.;OPOS=45603631;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:243:99:109:134:134:0.55144:57:77:56:43:57:77:64:45 chr22 45603638 . A G 909.01 PASS AF=0.403226;AO=98;DP=246;FAO=100;FDP=248;FR=.;FRO=148;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=84;FSRR=64;FWDB=-0.00301054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.572;QD=14.6614;RBI=0.00336556;REFB=-0.0137106;REVB=-0.00150455;RO=148;SAF=55;SAR=43;SRF=84;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00691034;STB=0.50148;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0184472;OID=.;OPOS=45603638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:248:148:148:98:100:0.403226:43:55:84:64:43:57:84:64 chr22 45683304 . G C 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0107609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.013;QD=20.0176;RBI=0.028373;REFB=-0.00153803;REVB=-0.0262532;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221765;STB=0.624866;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0015944;OID=.;OPOS=45683304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:8:10:5:12:8:10:5:12 chr22 45685002 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.149;QD=63.5829;RBI=0.025471;REFB=0;REVB=0.00904655;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28736e-05;OID=.;OPOS=45685002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr22 45691594 . A G 803.43 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0320304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8942;QD=55.4088;RBI=0.0441669;REFB=0.00993377;REVB=0.0304099;RO=1;SAF=32;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145113;STB=0.50769;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000273154;OID=.;OPOS=45691594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:25:32:1:0:25:32:1:0 chr22 45718041 . A G 2230.71 PASS AF=0.962025;AO=152;DP=158;FAO=152;FDP=158;FR=.;FRO=6;FSAF=83;FSAR=69;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0150196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.838;QD=56.4736;RBI=0.0158294;REFB=0.0118898;REVB=-0.00499819;RO=6;SAF=83;SAR=69;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331471;STB=0.51744;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=7.40408e-06;OID=.;OPOS=45718041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:158:158:6:6:152:152:0.962025:69:83:6:0:69:83:6:0 chr22 45723807 . G C 1417.66 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418387;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1196;QD=63.0073;RBI=0.0958652;REFB=0;REVB=-0.0862534;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000301596;OID=.;OPOS=45723807;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:42:48:0:0:42:48:0:0 chr22 45723842 . G A 1268.67 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00552478;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.943;QD=60.4126;RBI=0.00859078;REFB=0.0418298;REVB=-0.00657863;RO=1;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129742;STB=0.506848;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-9.98626e-07;OID=.;OPOS=45723842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:36:47:0:1:36:47:0:1 chr22 45723947 . A G 298.5 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0642397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.7163;QD=49.7502;RBI=0.0694096;REFB=-0.136726;REVB=0.0262859;RO=1;SAF=21;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215476;STB=0.511618;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00355808;OID=.;OPOS=45723947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:24:24:1:1:23:23:0.958333:2:21:1:0:2:21:1:0 chr22 45728370 . G A 1541.15 PASS AF=0.972727;AO=106;DP=111;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0624789;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.197;QD=56.0419;RBI=0.0628251;REFB=-0.153806;REVB=0.00658676;RO=2;SAF=49;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189746;STB=0.505726;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00312845;OID=.;OPOS=45728370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:111:110:2:3:106:107:0.972727:57:49:2:0:58:49:2:1 chr22 45737787 . A G 562.49 PASS AF=0.504348;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.0391818;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5733;QD=19.5648;RBI=0.0498718;REFB=0.0159012;REVB=0.0308542;RO=57;SAF=32;SAR=26;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731755;STB=0.540329;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.0163958;OID=.;OPOS=45737787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:57:57:58:58:0.504348:26:32:36:21:26:32:36:21 chr22 45767391 . C T 253.05 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0105002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.402;QD=15.1073;RBI=0.0206505;REFB=-0.004654;REVB=-0.0177817;RO=38;SAF=25;SAR=4;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438503;STB=0.753219;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00628816;OID=.;OPOS=45767391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:4:25:20:18:4:25:20:18 chr22 45767455 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.851;QD=57.3853;RBI=0.041282;REFB=0;REVB=0.0147123;RO=0;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250763;OID=.;OPOS=45767455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:18:39:0:0:18:39:0:0 chr22 45782903 . T C 1899.12 PASS AF=0.984375;AO=125;DP=128;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0645234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.796;QD=59.3475;RBI=0.0651585;REFB=-0.149746;REVB=-0.00907502;RO=3;SAF=67;SAR=58;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584942;STB=0.507352;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00159291;OID=.;OPOS=45782903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:128:3:2:125:126:0.984375:58:67:2:1:59:67:2:0 chr22 45789642 . A C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00825187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.823;QD=60.2306;RBI=0.0536737;REFB=0;REVB=0.0530356;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406392;OID=.;OPOS=45789642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr22 45813687 . G A 588.1 PASS AF=0.641975;AO=52;DP=81;FAO=52;FDP=81;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00294059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6827;QD=29.0421;RBI=0.011262;REFB=-0.00340052;REVB=-0.0108713;RO=29;SAF=13;SAR=39;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183132;STB=0.599959;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0023996;OID=.;OPOS=45813687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:29:29:52:52:0.641975:39:13:14:15:39:13:14:15 chr22 45821887 . G A 554.64 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00510636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.464;QD=55.4644;RBI=0.0125617;REFB=-0.033254;REVB=0.011477;RO=2;SAF=23;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102816;STB=0.505492;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00125079;OID=.;OPOS=45821887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:15:23:1:1:15:23:1:1 chr22 45821909 . C T 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0311869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.821;QD=9.49439;RBI=0.0315178;REFB=0.00103678;REVB=-0.00455511;RO=24;SAF=10;SAR=1;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43308;STB=0.775226;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00383063;OID=.;OPOS=45821909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:1:10:16:8:1:10:16:8 chr22 45821935 . G A 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.000725699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2105;QD=9.83031;RBI=0.00373401;REFB=-0.00033139;REVB=0.00366281;RO=26;SAF=11;SAR=1;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430604;STB=0.77285;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00115141;OID=.;OPOS=45821935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:1:11:18:8:1:11:18:8 chr22 45821956 . C G 165.08 PASS AF=0.53125;AO=12;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=0.0251194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6429;QD=20.6345;RBI=0.0812293;REFB=-0.0202879;REVB=0.0772478;RO=15;SAF=9;SAR=3;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278149;STB=0.69415;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00859691;OID=.;OPOS=45821956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:12:17:0.53125:3:9:14:1:8:9:14:1 chr22 45826880 . G A 698.64 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0430536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.933;QD=54.7953;RBI=0.0479437;REFB=-0.123919;REVB=0.0210946;RO=1;SAF=31;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149453;STB=0.507933;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00140226;OID=.;OPOS=45826880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:19:31:1:0:19:31:1:0 chr22 45923827 . A G 2220.33 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00165934;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.945;QD=63.4379;RBI=0.0141289;REFB=0;REVB=-0.0140311;RO=0;SAF=82;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.96896e-05;OID=.;OPOS=45923827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:140:0:0:140:140:1:58:82:0:0:58:82:0:0 chr22 46085764 . G A 159.73 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=28;FWDB=0.0230538;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5991;QD=12.5277;RBI=0.0315531;REFB=0.0211357;REVB=-0.0215434;RO=32;SAF=3;SAR=16;SRF=4;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710128;STB=0.540943;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.0386563;OID=.;OPOS=46085764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:32:32:19:19:0.372549:16:3:4:28:16:3:4:28 chr22 46156446 . G A 46.6 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0566021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7527;QD=9.81017;RBI=0.0924057;REFB=-0.0226473;REVB=-0.0730412;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102163;STB=0.562327;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0224626;OID=.;OPOS=46156446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:4:8:4:3:4:8 chr22 46202925 . A G 379.03 PASS AF=0.454545;AO=39;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0834865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.982;QD=17.2286;RBI=0.0835196;REFB=-0.00651778;REVB=0.00235197;RO=48;SAF=18;SAR=21;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238345;STB=0.520538;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0104084;OID=.;OPOS=46202925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:39:40:0.454545:21:18:21:27:21:19:21:27 chr22 46319086 . C T 89.72 PASS AF=0.202703;AO=14;DP=74;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0320047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.83;QD=4.84968;RBI=0.0320498;REFB=0.00150093;REVB=0.0016987;RO=59;SAF=7;SAR=7;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529629;STB=0.560064;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00538005;OID=.;OPOS=46319086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:74:74:59:59:14:15:0.202703:7:7:27:32:7:8:27:32 chr22 46493852 . C T 371.45 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0611174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.349;QD=20.0784;RBI=0.0615579;REFB=-0.0162175;REVB=-0.00735105;RO=36;SAF=25;SAR=13;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262242;STB=0.645547;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0239798;OID=.;OPOS=46493852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:13:25:13:23:13:25:13:23 chr22 46611214 . C T 43.21 PASS AF=0.125;AO=9;DP=72;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.0100618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.782;QD=2.40069;RBI=0.0240185;REFB=-0.00483854;REVB=-0.0218094;RO=63;SAF=3;SAR=6;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229378;STB=0.666297;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0268182;OID=.;OPOS=46611214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:72:63:63:9:9:0.125:6:3:33:30:6:3:33:30 chr22 46652959 . A G 191.19 PASS AF=0.416667;AO=19;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0153474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.473;QD=15.9325;RBI=0.0155308;REFB=-0.012957;REVB=-0.0023795;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296365;STB=0.650879;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0133423;OID=.;OPOS=46652959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:28:28:19:20:0.416667:8:11:8:20:9:11:8:20 chr22 46658140 . C T 50.55 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00697398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.123;QD=4.81392;RBI=0.0165822;REFB=-0.007631;REVB=-0.0150443;RO=34;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218086;STB=0.642529;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0388027;OID=.;OPOS=46658140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:4:4:11:23:4:4:11:23 chr22 46658407 . G A 178.19 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0160064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.806;QD=14.8492;RBI=0.0160417;REFB=-0.0114569;REVB=0.00106369;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652617;STB=0.537738;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0164829;OID=.;OPOS=46658407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:8:11:15:14:8:11:15:14 chr22 46664485 . C A 250.56 PASS AF=0.284553;AO=35;DP=123;FAO=35;FDP=123;FR=.;FRO=88;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.000749073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.889;QD=8.14825;RBI=0.0219733;REFB=-0.0129149;REVB=-0.0219605;RO=88;SAF=15;SAR=20;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457115;STB=0.527043;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0332472;OID=.;OPOS=46664485;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:88:88:35:35:0.284553:20:15:41:47:20:15:41:47 chr22 46677607 . T C 909.26 PASS AF=0.984615;AO=61;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0267654;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8912;QD=55.9543;RBI=0.0459608;REFB=-0.0461754;REVB=0.0373632;RO=3;SAF=15;SAR=46;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487434;STB=0.513509;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00244961;OID=.;OPOS=46677607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:3:1:61:64:0.984615:46:15:2:1:46:18:1:0 chr22 46691610 . C T 459.83 PASS AF=0.475728;AO=48;DP=95;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.010199;FXX=0.00961446;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.99;QD=17.8574;RBI=0.0189071;REFB=-0.0189589;REVB=-0.0159204;RO=47;SAF=21;SAR=27;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467755;STB=0.555797;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0299837;OID=.;OPOS=46691610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:103:47:54:48:49:0.475728:27:21:23:24:27:22:30:24 chr22 46704379 . G A 215.55 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.0354405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.986;QD=10.9141;RBI=0.0397545;REFB=-0.00517519;REVB=0.0180109;RO=51;SAF=13;SAR=14;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186229;STB=0.612583;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00530544;OID=.;OPOS=46704379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:52:27:27:0.341772:14:13:33:18:14:13:34:18 chr22 46719141 . C T 103.14 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=69;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0795203;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.5;QD=6.06677;RBI=0.0799114;REFB=-0.00825315;REVB=-0.00789575;RO=52;SAF=6;SAR=10;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126747;STB=0.507864;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0232225;OID=.;OPOS=46719141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:52:52:16:16:0.235294:10:6:19:33:10:6:19:33 chr22 46722400 . T C 613.26 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00939813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.231;QD=61.3257;RBI=0.0131374;REFB=0;REVB=-0.00917972;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18266e-06;OID=.;OPOS=46722400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr22 46807622 . G T 241.67 PASS AF=0.319149;AO=30;DP=94;FAO=30;FDP=94;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0237122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.073;QD=10.2837;RBI=0.026198;REFB=-0.0152041;REVB=-0.0111384;RO=64;SAF=11;SAR=19;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193569;STB=0.613267;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0245874;OID=.;OPOS=46807622;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:64:64:30:30:0.319149:19:11:34:30:19:11:34:30 chr22 46860105 . C T 42.22 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0157351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.702;QD=18.7663;RBI=0.0204479;REFB=-0.0259406;REVB=0.0130584;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116878;STB=0.58791;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00576063;OID=.;OPOS=46860105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:5:6:0.666667:4:1:1:2:5:1:1:2 chr22 46929692 . A G 1047.72 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104491;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.26;QD=59.8697;RBI=0.0128151;REFB=0;REVB=-0.00741918;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017064;OID=.;OPOS=46929692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr22 46931077 . G C 280.98 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0135905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.576;QD=48.8663;RBI=0.034298;REFB=-0.0493679;REVB=-0.0314905;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523788;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00728534;OID=.;OPOS=46931077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:22:23:0:1:22:22:0.956522:10:12:0:0:10:12:0:1 chr22 46931793 . G C 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00333827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.171;QD=52.7696;RBI=0.0252336;REFB=0.0610523;REVB=0.0250119;RO=1;SAF=10;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442673;STB=0.523792;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00183177;OID=.;OPOS=46931793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:18:10:1:0:18:10:1:0 chr22 46931838 . G A 134.64 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110595;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.336;QD=44.8795;RBI=0.112069;REFB=0;REVB=0.018117;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00411077;OID=.;OPOS=46931838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr22 47058992 . T C 2956.19 PASS AF=0.984848;AO=194;DP=203;FAO=195;FDP=198;FR=.;FRO=3;FSAF=133;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0263748;FXX=0.0294103;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1954;QD=59.721;RBI=0.0661189;REFB=-0.0597614;REVB=-0.0606306;RO=2;SAF=132;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00402442;STB=0.500269;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00049092;OID=.;OPOS=47058992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:203:198:2:3:194:195:0.984848:62:132:1:1:62:133:2:1 chr22 47070625 . G A 182.81 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0374291;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.872;QD=17.4108;RBI=0.0396954;REFB=-0.0271072;REVB=0.0132207;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321382;STB=0.507684;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0395113;OID=.;OPOS=47070625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:23:19:19:0.452381:11:8:10:12:11:8:10:13 chr22 47075462 . C T 436.38 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.014742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.434;QD=21.2869;RBI=0.0413474;REFB=-0.00920896;REVB=-0.03863;RO=39;SAF=17;SAR=26;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810013;STB=0.544798;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0100086;OID=.;OPOS=47075462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:26:17:19:20:26:17:19:20 chr22 47311404 . A T 509.58 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.0155703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.158;QD=21.0137;RBI=0.0205746;REFB=-0.017868;REVB=0.0134492;RO=48;SAF=31;SAR=18;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330776;STB=0.518274;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0144192;OID=.;OPOS=47311404;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:18:31:32:16:18:31:32:16 chr22 47569571 . G C 223.12 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3498;QD=49.5828;RBI=0.0699441;REFB=0;REVB=0.00730405;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130694;OID=.;OPOS=47569571;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr22 47569605 . G C 88.17 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.3152;QD=39.1887;RBI=0.068771;REFB=0;REVB=0.000681357;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00475423;OID=.;OPOS=47569605;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr22 47857537 . T C 807.7 PASS AF=0.464088;AO=84;DP=181;FAO=84;FDP=181;FR=.;FRO=97;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=55;FSRR=42;FWDB=0.0181897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.406;QD=17.8497;RBI=0.0182018;REFB=-0.00829116;REVB=-0.000665161;RO=96;SAF=43;SAR=41;SRF=55;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589391;STB=0.529583;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00712921;OID=.;OPOS=47857537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:96:97:84:84:0.464088:41:43:55:41:41:43:55:42 chr22 47857551 . T G 757.06 PASS AF=0.45977;AO=79;DP=174;FAO=80;FDP=174;FR=.;FRO=94;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.0246432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5762;QD=17.4037;RBI=0.0364704;REFB=-0.0130794;REVB=0.0268849;RO=94;SAF=41;SAR=38;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440691;STB=0.521069;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.014736;OID=.;OPOS=47857551;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:94:94:79:80:0.45977:38:41:53:41:38:42:53:41 chr22 47857576 . A G 725.91 PASS AF=0.466667;AO=77;DP=165;FAO=77;FDP=165;FR=.;FRO=88;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=-0.0114556;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.641;QD=17.5978;RBI=0.0148921;REFB=-0.0115762;REVB=0.00951541;RO=88;SAF=38;SAR=39;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390594;STB=0.521631;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0124715;OID=.;OPOS=47857576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:88:88:77:77:0.466667:39:38:47:41:39:38:47:41 chr22 48023297 . A G 1859.37 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.318;QD=61.4667;RBI=0.0419641;REFB=0;REVB=-0.0387734;RO=0;SAF=57;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.82991e-05;OID=.;OPOS=48023297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:64:57:0:0:64:57:0:0 chr22 48940553 . T C 739.05 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00498977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.501;QD=54.7446;RBI=0.00975066;REFB=-0.01937;REVB=0.0083772;RO=1;SAF=32;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144976;STB=0.507689;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000116485;OID=.;OPOS=48940553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:21:32:1:0:21:32:1:0 chr22 48940644 . C T 322.8 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00931638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6171;QD=14.1892;RBI=0.0304258;REFB=-0.00244223;REVB=-0.0289644;RO=55;SAF=17;SAR=19;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000538412;STB=0.500306;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260357;OID=.;OPOS=48940644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:55:36:36:0.395604:19:17:26:29:19:17:26:29 chr22 48940714 . T TC 291.69 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0935604;FXX=0.0447694;HRUN=0;LEN=1;MLLD=109.34;QD=18.2304;RBI=0.0935792;REFB=-0.0042532;REVB=-0.00187313;RO=28;SAF=16;SAR=22;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617418;STB=0.532537;STBP=0.563;TYPE=ins;VARB=0.000741466;OID=.;OPOS=48940715;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.59375:38:67:38:64:26:16:22:13:13:99:28:16:22:14:14 chr22 49246723 . A C 721.98 PASS AF=0.490323;AO=76;DP=156;FAO=76;FDP=155;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=53;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.0373111;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.723;QD=18.6316;RBI=0.0385541;REFB=-0.00058393;REVB=-0.00971089;RO=64;SAF=22;SAR=54;SRF=18;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00838529;STB=0.558948;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00039385;OID=.;OPOS=49246723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:64:79:76:76:0.490323:54:22:18:46:53:23:32:47 chr22 50017234 . A G 500.34 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.057;QD=57.1818;RBI=0.0923507;REFB=0;REVB=0.0894035;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217126;OID=.;OPOS=50017234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:31:35:1:8:23:0:0:12:23:0:0 chr22 50018069 . A G 614.03 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.601;QD=61.4025;RBI=0.0553013;REFB=0;REVB=0.0303118;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018409;OID=.;OPOS=50018069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:10:27:0:0:10:30:0:0 chr22 50018497 . G A 2847.81 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555191;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7164;QD=62.9351;RBI=0.0577762;REFB=0;REVB=0.0159911;RO=0;SAF=93;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213033;OID=.;OPOS=50018497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:181:0:0:176:181:1:83:93:0:0:84:97:0:0 chr22 50132408 . G A 629.13 PASS AF=0.589474;AO=56;DP=94;FAO=56;FDP=95;FR=.;FRO=39;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0459818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.928;QD=26.4895;RBI=0.0521587;REFB=-0.0299719;REVB=-0.0246214;RO=38;SAF=32;SAR=24;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141893;STB=0.503066;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0207841;OID=.;OPOS=50132408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:38:39:56:56:0.589474:24:32:21:17:24:32:22:17 chr22 50216754 . G A 235.43 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.000611087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.764;QD=13.2636;RBI=0.0217589;REFB=0.0101898;REVB=0.0217504;RO=42;SAF=15;SAR=13;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161672;STB=0.584356;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.0224882;OID=.;OPOS=50216754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:42:43:28:28:0.394366:13:15:16:26:13:15:17:26 chr22 50277835 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.602;QD=52.6131;RBI=0.0431743;REFB=0;REVB=-0.00534261;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000646097;OID=.;OPOS=50277835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:5:17:0:0:5:17:0:0 chr22 50277883 . A G 527.6 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.335;QD=58.6224;RBI=0.118949;REFB=0;REVB=0.0476129;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276318;OID=.;OPOS=50277883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:12:23:0:0:13:23:0:0 chr22 50278438 . A G 624.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.558;QD=60.9125;RBI=0.0291023;REFB=0;REVB=0.0186096;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115807;OID=.;OPOS=50278438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:24:16:0:0:24:17:0:0 chr22 50278568 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.249;QD=60.609;RBI=0.0200861;REFB=0;REVB=0.0197266;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0725e-05;OID=.;OPOS=50278568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:28:10:0:0:28:10:0:0 chr22 50278642 . C T 481.97 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0772;QD=58.4204;RBI=0.0224511;REFB=0;REVB=-0.0132215;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00491e-05;OID=.;OPOS=50278642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr22 50280136 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.843;QD=57.0006;RBI=0.0669618;REFB=0;REVB=0.0148723;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204946;OID=.;OPOS=50280136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr22 50281917 . A G 1462.25 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.000971124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.848;QD=56.2405;RBI=0.00553886;REFB=-0.0472753;REVB=0.00545306;RO=1;SAF=46;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102019;STB=0.515786;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-1.83095e-05;OID=.;OPOS=50281917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:104:1:3:101:101:0.971154:55:46:1:0:55:46:3:0 chr22 50356685 . CG C,GC 30.19 PASS AF=0.144737,0.0263158;AO=20,4;DP=76;FAO=11,2;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=9,0;FSAR=2,2;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.00414472,-0.0150239;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=13.0375,191.288;QD=1.58879;RBI=0.0691924,0.0391948;REFB=-0.0732063,-0.00191863;REVB=-0.0690681,-0.0362011;RO=50;SAF=12,0;SAR=8,4;SRF=27;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0730163,-0.551412;STB=0.792189,0.994818;STBP=0.053,0.194;TYPE=del,mnp;VARB=0.101315,0.12201;OID=.,.;OPOS=50356686,50356685;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:76:76:50:63:20,4:11,2:0.144737,0.0263158:8,4:12,0:27:23:2,2:9,0:31:32 chr22 50356693 . T C 385.02 PASS AF=0.512821;AO=38;DP=76;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00246927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.788;QD=19.7445;RBI=0.0215588;REFB=-0.0247747;REVB=0.0214169;RO=37;SAF=20;SAR=18;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353966;STB=0.537256;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0243279;OID=.;OPOS=50356693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:37:38:38:40:0.512821:18:20:18:19:18:22:18:20 chr22 50435480 . A G 225.83 PASS AF=0.295918;AO=29;DP=98;FAO=29;FDP=98;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.0314942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.7181;QD=9.21737;RBI=0.0573357;REFB=-0.0482058;REVB=-0.0479113;RO=67;SAF=21;SAR=8;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113896;STB=0.571259;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0411433;OID=.;OPOS=50435480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:67:69:29:29:0.295918:8:21:43:24:8:21:44:25 chr22 50439194 . C T 273.32 PASS AF=0.685714;AO=16;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0368057;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=182.125;QD=31.2368;RBI=0.0368524;REFB=-0.0290304;REVB=-0.00185357;RO=8;SAF=14;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147608;STB=0.526738;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.012177;OID=.;OPOS=50439194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:8:11:16:24:0.685714:2:14:6:2:7:17:7:4 chr22 50454933 . C G 198.24 PASS AF=0.341463;AO=7;DP=40;FAO=14;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0256912;FXX=0.0888691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.842;QD=19.3406;RBI=0.0314412;REFB=-0.034541;REVB=-0.0181249;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275446;STB=0.757466;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0335983;OID=.;OPOS=50454933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:40:41:13:21:7:14:0.341463:2:5:6:7:2:12:11:10 chr22 50468907 . C G 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00349397;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.006;QD=21.7465;RBI=0.0132126;REFB=-0.00254572;REVB=-0.0127422;RO=20;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356034;STB=0.519982;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00220014;OID=.;OPOS=50468907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:9:13:11:9:9:13:11:9 chr22 50480108 . C T 256.28 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0834356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.972;QD=13.4882;RBI=0.118206;REFB=0.0224398;REVB=0.0837333;RO=46;SAF=18;SAR=12;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014349;STB=0.508191;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=-0.0309428;OID=.;OPOS=50480108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:12:18:27:19:12:18:27:19 chr22 50488629 . G A 341.81 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0153513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.748;QD=15.8981;RBI=0.0205975;REFB=-0.033913;REVB=0.013733;RO=49;SAF=23;SAR=14;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156294;STB=0.588187;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0319626;OID=.;OPOS=50488629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:14:23:23:26:14:23:23:26 chr22 50523267 . C T 191.92 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00476231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.869;QD=11.8103;RBI=0.0108717;REFB=-0.00540791;REVB=-0.00977314;RO=41;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130586;STB=0.575103;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0129466;OID=.;OPOS=50523267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:13:11:14:27:13:11:14:27 chr22 50528916 . C T 651.14 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.48;QD=62.013;RBI=0.0759657;REFB=0;REVB=0.0737862;RO=1;SAF=13;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347212;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153539;OID=.;OPOS=50528916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:1:0:41:42:1:28:13:1:0:28:14:0:0 chr22 50529134 . T C 558.18 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0269125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.8584;QD=57.2489;RBI=0.0280662;REFB=0.0655066;REVB=0.00796434;RO=1;SAF=14;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322882;STB=0.517232;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00158343;OID=.;OPOS=50529134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:24:14:1:0:24:14:1:0 chr22 50529146 . C T 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.3036;QD=58.5858;RBI=0.079954;REFB=0;REVB=-0.0417724;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374358;OID=.;OPOS=50529146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr22 50529148 . C G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00459029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.454;QD=58.1421;RBI=0.0154722;REFB=0;REVB=-0.0147756;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.7686e-05;OID=.;OPOS=50529148;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr22 50529462 . A G 1153.35 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00373959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.58;QD=60.7027;RBI=0.0146458;REFB=0;REVB=-0.0141603;RO=0;SAF=56;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63985e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.32622e-05;OID=.;OPOS=50529462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:20:56:0:0:20:56:0:0 chr22 50530501 . A T 2282.77 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.417;QD=63.4104;RBI=0.0551431;REFB=0;REVB=0.0546717;RO=0;SAF=68;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.14096e-05;OID=.;OPOS=50530501;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:144:0:0:136:144:1:68:68:0:0:76:68:0:0 chr22 50546666 . C T 1399.76 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237202;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8432;QD=62.9103;RBI=0.0395473;REFB=0;REVB=0.031644;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04042e-05;OID=.;OPOS=50546666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:49:40:0:0:49:40:0:0 chr22 50547247 . A G 1897.83 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00595719;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.553;QD=61.718;RBI=0.0310481;REFB=0;REVB=0.0304713;RO=0;SAF=54;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44819e-05;OID=.;OPOS=50547247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:69:54:0:0:69:54:0:0 chr22 50555619 . C T 1741.81 PASS AF=0.991453;AO=113;DP=114;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.044;QD=59.5491;RBI=0.0365895;REFB=-0.00915673;REVB=0.0278411;RO=0;SAF=52;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30758e-08;STB=0.504672;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=7.09428e-05;OID=.;OPOS=50555619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:117:0:1:113:116:0.991453:61:52:0:0:63:53:1:0 chr22 50555635 . C T 1769.18 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00301369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3223;QD=59.9721;RBI=0.0310126;REFB=-0.0336079;REVB=-0.0308658;RO=1;SAF=49;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693364;STB=0.503649;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00293963;OID=.;OPOS=50555635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:68:49:0:1:68:49:0:1 chr22 50564618 . A AT,T 378.49 PASS AF=0.914894,0.0851064;AO=34,3;DP=47;FAO=43,4;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14,3;FSAR=29,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.195877,-0.0093059;FXX=0.020829;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=10.2822,288.736;QD=32.2122;RBI=0.232888,0.0142856;REFB=0.0982183,-0.0109107;REVB=-0.125972,-0.0108388;RO=5;SAF=10,2;SAR=24,1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.136078,-0.152533;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0185543,0.0396476;OID=.,.;OPOS=50564619,50564618;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:47:47:5:0:34,3:43,4:0.914894,0.0851064:24,1:10,2:4:1:29,1:14,3:0:0 chr22 50572473 . G A 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.732;QD=60.8835;RBI=0.0191064;REFB=0;REVB=-0.00856741;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.01879e-05;OID=.;OPOS=50572473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:45:32:0:0:45:32:0:0 chr22 50573036 . A G 364.9 PASS AF=0.544118;AO=35;DP=66;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0884747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.508;QD=21.4649;RBI=0.0893805;REFB=-0.0267509;REVB=0.0126928;RO=31;SAF=28;SAR=7;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297414;STB=0.671993;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0296956;OID=.;OPOS=50573036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:31:31:35:37:0.544118:7:28:16:15:7:30:16:15 chr22 50581707 . T C 817.09 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.808;QD=57.3395;RBI=0.0676393;REFB=0;REVB=0.0569364;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269887;OID=.;OPOS=50581707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:36:19:0:0:37:20:0:0 chr22 50582550 . C A 415.96 PASS AF=0.488372;AO=41;DP=85;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0206156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.459;QD=19.3469;RBI=0.0461009;REFB=-0.0135486;REVB=0.0412345;RO=44;SAF=21;SAR=20;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113369;STB=0.512189;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00959736;OID=.;OPOS=50582550;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:44:44:41:42:0.488372:20:21:22:22:20:22:22:22 chr22 50582626 . A G 1187.2 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.057;QD=60.882;RBI=0.0461858;REFB=0;REVB=-0.0197737;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409641;OID=.;OPOS=50582626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:42:34:0:0:42:36:0:0 chr22 50584201 . A C 1084.96 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0262781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.809;QD=58.6464;RBI=0.0264518;REFB=-0.172689;REVB=0.00302646;RO=1;SAF=39;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119748;STB=0.506327;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00151851;OID=.;OPOS=50584201;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:34:39:1:0:34:39:1:0 chr22 50585595 . G A 365.05 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0408764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1261;QD=52.1504;RBI=0.0423808;REFB=-0.0442704;REVB=0.0111918;RO=1;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320562;STB=0.517229;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00376145;OID=.;OPOS=50585595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:14:13:0:1:14:13:0:1 chr22 50599466 . C A 1081.05 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.133;QD=60.0585;RBI=0.014642;REFB=0;REVB=0.00125577;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13499e-05;OID=.;OPOS=50599466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:36:35:0:0:37:35:0:0 chr22 50616026 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0159161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.626;QD=16.6273;RBI=0.0229427;REFB=-0.0120419;REVB=0.016524;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412168;STB=0.523773;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0144805;OID=.;OPOS=50616026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:6:8:8:5:6:8 chr22 50632027 . C T 226.67 PASS AF=0.259843;AO=33;DP=127;FAO=33;FDP=127;FR=.;FRO=94;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=-0.0059976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.898;QD=7.13906;RBI=0.0340716;REFB=-0.0130478;REVB=-0.0335396;RO=93;SAF=9;SAR=24;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251558;STB=0.656247;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.032776;OID=.;OPOS=50632027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:93:94:33:33:0.259843:24:9:43:50:24:9:44:50 chr22 50637597 . G C 944.08 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00414417;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.874;QD=57.2172;RBI=0.012297;REFB=-0.122475;REVB=-0.0115776;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00021816;OID=.;OPOS=50637597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:33:32:0:0:33:32:1:0 chr22 50646936 . G C 231.52 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0356903;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1024;QD=12.1851;RBI=0.0445681;REFB=0.00189925;REVB=-0.026693;RO=48;SAF=13;SAR=15;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163734;STB=0.509427;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.00281338;OID=.;OPOS=50646936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:48:48:28:28:0.368421:15:13:23:25:15:13:23:25 chr22 50656682 . T A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0297697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.507;QD=9.76019;RBI=0.030008;REFB=-0.00383127;REVB=0.00377423;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157904;STB=0.59674;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00903734;OID=.;OPOS=50656682;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:5:7:3:4:5:7 chr22 50657010 . C G 968.04 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8823;QD=58.6693;RBI=0.116859;REFB=0;REVB=0.0407655;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112099;OID=.;OPOS=50657010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:23:41:0:0:24:42:0:0 chr22 50664612 . A G 368.82 PASS AF=0.385965;AO=44;DP=114;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0384168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3924;QD=12.9409;RBI=0.0396795;REFB=-0.0096287;REVB=0.00993019;RO=69;SAF=18;SAR=26;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600208;STB=0.539007;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0136151;OID=.;OPOS=50664612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:69:70:44:44:0.385965:26:18:32:37:26:18:33:37 chr22 50678620 . G C 222.17 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00678748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5677;QD=25.3909;RBI=0.012354;REFB=-0.0252473;REVB=0.0103224;RO=14;SAF=14;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179147;STB=0.599902;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.019847;OID=.;OPOS=50678620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:7:14:6:8:7:14:6:8 chr22 50684256 . T C 148.3 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0215732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3269;QD=14.8299;RBI=0.0489847;REFB=-0.00916975;REVB=-0.0439783;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130319;STB=0.575294;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00795629;OID=.;OPOS=50684256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:11:6:11:12:11:6:11:12 chr22 50684415 . T C 137.14 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0332132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.846;QD=16.1342;RBI=0.0334285;REFB=-0.00772898;REVB=-0.00378837;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316188;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0348879;OID=.;OPOS=50684415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:18:15:16:0.470588:8:7:9:9:8:8:9:9 chr22 50684747 . C T 199.87 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00979446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1681;QD=13.5506;RBI=0.0362345;REFB=0.00594644;REVB=-0.0348857;RO=34;SAF=20;SAR=4;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330387;STB=0.686844;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0192118;OID=.;OPOS=50684747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:4:20:20:14:4:20:21:14 chr22 50688348 . A G 805.47 PASS AF=1;AO=54;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0474898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4302;QD=56.524;RBI=0.0633398;REFB=0;REVB=0.0419125;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121913;OID=.;OPOS=50688348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:54:57:1:25:29:0:0:26:31:0:0 chr22 50693538 . G A 32.65 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00524773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.74;QD=16.3234;RBI=0.0390264;REFB=-0.00876196;REVB=0.038672;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23409;STB=0.635921;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00254831;OID=.;OPOS=50693538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:3:0:1:4:3:0 chr22 50693554 . A G 303.73 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.64;QD=52.8227;RBI=0.0291677;REFB=0;REVB=0.0233831;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128464;OID=.;OPOS=50693554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:7:14:0:0:8:15:0:0 chr22 50694297 . A G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.007;QD=58.5862;RBI=0.0502833;REFB=0;REVB=0.0431714;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160214;OID=.;OPOS=50694297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr22 50696662 . C T 379.88 PASS AF=0.909091;AO=28;DP=31;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.090705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2384;QD=46.0466;RBI=0.0996593;REFB=-0.0703778;REVB=0.0412864;RO=3;SAF=13;SAR=15;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959679;STB=0.55169;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00879343;OID=.;OPOS=50696662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:31:33:3:3:28:30:0.909091:15:13:3:0:17:13:3:0 chr22 50705466 . A G 479.81 PASS AF=1;AO=27;DP=36;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247825;FXX=0.0555401;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.838;QD=56.4487;RBI=0.031275;REFB=0;REVB=0.0190776;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000819793;OID=.;OPOS=50705466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:34:0:0:27:34:1:16:11:0:0:19:15:0:0 chr22 50706069 . G T 56.37 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00874852;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=233.07;QD=14.0923;RBI=0.0254017;REFB=-0.0158924;REVB=0.0238477;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125462;STB=0.599733;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0118679;OID=.;OPOS=50706069;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:16:16:7:8:7:7:0.4375:3:4:5:2:3:4:6:2 chr22 50713866 . G C 305.11 PASS AF=0.961538;AO=23;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0595381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8735;QD=46.9396;RBI=0.0605116;REFB=-0.203503;REVB=-0.0108105;RO=2;SAF=11;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076973;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00749961;OID=.;OPOS=50713866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:25:26:2:1:23:25:0.961538:12:11:2:0:13:12:1:0 chr22 50716167 . G A 820.61 PASS AF=1;AO=51;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.493;QD=56.5936;RBI=0.0736068;REFB=0;REVB=0.0550056;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426637;OID=.;OPOS=50716167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:51:58:1:24:27:0:0:30:28:0:0 chr22 50719251 . A G 782.87 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.925;QD=56.9357;RBI=0.0154303;REFB=0;REVB=0.00909174;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67939e-05;OID=.;OPOS=50719251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:35:19:0:0:36:19:0:0 chr22 50720622 . C T 1140.76 PASS AF=0.552083;AO=105;DP=191;FAO=106;FDP=192;FR=.;FRO=86;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=0.00189605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2629;QD=23.7659;RBI=0.0429457;REFB=-0.00567151;REVB=0.0429038;RO=86;SAF=60;SAR=45;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111818;STB=0.503596;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00782151;OID=.;OPOS=50720622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:86:86:105:106:0.552083:45:60:48:38:46:60:48:38 chr22 50722134 . T C 339.76 PASS AF=0.607143;AO=32;DP=55;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0239444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2912;QD=24.2687;RBI=0.0242119;REFB=-0.0423661;REVB=-0.00358903;RO=21;SAF=22;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231582;STB=0.613666;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0432297;OID=.;OPOS=50722134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:21:22:32:34:0.607143:10:22:8:13:12:22:8:14 chr22 50725553 . T C 36.36 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.015025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.369;QD=6.9254;RBI=0.0318847;REFB=0.000511974;REVB=-0.0281227;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323033;STB=0.71347;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00236954;OID=.;OPOS=50725553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:1:5:9:6:1:5:9:6 chr22 50726379 . C T 166.43 PASS AF=0.280488;AO=23;DP=82;FAO=23;FDP=82;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=19;FWDB=-0.0111693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.04;QD=8.11852;RBI=0.0111698;REFB=-0.00528727;REVB=-0.00010355;RO=59;SAF=8;SAR=15;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382074;STB=0.725625;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0222982;OID=.;OPOS=50726379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:59:59:23:23:0.280488:15:8:40:19:15:8:40:19 chr22 50728062 . T C 772.67 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0521842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.203;QD=61.8139;RBI=0.0577409;REFB=-0.0606272;REVB=0.0247147;RO=1;SAF=23;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200211;STB=0.510634;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00167575;OID=.;OPOS=50728062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:26:23:1:0:26:23:1:0 chr22 50728412 . G A 198.38 PASS AF=0.302326;AO=25;DP=85;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0334596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.574;QD=9.22714;RBI=0.0340085;REFB=-0.0138469;REVB=-0.00608572;RO=60;SAF=11;SAR=14;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913013;STB=0.565479;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0373878;OID=.;OPOS=50728412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:60:60:25:26:0.302326:14:11:31:29:15:11:31:29 chr22 50754512 . C T 283.09 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0521329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2508;QD=23.1094;RBI=0.0538509;REFB=-0.0757975;REVB=0.0134937;RO=23;SAF=17;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258818;STB=0.644438;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.040398;OID=.;OPOS=50754512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:9:17:8:15:9:17:8:15 chr22 50754648 . T C 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.045952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.869;QD=18.6447;RBI=0.0474341;REFB=-0.0229377;REVB=0.0117644;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279836;STB=0.65946;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00864115;OID=.;OPOS=50754648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:9:5:9:4:9:5:9:4 chr22 50757470 . T C 267.44 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0552132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.744;QD=18.4444;RBI=0.0569783;REFB=-0.0129562;REVB=-0.0140724;RO=29;SAF=14;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308283;STB=0.517229;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00841585;OID=.;OPOS=50757470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:15:14:15:14:15:14:15:14 chr22 50876312 . G A 101.9 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.00712852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.589;QD=8.86067;RBI=0.0491059;REFB=-0.00802067;REVB=0.0485857;RO=33;SAF=9;SAR=4;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495328;STB=0.530075;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0219151;OID=.;OPOS=50876312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:4:9:24:9:4:9:24:9 chr22 50876652 . TTGA T 86.08 PASS AF=0.206107;AO=23;DP=129;FAO=27;FDP=131;FR=.;FRO=104;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=-0.0266667;FXX=0.0150365;HRUN=3;LEN=3;MLLD=211.98;QD=2.62853;RBI=0.0268111;REFB=-0.0127556;REVB=0.00277933;RO=90;SAF=12;SAR=11;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415614;STB=0.544185;STBP=0.603;TYPE=del;VARB=0.0398827;OID=.;OPOS=50876653;OREF=TGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206107:23:129:27:131:104:12:15:52:52:86:90:12:11:44:46 chr22 50877164 . GCG CGC,GC,GCC 545.9 PASS AF=0.027027,0,0.972973;AO=3,16,18;DP=37;FAO=1,0,36;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,24;FSAR=0,0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753136,0.0783337,0.0717262;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=127.785,151.257,158.897;QD=59.016;RBI=0.0920298,0.0908596,0.0876113;REFB=0,0,0;REVB=0.0528901,0.0460357,0.05031;RO=0;SAF=3,11,11;SAR=0,5,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,5.36667e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.0481072,-0.0313083,0.00701858;OID=.,.,.;OPOS=50877164,50877166,50877166;OREF=GCG,G,G;OALT=CGC,-,C;OMAPALT=CGC,GC,GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:6:37:37:0:0:3,16,18:1,0,36:0.027027,0,0.972973:0,5,7:3,11,11:0:0:0,0,12:1,0,24:0:0 chr22 50878275 . A G 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00606519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.158;QD=12.3074;RBI=0.0070558;REFB=-0.00560292;REVB=-0.00360523;RO=41;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151403;STB=0.58673;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00897934;OID=.;OPOS=50878275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:13:12:14:27:13:12:14:27 chr22 50879447 . T G 49.52 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0175953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.505;QD=15.2356;RBI=0.0341531;REFB=-0.00349314;REVB=-0.0292718;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308536;STB=0.680376;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00845271;OID=.;OPOS=50879447;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:1:5:3:4:1:5 chr22 50885656 . C T 124.06 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00351047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.499;QD=7.519;RBI=0.0386598;REFB=-0.0114638;REVB=-0.0385001;RO=48;SAF=7;SAR=11;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176428;STB=0.510664;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0292823;OID=.;OPOS=50885656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:48:18:18:0.272727:11:7:18:30:11:7:18:30 chr22 50885775 . A G 186.27 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0223765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.647;QD=19.105;RBI=0.0633166;REFB=-0.0376616;REVB=0.0592308;RO=19;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791356;STB=0.508763;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0459176;OID=.;OPOS=50885775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:20:18:19:0.487179:13:5:4:15:14:5:5:15 chr22 50895020 . C T 57.21 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0889031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6153;QD=28.607;RBI=0.0919404;REFB=0.0563547;REVB=0.0234367;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173072;STB=0.599698;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00151481;OID=.;OPOS=50895020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:0:1:2:5:0:1 chr22 50898026 . G A 986.39 PASS AF=0.632353;AO=86;DP=136;FAO=86;FDP=136;FR=.;FRO=50;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0255333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.239;QD=29.0114;RBI=0.0281545;REFB=-0.0217173;REVB=0.0118627;RO=50;SAF=49;SAR=37;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142367;STB=0.576945;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.015796;OID=.;OPOS=50898026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:50:50:86:86:0.632353:37:49:18:32:37:49:18:32 chr22 50898795 . G A 141.85 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00364525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.141;QD=11.1258;RBI=0.0277375;REFB=-0.00178696;REVB=0.0274969;RO=34;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147091;STB=0.587521;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00242297;OID=.;OPOS=50898795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:12:5:14:20:12:5:14:20 chr22 50901009 . C T 222.49 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00140745;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.943;QD=18.1624;RBI=0.0209183;REFB=-0.00676951;REVB=0.0208709;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391584;STB=0.522224;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00800241;OID=.;OPOS=50901009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:27:22:22:0.44898:9:13:17:10:9:13:17:10 chr22 50903027 . C T 54.87 PASS AF=0.225;AO=8;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00940201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.023;QD=5.48653;RBI=0.0488573;REFB=-0.00654835;REVB=-0.0479442;RO=30;SAF=2;SAR=6;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412428;STB=0.777161;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0384106;OID=.;OPOS=50903027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:40:40:30:31:8:9:0.225:6:2:18:12:7:2:18:13 chr22 50923042 . C G 30.49 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0650632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0279;QD=11.0883;RBI=0.115744;REFB=0.00731379;REVB=0.0957264;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0109783;OID=.;OPOS=50923042;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:3:3:2:3:3:3 chr22 50923217 . T C 675.8 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000373706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.645;QD=60.0712;RBI=0.0131759;REFB=-0.0556711;REVB=0.0131706;RO=1;SAF=21;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218451;STB=0.511623;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000796277;OID=.;OPOS=50923217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:23:21:1:0:23:21:1:0 chr22 50924568 . G A 187.87 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=0.00315145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8622;QD=10.8911;RBI=0.0160924;REFB=-0.00256954;REVB=0.0157808;RO=45;SAF=14;SAR=10;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180776;STB=0.604033;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00417909;OID=.;OPOS=50924568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:10:14:33:12:10:14:33:12 chr22 50941985 . T C 108.6 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0659205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3013;QD=13.5749;RBI=0.0890115;REFB=0.00448766;REVB=-0.0598124;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136949;STB=0.59985;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.0125564;OID=.;OPOS=50941985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:19:19:12:13:0.40625:6:6:12:7:7:6:12:7 chr22 50943324 . C CG 36.68 PASS AF=0.152174;AO=6;DP=47;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0502577;FXX=0.0212721;HRUN=0;LEN=1;MLLD=181.606;QD=3.18951;RBI=0.0648268;REFB=-0.00103755;REVB=-0.0409472;RO=39;SAF=0;SAR=6;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.597675;STB=0.723386;STBP=0.273;TYPE=ins;VARB=0.0645627;OID=.;OPOS=50943325;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.152174:6:47:7:46:39:1:6:13:26:36:39:0:6:13:26 chr22 50944111 . G A 82.21 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0183695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.644;QD=8.88772;RBI=0.0373693;REFB=-0.0226322;REVB=0.0325427;RO=26;SAF=6;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819496;STB=0.549911;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0642539;OID=.;OPOS=50944111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:5:6:16:10:5:6:16:10 chr22 50944128 . G A 117.21 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0266842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.044;QD=12.0215;RBI=0.0468585;REFB=-0.0188666;REVB=0.0385185;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650817;STB=0.538407;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.039202;OID=.;OPOS=50944128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:14:11:7:7:14:11 chr22 50944163 . G A 743.46 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.02;QD=63.2732;RBI=0.071493;REFB=0;REVB=0.0301202;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362425;OID=.;OPOS=50944163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:25:22:0:0 chr22 50956008 . G A 258.69 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0117543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.129;QD=11.7588;RBI=0.0248139;REFB=-0.0242656;REVB=-0.0218533;RO=57;SAF=13;SAR=18;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177897;STB=0.602555;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.036439;OID=.;OPOS=50956008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:57:31:31:0.352273:18:13:33:24:18:13:33:24 chr22 50961169 . A G 223.43 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.385;QD=49.6511;RBI=0.0276236;REFB=0;REVB=-0.0166084;RO=0;SAF=16;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39147e-05;OID=.;OPOS=50961169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:1:16:0:0:1:17:0:0 chr22 50962208 . T G 2656.26 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.27;QD=62.1347;RBI=0.0339231;REFB=0;REVB=0.0203702;RO=0;SAF=94;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87278e-05;OID=.;OPOS=50962208;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:171:0:0:168:171:1:74:94:0:0:77:94:0:0 chr22 50962782 . C G 1146.35 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00920472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0994;QD=58.0429;RBI=0.0194002;REFB=0.0905561;REVB=0.0170775;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.506171;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000863313;OID=.;OPOS=50962782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:78:79:0:1:77:78:0.987342:39:38:0:0:40:38:0:1 chr22 50988062 . G T 1541.15 PASS AF=0.972477;AO=104;DP=107;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0469124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5184;QD=56.556;RBI=0.0558582;REFB=-0.16816;REVB=-0.0303209;RO=3;SAF=59;SAR=45;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023515;STB=0.511998;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00345512;OID=.;OPOS=50988062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:107:109:3:3:104:106:0.972477:45:59:3:0:45:61:3:0 chr22 50988193 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00136612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.829;QD=43.4861;RBI=0.0463446;REFB=0;REVB=-0.0463244;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000509508;OID=.;OPOS=50988193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr22 50989286 . C T 90.43 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.00556744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.909;QD=7.86308;RBI=0.0271727;REFB=0.00616259;REVB=-0.0265963;RO=34;SAF=2;SAR=10;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217396;STB=0.638037;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.0495664;OID=.;OPOS=50989286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:10:2:10:24:10:2:10:24 chr22 50989326 . A G 410.7 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709829;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.3465;QD=56.6477;RBI=0.0892888;REFB=0;REVB=-0.0541658;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321403;OID=.;OPOS=50989326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr22 51009953 . C T 226.64 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00123602;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.157;QD=20.1457;RBI=0.00509168;REFB=-0.00856786;REVB=-0.00493938;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160733;STB=0.580049;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00881643;OID=.;OPOS=51009953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:24:23:22:22:0.488889:13:9:14:10:13:9:13:10 chr22 51011376 . G C 242.96 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.00639934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.786;QD=22.6005;RBI=0.00639953;REFB=-0.002473;REVB=-4.90428e-05;RO=18;SAF=3;SAR=20;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139284;STB=0.603671;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00244259;OID=.;OPOS=51011376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:20:23:23:0.534884:20:3:4:14:20:3:5:15 chr22 51012311 . G T 334.61 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00258517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.326;QD=19.3974;RBI=0.0148038;REFB=-0.0406694;REVB=-0.0145763;RO=33;SAF=15;SAR=20;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762195;STB=0.535544;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0370731;OID=.;OPOS=51012311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:34:35:35:0.507246:20:15:17:16:20:15:17:17 chr22 51012358 . G C 194.01 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=45;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0270154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.349;QD=16.8701;RBI=0.0295557;REFB=-0.0253313;REVB=-0.0119877;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232505;STB=0.609264;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0200146;OID=.;OPOS=51012358;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:26:26:19:20:0.434783:13:6:14:12:13:7:14:12 chr22 51012775 . C T 196.93 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00423022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.469;QD=12.9136;RBI=0.0313951;REFB=-0.0131201;REVB=-0.0311088;RO=37;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633934;STB=0.53645;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.024898;OID=.;OPOS=51012775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:15:9:16:21:15:9:16:21 chr22 51015838 . T C 296.33 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0090234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1586;QD=28.9107;RBI=0.0152879;REFB=0.00754885;REVB=0.0123409;RO=15;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617496;STB=0.533955;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.00455577;OID=.;OPOS=51015838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:11:15:10:5:11:15:10:5 chr22 51043278 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00476541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.435;QD=13.631;RBI=0.013123;REFB=-0.0164173;REVB=-0.0122272;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645053;STB=0.538364;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0195844;OID=.;OPOS=51043278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:4:5:5:3:4:5 chr22 51045433 . C T 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0452897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.828;QD=22.5809;RBI=0.0490826;REFB=0.0263377;REVB=0.0189195;RO=7;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067621;STB=0.538396;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.0095772;OID=.;OPOS=51045433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:4:8:4:3:4:8:4:3 chr22 51048400 . A G 110.03 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.000430165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.559;QD=14.6703;RBI=0.00552471;REFB=0.0121016;REVB=-0.00550793;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338708;STB=0.705591;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.0172708;OID=.;OPOS=51048400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:17:17:12:13:0.433333:5:7:4:13:5:8:4:13 chr22 51064416 . TTG CTG,GCT 237.34 PASS AF=0.457627,0;AO=23,3;DP=63;FAO=27,0;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=4,0;FSAR=23,0;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0167403,-0.00762313;FXX=0.063482;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=86.0673,71.6696;QD=16.0908;RBI=0.0204185,0.062182;REFB=-0.0117643,-0.00762983;REVB=0.011691,-0.0617129;RO=30;SAF=3,0;SAR=20,3;SRF=19;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.56371,-0.607609;STB=0.785794,0.5;STBP=0,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0212866,0;OID=.,.;OPOS=51064416,51064416;OREF=T,TTG;OALT=C,GCT;OMAPALT=CTG,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:59:30:32:23,3:27,0:0.457627,0:20,3:3,0:19:11:23,0:4,0:19:13 chr22 51159868 . C A 194.69 PASS AF=0.27;AO=27;DP=101;FAO=27;FDP=100;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=50;FWDB=0.0141533;FXX=0.0196059;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.554;QD=7.78758;RBI=0.0219765;REFB=-0.0073471;REVB=-0.0168123;RO=73;SAF=10;SAR=17;SRF=23;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742561;STB=0.544241;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0213631;OID=.;OPOS=51159868;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:73:73:27:27:0.27:17:10:23:50:17:10:23:50 chr22 51183255 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1057;QD=45.8063;RBI=0.0671941;REFB=0;REVB=0.0273854;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00428598;OID=.;OPOS=51183255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chrX 200860 . T C 1448.57 PASS AF=0.990476;AO=94;DP=96;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0294878;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.742;QD=55.1836;RBI=0.0658145;REFB=-0.0615531;REVB=0.0588389;RO=0;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50495;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00395028;OID=.;OPOS=200860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:96:105:0:1:94:104:0.990476:40:54:0:0:50:54:0:1 chrX 207362 . C T 675.71 PASS AF=0.602041;AO=59;DP=98;FAO=59;FDP=98;FR=.;FRO=39;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0130452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.563;QD=27.58;RBI=0.0137513;REFB=-0.0214601;REVB=0.00434977;RO=38;SAF=34;SAR=25;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112224;STB=0.556194;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0103394;OID=.;OPOS=207362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:38:39:59:59:0.602041:25:34:16:22:25:34:17:22 chrX 228879 . G C 39.57 PASS AF=0.109756;AO=9;DP=82;FAO=9;FDP=82;FR=.;FRO=73;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.00224365;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.029;QD=1.93029;RBI=0.0155431;REFB=-0.0112024;REVB=-0.0153803;RO=73;SAF=1;SAR=8;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48783;STB=0.872689;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.082224;OID=.;OPOS=228879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:82:82:73:73:9:9:0.109756:8:1:37:36:8:1:37:36 chrX 228892 . C A 119.02 PASS AF=0.482759;AO=12;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0149666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.964;QD=16.4162;RBI=0.0502463;REFB=-0.0700543;REVB=-0.0479655;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345229;STB=0.551651;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0687466;OID=.;OPOS=228892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:15:12:14:0.482759:6:6:6:7:7:7:6:9 chrX 228903 . G A 52.91 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0160624;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.213;QD=17.636;RBI=0.0391377;REFB=-0.0745384;REVB=0.0356897;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171168;STB=0.599732;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0269278;OID=.;OPOS=228903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:4:1:3:4:4:1 chrX 228934 . A G 122.41 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00245823;FXX=0.0666222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.4284;QD=34.9742;RBI=0.0339288;REFB=0.0390404;REVB=-0.0338396;RO=2;SAF=11;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258461;STB=0.646759;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00442848;OID=.;OPOS=228934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:1:11:1:1:1:11:1:1 chrX 228940 . A G 193.03 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00635158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.06;QD=45.4181;RBI=0.0475951;REFB=0;REVB=0.0471694;RO=2;SAF=12;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934623;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207197;OID=.;OPOS=228940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:17:17:2:0:15:17:1:3:12:1:1:4:13:0:0 chrX 228976 . G C 49.23 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00994694;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.039;QD=4.10213;RBI=0.0263264;REFB=-0.0191631;REVB=-0.0243749;RO=37;SAF=5;SAR=3;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676294;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.069166;OID=.;OPOS=228976;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:37:40:8:8:0.166667:3:5:25:12:3:5:25:15 chrX 229137 . A G 770.6 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0367435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3688;QD=55.0426;RBI=0.0673686;REFB=-0.0137437;REVB=0.0564662;RO=0;SAF=47;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00156915;OID=.;OPOS=229137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:0:1:54:55:0.982143:7:47:0:0:7:48:1:0 chrX 229542 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00602167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4872;QD=13.4858;RBI=0.0251893;REFB=0.00433317;REVB=0.0244589;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166665;STB=0.59976;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00321363;OID=.;OPOS=229542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:4:7:7:2:4:7 chrX 295132 . T C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0225627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.075;QD=11.4397;RBI=0.0405518;REFB=-0.00994396;REVB=-0.0336953;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247851;STB=0.650796;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0137951;OID=.;OPOS=295132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:2:7:8:6:2:7:8:6 chrX 295231 . A G 222.54 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.639;QD=49.4537;RBI=0.0452627;REFB=0;REVB=0.0101674;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425498;OID=.;OPOS=295231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:8:9:0:0:8:10:0:0 chrX 299362 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00366146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.342;QD=51.9166;RBI=0.00571766;REFB=0;REVB=-0.00439151;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.94485e-06;OID=.;OPOS=299362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chrX 299591 . A G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.703;QD=61.6951;RBI=0.0353901;REFB=0;REVB=-0.0125455;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02319e-05;OID=.;OPOS=299591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:50:32:0:0:50:32:0:0 chrX 305984 . G A 45.87 PASS AF=0.35;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00590919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7669;QD=9.17353;RBI=0.0450587;REFB=-0.00657786;REVB=-0.0446695;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102163;STB=0.529329;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.016887;OID=.;OPOS=305984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:20:12:13:7:7:0.35:4:3:4:8:4:3:5:8 chrX 306152 . T G 130.7 PASS AF=1;AO=9;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.601;QD=43.5671;RBI=0.0829746;REFB=0;REVB=0.0728911;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233574;OID=.;OPOS=306152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:9:12:1:4:5:0:0:6:6:0:0 chrX 322161 . A G 1002.59 PASS AF=0.603896;AO=93;DP=154;FAO=93;FDP=154;FR=.;FRO=61;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.00316507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.565;QD=26.0414;RBI=0.0464174;REFB=-0.0205848;REVB=-0.0463094;RO=59;SAF=50;SAR=43;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102159;STB=0.547373;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0158304;OID=.;OPOS=322161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:59:61:93:93:0.603896:43:50:40:19:43:50:40:21 chrX 322193 . C T 1393.15 PASS AF=0.607656;AO=127;DP=209;FAO=127;FDP=209;FR=.;FRO=82;FSAF=69;FSAR=58;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=0.00315377;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.264;QD=26.6632;RBI=0.0102499;REFB=-0.0087558;REVB=0.0097527;RO=82;SAF=69;SAR=58;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218855;STB=0.511828;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0043735;OID=.;OPOS=322193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:82:82:127:127:0.607656:58:69:47:35:58:69:47:35 chrX 610715 . C G 3334.66 PASS AF=1;AO=214;DP=220;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00178539;FXX=0.0316728;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.465;QD=62.33;RBI=0.0178445;REFB=0.0722458;REVB=0.0177549;RO=0;SAF=89;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162014;OID=.;OPOS=610715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:220:214:0:0:214:214:1:125:89:0:0:125:89:0:0 chrX 1428421 . G T 649.1 PASS AF=0.590476;AO=62;DP=103;FAO=62;FDP=105;FR=.;FRO=43;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00853402;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.492;QD=24.7277;RBI=0.0142438;REFB=-0.0228786;REVB=-0.0114043;RO=40;SAF=37;SAR=25;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040238;STB=0.51331;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00994531;OID=.;OPOS=1428421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:40:43:62:62:0.590476:25:37:26:14:25:37:27:16 chrX 1460740 . A G 711.62 PASS AF=0.962963;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00466555;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=238.666;QD=52.7129;RBI=0.0089943;REFB=-0.191628;REVB=0.00768961;RO=2;SAF=28;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324507;STB=0.517235;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.000576175;OID=.;OPOS=1460740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:54:2:2:51:52:0.962963:23:28:2:0:24:28:2:0 chrX 1497652 . CAGA C 187.29 PASS AF=0.387097;AO=21;DP=63;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0279177;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=176.988;QD=12.0831;RBI=0.0285429;REFB=-0.0244097;REVB=0.00594136;RO=33;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144325;STB=0.60665;STBP=0.2;TYPE=del;VARB=0.0454405;OID=.;OPOS=1497653;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097:21:63:24:62:38:8:16:19:19:99:33:8:13:17:16 chrX 1537002 . C G 247.13 PASS AF=0.248276;AO=36;DP=145;FAO=36;FDP=145;FR=.;FRO=109;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=52;FSRR=57;FWDB=-0.0566893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2106;QD=6.81749;RBI=0.0616227;REFB=-0.00778409;REVB=-0.0241597;RO=109;SAF=18;SAR=18;SRF=52;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286043;STB=0.517232;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0237459;OID=.;OPOS=1537002;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:109:109:36:36:0.248276:18:18:52:57:18:18:52:57 chrX 1537953 . C T 577.83 PASS AF=0.704225;AO=50;DP=71;FAO=50;FDP=71;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0245958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.183;QD=32.554;RBI=0.0453997;REFB=-0.0124617;REVB=-0.0381599;RO=21;SAF=24;SAR=26;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127873;STB=0.568996;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00687518;OID=.;OPOS=1537953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:21:21:50:50:0.704225:26:24:15:6:26:24:15:6 chrX 1540706 . A G 1682.94 PASS AF=0.672897;AO=145;DP=214;FAO=144;FDP=214;FR=.;FRO=70;FSAF=82;FSAR=62;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.00462082;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3032;QD=31.4568;RBI=0.0213694;REFB=-0.0180118;REVB=-0.0208639;RO=69;SAF=83;SAR=62;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134088;STB=0.510219;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0119515;OID=.;OPOS=1540706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:69:70:145:144:0.672897:62:83:41:28:62:82:42:28 chrX 1546842 . A G 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00660466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.427;QD=22.9154;RBI=0.0343271;REFB=0.00423697;REVB=-0.0336857;RO=4;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187655;STB=0.608433;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.000979159;OID=.;OPOS=1546842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:7:2:2:2:7:2:2:2 chrX 1546876 . A G 75.22 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00342426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6077;QD=11.1437;RBI=0.0406526;REFB=-0.0530148;REVB=-0.0405081;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46173;STB=0.771924;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0159286;OID=.;OPOS=1546876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:3:7:4:13:3:7:4:13 chrX 1554649 . T C 1003.58 PASS AF=0.565476;AO=94;DP=168;FAO=95;FDP=168;FR=.;FRO=73;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.00210226;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.232;QD=23.8947;RBI=0.00284254;REFB=-0.00197188;REVB=-0.00191325;RO=73;SAF=53;SAR=41;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122589;STB=0.563746;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00212247;OID=.;OPOS=1554649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:73:73:94:95:0.565476:41:53:30:43:42:53:30:43 chrX 1554655 . T C 986.46 PASS AF=0.562874;AO=94;DP=167;FAO=94;FDP=167;FR=.;FRO=73;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.00230072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6982;QD=23.6278;RBI=0.0385086;REFB=0.00754173;REVB=-0.0384398;RO=71;SAF=51;SAR=43;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105785;STB=0.563272;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00443597;OID=.;OPOS=1554655;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:71:73:94:94:0.562874:43:51:29:42:43:51:29:44 chrX 1712558 . G A 31.49 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0375038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.466;QD=2.4225;RBI=0.0429475;REFB=-0.00119914;REVB=-0.0209274;RO=45;SAF=2;SAR=4;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108603;STB=0.575085;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0275884;OID=.;OPOS=1712558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:45:46:6:6:0.115385:4:2:19:26:4:2:19:27 chrX 1755404 . C T 964.61 PASS AF=0.719298;AO=81;DP=114;FAO=82;FDP=114;FR=.;FRO=32;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0111727;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3658;QD=33.8461;RBI=0.0148304;REFB=-0.00289755;REVB=-0.0097525;RO=32;SAF=37;SAR=44;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102649;STB=0.50732;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00180939;OID=.;OPOS=1755404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:32:32:81:82:0.719298:44:37:14:18:44:38:14:18 chrX 2139186 . C T 318.23 PASS AF=0.328;AO=40;DP=124;FAO=41;FDP=125;FR=.;FRO=84;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.0602736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.648;QD=10.1832;RBI=0.0602745;REFB=-0.00656849;REVB=-0.000331355;RO=83;SAF=16;SAR=24;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16562;STB=0.60589;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0139546;OID=.;OPOS=2139186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:83:84:40:41:0.328:24:16:45:38:25:16:46:38 chrX 2139200 . T C 1718.3 PASS AF=1;AO=112;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00712583;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.802;QD=60.2912;RBI=0.0105468;REFB=0;REVB=0.00777546;RO=0;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.46287e-05;OID=.;OPOS=2139200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:112:114:1:59:53:0:0:60:54:0:0 chrX 2161129 . C G 736.48 PASS AF=0.652632;AO=62;DP=95;FAO=62;FDP=95;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00710596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2046;QD=31.0095;RBI=0.0309338;REFB=-0.0133656;REVB=0.0301066;RO=33;SAF=26;SAR=36;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167968;STB=0.509088;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00552854;OID=.;OPOS=2161129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:33:33:62:62:0.652632:36:26:13:20:36:26:13:20 chrX 2407207 . G A 893.8 PASS AF=0.72381;AO=76;DP=106;FAO=76;FDP=105;FR=.;FRO=29;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00772099;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.211;QD=34.0495;RBI=0.0132369;REFB=-0.0350251;REVB=0.0107518;RO=29;SAF=43;SAR=33;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253255;STB=0.513592;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0133153;OID=.;OPOS=2407207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:29:29:76:76:0.72381:33:43:15:14:33:43:15:14 chrX 2408220 . G A 272.79 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0362607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.051;QD=14.9476;RBI=0.0365018;REFB=-0.0161057;REVB=0.00418892;RO=42;SAF=14;SAR=17;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145092;STB=0.582037;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0195415;OID=.;OPOS=2408220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:17:14:25:17:17:14:25:17 chrX 2632482 . C T 461.33 PASS AF=0.252747;AO=69;DP=273;FAO=69;FDP=273;FR=.;FRO=204;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=124;FSRR=80;FWDB=0.00445548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.982;QD=6.75938;RBI=0.00453938;REFB=-0.00867191;REVB=0.000868754;RO=203;SAF=24;SAR=45;SRF=123;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317206;STB=0.689388;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0248329;OID=.;OPOS=2632482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:203:204:69:69:0.252747:45:24:123:80:45:24:124:80 chrX 2645366 . G C 964.31 PASS AF=0.338936;AO=121;DP=355;FAO=121;FDP=357;FR=.;FRO=236;FSAF=52;FSAR=69;FSRF=119;FSRR=117;FWDB=-0.00301012;FXX=0.00279322;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.762;QD=10.8046;RBI=0.0106758;REFB=-0.00863729;REVB=-0.0102426;RO=234;SAF=52;SAR=69;SRF=118;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086636;STB=0.549524;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0188668;OID=.;OPOS=2645366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:357:234:236:121:121:0.338936:69:52:118:116:69:52:119:117 chrX 2656261 . A G 1487.79 PASS AF=0.627358;AO=132;DP=211;FAO=133;FDP=212;FR=.;FRO=79;FSAF=57;FSAR=76;FSRF=29;FSRR=50;FWDB=0.000215807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.463;QD=28.0716;RBI=0.0168786;REFB=-0.0372081;REVB=-0.0168772;RO=79;SAF=57;SAR=75;SRF=29;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461199;STB=0.523542;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0194753;OID=.;OPOS=2656261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:212:79:79:132:133:0.627358:75:57:29:50:76:57:29:50 chrX 2656283 . A T 1148.58 PASS AF=0.611765;AO=104;DP=170;FAO=104;FDP=170;FR=.;FRO=66;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=0.0366516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.485;QD=27.0255;RBI=0.0366521;REFB=-0.0172954;REVB=-0.000187509;RO=66;SAF=44;SAR=60;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440354;STB=0.523805;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0131195;OID=.;OPOS=2656283;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:66:66:104:104:0.611765:60:44:24:42:60:44:24:42 chrX 2724760 . T C 615.94 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000351586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.457;QD=61.5943;RBI=0.0765135;REFB=0;REVB=0.0765127;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186368;OID=.;OPOS=2724760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:40:0:0:36:40:1:22:14:0:0:26:14:0:0 chrX 2748253 . G C 1252.16 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279186;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.41;QD=61.8352;RBI=0.0441388;REFB=0;REVB=0.0341875;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015718;OID=.;OPOS=2748253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:41:39:0:0:41:40:0:0 chrX 2761050 . C T 87.88 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00478536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.464;QD=39.0599;RBI=0.101255;REFB=0;REVB=0.101142;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159776;OID=.;OPOS=2761050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:4:4:0:0:5:4:0:0 chrX 2832668 . A G 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0131987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.628;QD=5.12605;RBI=0.0287574;REFB=-0.00263666;REVB=-0.0255496;RO=36;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167843;STB=0.597872;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0248942;OID=.;OPOS=2832668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:36:37:9:9:0.195652:4:5:15:21:4:5:16:21 chrX 2832696 . T C 55.33 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00770089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.811;QD=3.51303;RBI=0.0168819;REFB=-0.00385412;REVB=-0.0150232;RO=52;SAF=6;SAR=4;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146831;STB=0.607381;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0184705;OID=.;OPOS=2832696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:63:63:52:53:10:10:0.15873:4:6:25:27:4:6:25:28 chrX 2832708 . G T 47.32 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00838729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.972;QD=2.95724;RBI=0.0730773;REFB=-0.00895453;REVB=-0.0725944;RO=55;SAF=5;SAR=4;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122446;STB=0.586018;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0474786;OID=.;OPOS=2832708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:64:64:55:55:9:9:0.140625:4:5:25:30:4:5:25:30 chrX 2832715 . T C 51.19 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0165886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5138;QD=2.92486;RBI=0.0271639;REFB=-0.00130468;REVB=0.0215104;RO=60;SAF=6;SAR=4;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142986;STB=0.5998;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0111033;OID=.;OPOS=2832715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:70:60:60:10:10:0.142857:4:6:29:31:4:6:29:31 chrX 2832742 . G C 1135.07 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0563;QD=60.5371;RBI=0.0153421;REFB=0;REVB=0.00221512;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153758;OID=.;OPOS=2832742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chrX 2832771 . C T 86.25 PASS AF=0.185185;AO=15;DP=81;FAO=15;FDP=81;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.0117598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.282;QD=4.25949;RBI=0.0126774;REFB=-0.00131505;REVB=-0.00473532;RO=66;SAF=7;SAR=8;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538119;STB=0.534838;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0200493;OID=.;OPOS=2832771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:81:81:66:66:15:15:0.185185:8:7:28:38:8:7:28:38 chrX 2832787 . A G 65.88 PASS AF=0.169014;AO=12;DP=71;FAO=12;FDP=71;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0093813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.435;QD=3.71171;RBI=0.00980855;REFB=-0.011888;REVB=0.00286336;RO=59;SAF=7;SAR=5;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196596;STB=0.630273;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0397085;OID=.;OPOS=2832787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:71:71:59:59:12:12:0.169014:5:7:25:34:5:7:25:34 chrX 2833605 . C T 75.81 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0182469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.46;QD=5.83186;RBI=0.0468674;REFB=-0.0121481;REVB=-0.0431695;RO=41;SAF=6;SAR=5;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010937;STB=0.507029;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0437493;OID=.;OPOS=2833605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:41:41:11:11:0.211538:5:6:22:19:5:6:22:19 chrX 2833628 . A C 78.36 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0055626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.469;QD=5.59748;RBI=0.0246265;REFB=-0.00742391;REVB=-0.0239901;RO=42;SAF=6;SAR=6;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876389;STB=0.535655;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0286338;OID=.;OPOS=2833628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:56:56:42:44:12:12:0.214286:6:6:24:18:6:6:24:20 chrX 2833631 . A G 78.33 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0190823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.398;QD=5.59466;RBI=0.0198866;REFB=0.00265857;REVB=-0.00559856;RO=44;SAF=6;SAR=6;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559169;STB=0.535655;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.00132898;OID=.;OPOS=2833631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:56:56:44:44:12:12:0.214286:6:6:24:20:6:6:24:20 chrX 2833638 . C T 90.09 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.109638;FXX=0.0535619;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.011;QD=6.79953;RBI=0.109801;REFB=0.00270352;REVB=-0.00598911;RO=33;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806969;STB=0.529025;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.0428676;OID=.;OPOS=2833638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:52:53:33:40:13:13:0.245283:7:6:13:20:7:6:20:20 chrX 2833643 . C A 84.45 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.025583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.482;QD=5.82391;RBI=0.0264307;REFB=-0.00473762;REVB=0.00664024;RO=45;SAF=6;SAR=7;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608357;STB=0.538402;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0194235;OID=.;OPOS=2833643;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:45:45:13:13:0.224138:7:6:23:22:7:6:23:22 chrX 2835863 . G T 226.85 PASS AF=0.226667;AO=34;DP=150;FAO=34;FDP=150;FR=.;FRO=116;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=65;FSRR=51;FWDB=0.000740618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.158;QD=6.04926;RBI=0.00783498;REFB=0.00125474;REVB=-0.0077999;RO=116;SAF=20;SAR=14;SRF=65;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036037;STB=0.522075;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.0039772;OID=.;OPOS=2835863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:116:116:34:34:0.226667:14:20:65:51:14:20:65:51 chrX 2835964 . G A 244.79 PASS AF=0.308411;AO=33;DP=107;FAO=33;FDP=107;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=0.0393944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9798;QD=9.15111;RBI=0.0397103;REFB=-0.00757959;REVB=-0.00499917;RO=70;SAF=16;SAR=17;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184129;STB=0.584834;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0125112;OID=.;OPOS=2835964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:70:74:33:33:0.308411:17:16:45:25:17:16:45:29 chrX 2835985 . GAAAA AAAAC 140.32 PASS AF=0.27027;AO=19;DP=73;FAO=20;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0270434;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=5;MLLD=253.077;QD=7.58499;RBI=0.0339881;REFB=-0.00604353;REVB=-0.0205875;RO=40;SAF=10;SAR=9;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301779;STB=0.554001;STBP=0.599;TYPE=mnp;VARB=0.0149889;OID=.;OPOS=2835985;OREF=GAAAA;OALT=AAAAC;OMAPALT=AAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:40:54:19:20:0.27027:9:10:20:20:10:10:31:23 chrX 2835993 . G A 135.36 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00463137;FXX=0.042851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8451;QD=8.08106;RBI=0.0215627;REFB=0.00586262;REVB=-0.0210595;RO=49;SAF=9;SAR=10;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923075;STB=0.548538;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.0259909;OID=.;OPOS=2835993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:49:48:19:19:0.283582:10:9:27:22:10:9:26:22 chrX 2835995 . C A 75.08 PASS AF=0.257576;AO=19;DP=68;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0388125;FXX=0.0571347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.873;QD=4.55008;RBI=0.0403556;REFB=-0.015249;REVB=-0.0110527;RO=49;SAF=9;SAR=10;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680059;STB=0.51611;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0636539;OID=.;OPOS=2835995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:66:49:49:19:17:0.257576:10:9:26:23:8:9:27:22 chrX 2835998 . CCCACGCCGG C 69.83 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0231992;FXX=0.0344768;HRUN=3;LEN=9;MLLD=267.125;QD=4.98789;RBI=0.023249;REFB=0.0016499;REVB=-0.0015217;RO=37;SAF=7;SAR=8;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118211;STB=0.551001;STBP=0.67;TYPE=del;VARB=-0.00617829;OID=.;OPOS=2835999;OREF=CCACGCCGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.267857:15:58:15:56:41:7:8:22:19:69:37:7:8:21:16 chrX 2836037 . G C 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0328357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.407;QD=22.072;RBI=0.0372336;REFB=-0.0130706;REVB=0.0175545;RO=24;SAF=18;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972762;STB=0.553811;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00954014;OID=.;OPOS=2836037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:13:18:11:13:13:18:11:13 chrX 2836041 . A T 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00528474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.08;QD=15.7818;RBI=0.00902004;REFB=-0.00049983;REVB=-0.00730977;RO=29;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105614;STB=0.559948;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000851136;OID=.;OPOS=2836041;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:12:11:17:12:12:11:17:12 chrX 2836047 . C T 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0067821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.266;QD=14.4903;RBI=0.00736059;REFB=-0.000874656;REVB=0.00286031;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980003;STB=0.556686;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00116117;OID=.;OPOS=2836047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:10:9:17:13:10:9:17:13 chrX 2836060 . G A 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00460809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.017;QD=13.5804;RBI=0.0126281;REFB=-0.018515;REVB=-0.0117573;RO=28;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313996;STB=0.518303;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0221371;OID=.;OPOS=2836060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:8:9:14:14:8:9:14:14 chrX 2836084 . C G 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00440209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.707;QD=11.8143;RBI=0.0159925;REFB=0.00288371;REVB=-0.0153747;RO=22;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215061;STB=0.616252;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00652281;OID=.;OPOS=2836084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:9:4:11:11:9:4:11:12 chrX 2836138 . G A 73.38 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00642924;FXX=0.0277701;HRUN=6;LEN=1;MLLD=195.384;QD=8.38612;RBI=0.0249529;REFB=-0.00306273;REVB=0.0241104;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212501;STB=0.613411;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0110141;OID=.;OPOS=2836138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:33:35:22:25:10:10:0.285714:6:4:13:9:6:4:14:11 chrX 2836181 . A T 124.12 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0229485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.504;QD=9.9295;RBI=0.0288147;REFB=-0.0247076;REVB=-0.0174257;RO=35;SAF=4;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209703;STB=0.627447;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.046773;OID=.;OPOS=2836181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:11:4:15:20:11:4:15:20 chrX 2836184 . C T 112.57 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0344677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.058;QD=9.18963;RBI=0.0376659;REFB=-0.0140062;REVB=-0.0151887;RO=34;SAF=4;SAR=10;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163484;STB=0.591967;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0202404;OID=.;OPOS=2836184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:34:35:14:14:0.285714:10:4:14:20:10:4:14:21 chrX 2836211 . A T 83.2 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00106213;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.003;QD=7.3954;RBI=0.053855;REFB=-0.00211467;REVB=-0.0538445;RO=30;SAF=3;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208002;STB=0.595166;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0107125;OID=.;OPOS=2836211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:46:45:30:34:11:11:0.244444:8:3:13:17:8:3:13:21 chrX 2836238 . G A 41.81 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0679596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5576;QD=4.28843;RBI=0.0706698;REFB=0.0026002;REVB=0.0193835;RO=32;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805377;STB=0.555391;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00321295;OID=.;OPOS=2836238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:5:2:11:21:5:2:11:21 chrX 2886231 . C T 294.86 PASS AF=0.52459;AO=31;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0220307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6875;QD=19.335;RBI=0.0222852;REFB=-0.00489095;REVB=0.00335838;RO=26;SAF=10;SAR=21;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123943;STB=0.57106;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00646817;OID=.;OPOS=2886231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:29:31:32:0.52459:21:10:12:14:22:10:13:16 chrX 2942109 . T C 1484.87 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0203074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1053;QD=61.8697;RBI=0.0204733;REFB=0.140065;REVB=0.00260102;RO=1;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870024;STB=0.504504;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00335536;OID=.;OPOS=2942109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:1:1:94:95:0.989583:54:40:0:1:55:40:0:1 chrX 3002687 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0511167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.49;QD=45.8067;RBI=0.0587334;REFB=0;REVB=-0.0289258;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00124184;OID=.;OPOS=3002687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chrX 3228411 . G A 391.39 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.409;QD=53.9848;RBI=0.0348344;REFB=0;REVB=-0.0146007;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032084;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129381;OID=.;OPOS=3228411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:29:29:1:0:28:29:1:14:14:1:0:14:15:0:0 chrX 3228891 . A G 1320.84 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000846466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.927;QD=62.1571;RBI=0.0097367;REFB=0;REVB=-0.00969984;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01461e-05;OID=.;OPOS=3228891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:42:42:0:0:42:43:0:0 chrX 3228974 . C T 371.59 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00351868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.494;QD=22.8673;RBI=0.012458;REFB=0.00237492;REVB=-0.0119507;RO=28;SAF=22;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075458;STB=0.541573;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.00225856;OID=.;OPOS=3228974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:15:22:14:14:15:22:14:14 chrX 3235724 . C T 2219.76 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00357337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.673;QD=62.5283;RBI=0.025762;REFB=0.0645424;REVB=0.025513;RO=0;SAF=69;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=8.18012e-06;OID=.;OPOS=3235724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:0:1:141:141:0.992958:72:69:0:0:72:69:1:0 chrX 3238167 . T G 2118.91 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00368837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=353.201;QD=62.7825;RBI=0.024233;REFB=0;REVB=0.0239506;RO=0;SAF=47;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36771e-06;OID=.;OPOS=3238167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:135:0:0:133:135:1:86:47:0:0:87:48:0:0 chrX 3238733 . G A 1548.8 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.305;QD=63.868;RBI=0.0444528;REFB=0;REVB=-0.00245876;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287865;OID=.;OPOS=3238733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:49:48:0:0:49:48:0:0 chrX 3239545 . C T 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000721496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1885;QD=63.5811;RBI=0.0217883;REFB=0;REVB=-0.0217764;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222046;OID=.;OPOS=3239545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chrX 3240343 . G A 727.76 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508856;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7707;QD=57.0792;RBI=0.0542022;REFB=0;REVB=0.0186693;RO=0;SAF=14;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114136;OID=.;OPOS=3240343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:37:14:0:0:37:14:0:0 chrX 3241050 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.337;QD=57.1057;RBI=0.0325378;REFB=0;REVB=-0.0307902;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195705;OID=.;OPOS=3241050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chrX 3241256 . T C 658.68 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7522;QD=61.2724;RBI=0.0326303;REFB=0;REVB=-0.0228425;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363857;OID=.;OPOS=3241256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:19:23:0:0:19:24:0:0 chrX 3241284 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.905;QD=62.9827;RBI=0.0321381;REFB=0;REVB=0.0193493;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.97406e-05;OID=.;OPOS=3241284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chrX 3241317 . T C 619.9 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0095982;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.986;QD=60.4781;RBI=0.0205065;REFB=0;REVB=0.0181215;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120716;OID=.;OPOS=3241317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:41:0:0:40:41:1:19:21:0:0:19:22:0:0 chrX 3241791 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.574;QD=64.1538;RBI=0.015617;REFB=0;REVB=0.00116377;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23586e-05;OID=.;OPOS=3241791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chrX 3592725 . G A 1001.82 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00432623;FXX=0.0273935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.428;QD=56.4404;RBI=0.0394737;REFB=-0.142209;REVB=0.0392359;RO=2;SAF=29;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00434998;STB=0.502302;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000786944;OID=.;OPOS=3592725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:2:2:69:69:0.971831:40:29:1:1:40:29:1:1 chrX 3756405 . A G 64.13 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=27;FSRR=0;FWDB=-0.0604185;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=56.3893;QD=6.93264;RBI=0.0604185;REFB=-0.00230728;REVB=0;RO=25;SAF=10;SAR=0;SRF=25;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114098;OID=.;OPOS=3756405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:36:37:25:27:10:10:0.27027:0:10:25:0:0:10:27:0 chrX 3756501 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.068264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6252;QD=12.7295;RBI=0.0753092;REFB=0.0190676;REVB=-0.0318041;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368393;STB=0.713877;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0211982;OID=.;OPOS=3756501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:10:2:5:4:10:2 chrX 5810090 . A G 327.0 PASS AF=0.928571;AO=24;DP=26;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0816048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7254;QD=46.7136;RBI=0.0933224;REFB=-0.110919;REVB=0.0452739;RO=2;SAF=14;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121653;STB=0.508664;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00819713;OID=.;OPOS=5810090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:28:2:2:24:26:0.928571:10:14:1:1:10:16:1:1 chrX 6451856 . A G 478.3 PASS AF=0.693548;AO=42;DP=61;FAO=43;FDP=62;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0199288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.585;QD=30.8581;RBI=0.020385;REFB=-0.0485095;REVB=0.00428844;RO=19;SAF=14;SAR=28;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119002;STB=0.566743;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0232846;OID=.;OPOS=6451856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:19:19:42:43:0.693548:28:14:10:9:29:14:10:9 chrX 6451872 . C G 446.57 PASS AF=0.941176;AO=30;DP=32;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.195427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.122;QD=52.5373;RBI=0.195675;REFB=0.00682724;REVB=0.00983387;RO=2;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388389;STB=0.519988;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000839421;OID=.;OPOS=6451872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:34:2:2:30:32:0.941176:23:7:0:2:24:8:0:2 chrX 6451894 . C T 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00533168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.711;QD=32.8217;RBI=0.0194968;REFB=0.0093567;REVB=0.0187536;RO=1;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593592;STB=0.533262;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.00496891;OID=.;OPOS=6451894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:7:2:0:1:7:2:0:1 chrX 6975752 . G T 312.98 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0861722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4698;QD=50.0763;RBI=0.105037;REFB=-0.130323;REVB=0.0600584;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370602;STB=0.519983;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0273823;OID=.;OPOS=6975752;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:12:12:0:1:12:12:0:1 chrX 6975782 . C G 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.677;QD=57.6779;RBI=0.00857756;REFB=0;REVB=0.00772759;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58476e-05;OID=.;OPOS=6975782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chrX 6995315 . C T 974.81 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=71;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00746726;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.194;QD=55.7034;RBI=0.0221472;REFB=0.0111835;REVB=0.0208504;RO=2;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269858;STB=0.514282;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000207527;OID=.;OPOS=6995315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:70:2:2:67:68:0.971429:34:33:0:2:34:34:0:2 chrX 7066050 . CA C,CC 130.06 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=2,10;DP=12;FAO=1,11;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0898465,0.0858199;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=254.25,272.549;QD=43.3525;RBI=0.0905515,0.0859921;REFB=0,0;REVB=0.011278,0.00543878;RO=0;SAF=1,2;SAR=1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0145828,0.00174957;OID=.,.;OPOS=7066051,7066051;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0833333,0.916667:2,10:12:1,11:12:0:0,3:1,8:0:0:5:0:1,2:1,8:0:0 chrX 7889814 . G A 2799.68 PASS AF=0.558887;AO=260;DP=471;FAO=261;FDP=467;FR=.;FRO=206;FSAF=109;FSAR=152;FSRF=119;FSRR=87;FWDB=-0.00624223;FXX=0.0147676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.518;QD=23.9801;RBI=0.00890634;REFB=-0.0153263;REVB=-0.00635275;RO=203;SAF=109;SAR=151;SRF=118;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13146;STB=0.570868;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00877443;OID=.;OPOS=7889814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:471:467:203:206:260:261:0.558887:151:109:118:85:152:109:119:87 chrX 7890052 . G A 854.4 PASS AF=0.675676;AO=75;DP=111;FAO=75;FDP=111;FR=.;FRO=36;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00879972;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.053;QD=30.7893;RBI=0.0120566;REFB=-0.0198255;REVB=-0.00824172;RO=36;SAF=40;SAR=35;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641283;STB=0.534536;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0103323;OID=.;OPOS=7890052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:36:36:75:75:0.675676:35:40:23:13:35:40:23:13 chrX 8138080 . G C 490.08 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00448742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.172;QD=56.0093;RBI=0.00458461;REFB=-0.0409876;REVB=-0.000938963;RO=1;SAF=23;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198968;STB=0.510632;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00504165;OID=.;OPOS=8138080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:11:23:1:0:11:23:1:0 chrX 8138160 . T C 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6472;QD=56.1879;RBI=0.0358688;REFB=0;REVB=-0.0185658;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119352;OID=.;OPOS=8138160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chrX 8138165 . C G 357.55 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2852;QD=55.007;RBI=0.027769;REFB=0;REVB=0.0156671;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622049;OID=.;OPOS=8138165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chrX 8138170 . CT GC 271.36 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100097;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.558;QD=49.3383;RBI=0.17867;REFB=0;REVB=0.147998;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00139087;OID=.;OPOS=8138170;OREF=CT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:20:22:1:6:14:0:0:7:15:0:0 chrX 8138181 . CA C,CG 250.18 PASS AF=0.1,0.9;AO=4,14;DP=20;FAO=2,18;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=1,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00668638,0.00695108;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=175.307,186.027;QD=50.0365;RBI=0.00704594,0.0138907;REFB=0,0;REVB=0.00222208,-0.0120264;RO=0;SAF=3,11;SAR=1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0315519,0.00734995;OID=.,.;OPOS=8138182,8138182;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.9:4,14:20:2,18:20:0:1,13:1,5:0:0:6:0:3,11:1,3:0:0 chrX 8497510 . C T 3364.85 PASS AF=1;AO=213;DP=214;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263155;FXX=0.013574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.359;QD=61.7404;RBI=0.0264689;REFB=-0.0139377;REVB=0.00284514;RO=1;SAF=118;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00402044;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65866e-05;OID=.;OPOS=8497510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:214:218:1:0:213:218:1:95:118:1:0:98:120:0:0 chrX 8503641 . G A 619.93 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0160747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3848;QD=59.0406;RBI=0.0599641;REFB=-0.0010319;REVB=-0.0577694;RO=1;SAF=32;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144415;STB=0.507689;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.000582578;OID=.;OPOS=8503641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:9:32:1:0:9:32:1:0 chrX 8504833 . C T 1294.61 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0411151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7652;QD=59.5223;RBI=0.0454752;REFB=-0.161791;REVB=-0.0194306;RO=0;SAF=34;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509613;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00266307;OID=.;OPOS=8504833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:87:87:0:2:85:85:0.977011:51:34:0:0:51:34:0:2 chrX 9001164 . G A 919.04 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00361873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.579;QD=54.0613;RBI=0.00642368;REFB=0.0200892;REVB=-0.00530739;RO=3;SAF=32;SAR=33;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145147;STB=0.50769;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00233906;OID=.;OPOS=9001164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:3:3:65:65:0.955882:33:32:2:1:33:32:2:1 chrX 9369866 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00643431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.536;QD=56.7066;RBI=0.0834208;REFB=0;REVB=0.0831723;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209714;OID=.;OPOS=9369866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chrX 9370296 . TAAAAT ATAAAT,ATATAG 112.55 PASS AF=0,0.20339;AO=6,7;DP=122;FAO=0,24;FDP=118;FR=.,HEALED;FRO=94;FSAF=0,7;FSAR=0,17;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=0.0672481,0.0192653;FXX=0.0327842;HRUN=1,1;LEN=2,6;MLLD=24.4157,181.965;QD=3.81509;RBI=0.176964,0.0295091;REFB=-0.0226805,-0.0282011;REVB=-0.163689,-0.0223526;RO=56;SAF=0,5;SAR=6,2;SRF=40;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.700131,0;STB=0.5,0.693962;STBP=1,0.037;TYPE=mnp,mnp;VARB=0,0.117641;OID=.,.;OPOS=9370296,9370296;OREF=TA,TAAAAT;OALT=AT,ATATAG;OMAPALT=ATAAAT,ATATAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:122:118:56:94:6,7:0,24:0,0.20339:6,2:0,5:40:16:0,17:0,7:50:44 chrX 9673066 . C T 347.57 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0137532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.546;QD=19.8609;RBI=0.0438296;REFB=-0.00407184;REVB=0.0416159;RO=34;SAF=19;SAR=17;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131886;STB=0.572994;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00542995;OID=.;OPOS=9673066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:17:19:23:11:17:19:23:11 chrX 9842669 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00623556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3545;QD=55.6547;RBI=0.0333077;REFB=0;REVB=0.0327188;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379434;OID=.;OPOS=9842669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chrX 9859098 . A G 2536.36 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00308843;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8891;QD=61.8624;RBI=0.00486272;REFB=0;REVB=-0.00375602;RO=0;SAF=90;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023945;OID=.;OPOS=9859098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:164:0:0:164:164:1:74:90:0:0:74:90:0:0 chrX 9863112 . A G 427.73 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0495284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.22;QD=51.8461;RBI=0.0519535;REFB=-0.188442;REVB=0.0156876;RO=1;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372894;STB=0.538436;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00149665;OID=.;OPOS=9863112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:1:2:31:31:0.939394:12:19:0:1:12:19:0:2 chrX 9863374 . G C 445.27 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0111552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.452;QD=52.3851;RBI=0.0189155;REFB=0.00271098;REVB=0.0152761;RO=2;SAF=17;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00343954;STB=0.501844;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-2.65448e-05;OID=.;OPOS=9863374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:15:17:1:1:15:17:1:1 chrX 9905342 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.437;QD=58.1421;RBI=0.0137681;REFB=0;REVB=-0.00348689;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121933;OID=.;OPOS=9905342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chrX 9912792 . A G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.343;QD=57.1056;RBI=0.0314328;REFB=0;REVB=0.0190546;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73007e-05;OID=.;OPOS=9912792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chrX 9912952 . G A 632.05 PASS AF=0.580952;AO=61;DP=105;FAO=61;FDP=105;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00849992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.086;QD=24.0782;RBI=0.0260286;REFB=-0.0192953;REVB=0.0246016;RO=44;SAF=25;SAR=36;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352192;STB=0.519224;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0111261;OID=.;OPOS=9912952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:44:44:61:61:0.580952:36:25:20:24:36:25:20:24 chrX 9914947 . G C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1777;QD=62.0199;RBI=0.0402084;REFB=0;REVB=-0.0250438;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32857e-05;OID=.;OPOS=9914947;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chrX 9915165 . C T 230.0 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00272916;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.0367;QD=46.0006;RBI=0.075859;REFB=-0.089926;REVB=-0.0758099;RO=1;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399998;STB=0.521716;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00544206;OID=.;OPOS=9915165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:11:8:0:1:11:8:0:1 chrX 10031548 . C T 543.42 PASS AF=0.581395;AO=50;DP=86;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0119853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.98;QD=25.2751;RBI=0.0143111;REFB=-0.0162143;REVB=-0.00782064;RO=36;SAF=22;SAR=28;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00344804;STB=0.501886;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00925202;OID=.;OPOS=10031548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:36:36:50:50:0.581395:28:22:16:20:28:22:16:20 chrX 10085674 . T C 113.92 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00918697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.093;QD=41.424;RBI=0.0261655;REFB=0;REVB=0.0244996;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97191e-05;OID=.;OPOS=10085674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:4:6:0:0:5:6:0:0 chrX 10202343 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.606;QD=56.1913;RBI=0.0410045;REFB=0;REVB=-0.0309928;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.29849e-05;OID=.;OPOS=10202343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chrX 10204812 . A G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7424;QD=58.1401;RBI=0.0215406;REFB=0;REVB=-0.0180101;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000563177;OID=.;OPOS=10204812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chrX 12725701 . C G 1865.64 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0131041;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.98;QD=60.6713;RBI=0.0289451;REFB=-0.0609206;REVB=0.025809;RO=1;SAF=58;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736537;STB=0.503875;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.000124283;OID=.;OPOS=12725701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:64:58:0:1:64:58:0:1 chrX 12735798 . C T 711.28 PASS AF=0.659341;AO=60;DP=92;FAO=60;FDP=91;FR=.;FRO=31;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0184771;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.72;QD=31.2652;RBI=0.0389928;REFB=-0.0216607;REVB=0.0343371;RO=30;SAF=33;SAR=27;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312432;STB=0.510564;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0115374;OID=.;OPOS=12735798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:30:31:60:60:0.659341:27:33:18:12:27:33:18:13 chrX 12809661 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00159067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.837;QD=35.5757;RBI=0.0149722;REFB=0;REVB=0.0148875;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000685662;OID=.;OPOS=12809661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chrX 12924826 . A G 1267.97 PASS AF=0.976744;AO=83;DP=87;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0051176;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.789;QD=58.9752;RBI=0.0157265;REFB=-0.113253;REVB=-0.0148705;RO=0;SAF=51;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514702;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.000325464;OID=.;OPOS=12924826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:87:86:0:2:83:84:0.976744:32:51:0:0:33:51:0:2 chrX 12939928 . T C 410.35 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00329809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.685;QD=56.5998;RBI=0.019241;REFB=0;REVB=0.0189562;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24533e-05;OID=.;OPOS=12939928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:16:12:0:0:16:13:0:0 chrX 13337059 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.656;QD=59.1431;RBI=0.0154952;REFB=0;REVB=-0.00448777;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.0589e-05;OID=.;OPOS=13337059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chrX 13681115 . C T 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.246;QD=64.1502;RBI=0.00967573;REFB=0;REVB=0.00523583;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0009e-05;OID=.;OPOS=13681115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chrX 13681638 . C T 892.66 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0551925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.373;QD=57.5911;RBI=0.0556022;REFB=0;REVB=0.00673711;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172993;OID=.;OPOS=13681638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:38:23:0:0:39:23:0:0 chrX 13681679 . G T 772.64 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00162447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4939;QD=61.8114;RBI=0.0199008;REFB=0.0761008;REVB=-0.0198344;RO=1;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014941;STB=0.507933;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.0127885;OID=.;OPOS=13681679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:31:18:0:1:31:18:0:1 chrX 13682066 . G A 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7345;QD=56.704;RBI=0.0408411;REFB=0;REVB=-0.017572;RO=0;SAF=23;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000675409;OID=.;OPOS=13682066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:6:23:0:0:6:23:0:0 chrX 13682577 . G A 471.9 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0336555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.602;QD=55.5182;RBI=0.0351133;REFB=-0.0036652;REVB=0.0100124;RO=1;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345796;STB=0.518507;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00027402;OID=.;OPOS=13682577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:13:20:0:1:13:20:0:1 chrX 13682715 . G A 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00210465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4266;QD=61.6782;RBI=0.0249565;REFB=0;REVB=-0.0248676;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000316248;OID=.;OPOS=13682715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chrX 13683170 . G A 3402.06 PASS AF=1;AO=218;DP=218;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.259;QD=62.4231;RBI=0.0111239;REFB=0;REVB=0.00617647;RO=0;SAF=111;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55394e-06;OID=.;OPOS=13683170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:218:218:0:0:218:218:1:107:111:0:0:107:111:0:0 chrX 13684432 . T A 4781.73 PASS AF=0.984277;AO=310;DP=317;FAO=313;FDP=318;FR=.;FRO=5;FSAF=163;FSAR=150;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0196985;FXX=0.0062498;HRUN=5;LEN=1;MLLD=140.973;QD=60.1475;RBI=0.0221282;REFB=-0.0350383;REVB=0.010081;RO=3;SAF=163;SAR=147;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00963323;STB=0.501248;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=6.2613e-05;OID=.;OPOS=13684432;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:317:318:3:5:310:313:0.984277:147:163:0:3:150:163:3:2 chrX 13758375 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.417;QD=58.5878;RBI=0.0324781;REFB=0;REVB=0.0175997;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176229;OID=.;OPOS=13758375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chrX 13789349 . T G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.586;QD=57.2019;RBI=0.0519475;REFB=0;REVB=-0.000440828;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162405;OID=.;OPOS=13789349;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chrX 15262726 . G A 841.18 PASS AF=0.622951;AO=76;DP=122;FAO=76;FDP=122;FR=.;FRO=46;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0302768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.525;QD=27.5798;RBI=0.0309376;REFB=-0.0193694;REVB=0.00636011;RO=46;SAF=42;SAR=34;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067099;STB=0.536354;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0145676;OID=.;OPOS=15262726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:46:46:76:76:0.622951:34:42:21:25:34:42:21:25 chrX 15415583 . C T 2272.69 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0544825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4602;QD=60.2038;RBI=0.0628802;REFB=0.0150913;REVB=0.031394;RO=1;SAF=82;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00576559;STB=0.50303;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000242021;OID=.;OPOS=15415583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:1:1:150:150:0.993377:68:82:1:0:68:82:1:0 chrX 15565032 . G A 93.14 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00762719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.855;QD=6.42329;RBI=0.0101171;REFB=-0.0137027;REVB=0.00664693;RO=44;SAF=3;SAR=11;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373042;STB=0.734936;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0540743;OID=.;OPOS=15565032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:44:44:14:14:0.241379:11:3:22:22:11:3:22:22 chrX 15800751 . G A 1640.81 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.715;QD=60.2133;RBI=0.0252825;REFB=0;REVB=0.0108821;RO=0;SAF=51;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78706e-05;OID=.;OPOS=15800751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:58:51:0:0:58:51:0:0 chrX 15838366 . C T 1877.44 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.806;QD=61.5554;RBI=0.0163971;REFB=0;REVB=-0.0108418;RO=0;SAF=69;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69023e-05;OID=.;OPOS=15838366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:53:69:0:0:53:69:0:0 chrX 16168467 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.334;QD=57.7124;RBI=0.0130319;REFB=0;REVB=0.00672416;RO=0;SAF=40;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.4785e-06;OID=.;OPOS=16168467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:19:40:0:0:19:40:0:0 chrX 16168677 . T C 740.33 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.068547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8175;QD=56.9483;RBI=0.0699002;REFB=0;REVB=0.0136875;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000681105;OID=.;OPOS=16168677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chrX 16188773 . GA G,GG 208.93 PASS AF=0.456522,0.130435;AO=17,6;DP=43;FAO=21,6;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=17,1;FSAR=4,5;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.116946,-0.0459263;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=16.7057,20.1912;QD=18.1675;RBI=0.168628,0.0503127;REFB=-0.0418021,-0.0485147;REVB=-0.121488,-0.020546;RO=19;SAF=14,1;SAR=3,5;SRF=15;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0518067,-0.63983;STB=0.515137,0.897844;STBP=0.889,0.101;TYPE=del,snp;VARB=0.0275643,-0.0165186;OID=.,.;OPOS=16188774,16188774;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.456522,0.130435:17,6:43:21,6:46:19:17,1:4,5:15:4:99:19:14,1:3,5:15:4 chrX 16859628 . G A 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0087947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.899;QD=62.1623;RBI=0.0283053;REFB=0;REVB=0.0269044;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21883e-05;OID=.;OPOS=16859628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chrX 16860134 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0784236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1702;QD=47.8209;RBI=0.0824974;REFB=0;REVB=0.0256041;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00299476;OID=.;OPOS=16860134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:14:2:0:0:14:2:0:0 chrX 17166219 . C T 1320.85 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.86;QD=62.1576;RBI=0.0393792;REFB=0;REVB=0.00962509;RO=0;SAF=54;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105941;OID=.;OPOS=17166219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:31:54:0:0:31:54:0:0 chrX 17705850 . C CT,T 1445.64 PASS AF=0.963964,0.018018;AO=94,6;DP=116;FAO=107,2;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=61,2;FSAR=46,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0206096,0.020216;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=23.4736,251.524;QD=52.0951;RBI=0.0421798,0.020544;REFB=-0.00263121,-0.0369706;REVB=-0.0368019,-0.00365672;RO=10;SAF=56,3;SAR=38,3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0551058,0.203317;STB=0.508063,0.5;STBP=0.244,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.002161,-0.0287486;OID=.,.;OPOS=17705851,17705850;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:116:111:10:2:94,6:107,2:0.963964,0.018018:38,3:56,3:3:7:46,0:61,2:2:0 chrX 17819377 . T C 122.07 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.117;QD=40.69;RBI=0.0541057;REFB=0;REVB=0.0480464;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00848029;OID=.;OPOS=17819377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:12:0:0:10:12:1:7:3:0:0:9:3:0:0 chrX 18230715 . A C 1024.91 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00777428;FXX=0.0270234;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.211;QD=56.9397;RBI=0.0120435;REFB=-0.0518641;REVB=0.00919824;RO=2;SAF=37;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248698;STB=0.513154;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=7.13868e-05;OID=.;OPOS=18230715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:72:2:2:70:70:0.972222:33:37:2:0:33:37:2:0 chrX 18925165 . C T 807.42 PASS AF=0.581395;AO=75;DP=129;FAO=75;FDP=129;FR=.;FRO=54;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0553898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.396;QD=25.0364;RBI=0.0554613;REFB=-0.0301058;REVB=-0.00281518;RO=52;SAF=44;SAR=31;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223853;STB=0.513361;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.027404;OID=.;OPOS=18925165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:52:54:75:75:0.581395:31:44:29:23:31:44:30:24 chrX 19041592 . C T 2599.62 PASS AF=0.988372;AO=169;DP=172;FAO=170;FDP=172;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0301304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.082;QD=60.4563;RBI=0.0307045;REFB=-0.0340272;REVB=-0.00590998;RO=1;SAF=74;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638816;STB=0.500693;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=9.18121e-05;OID=.;OPOS=19041592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:172:172:1:2:169:170:0.988372:95:74:1:0:95:75:1:1 chrX 19389184 . TAAAAAAAAAAAA TAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAT 575.07 PASS AF=0,0,0.768116,0.217391;AO=13,15,9,10;DP=87;FAO=0,0,53,15;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,12,6;FSAR=0,0,41,9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0761516,-0.0649578,-0.017908,-0.0174161;FXX=0.206873;HRUN=14,14,14,14;LEN=1,2,3,1;MLLD=5.0744,8.46353,11.4579,215.146;QD=33.3376;RBI=0.789123,0.404945,0.26676,0.0362576;REFB=0.11844,0.142393,0.128298,0.0225783;REVB=0.78544,0.399701,0.266158,0.0318009;RO=2;SAF=0,4,2,4;SAR=13,11,7,6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0.0759766,0.11124,0.127515;STB=0.5,0.5,0.506022,0.526281;STBP=1,1,0.653,0.537;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.211566,0.036891,0.0665123,-0.0397028;OID=.,.,.,.;OPOS=19389185,19389185,19389185,19389196;OREF=A,AA,AAA,A;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=TAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.768116,0.217391:13,15,9,10:87:0,0,53,15:69:1:0,0,12,6:0,0,41,9:0:1:93:2:0,4,2,4:13,11,7,6:0:2 chrX 19482476 . C T 337.04 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7434;QD=53.9264;RBI=0.114609;REFB=0;REVB=-0.00259684;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186735;OID=.;OPOS=19482476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chrX 20152109 . G A 1570.4 PASS AF=0.537634;AO=150;DP=279;FAO=150;FDP=279;FR=.;FRO=129;FSAF=70;FSAR=80;FSRF=59;FSRR=70;FWDB=-0.0122953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.361;QD=22.5147;RBI=0.0158268;REFB=-0.00791446;REVB=-0.00996566;RO=129;SAF=70;SAR=80;SRF=59;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00793196;STB=0.504322;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00584849;OID=.;OPOS=20152109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:129:129:150:150:0.537634:80:70:59:70:80:70:59:70 chrX 21676127 . G A 999.46 PASS AF=0.6;AO=93;DP=155;FAO=93;FDP=155;FR=.;FRO=62;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=12;FSRR=50;FWDB=0.0227799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.791;QD=25.7924;RBI=0.0237776;REFB=-0.0161833;REVB=-0.00681565;RO=62;SAF=42;SAR=51;SRF=12;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197104;STB=0.606325;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0113983;OID=.;OPOS=21676127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:62:62:93:93:0.6:51:42:12:50:51:42:12:50 chrX 23398214 . T C 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.19;QD=57.2356;RBI=0.0198324;REFB=0;REVB=0.0144912;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132516;OID=.;OPOS=23398214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chrX 23412430 . A G 32.65 PASS AF=0.162162;AO=5;DP=32;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.000455931;FXX=0;HRUN=22;LEN=1;MLLD=133.655;QD=3.52921;RBI=0.0091207;REFB=-0.00292985;REVB=-0.00910929;RO=26;SAF=5;SAR=0;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.716549;STB=0.878917;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0357273;OID=.;OPOS=23412430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:32:37:26:31:5:6:0.162162:0:5:9:17:1:5:10:21 chrX 23693285 . C G 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00182121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.592;QD=60.2037;RBI=0.00732501;REFB=0;REVB=0.007095;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10492e-05;OID=.;OPOS=23693285;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:41:32:0:0:41:32:0:0 chrX 23858452 . G A 1048.03 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0177065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4214;QD=58.2238;RBI=0.0208771;REFB=-0.0329862;REVB=-0.0110605;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00077241;OID=.;OPOS=23858452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:32:39:0:0:32:39:0:1 chrX 23925834 . A T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.55;QD=60.6097;RBI=0.0230521;REFB=0;REVB=0.0120253;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194102;OID=.;OPOS=23925834;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chrX 24232095 . C T 1903.46 PASS AF=0.984252;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0185769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.738;QD=59.9515;RBI=0.02373;REFB=-0.024366;REVB=0.0147651;RO=2;SAF=75;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00311448;STB=0.501639;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.000310835;OID=.;OPOS=24232095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:127:2:2:125:125:0.984252:50:75:1:1:50:75:1:1 chrX 24578792 . G A 247.12 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0130949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.705;QD=23.5356;RBI=0.0192773;REFB=-0.0186177;REVB=-0.014147;RO=19;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153386;STB=0.585699;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0104033;OID=.;OPOS=24578792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:9:14:8:11:9:14:8:11 chrX 24578803 . C T 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2187;QD=60.9754;RBI=0.0309429;REFB=0;REVB=-0.0258792;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.60579e-05;OID=.;OPOS=24578803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chrX 24751958 . T C 1528.4 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.529;QD=63.6832;RBI=0.0460637;REFB=0;REVB=0.0443492;RO=0;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77432e-05;OID=.;OPOS=24751958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:96:0:0:93:96:1:55:38:0:0:58:38:0:0 chrX 26157220 . C T 1453.44 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130881;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.456;QD=63.193;RBI=0.0171855;REFB=0;REVB=-0.0111374;RO=0;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64232e-06;OID=.;OPOS=26157220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:39:53:0:0:39:53:0:0 chrX 26157792 . C T 691.48 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0300206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.181;QD=49.3913;RBI=0.0302028;REFB=-0.076925;REVB=0.0033127;RO=2;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294217;STB=0.530292;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00177967;OID=.;OPOS=26157792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:56:56:2:4:52:52:0.928571:31:21:0:2:31:21:0:4 chrX 26212251 . C T 175.35 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0642871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4464;QD=46.7602;RBI=0.116288;REFB=0;REVB=-0.096902;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00638037;OID=.;OPOS=26212251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chrX 26212256 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.374;QD=46.8476;RBI=0.0600274;REFB=0;REVB=-0.0592863;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000518871;OID=.;OPOS=26212256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chrX 26212262 . C T 78.93 PASS AF=0.818182;AO=8;DP=10;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0584228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1157;QD=28.7011;RBI=0.0613183;REFB=-0.0624491;REVB=0.01862;RO=1;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.803989;STB=0.749315;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00821644;OID=.;OPOS=26212262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:11:1:2:8:9:0.818182:0:8:0:1:1:8:0:2 chrX 26212334 . AT CC 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.025735;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.962;QD=21.8421;RBI=0.0420795;REFB=-0.0113705;REVB=0.0332926;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772509;STB=0.545299;STBP=0.798;TYPE=mnp;VARB=0.00504;OID=.;OPOS=26212334;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:2:4:1:1:2:4:1:1 chrX 26213219 . T C 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.614;QD=59.0166;RBI=0.144228;REFB=0;REVB=0.0108113;RO=0;SAF=6;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110768;OID=.;OPOS=26213219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:28:6:0:0:28:6:0:0 chrX 26213364 . T TTTGTC 705.46 PASS AF=0.958333;AO=44;DP=50;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0124779;FXX=0.039992;HRUN=4;LEN=5;MLLD=308.067;QD=58.7885;RBI=0.0263953;REFB=-0.0274406;REVB=0.0232597;RO=2;SAF=26;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00766011;STB=0.502761;STBP=0.868;TYPE=ins;VARB=0.0010795;OID=.;OPOS=26213365;OREF=-;OALT=TTGTC;OMAPALT=TTTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.958333:44:50:46:48:2:26:20:1:1:9:2:26:18:1:1 chrX 26808285 . T G 3036.05 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00154181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.601;QD=63.5821;RBI=0.0456158;REFB=0;REVB=0.0455897;RO=0;SAF=116;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04914e-05;OID=.;OPOS=26808285;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:191:0:0:190:191:1:74:116:0:0:75:116:0:0 chrX 27479339 . A G 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.383;QD=57.677;RBI=0.0560766;REFB=0;REVB=0.0332433;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390713;OID=.;OPOS=27479339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:23:8:0:0:23:8:0:0 chrX 30236878 . G A 2679.45 PASS AF=0.994253;AO=171;DP=174;FAO=173;FDP=174;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0443479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.609;QD=61.5966;RBI=0.048389;REFB=-0.0648538;REVB=0.0193589;RO=3;SAF=86;SAR=85;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556403;STB=0.50289;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00255936;OID=.;OPOS=30236878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:174:3:1:171:173:0.994253:85:86:1:2:86:87:0:1 chrX 30254361 . G A 1153.41 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6013;QD=60.7057;RBI=0.00877924;REFB=0;REVB=-0.00796296;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19081e-05;OID=.;OPOS=30254361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:48:28:0:0:48:28:0:0 chrX 30254376 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.353;QD=58.0602;RBI=0.052075;REFB=0;REVB=0.00802334;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9142e-05;OID=.;OPOS=30254376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:41:20:0:0:41:20:0:0 chrX 30254530 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1168;QD=64.1532;RBI=0.0310998;REFB=0;REVB=0.0212992;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57061e-05;OID=.;OPOS=30254530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chrX 30255519 . GC G,GT 1566.16 PASS AF=0.12037,0.87963;AO=12,96;DP=108;FAO=13,95;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=0,39;FSAR=13,56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115221,0.0123194;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=170.935,189.147;QD=58.006;RBI=0.0121332,0.021342;REFB=0,0;REVB=0.00380195,0.0174274;RO=0;SAF=0,39;SAR=12,57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.70333e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00865044,0.000402302;OID=.,.;OPOS=30255520,30255520;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.12037,0.87963:12,96:108:13,95:108:0:0,39:13,56:0:0:27:0:0,39:12,57:0:0 chrX 30261002 . A G 619.96 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.805;QD=59.0438;RBI=0.0369852;REFB=-0.149184;REVB=0.0284525;RO=1;SAF=27;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170644;STB=0.509086;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.000656786;OID=.;OPOS=30261002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:14:27:1:0:14:27:1:0 chrX 30261158 . G C 129.93 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.463;QD=43.3111;RBI=0.0507437;REFB=0;REVB=0.0369382;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000711523;OID=.;OPOS=30261158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:4:7:0:0:4:8:0:0 chrX 30269887 . T A 1510.8 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00662037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.035;QD=63.6125;RBI=0.00806324;REFB=0;REVB=-0.00460289;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61462e-06;OID=.;OPOS=30269887;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:52:43:0:0:52:43:0:0 chrX 30323916 . T G 593.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00296845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5119;QD=60.8741;RBI=0.0361512;REFB=0;REVB=0.0360292;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640637;OID=.;OPOS=30323916;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:28:11:0:0:28:11:0:0 chrX 30326983 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5364;QD=43.4857;RBI=0.118431;REFB=0;REVB=0.114567;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00409386;OID=.;OPOS=30326983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chrX 30577846 . A C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.046;QD=62.3508;RBI=0.0280358;REFB=0;REVB=0.0117768;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210967;OID=.;OPOS=30577846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chrX 30715827 . C T 1512.24 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.753;QD=59.8909;RBI=0.0447654;REFB=0;REVB=0.0434856;RO=0;SAF=42;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02567e-05;OID=.;OPOS=30715827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:99:101:1:57:42:0:0:57:44:0:0 chrX 30849176 . G A 1371.26 PASS AF=1;AO=85;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00165518;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.616;QD=62.3298;RBI=0.0128038;REFB=0;REVB=-0.0126963;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269061;OID=.;OPOS=30849176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:85:88:1:46:39:0:0:49:39:0:0 chrX 30872602 . A G 1203.32 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.188;QD=60.9277;RBI=0.0411759;REFB=0;REVB=0.031816;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244495;OID=.;OPOS=30872602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:36:42:0:0:37:42:0:0 chrX 31496350 . C T 907.28 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0456148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.023;QD=55.8325;RBI=0.0459639;REFB=-0.15506;REVB=0.00565442;RO=1;SAF=29;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160049;STB=0.508194;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000403521;OID=.;OPOS=31496350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:63:64:0.984615:34:29:1:0:34:30:1:0 chrX 31697636 . A G 1338.23 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00787804;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3816;QD=62.2434;RBI=0.0190607;REFB=0;REVB=0.0173565;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.66737e-05;OID=.;OPOS=31697636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:85:86:1:52:33:0:0:52:34:0:0 chrX 31947797 . G A 538.1 PASS AF=0.6125;AO=49;DP=80;FAO=49;FDP=80;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00629384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.727;QD=26.9051;RBI=0.00897898;REFB=-0.00310494;REVB=0.00640387;RO=31;SAF=21;SAR=28;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175705;STB=0.595706;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00259547;OID=.;OPOS=31947797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:31:31:49:49:0.6125:28:21:21:10:28:21:21:10 chrX 32380996 . C T 2280.79 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381294;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5565;QD=63.7982;RBI=0.0381678;REFB=0;REVB=0.00170986;RO=0;SAF=68;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13135e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168202;OID=.;OPOS=32380996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:75:68:0:0:75:68:0:0 chrX 32503194 . T C 822.73 PASS AF=1;AO=45;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0104;QD=56.7402;RBI=0.179195;REFB=0;REVB=0.177592;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00787945;OID=.;OPOS=32503194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:45:58:1:20:25:0:0:32:26:0:0 chrX 34148839 . CGA GCG,GGA 33.51 PASS AF=0,0.0952381;AO=3,2;DP=44;FAO=0,4;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=0,2;FSAR=0,2;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00299038,-0.0102054;FXX=0.0232504;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=76.8823,56.9924;QD=3.19128;RBI=0.0983953,0.0246069;REFB=-0.0525551,0.00151938;REVB=-0.0983498,-0.0223908;RO=30;SAF=0,2;SAR=3,0;SRF=12;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.507951,0.505428;STB=0.5,0.649319;STBP=1,0.592;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.216412;OID=.,.;OPOS=34148839,34148839;OREF=CGA,C;OALT=GCG,G;OMAPALT=GCG,GGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:19:44:42:30:36:3,2:0,4:0,0.0952381:3,0:0,2:12:18:0,2:0,2:12:24 chrX 34674970 . C G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00103789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.552;QD=59.8557;RBI=0.0308872;REFB=0;REVB=0.0308698;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30339e-05;OID=.;OPOS=34674970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:25:46:0:0:25:46:0:0 chrX 34962909 . A C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5253;QD=60.978;RBI=0.0379911;REFB=0;REVB=-0.0107131;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334528;OID=.;OPOS=34962909;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chrX 35820265 . C T 894.38 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0447546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.194;QD=55.8985;RBI=0.0455073;REFB=-0.087143;REVB=0.00824256;RO=1;SAF=25;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185128;STB=0.509801;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000552693;OID=.;OPOS=35820265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:38:25:1:0:38:25:1:0 chrX 35820425 . C T 758.71 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.089312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2073;QD=50.5806;RBI=0.101687;REFB=-0.17224;REVB=0.0486175;RO=2;SAF=18;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132289;STB=0.531988;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0137362;OID=.;OPOS=35820425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:60:60:2:4:56:56:0.933333:38:18:1:1:38:18:3:1 chrX 35820696 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.953;QD=48.7371;RBI=0.0410336;REFB=0;REVB=0.035066;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00081243;OID=.;OPOS=35820696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chrX 35820795 . A G 1223.18 PASS AF=1;AO=68;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0565;QD=60.4041;RBI=0.0686915;REFB=0;REVB=0.0674963;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157887;OID=.;OPOS=35820795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:68:81:1:36:32:0:0:47:34:0:0 chrX 35821055 . AT GA 486.01 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211159;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=2;MLLD=173.567;QD=58.9108;RBI=0.0355042;REFB=0;REVB=0.0285424;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000235819;OID=.;OPOS=35821055;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chrX 35821127 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.086;QD=56.1908;RBI=0.0268009;REFB=0;REVB=0.00450148;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275807;OID=.;OPOS=35821127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chrX 35821302 . C G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000430441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.416;QD=53.911;RBI=0.0018502;REFB=0;REVB=0.00179944;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33887e-05;OID=.;OPOS=35821302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chrX 35821308 . C T 321.72 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0447452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2968;QD=53.6195;RBI=0.177212;REFB=0;REVB=0.17147;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00367165;OID=.;OPOS=35821308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:8:15:0:0:9:15:0:0 chrX 35821464 . A G 542.95 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127487;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3312;QD=60.3278;RBI=0.0375623;REFB=0;REVB=0.0353326;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018614;OID=.;OPOS=35821464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chrX 35821558 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.184;QD=54.5173;RBI=0.0360936;REFB=0;REVB=0.0111895;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173259;OID=.;OPOS=35821558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chrX 35821759 . C CA 197.21 PASS AF=1;AO=3;DP=27;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878819;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.4694;QD=31.5536;RBI=0.153675;REFB=0;REVB=-0.126067;RO=22;SAF=2;SAR=1;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180929;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00128438;OID=.;OPOS=35821760;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:27:25:25:0:13:12:0:0:4:22:2:1:11:11 chrX 35821763 . G A 223.13 PASS AF=0.769231;AO=19;DP=25;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0191336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3862;QD=34.3269;RBI=0.0244775;REFB=0.00185094;REVB=-0.0152661;RO=6;SAF=10;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840344;STB=0.54995;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00898263;OID=.;OPOS=35821763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:26:6:6:19:20:0.769231:9:10:2:4:9:11:2:4 chrX 35821789 . T G 262.98 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.841;QD=47.8144;RBI=0.0236447;REFB=-0.0541395;REVB=0.0156274;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526291;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00165124;OID=.;OPOS=35821789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:22:0:1:20:21:0.954545:12:8:0:0:12:9:1:0 chrX 36371719 . T A 772.72 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00345629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.554;QD=61.8178;RBI=0.00539266;REFB=-0.123325;REVB=0.00413943;RO=1;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017757;STB=0.50943;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000227659;OID=.;OPOS=36371719;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:26:23:0:1:26:23:0:1 chrX 36371745 . GT G,TG 78.61 PASS AF=0.361111,0;AO=11,2;DP=35;FAO=13,0;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=2,0;FSAR=11,0;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0862523,0.00130831;FXX=0.0526177;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=14.9182,156.277;QD=8.7342;RBI=0.174667,0.13115;REFB=-0.0768362,0.00439553;REVB=-0.151885,-0.131144;RO=20;SAF=2,0;SAR=9,2;SRF=14;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.548323,-0.609291;STB=0.814297,0.5;STBP=0.009,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.082013,0.0814408;OID=.,.;OPOS=36371746,36371745;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:36:20:23:11,2:13,0:0.361111,0:9,2:2,0:14:6:11,0:2,0:14:9 chrX 36385156 . A G 1517.4 PASS AF=0.963303;AO=105;DP=109;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0186404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.896;QD=55.6845;RBI=0.0328628;REFB=0.0264648;REVB=0.0270648;RO=4;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338587;STB=0.517854;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=7.17834e-05;OID=.;OPOS=36385156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:109:109:4:4:105:105:0.963303:54:51:0:4:54:51:0:4 chrX 36403036 . A G 1920.3 PASS AF=0.992063;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00447491;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.888;QD=60.962;RBI=0.018458;REFB=0.00916875;REVB=0.0179073;RO=1;SAF=57;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703889;STB=0.503649;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=8.43613e-05;OID=.;OPOS=36403036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:124:125:0.992063:67:57:0:1:68:57:0:1 chrX 37518806 . C T 1747.1 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403422;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5216;QD=60.7688;RBI=0.0421496;REFB=0;REVB=-0.0122103;RO=0;SAF=71;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240493;OID=.;OPOS=37518806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:116:115:0:0:115:115:1:44:71:0:0:44:71:0:0 chrX 37527659 . T C 1545.98 PASS AF=1;AO=69;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.562;QD=60.6267;RBI=0.1148;REFB=0;REVB=0.03718;RO=0;SAF=21;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358534;OID=.;OPOS=37527659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:69:102:1:48:21:0:0:48:54:0:0 chrX 37948746 . G T 1558.96 PASS AF=0.68984;AO=128;DP=185;FAO=129;FDP=187;FR=.;FRO=58;FSAF=43;FSAR=86;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0105226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.385;QD=33.3467;RBI=0.0185623;REFB=-0.0204751;REVB=-0.0152916;RO=56;SAF=43;SAR=85;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467662;STB=0.527555;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.010688;OID=.;OPOS=37948746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:187:56:58:128:129:0.68984:85:43:23:33:86:43:24:34 chrX 38229135 . G C 4430.58 PASS AF=1;AO=280;DP=280;FAO=280;FDP=280;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.263;QD=63.294;RBI=0.00364725;REFB=0;REVB=-0.00117549;RO=0;SAF=137;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33515e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6715e-06;OID=.;OPOS=38229135;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:280:280:0:0:280:280:1:143:137:0:0:143:137:0:0 chrX 38467534 . CAAAAA CAAAA,CAAAAT 74.58 PASS AF=0.387755,0.0204082;AO=19,3;DP=56;FAO=19,1;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11,0;FSAR=8,1;FSRF=3;FSRR=26;FWDB=-0.0595578,-0.011451;FXX=0.124978;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=11.0132,272.821;QD=6.08853;RBI=0.0871088,0.0182494;REFB=-0.136823,-0.0047294;REVB=-0.0635673,-0.0142097;RO=26;SAF=10,2;SAR=9,1;SRF=2;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.454935,0.671973;STB=0.769327,0.982493;STBP=0.01,0.549;TYPE=del,snp;VARB=0.0863491,0.024957;OID=.,.;OPOS=38467535,38467539;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAAAA,CAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387755,0.0204082:19,3:56:19,1:49:29:11,0:8,1:3:26:62:26:10,2:9,1:2:24 chrX 38505492 . T C 954.29 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0112275;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.597;QD=54.5306;RBI=0.016932;REFB=-0.00618782;REVB=0.0126742;RO=3;SAF=28;SAR=39;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704094;STB=0.503729;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.000271329;OID=.;OPOS=38505492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:3:3:67:67:0.957143:39:28:1:2:39:28:1:2 chrX 39933339 . A G 660.52 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00921987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.63;QD=60.0476;RBI=0.00922172;REFB=-0.0971438;REVB=0.000184623;RO=0;SAF=36;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506846;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.000464402;OID=.;OPOS=39933339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:44:0:1:43:43:0.977273:7:36:0:0:7:36:1:0 chrX 39934079 . C T 517.79 PASS AF=0.643836;AO=46;DP=73;FAO=47;FDP=73;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0559792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.049;QD=28.3723;RBI=0.0562369;REFB=-0.035005;REVB=0.00537827;RO=26;SAF=24;SAR=22;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039937;STB=0.525077;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0201535;OID=.;OPOS=39934079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:26:26:46:47:0.643836:22:24:12:14:22:25:12:14 chrX 41027425 . T C 375.7 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00255793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.87;QD=23.8541;RBI=0.0030366;REFB=-0.024098;REVB=0.00163643;RO=26;SAF=14;SAR=23;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207602;STB=0.614064;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0131951;OID=.;OPOS=41027425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:23:14:17:9:23:14:17:9 chrX 41089034 . TAAAAAAAG TAAAAAAG,TAAAAAAGC,TAAAAAG 244.06 PASS AF=0.631579,0.0394737,0;AO=32,5,10;DP=76;FAO=48,3,0;FDP=76;FR=.;FRO=25;FSAF=12,3,0;FSAR=36,0,0;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.160903,0.0597102,0.0824908;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,2;MLLD=8.39257,21.4229,10.8257;QD=12.8453;RBI=0.202199,0.0727498,0.103517;REFB=0.0597102,0.0509885,0.0306389;REVB=-0.122454,-0.04156,-0.0625383;RO=22;SAF=6,5,1;SAR=26,0,9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.22462,0.706636,-0.476345;STB=0.564074,0.996917,0.5;STBP=0.165,0.041,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.019851,-0.062066,0.0057517;OID=.,.,.;OPOS=41089035,41089041,41089035;OREF=A,AG,AA;OALT=-,GC,-;OMAPALT=TAAAAAAG,TAAAAAAGC,TAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.631579,0.0394737,0:32,5,10:76:48,3,0:76:25:12,3,0:36,0,0:10:15:47:22:6,5,1:26,0,9:9:13 chrX 41203673 . GTTTTT G,GTTGTT,GTTTTG 317.88 PASS AF=0.666667,0.333333,0;AO=12,7,2;DP=27;FAO=16,8,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9,2,0;FSAR=7,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219467,0.00644869,0.00428423;FXX=0.11107;HRUN=7,7,7;LEN=5,1,1;MLLD=38.4688,181.089,157.657;QD=52.9801;RBI=0.0263555,0.0162082,0.0107708;REFB=0,0,0;REVB=0.0145929,-0.0148701,-0.00988203;RO=0;SAF=7,3,0;SAR=5,4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00233967,0.0139224,0;OID=.,.,.;OPOS=41203674,41203676,41203678;OREF=TTTTT,T,T;OALT=-,G,G;OMAPALT=G,GTTGTT,GTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.666667,0.333333,0:12,7,2:27:16,8,0:24:0:9,2,0:7,6,0:0:0:58:0:7,3,0:5,4,2:0:0 chrX 41556195 . A T 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.92;QD=44.0929;RBI=0.0296276;REFB=-0.142078;REVB=-0.0246738;RO=1;SAF=11;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398535;STB=0.521714;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00109188;OID=.;OPOS=41556195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:6:11:1:0:6:11:1:0 chrX 41587218 . T C 1744.76 PASS AF=1;AO=113;DP=117;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209518;FXX=0.0578465;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.018;QD=61.2198;RBI=0.0508215;REFB=0;REVB=0.0463017;RO=0;SAF=75;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.36255e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130603;OID=.;OPOS=41587218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:114:0:0:113:114:1:38:75:0:0:38:76:0:0 chrX 41587569 . C G 742.91 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191897;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.753;QD=57.1469;RBI=0.0532051;REFB=0;REVB=0.049624;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353522;OID=.;OPOS=41587569;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chrX 41588169 . T C 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.281;QD=63.7518;RBI=0.0287179;REFB=0;REVB=0.0286694;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53028e-05;OID=.;OPOS=41588169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:52:44:0:0:52:44:0:0 chrX 44202890 . G GC 875.93 PASS AF=1;AO=71;DP=80;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132206;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.4465;QD=48.6627;RBI=0.0489596;REFB=0;REVB=0.0471408;RO=8;SAF=23;SAR=48;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895144;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00103757;OID=.;OPOS=44202891;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:80:72:72:0:24:48:0:0:16:8:23:48:6:2 chrX 44703518 . G A 374.8 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00131801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9178;QD=26.3015;RBI=0.0350837;REFB=-0.0206219;REVB=-0.0350589;RO=21;SAF=22;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933032;STB=0.551073;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0110216;OID=.;OPOS=44703518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:36:36:0.631579:14:22:10:11:14:22:10:11 chrX 44938563 . G A 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.322;QD=60.9756;RBI=0.0257558;REFB=0;REVB=0.0158964;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1232e-05;OID=.;OPOS=44938563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chrX 45051111 . C T 1282.95 PASS AF=1;AO=74;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00375628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.818;QD=61.8288;RBI=0.0513281;REFB=0;REVB=0.0511905;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133422;OID=.;OPOS=45051111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:74:83:1:31:43:0:0:38:45:0:0 chrX 46618321 . C G 417.91 PASS AF=0.967742;AO=31;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0215081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8129;QD=53.9234;RBI=0.023713;REFB=0.083596;REVB=-0.00998545;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.510631;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00337498;OID=.;OPOS=46618321;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:31:30:0.967742:24:7:0:0:23:7:0:1 chrX 46740032 . G A 1102.0 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000964802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.109;QD=58.7732;RBI=0.0391011;REFB=0.0696548;REVB=-0.0390892;RO=1;SAF=26;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975526;STB=0.505153;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000586456;OID=.;OPOS=46740032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:48:26:0:1:48:26:0:1 chrX 46887490 . C T 692.88 PASS AF=0.584071;AO=66;DP=114;FAO=66;FDP=113;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.00874026;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.747;QD=24.5268;RBI=0.0118037;REFB=-0.0216495;REVB=-0.00793323;RO=47;SAF=27;SAR=39;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548408;STB=0.529848;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.016935;OID=.;OPOS=46887490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:47:47:66:66:0.584071:39:27:16:31:39:27:16:31 chrX 46920599 . C A 742.73 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.011428;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=320.701;QD=53.0521;RBI=0.0198724;REFB=-0.00673543;REVB=0.0162576;RO=2;SAF=26;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348761;STB=0.518512;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=2.42427e-05;OID=.;OPOS=46920599;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:28:26:2:0:28:26:2:0 chrX 47057647 . A G 642.8 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.452;QD=61.2193;RBI=0.0211694;REFB=0;REVB=0.0117247;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185596;OID=.;OPOS=47057647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:17:24:0:0:17:25:0:0 chrX 47062534 . G A 1047.95 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00937207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7345;QD=58.2195;RBI=0.0653763;REFB=-0.00508191;REVB=0.064701;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000515034;OID=.;OPOS=47062534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:38:33:0:0:38:33:0:1 chrX 47070258 . G A 30.06 PASS AF=0.2;AO=5;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0128608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4878;QD=4.00782;RBI=0.0285619;REFB=0.0217782;REVB=0.0255026;RO=24;SAF=1;SAR=4;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830329;STB=0.578704;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.0822886;OID=.;OPOS=47070258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:30:30:24:24:5:6:0.2:4:1:6:18:4:2:6:18 chrX 47085196 . C T 2240.26 PASS AF=0.986755;AO=149;DP=151;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0170988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9349;QD=59.3447;RBI=0.0203728;REFB=-0.136857;REVB=-0.0110762;RO=2;SAF=71;SAR=78;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132078;STB=0.506944;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.000162913;OID=.;OPOS=47085196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:151:151:2:2:149:149:0.986755:78:71:2:0:78:71:2:0 chrX 47307695 . C A 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0376108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6551;QD=20.8995;RBI=0.0479321;REFB=-0.0119773;REVB=0.0297138;RO=24;SAF=18;SAR=10;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141343;STB=0.578073;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00983288;OID=.;OPOS=47307695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:10:18:19:5:10:18:19:5 chrX 47435594 . CCA C,CC 41.56 PASS AF=0.296296,0;AO=7,4;DP=27;FAO=8,0;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4,0;FSAR=4,0;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.054912,-0.0577548;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=29.3691,13.9695;QD=6.15666;RBI=0.063083,0.0715722;REFB=-0.0515481,-0.0804171;REVB=0.0310505,-0.0422724;RO=15;SAF=3,2;SAR=4,2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0.529412,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.185114,-0.113234;STB=0.555418,0.5;STBP=0.717,1;TYPE=del,del;VARB=0.139495,0;OID=.,.;OPOS=47435595,47435596;OREF=CA,A;OALT=-,-;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296,0:7,4:27:8,0:27:19:4,0:4,0:11:8:40:15:3,2:4,2:9:6 chrX 47444747 . G A 387.24 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0138457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.952;QD=23.8299;RBI=0.0138498;REFB=-0.0181872;REVB=0.000339693;RO=27;SAF=15;SAR=23;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110282;STB=0.560352;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.016212;OID=.;OPOS=47444747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:23:15:7:20:23:15:7:20 chrX 47444879 . G C 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4312;QD=57.1998;RBI=0.0828213;REFB=0;REVB=-0.0820086;RO=0;SAF=27;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00186244;OID=.;OPOS=47444879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:3:27:0:0:3:27:0:0 chrX 47444985 . T C 323.36 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00814066;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.886;QD=47.9049;RBI=0.0151556;REFB=0.00934459;REVB=0.0127836;RO=1;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299354;STB=0.531225;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000206782;OID=.;OPOS=47444985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:1:2:25:25:0.925926:15:10:0:1:15:10:0:2 chrX 47445286 . A G 772.45 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8027;QD=61.7959;RBI=0.0207472;REFB=-0.150515;REVB=-0.00645534;RO=1;SAF=11;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122265;STB=0.506491;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.000186382;OID=.;OPOS=47445286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:1:1:49:49:0.98:38:11:0:1:38:11:0:1 chrX 47466361 . A G 581.5 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00717112;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.079;QD=61.2102;RBI=0.00847386;REFB=0;REVB=-0.00451458;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.19811e-05;OID=.;OPOS=47466361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chrX 47487912 . T TG 375.38 PASS AF=1;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.0589;QD=46.9222;RBI=0.0754072;REFB=0;REVB=0.0653299;RO=3;SAF=18;SAR=14;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716813;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00438212;OID=.;OPOS=47487913;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:35:32:32:0:18:14:0:0:7:3:18:14:3:0 chrX 47487916 . T A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00854565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.633;QD=58.5874;RBI=0.0399164;REFB=0;REVB=-0.0389909;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215964;OID=.;OPOS=47487916;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chrX 47518799 . TG T 173.26 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.3038;QD=38.5026;RBI=0.125027;REFB=0;REVB=-0.0232617;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00876173;OID=.;OPOS=47518800;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:18:18:18:0:9:9:0:0:3:0:9:8:0:0 chrX 47695547 . T C 2865.8 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.658;QD=62.9847;RBI=0.0575998;REFB=0;REVB=0.0496934;RO=0;SAF=109;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89438e-05;OID=.;OPOS=47695547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:182:0:0:182:182:1:73:109:0:0:73:109:0:0 chrX 47695742 . CT CC,C 518.8 PASS AF=0.131579,0.868421;AO=7,28;DP=37;FAO=5,33;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=5,19;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0687952,-0.0444291;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.817,23.7151;QD=54.61;RBI=0.0688242,0.0637669;REFB=0,0;REVB=-0.00199652,-0.0457414;RO=0;SAF=6,17;SAR=1,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.31638e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0397411,-0.013977;OID=.,.;OPOS=47695743,47695743;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.131579,0.868421:7,28:37:5,33:38:0:5,19:0,14:0:0:22:0:6,17:1,11:0:0 chrX 48049666 . C T 594.07 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3775;QD=60.9301;RBI=0.0795133;REFB=0;REVB=-0.07051;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000391525;OID=.;OPOS=48049666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:24:14:0:0:24:15:0:0 chrX 48054740 . C G 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.39;QD=61.6785;RBI=0.0296931;REFB=0;REVB=0.0220993;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110013;OID=.;OPOS=48054740;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chrX 48209527 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.631;QD=57.8849;RBI=0.0492506;REFB=0;REVB=0.0136891;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60054e-05;OID=.;OPOS=48209527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chrX 48418438 . A T 57.04 PASS AF=0.183099;AO=12;DP=72;FAO=13;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.1764;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9824;QD=3.21357;RBI=0.182253;REFB=-0.0199447;REVB=-0.0458166;RO=35;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381851;STB=0.503263;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0904449;OID=.;OPOS=48418438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:72:71:35:58:12:13:0.183099:7:5:5:30:7:6:27:31 chrX 48433139 . G A 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9099;QD=57.6772;RBI=0.163947;REFB=0;REVB=0.124384;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0046761;OID=.;OPOS=48433139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chrX 48435928 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.776;QD=55.0987;RBI=0.0473196;REFB=0;REVB=0.0468562;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265581;OID=.;OPOS=48435928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chrX 48460314 . A G 1212.84 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.456;QD=59.8932;RBI=0.0830556;REFB=-0.0661862;REVB=-0.0823018;RO=1;SAF=53;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172104;STB=0.509089;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000305437;OID=.;OPOS=48460314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:27:53:0:1:27:53:0:1 chrX 48751471 . A G 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9531;QD=56.1876;RBI=0.0724177;REFB=0;REVB=0.0585665;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248884;OID=.;OPOS=48751471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chrX 48759204 . C T 611.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.055;QD=61.1341;RBI=0.0530571;REFB=0;REVB=0.0430853;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000822813;OID=.;OPOS=48759204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chrX 48781300 . C T 529.48 PASS AF=0.631579;AO=48;DP=76;FAO=48;FDP=76;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0118048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.617;QD=27.8676;RBI=0.0122851;REFB=-0.0375608;REVB=0.00340152;RO=28;SAF=21;SAR=27;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042706;STB=0.523246;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0209262;OID=.;OPOS=48781300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:28:28:48:48:0.631579:27:21:14:14:27:21:14:14 chrX 48847447 . CCCCCTGGGGGA CCCCCTGGGGA,GCCCCTGGGGAC,GCCCCTGGGGCC 219.66 PASS AF=0.675676,0.27027,0.027027;AO=7,2,2;DP=41;FAO=25,10,1;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=25,10,1;FSAR=0,0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0110573,-0.0390724,-0.07331;FXX=0.0975372;HRUN=5,5,5;LEN=1,12,12;MLLD=8.28052,105.891,109.117;QD=23.747;RBI=0.0110573,0.0390769,0.0733126;REFB=-0.183853,-0.00413712,0.013343;REVB=-1.34621e-05,-0.000596439,-0.000608305;RO=4;SAF=7,2,2;SAR=0,0,0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.170892,0.192152,0.147908;OID=.,.,.;OPOS=48847453,48847447,48847447;OREF=G,CCCCCTGGGGGA,CCCCCTGGGGGA;OALT=-,GCCCCTGGGGAC,GCCCCTGGGGCC;OMAPALT=CCCCCTGGGGA,GCCCCTGGGGAC,GCCCCTGGGGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:55:41:37:4:1:7,2,2:25,10,1:0.675676,0.27027,0.027027:0,0,0:7,2,2:4:0:0,0,0:25,10,1:1:0 chrX 48920132 . G A 368.29 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.00413646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.031;QD=21.9874;RBI=0.0197947;REFB=-0.0116116;REVB=0.0193577;RO=30;SAF=25;SAR=12;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227269;STB=0.512528;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0108919;OID=.;OPOS=48920132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:12:25:21:9:12:25:21:9 chrX 48921472 . A AC 45.71 PASS AF=0.245902;AO=17;DP=60;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.0637643;FXX=0.031741;HRUN=0;LEN=1;MLLD=92.3134;QD=2.99722;RBI=0.0639032;REFB=-0.00517842;REVB=0.00421096;RO=43;SAF=2;SAR=15;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279869;STB=0.790786;STBP=0.068;TYPE=ins;VARB=0.161478;OID=.;OPOS=48921473;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245902:17:60:15:61:46:1:14:12:34:45:43:2:15:11:32 chrX 48924868 . TG T 30.13 PASS AF=0.318182;AO=9;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0725515;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.9333;QD=5.47904;RBI=0.0772357;REFB=-0.073402;REVB=-0.0264885;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0.320144;SSEP=0;SSSB=0.281248;STB=0.571224;STBP=0.69;TYPE=del;VARB=0.0841902;OID=.;OPOS=48924869;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:9:22:7:22:15:4:3:7:8:30:11:6:3:4:7 chrX 48931539 . G A 286.49 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0778927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7812;QD=24.3817;RBI=0.0896516;REFB=-0.0173446;REVB=0.0443863;RO=21;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125985;STB=0.569979;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0133066;OID=.;OPOS=48931539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:14:12:13:8:14:12:13:8 chrX 49021256 . A G 1555.88 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332518;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.316;QD=64.16;RBI=0.0333736;REFB=0;REVB=0.00284879;RO=0;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38599e-05;OID=.;OPOS=49021256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:97:0:0:97:97:1:45:52:0:0:45:52:0:0 chrX 49021537 . G C 1510.67 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1363;QD=63.6071;RBI=0.0478331;REFB=0;REVB=-0.0430777;RO=0;SAF=27;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.69335e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140386;OID=.;OPOS=49021537;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:68:27:0:0:68:27:0:0 chrX 49022700 . T C 452.12 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00744642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.562;QD=56.5147;RBI=0.00744778;REFB=0;REVB=0.000142734;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6697e-05;OID=.;OPOS=49022700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:30:32:1:16:14:0:0:18:14:0:0 chrX 49071964 . A G 120.19 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000261952;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.729;QD=43.7051;RBI=0.0920413;REFB=0;REVB=0.0920409;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111392;OID=.;OPOS=49071964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chrX 49081291 . G A 779.58 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000566366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3457;QD=55.684;RBI=0.102649;REFB=0;REVB=0.102648;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128348;OID=.;OPOS=49081291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:30:24:0:0:30:26:0:0 chrX 49103224 . G A 491.38 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.601;QD=57.8088;RBI=0.0176775;REFB=0;REVB=-0.00751794;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177426;OID=.;OPOS=49103224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:16:17:0:0:16:18:0:0 chrX 49767832 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275148;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=277.302;QD=57.2026;RBI=0.0277048;REFB=0;REVB=-0.00323928;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72078e-05;OID=.;OPOS=49767832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chrX 49767835 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233154;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=262.862;QD=57.2026;RBI=0.0238827;REFB=0;REVB=-0.00517469;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26846e-05;OID=.;OPOS=49767835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chrX 49850636 . G T 73.69 PASS AF=0.2;AO=12;DP=60;FAO=12;FDP=60;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0180457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.919;QD=4.91253;RBI=0.0317133;REFB=-0.000405332;REVB=-0.0260784;RO=48;SAF=8;SAR=4;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304174;STB=0.695335;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000735423;OID=.;OPOS=49850636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:60:60:48:48:12:12:0.2:4:8:20:28:4:8:20:28 chrX 50121146 . A AG,G 757.47 PASS AF=1,0;AO=51,4;DP=63;FAO=62,0;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1413,0.0116612;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=18.7621,3.80049;QD=48.8691;RBI=0.142945,0.0163966;REFB=0,0;REVB=0.0216192,0.0115267;RO=8;SAF=23,4;SAR=28,0;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0443889,0.67854;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0039197,0;OID=.,.;OPOS=50121147,50121146;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:8:0:51,4:62,0:1,0:28,0:23,4:5:3:30,0:32,0:0:0 chrX 50146570 . C T 446.63 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9004;QD=55.8291;RBI=0.0637435;REFB=0;REVB=0.0369785;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014314;OID=.;OPOS=50146570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:18:12:0:0:18:14:0:0 chrX 51075841 . A G 89.88 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.000158864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.18;QD=7.0492;RBI=0.0314051;REFB=-0.0120047;REVB=-0.0314047;RO=37;SAF=10;SAR=2;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223276;STB=0.675341;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0356556;OID=.;OPOS=51075841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:51:51:37:39:12:12:0.235294:2:10:26:11:2:10:26:13 chrX 51075901 . G A 58.62 PASS AF=0.157143;AO=11;DP=70;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0189201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.325;QD=3.34953;RBI=0.0257135;REFB=-0.00432233;REVB=-0.0174131;RO=59;SAF=9;SAR=2;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340367;STB=0.738121;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0449548;OID=.;OPOS=51075901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:70:70:59:59:11:11:0.157143:2:9:34:25:2:9:34:25 chrX 52825546 . C G 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6619;QD=58.2376;RBI=0.0196671;REFB=0;REVB=0.0131466;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192634;OID=.;OPOS=52825546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chrX 52891645 . A G 93.45 PASS AF=0.220588;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00417667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3812;QD=5.49683;RBI=0.012773;REFB=-0.0170479;REVB=-0.0120708;RO=53;SAF=10;SAR=5;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199544;STB=0.626091;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0365279;OID=.;OPOS=52891645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:68:68:53:53:15:15:0.220588:5:10:27:26:5:10:27:26 chrX 52891653 . C T 94.12 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0629537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.203;QD=5.61912;RBI=0.0631712;REFB=0.00235487;REVB=0.00523797;RO=52;SAF=10;SAR=5;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232476;STB=0.646267;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0105882;OID=.;OPOS=52891653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:67:67:52:52:15:15:0.223881:5:10:25:27:5:10:25:27 chrX 53107200 . G C 62.41 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.2616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5063;QD=20.8018;RBI=0.268701;REFB=-0.114008;REVB=-0.0613639;RO=2;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14689;STB=0.545344;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0628606;OID=.;OPOS=53107200;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:2:4:8:8:0.666667:5:3:0:2:5:3:1:3 chrX 53107204 . C G 31.11 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=14;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0239614;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8376;QD=8.88756;RBI=0.0774422;REFB=-0.0800495;REVB=0.073642;RO=9;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291052;STB=0.688814;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.159208;OID=.;OPOS=53107204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:14:14:9:9:5:5:0.357143:4:1:4:5:4:1:4:5 chrX 53108953 . T TAC 187.92 PASS AF=0.44898;AO=20;DP=69;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=0.00910973;FXX=0.0925755;HRUN=1;LEN=2;MLLD=142.979;QD=15.3408;RBI=0.114787;REFB=-0.0792383;REVB=0.114424;RO=44;SAF=9;SAR=11;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214125;STB=0.730927;STBP=0.013;TYPE=ins;VARB=0.104109;OID=.;OPOS=53108954;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44898:20:69:22:49:27:9:13:23:4:99:44:9:11:28:16 chrX 53457622 . T C 674.83 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330893;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.607;QD=62.775;RBI=0.0332202;REFB=0;REVB=0.00294565;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.80722e-05;OID=.;OPOS=53457622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chrX 53563589 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0933564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.146;QD=53.9096;RBI=0.0968959;REFB=0;REVB=0.0259499;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141051;OID=.;OPOS=53563589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:21:24:1:16:5:0:0:16:8:0:0 chrX 53641647 . T C 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.794;QD=63.8686;RBI=0.035248;REFB=0;REVB=0.033768;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135908;OID=.;OPOS=53641647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chrX 53652838 . G A 75.58 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00966269;FXX=0.0333222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.304;QD=10.4243;RBI=0.0280321;REFB=-0.00967567;REVB=-0.0263141;RO=19;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55415;STB=0.830552;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.022596;OID=.;OPOS=53652838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:29:19:19:10:10:0.344828:2:8:5:14:2:8:5:14 chrX 53652844 . G A 150.92 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0188398;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.928;QD=18.8651;RBI=0.0251212;REFB=-0.00429955;REVB=0.0166174;RO=16;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348803;STB=0.699737;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00243081;OID=.;OPOS=53652844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:16:16:16:16:0.5:12:4:10:6:12:4:10:6 chrX 53652846 . G T 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.00256822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.09;QD=11.8144;RBI=0.0110269;REFB=-0.0251632;REVB=0.0107237;RO=22;SAF=10;SAR=3;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.575487;STB=0.823085;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0195935;OID=.;OPOS=53652846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:3:10:4:18:3:10:5:18 chrX 53652852 . T G 769.65 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.021;QD=57.011;RBI=0.0110491;REFB=0;REVB=0.00438868;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2503e-05;OID=.;OPOS=53652852;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:22:28:0:0:23:31:0:0 chrX 53659047 . C A,T 2049.4 PASS AF=0.0746269,0.925373;AO=10,124;DP=134;FAO=10,124;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=7,62;FSAR=3,62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150648,0.0294563;FXX=0.00740686;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.389,71.5503;QD=61.1762;RBI=0.0167153,0.0296158;REFB=0,0;REVB=0.0072426,0.00307023;RO=0;SAF=7,62;SAR=3,62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0118833,0.00649782;OID=.,.;OPOS=53659047,53659047;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:134:134:0:0:10,124:10,124:0.0746269,0.925373:3,62:7,62:0:0:3,62:7,62:0:0 chrX 54956673 . T C 482.5 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.957;QD=58.4843;RBI=0.0330988;REFB=0;REVB=0.0142595;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13179e-05;OID=.;OPOS=54956673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:15:18:0:0 chrX 55116466 . C G 1302.04 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4159;QD=62.0021;RBI=0.0574189;REFB=0;REVB=0.0558033;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423559;OID=.;OPOS=55116466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chrX 55172537 . G A 1635.28 PASS AF=0.777108;AO=129;DP=167;FAO=129;FDP=166;FR=.;FRO=37;FSAF=69;FSAR=60;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0505837;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9149;QD=39.4043;RBI=0.0610562;REFB=-0.030909;REVB=-0.0341927;RO=37;SAF=69;SAR=60;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110445;STB=0.558773;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00863739;OID=.;OPOS=55172537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:37:37:129:129:0.777108:60:69:10:27:60:69:10:27 chrX 55172572 . G A 284.03 PASS AF=0.222222;AO=46;DP=207;FAO=46;FDP=207;FR=.;FRO=161;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=75;FSRR=86;FWDB=-0.0223181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.599;QD=5.48855;RBI=0.0225224;REFB=-0.00655583;REVB=-0.00302666;RO=159;SAF=25;SAR=21;SRF=73;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106931;STB=0.560183;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0209897;OID=.;OPOS=55172572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:159:161:46:46:0.222222:21:25:73:86:21:25:75:86 chrX 55172606 . G A 522.79 PASS AF=0.278195;AO=74;DP=266;FAO=74;FDP=266;FR=.;FRO=192;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=97;FSRR=95;FWDB=-0.00548983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0234;QD=7.86147;RBI=0.0175522;REFB=-0.0109945;REVB=-0.0166716;RO=192;SAF=44;SAR=30;SRF=97;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111004;STB=0.565244;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0327378;OID=.;OPOS=55172606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:192:192:74:74:0.278195:30:44:97:95:30:44:97:95 chrX 55172630 . G A 563.25 PASS AF=0.272109;AO=79;DP=292;FAO=80;FDP=294;FR=.;FRO=214;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=115;FSRR=99;FWDB=-0.00655421;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.1791;QD=7.66326;RBI=0.0607702;REFB=-0.00111884;REVB=0.0604157;RO=213;SAF=49;SAR=30;SRF=115;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102281;STB=0.556123;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00531252;OID=.;OPOS=55172630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:294:213:214:79:80:0.272109:30:49:115:98:31:49:115:99 chrX 55172645 . C T 2644.1 PASS AF=0.727586;AO=208;DP=287;FAO=211;FDP=290;FR=.;FRO=79;FSAF=129;FSAR=82;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.00636609;FXX=0.00684908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.581;QD=36.4703;RBI=0.0135541;REFB=-0.0119028;REVB=-0.0119661;RO=77;SAF=128;SAR=80;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908904;STB=0.547231;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00899576;OID=.;OPOS=55172645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:290:77:79:208:211:0.727586:80:128:34:43:82:129:35:44 chrX 55172659 . A G 138.16 PASS AF=0.120275;AO=35;DP=291;FAO=35;FDP=291;FR=.;FRO=256;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=146;FSRR=110;FWDB=-0.0446758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9003;QD=1.89917;RBI=0.0458301;REFB=-0.00558777;REVB=0.0102208;RO=255;SAF=22;SAR=13;SRF=146;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730207;STB=0.553343;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0424374;OID=.;OPOS=55172659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:255:256:35:35:0.120275:13:22:146:109:13:22:146:110 chrX 55172680 . G C 678.29 PASS AF=0.310954;AO=88;DP=282;FAO=88;FDP=283;FR=.;FRO=195;FSAF=64;FSAR=24;FSRF=110;FSRR=85;FWDB=-0.0385874;FXX=0.003521;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4577;QD=9.58714;RBI=0.0386015;REFB=-0.0076243;REVB=0.00104685;RO=192;SAF=64;SAR=24;SRF=108;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216862;STB=0.625508;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0139793;OID=.;OPOS=55172680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:283:192:195:88:88:0.310954:24:64:108:84:24:64:110:85 chrX 55172686 . CT CC,TC 2471.38 PASS AF=0.431655,0.31295;AO=120,87;DP=282;FAO=120,87;FDP=278;FR=.;FRO=71;FSAF=79,65;FSAR=41,22;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.0216393,-0.00520081;FXX=0.0141839;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=44.1659,198.306;QD=35.5594;RBI=0.0220991,0.00611572;REFB=0.00395938,-0.0353236;REVB=-0.00448495,-0.0032177;RO=71;SAF=79,65;SAR=41,22;SRF=29;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.179258,0.305976;STB=0.596888,0.66791;STBP=0.001,0;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.026478,0.0213609;OID=.,.;OPOS=55172687,55172686;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:282:278:71:71:120,87:120,87:0.431655,0.31295:41,22:79,65:29:42:41,22:79,65:29:42 chrX 55172708 . T G 2578.62 PASS AF=0.766038;AO=202;DP=265;FAO=203;FDP=265;FR=.;FRO=62;FSAF=154;FSAR=49;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0165997;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.118;QD=38.9225;RBI=0.0184721;REFB=0.0079561;REVB=-0.00810362;RO=62;SAF=153;SAR=49;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182078;STB=0.597434;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00389027;OID=.;OPOS=55172708;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:62:62:202:203:0.766038:49:153:26:36:49:154:26:36 chrX 55172716 . C T 83.25 PASS AF=0.10084;AO=24;DP=238;FAO=24;FDP=238;FR=.;FRO=214;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=150;FSRR=64;FWDB=-0.015132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.493;QD=1.39915;RBI=0.0191871;REFB=-0.00168684;REVB=-0.0117969;RO=213;SAF=21;SAR=3;SRF=150;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290698;STB=0.732579;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0139999;OID=.;OPOS=55172716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:238:238:213:214:24:24:0.10084:3:21:150:63:3:21:150:64 chrX 55185568 . A G 526.42 PASS AF=0.435115;AO=57;DP=131;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.00712134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.266;QD=16.0739;RBI=0.00819922;REFB=0.00326901;REVB=0.00406371;RO=74;SAF=22;SAR=35;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197344;STB=0.610372;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00300804;OID=.;OPOS=55185568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:74:74:57:57:0.435115:35:22:43:31:35:22:43:31 chrX 55247030 . C G 1722.46 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=117;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00744662;FXX=0.0170926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.052;QD=59.9118;RBI=0.0112802;REFB=-0.0352045;REVB=-0.00847294;RO=0;SAF=43;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43709e-08;STB=0.505746;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-3.35013e-05;OID=.;OPOS=55247030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:117:115:0:1:114:114:0.991304:71:43:0:0:71:43:1:0 chrX 55289774 . T C 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00160403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.298;QD=61.213;RBI=0.00538984;REFB=0;REVB=0.00514562;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25529e-05;OID=.;OPOS=55289774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:39:40:0:0:39:40:0:0 chrX 55479299 . G A 1617.8 PASS AF=0.898438;AO=113;DP=126;FAO=115;FDP=128;FR=.;FRO=13;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0277652;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=83.6089;QD=50.5562;RBI=0.0319924;REFB=-0.103306;REVB=-0.0158936;RO=11;SAF=50;SAR=63;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633992;STB=0.532292;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00229339;OID=.;OPOS=55479299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:126:128:11:13:113:115:0.898438:63:50:9:2:63:52:10:3 chrX 55651001 . T C 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0339239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3419;QD=39.3178;RBI=0.0409688;REFB=0.0951183;REVB=0.0229698;RO=1;SAF=9;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047723;STB=0.526276;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.0060856;OID=.;OPOS=55651001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:4:9:1:0:4:9:1:0 chrX 56590403 . A G 881.58 PASS AF=0.65;AO=76;DP=118;FAO=78;FDP=120;FR=.;FRO=42;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0154473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6151;QD=29.3859;RBI=0.0268038;REFB=-0.00616062;REVB=0.0219048;RO=42;SAF=42;SAR=34;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662243;STB=0.534725;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00228642;OID=.;OPOS=56590403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:42:42:76:78:0.65:34:42:19:23:35:43:19:23 chrX 57163183 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=4;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.111;QD=35.5759;RBI=0.0414475;REFB=0;REVB=0.0414475;RO=0;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395649;OID=.;OPOS=57163183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:4:7:1:4:0:0:0:7:0:0:0 chrX 57313357 . T C 834.33 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.841;QD=57.5402;RBI=0.0546997;REFB=0;REVB=-0.0366224;RO=0;SAF=9;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.84053e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0008211;OID=.;OPOS=57313357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:49:9:0:0:49:9:0:0 chrX 57405163 . T C 785.49 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.618;QD=64.1215;RBI=0.0370724;REFB=0;REVB=-0.00129498;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163166;OID=.;OPOS=57405163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chrX 57619648 . G T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.807;QD=58.2396;RBI=0.0352435;REFB=0;REVB=-0.00652067;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77664e-05;OID=.;OPOS=57619648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chrX 57622607 . G A 919.04 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102558;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.001;QD=58.3515;RBI=0.0149969;REFB=0;REVB=0.010942;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46522e-07;OID=.;OPOS=57622607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chrX 63444938 . C T 495.42 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00839811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2201;QD=26.0745;RBI=0.00909054;REFB=-0.00924167;REVB=0.00347988;RO=30;SAF=17;SAR=29;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169787;STB=0.592833;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00576826;OID=.;OPOS=63444938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:30:46:46:0.605263:29:17:18:12:29:17:18:12 chrX 64725000 . CT CC,C 351.76 PASS AF=0.0606061,0.575758;AO=4,37;DP=66;FAO=4,38;FDP=66;FR=.;FRO=24;FSAF=3,30;FSAR=1,8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00211401,0.030566;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=24.6346,19.8722;QD=21.319;RBI=0.00848865,0.0322845;REFB=-0.0222624,-0.0754921;REVB=-0.0082212,-0.0103926;RO=25;SAF=3,29;SAR=1,8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.095866,0.104578;STB=0.586496,0.566001;STBP=0.752,0.245;TYPE=snp,del;VARB=-0.00650228,0.0586465;OID=.,.;OPOS=64725001,64725001;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0606061,0.575758:4,37:66:4,38:66:24:3,30:1,8:16:8:99:25:3,29:1,8:17:8 chrX 65382685 . T C 532.71 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00681894;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1278;QD=59.1898;RBI=0.00943693;REFB=0;REVB=0.00652362;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141846;OID=.;OPOS=65382685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:23:12:0:0:23:13:0:0 chrX 65822607 . T C 1758.0 PASS AF=0.991453;AO=117;DP=119;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00234996;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.126;QD=60.1025;RBI=0.00989609;REFB=-0.0724996;REVB=-0.00961302;RO=0;SAF=55;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07878e-08;STB=0.504064;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000137579;OID=.;OPOS=65822607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:117:0:1:117:116:0.991453:62:55:0:0:61:55:0:1 chrX 65824986 . C T 903.76 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00113009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.542;QD=58.3068;RBI=0.027834;REFB=0;REVB=0.027811;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85792e-05;OID=.;OPOS=65824986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:31:29:0:0:33:29:0:0 chrX 66765158 . T A 559.05 PASS AF=0.621951;AO=50;DP=82;FAO=51;FDP=82;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0175546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.345;QD=27.2709;RBI=0.0222739;REFB=-0.0991967;REVB=0.01371;RO=31;SAF=15;SAR=35;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212132;STB=0.607719;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0376908;OID=.;OPOS=66765158;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:31:31:50:51:0.621951:35:15:18:13:35:16:18:13 chrX 67674212 . T A 75.94 PASS AF=0.441176;AO=11;DP=21;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0473304;FXX=0.0285633;HRUN=7;LEN=1;MLLD=27.9041;QD=8.93388;RBI=0.0504184;REFB=-0.143924;REVB=-0.0173738;RO=8;SAF=0;SAR=11;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.801447;STB=0.650914;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0478918;OID=.;OPOS=67674212;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:21:34:8:19:11:15:0.441176:11:0:3:5:14:1:3:16 chrX 67942295 . G C 667.93 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6994;QD=62.1329;RBI=0.0716718;REFB=0;REVB=0.0635792;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691608;OID=.;OPOS=67942295;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:19:22:0:0:20:23:0:0 chrX 69250308 . C T 751.38 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.15;QD=54.646;RBI=0.0312517;REFB=-0.119728;REVB=0.0293452;RO=1;SAF=37;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125691;STB=0.506664;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00142072;OID=.;OPOS=69250308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:17:37:1:0:17:37:1:0 chrX 69258515 . T G 1140.14 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0601787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.6583;QD=59.2281;RBI=0.0604614;REFB=-0.159263;REVB=0.00583971;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.506665;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00286004;OID=.;OPOS=69258515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:75:76:0.987013:36:39:0:0:37:39:0:1 chrX 69261765 . TCTC T 166.08 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0191348;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=301.281;QD=22.1441;RBI=0.020436;REFB=-0.00887732;REVB=0.00717554;RO=13;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715741;STB=0.54994;STBP=0.561;TYPE=del;VARB=0.00605495;OID=.;OPOS=69261766;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.566667:16:31:17:30:13:11:6:7:6:99:13:10:6:7:6 chrX 69478749 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.091588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.285;QD=50.4132;RBI=0.0977116;REFB=0;REVB=0.0340469;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115979;OID=.;OPOS=69478749;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chrX 69478775 . A C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.652;QD=37.4884;RBI=0.0428023;REFB=0;REVB=0.00362916;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136278;OID=.;OPOS=69478775;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chrX 69478942 . T G 1029.82 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0174838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0797;QD=58.0182;RBI=0.0197664;REFB=-0.0490196;REVB=0.00922092;RO=1;SAF=30;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154986;STB=0.508194;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00636948;OID=.;OPOS=69478942;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:40:30:1:0:40:30:1:0 chrX 69489530 . C T 477.81 PASS AF=1;AO=28;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.044;QD=57.9168;RBI=0.0181395;REFB=0;REVB=0.00766085;RO=0;SAF=24;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00451328;OID=.;OPOS=69489530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:28:33:1:4:24:0:0:4:29:0:0 chrX 69510335 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.555;QD=60.2045;RBI=0.0326894;REFB=0;REVB=0.0213245;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15752e-05;OID=.;OPOS=69510335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chrX 69550080 . A G 1020.94 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.721;QD=59.1848;RBI=0.00791328;REFB=0;REVB=0.00163577;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12541e-05;OID=.;OPOS=69550080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:33:35:0:0:34:35:0:0 chrX 69652762 . A G 888.4 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0363415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6788;QD=56.4063;RBI=0.0463695;REFB=0.00499279;REVB=-0.0287998;RO=1;SAF=32;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145261;STB=0.50769;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00146338;OID=.;OPOS=69652762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:30:32:1:0:30:32:1:0 chrX 69774517 . A T 884.38 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00623381;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.3223;QD=53.5989;RBI=0.00801124;REFB=-0.122838;REVB=0.00503186;RO=1;SAF=39;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119558;STB=0.502296;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00135506;OID=.;OPOS=69774517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:66:66:1:3:63:63:0.954545:24:39:1:0:24:39:2:1 chrX 69964084 . GAAAAAAAAT GAAAAAAAT,GAAAAAATAT,GGAAAAAAAA 229.11 PASS AF=0.444444,0.444444,0.0740741;AO=11,9,2;DP=29;FAO=12,12,2;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=0,3,0;FSAR=12,9,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.451962,-0.156649,0.110183;FXX=0.0689417;HRUN=8,8,8;LEN=1,1,9;MLLD=6.83392,193.811,215.511;QD=33.9415;RBI=0.45768,0.156893,0.110748;REFB=-0.0613428,-0.00735564,-0.00101332;REVB=-0.0721205,-0.00876254,0.0111796;RO=2;SAF=0,1,0;SAR=11,8,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.0990128,0;STB=0.5,0.526273,0.5;STBP=1,0.659,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.0258956,0.00092808,0.0251924;OID=.,.,.;OPOS=69964085,69964091,69964085;OREF=A,A,AAAAAAAAT;OALT=-,T,GAAAAAAAA;OMAPALT=GAAAAAAAT,GAAAAAATAT,GGAAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.444444,0.444444,0.0740741:11,9,2:29:12,12,2:27:1:0,3,0:12,9,2:0:1:93:2:0,1,0:11,8,2:0:2 chrX 70146398 . A G 1695.28 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.839;QD=60.5456;RBI=0.0460346;REFB=0;REVB=0.0360283;RO=0;SAF=53;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04725e-05;OID=.;OPOS=70146398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:58:53:0:0:59:53:0:0 chrX 70146475 . G C 1525.5 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.033;QD=59.8235;RBI=0.0305598;REFB=0;REVB=0.028392;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14553e-05;OID=.;OPOS=70146475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:53:49:0:0:53:49:0:0 chrX 70636469 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.179;QD=33.4285;RBI=0.0416183;REFB=0;REVB=0.0376235;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013049;OID=.;OPOS=70636469;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chrX 70836827 . CGGGGGC CGGGG,CGGGGC 415.53 PASS AF=0.734177,0;AO=32,13;DP=83;FAO=58,0;FDP=79;FR=.;FRO=21;FSAF=24,0;FSAR=34,0;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.072928,0.0318502;FXX=0.0124984;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=19.6505,10.3118;QD=21.0396;RBI=0.119722,0.112426;REFB=-0.115294,-0.097302;REVB=0.0949471,-0.10782;RO=24;SAF=16,1;SAR=16,12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0.375,0.375;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.595534;STB=0.555144,0.5;STBP=0.11,1;TYPE=del,del;VARB=0.0519241,0;OID=.,.;OPOS=70836832,70836828;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=CGGGG,CGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.734177,0:32,13:83:58,0:79:21:24,0:34,0:13:8:73:24:16,1:16,12:12:12 chrX 71349773 . GT G,GC 557.37 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=10,27;DP=37;FAO=1,36;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203645,0.0176709;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=194.857,220.41;QD=60.2562;RBI=0.0385599,0.0670117;REFB=0,0;REVB=0.0327437,0.0646398;RO=0;SAF=1,21;SAR=9,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.8593e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00892314,0.00199747;OID=.,.;OPOS=71349774,71349774;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.027027,0.972973:10,27:37:1,36:37:0:1,21:0,15:0:0:3:0:1,21:9,6:0:0 chrX 71351443 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0747912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.144;QD=43.4861;RBI=0.0748494;REFB=0;REVB=0.00295087;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000656197;OID=.;OPOS=71351443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chrX 71358984 . C T 2318.85 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.3;QD=63.0979;RBI=0.0362005;REFB=-0.0071299;REVB=0.00751491;RO=1;SAF=51;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00923319;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126081;OID=.;OPOS=71358984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:147:147:1:0:146:147:1:95:51:1:0:95:52:0:0 chrX 71363415 . C T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211434;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.293;QD=57.2017;RBI=0.021835;REFB=0;REVB=0.00545179;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87817e-05;OID=.;OPOS=71363415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chrX 71379881 . G A 877.69 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0093693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.528;QD=57.5536;RBI=0.0161264;REFB=0;REVB=0.0131254;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372953;OID=.;OPOS=71379881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:32:27:0:0:33:28:0:0 chrX 71406301 . T C 1287.41 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9477;QD=60.5838;RBI=0.0641516;REFB=0;REVB=0.0584006;RO=1;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122979;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637281;OID=.;OPOS=71406301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:1:0:81:85:1:38:43:0:1:41:44:0:0 chrX 71416721 . C T 2011.23 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0319301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.037;QD=61.4116;RBI=0.0341563;REFB=-0.0923495;REVB=0.0121292;RO=1;SAF=50;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590415;STB=0.503105;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000316354;OID=.;OPOS=71416721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:130:130:0.992366:80:50:0:1:80:50:0:1 chrX 71418669 . C A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00967888;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=323.447;QD=40.7629;RBI=0.0245027;REFB=0;REVB=0.02251;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7686e-05;OID=.;OPOS=71418669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chrX 71521867 . G C 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0154887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.828;QD=56.0118;RBI=0.0268565;REFB=-0.0129456;REVB=0.0219402;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022804;STB=0.512188;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000507118;OID=.;OPOS=71521867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:14:20:1:0:14:20:1:0 chrX 71549512 . G C 1491.65 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5233;QD=63.4746;RBI=0.0155559;REFB=0;REVB=-0.0117242;RO=0;SAF=37;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.45517e-06;OID=.;OPOS=71549512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:57:37:0:0:57:37:0:0 chrX 71791912 . C T 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000783054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.14;QD=62.4654;RBI=0.0184296;REFB=0;REVB=0.018413;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94746e-05;OID=.;OPOS=71791912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:50:37:0:0:50:37:0:0 chrX 71819691 . A G 1510.82 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-8.85863e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.599;QD=63.6137;RBI=0.0162289;REFB=0;REVB=0.0162286;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33976e-05;OID=.;OPOS=71819691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:44:51:0:0:44:51:0:0 chrX 71840706 . G A 96.28 PASS AF=0.168317;AO=16;DP=101;FAO=17;FDP=101;FR=.;FRO=84;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.0276006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6318;QD=3.81298;RBI=0.0521868;REFB=7.05683e-06;REVB=-0.0442908;RO=84;SAF=10;SAR=6;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850564;STB=0.524405;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00108023;OID=.;OPOS=71840706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:101:101:84:84:16:17:0.168317:6:10:47:37:7:10:47:37 chrX 71887234 . C T 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0439133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.451;QD=25.495;RBI=0.0721593;REFB=-0.0397531;REVB=0.057259;RO=7;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146136;STB=0.581287;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0209274;OID=.;OPOS=71887234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:5:9:6:1:5:9:6:1 chrX 72902707 . G T 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4422;QD=58.5838;RBI=0.0424494;REFB=0;REVB=-0.0285535;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06141e-05;OID=.;OPOS=72902707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chrX 72906953 . GT G 117.32 PASS AF=1;AO=16;DP=23;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.228929;FXX=0.0869187;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.87829;QD=22.3457;RBI=0.256427;REFB=-0.00692419;REVB=-0.115526;RO=3;SAF=5;SAR=11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112355;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0239121;OID=.;OPOS=72906954;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:16:23:21:21:0:8:13:0:0:4:3:5:11:2:1 chrX 73043817 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00810611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.611;QD=61.3361;RBI=0.0283956;REFB=0;REVB=0.027214;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123661;OID=.;OPOS=73043817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chrX 73066439 . T C 472.02 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0311188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.51;QD=55.532;RBI=0.0399379;REFB=-0.0966309;REVB=0.0250331;RO=0;SAF=26;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44409e-08;STB=0.509428;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00141869;OID=.;OPOS=73066439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:7:26:0:0:7:26:1:0 chrX 73462520 . T C 1139.07 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00481864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.037;QD=59.1723;RBI=0.0393975;REFB=-0.0108392;REVB=0.0391017;RO=1;SAF=53;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884626;STB=0.504672;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=3.0864e-05;OID=.;OPOS=73462520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:23:53:1:0:23:53:1:0 chrX 73641569 . T C 175.69 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0508229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.109;QD=46.8515;RBI=0.0557689;REFB=0;REVB=0.0229608;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223657;OID=.;OPOS=73641569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chrX 73753672 . G A 244.38 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0083804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.214;QD=17.4557;RBI=0.0260591;REFB=-0.0128937;REVB=-0.0246748;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673308;STB=0.53782;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0127299;OID=.;OPOS=73753672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:15:12:15:14:15:12:15:14 chrX 74494470 . T G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.635;QD=57.1063;RBI=0.0430023;REFB=0;REVB=-0.0115634;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36066e-05;OID=.;OPOS=74494470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chrX 74511202 . G C 1558.71 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392967;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5451;QD=59.9504;RBI=0.0405313;REFB=0;REVB=-0.00992771;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253403;OID=.;OPOS=74511202;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:48:56:0:0:48:56:0:0 chrX 75004529 . C A 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2979;QD=61.682;RBI=0.0609684;REFB=0;REVB=-0.0602166;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000820203;OID=.;OPOS=75004529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chrX 77298857 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.003;QD=61.684;RBI=0.0365012;REFB=0;REVB=0.0346369;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012535;OID=.;OPOS=77298857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:12:29:0:0:12:29:0:0 chrX 77528317 . G A 920.08 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.177;QD=58.4178;RBI=0.00983447;REFB=0;REVB=-0.00978088;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29724e-05;OID=.;OPOS=77528317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:28:34:0:0:29:34:0:0 chrX 78011737 . T C 575.71 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.15;QD=60.6006;RBI=0.0544687;REFB=0;REVB=0.0416203;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63164e-05;OID=.;OPOS=78011737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chrX 78426988 . T C 727.92 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.182;QD=63.2972;RBI=0.0236306;REFB=0;REVB=0.0080175;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73642e-05;OID=.;OPOS=78426988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:21:24:0:0:21:25:0:0 chrX 79698294 . AT A 72.3 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0113946;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.0155;QD=6.88581;RBI=0.0536718;REFB=-0.00797004;REVB=-0.0524483;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104869;STB=0.530085;STBP=0.774;TYPE=del;VARB=0.0107749;OID=.;OPOS=79698295;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404762:17:42:17:42:25:6:11:10:15:72:22:6:11:10:12 chrX 79699998 . T A 1477.84 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.013212;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2493;QD=58.5285;RBI=0.0454223;REFB=-0.10882;REVB=-0.0434584;RO=1;SAF=33;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141568;STB=0.507461;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00521314;OID=.;OPOS=79699998;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:101:1:1:100:100:0.990099:67:33:1:0:67:33:1:0 chrX 79931831 . CGTGTGTGTGTGTC CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG 525.8 PASS AF=0.861111,0.138889;AO=28,8;DP=38;FAO=31,5;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=11,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0838927,0.0609616;FXX=0.0270197;HRUN=1,1;LEN=4,5;MLLD=186.97,111.459;QD=58.4221;RBI=0.0864013,0.064079;REFB=0,0;REVB=0.0206688,-0.0197434;RO=0;SAF=18,2;SAR=10,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.58669e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0102059,0.0255973;OID=.,.;OPOS=79931832,79931840;OREF=GTGT,GTGTC;OALT=-,CTGTG;OMAPALT=CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.861111,0.138889:28,8:38:31,5:36:0:20,0:11,5:0:0:27:0:18,2:10,6:0:0 chrX 79943569 . T C 2502.72 PASS AF=0.988024;AO=165;DP=167;FAO=165;FDP=167;FR=.;FRO=2;FSAF=104;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0913685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4096;QD=59.9454;RBI=0.104342;REFB=-0.0493228;REVB=0.0503895;RO=2;SAF=104;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153439;STB=0.508064;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00011307;OID=.;OPOS=79943569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:167:167:2:2:165:165:0.988024:61:104:0:2:61:104:0:2 chrX 79989018 . C G 775.77 PASS AF=1;AO=53;DP=56;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132465;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.189;QD=57.4642;RBI=0.0150481;REFB=0;REVB=0.00713967;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144407;OID=.;OPOS=79989018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:54:0:0:53:54:1:23:30:0:0:24:30:0:0 chrX 79999721 . GCCC GCC,GCCA 523.03 PASS AF=0.862745,0.117647;AO=24,7;DP=51;FAO=44,6;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=18,3;FSAR=26,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.516263,0.285055;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=17.0028,11.107;QD=41.0219;RBI=0.519979,0.288828;REFB=-0.0686118,-0.123142;REVB=0.0620518,-0.0465301;RO=18;SAF=2,3;SAR=22,4;SRF=14;SRR=4;SSEN=0.444157,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.655722,-0.390256;STB=0.50943,0.571194;STBP=0.535,0.508;TYPE=del,snp;VARB=0.0450229,-0.112534;OID=.,.;OPOS=79999722,79999724;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=GCC,GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.862745,0.117647:24,7:51:44,6:51:1:18,3:26,3:0:1:20:18:2,3:22,4:14:4 chrX 80185294 . G A 838.14 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00342426;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0353;QD=57.803;RBI=0.0348319;REFB=0;REVB=-0.0346632;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015061;OID=.;OPOS=80185294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:59:58:1:32:27:0:0:31:27:0:0 chrX 80191990 . G C 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.777;QD=58.2386;RBI=0.0420572;REFB=0;REVB=0.00166271;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102891;OID=.;OPOS=80191990;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chrX 83128011 . C T 1448.17 PASS AF=1;AO=76;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3184;QD=62.287;RBI=0.156212;REFB=0;REVB=-0.00191725;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153425;OID=.;OPOS=83128011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:76:93:1:38:38:0:0:38:55:0:0 chrX 84189505 . C T 668.35 PASS AF=0.605769;AO=63;DP=105;FAO=63;FDP=104;FR=.;FRO=41;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.000612906;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.776;QD=25.7057;RBI=0.00309444;REFB=-0.0237094;REVB=0.00303314;RO=40;SAF=34;SAR=29;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617118;STB=0.527915;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0154351;OID=.;OPOS=84189505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:40:41:63:63:0.605769:29:34:25:15:29:34:25:16 chrX 84350010 . A G 223.08 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0789617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9588;QD=49.5724;RBI=0.0820541;REFB=0;REVB=0.0223142;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153342;OID=.;OPOS=84350010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chrX 84358864 . C T 755.25 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00888235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.071;QD=54.927;RBI=0.0166657;REFB=-0.15276;REVB=-0.0141014;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.507689;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000395324;OID=.;OPOS=84358864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:22:32:0:0:22:32:1:0 chrX 84363140 . A G 1779.19 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5989;QD=60.8272;RBI=0.0251981;REFB=0;REVB=-0.000231251;RO=0;SAF=52;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150216;OID=.;OPOS=84363140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:116:117:1:64:52:0:0:64:53:0:0 chrX 84534383 . A C 1442.57 PASS AF=1;AO=57;DP=110;FAO=105;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282971;FXX=0.0454504;HRUN=10;LEN=1;MLLD=136.061;QD=54.9552;RBI=0.100807;REFB=-0.132708;REVB=0.0967539;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133724;OID=.;OPOS=84534383;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:110:105:0:0:57:105:1:33:24:0:0:49:56:0:0 chrX 84563135 . T A 3153.62 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.306;QD=64.033;RBI=0.0224296;REFB=0;REVB=0.0214846;RO=0;SAF=117;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.57844e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12446e-06;OID=.;OPOS=84563135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:197:0:0:196:197:1:79:117:0:0:79:118:0:0 chrX 86877348 . G T 1269.69 PASS AF=0.966292;AO=85;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0376408;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.5582;QD=57.0649;RBI=0.0386148;REFB=-0.11802;REVB=-0.00861797;RO=4;SAF=47;SAR=38;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259726;STB=0.507237;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00317798;OID=.;OPOS=86877348;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:89:89:4:3:85:86:0.966292:38:47:1:3:39:47:1:2 chrX 86887244 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=326.052;QD=57.1775;RBI=0.0277426;REFB=0;REVB=0.0247235;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91723e-05;OID=.;OPOS=86887244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chrX 88008423 . A C 579.46 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3677;QD=57.9459;RBI=0.11704;REFB=0;REVB=0.112172;RO=2;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718749;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00501969;OID=.;OPOS=88008423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:2:0:38:40:1:12:26:0:2:14:26:0:0 chrX 88009322 . A G 1380.68 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.802;QD=61.3637;RBI=0.0131871;REFB=-0.111494;REVB=-0.00435577;RO=1;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902749;STB=0.504761;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000141926;OID=.;OPOS=88009322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:52:37:0:1:52:37:0:1 chrX 90693458 . A T 1803.68 PASS AF=1;AO=98;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00229118;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1173;QD=60.1228;RBI=0.141431;REFB=0;REVB=0.141412;RO=0;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000829279;OID=.;OPOS=90693458;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:98:120:1:47:51:0:0:63:57:0:0 chrX 91578946 . C T 358.09 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3315;QD=55.0902;RBI=0.0204251;REFB=0;REVB=0.00502247;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300008;OID=.;OPOS=91578946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chrX 91585410 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=351.054;QD=48.7373;RBI=0.0332192;REFB=0;REVB=0.0248414;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156469;OID=.;OPOS=91585410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chrX 91873265 . G C 1111.69 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00860918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.185;QD=60.0912;RBI=0.0193037;REFB=0;REVB=-0.0172775;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.59674e-06;OID=.;OPOS=91873265;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:29:43:0:0:31:43:0:0 chrX 92966191 . T A 47.8 PASS AF=0.097561;AO=24;DP=189;FAO=20;FDP=205;FR=.;FRO=185;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=62;FSRR=123;FWDB=-0.0751552;FXX=0.00485413;HRUN=8;LEN=1;MLLD=54.3315;QD=0.932655;RBI=0.0751578;REFB=-0.000926548;REVB=0.000624889;RO=156;SAF=23;SAR=1;SRF=44;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.73968;STB=0.762754;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0442789;OID=.;OPOS=92966191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:189:205:156:185:24:20:0.097561:1:23:44:112:7:13:62:123 chrX 92966454 . GTA AGT,GAT,GT 46.31 PASS AF=0.010101,0,0.262626;AO=4,9,34;DP=100;FAO=1,0,26;FDP=99;FR=.;FRO=72;FSAF=0,0,4;FSAR=1,0,22;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.0537413,-0.0126837,-0.146984;FXX=0.009999;HRUN=1,1,5;LEN=3,2,1;MLLD=88.8648,130.278,8.99188;QD=1.87093;RBI=0.0678086,0.209425,0.237721;REFB=-0.022305,-0.0148057,-0.212695;REVB=-0.0413506,-0.20904,-0.186834;RO=43;SAF=1,0,10;SAR=3,9,24;SRF=37;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.633785,-0.831459,-0.52215;STB=0.992702,0.5,0.851127;STBP=0.271,1,0;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0.12996,0,0.147176;OID=.,.,.;OPOS=92966454,92966455,92966456;OREF=GTA,TA,A;OALT=AGT,AT,-;OMAPALT=AGT,GAT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:47:100:99:43:72:4,9,34:1,0,26:0.010101,0,0.262626:3,9,24:1,0,10:37:6:1,0,22:0,0,4:46:26 chrX 96139406 . G A 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.428;QD=60.3767;RBI=0.0437605;REFB=0;REVB=-0.0405701;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247069;OID=.;OPOS=96139406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chrX 96139459 . T C 1171.62 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.021;QD=60.8634;RBI=0.0326715;REFB=0;REVB=0.0262732;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138386;OID=.;OPOS=96139459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chrX 99355146 . C T 555.51 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.386;QD=60.0552;RBI=0.0321101;REFB=0;REVB=-0.00312047;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125177;OID=.;OPOS=99355146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:19:17:0:0:20:17:0:0 chrX 99849017 . G A 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.565;QD=57.6735;RBI=0.0466433;REFB=0;REVB=0.00265073;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247508;OID=.;OPOS=99849017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chrX 99854083 . T G 802.92 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0126636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.05;QD=55.3738;RBI=0.0448571;REFB=-0.0588817;REVB=0.0430324;RO=1;SAF=24;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192443;STB=0.510201;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00982574;OID=.;OPOS=99854083;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:33:24:1:0:33:24:1:0 chrX 99941705 . T C 526.65 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0470596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2681;QD=56.9353;RBI=0.0529508;REFB=-0.00650946;REVB=0.024273;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517232;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0010217;OID=.;OPOS=99941705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:14:22:0:0:14:22:0:1 chrX 100243459 . G T 1685.55 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.162;QD=60.1982;RBI=0.0323695;REFB=0;REVB=0.0143069;RO=0;SAF=52;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40466e-06;OID=.;OPOS=100243459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:111:112:1:59:52:0:0:59:53:0:0 chrX 100245606 . A G 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.223;QD=63.2856;RBI=0.0373598;REFB=0;REVB=0.0121278;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212815;OID=.;OPOS=100245606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chrX 100547933 . A G 1102.52 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.043846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3258;QD=58.801;RBI=0.0465269;REFB=-0.0937187;REVB=-0.0155656;RO=1;SAF=39;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119765;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00114804;OID=.;OPOS=100547933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:35:39:1:0:35:39:1:0 chrX 100608191 . G A 1339.71 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.025;QD=62.3121;RBI=0.0189842;REFB=0;REVB=-0.012724;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73515e-06;OID=.;OPOS=100608191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:40:46:0:0:40:46:0:0 chrX 100645467 . T C 452.84 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=350.377;QD=54.8896;RBI=0.0154661;REFB=-0.00975733;REVB=0.010886;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300873;STB=0.516119;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000817638;OID=.;OPOS=100645467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:1:1:31:32:0.969697:16:15:1:0:17:15:1:0 chrX 100668489 . T G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.923;QD=62.3509;RBI=0.0217196;REFB=0;REVB=0.0209078;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40381e-05;OID=.;OPOS=100668489;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chrX 100745021 . C T 2446.19 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00822474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.842;QD=61.1547;RBI=0.0120651;REFB=0;REVB=-0.00882719;RO=0;SAF=96;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17305e-06;OID=.;OPOS=100745021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:160:0:0:158:160:1:62:96:0:0:62:98:0:0 chrX 100748078 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000554317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.737;QD=51.9166;RBI=0.000766632;REFB=0;REVB=-0.000529582;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24287e-05;OID=.;OPOS=100748078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chrX 100911066 . C T 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0783;QD=60.2275;RBI=0.0310478;REFB=0;REVB=0.00574509;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000263052;OID=.;OPOS=100911066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chrX 101138792 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.696;QD=61.3362;RBI=0.0675535;REFB=0;REVB=0.0659747;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188762;OID=.;OPOS=101138792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chrX 101623772 . T C 301.28 PASS AF=0.4;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0262808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1454;QD=14.1778;RBI=0.042105;REFB=-0.00699789;REVB=-0.032896;RO=50;SAF=16;SAR=18;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051777;STB=0.523532;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0083237;OID=.;OPOS=101623772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:50:51:34:34:0.4:18:16:26:24:18:16:26:25 chrX 101911337 . C T 198.4 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.102744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1232;QD=44.089;RBI=0.104593;REFB=0.0463554;REVB=0.0195798;RO=1;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436347;STB=0.523782;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-3.08342e-05;OID=.;OPOS=101911337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:10:7:0:1:10:7:0:1 chrX 101970316 . A C 1970.85 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00219859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2706;QD=62.0741;RBI=0.0303901;REFB=0;REVB=0.0303104;RO=0;SAF=74;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133373;OID=.;OPOS=101970316;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:53:74:0:0:53:74:0:0 chrX 101970495 . C T 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0554412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.952;QD=19.0579;RBI=0.0554414;REFB=-0.019088;REVB=0.000145087;RO=20;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115002;STB=0.564906;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0210369;OID=.;OPOS=101970495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:11:8:6:14:11:8:6:14 chrX 102192775 . C T 273.32 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0346176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.305;QD=31.2365;RBI=0.0491283;REFB=-0.0246498;REVB=0.03486;RO=10;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181793;STB=0.583855;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00978527;OID=.;OPOS=102192775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:10:11:24:24:0.685714:13:11:8:2:13:11:8:3 chrX 102529190 . C G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00745155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.6231;QD=60.9774;RBI=0.0111084;REFB=0;REVB=0.00823837;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28109e-05;OID=.;OPOS=102529190;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chrX 102564583 . A G 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00838306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.609;QD=60.1583;RBI=0.00981973;REFB=0.0649389;REVB=0.00511384;RO=1;SAF=28;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164853;STB=0.508768;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.000378651;OID=.;OPOS=102564583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:16:28:1:0:16:28:1:0 chrX 102754848 . T G 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.986;QD=48.7336;RBI=0.0500631;REFB=0;REVB=0.039057;RO=0;SAF=15;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490793;OID=.;OPOS=102754848;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:2:15:0:0:2:15:0:0 chrX 102930960 . A G 234.77 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387837;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.1624;QD=46.9536;RBI=0.190913;REFB=-0.0697761;REVB=0.186932;RO=1;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831815;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00826976;OID=.;OPOS=102930960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:19:20:1:0:18:20:1:5:13:0:1:7:13:0:0 chrX 102979486 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00634051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.291;QD=61.3363;RBI=0.0239623;REFB=0;REVB=0.0231082;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185222;OID=.;OPOS=102979486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:16:23:0:0:17:23:0:0 chrX 103046526 . TG T 670.94 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196084;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=23.7662;QD=47.0837;RBI=0.0235727;REFB=0;REVB=0.0130837;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00083783;OID=.;OPOS=103046527;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:57:57:57:0:30:27:0:0:12:0:30:27:0:0 chrX 105153001 . A G 330.25 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00419341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4429;QD=50.8071;RBI=0.00694548;REFB=-0.166446;REVB=-0.0055367;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0100307;OID=.;OPOS=105153001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:12:13:1:0:12:13:1:0 chrX 105450603 . GA AG,G 2712.33 PASS AF=0.0358974,0.964103;AO=7,39;DP=190;FAO=7,188;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=0,104;FSAR=7,84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0848141,0.937275;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=177.617,21.0984;QD=55.6376;RBI=0.088358,1.05691;REFB=0,0;REVB=-0.0247733,0.488451;RO=142;SAF=0,0;SAR=7,39;SRF=104;SRR=38;SSEN=0,0.213542;SSEP=0,0;SSSB=-0.604277,-0.835186;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0603057,0.0161644;OID=.,.;OPOS=105450603,105450604;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:190:195:142:0:7,39:7,188:0.0358974,0.964103:7,39:0,0:104:38:7,84:0,104:0:0 chrX 106070599 . GA G,GG 254.77 PASS AF=0.676923,0.0461538;AO=38,3;DP=65;FAO=44,3;FDP=65;FR=.;FRO=18;FSAF=24,2;FSAR=20,1;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.135208,-0.0588327;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=10.1599,22.8802;QD=15.6779;RBI=0.240894,0.111874;REFB=0.0038566,-0.00947028;REVB=0.199371,0.0951555;RO=18;SAF=21,2;SAR=17,1;SRF=5;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.161345,0.411693;STB=0.545434,0.725861;STBP=0.267,0.468;TYPE=del,snp;VARB=0.0327518,-0.0844789;OID=.,.;OPOS=106070600,106070600;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.676923,0.0461538:38,3:65:44,3:65:18:24,2:20,1:7:11:71:18:21,2:17,1:5:13 chrX 106200202 . G A 1677.33 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00295084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.753;QD=60.4444;RBI=0.0153179;REFB=0;REVB=-0.015031;RO=0;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.42071e-05;OID=.;OPOS=106200202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:53:58:0:0:53:58:0:0 chrX 106845185 . CG C 46.0 PASS AF=0.6;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0800908;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=13.3546;QD=12.2656;RBI=0.0843705;REFB=-0.0764659;REVB=0.0265301;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17296;STB=0.615147;STBP=0.317;TYPE=del;VARB=0.058008;OID=.;OPOS=106845186;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:8:15:9:15:6:5:4:5:1:34:6:5:3:5:1 chrX 107418906 . A G 1174.76 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00798342;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.994;QD=59.4814;RBI=0.00954454;REFB=-0.0712045;REVB=-0.005231;RO=1;SAF=43;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108815;STB=0.505746;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000299145;OID=.;OPOS=107418906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:1:1:78:78:0.987342:35:43:1:0:35:43:1:0 chrX 107433688 . A G 2512.72 PASS AF=0.993939;AO=163;DP=164;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0596481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.644;QD=60.9145;RBI=0.060347;REFB=-0.0900722;REVB=0.00915761;RO=1;SAF=78;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606171;STB=0.503144;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000109935;OID=.;OPOS=107433688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:165:1:1:163:164:0.993939:85:78:1:0:85:79:1:0 chrX 107434742 . G C 31.04 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0335168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.302;QD=2.58658;RBI=0.0717835;REFB=-0.00226743;REVB=-0.0634783;RO=39;SAF=1;SAR=5;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353256;STB=0.765146;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.110468;OID=.;OPOS=107434742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:48:48:39:42:6:6:0.125:5:1:17:22:5:1:18:24 chrX 107437848 . G C 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0284233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.613;QD=61.8144;RBI=0.0363736;REFB=-0.0685893;REVB=0.022697;RO=1;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192048;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000872886;OID=.;OPOS=107437848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:24:25:0:1:24:25:0:1 chrX 108297332 . A G 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00117793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.164;QD=26.0263;RBI=0.00117793;REFB=-0.0117458;REVB=0;RO=1;SAF=6;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002951;OID=.;OPOS=108297332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:0:6:1:0:0:6:1:0 chrX 108297336 . TG AA 272.91 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00147455;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=314.217;QD=45.4844;RBI=0.00147455;REFB=0.0112481;REVB=0;RO=2;SAF=22;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000828975;OID=.;OPOS=108297336;OREF=TG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:0:22:2:0:0:22:2:0 chrX 108297342 . G C 405.21 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0167229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.746;QD=52.2851;RBI=0.0167229;REFB=0.150963;REVB=0;RO=1;SAF=29;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264771;OID=.;OPOS=108297342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:29:30:0.967742:0:29:1:0:0:30:1:0 chrX 108297345 . TTTT AGCA 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00389544;FXX=0;HRUN=5;LEN=4;MLLD=354.006;QD=53.9324;RBI=0.00389544;REFB=-0.0277426;REVB=0;RO=1;SAF=30;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-4.46964e-06;OID=.;OPOS=108297345;OREF=TTTT;OALT=AGCA;OMAPALT=AGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:0:30:1:0:0:30:1:0 chrX 108297375 . T C 6690.01 PASS AF=1;AO=421;DP=423;FAO=423;FDP=423;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=322;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00870406;FXX=0.00470577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.405;QD=63.2625;RBI=0.0286227;REFB=0.0383195;REVB=-0.0272672;RO=0;SAF=100;SAR=321;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30599e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.02752e-05;OID=.;OPOS=108297375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:423:423:0:0:421:423:1:321:100:0:0:322:101:0:0 chrX 108297445 . A G 9163.73 PASS AF=0.985;AO=586;DP=595;FAO=591;FDP=600;FR=.;FRO=9;FSAF=187;FSAR=404;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00353834;FXX=0.00166387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=352.178;QD=61.0915;RBI=0.00530725;REFB=0.0046463;REVB=-0.00395564;RO=9;SAF=185;SAR=401;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153468;STB=0.507952;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-4.62738e-05;OID=.;OPOS=108297445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:595:600:9:9:586:591:0.985:401:185:7:2:404:187:7:2 chrX 108297500 . G C 6872.16 PASS AF=0.97397;AO=447;DP=459;FAO=449;FDP=461;FR=.;FRO=12;FSAF=148;FSAR=301;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0245662;FXX=0.00216446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.95;QD=59.6283;RBI=0.0295431;REFB=-0.0595454;REVB=0.0164103;RO=8;SAF=148;SAR=299;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0063817;STB=0.505;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000864398;OID=.;OPOS=108297500;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:459:461:8:12:447:449:0.97397:299:148:4:4:301:148:6:6 chrX 108297573 . A G 1024.2 PASS AF=0.986111;AO=68;DP=70;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.637;QD=56.9;RBI=0.0496562;REFB=-0.0696883;REVB=-0.0474556;RO=2;SAF=20;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133002;STB=0.511625;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00258779;OID=.;OPOS=108297573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:72:2:1:68:71:0.986111:48:20:1:1:50:21:1:0 chrX 108297602 . T C 757.71 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0048871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.254;QD=63.1427;RBI=0.00729765;REFB=0;REVB=0.00541958;RO=0;SAF=9;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87157e-05;OID=.;OPOS=108297602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:46:48:1:37:9:0:0:39:9:0:0 chrX 108297641 . G A 789.55 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7023;QD=63.1641;RBI=0.131752;REFB=0;REVB=0.00882675;RO=1;SAF=7;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625686;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149387;OID=.;OPOS=108297641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:1:0:49:50:1:42:7:1:0:42:8:0:0 chrX 108297675 . G GC 338.65 PASS AF=1;AO=41;DP=53;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147092;FXX=0.0377287;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.12259;QD=26.5609;RBI=0.176934;REFB=0.00477189;REVB=-0.0983342;RO=6;SAF=4;SAR=37;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285174;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00392588;OID=.;OPOS=108297676;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:53:51:51:0:8:43:0:0:6:6:4:37:4:2 chrX 108297699 . T C 458.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00542102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.816;QD=57.2534;RBI=0.0054337;REFB=0;REVB=0.000371031;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167967;OID=.;OPOS=108297699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:24:7:0:0:25:7:0:0 chrX 108297702 . A G 392.99 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.177;QD=56.1415;RBI=0.0170839;REFB=0;REVB=-0.0063021;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18268e-05;OID=.;OPOS=108297702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:20:7:0:0:21:7:0:0 chrX 108297713 . T C 106.12 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191653;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.713;QD=42.4478;RBI=0.0247847;REFB=0;REVB=-0.0157154;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78652e-05;OID=.;OPOS=108297713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chrX 108297794 . T C 50.28 PASS AF=1;AO=4;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=351.481;QD=33.5169;RBI=0.0855981;REFB=0;REVB=0.0823166;RO=0;SAF=4;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129844;OID=.;OPOS=108297794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:4:6:1:0:4:0:0:2:4:0:0 chrX 108708516 . C T 1438.05 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.141;QD=61.8516;RBI=0.0292262;REFB=-0.0755894;REVB=-0.0247684;RO=1;SAF=40;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117038;STB=0.506171;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000104131;OID=.;OPOS=108708516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:52:40:1:0:52:40:1:0 chrX 108787014 . T C 4137.4 PASS AF=0.940594;AO=281;DP=303;FAO=285;FDP=303;FR=.;FRO=18;FSAF=168;FSAR=117;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00138332;FXX=0.00328937;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.256;QD=54.6191;RBI=0.0165034;REFB=-0.0459965;REVB=0.0164453;RO=17;SAF=168;SAR=113;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00108657;STB=0.50208;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.000731348;OID=.;OPOS=108787014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:303:303:17:18:281:285:0.940594:113:168:10:7:117:168:10:8 chrX 114267002 . G A 1525.75 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00164791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.77;QD=59.8332;RBI=0.0120991;REFB=0;REVB=0.0119863;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4762e-06;OID=.;OPOS=114267002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:53:49:0:0:53:49:0:0 chrX 114425196 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00684947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.626;QD=11.9197;RBI=0.00744385;REFB=-0.0181767;REVB=0.00291475;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354212;STB=0.713673;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0446747;OID=.;OPOS=114425196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:6:3:5:2:6:3 chrX 114425400 . G A 78.87 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.153388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4325;QD=28.6798;RBI=0.154908;REFB=-0.0886926;REVB=-0.0216452;RO=2;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176689;STB=0.599781;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0318219;OID=.;OPOS=114425400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:4:5:0:2:4:5:0:2 chrX 114426917 . C T 420.8 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.255;QD=56.1061;RBI=0.123009;REFB=0;REVB=0.112403;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000997659;OID=.;OPOS=114426917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:14:15:0:0:14:16:0:0 chrX 115304830 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.386;QD=57.5447;RBI=0.0241656;REFB=0;REVB=0.00948214;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94473e-05;OID=.;OPOS=115304830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chrX 115305126 . A C 559.74 PASS AF=0.906977;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0549873;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=167.074;QD=52.0691;RBI=0.0555066;REFB=-0.0857029;REVB=0.00757533;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.552604;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.000752958;OID=.;OPOS=115305126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:43:43:0:4:39:39:0.906977:22:17:0:0:22:17:4:0 chrX 117521338 . G A 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.254;QD=57.7094;RBI=0.021226;REFB=0;REVB=-0.00732777;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111645;OID=.;OPOS=117521338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chrX 117528056 . G A 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9825;QD=62.3458;RBI=0.0624627;REFB=0;REVB=0.0591928;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000870841;OID=.;OPOS=117528056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chrX 117528142 . C T 803.91 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760814;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.354;QD=57.4221;RBI=0.00969524;REFB=0;REVB=0.00600948;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74607e-06;OID=.;OPOS=117528142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chrX 117566782 . C T 1056.91 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.606;QD=58.7172;RBI=0.0320518;REFB=0;REVB=-0.0134319;RO=1;SAF=32;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145478;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11223e-05;OID=.;OPOS=117566782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:72:72:1:0:71:72:1:39:32:1:0:39:33:0:0 chrX 117904229 . T C 501.53 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1967;QD=59.0029;RBI=0.0996272;REFB=0;REVB=-0.097395;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00149289;OID=.;OPOS=117904229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chrX 117904433 . T C 830.96 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.016082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.114;QD=55.3971;RBI=0.0334808;REFB=-0.0871073;REVB=-0.0293655;RO=1;SAF=38;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122541;STB=0.506327;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0023658;OID=.;OPOS=117904433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:1:1:58:59:0.983333:20:38:1:0:20:39:1:0 chrX 117925898 . A G 501.39 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.545;QD=58.9866;RBI=0.0150287;REFB=0;REVB=0.0140872;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99543e-05;OID=.;OPOS=117925898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:23:10:0:0:24:10:0:0 chrX 117938928 . G A 1050.17 PASS AF=0.973333;AO=69;DP=71;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0211312;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.58;QD=56.009;RBI=0.0328949;REFB=0.00364006;REVB=-0.0252101;RO=2;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295207;STB=0.515621;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000119089;OID=.;OPOS=117938928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:75:2:2:69:73:0.973333:31:38:0:2:31:42:0:2 chrX 118108785 . T C 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.194;QD=60.2038;RBI=0.0222374;REFB=0;REVB=0.0120333;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98562e-05;OID=.;OPOS=118108785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:28:45:0:0:28:45:0:0 chrX 118146810 . C T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.242;QD=58.5997;RBI=0.0373097;REFB=0;REVB=-0.00967892;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019695;OID=.;OPOS=118146810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chrX 118219347 . T C 687.93 PASS AF=1;AO=39;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.271;QD=62.5393;RBI=0.120882;REFB=0;REVB=0.119828;RO=0;SAF=31;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252904;OID=.;OPOS=118219347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:39:44:1:8:31:0:0:13:31:0:0 chrX 118220720 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4089;QD=60.2299;RBI=0.0416304;REFB=0;REVB=-0.0315242;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.36606e-05;OID=.;OPOS=118220720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chrX 118222360 . T A 708.94 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4411;QD=63.0169;RBI=0.0877796;REFB=0;REVB=0.0520412;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180592;OID=.;OPOS=118222360;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:24:20:0:0:25:20:0:0 chrX 118281538 . C A 754.36 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5463;QD=56.9331;RBI=0.0426063;REFB=0;REVB=0.0375888;RO=0;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412142;OID=.;OPOS=118281538;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:37:16:0:0:37:16:0:0 chrX 118603668 . A G 42.07 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0117128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8596;QD=4.54769;RBI=0.0152012;REFB=-0.0190834;REVB=-0.00968956;RO=30;SAF=3;SAR=4;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282511;STB=0.686083;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.029037;OID=.;OPOS=118603668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:4:3:20:10:4:3:20:10 chrX 118603706 . A AG 42.77 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0598645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.5646;QD=3.35464;RBI=0.145475;REFB=-0.0202685;REVB=-0.132586;RO=39;SAF=8;SAR=4;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344245;STB=0.521702;STBP=0.909;TYPE=ins;VARB=0.0419905;OID=.;OPOS=118603707;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294:12:51:12:51:39:8:4:25:14:42:39:8:4:25:14 chrX 118603713 . T C 67.16 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0154566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2241;QD=5.26781;RBI=0.0557365;REFB=0.0165025;REVB=0.0535505;RO=41;SAF=7;SAR=3;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582922;STB=0.538383;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.064943;OID=.;OPOS=118603713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:41:41:10:10:0.196078:3:7:27:14:3:7:27:14 chrX 118603729 . G A 67.16 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0329106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.57;QD=5.26765;RBI=0.0346913;REFB=0.0022793;REVB=-0.0109718;RO=40;SAF=7;SAR=3;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95123e-08;STB=0.507028;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00972165;OID=.;OPOS=118603729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:51:40:41:10:10:0.196078:3:7:28:12:3:7:29:12 chrX 118603742 . A C 68.44 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0419562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.331;QD=5.70336;RBI=0.0431023;REFB=7.06782e-05;REVB=-0.0098736;RO=38;SAF=7;SAR=3;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589246;STB=0.538383;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00225089;OID=.;OPOS=118603742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:3:7:25:13:3:7:25:13 chrX 118603747 . A T 63.99 PASS AF=0.125;AO=4;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0115018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.935;QD=5.33243;RBI=0.0125877;REFB=0.00107214;REVB=0.00511438;RO=38;SAF=1;SAR=3;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395448;STB=0.613278;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0287231;OID=.;OPOS=118603747;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:38:38:4:6:0.125:3:1:24:14:3:3:24:14 chrX 118603773 . T C 60.04 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.050028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.045;QD=5.85757;RBI=0.0521789;REFB=-0.0107672;REVB=0.0148269;RO=31;SAF=6;SAR=3;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110047;STB=0.58601;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0319225;OID=.;OPOS=118603773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:31:32:9:9:0.219512:3:6:18:13:3:6:18:14 chrX 118603818 . T G 41.96 PASS AF=0.12;AO=9;DP=75;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=0.0178046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.649;QD=2.23771;RBI=0.0214371;REFB=-0.00166865;REVB=-0.0119393;RO=66;SAF=6;SAR=3;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0141028;OID=.;OPOS=118603818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:75:75:66:66:9:9:0.12:3:6:44:22:3:6:44:22 chrX 118605114 . C A 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00828807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2993;QD=9.56843;RBI=0.0281573;REFB=-0.0113044;REVB=-0.0269099;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379089;STB=0.732738;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0198114;OID=.;OPOS=118605114;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:9:6:6:2:9:6 chrX 118605134 . G T 44.28 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0708698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8587;QD=6.81285;RBI=0.0717839;REFB=-0.000898357;REVB=-0.0114192;RO=19;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.55839;STB=0.856123;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00476882;OID=.;OPOS=118605134;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:6:1:12:7:6:1:12:7 chrX 118605144 . GG TA 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0374099;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=229.75;QD=6.52646;RBI=0.0382963;REFB=0.00609584;REVB=0.00819178;RO=20;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.537883;STB=0.846807;STBP=0.051;TYPE=mnp;VARB=-0.00992131;OID=.;OPOS=118605144;OREF=GG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:6:1:12:8:6:1:12:8 chrX 118605163 . C T 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.021466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.756;QD=7.12515;RBI=0.031835;REFB=-0.00708149;REVB=0.0235091;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.579978;STB=0.86565;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0197748;OID=.;OPOS=118605163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:6:1:12:6:6:1:12:6 chrX 118605195 . A ATGATGGTGG 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0263861;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=334.706;QD=8.24621;RBI=0.029899;REFB=-0.00860685;REVB=-0.0140614;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526099;STB=0.832323;STBP=0.054;TYPE=ins;VARB=0.012689;OID=.;OPOS=118605196;OREF=-;OALT=TGATGGTGG;OMAPALT=ATGATGGTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:7:22:7:22:15:1:6:9:6:45:15:1:6:9:6 chrX 118699320 . A G 1400.3 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00756565;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.984;QD=62.9348;RBI=0.0168846;REFB=0;REVB=0.0150947;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70973e-05;OID=.;OPOS=118699320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:47:42:0:0:47:42:0:0 chrX 118829467 . G T 3124.02 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.116;QD=63.7555;RBI=0.0265526;REFB=0;REVB=0.00935949;RO=0;SAF=86;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49885e-05;OID=.;OPOS=118829467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:196:0:0:194:196:1:108:86:0:0:109:87:0:0 chrX 118893390 . A G 529.79 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.743;QD=57.2741;RBI=0.0113141;REFB=-0.0463434;REVB=-0.00439597;RO=1;SAF=27;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170248;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110585;OID=.;OPOS=118893390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:37:37:1:0:36:37:1:9:27:1:0:9:28:0:0 chrX 119005705 . C G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.777;QD=63.583;RBI=0.0343696;REFB=0;REVB=0.0158956;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41615e-05;OID=.;OPOS=119005705;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chrX 119065893 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.728;QD=60.9786;RBI=0.043059;REFB=0;REVB=0.0408113;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017572;OID=.;OPOS=119065893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chrX 119249637 . C T 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00205218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.571;QD=25.2766;RBI=0.0107669;REFB=-0.0242925;REVB=-0.0105695;RO=12;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632488;STB=0.535175;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0145007;OID=.;OPOS=119249637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:8:11:8:4:8:11:8:4 chrX 119387833 . C CTGA 466.1 PASS AF=0.833333;AO=30;DP=53;FAO=35;FDP=42;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.027897;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=3;MLLD=250.63;QD=44.3906;RBI=0.0342703;REFB=-0.0146595;REVB=0.019905;RO=22;SAF=21;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949325;STB=0.537846;STBP=0.357;TYPE=ins;VARB=0.00100004;OID=.;OPOS=119387834;OREF=-;OALT=TGA;OMAPALT=CTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:30:53:35:42:7:23:12:6:1:42:22:21:9:13:9 chrX 119389966 . C T 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.371;QD=50.4092;RBI=0.0385052;REFB=0;REVB=0.0261817;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215159;OID=.;OPOS=119389966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chrX 119390465 . A G 324.72 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309371;FXX=0.148093;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.027;QD=56.4721;RBI=0.0324966;REFB=0;REVB=0.00994625;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635876;OID=.;OPOS=119390465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chrX 119391880 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.503;QD=54.5171;RBI=0.0497932;REFB=0;REVB=-0.0402526;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000388701;OID=.;OPOS=119391880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chrX 119590533 . T A 4646.1 PASS AF=1;AO=297;DP=299;FAO=299;FDP=299;FR=.;FRO=0;FSAF=189;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126197;FXX=0.0066443;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5352;QD=62.1552;RBI=0.0601994;REFB=-0.0981137;REVB=0.0588618;RO=0;SAF=188;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.14647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207211;OID=.;OPOS=119590533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:299:299:0:0:297:299:1:109:188:0:0:110:189:0:0 chrX 120008979 . T C 152.64 PASS AF=0.933333;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0555686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.777;QD=40.7041;RBI=0.0655266;REFB=0.0745381;REVB=0.0347257;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555473;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.000406379;OID=.;OPOS=120008979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:15:0:1:13:14:0.933333:4:9:0:0:4:10:0:1 chrX 120009177 . C T 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00803687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8253;QD=10.4732;RBI=0.0181523;REFB=-0.00288747;REVB=-0.0162762;RO=34;SAF=7;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100356;STB=0.569394;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00698824;OID=.;OPOS=120009177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:35:17:17:0.326923:10:7:17:17:10:7:18:17 chrX 122318386 . A AG 1571.6 PASS AF=1;AO=97;DP=100;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365444;FXX=0.0101;HRUN=0;LEN=1;MLLD=279.529;QD=64.1468;RBI=0.0369321;REFB=0;REVB=-0.00533718;RO=2;SAF=61;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152952;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.97086e-05;OID=.;OPOS=122318387;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:97:100:98:98:0:61:37:0:0:8:2:61:36:2:0 chrX 122336600 . T TG 811.38 PASS AF=1;AO=69;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.7654;QD=43.8581;RBI=0.0797351;REFB=0;REVB=0.0776991;RO=5;SAF=22;SAR=47;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068633;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00179479;OID=.;OPOS=122336601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:75:74:74:0:25:49:0:0:15:5:22:47:4:1 chrX 123041043 . A G 538.52 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.132;QD=59.835;RBI=0.0382723;REFB=0;REVB=0.0218156;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238811;OID=.;OPOS=123041043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:27:8:0:0:27:9:0:0 chrX 123042424 . G A 2143.54 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00482303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.93;QD=62.1317;RBI=0.00577473;REFB=-0.0197446;REVB=0.00317582;RO=1;SAF=57;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826733;STB=0.504347;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-5.6114e-07;OID=.;OPOS=123042424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:80:57:1:0:80:57:1:0 chrX 123042707 . T C 3966.86 PASS AF=1;AO=243;DP=245;FAO=249;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364137;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.935;QD=63.7247;RBI=0.0390217;REFB=0;REVB=0.0140262;RO=0;SAF=128;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199533;OID=.;OPOS=123042707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:245:249:0:0:243:249:1:115:128:0:0:117:132:0:0 chrX 123043324 . TGTATA T,TGTCTA 1365.35 PASS AF=0.855556,0.144444;AO=77,16;DP=93;FAO=77,13;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=20,11;FSAR=57,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00456783,0.0601885;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=265.28,26.3479;QD=60.6823;RBI=0.0335155,0.0602723;REFB=0,0;REVB=0.0332028,0.00317758;RO=0;SAF=20,11;SAR=57,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.56014e-08,5.36667e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00310892,0.0286685;OID=.,.;OPOS=123043325,123043327;OREF=GTATA,A;OALT=-,C;OMAPALT=T,TGTCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.855556,0.144444:77,16:93:77,13:90:0:20,11:57,2:0:0:65:0:20,11:57,5:0:0 chrX 123514006 . G A 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.118;QD=60.7161;RBI=0.00892169;REFB=0;REVB=-0.00772275;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.451e-05;OID=.;OPOS=123514006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:34:42:0:0:34:42:0:0 chrX 123526031 . T C 635.88 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016101;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.343;QD=62.0368;RBI=0.0161089;REFB=0;REVB=-0.000507;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01438e-05;OID=.;OPOS=123526031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chrX 123540315 . G T 695.6 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0150189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9034;QD=60.4871;RBI=0.0319272;REFB=-0.102727;REVB=0.028174;RO=1;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218529;STB=0.511623;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00284371;OID=.;OPOS=123540315;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:21:24:0:1:21:24:0:1 chrX 125298979 . A G 332.9 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0153524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7007;QD=19.0228;RBI=0.0163621;REFB=-0.00944375;REVB=-0.00565883;RO=35;SAF=18;SAR=17;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103191;STB=0.557345;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00721769;OID=.;OPOS=125298979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:17:18:22:13:17:18:22:13 chrX 125954900 . C T 969.93 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206532;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.335;QD=58.7838;RBI=0.0206685;REFB=0;REVB=0.000796154;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127596;OID=.;OPOS=125954900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:64:66:1:25:39:0:0:26:40:0:0 chrX 125955199 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.336;QD=62.9829;RBI=0.0346288;REFB=0;REVB=0.0279369;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106464;OID=.;OPOS=125955199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chrX 128780176 . A AAGC 45.58 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0481628;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=243.208;QD=26.0439;RBI=0.0746892;REFB=-0.116791;REVB=0.057086;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260267;STB=0.555378;STBP=0.627;TYPE=ins;VARB=0.0313882;OID=.;OPOS=128780177;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=AAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:5:12:6:7:1:2:4:0:1:6:7:1:4:3:4 chrX 128781864 . C A 648.83 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00969136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.218;QD=60.3565;RBI=0.0101899;REFB=0;REVB=-0.00314821;RO=1;SAF=13;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347354;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235126;OID=.;OPOS=128781864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:43:1:0:42:43:1:29:13:1:0:29:14:0:0 chrX 128878004 . A G 1551.58 PASS AF=0.989899;AO=95;DP=96;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.032515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.671;QD=62.6903;RBI=0.0381977;REFB=0.068862;REVB=-0.0200458;RO=1;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903231;STB=0.504586;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.000879092;OID=.;OPOS=128878004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:99:1:1:95:98:0.989899:52:43:0:1:54:44:0:1 chrX 128880614 . T C 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.397;QD=61.0492;RBI=0.0314434;REFB=0;REVB=-0.00801237;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96147e-05;OID=.;OPOS=128880614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:37:41:0:0:37:41:0:0 chrX 129147079 . T C 754.35 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3111;QD=62.8622;RBI=0.0310102;REFB=0;REVB=0.0229208;RO=1;SAF=23;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200087;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630116;OID=.;OPOS=129147079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:1:0:47:48:1:24:23:1:0:24:24:0:0 chrX 130408745 . G A 1399.24 PASS AF=0.939394;AO=94;DP=100;FAO=93;FDP=99;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0436149;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3105;QD=56.5349;RBI=0.0488448;REFB=-0.0221169;REVB=-0.0219899;RO=6;SAF=33;SAR=61;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00221053;STB=0.501424;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00857878;OID=.;OPOS=130408745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:100:99:6:6:94:93:0.939394:61:33:2:4:60:33:2:4 chrX 130415818 . T C 769.34 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0020001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.575;QD=56.9878;RBI=0.0391919;REFB=0;REVB=0.0391409;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125387;OID=.;OPOS=130415818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chrX 130416958 . C T 1051.76 PASS AF=0.948052;AO=70;DP=74;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.103029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8581;QD=54.6367;RBI=0.105537;REFB=0.0275181;REVB=0.022875;RO=4;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673613;STB=0.535704;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=2.71722e-05;OID=.;OPOS=130416958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:74:77:4:4:70:73:0.948052:26:44:0:4:26:47:0:4 chrX 130420006 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.114;QD=58.9627;RBI=0.0295096;REFB=0;REVB=0.0156411;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9149e-05;OID=.;OPOS=130420006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chrX 130420415 . T C 445.59 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0847106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8377;QD=52.422;RBI=0.0847178;REFB=-0.0390975;REVB=-0.00109952;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.512704;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00535793;OID=.;OPOS=130420415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:0:2:31:32:0.941176:9:22:0:0:10:22:1:1 chrX 130678124 . CGT TCG 34.28 PASS AF=0.266667;AO=9;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=0.00571816;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=85.1324;QD=4.57126;RBI=0.00813234;REFB=-0.0429357;REVB=0.00578252;RO=20;SAF=1;SAR=8;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.749483;STB=0.932562;STBP=0.04;TYPE=mnp;VARB=0.24515;OID=.;OPOS=130678124;OREF=CGT;OALT=TCG;OMAPALT=TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:20:22:9:8:0.266667:8:1:18:2:7:1:19:3 chrX 130678467 . A G 1084.02 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0555859;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.37;QD=60.2234;RBI=0.0572349;REFB=0;REVB=0.01364;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000468521;OID=.;OPOS=130678467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chrX 130678844 . A C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.326;QD=51.9167;RBI=0.0452791;REFB=0;REVB=0.00198069;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183553;OID=.;OPOS=130678844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:17:4:0:0:17:4:0:0 chrX 132437337 . G A 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0156516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.581;QD=61.511;RBI=0.0190808;REFB=0.0715123;REVB=-0.0109135;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000375822;OID=.;OPOS=132437337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:21:27:0:0:21:27:1:0 chrX 132438872 . C A 353.74 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4952;QD=54.4219;RBI=0.0723997;REFB=0;REVB=0.0501528;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00483621;OID=.;OPOS=132438872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:12:14:0:0 chrX 133379551 . C T 972.89 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.496;QD=58.9627;RBI=0.0131728;REFB=0;REVB=-0.00429596;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31564e-06;OID=.;OPOS=133379551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:35:30:0:0:35:31:0:0 chrX 133620478 . T G 43.08 PASS AF=0.0992366;AO=7;DP=120;FAO=13;FDP=131;FR=.;FRO=118;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=78;FSRR=40;FWDB=-0.00881603;FXX=0.00757518;HRUN=14;LEN=1;MLLD=138.866;QD=1.31527;RBI=0.0639647;REFB=-0.00127129;REVB=-0.0633543;RO=110;SAF=1;SAR=6;SRF=72;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481261;STB=0.734198;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0382166;OID=.;OPOS=133620478;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:120:131:110:118:7:13:0.0992366:6:1:72:38:8:5:78:40 chrX 134125475 . C G 1044.09 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0343173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.034;QD=55.6849;RBI=0.0387882;REFB=-0.143366;REVB=0.018079;RO=2;SAF=33;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00214341;STB=0.508378;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.000904366;OID=.;OPOS=134125475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:75:2:3:72:72:0.96:39:33:1:1:39:33:2:1 chrX 134155904 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.405;QD=44.6892;RBI=0.0382039;REFB=0;REVB=0.021074;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007294;OID=.;OPOS=134155904;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chrX 134156121 . G C 136.22 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0132307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4192;QD=38.9206;RBI=0.0878875;REFB=-0.0282631;REVB=-0.0868859;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601692;STB=0.529367;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000793863;OID=.;OPOS=134156121;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:14:1:1:12:13:0.928571:5:7:1:0:5:8:1:0 chrX 134185997 . T A 1493.68 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00414273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.652;QD=58.5756;RBI=0.0317087;REFB=-0.115172;REVB=0.0314369;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.504853;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.000461626;OID=.;OPOS=134185997;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:0:1:101:101:0.990196:50:51:0:0:50:51:1:0 chrX 134680316 . ATTTTTTTTA ATTTTTTTA,ATTTTTTTAT 87.18 PASS AF=0.230088,0.0973451;AO=27,9;DP=111;FAO=26,11;FDP=113;FR=.;FRO=76;FSAF=20,11;FSAR=6,0;FSRF=55;FSRR=21;FWDB=0.0708122,-0.00507298;FXX=0.00877116;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=6.95752,48.7666;QD=3.08586;RBI=0.252272,0.0615239;REFB=-0.143048,-0.0274217;REVB=0.24213,0.0613144;RO=63;SAF=23,9;SAR=4,0;SRF=48;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.176283,0.582216;STB=0.545418,0.998623;STBP=0.633,0.01;TYPE=del,mnp;VARB=0.0998612,0.204504;OID=.,.;OPOS=134680317,134680324;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=ATTTTTTTA,ATTTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230088,0.0973451:27,9:111:26,11:113:76:20,11:6,0:55:21:42:63:23,9:4,0:48:15 chrX 134807790 . A G 54.42 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209889;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5515;QD=36.2803;RBI=0.0377638;REFB=0;REVB=0.0313938;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00421904;OID=.;OPOS=134807790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chrX 134807815 . C A 191.63 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.326;QD=47.9081;RBI=0.0305542;REFB=0;REVB=0.0244106;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445414;OID=.;OPOS=134807815;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:10:4:0:0:10:6:0:0 chrX 134948034 . A G 655.69 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000458811;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.153;QD=62.4466;RBI=0.00541821;REFB=0;REVB=-0.00539875;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015704;OID=.;OPOS=134948034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chrX 135307049 . G A 387.15 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.041363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2296;QD=51.6194;RBI=0.0486941;REFB=0.0136422;REVB=-0.0256948;RO=1;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282029;STB=0.515141;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.0228569;OID=.;OPOS=135307049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:1:1:28:29:0.966667:16:12:0:1:16:13:0:1 chrX 135310785 . T C 1605.24 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00373233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.903;QD=64.2096;RBI=0.0234983;REFB=0;REVB=0.0232;RO=0;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28783e-05;OID=.;OPOS=135310785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:43:57:0:0:43:57:0:0 chrX 135313034 . T G 1157.44 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.021809;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.224;QD=59.3561;RBI=0.0220327;REFB=-0.0731126;REVB=-0.0031313;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.506492;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000132881;OID=.;OPOS=135313034;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:39:38:0:0:39:38:1:0 chrX 135474420 . C A 789.43 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129554;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.491;QD=56.388;RBI=0.0183853;REFB=0;REVB=0.0130452;RO=1;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165384;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61261e-05;OID=.;OPOS=135474420;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:1:0:55:56:1:28:27:0:1:29:27:0:0 chrX 135474444 . AGAT A 712.87 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00352964;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=3;MLLD=249.755;QD=57.0293;RBI=0.0082335;REFB=0;REVB=0.00743856;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.00199e-05;OID=.;OPOS=135474445;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:51:50:50:0:25:25:0:0:4:0:25:25:0:0 chrX 135480126 . T C 446.64 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192329;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.2364;QD=57.6309;RBI=0.0706799;REFB=0;REVB=-0.0680128;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00186446;OID=.;OPOS=135480126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chrX 135496398 . G A 1098.7 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.834;QD=60.2028;RBI=0.0266624;REFB=0;REVB=-0.00935163;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.35378e-05;OID=.;OPOS=135496398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chrX 135754200 . C T 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00535184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2518;QD=19.078;RBI=0.0564142;REFB=-0.0175675;REVB=-0.0561598;RO=31;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126345;STB=0.507038;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0137243;OID=.;OPOS=135754200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:18:14:14:17:18:14:14:17 chrX 135956342 . C G 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.024134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.77;QD=16.279;RBI=0.0241735;REFB=-0.00747243;REVB=-0.00138171;RO=33;SAF=15;SAR=13;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980495;STB=0.555122;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00724591;OID=.;OPOS=135956342;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:13:15:21:12:13:15:21:12 chrX 135956370 . G A 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0173514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3745;QD=15.0639;RBI=0.0661608;REFB=0.0101053;REVB=0.0638449;RO=35;SAF=13;SAR=14;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146103;STB=0.58258;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.0097573;OID=.;OPOS=135956370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:14:13:22:13:14:13:22:13 chrX 135956391 . A G 227.02 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0355427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.816;QD=13.5535;RBI=0.0385613;REFB=-0.000871513;REVB=-0.0149564;RO=40;SAF=14;SAR=13;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857156;STB=0.548853;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.000565993;OID=.;OPOS=135956391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:13:14:24:16:13:14:24:16 chrX 135956408 . A G 174.91 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00696449;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.179;QD=11.6603;RBI=0.0215372;REFB=-0.00765647;REVB=-0.02038;RO=35;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456179;STB=0.516652;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0102918;OID=.;OPOS=135956408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:38:22:22:0.366667:11:11:19:16:11:11:20:18 chrX 135956462 . G C 175.6 PASS AF=0.372881;AO=23;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.024863;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.765;QD=11.9054;RBI=0.0277749;REFB=0.00659604;REVB=-0.0123806;RO=36;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359884;STB=0.525401;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.0052922;OID=.;OPOS=135956462;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:37:23:22:0.372881:11:12:20:16:11:11:20:17 chrX 135956467 . C T 177.7 PASS AF=0.37931;AO=23;DP=59;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00625969;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.577;QD=12.255;RBI=0.0140962;REFB=0.0112696;REVB=0.0126301;RO=36;SAF=12;SAR=11;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656946;STB=0.568904;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.0169965;OID=.;OPOS=135956467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:36:36:23:22:0.37931:11:12:21:15:11:11:22:14 chrX 135956506 . C G 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00909011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.58;QD=11.5637;RBI=0.0114467;REFB=-0.00876328;REVB=0.00695686;RO=29;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985913;STB=0.558206;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00774029;OID=.;OPOS=135956506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:7:8:18:11:7:8:18:11 chrX 136112707 . A G 131.11 PASS AF=1;AO=8;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.448;QD=43.7046;RBI=0.129915;REFB=0;REVB=0.128785;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208414;OID=.;OPOS=136112707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:8:12:1:0:8:0:0:4:8:0:0 chrX 136113117 . C A 253.99 PASS AF=0.262774;AO=36;DP=136;FAO=36;FDP=137;FR=.;FRO=101;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=-0.0225119;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.06;QD=7.41583;RBI=0.0225123;REFB=-0.00883916;REVB=0.000131729;RO=90;SAF=16;SAR=20;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.17773e-08;STB=0.544691;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0216762;OID=.;OPOS=136113117;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:90:101:36:36:0.262774:20:16:40:50:20:16:51:50 chrX 138067202 . A G 1029.75 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00835439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9175;QD=58.0138;RBI=0.0247853;REFB=0.0639028;REVB=0.0233348;RO=1;SAF=33;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141118;STB=0.507461;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00777859;OID=.;OPOS=138067202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:37:33:1:0:37:33:1:0 chrX 138774209 . C T 1522.15 PASS AF=1;AO=98;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.271;QD=59.6922;RBI=0.0306524;REFB=0;REVB=0.0242236;RO=0;SAF=59;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22507e-05;OID=.;OPOS=138774209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:98:102:1:39:59:0:0:40:62:0:0 chrX 138811003 . G A 1098.72 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.765;QD=60.2037;RBI=0.0482296;REFB=0;REVB=0.0466837;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238891;OID=.;OPOS=138811003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:37:35:0:0:37:36:0:0 chrX 138897130 . A C 1135.21 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0872162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.178;QD=60.5447;RBI=0.0885962;REFB=0;REVB=0.0155764;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365534;OID=.;OPOS=138897130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:75:0:0:68:75:1:43:25:0:0:43:32:0:0 chrX 139099828 . T A 957.87 PASS AF=0.897436;AO=68;DP=78;FAO=70;FDP=78;FR=.;FRO=8;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0102785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1916;QD=49.1215;RBI=0.0193348;REFB=-0.0135909;REVB=-0.0163764;RO=8;SAF=23;SAR=45;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620345;STB=0.531465;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00668469;OID=.;OPOS=139099828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:78:78:8:8:68:70:0.897436:45:23:5:3:46:24:5:3 chrX 139168253 . ATG A 248.99 PASS AF=0.55814;AO=19;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0152121;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.134;QD=23.1622;RBI=0.0161487;REFB=-0.0572977;REVB=0.0054196;RO=19;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578687;STB=0.508765;STBP=0.893;TYPE=del;VARB=0.0329864;OID=.;OPOS=139168254;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55814:19:43:24:43:19:8:16:6:13:99:19:5:14:6:13 chrX 139858438 . TCGG T 577.69 PASS AF=1;AO=34;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00853726;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=3;MLLD=290.333;QD=60.8099;RBI=0.0150759;REFB=0;REVB=0.0124257;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.63546e-05;OID=.;OPOS=139858439;OREF=CGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:37:38:38:0:19:19:0:0:4:0:17:17:0:0 chrX 140008385 . G T 3154.38 PASS AF=0.985714;AO=207;DP=210;FAO=207;FDP=210;FR=.;FRO=3;FSAF=98;FSAR=109;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0421849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.726;QD=60.0834;RBI=0.0424239;REFB=-0.0831872;REVB=-0.00449686;RO=3;SAF=98;SAR=109;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143561;STB=0.507537;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.000334006;OID=.;OPOS=140008385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:210:210:3:3:207:207:0.985714:109:98:3:0:109:98:3:0 chrX 140270418 . T C 277.02 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00179043;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.154;QD=52.7657;RBI=0.0427168;REFB=0;REVB=0.0426793;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271442;OID=.;OPOS=140270418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chrX 140714231 . A G 438.49 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.94;QD=56.5793;RBI=0.0469341;REFB=0;REVB=0.00863395;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011671;OID=.;OPOS=140714231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:20:10:0:0:21:10:0:0 chrX 140714251 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8918;QD=55.0979;RBI=0.0539968;REFB=0;REVB=0.0349137;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127534;OID=.;OPOS=140714251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chrX 140785696 . T C 109.08 PASS AF=0.232877;AO=17;DP=73;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0114953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.423;QD=5.97692;RBI=0.0119268;REFB=-0.0136723;REVB=-0.00317933;RO=56;SAF=6;SAR=11;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184735;STB=0.614994;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0321377;OID=.;OPOS=140785696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:56:56:17:17:0.232877:11:6:28:28:11:6:28:28 chrX 140785739 . A C 194.92 PASS AF=0.258929;AO=29;DP=112;FAO=29;FDP=112;FR=.;FRO=83;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.0173827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.817;QD=6.96124;RBI=0.0195731;REFB=-0.00234245;REVB=0.00899709;RO=83;SAF=14;SAR=15;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286498;STB=0.517229;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00642112;OID=.;OPOS=140785739;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:83:83:29:29:0.258929:15:14:42:41:15:14:42:41 chrX 140785741 . A C 194.91 PASS AF=0.258929;AO=29;DP=112;FAO=29;FDP=112;FR=.;FRO=83;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.0145534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.657;QD=6.96121;RBI=0.0762696;REFB=0.0146022;REVB=-0.0748683;RO=83;SAF=14;SAR=15;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286498;STB=0.517229;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.0299097;OID=.;OPOS=140785741;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:83:83:29:29:0.258929:15:14:42:41:15:14:42:41 chrX 140967165 . T C 1396.25 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0688872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3145;QD=61.3738;RBI=0.0781088;REFB=0.047329;REVB=-0.0368175;RO=1;SAF=34;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137353;STB=0.507245;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00172102;OID=.;OPOS=140967165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:56:34:1:0:56:34:1:0 chrX 140967195 . T A 904.36 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017512;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.497;QD=58.3455;RBI=0.0177049;REFB=0;REVB=-0.00260653;RO=0;SAF=16;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.52252e-05;OID=.;OPOS=140967195;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:60:62:1:44:16:0:0:45:17:0:0 chrX 140968628 . G T 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.742;QD=59.4345;RBI=0.0217342;REFB=0;REVB=0.00475213;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121045;OID=.;OPOS=140968628;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chrX 140968664 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.727;QD=55.6559;RBI=0.0298678;REFB=0;REVB=-0.0133154;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113276;OID=.;OPOS=140968664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:22:5:0:0:22:5:0:0 chrX 140983064 . G A 2052.97 PASS AF=0.992537;AO=131;DP=135;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0765613;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0142;QD=61.2827;RBI=0.0994067;REFB=-0.0952179;REVB=0.063404;RO=2;SAF=61;SAR=70;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153257;STB=0.503936;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00176144;OID=.;OPOS=140983064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:134:2:1:131:133:0.992537:70:61:2:0:70:63:1:0 chrX 140983127 . G A 3150.44 PASS AF=1;AO=204;DP=205;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00976816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.45;QD=61.1736;RBI=0.0121739;REFB=-0.108873;REVB=0.00726547;RO=1;SAF=83;SAR=121;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570425;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5831e-05;OID=.;OPOS=140983127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:205:206:1:0:204:206:1:121:83:1:0:121:85:0:0 chrX 140993642 . C T 1628.99 PASS AF=0.927419;AO=106;DP=117;FAO=115;FDP=124;FR=.;FRO=9;FSAF=69;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0274348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.721;QD=52.548;RBI=0.04553;REFB=-0.166902;REVB=-0.036336;RO=8;SAF=61;SAR=45;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606243;STB=0.528234;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00296057;OID=.;OPOS=140993642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:117:124:8:9:106:115:0.927419:45:61:1:7:46:69:2:7 chrX 140993716 . G T 32.65 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.110285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7534;QD=2.21343;RBI=0.125172;REFB=-0.0162429;REVB=-0.0592051;RO=49;SAF=1;SAR=6;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347052;STB=0.753872;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.179033;OID=.;OPOS=140993716;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:58:59:49:52:7:7:0.118644:6:1:19:30:6:1:19:33 chrX 140994037 . C A 117.05 PASS AF=0.8125;AO=11;DP=15;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0987459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.312;QD=29.2621;RBI=0.100859;REFB=-0.0445181;REVB=-0.020537;RO=3;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125323;STB=0.524235;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.026417;OID=.;OPOS=140994037;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:16:3:3:11:13:0.8125:7:4:1:2:7:6:1:2 chrX 140994171 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.691;QD=39.2068;RBI=0.0714306;REFB=0;REVB=0.0662152;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141472;OID=.;OPOS=140994171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chrX 140996364 . G A 829.84 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0413;QD=56.2603;RBI=0.0462469;REFB=0;REVB=0.04247;RO=1;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136737;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000672823;OID=.;OPOS=140996364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:59:1:0:58:59:1:34:24:0:1:35:24:0:0 chrX 141290865 . C T 817.69 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4922;QD=57.382;RBI=0.015898;REFB=0;REVB=0.0154286;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100519;OID=.;OPOS=141290865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chrX 141291144 . GT G 45.65 PASS AF=0.4;AO=9;DP=21;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.138665;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.5279;QD=9.129;RBI=0.175104;REFB=-0.0464639;REVB=-0.106927;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.623294;STB=0.847137;STBP=0.029;TYPE=del;VARB=0.0289535;OID=.;OPOS=141291145;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:9:21:8:20:12:2:6:11:1:45:10:2:7:10:0 chrX 142517782 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00278566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=317.472;QD=59.4357;RBI=0.0352231;REFB=0;REVB=0.0351128;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33445e-05;OID=.;OPOS=142517782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chrX 142716114 . G A 1138.79 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00407278;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.276;QD=60.7352;RBI=0.00845479;REFB=0;REVB=-0.00740918;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57808e-05;OID=.;OPOS=142716114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chrX 142718651 . T C 194.5 PASS AF=0.59375;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0137127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1388;QD=24.312;RBI=0.0212511;REFB=-0.00985291;REVB=-0.0162348;RO=11;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694283;STB=0.526288;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0120439;OID=.;OPOS=142718651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:11:13:18:19:0.59375:10:8:5:6:10:9:7:6 chrX 142795225 . G A 199.7 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.061183;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.306;QD=26.627;RBI=0.0797581;REFB=-0.046271;REVB=-0.0511663;RO=11;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323528;STB=0.677259;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0283439;OID=.;OPOS=142795225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:31:30:11:11:19:19:0.633333:10:9:0:11:10:9:0:11 chrX 142795438 . G T 1587.75 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00371712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.631;QD=64.1517;RBI=0.0337514;REFB=0;REVB=0.0335461;RO=0;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88565e-05;OID=.;OPOS=142795438;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:46:53:0:0:46:53:0:0 chrX 142967629 . G A 315.57 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0097795;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.223;QD=30.0541;RBI=0.0201503;REFB=-0.0235119;REVB=-0.0176181;RO=15;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738106;STB=0.540511;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0120164;OID=.;OPOS=142967629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:15:15:27:27:0.642857:12:15:10:5:12:15:10:5 chrX 144904882 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.528;QD=43.4862;RBI=0.0310243;REFB=0;REVB=-0.00839509;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142314;OID=.;OPOS=144904882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chrX 144906699 . T C 36.98 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0;FXX=0;HRUN=22;LEN=1;MLLD=107.165;QD=6.72373;RBI=0.0196305;REFB=-0.0852291;REVB=-0.0196305;RO=14;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0138631;OID=.;OPOS=144906699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:22:14:16:6:6:0.272727:6:0:0:14:6:0:0:16 chrX 144910142 . G A 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0433417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.18;QD=61.8144;RBI=0.0438839;REFB=-0.0470014;REVB=0.00687739;RO=0;SAF=8;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90022e-08;STB=0.506022;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000181949;OID=.;OPOS=144910142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:0:1:49:49:0.98:41:8:0:0:41:8:0:1 chrX 144910936 . C T 697.11 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.135;QD=61.9657;RBI=0.0151513;REFB=0;REVB=-0.00921574;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129188;OID=.;OPOS=144910936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:23:21:0:0:24:21:0:0 chrX 147014960 . C T 2016.8 PASS AF=0.963768;AO=133;DP=138;FAO=133;FDP=138;FR=.;FRO=5;FSAF=68;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0537583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1441;QD=58.4581;RBI=0.0551409;REFB=0.00966947;REVB=-0.0122707;RO=5;SAF=68;SAR=65;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021415;STB=0.511276;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.000627502;OID=.;OPOS=147014960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:138:138:5:5:133:133:0.963768:65:68:1:4:65:68:1:4 chrX 147903704 . C T 1804.14 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.019;QD=61.1572;RBI=0.039598;REFB=0;REVB=-0.0178795;RO=0;SAF=69;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10569e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149728;OID=.;OPOS=147903704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:49:69:0:0:49:69:0:0 chrX 147903927 . C T 437.45 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.667;QD=56.445;RBI=0.0411723;REFB=0;REVB=-0.00995298;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115371;OID=.;OPOS=147903927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chrX 148627384 . A G 43.72 PASS AF=1;AO=3;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.195062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.8842;QD=29.1467;RBI=0.199036;REFB=0;REVB=-0.0395764;RO=0;SAF=2;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0217312;OID=.;OPOS=148627384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:6:6:0:0:3:6:1:1:2:0:0:1:5:0:0 chrX 148628490 . A T 189.6 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.311;QD=47.3999;RBI=0.0642039;REFB=0;REVB=0.0543636;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482643;OID=.;OPOS=148628490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:7:8:0:0:7:9:0:0 chrX 148798223 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.172;QD=64.1531;RBI=0.00763896;REFB=0;REVB=-0.00436377;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83188e-06;OID=.;OPOS=148798223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:15:34:0:0:15:34:0:0 chrX 149013727 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.398;QD=54.5175;RBI=0.0350741;REFB=0;REVB=0.00436849;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000598723;OID=.;OPOS=149013727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chrX 149400169 . A T 746.91 PASS AF=0.396313;AO=86;DP=217;FAO=86;FDP=217;FR=.;FRO=131;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=59;FSRR=72;FWDB=-0.0517968;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5403;QD=13.768;RBI=0.0580357;REFB=-0.016621;REVB=-0.0261768;RO=131;SAF=42;SAR=44;SRF=59;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408803;STB=0.522966;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0292377;OID=.;OPOS=149400169;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:131:131:86:86:0.396313:44:42:59:72:44:42:59:72 chrX 149400195 . T C 702.58 PASS AF=0.39196;AO=78;DP=200;FAO=78;FDP=199;FR=.;FRO=121;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=54;FSRR=67;FWDB=-0.000970146;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.708;QD=14.1222;RBI=0.00139552;REFB=0.00996735;REVB=-0.00100314;RO=120;SAF=40;SAR=38;SRF=54;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675738;STB=0.540391;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.0120697;OID=.;OPOS=149400195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:120:121:78:78:0.39196:38:40:54:66:38:40:54:67 chrX 149931106 . C T 666.83 PASS AF=0.956522;AO=43;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0288003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.709;QD=57.9856;RBI=0.0294876;REFB=-0.043965;REVB=-0.00632983;RO=2;SAF=24;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375364;STB=0.519222;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000714804;OID=.;OPOS=149931106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:43:44:0.956522:19:24:2:0:19:25:2:0 chrX 149933341 . T C 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.323;QD=62.6146;RBI=0.0428151;REFB=0;REVB=0.0304569;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85349e-05;OID=.;OPOS=149933341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:50:38:0:0:50:38:0:0 chrX 150349072 . T TC 61.82 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0432377;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=22.6234;QD=13.7382;RBI=0.0451329;REFB=-0.0866685;REVB=0.0129414;RO=9;SAF=8;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419704;STB=0.775174;STBP=0.043;TYPE=ins;VARB=0.138479;OID=.;OPOS=150349073;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:9:19:10:18:8:9:1:4:4:47:9:8:1:5:4 chrX 150349649 . A C,G 522.78 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=4,32;DP=36;FAO=4,32;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=3,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00452117,0.0443672;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.661,70.254;QD=58.0866;RBI=0.0331323,0.0481229;REFB=0,0;REVB=-0.0328224,-0.0186378;RO=0;SAF=1,13;SAR=3,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.127167,-0.00186142;OID=.,.;OPOS=150349649,150349649;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:36:36:0:0:4,32:4,32:0.111111,0.888889:3,19:1,13:0:0:3,19:1,13:0:0 chrX 150573543 . CT C 78.78 PASS AF=0.293706;AO=39;DP=142;FAO=42;FDP=143;FR=.;FRO=101;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=61;FWDB=-0.0470781;FXX=0.0137922;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.0913;QD=2.20367;RBI=0.152689;REFB=-0.0390587;REVB=0.14525;RO=87;SAF=32;SAR=7;SRF=31;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.548944;STB=0.759234;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0338125;OID=.;OPOS=150573544;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.293706:39:142:42:143:101:32:10:40:61:78:87:32:7:31:56 chrX 150840185 . T C 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.785;QD=62.1618;RBI=0.018131;REFB=0;REVB=0.015012;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67964e-05;OID=.;OPOS=150840185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:49:36:0:0:49:36:0:0 chrX 150869267 . A C,G 1452.33 PASS AF=0.0744681,0.925532;AO=8,84;DP=93;FAO=7,87;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=1,54;FSAR=6,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392718,0.0178231;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.2541,127.488;QD=61.8014;RBI=0.090696,0.0494333;REFB=0,0;REVB=-0.0817526,0.0461085;RO=0;SAF=1,52;SAR=7,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.18047,0.00162717;OID=.,.;OPOS=150869267,150869267;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:93:94:0:0:8,84:7,87:0.0744681,0.925532:7,32:1,52:0:0:6,33:1,54:0:0 chrX 150884620 . C T 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00824385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.974;QD=62.6683;RBI=0.0313267;REFB=0;REVB=0.0302225;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148477;OID=.;OPOS=150884620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:14:30:0:0:14:30:0:0 chrX 150909307 . G T 462.13 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00127458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1819;QD=52.8144;RBI=0.0854057;REFB=-0.107531;REVB=-0.0853962;RO=2;SAF=6;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132569;STB=0.571382;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0118857;OID=.;OPOS=150909307;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:27:6:2:0:27:6:2:0 chrX 151092220 . A G 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5659;QD=60.8833;RBI=0.0271712;REFB=0;REVB=-0.013809;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79497e-05;OID=.;OPOS=151092220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:34:43:0:0:34:43:0:0 chrX 151092653 . G A 789.73 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159624;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.966;QD=64.4678;RBI=0.0162733;REFB=0;REVB=-0.00316551;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31498e-05;OID=.;OPOS=151092653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chrX 151123404 . GC CG,GCG 31.56 PASS AF=0,0.171429;AO=3,12;DP=71;FAO=0,12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=0,1;FSAR=0,11;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0142427,0.0150047;FXX=0.0140825;HRUN=3,0;LEN=2,1;MLLD=123.19,112.206;QD=1.80349;RBI=0.0253233,0.0214921;REFB=-0.00119472,-0.00215867;REVB=-0.0209383,-0.0153873;RO=56;SAF=0,1;SAR=3,11;SRF=28;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.450402,-0.574248;STB=0.5,0.885383;STBP=1,0.011;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0532543,0.15454;OID=.,.;OPOS=151123404,151123406;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:71:70:56:58:3,12:0,12:0,0.171429:3,11:0,1:28:28:0,11:0,1:28:30 chrX 151123540 . C T 317.24 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0394829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.164;QD=25.8972;RBI=0.0410327;REFB=-0.0479924;REVB=0.0111707;RO=20;SAF=12;SAR=16;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140965;STB=0.585308;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0212813;OID=.;OPOS=151123540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:21:28:28:0.571429:16:12:5:15:16:12:5:16 chrX 151138179 . A C 1455.54 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167441;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5183;QD=62.6039;RBI=0.0845209;REFB=0;REVB=0.0828457;RO=0;SAF=40;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000914724;OID=.;OPOS=151138179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:95:93:0:0:92:93:1:52:40:0:0:53:40:0:0 chrX 151303393 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.739;QD=51.9167;RBI=0.0128166;REFB=0;REVB=0.0125376;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2698e-05;OID=.;OPOS=151303393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chrX 151303596 . C T 188.27 PASS AF=0.85;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00287523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.711;QD=37.6542;RBI=0.034073;REFB=-0.010422;REVB=-0.0339515;RO=3;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119205;STB=0.565144;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00255579;OID=.;OPOS=151303596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:20:3:3:17:17:0.85:10:7:0:3:10:7:0:3 chrX 151336850 . C T 407.25 PASS AF=0.6;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0532327;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.798;QD=25.0613;RBI=0.0535368;REFB=-0.0420398;REVB=-0.00569821;RO=26;SAF=12;SAR=27;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209411;STB=0.615128;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0198976;OID=.;OPOS=151336850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:26:26:39:39:0.6:27:12:15:11:27:12:15:11 chrX 151869739 . G T 384.89 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0352332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1043;QD=20.5276;RBI=0.0436492;REFB=-0.0156979;REVB=-0.0257657;RO=35;SAF=19;SAR=20;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747723;STB=0.53391;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0118089;OID=.;OPOS=151869739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:36:39:39:0.52:20:19:14:21:20:19:15:21 chrX 151899913 . T C 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.384;QD=60.7158;RBI=0.0124911;REFB=0;REVB=0.0106311;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1189e-05;OID=.;OPOS=151899913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:32:44:0:0:32:44:0:0 chrX 151904488 . C A 1312.17 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0011685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.856;QD=59.6439;RBI=0.0105209;REFB=-0.00016568;REVB=-0.0104559;RO=2;SAF=42;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000500785;STB=0.500264;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-2.28926e-06;OID=.;OPOS=151904488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:86:86:0.977273:44:42:1:1:44:42:1:1 chrX 152018832 . T G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.852;QD=61.3364;RBI=0.0325451;REFB=0;REVB=0.0304397;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68767e-05;OID=.;OPOS=152018832;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chrX 152226542 . T C 739.27 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0259966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4843;QD=54.7609;RBI=0.0266199;REFB=-0.160692;REVB=0.00572686;RO=0;SAF=40;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518511;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00139593;OID=.;OPOS=152226542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:13:40:0:0:13:40:0:1 chrX 152227132 . C T 1498.45 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00214851;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.673;QD=59.9381;RBI=0.0433731;REFB=0;REVB=0.0433199;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84774e-05;OID=.;OPOS=152227132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:54:45:0:0:54:46:0:0 chrX 152482796 . C T 766.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4877;QD=63.8646;RBI=0.0305431;REFB=0;REVB=0.0208743;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346508;OID=.;OPOS=152482796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chrX 152482917 . T C 418.51 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.578;QD=55.8015;RBI=0.0849847;REFB=0;REVB=0.0450056;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109727;OID=.;OPOS=152482917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:23:6:0:0:23:7:0:0 chrX 152483030 . G A 817.7 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.46;QD=57.3822;RBI=0.051282;REFB=0;REVB=0.0510371;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94111e-05;OID=.;OPOS=152483030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:27:29:0:0:27:30:0:0 chrX 152720486 . G A 729.34 PASS AF=0.75;AO=59;DP=76;FAO=60;FDP=80;FR=.;FRO=20;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.000348087;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.998;QD=36.4671;RBI=0.0101919;REFB=-0.0497204;REVB=-0.010186;RO=16;SAF=27;SAR=32;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00807914;STB=0.529402;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0148147;OID=.;OPOS=152720486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:80:16:20:59:60:0.75:32:27:7:9:32:28:7:13 chrX 152747937 . G A 1068.31 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371002;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=99.7133;QD=59.3505;RBI=0.0402745;REFB=0;REVB=0.0156718;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314923;OID=.;OPOS=152747937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:30:41:0:0:31:41:0:0 chrX 152771533 . C T 1785.91 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.694;QD=61.0568;RBI=0.0720223;REFB=0;REVB=0.0346123;RO=0;SAF=49;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228312;OID=.;OPOS=152771533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:67:49:0:0:68:49:0:0 chrX 152815089 . A G 503.96 PASS AF=1;AO=30;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.124;QD=59.2893;RBI=0.0736198;REFB=0;REVB=0.00356126;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016392;OID=.;OPOS=152815089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:30:34:1:14:16:0:0:14:20:0:0 chrX 152823621 . G A 292.46 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0045162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.775;QD=22.9381;RBI=0.0316783;REFB=-0.0147997;REVB=-0.0313547;RO=22;SAF=17;SAR=12;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155022;STB=0.58531;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0122101;OID=.;OPOS=152823621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:12:17:17:5:12:17:17:5 chrX 152823728 . G C 1075.37 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0573494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.893;QD=58.128;RBI=0.0643808;REFB=-0.10314;REVB=0.0292562;RO=1;SAF=43;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108729;STB=0.505616;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00202689;OID=.;OPOS=152823728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:1:1:72:73:0.986486:29:43:1:0:29:44:1:0 chrX 152914792 . TG TC,T 33.4 PASS AF=0.0322581,0.290323;AO=3,9;DP=31;FAO=1,9;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=1,6;FSAR=0,3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0378471,-0.0369665;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=106.859,12.7491;QD=4.30999;RBI=0.0394754,0.0443837;REFB=-0.0065839,-0.114903;REVB=-0.0112206,-0.024564;RO=18;SAF=3,6;SAR=0,3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.625404,0.244923;STB=0.990169,0.636055;STBP=0.464,0.321;TYPE=snp,del;VARB=0.152813,0.161316;OID=.,.;OPOS=152914793,152914793;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0322581,0.290323:3,9:31:1,9:31:21:1,6:0,3:10:11:28:18:3,6:0,3:8:10 chrX 152958290 . C T 340.03 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.105949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.313;QD=48.5753;RBI=0.106279;REFB=-0.00561245;REVB=0.00837269;RO=2;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06184;STB=0.533308;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000675582;OID=.;OPOS=152958290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:14:12:0:2:14:12:0:2 chrX 152994867 . G T 160.48 PASS AF=0.206107;AO=27;DP=131;FAO=27;FDP=131;FR=.;FRO=104;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=0.00379325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.087;QD=4.90015;RBI=0.0103554;REFB=-0.0132602;REVB=0.00963562;RO=104;SAF=21;SAR=6;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372564;STB=0.735324;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0199865;OID=.;OPOS=152994867;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:104:104:27:27:0.206107:6:21:52:52:6:21:52:52 chrX 153010059 . G T 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.029131;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.859;QD=7.79846;RBI=0.0305318;REFB=-0.0123172;REVB=-0.0091422;RO=23;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279278;STB=0.67699;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0236174;OID=.;OPOS=153010059;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:7:2:10:13:7:2:10:13 chrX 153010090 . G A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0263245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.681;QD=10.24;RBI=0.0317332;REFB=-0.0366492;REVB=-0.0177205;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254339;STB=0.654357;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0589361;OID=.;OPOS=153010090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:7:3:10:9:7:3:10:9 chrX 153010092 . G A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00149607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.365;QD=10.2404;RBI=0.00936912;REFB=-0.0131146;REVB=0.0092489;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254339;STB=0.654357;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0236334;OID=.;OPOS=153010092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:7:3:10:9:7:3:10:9 chrX 153049535 . A G 736.45 PASS AF=1;AO=30;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.251336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6834;QD=61.371;RBI=0.254002;REFB=0;REVB=0.0367048;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00087742;OID=.;OPOS=153049535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:30:48:1:19:11:0:0:25:23:0:0 chrX 153056311 . C CAG 844.66 PASS AF=0.911765;AO=62;DP=70;FAO=62;FDP=68;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0285687;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=2;MLLD=173.866;QD=49.6857;RBI=0.0301305;REFB=-0.0165587;REVB=0.00957458;RO=8;SAF=33;SAR=29;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200302;STB=0.511924;STBP=0.553;TYPE=ins;VARB=0.00463417;OID=.;OPOS=153056312;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.911765:62:70:62:68:6:33:29:4:2:25:8:33:29:5:3 chrX 153067740 . C G 130.15 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0806002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.122;QD=32.5382;RBI=0.0807782;REFB=-0.10113;REVB=0.00535931;RO=1;SAF=10;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431971;STB=0.565125;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00556985;OID=.;OPOS=153067740;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:16:16:1:3:13:13:0.8125:3:10:1:0:3:10:3:0 chrX 153070999 . G A 3057.41 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215809;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.561;QD=63.696;RBI=0.0221791;REFB=0;REVB=0.00511627;RO=0;SAF=95;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271002;OID=.;OPOS=153070999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:192:0:0:191:192:1:96:95:0:0:96:96:0:0 chrX 153149708 . G GC 738.79 PASS AF=1;AO=54;DP=64;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141046;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=291.252;QD=50.0872;RBI=0.02167;REFB=0;REVB=0.0164514;RO=5;SAF=29;SAR=25;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746102;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000165982;OID=.;OPOS=153149709;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:64:59:59:0:29:30:0:0:13:5:29:25:5:0 chrX 153149715 . C G 820.17 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00436047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.113;QD=55.6049;RBI=0.0123608;REFB=0.0599106;REVB=-0.0115661;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159891;STB=0.508472;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000997766;OID=.;OPOS=153149715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:29:29:0:1:29:29:0:1 chrX 153171804 . C T 165.13 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0139834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.263;QD=21.3074;RBI=0.0352507;REFB=-0.0640565;REVB=0.0323585;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166101;STB=0.569637;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0508243;OID=.;OPOS=153171804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:16:17:0.548387:11:5:7:7:11:6:7:7 chrX 153171993 . A G 130.41 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.365;QD=43.4693;RBI=0.0234511;REFB=0;REVB=-0.0066466;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193369;OID=.;OPOS=153171993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chrX 153176254 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00943222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.11;QD=62.0214;RBI=0.0439319;REFB=0;REVB=0.0429074;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195082;OID=.;OPOS=153176254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chrX 153178459 . G GC 861.67 PASS AF=1;AO=72;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.962;QD=41.5264;RBI=0.204584;REFB=0;REVB=0.196077;RO=6;SAF=34;SAR=38;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202377;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00440138;OID=.;OPOS=153178460;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:72:81:83:83:0:38:45:0:0:15:6:34:38:2:4 chrX 153196242 . G A 247.09 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00320769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.312;QD=24.709;RBI=0.00337896;REFB=-0.012123;REVB=0.00106212;RO=16;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824495;STB=0.534801;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00815901;OID=.;OPOS=153196242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:17:23:23:0.575:9:14:8:8:9:14:9:8 chrX 153218365 . C A 707.95 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0761264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1699;QD=62.9292;RBI=0.109968;REFB=0;REVB=0.0793584;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118013;OID=.;OPOS=153218365;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:26:17:0:0:27:18:0:0 chrX 153219665 . C T 239.37 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.012;QD=50.393;RBI=0.0760839;REFB=0;REVB=0.0621779;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0026422;OID=.;OPOS=153219665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chrX 153221657 . T C,G 266.24 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=18,3;DP=21;FAO=18,3;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=9,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187167,-0.0473276;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=136.04,21.5616;QD=50.7126;RBI=0.0479477,0.0636744;REFB=0,0;REVB=-0.0441437,-0.0425972;RO=0;SAF=9,0;SAR=9,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00307051,0.0782093;OID=.,.;OPOS=153221657,153221657;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:21:21:0:0:18,3:18,3:0.857143,0.142857:9,3:9,0:0:0:9,3:9,0:0:0 chrX 153222835 . G C 670.69 PASS AF=0.918367;AO=44;DP=48;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0258794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4319;QD=54.7499;RBI=0.0363635;REFB=-0.220539;REVB=0.0255454;RO=4;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936111;STB=0.549978;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0049466;OID=.;OPOS=153222835;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:48:49:4:4:44:45:0.918367:18:26:0:4:18:27:0:4 chrX 153247720 . G GT 121.07 PASS AF=1;AO=6;DP=26;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107228;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=6.72446;QD=20.1781;RBI=0.115336;REFB=-0.0199455;REVB=0.0424798;RO=20;SAF=6;SAR=0;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.713834;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0402043;OID=.;OPOS=153247721;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:26:24:24:0:15:9:0:0:3:20:6:0:10:10 chrX 153247722 . C G,T 294.89 PASS AF=0.2,0.76;AO=6,17;DP=25;FAO=5,19;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=5,9;FSAR=0,10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0800953,0.141125;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=41.997,53.245;QD=47.1822;RBI=0.0852875,0.149504;REFB=-0.0486874,-0.179018;REVB=0.0293036,0.0493468;RO=2;SAF=6,7;SAR=0,10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.114072;STB=0.5,0.526288;STBP=1,0.537;TYPE=snp,snp;VARB=0.0256345,0.0367472;OID=.,.;OPOS=153247722,153247722;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:25:25:2:1:6,17:5,19:0.2,0.76:0,10:6,7:2:0:0,10:5,9:1:0 chrX 153247745 . A G 259.28 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.026;QD=49.3868;RBI=0.0126898;REFB=0;REVB=-0.0101235;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62876e-05;OID=.;OPOS=153247745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:7:13:0:0:8:13:0:0 chrX 153247954 . C T 897.22 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.557;QD=56.0762;RBI=0.00687127;REFB=0;REVB=0.00587234;RO=2;SAF=29;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314482;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302069;OID=.;OPOS=153247954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:64:2:0:62:64:1:33:29:2:0:33:31:0:0 chrX 153248248 . G A 3966.42 PASS AF=1;AO=255;DP=255;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00633412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.569;QD=62.2183;RBI=0.0328386;REFB=0;REVB=0.0322219;RO=0;SAF=125;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29597e-05;OID=.;OPOS=153248248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:255:255:0:0:255:255:1:130:125:0:0:130:125:0:0 chrX 153295425 . C T 125.15 PASS AF=0.684211;AO=10;DP=20;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00763306;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.114;QD=26.3469;RBI=0.0234852;REFB=-0.0116421;REVB=-0.0222101;RO=5;SAF=9;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451874;STB=0.81019;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00341388;OID=.;OPOS=153295425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:20:19:5:6:10:13:0.684211:1:9:2:3:1:12:2:4 chrX 153418524 . C T 1589.77 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.572;QD=59.9912;RBI=0.0279575;REFB=0;REVB=0.025233;RO=0;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91984e-05;OID=.;OPOS=153418524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:49:57:0:0:49:57:0:0 chrX 153539359 . A C 284.17 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0158332;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.867;QD=21.8591;RBI=0.0158572;REFB=-0.0218802;REVB=0.000872469;RO=22;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084127;STB=0.555518;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0155111;OID=.;OPOS=153539359;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:22:23:29:29:0.557692:15:14:13:9:15:14:14:9 chrX 153629155 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.354;QD=55.6554;RBI=0.0764175;REFB=0;REVB=-0.070499;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000293272;OID=.;OPOS=153629155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chrX 153633359 . G C 1066.91 PASS AF=0.936709;AO=75;DP=80;FAO=74;FDP=79;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0495986;FXX=0.0124984;HRUN=5;LEN=1;MLLD=155.275;QD=54.0207;RBI=0.0520787;REFB=-0.151025;REVB=0.0158799;RO=4;SAF=35;SAR=40;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00320197;STB=0.508938;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00240467;OID=.;OPOS=153633359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:80:79:4:5:75:74:0.936709:40:35:2:2:40:34:3:2 chrX 153649813 . G C 1747.31 PASS AF=1;AO=96;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.194848;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.8;QD=59.7372;RBI=0.194849;REFB=-0.0561409;REVB=0.000487142;RO=1;SAF=23;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00645303;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79704e-05;OID=.;OPOS=153649813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:118:117:1:0:96:117:1:73:23:0:1:77:40:0:0 chrX 153657083 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.645;QD=33.428;RBI=0.0679238;REFB=0;REVB=0.0213648;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106285;OID=.;OPOS=153657083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chrX 153760484 . C A 57.29 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7833;QD=32.7349;RBI=0.146823;REFB=0;REVB=0.142519;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0254921;OID=.;OPOS=153760484;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:2:4:0:0:3:4:0:0 chrX 153908497 . C G 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.429;QD=59.5006;RBI=0.0061415;REFB=0;REVB=0.00542435;RO=0;SAF=23;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0357e-05;OID=.;OPOS=153908497;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:46:23:0:0:46:23:0:0 chrX 153994596 . G T 1007.76 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00708491;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.114;QD=59.2799;RBI=0.0126419;REFB=0;REVB=-0.0104701;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.70039e-06;OID=.;OPOS=153994596;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:41:27:0:0:41:27:0:0 chrX 154158201 . T G 609.23 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00819097;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=44.2019;QD=56.6726;RBI=0.0186384;REFB=-0.0945089;REVB=0.0167421;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509748;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00579439;OID=.;OPOS=154158201;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:0:2:41:41:0.953488:28:13:0:0:28:13:1:1 chrX 154197613 . G A 300.4 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.000584194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.746;QD=30.8107;RBI=0.0301559;REFB=-0.030669;REVB=-0.0301503;RO=13;SAF=16;SAR=10;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275779;STB=0.651049;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0189108;OID=.;OPOS=154197613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:10:16:2:11:10:16:2:11 chrX 154456747 . A G 1050.82 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328367;FXX=0.0277739;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.431;QD=60.0467;RBI=0.0350474;REFB=0;REVB=0.0122502;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58273e-05;OID=.;OPOS=154456747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chrX 155003641 . A G 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.011821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.342;QD=12.8691;RBI=0.012536;REFB=-0.00830214;REVB=0.00417334;RO=33;SAF=16;SAR=5;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230708;STB=0.634517;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0156675;OID=.;OPOS=155003641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:5:16:19:14:5:16:19:14 chrX 155004437 . G T 52.35 PASS AF=0.25;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0474922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0467;QD=6.54398;RBI=0.0516546;REFB=-0.013176;REVB=-0.0203149;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3147;STB=0.708474;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.027627;OID=.;OPOS=155004437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:32:23:24:8:8:0.25:5:3:15:8:5:3:16:8 chrX 155005254 . C T 1172.25 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.549;QD=60.1154;RBI=0.0347501;REFB=0;REVB=0.0309483;RO=1;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114011;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188652;OID=.;OPOS=155005254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:1:0:75:78:1:41:34:0:1:42:36:0:0 chrX 155006050 . C T 365.06 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0753584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7135;QD=52.1519;RBI=0.0938206;REFB=-0.0378801;REVB=-0.0558875;RO=1;SAF=11;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040394;STB=0.521723;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.000691094;OID=.;OPOS=155006050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:16:11:1:0:16:11:1:0 chrX 155006982 . A T 785.82 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6759;QD=64.1481;RBI=0.0750208;REFB=0;REVB=0.00461302;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628481;OID=.;OPOS=155006982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chrX 155007278 . G A 231.45 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0503277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.787;QD=30.8601;RBI=0.0515771;REFB=-0.0417405;REVB=0.0112838;RO=9;SAF=2;SAR=19;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276314;STB=0.654993;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0147215;OID=.;OPOS=155007278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:9:9:21:21:0.7:19:2:3:6:19:2:3:6 chrX 155008583 . G A 281.86 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0231911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.385;QD=46.9758;RBI=0.0683495;REFB=-0.0566118;REVB=-0.0642949;RO=1;SAF=20;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182729;STB=0.599899;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0121565;OID=.;OPOS=155008583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:24:1:1:22:23:0.958333:2:20:0:1:2:21:0:1 chrX 155008671 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00340195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.214;QD=56.9383;RBI=0.0125993;REFB=0;REVB=0.0121314;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86432e-05;OID=.;OPOS=155008671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chrX 155009102 . G A 1028.92 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0848914;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.502;QD=59.6477;RBI=0.0849127;REFB=0;REVB=-0.00190047;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137992;OID=.;OPOS=155009102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:39:29:0:0:39:30:0:0 chrX 155009225 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2837;QD=56.706;RBI=0.0154942;REFB=0;REVB=0.00895382;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.45361e-05;OID=.;OPOS=155009225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chrX 155009661 . A C 415.68 PASS AF=0.842105;AO=30;DP=36;FAO=32;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0205402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.549;QD=43.7561;RBI=0.0234699;REFB=0.0252817;REVB=-0.0113551;RO=6;SAF=12;SAR=18;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031892;STB=0.509994;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00247917;OID=.;OPOS=155009661;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:38:6:6:30:32:0.842105:18:12:3:3:18:14:3:3 chrX 155009829 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00683148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.841;QD=57.7124;RBI=0.00688457;REFB=0;REVB=0.000853379;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.08436e-06;OID=.;OPOS=155009829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chrX 155009856 . T C 440.86 PASS AF=0.650794;AO=41;DP=63;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0171589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.716;QD=27.9913;RBI=0.0205797;REFB=-0.0108728;REVB=-0.0113621;RO=22;SAF=22;SAR=19;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646946;STB=0.535194;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00531473;OID=.;OPOS=155009856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:22:22:41:41:0.650794:19:22:14:8:19:22:14:8 chrX 155009935 . C A 525.92 PASS AF=0.71875;AO=46;DP=64;FAO=46;FDP=64;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0059765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.988;QD=32.8697;RBI=0.0212077;REFB=-0.0301078;REVB=0.0203482;RO=18;SAF=24;SAR=22;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759037;STB=0.540966;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0123566;OID=.;OPOS=155009935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:18:18:46:46:0.71875:22:24:12:6:22:24:12:6 chrX 155010062 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.143;QD=63.5828;RBI=0.0297446;REFB=0;REVB=0.00975221;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.76767e-05;OID=.;OPOS=155010062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:20:27:0:0 chrX 155010077 . G A 707.54 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.592;QD=62.8922;RBI=0.0317199;REFB=0;REVB=0.0110134;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01732e-05;OID=.;OPOS=155010077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:18:26:0:0:19:26:0:0 chrX 155010230 . A C 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0309933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5744;QD=21.5099;RBI=0.0324315;REFB=-0.0137568;REVB=0.00955074;RO=15;SAF=14;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119099;STB=0.567488;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0369111;OID=.;OPOS=155010230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:4:14:10:5:4:14:10:5 chrX 155010308 . G A 670.01 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7243;QD=62.3267;RBI=0.0690374;REFB=0;REVB=-0.0653388;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000622761;OID=.;OPOS=155010308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chrX 155011012 . T C 545.05 PASS AF=0.644737;AO=47;DP=74;FAO=49;FDP=76;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00160105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.354;QD=28.6869;RBI=0.026236;REFB=0.0021124;REVB=0.0261871;RO=27;SAF=17;SAR=30;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589197;STB=0.521;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.000519366;OID=.;OPOS=155011012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:27:27:47:49:0.644737:30:17:12:15:30:19:12:15 chrX 155011216 . T A 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00798016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.25;QD=37.893;RBI=0.0344258;REFB=-0.0472117;REVB=-0.0334881;RO=1;SAF=10;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430526;STB=0.523771;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00380837;OID=.;OPOS=155011216;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:2:10:1:0:2:10:1:0 chrX 155011276 . C T 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0367975;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.022;QD=40.6389;RBI=0.0441882;REFB=0.00691689;REVB=0.0244651;RO=1;SAF=10;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433252;STB=0.523776;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.000145974;OID=.;OPOS=155011276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:4:10:1:0:4:10:1:0 chrX 155011472 . T A 490.07 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0163909;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.73;QD=56.0074;RBI=0.0248468;REFB=-0.118662;REVB=0.0186736;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301451;STB=0.51612;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00112785;OID=.;OPOS=155011472;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:15:19:0:1:15:19:0:1 chrX 155011926 . T C 728.06 PASS AF=0.647059;AO=66;DP=102;FAO=66;FDP=102;FR=.;FRO=36;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=6;FWDB=0.0149834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.724;QD=28.5512;RBI=0.0222459;REFB=-0.00580056;REVB=-0.0164432;RO=36;SAF=33;SAR=33;SRF=30;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218273;STB=0.617613;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00481263;OID=.;OPOS=155011926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:36:36:66:66:0.647059:33:33:30:6:33:33:30:6 chrX 155227464 . C T 1506.79 PASS AF=0.594828;AO=130;DP=225;FAO=138;FDP=232;FR=.;FRO=94;FSAF=48;FSAR=90;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=0.00607794;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.443;QD=25.9791;RBI=0.0410508;REFB=-0.0261222;REVB=0.0405984;RO=89;SAF=44;SAR=86;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150232;STB=0.56961;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0248237;OID=.;OPOS=155227464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:232:89:94:130:138:0.594828:86:44:47:42:90:48:48:46 chrX 155235014 . C T 1055.55 PASS AF=0.588235;AO=98;DP=169;FAO=100;FDP=170;FR=.;FRO=70;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.00540315;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0231;QD=24.8365;RBI=0.0315497;REFB=-0.00454104;REVB=0.0310836;RO=68;SAF=49;SAR=49;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333061;STB=0.515875;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00497359;OID=.;OPOS=155235014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:68:70:98:100:0.588235:49:49:31:37:49:51:33:37 chrX 155252758 . A G 37.89 PASS AF=0.102273;AO=7;DP=89;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.0059531;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.212;QD=1.72218;RBI=0.0171613;REFB=-0.00413629;REVB=-0.0160956;RO=81;SAF=4;SAR=3;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164848;STB=0.705443;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0577322;OID=.;OPOS=155252758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:89:88:81:79:7:9:0.102273:3:4:34:47:3:6:34:45 chrX 155252868 . T A 36.64 PASS AF=0.0769231;AO=13;DP=156;FAO=12;FDP=156;FR=.;FRO=144;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=65;FSRR=79;FWDB=-0.0498245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.522;QD=0.93944;RBI=0.0625374;REFB=-0.0081247;REVB=-0.0377947;RO=142;SAF=7;SAR=6;SRF=64;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100059;STB=0.620057;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0719137;OID=.;OPOS=155252868;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:156:156:142:144:13:12:0.0769231:6:7:64:78:5:7:65:79 chrY 4900800 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.459;QD=58.1421;RBI=0.0360833;REFB=0;REVB=0.00297473;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6254e-05;OID=.;OPOS=4900800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chrY 7192332 . G A 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0178061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.808;QD=26.5711;RBI=0.026629;REFB=-0.0915179;REVB=-0.0198001;RO=3;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205996;STB=0.642612;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0123298;OID=.;OPOS=7192332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:3:4:11:11:0.733333:6:5:3:0:6:5:4:0 chrY 7291193 . T A 100.62 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0116634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5616;QD=16.0995;RBI=0.0314474;REFB=-0.0417841;REVB=0.0292045;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345229;STB=0.519967;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0229674;OID=.;OPOS=7291193;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:6:7:6:6:6:7 chrY 9930497 . T G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0163836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.359;QD=13.631;RBI=0.0601429;REFB=-0.000165179;REVB=-0.0578683;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327753;STB=0.682379;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00148299;OID=.;OPOS=9930497;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:7:1:3:5:7:1:3:6 chrY 10034941 . C A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0361009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.101;QD=8.69799;RBI=0.0363472;REFB=-0.00193554;REVB=-0.00422461;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319625;STB=0.70519;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0039505;OID=.;OPOS=10034941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:6:1:5:9:6:1:5:9 chrY 10034954 . A G 35.35 PASS AF=0.2;AO=3;DP=20;FAO=4;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0112918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.743;QD=7.06962;RBI=0.0339535;REFB=-0.00545553;REVB=0.0320208;RO=14;SAF=1;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287373;STB=0.599467;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0455009;OID=.;OPOS=10034954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:20:20:14:14:3:4:0.2:2:1:5:9:3:1:5:9 chrY 10035664 . C G 411.07 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.704;QD=56.6997;RBI=0.0363673;REFB=0;REVB=0.0303428;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235583;OID=.;OPOS=10035664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chrY 10036057 . GT AC 680.57 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0026246;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=2;MLLD=182.61;QD=60.4954;RBI=0.0535327;REFB=0.0239028;REVB=-0.0534683;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218451;STB=0.511623;STBP=0.322;TYPE=mnp;VARB=-0.0016533;OID=.;OPOS=10036057;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:1:1:44:44:0.977778:21:23:0:1:21:23:0:1 chrY 10036088 . A G 4404.67 PASS AF=0.992933;AO=278;DP=280;FAO=281;FDP=283;FR=.;FRO=2;FSAF=169;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0103234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.681;QD=62.2567;RBI=0.0104365;REFB=-0.0424223;REVB=-0.00153261;RO=2;SAF=169;SAR=109;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00866772;STB=0.504424;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.000163616;OID=.;OPOS=10036088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:280:283:2:2:278:281:0.992933:109:169:0:2:112:169:0:2 chrY 10036105 . T C 6188.69 PASS AF=0.992405;AO=391;DP=397;FAO=392;FDP=395;FR=.;FRO=3;FSAF=281;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00363821;FXX=0.00503766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.471;QD=62.6702;RBI=0.0360107;REFB=0.0296916;REVB=0.0358264;RO=3;SAF=281;SAR=110;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128345;STB=0.506666;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-2.09501e-05;OID=.;OPOS=10036105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:397:395:3:3:391:392:0.992405:110:281:0:3:111:281:0:3 chrY 10036107 . T C 6160.13 PASS AF=1;AO=393;DP=400;FAO=395;FDP=395;FR=.;FRO=0;FSAF=283;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011577;FXX=0.0149622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.147;QD=62.381;RBI=0.0175285;REFB=-0.0671582;REVB=0.0131613;RO=2;SAF=282;SAR=111;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00851993;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69774e-05;OID=.;OPOS=10036107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:400:395:2:0:393:395:1:111:282:0:2:112:283:0:0 chrY 10036132 . T C 6918.55 PASS AF=1;AO=437;DP=441;FAO=438;FDP=438;FR=.;FRO=0;FSAF=315;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012001;FXX=0.00904957;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2137;QD=63.1831;RBI=0.0291519;REFB=0.0404884;REVB=0.0265671;RO=4;SAF=314;SAR=123;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015266;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0176e-05;OID=.;OPOS=10036132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:441:438:4:0:437:438:1:123:314:0:4:123:315:0:0 chrY 10036156 . G C 6591.2 PASS AF=0.974828;AO=425;DP=436;FAO=426;FDP=437;FR=.;FRO=11;FSAF=305;FSAR=121;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00737029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.91;QD=60.3314;RBI=0.0195551;REFB=-0.0516051;REVB=0.018113;RO=7;SAF=304;SAR=121;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161809;STB=0.505252;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000644662;OID=.;OPOS=10036156;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:436:437:7:11:425:426:0.974828:121:304:2:5:121:305:6:5 chrY 10036164 . T C 6823.25 PASS AF=1;AO=433;DP=437;FAO=433;FDP=433;FR=.;FRO=0;FSAF=310;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339897;FXX=0.00915311;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.177;QD=63.0323;RBI=0.0142584;REFB=0.0259293;REVB=0.0138473;RO=4;SAF=310;SAR=123;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996017;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01092e-06;OID=.;OPOS=10036164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:437:433:4:0:433:433:1:123:310:1:3:123:310:0:0 chrY 10036171 . A G 6788.53 PASS AF=0.988558;AO=430;DP=435;FAO=432;FDP=437;FR=.;FRO=5;FSAF=310;FSAR=122;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0359622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.751;QD=62.1376;RBI=0.0368729;REFB=-0.0444502;REVB=0.00814459;RO=5;SAF=309;SAR=121;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139717;STB=0.507259;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000340278;OID=.;OPOS=10036171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:435:437:5:5:430:432:0.988558:121:309:1:4:122:310:1:4 chrY 10036189 . C CCGTT 6663.39 PASS AF=1;AO=423;DP=433;FAO=425;FDP=425;FR=.;FRO=0;FSAF=306;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093939;FXX=0.0184753;HRUN=2;LEN=4;MLLD=225.713;QD=62.7142;RBI=0.00943219;REFB=-0.0150946;REVB=-0.000849051;RO=7;SAF=304;SAR=119;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164983;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-3.91059e-05;OID=.;OPOS=10036190;OREF=-;OALT=CGTT;OMAPALT=CCGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:423:433:425:425:0:306:119:0:0:16:7:304:119:2:5 chrY 10036204 . T C 6492.19 PASS AF=0.983529;AO=418;DP=425;FAO=418;FDP=425;FR=.;FRO=7;FSAF=306;FSAR=112;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0408236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4446;QD=61.103;RBI=0.0682295;REFB=-0.0557298;REVB=0.0546689;RO=7;SAF=306;SAR=112;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177172;STB=0.509289;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00105762;OID=.;OPOS=10036204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:425:425:7:7:418:418:0.983529:112:306:2:5:112:306:2:5 chrY 10036229 . T C 5046.95 PASS AF=0.978979;AO=325;DP=332;FAO=326;FDP=333;FR=.;FRO=7;FSAF=259;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.000306086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.437;QD=60.624;RBI=0.0123876;REFB=0.0189767;REVB=0.0123838;RO=7;SAF=259;SAR=66;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311034;STB=0.516064;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000112989;OID=.;OPOS=10036229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:332:333:7:7:325:326:0.978979:66:259:2:5:67:259:2:5 chrY 10036233 . G C 4643.85 PASS AF=0.977636;AO=305;DP=313;FAO=306;FDP=313;FR=.;FRO=7;FSAF=251;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.02584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.58;QD=59.3464;RBI=0.0414865;REFB=-0.00458118;REVB=-0.0324565;RO=8;SAF=250;SAR=55;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357206;STB=0.519757;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=7.09235e-05;OID=.;OPOS=10036233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:313:313:8:7:305:306:0.977636:55:250:3:5:55:251:2:5 chrY 10036269 . A G 943.83 PASS AF=0.884615;AO=69;DP=78;FAO=69;FDP=78;FR=.;FRO=9;FSAF=54;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0151846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.333;QD=48.4014;RBI=0.0176872;REFB=0.00520157;REVB=-0.00906992;RO=9;SAF=54;SAR=15;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131442;STB=0.570114;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.000477653;OID=.;OPOS=10036269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:78:78:9:9:69:69:0.884615:15:54:3:6:15:54:3:6 chrY 10036277 . A G 316.58 PASS AF=0.787879;AO=26;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00336569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.595;QD=38.373;RBI=0.0104741;REFB=-0.0145082;REVB=-0.00991863;RO=6;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103481;STB=0.568669;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00140106;OID=.;OPOS=10036277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:6:7:26:26:0.787879:14:12:1:5:14:12:1:6 chrY 10036280 . A G 300.21 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.000950305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.174;QD=37.5264;RBI=0.026943;REFB=0.0589334;REVB=0.0269262;RO=7;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136724;STB=0.574249;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00159655;OID=.;OPOS=10036280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:7:7:25:25:0.78125:13:12:1:6:13:12:1:6 chrY 10036362 . T C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0126833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.189;QD=18.7441;RBI=0.0455155;REFB=0.00232353;REVB=0.0437127;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275654;STB=0.516083;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00052118;OID=.;OPOS=10036362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:1:3:5:2:1:3 chrY 10036374 . CA TG 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0181169;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=227.184;QD=18.7441;RBI=0.0202826;REFB=-0.0341297;REVB=0.00911929;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275654;STB=0.516083;STBP=0.999;TYPE=mnp;VARB=0.0252015;OID=.;OPOS=10036374;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:1:3:5:2:1:3 chrY 10036383 . G C 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.016677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.746;QD=17.2297;RBI=0.0240373;REFB=-0.00962405;REVB=-0.017311;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771948;STB=0.545336;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00327747;OID=.;OPOS=10036383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:2:4:6:2:2:4 chrY 10036408 . C A 93.32 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0168097;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.825;QD=17.776;RBI=0.0169049;REFB=-0.0266476;REVB=-0.00179095;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578471;STB=0.533274;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0427729;OID=.;OPOS=10036408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:21:10:10:11:11:0.52381:7:4:3:7:7:4:3:7 chrY 10036422 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00637833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.185;QD=12.8684;RBI=0.0517776;REFB=0.00876702;REVB=-0.0513832;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379619;STB=0.507233;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.0354191;OID=.;OPOS=10036422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:15:16:11:11:0.407407:7:4:6:9:7:4:6:10 chrY 10036438 . C T 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.000194057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.036;QD=10.5421;RBI=0.0231767;REFB=-0.00282186;REVB=-0.0231759;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229478;STB=0.636635;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00539927;OID=.;OPOS=10036438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:5:6:7:14:5:6:7:14 chrY 10036483 . T C 133.44 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00552826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.398;QD=15.6988;RBI=0.00610172;REFB=0.0132328;REVB=-0.00258249;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00681493;STB=0.503932;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.00804909;OID=.;OPOS=10036483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:9:10:8:7:9:10 chrY 10036486 . C G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0031052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.979;QD=15.7002;RBI=0.0123196;REFB=0.00624673;REVB=0.0119218;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00681493;STB=0.503932;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.0108078;OID=.;OPOS=10036486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:9:10:8:7:9:10 chrY 10036518 . C T 72.78 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00929087;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.188;QD=8.08714;RBI=0.0153616;REFB=0.00599908;REVB=-0.0122336;RO=26;SAF=3;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360469;STB=0.722392;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.0138552;OID=.;OPOS=10036518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:36:36:26:26:10:10:0.277778:7:3:16:10:7:3:16:10 chrY 10036545 . T C 181.99 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0161038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.187;QD=17.3328;RBI=0.0162131;REFB=-0.0153659;REVB=0.00187912;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970462;STB=0.578864;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00633825;OID=.;OPOS=10036545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:22:23:18:19:0.452381:10:8:12:10:11:8:13:10 chrY 10036549 . A C 109.33 PASS AF=0.325581;AO=13;DP=42;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00873713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.094;QD=10.1705;RBI=0.0310224;REFB=-0.00667884;REVB=-0.0297666;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243458;STB=0.511611;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00741876;OID=.;OPOS=10036549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:29:29:13:14:0.325581:6:7:15:14:7:7:15:14 chrY 10036552 . C T 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00956867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.408;QD=3.83338;RBI=0.0449189;REFB=-0.0058177;REVB=-0.0438879;RO=36;SAF=2;SAR=5;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322215;STB=0.723053;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0388447;OID=.;OPOS=10036552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:36:36:7:7:0.162791:5:2:20:16:5:2:20:16 chrY 10036561 . T C 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00646762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.423;QD=9.33499;RBI=0.0162585;REFB=0.00182645;REVB=-0.0149167;RO=31;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633165;STB=0.538402;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.00480185;OID=.;OPOS=10036561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:6:7:15:16:6:7:15:16 chrY 10036586 . TG CA,CG 159.94 PASS AF=0.125,0.325;AO=5,13;DP=40;FAO=5,13;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=1,7;FSAR=4,6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00439559,-0.0106068;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=217.521,110.387;QD=15.9941;RBI=0.00781039,0.0144095;REFB=-0.00579786,-0.0197476;REVB=-0.00645609,-0.00975339;RO=22;SAF=1,7;SAR=4,6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.408668,-0.00748266;STB=0.786705,0.504418;STBP=0.218,0.984;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0336138,0.000699065;OID=.,.;OPOS=10036586,10036586;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:40:40:22:22:5,13:5,13:0.125,0.325:4,6:1,7:12:10:4,6:1,7:12:10 chrY 10036600 . C CG 31.77 PASS AF=0.25;AO=7;DP=36;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0167318;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.8812;QD=3.97094;RBI=0.0167323;REFB=-0.018007;REVB=-0.000133253;RO=28;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855974;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0356325;OID=.;OPOS=10036601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:7:36:8:32:24:4:4:12:12:31:28:4:3:14:14 chrY 10036606 . A G 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0491609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.863;QD=6.54511;RBI=0.0494015;REFB=-0.016998;REVB=-0.00487001;RO=24;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0358158;OID=.;OPOS=10036606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:4:4:12:12:4:4:12:12 chrY 10036613 . T G 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0538095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.469;QD=7.62887;RBI=0.057183;REFB=-0.00763192;REVB=-0.0193503;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569244;STB=0.535625;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0469598;OID=.;OPOS=10036613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:4:4:9:11:4:4:9:11 chrY 10036621 . T C 75.64 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0722427;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1381;QD=13.1546;RBI=0.0736156;REFB=-0.0382861;REVB=0.0141508;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392276;STB=0.52375;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0477221;OID=.;OPOS=10036621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:24:23:13:13:8:8:0.347826:4:4:7:6:4:4:7:6 chrY 10036627 . A G 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00121968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.772;QD=9.56979;RBI=0.0647873;REFB=-0.0617117;REVB=-0.0647758;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354635;STB=0.521685;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.030478;OID=.;OPOS=10036627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:7:8:4:4:7:8 chrY 10036638 . A G 45.18 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0117838;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.659;QD=8.60478;RBI=0.0207962;REFB=-0.0150934;REVB=-0.0171355;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784305;STB=0.594327;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0563423;OID=.;OPOS=10036638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:6:7:0.333333:3:3:6:8:3:4:6:8 chrY 10037768 . T C 1951.98 PASS AF=0.795699;AO=148;DP=186;FAO=148;FDP=186;FR=.;FRO=38;FSAF=61;FSAR=87;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00264452;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.686;QD=41.978;RBI=0.00396694;REFB=0.00263564;REVB=0.00295688;RO=37;SAF=61;SAR=87;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049398;STB=0.529303;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.000597481;OID=.;OPOS=10037768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:37:38:148:148:0.795699:87:61:20:17:87:61:21:17 chrY 10037786 . G A 92.65 PASS AF=0.10917;AO=25;DP=223;FAO=25;FDP=229;FR=.;FRO=204;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=102;FSRR=102;FWDB=-0.00482115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.322;QD=1.61836;RBI=0.0269584;REFB=-0.00328808;REVB=-0.0265238;RO=198;SAF=11;SAR=14;SRF=102;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926897;STB=0.553491;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0198365;OID=.;OPOS=10037786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:223:229:198:204:25:25:0.10917:14:11:102:96:14:11:102:102 chrY 10037791 . C G 2504.46 PASS AF=0.810345;AO=188;DP=232;FAO=188;FDP=232;FR=.;FRO=44;FSAF=91;FSAR=97;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00665459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.585;QD=43.1804;RBI=0.0147403;REFB=-0.0123857;REVB=0.0131526;RO=44;SAF=91;SAR=97;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300955;STB=0.515956;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00233175;OID=.;OPOS=10037791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:44:44:188:188:0.810345:97:91:25:19:97:91:25:19 chrY 10037797 . T C 2485.38 PASS AF=0.780992;AO=189;DP=243;FAO=189;FDP=242;FR=.;FRO=53;FSAF=92;FSAR=97;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.000654238;FXX=0.00411506;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.749;QD=41.0807;RBI=0.0258884;REFB=-0.00731888;REVB=0.0258802;RO=51;SAF=92;SAR=97;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249092;STB=0.513226;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00201158;OID=.;OPOS=10037797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:242:51:53:189:189:0.780992:97:92:28:23:97:92:29:24 chrY 10037807 . T C 2840.1 PASS AF=0.844;AO=207;DP=248;FAO=211;FDP=250;FR=.;FRO=39;FSAF=103;FSAR=108;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0354966;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.684;QD=45.4416;RBI=0.0394546;REFB=-0.012783;REVB=0.0172237;RO=38;SAF=100;SAR=107;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00276235;STB=0.500152;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00291725;OID=.;OPOS=10037807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:250:38:39:207:211:0.844:107:100:18:20:108:103:19:20 chrY 10037819 . T C 3117.49 PASS AF=0.848148;AO=229;DP=271;FAO=229;FDP=270;FR=.;FRO=41;FSAF=111;FSAR=118;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.015562;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.461;QD=46.185;RBI=0.0918356;REFB=-0.0792561;REVB=0.0905074;RO=41;SAF=111;SAR=118;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219124;STB=0.511582;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0138444;OID=.;OPOS=10037819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:270:41:41:229:229:0.848148:118:111:23:18:118:111:23:18 chrY 10037842 . A G 33.72 PASS AF=0.0590278;AO=16;DP=287;FAO=17;FDP=288;FR=.;FRO=271;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=137;FSRR=134;FWDB=0.00356164;FXX=0.00346009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3785;QD=0.468309;RBI=0.00448925;REFB=-0.00412587;REVB=-0.00273278;RO=268;SAF=6;SAR=10;SRF=137;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138205;STB=0.588131;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0628473;OID=.;OPOS=10037842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:287:288:268:271:16:17:0.0590278:10:6:137:131:10:7:137:134 chrY 10037877 . G GC 1521.97 PASS AF=0.966346;AO=164;DP=244;FAO=201;FDP=208;FR=.;FRO=7;FSAF=109;FSAR=92;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0631969;FXX=0.054543;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.5233;QD=29.2687;RBI=0.154511;REFB=-0.10595;REVB=0.140995;RO=76;SAF=86;SAR=78;SRF=48;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637515;STB=0.510691;STBP=0.107;TYPE=ins;VARB=0.0326131;OID=.;OPOS=10037878;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.966346:164:244:201:208:7:109:92:6:1:7:76:86:78:48:28 chrY 10037892 . A G 2132.74 PASS AF=0.898204;AO=87;DP=174;FAO=150;FDP=167;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=79;FSAR=71;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0779008;FXX=0.0346801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.557;QD=51.0835;RBI=0.0792848;REFB=-0.0241522;REVB=-0.0147492;RO=22;SAF=17;SAR=70;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184293;STB=0.511714;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0031469;OID=.;OPOS=10037892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:174:167:22:17:87:150:0.898204:70:17:12:10:71:79:7:10 chrY 10037899 . T C 1731.97 PASS AF=0.890511;AO=122;DP=137;FAO=122;FDP=137;FR=.;FRO=15;FSAF=72;FSAR=50;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0105063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1256;QD=50.5686;RBI=0.0109058;REFB=-0.020981;REVB=-0.00292483;RO=15;SAF=72;SAR=50;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121313;STB=0.506416;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00978619;OID=.;OPOS=10037899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:137:137:15:15:122:122:0.890511:50:72:8:7:50:72:8:7 chrY 10037912 . T G 1226.21 PASS AF=0.964706;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0101334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.745;QD=57.7042;RBI=0.0102737;REFB=-0.0553084;REVB=0.0016919;RO=3;SAF=42;SAR=39;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326238;STB=0.517237;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00345779;OID=.;OPOS=10037912;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:85:3:3:81:82:0.964706:39:42:3:0:40:42:3:0 chrY 10037914 . T C 1170.2 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0165927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.978;QD=57.0827;RBI=0.0189559;REFB=-0.0532252;REVB=0.00916562;RO=3;SAF=42;SAR=37;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326164;STB=0.517237;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000683842;OID=.;OPOS=10037914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:3:3:79:79:0.963415:37:42:3:0:37:42:3:0 chrY 13262837 . A G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=3;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00591838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.355;QD=19.134;RBI=0.00996526;REFB=-0.0547455;REVB=-0.00801743;RO=1;SAF=1;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266641;STB=0.666029;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0594518;OID=.;OPOS=13262837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:1:2:3:5:0.714286:2:1:1:0:3:2:2:0 chrY 13262908 . C G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00515274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.151;QD=14.6527;RBI=0.00515274;REFB=-0.00565363;REVB=0;RO=5;SAF=6;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00441336;OID=.;OPOS=13262908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:0:6:5:0:0:6:5:0 chrY 13262943 . AC A 206.24 PASS AF=0.766667;AO=21;DP=30;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0811927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.3818;QD=27.4983;RBI=0.0848833;REFB=0.0018271;REVB=0.024757;RO=7;SAF=18;SAR=3;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.204545;SSSB=-0.150025;STB=0.577718;STBP=0.332;TYPE=del;VARB=-0.00497609;OID=.;OPOS=13262944;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.766667:21:30:23:30:7:19:4:7:0:31:7:18:3:7:0 chrY 13263067 . A T 285.17 PASS AF=0.821429;AO=42;DP=54;FAO=46;FDP=56;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.01743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.768;QD=20.3696;RBI=0.0816637;REFB=-0.0725099;REVB=0.0797819;RO=10;SAF=19;SAR=23;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885696;STB=0.535699;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0545413;OID=.;OPOS=13263067;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:54:56:10:10:42:46:0.821429:23:19:7:3:23:23:7:3 chrY 13263091 . G A 559.05 PASS AF=0.821429;AO=46;DP=56;FAO=46;FDP=56;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0146616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.521;QD=39.9322;RBI=0.053282;REFB=-0.0180772;REVB=0.0512251;RO=10;SAF=23;SAR=23;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332956;STB=0.517849;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00405192;OID=.;OPOS=13263091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:56:56:10:10:46:46:0.821429:23:23:6:4:23:23:6:4 chrY 14905063 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0490954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5051;QD=10.6346;RBI=0.0672198;REFB=0.00155798;REVB=-0.0459146;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313669;STB=0.6918;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00589467;OID=.;OPOS=14905063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:6:2:7:6:6:2:7:6 chrY 15028438 . C T 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0319692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2702;QD=8.89966;RBI=0.0610488;REFB=0.00516317;REVB=-0.0520088;RO=26;SAF=8;SAR=3;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314847;STB=0.693514;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.0180754;OID=.;OPOS=15028438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:3:8:12:14:3:8:12:14 chrY 21152662 . CAA C 440.98 PASS AF=0.653846;AO=51;DP=78;FAO=51;FDP=78;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0632171;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=44.4361;QD=22.6143;RBI=0.06654;REFB=0.00233436;REVB=0.0207644;RO=26;SAF=24;SAR=27;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102608;STB=0.547927;STBP=0.265;TYPE=del;VARB=-0.000666414;OID=.;OPOS=21152663;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.653846:51:78:51:78:27:24:27:9:18:99:26:24:27:8:18 chrY 21152701 . G T 647.63 PASS AF=0.696203;AO=55;DP=79;FAO=55;FDP=79;FR=.;FRO=24;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0199429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.441;QD=32.7911;RBI=0.0239098;REFB=0.0138141;REVB=-0.0131894;RO=24;SAF=27;SAR=28;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653458;STB=0.535257;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.0178088;OID=.;OPOS=21152701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:24:24:55:55:0.696203:28:27:9:15:28:27:9:15 chrY 21152719 . T C 583.94 PASS AF=0.724638;AO=50;DP=69;FAO=50;FDP=69;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0291619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.494;QD=33.8513;RBI=0.0378346;REFB=-0.0149581;REVB=0.0241048;RO=19;SAF=24;SAR=26;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111561;STB=0.56007;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00593602;OID=.;OPOS=21152719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:19:19:50:50:0.724638:26:24:5:14:26:24:5:14 chrY 21153609 . T C 780.83 PASS AF=0.605042;AO=72;DP=120;FAO=72;FDP=119;FR=.;FRO=47;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0350914;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2736;QD=26.2465;RBI=0.045125;REFB=-0.00552506;REVB=0.0283701;RO=47;SAF=43;SAR=29;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126195;STB=0.568576;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00442995;OID=.;OPOS=21153609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:47:47:72:72:0.605042:29:43:20:27:29:43:20:27 chrY 21154426 . G A 201.1 PASS AF=0.271028;AO=29;DP=107;FAO=29;FDP=107;FR=.;FRO=78;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=50;FSRR=28;FWDB=-0.00705331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.757;QD=7.51764;RBI=0.0107325;REFB=-0.00658919;REVB=-0.00808938;RO=76;SAF=14;SAR=15;SRF=49;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196749;STB=0.614521;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0193989;OID=.;OPOS=21154426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:76:78:29:29:0.271028:15:14:49:27:15:14:50:28 chrY 21154466 . T A 848.12 PASS AF=0.72;AO=72;DP=101;FAO=72;FDP=100;FR=.;FRO=28;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.024473;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5415;QD=33.9247;RBI=0.0338744;REFB=0.0171789;REVB=0.0234211;RO=28;SAF=40;SAR=32;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065484;STB=0.535138;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00398117;OID=.;OPOS=21154466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:28:28:72:72:0.72:32:40:19:9:32:40:19:9 chrY 21905073 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.048388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.689;QD=12.7299;RBI=0.0507492;REFB=-0.0210834;REVB=0.0152998;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16722;STB=0.599771;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0265257;OID=.;OPOS=21905073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:6:3:6:6:6:3:6:6 chrY 22918692 . G A 245.2 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00721579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1124;QD=15.5684;RBI=0.00725451;REFB=0.00438366;REVB=0.00074852;RO=35;SAF=14;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421159;STB=0.523793;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00423481;OID=.;OPOS=22918692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:14:14:19:16:14:14:19:16